Date: 2019-12-25 21:28:56 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 174
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 0.964 | 0.979 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.991 | 0.997 | ** | 2 |
| ATC:pam | 4 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 4 | 1.000 | 0.984 | 0.993 | ** | 2 |
| SD:pam | 4 | 1.000 | 0.968 | 0.988 | ** | 2,3 |
| MAD:pam | 4 | 0.991 | 0.955 | 0.978 | ** | 3 |
| CV:pam | 4 | 0.991 | 0.951 | 0.980 | ** | 3 |
| SD:skmeans | 3 | 0.970 | 0.932 | 0.967 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 0.955 | 0.958 | 0.975 | ** | |
| CV:NMF | 6 | 0.932 | 0.916 | 0.956 | * | 3 |
| MAD:hclust | 6 | 0.929 | 0.915 | 0.936 | * | |
| SD:NMF | 6 | 0.926 | 0.892 | 0.951 | * | 3 |
| ATC:NMF | 4 | 0.925 | 0.894 | 0.961 | * | |
| MAD:NMF | 5 | 0.914 | 0.921 | 0.952 | * | 4 |
| ATC:hclust | 6 | 0.902 | 0.951 | 0.974 | * | |
| CV:hclust | 4 | 0.821 | 0.939 | 0.944 | ||
| MAD:mclust | 4 | 0.732 | 0.853 | 0.919 | ||
| CV:mclust | 4 | 0.727 | 0.820 | 0.912 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.727 | 0.886 | 0.923 | ||
| MAD:skmeans | 2 | 0.719 | 0.903 | 0.952 | ||
| SD:mclust | 4 | 0.714 | 0.840 | 0.895 | ||
| CV:kmeans | 4 | 0.521 | 0.766 | 0.790 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.292 | 0.627 | 0.810 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.288 | 0.784 | 0.852 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.837 0.888 0.956 0.491 0.510 0.510
#> CV:NMF 2 0.593 0.845 0.890 0.489 0.500 0.500
#> MAD:NMF 2 0.795 0.900 0.956 0.491 0.501 0.501
#> ATC:NMF 2 0.874 0.912 0.963 0.461 0.529 0.529
#> SD:skmeans 2 0.677 0.914 0.954 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1.000 0.964 0.979 0.502 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 0.719 0.903 0.952 0.502 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.982 0.992 0.489 0.514 0.514
#> SD:mclust 2 0.630 0.878 0.935 0.370 0.638 0.638
#> CV:mclust 2 0.646 0.763 0.892 0.378 0.603 0.603
#> MAD:mclust 2 0.612 0.869 0.937 0.331 0.657 0.657
#> ATC:mclust 2 1.000 0.979 0.991 0.361 0.638 0.638
#> SD:kmeans 2 0.292 0.627 0.810 0.430 0.569 0.569
#> CV:kmeans 2 0.218 0.699 0.757 0.434 0.501 0.501
#> MAD:kmeans 2 0.288 0.784 0.852 0.450 0.519 0.519
#> ATC:kmeans 2 0.955 0.958 0.975 0.410 0.578 0.578
#> SD:pam 2 0.952 0.945 0.961 0.447 0.546 0.546
#> CV:pam 2 0.468 0.757 0.810 0.323 0.769 0.769
#> MAD:pam 2 0.858 0.913 0.963 0.457 0.553 0.553
#> ATC:pam 2 0.975 0.961 0.983 0.494 0.508 0.508
#> SD:hclust 2 0.447 0.807 0.886 0.298 0.813 0.813
#> CV:hclust 2 0.335 0.777 0.834 0.399 0.498 0.498
#> MAD:hclust 2 0.728 0.952 0.970 0.224 0.813 0.813
#> ATC:hclust 2 0.733 0.938 0.942 0.317 0.614 0.614
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.980 0.991 0.326 0.751 0.550
#> CV:NMF 3 1.000 0.983 0.993 0.333 0.733 0.522
#> MAD:NMF 3 0.897 0.910 0.963 0.334 0.782 0.591
#> ATC:NMF 3 0.553 0.660 0.840 0.339 0.721 0.520
#> SD:skmeans 3 0.970 0.932 0.967 0.305 0.795 0.609
#> CV:skmeans 3 0.900 0.948 0.972 0.300 0.791 0.602
#> MAD:skmeans 3 0.827 0.884 0.938 0.298 0.746 0.534
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.991 0.997 0.263 0.864 0.737
#> SD:mclust 3 0.615 0.791 0.897 0.511 0.774 0.663
#> CV:mclust 3 0.557 0.745 0.850 0.469 0.859 0.770
#> MAD:mclust 3 0.430 0.579 0.745 0.757 0.621 0.469
#> ATC:mclust 3 0.678 0.856 0.844 0.356 0.952 0.925
#> SD:kmeans 3 0.353 0.678 0.775 0.376 0.606 0.400
#> CV:kmeans 3 0.260 0.732 0.781 0.357 0.864 0.736
#> MAD:kmeans 3 0.418 0.498 0.670 0.365 0.731 0.527
#> ATC:kmeans 3 0.503 0.553 0.788 0.462 0.651 0.478
#> SD:pam 3 0.969 0.950 0.981 0.330 0.861 0.745
#> CV:pam 3 0.959 0.935 0.976 0.863 0.629 0.517
#> MAD:pam 3 0.995 0.953 0.977 0.305 0.848 0.728
#> ATC:pam 3 0.833 0.934 0.937 0.224 0.862 0.731
#> SD:hclust 3 0.727 0.886 0.923 0.808 0.605 0.515
#> CV:hclust 3 0.620 0.886 0.924 0.435 0.921 0.841
#> MAD:hclust 3 0.500 0.848 0.895 1.562 0.602 0.511
#> ATC:hclust 3 0.702 0.881 0.939 0.432 0.970 0.951
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.828 0.917 0.930 0.0577 0.972 0.921
#> CV:NMF 4 0.785 0.904 0.913 0.0612 0.972 0.921
#> MAD:NMF 4 0.964 0.946 0.972 0.0524 0.957 0.876
#> ATC:NMF 4 0.925 0.894 0.961 0.1282 0.908 0.753
#> SD:skmeans 4 0.807 0.856 0.892 0.0929 0.931 0.807
#> CV:skmeans 4 0.748 0.864 0.890 0.0972 0.936 0.819
#> MAD:skmeans 4 0.713 0.789 0.845 0.1034 0.915 0.759
#> ATC:skmeans 4 0.790 0.744 0.832 0.1307 0.943 0.850
#> SD:mclust 4 0.714 0.840 0.895 0.1917 0.707 0.457
#> CV:mclust 4 0.727 0.820 0.912 0.2155 0.697 0.443
#> MAD:mclust 4 0.732 0.853 0.919 0.1715 0.817 0.577
#> ATC:mclust 4 1.000 0.984 0.993 0.3865 0.704 0.513
#> SD:kmeans 4 0.485 0.759 0.782 0.1563 0.948 0.854
#> CV:kmeans 4 0.521 0.766 0.790 0.1616 0.917 0.792
#> MAD:kmeans 4 0.522 0.713 0.747 0.1246 0.819 0.576
#> ATC:kmeans 4 0.766 0.856 0.893 0.1269 0.891 0.742
#> SD:pam 4 1.000 0.968 0.988 0.0951 0.935 0.840
#> CV:pam 4 0.991 0.951 0.980 0.0998 0.944 0.859
#> MAD:pam 4 0.991 0.955 0.978 0.0904 0.937 0.849
#> ATC:pam 4 1.000 0.985 0.994 0.1122 0.945 0.856
#> SD:hclust 4 0.700 0.803 0.846 0.2684 0.870 0.694
#> CV:hclust 4 0.821 0.939 0.944 0.1647 0.901 0.763
#> MAD:hclust 4 0.827 0.853 0.896 0.2019 0.888 0.732
#> ATC:hclust 4 0.609 0.829 0.879 0.2985 0.778 0.624
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.764 0.757 0.889 0.1185 0.805 0.474
#> CV:NMF 5 0.777 0.794 0.893 0.1172 0.806 0.481
#> MAD:NMF 5 0.914 0.921 0.952 0.1065 0.897 0.683
#> ATC:NMF 5 0.773 0.724 0.870 0.0879 0.864 0.600
#> SD:skmeans 5 0.728 0.700 0.835 0.0902 0.843 0.525
#> CV:skmeans 5 0.715 0.700 0.831 0.0863 0.901 0.679
#> MAD:skmeans 5 0.705 0.715 0.834 0.0888 0.846 0.524
#> ATC:skmeans 5 0.833 0.696 0.849 0.1096 0.843 0.548
#> SD:mclust 5 0.663 0.711 0.830 0.1087 0.784 0.441
#> CV:mclust 5 0.743 0.776 0.888 0.1177 0.789 0.434
#> MAD:mclust 5 0.764 0.818 0.855 0.1273 0.881 0.622
#> ATC:mclust 5 0.784 0.748 0.800 0.1152 1.000 1.000
#> SD:kmeans 5 0.631 0.529 0.699 0.0870 0.960 0.875
#> CV:kmeans 5 0.602 0.566 0.687 0.0938 0.869 0.613
#> MAD:kmeans 5 0.632 0.709 0.710 0.0899 0.899 0.694
#> ATC:kmeans 5 0.733 0.714 0.809 0.1067 0.892 0.684
#> SD:pam 5 0.768 0.806 0.888 0.1295 0.892 0.698
#> CV:pam 5 0.754 0.533 0.763 0.1322 0.879 0.648
#> MAD:pam 5 0.857 0.914 0.921 0.1469 0.868 0.635
#> ATC:pam 5 0.821 0.887 0.943 0.1377 0.852 0.580
#> SD:hclust 5 0.840 0.895 0.902 0.0838 0.920 0.748
#> CV:hclust 5 0.834 0.912 0.903 0.1225 0.930 0.781
#> MAD:hclust 5 0.895 0.856 0.906 0.0489 0.991 0.971
#> ATC:hclust 5 0.795 0.849 0.912 0.1962 0.837 0.615
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.926 0.892 0.951 0.0752 0.887 0.556
#> CV:NMF 6 0.932 0.916 0.956 0.0717 0.880 0.542
#> MAD:NMF 6 0.812 0.828 0.884 0.0721 0.920 0.671
#> ATC:NMF 6 0.740 0.695 0.822 0.0555 0.899 0.624
#> SD:skmeans 6 0.760 0.742 0.833 0.0523 0.934 0.708
#> CV:skmeans 6 0.786 0.744 0.838 0.0540 0.913 0.637
#> MAD:skmeans 6 0.764 0.757 0.823 0.0482 0.932 0.701
#> ATC:skmeans 6 0.802 0.757 0.851 0.0331 0.934 0.722
#> SD:mclust 6 0.826 0.789 0.891 0.1013 0.880 0.563
#> CV:mclust 6 0.833 0.776 0.887 0.0728 0.850 0.461
#> MAD:mclust 6 0.878 0.849 0.919 0.0724 0.926 0.679
#> ATC:mclust 6 0.820 0.845 0.902 0.0668 0.850 0.546
#> SD:kmeans 6 0.657 0.714 0.715 0.0602 0.846 0.493
#> CV:kmeans 6 0.641 0.629 0.680 0.0426 0.908 0.635
#> MAD:kmeans 6 0.635 0.689 0.708 0.0513 0.917 0.664
#> ATC:kmeans 6 0.750 0.676 0.781 0.0553 0.879 0.562
#> SD:pam 6 0.836 0.824 0.894 0.0631 0.949 0.805
#> CV:pam 6 0.762 0.656 0.840 0.0699 0.845 0.449
#> MAD:pam 6 0.758 0.728 0.829 0.0805 0.940 0.748
#> ATC:pam 6 0.812 0.856 0.906 0.0608 0.944 0.762
#> SD:hclust 6 0.856 0.898 0.919 0.0261 0.997 0.988
#> CV:hclust 6 0.781 0.858 0.851 0.0346 1.000 1.000
#> MAD:hclust 6 0.929 0.915 0.936 0.0642 0.941 0.800
#> ATC:hclust 6 0.902 0.951 0.974 0.0533 0.952 0.844
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 163 1.25e-12 1.69e-15 4.22e-11 2
#> CV:NMF 159 1.59e-12 1.19e-16 3.84e-11 2
#> MAD:NMF 167 5.64e-13 1.51e-20 2.86e-12 2
#> ATC:NMF 165 3.34e-12 2.56e-19 8.81e-10 2
#> SD:skmeans 174 3.98e-13 1.11e-21 5.51e-13 2
#> CV:skmeans 173 5.58e-13 8.19e-22 3.49e-13 2
#> MAD:skmeans 173 5.58e-13 1.04e-16 1.36e-10 2
#> ATC:skmeans 173 1.45e-12 5.14e-18 4.89e-10 2
#> SD:mclust 174 1.60e-13 2.28e-30 1.02e-24 2
#> CV:mclust 151 7.90e-12 8.05e-27 4.75e-23 2
#> MAD:mclust 171 2.53e-13 1.30e-29 1.36e-24 2
#> ATC:mclust 172 3.16e-13 6.96e-31 2.44e-24 2
#> SD:kmeans 128 2.24e-10 4.98e-18 4.17e-08 2
#> CV:kmeans 141 4.42e-11 2.17e-16 8.52e-10 2
#> MAD:kmeans 174 1.60e-13 5.92e-19 1.64e-10 2
#> ATC:kmeans 173 2.25e-13 5.36e-25 2.29e-10 2
#> SD:pam 170 6.23e-13 1.01e-18 1.09e-10 2
#> CV:pam 174 1.60e-13 1.29e-28 1.02e-24 2
#> MAD:pam 165 1.94e-12 1.61e-17 6.85e-11 2
#> ATC:pam 172 4.91e-12 4.94e-16 7.59e-09 2
#> SD:hclust 174 1.60e-13 1.87e-33 1.02e-24 2
#> CV:hclust 174 1.60e-13 2.96e-22 1.15e-13 2
#> MAD:hclust 174 1.60e-13 1.87e-33 1.02e-24 2
#> ATC:hclust 174 1.60e-13 1.59e-29 7.29e-12 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 174 1.68e-24 3.71e-44 1.43e-29 3
#> CV:NMF 174 1.68e-24 3.71e-44 1.43e-29 3
#> MAD:NMF 166 1.21e-23 6.96e-43 3.18e-29 3
#> ATC:NMF 135 1.85e-18 6.18e-37 2.87e-24 3
#> SD:skmeans 171 1.84e-23 2.11e-43 4.79e-30 3
#> CV:skmeans 173 3.21e-24 6.05e-45 1.99e-31 3
#> MAD:skmeans 172 8.07e-24 2.61e-44 1.17e-27 3
#> ATC:skmeans 173 2.86e-24 1.50e-47 1.46e-30 3
#> SD:mclust 158 9.47e-23 9.74e-51 8.11e-39 3
#> CV:mclust 159 4.82e-23 4.72e-58 4.44e-44 3
#> MAD:mclust 130 6.79e-19 1.06e-35 6.12e-23 3
#> ATC:mclust 173 4.18e-24 3.58e-62 6.22e-46 3
#> SD:kmeans 148 2.86e-21 3.57e-37 4.08e-28 3
#> CV:kmeans 150 2.25e-21 7.93e-38 4.03e-29 3
#> MAD:kmeans 108 7.15e-09 2.48e-18 4.57e-07 3
#> ATC:kmeans 93 7.31e-08 2.99e-17 4.16e-12 3
#> SD:pam 170 7.47e-24 1.80e-42 6.16e-31 3
#> CV:pam 170 2.13e-23 2.19e-43 2.86e-31 3
#> MAD:pam 171 1.26e-24 5.12e-47 8.70e-32 3
#> ATC:pam 174 1.47e-24 7.20e-48 7.89e-31 3
#> SD:hclust 174 5.09e-25 1.47e-51 2.11e-34 3
#> CV:hclust 174 5.09e-25 1.47e-51 2.11e-34 3
#> MAD:hclust 174 1.41e-24 1.75e-48 6.04e-34 3
#> ATC:hclust 174 5.09e-25 6.26e-50 2.25e-29 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 172 4.53e-35 2.07e-72 1.90e-51 4
#> CV:NMF 174 6.10e-36 4.07e-73 8.79e-52 4
#> MAD:NMF 173 5.08e-36 2.00e-68 3.25e-48 4
#> ATC:NMF 164 5.24e-33 3.68e-73 1.83e-48 4
#> SD:skmeans 168 7.91e-34 8.10e-68 7.93e-44 4
#> CV:skmeans 171 2.08e-34 1.09e-68 5.27e-44 4
#> MAD:skmeans 169 5.41e-35 1.15e-69 5.20e-44 4
#> ATC:skmeans 140 1.70e-28 4.84e-50 9.15e-38 4
#> SD:mclust 167 2.54e-34 4.15e-71 7.70e-51 4
#> CV:mclust 158 2.37e-32 3.77e-67 1.94e-49 4
#> MAD:mclust 169 1.91e-34 1.52e-62 1.54e-43 4
#> ATC:mclust 173 1.35e-34 5.49e-69 6.97e-50 4
#> SD:kmeans 173 1.62e-35 1.36e-73 1.72e-53 4
#> CV:kmeans 171 3.77e-35 2.98e-73 2.27e-53 4
#> MAD:kmeans 158 3.76e-32 9.60e-65 5.14e-45 4
#> ATC:kmeans 167 2.55e-34 3.98e-72 1.98e-49 4
#> SD:pam 172 1.39e-35 2.80e-71 3.31e-50 4
#> CV:pam 171 1.35e-34 7.29e-71 3.05e-50 4
#> MAD:pam 171 7.23e-36 1.44e-76 1.85e-50 4
#> ATC:pam 174 6.20e-36 1.03e-68 9.31e-51 4
#> SD:hclust 168 2.70e-34 1.88e-70 1.17e-50 4
#> CV:hclust 174 1.92e-35 2.61e-73 1.08e-53 4
#> MAD:hclust 168 1.98e-34 1.34e-68 1.52e-46 4
#> ATC:hclust 149 2.73e-31 1.39e-56 1.00e-26 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 148 2.25e-41 2.62e-78 2.53e-53 5
#> CV:NMF 155 1.44e-42 8.83e-81 1.21e-57 5
#> MAD:NMF 172 6.52e-46 4.34e-89 2.06e-53 5
#> ATC:NMF 133 1.31e-32 2.28e-62 4.64e-40 5
#> SD:skmeans 137 7.62e-38 3.27e-77 3.67e-50 5
#> CV:skmeans 146 3.31e-40 8.99e-80 9.53e-51 5
#> MAD:skmeans 143 1.80e-38 5.03e-74 1.99e-49 5
#> ATC:skmeans 135 2.56e-35 2.16e-53 2.57e-39 5
#> SD:mclust 149 4.79e-40 1.06e-94 1.40e-55 5
#> CV:mclust 156 3.76e-43 2.52e-90 1.34e-62 5
#> MAD:mclust 165 1.47e-44 8.66e-79 7.44e-58 5
#> ATC:mclust 159 4.43e-32 1.10e-66 3.22e-49 5
#> SD:kmeans 103 1.49e-29 6.77e-59 3.61e-46 5
#> CV:kmeans 111 4.95e-24 5.15e-48 1.36e-34 5
#> MAD:kmeans 155 2.36e-41 6.94e-82 3.83e-59 5
#> ATC:kmeans 137 5.25e-37 9.61e-78 3.42e-41 5
#> SD:pam 162 1.19e-41 1.21e-70 4.86e-46 5
#> CV:pam 87 1.60e-13 7.25e-31 1.02e-24 5
#> MAD:pam 169 6.36e-46 5.23e-94 8.51e-69 5
#> ATC:pam 171 3.10e-42 1.30e-80 1.42e-54 5
#> SD:hclust 174 7.39e-47 1.51e-97 3.66e-54 5
#> CV:hclust 174 7.39e-47 1.51e-97 3.66e-54 5
#> MAD:hclust 168 2.69e-45 3.18e-76 1.41e-46 5
#> ATC:hclust 174 2.45e-47 1.13e-68 1.33e-58 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 164 2.05e-54 3.33e-110 1.06e-66 6
#> CV:NMF 167 7.87e-56 8.34e-108 1.44e-66 6
#> MAD:NMF 161 1.62e-53 1.22e-109 8.02e-66 6
#> ATC:NMF 146 1.87e-45 2.63e-84 1.38e-45 6
#> SD:skmeans 150 2.07e-51 1.09e-87 7.29e-56 6
#> CV:skmeans 148 3.70e-51 1.04e-90 8.02e-55 6
#> MAD:skmeans 158 2.14e-52 3.11e-89 6.35e-54 6
#> ATC:skmeans 156 1.23e-50 7.77e-86 3.85e-48 6
#> SD:mclust 151 2.69e-50 9.56e-102 1.30e-57 6
#> CV:mclust 145 5.62e-49 9.86e-103 1.42e-58 6
#> MAD:mclust 164 1.70e-53 2.07e-96 1.85e-54 6
#> ATC:mclust 168 9.78e-55 5.09e-95 5.05e-54 6
#> SD:kmeans 144 4.48e-47 2.21e-101 1.24e-55 6
#> CV:kmeans 130 4.64e-44 6.14e-105 1.23e-56 6
#> MAD:kmeans 138 2.15e-46 1.12e-93 1.52e-52 6
#> ATC:kmeans 135 1.95e-44 4.73e-79 1.30e-38 6
#> SD:pam 163 2.46e-50 7.45e-78 3.19e-52 6
#> CV:pam 128 1.28e-42 3.42e-88 6.27e-52 6
#> MAD:pam 155 2.65e-50 2.27e-100 6.57e-58 6
#> ATC:pam 169 2.55e-50 1.43e-99 9.88e-70 6
#> SD:hclust 174 2.93e-58 1.01e-92 3.16e-76 6
#> CV:hclust 168 2.55e-45 5.11e-100 1.38e-51 6
#> MAD:hclust 168 2.63e-56 3.94e-100 7.87e-49 6
#> ATC:hclust 174 2.80e-58 2.07e-86 5.40e-74 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.447 0.807 0.886 0.2975 0.813 0.813
#> 3 3 0.727 0.886 0.923 0.8077 0.605 0.515
#> 4 4 0.700 0.803 0.846 0.2684 0.870 0.694
#> 5 5 0.840 0.895 0.902 0.0838 0.920 0.748
#> 6 6 0.856 0.898 0.919 0.0261 0.997 0.988
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803623 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803682 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803741 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803624 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803683 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803742 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803625 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803685 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803627 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803633 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803692 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803751 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803634 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803693 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803752 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803635 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803694 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803753 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803636 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803695 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803754 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803637 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803696 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803755 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803638 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803697 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803756 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803639 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803698 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803757 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803640 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803704 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803762 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803646 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803707 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803765 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803649 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803708 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803766 1 0.6973 0.798 0.812 0.188
#> GSM803650 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.860 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.7139 0.794 0.804 0.196
#> GSM803712 1 0.7139 0.794 0.804 0.196
#> GSM803769 1 0.7139 0.794 0.804 0.196
#> GSM803654 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803713 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803770 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803655 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803714 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803771 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803656 1 0.6973 0.799 0.812 0.188
#> GSM803715 1 0.6973 0.799 0.812 0.188
#> GSM803772 1 0.6973 0.799 0.812 0.188
#> GSM803657 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803716 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803773 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803658 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803717 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803774 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803659 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803718 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803775 1 0.8608 0.719 0.716 0.284
#> GSM803660 1 0.6148 0.814 0.848 0.152
#> GSM803719 1 0.6148 0.814 0.848 0.152
#> GSM803776 1 0.6148 0.814 0.848 0.152
#> GSM803661 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803720 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803777 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803662 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803732 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803778 1 0.7056 0.795 0.808 0.192
#> GSM803663 1 0.7139 0.793 0.804 0.196
#> GSM803721 1 0.7139 0.793 0.804 0.196
#> GSM803779 1 0.7139 0.793 0.804 0.196
#> GSM803664 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803722 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803780 1 0.6801 0.802 0.820 0.180
#> GSM803665 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803723 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803781 1 0.0672 0.861 0.992 0.008
#> GSM803666 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803724 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803782 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803667 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803725 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803783 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803668 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803726 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803784 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803669 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803727 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803670 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803728 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803785 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803671 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803729 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803786 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803672 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803730 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803787 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> GSM803673 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803731 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
#> GSM803788 1 0.9833 0.536 0.576 0.424
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803674 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803733 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803616 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803675 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803734 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803617 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803676 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803735 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803618 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803677 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803736 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803619 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803678 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803737 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803620 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803679 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803738 3 0.0237 1.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803621 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803683 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803742 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803625 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803685 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803627 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803704 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803762 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803646 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803707 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803765 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803649 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803708 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803766 2 0.5810 0.733 0.336 0.664 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.8488 0.600 0.384 0.520 0.096
#> GSM803712 2 0.8488 0.600 0.384 0.520 0.096
#> GSM803769 2 0.8488 0.600 0.384 0.520 0.096
#> GSM803654 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803713 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803770 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803655 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803714 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803771 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803656 2 0.8535 0.560 0.404 0.500 0.096
#> GSM803715 2 0.8535 0.560 0.404 0.500 0.096
#> GSM803772 2 0.8535 0.560 0.404 0.500 0.096
#> GSM803657 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803716 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803773 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803658 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803717 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803774 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803659 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803718 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803775 2 0.4121 0.760 0.168 0.832 0.000
#> GSM803660 2 0.6154 0.629 0.408 0.592 0.000
#> GSM803719 2 0.6154 0.629 0.408 0.592 0.000
#> GSM803776 2 0.6154 0.629 0.408 0.592 0.000
#> GSM803661 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803720 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803777 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803662 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803732 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803778 2 0.5785 0.736 0.332 0.668 0.000
#> GSM803663 2 0.5835 0.728 0.340 0.660 0.000
#> GSM803721 2 0.5835 0.728 0.340 0.660 0.000
#> GSM803779 2 0.5835 0.728 0.340 0.660 0.000
#> GSM803664 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803722 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803780 2 0.5859 0.725 0.344 0.656 0.000
#> GSM803665 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803723 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803781 1 0.0661 0.991 0.988 0.004 0.008
#> GSM803666 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803724 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803782 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803667 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803725 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803783 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803668 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803726 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803784 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803669 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803727 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803670 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803728 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803785 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803671 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803729 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803786 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803672 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803730 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803787 1 0.0829 0.989 0.984 0.004 0.012
#> GSM803673 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.713 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803674 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803733 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803616 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803675 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803734 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803617 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803676 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803735 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803618 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803677 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803736 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803619 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803678 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803737 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803620 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803679 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803738 4 0.495 0.737 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM803621 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM803682 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM803741 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM803624 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803683 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803742 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803625 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803685 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803627 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.000 0.725 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.321 0.848 0.876 0.000 0.032 0.092
#> GSM803704 1 0.321 0.848 0.876 0.000 0.032 0.092
#> GSM803762 1 0.321 0.848 0.876 0.000 0.032 0.092
#> GSM803646 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803707 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803765 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803649 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803708 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803766 2 0.537 0.705 0.012 0.548 0.000 0.440
#> GSM803650 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 4 0.655 -0.526 0.004 0.400 0.068 0.528
#> GSM803712 4 0.655 -0.526 0.004 0.400 0.068 0.528
#> GSM803769 4 0.655 -0.526 0.004 0.400 0.068 0.528
#> GSM803654 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803713 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803770 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803655 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803714 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803771 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803656 4 0.671 -0.491 0.000 0.376 0.096 0.528
#> GSM803715 4 0.671 -0.491 0.000 0.376 0.096 0.528
#> GSM803772 4 0.671 -0.491 0.000 0.376 0.096 0.528
#> GSM803657 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803716 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803773 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803658 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803717 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803774 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803659 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803718 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803775 2 0.425 0.751 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803660 2 0.670 0.629 0.088 0.476 0.000 0.436
#> GSM803719 2 0.670 0.629 0.088 0.476 0.000 0.436
#> GSM803776 2 0.670 0.629 0.088 0.476 0.000 0.436
#> GSM803661 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803720 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803777 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803662 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803732 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803778 2 0.525 0.706 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM803663 2 0.556 0.703 0.020 0.544 0.000 0.436
#> GSM803721 2 0.556 0.703 0.020 0.544 0.000 0.436
#> GSM803779 2 0.556 0.703 0.020 0.544 0.000 0.436
#> GSM803664 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803722 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803780 2 0.557 0.701 0.020 0.540 0.000 0.440
#> GSM803665 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803723 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803781 1 0.328 0.844 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM803666 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803724 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803782 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803667 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803725 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803783 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803668 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803726 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803784 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803669 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803727 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803670 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803728 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803785 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803671 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803729 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803786 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803672 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803730 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803787 3 0.716 1.000 0.240 0.000 0.556 0.204
#> GSM803673 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM803731 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM803788 2 0.220 0.740 0.000 0.916 0.004 0.080
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803682 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803741 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803624 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803683 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803742 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803625 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803684 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803743 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803692 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803751 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803634 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803693 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803752 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803635 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803694 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803753 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803636 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803695 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803754 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803637 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803696 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803755 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803638 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803697 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803756 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803639 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803698 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803757 2 0.3895 0.907 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM803640 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803699 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803758 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803641 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803700 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803759 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803642 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803701 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803760 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803643 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803702 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803644 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803703 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803761 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803645 1 0.2844 0.888 0.876 0.028 0.004 0.000 0.092
#> GSM803704 1 0.2844 0.888 0.876 0.028 0.004 0.000 0.092
#> GSM803762 1 0.2844 0.888 0.876 0.028 0.004 0.000 0.092
#> GSM803646 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803705 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803763 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803647 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803706 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803764 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803648 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803707 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803765 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803649 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803708 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803766 5 0.0290 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803650 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803710 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803768 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803652 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803711 1 0.0162 0.975 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803653 5 0.4074 0.601 0.004 0.268 0.004 0.004 0.720
#> GSM803712 5 0.4074 0.601 0.004 0.268 0.004 0.004 0.720
#> GSM803769 5 0.4074 0.601 0.004 0.268 0.004 0.004 0.720
#> GSM803654 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803713 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803770 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803655 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803714 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803771 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803656 5 0.4200 0.549 0.000 0.320 0.004 0.004 0.672
#> GSM803715 5 0.4200 0.549 0.000 0.320 0.004 0.004 0.672
#> GSM803772 5 0.4200 0.549 0.000 0.320 0.004 0.004 0.672
#> GSM803657 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803716 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803773 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803658 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803717 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803774 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803659 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803718 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803775 5 0.3109 0.564 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803660 5 0.1792 0.747 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803719 5 0.1792 0.747 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803776 5 0.1792 0.747 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803661 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803720 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803777 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803662 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803732 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803778 5 0.0162 0.821 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803663 5 0.0898 0.816 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> GSM803721 5 0.0898 0.816 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> GSM803779 5 0.0898 0.816 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> GSM803664 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803722 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803780 5 0.0510 0.822 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803665 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803723 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803781 1 0.2899 0.884 0.872 0.028 0.004 0.000 0.096
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803731 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803788 2 0.4060 0.585 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 6 0.3464 1.000 0.000 0.000 0 0.312 0.000 0.688
#> GSM803678 6 0.3464 1.000 0.000 0.000 0 0.312 0.000 0.688
#> GSM803737 6 0.3464 1.000 0.000 0.000 0 0.312 0.000 0.688
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803680 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803739 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803622 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803681 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803740 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803623 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
#> GSM803682 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
#> GSM803741 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
#> GSM803624 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803683 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803742 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803625 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803684 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803743 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803686 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803745 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803628 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803687 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803746 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803629 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803688 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803747 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803630 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803690 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803749 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803632 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0260 0.943 0.992 0.000 0 0.000 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803692 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803751 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803634 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803693 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803752 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803635 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803694 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803753 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803636 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803695 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803754 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803637 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803696 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803755 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803638 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803697 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803756 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803639 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803698 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803757 2 0.0363 0.915 0.000 0.988 0 0.000 0.012 0.000
#> GSM803640 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803699 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803758 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803641 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803700 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803759 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803642 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803701 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803760 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803643 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803702 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803644 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803703 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803761 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803645 1 0.2462 0.866 0.876 0.000 0 0.000 0.096 0.028
#> GSM803704 1 0.2462 0.866 0.876 0.000 0 0.000 0.096 0.028
#> GSM803762 1 0.2462 0.866 0.876 0.000 0 0.000 0.096 0.028
#> GSM803646 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803705 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803763 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803647 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803706 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803764 1 0.1686 0.936 0.924 0.000 0 0.000 0.012 0.064
#> GSM803648 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803707 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803765 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803649 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803708 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803766 5 0.2048 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.880 0.000
#> GSM803650 1 0.0508 0.943 0.984 0.000 0 0.000 0.004 0.012
#> GSM803709 1 0.0508 0.943 0.984 0.000 0 0.000 0.004 0.012
#> GSM803767 1 0.0508 0.943 0.984 0.000 0 0.000 0.004 0.012
#> GSM803651 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803710 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803768 1 0.1524 0.938 0.932 0.000 0 0.000 0.008 0.060
#> GSM803652 1 0.1049 0.941 0.960 0.000 0 0.000 0.008 0.032
#> GSM803711 1 0.1049 0.941 0.960 0.000 0 0.000 0.008 0.032
#> GSM803653 5 0.3183 0.619 0.000 0.008 0 0.004 0.788 0.200
#> GSM803712 5 0.3183 0.619 0.000 0.008 0 0.004 0.788 0.200
#> GSM803769 5 0.3183 0.619 0.000 0.008 0 0.004 0.788 0.200
#> GSM803654 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803713 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803770 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803655 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803714 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803771 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803656 5 0.3559 0.544 0.000 0.012 0 0.004 0.744 0.240
#> GSM803715 5 0.3559 0.544 0.000 0.012 0 0.004 0.744 0.240
#> GSM803772 5 0.3559 0.544 0.000 0.012 0 0.004 0.744 0.240
#> GSM803657 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803716 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803773 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803658 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803717 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803774 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803659 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803718 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803775 5 0.3515 0.690 0.000 0.324 0 0.000 0.676 0.000
#> GSM803660 5 0.3533 0.810 0.052 0.100 0 0.000 0.824 0.024
#> GSM803719 5 0.3533 0.810 0.052 0.100 0 0.000 0.824 0.024
#> GSM803776 5 0.3533 0.810 0.052 0.100 0 0.000 0.824 0.024
#> GSM803661 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803720 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803777 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803662 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803732 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803778 5 0.2191 0.863 0.000 0.120 0 0.000 0.876 0.004
#> GSM803663 5 0.2581 0.858 0.016 0.128 0 0.000 0.856 0.000
#> GSM803721 5 0.2581 0.858 0.016 0.128 0 0.000 0.856 0.000
#> GSM803779 5 0.2581 0.858 0.016 0.128 0 0.000 0.856 0.000
#> GSM803664 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803722 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803780 5 0.2302 0.862 0.008 0.120 0 0.000 0.872 0.000
#> GSM803665 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803723 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803781 1 0.2510 0.863 0.872 0.000 0 0.000 0.100 0.028
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
#> GSM803731 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
#> GSM803788 2 0.4707 0.644 0.000 0.676 0 0.000 0.204 0.120
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:hclust 174 1.60e-13 1.87e-33 1.02e-24 2
#> SD:hclust 174 5.09e-25 1.47e-51 2.11e-34 3
#> SD:hclust 168 2.70e-34 1.88e-70 1.17e-50 4
#> SD:hclust 174 7.39e-47 1.51e-97 3.66e-54 5
#> SD:hclust 174 2.93e-58 1.01e-92 3.16e-76 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.292 0.627 0.810 0.4299 0.569 0.569
#> 3 3 0.353 0.678 0.775 0.3756 0.606 0.400
#> 4 4 0.485 0.759 0.782 0.1563 0.948 0.854
#> 5 5 0.631 0.529 0.699 0.0870 0.960 0.875
#> 6 6 0.657 0.714 0.715 0.0602 0.846 0.493
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803674 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803733 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803616 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803675 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803734 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803617 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803676 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803735 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803618 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803677 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803736 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803619 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803678 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803737 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803620 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803679 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803738 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM803621 1 0.2423 0.754 0.960 0.040
#> GSM803680 1 0.2423 0.754 0.960 0.040
#> GSM803739 1 0.2423 0.754 0.960 0.040
#> GSM803622 1 0.2603 0.753 0.956 0.044
#> GSM803681 1 0.2603 0.753 0.956 0.044
#> GSM803740 1 0.2603 0.753 0.956 0.044
#> GSM803623 2 0.7815 0.847 0.232 0.768
#> GSM803682 2 0.7815 0.847 0.232 0.768
#> GSM803741 2 0.7815 0.847 0.232 0.768
#> GSM803624 1 0.6531 0.645 0.832 0.168
#> GSM803683 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803742 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803625 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803684 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803743 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803626 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803685 1 0.4562 0.718 0.904 0.096
#> GSM803744 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803627 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803686 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803745 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803628 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803687 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803746 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803629 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803688 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803747 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803630 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803689 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803748 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803631 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803690 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803749 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803632 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803691 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803750 1 0.2778 0.751 0.952 0.048
#> GSM803633 2 0.7950 0.848 0.240 0.760
#> GSM803692 2 0.7950 0.848 0.240 0.760
#> GSM803751 2 0.7950 0.848 0.240 0.760
#> GSM803634 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803693 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803752 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803635 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803694 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803753 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803636 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803695 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803754 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803637 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803696 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803755 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803638 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803697 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803756 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803639 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803698 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803757 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803640 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803699 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803758 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803641 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803700 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803759 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803642 1 0.0938 0.758 0.988 0.012
#> GSM803701 1 0.0938 0.758 0.988 0.012
#> GSM803760 1 0.0938 0.758 0.988 0.012
#> GSM803643 1 0.0938 0.758 0.988 0.012
#> GSM803702 1 0.0938 0.758 0.988 0.012
#> GSM803644 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803703 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803761 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803645 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803704 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803762 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803646 1 0.1633 0.751 0.976 0.024
#> GSM803705 1 0.1633 0.751 0.976 0.024
#> GSM803763 1 0.1633 0.751 0.976 0.024
#> GSM803647 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803706 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803764 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803648 1 0.8955 0.394 0.688 0.312
#> GSM803707 1 0.8955 0.394 0.688 0.312
#> GSM803765 1 0.8955 0.394 0.688 0.312
#> GSM803649 1 0.7139 0.599 0.804 0.196
#> GSM803708 1 0.7139 0.599 0.804 0.196
#> GSM803766 1 0.7139 0.599 0.804 0.196
#> GSM803650 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803709 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803767 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803651 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803710 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803768 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803652 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803711 1 0.0376 0.760 0.996 0.004
#> GSM803653 2 0.9922 0.423 0.448 0.552
#> GSM803712 2 0.9922 0.423 0.448 0.552
#> GSM803769 2 0.9922 0.423 0.448 0.552
#> GSM803654 2 0.9000 0.750 0.316 0.684
#> GSM803713 2 0.9000 0.750 0.316 0.684
#> GSM803770 2 0.9000 0.750 0.316 0.684
#> GSM803655 1 0.9635 0.189 0.612 0.388
#> GSM803714 1 0.9635 0.189 0.612 0.388
#> GSM803771 1 0.9635 0.189 0.612 0.388
#> GSM803656 2 0.8267 0.798 0.260 0.740
#> GSM803715 2 0.8267 0.798 0.260 0.740
#> GSM803772 2 0.8267 0.798 0.260 0.740
#> GSM803657 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803716 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803773 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803658 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803717 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803774 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803659 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803718 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803775 1 1.0000 -0.228 0.504 0.496
#> GSM803660 1 0.8016 0.524 0.756 0.244
#> GSM803719 1 0.8016 0.524 0.756 0.244
#> GSM803776 1 0.8016 0.524 0.756 0.244
#> GSM803661 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803720 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803777 1 0.0672 0.759 0.992 0.008
#> GSM803662 1 0.6343 0.634 0.840 0.160
#> GSM803732 1 0.1184 0.756 0.984 0.016
#> GSM803778 1 0.1184 0.756 0.984 0.016
#> GSM803663 1 0.9286 0.323 0.656 0.344
#> GSM803721 1 0.9286 0.323 0.656 0.344
#> GSM803779 1 0.9286 0.323 0.656 0.344
#> GSM803664 1 0.9977 -0.125 0.528 0.472
#> GSM803722 1 0.9977 -0.125 0.528 0.472
#> GSM803780 1 0.9977 -0.125 0.528 0.472
#> GSM803665 1 0.2948 0.749 0.948 0.052
#> GSM803723 1 0.2948 0.749 0.948 0.052
#> GSM803781 1 0.2948 0.749 0.948 0.052
#> GSM803666 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803724 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803782 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803667 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803725 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803783 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803668 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803726 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803784 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803669 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803727 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803670 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803728 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803785 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803671 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803729 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803786 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803672 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803730 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803787 1 0.9833 0.413 0.576 0.424
#> GSM803673 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803731 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
#> GSM803788 2 0.8081 0.848 0.248 0.752
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.749 0.443 0.040 0.408 0.552
#> GSM803674 3 0.749 0.443 0.040 0.408 0.552
#> GSM803733 3 0.749 0.443 0.040 0.408 0.552
#> GSM803616 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803675 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803734 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803617 3 0.749 0.443 0.040 0.408 0.552
#> GSM803676 3 0.749 0.443 0.040 0.408 0.552
#> GSM803735 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803618 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803677 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803736 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803619 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803678 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803737 3 0.748 0.443 0.040 0.404 0.556
#> GSM803620 3 0.750 0.443 0.040 0.412 0.548
#> GSM803679 3 0.750 0.443 0.040 0.412 0.548
#> GSM803738 3 0.750 0.443 0.040 0.412 0.548
#> GSM803621 1 0.350 0.802 0.880 0.004 0.116
#> GSM803680 1 0.350 0.802 0.880 0.004 0.116
#> GSM803739 1 0.350 0.802 0.880 0.004 0.116
#> GSM803622 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803681 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803740 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803623 2 0.357 0.737 0.060 0.900 0.040
#> GSM803682 2 0.357 0.737 0.060 0.900 0.040
#> GSM803741 2 0.357 0.737 0.060 0.900 0.040
#> GSM803624 1 0.555 0.595 0.768 0.212 0.020
#> GSM803683 1 0.183 0.844 0.956 0.036 0.008
#> GSM803742 1 0.183 0.844 0.956 0.036 0.008
#> GSM803625 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803684 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803743 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803626 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803685 1 0.625 0.362 0.620 0.004 0.376
#> GSM803744 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803627 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803686 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803745 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803628 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803687 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803746 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803629 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803688 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803747 1 0.375 0.789 0.856 0.000 0.144
#> GSM803630 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803689 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803748 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803631 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803690 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803749 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803632 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803691 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803750 1 0.382 0.785 0.852 0.000 0.148
#> GSM803633 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803692 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803751 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803634 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803693 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803752 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803635 2 0.309 0.752 0.072 0.912 0.016
#> GSM803694 2 0.309 0.752 0.072 0.912 0.016
#> GSM803753 2 0.309 0.752 0.072 0.912 0.016
#> GSM803636 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803695 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803754 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803637 2 0.408 0.744 0.072 0.880 0.048
#> GSM803696 2 0.408 0.744 0.072 0.880 0.048
#> GSM803755 2 0.408 0.744 0.072 0.880 0.048
#> GSM803638 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803697 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803756 2 0.418 0.742 0.072 0.876 0.052
#> GSM803639 2 0.408 0.742 0.072 0.880 0.048
#> GSM803698 2 0.408 0.742 0.072 0.880 0.048
#> GSM803757 2 0.408 0.742 0.072 0.880 0.048
#> GSM803640 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803699 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803758 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803641 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803700 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803759 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803642 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803701 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803760 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803643 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803702 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803644 1 0.205 0.846 0.952 0.028 0.020
#> GSM803703 1 0.205 0.846 0.952 0.028 0.020
#> GSM803761 1 0.205 0.846 0.952 0.028 0.020
#> GSM803645 1 0.129 0.847 0.968 0.032 0.000
#> GSM803704 1 0.129 0.847 0.968 0.032 0.000
#> GSM803762 1 0.129 0.847 0.968 0.032 0.000
#> GSM803646 1 0.530 0.649 0.804 0.164 0.032
#> GSM803705 1 0.530 0.649 0.804 0.164 0.032
#> GSM803763 1 0.530 0.649 0.804 0.164 0.032
#> GSM803647 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803706 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803764 1 0.191 0.845 0.956 0.028 0.016
#> GSM803648 2 0.732 0.556 0.420 0.548 0.032
#> GSM803707 2 0.732 0.556 0.420 0.548 0.032
#> GSM803765 2 0.732 0.556 0.420 0.548 0.032
#> GSM803649 1 0.730 -0.404 0.488 0.484 0.028
#> GSM803708 1 0.730 -0.404 0.488 0.484 0.028
#> GSM803766 1 0.730 -0.404 0.488 0.484 0.028
#> GSM803650 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803709 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803767 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803651 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803710 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803768 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803652 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803711 1 0.116 0.848 0.972 0.028 0.000
#> GSM803653 2 0.700 0.726 0.268 0.680 0.052
#> GSM803712 2 0.700 0.726 0.268 0.680 0.052
#> GSM803769 2 0.700 0.726 0.268 0.680 0.052
#> GSM803654 2 0.487 0.761 0.144 0.828 0.028
#> GSM803713 2 0.487 0.761 0.144 0.828 0.028
#> GSM803770 2 0.487 0.761 0.144 0.828 0.028
#> GSM803655 2 0.742 0.643 0.364 0.592 0.044
#> GSM803714 2 0.742 0.643 0.364 0.592 0.044
#> GSM803771 2 0.742 0.643 0.364 0.592 0.044
#> GSM803656 2 0.589 0.700 0.108 0.796 0.096
#> GSM803715 2 0.589 0.700 0.108 0.796 0.096
#> GSM803772 2 0.589 0.700 0.108 0.796 0.096
#> GSM803657 2 0.684 0.747 0.240 0.704 0.056
#> GSM803716 2 0.684 0.747 0.240 0.704 0.056
#> GSM803773 2 0.684 0.747 0.240 0.704 0.056
#> GSM803658 2 0.662 0.750 0.228 0.720 0.052
#> GSM803717 2 0.662 0.750 0.228 0.720 0.052
#> GSM803774 2 0.662 0.750 0.228 0.720 0.052
#> GSM803659 2 0.666 0.750 0.232 0.716 0.052
#> GSM803718 2 0.666 0.750 0.232 0.716 0.052
#> GSM803775 2 0.666 0.750 0.232 0.716 0.052
#> GSM803660 2 0.717 0.469 0.460 0.516 0.024
#> GSM803719 2 0.717 0.469 0.460 0.516 0.024
#> GSM803776 2 0.717 0.469 0.460 0.516 0.024
#> GSM803661 1 0.183 0.844 0.956 0.036 0.008
#> GSM803720 1 0.183 0.844 0.956 0.036 0.008
#> GSM803777 1 0.183 0.844 0.956 0.036 0.008
#> GSM803662 2 0.776 0.420 0.464 0.488 0.048
#> GSM803732 1 0.605 0.549 0.756 0.204 0.040
#> GSM803778 1 0.614 0.531 0.748 0.212 0.040
#> GSM803663 2 0.726 0.596 0.400 0.568 0.032
#> GSM803721 2 0.726 0.596 0.400 0.568 0.032
#> GSM803779 2 0.726 0.596 0.400 0.568 0.032
#> GSM803664 2 0.680 0.728 0.280 0.680 0.040
#> GSM803722 2 0.680 0.728 0.280 0.680 0.040
#> GSM803780 2 0.680 0.728 0.280 0.680 0.040
#> GSM803665 1 0.385 0.790 0.860 0.004 0.136
#> GSM803723 1 0.385 0.790 0.860 0.004 0.136
#> GSM803781 1 0.385 0.790 0.860 0.004 0.136
#> GSM803666 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803724 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803782 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803667 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803725 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803783 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803668 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803726 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803784 3 0.772 0.579 0.296 0.076 0.628
#> GSM803669 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803727 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803670 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803728 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803785 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803671 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803729 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803786 3 0.780 0.579 0.296 0.080 0.624
#> GSM803672 3 0.764 0.574 0.296 0.072 0.632
#> GSM803730 3 0.764 0.574 0.296 0.072 0.632
#> GSM803787 3 0.764 0.574 0.296 0.072 0.632
#> GSM803673 2 0.328 0.749 0.068 0.908 0.024
#> GSM803731 2 0.328 0.749 0.068 0.908 0.024
#> GSM803788 2 0.328 0.749 0.068 0.908 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.5608 0.9900 0.004 0.140 0.120 0.736
#> GSM803674 4 0.5608 0.9900 0.004 0.140 0.120 0.736
#> GSM803733 4 0.5608 0.9900 0.004 0.140 0.120 0.736
#> GSM803616 4 0.5501 0.9905 0.004 0.140 0.112 0.744
#> GSM803675 4 0.5501 0.9905 0.004 0.140 0.112 0.744
#> GSM803734 4 0.5501 0.9905 0.004 0.140 0.112 0.744
#> GSM803617 4 0.5608 0.9900 0.004 0.140 0.120 0.736
#> GSM803676 4 0.5608 0.9900 0.004 0.140 0.120 0.736
#> GSM803735 4 0.5501 0.9905 0.004 0.140 0.112 0.744
#> GSM803618 4 0.5710 0.9862 0.004 0.140 0.128 0.728
#> GSM803677 4 0.5710 0.9862 0.004 0.140 0.128 0.728
#> GSM803736 4 0.5710 0.9862 0.004 0.140 0.128 0.728
#> GSM803619 4 0.5613 0.9842 0.004 0.132 0.128 0.736
#> GSM803678 4 0.5613 0.9842 0.004 0.132 0.128 0.736
#> GSM803737 4 0.5613 0.9842 0.004 0.132 0.128 0.736
#> GSM803620 4 0.5655 0.9871 0.004 0.144 0.120 0.732
#> GSM803679 4 0.5655 0.9871 0.004 0.144 0.120 0.732
#> GSM803738 4 0.5655 0.9871 0.004 0.144 0.120 0.732
#> GSM803621 1 0.5397 0.7369 0.752 0.004 0.108 0.136
#> GSM803680 1 0.5397 0.7369 0.752 0.004 0.108 0.136
#> GSM803739 1 0.5397 0.7369 0.752 0.004 0.108 0.136
#> GSM803622 1 0.5559 0.7285 0.740 0.004 0.120 0.136
#> GSM803681 1 0.5559 0.7285 0.740 0.004 0.120 0.136
#> GSM803740 1 0.5559 0.7285 0.740 0.004 0.120 0.136
#> GSM803623 2 0.5349 0.6063 0.008 0.732 0.048 0.212
#> GSM803682 2 0.5349 0.6063 0.008 0.732 0.048 0.212
#> GSM803741 2 0.5349 0.6063 0.008 0.732 0.048 0.212
#> GSM803624 1 0.5549 0.5587 0.704 0.248 0.032 0.016
#> GSM803683 1 0.3723 0.7522 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM803742 1 0.3723 0.7522 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM803625 1 0.2636 0.7935 0.916 0.052 0.012 0.020
#> GSM803684 1 0.2636 0.7935 0.916 0.052 0.012 0.020
#> GSM803743 1 0.2636 0.7935 0.916 0.052 0.012 0.020
#> GSM803626 3 0.4075 0.9946 0.128 0.032 0.832 0.008
#> GSM803685 1 0.7273 0.0667 0.452 0.000 0.400 0.148
#> GSM803744 3 0.4075 0.9946 0.128 0.032 0.832 0.008
#> GSM803627 1 0.5510 0.7293 0.744 0.004 0.120 0.132
#> GSM803686 1 0.5510 0.7293 0.744 0.004 0.120 0.132
#> GSM803745 1 0.5510 0.7293 0.744 0.004 0.120 0.132
#> GSM803628 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803687 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803746 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803629 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803688 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803747 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803630 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803689 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803748 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803631 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803690 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803749 1 0.5608 0.7267 0.736 0.004 0.120 0.140
#> GSM803632 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803691 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803750 1 0.5655 0.7243 0.732 0.004 0.120 0.144
#> GSM803633 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803692 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803751 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803634 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803693 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803752 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803635 2 0.3953 0.6611 0.012 0.848 0.036 0.104
#> GSM803694 2 0.3953 0.6611 0.012 0.848 0.036 0.104
#> GSM803753 2 0.3953 0.6611 0.012 0.848 0.036 0.104
#> GSM803636 2 0.5244 0.6122 0.012 0.756 0.052 0.180
#> GSM803695 2 0.5244 0.6122 0.012 0.756 0.052 0.180
#> GSM803754 2 0.5244 0.6122 0.012 0.756 0.052 0.180
#> GSM803637 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803696 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803755 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803638 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803697 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803756 2 0.5325 0.6070 0.012 0.748 0.052 0.188
#> GSM803639 2 0.5285 0.6094 0.012 0.752 0.052 0.184
#> GSM803698 2 0.5285 0.6094 0.012 0.752 0.052 0.184
#> GSM803757 2 0.5285 0.6094 0.012 0.752 0.052 0.184
#> GSM803640 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803699 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803758 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803641 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803700 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803759 1 0.3103 0.7876 0.900 0.036 0.020 0.044
#> GSM803642 1 0.3213 0.7842 0.896 0.040 0.024 0.040
#> GSM803701 1 0.3213 0.7842 0.896 0.040 0.024 0.040
#> GSM803760 1 0.3213 0.7842 0.896 0.040 0.024 0.040
#> GSM803643 1 0.3213 0.7842 0.896 0.040 0.024 0.040
#> GSM803702 1 0.3213 0.7842 0.896 0.040 0.024 0.040
#> GSM803644 1 0.2421 0.7930 0.924 0.008 0.020 0.048
#> GSM803703 1 0.2421 0.7930 0.924 0.008 0.020 0.048
#> GSM803761 1 0.2421 0.7930 0.924 0.008 0.020 0.048
#> GSM803645 1 0.2099 0.7951 0.936 0.044 0.012 0.008
#> GSM803704 1 0.2099 0.7951 0.936 0.044 0.012 0.008
#> GSM803762 1 0.2099 0.7951 0.936 0.044 0.012 0.008
#> GSM803646 1 0.5505 0.6501 0.744 0.188 0.028 0.040
#> GSM803705 1 0.5505 0.6501 0.744 0.188 0.028 0.040
#> GSM803763 1 0.5505 0.6501 0.744 0.188 0.028 0.040
#> GSM803647 1 0.3030 0.7874 0.904 0.036 0.024 0.036
#> GSM803706 1 0.3030 0.7874 0.904 0.036 0.024 0.036
#> GSM803764 1 0.3030 0.7874 0.904 0.036 0.024 0.036
#> GSM803648 2 0.5795 0.6216 0.284 0.668 0.032 0.016
#> GSM803707 2 0.5795 0.6216 0.284 0.668 0.032 0.016
#> GSM803765 2 0.5795 0.6216 0.284 0.668 0.032 0.016
#> GSM803649 2 0.6068 0.5416 0.336 0.616 0.032 0.016
#> GSM803708 2 0.6068 0.5416 0.336 0.616 0.032 0.016
#> GSM803766 2 0.6068 0.5416 0.336 0.616 0.032 0.016
#> GSM803650 1 0.1443 0.7991 0.960 0.008 0.004 0.028
#> GSM803709 1 0.1443 0.7991 0.960 0.008 0.004 0.028
#> GSM803767 1 0.1443 0.7991 0.960 0.008 0.004 0.028
#> GSM803651 1 0.2197 0.7994 0.936 0.028 0.012 0.024
#> GSM803710 1 0.2197 0.7994 0.936 0.028 0.012 0.024
#> GSM803768 1 0.2197 0.7994 0.936 0.028 0.012 0.024
#> GSM803652 1 0.0672 0.8011 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM803711 1 0.0672 0.8011 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM803653 2 0.5439 0.6852 0.140 0.768 0.064 0.028
#> GSM803712 2 0.5439 0.6852 0.140 0.768 0.064 0.028
#> GSM803769 2 0.5439 0.6852 0.140 0.768 0.064 0.028
#> GSM803654 2 0.2605 0.6990 0.040 0.920 0.016 0.024
#> GSM803713 2 0.2605 0.6990 0.040 0.920 0.016 0.024
#> GSM803770 2 0.2605 0.6990 0.040 0.920 0.016 0.024
#> GSM803655 2 0.5936 0.6403 0.248 0.688 0.036 0.028
#> GSM803714 2 0.5936 0.6403 0.248 0.688 0.036 0.028
#> GSM803771 2 0.5936 0.6403 0.248 0.688 0.036 0.028
#> GSM803656 2 0.6692 0.6076 0.048 0.688 0.096 0.168
#> GSM803715 2 0.6692 0.6076 0.048 0.688 0.096 0.168
#> GSM803772 2 0.6692 0.6076 0.048 0.688 0.096 0.168
#> GSM803657 2 0.4462 0.7002 0.104 0.828 0.044 0.024
#> GSM803716 2 0.4462 0.7002 0.104 0.828 0.044 0.024
#> GSM803773 2 0.4462 0.7002 0.104 0.828 0.044 0.024
#> GSM803658 2 0.4473 0.7028 0.092 0.832 0.044 0.032
#> GSM803717 2 0.4473 0.7028 0.092 0.832 0.044 0.032
#> GSM803774 2 0.4473 0.7028 0.092 0.832 0.044 0.032
#> GSM803659 2 0.4598 0.7022 0.100 0.824 0.044 0.032
#> GSM803718 2 0.4598 0.7022 0.100 0.824 0.044 0.032
#> GSM803775 2 0.4598 0.7022 0.100 0.824 0.044 0.032
#> GSM803660 2 0.5933 0.5867 0.308 0.644 0.032 0.016
#> GSM803719 2 0.5933 0.5867 0.308 0.644 0.032 0.016
#> GSM803776 2 0.5933 0.5867 0.308 0.644 0.032 0.016
#> GSM803661 1 0.3723 0.7522 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM803720 1 0.3723 0.7522 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM803777 1 0.3723 0.7522 0.856 0.108 0.024 0.012
#> GSM803662 2 0.6266 0.5418 0.336 0.608 0.032 0.024
#> GSM803732 1 0.5713 0.5547 0.692 0.256 0.020 0.032
#> GSM803778 1 0.5713 0.5547 0.692 0.256 0.020 0.032
#> GSM803663 2 0.5658 0.6257 0.280 0.676 0.032 0.012
#> GSM803721 2 0.5658 0.6257 0.280 0.676 0.032 0.012
#> GSM803779 2 0.5658 0.6257 0.280 0.676 0.032 0.012
#> GSM803664 2 0.4523 0.7013 0.128 0.816 0.036 0.020
#> GSM803722 2 0.4523 0.7013 0.128 0.816 0.036 0.020
#> GSM803780 2 0.4523 0.7013 0.128 0.816 0.036 0.020
#> GSM803665 1 0.5670 0.7416 0.752 0.020 0.128 0.100
#> GSM803723 1 0.5670 0.7416 0.752 0.020 0.128 0.100
#> GSM803781 1 0.5670 0.7416 0.752 0.020 0.128 0.100
#> GSM803666 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803724 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803782 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803667 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803725 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803783 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803668 3 0.4075 0.9946 0.128 0.032 0.832 0.008
#> GSM803726 3 0.4075 0.9946 0.128 0.032 0.832 0.008
#> GSM803784 3 0.4075 0.9946 0.128 0.032 0.832 0.008
#> GSM803669 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803727 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803670 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803728 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803785 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803671 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803729 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803786 3 0.3842 0.9962 0.128 0.036 0.836 0.000
#> GSM803672 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803730 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803787 3 0.3932 0.9956 0.128 0.032 0.836 0.004
#> GSM803673 2 0.4955 0.6342 0.008 0.772 0.048 0.172
#> GSM803731 2 0.4955 0.6342 0.008 0.772 0.048 0.172
#> GSM803788 2 0.4955 0.6342 0.008 0.772 0.048 0.172
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.324 0.9795 0.004 0.036 0.068 0.872 0.020
#> GSM803674 4 0.324 0.9795 0.004 0.036 0.068 0.872 0.020
#> GSM803733 4 0.324 0.9795 0.004 0.036 0.068 0.872 0.020
#> GSM803616 4 0.261 0.9820 0.004 0.036 0.056 0.900 0.004
#> GSM803675 4 0.261 0.9820 0.004 0.036 0.056 0.900 0.004
#> GSM803734 4 0.261 0.9820 0.004 0.036 0.056 0.900 0.004
#> GSM803617 4 0.324 0.9795 0.004 0.036 0.068 0.872 0.020
#> GSM803676 4 0.324 0.9795 0.004 0.036 0.068 0.872 0.020
#> GSM803735 4 0.261 0.9820 0.004 0.036 0.056 0.900 0.004
#> GSM803618 4 0.297 0.9782 0.000 0.040 0.056 0.884 0.020
#> GSM803677 4 0.297 0.9782 0.000 0.040 0.056 0.884 0.020
#> GSM803736 4 0.297 0.9782 0.000 0.040 0.056 0.884 0.020
#> GSM803619 4 0.321 0.9772 0.004 0.032 0.060 0.876 0.028
#> GSM803678 4 0.321 0.9772 0.004 0.032 0.060 0.876 0.028
#> GSM803737 4 0.321 0.9772 0.004 0.032 0.060 0.876 0.028
#> GSM803620 4 0.323 0.9741 0.004 0.036 0.056 0.876 0.028
#> GSM803679 4 0.323 0.9741 0.004 0.036 0.056 0.876 0.028
#> GSM803738 4 0.323 0.9741 0.004 0.036 0.056 0.876 0.028
#> GSM803621 1 0.201 0.5710 0.928 0.000 0.044 0.008 0.020
#> GSM803680 1 0.201 0.5710 0.928 0.000 0.044 0.008 0.020
#> GSM803739 1 0.201 0.5710 0.928 0.000 0.044 0.008 0.020
#> GSM803622 1 0.128 0.5731 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM803681 1 0.128 0.5731 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM803740 1 0.128 0.5731 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM803623 2 0.559 0.5231 0.000 0.676 0.024 0.208 0.092
#> GSM803682 2 0.559 0.5231 0.000 0.676 0.024 0.208 0.092
#> GSM803741 2 0.559 0.5231 0.000 0.676 0.024 0.208 0.092
#> GSM803624 1 0.746 -0.3031 0.424 0.244 0.020 0.012 0.300
#> GSM803683 1 0.621 -0.0659 0.576 0.128 0.004 0.008 0.284
#> GSM803742 1 0.621 -0.0659 0.576 0.128 0.004 0.008 0.284
#> GSM803625 1 0.514 0.0783 0.624 0.048 0.000 0.004 0.324
#> GSM803684 1 0.514 0.0783 0.624 0.048 0.000 0.004 0.324
#> GSM803743 1 0.514 0.0783 0.624 0.048 0.000 0.004 0.324
#> GSM803626 3 0.309 0.9715 0.048 0.008 0.884 0.016 0.044
#> GSM803685 1 0.591 0.3202 0.664 0.004 0.216 0.044 0.072
#> GSM803744 3 0.309 0.9715 0.048 0.008 0.884 0.016 0.044
#> GSM803627 1 0.170 0.5728 0.940 0.000 0.044 0.008 0.008
#> GSM803686 1 0.170 0.5728 0.940 0.000 0.044 0.008 0.008
#> GSM803745 1 0.170 0.5728 0.940 0.000 0.044 0.008 0.008
#> GSM803628 1 0.251 0.5655 0.908 0.000 0.044 0.024 0.024
#> GSM803687 1 0.251 0.5655 0.908 0.000 0.044 0.024 0.024
#> GSM803746 1 0.251 0.5655 0.908 0.000 0.044 0.024 0.024
#> GSM803629 1 0.144 0.5727 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> GSM803688 1 0.144 0.5727 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> GSM803747 1 0.144 0.5727 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> GSM803630 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803689 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803748 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803631 1 0.242 0.5661 0.912 0.000 0.044 0.020 0.024
#> GSM803690 1 0.242 0.5661 0.912 0.000 0.044 0.020 0.024
#> GSM803749 1 0.242 0.5661 0.912 0.000 0.044 0.020 0.024
#> GSM803632 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803691 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803750 1 0.302 0.5586 0.888 0.004 0.044 0.032 0.032
#> GSM803633 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803692 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803751 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803634 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803693 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803752 2 0.590 0.4720 0.000 0.616 0.012 0.256 0.116
#> GSM803635 2 0.513 0.5465 0.000 0.716 0.012 0.172 0.100
#> GSM803694 2 0.513 0.5465 0.000 0.716 0.012 0.172 0.100
#> GSM803753 2 0.513 0.5465 0.000 0.716 0.012 0.172 0.100
#> GSM803636 2 0.588 0.4766 0.000 0.620 0.012 0.252 0.116
#> GSM803695 2 0.588 0.4766 0.000 0.620 0.012 0.252 0.116
#> GSM803754 2 0.588 0.4766 0.000 0.620 0.012 0.252 0.116
#> GSM803637 2 0.586 0.4862 0.000 0.632 0.016 0.240 0.112
#> GSM803696 2 0.586 0.4862 0.000 0.632 0.016 0.240 0.112
#> GSM803755 2 0.586 0.4862 0.000 0.632 0.016 0.240 0.112
#> GSM803638 2 0.595 0.4708 0.000 0.612 0.012 0.256 0.120
#> GSM803697 2 0.595 0.4708 0.000 0.612 0.012 0.256 0.120
#> GSM803756 2 0.595 0.4708 0.000 0.612 0.012 0.256 0.120
#> GSM803639 2 0.599 0.4693 0.000 0.608 0.012 0.256 0.124
#> GSM803698 2 0.599 0.4693 0.000 0.608 0.012 0.256 0.124
#> GSM803757 2 0.599 0.4693 0.000 0.608 0.012 0.256 0.124
#> GSM803640 1 0.501 -0.3173 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803699 1 0.501 -0.3173 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803758 1 0.501 -0.3173 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803641 1 0.501 -0.3034 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803700 1 0.501 -0.3034 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803759 1 0.501 -0.3034 0.536 0.016 0.004 0.004 0.440
#> GSM803642 5 0.498 0.4993 0.476 0.028 0.000 0.000 0.496
#> GSM803701 5 0.498 0.4993 0.476 0.028 0.000 0.000 0.496
#> GSM803760 5 0.498 0.4993 0.476 0.028 0.000 0.000 0.496
#> GSM803643 5 0.498 0.4782 0.484 0.028 0.000 0.000 0.488
#> GSM803702 5 0.498 0.4782 0.484 0.028 0.000 0.000 0.488
#> GSM803644 1 0.486 -0.1313 0.580 0.008 0.008 0.004 0.400
#> GSM803703 1 0.486 -0.1313 0.580 0.008 0.008 0.004 0.400
#> GSM803761 1 0.486 -0.1313 0.580 0.008 0.008 0.004 0.400
#> GSM803645 1 0.502 0.2315 0.684 0.056 0.000 0.008 0.252
#> GSM803704 1 0.502 0.2315 0.684 0.056 0.000 0.008 0.252
#> GSM803762 1 0.502 0.2315 0.684 0.056 0.000 0.008 0.252
#> GSM803646 5 0.616 0.5951 0.344 0.112 0.004 0.004 0.536
#> GSM803705 5 0.616 0.5951 0.344 0.112 0.004 0.004 0.536
#> GSM803763 5 0.616 0.5951 0.344 0.112 0.004 0.004 0.536
#> GSM803647 1 0.483 -0.4268 0.508 0.020 0.000 0.000 0.472
#> GSM803706 1 0.483 -0.4268 0.508 0.020 0.000 0.000 0.472
#> GSM803764 1 0.483 -0.4268 0.508 0.020 0.000 0.000 0.472
#> GSM803648 2 0.585 0.4893 0.072 0.640 0.020 0.008 0.260
#> GSM803707 2 0.585 0.4893 0.072 0.640 0.020 0.008 0.260
#> GSM803765 2 0.585 0.4893 0.072 0.640 0.020 0.008 0.260
#> GSM803649 2 0.623 0.4277 0.092 0.596 0.020 0.008 0.284
#> GSM803708 2 0.623 0.4277 0.092 0.596 0.020 0.008 0.284
#> GSM803766 2 0.623 0.4277 0.092 0.596 0.020 0.008 0.284
#> GSM803650 1 0.365 0.3956 0.784 0.012 0.000 0.004 0.200
#> GSM803709 1 0.365 0.3956 0.784 0.012 0.000 0.004 0.200
#> GSM803767 1 0.369 0.3959 0.780 0.012 0.000 0.004 0.204
#> GSM803651 1 0.471 0.2039 0.672 0.032 0.000 0.004 0.292
#> GSM803710 1 0.471 0.2039 0.672 0.032 0.000 0.004 0.292
#> GSM803768 1 0.471 0.2039 0.672 0.032 0.000 0.004 0.292
#> GSM803652 1 0.410 0.3290 0.744 0.020 0.000 0.004 0.232
#> GSM803711 1 0.410 0.3290 0.744 0.020 0.000 0.004 0.232
#> GSM803653 2 0.576 0.5775 0.060 0.688 0.032 0.016 0.204
#> GSM803712 2 0.576 0.5775 0.060 0.688 0.032 0.016 0.204
#> GSM803769 2 0.576 0.5775 0.060 0.688 0.032 0.016 0.204
#> GSM803654 2 0.133 0.6385 0.000 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803713 2 0.133 0.6385 0.000 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803770 2 0.133 0.6385 0.000 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803655 2 0.623 0.5076 0.080 0.640 0.032 0.016 0.232
#> GSM803714 2 0.623 0.5076 0.080 0.640 0.032 0.016 0.232
#> GSM803771 2 0.623 0.5076 0.080 0.640 0.032 0.016 0.232
#> GSM803656 2 0.723 0.5530 0.032 0.584 0.044 0.184 0.156
#> GSM803715 2 0.723 0.5530 0.032 0.584 0.044 0.184 0.156
#> GSM803772 2 0.723 0.5530 0.032 0.584 0.044 0.184 0.156
#> GSM803657 2 0.565 0.5972 0.040 0.716 0.040 0.032 0.172
#> GSM803716 2 0.565 0.5972 0.040 0.716 0.040 0.032 0.172
#> GSM803773 2 0.565 0.5972 0.040 0.716 0.040 0.032 0.172
#> GSM803658 2 0.519 0.6154 0.040 0.756 0.036 0.028 0.140
#> GSM803717 2 0.519 0.6154 0.040 0.756 0.036 0.028 0.140
#> GSM803774 2 0.519 0.6154 0.040 0.756 0.036 0.028 0.140
#> GSM803659 2 0.523 0.6136 0.040 0.752 0.036 0.028 0.144
#> GSM803718 2 0.523 0.6136 0.040 0.752 0.036 0.028 0.144
#> GSM803775 2 0.523 0.6136 0.040 0.752 0.036 0.028 0.144
#> GSM803660 2 0.597 0.3930 0.088 0.596 0.020 0.000 0.296
#> GSM803719 2 0.597 0.3930 0.088 0.596 0.020 0.000 0.296
#> GSM803776 2 0.597 0.3930 0.088 0.596 0.020 0.000 0.296
#> GSM803661 1 0.621 -0.0659 0.576 0.128 0.004 0.008 0.284
#> GSM803720 1 0.621 -0.0659 0.576 0.128 0.004 0.008 0.284
#> GSM803777 1 0.621 -0.0659 0.576 0.128 0.004 0.008 0.284
#> GSM803662 2 0.672 0.3114 0.100 0.544 0.024 0.016 0.316
#> GSM803732 5 0.759 0.3617 0.236 0.360 0.020 0.016 0.368
#> GSM803778 5 0.757 0.3502 0.232 0.364 0.020 0.016 0.368
#> GSM803663 2 0.564 0.4986 0.080 0.660 0.016 0.004 0.240
#> GSM803721 2 0.564 0.4986 0.080 0.660 0.016 0.004 0.240
#> GSM803779 2 0.564 0.4986 0.080 0.660 0.016 0.004 0.240
#> GSM803664 2 0.503 0.6124 0.052 0.760 0.036 0.012 0.140
#> GSM803722 2 0.503 0.6124 0.052 0.760 0.036 0.012 0.140
#> GSM803780 2 0.503 0.6124 0.052 0.760 0.036 0.012 0.140
#> GSM803665 1 0.448 0.5216 0.796 0.020 0.052 0.012 0.120
#> GSM803723 1 0.448 0.5216 0.796 0.020 0.052 0.012 0.120
#> GSM803781 1 0.448 0.5216 0.796 0.020 0.052 0.012 0.120
#> GSM803666 3 0.246 0.9774 0.052 0.008 0.912 0.012 0.016
#> GSM803724 3 0.246 0.9774 0.052 0.008 0.912 0.012 0.016
#> GSM803782 3 0.246 0.9774 0.052 0.008 0.912 0.012 0.016
#> GSM803667 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803725 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803783 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803668 3 0.262 0.9775 0.052 0.008 0.904 0.008 0.028
#> GSM803726 3 0.262 0.9775 0.052 0.008 0.904 0.008 0.028
#> GSM803784 3 0.262 0.9775 0.052 0.008 0.904 0.008 0.028
#> GSM803669 3 0.188 0.9776 0.052 0.008 0.932 0.004 0.004
#> GSM803727 3 0.188 0.9776 0.052 0.008 0.932 0.004 0.004
#> GSM803670 3 0.252 0.9739 0.044 0.008 0.908 0.004 0.036
#> GSM803728 3 0.252 0.9739 0.044 0.008 0.908 0.004 0.036
#> GSM803785 3 0.252 0.9739 0.044 0.008 0.908 0.004 0.036
#> GSM803671 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803729 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803786 3 0.222 0.9756 0.052 0.008 0.920 0.004 0.016
#> GSM803672 3 0.296 0.9692 0.060 0.004 0.884 0.008 0.044
#> GSM803730 3 0.296 0.9692 0.060 0.004 0.884 0.008 0.044
#> GSM803787 3 0.296 0.9692 0.060 0.004 0.884 0.008 0.044
#> GSM803673 2 0.480 0.5647 0.000 0.752 0.024 0.160 0.064
#> GSM803731 2 0.480 0.5647 0.000 0.752 0.024 0.160 0.064
#> GSM803788 2 0.480 0.5647 0.000 0.752 0.024 0.160 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.3935 0.980 0.000 0.136 0.060 0.788 0.008 0.008
#> GSM803674 4 0.3935 0.980 0.000 0.136 0.060 0.788 0.008 0.008
#> GSM803733 4 0.3935 0.980 0.000 0.136 0.060 0.788 0.008 0.008
#> GSM803616 4 0.3627 0.981 0.000 0.136 0.056 0.800 0.008 0.000
#> GSM803675 4 0.3627 0.981 0.000 0.136 0.056 0.800 0.008 0.000
#> GSM803734 4 0.3627 0.981 0.000 0.136 0.056 0.800 0.008 0.000
#> GSM803617 4 0.3935 0.980 0.000 0.136 0.060 0.788 0.008 0.008
#> GSM803676 4 0.3935 0.980 0.000 0.136 0.060 0.788 0.008 0.008
#> GSM803735 4 0.3627 0.981 0.000 0.136 0.056 0.800 0.008 0.000
#> GSM803618 4 0.4014 0.979 0.000 0.136 0.060 0.784 0.004 0.016
#> GSM803677 4 0.4014 0.979 0.000 0.136 0.060 0.784 0.004 0.016
#> GSM803736 4 0.4014 0.979 0.000 0.136 0.060 0.784 0.004 0.016
#> GSM803619 4 0.4415 0.961 0.000 0.120 0.056 0.776 0.028 0.020
#> GSM803678 4 0.4415 0.961 0.000 0.120 0.056 0.776 0.028 0.020
#> GSM803737 4 0.4415 0.961 0.000 0.120 0.056 0.776 0.028 0.020
#> GSM803620 4 0.4033 0.975 0.000 0.136 0.060 0.784 0.008 0.012
#> GSM803679 4 0.4033 0.975 0.000 0.136 0.060 0.784 0.008 0.012
#> GSM803738 4 0.4033 0.975 0.000 0.136 0.060 0.784 0.008 0.012
#> GSM803621 6 0.5597 0.816 0.256 0.000 0.024 0.024 0.068 0.628
#> GSM803680 6 0.5597 0.816 0.256 0.000 0.024 0.024 0.068 0.628
#> GSM803739 6 0.5597 0.816 0.256 0.000 0.024 0.024 0.068 0.628
#> GSM803622 6 0.5185 0.858 0.264 0.000 0.032 0.020 0.032 0.652
#> GSM803681 6 0.5185 0.858 0.264 0.000 0.032 0.020 0.032 0.652
#> GSM803740 6 0.5185 0.858 0.264 0.000 0.032 0.020 0.032 0.652
#> GSM803623 2 0.4871 0.579 0.000 0.672 0.000 0.028 0.244 0.056
#> GSM803682 2 0.4871 0.579 0.000 0.672 0.000 0.028 0.244 0.056
#> GSM803741 2 0.4871 0.579 0.000 0.672 0.000 0.028 0.244 0.056
#> GSM803624 5 0.6977 -0.299 0.368 0.020 0.004 0.036 0.408 0.164
#> GSM803683 1 0.6285 0.533 0.496 0.000 0.000 0.032 0.292 0.180
#> GSM803742 1 0.6285 0.533 0.496 0.000 0.000 0.032 0.292 0.180
#> GSM803625 1 0.5664 0.618 0.620 0.000 0.000 0.032 0.180 0.168
#> GSM803684 1 0.5664 0.618 0.620 0.000 0.000 0.032 0.180 0.168
#> GSM803743 1 0.5664 0.618 0.620 0.000 0.000 0.032 0.180 0.168
#> GSM803626 3 0.2051 0.973 0.024 0.000 0.924 0.008 0.016 0.028
#> GSM803685 6 0.5225 0.696 0.116 0.000 0.128 0.008 0.044 0.704
#> GSM803744 3 0.2051 0.973 0.024 0.000 0.924 0.008 0.016 0.028
#> GSM803627 6 0.5063 0.854 0.256 0.000 0.032 0.016 0.032 0.664
#> GSM803686 6 0.5063 0.854 0.256 0.000 0.032 0.016 0.032 0.664
#> GSM803745 6 0.5063 0.854 0.256 0.000 0.032 0.016 0.032 0.664
#> GSM803628 6 0.4426 0.868 0.244 0.000 0.032 0.008 0.012 0.704
#> GSM803687 6 0.4426 0.868 0.244 0.000 0.032 0.008 0.012 0.704
#> GSM803746 6 0.4426 0.868 0.244 0.000 0.032 0.008 0.012 0.704
#> GSM803629 6 0.4791 0.868 0.252 0.000 0.032 0.008 0.028 0.680
#> GSM803688 6 0.4791 0.868 0.252 0.000 0.032 0.008 0.028 0.680
#> GSM803747 6 0.4791 0.868 0.252 0.000 0.032 0.008 0.028 0.680
#> GSM803630 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803689 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803748 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803631 6 0.4320 0.869 0.244 0.000 0.032 0.012 0.004 0.708
#> GSM803690 6 0.4320 0.869 0.244 0.000 0.032 0.012 0.004 0.708
#> GSM803749 6 0.4320 0.869 0.244 0.000 0.032 0.012 0.004 0.708
#> GSM803632 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803691 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803750 6 0.4963 0.853 0.236 0.000 0.032 0.008 0.044 0.680
#> GSM803633 2 0.0912 0.804 0.000 0.972 0.004 0.012 0.004 0.008
#> GSM803692 2 0.0912 0.804 0.000 0.972 0.004 0.012 0.004 0.008
#> GSM803751 2 0.0912 0.804 0.000 0.972 0.004 0.012 0.004 0.008
#> GSM803634 2 0.0653 0.805 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> GSM803693 2 0.0653 0.805 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> GSM803752 2 0.0653 0.805 0.000 0.980 0.004 0.012 0.000 0.004
#> GSM803635 2 0.3000 0.686 0.000 0.824 0.000 0.004 0.156 0.016
#> GSM803694 2 0.3000 0.686 0.000 0.824 0.000 0.004 0.156 0.016
#> GSM803753 2 0.3000 0.686 0.000 0.824 0.000 0.004 0.156 0.016
#> GSM803636 2 0.0964 0.806 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> GSM803695 2 0.0964 0.806 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> GSM803754 2 0.0964 0.806 0.000 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> GSM803637 2 0.1235 0.802 0.000 0.960 0.008 0.008 0.016 0.008
#> GSM803696 2 0.1235 0.802 0.000 0.960 0.008 0.008 0.016 0.008
#> GSM803755 2 0.1235 0.802 0.000 0.960 0.008 0.008 0.016 0.008
#> GSM803638 2 0.0767 0.805 0.000 0.976 0.004 0.012 0.000 0.008
#> GSM803697 2 0.0767 0.805 0.000 0.976 0.004 0.012 0.000 0.008
#> GSM803756 2 0.0767 0.805 0.000 0.976 0.004 0.012 0.000 0.008
#> GSM803639 2 0.1458 0.802 0.000 0.948 0.000 0.016 0.020 0.016
#> GSM803698 2 0.1458 0.802 0.000 0.948 0.000 0.016 0.020 0.016
#> GSM803757 2 0.1458 0.802 0.000 0.948 0.000 0.016 0.020 0.016
#> GSM803640 1 0.0891 0.700 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM803699 1 0.0891 0.700 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM803758 1 0.0891 0.700 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM803641 1 0.0993 0.699 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM803700 1 0.0993 0.699 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM803759 1 0.0993 0.699 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM803642 1 0.1268 0.708 0.952 0.000 0.000 0.004 0.036 0.008
#> GSM803701 1 0.1268 0.708 0.952 0.000 0.000 0.004 0.036 0.008
#> GSM803760 1 0.1268 0.708 0.952 0.000 0.000 0.004 0.036 0.008
#> GSM803643 1 0.1194 0.709 0.956 0.000 0.000 0.004 0.032 0.008
#> GSM803702 1 0.1194 0.709 0.956 0.000 0.000 0.004 0.032 0.008
#> GSM803644 1 0.1901 0.645 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> GSM803703 1 0.1901 0.645 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> GSM803761 1 0.1901 0.645 0.912 0.000 0.000 0.008 0.004 0.076
#> GSM803645 1 0.5957 0.551 0.560 0.000 0.000 0.024 0.208 0.208
#> GSM803704 1 0.5957 0.551 0.560 0.000 0.000 0.024 0.208 0.208
#> GSM803762 1 0.5957 0.551 0.560 0.000 0.000 0.024 0.208 0.208
#> GSM803646 1 0.2890 0.645 0.852 0.008 0.000 0.016 0.120 0.004
#> GSM803705 1 0.2890 0.645 0.852 0.008 0.000 0.016 0.120 0.004
#> GSM803763 1 0.2890 0.645 0.852 0.008 0.000 0.016 0.120 0.004
#> GSM803647 1 0.0820 0.709 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM803706 1 0.0820 0.709 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM803764 1 0.0820 0.709 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM803648 5 0.6625 0.653 0.192 0.256 0.008 0.008 0.508 0.028
#> GSM803707 5 0.6625 0.653 0.192 0.256 0.008 0.008 0.508 0.028
#> GSM803765 5 0.6625 0.653 0.192 0.256 0.008 0.008 0.508 0.028
#> GSM803649 5 0.6612 0.653 0.212 0.228 0.008 0.008 0.516 0.028
#> GSM803708 5 0.6612 0.653 0.212 0.228 0.008 0.008 0.516 0.028
#> GSM803766 5 0.6612 0.653 0.212 0.228 0.008 0.008 0.516 0.028
#> GSM803650 1 0.5541 0.449 0.600 0.000 0.000 0.024 0.112 0.264
#> GSM803709 1 0.5541 0.449 0.600 0.000 0.000 0.024 0.112 0.264
#> GSM803767 1 0.5560 0.453 0.600 0.000 0.000 0.024 0.116 0.260
#> GSM803651 1 0.5323 0.627 0.664 0.000 0.000 0.032 0.140 0.164
#> GSM803710 1 0.5323 0.627 0.664 0.000 0.000 0.032 0.140 0.164
#> GSM803768 1 0.5323 0.627 0.664 0.000 0.000 0.032 0.140 0.164
#> GSM803652 1 0.5489 0.561 0.636 0.000 0.000 0.032 0.124 0.208
#> GSM803711 1 0.5489 0.561 0.636 0.000 0.000 0.032 0.124 0.208
#> GSM803653 5 0.5680 0.601 0.064 0.204 0.008 0.020 0.664 0.040
#> GSM803712 5 0.5680 0.601 0.064 0.204 0.008 0.020 0.664 0.040
#> GSM803769 5 0.5680 0.601 0.064 0.204 0.008 0.020 0.664 0.040
#> GSM803654 2 0.4992 0.181 0.024 0.600 0.000 0.020 0.344 0.012
#> GSM803713 2 0.4992 0.181 0.024 0.600 0.000 0.020 0.344 0.012
#> GSM803770 2 0.4992 0.181 0.024 0.600 0.000 0.020 0.344 0.012
#> GSM803655 5 0.6515 0.657 0.144 0.252 0.008 0.012 0.548 0.036
#> GSM803714 5 0.6515 0.657 0.144 0.252 0.008 0.012 0.548 0.036
#> GSM803771 5 0.6515 0.657 0.144 0.252 0.008 0.012 0.548 0.036
#> GSM803656 5 0.6694 0.322 0.004 0.296 0.012 0.112 0.512 0.064
#> GSM803715 5 0.6694 0.322 0.004 0.296 0.012 0.112 0.512 0.064
#> GSM803772 5 0.6694 0.322 0.004 0.296 0.012 0.112 0.512 0.064
#> GSM803657 5 0.7073 0.468 0.088 0.324 0.012 0.068 0.480 0.028
#> GSM803716 5 0.7073 0.468 0.088 0.324 0.012 0.068 0.480 0.028
#> GSM803773 5 0.7073 0.468 0.088 0.324 0.012 0.068 0.480 0.028
#> GSM803658 5 0.7003 0.332 0.068 0.400 0.008 0.068 0.420 0.036
#> GSM803717 5 0.7003 0.332 0.068 0.400 0.008 0.068 0.420 0.036
#> GSM803774 5 0.7003 0.332 0.068 0.400 0.008 0.068 0.420 0.036
#> GSM803659 5 0.7080 0.355 0.076 0.396 0.008 0.068 0.416 0.036
#> GSM803718 5 0.7080 0.355 0.076 0.396 0.008 0.068 0.416 0.036
#> GSM803775 5 0.7080 0.355 0.076 0.396 0.008 0.068 0.416 0.036
#> GSM803660 5 0.6737 0.620 0.260 0.244 0.008 0.008 0.460 0.020
#> GSM803719 5 0.6737 0.620 0.260 0.244 0.008 0.008 0.460 0.020
#> GSM803776 5 0.6737 0.620 0.260 0.244 0.008 0.008 0.460 0.020
#> GSM803661 1 0.6285 0.533 0.496 0.000 0.000 0.032 0.292 0.180
#> GSM803720 1 0.6285 0.533 0.496 0.000 0.000 0.032 0.292 0.180
#> GSM803777 1 0.6285 0.533 0.496 0.000 0.000 0.032 0.292 0.180
#> GSM803662 5 0.6922 0.611 0.268 0.152 0.008 0.040 0.508 0.024
#> GSM803732 5 0.6109 0.337 0.392 0.040 0.004 0.040 0.496 0.028
#> GSM803778 5 0.6109 0.337 0.392 0.040 0.004 0.040 0.496 0.028
#> GSM803663 5 0.6137 0.657 0.188 0.260 0.008 0.004 0.532 0.008
#> GSM803721 5 0.6137 0.657 0.188 0.260 0.008 0.004 0.532 0.008
#> GSM803779 5 0.6137 0.657 0.188 0.260 0.008 0.004 0.532 0.008
#> GSM803664 5 0.6133 0.497 0.084 0.400 0.008 0.016 0.476 0.016
#> GSM803722 5 0.6133 0.497 0.084 0.400 0.008 0.016 0.476 0.016
#> GSM803780 5 0.6133 0.497 0.084 0.400 0.008 0.016 0.476 0.016
#> GSM803665 6 0.6838 0.376 0.344 0.000 0.032 0.024 0.164 0.436
#> GSM803723 6 0.6838 0.376 0.344 0.000 0.032 0.024 0.164 0.436
#> GSM803781 6 0.6838 0.376 0.344 0.000 0.032 0.024 0.164 0.436
#> GSM803666 3 0.1321 0.976 0.024 0.000 0.952 0.000 0.004 0.020
#> GSM803724 3 0.1321 0.976 0.024 0.000 0.952 0.000 0.004 0.020
#> GSM803782 3 0.1321 0.976 0.024 0.000 0.952 0.000 0.004 0.020
#> GSM803667 3 0.1794 0.971 0.024 0.000 0.936 0.020 0.008 0.012
#> GSM803725 3 0.1794 0.971 0.024 0.000 0.936 0.020 0.008 0.012
#> GSM803783 3 0.1794 0.971 0.024 0.000 0.936 0.020 0.008 0.012
#> GSM803668 3 0.1971 0.973 0.024 0.000 0.928 0.016 0.008 0.024
#> GSM803726 3 0.1971 0.973 0.024 0.000 0.928 0.016 0.008 0.024
#> GSM803784 3 0.1971 0.973 0.024 0.000 0.928 0.016 0.008 0.024
#> GSM803669 3 0.1036 0.976 0.024 0.000 0.964 0.004 0.000 0.008
#> GSM803727 3 0.1036 0.976 0.024 0.000 0.964 0.004 0.000 0.008
#> GSM803670 3 0.2132 0.968 0.020 0.000 0.920 0.008 0.032 0.020
#> GSM803728 3 0.2132 0.968 0.020 0.000 0.920 0.008 0.032 0.020
#> GSM803785 3 0.2132 0.968 0.020 0.000 0.920 0.008 0.032 0.020
#> GSM803671 3 0.1448 0.973 0.024 0.000 0.948 0.012 0.000 0.016
#> GSM803729 3 0.1448 0.973 0.024 0.000 0.948 0.012 0.000 0.016
#> GSM803786 3 0.1448 0.973 0.024 0.000 0.948 0.012 0.000 0.016
#> GSM803672 3 0.2139 0.972 0.024 0.000 0.920 0.020 0.008 0.028
#> GSM803730 3 0.2139 0.972 0.024 0.000 0.920 0.020 0.008 0.028
#> GSM803787 3 0.2139 0.972 0.024 0.000 0.920 0.020 0.008 0.028
#> GSM803673 2 0.5192 0.486 0.000 0.616 0.000 0.032 0.296 0.056
#> GSM803731 2 0.5192 0.486 0.000 0.616 0.000 0.032 0.296 0.056
#> GSM803788 2 0.5192 0.486 0.000 0.616 0.000 0.032 0.296 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:kmeans 128 2.24e-10 4.98e-18 4.17e-08 2
#> SD:kmeans 148 2.86e-21 3.57e-37 4.08e-28 3
#> SD:kmeans 173 1.62e-35 1.36e-73 1.72e-53 4
#> SD:kmeans 103 1.49e-29 6.77e-59 3.61e-46 5
#> SD:kmeans 144 4.48e-47 2.21e-101 1.24e-55 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.677 0.914 0.954 0.5020 0.499 0.499
#> 3 3 0.970 0.932 0.967 0.3048 0.795 0.609
#> 4 4 0.807 0.856 0.892 0.0929 0.931 0.807
#> 5 5 0.728 0.700 0.835 0.0902 0.843 0.525
#> 6 6 0.760 0.742 0.833 0.0523 0.934 0.708
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.932 0.533 0.652 0.348
#> GSM803683 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803685 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803627 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803648 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803707 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803765 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803649 2 0.821 0.718 0.256 0.744
#> GSM803708 2 0.821 0.718 0.256 0.744
#> GSM803766 2 0.821 0.718 0.256 0.744
#> GSM803650 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.662 0.815 0.172 0.828
#> GSM803714 2 0.662 0.815 0.172 0.828
#> GSM803771 2 0.662 0.815 0.172 0.828
#> GSM803656 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803715 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803772 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803660 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803719 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803776 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803661 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803662 2 0.722 0.787 0.200 0.800
#> GSM803732 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.204 0.919 0.968 0.032
#> GSM803663 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803721 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803779 2 0.714 0.791 0.196 0.804
#> GSM803664 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.000 0.943 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803724 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803782 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803667 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803725 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803783 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803668 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803726 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803784 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803669 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803727 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803670 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803728 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803785 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803671 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803729 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803786 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803672 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803730 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803787 1 0.714 0.808 0.804 0.196
#> GSM803673 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.000 0.956 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.000 0.956 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803674 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803733 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803616 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803675 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803734 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803617 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803676 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803735 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803618 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803677 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803736 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803619 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803678 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803737 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803620 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803679 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803738 3 0.2796 0.94147 0.000 0.092 0.908
#> GSM803621 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803680 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803739 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803622 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803681 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803740 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803623 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.5307 0.78837 0.820 0.056 0.124
#> GSM803683 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 1 0.5291 0.67470 0.732 0.000 0.268
#> GSM803744 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803686 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803745 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803628 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803687 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803746 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803629 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803688 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803747 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803630 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803690 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803749 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803632 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0424 0.97615 0.992 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.1031 0.93996 0.024 0.976 0.000
#> GSM803707 2 0.1031 0.93996 0.024 0.976 0.000
#> GSM803765 2 0.1031 0.93996 0.024 0.976 0.000
#> GSM803649 2 0.3267 0.85071 0.116 0.884 0.000
#> GSM803708 2 0.3267 0.85071 0.116 0.884 0.000
#> GSM803766 2 0.3267 0.85071 0.116 0.884 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.2356 0.89302 0.000 0.928 0.072
#> GSM803712 2 0.2356 0.89302 0.000 0.928 0.072
#> GSM803769 2 0.2356 0.89302 0.000 0.928 0.072
#> GSM803654 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.0592 0.94881 0.012 0.988 0.000
#> GSM803714 2 0.0592 0.94881 0.012 0.988 0.000
#> GSM803771 2 0.0592 0.94881 0.012 0.988 0.000
#> GSM803656 2 0.6302 0.00856 0.000 0.520 0.480
#> GSM803715 2 0.6302 0.00856 0.000 0.520 0.480
#> GSM803772 2 0.6302 0.00856 0.000 0.520 0.480
#> GSM803657 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.2625 0.88299 0.084 0.916 0.000
#> GSM803719 2 0.2625 0.88299 0.084 0.916 0.000
#> GSM803776 2 0.2625 0.88299 0.084 0.916 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.97783 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.2878 0.87358 0.096 0.904 0.000
#> GSM803732 1 0.0424 0.97179 0.992 0.008 0.000
#> GSM803778 1 0.0592 0.96810 0.988 0.012 0.000
#> GSM803663 2 0.0424 0.95143 0.008 0.992 0.000
#> GSM803721 2 0.0424 0.95143 0.008 0.992 0.000
#> GSM803779 2 0.0424 0.95143 0.008 0.992 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.5560 0.61740 0.700 0.000 0.300
#> GSM803723 1 0.5560 0.61740 0.700 0.000 0.300
#> GSM803781 1 0.5560 0.61740 0.700 0.000 0.300
#> GSM803666 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.95494 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.95565 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803674 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803733 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803616 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803675 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803734 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803617 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803676 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803735 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803618 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803677 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803736 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803619 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803678 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803737 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803620 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803679 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803738 4 0.2751 0.948 0.000 0.040 0.056 0.904
#> GSM803621 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803680 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803739 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803622 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803681 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803740 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803623 2 0.4564 0.695 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM803682 2 0.4564 0.695 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM803741 2 0.4564 0.695 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM803624 4 0.5050 0.579 0.268 0.028 0.000 0.704
#> GSM803683 1 0.1151 0.919 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM803742 1 0.1151 0.919 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM803625 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803684 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803743 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803626 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.2759 0.888 0.044 0.000 0.904 0.052
#> GSM803744 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803686 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803745 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803628 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803687 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803746 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803629 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803688 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803747 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803630 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803689 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803748 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803631 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803690 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803749 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803632 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803691 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803750 1 0.1474 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM803633 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803692 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803751 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803634 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803693 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803752 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803635 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803694 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803753 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803636 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803695 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803754 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803637 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803696 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803755 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803638 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803697 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803756 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803639 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803698 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803757 2 0.4072 0.781 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM803640 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803699 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803758 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803641 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803700 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803759 1 0.2319 0.908 0.924 0.040 0.000 0.036
#> GSM803642 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803701 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803760 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803643 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803702 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803644 1 0.2131 0.911 0.932 0.032 0.000 0.036
#> GSM803703 1 0.2131 0.911 0.932 0.032 0.000 0.036
#> GSM803761 1 0.2131 0.911 0.932 0.032 0.000 0.036
#> GSM803645 1 0.0376 0.921 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM803704 1 0.0376 0.921 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM803762 1 0.0376 0.921 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM803646 1 0.4831 0.758 0.752 0.208 0.000 0.040
#> GSM803705 1 0.4831 0.758 0.752 0.208 0.000 0.040
#> GSM803763 1 0.4831 0.758 0.752 0.208 0.000 0.040
#> GSM803647 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803706 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803764 1 0.2586 0.903 0.912 0.048 0.000 0.040
#> GSM803648 2 0.2124 0.761 0.040 0.932 0.000 0.028
#> GSM803707 2 0.2124 0.761 0.040 0.932 0.000 0.028
#> GSM803765 2 0.2124 0.761 0.040 0.932 0.000 0.028
#> GSM803649 2 0.2871 0.734 0.072 0.896 0.000 0.032
#> GSM803708 2 0.2871 0.734 0.072 0.896 0.000 0.032
#> GSM803766 2 0.2871 0.734 0.072 0.896 0.000 0.032
#> GSM803650 1 0.0592 0.921 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM803709 1 0.0592 0.921 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM803767 1 0.0592 0.921 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM803651 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803710 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803768 1 0.1042 0.920 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM803652 1 0.0657 0.921 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM803711 1 0.0657 0.921 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM803653 4 0.4049 0.790 0.000 0.212 0.008 0.780
#> GSM803712 4 0.4049 0.790 0.000 0.212 0.008 0.780
#> GSM803769 4 0.4049 0.790 0.000 0.212 0.008 0.780
#> GSM803654 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803713 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803770 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803655 2 0.5318 0.354 0.012 0.624 0.004 0.360
#> GSM803714 2 0.5318 0.354 0.012 0.624 0.004 0.360
#> GSM803771 2 0.5318 0.354 0.012 0.624 0.004 0.360
#> GSM803656 4 0.3143 0.906 0.000 0.100 0.024 0.876
#> GSM803715 4 0.3143 0.906 0.000 0.100 0.024 0.876
#> GSM803772 4 0.3143 0.906 0.000 0.100 0.024 0.876
#> GSM803657 2 0.0707 0.796 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803716 2 0.0707 0.796 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803773 2 0.0707 0.796 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803658 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803717 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803774 2 0.1211 0.802 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803659 2 0.1211 0.800 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803718 2 0.1211 0.800 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803775 2 0.1211 0.800 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803660 2 0.2214 0.758 0.044 0.928 0.000 0.028
#> GSM803719 2 0.2214 0.758 0.044 0.928 0.000 0.028
#> GSM803776 2 0.2214 0.758 0.044 0.928 0.000 0.028
#> GSM803661 1 0.1151 0.919 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM803720 1 0.1151 0.919 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM803777 1 0.1151 0.919 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM803662 2 0.2675 0.746 0.048 0.908 0.000 0.044
#> GSM803732 1 0.5420 0.673 0.684 0.272 0.000 0.044
#> GSM803778 1 0.5446 0.668 0.680 0.276 0.000 0.044
#> GSM803663 2 0.2021 0.764 0.040 0.936 0.000 0.024
#> GSM803721 2 0.2021 0.764 0.040 0.936 0.000 0.024
#> GSM803779 2 0.2021 0.764 0.040 0.936 0.000 0.024
#> GSM803664 2 0.1389 0.803 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803722 2 0.1389 0.803 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803780 2 0.1389 0.803 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803665 1 0.6856 0.427 0.576 0.000 0.284 0.140
#> GSM803723 1 0.6856 0.427 0.576 0.000 0.284 0.140
#> GSM803781 1 0.6856 0.427 0.576 0.000 0.284 0.140
#> GSM803666 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4193 0.756 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM803731 2 0.4193 0.756 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM803788 2 0.4193 0.756 0.000 0.732 0.000 0.268
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803674 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803733 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803616 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803675 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803734 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803617 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803676 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803735 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803618 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803677 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803736 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803619 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803678 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803737 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803620 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803679 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803738 4 0.1195 0.8755 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803681 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803740 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803623 2 0.2677 0.8953 0.000 0.872 0.000 0.112 0.016
#> GSM803682 2 0.2677 0.8953 0.000 0.872 0.000 0.112 0.016
#> GSM803741 2 0.2677 0.8953 0.000 0.872 0.000 0.112 0.016
#> GSM803624 4 0.6991 -0.0037 0.228 0.012 0.000 0.392 0.368
#> GSM803683 5 0.4895 0.1293 0.452 0.008 0.000 0.012 0.528
#> GSM803742 5 0.4895 0.1293 0.452 0.008 0.000 0.012 0.528
#> GSM803625 5 0.4359 0.3765 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584
#> GSM803684 5 0.4359 0.3765 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584
#> GSM803743 5 0.4359 0.3765 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584
#> GSM803626 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4150 0.4470 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803687 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803746 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803629 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803688 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803747 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803630 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803689 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803748 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803631 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803690 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803749 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803632 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803691 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803750 1 0.0162 0.8488 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803633 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803692 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803751 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803634 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803693 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803752 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803635 2 0.1732 0.9194 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM803694 2 0.1732 0.9194 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM803753 2 0.1732 0.9194 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM803636 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803695 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803754 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803637 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803696 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803755 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803638 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803697 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803756 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803639 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803698 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803757 2 0.1851 0.9202 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM803640 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803699 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803758 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803641 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803700 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803759 5 0.3707 0.5622 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803642 5 0.3534 0.5748 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803701 5 0.3534 0.5748 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803760 5 0.3534 0.5748 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803643 5 0.3534 0.5748 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803702 5 0.3534 0.5748 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803644 5 0.3816 0.5425 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803703 5 0.3816 0.5425 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803761 5 0.3816 0.5425 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803645 1 0.4522 0.0467 0.552 0.000 0.000 0.008 0.440
#> GSM803704 1 0.4522 0.0467 0.552 0.000 0.000 0.008 0.440
#> GSM803762 1 0.4522 0.0467 0.552 0.000 0.000 0.008 0.440
#> GSM803646 5 0.2179 0.5680 0.100 0.004 0.000 0.000 0.896
#> GSM803705 5 0.2179 0.5680 0.100 0.004 0.000 0.000 0.896
#> GSM803763 5 0.2179 0.5680 0.100 0.004 0.000 0.000 0.896
#> GSM803647 5 0.3636 0.5685 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803706 5 0.3636 0.5685 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803764 5 0.3636 0.5685 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803648 5 0.4861 0.0753 0.000 0.428 0.000 0.024 0.548
#> GSM803707 5 0.4861 0.0753 0.000 0.428 0.000 0.024 0.548
#> GSM803765 5 0.4861 0.0753 0.000 0.428 0.000 0.024 0.548
#> GSM803649 5 0.4522 0.3390 0.000 0.316 0.000 0.024 0.660
#> GSM803708 5 0.4522 0.3390 0.000 0.316 0.000 0.024 0.660
#> GSM803766 5 0.4522 0.3390 0.000 0.316 0.000 0.024 0.660
#> GSM803650 1 0.3969 0.4033 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM803709 1 0.3969 0.4033 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM803767 1 0.3838 0.4564 0.716 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM803651 5 0.4397 0.3400 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> GSM803710 5 0.4397 0.3400 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> GSM803768 5 0.4397 0.3400 0.432 0.000 0.000 0.004 0.564
#> GSM803652 1 0.4440 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.004 0.468
#> GSM803711 1 0.4440 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.004 0.468
#> GSM803653 4 0.4219 0.7492 0.000 0.104 0.000 0.780 0.116
#> GSM803712 4 0.4219 0.7492 0.000 0.104 0.000 0.780 0.116
#> GSM803769 4 0.4219 0.7492 0.000 0.104 0.000 0.780 0.116
#> GSM803654 2 0.1386 0.8777 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM803713 2 0.1386 0.8777 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM803770 2 0.1386 0.8777 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM803655 4 0.6807 0.1504 0.000 0.328 0.000 0.368 0.304
#> GSM803714 4 0.6807 0.1504 0.000 0.328 0.000 0.368 0.304
#> GSM803771 4 0.6807 0.1504 0.000 0.328 0.000 0.368 0.304
#> GSM803656 4 0.2228 0.8439 0.000 0.048 0.000 0.912 0.040
#> GSM803715 4 0.2228 0.8439 0.000 0.048 0.000 0.912 0.040
#> GSM803772 4 0.2228 0.8439 0.000 0.048 0.000 0.912 0.040
#> GSM803657 2 0.3055 0.8260 0.000 0.840 0.000 0.016 0.144
#> GSM803716 2 0.3055 0.8260 0.000 0.840 0.000 0.016 0.144
#> GSM803773 2 0.3055 0.8260 0.000 0.840 0.000 0.016 0.144
#> GSM803658 2 0.2669 0.8565 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM803717 2 0.2669 0.8565 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM803774 2 0.2669 0.8565 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM803659 2 0.2824 0.8496 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> GSM803718 2 0.2824 0.8496 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> GSM803775 2 0.2824 0.8496 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> GSM803660 5 0.4538 0.2828 0.000 0.364 0.000 0.016 0.620
#> GSM803719 5 0.4538 0.2828 0.000 0.364 0.000 0.016 0.620
#> GSM803776 5 0.4538 0.2828 0.000 0.364 0.000 0.016 0.620
#> GSM803661 5 0.4895 0.1293 0.452 0.008 0.000 0.012 0.528
#> GSM803720 5 0.4895 0.1293 0.452 0.008 0.000 0.012 0.528
#> GSM803777 5 0.4895 0.1293 0.452 0.008 0.000 0.012 0.528
#> GSM803662 5 0.3419 0.4962 0.000 0.180 0.000 0.016 0.804
#> GSM803732 5 0.2853 0.5405 0.040 0.068 0.000 0.008 0.884
#> GSM803778 5 0.2853 0.5405 0.040 0.068 0.000 0.008 0.884
#> GSM803663 5 0.4906 -0.0755 0.000 0.480 0.000 0.024 0.496
#> GSM803721 5 0.4906 -0.0755 0.000 0.480 0.000 0.024 0.496
#> GSM803779 5 0.4906 -0.0755 0.000 0.480 0.000 0.024 0.496
#> GSM803664 2 0.2653 0.8377 0.000 0.880 0.000 0.024 0.096
#> GSM803722 2 0.2653 0.8377 0.000 0.880 0.000 0.024 0.096
#> GSM803780 2 0.2653 0.8377 0.000 0.880 0.000 0.024 0.096
#> GSM803665 1 0.2720 0.7220 0.880 0.000 0.096 0.020 0.004
#> GSM803723 1 0.2720 0.7220 0.880 0.000 0.096 0.020 0.004
#> GSM803781 1 0.2720 0.7220 0.880 0.000 0.096 0.020 0.004
#> GSM803666 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9808 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.2046 0.9084 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM803731 2 0.2046 0.9084 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM803788 2 0.2046 0.9084 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0405 0.95840 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.0951 0.90870 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968
#> GSM803680 6 0.0951 0.90870 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968
#> GSM803739 6 0.0951 0.90870 0.008 0.000 0.000 0.004 0.020 0.968
#> GSM803622 6 0.0717 0.91385 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> GSM803681 6 0.0717 0.91385 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> GSM803740 6 0.0717 0.91385 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> GSM803623 2 0.3654 0.75364 0.004 0.792 0.000 0.060 0.144 0.000
#> GSM803682 2 0.3654 0.75364 0.004 0.792 0.000 0.060 0.144 0.000
#> GSM803741 2 0.3654 0.75364 0.004 0.792 0.000 0.060 0.144 0.000
#> GSM803624 1 0.7271 0.29876 0.356 0.000 0.000 0.120 0.336 0.188
#> GSM803683 1 0.6121 0.42608 0.428 0.000 0.000 0.004 0.316 0.252
#> GSM803742 1 0.6121 0.42608 0.428 0.000 0.000 0.004 0.316 0.252
#> GSM803625 1 0.5096 0.61200 0.616 0.000 0.000 0.000 0.132 0.252
#> GSM803684 1 0.5096 0.61200 0.616 0.000 0.000 0.000 0.132 0.252
#> GSM803743 1 0.5096 0.61200 0.616 0.000 0.000 0.000 0.132 0.252
#> GSM803626 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3869 0.07155 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM803744 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0806 0.90517 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972
#> GSM803686 6 0.0806 0.90517 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972
#> GSM803745 6 0.0806 0.90517 0.008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972
#> GSM803628 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803687 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803746 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803629 6 0.0405 0.91602 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM803688 6 0.0405 0.91602 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM803747 6 0.0405 0.91602 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM803630 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803689 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803748 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803631 6 0.0260 0.91588 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803690 6 0.0260 0.91588 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803749 6 0.0260 0.91588 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803632 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803691 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803750 6 0.0363 0.91530 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803633 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0508 0.82631 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0508 0.82631 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0508 0.82631 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0363 0.82802 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.2048 0.70170 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM803699 1 0.2048 0.70170 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM803758 1 0.2048 0.70170 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM803641 1 0.2092 0.70153 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803700 1 0.2092 0.70153 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803759 1 0.2092 0.70153 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803642 1 0.2121 0.69411 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM803701 1 0.2121 0.69411 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM803760 1 0.2121 0.69411 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM803643 1 0.2121 0.69411 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM803702 1 0.2121 0.69411 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012 0.096
#> GSM803644 1 0.2135 0.70141 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM803703 1 0.2135 0.70141 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM803761 1 0.2135 0.70141 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM803645 1 0.6162 0.34860 0.392 0.000 0.000 0.004 0.252 0.352
#> GSM803704 1 0.6162 0.34860 0.392 0.000 0.000 0.004 0.252 0.352
#> GSM803762 1 0.6162 0.34860 0.392 0.000 0.000 0.004 0.252 0.352
#> GSM803646 1 0.1700 0.61505 0.928 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM803705 1 0.1700 0.61505 0.928 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM803763 1 0.1700 0.61505 0.928 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM803647 1 0.2070 0.69803 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> GSM803706 1 0.2070 0.69803 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> GSM803764 1 0.2070 0.69803 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> GSM803648 5 0.5298 0.74404 0.248 0.160 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM803707 5 0.5298 0.74404 0.248 0.160 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM803765 5 0.5298 0.74404 0.248 0.160 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM803649 5 0.4989 0.71242 0.292 0.088 0.000 0.000 0.616 0.004
#> GSM803708 5 0.4989 0.71242 0.292 0.088 0.000 0.000 0.616 0.004
#> GSM803766 5 0.4989 0.71242 0.292 0.088 0.000 0.000 0.616 0.004
#> GSM803650 6 0.4786 0.12886 0.352 0.000 0.000 0.000 0.064 0.584
#> GSM803709 6 0.4786 0.12886 0.352 0.000 0.000 0.000 0.064 0.584
#> GSM803767 6 0.4835 0.17250 0.336 0.000 0.000 0.000 0.072 0.592
#> GSM803651 1 0.4874 0.61345 0.640 0.000 0.000 0.000 0.108 0.252
#> GSM803710 1 0.4874 0.61345 0.640 0.000 0.000 0.000 0.108 0.252
#> GSM803768 1 0.4874 0.61345 0.640 0.000 0.000 0.000 0.108 0.252
#> GSM803652 1 0.5329 0.45946 0.520 0.000 0.000 0.004 0.096 0.380
#> GSM803711 1 0.5329 0.45946 0.520 0.000 0.000 0.004 0.096 0.380
#> GSM803653 5 0.4802 0.19933 0.020 0.028 0.000 0.368 0.584 0.000
#> GSM803712 5 0.4802 0.19933 0.020 0.028 0.000 0.368 0.584 0.000
#> GSM803769 5 0.4802 0.19933 0.020 0.028 0.000 0.368 0.584 0.000
#> GSM803654 2 0.2737 0.75858 0.004 0.832 0.000 0.004 0.160 0.000
#> GSM803713 2 0.2737 0.75858 0.004 0.832 0.000 0.004 0.160 0.000
#> GSM803770 2 0.2700 0.76125 0.004 0.836 0.000 0.004 0.156 0.000
#> GSM803655 5 0.6010 0.68992 0.072 0.176 0.000 0.144 0.608 0.000
#> GSM803714 5 0.6010 0.68992 0.072 0.176 0.000 0.144 0.608 0.000
#> GSM803771 5 0.6010 0.68992 0.072 0.176 0.000 0.144 0.608 0.000
#> GSM803656 4 0.4132 0.69986 0.016 0.036 0.000 0.736 0.212 0.000
#> GSM803715 4 0.4132 0.69986 0.016 0.036 0.000 0.736 0.212 0.000
#> GSM803772 4 0.4132 0.69986 0.016 0.036 0.000 0.736 0.212 0.000
#> GSM803657 2 0.5200 0.40119 0.068 0.500 0.000 0.008 0.424 0.000
#> GSM803716 2 0.5200 0.40119 0.068 0.500 0.000 0.008 0.424 0.000
#> GSM803773 2 0.5200 0.40119 0.068 0.500 0.000 0.008 0.424 0.000
#> GSM803658 2 0.4646 0.58491 0.036 0.600 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803717 2 0.4646 0.58491 0.036 0.600 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803774 2 0.4646 0.58491 0.036 0.600 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803659 2 0.4708 0.57990 0.040 0.596 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803718 2 0.4708 0.57990 0.040 0.596 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803775 2 0.4708 0.57990 0.040 0.596 0.000 0.008 0.356 0.000
#> GSM803660 5 0.5713 0.63459 0.352 0.172 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM803719 5 0.5713 0.63459 0.352 0.172 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM803776 5 0.5713 0.63459 0.352 0.172 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM803661 1 0.6121 0.42608 0.428 0.000 0.000 0.004 0.316 0.252
#> GSM803720 1 0.6121 0.42608 0.428 0.000 0.000 0.004 0.316 0.252
#> GSM803777 1 0.6121 0.42608 0.428 0.000 0.000 0.004 0.316 0.252
#> GSM803662 1 0.4887 -0.19324 0.536 0.044 0.000 0.008 0.412 0.000
#> GSM803732 1 0.4572 -0.00518 0.600 0.012 0.000 0.008 0.368 0.012
#> GSM803778 1 0.4572 -0.00518 0.600 0.012 0.000 0.008 0.368 0.012
#> GSM803663 5 0.4449 0.72572 0.124 0.164 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM803721 5 0.4449 0.72572 0.124 0.164 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM803779 5 0.4449 0.72572 0.124 0.164 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM803664 2 0.3259 0.63511 0.012 0.772 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM803722 2 0.3259 0.63511 0.012 0.772 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM803780 2 0.3259 0.63511 0.012 0.772 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM803665 6 0.3416 0.79564 0.036 0.000 0.040 0.000 0.088 0.836
#> GSM803723 6 0.3416 0.79564 0.036 0.000 0.040 0.000 0.088 0.836
#> GSM803781 6 0.3557 0.79261 0.036 0.000 0.040 0.004 0.088 0.832
#> GSM803666 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803725 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803783 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803729 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803786 3 0.0146 0.97112 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.97257 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3203 0.76344 0.004 0.812 0.000 0.024 0.160 0.000
#> GSM803731 2 0.3203 0.76344 0.004 0.812 0.000 0.024 0.160 0.000
#> GSM803788 2 0.3203 0.76344 0.004 0.812 0.000 0.024 0.160 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:skmeans 174 3.98e-13 1.11e-21 5.51e-13 2
#> SD:skmeans 171 1.84e-23 2.11e-43 4.79e-30 3
#> SD:skmeans 168 7.91e-34 8.10e-68 7.93e-44 4
#> SD:skmeans 137 7.62e-38 3.27e-77 3.67e-50 5
#> SD:skmeans 150 2.07e-51 1.09e-87 7.29e-56 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.952 0.945 0.961 0.4474 0.546 0.546
#> 3 3 0.969 0.950 0.981 0.3297 0.861 0.745
#> 4 4 1.000 0.968 0.988 0.0951 0.935 0.840
#> 5 5 0.768 0.806 0.888 0.1295 0.892 0.698
#> 6 6 0.836 0.824 0.894 0.0631 0.949 0.805
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803619 1 0.9896 0.287 0.560 0.440
#> GSM803678 1 0.9775 0.370 0.588 0.412
#> GSM803737 1 0.9000 0.600 0.684 0.316
#> GSM803620 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803680 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803739 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803622 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803681 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803740 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803623 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803683 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803742 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803625 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803684 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803743 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803626 1 0.0938 0.945 0.988 0.012
#> GSM803685 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> GSM803627 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803686 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803745 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803628 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803687 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803746 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803629 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803688 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803747 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803630 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803689 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803748 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803631 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803690 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803749 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803632 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803691 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803750 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803633 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803699 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803758 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803641 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803700 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803759 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803642 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803701 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803760 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803643 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803702 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803644 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803703 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803761 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803645 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803704 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803762 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803646 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803705 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803763 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803647 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803706 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803764 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803648 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803707 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803765 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803649 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803708 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803766 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803650 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803709 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803767 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803651 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803710 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803768 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803652 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803711 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803653 1 0.6343 0.854 0.840 0.160
#> GSM803712 1 0.5294 0.901 0.880 0.120
#> GSM803769 1 0.3114 0.964 0.944 0.056
#> GSM803654 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803655 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803714 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803771 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803656 2 0.5519 0.839 0.128 0.872
#> GSM803715 2 0.3431 0.914 0.064 0.936
#> GSM803772 2 0.8081 0.653 0.248 0.752
#> GSM803657 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM803717 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM803774 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> GSM803659 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803660 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803719 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803776 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803661 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803720 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803777 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803662 1 0.7815 0.751 0.768 0.232
#> GSM803732 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803778 1 0.2603 0.972 0.956 0.044
#> GSM803663 2 0.9323 0.437 0.348 0.652
#> GSM803721 2 0.6148 0.806 0.152 0.848
#> GSM803779 2 0.9427 0.403 0.360 0.640
#> GSM803664 1 0.7219 0.800 0.800 0.200
#> GSM803722 1 0.7745 0.759 0.772 0.228
#> GSM803780 1 0.4161 0.939 0.916 0.084
#> GSM803665 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803723 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803781 1 0.2423 0.971 0.960 0.040
#> GSM803666 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803674 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803733 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803616 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803675 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803734 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803617 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803676 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803735 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803618 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803677 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803736 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803619 1 0.6235 0.225 0.564 0.436 0
#> GSM803678 1 0.6154 0.310 0.592 0.408 0
#> GSM803737 1 0.5650 0.547 0.688 0.312 0
#> GSM803620 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803679 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803738 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803621 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803680 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803739 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803622 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803681 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803740 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803623 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803682 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803741 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803624 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803683 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803742 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803625 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803684 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803743 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803685 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803627 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803686 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803745 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803628 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803687 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803746 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803629 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803688 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803747 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803630 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803689 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803748 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803631 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803690 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803749 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803632 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803691 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803750 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803633 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803692 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803751 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803634 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803693 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803752 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803635 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803694 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803753 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803636 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803695 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803754 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803637 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803696 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803755 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803638 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803697 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803756 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803639 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803698 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803757 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803640 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803699 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803758 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803641 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803700 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803759 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803642 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803701 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803760 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803643 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803702 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803644 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803703 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803761 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803645 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803704 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803762 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803646 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803705 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803763 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803647 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803706 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803764 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803648 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803707 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803765 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803649 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803708 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803766 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803650 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803709 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803767 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803651 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803710 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803768 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803652 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803711 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803653 1 0.3340 0.847 0.880 0.120 0
#> GSM803712 1 0.2537 0.893 0.920 0.080 0
#> GSM803769 1 0.0592 0.964 0.988 0.012 0
#> GSM803654 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803713 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803770 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803655 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803714 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803771 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803656 2 0.3482 0.812 0.128 0.872 0
#> GSM803715 2 0.2165 0.895 0.064 0.936 0
#> GSM803772 2 0.5098 0.636 0.248 0.752 0
#> GSM803657 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803716 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803773 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803658 2 0.0237 0.966 0.004 0.996 0
#> GSM803717 2 0.0237 0.966 0.004 0.996 0
#> GSM803774 2 0.0237 0.966 0.004 0.996 0
#> GSM803659 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803718 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803775 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803660 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803719 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803776 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803661 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803720 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803777 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803662 1 0.4399 0.759 0.812 0.188 0
#> GSM803732 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803778 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803663 2 0.5988 0.421 0.368 0.632 0
#> GSM803721 2 0.3941 0.771 0.156 0.844 0
#> GSM803779 2 0.5968 0.429 0.364 0.636 0
#> GSM803664 1 0.3941 0.802 0.844 0.156 0
#> GSM803722 1 0.4346 0.766 0.816 0.184 0
#> GSM803780 1 0.1529 0.936 0.960 0.040 0
#> GSM803665 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803723 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803781 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> GSM803673 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803731 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
#> GSM803788 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803619 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803678 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803737 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1
#> GSM803621 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803680 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803622 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803681 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803740 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803623 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803682 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803741 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803624 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803683 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803742 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803625 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803684 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803743 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803685 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803627 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803686 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803628 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803687 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803746 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803629 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803688 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803747 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803630 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803689 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803631 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803690 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803749 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803632 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803691 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803633 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803692 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803751 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803634 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803693 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803752 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803635 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803694 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803753 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803636 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803695 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803754 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803637 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803696 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803755 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803638 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803697 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803756 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803639 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803698 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803757 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803640 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803699 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803758 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803641 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803700 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803642 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803701 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803760 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803643 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803702 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803644 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803703 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803645 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803704 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803762 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803646 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803705 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803763 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803647 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803706 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803764 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803648 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803707 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803649 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803708 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803766 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803650 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803709 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803651 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803710 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803768 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803652 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803711 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803653 1 0.2647 0.857 0.880 0.120 0 0
#> GSM803712 1 0.2011 0.905 0.920 0.080 0 0
#> GSM803769 1 0.0469 0.978 0.988 0.012 0 0
#> GSM803654 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803713 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803770 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803655 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803714 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803771 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803656 2 0.2760 0.796 0.128 0.872 0 0
#> GSM803715 2 0.1716 0.881 0.064 0.936 0 0
#> GSM803772 2 0.4040 0.616 0.248 0.752 0 0
#> GSM803657 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803716 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803773 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803658 2 0.0188 0.952 0.004 0.996 0 0
#> GSM803717 2 0.0188 0.952 0.004 0.996 0 0
#> GSM803774 2 0.0188 0.952 0.004 0.996 0 0
#> GSM803659 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803718 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803775 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803660 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803719 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803776 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803661 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803720 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803777 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803662 1 0.3486 0.767 0.812 0.188 0 0
#> GSM803732 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803778 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803663 2 0.4746 0.434 0.368 0.632 0 0
#> GSM803721 2 0.3123 0.755 0.156 0.844 0 0
#> GSM803779 2 0.4730 0.441 0.364 0.636 0 0
#> GSM803664 1 0.3123 0.812 0.844 0.156 0 0
#> GSM803722 1 0.3444 0.774 0.816 0.184 0 0
#> GSM803780 1 0.1211 0.950 0.960 0.040 0 0
#> GSM803665 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803723 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803781 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0 0
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0
#> GSM803673 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803731 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
#> GSM803788 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0 0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803624 5 0.4192 0.6437 0.404 0.000 0.000 0 0.596
#> GSM803683 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803742 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803625 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803685 3 0.2966 0.8213 0.000 0.000 0.816 0 0.184
#> GSM803744 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803628 1 0.0290 0.8588 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> GSM803687 1 0.0510 0.8560 0.984 0.000 0.000 0 0.016
#> GSM803746 1 0.0162 0.8598 0.996 0.000 0.000 0 0.004
#> GSM803629 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803630 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803689 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803748 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803631 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803690 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803749 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803632 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803691 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803750 1 0.2966 0.7140 0.816 0.000 0.000 0 0.184
#> GSM803633 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803635 2 0.0290 0.9261 0.000 0.992 0.000 0 0.008
#> GSM803694 2 0.0290 0.9261 0.000 0.992 0.000 0 0.008
#> GSM803753 2 0.0162 0.9278 0.000 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803636 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9292 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803640 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803699 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803758 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803641 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803700 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803759 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803642 1 0.4227 0.3080 0.580 0.000 0.000 0 0.420
#> GSM803701 1 0.4256 0.2543 0.564 0.000 0.000 0 0.436
#> GSM803760 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803643 1 0.3039 0.7440 0.808 0.000 0.000 0 0.192
#> GSM803702 1 0.3177 0.7305 0.792 0.000 0.000 0 0.208
#> GSM803644 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803703 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803761 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803645 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803704 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803762 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803646 5 0.3612 0.5548 0.268 0.000 0.000 0 0.732
#> GSM803705 5 0.3816 0.5066 0.304 0.000 0.000 0 0.696
#> GSM803763 5 0.4060 0.4100 0.360 0.000 0.000 0 0.640
#> GSM803647 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803706 1 0.3143 0.7336 0.796 0.000 0.000 0 0.204
#> GSM803764 1 0.3039 0.7441 0.808 0.000 0.000 0 0.192
#> GSM803648 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803707 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803765 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803649 1 0.1270 0.8373 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> GSM803708 1 0.1270 0.8373 0.948 0.000 0.000 0 0.052
#> GSM803766 1 0.1197 0.8403 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> GSM803650 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803653 5 0.4310 0.6448 0.392 0.004 0.000 0 0.604
#> GSM803712 5 0.4171 0.6421 0.396 0.000 0.000 0 0.604
#> GSM803769 5 0.4273 0.5822 0.448 0.000 0.000 0 0.552
#> GSM803654 2 0.1270 0.9016 0.000 0.948 0.000 0 0.052
#> GSM803713 2 0.1270 0.9016 0.000 0.948 0.000 0 0.052
#> GSM803770 2 0.1341 0.8989 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803655 1 0.0963 0.8475 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> GSM803714 1 0.1197 0.8411 0.952 0.000 0.000 0 0.048
#> GSM803771 1 0.0963 0.8475 0.964 0.000 0.000 0 0.036
#> GSM803656 5 0.5498 0.3349 0.076 0.356 0.000 0 0.568
#> GSM803715 5 0.5019 0.2305 0.036 0.396 0.000 0 0.568
#> GSM803772 5 0.5917 0.4440 0.132 0.304 0.000 0 0.564
#> GSM803657 2 0.3661 0.6456 0.000 0.724 0.000 0 0.276
#> GSM803716 2 0.3586 0.6648 0.000 0.736 0.000 0 0.264
#> GSM803773 2 0.3424 0.7000 0.000 0.760 0.000 0 0.240
#> GSM803658 2 0.4151 0.5020 0.004 0.652 0.000 0 0.344
#> GSM803717 2 0.4066 0.5442 0.004 0.672 0.000 0 0.324
#> GSM803774 2 0.4182 0.4838 0.004 0.644 0.000 0 0.352
#> GSM803659 5 0.4300 -0.0279 0.000 0.476 0.000 0 0.524
#> GSM803718 5 0.4287 0.0249 0.000 0.460 0.000 0 0.540
#> GSM803775 5 0.4304 -0.0559 0.000 0.484 0.000 0 0.516
#> GSM803660 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803719 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803776 1 0.1341 0.8341 0.944 0.000 0.000 0 0.056
#> GSM803661 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803720 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803777 5 0.4278 0.6209 0.452 0.000 0.000 0 0.548
#> GSM803662 5 0.3527 0.6267 0.192 0.016 0.000 0 0.792
#> GSM803732 1 0.0290 0.8593 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> GSM803778 1 0.0880 0.8508 0.968 0.000 0.000 0 0.032
#> GSM803663 5 0.5659 0.4839 0.116 0.280 0.000 0 0.604
#> GSM803721 5 0.4862 0.2962 0.032 0.364 0.000 0 0.604
#> GSM803779 5 0.5840 0.5573 0.164 0.232 0.000 0 0.604
#> GSM803664 1 0.4734 0.5333 0.728 0.176 0.000 0 0.096
#> GSM803722 1 0.4836 0.5075 0.716 0.188 0.000 0 0.096
#> GSM803780 1 0.2592 0.7910 0.892 0.052 0.000 0 0.056
#> GSM803665 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.8607 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803781 1 0.0290 0.8577 0.992 0.000 0.000 0 0.008
#> GSM803666 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9926 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803673 2 0.1270 0.9020 0.000 0.948 0.000 0 0.052
#> GSM803731 2 0.1270 0.9020 0.000 0.948 0.000 0 0.052
#> GSM803788 2 0.1270 0.9020 0.000 0.948 0.000 0 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803680 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803739 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803622 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803681 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803740 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803623 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803624 5 0.3371 0.6809 0.292 0.000 0.000 0 0.708 0.000
#> GSM803683 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803742 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803625 1 0.0146 0.8599 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0146 0.8599 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0146 0.8599 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.1387 0.8898 0.000 0.000 0.068 0 0.000 0.932
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803686 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803745 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803628 1 0.0790 0.8543 0.968 0.000 0.000 0 0.000 0.032
#> GSM803687 1 0.1910 0.8028 0.892 0.000 0.000 0 0.000 0.108
#> GSM803746 1 0.0458 0.8594 0.984 0.000 0.000 0 0.000 0.016
#> GSM803629 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803688 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803747 1 0.0458 0.8596 0.984 0.000 0.000 0 0.000 0.016
#> GSM803630 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803689 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803748 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803631 6 0.1267 0.9816 0.060 0.000 0.000 0 0.000 0.940
#> GSM803690 6 0.1267 0.9816 0.060 0.000 0.000 0 0.000 0.940
#> GSM803749 6 0.1444 0.9655 0.072 0.000 0.000 0 0.000 0.928
#> GSM803632 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803691 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803750 6 0.1204 0.9841 0.056 0.000 0.000 0 0.000 0.944
#> GSM803633 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0260 0.9219 0.000 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> GSM803694 2 0.0260 0.9219 0.000 0.992 0.000 0 0.008 0.000
#> GSM803753 2 0.0146 0.9235 0.000 0.996 0.000 0 0.004 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9250 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803699 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803758 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803641 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803700 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803759 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803642 5 0.4592 -0.1922 0.468 0.000 0.000 0 0.496 0.036
#> GSM803701 5 0.4561 -0.0554 0.428 0.000 0.000 0 0.536 0.036
#> GSM803760 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803643 1 0.3592 0.6896 0.740 0.000 0.000 0 0.240 0.020
#> GSM803702 1 0.3743 0.6781 0.724 0.000 0.000 0 0.252 0.024
#> GSM803644 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803703 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803761 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803645 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803704 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803762 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803646 5 0.3190 0.4839 0.136 0.000 0.000 0 0.820 0.044
#> GSM803705 5 0.3453 0.4688 0.164 0.000 0.000 0 0.792 0.044
#> GSM803763 5 0.3975 0.4209 0.244 0.000 0.000 0 0.716 0.040
#> GSM803647 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803706 1 0.3979 0.6637 0.708 0.000 0.000 0 0.256 0.036
#> GSM803764 1 0.3909 0.6740 0.720 0.000 0.000 0 0.244 0.036
#> GSM803648 1 0.1524 0.8295 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803707 1 0.1524 0.8295 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803765 1 0.1781 0.8256 0.924 0.008 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803649 1 0.1584 0.8298 0.928 0.000 0.000 0 0.064 0.008
#> GSM803708 1 0.1584 0.8298 0.928 0.000 0.000 0 0.064 0.008
#> GSM803766 1 0.1524 0.8333 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803650 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803709 1 0.0363 0.8605 0.988 0.000 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM803767 1 0.0146 0.8604 0.996 0.000 0.000 0 0.000 0.004
#> GSM803651 1 0.0000 0.8597 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.8597 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.8597 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.000 0 0.012 0.000
#> GSM803711 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.000 0 0.012 0.000
#> GSM803653 5 0.3309 0.6761 0.280 0.000 0.000 0 0.720 0.000
#> GSM803712 5 0.3309 0.6761 0.280 0.000 0.000 0 0.720 0.000
#> GSM803769 5 0.3547 0.6590 0.332 0.000 0.000 0 0.668 0.000
#> GSM803654 2 0.1285 0.8955 0.000 0.944 0.000 0 0.052 0.004
#> GSM803713 2 0.1285 0.8955 0.000 0.944 0.000 0 0.052 0.004
#> GSM803770 2 0.1349 0.8929 0.000 0.940 0.000 0 0.056 0.004
#> GSM803655 1 0.1398 0.8398 0.940 0.000 0.000 0 0.052 0.008
#> GSM803714 1 0.1524 0.8343 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803771 1 0.1398 0.8398 0.940 0.000 0.000 0 0.052 0.008
#> GSM803656 5 0.4405 0.5616 0.072 0.240 0.000 0 0.688 0.000
#> GSM803715 5 0.4040 0.4943 0.032 0.280 0.000 0 0.688 0.000
#> GSM803772 5 0.4628 0.6072 0.112 0.204 0.000 0 0.684 0.000
#> GSM803657 2 0.3898 0.6048 0.000 0.684 0.000 0 0.296 0.020
#> GSM803716 2 0.3778 0.6435 0.000 0.708 0.000 0 0.272 0.020
#> GSM803773 2 0.3688 0.6689 0.000 0.724 0.000 0 0.256 0.020
#> GSM803658 2 0.3979 0.4821 0.000 0.628 0.000 0 0.360 0.012
#> GSM803717 2 0.3912 0.5245 0.000 0.648 0.000 0 0.340 0.012
#> GSM803774 2 0.4026 0.4442 0.000 0.612 0.000 0 0.376 0.012
#> GSM803659 5 0.3940 0.3389 0.000 0.348 0.000 0 0.640 0.012
#> GSM803718 5 0.3883 0.3724 0.000 0.332 0.000 0 0.656 0.012
#> GSM803775 5 0.3992 0.3004 0.000 0.364 0.000 0 0.624 0.012
#> GSM803660 1 0.1524 0.8295 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803719 1 0.1524 0.8295 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803776 1 0.1524 0.8295 0.932 0.000 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803661 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803720 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803777 5 0.3578 0.6830 0.340 0.000 0.000 0 0.660 0.000
#> GSM803662 5 0.1666 0.5558 0.036 0.008 0.000 0 0.936 0.020
#> GSM803732 1 0.0508 0.8587 0.984 0.000 0.000 0 0.012 0.004
#> GSM803778 1 0.1461 0.8351 0.940 0.000 0.000 0 0.044 0.016
#> GSM803663 5 0.4337 0.5772 0.056 0.224 0.000 0 0.712 0.008
#> GSM803721 5 0.3989 0.5291 0.024 0.252 0.000 0 0.716 0.008
#> GSM803779 5 0.4573 0.6277 0.100 0.180 0.000 0 0.712 0.008
#> GSM803664 1 0.4586 0.5510 0.712 0.176 0.000 0 0.104 0.008
#> GSM803722 1 0.4633 0.5353 0.704 0.188 0.000 0 0.100 0.008
#> GSM803780 1 0.2766 0.7801 0.872 0.060 0.000 0 0.060 0.008
#> GSM803665 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.000 0 0.012 0.000
#> GSM803723 1 0.0363 0.8583 0.988 0.000 0.000 0 0.012 0.000
#> GSM803781 1 0.0547 0.8554 0.980 0.000 0.000 0 0.020 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.1563 0.8906 0.000 0.932 0.000 0 0.056 0.012
#> GSM803731 2 0.1563 0.8906 0.000 0.932 0.000 0 0.056 0.012
#> GSM803788 2 0.1563 0.8906 0.000 0.932 0.000 0 0.056 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:pam 170 6.23e-13 1.01e-18 1.09e-10 2
#> SD:pam 170 7.47e-24 1.80e-42 6.16e-31 3
#> SD:pam 172 1.39e-35 2.80e-71 3.31e-50 4
#> SD:pam 162 1.19e-41 1.21e-70 4.86e-46 5
#> SD:pam 163 2.46e-50 7.45e-78 3.19e-52 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.630 0.878 0.935 0.370 0.638 0.638
#> 3 3 0.615 0.791 0.897 0.511 0.774 0.663
#> 4 4 0.714 0.840 0.895 0.192 0.707 0.457
#> 5 5 0.663 0.711 0.830 0.109 0.784 0.441
#> 6 6 0.826 0.789 0.891 0.101 0.880 0.563
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803674 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803733 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803616 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803675 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803734 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803617 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803676 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803735 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803618 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803677 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803736 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803619 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803678 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803737 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803620 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803679 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803738 2 0.850 0.778 0.276 0.724
#> GSM803621 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803681 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803740 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803623 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803682 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803741 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803626 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803685 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803744 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803686 1 0.833 0.680 0.736 0.264
#> GSM803745 1 0.833 0.680 0.736 0.264
#> GSM803628 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803687 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803746 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803629 1 0.775 0.722 0.772 0.228
#> GSM803688 1 0.706 0.761 0.808 0.192
#> GSM803747 1 0.671 0.778 0.824 0.176
#> GSM803630 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803689 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803748 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803631 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803690 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803749 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803632 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803691 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803750 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803633 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803692 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803751 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803634 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803693 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803752 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803635 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803694 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803753 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803636 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803695 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803754 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803637 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803696 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803755 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803638 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803697 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803756 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803639 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803698 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803757 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803712 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803769 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803654 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803713 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803770 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803655 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803714 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803771 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803656 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803715 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803772 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803657 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803716 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803773 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803658 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803717 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803774 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803659 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803718 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803775 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803664 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803722 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803780 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803723 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803781 1 0.844 0.670 0.728 0.272
#> GSM803666 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803724 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803782 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803667 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803725 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803783 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803668 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803726 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803784 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803669 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803727 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803670 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803728 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803785 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803671 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803729 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803786 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803672 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803730 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803787 2 0.000 0.859 0.000 1.000
#> GSM803673 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803731 1 0.000 0.942 1.000 0.000
#> GSM803788 1 0.000 0.942 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 0.96967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 2 0.6062 0.40477 0.384 0.616 0.000
#> GSM803680 2 0.6192 0.30730 0.420 0.580 0.000
#> GSM803739 1 0.6305 0.00618 0.516 0.484 0.000
#> GSM803622 1 0.5958 0.52877 0.692 0.300 0.008
#> GSM803681 1 0.6018 0.51412 0.684 0.308 0.008
#> GSM803740 1 0.6229 0.44478 0.652 0.340 0.008
#> GSM803623 2 0.4654 0.74473 0.000 0.792 0.208
#> GSM803682 2 0.4654 0.74473 0.000 0.792 0.208
#> GSM803741 2 0.4654 0.74473 0.000 0.792 0.208
#> GSM803624 2 0.4683 0.79789 0.024 0.836 0.140
#> GSM803683 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803742 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803625 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803684 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803743 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803626 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803685 1 0.2165 0.83298 0.936 0.000 0.064
#> GSM803744 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803627 1 0.6386 0.27032 0.584 0.412 0.004
#> GSM803686 1 0.6520 0.01195 0.508 0.488 0.004
#> GSM803745 1 0.6521 -0.00515 0.504 0.492 0.004
#> GSM803628 1 0.3610 0.76637 0.888 0.096 0.016
#> GSM803687 1 0.3528 0.77052 0.892 0.092 0.016
#> GSM803746 1 0.2703 0.80371 0.928 0.056 0.016
#> GSM803629 2 0.6359 0.32747 0.404 0.592 0.004
#> GSM803688 2 0.6330 0.35019 0.396 0.600 0.004
#> GSM803747 2 0.6314 0.36130 0.392 0.604 0.004
#> GSM803630 1 0.2297 0.81779 0.944 0.036 0.020
#> GSM803689 1 0.2152 0.81860 0.948 0.036 0.016
#> GSM803748 1 0.2152 0.81860 0.948 0.036 0.016
#> GSM803631 1 0.2297 0.81779 0.944 0.036 0.020
#> GSM803690 1 0.2297 0.81779 0.944 0.036 0.020
#> GSM803749 1 0.2297 0.81779 0.944 0.036 0.020
#> GSM803632 1 0.2152 0.81860 0.948 0.036 0.016
#> GSM803691 1 0.2152 0.81860 0.948 0.036 0.016
#> GSM803750 1 0.2152 0.81860 0.948 0.036 0.016
#> GSM803633 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803692 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803751 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803634 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803693 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803752 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803635 2 0.0592 0.87316 0.000 0.988 0.012
#> GSM803694 2 0.0592 0.87258 0.000 0.988 0.012
#> GSM803753 2 0.0747 0.87204 0.000 0.984 0.016
#> GSM803636 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803695 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803754 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803637 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803696 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803755 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803638 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803697 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803756 2 0.3619 0.81243 0.000 0.864 0.136
#> GSM803639 2 0.2448 0.85144 0.000 0.924 0.076
#> GSM803698 2 0.2165 0.85744 0.000 0.936 0.064
#> GSM803757 2 0.3038 0.83927 0.000 0.896 0.104
#> GSM803640 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803699 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803758 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803641 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803700 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803759 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803642 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803701 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803760 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803643 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803702 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803644 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803703 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803761 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803645 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803704 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803762 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803646 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803705 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803763 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803647 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803706 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803764 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803648 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803707 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803765 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803649 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803708 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803766 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803650 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803709 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803767 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803651 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803710 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803768 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803652 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803711 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803653 2 0.6565 0.27392 0.008 0.576 0.416
#> GSM803712 2 0.6587 0.24881 0.008 0.568 0.424
#> GSM803769 2 0.6565 0.27421 0.008 0.576 0.416
#> GSM803654 2 0.1411 0.86735 0.000 0.964 0.036
#> GSM803713 2 0.1411 0.86735 0.000 0.964 0.036
#> GSM803770 2 0.1964 0.85889 0.000 0.944 0.056
#> GSM803655 2 0.5928 0.56388 0.008 0.696 0.296
#> GSM803714 2 0.5797 0.59338 0.008 0.712 0.280
#> GSM803771 2 0.5896 0.57164 0.008 0.700 0.292
#> GSM803656 3 0.4228 0.80914 0.008 0.148 0.844
#> GSM803715 3 0.4228 0.80914 0.008 0.148 0.844
#> GSM803772 3 0.4099 0.82043 0.008 0.140 0.852
#> GSM803657 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0237 0.87317 0.000 0.996 0.004
#> GSM803658 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.3116 0.82617 0.000 0.892 0.108
#> GSM803719 2 0.3192 0.82290 0.000 0.888 0.112
#> GSM803776 2 0.3038 0.82921 0.000 0.896 0.104
#> GSM803661 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803720 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803777 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803662 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803732 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803778 2 0.1860 0.87874 0.052 0.948 0.000
#> GSM803663 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.87314 0.000 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.1643 0.86764 0.000 0.956 0.044
#> GSM803722 2 0.1643 0.86764 0.000 0.956 0.044
#> GSM803780 2 0.1643 0.86764 0.000 0.956 0.044
#> GSM803665 2 0.8635 -0.09127 0.440 0.460 0.100
#> GSM803723 2 0.8635 -0.09127 0.440 0.460 0.100
#> GSM803781 2 0.8635 -0.09127 0.440 0.460 0.100
#> GSM803666 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803724 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803782 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803667 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803725 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803783 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803668 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803726 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803784 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803669 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803727 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803670 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803728 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803785 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803671 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803729 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803786 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803672 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803730 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803787 1 0.1964 0.83836 0.944 0.000 0.056
#> GSM803673 2 0.2537 0.84813 0.000 0.920 0.080
#> GSM803731 2 0.2448 0.85032 0.000 0.924 0.076
#> GSM803788 2 0.2711 0.84364 0.000 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.8955 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.1867 0.7933 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.1637 0.7886 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.1637 0.7886 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.7429 0.2243 0.192 0.492 0.000 0.316
#> GSM803683 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4730 0.5517 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0707 0.7488 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM803687 1 0.0707 0.7488 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM803746 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.7592 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803689 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803748 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803631 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803690 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803749 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803632 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803691 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803750 1 0.0817 0.7467 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.4585 0.7469 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.4713 0.7030 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.4679 0.7164 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803649 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803708 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803766 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.5285 0.1070 0.008 0.524 0.000 0.468
#> GSM803712 2 0.5285 0.1070 0.008 0.524 0.000 0.468
#> GSM803769 2 0.5285 0.1070 0.008 0.524 0.000 0.468
#> GSM803654 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.5206 0.5342 0.024 0.668 0.000 0.308
#> GSM803714 2 0.5137 0.5572 0.024 0.680 0.000 0.296
#> GSM803771 2 0.5184 0.5419 0.024 0.672 0.000 0.304
#> GSM803656 4 0.5155 0.0461 0.004 0.468 0.000 0.528
#> GSM803715 4 0.5155 0.0461 0.004 0.468 0.000 0.528
#> GSM803772 4 0.5155 0.0461 0.004 0.468 0.000 0.528
#> GSM803657 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.4103 0.8415 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.1118 0.9213 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.4697 0.7093 0.644 0.356 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.4679 0.7160 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0707 0.9358 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.1388 0.9202 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM803722 2 0.1284 0.9234 0.012 0.964 0.000 0.024
#> GSM803780 2 0.1388 0.9202 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM803665 1 0.2589 0.7026 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.2589 0.7026 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.2589 0.7026 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9818 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9364 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0162 0.917 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM803676 4 0.0162 0.917 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0609 0.910 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM803677 4 0.0609 0.910 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM803736 4 0.0880 0.902 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0290 0.916 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM803679 4 0.0290 0.916 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM803738 4 0.0290 0.916 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM803621 1 0.4182 0.647 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM803680 1 0.4138 0.670 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM803739 1 0.4171 0.647 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM803622 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803681 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803740 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803623 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803624 5 0.6603 0.347 0.044 0.116 0.000 0.272 0.568
#> GSM803683 5 0.2648 0.632 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM803742 5 0.2690 0.627 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM803625 5 0.1965 0.687 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM803684 5 0.2020 0.684 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803743 5 0.2127 0.677 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM803626 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4401 0.594 0.328 0.000 0.656 0.000 0.016
#> GSM803744 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.3210 0.900 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM803686 1 0.3210 0.900 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM803745 1 0.3210 0.900 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM803628 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803687 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803746 1 0.3177 0.901 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM803629 1 0.3274 0.896 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM803688 1 0.3274 0.896 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM803747 1 0.3274 0.896 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM803630 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803689 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803748 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803631 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803690 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803749 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803632 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803691 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803750 1 0.2852 0.896 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803633 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803692 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803751 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803634 2 0.0693 0.766 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM803693 2 0.0693 0.766 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM803752 2 0.0693 0.766 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM803635 2 0.4836 0.440 0.036 0.628 0.000 0.000 0.336
#> GSM803694 2 0.4731 0.464 0.032 0.640 0.000 0.000 0.328
#> GSM803753 2 0.4638 0.470 0.028 0.648 0.000 0.000 0.324
#> GSM803636 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.766 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0579 0.763 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM803696 2 0.0579 0.763 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM803755 2 0.0579 0.763 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM803638 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803697 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803756 2 0.0798 0.765 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM803639 2 0.3656 0.680 0.020 0.784 0.000 0.000 0.196
#> GSM803698 2 0.3745 0.681 0.024 0.780 0.000 0.000 0.196
#> GSM803757 2 0.3596 0.681 0.016 0.784 0.000 0.000 0.200
#> GSM803640 5 0.1270 0.718 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803699 5 0.1270 0.718 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803758 5 0.1341 0.716 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM803641 5 0.1251 0.723 0.036 0.008 0.000 0.000 0.956
#> GSM803700 5 0.1251 0.723 0.036 0.008 0.000 0.000 0.956
#> GSM803759 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803642 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803701 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803760 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803643 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803702 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803644 5 0.1270 0.718 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803703 5 0.1270 0.718 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803761 5 0.1270 0.718 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803645 5 0.2966 0.589 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803704 5 0.2732 0.619 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM803762 5 0.2929 0.593 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM803646 5 0.1018 0.728 0.016 0.016 0.000 0.000 0.968
#> GSM803705 5 0.0912 0.728 0.012 0.016 0.000 0.000 0.972
#> GSM803763 5 0.0912 0.728 0.012 0.016 0.000 0.000 0.972
#> GSM803647 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803706 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803764 5 0.1168 0.724 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM803648 5 0.5028 0.540 0.072 0.260 0.000 0.000 0.668
#> GSM803707 5 0.5028 0.540 0.072 0.260 0.000 0.000 0.668
#> GSM803765 5 0.5028 0.540 0.072 0.260 0.000 0.000 0.668
#> GSM803649 5 0.5142 0.545 0.088 0.244 0.000 0.000 0.668
#> GSM803708 5 0.5142 0.545 0.088 0.244 0.000 0.000 0.668
#> GSM803766 5 0.5142 0.545 0.088 0.244 0.000 0.000 0.668
#> GSM803650 5 0.1478 0.711 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM803709 5 0.1478 0.711 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM803767 5 0.2929 0.598 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM803651 5 0.2966 0.592 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803710 5 0.2966 0.592 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803768 5 0.2966 0.592 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803652 5 0.1410 0.714 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM803711 5 0.1410 0.714 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM803653 2 0.8399 0.311 0.148 0.320 0.000 0.260 0.272
#> GSM803712 2 0.8384 0.305 0.144 0.320 0.000 0.264 0.272
#> GSM803769 2 0.8387 0.326 0.148 0.328 0.000 0.252 0.272
#> GSM803654 5 0.4890 0.450 0.040 0.332 0.000 0.000 0.628
#> GSM803713 5 0.4805 0.492 0.040 0.312 0.000 0.000 0.648
#> GSM803770 5 0.4797 0.515 0.044 0.296 0.000 0.000 0.660
#> GSM803655 5 0.8078 -0.232 0.152 0.340 0.000 0.144 0.364
#> GSM803714 5 0.8032 -0.229 0.152 0.344 0.000 0.136 0.368
#> GSM803771 5 0.8079 -0.243 0.152 0.344 0.000 0.144 0.360
#> GSM803656 4 0.7246 0.318 0.096 0.144 0.000 0.544 0.216
#> GSM803715 4 0.7289 0.314 0.100 0.144 0.000 0.540 0.216
#> GSM803772 4 0.7178 0.333 0.096 0.136 0.000 0.552 0.216
#> GSM803657 5 0.5008 0.500 0.056 0.300 0.000 0.000 0.644
#> GSM803716 5 0.5027 0.493 0.056 0.304 0.000 0.000 0.640
#> GSM803773 5 0.4969 0.510 0.056 0.292 0.000 0.000 0.652
#> GSM803658 5 0.5027 0.495 0.056 0.304 0.000 0.000 0.640
#> GSM803717 5 0.5045 0.488 0.056 0.308 0.000 0.000 0.636
#> GSM803774 5 0.5027 0.491 0.056 0.304 0.000 0.000 0.640
#> GSM803659 5 0.4928 0.523 0.056 0.284 0.000 0.000 0.660
#> GSM803718 5 0.4928 0.526 0.056 0.284 0.000 0.000 0.660
#> GSM803775 5 0.4907 0.529 0.056 0.280 0.000 0.000 0.664
#> GSM803660 5 0.4960 0.537 0.064 0.268 0.000 0.000 0.668
#> GSM803719 5 0.4960 0.537 0.064 0.268 0.000 0.000 0.668
#> GSM803776 5 0.4995 0.538 0.068 0.264 0.000 0.000 0.668
#> GSM803661 5 0.2690 0.627 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM803720 5 0.2648 0.632 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM803777 5 0.2690 0.627 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM803662 5 0.4337 0.600 0.052 0.204 0.000 0.000 0.744
#> GSM803732 5 0.0693 0.728 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM803778 5 0.0671 0.728 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> GSM803663 5 0.4960 0.564 0.080 0.232 0.000 0.000 0.688
#> GSM803721 5 0.4865 0.555 0.064 0.252 0.000 0.000 0.684
#> GSM803779 5 0.4933 0.563 0.076 0.236 0.000 0.000 0.688
#> GSM803664 2 0.6854 0.288 0.084 0.484 0.000 0.064 0.368
#> GSM803722 2 0.6764 0.283 0.076 0.492 0.000 0.064 0.368
#> GSM803780 2 0.6777 0.262 0.076 0.484 0.000 0.064 0.376
#> GSM803665 1 0.6039 0.439 0.552 0.300 0.000 0.000 0.148
#> GSM803723 1 0.6039 0.439 0.552 0.300 0.000 0.000 0.148
#> GSM803781 1 0.6039 0.439 0.552 0.300 0.000 0.000 0.148
#> GSM803666 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0162 0.981 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3929 0.670 0.028 0.764 0.000 0.000 0.208
#> GSM803731 2 0.4010 0.669 0.032 0.760 0.000 0.000 0.208
#> GSM803788 2 0.3897 0.675 0.028 0.768 0.000 0.000 0.204
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0146 0.90994 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.91291 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.3684 0.43302 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM803680 6 0.3672 0.44208 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM803739 6 0.3659 0.45057 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM803622 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803681 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803740 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803623 2 0.2416 0.92393 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM803682 2 0.2416 0.92393 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM803741 2 0.2416 0.92393 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM803624 1 0.4991 0.49880 0.644 0.008 0.000 0.096 0.252 0.000
#> GSM803683 1 0.0891 0.91668 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM803742 1 0.0909 0.91745 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803625 1 0.0858 0.91559 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM803684 1 0.0858 0.91559 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM803743 1 0.0858 0.91559 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM803626 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4999 0.52446 0.000 0.128 0.632 0.000 0.000 0.240
#> GSM803744 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0146 0.89517 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803686 6 0.0260 0.89371 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803745 6 0.0260 0.89371 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803628 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803687 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803746 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803629 6 0.0692 0.88670 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM803688 6 0.0692 0.88670 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM803747 6 0.0692 0.88670 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM803630 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803689 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803748 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803631 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803690 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803749 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803632 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803691 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803750 6 0.0000 0.89668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803633 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803692 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803751 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803634 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803693 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803752 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803635 5 0.3647 0.31482 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM803694 5 0.3717 0.24801 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM803753 5 0.3717 0.25246 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM803636 2 0.2178 0.94151 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM803695 2 0.2178 0.94151 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM803754 2 0.2178 0.94151 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM803637 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803696 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803755 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803638 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803697 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803756 2 0.2135 0.94378 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM803639 2 0.3868 0.13055 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM803698 5 0.3869 -0.17290 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM803757 2 0.3789 0.39694 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0405 0.92292 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM803703 1 0.0405 0.92292 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM803761 1 0.0405 0.92292 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM803645 1 0.0820 0.91897 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM803704 1 0.0692 0.91984 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM803762 1 0.0820 0.91897 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM803646 1 0.4072 0.25309 0.544 0.008 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM803705 1 0.4076 0.24186 0.540 0.008 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM803763 1 0.4076 0.24186 0.540 0.008 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 5 0.0000 0.76494 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803707 5 0.0000 0.76494 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803765 5 0.0146 0.76467 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM803649 5 0.0547 0.77146 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM803708 5 0.0547 0.77146 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM803766 5 0.0547 0.77146 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0146 0.92529 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803710 1 0.0146 0.92529 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803768 1 0.0146 0.92529 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.92572 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 5 0.6618 0.35089 0.144 0.092 0.000 0.248 0.516 0.000
#> GSM803712 5 0.6634 0.34296 0.144 0.092 0.000 0.252 0.512 0.000
#> GSM803769 5 0.6601 0.35801 0.144 0.092 0.000 0.244 0.520 0.000
#> GSM803654 5 0.2882 0.65194 0.008 0.180 0.000 0.000 0.812 0.000
#> GSM803713 5 0.2882 0.65194 0.008 0.180 0.000 0.000 0.812 0.000
#> GSM803770 5 0.2454 0.66791 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM803655 5 0.6193 0.50450 0.152 0.096 0.000 0.156 0.596 0.000
#> GSM803714 5 0.6193 0.50450 0.152 0.096 0.000 0.156 0.596 0.000
#> GSM803771 5 0.6193 0.50450 0.152 0.096 0.000 0.156 0.596 0.000
#> GSM803656 4 0.6497 0.06630 0.056 0.136 0.000 0.424 0.384 0.000
#> GSM803715 4 0.6497 0.06630 0.056 0.136 0.000 0.424 0.384 0.000
#> GSM803772 4 0.6497 0.06630 0.056 0.136 0.000 0.424 0.384 0.000
#> GSM803657 5 0.1003 0.77125 0.020 0.016 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803716 5 0.0909 0.77171 0.020 0.012 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803773 5 0.1334 0.76693 0.020 0.032 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM803658 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803717 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803774 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803659 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803718 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803775 5 0.0777 0.77174 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803660 5 0.0713 0.77072 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803719 5 0.0713 0.77072 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803776 5 0.0713 0.77072 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803661 1 0.0909 0.91745 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803720 1 0.0909 0.91745 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803777 1 0.0909 0.91745 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803662 5 0.3349 0.58104 0.244 0.008 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM803732 1 0.3464 0.55895 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM803778 1 0.3647 0.46692 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM803663 5 0.1531 0.74788 0.068 0.004 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM803721 5 0.1471 0.75034 0.064 0.004 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM803779 5 0.1531 0.74788 0.068 0.004 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM803664 5 0.3275 0.71059 0.040 0.072 0.000 0.040 0.848 0.000
#> GSM803722 5 0.3219 0.71307 0.040 0.068 0.000 0.040 0.852 0.000
#> GSM803780 5 0.3286 0.71086 0.044 0.068 0.000 0.040 0.848 0.000
#> GSM803665 6 0.6141 0.51302 0.048 0.184 0.000 0.000 0.200 0.568
#> GSM803723 6 0.6141 0.51302 0.048 0.184 0.000 0.000 0.200 0.568
#> GSM803781 6 0.6141 0.51302 0.048 0.184 0.000 0.000 0.200 0.568
#> GSM803666 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.98445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.3851 -0.01455 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM803731 5 0.3847 0.00129 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> GSM803788 5 0.3860 -0.05982 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:mclust 174 1.60e-13 2.28e-30 1.02e-24 2
#> SD:mclust 158 9.47e-23 9.74e-51 8.11e-39 3
#> SD:mclust 167 2.54e-34 4.15e-71 7.70e-51 4
#> SD:mclust 149 4.79e-40 1.06e-94 1.40e-55 5
#> SD:mclust 151 2.69e-50 9.56e-102 1.30e-57 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.837 0.888 0.956 0.4907 0.510 0.510
#> 3 3 1.000 0.980 0.991 0.3264 0.751 0.550
#> 4 4 0.828 0.917 0.930 0.0577 0.972 0.921
#> 5 5 0.764 0.757 0.889 0.1185 0.805 0.474
#> 6 6 0.926 0.892 0.951 0.0752 0.887 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 1 0.9996 0.0273 0.512 0.488
#> GSM803674 1 0.9998 0.0117 0.508 0.492
#> GSM803733 1 0.9998 0.0117 0.508 0.492
#> GSM803616 2 0.9850 0.2625 0.428 0.572
#> GSM803675 2 0.9850 0.2625 0.428 0.572
#> GSM803734 2 0.9661 0.3651 0.392 0.608
#> GSM803617 1 0.9954 0.1315 0.540 0.460
#> GSM803676 1 0.9954 0.1315 0.540 0.460
#> GSM803735 2 0.9850 0.2625 0.428 0.572
#> GSM803618 2 0.8327 0.6422 0.264 0.736
#> GSM803677 2 0.8267 0.6490 0.260 0.740
#> GSM803736 2 0.6801 0.7701 0.180 0.820
#> GSM803619 1 0.7056 0.7431 0.808 0.192
#> GSM803678 1 0.6973 0.7488 0.812 0.188
#> GSM803737 1 0.7376 0.7196 0.792 0.208
#> GSM803620 2 0.3274 0.9066 0.060 0.940
#> GSM803679 2 0.3584 0.8993 0.068 0.932
#> GSM803738 2 0.3584 0.8993 0.068 0.932
#> GSM803621 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0376 0.9496 0.996 0.004
#> GSM803684 1 0.0376 0.9496 0.996 0.004
#> GSM803743 1 0.0376 0.9496 0.996 0.004
#> GSM803626 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0376 0.9495 0.996 0.004
#> GSM803643 1 0.0672 0.9463 0.992 0.008
#> GSM803702 1 0.0672 0.9463 0.992 0.008
#> GSM803644 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803646 2 0.2948 0.9120 0.052 0.948
#> GSM803705 2 0.2603 0.9190 0.044 0.956
#> GSM803763 2 0.2778 0.9156 0.048 0.952
#> GSM803647 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803649 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803708 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803766 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.9815 0.2843 0.580 0.420
#> GSM803712 1 0.9522 0.4136 0.628 0.372
#> GSM803769 1 0.7950 0.6755 0.760 0.240
#> GSM803654 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.2423 0.9245 0.040 0.960
#> GSM803714 2 0.1414 0.9389 0.020 0.980
#> GSM803771 2 0.2043 0.9305 0.032 0.968
#> GSM803656 1 0.5294 0.8383 0.880 0.120
#> GSM803715 1 0.5519 0.8292 0.872 0.128
#> GSM803772 1 0.5408 0.8349 0.876 0.124
#> GSM803657 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803660 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803662 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803732 2 0.7815 0.6852 0.232 0.768
#> GSM803778 2 0.6623 0.7751 0.172 0.828
#> GSM803663 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9518 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0424 0.991 0.008 0.000 0.992
#> GSM803678 3 0.0237 0.995 0.004 0.000 0.996
#> GSM803737 3 0.0424 0.991 0.008 0.000 0.992
#> GSM803620 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803649 2 0.2261 0.916 0.068 0.932 0.000
#> GSM803708 2 0.2165 0.920 0.064 0.936 0.000
#> GSM803766 2 0.1964 0.928 0.056 0.944 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.4002 0.813 0.840 0.160 0.000
#> GSM803712 1 0.4121 0.802 0.832 0.168 0.000
#> GSM803769 1 0.2356 0.923 0.928 0.072 0.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.4605 0.755 0.204 0.796 0.000
#> GSM803714 2 0.3752 0.831 0.144 0.856 0.000
#> GSM803771 2 0.4291 0.788 0.180 0.820 0.000
#> GSM803656 1 0.1964 0.939 0.944 0.056 0.000
#> GSM803715 1 0.2356 0.923 0.928 0.072 0.000
#> GSM803772 1 0.2261 0.927 0.932 0.068 0.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.5291 0.643 0.268 0.732 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.3102 0.972 0.008 0.004 0.116 0.872
#> GSM803674 4 0.2958 0.974 0.004 0.004 0.116 0.876
#> GSM803733 4 0.2773 0.975 0.000 0.004 0.116 0.880
#> GSM803616 4 0.2918 0.975 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM803675 4 0.2918 0.975 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM803734 4 0.2918 0.975 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM803617 4 0.3224 0.960 0.016 0.000 0.120 0.864
#> GSM803676 4 0.3224 0.960 0.016 0.000 0.120 0.864
#> GSM803735 4 0.2918 0.975 0.000 0.008 0.116 0.876
#> GSM803618 4 0.3215 0.959 0.000 0.032 0.092 0.876
#> GSM803677 4 0.3215 0.959 0.000 0.032 0.092 0.876
#> GSM803736 4 0.3099 0.970 0.000 0.020 0.104 0.876
#> GSM803619 4 0.3404 0.952 0.032 0.000 0.104 0.864
#> GSM803678 4 0.3404 0.952 0.032 0.000 0.104 0.864
#> GSM803737 4 0.3404 0.952 0.032 0.000 0.104 0.864
#> GSM803620 4 0.3048 0.973 0.000 0.016 0.108 0.876
#> GSM803679 4 0.3048 0.973 0.000 0.016 0.108 0.876
#> GSM803738 4 0.3099 0.971 0.000 0.020 0.104 0.876
#> GSM803621 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803680 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803739 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803622 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803681 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803740 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803623 2 0.1211 0.922 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803682 2 0.1211 0.922 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803741 2 0.1211 0.922 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803624 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803683 1 0.2586 0.904 0.912 0.040 0.000 0.048
#> GSM803742 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803625 1 0.0524 0.924 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803684 1 0.0524 0.924 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803743 1 0.0804 0.924 0.980 0.012 0.000 0.008
#> GSM803626 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.2660 0.863 0.036 0.000 0.908 0.056
#> GSM803744 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803686 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803745 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803628 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803687 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803746 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803629 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803688 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803747 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803630 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803689 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803748 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803631 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803690 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803749 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803632 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803691 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803750 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803633 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803692 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803751 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803634 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803693 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803752 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803635 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803694 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803753 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803636 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803695 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803754 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803637 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803696 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803755 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803638 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803697 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803756 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803639 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803698 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803757 2 0.1211 0.921 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM803640 1 0.1833 0.918 0.944 0.024 0.000 0.032
#> GSM803699 1 0.1833 0.918 0.944 0.024 0.000 0.032
#> GSM803758 1 0.1833 0.918 0.944 0.024 0.000 0.032
#> GSM803641 1 0.1510 0.921 0.956 0.016 0.000 0.028
#> GSM803700 1 0.1510 0.921 0.956 0.016 0.000 0.028
#> GSM803759 1 0.1406 0.921 0.960 0.016 0.000 0.024
#> GSM803642 1 0.2224 0.912 0.928 0.032 0.000 0.040
#> GSM803701 1 0.2224 0.912 0.928 0.032 0.000 0.040
#> GSM803760 1 0.2124 0.913 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM803643 1 0.2224 0.912 0.928 0.032 0.000 0.040
#> GSM803702 1 0.2224 0.912 0.928 0.032 0.000 0.040
#> GSM803644 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803645 1 0.1452 0.921 0.956 0.008 0.000 0.036
#> GSM803704 1 0.1706 0.919 0.948 0.016 0.000 0.036
#> GSM803762 1 0.1706 0.919 0.948 0.016 0.000 0.036
#> GSM803646 1 0.2411 0.908 0.920 0.040 0.000 0.040
#> GSM803705 1 0.2411 0.908 0.920 0.040 0.000 0.040
#> GSM803763 1 0.2500 0.907 0.916 0.044 0.000 0.040
#> GSM803647 1 0.2124 0.913 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM803706 1 0.2124 0.913 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM803764 1 0.2124 0.913 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM803648 2 0.2926 0.890 0.056 0.896 0.000 0.048
#> GSM803707 2 0.3009 0.889 0.056 0.892 0.000 0.052
#> GSM803765 2 0.2926 0.890 0.056 0.896 0.000 0.048
#> GSM803649 2 0.3164 0.881 0.064 0.884 0.000 0.052
#> GSM803708 2 0.3164 0.881 0.064 0.884 0.000 0.052
#> GSM803766 2 0.3164 0.881 0.064 0.884 0.000 0.052
#> GSM803650 1 0.1637 0.920 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803709 1 0.1637 0.920 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803767 1 0.1637 0.920 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803651 1 0.0336 0.924 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803710 1 0.0336 0.924 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803768 1 0.0336 0.924 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803652 1 0.0921 0.922 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803711 1 0.0921 0.922 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803653 1 0.5866 0.487 0.624 0.324 0.000 0.052
#> GSM803712 1 0.5847 0.496 0.628 0.320 0.000 0.052
#> GSM803769 1 0.4907 0.760 0.764 0.176 0.000 0.060
#> GSM803654 2 0.1022 0.922 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803713 2 0.1022 0.922 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803770 2 0.0921 0.922 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803655 2 0.5358 0.631 0.252 0.700 0.000 0.048
#> GSM803714 2 0.5031 0.687 0.212 0.740 0.000 0.048
#> GSM803771 2 0.5328 0.629 0.248 0.704 0.000 0.048
#> GSM803656 1 0.4547 0.837 0.804 0.104 0.000 0.092
#> GSM803715 1 0.4805 0.810 0.784 0.132 0.000 0.084
#> GSM803772 1 0.4608 0.834 0.800 0.104 0.000 0.096
#> GSM803657 2 0.2928 0.891 0.052 0.896 0.000 0.052
#> GSM803716 2 0.2844 0.893 0.048 0.900 0.000 0.052
#> GSM803773 2 0.3088 0.886 0.060 0.888 0.000 0.052
#> GSM803658 2 0.1807 0.908 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM803717 2 0.1807 0.908 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM803774 2 0.1807 0.908 0.008 0.940 0.000 0.052
#> GSM803659 2 0.2670 0.896 0.040 0.908 0.000 0.052
#> GSM803718 2 0.2670 0.896 0.040 0.908 0.000 0.052
#> GSM803775 2 0.2670 0.896 0.040 0.908 0.000 0.052
#> GSM803660 2 0.2021 0.910 0.040 0.936 0.000 0.024
#> GSM803719 2 0.2399 0.905 0.048 0.920 0.000 0.032
#> GSM803776 2 0.2032 0.910 0.036 0.936 0.000 0.028
#> GSM803661 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803720 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803777 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803662 2 0.3840 0.842 0.104 0.844 0.000 0.052
#> GSM803732 1 0.2670 0.902 0.908 0.040 0.000 0.052
#> GSM803778 1 0.2844 0.896 0.900 0.048 0.000 0.052
#> GSM803663 2 0.3088 0.886 0.060 0.888 0.000 0.052
#> GSM803721 2 0.3088 0.886 0.060 0.888 0.000 0.052
#> GSM803779 2 0.3088 0.886 0.060 0.888 0.000 0.052
#> GSM803664 2 0.1022 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803722 2 0.1022 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803780 2 0.1118 0.922 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM803665 1 0.1716 0.919 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803723 1 0.1637 0.920 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803781 1 0.1637 0.920 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803666 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0188 0.988 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803673 2 0.0817 0.921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM803731 2 0.0817 0.921 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM803788 2 0.0817 0.921 0.000 0.976 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803674 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803733 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803616 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803675 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803734 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803617 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803676 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803735 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803618 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803677 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803736 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803619 4 0.0404 0.9952 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM803678 4 0.0404 0.9952 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM803737 4 0.0404 0.9952 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM803620 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803679 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803738 4 0.0510 0.9990 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.3774 0.6599 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM803682 2 0.3796 0.6543 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM803741 2 0.3774 0.6599 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM803624 5 0.0290 0.7286 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM803683 5 0.0451 0.7283 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> GSM803742 5 0.0162 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803625 1 0.4738 0.1293 0.520 0.000 0.000 0.016 0.464
#> GSM803684 1 0.4738 0.1293 0.520 0.000 0.000 0.016 0.464
#> GSM803743 1 0.4747 0.0344 0.496 0.000 0.000 0.016 0.488
#> GSM803626 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3508 0.6776 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 5 0.4564 0.3681 0.372 0.000 0.000 0.016 0.612
#> GSM803699 5 0.4564 0.3681 0.372 0.000 0.000 0.016 0.612
#> GSM803758 5 0.4599 0.3376 0.384 0.000 0.000 0.016 0.600
#> GSM803641 5 0.4620 0.3157 0.392 0.000 0.000 0.016 0.592
#> GSM803700 5 0.4640 0.2924 0.400 0.000 0.000 0.016 0.584
#> GSM803759 5 0.4689 0.2163 0.424 0.000 0.000 0.016 0.560
#> GSM803642 5 0.4114 0.5499 0.272 0.000 0.000 0.016 0.712
#> GSM803701 5 0.4114 0.5499 0.272 0.000 0.000 0.016 0.712
#> GSM803760 5 0.4114 0.5499 0.272 0.000 0.000 0.016 0.712
#> GSM803643 5 0.4138 0.5448 0.276 0.000 0.000 0.016 0.708
#> GSM803702 5 0.4138 0.5448 0.276 0.000 0.000 0.016 0.708
#> GSM803644 1 0.4708 0.2241 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> GSM803703 1 0.4713 0.2114 0.544 0.000 0.000 0.016 0.440
#> GSM803761 1 0.4696 0.2479 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428
#> GSM803645 5 0.4371 0.4458 0.344 0.000 0.000 0.012 0.644
#> GSM803704 5 0.4467 0.4414 0.344 0.000 0.000 0.016 0.640
#> GSM803762 5 0.4451 0.4493 0.340 0.000 0.000 0.016 0.644
#> GSM803646 5 0.4065 0.5592 0.264 0.000 0.000 0.016 0.720
#> GSM803705 5 0.4065 0.5592 0.264 0.000 0.000 0.016 0.720
#> GSM803763 5 0.4065 0.5592 0.264 0.000 0.000 0.016 0.720
#> GSM803647 5 0.4309 0.4977 0.308 0.000 0.000 0.016 0.676
#> GSM803706 5 0.4309 0.4977 0.308 0.000 0.000 0.016 0.676
#> GSM803764 5 0.4309 0.4977 0.308 0.000 0.000 0.016 0.676
#> GSM803648 5 0.2763 0.6979 0.000 0.148 0.000 0.004 0.848
#> GSM803707 5 0.2583 0.7056 0.000 0.132 0.000 0.004 0.864
#> GSM803765 5 0.3366 0.6448 0.000 0.212 0.000 0.004 0.784
#> GSM803649 5 0.2773 0.6509 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM803708 5 0.2891 0.6379 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM803766 5 0.3039 0.6189 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM803650 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0290 0.8450 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803651 1 0.4576 0.3792 0.608 0.000 0.000 0.016 0.376
#> GSM803710 1 0.4610 0.3523 0.596 0.000 0.000 0.016 0.388
#> GSM803768 1 0.4482 0.4366 0.636 0.000 0.000 0.016 0.348
#> GSM803652 1 0.4118 0.4738 0.660 0.000 0.000 0.004 0.336
#> GSM803711 1 0.4235 0.4689 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803653 5 0.1502 0.7274 0.004 0.056 0.000 0.000 0.940
#> GSM803712 5 0.1502 0.7274 0.004 0.056 0.000 0.000 0.940
#> GSM803769 5 0.1549 0.7281 0.016 0.040 0.000 0.000 0.944
#> GSM803654 2 0.1608 0.8784 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM803713 2 0.1851 0.8678 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM803770 2 0.0404 0.9136 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803655 5 0.3877 0.6145 0.024 0.212 0.000 0.000 0.764
#> GSM803714 5 0.3970 0.5933 0.020 0.236 0.000 0.000 0.744
#> GSM803771 5 0.4080 0.5656 0.020 0.252 0.000 0.000 0.728
#> GSM803656 5 0.3504 0.6418 0.160 0.016 0.000 0.008 0.816
#> GSM803715 5 0.3569 0.6476 0.152 0.028 0.000 0.004 0.816
#> GSM803772 5 0.3594 0.6261 0.172 0.004 0.000 0.020 0.804
#> GSM803657 5 0.1341 0.7278 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM803716 5 0.1608 0.7217 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM803773 5 0.0404 0.7307 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM803658 5 0.4256 0.0278 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM803717 5 0.4256 0.0278 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM803774 5 0.4256 0.0278 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM803659 5 0.2966 0.6269 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM803718 5 0.3003 0.6219 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM803775 5 0.3003 0.6219 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM803660 2 0.2864 0.7806 0.000 0.852 0.000 0.012 0.136
#> GSM803719 2 0.2771 0.7910 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> GSM803776 2 0.2470 0.8205 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> GSM803661 5 0.0162 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803720 5 0.0000 0.7291 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803777 5 0.0162 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803662 5 0.0671 0.7314 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> GSM803732 5 0.1830 0.7080 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> GSM803778 5 0.1557 0.7149 0.052 0.000 0.000 0.008 0.940
#> GSM803663 5 0.0000 0.7291 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803721 5 0.0290 0.7305 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803779 5 0.0290 0.7305 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803664 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.9196 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.8511 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3913 0.6177 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM803731 2 0.3913 0.6177 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM803788 2 0.3913 0.6177 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803680 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803739 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803622 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803681 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803740 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803623 5 0.0260 0.8820 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803682 5 0.0260 0.8820 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803741 5 0.0260 0.8820 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803624 5 0.3547 0.5861 0.332 0.000 0.00 0 0.668 0.000
#> GSM803683 5 0.3288 0.6722 0.276 0.000 0.00 0 0.724 0.000
#> GSM803742 5 0.2996 0.7316 0.228 0.000 0.00 0 0.772 0.000
#> GSM803625 1 0.0363 0.9086 0.988 0.000 0.00 0 0.000 0.012
#> GSM803684 1 0.0363 0.9086 0.988 0.000 0.00 0 0.000 0.012
#> GSM803743 1 0.0363 0.9086 0.988 0.000 0.00 0 0.000 0.012
#> GSM803626 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3864 0.0854 0.000 0.000 0.52 0 0.000 0.480
#> GSM803744 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803686 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803745 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803628 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803687 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803746 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803629 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803688 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803747 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803630 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803689 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803748 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803631 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803690 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803749 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803632 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803691 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803750 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.4191 0.6067 0.676 0.000 0.00 0 0.040 0.284
#> GSM803704 1 0.3720 0.6855 0.736 0.000 0.00 0 0.028 0.236
#> GSM803762 1 0.4122 0.6568 0.704 0.000 0.00 0 0.048 0.248
#> GSM803646 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9132 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803648 5 0.4589 0.2063 0.460 0.036 0.00 0 0.504 0.000
#> GSM803707 5 0.4434 0.3134 0.428 0.028 0.00 0 0.544 0.000
#> GSM803765 5 0.5683 0.3785 0.308 0.184 0.00 0 0.508 0.000
#> GSM803649 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803708 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803766 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803650 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803709 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803767 6 0.0146 0.9952 0.004 0.000 0.00 0 0.000 0.996
#> GSM803651 1 0.0458 0.9063 0.984 0.000 0.00 0 0.000 0.016
#> GSM803710 1 0.0458 0.9063 0.984 0.000 0.00 0 0.000 0.016
#> GSM803768 1 0.0790 0.8956 0.968 0.000 0.00 0 0.000 0.032
#> GSM803652 1 0.3747 0.4142 0.604 0.000 0.00 0 0.000 0.396
#> GSM803711 1 0.3737 0.4228 0.608 0.000 0.00 0 0.000 0.392
#> GSM803653 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803712 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803769 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803654 2 0.0547 0.9361 0.000 0.980 0.00 0 0.020 0.000
#> GSM803713 2 0.0865 0.9206 0.000 0.964 0.00 0 0.036 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9534 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803655 5 0.2393 0.8437 0.040 0.064 0.00 0 0.892 0.004
#> GSM803714 5 0.3185 0.8020 0.048 0.116 0.00 0 0.832 0.004
#> GSM803771 5 0.2957 0.8017 0.032 0.120 0.00 0 0.844 0.004
#> GSM803656 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803715 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803772 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803657 5 0.0458 0.8817 0.016 0.000 0.00 0 0.984 0.000
#> GSM803716 5 0.0458 0.8817 0.016 0.000 0.00 0 0.984 0.000
#> GSM803773 5 0.1327 0.8647 0.064 0.000 0.00 0 0.936 0.000
#> GSM803658 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803717 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803774 5 0.0000 0.8836 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803659 5 0.0260 0.8828 0.008 0.000 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803718 5 0.0146 0.8834 0.004 0.000 0.00 0 0.996 0.000
#> GSM803775 5 0.0146 0.8834 0.004 0.000 0.00 0 0.996 0.000
#> GSM803660 2 0.3804 0.3045 0.424 0.576 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.3774 0.3466 0.408 0.592 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.3371 0.5924 0.292 0.708 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803661 5 0.3428 0.6303 0.304 0.000 0.00 0 0.696 0.000
#> GSM803720 5 0.3101 0.7142 0.244 0.000 0.00 0 0.756 0.000
#> GSM803777 5 0.3482 0.6102 0.316 0.000 0.00 0 0.684 0.000
#> GSM803662 5 0.2092 0.8322 0.124 0.000 0.00 0 0.876 0.000
#> GSM803732 1 0.3804 0.1465 0.576 0.000 0.00 0 0.424 0.000
#> GSM803778 1 0.3409 0.4872 0.700 0.000 0.00 0 0.300 0.000
#> GSM803663 5 0.2664 0.7831 0.184 0.000 0.00 0 0.816 0.000
#> GSM803721 5 0.2219 0.8223 0.136 0.000 0.00 0 0.864 0.000
#> GSM803779 5 0.2631 0.7871 0.180 0.000 0.00 0 0.820 0.000
#> GSM803664 2 0.0146 0.9505 0.000 0.996 0.00 0 0.000 0.004
#> GSM803722 2 0.0146 0.9505 0.000 0.996 0.00 0 0.000 0.004
#> GSM803780 2 0.0146 0.9505 0.000 0.996 0.00 0 0.000 0.004
#> GSM803665 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803723 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803781 6 0.0000 0.9998 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9749 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.0146 0.8831 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> GSM803731 5 0.0146 0.8831 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
#> GSM803788 5 0.0146 0.8831 0.000 0.004 0.00 0 0.996 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> SD:NMF 163 1.25e-12 1.69e-15 4.22e-11 2
#> SD:NMF 174 1.68e-24 3.71e-44 1.43e-29 3
#> SD:NMF 172 4.53e-35 2.07e-72 1.90e-51 4
#> SD:NMF 148 2.25e-41 2.62e-78 2.53e-53 5
#> SD:NMF 164 2.05e-54 3.33e-110 1.06e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.335 0.777 0.834 0.3989 0.498 0.498
#> 3 3 0.620 0.886 0.924 0.4355 0.921 0.841
#> 4 4 0.821 0.939 0.944 0.1647 0.901 0.763
#> 5 5 0.834 0.912 0.903 0.1225 0.930 0.781
#> 6 6 0.781 0.858 0.851 0.0346 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803674 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803733 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803616 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803675 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803734 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803617 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803676 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803735 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803618 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803677 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803736 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803619 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803678 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803737 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803620 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803679 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803738 2 0.311 0.619 0.056 0.944
#> GSM803621 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803682 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803741 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803624 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803685 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803627 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803692 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803751 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803634 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803693 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803752 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803635 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803694 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803753 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803636 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803695 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803754 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803637 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803696 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803755 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803638 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803697 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803756 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803639 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803698 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803757 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803640 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803648 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803707 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803765 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803649 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803708 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803766 2 0.994 0.642 0.456 0.544
#> GSM803650 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803712 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803769 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803654 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803713 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803770 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803655 2 0.997 0.620 0.468 0.532
#> GSM803714 2 0.997 0.620 0.468 0.532
#> GSM803771 2 0.997 0.620 0.468 0.532
#> GSM803656 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803715 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803772 2 0.990 0.662 0.440 0.560
#> GSM803657 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803716 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803773 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803658 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803717 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803774 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803659 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803718 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803775 2 0.921 0.748 0.336 0.664
#> GSM803660 2 0.998 0.606 0.476 0.524
#> GSM803719 2 0.998 0.606 0.476 0.524
#> GSM803776 2 0.998 0.606 0.476 0.524
#> GSM803661 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803662 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803732 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803778 2 0.992 0.652 0.448 0.552
#> GSM803663 2 0.995 0.632 0.460 0.540
#> GSM803721 2 0.995 0.632 0.460 0.540
#> GSM803779 2 0.995 0.632 0.460 0.540
#> GSM803664 2 0.996 0.629 0.464 0.536
#> GSM803722 2 0.996 0.629 0.464 0.536
#> GSM803780 2 0.996 0.629 0.464 0.536
#> GSM803665 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.000 0.919 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803724 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803782 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803667 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803725 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803783 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803668 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803726 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803784 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803669 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803727 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803670 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803728 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803785 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803671 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803729 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803786 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803672 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803730 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803787 1 0.714 0.670 0.804 0.196
#> GSM803673 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803731 2 0.821 0.775 0.256 0.744
#> GSM803788 2 0.821 0.775 0.256 0.744
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803674 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803733 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803616 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803675 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803734 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803617 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803676 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803735 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803618 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803677 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803736 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803619 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803678 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803737 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803620 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803679 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803738 3 0.1411 1.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM803621 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> GSM803682 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> GSM803741 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> GSM803624 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803683 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803742 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803685 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803744 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803627 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.842 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803704 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803762 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803707 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803765 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803649 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803708 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803766 2 0.4555 0.843 0.200 0.800 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.5435 0.834 0.192 0.784 0.024
#> GSM803712 2 0.5435 0.834 0.192 0.784 0.024
#> GSM803769 2 0.5435 0.834 0.192 0.784 0.024
#> GSM803654 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803713 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803770 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803655 2 0.5016 0.808 0.240 0.760 0.000
#> GSM803714 2 0.5016 0.808 0.240 0.760 0.000
#> GSM803771 2 0.5016 0.808 0.240 0.760 0.000
#> GSM803656 2 0.5508 0.834 0.188 0.784 0.028
#> GSM803715 2 0.5508 0.834 0.188 0.784 0.028
#> GSM803772 2 0.5508 0.834 0.188 0.784 0.028
#> GSM803657 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803716 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803773 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803658 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803717 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803774 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803659 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803718 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803775 2 0.2537 0.863 0.080 0.920 0.000
#> GSM803660 2 0.4974 0.814 0.236 0.764 0.000
#> GSM803719 2 0.4974 0.814 0.236 0.764 0.000
#> GSM803776 2 0.4974 0.814 0.236 0.764 0.000
#> GSM803661 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803720 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803777 1 0.0237 0.935 0.996 0.004 0.000
#> GSM803662 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803732 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803778 2 0.4452 0.846 0.192 0.808 0.000
#> GSM803663 2 0.4750 0.832 0.216 0.784 0.000
#> GSM803721 2 0.4750 0.832 0.216 0.784 0.000
#> GSM803779 2 0.4750 0.832 0.216 0.784 0.000
#> GSM803664 2 0.4887 0.821 0.228 0.772 0.000
#> GSM803722 2 0.4887 0.821 0.228 0.772 0.000
#> GSM803780 2 0.4887 0.821 0.228 0.772 0.000
#> GSM803665 1 0.0592 0.928 0.988 0.012 0.000
#> GSM803723 1 0.0592 0.928 0.988 0.012 0.000
#> GSM803781 1 0.0592 0.928 0.988 0.012 0.000
#> GSM803666 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803724 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803782 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803667 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803725 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803783 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803668 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803726 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803784 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803669 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803727 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803670 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803728 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803785 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803671 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803729 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803786 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803672 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803730 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803787 1 0.4974 0.775 0.764 0.000 0.236
#> GSM803673 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> GSM803731 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> GSM803788 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803674 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803733 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803616 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803675 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803734 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803617 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803676 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803735 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803618 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803677 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803736 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803619 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803678 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803737 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803620 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803679 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803738 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM803621 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803680 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803739 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803622 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803681 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803740 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803623 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803682 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803741 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803624 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803683 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803742 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803625 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803684 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803743 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803626 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803685 1 0.0524 0.989 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM803744 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803627 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803686 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803745 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803628 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803687 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803746 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803629 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803688 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803747 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803630 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803689 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803748 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803631 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803690 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803749 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803632 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803691 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803750 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803633 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803692 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803751 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803634 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803693 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803752 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803635 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803694 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803753 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803636 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803695 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803754 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803637 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803696 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803755 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803638 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803697 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803756 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803639 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803698 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803757 2 0.1256 0.846 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM803640 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803699 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803758 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803641 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803700 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803759 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803642 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803701 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803760 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803643 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803702 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803644 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803703 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803761 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803645 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803704 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803762 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803646 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803705 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803763 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803647 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803706 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803764 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803648 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803707 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803765 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803649 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803708 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803766 2 0.4292 0.853 0.180 0.796 0.016 0.008
#> GSM803650 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803709 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803767 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803651 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803710 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803768 1 0.0336 0.993 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803652 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.5069 0.847 0.172 0.772 0.028 0.028
#> GSM803712 2 0.5069 0.847 0.172 0.772 0.028 0.028
#> GSM803769 2 0.5069 0.847 0.172 0.772 0.028 0.028
#> GSM803654 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.4756 0.825 0.216 0.756 0.020 0.008
#> GSM803714 2 0.4756 0.825 0.216 0.756 0.020 0.008
#> GSM803771 2 0.4756 0.825 0.216 0.756 0.020 0.008
#> GSM803656 2 0.5210 0.847 0.168 0.768 0.028 0.036
#> GSM803715 2 0.5210 0.847 0.168 0.768 0.028 0.036
#> GSM803772 2 0.5210 0.847 0.168 0.768 0.028 0.036
#> GSM803657 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803716 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803773 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803658 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.1940 0.869 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM803660 2 0.4648 0.826 0.216 0.760 0.016 0.008
#> GSM803719 2 0.4648 0.826 0.216 0.760 0.016 0.008
#> GSM803776 2 0.4648 0.826 0.216 0.760 0.016 0.008
#> GSM803661 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803720 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803777 1 0.0376 0.990 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM803662 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803732 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803778 2 0.3969 0.855 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM803663 2 0.4356 0.842 0.200 0.780 0.016 0.004
#> GSM803721 2 0.4356 0.842 0.200 0.780 0.016 0.004
#> GSM803779 2 0.4356 0.842 0.200 0.780 0.016 0.004
#> GSM803664 2 0.4542 0.834 0.208 0.768 0.020 0.004
#> GSM803722 2 0.4542 0.834 0.208 0.768 0.020 0.004
#> GSM803780 2 0.4542 0.834 0.208 0.768 0.020 0.004
#> GSM803665 1 0.0779 0.981 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM803723 1 0.0779 0.981 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM803781 1 0.0779 0.981 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM803666 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803724 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803782 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803667 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803725 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803783 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803668 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803726 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803784 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803669 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803727 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803670 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803728 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803785 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803671 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803729 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803786 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803672 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803730 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803787 3 0.1302 1.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM803673 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803731 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803788 2 0.0921 0.844 0.000 0.972 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803674 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803733 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803616 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803675 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803734 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803617 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803676 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803735 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803618 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803677 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803736 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803619 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803678 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803737 4 0.0404 0.999 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM803620 4 0.0566 0.997 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM803679 4 0.0566 0.997 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM803738 4 0.0566 0.997 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM803621 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803680 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803739 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803622 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803681 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803740 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803623 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM803682 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM803741 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM803624 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803683 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803742 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803625 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803684 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803743 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.2177 0.918 0.908 0.000 0.008 0.004 0.080
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803686 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803745 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803628 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803687 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803746 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803629 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803688 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803747 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803630 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803689 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803748 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803631 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803690 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803749 1 0.1952 0.920 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM803632 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803691 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803750 1 0.1892 0.921 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803633 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803699 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803758 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803641 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803700 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803759 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803642 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803701 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803760 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803643 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803702 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803644 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803703 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803761 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803645 1 0.0404 0.929 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803704 1 0.0404 0.929 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803762 1 0.0404 0.929 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803646 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803705 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803763 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803647 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803706 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803764 1 0.2411 0.908 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM803648 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803707 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803765 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803649 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803708 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803766 5 0.3455 0.906 0.008 0.208 0.000 0.000 0.784
#> GSM803650 1 0.1638 0.930 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM803709 1 0.1638 0.930 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM803767 1 0.1638 0.930 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM803651 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803710 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803768 1 0.1502 0.924 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM803652 1 0.1124 0.928 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM803711 1 0.1124 0.928 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM803653 5 0.3742 0.890 0.004 0.188 0.000 0.020 0.788
#> GSM803712 5 0.3742 0.890 0.004 0.188 0.000 0.020 0.788
#> GSM803769 5 0.3742 0.890 0.004 0.188 0.000 0.020 0.788
#> GSM803654 5 0.4074 0.771 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM803713 5 0.4074 0.771 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM803770 5 0.4074 0.771 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM803655 5 0.4465 0.875 0.060 0.204 0.000 0.000 0.736
#> GSM803714 5 0.4465 0.875 0.060 0.204 0.000 0.000 0.736
#> GSM803771 5 0.4465 0.875 0.060 0.204 0.000 0.000 0.736
#> GSM803656 5 0.3602 0.881 0.000 0.180 0.000 0.024 0.796
#> GSM803715 5 0.3602 0.881 0.000 0.180 0.000 0.024 0.796
#> GSM803772 5 0.3602 0.881 0.000 0.180 0.000 0.024 0.796
#> GSM803657 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803716 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803773 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803658 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803717 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803774 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803659 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803718 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803775 5 0.4030 0.777 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM803660 5 0.4337 0.878 0.056 0.196 0.000 0.000 0.748
#> GSM803719 5 0.4337 0.878 0.056 0.196 0.000 0.000 0.748
#> GSM803776 5 0.4337 0.878 0.056 0.196 0.000 0.000 0.748
#> GSM803661 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803720 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803777 1 0.0609 0.928 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803662 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803732 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803778 5 0.3421 0.905 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> GSM803663 5 0.4193 0.899 0.040 0.212 0.000 0.000 0.748
#> GSM803721 5 0.4193 0.899 0.040 0.212 0.000 0.000 0.748
#> GSM803779 5 0.4193 0.899 0.040 0.212 0.000 0.000 0.748
#> GSM803664 5 0.4233 0.893 0.044 0.208 0.000 0.000 0.748
#> GSM803722 5 0.4233 0.893 0.044 0.208 0.000 0.000 0.748
#> GSM803780 5 0.4233 0.893 0.044 0.208 0.000 0.000 0.748
#> GSM803665 1 0.0794 0.927 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803723 1 0.0794 0.927 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803781 1 0.0794 0.927 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM803731 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM803788 2 0.4181 0.533 0.000 0.712 0.000 0.020 0.268
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803674 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803733 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803616 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803675 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803734 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803617 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803676 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803735 4 0.0000 0.924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803618 4 0.0790 0.918 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> GSM803677 4 0.0790 0.918 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> GSM803736 4 0.0790 0.918 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> GSM803619 4 0.3867 0.660 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 NA
#> GSM803678 4 0.3867 0.660 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 NA
#> GSM803737 4 0.3867 0.660 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 NA
#> GSM803620 4 0.2237 0.892 0.000 0.036 0.000 0.896 0.000 NA
#> GSM803679 4 0.2237 0.892 0.000 0.036 0.000 0.896 0.000 NA
#> GSM803738 4 0.2237 0.892 0.000 0.036 0.000 0.896 0.000 NA
#> GSM803621 1 0.2454 0.834 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803680 1 0.2454 0.834 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803739 1 0.2454 0.834 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803622 1 0.2697 0.824 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803681 1 0.2697 0.824 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803740 1 0.2697 0.824 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803623 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
#> GSM803682 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
#> GSM803741 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
#> GSM803624 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803683 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803742 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803625 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803684 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803743 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803685 1 0.3073 0.823 0.824 0.016 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803627 1 0.2631 0.827 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803686 1 0.2631 0.827 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803745 1 0.2631 0.827 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803628 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803687 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803746 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803629 1 0.2762 0.821 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803688 1 0.2762 0.821 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803747 1 0.2762 0.821 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803630 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803689 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803748 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803631 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803690 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803749 1 0.3012 0.819 0.796 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803632 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803691 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803750 1 0.2821 0.826 0.832 0.016 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803633 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803692 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803751 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803634 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803693 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803752 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803635 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803694 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803753 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803636 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803695 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803754 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803637 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803696 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803755 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803638 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803697 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803756 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803639 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803698 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803757 2 0.1957 0.900 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 NA
#> GSM803640 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803699 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803758 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803641 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803700 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803759 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803642 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803701 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803760 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803643 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803702 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803644 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803703 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803761 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803645 1 0.1340 0.845 0.948 0.040 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803704 1 0.1340 0.845 0.948 0.040 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803762 1 0.1340 0.845 0.948 0.040 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803646 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803705 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803763 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803647 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803706 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803764 1 0.3752 0.802 0.760 0.036 0.000 0.000 0.004 NA
#> GSM803648 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803707 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803765 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803649 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803708 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803766 5 0.0363 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM803650 1 0.2553 0.849 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> GSM803709 1 0.2553 0.849 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> GSM803767 1 0.2553 0.849 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> GSM803651 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803710 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803768 1 0.2255 0.840 0.892 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> GSM803652 1 0.2320 0.846 0.864 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803711 1 0.2320 0.846 0.864 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803653 5 0.2544 0.886 0.004 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803712 5 0.2544 0.886 0.004 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803769 5 0.2544 0.886 0.004 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803654 5 0.3014 0.781 0.000 0.184 0.000 0.000 0.804 NA
#> GSM803713 5 0.3014 0.781 0.000 0.184 0.000 0.000 0.804 NA
#> GSM803770 5 0.3014 0.781 0.000 0.184 0.000 0.000 0.804 NA
#> GSM803655 5 0.1952 0.880 0.052 0.012 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803714 5 0.1952 0.880 0.052 0.012 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803771 5 0.1952 0.880 0.052 0.012 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803656 5 0.2468 0.878 0.000 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803715 5 0.2468 0.878 0.000 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803772 5 0.2468 0.878 0.000 0.060 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM803657 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803716 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803773 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803658 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803717 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803774 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803659 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803718 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803775 5 0.2981 0.796 0.000 0.160 0.000 0.000 0.820 NA
#> GSM803660 5 0.1957 0.882 0.048 0.024 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803719 5 0.1957 0.882 0.048 0.024 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803776 5 0.1957 0.882 0.048 0.024 0.000 0.000 0.920 NA
#> GSM803661 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803720 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803777 1 0.1555 0.844 0.940 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803662 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803732 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803778 5 0.0725 0.903 0.000 0.012 0.000 0.000 0.976 NA
#> GSM803663 5 0.1418 0.899 0.032 0.024 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM803721 5 0.1418 0.899 0.032 0.024 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM803779 5 0.1418 0.899 0.032 0.024 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM803664 5 0.2245 0.889 0.036 0.040 0.000 0.000 0.908 NA
#> GSM803722 5 0.2245 0.889 0.036 0.040 0.000 0.000 0.908 NA
#> GSM803780 5 0.2245 0.889 0.036 0.040 0.000 0.000 0.908 NA
#> GSM803665 1 0.1922 0.842 0.924 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803723 1 0.1922 0.842 0.924 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803781 1 0.1922 0.842 0.924 0.040 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803673 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
#> GSM803731 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
#> GSM803788 2 0.4093 0.454 0.000 0.584 0.000 0.000 0.404 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:hclust 174 1.60e-13 2.96e-22 1.15e-13 2
#> CV:hclust 174 5.09e-25 1.47e-51 2.11e-34 3
#> CV:hclust 174 1.92e-35 2.61e-73 1.08e-53 4
#> CV:hclust 174 7.39e-47 1.51e-97 3.66e-54 5
#> CV:hclust 168 2.55e-45 5.11e-100 1.38e-51 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.218 0.699 0.757 0.4336 0.501 0.501
#> 3 3 0.260 0.732 0.781 0.3566 0.864 0.736
#> 4 4 0.521 0.766 0.790 0.1616 0.917 0.792
#> 5 5 0.602 0.566 0.687 0.0938 0.869 0.613
#> 6 6 0.641 0.629 0.680 0.0426 0.908 0.635
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803674 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803733 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803616 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803675 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803734 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803617 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803676 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803735 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803618 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803677 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803736 2 0.358 0.7193 0.068 0.932
#> GSM803619 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803678 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803737 2 0.373 0.7186 0.072 0.928
#> GSM803620 2 0.358 0.7202 0.068 0.932
#> GSM803679 2 0.358 0.7202 0.068 0.932
#> GSM803738 2 0.358 0.7202 0.068 0.932
#> GSM803621 1 0.388 0.7959 0.924 0.076
#> GSM803680 1 0.388 0.7959 0.924 0.076
#> GSM803739 1 0.388 0.7959 0.924 0.076
#> GSM803622 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803681 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803740 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803623 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803682 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803741 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803624 1 0.971 0.3373 0.600 0.400
#> GSM803683 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803742 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803625 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803684 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803743 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803626 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803685 1 0.260 0.7100 0.956 0.044
#> GSM803744 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803627 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803686 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803745 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803628 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803687 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803746 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803629 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803688 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803747 1 0.327 0.7934 0.940 0.060
#> GSM803630 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803689 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803748 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803631 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803690 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803749 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803632 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803691 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803750 1 0.295 0.7893 0.948 0.052
#> GSM803633 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803692 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803751 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803634 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803693 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803752 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803635 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803694 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803753 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803636 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803695 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803754 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803637 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803696 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803755 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803638 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803697 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803756 2 0.541 0.8086 0.124 0.876
#> GSM803639 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803698 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803757 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803640 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803699 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803758 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803641 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803700 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803759 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803642 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803701 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803760 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803643 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803702 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803644 1 0.584 0.7960 0.860 0.140
#> GSM803703 1 0.584 0.7960 0.860 0.140
#> GSM803761 1 0.584 0.7960 0.860 0.140
#> GSM803645 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803704 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803762 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803646 1 0.738 0.7291 0.792 0.208
#> GSM803705 1 0.738 0.7291 0.792 0.208
#> GSM803763 1 0.738 0.7291 0.792 0.208
#> GSM803647 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803706 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803764 1 0.625 0.7913 0.844 0.156
#> GSM803648 2 0.952 0.5692 0.372 0.628
#> GSM803707 2 0.952 0.5692 0.372 0.628
#> GSM803765 2 0.952 0.5692 0.372 0.628
#> GSM803649 1 0.998 -0.0511 0.524 0.476
#> GSM803708 1 0.998 -0.0511 0.524 0.476
#> GSM803766 1 0.998 -0.0511 0.524 0.476
#> GSM803650 1 0.595 0.7956 0.856 0.144
#> GSM803709 1 0.595 0.7956 0.856 0.144
#> GSM803767 1 0.595 0.7956 0.856 0.144
#> GSM803651 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803710 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803768 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803652 1 0.595 0.7956 0.856 0.144
#> GSM803711 1 0.595 0.7956 0.856 0.144
#> GSM803653 2 0.909 0.6571 0.324 0.676
#> GSM803712 2 0.909 0.6571 0.324 0.676
#> GSM803769 2 0.909 0.6571 0.324 0.676
#> GSM803654 2 0.662 0.7915 0.172 0.828
#> GSM803713 2 0.662 0.7915 0.172 0.828
#> GSM803770 2 0.662 0.7915 0.172 0.828
#> GSM803655 2 0.978 0.4754 0.412 0.588
#> GSM803714 2 0.978 0.4754 0.412 0.588
#> GSM803771 2 0.978 0.4754 0.412 0.588
#> GSM803656 2 0.760 0.7717 0.220 0.780
#> GSM803715 2 0.760 0.7717 0.220 0.780
#> GSM803772 2 0.760 0.7717 0.220 0.780
#> GSM803657 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803716 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803773 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803658 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803717 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803774 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803659 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803718 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803775 2 0.871 0.7065 0.292 0.708
#> GSM803660 2 0.985 0.4242 0.428 0.572
#> GSM803719 2 0.985 0.4242 0.428 0.572
#> GSM803776 2 0.985 0.4242 0.428 0.572
#> GSM803661 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803720 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803777 1 0.615 0.7934 0.848 0.152
#> GSM803662 2 0.998 0.2856 0.472 0.528
#> GSM803732 1 0.753 0.7150 0.784 0.216
#> GSM803778 1 0.753 0.7150 0.784 0.216
#> GSM803663 2 0.943 0.5938 0.360 0.640
#> GSM803721 2 0.943 0.5938 0.360 0.640
#> GSM803779 2 0.943 0.5938 0.360 0.640
#> GSM803664 2 0.891 0.6820 0.308 0.692
#> GSM803722 2 0.891 0.6820 0.308 0.692
#> GSM803780 2 0.891 0.6820 0.308 0.692
#> GSM803665 1 0.388 0.7951 0.924 0.076
#> GSM803723 1 0.388 0.7951 0.924 0.076
#> GSM803781 1 0.388 0.7951 0.924 0.076
#> GSM803666 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803724 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803782 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803667 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803725 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803783 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803668 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803726 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803784 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803669 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803727 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803670 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803728 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803785 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803671 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803729 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803786 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803672 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803730 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803787 1 0.881 0.4930 0.700 0.300
#> GSM803673 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803731 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
#> GSM803788 2 0.529 0.8077 0.120 0.880
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.738 0.362 0.036 0.560 0.404
#> GSM803674 2 0.738 0.362 0.036 0.560 0.404
#> GSM803733 2 0.738 0.362 0.036 0.560 0.404
#> GSM803616 2 0.734 0.362 0.036 0.572 0.392
#> GSM803675 2 0.734 0.362 0.036 0.572 0.392
#> GSM803734 2 0.734 0.362 0.036 0.572 0.392
#> GSM803617 2 0.738 0.362 0.036 0.560 0.404
#> GSM803676 2 0.738 0.362 0.036 0.560 0.404
#> GSM803735 2 0.734 0.362 0.036 0.572 0.392
#> GSM803618 2 0.735 0.362 0.036 0.568 0.396
#> GSM803677 2 0.735 0.362 0.036 0.568 0.396
#> GSM803736 2 0.735 0.362 0.036 0.568 0.396
#> GSM803619 2 0.739 0.361 0.036 0.556 0.408
#> GSM803678 2 0.739 0.361 0.036 0.556 0.408
#> GSM803737 2 0.739 0.361 0.036 0.556 0.408
#> GSM803620 2 0.733 0.368 0.036 0.576 0.388
#> GSM803679 2 0.733 0.368 0.036 0.576 0.388
#> GSM803738 2 0.733 0.368 0.036 0.576 0.388
#> GSM803621 1 0.238 0.835 0.936 0.008 0.056
#> GSM803680 1 0.238 0.835 0.936 0.008 0.056
#> GSM803739 1 0.238 0.835 0.936 0.008 0.056
#> GSM803622 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803681 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803740 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803623 2 0.308 0.721 0.060 0.916 0.024
#> GSM803682 2 0.308 0.721 0.060 0.916 0.024
#> GSM803741 2 0.308 0.721 0.060 0.916 0.024
#> GSM803624 1 0.668 0.445 0.676 0.292 0.032
#> GSM803683 1 0.324 0.851 0.912 0.056 0.032
#> GSM803742 1 0.334 0.849 0.908 0.060 0.032
#> GSM803625 1 0.274 0.860 0.928 0.052 0.020
#> GSM803684 1 0.274 0.860 0.928 0.052 0.020
#> GSM803743 1 0.274 0.860 0.928 0.052 0.020
#> GSM803626 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803685 1 0.630 -0.318 0.520 0.000 0.480
#> GSM803744 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803627 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803686 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803745 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803628 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803687 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803746 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803629 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803688 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803747 1 0.319 0.798 0.888 0.000 0.112
#> GSM803630 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803689 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803748 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803631 1 0.327 0.793 0.884 0.000 0.116
#> GSM803690 1 0.327 0.793 0.884 0.000 0.116
#> GSM803749 1 0.327 0.793 0.884 0.000 0.116
#> GSM803632 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803691 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803750 1 0.334 0.793 0.880 0.000 0.120
#> GSM803633 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803692 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803751 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803634 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803693 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803752 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803635 2 0.314 0.726 0.068 0.912 0.020
#> GSM803694 2 0.314 0.726 0.068 0.912 0.020
#> GSM803753 2 0.314 0.726 0.068 0.912 0.020
#> GSM803636 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803695 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803754 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803637 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803696 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803755 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803638 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803697 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803756 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803639 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803698 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803757 2 0.353 0.725 0.068 0.900 0.032
#> GSM803640 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803699 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803758 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803641 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803700 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803759 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803642 1 0.368 0.851 0.896 0.060 0.044
#> GSM803701 1 0.368 0.851 0.896 0.060 0.044
#> GSM803760 1 0.368 0.851 0.896 0.060 0.044
#> GSM803643 1 0.368 0.851 0.896 0.060 0.044
#> GSM803702 1 0.368 0.851 0.896 0.060 0.044
#> GSM803644 1 0.304 0.857 0.920 0.044 0.036
#> GSM803703 1 0.304 0.857 0.920 0.044 0.036
#> GSM803761 1 0.304 0.857 0.920 0.044 0.036
#> GSM803645 1 0.238 0.861 0.940 0.044 0.016
#> GSM803704 1 0.238 0.861 0.940 0.044 0.016
#> GSM803762 1 0.238 0.861 0.940 0.044 0.016
#> GSM803646 1 0.563 0.748 0.800 0.144 0.056
#> GSM803705 1 0.563 0.748 0.800 0.144 0.056
#> GSM803763 1 0.563 0.748 0.800 0.144 0.056
#> GSM803647 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803706 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803764 1 0.358 0.853 0.900 0.056 0.044
#> GSM803648 2 0.736 0.570 0.332 0.620 0.048
#> GSM803707 2 0.736 0.570 0.332 0.620 0.048
#> GSM803765 2 0.736 0.570 0.332 0.620 0.048
#> GSM803649 2 0.778 0.384 0.416 0.532 0.052
#> GSM803708 2 0.778 0.384 0.416 0.532 0.052
#> GSM803766 2 0.778 0.384 0.416 0.532 0.052
#> GSM803650 1 0.195 0.861 0.952 0.040 0.008
#> GSM803709 1 0.195 0.861 0.952 0.040 0.008
#> GSM803767 1 0.195 0.861 0.952 0.040 0.008
#> GSM803651 1 0.238 0.862 0.940 0.044 0.016
#> GSM803710 1 0.238 0.862 0.940 0.044 0.016
#> GSM803768 1 0.238 0.862 0.940 0.044 0.016
#> GSM803652 1 0.164 0.862 0.956 0.044 0.000
#> GSM803711 1 0.164 0.862 0.956 0.044 0.000
#> GSM803653 2 0.653 0.665 0.260 0.704 0.036
#> GSM803712 2 0.653 0.665 0.260 0.704 0.036
#> GSM803769 2 0.653 0.665 0.260 0.704 0.036
#> GSM803654 2 0.377 0.721 0.104 0.880 0.016
#> GSM803713 2 0.377 0.721 0.104 0.880 0.016
#> GSM803770 2 0.377 0.721 0.104 0.880 0.016
#> GSM803655 2 0.711 0.572 0.340 0.624 0.036
#> GSM803714 2 0.711 0.572 0.340 0.624 0.036
#> GSM803771 2 0.711 0.572 0.340 0.624 0.036
#> GSM803656 2 0.520 0.710 0.136 0.820 0.044
#> GSM803715 2 0.520 0.710 0.136 0.820 0.044
#> GSM803772 2 0.520 0.710 0.136 0.820 0.044
#> GSM803657 2 0.617 0.687 0.224 0.740 0.036
#> GSM803716 2 0.617 0.687 0.224 0.740 0.036
#> GSM803773 2 0.617 0.687 0.224 0.740 0.036
#> GSM803658 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803717 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803774 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803659 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803718 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803775 2 0.597 0.692 0.216 0.752 0.032
#> GSM803660 2 0.721 0.537 0.360 0.604 0.036
#> GSM803719 2 0.721 0.537 0.360 0.604 0.036
#> GSM803776 2 0.721 0.537 0.360 0.604 0.036
#> GSM803661 1 0.334 0.849 0.908 0.060 0.032
#> GSM803720 1 0.334 0.849 0.908 0.060 0.032
#> GSM803777 1 0.334 0.849 0.908 0.060 0.032
#> GSM803662 2 0.792 0.406 0.408 0.532 0.060
#> GSM803732 1 0.587 0.722 0.784 0.160 0.056
#> GSM803778 1 0.593 0.717 0.780 0.164 0.056
#> GSM803663 2 0.694 0.611 0.312 0.652 0.036
#> GSM803721 2 0.694 0.611 0.312 0.652 0.036
#> GSM803779 2 0.694 0.611 0.312 0.652 0.036
#> GSM803664 2 0.590 0.685 0.232 0.744 0.024
#> GSM803722 2 0.590 0.685 0.232 0.744 0.024
#> GSM803780 2 0.590 0.685 0.232 0.744 0.024
#> GSM803665 1 0.368 0.799 0.876 0.008 0.116
#> GSM803723 1 0.368 0.799 0.876 0.008 0.116
#> GSM803781 1 0.368 0.799 0.876 0.008 0.116
#> GSM803666 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803724 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803782 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803667 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803725 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803783 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803668 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803726 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803784 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803669 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803727 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803670 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803728 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803785 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803671 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803729 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803786 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803672 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803730 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803787 3 0.742 1.000 0.240 0.084 0.676
#> GSM803673 2 0.268 0.725 0.068 0.924 0.008
#> GSM803731 2 0.268 0.725 0.068 0.924 0.008
#> GSM803788 2 0.268 0.725 0.068 0.924 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803674 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803733 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803616 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803675 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803734 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803617 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803676 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803735 4 0.689 0.992 0.012 0.228 0.136 0.624
#> GSM803618 4 0.688 0.985 0.008 0.236 0.140 0.616
#> GSM803677 4 0.688 0.985 0.008 0.236 0.140 0.616
#> GSM803736 4 0.688 0.985 0.008 0.236 0.140 0.616
#> GSM803619 4 0.692 0.984 0.012 0.220 0.144 0.624
#> GSM803678 4 0.692 0.984 0.012 0.220 0.144 0.624
#> GSM803737 4 0.692 0.984 0.012 0.220 0.144 0.624
#> GSM803620 4 0.683 0.986 0.008 0.236 0.136 0.620
#> GSM803679 4 0.683 0.986 0.008 0.236 0.136 0.620
#> GSM803738 4 0.683 0.986 0.008 0.236 0.136 0.620
#> GSM803621 1 0.297 0.807 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM803680 1 0.297 0.807 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM803739 1 0.297 0.807 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM803622 1 0.467 0.767 0.796 0.000 0.108 0.096
#> GSM803681 1 0.467 0.767 0.796 0.000 0.108 0.096
#> GSM803740 1 0.467 0.767 0.796 0.000 0.108 0.096
#> GSM803623 2 0.405 0.607 0.012 0.836 0.028 0.124
#> GSM803682 2 0.405 0.607 0.012 0.836 0.028 0.124
#> GSM803741 2 0.405 0.607 0.012 0.836 0.028 0.124
#> GSM803624 1 0.539 0.639 0.748 0.188 0.020 0.044
#> GSM803683 1 0.315 0.808 0.896 0.056 0.016 0.032
#> GSM803742 1 0.315 0.808 0.896 0.056 0.016 0.032
#> GSM803625 1 0.248 0.824 0.924 0.024 0.012 0.040
#> GSM803684 1 0.248 0.824 0.924 0.024 0.012 0.040
#> GSM803743 1 0.248 0.824 0.924 0.024 0.012 0.040
#> GSM803626 3 0.346 0.966 0.076 0.040 0.876 0.008
#> GSM803685 3 0.695 0.333 0.348 0.000 0.528 0.124
#> GSM803744 3 0.346 0.966 0.076 0.040 0.876 0.008
#> GSM803627 1 0.449 0.774 0.808 0.000 0.096 0.096
#> GSM803686 1 0.449 0.774 0.808 0.000 0.096 0.096
#> GSM803745 1 0.449 0.774 0.808 0.000 0.096 0.096
#> GSM803628 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803687 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803746 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803629 1 0.473 0.765 0.792 0.000 0.108 0.100
#> GSM803688 1 0.473 0.765 0.792 0.000 0.108 0.100
#> GSM803747 1 0.473 0.765 0.792 0.000 0.108 0.100
#> GSM803630 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803689 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803748 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803631 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803690 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803749 1 0.484 0.763 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM803632 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803691 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803750 1 0.496 0.759 0.776 0.000 0.108 0.116
#> GSM803633 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803692 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803751 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803634 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803693 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803752 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803635 2 0.372 0.613 0.008 0.844 0.016 0.132
#> GSM803694 2 0.372 0.613 0.008 0.844 0.016 0.132
#> GSM803753 2 0.372 0.613 0.008 0.844 0.016 0.132
#> GSM803636 2 0.438 0.589 0.008 0.804 0.028 0.160
#> GSM803695 2 0.438 0.589 0.008 0.804 0.028 0.160
#> GSM803754 2 0.438 0.589 0.008 0.804 0.028 0.160
#> GSM803637 2 0.428 0.592 0.008 0.808 0.024 0.160
#> GSM803696 2 0.428 0.592 0.008 0.808 0.024 0.160
#> GSM803755 2 0.428 0.592 0.008 0.808 0.024 0.160
#> GSM803638 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803697 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803756 2 0.433 0.589 0.008 0.804 0.024 0.164
#> GSM803639 2 0.437 0.586 0.008 0.800 0.024 0.168
#> GSM803698 2 0.437 0.586 0.008 0.800 0.024 0.168
#> GSM803757 2 0.437 0.586 0.008 0.800 0.024 0.168
#> GSM803640 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803699 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803758 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803641 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803700 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803759 1 0.398 0.808 0.848 0.012 0.040 0.100
#> GSM803642 1 0.407 0.803 0.844 0.016 0.036 0.104
#> GSM803701 1 0.407 0.803 0.844 0.016 0.036 0.104
#> GSM803760 1 0.407 0.803 0.844 0.016 0.036 0.104
#> GSM803643 1 0.407 0.803 0.844 0.016 0.036 0.104
#> GSM803702 1 0.407 0.803 0.844 0.016 0.036 0.104
#> GSM803644 1 0.351 0.812 0.868 0.008 0.028 0.096
#> GSM803703 1 0.351 0.812 0.868 0.008 0.028 0.096
#> GSM803761 1 0.351 0.812 0.868 0.008 0.028 0.096
#> GSM803645 1 0.187 0.826 0.948 0.012 0.016 0.024
#> GSM803704 1 0.187 0.826 0.948 0.012 0.016 0.024
#> GSM803762 1 0.187 0.826 0.948 0.012 0.016 0.024
#> GSM803646 1 0.673 0.645 0.688 0.140 0.044 0.128
#> GSM803705 1 0.673 0.645 0.688 0.140 0.044 0.128
#> GSM803763 1 0.673 0.645 0.688 0.140 0.044 0.128
#> GSM803647 1 0.386 0.806 0.852 0.012 0.032 0.104
#> GSM803706 1 0.386 0.806 0.852 0.012 0.032 0.104
#> GSM803764 1 0.386 0.806 0.852 0.012 0.032 0.104
#> GSM803648 2 0.720 0.627 0.248 0.616 0.040 0.096
#> GSM803707 2 0.720 0.627 0.248 0.616 0.040 0.096
#> GSM803765 2 0.720 0.627 0.248 0.616 0.040 0.096
#> GSM803649 2 0.735 0.608 0.264 0.596 0.040 0.100
#> GSM803708 2 0.735 0.608 0.264 0.596 0.040 0.100
#> GSM803766 2 0.735 0.608 0.264 0.596 0.040 0.100
#> GSM803650 1 0.154 0.826 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803709 1 0.154 0.826 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803767 1 0.154 0.826 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM803651 1 0.222 0.827 0.932 0.008 0.016 0.044
#> GSM803710 1 0.222 0.827 0.932 0.008 0.016 0.044
#> GSM803768 1 0.222 0.827 0.932 0.008 0.016 0.044
#> GSM803652 1 0.111 0.829 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM803711 1 0.111 0.829 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM803653 2 0.639 0.655 0.224 0.680 0.036 0.060
#> GSM803712 2 0.639 0.655 0.224 0.680 0.036 0.060
#> GSM803769 2 0.639 0.655 0.224 0.680 0.036 0.060
#> GSM803654 2 0.232 0.672 0.028 0.932 0.024 0.016
#> GSM803713 2 0.232 0.672 0.028 0.932 0.024 0.016
#> GSM803770 2 0.232 0.672 0.028 0.932 0.024 0.016
#> GSM803655 2 0.702 0.628 0.264 0.620 0.040 0.076
#> GSM803714 2 0.702 0.628 0.264 0.620 0.040 0.076
#> GSM803771 2 0.702 0.628 0.264 0.620 0.040 0.076
#> GSM803656 2 0.611 0.627 0.096 0.740 0.052 0.112
#> GSM803715 2 0.611 0.627 0.096 0.740 0.052 0.112
#> GSM803772 2 0.611 0.627 0.096 0.740 0.052 0.112
#> GSM803657 2 0.578 0.682 0.140 0.752 0.040 0.068
#> GSM803716 2 0.578 0.682 0.140 0.752 0.040 0.068
#> GSM803773 2 0.578 0.682 0.140 0.752 0.040 0.068
#> GSM803658 2 0.522 0.687 0.132 0.784 0.036 0.048
#> GSM803717 2 0.522 0.687 0.132 0.784 0.036 0.048
#> GSM803774 2 0.522 0.687 0.132 0.784 0.036 0.048
#> GSM803659 2 0.530 0.687 0.132 0.780 0.036 0.052
#> GSM803718 2 0.530 0.687 0.132 0.780 0.036 0.052
#> GSM803775 2 0.530 0.687 0.132 0.780 0.036 0.052
#> GSM803660 2 0.675 0.634 0.268 0.632 0.032 0.068
#> GSM803719 2 0.675 0.634 0.268 0.632 0.032 0.068
#> GSM803776 2 0.675 0.634 0.268 0.632 0.032 0.068
#> GSM803661 1 0.315 0.808 0.896 0.056 0.016 0.032
#> GSM803720 1 0.315 0.808 0.896 0.056 0.016 0.032
#> GSM803777 1 0.315 0.808 0.896 0.056 0.016 0.032
#> GSM803662 2 0.749 0.582 0.292 0.572 0.048 0.088
#> GSM803732 1 0.732 0.498 0.616 0.228 0.040 0.116
#> GSM803778 1 0.732 0.498 0.616 0.228 0.040 0.116
#> GSM803663 2 0.669 0.644 0.244 0.652 0.040 0.064
#> GSM803721 2 0.669 0.644 0.244 0.652 0.040 0.064
#> GSM803779 2 0.669 0.644 0.244 0.652 0.040 0.064
#> GSM803664 2 0.519 0.685 0.184 0.760 0.032 0.024
#> GSM803722 2 0.519 0.685 0.184 0.760 0.032 0.024
#> GSM803780 2 0.519 0.685 0.184 0.760 0.032 0.024
#> GSM803665 1 0.486 0.780 0.796 0.008 0.112 0.084
#> GSM803723 1 0.486 0.780 0.796 0.008 0.112 0.084
#> GSM803781 1 0.486 0.780 0.796 0.008 0.112 0.084
#> GSM803666 3 0.322 0.968 0.076 0.044 0.880 0.000
#> GSM803724 3 0.322 0.968 0.076 0.044 0.880 0.000
#> GSM803782 3 0.322 0.968 0.076 0.044 0.880 0.000
#> GSM803667 3 0.399 0.960 0.076 0.048 0.856 0.020
#> GSM803725 3 0.399 0.960 0.076 0.048 0.856 0.020
#> GSM803783 3 0.399 0.960 0.076 0.048 0.856 0.020
#> GSM803668 3 0.331 0.967 0.076 0.040 0.880 0.004
#> GSM803726 3 0.331 0.967 0.076 0.040 0.880 0.004
#> GSM803784 3 0.331 0.967 0.076 0.040 0.880 0.004
#> GSM803669 3 0.354 0.967 0.076 0.044 0.872 0.008
#> GSM803727 3 0.354 0.967 0.076 0.044 0.872 0.008
#> GSM803670 3 0.346 0.968 0.076 0.040 0.876 0.008
#> GSM803728 3 0.346 0.968 0.076 0.040 0.876 0.008
#> GSM803785 3 0.346 0.968 0.076 0.040 0.876 0.008
#> GSM803671 3 0.367 0.966 0.076 0.044 0.868 0.012
#> GSM803729 3 0.367 0.966 0.076 0.044 0.868 0.012
#> GSM803786 3 0.367 0.966 0.076 0.044 0.868 0.012
#> GSM803672 3 0.313 0.968 0.076 0.040 0.884 0.000
#> GSM803730 3 0.313 0.968 0.076 0.040 0.884 0.000
#> GSM803787 3 0.313 0.968 0.076 0.040 0.884 0.000
#> GSM803673 2 0.351 0.627 0.012 0.872 0.028 0.088
#> GSM803731 2 0.351 0.627 0.012 0.872 0.028 0.088
#> GSM803788 2 0.351 0.627 0.012 0.872 0.028 0.088
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.5725 0.9866 0.000 0.212 0.116 0.656 0.016
#> GSM803674 4 0.5725 0.9866 0.000 0.212 0.116 0.656 0.016
#> GSM803733 4 0.5725 0.9866 0.000 0.212 0.116 0.656 0.016
#> GSM803616 4 0.5408 0.9877 0.000 0.212 0.116 0.668 0.004
#> GSM803675 4 0.5408 0.9877 0.000 0.212 0.116 0.668 0.004
#> GSM803734 4 0.5408 0.9877 0.000 0.212 0.116 0.668 0.004
#> GSM803617 4 0.5725 0.9866 0.000 0.212 0.116 0.656 0.016
#> GSM803676 4 0.5725 0.9866 0.000 0.212 0.116 0.656 0.016
#> GSM803735 4 0.5408 0.9877 0.000 0.212 0.116 0.668 0.004
#> GSM803618 4 0.5809 0.9852 0.000 0.212 0.124 0.648 0.016
#> GSM803677 4 0.5809 0.9852 0.000 0.212 0.124 0.648 0.016
#> GSM803736 4 0.5809 0.9852 0.000 0.212 0.124 0.648 0.016
#> GSM803619 4 0.5893 0.9747 0.000 0.200 0.116 0.656 0.028
#> GSM803678 4 0.5893 0.9747 0.000 0.200 0.116 0.656 0.028
#> GSM803737 4 0.5893 0.9747 0.000 0.200 0.116 0.656 0.028
#> GSM803620 4 0.5899 0.9849 0.000 0.212 0.116 0.648 0.024
#> GSM803679 4 0.5899 0.9849 0.000 0.212 0.116 0.648 0.024
#> GSM803738 4 0.5899 0.9849 0.000 0.212 0.116 0.648 0.024
#> GSM803621 1 0.1200 0.6987 0.964 0.000 0.008 0.012 0.016
#> GSM803680 1 0.1200 0.6987 0.964 0.000 0.008 0.012 0.016
#> GSM803739 1 0.1200 0.6987 0.964 0.000 0.008 0.012 0.016
#> GSM803622 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803681 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803740 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803623 2 0.3831 0.6923 0.000 0.832 0.020 0.076 0.072
#> GSM803682 2 0.3831 0.6923 0.000 0.832 0.020 0.076 0.072
#> GSM803741 2 0.3831 0.6923 0.000 0.832 0.020 0.076 0.072
#> GSM803624 5 0.6805 -0.1333 0.400 0.028 0.016 0.084 0.472
#> GSM803683 1 0.6139 0.3672 0.500 0.012 0.020 0.048 0.420
#> GSM803742 1 0.6251 0.3519 0.492 0.012 0.020 0.056 0.420
#> GSM803625 1 0.5662 0.5017 0.564 0.008 0.012 0.040 0.376
#> GSM803684 1 0.5662 0.5017 0.564 0.008 0.012 0.040 0.376
#> GSM803743 1 0.5662 0.5017 0.564 0.008 0.012 0.040 0.376
#> GSM803626 3 0.2255 0.9771 0.060 0.004 0.916 0.012 0.008
#> GSM803685 1 0.5879 0.2660 0.632 0.000 0.260 0.076 0.032
#> GSM803744 3 0.2255 0.9771 0.060 0.004 0.916 0.012 0.008
#> GSM803627 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803686 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803745 1 0.0566 0.6975 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM803628 1 0.2321 0.6801 0.916 0.000 0.016 0.044 0.024
#> GSM803687 1 0.2321 0.6801 0.916 0.000 0.016 0.044 0.024
#> GSM803746 1 0.2321 0.6801 0.916 0.000 0.016 0.044 0.024
#> GSM803629 1 0.1300 0.6919 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> GSM803688 1 0.1300 0.6919 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> GSM803747 1 0.1300 0.6919 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> GSM803630 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803689 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803748 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803631 1 0.2228 0.6814 0.920 0.000 0.016 0.044 0.020
#> GSM803690 1 0.2228 0.6814 0.920 0.000 0.016 0.044 0.020
#> GSM803749 1 0.2228 0.6814 0.920 0.000 0.016 0.044 0.020
#> GSM803632 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803691 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803750 1 0.2672 0.6753 0.896 0.000 0.016 0.064 0.024
#> GSM803633 2 0.1012 0.7081 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM803692 2 0.1012 0.7081 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM803751 2 0.1012 0.7081 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM803634 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803693 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803752 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803635 2 0.2078 0.7225 0.000 0.924 0.004 0.036 0.036
#> GSM803694 2 0.2078 0.7225 0.000 0.924 0.004 0.036 0.036
#> GSM803753 2 0.2078 0.7225 0.000 0.924 0.004 0.036 0.036
#> GSM803636 2 0.0771 0.7123 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803695 2 0.0771 0.7123 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803754 2 0.0771 0.7123 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803637 2 0.1117 0.7058 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803696 2 0.1117 0.7058 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803755 2 0.1117 0.7058 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803638 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803697 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803756 2 0.0898 0.7084 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM803639 2 0.0955 0.7126 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM803698 2 0.0955 0.7126 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM803757 2 0.0955 0.7126 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM803640 1 0.6085 0.3653 0.468 0.004 0.008 0.080 0.440
#> GSM803699 1 0.6085 0.3653 0.468 0.004 0.008 0.080 0.440
#> GSM803758 1 0.6085 0.3653 0.468 0.004 0.008 0.080 0.440
#> GSM803641 1 0.5942 0.3731 0.472 0.000 0.008 0.080 0.440
#> GSM803700 1 0.5942 0.3731 0.472 0.000 0.008 0.080 0.440
#> GSM803759 1 0.5942 0.3731 0.472 0.000 0.008 0.080 0.440
#> GSM803642 5 0.5843 -0.3263 0.436 0.004 0.008 0.060 0.492
#> GSM803701 5 0.5843 -0.3263 0.436 0.004 0.008 0.060 0.492
#> GSM803760 5 0.5843 -0.3263 0.436 0.004 0.008 0.060 0.492
#> GSM803643 5 0.5843 -0.3263 0.436 0.004 0.008 0.060 0.492
#> GSM803702 5 0.5843 -0.3263 0.436 0.004 0.008 0.060 0.492
#> GSM803644 1 0.5902 0.4225 0.512 0.000 0.008 0.080 0.400
#> GSM803703 1 0.5902 0.4225 0.512 0.000 0.008 0.080 0.400
#> GSM803761 1 0.5902 0.4225 0.512 0.000 0.008 0.080 0.400
#> GSM803645 1 0.5251 0.5356 0.608 0.004 0.012 0.028 0.348
#> GSM803704 1 0.5251 0.5356 0.608 0.004 0.012 0.028 0.348
#> GSM803762 1 0.5251 0.5356 0.608 0.004 0.012 0.028 0.348
#> GSM803646 5 0.5869 -0.0296 0.284 0.020 0.008 0.064 0.624
#> GSM803705 5 0.5869 -0.0296 0.284 0.020 0.008 0.064 0.624
#> GSM803763 5 0.5869 -0.0296 0.284 0.020 0.008 0.064 0.624
#> GSM803647 5 0.5852 -0.3576 0.452 0.004 0.008 0.060 0.476
#> GSM803706 5 0.5852 -0.3576 0.452 0.004 0.008 0.060 0.476
#> GSM803764 5 0.5852 -0.3576 0.452 0.004 0.008 0.060 0.476
#> GSM803648 5 0.7108 0.2309 0.020 0.364 0.032 0.104 0.480
#> GSM803707 5 0.7108 0.2309 0.020 0.364 0.032 0.104 0.480
#> GSM803765 5 0.7108 0.2309 0.020 0.364 0.032 0.104 0.480
#> GSM803649 5 0.7126 0.2730 0.024 0.336 0.032 0.104 0.504
#> GSM803708 5 0.7126 0.2730 0.024 0.336 0.032 0.104 0.504
#> GSM803766 5 0.7126 0.2730 0.024 0.336 0.032 0.104 0.504
#> GSM803650 1 0.3456 0.6664 0.800 0.000 0.000 0.016 0.184
#> GSM803709 1 0.3456 0.6664 0.800 0.000 0.000 0.016 0.184
#> GSM803767 1 0.3456 0.6664 0.800 0.000 0.000 0.016 0.184
#> GSM803651 1 0.5336 0.5807 0.632 0.000 0.012 0.052 0.304
#> GSM803710 1 0.5336 0.5807 0.632 0.000 0.012 0.052 0.304
#> GSM803768 1 0.5336 0.5807 0.632 0.000 0.012 0.052 0.304
#> GSM803652 1 0.4090 0.6319 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> GSM803711 1 0.4090 0.6319 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> GSM803653 5 0.7858 0.0224 0.044 0.376 0.032 0.148 0.400
#> GSM803712 5 0.7858 0.0224 0.044 0.376 0.032 0.148 0.400
#> GSM803769 5 0.7858 0.0224 0.044 0.376 0.032 0.148 0.400
#> GSM803654 2 0.4763 0.5836 0.000 0.720 0.016 0.040 0.224
#> GSM803713 2 0.4763 0.5836 0.000 0.720 0.016 0.040 0.224
#> GSM803770 2 0.4763 0.5836 0.000 0.720 0.016 0.040 0.224
#> GSM803655 5 0.7755 0.1904 0.052 0.364 0.028 0.128 0.428
#> GSM803714 5 0.7755 0.1904 0.052 0.364 0.028 0.128 0.428
#> GSM803771 5 0.7755 0.1904 0.052 0.364 0.028 0.128 0.428
#> GSM803656 2 0.7815 0.3720 0.032 0.484 0.048 0.164 0.272
#> GSM803715 2 0.7815 0.3720 0.032 0.484 0.048 0.164 0.272
#> GSM803772 2 0.7815 0.3720 0.032 0.484 0.048 0.164 0.272
#> GSM803657 2 0.7055 0.2495 0.008 0.428 0.028 0.132 0.404
#> GSM803716 2 0.7055 0.2495 0.008 0.428 0.028 0.132 0.404
#> GSM803773 2 0.7055 0.2495 0.008 0.428 0.028 0.132 0.404
#> GSM803658 2 0.6936 0.3762 0.012 0.488 0.028 0.112 0.360
#> GSM803717 2 0.6936 0.3762 0.012 0.488 0.028 0.112 0.360
#> GSM803774 2 0.6936 0.3762 0.012 0.488 0.028 0.112 0.360
#> GSM803659 2 0.6943 0.3690 0.012 0.484 0.028 0.112 0.364
#> GSM803718 2 0.6943 0.3690 0.012 0.484 0.028 0.112 0.364
#> GSM803775 2 0.6943 0.3690 0.012 0.484 0.028 0.112 0.364
#> GSM803660 5 0.6825 0.2279 0.028 0.380 0.028 0.068 0.496
#> GSM803719 5 0.6825 0.2279 0.028 0.380 0.028 0.068 0.496
#> GSM803776 5 0.6825 0.2279 0.028 0.380 0.028 0.068 0.496
#> GSM803661 1 0.6251 0.3519 0.492 0.012 0.020 0.056 0.420
#> GSM803720 1 0.6251 0.3519 0.492 0.012 0.020 0.056 0.420
#> GSM803777 1 0.6251 0.3519 0.492 0.012 0.020 0.056 0.420
#> GSM803662 5 0.6659 0.2801 0.040 0.256 0.016 0.092 0.596
#> GSM803732 5 0.6265 0.3428 0.172 0.072 0.016 0.068 0.672
#> GSM803778 5 0.6265 0.3428 0.172 0.072 0.016 0.068 0.672
#> GSM803663 5 0.7099 0.1868 0.024 0.376 0.024 0.108 0.468
#> GSM803721 5 0.7099 0.1868 0.024 0.376 0.024 0.108 0.468
#> GSM803779 5 0.7099 0.1868 0.024 0.376 0.024 0.108 0.468
#> GSM803664 2 0.7178 0.2282 0.040 0.504 0.016 0.116 0.324
#> GSM803722 2 0.7178 0.2282 0.040 0.504 0.016 0.116 0.324
#> GSM803780 2 0.7178 0.2282 0.040 0.504 0.016 0.116 0.324
#> GSM803665 1 0.4682 0.6565 0.760 0.000 0.036 0.040 0.164
#> GSM803723 1 0.4682 0.6565 0.760 0.000 0.036 0.040 0.164
#> GSM803781 1 0.4682 0.6565 0.760 0.000 0.036 0.040 0.164
#> GSM803666 3 0.2130 0.9817 0.060 0.004 0.920 0.004 0.012
#> GSM803724 3 0.2130 0.9817 0.060 0.004 0.920 0.004 0.012
#> GSM803782 3 0.2130 0.9817 0.060 0.004 0.920 0.004 0.012
#> GSM803667 3 0.2637 0.9796 0.060 0.004 0.900 0.008 0.028
#> GSM803725 3 0.2637 0.9796 0.060 0.004 0.900 0.008 0.028
#> GSM803783 3 0.2637 0.9796 0.060 0.004 0.900 0.008 0.028
#> GSM803668 3 0.1970 0.9793 0.060 0.004 0.924 0.000 0.012
#> GSM803726 3 0.1970 0.9793 0.060 0.004 0.924 0.000 0.012
#> GSM803784 3 0.1970 0.9793 0.060 0.004 0.924 0.000 0.012
#> GSM803669 3 0.2512 0.9805 0.060 0.004 0.904 0.004 0.028
#> GSM803727 3 0.2512 0.9805 0.060 0.004 0.904 0.004 0.028
#> GSM803670 3 0.2471 0.9794 0.060 0.004 0.908 0.012 0.016
#> GSM803728 3 0.2471 0.9794 0.060 0.004 0.908 0.012 0.016
#> GSM803785 3 0.2471 0.9794 0.060 0.004 0.908 0.012 0.016
#> GSM803671 3 0.2512 0.9805 0.060 0.004 0.904 0.004 0.028
#> GSM803729 3 0.2512 0.9805 0.060 0.004 0.904 0.004 0.028
#> GSM803786 3 0.2512 0.9805 0.060 0.004 0.904 0.004 0.028
#> GSM803672 3 0.2471 0.9745 0.060 0.004 0.908 0.016 0.012
#> GSM803730 3 0.2471 0.9745 0.060 0.004 0.908 0.016 0.012
#> GSM803787 3 0.2471 0.9745 0.060 0.004 0.908 0.016 0.012
#> GSM803673 2 0.4265 0.6911 0.000 0.804 0.024 0.080 0.092
#> GSM803731 2 0.4265 0.6911 0.000 0.804 0.024 0.080 0.092
#> GSM803788 2 0.4265 0.6911 0.000 0.804 0.024 0.080 0.092
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.4944 0.9730 0.012 0.144 0.072 0.736 0.028 0.008
#> GSM803674 4 0.4944 0.9730 0.012 0.144 0.072 0.736 0.028 0.008
#> GSM803733 4 0.4944 0.9730 0.012 0.144 0.072 0.736 0.028 0.008
#> GSM803616 4 0.4214 0.9759 0.000 0.148 0.072 0.764 0.008 0.008
#> GSM803675 4 0.4214 0.9759 0.000 0.148 0.072 0.764 0.008 0.008
#> GSM803734 4 0.4214 0.9759 0.000 0.148 0.072 0.764 0.008 0.008
#> GSM803617 4 0.4944 0.9730 0.012 0.144 0.072 0.736 0.028 0.008
#> GSM803676 4 0.4944 0.9730 0.012 0.144 0.072 0.736 0.028 0.008
#> GSM803735 4 0.4214 0.9759 0.000 0.148 0.072 0.764 0.008 0.008
#> GSM803618 4 0.4757 0.9732 0.008 0.148 0.068 0.744 0.024 0.008
#> GSM803677 4 0.4757 0.9732 0.008 0.148 0.068 0.744 0.024 0.008
#> GSM803736 4 0.4757 0.9732 0.008 0.148 0.068 0.744 0.024 0.008
#> GSM803619 4 0.5120 0.9586 0.016 0.144 0.068 0.728 0.036 0.008
#> GSM803678 4 0.5120 0.9586 0.016 0.144 0.068 0.728 0.036 0.008
#> GSM803737 4 0.5135 0.9587 0.020 0.144 0.068 0.728 0.032 0.008
#> GSM803620 4 0.5202 0.9675 0.020 0.148 0.076 0.720 0.028 0.008
#> GSM803679 4 0.5202 0.9675 0.020 0.148 0.076 0.720 0.028 0.008
#> GSM803738 4 0.5202 0.9675 0.020 0.148 0.076 0.720 0.028 0.008
#> GSM803621 6 0.2151 0.6069 0.048 0.000 0.000 0.024 0.016 0.912
#> GSM803680 6 0.2151 0.6069 0.048 0.000 0.000 0.024 0.016 0.912
#> GSM803739 6 0.2151 0.6069 0.048 0.000 0.000 0.024 0.016 0.912
#> GSM803622 6 0.1483 0.6125 0.036 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944
#> GSM803681 6 0.1483 0.6125 0.036 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944
#> GSM803740 6 0.1483 0.6125 0.036 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944
#> GSM803623 2 0.4779 0.6494 0.032 0.744 0.020 0.060 0.144 0.000
#> GSM803682 2 0.4779 0.6494 0.032 0.744 0.020 0.060 0.144 0.000
#> GSM803741 2 0.4779 0.6494 0.032 0.744 0.020 0.060 0.144 0.000
#> GSM803624 5 0.7329 -0.2291 0.336 0.024 0.008 0.028 0.340 0.264
#> GSM803683 6 0.7092 -0.0601 0.332 0.012 0.008 0.024 0.280 0.344
#> GSM803742 6 0.7092 -0.0601 0.332 0.012 0.008 0.024 0.280 0.344
#> GSM803625 6 0.6503 -0.0836 0.388 0.004 0.004 0.036 0.136 0.432
#> GSM803684 6 0.6503 -0.0836 0.388 0.004 0.004 0.036 0.136 0.432
#> GSM803743 6 0.6503 -0.0836 0.388 0.004 0.004 0.036 0.136 0.432
#> GSM803626 3 0.3101 0.9552 0.024 0.004 0.872 0.012 0.056 0.032
#> GSM803685 6 0.5521 0.3527 0.040 0.000 0.192 0.032 0.060 0.676
#> GSM803744 3 0.3101 0.9552 0.024 0.004 0.872 0.012 0.056 0.032
#> GSM803627 6 0.1483 0.6128 0.036 0.000 0.000 0.012 0.008 0.944
#> GSM803686 6 0.1483 0.6128 0.036 0.000 0.000 0.012 0.008 0.944
#> GSM803745 6 0.1483 0.6128 0.036 0.000 0.000 0.012 0.008 0.944
#> GSM803628 6 0.1251 0.6019 0.012 0.000 0.000 0.024 0.008 0.956
#> GSM803687 6 0.1251 0.6019 0.012 0.000 0.000 0.024 0.008 0.956
#> GSM803746 6 0.1251 0.6019 0.012 0.000 0.000 0.024 0.008 0.956
#> GSM803629 6 0.1448 0.6098 0.024 0.000 0.000 0.012 0.016 0.948
#> GSM803688 6 0.1448 0.6098 0.024 0.000 0.000 0.012 0.016 0.948
#> GSM803747 6 0.1448 0.6098 0.024 0.000 0.000 0.012 0.016 0.948
#> GSM803630 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803689 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803748 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803631 6 0.1180 0.6058 0.012 0.000 0.000 0.012 0.016 0.960
#> GSM803690 6 0.1180 0.6058 0.012 0.000 0.000 0.012 0.016 0.960
#> GSM803749 6 0.1180 0.6058 0.012 0.000 0.000 0.012 0.016 0.960
#> GSM803632 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803691 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803750 6 0.2421 0.5799 0.040 0.000 0.000 0.032 0.028 0.900
#> GSM803633 2 0.1176 0.7685 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.1176 0.7685 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.1176 0.7685 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0909 0.7692 0.012 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0909 0.7692 0.012 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0909 0.7692 0.012 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.2002 0.7349 0.012 0.908 0.000 0.004 0.076 0.000
#> GSM803694 2 0.2002 0.7349 0.012 0.908 0.000 0.004 0.076 0.000
#> GSM803753 2 0.2002 0.7349 0.012 0.908 0.000 0.004 0.076 0.000
#> GSM803636 2 0.0984 0.7706 0.012 0.968 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM803695 2 0.0984 0.7706 0.012 0.968 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM803754 2 0.0984 0.7706 0.012 0.968 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM803637 2 0.1059 0.7688 0.016 0.964 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM803696 2 0.1059 0.7688 0.016 0.964 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM803755 2 0.1059 0.7688 0.016 0.964 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM803638 2 0.1148 0.7696 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM803697 2 0.1148 0.7696 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM803756 2 0.1148 0.7696 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM803639 2 0.1483 0.7672 0.008 0.944 0.000 0.012 0.036 0.000
#> GSM803698 2 0.1483 0.7672 0.008 0.944 0.000 0.012 0.036 0.000
#> GSM803757 2 0.1483 0.7672 0.008 0.944 0.000 0.012 0.036 0.000
#> GSM803640 1 0.4035 0.8887 0.700 0.000 0.000 0.016 0.012 0.272
#> GSM803699 1 0.4035 0.8887 0.700 0.000 0.000 0.016 0.012 0.272
#> GSM803758 1 0.4035 0.8887 0.700 0.000 0.000 0.016 0.012 0.272
#> GSM803641 1 0.3874 0.8891 0.704 0.000 0.000 0.012 0.008 0.276
#> GSM803700 1 0.3874 0.8891 0.704 0.000 0.000 0.012 0.008 0.276
#> GSM803759 1 0.3874 0.8891 0.704 0.000 0.000 0.012 0.008 0.276
#> GSM803642 1 0.3956 0.8917 0.716 0.000 0.000 0.004 0.028 0.252
#> GSM803701 1 0.3956 0.8917 0.716 0.000 0.000 0.004 0.028 0.252
#> GSM803760 1 0.3956 0.8917 0.716 0.000 0.000 0.004 0.028 0.252
#> GSM803643 1 0.3956 0.8917 0.716 0.000 0.000 0.004 0.028 0.252
#> GSM803702 1 0.3956 0.8917 0.716 0.000 0.000 0.004 0.028 0.252
#> GSM803644 1 0.4482 0.7734 0.628 0.000 0.000 0.020 0.016 0.336
#> GSM803703 1 0.4482 0.7734 0.628 0.000 0.000 0.020 0.016 0.336
#> GSM803761 1 0.4482 0.7734 0.628 0.000 0.000 0.020 0.016 0.336
#> GSM803645 6 0.6331 0.1679 0.300 0.000 0.004 0.024 0.184 0.488
#> GSM803704 6 0.6331 0.1679 0.300 0.000 0.004 0.024 0.184 0.488
#> GSM803762 6 0.6331 0.1679 0.300 0.000 0.004 0.024 0.184 0.488
#> GSM803646 1 0.4505 0.7484 0.732 0.008 0.000 0.004 0.096 0.160
#> GSM803705 1 0.4505 0.7484 0.732 0.008 0.000 0.004 0.096 0.160
#> GSM803763 1 0.4505 0.7484 0.732 0.008 0.000 0.004 0.096 0.160
#> GSM803647 1 0.4312 0.8868 0.692 0.000 0.000 0.016 0.028 0.264
#> GSM803706 1 0.4312 0.8868 0.692 0.000 0.000 0.016 0.028 0.264
#> GSM803764 1 0.4312 0.8868 0.692 0.000 0.000 0.016 0.028 0.264
#> GSM803648 5 0.7270 0.6570 0.236 0.272 0.016 0.028 0.428 0.020
#> GSM803707 5 0.7270 0.6570 0.236 0.272 0.016 0.028 0.428 0.020
#> GSM803765 5 0.7270 0.6570 0.236 0.272 0.016 0.028 0.428 0.020
#> GSM803649 5 0.7332 0.6570 0.252 0.252 0.016 0.028 0.428 0.024
#> GSM803708 5 0.7332 0.6570 0.252 0.252 0.016 0.028 0.428 0.024
#> GSM803766 5 0.7332 0.6570 0.252 0.252 0.016 0.028 0.428 0.024
#> GSM803650 6 0.5008 0.3849 0.244 0.000 0.000 0.024 0.072 0.660
#> GSM803709 6 0.5008 0.3849 0.244 0.000 0.000 0.024 0.072 0.660
#> GSM803767 6 0.5008 0.3849 0.244 0.000 0.000 0.024 0.072 0.660
#> GSM803651 6 0.6045 -0.0182 0.388 0.000 0.004 0.032 0.100 0.476
#> GSM803710 6 0.6045 -0.0182 0.388 0.000 0.004 0.032 0.100 0.476
#> GSM803768 6 0.6045 -0.0182 0.388 0.000 0.004 0.032 0.100 0.476
#> GSM803652 6 0.5590 0.2137 0.316 0.000 0.000 0.024 0.096 0.564
#> GSM803711 6 0.5590 0.2137 0.316 0.000 0.000 0.024 0.096 0.564
#> GSM803653 5 0.6832 0.6090 0.128 0.260 0.016 0.028 0.536 0.032
#> GSM803712 5 0.6832 0.6090 0.128 0.260 0.016 0.028 0.536 0.032
#> GSM803769 5 0.6832 0.6090 0.128 0.260 0.016 0.028 0.536 0.032
#> GSM803654 2 0.4808 0.3311 0.040 0.668 0.004 0.024 0.264 0.000
#> GSM803713 2 0.4808 0.3311 0.040 0.668 0.004 0.024 0.264 0.000
#> GSM803770 2 0.4808 0.3311 0.040 0.668 0.004 0.024 0.264 0.000
#> GSM803655 5 0.7483 0.6608 0.192 0.256 0.012 0.032 0.456 0.052
#> GSM803714 5 0.7483 0.6608 0.192 0.256 0.012 0.032 0.456 0.052
#> GSM803771 5 0.7483 0.6608 0.192 0.256 0.012 0.032 0.456 0.052
#> GSM803656 5 0.7321 0.4183 0.092 0.340 0.016 0.072 0.448 0.032
#> GSM803715 5 0.7321 0.4183 0.092 0.340 0.016 0.072 0.448 0.032
#> GSM803772 5 0.7321 0.4183 0.092 0.340 0.016 0.072 0.448 0.032
#> GSM803657 5 0.6771 0.4885 0.136 0.336 0.020 0.036 0.468 0.004
#> GSM803716 5 0.6771 0.4885 0.136 0.336 0.020 0.036 0.468 0.004
#> GSM803773 5 0.6771 0.4885 0.136 0.336 0.020 0.036 0.468 0.004
#> GSM803658 2 0.6602 -0.3727 0.112 0.416 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803717 5 0.6602 0.3335 0.112 0.416 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803774 5 0.6602 0.3335 0.112 0.416 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803659 5 0.6630 0.3434 0.116 0.412 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803718 5 0.6630 0.3434 0.116 0.412 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803775 5 0.6630 0.3434 0.116 0.412 0.016 0.036 0.416 0.004
#> GSM803660 5 0.7153 0.6352 0.240 0.324 0.008 0.020 0.384 0.024
#> GSM803719 5 0.7153 0.6352 0.240 0.324 0.008 0.020 0.384 0.024
#> GSM803776 5 0.7153 0.6352 0.240 0.324 0.008 0.020 0.384 0.024
#> GSM803661 6 0.7092 -0.0601 0.332 0.012 0.008 0.024 0.280 0.344
#> GSM803720 6 0.7092 -0.0601 0.332 0.012 0.008 0.024 0.280 0.344
#> GSM803777 6 0.7092 -0.0601 0.332 0.012 0.008 0.024 0.280 0.344
#> GSM803662 5 0.6843 0.6101 0.300 0.172 0.012 0.024 0.476 0.016
#> GSM803732 5 0.6507 0.3203 0.408 0.048 0.012 0.024 0.456 0.052
#> GSM803778 5 0.6507 0.3203 0.408 0.048 0.012 0.024 0.456 0.052
#> GSM803663 5 0.7136 0.6536 0.212 0.316 0.012 0.020 0.416 0.024
#> GSM803721 5 0.7136 0.6536 0.212 0.316 0.012 0.020 0.416 0.024
#> GSM803779 5 0.7136 0.6536 0.212 0.316 0.012 0.020 0.416 0.024
#> GSM803664 2 0.6616 -0.4577 0.092 0.444 0.012 0.016 0.400 0.036
#> GSM803722 2 0.6616 -0.4577 0.092 0.444 0.012 0.016 0.400 0.036
#> GSM803780 2 0.6616 -0.4577 0.092 0.444 0.012 0.016 0.400 0.036
#> GSM803665 6 0.5809 0.4302 0.184 0.000 0.008 0.032 0.152 0.624
#> GSM803723 6 0.5809 0.4302 0.184 0.000 0.008 0.032 0.152 0.624
#> GSM803781 6 0.5809 0.4302 0.184 0.000 0.008 0.032 0.152 0.624
#> GSM803666 3 0.1786 0.9664 0.000 0.004 0.932 0.004 0.028 0.032
#> GSM803724 3 0.1786 0.9664 0.000 0.004 0.932 0.004 0.028 0.032
#> GSM803782 3 0.1786 0.9664 0.000 0.004 0.932 0.004 0.028 0.032
#> GSM803667 3 0.2006 0.9607 0.008 0.004 0.928 0.016 0.012 0.032
#> GSM803725 3 0.2006 0.9607 0.008 0.004 0.928 0.016 0.012 0.032
#> GSM803783 3 0.2006 0.9607 0.008 0.004 0.928 0.016 0.012 0.032
#> GSM803668 3 0.2341 0.9634 0.024 0.004 0.908 0.000 0.032 0.032
#> GSM803726 3 0.2341 0.9634 0.024 0.004 0.908 0.000 0.032 0.032
#> GSM803784 3 0.2341 0.9634 0.024 0.004 0.908 0.000 0.032 0.032
#> GSM803669 3 0.1225 0.9658 0.000 0.004 0.956 0.004 0.004 0.032
#> GSM803727 3 0.1225 0.9658 0.000 0.004 0.956 0.004 0.004 0.032
#> GSM803670 3 0.2863 0.9600 0.024 0.004 0.888 0.016 0.036 0.032
#> GSM803728 3 0.2863 0.9600 0.024 0.004 0.888 0.016 0.036 0.032
#> GSM803785 3 0.2863 0.9600 0.024 0.004 0.888 0.016 0.036 0.032
#> GSM803671 3 0.1912 0.9637 0.008 0.004 0.932 0.012 0.012 0.032
#> GSM803729 3 0.1912 0.9637 0.008 0.004 0.932 0.012 0.012 0.032
#> GSM803786 3 0.1912 0.9637 0.008 0.004 0.932 0.012 0.012 0.032
#> GSM803672 3 0.2777 0.9616 0.012 0.004 0.888 0.012 0.052 0.032
#> GSM803730 3 0.2777 0.9616 0.012 0.004 0.888 0.012 0.052 0.032
#> GSM803787 3 0.2777 0.9616 0.012 0.004 0.888 0.012 0.052 0.032
#> GSM803673 2 0.4986 0.6230 0.032 0.720 0.020 0.060 0.168 0.000
#> GSM803731 2 0.4986 0.6230 0.032 0.720 0.020 0.060 0.168 0.000
#> GSM803788 2 0.4986 0.6230 0.032 0.720 0.020 0.060 0.168 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:kmeans 141 4.42e-11 2.17e-16 8.52e-10 2
#> CV:kmeans 150 2.25e-21 7.93e-38 4.03e-29 3
#> CV:kmeans 171 3.77e-35 2.98e-73 2.27e-53 4
#> CV:kmeans 111 4.95e-24 5.15e-48 1.36e-34 5
#> CV:kmeans 130 4.64e-44 6.14e-105 1.23e-56 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.964 0.979 0.5021 0.499 0.499
#> 3 3 0.900 0.948 0.972 0.3004 0.791 0.602
#> 4 4 0.748 0.864 0.890 0.0972 0.936 0.819
#> 5 5 0.715 0.700 0.831 0.0863 0.901 0.679
#> 6 6 0.786 0.744 0.838 0.0540 0.913 0.637
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.921 0.495 0.664 0.336
#> GSM803683 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803685 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803627 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.402 0.910 0.920 0.080
#> GSM803705 1 0.402 0.910 0.920 0.080
#> GSM803763 1 0.402 0.910 0.920 0.080
#> GSM803647 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803648 2 0.373 0.933 0.072 0.928
#> GSM803707 2 0.373 0.933 0.072 0.928
#> GSM803765 2 0.373 0.933 0.072 0.928
#> GSM803649 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803708 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803766 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803650 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.260 0.956 0.044 0.956
#> GSM803714 2 0.260 0.956 0.044 0.956
#> GSM803771 2 0.260 0.956 0.044 0.956
#> GSM803656 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803715 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803772 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803660 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803719 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803776 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803661 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803662 2 0.388 0.929 0.076 0.924
#> GSM803732 1 0.625 0.821 0.844 0.156
#> GSM803778 1 0.714 0.764 0.804 0.196
#> GSM803663 2 0.204 0.965 0.032 0.968
#> GSM803721 2 0.204 0.965 0.032 0.968
#> GSM803779 2 0.204 0.965 0.032 0.968
#> GSM803664 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803724 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803782 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803667 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803725 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803783 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803668 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803726 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803784 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803669 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803727 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803670 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803728 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803785 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803671 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803729 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803786 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803672 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803730 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803787 1 0.388 0.933 0.924 0.076
#> GSM803673 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.000 0.987 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803674 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803733 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803616 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803675 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803734 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803617 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803676 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803735 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803618 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803677 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803736 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803619 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803678 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803737 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803620 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803679 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803738 3 0.3267 0.915 0.000 0.116 0.884
#> GSM803621 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803680 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803739 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803622 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803681 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803740 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803623 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.1482 0.954 0.968 0.020 0.012
#> GSM803683 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.6095 0.299 0.392 0.000 0.608
#> GSM803744 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803686 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803745 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803628 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803687 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803746 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803629 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803688 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803747 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803630 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803690 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803749 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803632 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803707 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803765 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803649 2 0.2066 0.921 0.060 0.940 0.000
#> GSM803708 2 0.2066 0.921 0.060 0.940 0.000
#> GSM803766 2 0.2066 0.921 0.060 0.940 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM803712 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM803769 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM803654 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803714 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803771 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803656 2 0.5016 0.665 0.000 0.760 0.240
#> GSM803715 2 0.5016 0.665 0.000 0.760 0.240
#> GSM803772 2 0.5016 0.665 0.000 0.760 0.240
#> GSM803657 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.1031 0.961 0.024 0.976 0.000
#> GSM803719 2 0.1031 0.961 0.024 0.976 0.000
#> GSM803776 2 0.1031 0.961 0.024 0.976 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.1753 0.935 0.048 0.952 0.000
#> GSM803732 1 0.1964 0.924 0.944 0.056 0.000
#> GSM803778 1 0.2261 0.910 0.932 0.068 0.000
#> GSM803663 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803721 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803779 2 0.0424 0.975 0.008 0.992 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.5678 0.561 0.684 0.000 0.316
#> GSM803723 1 0.5678 0.561 0.684 0.000 0.316
#> GSM803781 1 0.5678 0.561 0.684 0.000 0.316
#> GSM803666 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803674 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803733 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803616 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803675 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803734 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803617 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803676 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803735 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803618 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803677 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803736 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803619 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803678 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803737 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803620 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803679 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803738 4 0.0376 0.931 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM803621 1 0.1489 0.902 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM803680 1 0.1489 0.902 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM803739 1 0.1489 0.902 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM803622 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803681 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803740 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803623 2 0.4277 0.795 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803682 2 0.4277 0.795 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803741 2 0.4277 0.795 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803624 4 0.5849 0.545 0.276 0.032 0.020 0.672
#> GSM803683 1 0.1911 0.898 0.944 0.032 0.020 0.004
#> GSM803742 1 0.1911 0.898 0.944 0.032 0.020 0.004
#> GSM803625 1 0.1042 0.903 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM803684 1 0.1042 0.903 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM803743 1 0.1042 0.903 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM803626 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803685 3 0.1824 0.854 0.060 0.000 0.936 0.004
#> GSM803744 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803627 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803686 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803745 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803628 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803687 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803746 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803629 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803688 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803747 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803630 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803689 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803748 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803631 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803690 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803749 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803632 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803691 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803750 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM803633 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803692 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803751 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803634 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803693 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803752 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803635 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803694 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803753 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803636 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803695 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803754 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803637 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803696 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803755 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803638 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803697 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803756 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803639 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803698 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803757 2 0.4008 0.829 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM803640 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803699 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803758 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803641 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803700 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803759 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803642 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803701 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803760 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803643 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803702 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803644 1 0.3320 0.877 0.876 0.068 0.056 0.000
#> GSM803703 1 0.3320 0.877 0.876 0.068 0.056 0.000
#> GSM803761 1 0.3320 0.877 0.876 0.068 0.056 0.000
#> GSM803645 1 0.0336 0.904 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803704 1 0.0336 0.904 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803762 1 0.0336 0.904 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803646 1 0.5321 0.735 0.716 0.228 0.056 0.000
#> GSM803705 1 0.5321 0.735 0.716 0.228 0.056 0.000
#> GSM803763 1 0.5321 0.735 0.716 0.228 0.056 0.000
#> GSM803647 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803706 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803764 1 0.3464 0.874 0.868 0.076 0.056 0.000
#> GSM803648 2 0.1339 0.800 0.008 0.964 0.024 0.004
#> GSM803707 2 0.1339 0.800 0.008 0.964 0.024 0.004
#> GSM803765 2 0.1339 0.800 0.008 0.964 0.024 0.004
#> GSM803649 2 0.1471 0.798 0.012 0.960 0.024 0.004
#> GSM803708 2 0.1471 0.798 0.012 0.960 0.024 0.004
#> GSM803766 2 0.1471 0.798 0.012 0.960 0.024 0.004
#> GSM803650 1 0.1118 0.903 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM803709 1 0.1118 0.903 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM803767 1 0.1118 0.903 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM803651 1 0.0895 0.903 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803710 1 0.0895 0.903 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803768 1 0.0895 0.903 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM803652 1 0.0188 0.904 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803711 1 0.0188 0.904 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803653 4 0.4103 0.705 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM803712 4 0.4103 0.705 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM803769 4 0.4103 0.705 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM803654 2 0.2149 0.841 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM803713 2 0.2149 0.841 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM803770 2 0.2149 0.841 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM803655 2 0.4486 0.667 0.008 0.784 0.020 0.188
#> GSM803714 2 0.4486 0.667 0.008 0.784 0.020 0.188
#> GSM803771 2 0.4486 0.667 0.008 0.784 0.020 0.188
#> GSM803656 4 0.2081 0.874 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM803715 4 0.2081 0.874 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM803772 4 0.2081 0.874 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM803657 2 0.0592 0.827 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM803716 2 0.0592 0.827 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM803773 2 0.0592 0.827 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM803658 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803717 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803774 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803659 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803718 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803775 2 0.1302 0.837 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803660 2 0.1443 0.798 0.008 0.960 0.028 0.004
#> GSM803719 2 0.1443 0.798 0.008 0.960 0.028 0.004
#> GSM803776 2 0.1443 0.798 0.008 0.960 0.028 0.004
#> GSM803661 1 0.1911 0.898 0.944 0.032 0.020 0.004
#> GSM803720 1 0.1911 0.898 0.944 0.032 0.020 0.004
#> GSM803777 1 0.1911 0.898 0.944 0.032 0.020 0.004
#> GSM803662 2 0.2944 0.742 0.044 0.900 0.052 0.004
#> GSM803732 1 0.6032 0.627 0.632 0.308 0.056 0.004
#> GSM803778 1 0.6092 0.609 0.620 0.320 0.056 0.004
#> GSM803663 2 0.1339 0.823 0.008 0.964 0.004 0.024
#> GSM803721 2 0.1339 0.823 0.008 0.964 0.004 0.024
#> GSM803779 2 0.1339 0.823 0.008 0.964 0.004 0.024
#> GSM803664 2 0.2281 0.841 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM803722 2 0.2281 0.841 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM803780 2 0.2281 0.841 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM803665 1 0.6770 0.473 0.592 0.000 0.268 0.140
#> GSM803723 1 0.6770 0.473 0.592 0.000 0.268 0.140
#> GSM803781 1 0.6770 0.473 0.592 0.000 0.268 0.140
#> GSM803666 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803724 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803782 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803667 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803725 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803783 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803668 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803726 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803784 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803669 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803727 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803670 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803728 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803785 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803671 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803729 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803786 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803672 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803730 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803787 3 0.2345 0.993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM803673 2 0.4134 0.813 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM803731 2 0.4134 0.813 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM803788 2 0.4134 0.813 0.000 0.740 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803674 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803733 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803616 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803675 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803734 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803617 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803676 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803735 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803618 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803677 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803736 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803619 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803678 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803737 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803620 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803679 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803738 4 0.0798 0.9342 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.3192 0.7974 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040
#> GSM803682 2 0.3192 0.7974 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040
#> GSM803741 2 0.3192 0.7974 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040
#> GSM803624 5 0.6729 0.1167 0.216 0.004 0.000 0.348 0.432
#> GSM803683 5 0.4971 0.0316 0.472 0.004 0.000 0.020 0.504
#> GSM803742 5 0.4971 0.0316 0.472 0.004 0.000 0.020 0.504
#> GSM803625 1 0.4497 0.0874 0.568 0.000 0.000 0.008 0.424
#> GSM803684 1 0.4497 0.0874 0.568 0.000 0.000 0.008 0.424
#> GSM803743 1 0.4497 0.0874 0.568 0.000 0.000 0.008 0.424
#> GSM803626 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3039 0.7737 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0162 0.8148 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803686 1 0.0162 0.8148 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803745 1 0.0162 0.8148 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803628 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803687 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803746 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803629 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0290 0.8147 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803692 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803751 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803634 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803693 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803752 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803635 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803694 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803753 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803636 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803695 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803754 2 0.2179 0.8107 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM803637 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803696 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803755 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803638 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803697 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803756 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803639 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803698 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803757 2 0.2020 0.8116 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM803640 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803699 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803758 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803641 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803700 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803759 5 0.3949 0.6217 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM803642 5 0.3837 0.6340 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803701 5 0.3837 0.6340 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803760 5 0.3837 0.6340 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803643 5 0.3837 0.6340 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803702 5 0.3837 0.6340 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803644 5 0.4015 0.6002 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM803703 5 0.4015 0.6002 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM803761 5 0.4015 0.6002 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM803645 1 0.4235 0.4264 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803704 1 0.4235 0.4264 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803762 1 0.4235 0.4264 0.656 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803646 5 0.2848 0.5947 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840
#> GSM803705 5 0.2848 0.5947 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840
#> GSM803763 5 0.2848 0.5947 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840
#> GSM803647 5 0.3895 0.6293 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM803706 5 0.3895 0.6293 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM803764 5 0.3895 0.6293 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM803648 2 0.4818 0.3787 0.000 0.520 0.000 0.020 0.460
#> GSM803707 2 0.4818 0.3787 0.000 0.520 0.000 0.020 0.460
#> GSM803765 2 0.4818 0.3787 0.000 0.520 0.000 0.020 0.460
#> GSM803649 5 0.4826 -0.3332 0.000 0.472 0.000 0.020 0.508
#> GSM803708 5 0.4826 -0.3332 0.000 0.472 0.000 0.020 0.508
#> GSM803766 5 0.4826 -0.3332 0.000 0.472 0.000 0.020 0.508
#> GSM803650 1 0.2329 0.7228 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803709 1 0.2329 0.7228 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803767 1 0.2329 0.7228 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM803651 1 0.4455 0.1381 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> GSM803710 1 0.4455 0.1381 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> GSM803768 1 0.4455 0.1381 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> GSM803652 1 0.3689 0.5214 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> GSM803711 1 0.3689 0.5214 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> GSM803653 4 0.5950 0.5691 0.000 0.188 0.000 0.592 0.220
#> GSM803712 4 0.5950 0.5691 0.000 0.188 0.000 0.592 0.220
#> GSM803769 4 0.5950 0.5691 0.000 0.188 0.000 0.592 0.220
#> GSM803654 2 0.1205 0.7969 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM803713 2 0.1205 0.7969 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM803770 2 0.1205 0.7969 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM803655 2 0.6647 0.2787 0.000 0.424 0.000 0.232 0.344
#> GSM803714 2 0.6647 0.2787 0.000 0.424 0.000 0.232 0.344
#> GSM803771 2 0.6647 0.2787 0.000 0.424 0.000 0.232 0.344
#> GSM803656 4 0.3126 0.8673 0.000 0.048 0.008 0.868 0.076
#> GSM803715 4 0.3126 0.8673 0.000 0.048 0.008 0.868 0.076
#> GSM803772 4 0.3126 0.8673 0.000 0.048 0.008 0.868 0.076
#> GSM803657 2 0.3530 0.7486 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204
#> GSM803716 2 0.3530 0.7486 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204
#> GSM803773 2 0.3530 0.7486 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204
#> GSM803658 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803717 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803774 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803659 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803718 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803775 2 0.3238 0.7811 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM803660 2 0.4666 0.4274 0.000 0.572 0.000 0.016 0.412
#> GSM803719 2 0.4666 0.4274 0.000 0.572 0.000 0.016 0.412
#> GSM803776 2 0.4666 0.4274 0.000 0.572 0.000 0.016 0.412
#> GSM803661 5 0.4971 0.0316 0.472 0.004 0.000 0.020 0.504
#> GSM803720 5 0.4971 0.0316 0.472 0.004 0.000 0.020 0.504
#> GSM803777 5 0.4971 0.0316 0.472 0.004 0.000 0.020 0.504
#> GSM803662 5 0.3177 0.3208 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM803732 5 0.2790 0.5188 0.052 0.068 0.000 0.000 0.880
#> GSM803778 5 0.2790 0.5188 0.052 0.068 0.000 0.000 0.880
#> GSM803663 2 0.4709 0.5550 0.000 0.612 0.000 0.024 0.364
#> GSM803721 2 0.4709 0.5550 0.000 0.612 0.000 0.024 0.364
#> GSM803779 2 0.4709 0.5550 0.000 0.612 0.000 0.024 0.364
#> GSM803664 2 0.2248 0.7714 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> GSM803722 2 0.2248 0.7714 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> GSM803780 2 0.2248 0.7714 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> GSM803665 1 0.3613 0.6674 0.848 0.000 0.076 0.048 0.028
#> GSM803723 1 0.3613 0.6674 0.848 0.000 0.076 0.048 0.028
#> GSM803781 1 0.3613 0.6674 0.848 0.000 0.076 0.048 0.028
#> GSM803666 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9904 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3090 0.8005 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> GSM803731 2 0.3090 0.8005 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> GSM803788 2 0.3090 0.8005 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.1296 0.9605 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004 0.000
#> GSM803678 4 0.1296 0.9605 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004 0.000
#> GSM803737 4 0.1296 0.9605 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004 0.000
#> GSM803620 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.1152 0.9628 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.0146 0.8912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803680 6 0.0146 0.8912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803739 6 0.0146 0.8912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803622 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803681 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803740 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803623 2 0.1982 0.7943 0.004 0.912 0.000 0.016 0.068 0.000
#> GSM803682 2 0.1982 0.7943 0.004 0.912 0.000 0.016 0.068 0.000
#> GSM803741 2 0.1982 0.7943 0.004 0.912 0.000 0.016 0.068 0.000
#> GSM803624 1 0.7333 0.3502 0.360 0.000 0.000 0.132 0.320 0.188
#> GSM803683 1 0.6844 0.3811 0.392 0.000 0.000 0.052 0.320 0.236
#> GSM803742 1 0.6844 0.3811 0.392 0.000 0.000 0.052 0.320 0.236
#> GSM803625 1 0.5573 0.5293 0.588 0.000 0.000 0.024 0.108 0.280
#> GSM803684 1 0.5573 0.5293 0.588 0.000 0.000 0.024 0.108 0.280
#> GSM803743 1 0.5573 0.5293 0.588 0.000 0.000 0.024 0.108 0.280
#> GSM803626 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3922 0.5206 0.000 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320
#> GSM803744 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0000 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803686 6 0.0000 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803745 6 0.0000 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803628 6 0.0820 0.8962 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972
#> GSM803687 6 0.0820 0.8962 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972
#> GSM803746 6 0.0820 0.8962 0.016 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972
#> GSM803629 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803688 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803747 6 0.0458 0.8979 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803630 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803689 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803748 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803631 6 0.0603 0.8977 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM803690 6 0.0603 0.8977 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM803749 6 0.0603 0.8977 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM803632 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803691 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803750 6 0.1245 0.8874 0.032 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM803633 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803692 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803751 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803634 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803693 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803752 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803635 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0146 0.8227 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803696 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803755 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803638 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803697 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803756 2 0.0291 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803639 2 0.0291 0.8220 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803698 2 0.0291 0.8220 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803757 2 0.0291 0.8220 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM803640 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803699 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803758 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803641 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803700 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803759 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803642 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803701 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803760 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803643 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803702 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803644 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803703 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803761 1 0.1765 0.7202 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803645 1 0.6655 0.2444 0.372 0.000 0.000 0.036 0.228 0.364
#> GSM803704 1 0.6655 0.2444 0.372 0.000 0.000 0.036 0.228 0.364
#> GSM803762 1 0.6655 0.2444 0.372 0.000 0.000 0.036 0.228 0.364
#> GSM803646 1 0.1542 0.6509 0.936 0.004 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM803705 1 0.1542 0.6509 0.936 0.004 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM803763 1 0.1542 0.6509 0.936 0.004 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM803647 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803706 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803764 1 0.1858 0.7200 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM803648 5 0.4663 0.7597 0.088 0.252 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803707 5 0.4663 0.7597 0.088 0.252 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803765 5 0.4663 0.7597 0.088 0.252 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803649 5 0.4718 0.7671 0.124 0.200 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM803708 5 0.4718 0.7671 0.124 0.200 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM803766 5 0.4718 0.7671 0.124 0.200 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM803650 6 0.3482 0.6992 0.168 0.000 0.000 0.012 0.024 0.796
#> GSM803709 6 0.3482 0.6992 0.168 0.000 0.000 0.012 0.024 0.796
#> GSM803767 6 0.3482 0.6992 0.168 0.000 0.000 0.012 0.024 0.796
#> GSM803651 1 0.5521 0.4852 0.568 0.000 0.000 0.024 0.088 0.320
#> GSM803710 1 0.5521 0.4852 0.568 0.000 0.000 0.024 0.088 0.320
#> GSM803768 1 0.5521 0.4852 0.568 0.000 0.000 0.024 0.088 0.320
#> GSM803652 6 0.5186 0.0473 0.368 0.000 0.000 0.016 0.060 0.556
#> GSM803711 6 0.5186 0.0473 0.368 0.000 0.000 0.016 0.060 0.556
#> GSM803653 5 0.4833 0.4314 0.032 0.040 0.000 0.268 0.660 0.000
#> GSM803712 5 0.4833 0.4314 0.032 0.040 0.000 0.268 0.660 0.000
#> GSM803769 5 0.4833 0.4314 0.032 0.040 0.000 0.268 0.660 0.000
#> GSM803654 2 0.2703 0.7110 0.004 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM803713 2 0.2703 0.7110 0.004 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM803770 2 0.2703 0.7110 0.004 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM803655 5 0.4741 0.7573 0.056 0.184 0.000 0.044 0.716 0.000
#> GSM803714 5 0.4741 0.7573 0.056 0.184 0.000 0.044 0.716 0.000
#> GSM803771 5 0.4741 0.7573 0.056 0.184 0.000 0.044 0.716 0.000
#> GSM803656 4 0.4532 0.7396 0.024 0.068 0.000 0.728 0.180 0.000
#> GSM803715 4 0.4532 0.7396 0.024 0.068 0.000 0.728 0.180 0.000
#> GSM803772 4 0.4532 0.7396 0.024 0.068 0.000 0.728 0.180 0.000
#> GSM803657 2 0.5323 0.3599 0.076 0.528 0.000 0.012 0.384 0.000
#> GSM803716 2 0.5323 0.3599 0.076 0.528 0.000 0.012 0.384 0.000
#> GSM803773 2 0.5323 0.3599 0.076 0.528 0.000 0.012 0.384 0.000
#> GSM803658 2 0.4864 0.5426 0.056 0.624 0.000 0.012 0.308 0.000
#> GSM803717 2 0.4864 0.5426 0.056 0.624 0.000 0.012 0.308 0.000
#> GSM803774 2 0.4864 0.5426 0.056 0.624 0.000 0.012 0.308 0.000
#> GSM803659 2 0.4885 0.5470 0.060 0.628 0.000 0.012 0.300 0.000
#> GSM803718 2 0.4885 0.5470 0.060 0.628 0.000 0.012 0.300 0.000
#> GSM803775 2 0.4885 0.5470 0.060 0.628 0.000 0.012 0.300 0.000
#> GSM803660 5 0.5597 0.6010 0.148 0.372 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM803719 5 0.5597 0.6010 0.148 0.372 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM803776 5 0.5597 0.6010 0.148 0.372 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM803661 1 0.6844 0.3811 0.392 0.000 0.000 0.052 0.320 0.236
#> GSM803720 1 0.6844 0.3811 0.392 0.000 0.000 0.052 0.320 0.236
#> GSM803777 1 0.6844 0.3811 0.392 0.000 0.000 0.052 0.320 0.236
#> GSM803662 5 0.5344 0.1828 0.448 0.072 0.000 0.012 0.468 0.000
#> GSM803732 1 0.4274 0.0499 0.552 0.004 0.000 0.012 0.432 0.000
#> GSM803778 1 0.4274 0.0499 0.552 0.004 0.000 0.012 0.432 0.000
#> GSM803663 5 0.4130 0.7311 0.044 0.260 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803721 5 0.4130 0.7311 0.044 0.260 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803779 5 0.4130 0.7311 0.044 0.260 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803664 2 0.3531 0.3361 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM803722 2 0.3531 0.3361 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM803780 2 0.3531 0.3361 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM803665 6 0.4967 0.6813 0.040 0.000 0.044 0.056 0.112 0.748
#> GSM803723 6 0.4967 0.6813 0.040 0.000 0.044 0.056 0.112 0.748
#> GSM803781 6 0.4967 0.6813 0.040 0.000 0.044 0.056 0.112 0.748
#> GSM803666 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.1843 0.7931 0.004 0.912 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM803731 2 0.1843 0.7931 0.004 0.912 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM803788 2 0.1843 0.7931 0.004 0.912 0.000 0.004 0.080 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:skmeans 173 5.58e-13 8.19e-22 3.49e-13 2
#> CV:skmeans 173 3.21e-24 6.05e-45 1.99e-31 3
#> CV:skmeans 171 2.08e-34 1.09e-68 5.27e-44 4
#> CV:skmeans 146 3.31e-40 8.99e-80 9.53e-51 5
#> CV:skmeans 148 3.70e-51 1.04e-90 8.02e-55 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.468 0.757 0.810 0.3232 0.769 0.769
#> 3 3 0.959 0.935 0.976 0.8634 0.629 0.517
#> 4 4 0.991 0.951 0.980 0.0998 0.944 0.859
#> 5 5 0.754 0.533 0.763 0.1322 0.879 0.648
#> 6 6 0.762 0.656 0.840 0.0699 0.845 0.449
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803674 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803733 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803616 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803675 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803734 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803617 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803676 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803735 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803618 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803677 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803736 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803619 2 0.6148 0.723 0.152 0.848
#> GSM803678 2 0.5946 0.724 0.144 0.856
#> GSM803737 2 0.1184 0.740 0.016 0.984
#> GSM803620 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803679 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803738 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803621 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803680 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803739 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803622 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803681 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803740 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803623 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803682 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803741 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803624 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803683 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803742 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803625 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803684 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803743 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803626 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803685 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803744 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803627 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803686 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803745 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803628 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803687 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803746 2 0.0672 0.732 0.008 0.992
#> GSM803629 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803688 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803747 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803630 2 0.0672 0.732 0.008 0.992
#> GSM803689 2 0.0376 0.737 0.004 0.996
#> GSM803748 2 0.0376 0.737 0.004 0.996
#> GSM803631 2 0.3733 0.636 0.072 0.928
#> GSM803690 2 0.3733 0.636 0.072 0.928
#> GSM803749 2 0.3584 0.643 0.068 0.932
#> GSM803632 2 0.2236 0.694 0.036 0.964
#> GSM803691 2 0.2043 0.700 0.032 0.968
#> GSM803750 2 0.1633 0.711 0.024 0.976
#> GSM803633 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803692 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803751 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803634 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803693 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803752 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803635 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803694 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803753 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803636 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803695 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803754 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803637 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803696 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803755 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803638 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803697 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803756 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803639 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803698 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803757 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803640 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803699 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803758 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803641 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803700 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803759 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803642 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803701 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803760 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803643 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803702 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803644 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803703 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803761 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803645 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803704 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803762 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803646 2 0.0938 0.741 0.012 0.988
#> GSM803705 2 0.1633 0.739 0.024 0.976
#> GSM803763 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803647 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803706 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803764 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803765 2 0.7139 0.717 0.196 0.804
#> GSM803649 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803708 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803766 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803650 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803709 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803767 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803651 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803710 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803768 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803652 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803711 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803653 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803713 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803770 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803655 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803714 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803771 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803656 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803715 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803772 2 0.9427 0.699 0.360 0.640
#> GSM803657 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803716 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803773 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803658 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803717 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803774 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803659 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803718 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803775 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803660 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803661 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803720 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803777 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803662 2 0.5629 0.726 0.132 0.868
#> GSM803732 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803778 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803663 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803721 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803779 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803664 2 0.7815 0.712 0.232 0.768
#> GSM803722 2 0.8861 0.704 0.304 0.696
#> GSM803780 2 0.4161 0.732 0.084 0.916
#> GSM803665 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803723 2 0.0376 0.737 0.004 0.996
#> GSM803781 2 0.0000 0.741 0.000 1.000
#> GSM803666 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803724 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803782 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803667 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803725 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803783 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803668 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803726 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803784 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803669 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803727 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803670 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803728 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803785 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803671 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803729 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803786 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803672 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803730 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803787 1 0.9580 1.000 0.620 0.380
#> GSM803673 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803731 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
#> GSM803788 2 0.9580 0.697 0.380 0.620
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803674 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803733 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803616 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803675 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803734 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803617 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803676 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803735 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803618 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803677 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803736 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803619 2 0.5431 0.5930 0.284 0.716 0
#> GSM803678 2 0.5529 0.5731 0.296 0.704 0
#> GSM803737 2 0.6291 0.0993 0.468 0.532 0
#> GSM803620 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803679 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803738 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803621 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803680 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803739 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803622 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803681 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803740 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803623 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803682 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803741 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803624 1 0.3686 0.8243 0.860 0.140 0
#> GSM803683 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803742 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803625 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803684 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803743 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803685 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803627 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803686 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803745 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803628 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803687 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803746 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803629 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803688 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803747 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803630 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803689 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803748 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803631 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803690 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803749 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803632 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803691 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803750 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803633 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803692 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803751 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803634 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803693 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803752 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803635 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803694 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803753 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803636 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803695 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803754 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803637 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803696 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803755 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803638 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803697 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803756 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803639 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803698 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803757 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803640 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803699 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803758 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803641 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803700 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803759 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803642 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803701 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803760 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803643 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803702 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803644 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803703 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803761 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803645 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803704 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803762 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803646 1 0.1289 0.9415 0.968 0.032 0
#> GSM803705 1 0.1643 0.9306 0.956 0.044 0
#> GSM803763 1 0.1964 0.9179 0.944 0.056 0
#> GSM803647 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803706 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803764 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803648 1 0.4121 0.7929 0.832 0.168 0
#> GSM803707 1 0.2796 0.8801 0.908 0.092 0
#> GSM803765 2 0.5363 0.6046 0.276 0.724 0
#> GSM803649 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803708 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803766 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803650 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803709 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803767 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803651 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803710 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803768 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803652 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803711 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803653 1 0.4555 0.7511 0.800 0.200 0
#> GSM803712 1 0.4399 0.7667 0.812 0.188 0
#> GSM803769 1 0.3752 0.8214 0.856 0.144 0
#> GSM803654 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803713 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803770 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803655 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803714 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803771 1 0.0424 0.9611 0.992 0.008 0
#> GSM803656 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803715 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803772 2 0.0892 0.9417 0.020 0.980 0
#> GSM803657 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803716 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803773 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803658 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803717 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803774 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803659 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803718 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803775 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803660 1 0.0747 0.9549 0.984 0.016 0
#> GSM803719 1 0.0747 0.9549 0.984 0.016 0
#> GSM803776 1 0.1163 0.9446 0.972 0.028 0
#> GSM803661 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803720 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803777 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803662 1 0.6309 0.0109 0.500 0.500 0
#> GSM803732 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803778 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803663 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803721 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803779 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803664 1 0.6308 0.0488 0.508 0.492 0
#> GSM803722 2 0.6168 0.2752 0.412 0.588 0
#> GSM803780 1 0.5591 0.5765 0.696 0.304 0
#> GSM803665 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803723 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803781 1 0.0000 0.9664 1.000 0.000 0
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> GSM803673 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803731 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
#> GSM803788 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803674 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803733 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803616 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803675 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803734 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803617 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803676 4 0.0188 0.9943 0.004 0.000 0 0.996
#> GSM803735 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803618 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803677 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803736 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803619 4 0.0188 0.9943 0.004 0.000 0 0.996
#> GSM803678 4 0.0188 0.9943 0.004 0.000 0 0.996
#> GSM803737 4 0.0188 0.9943 0.004 0.000 0 0.996
#> GSM803620 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803679 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803738 4 0.0188 0.9984 0.000 0.004 0 0.996
#> GSM803621 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803680 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803739 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803622 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803681 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803740 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803623 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803624 1 0.2921 0.8294 0.860 0.140 0 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803685 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803627 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803686 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803745 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803628 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803687 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803746 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803629 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803688 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803747 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803630 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803689 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803748 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803631 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803690 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803749 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803632 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803691 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803750 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803633 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803759 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803642 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803644 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803703 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803761 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803645 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803646 1 0.1022 0.9434 0.968 0.032 0 0.000
#> GSM803705 1 0.1302 0.9329 0.956 0.044 0 0.000
#> GSM803763 1 0.1557 0.9210 0.944 0.056 0 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803648 1 0.3266 0.8010 0.832 0.168 0 0.000
#> GSM803707 1 0.2281 0.8819 0.904 0.096 0 0.000
#> GSM803765 2 0.4250 0.5643 0.276 0.724 0 0.000
#> GSM803649 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803708 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803766 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803650 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803709 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0 0.004
#> GSM803767 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803653 1 0.3610 0.7575 0.800 0.200 0 0.000
#> GSM803712 1 0.3486 0.7729 0.812 0.188 0 0.000
#> GSM803769 1 0.3024 0.8222 0.852 0.148 0 0.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803655 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803714 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803771 1 0.0336 0.9615 0.992 0.008 0 0.000
#> GSM803656 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803715 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803772 2 0.0817 0.9494 0.024 0.976 0 0.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803659 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803718 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803775 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803660 1 0.0921 0.9478 0.972 0.028 0 0.000
#> GSM803719 1 0.0921 0.9478 0.972 0.028 0 0.000
#> GSM803776 1 0.1118 0.9411 0.964 0.036 0 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803662 1 0.5000 0.0356 0.500 0.500 0 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803663 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803721 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803779 2 0.0188 0.9740 0.004 0.996 0 0.000
#> GSM803664 1 0.5000 0.0595 0.504 0.496 0 0.000
#> GSM803722 2 0.4877 0.2643 0.408 0.592 0 0.000
#> GSM803780 1 0.4431 0.5853 0.696 0.304 0 0.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9771 0.000 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803621 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803680 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803739 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803622 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803681 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803740 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803623 2 0.0510 0.84916 0.000 0.984 0.000 0 0.016
#> GSM803682 2 0.0794 0.84941 0.000 0.972 0.000 0 0.028
#> GSM803741 2 0.0703 0.84938 0.000 0.976 0.000 0 0.024
#> GSM803624 5 0.2011 0.45133 0.088 0.004 0.000 0 0.908
#> GSM803683 5 0.2605 0.45670 0.148 0.000 0.000 0 0.852
#> GSM803742 5 0.2230 0.46036 0.116 0.000 0.000 0 0.884
#> GSM803625 1 0.4297 0.07489 0.528 0.000 0.000 0 0.472
#> GSM803684 1 0.4297 0.07489 0.528 0.000 0.000 0 0.472
#> GSM803743 1 0.4297 0.07489 0.528 0.000 0.000 0 0.472
#> GSM803626 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803685 3 0.1908 0.91468 0.000 0.000 0.908 0 0.092
#> GSM803744 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803627 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803686 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803745 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803628 1 0.4273 0.09729 0.552 0.000 0.000 0 0.448
#> GSM803687 1 0.4273 0.09729 0.552 0.000 0.000 0 0.448
#> GSM803746 1 0.4273 0.09729 0.552 0.000 0.000 0 0.448
#> GSM803629 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803688 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803747 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803630 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803689 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803748 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803631 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803690 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803749 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803632 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803691 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803750 5 0.4291 0.11885 0.464 0.000 0.000 0 0.536
#> GSM803633 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803635 2 0.1270 0.84783 0.000 0.948 0.000 0 0.052
#> GSM803694 2 0.1197 0.84831 0.000 0.952 0.000 0 0.048
#> GSM803753 2 0.1121 0.84865 0.000 0.956 0.000 0 0.044
#> GSM803636 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.84802 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803640 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803699 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803758 1 0.1043 0.27886 0.960 0.000 0.000 0 0.040
#> GSM803641 1 0.0794 0.28879 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> GSM803700 1 0.0794 0.28879 0.972 0.000 0.000 0 0.028
#> GSM803759 1 0.0703 0.28955 0.976 0.000 0.000 0 0.024
#> GSM803642 1 0.3586 0.09830 0.736 0.000 0.000 0 0.264
#> GSM803701 1 0.4101 0.03712 0.628 0.000 0.000 0 0.372
#> GSM803760 1 0.3274 0.13132 0.780 0.000 0.000 0 0.220
#> GSM803643 1 0.0609 0.29377 0.980 0.000 0.000 0 0.020
#> GSM803702 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803644 1 0.0000 0.29374 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.29374 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.29374 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803645 5 0.2605 0.45670 0.148 0.000 0.000 0 0.852
#> GSM803704 5 0.2605 0.45670 0.148 0.000 0.000 0 0.852
#> GSM803762 5 0.2605 0.45670 0.148 0.000 0.000 0 0.852
#> GSM803646 1 0.4291 0.00511 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> GSM803705 1 0.4291 0.00511 0.536 0.000 0.000 0 0.464
#> GSM803763 1 0.4287 0.00635 0.540 0.000 0.000 0 0.460
#> GSM803647 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803706 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803764 1 0.0404 0.29600 0.988 0.000 0.000 0 0.012
#> GSM803648 5 0.6254 0.23487 0.368 0.152 0.000 0 0.480
#> GSM803707 5 0.5644 0.16178 0.440 0.076 0.000 0 0.484
#> GSM803765 2 0.4762 0.57770 0.064 0.700 0.000 0 0.236
#> GSM803649 1 0.4830 -0.06628 0.492 0.020 0.000 0 0.488
#> GSM803708 1 0.4830 -0.07598 0.492 0.020 0.000 0 0.488
#> GSM803766 1 0.4830 -0.06628 0.492 0.020 0.000 0 0.488
#> GSM803650 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803709 1 0.4268 0.10609 0.556 0.000 0.000 0 0.444
#> GSM803767 1 0.4278 0.10001 0.548 0.000 0.000 0 0.452
#> GSM803651 1 0.4278 0.07459 0.548 0.000 0.000 0 0.452
#> GSM803710 1 0.4278 0.07459 0.548 0.000 0.000 0 0.452
#> GSM803768 1 0.4283 0.08302 0.544 0.000 0.000 0 0.456
#> GSM803652 1 0.4283 0.09641 0.544 0.000 0.000 0 0.456
#> GSM803711 1 0.4283 0.09641 0.544 0.000 0.000 0 0.456
#> GSM803653 5 0.2628 0.43739 0.088 0.028 0.000 0 0.884
#> GSM803712 5 0.2628 0.43739 0.088 0.028 0.000 0 0.884
#> GSM803769 5 0.2628 0.43739 0.088 0.028 0.000 0 0.884
#> GSM803654 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803713 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803770 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803655 5 0.4787 0.18895 0.432 0.020 0.000 0 0.548
#> GSM803714 5 0.4841 0.22248 0.416 0.024 0.000 0 0.560
#> GSM803771 5 0.4841 0.22248 0.416 0.024 0.000 0 0.560
#> GSM803656 2 0.4262 0.64090 0.000 0.560 0.000 0 0.440
#> GSM803715 2 0.4249 0.64867 0.000 0.568 0.000 0 0.432
#> GSM803772 2 0.4268 0.63845 0.000 0.556 0.000 0 0.444
#> GSM803657 2 0.3715 0.77241 0.004 0.736 0.000 0 0.260
#> GSM803716 2 0.3607 0.77915 0.004 0.752 0.000 0 0.244
#> GSM803773 2 0.3942 0.77995 0.020 0.748 0.000 0 0.232
#> GSM803658 2 0.3684 0.76428 0.000 0.720 0.000 0 0.280
#> GSM803717 2 0.3707 0.76186 0.000 0.716 0.000 0 0.284
#> GSM803774 2 0.3684 0.76414 0.000 0.720 0.000 0 0.280
#> GSM803659 2 0.4192 0.67231 0.000 0.596 0.000 0 0.404
#> GSM803718 2 0.4219 0.66234 0.000 0.584 0.000 0 0.416
#> GSM803775 2 0.4219 0.66222 0.000 0.584 0.000 0 0.416
#> GSM803660 1 0.5178 -0.09533 0.484 0.040 0.000 0 0.476
#> GSM803719 1 0.5178 -0.09533 0.484 0.040 0.000 0 0.476
#> GSM803776 1 0.5178 -0.09564 0.484 0.040 0.000 0 0.476
#> GSM803661 5 0.2127 0.45971 0.108 0.000 0.000 0 0.892
#> GSM803720 5 0.2127 0.45971 0.108 0.000 0.000 0 0.892
#> GSM803777 5 0.2127 0.45971 0.108 0.000 0.000 0 0.892
#> GSM803662 1 0.5296 -0.01416 0.484 0.048 0.000 0 0.468
#> GSM803732 5 0.4242 0.27951 0.428 0.000 0.000 0 0.572
#> GSM803778 5 0.3816 0.33696 0.304 0.000 0.000 0 0.696
#> GSM803663 2 0.4015 0.72054 0.000 0.652 0.000 0 0.348
#> GSM803721 2 0.3999 0.72321 0.000 0.656 0.000 0 0.344
#> GSM803779 2 0.3983 0.72611 0.000 0.660 0.000 0 0.340
#> GSM803664 2 0.6605 -0.12910 0.312 0.452 0.000 0 0.236
#> GSM803722 2 0.6163 0.20122 0.292 0.540 0.000 0 0.168
#> GSM803780 5 0.6749 0.19747 0.348 0.264 0.000 0 0.388
#> GSM803665 5 0.4283 0.13889 0.456 0.000 0.000 0 0.544
#> GSM803723 5 0.4297 0.09230 0.472 0.000 0.000 0 0.528
#> GSM803781 5 0.4256 0.18744 0.436 0.000 0.000 0 0.564
#> GSM803666 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.99630 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> GSM803673 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803731 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
#> GSM803788 2 0.1341 0.84726 0.000 0.944 0.000 0 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.5701 0.4539 0.160 0.000 0.000 0 0.408 0.432
#> GSM803680 6 0.5701 0.4539 0.160 0.000 0.000 0 0.408 0.432
#> GSM803739 6 0.5703 0.4375 0.160 0.000 0.000 0 0.416 0.424
#> GSM803622 6 0.5700 0.4605 0.160 0.000 0.000 0 0.404 0.436
#> GSM803681 6 0.5700 0.4605 0.160 0.000 0.000 0 0.404 0.436
#> GSM803740 6 0.5700 0.4605 0.160 0.000 0.000 0 0.404 0.436
#> GSM803623 2 0.0363 0.8708 0.000 0.988 0.000 0 0.012 0.000
#> GSM803682 2 0.1075 0.8658 0.000 0.952 0.000 0 0.048 0.000
#> GSM803741 2 0.1007 0.8665 0.000 0.956 0.000 0 0.044 0.000
#> GSM803624 5 0.0260 0.5469 0.000 0.000 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM803683 5 0.1700 0.5269 0.024 0.000 0.000 0 0.928 0.048
#> GSM803742 5 0.1075 0.5341 0.000 0.000 0.000 0 0.952 0.048
#> GSM803625 5 0.3520 0.4870 0.188 0.000 0.000 0 0.776 0.036
#> GSM803684 5 0.3520 0.4870 0.188 0.000 0.000 0 0.776 0.036
#> GSM803743 5 0.3455 0.4904 0.180 0.000 0.000 0 0.784 0.036
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.3390 0.0598 0.000 0.000 0.296 0 0.000 0.704
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.5703 0.4462 0.160 0.000 0.000 0 0.412 0.428
#> GSM803686 5 0.5703 -0.4625 0.160 0.000 0.000 0 0.420 0.420
#> GSM803745 5 0.5696 -0.4005 0.160 0.000 0.000 0 0.444 0.396
#> GSM803628 6 0.5498 0.5349 0.148 0.000 0.000 0 0.324 0.528
#> GSM803687 6 0.5498 0.5349 0.148 0.000 0.000 0 0.324 0.528
#> GSM803746 6 0.5440 0.5347 0.140 0.000 0.000 0 0.324 0.536
#> GSM803629 6 0.5600 0.5292 0.160 0.000 0.000 0 0.332 0.508
#> GSM803688 6 0.5600 0.5292 0.160 0.000 0.000 0 0.332 0.508
#> GSM803747 6 0.5600 0.5292 0.160 0.000 0.000 0 0.332 0.508
#> GSM803630 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803689 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803748 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803631 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803690 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803749 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803632 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803691 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803750 6 0.0146 0.5425 0.004 0.000 0.000 0 0.000 0.996
#> GSM803633 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.1327 0.8617 0.000 0.936 0.000 0 0.064 0.000
#> GSM803694 2 0.1327 0.8617 0.000 0.936 0.000 0 0.064 0.000
#> GSM803753 2 0.1267 0.8628 0.000 0.940 0.000 0 0.060 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.8716 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.1327 0.8050 0.936 0.000 0.000 0 0.064 0.000
#> GSM803701 1 0.2100 0.7563 0.884 0.000 0.000 0 0.112 0.004
#> GSM803760 1 0.0858 0.8310 0.968 0.000 0.000 0 0.028 0.004
#> GSM803643 1 0.0622 0.8338 0.980 0.000 0.000 0 0.012 0.008
#> GSM803702 1 0.0405 0.8408 0.988 0.000 0.000 0 0.008 0.004
#> GSM803644 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803645 5 0.1700 0.5269 0.024 0.000 0.000 0 0.928 0.048
#> GSM803704 5 0.1700 0.5269 0.024 0.000 0.000 0 0.928 0.048
#> GSM803762 5 0.1700 0.5269 0.024 0.000 0.000 0 0.928 0.048
#> GSM803646 1 0.2454 0.7156 0.840 0.000 0.000 0 0.160 0.000
#> GSM803705 1 0.2454 0.7156 0.840 0.000 0.000 0 0.160 0.000
#> GSM803763 1 0.2416 0.7201 0.844 0.000 0.000 0 0.156 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.8491 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM803648 5 0.6587 0.2148 0.312 0.260 0.000 0 0.400 0.028
#> GSM803707 5 0.6527 0.2105 0.348 0.208 0.000 0 0.412 0.032
#> GSM803765 2 0.3885 0.6302 0.044 0.736 0.000 0 0.220 0.000
#> GSM803649 5 0.3999 0.4286 0.272 0.000 0.000 0 0.696 0.032
#> GSM803708 5 0.3978 0.4353 0.268 0.000 0.000 0 0.700 0.032
#> GSM803766 5 0.3791 0.4610 0.236 0.000 0.000 0 0.732 0.032
#> GSM803650 6 0.5911 0.4718 0.212 0.000 0.000 0 0.356 0.432
#> GSM803709 6 0.5911 0.4718 0.212 0.000 0.000 0 0.356 0.432
#> GSM803767 5 0.4832 0.3525 0.244 0.000 0.000 0 0.648 0.108
#> GSM803651 1 0.4453 0.1669 0.592 0.000 0.000 0 0.372 0.036
#> GSM803710 1 0.4453 0.1669 0.592 0.000 0.000 0 0.372 0.036
#> GSM803768 1 0.4594 -0.1512 0.484 0.000 0.000 0 0.480 0.036
#> GSM803652 5 0.3928 0.4538 0.160 0.000 0.000 0 0.760 0.080
#> GSM803711 5 0.3928 0.4538 0.160 0.000 0.000 0 0.760 0.080
#> GSM803653 5 0.0000 0.5475 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM803712 5 0.0000 0.5475 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM803769 5 0.0000 0.5475 0.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM803654 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
#> GSM803713 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
#> GSM803770 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
#> GSM803655 5 0.2868 0.5177 0.132 0.000 0.000 0 0.840 0.028
#> GSM803714 5 0.3010 0.5185 0.132 0.004 0.000 0 0.836 0.028
#> GSM803771 5 0.3010 0.5185 0.132 0.004 0.000 0 0.836 0.028
#> GSM803656 5 0.3634 0.1236 0.000 0.356 0.000 0 0.644 0.000
#> GSM803715 5 0.3659 0.1059 0.000 0.364 0.000 0 0.636 0.000
#> GSM803772 5 0.3634 0.1286 0.000 0.356 0.000 0 0.644 0.000
#> GSM803657 2 0.3634 0.6488 0.008 0.696 0.000 0 0.296 0.000
#> GSM803716 2 0.3468 0.6664 0.004 0.712 0.000 0 0.284 0.000
#> GSM803773 2 0.4255 0.6880 0.068 0.708 0.000 0 0.224 0.000
#> GSM803658 2 0.3515 0.6182 0.000 0.676 0.000 0 0.324 0.000
#> GSM803717 2 0.3515 0.6169 0.000 0.676 0.000 0 0.324 0.000
#> GSM803774 2 0.3531 0.6100 0.000 0.672 0.000 0 0.328 0.000
#> GSM803659 2 0.3991 0.2916 0.000 0.524 0.000 0 0.472 0.004
#> GSM803718 5 0.3999 -0.2532 0.000 0.496 0.000 0 0.500 0.004
#> GSM803775 5 0.3997 -0.2297 0.000 0.488 0.000 0 0.508 0.004
#> GSM803660 5 0.6579 0.2015 0.344 0.224 0.000 0 0.400 0.032
#> GSM803719 5 0.6612 0.2211 0.304 0.252 0.000 0 0.412 0.032
#> GSM803776 5 0.6617 0.2271 0.272 0.280 0.000 0 0.416 0.032
#> GSM803661 5 0.1007 0.5364 0.000 0.000 0.000 0 0.956 0.044
#> GSM803720 5 0.1007 0.5364 0.000 0.000 0.000 0 0.956 0.044
#> GSM803777 5 0.1007 0.5364 0.000 0.000 0.000 0 0.956 0.044
#> GSM803662 5 0.3797 0.2393 0.292 0.016 0.000 0 0.692 0.000
#> GSM803732 1 0.3672 0.3340 0.632 0.000 0.000 0 0.368 0.000
#> GSM803778 5 0.3857 -0.0303 0.468 0.000 0.000 0 0.532 0.000
#> GSM803663 5 0.3838 -0.1275 0.000 0.448 0.000 0 0.552 0.000
#> GSM803721 5 0.3843 -0.1386 0.000 0.452 0.000 0 0.548 0.000
#> GSM803779 5 0.3843 -0.1386 0.000 0.452 0.000 0 0.548 0.000
#> GSM803664 2 0.5464 0.3833 0.112 0.616 0.000 0 0.248 0.024
#> GSM803722 2 0.5099 0.5318 0.112 0.676 0.000 0 0.188 0.024
#> GSM803780 2 0.5969 -0.1392 0.120 0.448 0.000 0 0.408 0.024
#> GSM803665 5 0.3857 0.4651 0.152 0.000 0.000 0 0.768 0.080
#> GSM803723 5 0.3857 0.4651 0.152 0.000 0.000 0 0.768 0.080
#> GSM803781 5 0.3857 0.4651 0.152 0.000 0.000 0 0.768 0.080
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
#> GSM803731 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
#> GSM803788 2 0.1444 0.8587 0.000 0.928 0.000 0 0.072 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:pam 174 1.60e-13 1.29e-28 1.02e-24 2
#> CV:pam 170 2.13e-23 2.19e-43 2.86e-31 3
#> CV:pam 171 1.35e-34 7.29e-71 3.05e-50 4
#> CV:pam 87 1.60e-13 7.25e-31 1.02e-24 5
#> CV:pam 128 1.28e-42 3.42e-88 6.27e-52 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.646 0.763 0.892 0.3782 0.603 0.603
#> 3 3 0.557 0.745 0.850 0.4693 0.859 0.770
#> 4 4 0.727 0.820 0.912 0.2155 0.697 0.443
#> 5 5 0.743 0.776 0.888 0.1177 0.789 0.434
#> 6 6 0.833 0.776 0.887 0.0728 0.850 0.461
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.2862 0.000 1.000
#> GSM803621 2 0.9933 0.8823 0.452 0.548
#> GSM803680 2 0.9963 0.8667 0.464 0.536
#> GSM803739 2 0.9896 0.8973 0.440 0.560
#> GSM803622 1 0.0376 0.5768 0.996 0.004
#> GSM803681 1 0.0376 0.5768 0.996 0.004
#> GSM803740 1 0.0376 0.5768 0.996 0.004
#> GSM803623 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803682 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803741 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803624 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803683 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803742 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803625 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803684 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803743 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803626 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803685 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803744 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803627 1 0.2043 0.5275 0.968 0.032
#> GSM803686 1 0.3584 0.4509 0.932 0.068
#> GSM803745 1 0.3733 0.4413 0.928 0.072
#> GSM803628 1 0.0376 0.5768 0.996 0.004
#> GSM803687 1 0.0376 0.5768 0.996 0.004
#> GSM803746 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.7056 0.0521 0.808 0.192
#> GSM803688 1 0.7453 -0.0374 0.788 0.212
#> GSM803747 1 0.7376 -0.0192 0.792 0.208
#> GSM803630 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.5812 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803692 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803751 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803634 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803693 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803752 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803635 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803694 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803753 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803636 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803695 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803754 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803637 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803696 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803755 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803638 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803697 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803756 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803639 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803698 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803757 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803640 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803699 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803758 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803641 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803700 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803759 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803642 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803701 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803760 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803643 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803702 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803644 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803703 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803761 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803645 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803704 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803762 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803646 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803705 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803763 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803647 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803706 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803764 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803648 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803707 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803765 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803649 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803708 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803766 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803650 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803709 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803767 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803651 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803710 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803768 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803652 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803711 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803653 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803712 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803769 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803654 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803713 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803770 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803655 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803714 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803771 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803656 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803715 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803772 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803657 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803716 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803773 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803658 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803717 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803774 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803659 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803718 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803775 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803660 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803719 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803776 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803661 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803720 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803777 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803662 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803732 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803778 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803663 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803721 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803779 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803664 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803722 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803780 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803665 1 0.0672 0.5709 0.992 0.008
#> GSM803723 1 0.0672 0.5709 0.992 0.008
#> GSM803781 1 0.0672 0.5709 0.992 0.008
#> GSM803666 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803724 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803782 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803667 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803725 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803783 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803668 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803726 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803784 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803669 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803727 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803670 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803728 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803785 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803671 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803729 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803786 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803672 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803730 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803787 1 0.9850 0.7161 0.572 0.428
#> GSM803673 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803731 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
#> GSM803788 2 0.9850 0.9117 0.428 0.572
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803674 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803733 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803616 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803675 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803734 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803617 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803676 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803735 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803618 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803678 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803737 3 0.0237 0.9982 0.004 0.000 0.996
#> GSM803620 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 0.9964 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 2 0.5858 0.7412 0.240 0.740 0.020
#> GSM803680 2 0.6180 0.7136 0.260 0.716 0.024
#> GSM803739 2 0.6589 0.6794 0.280 0.688 0.032
#> GSM803622 1 0.5988 0.4305 0.688 0.304 0.008
#> GSM803681 1 0.6102 0.3963 0.672 0.320 0.008
#> GSM803740 1 0.6297 0.3186 0.640 0.352 0.008
#> GSM803623 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803682 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803741 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803624 2 0.7372 0.7266 0.092 0.688 0.220
#> GSM803683 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803742 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803625 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803684 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803743 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803626 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803685 1 0.3551 0.6367 0.868 0.000 0.132
#> GSM803744 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803627 1 0.6410 0.1158 0.576 0.420 0.004
#> GSM803686 1 0.6633 0.0255 0.548 0.444 0.008
#> GSM803745 1 0.6654 -0.0241 0.536 0.456 0.008
#> GSM803628 1 0.6107 0.5296 0.764 0.184 0.052
#> GSM803687 1 0.6245 0.5295 0.760 0.180 0.060
#> GSM803746 1 0.5428 0.5699 0.816 0.120 0.064
#> GSM803629 1 0.6954 -0.1369 0.500 0.484 0.016
#> GSM803688 1 0.6955 -0.1521 0.496 0.488 0.016
#> GSM803747 2 0.6955 0.1414 0.492 0.492 0.016
#> GSM803630 1 0.4602 0.5865 0.832 0.016 0.152
#> GSM803689 1 0.4602 0.5865 0.832 0.016 0.152
#> GSM803748 1 0.4663 0.5838 0.828 0.016 0.156
#> GSM803631 1 0.4475 0.5905 0.840 0.016 0.144
#> GSM803690 1 0.4475 0.5905 0.840 0.016 0.144
#> GSM803749 1 0.4475 0.5905 0.840 0.016 0.144
#> GSM803632 1 0.4663 0.5835 0.828 0.016 0.156
#> GSM803691 1 0.4663 0.5835 0.828 0.016 0.156
#> GSM803750 1 0.4602 0.5864 0.832 0.016 0.152
#> GSM803633 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803692 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803751 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803634 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803693 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803752 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803635 2 0.0237 0.8592 0.000 0.996 0.004
#> GSM803694 2 0.0237 0.8592 0.000 0.996 0.004
#> GSM803753 2 0.0237 0.8592 0.000 0.996 0.004
#> GSM803636 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803695 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803754 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803637 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803696 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803755 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803638 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803697 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803756 2 0.1643 0.8489 0.000 0.956 0.044
#> GSM803639 2 0.0892 0.8568 0.000 0.980 0.020
#> GSM803698 2 0.0892 0.8568 0.000 0.980 0.020
#> GSM803757 2 0.1411 0.8519 0.000 0.964 0.036
#> GSM803640 2 0.5998 0.8195 0.128 0.788 0.084
#> GSM803699 2 0.5998 0.8195 0.128 0.788 0.084
#> GSM803758 2 0.6157 0.8164 0.128 0.780 0.092
#> GSM803641 2 0.5998 0.8197 0.128 0.788 0.084
#> GSM803700 2 0.6157 0.8164 0.128 0.780 0.092
#> GSM803759 2 0.6079 0.8182 0.128 0.784 0.088
#> GSM803642 2 0.4349 0.8339 0.128 0.852 0.020
#> GSM803701 2 0.4349 0.8339 0.128 0.852 0.020
#> GSM803760 2 0.4349 0.8339 0.128 0.852 0.020
#> GSM803643 2 0.5276 0.8288 0.128 0.820 0.052
#> GSM803702 2 0.5174 0.8299 0.128 0.824 0.048
#> GSM803644 2 0.6309 0.8127 0.128 0.772 0.100
#> GSM803703 2 0.6309 0.8127 0.128 0.772 0.100
#> GSM803761 2 0.6309 0.8127 0.128 0.772 0.100
#> GSM803645 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803704 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803762 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803646 2 0.3482 0.8351 0.128 0.872 0.000
#> GSM803705 2 0.3482 0.8351 0.128 0.872 0.000
#> GSM803763 2 0.3482 0.8351 0.128 0.872 0.000
#> GSM803647 2 0.4960 0.8313 0.128 0.832 0.040
#> GSM803706 2 0.4960 0.8313 0.128 0.832 0.040
#> GSM803764 2 0.4960 0.8313 0.128 0.832 0.040
#> GSM803648 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803707 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803765 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803649 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803708 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803766 2 0.1163 0.8546 0.000 0.972 0.028
#> GSM803650 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803709 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803767 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803651 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803710 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803768 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803652 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803711 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803653 2 0.5591 0.6273 0.000 0.696 0.304
#> GSM803712 2 0.5591 0.6273 0.000 0.696 0.304
#> GSM803769 2 0.5560 0.6339 0.000 0.700 0.300
#> GSM803654 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.5254 0.6756 0.000 0.736 0.264
#> GSM803714 2 0.5178 0.6846 0.000 0.744 0.256
#> GSM803771 2 0.5216 0.6815 0.000 0.740 0.260
#> GSM803656 2 0.6509 0.2296 0.004 0.524 0.472
#> GSM803715 2 0.6509 0.2296 0.004 0.524 0.472
#> GSM803772 2 0.6516 0.2053 0.004 0.516 0.480
#> GSM803657 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0424 0.8594 0.000 0.992 0.008
#> GSM803719 2 0.0424 0.8594 0.000 0.992 0.008
#> GSM803776 2 0.0424 0.8594 0.000 0.992 0.008
#> GSM803661 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803720 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803777 2 0.6234 0.8147 0.128 0.776 0.096
#> GSM803662 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803732 2 0.3482 0.8351 0.128 0.872 0.000
#> GSM803778 2 0.3482 0.8351 0.128 0.872 0.000
#> GSM803663 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.8593 0.000 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0747 0.8588 0.000 0.984 0.016
#> GSM803722 2 0.0424 0.8597 0.000 0.992 0.008
#> GSM803780 2 0.0424 0.8597 0.000 0.992 0.008
#> GSM803665 1 0.9385 0.2438 0.484 0.188 0.328
#> GSM803723 1 0.9385 0.2438 0.484 0.188 0.328
#> GSM803781 1 0.9385 0.2438 0.484 0.188 0.328
#> GSM803666 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803724 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803782 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803667 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803725 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803783 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803668 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803726 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803784 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803669 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803727 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803670 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803728 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803785 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803671 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803729 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803786 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803672 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803730 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803787 1 0.4291 0.6458 0.820 0.000 0.180
#> GSM803673 2 0.0592 0.8582 0.000 0.988 0.012
#> GSM803731 2 0.0592 0.8582 0.000 0.988 0.012
#> GSM803788 2 0.0747 0.8577 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.8931 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0592 0.8321 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0592 0.8321 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0592 0.8321 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 1 0.7774 0.2044 0.388 0.240 0.000 0.372
#> GSM803683 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803742 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803625 1 0.4182 0.8637 0.796 0.180 0.000 0.024
#> GSM803684 1 0.4182 0.8637 0.796 0.180 0.000 0.024
#> GSM803743 1 0.4182 0.8637 0.796 0.180 0.000 0.024
#> GSM803626 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4888 0.3342 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.8262 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.4332 0.8644 0.792 0.176 0.000 0.032
#> GSM803699 1 0.4332 0.8644 0.792 0.176 0.000 0.032
#> GSM803758 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803641 1 0.4888 0.8269 0.740 0.224 0.000 0.036
#> GSM803700 1 0.4728 0.8357 0.752 0.216 0.000 0.032
#> GSM803759 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803642 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803701 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803760 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803643 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803702 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803644 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803703 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803761 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803645 1 0.4194 0.8656 0.800 0.172 0.000 0.028
#> GSM803704 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803762 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803646 2 0.4961 -0.0601 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM803705 2 0.4948 -0.0269 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM803763 2 0.4948 -0.0274 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803706 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803764 1 0.4833 0.8245 0.740 0.228 0.000 0.032
#> GSM803648 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803649 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803708 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803766 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803709 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803767 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803651 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803710 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803768 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803652 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803711 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803653 2 0.5592 0.2207 0.024 0.572 0.000 0.404
#> GSM803712 2 0.5592 0.2207 0.024 0.572 0.000 0.404
#> GSM803769 2 0.5592 0.2207 0.024 0.572 0.000 0.404
#> GSM803654 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.4781 0.4290 0.004 0.660 0.000 0.336
#> GSM803714 2 0.4800 0.4201 0.004 0.656 0.000 0.340
#> GSM803771 2 0.4819 0.4108 0.004 0.652 0.000 0.344
#> GSM803656 4 0.6011 0.0382 0.040 0.476 0.000 0.484
#> GSM803715 4 0.6011 0.0382 0.040 0.476 0.000 0.484
#> GSM803772 4 0.6011 0.0382 0.040 0.476 0.000 0.484
#> GSM803657 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803720 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803777 1 0.4379 0.8656 0.792 0.172 0.000 0.036
#> GSM803662 2 0.0921 0.8814 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM803732 2 0.5000 -0.2410 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM803778 2 0.4985 -0.1398 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.0188 0.9065 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0188 0.9065 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0188 0.9065 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0921 0.8161 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0921 0.8161 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0921 0.8161 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9756 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9102 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9275 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.2516 0.7448 0.860 0.000 0.00 0.000 0.140
#> GSM803680 1 0.2471 0.7482 0.864 0.000 0.00 0.000 0.136
#> GSM803739 1 0.2424 0.7503 0.868 0.000 0.00 0.000 0.132
#> GSM803622 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.1544 0.8174 0.000 0.932 0.00 0.000 0.068
#> GSM803682 2 0.1732 0.8187 0.000 0.920 0.00 0.000 0.080
#> GSM803741 2 0.2127 0.8191 0.000 0.892 0.00 0.000 0.108
#> GSM803624 5 0.6834 0.1256 0.044 0.108 0.00 0.376 0.472
#> GSM803683 5 0.4561 -0.0720 0.488 0.008 0.00 0.000 0.504
#> GSM803742 5 0.4705 -0.0668 0.484 0.008 0.00 0.004 0.504
#> GSM803625 5 0.5083 0.1288 0.428 0.028 0.00 0.004 0.540
#> GSM803684 5 0.5099 0.0830 0.440 0.028 0.00 0.004 0.528
#> GSM803743 5 0.5114 0.0185 0.456 0.028 0.00 0.004 0.512
#> GSM803626 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.1981 0.9188 0.064 0.016 0.92 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.8171 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803688 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803747 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803630 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803689 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803748 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803631 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803690 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803749 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803632 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803691 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803750 1 0.0162 0.8161 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> GSM803633 2 0.0794 0.8105 0.000 0.972 0.00 0.000 0.028
#> GSM803692 2 0.0794 0.8105 0.000 0.972 0.00 0.000 0.028
#> GSM803751 2 0.0794 0.8105 0.000 0.972 0.00 0.000 0.028
#> GSM803634 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803693 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803752 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803635 2 0.3210 0.7953 0.000 0.788 0.00 0.000 0.212
#> GSM803694 2 0.3143 0.8003 0.000 0.796 0.00 0.000 0.204
#> GSM803753 2 0.3177 0.7979 0.000 0.792 0.00 0.000 0.208
#> GSM803636 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803695 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803754 2 0.0609 0.8083 0.000 0.980 0.00 0.000 0.020
#> GSM803637 2 0.0703 0.8081 0.000 0.976 0.00 0.000 0.024
#> GSM803696 2 0.0703 0.8081 0.000 0.976 0.00 0.000 0.024
#> GSM803755 2 0.0703 0.8081 0.000 0.976 0.00 0.000 0.024
#> GSM803638 2 0.0880 0.8107 0.000 0.968 0.00 0.000 0.032
#> GSM803697 2 0.0794 0.8105 0.000 0.972 0.00 0.000 0.028
#> GSM803756 2 0.0880 0.8107 0.000 0.968 0.00 0.000 0.032
#> GSM803639 2 0.2852 0.8121 0.000 0.828 0.00 0.000 0.172
#> GSM803698 2 0.2891 0.8109 0.000 0.824 0.00 0.000 0.176
#> GSM803757 2 0.2773 0.8138 0.000 0.836 0.00 0.000 0.164
#> GSM803640 5 0.2011 0.8511 0.088 0.004 0.00 0.000 0.908
#> GSM803699 5 0.2011 0.8511 0.088 0.004 0.00 0.000 0.908
#> GSM803758 5 0.1851 0.8506 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803641 5 0.1908 0.8492 0.092 0.000 0.00 0.000 0.908
#> GSM803700 5 0.1908 0.8492 0.092 0.000 0.00 0.000 0.908
#> GSM803759 5 0.1908 0.8501 0.092 0.000 0.00 0.000 0.908
#> GSM803642 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803701 5 0.1792 0.8519 0.084 0.000 0.00 0.000 0.916
#> GSM803760 5 0.1792 0.8519 0.084 0.000 0.00 0.000 0.916
#> GSM803643 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803702 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803644 5 0.2448 0.8450 0.088 0.020 0.00 0.000 0.892
#> GSM803703 5 0.2448 0.8450 0.088 0.020 0.00 0.000 0.892
#> GSM803761 5 0.2448 0.8450 0.088 0.020 0.00 0.000 0.892
#> GSM803645 1 0.4582 0.2966 0.572 0.012 0.00 0.000 0.416
#> GSM803704 5 0.4659 -0.0844 0.492 0.012 0.00 0.000 0.496
#> GSM803762 1 0.4597 0.2772 0.564 0.012 0.00 0.000 0.424
#> GSM803646 5 0.1484 0.8582 0.048 0.008 0.00 0.000 0.944
#> GSM803705 5 0.1484 0.8582 0.048 0.008 0.00 0.000 0.944
#> GSM803763 5 0.1484 0.8582 0.048 0.008 0.00 0.000 0.944
#> GSM803647 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803706 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803764 5 0.1851 0.8516 0.088 0.000 0.00 0.000 0.912
#> GSM803648 5 0.1197 0.8492 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803707 5 0.1197 0.8492 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803765 5 0.1197 0.8492 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803649 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803708 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803766 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803650 5 0.2561 0.8403 0.096 0.020 0.00 0.000 0.884
#> GSM803709 5 0.2561 0.8403 0.096 0.020 0.00 0.000 0.884
#> GSM803767 5 0.3942 0.6691 0.232 0.020 0.00 0.000 0.748
#> GSM803651 1 0.4680 0.2093 0.540 0.008 0.00 0.004 0.448
#> GSM803710 1 0.4533 0.2193 0.544 0.008 0.00 0.000 0.448
#> GSM803768 1 0.4692 0.1709 0.528 0.008 0.00 0.004 0.460
#> GSM803652 5 0.2408 0.8433 0.092 0.016 0.00 0.000 0.892
#> GSM803711 5 0.2408 0.8433 0.092 0.016 0.00 0.000 0.892
#> GSM803653 2 0.5218 0.7251 0.004 0.672 0.00 0.084 0.240
#> GSM803712 2 0.5218 0.7251 0.004 0.672 0.00 0.084 0.240
#> GSM803769 2 0.5218 0.7251 0.004 0.672 0.00 0.084 0.240
#> GSM803654 5 0.1851 0.8141 0.000 0.088 0.00 0.000 0.912
#> GSM803713 5 0.1608 0.8316 0.000 0.072 0.00 0.000 0.928
#> GSM803770 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803655 2 0.5870 0.6595 0.004 0.596 0.00 0.124 0.276
#> GSM803714 2 0.5744 0.6614 0.004 0.604 0.00 0.108 0.284
#> GSM803771 2 0.5870 0.6595 0.004 0.596 0.00 0.124 0.276
#> GSM803656 4 0.6349 0.3314 0.004 0.228 0.00 0.548 0.220
#> GSM803715 4 0.6327 0.3409 0.004 0.224 0.00 0.552 0.220
#> GSM803772 4 0.6181 0.3918 0.004 0.200 0.00 0.576 0.220
#> GSM803657 5 0.1270 0.8452 0.000 0.052 0.00 0.000 0.948
#> GSM803716 5 0.1197 0.8477 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803773 5 0.1341 0.8414 0.000 0.056 0.00 0.000 0.944
#> GSM803658 5 0.0963 0.8530 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964
#> GSM803717 5 0.0880 0.8531 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> GSM803774 5 0.0880 0.8531 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> GSM803659 5 0.0963 0.8528 0.000 0.036 0.00 0.000 0.964
#> GSM803718 5 0.0880 0.8531 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> GSM803775 5 0.0880 0.8531 0.000 0.032 0.00 0.000 0.968
#> GSM803660 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803719 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803776 5 0.1043 0.8522 0.000 0.040 0.00 0.000 0.960
#> GSM803661 1 0.4706 0.0870 0.500 0.008 0.00 0.004 0.488
#> GSM803720 1 0.4706 0.0706 0.496 0.008 0.00 0.004 0.492
#> GSM803777 1 0.4705 0.1018 0.504 0.008 0.00 0.004 0.484
#> GSM803662 5 0.1341 0.8489 0.000 0.056 0.00 0.000 0.944
#> GSM803732 5 0.2325 0.8514 0.068 0.028 0.00 0.000 0.904
#> GSM803778 5 0.2278 0.8519 0.060 0.032 0.00 0.000 0.908
#> GSM803663 5 0.1121 0.8519 0.000 0.044 0.00 0.000 0.956
#> GSM803721 5 0.1197 0.8514 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803779 5 0.1197 0.8514 0.000 0.048 0.00 0.000 0.952
#> GSM803664 2 0.4225 0.6234 0.004 0.632 0.00 0.000 0.364
#> GSM803722 2 0.4238 0.6166 0.004 0.628 0.00 0.000 0.368
#> GSM803780 2 0.4238 0.6166 0.004 0.628 0.00 0.000 0.368
#> GSM803665 2 0.4283 0.5588 0.348 0.644 0.00 0.000 0.008
#> GSM803723 2 0.4283 0.5588 0.348 0.644 0.00 0.000 0.008
#> GSM803781 2 0.4283 0.5588 0.348 0.644 0.00 0.000 0.008
#> GSM803666 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9965 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3074 0.8030 0.000 0.804 0.00 0.000 0.196
#> GSM803731 2 0.3143 0.8004 0.000 0.796 0.00 0.000 0.204
#> GSM803788 2 0.3074 0.8030 0.000 0.804 0.00 0.000 0.196
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.3838 0.2679 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552
#> GSM803680 6 0.3789 0.3506 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM803739 6 0.3756 0.3808 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM803622 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803681 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803740 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803623 2 0.3381 0.7410 0.044 0.800 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM803682 2 0.3417 0.7389 0.044 0.796 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM803741 2 0.3585 0.7296 0.048 0.780 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM803624 1 0.2474 0.8053 0.884 0.004 0.000 0.080 0.032 0.000
#> GSM803683 1 0.1075 0.8365 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803742 1 0.1297 0.8378 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM803625 1 0.1794 0.8336 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> GSM803684 1 0.1794 0.8336 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> GSM803743 1 0.1794 0.8336 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> GSM803626 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.3852 0.5023 0.000 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> GSM803744 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803686 6 0.0713 0.8522 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803745 6 0.0713 0.8522 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803628 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803687 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803746 6 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803629 6 0.1663 0.8218 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> GSM803688 6 0.1663 0.8218 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> GSM803747 6 0.1663 0.8218 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> GSM803630 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803689 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803748 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803631 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803690 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803749 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803632 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803691 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803750 6 0.0000 0.8476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.4850 0.3730 0.056 0.496 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM803694 2 0.4841 0.4040 0.056 0.508 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM803753 2 0.4841 0.4040 0.056 0.508 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM803636 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803695 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803754 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.8054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803697 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803756 2 0.0146 0.8052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803639 2 0.4482 0.6027 0.048 0.628 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM803698 2 0.4538 0.5850 0.048 0.612 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM803757 2 0.4386 0.6275 0.048 0.652 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM803640 1 0.0713 0.8475 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803699 1 0.0713 0.8475 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803758 1 0.0547 0.8483 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803641 1 0.0790 0.8466 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803700 1 0.0790 0.8466 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803759 1 0.0790 0.8466 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803642 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803701 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803760 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803643 1 0.1204 0.8374 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM803702 1 0.1204 0.8374 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM803644 1 0.0508 0.8486 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803703 1 0.0508 0.8486 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803761 1 0.0508 0.8486 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803645 1 0.1075 0.8365 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803704 1 0.1007 0.8382 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803762 1 0.1075 0.8365 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803646 5 0.3747 0.3849 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> GSM803705 5 0.3747 0.3849 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> GSM803763 5 0.3717 0.4132 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM803647 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803706 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803764 1 0.1141 0.8394 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803648 5 0.0790 0.8371 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803707 5 0.0790 0.8371 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803765 5 0.0935 0.8371 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803649 5 0.0865 0.8382 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803708 5 0.0865 0.8382 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803766 5 0.0865 0.8382 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803650 1 0.0458 0.8482 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803709 1 0.0458 0.8482 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803767 1 0.0260 0.8477 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803651 1 0.1049 0.8448 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM803710 1 0.1124 0.8435 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM803768 1 0.1049 0.8448 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM803652 1 0.0458 0.8482 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803711 1 0.0458 0.8482 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803653 1 0.6772 0.3631 0.508 0.128 0.000 0.132 0.232 0.000
#> GSM803712 1 0.6759 0.3631 0.508 0.128 0.000 0.128 0.236 0.000
#> GSM803769 1 0.6759 0.3631 0.508 0.128 0.000 0.128 0.236 0.000
#> GSM803654 5 0.2119 0.8150 0.060 0.036 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803713 5 0.1995 0.8173 0.052 0.036 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM803770 5 0.1649 0.8214 0.036 0.032 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM803655 1 0.6631 0.3575 0.512 0.116 0.000 0.112 0.260 0.000
#> GSM803714 1 0.6611 0.3558 0.512 0.116 0.000 0.108 0.264 0.000
#> GSM803771 1 0.6631 0.3575 0.512 0.116 0.000 0.112 0.260 0.000
#> GSM803656 1 0.6382 0.3804 0.488 0.044 0.000 0.308 0.160 0.000
#> GSM803715 1 0.6382 0.3804 0.488 0.044 0.000 0.308 0.160 0.000
#> GSM803772 1 0.6377 0.3687 0.484 0.044 0.000 0.316 0.156 0.000
#> GSM803657 5 0.1082 0.8397 0.040 0.004 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM803716 5 0.1010 0.8389 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM803773 5 0.1408 0.8316 0.036 0.020 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM803658 5 0.1007 0.8408 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM803717 5 0.1007 0.8408 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM803774 5 0.1007 0.8408 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM803659 5 0.0937 0.8357 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM803718 5 0.0790 0.8368 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803775 5 0.0790 0.8368 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803660 5 0.0790 0.8371 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803719 5 0.0790 0.8371 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803776 5 0.0790 0.8371 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM803661 1 0.1297 0.8378 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM803720 1 0.1297 0.8378 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM803777 1 0.1297 0.8378 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM803662 5 0.3126 0.6876 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM803732 1 0.3684 0.3081 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM803778 1 0.3810 0.1282 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> GSM803663 5 0.2053 0.7998 0.108 0.004 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803721 5 0.2053 0.7993 0.108 0.004 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803779 5 0.2100 0.7965 0.112 0.004 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803664 5 0.5391 0.0521 0.432 0.112 0.000 0.000 0.456 0.000
#> GSM803722 5 0.5391 0.0521 0.432 0.112 0.000 0.000 0.456 0.000
#> GSM803780 5 0.5392 0.0370 0.436 0.112 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM803665 6 0.6938 0.2039 0.360 0.124 0.000 0.000 0.116 0.400
#> GSM803723 6 0.6938 0.2039 0.360 0.124 0.000 0.000 0.116 0.400
#> GSM803781 6 0.6938 0.2039 0.360 0.124 0.000 0.000 0.116 0.400
#> GSM803666 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9841 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4845 0.4760 0.060 0.540 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM803731 2 0.4845 0.4760 0.060 0.540 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM803788 2 0.4845 0.4760 0.060 0.540 0.000 0.000 0.400 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:mclust 151 7.90e-12 8.05e-27 4.75e-23 2
#> CV:mclust 159 4.82e-23 4.72e-58 4.44e-44 3
#> CV:mclust 158 2.37e-32 3.77e-67 1.94e-49 4
#> CV:mclust 156 3.76e-43 2.52e-90 1.34e-62 5
#> CV:mclust 145 5.62e-49 9.86e-103 1.42e-58 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.593 0.845 0.890 0.4886 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.983 0.993 0.3329 0.733 0.522
#> 4 4 0.785 0.904 0.913 0.0612 0.972 0.921
#> 5 5 0.777 0.794 0.893 0.1172 0.806 0.481
#> 6 6 0.932 0.916 0.956 0.0717 0.880 0.542
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.9795 0.404 0.416 0.584
#> GSM803674 2 0.9775 0.414 0.412 0.588
#> GSM803733 2 0.9775 0.414 0.412 0.588
#> GSM803616 2 0.9732 0.433 0.404 0.596
#> GSM803675 2 0.9732 0.433 0.404 0.596
#> GSM803734 2 0.9710 0.442 0.400 0.600
#> GSM803617 2 0.9933 0.302 0.452 0.548
#> GSM803676 2 0.9922 0.314 0.448 0.552
#> GSM803735 2 0.9710 0.442 0.400 0.600
#> GSM803618 2 0.8861 0.623 0.304 0.696
#> GSM803677 2 0.8909 0.616 0.308 0.692
#> GSM803736 2 0.8081 0.701 0.248 0.752
#> GSM803619 1 0.9608 0.304 0.616 0.384
#> GSM803678 1 0.9552 0.329 0.624 0.376
#> GSM803737 1 0.9635 0.291 0.612 0.388
#> GSM803620 2 0.6438 0.792 0.164 0.836
#> GSM803679 2 0.6801 0.777 0.180 0.820
#> GSM803738 2 0.7376 0.749 0.208 0.792
#> GSM803621 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803680 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803739 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803622 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803681 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803740 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803623 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803683 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803742 1 0.3274 0.928 0.940 0.060
#> GSM803625 1 0.4298 0.912 0.912 0.088
#> GSM803684 1 0.4431 0.909 0.908 0.092
#> GSM803743 1 0.4431 0.909 0.908 0.092
#> GSM803626 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803685 1 0.1184 0.903 0.984 0.016
#> GSM803744 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803627 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803686 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803745 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803628 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803687 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803746 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803629 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803688 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803747 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803630 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> GSM803689 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> GSM803748 1 0.2236 0.925 0.964 0.036
#> GSM803631 1 0.2423 0.926 0.960 0.040
#> GSM803690 1 0.2423 0.926 0.960 0.040
#> GSM803749 1 0.2423 0.926 0.960 0.040
#> GSM803632 1 0.1633 0.920 0.976 0.024
#> GSM803691 1 0.1633 0.920 0.976 0.024
#> GSM803750 1 0.1633 0.920 0.976 0.024
#> GSM803633 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.4690 0.902 0.900 0.100
#> GSM803699 1 0.4690 0.902 0.900 0.100
#> GSM803758 1 0.3431 0.926 0.936 0.064
#> GSM803641 1 0.3584 0.924 0.932 0.068
#> GSM803700 1 0.3584 0.924 0.932 0.068
#> GSM803759 1 0.3733 0.922 0.928 0.072
#> GSM803642 1 0.4690 0.902 0.900 0.100
#> GSM803701 1 0.4690 0.902 0.900 0.100
#> GSM803760 1 0.4939 0.895 0.892 0.108
#> GSM803643 1 0.6343 0.837 0.840 0.160
#> GSM803702 1 0.6247 0.842 0.844 0.156
#> GSM803644 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803703 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803761 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803645 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803704 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803762 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803646 2 0.3584 0.876 0.068 0.932
#> GSM803705 2 0.3431 0.878 0.064 0.936
#> GSM803763 2 0.3584 0.876 0.068 0.932
#> GSM803647 1 0.4562 0.906 0.904 0.096
#> GSM803706 1 0.4562 0.906 0.904 0.096
#> GSM803764 1 0.4562 0.906 0.904 0.096
#> GSM803648 2 0.2423 0.889 0.040 0.960
#> GSM803707 2 0.2778 0.887 0.048 0.952
#> GSM803765 2 0.2236 0.890 0.036 0.964
#> GSM803649 2 0.3274 0.880 0.060 0.940
#> GSM803708 2 0.3274 0.880 0.060 0.940
#> GSM803766 2 0.3274 0.880 0.060 0.940
#> GSM803650 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803709 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803767 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803651 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803710 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803768 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803652 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803711 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803653 2 0.9732 0.333 0.404 0.596
#> GSM803712 2 0.9775 0.313 0.412 0.588
#> GSM803769 1 0.9954 0.158 0.540 0.460
#> GSM803654 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.3584 0.878 0.068 0.932
#> GSM803714 2 0.3431 0.879 0.064 0.936
#> GSM803771 2 0.3584 0.878 0.068 0.932
#> GSM803656 1 0.7376 0.777 0.792 0.208
#> GSM803715 1 0.7219 0.788 0.800 0.200
#> GSM803772 1 0.7528 0.766 0.784 0.216
#> GSM803657 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803716 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803773 2 0.3274 0.880 0.060 0.940
#> GSM803658 2 0.0938 0.894 0.012 0.988
#> GSM803717 2 0.0938 0.894 0.012 0.988
#> GSM803774 2 0.1184 0.893 0.016 0.984
#> GSM803659 2 0.2603 0.888 0.044 0.956
#> GSM803718 2 0.2603 0.888 0.044 0.956
#> GSM803775 2 0.2603 0.888 0.044 0.956
#> GSM803660 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803719 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803776 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803661 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803720 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803777 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> GSM803662 2 0.3274 0.880 0.060 0.940
#> GSM803732 2 0.7376 0.729 0.208 0.792
#> GSM803778 2 0.6531 0.782 0.168 0.832
#> GSM803663 2 0.1414 0.893 0.020 0.980
#> GSM803721 2 0.1414 0.893 0.020 0.980
#> GSM803779 2 0.1414 0.893 0.020 0.980
#> GSM803664 2 0.2778 0.887 0.048 0.952
#> GSM803722 2 0.2603 0.888 0.044 0.956
#> GSM803780 2 0.2948 0.885 0.052 0.948
#> GSM803665 1 0.0672 0.912 0.992 0.008
#> GSM803723 1 0.0672 0.912 0.992 0.008
#> GSM803781 1 0.0672 0.912 0.992 0.008
#> GSM803666 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803724 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803782 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803667 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803725 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803783 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803668 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803726 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803784 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803669 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803727 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803670 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803728 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803785 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803671 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803729 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803786 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803672 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803730 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803787 1 0.3274 0.885 0.940 0.060
#> GSM803673 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 3 0.0237 0.996 0.000 0.004 0.996
#> GSM803679 3 0.0237 0.996 0.000 0.004 0.996
#> GSM803738 3 0.0237 0.996 0.000 0.004 0.996
#> GSM803621 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803649 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803708 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803766 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.4291 0.785 0.820 0.180 0.000
#> GSM803712 1 0.4346 0.779 0.816 0.184 0.000
#> GSM803769 1 0.2448 0.917 0.924 0.076 0.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.4931 0.706 0.232 0.768 0.000
#> GSM803714 2 0.3941 0.811 0.156 0.844 0.000
#> GSM803771 2 0.4796 0.725 0.220 0.780 0.000
#> GSM803656 1 0.1643 0.951 0.956 0.044 0.000
#> GSM803715 1 0.1643 0.951 0.956 0.044 0.000
#> GSM803772 1 0.1753 0.947 0.952 0.048 0.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.2711 0.891 0.088 0.912 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0424 0.984 0.992 0.008 0.000
#> GSM803663 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803674 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803733 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803616 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803675 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803734 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803617 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803676 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803735 4 0.1151 0.979 0.000 0.024 0.008 0.968
#> GSM803618 4 0.1109 0.978 0.000 0.028 0.004 0.968
#> GSM803677 4 0.1109 0.978 0.000 0.028 0.004 0.968
#> GSM803736 4 0.1356 0.975 0.000 0.032 0.008 0.960
#> GSM803619 4 0.0707 0.930 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM803678 4 0.0707 0.930 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM803737 4 0.0921 0.920 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803620 4 0.1302 0.963 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM803679 4 0.1211 0.968 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM803738 4 0.1211 0.968 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM803621 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803680 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803739 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803622 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803681 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803740 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803623 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803682 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803741 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803624 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.1109 0.905 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM803684 1 0.1109 0.905 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM803743 1 0.0817 0.904 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM803626 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803685 3 0.0921 0.757 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM803744 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803627 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803686 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803745 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803628 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803687 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803746 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803629 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803688 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803747 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803630 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803689 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803748 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803631 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803690 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803749 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803632 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803691 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803750 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803633 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803692 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803751 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803634 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803693 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803752 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803635 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803694 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803753 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803636 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803695 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803754 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803637 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803696 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803755 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803638 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803697 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803756 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803639 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803698 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803757 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803640 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0779 0.904 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM803703 1 0.0657 0.903 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM803761 1 0.0779 0.904 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM803645 1 0.1297 0.906 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803704 1 0.1297 0.906 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803762 1 0.1297 0.906 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM803646 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.3172 0.853 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.3219 0.850 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.3123 0.856 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM803649 2 0.2647 0.876 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM803708 2 0.2647 0.876 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM803766 2 0.2647 0.876 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803709 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803767 1 0.4008 0.892 0.820 0.000 0.148 0.032
#> GSM803651 1 0.1807 0.904 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM803710 1 0.1807 0.904 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM803768 1 0.1807 0.904 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM803652 1 0.3342 0.899 0.868 0.000 0.100 0.032
#> GSM803711 1 0.3279 0.899 0.872 0.000 0.096 0.032
#> GSM803653 1 0.3975 0.625 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM803712 1 0.3801 0.663 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM803769 1 0.2918 0.811 0.876 0.116 0.008 0.000
#> GSM803654 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803713 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803770 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803655 2 0.4855 0.547 0.352 0.644 0.000 0.004
#> GSM803714 2 0.4608 0.635 0.304 0.692 0.000 0.004
#> GSM803771 2 0.4855 0.542 0.352 0.644 0.000 0.004
#> GSM803656 1 0.4105 0.873 0.856 0.048 0.056 0.040
#> GSM803715 1 0.4083 0.873 0.856 0.056 0.056 0.032
#> GSM803772 1 0.4273 0.868 0.848 0.052 0.056 0.044
#> GSM803657 2 0.3400 0.839 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.3400 0.839 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.3444 0.835 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.1637 0.900 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.1637 0.900 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.1637 0.900 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.2868 0.868 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.2814 0.870 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.2868 0.868 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM803660 2 0.2412 0.893 0.084 0.908 0.008 0.000
#> GSM803719 2 0.2412 0.893 0.084 0.908 0.008 0.000
#> GSM803776 2 0.2342 0.894 0.080 0.912 0.008 0.000
#> GSM803661 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0469 0.896 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803662 2 0.3649 0.815 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.1118 0.880 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.1474 0.867 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.3444 0.835 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.3400 0.838 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.3444 0.835 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803722 2 0.0524 0.915 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM803780 2 0.0804 0.912 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM803665 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803723 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803781 1 0.4057 0.891 0.816 0.000 0.152 0.032
#> GSM803666 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803724 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803782 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803667 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803725 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803783 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803668 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803726 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803784 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803669 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803727 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803670 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803728 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803785 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803671 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803729 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803786 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803672 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803730 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803787 3 0.3172 0.989 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM803673 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803731 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803788 2 0.0188 0.915 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803674 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803733 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803616 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803675 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803734 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803617 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803676 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803735 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803618 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803677 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803736 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803619 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803678 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803737 4 0.0963 0.9990 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM803620 4 0.1041 0.9952 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM803679 4 0.1041 0.9952 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM803738 4 0.1041 0.9952 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM803682 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM803741 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM803624 5 0.1300 0.7417 0.028 0.000 0.000 0.016 0.956
#> GSM803683 5 0.1364 0.7427 0.036 0.000 0.000 0.012 0.952
#> GSM803742 5 0.1106 0.7430 0.024 0.000 0.000 0.012 0.964
#> GSM803625 5 0.3849 0.6763 0.232 0.000 0.000 0.016 0.752
#> GSM803684 5 0.3878 0.6718 0.236 0.000 0.000 0.016 0.748
#> GSM803743 5 0.3759 0.6869 0.220 0.000 0.000 0.016 0.764
#> GSM803626 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4291 0.1745 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0703 0.9299 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803694 2 0.0703 0.9299 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803753 2 0.0703 0.9299 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803636 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 5 0.3278 0.7353 0.156 0.000 0.000 0.020 0.824
#> GSM803699 5 0.3278 0.7353 0.156 0.000 0.000 0.020 0.824
#> GSM803758 5 0.3278 0.7353 0.156 0.000 0.000 0.020 0.824
#> GSM803641 5 0.3278 0.7353 0.156 0.000 0.000 0.020 0.824
#> GSM803700 5 0.3319 0.7330 0.160 0.000 0.000 0.020 0.820
#> GSM803759 5 0.3319 0.7330 0.160 0.000 0.000 0.020 0.820
#> GSM803642 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803701 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803760 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803643 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803702 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803644 5 0.3550 0.7156 0.184 0.000 0.000 0.020 0.796
#> GSM803703 5 0.3550 0.7156 0.184 0.000 0.000 0.020 0.796
#> GSM803761 5 0.3550 0.7156 0.184 0.000 0.000 0.020 0.796
#> GSM803645 5 0.3728 0.6808 0.244 0.000 0.000 0.008 0.748
#> GSM803704 5 0.3838 0.6422 0.280 0.000 0.000 0.004 0.716
#> GSM803762 5 0.3790 0.6516 0.272 0.000 0.000 0.004 0.724
#> GSM803646 5 0.3511 0.7432 0.124 0.020 0.000 0.020 0.836
#> GSM803705 5 0.3511 0.7432 0.124 0.020 0.000 0.020 0.836
#> GSM803763 5 0.3463 0.7429 0.128 0.016 0.000 0.020 0.836
#> GSM803647 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803706 5 0.3151 0.7408 0.144 0.000 0.000 0.020 0.836
#> GSM803764 5 0.3194 0.7391 0.148 0.000 0.000 0.020 0.832
#> GSM803648 5 0.4380 0.3889 0.000 0.376 0.000 0.008 0.616
#> GSM803707 5 0.4252 0.4477 0.000 0.340 0.000 0.008 0.652
#> GSM803765 5 0.4538 0.2075 0.000 0.452 0.000 0.008 0.540
#> GSM803649 5 0.4696 0.1584 0.000 0.428 0.000 0.016 0.556
#> GSM803708 5 0.4708 0.1330 0.000 0.436 0.000 0.016 0.548
#> GSM803766 5 0.4708 0.1330 0.000 0.436 0.000 0.016 0.548
#> GSM803650 1 0.0162 0.9258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803709 1 0.0162 0.9258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803767 1 0.0290 0.9223 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803651 5 0.4066 0.5454 0.324 0.000 0.000 0.004 0.672
#> GSM803710 5 0.4047 0.5524 0.320 0.000 0.000 0.004 0.676
#> GSM803768 5 0.4182 0.4996 0.352 0.000 0.000 0.004 0.644
#> GSM803652 1 0.4300 -0.1138 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM803711 1 0.4302 -0.1279 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM803653 5 0.3774 0.6662 0.028 0.140 0.000 0.016 0.816
#> GSM803712 5 0.3627 0.6829 0.032 0.120 0.000 0.016 0.832
#> GSM803769 5 0.3570 0.7002 0.048 0.092 0.000 0.016 0.844
#> GSM803654 2 0.1792 0.9032 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM803713 2 0.2074 0.8916 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM803770 2 0.0794 0.9289 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803655 5 0.5493 0.2702 0.040 0.376 0.000 0.016 0.568
#> GSM803714 5 0.5198 0.2137 0.020 0.408 0.000 0.016 0.556
#> GSM803771 5 0.5219 0.1706 0.020 0.420 0.000 0.016 0.544
#> GSM803656 5 0.5302 -0.0887 0.480 0.008 0.000 0.032 0.480
#> GSM803715 1 0.5399 0.0515 0.480 0.012 0.000 0.032 0.476
#> GSM803772 1 0.5368 0.0656 0.484 0.008 0.000 0.036 0.472
#> GSM803657 5 0.2046 0.7350 0.000 0.068 0.000 0.016 0.916
#> GSM803716 5 0.2046 0.7349 0.000 0.068 0.000 0.016 0.916
#> GSM803773 5 0.1117 0.7450 0.000 0.020 0.000 0.016 0.964
#> GSM803658 2 0.3720 0.7655 0.000 0.760 0.000 0.012 0.228
#> GSM803717 2 0.3690 0.7714 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> GSM803774 2 0.3690 0.7714 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> GSM803659 5 0.4627 0.1012 0.000 0.444 0.000 0.012 0.544
#> GSM803718 5 0.4632 0.0866 0.000 0.448 0.000 0.012 0.540
#> GSM803775 5 0.4610 0.1435 0.000 0.432 0.000 0.012 0.556
#> GSM803660 2 0.2286 0.8376 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM803719 2 0.2124 0.8516 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM803776 2 0.1952 0.8650 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM803661 5 0.1300 0.7417 0.028 0.000 0.000 0.016 0.956
#> GSM803720 5 0.1211 0.7408 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> GSM803777 5 0.1195 0.7426 0.028 0.000 0.000 0.012 0.960
#> GSM803662 5 0.1364 0.7421 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952
#> GSM803732 5 0.1117 0.7472 0.020 0.000 0.000 0.016 0.964
#> GSM803778 5 0.1173 0.7479 0.020 0.004 0.000 0.012 0.964
#> GSM803663 5 0.1549 0.7375 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944
#> GSM803721 5 0.1701 0.7351 0.000 0.048 0.000 0.016 0.936
#> GSM803779 5 0.1549 0.7375 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944
#> GSM803664 2 0.0609 0.9307 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM803722 2 0.0609 0.9307 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM803780 2 0.0771 0.9303 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM803665 1 0.0162 0.9258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803723 1 0.0162 0.9258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803781 1 0.0162 0.9258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803666 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM803731 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM803788 2 0.3163 0.8428 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.00 1 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803680 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803739 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803622 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803681 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803740 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803623 5 0.2300 0.8603 0.000 0.144 0.00 0 0.856 0.000
#> GSM803682 5 0.2219 0.8675 0.000 0.136 0.00 0 0.864 0.000
#> GSM803741 5 0.2219 0.8675 0.000 0.136 0.00 0 0.864 0.000
#> GSM803624 5 0.0547 0.9183 0.020 0.000 0.00 0 0.980 0.000
#> GSM803683 5 0.0458 0.9189 0.016 0.000 0.00 0 0.984 0.000
#> GSM803742 5 0.0363 0.9192 0.012 0.000 0.00 0 0.988 0.000
#> GSM803625 1 0.1865 0.9108 0.920 0.000 0.00 0 0.040 0.040
#> GSM803684 1 0.1865 0.9108 0.920 0.000 0.00 0 0.040 0.040
#> GSM803743 1 0.1421 0.9293 0.944 0.000 0.00 0 0.028 0.028
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.3864 0.0789 0.000 0.000 0.48 0 0.000 0.520
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803686 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803745 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803628 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803687 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803746 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803629 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803688 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803747 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803630 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803689 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803748 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803631 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803690 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803749 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803632 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803691 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803750 6 0.0000 0.9209 0.000 0.000 0.00 0 0.000 1.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0146 0.9674 0.000 0.996 0.00 0 0.004 0.000
#> GSM803694 2 0.0146 0.9674 0.000 0.996 0.00 0 0.004 0.000
#> GSM803753 2 0.0146 0.9674 0.000 0.996 0.00 0 0.004 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803645 6 0.5410 0.4889 0.156 0.000 0.00 0 0.280 0.564
#> GSM803704 6 0.5718 0.4149 0.228 0.000 0.00 0 0.252 0.520
#> GSM803762 6 0.5556 0.4686 0.188 0.000 0.00 0 0.264 0.548
#> GSM803646 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803648 5 0.4264 0.7074 0.196 0.084 0.00 0 0.720 0.000
#> GSM803707 5 0.3551 0.7925 0.148 0.060 0.00 0 0.792 0.000
#> GSM803765 5 0.4418 0.7105 0.100 0.192 0.00 0 0.708 0.000
#> GSM803649 5 0.0260 0.9198 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803708 5 0.0260 0.9198 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803766 5 0.0260 0.9198 0.000 0.008 0.00 0 0.992 0.000
#> GSM803650 6 0.0146 0.9187 0.004 0.000 0.00 0 0.000 0.996
#> GSM803709 6 0.0146 0.9187 0.004 0.000 0.00 0 0.000 0.996
#> GSM803767 6 0.0146 0.9187 0.004 0.000 0.00 0 0.000 0.996
#> GSM803651 1 0.1367 0.9267 0.944 0.000 0.00 0 0.012 0.044
#> GSM803710 1 0.1151 0.9361 0.956 0.000 0.00 0 0.012 0.032
#> GSM803768 1 0.2147 0.8819 0.896 0.000 0.00 0 0.020 0.084
#> GSM803652 6 0.4319 0.4477 0.348 0.000 0.00 0 0.032 0.620
#> GSM803711 6 0.4289 0.4256 0.360 0.000 0.00 0 0.028 0.612
#> GSM803653 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803712 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803769 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803654 2 0.1444 0.9041 0.000 0.928 0.00 0 0.072 0.000
#> GSM803713 2 0.2178 0.8331 0.000 0.868 0.00 0 0.132 0.000
#> GSM803770 2 0.0363 0.9612 0.000 0.988 0.00 0 0.012 0.000
#> GSM803655 5 0.0837 0.9174 0.004 0.020 0.00 0 0.972 0.004
#> GSM803714 5 0.1080 0.9136 0.004 0.032 0.00 0 0.960 0.004
#> GSM803771 5 0.1003 0.9151 0.004 0.028 0.00 0 0.964 0.004
#> GSM803656 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803715 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803772 5 0.0000 0.9185 0.000 0.000 0.00 0 1.000 0.000
#> GSM803657 5 0.2793 0.7822 0.200 0.000 0.00 0 0.800 0.000
#> GSM803716 5 0.2793 0.7822 0.200 0.000 0.00 0 0.800 0.000
#> GSM803773 5 0.3266 0.6759 0.272 0.000 0.00 0 0.728 0.000
#> GSM803658 5 0.1610 0.9026 0.000 0.084 0.00 0 0.916 0.000
#> GSM803717 5 0.1610 0.9026 0.000 0.084 0.00 0 0.916 0.000
#> GSM803774 5 0.1610 0.9026 0.000 0.084 0.00 0 0.916 0.000
#> GSM803659 5 0.2199 0.8973 0.020 0.088 0.00 0 0.892 0.000
#> GSM803718 5 0.2163 0.8964 0.016 0.092 0.00 0 0.892 0.000
#> GSM803775 5 0.2163 0.8964 0.016 0.092 0.00 0 0.892 0.000
#> GSM803660 2 0.2730 0.7743 0.192 0.808 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.2631 0.7911 0.180 0.820 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.2378 0.8257 0.152 0.848 0.00 0 0.000 0.000
#> GSM803661 5 0.0363 0.9192 0.012 0.000 0.00 0 0.988 0.000
#> GSM803720 5 0.0363 0.9192 0.012 0.000 0.00 0 0.988 0.000
#> GSM803777 5 0.0458 0.9187 0.016 0.000 0.00 0 0.984 0.000
#> GSM803662 5 0.2730 0.7913 0.192 0.000 0.00 0 0.808 0.000
#> GSM803732 1 0.3482 0.4938 0.684 0.000 0.00 0 0.316 0.000
#> GSM803778 1 0.2664 0.7544 0.816 0.000 0.00 0 0.184 0.000
#> GSM803663 5 0.0632 0.9164 0.024 0.000 0.00 0 0.976 0.000
#> GSM803721 5 0.0458 0.9187 0.016 0.000 0.00 0 0.984 0.000
#> GSM803779 5 0.0547 0.9177 0.020 0.000 0.00 0 0.980 0.000
#> GSM803664 2 0.0146 0.9671 0.000 0.996 0.00 0 0.000 0.004
#> GSM803722 2 0.0146 0.9671 0.000 0.996 0.00 0 0.000 0.004
#> GSM803780 2 0.0632 0.9506 0.000 0.976 0.00 0 0.000 0.024
#> GSM803665 6 0.0865 0.8973 0.000 0.000 0.00 0 0.036 0.964
#> GSM803723 6 0.0865 0.8973 0.000 0.000 0.00 0 0.036 0.964
#> GSM803781 6 0.0865 0.8973 0.000 0.000 0.00 0 0.036 0.964
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.1556 0.9047 0.000 0.080 0.00 0 0.920 0.000
#> GSM803731 5 0.1556 0.9047 0.000 0.080 0.00 0 0.920 0.000
#> GSM803788 5 0.1556 0.9047 0.000 0.080 0.00 0 0.920 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> CV:NMF 159 1.59e-12 1.19e-16 3.84e-11 2
#> CV:NMF 174 1.68e-24 3.71e-44 1.43e-29 3
#> CV:NMF 174 6.10e-36 4.07e-73 8.79e-52 4
#> CV:NMF 155 1.44e-42 8.83e-81 1.21e-57 5
#> CV:NMF 167 7.87e-56 8.34e-108 1.44e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.728 0.952 0.970 0.2238 0.813 0.813
#> 3 3 0.500 0.848 0.895 1.5615 0.602 0.511
#> 4 4 0.827 0.853 0.896 0.2019 0.888 0.732
#> 5 5 0.895 0.856 0.906 0.0489 0.991 0.971
#> 6 6 0.929 0.915 0.936 0.0642 0.941 0.800
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803623 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> GSM803682 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> GSM803741 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> GSM803624 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803685 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803627 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803633 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803692 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803751 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803634 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803693 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803752 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803635 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803694 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803753 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803636 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803695 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803754 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803637 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803696 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803755 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803638 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803697 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803756 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803639 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803698 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803757 1 0.2236 0.955 0.964 0.036
#> GSM803640 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803707 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803765 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803649 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803708 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803766 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803650 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.5178 0.895 0.884 0.116
#> GSM803712 1 0.5178 0.895 0.884 0.116
#> GSM803769 1 0.5178 0.895 0.884 0.116
#> GSM803654 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803713 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803770 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803655 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803714 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803771 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803656 1 0.5294 0.893 0.880 0.120
#> GSM803715 1 0.5294 0.893 0.880 0.120
#> GSM803772 1 0.5294 0.893 0.880 0.120
#> GSM803657 1 0.1414 0.961 0.980 0.020
#> GSM803716 1 0.1414 0.961 0.980 0.020
#> GSM803773 1 0.1414 0.961 0.980 0.020
#> GSM803658 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803717 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803774 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803659 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803718 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803775 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803660 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803719 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803776 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803661 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803732 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803778 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM803663 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803721 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803779 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803664 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803722 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803780 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM803665 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803724 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803782 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803667 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803725 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803783 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803668 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803726 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803784 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803669 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803727 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803670 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803728 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803785 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803671 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803729 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803786 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803672 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803730 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803787 1 0.6148 0.858 0.848 0.152
#> GSM803673 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> GSM803731 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
#> GSM803788 1 0.2603 0.952 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
#> GSM803682 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
#> GSM803741 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
#> GSM803624 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803683 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803742 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803685 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803744 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803627 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803694 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803753 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803636 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803695 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803754 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803698 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803757 2 0.0424 0.794 0.008 0.992 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.1411 0.928 0.964 0.036 0.000
#> GSM803704 1 0.1411 0.928 0.964 0.036 0.000
#> GSM803762 1 0.1411 0.928 0.964 0.036 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803707 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803765 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803649 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803708 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803766 2 0.3619 0.832 0.136 0.864 0.000
#> GSM803650 1 0.2625 0.872 0.916 0.084 0.000
#> GSM803709 1 0.2625 0.872 0.916 0.084 0.000
#> GSM803767 1 0.2625 0.872 0.916 0.084 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.6902 0.776 0.168 0.732 0.100
#> GSM803712 2 0.6902 0.776 0.168 0.732 0.100
#> GSM803769 2 0.6902 0.776 0.168 0.732 0.100
#> GSM803654 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803713 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803770 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803655 2 0.4291 0.818 0.180 0.820 0.000
#> GSM803714 2 0.4291 0.818 0.180 0.820 0.000
#> GSM803771 2 0.4291 0.818 0.180 0.820 0.000
#> GSM803656 2 0.6793 0.778 0.160 0.740 0.100
#> GSM803715 2 0.6793 0.778 0.160 0.740 0.100
#> GSM803772 2 0.6793 0.778 0.160 0.740 0.100
#> GSM803657 2 0.3116 0.831 0.108 0.892 0.000
#> GSM803716 2 0.3116 0.831 0.108 0.892 0.000
#> GSM803773 2 0.3116 0.831 0.108 0.892 0.000
#> GSM803658 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803717 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803774 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803659 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803718 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803775 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803660 2 0.4235 0.816 0.176 0.824 0.000
#> GSM803719 2 0.4235 0.816 0.176 0.824 0.000
#> GSM803776 2 0.4235 0.816 0.176 0.824 0.000
#> GSM803661 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803720 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803777 1 0.5431 0.536 0.716 0.284 0.000
#> GSM803662 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803732 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803778 2 0.3482 0.832 0.128 0.872 0.000
#> GSM803663 2 0.3752 0.830 0.144 0.856 0.000
#> GSM803721 2 0.3752 0.830 0.144 0.856 0.000
#> GSM803779 2 0.3752 0.830 0.144 0.856 0.000
#> GSM803664 2 0.3686 0.832 0.140 0.860 0.000
#> GSM803722 2 0.3686 0.832 0.140 0.860 0.000
#> GSM803780 2 0.3686 0.832 0.140 0.860 0.000
#> GSM803665 1 0.1031 0.940 0.976 0.024 0.000
#> GSM803723 1 0.1031 0.940 0.976 0.024 0.000
#> GSM803781 1 0.1031 0.940 0.976 0.024 0.000
#> GSM803666 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803724 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803782 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803667 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803725 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803783 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803668 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803726 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803784 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803669 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803727 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803670 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803728 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803785 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803671 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803729 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803786 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803672 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803730 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803787 2 0.8793 0.632 0.308 0.552 0.140
#> GSM803673 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
#> GSM803731 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
#> GSM803788 2 0.0424 0.789 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803678 4 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803737 4 0.0188 0.996 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803620 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803680 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803739 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803622 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803681 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803740 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803623 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM803682 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM803741 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM803624 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803683 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803742 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803625 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803626 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803685 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803744 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803627 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803686 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803745 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803628 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803687 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803746 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803629 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803688 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803747 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803630 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803689 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803748 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803631 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803690 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803749 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803632 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803691 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803750 1 0.0336 0.946 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803694 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803753 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803636 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803695 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803754 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.767 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803698 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803757 2 0.0592 0.770 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.1211 0.918 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM803704 1 0.1211 0.918 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM803762 1 0.1211 0.918 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803707 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803765 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803649 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803708 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803766 2 0.5646 0.771 0.056 0.672 0.272 0.000
#> GSM803650 1 0.2216 0.858 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM803709 1 0.2216 0.858 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM803767 1 0.2216 0.858 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803711 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803653 3 0.4160 0.663 0.008 0.168 0.808 0.016
#> GSM803712 3 0.4160 0.663 0.008 0.168 0.808 0.016
#> GSM803769 3 0.4160 0.663 0.008 0.168 0.808 0.016
#> GSM803654 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803713 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803770 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803655 2 0.6229 0.729 0.088 0.628 0.284 0.000
#> GSM803714 2 0.6229 0.729 0.088 0.628 0.284 0.000
#> GSM803771 2 0.6229 0.729 0.088 0.628 0.284 0.000
#> GSM803656 3 0.3048 0.754 0.000 0.108 0.876 0.016
#> GSM803715 3 0.3048 0.754 0.000 0.108 0.876 0.016
#> GSM803772 3 0.3048 0.754 0.000 0.108 0.876 0.016
#> GSM803657 2 0.5660 0.644 0.028 0.576 0.396 0.000
#> GSM803716 2 0.5660 0.644 0.028 0.576 0.396 0.000
#> GSM803773 2 0.5660 0.644 0.028 0.576 0.396 0.000
#> GSM803658 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803717 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803774 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803659 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803718 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803775 2 0.5793 0.735 0.048 0.628 0.324 0.000
#> GSM803660 2 0.6194 0.747 0.096 0.644 0.260 0.000
#> GSM803719 2 0.6194 0.747 0.096 0.644 0.260 0.000
#> GSM803776 2 0.6194 0.747 0.096 0.644 0.260 0.000
#> GSM803661 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803720 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803777 1 0.5408 0.312 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM803662 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803732 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803778 2 0.5524 0.771 0.048 0.676 0.276 0.000
#> GSM803663 2 0.5785 0.767 0.064 0.664 0.272 0.000
#> GSM803721 2 0.5785 0.767 0.064 0.664 0.272 0.000
#> GSM803779 2 0.5785 0.767 0.064 0.664 0.272 0.000
#> GSM803664 2 0.5742 0.768 0.060 0.664 0.276 0.000
#> GSM803722 2 0.5742 0.768 0.060 0.664 0.276 0.000
#> GSM803780 2 0.5742 0.768 0.060 0.664 0.276 0.000
#> GSM803665 1 0.1389 0.917 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM803723 1 0.1389 0.917 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM803781 1 0.1389 0.917 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM803666 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803724 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803782 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803667 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803725 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803783 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803668 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803726 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803784 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803669 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803727 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803670 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803728 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803785 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803671 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803729 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803786 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803672 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803730 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803787 3 0.2011 0.940 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM803673 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM803731 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM803788 2 0.1474 0.773 0.000 0.948 0.052 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803678 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803737 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803620 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.999 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803682 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803741 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803624 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803683 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803742 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803625 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0290 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0290 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0290 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803692 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803751 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803634 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803693 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803752 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803635 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803694 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803753 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803636 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803695 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803754 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803637 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803696 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803755 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803638 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803697 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803756 2 0.3480 0.726 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803639 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803698 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803757 2 0.3534 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM803640 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.1211 0.920 0.960 0.024 0.016 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.1211 0.920 0.960 0.024 0.016 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.1211 0.920 0.960 0.024 0.016 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803649 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803708 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803766 2 0.2221 0.747 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.2136 0.857 0.904 0.088 0.008 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.2136 0.857 0.904 0.088 0.008 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.2136 0.857 0.904 0.088 0.008 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0162 0.945 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM803653 5 0.4537 0.931 0.004 0.312 0.012 0.004 0.668
#> GSM803712 5 0.4537 0.931 0.004 0.312 0.012 0.004 0.668
#> GSM803769 5 0.4537 0.931 0.004 0.312 0.012 0.004 0.668
#> GSM803654 2 0.2472 0.744 0.044 0.908 0.036 0.000 0.012
#> GSM803713 2 0.2472 0.744 0.044 0.908 0.036 0.000 0.012
#> GSM803770 2 0.2472 0.744 0.044 0.908 0.036 0.000 0.012
#> GSM803655 2 0.3379 0.710 0.076 0.860 0.040 0.000 0.024
#> GSM803714 2 0.3379 0.710 0.076 0.860 0.040 0.000 0.024
#> GSM803771 2 0.3379 0.710 0.076 0.860 0.040 0.000 0.024
#> GSM803656 5 0.3934 0.932 0.000 0.236 0.012 0.004 0.748
#> GSM803715 5 0.3934 0.932 0.000 0.236 0.012 0.004 0.748
#> GSM803772 5 0.3934 0.932 0.000 0.236 0.012 0.004 0.748
#> GSM803657 2 0.4006 0.645 0.028 0.816 0.040 0.000 0.116
#> GSM803716 2 0.4006 0.645 0.028 0.816 0.040 0.000 0.116
#> GSM803773 2 0.4006 0.645 0.028 0.816 0.040 0.000 0.116
#> GSM803658 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803717 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803774 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803659 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803718 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803775 2 0.3452 0.711 0.044 0.860 0.036 0.000 0.060
#> GSM803660 2 0.2850 0.718 0.092 0.872 0.036 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.2850 0.718 0.092 0.872 0.036 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.2850 0.718 0.092 0.872 0.036 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803720 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803777 1 0.6776 0.316 0.572 0.196 0.044 0.000 0.188
#> GSM803662 2 0.2074 0.747 0.044 0.920 0.036 0.000 0.000
#> GSM803732 2 0.2074 0.747 0.044 0.920 0.036 0.000 0.000
#> GSM803778 2 0.2074 0.747 0.044 0.920 0.036 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.2359 0.743 0.060 0.904 0.036 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.2359 0.743 0.060 0.904 0.036 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.2359 0.743 0.060 0.904 0.036 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.2381 0.744 0.052 0.908 0.036 0.000 0.004
#> GSM803722 2 0.2381 0.744 0.052 0.908 0.036 0.000 0.004
#> GSM803780 2 0.2381 0.744 0.052 0.908 0.036 0.000 0.004
#> GSM803665 1 0.1605 0.914 0.944 0.004 0.040 0.000 0.012
#> GSM803723 1 0.1605 0.914 0.944 0.004 0.040 0.000 0.012
#> GSM803781 1 0.1605 0.914 0.944 0.004 0.040 0.000 0.012
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803731 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803788 2 0.3586 0.702 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.2687 0.899 0.000 0.000 0.008 0.876 0.072 0.044
#> GSM803678 4 0.2687 0.899 0.000 0.000 0.008 0.876 0.072 0.044
#> GSM803737 4 0.2687 0.899 0.000 0.000 0.008 0.876 0.072 0.044
#> GSM803620 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.981 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803680 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803739 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803622 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803681 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803740 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803623 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM803682 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM803741 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM803624 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803683 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803742 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803625 1 0.0717 0.937 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803684 1 0.0717 0.937 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803743 1 0.0717 0.937 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803626 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803685 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803744 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803627 1 0.0363 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803686 1 0.0363 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803745 1 0.0363 0.936 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803628 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803687 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803746 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803629 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803688 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803747 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803630 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803689 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803748 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803631 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803690 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803749 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803632 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803691 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803750 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM803633 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803692 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803751 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803634 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803693 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803752 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803635 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803694 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803753 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803636 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803695 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803754 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803637 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803696 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803755 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803638 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803697 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803756 2 0.0260 0.962 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803639 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803698 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803757 2 0.0717 0.960 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803640 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803699 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803758 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803641 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803700 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803759 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803642 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803701 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803760 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803643 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803702 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803644 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803703 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803761 1 0.0551 0.936 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803645 1 0.1462 0.904 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000
#> GSM803704 1 0.1462 0.904 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000
#> GSM803762 1 0.1462 0.904 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056 0.000
#> GSM803646 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803705 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803763 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803647 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803706 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803764 1 0.0767 0.935 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM803648 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803707 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803765 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803649 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803708 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803766 5 0.1701 0.918 0.008 0.072 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803650 1 0.2191 0.841 0.876 0.004 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM803709 1 0.2191 0.841 0.876 0.004 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM803767 1 0.2191 0.841 0.876 0.004 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM803651 1 0.0520 0.937 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803710 1 0.0520 0.937 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803768 1 0.0520 0.937 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803652 1 0.0717 0.937 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803711 1 0.0717 0.937 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803653 6 0.2562 0.938 0.000 0.004 0.004 0.004 0.128 0.860
#> GSM803712 6 0.2562 0.938 0.000 0.004 0.004 0.004 0.128 0.860
#> GSM803769 6 0.2562 0.938 0.000 0.004 0.004 0.004 0.128 0.860
#> GSM803654 5 0.2920 0.866 0.004 0.168 0.000 0.000 0.820 0.008
#> GSM803713 5 0.2920 0.866 0.004 0.168 0.000 0.000 0.820 0.008
#> GSM803770 5 0.2920 0.866 0.004 0.168 0.000 0.000 0.820 0.008
#> GSM803655 5 0.3010 0.878 0.036 0.056 0.008 0.000 0.872 0.028
#> GSM803714 5 0.3010 0.878 0.036 0.056 0.008 0.000 0.872 0.028
#> GSM803771 5 0.3010 0.878 0.036 0.056 0.008 0.000 0.872 0.028
#> GSM803656 6 0.1152 0.937 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> GSM803715 6 0.1152 0.937 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> GSM803772 6 0.1152 0.937 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> GSM803657 5 0.3579 0.857 0.004 0.072 0.000 0.000 0.804 0.120
#> GSM803716 5 0.3579 0.857 0.004 0.072 0.000 0.000 0.804 0.120
#> GSM803773 5 0.3579 0.857 0.004 0.072 0.000 0.000 0.804 0.120
#> GSM803658 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803717 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803774 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803659 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803718 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803775 5 0.3812 0.847 0.004 0.168 0.000 0.000 0.772 0.056
#> GSM803660 5 0.2384 0.893 0.048 0.064 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803719 5 0.2384 0.893 0.048 0.064 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803776 5 0.2384 0.893 0.048 0.064 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803661 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803720 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803777 1 0.5906 0.302 0.544 0.000 0.024 0.000 0.144 0.288
#> GSM803662 5 0.1644 0.916 0.004 0.076 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803732 5 0.1644 0.916 0.004 0.076 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803778 5 0.1644 0.916 0.004 0.076 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM803663 5 0.1895 0.917 0.016 0.072 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM803721 5 0.1895 0.917 0.016 0.072 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM803779 5 0.1895 0.917 0.016 0.072 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM803664 5 0.2145 0.915 0.012 0.076 0.004 0.000 0.904 0.004
#> GSM803722 5 0.2145 0.915 0.012 0.076 0.004 0.000 0.904 0.004
#> GSM803780 5 0.2145 0.915 0.012 0.076 0.004 0.000 0.904 0.004
#> GSM803665 1 0.1616 0.909 0.940 0.000 0.028 0.000 0.020 0.012
#> GSM803723 1 0.1616 0.909 0.940 0.000 0.028 0.000 0.020 0.012
#> GSM803781 1 0.1616 0.909 0.940 0.000 0.028 0.000 0.020 0.012
#> GSM803666 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803724 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803782 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803667 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803725 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803783 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803668 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803726 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803784 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803669 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803727 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803670 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803728 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803785 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803671 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803729 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803786 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803672 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803730 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803787 3 0.0260 1.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803673 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM803731 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
#> GSM803788 2 0.2629 0.879 0.000 0.872 0.000 0.000 0.068 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:hclust 174 1.60e-13 1.87e-33 1.02e-24 2
#> MAD:hclust 174 1.41e-24 1.75e-48 6.04e-34 3
#> MAD:hclust 168 1.98e-34 1.34e-68 1.52e-46 4
#> MAD:hclust 168 2.69e-45 3.18e-76 1.41e-46 5
#> MAD:hclust 168 2.63e-56 3.94e-100 7.87e-49 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.288 0.784 0.852 0.4502 0.519 0.519
#> 3 3 0.418 0.498 0.670 0.3652 0.731 0.527
#> 4 4 0.522 0.713 0.747 0.1246 0.819 0.576
#> 5 5 0.632 0.709 0.710 0.0899 0.899 0.694
#> 6 6 0.635 0.689 0.708 0.0513 0.917 0.664
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803674 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803733 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803616 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803675 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803734 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803617 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803676 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803735 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803618 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803677 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803736 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803619 2 0.2043 0.780 0.032 0.968
#> GSM803678 2 0.2043 0.780 0.032 0.968
#> GSM803737 2 0.2043 0.780 0.032 0.968
#> GSM803620 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803679 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803738 2 0.1843 0.781 0.028 0.972
#> GSM803621 1 0.4298 0.832 0.912 0.088
#> GSM803680 1 0.4298 0.832 0.912 0.088
#> GSM803739 1 0.4298 0.832 0.912 0.088
#> GSM803622 1 0.4022 0.835 0.920 0.080
#> GSM803681 1 0.4022 0.835 0.920 0.080
#> GSM803740 1 0.4022 0.835 0.920 0.080
#> GSM803623 2 0.7745 0.866 0.228 0.772
#> GSM803682 2 0.7745 0.866 0.228 0.772
#> GSM803741 2 0.7745 0.866 0.228 0.772
#> GSM803624 1 0.7299 0.635 0.796 0.204
#> GSM803683 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803742 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803625 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803684 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803743 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803626 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803685 1 0.4939 0.822 0.892 0.108
#> GSM803744 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803627 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803686 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803745 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803628 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803687 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803746 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803629 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803688 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803747 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803630 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803689 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803748 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803631 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803690 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803749 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803632 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803691 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803750 1 0.4431 0.831 0.908 0.092
#> GSM803633 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803692 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803751 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803634 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803693 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803752 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803635 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803694 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803753 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803636 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803695 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803754 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803637 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803696 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803755 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803638 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803697 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803756 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803639 2 0.7815 0.868 0.232 0.768
#> GSM803698 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803757 2 0.7674 0.866 0.224 0.776
#> GSM803640 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803700 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803759 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803701 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803760 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803643 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803702 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803644 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803703 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803761 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803645 1 0.0376 0.847 0.996 0.004
#> GSM803704 1 0.0376 0.847 0.996 0.004
#> GSM803762 1 0.0376 0.847 0.996 0.004
#> GSM803646 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803705 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803763 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803647 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803706 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803764 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803648 1 0.6438 0.679 0.836 0.164
#> GSM803707 1 0.6438 0.679 0.836 0.164
#> GSM803765 1 0.6531 0.672 0.832 0.168
#> GSM803649 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803708 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803766 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803650 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803651 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.848 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0376 0.848 0.996 0.004
#> GSM803652 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803711 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803653 2 0.8608 0.829 0.284 0.716
#> GSM803712 2 0.8608 0.829 0.284 0.716
#> GSM803769 2 0.8608 0.829 0.284 0.716
#> GSM803654 2 0.8713 0.834 0.292 0.708
#> GSM803713 2 0.8713 0.834 0.292 0.708
#> GSM803770 2 0.8713 0.834 0.292 0.708
#> GSM803655 2 0.9358 0.716 0.352 0.648
#> GSM803714 2 0.9358 0.716 0.352 0.648
#> GSM803771 2 0.9358 0.716 0.352 0.648
#> GSM803656 2 0.6148 0.829 0.152 0.848
#> GSM803715 2 0.6148 0.829 0.152 0.848
#> GSM803772 2 0.6148 0.829 0.152 0.848
#> GSM803657 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803716 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803773 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803658 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803717 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803774 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803659 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803718 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803775 2 0.9087 0.805 0.324 0.676
#> GSM803660 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803719 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803776 1 0.0938 0.844 0.988 0.012
#> GSM803661 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803720 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803777 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803662 1 0.1184 0.841 0.984 0.016
#> GSM803732 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803778 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM803663 1 0.5737 0.710 0.864 0.136
#> GSM803721 1 0.5737 0.710 0.864 0.136
#> GSM803779 1 0.5737 0.710 0.864 0.136
#> GSM803664 2 0.9775 0.649 0.412 0.588
#> GSM803722 2 0.9775 0.649 0.412 0.588
#> GSM803780 2 0.9775 0.649 0.412 0.588
#> GSM803665 1 0.5408 0.808 0.876 0.124
#> GSM803723 1 0.5408 0.808 0.876 0.124
#> GSM803781 1 0.5408 0.808 0.876 0.124
#> GSM803666 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803724 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803782 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803667 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803725 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803783 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803668 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803726 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803784 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803669 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803727 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803670 1 0.9795 0.503 0.584 0.416
#> GSM803728 1 0.9795 0.503 0.584 0.416
#> GSM803785 1 0.9795 0.503 0.584 0.416
#> GSM803671 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803729 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803786 1 0.9754 0.521 0.592 0.408
#> GSM803672 1 0.9732 0.528 0.596 0.404
#> GSM803730 1 0.9732 0.528 0.596 0.404
#> GSM803787 1 0.9732 0.528 0.596 0.404
#> GSM803673 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803731 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
#> GSM803788 2 0.7883 0.868 0.236 0.764
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 0.58349 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0424 0.57690 0.000 0.008 0.992
#> GSM803678 3 0.0424 0.57690 0.000 0.008 0.992
#> GSM803737 3 0.0424 0.57690 0.000 0.008 0.992
#> GSM803620 3 0.0237 0.58435 0.000 0.004 0.996
#> GSM803679 3 0.0237 0.58435 0.000 0.004 0.996
#> GSM803738 3 0.0237 0.58435 0.000 0.004 0.996
#> GSM803621 1 0.4121 0.79381 0.832 0.168 0.000
#> GSM803680 1 0.4121 0.79381 0.832 0.168 0.000
#> GSM803739 1 0.4121 0.79381 0.832 0.168 0.000
#> GSM803622 1 0.4062 0.79549 0.836 0.164 0.000
#> GSM803681 1 0.4062 0.79549 0.836 0.164 0.000
#> GSM803740 1 0.4062 0.79549 0.836 0.164 0.000
#> GSM803623 3 0.6925 0.56016 0.016 0.452 0.532
#> GSM803682 3 0.6925 0.56016 0.016 0.452 0.532
#> GSM803741 3 0.6925 0.56016 0.016 0.452 0.532
#> GSM803624 1 0.7101 0.48350 0.704 0.216 0.080
#> GSM803683 1 0.2448 0.80537 0.924 0.076 0.000
#> GSM803742 1 0.2448 0.80537 0.924 0.076 0.000
#> GSM803625 1 0.0237 0.83709 0.996 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0237 0.83709 0.996 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0237 0.83709 0.996 0.004 0.000
#> GSM803626 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803685 1 0.4555 0.76992 0.800 0.200 0.000
#> GSM803744 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803627 1 0.4346 0.78482 0.816 0.184 0.000
#> GSM803686 1 0.4346 0.78482 0.816 0.184 0.000
#> GSM803745 1 0.4346 0.78482 0.816 0.184 0.000
#> GSM803628 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803687 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803746 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803629 1 0.4346 0.78482 0.816 0.184 0.000
#> GSM803688 1 0.4346 0.78482 0.816 0.184 0.000
#> GSM803747 1 0.4291 0.78753 0.820 0.180 0.000
#> GSM803630 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803689 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803748 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803631 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803690 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803749 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803632 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803691 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803750 1 0.4291 0.78659 0.820 0.180 0.000
#> GSM803633 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803692 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803751 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803634 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803693 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803752 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803635 2 0.7386 -0.44697 0.032 0.508 0.460
#> GSM803694 2 0.7386 -0.44697 0.032 0.508 0.460
#> GSM803753 2 0.7386 -0.44697 0.032 0.508 0.460
#> GSM803636 3 0.6931 0.56286 0.016 0.456 0.528
#> GSM803695 3 0.6931 0.56286 0.016 0.456 0.528
#> GSM803754 3 0.6931 0.56286 0.016 0.456 0.528
#> GSM803637 3 0.7286 0.52961 0.028 0.464 0.508
#> GSM803696 3 0.7286 0.52961 0.028 0.464 0.508
#> GSM803755 3 0.7286 0.52961 0.028 0.464 0.508
#> GSM803638 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803697 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803756 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803639 3 0.6931 0.56286 0.016 0.456 0.528
#> GSM803698 3 0.6931 0.56286 0.016 0.456 0.528
#> GSM803757 3 0.6925 0.56712 0.016 0.452 0.532
#> GSM803640 1 0.0747 0.83609 0.984 0.016 0.000
#> GSM803699 1 0.0747 0.83609 0.984 0.016 0.000
#> GSM803758 1 0.0747 0.83609 0.984 0.016 0.000
#> GSM803641 1 0.0747 0.83597 0.984 0.016 0.000
#> GSM803700 1 0.0747 0.83597 0.984 0.016 0.000
#> GSM803759 1 0.0592 0.83638 0.988 0.012 0.000
#> GSM803642 1 0.1289 0.83155 0.968 0.032 0.000
#> GSM803701 1 0.1289 0.83155 0.968 0.032 0.000
#> GSM803760 1 0.1289 0.83155 0.968 0.032 0.000
#> GSM803643 1 0.1289 0.83155 0.968 0.032 0.000
#> GSM803702 1 0.1289 0.83155 0.968 0.032 0.000
#> GSM803644 1 0.0892 0.83637 0.980 0.020 0.000
#> GSM803703 1 0.0892 0.83637 0.980 0.020 0.000
#> GSM803761 1 0.0892 0.83637 0.980 0.020 0.000
#> GSM803645 1 0.0747 0.83588 0.984 0.016 0.000
#> GSM803704 1 0.0747 0.83588 0.984 0.016 0.000
#> GSM803762 1 0.0747 0.83588 0.984 0.016 0.000
#> GSM803646 1 0.2711 0.78752 0.912 0.088 0.000
#> GSM803705 1 0.2711 0.78752 0.912 0.088 0.000
#> GSM803763 1 0.2711 0.78752 0.912 0.088 0.000
#> GSM803647 1 0.1031 0.83464 0.976 0.024 0.000
#> GSM803706 1 0.1031 0.83464 0.976 0.024 0.000
#> GSM803764 1 0.1031 0.83464 0.976 0.024 0.000
#> GSM803648 2 0.7112 0.24737 0.424 0.552 0.024
#> GSM803707 2 0.7112 0.24737 0.424 0.552 0.024
#> GSM803765 2 0.7112 0.24737 0.424 0.552 0.024
#> GSM803649 1 0.6468 0.07677 0.552 0.444 0.004
#> GSM803708 1 0.6468 0.07677 0.552 0.444 0.004
#> GSM803766 1 0.6468 0.07677 0.552 0.444 0.004
#> GSM803650 1 0.0237 0.83694 0.996 0.004 0.000
#> GSM803709 1 0.0237 0.83694 0.996 0.004 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.83696 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0424 0.83699 0.992 0.008 0.000
#> GSM803710 1 0.0424 0.83699 0.992 0.008 0.000
#> GSM803768 1 0.0237 0.83708 0.996 0.004 0.000
#> GSM803652 1 0.0592 0.83638 0.988 0.012 0.000
#> GSM803711 1 0.0592 0.83638 0.988 0.012 0.000
#> GSM803653 2 0.8350 -0.08173 0.088 0.532 0.380
#> GSM803712 2 0.8350 -0.08173 0.088 0.532 0.380
#> GSM803769 2 0.8350 -0.08173 0.088 0.532 0.380
#> GSM803654 2 0.7828 -0.13656 0.068 0.592 0.340
#> GSM803713 2 0.7828 -0.13656 0.068 0.592 0.340
#> GSM803770 2 0.7828 -0.13656 0.068 0.592 0.340
#> GSM803655 2 0.8857 0.02186 0.132 0.524 0.344
#> GSM803714 2 0.8857 0.02186 0.132 0.524 0.344
#> GSM803771 2 0.8857 0.02186 0.132 0.524 0.344
#> GSM803656 3 0.6917 0.46170 0.024 0.368 0.608
#> GSM803715 3 0.6917 0.46170 0.024 0.368 0.608
#> GSM803772 3 0.6917 0.46170 0.024 0.368 0.608
#> GSM803657 2 0.8238 -0.00454 0.104 0.596 0.300
#> GSM803716 2 0.8238 -0.00454 0.104 0.596 0.300
#> GSM803773 2 0.8238 -0.00454 0.104 0.596 0.300
#> GSM803658 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803717 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803774 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803659 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803718 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803775 2 0.8262 -0.00889 0.104 0.592 0.304
#> GSM803660 1 0.6421 0.13091 0.572 0.424 0.004
#> GSM803719 1 0.6421 0.13091 0.572 0.424 0.004
#> GSM803776 1 0.6421 0.13091 0.572 0.424 0.004
#> GSM803661 1 0.2625 0.79862 0.916 0.084 0.000
#> GSM803720 1 0.2625 0.79862 0.916 0.084 0.000
#> GSM803777 1 0.2625 0.79862 0.916 0.084 0.000
#> GSM803662 1 0.5706 0.40335 0.680 0.320 0.000
#> GSM803732 1 0.2066 0.80649 0.940 0.060 0.000
#> GSM803778 1 0.2066 0.80649 0.940 0.060 0.000
#> GSM803663 2 0.7069 0.14278 0.472 0.508 0.020
#> GSM803721 2 0.7069 0.14278 0.472 0.508 0.020
#> GSM803779 2 0.7069 0.14278 0.472 0.508 0.020
#> GSM803664 2 0.8770 0.06146 0.156 0.572 0.272
#> GSM803722 2 0.8770 0.06146 0.156 0.572 0.272
#> GSM803780 2 0.8770 0.06146 0.156 0.572 0.272
#> GSM803665 1 0.6201 0.71448 0.748 0.208 0.044
#> GSM803723 1 0.6201 0.71448 0.748 0.208 0.044
#> GSM803781 1 0.6154 0.71848 0.752 0.204 0.044
#> GSM803666 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803724 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803782 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803667 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803725 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803783 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803668 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803726 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803784 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803669 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803727 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803670 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803728 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803785 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803671 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803729 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803786 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803672 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803730 2 0.9371 0.34903 0.264 0.512 0.224
#> GSM803787 2 0.9340 0.34221 0.264 0.516 0.220
#> GSM803673 2 0.7268 -0.41320 0.028 0.524 0.448
#> GSM803731 2 0.7268 -0.41320 0.028 0.524 0.448
#> GSM803788 2 0.7268 -0.41320 0.028 0.524 0.448
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.5628 0.9807 0.000 0.144 0.132 0.724
#> GSM803674 4 0.5628 0.9807 0.000 0.144 0.132 0.724
#> GSM803733 4 0.5628 0.9807 0.000 0.144 0.132 0.724
#> GSM803616 4 0.5581 0.9805 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM803675 4 0.5581 0.9805 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM803734 4 0.5581 0.9805 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM803617 4 0.5628 0.9807 0.000 0.144 0.132 0.724
#> GSM803676 4 0.5628 0.9807 0.000 0.144 0.132 0.724
#> GSM803735 4 0.5581 0.9805 0.000 0.140 0.132 0.728
#> GSM803618 4 0.5630 0.9778 0.000 0.140 0.136 0.724
#> GSM803677 4 0.5630 0.9778 0.000 0.140 0.136 0.724
#> GSM803736 4 0.5630 0.9778 0.000 0.140 0.136 0.724
#> GSM803619 4 0.5868 0.9536 0.004 0.116 0.168 0.712
#> GSM803678 4 0.5868 0.9536 0.004 0.116 0.168 0.712
#> GSM803737 4 0.5868 0.9536 0.004 0.116 0.168 0.712
#> GSM803620 4 0.5578 0.9718 0.000 0.144 0.128 0.728
#> GSM803679 4 0.5578 0.9718 0.000 0.144 0.128 0.728
#> GSM803738 4 0.5578 0.9718 0.000 0.144 0.128 0.728
#> GSM803621 1 0.5495 0.7183 0.728 0.000 0.176 0.096
#> GSM803680 1 0.5495 0.7183 0.728 0.000 0.176 0.096
#> GSM803739 1 0.5495 0.7183 0.728 0.000 0.176 0.096
#> GSM803622 1 0.5352 0.7257 0.740 0.000 0.168 0.092
#> GSM803681 1 0.5352 0.7257 0.740 0.000 0.168 0.092
#> GSM803740 1 0.5352 0.7257 0.740 0.000 0.168 0.092
#> GSM803623 2 0.5179 0.5651 0.000 0.728 0.052 0.220
#> GSM803682 2 0.5179 0.5651 0.000 0.728 0.052 0.220
#> GSM803741 2 0.5179 0.5651 0.000 0.728 0.052 0.220
#> GSM803624 1 0.6333 0.5017 0.656 0.268 0.036 0.040
#> GSM803683 1 0.4377 0.7183 0.824 0.124 0.020 0.032
#> GSM803742 1 0.4431 0.7149 0.820 0.128 0.020 0.032
#> GSM803625 1 0.1302 0.7966 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803684 1 0.1302 0.7966 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803743 1 0.1302 0.7966 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803626 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803685 1 0.5632 0.6984 0.712 0.000 0.196 0.092
#> GSM803744 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803627 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803686 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803745 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803628 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803687 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803746 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803629 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803688 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803747 1 0.5517 0.7125 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803630 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803689 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803748 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803631 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803690 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803749 1 0.5457 0.7141 0.728 0.000 0.184 0.088
#> GSM803632 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803691 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803750 1 0.5517 0.7121 0.724 0.000 0.184 0.092
#> GSM803633 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803692 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803751 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803634 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803693 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803752 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803635 2 0.3842 0.6176 0.000 0.836 0.036 0.128
#> GSM803694 2 0.3842 0.6176 0.000 0.836 0.036 0.128
#> GSM803753 2 0.3842 0.6176 0.000 0.836 0.036 0.128
#> GSM803636 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803695 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803754 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803637 2 0.4904 0.5628 0.000 0.744 0.040 0.216
#> GSM803696 2 0.4904 0.5628 0.000 0.744 0.040 0.216
#> GSM803755 2 0.4904 0.5628 0.000 0.744 0.040 0.216
#> GSM803638 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803697 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803756 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803639 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803698 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803757 2 0.4956 0.5516 0.000 0.732 0.036 0.232
#> GSM803640 1 0.1661 0.7902 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM803699 1 0.1661 0.7902 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM803758 1 0.1576 0.7895 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803641 1 0.1489 0.7885 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM803700 1 0.1489 0.7885 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM803759 1 0.1489 0.7885 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM803642 1 0.2400 0.7808 0.924 0.028 0.004 0.044
#> GSM803701 1 0.2400 0.7808 0.924 0.028 0.004 0.044
#> GSM803760 1 0.2400 0.7808 0.924 0.028 0.004 0.044
#> GSM803643 1 0.2400 0.7808 0.924 0.028 0.004 0.044
#> GSM803702 1 0.2400 0.7808 0.924 0.028 0.004 0.044
#> GSM803644 1 0.2048 0.7920 0.928 0.000 0.008 0.064
#> GSM803703 1 0.2048 0.7920 0.928 0.000 0.008 0.064
#> GSM803761 1 0.2048 0.7920 0.928 0.000 0.008 0.064
#> GSM803645 1 0.2066 0.7896 0.940 0.024 0.008 0.028
#> GSM803704 1 0.2066 0.7896 0.940 0.024 0.008 0.028
#> GSM803762 1 0.2066 0.7896 0.940 0.024 0.008 0.028
#> GSM803646 1 0.5154 0.6696 0.776 0.148 0.016 0.060
#> GSM803705 1 0.5154 0.6696 0.776 0.148 0.016 0.060
#> GSM803763 1 0.5154 0.6696 0.776 0.148 0.016 0.060
#> GSM803647 1 0.1953 0.7862 0.940 0.012 0.004 0.044
#> GSM803706 1 0.1953 0.7862 0.940 0.012 0.004 0.044
#> GSM803764 1 0.1953 0.7862 0.940 0.012 0.004 0.044
#> GSM803648 2 0.6106 0.4717 0.320 0.628 0.028 0.024
#> GSM803707 2 0.6106 0.4717 0.320 0.628 0.028 0.024
#> GSM803765 2 0.6106 0.4717 0.320 0.628 0.028 0.024
#> GSM803649 2 0.6463 0.1815 0.448 0.500 0.028 0.024
#> GSM803708 2 0.6463 0.1815 0.448 0.500 0.028 0.024
#> GSM803766 2 0.6463 0.1815 0.448 0.500 0.028 0.024
#> GSM803650 1 0.0524 0.7963 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803709 1 0.0524 0.7963 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803767 1 0.1256 0.7946 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM803651 1 0.0921 0.7949 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803710 1 0.0921 0.7949 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803768 1 0.0921 0.7949 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803652 1 0.1151 0.7935 0.968 0.008 0.000 0.024
#> GSM803711 1 0.1151 0.7935 0.968 0.008 0.000 0.024
#> GSM803653 2 0.5327 0.6063 0.040 0.788 0.084 0.088
#> GSM803712 2 0.5327 0.6063 0.040 0.788 0.084 0.088
#> GSM803769 2 0.5327 0.6063 0.040 0.788 0.084 0.088
#> GSM803654 2 0.1993 0.6544 0.016 0.944 0.024 0.016
#> GSM803713 2 0.1993 0.6544 0.016 0.944 0.024 0.016
#> GSM803770 2 0.1993 0.6544 0.016 0.944 0.024 0.016
#> GSM803655 2 0.6032 0.5991 0.108 0.748 0.068 0.076
#> GSM803714 2 0.6032 0.5991 0.108 0.748 0.068 0.076
#> GSM803771 2 0.6032 0.5991 0.108 0.748 0.068 0.076
#> GSM803656 2 0.6809 0.2145 0.004 0.568 0.104 0.324
#> GSM803715 2 0.6809 0.2145 0.004 0.568 0.104 0.324
#> GSM803772 2 0.6809 0.2145 0.004 0.568 0.104 0.324
#> GSM803657 2 0.3643 0.6461 0.032 0.876 0.060 0.032
#> GSM803716 2 0.3643 0.6461 0.032 0.876 0.060 0.032
#> GSM803773 2 0.3643 0.6461 0.032 0.876 0.060 0.032
#> GSM803658 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803717 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803774 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803659 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803718 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803775 2 0.3659 0.6461 0.032 0.876 0.056 0.036
#> GSM803660 2 0.6388 0.1538 0.468 0.484 0.024 0.024
#> GSM803719 2 0.6388 0.1538 0.468 0.484 0.024 0.024
#> GSM803776 2 0.6388 0.1538 0.468 0.484 0.024 0.024
#> GSM803661 1 0.4431 0.7149 0.820 0.128 0.020 0.032
#> GSM803720 1 0.4431 0.7149 0.820 0.128 0.020 0.032
#> GSM803777 1 0.4431 0.7149 0.820 0.128 0.020 0.032
#> GSM803662 1 0.6746 0.0518 0.516 0.416 0.040 0.028
#> GSM803732 1 0.5410 0.5954 0.724 0.228 0.024 0.024
#> GSM803778 1 0.5443 0.5893 0.720 0.232 0.024 0.024
#> GSM803663 2 0.6390 0.3850 0.368 0.576 0.028 0.028
#> GSM803721 2 0.6390 0.3850 0.368 0.576 0.028 0.028
#> GSM803779 2 0.6390 0.3850 0.368 0.576 0.028 0.028
#> GSM803664 2 0.4297 0.6392 0.100 0.836 0.044 0.020
#> GSM803722 2 0.4297 0.6392 0.100 0.836 0.044 0.020
#> GSM803780 2 0.4297 0.6392 0.100 0.836 0.044 0.020
#> GSM803665 1 0.5655 0.6811 0.704 0.000 0.212 0.084
#> GSM803723 1 0.5655 0.6811 0.704 0.000 0.212 0.084
#> GSM803781 1 0.5655 0.6811 0.704 0.000 0.212 0.084
#> GSM803666 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803724 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803782 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803667 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803725 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803783 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803668 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803726 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803784 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803669 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803727 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803670 3 0.3736 0.9961 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803728 3 0.3736 0.9961 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803785 3 0.3736 0.9961 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803671 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803729 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803786 3 0.3736 0.9979 0.128 0.024 0.844 0.004
#> GSM803672 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803730 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803787 3 0.3552 0.9978 0.128 0.024 0.848 0.000
#> GSM803673 2 0.3991 0.6225 0.000 0.832 0.048 0.120
#> GSM803731 2 0.3991 0.6225 0.000 0.832 0.048 0.120
#> GSM803788 2 0.3991 0.6225 0.000 0.832 0.048 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.220 0.97884 0.008 0.040 0.032 0.920 0.000
#> GSM803674 4 0.220 0.97884 0.008 0.040 0.032 0.920 0.000
#> GSM803733 4 0.220 0.97884 0.008 0.040 0.032 0.920 0.000
#> GSM803616 4 0.183 0.97927 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000
#> GSM803675 4 0.183 0.97927 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000
#> GSM803734 4 0.183 0.97927 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000
#> GSM803617 4 0.220 0.97884 0.008 0.040 0.032 0.920 0.000
#> GSM803676 4 0.220 0.97884 0.008 0.040 0.032 0.920 0.000
#> GSM803735 4 0.183 0.97927 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000
#> GSM803618 4 0.258 0.97387 0.016 0.044 0.036 0.904 0.000
#> GSM803677 4 0.258 0.97387 0.016 0.044 0.036 0.904 0.000
#> GSM803736 4 0.258 0.97387 0.016 0.044 0.036 0.904 0.000
#> GSM803619 4 0.313 0.93826 0.020 0.032 0.076 0.872 0.000
#> GSM803678 4 0.313 0.93826 0.020 0.032 0.076 0.872 0.000
#> GSM803737 4 0.316 0.93833 0.024 0.032 0.072 0.872 0.000
#> GSM803620 4 0.207 0.97734 0.000 0.048 0.032 0.920 0.000
#> GSM803679 4 0.207 0.97734 0.000 0.048 0.032 0.920 0.000
#> GSM803738 4 0.207 0.97734 0.000 0.048 0.032 0.920 0.000
#> GSM803621 1 0.454 0.91216 0.636 0.000 0.012 0.004 0.348
#> GSM803680 1 0.454 0.91216 0.636 0.000 0.012 0.004 0.348
#> GSM803739 1 0.454 0.91216 0.636 0.000 0.012 0.004 0.348
#> GSM803622 1 0.428 0.92367 0.616 0.000 0.004 0.000 0.380
#> GSM803681 1 0.428 0.92367 0.616 0.000 0.004 0.000 0.380
#> GSM803740 1 0.428 0.92367 0.616 0.000 0.004 0.000 0.380
#> GSM803623 2 0.621 0.57694 0.104 0.656 0.052 0.184 0.004
#> GSM803682 2 0.621 0.57694 0.104 0.656 0.052 0.184 0.004
#> GSM803741 2 0.621 0.57694 0.104 0.656 0.052 0.184 0.004
#> GSM803624 5 0.749 0.44252 0.148 0.276 0.060 0.012 0.504
#> GSM803683 5 0.629 0.56932 0.152 0.132 0.048 0.008 0.660
#> GSM803742 5 0.629 0.56932 0.152 0.132 0.048 0.008 0.660
#> GSM803625 5 0.454 0.57317 0.184 0.004 0.032 0.020 0.760
#> GSM803684 5 0.454 0.57317 0.184 0.004 0.032 0.020 0.760
#> GSM803743 5 0.454 0.57317 0.184 0.004 0.032 0.020 0.760
#> GSM803626 3 0.515 0.98826 0.180 0.008 0.732 0.052 0.028
#> GSM803685 1 0.494 0.91042 0.620 0.000 0.032 0.004 0.344
#> GSM803744 3 0.515 0.98826 0.180 0.008 0.732 0.052 0.028
#> GSM803627 1 0.447 0.93244 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> GSM803686 1 0.447 0.93244 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> GSM803745 1 0.447 0.93244 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> GSM803628 1 0.440 0.94495 0.620 0.000 0.004 0.004 0.372
#> GSM803687 1 0.440 0.94495 0.620 0.000 0.004 0.004 0.372
#> GSM803746 1 0.450 0.94459 0.620 0.000 0.008 0.004 0.368
#> GSM803629 1 0.445 0.94493 0.636 0.000 0.008 0.004 0.352
#> GSM803688 1 0.445 0.94493 0.636 0.000 0.008 0.004 0.352
#> GSM803747 1 0.445 0.94493 0.636 0.000 0.008 0.004 0.352
#> GSM803630 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803689 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803748 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803631 1 0.448 0.94404 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM803690 1 0.448 0.94404 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM803749 1 0.448 0.94404 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM803632 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803691 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803750 1 0.471 0.94035 0.608 0.000 0.016 0.004 0.372
#> GSM803633 2 0.665 0.55487 0.112 0.612 0.064 0.208 0.004
#> GSM803692 2 0.665 0.55487 0.112 0.612 0.064 0.208 0.004
#> GSM803751 2 0.665 0.55487 0.112 0.612 0.064 0.208 0.004
#> GSM803634 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803693 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803752 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803635 2 0.553 0.62232 0.100 0.728 0.056 0.112 0.004
#> GSM803694 2 0.553 0.62232 0.100 0.728 0.056 0.112 0.004
#> GSM803753 2 0.553 0.62232 0.100 0.728 0.056 0.112 0.004
#> GSM803636 2 0.649 0.57335 0.108 0.632 0.064 0.192 0.004
#> GSM803695 2 0.649 0.57335 0.108 0.632 0.064 0.192 0.004
#> GSM803754 2 0.649 0.57335 0.108 0.632 0.064 0.192 0.004
#> GSM803637 2 0.633 0.58754 0.108 0.656 0.068 0.164 0.004
#> GSM803696 2 0.633 0.58754 0.108 0.656 0.068 0.164 0.004
#> GSM803755 2 0.633 0.58754 0.108 0.656 0.068 0.164 0.004
#> GSM803638 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803697 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803756 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803639 2 0.655 0.56609 0.108 0.624 0.064 0.200 0.004
#> GSM803698 2 0.655 0.56609 0.108 0.624 0.064 0.200 0.004
#> GSM803757 2 0.663 0.55483 0.108 0.612 0.064 0.212 0.004
#> GSM803640 5 0.253 0.64696 0.088 0.000 0.008 0.012 0.892
#> GSM803699 5 0.253 0.64696 0.088 0.000 0.008 0.012 0.892
#> GSM803758 5 0.229 0.66290 0.072 0.000 0.008 0.012 0.908
#> GSM803641 5 0.206 0.67637 0.052 0.000 0.008 0.016 0.924
#> GSM803700 5 0.206 0.67637 0.052 0.000 0.008 0.016 0.924
#> GSM803759 5 0.213 0.67247 0.056 0.000 0.008 0.016 0.920
#> GSM803642 5 0.136 0.69434 0.012 0.004 0.016 0.008 0.960
#> GSM803701 5 0.136 0.69434 0.012 0.004 0.016 0.008 0.960
#> GSM803760 5 0.136 0.69434 0.012 0.004 0.016 0.008 0.960
#> GSM803643 5 0.126 0.69503 0.012 0.004 0.012 0.008 0.964
#> GSM803702 5 0.126 0.69503 0.012 0.004 0.012 0.008 0.964
#> GSM803644 5 0.328 0.55685 0.148 0.000 0.008 0.012 0.832
#> GSM803703 5 0.328 0.55685 0.148 0.000 0.008 0.012 0.832
#> GSM803761 5 0.328 0.55685 0.148 0.000 0.008 0.012 0.832
#> GSM803645 5 0.417 0.63674 0.156 0.008 0.036 0.008 0.792
#> GSM803704 5 0.417 0.63674 0.156 0.008 0.036 0.008 0.792
#> GSM803762 5 0.417 0.63674 0.156 0.008 0.036 0.008 0.792
#> GSM803646 5 0.301 0.66540 0.020 0.080 0.012 0.008 0.880
#> GSM803705 5 0.301 0.66540 0.020 0.080 0.012 0.008 0.880
#> GSM803763 5 0.301 0.66540 0.020 0.080 0.012 0.008 0.880
#> GSM803647 5 0.150 0.69021 0.024 0.000 0.016 0.008 0.952
#> GSM803706 5 0.150 0.69021 0.024 0.000 0.016 0.008 0.952
#> GSM803764 5 0.150 0.69021 0.024 0.000 0.016 0.008 0.952
#> GSM803648 2 0.633 0.33857 0.056 0.576 0.052 0.004 0.312
#> GSM803707 2 0.633 0.33857 0.056 0.576 0.052 0.004 0.312
#> GSM803765 2 0.633 0.33857 0.056 0.576 0.052 0.004 0.312
#> GSM803649 2 0.657 0.05028 0.056 0.464 0.052 0.004 0.424
#> GSM803708 2 0.657 0.05028 0.056 0.464 0.052 0.004 0.424
#> GSM803766 2 0.657 0.05028 0.056 0.464 0.052 0.004 0.424
#> GSM803650 5 0.301 0.66425 0.104 0.004 0.016 0.008 0.868
#> GSM803709 5 0.301 0.66425 0.104 0.004 0.016 0.008 0.868
#> GSM803767 5 0.409 0.55186 0.184 0.004 0.020 0.012 0.780
#> GSM803651 5 0.341 0.65998 0.116 0.000 0.020 0.020 0.844
#> GSM803710 5 0.341 0.65998 0.116 0.000 0.020 0.020 0.844
#> GSM803768 5 0.346 0.65585 0.120 0.000 0.020 0.020 0.840
#> GSM803652 5 0.291 0.67978 0.096 0.004 0.016 0.008 0.876
#> GSM803711 5 0.291 0.67978 0.096 0.004 0.016 0.008 0.876
#> GSM803653 2 0.600 0.60191 0.088 0.724 0.072 0.068 0.048
#> GSM803712 2 0.600 0.60191 0.088 0.724 0.072 0.068 0.048
#> GSM803769 2 0.600 0.60191 0.088 0.724 0.072 0.068 0.048
#> GSM803654 2 0.178 0.66594 0.020 0.944 0.012 0.004 0.020
#> GSM803713 2 0.178 0.66594 0.020 0.944 0.012 0.004 0.020
#> GSM803770 2 0.178 0.66594 0.020 0.944 0.012 0.004 0.020
#> GSM803655 2 0.624 0.60664 0.068 0.704 0.080 0.044 0.104
#> GSM803714 2 0.624 0.60664 0.068 0.704 0.080 0.044 0.104
#> GSM803771 2 0.624 0.60664 0.068 0.704 0.080 0.044 0.104
#> GSM803656 2 0.696 0.38627 0.084 0.556 0.056 0.288 0.016
#> GSM803715 2 0.696 0.38627 0.084 0.556 0.056 0.288 0.016
#> GSM803772 2 0.696 0.38627 0.084 0.556 0.056 0.288 0.016
#> GSM803657 2 0.358 0.65335 0.020 0.864 0.052 0.024 0.040
#> GSM803716 2 0.358 0.65335 0.020 0.864 0.052 0.024 0.040
#> GSM803773 2 0.358 0.65335 0.020 0.864 0.052 0.024 0.040
#> GSM803658 2 0.337 0.65595 0.024 0.876 0.044 0.024 0.032
#> GSM803717 2 0.337 0.65595 0.024 0.876 0.044 0.024 0.032
#> GSM803774 2 0.337 0.65595 0.024 0.876 0.044 0.024 0.032
#> GSM803659 2 0.345 0.65525 0.024 0.872 0.044 0.024 0.036
#> GSM803718 2 0.345 0.65525 0.024 0.872 0.044 0.024 0.036
#> GSM803775 2 0.345 0.65525 0.024 0.872 0.044 0.024 0.036
#> GSM803660 5 0.678 -0.00217 0.064 0.432 0.052 0.008 0.444
#> GSM803719 5 0.678 -0.00217 0.064 0.432 0.052 0.008 0.444
#> GSM803776 5 0.678 -0.00217 0.064 0.432 0.052 0.008 0.444
#> GSM803661 5 0.629 0.56932 0.152 0.132 0.048 0.008 0.660
#> GSM803720 5 0.629 0.56932 0.152 0.132 0.048 0.008 0.660
#> GSM803777 5 0.629 0.56932 0.152 0.132 0.048 0.008 0.660
#> GSM803662 5 0.658 0.13915 0.068 0.396 0.044 0.004 0.488
#> GSM803732 5 0.656 0.45962 0.108 0.292 0.032 0.004 0.564
#> GSM803778 5 0.656 0.45962 0.108 0.292 0.032 0.004 0.564
#> GSM803663 2 0.663 0.15917 0.060 0.500 0.048 0.008 0.384
#> GSM803721 2 0.663 0.15917 0.060 0.500 0.048 0.008 0.384
#> GSM803779 2 0.663 0.15917 0.060 0.500 0.048 0.008 0.384
#> GSM803664 2 0.516 0.61336 0.048 0.752 0.072 0.004 0.124
#> GSM803722 2 0.516 0.61336 0.048 0.752 0.072 0.004 0.124
#> GSM803780 2 0.516 0.61336 0.048 0.752 0.072 0.004 0.124
#> GSM803665 1 0.512 0.85721 0.628 0.000 0.028 0.016 0.328
#> GSM803723 1 0.512 0.85721 0.628 0.000 0.028 0.016 0.328
#> GSM803781 1 0.512 0.85721 0.628 0.000 0.028 0.016 0.328
#> GSM803666 3 0.512 0.98918 0.176 0.008 0.736 0.052 0.028
#> GSM803724 3 0.512 0.98918 0.176 0.008 0.736 0.052 0.028
#> GSM803782 3 0.512 0.98918 0.176 0.008 0.736 0.052 0.028
#> GSM803667 3 0.515 0.98574 0.180 0.008 0.732 0.052 0.028
#> GSM803725 3 0.515 0.98574 0.180 0.008 0.732 0.052 0.028
#> GSM803783 3 0.515 0.98574 0.180 0.008 0.732 0.052 0.028
#> GSM803668 3 0.508 0.99017 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803726 3 0.508 0.99017 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803784 3 0.508 0.99017 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803669 3 0.505 0.98967 0.168 0.008 0.744 0.052 0.028
#> GSM803727 3 0.505 0.98967 0.168 0.008 0.744 0.052 0.028
#> GSM803670 3 0.504 0.99077 0.160 0.008 0.748 0.056 0.028
#> GSM803728 3 0.504 0.99077 0.160 0.008 0.748 0.056 0.028
#> GSM803785 3 0.504 0.99077 0.160 0.008 0.748 0.056 0.028
#> GSM803671 3 0.508 0.98871 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803729 3 0.508 0.98871 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803786 3 0.508 0.98871 0.172 0.008 0.740 0.052 0.028
#> GSM803672 3 0.505 0.99076 0.168 0.008 0.744 0.052 0.028
#> GSM803730 3 0.505 0.99076 0.168 0.008 0.744 0.052 0.028
#> GSM803787 3 0.505 0.99076 0.168 0.008 0.744 0.052 0.028
#> GSM803673 2 0.462 0.63956 0.076 0.796 0.056 0.068 0.004
#> GSM803731 2 0.462 0.63956 0.076 0.796 0.056 0.068 0.004
#> GSM803788 2 0.462 0.63956 0.076 0.796 0.056 0.068 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.3508 0.9638 0.000 0.100 0.052 0.828 0.016 0.004
#> GSM803674 4 0.3508 0.9638 0.000 0.100 0.052 0.828 0.016 0.004
#> GSM803733 4 0.3508 0.9638 0.000 0.100 0.052 0.828 0.016 0.004
#> GSM803616 4 0.2795 0.9656 0.000 0.100 0.044 0.856 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.2795 0.9656 0.000 0.100 0.044 0.856 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.2795 0.9656 0.000 0.100 0.044 0.856 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.3508 0.9638 0.000 0.100 0.052 0.828 0.016 0.004
#> GSM803676 4 0.3508 0.9638 0.000 0.100 0.052 0.828 0.016 0.004
#> GSM803735 4 0.2795 0.9656 0.000 0.100 0.044 0.856 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.3953 0.9588 0.000 0.100 0.056 0.808 0.016 0.020
#> GSM803677 4 0.3953 0.9588 0.000 0.100 0.056 0.808 0.016 0.020
#> GSM803736 4 0.3953 0.9588 0.000 0.100 0.056 0.808 0.016 0.020
#> GSM803619 4 0.4661 0.9090 0.008 0.064 0.052 0.784 0.064 0.028
#> GSM803678 4 0.4661 0.9090 0.008 0.064 0.052 0.784 0.064 0.028
#> GSM803737 4 0.4661 0.9090 0.008 0.064 0.052 0.784 0.064 0.028
#> GSM803620 4 0.3944 0.9594 0.000 0.104 0.048 0.808 0.028 0.012
#> GSM803679 4 0.3944 0.9594 0.000 0.104 0.048 0.808 0.028 0.012
#> GSM803738 4 0.3944 0.9594 0.000 0.104 0.048 0.808 0.028 0.012
#> GSM803621 6 0.4833 0.8501 0.236 0.000 0.004 0.024 0.052 0.684
#> GSM803680 6 0.4833 0.8501 0.236 0.000 0.004 0.024 0.052 0.684
#> GSM803739 6 0.4833 0.8501 0.236 0.000 0.004 0.024 0.052 0.684
#> GSM803622 6 0.4099 0.8698 0.276 0.000 0.008 0.004 0.016 0.696
#> GSM803681 6 0.4099 0.8698 0.276 0.000 0.008 0.004 0.016 0.696
#> GSM803740 6 0.4099 0.8698 0.276 0.000 0.008 0.004 0.016 0.696
#> GSM803623 2 0.4713 0.6296 0.000 0.748 0.044 0.020 0.148 0.040
#> GSM803682 2 0.4713 0.6296 0.000 0.748 0.044 0.020 0.148 0.040
#> GSM803741 2 0.4713 0.6296 0.000 0.748 0.044 0.020 0.148 0.040
#> GSM803624 1 0.6740 0.1337 0.460 0.016 0.008 0.044 0.364 0.108
#> GSM803683 1 0.6419 0.4021 0.528 0.004 0.008 0.044 0.296 0.120
#> GSM803742 1 0.6419 0.4021 0.528 0.004 0.008 0.044 0.296 0.120
#> GSM803625 1 0.5651 0.5822 0.632 0.000 0.004 0.048 0.092 0.224
#> GSM803684 1 0.5651 0.5822 0.632 0.000 0.004 0.048 0.092 0.224
#> GSM803743 1 0.5651 0.5822 0.632 0.000 0.004 0.048 0.092 0.224
#> GSM803626 3 0.2646 0.9866 0.012 0.004 0.872 0.004 0.004 0.104
#> GSM803685 6 0.4262 0.8965 0.224 0.000 0.020 0.012 0.016 0.728
#> GSM803744 3 0.2646 0.9866 0.012 0.004 0.872 0.004 0.004 0.104
#> GSM803627 6 0.4537 0.8911 0.228 0.000 0.016 0.020 0.024 0.712
#> GSM803686 6 0.4537 0.8911 0.228 0.000 0.016 0.020 0.024 0.712
#> GSM803745 6 0.4537 0.8911 0.228 0.000 0.016 0.020 0.024 0.712
#> GSM803628 6 0.3648 0.9129 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803687 6 0.3648 0.9129 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803746 6 0.3648 0.9129 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803629 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803688 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803747 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803630 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803689 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803748 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803631 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803690 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803749 6 0.3648 0.9131 0.240 0.000 0.016 0.000 0.004 0.740
#> GSM803632 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803691 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803750 6 0.4257 0.9060 0.236 0.000 0.016 0.012 0.016 0.720
#> GSM803633 2 0.1799 0.7423 0.000 0.928 0.008 0.052 0.004 0.008
#> GSM803692 2 0.1799 0.7423 0.000 0.928 0.008 0.052 0.004 0.008
#> GSM803751 2 0.1799 0.7423 0.000 0.928 0.008 0.052 0.004 0.008
#> GSM803634 2 0.1655 0.7430 0.000 0.932 0.008 0.052 0.008 0.000
#> GSM803693 2 0.1655 0.7430 0.000 0.932 0.008 0.052 0.008 0.000
#> GSM803752 2 0.1655 0.7430 0.000 0.932 0.008 0.052 0.008 0.000
#> GSM803635 2 0.2716 0.7041 0.000 0.868 0.000 0.028 0.096 0.008
#> GSM803694 2 0.2716 0.7041 0.000 0.868 0.000 0.028 0.096 0.008
#> GSM803753 2 0.2716 0.7041 0.000 0.868 0.000 0.028 0.096 0.008
#> GSM803636 2 0.1429 0.7443 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004 0.000
#> GSM803695 2 0.1429 0.7443 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004 0.000
#> GSM803754 2 0.1429 0.7443 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004 0.000
#> GSM803637 2 0.2101 0.7401 0.000 0.920 0.008 0.040 0.016 0.016
#> GSM803696 2 0.2101 0.7401 0.000 0.920 0.008 0.040 0.016 0.016
#> GSM803755 2 0.2101 0.7401 0.000 0.920 0.008 0.040 0.016 0.016
#> GSM803638 2 0.1542 0.7436 0.000 0.936 0.008 0.052 0.000 0.004
#> GSM803697 2 0.1542 0.7436 0.000 0.936 0.008 0.052 0.000 0.004
#> GSM803756 2 0.1542 0.7436 0.000 0.936 0.008 0.052 0.000 0.004
#> GSM803639 2 0.1542 0.7431 0.000 0.936 0.000 0.052 0.008 0.004
#> GSM803698 2 0.1542 0.7431 0.000 0.936 0.000 0.052 0.008 0.004
#> GSM803757 2 0.1542 0.7431 0.000 0.936 0.000 0.052 0.008 0.004
#> GSM803640 1 0.3275 0.6274 0.820 0.000 0.004 0.012 0.016 0.148
#> GSM803699 1 0.3275 0.6274 0.820 0.000 0.004 0.012 0.016 0.148
#> GSM803758 1 0.3197 0.6353 0.828 0.000 0.004 0.012 0.016 0.140
#> GSM803641 1 0.3123 0.6594 0.844 0.000 0.004 0.016 0.020 0.116
#> GSM803700 1 0.3123 0.6594 0.844 0.000 0.004 0.016 0.020 0.116
#> GSM803759 1 0.3123 0.6594 0.844 0.000 0.004 0.016 0.020 0.116
#> GSM803642 1 0.0806 0.7173 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM803701 1 0.0806 0.7173 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM803760 1 0.0806 0.7173 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM803643 1 0.0909 0.7178 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803702 1 0.0909 0.7178 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM803644 1 0.3770 0.5460 0.768 0.000 0.004 0.012 0.020 0.196
#> GSM803703 1 0.3770 0.5460 0.768 0.000 0.004 0.012 0.020 0.196
#> GSM803761 1 0.3770 0.5460 0.768 0.000 0.004 0.012 0.020 0.196
#> GSM803645 1 0.5826 0.6274 0.632 0.000 0.004 0.052 0.172 0.140
#> GSM803704 1 0.5826 0.6274 0.632 0.000 0.004 0.052 0.172 0.140
#> GSM803762 1 0.5826 0.6274 0.632 0.000 0.004 0.052 0.172 0.140
#> GSM803646 1 0.1765 0.6352 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM803705 1 0.1765 0.6352 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM803763 1 0.1765 0.6352 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM803647 1 0.1152 0.7128 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM803706 1 0.1152 0.7128 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM803764 1 0.1152 0.7128 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM803648 5 0.5809 0.6130 0.316 0.132 0.004 0.000 0.536 0.012
#> GSM803707 5 0.5809 0.6130 0.316 0.132 0.004 0.000 0.536 0.012
#> GSM803765 5 0.5809 0.6130 0.316 0.132 0.004 0.000 0.536 0.012
#> GSM803649 5 0.5671 0.5676 0.364 0.088 0.004 0.004 0.528 0.012
#> GSM803708 5 0.5671 0.5676 0.364 0.088 0.004 0.004 0.528 0.012
#> GSM803766 5 0.5671 0.5676 0.364 0.088 0.004 0.004 0.528 0.012
#> GSM803650 1 0.4507 0.6745 0.744 0.000 0.004 0.028 0.060 0.164
#> GSM803709 1 0.4507 0.6745 0.744 0.000 0.004 0.028 0.060 0.164
#> GSM803767 1 0.5467 0.5064 0.624 0.000 0.004 0.040 0.068 0.264
#> GSM803651 1 0.4904 0.6661 0.720 0.000 0.004 0.044 0.072 0.160
#> GSM803710 1 0.4904 0.6661 0.720 0.000 0.004 0.044 0.072 0.160
#> GSM803768 1 0.4937 0.6630 0.716 0.000 0.004 0.044 0.072 0.164
#> GSM803652 1 0.4370 0.7015 0.780 0.000 0.008 0.044 0.068 0.100
#> GSM803711 1 0.4370 0.7015 0.780 0.000 0.008 0.044 0.068 0.100
#> GSM803653 5 0.5895 0.4547 0.044 0.228 0.040 0.008 0.640 0.040
#> GSM803712 5 0.5895 0.4547 0.044 0.228 0.040 0.008 0.640 0.040
#> GSM803769 5 0.5895 0.4547 0.044 0.228 0.040 0.008 0.640 0.040
#> GSM803654 2 0.4883 0.3345 0.016 0.584 0.008 0.004 0.372 0.016
#> GSM803713 2 0.4883 0.3345 0.016 0.584 0.008 0.004 0.372 0.016
#> GSM803770 2 0.4883 0.3345 0.016 0.584 0.008 0.004 0.372 0.016
#> GSM803655 5 0.6511 0.5090 0.096 0.256 0.032 0.012 0.572 0.032
#> GSM803714 5 0.6511 0.5090 0.096 0.256 0.032 0.012 0.572 0.032
#> GSM803771 5 0.6511 0.5090 0.096 0.256 0.032 0.012 0.572 0.032
#> GSM803656 5 0.8046 0.0275 0.008 0.280 0.080 0.180 0.392 0.060
#> GSM803715 5 0.8046 0.0275 0.008 0.280 0.080 0.180 0.392 0.060
#> GSM803772 5 0.8046 0.0275 0.008 0.280 0.080 0.180 0.392 0.060
#> GSM803657 5 0.6119 -0.0371 0.040 0.420 0.032 0.008 0.472 0.028
#> GSM803716 5 0.6119 -0.0371 0.040 0.420 0.032 0.008 0.472 0.028
#> GSM803773 5 0.6119 -0.0371 0.040 0.420 0.032 0.008 0.472 0.028
#> GSM803658 2 0.6406 0.1482 0.040 0.452 0.044 0.008 0.420 0.036
#> GSM803717 2 0.6406 0.1482 0.040 0.452 0.044 0.008 0.420 0.036
#> GSM803774 2 0.6406 0.1482 0.040 0.452 0.044 0.008 0.420 0.036
#> GSM803659 2 0.6459 0.1565 0.040 0.452 0.044 0.008 0.416 0.040
#> GSM803718 2 0.6459 0.1565 0.040 0.452 0.044 0.008 0.416 0.040
#> GSM803775 2 0.6459 0.1565 0.040 0.452 0.044 0.008 0.416 0.040
#> GSM803660 5 0.6102 0.4493 0.424 0.092 0.004 0.008 0.448 0.024
#> GSM803719 5 0.6102 0.4493 0.424 0.092 0.004 0.008 0.448 0.024
#> GSM803776 5 0.6102 0.4493 0.424 0.092 0.004 0.008 0.448 0.024
#> GSM803661 1 0.6406 0.4048 0.532 0.004 0.008 0.044 0.292 0.120
#> GSM803720 1 0.6406 0.4048 0.532 0.004 0.008 0.044 0.292 0.120
#> GSM803777 1 0.6406 0.4048 0.532 0.004 0.008 0.044 0.292 0.120
#> GSM803662 5 0.5458 0.4812 0.396 0.048 0.012 0.004 0.528 0.012
#> GSM803732 5 0.5373 0.2655 0.444 0.004 0.012 0.004 0.484 0.052
#> GSM803778 5 0.5373 0.2655 0.444 0.004 0.012 0.004 0.484 0.052
#> GSM803663 5 0.5971 0.5592 0.348 0.096 0.004 0.008 0.524 0.020
#> GSM803721 5 0.5971 0.5592 0.348 0.096 0.004 0.008 0.524 0.020
#> GSM803779 5 0.5971 0.5592 0.348 0.096 0.004 0.008 0.524 0.020
#> GSM803664 5 0.6483 0.4082 0.096 0.340 0.008 0.016 0.504 0.036
#> GSM803722 5 0.6483 0.4082 0.096 0.340 0.008 0.016 0.504 0.036
#> GSM803780 5 0.6483 0.4082 0.096 0.340 0.008 0.016 0.504 0.036
#> GSM803665 6 0.6209 0.7155 0.228 0.000 0.044 0.036 0.088 0.604
#> GSM803723 6 0.6209 0.7155 0.228 0.000 0.044 0.036 0.088 0.604
#> GSM803781 6 0.6209 0.7155 0.228 0.000 0.044 0.036 0.088 0.604
#> GSM803666 3 0.2361 0.9882 0.012 0.004 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM803724 3 0.2361 0.9882 0.012 0.004 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM803782 3 0.2361 0.9882 0.012 0.004 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM803667 3 0.3016 0.9798 0.012 0.004 0.856 0.008 0.012 0.108
#> GSM803725 3 0.3016 0.9798 0.012 0.004 0.856 0.008 0.012 0.108
#> GSM803783 3 0.3016 0.9798 0.012 0.004 0.856 0.008 0.012 0.108
#> GSM803668 3 0.2567 0.9869 0.012 0.004 0.876 0.000 0.008 0.100
#> GSM803726 3 0.2567 0.9869 0.012 0.004 0.876 0.000 0.008 0.100
#> GSM803784 3 0.2567 0.9869 0.012 0.004 0.876 0.000 0.008 0.100
#> GSM803669 3 0.2361 0.9874 0.012 0.004 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM803727 3 0.2361 0.9874 0.012 0.004 0.880 0.000 0.000 0.104
#> GSM803670 3 0.2598 0.9875 0.012 0.004 0.876 0.004 0.004 0.100
#> GSM803728 3 0.2598 0.9875 0.012 0.004 0.876 0.004 0.004 0.100
#> GSM803785 3 0.2598 0.9875 0.012 0.004 0.876 0.004 0.004 0.100
#> GSM803671 3 0.2758 0.9846 0.012 0.004 0.868 0.008 0.004 0.104
#> GSM803729 3 0.2758 0.9846 0.012 0.004 0.868 0.008 0.004 0.104
#> GSM803786 3 0.2758 0.9846 0.012 0.004 0.868 0.008 0.004 0.104
#> GSM803672 3 0.2693 0.9858 0.012 0.004 0.868 0.004 0.004 0.108
#> GSM803730 3 0.2693 0.9858 0.012 0.004 0.868 0.004 0.004 0.108
#> GSM803787 3 0.2693 0.9858 0.012 0.004 0.868 0.004 0.004 0.108
#> GSM803673 2 0.5592 0.4805 0.004 0.612 0.048 0.008 0.284 0.044
#> GSM803731 2 0.5592 0.4805 0.004 0.612 0.048 0.008 0.284 0.044
#> GSM803788 2 0.5592 0.4805 0.004 0.612 0.048 0.008 0.284 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:kmeans 174 1.60e-13 5.92e-19 1.64e-10 2
#> MAD:kmeans 108 7.15e-09 2.48e-18 4.57e-07 3
#> MAD:kmeans 158 3.76e-32 9.60e-65 5.14e-45 4
#> MAD:kmeans 155 2.36e-41 6.94e-82 3.83e-59 5
#> MAD:kmeans 138 2.15e-46 1.12e-93 1.52e-52 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.719 0.903 0.952 0.5017 0.498 0.498
#> 3 3 0.827 0.884 0.938 0.2985 0.746 0.534
#> 4 4 0.713 0.789 0.845 0.1034 0.915 0.759
#> 5 5 0.705 0.715 0.834 0.0888 0.846 0.524
#> 6 6 0.764 0.757 0.823 0.0482 0.932 0.701
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.949 0.357 0.632 0.368
#> GSM803683 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803626 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803685 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803744 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803627 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803707 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803765 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803649 1 0.738 0.755 0.792 0.208
#> GSM803708 1 0.738 0.755 0.792 0.208
#> GSM803766 1 0.738 0.755 0.792 0.208
#> GSM803650 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.118 0.923 0.016 0.984
#> GSM803714 2 0.118 0.923 0.016 0.984
#> GSM803771 2 0.118 0.923 0.016 0.984
#> GSM803656 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803715 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803772 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803660 1 0.760 0.740 0.780 0.220
#> GSM803719 1 0.760 0.740 0.780 0.220
#> GSM803776 1 0.760 0.740 0.780 0.220
#> GSM803661 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803721 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803779 1 0.795 0.714 0.760 0.240
#> GSM803664 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.000 0.958 1.000 0.000
#> GSM803666 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803724 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803782 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803667 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803725 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803783 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803668 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803726 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803784 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803669 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803727 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803670 2 0.788 0.756 0.236 0.764
#> GSM803728 2 0.788 0.756 0.236 0.764
#> GSM803785 2 0.788 0.756 0.236 0.764
#> GSM803671 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803729 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803786 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803672 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803730 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803787 2 0.795 0.753 0.240 0.760
#> GSM803673 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.000 0.935 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.000 0.935 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803674 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803733 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803616 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803675 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803734 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803617 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803676 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803735 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803618 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803677 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803736 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803619 3 0.4887 0.797 0.000 0.228 0.772
#> GSM803678 3 0.4887 0.797 0.000 0.228 0.772
#> GSM803737 3 0.4887 0.797 0.000 0.228 0.772
#> GSM803620 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803679 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803738 3 0.5363 0.776 0.000 0.276 0.724
#> GSM803621 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803680 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803739 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803622 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803681 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803740 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803623 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.8158 0.209 0.556 0.080 0.364
#> GSM803683 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 1 0.5363 0.641 0.724 0.000 0.276
#> GSM803744 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803686 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803745 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803628 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803687 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803746 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803629 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803688 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803747 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803630 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803689 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803748 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803631 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803690 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803749 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803632 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803691 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803750 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM803633 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.1860 0.877 0.052 0.948 0.000
#> GSM803707 2 0.1860 0.877 0.052 0.948 0.000
#> GSM803765 2 0.1860 0.877 0.052 0.948 0.000
#> GSM803649 2 0.5560 0.604 0.300 0.700 0.000
#> GSM803708 2 0.5560 0.604 0.300 0.700 0.000
#> GSM803766 2 0.5560 0.604 0.300 0.700 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.3752 0.749 0.000 0.856 0.144
#> GSM803712 2 0.3752 0.749 0.000 0.856 0.144
#> GSM803769 2 0.3752 0.749 0.000 0.856 0.144
#> GSM803654 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.1529 0.884 0.000 0.960 0.040
#> GSM803714 2 0.1529 0.884 0.000 0.960 0.040
#> GSM803771 2 0.1529 0.884 0.000 0.960 0.040
#> GSM803656 3 0.6079 0.605 0.000 0.388 0.612
#> GSM803715 3 0.6079 0.605 0.000 0.388 0.612
#> GSM803772 3 0.6079 0.605 0.000 0.388 0.612
#> GSM803657 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.5497 0.617 0.292 0.708 0.000
#> GSM803719 2 0.5497 0.617 0.292 0.708 0.000
#> GSM803776 2 0.5497 0.617 0.292 0.708 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.5835 0.436 0.660 0.340 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.5327 0.648 0.272 0.728 0.000
#> GSM803721 2 0.5327 0.648 0.272 0.728 0.000
#> GSM803779 2 0.5327 0.648 0.272 0.728 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 3 0.2711 0.790 0.088 0.000 0.912
#> GSM803723 3 0.2711 0.790 0.088 0.000 0.912
#> GSM803781 3 0.2711 0.790 0.088 0.000 0.912
#> GSM803666 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803674 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803733 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803616 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803675 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803734 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803617 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803676 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803735 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803618 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803677 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803736 4 0.4344 0.88550 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM803619 4 0.4359 0.87884 0.000 0.100 0.084 0.816
#> GSM803678 4 0.4359 0.87884 0.000 0.100 0.084 0.816
#> GSM803737 4 0.4359 0.87884 0.000 0.100 0.084 0.816
#> GSM803620 4 0.4274 0.88357 0.000 0.108 0.072 0.820
#> GSM803679 4 0.4274 0.88357 0.000 0.108 0.072 0.820
#> GSM803738 4 0.4274 0.88357 0.000 0.108 0.072 0.820
#> GSM803621 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803680 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803739 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803622 1 0.3024 0.87162 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM803681 1 0.3024 0.87162 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM803740 1 0.3024 0.87162 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM803623 2 0.4679 0.59954 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM803682 2 0.4679 0.59954 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM803741 2 0.4679 0.59954 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM803624 4 0.7384 -0.00611 0.428 0.104 0.016 0.452
#> GSM803683 1 0.2949 0.87437 0.888 0.088 0.000 0.024
#> GSM803742 1 0.2949 0.87437 0.888 0.088 0.000 0.024
#> GSM803625 1 0.0524 0.89828 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803684 1 0.0524 0.89828 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803743 1 0.0524 0.89828 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803626 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.6115 0.66008 0.172 0.000 0.680 0.148
#> GSM803744 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803686 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803745 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803628 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803687 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803746 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803629 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803688 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803747 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803630 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803689 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803748 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803631 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803690 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803749 1 0.3351 0.86910 0.844 0.000 0.008 0.148
#> GSM803632 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803691 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803750 1 0.3479 0.86653 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM803633 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803692 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803751 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803634 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803693 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803752 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803635 2 0.4277 0.69151 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803694 2 0.4277 0.69151 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803753 2 0.4277 0.69151 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM803636 2 0.4331 0.68630 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM803695 2 0.4331 0.68630 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM803754 2 0.4331 0.68630 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM803637 2 0.4250 0.69347 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803696 2 0.4250 0.69347 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803755 2 0.4250 0.69347 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM803638 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803697 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803756 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803639 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803698 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803757 2 0.4382 0.68014 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM803640 1 0.0524 0.89764 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803699 1 0.0524 0.89764 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM803758 1 0.0779 0.89708 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM803641 1 0.1305 0.89368 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM803700 1 0.1305 0.89368 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM803759 1 0.0895 0.89660 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM803642 1 0.1938 0.88577 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM803701 1 0.1938 0.88577 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM803760 1 0.1938 0.88577 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM803643 1 0.1938 0.88577 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM803702 1 0.1938 0.88577 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM803644 1 0.1211 0.89519 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM803703 1 0.1211 0.89519 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM803761 1 0.1211 0.89519 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM803645 1 0.2256 0.89119 0.924 0.056 0.000 0.020
#> GSM803704 1 0.2256 0.89119 0.924 0.056 0.000 0.020
#> GSM803762 1 0.2256 0.89119 0.924 0.056 0.000 0.020
#> GSM803646 1 0.4163 0.77056 0.792 0.188 0.000 0.020
#> GSM803705 1 0.4163 0.77056 0.792 0.188 0.000 0.020
#> GSM803763 1 0.4163 0.77056 0.792 0.188 0.000 0.020
#> GSM803647 1 0.1807 0.88726 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM803706 1 0.1807 0.88726 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM803764 1 0.1807 0.88726 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM803648 2 0.3497 0.60330 0.124 0.852 0.000 0.024
#> GSM803707 2 0.3497 0.60330 0.124 0.852 0.000 0.024
#> GSM803765 2 0.3497 0.60330 0.124 0.852 0.000 0.024
#> GSM803649 2 0.4182 0.55807 0.180 0.796 0.000 0.024
#> GSM803708 2 0.4182 0.55807 0.180 0.796 0.000 0.024
#> GSM803766 2 0.4182 0.55807 0.180 0.796 0.000 0.024
#> GSM803650 1 0.1209 0.89655 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM803709 1 0.1209 0.89655 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM803767 1 0.1902 0.89113 0.932 0.004 0.000 0.064
#> GSM803651 1 0.0817 0.89661 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0817 0.89661 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.89776 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.1576 0.89004 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM803711 1 0.1576 0.89004 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM803653 4 0.4542 0.78731 0.000 0.228 0.020 0.752
#> GSM803712 4 0.4542 0.78731 0.000 0.228 0.020 0.752
#> GSM803769 4 0.4542 0.78731 0.000 0.228 0.020 0.752
#> GSM803654 2 0.1792 0.71696 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM803713 2 0.1792 0.71696 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM803770 2 0.1792 0.71696 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM803655 4 0.5168 0.27898 0.000 0.492 0.004 0.504
#> GSM803714 4 0.5168 0.27898 0.000 0.492 0.004 0.504
#> GSM803771 4 0.5168 0.27898 0.000 0.492 0.004 0.504
#> GSM803656 4 0.4149 0.84284 0.000 0.168 0.028 0.804
#> GSM803715 4 0.4149 0.84284 0.000 0.168 0.028 0.804
#> GSM803772 4 0.4149 0.84284 0.000 0.168 0.028 0.804
#> GSM803657 2 0.1867 0.71636 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM803716 2 0.1867 0.71636 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM803773 2 0.1867 0.71636 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM803658 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803717 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803774 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803659 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803718 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803775 2 0.2081 0.71580 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM803660 2 0.3958 0.57781 0.160 0.816 0.000 0.024
#> GSM803719 2 0.3958 0.57781 0.160 0.816 0.000 0.024
#> GSM803776 2 0.3958 0.57781 0.160 0.816 0.000 0.024
#> GSM803661 1 0.2949 0.87437 0.888 0.088 0.000 0.024
#> GSM803720 1 0.2949 0.87437 0.888 0.088 0.000 0.024
#> GSM803777 1 0.2949 0.87437 0.888 0.088 0.000 0.024
#> GSM803662 2 0.5696 -0.13292 0.480 0.496 0.000 0.024
#> GSM803732 1 0.5790 0.68580 0.684 0.236 0.000 0.080
#> GSM803778 1 0.5790 0.68580 0.684 0.236 0.000 0.080
#> GSM803663 2 0.3910 0.58118 0.156 0.820 0.000 0.024
#> GSM803721 2 0.3910 0.58118 0.156 0.820 0.000 0.024
#> GSM803779 2 0.3910 0.58118 0.156 0.820 0.000 0.024
#> GSM803664 2 0.1474 0.70406 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM803722 2 0.1474 0.70406 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM803780 2 0.1474 0.70406 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM803665 3 0.6463 0.64187 0.160 0.000 0.644 0.196
#> GSM803723 3 0.6463 0.64187 0.160 0.000 0.644 0.196
#> GSM803781 3 0.6463 0.64187 0.160 0.000 0.644 0.196
#> GSM803666 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.94139 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4040 0.68776 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM803731 2 0.4040 0.68776 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM803788 2 0.4040 0.68776 0.000 0.752 0.000 0.248
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803674 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803733 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803616 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803675 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803734 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803617 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803676 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803735 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803618 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803677 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803736 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803619 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803678 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803737 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803620 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803679 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803738 4 0.1211 0.923 0.000 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM803621 1 0.0404 0.778 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803680 1 0.0404 0.778 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803739 1 0.0404 0.778 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803622 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.784 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.3321 0.862 0.000 0.832 0.000 0.136 0.032
#> GSM803682 2 0.3321 0.862 0.000 0.832 0.000 0.136 0.032
#> GSM803741 2 0.3321 0.862 0.000 0.832 0.000 0.136 0.032
#> GSM803624 5 0.6375 0.183 0.076 0.028 0.004 0.372 0.520
#> GSM803683 5 0.4790 0.555 0.292 0.016 0.000 0.020 0.672
#> GSM803742 5 0.4790 0.555 0.292 0.016 0.000 0.020 0.672
#> GSM803625 1 0.4297 -0.212 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM803684 1 0.4297 -0.212 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM803743 1 0.4297 -0.212 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.3949 0.372 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0510 0.776 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803686 1 0.0510 0.776 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803745 1 0.0510 0.776 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803628 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803687 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803746 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803629 1 0.0162 0.785 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803688 1 0.0162 0.785 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803747 1 0.0162 0.785 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803630 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803690 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803749 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803632 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0290 0.786 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803692 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803751 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803634 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803693 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803752 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803635 2 0.2179 0.894 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM803694 2 0.2179 0.894 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM803753 2 0.2179 0.894 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM803636 2 0.2280 0.892 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM803695 2 0.2280 0.892 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM803754 2 0.2280 0.892 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM803637 2 0.2127 0.893 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM803696 2 0.2127 0.893 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM803755 2 0.2127 0.893 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM803638 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803697 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803756 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803639 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803698 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803757 2 0.2377 0.890 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM803640 5 0.4306 0.305 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM803699 5 0.4306 0.305 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM803758 5 0.4302 0.336 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM803641 5 0.4219 0.470 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM803700 5 0.4219 0.470 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM803759 5 0.4256 0.434 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM803642 5 0.3774 0.593 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM803701 5 0.3774 0.593 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM803760 5 0.3774 0.593 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM803643 5 0.3816 0.589 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803702 5 0.3816 0.589 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803644 1 0.4273 -0.152 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM803703 1 0.4273 -0.152 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM803761 1 0.4273 -0.152 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM803645 5 0.4640 0.485 0.400 0.000 0.000 0.016 0.584
#> GSM803704 5 0.4640 0.485 0.400 0.000 0.000 0.016 0.584
#> GSM803762 5 0.4640 0.485 0.400 0.000 0.000 0.016 0.584
#> GSM803646 5 0.2280 0.607 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM803705 5 0.2280 0.607 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM803763 5 0.2280 0.607 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM803647 5 0.3913 0.576 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803706 5 0.3913 0.576 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803764 5 0.3913 0.576 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803648 5 0.4437 0.316 0.000 0.316 0.000 0.020 0.664
#> GSM803707 5 0.4437 0.316 0.000 0.316 0.000 0.020 0.664
#> GSM803765 5 0.4437 0.316 0.000 0.316 0.000 0.020 0.664
#> GSM803649 5 0.3106 0.551 0.000 0.140 0.000 0.020 0.840
#> GSM803708 5 0.3106 0.551 0.000 0.140 0.000 0.020 0.840
#> GSM803766 5 0.3106 0.551 0.000 0.140 0.000 0.020 0.840
#> GSM803650 5 0.4262 0.437 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> GSM803709 5 0.4262 0.437 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> GSM803767 1 0.3508 0.420 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM803651 5 0.4297 0.364 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM803710 5 0.4297 0.364 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM803768 1 0.4305 -0.283 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM803652 5 0.4138 0.519 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM803711 5 0.4138 0.519 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM803653 4 0.3543 0.822 0.000 0.112 0.000 0.828 0.060
#> GSM803712 4 0.3543 0.822 0.000 0.112 0.000 0.828 0.060
#> GSM803769 4 0.3543 0.822 0.000 0.112 0.000 0.828 0.060
#> GSM803654 2 0.1357 0.868 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803713 2 0.1357 0.868 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803770 2 0.1357 0.868 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803655 4 0.5816 0.570 0.000 0.228 0.000 0.608 0.164
#> GSM803714 4 0.5816 0.570 0.000 0.228 0.000 0.608 0.164
#> GSM803771 4 0.5816 0.570 0.000 0.228 0.000 0.608 0.164
#> GSM803656 4 0.2731 0.861 0.000 0.104 0.004 0.876 0.016
#> GSM803715 4 0.2731 0.861 0.000 0.104 0.004 0.876 0.016
#> GSM803772 4 0.2731 0.861 0.000 0.104 0.004 0.876 0.016
#> GSM803657 2 0.2969 0.823 0.000 0.852 0.000 0.020 0.128
#> GSM803716 2 0.2969 0.823 0.000 0.852 0.000 0.020 0.128
#> GSM803773 2 0.2969 0.823 0.000 0.852 0.000 0.020 0.128
#> GSM803658 2 0.2795 0.841 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100
#> GSM803717 2 0.2795 0.841 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100
#> GSM803774 2 0.2795 0.841 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100
#> GSM803659 2 0.2900 0.838 0.000 0.864 0.000 0.028 0.108
#> GSM803718 2 0.2900 0.838 0.000 0.864 0.000 0.028 0.108
#> GSM803775 2 0.2900 0.838 0.000 0.864 0.000 0.028 0.108
#> GSM803660 5 0.3081 0.556 0.000 0.156 0.000 0.012 0.832
#> GSM803719 5 0.3081 0.556 0.000 0.156 0.000 0.012 0.832
#> GSM803776 5 0.3081 0.556 0.000 0.156 0.000 0.012 0.832
#> GSM803661 5 0.4790 0.555 0.292 0.016 0.000 0.020 0.672
#> GSM803720 5 0.4790 0.555 0.292 0.016 0.000 0.020 0.672
#> GSM803777 5 0.4790 0.555 0.292 0.016 0.000 0.020 0.672
#> GSM803662 5 0.3298 0.571 0.036 0.096 0.000 0.012 0.856
#> GSM803732 5 0.4871 0.307 0.368 0.024 0.000 0.004 0.604
#> GSM803778 5 0.4859 0.316 0.364 0.024 0.000 0.004 0.608
#> GSM803663 5 0.3650 0.532 0.000 0.176 0.000 0.028 0.796
#> GSM803721 5 0.3650 0.532 0.000 0.176 0.000 0.028 0.796
#> GSM803779 5 0.3650 0.532 0.000 0.176 0.000 0.028 0.796
#> GSM803664 2 0.3413 0.808 0.000 0.832 0.000 0.044 0.124
#> GSM803722 2 0.3413 0.808 0.000 0.832 0.000 0.044 0.124
#> GSM803780 2 0.3413 0.808 0.000 0.832 0.000 0.044 0.124
#> GSM803665 1 0.4583 0.485 0.696 0.000 0.272 0.020 0.012
#> GSM803723 1 0.4583 0.485 0.696 0.000 0.272 0.020 0.012
#> GSM803781 1 0.4583 0.485 0.696 0.000 0.272 0.020 0.012
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.2504 0.865 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
#> GSM803731 2 0.2504 0.865 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
#> GSM803788 2 0.2504 0.865 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0972 0.9108 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.1149 0.9070 0.008 0.024 0.008 0.960 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.1149 0.9070 0.008 0.024 0.008 0.960 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.1149 0.9070 0.008 0.024 0.008 0.960 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0891 0.9094 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0891 0.9094 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0891 0.9094 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.1116 0.8979 0.028 0.000 0.000 0.004 0.008 0.960
#> GSM803680 6 0.1116 0.8979 0.028 0.000 0.000 0.004 0.008 0.960
#> GSM803739 6 0.1194 0.8945 0.032 0.000 0.000 0.004 0.008 0.956
#> GSM803622 6 0.0653 0.9116 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980
#> GSM803681 6 0.0653 0.9116 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980
#> GSM803740 6 0.0653 0.9116 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980
#> GSM803623 2 0.4379 0.7272 0.008 0.748 0.004 0.104 0.136 0.000
#> GSM803682 2 0.4379 0.7272 0.008 0.748 0.004 0.104 0.136 0.000
#> GSM803741 2 0.4379 0.7272 0.008 0.748 0.004 0.104 0.136 0.000
#> GSM803624 1 0.6425 0.1301 0.516 0.000 0.000 0.212 0.224 0.048
#> GSM803683 1 0.5078 0.4948 0.664 0.000 0.000 0.016 0.208 0.112
#> GSM803742 1 0.5078 0.4948 0.664 0.000 0.000 0.016 0.208 0.112
#> GSM803625 1 0.4674 0.6714 0.608 0.000 0.000 0.000 0.060 0.332
#> GSM803684 1 0.4674 0.6714 0.608 0.000 0.000 0.000 0.060 0.332
#> GSM803743 1 0.4674 0.6714 0.608 0.000 0.000 0.000 0.060 0.332
#> GSM803626 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803685 6 0.2845 0.7749 0.008 0.000 0.148 0.000 0.008 0.836
#> GSM803744 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803627 6 0.0891 0.9018 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM803686 6 0.0891 0.9018 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM803745 6 0.0891 0.9018 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM803628 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803687 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803746 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803629 6 0.0146 0.9140 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803688 6 0.0146 0.9140 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803747 6 0.0146 0.9140 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803630 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803689 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803748 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803631 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803690 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803749 6 0.0632 0.9135 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803632 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803691 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803750 6 0.0972 0.9108 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM803633 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.1141 0.7962 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.1141 0.7962 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.1141 0.7962 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.1152 0.7954 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.1152 0.7954 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.1152 0.7954 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.1075 0.7961 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.1075 0.7961 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.1075 0.7961 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0790 0.7928 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0790 0.7928 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0790 0.7928 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.1204 0.7953 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.1349 0.7945 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.1349 0.7945 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.1349 0.7945 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.3490 0.7332 0.724 0.000 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM803699 1 0.3490 0.7332 0.724 0.000 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM803758 1 0.3398 0.7407 0.740 0.000 0.000 0.000 0.008 0.252
#> GSM803641 1 0.2902 0.7512 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> GSM803700 1 0.2902 0.7512 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> GSM803759 1 0.3133 0.7488 0.780 0.000 0.000 0.000 0.008 0.212
#> GSM803642 1 0.2558 0.7214 0.868 0.000 0.000 0.000 0.028 0.104
#> GSM803701 1 0.2558 0.7214 0.868 0.000 0.000 0.000 0.028 0.104
#> GSM803760 1 0.2605 0.7244 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 0.108
#> GSM803643 1 0.2605 0.7244 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 0.108
#> GSM803702 1 0.2605 0.7244 0.864 0.000 0.000 0.000 0.028 0.108
#> GSM803644 1 0.3804 0.6836 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803703 1 0.3804 0.6836 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803761 1 0.3804 0.6836 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM803645 1 0.5217 0.6353 0.648 0.000 0.000 0.012 0.152 0.188
#> GSM803704 1 0.5217 0.6353 0.648 0.000 0.000 0.012 0.152 0.188
#> GSM803762 1 0.5217 0.6353 0.648 0.000 0.000 0.012 0.152 0.188
#> GSM803646 1 0.2487 0.6154 0.876 0.000 0.000 0.000 0.092 0.032
#> GSM803705 1 0.2487 0.6154 0.876 0.000 0.000 0.000 0.092 0.032
#> GSM803763 1 0.2487 0.6154 0.876 0.000 0.000 0.000 0.092 0.032
#> GSM803647 1 0.2489 0.7374 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM803706 1 0.2489 0.7374 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM803764 1 0.2489 0.7374 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM803648 5 0.4532 0.6952 0.196 0.108 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803707 5 0.4532 0.6952 0.196 0.108 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803765 5 0.4532 0.6952 0.196 0.108 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM803649 5 0.4118 0.6956 0.312 0.028 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803708 5 0.4118 0.6956 0.312 0.028 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803766 5 0.4118 0.6956 0.312 0.028 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM803650 1 0.4165 0.7293 0.672 0.000 0.000 0.000 0.036 0.292
#> GSM803709 1 0.4165 0.7293 0.672 0.000 0.000 0.000 0.036 0.292
#> GSM803767 6 0.4353 -0.0508 0.384 0.000 0.000 0.000 0.028 0.588
#> GSM803651 1 0.4234 0.7360 0.676 0.000 0.000 0.000 0.044 0.280
#> GSM803710 1 0.4234 0.7360 0.676 0.000 0.000 0.000 0.044 0.280
#> GSM803768 1 0.4361 0.7203 0.648 0.000 0.000 0.000 0.044 0.308
#> GSM803652 1 0.3139 0.7529 0.812 0.000 0.000 0.000 0.028 0.160
#> GSM803711 1 0.3139 0.7529 0.812 0.000 0.000 0.000 0.028 0.160
#> GSM803653 4 0.4749 0.5186 0.012 0.036 0.000 0.592 0.360 0.000
#> GSM803712 4 0.4749 0.5186 0.012 0.036 0.000 0.592 0.360 0.000
#> GSM803769 4 0.4749 0.5186 0.012 0.036 0.000 0.592 0.360 0.000
#> GSM803654 2 0.3684 0.6912 0.008 0.744 0.004 0.008 0.236 0.000
#> GSM803713 2 0.3684 0.6912 0.008 0.744 0.004 0.008 0.236 0.000
#> GSM803770 2 0.3684 0.6912 0.008 0.744 0.004 0.008 0.236 0.000
#> GSM803655 5 0.6037 0.1655 0.008 0.196 0.000 0.336 0.460 0.000
#> GSM803714 5 0.6037 0.1655 0.008 0.196 0.000 0.336 0.460 0.000
#> GSM803771 5 0.6037 0.1655 0.008 0.196 0.000 0.336 0.460 0.000
#> GSM803656 4 0.3802 0.7457 0.012 0.036 0.000 0.772 0.180 0.000
#> GSM803715 4 0.3802 0.7457 0.012 0.036 0.000 0.772 0.180 0.000
#> GSM803772 4 0.3802 0.7457 0.012 0.036 0.000 0.772 0.180 0.000
#> GSM803657 2 0.5194 0.5131 0.044 0.520 0.004 0.016 0.416 0.000
#> GSM803716 2 0.5194 0.5131 0.044 0.520 0.004 0.016 0.416 0.000
#> GSM803773 2 0.5194 0.5131 0.044 0.520 0.004 0.016 0.416 0.000
#> GSM803658 2 0.5101 0.5610 0.036 0.556 0.004 0.020 0.384 0.000
#> GSM803717 2 0.5101 0.5610 0.036 0.556 0.004 0.020 0.384 0.000
#> GSM803774 2 0.5101 0.5610 0.036 0.556 0.004 0.020 0.384 0.000
#> GSM803659 2 0.5143 0.5647 0.040 0.560 0.004 0.020 0.376 0.000
#> GSM803718 2 0.5143 0.5647 0.040 0.560 0.004 0.020 0.376 0.000
#> GSM803775 2 0.5143 0.5647 0.040 0.560 0.004 0.020 0.376 0.000
#> GSM803660 5 0.5019 0.5687 0.428 0.072 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM803719 5 0.5019 0.5687 0.428 0.072 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM803776 5 0.5019 0.5687 0.428 0.072 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM803661 1 0.5078 0.4948 0.664 0.000 0.000 0.016 0.208 0.112
#> GSM803720 1 0.5078 0.4948 0.664 0.000 0.000 0.016 0.208 0.112
#> GSM803777 1 0.5078 0.4948 0.664 0.000 0.000 0.016 0.208 0.112
#> GSM803662 5 0.4884 0.4622 0.452 0.032 0.000 0.004 0.504 0.008
#> GSM803732 5 0.6559 0.3502 0.332 0.016 0.000 0.008 0.412 0.232
#> GSM803778 5 0.6559 0.3502 0.332 0.016 0.000 0.008 0.412 0.232
#> GSM803663 5 0.4683 0.6875 0.312 0.056 0.000 0.004 0.628 0.000
#> GSM803721 5 0.4683 0.6875 0.312 0.056 0.000 0.004 0.628 0.000
#> GSM803779 5 0.4683 0.6875 0.312 0.056 0.000 0.004 0.628 0.000
#> GSM803664 2 0.4138 0.4828 0.020 0.656 0.000 0.004 0.320 0.000
#> GSM803722 2 0.4138 0.4828 0.020 0.656 0.000 0.004 0.320 0.000
#> GSM803780 2 0.4138 0.4828 0.020 0.656 0.000 0.004 0.320 0.000
#> GSM803665 6 0.4735 0.7028 0.040 0.000 0.160 0.016 0.044 0.740
#> GSM803723 6 0.4735 0.7028 0.040 0.000 0.160 0.016 0.044 0.740
#> GSM803781 6 0.4735 0.7028 0.040 0.000 0.160 0.016 0.044 0.740
#> GSM803666 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803724 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803782 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803667 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803725 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803783 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803668 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803726 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803784 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803669 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803727 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803670 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803728 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803785 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803671 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803729 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803786 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803672 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803730 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803787 3 0.0146 1.0000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803673 2 0.4474 0.7141 0.012 0.732 0.004 0.072 0.180 0.000
#> GSM803731 2 0.4474 0.7141 0.012 0.732 0.004 0.072 0.180 0.000
#> GSM803788 2 0.4474 0.7141 0.012 0.732 0.004 0.072 0.180 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:skmeans 173 5.58e-13 1.04e-16 1.36e-10 2
#> MAD:skmeans 172 8.07e-24 2.61e-44 1.17e-27 3
#> MAD:skmeans 169 5.41e-35 1.15e-69 5.20e-44 4
#> MAD:skmeans 143 1.80e-38 5.03e-74 1.99e-49 5
#> MAD:skmeans 158 2.14e-52 3.11e-89 6.35e-54 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.858 0.913 0.963 0.4574 0.553 0.553
#> 3 3 0.995 0.953 0.977 0.3051 0.848 0.728
#> 4 4 0.991 0.955 0.978 0.0904 0.937 0.849
#> 5 5 0.857 0.914 0.921 0.1469 0.868 0.635
#> 6 6 0.758 0.728 0.829 0.0805 0.940 0.748
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803619 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM803678 1 0.0376 0.952 0.996 0.004
#> GSM803737 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM803620 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.1633 0.936 0.976 0.024
#> GSM803683 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0376 0.952 0.996 0.004
#> GSM803627 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.4022 0.887 0.920 0.080
#> GSM803705 1 0.4939 0.860 0.892 0.108
#> GSM803763 1 0.9686 0.400 0.604 0.396
#> GSM803647 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0938 0.946 0.988 0.012
#> GSM803707 1 0.0376 0.952 0.996 0.004
#> GSM803765 1 0.9686 0.400 0.604 0.396
#> GSM803649 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.9000 0.567 0.684 0.316
#> GSM803712 1 0.9087 0.552 0.676 0.324
#> GSM803769 1 0.9491 0.463 0.632 0.368
#> GSM803654 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803655 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803714 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803771 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803656 2 0.7815 0.699 0.232 0.768
#> GSM803715 2 0.5629 0.843 0.132 0.868
#> GSM803772 2 0.4562 0.885 0.096 0.904
#> GSM803657 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.4022 0.899 0.080 0.920
#> GSM803717 2 0.3879 0.903 0.076 0.924
#> GSM803774 2 0.8144 0.645 0.252 0.748
#> GSM803659 2 0.5294 0.857 0.120 0.880
#> GSM803718 2 0.4022 0.901 0.080 0.920
#> GSM803775 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM803660 1 0.8955 0.576 0.688 0.312
#> GSM803719 1 0.9686 0.400 0.604 0.396
#> GSM803776 1 0.9686 0.400 0.604 0.396
#> GSM803661 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.5629 0.833 0.868 0.132
#> GSM803777 1 0.5629 0.834 0.868 0.132
#> GSM803662 1 0.0376 0.952 0.996 0.004
#> GSM803732 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.9710 0.390 0.600 0.400
#> GSM803721 2 0.9815 0.210 0.420 0.580
#> GSM803779 1 0.9686 0.400 0.604 0.396
#> GSM803664 1 0.5294 0.848 0.880 0.120
#> GSM803722 1 0.8327 0.660 0.736 0.264
#> GSM803780 1 0.9522 0.457 0.628 0.372
#> GSM803665 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 2 0.0424 0.980 0.000 0.992 0.008
#> GSM803616 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 1 0.5580 0.684 0.736 0.008 0.256
#> GSM803678 1 0.5517 0.669 0.728 0.004 0.268
#> GSM803737 1 0.2356 0.927 0.928 0.000 0.072
#> GSM803620 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803680 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803739 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803622 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803681 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803740 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803623 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803684 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803743 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803686 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803745 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803628 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803687 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803746 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803629 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803688 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803747 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803630 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803689 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803748 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803631 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803690 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803749 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803632 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803691 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803750 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803633 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803651 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.1289 0.957 0.968 0.000 0.032
#> GSM803652 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.1482 0.954 0.968 0.020 0.012
#> GSM803712 1 0.1482 0.954 0.968 0.020 0.012
#> GSM803769 1 0.1399 0.950 0.968 0.028 0.004
#> GSM803654 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 1 0.1529 0.952 0.960 0.000 0.040
#> GSM803714 1 0.3649 0.900 0.896 0.036 0.068
#> GSM803771 1 0.5947 0.742 0.776 0.172 0.052
#> GSM803656 2 0.2050 0.939 0.020 0.952 0.028
#> GSM803715 2 0.1031 0.962 0.000 0.976 0.024
#> GSM803772 2 0.2261 0.904 0.068 0.932 0.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.2537 0.888 0.080 0.920 0.000
#> GSM803717 2 0.2448 0.893 0.076 0.924 0.000
#> GSM803774 2 0.5098 0.623 0.248 0.752 0.000
#> GSM803659 2 0.0892 0.967 0.000 0.980 0.020
#> GSM803718 2 0.0747 0.971 0.000 0.984 0.016
#> GSM803775 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.4235 0.764 0.824 0.176 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> GSM803664 1 0.1636 0.954 0.964 0.016 0.020
#> GSM803722 1 0.1950 0.939 0.952 0.040 0.008
#> GSM803780 1 0.1267 0.953 0.972 0.024 0.004
#> GSM803665 1 0.6140 0.388 0.596 0.000 0.404
#> GSM803723 1 0.6140 0.388 0.596 0.000 0.404
#> GSM803781 1 0.6140 0.388 0.596 0.000 0.404
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0336 0.985 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM803677 4 0.0188 0.988 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM803736 4 0.0188 0.988 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM803619 4 0.0921 0.961 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM803678 4 0.0921 0.961 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM803737 4 0.0921 0.961 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM803620 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803680 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803739 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803622 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803681 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803740 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803684 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803743 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803686 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803745 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803628 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803687 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803746 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803629 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803688 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803747 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803630 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803689 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803748 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803631 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803690 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803749 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803632 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803691 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803750 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.1022 0.961 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.1174 0.959 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM803712 1 0.1174 0.959 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM803769 1 0.1109 0.956 0.968 0.028 0.004 0.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 1 0.1211 0.957 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM803714 1 0.2892 0.903 0.896 0.036 0.068 0.000
#> GSM803771 1 0.4713 0.751 0.776 0.172 0.052 0.000
#> GSM803656 2 0.3391 0.877 0.020 0.884 0.028 0.068
#> GSM803715 2 0.2813 0.886 0.000 0.896 0.024 0.080
#> GSM803772 2 0.3761 0.832 0.068 0.852 0.000 0.080
#> GSM803657 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.2345 0.846 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.2281 0.852 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.4164 0.576 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0707 0.954 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM803718 2 0.0592 0.958 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.3356 0.770 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803664 1 0.1624 0.950 0.952 0.028 0.020 0.000
#> GSM803722 1 0.1807 0.933 0.940 0.052 0.008 0.000
#> GSM803780 1 0.1305 0.949 0.960 0.036 0.004 0.000
#> GSM803665 1 0.4866 0.386 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM803723 1 0.4866 0.386 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM803781 1 0.4866 0.386 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM803677 4 0.0162 0.990 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM803736 4 0.0162 0.990 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM803619 4 0.0880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM803678 4 0.0794 0.965 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM803737 4 0.0703 0.970 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM803620 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803680 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803739 1 0.4219 0.667 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM803622 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803681 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803740 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803623 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803624 5 0.0609 0.946 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803683 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803742 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803625 5 0.1197 0.918 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM803684 5 0.1197 0.918 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM803743 5 0.1341 0.910 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM803626 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4150 0.392 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803686 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803745 1 0.4126 0.745 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM803628 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803687 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803746 1 0.3366 0.977 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM803629 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803688 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803747 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803630 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803689 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803748 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803631 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803690 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803749 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803632 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803691 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803750 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803633 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 5 0.0162 0.954 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803699 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803758 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803641 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803700 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803759 5 0.3932 0.232 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM803642 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803701 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803760 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803643 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803702 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803644 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803703 1 0.3336 0.981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM803761 1 0.3395 0.972 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM803645 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803704 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803762 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803646 5 0.0963 0.937 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM803705 5 0.0963 0.937 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM803763 5 0.0609 0.947 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803647 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803706 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803764 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803648 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803707 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803765 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803649 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803708 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803766 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803650 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803709 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803767 5 0.1410 0.906 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM803651 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803710 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803768 5 0.1410 0.906 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM803652 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803711 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803653 5 0.1809 0.906 0.012 0.060 0.000 0.000 0.928
#> GSM803712 5 0.1914 0.905 0.016 0.060 0.000 0.000 0.924
#> GSM803769 5 0.1809 0.906 0.012 0.060 0.000 0.000 0.928
#> GSM803654 2 0.1341 0.917 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.2280 0.902 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.1410 0.916 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM803655 5 0.1883 0.915 0.012 0.008 0.048 0.000 0.932
#> GSM803714 5 0.3256 0.841 0.012 0.060 0.064 0.000 0.864
#> GSM803771 5 0.4173 0.644 0.012 0.212 0.020 0.000 0.756
#> GSM803656 2 0.3398 0.871 0.216 0.780 0.000 0.000 0.004
#> GSM803715 2 0.3455 0.873 0.208 0.784 0.000 0.008 0.000
#> GSM803772 2 0.4082 0.862 0.200 0.768 0.000 0.016 0.016
#> GSM803657 2 0.3305 0.870 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.3305 0.870 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.3305 0.870 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.3210 0.875 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.3210 0.875 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.4333 0.835 0.212 0.740 0.000 0.000 0.048
#> GSM803659 2 0.3242 0.873 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.3242 0.873 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.3242 0.873 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> GSM803660 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803719 5 0.0404 0.953 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803776 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803661 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803720 5 0.0290 0.955 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803777 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803662 5 0.3305 0.672 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM803732 5 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803778 5 0.0162 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803663 5 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM803721 5 0.1300 0.933 0.016 0.028 0.000 0.000 0.956
#> GSM803779 5 0.0671 0.951 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> GSM803664 5 0.1872 0.908 0.020 0.052 0.000 0.000 0.928
#> GSM803722 5 0.1943 0.904 0.020 0.056 0.000 0.000 0.924
#> GSM803780 5 0.1845 0.907 0.016 0.056 0.000 0.000 0.928
#> GSM803665 3 0.4242 0.253 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803723 3 0.4242 0.253 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803781 3 0.4242 0.253 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803666 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3210 0.875 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.3210 0.875 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.3210 0.875 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0146 0.9919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0146 0.9919 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0632 0.9708 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0547 0.9756 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0458 0.9802 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9948 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803680 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803739 6 0.3765 0.4325 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM803622 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803681 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803740 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803623 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803624 1 0.3103 0.6217 0.784 0.000 0.000 0.000 0.208 0.008
#> GSM803683 1 0.2597 0.6642 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM803742 1 0.2883 0.6273 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM803625 1 0.2668 0.6104 0.828 0.000 0.000 0.000 0.004 0.168
#> GSM803684 1 0.2805 0.5905 0.812 0.000 0.000 0.000 0.004 0.184
#> GSM803743 1 0.3190 0.5402 0.772 0.000 0.000 0.000 0.008 0.220
#> GSM803626 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.3868 -0.0388 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM803744 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.2300 0.9116 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM803686 6 0.2340 0.9074 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> GSM803745 6 0.3684 0.5144 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM803628 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803687 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803746 6 0.2527 0.8826 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM803629 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803688 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803747 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803630 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803689 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803748 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803631 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803690 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803749 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803632 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803691 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803750 6 0.1814 0.9287 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> GSM803633 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0146 0.7630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803699 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.2631 0.6092 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM803642 1 0.0458 0.7587 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803701 1 0.0458 0.7587 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803760 1 0.0458 0.7586 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 6 0.2340 0.9116 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> GSM803703 6 0.2003 0.9342 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803761 6 0.2416 0.9019 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM803645 1 0.2178 0.6993 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM803704 1 0.2260 0.6939 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM803762 1 0.2416 0.6789 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM803646 1 0.3052 0.5530 0.780 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004
#> GSM803705 1 0.2838 0.5825 0.808 0.000 0.000 0.000 0.188 0.004
#> GSM803763 1 0.2320 0.6958 0.864 0.000 0.000 0.000 0.132 0.004
#> GSM803647 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 5 0.3828 0.6016 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM803707 5 0.3828 0.6016 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM803765 5 0.3828 0.6016 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM803649 5 0.3864 0.5466 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM803708 5 0.3864 0.5466 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM803766 5 0.3864 0.5466 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.3636 0.3949 0.676 0.000 0.000 0.000 0.004 0.320
#> GSM803651 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.3409 0.4288 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM803652 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 5 0.3309 0.6286 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM803712 5 0.3330 0.6273 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM803769 5 0.3309 0.6212 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM803654 2 0.3897 0.6551 0.000 0.696 0.000 0.000 0.280 0.024
#> GSM803713 2 0.4704 0.4152 0.000 0.488 0.000 0.000 0.468 0.044
#> GSM803770 2 0.2462 0.8154 0.000 0.876 0.000 0.000 0.096 0.028
#> GSM803655 5 0.3619 0.6392 0.316 0.004 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM803714 5 0.3601 0.6383 0.312 0.004 0.000 0.000 0.684 0.000
#> GSM803771 5 0.3670 0.6263 0.284 0.012 0.000 0.000 0.704 0.000
#> GSM803656 5 0.4704 -0.0951 0.000 0.236 0.000 0.000 0.664 0.100
#> GSM803715 5 0.4875 -0.0600 0.000 0.224 0.000 0.008 0.668 0.100
#> GSM803772 5 0.5597 -0.4092 0.000 0.380 0.000 0.016 0.508 0.096
#> GSM803657 2 0.5083 0.6327 0.000 0.580 0.000 0.000 0.320 0.100
#> GSM803716 2 0.5144 0.6141 0.000 0.560 0.000 0.000 0.340 0.100
#> GSM803773 2 0.5260 0.4554 0.000 0.464 0.000 0.000 0.440 0.096
#> GSM803658 2 0.5027 0.6582 0.000 0.596 0.000 0.000 0.304 0.100
#> GSM803717 2 0.4963 0.6712 0.000 0.612 0.000 0.000 0.288 0.100
#> GSM803774 2 0.5393 0.6548 0.016 0.592 0.000 0.000 0.292 0.100
#> GSM803659 2 0.5282 0.5311 0.000 0.484 0.000 0.000 0.416 0.100
#> GSM803718 2 0.5288 0.5194 0.000 0.476 0.000 0.000 0.424 0.100
#> GSM803775 2 0.5282 0.5311 0.000 0.484 0.000 0.000 0.416 0.100
#> GSM803660 1 0.3774 -0.2181 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM803719 1 0.3828 -0.3378 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> GSM803776 1 0.3482 0.1492 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM803661 1 0.2597 0.6642 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM803720 1 0.2631 0.6608 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM803777 1 0.2597 0.6642 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM803662 1 0.5217 0.0554 0.512 0.000 0.000 0.000 0.392 0.096
#> GSM803732 1 0.0000 0.7643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0146 0.7628 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803663 5 0.3756 0.5967 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM803721 5 0.3756 0.5967 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM803779 5 0.3695 0.5950 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM803664 1 0.5408 -0.3488 0.524 0.108 0.000 0.000 0.364 0.004
#> GSM803722 1 0.5232 -0.4812 0.488 0.080 0.000 0.000 0.428 0.004
#> GSM803780 1 0.5440 -0.0481 0.576 0.200 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM803665 3 0.5007 0.1096 0.416 0.000 0.512 0.000 0.072 0.000
#> GSM803723 3 0.5050 0.1029 0.416 0.000 0.508 0.000 0.076 0.000
#> GSM803781 3 0.5050 0.1029 0.416 0.000 0.508 0.000 0.076 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9241 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4358 0.7367 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.100
#> GSM803731 2 0.4358 0.7367 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.100
#> GSM803788 2 0.4358 0.7367 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.100
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:pam 165 1.94e-12 1.61e-17 6.85e-11 2
#> MAD:pam 171 1.26e-24 5.12e-47 8.70e-32 3
#> MAD:pam 171 7.23e-36 1.44e-76 1.85e-50 4
#> MAD:pam 169 6.36e-46 5.23e-94 8.51e-69 5
#> MAD:pam 155 2.65e-50 2.27e-100 6.57e-58 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.612 0.869 0.937 0.3315 0.657 0.657
#> 3 3 0.430 0.579 0.745 0.7572 0.621 0.469
#> 4 4 0.732 0.853 0.919 0.1715 0.817 0.577
#> 5 5 0.764 0.818 0.855 0.1273 0.881 0.622
#> 6 6 0.878 0.849 0.919 0.0724 0.926 0.679
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803674 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803733 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803616 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803675 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803734 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803617 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803676 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803735 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803618 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803677 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803736 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803619 1 0.995 -0.212 0.540 0.460
#> GSM803678 1 0.995 -0.212 0.540 0.460
#> GSM803737 1 0.995 -0.212 0.540 0.460
#> GSM803620 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803679 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803738 2 0.963 0.625 0.388 0.612
#> GSM803621 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803681 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803740 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803623 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803682 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803741 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803626 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803685 2 0.827 0.654 0.260 0.740
#> GSM803744 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803686 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803745 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803628 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803687 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803746 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803629 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803688 1 0.584 0.825 0.860 0.140
#> GSM803747 1 0.563 0.833 0.868 0.132
#> GSM803630 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803689 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803748 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803631 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803690 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803749 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803632 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803691 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803750 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803633 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803692 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803751 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803634 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803693 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803752 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803635 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803694 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803753 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803636 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803695 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803754 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803637 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803696 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803755 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803638 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803697 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803756 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803639 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803698 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803757 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803712 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803769 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803654 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803713 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803770 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803655 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803714 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803771 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803656 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803715 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803772 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803657 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803716 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803773 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803658 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803717 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803774 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803659 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803718 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803775 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803664 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803722 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803780 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803723 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803781 1 0.605 0.816 0.852 0.148
#> GSM803666 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803724 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803782 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803667 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803725 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803783 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803668 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803726 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803784 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803669 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803727 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803670 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803728 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803785 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803671 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803729 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803786 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803672 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803730 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803787 2 0.000 0.827 0.000 1.000
#> GSM803673 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803731 1 0.000 0.954 1.000 0.000
#> GSM803788 1 0.000 0.954 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803674 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803733 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803616 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803675 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803734 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803617 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803676 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803735 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803618 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803677 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803736 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803619 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803678 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803737 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803620 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803679 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803738 2 0.3116 0.502 0.108 0.892 0.000
#> GSM803621 1 0.6129 0.455 0.668 0.008 0.324
#> GSM803680 1 0.6473 0.438 0.652 0.016 0.332
#> GSM803739 1 0.6473 0.438 0.652 0.016 0.332
#> GSM803622 1 0.7084 0.410 0.628 0.036 0.336
#> GSM803681 1 0.7084 0.410 0.628 0.036 0.336
#> GSM803740 1 0.7084 0.410 0.628 0.036 0.336
#> GSM803623 2 0.5926 0.625 0.356 0.644 0.000
#> GSM803682 2 0.5926 0.625 0.356 0.644 0.000
#> GSM803741 2 0.5926 0.625 0.356 0.644 0.000
#> GSM803624 1 0.5926 -0.273 0.644 0.356 0.000
#> GSM803683 1 0.1643 0.605 0.956 0.044 0.000
#> GSM803742 1 0.2448 0.559 0.924 0.076 0.000
#> GSM803625 1 0.0892 0.633 0.980 0.020 0.000
#> GSM803684 1 0.0892 0.633 0.980 0.020 0.000
#> GSM803743 1 0.1289 0.621 0.968 0.032 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.8675 0.450 0.184 0.220 0.596
#> GSM803744 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803686 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803745 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803628 1 0.6955 0.421 0.636 0.032 0.332
#> GSM803687 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803746 1 0.7107 0.403 0.624 0.036 0.340
#> GSM803629 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803688 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803747 1 0.7061 0.417 0.632 0.036 0.332
#> GSM803630 1 0.7080 0.258 0.564 0.024 0.412
#> GSM803689 1 0.7080 0.258 0.564 0.024 0.412
#> GSM803748 1 0.7181 0.262 0.564 0.028 0.408
#> GSM803631 1 0.7339 0.288 0.572 0.036 0.392
#> GSM803690 1 0.7339 0.288 0.572 0.036 0.392
#> GSM803749 1 0.7311 0.308 0.580 0.036 0.384
#> GSM803632 1 0.7080 0.258 0.564 0.024 0.412
#> GSM803691 1 0.7080 0.258 0.564 0.024 0.412
#> GSM803750 1 0.7181 0.262 0.564 0.028 0.408
#> GSM803633 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803692 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803751 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803634 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803693 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803752 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803635 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803694 2 0.6295 0.637 0.472 0.528 0.000
#> GSM803753 2 0.6295 0.637 0.472 0.528 0.000
#> GSM803636 2 0.6235 0.647 0.436 0.564 0.000
#> GSM803695 2 0.6244 0.647 0.440 0.560 0.000
#> GSM803754 2 0.6215 0.647 0.428 0.572 0.000
#> GSM803637 2 0.6235 0.645 0.436 0.564 0.000
#> GSM803696 2 0.6235 0.645 0.436 0.564 0.000
#> GSM803755 2 0.6235 0.645 0.436 0.564 0.000
#> GSM803638 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803697 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803756 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803639 2 0.6291 0.641 0.468 0.532 0.000
#> GSM803698 2 0.6291 0.641 0.468 0.532 0.000
#> GSM803757 2 0.6286 0.643 0.464 0.536 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0747 0.639 0.984 0.016 0.000
#> GSM803700 1 0.0747 0.639 0.984 0.016 0.000
#> GSM803759 1 0.0747 0.639 0.984 0.016 0.000
#> GSM803642 1 0.0892 0.637 0.980 0.020 0.000
#> GSM803701 1 0.1031 0.634 0.976 0.024 0.000
#> GSM803760 1 0.1031 0.634 0.976 0.024 0.000
#> GSM803643 1 0.1031 0.634 0.976 0.024 0.000
#> GSM803702 1 0.0892 0.637 0.980 0.020 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0237 0.642 0.996 0.004 0.000
#> GSM803704 1 0.0424 0.640 0.992 0.008 0.000
#> GSM803762 1 0.0424 0.640 0.992 0.008 0.000
#> GSM803646 1 0.4555 0.397 0.800 0.200 0.000
#> GSM803705 1 0.4555 0.397 0.800 0.200 0.000
#> GSM803763 1 0.4605 0.389 0.796 0.204 0.000
#> GSM803647 1 0.0592 0.641 0.988 0.012 0.000
#> GSM803706 1 0.0592 0.641 0.988 0.012 0.000
#> GSM803764 1 0.0747 0.639 0.984 0.016 0.000
#> GSM803648 2 0.6295 0.636 0.472 0.528 0.000
#> GSM803707 2 0.6295 0.636 0.472 0.528 0.000
#> GSM803765 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803649 1 0.5291 0.216 0.732 0.268 0.000
#> GSM803708 1 0.5291 0.216 0.732 0.268 0.000
#> GSM803766 1 0.5291 0.216 0.732 0.268 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.644 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0592 0.641 0.988 0.012 0.000
#> GSM803711 1 0.0592 0.641 0.988 0.012 0.000
#> GSM803653 2 0.5497 0.514 0.292 0.708 0.000
#> GSM803712 2 0.5497 0.514 0.292 0.708 0.000
#> GSM803769 2 0.5497 0.514 0.292 0.708 0.000
#> GSM803654 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803713 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803770 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803655 2 0.5254 0.535 0.264 0.736 0.000
#> GSM803714 2 0.5254 0.535 0.264 0.736 0.000
#> GSM803771 2 0.5254 0.535 0.264 0.736 0.000
#> GSM803656 2 0.3192 0.504 0.112 0.888 0.000
#> GSM803715 2 0.3192 0.504 0.112 0.888 0.000
#> GSM803772 2 0.3192 0.504 0.112 0.888 0.000
#> GSM803657 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803716 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803773 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803658 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803717 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803774 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803659 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803718 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803775 2 0.6299 0.633 0.476 0.524 0.000
#> GSM803660 1 0.5397 0.174 0.720 0.280 0.000
#> GSM803719 1 0.5431 0.159 0.716 0.284 0.000
#> GSM803776 1 0.5397 0.174 0.720 0.280 0.000
#> GSM803661 1 0.2066 0.584 0.940 0.060 0.000
#> GSM803720 1 0.2165 0.578 0.936 0.064 0.000
#> GSM803777 1 0.1964 0.589 0.944 0.056 0.000
#> GSM803662 1 0.4974 0.313 0.764 0.236 0.000
#> GSM803732 1 0.4452 0.413 0.808 0.192 0.000
#> GSM803778 1 0.4654 0.380 0.792 0.208 0.000
#> GSM803663 1 0.4931 0.323 0.768 0.232 0.000
#> GSM803721 1 0.4974 0.313 0.764 0.236 0.000
#> GSM803779 1 0.4974 0.313 0.764 0.236 0.000
#> GSM803664 2 0.6215 0.641 0.428 0.572 0.000
#> GSM803722 2 0.6225 0.642 0.432 0.568 0.000
#> GSM803780 2 0.6244 0.642 0.440 0.560 0.000
#> GSM803665 1 0.9793 0.199 0.416 0.244 0.340
#> GSM803723 1 0.9793 0.199 0.416 0.244 0.340
#> GSM803781 1 0.9793 0.199 0.416 0.244 0.340
#> GSM803666 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.6215 0.647 0.428 0.572 0.000
#> GSM803731 2 0.6244 0.647 0.440 0.560 0.000
#> GSM803788 2 0.6154 0.642 0.408 0.592 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0336 0.8820 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803678 4 0.0336 0.8820 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803737 4 0.0336 0.8820 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803620 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.8851 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0188 0.8027 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0188 0.8027 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0188 0.8027 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.6437 0.4975 0.184 0.648 0.000 0.168
#> GSM803683 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803742 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803625 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803684 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803743 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803626 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4948 0.4083 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.8012 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0707 0.9437 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803698 2 0.0707 0.9437 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803757 2 0.0707 0.9437 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803640 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.4697 0.7555 0.696 0.296 0.000 0.008
#> GSM803704 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803762 1 0.4844 0.7486 0.688 0.300 0.000 0.012
#> GSM803646 2 0.5161 -0.2632 0.476 0.520 0.000 0.004
#> GSM803705 2 0.5080 -0.0397 0.420 0.576 0.000 0.004
#> GSM803763 2 0.4761 0.1764 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803707 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803765 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803649 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803708 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803766 2 0.0188 0.9566 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803650 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.3649 0.8403 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.3688 0.8402 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.3528 0.8403 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.4008 0.8115 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.4103 0.8006 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM803653 4 0.4608 0.5872 0.004 0.304 0.000 0.692
#> GSM803712 4 0.4632 0.5815 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM803769 4 0.4632 0.5815 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM803654 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 4 0.4632 0.5832 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM803714 4 0.4632 0.5832 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM803771 4 0.4632 0.5832 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM803656 4 0.1151 0.8701 0.008 0.024 0.000 0.968
#> GSM803715 4 0.1151 0.8701 0.008 0.024 0.000 0.968
#> GSM803772 4 0.1151 0.8701 0.008 0.024 0.000 0.968
#> GSM803657 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0469 0.9513 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803719 2 0.0469 0.9513 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803776 2 0.0469 0.9513 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803661 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803720 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803777 1 0.4868 0.7438 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM803662 2 0.0524 0.9518 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM803732 1 0.5183 0.5609 0.584 0.408 0.000 0.008
#> GSM803778 1 0.5452 0.5021 0.556 0.428 0.000 0.016
#> GSM803663 2 0.0188 0.9555 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0188 0.9555 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0188 0.9555 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.1716 0.9001 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM803722 2 0.1474 0.9132 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM803780 2 0.1389 0.9174 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803665 1 0.2124 0.7535 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM803723 1 0.2124 0.7535 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM803781 1 0.2124 0.7535 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM803666 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9584 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0451 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM803678 4 0.0451 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM803737 4 0.0451 0.9105 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM803620 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9143 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.1544 0.8937 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM803680 1 0.1478 0.8996 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM803739 1 0.1478 0.8996 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM803622 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.1121 0.8067 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803682 2 0.1121 0.8067 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803741 2 0.1121 0.8067 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM803624 5 0.6421 0.1946 0.020 0.244 0.000 0.160 0.576
#> GSM803683 5 0.3521 0.7641 0.172 0.012 0.000 0.008 0.808
#> GSM803742 5 0.3443 0.7600 0.164 0.012 0.000 0.008 0.816
#> GSM803625 5 0.3456 0.7805 0.204 0.004 0.000 0.004 0.788
#> GSM803684 5 0.3544 0.7793 0.200 0.004 0.000 0.008 0.788
#> GSM803743 5 0.3544 0.7793 0.200 0.004 0.000 0.008 0.788
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.4015 0.4138 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9728 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0404 0.7926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803692 2 0.0404 0.7926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803751 2 0.0404 0.7926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803634 2 0.0162 0.7929 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803693 2 0.0162 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803752 2 0.0290 0.7960 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803635 2 0.3336 0.8261 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM803694 2 0.3109 0.8277 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM803753 2 0.3143 0.8277 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM803636 2 0.0794 0.8027 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803695 2 0.0703 0.8015 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803754 2 0.0794 0.8027 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803637 2 0.0404 0.7884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803696 2 0.0404 0.7884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803755 2 0.0404 0.7884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803638 2 0.0404 0.7926 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803697 2 0.0290 0.7901 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803756 2 0.0290 0.7901 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803639 2 0.2519 0.8163 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100
#> GSM803698 2 0.2416 0.8177 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM803757 2 0.2233 0.8113 0.000 0.904 0.000 0.016 0.080
#> GSM803640 5 0.3796 0.7816 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM803699 5 0.3796 0.7816 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM803758 5 0.3796 0.7816 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM803641 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803700 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803759 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803642 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803701 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803760 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803643 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803702 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803644 5 0.3876 0.7665 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803703 5 0.3857 0.7709 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM803761 5 0.3876 0.7665 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803645 5 0.3643 0.7821 0.212 0.004 0.000 0.008 0.776
#> GSM803704 5 0.3578 0.7804 0.204 0.004 0.000 0.008 0.784
#> GSM803762 5 0.3699 0.7795 0.204 0.008 0.000 0.008 0.780
#> GSM803646 5 0.3266 0.3003 0.004 0.200 0.000 0.000 0.796
#> GSM803705 5 0.3300 0.2900 0.004 0.204 0.000 0.000 0.792
#> GSM803763 5 0.3300 0.2900 0.004 0.204 0.000 0.000 0.792
#> GSM803647 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803706 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803764 5 0.3730 0.7887 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803648 2 0.4225 0.7993 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> GSM803707 2 0.4225 0.7993 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> GSM803765 2 0.4225 0.7993 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> GSM803649 2 0.4201 0.7603 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM803708 2 0.4182 0.7696 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM803766 2 0.4201 0.7603 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM803650 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803709 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803767 5 0.3837 0.7729 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803651 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803710 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803768 5 0.3752 0.7862 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM803652 5 0.3636 0.7895 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803711 5 0.3612 0.7894 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM803653 4 0.5036 0.6891 0.004 0.092 0.000 0.704 0.200
#> GSM803712 4 0.5036 0.6891 0.004 0.092 0.000 0.704 0.200
#> GSM803769 4 0.5036 0.6891 0.004 0.092 0.000 0.704 0.200
#> GSM803654 2 0.3816 0.8142 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM803713 2 0.3857 0.8122 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM803770 2 0.3966 0.8079 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM803655 4 0.5183 0.6714 0.004 0.104 0.000 0.692 0.200
#> GSM803714 4 0.5183 0.6714 0.004 0.104 0.000 0.692 0.200
#> GSM803771 4 0.5183 0.6714 0.004 0.104 0.000 0.692 0.200
#> GSM803656 4 0.1082 0.9002 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803715 4 0.1082 0.9002 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803772 4 0.1082 0.9002 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803657 2 0.4030 0.8038 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM803716 2 0.4045 0.8034 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM803773 2 0.4182 0.8030 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> GSM803658 2 0.4060 0.8021 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803717 2 0.4060 0.8021 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803774 2 0.4060 0.8021 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM803659 2 0.4074 0.8004 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM803718 2 0.4074 0.8004 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM803775 2 0.4074 0.8004 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM803660 2 0.4310 0.7751 0.000 0.604 0.000 0.004 0.392
#> GSM803719 2 0.4299 0.7791 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388
#> GSM803776 2 0.4341 0.7617 0.000 0.592 0.000 0.004 0.404
#> GSM803661 5 0.3443 0.7600 0.164 0.012 0.000 0.008 0.816
#> GSM803720 5 0.3443 0.7600 0.164 0.012 0.000 0.008 0.816
#> GSM803777 5 0.3443 0.7600 0.164 0.012 0.000 0.008 0.816
#> GSM803662 5 0.4482 -0.3037 0.000 0.376 0.000 0.012 0.612
#> GSM803732 5 0.4178 0.6479 0.084 0.088 0.000 0.020 0.808
#> GSM803778 5 0.3787 0.6015 0.048 0.088 0.000 0.028 0.836
#> GSM803663 5 0.3752 0.0167 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM803721 5 0.3857 -0.0623 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM803779 5 0.3857 -0.0623 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM803664 2 0.5687 0.7551 0.004 0.620 0.000 0.112 0.264
#> GSM803722 2 0.5644 0.7595 0.004 0.624 0.000 0.108 0.264
#> GSM803780 2 0.5600 0.7636 0.004 0.628 0.000 0.104 0.264
#> GSM803665 1 0.0324 0.9662 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM803723 1 0.0324 0.9662 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM803781 1 0.0324 0.9662 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.2732 0.8277 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM803731 2 0.2773 0.8277 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM803788 2 0.2561 0.8273 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0146 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803677 4 0.0146 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803736 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0748 0.9075 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM803678 4 0.0748 0.9075 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM803737 4 0.0748 0.9075 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM803620 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9137 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.3531 0.5595 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM803680 6 0.3515 0.5678 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803739 6 0.3578 0.5333 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM803622 6 0.0937 0.9343 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM803681 6 0.0937 0.9343 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM803740 6 0.0937 0.9343 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM803623 2 0.1141 0.8527 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803682 2 0.1267 0.8494 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM803741 2 0.1141 0.8527 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM803624 1 0.6897 0.0315 0.396 0.040 0.000 0.196 0.356 0.012
#> GSM803683 1 0.1633 0.9000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> GSM803742 1 0.1700 0.8976 0.928 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM803625 1 0.1168 0.9181 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803684 1 0.1168 0.9181 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803743 1 0.1176 0.9152 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.4167 0.4737 0.008 0.000 0.344 0.012 0.000 0.636
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803686 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803745 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803628 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803687 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803746 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803629 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803688 6 0.0790 0.9369 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803747 6 0.0937 0.9341 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM803630 6 0.0713 0.9304 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803689 6 0.0713 0.9304 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803748 6 0.0790 0.9314 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803631 6 0.0713 0.9360 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803690 6 0.0713 0.9360 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803749 6 0.0713 0.9360 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803632 6 0.0865 0.9320 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM803691 6 0.0865 0.9320 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM803750 6 0.0865 0.9320 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM803633 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0260 0.8635 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803693 2 0.0260 0.8635 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803752 2 0.0458 0.8641 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803635 5 0.3756 0.3032 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM803694 5 0.3804 0.2254 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM803753 5 0.3804 0.2254 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM803636 2 0.1007 0.8593 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM803695 2 0.1007 0.8593 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM803754 2 0.1075 0.8577 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM803637 2 0.0547 0.8627 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803696 2 0.0547 0.8627 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803755 2 0.0547 0.8627 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.8617 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.4105 0.4657 0.004 0.640 0.000 0.008 0.344 0.004
#> GSM803698 2 0.4169 0.4205 0.004 0.620 0.000 0.008 0.364 0.004
#> GSM803757 2 0.3779 0.6788 0.004 0.760 0.000 0.028 0.204 0.004
#> GSM803640 1 0.0713 0.9210 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803699 1 0.0713 0.9210 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803758 1 0.0790 0.9211 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803641 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803700 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803759 1 0.0458 0.9232 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803642 1 0.0717 0.9233 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803701 1 0.0717 0.9233 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803760 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803643 1 0.0692 0.9232 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM803702 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803644 1 0.2491 0.8018 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM803703 1 0.2454 0.8067 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM803761 1 0.2597 0.7862 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM803645 1 0.0820 0.9191 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM803704 1 0.0914 0.9167 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM803762 1 0.0914 0.9167 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM803646 5 0.2454 0.7541 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM803705 5 0.2454 0.7541 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM803763 5 0.2454 0.7541 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM803647 1 0.0692 0.9232 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM803706 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803764 1 0.0603 0.9236 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803648 5 0.0363 0.8706 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM803707 5 0.0363 0.8706 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM803765 5 0.0363 0.8706 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM803649 5 0.0713 0.8678 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803708 5 0.0713 0.8678 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803766 5 0.0713 0.8678 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM803650 1 0.0458 0.9232 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803709 1 0.0363 0.9234 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803767 1 0.2454 0.8119 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM803651 1 0.0865 0.9197 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM803710 1 0.0713 0.9217 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803768 1 0.0937 0.9177 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803652 1 0.0363 0.9232 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803711 1 0.0363 0.9232 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803653 4 0.4857 0.6810 0.024 0.036 0.000 0.680 0.248 0.012
#> GSM803712 4 0.4834 0.6858 0.024 0.036 0.000 0.684 0.244 0.012
#> GSM803769 4 0.4857 0.6810 0.024 0.036 0.000 0.680 0.248 0.012
#> GSM803654 5 0.2527 0.7719 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM803713 5 0.2527 0.7719 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM803770 5 0.2219 0.8078 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM803655 4 0.4987 0.6611 0.024 0.040 0.000 0.664 0.260 0.012
#> GSM803714 4 0.4987 0.6611 0.024 0.040 0.000 0.664 0.260 0.012
#> GSM803771 4 0.4987 0.6611 0.024 0.040 0.000 0.664 0.260 0.012
#> GSM803656 4 0.1917 0.8888 0.004 0.016 0.000 0.928 0.036 0.016
#> GSM803715 4 0.1917 0.8888 0.004 0.016 0.000 0.928 0.036 0.016
#> GSM803772 4 0.1917 0.8888 0.004 0.016 0.000 0.928 0.036 0.016
#> GSM803657 5 0.1267 0.8690 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM803716 5 0.1267 0.8690 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM803773 5 0.1327 0.8680 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM803658 5 0.1204 0.8703 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM803717 5 0.1267 0.8692 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM803774 5 0.1267 0.8692 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM803659 5 0.1204 0.8703 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM803718 5 0.1204 0.8703 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM803775 5 0.1204 0.8703 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM803660 5 0.0632 0.8683 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM803719 5 0.0632 0.8683 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM803776 5 0.0632 0.8683 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM803661 1 0.2706 0.8424 0.852 0.000 0.000 0.000 0.124 0.024
#> GSM803720 1 0.3025 0.8084 0.820 0.000 0.000 0.000 0.156 0.024
#> GSM803777 1 0.2748 0.8385 0.848 0.000 0.000 0.000 0.128 0.024
#> GSM803662 5 0.2009 0.8555 0.068 0.024 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM803732 1 0.3183 0.7492 0.788 0.004 0.000 0.000 0.200 0.008
#> GSM803778 1 0.3672 0.6255 0.712 0.004 0.000 0.000 0.276 0.008
#> GSM803663 5 0.1500 0.8584 0.052 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM803721 5 0.1500 0.8584 0.052 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM803779 5 0.1500 0.8584 0.052 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM803664 5 0.3328 0.7828 0.004 0.060 0.000 0.100 0.832 0.004
#> GSM803722 5 0.3328 0.7828 0.004 0.060 0.000 0.100 0.832 0.004
#> GSM803780 5 0.3328 0.7828 0.004 0.060 0.000 0.100 0.832 0.004
#> GSM803665 6 0.1313 0.9176 0.028 0.000 0.000 0.016 0.004 0.952
#> GSM803723 6 0.1313 0.9176 0.028 0.000 0.000 0.016 0.004 0.952
#> GSM803781 6 0.1313 0.9176 0.028 0.000 0.000 0.016 0.004 0.952
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3866 0.1310 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM803731 2 0.3866 0.1310 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM803788 2 0.3860 0.1735 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:mclust 171 2.53e-13 1.30e-29 1.36e-24 2
#> MAD:mclust 130 6.79e-19 1.06e-35 6.12e-23 3
#> MAD:mclust 169 1.91e-34 1.52e-62 1.54e-43 4
#> MAD:mclust 165 1.47e-44 8.66e-79 7.44e-58 5
#> MAD:mclust 164 1.70e-53 2.07e-96 1.85e-54 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.795 0.900 0.956 0.4908 0.501 0.501
#> 3 3 0.897 0.910 0.963 0.3338 0.782 0.591
#> 4 4 0.964 0.946 0.972 0.0524 0.957 0.876
#> 5 5 0.914 0.921 0.952 0.1065 0.897 0.683
#> 6 6 0.812 0.828 0.884 0.0721 0.920 0.671
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.9393 0.5339 0.356 0.644
#> GSM803674 2 0.9393 0.5339 0.356 0.644
#> GSM803733 2 0.9286 0.5572 0.344 0.656
#> GSM803616 2 0.7219 0.7711 0.200 0.800
#> GSM803675 2 0.7219 0.7711 0.200 0.800
#> GSM803734 2 0.7219 0.7711 0.200 0.800
#> GSM803617 2 0.9358 0.5419 0.352 0.648
#> GSM803676 2 0.9393 0.5341 0.356 0.644
#> GSM803735 2 0.7219 0.7711 0.200 0.800
#> GSM803618 2 0.3114 0.8869 0.056 0.944
#> GSM803677 2 0.3274 0.8844 0.060 0.940
#> GSM803736 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803619 1 0.9552 0.2989 0.624 0.376
#> GSM803678 1 0.9552 0.2989 0.624 0.376
#> GSM803737 1 0.9608 0.2741 0.616 0.384
#> GSM803620 2 0.0672 0.9135 0.008 0.992
#> GSM803679 2 0.0376 0.9154 0.004 0.996
#> GSM803738 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.4431 0.8793 0.908 0.092
#> GSM803705 1 0.5946 0.8115 0.856 0.144
#> GSM803763 1 0.6048 0.8058 0.852 0.148
#> GSM803647 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803649 2 0.9866 0.2769 0.432 0.568
#> GSM803708 2 0.9833 0.2999 0.424 0.576
#> GSM803766 2 0.9815 0.3110 0.420 0.580
#> GSM803650 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.7950 0.7241 0.240 0.760
#> GSM803712 2 0.7674 0.7443 0.224 0.776
#> GSM803769 2 0.8909 0.6230 0.308 0.692
#> GSM803654 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.6973 0.7843 0.188 0.812
#> GSM803714 2 0.6148 0.8175 0.152 0.848
#> GSM803771 2 0.6623 0.8000 0.172 0.828
#> GSM803656 2 0.5842 0.8277 0.140 0.860
#> GSM803715 2 0.5842 0.8277 0.140 0.860
#> GSM803772 2 0.5519 0.8374 0.128 0.872
#> GSM803657 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803660 2 0.0672 0.9131 0.008 0.992
#> GSM803719 2 0.0672 0.9131 0.008 0.992
#> GSM803776 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803662 2 1.0000 0.0664 0.496 0.504
#> GSM803732 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0376 0.9774 0.996 0.004
#> GSM803663 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.9815 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9171 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.0237 0.976 0.996 0.004 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803685 3 0.6260 0.232 0.448 0.000 0.552
#> GSM803744 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0237 0.929 0.000 0.996 0.004
#> GSM803640 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.5216 0.634 0.740 0.260 0.000
#> GSM803705 1 0.5497 0.571 0.708 0.292 0.000
#> GSM803763 1 0.5178 0.641 0.744 0.256 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0237 0.929 0.004 0.996 0.000
#> GSM803707 2 0.0237 0.929 0.004 0.996 0.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803649 2 0.6154 0.337 0.408 0.592 0.000
#> GSM803708 2 0.6062 0.401 0.384 0.616 0.000
#> GSM803766 2 0.5905 0.476 0.352 0.648 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.5407 0.772 0.156 0.804 0.040
#> GSM803712 2 0.4326 0.799 0.144 0.844 0.012
#> GSM803769 2 0.5692 0.751 0.176 0.784 0.040
#> GSM803654 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.7721 0.649 0.168 0.680 0.152
#> GSM803714 2 0.7180 0.692 0.168 0.716 0.116
#> GSM803771 2 0.7670 0.654 0.164 0.684 0.152
#> GSM803656 2 0.6941 0.154 0.016 0.520 0.464
#> GSM803715 2 0.7029 0.223 0.020 0.540 0.440
#> GSM803772 2 0.6931 0.180 0.016 0.528 0.456
#> GSM803657 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0237 0.976 0.996 0.004 0.000
#> GSM803720 1 0.0592 0.968 0.988 0.012 0.000
#> GSM803777 1 0.0237 0.976 0.996 0.004 0.000
#> GSM803662 1 0.6154 0.284 0.592 0.408 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803721 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803779 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0747 0.965 0.984 0.000 0.016
#> GSM803723 1 0.1031 0.957 0.976 0.000 0.024
#> GSM803781 1 0.0592 0.968 0.988 0.000 0.012
#> GSM803666 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803724 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803782 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803725 3 0.0424 0.963 0.008 0.000 0.992
#> GSM803783 3 0.0424 0.963 0.008 0.000 0.992
#> GSM803668 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803726 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803784 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803727 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803670 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM803786 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.5859 0.502 0.344 0.000 0.656
#> GSM803730 3 0.4291 0.782 0.180 0.000 0.820
#> GSM803787 3 0.3752 0.828 0.144 0.000 0.856
#> GSM803673 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.932 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803674 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803733 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803616 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803675 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803734 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803617 4 0.0921 0.926 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803676 4 0.0921 0.926 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803735 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803618 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803677 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803736 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803619 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803678 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803737 4 0.1022 0.928 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM803620 4 0.0921 0.926 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803679 4 0.0921 0.926 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803738 4 0.0921 0.926 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM803621 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803682 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803741 2 0.0921 0.941 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803624 1 0.0817 0.971 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803683 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM803742 1 0.0817 0.971 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803625 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.0188 0.993 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0188 0.988 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0336 0.984 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0188 0.988 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0469 0.946 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803707 2 0.0469 0.946 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803765 2 0.0469 0.946 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803649 2 0.4671 0.691 0.220 0.752 0.000 0.028
#> GSM803708 2 0.4524 0.715 0.204 0.768 0.000 0.028
#> GSM803766 2 0.4459 0.735 0.188 0.780 0.000 0.032
#> GSM803650 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.5528 0.704 0.144 0.732 0.000 0.124
#> GSM803712 2 0.4364 0.783 0.136 0.808 0.000 0.056
#> GSM803769 2 0.6075 0.623 0.192 0.680 0.000 0.128
#> GSM803654 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.4677 0.709 0.192 0.768 0.000 0.040
#> GSM803714 2 0.4163 0.731 0.188 0.792 0.000 0.020
#> GSM803771 2 0.5556 0.656 0.188 0.720 0.000 0.092
#> GSM803656 4 0.5951 0.522 0.064 0.300 0.000 0.636
#> GSM803715 4 0.6141 0.510 0.076 0.300 0.000 0.624
#> GSM803772 4 0.6004 0.558 0.076 0.276 0.000 0.648
#> GSM803657 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803716 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803773 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803658 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803717 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803774 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803659 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803718 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803775 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803660 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0707 0.974 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM803720 1 0.0921 0.967 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM803777 1 0.0817 0.971 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM803662 1 0.5384 0.451 0.648 0.324 0.000 0.028
#> GSM803732 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803721 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803779 2 0.0188 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803664 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803731 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM803788 2 0.1022 0.940 0.000 0.968 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803674 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803733 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803616 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803676 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803735 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803677 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803736 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803619 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803678 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803737 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803620 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0162 0.997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803621 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803680 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803739 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803622 1 0.0404 0.965 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803681 1 0.0404 0.965 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803740 1 0.0404 0.965 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803623 5 0.3480 0.732 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM803682 5 0.3336 0.757 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM803741 5 0.3534 0.719 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM803624 5 0.3003 0.777 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM803683 5 0.3210 0.737 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM803742 5 0.2127 0.833 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM803625 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.0671 0.977 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM803744 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.1478 0.949 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM803686 1 0.1478 0.949 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM803745 1 0.1608 0.945 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM803628 1 0.1197 0.956 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803687 1 0.1197 0.956 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803746 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803629 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803688 1 0.1341 0.953 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803747 1 0.1197 0.956 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803630 1 0.2020 0.925 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803689 1 0.2020 0.925 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803748 1 0.2020 0.925 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803631 1 0.1410 0.951 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM803690 1 0.1410 0.951 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM803749 1 0.1410 0.951 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM803632 1 0.1671 0.943 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM803691 1 0.1671 0.943 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM803750 1 0.1671 0.943 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM803633 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0162 0.929 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803695 2 0.0162 0.929 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803754 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803641 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803700 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803759 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803701 1 0.0510 0.961 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803760 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803643 1 0.0404 0.963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803702 1 0.0404 0.963 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803644 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0880 0.952 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803704 1 0.0794 0.955 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803762 1 0.0880 0.952 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803646 1 0.1211 0.948 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> GSM803705 1 0.1579 0.935 0.944 0.032 0.000 0.000 0.024
#> GSM803763 1 0.1310 0.944 0.956 0.024 0.000 0.000 0.020
#> GSM803647 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803706 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803764 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803648 2 0.1341 0.896 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM803707 2 0.1792 0.873 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM803765 2 0.1478 0.891 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803649 5 0.2516 0.854 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM803708 5 0.2471 0.857 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM803766 5 0.2516 0.854 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM803650 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803709 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803767 1 0.0609 0.963 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803651 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803710 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803768 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803711 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803653 5 0.0162 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM803712 5 0.0162 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM803769 5 0.0162 0.874 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803654 2 0.0290 0.927 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803713 2 0.0290 0.927 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803770 2 0.0290 0.927 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803655 2 0.6787 0.543 0.140 0.612 0.000 0.136 0.112
#> GSM803714 2 0.5811 0.640 0.144 0.696 0.000 0.084 0.076
#> GSM803771 2 0.6809 0.545 0.128 0.608 0.000 0.156 0.108
#> GSM803656 5 0.0404 0.871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM803715 5 0.0404 0.871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM803772 5 0.0404 0.871 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM803657 5 0.1544 0.885 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM803716 5 0.1544 0.885 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM803773 5 0.1410 0.886 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM803658 5 0.1121 0.888 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM803717 5 0.1197 0.888 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM803774 5 0.1043 0.887 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM803659 5 0.0963 0.886 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM803718 5 0.1197 0.888 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM803775 5 0.0963 0.886 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM803660 2 0.0324 0.928 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM803719 2 0.0324 0.928 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM803776 2 0.0324 0.928 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM803661 5 0.2852 0.793 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM803720 5 0.2424 0.827 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM803777 5 0.2732 0.804 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM803662 5 0.5611 0.617 0.212 0.152 0.000 0.000 0.636
#> GSM803732 1 0.3730 0.682 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM803778 1 0.3534 0.735 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM803663 2 0.4235 0.473 0.008 0.656 0.000 0.000 0.336
#> GSM803721 2 0.4235 0.473 0.008 0.656 0.000 0.000 0.336
#> GSM803779 2 0.4147 0.519 0.008 0.676 0.000 0.000 0.316
#> GSM803664 2 0.1478 0.889 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803722 2 0.1478 0.891 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803780 2 0.1410 0.893 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM803665 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803723 1 0.0451 0.964 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM803781 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803666 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.2424 0.859 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM803731 5 0.2471 0.856 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM803788 5 0.2471 0.856 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.1007 0.9782 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803674 4 0.1007 0.9782 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803733 4 0.1075 0.9766 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803616 4 0.0260 0.9868 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803675 4 0.0363 0.9864 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803734 4 0.0547 0.9850 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM803617 4 0.1075 0.9766 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM803676 4 0.1007 0.9782 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM803735 4 0.0260 0.9868 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803618 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803677 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803736 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803619 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803678 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803737 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803620 4 0.0260 0.9862 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803679 4 0.0260 0.9862 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803738 4 0.0260 0.9865 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803621 6 0.3126 0.8895 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM803680 6 0.3126 0.8895 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM803739 6 0.3126 0.8807 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM803622 6 0.3428 0.8173 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803681 6 0.3428 0.8173 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM803740 6 0.3390 0.8297 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM803623 5 0.1765 0.8152 0.000 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> GSM803682 5 0.1713 0.8180 0.000 0.044 0.000 0.000 0.928 0.028
#> GSM803741 5 0.2009 0.8091 0.000 0.068 0.000 0.000 0.908 0.024
#> GSM803624 5 0.4184 0.5047 0.408 0.000 0.000 0.000 0.576 0.016
#> GSM803683 5 0.3766 0.6656 0.304 0.000 0.000 0.000 0.684 0.012
#> GSM803742 5 0.3617 0.7281 0.244 0.000 0.000 0.000 0.736 0.020
#> GSM803625 1 0.1501 0.8394 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM803684 1 0.1663 0.8308 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM803743 1 0.1663 0.8315 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.3446 0.4927 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.2871 0.9044 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804
#> GSM803686 6 0.2871 0.9044 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804
#> GSM803745 6 0.2738 0.8951 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004 0.820
#> GSM803628 6 0.3076 0.8969 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM803687 6 0.3050 0.8996 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM803746 6 0.2969 0.9054 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM803629 6 0.3023 0.9025 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM803688 6 0.3023 0.9025 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM803747 6 0.3101 0.8935 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM803630 6 0.2320 0.8630 0.132 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864
#> GSM803689 6 0.2320 0.8630 0.132 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864
#> GSM803748 6 0.2320 0.8630 0.132 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864
#> GSM803631 6 0.2854 0.9088 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM803690 6 0.2854 0.9088 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM803749 6 0.2854 0.9088 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM803632 6 0.2730 0.9066 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM803691 6 0.2730 0.9066 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM803750 6 0.2730 0.9066 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM803633 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0146 0.8940 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803640 1 0.0937 0.8575 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803699 1 0.0937 0.8575 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803758 1 0.0937 0.8573 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803641 1 0.1007 0.8563 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803700 1 0.0937 0.8571 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803759 1 0.1663 0.8336 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM803642 1 0.0622 0.8492 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803701 1 0.0806 0.8446 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM803760 1 0.0291 0.8506 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803643 1 0.0508 0.8540 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM803702 1 0.0508 0.8540 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM803644 1 0.2378 0.7711 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM803703 1 0.2260 0.7850 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM803761 1 0.2631 0.7346 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM803645 1 0.1151 0.8352 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM803704 1 0.1196 0.8273 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM803762 1 0.1151 0.8352 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM803646 1 0.0806 0.8337 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803705 1 0.1168 0.8197 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803763 1 0.1176 0.8194 0.956 0.020 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM803647 1 0.0363 0.8550 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803706 1 0.0363 0.8550 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803764 1 0.0363 0.8550 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803648 2 0.5694 0.3155 0.368 0.484 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM803707 2 0.5927 0.2469 0.352 0.456 0.000 0.000 0.188 0.004
#> GSM803765 2 0.5573 0.3938 0.288 0.536 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM803649 5 0.2882 0.7800 0.180 0.000 0.000 0.000 0.812 0.008
#> GSM803708 5 0.2706 0.7895 0.160 0.000 0.000 0.000 0.832 0.008
#> GSM803766 5 0.2593 0.7942 0.148 0.000 0.000 0.000 0.844 0.008
#> GSM803650 1 0.3563 0.3922 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM803709 1 0.3499 0.4362 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM803767 1 0.3866 -0.2192 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM803651 1 0.1444 0.8445 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM803710 1 0.1204 0.8524 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM803768 1 0.1663 0.8334 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM803652 1 0.1075 0.8564 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803711 1 0.0937 0.8578 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803653 5 0.0858 0.8243 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028
#> GSM803712 5 0.0972 0.8243 0.008 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028
#> GSM803769 5 0.0935 0.8245 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032
#> GSM803654 2 0.0725 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM803713 2 0.0725 0.8868 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM803770 2 0.0405 0.8912 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM803655 2 0.7028 0.5475 0.144 0.572 0.000 0.064 0.120 0.100
#> GSM803714 2 0.5672 0.6534 0.160 0.672 0.000 0.016 0.088 0.064
#> GSM803771 2 0.6547 0.6040 0.144 0.616 0.000 0.048 0.100 0.092
#> GSM803656 5 0.2003 0.8092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM803715 5 0.1957 0.8106 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM803772 5 0.2092 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM803657 5 0.1462 0.8257 0.008 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056
#> GSM803716 5 0.1462 0.8257 0.008 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056
#> GSM803773 5 0.2698 0.8194 0.016 0.020 0.000 0.000 0.872 0.092
#> GSM803658 5 0.2118 0.8114 0.000 0.008 0.000 0.000 0.888 0.104
#> GSM803717 5 0.2020 0.8139 0.000 0.008 0.000 0.000 0.896 0.096
#> GSM803774 5 0.2312 0.8079 0.000 0.012 0.000 0.000 0.876 0.112
#> GSM803659 5 0.2847 0.8056 0.012 0.016 0.000 0.000 0.852 0.120
#> GSM803718 5 0.2426 0.8188 0.012 0.012 0.000 0.000 0.884 0.092
#> GSM803775 5 0.2711 0.8096 0.012 0.012 0.000 0.000 0.860 0.116
#> GSM803660 2 0.1714 0.8421 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803719 2 0.2178 0.8102 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803776 2 0.1501 0.8536 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803661 5 0.3867 0.6365 0.328 0.000 0.000 0.000 0.660 0.012
#> GSM803720 5 0.3586 0.7053 0.268 0.000 0.000 0.000 0.720 0.012
#> GSM803777 5 0.3672 0.6678 0.304 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008
#> GSM803662 5 0.5281 0.7171 0.116 0.068 0.000 0.000 0.692 0.124
#> GSM803732 6 0.3757 0.7940 0.136 0.000 0.000 0.000 0.084 0.780
#> GSM803778 6 0.3978 0.7818 0.160 0.000 0.000 0.000 0.084 0.756
#> GSM803663 5 0.4647 0.3925 0.460 0.020 0.000 0.000 0.508 0.012
#> GSM803721 5 0.4776 0.4121 0.448 0.028 0.000 0.000 0.512 0.012
#> GSM803779 5 0.4699 0.3687 0.468 0.028 0.000 0.000 0.496 0.008
#> GSM803664 2 0.3469 0.7231 0.004 0.792 0.000 0.012 0.180 0.012
#> GSM803722 2 0.3371 0.7259 0.004 0.796 0.000 0.008 0.180 0.012
#> GSM803780 2 0.3273 0.7291 0.004 0.800 0.000 0.008 0.180 0.008
#> GSM803665 1 0.3950 0.0167 0.564 0.000 0.004 0.000 0.000 0.432
#> GSM803723 1 0.4123 0.0548 0.568 0.000 0.012 0.000 0.000 0.420
#> GSM803781 1 0.3841 0.2431 0.616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.1074 0.8230 0.000 0.012 0.000 0.000 0.960 0.028
#> GSM803731 5 0.1074 0.8230 0.000 0.012 0.000 0.000 0.960 0.028
#> GSM803788 5 0.1074 0.8230 0.000 0.012 0.000 0.000 0.960 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> MAD:NMF 167 5.64e-13 1.51e-20 2.86e-12 2
#> MAD:NMF 166 1.21e-23 6.96e-43 3.18e-29 3
#> MAD:NMF 173 5.08e-36 2.00e-68 3.25e-48 4
#> MAD:NMF 172 6.52e-46 4.34e-89 2.06e-53 5
#> MAD:NMF 161 1.62e-53 1.22e-109 8.02e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.733 0.938 0.942 0.3174 0.614 0.614
#> 3 3 0.702 0.881 0.939 0.4317 0.970 0.951
#> 4 4 0.609 0.829 0.879 0.2985 0.778 0.624
#> 5 5 0.795 0.849 0.912 0.1962 0.837 0.615
#> 6 6 0.902 0.951 0.974 0.0533 0.952 0.844
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.9963 0.521 0.464 0.536
#> GSM803678 2 0.9963 0.521 0.464 0.536
#> GSM803737 2 0.9963 0.521 0.464 0.536
#> GSM803620 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.767 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803682 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803741 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803624 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803692 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803751 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803634 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803693 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803752 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803635 2 0.9170 0.790 0.332 0.668
#> GSM803694 2 0.9170 0.790 0.332 0.668
#> GSM803753 2 0.9170 0.790 0.332 0.668
#> GSM803636 2 0.8955 0.815 0.312 0.688
#> GSM803695 2 0.8955 0.815 0.312 0.688
#> GSM803754 2 0.8955 0.815 0.312 0.688
#> GSM803637 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803696 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803755 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803638 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803697 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803756 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803639 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803698 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803757 2 0.8763 0.831 0.296 0.704
#> GSM803640 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803712 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803769 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803654 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803713 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803770 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803655 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803714 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803771 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803656 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803715 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803772 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803657 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803716 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803773 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803658 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803717 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803774 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803659 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803718 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803775 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> GSM803660 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803664 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> GSM803722 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> GSM803780 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> GSM803665 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.8813 0.828 0.300 0.700
#> GSM803731 2 0.8813 0.828 0.300 0.700
#> GSM803788 2 0.8813 0.828 0.300 0.700
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.5627 0.671 0.188 0.780 0.032
#> GSM803678 2 0.5627 0.671 0.188 0.780 0.032
#> GSM803737 2 0.5627 0.671 0.188 0.780 0.032
#> GSM803620 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803683 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803742 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803744 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.1411 0.918 0.036 0.964 0.000
#> GSM803694 2 0.1411 0.918 0.036 0.964 0.000
#> GSM803753 2 0.1411 0.918 0.036 0.964 0.000
#> GSM803636 2 0.0747 0.941 0.016 0.984 0.000
#> GSM803695 2 0.0747 0.941 0.016 0.984 0.000
#> GSM803754 2 0.0747 0.941 0.016 0.984 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.1964 0.891 0.944 0.056 0.000
#> GSM803705 1 0.1964 0.891 0.944 0.056 0.000
#> GSM803763 1 0.1964 0.891 0.944 0.056 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803707 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803765 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803649 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803708 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803766 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803712 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803769 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803654 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803713 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803770 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803655 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803714 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803771 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803656 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803715 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803772 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803657 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803716 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803773 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803658 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803717 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803774 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803659 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803718 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803775 1 0.5621 0.662 0.692 0.308 0.000
#> GSM803660 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803719 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803776 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803661 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803720 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803777 1 0.4654 0.773 0.792 0.208 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803721 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803779 1 0.0747 0.913 0.984 0.016 0.000
#> GSM803664 1 0.5760 0.631 0.672 0.328 0.000
#> GSM803722 1 0.5760 0.631 0.672 0.328 0.000
#> GSM803780 1 0.5760 0.631 0.672 0.328 0.000
#> GSM803665 1 0.4235 0.802 0.824 0.176 0.000
#> GSM803723 1 0.4235 0.802 0.824 0.176 0.000
#> GSM803781 1 0.4235 0.802 0.824 0.176 0.000
#> GSM803666 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803724 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803782 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803667 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803725 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803783 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803668 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803726 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803784 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803669 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803727 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803670 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803728 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803785 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803671 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803729 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803786 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803672 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803730 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803787 1 0.0592 0.915 0.988 0.012 0.000
#> GSM803673 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> GSM803731 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> GSM803788 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 3 0.4770 -0.132 0.000 0.288 0.700 0.012
#> GSM803678 3 0.4770 -0.132 0.000 0.288 0.700 0.012
#> GSM803737 3 0.4770 -0.132 0.000 0.288 0.700 0.012
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803680 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803739 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803683 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803742 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803625 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803626 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803744 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803627 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803686 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803745 1 0.0188 0.883 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM803694 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM803753 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM803636 2 0.1118 0.959 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803695 2 0.1118 0.959 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803754 2 0.1118 0.959 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803637 2 0.1118 0.960 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803696 2 0.1118 0.960 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803755 2 0.1118 0.960 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.2480 0.803 0.904 0.008 0.088 0.000
#> GSM803705 1 0.2480 0.803 0.904 0.008 0.088 0.000
#> GSM803763 1 0.2480 0.803 0.904 0.008 0.088 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803707 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803765 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803649 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803708 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803766 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803712 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803769 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803654 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803713 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803770 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803655 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803714 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803771 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803656 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803715 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803772 3 0.6178 0.886 0.228 0.112 0.660 0.000
#> GSM803657 3 0.6209 0.887 0.232 0.112 0.656 0.000
#> GSM803716 3 0.6209 0.887 0.232 0.112 0.656 0.000
#> GSM803773 3 0.6209 0.887 0.232 0.112 0.656 0.000
#> GSM803658 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803717 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803774 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803659 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803718 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803775 3 0.6238 0.886 0.236 0.112 0.652 0.000
#> GSM803660 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803719 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803776 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803661 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803720 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803777 3 0.5110 0.785 0.328 0.016 0.656 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803721 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803779 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM803664 3 0.6509 0.872 0.228 0.140 0.632 0.000
#> GSM803722 3 0.6509 0.872 0.228 0.140 0.632 0.000
#> GSM803780 3 0.6509 0.872 0.228 0.140 0.632 0.000
#> GSM803665 3 0.4990 0.736 0.352 0.008 0.640 0.000
#> GSM803723 3 0.4990 0.736 0.352 0.008 0.640 0.000
#> GSM803781 3 0.4990 0.736 0.352 0.008 0.640 0.000
#> GSM803666 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803724 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803782 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803667 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803725 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803783 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803668 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803726 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803784 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803669 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803727 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803670 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803728 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803785 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803671 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803729 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803786 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803672 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803730 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803787 1 0.4477 0.474 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM803673 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM803731 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM803788 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803619 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> GSM803678 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> GSM803737 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> GSM803621 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803680 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803739 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803624 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803683 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803742 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803625 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803684 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803743 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803626 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803744 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803627 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803686 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803745 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803635 2 0.1845 0.912 0.000 0.928 0.056 0 0.016
#> GSM803694 2 0.1845 0.912 0.000 0.928 0.056 0 0.016
#> GSM803753 2 0.1845 0.912 0.000 0.928 0.056 0 0.016
#> GSM803636 2 0.1043 0.949 0.000 0.960 0.040 0 0.000
#> GSM803695 2 0.1043 0.949 0.000 0.960 0.040 0 0.000
#> GSM803754 2 0.1043 0.949 0.000 0.960 0.040 0 0.000
#> GSM803637 2 0.1117 0.953 0.000 0.964 0.016 0 0.020
#> GSM803696 2 0.1117 0.953 0.000 0.964 0.016 0 0.020
#> GSM803755 2 0.1117 0.953 0.000 0.964 0.016 0 0.020
#> GSM803638 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803758 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803646 1 0.4268 0.718 0.772 0.008 0.172 0 0.048
#> GSM803705 1 0.4268 0.718 0.772 0.008 0.172 0 0.048
#> GSM803763 1 0.4268 0.718 0.772 0.008 0.172 0 0.048
#> GSM803647 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803648 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803707 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803765 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803649 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803708 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803766 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803650 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> GSM803653 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803712 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803769 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803654 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803713 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803770 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803655 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803714 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803771 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803656 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803715 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803772 3 0.5730 0.642 0.000 0.096 0.548 0 0.356
#> GSM803657 3 0.5877 0.640 0.004 0.096 0.544 0 0.356
#> GSM803716 3 0.5877 0.640 0.004 0.096 0.544 0 0.356
#> GSM803773 3 0.5877 0.640 0.004 0.096 0.544 0 0.356
#> GSM803658 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803717 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803774 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803659 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803718 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803775 3 0.5990 0.637 0.008 0.096 0.540 0 0.356
#> GSM803660 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803719 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803776 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803661 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803720 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803777 3 0.4599 0.644 0.020 0.000 0.624 0 0.356
#> GSM803662 1 0.0880 0.941 0.968 0.000 0.032 0 0.000
#> GSM803732 1 0.0880 0.941 0.968 0.000 0.032 0 0.000
#> GSM803778 1 0.0880 0.941 0.968 0.000 0.032 0 0.000
#> GSM803663 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803721 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803779 1 0.2522 0.868 0.880 0.000 0.108 0 0.012
#> GSM803664 3 0.5928 0.627 0.000 0.124 0.548 0 0.328
#> GSM803722 3 0.5928 0.627 0.000 0.124 0.548 0 0.328
#> GSM803780 3 0.5928 0.627 0.000 0.124 0.548 0 0.328
#> GSM803665 3 0.4473 0.645 0.020 0.000 0.656 0 0.324
#> GSM803723 3 0.4473 0.645 0.020 0.000 0.656 0 0.324
#> GSM803781 3 0.4473 0.645 0.020 0.000 0.656 0 0.324
#> GSM803666 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803724 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803782 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803667 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803725 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803783 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803668 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803726 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803784 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803669 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803727 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803670 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803728 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803785 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803671 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803729 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803786 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803672 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803730 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803787 3 0.0880 0.608 0.032 0.000 0.968 0 0.000
#> GSM803673 2 0.0510 0.967 0.000 0.984 0.016 0 0.000
#> GSM803731 2 0.0510 0.967 0.000 0.984 0.016 0 0.000
#> GSM803788 2 0.0510 0.967 0.000 0.984 0.016 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803619 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1
#> GSM803678 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1
#> GSM803737 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000 1
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0
#> GSM803621 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803680 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803739 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803622 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803681 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803740 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803623 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803682 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803741 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803624 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803683 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803742 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803625 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803684 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803743 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803685 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803627 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803686 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803745 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.000 0 0.004 0
#> GSM803628 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803687 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803746 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803629 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803688 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803747 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803630 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803689 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803748 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803631 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803690 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803749 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803632 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803691 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803750 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803633 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803692 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803751 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803634 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803693 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803752 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803635 2 0.1556 0.906 0.000 0.920 0.000 0 0.080 0
#> GSM803694 2 0.1556 0.906 0.000 0.920 0.000 0 0.080 0
#> GSM803753 2 0.1556 0.906 0.000 0.920 0.000 0 0.080 0
#> GSM803636 2 0.0937 0.942 0.000 0.960 0.000 0 0.040 0
#> GSM803695 2 0.0937 0.942 0.000 0.960 0.000 0 0.040 0
#> GSM803754 2 0.0937 0.942 0.000 0.960 0.000 0 0.040 0
#> GSM803637 2 0.0865 0.943 0.000 0.964 0.000 0 0.036 0
#> GSM803696 2 0.0865 0.943 0.000 0.964 0.000 0 0.036 0
#> GSM803755 2 0.0865 0.943 0.000 0.964 0.000 0 0.036 0
#> GSM803638 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803697 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803756 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803639 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803698 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803757 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803640 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803699 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803758 1 0.0146 0.961 0.996 0.000 0.004 0 0.000 0
#> GSM803641 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803700 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803759 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803642 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803701 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803760 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803643 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803702 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803644 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803703 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803761 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803645 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803704 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803762 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803646 1 0.3136 0.729 0.768 0.000 0.004 0 0.228 0
#> GSM803705 1 0.3136 0.729 0.768 0.000 0.004 0 0.228 0
#> GSM803763 1 0.3136 0.729 0.768 0.000 0.004 0 0.228 0
#> GSM803647 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803706 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803764 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803648 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803707 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803765 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803649 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803708 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803766 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803650 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803709 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803767 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803651 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803710 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803768 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803652 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803711 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0
#> GSM803653 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803712 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803769 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803654 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803713 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803770 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803655 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803714 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803771 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803656 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803715 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803772 5 0.0520 0.953 0.000 0.008 0.008 0 0.984 0
#> GSM803657 5 0.0665 0.953 0.004 0.008 0.008 0 0.980 0
#> GSM803716 5 0.0665 0.953 0.004 0.008 0.008 0 0.980 0
#> GSM803773 5 0.0665 0.953 0.004 0.008 0.008 0 0.980 0
#> GSM803658 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803717 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803774 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803659 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803718 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803775 5 0.0146 0.951 0.004 0.000 0.000 0 0.996 0
#> GSM803660 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803719 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803776 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803661 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803720 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803777 5 0.2019 0.902 0.012 0.000 0.088 0 0.900 0
#> GSM803662 1 0.0858 0.943 0.968 0.000 0.004 0 0.028 0
#> GSM803732 1 0.0858 0.943 0.968 0.000 0.004 0 0.028 0
#> GSM803778 1 0.0858 0.943 0.968 0.000 0.004 0 0.028 0
#> GSM803663 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803721 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803779 1 0.2191 0.870 0.876 0.000 0.004 0 0.120 0
#> GSM803664 5 0.1124 0.934 0.000 0.036 0.008 0 0.956 0
#> GSM803722 5 0.1124 0.934 0.000 0.036 0.008 0 0.956 0
#> GSM803780 5 0.1124 0.934 0.000 0.036 0.008 0 0.956 0
#> GSM803665 5 0.2402 0.871 0.012 0.000 0.120 0 0.868 0
#> GSM803723 5 0.2402 0.871 0.012 0.000 0.120 0 0.868 0
#> GSM803781 5 0.2402 0.871 0.012 0.000 0.120 0 0.868 0
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 0
#> GSM803673 2 0.1957 0.867 0.000 0.888 0.000 0 0.112 0
#> GSM803731 2 0.1957 0.867 0.000 0.888 0.000 0 0.112 0
#> GSM803788 2 0.1957 0.867 0.000 0.888 0.000 0 0.112 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:hclust 174 1.60e-13 1.59e-29 7.29e-12 2
#> ATC:hclust 174 5.09e-25 6.26e-50 2.25e-29 3
#> ATC:hclust 149 2.73e-31 1.39e-56 1.00e-26 4
#> ATC:hclust 174 2.45e-47 1.13e-68 1.33e-58 5
#> ATC:hclust 174 2.80e-58 2.07e-86 5.40e-74 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.955 0.958 0.975 0.4102 0.578 0.578
#> 3 3 0.503 0.553 0.788 0.4617 0.651 0.478
#> 4 4 0.766 0.856 0.893 0.1269 0.891 0.742
#> 5 5 0.733 0.714 0.809 0.1067 0.892 0.684
#> 6 6 0.750 0.676 0.781 0.0553 0.879 0.562
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803674 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803733 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803616 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803675 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803734 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803617 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803676 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803735 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803618 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803677 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803736 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803619 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803678 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803737 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803620 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803679 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803738 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803621 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803682 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803741 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803624 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803685 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803744 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803627 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM803690 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM803749 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM803632 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803692 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803751 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803634 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803693 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803752 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803635 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803694 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803753 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803636 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803695 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803754 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803637 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803696 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803755 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803638 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803697 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803756 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803639 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803698 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803757 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
#> GSM803640 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803712 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803769 1 0.4161 0.902 0.916 0.084
#> GSM803654 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803713 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803655 2 0.8763 0.647 0.296 0.704
#> GSM803714 2 0.7883 0.740 0.236 0.764
#> GSM803771 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> GSM803656 2 0.8861 0.632 0.304 0.696
#> GSM803715 2 0.8661 0.660 0.288 0.712
#> GSM803772 2 0.7139 0.790 0.196 0.804
#> GSM803657 1 0.5519 0.845 0.872 0.128
#> GSM803716 1 0.6887 0.760 0.816 0.184
#> GSM803773 1 0.4161 0.902 0.916 0.084
#> GSM803658 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803717 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803659 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803718 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803775 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803664 1 0.4690 0.882 0.900 0.100
#> GSM803722 1 0.4815 0.877 0.896 0.104
#> GSM803780 2 0.9998 0.134 0.492 0.508
#> GSM803665 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM803666 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803724 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803782 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803667 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803725 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803783 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803668 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803726 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803784 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803669 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803727 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803670 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803728 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803785 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803671 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803729 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803786 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803672 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803730 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803787 1 0.1414 0.977 0.980 0.020
#> GSM803673 2 0.8016 0.729 0.244 0.756
#> GSM803731 2 0.8016 0.729 0.244 0.756
#> GSM803788 2 0.1414 0.955 0.020 0.980
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803674 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803733 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803616 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803675 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803734 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803617 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803676 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803735 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803618 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803677 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803736 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803619 3 0.6309 0.56060 0.000 0.496 0.504
#> GSM803678 3 0.6309 0.56060 0.000 0.496 0.504
#> GSM803737 3 0.6309 0.56060 0.000 0.496 0.504
#> GSM803620 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803679 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803738 3 0.4887 0.93162 0.000 0.228 0.772
#> GSM803621 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803680 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803739 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803622 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803681 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803740 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803623 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803682 2 0.6267 -0.47645 0.000 0.548 0.452
#> GSM803741 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803624 2 0.5016 0.46351 0.240 0.760 0.000
#> GSM803683 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803742 1 0.6280 0.17531 0.540 0.460 0.000
#> GSM803625 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803626 2 0.9519 0.34985 0.292 0.484 0.224
#> GSM803685 1 0.3989 0.78844 0.864 0.012 0.124
#> GSM803744 2 0.9461 0.36064 0.280 0.496 0.224
#> GSM803627 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803686 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803745 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803628 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803687 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803746 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803629 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803688 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803747 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803630 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803689 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803748 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803631 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803690 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803749 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803632 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803691 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803750 1 0.0424 0.91434 0.992 0.008 0.000
#> GSM803633 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803692 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803751 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803634 2 0.6267 -0.47645 0.000 0.548 0.452
#> GSM803693 2 0.6267 -0.47645 0.000 0.548 0.452
#> GSM803752 2 0.6274 -0.48336 0.000 0.544 0.456
#> GSM803635 2 0.4062 0.21144 0.000 0.836 0.164
#> GSM803694 2 0.4062 0.21144 0.000 0.836 0.164
#> GSM803753 2 0.4178 0.19627 0.000 0.828 0.172
#> GSM803636 2 0.5138 0.00341 0.000 0.748 0.252
#> GSM803695 2 0.5138 0.00341 0.000 0.748 0.252
#> GSM803754 2 0.5138 0.00341 0.000 0.748 0.252
#> GSM803637 2 0.4842 0.08091 0.000 0.776 0.224
#> GSM803696 2 0.4842 0.08091 0.000 0.776 0.224
#> GSM803755 2 0.5138 0.00341 0.000 0.748 0.252
#> GSM803638 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803697 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803756 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803639 2 0.6244 -0.45736 0.000 0.560 0.440
#> GSM803698 2 0.6252 -0.46392 0.000 0.556 0.444
#> GSM803757 2 0.6280 -0.49025 0.000 0.540 0.460
#> GSM803640 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803699 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803758 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803701 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803760 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803643 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803702 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803704 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803762 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803646 1 0.2165 0.87472 0.936 0.064 0.000
#> GSM803705 1 0.2165 0.87472 0.936 0.064 0.000
#> GSM803763 1 0.3941 0.79324 0.844 0.156 0.000
#> GSM803647 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803706 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803764 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803648 1 0.6079 0.37025 0.612 0.388 0.000
#> GSM803707 1 0.6079 0.37025 0.612 0.388 0.000
#> GSM803765 1 0.6154 0.31675 0.592 0.408 0.000
#> GSM803649 1 0.1163 0.90007 0.972 0.028 0.000
#> GSM803708 1 0.1163 0.90007 0.972 0.028 0.000
#> GSM803766 1 0.1163 0.90007 0.972 0.028 0.000
#> GSM803650 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803709 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.91603 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803711 1 0.0237 0.91594 0.996 0.004 0.000
#> GSM803653 2 0.3412 0.48294 0.124 0.876 0.000
#> GSM803712 2 0.3412 0.48294 0.124 0.876 0.000
#> GSM803769 2 0.2448 0.47059 0.076 0.924 0.000
#> GSM803654 2 0.4796 0.46962 0.220 0.780 0.000
#> GSM803713 2 0.4796 0.46962 0.220 0.780 0.000
#> GSM803770 2 0.5016 0.46351 0.240 0.760 0.000
#> GSM803655 2 0.0829 0.42669 0.012 0.984 0.004
#> GSM803714 2 0.0829 0.42669 0.012 0.984 0.004
#> GSM803771 2 0.0592 0.41261 0.000 0.988 0.012
#> GSM803656 2 0.0747 0.43078 0.016 0.984 0.000
#> GSM803715 2 0.0747 0.43078 0.016 0.984 0.000
#> GSM803772 2 0.0829 0.42669 0.012 0.984 0.004
#> GSM803657 2 0.2066 0.46308 0.060 0.940 0.000
#> GSM803716 2 0.1860 0.45842 0.052 0.948 0.000
#> GSM803773 2 0.2625 0.47329 0.084 0.916 0.000
#> GSM803658 2 0.3619 0.48311 0.136 0.864 0.000
#> GSM803717 2 0.3551 0.48320 0.132 0.868 0.000
#> GSM803774 2 0.3340 0.48242 0.120 0.880 0.000
#> GSM803659 2 0.4121 0.48031 0.168 0.832 0.000
#> GSM803718 2 0.4121 0.48031 0.168 0.832 0.000
#> GSM803775 2 0.3340 0.48242 0.120 0.880 0.000
#> GSM803660 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803719 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803776 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803661 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803720 1 0.4178 0.77391 0.828 0.172 0.000
#> GSM803777 1 0.4121 0.77923 0.832 0.168 0.000
#> GSM803662 1 0.1411 0.89808 0.964 0.036 0.000
#> GSM803732 1 0.0424 0.91388 0.992 0.008 0.000
#> GSM803778 1 0.0592 0.91288 0.988 0.012 0.000
#> GSM803663 1 0.3816 0.80138 0.852 0.148 0.000
#> GSM803721 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803779 1 0.4062 0.78437 0.836 0.164 0.000
#> GSM803664 2 0.2165 0.46575 0.064 0.936 0.000
#> GSM803722 2 0.2165 0.46575 0.064 0.936 0.000
#> GSM803780 2 0.1289 0.44503 0.032 0.968 0.000
#> GSM803665 1 0.7901 0.06674 0.504 0.440 0.056
#> GSM803723 1 0.7901 0.06674 0.504 0.440 0.056
#> GSM803781 1 0.7757 0.04565 0.488 0.464 0.048
#> GSM803666 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803724 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803782 2 0.9692 0.26338 0.344 0.432 0.224
#> GSM803667 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803725 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803783 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803668 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803726 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803784 2 0.9700 0.25603 0.348 0.428 0.224
#> GSM803669 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803727 2 0.9719 0.23830 0.360 0.416 0.224
#> GSM803670 2 0.9519 0.34985 0.292 0.484 0.224
#> GSM803728 2 0.9519 0.34985 0.292 0.484 0.224
#> GSM803785 2 0.9519 0.34985 0.292 0.484 0.224
#> GSM803671 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803729 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803786 2 0.9707 0.25128 0.352 0.424 0.224
#> GSM803672 2 0.9693 0.19092 0.380 0.404 0.216
#> GSM803730 2 0.9706 0.22097 0.368 0.412 0.220
#> GSM803787 2 0.9706 0.22097 0.368 0.412 0.220
#> GSM803673 2 0.1163 0.44138 0.028 0.972 0.000
#> GSM803731 2 0.1163 0.44138 0.028 0.972 0.000
#> GSM803788 2 0.0661 0.42119 0.008 0.988 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803674 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803733 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803616 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803675 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803734 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803617 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803676 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803735 4 0.1022 0.997 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM803618 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803677 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803736 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803619 2 0.6532 0.403 0.000 0.548 0.084 0.368
#> GSM803678 2 0.6532 0.403 0.000 0.548 0.084 0.368
#> GSM803737 2 0.6532 0.403 0.000 0.548 0.084 0.368
#> GSM803620 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803679 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803738 4 0.1488 0.995 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM803621 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803680 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803739 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803622 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803681 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803740 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803623 2 0.4332 0.734 0.000 0.792 0.032 0.176
#> GSM803682 2 0.4152 0.749 0.000 0.808 0.032 0.160
#> GSM803741 2 0.4332 0.734 0.000 0.792 0.032 0.176
#> GSM803624 2 0.3561 0.811 0.012 0.856 0.120 0.012
#> GSM803683 1 0.5159 0.786 0.772 0.152 0.064 0.012
#> GSM803742 1 0.6467 0.648 0.676 0.168 0.144 0.012
#> GSM803625 1 0.1082 0.918 0.972 0.004 0.020 0.004
#> GSM803684 1 0.1082 0.918 0.972 0.004 0.020 0.004
#> GSM803743 1 0.1191 0.917 0.968 0.004 0.024 0.004
#> GSM803626 3 0.3648 0.915 0.056 0.068 0.868 0.008
#> GSM803685 1 0.5018 0.392 0.656 0.000 0.332 0.012
#> GSM803744 3 0.3641 0.911 0.052 0.072 0.868 0.008
#> GSM803627 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803686 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803745 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803628 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803687 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803746 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803629 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803688 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803747 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803630 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803689 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803748 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803631 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803690 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803749 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803632 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803633 2 0.4238 0.736 0.000 0.796 0.028 0.176
#> GSM803692 2 0.4238 0.736 0.000 0.796 0.028 0.176
#> GSM803751 2 0.4238 0.736 0.000 0.796 0.028 0.176
#> GSM803634 2 0.3958 0.752 0.000 0.816 0.024 0.160
#> GSM803693 2 0.3958 0.752 0.000 0.816 0.024 0.160
#> GSM803752 2 0.3958 0.752 0.000 0.816 0.024 0.160
#> GSM803635 2 0.0895 0.836 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM803694 2 0.0895 0.836 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM803753 2 0.1042 0.835 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM803636 2 0.1520 0.830 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM803695 2 0.1520 0.830 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM803754 2 0.1520 0.830 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM803637 2 0.1411 0.831 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM803696 2 0.1411 0.831 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM803755 2 0.1520 0.830 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM803638 2 0.4139 0.738 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM803697 2 0.4139 0.738 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM803756 2 0.4139 0.738 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM803639 2 0.3497 0.778 0.000 0.852 0.024 0.124
#> GSM803698 2 0.3552 0.775 0.000 0.848 0.024 0.128
#> GSM803757 2 0.4139 0.738 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM803640 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803699 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803758 1 0.1575 0.915 0.956 0.004 0.028 0.012
#> GSM803641 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803700 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803759 1 0.0524 0.923 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803642 1 0.1953 0.910 0.940 0.004 0.044 0.012
#> GSM803701 1 0.1953 0.910 0.940 0.004 0.044 0.012
#> GSM803760 1 0.1863 0.911 0.944 0.004 0.040 0.012
#> GSM803643 1 0.1863 0.911 0.944 0.004 0.040 0.012
#> GSM803702 1 0.1863 0.911 0.944 0.004 0.040 0.012
#> GSM803644 1 0.0524 0.923 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803703 1 0.0524 0.923 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803761 1 0.0524 0.923 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM803645 1 0.1863 0.910 0.944 0.004 0.040 0.012
#> GSM803704 1 0.1863 0.910 0.944 0.004 0.040 0.012
#> GSM803762 1 0.1953 0.908 0.940 0.004 0.044 0.012
#> GSM803646 1 0.4602 0.826 0.812 0.120 0.056 0.012
#> GSM803705 1 0.4602 0.826 0.812 0.120 0.056 0.012
#> GSM803763 1 0.5111 0.793 0.776 0.148 0.064 0.012
#> GSM803647 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803706 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803764 1 0.0188 0.923 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803648 1 0.6197 0.688 0.700 0.160 0.128 0.012
#> GSM803707 1 0.6197 0.688 0.700 0.160 0.128 0.012
#> GSM803765 1 0.6399 0.656 0.680 0.180 0.128 0.012
#> GSM803649 1 0.2465 0.902 0.924 0.020 0.044 0.012
#> GSM803708 1 0.2465 0.902 0.924 0.020 0.044 0.012
#> GSM803766 1 0.2465 0.902 0.924 0.020 0.044 0.012
#> GSM803650 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0336 0.923 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803651 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803710 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803768 1 0.0376 0.923 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM803652 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.2999 0.821 0.004 0.864 0.132 0.000
#> GSM803712 2 0.2999 0.821 0.004 0.864 0.132 0.000
#> GSM803769 2 0.2999 0.821 0.004 0.864 0.132 0.000
#> GSM803654 2 0.3161 0.821 0.012 0.864 0.124 0.000
#> GSM803713 2 0.3032 0.824 0.008 0.868 0.124 0.000
#> GSM803770 2 0.3161 0.821 0.012 0.864 0.124 0.000
#> GSM803655 2 0.2704 0.829 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM803714 2 0.2704 0.829 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM803771 2 0.2647 0.830 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM803656 2 0.2704 0.829 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM803715 2 0.2704 0.829 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM803772 2 0.2704 0.829 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM803657 2 0.2773 0.829 0.004 0.880 0.116 0.000
#> GSM803716 2 0.2773 0.829 0.004 0.880 0.116 0.000
#> GSM803773 2 0.2773 0.829 0.004 0.880 0.116 0.000
#> GSM803658 2 0.2831 0.828 0.004 0.876 0.120 0.000
#> GSM803717 2 0.2831 0.828 0.004 0.876 0.120 0.000
#> GSM803774 2 0.2831 0.828 0.004 0.876 0.120 0.000
#> GSM803659 2 0.3088 0.820 0.008 0.864 0.128 0.000
#> GSM803718 2 0.3088 0.820 0.008 0.864 0.128 0.000
#> GSM803775 2 0.2944 0.823 0.004 0.868 0.128 0.000
#> GSM803660 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803719 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803776 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803661 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803720 1 0.5159 0.786 0.772 0.152 0.064 0.012
#> GSM803777 1 0.5159 0.786 0.772 0.152 0.064 0.012
#> GSM803662 1 0.3026 0.890 0.900 0.032 0.056 0.012
#> GSM803732 1 0.2438 0.902 0.924 0.016 0.048 0.012
#> GSM803778 1 0.2522 0.900 0.920 0.016 0.052 0.012
#> GSM803663 1 0.5011 0.794 0.780 0.152 0.056 0.012
#> GSM803721 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803779 1 0.5086 0.790 0.776 0.152 0.060 0.012
#> GSM803664 2 0.2831 0.829 0.004 0.876 0.120 0.000
#> GSM803722 2 0.2831 0.829 0.004 0.876 0.120 0.000
#> GSM803780 2 0.2081 0.835 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM803665 3 0.7544 0.462 0.224 0.292 0.484 0.000
#> GSM803723 3 0.7544 0.462 0.224 0.292 0.484 0.000
#> GSM803781 3 0.7874 0.276 0.280 0.348 0.372 0.000
#> GSM803666 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803724 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803782 3 0.3508 0.923 0.064 0.060 0.872 0.004
#> GSM803667 3 0.3504 0.925 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803725 3 0.3504 0.925 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803783 3 0.3504 0.925 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803668 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803726 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803784 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803669 3 0.3320 0.926 0.068 0.056 0.876 0.000
#> GSM803727 3 0.3320 0.926 0.068 0.056 0.876 0.000
#> GSM803670 3 0.3320 0.916 0.056 0.068 0.876 0.000
#> GSM803728 3 0.3320 0.916 0.056 0.068 0.876 0.000
#> GSM803785 3 0.3320 0.916 0.056 0.068 0.876 0.000
#> GSM803671 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803729 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803786 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803672 3 0.3496 0.921 0.072 0.052 0.872 0.004
#> GSM803730 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803787 3 0.3504 0.926 0.068 0.056 0.872 0.004
#> GSM803673 2 0.1118 0.837 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803731 2 0.1118 0.837 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM803788 2 0.1118 0.837 0.000 0.964 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.1082 0.990 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803674 4 0.1082 0.990 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803733 4 0.1082 0.990 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803616 4 0.0794 0.991 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM803675 4 0.0794 0.991 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM803734 4 0.0794 0.991 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM803617 4 0.1082 0.990 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803676 4 0.1082 0.990 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM803735 4 0.0794 0.991 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM803618 4 0.1686 0.987 0.000 0.028 0.008 0.944 0.020
#> GSM803677 4 0.1686 0.987 0.000 0.028 0.008 0.944 0.020
#> GSM803736 4 0.1686 0.987 0.000 0.028 0.008 0.944 0.020
#> GSM803619 2 0.7256 0.367 0.000 0.436 0.028 0.272 0.264
#> GSM803678 2 0.7256 0.367 0.000 0.436 0.028 0.272 0.264
#> GSM803737 2 0.7256 0.367 0.000 0.436 0.028 0.272 0.264
#> GSM803620 4 0.1560 0.988 0.000 0.028 0.004 0.948 0.020
#> GSM803679 4 0.1560 0.988 0.000 0.028 0.004 0.948 0.020
#> GSM803738 4 0.1560 0.988 0.000 0.028 0.004 0.948 0.020
#> GSM803621 1 0.1074 0.853 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> GSM803680 1 0.1074 0.853 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> GSM803739 1 0.1074 0.853 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> GSM803622 1 0.0162 0.854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803681 1 0.0162 0.854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803740 1 0.0162 0.854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803623 2 0.1372 0.676 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> GSM803682 2 0.1372 0.676 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> GSM803741 2 0.1372 0.676 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> GSM803624 5 0.4799 0.308 0.004 0.228 0.060 0.000 0.708
#> GSM803683 5 0.3252 0.755 0.156 0.008 0.008 0.000 0.828
#> GSM803742 5 0.3556 0.735 0.132 0.008 0.032 0.000 0.828
#> GSM803625 1 0.3398 0.748 0.780 0.000 0.004 0.000 0.216
#> GSM803684 1 0.3398 0.748 0.780 0.000 0.004 0.000 0.216
#> GSM803743 1 0.3790 0.688 0.724 0.000 0.004 0.000 0.272
#> GSM803626 3 0.1917 0.971 0.016 0.008 0.936 0.004 0.036
#> GSM803685 1 0.2699 0.766 0.880 0.000 0.100 0.012 0.008
#> GSM803744 3 0.1917 0.971 0.016 0.008 0.936 0.004 0.036
#> GSM803627 1 0.0854 0.855 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> GSM803686 1 0.0854 0.855 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> GSM803745 1 0.0854 0.855 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> GSM803628 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803687 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803746 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803629 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803688 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803747 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803630 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803689 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803748 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803631 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803690 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803749 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803632 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803691 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803750 1 0.0693 0.855 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803633 2 0.0992 0.680 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM803692 2 0.0992 0.680 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM803751 2 0.0992 0.680 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM803634 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803693 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803752 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803635 2 0.0912 0.681 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM803694 2 0.0912 0.681 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM803753 2 0.0912 0.681 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM803636 2 0.0613 0.683 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM803695 2 0.0613 0.683 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM803754 2 0.0613 0.683 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM803637 2 0.0566 0.682 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM803696 2 0.0566 0.682 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM803755 2 0.0566 0.682 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM803638 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803697 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803756 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803639 2 0.0671 0.682 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM803698 2 0.0671 0.682 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM803757 2 0.0865 0.680 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM803640 1 0.1952 0.843 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> GSM803699 1 0.1952 0.843 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> GSM803758 1 0.4009 0.644 0.684 0.000 0.004 0.000 0.312
#> GSM803641 1 0.1892 0.844 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803700 1 0.1892 0.844 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM803759 1 0.0451 0.854 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM803642 1 0.4101 0.557 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM803701 1 0.4126 0.541 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM803760 1 0.4135 0.605 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> GSM803643 1 0.3932 0.626 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM803702 1 0.3983 0.608 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM803644 1 0.0740 0.855 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM803703 1 0.0740 0.855 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM803761 1 0.0740 0.855 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM803645 1 0.4015 0.598 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM803704 1 0.4015 0.598 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM803762 1 0.4015 0.598 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM803646 5 0.3551 0.703 0.220 0.008 0.000 0.000 0.772
#> GSM803705 5 0.3551 0.703 0.220 0.008 0.000 0.000 0.772
#> GSM803763 5 0.3511 0.751 0.184 0.012 0.004 0.000 0.800
#> GSM803647 1 0.2020 0.837 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803706 1 0.2020 0.837 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803764 1 0.2020 0.837 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM803648 5 0.3599 0.755 0.160 0.008 0.020 0.000 0.812
#> GSM803707 5 0.3599 0.755 0.160 0.008 0.020 0.000 0.812
#> GSM803765 5 0.3667 0.754 0.156 0.012 0.020 0.000 0.812
#> GSM803649 1 0.4415 0.392 0.552 0.004 0.000 0.000 0.444
#> GSM803708 1 0.4415 0.392 0.552 0.004 0.000 0.000 0.444
#> GSM803766 1 0.4415 0.392 0.552 0.004 0.000 0.000 0.444
#> GSM803650 1 0.1965 0.837 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803709 1 0.1965 0.837 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803767 1 0.0451 0.856 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM803651 1 0.2052 0.844 0.912 0.000 0.004 0.004 0.080
#> GSM803710 1 0.2052 0.844 0.912 0.000 0.004 0.004 0.080
#> GSM803768 1 0.1662 0.849 0.936 0.000 0.004 0.004 0.056
#> GSM803652 1 0.1965 0.837 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803711 1 0.1965 0.837 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803653 5 0.5960 -0.390 0.004 0.444 0.092 0.000 0.460
#> GSM803712 5 0.5960 -0.390 0.004 0.444 0.092 0.000 0.460
#> GSM803769 5 0.5818 -0.401 0.000 0.448 0.092 0.000 0.460
#> GSM803654 2 0.5960 0.394 0.004 0.460 0.092 0.000 0.444
#> GSM803713 2 0.5960 0.394 0.004 0.460 0.092 0.000 0.444
#> GSM803770 5 0.5956 -0.359 0.004 0.432 0.092 0.000 0.472
#> GSM803655 2 0.5785 0.474 0.000 0.504 0.092 0.000 0.404
#> GSM803714 2 0.5785 0.474 0.000 0.504 0.092 0.000 0.404
#> GSM803771 2 0.5697 0.480 0.000 0.512 0.084 0.000 0.404
#> GSM803656 2 0.5790 0.468 0.000 0.500 0.092 0.000 0.408
#> GSM803715 2 0.5790 0.468 0.000 0.500 0.092 0.000 0.408
#> GSM803772 2 0.5790 0.468 0.000 0.500 0.092 0.000 0.408
#> GSM803657 2 0.5663 0.473 0.000 0.508 0.080 0.000 0.412
#> GSM803716 2 0.5663 0.473 0.000 0.508 0.080 0.000 0.412
#> GSM803773 2 0.5673 0.462 0.000 0.500 0.080 0.000 0.420
#> GSM803658 2 0.5930 0.463 0.004 0.500 0.092 0.000 0.404
#> GSM803717 2 0.5930 0.463 0.004 0.500 0.092 0.000 0.404
#> GSM803774 2 0.5930 0.463 0.004 0.500 0.092 0.000 0.404
#> GSM803659 2 0.5939 0.451 0.004 0.492 0.092 0.000 0.412
#> GSM803718 2 0.5939 0.451 0.004 0.492 0.092 0.000 0.412
#> GSM803775 2 0.5939 0.451 0.004 0.492 0.092 0.000 0.412
#> GSM803660 5 0.3475 0.754 0.180 0.012 0.004 0.000 0.804
#> GSM803719 5 0.3475 0.754 0.180 0.012 0.004 0.000 0.804
#> GSM803776 5 0.3475 0.754 0.180 0.012 0.004 0.000 0.804
#> GSM803661 5 0.3252 0.757 0.156 0.008 0.008 0.000 0.828
#> GSM803720 5 0.3252 0.757 0.156 0.008 0.008 0.000 0.828
#> GSM803777 5 0.3252 0.757 0.156 0.008 0.008 0.000 0.828
#> GSM803662 5 0.4251 0.312 0.372 0.004 0.000 0.000 0.624
#> GSM803732 1 0.4306 0.249 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM803778 5 0.4171 0.217 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM803663 5 0.3391 0.749 0.188 0.012 0.000 0.000 0.800
#> GSM803721 5 0.3511 0.753 0.184 0.012 0.004 0.000 0.800
#> GSM803779 5 0.3511 0.753 0.184 0.012 0.004 0.000 0.800
#> GSM803664 2 0.5591 0.489 0.000 0.528 0.076 0.000 0.396
#> GSM803722 2 0.5591 0.489 0.000 0.528 0.076 0.000 0.396
#> GSM803780 2 0.5272 0.499 0.000 0.552 0.052 0.000 0.396
#> GSM803665 5 0.6525 0.331 0.072 0.072 0.276 0.000 0.580
#> GSM803723 5 0.6525 0.331 0.072 0.072 0.276 0.000 0.580
#> GSM803781 5 0.5504 0.458 0.052 0.088 0.144 0.000 0.716
#> GSM803666 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0798 0.978 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.2172 0.962 0.020 0.004 0.916 0.000 0.060
#> GSM803726 3 0.2172 0.962 0.020 0.004 0.916 0.000 0.060
#> GSM803784 3 0.2172 0.962 0.020 0.004 0.916 0.000 0.060
#> GSM803669 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.1996 0.970 0.016 0.008 0.932 0.004 0.040
#> GSM803728 3 0.1996 0.970 0.016 0.008 0.932 0.004 0.040
#> GSM803785 3 0.1996 0.970 0.016 0.008 0.932 0.004 0.040
#> GSM803671 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0865 0.983 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4540 0.572 0.000 0.656 0.024 0.000 0.320
#> GSM803731 2 0.4540 0.572 0.000 0.656 0.024 0.000 0.320
#> GSM803788 2 0.4540 0.572 0.000 0.656 0.024 0.000 0.320
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0291 0.97531 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0291 0.97531 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0291 0.97531 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0508 0.97494 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0508 0.97494 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0508 0.97494 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0291 0.97531 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0291 0.97531 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0508 0.97494 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.2113 0.95757 0.092 0.004 0.000 0.896 0.008 0.000
#> GSM803677 4 0.2113 0.95757 0.092 0.004 0.000 0.896 0.008 0.000
#> GSM803736 4 0.2113 0.95757 0.092 0.004 0.000 0.896 0.008 0.000
#> GSM803619 5 0.7678 0.14833 0.164 0.280 0.004 0.224 0.328 0.000
#> GSM803678 5 0.7678 0.14833 0.164 0.280 0.004 0.224 0.328 0.000
#> GSM803737 5 0.7678 0.14833 0.164 0.280 0.004 0.224 0.328 0.000
#> GSM803620 4 0.1555 0.96674 0.060 0.004 0.000 0.932 0.004 0.000
#> GSM803679 4 0.1555 0.96674 0.060 0.004 0.000 0.932 0.004 0.000
#> GSM803738 4 0.1555 0.96674 0.060 0.004 0.000 0.932 0.004 0.000
#> GSM803621 6 0.1405 0.80365 0.024 0.000 0.004 0.000 0.024 0.948
#> GSM803680 6 0.1405 0.80365 0.024 0.000 0.004 0.000 0.024 0.948
#> GSM803739 6 0.1562 0.80119 0.032 0.000 0.004 0.000 0.024 0.940
#> GSM803622 6 0.2149 0.81256 0.080 0.000 0.000 0.004 0.016 0.900
#> GSM803681 6 0.2149 0.81256 0.080 0.000 0.000 0.004 0.016 0.900
#> GSM803740 6 0.2203 0.81260 0.084 0.000 0.000 0.004 0.016 0.896
#> GSM803623 2 0.1334 0.88910 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803682 2 0.1334 0.88910 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803741 2 0.1334 0.88910 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803624 5 0.4236 0.52755 0.188 0.060 0.012 0.000 0.740 0.000
#> GSM803683 5 0.4666 -0.13507 0.420 0.000 0.000 0.000 0.536 0.044
#> GSM803742 5 0.4603 0.16187 0.324 0.000 0.008 0.000 0.628 0.040
#> GSM803625 6 0.4226 0.51195 0.264 0.000 0.000 0.004 0.040 0.692
#> GSM803684 6 0.4226 0.51195 0.264 0.000 0.000 0.004 0.040 0.692
#> GSM803743 6 0.4365 0.44704 0.292 0.000 0.000 0.004 0.040 0.664
#> GSM803626 3 0.1921 0.95966 0.032 0.000 0.916 0.000 0.052 0.000
#> GSM803685 6 0.2022 0.76268 0.008 0.000 0.052 0.000 0.024 0.916
#> GSM803744 3 0.1921 0.95966 0.032 0.000 0.916 0.000 0.052 0.000
#> GSM803627 6 0.1381 0.80840 0.020 0.000 0.004 0.004 0.020 0.952
#> GSM803686 6 0.1381 0.80840 0.020 0.000 0.004 0.004 0.020 0.952
#> GSM803745 6 0.1465 0.80747 0.024 0.000 0.004 0.004 0.020 0.948
#> GSM803628 6 0.0603 0.81631 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> GSM803687 6 0.0603 0.81631 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> GSM803746 6 0.0951 0.81419 0.008 0.000 0.004 0.000 0.020 0.968
#> GSM803629 6 0.0508 0.81698 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM803688 6 0.0508 0.81698 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM803747 6 0.0653 0.81668 0.004 0.000 0.004 0.000 0.012 0.980
#> GSM803630 6 0.0692 0.81530 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM803689 6 0.0692 0.81530 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM803748 6 0.0951 0.81419 0.008 0.000 0.004 0.000 0.020 0.968
#> GSM803631 6 0.0508 0.81698 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM803690 6 0.0508 0.81698 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM803749 6 0.0653 0.81668 0.004 0.000 0.004 0.000 0.012 0.980
#> GSM803632 6 0.0603 0.81631 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> GSM803691 6 0.0603 0.81631 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> GSM803750 6 0.0748 0.81574 0.004 0.000 0.004 0.000 0.016 0.976
#> GSM803633 2 0.0260 0.90831 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0260 0.90831 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0260 0.90831 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.1080 0.88985 0.004 0.960 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM803694 2 0.1080 0.88985 0.004 0.960 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM803753 2 0.1080 0.88985 0.004 0.960 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM803636 2 0.0405 0.90769 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803695 2 0.0405 0.90769 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803754 2 0.0405 0.90769 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803637 2 0.0820 0.90484 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803696 2 0.0820 0.90484 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803755 2 0.0820 0.90484 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.90881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0291 0.90779 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803698 2 0.0291 0.90779 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803757 2 0.0291 0.90779 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM803640 6 0.3314 0.73667 0.224 0.000 0.000 0.000 0.012 0.764
#> GSM803699 6 0.3314 0.73667 0.224 0.000 0.000 0.000 0.012 0.764
#> GSM803758 6 0.4179 -0.00389 0.472 0.000 0.000 0.000 0.012 0.516
#> GSM803641 6 0.3539 0.73677 0.220 0.000 0.000 0.000 0.024 0.756
#> GSM803700 6 0.3539 0.73677 0.220 0.000 0.000 0.000 0.024 0.756
#> GSM803759 6 0.3025 0.78213 0.156 0.000 0.000 0.000 0.024 0.820
#> GSM803642 1 0.4179 0.15044 0.516 0.000 0.000 0.000 0.012 0.472
#> GSM803701 1 0.4179 0.15044 0.516 0.000 0.000 0.000 0.012 0.472
#> GSM803760 6 0.4335 0.04750 0.472 0.000 0.000 0.000 0.020 0.508
#> GSM803643 1 0.4097 0.08664 0.504 0.000 0.000 0.000 0.008 0.488
#> GSM803702 1 0.4097 0.08664 0.504 0.000 0.000 0.000 0.008 0.488
#> GSM803644 6 0.2163 0.81013 0.092 0.000 0.000 0.000 0.016 0.892
#> GSM803703 6 0.2163 0.81013 0.092 0.000 0.000 0.000 0.016 0.892
#> GSM803761 6 0.2263 0.80962 0.100 0.000 0.000 0.000 0.016 0.884
#> GSM803645 1 0.4596 0.14788 0.508 0.000 0.000 0.004 0.028 0.460
#> GSM803704 1 0.4596 0.14788 0.508 0.000 0.000 0.004 0.028 0.460
#> GSM803762 1 0.4588 0.15861 0.520 0.000 0.000 0.004 0.028 0.448
#> GSM803646 1 0.5011 0.42346 0.552 0.000 0.000 0.000 0.368 0.080
#> GSM803705 1 0.5011 0.42346 0.552 0.000 0.000 0.000 0.368 0.080
#> GSM803763 1 0.4921 0.33874 0.516 0.000 0.000 0.000 0.420 0.064
#> GSM803647 6 0.3534 0.71158 0.244 0.000 0.000 0.000 0.016 0.740
#> GSM803706 6 0.3534 0.71158 0.244 0.000 0.000 0.000 0.016 0.740
#> GSM803764 6 0.3641 0.71127 0.248 0.000 0.000 0.000 0.020 0.732
#> GSM803648 5 0.4895 -0.19717 0.444 0.000 0.000 0.000 0.496 0.060
#> GSM803707 5 0.4895 -0.19717 0.444 0.000 0.000 0.000 0.496 0.060
#> GSM803765 5 0.4977 -0.18118 0.444 0.000 0.004 0.000 0.496 0.056
#> GSM803649 1 0.5250 0.48652 0.540 0.000 0.000 0.000 0.108 0.352
#> GSM803708 1 0.5250 0.48652 0.540 0.000 0.000 0.000 0.108 0.352
#> GSM803766 1 0.5240 0.48753 0.544 0.000 0.000 0.000 0.108 0.348
#> GSM803650 6 0.3596 0.72329 0.232 0.000 0.000 0.004 0.016 0.748
#> GSM803709 6 0.3596 0.72329 0.232 0.000 0.000 0.004 0.016 0.748
#> GSM803767 6 0.1909 0.81500 0.052 0.000 0.000 0.004 0.024 0.920
#> GSM803651 6 0.3678 0.73367 0.220 0.000 0.000 0.004 0.024 0.752
#> GSM803710 6 0.3678 0.73367 0.220 0.000 0.000 0.004 0.024 0.752
#> GSM803768 6 0.3473 0.75947 0.192 0.000 0.000 0.004 0.024 0.780
#> GSM803652 6 0.3622 0.71578 0.236 0.000 0.000 0.004 0.016 0.744
#> GSM803711 6 0.3622 0.71578 0.236 0.000 0.000 0.004 0.016 0.744
#> GSM803653 5 0.4618 0.69483 0.056 0.240 0.016 0.000 0.688 0.000
#> GSM803712 5 0.4618 0.69483 0.056 0.240 0.016 0.000 0.688 0.000
#> GSM803769 5 0.4618 0.69483 0.056 0.240 0.016 0.000 0.688 0.000
#> GSM803654 5 0.4696 0.68661 0.060 0.244 0.016 0.000 0.680 0.000
#> GSM803713 5 0.4696 0.68661 0.060 0.244 0.016 0.000 0.680 0.000
#> GSM803770 5 0.4802 0.68317 0.084 0.212 0.016 0.000 0.688 0.000
#> GSM803655 5 0.4135 0.67873 0.012 0.292 0.016 0.000 0.680 0.000
#> GSM803714 5 0.4135 0.67873 0.012 0.292 0.016 0.000 0.680 0.000
#> GSM803771 5 0.4135 0.67873 0.012 0.292 0.016 0.000 0.680 0.000
#> GSM803656 5 0.4222 0.67789 0.016 0.292 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM803715 5 0.4222 0.67789 0.016 0.292 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM803772 5 0.4222 0.67789 0.016 0.292 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM803657 5 0.4395 0.68848 0.028 0.280 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM803716 5 0.4395 0.68848 0.028 0.280 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM803773 5 0.4312 0.69428 0.028 0.264 0.016 0.000 0.692 0.000
#> GSM803658 5 0.4259 0.68030 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803717 5 0.4259 0.68030 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803774 5 0.4259 0.68030 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803659 5 0.4259 0.68132 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803718 5 0.4259 0.68132 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803775 5 0.4259 0.68132 0.016 0.300 0.016 0.000 0.668 0.000
#> GSM803660 1 0.4988 0.29370 0.484 0.000 0.000 0.000 0.448 0.068
#> GSM803719 1 0.4988 0.29370 0.484 0.000 0.000 0.000 0.448 0.068
#> GSM803776 1 0.4988 0.29370 0.484 0.000 0.000 0.000 0.448 0.068
#> GSM803661 5 0.4695 -0.17155 0.448 0.000 0.000 0.000 0.508 0.044
#> GSM803720 5 0.4695 -0.17155 0.448 0.000 0.000 0.000 0.508 0.044
#> GSM803777 5 0.4695 -0.17155 0.448 0.000 0.000 0.000 0.508 0.044
#> GSM803662 1 0.5618 0.57105 0.540 0.000 0.000 0.000 0.252 0.208
#> GSM803732 1 0.5528 0.51597 0.508 0.000 0.000 0.000 0.144 0.348
#> GSM803778 1 0.5754 0.56858 0.512 0.000 0.000 0.000 0.248 0.240
#> GSM803663 1 0.4897 0.28132 0.492 0.000 0.000 0.000 0.448 0.060
#> GSM803721 1 0.4899 0.27145 0.488 0.000 0.000 0.000 0.452 0.060
#> GSM803779 1 0.4899 0.27145 0.488 0.000 0.000 0.000 0.452 0.060
#> GSM803664 5 0.4605 0.67653 0.036 0.296 0.016 0.000 0.652 0.000
#> GSM803722 5 0.4605 0.67653 0.036 0.296 0.016 0.000 0.652 0.000
#> GSM803780 5 0.4536 0.67286 0.036 0.300 0.012 0.000 0.652 0.000
#> GSM803665 5 0.4970 0.49037 0.108 0.028 0.128 0.000 0.724 0.012
#> GSM803723 5 0.4970 0.49037 0.108 0.028 0.128 0.000 0.724 0.012
#> GSM803781 5 0.4529 0.48722 0.172 0.032 0.052 0.000 0.740 0.004
#> GSM803666 3 0.0622 0.97208 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM803724 3 0.0622 0.97208 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM803782 3 0.0717 0.97203 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000
#> GSM803667 3 0.0806 0.96855 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000
#> GSM803725 3 0.0806 0.96855 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000
#> GSM803783 3 0.0909 0.96935 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000
#> GSM803668 3 0.2106 0.95273 0.032 0.000 0.904 0.000 0.064 0.000
#> GSM803726 3 0.2106 0.95273 0.032 0.000 0.904 0.000 0.064 0.000
#> GSM803784 3 0.2106 0.95273 0.032 0.000 0.904 0.000 0.064 0.000
#> GSM803669 3 0.0363 0.97206 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM803727 3 0.0363 0.97206 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM803670 3 0.1794 0.96363 0.036 0.000 0.924 0.000 0.040 0.000
#> GSM803728 3 0.1794 0.96363 0.036 0.000 0.924 0.000 0.040 0.000
#> GSM803785 3 0.1794 0.96363 0.036 0.000 0.924 0.000 0.040 0.000
#> GSM803671 3 0.0622 0.97193 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000
#> GSM803729 3 0.0622 0.97193 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000
#> GSM803786 3 0.0622 0.97193 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000
#> GSM803672 3 0.0858 0.97026 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000
#> GSM803730 3 0.0858 0.97026 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000
#> GSM803787 3 0.0858 0.97026 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000
#> GSM803673 2 0.5457 -0.20770 0.104 0.448 0.004 0.000 0.444 0.000
#> GSM803731 2 0.5457 -0.20770 0.104 0.448 0.004 0.000 0.444 0.000
#> GSM803788 2 0.5457 -0.20770 0.104 0.448 0.004 0.000 0.444 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:kmeans 173 2.25e-13 5.36e-25 2.29e-10 2
#> ATC:kmeans 93 7.31e-08 2.99e-17 4.16e-12 3
#> ATC:kmeans 167 2.55e-34 3.98e-72 1.98e-49 4
#> ATC:kmeans 137 5.25e-37 9.61e-78 3.42e-41 5
#> ATC:kmeans 135 1.95e-44 4.73e-79 1.30e-38 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.992 0.4889 0.514 0.514
#> 3 3 1.000 0.991 0.997 0.2629 0.864 0.737
#> 4 4 0.790 0.744 0.832 0.1307 0.943 0.850
#> 5 5 0.833 0.696 0.849 0.1096 0.843 0.548
#> 6 6 0.802 0.757 0.851 0.0331 0.934 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803624 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.8861 0.577 0.696 0.304
#> GSM803685 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> GSM803655 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803656 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803715 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803772 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803718 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.2948 0.937 0.948 0.052
#> GSM803666 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.2948 0.937 0.948 0.052
#> GSM803667 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.8661 0.607 0.712 0.288
#> GSM803728 1 0.8661 0.607 0.712 0.288
#> GSM803785 1 0.9491 0.436 0.632 0.368
#> GSM803671 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803678 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803737 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803620 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803685 3 0.593 0.448 0.356 0.000 0.644
#> GSM803744 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803707 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803765 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803649 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803712 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803769 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803654 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803713 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803770 2 0.497 0.658 0.236 0.764 0.000
#> GSM803655 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803714 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803771 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803656 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803715 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803772 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803657 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803716 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803773 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803658 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803717 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803774 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803659 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803718 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803775 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803779 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803722 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803780 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803665 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803723 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803781 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803666 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803724 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803782 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803667 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803725 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803783 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803668 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803726 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803784 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803669 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803727 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803670 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803728 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803785 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803671 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803729 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803786 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803672 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803730 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803787 3 0.000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> GSM803673 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803731 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM803788 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803678 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803737 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803620 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.5737 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.4866 0.4664 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM803682 2 0.4866 0.4664 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM803741 2 0.4866 0.4664 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM803624 4 0.1557 0.6062 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM803683 1 0.4134 0.8149 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803742 1 0.4304 0.7989 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM803625 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.4916 0.2352 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803692 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803751 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803634 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803693 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803752 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803635 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803694 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803753 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803636 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803695 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803754 2 0.4898 0.4474 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803637 2 0.4925 0.4206 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803696 2 0.4925 0.4206 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803755 2 0.4925 0.4206 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM803638 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803697 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803756 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803639 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803698 2 0.4855 0.4718 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM803757 2 0.4790 0.4795 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM803640 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.3801 0.8354 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM803701 1 0.3837 0.8334 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM803760 1 0.1557 0.9031 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM803643 1 0.3123 0.8653 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM803702 1 0.3172 0.8636 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM803644 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.1557 0.9032 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM803704 1 0.1557 0.9032 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM803762 1 0.1557 0.9032 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM803646 1 0.4134 0.8142 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803705 1 0.4134 0.8142 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803763 1 0.4164 0.8119 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM803647 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803706 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803764 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803648 1 0.4500 0.7689 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM803707 1 0.4500 0.7689 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM803765 1 0.4605 0.7484 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM803649 1 0.4193 0.8092 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM803708 1 0.4193 0.8092 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM803766 1 0.4193 0.8092 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM803650 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9172 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803711 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM803653 2 0.4948 -0.0788 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM803712 2 0.4948 -0.0788 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM803769 2 0.4948 -0.0788 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM803654 4 0.1118 0.6342 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM803713 4 0.1118 0.6342 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM803770 4 0.1118 0.6342 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM803655 2 0.2704 0.5568 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM803714 2 0.2704 0.5568 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM803771 2 0.2704 0.5568 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM803656 2 0.4605 0.1946 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM803715 2 0.4605 0.1946 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM803772 2 0.4605 0.1946 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM803657 4 0.4134 0.7951 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM803716 4 0.4134 0.7951 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM803773 4 0.4134 0.7951 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM803658 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803717 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803774 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803659 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803718 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803775 4 0.4040 0.8161 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM803660 1 0.4277 0.8004 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM803719 1 0.4277 0.8004 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM803776 1 0.4277 0.8004 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM803661 1 0.4134 0.8149 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803720 1 0.4134 0.8149 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803777 1 0.4134 0.8149 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM803662 1 0.4040 0.8210 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM803732 1 0.1867 0.8978 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM803778 1 0.1716 0.9006 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM803663 1 0.4643 0.7396 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM803721 1 0.4643 0.7396 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM803779 1 0.4643 0.7396 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM803664 2 0.4999 0.2169 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM803722 2 0.4999 0.2169 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM803780 2 0.4999 0.2169 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM803665 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803723 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803781 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 4 0.3873 0.8095 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM803731 4 0.3873 0.8095 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM803788 4 0.3873 0.8095 0.000 0.228 0.000 0.772
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.6301 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 4 0.4307 0.2089 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM803682 4 0.4307 0.2089 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM803741 4 0.4307 0.2089 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM803624 5 0.4675 0.3919 0.000 0.380 0.000 0.020 0.600
#> GSM803683 5 0.2769 0.9080 0.092 0.032 0.000 0.000 0.876
#> GSM803742 5 0.2830 0.9040 0.080 0.044 0.000 0.000 0.876
#> GSM803625 1 0.0162 0.9364 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803684 1 0.0162 0.9364 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803743 1 0.0162 0.9364 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803626 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 1 0.4161 0.3534 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 4 0.4305 0.2280 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM803692 4 0.4305 0.2280 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM803751 4 0.4305 0.2280 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM803634 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803693 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803752 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803635 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803694 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803753 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803636 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803695 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803754 2 0.4294 -0.1192 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM803637 2 0.4201 0.0698 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM803696 2 0.4201 0.0698 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM803755 2 0.4201 0.0698 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM803638 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803697 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803756 4 0.4306 0.2204 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM803639 4 0.4305 0.2280 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM803698 4 0.4305 0.2280 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM803757 4 0.4294 0.2503 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM803640 1 0.0510 0.9312 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803699 1 0.0510 0.9312 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803758 1 0.3003 0.7489 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM803641 1 0.0404 0.9331 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803700 1 0.0404 0.9331 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803759 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 5 0.3074 0.8357 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM803701 5 0.3074 0.8357 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM803760 1 0.3816 0.5436 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM803643 5 0.3707 0.7059 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM803702 5 0.3636 0.7275 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803644 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.3999 0.4515 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM803704 1 0.3999 0.4515 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM803762 1 0.3999 0.4515 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM803646 5 0.1792 0.9269 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803705 5 0.1792 0.9269 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803763 5 0.1792 0.9269 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM803647 1 0.1121 0.9129 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803706 1 0.1121 0.9129 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803764 1 0.1121 0.9129 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803648 5 0.1270 0.9215 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803707 5 0.1270 0.9215 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803765 5 0.1270 0.9215 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803649 5 0.1965 0.9232 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM803708 5 0.1965 0.9232 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM803766 5 0.1965 0.9232 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM803650 1 0.0880 0.9217 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803709 1 0.0880 0.9217 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803767 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0510 0.9312 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803710 1 0.0510 0.9312 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803768 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.1043 0.9161 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803711 1 0.1043 0.9161 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803653 2 0.5256 0.2354 0.000 0.532 0.000 0.420 0.048
#> GSM803712 2 0.5256 0.2354 0.000 0.532 0.000 0.420 0.048
#> GSM803769 2 0.5267 0.2299 0.000 0.524 0.000 0.428 0.048
#> GSM803654 2 0.2011 0.5841 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM803713 2 0.2011 0.5841 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM803770 2 0.2011 0.5841 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM803655 4 0.3210 0.5152 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM803714 4 0.3210 0.5152 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM803771 4 0.3210 0.5152 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM803656 2 0.4980 0.1548 0.000 0.488 0.000 0.484 0.028
#> GSM803715 2 0.4979 0.1587 0.000 0.492 0.000 0.480 0.028
#> GSM803772 2 0.4980 0.1548 0.000 0.488 0.000 0.484 0.028
#> GSM803657 2 0.1493 0.5941 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM803716 2 0.1493 0.5941 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM803773 2 0.1493 0.5941 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM803658 2 0.1357 0.5947 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803717 2 0.1357 0.5947 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803774 2 0.1357 0.5947 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM803659 2 0.1197 0.5936 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM803718 2 0.1197 0.5936 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM803775 2 0.1197 0.5936 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM803660 5 0.1341 0.9234 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM803719 5 0.1341 0.9234 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM803776 5 0.1341 0.9234 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM803661 5 0.2172 0.9187 0.076 0.016 0.000 0.000 0.908
#> GSM803720 5 0.2172 0.9187 0.076 0.016 0.000 0.000 0.908
#> GSM803777 5 0.2172 0.9187 0.076 0.016 0.000 0.000 0.908
#> GSM803662 5 0.2179 0.9150 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM803732 1 0.3949 0.4635 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM803778 1 0.3508 0.6285 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM803663 5 0.1270 0.9217 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803721 5 0.1270 0.9217 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803779 5 0.1270 0.9217 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM803664 2 0.3966 0.2361 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM803722 2 0.3966 0.2361 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM803780 2 0.3983 0.2287 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM803665 3 0.1211 0.9695 0.000 0.024 0.960 0.000 0.016
#> GSM803723 3 0.1211 0.9695 0.000 0.024 0.960 0.000 0.016
#> GSM803781 3 0.1211 0.9695 0.000 0.024 0.960 0.000 0.016
#> GSM803666 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9959 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.2054 0.5808 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM803731 2 0.2054 0.5808 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM803788 2 0.2054 0.5808 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 4 0.0146 0.83007 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM803678 4 0.0146 0.83007 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM803737 4 0.0146 0.83007 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.83213 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803680 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803739 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803622 6 0.0146 0.91545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803681 6 0.0146 0.91545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803740 6 0.0146 0.91545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM803623 2 0.2941 0.84541 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.2912 0.84541 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.2941 0.84541 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM803624 5 0.5308 -0.26105 0.352 0.100 0.000 0.004 0.544 0.000
#> GSM803683 1 0.4435 0.61803 0.580 0.004 0.000 0.000 0.392 0.024
#> GSM803742 1 0.4199 0.55224 0.544 0.004 0.000 0.000 0.444 0.008
#> GSM803625 6 0.0909 0.91061 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968
#> GSM803684 6 0.0909 0.91061 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968
#> GSM803743 6 0.0909 0.91061 0.020 0.000 0.000 0.000 0.012 0.968
#> GSM803626 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.3795 0.42678 0.000 0.004 0.364 0.000 0.000 0.632
#> GSM803744 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803686 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803745 6 0.0405 0.91367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM803628 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803687 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803746 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803629 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803688 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803747 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803630 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803689 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803748 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803631 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803690 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803749 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803632 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803691 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803750 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803633 2 0.3126 0.83660 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.3126 0.83660 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.3126 0.83660 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.2823 0.84361 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.2823 0.84361 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.2823 0.84361 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.2854 0.84447 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.2854 0.84447 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.2854 0.84447 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.2762 0.83801 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.2762 0.83801 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.2762 0.83801 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.3076 0.84208 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.3126 0.83660 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.3126 0.83660 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.3266 0.80862 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM803640 6 0.1563 0.89417 0.056 0.000 0.000 0.000 0.012 0.932
#> GSM803699 6 0.1563 0.89417 0.056 0.000 0.000 0.000 0.012 0.932
#> GSM803758 6 0.3709 0.71522 0.204 0.000 0.000 0.000 0.040 0.756
#> GSM803641 6 0.1500 0.89608 0.052 0.000 0.000 0.000 0.012 0.936
#> GSM803700 6 0.1500 0.89608 0.052 0.000 0.000 0.000 0.012 0.936
#> GSM803759 6 0.0622 0.91227 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> GSM803642 1 0.3892 0.73732 0.752 0.000 0.000 0.000 0.060 0.188
#> GSM803701 1 0.3892 0.73732 0.752 0.000 0.000 0.000 0.060 0.188
#> GSM803760 6 0.4423 0.56303 0.272 0.000 0.000 0.000 0.060 0.668
#> GSM803643 1 0.4646 0.52237 0.616 0.000 0.000 0.000 0.060 0.324
#> GSM803702 1 0.4585 0.55721 0.632 0.000 0.000 0.000 0.060 0.308
#> GSM803644 6 0.0000 0.91563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803703 6 0.0000 0.91563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803761 6 0.0000 0.91563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803645 6 0.4634 0.51916 0.284 0.000 0.000 0.000 0.072 0.644
#> GSM803704 6 0.4634 0.51916 0.284 0.000 0.000 0.000 0.072 0.644
#> GSM803762 6 0.4634 0.51916 0.284 0.000 0.000 0.000 0.072 0.644
#> GSM803646 1 0.2801 0.81982 0.860 0.000 0.000 0.000 0.068 0.072
#> GSM803705 1 0.2801 0.81982 0.860 0.000 0.000 0.000 0.068 0.072
#> GSM803763 1 0.2801 0.81982 0.860 0.000 0.000 0.000 0.068 0.072
#> GSM803647 6 0.2266 0.85854 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> GSM803706 6 0.2266 0.85854 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> GSM803764 6 0.2266 0.85854 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> GSM803648 1 0.1644 0.82020 0.932 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028
#> GSM803707 1 0.1644 0.82020 0.932 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028
#> GSM803765 1 0.1644 0.82020 0.932 0.000 0.000 0.000 0.040 0.028
#> GSM803649 1 0.1082 0.83395 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM803708 1 0.1082 0.83395 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM803766 1 0.1082 0.83395 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM803650 6 0.2020 0.87097 0.096 0.000 0.000 0.000 0.008 0.896
#> GSM803709 6 0.2020 0.87097 0.096 0.000 0.000 0.000 0.008 0.896
#> GSM803767 6 0.0146 0.91567 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803651 6 0.1745 0.88713 0.068 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920
#> GSM803710 6 0.1745 0.88713 0.068 0.000 0.000 0.000 0.012 0.920
#> GSM803768 6 0.0520 0.91318 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM803652 6 0.2170 0.86525 0.100 0.000 0.000 0.000 0.012 0.888
#> GSM803711 6 0.2170 0.86525 0.100 0.000 0.000 0.000 0.012 0.888
#> GSM803653 5 0.6730 0.34539 0.036 0.304 0.000 0.280 0.380 0.000
#> GSM803712 5 0.6730 0.34539 0.036 0.304 0.000 0.280 0.380 0.000
#> GSM803769 5 0.6736 0.33667 0.036 0.304 0.000 0.284 0.376 0.000
#> GSM803654 5 0.4901 0.69876 0.060 0.456 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM803713 5 0.4901 0.69876 0.060 0.456 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM803770 5 0.4901 0.69876 0.060 0.456 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM803655 4 0.5656 0.04117 0.004 0.380 0.000 0.480 0.136 0.000
#> GSM803714 4 0.5656 0.04117 0.004 0.380 0.000 0.480 0.136 0.000
#> GSM803771 4 0.5656 0.04117 0.004 0.380 0.000 0.480 0.136 0.000
#> GSM803656 4 0.6201 -0.19662 0.004 0.272 0.000 0.380 0.344 0.000
#> GSM803715 4 0.6201 -0.19662 0.004 0.272 0.000 0.380 0.344 0.000
#> GSM803772 4 0.6201 -0.19662 0.004 0.272 0.000 0.380 0.344 0.000
#> GSM803657 2 0.2996 0.00135 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM803716 2 0.2996 0.00135 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM803773 2 0.3023 -0.01621 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM803658 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803717 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803774 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803659 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803718 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803775 5 0.3862 0.72462 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM803660 1 0.1151 0.83246 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM803719 1 0.1151 0.83246 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM803776 1 0.1151 0.83246 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM803661 1 0.4161 0.66337 0.632 0.004 0.000 0.000 0.348 0.016
#> GSM803720 1 0.4161 0.66337 0.632 0.004 0.000 0.000 0.348 0.016
#> GSM803777 1 0.4161 0.66337 0.632 0.004 0.000 0.000 0.348 0.016
#> GSM803662 1 0.2954 0.80405 0.844 0.000 0.000 0.000 0.048 0.108
#> GSM803732 6 0.4182 0.47720 0.312 0.004 0.000 0.000 0.024 0.660
#> GSM803778 6 0.3680 0.65226 0.232 0.004 0.000 0.000 0.020 0.744
#> GSM803663 1 0.1168 0.82957 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803721 1 0.1168 0.82957 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803779 1 0.1168 0.82957 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803664 2 0.3254 0.74333 0.000 0.820 0.000 0.124 0.056 0.000
#> GSM803722 2 0.3295 0.74860 0.000 0.816 0.000 0.128 0.056 0.000
#> GSM803780 2 0.3356 0.76286 0.000 0.808 0.000 0.140 0.052 0.000
#> GSM803665 3 0.4367 0.58563 0.032 0.000 0.604 0.000 0.364 0.000
#> GSM803723 3 0.4367 0.58563 0.032 0.000 0.604 0.000 0.364 0.000
#> GSM803781 3 0.4389 0.57594 0.032 0.000 0.596 0.000 0.372 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.95488 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.4055 -0.00515 0.020 0.728 0.000 0.020 0.232 0.000
#> GSM803731 2 0.4055 -0.00515 0.020 0.728 0.000 0.020 0.232 0.000
#> GSM803788 2 0.4055 -0.00515 0.020 0.728 0.000 0.020 0.232 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:skmeans 173 1.45e-12 5.14e-18 4.89e-10 2
#> ATC:skmeans 173 2.86e-24 1.50e-47 1.46e-30 3
#> ATC:skmeans 140 1.70e-28 4.84e-50 9.15e-38 4
#> ATC:skmeans 135 2.56e-35 2.16e-53 2.57e-39 5
#> ATC:skmeans 156 1.23e-50 7.77e-86 3.85e-48 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.975 0.961 0.983 0.4942 0.508 0.508
#> 3 3 0.833 0.934 0.937 0.2243 0.862 0.731
#> 4 4 1.000 0.985 0.994 0.1122 0.945 0.856
#> 5 5 0.821 0.887 0.943 0.1377 0.852 0.580
#> 6 6 0.812 0.856 0.906 0.0608 0.944 0.762
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803624 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.6887 0.784 0.816 0.184
#> GSM803625 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803626 2 0.7950 0.686 0.240 0.760
#> GSM803685 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803744 2 0.1184 0.974 0.016 0.984
#> GSM803627 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.5737 0.843 0.864 0.136
#> GSM803647 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.3879 0.911 0.924 0.076
#> GSM803649 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803712 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803769 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803655 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803714 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803771 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803656 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803715 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803772 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803659 2 0.1184 0.974 0.016 0.984
#> GSM803718 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM803777 1 0.5178 0.867 0.884 0.116
#> GSM803662 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.4431 0.894 0.908 0.092
#> GSM803779 1 0.7674 0.721 0.776 0.224
#> GSM803664 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803665 1 0.3584 0.918 0.932 0.068
#> GSM803723 1 0.3584 0.918 0.932 0.068
#> GSM803781 1 0.7139 0.763 0.804 0.196
#> GSM803666 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803782 2 0.8443 0.629 0.272 0.728
#> GSM803667 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.1843 0.955 0.972 0.028
#> GSM803669 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.9710 0.338 0.600 0.400
#> GSM803728 1 0.9944 0.165 0.544 0.456
#> GSM803785 2 0.8016 0.679 0.244 0.756
#> GSM803671 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.5519 0.851 0.872 0.128
#> GSM803672 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803674 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803733 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803616 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803675 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803734 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803617 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803676 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803735 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803618 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803677 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803736 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803619 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803678 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803737 2 0.0592 0.940 0.000 0.988 0.012
#> GSM803620 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803679 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803738 2 0.4654 0.822 0.000 0.792 0.208
#> GSM803621 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803624 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803683 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803742 1 0.4591 0.782 0.848 0.120 0.032
#> GSM803625 1 0.1031 0.973 0.976 0.000 0.024
#> GSM803684 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803743 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803626 3 0.5631 0.778 0.044 0.164 0.792
#> GSM803685 3 0.5016 0.892 0.240 0.000 0.760
#> GSM803744 3 0.5167 0.732 0.016 0.192 0.792
#> GSM803627 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0892 0.974 0.980 0.000 0.020
#> GSM803641 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.1031 0.973 0.976 0.000 0.024
#> GSM803701 1 0.1031 0.973 0.976 0.000 0.024
#> GSM803760 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803643 1 0.0237 0.978 0.996 0.000 0.004
#> GSM803702 1 0.1031 0.973 0.976 0.000 0.024
#> GSM803644 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.1031 0.973 0.976 0.000 0.024
#> GSM803704 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803762 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803646 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803705 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803763 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803647 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803707 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803765 1 0.2176 0.950 0.948 0.020 0.032
#> GSM803649 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803708 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803766 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803650 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803712 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803769 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803654 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803713 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803770 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803655 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803714 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803771 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803656 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803715 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803772 2 0.0592 0.940 0.000 0.988 0.012
#> GSM803657 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803716 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803773 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803658 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803717 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803774 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803659 2 0.2031 0.924 0.016 0.952 0.032
#> GSM803718 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803775 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803660 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803719 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803776 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803661 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803720 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803777 1 0.1525 0.967 0.964 0.004 0.032
#> GSM803662 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803732 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803778 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803663 1 0.1289 0.970 0.968 0.000 0.032
#> GSM803721 1 0.1525 0.967 0.964 0.004 0.032
#> GSM803779 1 0.2176 0.951 0.948 0.020 0.032
#> GSM803664 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803722 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803780 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803665 3 0.6908 0.771 0.308 0.036 0.656
#> GSM803723 3 0.5455 0.909 0.204 0.020 0.776
#> GSM803781 3 0.5956 0.852 0.264 0.016 0.720
#> GSM803666 3 0.4750 0.916 0.216 0.000 0.784
#> GSM803724 3 0.4702 0.918 0.212 0.000 0.788
#> GSM803782 3 0.5851 0.807 0.068 0.140 0.792
#> GSM803667 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803725 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803783 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803668 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803726 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803784 3 0.4963 0.916 0.200 0.008 0.792
#> GSM803669 3 0.4842 0.909 0.224 0.000 0.776
#> GSM803727 3 0.4702 0.918 0.212 0.000 0.788
#> GSM803670 3 0.5631 0.778 0.044 0.164 0.792
#> GSM803728 3 0.5631 0.778 0.044 0.164 0.792
#> GSM803785 3 0.5331 0.746 0.024 0.184 0.792
#> GSM803671 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803729 3 0.4654 0.919 0.208 0.000 0.792
#> GSM803786 3 0.4702 0.918 0.212 0.000 0.788
#> GSM803672 3 0.4750 0.916 0.216 0.000 0.784
#> GSM803730 3 0.4750 0.916 0.216 0.000 0.784
#> GSM803787 3 0.4750 0.916 0.216 0.000 0.784
#> GSM803673 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803731 2 0.1289 0.938 0.000 0.968 0.032
#> GSM803788 2 0.0592 0.940 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.3219 0.789 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM803677 4 0.2647 0.844 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM803736 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803678 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803737 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.0188 0.991 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.4827 0.727 0.784 0.124 0.092 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.0336 0.976 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803707 1 0.0336 0.989 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM803765 1 0.0592 0.980 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.1211 0.956 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM803712 2 0.1940 0.916 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM803769 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803654 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803714 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803771 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803656 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803715 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803772 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803657 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.1792 0.925 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM803718 2 0.1557 0.939 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0188 0.992 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803665 3 0.2868 0.775 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM803723 3 0.0592 0.965 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM803781 3 0.1867 0.882 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.2773 0.810 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM803677 4 0.2280 0.860 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 2 0.3336 0.703 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM803678 5 0.4268 0.230 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM803737 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803620 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803681 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803740 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803623 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.4182 0.382 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM803683 5 0.2471 0.779 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM803742 5 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803625 1 0.2516 0.841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM803684 1 0.2648 0.830 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM803743 1 0.2852 0.812 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803626 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.1121 0.942 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803699 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803758 1 0.2605 0.837 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM803641 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803700 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803759 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803642 1 0.2891 0.807 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM803701 1 0.2891 0.807 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM803760 1 0.3480 0.718 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM803643 1 0.2471 0.846 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM803702 1 0.2891 0.807 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM803644 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803703 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803761 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803645 1 0.2852 0.812 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM803704 1 0.3366 0.753 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM803762 1 0.3452 0.739 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM803646 1 0.4114 0.503 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM803705 5 0.2230 0.801 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM803763 5 0.4235 0.165 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM803647 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803706 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803764 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803648 5 0.0703 0.852 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803707 5 0.0162 0.850 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM803765 5 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803649 5 0.3109 0.746 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> GSM803708 5 0.2966 0.762 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803766 5 0.2966 0.761 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM803650 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803709 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803767 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803710 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803768 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803652 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803711 1 0.0290 0.937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803653 5 0.0404 0.849 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM803712 5 0.1774 0.847 0.000 0.052 0.016 0.000 0.932
#> GSM803769 5 0.1732 0.841 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM803654 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803713 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803770 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803655 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803714 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803771 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803656 2 0.3210 0.727 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM803715 2 0.3857 0.538 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM803772 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803657 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803716 2 0.0404 0.944 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM803773 2 0.2280 0.853 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM803658 5 0.2074 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM803717 5 0.2280 0.821 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM803774 2 0.2516 0.829 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM803659 5 0.0290 0.849 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM803718 5 0.0703 0.850 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM803775 2 0.2773 0.810 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM803660 5 0.1544 0.840 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM803719 5 0.1197 0.847 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM803776 5 0.0609 0.851 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803661 1 0.4015 0.562 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM803720 5 0.2329 0.795 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> GSM803777 1 0.4522 0.590 0.660 0.024 0.000 0.000 0.316
#> GSM803662 5 0.3534 0.636 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM803732 5 0.3636 0.663 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803778 5 0.3143 0.742 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM803663 5 0.0290 0.849 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803721 5 0.0290 0.849 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803779 5 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803664 5 0.3366 0.662 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM803722 2 0.2020 0.874 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM803780 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803665 5 0.3132 0.762 0.008 0.000 0.172 0.000 0.820
#> GSM803723 5 0.3171 0.758 0.008 0.000 0.176 0.000 0.816
#> GSM803781 5 0.1831 0.824 0.004 0.000 0.076 0.000 0.920
#> GSM803666 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803731 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM803788 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.2491 0.8080 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM803677 4 0.2048 0.8586 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803619 2 0.5324 0.5180 0.000 0.592 0.000 0.000 0.236 0.172
#> GSM803678 5 0.5455 0.4697 0.000 0.264 0.000 0.000 0.564 0.172
#> GSM803737 2 0.2814 0.8077 0.000 0.820 0.000 0.000 0.008 0.172
#> GSM803620 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9758 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 6 0.3684 0.6638 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM803680 6 0.3672 0.6733 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM803739 6 0.3620 0.7090 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM803622 1 0.3244 0.5753 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM803681 1 0.3221 0.5827 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM803740 1 0.3198 0.5924 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM803623 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.4109 0.3899 0.008 0.596 0.000 0.000 0.392 0.004
#> GSM803683 5 0.2442 0.7783 0.144 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004
#> GSM803742 5 0.0405 0.8596 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM803625 1 0.3023 0.7653 0.836 0.000 0.000 0.000 0.120 0.044
#> GSM803684 1 0.3315 0.7385 0.804 0.000 0.000 0.000 0.156 0.040
#> GSM803743 1 0.3642 0.6987 0.760 0.000 0.000 0.000 0.204 0.036
#> GSM803626 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 6 0.4362 0.2785 0.028 0.000 0.388 0.000 0.000 0.584
#> GSM803744 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803686 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803745 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803628 6 0.2631 0.9240 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM803687 6 0.2631 0.9240 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM803746 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803629 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803688 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803747 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803630 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803689 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803748 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803631 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803690 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803749 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803632 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803691 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803750 6 0.2597 0.9276 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM803633 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9420 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0547 0.8506 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803699 1 0.1007 0.8406 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803758 1 0.0972 0.8492 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM803641 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803700 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803759 1 0.1663 0.8081 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM803642 1 0.0713 0.8483 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803701 1 0.0713 0.8483 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803760 1 0.0790 0.8484 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803643 1 0.0458 0.8514 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM803702 1 0.0713 0.8483 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803644 1 0.2823 0.6830 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM803703 1 0.2219 0.7678 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM803761 1 0.2416 0.7463 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM803645 1 0.0858 0.8465 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM803704 1 0.1753 0.8066 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM803762 1 0.1908 0.7952 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> GSM803646 1 0.3584 0.5747 0.688 0.000 0.000 0.000 0.308 0.004
#> GSM803705 5 0.2703 0.7632 0.172 0.000 0.000 0.000 0.824 0.004
#> GSM803763 5 0.3995 0.0102 0.480 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004
#> GSM803647 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803706 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803764 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803648 5 0.0632 0.8630 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM803707 5 0.0146 0.8622 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM803765 5 0.0000 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803649 5 0.2178 0.8021 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM803708 5 0.2003 0.8184 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803766 5 0.2092 0.8093 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM803650 1 0.0865 0.8445 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM803709 1 0.1075 0.8376 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803767 6 0.3684 0.6808 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM803651 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803710 1 0.0260 0.8528 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM803768 1 0.1141 0.8351 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM803652 1 0.2454 0.7251 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM803711 1 0.2491 0.7205 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM803653 5 0.0146 0.8617 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM803712 5 0.1461 0.8591 0.000 0.044 0.016 0.000 0.940 0.000
#> GSM803769 5 0.1444 0.8531 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM803654 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803713 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803770 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803655 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803714 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803771 5 0.1765 0.8440 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803656 2 0.2912 0.7150 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM803715 2 0.3482 0.5257 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM803772 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803657 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803716 2 0.0363 0.9371 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803773 2 0.2048 0.8502 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM803658 5 0.1765 0.8447 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM803717 5 0.1957 0.8338 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803774 2 0.2260 0.8260 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM803659 5 0.0291 0.8602 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM803718 5 0.0603 0.8628 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM803775 2 0.2595 0.8116 0.004 0.836 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM803660 5 0.1471 0.8512 0.064 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM803719 5 0.1152 0.8587 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> GSM803776 5 0.0603 0.8622 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM803661 1 0.3699 0.5155 0.660 0.000 0.000 0.000 0.336 0.004
#> GSM803720 5 0.2668 0.7637 0.168 0.000 0.000 0.000 0.828 0.004
#> GSM803777 1 0.4302 0.5695 0.668 0.036 0.000 0.000 0.292 0.004
#> GSM803662 5 0.3426 0.5958 0.276 0.000 0.000 0.000 0.720 0.004
#> GSM803732 5 0.5590 0.3858 0.220 0.000 0.000 0.000 0.548 0.232
#> GSM803778 5 0.4462 0.6722 0.136 0.000 0.000 0.000 0.712 0.152
#> GSM803663 5 0.0291 0.8602 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM803721 5 0.0291 0.8602 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM803779 5 0.0291 0.8602 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM803664 5 0.3081 0.6790 0.004 0.220 0.000 0.000 0.776 0.000
#> GSM803722 2 0.1814 0.8710 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM803780 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803665 5 0.2562 0.7745 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM803723 5 0.2597 0.7704 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM803781 5 0.1728 0.8411 0.008 0.000 0.064 0.000 0.924 0.004
#> GSM803666 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803731 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM803788 2 0.0260 0.9391 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:pam 172 4.91e-12 4.94e-16 7.59e-09 2
#> ATC:pam 174 1.47e-24 7.20e-48 7.89e-31 3
#> ATC:pam 174 6.20e-36 1.03e-68 9.31e-51 4
#> ATC:pam 171 3.10e-42 1.30e-80 1.42e-54 5
#> ATC:pam 169 2.55e-50 1.43e-99 9.88e-70 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.991 0.3610 0.638 0.638
#> 3 3 0.678 0.856 0.844 0.3564 0.952 0.925
#> 4 4 1.000 0.984 0.993 0.3865 0.704 0.513
#> 5 5 0.784 0.748 0.800 0.1152 1.000 1.000
#> 6 6 0.820 0.845 0.902 0.0668 0.850 0.546
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.634 0.814 0.160 0.840
#> GSM803678 2 0.634 0.814 0.160 0.840
#> GSM803737 2 0.634 0.814 0.160 0.840
#> GSM803620 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803623 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803682 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803741 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803624 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803683 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803626 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803685 2 0.978 0.316 0.412 0.588
#> GSM803744 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803627 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803633 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803692 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803751 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803634 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803693 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803752 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803635 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803694 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803753 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803636 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803695 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803754 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803637 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803696 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803755 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803638 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803697 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803756 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803639 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803698 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803757 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803640 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803653 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803712 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803769 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803654 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803713 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803770 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803655 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803714 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803771 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803656 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803715 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803772 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803657 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803716 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803773 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803658 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803717 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803774 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803659 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803718 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803775 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803660 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803664 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803722 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803780 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803665 1 0.929 0.457 0.656 0.344
#> GSM803723 1 0.844 0.613 0.728 0.272
#> GSM803781 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803666 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803724 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803782 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803667 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803725 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803783 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803668 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803726 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803784 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803669 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803727 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803670 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803728 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803785 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803671 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803729 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803786 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803672 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803730 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803787 2 0.000 0.977 0.000 1.000
#> GSM803673 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803731 1 0.000 0.995 1.000 0.000
#> GSM803788 1 0.000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803619 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803678 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803620 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0424 0.837 0.992 0.000 0.008
#> GSM803680 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803739 1 0.0747 0.840 0.984 0.000 0.016
#> GSM803622 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803681 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803740 1 0.0424 0.837 0.992 0.000 0.008
#> GSM803623 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803682 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803741 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803624 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803683 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803742 1 0.3551 0.845 0.868 0.000 0.132
#> GSM803625 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803685 3 0.6337 0.789 0.028 0.264 0.708
#> GSM803744 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803627 1 0.0747 0.833 0.984 0.000 0.016
#> GSM803686 1 0.0747 0.833 0.984 0.000 0.016
#> GSM803745 1 0.0747 0.833 0.984 0.000 0.016
#> GSM803628 1 0.0237 0.838 0.996 0.000 0.004
#> GSM803687 1 0.0237 0.838 0.996 0.000 0.004
#> GSM803746 1 0.4346 0.697 0.816 0.000 0.184
#> GSM803629 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803688 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803747 1 0.2356 0.787 0.928 0.000 0.072
#> GSM803630 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803689 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803748 1 0.2537 0.847 0.920 0.000 0.080
#> GSM803631 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803690 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803749 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803632 1 0.0424 0.837 0.992 0.000 0.008
#> GSM803691 1 0.0424 0.837 0.992 0.000 0.008
#> GSM803750 1 0.0424 0.837 0.992 0.000 0.008
#> GSM803633 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803692 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803751 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803634 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803693 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803752 1 0.6282 0.811 0.664 0.012 0.324
#> GSM803635 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803694 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803753 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803636 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803695 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803754 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803637 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803696 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803755 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803638 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803697 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803756 1 0.6422 0.808 0.660 0.016 0.324
#> GSM803639 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803698 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803757 1 0.6553 0.806 0.656 0.020 0.324
#> GSM803640 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.4796 0.579 0.780 0.000 0.220
#> GSM803641 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803700 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803759 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803642 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803643 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803703 1 0.0592 0.835 0.988 0.000 0.012
#> GSM803761 1 0.0747 0.833 0.984 0.000 0.016
#> GSM803645 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803646 1 0.2066 0.848 0.940 0.000 0.060
#> GSM803705 1 0.2066 0.848 0.940 0.000 0.060
#> GSM803763 1 0.2448 0.849 0.924 0.000 0.076
#> GSM803647 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803706 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803764 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803648 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803707 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803765 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803649 1 0.0747 0.843 0.984 0.000 0.016
#> GSM803708 1 0.0747 0.843 0.984 0.000 0.016
#> GSM803766 1 0.0747 0.843 0.984 0.000 0.016
#> GSM803650 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803651 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803710 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803768 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803652 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803653 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803712 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803769 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803654 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803713 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803770 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803655 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803714 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803771 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803656 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803715 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803772 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803657 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803716 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803773 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803658 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803717 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803774 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803659 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803718 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803775 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803660 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> GSM803719 1 0.2356 0.849 0.928 0.000 0.072
#> GSM803776 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.4974 0.832 0.764 0.000 0.236
#> GSM803732 1 0.1031 0.844 0.976 0.000 0.024
#> GSM803778 1 0.2796 0.849 0.908 0.000 0.092
#> GSM803663 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000
#> GSM803664 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803722 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803780 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803665 3 0.6705 0.537 0.084 0.176 0.740
#> GSM803723 3 0.7097 0.484 0.108 0.172 0.720
#> GSM803781 1 0.7002 0.804 0.672 0.048 0.280
#> GSM803666 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803724 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803782 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803667 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803725 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803783 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803668 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803726 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803784 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803669 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803727 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803670 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803728 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803785 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803671 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803729 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803786 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803672 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803730 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803787 3 0.5733 0.946 0.000 0.324 0.676
#> GSM803673 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803731 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
#> GSM803788 1 0.5733 0.818 0.676 0.000 0.324
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.0188 0.981 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803683 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803742 2 0.5478 0.430 0.344 0.628 0.000 0.028
#> GSM803625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 2 0.3726 0.737 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.1022 0.959 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803763 1 0.1792 0.914 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0188 0.991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0188 0.991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0188 0.991 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803712 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803769 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803654 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803714 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803771 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803656 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803715 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803772 2 0.0921 0.966 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM803657 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.3486 0.741 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0336 0.986 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0592 0.978 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803665 2 0.0921 0.964 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM803723 2 0.0921 0.964 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM803781 2 0.0921 0.964 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803674 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803733 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803616 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803675 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803734 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803617 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803676 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803735 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803618 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803677 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803736 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803619 4 0.1478 0.944 0.000 0.064 0.000 0.936 NA
#> GSM803678 4 0.1478 0.944 0.000 0.064 0.000 0.936 NA
#> GSM803737 4 0.1478 0.944 0.000 0.064 0.000 0.936 NA
#> GSM803620 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803679 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803738 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM803621 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803680 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803739 1 0.4210 0.653 0.588 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803622 1 0.4182 0.658 0.600 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803681 1 0.4182 0.658 0.600 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803740 1 0.4171 0.659 0.604 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803623 2 0.4304 0.721 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803682 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803741 2 0.4304 0.721 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803624 2 0.0566 0.740 0.004 0.984 0.000 0.000 NA
#> GSM803683 1 0.5342 0.461 0.612 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803742 2 0.5819 -0.217 0.452 0.456 0.000 0.000 NA
#> GSM803625 1 0.1851 0.728 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803684 1 0.1851 0.728 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803743 1 0.1851 0.728 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803685 2 0.4798 0.315 0.020 0.540 0.440 0.000 NA
#> GSM803744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803627 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803686 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803745 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803628 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803687 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803746 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803629 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803688 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803747 1 0.4171 0.659 0.604 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803630 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803689 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803748 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803631 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803690 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803749 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803632 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803691 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803750 1 0.4227 0.651 0.580 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803633 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803692 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803751 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803634 2 0.4249 0.733 0.000 0.568 0.000 0.000 NA
#> GSM803693 2 0.4249 0.733 0.000 0.568 0.000 0.000 NA
#> GSM803752 2 0.4287 0.729 0.000 0.540 0.000 0.000 NA
#> GSM803635 2 0.4283 0.730 0.000 0.544 0.000 0.000 NA
#> GSM803694 2 0.4291 0.729 0.000 0.536 0.000 0.000 NA
#> GSM803753 2 0.4297 0.726 0.000 0.528 0.000 0.000 NA
#> GSM803636 2 0.4304 0.723 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803695 2 0.4304 0.723 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803754 2 0.4304 0.723 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803637 2 0.4304 0.723 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803696 2 0.4305 0.721 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803755 2 0.4305 0.721 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803638 2 0.4294 0.728 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> GSM803697 2 0.4297 0.726 0.000 0.528 0.000 0.000 NA
#> GSM803756 2 0.4297 0.726 0.000 0.528 0.000 0.000 NA
#> GSM803639 2 0.4304 0.722 0.000 0.516 0.000 0.000 NA
#> GSM803698 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803757 2 0.4305 0.720 0.000 0.512 0.000 0.000 NA
#> GSM803640 1 0.0162 0.732 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803699 1 0.0794 0.733 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803758 1 0.1121 0.732 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803641 1 0.0162 0.732 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803700 1 0.0162 0.732 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803759 1 0.0609 0.733 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803642 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803701 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803760 1 0.0162 0.731 0.996 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM803643 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803702 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803644 1 0.4015 0.671 0.652 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803703 1 0.4126 0.662 0.620 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803761 1 0.4126 0.662 0.620 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803645 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803704 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803762 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803646 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803705 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803763 1 0.5708 0.338 0.528 0.384 0.000 0.000 NA
#> GSM803647 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803706 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803764 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803648 2 0.0162 0.745 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803707 2 0.0324 0.745 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803765 2 0.0162 0.745 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803649 1 0.2628 0.683 0.884 0.028 0.000 0.000 NA
#> GSM803708 1 0.2628 0.683 0.884 0.028 0.000 0.000 NA
#> GSM803766 1 0.2793 0.679 0.876 0.036 0.000 0.000 NA
#> GSM803650 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803709 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803767 1 0.2605 0.717 0.852 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803651 1 0.0510 0.733 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803710 1 0.0290 0.732 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803768 1 0.0794 0.732 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803652 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803711 1 0.0000 0.732 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803653 2 0.0290 0.745 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803712 2 0.0290 0.745 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803769 2 0.0162 0.745 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803654 2 0.1197 0.754 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> GSM803713 2 0.1544 0.755 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> GSM803770 2 0.0290 0.748 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803655 2 0.1478 0.758 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM803714 2 0.1478 0.758 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM803771 2 0.1478 0.758 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM803656 2 0.0290 0.746 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803715 2 0.1270 0.757 0.000 0.948 0.000 0.000 NA
#> GSM803772 2 0.0794 0.752 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> GSM803657 2 0.1544 0.758 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> GSM803716 2 0.1544 0.758 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> GSM803773 2 0.0404 0.747 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> GSM803658 2 0.0162 0.747 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803717 2 0.0162 0.747 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803774 2 0.0290 0.748 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803659 2 0.0000 0.745 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803718 2 0.0000 0.745 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM803775 2 0.0162 0.747 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM803660 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803719 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803776 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803661 1 0.5252 0.485 0.632 0.292 0.000 0.000 NA
#> GSM803720 1 0.5393 0.457 0.608 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803777 1 0.5393 0.457 0.608 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803662 1 0.4403 0.278 0.560 0.436 0.000 0.000 NA
#> GSM803732 1 0.3169 0.678 0.856 0.060 0.000 0.000 NA
#> GSM803778 1 0.4428 0.609 0.756 0.160 0.000 0.000 NA
#> GSM803663 1 0.5238 0.507 0.652 0.260 0.000 0.000 NA
#> GSM803721 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803779 1 0.5491 0.451 0.600 0.312 0.000 0.000 NA
#> GSM803664 2 0.0290 0.748 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM803722 2 0.1121 0.757 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> GSM803780 2 0.1478 0.759 0.000 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM803665 2 0.3346 0.736 0.000 0.844 0.092 0.000 NA
#> GSM803723 2 0.3346 0.736 0.000 0.844 0.092 0.000 NA
#> GSM803781 2 0.1544 0.757 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> GSM803666 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803667 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803668 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803669 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803670 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803671 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803672 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM803673 2 0.4273 0.731 0.000 0.552 0.000 0.000 NA
#> GSM803731 2 0.4273 0.731 0.000 0.552 0.000 0.000 NA
#> GSM803788 2 0.4291 0.729 0.000 0.536 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803677 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803736 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803619 4 0.2257 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM803678 4 0.2257 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM803737 4 0.2257 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM803620 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803679 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803738 4 0.1814 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM803621 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803680 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803739 6 0.0806 0.8598 0.020 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM803622 6 0.0547 0.8601 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803681 6 0.0547 0.8601 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803740 6 0.0547 0.8601 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM803623 2 0.0547 0.9279 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803682 2 0.0547 0.9280 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803741 2 0.0632 0.9284 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM803624 5 0.3265 0.6655 0.248 0.004 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM803683 1 0.0935 0.8625 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM803742 1 0.2398 0.7972 0.876 0.000 0.000 0.000 0.104 0.020
#> GSM803625 6 0.2520 0.8385 0.152 0.000 0.000 0.000 0.004 0.844
#> GSM803684 6 0.2558 0.8381 0.156 0.000 0.000 0.000 0.004 0.840
#> GSM803743 6 0.2706 0.8356 0.160 0.000 0.000 0.000 0.008 0.832
#> GSM803626 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.7406 0.1987 0.176 0.004 0.428 0.000 0.220 0.172
#> GSM803744 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803686 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803745 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803628 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803687 6 0.0405 0.8572 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803746 6 0.0405 0.8565 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803629 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803688 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803747 6 0.0632 0.8602 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM803630 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803689 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803748 6 0.0405 0.8546 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM803631 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803690 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803749 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803632 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803691 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803750 6 0.0260 0.8564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM803633 2 0.0363 0.9241 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803692 2 0.0363 0.9241 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803751 2 0.0363 0.9241 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM803634 2 0.0790 0.9257 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803693 2 0.0790 0.9257 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803752 2 0.0713 0.9266 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM803635 2 0.2048 0.8955 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM803694 2 0.1910 0.9057 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM803753 2 0.1814 0.9109 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM803636 2 0.1714 0.9142 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM803695 2 0.1714 0.9142 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM803754 2 0.1714 0.9142 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM803637 2 0.1957 0.9018 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM803696 2 0.1765 0.9124 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM803755 2 0.1765 0.9124 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM803638 2 0.0632 0.9269 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM803697 2 0.0632 0.9269 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM803756 2 0.0632 0.9269 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM803639 2 0.0547 0.9279 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803698 2 0.0547 0.9279 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803757 2 0.0547 0.9256 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM803640 6 0.2595 0.8371 0.160 0.000 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM803699 6 0.2595 0.8371 0.160 0.000 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM803758 6 0.3534 0.7298 0.276 0.000 0.000 0.000 0.008 0.716
#> GSM803641 6 0.3636 0.7049 0.320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803700 6 0.3636 0.7049 0.320 0.004 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM803759 6 0.3601 0.7117 0.312 0.004 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803642 6 0.3583 0.7628 0.260 0.004 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM803701 6 0.3583 0.7628 0.260 0.004 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM803760 1 0.3955 0.3087 0.648 0.004 0.000 0.000 0.008 0.340
#> GSM803643 6 0.3650 0.7531 0.272 0.004 0.000 0.000 0.008 0.716
#> GSM803702 6 0.3628 0.7543 0.268 0.004 0.000 0.000 0.008 0.720
#> GSM803644 6 0.0935 0.8596 0.032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.964
#> GSM803703 6 0.0858 0.8598 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968
#> GSM803761 6 0.0858 0.8598 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968
#> GSM803645 6 0.3606 0.7582 0.264 0.004 0.000 0.000 0.008 0.724
#> GSM803704 6 0.3861 0.6954 0.316 0.004 0.000 0.000 0.008 0.672
#> GSM803762 1 0.4208 -0.1301 0.536 0.004 0.000 0.000 0.008 0.452
#> GSM803646 1 0.0972 0.8641 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM803705 1 0.0891 0.8644 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM803763 1 0.1168 0.8627 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM803647 6 0.3104 0.8164 0.204 0.004 0.000 0.000 0.004 0.788
#> GSM803706 6 0.3163 0.8115 0.212 0.004 0.000 0.000 0.004 0.780
#> GSM803764 6 0.3192 0.8084 0.216 0.004 0.000 0.000 0.004 0.776
#> GSM803648 1 0.4610 0.1583 0.568 0.044 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM803707 1 0.4353 0.2223 0.588 0.028 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM803765 1 0.4465 -0.0245 0.512 0.028 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM803649 1 0.1265 0.8486 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM803708 1 0.0891 0.8603 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM803766 1 0.0622 0.8598 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM803650 6 0.2632 0.8359 0.164 0.000 0.000 0.000 0.004 0.832
#> GSM803709 6 0.2632 0.8359 0.164 0.000 0.000 0.000 0.004 0.832
#> GSM803767 6 0.3151 0.7772 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM803651 6 0.3482 0.7118 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803710 6 0.3499 0.7084 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM803768 6 0.3446 0.7172 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM803652 6 0.2700 0.8370 0.156 0.004 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM803711 6 0.2979 0.8219 0.188 0.004 0.000 0.000 0.004 0.804
#> GSM803653 5 0.2558 0.7770 0.156 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM803712 5 0.2402 0.7924 0.140 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM803769 5 0.3265 0.6621 0.248 0.004 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM803654 5 0.3578 0.8239 0.052 0.164 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM803713 5 0.3712 0.8044 0.052 0.180 0.000 0.000 0.768 0.000
#> GSM803770 5 0.3548 0.8413 0.068 0.136 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM803655 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803714 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803771 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803656 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803715 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803772 5 0.0865 0.8760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM803657 5 0.1957 0.8885 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803716 5 0.1957 0.8885 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803773 5 0.2312 0.8873 0.012 0.112 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM803658 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803717 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803774 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803659 5 0.1957 0.8885 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803718 5 0.1957 0.8885 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803775 5 0.1957 0.8885 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM803660 1 0.0603 0.8620 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803719 1 0.0717 0.8615 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM803776 1 0.0777 0.8639 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803661 1 0.1010 0.8624 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM803720 1 0.1010 0.8624 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM803777 1 0.1010 0.8624 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM803662 1 0.2009 0.8003 0.904 0.004 0.000 0.000 0.084 0.008
#> GSM803732 1 0.3566 0.6148 0.744 0.000 0.000 0.000 0.020 0.236
#> GSM803778 1 0.1176 0.8591 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020 0.024
#> GSM803663 1 0.0806 0.8630 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM803721 1 0.0806 0.8630 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM803779 1 0.0891 0.8641 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM803664 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803722 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803780 5 0.2003 0.8877 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM803665 5 0.2558 0.7363 0.156 0.000 0.004 0.000 0.840 0.000
#> GSM803723 5 0.2558 0.7363 0.156 0.000 0.004 0.000 0.840 0.000
#> GSM803781 5 0.3023 0.6574 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 2 0.3563 0.5510 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM803731 2 0.3244 0.6962 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM803788 2 0.2912 0.7817 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:mclust 172 3.16e-13 6.96e-31 2.44e-24 2
#> ATC:mclust 173 4.18e-24 3.58e-62 6.22e-46 3
#> ATC:mclust 173 1.35e-34 5.49e-69 6.97e-50 4
#> ATC:mclust 159 4.43e-32 1.10e-66 3.22e-49 5
#> ATC:mclust 168 9.78e-55 5.09e-95 5.05e-54 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 174 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.874 0.912 0.963 0.4606 0.529 0.529
#> 3 3 0.553 0.660 0.840 0.3395 0.721 0.520
#> 4 4 0.925 0.894 0.961 0.1282 0.908 0.753
#> 5 5 0.773 0.724 0.870 0.0879 0.864 0.600
#> 6 6 0.740 0.695 0.822 0.0555 0.899 0.624
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM803615 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803674 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803733 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803616 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803675 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803734 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803617 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803676 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803735 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803618 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803677 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803736 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803619 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803678 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803737 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803620 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803679 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803738 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803624 1 0.9393 0.3781 0.644 0.356
#> GSM803683 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803626 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803685 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803744 1 0.9460 0.3571 0.636 0.364
#> GSM803627 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803757 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803640 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803646 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803705 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803763 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803648 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803707 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803765 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803766 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803653 2 0.9732 0.4092 0.404 0.596
#> GSM803712 2 0.9286 0.5443 0.344 0.656
#> GSM803769 2 0.7219 0.7704 0.200 0.800
#> GSM803654 1 0.9909 0.0924 0.556 0.444
#> GSM803713 2 0.9896 0.3106 0.440 0.560
#> GSM803770 1 0.1184 0.9622 0.984 0.016
#> GSM803655 2 0.4690 0.8627 0.100 0.900
#> GSM803714 2 0.0672 0.9258 0.008 0.992
#> GSM803771 2 0.0376 0.9278 0.004 0.996
#> GSM803656 2 0.2236 0.9095 0.036 0.964
#> GSM803715 2 0.0938 0.9237 0.012 0.988
#> GSM803772 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
#> GSM803657 2 0.7299 0.7658 0.204 0.796
#> GSM803716 2 0.7139 0.7747 0.196 0.804
#> GSM803773 2 0.8327 0.6856 0.264 0.736
#> GSM803658 2 0.9998 0.1395 0.492 0.508
#> GSM803717 2 0.9661 0.4389 0.392 0.608
#> GSM803774 2 0.8081 0.7090 0.248 0.752
#> GSM803659 1 0.9580 0.3097 0.620 0.380
#> GSM803718 1 0.9996 -0.0852 0.512 0.488
#> GSM803775 2 0.8443 0.6732 0.272 0.728
#> GSM803660 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803719 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803776 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803663 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803721 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803779 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803664 2 0.7674 0.7411 0.224 0.776
#> GSM803722 2 0.7219 0.7704 0.200 0.800
#> GSM803780 2 0.7056 0.7789 0.192 0.808
#> GSM803665 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803723 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803781 1 0.0376 0.9748 0.996 0.004
#> GSM803666 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803724 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803782 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803667 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803725 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803783 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803668 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803726 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803784 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803669 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803727 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803670 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803728 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803785 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803671 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803729 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803786 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803672 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803730 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803787 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.2778 0.9015 0.048 0.952
#> GSM803731 2 0.1633 0.9169 0.024 0.976
#> GSM803788 2 0.0000 0.9297 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM803615 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803674 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803733 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803616 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803675 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803734 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803617 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803676 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803735 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803618 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803677 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803736 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803619 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803678 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803737 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803620 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803679 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803738 3 0.6309 0.2114 0.000 0.496 0.504
#> GSM803621 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803682 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803741 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803624 2 0.5859 0.4117 0.344 0.656 0.000
#> GSM803683 1 0.1163 0.8581 0.972 0.028 0.000
#> GSM803742 1 0.5178 0.6621 0.744 0.256 0.000
#> GSM803625 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803684 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803743 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803626 3 0.4178 0.5897 0.172 0.000 0.828
#> GSM803685 1 0.6307 -0.1114 0.512 0.000 0.488
#> GSM803744 3 0.4121 0.5899 0.168 0.000 0.832
#> GSM803627 1 0.0424 0.8639 0.992 0.000 0.008
#> GSM803686 1 0.0424 0.8639 0.992 0.000 0.008
#> GSM803745 1 0.0424 0.8639 0.992 0.000 0.008
#> GSM803628 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0892 0.8539 0.980 0.000 0.020
#> GSM803629 1 0.0592 0.8603 0.988 0.000 0.012
#> GSM803688 1 0.0592 0.8603 0.988 0.000 0.012
#> GSM803747 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0237 0.8670 0.996 0.000 0.004
#> GSM803690 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0237 0.8670 0.996 0.000 0.004
#> GSM803632 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803692 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803751 2 0.0892 0.8370 0.000 0.980 0.020
#> GSM803634 2 0.0592 0.8444 0.000 0.988 0.012
#> GSM803693 2 0.0592 0.8444 0.000 0.988 0.012
#> GSM803752 2 0.0424 0.8440 0.000 0.992 0.008
#> GSM803635 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
#> GSM803694 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
#> GSM803753 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
#> GSM803636 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
#> GSM803695 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
#> GSM803754 2 0.0424 0.8440 0.000 0.992 0.008
#> GSM803637 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803697 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803756 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803639 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803698 2 0.0592 0.8428 0.000 0.988 0.012
#> GSM803757 2 0.1031 0.8335 0.000 0.976 0.024
#> GSM803640 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.1753 0.8443 0.952 0.048 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0747 0.8646 0.984 0.016 0.000
#> GSM803701 1 0.1643 0.8473 0.956 0.044 0.000
#> GSM803760 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803643 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803702 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803704 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803762 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803646 1 0.5835 0.5390 0.660 0.340 0.000
#> GSM803705 1 0.5859 0.5318 0.656 0.344 0.000
#> GSM803763 1 0.5882 0.5242 0.652 0.348 0.000
#> GSM803647 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803706 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803764 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803648 1 0.5835 0.5391 0.660 0.340 0.000
#> GSM803707 1 0.5988 0.4832 0.632 0.368 0.000
#> GSM803765 2 0.6309 -0.1056 0.496 0.504 0.000
#> GSM803649 1 0.4555 0.7151 0.800 0.200 0.000
#> GSM803708 1 0.4654 0.7077 0.792 0.208 0.000
#> GSM803766 1 0.5363 0.6399 0.724 0.276 0.000
#> GSM803650 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803709 1 0.0424 0.8684 0.992 0.008 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.8698 1.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803711 1 0.0237 0.8695 0.996 0.004 0.000
#> GSM803653 2 0.3375 0.7727 0.100 0.892 0.008
#> GSM803712 2 0.2063 0.8268 0.044 0.948 0.008
#> GSM803769 2 0.1315 0.8418 0.020 0.972 0.008
#> GSM803654 2 0.6275 0.3948 0.348 0.644 0.008
#> GSM803713 2 0.5831 0.5387 0.284 0.708 0.008
#> GSM803770 2 0.6682 -0.0859 0.488 0.504 0.008
#> GSM803655 2 0.3879 0.6749 0.000 0.848 0.152
#> GSM803714 2 0.5098 0.4781 0.000 0.752 0.248
#> GSM803771 2 0.4504 0.5946 0.000 0.804 0.196
#> GSM803656 2 0.4121 0.6367 0.000 0.832 0.168
#> GSM803715 2 0.4121 0.6371 0.000 0.832 0.168
#> GSM803772 2 0.4121 0.6367 0.000 0.832 0.168
#> GSM803657 2 0.1950 0.8290 0.040 0.952 0.008
#> GSM803716 2 0.1315 0.8418 0.020 0.972 0.008
#> GSM803773 2 0.3375 0.7727 0.100 0.892 0.008
#> GSM803658 2 0.4755 0.6714 0.184 0.808 0.008
#> GSM803717 2 0.3682 0.7551 0.116 0.876 0.008
#> GSM803774 2 0.1832 0.8321 0.036 0.956 0.008
#> GSM803659 2 0.5202 0.6253 0.220 0.772 0.008
#> GSM803718 2 0.3965 0.7381 0.132 0.860 0.008
#> GSM803775 2 0.1585 0.8375 0.028 0.964 0.008
#> GSM803660 1 0.5859 0.5318 0.656 0.344 0.000
#> GSM803719 1 0.5905 0.5163 0.648 0.352 0.000
#> GSM803776 1 0.6140 0.3974 0.596 0.404 0.000
#> GSM803661 1 0.6008 0.4746 0.628 0.372 0.000
#> GSM803720 1 0.6244 0.2970 0.560 0.440 0.000
#> GSM803777 1 0.6280 0.2344 0.540 0.460 0.000
#> GSM803662 1 0.5327 0.6455 0.728 0.272 0.000
#> GSM803732 1 0.1031 0.8605 0.976 0.024 0.000
#> GSM803778 1 0.1411 0.8527 0.964 0.036 0.000
#> GSM803663 1 0.6008 0.4747 0.628 0.372 0.000
#> GSM803721 1 0.6302 0.1665 0.520 0.480 0.000
#> GSM803779 2 0.6309 -0.1056 0.496 0.504 0.000
#> GSM803664 2 0.1315 0.8418 0.020 0.972 0.008
#> GSM803722 2 0.1170 0.8432 0.016 0.976 0.008
#> GSM803780 2 0.1170 0.8432 0.016 0.976 0.008
#> GSM803665 3 0.5363 0.5384 0.276 0.000 0.724
#> GSM803723 3 0.5327 0.5419 0.272 0.000 0.728
#> GSM803781 3 0.5443 0.5513 0.260 0.004 0.736
#> GSM803666 3 0.5529 0.5172 0.296 0.000 0.704
#> GSM803724 3 0.5560 0.5126 0.300 0.000 0.700
#> GSM803782 3 0.4178 0.5897 0.172 0.000 0.828
#> GSM803667 3 0.5905 0.4379 0.352 0.000 0.648
#> GSM803725 3 0.5785 0.4691 0.332 0.000 0.668
#> GSM803783 3 0.5291 0.5447 0.268 0.000 0.732
#> GSM803668 3 0.5291 0.5447 0.268 0.000 0.732
#> GSM803726 3 0.4887 0.5680 0.228 0.000 0.772
#> GSM803784 3 0.4291 0.5872 0.180 0.000 0.820
#> GSM803669 3 0.5926 0.4313 0.356 0.000 0.644
#> GSM803727 3 0.5650 0.4972 0.312 0.000 0.688
#> GSM803670 3 0.4178 0.5897 0.172 0.000 0.828
#> GSM803728 3 0.4178 0.5897 0.172 0.000 0.828
#> GSM803785 3 0.4178 0.5897 0.172 0.000 0.828
#> GSM803671 3 0.5431 0.5303 0.284 0.000 0.716
#> GSM803729 3 0.5363 0.5382 0.276 0.000 0.724
#> GSM803786 3 0.4750 0.5737 0.216 0.000 0.784
#> GSM803672 1 0.6309 -0.1330 0.504 0.000 0.496
#> GSM803730 3 0.6302 0.1647 0.480 0.000 0.520
#> GSM803787 3 0.5988 0.4104 0.368 0.000 0.632
#> GSM803673 2 0.1129 0.8427 0.020 0.976 0.004
#> GSM803731 2 0.1129 0.8427 0.020 0.976 0.004
#> GSM803788 2 0.0237 0.8458 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM803615 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803736 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803619 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803678 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803737 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803620 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803682 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803741 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803624 2 0.0188 0.9274 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803683 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803742 1 0.0921 0.9330 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM803625 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803685 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803692 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803751 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803634 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803693 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803752 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803635 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803694 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803753 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803636 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803695 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803754 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803637 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803696 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803755 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803638 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803697 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803756 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803639 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803698 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803757 2 0.1474 0.8865 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM803640 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803758 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803641 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803700 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803759 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803701 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803760 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803643 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803702 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803644 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803704 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803762 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803646 1 0.4996 0.0625 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM803705 1 0.4977 0.1479 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM803763 2 0.4679 0.4484 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM803647 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803706 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803764 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803648 2 0.4222 0.5989 0.272 0.728 0.000 0.000
#> GSM803707 2 0.3837 0.6666 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM803765 2 0.0188 0.9272 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM803649 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803708 1 0.0188 0.9567 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM803766 1 0.2081 0.8717 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM803650 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803709 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803767 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803710 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803768 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803711 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803653 2 0.0469 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803712 2 0.0469 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM803769 2 0.4103 0.6116 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM803654 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803713 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803770 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803655 2 0.3172 0.7641 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM803714 2 0.2647 0.8144 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM803771 2 0.4898 0.2231 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM803656 4 0.4948 0.2362 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM803715 2 0.4994 -0.0043 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM803772 4 0.4941 0.2486 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM803657 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803716 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803773 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803658 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803717 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803774 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803659 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803718 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803775 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803660 1 0.4356 0.5756 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM803719 1 0.4972 0.1624 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM803776 1 0.4994 0.0720 0.520 0.480 0.000 0.000
#> GSM803661 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803720 1 0.0921 0.9338 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM803777 1 0.0469 0.9490 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM803662 1 0.0817 0.9377 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM803732 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803778 1 0.0000 0.9602 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 2 0.4477 0.5397 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM803721 2 0.3688 0.6882 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM803779 2 0.3528 0.7089 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM803664 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803722 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803780 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803665 3 0.0188 0.9958 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803723 3 0.0188 0.9958 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM803781 4 0.5855 0.3864 0.044 0.000 0.356 0.600
#> GSM803666 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9996 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803673 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803731 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803788 2 0.0000 0.9307 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM803615 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803616 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803735 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803677 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803736 4 0.0703 0.9769 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM803619 4 0.0324 0.9936 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM803678 4 0.0324 0.9936 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM803737 4 0.0324 0.9936 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM803620 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803680 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803739 1 0.0703 0.9207 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM803622 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803681 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803740 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803623 5 0.3949 0.3023 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM803682 5 0.4305 -0.0899 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM803741 5 0.4126 0.2237 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM803624 5 0.5039 0.3688 0.080 0.244 0.000 0.000 0.676
#> GSM803683 1 0.1485 0.9177 0.948 0.020 0.000 0.000 0.032
#> GSM803742 1 0.3928 0.5861 0.700 0.296 0.000 0.000 0.004
#> GSM803625 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803684 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803743 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803626 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.1121 0.9362 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803686 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803745 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803628 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803687 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803746 1 0.0162 0.9346 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM803629 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803688 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803747 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803630 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803689 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803748 1 0.0162 0.9346 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM803631 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803690 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803749 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803632 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803691 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803750 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803633 2 0.4015 0.4795 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM803692 2 0.4030 0.4715 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM803751 2 0.3612 0.6002 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM803634 2 0.3752 0.5753 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM803693 2 0.3366 0.6421 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM803752 2 0.3395 0.6387 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM803635 5 0.4291 -0.0336 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM803694 2 0.4305 0.1534 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM803753 2 0.4235 0.3228 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM803636 5 0.4278 0.0437 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM803695 5 0.4242 0.1170 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM803754 5 0.4297 -0.0268 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM803637 5 0.4161 0.2043 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM803696 5 0.4219 0.1503 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM803755 5 0.4256 0.0941 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM803638 2 0.3210 0.6524 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM803697 2 0.3274 0.6486 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM803756 2 0.3210 0.6524 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM803639 2 0.4278 0.2305 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM803698 2 0.3395 0.6389 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM803757 2 0.2249 0.6775 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> GSM803640 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803699 1 0.0162 0.9353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM803758 1 0.1544 0.8991 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM803641 1 0.0703 0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM803700 1 0.0703 0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM803759 1 0.0162 0.9346 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM803642 1 0.4074 0.4498 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM803701 1 0.4291 0.1647 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM803760 1 0.1041 0.9245 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM803643 1 0.1908 0.8761 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM803702 1 0.2424 0.8336 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM803644 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803703 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803761 1 0.0000 0.9362 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.2074 0.8631 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM803704 1 0.2127 0.8588 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM803762 1 0.1831 0.8899 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM803646 5 0.4047 0.4764 0.320 0.004 0.000 0.000 0.676
#> GSM803705 5 0.4166 0.4250 0.348 0.004 0.000 0.000 0.648
#> GSM803763 5 0.5306 0.4531 0.316 0.072 0.000 0.000 0.612
#> GSM803647 1 0.0794 0.9269 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803706 1 0.0880 0.9248 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803764 1 0.0609 0.9303 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803648 1 0.6327 0.1775 0.520 0.200 0.000 0.000 0.280
#> GSM803707 5 0.5778 0.3578 0.376 0.096 0.000 0.000 0.528
#> GSM803765 5 0.0963 0.5643 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM803649 5 0.4074 0.3493 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM803708 5 0.3876 0.4550 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803766 5 0.3730 0.4883 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM803650 1 0.0880 0.9250 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803709 1 0.1043 0.9198 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM803767 1 0.0290 0.9324 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM803651 1 0.0794 0.9269 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803710 1 0.0794 0.9269 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803768 1 0.0162 0.9346 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM803652 1 0.0794 0.9271 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803711 1 0.0794 0.9271 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM803653 5 0.2648 0.5063 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM803712 5 0.2286 0.5360 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888
#> GSM803769 5 0.4627 0.4118 0.000 0.080 0.000 0.188 0.732
#> GSM803654 5 0.3752 0.3036 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM803713 5 0.3508 0.3741 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM803770 5 0.4262 -0.1518 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM803655 2 0.0162 0.6717 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803714 2 0.0162 0.6717 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM803771 2 0.0609 0.6657 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM803656 2 0.4832 0.5012 0.000 0.720 0.000 0.104 0.176
#> GSM803715 2 0.3882 0.5561 0.000 0.788 0.000 0.044 0.168
#> GSM803772 2 0.3875 0.5670 0.000 0.792 0.000 0.048 0.160
#> GSM803657 5 0.1792 0.5557 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM803716 5 0.2605 0.5250 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM803773 5 0.2605 0.5225 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM803658 2 0.3039 0.6190 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM803717 2 0.3074 0.6205 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM803774 2 0.1792 0.6752 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM803659 2 0.1571 0.6694 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> GSM803718 2 0.1732 0.6778 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM803775 2 0.1205 0.6807 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM803660 5 0.4015 0.4085 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM803719 5 0.3876 0.4730 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM803776 5 0.3636 0.5047 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM803661 1 0.4449 0.1413 0.512 0.004 0.000 0.000 0.484
#> GSM803720 5 0.3715 0.4927 0.260 0.004 0.000 0.000 0.736
#> GSM803777 1 0.4552 0.1781 0.524 0.008 0.000 0.000 0.468
#> GSM803662 5 0.3508 0.5006 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM803732 1 0.0404 0.9334 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803778 1 0.0162 0.9346 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM803663 5 0.1205 0.5700 0.040 0.004 0.000 0.000 0.956
#> GSM803721 5 0.0880 0.5705 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803779 5 0.0880 0.5705 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM803664 5 0.3109 0.4844 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM803722 5 0.3143 0.4773 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM803780 5 0.3242 0.4614 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM803665 2 0.5661 0.3920 0.208 0.644 0.144 0.004 0.000
#> GSM803723 2 0.5589 0.3897 0.220 0.648 0.128 0.004 0.000
#> GSM803781 2 0.7692 0.1241 0.272 0.452 0.084 0.192 0.000
#> GSM803666 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.0703 0.5614 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM803731 5 0.0703 0.5614 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM803788 5 0.1121 0.5570 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM803615 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803674 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803733 4 0.0146 0.9882 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803616 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803675 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803734 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803617 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803676 4 0.0146 0.9882 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803735 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803618 4 0.0146 0.9882 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803677 4 0.0146 0.9882 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM803736 4 0.0260 0.9844 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM803619 4 0.1528 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.048
#> GSM803678 4 0.1528 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016 0.048
#> GSM803737 4 0.1461 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM803620 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803679 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803738 4 0.0000 0.9896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM803621 1 0.0777 0.8430 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803680 1 0.0603 0.8453 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM803739 1 0.1765 0.7931 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM803622 1 0.1049 0.8471 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM803681 1 0.1196 0.8459 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM803740 1 0.0935 0.8485 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM803623 2 0.3725 0.5762 0.000 0.676 0.000 0.000 0.316 0.008
#> GSM803682 2 0.2482 0.7162 0.000 0.848 0.000 0.000 0.148 0.004
#> GSM803741 2 0.3490 0.6327 0.000 0.724 0.000 0.000 0.268 0.008
#> GSM803624 5 0.6741 0.2452 0.036 0.156 0.000 0.016 0.420 0.372
#> GSM803683 6 0.5852 -0.1797 0.388 0.000 0.000 0.000 0.192 0.420
#> GSM803742 6 0.5497 0.2672 0.208 0.036 0.000 0.004 0.104 0.648
#> GSM803625 1 0.0914 0.8483 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM803684 1 0.0914 0.8483 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM803743 1 0.0909 0.8466 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM803626 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803685 3 0.1814 0.8400 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM803744 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803627 1 0.0935 0.8400 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM803686 1 0.0858 0.8416 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM803745 1 0.1643 0.8138 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM803628 1 0.0458 0.8456 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803687 1 0.0458 0.8456 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM803746 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803629 1 0.0858 0.8414 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM803688 1 0.0777 0.8426 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803747 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803630 1 0.0777 0.8426 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803689 1 0.0777 0.8426 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803748 1 0.0363 0.8461 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM803631 1 0.0692 0.8438 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM803690 1 0.0692 0.8438 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM803749 1 0.0777 0.8426 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM803632 1 0.0858 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM803691 1 0.0858 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM803750 1 0.0858 0.8413 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM803633 2 0.0790 0.7099 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803692 2 0.0790 0.7099 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM803751 2 0.0622 0.6941 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM803634 2 0.0603 0.7008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM803693 2 0.0790 0.6729 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM803752 2 0.0547 0.6829 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM803635 2 0.2494 0.7178 0.000 0.864 0.000 0.000 0.120 0.016
#> GSM803694 2 0.2230 0.7168 0.000 0.892 0.000 0.000 0.084 0.024
#> GSM803753 2 0.1921 0.7097 0.000 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> GSM803636 2 0.2454 0.7102 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM803695 2 0.2762 0.6966 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM803754 2 0.2340 0.7126 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM803637 2 0.2996 0.6791 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM803696 2 0.2883 0.6900 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM803755 2 0.2597 0.7046 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM803638 2 0.1141 0.6547 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM803697 2 0.1007 0.6630 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM803756 2 0.1075 0.6591 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803639 2 0.1411 0.7162 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM803698 2 0.1075 0.6624 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM803757 2 0.2773 0.5174 0.000 0.836 0.000 0.004 0.008 0.152
#> GSM803640 1 0.2831 0.8032 0.840 0.000 0.000 0.000 0.024 0.136
#> GSM803699 1 0.2624 0.8112 0.856 0.000 0.000 0.000 0.020 0.124
#> GSM803758 1 0.3163 0.7969 0.820 0.000 0.000 0.000 0.040 0.140
#> GSM803641 1 0.3841 0.7538 0.764 0.000 0.000 0.000 0.068 0.168
#> GSM803700 1 0.3894 0.7503 0.760 0.000 0.000 0.000 0.072 0.168
#> GSM803759 1 0.3445 0.7760 0.796 0.000 0.000 0.000 0.048 0.156
#> GSM803642 5 0.5649 0.2390 0.356 0.000 0.000 0.000 0.484 0.160
#> GSM803701 5 0.5547 0.3530 0.312 0.000 0.000 0.000 0.528 0.160
#> GSM803760 1 0.4486 0.6934 0.704 0.000 0.000 0.000 0.112 0.184
#> GSM803643 1 0.4950 0.6105 0.652 0.000 0.000 0.000 0.184 0.164
#> GSM803702 1 0.5336 0.4860 0.588 0.000 0.000 0.000 0.244 0.168
#> GSM803644 1 0.0291 0.8478 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM803703 1 0.1411 0.8415 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM803761 1 0.0000 0.8470 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803645 1 0.5304 0.5287 0.600 0.000 0.000 0.000 0.200 0.200
#> GSM803704 1 0.5227 0.5527 0.612 0.000 0.000 0.000 0.188 0.200
#> GSM803762 1 0.5015 0.6072 0.640 0.000 0.000 0.000 0.152 0.208
#> GSM803646 5 0.6851 0.1777 0.372 0.072 0.000 0.000 0.384 0.172
#> GSM803705 5 0.6792 0.1805 0.372 0.064 0.000 0.000 0.388 0.176
#> GSM803763 1 0.7641 -0.2939 0.308 0.220 0.000 0.000 0.280 0.192
#> GSM803647 1 0.3860 0.7535 0.764 0.000 0.000 0.000 0.072 0.164
#> GSM803706 1 0.3963 0.7468 0.756 0.000 0.000 0.000 0.080 0.164
#> GSM803764 1 0.3752 0.7594 0.772 0.000 0.000 0.000 0.064 0.164
#> GSM803648 5 0.7348 0.3050 0.292 0.140 0.000 0.000 0.380 0.188
#> GSM803707 5 0.6638 0.4935 0.176 0.120 0.000 0.000 0.540 0.164
#> GSM803765 5 0.3487 0.5290 0.000 0.168 0.000 0.000 0.788 0.044
#> GSM803649 5 0.3659 0.5835 0.224 0.012 0.000 0.000 0.752 0.012
#> GSM803708 5 0.3702 0.6165 0.164 0.044 0.000 0.000 0.784 0.008
#> GSM803766 5 0.4182 0.6019 0.156 0.052 0.000 0.000 0.764 0.028
#> GSM803650 1 0.0806 0.8483 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM803709 1 0.1074 0.8473 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM803767 1 0.1265 0.8461 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM803651 1 0.3996 0.7427 0.752 0.000 0.000 0.000 0.080 0.168
#> GSM803710 1 0.4111 0.7333 0.740 0.000 0.000 0.000 0.084 0.176
#> GSM803768 1 0.3646 0.7636 0.776 0.000 0.000 0.000 0.052 0.172
#> GSM803652 1 0.2651 0.8142 0.860 0.000 0.000 0.000 0.028 0.112
#> GSM803711 1 0.3054 0.7975 0.828 0.000 0.000 0.000 0.036 0.136
#> GSM803653 5 0.4394 0.5003 0.024 0.044 0.000 0.000 0.724 0.208
#> GSM803712 5 0.4352 0.5215 0.020 0.040 0.000 0.008 0.744 0.188
#> GSM803769 5 0.5135 0.4801 0.032 0.056 0.000 0.012 0.680 0.220
#> GSM803654 2 0.4144 0.5011 0.000 0.620 0.000 0.000 0.360 0.020
#> GSM803713 2 0.4057 0.4721 0.000 0.600 0.000 0.000 0.388 0.012
#> GSM803770 2 0.4703 0.4391 0.000 0.620 0.000 0.000 0.312 0.068
#> GSM803655 6 0.4358 0.5545 0.000 0.380 0.000 0.016 0.008 0.596
#> GSM803714 6 0.4144 0.5210 0.000 0.408 0.000 0.008 0.004 0.580
#> GSM803771 6 0.4200 0.5358 0.000 0.392 0.000 0.012 0.004 0.592
#> GSM803656 6 0.5968 0.6126 0.012 0.148 0.000 0.052 0.156 0.632
#> GSM803715 6 0.5610 0.6289 0.000 0.192 0.000 0.044 0.128 0.636
#> GSM803772 6 0.5428 0.6309 0.000 0.200 0.000 0.036 0.116 0.648
#> GSM803657 5 0.3686 0.5669 0.000 0.124 0.000 0.000 0.788 0.088
#> GSM803716 5 0.4374 0.4946 0.000 0.192 0.000 0.000 0.712 0.096
#> GSM803773 5 0.3992 0.5578 0.000 0.136 0.000 0.000 0.760 0.104
#> GSM803658 6 0.5983 0.4198 0.004 0.368 0.000 0.000 0.196 0.432
#> GSM803717 2 0.5929 -0.3958 0.004 0.412 0.000 0.000 0.180 0.404
#> GSM803774 6 0.5653 0.4993 0.004 0.360 0.000 0.000 0.140 0.496
#> GSM803659 2 0.5493 -0.2718 0.004 0.488 0.000 0.000 0.112 0.396
#> GSM803718 2 0.5422 -0.0887 0.004 0.540 0.000 0.000 0.116 0.340
#> GSM803775 2 0.5232 -0.3189 0.004 0.488 0.000 0.000 0.080 0.428
#> GSM803660 5 0.4958 0.5839 0.216 0.060 0.000 0.000 0.684 0.040
#> GSM803719 5 0.4874 0.6004 0.180 0.068 0.000 0.000 0.708 0.044
#> GSM803776 5 0.5269 0.5924 0.136 0.132 0.000 0.000 0.684 0.048
#> GSM803661 5 0.4998 0.5195 0.112 0.008 0.000 0.000 0.656 0.224
#> GSM803720 5 0.4457 0.5445 0.056 0.012 0.000 0.000 0.704 0.228
#> GSM803777 5 0.4843 0.5100 0.092 0.004 0.000 0.000 0.652 0.252
#> GSM803662 5 0.4562 0.5896 0.092 0.024 0.000 0.000 0.736 0.148
#> GSM803732 1 0.4904 0.2339 0.600 0.000 0.000 0.000 0.316 0.084
#> GSM803778 1 0.3313 0.7196 0.816 0.000 0.000 0.000 0.060 0.124
#> GSM803663 5 0.1956 0.5969 0.008 0.080 0.000 0.000 0.908 0.004
#> GSM803721 5 0.1700 0.5906 0.000 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> GSM803779 5 0.2149 0.5754 0.004 0.104 0.000 0.000 0.888 0.004
#> GSM803664 2 0.5146 0.3492 0.000 0.516 0.000 0.000 0.396 0.088
#> GSM803722 2 0.5100 0.3624 0.000 0.524 0.000 0.000 0.392 0.084
#> GSM803780 2 0.4939 0.2721 0.000 0.496 0.000 0.000 0.440 0.064
#> GSM803665 6 0.5072 0.6323 0.028 0.196 0.076 0.008 0.000 0.692
#> GSM803723 6 0.5214 0.6326 0.036 0.204 0.072 0.008 0.000 0.680
#> GSM803781 6 0.6391 0.5357 0.104 0.076 0.032 0.132 0.012 0.644
#> GSM803666 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803724 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803782 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803667 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803725 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803783 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803668 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803726 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803784 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803669 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803727 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803670 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803728 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803785 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803671 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803729 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803786 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803672 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803730 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803787 3 0.0000 0.9932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM803673 5 0.3541 0.3770 0.000 0.260 0.000 0.000 0.728 0.012
#> GSM803731 5 0.3650 0.3366 0.000 0.280 0.000 0.000 0.708 0.012
#> GSM803788 5 0.4088 0.1086 0.000 0.368 0.000 0.000 0.616 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 3)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 4)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 5)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
get_signatures(res, k = 6)
#> Error: The width or height of the raster image is zero, maybe you forget to turn off the
#> previous graphic device or it was corrupted. Run `dev.off()` to close it.
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n cell.line(p) tissue(p) disease.state(p) k
#> ATC:NMF 165 3.34e-12 2.56e-19 8.81e-10 2
#> ATC:NMF 135 1.85e-18 6.18e-37 2.87e-24 3
#> ATC:NMF 164 5.24e-33 3.68e-73 1.83e-48 4
#> ATC:NMF 133 1.31e-32 2.28e-62 4.64e-40 5
#> ATC:NMF 146 1.87e-45 2.63e-84 1.38e-45 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0