Date: 2019-12-25 21:19:05 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 197
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:hclust | 2 | 1.000 | 0.988 | 0.995 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 0.978 | 0.955 | 0.980 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 6 | 0.955 | 0.931 | 0.952 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 5 | 0.947 | 0.886 | 0.937 | * | 2,3 |
| MAD:NMF | 4 | 0.754 | 0.819 | 0.901 | ||
| SD:skmeans | 4 | 0.746 | 0.720 | 0.867 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.678 | 0.864 | 0.929 | ||
| CV:pam | 2 | 0.602 | 0.819 | 0.923 | ||
| SD:pam | 2 | 0.578 | 0.808 | 0.918 | ||
| CV:NMF | 2 | 0.543 | 0.732 | 0.884 | ||
| MAD:skmeans | 2 | 0.511 | 0.857 | 0.905 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.494 | 0.683 | 0.837 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.486 | 0.854 | 0.913 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.454 | 0.661 | 0.864 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.419 | 0.644 | 0.823 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.302 | 0.716 | 0.821 | ||
| CV:hclust | 4 | 0.294 | 0.501 | 0.693 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.283 | 0.658 | 0.790 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.254 | 0.614 | 0.777 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.228 | 0.523 | 0.767 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.174 | 0.699 | 0.820 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.132 | 0.504 | 0.759 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.4544 0.661 0.864 0.474 0.519 0.519
#> CV:NMF 2 0.5429 0.732 0.884 0.469 0.546 0.546
#> MAD:NMF 2 0.4903 0.806 0.896 0.495 0.501 0.501
#> ATC:NMF 2 1.0000 1.000 1.000 0.501 0.500 0.500
#> SD:skmeans 2 0.4920 0.621 0.802 0.493 0.512 0.512
#> CV:skmeans 2 0.4940 0.683 0.837 0.493 0.510 0.510
#> MAD:skmeans 2 0.5111 0.857 0.905 0.500 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.0000 0.995 0.998 0.502 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 0.4858 0.854 0.913 0.453 0.519 0.519
#> CV:mclust 2 0.6785 0.864 0.929 0.457 0.526 0.526
#> MAD:mclust 2 0.4194 0.644 0.823 0.462 0.556 0.556
#> ATC:mclust 2 1.0000 0.995 0.998 0.501 0.499 0.499
#> SD:kmeans 2 0.2278 0.523 0.767 0.458 0.546 0.546
#> CV:kmeans 2 0.2827 0.658 0.790 0.445 0.591 0.591
#> MAD:kmeans 2 0.3024 0.716 0.821 0.481 0.498 0.498
#> ATC:kmeans 2 1.0000 0.997 0.999 0.501 0.500 0.500
#> SD:pam 2 0.5776 0.808 0.918 0.487 0.512 0.512
#> CV:pam 2 0.6016 0.819 0.923 0.485 0.507 0.507
#> MAD:pam 2 0.2538 0.614 0.777 0.492 0.512 0.512
#> ATC:pam 2 1.0000 1.000 1.000 0.501 0.500 0.500
#> SD:hclust 2 0.1316 0.504 0.759 0.429 0.582 0.582
#> CV:hclust 2 0.0849 0.500 0.668 0.434 0.540 0.540
#> MAD:hclust 2 0.1743 0.699 0.820 0.446 0.517 0.517
#> ATC:hclust 2 1.0000 0.988 0.995 0.501 0.500 0.500
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.593 0.736 0.851 0.404 0.702 0.482
#> CV:NMF 3 0.643 0.651 0.826 0.421 0.721 0.518
#> MAD:NMF 3 0.576 0.750 0.873 0.348 0.690 0.457
#> ATC:NMF 3 0.857 0.896 0.937 0.188 0.891 0.785
#> SD:skmeans 3 0.529 0.700 0.816 0.352 0.694 0.468
#> CV:skmeans 3 0.704 0.709 0.836 0.350 0.699 0.474
#> MAD:skmeans 3 0.477 0.647 0.791 0.339 0.707 0.477
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.977 0.987 0.281 0.853 0.707
#> SD:mclust 3 0.698 0.775 0.888 0.414 0.740 0.538
#> CV:mclust 3 0.749 0.759 0.888 0.410 0.741 0.539
#> MAD:mclust 3 0.575 0.640 0.837 0.388 0.729 0.533
#> ATC:mclust 3 0.940 0.943 0.963 0.274 0.853 0.706
#> SD:kmeans 3 0.466 0.611 0.747 0.423 0.700 0.491
#> CV:kmeans 3 0.450 0.514 0.752 0.443 0.763 0.606
#> MAD:kmeans 3 0.428 0.581 0.763 0.381 0.704 0.473
#> ATC:kmeans 3 0.699 0.485 0.783 0.239 0.977 0.955
#> SD:pam 3 0.520 0.755 0.877 0.278 0.746 0.562
#> CV:pam 3 0.612 0.702 0.874 0.258 0.794 0.619
#> MAD:pam 3 0.317 0.510 0.695 0.319 0.724 0.516
#> ATC:pam 3 0.978 0.955 0.980 0.284 0.858 0.716
#> SD:hclust 3 0.179 0.532 0.697 0.423 0.716 0.533
#> CV:hclust 3 0.196 0.388 0.641 0.387 0.713 0.520
#> MAD:hclust 3 0.230 0.568 0.734 0.427 0.812 0.640
#> ATC:hclust 3 0.749 0.558 0.855 0.182 0.969 0.938
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.709 0.674 0.847 0.118 0.808 0.505
#> CV:NMF 4 0.721 0.724 0.864 0.116 0.807 0.506
#> MAD:NMF 4 0.754 0.819 0.901 0.125 0.774 0.438
#> ATC:NMF 4 0.689 0.725 0.854 0.098 0.908 0.787
#> SD:skmeans 4 0.746 0.720 0.867 0.118 0.814 0.517
#> CV:skmeans 4 0.701 0.668 0.837 0.119 0.878 0.655
#> MAD:skmeans 4 0.648 0.606 0.822 0.121 0.765 0.425
#> ATC:skmeans 4 0.887 0.961 0.947 0.142 0.894 0.702
#> SD:mclust 4 0.644 0.627 0.788 0.145 0.829 0.557
#> CV:mclust 4 0.663 0.565 0.785 0.128 0.855 0.612
#> MAD:mclust 4 0.578 0.489 0.675 0.147 0.742 0.413
#> ATC:mclust 4 0.791 0.857 0.916 0.165 0.881 0.672
#> SD:kmeans 4 0.540 0.563 0.745 0.121 0.789 0.479
#> CV:kmeans 4 0.557 0.589 0.738 0.126 0.862 0.650
#> MAD:kmeans 4 0.492 0.530 0.739 0.117 0.795 0.476
#> ATC:kmeans 4 0.678 0.840 0.805 0.128 0.755 0.497
#> SD:pam 4 0.611 0.619 0.785 0.139 0.880 0.706
#> CV:pam 4 0.693 0.748 0.850 0.136 0.844 0.627
#> MAD:pam 4 0.500 0.593 0.703 0.138 0.810 0.523
#> ATC:pam 4 0.785 0.874 0.894 0.142 0.892 0.699
#> SD:hclust 4 0.339 0.496 0.683 0.129 0.963 0.894
#> CV:hclust 4 0.294 0.501 0.693 0.137 0.853 0.640
#> MAD:hclust 4 0.362 0.430 0.667 0.121 0.919 0.764
#> ATC:hclust 4 0.633 0.535 0.768 0.113 0.955 0.905
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.703 0.626 0.796 0.0474 0.895 0.635
#> CV:NMF 5 0.727 0.667 0.813 0.0490 0.919 0.705
#> MAD:NMF 5 0.658 0.593 0.762 0.0543 0.849 0.507
#> ATC:NMF 5 0.638 0.687 0.822 0.0528 0.931 0.822
#> SD:skmeans 5 0.700 0.459 0.713 0.0602 0.849 0.504
#> CV:skmeans 5 0.718 0.658 0.806 0.0597 0.869 0.556
#> MAD:skmeans 5 0.600 0.485 0.677 0.0594 0.908 0.670
#> ATC:skmeans 5 0.947 0.886 0.937 0.0511 0.976 0.908
#> SD:mclust 5 0.583 0.398 0.666 0.0520 0.868 0.574
#> CV:mclust 5 0.623 0.379 0.682 0.0596 0.863 0.568
#> MAD:mclust 5 0.617 0.613 0.762 0.0578 0.809 0.441
#> ATC:mclust 5 0.834 0.832 0.911 0.0354 0.907 0.675
#> SD:kmeans 5 0.606 0.468 0.676 0.0612 0.934 0.775
#> CV:kmeans 5 0.611 0.500 0.689 0.0699 0.884 0.632
#> MAD:kmeans 5 0.556 0.502 0.686 0.0629 0.909 0.671
#> ATC:kmeans 5 0.595 0.738 0.776 0.0655 0.950 0.814
#> SD:pam 5 0.692 0.566 0.698 0.0708 0.919 0.758
#> CV:pam 5 0.735 0.709 0.798 0.0726 0.942 0.821
#> MAD:pam 5 0.631 0.566 0.728 0.0642 0.871 0.561
#> ATC:pam 5 0.717 0.647 0.776 0.0602 0.958 0.837
#> SD:hclust 5 0.457 0.500 0.672 0.0807 0.894 0.695
#> CV:hclust 5 0.424 0.444 0.668 0.0841 0.810 0.489
#> MAD:hclust 5 0.454 0.430 0.622 0.0742 0.930 0.756
#> ATC:hclust 5 0.602 0.577 0.747 0.0874 0.882 0.725
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.783 0.673 0.797 0.0298 0.912 0.668
#> CV:NMF 6 0.771 0.644 0.791 0.0311 0.920 0.690
#> MAD:NMF 6 0.669 0.546 0.730 0.0337 0.918 0.668
#> ATC:NMF 6 0.582 0.609 0.763 0.0530 0.974 0.926
#> SD:skmeans 6 0.704 0.496 0.728 0.0420 0.875 0.507
#> CV:skmeans 6 0.723 0.607 0.759 0.0393 0.974 0.879
#> MAD:skmeans 6 0.662 0.580 0.736 0.0424 0.892 0.562
#> ATC:skmeans 6 0.866 0.785 0.871 0.0316 0.989 0.955
#> SD:mclust 6 0.630 0.468 0.726 0.0561 0.840 0.437
#> CV:mclust 6 0.650 0.442 0.693 0.0545 0.831 0.427
#> MAD:mclust 6 0.634 0.506 0.711 0.0474 0.909 0.607
#> ATC:mclust 6 0.955 0.931 0.952 0.0307 0.969 0.865
#> SD:kmeans 6 0.647 0.515 0.680 0.0498 0.852 0.488
#> CV:kmeans 6 0.649 0.464 0.658 0.0449 0.898 0.609
#> MAD:kmeans 6 0.621 0.475 0.648 0.0431 0.850 0.435
#> ATC:kmeans 6 0.712 0.609 0.735 0.0594 0.953 0.809
#> SD:pam 6 0.709 0.582 0.663 0.0565 0.813 0.433
#> CV:pam 6 0.785 0.808 0.871 0.0810 0.905 0.668
#> MAD:pam 6 0.656 0.439 0.700 0.0424 0.856 0.442
#> ATC:pam 6 0.800 0.727 0.861 0.0558 0.890 0.571
#> SD:hclust 6 0.566 0.492 0.653 0.0541 0.931 0.757
#> CV:hclust 6 0.537 0.492 0.673 0.0565 0.868 0.559
#> MAD:hclust 6 0.523 0.404 0.606 0.0470 0.875 0.531
#> ATC:hclust 6 0.651 0.661 0.810 0.0765 0.854 0.567
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 146 0.219 2
#> CV:NMF 158 0.177 2
#> MAD:NMF 183 0.272 2
#> ATC:NMF 197 0.193 2
#> SD:skmeans 187 0.424 2
#> CV:skmeans 187 0.617 2
#> MAD:skmeans 195 0.394 2
#> ATC:skmeans 197 0.171 2
#> SD:mclust 191 0.174 2
#> CV:mclust 191 0.197 2
#> MAD:mclust 177 0.358 2
#> ATC:mclust 196 0.182 2
#> SD:kmeans 116 0.376 2
#> CV:kmeans 193 0.561 2
#> MAD:kmeans 187 0.397 2
#> ATC:kmeans 197 0.193 2
#> SD:pam 183 0.506 2
#> CV:pam 178 0.644 2
#> MAD:pam 155 0.529 2
#> ATC:pam 197 0.193 2
#> SD:hclust 114 0.240 2
#> CV:hclust 156 0.507 2
#> MAD:hclust 170 0.279 2
#> ATC:hclust 197 0.193 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 182 0.5108 3
#> CV:NMF 179 0.7997 3
#> MAD:NMF 177 0.1561 3
#> ATC:NMF 190 0.3537 3
#> SD:skmeans 189 0.2016 3
#> CV:skmeans 186 0.2047 3
#> MAD:skmeans 188 0.1622 3
#> ATC:skmeans 195 0.0751 3
#> SD:mclust 176 0.1939 3
#> CV:mclust 175 0.1612 3
#> MAD:mclust 150 0.0208 3
#> ATC:mclust 193 0.1301 3
#> SD:kmeans 167 0.3873 3
#> CV:kmeans 116 0.6683 3
#> MAD:kmeans 143 0.0632 3
#> ATC:kmeans 155 0.4585 3
#> SD:pam 176 0.3807 3
#> CV:pam 155 0.2700 3
#> MAD:pam 146 0.2647 3
#> ATC:pam 193 0.0382 3
#> SD:hclust 126 0.3454 3
#> CV:hclust 49 NA 3
#> MAD:hclust 144 0.5041 3
#> ATC:hclust 120 0.1056 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 157 0.2347 4
#> CV:NMF 169 0.3134 4
#> MAD:NMF 188 0.2379 4
#> ATC:NMF 169 0.1876 4
#> SD:skmeans 168 0.0664 4
#> CV:skmeans 154 0.1304 4
#> MAD:skmeans 146 0.1580 4
#> ATC:skmeans 195 0.1914 4
#> SD:mclust 141 0.0789 4
#> CV:mclust 131 0.9764 4
#> MAD:mclust 103 0.1611 4
#> ATC:mclust 189 0.3210 4
#> SD:kmeans 134 0.3146 4
#> CV:kmeans 131 0.0319 4
#> MAD:kmeans 139 0.2853 4
#> ATC:kmeans 191 0.1536 4
#> SD:pam 154 0.8825 4
#> CV:pam 175 0.2893 4
#> MAD:pam 159 0.4347 4
#> ATC:pam 191 0.0914 4
#> SD:hclust 101 0.9414 4
#> CV:hclust 106 0.9922 4
#> MAD:hclust 83 0.6062 4
#> ATC:hclust 149 0.2829 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 130 0.2799 5
#> CV:NMF 142 0.2580 5
#> MAD:NMF 138 0.6440 5
#> ATC:NMF 164 0.1921 5
#> SD:skmeans 92 0.0138 5
#> CV:skmeans 152 0.0277 5
#> MAD:skmeans 114 0.4159 5
#> ATC:skmeans 192 0.3280 5
#> SD:mclust 105 0.6030 5
#> CV:mclust 83 0.6971 5
#> MAD:mclust 158 0.2730 5
#> ATC:mclust 190 0.2322 5
#> SD:kmeans 100 0.0324 5
#> CV:kmeans 108 0.0607 5
#> MAD:kmeans 125 0.6589 5
#> ATC:kmeans 179 0.2566 5
#> SD:pam 154 0.7702 5
#> CV:pam 177 0.2026 5
#> MAD:pam 132 0.0729 5
#> ATC:pam 158 0.3627 5
#> SD:hclust 99 0.0101 5
#> CV:hclust 79 0.1108 5
#> MAD:hclust 92 0.0292 5
#> ATC:hclust 154 0.3373 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 161 0.08791 6
#> CV:NMF 154 0.02523 6
#> MAD:NMF 134 0.05329 6
#> ATC:NMF 141 0.17154 6
#> SD:skmeans 117 0.09800 6
#> CV:skmeans 155 0.07689 6
#> MAD:skmeans 144 0.41788 6
#> ATC:skmeans 183 0.49361 6
#> SD:mclust 118 0.04578 6
#> CV:mclust 93 0.04649 6
#> MAD:mclust 127 0.13287 6
#> ATC:mclust 196 0.20351 6
#> SD:kmeans 134 0.07548 6
#> CV:kmeans 124 0.09072 6
#> MAD:kmeans 87 0.02447 6
#> ATC:kmeans 152 0.22392 6
#> SD:pam 131 0.35581 6
#> CV:pam 184 0.22546 6
#> MAD:pam 92 0.59818 6
#> ATC:pam 176 0.44549 6
#> SD:hclust 81 0.00744 6
#> CV:hclust 109 0.07267 6
#> MAD:hclust 93 0.01656 6
#> ATC:hclust 167 0.38264 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.132 0.504 0.759 0.4294 0.582 0.582
#> 3 3 0.179 0.532 0.697 0.4227 0.716 0.533
#> 4 4 0.339 0.496 0.683 0.1286 0.963 0.894
#> 5 5 0.457 0.500 0.672 0.0807 0.894 0.695
#> 6 6 0.566 0.492 0.653 0.0541 0.931 0.757
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.9996 0.30668 0.512 0.488
#> GSM342323 2 0.1843 0.62569 0.028 0.972
#> GSM342325 1 0.8327 0.62910 0.736 0.264
#> GSM342326 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342327 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342329 2 0.1843 0.62569 0.028 0.972
#> GSM342331 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342334 2 0.9954 0.00635 0.460 0.540
#> GSM342335 2 0.9909 0.01755 0.444 0.556
#> GSM342354 1 0.7139 0.47567 0.804 0.196
#> GSM342371 1 0.9993 0.30481 0.516 0.484
#> GSM342380 1 0.8608 0.62155 0.716 0.284
#> GSM342382 1 0.8016 0.63720 0.756 0.244
#> GSM342399 1 0.8327 0.62910 0.736 0.264
#> GSM342402 2 0.9491 0.31737 0.368 0.632
#> GSM342404 2 0.9522 0.44580 0.372 0.628
#> GSM342408 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342409 1 0.8813 0.52168 0.700 0.300
#> GSM342426 2 0.0672 0.63015 0.008 0.992
#> GSM342441 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342444 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342451 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342462 1 0.9754 0.46234 0.592 0.408
#> GSM342467 2 0.8955 0.49893 0.312 0.688
#> GSM342484 2 0.9795 0.43612 0.416 0.584
#> GSM342491 2 0.9460 0.31140 0.364 0.636
#> GSM342322 1 0.9996 0.30668 0.512 0.488
#> GSM342338 1 0.1843 0.63587 0.972 0.028
#> GSM342347 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342356 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342357 2 0.9661 0.44553 0.392 0.608
#> GSM342366 1 0.9988 0.31342 0.520 0.480
#> GSM342385 1 0.8608 0.62155 0.716 0.284
#> GSM342421 2 0.9988 -0.19502 0.480 0.520
#> GSM342437 2 0.9993 0.14716 0.484 0.516
#> GSM342454 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342471 1 0.8207 0.63435 0.744 0.256
#> GSM342477 2 0.8661 0.51422 0.288 0.712
#> GSM342495 1 0.9552 0.48769 0.624 0.376
#> GSM342496 1 0.7950 0.63804 0.760 0.240
#> GSM342320 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342321 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342324 2 0.4022 0.62739 0.080 0.920
#> GSM342328 2 0.1843 0.62569 0.028 0.972
#> GSM342330 2 0.0376 0.62909 0.004 0.996
#> GSM342332 2 0.6887 0.58120 0.184 0.816
#> GSM342333 2 0.9881 0.03741 0.436 0.564
#> GSM342336 2 0.6887 0.58120 0.184 0.816
#> GSM342337 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.6887 0.49071 0.816 0.184
#> GSM342345 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.9998 0.13962 0.492 0.508
#> GSM342348 1 0.5842 0.60228 0.860 0.140
#> GSM342349 1 0.9427 0.17141 0.640 0.360
#> GSM342350 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342351 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342352 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342353 1 0.2043 0.63412 0.968 0.032
#> GSM342355 1 0.0672 0.64265 0.992 0.008
#> GSM342358 2 0.8267 0.53994 0.260 0.740
#> GSM342359 2 0.8267 0.53994 0.260 0.740
#> GSM342360 2 0.8267 0.53994 0.260 0.740
#> GSM342361 2 0.7950 0.54327 0.240 0.760
#> GSM342362 2 0.9661 0.44553 0.392 0.608
#> GSM342363 2 0.9661 0.44553 0.392 0.608
#> GSM342364 1 0.9087 0.58760 0.676 0.324
#> GSM342365 2 0.8813 0.46648 0.300 0.700
#> GSM342367 1 0.9044 0.59347 0.680 0.320
#> GSM342368 1 0.9970 0.33774 0.532 0.468
#> GSM342369 2 0.8909 0.41983 0.308 0.692
#> GSM342370 2 0.8813 0.46648 0.300 0.700
#> GSM342372 2 0.9044 0.41474 0.320 0.680
#> GSM342373 1 0.9996 0.28484 0.512 0.488
#> GSM342374 2 0.8813 0.46648 0.300 0.700
#> GSM342375 1 1.0000 0.22891 0.504 0.496
#> GSM342376 1 0.8555 0.62634 0.720 0.280
#> GSM342377 1 0.8499 0.62806 0.724 0.276
#> GSM342378 1 0.6887 0.64003 0.816 0.184
#> GSM342379 1 0.9608 0.48061 0.616 0.384
#> GSM342381 1 0.8267 0.63128 0.740 0.260
#> GSM342383 1 0.8713 0.61607 0.708 0.292
#> GSM342384 1 0.8081 0.63630 0.752 0.248
#> GSM342386 1 0.8713 0.61604 0.708 0.292
#> GSM342387 1 0.9358 0.41919 0.648 0.352
#> GSM342388 1 0.1414 0.64635 0.980 0.020
#> GSM342389 1 0.8713 0.61604 0.708 0.292
#> GSM342390 1 0.5629 0.59421 0.868 0.132
#> GSM342391 1 0.7219 0.63210 0.800 0.200
#> GSM342392 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.9522 0.44580 0.372 0.628
#> GSM342394 1 0.6887 0.64003 0.816 0.184
#> GSM342395 1 0.9850 0.44648 0.572 0.428
#> GSM342396 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.9427 0.17141 0.640 0.360
#> GSM342398 1 0.8267 0.63128 0.740 0.260
#> GSM342400 1 0.8763 0.61513 0.704 0.296
#> GSM342401 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.8661 0.58295 0.712 0.288
#> GSM342405 2 0.9795 0.38937 0.416 0.584
#> GSM342406 1 0.5629 0.59421 0.868 0.132
#> GSM342407 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342410 1 0.6887 0.63268 0.816 0.184
#> GSM342411 1 0.9358 0.41919 0.648 0.352
#> GSM342412 2 0.9977 -0.00455 0.472 0.528
#> GSM342413 1 0.9358 0.19277 0.648 0.352
#> GSM342414 1 0.9358 0.19364 0.648 0.352
#> GSM342415 1 0.9850 0.44313 0.572 0.428
#> GSM342416 1 0.5629 0.59421 0.868 0.132
#> GSM342417 2 0.3584 0.62635 0.068 0.932
#> GSM342418 2 0.4022 0.62525 0.080 0.920
#> GSM342419 1 0.8327 0.62910 0.736 0.264
#> GSM342420 2 0.3584 0.62635 0.068 0.932
#> GSM342422 1 0.8081 0.63630 0.752 0.248
#> GSM342423 1 0.9993 0.30481 0.516 0.484
#> GSM342424 2 0.0672 0.63015 0.008 0.992
#> GSM342425 2 0.0672 0.63015 0.008 0.992
#> GSM342427 2 0.7883 0.53249 0.236 0.764
#> GSM342428 2 0.6623 0.58846 0.172 0.828
#> GSM342429 2 0.6887 0.58120 0.184 0.816
#> GSM342430 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0672 0.64176 0.992 0.008
#> GSM342433 1 0.8909 0.30137 0.692 0.308
#> GSM342434 1 0.9087 0.26214 0.676 0.324
#> GSM342435 1 0.8909 0.30137 0.692 0.308
#> GSM342436 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342438 1 0.0672 0.64176 0.992 0.008
#> GSM342439 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342440 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342442 1 0.0672 0.64176 0.992 0.008
#> GSM342443 1 0.9754 0.46234 0.592 0.408
#> GSM342445 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342446 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342447 1 0.0000 0.64080 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.9087 0.26214 0.676 0.324
#> GSM342449 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342450 1 0.9000 0.28165 0.684 0.316
#> GSM342452 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342453 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342455 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342456 2 0.7950 0.54327 0.240 0.760
#> GSM342457 1 0.9970 0.33531 0.532 0.468
#> GSM342458 2 0.8813 0.46774 0.300 0.700
#> GSM342459 1 0.9661 0.47911 0.608 0.392
#> GSM342460 1 0.9710 0.46864 0.600 0.400
#> GSM342461 1 0.9732 0.47180 0.596 0.404
#> GSM342463 1 0.7883 0.63924 0.764 0.236
#> GSM342464 1 0.7883 0.63924 0.764 0.236
#> GSM342465 1 0.7950 0.63804 0.760 0.240
#> GSM342466 1 0.8207 0.63435 0.744 0.256
#> GSM342468 1 0.9998 0.24972 0.508 0.492
#> GSM342469 1 0.8207 0.63435 0.744 0.256
#> GSM342470 1 0.9358 0.19277 0.648 0.352
#> GSM342472 2 0.9983 0.29528 0.476 0.524
#> GSM342473 1 0.9795 0.45880 0.584 0.416
#> GSM342474 1 0.9795 0.45880 0.584 0.416
#> GSM342475 1 0.0672 0.63838 0.992 0.008
#> GSM342476 1 0.9552 0.48769 0.624 0.376
#> GSM342478 1 0.9635 0.48255 0.612 0.388
#> GSM342479 1 0.8813 0.60713 0.700 0.300
#> GSM342480 1 0.9732 0.46495 0.596 0.404
#> GSM342481 1 0.8763 0.61233 0.704 0.296
#> GSM342482 1 0.9732 0.47180 0.596 0.404
#> GSM342483 1 0.9635 0.48255 0.612 0.388
#> GSM342485 1 0.8016 0.63635 0.756 0.244
#> GSM342486 1 0.8207 0.63269 0.744 0.256
#> GSM342487 1 0.8327 0.42708 0.736 0.264
#> GSM342488 1 0.9552 0.48769 0.624 0.376
#> GSM342489 1 0.9710 0.46864 0.600 0.400
#> GSM342490 2 0.9522 0.46389 0.372 0.628
#> GSM342492 1 0.9000 0.28165 0.684 0.316
#> GSM342493 1 0.8016 0.63635 0.756 0.244
#> GSM342494 2 0.9170 0.41979 0.332 0.668
#> GSM342497 2 0.9460 0.40250 0.364 0.636
#> GSM342498 1 0.6623 0.64520 0.828 0.172
#> GSM342499 1 0.8207 0.63435 0.744 0.256
#> GSM342500 1 0.9754 0.46682 0.592 0.408
#> GSM342501 1 0.8813 0.60713 0.700 0.300
#> GSM342502 1 0.9686 0.49361 0.604 0.396
#> GSM342503 1 0.9608 0.50860 0.616 0.384
#> GSM342504 1 0.9661 0.48070 0.608 0.392
#> GSM342505 1 0.0376 0.64019 0.996 0.004
#> GSM342506 1 0.6531 0.64622 0.832 0.168
#> GSM342507 2 0.9661 0.44553 0.392 0.608
#> GSM342508 1 0.6531 0.64622 0.832 0.168
#> GSM342509 2 0.9795 0.43612 0.416 0.584
#> GSM342510 2 0.7950 0.54327 0.240 0.760
#> GSM342511 2 0.7745 0.55245 0.228 0.772
#> GSM342512 1 0.7950 0.63815 0.760 0.240
#> GSM342513 1 0.7883 0.63924 0.764 0.236
#> GSM342514 1 0.9209 0.23795 0.664 0.336
#> GSM342515 1 0.6531 0.64622 0.832 0.168
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 2 0.566 0.4528 0.264 0.728 0.008
#> GSM342323 1 0.564 0.6147 0.760 0.220 0.020
#> GSM342325 2 0.218 0.6337 0.032 0.948 0.020
#> GSM342326 1 0.573 0.6269 0.772 0.196 0.032
#> GSM342327 1 0.573 0.6269 0.772 0.196 0.032
#> GSM342329 1 0.601 0.6167 0.748 0.220 0.032
#> GSM342331 1 0.573 0.6269 0.772 0.196 0.032
#> GSM342334 2 0.942 -0.0809 0.384 0.440 0.176
#> GSM342335 2 0.936 -0.0475 0.368 0.460 0.172
#> GSM342354 3 0.677 0.6685 0.164 0.096 0.740
#> GSM342371 2 0.585 0.4850 0.216 0.756 0.028
#> GSM342380 2 0.449 0.6346 0.108 0.856 0.036
#> GSM342382 2 0.141 0.6463 0.000 0.964 0.036
#> GSM342399 2 0.218 0.6337 0.032 0.948 0.020
#> GSM342402 1 0.748 0.1726 0.508 0.456 0.036
#> GSM342404 1 0.930 0.4654 0.496 0.180 0.324
#> GSM342408 3 0.651 0.4890 0.300 0.024 0.676
#> GSM342409 2 0.927 0.2720 0.208 0.524 0.268
#> GSM342426 1 0.616 0.6293 0.756 0.196 0.048
#> GSM342441 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342444 3 0.418 0.7688 0.000 0.172 0.828
#> GSM342451 3 0.418 0.7691 0.000 0.172 0.828
#> GSM342462 2 0.852 0.5223 0.180 0.612 0.208
#> GSM342467 1 0.954 0.4856 0.480 0.224 0.296
#> GSM342484 1 0.756 0.4549 0.692 0.156 0.152
#> GSM342491 2 0.969 -0.2593 0.376 0.408 0.216
#> GSM342322 2 0.566 0.4528 0.264 0.728 0.008
#> GSM342338 3 0.532 0.7638 0.016 0.204 0.780
#> GSM342347 3 0.657 0.4810 0.308 0.024 0.668
#> GSM342356 3 0.543 0.6997 0.000 0.284 0.716
#> GSM342357 1 0.710 0.4493 0.720 0.172 0.108
#> GSM342366 2 0.580 0.4880 0.212 0.760 0.028
#> GSM342385 2 0.449 0.6346 0.108 0.856 0.036
#> GSM342421 2 0.756 0.3456 0.264 0.656 0.080
#> GSM342437 1 0.955 0.3159 0.448 0.200 0.352
#> GSM342454 3 0.418 0.7688 0.000 0.172 0.828
#> GSM342471 2 0.191 0.6406 0.016 0.956 0.028
#> GSM342477 1 0.941 0.5079 0.508 0.236 0.256
#> GSM342495 2 0.884 0.5048 0.208 0.580 0.212
#> GSM342496 2 0.457 0.6447 0.012 0.828 0.160
#> GSM342320 1 0.536 0.6254 0.784 0.196 0.020
#> GSM342321 1 0.573 0.6269 0.772 0.196 0.032
#> GSM342324 1 0.590 0.5976 0.744 0.232 0.024
#> GSM342328 1 0.569 0.6135 0.756 0.224 0.020
#> GSM342330 1 0.573 0.6269 0.772 0.196 0.032
#> GSM342332 1 0.831 0.4611 0.556 0.352 0.092
#> GSM342333 2 0.938 -0.0485 0.364 0.460 0.176
#> GSM342336 1 0.831 0.4611 0.556 0.352 0.092
#> GSM342337 3 0.543 0.6997 0.000 0.284 0.716
#> GSM342339 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342340 3 0.475 0.7619 0.000 0.216 0.784
#> GSM342341 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342342 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342343 3 0.543 0.6997 0.000 0.284 0.716
#> GSM342344 3 0.675 0.6787 0.152 0.104 0.744
#> GSM342345 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342346 1 0.941 0.3032 0.448 0.176 0.376
#> GSM342348 2 0.965 -0.0366 0.212 0.428 0.360
#> GSM342349 3 0.662 0.4669 0.316 0.024 0.660
#> GSM342350 3 0.651 0.4890 0.300 0.024 0.676
#> GSM342351 3 0.654 0.4854 0.304 0.024 0.672
#> GSM342352 3 0.654 0.4854 0.304 0.024 0.672
#> GSM342353 3 0.527 0.7649 0.016 0.200 0.784
#> GSM342355 3 0.565 0.6718 0.000 0.312 0.688
#> GSM342358 1 0.522 0.5423 0.816 0.040 0.144
#> GSM342359 1 0.522 0.5423 0.816 0.040 0.144
#> GSM342360 1 0.522 0.5423 0.816 0.040 0.144
#> GSM342361 1 0.474 0.5485 0.828 0.020 0.152
#> GSM342362 1 0.710 0.4493 0.720 0.172 0.108
#> GSM342363 1 0.710 0.4493 0.720 0.172 0.108
#> GSM342364 2 0.406 0.6369 0.076 0.880 0.044
#> GSM342365 1 0.942 0.4134 0.484 0.320 0.196
#> GSM342367 2 0.288 0.6359 0.052 0.924 0.024
#> GSM342368 2 0.583 0.4997 0.204 0.764 0.032
#> GSM342369 1 0.914 0.3135 0.452 0.404 0.144
#> GSM342370 1 0.942 0.4134 0.484 0.320 0.196
#> GSM342372 1 0.917 0.3226 0.460 0.392 0.148
#> GSM342373 2 0.614 0.4748 0.232 0.736 0.032
#> GSM342374 1 0.942 0.4134 0.484 0.320 0.196
#> GSM342375 2 0.801 0.3314 0.276 0.624 0.100
#> GSM342376 2 0.178 0.6392 0.020 0.960 0.020
#> GSM342377 2 0.164 0.6397 0.016 0.964 0.020
#> GSM342378 2 0.827 0.4312 0.156 0.632 0.212
#> GSM342379 2 0.527 0.5195 0.212 0.776 0.012
#> GSM342381 2 0.177 0.6403 0.016 0.960 0.024
#> GSM342383 2 0.445 0.6344 0.112 0.856 0.032
#> GSM342384 2 0.129 0.6458 0.000 0.968 0.032
#> GSM342386 2 0.269 0.6483 0.032 0.932 0.036
#> GSM342387 2 0.995 0.0565 0.288 0.368 0.344
#> GSM342388 3 0.493 0.7521 0.000 0.232 0.768
#> GSM342389 2 0.269 0.6483 0.032 0.932 0.036
#> GSM342390 2 0.968 -0.0715 0.216 0.416 0.368
#> GSM342391 2 0.887 0.3355 0.172 0.568 0.260
#> GSM342392 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342393 1 0.930 0.4654 0.496 0.180 0.324
#> GSM342394 2 0.827 0.4312 0.156 0.632 0.212
#> GSM342395 2 0.524 0.5553 0.160 0.808 0.032
#> GSM342396 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342397 3 0.662 0.4669 0.316 0.024 0.660
#> GSM342398 2 0.177 0.6403 0.016 0.960 0.024
#> GSM342400 2 0.188 0.6393 0.032 0.956 0.012
#> GSM342401 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342403 2 0.810 0.4871 0.196 0.648 0.156
#> GSM342405 1 0.905 0.3592 0.484 0.140 0.376
#> GSM342406 2 0.968 -0.0715 0.216 0.416 0.368
#> GSM342407 3 0.651 0.4890 0.300 0.024 0.676
#> GSM342410 2 0.899 0.2981 0.176 0.552 0.272
#> GSM342411 2 0.995 0.0565 0.288 0.368 0.344
#> GSM342412 2 0.949 -0.1005 0.392 0.424 0.184
#> GSM342413 3 0.767 0.2587 0.380 0.052 0.568
#> GSM342414 3 0.651 0.4890 0.300 0.024 0.676
#> GSM342415 2 0.457 0.5421 0.160 0.828 0.012
#> GSM342416 2 0.968 -0.0715 0.216 0.416 0.368
#> GSM342417 1 0.529 0.6185 0.800 0.172 0.028
#> GSM342418 1 0.524 0.6186 0.804 0.168 0.028
#> GSM342419 2 0.164 0.6385 0.016 0.964 0.020
#> GSM342420 1 0.529 0.6185 0.800 0.172 0.028
#> GSM342422 2 0.140 0.6442 0.004 0.968 0.028
#> GSM342423 2 0.585 0.4850 0.216 0.756 0.028
#> GSM342424 1 0.616 0.6293 0.756 0.196 0.048
#> GSM342425 1 0.616 0.6293 0.756 0.196 0.048
#> GSM342427 1 0.939 0.4780 0.488 0.320 0.192
#> GSM342428 1 0.853 0.5054 0.564 0.320 0.116
#> GSM342429 1 0.831 0.4611 0.556 0.352 0.092
#> GSM342430 3 0.418 0.7691 0.000 0.172 0.828
#> GSM342431 3 0.470 0.7637 0.000 0.212 0.788
#> GSM342432 3 0.424 0.7678 0.000 0.176 0.824
#> GSM342433 3 0.511 0.5596 0.212 0.008 0.780
#> GSM342434 3 0.529 0.5428 0.228 0.008 0.764
#> GSM342435 3 0.511 0.5596 0.212 0.008 0.780
#> GSM342436 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342438 3 0.435 0.7627 0.000 0.184 0.816
#> GSM342439 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342440 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342442 3 0.435 0.7627 0.000 0.184 0.816
#> GSM342443 2 0.852 0.5223 0.180 0.612 0.208
#> GSM342445 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342446 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342447 3 0.540 0.7017 0.000 0.280 0.720
#> GSM342448 3 0.529 0.5428 0.228 0.008 0.764
#> GSM342449 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342450 3 0.520 0.5513 0.220 0.008 0.772
#> GSM342452 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342453 3 0.429 0.7655 0.000 0.180 0.820
#> GSM342455 3 0.418 0.7688 0.000 0.172 0.828
#> GSM342456 1 0.474 0.5485 0.828 0.020 0.152
#> GSM342457 2 0.723 0.4199 0.228 0.692 0.080
#> GSM342458 1 0.946 0.4127 0.480 0.320 0.200
#> GSM342459 2 0.843 0.5330 0.176 0.620 0.204
#> GSM342460 2 0.857 0.5216 0.188 0.608 0.204
#> GSM342461 2 0.830 0.5392 0.172 0.632 0.196
#> GSM342463 2 0.447 0.6442 0.008 0.828 0.164
#> GSM342464 2 0.447 0.6442 0.008 0.828 0.164
#> GSM342465 2 0.441 0.6447 0.008 0.832 0.160
#> GSM342466 2 0.191 0.6406 0.016 0.956 0.028
#> GSM342468 2 0.785 0.3531 0.264 0.640 0.096
#> GSM342469 2 0.191 0.6406 0.016 0.956 0.028
#> GSM342470 3 0.767 0.2587 0.380 0.052 0.568
#> GSM342472 1 0.757 0.1898 0.504 0.040 0.456
#> GSM342473 2 0.826 0.5408 0.176 0.636 0.188
#> GSM342474 2 0.826 0.5408 0.176 0.636 0.188
#> GSM342475 3 0.452 0.7671 0.004 0.180 0.816
#> GSM342476 2 0.884 0.5048 0.208 0.580 0.212
#> GSM342478 2 0.860 0.5222 0.188 0.604 0.208
#> GSM342479 2 0.566 0.6440 0.052 0.796 0.152
#> GSM342480 2 0.852 0.5231 0.180 0.612 0.208
#> GSM342481 2 0.595 0.6400 0.052 0.776 0.172
#> GSM342482 2 0.830 0.5392 0.172 0.632 0.196
#> GSM342483 2 0.860 0.5222 0.188 0.604 0.208
#> GSM342485 2 0.423 0.6444 0.004 0.836 0.160
#> GSM342486 2 0.265 0.6490 0.012 0.928 0.060
#> GSM342487 3 0.734 0.5529 0.204 0.100 0.696
#> GSM342488 2 0.884 0.5048 0.208 0.580 0.212
#> GSM342489 2 0.857 0.5216 0.188 0.608 0.204
#> GSM342490 1 0.866 0.5046 0.560 0.128 0.312
#> GSM342492 3 0.520 0.5513 0.220 0.008 0.772
#> GSM342493 2 0.423 0.6444 0.004 0.836 0.160
#> GSM342494 1 0.975 0.4540 0.416 0.232 0.352
#> GSM342497 1 0.947 0.4552 0.440 0.184 0.376
#> GSM342498 2 0.867 0.3385 0.152 0.584 0.264
#> GSM342499 2 0.191 0.6406 0.016 0.956 0.028
#> GSM342500 2 0.826 0.5399 0.172 0.636 0.192
#> GSM342501 2 0.566 0.6440 0.052 0.796 0.152
#> GSM342502 2 0.777 0.5690 0.152 0.676 0.172
#> GSM342503 2 0.771 0.5751 0.144 0.680 0.176
#> GSM342504 2 0.857 0.5248 0.188 0.608 0.204
#> GSM342505 3 0.412 0.7694 0.000 0.168 0.832
#> GSM342506 2 0.819 0.4321 0.144 0.636 0.220
#> GSM342507 1 0.710 0.4493 0.720 0.172 0.108
#> GSM342508 2 0.819 0.4321 0.144 0.636 0.220
#> GSM342509 1 0.756 0.4549 0.692 0.156 0.152
#> GSM342510 1 0.474 0.5485 0.828 0.020 0.152
#> GSM342511 1 0.889 0.4420 0.524 0.340 0.136
#> GSM342512 2 0.463 0.6443 0.012 0.824 0.164
#> GSM342513 2 0.447 0.6442 0.008 0.828 0.164
#> GSM342514 3 0.752 0.2970 0.364 0.048 0.588
#> GSM342515 2 0.819 0.4321 0.144 0.636 0.220
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 2 0.699 0.2829 0.132 0.620 0.016 0.232
#> GSM342323 4 0.654 0.3500 0.284 0.112 0.000 0.604
#> GSM342325 2 0.387 0.5255 0.008 0.844 0.028 0.120
#> GSM342326 4 0.611 0.3995 0.264 0.088 0.000 0.648
#> GSM342327 4 0.611 0.3995 0.264 0.088 0.000 0.648
#> GSM342329 4 0.638 0.3940 0.256 0.112 0.000 0.632
#> GSM342331 4 0.611 0.3995 0.264 0.088 0.000 0.648
#> GSM342334 2 0.831 -0.1736 0.064 0.420 0.112 0.404
#> GSM342335 2 0.799 -0.1457 0.048 0.440 0.104 0.408
#> GSM342354 3 0.599 0.6368 0.068 0.020 0.708 0.204
#> GSM342371 2 0.498 0.4461 0.024 0.748 0.012 0.216
#> GSM342380 2 0.452 0.5688 0.048 0.828 0.028 0.096
#> GSM342382 2 0.182 0.5922 0.000 0.944 0.036 0.020
#> GSM342399 2 0.387 0.5255 0.008 0.844 0.028 0.120
#> GSM342402 1 0.734 0.3564 0.476 0.392 0.008 0.124
#> GSM342404 4 0.828 0.5380 0.100 0.172 0.160 0.568
#> GSM342408 3 0.671 0.4220 0.084 0.004 0.540 0.372
#> GSM342409 2 0.821 0.1507 0.040 0.516 0.208 0.236
#> GSM342426 4 0.600 0.4074 0.248 0.088 0.000 0.664
#> GSM342441 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342444 3 0.121 0.7595 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342451 3 0.121 0.7596 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342462 2 0.739 0.3934 0.000 0.516 0.212 0.272
#> GSM342467 4 0.771 0.5763 0.060 0.208 0.132 0.600
#> GSM342484 1 0.499 0.6914 0.792 0.132 0.056 0.020
#> GSM342491 4 0.904 0.3179 0.116 0.376 0.132 0.376
#> GSM342322 2 0.699 0.2829 0.132 0.620 0.016 0.232
#> GSM342338 3 0.345 0.7516 0.008 0.092 0.872 0.028
#> GSM342347 3 0.682 0.4123 0.092 0.004 0.532 0.372
#> GSM342356 3 0.373 0.6723 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM342357 1 0.363 0.7120 0.828 0.160 0.000 0.012
#> GSM342366 2 0.495 0.4493 0.024 0.752 0.012 0.212
#> GSM342385 2 0.452 0.5688 0.048 0.828 0.028 0.096
#> GSM342421 2 0.620 0.2902 0.028 0.648 0.036 0.288
#> GSM342437 4 0.881 0.2575 0.104 0.180 0.216 0.500
#> GSM342454 3 0.121 0.7595 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342471 2 0.194 0.5836 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342477 4 0.765 0.5872 0.080 0.216 0.096 0.608
#> GSM342495 2 0.819 0.3777 0.028 0.488 0.220 0.264
#> GSM342496 2 0.444 0.5760 0.000 0.764 0.216 0.020
#> GSM342320 4 0.627 0.3550 0.292 0.088 0.000 0.620
#> GSM342321 4 0.611 0.3995 0.264 0.088 0.000 0.648
#> GSM342324 1 0.731 0.1421 0.480 0.136 0.004 0.380
#> GSM342328 4 0.657 0.3529 0.280 0.116 0.000 0.604
#> GSM342330 4 0.611 0.3995 0.264 0.088 0.000 0.648
#> GSM342332 4 0.617 0.4858 0.064 0.308 0.004 0.624
#> GSM342333 2 0.790 -0.1413 0.040 0.444 0.108 0.408
#> GSM342336 4 0.617 0.4858 0.064 0.308 0.004 0.624
#> GSM342337 3 0.373 0.6723 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM342339 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342340 3 0.241 0.7538 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM342341 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342342 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342343 3 0.373 0.6723 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM342344 3 0.581 0.6474 0.064 0.020 0.724 0.192
#> GSM342345 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342346 4 0.921 0.3730 0.160 0.136 0.264 0.440
#> GSM342348 2 0.939 0.1233 0.128 0.400 0.284 0.188
#> GSM342349 3 0.684 0.3975 0.092 0.004 0.524 0.380
#> GSM342350 3 0.671 0.4220 0.084 0.004 0.540 0.372
#> GSM342351 3 0.677 0.4171 0.088 0.004 0.536 0.372
#> GSM342352 3 0.677 0.4171 0.088 0.004 0.536 0.372
#> GSM342353 3 0.338 0.7523 0.008 0.088 0.876 0.028
#> GSM342355 3 0.398 0.6457 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342358 1 0.230 0.7201 0.924 0.028 0.000 0.048
#> GSM342359 1 0.230 0.7201 0.924 0.028 0.000 0.048
#> GSM342360 1 0.230 0.7201 0.924 0.028 0.000 0.048
#> GSM342361 1 0.189 0.7070 0.936 0.008 0.000 0.056
#> GSM342362 1 0.363 0.7120 0.828 0.160 0.000 0.012
#> GSM342363 1 0.363 0.7120 0.828 0.160 0.000 0.012
#> GSM342364 2 0.334 0.5709 0.004 0.868 0.020 0.108
#> GSM342365 4 0.740 0.4920 0.060 0.304 0.064 0.572
#> GSM342367 2 0.241 0.5788 0.004 0.920 0.016 0.060
#> GSM342368 2 0.499 0.4594 0.024 0.756 0.016 0.204
#> GSM342369 4 0.736 0.3681 0.052 0.396 0.052 0.500
#> GSM342370 4 0.740 0.4920 0.060 0.304 0.064 0.572
#> GSM342372 4 0.747 0.3762 0.060 0.384 0.052 0.504
#> GSM342373 2 0.527 0.4336 0.024 0.724 0.016 0.236
#> GSM342374 4 0.740 0.4920 0.060 0.304 0.064 0.572
#> GSM342375 2 0.641 0.2605 0.028 0.620 0.040 0.312
#> GSM342376 2 0.130 0.5826 0.004 0.964 0.004 0.028
#> GSM342377 2 0.119 0.5829 0.004 0.968 0.004 0.024
#> GSM342378 2 0.780 0.3786 0.072 0.604 0.180 0.144
#> GSM342379 2 0.494 0.4790 0.064 0.764 0.000 0.172
#> GSM342381 2 0.194 0.5849 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342383 2 0.449 0.5681 0.048 0.828 0.024 0.100
#> GSM342384 2 0.172 0.5908 0.000 0.948 0.032 0.020
#> GSM342386 2 0.258 0.5907 0.000 0.912 0.036 0.052
#> GSM342387 2 0.980 0.0898 0.172 0.336 0.248 0.244
#> GSM342388 3 0.265 0.7471 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM342389 2 0.258 0.5907 0.000 0.912 0.036 0.052
#> GSM342390 2 0.945 0.0924 0.136 0.388 0.292 0.184
#> GSM342391 2 0.834 0.3212 0.072 0.540 0.216 0.172
#> GSM342392 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342393 4 0.828 0.5380 0.100 0.172 0.160 0.568
#> GSM342394 2 0.780 0.3786 0.072 0.604 0.180 0.144
#> GSM342395 2 0.425 0.5047 0.008 0.800 0.016 0.176
#> GSM342396 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342397 3 0.684 0.3975 0.092 0.004 0.524 0.380
#> GSM342398 2 0.194 0.5849 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342400 2 0.177 0.5855 0.004 0.948 0.012 0.036
#> GSM342401 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342403 2 0.732 0.4014 0.072 0.648 0.112 0.168
#> GSM342405 4 0.833 0.4905 0.100 0.136 0.208 0.556
#> GSM342406 2 0.945 0.0924 0.136 0.388 0.292 0.184
#> GSM342407 3 0.671 0.4220 0.084 0.004 0.540 0.372
#> GSM342410 2 0.850 0.3014 0.080 0.524 0.224 0.172
#> GSM342411 2 0.980 0.0898 0.172 0.336 0.248 0.244
#> GSM342412 2 0.843 -0.1918 0.068 0.412 0.120 0.400
#> GSM342413 3 0.849 0.2196 0.244 0.028 0.400 0.328
#> GSM342414 3 0.671 0.4220 0.084 0.004 0.540 0.372
#> GSM342415 2 0.363 0.5085 0.012 0.828 0.000 0.160
#> GSM342416 2 0.945 0.0924 0.136 0.388 0.292 0.184
#> GSM342417 1 0.681 0.1822 0.516 0.104 0.000 0.380
#> GSM342418 1 0.680 0.1972 0.520 0.104 0.000 0.376
#> GSM342419 2 0.194 0.5832 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342420 1 0.681 0.1822 0.516 0.104 0.000 0.380
#> GSM342422 2 0.194 0.5878 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342423 2 0.498 0.4461 0.024 0.748 0.012 0.216
#> GSM342424 4 0.600 0.4074 0.248 0.088 0.000 0.664
#> GSM342425 4 0.600 0.4074 0.248 0.088 0.000 0.664
#> GSM342427 4 0.727 0.5445 0.052 0.292 0.068 0.588
#> GSM342428 4 0.581 0.5369 0.064 0.276 0.000 0.660
#> GSM342429 4 0.617 0.4858 0.064 0.308 0.004 0.624
#> GSM342430 3 0.121 0.7596 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342431 3 0.228 0.7562 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM342432 3 0.130 0.7592 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM342433 3 0.642 0.5218 0.104 0.000 0.616 0.280
#> GSM342434 3 0.656 0.5049 0.108 0.000 0.596 0.296
#> GSM342435 3 0.642 0.5218 0.104 0.000 0.616 0.280
#> GSM342436 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342438 3 0.166 0.7562 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM342439 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342440 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342442 3 0.166 0.7562 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM342443 2 0.739 0.3934 0.000 0.516 0.212 0.272
#> GSM342445 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342446 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342447 3 0.369 0.6743 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM342448 3 0.656 0.5049 0.108 0.000 0.596 0.296
#> GSM342449 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342450 3 0.649 0.5150 0.108 0.000 0.608 0.284
#> GSM342452 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342453 3 0.158 0.7583 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM342455 3 0.121 0.7595 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342456 1 0.189 0.7070 0.936 0.008 0.000 0.056
#> GSM342457 2 0.557 0.3557 0.016 0.692 0.028 0.264
#> GSM342458 4 0.740 0.4933 0.056 0.304 0.068 0.572
#> GSM342459 2 0.748 0.4096 0.004 0.528 0.212 0.256
#> GSM342460 2 0.765 0.3976 0.008 0.516 0.212 0.264
#> GSM342461 2 0.726 0.4178 0.000 0.540 0.204 0.256
#> GSM342463 2 0.457 0.5744 0.000 0.756 0.220 0.024
#> GSM342464 2 0.457 0.5744 0.000 0.756 0.220 0.024
#> GSM342465 2 0.454 0.5756 0.000 0.760 0.216 0.024
#> GSM342466 2 0.194 0.5836 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342468 2 0.612 0.2829 0.020 0.636 0.036 0.308
#> GSM342469 2 0.194 0.5836 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342470 3 0.849 0.2196 0.244 0.028 0.400 0.328
#> GSM342472 4 0.816 0.2964 0.228 0.028 0.248 0.496
#> GSM342473 2 0.723 0.4196 0.000 0.544 0.200 0.256
#> GSM342474 2 0.723 0.4196 0.000 0.544 0.200 0.256
#> GSM342475 3 0.176 0.7591 0.004 0.048 0.944 0.004
#> GSM342476 2 0.819 0.3777 0.028 0.488 0.220 0.264
#> GSM342478 2 0.777 0.3977 0.012 0.512 0.216 0.260
#> GSM342479 2 0.567 0.5695 0.004 0.712 0.208 0.076
#> GSM342480 2 0.738 0.3991 0.000 0.520 0.216 0.264
#> GSM342481 2 0.578 0.5596 0.000 0.692 0.220 0.088
#> GSM342482 2 0.726 0.4178 0.000 0.540 0.204 0.256
#> GSM342483 2 0.777 0.3977 0.012 0.512 0.216 0.260
#> GSM342485 2 0.444 0.5757 0.000 0.764 0.216 0.020
#> GSM342486 2 0.274 0.5972 0.000 0.900 0.076 0.024
#> GSM342487 3 0.695 0.4013 0.040 0.052 0.580 0.328
#> GSM342488 2 0.819 0.3777 0.028 0.488 0.220 0.264
#> GSM342489 2 0.765 0.3976 0.008 0.516 0.212 0.264
#> GSM342490 4 0.796 0.5175 0.148 0.108 0.140 0.604
#> GSM342492 3 0.649 0.5150 0.108 0.000 0.608 0.284
#> GSM342493 2 0.444 0.5757 0.000 0.764 0.216 0.020
#> GSM342494 4 0.888 0.5180 0.124 0.212 0.164 0.500
#> GSM342497 4 0.892 0.5074 0.148 0.168 0.180 0.504
#> GSM342498 2 0.817 0.3493 0.072 0.560 0.212 0.156
#> GSM342499 2 0.194 0.5836 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM342500 2 0.723 0.4183 0.000 0.544 0.204 0.252
#> GSM342501 2 0.567 0.5695 0.004 0.712 0.208 0.076
#> GSM342502 2 0.685 0.4622 0.000 0.600 0.196 0.204
#> GSM342503 2 0.679 0.4710 0.000 0.608 0.204 0.188
#> GSM342504 2 0.774 0.4014 0.012 0.516 0.212 0.260
#> GSM342505 3 0.112 0.7593 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM342506 2 0.774 0.3876 0.072 0.608 0.188 0.132
#> GSM342507 1 0.363 0.7120 0.828 0.160 0.000 0.012
#> GSM342508 2 0.774 0.3876 0.072 0.608 0.188 0.132
#> GSM342509 1 0.499 0.6914 0.792 0.132 0.056 0.020
#> GSM342510 1 0.189 0.7070 0.936 0.008 0.000 0.056
#> GSM342511 4 0.685 0.4821 0.052 0.304 0.040 0.604
#> GSM342512 2 0.467 0.5738 0.000 0.752 0.220 0.028
#> GSM342513 2 0.457 0.5744 0.000 0.756 0.220 0.024
#> GSM342514 3 0.829 0.2447 0.240 0.020 0.420 0.320
#> GSM342515 2 0.774 0.3876 0.072 0.608 0.188 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 2 0.5893 0.09258 0.036 0.492 0.016 0.444 0.012
#> GSM342323 4 0.1670 0.65210 0.052 0.012 0.000 0.936 0.000
#> GSM342325 2 0.5068 0.42333 0.028 0.732 0.024 0.196 0.020
#> GSM342326 4 0.0404 0.67222 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342327 4 0.0404 0.67222 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342329 4 0.1106 0.66382 0.024 0.012 0.000 0.964 0.000
#> GSM342331 4 0.0404 0.67222 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342334 5 0.8499 0.00592 0.076 0.356 0.052 0.148 0.368
#> GSM342335 2 0.8182 0.01843 0.060 0.384 0.044 0.140 0.372
#> GSM342354 3 0.4839 0.35968 0.012 0.000 0.660 0.024 0.304
#> GSM342371 2 0.5671 0.50529 0.028 0.712 0.012 0.124 0.124
#> GSM342380 2 0.5542 0.55529 0.064 0.752 0.032 0.080 0.072
#> GSM342382 2 0.1682 0.59374 0.012 0.944 0.032 0.000 0.012
#> GSM342399 2 0.5068 0.42333 0.028 0.732 0.024 0.196 0.020
#> GSM342402 1 0.7442 0.29226 0.404 0.276 0.008 0.292 0.020
#> GSM342404 5 0.8014 0.32856 0.040 0.148 0.084 0.212 0.516
#> GSM342408 5 0.5650 0.38462 0.012 0.004 0.392 0.044 0.548
#> GSM342409 2 0.8219 0.10338 0.060 0.452 0.148 0.052 0.288
#> GSM342426 4 0.1310 0.66271 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> GSM342441 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342444 3 0.0000 0.87766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0324 0.87869 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.8750 0.44656 0.068 0.464 0.160 0.148 0.160
#> GSM342467 5 0.8208 -0.05363 0.048 0.172 0.044 0.352 0.384
#> GSM342484 1 0.6213 0.79155 0.704 0.116 0.056 0.076 0.048
#> GSM342491 2 0.8902 -0.09980 0.064 0.320 0.068 0.276 0.272
#> GSM342322 2 0.5893 0.09258 0.036 0.492 0.016 0.444 0.012
#> GSM342338 3 0.3148 0.82159 0.004 0.060 0.864 0.000 0.072
#> GSM342347 5 0.5800 0.39659 0.020 0.004 0.380 0.044 0.552
#> GSM342356 3 0.3231 0.73412 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM342357 1 0.4032 0.81248 0.800 0.124 0.000 0.072 0.004
#> GSM342366 2 0.5627 0.50679 0.028 0.716 0.012 0.124 0.120
#> GSM342385 2 0.5542 0.55529 0.064 0.752 0.032 0.080 0.072
#> GSM342421 2 0.6638 0.38162 0.028 0.604 0.012 0.152 0.204
#> GSM342437 5 0.8707 -0.00605 0.056 0.112 0.148 0.256 0.428
#> GSM342454 3 0.0000 0.87766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342471 2 0.3084 0.56440 0.024 0.880 0.024 0.004 0.068
#> GSM342477 4 0.8137 0.06944 0.064 0.180 0.024 0.376 0.356
#> GSM342495 2 0.9045 0.43458 0.096 0.436 0.164 0.144 0.160
#> GSM342496 2 0.5262 0.58473 0.064 0.724 0.168 0.000 0.044
#> GSM342320 4 0.1043 0.65936 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM342321 4 0.0404 0.67222 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342324 4 0.5028 0.29293 0.312 0.024 0.004 0.648 0.012
#> GSM342328 4 0.1774 0.65215 0.052 0.016 0.000 0.932 0.000
#> GSM342330 4 0.0404 0.67222 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342332 4 0.6474 0.35998 0.024 0.280 0.004 0.572 0.120
#> GSM342333 2 0.8114 0.02267 0.052 0.388 0.048 0.136 0.376
#> GSM342336 4 0.6474 0.35998 0.024 0.280 0.004 0.572 0.120
#> GSM342337 3 0.3231 0.73412 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM342339 3 0.1571 0.87026 0.000 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM342340 3 0.1768 0.86501 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004
#> GSM342341 3 0.1571 0.87026 0.000 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM342342 3 0.1571 0.87026 0.000 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM342343 3 0.3231 0.73412 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM342344 3 0.4632 0.42169 0.008 0.000 0.684 0.024 0.284
#> GSM342345 3 0.1571 0.87026 0.000 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM342346 5 0.8026 0.41433 0.096 0.116 0.132 0.096 0.560
#> GSM342348 2 0.8612 0.06216 0.124 0.340 0.220 0.016 0.300
#> GSM342349 5 0.5960 0.40607 0.020 0.004 0.372 0.056 0.548
#> GSM342350 5 0.5650 0.38462 0.012 0.004 0.392 0.044 0.548
#> GSM342351 5 0.5809 0.39336 0.020 0.004 0.384 0.044 0.548
#> GSM342352 5 0.5809 0.39336 0.020 0.004 0.384 0.044 0.548
#> GSM342353 3 0.3142 0.81781 0.004 0.056 0.864 0.000 0.076
#> GSM342355 3 0.3585 0.68922 0.004 0.220 0.772 0.000 0.004
#> GSM342358 1 0.4034 0.82795 0.812 0.012 0.000 0.080 0.096
#> GSM342359 1 0.4034 0.82795 0.812 0.012 0.000 0.080 0.096
#> GSM342360 1 0.4034 0.82795 0.812 0.012 0.000 0.080 0.096
#> GSM342361 1 0.3898 0.81386 0.804 0.000 0.000 0.080 0.116
#> GSM342362 1 0.4032 0.81248 0.800 0.124 0.000 0.072 0.004
#> GSM342363 1 0.4032 0.81248 0.800 0.124 0.000 0.072 0.004
#> GSM342364 2 0.4066 0.58651 0.020 0.832 0.024 0.036 0.088
#> GSM342365 5 0.7496 0.18737 0.028 0.276 0.012 0.232 0.452
#> GSM342367 2 0.2988 0.58950 0.012 0.892 0.020 0.032 0.044
#> GSM342368 2 0.5680 0.51154 0.028 0.716 0.016 0.116 0.124
#> GSM342369 5 0.7338 0.06285 0.020 0.376 0.008 0.212 0.384
#> GSM342370 5 0.7496 0.18737 0.028 0.276 0.012 0.232 0.452
#> GSM342372 5 0.7471 0.07854 0.028 0.360 0.008 0.212 0.392
#> GSM342373 2 0.6094 0.49473 0.032 0.680 0.016 0.128 0.144
#> GSM342374 5 0.7496 0.18737 0.028 0.276 0.012 0.232 0.452
#> GSM342375 2 0.6986 0.36543 0.044 0.564 0.008 0.152 0.232
#> GSM342376 2 0.1996 0.58570 0.036 0.928 0.004 0.000 0.032
#> GSM342377 2 0.1822 0.58693 0.036 0.936 0.004 0.000 0.024
#> GSM342378 2 0.7659 0.27346 0.064 0.496 0.156 0.016 0.268
#> GSM342379 2 0.6103 0.48714 0.100 0.672 0.000 0.148 0.080
#> GSM342381 2 0.2794 0.57323 0.020 0.896 0.024 0.004 0.056
#> GSM342383 2 0.5574 0.55244 0.064 0.748 0.028 0.084 0.076
#> GSM342384 2 0.1596 0.59238 0.012 0.948 0.028 0.000 0.012
#> GSM342386 2 0.2688 0.59931 0.004 0.904 0.036 0.024 0.032
#> GSM342387 5 0.7941 0.03286 0.060 0.260 0.188 0.024 0.468
#> GSM342388 3 0.2011 0.85670 0.000 0.088 0.908 0.000 0.004
#> GSM342389 2 0.2688 0.59931 0.004 0.904 0.036 0.024 0.032
#> GSM342390 2 0.8674 0.04547 0.132 0.332 0.228 0.016 0.292
#> GSM342391 2 0.7933 0.22212 0.064 0.436 0.184 0.016 0.300
#> GSM342392 3 0.1638 0.86761 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004
#> GSM342393 5 0.8014 0.32856 0.040 0.148 0.084 0.212 0.516
#> GSM342394 2 0.7659 0.27346 0.064 0.496 0.156 0.016 0.268
#> GSM342395 2 0.5035 0.54326 0.020 0.764 0.016 0.104 0.096
#> GSM342396 3 0.1571 0.87026 0.000 0.060 0.936 0.000 0.004
#> GSM342397 5 0.5960 0.40607 0.020 0.004 0.372 0.056 0.548
#> GSM342398 2 0.2794 0.57323 0.020 0.896 0.024 0.004 0.056
#> GSM342400 2 0.2396 0.59164 0.024 0.920 0.016 0.012 0.028
#> GSM342401 3 0.1638 0.86761 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004
#> GSM342403 2 0.7649 0.39869 0.096 0.576 0.084 0.060 0.184
#> GSM342405 5 0.8085 0.37510 0.040 0.116 0.128 0.196 0.520
#> GSM342406 2 0.8674 0.04547 0.132 0.332 0.228 0.016 0.292
#> GSM342407 5 0.5650 0.38462 0.012 0.004 0.392 0.044 0.548
#> GSM342410 2 0.8036 0.21223 0.072 0.428 0.188 0.016 0.296
#> GSM342411 5 0.7941 0.03286 0.060 0.260 0.188 0.024 0.468
#> GSM342412 5 0.8626 0.03424 0.080 0.340 0.060 0.148 0.372
#> GSM342413 5 0.6385 0.22072 0.132 0.012 0.248 0.012 0.596
#> GSM342414 5 0.5650 0.38462 0.012 0.004 0.392 0.044 0.548
#> GSM342415 2 0.4988 0.53721 0.048 0.760 0.000 0.108 0.084
#> GSM342416 2 0.8674 0.04547 0.132 0.332 0.228 0.016 0.292
#> GSM342417 4 0.4591 0.29247 0.332 0.012 0.000 0.648 0.008
#> GSM342418 4 0.4970 0.27759 0.340 0.028 0.000 0.624 0.008
#> GSM342419 2 0.2941 0.57095 0.024 0.892 0.024 0.008 0.052
#> GSM342420 4 0.4591 0.29247 0.332 0.012 0.000 0.648 0.008
#> GSM342422 2 0.1913 0.58713 0.020 0.936 0.024 0.000 0.020
#> GSM342423 2 0.5671 0.50529 0.028 0.712 0.012 0.124 0.124
#> GSM342424 4 0.1310 0.66271 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> GSM342425 4 0.1310 0.66271 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> GSM342427 4 0.7623 0.19886 0.036 0.240 0.008 0.416 0.300
#> GSM342428 4 0.6650 0.38509 0.028 0.252 0.000 0.556 0.164
#> GSM342429 4 0.6474 0.35998 0.024 0.280 0.004 0.572 0.120
#> GSM342430 3 0.0324 0.87869 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342431 3 0.1638 0.86761 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004
#> GSM342432 3 0.0162 0.87783 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342433 5 0.5184 0.23810 0.032 0.000 0.456 0.004 0.508
#> GSM342434 5 0.5166 0.26959 0.032 0.000 0.436 0.004 0.528
#> GSM342435 5 0.5184 0.23810 0.032 0.000 0.456 0.004 0.508
#> GSM342436 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342438 3 0.1173 0.86937 0.020 0.012 0.964 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342440 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342442 3 0.1299 0.86614 0.020 0.012 0.960 0.000 0.008
#> GSM342443 2 0.8750 0.44656 0.068 0.464 0.160 0.148 0.160
#> GSM342445 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342446 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342447 3 0.3196 0.73826 0.000 0.192 0.804 0.000 0.004
#> GSM342448 5 0.5166 0.26959 0.032 0.000 0.436 0.004 0.528
#> GSM342449 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342450 5 0.5178 0.25222 0.032 0.000 0.448 0.004 0.516
#> GSM342452 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342453 3 0.1186 0.86994 0.020 0.008 0.964 0.000 0.008
#> GSM342455 3 0.0000 0.87766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 1 0.3898 0.81386 0.804 0.000 0.000 0.080 0.116
#> GSM342457 2 0.6354 0.43378 0.040 0.636 0.004 0.140 0.180
#> GSM342458 5 0.7425 0.18823 0.024 0.276 0.012 0.232 0.456
#> GSM342459 2 0.8684 0.46038 0.072 0.476 0.160 0.140 0.152
#> GSM342460 2 0.8787 0.45028 0.076 0.464 0.160 0.144 0.156
#> GSM342461 2 0.8579 0.46392 0.068 0.488 0.156 0.140 0.148
#> GSM342463 2 0.5154 0.58354 0.064 0.728 0.172 0.000 0.036
#> GSM342464 2 0.5154 0.58354 0.064 0.728 0.172 0.000 0.036
#> GSM342465 2 0.5191 0.58430 0.064 0.728 0.168 0.000 0.040
#> GSM342466 2 0.3084 0.56440 0.024 0.880 0.024 0.004 0.068
#> GSM342468 2 0.6893 0.37995 0.044 0.580 0.008 0.152 0.216
#> GSM342469 2 0.3084 0.56440 0.024 0.880 0.024 0.004 0.068
#> GSM342470 5 0.6385 0.22072 0.132 0.012 0.248 0.012 0.596
#> GSM342472 5 0.7414 0.38314 0.132 0.024 0.112 0.144 0.588
#> GSM342473 2 0.8636 0.46442 0.068 0.480 0.152 0.140 0.160
#> GSM342474 2 0.8636 0.46442 0.068 0.480 0.152 0.140 0.160
#> GSM342475 3 0.1299 0.86802 0.020 0.008 0.960 0.000 0.012
#> GSM342476 2 0.9045 0.43458 0.096 0.436 0.164 0.144 0.160
#> GSM342478 2 0.8831 0.44902 0.080 0.460 0.160 0.144 0.156
#> GSM342479 2 0.6634 0.58046 0.064 0.652 0.160 0.024 0.100
#> GSM342480 2 0.8721 0.45098 0.068 0.468 0.160 0.144 0.160
#> GSM342481 2 0.6637 0.57029 0.060 0.636 0.168 0.012 0.124
#> GSM342482 2 0.8579 0.46392 0.068 0.488 0.156 0.140 0.148
#> GSM342483 2 0.8831 0.44902 0.080 0.460 0.160 0.144 0.156
#> GSM342485 2 0.5130 0.58462 0.060 0.732 0.168 0.000 0.040
#> GSM342486 2 0.3704 0.59542 0.024 0.848 0.060 0.004 0.064
#> GSM342487 5 0.6608 0.27879 0.048 0.032 0.424 0.024 0.472
#> GSM342488 2 0.9045 0.43458 0.096 0.436 0.164 0.144 0.160
#> GSM342489 2 0.8787 0.45028 0.076 0.464 0.160 0.144 0.156
#> GSM342490 5 0.8420 -0.03184 0.128 0.092 0.044 0.352 0.384
#> GSM342492 5 0.5178 0.25222 0.032 0.000 0.448 0.004 0.516
#> GSM342493 2 0.5130 0.58462 0.060 0.732 0.168 0.000 0.040
#> GSM342494 5 0.7446 0.31834 0.044 0.196 0.044 0.148 0.568
#> GSM342497 5 0.7613 0.34285 0.068 0.156 0.056 0.140 0.580
#> GSM342498 2 0.6985 0.25328 0.036 0.504 0.168 0.000 0.292
#> GSM342499 2 0.3084 0.56440 0.024 0.880 0.024 0.004 0.068
#> GSM342500 2 0.8549 0.46408 0.068 0.492 0.156 0.140 0.144
#> GSM342501 2 0.6634 0.58046 0.064 0.652 0.160 0.024 0.100
#> GSM342502 2 0.8002 0.49485 0.064 0.552 0.152 0.132 0.100
#> GSM342503 2 0.7905 0.50318 0.064 0.560 0.160 0.124 0.092
#> GSM342504 2 0.8804 0.45156 0.080 0.464 0.160 0.144 0.152
#> GSM342505 3 0.0162 0.87740 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342506 2 0.6769 0.29003 0.036 0.548 0.156 0.000 0.260
#> GSM342507 1 0.4032 0.81248 0.800 0.124 0.000 0.072 0.004
#> GSM342508 2 0.6769 0.29003 0.036 0.548 0.156 0.000 0.260
#> GSM342509 1 0.6213 0.79155 0.704 0.116 0.056 0.076 0.048
#> GSM342510 1 0.3898 0.81386 0.804 0.000 0.000 0.080 0.116
#> GSM342511 4 0.7380 0.29756 0.028 0.272 0.020 0.500 0.180
#> GSM342512 2 0.5381 0.58284 0.064 0.720 0.172 0.004 0.040
#> GSM342513 2 0.5154 0.58354 0.064 0.728 0.172 0.000 0.036
#> GSM342514 5 0.6151 0.22091 0.132 0.004 0.264 0.008 0.592
#> GSM342515 2 0.6769 0.29003 0.036 0.548 0.156 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.5477 -0.00585 0.056 0.012 0.000 0.444 0.476 0.012
#> GSM342323 4 0.1799 0.66255 0.008 0.004 0.000 0.928 0.008 0.052
#> GSM342325 5 0.4327 0.12749 0.056 0.016 0.000 0.196 0.732 0.000
#> GSM342326 4 0.0603 0.68011 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM342327 4 0.0603 0.68011 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM342329 4 0.1294 0.67171 0.008 0.004 0.000 0.956 0.008 0.024
#> GSM342331 4 0.0603 0.68011 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM342334 2 0.7694 0.20437 0.112 0.480 0.040 0.048 0.268 0.052
#> GSM342335 2 0.7545 0.15867 0.116 0.468 0.040 0.040 0.296 0.040
#> GSM342354 3 0.4046 0.34595 0.000 0.368 0.620 0.000 0.004 0.008
#> GSM342371 5 0.6463 0.40666 0.120 0.204 0.012 0.036 0.600 0.028
#> GSM342380 5 0.5605 0.38294 0.084 0.092 0.008 0.056 0.716 0.044
#> GSM342382 5 0.1149 0.44825 0.008 0.024 0.008 0.000 0.960 0.000
#> GSM342399 5 0.4327 0.12749 0.056 0.016 0.000 0.196 0.732 0.000
#> GSM342402 6 0.7334 0.30847 0.064 0.028 0.000 0.208 0.260 0.440
#> GSM342404 2 0.6147 0.45760 0.052 0.676 0.032 0.124 0.088 0.028
#> GSM342408 2 0.3758 0.43519 0.000 0.668 0.324 0.000 0.000 0.008
#> GSM342409 2 0.7479 0.04988 0.100 0.388 0.100 0.016 0.376 0.020
#> GSM342426 4 0.1555 0.66977 0.012 0.008 0.000 0.940 0.000 0.040
#> GSM342441 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.88237 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0291 0.88259 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 5 0.8287 0.41391 0.212 0.220 0.144 0.064 0.360 0.000
#> GSM342467 2 0.8109 0.11885 0.124 0.436 0.024 0.240 0.136 0.040
#> GSM342484 6 0.3931 0.79882 0.008 0.012 0.056 0.008 0.108 0.808
#> GSM342491 2 0.9451 -0.02131 0.156 0.256 0.060 0.184 0.244 0.100
#> GSM342322 5 0.5477 -0.00585 0.056 0.012 0.000 0.444 0.476 0.012
#> GSM342338 3 0.3039 0.81966 0.004 0.088 0.848 0.000 0.060 0.000
#> GSM342347 2 0.3634 0.46263 0.000 0.696 0.296 0.000 0.000 0.008
#> GSM342356 3 0.3121 0.74673 0.008 0.004 0.796 0.000 0.192 0.000
#> GSM342357 6 0.2547 0.82471 0.016 0.000 0.000 0.004 0.112 0.868
#> GSM342366 5 0.6439 0.40766 0.120 0.200 0.012 0.036 0.604 0.028
#> GSM342385 5 0.5605 0.38294 0.084 0.092 0.008 0.056 0.716 0.044
#> GSM342421 5 0.7172 0.24506 0.124 0.280 0.012 0.060 0.496 0.028
#> GSM342437 1 0.7612 0.34496 0.532 0.136 0.048 0.180 0.068 0.036
#> GSM342454 3 0.0000 0.88237 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 5 0.3541 0.23267 0.132 0.044 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM342477 2 0.8015 0.05040 0.124 0.416 0.004 0.260 0.136 0.060
#> GSM342495 5 0.8670 0.40205 0.212 0.228 0.144 0.064 0.336 0.016
#> GSM342496 5 0.5783 0.53226 0.148 0.068 0.148 0.000 0.636 0.000
#> GSM342320 4 0.1152 0.67037 0.000 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM342321 4 0.0603 0.68011 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM342324 4 0.5314 0.24520 0.048 0.012 0.000 0.572 0.016 0.352
#> GSM342328 4 0.1901 0.66169 0.008 0.004 0.000 0.924 0.012 0.052
#> GSM342330 4 0.0603 0.68011 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> GSM342332 4 0.7530 0.30955 0.172 0.176 0.004 0.444 0.196 0.008
#> GSM342333 2 0.7315 0.15978 0.112 0.476 0.036 0.036 0.308 0.032
#> GSM342336 4 0.7530 0.30955 0.172 0.176 0.004 0.444 0.196 0.008
#> GSM342337 3 0.3121 0.74673 0.008 0.004 0.796 0.000 0.192 0.000
#> GSM342339 3 0.1555 0.87346 0.004 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342340 3 0.1732 0.86862 0.004 0.004 0.920 0.000 0.072 0.000
#> GSM342341 3 0.1555 0.87346 0.004 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342342 3 0.1555 0.87346 0.004 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342343 3 0.3121 0.74673 0.008 0.004 0.796 0.000 0.192 0.000
#> GSM342344 3 0.3955 0.41500 0.000 0.340 0.648 0.000 0.004 0.008
#> GSM342345 3 0.1555 0.87346 0.004 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342346 2 0.5177 0.47499 0.024 0.752 0.076 0.020 0.076 0.052
#> GSM342348 1 0.7160 0.69808 0.464 0.116 0.064 0.000 0.312 0.044
#> GSM342349 2 0.3840 0.47133 0.000 0.696 0.288 0.008 0.000 0.008
#> GSM342350 2 0.3758 0.43519 0.000 0.668 0.324 0.000 0.000 0.008
#> GSM342351 2 0.3653 0.45997 0.000 0.692 0.300 0.000 0.000 0.008
#> GSM342352 2 0.3653 0.45997 0.000 0.692 0.300 0.000 0.000 0.008
#> GSM342353 3 0.2948 0.81603 0.000 0.092 0.848 0.000 0.060 0.000
#> GSM342355 3 0.3783 0.71083 0.024 0.008 0.764 0.000 0.200 0.004
#> GSM342358 6 0.1655 0.84438 0.004 0.032 0.000 0.012 0.012 0.940
#> GSM342359 6 0.1655 0.84438 0.004 0.032 0.000 0.012 0.012 0.940
#> GSM342360 6 0.1655 0.84438 0.004 0.032 0.000 0.012 0.012 0.940
#> GSM342361 6 0.1225 0.83216 0.000 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952
#> GSM342362 6 0.2547 0.82471 0.016 0.000 0.000 0.004 0.112 0.868
#> GSM342363 6 0.2547 0.82471 0.016 0.000 0.000 0.004 0.112 0.868
#> GSM342364 5 0.4346 0.49219 0.072 0.132 0.016 0.012 0.768 0.000
#> GSM342365 2 0.6682 0.34601 0.088 0.576 0.004 0.128 0.188 0.016
#> GSM342367 5 0.4015 0.47934 0.092 0.080 0.016 0.012 0.800 0.000
#> GSM342368 5 0.6377 0.41633 0.116 0.196 0.012 0.036 0.612 0.028
#> GSM342369 2 0.7062 0.22278 0.084 0.476 0.004 0.120 0.300 0.016
#> GSM342370 2 0.6682 0.34601 0.088 0.576 0.004 0.128 0.188 0.016
#> GSM342372 2 0.7104 0.24091 0.088 0.492 0.004 0.120 0.276 0.020
#> GSM342373 5 0.6541 0.39508 0.116 0.224 0.012 0.036 0.584 0.028
#> GSM342374 2 0.6682 0.34601 0.088 0.576 0.004 0.128 0.188 0.016
#> GSM342375 5 0.7146 0.20783 0.148 0.308 0.000 0.064 0.452 0.028
#> GSM342376 5 0.3351 0.43881 0.096 0.040 0.000 0.004 0.840 0.020
#> GSM342377 5 0.3369 0.44410 0.092 0.044 0.000 0.004 0.840 0.020
#> GSM342378 1 0.5637 0.57339 0.480 0.004 0.056 0.004 0.432 0.024
#> GSM342379 5 0.7093 0.36258 0.160 0.144 0.000 0.072 0.556 0.068
#> GSM342381 5 0.2173 0.34272 0.064 0.028 0.000 0.004 0.904 0.000
#> GSM342383 5 0.5652 0.37886 0.088 0.092 0.008 0.056 0.712 0.044
#> GSM342384 5 0.0777 0.44700 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> GSM342386 5 0.3120 0.48907 0.040 0.076 0.016 0.008 0.860 0.000
#> GSM342387 1 0.7477 0.65617 0.500 0.136 0.060 0.004 0.224 0.076
#> GSM342388 3 0.1949 0.86207 0.004 0.004 0.904 0.000 0.088 0.000
#> GSM342389 5 0.3120 0.48907 0.040 0.076 0.016 0.008 0.860 0.000
#> GSM342390 1 0.7263 0.69606 0.456 0.124 0.064 0.000 0.308 0.048
#> GSM342391 1 0.5906 0.64588 0.512 0.024 0.060 0.000 0.380 0.024
#> GSM342392 3 0.1615 0.87098 0.004 0.004 0.928 0.000 0.064 0.000
#> GSM342393 2 0.6147 0.45760 0.052 0.676 0.032 0.124 0.088 0.028
#> GSM342394 1 0.5637 0.57339 0.480 0.004 0.056 0.004 0.432 0.024
#> GSM342395 5 0.5843 0.45752 0.120 0.164 0.016 0.024 0.660 0.016
#> GSM342396 3 0.1555 0.87346 0.004 0.004 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342397 2 0.3840 0.47133 0.000 0.696 0.288 0.008 0.000 0.008
#> GSM342398 5 0.2420 0.31819 0.076 0.032 0.000 0.004 0.888 0.000
#> GSM342400 5 0.3236 0.45229 0.092 0.040 0.012 0.008 0.848 0.000
#> GSM342401 3 0.1615 0.87098 0.004 0.004 0.928 0.000 0.064 0.000
#> GSM342403 5 0.7505 0.26870 0.108 0.280 0.048 0.024 0.484 0.056
#> GSM342405 2 0.6304 0.47710 0.052 0.672 0.068 0.116 0.064 0.028
#> GSM342406 1 0.7263 0.69606 0.456 0.124 0.064 0.000 0.308 0.048
#> GSM342407 2 0.3741 0.44053 0.000 0.672 0.320 0.000 0.000 0.008
#> GSM342410 1 0.6156 0.65404 0.500 0.036 0.060 0.000 0.376 0.028
#> GSM342411 1 0.7477 0.65617 0.500 0.136 0.060 0.004 0.224 0.076
#> GSM342412 2 0.7720 0.21981 0.116 0.488 0.040 0.048 0.252 0.056
#> GSM342413 1 0.6432 0.39720 0.464 0.368 0.064 0.004 0.000 0.100
#> GSM342414 2 0.3741 0.44053 0.000 0.672 0.320 0.000 0.000 0.008
#> GSM342415 5 0.5949 0.40682 0.176 0.128 0.000 0.036 0.636 0.024
#> GSM342416 1 0.7263 0.69606 0.456 0.124 0.064 0.000 0.308 0.048
#> GSM342417 4 0.4767 0.25964 0.016 0.012 0.000 0.584 0.012 0.376
#> GSM342418 4 0.5170 0.23787 0.016 0.024 0.000 0.560 0.020 0.380
#> GSM342419 5 0.2776 0.29633 0.104 0.032 0.000 0.004 0.860 0.000
#> GSM342420 4 0.4767 0.25964 0.016 0.012 0.000 0.584 0.012 0.376
#> GSM342422 5 0.1036 0.42708 0.008 0.024 0.000 0.004 0.964 0.000
#> GSM342423 5 0.6463 0.40666 0.120 0.204 0.012 0.036 0.600 0.028
#> GSM342424 4 0.1555 0.66977 0.012 0.008 0.000 0.940 0.000 0.040
#> GSM342425 4 0.1555 0.66977 0.012 0.008 0.000 0.940 0.000 0.040
#> GSM342427 4 0.8159 0.04176 0.152 0.316 0.004 0.316 0.176 0.036
#> GSM342428 4 0.7608 0.27453 0.148 0.212 0.000 0.436 0.184 0.020
#> GSM342429 4 0.7530 0.30955 0.172 0.176 0.004 0.444 0.196 0.008
#> GSM342430 3 0.0291 0.88259 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.1615 0.87098 0.004 0.004 0.928 0.000 0.064 0.000
#> GSM342432 3 0.0146 0.88223 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342433 2 0.5850 0.25849 0.064 0.480 0.404 0.000 0.000 0.052
#> GSM342434 2 0.5869 0.29360 0.064 0.500 0.380 0.000 0.000 0.056
#> GSM342435 2 0.5850 0.25849 0.064 0.480 0.404 0.000 0.000 0.052
#> GSM342436 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.1080 0.87253 0.032 0.004 0.960 0.000 0.004 0.000
#> GSM342439 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.1010 0.87089 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000
#> GSM342443 5 0.8275 0.41423 0.212 0.216 0.144 0.064 0.364 0.000
#> GSM342445 3 0.1010 0.87141 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.3089 0.75143 0.008 0.004 0.800 0.000 0.188 0.000
#> GSM342448 2 0.5869 0.29360 0.064 0.500 0.380 0.000 0.000 0.056
#> GSM342449 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.5836 0.27945 0.064 0.492 0.392 0.000 0.000 0.052
#> GSM342452 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0865 0.87290 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.88237 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.1225 0.83216 0.000 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952
#> GSM342457 5 0.7146 0.29658 0.156 0.248 0.004 0.064 0.500 0.028
#> GSM342458 2 0.6682 0.34632 0.088 0.576 0.004 0.128 0.188 0.016
#> GSM342459 5 0.8210 0.42618 0.212 0.208 0.144 0.060 0.376 0.000
#> GSM342460 5 0.8275 0.41752 0.212 0.216 0.144 0.064 0.364 0.000
#> GSM342461 5 0.8166 0.43188 0.216 0.192 0.144 0.060 0.388 0.000
#> GSM342463 5 0.5766 0.53241 0.140 0.072 0.148 0.000 0.640 0.000
#> GSM342464 5 0.5766 0.53241 0.140 0.072 0.148 0.000 0.640 0.000
#> GSM342465 5 0.5750 0.53328 0.144 0.068 0.148 0.000 0.640 0.000
#> GSM342466 5 0.3541 0.23267 0.132 0.044 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM342468 5 0.7281 0.22552 0.152 0.300 0.004 0.064 0.452 0.028
#> GSM342469 5 0.3541 0.23267 0.132 0.044 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM342470 1 0.6432 0.39720 0.464 0.368 0.064 0.004 0.000 0.100
#> GSM342472 2 0.5536 0.41561 0.040 0.704 0.032 0.096 0.004 0.124
#> GSM342473 5 0.8206 0.43068 0.244 0.188 0.140 0.060 0.368 0.000
#> GSM342474 5 0.8206 0.43068 0.244 0.188 0.140 0.060 0.368 0.000
#> GSM342475 3 0.1010 0.87131 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 5 0.8670 0.40205 0.212 0.228 0.144 0.064 0.336 0.016
#> GSM342478 5 0.8398 0.41705 0.212 0.216 0.144 0.064 0.360 0.004
#> GSM342479 5 0.6333 0.52080 0.184 0.100 0.140 0.000 0.576 0.000
#> GSM342480 5 0.8263 0.41957 0.212 0.212 0.144 0.064 0.368 0.000
#> GSM342481 5 0.6662 0.51952 0.176 0.124 0.144 0.004 0.552 0.000
#> GSM342482 5 0.8168 0.43058 0.212 0.196 0.144 0.060 0.388 0.000
#> GSM342483 5 0.8398 0.41705 0.212 0.216 0.144 0.064 0.360 0.004
#> GSM342485 5 0.5647 0.53373 0.144 0.060 0.148 0.000 0.648 0.000
#> GSM342486 5 0.3188 0.42066 0.076 0.032 0.040 0.000 0.852 0.000
#> GSM342487 2 0.5368 0.38581 0.064 0.572 0.344 0.008 0.004 0.008
#> GSM342488 5 0.8670 0.40205 0.212 0.228 0.144 0.064 0.336 0.016
#> GSM342489 5 0.8275 0.41752 0.212 0.216 0.144 0.064 0.364 0.000
#> GSM342490 2 0.7953 0.13296 0.120 0.456 0.012 0.236 0.060 0.116
#> GSM342492 2 0.5836 0.27945 0.064 0.492 0.392 0.000 0.000 0.052
#> GSM342493 5 0.5647 0.53373 0.144 0.060 0.148 0.000 0.648 0.000
#> GSM342494 2 0.6725 0.43663 0.052 0.616 0.016 0.104 0.156 0.056
#> GSM342497 2 0.6636 0.44355 0.044 0.632 0.016 0.100 0.128 0.080
#> GSM342498 5 0.5580 -0.60071 0.456 0.028 0.056 0.000 0.456 0.004
#> GSM342499 5 0.3541 0.23267 0.132 0.044 0.000 0.008 0.812 0.004
#> GSM342500 5 0.8150 0.43261 0.216 0.188 0.144 0.060 0.392 0.000
#> GSM342501 5 0.6333 0.52080 0.184 0.100 0.140 0.000 0.576 0.000
#> GSM342502 5 0.7840 0.46836 0.208 0.136 0.144 0.060 0.452 0.000
#> GSM342503 5 0.7719 0.47516 0.208 0.132 0.144 0.052 0.464 0.000
#> GSM342504 5 0.8386 0.41924 0.212 0.212 0.144 0.064 0.364 0.004
#> GSM342505 3 0.0146 0.88221 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 5 0.5104 -0.54159 0.440 0.000 0.056 0.004 0.496 0.004
#> GSM342507 6 0.2547 0.82471 0.016 0.000 0.000 0.004 0.112 0.868
#> GSM342508 5 0.5104 -0.54159 0.440 0.000 0.056 0.004 0.496 0.004
#> GSM342509 6 0.3931 0.79882 0.008 0.012 0.056 0.008 0.108 0.808
#> GSM342510 6 0.1225 0.83216 0.000 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952
#> GSM342511 4 0.7948 0.21070 0.176 0.252 0.012 0.368 0.184 0.008
#> GSM342512 5 0.5935 0.53412 0.144 0.072 0.148 0.004 0.632 0.000
#> GSM342513 5 0.5766 0.53241 0.140 0.072 0.148 0.000 0.640 0.000
#> GSM342514 1 0.6610 0.39250 0.460 0.352 0.080 0.004 0.000 0.104
#> GSM342515 5 0.5104 -0.54159 0.440 0.000 0.056 0.004 0.496 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:hclust 114 0.23999 2
#> SD:hclust 126 0.34542 3
#> SD:hclust 101 0.94143 4
#> SD:hclust 99 0.01011 5
#> SD:hclust 81 0.00744 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.228 0.523 0.767 0.4582 0.546 0.546
#> 3 3 0.466 0.611 0.747 0.4231 0.700 0.491
#> 4 4 0.540 0.563 0.745 0.1211 0.789 0.479
#> 5 5 0.606 0.468 0.676 0.0612 0.934 0.775
#> 6 6 0.647 0.515 0.680 0.0498 0.852 0.488
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342323 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342325 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342326 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342327 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342329 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342331 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342334 2 0.4431 0.664 0.092 0.908
#> GSM342335 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342354 1 0.9323 0.450 0.652 0.348
#> GSM342371 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342380 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> GSM342382 1 0.9833 -0.189 0.576 0.424
#> GSM342399 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342402 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342404 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342408 1 0.9686 0.387 0.604 0.396
#> GSM342409 2 0.6801 0.614 0.180 0.820
#> GSM342426 2 0.0938 0.671 0.012 0.988
#> GSM342441 1 0.2043 0.690 0.968 0.032
#> GSM342444 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342467 2 0.5842 0.649 0.140 0.860
#> GSM342484 2 0.9881 0.399 0.436 0.564
#> GSM342491 2 0.5178 0.630 0.116 0.884
#> GSM342322 2 0.9209 0.507 0.336 0.664
#> GSM342338 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342347 1 0.9710 0.384 0.600 0.400
#> GSM342356 1 0.0938 0.697 0.988 0.012
#> GSM342357 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342366 2 0.6343 0.650 0.160 0.840
#> GSM342385 2 0.9460 0.481 0.364 0.636
#> GSM342421 2 0.2236 0.673 0.036 0.964
#> GSM342437 2 0.2603 0.666 0.044 0.956
#> GSM342454 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0672 0.673 0.008 0.992
#> GSM342477 2 0.1633 0.671 0.024 0.976
#> GSM342495 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342496 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342320 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342321 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342324 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342328 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342330 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342332 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342333 2 0.5629 0.650 0.132 0.868
#> GSM342336 2 0.0672 0.673 0.008 0.992
#> GSM342337 1 0.0938 0.697 0.988 0.012
#> GSM342339 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342340 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342341 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342342 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342343 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342344 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342345 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342346 2 0.6438 0.629 0.164 0.836
#> GSM342348 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> GSM342349 1 0.9460 0.430 0.636 0.364
#> GSM342350 1 0.9358 0.445 0.648 0.352
#> GSM342351 1 0.9608 0.401 0.616 0.384
#> GSM342352 1 0.9358 0.445 0.648 0.352
#> GSM342353 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342355 1 0.4690 0.606 0.900 0.100
#> GSM342358 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342359 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342360 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342361 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342362 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342363 2 0.9358 0.493 0.352 0.648
#> GSM342364 2 0.9710 0.485 0.400 0.600
#> GSM342365 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342367 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342368 2 0.9833 0.458 0.424 0.576
#> GSM342369 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342370 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342372 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342373 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342374 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342375 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342376 2 0.9993 0.378 0.484 0.516
#> GSM342377 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342378 2 0.9460 0.485 0.364 0.636
#> GSM342379 2 0.9209 0.507 0.336 0.664
#> GSM342381 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342383 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342384 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342386 2 0.9996 0.373 0.488 0.512
#> GSM342387 2 0.0672 0.673 0.008 0.992
#> GSM342388 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342389 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342390 2 0.9491 0.481 0.368 0.632
#> GSM342391 2 0.9460 0.485 0.364 0.636
#> GSM342392 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342394 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> GSM342395 2 0.6343 0.650 0.160 0.840
#> GSM342396 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342397 1 0.9460 0.430 0.636 0.364
#> GSM342398 2 0.9996 0.371 0.488 0.512
#> GSM342400 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342401 1 0.0672 0.700 0.992 0.008
#> GSM342403 2 0.9996 0.378 0.488 0.512
#> GSM342405 2 0.8661 0.447 0.288 0.712
#> GSM342406 2 0.9460 0.485 0.364 0.636
#> GSM342407 1 0.9248 0.455 0.660 0.340
#> GSM342410 2 0.9460 0.485 0.364 0.636
#> GSM342411 2 0.0672 0.673 0.008 0.992
#> GSM342412 2 0.1184 0.673 0.016 0.984
#> GSM342413 2 0.0938 0.672 0.012 0.988
#> GSM342414 1 0.9248 0.455 0.660 0.340
#> GSM342415 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342416 2 0.9000 0.527 0.316 0.684
#> GSM342417 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342418 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342419 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342420 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342422 2 0.9988 0.385 0.480 0.520
#> GSM342423 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342424 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342425 2 0.0938 0.671 0.012 0.988
#> GSM342427 2 0.5408 0.657 0.124 0.876
#> GSM342428 2 0.0672 0.673 0.008 0.992
#> GSM342429 2 0.9000 0.538 0.316 0.684
#> GSM342430 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.9170 0.458 0.668 0.332
#> GSM342434 1 0.9358 0.432 0.648 0.352
#> GSM342435 1 0.9170 0.458 0.668 0.332
#> GSM342436 1 0.2043 0.690 0.968 0.032
#> GSM342438 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.2043 0.690 0.968 0.032
#> GSM342442 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342445 1 0.2043 0.690 0.968 0.032
#> GSM342446 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.9248 0.448 0.660 0.340
#> GSM342449 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.9170 0.458 0.668 0.332
#> GSM342452 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> GSM342457 2 0.9850 0.454 0.428 0.572
#> GSM342458 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342459 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342460 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342461 1 1.0000 -0.321 0.504 0.496
#> GSM342463 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342464 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342465 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342466 2 0.9710 0.446 0.400 0.600
#> GSM342468 2 0.5519 0.650 0.128 0.872
#> GSM342469 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> GSM342470 2 0.0938 0.672 0.012 0.988
#> GSM342472 2 0.8327 0.521 0.264 0.736
#> GSM342473 2 0.9996 0.335 0.488 0.512
#> GSM342474 2 0.9996 0.335 0.488 0.512
#> GSM342475 1 0.1633 0.693 0.976 0.024
#> GSM342476 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342478 2 0.9427 0.489 0.360 0.640
#> GSM342479 2 0.9686 0.454 0.396 0.604
#> GSM342480 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342481 1 0.9998 -0.312 0.508 0.492
#> GSM342482 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342483 2 0.9815 0.425 0.420 0.580
#> GSM342485 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342486 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342487 1 0.9170 0.458 0.668 0.332
#> GSM342488 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342489 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342490 2 0.5294 0.632 0.120 0.880
#> GSM342492 1 0.9170 0.458 0.668 0.332
#> GSM342493 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342494 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342497 2 0.7745 0.572 0.228 0.772
#> GSM342498 2 0.9815 0.426 0.420 0.580
#> GSM342499 2 0.9661 0.455 0.392 0.608
#> GSM342500 2 0.7815 0.567 0.232 0.768
#> GSM342501 2 0.9993 0.331 0.484 0.516
#> GSM342502 1 0.9866 -0.211 0.568 0.432
#> GSM342503 2 1.0000 0.317 0.496 0.504
#> GSM342504 2 0.8661 0.543 0.288 0.712
#> GSM342505 1 0.0000 0.701 1.000 0.000
#> GSM342506 2 0.9866 0.410 0.432 0.568
#> GSM342507 2 0.9393 0.490 0.356 0.644
#> GSM342508 2 0.9710 0.448 0.400 0.600
#> GSM342509 2 0.9881 0.399 0.436 0.564
#> GSM342510 2 0.3274 0.657 0.060 0.940
#> GSM342511 1 0.9635 0.382 0.612 0.388
#> GSM342512 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342513 1 0.9754 -0.156 0.592 0.408
#> GSM342514 2 0.9522 0.112 0.372 0.628
#> GSM342515 2 0.9460 0.485 0.364 0.636
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.6189 0.5386 0.632 0.364 0.004
#> GSM342323 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342325 1 0.6126 0.5467 0.644 0.352 0.004
#> GSM342326 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342327 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342329 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342331 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342334 2 0.7163 0.6180 0.332 0.628 0.040
#> GSM342335 2 0.7581 0.5880 0.408 0.548 0.044
#> GSM342354 3 0.2682 0.8555 0.004 0.076 0.920
#> GSM342371 1 0.5346 0.4534 0.808 0.152 0.040
#> GSM342380 1 0.6129 0.5755 0.700 0.284 0.016
#> GSM342382 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342399 1 0.6252 0.5507 0.648 0.344 0.008
#> GSM342402 1 0.6252 0.4872 0.556 0.444 0.000
#> GSM342404 2 0.7660 0.5901 0.404 0.548 0.048
#> GSM342408 3 0.6205 0.4823 0.008 0.336 0.656
#> GSM342409 1 0.6853 0.2574 0.712 0.224 0.064
#> GSM342426 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342441 3 0.0237 0.8803 0.004 0.000 0.996
#> GSM342444 3 0.3349 0.8617 0.108 0.004 0.888
#> GSM342451 3 0.3349 0.8617 0.108 0.004 0.888
#> GSM342462 2 0.9027 0.5066 0.428 0.440 0.132
#> GSM342467 2 0.8097 0.5929 0.388 0.540 0.072
#> GSM342484 1 0.7555 0.4831 0.520 0.440 0.040
#> GSM342491 2 0.6271 0.5536 0.088 0.772 0.140
#> GSM342322 1 0.6298 0.5214 0.608 0.388 0.004
#> GSM342338 3 0.3715 0.8513 0.128 0.004 0.868
#> GSM342347 3 0.3755 0.8256 0.008 0.120 0.872
#> GSM342356 3 0.6008 0.6023 0.332 0.004 0.664
#> GSM342357 1 0.6215 0.5026 0.572 0.428 0.000
#> GSM342366 1 0.3155 0.5868 0.916 0.044 0.040
#> GSM342385 1 0.6129 0.5755 0.700 0.284 0.016
#> GSM342421 2 0.7389 0.5908 0.408 0.556 0.036
#> GSM342437 2 0.3973 0.5489 0.032 0.880 0.088
#> GSM342454 3 0.1525 0.8833 0.032 0.004 0.964
#> GSM342471 2 0.6307 -0.3593 0.488 0.512 0.000
#> GSM342477 2 0.6887 0.6192 0.204 0.720 0.076
#> GSM342495 2 0.9014 0.5366 0.408 0.460 0.132
#> GSM342496 1 0.3038 0.6048 0.896 0.000 0.104
#> GSM342320 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342321 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342324 2 0.1860 0.6089 0.052 0.948 0.000
#> GSM342328 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342330 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342332 2 0.2625 0.6244 0.084 0.916 0.000
#> GSM342333 2 0.7671 0.5867 0.408 0.544 0.048
#> GSM342336 2 0.6388 0.6258 0.284 0.692 0.024
#> GSM342337 3 0.6008 0.6023 0.332 0.004 0.664
#> GSM342339 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342340 3 0.4293 0.8224 0.164 0.004 0.832
#> GSM342341 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342342 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342343 3 0.4931 0.7716 0.212 0.004 0.784
#> GSM342344 3 0.1482 0.8850 0.020 0.012 0.968
#> GSM342345 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342346 2 0.7974 0.6132 0.312 0.604 0.084
#> GSM342348 1 0.6260 0.4826 0.552 0.448 0.000
#> GSM342349 3 0.2955 0.8502 0.008 0.080 0.912
#> GSM342350 3 0.2955 0.8502 0.008 0.080 0.912
#> GSM342351 3 0.4099 0.7915 0.008 0.140 0.852
#> GSM342352 3 0.2866 0.8521 0.008 0.076 0.916
#> GSM342353 3 0.2269 0.8847 0.040 0.016 0.944
#> GSM342355 3 0.6008 0.6023 0.332 0.004 0.664
#> GSM342358 2 0.1411 0.5829 0.036 0.964 0.000
#> GSM342359 2 0.1411 0.5829 0.036 0.964 0.000
#> GSM342360 2 0.1643 0.5759 0.044 0.956 0.000
#> GSM342361 2 0.1411 0.5829 0.036 0.964 0.000
#> GSM342362 2 0.6095 -0.2213 0.392 0.608 0.000
#> GSM342363 1 0.6252 0.4872 0.556 0.444 0.000
#> GSM342364 1 0.2414 0.6041 0.940 0.020 0.040
#> GSM342365 2 0.7636 0.5952 0.396 0.556 0.048
#> GSM342367 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342368 1 0.1765 0.6134 0.956 0.004 0.040
#> GSM342369 2 0.7671 0.5867 0.408 0.544 0.048
#> GSM342370 2 0.7636 0.5952 0.396 0.556 0.048
#> GSM342372 2 0.7671 0.5867 0.408 0.544 0.048
#> GSM342373 1 0.5466 0.4386 0.800 0.160 0.040
#> GSM342374 2 0.7648 0.5929 0.400 0.552 0.048
#> GSM342375 2 0.7660 0.5901 0.404 0.548 0.048
#> GSM342376 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342377 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342378 1 0.6451 0.5395 0.608 0.384 0.008
#> GSM342379 1 0.6008 0.5327 0.628 0.372 0.000
#> GSM342381 1 0.1453 0.6273 0.968 0.008 0.024
#> GSM342383 1 0.5986 0.5747 0.704 0.284 0.012
#> GSM342384 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342386 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342387 2 0.1411 0.5737 0.036 0.964 0.000
#> GSM342388 3 0.5158 0.7466 0.232 0.004 0.764
#> GSM342389 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342390 1 0.6235 0.4925 0.564 0.436 0.000
#> GSM342391 1 0.6467 0.5374 0.604 0.388 0.008
#> GSM342392 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342393 2 0.7636 0.5952 0.396 0.556 0.048
#> GSM342394 1 0.6314 0.5355 0.604 0.392 0.004
#> GSM342395 1 0.4526 0.5195 0.856 0.104 0.040
#> GSM342396 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342397 3 0.2955 0.8502 0.008 0.080 0.912
#> GSM342398 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342400 1 0.1267 0.6268 0.972 0.004 0.024
#> GSM342401 3 0.3425 0.8603 0.112 0.004 0.884
#> GSM342403 1 0.3237 0.6256 0.912 0.056 0.032
#> GSM342405 2 0.9182 0.5376 0.260 0.536 0.204
#> GSM342406 1 0.6244 0.4892 0.560 0.440 0.000
#> GSM342407 3 0.2774 0.8550 0.008 0.072 0.920
#> GSM342410 1 0.6345 0.5293 0.596 0.400 0.004
#> GSM342411 2 0.2537 0.5246 0.080 0.920 0.000
#> GSM342412 2 0.6195 0.6263 0.276 0.704 0.020
#> GSM342413 2 0.1753 0.5689 0.048 0.952 0.000
#> GSM342414 3 0.2866 0.8521 0.008 0.076 0.916
#> GSM342415 1 0.4799 0.5051 0.836 0.132 0.032
#> GSM342416 1 0.6260 0.4826 0.552 0.448 0.000
#> GSM342417 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342418 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342419 1 0.5763 0.5779 0.716 0.276 0.008
#> GSM342420 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342422 1 0.1289 0.6273 0.968 0.000 0.032
#> GSM342423 1 0.7012 0.0343 0.652 0.308 0.040
#> GSM342424 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342425 2 0.2261 0.6239 0.068 0.932 0.000
#> GSM342427 2 0.7969 0.5913 0.396 0.540 0.064
#> GSM342428 2 0.6742 0.6216 0.316 0.656 0.028
#> GSM342429 1 0.9183 -0.1390 0.484 0.360 0.156
#> GSM342430 3 0.3349 0.8617 0.108 0.004 0.888
#> GSM342431 3 0.3349 0.8617 0.108 0.004 0.888
#> GSM342432 3 0.1399 0.8834 0.028 0.004 0.968
#> GSM342433 3 0.0661 0.8773 0.008 0.004 0.988
#> GSM342434 3 0.3965 0.7991 0.008 0.132 0.860
#> GSM342435 3 0.0661 0.8773 0.008 0.004 0.988
#> GSM342436 3 0.0237 0.8803 0.004 0.000 0.996
#> GSM342438 3 0.1129 0.8844 0.020 0.004 0.976
#> GSM342439 3 0.0892 0.8844 0.020 0.000 0.980
#> GSM342440 3 0.0237 0.8803 0.004 0.000 0.996
#> GSM342442 3 0.0892 0.8844 0.020 0.000 0.980
#> GSM342443 2 0.9014 0.5366 0.408 0.460 0.132
#> GSM342445 3 0.0237 0.8803 0.004 0.000 0.996
#> GSM342446 3 0.0892 0.8844 0.020 0.000 0.980
#> GSM342447 3 0.3573 0.8551 0.120 0.004 0.876
#> GSM342448 3 0.2063 0.8613 0.008 0.044 0.948
#> GSM342449 3 0.0892 0.8844 0.020 0.000 0.980
#> GSM342450 3 0.0661 0.8773 0.008 0.004 0.988
#> GSM342452 3 0.1129 0.8844 0.020 0.004 0.976
#> GSM342453 3 0.1525 0.8833 0.032 0.004 0.964
#> GSM342455 3 0.0892 0.8844 0.020 0.000 0.980
#> GSM342456 2 0.1411 0.5829 0.036 0.964 0.000
#> GSM342457 1 0.1765 0.6134 0.956 0.004 0.040
#> GSM342458 2 0.7660 0.5901 0.404 0.548 0.048
#> GSM342459 2 0.9027 0.5066 0.428 0.440 0.132
#> GSM342460 2 0.9021 0.5254 0.416 0.452 0.132
#> GSM342461 1 0.6062 0.4729 0.776 0.064 0.160
#> GSM342463 1 0.3038 0.6048 0.896 0.000 0.104
#> GSM342464 1 0.3686 0.5781 0.860 0.000 0.140
#> GSM342465 1 0.2448 0.6179 0.924 0.000 0.076
#> GSM342466 1 0.6467 0.5382 0.604 0.388 0.008
#> GSM342468 2 0.7671 0.5867 0.408 0.544 0.048
#> GSM342469 1 0.6102 0.5643 0.672 0.320 0.008
#> GSM342470 2 0.1753 0.5689 0.048 0.952 0.000
#> GSM342472 2 0.9295 0.5218 0.224 0.524 0.252
#> GSM342473 1 0.7072 0.3882 0.724 0.116 0.160
#> GSM342474 1 0.7072 0.3882 0.724 0.116 0.160
#> GSM342475 3 0.0237 0.8803 0.004 0.000 0.996
#> GSM342476 2 0.8963 0.5447 0.404 0.468 0.128
#> GSM342478 1 0.7825 0.2824 0.672 0.156 0.172
#> GSM342479 1 0.8872 0.2877 0.552 0.296 0.152
#> GSM342480 2 0.9014 0.5366 0.408 0.460 0.132
#> GSM342481 1 0.7059 0.3924 0.724 0.112 0.164
#> GSM342482 1 0.7666 0.3053 0.684 0.148 0.168
#> GSM342483 1 0.7297 0.3655 0.708 0.120 0.172
#> GSM342485 1 0.2448 0.6179 0.924 0.000 0.076
#> GSM342486 1 0.2165 0.6213 0.936 0.000 0.064
#> GSM342487 3 0.0661 0.8773 0.008 0.004 0.988
#> GSM342488 2 0.9014 0.5366 0.408 0.460 0.132
#> GSM342489 2 0.9014 0.5366 0.408 0.460 0.132
#> GSM342490 2 0.8372 0.5988 0.312 0.580 0.108
#> GSM342492 3 0.0661 0.8773 0.008 0.004 0.988
#> GSM342493 1 0.2448 0.6179 0.924 0.000 0.076
#> GSM342494 2 0.8963 0.5447 0.404 0.468 0.128
#> GSM342497 2 0.8951 0.5518 0.396 0.476 0.128
#> GSM342498 1 0.7114 0.5359 0.584 0.388 0.028
#> GSM342499 1 0.6102 0.5643 0.672 0.320 0.008
#> GSM342500 1 0.9392 -0.4448 0.436 0.392 0.172
#> GSM342501 1 0.5961 0.6060 0.788 0.136 0.076
#> GSM342502 1 0.4995 0.5348 0.824 0.032 0.144
#> GSM342503 1 0.7297 0.3655 0.708 0.120 0.172
#> GSM342504 1 0.7772 0.2915 0.676 0.152 0.172
#> GSM342505 3 0.1525 0.8833 0.032 0.004 0.964
#> GSM342506 1 0.6721 0.5395 0.604 0.380 0.016
#> GSM342507 1 0.6252 0.4872 0.556 0.444 0.000
#> GSM342508 1 0.6434 0.5394 0.612 0.380 0.008
#> GSM342509 1 0.7555 0.4831 0.520 0.440 0.040
#> GSM342510 2 0.2810 0.5765 0.036 0.928 0.036
#> GSM342511 3 0.8494 0.2934 0.236 0.156 0.608
#> GSM342512 1 0.2448 0.6179 0.924 0.000 0.076
#> GSM342513 1 0.2448 0.6179 0.924 0.000 0.076
#> GSM342514 3 0.7634 0.2411 0.044 0.432 0.524
#> GSM342515 1 0.6467 0.5374 0.604 0.388 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.6707 0.5961 0.612 0.104 0.008 0.276
#> GSM342323 4 0.3198 0.7312 0.080 0.040 0.000 0.880
#> GSM342325 1 0.6537 0.6185 0.652 0.104 0.012 0.232
#> GSM342326 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342327 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342329 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342331 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342334 4 0.6662 0.0334 0.072 0.436 0.004 0.488
#> GSM342335 2 0.5279 0.3476 0.012 0.588 0.000 0.400
#> GSM342354 3 0.4834 0.8171 0.000 0.096 0.784 0.120
#> GSM342371 2 0.3932 0.6204 0.128 0.836 0.004 0.032
#> GSM342380 1 0.6891 0.5494 0.648 0.212 0.028 0.112
#> GSM342382 2 0.5887 0.1700 0.420 0.548 0.028 0.004
#> GSM342399 1 0.6756 0.6303 0.664 0.112 0.028 0.196
#> GSM342402 1 0.4631 0.5317 0.728 0.004 0.008 0.260
#> GSM342404 2 0.5365 0.3143 0.008 0.576 0.004 0.412
#> GSM342408 3 0.6464 0.5563 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM342409 2 0.3981 0.6353 0.040 0.848 0.012 0.100
#> GSM342426 4 0.3286 0.7293 0.080 0.044 0.000 0.876
#> GSM342441 3 0.2586 0.8630 0.000 0.048 0.912 0.040
#> GSM342444 3 0.1543 0.8581 0.032 0.008 0.956 0.004
#> GSM342451 3 0.1443 0.8592 0.028 0.008 0.960 0.004
#> GSM342462 2 0.2142 0.6349 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM342467 2 0.6272 0.2404 0.044 0.556 0.008 0.392
#> GSM342484 1 0.5543 0.5069 0.696 0.008 0.040 0.256
#> GSM342491 4 0.8122 0.4956 0.176 0.280 0.036 0.508
#> GSM342322 1 0.6774 0.4860 0.528 0.076 0.008 0.388
#> GSM342338 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342347 3 0.5594 0.7488 0.000 0.092 0.716 0.192
#> GSM342356 3 0.5393 0.4007 0.376 0.008 0.608 0.008
#> GSM342357 1 0.4601 0.5346 0.732 0.004 0.008 0.256
#> GSM342366 2 0.3995 0.6064 0.148 0.824 0.004 0.024
#> GSM342385 1 0.6995 0.5938 0.648 0.176 0.028 0.148
#> GSM342421 2 0.4800 0.4331 0.004 0.656 0.000 0.340
#> GSM342437 4 0.7877 0.3884 0.380 0.152 0.020 0.448
#> GSM342454 3 0.1124 0.8640 0.012 0.012 0.972 0.004
#> GSM342471 1 0.4655 0.6421 0.796 0.088 0.000 0.116
#> GSM342477 2 0.7100 -0.0564 0.080 0.480 0.016 0.424
#> GSM342495 2 0.3607 0.5984 0.008 0.852 0.016 0.124
#> GSM342496 2 0.6345 0.4473 0.236 0.664 0.088 0.012
#> GSM342320 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342321 4 0.3198 0.7312 0.080 0.040 0.000 0.880
#> GSM342324 4 0.3056 0.7305 0.072 0.040 0.000 0.888
#> GSM342328 4 0.3198 0.7312 0.080 0.040 0.000 0.880
#> GSM342330 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342332 4 0.5051 0.6621 0.100 0.132 0.000 0.768
#> GSM342333 2 0.5660 0.3194 0.020 0.576 0.004 0.400
#> GSM342336 4 0.6543 0.2323 0.084 0.372 0.000 0.544
#> GSM342337 3 0.5393 0.4007 0.376 0.008 0.608 0.008
#> GSM342339 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342340 3 0.3470 0.7846 0.132 0.008 0.852 0.008
#> GSM342341 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342342 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342343 3 0.4175 0.7118 0.192 0.008 0.792 0.008
#> GSM342344 3 0.2830 0.8619 0.000 0.040 0.900 0.060
#> GSM342345 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342346 4 0.6884 0.0928 0.064 0.428 0.016 0.492
#> GSM342348 1 0.3375 0.6039 0.864 0.012 0.008 0.116
#> GSM342349 3 0.5116 0.8013 0.000 0.108 0.764 0.128
#> GSM342350 3 0.5167 0.7993 0.000 0.108 0.760 0.132
#> GSM342351 3 0.5705 0.7509 0.000 0.108 0.712 0.180
#> GSM342352 3 0.5063 0.8036 0.000 0.108 0.768 0.124
#> GSM342353 3 0.2262 0.8682 0.012 0.040 0.932 0.016
#> GSM342355 3 0.5393 0.4007 0.376 0.008 0.608 0.008
#> GSM342358 4 0.5208 0.5606 0.288 0.012 0.012 0.688
#> GSM342359 4 0.4896 0.5603 0.280 0.004 0.012 0.704
#> GSM342360 4 0.5045 0.5283 0.304 0.004 0.012 0.680
#> GSM342361 4 0.4673 0.6044 0.232 0.008 0.012 0.748
#> GSM342362 1 0.5290 0.1395 0.552 0.004 0.004 0.440
#> GSM342363 1 0.4741 0.5312 0.728 0.008 0.008 0.256
#> GSM342364 2 0.3774 0.5883 0.168 0.820 0.008 0.004
#> GSM342365 2 0.5190 0.3400 0.004 0.596 0.004 0.396
#> GSM342367 2 0.5598 0.3494 0.332 0.636 0.028 0.004
#> GSM342368 2 0.3950 0.5741 0.184 0.804 0.008 0.004
#> GSM342369 2 0.4950 0.3770 0.004 0.620 0.000 0.376
#> GSM342370 2 0.5190 0.3400 0.004 0.596 0.004 0.396
#> GSM342372 2 0.4964 0.3674 0.004 0.616 0.000 0.380
#> GSM342373 2 0.3765 0.6271 0.116 0.848 0.004 0.032
#> GSM342374 2 0.5190 0.3400 0.004 0.596 0.004 0.396
#> GSM342375 2 0.4991 0.3596 0.004 0.608 0.000 0.388
#> GSM342376 1 0.6069 0.0453 0.504 0.460 0.028 0.008
#> GSM342377 1 0.6071 0.0349 0.500 0.464 0.028 0.008
#> GSM342378 1 0.3665 0.6822 0.872 0.052 0.016 0.060
#> GSM342379 1 0.6292 0.6211 0.664 0.112 0.004 0.220
#> GSM342381 1 0.6076 -0.0262 0.484 0.480 0.028 0.008
#> GSM342383 1 0.6990 0.5493 0.640 0.212 0.028 0.120
#> GSM342384 2 0.5920 0.1204 0.440 0.528 0.028 0.004
#> GSM342386 2 0.5540 0.3723 0.320 0.648 0.028 0.004
#> GSM342387 4 0.5766 0.4390 0.404 0.032 0.000 0.564
#> GSM342388 3 0.4175 0.7118 0.192 0.008 0.792 0.008
#> GSM342389 2 0.5717 0.3012 0.360 0.608 0.028 0.004
#> GSM342390 1 0.3196 0.5974 0.876 0.012 0.008 0.104
#> GSM342391 1 0.3665 0.6822 0.872 0.052 0.016 0.060
#> GSM342392 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342393 2 0.5488 0.3119 0.008 0.576 0.008 0.408
#> GSM342394 1 0.3665 0.6822 0.872 0.052 0.016 0.060
#> GSM342395 2 0.3836 0.6207 0.128 0.840 0.004 0.028
#> GSM342396 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342397 3 0.5116 0.8013 0.000 0.108 0.764 0.128
#> GSM342398 1 0.6075 -0.0130 0.488 0.476 0.028 0.008
#> GSM342400 2 0.5908 0.1430 0.432 0.536 0.028 0.004
#> GSM342401 3 0.1968 0.8559 0.044 0.008 0.940 0.008
#> GSM342403 1 0.6462 0.2459 0.576 0.364 0.028 0.032
#> GSM342405 4 0.7334 -0.0555 0.008 0.428 0.120 0.444
#> GSM342406 1 0.3257 0.5937 0.872 0.012 0.008 0.108
#> GSM342407 3 0.4547 0.8271 0.000 0.104 0.804 0.092
#> GSM342410 1 0.3742 0.6802 0.868 0.052 0.016 0.064
#> GSM342411 1 0.5696 -0.2524 0.496 0.024 0.000 0.480
#> GSM342412 4 0.6634 0.2045 0.076 0.384 0.004 0.536
#> GSM342413 4 0.5919 0.3217 0.480 0.016 0.012 0.492
#> GSM342414 3 0.4956 0.8104 0.000 0.108 0.776 0.116
#> GSM342415 2 0.6350 0.4766 0.252 0.636 0.000 0.112
#> GSM342416 1 0.3317 0.5903 0.868 0.012 0.008 0.112
#> GSM342417 4 0.3056 0.7305 0.072 0.040 0.000 0.888
#> GSM342418 4 0.3107 0.7294 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342419 1 0.6460 0.4911 0.648 0.268 0.028 0.056
#> GSM342420 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342422 2 0.6054 0.0974 0.444 0.520 0.028 0.008
#> GSM342423 2 0.3934 0.6342 0.048 0.836 0.000 0.116
#> GSM342424 4 0.3107 0.7322 0.080 0.036 0.000 0.884
#> GSM342425 4 0.3833 0.7105 0.080 0.072 0.000 0.848
#> GSM342427 2 0.6201 0.2658 0.052 0.580 0.004 0.364
#> GSM342428 4 0.6542 0.0996 0.076 0.428 0.000 0.496
#> GSM342429 2 0.6280 0.5315 0.088 0.720 0.044 0.148
#> GSM342430 3 0.1443 0.8592 0.028 0.008 0.960 0.004
#> GSM342431 3 0.1443 0.8592 0.028 0.008 0.960 0.004
#> GSM342432 3 0.0779 0.8664 0.004 0.016 0.980 0.000
#> GSM342433 3 0.4875 0.8095 0.000 0.160 0.772 0.068
#> GSM342434 3 0.5560 0.7670 0.000 0.116 0.728 0.156
#> GSM342435 3 0.4875 0.8095 0.000 0.160 0.772 0.068
#> GSM342436 3 0.2586 0.8630 0.000 0.048 0.912 0.040
#> GSM342438 3 0.0895 0.8666 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM342439 3 0.1484 0.8676 0.004 0.020 0.960 0.016
#> GSM342440 3 0.2500 0.8641 0.000 0.044 0.916 0.040
#> GSM342442 3 0.1484 0.8676 0.004 0.020 0.960 0.016
#> GSM342443 2 0.3292 0.6046 0.004 0.868 0.016 0.112
#> GSM342445 3 0.2578 0.8633 0.000 0.052 0.912 0.036
#> GSM342446 3 0.1920 0.8672 0.004 0.028 0.944 0.024
#> GSM342447 3 0.2860 0.8155 0.100 0.008 0.888 0.004
#> GSM342448 3 0.4944 0.8063 0.000 0.160 0.768 0.072
#> GSM342449 3 0.2123 0.8667 0.004 0.028 0.936 0.032
#> GSM342450 3 0.4898 0.8079 0.000 0.156 0.772 0.072
#> GSM342452 3 0.1114 0.8653 0.008 0.016 0.972 0.004
#> GSM342453 3 0.1124 0.8640 0.012 0.012 0.972 0.004
#> GSM342455 3 0.0927 0.8660 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM342456 4 0.4673 0.6044 0.232 0.008 0.012 0.748
#> GSM342457 2 0.4194 0.5356 0.228 0.764 0.008 0.000
#> GSM342458 2 0.4964 0.3653 0.004 0.616 0.000 0.380
#> GSM342459 2 0.2300 0.6312 0.000 0.920 0.016 0.064
#> GSM342460 2 0.3108 0.6068 0.000 0.872 0.016 0.112
#> GSM342461 2 0.2670 0.6453 0.052 0.908 0.040 0.000
#> GSM342463 2 0.5842 0.4627 0.220 0.688 0.092 0.000
#> GSM342464 2 0.5141 0.5358 0.160 0.756 0.084 0.000
#> GSM342465 2 0.6022 0.4180 0.260 0.656 0.084 0.000
#> GSM342466 1 0.3339 0.6820 0.888 0.052 0.016 0.044
#> GSM342468 2 0.4978 0.3668 0.004 0.612 0.000 0.384
#> GSM342469 1 0.4498 0.6668 0.816 0.124 0.012 0.048
#> GSM342470 1 0.6268 -0.3513 0.480 0.032 0.012 0.476
#> GSM342472 4 0.7816 0.1263 0.016 0.360 0.160 0.464
#> GSM342473 2 0.2924 0.6468 0.060 0.900 0.036 0.004
#> GSM342474 2 0.2924 0.6468 0.060 0.900 0.036 0.004
#> GSM342475 3 0.2585 0.8648 0.004 0.048 0.916 0.032
#> GSM342476 2 0.4929 0.4987 0.008 0.736 0.020 0.236
#> GSM342478 2 0.2207 0.6533 0.024 0.932 0.040 0.004
#> GSM342479 2 0.6682 0.5023 0.124 0.692 0.044 0.140
#> GSM342480 2 0.3292 0.6046 0.004 0.868 0.016 0.112
#> GSM342481 2 0.3211 0.6469 0.056 0.892 0.040 0.012
#> GSM342482 2 0.2023 0.6540 0.028 0.940 0.028 0.004
#> GSM342483 2 0.2319 0.6492 0.036 0.924 0.040 0.000
#> GSM342485 2 0.6049 0.4118 0.264 0.652 0.084 0.000
#> GSM342486 2 0.5807 0.3738 0.312 0.636 0.052 0.000
#> GSM342487 3 0.4852 0.8114 0.000 0.152 0.776 0.072
#> GSM342488 2 0.3909 0.5943 0.016 0.840 0.016 0.128
#> GSM342489 2 0.3292 0.6046 0.004 0.868 0.016 0.112
#> GSM342490 2 0.6660 0.0881 0.052 0.528 0.016 0.404
#> GSM342492 3 0.4875 0.8095 0.000 0.160 0.772 0.068
#> GSM342493 2 0.6049 0.4118 0.264 0.652 0.084 0.000
#> GSM342494 2 0.4955 0.4559 0.004 0.708 0.016 0.272
#> GSM342497 2 0.5316 0.4114 0.008 0.668 0.016 0.308
#> GSM342498 1 0.4064 0.6793 0.856 0.056 0.028 0.060
#> GSM342499 1 0.4671 0.6658 0.812 0.120 0.020 0.048
#> GSM342500 2 0.2400 0.6405 0.004 0.924 0.028 0.044
#> GSM342501 2 0.8210 -0.0621 0.396 0.440 0.080 0.084
#> GSM342502 2 0.3168 0.6334 0.056 0.884 0.060 0.000
#> GSM342503 2 0.2411 0.6483 0.040 0.920 0.040 0.000
#> GSM342504 2 0.2099 0.6539 0.020 0.936 0.040 0.004
#> GSM342505 3 0.0927 0.8660 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM342506 1 0.3424 0.6819 0.884 0.052 0.016 0.048
#> GSM342507 1 0.4770 0.5217 0.724 0.008 0.008 0.260
#> GSM342508 1 0.3339 0.6813 0.888 0.052 0.016 0.044
#> GSM342509 1 0.5543 0.5069 0.696 0.008 0.040 0.256
#> GSM342510 4 0.5804 0.5481 0.272 0.036 0.016 0.676
#> GSM342511 2 0.8105 -0.0944 0.032 0.424 0.396 0.148
#> GSM342512 2 0.5910 0.4506 0.236 0.676 0.088 0.000
#> GSM342513 2 0.6074 0.4071 0.268 0.648 0.084 0.000
#> GSM342514 1 0.8756 0.0772 0.464 0.120 0.308 0.108
#> GSM342515 1 0.3665 0.6822 0.872 0.052 0.016 0.060
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.7371 0.33600 0.428 0.128 0.008 0.384 0.052
#> GSM342323 4 0.0798 0.75546 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM342325 1 0.7508 0.41064 0.480 0.164 0.008 0.292 0.056
#> GSM342326 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342327 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342329 4 0.0798 0.75546 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM342331 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342334 5 0.7478 0.03419 0.032 0.312 0.000 0.308 0.348
#> GSM342335 2 0.6755 0.15217 0.004 0.436 0.000 0.228 0.332
#> GSM342354 3 0.4522 0.49345 0.000 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM342371 2 0.3119 0.58937 0.072 0.860 0.000 0.000 0.068
#> GSM342380 1 0.7190 0.31745 0.520 0.284 0.008 0.048 0.140
#> GSM342382 2 0.5639 0.32963 0.320 0.596 0.008 0.000 0.076
#> GSM342399 1 0.7526 0.46137 0.524 0.184 0.008 0.208 0.076
#> GSM342402 1 0.6278 0.44568 0.560 0.004 0.000 0.208 0.228
#> GSM342404 2 0.6821 0.08397 0.004 0.420 0.000 0.248 0.328
#> GSM342408 5 0.6272 -0.00525 0.000 0.016 0.344 0.108 0.532
#> GSM342409 2 0.5198 0.34466 0.020 0.556 0.000 0.016 0.408
#> GSM342426 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342441 3 0.4224 0.68284 0.004 0.004 0.724 0.012 0.256
#> GSM342444 3 0.0162 0.74814 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0162 0.74814 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.3527 0.53436 0.000 0.820 0.004 0.028 0.148
#> GSM342467 5 0.7064 -0.06718 0.024 0.376 0.000 0.188 0.412
#> GSM342484 1 0.6392 0.43321 0.556 0.008 0.000 0.208 0.228
#> GSM342491 2 0.8515 -0.05894 0.144 0.316 0.004 0.280 0.256
#> GSM342322 4 0.6608 -0.18657 0.364 0.080 0.004 0.512 0.040
#> GSM342338 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342347 5 0.5454 -0.29642 0.000 0.012 0.448 0.036 0.504
#> GSM342356 3 0.4808 0.46775 0.248 0.004 0.696 0.000 0.052
#> GSM342357 1 0.6276 0.44691 0.560 0.004 0.000 0.204 0.232
#> GSM342366 2 0.3255 0.58943 0.100 0.848 0.000 0.000 0.052
#> GSM342385 1 0.7328 0.33120 0.516 0.276 0.008 0.060 0.140
#> GSM342421 2 0.6348 0.32495 0.004 0.548 0.000 0.216 0.232
#> GSM342437 1 0.7490 0.18463 0.516 0.116 0.000 0.224 0.144
#> GSM342454 3 0.0889 0.74973 0.004 0.004 0.976 0.012 0.004
#> GSM342471 1 0.2987 0.63573 0.888 0.044 0.004 0.044 0.020
#> GSM342477 2 0.7476 -0.03359 0.040 0.372 0.000 0.232 0.356
#> GSM342495 2 0.4872 0.44466 0.000 0.692 0.004 0.056 0.248
#> GSM342496 2 0.5108 0.50681 0.160 0.728 0.020 0.000 0.092
#> GSM342320 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342321 4 0.0798 0.75546 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM342324 4 0.0566 0.75268 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> GSM342328 4 0.0798 0.75546 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM342330 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342332 4 0.5034 0.53275 0.056 0.068 0.000 0.756 0.120
#> GSM342333 2 0.7232 0.03245 0.024 0.380 0.000 0.232 0.364
#> GSM342336 4 0.7723 -0.23112 0.056 0.288 0.000 0.380 0.276
#> GSM342337 3 0.4808 0.46775 0.248 0.004 0.696 0.000 0.052
#> GSM342339 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342340 3 0.2075 0.70855 0.032 0.004 0.924 0.000 0.040
#> GSM342341 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342342 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342343 3 0.2747 0.67454 0.060 0.004 0.888 0.000 0.048
#> GSM342344 3 0.4127 0.65514 0.000 0.008 0.680 0.000 0.312
#> GSM342345 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342346 5 0.7145 0.16836 0.028 0.260 0.000 0.244 0.468
#> GSM342348 1 0.3018 0.60046 0.872 0.004 0.000 0.056 0.068
#> GSM342349 3 0.4800 0.39280 0.000 0.012 0.508 0.004 0.476
#> GSM342350 3 0.4644 0.44326 0.000 0.012 0.528 0.000 0.460
#> GSM342351 5 0.5508 -0.26224 0.000 0.012 0.436 0.040 0.512
#> GSM342352 3 0.4637 0.46021 0.000 0.012 0.536 0.000 0.452
#> GSM342353 3 0.2660 0.73861 0.000 0.008 0.864 0.000 0.128
#> GSM342355 3 0.5018 0.42347 0.284 0.004 0.660 0.000 0.052
#> GSM342358 4 0.6465 0.33903 0.220 0.000 0.000 0.492 0.288
#> GSM342359 4 0.6465 0.33903 0.220 0.000 0.000 0.492 0.288
#> GSM342360 4 0.6504 0.32252 0.228 0.000 0.000 0.484 0.288
#> GSM342361 4 0.6252 0.40253 0.164 0.000 0.000 0.508 0.328
#> GSM342362 1 0.6598 0.21205 0.448 0.000 0.000 0.324 0.228
#> GSM342363 1 0.6228 0.45216 0.568 0.004 0.000 0.200 0.228
#> GSM342364 2 0.3532 0.58671 0.092 0.832 0.000 0.000 0.076
#> GSM342365 2 0.6700 0.18339 0.004 0.472 0.000 0.260 0.264
#> GSM342367 2 0.4967 0.44585 0.244 0.688 0.004 0.000 0.064
#> GSM342368 2 0.3526 0.58573 0.096 0.832 0.000 0.000 0.072
#> GSM342369 2 0.6626 0.22473 0.004 0.488 0.000 0.232 0.276
#> GSM342370 2 0.6700 0.18339 0.004 0.472 0.000 0.260 0.264
#> GSM342372 2 0.6644 0.21798 0.004 0.484 0.000 0.236 0.276
#> GSM342373 2 0.2708 0.58957 0.044 0.884 0.000 0.000 0.072
#> GSM342374 2 0.6700 0.18339 0.004 0.472 0.000 0.260 0.264
#> GSM342375 2 0.6662 0.21104 0.004 0.480 0.000 0.240 0.276
#> GSM342376 2 0.5856 0.18579 0.400 0.516 0.008 0.000 0.076
#> GSM342377 2 0.5856 0.18579 0.400 0.516 0.008 0.000 0.076
#> GSM342378 1 0.2639 0.64341 0.908 0.032 0.008 0.032 0.020
#> GSM342379 1 0.7705 0.47115 0.524 0.180 0.008 0.168 0.120
#> GSM342381 2 0.5922 0.24238 0.364 0.540 0.008 0.000 0.088
#> GSM342383 1 0.7157 0.32223 0.524 0.284 0.008 0.048 0.136
#> GSM342384 2 0.5654 0.32476 0.324 0.592 0.008 0.000 0.076
#> GSM342386 2 0.4737 0.46834 0.228 0.712 0.004 0.000 0.056
#> GSM342387 1 0.5750 0.02195 0.528 0.008 0.000 0.396 0.068
#> GSM342388 3 0.2679 0.67854 0.056 0.004 0.892 0.000 0.048
#> GSM342389 2 0.5290 0.39553 0.280 0.644 0.004 0.000 0.072
#> GSM342390 1 0.3635 0.58660 0.828 0.004 0.000 0.056 0.112
#> GSM342391 1 0.1828 0.64721 0.936 0.028 0.004 0.032 0.000
#> GSM342392 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342393 2 0.6625 0.04910 0.000 0.412 0.000 0.220 0.368
#> GSM342394 1 0.1828 0.64721 0.936 0.028 0.004 0.032 0.000
#> GSM342395 2 0.2989 0.59091 0.072 0.868 0.000 0.000 0.060
#> GSM342396 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342397 3 0.4800 0.39280 0.000 0.012 0.508 0.004 0.476
#> GSM342398 2 0.6010 0.23293 0.364 0.532 0.008 0.000 0.096
#> GSM342400 2 0.5554 0.32166 0.328 0.592 0.004 0.000 0.076
#> GSM342401 3 0.0693 0.74707 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342403 1 0.6618 0.06117 0.456 0.388 0.008 0.004 0.144
#> GSM342405 5 0.6581 0.45537 0.000 0.152 0.076 0.148 0.624
#> GSM342406 1 0.3635 0.58660 0.828 0.004 0.000 0.056 0.112
#> GSM342407 3 0.4522 0.49345 0.000 0.008 0.552 0.000 0.440
#> GSM342410 1 0.1739 0.64681 0.940 0.024 0.004 0.032 0.000
#> GSM342411 1 0.4616 0.35789 0.680 0.004 0.000 0.288 0.028
#> GSM342412 5 0.7523 0.06833 0.036 0.292 0.000 0.316 0.356
#> GSM342413 1 0.6240 0.22393 0.544 0.000 0.000 0.212 0.244
#> GSM342414 3 0.4637 0.46021 0.000 0.012 0.536 0.000 0.452
#> GSM342415 2 0.6538 0.49098 0.180 0.620 0.000 0.064 0.136
#> GSM342416 1 0.3635 0.58660 0.828 0.004 0.000 0.056 0.112
#> GSM342417 4 0.0579 0.75570 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> GSM342418 4 0.1087 0.74851 0.008 0.008 0.000 0.968 0.016
#> GSM342419 1 0.6350 0.16830 0.516 0.376 0.008 0.016 0.084
#> GSM342420 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342422 2 0.5669 0.31683 0.328 0.588 0.008 0.000 0.076
#> GSM342423 2 0.3506 0.58006 0.028 0.852 0.000 0.036 0.084
#> GSM342424 4 0.0693 0.75721 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM342425 4 0.0981 0.75170 0.012 0.008 0.000 0.972 0.008
#> GSM342427 2 0.7362 0.08464 0.040 0.424 0.000 0.208 0.328
#> GSM342428 4 0.7721 -0.27333 0.052 0.328 0.000 0.340 0.280
#> GSM342429 2 0.6137 0.45040 0.064 0.668 0.008 0.072 0.188
#> GSM342430 3 0.0162 0.74814 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0162 0.74814 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.1990 0.75130 0.004 0.004 0.928 0.012 0.052
#> GSM342433 3 0.5441 0.51742 0.004 0.032 0.564 0.012 0.388
#> GSM342434 5 0.5179 -0.32795 0.000 0.016 0.460 0.016 0.508
#> GSM342435 3 0.5441 0.51742 0.004 0.032 0.564 0.012 0.388
#> GSM342436 3 0.4224 0.68284 0.004 0.004 0.724 0.012 0.256
#> GSM342438 3 0.1990 0.75130 0.004 0.004 0.928 0.012 0.052
#> GSM342439 3 0.2891 0.74129 0.004 0.004 0.868 0.012 0.112
#> GSM342440 3 0.4224 0.68284 0.004 0.004 0.724 0.012 0.256
#> GSM342442 3 0.2942 0.74026 0.004 0.004 0.864 0.012 0.116
#> GSM342443 2 0.4458 0.48504 0.000 0.748 0.004 0.056 0.192
#> GSM342445 3 0.4224 0.68284 0.004 0.004 0.724 0.012 0.256
#> GSM342446 3 0.3739 0.71490 0.004 0.004 0.788 0.012 0.192
#> GSM342447 3 0.0865 0.74140 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM342448 3 0.5455 0.43317 0.004 0.028 0.516 0.012 0.440
#> GSM342449 3 0.3774 0.71317 0.004 0.004 0.784 0.012 0.196
#> GSM342450 3 0.5450 0.51176 0.004 0.032 0.560 0.012 0.392
#> GSM342452 3 0.0889 0.75075 0.004 0.004 0.976 0.004 0.012
#> GSM342453 3 0.0324 0.74890 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342455 3 0.2197 0.75017 0.004 0.004 0.916 0.012 0.064
#> GSM342456 4 0.6252 0.40253 0.164 0.000 0.000 0.508 0.328
#> GSM342457 2 0.3558 0.57480 0.136 0.824 0.004 0.000 0.036
#> GSM342458 2 0.6510 0.19923 0.000 0.488 0.000 0.260 0.252
#> GSM342459 2 0.3484 0.53607 0.000 0.824 0.004 0.028 0.144
#> GSM342460 2 0.4424 0.48843 0.000 0.752 0.004 0.056 0.188
#> GSM342461 2 0.1988 0.58438 0.016 0.928 0.008 0.000 0.048
#> GSM342463 2 0.3911 0.52928 0.152 0.804 0.020 0.000 0.024
#> GSM342464 2 0.3375 0.57551 0.096 0.852 0.012 0.000 0.040
#> GSM342465 2 0.4183 0.51188 0.180 0.776 0.020 0.000 0.024
#> GSM342466 1 0.2110 0.64531 0.932 0.024 0.012 0.020 0.012
#> GSM342468 2 0.6620 0.22194 0.004 0.492 0.000 0.244 0.260
#> GSM342469 1 0.4039 0.60760 0.820 0.100 0.004 0.016 0.060
#> GSM342470 1 0.6236 0.22696 0.544 0.000 0.000 0.208 0.248
#> GSM342472 5 0.6283 0.44398 0.000 0.128 0.068 0.152 0.652
#> GSM342473 2 0.2162 0.58296 0.012 0.916 0.008 0.000 0.064
#> GSM342474 2 0.2162 0.58296 0.012 0.916 0.008 0.000 0.064
#> GSM342475 3 0.4198 0.68527 0.004 0.004 0.728 0.012 0.252
#> GSM342476 2 0.5359 0.34031 0.000 0.608 0.000 0.076 0.316
#> GSM342478 2 0.2780 0.56343 0.004 0.872 0.008 0.004 0.112
#> GSM342479 2 0.6143 0.43976 0.068 0.660 0.008 0.060 0.204
#> GSM342480 2 0.4458 0.48504 0.000 0.748 0.004 0.056 0.192
#> GSM342481 2 0.3622 0.54552 0.016 0.804 0.008 0.000 0.172
#> GSM342482 2 0.2358 0.56927 0.000 0.888 0.008 0.000 0.104
#> GSM342483 2 0.2304 0.57045 0.000 0.892 0.008 0.000 0.100
#> GSM342485 2 0.4183 0.51188 0.180 0.776 0.020 0.000 0.024
#> GSM342486 2 0.4362 0.48703 0.208 0.748 0.008 0.000 0.036
#> GSM342487 3 0.5574 0.47993 0.004 0.044 0.540 0.008 0.404
#> GSM342488 2 0.5076 0.42274 0.000 0.664 0.004 0.060 0.272
#> GSM342489 2 0.4424 0.48843 0.000 0.752 0.004 0.056 0.188
#> GSM342490 2 0.7012 0.06108 0.020 0.428 0.000 0.196 0.356
#> GSM342492 3 0.5441 0.51742 0.004 0.032 0.564 0.012 0.388
#> GSM342493 2 0.4183 0.51188 0.180 0.776 0.020 0.000 0.024
#> GSM342494 2 0.5446 0.36302 0.000 0.628 0.000 0.100 0.272
#> GSM342497 2 0.6166 0.21008 0.000 0.512 0.000 0.148 0.340
#> GSM342498 1 0.2234 0.64474 0.920 0.036 0.012 0.032 0.000
#> GSM342499 1 0.4176 0.60313 0.812 0.104 0.008 0.012 0.064
#> GSM342500 2 0.3635 0.53830 0.004 0.824 0.008 0.024 0.140
#> GSM342501 2 0.7001 0.26671 0.272 0.552 0.016 0.036 0.124
#> GSM342502 2 0.1597 0.58756 0.024 0.948 0.008 0.000 0.020
#> GSM342503 2 0.1914 0.58225 0.008 0.928 0.008 0.000 0.056
#> GSM342504 2 0.2621 0.56530 0.000 0.876 0.008 0.004 0.112
#> GSM342505 3 0.1843 0.75161 0.004 0.004 0.936 0.012 0.044
#> GSM342506 1 0.1743 0.64750 0.940 0.028 0.004 0.028 0.000
#> GSM342507 1 0.6253 0.43981 0.564 0.004 0.000 0.204 0.228
#> GSM342508 1 0.1743 0.64750 0.940 0.028 0.004 0.028 0.000
#> GSM342509 1 0.6367 0.43725 0.560 0.008 0.000 0.204 0.228
#> GSM342510 4 0.6579 0.29617 0.220 0.000 0.000 0.448 0.332
#> GSM342511 5 0.6789 0.42105 0.028 0.188 0.152 0.024 0.608
#> GSM342512 2 0.4015 0.52006 0.172 0.788 0.016 0.000 0.024
#> GSM342513 2 0.4303 0.50781 0.184 0.768 0.020 0.000 0.028
#> GSM342514 1 0.7333 0.29899 0.532 0.036 0.092 0.048 0.292
#> GSM342515 1 0.1828 0.64721 0.936 0.028 0.004 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.5951 0.1160 0.112 0.000 0.000 0.384 0.476 0.028
#> GSM342323 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342325 5 0.5998 0.2499 0.124 0.004 0.000 0.268 0.568 0.036
#> GSM342326 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342334 2 0.6650 0.5351 0.032 0.564 0.000 0.160 0.048 0.196
#> GSM342335 2 0.6620 0.5833 0.024 0.592 0.000 0.128 0.108 0.148
#> GSM342354 6 0.4004 0.7232 0.000 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620
#> GSM342371 5 0.5030 0.2035 0.020 0.360 0.000 0.000 0.576 0.044
#> GSM342380 5 0.5920 0.4379 0.132 0.152 0.000 0.008 0.640 0.068
#> GSM342382 5 0.2613 0.6328 0.032 0.068 0.000 0.000 0.884 0.016
#> GSM342399 5 0.6179 0.3735 0.132 0.060 0.000 0.124 0.644 0.040
#> GSM342402 1 0.7100 0.3670 0.484 0.000 0.008 0.148 0.124 0.236
#> GSM342404 2 0.6545 0.5932 0.016 0.584 0.000 0.124 0.096 0.180
#> GSM342408 6 0.4998 0.6308 0.000 0.056 0.268 0.028 0.000 0.648
#> GSM342409 2 0.5676 0.5562 0.028 0.604 0.000 0.000 0.140 0.228
#> GSM342426 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.4603 -0.2443 0.012 0.008 0.588 0.000 0.012 0.380
#> GSM342444 3 0.0508 0.7039 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM342451 3 0.0603 0.7043 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> GSM342462 2 0.3023 0.5180 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM342467 2 0.5469 0.5794 0.024 0.672 0.000 0.092 0.024 0.188
#> GSM342484 1 0.6806 0.3627 0.520 0.000 0.016 0.164 0.064 0.236
#> GSM342491 2 0.6432 0.3994 0.108 0.652 0.012 0.104 0.064 0.060
#> GSM342322 4 0.4981 0.2291 0.072 0.000 0.000 0.584 0.340 0.004
#> GSM342338 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342347 6 0.4109 0.7121 0.000 0.012 0.328 0.008 0.000 0.652
#> GSM342356 3 0.4812 0.5111 0.044 0.000 0.716 0.000 0.172 0.068
#> GSM342357 1 0.7100 0.3670 0.484 0.000 0.008 0.148 0.124 0.236
#> GSM342366 5 0.4732 0.3308 0.020 0.324 0.000 0.000 0.624 0.032
#> GSM342385 5 0.5920 0.4379 0.132 0.152 0.000 0.008 0.640 0.068
#> GSM342421 2 0.6871 0.5645 0.020 0.540 0.000 0.124 0.216 0.100
#> GSM342437 1 0.5271 0.5069 0.664 0.220 0.000 0.084 0.012 0.020
#> GSM342454 3 0.1419 0.6867 0.012 0.004 0.952 0.000 0.016 0.016
#> GSM342471 1 0.4430 0.6520 0.748 0.028 0.000 0.020 0.180 0.024
#> GSM342477 2 0.4714 0.5764 0.020 0.756 0.000 0.092 0.028 0.104
#> GSM342495 2 0.2039 0.6063 0.000 0.904 0.000 0.000 0.076 0.020
#> GSM342496 5 0.5119 0.4503 0.012 0.396 0.020 0.000 0.548 0.024
#> GSM342320 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0291 0.7808 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM342324 4 0.0291 0.7808 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM342328 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.5014 0.5094 0.020 0.188 0.000 0.708 0.028 0.056
#> GSM342333 2 0.6421 0.5538 0.032 0.596 0.000 0.124 0.052 0.196
#> GSM342336 2 0.6842 0.4943 0.036 0.536 0.000 0.220 0.048 0.160
#> GSM342337 3 0.4874 0.5011 0.044 0.000 0.708 0.000 0.180 0.068
#> GSM342339 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342340 3 0.3047 0.6620 0.004 0.000 0.848 0.000 0.084 0.064
#> GSM342341 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342342 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342343 3 0.3244 0.6458 0.004 0.000 0.832 0.000 0.100 0.064
#> GSM342344 6 0.3991 0.5010 0.000 0.004 0.472 0.000 0.000 0.524
#> GSM342345 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342346 2 0.6061 0.4649 0.016 0.528 0.000 0.076 0.036 0.344
#> GSM342348 1 0.2373 0.6986 0.888 0.000 0.000 0.024 0.084 0.004
#> GSM342349 6 0.3954 0.7271 0.000 0.012 0.352 0.000 0.000 0.636
#> GSM342350 6 0.3954 0.7260 0.000 0.012 0.352 0.000 0.000 0.636
#> GSM342351 6 0.4109 0.7121 0.000 0.012 0.328 0.008 0.000 0.652
#> GSM342352 6 0.4004 0.7232 0.000 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620
#> GSM342353 3 0.3789 0.2089 0.000 0.004 0.668 0.000 0.004 0.324
#> GSM342355 3 0.5544 0.3917 0.064 0.000 0.628 0.000 0.240 0.068
#> GSM342358 4 0.7020 0.1017 0.340 0.008 0.008 0.368 0.028 0.248
#> GSM342359 4 0.7107 0.1042 0.336 0.012 0.008 0.364 0.028 0.252
#> GSM342360 4 0.6938 0.0912 0.344 0.004 0.008 0.364 0.028 0.252
#> GSM342361 4 0.7236 0.2067 0.264 0.020 0.008 0.384 0.028 0.296
#> GSM342362 1 0.6824 0.1408 0.444 0.000 0.008 0.272 0.040 0.236
#> GSM342363 1 0.6999 0.3796 0.496 0.000 0.008 0.140 0.116 0.240
#> GSM342364 5 0.4685 0.3829 0.020 0.296 0.000 0.000 0.648 0.036
#> GSM342365 2 0.7010 0.5902 0.016 0.532 0.000 0.136 0.164 0.152
#> GSM342367 5 0.2826 0.6157 0.028 0.128 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM342368 5 0.4464 0.4453 0.020 0.264 0.000 0.000 0.684 0.032
#> GSM342369 2 0.6992 0.5877 0.016 0.532 0.000 0.124 0.176 0.152
#> GSM342370 2 0.7010 0.5902 0.016 0.532 0.000 0.136 0.164 0.152
#> GSM342372 2 0.7008 0.5908 0.016 0.532 0.000 0.136 0.168 0.148
#> GSM342373 5 0.5050 0.1832 0.020 0.368 0.000 0.000 0.568 0.044
#> GSM342374 2 0.7010 0.5902 0.016 0.532 0.000 0.136 0.164 0.152
#> GSM342375 2 0.7062 0.5885 0.016 0.524 0.000 0.136 0.172 0.152
#> GSM342376 5 0.3776 0.6144 0.104 0.060 0.000 0.000 0.808 0.028
#> GSM342377 5 0.3657 0.6097 0.104 0.052 0.000 0.000 0.816 0.028
#> GSM342378 1 0.4301 0.5755 0.684 0.000 0.004 0.016 0.280 0.016
#> GSM342379 5 0.6494 0.3956 0.140 0.104 0.000 0.068 0.624 0.064
#> GSM342381 5 0.3637 0.6184 0.056 0.080 0.000 0.000 0.824 0.040
#> GSM342383 5 0.5869 0.4405 0.132 0.152 0.000 0.008 0.644 0.064
#> GSM342384 5 0.2604 0.6343 0.032 0.056 0.000 0.000 0.888 0.024
#> GSM342386 5 0.3037 0.5928 0.016 0.176 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM342387 1 0.5014 0.5002 0.672 0.008 0.000 0.244 0.036 0.040
#> GSM342388 3 0.3244 0.6458 0.004 0.000 0.832 0.000 0.100 0.064
#> GSM342389 5 0.2605 0.6207 0.028 0.108 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM342390 1 0.2604 0.6883 0.888 0.000 0.000 0.024 0.056 0.032
#> GSM342391 1 0.3430 0.6753 0.772 0.000 0.004 0.016 0.208 0.000
#> GSM342392 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342393 2 0.6546 0.5921 0.016 0.580 0.000 0.120 0.092 0.192
#> GSM342394 1 0.3459 0.6728 0.768 0.000 0.004 0.016 0.212 0.000
#> GSM342395 5 0.4864 0.2745 0.020 0.344 0.000 0.000 0.600 0.036
#> GSM342396 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342397 6 0.3954 0.7271 0.000 0.012 0.352 0.000 0.000 0.636
#> GSM342398 5 0.3914 0.6014 0.052 0.108 0.000 0.000 0.800 0.040
#> GSM342400 5 0.2614 0.6344 0.036 0.052 0.000 0.000 0.888 0.024
#> GSM342401 3 0.2189 0.7032 0.004 0.000 0.904 0.000 0.032 0.060
#> GSM342403 5 0.5683 0.4761 0.112 0.184 0.000 0.000 0.640 0.064
#> GSM342405 6 0.6167 0.0188 0.012 0.356 0.040 0.040 0.024 0.528
#> GSM342406 1 0.2604 0.6883 0.888 0.000 0.000 0.024 0.056 0.032
#> GSM342407 6 0.4004 0.7232 0.000 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620
#> GSM342410 1 0.3430 0.6753 0.772 0.000 0.004 0.016 0.208 0.000
#> GSM342411 1 0.4472 0.6334 0.752 0.000 0.000 0.136 0.076 0.036
#> GSM342412 2 0.6662 0.5320 0.028 0.560 0.000 0.160 0.052 0.200
#> GSM342413 1 0.3768 0.6051 0.808 0.012 0.000 0.088 0.004 0.088
#> GSM342414 6 0.4004 0.7232 0.000 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620
#> GSM342415 5 0.6010 0.3805 0.048 0.216 0.000 0.016 0.616 0.104
#> GSM342416 1 0.2604 0.6883 0.888 0.000 0.000 0.024 0.056 0.032
#> GSM342417 4 0.0291 0.7808 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM342418 4 0.0291 0.7808 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM342419 5 0.5093 0.5209 0.124 0.096 0.000 0.016 0.724 0.040
#> GSM342420 4 0.0291 0.7808 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM342422 5 0.2754 0.6343 0.048 0.048 0.000 0.000 0.880 0.024
#> GSM342423 5 0.5896 -0.0554 0.020 0.400 0.000 0.032 0.496 0.052
#> GSM342424 4 0.0146 0.7816 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.0291 0.7788 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.5069 0.5779 0.024 0.732 0.000 0.104 0.036 0.104
#> GSM342428 2 0.5569 0.5570 0.024 0.664 0.000 0.184 0.024 0.104
#> GSM342429 2 0.4038 0.5153 0.024 0.812 0.012 0.008 0.092 0.052
#> GSM342430 3 0.0363 0.7036 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342431 3 0.0363 0.7036 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342432 3 0.2680 0.6278 0.012 0.008 0.876 0.000 0.012 0.092
#> GSM342433 6 0.5461 0.6085 0.012 0.048 0.456 0.000 0.016 0.468
#> GSM342434 6 0.4688 0.7016 0.008 0.032 0.400 0.000 0.000 0.560
#> GSM342435 6 0.5461 0.6085 0.012 0.048 0.456 0.000 0.016 0.468
#> GSM342436 3 0.4603 -0.2443 0.012 0.008 0.588 0.000 0.012 0.380
#> GSM342438 3 0.2680 0.6278 0.012 0.008 0.876 0.000 0.012 0.092
#> GSM342439 3 0.3094 0.5779 0.012 0.008 0.840 0.000 0.012 0.128
#> GSM342440 3 0.4603 -0.2443 0.012 0.008 0.588 0.000 0.012 0.380
#> GSM342442 3 0.3094 0.5779 0.012 0.008 0.840 0.000 0.012 0.128
#> GSM342443 2 0.2454 0.5729 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM342445 3 0.4603 -0.2443 0.012 0.008 0.588 0.000 0.012 0.380
#> GSM342446 3 0.4009 0.3235 0.012 0.008 0.728 0.000 0.012 0.240
#> GSM342447 3 0.2302 0.7000 0.008 0.000 0.900 0.000 0.032 0.060
#> GSM342448 6 0.5339 0.6599 0.012 0.040 0.428 0.000 0.016 0.504
#> GSM342449 3 0.4149 0.2442 0.012 0.008 0.704 0.000 0.012 0.264
#> GSM342450 6 0.5374 0.6190 0.008 0.048 0.452 0.000 0.016 0.476
#> GSM342452 3 0.1842 0.6759 0.012 0.008 0.932 0.000 0.012 0.036
#> GSM342453 3 0.0748 0.6986 0.004 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004
#> GSM342455 3 0.2779 0.6206 0.012 0.008 0.868 0.000 0.012 0.100
#> GSM342456 4 0.7236 0.2067 0.264 0.020 0.008 0.384 0.028 0.296
#> GSM342457 5 0.4029 0.4809 0.028 0.292 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM342458 2 0.6870 0.5996 0.016 0.552 0.000 0.136 0.152 0.144
#> GSM342459 2 0.3076 0.5120 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM342460 2 0.2527 0.5677 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM342461 2 0.4151 0.1644 0.004 0.576 0.008 0.000 0.412 0.000
#> GSM342463 5 0.4178 0.5125 0.012 0.284 0.020 0.000 0.684 0.000
#> GSM342464 5 0.4494 0.3167 0.012 0.400 0.016 0.000 0.572 0.000
#> GSM342465 5 0.4117 0.5267 0.012 0.272 0.020 0.000 0.696 0.000
#> GSM342466 1 0.3868 0.6700 0.764 0.008 0.004 0.016 0.200 0.008
#> GSM342468 2 0.6895 0.5971 0.016 0.548 0.000 0.132 0.160 0.144
#> GSM342469 5 0.5938 -0.1416 0.448 0.044 0.000 0.020 0.448 0.040
#> GSM342470 1 0.3847 0.6090 0.812 0.028 0.000 0.080 0.004 0.076
#> GSM342472 6 0.5216 0.0451 0.004 0.376 0.020 0.036 0.004 0.560
#> GSM342473 2 0.4377 0.2434 0.008 0.612 0.008 0.000 0.364 0.008
#> GSM342474 2 0.4377 0.2434 0.008 0.612 0.008 0.000 0.364 0.008
#> GSM342475 3 0.4593 -0.2302 0.012 0.008 0.592 0.000 0.012 0.376
#> GSM342476 2 0.2630 0.6216 0.000 0.872 0.000 0.000 0.064 0.064
#> GSM342478 2 0.3679 0.4794 0.004 0.724 0.012 0.000 0.260 0.000
#> GSM342479 2 0.4562 0.4762 0.032 0.772 0.012 0.008 0.120 0.056
#> GSM342480 2 0.2454 0.5729 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM342481 2 0.4300 0.4715 0.020 0.768 0.012 0.000 0.148 0.052
#> GSM342482 2 0.3606 0.4551 0.004 0.708 0.004 0.000 0.284 0.000
#> GSM342483 2 0.3693 0.4553 0.004 0.708 0.008 0.000 0.280 0.000
#> GSM342485 5 0.4117 0.5267 0.012 0.272 0.020 0.000 0.696 0.000
#> GSM342486 5 0.3535 0.5831 0.012 0.220 0.008 0.000 0.760 0.000
#> GSM342487 6 0.5289 0.6369 0.008 0.064 0.428 0.000 0.004 0.496
#> GSM342488 2 0.1887 0.5865 0.016 0.924 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM342489 2 0.2378 0.5773 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342490 2 0.3737 0.5954 0.020 0.816 0.000 0.072 0.004 0.088
#> GSM342492 6 0.5383 0.5999 0.012 0.048 0.460 0.000 0.012 0.468
#> GSM342493 5 0.4117 0.5267 0.012 0.272 0.020 0.000 0.696 0.000
#> GSM342494 2 0.3416 0.6021 0.000 0.804 0.000 0.000 0.140 0.056
#> GSM342497 2 0.4210 0.6309 0.008 0.796 0.000 0.060 0.064 0.072
#> GSM342498 1 0.3449 0.6777 0.780 0.000 0.008 0.016 0.196 0.000
#> GSM342499 5 0.5808 -0.0946 0.432 0.040 0.000 0.016 0.472 0.040
#> GSM342500 2 0.3405 0.4764 0.000 0.724 0.004 0.000 0.272 0.000
#> GSM342501 5 0.6407 0.4272 0.056 0.360 0.016 0.004 0.496 0.068
#> GSM342502 2 0.4306 -0.0188 0.004 0.520 0.012 0.000 0.464 0.000
#> GSM342503 2 0.4022 0.2987 0.004 0.628 0.008 0.000 0.360 0.000
#> GSM342504 2 0.3543 0.4704 0.004 0.720 0.004 0.000 0.272 0.000
#> GSM342505 3 0.2395 0.6497 0.012 0.004 0.896 0.000 0.016 0.072
#> GSM342506 1 0.3340 0.6795 0.784 0.000 0.004 0.016 0.196 0.000
#> GSM342507 1 0.6614 0.3666 0.528 0.000 0.008 0.168 0.060 0.236
#> GSM342508 1 0.3401 0.6767 0.776 0.000 0.004 0.016 0.204 0.000
#> GSM342509 1 0.6806 0.3627 0.520 0.000 0.016 0.164 0.064 0.236
#> GSM342510 4 0.7374 0.0816 0.336 0.028 0.008 0.344 0.028 0.256
#> GSM342511 2 0.5566 0.1490 0.016 0.512 0.060 0.000 0.012 0.400
#> GSM342512 5 0.4178 0.5119 0.012 0.284 0.020 0.000 0.684 0.000
#> GSM342513 5 0.3983 0.5475 0.012 0.248 0.020 0.000 0.720 0.000
#> GSM342514 1 0.4205 0.5922 0.788 0.028 0.024 0.016 0.008 0.136
#> GSM342515 1 0.3430 0.6742 0.772 0.000 0.004 0.016 0.208 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:kmeans 116 0.3756 2
#> SD:kmeans 167 0.3873 3
#> SD:kmeans 134 0.3146 4
#> SD:kmeans 100 0.0324 5
#> SD:kmeans 134 0.0755 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.492 0.621 0.802 0.4933 0.512 0.512
#> 3 3 0.529 0.700 0.816 0.3519 0.694 0.468
#> 4 4 0.746 0.720 0.867 0.1182 0.814 0.517
#> 5 5 0.700 0.459 0.713 0.0602 0.849 0.504
#> 6 6 0.704 0.496 0.728 0.0420 0.875 0.507
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342323 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342325 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342326 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342327 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342329 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342331 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342334 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342335 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342354 1 0.0938 0.563 0.988 0.012
#> GSM342371 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342380 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342382 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342399 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342402 2 0.9129 -0.262 0.328 0.672
#> GSM342404 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342408 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342409 1 0.6887 0.195 0.816 0.184
#> GSM342426 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342441 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342444 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342451 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342462 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342467 1 1.0000 -0.604 0.504 0.496
#> GSM342484 1 0.9833 0.712 0.576 0.424
#> GSM342491 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342322 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342338 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342347 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342357 2 0.9580 -0.396 0.380 0.620
#> GSM342366 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342385 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342421 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342437 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342454 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342471 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342477 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342495 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342496 2 0.6247 0.299 0.156 0.844
#> GSM342320 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342321 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342324 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342328 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342330 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342332 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342333 2 0.9944 0.663 0.456 0.544
#> GSM342336 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342337 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342339 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342340 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342341 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342342 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342343 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342344 1 0.9732 0.715 0.596 0.404
#> GSM342345 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342346 1 0.9954 -0.548 0.540 0.460
#> GSM342348 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342349 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342352 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342353 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342355 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342358 1 0.7299 0.140 0.796 0.204
#> GSM342359 1 0.0672 0.550 0.992 0.008
#> GSM342360 1 0.0672 0.550 0.992 0.008
#> GSM342361 1 0.0672 0.550 0.992 0.008
#> GSM342362 1 0.9896 -0.513 0.560 0.440
#> GSM342363 2 0.5178 0.396 0.116 0.884
#> GSM342364 2 0.1414 0.607 0.020 0.980
#> GSM342365 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342367 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342368 2 0.1184 0.606 0.016 0.984
#> GSM342369 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342370 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342372 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342373 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342374 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342375 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342376 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342378 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342379 2 0.0376 0.601 0.004 0.996
#> GSM342381 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342383 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342387 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342388 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342389 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342390 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342391 2 0.4690 0.433 0.100 0.900
#> GSM342392 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342393 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342394 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342395 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342396 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342397 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342398 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342401 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342403 2 0.0938 0.584 0.012 0.988
#> GSM342405 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342406 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342407 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.9944 0.675 0.544 0.456
#> GSM342411 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342412 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342413 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342414 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342415 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342416 1 0.7950 0.647 0.760 0.240
#> GSM342417 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342418 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342419 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342420 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342422 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342423 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342424 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342425 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342427 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342428 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342429 2 0.5629 0.632 0.132 0.868
#> GSM342430 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342431 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342432 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342433 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342434 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342435 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342436 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342438 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342439 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342440 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342442 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342443 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342445 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342446 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342447 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342448 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342449 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342450 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342452 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342453 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342455 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342456 1 0.0672 0.550 0.992 0.008
#> GSM342457 2 0.0938 0.604 0.012 0.988
#> GSM342458 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342459 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342460 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342461 2 0.0938 0.604 0.012 0.988
#> GSM342463 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342466 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342468 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342469 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342470 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342472 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342473 2 0.1843 0.609 0.028 0.972
#> GSM342474 2 0.1843 0.609 0.028 0.972
#> GSM342475 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342476 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342478 2 0.8144 0.663 0.252 0.748
#> GSM342479 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342481 2 0.0376 0.601 0.004 0.996
#> GSM342482 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342483 2 0.7602 0.654 0.220 0.780
#> GSM342485 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342487 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342489 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342490 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342492 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342497 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342498 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342500 2 0.9795 0.707 0.416 0.584
#> GSM342501 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342502 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.1184 0.606 0.016 0.984
#> GSM342504 2 0.9754 0.705 0.408 0.592
#> GSM342505 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342506 1 0.9815 0.716 0.580 0.420
#> GSM342507 1 0.9833 0.712 0.576 0.424
#> GSM342508 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342509 1 0.9795 0.719 0.584 0.416
#> GSM342510 1 0.0672 0.550 0.992 0.008
#> GSM342511 1 0.0000 0.559 1.000 0.000
#> GSM342512 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
#> GSM342514 1 0.0938 0.563 0.988 0.012
#> GSM342515 2 0.0000 0.600 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342323 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342326 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 1 0.0424 0.6827 0.992 0.008 0.000
#> GSM342335 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342354 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342371 2 0.3551 0.6984 0.132 0.868 0.000
#> GSM342380 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342382 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342399 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342402 1 0.6204 0.6289 0.576 0.424 0.000
#> GSM342404 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342408 3 0.5706 0.6310 0.320 0.000 0.680
#> GSM342409 2 0.8731 0.3424 0.120 0.528 0.352
#> GSM342426 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.2796 0.8808 0.000 0.092 0.908
#> GSM342451 3 0.2796 0.8808 0.000 0.092 0.908
#> GSM342462 2 0.8354 0.6471 0.320 0.576 0.104
#> GSM342467 1 0.7624 -0.3241 0.560 0.392 0.048
#> GSM342484 1 0.8312 0.5999 0.576 0.324 0.100
#> GSM342491 1 0.3412 0.6336 0.876 0.000 0.124
#> GSM342322 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342338 3 0.3340 0.8687 0.000 0.120 0.880
#> GSM342347 3 0.3412 0.8577 0.124 0.000 0.876
#> GSM342356 3 0.4555 0.8059 0.000 0.200 0.800
#> GSM342357 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342366 2 0.0424 0.6847 0.008 0.992 0.000
#> GSM342385 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342421 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342437 1 0.3038 0.6399 0.896 0.000 0.104
#> GSM342454 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.4062 0.6705 0.836 0.164 0.000
#> GSM342477 1 0.2711 0.6479 0.912 0.000 0.088
#> GSM342495 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342496 2 0.3267 0.6997 0.000 0.884 0.116
#> GSM342320 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342333 2 0.6442 0.5956 0.432 0.564 0.004
#> GSM342336 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342337 3 0.4605 0.8016 0.000 0.204 0.796
#> GSM342339 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342340 3 0.3816 0.8507 0.000 0.148 0.852
#> GSM342341 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342342 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342343 3 0.4399 0.8170 0.000 0.188 0.812
#> GSM342344 3 0.3359 0.8756 0.084 0.016 0.900
#> GSM342345 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342346 1 0.2261 0.6340 0.932 0.000 0.068
#> GSM342348 1 0.6180 0.6312 0.584 0.416 0.000
#> GSM342349 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342350 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342351 3 0.3879 0.8365 0.152 0.000 0.848
#> GSM342352 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342353 3 0.3359 0.8756 0.084 0.016 0.900
#> GSM342355 3 0.4555 0.8059 0.000 0.200 0.800
#> GSM342358 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342359 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342360 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342362 1 0.3619 0.6764 0.864 0.136 0.000
#> GSM342363 1 0.6204 0.6289 0.576 0.424 0.000
#> GSM342364 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342365 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342367 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342369 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342370 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342372 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342373 2 0.3752 0.6992 0.144 0.856 0.000
#> GSM342374 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342375 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342376 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342379 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342388 3 0.4399 0.8170 0.000 0.188 0.812
#> GSM342389 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.7169 0.6235 0.568 0.404 0.028
#> GSM342391 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342392 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342393 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342394 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342395 2 0.1031 0.6917 0.024 0.976 0.000
#> GSM342396 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342397 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342398 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342403 1 0.6307 0.5538 0.512 0.488 0.000
#> GSM342405 3 0.6442 0.4342 0.432 0.004 0.564
#> GSM342406 1 0.6937 0.6287 0.576 0.404 0.020
#> GSM342407 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342410 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342411 1 0.0237 0.6894 0.996 0.004 0.000
#> GSM342412 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342413 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342414 3 0.3340 0.8604 0.120 0.000 0.880
#> GSM342415 2 0.4178 0.6874 0.172 0.828 0.000
#> GSM342416 1 0.6600 0.6373 0.604 0.384 0.012
#> GSM342417 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342420 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342423 2 0.5621 0.6624 0.308 0.692 0.000
#> GSM342424 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 1 0.0237 0.6880 0.996 0.000 0.004
#> GSM342427 1 0.5929 -0.0129 0.676 0.320 0.004
#> GSM342428 1 0.2625 0.5936 0.916 0.084 0.000
#> GSM342429 1 0.8255 0.2923 0.620 0.252 0.128
#> GSM342430 3 0.2796 0.8808 0.000 0.092 0.908
#> GSM342431 3 0.2796 0.8808 0.000 0.092 0.908
#> GSM342432 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342434 3 0.3816 0.8392 0.148 0.000 0.852
#> GSM342435 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342445 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.3038 0.8773 0.000 0.104 0.896
#> GSM342448 3 0.0892 0.8872 0.020 0.000 0.980
#> GSM342449 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342457 2 0.0000 0.6822 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342459 2 0.8354 0.6471 0.320 0.576 0.104
#> GSM342460 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342461 2 0.4891 0.7098 0.040 0.836 0.124
#> GSM342463 2 0.3267 0.6997 0.000 0.884 0.116
#> GSM342464 2 0.3412 0.6995 0.000 0.876 0.124
#> GSM342465 2 0.1289 0.6901 0.000 0.968 0.032
#> GSM342466 1 0.6962 0.6248 0.568 0.412 0.020
#> GSM342468 2 0.6225 0.5982 0.432 0.568 0.000
#> GSM342469 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342470 1 0.0000 0.6893 1.000 0.000 0.000
#> GSM342472 3 0.6225 0.4396 0.432 0.000 0.568
#> GSM342473 2 0.5677 0.7132 0.072 0.804 0.124
#> GSM342474 2 0.5677 0.7132 0.072 0.804 0.124
#> GSM342475 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.8261 0.6382 0.340 0.568 0.092
#> GSM342478 2 0.6590 0.7084 0.112 0.756 0.132
#> GSM342479 1 0.7739 0.6027 0.672 0.204 0.124
#> GSM342480 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342481 2 0.5588 0.7131 0.068 0.808 0.124
#> GSM342482 2 0.6597 0.7085 0.120 0.756 0.124
#> GSM342483 2 0.5677 0.7132 0.072 0.804 0.124
#> GSM342485 2 0.1289 0.6901 0.000 0.968 0.032
#> GSM342486 2 0.0892 0.6863 0.000 0.980 0.020
#> GSM342487 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342489 2 0.8395 0.6427 0.328 0.568 0.104
#> GSM342490 1 0.6157 0.4797 0.780 0.128 0.092
#> GSM342492 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.1289 0.6901 0.000 0.968 0.032
#> GSM342494 2 0.8261 0.6382 0.340 0.568 0.092
#> GSM342497 2 0.8261 0.6382 0.340 0.568 0.092
#> GSM342498 1 0.7169 0.6178 0.568 0.404 0.028
#> GSM342499 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342500 2 0.8536 0.6490 0.300 0.576 0.124
#> GSM342501 1 0.8610 0.5672 0.548 0.336 0.116
#> GSM342502 2 0.3412 0.6995 0.000 0.876 0.124
#> GSM342503 2 0.5307 0.7122 0.056 0.820 0.124
#> GSM342504 2 0.6529 0.7091 0.116 0.760 0.124
#> GSM342505 3 0.0000 0.8926 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.6587 0.6234 0.568 0.424 0.008
#> GSM342507 1 0.6204 0.6289 0.576 0.424 0.000
#> GSM342508 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
#> GSM342509 1 0.7726 0.6173 0.572 0.372 0.056
#> GSM342510 1 0.0892 0.6823 0.980 0.000 0.020
#> GSM342511 3 0.0237 0.8917 0.004 0.000 0.996
#> GSM342512 2 0.1411 0.6911 0.000 0.964 0.036
#> GSM342513 2 0.1289 0.6901 0.000 0.968 0.032
#> GSM342514 3 0.5835 0.3784 0.340 0.000 0.660
#> GSM342515 1 0.6225 0.6252 0.568 0.432 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.4382 0.7092 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM342323 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342325 1 0.4382 0.7092 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM342326 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342327 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342329 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342331 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342334 4 0.0469 0.7458 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM342335 4 0.4679 0.5486 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM342354 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0779 0.8747 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342380 1 0.4560 0.7096 0.700 0.004 0.000 0.296
#> GSM342382 2 0.4866 0.3097 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.4560 0.7096 0.700 0.004 0.000 0.296
#> GSM342402 1 0.4134 0.7272 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342404 4 0.4605 0.5694 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM342408 3 0.4804 0.3068 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM342409 2 0.6273 0.1305 0.000 0.488 0.456 0.056
#> GSM342426 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342441 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342467 4 0.3427 0.7218 0.000 0.112 0.028 0.860
#> GSM342484 1 0.4313 0.7248 0.736 0.004 0.000 0.260
#> GSM342491 4 0.4784 0.5998 0.112 0.100 0.000 0.788
#> GSM342322 1 0.4661 0.6561 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM342338 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342347 3 0.0817 0.9189 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342356 3 0.4998 0.0864 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM342357 1 0.4103 0.7282 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM342366 2 0.0707 0.8748 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.4560 0.7096 0.700 0.004 0.000 0.296
#> GSM342421 4 0.4996 0.2909 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM342437 4 0.5576 0.3809 0.444 0.020 0.000 0.536
#> GSM342454 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1940 0.7329 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM342477 4 0.0524 0.7455 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM342495 2 0.1716 0.8262 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM342496 2 0.1118 0.8687 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342321 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342324 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342328 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342330 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342332 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342333 4 0.4761 0.5721 0.000 0.332 0.004 0.664
#> GSM342336 4 0.3428 0.6924 0.144 0.012 0.000 0.844
#> GSM342337 3 0.4998 0.0864 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342340 3 0.3649 0.7152 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 3 0.4008 0.6561 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342346 4 0.0188 0.7467 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM342348 1 0.1118 0.7610 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342349 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0817 0.9189 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342352 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342355 3 0.4998 0.0864 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM342358 4 0.3400 0.6293 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM342359 4 0.3356 0.6343 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM342360 4 0.3942 0.5497 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM342361 4 0.2011 0.7202 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM342362 1 0.4193 0.7194 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM342363 1 0.4103 0.7282 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM342364 2 0.0707 0.8748 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.4605 0.5694 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM342367 2 0.2868 0.7823 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0707 0.8748 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342369 4 0.4933 0.4177 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM342370 4 0.4605 0.5694 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM342372 4 0.4730 0.5319 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM342373 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 4 0.4605 0.5694 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM342375 4 0.4916 0.4335 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM342376 1 0.4941 0.1580 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.4941 0.1580 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.4584 0.7084 0.696 0.004 0.000 0.300
#> GSM342381 1 0.5000 -0.0335 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.4697 0.7093 0.696 0.008 0.000 0.296
#> GSM342384 2 0.4907 0.2671 0.420 0.580 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.1557 0.8585 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.4996 0.3128 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM342388 3 0.3873 0.6810 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM342389 2 0.3907 0.6539 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.1022 0.7624 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342391 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 4 0.4585 0.5736 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM342394 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.5000 -0.0335 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.4898 0.2782 0.416 0.584 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.4511 0.7251 0.724 0.008 0.000 0.268
#> GSM342405 4 0.5475 0.5082 0.000 0.036 0.308 0.656
#> GSM342406 1 0.1118 0.7610 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342407 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0188 0.7686 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342411 1 0.4888 -0.0291 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM342412 4 0.0188 0.7467 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM342413 4 0.4998 0.3036 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM342414 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.6969 0.0367 0.448 0.440 0.000 0.112
#> GSM342416 1 0.1118 0.7610 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342417 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342418 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342419 1 0.2402 0.7537 0.912 0.012 0.000 0.076
#> GSM342420 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342422 2 0.4948 0.2080 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0707 0.8676 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342424 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342425 4 0.0336 0.7471 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342427 4 0.4344 0.7039 0.108 0.076 0.000 0.816
#> GSM342428 4 0.4050 0.6915 0.144 0.036 0.000 0.820
#> GSM342429 2 0.6781 0.3901 0.148 0.596 0.000 0.256
#> GSM342430 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 3 0.0592 0.9258 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM342435 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342445 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0469 0.9293 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.2011 0.7202 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM342457 2 0.0707 0.8759 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342458 4 0.4697 0.5432 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM342459 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342460 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342461 2 0.0188 0.8768 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.1118 0.8687 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.1118 0.8687 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.1211 0.8675 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342468 4 0.4925 0.4260 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM342469 1 0.0804 0.7671 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM342470 4 0.4999 0.2941 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM342472 4 0.4453 0.5871 0.000 0.012 0.244 0.744
#> GSM342473 2 0.0188 0.8768 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0188 0.8768 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 4 0.4977 0.3560 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM342478 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342479 2 0.6310 0.1540 0.060 0.512 0.000 0.428
#> GSM342480 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342481 2 0.0376 0.8765 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342482 2 0.0188 0.8756 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342483 2 0.0188 0.8756 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342485 2 0.1211 0.8675 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.1302 0.8657 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.3610 0.6412 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM342489 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342490 4 0.1474 0.7382 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM342492 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.1211 0.8675 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342494 4 0.4967 0.3808 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM342497 4 0.4661 0.5595 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM342498 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.0336 0.7663 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342501 2 0.7329 0.1628 0.188 0.516 0.000 0.296
#> GSM342502 2 0.0188 0.8768 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.8763 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0336 0.8745 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342505 3 0.0000 0.9387 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 1 0.4134 0.7258 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342508 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342509 1 0.4134 0.7258 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342510 4 0.3356 0.6343 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM342511 3 0.0817 0.9195 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342512 2 0.1211 0.8675 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.1302 0.8657 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.5366 0.2757 0.440 0.000 0.548 0.012
#> GSM342515 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.7974 0.02315 0.220 0.096 0.000 0.396 0.288
#> GSM342323 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342325 4 0.8215 -0.00574 0.228 0.124 0.000 0.360 0.288
#> GSM342326 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342334 4 0.5940 0.32753 0.000 0.140 0.000 0.568 0.292
#> GSM342335 5 0.5922 0.06744 0.000 0.108 0.000 0.388 0.504
#> GSM342354 3 0.1478 0.91463 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM342371 5 0.4639 -0.02122 0.012 0.344 0.000 0.008 0.636
#> GSM342380 5 0.8576 -0.05118 0.228 0.264 0.000 0.220 0.288
#> GSM342382 5 0.5946 0.08770 0.112 0.380 0.000 0.000 0.508
#> GSM342399 4 0.8313 -0.02065 0.228 0.140 0.000 0.344 0.288
#> GSM342402 1 0.5511 0.34056 0.548 0.044 0.000 0.396 0.012
#> GSM342404 5 0.5815 0.05664 0.000 0.096 0.000 0.396 0.508
#> GSM342408 3 0.6131 0.37144 0.000 0.000 0.548 0.284 0.168
#> GSM342409 5 0.4659 0.06186 0.000 0.140 0.044 0.044 0.772
#> GSM342426 4 0.0290 0.67922 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342441 3 0.0794 0.92254 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342444 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342451 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.4304 0.34397 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM342467 4 0.6698 0.15228 0.000 0.204 0.004 0.424 0.368
#> GSM342484 1 0.6000 0.26228 0.488 0.044 0.020 0.440 0.008
#> GSM342491 4 0.5926 0.31984 0.056 0.320 0.012 0.596 0.016
#> GSM342322 4 0.6903 0.13968 0.168 0.032 0.000 0.512 0.288
#> GSM342338 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342347 3 0.4020 0.80172 0.000 0.000 0.796 0.096 0.108
#> GSM342356 3 0.5784 0.56309 0.160 0.012 0.652 0.000 0.176
#> GSM342357 1 0.5503 0.34576 0.552 0.044 0.000 0.392 0.012
#> GSM342366 5 0.4567 -0.01750 0.012 0.356 0.000 0.004 0.628
#> GSM342385 5 0.8702 -0.05636 0.220 0.256 0.004 0.228 0.292
#> GSM342421 5 0.5255 0.20053 0.000 0.052 0.000 0.388 0.560
#> GSM342437 1 0.5308 0.55854 0.704 0.136 0.000 0.148 0.012
#> GSM342454 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342471 1 0.1836 0.74231 0.936 0.008 0.000 0.040 0.016
#> GSM342477 4 0.4854 0.48915 0.000 0.308 0.000 0.648 0.044
#> GSM342495 2 0.4533 0.25404 0.000 0.544 0.000 0.008 0.448
#> GSM342496 2 0.4391 0.28716 0.016 0.744 0.024 0.000 0.216
#> GSM342320 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0162 0.68033 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342324 4 0.0486 0.67682 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> GSM342328 4 0.0162 0.68033 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342330 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342332 4 0.2020 0.64042 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM342333 5 0.6105 -0.00231 0.000 0.128 0.000 0.392 0.480
#> GSM342336 4 0.5849 0.35350 0.004 0.128 0.000 0.604 0.264
#> GSM342337 3 0.5749 0.56772 0.156 0.012 0.656 0.000 0.176
#> GSM342339 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342340 3 0.2949 0.84569 0.036 0.012 0.880 0.000 0.072
#> GSM342341 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342342 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342343 3 0.3680 0.79701 0.048 0.012 0.832 0.000 0.108
#> GSM342344 3 0.1197 0.91843 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM342345 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342346 4 0.5946 0.38914 0.000 0.132 0.004 0.588 0.276
#> GSM342348 1 0.0510 0.74386 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342349 3 0.1704 0.91212 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM342350 3 0.1704 0.91212 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM342351 3 0.3536 0.83595 0.000 0.000 0.832 0.084 0.084
#> GSM342352 3 0.1478 0.91463 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM342353 3 0.1124 0.92205 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM342355 3 0.5843 0.53231 0.168 0.008 0.636 0.000 0.188
#> GSM342358 4 0.5238 0.16348 0.336 0.044 0.000 0.612 0.008
#> GSM342359 4 0.5207 0.18456 0.328 0.044 0.000 0.620 0.008
#> GSM342360 4 0.5238 0.16348 0.336 0.044 0.000 0.612 0.008
#> GSM342361 4 0.3709 0.57720 0.108 0.044 0.000 0.832 0.016
#> GSM342362 1 0.5491 0.20779 0.476 0.044 0.000 0.472 0.008
#> GSM342363 1 0.5536 0.37270 0.572 0.044 0.000 0.368 0.016
#> GSM342364 5 0.4594 -0.01606 0.012 0.364 0.000 0.004 0.620
#> GSM342365 5 0.4331 0.18011 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> GSM342367 5 0.5616 0.03698 0.076 0.412 0.000 0.000 0.512
#> GSM342368 5 0.4686 -0.01298 0.012 0.396 0.000 0.004 0.588
#> GSM342369 5 0.4835 0.20863 0.000 0.028 0.000 0.380 0.592
#> GSM342370 5 0.4331 0.18011 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> GSM342372 5 0.4321 0.18501 0.000 0.004 0.000 0.396 0.600
#> GSM342373 5 0.4392 -0.05807 0.000 0.380 0.000 0.008 0.612
#> GSM342374 5 0.4331 0.18011 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> GSM342375 5 0.4835 0.20863 0.000 0.028 0.000 0.380 0.592
#> GSM342376 5 0.6252 0.09686 0.164 0.328 0.000 0.000 0.508
#> GSM342377 5 0.6282 0.09581 0.164 0.340 0.000 0.000 0.496
#> GSM342378 1 0.2519 0.69171 0.884 0.016 0.000 0.000 0.100
#> GSM342379 4 0.8160 0.00163 0.228 0.116 0.000 0.368 0.288
#> GSM342381 5 0.6125 0.09576 0.136 0.364 0.000 0.000 0.500
#> GSM342383 2 0.8160 -0.07623 0.228 0.368 0.000 0.116 0.288
#> GSM342384 5 0.5928 0.08784 0.108 0.392 0.000 0.000 0.500
#> GSM342386 5 0.5291 -0.02201 0.048 0.456 0.000 0.000 0.496
#> GSM342387 1 0.4524 0.22446 0.572 0.004 0.000 0.420 0.004
#> GSM342388 3 0.3608 0.80092 0.044 0.012 0.836 0.000 0.108
#> GSM342389 5 0.5652 0.04571 0.080 0.404 0.000 0.000 0.516
#> GSM342390 1 0.0510 0.74386 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342391 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> GSM342392 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342393 5 0.5843 0.03935 0.000 0.100 0.000 0.388 0.512
#> GSM342394 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> GSM342395 5 0.4607 -0.03569 0.012 0.368 0.000 0.004 0.616
#> GSM342396 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342397 3 0.1704 0.91212 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM342398 5 0.6054 0.09260 0.124 0.380 0.000 0.000 0.496
#> GSM342400 5 0.5928 0.08784 0.108 0.392 0.000 0.000 0.500
#> GSM342401 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342403 2 0.7366 -0.07593 0.212 0.428 0.000 0.040 0.320
#> GSM342405 5 0.6902 -0.07056 0.000 0.020 0.180 0.340 0.460
#> GSM342406 1 0.0510 0.74386 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342407 3 0.1478 0.91463 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM342410 1 0.0898 0.74676 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> GSM342411 1 0.3333 0.65593 0.820 0.008 0.000 0.164 0.008
#> GSM342412 4 0.5519 0.44476 0.000 0.148 0.000 0.648 0.204
#> GSM342413 1 0.3343 0.62691 0.812 0.000 0.000 0.172 0.016
#> GSM342414 3 0.1478 0.91463 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM342415 5 0.6443 0.09333 0.072 0.232 0.000 0.084 0.612
#> GSM342416 1 0.0510 0.74386 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342417 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0290 0.67960 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342419 5 0.7614 0.06363 0.252 0.320 0.000 0.048 0.380
#> GSM342420 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342422 5 0.5959 0.08879 0.112 0.388 0.000 0.000 0.500
#> GSM342423 5 0.5566 -0.04487 0.000 0.332 0.000 0.088 0.580
#> GSM342424 4 0.0000 0.68183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342425 4 0.0798 0.67196 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM342427 2 0.6953 -0.09891 0.004 0.344 0.000 0.344 0.308
#> GSM342428 4 0.6233 0.26329 0.004 0.152 0.000 0.540 0.304
#> GSM342429 2 0.5848 0.25709 0.012 0.644 0.000 0.160 0.184
#> GSM342430 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342431 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342432 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342433 3 0.1704 0.91222 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM342434 3 0.2248 0.89765 0.000 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM342435 3 0.1704 0.91222 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM342436 3 0.0794 0.92254 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342438 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342440 3 0.0794 0.92254 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342442 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342443 5 0.4430 -0.31285 0.000 0.456 0.000 0.004 0.540
#> GSM342445 3 0.0794 0.92254 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342446 3 0.0510 0.92371 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342447 3 0.0981 0.91679 0.008 0.008 0.972 0.000 0.012
#> GSM342448 3 0.1831 0.90901 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076
#> GSM342449 3 0.0510 0.92371 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342450 3 0.1704 0.91222 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM342452 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.0451 0.92375 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM342455 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342456 4 0.3709 0.57720 0.108 0.044 0.000 0.832 0.016
#> GSM342457 5 0.4902 -0.06809 0.028 0.408 0.000 0.000 0.564
#> GSM342458 5 0.4537 0.18545 0.000 0.012 0.000 0.396 0.592
#> GSM342459 2 0.4306 0.33570 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM342460 5 0.4425 -0.31009 0.000 0.452 0.000 0.004 0.544
#> GSM342461 2 0.3612 0.44058 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM342463 2 0.4777 0.25519 0.016 0.620 0.008 0.000 0.356
#> GSM342464 2 0.3336 0.39018 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM342465 2 0.4874 0.21648 0.016 0.588 0.008 0.000 0.388
#> GSM342466 1 0.0898 0.74676 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> GSM342468 5 0.4835 0.20716 0.000 0.028 0.000 0.380 0.592
#> GSM342469 1 0.4647 0.53715 0.732 0.084 0.000 0.000 0.184
#> GSM342470 1 0.3409 0.63433 0.816 0.000 0.000 0.160 0.024
#> GSM342472 4 0.7256 0.24067 0.000 0.144 0.056 0.448 0.352
#> GSM342473 2 0.3612 0.44481 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM342474 2 0.3612 0.44481 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM342475 3 0.0703 0.92298 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342476 2 0.5296 0.19331 0.000 0.480 0.000 0.048 0.472
#> GSM342478 2 0.4278 0.37666 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM342479 2 0.5212 0.10585 0.016 0.620 0.000 0.332 0.032
#> GSM342480 5 0.4430 -0.31285 0.000 0.456 0.000 0.004 0.540
#> GSM342481 2 0.2813 0.40151 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342482 2 0.3932 0.43593 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM342483 2 0.3949 0.43551 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342485 2 0.4863 0.22088 0.016 0.592 0.008 0.000 0.384
#> GSM342486 2 0.4872 0.06366 0.024 0.540 0.000 0.000 0.436
#> GSM342487 3 0.2046 0.90738 0.000 0.016 0.916 0.000 0.068
#> GSM342488 2 0.4848 0.23415 0.000 0.556 0.000 0.024 0.420
#> GSM342489 5 0.4425 -0.31009 0.000 0.452 0.000 0.004 0.544
#> GSM342490 2 0.6745 -0.00371 0.000 0.408 0.000 0.312 0.280
#> GSM342492 3 0.1704 0.91222 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM342493 2 0.4863 0.22088 0.016 0.592 0.008 0.000 0.384
#> GSM342494 5 0.5086 -0.25708 0.000 0.396 0.000 0.040 0.564
#> GSM342497 5 0.6238 -0.11453 0.000 0.376 0.000 0.148 0.476
#> GSM342498 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> GSM342499 1 0.4982 0.47703 0.692 0.088 0.000 0.000 0.220
#> GSM342500 2 0.4219 0.39975 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM342501 2 0.4999 0.24236 0.068 0.780 0.016 0.084 0.052
#> GSM342502 2 0.3508 0.43018 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM342503 2 0.3857 0.43726 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM342504 2 0.4171 0.41192 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM342505 3 0.0324 0.92415 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342506 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> GSM342507 1 0.5357 0.29630 0.520 0.044 0.000 0.432 0.004
#> GSM342508 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> GSM342509 1 0.6049 0.28074 0.496 0.048 0.020 0.428 0.008
#> GSM342510 4 0.5603 0.14473 0.336 0.044 0.000 0.596 0.024
#> GSM342511 3 0.6204 0.37730 0.000 0.164 0.524 0.000 0.312
#> GSM342512 2 0.4817 0.24158 0.016 0.608 0.008 0.000 0.368
#> GSM342513 2 0.4936 0.17094 0.016 0.560 0.008 0.000 0.416
#> GSM342514 1 0.3825 0.60577 0.804 0.000 0.136 0.000 0.060
#> GSM342515 1 0.1117 0.74599 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.5178 0.2053 0.088 0.000 0.000 0.424 0.488 0.000
#> GSM342323 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 5 0.5203 0.3301 0.104 0.000 0.000 0.348 0.548 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 4 0.6598 0.1801 0.020 0.208 0.000 0.492 0.020 0.260
#> GSM342335 2 0.6930 0.2669 0.020 0.416 0.000 0.312 0.028 0.224
#> GSM342354 6 0.3864 0.5172 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM342371 5 0.4912 0.5140 0.020 0.232 0.000 0.000 0.672 0.076
#> GSM342380 5 0.6899 0.4386 0.104 0.052 0.004 0.084 0.584 0.172
#> GSM342382 5 0.1219 0.7050 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM342399 5 0.5525 0.3848 0.104 0.000 0.000 0.296 0.580 0.020
#> GSM342402 1 0.6831 0.2467 0.412 0.000 0.000 0.284 0.052 0.252
#> GSM342404 2 0.6826 0.3126 0.020 0.440 0.000 0.316 0.028 0.196
#> GSM342408 6 0.4395 0.5288 0.000 0.016 0.396 0.008 0.000 0.580
#> GSM342409 6 0.5908 -0.0441 0.020 0.300 0.004 0.008 0.104 0.564
#> GSM342426 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.3464 0.2596 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM342444 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.1765 0.5481 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM342467 2 0.6529 0.2165 0.000 0.416 0.004 0.232 0.020 0.328
#> GSM342484 1 0.6438 0.2774 0.444 0.000 0.004 0.284 0.016 0.252
#> GSM342491 4 0.6804 0.1331 0.040 0.388 0.000 0.408 0.020 0.144
#> GSM342322 4 0.5002 0.0879 0.080 0.000 0.000 0.556 0.364 0.000
#> GSM342338 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342347 6 0.3950 0.5362 0.000 0.000 0.432 0.004 0.000 0.564
#> GSM342356 3 0.2604 0.6509 0.036 0.000 0.880 0.000 0.076 0.008
#> GSM342357 1 0.6813 0.2625 0.420 0.000 0.000 0.276 0.052 0.252
#> GSM342366 5 0.4737 0.5541 0.020 0.212 0.000 0.000 0.696 0.072
#> GSM342385 5 0.6907 0.4424 0.104 0.040 0.004 0.120 0.584 0.148
#> GSM342421 2 0.7354 0.3342 0.020 0.404 0.000 0.336 0.136 0.104
#> GSM342437 1 0.4046 0.6007 0.752 0.176 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM342454 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1888 0.7322 0.916 0.000 0.000 0.068 0.012 0.004
#> GSM342477 4 0.6280 0.1935 0.000 0.332 0.000 0.436 0.016 0.216
#> GSM342495 2 0.1693 0.5714 0.000 0.932 0.000 0.004 0.020 0.044
#> GSM342496 5 0.6243 0.3912 0.000 0.324 0.120 0.000 0.504 0.052
#> GSM342320 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 4 0.0405 0.7431 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM342328 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.2615 0.6616 0.000 0.028 0.000 0.876 0.008 0.088
#> GSM342333 2 0.7141 0.1722 0.020 0.332 0.000 0.296 0.032 0.320
#> GSM342336 4 0.5595 0.4000 0.020 0.120 0.000 0.636 0.012 0.212
#> GSM342337 3 0.2532 0.6551 0.032 0.000 0.884 0.000 0.076 0.008
#> GSM342339 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342340 3 0.1382 0.7216 0.008 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008
#> GSM342341 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342342 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342343 3 0.1523 0.7123 0.008 0.000 0.940 0.000 0.044 0.008
#> GSM342344 3 0.3838 -0.3009 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM342345 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342346 6 0.5821 -0.0669 0.000 0.176 0.000 0.268 0.012 0.544
#> GSM342348 1 0.0951 0.7421 0.968 0.000 0.000 0.020 0.004 0.008
#> GSM342349 6 0.3860 0.5296 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM342350 6 0.3864 0.5172 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM342351 6 0.3975 0.5409 0.000 0.000 0.452 0.004 0.000 0.544
#> GSM342352 6 0.3866 0.5048 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM342353 3 0.3563 0.1334 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM342355 3 0.3075 0.6067 0.040 0.000 0.844 0.000 0.108 0.008
#> GSM342358 4 0.6266 0.1506 0.268 0.000 0.000 0.464 0.016 0.252
#> GSM342359 4 0.6253 0.1615 0.264 0.000 0.000 0.468 0.016 0.252
#> GSM342360 4 0.6289 0.1274 0.276 0.000 0.000 0.456 0.016 0.252
#> GSM342361 4 0.5267 0.4754 0.096 0.000 0.000 0.616 0.016 0.272
#> GSM342362 1 0.6407 0.1458 0.388 0.000 0.000 0.344 0.016 0.252
#> GSM342363 1 0.6725 0.2620 0.424 0.000 0.000 0.280 0.044 0.252
#> GSM342364 5 0.4343 0.6001 0.020 0.160 0.000 0.000 0.748 0.072
#> GSM342365 2 0.7116 0.3511 0.020 0.428 0.000 0.324 0.060 0.168
#> GSM342367 5 0.1531 0.7025 0.004 0.068 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM342368 5 0.4162 0.6206 0.020 0.140 0.000 0.000 0.768 0.072
#> GSM342369 2 0.7274 0.3574 0.020 0.416 0.000 0.320 0.076 0.168
#> GSM342370 2 0.7116 0.3511 0.020 0.428 0.000 0.324 0.060 0.168
#> GSM342372 2 0.7195 0.3539 0.020 0.424 0.000 0.320 0.068 0.168
#> GSM342373 5 0.4677 0.5538 0.020 0.196 0.000 0.000 0.708 0.076
#> GSM342374 2 0.7116 0.3511 0.020 0.428 0.000 0.324 0.060 0.168
#> GSM342375 2 0.7311 0.3568 0.020 0.412 0.000 0.320 0.080 0.168
#> GSM342376 5 0.2150 0.6998 0.044 0.036 0.004 0.000 0.912 0.004
#> GSM342377 5 0.1575 0.7025 0.032 0.032 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM342378 1 0.2146 0.7135 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000
#> GSM342379 5 0.5455 0.3153 0.104 0.000 0.000 0.356 0.532 0.008
#> GSM342381 5 0.1232 0.7006 0.024 0.016 0.000 0.000 0.956 0.004
#> GSM342383 5 0.6124 0.5164 0.104 0.040 0.000 0.080 0.656 0.120
#> GSM342384 5 0.0935 0.7057 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM342386 5 0.1753 0.6982 0.004 0.084 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM342387 1 0.3531 0.4072 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM342388 3 0.1590 0.7078 0.008 0.000 0.936 0.000 0.048 0.008
#> GSM342389 5 0.1531 0.7025 0.004 0.068 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM342390 1 0.1176 0.7389 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> GSM342391 1 0.1531 0.7446 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM342392 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342393 2 0.6858 0.3077 0.020 0.432 0.000 0.292 0.024 0.232
#> GSM342394 1 0.1531 0.7446 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM342395 5 0.4839 0.5308 0.020 0.228 0.000 0.000 0.680 0.072
#> GSM342396 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342397 6 0.3860 0.5296 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM342398 5 0.1194 0.6990 0.008 0.032 0.000 0.000 0.956 0.004
#> GSM342400 5 0.0935 0.7057 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM342401 3 0.0260 0.7599 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342403 5 0.6057 0.4902 0.080 0.068 0.008 0.008 0.624 0.212
#> GSM342405 6 0.5812 0.3804 0.016 0.216 0.116 0.028 0.000 0.624
#> GSM342406 1 0.1176 0.7389 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> GSM342407 6 0.3864 0.5172 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM342410 1 0.1471 0.7458 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> GSM342411 1 0.2520 0.6709 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004 0.000
#> GSM342412 4 0.6414 0.2836 0.020 0.152 0.000 0.524 0.024 0.280
#> GSM342413 1 0.2462 0.6958 0.876 0.000 0.000 0.096 0.000 0.028
#> GSM342414 6 0.3864 0.5172 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM342415 5 0.5963 0.4801 0.032 0.116 0.000 0.096 0.668 0.088
#> GSM342416 1 0.1176 0.7389 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> GSM342417 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 5 0.3244 0.6448 0.100 0.000 0.000 0.064 0.832 0.004
#> GSM342420 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.0858 0.7055 0.004 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM342423 5 0.6243 0.3824 0.020 0.244 0.000 0.064 0.588 0.084
#> GSM342424 4 0.0000 0.7489 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.0260 0.7444 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.6055 0.2276 0.000 0.520 0.000 0.304 0.028 0.148
#> GSM342428 4 0.5735 0.2074 0.000 0.288 0.000 0.548 0.012 0.152
#> GSM342429 2 0.5567 0.3111 0.000 0.608 0.000 0.260 0.036 0.096
#> GSM342430 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0632 0.7537 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342433 3 0.4175 -0.4127 0.000 0.012 0.524 0.000 0.000 0.464
#> GSM342434 6 0.3989 0.5345 0.000 0.004 0.468 0.000 0.000 0.528
#> GSM342435 3 0.4175 -0.4127 0.000 0.012 0.524 0.000 0.000 0.464
#> GSM342436 3 0.3464 0.2596 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM342438 3 0.0632 0.7537 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342439 3 0.0937 0.7443 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM342440 3 0.3482 0.2454 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM342442 3 0.0937 0.7443 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM342443 2 0.1411 0.5663 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM342445 3 0.3464 0.2596 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM342446 3 0.1957 0.6729 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM342447 3 0.0291 0.7589 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342448 6 0.4185 0.4806 0.000 0.012 0.492 0.000 0.000 0.496
#> GSM342449 3 0.2219 0.6417 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342450 3 0.4183 -0.4705 0.000 0.012 0.508 0.000 0.000 0.480
#> GSM342452 3 0.0146 0.7598 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.0000 0.7601 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0790 0.7495 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342456 4 0.5267 0.4754 0.096 0.000 0.000 0.616 0.016 0.272
#> GSM342457 5 0.3455 0.6314 0.000 0.180 0.000 0.000 0.784 0.036
#> GSM342458 2 0.7071 0.3665 0.020 0.440 0.000 0.324 0.064 0.152
#> GSM342459 2 0.1714 0.5503 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM342460 2 0.1411 0.5663 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM342461 2 0.3592 0.2751 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM342463 5 0.3711 0.5728 0.000 0.260 0.020 0.000 0.720 0.000
#> GSM342464 2 0.3864 -0.0505 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM342465 5 0.3695 0.5894 0.000 0.244 0.024 0.000 0.732 0.000
#> GSM342466 1 0.1536 0.7456 0.940 0.000 0.016 0.000 0.040 0.004
#> GSM342468 2 0.7047 0.3677 0.020 0.444 0.000 0.324 0.064 0.148
#> GSM342469 1 0.3626 0.4908 0.704 0.000 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM342470 1 0.2579 0.6990 0.876 0.004 0.000 0.088 0.000 0.032
#> GSM342472 6 0.5159 0.2409 0.000 0.260 0.020 0.084 0.000 0.636
#> GSM342473 2 0.3795 0.2716 0.000 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004
#> GSM342474 2 0.3795 0.2716 0.000 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004
#> GSM342475 3 0.3288 0.3633 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM342476 2 0.2069 0.5701 0.000 0.908 0.000 0.004 0.020 0.068
#> GSM342478 2 0.2135 0.5267 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM342479 2 0.6375 0.2503 0.004 0.560 0.000 0.220 0.064 0.152
#> GSM342480 2 0.1411 0.5663 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM342481 2 0.4638 0.3438 0.000 0.672 0.000 0.000 0.232 0.096
#> GSM342482 2 0.3198 0.3944 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> GSM342483 2 0.2762 0.4645 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM342485 5 0.3617 0.5920 0.000 0.244 0.020 0.000 0.736 0.000
#> GSM342486 5 0.1863 0.6893 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM342487 3 0.4336 -0.4743 0.000 0.020 0.504 0.000 0.000 0.476
#> GSM342488 2 0.2051 0.5512 0.000 0.896 0.000 0.004 0.004 0.096
#> GSM342489 2 0.1719 0.5684 0.000 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> GSM342490 2 0.4641 0.3870 0.000 0.668 0.000 0.240 0.000 0.092
#> GSM342492 3 0.4175 -0.4127 0.000 0.012 0.524 0.000 0.000 0.464
#> GSM342493 5 0.3617 0.5920 0.000 0.244 0.020 0.000 0.736 0.000
#> GSM342494 2 0.2519 0.5730 0.000 0.888 0.000 0.008 0.056 0.048
#> GSM342497 2 0.3408 0.5662 0.000 0.832 0.000 0.080 0.016 0.072
#> GSM342498 1 0.1699 0.7452 0.928 0.004 0.004 0.004 0.060 0.000
#> GSM342499 1 0.3918 0.3612 0.632 0.000 0.000 0.004 0.360 0.004
#> GSM342500 2 0.2941 0.4454 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM342501 5 0.7701 0.2119 0.048 0.340 0.020 0.040 0.392 0.160
#> GSM342502 2 0.3607 0.2636 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM342503 2 0.3531 0.2958 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM342504 2 0.2340 0.5122 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM342505 3 0.0547 0.7553 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342506 1 0.1349 0.7468 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056 0.000
#> GSM342507 1 0.6311 0.2804 0.448 0.000 0.000 0.284 0.016 0.252
#> GSM342508 1 0.1471 0.7457 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064 0.000
#> GSM342509 1 0.6438 0.2774 0.444 0.000 0.004 0.284 0.016 0.252
#> GSM342510 4 0.6464 0.1129 0.264 0.004 0.000 0.436 0.016 0.280
#> GSM342511 6 0.5384 0.4468 0.000 0.176 0.200 0.000 0.008 0.616
#> GSM342512 5 0.3789 0.5778 0.000 0.260 0.024 0.000 0.716 0.000
#> GSM342513 5 0.3483 0.6208 0.000 0.212 0.024 0.000 0.764 0.000
#> GSM342514 1 0.2400 0.6939 0.872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.116
#> GSM342515 1 0.1531 0.7446 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:skmeans 187 0.4239 2
#> SD:skmeans 189 0.2016 3
#> SD:skmeans 168 0.0664 4
#> SD:skmeans 92 0.0138 5
#> SD:skmeans 117 0.0980 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.578 0.808 0.918 0.4868 0.512 0.512
#> 3 3 0.520 0.755 0.877 0.2777 0.746 0.562
#> 4 4 0.611 0.619 0.785 0.1388 0.880 0.706
#> 5 5 0.692 0.566 0.698 0.0708 0.919 0.758
#> 6 6 0.709 0.582 0.663 0.0565 0.813 0.433
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342323 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342326 2 0.3879 0.8555 0.076 0.924
#> GSM342327 2 0.7745 0.6809 0.228 0.772
#> GSM342329 2 0.7745 0.6809 0.228 0.772
#> GSM342331 2 0.7745 0.6809 0.228 0.772
#> GSM342334 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.0376 0.9072 0.004 0.996
#> GSM342382 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342399 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342402 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342404 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342409 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342426 2 0.9993 0.1633 0.484 0.516
#> GSM342441 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342467 1 0.9000 0.5860 0.684 0.316
#> GSM342484 1 0.3584 0.8469 0.932 0.068
#> GSM342491 1 0.0376 0.8925 0.996 0.004
#> GSM342322 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.6531 0.7710 0.832 0.168
#> GSM342356 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342357 2 0.0938 0.9019 0.012 0.988
#> GSM342366 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342421 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342437 1 0.5408 0.7932 0.876 0.124
#> GSM342454 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.5178 0.8234 0.116 0.884
#> GSM342477 1 0.9552 0.4349 0.624 0.376
#> GSM342495 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.8207 0.6317 0.256 0.744
#> GSM342320 2 0.7745 0.6809 0.228 0.772
#> GSM342321 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.7883 0.6687 0.236 0.764
#> GSM342328 2 0.5294 0.8158 0.120 0.880
#> GSM342330 2 0.9170 0.4847 0.332 0.668
#> GSM342332 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.9909 0.1032 0.444 0.556
#> GSM342336 2 0.7815 0.6751 0.232 0.768
#> GSM342337 1 0.8267 0.6744 0.740 0.260
#> GSM342339 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.6623 0.7324 0.828 0.172
#> GSM342341 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.4562 0.8325 0.904 0.096
#> GSM342344 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.9460 0.3519 0.636 0.364
#> GSM342348 1 0.9393 0.5204 0.644 0.356
#> GSM342349 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342352 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342353 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.8207 0.6787 0.744 0.256
#> GSM342358 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342359 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342360 1 0.8443 0.6593 0.728 0.272
#> GSM342361 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342362 2 0.6247 0.7642 0.156 0.844
#> GSM342363 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342364 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.5294 0.8072 0.120 0.880
#> GSM342376 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342378 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342379 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342383 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342387 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342388 2 0.9795 0.1799 0.416 0.584
#> GSM342389 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342390 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342391 1 0.8555 0.6469 0.720 0.280
#> GSM342392 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.7056 0.7317 0.192 0.808
#> GSM342394 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342398 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342403 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342405 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342406 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342407 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342410 1 1.0000 0.0757 0.504 0.496
#> GSM342411 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.5178 0.8215 0.116 0.884
#> GSM342413 1 0.8608 0.6426 0.716 0.284
#> GSM342414 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342415 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342416 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342417 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.6438 0.7668 0.164 0.836
#> GSM342419 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342420 2 0.7674 0.6868 0.224 0.776
#> GSM342422 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.4815 0.8316 0.104 0.896
#> GSM342425 2 0.9993 0.1633 0.484 0.516
#> GSM342427 1 0.9815 0.3408 0.580 0.420
#> GSM342428 2 0.9909 0.1499 0.444 0.556
#> GSM342429 2 0.8661 0.5936 0.288 0.712
#> GSM342430 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342434 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342435 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342436 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342449 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342452 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342456 1 0.3879 0.8400 0.924 0.076
#> GSM342457 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342466 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342468 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342470 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342472 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342475 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.8386 0.6262 0.268 0.732
#> GSM342478 2 0.7815 0.6687 0.232 0.768
#> GSM342479 2 0.7883 0.6640 0.236 0.764
#> GSM342480 2 0.7815 0.6693 0.232 0.768
#> GSM342481 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342487 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.5946 0.7821 0.144 0.856
#> GSM342489 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342490 1 1.0000 -0.1279 0.500 0.500
#> GSM342492 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.9754 0.3766 0.408 0.592
#> GSM342497 2 0.9988 0.1763 0.480 0.520
#> GSM342498 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.2423 0.8818 0.040 0.960
#> GSM342500 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.0672 0.9046 0.008 0.992
#> GSM342502 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.6887 0.7343 0.184 0.816
#> GSM342505 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342506 2 0.9944 0.1102 0.456 0.544
#> GSM342507 1 0.8327 0.6699 0.736 0.264
#> GSM342508 2 0.7219 0.7021 0.200 0.800
#> GSM342509 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342510 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342511 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342512 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
#> GSM342514 1 0.0000 0.8950 1.000 0.000
#> GSM342515 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 2 0.4178 0.74571 0.172 0.828 0.000
#> GSM342323 1 0.4121 0.80924 0.832 0.168 0.000
#> GSM342325 2 0.4002 0.75781 0.160 0.840 0.000
#> GSM342326 2 0.6204 0.42775 0.424 0.576 0.000
#> GSM342327 1 0.0475 0.83075 0.992 0.004 0.004
#> GSM342329 1 0.4883 0.77651 0.788 0.208 0.004
#> GSM342331 1 0.0592 0.83149 0.988 0.012 0.000
#> GSM342334 2 0.1964 0.83379 0.056 0.944 0.000
#> GSM342335 2 0.0892 0.84708 0.020 0.980 0.000
#> GSM342354 3 0.3038 0.79194 0.000 0.104 0.896
#> GSM342371 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342380 2 0.2313 0.83712 0.024 0.944 0.032
#> GSM342382 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342399 2 0.6026 0.38385 0.376 0.624 0.000
#> GSM342402 1 0.3816 0.82132 0.852 0.148 0.000
#> GSM342404 2 0.3340 0.80673 0.120 0.880 0.000
#> GSM342408 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342409 2 0.0892 0.84708 0.020 0.980 0.000
#> GSM342426 1 0.0237 0.82985 0.996 0.004 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342467 2 0.7865 0.59916 0.124 0.660 0.216
#> GSM342484 1 0.6336 0.76285 0.756 0.064 0.180
#> GSM342491 1 0.5891 0.69867 0.780 0.052 0.168
#> GSM342322 2 0.5465 0.57596 0.288 0.712 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342347 3 0.5493 0.60697 0.012 0.232 0.756
#> GSM342356 2 0.6274 0.29708 0.000 0.544 0.456
#> GSM342357 1 0.4796 0.77395 0.780 0.220 0.000
#> GSM342366 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342385 2 0.5058 0.62992 0.244 0.756 0.000
#> GSM342421 2 0.1753 0.83652 0.048 0.952 0.000
#> GSM342437 3 0.8482 0.23071 0.408 0.092 0.500
#> GSM342454 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.2651 0.83032 0.060 0.928 0.012
#> GSM342477 2 0.8887 0.11702 0.424 0.456 0.120
#> GSM342495 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342496 3 0.8731 0.27159 0.116 0.368 0.516
#> GSM342320 1 0.1525 0.83197 0.964 0.032 0.004
#> GSM342321 2 0.5397 0.59618 0.280 0.720 0.000
#> GSM342324 1 0.3349 0.82291 0.888 0.108 0.004
#> GSM342328 1 0.5158 0.75263 0.764 0.232 0.004
#> GSM342330 1 0.0475 0.83075 0.992 0.004 0.004
#> GSM342332 2 0.4235 0.74337 0.176 0.824 0.000
#> GSM342333 2 0.3618 0.79245 0.012 0.884 0.104
#> GSM342336 2 0.3045 0.82103 0.020 0.916 0.064
#> GSM342337 2 0.6654 0.28792 0.008 0.536 0.456
#> GSM342339 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.0237 0.87799 0.000 0.004 0.996
#> GSM342341 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.2537 0.80194 0.000 0.080 0.920
#> GSM342344 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 3 0.8976 -0.00489 0.416 0.128 0.456
#> GSM342348 2 0.9749 -0.08941 0.296 0.444 0.260
#> GSM342349 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 3 0.3692 0.83242 0.056 0.048 0.896
#> GSM342351 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342352 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 2 0.6848 0.29622 0.016 0.568 0.416
#> GSM342358 1 0.0424 0.82925 0.992 0.000 0.008
#> GSM342359 1 0.1289 0.82484 0.968 0.000 0.032
#> GSM342360 1 0.3921 0.82463 0.872 0.112 0.016
#> GSM342361 1 0.3686 0.76159 0.860 0.000 0.140
#> GSM342362 1 0.3941 0.81841 0.844 0.156 0.000
#> GSM342363 1 0.4452 0.79873 0.808 0.192 0.000
#> GSM342364 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342365 2 0.3340 0.80673 0.120 0.880 0.000
#> GSM342367 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342369 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342370 2 0.3482 0.80465 0.128 0.872 0.000
#> GSM342372 2 0.0592 0.84861 0.012 0.988 0.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342374 2 0.3267 0.80845 0.116 0.884 0.000
#> GSM342375 2 0.0475 0.85068 0.004 0.992 0.004
#> GSM342376 2 0.0424 0.84952 0.008 0.992 0.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342378 2 0.1860 0.83550 0.052 0.948 0.000
#> GSM342379 2 0.2165 0.82978 0.064 0.936 0.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 2 0.1964 0.83379 0.056 0.944 0.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342387 2 0.5327 0.58025 0.272 0.728 0.000
#> GSM342388 2 0.6309 0.14966 0.000 0.500 0.500
#> GSM342389 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.7147 0.76308 0.720 0.124 0.156
#> GSM342391 2 0.5938 0.61189 0.020 0.732 0.248
#> GSM342392 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.3482 0.80465 0.128 0.872 0.000
#> GSM342394 2 0.2066 0.83182 0.060 0.940 0.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.3412 0.81933 0.124 0.000 0.876
#> GSM342398 2 0.0424 0.84977 0.008 0.992 0.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 2 0.0892 0.84708 0.020 0.980 0.000
#> GSM342405 2 0.8503 0.46342 0.120 0.576 0.304
#> GSM342406 1 0.6854 0.77917 0.740 0.124 0.136
#> GSM342407 3 0.2947 0.85070 0.060 0.020 0.920
#> GSM342410 1 0.8608 0.68449 0.604 0.192 0.204
#> GSM342411 2 0.2066 0.83182 0.060 0.940 0.000
#> GSM342412 2 0.3369 0.82210 0.052 0.908 0.040
#> GSM342413 1 0.4551 0.76411 0.840 0.020 0.140
#> GSM342414 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342415 2 0.1015 0.84830 0.012 0.980 0.008
#> GSM342416 1 0.8229 0.64181 0.620 0.124 0.256
#> GSM342417 1 0.4062 0.80215 0.836 0.164 0.000
#> GSM342418 1 0.0475 0.83075 0.992 0.004 0.004
#> GSM342419 2 0.0592 0.84940 0.012 0.988 0.000
#> GSM342420 1 0.3272 0.80823 0.892 0.104 0.004
#> GSM342422 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342424 1 0.5431 0.53169 0.716 0.284 0.000
#> GSM342425 1 0.3116 0.80335 0.892 0.108 0.000
#> GSM342427 2 0.5656 0.76859 0.128 0.804 0.068
#> GSM342428 2 0.5330 0.77370 0.144 0.812 0.044
#> GSM342429 3 0.8820 0.14643 0.116 0.408 0.476
#> GSM342430 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342434 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342435 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342436 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0237 0.87858 0.004 0.000 0.996
#> GSM342440 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0237 0.87858 0.004 0.000 0.996
#> GSM342443 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342445 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342449 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342452 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.0475 0.83075 0.992 0.004 0.004
#> GSM342457 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342459 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342460 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342461 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342463 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342464 2 0.0475 0.85038 0.004 0.992 0.004
#> GSM342465 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342466 3 0.9894 -0.20049 0.324 0.276 0.400
#> GSM342468 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 2 0.0747 0.84912 0.016 0.984 0.000
#> GSM342470 1 0.5560 0.54021 0.700 0.000 0.300
#> GSM342472 3 0.3267 0.82570 0.116 0.000 0.884
#> GSM342473 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342474 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.8588 0.30662 0.112 0.544 0.344
#> GSM342478 2 0.8476 0.34257 0.108 0.560 0.332
#> GSM342479 2 0.8875 0.24781 0.128 0.508 0.364
#> GSM342480 2 0.8325 0.41493 0.108 0.588 0.304
#> GSM342481 2 0.2537 0.82789 0.080 0.920 0.000
#> GSM342482 2 0.1163 0.84612 0.028 0.972 0.000
#> GSM342483 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342487 3 0.3116 0.83218 0.108 0.000 0.892
#> GSM342488 2 0.6031 0.72793 0.116 0.788 0.096
#> GSM342489 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342490 3 0.8801 0.38857 0.152 0.284 0.564
#> GSM342492 3 0.3038 0.83415 0.104 0.000 0.896
#> GSM342493 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342494 2 0.8619 0.23807 0.108 0.524 0.368
#> GSM342497 3 0.8836 0.20584 0.120 0.388 0.492
#> GSM342498 2 0.4845 0.79228 0.052 0.844 0.104
#> GSM342499 2 0.3425 0.79865 0.004 0.884 0.112
#> GSM342500 2 0.3116 0.80718 0.108 0.892 0.000
#> GSM342501 2 0.1337 0.84824 0.016 0.972 0.012
#> GSM342502 2 0.1289 0.84486 0.032 0.968 0.000
#> GSM342503 2 0.0237 0.85041 0.004 0.996 0.000
#> GSM342504 2 0.6764 0.66844 0.108 0.744 0.148
#> GSM342505 3 0.0000 0.88065 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 2 0.5443 0.65847 0.004 0.736 0.260
#> GSM342507 1 0.6243 0.80327 0.776 0.124 0.100
#> GSM342508 2 0.4629 0.73706 0.004 0.808 0.188
#> GSM342509 1 0.6443 0.70323 0.720 0.040 0.240
#> GSM342510 1 0.1643 0.82281 0.956 0.000 0.044
#> GSM342511 3 0.3412 0.81933 0.124 0.000 0.876
#> GSM342512 2 0.3272 0.80281 0.004 0.892 0.104
#> GSM342513 2 0.0000 0.85057 0.000 1.000 0.000
#> GSM342514 3 0.3116 0.83281 0.108 0.000 0.892
#> GSM342515 2 0.1753 0.83619 0.048 0.952 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.6070 0.52175 0.548 0.404 0.000 0.048
#> GSM342323 4 0.4983 0.47875 0.272 0.024 0.000 0.704
#> GSM342325 1 0.5290 0.53952 0.584 0.404 0.000 0.012
#> GSM342326 4 0.7374 0.17277 0.188 0.308 0.000 0.504
#> GSM342327 4 0.0921 0.71858 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342329 4 0.3421 0.67849 0.088 0.044 0.000 0.868
#> GSM342331 4 0.0921 0.71858 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342334 2 0.2197 0.69404 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM342335 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342354 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342371 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342380 2 0.2658 0.68634 0.012 0.904 0.004 0.080
#> GSM342382 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342399 2 0.6702 0.18651 0.168 0.616 0.000 0.216
#> GSM342402 4 0.4539 0.46838 0.008 0.272 0.000 0.720
#> GSM342404 2 0.5448 0.67998 0.244 0.700 0.000 0.056
#> GSM342408 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342409 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342426 4 0.4560 0.49251 0.296 0.000 0.004 0.700
#> GSM342441 3 0.2469 0.86939 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM342444 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342451 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342462 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.8239 0.47272 0.304 0.512 0.104 0.080
#> GSM342484 4 0.4933 0.47783 0.016 0.000 0.296 0.688
#> GSM342491 4 0.8103 0.34335 0.080 0.088 0.320 0.512
#> GSM342322 2 0.7716 -0.43899 0.356 0.416 0.000 0.228
#> GSM342338 3 0.3325 0.86793 0.112 0.000 0.864 0.024
#> GSM342347 3 0.7939 0.53151 0.136 0.192 0.592 0.080
#> GSM342356 2 0.7475 -0.10845 0.108 0.488 0.384 0.020
#> GSM342357 4 0.5759 0.46790 0.080 0.232 0.000 0.688
#> GSM342366 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 2 0.5272 0.36465 0.032 0.680 0.000 0.288
#> GSM342421 2 0.2021 0.70295 0.012 0.932 0.000 0.056
#> GSM342437 1 0.2839 0.29995 0.884 0.004 0.004 0.108
#> GSM342454 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342471 1 0.5523 0.55177 0.596 0.380 0.000 0.024
#> GSM342477 2 0.7628 0.48644 0.304 0.504 0.008 0.184
#> GSM342495 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.6296 0.09666 0.064 0.388 0.548 0.000
#> GSM342320 4 0.2197 0.71005 0.048 0.024 0.000 0.928
#> GSM342321 2 0.7882 -0.39566 0.284 0.368 0.000 0.348
#> GSM342324 4 0.0921 0.71858 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342328 4 0.4466 0.59535 0.180 0.036 0.000 0.784
#> GSM342330 4 0.0921 0.71858 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342332 2 0.6258 0.18576 0.076 0.600 0.000 0.324
#> GSM342333 2 0.2510 0.70065 0.012 0.916 0.008 0.064
#> GSM342336 2 0.4287 0.62729 0.088 0.828 0.004 0.080
#> GSM342337 2 0.6082 -0.00029 0.024 0.520 0.444 0.012
#> GSM342339 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342340 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342341 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342342 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342343 3 0.2593 0.76217 0.004 0.104 0.892 0.000
#> GSM342344 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342345 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342346 3 0.9152 0.13775 0.168 0.108 0.412 0.312
#> GSM342348 1 0.5931 0.55420 0.580 0.384 0.028 0.008
#> GSM342349 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342350 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342351 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342352 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342353 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342355 2 0.8693 -0.19719 0.140 0.400 0.384 0.076
#> GSM342358 4 0.0000 0.71736 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 4 0.0469 0.71654 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342360 4 0.1443 0.71015 0.028 0.008 0.004 0.960
#> GSM342361 4 0.0657 0.71588 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM342362 4 0.4539 0.46838 0.008 0.272 0.000 0.720
#> GSM342363 4 0.4882 0.46052 0.020 0.272 0.000 0.708
#> GSM342364 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342365 2 0.5417 0.68210 0.240 0.704 0.000 0.056
#> GSM342367 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.2011 0.72801 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM342370 2 0.5448 0.67998 0.244 0.700 0.000 0.056
#> GSM342372 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342373 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342375 2 0.0707 0.72278 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342376 2 0.0921 0.72073 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342377 2 0.0817 0.71590 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.4925 0.52937 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM342379 2 0.2751 0.67910 0.040 0.904 0.000 0.056
#> GSM342381 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342383 2 0.3245 0.65490 0.064 0.880 0.000 0.056
#> GSM342384 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.7028 0.36254 0.568 0.172 0.000 0.260
#> GSM342388 3 0.5080 0.10067 0.004 0.420 0.576 0.000
#> GSM342389 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.5738 0.17577 0.596 0.012 0.016 0.376
#> GSM342391 1 0.5987 0.55300 0.600 0.360 0.016 0.024
#> GSM342392 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342393 2 0.6318 0.54126 0.380 0.560 0.004 0.056
#> GSM342394 1 0.4933 0.52500 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342397 3 0.4791 0.81411 0.136 0.000 0.784 0.080
#> GSM342398 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342403 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342405 2 0.8804 0.26313 0.332 0.432 0.156 0.080
#> GSM342406 1 0.5256 0.15835 0.596 0.012 0.000 0.392
#> GSM342407 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342410 1 0.5826 0.18232 0.596 0.012 0.020 0.372
#> GSM342411 1 0.4933 0.52500 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM342412 2 0.4082 0.64048 0.020 0.812 0.004 0.164
#> GSM342413 1 0.4382 0.22583 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM342414 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342415 2 0.1557 0.71010 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342416 1 0.5983 0.18546 0.596 0.012 0.028 0.364
#> GSM342417 4 0.2443 0.69852 0.024 0.060 0.000 0.916
#> GSM342418 4 0.0921 0.71858 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342419 2 0.4277 0.29993 0.280 0.720 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.4630 0.51174 0.252 0.016 0.000 0.732
#> GSM342422 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342424 1 0.6024 -0.18016 0.540 0.044 0.000 0.416
#> GSM342425 4 0.5914 0.32621 0.436 0.028 0.004 0.532
#> GSM342427 2 0.6127 0.64758 0.288 0.644 0.008 0.060
#> GSM342428 2 0.7922 0.34806 0.292 0.432 0.004 0.272
#> GSM342429 1 0.7789 -0.09787 0.400 0.352 0.248 0.000
#> GSM342430 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342431 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342434 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342435 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342436 3 0.0188 0.87622 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.2760 0.86683 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.4343 0.68657 0.264 0.732 0.004 0.000
#> GSM342445 3 0.1356 0.87474 0.032 0.000 0.960 0.008
#> GSM342446 3 0.2469 0.86939 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM342447 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342448 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342449 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342452 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.87568 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.0000 0.71736 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342459 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.2413 0.69363 0.020 0.916 0.064 0.000
#> GSM342466 1 0.8605 0.43783 0.472 0.204 0.268 0.056
#> GSM342468 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342469 1 0.4916 0.52806 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM342470 1 0.5473 0.20725 0.644 0.000 0.032 0.324
#> GSM342472 3 0.4037 0.85042 0.136 0.000 0.824 0.040
#> GSM342473 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.1109 0.87478 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM342476 2 0.5697 0.62946 0.280 0.664 0.056 0.000
#> GSM342478 2 0.5284 0.65916 0.264 0.696 0.040 0.000
#> GSM342479 2 0.8189 0.52541 0.264 0.532 0.144 0.060
#> GSM342480 2 0.4606 0.68244 0.264 0.724 0.012 0.000
#> GSM342481 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0707 0.72733 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0707 0.72733 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.3172 0.85662 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM342488 2 0.4785 0.68473 0.264 0.720 0.004 0.012
#> GSM342489 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342490 1 0.8910 -0.03395 0.384 0.280 0.284 0.052
#> GSM342492 3 0.3659 0.86153 0.136 0.000 0.840 0.024
#> GSM342493 2 0.0707 0.72733 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.6036 0.59739 0.292 0.636 0.072 0.000
#> GSM342497 1 0.8502 -0.09682 0.400 0.320 0.252 0.028
#> GSM342498 1 0.4152 0.38789 0.808 0.032 0.160 0.000
#> GSM342499 1 0.6860 0.53061 0.592 0.244 0.164 0.000
#> GSM342500 2 0.4343 0.68657 0.264 0.732 0.004 0.000
#> GSM342501 2 0.5016 0.58448 0.036 0.792 0.136 0.036
#> GSM342502 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.4164 0.68898 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.0188 0.87510 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342506 1 0.6381 0.52497 0.652 0.196 0.152 0.000
#> GSM342507 4 0.5085 0.43785 0.288 0.012 0.008 0.692
#> GSM342508 1 0.6860 0.53061 0.592 0.244 0.164 0.000
#> GSM342509 4 0.6425 0.46593 0.032 0.052 0.260 0.656
#> GSM342510 4 0.4706 0.50192 0.020 0.000 0.248 0.732
#> GSM342511 3 0.5902 0.78271 0.136 0.052 0.748 0.064
#> GSM342512 2 0.4675 0.68786 0.244 0.736 0.020 0.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.72727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342514 1 0.5288 -0.24308 0.520 0.000 0.472 0.008
#> GSM342515 1 0.6832 0.53737 0.572 0.296 0.132 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.3895 0.3115 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM342323 4 0.6003 0.4221 0.112 0.000 0.000 0.448 0.440
#> GSM342325 1 0.3109 0.4715 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM342326 5 0.6209 0.2716 0.004 0.208 0.000 0.216 0.572
#> GSM342327 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342329 4 0.5171 0.4990 0.040 0.000 0.000 0.504 0.456
#> GSM342331 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342334 2 0.5533 0.5538 0.268 0.656 0.004 0.032 0.040
#> GSM342335 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342354 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342371 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342380 2 0.5753 0.5124 0.288 0.620 0.004 0.076 0.012
#> GSM342382 2 0.3636 0.6072 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.6916 0.0112 0.452 0.348 0.000 0.020 0.180
#> GSM342402 4 0.2488 0.5759 0.004 0.124 0.000 0.872 0.000
#> GSM342404 2 0.3916 0.5132 0.012 0.732 0.000 0.000 0.256
#> GSM342408 3 0.3837 0.7658 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM342409 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342426 5 0.5901 0.3774 0.000 0.268 0.000 0.148 0.584
#> GSM342441 3 0.3274 0.7810 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM342444 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342467 2 0.5215 0.3819 0.000 0.656 0.088 0.000 0.256
#> GSM342484 4 0.2488 0.5759 0.000 0.004 0.124 0.872 0.000
#> GSM342491 4 0.7476 0.3060 0.000 0.136 0.196 0.528 0.140
#> GSM342322 1 0.4942 0.0376 0.540 0.000 0.000 0.028 0.432
#> GSM342338 3 0.3480 0.7784 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM342347 3 0.5615 0.6592 0.000 0.096 0.584 0.000 0.320
#> GSM342356 3 0.6261 0.0109 0.180 0.296 0.524 0.000 0.000
#> GSM342357 4 0.2722 0.5987 0.108 0.020 0.000 0.872 0.000
#> GSM342366 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 2 0.8328 0.1316 0.272 0.404 0.016 0.212 0.096
#> GSM342421 2 0.4227 0.5860 0.292 0.692 0.000 0.000 0.016
#> GSM342437 1 0.4114 0.3786 0.712 0.272 0.000 0.000 0.016
#> GSM342454 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.0566 0.6181 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM342477 2 0.5201 0.0554 0.000 0.532 0.000 0.044 0.424
#> GSM342495 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342496 2 0.5736 0.1271 0.000 0.512 0.400 0.000 0.088
#> GSM342320 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342321 5 0.6800 0.0724 0.376 0.024 0.000 0.144 0.456
#> GSM342324 4 0.4262 0.5465 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM342328 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342330 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342332 5 0.7489 0.1152 0.344 0.088 0.000 0.128 0.440
#> GSM342333 2 0.4581 0.5894 0.268 0.696 0.004 0.000 0.032
#> GSM342336 2 0.4779 0.4627 0.396 0.584 0.004 0.000 0.016
#> GSM342337 3 0.4825 0.1114 0.024 0.408 0.568 0.000 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.1571 0.7469 0.004 0.060 0.936 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342345 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 5 0.7773 -0.0894 0.000 0.096 0.260 0.192 0.452
#> GSM342348 1 0.0609 0.6231 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342349 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342350 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342351 3 0.3837 0.7658 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM342352 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342353 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342355 3 0.6828 0.3959 0.004 0.264 0.428 0.000 0.304
#> GSM342358 4 0.0000 0.6496 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.6496 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342360 4 0.1121 0.6360 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM342361 4 0.0000 0.6496 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342362 4 0.2488 0.5759 0.004 0.124 0.000 0.872 0.000
#> GSM342363 4 0.2488 0.5759 0.004 0.124 0.000 0.872 0.000
#> GSM342364 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 2 0.4219 0.5045 0.016 0.716 0.000 0.004 0.264
#> GSM342367 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.4930 0.5545 0.144 0.716 0.000 0.000 0.140
#> GSM342370 2 0.3916 0.5132 0.012 0.732 0.000 0.000 0.256
#> GSM342372 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342373 2 0.3766 0.6076 0.268 0.728 0.000 0.000 0.004
#> GSM342374 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342375 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342376 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342377 2 0.4173 0.5811 0.300 0.688 0.000 0.000 0.012
#> GSM342378 1 0.0000 0.6185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 2 0.4722 0.4911 0.368 0.608 0.000 0.000 0.024
#> GSM342381 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342383 2 0.4161 0.4846 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 2 0.3636 0.6072 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.3196 0.5553 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> GSM342388 3 0.3969 0.3743 0.004 0.304 0.692 0.000 0.000
#> GSM342389 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.3612 0.4693 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.6185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.3816 0.4683 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM342394 1 0.0000 0.6185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342396 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342398 2 0.3636 0.6072 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.3885 0.6068 0.268 0.724 0.000 0.000 0.008
#> GSM342401 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 5 0.6217 -0.0514 0.000 0.416 0.140 0.000 0.444
#> GSM342406 1 0.3636 0.4648 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM342407 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342410 1 0.3586 0.4752 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM342411 1 0.0000 0.6185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342412 2 0.6195 0.4782 0.224 0.616 0.004 0.140 0.016
#> GSM342413 1 0.4014 0.5012 0.728 0.000 0.000 0.016 0.256
#> GSM342414 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342415 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342416 1 0.3612 0.4693 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM342417 4 0.4403 0.5456 0.000 0.004 0.000 0.560 0.436
#> GSM342418 4 0.4278 0.5426 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM342419 1 0.3876 0.0909 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.4283 0.5405 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM342422 2 0.3636 0.6072 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342424 5 0.6265 0.3837 0.020 0.268 0.000 0.128 0.584
#> GSM342425 5 0.5870 0.3834 0.000 0.276 0.000 0.140 0.584
#> GSM342427 2 0.3534 0.5106 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM342428 2 0.4649 0.2093 0.000 0.580 0.000 0.016 0.404
#> GSM342429 2 0.6384 0.2792 0.124 0.600 0.036 0.000 0.240
#> GSM342430 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342434 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342435 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342436 3 0.0880 0.7998 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342438 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342442 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342445 3 0.0404 0.8008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342446 3 0.3684 0.7733 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM342447 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342449 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342452 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.0000 0.6496 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342457 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.3534 0.5106 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM342459 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342460 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342461 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342463 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342464 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342465 2 0.4587 0.5571 0.160 0.744 0.096 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.4210 0.4270 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.4090 0.6042 0.268 0.716 0.000 0.000 0.016
#> GSM342469 1 0.0162 0.6192 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342470 1 0.4796 0.5205 0.728 0.000 0.000 0.152 0.120
#> GSM342472 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342473 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342474 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342475 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.3700 0.5093 0.000 0.752 0.008 0.000 0.240
#> GSM342478 2 0.3579 0.5135 0.000 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342479 2 0.4061 0.4972 0.000 0.740 0.016 0.004 0.240
#> GSM342480 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342481 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342482 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342483 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342485 2 0.3534 0.6078 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.3534 0.6078 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342488 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342489 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342490 2 0.6176 0.2283 0.000 0.592 0.152 0.012 0.244
#> GSM342492 3 0.3816 0.7686 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM342493 2 0.3534 0.6078 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.3700 0.5092 0.000 0.752 0.008 0.000 0.240
#> GSM342497 2 0.5819 0.2451 0.000 0.600 0.148 0.000 0.252
#> GSM342498 1 0.3988 0.5627 0.732 0.016 0.252 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.3586 0.5635 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342501 2 0.4624 0.4984 0.096 0.740 0.164 0.000 0.000
#> GSM342502 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342503 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342504 2 0.3424 0.5174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342505 3 0.0000 0.8011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.3612 0.5605 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM342507 4 0.2377 0.5916 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM342508 1 0.3612 0.5605 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM342509 4 0.2488 0.5759 0.000 0.004 0.124 0.872 0.000
#> GSM342510 4 0.2077 0.6053 0.000 0.000 0.084 0.908 0.008
#> GSM342511 3 0.5376 0.6746 0.000 0.080 0.612 0.000 0.308
#> GSM342512 2 0.4904 0.4858 0.000 0.688 0.072 0.000 0.240
#> GSM342513 2 0.3612 0.6083 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342514 1 0.6564 0.0295 0.444 0.000 0.344 0.000 0.212
#> GSM342515 1 0.2773 0.6109 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.7629 0.1953 0.188 0.000 0.000 0.320 0.268 0.224
#> GSM342323 4 0.1471 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM342325 5 0.7607 -0.3214 0.232 0.000 0.000 0.200 0.344 0.224
#> GSM342326 4 0.2340 0.7152 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0713 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342331 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 5 0.4474 0.5037 0.000 0.116 0.160 0.004 0.720 0.000
#> GSM342335 5 0.3852 0.7559 0.000 0.384 0.000 0.004 0.612 0.000
#> GSM342354 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342371 5 0.3955 0.7752 0.000 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> GSM342380 5 0.4048 0.5388 0.000 0.100 0.000 0.004 0.764 0.132
#> GSM342382 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342399 5 0.3530 0.4107 0.044 0.056 0.000 0.012 0.844 0.044
#> GSM342402 6 0.3770 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.148 0.076 0.776
#> GSM342404 2 0.1578 0.8213 0.000 0.936 0.012 0.004 0.048 0.000
#> GSM342408 3 0.0146 0.8480 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342409 5 0.3702 0.6632 0.000 0.264 0.012 0.004 0.720 0.000
#> GSM342426 4 0.2340 0.7152 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.1765 0.7495 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0146 0.8364 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342467 2 0.3043 0.7184 0.000 0.796 0.004 0.004 0.196 0.000
#> GSM342484 6 0.3770 0.8328 0.076 0.000 0.000 0.148 0.000 0.776
#> GSM342491 6 0.9471 0.2622 0.088 0.232 0.076 0.148 0.184 0.272
#> GSM342322 4 0.6847 0.3867 0.152 0.000 0.000 0.500 0.124 0.224
#> GSM342338 3 0.2597 0.6348 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.1957 0.7349 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM342356 1 0.4721 0.2077 0.672 0.000 0.212 0.000 0.116 0.000
#> GSM342357 6 0.2340 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM342366 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342385 5 0.4862 0.5076 0.084 0.068 0.000 0.004 0.740 0.104
#> GSM342421 5 0.3841 0.7560 0.000 0.380 0.000 0.004 0.616 0.000
#> GSM342437 1 0.7222 0.1352 0.416 0.116 0.000 0.000 0.244 0.224
#> GSM342454 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.6233 0.1713 0.432 0.012 0.000 0.000 0.332 0.224
#> GSM342477 2 0.3481 0.7005 0.000 0.776 0.000 0.000 0.192 0.032
#> GSM342495 2 0.0260 0.8397 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342496 2 0.6367 0.2450 0.284 0.520 0.132 0.000 0.064 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.2442 0.7128 0.000 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM342324 4 0.0146 0.7674 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342328 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.4507 0.6274 0.000 0.012 0.000 0.716 0.196 0.076
#> GSM342333 5 0.4786 0.7085 0.000 0.412 0.044 0.004 0.540 0.000
#> GSM342336 5 0.3135 0.4819 0.000 0.124 0.000 0.028 0.836 0.012
#> GSM342337 1 0.5488 0.1487 0.568 0.000 0.212 0.000 0.220 0.000
#> GSM342339 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342342 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.4788 0.1876 0.568 0.000 0.372 0.000 0.060 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342345 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342346 3 0.7219 0.1401 0.000 0.160 0.468 0.004 0.188 0.180
#> GSM342348 1 0.5943 0.1713 0.432 0.000 0.000 0.000 0.344 0.224
#> GSM342349 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0146 0.8480 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342355 3 0.3288 0.5568 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM342358 6 0.2969 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM342359 6 0.2969 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM342360 6 0.3161 0.8691 0.000 0.000 0.000 0.216 0.008 0.776
#> GSM342361 6 0.2969 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM342362 6 0.3770 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.148 0.076 0.776
#> GSM342363 6 0.3770 0.8390 0.000 0.000 0.000 0.148 0.076 0.776
#> GSM342364 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342365 2 0.2786 0.7635 0.000 0.860 0.000 0.084 0.056 0.000
#> GSM342367 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342368 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342369 2 0.3652 -0.0964 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324 0.000
#> GSM342370 2 0.2805 0.7388 0.000 0.812 0.000 0.004 0.184 0.000
#> GSM342372 5 0.3937 0.7735 0.000 0.424 0.000 0.004 0.572 0.000
#> GSM342373 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342374 5 0.3923 0.7705 0.000 0.416 0.000 0.004 0.580 0.000
#> GSM342375 5 0.3950 0.7748 0.000 0.432 0.000 0.004 0.564 0.000
#> GSM342376 5 0.3937 0.7738 0.000 0.424 0.000 0.004 0.572 0.000
#> GSM342377 5 0.3742 0.7178 0.000 0.348 0.000 0.004 0.648 0.000
#> GSM342378 1 0.5943 0.1713 0.432 0.000 0.000 0.000 0.344 0.224
#> GSM342379 5 0.2361 0.5639 0.004 0.104 0.000 0.012 0.880 0.000
#> GSM342381 5 0.3950 0.7714 0.000 0.432 0.000 0.004 0.564 0.000
#> GSM342383 5 0.1700 0.5429 0.004 0.080 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM342384 5 0.3823 0.7737 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> GSM342386 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342387 1 0.6125 0.1665 0.432 0.000 0.000 0.004 0.264 0.300
#> GSM342388 1 0.5473 0.1523 0.568 0.000 0.240 0.000 0.192 0.000
#> GSM342389 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342390 1 0.5983 0.1631 0.432 0.000 0.000 0.000 0.244 0.324
#> GSM342391 1 0.5943 0.1713 0.432 0.000 0.000 0.000 0.344 0.224
#> GSM342392 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.4493 0.6202 0.000 0.720 0.144 0.004 0.132 0.000
#> GSM342394 1 0.5943 0.1713 0.432 0.000 0.000 0.000 0.344 0.224
#> GSM342395 5 0.3955 0.7752 0.000 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> GSM342396 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.1957 0.7537 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM342398 5 0.3446 0.6848 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> GSM342400 5 0.3955 0.7752 0.000 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> GSM342401 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.3390 0.6030 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> GSM342405 3 0.4809 0.4837 0.000 0.128 0.664 0.000 0.208 0.000
#> GSM342406 1 0.5983 0.1631 0.432 0.000 0.000 0.000 0.244 0.324
#> GSM342407 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.5983 0.1631 0.432 0.000 0.000 0.000 0.244 0.324
#> GSM342411 1 0.5943 0.1713 0.432 0.000 0.000 0.000 0.344 0.224
#> GSM342412 5 0.4658 0.4717 0.000 0.092 0.000 0.008 0.696 0.204
#> GSM342413 1 0.7100 0.1713 0.432 0.000 0.100 0.000 0.244 0.224
#> GSM342414 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342415 5 0.3915 0.7667 0.000 0.412 0.000 0.004 0.584 0.000
#> GSM342416 1 0.5983 0.1631 0.432 0.000 0.000 0.000 0.244 0.324
#> GSM342417 4 0.4217 0.2391 0.000 0.008 0.000 0.672 0.024 0.296
#> GSM342418 4 0.2454 0.6341 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM342419 5 0.7305 0.1519 0.196 0.208 0.000 0.000 0.428 0.168
#> GSM342420 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342423 5 0.3950 0.7748 0.000 0.432 0.000 0.004 0.564 0.000
#> GSM342424 4 0.2340 0.7152 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.2340 0.7152 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.2902 0.7203 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> GSM342428 2 0.3883 0.6778 0.000 0.768 0.000 0.144 0.088 0.000
#> GSM342429 2 0.2775 0.7706 0.040 0.856 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM342430 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342435 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.3747 0.1718 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 1 0.4334 0.2056 0.568 0.000 0.408 0.000 0.024 0.000
#> GSM342443 2 0.0146 0.8364 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342445 3 0.3869 -0.1094 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0713 0.8257 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.2969 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM342457 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342458 2 0.0405 0.8364 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM342459 2 0.0363 0.8387 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0937 0.8182 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM342463 2 0.1075 0.7990 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM342464 2 0.1075 0.7990 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM342465 5 0.5153 0.6611 0.084 0.452 0.000 0.000 0.464 0.000
#> GSM342466 1 0.4922 0.2765 0.712 0.000 0.096 0.000 0.040 0.152
#> GSM342468 5 0.3955 0.7752 0.000 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> GSM342469 1 0.6074 0.1687 0.424 0.004 0.000 0.000 0.348 0.224
#> GSM342470 1 0.6741 0.1720 0.432 0.000 0.048 0.000 0.244 0.276
#> GSM342472 3 0.2896 0.6881 0.000 0.016 0.824 0.000 0.160 0.000
#> GSM342473 2 0.0458 0.8383 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342474 2 0.0363 0.8387 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342475 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.1387 0.8174 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM342478 2 0.0260 0.8369 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342479 2 0.3168 0.7138 0.016 0.792 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM342480 2 0.1075 0.7990 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM342481 2 0.2597 0.7362 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM342482 2 0.0632 0.8276 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342483 2 0.1075 0.7990 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM342485 5 0.3843 0.7616 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM342486 5 0.3833 0.7573 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> GSM342487 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.2631 0.7319 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM342489 2 0.0260 0.8385 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342490 2 0.3923 0.6787 0.000 0.748 0.000 0.060 0.192 0.000
#> GSM342492 3 0.0000 0.8505 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 5 0.3843 0.7616 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM342494 2 0.0363 0.8392 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342497 2 0.0993 0.8333 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024 0.000
#> GSM342498 1 0.6066 0.2082 0.516 0.016 0.000 0.000 0.244 0.224
#> GSM342499 1 0.5846 0.2119 0.516 0.004 0.000 0.000 0.256 0.224
#> GSM342500 2 0.0260 0.8385 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342501 5 0.5665 0.3678 0.172 0.284 0.000 0.000 0.540 0.004
#> GSM342502 2 0.0000 0.8378 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.1204 0.8034 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM342504 2 0.0146 0.8364 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342505 1 0.3817 0.2161 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.5665 0.2146 0.532 0.000 0.000 0.000 0.244 0.224
#> GSM342507 6 0.2340 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM342508 1 0.5665 0.2146 0.532 0.000 0.000 0.000 0.244 0.224
#> GSM342509 6 0.3770 0.8328 0.076 0.000 0.000 0.148 0.000 0.776
#> GSM342510 6 0.2969 0.8680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM342511 3 0.3516 0.6511 0.000 0.048 0.788 0.000 0.164 0.000
#> GSM342512 2 0.1556 0.7745 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342513 5 0.3828 0.7747 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM342514 1 0.7718 0.1934 0.276 0.000 0.260 0.000 0.244 0.220
#> GSM342515 1 0.5760 0.2083 0.508 0.000 0.000 0.000 0.268 0.224
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:pam 183 0.506 2
#> SD:pam 176 0.381 3
#> SD:pam 154 0.882 4
#> SD:pam 154 0.770 5
#> SD:pam 131 0.356 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.486 0.854 0.913 0.4526 0.519 0.519
#> 3 3 0.698 0.775 0.888 0.4143 0.740 0.538
#> 4 4 0.644 0.627 0.788 0.1452 0.829 0.557
#> 5 5 0.583 0.398 0.666 0.0520 0.868 0.574
#> 6 6 0.630 0.468 0.726 0.0561 0.840 0.437
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342323 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342325 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342326 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342327 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342329 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342331 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342334 2 0.6148 0.8705 0.152 0.848
#> GSM342335 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342371 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342380 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342382 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342399 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342402 1 0.9815 0.3109 0.580 0.420
#> GSM342404 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342409 2 0.6801 0.8475 0.180 0.820
#> GSM342426 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342441 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342444 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342451 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342462 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342467 2 0.6247 0.8684 0.156 0.844
#> GSM342484 1 0.8713 0.6453 0.708 0.292
#> GSM342491 2 0.7815 0.7752 0.232 0.768
#> GSM342322 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342338 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342347 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342356 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342357 1 0.9427 0.4908 0.640 0.360
#> GSM342366 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342385 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342421 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342437 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342454 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342471 2 0.6048 0.8719 0.148 0.852
#> GSM342477 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342495 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342496 2 0.4690 0.8869 0.100 0.900
#> GSM342320 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342321 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342324 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342328 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342330 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342332 2 0.6343 0.8657 0.160 0.840
#> GSM342333 2 0.4690 0.8868 0.100 0.900
#> GSM342336 2 0.5946 0.8724 0.144 0.856
#> GSM342337 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342339 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342340 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342341 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342342 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342343 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342344 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342345 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342346 1 0.8144 0.7162 0.748 0.252
#> GSM342348 1 0.8861 0.6218 0.696 0.304
#> GSM342349 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342350 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342351 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342352 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342353 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342355 1 0.5294 0.8327 0.880 0.120
#> GSM342358 1 0.8267 0.7088 0.740 0.260
#> GSM342359 1 0.8144 0.7210 0.748 0.252
#> GSM342360 1 0.8081 0.7210 0.752 0.248
#> GSM342361 1 0.8016 0.7313 0.756 0.244
#> GSM342362 2 0.9754 0.3708 0.408 0.592
#> GSM342363 2 0.7674 0.7875 0.224 0.776
#> GSM342364 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342365 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342368 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342369 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342374 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342376 2 0.2236 0.8994 0.036 0.964
#> GSM342377 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342378 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342379 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342381 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342383 2 0.6343 0.8724 0.160 0.840
#> GSM342384 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342386 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342387 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342388 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342389 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342390 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342391 2 0.6623 0.8639 0.172 0.828
#> GSM342392 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342393 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342394 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
#> GSM342395 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342396 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342397 1 0.1414 0.8956 0.980 0.020
#> GSM342398 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342400 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342401 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342403 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342405 1 0.8081 0.7210 0.752 0.248
#> GSM342406 1 0.8016 0.7262 0.756 0.244
#> GSM342407 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342410 1 0.9988 0.0742 0.520 0.480
#> GSM342411 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342412 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342413 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342414 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342415 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342416 1 0.8081 0.7210 0.752 0.248
#> GSM342417 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342418 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342419 2 0.6343 0.8724 0.160 0.840
#> GSM342420 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342422 2 0.1184 0.8954 0.016 0.984
#> GSM342423 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342424 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> GSM342425 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342427 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342428 2 0.2778 0.8965 0.048 0.952
#> GSM342429 2 0.4161 0.8903 0.084 0.916
#> GSM342430 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342431 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342432 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342433 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342434 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342435 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342436 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342438 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342439 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342440 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342442 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342443 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342445 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342446 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342447 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342448 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342449 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342450 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342452 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342453 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342455 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342456 1 0.8144 0.7210 0.748 0.252
#> GSM342457 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342458 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342460 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342461 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342463 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342464 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342465 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342466 1 0.8081 0.7210 0.752 0.248
#> GSM342468 2 0.0000 0.9012 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.6343 0.8724 0.160 0.840
#> GSM342470 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342472 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342473 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342474 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342475 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342476 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342478 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342479 2 0.5946 0.8736 0.144 0.856
#> GSM342480 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342481 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342482 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342483 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342485 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342486 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342487 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342488 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342489 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342490 2 0.5408 0.8802 0.124 0.876
#> GSM342492 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342493 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342494 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342497 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342498 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM342499 2 0.6343 0.8724 0.160 0.840
#> GSM342500 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342501 2 0.6148 0.8701 0.152 0.848
#> GSM342502 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342503 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342504 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342505 1 0.0938 0.8999 0.988 0.012
#> GSM342506 2 0.9661 0.4207 0.392 0.608
#> GSM342507 1 0.8909 0.6133 0.692 0.308
#> GSM342508 2 0.9552 0.4671 0.376 0.624
#> GSM342509 1 0.8081 0.7210 0.752 0.248
#> GSM342510 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342511 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342512 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342513 2 0.0376 0.9030 0.004 0.996
#> GSM342514 1 0.7883 0.7360 0.764 0.236
#> GSM342515 2 0.6712 0.8637 0.176 0.824
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.5882 0.5863 0.652 0.348 0.000
#> GSM342323 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342325 1 0.5882 0.5863 0.652 0.348 0.000
#> GSM342326 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342327 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342329 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342331 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342334 2 0.6291 0.2774 0.468 0.532 0.000
#> GSM342335 2 0.3192 0.8276 0.112 0.888 0.000
#> GSM342354 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342380 1 0.5443 0.4897 0.736 0.260 0.004
#> GSM342382 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342399 1 0.5859 0.5905 0.656 0.344 0.000
#> GSM342402 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342404 2 0.3192 0.8276 0.112 0.888 0.000
#> GSM342408 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 2 0.7919 0.1781 0.464 0.480 0.056
#> GSM342426 1 0.6111 0.4890 0.604 0.396 0.000
#> GSM342441 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342444 3 0.0237 0.9779 0.004 0.000 0.996
#> GSM342451 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342467 2 0.6483 0.3059 0.452 0.544 0.004
#> GSM342484 1 0.0592 0.7506 0.988 0.000 0.012
#> GSM342491 1 0.6104 0.2980 0.648 0.348 0.004
#> GSM342322 1 0.5905 0.5832 0.648 0.352 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342356 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342357 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342366 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342385 1 0.6008 0.3302 0.664 0.332 0.004
#> GSM342421 2 0.2448 0.8524 0.076 0.924 0.000
#> GSM342437 1 0.5656 0.5839 0.712 0.284 0.004
#> GSM342454 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342471 2 0.5480 0.6007 0.264 0.732 0.004
#> GSM342477 2 0.5982 0.5474 0.328 0.668 0.004
#> GSM342495 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342496 2 0.3193 0.8158 0.100 0.896 0.004
#> GSM342320 1 0.4750 0.6898 0.784 0.216 0.000
#> GSM342321 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342324 1 0.0475 0.7505 0.992 0.004 0.004
#> GSM342328 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342330 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342332 2 0.6291 -0.0674 0.468 0.532 0.000
#> GSM342333 2 0.6286 0.2866 0.464 0.536 0.000
#> GSM342336 2 0.4605 0.7420 0.204 0.796 0.000
#> GSM342337 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 2 0.6664 0.2724 0.464 0.528 0.008
#> GSM342348 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342349 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342351 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 3 0.5397 0.6164 0.280 0.000 0.720
#> GSM342358 1 0.0424 0.7505 0.992 0.000 0.008
#> GSM342359 1 0.0424 0.7505 0.992 0.000 0.008
#> GSM342360 1 0.0592 0.7506 0.988 0.000 0.012
#> GSM342361 1 0.0424 0.7505 0.992 0.000 0.008
#> GSM342362 1 0.0661 0.7511 0.988 0.004 0.008
#> GSM342363 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342364 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342365 2 0.2878 0.8396 0.096 0.904 0.000
#> GSM342367 2 0.2066 0.8570 0.060 0.940 0.000
#> GSM342368 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342369 2 0.2165 0.8567 0.064 0.936 0.000
#> GSM342370 2 0.3192 0.8276 0.112 0.888 0.000
#> GSM342372 2 0.2165 0.8567 0.064 0.936 0.000
#> GSM342373 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342374 2 0.3192 0.8276 0.112 0.888 0.000
#> GSM342375 2 0.3192 0.8276 0.112 0.888 0.000
#> GSM342376 2 0.5678 0.5670 0.316 0.684 0.000
#> GSM342377 2 0.3192 0.8272 0.112 0.888 0.000
#> GSM342378 1 0.3192 0.7319 0.888 0.112 0.000
#> GSM342379 1 0.6104 0.5816 0.648 0.348 0.004
#> GSM342381 2 0.2066 0.8570 0.060 0.940 0.000
#> GSM342383 2 0.5859 0.4069 0.344 0.656 0.000
#> GSM342384 2 0.2066 0.8570 0.060 0.940 0.000
#> GSM342386 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342387 1 0.4121 0.7127 0.832 0.168 0.000
#> GSM342388 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342389 2 0.2066 0.8570 0.060 0.940 0.000
#> GSM342390 1 0.1289 0.7454 0.968 0.000 0.032
#> GSM342391 1 0.0237 0.7490 0.996 0.004 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.5431 0.6226 0.284 0.716 0.000
#> GSM342394 1 0.4605 0.6984 0.796 0.204 0.000
#> GSM342395 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342396 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.0592 0.9695 0.012 0.000 0.988
#> GSM342398 2 0.2165 0.8564 0.064 0.936 0.000
#> GSM342400 2 0.2066 0.8570 0.060 0.940 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 2 0.6505 0.2729 0.468 0.528 0.004
#> GSM342405 1 0.9088 0.1142 0.464 0.140 0.396
#> GSM342406 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342407 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342411 1 0.4178 0.7111 0.828 0.172 0.000
#> GSM342412 2 0.6235 0.3463 0.436 0.564 0.000
#> GSM342413 1 0.0424 0.7505 0.992 0.000 0.008
#> GSM342414 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 2 0.3349 0.8283 0.108 0.888 0.004
#> GSM342416 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342417 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342418 1 0.4504 0.7007 0.804 0.196 0.000
#> GSM342419 2 0.5835 0.4191 0.340 0.660 0.000
#> GSM342420 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342422 2 0.2165 0.8564 0.064 0.936 0.000
#> GSM342423 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342424 1 0.5882 0.5841 0.652 0.348 0.000
#> GSM342425 1 0.6520 0.2175 0.508 0.488 0.004
#> GSM342427 2 0.3425 0.8256 0.112 0.884 0.004
#> GSM342428 2 0.3267 0.8246 0.116 0.884 0.000
#> GSM342429 2 0.0829 0.8528 0.012 0.984 0.004
#> GSM342430 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0592 0.9729 0.012 0.000 0.988
#> GSM342433 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342434 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342435 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342436 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342438 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342439 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342440 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342442 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342443 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342445 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342449 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342450 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342455 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.0424 0.7505 0.992 0.000 0.008
#> GSM342457 2 0.2301 0.8574 0.060 0.936 0.004
#> GSM342458 2 0.2165 0.8567 0.064 0.936 0.000
#> GSM342459 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342460 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342461 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342463 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342464 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342465 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342466 1 0.1529 0.7381 0.960 0.000 0.040
#> GSM342468 2 0.2165 0.8567 0.064 0.936 0.000
#> GSM342469 2 0.5650 0.4884 0.312 0.688 0.000
#> GSM342470 1 0.0592 0.7506 0.988 0.000 0.012
#> GSM342472 1 0.9018 0.0529 0.456 0.132 0.412
#> GSM342473 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342474 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342475 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342476 2 0.0475 0.8539 0.004 0.992 0.004
#> GSM342478 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342479 2 0.2590 0.8409 0.072 0.924 0.004
#> GSM342480 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342481 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342482 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342483 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342485 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342486 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342487 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342488 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342489 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342490 2 0.2301 0.8411 0.060 0.936 0.004
#> GSM342492 3 0.0237 0.9795 0.004 0.000 0.996
#> GSM342493 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342494 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342497 2 0.1647 0.8508 0.036 0.960 0.004
#> GSM342498 2 0.6495 0.1128 0.460 0.536 0.004
#> GSM342499 2 0.5621 0.5033 0.308 0.692 0.000
#> GSM342500 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342501 2 0.2682 0.8359 0.076 0.920 0.004
#> GSM342502 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342503 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342504 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342505 3 0.0000 0.9811 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.6723 0.4799 0.704 0.248 0.048
#> GSM342507 1 0.0424 0.7511 0.992 0.000 0.008
#> GSM342508 1 0.0237 0.7502 0.996 0.000 0.004
#> GSM342509 1 0.1289 0.7432 0.968 0.000 0.032
#> GSM342510 1 0.3038 0.7005 0.896 0.000 0.104
#> GSM342511 3 0.6095 0.4182 0.392 0.000 0.608
#> GSM342512 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342513 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM342514 3 0.4931 0.6656 0.232 0.000 0.768
#> GSM342515 1 0.5733 0.6101 0.676 0.324 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 4 0.3486 0.50713 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM342323 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342325 4 0.3486 0.50194 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM342326 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342327 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342329 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342331 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342334 4 0.7425 -0.20701 0.412 0.168 0.000 0.420
#> GSM342335 4 0.5138 0.14472 0.008 0.392 0.000 0.600
#> GSM342354 3 0.0592 0.91662 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342371 2 0.4011 0.71402 0.008 0.784 0.000 0.208
#> GSM342380 4 0.5607 -0.47844 0.484 0.020 0.000 0.496
#> GSM342382 2 0.3801 0.72855 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM342399 4 0.3172 0.50118 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM342402 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342404 4 0.5183 0.07307 0.008 0.408 0.000 0.584
#> GSM342408 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342409 1 0.8062 0.22117 0.472 0.180 0.024 0.324
#> GSM342426 4 0.4898 0.50478 0.260 0.024 0.000 0.716
#> GSM342441 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342444 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342451 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342462 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342467 1 0.7645 0.15636 0.428 0.212 0.000 0.360
#> GSM342484 1 0.3610 0.75203 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM342491 4 0.7661 -0.26115 0.376 0.212 0.000 0.412
#> GSM342322 4 0.4040 0.50235 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM342338 3 0.2921 0.90562 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM342347 3 0.0817 0.91453 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM342356 3 0.4543 0.71722 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM342357 1 0.3311 0.75711 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM342366 2 0.4452 0.66757 0.008 0.732 0.000 0.260
#> GSM342385 4 0.5168 -0.49867 0.492 0.004 0.000 0.504
#> GSM342421 2 0.5294 0.21349 0.008 0.508 0.000 0.484
#> GSM342437 4 0.7683 -0.30608 0.384 0.216 0.000 0.400
#> GSM342454 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342471 4 0.3205 0.50786 0.024 0.104 0.000 0.872
#> GSM342477 4 0.7834 -0.09617 0.320 0.276 0.000 0.404
#> GSM342495 2 0.0592 0.80824 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342496 2 0.4820 0.53942 0.012 0.692 0.000 0.296
#> GSM342320 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342321 4 0.4356 0.48618 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342324 1 0.4072 0.66942 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM342328 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342330 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342332 4 0.3320 0.52077 0.056 0.068 0.000 0.876
#> GSM342333 4 0.7760 -0.04891 0.372 0.236 0.000 0.392
#> GSM342336 4 0.3900 0.48617 0.020 0.164 0.000 0.816
#> GSM342337 3 0.4585 0.70495 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM342339 3 0.2921 0.90562 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM342340 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342341 3 0.2760 0.90885 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM342342 3 0.2921 0.90562 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM342343 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342344 3 0.0188 0.91855 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342345 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342346 1 0.7362 0.25946 0.464 0.164 0.000 0.372
#> GSM342348 1 0.3688 0.74965 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM342349 3 0.0469 0.91969 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342350 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342351 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342352 3 0.1792 0.91845 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM342353 3 0.1792 0.91845 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM342355 1 0.6044 -0.14571 0.528 0.000 0.428 0.044
#> GSM342358 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342359 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342360 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342361 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342362 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342363 1 0.4790 0.31682 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM342364 2 0.3893 0.72482 0.008 0.796 0.000 0.196
#> GSM342365 4 0.5290 -0.15183 0.008 0.476 0.000 0.516
#> GSM342367 2 0.3837 0.72270 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM342368 2 0.3972 0.72429 0.008 0.788 0.000 0.204
#> GSM342369 2 0.4673 0.60571 0.008 0.700 0.000 0.292
#> GSM342370 4 0.5236 0.00594 0.008 0.432 0.000 0.560
#> GSM342372 2 0.5244 0.31148 0.008 0.556 0.000 0.436
#> GSM342373 2 0.3893 0.72482 0.008 0.796 0.000 0.196
#> GSM342374 4 0.5268 -0.06288 0.008 0.452 0.000 0.540
#> GSM342375 4 0.5193 0.09226 0.008 0.412 0.000 0.580
#> GSM342376 4 0.6147 0.38510 0.112 0.224 0.000 0.664
#> GSM342377 4 0.4989 -0.11711 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM342378 4 0.4776 0.11420 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM342379 4 0.3400 0.50259 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM342381 2 0.4500 0.63385 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM342383 4 0.2813 0.51937 0.024 0.080 0.000 0.896
#> GSM342384 2 0.3837 0.72270 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM342386 2 0.3837 0.72270 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM342387 4 0.4250 0.48038 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM342388 3 0.3052 0.90629 0.136 0.000 0.860 0.004
#> GSM342389 2 0.3873 0.71930 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM342390 1 0.3486 0.75869 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM342391 1 0.4985 0.43007 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM342392 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342393 4 0.7573 0.21569 0.208 0.332 0.000 0.460
#> GSM342394 4 0.3123 0.50107 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM342395 2 0.3933 0.72462 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM342396 3 0.2973 0.90458 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM342397 3 0.1767 0.89808 0.012 0.000 0.944 0.044
#> GSM342398 2 0.4222 0.69527 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM342400 2 0.4250 0.68103 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM342401 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342403 1 0.7149 0.26496 0.452 0.132 0.000 0.416
#> GSM342405 1 0.8289 0.35850 0.484 0.056 0.136 0.324
#> GSM342406 1 0.3444 0.75836 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342407 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342410 1 0.3688 0.74965 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM342411 4 0.3837 0.49570 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM342412 4 0.4875 0.46467 0.068 0.160 0.000 0.772
#> GSM342413 1 0.3444 0.75836 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342414 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342415 4 0.5183 0.11948 0.008 0.408 0.000 0.584
#> GSM342416 1 0.3444 0.75836 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342417 4 0.4331 0.48921 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342418 4 0.4406 0.48399 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342419 4 0.4671 0.49378 0.028 0.220 0.000 0.752
#> GSM342420 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342422 2 0.3942 0.71461 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM342423 2 0.4123 0.70120 0.008 0.772 0.000 0.220
#> GSM342424 4 0.4331 0.48956 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM342425 4 0.4741 0.51501 0.228 0.028 0.000 0.744
#> GSM342427 2 0.4804 0.62474 0.016 0.708 0.000 0.276
#> GSM342428 4 0.5535 0.01515 0.020 0.420 0.000 0.560
#> GSM342429 2 0.3808 0.67710 0.012 0.812 0.000 0.176
#> GSM342430 3 0.2814 0.90775 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM342431 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342432 3 0.2101 0.91789 0.060 0.000 0.928 0.012
#> GSM342433 3 0.0707 0.92083 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342434 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342435 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342436 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342438 3 0.0707 0.92070 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342439 3 0.1118 0.92046 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM342440 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342442 3 0.1389 0.91983 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM342443 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342445 3 0.0469 0.92042 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342446 3 0.0469 0.91726 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342447 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342448 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342449 3 0.0592 0.91667 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342450 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342452 3 0.2011 0.91732 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM342453 3 0.3024 0.90343 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM342455 3 0.0469 0.91880 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342456 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342457 2 0.3933 0.72474 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM342458 2 0.4228 0.70559 0.008 0.760 0.000 0.232
#> GSM342459 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342460 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342461 2 0.0000 0.80948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0707 0.80567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342464 2 0.0707 0.80567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342465 2 0.0817 0.80653 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342466 1 0.5417 0.68366 0.676 0.000 0.040 0.284
#> GSM342468 2 0.5085 0.43956 0.008 0.616 0.000 0.376
#> GSM342469 4 0.4323 0.50820 0.028 0.184 0.000 0.788
#> GSM342470 1 0.3486 0.75869 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM342472 1 0.7952 0.36457 0.496 0.028 0.320 0.156
#> GSM342473 2 0.0000 0.80948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.80948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.1557 0.91943 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM342476 2 0.2530 0.75688 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM342478 2 0.0592 0.80761 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342479 2 0.5217 0.34273 0.012 0.608 0.000 0.380
#> GSM342480 2 0.1211 0.79759 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342481 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342482 2 0.0000 0.80948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0592 0.80761 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342485 2 0.0707 0.80567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342486 2 0.0707 0.80567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342487 3 0.1297 0.90840 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM342488 2 0.1940 0.78233 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM342489 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342490 2 0.5110 0.39756 0.012 0.636 0.000 0.352
#> GSM342492 3 0.0707 0.91580 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342493 2 0.0707 0.80567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342494 2 0.1022 0.80146 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342497 2 0.2921 0.73539 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM342498 4 0.7075 0.10654 0.128 0.384 0.000 0.488
#> GSM342499 4 0.5411 0.32281 0.032 0.312 0.000 0.656
#> GSM342500 2 0.0188 0.80967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342501 2 0.5143 0.40769 0.012 0.628 0.000 0.360
#> GSM342502 2 0.0469 0.80801 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342503 2 0.0000 0.80948 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0336 0.80991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342505 3 0.2216 0.91369 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM342506 1 0.4967 0.54840 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM342507 1 0.3266 0.75650 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342508 1 0.4585 0.66219 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342509 1 0.4163 0.75145 0.792 0.000 0.020 0.188
#> GSM342510 1 0.4423 0.73665 0.792 0.000 0.040 0.168
#> GSM342511 3 0.8403 -0.21455 0.316 0.020 0.388 0.276
#> GSM342512 2 0.0921 0.80698 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342513 2 0.0921 0.80661 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342514 3 0.6001 0.52705 0.128 0.000 0.688 0.184
#> GSM342515 4 0.3743 0.49478 0.160 0.016 0.000 0.824
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.7734 0.1685 0.436 0.080 0.000 0.280 0.204
#> GSM342323 4 0.4798 0.3645 0.440 0.000 0.000 0.540 0.020
#> GSM342325 1 0.7973 0.1940 0.412 0.080 0.004 0.268 0.236
#> GSM342326 4 0.4878 0.3600 0.440 0.000 0.000 0.536 0.024
#> GSM342327 4 0.4798 0.3645 0.440 0.000 0.000 0.540 0.020
#> GSM342329 4 0.4803 0.3592 0.444 0.000 0.000 0.536 0.020
#> GSM342331 4 0.4798 0.3645 0.440 0.000 0.000 0.540 0.020
#> GSM342334 1 0.5489 0.5446 0.640 0.012 0.000 0.276 0.072
#> GSM342335 4 0.3953 0.3729 0.048 0.168 0.000 0.784 0.000
#> GSM342354 5 0.4655 0.8995 0.012 0.000 0.476 0.000 0.512
#> GSM342371 2 0.5775 0.6311 0.000 0.608 0.000 0.244 0.148
#> GSM342380 1 0.4701 0.6193 0.764 0.008 0.004 0.116 0.108
#> GSM342382 2 0.4827 0.6443 0.028 0.772 0.004 0.104 0.092
#> GSM342399 1 0.7676 0.3350 0.464 0.080 0.004 0.164 0.288
#> GSM342402 1 0.0566 0.6258 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM342404 4 0.5906 0.1137 0.120 0.268 0.000 0.604 0.008
#> GSM342408 5 0.4644 0.9082 0.012 0.000 0.460 0.000 0.528
#> GSM342409 1 0.6242 0.3844 0.528 0.032 0.000 0.368 0.072
#> GSM342426 4 0.4604 0.3670 0.404 0.008 0.000 0.584 0.004
#> GSM342441 3 0.4287 -0.5149 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM342444 3 0.0703 0.5056 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342451 3 0.0963 0.5008 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342462 2 0.3336 0.6931 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM342467 1 0.6381 0.4369 0.552 0.044 0.000 0.328 0.076
#> GSM342484 1 0.2330 0.6370 0.920 0.004 0.020 0.020 0.036
#> GSM342491 1 0.5368 0.6107 0.720 0.036 0.000 0.148 0.096
#> GSM342322 1 0.7509 0.0550 0.444 0.064 0.000 0.312 0.180
#> GSM342338 3 0.0798 0.5025 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> GSM342347 5 0.4622 0.8708 0.012 0.000 0.440 0.000 0.548
#> GSM342356 3 0.1981 0.4370 0.064 0.000 0.920 0.000 0.016
#> GSM342357 1 0.1074 0.6296 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> GSM342366 2 0.6206 0.5971 0.000 0.528 0.000 0.304 0.168
#> GSM342385 1 0.4796 0.6185 0.756 0.008 0.004 0.116 0.116
#> GSM342421 4 0.4747 0.2305 0.036 0.232 0.000 0.716 0.016
#> GSM342437 1 0.5525 0.6054 0.708 0.036 0.000 0.140 0.116
#> GSM342454 3 0.1544 0.4895 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM342471 4 0.6599 0.1348 0.324 0.024 0.000 0.520 0.132
#> GSM342477 1 0.5250 0.5691 0.668 0.008 0.000 0.252 0.072
#> GSM342495 2 0.3521 0.6905 0.000 0.764 0.000 0.232 0.004
#> GSM342496 2 0.7175 0.2700 0.152 0.552 0.000 0.208 0.088
#> GSM342320 4 0.4803 0.3592 0.444 0.000 0.000 0.536 0.020
#> GSM342321 4 0.4713 0.3599 0.440 0.000 0.000 0.544 0.016
#> GSM342324 1 0.2946 0.6025 0.868 0.000 0.000 0.088 0.044
#> GSM342328 4 0.4872 0.3647 0.436 0.000 0.000 0.540 0.024
#> GSM342330 4 0.4798 0.3645 0.440 0.000 0.000 0.540 0.020
#> GSM342332 4 0.5918 0.2403 0.348 0.032 0.000 0.568 0.052
#> GSM342333 1 0.6490 0.4013 0.532 0.048 0.000 0.344 0.076
#> GSM342336 4 0.5556 0.0882 0.328 0.020 0.000 0.604 0.048
#> GSM342337 3 0.2293 0.4126 0.084 0.000 0.900 0.000 0.016
#> GSM342339 3 0.0290 0.5067 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342340 3 0.0693 0.4984 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM342341 3 0.1544 0.4702 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM342342 3 0.0162 0.5071 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342343 3 0.0566 0.5014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM342344 3 0.4390 -0.5973 0.004 0.000 0.568 0.000 0.428
#> GSM342345 3 0.0000 0.5072 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 1 0.5995 0.5807 0.636 0.000 0.024 0.220 0.120
#> GSM342348 1 0.1704 0.6358 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM342349 5 0.4659 0.8615 0.012 0.000 0.488 0.000 0.500
#> GSM342350 5 0.4650 0.9132 0.012 0.000 0.468 0.000 0.520
#> GSM342351 5 0.4610 0.8376 0.012 0.000 0.432 0.000 0.556
#> GSM342352 3 0.4547 -0.5028 0.012 0.000 0.588 0.000 0.400
#> GSM342353 3 0.3949 -0.1184 0.004 0.000 0.696 0.000 0.300
#> GSM342355 1 0.5406 0.3584 0.572 0.000 0.360 0.000 0.068
#> GSM342358 1 0.1809 0.6127 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> GSM342359 1 0.2674 0.5921 0.868 0.000 0.000 0.012 0.120
#> GSM342360 1 0.2305 0.6021 0.896 0.000 0.000 0.012 0.092
#> GSM342361 1 0.3171 0.5862 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM342362 1 0.0955 0.6201 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM342363 1 0.2255 0.6181 0.916 0.008 0.004 0.060 0.012
#> GSM342364 2 0.4454 0.6604 0.000 0.760 0.000 0.112 0.128
#> GSM342365 4 0.4025 0.2228 0.012 0.232 0.000 0.748 0.008
#> GSM342367 2 0.4519 0.6301 0.004 0.760 0.000 0.088 0.148
#> GSM342368 2 0.4437 0.6463 0.000 0.760 0.000 0.100 0.140
#> GSM342369 4 0.4557 -0.1385 0.012 0.404 0.000 0.584 0.000
#> GSM342370 4 0.3774 0.2811 0.012 0.200 0.000 0.780 0.008
#> GSM342372 4 0.4591 0.0491 0.012 0.332 0.000 0.648 0.008
#> GSM342373 2 0.4680 0.6590 0.000 0.740 0.000 0.132 0.128
#> GSM342374 4 0.4770 0.2410 0.024 0.244 0.000 0.708 0.024
#> GSM342375 4 0.4544 0.3176 0.040 0.208 0.000 0.740 0.012
#> GSM342376 1 0.7525 0.4170 0.496 0.084 0.004 0.272 0.144
#> GSM342377 2 0.7163 0.4474 0.080 0.568 0.004 0.160 0.188
#> GSM342378 1 0.5831 0.5515 0.672 0.020 0.004 0.136 0.168
#> GSM342379 4 0.5967 0.1425 0.416 0.016 0.000 0.500 0.068
#> GSM342381 2 0.6333 0.5176 0.024 0.604 0.000 0.176 0.196
#> GSM342383 1 0.8243 0.2744 0.392 0.140 0.004 0.172 0.292
#> GSM342384 2 0.5287 0.5920 0.004 0.696 0.004 0.108 0.188
#> GSM342386 2 0.4149 0.6538 0.000 0.784 0.000 0.088 0.128
#> GSM342387 1 0.5691 0.0302 0.536 0.000 0.000 0.376 0.088
#> GSM342388 3 0.1117 0.4901 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016
#> GSM342389 2 0.4767 0.6088 0.004 0.732 0.000 0.084 0.180
#> GSM342390 1 0.2074 0.6203 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM342391 1 0.4444 0.6185 0.784 0.008 0.004 0.088 0.116
#> GSM342392 3 0.0162 0.5066 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342393 4 0.6890 0.1920 0.240 0.152 0.000 0.556 0.052
#> GSM342394 1 0.7300 0.3754 0.500 0.056 0.004 0.152 0.288
#> GSM342395 2 0.5851 0.6226 0.000 0.580 0.000 0.288 0.132
#> GSM342396 3 0.0162 0.5066 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342397 3 0.6098 -0.5669 0.064 0.000 0.464 0.024 0.448
#> GSM342398 2 0.6678 0.5052 0.036 0.592 0.004 0.176 0.192
#> GSM342400 2 0.5513 0.5754 0.004 0.664 0.000 0.144 0.188
#> GSM342401 3 0.0162 0.5066 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342403 1 0.5057 0.5757 0.684 0.000 0.004 0.240 0.072
#> GSM342405 1 0.7109 0.3701 0.484 0.016 0.040 0.360 0.100
#> GSM342406 1 0.1831 0.6219 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM342407 5 0.4448 0.9107 0.004 0.000 0.480 0.000 0.516
#> GSM342410 1 0.2054 0.6354 0.916 0.000 0.004 0.008 0.072
#> GSM342411 1 0.5781 0.2644 0.576 0.000 0.000 0.308 0.116
#> GSM342412 1 0.5586 0.4490 0.556 0.004 0.000 0.372 0.068
#> GSM342413 1 0.2848 0.5923 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> GSM342414 5 0.4448 0.9107 0.004 0.000 0.480 0.000 0.516
#> GSM342415 4 0.5669 0.4372 0.128 0.200 0.000 0.660 0.012
#> GSM342416 1 0.1892 0.6214 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM342417 4 0.4900 0.3096 0.464 0.000 0.000 0.512 0.024
#> GSM342418 4 0.4744 0.3097 0.476 0.000 0.000 0.508 0.016
#> GSM342419 1 0.8329 0.1492 0.368 0.248 0.004 0.120 0.260
#> GSM342420 4 0.4872 0.3647 0.436 0.000 0.000 0.540 0.024
#> GSM342422 2 0.5927 0.5638 0.024 0.652 0.000 0.136 0.188
#> GSM342423 2 0.5161 0.5201 0.012 0.568 0.000 0.396 0.024
#> GSM342424 4 0.4522 0.3581 0.440 0.000 0.000 0.552 0.008
#> GSM342425 4 0.4620 0.3542 0.368 0.008 0.000 0.616 0.008
#> GSM342427 4 0.5956 -0.3114 0.060 0.424 0.000 0.496 0.020
#> GSM342428 4 0.4709 0.3310 0.060 0.176 0.000 0.748 0.016
#> GSM342429 2 0.5784 0.5640 0.068 0.600 0.000 0.312 0.020
#> GSM342430 3 0.1544 0.4911 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM342431 3 0.1043 0.5004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342432 3 0.4419 -0.1220 0.020 0.000 0.668 0.000 0.312
#> GSM342433 3 0.4307 -0.7577 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM342434 5 0.4446 0.9069 0.004 0.000 0.476 0.000 0.520
#> GSM342435 3 0.4294 -0.5503 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM342436 3 0.4287 -0.5149 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM342438 3 0.4242 -0.4282 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM342439 3 0.4161 -0.3140 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM342440 3 0.4287 -0.5149 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM342442 3 0.4030 -0.1740 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM342443 2 0.3750 0.6878 0.000 0.756 0.000 0.232 0.012
#> GSM342445 3 0.4291 -0.5334 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342446 3 0.4278 -0.4913 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM342447 3 0.0404 0.5035 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342448 5 0.4278 0.8498 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM342449 3 0.4278 -0.4913 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM342450 5 0.4283 0.8406 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM342452 3 0.3534 0.1750 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM342453 3 0.1544 0.4895 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM342455 3 0.4227 -0.3960 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM342456 1 0.3132 0.5863 0.820 0.000 0.000 0.008 0.172
#> GSM342457 2 0.4300 0.6499 0.000 0.772 0.000 0.096 0.132
#> GSM342458 4 0.4851 -0.2035 0.012 0.420 0.000 0.560 0.008
#> GSM342459 2 0.3720 0.6902 0.000 0.760 0.000 0.228 0.012
#> GSM342460 2 0.3720 0.6902 0.000 0.760 0.000 0.228 0.012
#> GSM342461 2 0.1364 0.7208 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM342463 2 0.0404 0.7196 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342464 2 0.0290 0.7184 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM342465 2 0.0880 0.7188 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM342466 1 0.3542 0.6390 0.840 0.000 0.020 0.028 0.112
#> GSM342468 4 0.4723 -0.0445 0.012 0.368 0.000 0.612 0.008
#> GSM342469 1 0.8386 0.1447 0.348 0.232 0.000 0.160 0.260
#> GSM342470 1 0.3880 0.5866 0.772 0.000 0.020 0.004 0.204
#> GSM342472 1 0.6943 0.4902 0.564 0.000 0.080 0.116 0.240
#> GSM342473 2 0.1331 0.7215 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM342474 2 0.0955 0.7207 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM342475 3 0.3983 -0.1323 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM342476 2 0.4576 0.5625 0.000 0.608 0.000 0.376 0.016
#> GSM342478 2 0.3612 0.6914 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008
#> GSM342479 2 0.7705 -0.0742 0.272 0.440 0.000 0.212 0.076
#> GSM342480 2 0.3612 0.6818 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM342481 2 0.1341 0.7176 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM342482 2 0.3596 0.6963 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM342483 2 0.3366 0.6931 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.7168 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0703 0.7166 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM342487 3 0.4291 -0.5218 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342488 2 0.4086 0.6713 0.000 0.704 0.000 0.284 0.012
#> GSM342489 2 0.3720 0.6902 0.000 0.760 0.000 0.228 0.012
#> GSM342490 2 0.7565 0.0630 0.160 0.392 0.000 0.376 0.072
#> GSM342492 3 0.4291 -0.5332 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342493 2 0.0000 0.7168 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.4063 0.6404 0.000 0.708 0.000 0.280 0.012
#> GSM342497 2 0.4702 0.5023 0.000 0.552 0.000 0.432 0.016
#> GSM342498 1 0.7750 0.3290 0.452 0.276 0.000 0.100 0.172
#> GSM342499 1 0.8410 0.1909 0.360 0.220 0.004 0.140 0.276
#> GSM342500 2 0.3659 0.6937 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012
#> GSM342501 2 0.7414 -0.0513 0.300 0.476 0.000 0.148 0.076
#> GSM342502 2 0.1168 0.7223 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM342503 2 0.3231 0.7035 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM342504 2 0.3336 0.6931 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM342505 3 0.3177 0.3141 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM342506 1 0.4469 0.6248 0.776 0.004 0.004 0.092 0.124
#> GSM342507 1 0.1251 0.6173 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM342508 1 0.4347 0.6265 0.792 0.008 0.004 0.088 0.108
#> GSM342509 1 0.2712 0.6257 0.880 0.000 0.032 0.000 0.088
#> GSM342510 1 0.4264 0.5641 0.760 0.000 0.036 0.008 0.196
#> GSM342511 1 0.8794 0.2156 0.296 0.012 0.184 0.292 0.216
#> GSM342512 2 0.0880 0.7188 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM342513 2 0.1770 0.7088 0.008 0.936 0.000 0.048 0.008
#> GSM342514 3 0.7140 -0.0928 0.360 0.000 0.372 0.016 0.252
#> GSM342515 1 0.7836 0.3382 0.444 0.096 0.004 0.160 0.296
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.5886 0.32087 0.172 0.020 0.000 0.556 0.252 0.000
#> GSM342323 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342325 4 0.6143 0.26231 0.236 0.020 0.000 0.512 0.232 0.000
#> GSM342326 4 0.1010 0.72414 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342334 5 0.5454 -0.11538 0.424 0.000 0.000 0.084 0.480 0.012
#> GSM342335 4 0.5342 -0.09874 0.004 0.420 0.000 0.484 0.092 0.000
#> GSM342354 6 0.2597 0.59913 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM342371 2 0.2854 0.63706 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM342380 1 0.4408 0.28757 0.560 0.000 0.000 0.020 0.416 0.004
#> GSM342382 2 0.5397 0.41625 0.052 0.484 0.000 0.028 0.436 0.000
#> GSM342399 5 0.6262 0.19680 0.276 0.016 0.000 0.244 0.464 0.000
#> GSM342402 1 0.0806 0.73008 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM342404 2 0.6576 0.39742 0.108 0.532 0.000 0.232 0.128 0.000
#> GSM342408 6 0.1075 0.70603 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM342409 1 0.6259 0.05514 0.436 0.092 0.000 0.016 0.424 0.032
#> GSM342426 4 0.2658 0.67866 0.008 0.036 0.000 0.876 0.080 0.000
#> GSM342441 6 0.3737 0.52038 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM342444 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342451 3 0.0146 0.65197 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 5 0.7208 0.13995 0.272 0.056 0.000 0.180 0.460 0.032
#> GSM342484 1 0.0951 0.73050 0.968 0.000 0.000 0.008 0.020 0.004
#> GSM342491 1 0.6793 0.09743 0.424 0.172 0.000 0.056 0.344 0.004
#> GSM342322 4 0.4794 0.45546 0.100 0.004 0.000 0.668 0.228 0.000
#> GSM342338 3 0.2664 0.67039 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342347 6 0.1075 0.70603 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM342356 3 0.2838 0.56602 0.188 0.000 0.808 0.000 0.000 0.004
#> GSM342357 1 0.0806 0.73008 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM342366 2 0.3266 0.61643 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM342385 1 0.4141 0.35008 0.596 0.000 0.000 0.016 0.388 0.000
#> GSM342421 2 0.6417 0.26291 0.016 0.444 0.000 0.304 0.232 0.004
#> GSM342437 1 0.7318 0.00636 0.372 0.136 0.000 0.180 0.312 0.000
#> GSM342454 3 0.0632 0.64840 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342471 5 0.5503 -0.00739 0.132 0.000 0.000 0.384 0.484 0.000
#> GSM342477 5 0.6865 0.15330 0.272 0.060 0.000 0.172 0.484 0.012
#> GSM342495 2 0.0146 0.69125 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342496 5 0.5593 0.39163 0.076 0.256 0.000 0.012 0.624 0.032
#> GSM342320 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.1267 0.71700 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM342324 1 0.5390 0.35344 0.540 0.000 0.000 0.328 0.132 0.000
#> GSM342328 4 0.0260 0.73899 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0260 0.73953 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.5258 0.39171 0.152 0.000 0.000 0.596 0.252 0.000
#> GSM342333 5 0.6736 -0.01234 0.368 0.064 0.000 0.076 0.460 0.032
#> GSM342336 5 0.5630 0.12406 0.112 0.004 0.000 0.344 0.532 0.008
#> GSM342337 3 0.2933 0.55551 0.200 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004
#> GSM342339 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342340 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342341 3 0.3563 0.55982 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM342342 3 0.2491 0.68695 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM342343 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342344 6 0.2491 0.64040 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM342345 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342346 5 0.5473 -0.16927 0.452 0.000 0.000 0.036 0.464 0.048
#> GSM342348 1 0.0777 0.72879 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM342349 6 0.1714 0.68319 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM342350 6 0.1075 0.70603 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM342351 6 0.1528 0.70480 0.016 0.000 0.048 0.000 0.000 0.936
#> GSM342352 6 0.3101 0.47454 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM342353 3 0.3659 0.51669 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM342355 3 0.3857 0.09268 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM342358 1 0.1010 0.72228 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM342359 1 0.2536 0.68069 0.864 0.000 0.000 0.020 0.000 0.116
#> GSM342360 1 0.1088 0.72316 0.960 0.000 0.000 0.024 0.000 0.016
#> GSM342361 1 0.3245 0.63950 0.800 0.000 0.000 0.028 0.000 0.172
#> GSM342362 1 0.3122 0.60404 0.804 0.000 0.000 0.176 0.020 0.000
#> GSM342363 1 0.3156 0.58434 0.800 0.000 0.000 0.180 0.020 0.000
#> GSM342364 2 0.3797 0.52231 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> GSM342365 2 0.5498 0.42331 0.004 0.548 0.000 0.332 0.112 0.004
#> GSM342367 2 0.3868 0.45205 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> GSM342368 2 0.3838 0.49805 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM342369 2 0.5032 0.50488 0.004 0.612 0.000 0.292 0.092 0.000
#> GSM342370 2 0.5588 0.39937 0.004 0.532 0.000 0.340 0.120 0.004
#> GSM342372 2 0.5032 0.50488 0.004 0.612 0.000 0.292 0.092 0.000
#> GSM342373 2 0.3050 0.63392 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM342374 2 0.4819 0.30320 0.004 0.532 0.000 0.424 0.036 0.004
#> GSM342375 2 0.5525 0.31551 0.004 0.484 0.000 0.396 0.116 0.000
#> GSM342376 5 0.5130 0.34855 0.188 0.008 0.000 0.092 0.688 0.024
#> GSM342377 5 0.5764 -0.24562 0.028 0.376 0.000 0.092 0.504 0.000
#> GSM342378 5 0.5604 0.01989 0.404 0.000 0.000 0.144 0.452 0.000
#> GSM342379 4 0.5528 0.35160 0.192 0.000 0.000 0.556 0.252 0.000
#> GSM342381 5 0.3992 -0.24608 0.012 0.364 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM342383 5 0.4755 0.37485 0.164 0.020 0.000 0.104 0.712 0.000
#> GSM342384 5 0.3868 -0.46682 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM342386 2 0.3862 0.47064 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM342387 4 0.5461 0.27620 0.272 0.000 0.000 0.560 0.168 0.000
#> GSM342388 3 0.2805 0.67963 0.012 0.000 0.828 0.000 0.000 0.160
#> GSM342389 2 0.3868 0.45205 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> GSM342390 1 0.1265 0.71444 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM342391 1 0.4377 0.49995 0.688 0.000 0.000 0.068 0.244 0.000
#> GSM342392 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342393 5 0.7908 0.19823 0.196 0.244 0.000 0.224 0.324 0.012
#> GSM342394 5 0.5612 0.18638 0.308 0.000 0.000 0.172 0.520 0.000
#> GSM342395 2 0.2793 0.63666 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM342396 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342397 6 0.4120 0.58495 0.060 0.000 0.116 0.000 0.040 0.784
#> GSM342398 5 0.4358 -0.20554 0.020 0.352 0.000 0.008 0.620 0.000
#> GSM342400 5 0.3838 -0.39882 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM342401 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342403 1 0.4491 0.19660 0.516 0.000 0.000 0.012 0.460 0.012
#> GSM342405 5 0.7629 -0.01899 0.332 0.068 0.000 0.064 0.396 0.140
#> GSM342406 1 0.0146 0.72936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342407 6 0.1204 0.70536 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM342410 1 0.0935 0.72744 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM342411 4 0.5871 0.09094 0.320 0.000 0.000 0.464 0.216 0.000
#> GSM342412 5 0.5830 0.11093 0.136 0.000 0.000 0.372 0.480 0.012
#> GSM342413 1 0.3037 0.63902 0.808 0.000 0.000 0.016 0.000 0.176
#> GSM342414 6 0.1204 0.70536 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM342415 4 0.6239 0.16764 0.016 0.284 0.000 0.468 0.232 0.000
#> GSM342416 1 0.0146 0.72936 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342417 4 0.1765 0.69676 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.1327 0.72036 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM342419 5 0.6512 0.34191 0.140 0.208 0.000 0.104 0.548 0.000
#> GSM342420 4 0.0146 0.73874 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.4229 -0.38068 0.016 0.436 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM342423 2 0.3649 0.63176 0.004 0.800 0.000 0.084 0.112 0.000
#> GSM342424 4 0.1010 0.72414 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.2863 0.67181 0.008 0.036 0.000 0.860 0.096 0.000
#> GSM342427 2 0.6680 0.00760 0.024 0.392 0.000 0.196 0.376 0.012
#> GSM342428 2 0.6805 0.07136 0.024 0.352 0.000 0.332 0.284 0.008
#> GSM342429 2 0.3566 0.39851 0.024 0.752 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM342430 3 0.0865 0.64461 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342431 3 0.0260 0.65140 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342432 3 0.4335 0.19001 0.020 0.000 0.508 0.000 0.000 0.472
#> GSM342433 6 0.3531 0.63923 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM342434 6 0.2092 0.70623 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM342435 6 0.3409 0.64719 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342436 6 0.3774 0.48549 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM342438 3 0.3847 -0.15960 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM342439 3 0.3810 -0.06919 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM342440 6 0.3810 0.46178 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM342442 3 0.3804 -0.10952 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM342443 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 6 0.3823 0.45220 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM342446 3 0.3810 -0.05772 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM342447 3 0.2416 0.68827 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM342448 6 0.2996 0.67522 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM342449 3 0.3810 -0.05591 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM342450 6 0.3023 0.67490 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM342452 3 0.2219 0.56566 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342453 3 0.1141 0.63545 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342455 3 0.3592 0.21070 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM342456 1 0.3351 0.64401 0.800 0.000 0.000 0.040 0.000 0.160
#> GSM342457 2 0.3695 0.56989 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> GSM342458 2 0.5032 0.50488 0.004 0.612 0.000 0.292 0.092 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.1610 0.67975 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM342463 2 0.3244 0.59964 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM342464 2 0.2597 0.65481 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM342465 2 0.3330 0.59010 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM342466 1 0.1082 0.72599 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM342468 2 0.5032 0.50488 0.004 0.612 0.000 0.292 0.092 0.000
#> GSM342469 5 0.5484 0.39961 0.172 0.152 0.000 0.032 0.644 0.000
#> GSM342470 1 0.2762 0.62890 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM342472 6 0.6726 -0.08794 0.292 0.004 0.016 0.012 0.240 0.436
#> GSM342473 2 0.1387 0.68488 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM342474 2 0.1663 0.67876 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM342475 3 0.3851 -0.23277 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM342476 2 0.3541 0.62242 0.000 0.804 0.000 0.148 0.032 0.016
#> GSM342478 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 5 0.5546 0.37235 0.100 0.272 0.000 0.016 0.604 0.008
#> GSM342480 2 0.1059 0.68586 0.000 0.964 0.000 0.004 0.016 0.016
#> GSM342481 2 0.2048 0.66916 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.3330 0.59071 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM342486 2 0.3390 0.58285 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM342487 6 0.3409 0.64455 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342488 2 0.1346 0.68352 0.000 0.952 0.000 0.008 0.024 0.016
#> GSM342489 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 5 0.6778 0.24273 0.024 0.344 0.000 0.164 0.440 0.028
#> GSM342492 6 0.3409 0.64719 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342493 2 0.3309 0.59299 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM342494 2 0.3107 0.64220 0.000 0.832 0.000 0.136 0.016 0.016
#> GSM342497 2 0.4343 0.57725 0.000 0.748 0.000 0.160 0.072 0.020
#> GSM342498 5 0.6040 0.21441 0.280 0.192 0.000 0.016 0.512 0.000
#> GSM342499 5 0.4025 0.37475 0.176 0.052 0.000 0.012 0.760 0.000
#> GSM342500 2 0.0146 0.69226 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342501 5 0.5372 0.37822 0.120 0.236 0.000 0.012 0.628 0.004
#> GSM342502 2 0.1387 0.68343 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM342503 2 0.0632 0.69136 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.69226 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.2048 0.58772 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM342506 1 0.3972 0.47167 0.680 0.004 0.000 0.016 0.300 0.000
#> GSM342507 1 0.0717 0.73042 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> GSM342508 1 0.2838 0.63247 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188 0.000
#> GSM342509 1 0.0405 0.72975 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM342510 1 0.4153 0.43581 0.640 0.000 0.012 0.008 0.000 0.340
#> GSM342511 5 0.7575 0.09239 0.168 0.040 0.044 0.016 0.428 0.304
#> GSM342512 2 0.3309 0.59299 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM342513 2 0.3371 0.58499 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> GSM342514 6 0.5063 0.14912 0.372 0.000 0.084 0.000 0.000 0.544
#> GSM342515 5 0.5528 0.21091 0.308 0.016 0.000 0.108 0.568 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:mclust 191 0.1737 2
#> SD:mclust 176 0.1939 3
#> SD:mclust 141 0.0789 4
#> SD:mclust 105 0.6030 5
#> SD:mclust 118 0.0458 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.454 0.661 0.864 0.4740 0.519 0.519
#> 3 3 0.593 0.736 0.851 0.4043 0.702 0.482
#> 4 4 0.709 0.674 0.847 0.1179 0.808 0.505
#> 5 5 0.703 0.626 0.796 0.0474 0.895 0.635
#> 6 6 0.783 0.673 0.797 0.0298 0.912 0.668
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.8955 0.5601 0.312 0.688
#> GSM342323 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.9608 0.4539 0.384 0.616
#> GSM342326 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.9732 0.4180 0.404 0.596
#> GSM342382 1 0.9732 0.2150 0.596 0.404
#> GSM342399 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342402 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342404 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.9710 0.3253 0.600 0.400
#> GSM342409 1 0.9129 0.4756 0.672 0.328
#> GSM342426 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342441 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342484 1 0.9963 -0.0017 0.536 0.464
#> GSM342491 2 0.1184 0.8074 0.016 0.984
#> GSM342322 2 0.5408 0.7443 0.124 0.876
#> GSM342338 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.7674 0.6164 0.776 0.224
#> GSM342356 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342357 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342366 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.9977 0.2280 0.472 0.528
#> GSM342421 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342454 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342496 1 0.8861 0.4571 0.696 0.304
#> GSM342320 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342336 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342348 2 0.9358 0.5027 0.352 0.648
#> GSM342349 1 0.7674 0.6167 0.776 0.224
#> GSM342350 1 0.7139 0.6502 0.804 0.196
#> GSM342351 1 0.9710 0.3253 0.600 0.400
#> GSM342352 1 0.2603 0.7960 0.956 0.044
#> GSM342353 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342358 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342359 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342360 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342361 2 0.1414 0.7994 0.020 0.980
#> GSM342362 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342363 2 0.4298 0.7685 0.088 0.912
#> GSM342364 2 0.5629 0.7388 0.132 0.868
#> GSM342365 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342368 2 0.3584 0.7801 0.068 0.932
#> GSM342369 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.9993 -0.0835 0.516 0.484
#> GSM342377 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342378 2 0.9866 0.3490 0.432 0.568
#> GSM342379 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342381 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342383 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342384 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342386 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342387 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342389 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342390 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342391 2 0.9815 0.3798 0.420 0.580
#> GSM342392 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342394 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342395 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.6343 0.6921 0.840 0.160
#> GSM342398 2 0.9881 0.3383 0.436 0.564
#> GSM342400 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342401 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.9954 0.0149 0.540 0.460
#> GSM342405 2 0.9608 0.2011 0.384 0.616
#> GSM342406 1 0.8144 0.5555 0.748 0.252
#> GSM342407 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342410 2 0.9833 0.3698 0.424 0.576
#> GSM342411 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342413 2 0.9661 0.1811 0.392 0.608
#> GSM342414 1 0.6343 0.6916 0.840 0.160
#> GSM342415 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342416 1 0.8081 0.6015 0.752 0.248
#> GSM342417 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342419 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342420 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342422 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342423 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.8499 0.6050 0.276 0.724
#> GSM342430 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.0376 0.8230 0.996 0.004
#> GSM342434 1 0.9710 0.3253 0.600 0.400
#> GSM342435 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342436 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.7602 0.6215 0.780 0.220
#> GSM342449 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.2043 0.8047 0.968 0.032
#> GSM342452 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.1414 0.7994 0.020 0.980
#> GSM342457 2 0.5408 0.7443 0.124 0.876
#> GSM342458 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.8267 0.6224 0.260 0.740
#> GSM342463 1 0.9732 0.2150 0.596 0.404
#> GSM342464 1 1.0000 -0.1304 0.504 0.496
#> GSM342465 1 0.9710 0.2271 0.600 0.400
#> GSM342466 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342470 2 0.9710 0.1611 0.400 0.600
#> GSM342472 2 0.9710 0.1608 0.400 0.600
#> GSM342473 2 0.3431 0.7823 0.064 0.936
#> GSM342474 2 0.6048 0.7260 0.148 0.852
#> GSM342475 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.8813 0.5752 0.300 0.700
#> GSM342479 2 0.9209 0.5267 0.336 0.664
#> GSM342480 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342482 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.8327 0.6179 0.264 0.736
#> GSM342485 1 0.9710 0.2271 0.600 0.400
#> GSM342486 1 0.9922 0.0614 0.552 0.448
#> GSM342487 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342492 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342493 1 0.9710 0.2271 0.600 0.400
#> GSM342494 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.9944 0.2796 0.456 0.544
#> GSM342499 2 0.9993 0.1866 0.484 0.516
#> GSM342500 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000
#> GSM342501 1 0.9710 0.2271 0.600 0.400
#> GSM342502 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342503 2 0.9710 0.4271 0.400 0.600
#> GSM342504 2 0.6438 0.7129 0.164 0.836
#> GSM342505 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.9170 0.3975 0.668 0.332
#> GSM342507 2 0.8499 0.6063 0.276 0.724
#> GSM342508 1 0.8555 0.5030 0.720 0.280
#> GSM342509 1 0.5519 0.7180 0.872 0.128
#> GSM342510 2 0.6887 0.6054 0.184 0.816
#> GSM342511 1 0.5178 0.7371 0.884 0.116
#> GSM342512 1 0.9993 -0.0837 0.516 0.484
#> GSM342513 1 0.9710 0.2271 0.600 0.400
#> GSM342514 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000
#> GSM342515 2 0.9881 0.3379 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0237 0.7544 0.996 0.004 0.000
#> GSM342323 2 0.5706 0.6988 0.320 0.680 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 2 0.4931 0.7613 0.232 0.768 0.000
#> GSM342327 2 0.4974 0.7592 0.236 0.764 0.000
#> GSM342329 2 0.5560 0.7185 0.300 0.700 0.000
#> GSM342331 2 0.4887 0.7618 0.228 0.772 0.000
#> GSM342334 2 0.1860 0.7790 0.052 0.948 0.000
#> GSM342335 2 0.5760 0.2981 0.328 0.672 0.000
#> GSM342354 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 1 0.5058 0.7733 0.756 0.244 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.5070 0.7809 0.772 0.224 0.004
#> GSM342399 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.1411 0.7331 0.964 0.036 0.000
#> GSM342404 2 0.0237 0.7762 0.004 0.996 0.000
#> GSM342408 3 0.6126 0.3087 0.000 0.400 0.600
#> GSM342409 3 0.9810 -0.0018 0.240 0.372 0.388
#> GSM342426 2 0.4842 0.7631 0.224 0.776 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.3340 0.6874 0.120 0.880 0.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342484 1 0.7297 0.5208 0.704 0.108 0.188
#> GSM342491 2 0.7421 0.7110 0.240 0.676 0.084
#> GSM342322 1 0.1163 0.7393 0.972 0.028 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342347 3 0.4399 0.7299 0.000 0.188 0.812
#> GSM342356 3 0.6126 0.3024 0.400 0.000 0.600
#> GSM342357 1 0.0892 0.7451 0.980 0.020 0.000
#> GSM342366 1 0.5058 0.7733 0.756 0.244 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 2 0.5016 0.5123 0.240 0.760 0.000
#> GSM342437 2 0.4974 0.7593 0.236 0.764 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.3879 0.7833 0.848 0.152 0.000
#> GSM342477 2 0.0424 0.7788 0.008 0.992 0.000
#> GSM342495 2 0.1411 0.7613 0.036 0.964 0.000
#> GSM342496 3 0.9770 -0.2966 0.368 0.232 0.400
#> GSM342320 2 0.4931 0.7601 0.232 0.768 0.000
#> GSM342321 1 0.4842 0.4849 0.776 0.224 0.000
#> GSM342324 2 0.5178 0.7506 0.256 0.744 0.000
#> GSM342328 1 0.6299 -0.3313 0.524 0.476 0.000
#> GSM342330 2 0.4931 0.7601 0.232 0.768 0.000
#> GSM342332 1 0.3879 0.6126 0.848 0.152 0.000
#> GSM342333 2 0.3686 0.6823 0.140 0.860 0.000
#> GSM342336 2 0.5138 0.7526 0.252 0.748 0.000
#> GSM342337 1 0.6302 0.0972 0.520 0.000 0.480
#> GSM342339 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.2537 0.8535 0.080 0.000 0.920
#> GSM342341 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.3482 0.8003 0.128 0.000 0.872
#> GSM342344 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 2 0.4654 0.7676 0.208 0.792 0.000
#> GSM342348 1 0.1031 0.7423 0.976 0.024 0.000
#> GSM342349 3 0.2537 0.8572 0.000 0.080 0.920
#> GSM342350 3 0.1860 0.8842 0.000 0.052 0.948
#> GSM342351 3 0.5216 0.6189 0.000 0.260 0.740
#> GSM342352 3 0.0747 0.9118 0.000 0.016 0.984
#> GSM342353 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 3 0.6168 0.2816 0.412 0.000 0.588
#> GSM342358 2 0.5016 0.7573 0.240 0.760 0.000
#> GSM342359 2 0.4931 0.7601 0.232 0.768 0.000
#> GSM342360 2 0.5098 0.7543 0.248 0.752 0.000
#> GSM342361 2 0.4842 0.7631 0.224 0.776 0.000
#> GSM342362 1 0.4842 0.4841 0.776 0.224 0.000
#> GSM342363 1 0.0892 0.7451 0.980 0.020 0.000
#> GSM342364 1 0.5016 0.7751 0.760 0.240 0.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342368 1 0.4974 0.7764 0.764 0.236 0.000
#> GSM342369 2 0.1753 0.7547 0.048 0.952 0.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342372 2 0.2448 0.7417 0.076 0.924 0.000
#> GSM342373 1 0.5016 0.7751 0.760 0.240 0.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 2 0.1643 0.7572 0.044 0.956 0.000
#> GSM342376 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342377 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342386 1 0.4974 0.7764 0.764 0.236 0.000
#> GSM342387 2 0.5591 0.7187 0.304 0.696 0.000
#> GSM342388 3 0.4931 0.6519 0.232 0.000 0.768
#> GSM342389 1 0.4931 0.7778 0.768 0.232 0.000
#> GSM342390 1 0.4235 0.6316 0.824 0.000 0.176
#> GSM342391 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.5138 0.7688 0.748 0.252 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.1411 0.8973 0.000 0.036 0.964
#> GSM342398 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342400 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 1 0.3272 0.7829 0.892 0.104 0.004
#> GSM342405 2 0.5397 0.5620 0.000 0.720 0.280
#> GSM342406 1 0.2116 0.7292 0.948 0.012 0.040
#> GSM342407 3 0.0424 0.9164 0.000 0.008 0.992
#> GSM342410 1 0.0237 0.7544 0.996 0.004 0.000
#> GSM342411 1 0.2711 0.6915 0.912 0.088 0.000
#> GSM342412 2 0.5098 0.7550 0.248 0.752 0.000
#> GSM342413 2 0.7731 0.7044 0.228 0.664 0.108
#> GSM342414 3 0.1163 0.9036 0.000 0.028 0.972
#> GSM342415 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342416 1 0.3784 0.6576 0.864 0.004 0.132
#> GSM342417 2 0.5178 0.7510 0.256 0.744 0.000
#> GSM342418 2 0.4931 0.7601 0.232 0.768 0.000
#> GSM342419 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
#> GSM342420 2 0.5098 0.7552 0.248 0.752 0.000
#> GSM342422 1 0.4842 0.7811 0.776 0.224 0.000
#> GSM342423 1 0.5431 0.7439 0.716 0.284 0.000
#> GSM342424 2 0.5058 0.7571 0.244 0.756 0.000
#> GSM342425 2 0.4842 0.7631 0.224 0.776 0.000
#> GSM342427 2 0.2261 0.7431 0.068 0.932 0.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342429 1 0.9598 0.5069 0.468 0.304 0.228
#> GSM342430 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.0424 0.9164 0.000 0.008 0.992
#> GSM342434 3 0.4605 0.7086 0.000 0.204 0.796
#> GSM342435 3 0.0424 0.9164 0.000 0.008 0.992
#> GSM342436 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.1643 0.7571 0.044 0.956 0.000
#> GSM342445 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0237 0.9175 0.004 0.000 0.996
#> GSM342448 3 0.1031 0.9064 0.000 0.024 0.976
#> GSM342449 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0747 0.9118 0.000 0.016 0.984
#> GSM342452 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.4842 0.7631 0.224 0.776 0.000
#> GSM342457 1 0.4974 0.7764 0.764 0.236 0.000
#> GSM342458 2 0.0237 0.7762 0.004 0.996 0.000
#> GSM342459 2 0.3038 0.7058 0.104 0.896 0.000
#> GSM342460 2 0.2625 0.7261 0.084 0.916 0.000
#> GSM342461 1 0.5578 0.7735 0.748 0.240 0.012
#> GSM342463 1 0.8231 0.7003 0.628 0.236 0.136
#> GSM342464 1 0.8543 0.6774 0.604 0.236 0.160
#> GSM342465 1 0.7344 0.7445 0.684 0.232 0.084
#> GSM342466 1 0.6111 0.3709 0.604 0.000 0.396
#> GSM342468 2 0.2356 0.7370 0.072 0.928 0.000
#> GSM342469 1 0.3116 0.7826 0.892 0.108 0.000
#> GSM342470 2 0.8199 0.6422 0.160 0.640 0.200
#> GSM342472 2 0.4842 0.6401 0.000 0.776 0.224
#> GSM342473 1 0.5244 0.7749 0.756 0.240 0.004
#> GSM342474 1 0.5244 0.7749 0.756 0.240 0.004
#> GSM342475 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.0237 0.7762 0.004 0.996 0.000
#> GSM342478 2 0.8573 0.2173 0.104 0.524 0.372
#> GSM342479 1 0.9083 0.6221 0.548 0.256 0.196
#> GSM342480 2 0.0475 0.7756 0.004 0.992 0.004
#> GSM342481 1 0.8894 0.6441 0.572 0.236 0.192
#> GSM342482 2 0.6280 -0.2612 0.460 0.540 0.000
#> GSM342483 2 0.9208 0.0776 0.264 0.532 0.204
#> GSM342485 1 0.6936 0.7562 0.704 0.232 0.064
#> GSM342486 1 0.5595 0.7775 0.756 0.228 0.016
#> GSM342487 3 0.0237 0.9181 0.000 0.004 0.996
#> GSM342488 2 0.0237 0.7762 0.004 0.996 0.000
#> GSM342489 2 0.2066 0.7465 0.060 0.940 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342492 3 0.0424 0.9164 0.000 0.008 0.992
#> GSM342493 1 0.7106 0.7519 0.696 0.232 0.072
#> GSM342494 2 0.0237 0.7762 0.004 0.996 0.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.7774 0.000 1.000 0.000
#> GSM342498 1 0.1411 0.7521 0.964 0.000 0.036
#> GSM342499 1 0.2878 0.7810 0.904 0.096 0.000
#> GSM342500 2 0.3918 0.6613 0.140 0.856 0.004
#> GSM342501 1 0.7272 0.7507 0.700 0.204 0.096
#> GSM342502 1 0.7306 0.7449 0.684 0.236 0.080
#> GSM342503 1 0.9383 0.5770 0.512 0.252 0.236
#> GSM342504 2 0.7829 0.4325 0.164 0.672 0.164
#> GSM342505 3 0.0000 0.9197 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.2448 0.7416 0.924 0.000 0.076
#> GSM342507 1 0.3340 0.6479 0.880 0.120 0.000
#> GSM342508 1 0.0424 0.7570 0.992 0.000 0.008
#> GSM342509 3 0.5958 0.5716 0.300 0.008 0.692
#> GSM342510 2 0.5450 0.7596 0.228 0.760 0.012
#> GSM342511 3 0.2261 0.8745 0.000 0.068 0.932
#> GSM342512 1 0.7306 0.7449 0.684 0.236 0.080
#> GSM342513 1 0.7106 0.7519 0.696 0.232 0.072
#> GSM342514 3 0.0237 0.9182 0.000 0.004 0.996
#> GSM342515 1 0.0000 0.7567 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.3528 0.6809 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM342323 1 0.4907 0.4446 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM342325 1 0.2831 0.6979 0.876 0.004 0.000 0.120
#> GSM342326 4 0.1867 0.6101 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM342327 4 0.2704 0.5659 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM342329 1 0.4925 0.4360 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM342331 4 0.1302 0.6257 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM342334 4 0.6784 0.4425 0.244 0.156 0.000 0.600
#> GSM342335 2 0.7227 0.1954 0.256 0.544 0.000 0.200
#> GSM342354 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0188 0.8582 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342380 1 0.3498 0.6918 0.832 0.008 0.000 0.160
#> GSM342382 2 0.2081 0.8080 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.3450 0.6913 0.836 0.008 0.000 0.156
#> GSM342402 1 0.3172 0.6878 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM342404 4 0.4624 0.4963 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM342408 3 0.4933 0.2125 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM342409 2 0.9313 0.0957 0.172 0.440 0.236 0.152
#> GSM342426 4 0.1118 0.6308 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM342441 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.1211 0.8376 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342467 4 0.4220 0.6062 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM342484 1 0.5636 0.5581 0.724 0.004 0.184 0.088
#> GSM342491 4 0.4533 0.5661 0.232 0.004 0.012 0.752
#> GSM342322 1 0.3726 0.6740 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM342338 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342356 3 0.2973 0.8128 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM342357 1 0.2973 0.6921 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM342366 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.3725 0.6872 0.812 0.008 0.000 0.180
#> GSM342421 2 0.4730 0.3023 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM342437 4 0.3801 0.5823 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM342454 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.4252 0.5541 0.744 0.252 0.000 0.004
#> GSM342477 4 0.3743 0.6576 0.016 0.160 0.000 0.824
#> GSM342495 2 0.3726 0.6393 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM342496 2 0.0469 0.8571 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.1637 0.6179 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM342321 1 0.4406 0.6132 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM342324 1 0.4916 0.4544 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM342328 1 0.4500 0.5969 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM342330 4 0.3172 0.5312 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM342332 1 0.4222 0.6313 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM342333 1 0.7842 -0.1401 0.376 0.360 0.000 0.264
#> GSM342336 4 0.6143 0.0460 0.456 0.048 0.000 0.496
#> GSM342337 3 0.4193 0.6319 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0469 0.9453 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 3 0.1474 0.9113 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342346 4 0.0657 0.6363 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM342348 1 0.0469 0.6939 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342349 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342351 3 0.1211 0.9196 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342352 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342355 3 0.4746 0.4131 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM342358 1 0.4830 0.4351 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM342359 1 0.4998 0.2181 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM342360 1 0.4661 0.5099 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM342361 4 0.2081 0.6267 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM342362 1 0.4040 0.6301 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM342363 1 0.3024 0.6908 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM342364 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.4356 0.5625 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM342367 2 0.0707 0.8540 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.4996 -0.1070 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM342370 4 0.4356 0.5621 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM342372 4 0.4999 0.1514 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM342373 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 4 0.4522 0.5259 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM342375 4 0.4916 0.3389 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM342376 1 0.4941 0.2090 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM342377 2 0.4008 0.6099 0.244 0.756 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0469 0.6912 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.3402 0.6888 0.832 0.004 0.000 0.164
#> GSM342381 2 0.4584 0.4980 0.300 0.696 0.000 0.004
#> GSM342383 1 0.4791 0.6789 0.784 0.080 0.000 0.136
#> GSM342384 2 0.1302 0.8396 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0336 0.8583 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.2530 0.6587 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM342388 3 0.1474 0.9110 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM342389 2 0.0817 0.8524 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0657 0.6940 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM342391 1 0.0188 0.6927 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 4 0.3975 0.6130 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM342394 1 0.0188 0.6927 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0188 0.8582 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342396 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342398 2 0.4319 0.6084 0.228 0.760 0.000 0.012
#> GSM342400 2 0.1637 0.8274 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.6434 0.2261 0.500 0.432 0.000 0.068
#> GSM342405 4 0.4535 0.5349 0.000 0.016 0.240 0.744
#> GSM342406 1 0.0592 0.6939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342407 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.6931 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.0817 0.6934 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342412 4 0.5016 -0.0626 0.396 0.004 0.000 0.600
#> GSM342413 4 0.5151 0.2040 0.464 0.000 0.004 0.532
#> GSM342414 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.4996 0.0494 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.0592 0.6939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342417 4 0.4996 -0.2984 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM342418 4 0.2921 0.5351 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM342419 1 0.5458 0.5706 0.704 0.236 0.000 0.060
#> GSM342420 4 0.4164 0.3582 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM342422 2 0.2760 0.7655 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0188 0.8582 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342424 4 0.3219 0.5320 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM342425 4 0.1211 0.6297 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM342427 4 0.5488 0.2621 0.016 0.452 0.000 0.532
#> GSM342428 4 0.4767 0.5972 0.020 0.256 0.000 0.724
#> GSM342429 2 0.2773 0.7637 0.116 0.880 0.000 0.004
#> GSM342430 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0336 0.9484 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 3 0.4072 0.6284 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM342435 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.4222 0.5297 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM342445 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.1867 0.6312 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM342457 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342458 4 0.4941 0.3063 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM342459 2 0.1557 0.8256 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM342460 2 0.2530 0.7714 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM342461 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0469 0.8571 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.4843 0.2075 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM342468 2 0.4925 0.1032 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM342469 1 0.4961 0.1859 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM342470 4 0.5172 0.5407 0.260 0.000 0.036 0.704
#> GSM342472 4 0.4158 0.5463 0.000 0.008 0.224 0.768
#> GSM342473 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 4 0.4994 0.1838 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM342478 2 0.0817 0.8488 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342479 2 0.3342 0.7655 0.100 0.868 0.000 0.032
#> GSM342480 2 0.4817 0.2477 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM342481 2 0.0188 0.8591 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0336 0.8567 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342483 2 0.0336 0.8567 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342485 2 0.0592 0.8556 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0707 0.8540 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.4713 0.3312 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM342489 2 0.3024 0.7284 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM342490 4 0.3873 0.6237 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM342492 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0592 0.8556 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342494 4 0.4994 0.1852 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM342497 4 0.4661 0.4856 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM342498 1 0.4967 0.1798 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.4999 0.0525 0.508 0.492 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0592 0.8530 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342501 2 0.5130 0.3939 0.332 0.652 0.000 0.016
#> GSM342502 2 0.0188 0.8582 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342503 2 0.0188 0.8582 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342504 2 0.0707 0.8509 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342505 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.4677 0.4673 0.680 0.316 0.004 0.000
#> GSM342507 1 0.2647 0.6928 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM342508 1 0.4134 0.5472 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.6337 0.0268 0.464 0.000 0.476 0.060
#> GSM342510 4 0.2542 0.6239 0.084 0.000 0.012 0.904
#> GSM342511 3 0.2131 0.8932 0.000 0.036 0.932 0.032
#> GSM342512 2 0.0000 0.8591 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.0707 0.8540 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.3266 0.7845 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM342515 1 0.4222 0.5379 0.728 0.272 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.6105 0.141952 0.480 0.000 0.000 0.128 0.392
#> GSM342323 4 0.6583 0.226374 0.256 0.000 0.000 0.468 0.276
#> GSM342325 5 0.5652 -0.110769 0.464 0.004 0.000 0.064 0.468
#> GSM342326 4 0.4461 0.478532 0.052 0.000 0.000 0.728 0.220
#> GSM342327 4 0.5369 0.474391 0.124 0.000 0.000 0.660 0.216
#> GSM342329 4 0.6439 0.230668 0.184 0.000 0.000 0.460 0.356
#> GSM342331 4 0.4444 0.521918 0.104 0.000 0.000 0.760 0.136
#> GSM342334 5 0.4609 0.452501 0.000 0.152 0.000 0.104 0.744
#> GSM342335 5 0.5083 0.056005 0.000 0.432 0.000 0.036 0.532
#> GSM342354 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342371 2 0.2922 0.776763 0.000 0.872 0.000 0.056 0.072
#> GSM342380 5 0.1638 0.485129 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> GSM342382 2 0.3262 0.744172 0.124 0.840 0.000 0.000 0.036
#> GSM342399 5 0.4964 -0.000096 0.428 0.012 0.000 0.012 0.548
#> GSM342402 1 0.5619 0.603224 0.636 0.000 0.000 0.208 0.156
#> GSM342404 4 0.5092 -0.029410 0.000 0.440 0.000 0.524 0.036
#> GSM342408 3 0.4083 0.663894 0.000 0.000 0.744 0.228 0.028
#> GSM342409 5 0.7178 0.180815 0.000 0.344 0.168 0.040 0.448
#> GSM342426 4 0.4343 0.524258 0.136 0.000 0.000 0.768 0.096
#> GSM342441 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.2193 0.881565 0.092 0.008 0.900 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0510 0.962805 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.1908 0.785743 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM342467 4 0.4460 0.383656 0.000 0.252 0.020 0.716 0.012
#> GSM342484 1 0.4612 0.629464 0.712 0.000 0.000 0.232 0.056
#> GSM342491 1 0.4444 0.523303 0.624 0.000 0.000 0.364 0.012
#> GSM342322 5 0.6281 -0.024942 0.388 0.000 0.000 0.152 0.460
#> GSM342338 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.3430 0.723058 0.000 0.000 0.776 0.004 0.220
#> GSM342356 3 0.3496 0.737161 0.012 0.000 0.788 0.000 0.200
#> GSM342357 1 0.5410 0.616907 0.656 0.000 0.000 0.216 0.128
#> GSM342366 2 0.1800 0.799912 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM342385 5 0.2953 0.432767 0.144 0.000 0.000 0.012 0.844
#> GSM342421 2 0.4062 0.699547 0.000 0.764 0.000 0.196 0.040
#> GSM342437 1 0.4067 0.523663 0.692 0.000 0.000 0.300 0.008
#> GSM342454 3 0.0963 0.946333 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.3065 0.676627 0.872 0.008 0.000 0.072 0.048
#> GSM342477 4 0.2802 0.520200 0.100 0.016 0.000 0.876 0.008
#> GSM342495 2 0.3010 0.737774 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM342496 2 0.2583 0.757958 0.132 0.864 0.000 0.000 0.004
#> GSM342320 4 0.4457 0.523894 0.116 0.000 0.000 0.760 0.124
#> GSM342321 5 0.6569 0.082432 0.292 0.000 0.000 0.240 0.468
#> GSM342324 4 0.6620 0.172194 0.288 0.000 0.000 0.456 0.256
#> GSM342328 5 0.6785 -0.032507 0.312 0.000 0.000 0.300 0.388
#> GSM342330 4 0.5543 0.462749 0.136 0.000 0.000 0.640 0.224
#> GSM342332 5 0.6200 0.100125 0.180 0.000 0.000 0.280 0.540
#> GSM342333 5 0.5107 0.433095 0.000 0.248 0.004 0.072 0.676
#> GSM342336 5 0.4681 0.405988 0.060 0.012 0.000 0.184 0.744
#> GSM342337 3 0.4571 0.659515 0.076 0.000 0.736 0.000 0.188
#> GSM342339 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.0693 0.959645 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342344 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.6435 0.296340 0.004 0.024 0.116 0.576 0.280
#> GSM342348 1 0.2989 0.672518 0.868 0.000 0.000 0.060 0.072
#> GSM342349 3 0.0162 0.969821 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342350 3 0.0162 0.969821 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342351 3 0.0566 0.961941 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM342352 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342355 5 0.4622 0.038624 0.012 0.000 0.440 0.000 0.548
#> GSM342358 1 0.5836 0.350615 0.492 0.000 0.000 0.412 0.096
#> GSM342359 4 0.5697 0.016135 0.360 0.000 0.000 0.548 0.092
#> GSM342360 1 0.5874 0.440508 0.528 0.000 0.000 0.364 0.108
#> GSM342361 4 0.4662 0.411187 0.168 0.000 0.000 0.736 0.096
#> GSM342362 1 0.5795 0.569798 0.596 0.000 0.000 0.268 0.136
#> GSM342363 1 0.6233 0.309772 0.460 0.000 0.000 0.144 0.396
#> GSM342364 2 0.1845 0.796777 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> GSM342365 4 0.4824 0.174872 0.000 0.376 0.000 0.596 0.028
#> GSM342367 2 0.1701 0.797359 0.048 0.936 0.000 0.000 0.016
#> GSM342368 2 0.1357 0.799893 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM342369 2 0.4990 0.506590 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> GSM342370 4 0.4930 0.142082 0.000 0.388 0.000 0.580 0.032
#> GSM342372 2 0.6231 0.398782 0.000 0.544 0.000 0.204 0.252
#> GSM342373 2 0.1774 0.798424 0.000 0.932 0.000 0.052 0.016
#> GSM342374 4 0.5065 0.042339 0.000 0.420 0.000 0.544 0.036
#> GSM342375 2 0.6439 0.333437 0.000 0.504 0.000 0.236 0.260
#> GSM342376 5 0.4885 0.438514 0.056 0.276 0.000 0.000 0.668
#> GSM342377 5 0.5488 0.068647 0.064 0.428 0.000 0.000 0.508
#> GSM342378 1 0.3216 0.604411 0.848 0.044 0.000 0.000 0.108
#> GSM342379 5 0.1830 0.491222 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> GSM342381 2 0.5850 0.025093 0.096 0.476 0.000 0.000 0.428
#> GSM342383 5 0.5341 0.176069 0.356 0.064 0.000 0.000 0.580
#> GSM342384 2 0.2446 0.782333 0.044 0.900 0.000 0.000 0.056
#> GSM342386 2 0.1195 0.801960 0.028 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM342387 1 0.3934 0.565317 0.740 0.000 0.000 0.244 0.016
#> GSM342388 3 0.0566 0.962711 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342389 2 0.2193 0.778628 0.008 0.900 0.000 0.000 0.092
#> GSM342390 1 0.3327 0.671785 0.852 0.000 0.004 0.060 0.084
#> GSM342391 1 0.2006 0.664981 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> GSM342392 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.4608 0.275974 0.000 0.336 0.000 0.640 0.024
#> GSM342394 1 0.1041 0.670761 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM342395 2 0.1484 0.800638 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM342396 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0162 0.969821 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342398 2 0.5312 0.451649 0.096 0.648 0.000 0.000 0.256
#> GSM342400 2 0.3099 0.744987 0.028 0.848 0.000 0.000 0.124
#> GSM342401 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.4533 0.454511 0.032 0.260 0.000 0.004 0.704
#> GSM342405 4 0.6662 0.226845 0.000 0.120 0.292 0.548 0.040
#> GSM342406 1 0.3037 0.677944 0.860 0.000 0.000 0.100 0.040
#> GSM342407 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.2674 0.629047 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> GSM342411 1 0.3575 0.668301 0.824 0.000 0.000 0.120 0.056
#> GSM342412 5 0.1831 0.463962 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM342413 4 0.5319 -0.094817 0.464 0.000 0.004 0.492 0.040
#> GSM342414 3 0.0162 0.969821 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342415 5 0.4405 0.440921 0.020 0.280 0.000 0.004 0.696
#> GSM342416 1 0.3390 0.675891 0.840 0.000 0.000 0.100 0.060
#> GSM342417 4 0.5797 0.416164 0.132 0.000 0.000 0.592 0.276
#> GSM342418 4 0.5197 0.495653 0.116 0.000 0.000 0.680 0.204
#> GSM342419 1 0.5971 0.266878 0.584 0.172 0.000 0.000 0.244
#> GSM342420 4 0.5904 0.419912 0.204 0.000 0.000 0.600 0.196
#> GSM342422 2 0.3758 0.715767 0.096 0.816 0.000 0.000 0.088
#> GSM342423 2 0.3354 0.762149 0.000 0.844 0.000 0.088 0.068
#> GSM342424 4 0.5756 0.452614 0.176 0.000 0.000 0.620 0.204
#> GSM342425 4 0.4781 0.504888 0.160 0.000 0.000 0.728 0.112
#> GSM342427 4 0.5710 0.380078 0.112 0.216 0.000 0.656 0.016
#> GSM342428 4 0.4415 0.440322 0.048 0.156 0.000 0.776 0.020
#> GSM342429 2 0.5970 0.363645 0.296 0.596 0.000 0.088 0.020
#> GSM342430 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0162 0.969983 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.1732 0.905394 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0162 0.969780 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.2017 0.889714 0.000 0.000 0.912 0.080 0.008
#> GSM342435 3 0.0162 0.969780 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0290 0.967725 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0510 0.962652 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.3246 0.725993 0.000 0.808 0.000 0.184 0.008
#> GSM342445 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0162 0.969983 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.4317 0.431150 0.160 0.000 0.000 0.764 0.076
#> GSM342457 2 0.0693 0.803959 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM342458 2 0.4656 0.188675 0.000 0.508 0.000 0.480 0.012
#> GSM342459 2 0.2020 0.782382 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM342460 2 0.2516 0.761567 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM342461 2 0.1341 0.797732 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.2233 0.776726 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> GSM342464 2 0.2124 0.781095 0.096 0.900 0.000 0.000 0.004
#> GSM342465 2 0.2488 0.763476 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004
#> GSM342466 1 0.2006 0.650553 0.932 0.020 0.024 0.000 0.024
#> GSM342468 2 0.3992 0.634098 0.000 0.720 0.000 0.268 0.012
#> GSM342469 1 0.3639 0.529739 0.812 0.144 0.000 0.000 0.044
#> GSM342470 1 0.4644 0.344360 0.604 0.000 0.004 0.380 0.012
#> GSM342472 4 0.4743 0.364146 0.004 0.040 0.180 0.752 0.024
#> GSM342473 2 0.1478 0.796629 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.1792 0.789200 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.4494 0.454027 0.000 0.608 0.000 0.380 0.012
#> GSM342478 2 0.1282 0.802534 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> GSM342479 1 0.6577 0.266231 0.536 0.276 0.000 0.172 0.016
#> GSM342480 2 0.3700 0.679104 0.000 0.752 0.000 0.240 0.008
#> GSM342481 2 0.2233 0.777146 0.104 0.892 0.000 0.000 0.004
#> GSM342482 2 0.0671 0.805284 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> GSM342483 2 0.0807 0.806108 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000
#> GSM342485 2 0.2488 0.763476 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004
#> GSM342486 2 0.2818 0.751364 0.132 0.856 0.000 0.000 0.012
#> GSM342487 3 0.0162 0.969780 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.3534 0.673850 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM342489 2 0.2648 0.754262 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM342490 4 0.2445 0.480767 0.004 0.108 0.000 0.884 0.004
#> GSM342492 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342493 2 0.2389 0.768504 0.116 0.880 0.000 0.000 0.004
#> GSM342494 2 0.4632 0.289541 0.000 0.540 0.000 0.448 0.012
#> GSM342497 4 0.4182 0.243366 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> GSM342498 1 0.1455 0.660253 0.952 0.032 0.000 0.008 0.008
#> GSM342499 1 0.4136 0.465079 0.764 0.188 0.000 0.000 0.048
#> GSM342500 2 0.1430 0.800666 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> GSM342501 1 0.5604 0.219262 0.584 0.352 0.000 0.032 0.032
#> GSM342502 2 0.1197 0.799614 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0324 0.805434 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM342504 2 0.1205 0.803248 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> GSM342505 3 0.0000 0.971673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.1329 0.658137 0.956 0.032 0.000 0.008 0.004
#> GSM342507 1 0.5215 0.601111 0.656 0.000 0.000 0.256 0.088
#> GSM342508 1 0.2006 0.625152 0.916 0.072 0.000 0.000 0.012
#> GSM342509 1 0.4555 0.644174 0.732 0.000 0.000 0.200 0.068
#> GSM342510 4 0.5484 0.112700 0.336 0.000 0.000 0.584 0.080
#> GSM342511 3 0.0968 0.951592 0.000 0.012 0.972 0.012 0.004
#> GSM342512 2 0.1952 0.786545 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> GSM342513 2 0.2583 0.757958 0.132 0.864 0.000 0.000 0.004
#> GSM342514 1 0.6183 0.380115 0.572 0.000 0.272 0.148 0.008
#> GSM342515 1 0.2110 0.622667 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.4817 0.637 0.008 0.000 0.000 0.684 0.196 0.112
#> GSM342323 4 0.1952 0.798 0.012 0.000 0.000 0.920 0.052 0.016
#> GSM342325 4 0.6609 0.289 0.060 0.004 0.000 0.476 0.320 0.140
#> GSM342326 4 0.1268 0.796 0.000 0.004 0.000 0.952 0.008 0.036
#> GSM342327 4 0.0777 0.798 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM342329 4 0.2367 0.788 0.008 0.000 0.000 0.888 0.088 0.016
#> GSM342331 4 0.0865 0.794 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342334 5 0.3796 0.538 0.000 0.188 0.000 0.032 0.768 0.012
#> GSM342335 2 0.4218 0.134 0.000 0.556 0.000 0.000 0.428 0.016
#> GSM342354 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0993 0.702 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> GSM342380 5 0.1078 0.510 0.012 0.000 0.000 0.008 0.964 0.016
#> GSM342382 2 0.3984 0.518 0.000 0.648 0.000 0.000 0.016 0.336
#> GSM342399 5 0.5520 0.342 0.072 0.000 0.000 0.124 0.668 0.136
#> GSM342402 1 0.4372 0.707 0.764 0.000 0.000 0.036 0.084 0.116
#> GSM342404 2 0.4692 0.491 0.000 0.644 0.000 0.080 0.000 0.276
#> GSM342408 3 0.5023 0.503 0.000 0.068 0.652 0.024 0.000 0.256
#> GSM342409 2 0.5562 0.117 0.000 0.528 0.048 0.000 0.376 0.048
#> GSM342426 4 0.0777 0.798 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM342441 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.2706 0.799 0.008 0.000 0.832 0.000 0.000 0.160
#> GSM342451 3 0.0260 0.949 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0858 0.702 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM342467 2 0.6533 -0.038 0.000 0.352 0.012 0.324 0.004 0.308
#> GSM342484 1 0.3377 0.739 0.828 0.000 0.000 0.044 0.016 0.112
#> GSM342491 4 0.3147 0.743 0.016 0.000 0.000 0.816 0.008 0.160
#> GSM342322 4 0.4419 0.655 0.004 0.000 0.000 0.704 0.220 0.072
#> GSM342338 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.2730 0.799 0.000 0.000 0.836 0.000 0.152 0.012
#> GSM342356 3 0.3874 0.702 0.068 0.000 0.760 0.000 0.172 0.000
#> GSM342357 1 0.3603 0.733 0.816 0.000 0.000 0.032 0.036 0.116
#> GSM342366 2 0.0891 0.703 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM342385 5 0.3598 0.443 0.004 0.000 0.000 0.112 0.804 0.080
#> GSM342421 2 0.2600 0.662 0.000 0.860 0.000 0.008 0.008 0.124
#> GSM342437 1 0.3521 0.728 0.812 0.000 0.000 0.120 0.008 0.060
#> GSM342454 3 0.0713 0.937 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM342471 1 0.4235 0.450 0.672 0.004 0.000 0.032 0.000 0.292
#> GSM342477 4 0.2544 0.731 0.000 0.004 0.000 0.852 0.004 0.140
#> GSM342495 2 0.1719 0.691 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> GSM342496 2 0.4090 0.466 0.008 0.604 0.000 0.000 0.004 0.384
#> GSM342320 4 0.1349 0.787 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056
#> GSM342321 4 0.3304 0.750 0.004 0.000 0.000 0.816 0.140 0.040
#> GSM342324 4 0.2444 0.794 0.012 0.000 0.000 0.892 0.068 0.028
#> GSM342328 4 0.3224 0.759 0.008 0.000 0.000 0.828 0.128 0.036
#> GSM342330 4 0.0777 0.798 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM342332 4 0.3291 0.765 0.004 0.000 0.000 0.828 0.104 0.064
#> GSM342333 5 0.3656 0.515 0.000 0.256 0.000 0.004 0.728 0.012
#> GSM342336 4 0.3771 0.764 0.024 0.004 0.000 0.808 0.120 0.044
#> GSM342337 3 0.4205 0.702 0.076 0.000 0.760 0.000 0.148 0.016
#> GSM342339 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.0291 0.949 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.7884 0.129 0.000 0.040 0.188 0.412 0.228 0.132
#> GSM342348 1 0.1615 0.741 0.928 0.000 0.000 0.004 0.004 0.064
#> GSM342349 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0632 0.938 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342352 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342355 5 0.3699 0.255 0.004 0.000 0.336 0.000 0.660 0.000
#> GSM342358 1 0.4820 0.680 0.716 0.000 0.000 0.112 0.028 0.144
#> GSM342359 1 0.5132 0.651 0.680 0.000 0.000 0.120 0.028 0.172
#> GSM342360 1 0.4643 0.689 0.728 0.000 0.000 0.096 0.024 0.152
#> GSM342361 1 0.6164 0.376 0.480 0.000 0.000 0.164 0.024 0.332
#> GSM342362 1 0.4029 0.723 0.784 0.000 0.000 0.052 0.032 0.132
#> GSM342363 1 0.4426 0.690 0.740 0.000 0.000 0.012 0.132 0.116
#> GSM342364 2 0.1265 0.698 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM342365 2 0.4963 0.450 0.000 0.612 0.000 0.100 0.000 0.288
#> GSM342367 2 0.2838 0.652 0.000 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188
#> GSM342368 2 0.1334 0.701 0.000 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM342369 2 0.3680 0.580 0.000 0.744 0.000 0.020 0.004 0.232
#> GSM342370 2 0.4986 0.450 0.000 0.612 0.000 0.104 0.000 0.284
#> GSM342372 2 0.4412 0.565 0.000 0.732 0.000 0.008 0.100 0.160
#> GSM342373 2 0.0935 0.704 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM342374 2 0.4634 0.489 0.000 0.644 0.000 0.072 0.000 0.284
#> GSM342375 2 0.4314 0.549 0.000 0.712 0.000 0.004 0.064 0.220
#> GSM342376 5 0.3714 0.521 0.008 0.264 0.000 0.000 0.720 0.008
#> GSM342377 5 0.5529 0.169 0.020 0.428 0.000 0.000 0.476 0.076
#> GSM342378 1 0.4634 0.464 0.672 0.004 0.000 0.004 0.060 0.260
#> GSM342379 5 0.1511 0.518 0.004 0.000 0.000 0.044 0.940 0.012
#> GSM342381 5 0.7066 0.120 0.008 0.284 0.000 0.048 0.380 0.280
#> GSM342383 5 0.4608 0.413 0.028 0.020 0.000 0.032 0.736 0.184
#> GSM342384 2 0.3612 0.637 0.000 0.780 0.000 0.000 0.052 0.168
#> GSM342386 2 0.2520 0.672 0.000 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152
#> GSM342387 1 0.3372 0.735 0.816 0.000 0.000 0.084 0.000 0.100
#> GSM342388 3 0.1049 0.929 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM342389 2 0.3552 0.642 0.000 0.800 0.000 0.000 0.084 0.116
#> GSM342390 1 0.0622 0.758 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> GSM342391 1 0.2377 0.713 0.868 0.000 0.000 0.004 0.004 0.124
#> GSM342392 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.5495 0.351 0.000 0.540 0.000 0.156 0.000 0.304
#> GSM342394 1 0.2442 0.702 0.852 0.000 0.000 0.004 0.000 0.144
#> GSM342395 2 0.0405 0.705 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM342396 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0363 0.947 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342398 5 0.6398 -0.076 0.000 0.288 0.000 0.012 0.352 0.348
#> GSM342400 2 0.4083 0.606 0.000 0.752 0.000 0.000 0.116 0.132
#> GSM342401 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.4271 0.475 0.004 0.300 0.000 0.000 0.664 0.032
#> GSM342405 3 0.7196 -0.152 0.000 0.236 0.372 0.092 0.000 0.300
#> GSM342406 1 0.0909 0.756 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> GSM342407 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.3029 0.702 0.840 0.000 0.000 0.004 0.036 0.120
#> GSM342411 1 0.2595 0.742 0.880 0.000 0.000 0.020 0.016 0.084
#> GSM342412 5 0.1701 0.510 0.000 0.000 0.000 0.072 0.920 0.008
#> GSM342413 1 0.3220 0.739 0.832 0.000 0.000 0.056 0.004 0.108
#> GSM342414 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342415 5 0.3595 0.499 0.000 0.288 0.000 0.000 0.704 0.008
#> GSM342416 1 0.0551 0.758 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM342417 4 0.2901 0.778 0.000 0.000 0.000 0.840 0.128 0.032
#> GSM342418 4 0.3215 0.740 0.000 0.000 0.000 0.828 0.072 0.100
#> GSM342419 6 0.8261 0.209 0.168 0.160 0.000 0.076 0.204 0.392
#> GSM342420 4 0.0508 0.801 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342422 2 0.4955 0.490 0.000 0.644 0.000 0.000 0.136 0.220
#> GSM342423 2 0.1367 0.698 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> GSM342424 4 0.0820 0.802 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> GSM342425 4 0.0405 0.801 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM342427 4 0.3638 0.745 0.012 0.040 0.000 0.836 0.044 0.068
#> GSM342428 4 0.2948 0.746 0.012 0.060 0.000 0.868 0.004 0.056
#> GSM342429 4 0.5098 0.529 0.008 0.020 0.000 0.620 0.044 0.308
#> GSM342430 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342432 3 0.1719 0.897 0.016 0.000 0.924 0.000 0.000 0.060
#> GSM342433 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342434 3 0.3624 0.718 0.000 0.016 0.780 0.012 0.004 0.188
#> GSM342435 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0632 0.941 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342439 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342440 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.1910 0.868 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM342443 2 0.2112 0.679 0.000 0.896 0.000 0.016 0.000 0.088
#> GSM342445 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0713 0.934 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 1 0.6278 0.350 0.468 0.004 0.000 0.172 0.020 0.336
#> GSM342457 2 0.2494 0.684 0.016 0.864 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM342458 2 0.4249 0.534 0.000 0.688 0.000 0.052 0.000 0.260
#> GSM342459 2 0.0777 0.703 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM342460 2 0.1010 0.700 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM342461 2 0.2697 0.653 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM342463 2 0.3592 0.540 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM342464 2 0.3266 0.606 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM342465 2 0.3620 0.525 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM342466 1 0.2948 0.664 0.804 0.000 0.000 0.008 0.000 0.188
#> GSM342468 2 0.2980 0.627 0.000 0.808 0.000 0.012 0.000 0.180
#> GSM342469 1 0.6230 -0.242 0.440 0.036 0.000 0.052 0.036 0.436
#> GSM342470 1 0.1976 0.758 0.916 0.000 0.000 0.016 0.008 0.060
#> GSM342472 6 0.8095 -0.068 0.052 0.172 0.120 0.260 0.004 0.392
#> GSM342473 2 0.3265 0.613 0.000 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> GSM342474 2 0.3421 0.603 0.000 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> GSM342475 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.4522 0.527 0.000 0.672 0.000 0.076 0.000 0.252
#> GSM342478 2 0.1075 0.707 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM342479 4 0.4521 0.579 0.000 0.016 0.000 0.660 0.032 0.292
#> GSM342480 2 0.3123 0.646 0.000 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> GSM342481 2 0.4471 0.321 0.000 0.532 0.000 0.008 0.016 0.444
#> GSM342482 2 0.1387 0.701 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM342483 2 0.1444 0.702 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM342485 2 0.3647 0.509 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM342486 2 0.4641 0.335 0.000 0.552 0.000 0.000 0.044 0.404
#> GSM342487 3 0.0260 0.949 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342488 2 0.4253 0.576 0.000 0.732 0.000 0.160 0.000 0.108
#> GSM342489 2 0.1082 0.699 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM342490 4 0.5158 0.389 0.000 0.144 0.000 0.632 0.004 0.220
#> GSM342492 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 2 0.3198 0.606 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM342494 2 0.4989 0.483 0.000 0.632 0.000 0.100 0.004 0.264
#> GSM342497 2 0.5849 0.297 0.000 0.508 0.000 0.204 0.004 0.284
#> GSM342498 1 0.2402 0.707 0.856 0.000 0.000 0.004 0.000 0.140
#> GSM342499 6 0.6530 0.168 0.396 0.076 0.000 0.040 0.036 0.452
#> GSM342500 2 0.1124 0.707 0.000 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> GSM342501 6 0.6737 0.276 0.100 0.184 0.000 0.088 0.044 0.584
#> GSM342502 2 0.3023 0.633 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM342503 2 0.1610 0.697 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM342504 2 0.1075 0.707 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM342505 3 0.0146 0.951 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342506 1 0.1858 0.730 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.092
#> GSM342507 1 0.2847 0.743 0.852 0.000 0.000 0.012 0.016 0.120
#> GSM342508 1 0.2773 0.683 0.828 0.004 0.000 0.004 0.000 0.164
#> GSM342509 1 0.2712 0.747 0.864 0.000 0.000 0.016 0.012 0.108
#> GSM342510 1 0.5098 0.647 0.680 0.000 0.000 0.124 0.024 0.172
#> GSM342511 3 0.0692 0.938 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM342512 2 0.3126 0.621 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM342513 2 0.3795 0.508 0.004 0.632 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM342514 1 0.2292 0.757 0.908 0.000 0.008 0.048 0.008 0.028
#> GSM342515 1 0.3052 0.627 0.780 0.000 0.000 0.004 0.000 0.216
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 146 0.2189 2
#> SD:NMF 182 0.5108 3
#> SD:NMF 157 0.2347 4
#> SD:NMF 130 0.2799 5
#> SD:NMF 161 0.0879 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0849 0.500 0.668 0.4342 0.540 0.540
#> 3 3 0.1961 0.388 0.641 0.3868 0.713 0.520
#> 4 4 0.2938 0.501 0.693 0.1372 0.853 0.640
#> 5 5 0.4237 0.444 0.668 0.0841 0.810 0.489
#> 6 6 0.5375 0.492 0.673 0.0565 0.868 0.559
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.850 0.5680 0.276 0.724
#> GSM342323 2 0.963 0.5375 0.388 0.612
#> GSM342325 2 0.402 0.5911 0.080 0.920
#> GSM342326 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342327 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342329 2 0.963 0.5375 0.388 0.612
#> GSM342331 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342334 2 0.552 0.6374 0.128 0.872
#> GSM342335 2 0.563 0.6366 0.132 0.868
#> GSM342354 1 0.952 0.7035 0.628 0.372
#> GSM342371 2 0.584 0.6405 0.140 0.860
#> GSM342380 2 0.402 0.5843 0.080 0.920
#> GSM342382 2 0.402 0.5829 0.080 0.920
#> GSM342399 2 0.402 0.5911 0.080 0.920
#> GSM342402 2 0.900 0.5513 0.316 0.684
#> GSM342404 2 0.985 0.4342 0.428 0.572
#> GSM342408 1 0.788 0.6184 0.764 0.236
#> GSM342409 2 0.730 0.4826 0.204 0.796
#> GSM342426 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342441 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342444 1 0.939 0.7232 0.644 0.356
#> GSM342451 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342462 2 0.814 0.6261 0.252 0.748
#> GSM342467 2 0.990 0.5259 0.440 0.560
#> GSM342484 1 0.963 -0.1336 0.612 0.388
#> GSM342491 2 0.943 0.5802 0.360 0.640
#> GSM342322 2 0.850 0.5680 0.276 0.724
#> GSM342338 1 0.958 0.7064 0.620 0.380
#> GSM342347 1 0.946 0.6944 0.636 0.364
#> GSM342356 2 0.995 -0.5087 0.460 0.540
#> GSM342357 1 0.998 -0.1634 0.524 0.476
#> GSM342366 2 0.563 0.6388 0.132 0.868
#> GSM342385 2 0.402 0.5843 0.080 0.920
#> GSM342421 2 0.662 0.6320 0.172 0.828
#> GSM342437 1 0.981 -0.2165 0.580 0.420
#> GSM342454 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342471 2 0.358 0.5770 0.068 0.932
#> GSM342477 2 0.991 0.5248 0.444 0.556
#> GSM342495 2 0.921 0.5870 0.336 0.664
#> GSM342496 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342320 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342321 2 0.975 0.5243 0.408 0.592
#> GSM342324 2 0.961 0.5300 0.384 0.616
#> GSM342328 2 0.963 0.5375 0.388 0.612
#> GSM342330 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342332 2 0.958 0.5518 0.380 0.620
#> GSM342333 2 0.662 0.6266 0.172 0.828
#> GSM342336 2 0.958 0.5518 0.380 0.620
#> GSM342337 2 0.995 -0.5087 0.460 0.540
#> GSM342339 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342340 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342341 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342342 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342343 2 0.995 -0.5087 0.460 0.540
#> GSM342344 1 0.949 0.7057 0.632 0.368
#> GSM342345 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342346 2 0.839 0.4971 0.268 0.732
#> GSM342348 1 1.000 0.4799 0.508 0.492
#> GSM342349 1 0.939 0.6958 0.644 0.356
#> GSM342350 1 0.943 0.6972 0.640 0.360
#> GSM342351 1 0.946 0.6944 0.636 0.364
#> GSM342352 1 0.946 0.6944 0.636 0.364
#> GSM342353 1 0.958 0.7064 0.620 0.380
#> GSM342355 2 0.990 -0.4680 0.440 0.560
#> GSM342358 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342359 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342360 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342361 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342362 1 0.998 -0.1634 0.524 0.476
#> GSM342363 1 0.998 -0.1634 0.524 0.476
#> GSM342364 2 0.518 0.5767 0.116 0.884
#> GSM342365 2 0.949 0.5733 0.368 0.632
#> GSM342367 2 0.430 0.5892 0.088 0.912
#> GSM342368 2 0.541 0.6362 0.124 0.876
#> GSM342369 2 0.925 0.5913 0.340 0.660
#> GSM342370 2 0.949 0.5733 0.368 0.632
#> GSM342372 2 0.925 0.5913 0.340 0.660
#> GSM342373 2 0.605 0.6352 0.148 0.852
#> GSM342374 2 0.949 0.5733 0.368 0.632
#> GSM342375 2 0.921 0.5996 0.336 0.664
#> GSM342376 2 0.311 0.5887 0.056 0.944
#> GSM342377 2 0.295 0.5901 0.052 0.948
#> GSM342378 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
#> GSM342379 2 0.358 0.6090 0.068 0.932
#> GSM342381 2 0.327 0.5856 0.060 0.940
#> GSM342383 2 0.402 0.5843 0.080 0.920
#> GSM342384 2 0.456 0.5779 0.096 0.904
#> GSM342386 2 0.430 0.5825 0.088 0.912
#> GSM342387 2 0.949 0.0146 0.368 0.632
#> GSM342388 1 0.971 0.6852 0.600 0.400
#> GSM342389 2 0.430 0.5825 0.088 0.912
#> GSM342390 1 1.000 0.4799 0.508 0.492
#> GSM342391 2 0.909 0.0158 0.324 0.676
#> GSM342392 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342393 2 0.985 0.4342 0.428 0.572
#> GSM342394 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
#> GSM342395 2 0.529 0.6343 0.120 0.880
#> GSM342396 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342397 1 0.966 0.6368 0.608 0.392
#> GSM342398 2 0.327 0.5856 0.060 0.940
#> GSM342400 2 0.311 0.5921 0.056 0.944
#> GSM342401 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342403 2 0.456 0.6103 0.096 0.904
#> GSM342405 1 1.000 -0.1685 0.512 0.488
#> GSM342406 1 1.000 0.4799 0.508 0.492
#> GSM342407 1 0.943 0.6972 0.640 0.360
#> GSM342410 2 0.909 0.0158 0.324 0.676
#> GSM342411 2 0.949 0.0146 0.368 0.632
#> GSM342412 2 0.574 0.6366 0.136 0.864
#> GSM342413 1 0.900 0.4604 0.684 0.316
#> GSM342414 1 0.943 0.6972 0.640 0.360
#> GSM342415 2 0.327 0.6098 0.060 0.940
#> GSM342416 1 1.000 0.4799 0.508 0.492
#> GSM342417 2 0.963 0.5253 0.388 0.612
#> GSM342418 2 0.958 0.5357 0.380 0.620
#> GSM342419 2 0.327 0.5869 0.060 0.940
#> GSM342420 2 0.963 0.5253 0.388 0.612
#> GSM342422 2 0.311 0.5854 0.056 0.944
#> GSM342423 2 0.584 0.6405 0.140 0.860
#> GSM342424 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342425 2 0.978 0.5208 0.412 0.588
#> GSM342427 2 0.966 0.5475 0.392 0.608
#> GSM342428 2 0.963 0.5504 0.388 0.612
#> GSM342429 2 0.958 0.5518 0.380 0.620
#> GSM342430 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342431 1 0.943 0.7223 0.640 0.360
#> GSM342432 1 0.929 0.7257 0.656 0.344
#> GSM342433 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342434 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342435 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342436 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342438 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342439 1 0.929 0.7257 0.656 0.344
#> GSM342440 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342442 1 0.929 0.7257 0.656 0.344
#> GSM342443 2 0.876 0.5981 0.296 0.704
#> GSM342445 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342446 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342447 1 0.949 0.7179 0.632 0.368
#> GSM342448 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342449 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342450 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342452 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342453 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342455 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342456 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342457 2 0.662 0.6491 0.172 0.828
#> GSM342458 2 0.955 0.5655 0.376 0.624
#> GSM342459 2 0.876 0.5981 0.296 0.704
#> GSM342460 2 0.917 0.5902 0.332 0.668
#> GSM342461 2 0.839 0.6085 0.268 0.732
#> GSM342463 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342464 2 0.644 0.5703 0.164 0.836
#> GSM342465 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342466 2 0.358 0.5770 0.068 0.932
#> GSM342468 2 0.936 0.5896 0.352 0.648
#> GSM342469 2 0.358 0.5770 0.068 0.932
#> GSM342470 1 0.900 0.4604 0.684 0.316
#> GSM342472 2 0.978 0.4732 0.412 0.588
#> GSM342473 2 0.839 0.6085 0.268 0.732
#> GSM342474 2 0.839 0.6085 0.268 0.732
#> GSM342475 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342476 2 0.921 0.5870 0.336 0.664
#> GSM342478 2 0.814 0.6223 0.252 0.748
#> GSM342479 2 0.506 0.5988 0.112 0.888
#> GSM342480 2 0.876 0.5981 0.296 0.704
#> GSM342481 2 0.932 0.5827 0.348 0.652
#> GSM342482 2 0.839 0.6085 0.268 0.732
#> GSM342483 2 0.814 0.6223 0.252 0.748
#> GSM342485 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342486 2 0.430 0.5782 0.088 0.912
#> GSM342487 2 1.000 0.2193 0.496 0.504
#> GSM342488 2 0.921 0.5870 0.336 0.664
#> GSM342489 2 0.917 0.5902 0.332 0.668
#> GSM342490 2 0.990 0.5285 0.440 0.560
#> GSM342492 1 0.753 0.6263 0.784 0.216
#> GSM342493 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342494 2 0.958 0.5338 0.380 0.620
#> GSM342497 2 0.958 0.5335 0.380 0.620
#> GSM342498 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
#> GSM342499 2 0.358 0.5770 0.068 0.932
#> GSM342500 2 0.871 0.5952 0.292 0.708
#> GSM342501 2 0.506 0.5988 0.112 0.888
#> GSM342502 2 0.795 0.6227 0.240 0.760
#> GSM342503 2 0.788 0.6240 0.236 0.764
#> GSM342504 2 0.814 0.6223 0.252 0.748
#> GSM342505 1 0.932 0.7262 0.652 0.348
#> GSM342506 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
#> GSM342507 1 0.998 -0.1634 0.524 0.476
#> GSM342508 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
#> GSM342509 1 0.963 -0.1336 0.612 0.388
#> GSM342510 1 0.904 -0.1252 0.680 0.320
#> GSM342511 2 0.969 0.5600 0.396 0.604
#> GSM342512 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342513 2 0.615 0.5510 0.152 0.848
#> GSM342514 1 0.900 0.4604 0.684 0.316
#> GSM342515 2 0.895 0.0499 0.312 0.688
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 2 0.7065 0.10052 0.352 0.616 0.032
#> GSM342323 2 0.4589 0.35015 0.172 0.820 0.008
#> GSM342325 1 0.7990 0.40030 0.532 0.404 0.064
#> GSM342326 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342327 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342329 2 0.4413 0.35339 0.160 0.832 0.008
#> GSM342331 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342334 2 0.8793 0.00961 0.308 0.552 0.140
#> GSM342335 2 0.8821 0.01666 0.304 0.552 0.144
#> GSM342354 3 0.4709 0.78019 0.092 0.056 0.852
#> GSM342371 2 0.8238 0.04187 0.300 0.596 0.104
#> GSM342380 1 0.8998 0.45512 0.472 0.396 0.132
#> GSM342382 1 0.9105 0.45442 0.448 0.412 0.140
#> GSM342399 1 0.7990 0.40030 0.532 0.404 0.064
#> GSM342402 2 0.7263 0.13932 0.372 0.592 0.036
#> GSM342404 2 0.7981 0.34342 0.076 0.584 0.340
#> GSM342408 3 0.6054 0.69231 0.052 0.180 0.768
#> GSM342409 2 0.9730 -0.19821 0.340 0.428 0.232
#> GSM342426 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0475 0.82693 0.004 0.004 0.992
#> GSM342451 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.8670 0.26810 0.168 0.592 0.240
#> GSM342467 2 0.5111 0.44124 0.036 0.820 0.144
#> GSM342484 1 0.7744 -0.14662 0.504 0.448 0.048
#> GSM342491 2 0.7835 0.34533 0.232 0.656 0.112
#> GSM342322 2 0.7065 0.10052 0.352 0.616 0.032
#> GSM342338 3 0.3802 0.79255 0.080 0.032 0.888
#> GSM342347 3 0.5492 0.76759 0.104 0.080 0.816
#> GSM342356 3 0.7997 0.29702 0.360 0.072 0.568
#> GSM342357 1 0.6994 -0.06639 0.556 0.424 0.020
#> GSM342366 2 0.8268 -0.04277 0.328 0.576 0.096
#> GSM342385 1 0.8998 0.45512 0.472 0.396 0.132
#> GSM342421 2 0.8492 0.10199 0.276 0.592 0.132
#> GSM342437 2 0.8763 0.21663 0.196 0.588 0.216
#> GSM342454 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.8489 0.49350 0.496 0.412 0.092
#> GSM342477 2 0.5875 0.43286 0.072 0.792 0.136
#> GSM342495 2 0.6211 0.43615 0.036 0.736 0.228
#> GSM342496 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342320 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342321 2 0.3983 0.36002 0.144 0.852 0.004
#> GSM342324 2 0.5201 0.32097 0.236 0.760 0.004
#> GSM342328 2 0.4589 0.35015 0.172 0.820 0.008
#> GSM342330 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342332 2 0.1877 0.39799 0.032 0.956 0.012
#> GSM342333 2 0.9008 0.07282 0.296 0.540 0.164
#> GSM342336 2 0.1877 0.39799 0.032 0.956 0.012
#> GSM342337 3 0.7997 0.29702 0.360 0.072 0.568
#> GSM342339 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342340 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342341 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342342 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342343 3 0.7997 0.29702 0.360 0.072 0.568
#> GSM342344 3 0.4527 0.78433 0.088 0.052 0.860
#> GSM342345 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342346 2 0.9620 0.11888 0.204 0.416 0.380
#> GSM342348 3 0.9594 0.08860 0.360 0.204 0.436
#> GSM342349 3 0.5566 0.76772 0.108 0.080 0.812
#> GSM342350 3 0.5331 0.77358 0.100 0.076 0.824
#> GSM342351 3 0.5492 0.76759 0.104 0.080 0.816
#> GSM342352 3 0.5416 0.76942 0.100 0.080 0.820
#> GSM342353 3 0.3802 0.79255 0.080 0.032 0.888
#> GSM342355 3 0.8402 0.21428 0.376 0.092 0.532
#> GSM342358 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342359 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342360 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342361 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342362 1 0.6994 -0.06639 0.556 0.424 0.020
#> GSM342363 1 0.6994 -0.06639 0.556 0.424 0.020
#> GSM342364 2 0.9496 -0.32893 0.372 0.440 0.188
#> GSM342365 2 0.6588 0.44164 0.060 0.732 0.208
#> GSM342367 2 0.9302 -0.42397 0.420 0.420 0.160
#> GSM342368 2 0.8324 -0.17181 0.372 0.540 0.088
#> GSM342369 2 0.6986 0.43638 0.096 0.724 0.180
#> GSM342370 2 0.6588 0.44164 0.060 0.732 0.208
#> GSM342372 2 0.6986 0.43638 0.096 0.724 0.180
#> GSM342373 2 0.8432 0.00681 0.312 0.576 0.112
#> GSM342374 2 0.6588 0.44164 0.060 0.732 0.208
#> GSM342375 2 0.6990 0.42662 0.108 0.728 0.164
#> GSM342376 1 0.8119 0.48211 0.500 0.432 0.068
#> GSM342377 1 0.8124 0.47930 0.496 0.436 0.068
#> GSM342378 1 0.9775 0.33342 0.440 0.272 0.288
#> GSM342379 1 0.7480 0.42134 0.508 0.456 0.036
#> GSM342381 1 0.8316 0.48534 0.496 0.424 0.080
#> GSM342383 1 0.8998 0.45512 0.472 0.396 0.132
#> GSM342384 1 0.9361 0.42953 0.436 0.396 0.168
#> GSM342386 1 0.9369 0.41373 0.424 0.408 0.168
#> GSM342387 1 0.9919 0.22638 0.392 0.284 0.324
#> GSM342388 3 0.2434 0.80628 0.036 0.024 0.940
#> GSM342389 1 0.9369 0.41373 0.424 0.408 0.168
#> GSM342390 3 0.9594 0.08860 0.360 0.204 0.436
#> GSM342391 1 0.9808 0.31085 0.428 0.264 0.308
#> GSM342392 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342393 2 0.7961 0.34600 0.076 0.588 0.336
#> GSM342394 1 0.9775 0.33342 0.440 0.272 0.288
#> GSM342395 2 0.8395 -0.15091 0.356 0.548 0.096
#> GSM342396 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342397 3 0.6775 0.69878 0.112 0.144 0.744
#> GSM342398 1 0.8316 0.48534 0.496 0.424 0.080
#> GSM342400 1 0.8208 0.46280 0.476 0.452 0.072
#> GSM342401 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342403 2 0.9037 -0.30404 0.392 0.472 0.136
#> GSM342405 2 0.8185 0.16834 0.072 0.500 0.428
#> GSM342406 3 0.9594 0.08860 0.360 0.204 0.436
#> GSM342407 3 0.5331 0.77358 0.100 0.076 0.824
#> GSM342410 1 0.9808 0.31085 0.428 0.264 0.308
#> GSM342411 1 0.9919 0.22638 0.392 0.284 0.324
#> GSM342412 2 0.8853 0.00584 0.320 0.540 0.140
#> GSM342413 3 0.9243 0.32528 0.192 0.288 0.520
#> GSM342414 3 0.5331 0.77358 0.100 0.076 0.824
#> GSM342415 1 0.7493 0.42065 0.488 0.476 0.036
#> GSM342416 3 0.9594 0.08860 0.360 0.204 0.436
#> GSM342417 2 0.5024 0.32799 0.220 0.776 0.004
#> GSM342418 2 0.4834 0.33577 0.204 0.792 0.004
#> GSM342419 1 0.8124 0.48149 0.496 0.436 0.068
#> GSM342420 2 0.5024 0.32799 0.220 0.776 0.004
#> GSM342422 1 0.8322 0.48292 0.492 0.428 0.080
#> GSM342423 2 0.8238 0.04187 0.300 0.596 0.104
#> GSM342424 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342425 2 0.3752 0.35971 0.144 0.856 0.000
#> GSM342427 2 0.2297 0.40582 0.036 0.944 0.020
#> GSM342428 2 0.2176 0.40557 0.032 0.948 0.020
#> GSM342429 2 0.1877 0.39799 0.032 0.956 0.012
#> GSM342430 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0829 0.82626 0.012 0.004 0.984
#> GSM342432 3 0.0237 0.82762 0.000 0.004 0.996
#> GSM342433 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342434 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342435 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342436 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0237 0.82762 0.000 0.004 0.996
#> GSM342440 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0237 0.82762 0.000 0.004 0.996
#> GSM342443 2 0.6839 0.41032 0.044 0.684 0.272
#> GSM342445 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.3207 0.79043 0.084 0.012 0.904
#> GSM342448 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342449 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342452 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342457 2 0.8233 0.10830 0.264 0.616 0.120
#> GSM342458 2 0.6491 0.44277 0.052 0.732 0.216
#> GSM342459 2 0.6937 0.40796 0.048 0.680 0.272
#> GSM342460 2 0.6099 0.43647 0.032 0.740 0.228
#> GSM342461 2 0.7916 0.36224 0.100 0.636 0.264
#> GSM342463 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342464 2 0.9899 -0.18251 0.320 0.400 0.280
#> GSM342465 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342466 1 0.8489 0.49350 0.496 0.412 0.092
#> GSM342468 2 0.7011 0.43704 0.092 0.720 0.188
#> GSM342469 1 0.8489 0.49350 0.496 0.412 0.092
#> GSM342470 3 0.9243 0.32528 0.192 0.288 0.520
#> GSM342472 2 0.8068 0.35903 0.088 0.596 0.316
#> GSM342473 2 0.7916 0.36224 0.100 0.636 0.264
#> GSM342474 2 0.7916 0.36224 0.100 0.636 0.264
#> GSM342475 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.6211 0.43615 0.036 0.736 0.228
#> GSM342478 2 0.8464 0.30625 0.132 0.596 0.272
#> GSM342479 1 0.9332 0.38785 0.432 0.404 0.164
#> GSM342480 2 0.6839 0.41032 0.044 0.684 0.272
#> GSM342481 2 0.7851 0.40570 0.100 0.644 0.256
#> GSM342482 2 0.7916 0.36224 0.100 0.636 0.264
#> GSM342483 2 0.8464 0.30625 0.132 0.596 0.272
#> GSM342485 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342486 1 0.9167 0.45608 0.460 0.392 0.148
#> GSM342487 2 0.7430 0.27536 0.036 0.540 0.424
#> GSM342488 2 0.6211 0.43615 0.036 0.736 0.228
#> GSM342489 2 0.6099 0.43647 0.032 0.740 0.228
#> GSM342490 2 0.5202 0.43937 0.044 0.820 0.136
#> GSM342492 3 0.5719 0.70682 0.052 0.156 0.792
#> GSM342493 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342494 2 0.7337 0.38653 0.056 0.644 0.300
#> GSM342497 2 0.7367 0.38743 0.060 0.648 0.292
#> GSM342498 1 0.9759 0.33734 0.444 0.272 0.284
#> GSM342499 1 0.8489 0.49350 0.496 0.412 0.092
#> GSM342500 2 0.7097 0.40021 0.052 0.668 0.280
#> GSM342501 1 0.9332 0.38785 0.432 0.404 0.164
#> GSM342502 2 0.8896 0.23883 0.172 0.564 0.264
#> GSM342503 2 0.9110 0.17614 0.196 0.544 0.260
#> GSM342504 2 0.8464 0.30625 0.132 0.596 0.272
#> GSM342505 3 0.0000 0.82800 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.9759 0.33734 0.444 0.272 0.284
#> GSM342507 1 0.6994 -0.06639 0.556 0.424 0.020
#> GSM342508 1 0.9759 0.33734 0.444 0.272 0.284
#> GSM342509 1 0.7744 -0.14662 0.504 0.448 0.048
#> GSM342510 2 0.7069 0.15048 0.472 0.508 0.020
#> GSM342511 2 0.5366 0.44479 0.016 0.776 0.208
#> GSM342512 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342513 2 0.9950 -0.23037 0.340 0.372 0.288
#> GSM342514 3 0.9243 0.32528 0.192 0.288 0.520
#> GSM342515 1 0.9759 0.33734 0.444 0.272 0.284
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 2 0.7561 0.1352 0.408 0.424 0.004 0.164
#> GSM342323 2 0.6469 0.3569 0.124 0.628 0.000 0.248
#> GSM342325 1 0.6276 0.4540 0.696 0.200 0.028 0.076
#> GSM342326 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342327 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342329 2 0.6054 0.3434 0.088 0.656 0.000 0.256
#> GSM342331 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342334 2 0.7635 -0.1068 0.416 0.464 0.064 0.056
#> GSM342335 2 0.7626 -0.0890 0.412 0.468 0.068 0.052
#> GSM342354 3 0.5033 0.7482 0.124 0.064 0.792 0.020
#> GSM342371 2 0.6770 -0.0395 0.436 0.496 0.040 0.028
#> GSM342380 1 0.6981 0.5682 0.632 0.244 0.088 0.036
#> GSM342382 1 0.6269 0.5820 0.632 0.272 0.096 0.000
#> GSM342399 1 0.6276 0.4540 0.696 0.200 0.028 0.076
#> GSM342402 4 0.8351 -0.0299 0.296 0.312 0.016 0.376
#> GSM342404 2 0.7872 0.4000 0.052 0.580 0.200 0.168
#> GSM342408 3 0.6966 0.6050 0.020 0.180 0.640 0.160
#> GSM342409 1 0.8216 0.2933 0.464 0.336 0.164 0.036
#> GSM342426 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342441 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342444 3 0.0592 0.8186 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342451 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342462 2 0.7386 0.2540 0.264 0.552 0.176 0.008
#> GSM342467 2 0.5319 0.5518 0.040 0.788 0.076 0.096
#> GSM342484 4 0.3756 0.8383 0.052 0.044 0.032 0.872
#> GSM342491 2 0.8652 0.3862 0.224 0.484 0.064 0.228
#> GSM342322 2 0.7561 0.1352 0.408 0.424 0.004 0.164
#> GSM342338 3 0.3812 0.7682 0.116 0.028 0.848 0.008
#> GSM342347 3 0.5914 0.7247 0.120 0.092 0.748 0.040
#> GSM342356 3 0.5388 0.2085 0.456 0.012 0.532 0.000
#> GSM342357 4 0.4425 0.8108 0.160 0.036 0.004 0.800
#> GSM342366 2 0.6553 -0.1512 0.472 0.472 0.032 0.024
#> GSM342385 1 0.6981 0.5682 0.632 0.244 0.088 0.036
#> GSM342421 2 0.7176 0.0164 0.400 0.504 0.068 0.028
#> GSM342437 2 0.9023 0.0798 0.364 0.388 0.108 0.140
#> GSM342454 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342471 1 0.4901 0.5976 0.764 0.188 0.044 0.004
#> GSM342477 2 0.5693 0.5451 0.036 0.756 0.068 0.140
#> GSM342495 2 0.5675 0.5334 0.064 0.752 0.152 0.032
#> GSM342496 1 0.7688 0.4416 0.456 0.284 0.260 0.000
#> GSM342320 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342321 2 0.5810 0.3449 0.072 0.672 0.000 0.256
#> GSM342324 2 0.7312 0.2593 0.188 0.520 0.000 0.292
#> GSM342328 2 0.6469 0.3569 0.124 0.628 0.000 0.248
#> GSM342330 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342332 2 0.4184 0.5239 0.056 0.836 0.008 0.100
#> GSM342333 2 0.7585 -0.0232 0.388 0.492 0.072 0.048
#> GSM342336 2 0.4184 0.5239 0.056 0.836 0.008 0.100
#> GSM342337 3 0.5388 0.2085 0.456 0.012 0.532 0.000
#> GSM342339 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342340 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342341 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342342 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342343 3 0.5388 0.2085 0.456 0.012 0.532 0.000
#> GSM342344 3 0.4850 0.7520 0.124 0.060 0.800 0.016
#> GSM342345 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342346 2 0.9106 0.1052 0.228 0.408 0.284 0.080
#> GSM342348 1 0.8964 0.1478 0.448 0.100 0.292 0.160
#> GSM342349 3 0.6137 0.7203 0.120 0.096 0.736 0.048
#> GSM342350 3 0.5737 0.7346 0.116 0.084 0.760 0.040
#> GSM342351 3 0.5914 0.7247 0.120 0.092 0.748 0.040
#> GSM342352 3 0.5828 0.7272 0.120 0.092 0.752 0.036
#> GSM342353 3 0.4176 0.7656 0.116 0.044 0.832 0.008
#> GSM342355 3 0.5774 0.1256 0.480 0.020 0.496 0.004
#> GSM342358 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342359 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342360 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342361 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342362 4 0.4425 0.8108 0.160 0.036 0.004 0.800
#> GSM342363 4 0.4425 0.8108 0.160 0.036 0.004 0.800
#> GSM342364 1 0.7260 0.4407 0.504 0.356 0.136 0.004
#> GSM342365 2 0.5802 0.5199 0.080 0.764 0.088 0.068
#> GSM342367 1 0.6627 0.5395 0.588 0.300 0.112 0.000
#> GSM342368 1 0.6249 0.2815 0.536 0.420 0.024 0.020
#> GSM342369 2 0.6329 0.5004 0.136 0.724 0.072 0.068
#> GSM342370 2 0.5802 0.5199 0.080 0.764 0.088 0.068
#> GSM342372 2 0.6329 0.5004 0.136 0.724 0.072 0.068
#> GSM342373 2 0.6763 -0.0767 0.444 0.488 0.044 0.024
#> GSM342374 2 0.5802 0.5199 0.080 0.764 0.088 0.068
#> GSM342375 2 0.6095 0.4879 0.152 0.732 0.060 0.056
#> GSM342376 1 0.4923 0.5835 0.732 0.240 0.024 0.004
#> GSM342377 1 0.4776 0.5819 0.732 0.244 0.024 0.000
#> GSM342378 1 0.6644 0.4458 0.692 0.056 0.172 0.080
#> GSM342379 1 0.5036 0.5218 0.696 0.280 0.000 0.024
#> GSM342381 1 0.4781 0.5930 0.752 0.212 0.036 0.000
#> GSM342383 1 0.6981 0.5682 0.632 0.244 0.088 0.036
#> GSM342384 1 0.6521 0.5777 0.620 0.256 0.124 0.000
#> GSM342386 1 0.6613 0.5509 0.596 0.288 0.116 0.000
#> GSM342387 1 0.7650 0.3616 0.624 0.100 0.176 0.100
#> GSM342388 3 0.1994 0.7955 0.052 0.008 0.936 0.004
#> GSM342389 1 0.6613 0.5509 0.596 0.288 0.116 0.000
#> GSM342390 1 0.8964 0.1478 0.448 0.100 0.292 0.160
#> GSM342391 1 0.6900 0.4277 0.672 0.064 0.184 0.080
#> GSM342392 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342393 2 0.7876 0.4023 0.052 0.580 0.196 0.172
#> GSM342394 1 0.6644 0.4458 0.692 0.056 0.172 0.080
#> GSM342395 1 0.6420 0.2762 0.528 0.420 0.032 0.020
#> GSM342396 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342397 3 0.7233 0.6309 0.120 0.176 0.648 0.056
#> GSM342398 1 0.4745 0.5904 0.756 0.208 0.036 0.000
#> GSM342400 1 0.5297 0.5544 0.676 0.292 0.032 0.000
#> GSM342401 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342403 1 0.7470 0.3941 0.520 0.360 0.084 0.036
#> GSM342405 2 0.8310 0.2822 0.052 0.500 0.288 0.160
#> GSM342406 1 0.8964 0.1478 0.448 0.100 0.292 0.160
#> GSM342407 3 0.5737 0.7346 0.116 0.084 0.760 0.040
#> GSM342410 1 0.6900 0.4277 0.672 0.064 0.184 0.080
#> GSM342411 1 0.7650 0.3616 0.624 0.100 0.176 0.100
#> GSM342412 2 0.7811 -0.1111 0.420 0.448 0.064 0.068
#> GSM342413 3 0.9733 0.0659 0.204 0.168 0.340 0.288
#> GSM342414 3 0.5737 0.7346 0.116 0.084 0.760 0.040
#> GSM342415 1 0.4382 0.5218 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.8964 0.1478 0.448 0.100 0.292 0.160
#> GSM342417 2 0.7188 0.2753 0.172 0.536 0.000 0.292
#> GSM342418 2 0.6974 0.3250 0.152 0.564 0.000 0.284
#> GSM342419 1 0.4599 0.5857 0.760 0.212 0.028 0.000
#> GSM342420 2 0.7188 0.2753 0.172 0.536 0.000 0.292
#> GSM342422 1 0.4988 0.5900 0.728 0.236 0.036 0.000
#> GSM342423 2 0.6770 -0.0395 0.436 0.496 0.040 0.028
#> GSM342424 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342425 2 0.5677 0.3404 0.064 0.680 0.000 0.256
#> GSM342427 2 0.3935 0.5305 0.060 0.840 0.000 0.100
#> GSM342428 2 0.3634 0.5309 0.048 0.856 0.000 0.096
#> GSM342429 2 0.4184 0.5239 0.056 0.836 0.008 0.100
#> GSM342430 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342431 3 0.0707 0.8182 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342432 3 0.0376 0.8201 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342433 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342434 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342435 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342436 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342438 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342439 3 0.0376 0.8201 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342440 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342442 3 0.0376 0.8201 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342443 2 0.5710 0.4943 0.072 0.716 0.204 0.008
#> GSM342445 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342446 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342447 3 0.2408 0.7751 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM342448 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342449 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342450 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342452 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342453 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342455 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342456 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342457 2 0.6915 -0.0214 0.424 0.496 0.060 0.020
#> GSM342458 2 0.5504 0.5266 0.056 0.780 0.096 0.068
#> GSM342459 2 0.5901 0.4897 0.084 0.704 0.204 0.008
#> GSM342460 2 0.5582 0.5328 0.064 0.756 0.152 0.028
#> GSM342461 2 0.6397 0.4296 0.144 0.648 0.208 0.000
#> GSM342463 1 0.7688 0.4416 0.456 0.284 0.260 0.000
#> GSM342464 1 0.7753 0.3935 0.432 0.312 0.256 0.000
#> GSM342465 1 0.7688 0.4416 0.456 0.284 0.260 0.000
#> GSM342466 1 0.4901 0.5976 0.764 0.188 0.044 0.004
#> GSM342468 2 0.6021 0.5085 0.112 0.748 0.072 0.068
#> GSM342469 1 0.4901 0.5976 0.764 0.188 0.044 0.004
#> GSM342470 3 0.9733 0.0659 0.204 0.168 0.340 0.288
#> GSM342472 2 0.7798 0.4141 0.044 0.580 0.176 0.200
#> GSM342473 2 0.6397 0.4296 0.144 0.648 0.208 0.000
#> GSM342474 2 0.6397 0.4296 0.144 0.648 0.208 0.000
#> GSM342475 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342476 2 0.5675 0.5334 0.064 0.752 0.152 0.032
#> GSM342478 2 0.7048 0.3421 0.184 0.592 0.220 0.004
#> GSM342479 1 0.7542 0.5238 0.568 0.276 0.124 0.032
#> GSM342480 2 0.5710 0.4943 0.072 0.716 0.204 0.008
#> GSM342481 2 0.6396 0.4991 0.112 0.696 0.168 0.024
#> GSM342482 2 0.6397 0.4296 0.144 0.648 0.208 0.000
#> GSM342483 2 0.7048 0.3421 0.184 0.592 0.220 0.004
#> GSM342485 1 0.7674 0.4452 0.460 0.280 0.260 0.000
#> GSM342486 1 0.6134 0.5914 0.660 0.236 0.104 0.000
#> GSM342487 2 0.6579 0.3798 0.028 0.596 0.332 0.044
#> GSM342488 2 0.5675 0.5334 0.064 0.752 0.152 0.032
#> GSM342489 2 0.5582 0.5328 0.064 0.756 0.152 0.028
#> GSM342490 2 0.5142 0.5512 0.028 0.792 0.068 0.112
#> GSM342492 3 0.6971 0.6138 0.032 0.156 0.656 0.156
#> GSM342493 1 0.7674 0.4452 0.460 0.280 0.260 0.000
#> GSM342494 2 0.7366 0.4450 0.052 0.636 0.160 0.152
#> GSM342497 2 0.7371 0.4446 0.048 0.632 0.152 0.168
#> GSM342498 1 0.6603 0.4485 0.696 0.056 0.168 0.080
#> GSM342499 1 0.4901 0.5976 0.764 0.188 0.044 0.004
#> GSM342500 2 0.5833 0.4807 0.084 0.700 0.212 0.004
#> GSM342501 1 0.7542 0.5238 0.568 0.276 0.124 0.032
#> GSM342502 2 0.7274 0.2290 0.240 0.540 0.220 0.000
#> GSM342503 2 0.7445 0.1449 0.268 0.508 0.224 0.000
#> GSM342504 2 0.7048 0.3421 0.184 0.592 0.220 0.004
#> GSM342505 3 0.0188 0.8209 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342506 1 0.6603 0.4485 0.696 0.056 0.168 0.080
#> GSM342507 4 0.4425 0.8108 0.160 0.036 0.004 0.800
#> GSM342508 1 0.6603 0.4485 0.696 0.056 0.168 0.080
#> GSM342509 4 0.3756 0.8383 0.052 0.044 0.032 0.872
#> GSM342510 4 0.1576 0.8545 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM342511 2 0.5000 0.5484 0.036 0.796 0.128 0.040
#> GSM342512 1 0.7688 0.4416 0.456 0.284 0.260 0.000
#> GSM342513 1 0.7688 0.4416 0.456 0.284 0.260 0.000
#> GSM342514 3 0.9733 0.0659 0.204 0.168 0.340 0.288
#> GSM342515 1 0.6603 0.4485 0.696 0.056 0.168 0.080
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.5589 0.3258 0.036 0.328 0.004 0.608 0.024
#> GSM342323 4 0.2960 0.5750 0.008 0.080 0.000 0.876 0.036
#> GSM342325 2 0.5823 0.2879 0.064 0.636 0.012 0.272 0.016
#> GSM342326 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342327 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342329 4 0.2464 0.5799 0.004 0.048 0.000 0.904 0.044
#> GSM342331 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342334 2 0.6914 0.3170 0.228 0.588 0.028 0.128 0.028
#> GSM342335 2 0.6865 0.3112 0.240 0.588 0.028 0.116 0.028
#> GSM342354 3 0.5379 0.6966 0.144 0.088 0.732 0.016 0.020
#> GSM342371 2 0.6232 0.3460 0.200 0.640 0.016 0.128 0.016
#> GSM342380 2 0.5359 0.4845 0.048 0.756 0.080 0.096 0.020
#> GSM342382 2 0.3305 0.5224 0.028 0.864 0.088 0.008 0.012
#> GSM342399 2 0.5823 0.2879 0.064 0.636 0.012 0.272 0.016
#> GSM342402 4 0.7469 0.0364 0.012 0.324 0.012 0.328 0.324
#> GSM342404 1 0.8067 0.3035 0.516 0.208 0.040 0.136 0.100
#> GSM342408 3 0.6617 0.4268 0.380 0.012 0.500 0.024 0.084
#> GSM342409 2 0.7416 0.3102 0.180 0.588 0.120 0.072 0.040
#> GSM342426 4 0.1996 0.5832 0.004 0.032 0.000 0.928 0.036
#> GSM342441 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0404 0.8048 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.7721 0.2253 0.172 0.516 0.108 0.196 0.008
#> GSM342467 4 0.7359 0.2150 0.260 0.220 0.008 0.480 0.032
#> GSM342484 5 0.3280 0.8883 0.024 0.044 0.020 0.032 0.880
#> GSM342491 4 0.8575 0.2176 0.180 0.256 0.024 0.408 0.132
#> GSM342322 4 0.5589 0.3258 0.036 0.328 0.004 0.608 0.024
#> GSM342338 3 0.4070 0.7443 0.080 0.080 0.820 0.004 0.016
#> GSM342347 3 0.6029 0.6469 0.196 0.096 0.668 0.020 0.020
#> GSM342356 3 0.5294 0.3101 0.040 0.432 0.524 0.000 0.004
#> GSM342357 5 0.3356 0.8556 0.012 0.120 0.000 0.024 0.844
#> GSM342366 2 0.5856 0.3827 0.180 0.676 0.012 0.116 0.016
#> GSM342385 2 0.5359 0.4845 0.048 0.756 0.080 0.096 0.020
#> GSM342421 2 0.6623 0.3168 0.212 0.608 0.032 0.136 0.012
#> GSM342437 1 0.7896 -0.0249 0.436 0.128 0.072 0.340 0.024
#> GSM342454 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342471 2 0.3853 0.4726 0.084 0.840 0.024 0.044 0.008
#> GSM342477 4 0.7093 0.3207 0.264 0.152 0.004 0.532 0.048
#> GSM342495 4 0.8102 0.0587 0.288 0.280 0.068 0.356 0.008
#> GSM342496 2 0.5346 0.4673 0.052 0.696 0.224 0.016 0.012
#> GSM342320 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342321 4 0.1997 0.5838 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> GSM342324 4 0.5641 0.4976 0.008 0.152 0.000 0.660 0.180
#> GSM342328 4 0.2960 0.5750 0.008 0.080 0.000 0.876 0.036
#> GSM342330 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342332 4 0.5617 0.4195 0.108 0.216 0.004 0.664 0.008
#> GSM342333 2 0.7021 0.2638 0.264 0.564 0.032 0.112 0.028
#> GSM342336 4 0.5617 0.4195 0.108 0.216 0.004 0.664 0.008
#> GSM342337 3 0.5294 0.3101 0.040 0.432 0.524 0.000 0.004
#> GSM342339 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.5294 0.3101 0.040 0.432 0.524 0.000 0.004
#> GSM342344 3 0.5111 0.7091 0.128 0.088 0.752 0.012 0.020
#> GSM342345 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342346 2 0.8848 -0.0145 0.272 0.372 0.212 0.092 0.052
#> GSM342348 1 0.8304 0.1704 0.420 0.272 0.184 0.016 0.108
#> GSM342349 3 0.6173 0.6367 0.204 0.096 0.656 0.020 0.024
#> GSM342350 3 0.5835 0.6645 0.184 0.088 0.688 0.020 0.020
#> GSM342351 3 0.6029 0.6469 0.196 0.096 0.668 0.020 0.020
#> GSM342352 3 0.5849 0.6533 0.196 0.096 0.676 0.016 0.016
#> GSM342353 3 0.4344 0.7358 0.100 0.080 0.800 0.004 0.016
#> GSM342355 3 0.5633 0.2442 0.044 0.460 0.484 0.004 0.008
#> GSM342358 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342359 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342360 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342361 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342362 5 0.3356 0.8556 0.012 0.120 0.000 0.024 0.844
#> GSM342363 5 0.3356 0.8556 0.012 0.120 0.000 0.024 0.844
#> GSM342364 2 0.5492 0.4911 0.088 0.740 0.108 0.052 0.012
#> GSM342365 1 0.7148 0.1825 0.424 0.300 0.004 0.260 0.012
#> GSM342367 2 0.4218 0.5208 0.036 0.820 0.100 0.028 0.016
#> GSM342368 2 0.5281 0.4358 0.148 0.732 0.012 0.092 0.016
#> GSM342369 1 0.7298 0.1692 0.372 0.356 0.008 0.252 0.012
#> GSM342370 1 0.7148 0.1825 0.424 0.300 0.004 0.260 0.012
#> GSM342372 1 0.7298 0.1692 0.372 0.356 0.008 0.252 0.012
#> GSM342373 2 0.6054 0.3560 0.200 0.652 0.016 0.120 0.012
#> GSM342374 1 0.7148 0.1825 0.424 0.300 0.004 0.260 0.012
#> GSM342375 2 0.7087 -0.2071 0.368 0.376 0.004 0.244 0.008
#> GSM342376 2 0.2043 0.5024 0.048 0.928 0.008 0.004 0.012
#> GSM342377 2 0.1883 0.5035 0.048 0.932 0.008 0.000 0.012
#> GSM342378 2 0.6605 0.1260 0.372 0.484 0.120 0.000 0.024
#> GSM342379 2 0.4123 0.4862 0.084 0.816 0.000 0.072 0.028
#> GSM342381 2 0.3762 0.4870 0.064 0.852 0.024 0.044 0.016
#> GSM342383 2 0.5359 0.4845 0.048 0.756 0.080 0.096 0.020
#> GSM342384 2 0.3810 0.5208 0.032 0.832 0.112 0.008 0.016
#> GSM342386 2 0.4105 0.5209 0.032 0.824 0.104 0.024 0.016
#> GSM342387 1 0.7393 -0.0276 0.432 0.392 0.116 0.028 0.032
#> GSM342388 3 0.1787 0.7802 0.016 0.044 0.936 0.000 0.004
#> GSM342389 2 0.4105 0.5209 0.032 0.824 0.104 0.024 0.016
#> GSM342390 1 0.8304 0.1704 0.420 0.272 0.184 0.016 0.108
#> GSM342391 2 0.6715 0.0962 0.380 0.464 0.132 0.000 0.024
#> GSM342392 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342393 1 0.8035 0.3016 0.516 0.208 0.036 0.140 0.100
#> GSM342394 2 0.6605 0.1260 0.372 0.484 0.120 0.000 0.024
#> GSM342395 2 0.5331 0.4304 0.148 0.728 0.016 0.096 0.012
#> GSM342396 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.7051 0.5075 0.264 0.108 0.564 0.036 0.028
#> GSM342398 2 0.3905 0.4817 0.064 0.844 0.024 0.052 0.016
#> GSM342400 2 0.2578 0.5142 0.024 0.912 0.020 0.032 0.012
#> GSM342401 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342403 2 0.6673 0.4226 0.136 0.660 0.048 0.112 0.044
#> GSM342405 1 0.8530 0.2893 0.504 0.152 0.132 0.120 0.092
#> GSM342406 1 0.8304 0.1704 0.420 0.272 0.184 0.016 0.108
#> GSM342407 3 0.5835 0.6645 0.184 0.088 0.688 0.020 0.020
#> GSM342410 2 0.6715 0.0962 0.380 0.464 0.132 0.000 0.024
#> GSM342411 1 0.7393 -0.0276 0.432 0.392 0.116 0.028 0.032
#> GSM342412 2 0.7131 0.3091 0.228 0.568 0.028 0.144 0.032
#> GSM342413 1 0.6195 0.1064 0.608 0.000 0.188 0.016 0.188
#> GSM342414 3 0.5835 0.6645 0.184 0.088 0.688 0.020 0.020
#> GSM342415 2 0.3585 0.4965 0.088 0.844 0.000 0.052 0.016
#> GSM342416 1 0.8304 0.1704 0.420 0.272 0.184 0.016 0.108
#> GSM342417 4 0.5273 0.5154 0.004 0.140 0.000 0.692 0.164
#> GSM342418 4 0.5662 0.5072 0.004 0.184 0.000 0.648 0.164
#> GSM342419 2 0.3646 0.4751 0.068 0.852 0.012 0.056 0.012
#> GSM342420 4 0.5273 0.5154 0.004 0.140 0.000 0.692 0.164
#> GSM342422 2 0.2627 0.5034 0.052 0.904 0.024 0.004 0.016
#> GSM342423 2 0.6232 0.3460 0.200 0.640 0.016 0.128 0.016
#> GSM342424 4 0.1836 0.5833 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> GSM342425 4 0.1996 0.5832 0.004 0.032 0.000 0.928 0.036
#> GSM342427 4 0.5757 0.3900 0.140 0.228 0.000 0.628 0.004
#> GSM342428 4 0.5592 0.3933 0.144 0.220 0.000 0.636 0.000
#> GSM342429 4 0.5617 0.4195 0.108 0.216 0.004 0.664 0.008
#> GSM342430 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0510 0.8046 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0566 0.8022 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.5742 0.4276 0.404 0.000 0.508 0.000 0.088
#> GSM342434 3 0.5742 0.4276 0.404 0.000 0.508 0.000 0.088
#> GSM342435 3 0.5742 0.4276 0.404 0.000 0.508 0.000 0.088
#> GSM342436 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0566 0.8022 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0290 0.8055 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0566 0.8022 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.8390 -0.0729 0.284 0.312 0.116 0.284 0.004
#> GSM342445 3 0.0290 0.8055 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.2179 0.7581 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004
#> GSM342448 3 0.5742 0.4276 0.404 0.000 0.508 0.000 0.088
#> GSM342449 3 0.0290 0.8055 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.5742 0.4276 0.404 0.000 0.508 0.000 0.088
#> GSM342452 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342456 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342457 2 0.6255 0.3488 0.160 0.648 0.024 0.156 0.012
#> GSM342458 1 0.7219 0.1656 0.436 0.272 0.008 0.272 0.012
#> GSM342459 2 0.8388 -0.0610 0.284 0.316 0.116 0.280 0.004
#> GSM342460 4 0.8016 0.0481 0.288 0.292 0.068 0.348 0.004
#> GSM342461 2 0.8437 0.0628 0.240 0.376 0.128 0.248 0.008
#> GSM342463 2 0.5143 0.4684 0.052 0.704 0.224 0.008 0.012
#> GSM342464 2 0.5716 0.4565 0.056 0.680 0.220 0.032 0.012
#> GSM342465 2 0.5143 0.4684 0.052 0.704 0.224 0.008 0.012
#> GSM342466 2 0.3853 0.4726 0.084 0.840 0.024 0.044 0.008
#> GSM342468 1 0.7177 0.1785 0.400 0.332 0.004 0.252 0.012
#> GSM342469 2 0.3853 0.4726 0.084 0.840 0.024 0.044 0.008
#> GSM342470 1 0.6195 0.1064 0.608 0.000 0.188 0.016 0.188
#> GSM342472 1 0.8064 0.2371 0.500 0.172 0.020 0.184 0.124
#> GSM342473 2 0.8437 0.0628 0.240 0.376 0.128 0.248 0.008
#> GSM342474 2 0.8437 0.0628 0.240 0.376 0.128 0.248 0.008
#> GSM342475 3 0.0290 0.8055 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342476 4 0.8096 0.0570 0.288 0.276 0.068 0.360 0.008
#> GSM342478 2 0.8451 0.1570 0.188 0.420 0.168 0.212 0.012
#> GSM342479 2 0.6130 0.4895 0.072 0.704 0.100 0.100 0.024
#> GSM342480 2 0.8390 -0.0729 0.284 0.312 0.116 0.284 0.004
#> GSM342481 1 0.8182 0.0102 0.320 0.304 0.064 0.300 0.012
#> GSM342482 2 0.8437 0.0628 0.240 0.376 0.128 0.248 0.008
#> GSM342483 2 0.8451 0.1570 0.188 0.420 0.168 0.212 0.012
#> GSM342485 2 0.5304 0.4693 0.056 0.696 0.224 0.008 0.016
#> GSM342486 2 0.4086 0.5205 0.044 0.828 0.092 0.020 0.016
#> GSM342487 1 0.8768 0.1267 0.352 0.148 0.216 0.264 0.020
#> GSM342488 4 0.8102 0.0587 0.288 0.280 0.068 0.356 0.008
#> GSM342489 4 0.8016 0.0481 0.288 0.292 0.068 0.348 0.004
#> GSM342490 4 0.7298 0.2564 0.272 0.196 0.004 0.488 0.040
#> GSM342492 3 0.5736 0.4321 0.400 0.000 0.512 0.000 0.088
#> GSM342493 2 0.5304 0.4693 0.056 0.696 0.224 0.008 0.016
#> GSM342494 1 0.7421 0.2831 0.528 0.252 0.008 0.128 0.084
#> GSM342497 1 0.7591 0.2648 0.508 0.236 0.004 0.156 0.096
#> GSM342498 2 0.6493 0.1333 0.372 0.492 0.116 0.000 0.020
#> GSM342499 2 0.3853 0.4726 0.084 0.840 0.024 0.044 0.008
#> GSM342500 2 0.8503 -0.0524 0.288 0.316 0.120 0.268 0.008
#> GSM342501 2 0.6130 0.4895 0.072 0.704 0.100 0.100 0.024
#> GSM342502 2 0.8188 0.2370 0.156 0.468 0.172 0.192 0.012
#> GSM342503 2 0.7953 0.2873 0.128 0.500 0.184 0.176 0.012
#> GSM342504 2 0.8451 0.1570 0.188 0.420 0.168 0.212 0.012
#> GSM342505 3 0.0162 0.8059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342506 2 0.6493 0.1333 0.372 0.492 0.116 0.000 0.020
#> GSM342507 5 0.3356 0.8556 0.012 0.120 0.000 0.024 0.844
#> GSM342508 2 0.6493 0.1333 0.372 0.492 0.116 0.000 0.020
#> GSM342509 5 0.3280 0.8883 0.024 0.044 0.020 0.032 0.880
#> GSM342510 5 0.1907 0.9078 0.044 0.000 0.000 0.028 0.928
#> GSM342511 4 0.7733 0.0708 0.312 0.232 0.044 0.404 0.008
#> GSM342512 2 0.5143 0.4684 0.052 0.704 0.224 0.008 0.012
#> GSM342513 2 0.5143 0.4684 0.052 0.704 0.224 0.008 0.012
#> GSM342514 1 0.6195 0.1064 0.608 0.000 0.188 0.016 0.188
#> GSM342515 2 0.6493 0.1333 0.372 0.492 0.116 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.5220 0.45744 0.024 0.040 0.000 0.612 0.312 0.012
#> GSM342323 4 0.2860 0.72657 0.012 0.064 0.000 0.876 0.040 0.008
#> GSM342325 5 0.4669 0.28770 0.024 0.028 0.000 0.276 0.668 0.004
#> GSM342326 4 0.1411 0.73843 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM342327 4 0.1411 0.73843 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM342329 4 0.2291 0.73340 0.008 0.064 0.000 0.904 0.016 0.008
#> GSM342331 4 0.1411 0.73843 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM342334 2 0.7428 0.19233 0.128 0.448 0.028 0.052 0.320 0.024
#> GSM342335 2 0.7248 0.22329 0.128 0.472 0.028 0.040 0.308 0.024
#> GSM342354 3 0.5458 0.67602 0.112 0.128 0.700 0.020 0.036 0.004
#> GSM342371 2 0.5863 0.26257 0.084 0.564 0.008 0.020 0.316 0.008
#> GSM342380 5 0.6154 0.52206 0.028 0.168 0.060 0.080 0.652 0.012
#> GSM342382 5 0.5103 0.49073 0.012 0.284 0.072 0.004 0.628 0.000
#> GSM342399 5 0.4669 0.28770 0.024 0.028 0.000 0.276 0.668 0.004
#> GSM342402 6 0.8185 -0.11039 0.036 0.096 0.012 0.300 0.244 0.312
#> GSM342404 2 0.6946 0.42764 0.244 0.544 0.012 0.040 0.044 0.116
#> GSM342408 3 0.7637 0.41324 0.252 0.144 0.460 0.020 0.016 0.108
#> GSM342409 5 0.7687 -0.02318 0.100 0.364 0.104 0.032 0.384 0.016
#> GSM342426 4 0.1588 0.73730 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM342441 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0508 0.79494 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> GSM342451 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.6023 0.41308 0.020 0.616 0.072 0.064 0.228 0.000
#> GSM342467 2 0.6835 0.22818 0.076 0.520 0.004 0.288 0.084 0.028
#> GSM342484 6 0.2144 0.83333 0.024 0.008 0.016 0.008 0.020 0.924
#> GSM342491 4 0.8675 0.17832 0.056 0.244 0.016 0.308 0.228 0.148
#> GSM342322 4 0.5204 0.45963 0.024 0.040 0.000 0.616 0.308 0.012
#> GSM342338 3 0.4134 0.72906 0.076 0.068 0.808 0.020 0.024 0.004
#> GSM342347 3 0.6133 0.62765 0.144 0.160 0.632 0.020 0.036 0.008
#> GSM342356 3 0.4858 0.26807 0.020 0.012 0.524 0.008 0.436 0.000
#> GSM342357 6 0.2804 0.79096 0.024 0.000 0.000 0.004 0.120 0.852
#> GSM342366 2 0.5674 0.19826 0.084 0.552 0.004 0.012 0.340 0.008
#> GSM342385 5 0.6154 0.52206 0.028 0.168 0.060 0.080 0.652 0.012
#> GSM342421 2 0.6022 0.32785 0.084 0.596 0.020 0.020 0.268 0.012
#> GSM342437 1 0.7948 0.28784 0.388 0.168 0.016 0.236 0.184 0.008
#> GSM342454 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 5 0.2487 0.47992 0.028 0.076 0.004 0.004 0.888 0.000
#> GSM342477 2 0.6381 0.09450 0.068 0.504 0.000 0.352 0.032 0.044
#> GSM342495 2 0.4898 0.53471 0.028 0.732 0.048 0.160 0.032 0.000
#> GSM342496 5 0.6255 0.25937 0.016 0.372 0.172 0.004 0.436 0.000
#> GSM342320 4 0.1411 0.73843 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM342321 4 0.1699 0.73848 0.004 0.060 0.000 0.928 0.004 0.004
#> GSM342324 4 0.6101 0.59501 0.024 0.080 0.000 0.640 0.092 0.164
#> GSM342328 4 0.2860 0.72657 0.012 0.064 0.000 0.876 0.040 0.008
#> GSM342330 4 0.1411 0.73843 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM342332 4 0.5958 0.28515 0.024 0.368 0.000 0.484 0.124 0.000
#> GSM342333 2 0.7022 0.25802 0.136 0.472 0.024 0.028 0.320 0.020
#> GSM342336 4 0.5958 0.28515 0.024 0.368 0.000 0.484 0.124 0.000
#> GSM342337 3 0.4858 0.26807 0.020 0.012 0.524 0.008 0.436 0.000
#> GSM342339 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342340 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342341 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342342 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342343 3 0.4858 0.26807 0.020 0.012 0.524 0.008 0.436 0.000
#> GSM342344 3 0.5168 0.69175 0.096 0.116 0.728 0.020 0.036 0.004
#> GSM342345 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342346 2 0.8536 0.24779 0.128 0.412 0.208 0.056 0.160 0.036
#> GSM342348 1 0.5404 0.69378 0.644 0.016 0.032 0.016 0.268 0.024
#> GSM342349 3 0.6288 0.61828 0.148 0.164 0.620 0.020 0.036 0.012
#> GSM342350 3 0.5903 0.64324 0.144 0.148 0.652 0.020 0.028 0.008
#> GSM342351 3 0.6133 0.62765 0.144 0.160 0.632 0.020 0.036 0.008
#> GSM342352 3 0.5999 0.63398 0.144 0.160 0.640 0.020 0.028 0.008
#> GSM342353 3 0.4396 0.72130 0.080 0.084 0.788 0.020 0.024 0.004
#> GSM342355 3 0.5046 0.18883 0.020 0.016 0.484 0.012 0.468 0.000
#> GSM342358 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342359 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342360 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342361 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342362 6 0.2804 0.79096 0.024 0.000 0.000 0.004 0.120 0.852
#> GSM342363 6 0.2804 0.79096 0.024 0.000 0.000 0.004 0.120 0.852
#> GSM342364 2 0.5591 -0.22521 0.016 0.460 0.076 0.004 0.444 0.000
#> GSM342365 2 0.4915 0.56537 0.136 0.728 0.000 0.096 0.012 0.028
#> GSM342367 5 0.5228 0.40048 0.012 0.360 0.072 0.000 0.556 0.000
#> GSM342368 2 0.5805 0.00436 0.084 0.476 0.004 0.012 0.416 0.008
#> GSM342369 2 0.5686 0.56979 0.128 0.692 0.004 0.096 0.052 0.028
#> GSM342370 2 0.4915 0.56537 0.136 0.728 0.000 0.096 0.012 0.028
#> GSM342372 2 0.5786 0.56901 0.128 0.684 0.004 0.100 0.056 0.028
#> GSM342373 2 0.5647 0.27346 0.084 0.588 0.008 0.012 0.300 0.008
#> GSM342374 2 0.4915 0.56537 0.136 0.728 0.000 0.096 0.012 0.028
#> GSM342375 2 0.5587 0.56819 0.124 0.700 0.004 0.092 0.056 0.024
#> GSM342376 5 0.4101 0.53255 0.024 0.232 0.004 0.012 0.728 0.000
#> GSM342377 5 0.4175 0.52848 0.024 0.244 0.004 0.012 0.716 0.000
#> GSM342378 5 0.4682 -0.29428 0.416 0.016 0.020 0.000 0.548 0.000
#> GSM342379 5 0.6056 0.39566 0.068 0.284 0.004 0.052 0.580 0.012
#> GSM342381 5 0.3585 0.55466 0.008 0.136 0.012 0.032 0.812 0.000
#> GSM342383 5 0.6154 0.52206 0.028 0.168 0.060 0.080 0.652 0.012
#> GSM342384 5 0.5315 0.48094 0.016 0.292 0.080 0.004 0.608 0.000
#> GSM342386 5 0.5197 0.41610 0.012 0.348 0.072 0.000 0.568 0.000
#> GSM342387 1 0.5932 0.46845 0.464 0.024 0.020 0.028 0.444 0.020
#> GSM342388 3 0.1429 0.77290 0.004 0.004 0.940 0.000 0.052 0.000
#> GSM342389 5 0.5197 0.41610 0.012 0.348 0.072 0.000 0.568 0.000
#> GSM342390 1 0.5404 0.69378 0.644 0.016 0.032 0.016 0.268 0.024
#> GSM342391 5 0.4775 -0.34002 0.432 0.016 0.024 0.000 0.528 0.000
#> GSM342392 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342393 2 0.6914 0.42643 0.244 0.544 0.008 0.044 0.044 0.116
#> GSM342394 5 0.4682 -0.29428 0.416 0.016 0.020 0.000 0.548 0.000
#> GSM342395 2 0.5667 0.03792 0.080 0.496 0.008 0.004 0.404 0.008
#> GSM342396 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342397 3 0.6902 0.51872 0.152 0.236 0.536 0.024 0.036 0.016
#> GSM342398 5 0.3625 0.54245 0.008 0.120 0.012 0.044 0.816 0.000
#> GSM342400 5 0.4004 0.48655 0.004 0.296 0.012 0.004 0.684 0.000
#> GSM342401 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342403 5 0.7239 0.15897 0.084 0.352 0.036 0.064 0.448 0.016
#> GSM342405 2 0.7948 0.31923 0.244 0.468 0.100 0.028 0.052 0.108
#> GSM342406 1 0.5404 0.69378 0.644 0.016 0.032 0.016 0.268 0.024
#> GSM342407 3 0.5903 0.64324 0.144 0.148 0.652 0.020 0.028 0.008
#> GSM342410 5 0.4775 -0.34002 0.432 0.016 0.024 0.000 0.528 0.000
#> GSM342411 1 0.5932 0.46845 0.464 0.024 0.020 0.028 0.444 0.020
#> GSM342412 2 0.7695 0.16205 0.128 0.432 0.028 0.072 0.312 0.028
#> GSM342413 1 0.4349 0.53947 0.780 0.032 0.036 0.016 0.004 0.132
#> GSM342414 3 0.5903 0.64324 0.144 0.148 0.652 0.020 0.028 0.008
#> GSM342415 5 0.5729 0.39874 0.076 0.304 0.004 0.040 0.576 0.000
#> GSM342416 1 0.5404 0.69378 0.644 0.016 0.032 0.016 0.268 0.024
#> GSM342417 4 0.5713 0.61897 0.020 0.080 0.000 0.676 0.076 0.148
#> GSM342418 4 0.6572 0.57017 0.020 0.132 0.000 0.592 0.104 0.152
#> GSM342419 5 0.3571 0.52592 0.020 0.116 0.000 0.048 0.816 0.000
#> GSM342420 4 0.5713 0.61897 0.020 0.080 0.000 0.676 0.076 0.148
#> GSM342422 5 0.3736 0.55517 0.008 0.200 0.012 0.012 0.768 0.000
#> GSM342423 2 0.5863 0.26257 0.084 0.564 0.008 0.020 0.316 0.008
#> GSM342424 4 0.1471 0.73845 0.000 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> GSM342425 4 0.1588 0.73730 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM342427 4 0.6213 0.18351 0.032 0.396 0.000 0.448 0.120 0.004
#> GSM342428 4 0.5994 0.22351 0.028 0.396 0.000 0.460 0.116 0.000
#> GSM342429 4 0.5958 0.28515 0.024 0.368 0.000 0.484 0.124 0.000
#> GSM342430 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0363 0.79468 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342432 3 0.0547 0.79289 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.7137 0.40058 0.284 0.116 0.468 0.016 0.000 0.116
#> GSM342434 3 0.7148 0.39545 0.288 0.116 0.464 0.016 0.000 0.116
#> GSM342435 3 0.7137 0.40058 0.284 0.116 0.468 0.016 0.000 0.116
#> GSM342436 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0547 0.79289 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0363 0.79629 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0547 0.79289 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.3864 0.57764 0.008 0.808 0.076 0.092 0.016 0.000
#> GSM342445 3 0.0363 0.79629 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.2213 0.74285 0.004 0.008 0.888 0.000 0.100 0.000
#> GSM342448 3 0.7137 0.40058 0.284 0.116 0.468 0.016 0.000 0.116
#> GSM342449 3 0.0363 0.79629 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.7137 0.40058 0.284 0.116 0.468 0.016 0.000 0.116
#> GSM342452 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342457 2 0.6459 0.20852 0.084 0.496 0.016 0.048 0.352 0.004
#> GSM342458 2 0.4742 0.55622 0.140 0.724 0.000 0.108 0.000 0.028
#> GSM342459 2 0.3981 0.57814 0.008 0.804 0.076 0.088 0.024 0.000
#> GSM342460 2 0.4555 0.54215 0.028 0.752 0.048 0.156 0.016 0.000
#> GSM342461 2 0.4443 0.55295 0.000 0.768 0.084 0.072 0.076 0.000
#> GSM342463 5 0.6143 0.24661 0.016 0.396 0.172 0.000 0.416 0.000
#> GSM342464 2 0.6343 -0.21778 0.016 0.416 0.168 0.008 0.392 0.000
#> GSM342465 5 0.6140 0.25563 0.016 0.388 0.172 0.000 0.424 0.000
#> GSM342466 5 0.2487 0.47992 0.028 0.076 0.004 0.004 0.888 0.000
#> GSM342468 2 0.5194 0.57338 0.124 0.720 0.000 0.096 0.032 0.028
#> GSM342469 5 0.2487 0.47992 0.028 0.076 0.004 0.004 0.888 0.000
#> GSM342470 1 0.4349 0.53947 0.780 0.032 0.036 0.016 0.004 0.132
#> GSM342472 2 0.7698 0.35261 0.236 0.476 0.008 0.088 0.056 0.136
#> GSM342473 2 0.4443 0.55295 0.000 0.768 0.084 0.072 0.076 0.000
#> GSM342474 2 0.4443 0.55295 0.000 0.768 0.084 0.072 0.076 0.000
#> GSM342475 3 0.0603 0.79582 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.5062 0.52971 0.028 0.724 0.048 0.156 0.044 0.000
#> GSM342478 2 0.5504 0.48748 0.004 0.680 0.132 0.072 0.112 0.000
#> GSM342479 5 0.6615 0.46205 0.020 0.252 0.072 0.076 0.568 0.012
#> GSM342480 2 0.3864 0.57764 0.008 0.808 0.076 0.092 0.016 0.000
#> GSM342481 2 0.6217 0.50238 0.064 0.644 0.044 0.116 0.132 0.000
#> GSM342482 2 0.4443 0.55295 0.000 0.768 0.084 0.072 0.076 0.000
#> GSM342483 2 0.5504 0.48748 0.004 0.680 0.132 0.072 0.112 0.000
#> GSM342485 5 0.6141 0.25569 0.016 0.392 0.172 0.000 0.420 0.000
#> GSM342486 5 0.5057 0.52135 0.016 0.256 0.064 0.008 0.656 0.000
#> GSM342487 2 0.7166 0.36647 0.112 0.540 0.192 0.104 0.052 0.000
#> GSM342488 2 0.4966 0.53279 0.028 0.728 0.048 0.160 0.036 0.000
#> GSM342489 2 0.4520 0.54286 0.028 0.756 0.048 0.152 0.016 0.000
#> GSM342490 2 0.6136 0.25602 0.064 0.564 0.000 0.300 0.036 0.036
#> GSM342492 3 0.7126 0.40497 0.280 0.116 0.472 0.016 0.000 0.116
#> GSM342493 5 0.6141 0.25569 0.016 0.392 0.172 0.000 0.420 0.000
#> GSM342494 2 0.5475 0.49327 0.220 0.636 0.000 0.036 0.000 0.108
#> GSM342497 2 0.6433 0.45597 0.232 0.572 0.000 0.068 0.016 0.112
#> GSM342498 5 0.4669 -0.27794 0.408 0.016 0.020 0.000 0.556 0.000
#> GSM342499 5 0.2487 0.47992 0.028 0.076 0.004 0.004 0.888 0.000
#> GSM342500 2 0.3932 0.57972 0.008 0.808 0.080 0.080 0.024 0.000
#> GSM342501 5 0.6615 0.46205 0.020 0.252 0.072 0.076 0.568 0.012
#> GSM342502 2 0.5938 0.41483 0.004 0.628 0.132 0.068 0.168 0.000
#> GSM342503 2 0.6223 0.34944 0.008 0.592 0.140 0.060 0.200 0.000
#> GSM342504 2 0.5504 0.48748 0.004 0.680 0.132 0.072 0.112 0.000
#> GSM342505 3 0.0260 0.79647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 5 0.4669 -0.27794 0.408 0.016 0.020 0.000 0.556 0.000
#> GSM342507 6 0.2804 0.79096 0.024 0.000 0.000 0.004 0.120 0.852
#> GSM342508 5 0.4669 -0.27794 0.408 0.016 0.020 0.000 0.556 0.000
#> GSM342509 6 0.2144 0.83333 0.024 0.008 0.016 0.008 0.020 0.924
#> GSM342510 6 0.0405 0.84820 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM342511 2 0.6566 0.33241 0.064 0.584 0.032 0.200 0.120 0.000
#> GSM342512 5 0.6140 0.25563 0.016 0.388 0.172 0.000 0.424 0.000
#> GSM342513 5 0.6143 0.24661 0.016 0.396 0.172 0.000 0.416 0.000
#> GSM342514 1 0.4349 0.53947 0.780 0.032 0.036 0.016 0.004 0.132
#> GSM342515 5 0.4669 -0.27794 0.408 0.016 0.020 0.000 0.556 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:hclust 156 0.5069 2
#> CV:hclust 49 NA 3
#> CV:hclust 106 0.9922 4
#> CV:hclust 79 0.1108 5
#> CV:hclust 109 0.0727 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.283 0.658 0.790 0.4452 0.591 0.591
#> 3 3 0.450 0.514 0.752 0.4435 0.763 0.606
#> 4 4 0.557 0.589 0.738 0.1264 0.862 0.650
#> 5 5 0.611 0.500 0.689 0.0699 0.884 0.632
#> 6 6 0.649 0.464 0.658 0.0449 0.898 0.609
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342323 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342326 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.2778 0.730 0.048 0.952
#> GSM342335 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342354 1 0.7528 0.686 0.784 0.216
#> GSM342371 2 0.5408 0.722 0.124 0.876
#> GSM342380 2 0.9358 0.589 0.352 0.648
#> GSM342382 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342399 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342402 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342404 2 0.5178 0.719 0.116 0.884
#> GSM342408 1 0.9286 0.582 0.656 0.344
#> GSM342409 2 0.5737 0.721 0.136 0.864
#> GSM342426 2 0.0672 0.721 0.008 0.992
#> GSM342441 1 0.8081 0.660 0.752 0.248
#> GSM342444 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342467 2 0.5629 0.713 0.132 0.868
#> GSM342484 2 0.9608 0.567 0.384 0.616
#> GSM342491 2 0.2778 0.713 0.048 0.952
#> GSM342322 2 0.9129 0.594 0.328 0.672
#> GSM342338 1 0.0672 0.775 0.992 0.008
#> GSM342347 1 0.9358 0.582 0.648 0.352
#> GSM342356 1 0.2043 0.753 0.968 0.032
#> GSM342357 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342366 2 0.5519 0.723 0.128 0.872
#> GSM342385 2 0.9358 0.589 0.352 0.648
#> GSM342421 2 0.4298 0.727 0.088 0.912
#> GSM342437 2 0.2423 0.725 0.040 0.960
#> GSM342454 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.1414 0.727 0.020 0.980
#> GSM342477 2 0.1633 0.724 0.024 0.976
#> GSM342495 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342496 1 1.0000 -0.521 0.500 0.500
#> GSM342320 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342336 2 0.1633 0.728 0.024 0.976
#> GSM342337 1 0.1843 0.757 0.972 0.028
#> GSM342339 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342340 1 0.0672 0.775 0.992 0.008
#> GSM342341 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342342 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342343 1 0.0672 0.775 0.992 0.008
#> GSM342344 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342345 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342346 2 0.5178 0.718 0.116 0.884
#> GSM342348 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342349 1 0.9170 0.600 0.668 0.332
#> GSM342350 1 0.9170 0.600 0.668 0.332
#> GSM342351 1 0.9209 0.595 0.664 0.336
#> GSM342352 1 0.9170 0.600 0.668 0.332
#> GSM342353 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342355 1 0.2778 0.735 0.952 0.048
#> GSM342358 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342359 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342360 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342361 2 0.0376 0.721 0.004 0.996
#> GSM342362 2 0.8267 0.637 0.260 0.740
#> GSM342363 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342364 2 0.9635 0.611 0.388 0.612
#> GSM342365 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342367 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342368 2 0.9427 0.630 0.360 0.640
#> GSM342369 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342370 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342372 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342373 2 0.5408 0.722 0.124 0.876
#> GSM342374 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342375 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342376 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342377 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342378 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342379 2 0.9129 0.594 0.328 0.672
#> GSM342381 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342383 2 0.9323 0.588 0.348 0.652
#> GSM342384 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342386 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342387 2 0.1414 0.727 0.020 0.980
#> GSM342388 1 0.0672 0.775 0.992 0.008
#> GSM342389 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342390 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342391 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342392 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342393 2 0.5294 0.718 0.120 0.880
#> GSM342394 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342395 2 0.5519 0.723 0.128 0.872
#> GSM342396 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342397 1 0.9170 0.600 0.668 0.332
#> GSM342398 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342400 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342401 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342403 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342405 2 0.8861 0.440 0.304 0.696
#> GSM342406 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342407 1 0.9170 0.600 0.668 0.332
#> GSM342410 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342411 2 0.1414 0.727 0.020 0.980
#> GSM342412 2 0.0938 0.726 0.012 0.988
#> GSM342413 2 0.1414 0.727 0.020 0.980
#> GSM342414 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342415 2 0.9608 0.613 0.384 0.616
#> GSM342416 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342417 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342419 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342420 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342422 2 0.9933 0.553 0.452 0.548
#> GSM342423 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342424 2 0.0000 0.722 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0672 0.721 0.008 0.992
#> GSM342427 2 0.3733 0.729 0.072 0.928
#> GSM342428 2 0.1843 0.727 0.028 0.972
#> GSM342429 2 0.4431 0.723 0.092 0.908
#> GSM342430 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342434 1 0.9248 0.582 0.660 0.340
#> GSM342435 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342436 1 0.8081 0.660 0.752 0.248
#> GSM342438 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.7219 0.691 0.800 0.200
#> GSM342442 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342445 1 0.7219 0.691 0.800 0.200
#> GSM342446 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0376 0.778 0.996 0.004
#> GSM342448 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342449 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342452 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0376 0.721 0.004 0.996
#> GSM342457 2 0.9635 0.611 0.388 0.612
#> GSM342458 2 0.5294 0.718 0.120 0.880
#> GSM342459 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342460 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342461 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342463 2 1.0000 0.509 0.500 0.500
#> GSM342464 1 1.0000 -0.521 0.500 0.500
#> GSM342465 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342466 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342468 2 0.5059 0.720 0.112 0.888
#> GSM342469 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342470 2 0.1633 0.727 0.024 0.976
#> GSM342472 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342473 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342474 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342475 1 0.7219 0.691 0.800 0.200
#> GSM342476 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342478 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342479 2 0.3879 0.721 0.076 0.924
#> GSM342480 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342481 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342482 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342483 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342485 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342486 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342487 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342488 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342489 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342490 2 0.3431 0.717 0.064 0.936
#> GSM342492 1 0.9129 0.600 0.672 0.328
#> GSM342493 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342494 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342497 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342498 2 0.9552 0.585 0.376 0.624
#> GSM342499 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342500 2 0.6343 0.697 0.160 0.840
#> GSM342501 2 0.9795 0.562 0.416 0.584
#> GSM342502 2 0.9866 0.580 0.432 0.568
#> GSM342503 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342504 2 0.6712 0.699 0.176 0.824
#> GSM342505 1 0.0000 0.778 1.000 0.000
#> GSM342506 2 0.9580 0.583 0.380 0.620
#> GSM342507 2 0.9248 0.585 0.340 0.660
#> GSM342508 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
#> GSM342509 2 0.9608 0.567 0.384 0.616
#> GSM342510 2 0.2603 0.714 0.044 0.956
#> GSM342511 2 0.8763 0.478 0.296 0.704
#> GSM342512 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342513 2 1.0000 0.512 0.496 0.504
#> GSM342514 2 0.6438 0.634 0.164 0.836
#> GSM342515 2 0.9427 0.591 0.360 0.640
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.5236 0.56778 0.804 0.168 0.028
#> GSM342323 2 0.6154 0.07940 0.408 0.592 0.000
#> GSM342325 1 0.5292 0.56564 0.800 0.172 0.028
#> GSM342326 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342327 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342329 2 0.6154 0.07940 0.408 0.592 0.000
#> GSM342331 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342334 2 0.3573 0.46912 0.120 0.876 0.004
#> GSM342335 2 0.6051 0.38262 0.292 0.696 0.012
#> GSM342354 3 0.3120 0.89222 0.012 0.080 0.908
#> GSM342371 2 0.6600 0.30035 0.384 0.604 0.012
#> GSM342380 1 0.6937 0.41967 0.680 0.272 0.048
#> GSM342382 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342399 1 0.5637 0.56049 0.788 0.172 0.040
#> GSM342402 1 0.1832 0.65462 0.956 0.036 0.008
#> GSM342404 2 0.0747 0.54799 0.000 0.984 0.016
#> GSM342408 3 0.5536 0.73666 0.012 0.236 0.752
#> GSM342409 2 0.6832 0.31815 0.376 0.604 0.020
#> GSM342426 2 0.6062 0.11295 0.384 0.616 0.000
#> GSM342441 3 0.2116 0.90077 0.012 0.040 0.948
#> GSM342444 3 0.2486 0.89026 0.060 0.008 0.932
#> GSM342451 3 0.2384 0.89141 0.056 0.008 0.936
#> GSM342462 2 0.4357 0.54033 0.052 0.868 0.080
#> GSM342467 2 0.2050 0.54591 0.020 0.952 0.028
#> GSM342484 1 0.3572 0.63497 0.900 0.040 0.060
#> GSM342491 2 0.8019 0.14579 0.348 0.576 0.076
#> GSM342322 1 0.4749 0.56806 0.816 0.172 0.012
#> GSM342338 3 0.2772 0.87958 0.080 0.004 0.916
#> GSM342347 3 0.3918 0.86936 0.012 0.120 0.868
#> GSM342356 3 0.5690 0.62760 0.288 0.004 0.708
#> GSM342357 1 0.1832 0.65462 0.956 0.036 0.008
#> GSM342366 2 0.6701 0.27378 0.412 0.576 0.012
#> GSM342385 1 0.6937 0.41967 0.680 0.272 0.048
#> GSM342421 2 0.0829 0.54212 0.012 0.984 0.004
#> GSM342437 2 0.7292 -0.13699 0.472 0.500 0.028
#> GSM342454 3 0.0848 0.90590 0.008 0.008 0.984
#> GSM342471 1 0.5623 0.50863 0.716 0.280 0.004
#> GSM342477 2 0.5406 0.37269 0.200 0.780 0.020
#> GSM342495 2 0.2261 0.54982 0.000 0.932 0.068
#> GSM342496 2 0.8597 0.23813 0.380 0.516 0.104
#> GSM342320 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342321 2 0.6154 0.07940 0.408 0.592 0.000
#> GSM342324 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342328 2 0.6154 0.07940 0.408 0.592 0.000
#> GSM342330 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342332 2 0.5760 0.20096 0.328 0.672 0.000
#> GSM342333 2 0.2383 0.54434 0.044 0.940 0.016
#> GSM342336 2 0.4605 0.37097 0.204 0.796 0.000
#> GSM342337 3 0.5690 0.62760 0.288 0.004 0.708
#> GSM342339 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342340 3 0.3425 0.85447 0.112 0.004 0.884
#> GSM342341 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342342 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342343 3 0.4682 0.76446 0.192 0.004 0.804
#> GSM342344 3 0.1453 0.90833 0.024 0.008 0.968
#> GSM342345 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342346 2 0.3181 0.51795 0.064 0.912 0.024
#> GSM342348 1 0.2772 0.65750 0.916 0.080 0.004
#> GSM342349 3 0.3539 0.87898 0.012 0.100 0.888
#> GSM342350 3 0.3618 0.87749 0.012 0.104 0.884
#> GSM342351 3 0.3918 0.86304 0.012 0.120 0.868
#> GSM342352 3 0.3539 0.87898 0.012 0.100 0.888
#> GSM342353 3 0.1267 0.90678 0.024 0.004 0.972
#> GSM342355 3 0.5956 0.56101 0.324 0.004 0.672
#> GSM342358 1 0.6286 0.18695 0.536 0.464 0.000
#> GSM342359 1 0.6286 0.18695 0.536 0.464 0.000
#> GSM342360 1 0.6280 0.19218 0.540 0.460 0.000
#> GSM342361 1 0.6291 0.17637 0.532 0.468 0.000
#> GSM342362 1 0.3340 0.60282 0.880 0.120 0.000
#> GSM342363 1 0.1647 0.65378 0.960 0.036 0.004
#> GSM342364 2 0.7634 0.21805 0.432 0.524 0.044
#> GSM342365 2 0.0829 0.54595 0.004 0.984 0.012
#> GSM342367 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342368 2 0.6754 0.25211 0.432 0.556 0.012
#> GSM342369 2 0.0747 0.54799 0.000 0.984 0.016
#> GSM342370 2 0.0829 0.54595 0.004 0.984 0.012
#> GSM342372 2 0.0592 0.54707 0.000 0.988 0.012
#> GSM342373 2 0.6381 0.35048 0.340 0.648 0.012
#> GSM342374 2 0.0829 0.54595 0.004 0.984 0.012
#> GSM342375 2 0.0747 0.54799 0.000 0.984 0.016
#> GSM342376 2 0.7824 0.19117 0.444 0.504 0.052
#> GSM342377 2 0.7824 0.19117 0.444 0.504 0.052
#> GSM342378 1 0.3764 0.65655 0.892 0.068 0.040
#> GSM342379 1 0.5681 0.50424 0.748 0.236 0.016
#> GSM342381 2 0.7740 0.18580 0.444 0.508 0.048
#> GSM342383 1 0.6937 0.41967 0.680 0.272 0.048
#> GSM342384 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342386 2 0.7814 0.20336 0.436 0.512 0.052
#> GSM342387 2 0.6309 -0.17799 0.496 0.504 0.000
#> GSM342388 3 0.4682 0.76446 0.192 0.004 0.804
#> GSM342389 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342390 1 0.2584 0.66128 0.928 0.064 0.008
#> GSM342391 1 0.3406 0.66060 0.904 0.068 0.028
#> GSM342392 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342393 2 0.0983 0.54694 0.004 0.980 0.016
#> GSM342394 1 0.3406 0.66060 0.904 0.068 0.028
#> GSM342395 2 0.6688 0.28058 0.408 0.580 0.012
#> GSM342396 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342397 3 0.3539 0.87898 0.012 0.100 0.888
#> GSM342398 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342400 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342401 3 0.2496 0.88680 0.068 0.004 0.928
#> GSM342403 1 0.7838 -0.12908 0.488 0.460 0.052
#> GSM342405 2 0.5639 0.37654 0.016 0.752 0.232
#> GSM342406 1 0.2400 0.66090 0.932 0.064 0.004
#> GSM342407 3 0.3293 0.88641 0.012 0.088 0.900
#> GSM342410 1 0.3310 0.66132 0.908 0.064 0.028
#> GSM342411 1 0.6291 0.19894 0.532 0.468 0.000
#> GSM342412 2 0.5115 0.33680 0.228 0.768 0.004
#> GSM342413 1 0.6305 0.17026 0.516 0.484 0.000
#> GSM342414 3 0.3539 0.87898 0.012 0.100 0.888
#> GSM342415 2 0.7248 0.21938 0.436 0.536 0.028
#> GSM342416 1 0.2772 0.65750 0.916 0.080 0.004
#> GSM342417 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342418 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342419 1 0.7112 0.34693 0.648 0.308 0.044
#> GSM342420 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342422 2 0.7819 0.19776 0.440 0.508 0.052
#> GSM342423 2 0.4749 0.49280 0.172 0.816 0.012
#> GSM342424 2 0.6079 0.10743 0.388 0.612 0.000
#> GSM342425 2 0.6062 0.11295 0.384 0.616 0.000
#> GSM342427 2 0.2301 0.51811 0.060 0.936 0.004
#> GSM342428 2 0.2711 0.49598 0.088 0.912 0.000
#> GSM342429 2 0.4505 0.53278 0.048 0.860 0.092
#> GSM342430 3 0.2384 0.89141 0.056 0.008 0.936
#> GSM342431 3 0.2384 0.89141 0.056 0.008 0.936
#> GSM342432 3 0.0424 0.90782 0.000 0.008 0.992
#> GSM342433 3 0.2845 0.89104 0.012 0.068 0.920
#> GSM342434 3 0.3845 0.86611 0.012 0.116 0.872
#> GSM342435 3 0.2845 0.89104 0.012 0.068 0.920
#> GSM342436 3 0.2116 0.90077 0.012 0.040 0.948
#> GSM342438 3 0.0592 0.90781 0.000 0.012 0.988
#> GSM342439 3 0.0424 0.90782 0.000 0.008 0.992
#> GSM342440 3 0.1877 0.90343 0.012 0.032 0.956
#> GSM342442 3 0.0592 0.90781 0.000 0.012 0.988
#> GSM342443 2 0.2261 0.54982 0.000 0.932 0.068
#> GSM342445 3 0.1877 0.90343 0.012 0.032 0.956
#> GSM342446 3 0.0592 0.90781 0.000 0.012 0.988
#> GSM342447 3 0.3425 0.85447 0.112 0.004 0.884
#> GSM342448 3 0.3293 0.88322 0.012 0.088 0.900
#> GSM342449 3 0.0829 0.90768 0.004 0.012 0.984
#> GSM342450 3 0.2845 0.89104 0.012 0.068 0.920
#> GSM342452 3 0.0661 0.90765 0.004 0.008 0.988
#> GSM342453 3 0.0848 0.90590 0.008 0.008 0.984
#> GSM342455 3 0.0661 0.90765 0.004 0.008 0.988
#> GSM342456 1 0.6291 0.17637 0.532 0.468 0.000
#> GSM342457 2 0.7641 0.21206 0.436 0.520 0.044
#> GSM342458 2 0.0592 0.54826 0.000 0.988 0.012
#> GSM342459 2 0.2496 0.54982 0.004 0.928 0.068
#> GSM342460 2 0.2261 0.54982 0.000 0.932 0.068
#> GSM342461 2 0.6663 0.48699 0.156 0.748 0.096
#> GSM342463 2 0.8597 0.23813 0.380 0.516 0.104
#> GSM342464 2 0.8850 0.25578 0.356 0.516 0.128
#> GSM342465 2 0.8499 0.23242 0.388 0.516 0.096
#> GSM342466 1 0.3875 0.65404 0.888 0.068 0.044
#> GSM342468 2 0.0592 0.54826 0.000 0.988 0.012
#> GSM342469 1 0.5746 0.57335 0.780 0.180 0.040
#> GSM342470 1 0.6305 0.17026 0.516 0.484 0.000
#> GSM342472 2 0.3797 0.52817 0.056 0.892 0.052
#> GSM342473 2 0.6529 0.49198 0.152 0.756 0.092
#> GSM342474 2 0.6529 0.49198 0.152 0.756 0.092
#> GSM342475 3 0.1711 0.90383 0.008 0.032 0.960
#> GSM342476 2 0.2066 0.55001 0.000 0.940 0.060
#> GSM342478 2 0.6037 0.51278 0.112 0.788 0.100
#> GSM342479 2 0.7677 0.36073 0.252 0.656 0.092
#> GSM342480 2 0.2261 0.54982 0.000 0.932 0.068
#> GSM342481 2 0.6605 0.48985 0.152 0.752 0.096
#> GSM342482 2 0.5780 0.51424 0.120 0.800 0.080
#> GSM342483 2 0.6176 0.50905 0.120 0.780 0.100
#> GSM342485 2 0.8499 0.23242 0.388 0.516 0.096
#> GSM342486 2 0.7956 0.21121 0.424 0.516 0.060
#> GSM342487 3 0.2339 0.89720 0.012 0.048 0.940
#> GSM342488 2 0.2165 0.54987 0.000 0.936 0.064
#> GSM342489 2 0.2261 0.54982 0.000 0.932 0.068
#> GSM342490 2 0.3356 0.52748 0.056 0.908 0.036
#> GSM342492 3 0.2550 0.89449 0.012 0.056 0.932
#> GSM342493 2 0.8499 0.23242 0.388 0.516 0.096
#> GSM342494 2 0.2066 0.55001 0.000 0.940 0.060
#> GSM342497 2 0.1765 0.54970 0.004 0.956 0.040
#> GSM342498 1 0.3875 0.65648 0.888 0.068 0.044
#> GSM342499 1 0.5905 0.56770 0.772 0.184 0.044
#> GSM342500 2 0.2860 0.54623 0.004 0.912 0.084
#> GSM342501 1 0.8595 0.00974 0.496 0.404 0.100
#> GSM342502 2 0.8703 0.29259 0.332 0.544 0.124
#> GSM342503 2 0.6605 0.48985 0.152 0.752 0.096
#> GSM342504 2 0.6176 0.50905 0.120 0.780 0.100
#> GSM342505 3 0.0661 0.90671 0.008 0.004 0.988
#> GSM342506 1 0.3764 0.65655 0.892 0.068 0.040
#> GSM342507 1 0.1878 0.65188 0.952 0.044 0.004
#> GSM342508 1 0.3669 0.65588 0.896 0.064 0.040
#> GSM342509 1 0.3572 0.63497 0.900 0.040 0.060
#> GSM342510 1 0.7248 0.17729 0.536 0.436 0.028
#> GSM342511 2 0.5619 0.42943 0.012 0.744 0.244
#> GSM342512 2 0.8499 0.23242 0.388 0.516 0.096
#> GSM342513 2 0.8499 0.23242 0.388 0.516 0.096
#> GSM342514 1 0.9480 0.23464 0.496 0.268 0.236
#> GSM342515 1 0.3764 0.65655 0.892 0.068 0.040
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.7561 0.4574 0.424 0.164 0.004 0.408
#> GSM342323 4 0.3051 0.6867 0.028 0.088 0.000 0.884
#> GSM342325 1 0.7557 0.4614 0.432 0.164 0.004 0.400
#> GSM342326 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342327 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342329 4 0.3082 0.6831 0.032 0.084 0.000 0.884
#> GSM342331 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342334 4 0.5376 0.2371 0.016 0.396 0.000 0.588
#> GSM342335 2 0.5756 0.5711 0.084 0.692 0.000 0.224
#> GSM342354 3 0.3617 0.8743 0.056 0.020 0.876 0.048
#> GSM342371 2 0.3289 0.6437 0.140 0.852 0.004 0.004
#> GSM342380 1 0.8295 0.3816 0.432 0.284 0.020 0.264
#> GSM342382 2 0.5400 0.4093 0.372 0.608 0.020 0.000
#> GSM342399 1 0.7830 0.4783 0.436 0.172 0.012 0.380
#> GSM342402 1 0.5446 0.5745 0.684 0.028 0.008 0.280
#> GSM342404 2 0.4632 0.4811 0.004 0.688 0.000 0.308
#> GSM342408 3 0.6540 0.6893 0.060 0.052 0.684 0.204
#> GSM342409 2 0.4045 0.6454 0.144 0.824 0.004 0.028
#> GSM342426 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342441 3 0.2807 0.8784 0.044 0.020 0.912 0.024
#> GSM342444 3 0.2605 0.8740 0.040 0.016 0.920 0.024
#> GSM342451 3 0.2605 0.8740 0.040 0.016 0.920 0.024
#> GSM342462 2 0.1610 0.6532 0.000 0.952 0.016 0.032
#> GSM342467 2 0.5400 0.4682 0.020 0.684 0.012 0.284
#> GSM342484 1 0.6755 0.4562 0.584 0.048 0.032 0.336
#> GSM342491 4 0.6633 0.5561 0.080 0.236 0.028 0.656
#> GSM342322 4 0.7493 -0.4562 0.392 0.156 0.004 0.448
#> GSM342338 3 0.3159 0.8694 0.068 0.012 0.892 0.028
#> GSM342347 3 0.3959 0.8693 0.064 0.024 0.860 0.052
#> GSM342356 3 0.6301 0.4326 0.368 0.024 0.580 0.028
#> GSM342357 1 0.5496 0.5661 0.676 0.028 0.008 0.288
#> GSM342366 2 0.3632 0.6325 0.156 0.832 0.008 0.004
#> GSM342385 1 0.8295 0.3816 0.432 0.284 0.020 0.264
#> GSM342421 2 0.4769 0.4847 0.008 0.684 0.000 0.308
#> GSM342437 4 0.7489 0.2577 0.392 0.140 0.008 0.460
#> GSM342454 3 0.2531 0.8778 0.032 0.020 0.924 0.024
#> GSM342471 1 0.5900 0.5923 0.664 0.076 0.000 0.260
#> GSM342477 4 0.5792 0.1849 0.016 0.456 0.008 0.520
#> GSM342495 2 0.3560 0.6025 0.004 0.844 0.012 0.140
#> GSM342496 2 0.5908 0.5229 0.252 0.684 0.048 0.016
#> GSM342320 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342321 4 0.3082 0.6831 0.032 0.084 0.000 0.884
#> GSM342324 4 0.3015 0.6912 0.024 0.092 0.000 0.884
#> GSM342328 4 0.3082 0.6831 0.032 0.084 0.000 0.884
#> GSM342330 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342332 4 0.4035 0.6239 0.020 0.176 0.000 0.804
#> GSM342333 2 0.5767 0.5165 0.060 0.660 0.000 0.280
#> GSM342336 4 0.5149 0.3958 0.016 0.336 0.000 0.648
#> GSM342337 3 0.6219 0.4253 0.372 0.020 0.580 0.028
#> GSM342339 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342340 3 0.4432 0.8086 0.144 0.016 0.812 0.028
#> GSM342341 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342342 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342343 3 0.5499 0.7053 0.216 0.028 0.728 0.028
#> GSM342344 3 0.2846 0.8810 0.052 0.012 0.908 0.028
#> GSM342345 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342346 4 0.6046 0.1673 0.024 0.420 0.012 0.544
#> GSM342348 1 0.4546 0.6293 0.780 0.028 0.004 0.188
#> GSM342349 3 0.3984 0.8684 0.060 0.028 0.860 0.052
#> GSM342350 3 0.4064 0.8675 0.060 0.028 0.856 0.056
#> GSM342351 3 0.4421 0.8603 0.060 0.040 0.840 0.060
#> GSM342352 3 0.3984 0.8684 0.060 0.028 0.860 0.052
#> GSM342353 3 0.3000 0.8798 0.052 0.008 0.900 0.040
#> GSM342355 3 0.6349 0.4015 0.384 0.024 0.564 0.028
#> GSM342358 4 0.5990 0.3595 0.352 0.036 0.008 0.604
#> GSM342359 4 0.5891 0.3571 0.348 0.032 0.008 0.612
#> GSM342360 4 0.5803 0.3176 0.372 0.024 0.008 0.596
#> GSM342361 4 0.5834 0.4673 0.288 0.044 0.008 0.660
#> GSM342362 1 0.5938 0.3066 0.544 0.024 0.008 0.424
#> GSM342363 1 0.5251 0.5971 0.712 0.028 0.008 0.252
#> GSM342364 2 0.3937 0.6110 0.188 0.800 0.012 0.000
#> GSM342365 2 0.4584 0.4842 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM342367 2 0.5173 0.4762 0.320 0.660 0.020 0.000
#> GSM342368 2 0.3819 0.6226 0.172 0.816 0.008 0.004
#> GSM342369 2 0.4483 0.5026 0.004 0.712 0.000 0.284
#> GSM342370 2 0.4584 0.4842 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM342372 2 0.4560 0.4949 0.004 0.700 0.000 0.296
#> GSM342373 2 0.3016 0.6515 0.120 0.872 0.004 0.004
#> GSM342374 2 0.4584 0.4842 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM342375 2 0.4560 0.4949 0.004 0.700 0.000 0.296
#> GSM342376 2 0.5498 0.3624 0.404 0.576 0.020 0.000
#> GSM342377 2 0.5498 0.3592 0.404 0.576 0.020 0.000
#> GSM342378 1 0.4520 0.6721 0.800 0.036 0.008 0.156
#> GSM342379 1 0.7862 0.4499 0.440 0.240 0.004 0.316
#> GSM342381 2 0.6124 0.3250 0.404 0.556 0.020 0.020
#> GSM342383 1 0.8289 0.3632 0.432 0.292 0.020 0.256
#> GSM342384 2 0.5386 0.4164 0.368 0.612 0.020 0.000
#> GSM342386 2 0.5108 0.4886 0.308 0.672 0.020 0.000
#> GSM342387 4 0.6087 0.2720 0.412 0.048 0.000 0.540
#> GSM342388 3 0.5353 0.7275 0.200 0.028 0.744 0.028
#> GSM342389 2 0.5306 0.4439 0.348 0.632 0.020 0.000
#> GSM342390 1 0.4376 0.6404 0.796 0.028 0.004 0.172
#> GSM342391 1 0.4419 0.6733 0.792 0.028 0.004 0.176
#> GSM342392 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342393 2 0.4914 0.4667 0.012 0.676 0.000 0.312
#> GSM342394 1 0.4419 0.6733 0.792 0.028 0.004 0.176
#> GSM342395 2 0.3432 0.6410 0.140 0.848 0.008 0.004
#> GSM342396 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342397 3 0.3984 0.8684 0.060 0.028 0.860 0.052
#> GSM342398 2 0.5508 0.3555 0.408 0.572 0.020 0.000
#> GSM342400 2 0.5428 0.3973 0.380 0.600 0.020 0.000
#> GSM342401 3 0.3279 0.8686 0.068 0.016 0.888 0.028
#> GSM342403 2 0.6836 0.2640 0.412 0.512 0.020 0.056
#> GSM342405 2 0.8672 0.1446 0.052 0.432 0.200 0.316
#> GSM342406 1 0.4546 0.6293 0.780 0.028 0.004 0.188
#> GSM342407 3 0.3987 0.8691 0.056 0.028 0.860 0.056
#> GSM342410 1 0.4419 0.6733 0.792 0.028 0.004 0.176
#> GSM342411 1 0.5771 0.0164 0.512 0.028 0.000 0.460
#> GSM342412 4 0.5368 0.3894 0.024 0.340 0.000 0.636
#> GSM342413 4 0.6105 0.1824 0.480 0.036 0.004 0.480
#> GSM342414 3 0.4064 0.8675 0.060 0.028 0.856 0.056
#> GSM342415 2 0.5467 0.3757 0.400 0.584 0.008 0.008
#> GSM342416 1 0.4546 0.6293 0.780 0.028 0.004 0.188
#> GSM342417 4 0.2973 0.6917 0.020 0.096 0.000 0.884
#> GSM342418 4 0.2909 0.6920 0.020 0.092 0.000 0.888
#> GSM342419 1 0.8024 0.1687 0.424 0.384 0.020 0.172
#> GSM342420 4 0.3037 0.6927 0.020 0.100 0.000 0.880
#> GSM342422 2 0.5498 0.3592 0.404 0.576 0.020 0.000
#> GSM342423 2 0.3764 0.6561 0.072 0.852 0.000 0.076
#> GSM342424 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342425 4 0.2924 0.6940 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM342427 2 0.5653 0.0633 0.016 0.532 0.004 0.448
#> GSM342428 4 0.5345 0.1997 0.012 0.428 0.000 0.560
#> GSM342429 2 0.5733 0.3388 0.012 0.652 0.028 0.308
#> GSM342430 3 0.2605 0.8740 0.040 0.016 0.920 0.024
#> GSM342431 3 0.2605 0.8740 0.040 0.016 0.920 0.024
#> GSM342432 3 0.1377 0.8842 0.008 0.020 0.964 0.008
#> GSM342433 3 0.4689 0.8443 0.052 0.084 0.824 0.040
#> GSM342434 3 0.4951 0.8369 0.052 0.080 0.812 0.056
#> GSM342435 3 0.4689 0.8443 0.052 0.084 0.824 0.040
#> GSM342436 3 0.2807 0.8784 0.044 0.020 0.912 0.024
#> GSM342438 3 0.2107 0.8830 0.020 0.024 0.940 0.016
#> GSM342439 3 0.0895 0.8846 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM342440 3 0.2719 0.8791 0.040 0.020 0.916 0.024
#> GSM342442 3 0.1004 0.8844 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM342443 2 0.3345 0.6082 0.004 0.860 0.012 0.124
#> GSM342445 3 0.2719 0.8791 0.040 0.020 0.916 0.024
#> GSM342446 3 0.1362 0.8847 0.004 0.020 0.964 0.012
#> GSM342447 3 0.4331 0.8169 0.136 0.016 0.820 0.028
#> GSM342448 3 0.4840 0.8408 0.052 0.088 0.816 0.044
#> GSM342449 3 0.2089 0.8827 0.028 0.020 0.940 0.012
#> GSM342450 3 0.4689 0.8443 0.052 0.084 0.824 0.040
#> GSM342452 3 0.2424 0.8788 0.032 0.020 0.928 0.020
#> GSM342453 3 0.2531 0.8778 0.032 0.020 0.924 0.024
#> GSM342455 3 0.1998 0.8828 0.020 0.020 0.944 0.016
#> GSM342456 4 0.5834 0.4673 0.288 0.044 0.008 0.660
#> GSM342457 2 0.4576 0.5511 0.260 0.728 0.012 0.000
#> GSM342458 2 0.4509 0.4958 0.004 0.708 0.000 0.288
#> GSM342459 2 0.3052 0.6197 0.004 0.880 0.012 0.104
#> GSM342460 2 0.3345 0.6082 0.004 0.860 0.012 0.124
#> GSM342461 2 0.1843 0.6605 0.016 0.948 0.028 0.008
#> GSM342463 2 0.5090 0.5411 0.228 0.728 0.044 0.000
#> GSM342464 2 0.3850 0.6239 0.116 0.840 0.044 0.000
#> GSM342465 2 0.5434 0.5230 0.252 0.696 0.052 0.000
#> GSM342466 1 0.4427 0.6733 0.800 0.028 0.008 0.164
#> GSM342468 2 0.4509 0.4977 0.004 0.708 0.000 0.288
#> GSM342469 1 0.6674 0.5941 0.648 0.168 0.008 0.176
#> GSM342470 4 0.6105 0.1824 0.480 0.036 0.004 0.480
#> GSM342472 2 0.7490 0.1281 0.052 0.492 0.060 0.396
#> GSM342473 2 0.1575 0.6590 0.004 0.956 0.028 0.012
#> GSM342474 2 0.1575 0.6590 0.004 0.956 0.028 0.012
#> GSM342475 3 0.2719 0.8791 0.040 0.020 0.916 0.024
#> GSM342476 2 0.3907 0.5764 0.004 0.808 0.008 0.180
#> GSM342478 2 0.1510 0.6577 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM342479 2 0.6287 0.1907 0.028 0.604 0.028 0.340
#> GSM342480 2 0.3345 0.6082 0.004 0.860 0.012 0.124
#> GSM342481 2 0.2023 0.6560 0.004 0.940 0.028 0.028
#> GSM342482 2 0.1733 0.6564 0.000 0.948 0.028 0.024
#> GSM342483 2 0.1510 0.6577 0.000 0.956 0.028 0.016
#> GSM342485 2 0.5434 0.5230 0.252 0.696 0.052 0.000
#> GSM342486 2 0.5282 0.5068 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342487 3 0.4640 0.8442 0.052 0.076 0.828 0.044
#> GSM342488 2 0.3805 0.5961 0.008 0.832 0.012 0.148
#> GSM342489 2 0.3345 0.6082 0.004 0.860 0.012 0.124
#> GSM342490 2 0.5859 0.0789 0.020 0.540 0.008 0.432
#> GSM342492 3 0.4623 0.8472 0.052 0.080 0.828 0.040
#> GSM342493 2 0.5434 0.5230 0.252 0.696 0.052 0.000
#> GSM342494 2 0.3863 0.5750 0.004 0.812 0.008 0.176
#> GSM342497 2 0.4834 0.5089 0.012 0.728 0.008 0.252
#> GSM342498 1 0.5065 0.6712 0.772 0.032 0.024 0.172
#> GSM342499 1 0.6674 0.5941 0.648 0.168 0.008 0.176
#> GSM342500 2 0.2467 0.6447 0.004 0.920 0.024 0.052
#> GSM342501 2 0.8500 0.0134 0.280 0.456 0.040 0.224
#> GSM342502 2 0.2494 0.6591 0.048 0.916 0.036 0.000
#> GSM342503 2 0.1256 0.6592 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM342504 2 0.1624 0.6566 0.000 0.952 0.028 0.020
#> GSM342505 3 0.2324 0.8808 0.028 0.020 0.932 0.020
#> GSM342506 1 0.4686 0.6716 0.800 0.032 0.020 0.148
#> GSM342507 1 0.5787 0.4848 0.620 0.028 0.008 0.344
#> GSM342508 1 0.4036 0.6637 0.840 0.032 0.012 0.116
#> GSM342509 1 0.6755 0.4562 0.584 0.048 0.032 0.336
#> GSM342510 4 0.6505 0.3452 0.356 0.064 0.008 0.572
#> GSM342511 2 0.8144 0.1738 0.040 0.460 0.360 0.140
#> GSM342512 2 0.5387 0.5215 0.256 0.696 0.048 0.000
#> GSM342513 2 0.5434 0.5230 0.252 0.696 0.052 0.000
#> GSM342514 1 0.8627 0.1522 0.488 0.068 0.256 0.188
#> GSM342515 1 0.4567 0.6739 0.792 0.032 0.008 0.168
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.5540 0.11448 0.504 0.016 0.000 0.444 0.036
#> GSM342323 4 0.1638 0.76742 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM342325 1 0.5353 0.28013 0.612 0.016 0.000 0.332 0.040
#> GSM342326 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342327 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342329 4 0.1638 0.76742 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM342331 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342334 2 0.7204 0.14918 0.132 0.428 0.000 0.384 0.056
#> GSM342335 2 0.7024 0.47845 0.276 0.524 0.000 0.148 0.052
#> GSM342354 3 0.4859 0.81167 0.024 0.008 0.744 0.036 0.188
#> GSM342371 2 0.4736 0.37638 0.312 0.656 0.000 0.004 0.028
#> GSM342380 1 0.4926 0.46501 0.768 0.072 0.004 0.116 0.040
#> GSM342382 1 0.4151 0.39991 0.652 0.344 0.004 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.5329 0.31469 0.648 0.016 0.004 0.292 0.040
#> GSM342402 5 0.6581 0.50615 0.280 0.000 0.000 0.252 0.468
#> GSM342404 2 0.5724 0.58733 0.072 0.700 0.000 0.152 0.076
#> GSM342408 3 0.6759 0.69829 0.020 0.040 0.608 0.112 0.220
#> GSM342409 2 0.5740 0.47642 0.300 0.604 0.004 0.004 0.088
#> GSM342426 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342441 3 0.3799 0.82260 0.008 0.008 0.820 0.028 0.136
#> GSM342444 3 0.1956 0.82240 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM342451 3 0.1956 0.82240 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM342462 2 0.1502 0.61166 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.5993 0.54390 0.108 0.680 0.000 0.144 0.068
#> GSM342484 5 0.6820 0.48064 0.184 0.004 0.016 0.280 0.516
#> GSM342491 2 0.7151 -0.11055 0.072 0.444 0.008 0.400 0.076
#> GSM342322 4 0.5588 0.04176 0.372 0.028 0.000 0.568 0.032
#> GSM342338 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342347 3 0.5105 0.80281 0.028 0.008 0.720 0.036 0.208
#> GSM342356 3 0.5118 0.48175 0.376 0.000 0.584 0.004 0.036
#> GSM342357 5 0.6604 0.50046 0.244 0.004 0.000 0.256 0.496
#> GSM342366 2 0.4854 0.32278 0.340 0.628 0.000 0.004 0.028
#> GSM342385 1 0.4926 0.46501 0.768 0.072 0.004 0.116 0.040
#> GSM342421 2 0.4714 0.60789 0.032 0.756 0.000 0.168 0.044
#> GSM342437 5 0.7910 0.35200 0.128 0.144 0.004 0.264 0.460
#> GSM342454 3 0.1557 0.82740 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> GSM342471 1 0.6770 -0.21475 0.472 0.044 0.000 0.100 0.384
#> GSM342477 2 0.6615 0.32906 0.112 0.568 0.004 0.280 0.036
#> GSM342495 2 0.2130 0.62646 0.060 0.920 0.004 0.004 0.012
#> GSM342496 1 0.5447 0.08067 0.532 0.416 0.044 0.000 0.008
#> GSM342320 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342321 4 0.1638 0.76742 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM342324 4 0.1697 0.76447 0.008 0.060 0.000 0.932 0.000
#> GSM342328 4 0.1638 0.76742 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM342330 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342332 4 0.5270 0.51145 0.104 0.196 0.000 0.692 0.008
#> GSM342333 2 0.6632 0.54850 0.152 0.616 0.000 0.160 0.072
#> GSM342336 4 0.6865 -0.08494 0.108 0.408 0.000 0.440 0.044
#> GSM342337 3 0.5118 0.48175 0.376 0.000 0.584 0.004 0.036
#> GSM342339 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342340 3 0.3381 0.77588 0.160 0.000 0.820 0.004 0.016
#> GSM342341 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342342 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342343 3 0.3974 0.70524 0.228 0.000 0.752 0.004 0.016
#> GSM342344 3 0.4017 0.83098 0.024 0.004 0.816 0.032 0.124
#> GSM342345 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342346 2 0.7516 0.19466 0.124 0.448 0.000 0.332 0.096
#> GSM342348 5 0.5384 0.44375 0.380 0.004 0.000 0.052 0.564
#> GSM342349 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342350 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342351 3 0.5477 0.79183 0.024 0.024 0.704 0.040 0.208
#> GSM342352 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342353 3 0.3150 0.83408 0.072 0.004 0.872 0.008 0.044
#> GSM342355 3 0.5294 0.37707 0.432 0.000 0.524 0.004 0.040
#> GSM342358 4 0.5251 0.01168 0.036 0.004 0.000 0.504 0.456
#> GSM342359 4 0.5116 0.02367 0.028 0.004 0.000 0.508 0.460
#> GSM342360 4 0.5254 -0.00299 0.036 0.004 0.000 0.500 0.460
#> GSM342361 4 0.5246 0.08051 0.024 0.012 0.000 0.512 0.452
#> GSM342362 5 0.6432 0.34845 0.156 0.004 0.000 0.372 0.468
#> GSM342363 5 0.6637 0.49885 0.260 0.004 0.000 0.248 0.488
#> GSM342364 2 0.5005 0.21322 0.388 0.580 0.004 0.000 0.028
#> GSM342365 2 0.4715 0.59840 0.012 0.740 0.000 0.188 0.060
#> GSM342367 1 0.4359 0.27800 0.584 0.412 0.004 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.4984 0.23882 0.380 0.588 0.000 0.004 0.028
#> GSM342369 2 0.4729 0.60855 0.020 0.752 0.000 0.168 0.060
#> GSM342370 2 0.4715 0.59840 0.012 0.740 0.000 0.188 0.060
#> GSM342372 2 0.4729 0.60855 0.020 0.752 0.000 0.168 0.060
#> GSM342373 2 0.4698 0.39110 0.304 0.664 0.000 0.004 0.028
#> GSM342374 2 0.4715 0.59840 0.012 0.740 0.000 0.188 0.060
#> GSM342375 2 0.4729 0.60855 0.020 0.752 0.000 0.168 0.060
#> GSM342376 1 0.4337 0.47853 0.696 0.284 0.004 0.000 0.016
#> GSM342377 1 0.4512 0.47874 0.688 0.288 0.004 0.004 0.016
#> GSM342378 1 0.5439 -0.22052 0.508 0.000 0.000 0.060 0.432
#> GSM342379 1 0.5111 0.45210 0.740 0.064 0.000 0.152 0.044
#> GSM342381 1 0.4383 0.48204 0.700 0.280 0.004 0.008 0.008
#> GSM342383 1 0.4926 0.46501 0.768 0.072 0.004 0.116 0.040
#> GSM342384 1 0.4166 0.39032 0.648 0.348 0.004 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.4448 0.11933 0.516 0.480 0.004 0.000 0.000
#> GSM342387 5 0.6785 0.33391 0.152 0.020 0.000 0.380 0.448
#> GSM342388 3 0.3883 0.71929 0.216 0.000 0.764 0.004 0.016
#> GSM342389 1 0.4299 0.32463 0.608 0.388 0.004 0.000 0.000
#> GSM342390 5 0.5193 0.46622 0.364 0.000 0.000 0.052 0.584
#> GSM342391 1 0.5556 -0.27216 0.476 0.000 0.000 0.068 0.456
#> GSM342392 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342393 2 0.5716 0.58337 0.064 0.700 0.000 0.152 0.084
#> GSM342394 1 0.5556 -0.27216 0.476 0.000 0.000 0.068 0.456
#> GSM342395 2 0.4822 0.33945 0.332 0.636 0.000 0.004 0.028
#> GSM342396 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342397 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342398 1 0.4015 0.47136 0.708 0.284 0.004 0.004 0.000
#> GSM342400 1 0.4200 0.43332 0.672 0.320 0.004 0.004 0.000
#> GSM342401 3 0.2568 0.82103 0.092 0.000 0.888 0.004 0.016
#> GSM342403 1 0.4407 0.51038 0.780 0.160 0.004 0.028 0.028
#> GSM342405 2 0.9104 0.21512 0.064 0.388 0.156 0.160 0.232
#> GSM342406 5 0.5193 0.46622 0.364 0.000 0.000 0.052 0.584
#> GSM342407 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342410 1 0.5556 -0.27216 0.476 0.000 0.000 0.068 0.456
#> GSM342411 5 0.6920 0.48332 0.232 0.016 0.000 0.276 0.476
#> GSM342412 2 0.7291 0.08464 0.144 0.404 0.000 0.396 0.056
#> GSM342413 5 0.5559 0.49063 0.120 0.004 0.000 0.228 0.648
#> GSM342414 3 0.5000 0.80863 0.024 0.012 0.736 0.036 0.192
#> GSM342415 1 0.5046 0.44837 0.656 0.292 0.000 0.008 0.044
#> GSM342416 5 0.5317 0.47157 0.356 0.004 0.000 0.052 0.588
#> GSM342417 4 0.1638 0.76742 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM342418 4 0.2104 0.75262 0.024 0.060 0.000 0.916 0.000
#> GSM342419 1 0.5335 0.52254 0.700 0.216 0.004 0.048 0.032
#> GSM342420 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342422 1 0.4122 0.45440 0.688 0.304 0.004 0.004 0.000
#> GSM342423 2 0.5213 0.44066 0.264 0.672 0.000 0.032 0.032
#> GSM342424 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342425 4 0.1478 0.76877 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342427 2 0.6039 0.40598 0.100 0.612 0.000 0.264 0.024
#> GSM342428 2 0.6361 0.25966 0.096 0.516 0.000 0.364 0.024
#> GSM342429 2 0.5086 0.52864 0.096 0.740 0.008 0.144 0.012
#> GSM342430 3 0.1956 0.82240 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM342431 3 0.1956 0.82240 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM342432 3 0.1277 0.83782 0.004 0.004 0.960 0.004 0.028
#> GSM342433 3 0.5167 0.78628 0.008 0.044 0.728 0.032 0.188
#> GSM342434 3 0.5376 0.77914 0.008 0.048 0.712 0.036 0.196
#> GSM342435 3 0.5167 0.78628 0.008 0.044 0.728 0.032 0.188
#> GSM342436 3 0.3799 0.82260 0.008 0.008 0.820 0.028 0.136
#> GSM342438 3 0.1547 0.83507 0.032 0.004 0.948 0.000 0.016
#> GSM342439 3 0.1116 0.83791 0.000 0.004 0.964 0.004 0.028
#> GSM342440 3 0.3676 0.82334 0.008 0.004 0.824 0.028 0.136
#> GSM342442 3 0.1116 0.83791 0.000 0.004 0.964 0.004 0.028
#> GSM342443 2 0.0486 0.63045 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM342445 3 0.3676 0.82334 0.008 0.004 0.824 0.028 0.136
#> GSM342446 3 0.1924 0.83796 0.000 0.004 0.924 0.008 0.064
#> GSM342447 3 0.3124 0.78724 0.136 0.000 0.844 0.004 0.016
#> GSM342448 3 0.5129 0.78648 0.008 0.040 0.728 0.032 0.192
#> GSM342449 3 0.2220 0.83706 0.008 0.004 0.920 0.016 0.052
#> GSM342450 3 0.5167 0.78628 0.008 0.044 0.728 0.032 0.188
#> GSM342452 3 0.1430 0.82852 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.1557 0.82740 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> GSM342455 3 0.0912 0.83609 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM342456 4 0.5246 0.08051 0.024 0.012 0.000 0.512 0.452
#> GSM342457 2 0.4567 0.05562 0.448 0.544 0.000 0.004 0.004
#> GSM342458 2 0.4021 0.61477 0.000 0.780 0.000 0.168 0.052
#> GSM342459 2 0.0671 0.62553 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0486 0.63045 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM342461 2 0.2536 0.56690 0.128 0.868 0.004 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.5329 0.04468 0.412 0.540 0.044 0.000 0.004
#> GSM342464 2 0.4986 0.24521 0.336 0.624 0.036 0.000 0.004
#> GSM342465 2 0.5310 -0.04822 0.448 0.508 0.040 0.000 0.004
#> GSM342466 1 0.5588 -0.25110 0.500 0.000 0.004 0.060 0.436
#> GSM342468 2 0.4281 0.61185 0.004 0.768 0.000 0.172 0.056
#> GSM342469 1 0.5263 0.23959 0.696 0.016 0.000 0.080 0.208
#> GSM342470 5 0.5727 0.49254 0.120 0.012 0.000 0.220 0.648
#> GSM342472 2 0.8347 0.28551 0.112 0.472 0.032 0.192 0.192
#> GSM342473 2 0.2488 0.57868 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.2488 0.57868 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.3799 0.82260 0.008 0.008 0.820 0.028 0.136
#> GSM342476 2 0.3294 0.62620 0.060 0.872 0.004 0.028 0.036
#> GSM342478 2 0.1484 0.61385 0.048 0.944 0.008 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.5618 0.48050 0.136 0.692 0.008 0.152 0.012
#> GSM342480 2 0.0486 0.63045 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM342481 2 0.2942 0.60996 0.128 0.856 0.008 0.000 0.008
#> GSM342482 2 0.1502 0.61166 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.1502 0.61166 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.5310 -0.04822 0.448 0.508 0.040 0.000 0.004
#> GSM342486 1 0.4446 0.14202 0.520 0.476 0.004 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.5063 0.79322 0.008 0.044 0.740 0.032 0.176
#> GSM342488 2 0.3209 0.62085 0.076 0.872 0.004 0.024 0.024
#> GSM342489 2 0.0486 0.63045 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM342490 2 0.6279 0.40424 0.092 0.612 0.004 0.256 0.036
#> GSM342492 3 0.5098 0.79107 0.008 0.044 0.736 0.032 0.180
#> GSM342493 2 0.5310 -0.04822 0.448 0.508 0.040 0.000 0.004
#> GSM342494 2 0.1990 0.63351 0.000 0.928 0.004 0.028 0.040
#> GSM342497 2 0.4932 0.60274 0.060 0.768 0.004 0.120 0.048
#> GSM342498 1 0.5508 -0.27797 0.476 0.000 0.000 0.064 0.460
#> GSM342499 1 0.5180 0.27297 0.716 0.016 0.004 0.072 0.192
#> GSM342500 2 0.0955 0.62248 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> GSM342501 1 0.7190 0.30767 0.556 0.264 0.040 0.108 0.032
#> GSM342502 2 0.3720 0.46256 0.228 0.760 0.012 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.2536 0.57009 0.128 0.868 0.004 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.1502 0.61166 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.1168 0.83182 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> GSM342506 1 0.5406 -0.28893 0.476 0.000 0.000 0.056 0.468
#> GSM342507 5 0.6510 0.50277 0.212 0.004 0.000 0.272 0.512
#> GSM342508 5 0.5238 0.24497 0.476 0.000 0.000 0.044 0.480
#> GSM342509 5 0.6778 0.48301 0.180 0.004 0.016 0.276 0.524
#> GSM342510 5 0.5330 -0.06104 0.028 0.012 0.000 0.480 0.480
#> GSM342511 2 0.8169 0.32376 0.116 0.496 0.188 0.028 0.172
#> GSM342512 2 0.5307 -0.04308 0.444 0.512 0.040 0.000 0.004
#> GSM342513 2 0.5310 -0.04822 0.448 0.508 0.040 0.000 0.004
#> GSM342514 5 0.6249 0.47679 0.116 0.036 0.100 0.052 0.696
#> GSM342515 1 0.5556 -0.27216 0.476 0.000 0.000 0.068 0.456
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.5101 0.09646 0.068 0.000 0.004 0.504 0.424 0.000
#> GSM342323 4 0.0508 0.87095 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM342325 5 0.5463 0.28139 0.080 0.000 0.008 0.328 0.572 0.012
#> GSM342326 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0508 0.87095 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM342331 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342334 2 0.7882 0.31081 0.016 0.360 0.000 0.228 0.196 0.200
#> GSM342335 5 0.6375 -0.09222 0.008 0.372 0.000 0.036 0.460 0.124
#> GSM342354 6 0.3965 0.57434 0.000 0.008 0.388 0.000 0.000 0.604
#> GSM342371 2 0.4863 -0.17999 0.008 0.512 0.000 0.000 0.440 0.040
#> GSM342380 5 0.4923 0.54237 0.084 0.052 0.008 0.064 0.764 0.028
#> GSM342382 5 0.4096 0.59407 0.016 0.304 0.008 0.000 0.672 0.000
#> GSM342399 5 0.5168 0.39570 0.080 0.000 0.008 0.240 0.656 0.016
#> GSM342402 1 0.7393 0.42599 0.376 0.000 0.000 0.132 0.236 0.256
#> GSM342404 2 0.6357 0.49448 0.008 0.596 0.000 0.124 0.100 0.172
#> GSM342408 6 0.4293 0.57134 0.000 0.016 0.308 0.016 0.000 0.660
#> GSM342409 5 0.6374 -0.17108 0.012 0.380 0.008 0.000 0.408 0.192
#> GSM342426 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.5174 -0.24323 0.016 0.012 0.484 0.004 0.020 0.464
#> GSM342444 3 0.1312 0.75019 0.004 0.000 0.956 0.008 0.012 0.020
#> GSM342451 3 0.1198 0.75041 0.004 0.000 0.960 0.004 0.012 0.020
#> GSM342462 2 0.1644 0.50895 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM342467 2 0.6607 0.47310 0.012 0.576 0.000 0.108 0.148 0.156
#> GSM342484 1 0.7236 0.43771 0.444 0.004 0.000 0.156 0.140 0.256
#> GSM342491 2 0.7222 0.30555 0.044 0.520 0.008 0.216 0.160 0.052
#> GSM342322 4 0.4539 0.41335 0.048 0.004 0.000 0.644 0.304 0.000
#> GSM342338 3 0.0692 0.75126 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM342347 6 0.4127 0.59550 0.004 0.012 0.364 0.000 0.000 0.620
#> GSM342356 3 0.3389 0.56889 0.032 0.000 0.800 0.004 0.164 0.000
#> GSM342357 1 0.7383 0.42457 0.384 0.000 0.000 0.136 0.224 0.256
#> GSM342366 2 0.4723 -0.26565 0.004 0.488 0.000 0.000 0.472 0.036
#> GSM342385 5 0.4923 0.54237 0.084 0.052 0.008 0.064 0.764 0.028
#> GSM342421 2 0.5563 0.50339 0.008 0.680 0.000 0.116 0.068 0.128
#> GSM342437 1 0.5055 0.52307 0.708 0.172 0.000 0.080 0.020 0.020
#> GSM342454 3 0.1746 0.73747 0.016 0.004 0.940 0.004 0.016 0.020
#> GSM342471 1 0.4579 0.55004 0.700 0.008 0.000 0.028 0.240 0.024
#> GSM342477 2 0.6993 0.39944 0.012 0.520 0.000 0.192 0.160 0.116
#> GSM342495 2 0.2373 0.54435 0.000 0.888 0.000 0.004 0.084 0.024
#> GSM342496 5 0.5136 0.28772 0.016 0.376 0.032 0.000 0.564 0.012
#> GSM342320 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0508 0.87095 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM342324 4 0.0508 0.87095 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM342328 4 0.0508 0.87095 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM342330 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.5226 0.59957 0.012 0.068 0.004 0.708 0.164 0.044
#> GSM342333 2 0.7187 0.35918 0.016 0.432 0.000 0.064 0.280 0.208
#> GSM342336 4 0.7880 -0.18556 0.016 0.320 0.004 0.332 0.160 0.168
#> GSM342337 3 0.3459 0.55853 0.032 0.000 0.792 0.004 0.172 0.000
#> GSM342339 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342340 3 0.1080 0.74234 0.004 0.000 0.960 0.004 0.032 0.000
#> GSM342341 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342342 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342343 3 0.1364 0.72864 0.004 0.000 0.944 0.004 0.048 0.000
#> GSM342344 6 0.4096 0.32328 0.000 0.000 0.484 0.000 0.008 0.508
#> GSM342345 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342346 2 0.7783 0.30951 0.016 0.356 0.000 0.176 0.164 0.288
#> GSM342348 1 0.2517 0.65695 0.876 0.000 0.000 0.016 0.100 0.008
#> GSM342349 6 0.4026 0.59374 0.000 0.012 0.376 0.000 0.000 0.612
#> GSM342350 6 0.4004 0.59692 0.000 0.012 0.368 0.000 0.000 0.620
#> GSM342351 6 0.3927 0.59210 0.000 0.012 0.344 0.000 0.000 0.644
#> GSM342352 6 0.4026 0.59374 0.000 0.012 0.376 0.000 0.000 0.612
#> GSM342353 3 0.2257 0.67381 0.000 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM342355 3 0.4308 0.40801 0.040 0.000 0.676 0.004 0.280 0.000
#> GSM342358 1 0.7483 0.27062 0.328 0.004 0.000 0.288 0.108 0.272
#> GSM342359 1 0.7653 0.25922 0.316 0.012 0.000 0.288 0.108 0.276
#> GSM342360 1 0.7480 0.27799 0.332 0.004 0.000 0.284 0.108 0.272
#> GSM342361 6 0.7759 -0.43663 0.268 0.020 0.000 0.296 0.104 0.312
#> GSM342362 1 0.7457 0.39344 0.380 0.000 0.000 0.192 0.172 0.256
#> GSM342363 1 0.7407 0.42207 0.364 0.000 0.000 0.128 0.252 0.256
#> GSM342364 5 0.4705 0.34413 0.004 0.440 0.000 0.000 0.520 0.036
#> GSM342365 2 0.5248 0.51236 0.008 0.680 0.000 0.136 0.020 0.156
#> GSM342367 5 0.4153 0.55879 0.012 0.340 0.008 0.000 0.640 0.000
#> GSM342368 5 0.4717 0.30938 0.004 0.456 0.000 0.000 0.504 0.036
#> GSM342369 2 0.5284 0.51239 0.008 0.688 0.000 0.120 0.032 0.152
#> GSM342370 2 0.5248 0.51236 0.008 0.680 0.000 0.136 0.020 0.156
#> GSM342372 2 0.5322 0.51236 0.008 0.688 0.000 0.124 0.036 0.144
#> GSM342373 2 0.4856 -0.14907 0.008 0.520 0.000 0.000 0.432 0.040
#> GSM342374 2 0.5248 0.51236 0.008 0.680 0.000 0.136 0.020 0.156
#> GSM342375 2 0.5323 0.51144 0.008 0.684 0.000 0.124 0.032 0.152
#> GSM342376 5 0.4470 0.62426 0.052 0.256 0.008 0.000 0.684 0.000
#> GSM342377 5 0.4574 0.61762 0.052 0.276 0.008 0.000 0.664 0.000
#> GSM342378 1 0.3509 0.57382 0.744 0.000 0.000 0.016 0.240 0.000
#> GSM342379 5 0.4749 0.53802 0.080 0.044 0.004 0.072 0.772 0.028
#> GSM342381 5 0.4605 0.62377 0.040 0.252 0.008 0.000 0.688 0.012
#> GSM342383 5 0.4923 0.54237 0.084 0.052 0.008 0.064 0.764 0.028
#> GSM342384 5 0.4009 0.59203 0.012 0.304 0.008 0.000 0.676 0.000
#> GSM342386 5 0.4010 0.46081 0.000 0.408 0.008 0.000 0.584 0.000
#> GSM342387 1 0.4658 0.55922 0.740 0.016 0.000 0.168 0.048 0.028
#> GSM342388 3 0.1296 0.73216 0.004 0.000 0.948 0.004 0.044 0.000
#> GSM342389 5 0.3940 0.55692 0.004 0.336 0.008 0.000 0.652 0.000
#> GSM342390 1 0.2345 0.66118 0.896 0.000 0.000 0.016 0.072 0.016
#> GSM342391 1 0.3200 0.61064 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196 0.000
#> GSM342392 3 0.0692 0.75126 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> GSM342393 2 0.6506 0.48352 0.008 0.572 0.000 0.128 0.096 0.196
#> GSM342394 1 0.3200 0.61064 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196 0.000
#> GSM342395 2 0.4722 -0.25267 0.004 0.492 0.000 0.000 0.468 0.036
#> GSM342396 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342397 6 0.4015 0.59556 0.000 0.012 0.372 0.000 0.000 0.616
#> GSM342398 5 0.4257 0.62415 0.028 0.228 0.008 0.000 0.724 0.012
#> GSM342400 5 0.3954 0.60137 0.012 0.292 0.008 0.000 0.688 0.000
#> GSM342401 3 0.0547 0.75208 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM342403 5 0.4187 0.57054 0.056 0.108 0.008 0.008 0.796 0.024
#> GSM342405 6 0.6040 0.33062 0.008 0.204 0.048 0.040 0.056 0.644
#> GSM342406 1 0.2345 0.66118 0.896 0.000 0.000 0.016 0.072 0.016
#> GSM342407 6 0.3945 0.58775 0.000 0.008 0.380 0.000 0.000 0.612
#> GSM342410 1 0.3200 0.61064 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196 0.000
#> GSM342411 1 0.4032 0.63378 0.792 0.004 0.000 0.080 0.104 0.020
#> GSM342412 2 0.7929 0.28111 0.016 0.344 0.000 0.232 0.208 0.200
#> GSM342413 1 0.3472 0.60806 0.840 0.020 0.000 0.068 0.008 0.064
#> GSM342414 6 0.4026 0.59374 0.000 0.012 0.376 0.000 0.000 0.612
#> GSM342415 5 0.5183 0.59843 0.048 0.264 0.000 0.000 0.640 0.048
#> GSM342416 1 0.2288 0.66106 0.900 0.000 0.000 0.016 0.068 0.016
#> GSM342417 4 0.0603 0.87146 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0964 0.86304 0.004 0.016 0.000 0.968 0.012 0.000
#> GSM342419 5 0.5410 0.61141 0.076 0.196 0.008 0.028 0.680 0.012
#> GSM342420 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.3982 0.60853 0.016 0.280 0.008 0.000 0.696 0.000
#> GSM342423 2 0.4962 -0.03408 0.008 0.548 0.000 0.000 0.392 0.052
#> GSM342424 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.0458 0.87425 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.7026 0.42181 0.008 0.524 0.004 0.180 0.164 0.120
#> GSM342428 2 0.7309 0.27273 0.008 0.440 0.004 0.284 0.156 0.108
#> GSM342429 2 0.5778 0.43890 0.012 0.668 0.012 0.084 0.176 0.048
#> GSM342430 3 0.1053 0.74933 0.000 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020
#> GSM342431 3 0.1053 0.75014 0.000 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020
#> GSM342432 3 0.4253 0.55560 0.016 0.012 0.752 0.004 0.024 0.192
#> GSM342433 6 0.5716 0.54565 0.020 0.060 0.356 0.000 0.020 0.544
#> GSM342434 6 0.5147 0.58291 0.008 0.056 0.320 0.000 0.012 0.604
#> GSM342435 6 0.5675 0.53976 0.020 0.056 0.360 0.000 0.020 0.544
#> GSM342436 3 0.5174 -0.24323 0.016 0.012 0.484 0.004 0.020 0.464
#> GSM342438 3 0.3430 0.66343 0.016 0.012 0.836 0.004 0.020 0.112
#> GSM342439 3 0.4320 0.52623 0.016 0.012 0.736 0.004 0.020 0.212
#> GSM342440 3 0.5174 -0.24323 0.016 0.012 0.484 0.004 0.020 0.464
#> GSM342442 3 0.4320 0.52623 0.016 0.012 0.736 0.004 0.020 0.212
#> GSM342443 2 0.0603 0.54920 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM342445 3 0.5174 -0.24323 0.016 0.012 0.484 0.004 0.020 0.464
#> GSM342446 3 0.4594 0.43874 0.016 0.012 0.692 0.004 0.020 0.256
#> GSM342447 3 0.0837 0.74950 0.004 0.000 0.972 0.004 0.020 0.000
#> GSM342448 6 0.5635 0.56484 0.020 0.056 0.344 0.000 0.020 0.560
#> GSM342449 3 0.4948 0.21443 0.016 0.012 0.612 0.004 0.020 0.336
#> GSM342450 6 0.5675 0.53976 0.020 0.056 0.360 0.000 0.020 0.544
#> GSM342452 3 0.2201 0.72787 0.016 0.004 0.916 0.004 0.016 0.044
#> GSM342453 3 0.1551 0.74058 0.008 0.004 0.948 0.004 0.016 0.020
#> GSM342455 3 0.3220 0.67032 0.016 0.004 0.844 0.004 0.020 0.112
#> GSM342456 6 0.7759 -0.43663 0.268 0.020 0.000 0.296 0.104 0.312
#> GSM342457 5 0.4370 0.41919 0.012 0.428 0.000 0.000 0.552 0.008
#> GSM342458 2 0.4715 0.52922 0.008 0.728 0.000 0.128 0.012 0.124
#> GSM342459 2 0.0790 0.53220 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM342460 2 0.0603 0.54920 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM342461 2 0.2773 0.42334 0.004 0.836 0.008 0.000 0.152 0.000
#> GSM342463 2 0.4804 -0.21027 0.012 0.540 0.032 0.000 0.416 0.000
#> GSM342464 2 0.4411 -0.00767 0.012 0.628 0.020 0.000 0.340 0.000
#> GSM342465 2 0.4909 -0.25713 0.016 0.516 0.032 0.000 0.436 0.000
#> GSM342466 1 0.4103 0.56777 0.720 0.000 0.004 0.016 0.244 0.016
#> GSM342468 2 0.5002 0.52224 0.008 0.712 0.000 0.128 0.024 0.128
#> GSM342469 5 0.5004 -0.09076 0.456 0.000 0.000 0.028 0.492 0.024
#> GSM342470 1 0.3513 0.60815 0.840 0.028 0.000 0.068 0.008 0.056
#> GSM342472 6 0.6835 0.01491 0.008 0.300 0.004 0.072 0.128 0.488
#> GSM342473 2 0.3252 0.42462 0.004 0.816 0.008 0.000 0.156 0.016
#> GSM342474 2 0.3252 0.42462 0.004 0.816 0.008 0.000 0.156 0.016
#> GSM342475 3 0.5174 -0.24323 0.016 0.012 0.484 0.004 0.020 0.464
#> GSM342476 2 0.3578 0.54313 0.000 0.812 0.000 0.008 0.088 0.092
#> GSM342478 2 0.1606 0.51683 0.004 0.932 0.008 0.000 0.056 0.000
#> GSM342479 2 0.6122 0.39117 0.012 0.612 0.008 0.088 0.228 0.052
#> GSM342480 2 0.0603 0.54920 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM342481 2 0.4210 0.48507 0.008 0.748 0.008 0.000 0.188 0.048
#> GSM342482 2 0.1787 0.50932 0.004 0.920 0.008 0.000 0.068 0.000
#> GSM342483 2 0.1787 0.50932 0.004 0.920 0.008 0.000 0.068 0.000
#> GSM342485 2 0.4905 -0.24962 0.016 0.520 0.032 0.000 0.432 0.000
#> GSM342486 5 0.4389 0.40800 0.012 0.444 0.008 0.000 0.536 0.000
#> GSM342487 6 0.5131 0.55900 0.016 0.048 0.356 0.000 0.004 0.576
#> GSM342488 2 0.3916 0.51652 0.004 0.792 0.000 0.016 0.132 0.056
#> GSM342489 2 0.0603 0.54920 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM342490 2 0.6488 0.45675 0.012 0.588 0.000 0.168 0.132 0.100
#> GSM342492 6 0.5633 0.53429 0.020 0.052 0.364 0.000 0.020 0.544
#> GSM342493 2 0.4905 -0.24962 0.016 0.520 0.032 0.000 0.432 0.000
#> GSM342494 2 0.2062 0.55317 0.004 0.900 0.000 0.008 0.000 0.088
#> GSM342497 2 0.5338 0.52513 0.004 0.700 0.000 0.104 0.088 0.104
#> GSM342498 1 0.3212 0.61703 0.800 0.000 0.004 0.016 0.180 0.000
#> GSM342499 5 0.5110 -0.00342 0.424 0.000 0.004 0.028 0.520 0.024
#> GSM342500 2 0.1606 0.51730 0.004 0.932 0.008 0.000 0.056 0.000
#> GSM342501 5 0.6665 0.32630 0.040 0.268 0.032 0.056 0.568 0.036
#> GSM342502 2 0.3691 0.22438 0.008 0.724 0.008 0.000 0.260 0.000
#> GSM342503 2 0.2773 0.42457 0.004 0.836 0.008 0.000 0.152 0.000
#> GSM342504 2 0.1901 0.50485 0.004 0.912 0.008 0.000 0.076 0.000
#> GSM342505 3 0.2355 0.72255 0.016 0.004 0.908 0.004 0.020 0.048
#> GSM342506 1 0.3212 0.61703 0.800 0.000 0.004 0.016 0.180 0.000
#> GSM342507 1 0.7159 0.44459 0.440 0.000 0.000 0.156 0.148 0.256
#> GSM342508 1 0.3121 0.61806 0.804 0.000 0.004 0.012 0.180 0.000
#> GSM342509 1 0.7236 0.43771 0.444 0.004 0.000 0.156 0.140 0.256
#> GSM342510 1 0.7653 0.26820 0.316 0.012 0.000 0.276 0.108 0.288
#> GSM342511 6 0.6788 -0.18887 0.012 0.376 0.032 0.008 0.148 0.424
#> GSM342512 2 0.4905 -0.24962 0.016 0.520 0.032 0.000 0.432 0.000
#> GSM342513 2 0.4909 -0.25713 0.016 0.516 0.032 0.000 0.436 0.000
#> GSM342514 1 0.3306 0.60555 0.844 0.028 0.004 0.012 0.008 0.104
#> GSM342515 1 0.3136 0.61260 0.796 0.000 0.000 0.016 0.188 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:kmeans 193 0.5612 2
#> CV:kmeans 116 0.6683 3
#> CV:kmeans 131 0.0319 4
#> CV:kmeans 108 0.0607 5
#> CV:kmeans 124 0.0907 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.494 0.683 0.837 0.4928 0.510 0.510
#> 3 3 0.704 0.709 0.836 0.3504 0.699 0.474
#> 4 4 0.701 0.668 0.837 0.1188 0.878 0.655
#> 5 5 0.718 0.658 0.806 0.0597 0.869 0.556
#> 6 6 0.723 0.607 0.759 0.0393 0.974 0.879
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342323 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342326 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.6438 0.705 0.836 0.164
#> GSM342371 2 0.0376 0.778 0.004 0.996
#> GSM342380 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342382 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342399 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342402 1 0.6048 0.598 0.852 0.148
#> GSM342404 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342409 2 0.9323 0.177 0.348 0.652
#> GSM342426 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342441 1 0.8955 0.632 0.688 0.312
#> GSM342444 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.2043 0.746 0.032 0.968
#> GSM342484 1 0.2948 0.718 0.948 0.052
#> GSM342491 1 0.9944 0.509 0.544 0.456
#> GSM342322 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342338 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342356 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.4431 0.676 0.908 0.092
#> GSM342366 2 0.6623 0.694 0.172 0.828
#> GSM342385 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342421 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342454 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.9933 0.491 0.452 0.548
#> GSM342320 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.2423 0.738 0.040 0.960
#> GSM342336 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342348 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342349 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342350 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342351 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342352 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342353 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342358 1 0.9998 0.447 0.508 0.492
#> GSM342359 1 0.9993 0.463 0.516 0.484
#> GSM342360 1 0.9993 0.463 0.516 0.484
#> GSM342361 1 0.9993 0.463 0.516 0.484
#> GSM342362 1 0.8608 0.306 0.716 0.284
#> GSM342363 1 0.8763 0.272 0.704 0.296
#> GSM342364 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342365 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342368 2 0.9087 0.613 0.324 0.676
#> GSM342369 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342376 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342377 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342378 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342379 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342381 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342383 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342384 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342386 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342387 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342389 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342390 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.2603 0.724 0.956 0.044
#> GSM342392 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342394 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342395 2 0.6623 0.694 0.172 0.828
#> GSM342396 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342398 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342400 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342401 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342403 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342405 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342406 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342407 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342410 1 0.0938 0.751 0.988 0.012
#> GSM342411 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342413 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342414 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342415 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342416 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342417 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342419 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342420 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342422 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342423 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342430 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342434 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342435 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342436 1 0.8955 0.632 0.688 0.312
#> GSM342438 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.6623 0.702 0.828 0.172
#> GSM342442 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.6623 0.702 0.828 0.172
#> GSM342446 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342449 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342452 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342456 1 0.9993 0.463 0.516 0.484
#> GSM342457 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342458 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342464 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342465 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342466 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342470 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342472 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342473 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342475 1 0.6623 0.702 0.828 0.172
#> GSM342476 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342486 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342487 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342488 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342492 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342493 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342494 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.9933 0.490 0.452 0.548
#> GSM342499 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342500 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342502 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342503 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.779 0.000 1.000
#> GSM342505 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342507 1 0.4022 0.690 0.920 0.080
#> GSM342508 1 0.0000 0.760 1.000 0.000
#> GSM342509 1 0.1184 0.749 0.984 0.016
#> GSM342510 1 0.9833 0.554 0.576 0.424
#> GSM342511 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342512 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342513 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
#> GSM342514 1 0.9710 0.582 0.600 0.400
#> GSM342515 2 0.9710 0.574 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342327 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342329 1 0.6126 0.678 0.600 0.400 0.000
#> GSM342331 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342334 1 0.6154 0.674 0.592 0.408 0.000
#> GSM342335 2 0.4931 0.651 0.232 0.768 0.000
#> GSM342354 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342371 2 0.6126 0.629 0.400 0.600 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342408 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342409 2 0.7174 0.125 0.024 0.516 0.460
#> GSM342426 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342451 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342462 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342467 2 0.4799 0.460 0.132 0.836 0.032
#> GSM342484 1 0.0424 0.654 0.992 0.000 0.008
#> GSM342491 1 0.6498 0.675 0.596 0.396 0.008
#> GSM342322 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 3 0.0424 0.948 0.008 0.000 0.992
#> GSM342347 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342356 3 0.6079 0.480 0.388 0.000 0.612
#> GSM342357 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342366 2 0.6126 0.629 0.400 0.600 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342437 1 0.6345 0.676 0.596 0.400 0.004
#> GSM342454 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.2796 0.656 0.908 0.092 0.000
#> GSM342477 1 0.6345 0.676 0.596 0.400 0.004
#> GSM342495 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342496 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342320 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342321 1 0.6126 0.678 0.600 0.400 0.000
#> GSM342324 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342328 1 0.6126 0.678 0.600 0.400 0.000
#> GSM342330 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342332 1 0.6126 0.678 0.600 0.400 0.000
#> GSM342333 2 0.1289 0.661 0.000 0.968 0.032
#> GSM342336 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342337 3 0.6079 0.480 0.388 0.000 0.612
#> GSM342339 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342340 3 0.1411 0.924 0.036 0.000 0.964
#> GSM342341 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342342 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342343 3 0.4555 0.749 0.200 0.000 0.800
#> GSM342344 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342345 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342346 1 0.6154 0.674 0.592 0.408 0.000
#> GSM342348 1 0.0237 0.656 0.996 0.004 0.000
#> GSM342349 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342350 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342351 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342352 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342353 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342355 3 0.6079 0.480 0.388 0.000 0.612
#> GSM342358 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342359 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342360 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342361 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342362 1 0.0424 0.656 0.992 0.008 0.000
#> GSM342363 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342364 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342367 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342368 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342373 2 0.5465 0.643 0.288 0.712 0.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342376 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342377 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342386 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342387 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342388 3 0.4452 0.759 0.192 0.000 0.808
#> GSM342389 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342393 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342396 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342397 3 0.0424 0.948 0.000 0.008 0.992
#> GSM342398 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342400 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342401 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342403 1 0.5431 0.058 0.716 0.284 0.000
#> GSM342405 3 0.6140 0.374 0.000 0.404 0.596
#> GSM342406 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342407 3 0.0237 0.949 0.000 0.004 0.996
#> GSM342410 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.6111 0.678 0.604 0.396 0.000
#> GSM342412 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342413 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342414 3 0.0237 0.949 0.000 0.004 0.996
#> GSM342415 2 0.6126 0.629 0.400 0.600 0.000
#> GSM342416 1 0.0237 0.656 0.996 0.004 0.000
#> GSM342417 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342418 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342419 1 0.2959 0.524 0.900 0.100 0.000
#> GSM342420 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342422 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342423 2 0.0424 0.687 0.008 0.992 0.000
#> GSM342424 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342425 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342427 2 0.6509 -0.495 0.472 0.524 0.004
#> GSM342428 1 0.6302 0.572 0.520 0.480 0.000
#> GSM342429 2 0.6680 -0.519 0.484 0.508 0.008
#> GSM342430 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342431 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342432 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342434 3 0.0237 0.949 0.000 0.004 0.996
#> GSM342435 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342445 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0237 0.950 0.004 0.000 0.996
#> GSM342448 3 0.0237 0.949 0.000 0.004 0.996
#> GSM342449 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342457 2 0.6140 0.629 0.404 0.596 0.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342460 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342461 2 0.1170 0.688 0.016 0.976 0.008
#> GSM342463 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342464 2 0.6498 0.630 0.396 0.596 0.008
#> GSM342465 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342466 1 0.0237 0.653 0.996 0.000 0.004
#> GSM342468 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342470 1 0.6140 0.678 0.596 0.404 0.000
#> GSM342472 3 0.6126 0.376 0.000 0.400 0.600
#> GSM342473 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342474 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342475 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342478 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342479 1 0.6498 0.675 0.596 0.396 0.008
#> GSM342480 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342481 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342482 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342483 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342485 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342486 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342487 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342489 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342490 1 0.6516 0.564 0.516 0.480 0.004
#> GSM342492 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342494 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342497 2 0.0237 0.687 0.000 0.996 0.004
#> GSM342498 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0424 0.687 0.000 0.992 0.008
#> GSM342501 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> GSM342502 2 0.6498 0.630 0.396 0.596 0.008
#> GSM342503 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342504 2 0.0661 0.688 0.004 0.988 0.008
#> GSM342505 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.0237 0.655 0.996 0.000 0.004
#> GSM342507 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342508 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
#> GSM342509 1 0.0424 0.654 0.992 0.000 0.008
#> GSM342510 1 0.6345 0.676 0.596 0.400 0.004
#> GSM342511 3 0.0237 0.949 0.000 0.004 0.996
#> GSM342512 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342513 2 0.6345 0.629 0.400 0.596 0.004
#> GSM342514 1 0.6235 0.246 0.564 0.000 0.436
#> GSM342515 1 0.0000 0.656 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.4877 0.5099 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM342323 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342325 1 0.4776 0.5296 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM342326 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342327 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342329 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342331 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342334 4 0.0921 0.7828 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM342335 2 0.5915 0.4225 0.040 0.560 0.000 0.400
#> GSM342354 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.1557 0.7515 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM342380 1 0.4936 0.5306 0.624 0.004 0.000 0.372
#> GSM342382 2 0.4925 0.2834 0.428 0.572 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.4761 0.5303 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM342402 1 0.4585 0.5525 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342404 2 0.4925 0.3601 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM342408 3 0.3873 0.6568 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM342409 2 0.6405 0.3802 0.048 0.568 0.372 0.012
#> GSM342426 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342441 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342467 4 0.3257 0.6913 0.004 0.152 0.000 0.844
#> GSM342484 1 0.5279 0.4451 0.588 0.012 0.000 0.400
#> GSM342491 4 0.1936 0.7727 0.032 0.028 0.000 0.940
#> GSM342322 1 0.4933 0.4888 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342338 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342356 3 0.4967 0.2003 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM342357 1 0.4585 0.5525 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342366 2 0.1637 0.7501 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.5085 0.5266 0.616 0.008 0.000 0.376
#> GSM342421 2 0.4830 0.4277 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM342437 4 0.5203 0.4077 0.416 0.008 0.000 0.576
#> GSM342454 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.2345 0.6530 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM342477 4 0.1389 0.7741 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM342495 2 0.0921 0.7563 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342496 2 0.3219 0.6845 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342321 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342324 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342328 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342330 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342332 4 0.0188 0.7958 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342333 4 0.7301 -0.1210 0.088 0.436 0.020 0.456
#> GSM342336 4 0.2699 0.7587 0.068 0.028 0.000 0.904
#> GSM342337 3 0.4967 0.2003 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342340 3 0.3219 0.7769 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 3 0.3837 0.6917 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342346 4 0.1118 0.7785 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM342348 1 0.2868 0.6224 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342349 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342355 3 0.4972 0.1883 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM342358 4 0.3610 0.6606 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342359 4 0.3610 0.6606 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342360 4 0.3764 0.6407 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM342361 4 0.3311 0.6874 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM342362 1 0.4898 0.4264 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM342363 1 0.4522 0.5644 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM342364 2 0.1716 0.7487 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM342365 2 0.4933 0.3517 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM342367 2 0.4304 0.5545 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.1637 0.7501 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.4804 0.4395 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM342370 2 0.4933 0.3517 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM342372 2 0.4843 0.4207 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM342373 2 0.1118 0.7547 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM342374 2 0.4933 0.3517 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM342375 2 0.4830 0.4270 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM342376 1 0.4925 0.0990 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.4925 0.0990 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0707 0.6710 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342379 1 0.4776 0.5263 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM342381 1 0.5097 0.0974 0.568 0.428 0.000 0.004
#> GSM342383 1 0.5189 0.5289 0.616 0.012 0.000 0.372
#> GSM342384 2 0.4907 0.3031 0.420 0.580 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.3311 0.6811 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.4933 0.3867 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM342388 3 0.3569 0.7338 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM342389 2 0.4679 0.4453 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.2704 0.6309 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM342391 1 0.1118 0.6723 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342392 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.4933 0.3517 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM342394 1 0.1118 0.6723 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342395 2 0.1389 0.7520 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.4941 0.0781 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.4933 0.2751 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.5313 0.5229 0.608 0.016 0.000 0.376
#> GSM342405 4 0.7343 0.1480 0.000 0.156 0.420 0.424
#> GSM342406 1 0.2868 0.6224 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342407 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.1118 0.6723 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342411 1 0.4817 0.1150 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM342412 4 0.0817 0.7848 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM342413 4 0.4933 0.3867 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM342414 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.4933 0.0886 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.2868 0.6224 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342417 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342418 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342419 1 0.5630 0.5820 0.724 0.136 0.000 0.140
#> GSM342420 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342422 1 0.4967 0.0292 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.1520 0.7592 0.024 0.956 0.000 0.020
#> GSM342424 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342425 4 0.0336 0.7969 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342427 4 0.4152 0.6773 0.032 0.160 0.000 0.808
#> GSM342428 4 0.4590 0.6707 0.060 0.148 0.000 0.792
#> GSM342429 2 0.6347 0.0461 0.064 0.524 0.000 0.412
#> GSM342430 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 3 0.0188 0.9477 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342435 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0921 0.7563 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342445 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.2589 0.8354 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.3311 0.6874 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM342457 2 0.2589 0.7224 0.116 0.884 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.4877 0.3989 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM342459 2 0.0336 0.7595 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342460 2 0.0817 0.7568 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342461 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.3074 0.6927 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.2345 0.7272 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.3219 0.6855 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.1209 0.6718 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM342468 2 0.4830 0.4277 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM342469 1 0.0707 0.6686 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342470 4 0.4933 0.3867 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM342472 4 0.6098 0.5500 0.000 0.124 0.200 0.676
#> GSM342473 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.4382 0.5526 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM342478 2 0.0336 0.7595 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342479 4 0.4978 0.3182 0.004 0.384 0.000 0.612
#> GSM342480 2 0.0921 0.7563 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342481 2 0.0336 0.7595 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342482 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0188 0.7600 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342485 2 0.3219 0.6855 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.3311 0.6782 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.4103 0.5954 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM342489 2 0.0921 0.7563 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342490 4 0.2814 0.7106 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM342492 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.3219 0.6855 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.4304 0.5664 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM342497 2 0.4981 0.2640 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342498 1 0.1118 0.6723 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342499 1 0.0927 0.6651 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM342500 2 0.0336 0.7595 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342501 4 0.7834 -0.1444 0.260 0.368 0.000 0.372
#> GSM342502 2 0.0921 0.7559 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.7602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.0000 0.9514 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.1118 0.6723 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342507 1 0.4855 0.4554 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM342508 1 0.1022 0.6725 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342509 1 0.5028 0.4516 0.596 0.004 0.000 0.400
#> GSM342510 4 0.3610 0.6606 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342511 3 0.1284 0.9183 0.000 0.024 0.964 0.012
#> GSM342512 2 0.3219 0.6855 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.3219 0.6855 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342514 1 0.7221 0.0244 0.432 0.000 0.428 0.140
#> GSM342515 1 0.1022 0.6725 0.968 0.000 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.6164 0.1958 0.152 0.000 0.000 0.520 0.328
#> GSM342323 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342325 4 0.6324 -0.0531 0.156 0.000 0.000 0.432 0.412
#> GSM342326 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342327 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342329 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342331 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342334 4 0.4519 0.5212 0.000 0.228 0.000 0.720 0.052
#> GSM342335 5 0.5991 0.2067 0.000 0.288 0.000 0.148 0.564
#> GSM342354 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342371 5 0.2179 0.6726 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM342380 5 0.7808 0.2616 0.156 0.128 0.000 0.252 0.464
#> GSM342382 5 0.1478 0.7373 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM342399 5 0.6312 0.1086 0.156 0.000 0.000 0.392 0.452
#> GSM342402 1 0.6169 0.2794 0.524 0.084 0.000 0.372 0.020
#> GSM342404 2 0.5958 0.5056 0.000 0.568 0.000 0.288 0.144
#> GSM342408 3 0.4407 0.6926 0.000 0.028 0.756 0.196 0.020
#> GSM342409 5 0.4834 0.4477 0.000 0.308 0.028 0.008 0.656
#> GSM342426 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342441 3 0.0290 0.9552 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0451 0.9533 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.3966 0.4871 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM342467 2 0.3857 0.3879 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM342484 1 0.5869 0.2051 0.484 0.084 0.004 0.428 0.000
#> GSM342491 4 0.4451 0.4549 0.016 0.340 0.000 0.644 0.000
#> GSM342322 4 0.5972 0.2959 0.152 0.000 0.000 0.572 0.276
#> GSM342338 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.1012 0.9455 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM342356 3 0.5044 0.6584 0.140 0.004 0.716 0.000 0.140
#> GSM342357 1 0.6169 0.2794 0.524 0.084 0.000 0.372 0.020
#> GSM342366 5 0.1965 0.6863 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM342385 5 0.7823 0.2535 0.156 0.128 0.000 0.256 0.460
#> GSM342421 2 0.6806 0.4652 0.000 0.352 0.000 0.296 0.352
#> GSM342437 1 0.4617 0.6257 0.744 0.108 0.000 0.148 0.000
#> GSM342454 3 0.0162 0.9555 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1952 0.7490 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM342477 4 0.4161 0.3856 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM342495 2 0.2230 0.6041 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM342496 5 0.4275 0.5991 0.020 0.284 0.000 0.000 0.696
#> GSM342320 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342321 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342324 4 0.0000 0.7732 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.7732 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342332 4 0.2286 0.7016 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> GSM342333 2 0.6678 0.4701 0.000 0.500 0.008 0.256 0.236
#> GSM342336 4 0.4522 0.4740 0.000 0.248 0.000 0.708 0.044
#> GSM342337 3 0.5084 0.6529 0.140 0.004 0.712 0.000 0.144
#> GSM342339 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.1728 0.9170 0.036 0.004 0.940 0.000 0.020
#> GSM342341 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.3081 0.8458 0.056 0.004 0.868 0.000 0.072
#> GSM342344 3 0.0290 0.9554 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.3812 0.6018 0.000 0.204 0.000 0.772 0.024
#> GSM342348 1 0.0771 0.7644 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM342349 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0510 0.9533 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342352 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0290 0.9558 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342355 3 0.5581 0.5687 0.148 0.004 0.656 0.000 0.192
#> GSM342358 4 0.5519 0.2263 0.332 0.084 0.000 0.584 0.000
#> GSM342359 4 0.5505 0.2373 0.328 0.084 0.000 0.588 0.000
#> GSM342360 4 0.5571 0.1774 0.348 0.084 0.000 0.568 0.000
#> GSM342361 4 0.4428 0.5678 0.160 0.084 0.000 0.756 0.000
#> GSM342362 1 0.6082 0.1535 0.460 0.084 0.000 0.444 0.012
#> GSM342363 1 0.6562 0.2778 0.512 0.084 0.000 0.360 0.044
#> GSM342364 5 0.1671 0.6973 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM342365 2 0.6655 0.5710 0.000 0.444 0.000 0.296 0.260
#> GSM342367 5 0.1943 0.7380 0.056 0.020 0.000 0.000 0.924
#> GSM342368 5 0.1732 0.6988 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM342369 2 0.6647 0.5672 0.000 0.448 0.000 0.264 0.288
#> GSM342370 2 0.6655 0.5710 0.000 0.444 0.000 0.296 0.260
#> GSM342372 2 0.6684 0.5631 0.000 0.436 0.000 0.276 0.288
#> GSM342373 5 0.2127 0.6743 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM342374 2 0.6655 0.5710 0.000 0.444 0.000 0.296 0.260
#> GSM342375 2 0.6672 0.5654 0.000 0.440 0.000 0.272 0.288
#> GSM342376 5 0.1892 0.7313 0.080 0.004 0.000 0.000 0.916
#> GSM342377 5 0.1732 0.7325 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM342378 1 0.1571 0.7475 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM342379 5 0.7514 0.2313 0.156 0.080 0.000 0.300 0.464
#> GSM342381 5 0.1732 0.7325 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM342383 5 0.7457 0.3962 0.156 0.128 0.000 0.184 0.532
#> GSM342384 5 0.1410 0.7377 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM342386 5 0.2036 0.7305 0.024 0.056 0.000 0.000 0.920
#> GSM342387 1 0.3612 0.5566 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM342388 3 0.2740 0.8667 0.044 0.004 0.888 0.000 0.064
#> GSM342389 5 0.1845 0.7378 0.056 0.016 0.000 0.000 0.928
#> GSM342390 1 0.0510 0.7646 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342391 1 0.0955 0.7661 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM342392 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.5923 0.5073 0.000 0.572 0.000 0.288 0.140
#> GSM342394 1 0.0955 0.7661 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM342395 5 0.1965 0.6863 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM342396 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342398 5 0.1671 0.7339 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM342400 5 0.1478 0.7371 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM342401 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.6858 0.4964 0.132 0.168 0.000 0.100 0.600
#> GSM342405 2 0.7521 0.3205 0.000 0.448 0.224 0.272 0.056
#> GSM342406 1 0.0609 0.7638 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342407 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0955 0.7661 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM342411 1 0.2424 0.7129 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM342412 4 0.4096 0.6103 0.000 0.176 0.000 0.772 0.052
#> GSM342413 1 0.2690 0.6796 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM342414 3 0.0404 0.9544 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342415 5 0.0794 0.7288 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM342416 1 0.0609 0.7638 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342417 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342418 4 0.0290 0.7737 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342419 5 0.4199 0.6417 0.160 0.000 0.000 0.068 0.772
#> GSM342420 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342422 5 0.1544 0.7364 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM342423 5 0.3805 0.5089 0.000 0.184 0.000 0.032 0.784
#> GSM342424 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342425 4 0.0162 0.7752 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342427 2 0.4444 0.3251 0.000 0.624 0.000 0.364 0.012
#> GSM342428 2 0.4451 0.1298 0.000 0.504 0.000 0.492 0.004
#> GSM342429 2 0.4141 0.4307 0.000 0.728 0.000 0.248 0.024
#> GSM342430 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0324 0.9549 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0162 0.9555 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342435 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0290 0.9552 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0290 0.9552 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.3274 0.6011 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM342445 3 0.0290 0.9552 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0771 0.9458 0.020 0.004 0.976 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0162 0.9555 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9558 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.4428 0.5678 0.160 0.084 0.000 0.756 0.000
#> GSM342457 5 0.2248 0.7077 0.012 0.088 0.000 0.000 0.900
#> GSM342458 2 0.6541 0.5882 0.000 0.480 0.000 0.264 0.256
#> GSM342459 2 0.3336 0.5973 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM342460 2 0.3274 0.6011 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM342461 2 0.3983 0.4837 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM342463 5 0.3562 0.6421 0.016 0.196 0.000 0.000 0.788
#> GSM342464 5 0.3983 0.3993 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM342465 5 0.3476 0.6651 0.020 0.176 0.000 0.000 0.804
#> GSM342466 1 0.0771 0.7673 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM342468 2 0.6622 0.5731 0.000 0.456 0.000 0.260 0.284
#> GSM342469 1 0.3563 0.5837 0.780 0.000 0.000 0.012 0.208
#> GSM342470 1 0.2763 0.6852 0.848 0.004 0.000 0.148 0.000
#> GSM342472 2 0.4747 0.3039 0.000 0.620 0.028 0.352 0.000
#> GSM342473 2 0.4015 0.4860 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM342474 2 0.4015 0.4860 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM342475 3 0.0290 0.9552 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.2464 0.6063 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> GSM342478 2 0.3424 0.5895 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342479 2 0.5036 -0.1051 0.000 0.516 0.000 0.452 0.032
#> GSM342480 2 0.3274 0.6011 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM342481 2 0.2424 0.5922 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM342482 2 0.3876 0.5146 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM342483 2 0.3816 0.5285 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM342485 5 0.3476 0.6651 0.020 0.176 0.000 0.000 0.804
#> GSM342486 5 0.2773 0.7062 0.020 0.112 0.000 0.000 0.868
#> GSM342487 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.2588 0.5944 0.000 0.892 0.000 0.060 0.048
#> GSM342489 2 0.3274 0.6011 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM342490 2 0.3913 0.3883 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM342492 3 0.0880 0.9455 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342493 5 0.3438 0.6681 0.020 0.172 0.000 0.000 0.808
#> GSM342494 2 0.3596 0.6084 0.000 0.776 0.000 0.012 0.212
#> GSM342497 2 0.4595 0.6035 0.000 0.740 0.000 0.172 0.088
#> GSM342498 1 0.0771 0.7673 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM342499 1 0.3992 0.4781 0.720 0.000 0.000 0.012 0.268
#> GSM342500 2 0.3561 0.5742 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342501 2 0.7739 -0.1610 0.064 0.396 0.000 0.236 0.304
#> GSM342502 5 0.4182 0.2560 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM342503 2 0.4138 0.3987 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM342504 2 0.3895 0.5100 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM342505 3 0.0162 0.9555 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0609 0.7670 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM342507 1 0.5713 0.2387 0.500 0.084 0.000 0.416 0.000
#> GSM342508 1 0.0703 0.7666 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342509 1 0.5858 0.2352 0.496 0.084 0.004 0.416 0.000
#> GSM342510 4 0.5671 0.2008 0.336 0.096 0.000 0.568 0.000
#> GSM342511 3 0.4192 0.3959 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM342512 5 0.3476 0.6651 0.020 0.176 0.000 0.000 0.804
#> GSM342513 5 0.3399 0.6678 0.020 0.168 0.000 0.000 0.812
#> GSM342514 1 0.3594 0.6784 0.844 0.032 0.096 0.028 0.000
#> GSM342515 1 0.0955 0.7661 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.5264 0.1716 0.068 0.000 0.000 0.556 0.360 0.016
#> GSM342323 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 5 0.5744 0.2197 0.088 0.000 0.000 0.388 0.496 0.028
#> GSM342326 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 4 0.5197 0.4523 0.004 0.204 0.000 0.652 0.008 0.132
#> GSM342335 5 0.6660 0.2763 0.004 0.320 0.000 0.088 0.480 0.108
#> GSM342354 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342371 5 0.3633 0.6299 0.004 0.148 0.000 0.000 0.792 0.056
#> GSM342380 5 0.7410 0.4082 0.088 0.120 0.000 0.140 0.536 0.116
#> GSM342382 5 0.0725 0.7386 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012
#> GSM342399 5 0.6034 0.3252 0.088 0.004 0.000 0.324 0.536 0.048
#> GSM342402 6 0.7101 0.4381 0.272 0.012 0.000 0.268 0.048 0.400
#> GSM342404 2 0.5531 0.5492 0.004 0.652 0.000 0.184 0.036 0.124
#> GSM342408 3 0.4488 0.6249 0.000 0.016 0.508 0.008 0.000 0.468
#> GSM342409 5 0.6379 0.2306 0.004 0.284 0.008 0.000 0.412 0.292
#> GSM342426 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.3695 0.7064 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM342444 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.3271 0.6098 0.000 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> GSM342467 2 0.4700 0.5119 0.000 0.704 0.000 0.160 0.008 0.128
#> GSM342484 6 0.6355 0.4250 0.280 0.012 0.000 0.308 0.000 0.400
#> GSM342491 6 0.6436 0.0498 0.004 0.284 0.000 0.348 0.008 0.356
#> GSM342322 4 0.4771 0.3247 0.064 0.000 0.000 0.660 0.264 0.012
#> GSM342338 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342347 3 0.3847 0.6657 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM342356 3 0.2566 0.7101 0.028 0.000 0.888 0.000 0.064 0.020
#> GSM342357 6 0.6976 0.4411 0.276 0.012 0.000 0.276 0.036 0.400
#> GSM342366 5 0.3595 0.6390 0.004 0.144 0.000 0.000 0.796 0.056
#> GSM342385 5 0.7410 0.4082 0.088 0.120 0.000 0.140 0.536 0.116
#> GSM342421 2 0.7005 0.5183 0.004 0.452 0.000 0.252 0.216 0.076
#> GSM342437 1 0.3605 0.7401 0.804 0.128 0.000 0.060 0.000 0.008
#> GSM342454 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1124 0.8948 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM342477 4 0.5796 0.1824 0.000 0.388 0.000 0.432 0.000 0.180
#> GSM342495 2 0.1257 0.6518 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> GSM342496 5 0.4926 0.5650 0.000 0.268 0.056 0.000 0.652 0.024
#> GSM342320 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.2173 0.6498 0.000 0.028 0.000 0.904 0.004 0.064
#> GSM342333 2 0.7270 0.3408 0.004 0.456 0.000 0.200 0.152 0.188
#> GSM342336 4 0.4787 0.5004 0.004 0.172 0.000 0.708 0.012 0.104
#> GSM342337 3 0.2624 0.7060 0.028 0.000 0.884 0.000 0.068 0.020
#> GSM342339 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342340 3 0.1049 0.7653 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM342341 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342342 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342343 3 0.1367 0.7529 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM342344 3 0.2762 0.7584 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM342345 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342346 4 0.5296 0.3977 0.000 0.184 0.000 0.600 0.000 0.216
#> GSM342348 1 0.0405 0.8976 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM342349 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342350 3 0.3828 0.6784 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM342351 3 0.3833 0.6752 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM342352 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342353 3 0.1204 0.7862 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342355 3 0.3371 0.6560 0.036 0.000 0.828 0.000 0.116 0.020
#> GSM342358 4 0.5983 -0.2222 0.156 0.012 0.000 0.432 0.000 0.400
#> GSM342359 4 0.5960 -0.2118 0.152 0.012 0.000 0.436 0.000 0.400
#> GSM342360 4 0.6048 -0.2556 0.168 0.012 0.000 0.420 0.000 0.400
#> GSM342361 4 0.5288 -0.0151 0.068 0.012 0.000 0.496 0.000 0.424
#> GSM342362 6 0.6326 0.3834 0.252 0.012 0.000 0.336 0.000 0.400
#> GSM342363 6 0.7108 0.4310 0.272 0.012 0.000 0.252 0.052 0.412
#> GSM342364 5 0.3159 0.6744 0.004 0.108 0.000 0.000 0.836 0.052
#> GSM342365 2 0.6556 0.6064 0.004 0.552 0.000 0.204 0.152 0.088
#> GSM342367 5 0.1196 0.7343 0.008 0.040 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM342368 5 0.3017 0.6797 0.004 0.096 0.000 0.000 0.848 0.052
#> GSM342369 2 0.6574 0.6060 0.004 0.552 0.000 0.188 0.168 0.088
#> GSM342370 2 0.6556 0.6064 0.004 0.552 0.000 0.204 0.152 0.088
#> GSM342372 2 0.6575 0.6043 0.004 0.548 0.000 0.200 0.164 0.084
#> GSM342373 5 0.3911 0.5763 0.004 0.180 0.000 0.000 0.760 0.056
#> GSM342374 2 0.6577 0.6040 0.004 0.548 0.000 0.208 0.152 0.088
#> GSM342375 2 0.6646 0.6013 0.004 0.540 0.000 0.196 0.172 0.088
#> GSM342376 5 0.1313 0.7369 0.028 0.004 0.000 0.000 0.952 0.016
#> GSM342377 5 0.1088 0.7366 0.024 0.000 0.000 0.000 0.960 0.016
#> GSM342378 1 0.1010 0.9005 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM342379 5 0.5924 0.3141 0.084 0.004 0.000 0.340 0.532 0.040
#> GSM342381 5 0.1642 0.7318 0.028 0.004 0.000 0.000 0.936 0.032
#> GSM342383 5 0.6991 0.4707 0.088 0.120 0.000 0.112 0.584 0.096
#> GSM342384 5 0.0820 0.7385 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016
#> GSM342386 5 0.1219 0.7327 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM342387 1 0.2631 0.7280 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM342388 3 0.1265 0.7559 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> GSM342389 5 0.1268 0.7356 0.008 0.036 0.000 0.000 0.952 0.004
#> GSM342390 1 0.0777 0.8903 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM342391 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342392 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342393 2 0.5529 0.5381 0.004 0.648 0.000 0.188 0.032 0.128
#> GSM342394 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342395 5 0.3557 0.6425 0.004 0.140 0.000 0.000 0.800 0.056
#> GSM342396 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342397 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342398 5 0.1642 0.7318 0.028 0.004 0.000 0.000 0.936 0.032
#> GSM342400 5 0.0964 0.7386 0.012 0.004 0.000 0.000 0.968 0.016
#> GSM342401 3 0.0146 0.7877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342403 5 0.6278 0.5219 0.064 0.136 0.000 0.032 0.628 0.140
#> GSM342405 6 0.6239 -0.1064 0.000 0.248 0.200 0.032 0.000 0.520
#> GSM342406 1 0.0777 0.8903 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM342407 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342410 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342411 1 0.1444 0.8698 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM342412 4 0.5174 0.4684 0.004 0.176 0.000 0.660 0.008 0.152
#> GSM342413 1 0.2058 0.8476 0.908 0.000 0.000 0.056 0.000 0.036
#> GSM342414 3 0.3817 0.6840 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM342415 5 0.2624 0.7219 0.024 0.016 0.000 0.000 0.880 0.080
#> GSM342416 1 0.0777 0.8903 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM342417 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0146 0.7077 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342419 5 0.3275 0.6952 0.072 0.004 0.000 0.040 0.852 0.032
#> GSM342420 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.0820 0.7385 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016
#> GSM342423 5 0.4921 0.4235 0.004 0.236 0.000 0.020 0.676 0.064
#> GSM342424 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.0000 0.7103 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.5327 0.3856 0.000 0.612 0.000 0.280 0.024 0.084
#> GSM342428 2 0.5225 0.1612 0.000 0.496 0.000 0.420 0.004 0.080
#> GSM342429 2 0.4926 0.3180 0.000 0.624 0.000 0.296 0.008 0.072
#> GSM342430 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0146 0.7884 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342433 3 0.3944 0.6816 0.000 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> GSM342434 3 0.3961 0.6717 0.000 0.004 0.556 0.000 0.000 0.440
#> GSM342435 3 0.3944 0.6816 0.000 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> GSM342436 3 0.3706 0.7048 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM342438 3 0.0260 0.7888 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342439 3 0.0363 0.7889 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342440 3 0.3695 0.7064 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM342442 3 0.0458 0.7889 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342443 2 0.2442 0.6652 0.000 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM342445 3 0.3695 0.7064 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM342446 3 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM342447 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.3950 0.6785 0.000 0.004 0.564 0.000 0.000 0.432
#> GSM342449 3 0.1663 0.7816 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM342450 3 0.3950 0.6785 0.000 0.004 0.564 0.000 0.000 0.432
#> GSM342452 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0146 0.7884 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342456 4 0.5288 -0.0151 0.068 0.012 0.000 0.496 0.000 0.424
#> GSM342457 5 0.2701 0.6940 0.004 0.104 0.000 0.000 0.864 0.028
#> GSM342458 2 0.6338 0.6215 0.004 0.584 0.000 0.180 0.148 0.084
#> GSM342459 2 0.2558 0.6583 0.000 0.840 0.000 0.000 0.156 0.004
#> GSM342460 2 0.2442 0.6646 0.000 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM342461 2 0.3690 0.5343 0.000 0.684 0.000 0.000 0.308 0.008
#> GSM342463 5 0.3197 0.6503 0.000 0.176 0.012 0.000 0.804 0.008
#> GSM342464 5 0.4034 0.3305 0.000 0.364 0.004 0.000 0.624 0.008
#> GSM342465 5 0.2944 0.6767 0.000 0.148 0.012 0.000 0.832 0.008
#> GSM342466 1 0.0951 0.9050 0.968 0.000 0.008 0.000 0.020 0.004
#> GSM342468 2 0.6505 0.6112 0.004 0.556 0.000 0.200 0.160 0.080
#> GSM342469 1 0.3102 0.7452 0.816 0.000 0.000 0.000 0.156 0.028
#> GSM342470 1 0.2070 0.8505 0.908 0.000 0.000 0.048 0.000 0.044
#> GSM342472 6 0.5479 -0.1059 0.000 0.424 0.008 0.096 0.000 0.472
#> GSM342473 2 0.4045 0.5337 0.000 0.664 0.000 0.000 0.312 0.024
#> GSM342474 2 0.4045 0.5337 0.000 0.664 0.000 0.000 0.312 0.024
#> GSM342475 3 0.3634 0.7128 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342476 2 0.1341 0.6481 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> GSM342478 2 0.2848 0.6492 0.000 0.816 0.000 0.000 0.176 0.008
#> GSM342479 2 0.5984 -0.0319 0.004 0.492 0.000 0.356 0.016 0.132
#> GSM342480 2 0.2442 0.6652 0.000 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM342481 2 0.3159 0.6005 0.000 0.832 0.000 0.000 0.100 0.068
#> GSM342482 2 0.3298 0.6052 0.000 0.756 0.000 0.000 0.236 0.008
#> GSM342483 2 0.3161 0.6233 0.000 0.776 0.000 0.000 0.216 0.008
#> GSM342485 5 0.2944 0.6767 0.000 0.148 0.012 0.000 0.832 0.008
#> GSM342486 5 0.1738 0.7271 0.004 0.052 0.000 0.000 0.928 0.016
#> GSM342487 3 0.4136 0.6757 0.000 0.012 0.560 0.000 0.000 0.428
#> GSM342488 2 0.1523 0.6332 0.000 0.940 0.000 0.008 0.008 0.044
#> GSM342489 2 0.2402 0.6653 0.000 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> GSM342490 2 0.3740 0.4968 0.000 0.740 0.000 0.228 0.000 0.032
#> GSM342492 3 0.3937 0.6839 0.000 0.004 0.572 0.000 0.000 0.424
#> GSM342493 5 0.2944 0.6767 0.000 0.148 0.012 0.000 0.832 0.008
#> GSM342494 2 0.2513 0.6659 0.000 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> GSM342497 2 0.3363 0.6255 0.000 0.832 0.000 0.108 0.024 0.036
#> GSM342498 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342499 1 0.3686 0.6513 0.748 0.000 0.000 0.000 0.220 0.032
#> GSM342500 2 0.3043 0.6349 0.000 0.792 0.000 0.000 0.200 0.008
#> GSM342501 2 0.8144 -0.2413 0.040 0.344 0.016 0.128 0.340 0.132
#> GSM342502 2 0.4097 0.0616 0.000 0.504 0.000 0.000 0.488 0.008
#> GSM342503 2 0.3804 0.4792 0.000 0.656 0.000 0.000 0.336 0.008
#> GSM342504 2 0.3161 0.6233 0.000 0.776 0.000 0.000 0.216 0.008
#> GSM342505 3 0.0000 0.7878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342507 6 0.6359 0.4357 0.296 0.012 0.000 0.292 0.000 0.400
#> GSM342508 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342509 6 0.6359 0.4345 0.292 0.012 0.000 0.296 0.000 0.400
#> GSM342510 4 0.5986 -0.2523 0.156 0.012 0.000 0.416 0.000 0.416
#> GSM342511 6 0.5974 -0.2202 0.000 0.244 0.268 0.004 0.000 0.484
#> GSM342512 5 0.3128 0.6675 0.000 0.168 0.012 0.000 0.812 0.008
#> GSM342513 5 0.2865 0.6805 0.000 0.140 0.012 0.000 0.840 0.008
#> GSM342514 1 0.1806 0.8434 0.908 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM342515 1 0.0713 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:skmeans 187 0.6170 2
#> CV:skmeans 186 0.2047 3
#> CV:skmeans 154 0.1304 4
#> CV:skmeans 152 0.0277 5
#> CV:skmeans 155 0.0769 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.602 0.819 0.923 0.4848 0.507 0.507
#> 3 3 0.612 0.702 0.874 0.2580 0.794 0.619
#> 4 4 0.693 0.748 0.850 0.1355 0.844 0.627
#> 5 5 0.735 0.709 0.798 0.0726 0.942 0.821
#> 6 6 0.785 0.808 0.871 0.0810 0.905 0.668
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342323 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342326 2 0.2043 0.9068 0.032 0.968
#> GSM342327 2 0.9686 0.2531 0.396 0.604
#> GSM342329 2 0.9209 0.4247 0.336 0.664
#> GSM342331 2 0.9393 0.3709 0.356 0.644
#> GSM342334 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.0376 0.9284 0.004 0.996
#> GSM342382 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342399 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342402 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342404 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342409 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342426 1 0.9954 0.1693 0.540 0.460
#> GSM342441 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342467 1 0.7219 0.7596 0.800 0.200
#> GSM342484 1 0.9933 0.1866 0.548 0.452
#> GSM342491 1 0.5842 0.7946 0.860 0.140
#> GSM342322 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.6247 0.7938 0.844 0.156
#> GSM342356 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342357 2 0.0376 0.9284 0.004 0.996
#> GSM342366 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342421 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342437 1 0.2603 0.8632 0.956 0.044
#> GSM342454 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.9248 0.4211 0.340 0.660
#> GSM342477 1 0.9732 0.4219 0.596 0.404
#> GSM342495 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.6623 0.7488 0.172 0.828
#> GSM342320 2 0.9491 0.3375 0.368 0.632
#> GSM342321 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.6531 0.7529 0.168 0.832
#> GSM342328 2 0.1633 0.9135 0.024 0.976
#> GSM342330 2 0.9881 0.1139 0.436 0.564
#> GSM342332 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.8386 0.5753 0.268 0.732
#> GSM342336 2 0.9754 0.2305 0.408 0.592
#> GSM342337 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342339 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.6801 0.7356 0.820 0.180
#> GSM342341 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.4022 0.8447 0.920 0.080
#> GSM342344 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.8813 0.5748 0.700 0.300
#> GSM342348 1 0.8016 0.7127 0.756 0.244
#> GSM342349 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342352 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342353 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342358 1 0.9661 0.4566 0.608 0.392
#> GSM342359 1 0.9323 0.5509 0.652 0.348
#> GSM342360 1 0.9909 0.3195 0.556 0.444
#> GSM342361 1 0.0376 0.8828 0.996 0.004
#> GSM342362 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342363 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342364 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.3114 0.8848 0.056 0.944
#> GSM342376 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342378 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342379 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342383 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342387 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342388 2 0.9552 0.3246 0.376 0.624
#> GSM342389 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342390 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342391 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342392 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.3879 0.8653 0.076 0.924
#> GSM342394 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342398 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342403 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342405 1 0.8555 0.6649 0.720 0.280
#> GSM342406 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342407 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.9795 0.3805 0.584 0.416
#> GSM342411 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342413 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342414 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342415 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342416 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342417 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.1184 0.9198 0.016 0.984
#> GSM342419 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342420 2 0.7376 0.6904 0.208 0.792
#> GSM342422 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.6247 0.7697 0.156 0.844
#> GSM342425 1 0.9933 0.1976 0.548 0.452
#> GSM342427 1 0.9552 0.4929 0.624 0.376
#> GSM342428 2 0.9996 -0.0995 0.488 0.512
#> GSM342429 2 0.6801 0.7393 0.180 0.820
#> GSM342430 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342434 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342435 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342436 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342449 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342452 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342456 1 0.7219 0.7304 0.800 0.200
#> GSM342457 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342466 1 0.7056 0.7656 0.808 0.192
#> GSM342468 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342470 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342472 1 0.0938 0.8792 0.988 0.012
#> GSM342473 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342475 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.4690 0.8391 0.100 0.900
#> GSM342478 2 0.4815 0.8346 0.104 0.896
#> GSM342479 2 0.6801 0.7391 0.180 0.820
#> GSM342480 2 0.3431 0.8788 0.064 0.936
#> GSM342481 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.0376 0.9284 0.004 0.996
#> GSM342485 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342487 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.2948 0.8885 0.052 0.948
#> GSM342489 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342490 1 0.9944 0.1748 0.544 0.456
#> GSM342492 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.6712 0.7656 0.176 0.824
#> GSM342497 2 0.9983 0.0707 0.476 0.524
#> GSM342498 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.4939 0.8351 0.108 0.892
#> GSM342500 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.1414 0.9168 0.020 0.980
#> GSM342502 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.1633 0.9131 0.024 0.976
#> GSM342505 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.8861 0.6232 0.696 0.304
#> GSM342507 1 0.8386 0.6817 0.732 0.268
#> GSM342508 2 0.8207 0.5982 0.256 0.744
#> GSM342509 1 0.6247 0.7786 0.844 0.156
#> GSM342510 1 0.6973 0.7442 0.812 0.188
#> GSM342511 1 0.0672 0.8811 0.992 0.008
#> GSM342512 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
#> GSM342514 1 0.0000 0.8844 1.000 0.000
#> GSM342515 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.6305 0.18536 0.516 0.484 0.000
#> GSM342323 1 0.3038 0.71274 0.896 0.104 0.000
#> GSM342325 2 0.6204 0.13850 0.424 0.576 0.000
#> GSM342326 1 0.6026 0.43983 0.624 0.376 0.000
#> GSM342327 1 0.1753 0.70383 0.952 0.048 0.000
#> GSM342329 1 0.2356 0.70831 0.928 0.072 0.000
#> GSM342331 1 0.2625 0.71259 0.916 0.084 0.000
#> GSM342334 2 0.0892 0.88390 0.020 0.980 0.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342354 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342371 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342380 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342382 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342399 2 0.4842 0.64197 0.224 0.776 0.000
#> GSM342402 1 0.6308 0.20179 0.508 0.492 0.000
#> GSM342404 2 0.0592 0.88838 0.012 0.988 0.000
#> GSM342408 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342409 2 0.0592 0.88855 0.012 0.988 0.000
#> GSM342426 1 0.1860 0.70550 0.948 0.052 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342467 3 0.7346 0.24520 0.032 0.432 0.536
#> GSM342484 1 0.8961 0.41353 0.504 0.360 0.136
#> GSM342491 1 0.6379 0.49081 0.712 0.032 0.256
#> GSM342322 1 0.6286 0.22404 0.536 0.464 0.000
#> GSM342338 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342347 3 0.6341 0.45275 0.016 0.312 0.672
#> GSM342356 3 0.6154 0.31071 0.000 0.408 0.592
#> GSM342357 1 0.6305 0.22364 0.516 0.484 0.000
#> GSM342366 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342385 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342421 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342437 1 0.6451 0.27278 0.608 0.008 0.384
#> GSM342454 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.8167 0.40378 0.212 0.640 0.148
#> GSM342477 2 0.6836 0.50032 0.056 0.704 0.240
#> GSM342495 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342496 2 0.6045 0.28698 0.000 0.620 0.380
#> GSM342320 1 0.2165 0.70850 0.936 0.064 0.000
#> GSM342321 1 0.6111 0.38526 0.604 0.396 0.000
#> GSM342324 1 0.1411 0.69445 0.964 0.036 0.000
#> GSM342328 1 0.2711 0.71131 0.912 0.088 0.000
#> GSM342330 1 0.1753 0.70156 0.952 0.048 0.000
#> GSM342332 1 0.6192 0.35351 0.580 0.420 0.000
#> GSM342333 2 0.3846 0.77898 0.016 0.876 0.108
#> GSM342336 2 0.8405 0.31011 0.132 0.604 0.264
#> GSM342337 3 0.6154 0.31071 0.000 0.408 0.592
#> GSM342339 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.3551 0.70621 0.000 0.132 0.868
#> GSM342344 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342345 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 3 0.7221 0.54308 0.136 0.148 0.716
#> GSM342348 3 0.8009 0.23755 0.064 0.412 0.524
#> GSM342349 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342350 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342351 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342352 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342353 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342355 3 0.7181 0.29296 0.028 0.408 0.564
#> GSM342358 1 0.1411 0.69445 0.964 0.036 0.000
#> GSM342359 1 0.1711 0.69137 0.960 0.032 0.008
#> GSM342360 1 0.6410 0.65369 0.764 0.144 0.092
#> GSM342361 1 0.6941 -0.00914 0.520 0.016 0.464
#> GSM342362 1 0.6305 0.22364 0.516 0.484 0.000
#> GSM342363 1 0.6307 0.21312 0.512 0.488 0.000
#> GSM342364 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342367 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342370 2 0.0424 0.89071 0.008 0.992 0.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 2 0.0237 0.89237 0.000 0.996 0.004
#> GSM342376 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342378 2 0.2711 0.82822 0.088 0.912 0.000
#> GSM342379 2 0.4062 0.72496 0.164 0.836 0.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342387 2 0.4750 0.66485 0.216 0.784 0.000
#> GSM342388 2 0.5560 0.49141 0.000 0.700 0.300
#> GSM342389 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342390 3 0.8581 0.02516 0.444 0.096 0.460
#> GSM342391 3 0.8000 0.24966 0.064 0.408 0.528
#> GSM342392 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.1289 0.87608 0.032 0.968 0.000
#> GSM342394 2 0.4235 0.71850 0.176 0.824 0.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.1163 0.83614 0.028 0.000 0.972
#> GSM342398 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342405 2 0.7067 -0.02976 0.020 0.512 0.468
#> GSM342406 1 0.8410 0.23930 0.544 0.096 0.360
#> GSM342407 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342410 3 0.9751 0.03152 0.252 0.308 0.440
#> GSM342411 2 0.4399 0.70661 0.188 0.812 0.000
#> GSM342412 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342413 1 0.8581 -0.01616 0.456 0.096 0.448
#> GSM342414 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342415 2 0.0747 0.88595 0.016 0.984 0.000
#> GSM342416 3 0.8649 0.21323 0.360 0.112 0.528
#> GSM342417 1 0.4235 0.69543 0.824 0.176 0.000
#> GSM342418 1 0.1964 0.70327 0.944 0.056 0.000
#> GSM342419 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342420 1 0.2711 0.71263 0.912 0.088 0.000
#> GSM342422 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342424 1 0.4291 0.66842 0.820 0.180 0.000
#> GSM342425 1 0.2356 0.70831 0.928 0.072 0.000
#> GSM342427 2 0.7207 0.24839 0.032 0.584 0.384
#> GSM342428 1 0.8743 0.23392 0.452 0.440 0.108
#> GSM342429 2 0.8762 0.00111 0.112 0.484 0.404
#> GSM342430 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342434 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342435 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342436 3 0.0424 0.84490 0.008 0.000 0.992
#> GSM342438 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0237 0.84511 0.004 0.000 0.996
#> GSM342442 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342446 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342449 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342452 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.1964 0.70221 0.944 0.056 0.000
#> GSM342457 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0747 0.88500 0.000 0.984 0.016
#> GSM342466 3 0.7905 0.28197 0.064 0.376 0.560
#> GSM342468 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 2 0.1860 0.86216 0.052 0.948 0.000
#> GSM342470 3 0.5968 0.39521 0.364 0.000 0.636
#> GSM342472 3 0.1525 0.83054 0.032 0.004 0.964
#> GSM342473 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342476 2 0.4233 0.70066 0.004 0.836 0.160
#> GSM342478 2 0.4235 0.67652 0.000 0.824 0.176
#> GSM342479 2 0.6566 0.32897 0.016 0.636 0.348
#> GSM342480 2 0.2537 0.81636 0.000 0.920 0.080
#> GSM342481 2 0.0424 0.89067 0.008 0.992 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342488 2 0.2998 0.82655 0.016 0.916 0.068
#> GSM342489 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342490 3 0.9841 -0.24431 0.348 0.252 0.400
#> GSM342492 3 0.0747 0.84415 0.016 0.000 0.984
#> GSM342493 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342494 2 0.4805 0.66345 0.012 0.812 0.176
#> GSM342497 3 0.8509 0.06592 0.096 0.392 0.512
#> GSM342498 2 0.4953 0.70671 0.176 0.808 0.016
#> GSM342499 2 0.5276 0.72360 0.052 0.820 0.128
#> GSM342500 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342501 2 0.1774 0.87556 0.016 0.960 0.024
#> GSM342502 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342504 2 0.1643 0.85697 0.000 0.956 0.044
#> GSM342505 3 0.0000 0.84517 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 3 0.7828 0.18028 0.052 0.448 0.500
#> GSM342507 1 0.9089 0.38999 0.536 0.176 0.288
#> GSM342508 2 0.5940 0.61419 0.036 0.760 0.204
#> GSM342509 1 0.9129 0.26334 0.480 0.148 0.372
#> GSM342510 1 0.6481 0.54528 0.728 0.048 0.224
#> GSM342511 3 0.1289 0.83321 0.032 0.000 0.968
#> GSM342512 2 0.0747 0.88500 0.000 0.984 0.016
#> GSM342513 2 0.0000 0.89467 0.000 1.000 0.000
#> GSM342514 3 0.1860 0.82058 0.052 0.000 0.948
#> GSM342515 2 0.4953 0.70671 0.176 0.808 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.5291 0.3732 0.652 0.024 0.000 0.324
#> GSM342323 4 0.2919 0.7678 0.060 0.044 0.000 0.896
#> GSM342325 1 0.4307 0.6144 0.784 0.024 0.000 0.192
#> GSM342326 4 0.4353 0.6937 0.012 0.232 0.000 0.756
#> GSM342327 4 0.0707 0.7709 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342329 4 0.2466 0.7766 0.028 0.056 0.000 0.916
#> GSM342331 4 0.1940 0.7792 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM342334 2 0.3577 0.8522 0.156 0.832 0.000 0.012
#> GSM342335 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342354 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342371 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342380 2 0.3402 0.8526 0.164 0.832 0.000 0.004
#> GSM342382 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342399 2 0.7188 0.5234 0.204 0.552 0.000 0.244
#> GSM342402 2 0.4576 0.7011 0.020 0.748 0.000 0.232
#> GSM342404 2 0.0188 0.8235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342408 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342409 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342426 4 0.3528 0.7170 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM342441 3 0.0188 0.8912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.5691 0.4419 0.020 0.676 0.280 0.024
#> GSM342484 3 0.9435 0.0188 0.164 0.180 0.424 0.232
#> GSM342491 4 0.5061 0.4816 0.020 0.004 0.272 0.704
#> GSM342322 4 0.6514 0.2616 0.408 0.076 0.000 0.516
#> GSM342338 3 0.1297 0.8893 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM342347 3 0.6648 0.5131 0.156 0.152 0.672 0.020
#> GSM342356 3 0.7707 0.0235 0.272 0.276 0.452 0.000
#> GSM342357 2 0.7508 0.2117 0.272 0.496 0.000 0.232
#> GSM342366 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342385 2 0.3402 0.8526 0.164 0.832 0.000 0.004
#> GSM342421 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342437 1 0.3402 0.6469 0.832 0.164 0.000 0.004
#> GSM342454 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.0895 0.7911 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM342477 2 0.4157 0.7241 0.020 0.848 0.060 0.072
#> GSM342495 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342496 2 0.4817 0.4244 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM342320 4 0.1302 0.7799 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM342321 4 0.4996 0.6214 0.192 0.056 0.000 0.752
#> GSM342324 4 0.0336 0.7581 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342328 4 0.2466 0.7766 0.028 0.056 0.000 0.916
#> GSM342330 4 0.0336 0.7628 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM342332 4 0.5569 0.5911 0.172 0.104 0.000 0.724
#> GSM342333 2 0.5366 0.7874 0.164 0.748 0.084 0.004
#> GSM342336 1 0.7805 0.1117 0.500 0.360 0.052 0.088
#> GSM342337 3 0.7273 -0.1245 0.148 0.400 0.452 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 3 0.3037 0.7639 0.100 0.020 0.880 0.000
#> GSM342344 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342345 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342346 3 0.7455 0.1846 0.020 0.400 0.476 0.104
#> GSM342348 1 0.0927 0.7903 0.976 0.016 0.000 0.008
#> GSM342349 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342350 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342351 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342352 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342353 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342355 3 0.8083 -0.0786 0.168 0.384 0.424 0.024
#> GSM342358 4 0.0188 0.7549 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342359 4 0.0188 0.7549 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342360 4 0.5461 0.4759 0.020 0.276 0.016 0.688
#> GSM342361 4 0.4392 0.5415 0.012 0.004 0.216 0.768
#> GSM342362 2 0.4576 0.7011 0.020 0.748 0.000 0.232
#> GSM342363 2 0.4576 0.7011 0.020 0.748 0.000 0.232
#> GSM342364 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342367 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.3123 0.8541 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM342370 2 0.0188 0.8235 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342372 2 0.3123 0.8541 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM342373 2 0.3172 0.8540 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM342374 2 0.3123 0.8541 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM342375 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342376 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342377 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0817 0.7848 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM342379 2 0.3900 0.8449 0.164 0.816 0.000 0.020
#> GSM342381 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342383 2 0.3402 0.8526 0.164 0.832 0.000 0.004
#> GSM342384 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.1284 0.7880 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM342388 3 0.7167 -0.0885 0.136 0.396 0.468 0.000
#> GSM342389 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.3266 0.6943 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342391 1 0.0895 0.7911 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM342392 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0895 0.8129 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM342394 1 0.0817 0.7848 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 3 0.1629 0.8860 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM342398 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 2 0.3402 0.8526 0.164 0.832 0.000 0.004
#> GSM342405 2 0.6034 0.4958 0.044 0.680 0.252 0.024
#> GSM342406 1 0.3266 0.6943 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342407 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342410 1 0.2466 0.7570 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM342411 1 0.0817 0.7848 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM342412 2 0.3577 0.8522 0.156 0.832 0.000 0.012
#> GSM342413 1 0.3219 0.6954 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM342414 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342415 2 0.3402 0.8526 0.164 0.832 0.000 0.004
#> GSM342416 1 0.3266 0.6943 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM342417 4 0.3853 0.7057 0.020 0.160 0.000 0.820
#> GSM342418 4 0.1042 0.7648 0.020 0.008 0.000 0.972
#> GSM342419 2 0.4382 0.7296 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.2335 0.7777 0.020 0.060 0.000 0.920
#> GSM342422 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342424 4 0.4671 0.6970 0.028 0.220 0.000 0.752
#> GSM342425 4 0.4364 0.7026 0.016 0.220 0.000 0.764
#> GSM342427 2 0.5169 0.5590 0.020 0.744 0.212 0.024
#> GSM342428 4 0.5612 0.6485 0.024 0.268 0.020 0.688
#> GSM342429 2 0.8304 0.0414 0.076 0.520 0.280 0.124
#> GSM342430 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342434 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342435 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342436 3 0.0672 0.8913 0.008 0.000 0.984 0.008
#> GSM342438 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0937 0.8908 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM342442 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.1411 0.8885 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM342446 3 0.0188 0.8912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342448 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342449 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342452 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.1118 0.7630 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM342457 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.4139 0.8385 0.144 0.816 0.040 0.000
#> GSM342466 1 0.5489 0.5012 0.664 0.000 0.296 0.040
#> GSM342468 2 0.3123 0.8541 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM342469 1 0.0817 0.7848 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM342470 1 0.3219 0.6954 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM342472 3 0.1629 0.8860 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM342473 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.1411 0.8885 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM342476 2 0.0817 0.8115 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342478 2 0.1022 0.8060 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM342479 2 0.3539 0.6342 0.000 0.820 0.176 0.004
#> GSM342480 2 0.0336 0.8211 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.1520 0.8835 0.024 0.020 0.956 0.000
#> GSM342488 2 0.0657 0.8180 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM342489 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.7692 -0.1027 0.020 0.456 0.396 0.128
#> GSM342492 3 0.1520 0.8882 0.024 0.000 0.956 0.020
#> GSM342493 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.1610 0.7957 0.016 0.952 0.032 0.000
#> GSM342497 2 0.5689 0.0945 0.020 0.564 0.412 0.004
#> GSM342498 1 0.1398 0.7882 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM342499 1 0.1302 0.7869 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.4494 0.8333 0.132 0.808 0.056 0.004
#> GSM342502 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.0000 0.8915 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.1229 0.7921 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM342507 1 0.8892 0.3732 0.484 0.140 0.124 0.252
#> GSM342508 1 0.1302 0.7869 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM342509 3 0.7986 0.3090 0.036 0.176 0.536 0.252
#> GSM342510 4 0.6296 0.2048 0.020 0.028 0.400 0.552
#> GSM342511 3 0.1629 0.8860 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM342512 2 0.3862 0.8458 0.152 0.824 0.024 0.000
#> GSM342513 2 0.3219 0.8536 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342514 1 0.5339 0.3674 0.624 0.000 0.356 0.020
#> GSM342515 1 0.1388 0.7905 0.960 0.012 0.028 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.6207 0.1531 0.460 0.140 0.000 0.400 0.000
#> GSM342323 4 0.2561 0.6484 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM342325 1 0.5414 0.5989 0.660 0.140 0.000 0.200 0.000
#> GSM342326 4 0.4157 0.5818 0.000 0.020 0.000 0.716 0.264
#> GSM342327 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 4 0.2471 0.6522 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342354 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342371 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342380 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 2 0.4829 0.4809 0.044 0.732 0.000 0.200 0.024
#> GSM342402 5 0.5144 0.6406 0.000 0.068 0.000 0.292 0.640
#> GSM342404 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342408 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342409 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342426 4 0.3752 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM342441 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342444 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342467 2 0.6688 0.3700 0.000 0.404 0.240 0.000 0.356
#> GSM342484 5 0.5144 0.6289 0.000 0.000 0.068 0.292 0.640
#> GSM342491 4 0.5524 -0.3234 0.000 0.000 0.068 0.516 0.416
#> GSM342322 4 0.5831 0.3480 0.268 0.140 0.000 0.592 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.5595 0.6411 0.140 0.204 0.652 0.000 0.004
#> GSM342356 3 0.6163 0.1945 0.164 0.300 0.536 0.000 0.000
#> GSM342357 5 0.5144 0.6237 0.068 0.000 0.000 0.292 0.640
#> GSM342366 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342421 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342437 1 0.2648 0.6953 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM342454 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342477 2 0.5768 0.6233 0.000 0.560 0.012 0.068 0.360
#> GSM342495 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342496 2 0.4171 0.4380 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342321 4 0.5010 0.5356 0.148 0.144 0.000 0.708 0.000
#> GSM342324 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342332 4 0.4958 0.5176 0.084 0.224 0.000 0.692 0.000
#> GSM342333 2 0.1043 0.7509 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM342336 2 0.6649 -0.1844 0.360 0.504 0.044 0.092 0.000
#> GSM342337 3 0.4291 0.1143 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.1410 0.8366 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342345 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 5 0.9189 0.0300 0.120 0.184 0.280 0.072 0.344
#> GSM342348 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342349 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342350 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342351 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342352 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342353 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342355 2 0.5390 -0.0176 0.048 0.536 0.412 0.000 0.004
#> GSM342358 5 0.4060 0.6297 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM342359 5 0.4060 0.6297 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM342360 5 0.5107 0.6420 0.000 0.064 0.000 0.296 0.640
#> GSM342361 5 0.4060 0.6297 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM342362 5 0.5144 0.6406 0.000 0.068 0.000 0.292 0.640
#> GSM342363 5 0.5144 0.6406 0.000 0.068 0.000 0.292 0.640
#> GSM342364 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342367 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.0609 0.7792 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342370 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342372 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342376 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342377 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 2 0.0510 0.7711 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM342381 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.2629 0.8000 0.860 0.136 0.000 0.004 0.000
#> GSM342388 3 0.4283 0.1264 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM342389 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.2516 0.7428 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM342391 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.4060 0.6995 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM342394 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342398 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 2 0.7763 0.3369 0.140 0.484 0.220 0.000 0.156
#> GSM342406 1 0.2516 0.7428 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM342407 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342410 1 0.3202 0.7876 0.860 0.056 0.004 0.080 0.000
#> GSM342411 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342413 1 0.0000 0.7449 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342414 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342415 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.2516 0.7428 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM342417 4 0.3043 0.5512 0.000 0.056 0.000 0.864 0.080
#> GSM342418 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342419 2 0.2179 0.7127 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.0000 0.6836 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342422 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342424 4 0.3752 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM342425 4 0.3752 0.5667 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM342427 2 0.6439 0.4686 0.000 0.460 0.184 0.000 0.356
#> GSM342428 4 0.5343 0.4408 0.012 0.040 0.000 0.592 0.356
#> GSM342429 5 0.8935 -0.2587 0.068 0.316 0.100 0.160 0.356
#> GSM342430 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342434 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342435 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342436 3 0.2583 0.8813 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> GSM342438 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342442 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342445 3 0.0510 0.8866 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342447 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342449 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342452 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 5 0.4060 0.6297 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM342457 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342459 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342460 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342461 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342463 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342464 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342465 2 0.2377 0.7161 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.4101 0.4966 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342469 1 0.2516 0.7994 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342470 1 0.0794 0.7567 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342472 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342473 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342474 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342475 3 0.1608 0.8852 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342478 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342479 2 0.4761 0.6763 0.000 0.616 0.028 0.000 0.356
#> GSM342480 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342481 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342482 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342483 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342485 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342488 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342489 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342490 5 0.8361 -0.1015 0.000 0.252 0.236 0.156 0.356
#> GSM342492 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342493 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342497 2 0.6691 0.3433 0.000 0.400 0.240 0.000 0.360
#> GSM342498 1 0.2516 0.7670 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.2516 0.7670 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342501 2 0.2329 0.7197 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM342502 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342503 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342504 2 0.4045 0.7025 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342505 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.2516 0.7670 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM342507 5 0.5144 0.6237 0.068 0.000 0.000 0.292 0.640
#> GSM342508 1 0.2516 0.7670 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM342509 5 0.5238 0.6322 0.000 0.004 0.064 0.292 0.640
#> GSM342510 5 0.5107 0.6302 0.000 0.000 0.064 0.296 0.640
#> GSM342511 3 0.2674 0.8806 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM342512 2 0.1704 0.7528 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> GSM342513 2 0.0000 0.7817 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342514 1 0.3534 0.4463 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.3075 0.7941 0.860 0.048 0.092 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 1 0.4084 0.2646 0.588 0.000 0.000 0.400 0.012 0.000
#> GSM342323 4 0.3014 0.7612 0.132 0.000 0.000 0.832 0.000 0.036
#> GSM342325 1 0.3141 0.7072 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012 0.000
#> GSM342326 4 0.2883 0.7472 0.000 0.152 0.000 0.832 0.008 0.008
#> GSM342327 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342329 4 0.3088 0.7673 0.120 0.000 0.000 0.832 0.000 0.048
#> GSM342331 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342334 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342335 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342354 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342371 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342380 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342382 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342399 5 0.4720 0.6759 0.084 0.200 0.000 0.000 0.700 0.016
#> GSM342402 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342404 2 0.2048 0.8339 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM342408 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342409 5 0.2416 0.7806 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM342426 4 0.2527 0.7379 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342467 2 0.2696 0.6420 0.000 0.856 0.116 0.000 0.028 0.000
#> GSM342484 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342491 6 0.3329 0.6366 0.000 0.004 0.008 0.220 0.000 0.768
#> GSM342322 4 0.4076 0.3300 0.396 0.000 0.000 0.592 0.012 0.000
#> GSM342338 3 0.0146 0.8593 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.5842 0.6855 0.012 0.028 0.624 0.168 0.168 0.000
#> GSM342356 3 0.5232 0.2519 0.116 0.000 0.564 0.000 0.320 0.000
#> GSM342357 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342366 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342385 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342421 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342437 1 0.0937 0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342477 2 0.0713 0.7613 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342495 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342496 5 0.3782 0.3628 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM342320 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342321 4 0.2821 0.7441 0.152 0.000 0.000 0.832 0.016 0.000
#> GSM342324 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342328 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342330 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342332 4 0.5758 0.5975 0.080 0.184 0.000 0.636 0.100 0.000
#> GSM342333 5 0.3171 0.7408 0.000 0.204 0.012 0.000 0.784 0.000
#> GSM342336 5 0.6532 0.3769 0.112 0.364 0.008 0.056 0.460 0.000
#> GSM342337 3 0.3823 0.0836 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.1267 0.8152 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM342344 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342346 2 0.4296 0.4786 0.012 0.772 0.088 0.116 0.000 0.012
#> GSM342348 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342349 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342352 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342355 5 0.6590 0.4014 0.000 0.168 0.232 0.080 0.520 0.000
#> GSM342358 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342363 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342364 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342365 2 0.3023 0.8937 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM342367 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342368 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342369 5 0.3515 0.2917 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM342370 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342372 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342373 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342374 5 0.0790 0.8365 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM342375 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342376 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342377 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342379 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342381 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342384 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342386 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342388 3 0.3659 0.3234 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM342389 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0363 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM342391 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0458 0.7521 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342394 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342395 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.5561 0.6518 0.012 0.224 0.596 0.168 0.000 0.000
#> GSM342398 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342400 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.2823 0.7473 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM342405 5 0.6974 0.2897 0.012 0.164 0.128 0.168 0.528 0.000
#> GSM342406 1 0.0363 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM342407 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342411 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342412 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342413 1 0.0000 0.9260 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342414 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342415 5 0.2793 0.7492 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM342416 1 0.0363 0.9272 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM342417 4 0.5753 0.2303 0.000 0.092 0.000 0.444 0.024 0.440
#> GSM342418 4 0.5088 0.6268 0.000 0.200 0.000 0.632 0.000 0.168
#> GSM342419 5 0.2597 0.7211 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM342420 4 0.2527 0.7890 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM342422 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342423 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342424 4 0.2527 0.7379 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.2527 0.7379 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0713 0.7613 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342428 2 0.0713 0.7339 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.2800 0.8077 0.004 0.876 0.024 0.020 0.076 0.000
#> GSM342430 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342435 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.3294 0.8448 0.012 0.020 0.812 0.156 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342445 3 0.0520 0.8589 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342457 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342459 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342460 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342461 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342463 2 0.3175 0.8704 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> GSM342464 2 0.3023 0.8937 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM342465 5 0.2260 0.7535 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM342466 1 0.4432 0.6094 0.708 0.104 0.188 0.000 0.000 0.000
#> GSM342468 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 1 0.0363 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342470 1 0.0000 0.9260 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342472 3 0.5966 0.5028 0.012 0.332 0.488 0.168 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342474 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342475 3 0.1625 0.8559 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342478 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342479 2 0.0713 0.7613 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342480 2 0.3023 0.8937 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM342481 2 0.2416 0.8595 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM342482 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342483 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342485 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342486 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342487 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0713 0.7613 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM342489 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342490 2 0.0713 0.7339 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM342492 3 0.3558 0.8420 0.012 0.028 0.792 0.168 0.000 0.000
#> GSM342493 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342494 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342497 2 0.0260 0.7446 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342498 1 0.0363 0.9276 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.0363 0.9276 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342501 5 0.4819 0.6478 0.000 0.204 0.132 0.000 0.664 0.000
#> GSM342502 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342503 2 0.3151 0.8755 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM342504 2 0.2996 0.8966 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM342505 3 0.0000 0.8592 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0363 0.9276 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342508 1 0.0363 0.9276 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342509 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342510 6 0.0000 0.9788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342511 3 0.5736 0.6089 0.012 0.260 0.560 0.168 0.000 0.000
#> GSM342512 5 0.4507 0.3763 0.000 0.268 0.068 0.000 0.664 0.000
#> GSM342513 5 0.0000 0.8624 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342514 1 0.2793 0.6484 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.0405 0.9296 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:pam 178 0.644 2
#> CV:pam 155 0.270 3
#> CV:pam 175 0.289 4
#> CV:pam 177 0.203 5
#> CV:pam 184 0.225 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.678 0.864 0.929 0.4572 0.526 0.526
#> 3 3 0.749 0.759 0.888 0.4103 0.741 0.539
#> 4 4 0.663 0.565 0.785 0.1275 0.855 0.612
#> 5 5 0.623 0.379 0.682 0.0596 0.863 0.568
#> 6 6 0.650 0.442 0.693 0.0545 0.831 0.427
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.5059 0.8993 0.112 0.888
#> GSM342323 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342325 2 0.5059 0.8993 0.112 0.888
#> GSM342326 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342327 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342329 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342331 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342334 2 0.2778 0.9282 0.048 0.952
#> GSM342335 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342371 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.3733 0.9175 0.072 0.928
#> GSM342382 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342399 2 0.4022 0.9172 0.080 0.920
#> GSM342402 2 0.9996 -0.0584 0.488 0.512
#> GSM342404 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342408 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342409 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342426 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342441 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342444 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342451 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342462 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342467 2 0.4690 0.9069 0.100 0.900
#> GSM342484 1 0.9087 0.6060 0.676 0.324
#> GSM342491 2 0.6623 0.8204 0.172 0.828
#> GSM342322 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342338 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342347 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342356 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342357 1 0.9954 0.2470 0.540 0.460
#> GSM342366 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.3733 0.9175 0.072 0.928
#> GSM342421 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342437 2 0.4298 0.9127 0.088 0.912
#> GSM342454 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342471 2 0.3431 0.9214 0.064 0.936
#> GSM342477 2 0.4161 0.9148 0.084 0.916
#> GSM342495 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342496 2 0.1843 0.9329 0.028 0.972
#> GSM342320 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342321 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342324 2 0.4431 0.9113 0.092 0.908
#> GSM342328 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342330 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342332 2 0.3584 0.9196 0.068 0.932
#> GSM342333 2 0.4161 0.9146 0.084 0.916
#> GSM342336 2 0.2603 0.9293 0.044 0.956
#> GSM342337 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342339 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342340 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342341 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342342 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342343 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342344 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342345 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342346 2 0.9970 0.0441 0.468 0.532
#> GSM342348 1 0.9393 0.5419 0.644 0.356
#> GSM342349 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342350 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342351 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342352 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342353 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342355 1 0.3431 0.8661 0.936 0.064
#> GSM342358 1 0.9209 0.5820 0.664 0.336
#> GSM342359 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342360 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342361 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342362 2 0.7299 0.7611 0.204 0.796
#> GSM342363 2 0.3879 0.9161 0.076 0.924
#> GSM342364 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342365 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342367 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342368 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342369 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342370 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342372 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342373 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342374 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342375 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342376 2 0.1633 0.9333 0.024 0.976
#> GSM342377 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342378 2 0.4298 0.9136 0.088 0.912
#> GSM342379 2 0.4431 0.9098 0.092 0.908
#> GSM342381 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342383 2 0.3114 0.9261 0.056 0.944
#> GSM342384 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342386 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342387 2 0.4298 0.9127 0.088 0.912
#> GSM342388 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342389 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342390 1 0.8763 0.6517 0.704 0.296
#> GSM342391 2 0.6887 0.7966 0.184 0.816
#> GSM342392 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342393 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342394 2 0.4298 0.9136 0.088 0.912
#> GSM342395 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342396 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342397 1 0.0672 0.8996 0.992 0.008
#> GSM342398 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342400 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342401 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342403 2 0.3733 0.9175 0.072 0.928
#> GSM342405 1 0.7219 0.7517 0.800 0.200
#> GSM342406 1 0.8813 0.6504 0.700 0.300
#> GSM342407 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342410 2 0.9998 -0.0670 0.492 0.508
#> GSM342411 2 0.4161 0.9131 0.084 0.916
#> GSM342412 2 0.3274 0.9231 0.060 0.940
#> GSM342413 1 0.8763 0.6517 0.704 0.296
#> GSM342414 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342415 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342416 1 0.8763 0.6517 0.704 0.296
#> GSM342417 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM342418 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342419 2 0.3114 0.9261 0.056 0.944
#> GSM342420 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342422 2 0.0376 0.9322 0.004 0.996
#> GSM342423 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342425 2 0.5059 0.8988 0.112 0.888
#> GSM342427 2 0.0672 0.9358 0.008 0.992
#> GSM342428 2 0.0672 0.9358 0.008 0.992
#> GSM342429 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342430 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342431 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342432 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342433 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342434 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342435 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342436 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342438 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342439 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342440 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342442 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342443 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342445 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342446 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342447 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342448 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342449 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342450 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342452 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342453 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342455 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342456 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342457 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342459 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342460 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342461 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342463 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342464 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342465 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342466 1 0.8386 0.6825 0.732 0.268
#> GSM342468 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342469 2 0.3584 0.9231 0.068 0.932
#> GSM342470 1 0.8763 0.6517 0.704 0.296
#> GSM342472 1 0.8443 0.6734 0.728 0.272
#> GSM342473 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342474 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342475 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342476 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342478 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342479 2 0.3114 0.9256 0.056 0.944
#> GSM342480 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342481 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342482 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342483 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342485 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342486 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342487 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342488 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342489 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342490 2 0.2948 0.9270 0.052 0.948
#> GSM342492 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342493 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342494 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342497 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342498 2 0.4298 0.9127 0.088 0.912
#> GSM342499 2 0.3584 0.9231 0.068 0.932
#> GSM342500 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342501 2 0.3114 0.9256 0.056 0.944
#> GSM342502 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342503 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342504 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342505 1 0.0376 0.9019 0.996 0.004
#> GSM342506 2 0.9580 0.3768 0.380 0.620
#> GSM342507 1 0.9358 0.5547 0.648 0.352
#> GSM342508 2 0.9661 0.3294 0.392 0.608
#> GSM342509 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342510 1 0.8909 0.6355 0.692 0.308
#> GSM342511 1 0.8144 0.6963 0.748 0.252
#> GSM342512 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342513 2 0.0376 0.9359 0.004 0.996
#> GSM342514 1 0.8713 0.6572 0.708 0.292
#> GSM342515 2 0.4298 0.9136 0.088 0.912
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0237 0.601 0.996 0.004 0.000
#> GSM342323 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 1 0.0237 0.601 0.996 0.004 0.000
#> GSM342326 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 2 0.2165 0.377 0.064 0.936 0.000
#> GSM342335 2 0.6330 0.878 0.396 0.600 0.004
#> GSM342354 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342380 2 0.2711 0.268 0.088 0.912 0.000
#> GSM342382 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342399 1 0.0747 0.610 0.984 0.016 0.000
#> GSM342402 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342404 2 0.6095 0.883 0.392 0.608 0.000
#> GSM342408 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 2 0.4892 0.172 0.048 0.840 0.112
#> GSM342426 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342467 2 0.2200 0.372 0.056 0.940 0.004
#> GSM342484 1 0.6359 0.722 0.628 0.364 0.008
#> GSM342491 2 0.2590 0.309 0.072 0.924 0.004
#> GSM342322 1 0.0237 0.601 0.996 0.004 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342356 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342357 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342366 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342385 2 0.2356 0.307 0.072 0.928 0.000
#> GSM342421 2 0.6062 0.889 0.384 0.616 0.000
#> GSM342437 1 0.6442 0.521 0.564 0.432 0.004
#> GSM342454 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.6451 -0.623 0.560 0.436 0.004
#> GSM342477 2 0.3784 0.495 0.132 0.864 0.004
#> GSM342495 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342496 2 0.4834 0.642 0.204 0.792 0.004
#> GSM342320 1 0.1163 0.620 0.972 0.028 0.000
#> GSM342321 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 1 0.5968 0.722 0.636 0.364 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 1 0.5785 -0.266 0.696 0.300 0.004
#> GSM342333 2 0.2384 0.367 0.056 0.936 0.008
#> GSM342336 2 0.4750 0.614 0.216 0.784 0.000
#> GSM342337 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM342339 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 2 0.1989 0.358 0.048 0.948 0.004
#> GSM342348 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342349 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342351 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 3 0.6437 0.652 0.048 0.220 0.732
#> GSM342358 1 0.5968 0.722 0.636 0.364 0.000
#> GSM342359 1 0.6359 0.720 0.628 0.364 0.008
#> GSM342360 1 0.6510 0.720 0.624 0.364 0.012
#> GSM342361 1 0.6359 0.720 0.628 0.364 0.008
#> GSM342362 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342363 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342364 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342365 2 0.6062 0.889 0.384 0.616 0.000
#> GSM342367 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342368 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342369 2 0.5988 0.897 0.368 0.632 0.000
#> GSM342370 2 0.6079 0.886 0.388 0.612 0.000
#> GSM342372 2 0.5988 0.897 0.368 0.632 0.000
#> GSM342373 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342374 2 0.6079 0.886 0.388 0.612 0.000
#> GSM342375 2 0.6126 0.877 0.400 0.600 0.000
#> GSM342376 2 0.4178 0.554 0.172 0.828 0.000
#> GSM342377 2 0.6062 0.887 0.384 0.616 0.000
#> GSM342378 1 0.5882 0.723 0.652 0.348 0.000
#> GSM342379 1 0.1647 0.545 0.960 0.036 0.004
#> GSM342381 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342383 1 0.6244 -0.621 0.560 0.440 0.000
#> GSM342384 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342386 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342387 1 0.4796 0.702 0.780 0.220 0.000
#> GSM342388 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342389 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342390 1 0.7491 0.698 0.620 0.324 0.056
#> GSM342391 1 0.5988 0.722 0.632 0.368 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.5785 0.803 0.332 0.668 0.000
#> GSM342394 1 0.4555 0.696 0.800 0.200 0.000
#> GSM342395 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342396 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.0424 0.955 0.008 0.000 0.992
#> GSM342398 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342400 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 2 0.1989 0.358 0.048 0.948 0.004
#> GSM342405 3 0.7674 0.235 0.044 0.472 0.484
#> GSM342406 1 0.6648 0.718 0.620 0.364 0.016
#> GSM342407 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342411 1 0.4974 0.705 0.764 0.236 0.000
#> GSM342412 2 0.4750 0.427 0.216 0.784 0.000
#> GSM342413 1 0.6510 0.718 0.624 0.364 0.012
#> GSM342414 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 2 0.6330 0.878 0.396 0.600 0.004
#> GSM342416 1 0.6648 0.718 0.620 0.364 0.016
#> GSM342417 1 0.1163 0.560 0.972 0.028 0.000
#> GSM342418 1 0.3412 0.670 0.876 0.124 0.000
#> GSM342419 1 0.6274 -0.644 0.544 0.456 0.000
#> GSM342420 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 2 0.5968 0.897 0.364 0.636 0.000
#> GSM342423 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342424 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 1 0.0000 0.601 1.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.6330 0.877 0.396 0.600 0.004
#> GSM342428 2 0.6095 0.883 0.392 0.608 0.000
#> GSM342429 2 0.6228 0.895 0.372 0.624 0.004
#> GSM342430 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0237 0.959 0.004 0.000 0.996
#> GSM342433 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342434 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342435 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342445 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 1 0.6359 0.720 0.628 0.364 0.008
#> GSM342457 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342458 2 0.5988 0.897 0.368 0.632 0.000
#> GSM342459 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342460 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342461 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342463 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342464 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342465 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342466 1 0.7824 0.685 0.564 0.376 0.060
#> GSM342468 2 0.5988 0.897 0.368 0.632 0.000
#> GSM342469 1 0.6267 -0.636 0.548 0.452 0.000
#> GSM342470 1 0.6648 0.718 0.620 0.364 0.016
#> GSM342472 3 0.7487 0.276 0.036 0.464 0.500
#> GSM342473 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342474 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342475 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342478 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342479 2 0.6298 0.843 0.388 0.608 0.004
#> GSM342480 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342481 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342482 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342483 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342485 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342486 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342487 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342489 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342490 2 0.6359 0.869 0.404 0.592 0.004
#> GSM342492 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342494 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342497 2 0.6228 0.896 0.372 0.624 0.004
#> GSM342498 1 0.6483 0.472 0.544 0.452 0.004
#> GSM342499 1 0.6235 -0.613 0.564 0.436 0.000
#> GSM342500 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342501 2 0.6282 0.862 0.384 0.612 0.004
#> GSM342502 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342503 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342504 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342505 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.7286 0.660 0.508 0.464 0.028
#> GSM342507 1 0.6359 0.722 0.628 0.364 0.008
#> GSM342508 1 0.6189 0.723 0.632 0.364 0.004
#> GSM342509 1 0.6648 0.718 0.620 0.364 0.016
#> GSM342510 1 0.6758 0.716 0.620 0.360 0.020
#> GSM342511 3 0.7311 0.415 0.036 0.384 0.580
#> GSM342512 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342513 2 0.6189 0.900 0.364 0.632 0.004
#> GSM342514 3 0.6079 0.359 0.388 0.000 0.612
#> GSM342515 1 0.4121 0.686 0.832 0.168 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.4981 -0.0379 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM342323 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342325 1 0.4972 -0.0251 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM342326 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342327 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342329 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342331 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342334 1 0.7150 0.2632 0.480 0.384 0.000 0.136
#> GSM342335 1 0.5155 0.2454 0.528 0.468 0.000 0.004
#> GSM342354 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342380 4 0.7661 -0.0204 0.268 0.268 0.000 0.464
#> GSM342382 2 0.2281 0.7504 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.4713 0.0810 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM342402 4 0.0469 0.5503 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342404 1 0.5168 0.1314 0.500 0.496 0.000 0.004
#> GSM342408 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342409 4 0.9580 0.0887 0.216 0.196 0.184 0.404
#> GSM342426 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342441 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342444 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342451 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342462 2 0.1022 0.7815 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.7841 -0.0943 0.264 0.380 0.000 0.356
#> GSM342484 4 0.1022 0.5464 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM342491 4 0.7599 -0.0385 0.220 0.316 0.000 0.464
#> GSM342322 4 0.4992 0.1025 0.476 0.000 0.000 0.524
#> GSM342338 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342347 3 0.0376 0.9325 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM342356 3 0.4378 0.8747 0.164 0.000 0.796 0.040
#> GSM342357 4 0.0469 0.5503 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342366 2 0.3908 0.6566 0.212 0.784 0.000 0.004
#> GSM342385 4 0.7798 -0.0929 0.264 0.320 0.000 0.416
#> GSM342421 1 0.5168 0.1654 0.500 0.496 0.000 0.004
#> GSM342437 4 0.7069 0.2657 0.408 0.124 0.000 0.468
#> GSM342454 3 0.2973 0.9084 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM342471 1 0.4322 0.4523 0.804 0.152 0.000 0.044
#> GSM342477 2 0.7799 -0.1823 0.368 0.384 0.000 0.248
#> GSM342495 2 0.1211 0.7805 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342496 2 0.2921 0.7138 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342321 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342324 4 0.0592 0.5466 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342328 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342330 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342332 1 0.6719 0.4166 0.616 0.180 0.000 0.204
#> GSM342333 2 0.7971 -0.1796 0.364 0.380 0.004 0.252
#> GSM342336 1 0.4978 0.3480 0.612 0.384 0.000 0.004
#> GSM342337 3 0.4701 0.8603 0.164 0.000 0.780 0.056
#> GSM342339 3 0.2647 0.9148 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM342340 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342341 3 0.3123 0.9051 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM342342 3 0.3172 0.9038 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM342343 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342346 4 0.7605 -0.1227 0.200 0.384 0.000 0.416
#> GSM342348 4 0.3688 0.5096 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM342349 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342350 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342351 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.1118 0.9307 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM342355 4 0.7370 -0.1517 0.160 0.000 0.412 0.428
#> GSM342358 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342363 4 0.2149 0.5185 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM342364 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342365 2 0.5165 -0.1362 0.484 0.512 0.000 0.004
#> GSM342367 2 0.3610 0.6675 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342369 2 0.4088 0.6503 0.232 0.764 0.000 0.004
#> GSM342370 1 0.5161 0.2242 0.520 0.476 0.000 0.004
#> GSM342372 2 0.4720 0.4519 0.324 0.672 0.000 0.004
#> GSM342373 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342374 1 0.5165 0.2038 0.512 0.484 0.000 0.004
#> GSM342375 1 0.5151 0.2415 0.532 0.464 0.000 0.004
#> GSM342376 1 0.5372 0.2354 0.544 0.444 0.000 0.012
#> GSM342377 2 0.4916 0.0233 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.4866 -0.0945 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM342379 1 0.5682 0.1375 0.612 0.036 0.000 0.352
#> GSM342381 2 0.3764 0.6513 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.5864 0.5072 0.664 0.264 0.000 0.072
#> GSM342384 2 0.3649 0.6649 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.1302 0.7737 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.4804 -0.0358 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM342388 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342389 2 0.3649 0.6649 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM342390 4 0.3649 0.5108 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM342391 4 0.3907 0.5011 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM342392 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342393 1 0.5147 0.2442 0.536 0.460 0.000 0.004
#> GSM342394 1 0.4356 0.1028 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM342395 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342396 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342397 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342398 2 0.3688 0.6631 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.3688 0.6597 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342403 4 0.7822 -0.1514 0.256 0.364 0.000 0.380
#> GSM342405 4 0.8714 0.2111 0.168 0.064 0.352 0.416
#> GSM342406 4 0.3649 0.5108 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM342407 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342410 4 0.3837 0.5032 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM342411 1 0.4761 -0.0269 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM342412 1 0.5762 0.4004 0.608 0.352 0.000 0.040
#> GSM342413 4 0.3610 0.5112 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342414 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342415 1 0.5137 0.2633 0.544 0.452 0.000 0.004
#> GSM342416 4 0.3649 0.5108 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM342417 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342418 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342419 1 0.6733 0.2079 0.492 0.416 0.000 0.092
#> GSM342420 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342422 2 0.3688 0.6631 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.3710 0.6642 0.192 0.804 0.000 0.004
#> GSM342424 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342425 4 0.4898 0.1975 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM342427 2 0.5143 0.0488 0.456 0.540 0.000 0.004
#> GSM342428 1 0.5165 0.1922 0.512 0.484 0.000 0.004
#> GSM342429 2 0.1716 0.7713 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342431 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342432 3 0.0188 0.9332 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342433 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342434 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342435 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342436 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.1211 0.7805 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342448 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342452 3 0.2149 0.9218 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM342453 3 0.3219 0.9024 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM342455 3 0.0817 0.9322 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM342456 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.3668 0.6696 0.188 0.808 0.000 0.004
#> GSM342458 2 0.4018 0.6617 0.224 0.772 0.000 0.004
#> GSM342459 2 0.1211 0.7805 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.1211 0.7805 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0336 0.7774 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0707 0.7777 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342466 4 0.5173 0.4378 0.320 0.000 0.020 0.660
#> GSM342468 2 0.4122 0.6468 0.236 0.760 0.000 0.004
#> GSM342469 1 0.4956 0.3832 0.776 0.116 0.000 0.108
#> GSM342470 4 0.3610 0.5112 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342472 4 0.8423 0.1851 0.156 0.048 0.376 0.420
#> GSM342473 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9345 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.1637 0.7732 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.1389 0.7781 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.4155 0.5602 0.240 0.756 0.000 0.004
#> GSM342480 2 0.1474 0.7761 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.1389 0.7781 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.1389 0.7781 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0469 0.7759 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0336 0.7774 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0336 0.9323 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342488 2 0.1637 0.7734 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.1211 0.7805 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.3710 0.6315 0.192 0.804 0.000 0.004
#> GSM342492 3 0.0188 0.9342 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342493 2 0.0469 0.7759 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.1389 0.7781 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.3208 0.6900 0.148 0.848 0.000 0.004
#> GSM342498 1 0.7293 -0.1894 0.476 0.156 0.000 0.368
#> GSM342499 1 0.5990 0.4452 0.644 0.284 0.000 0.072
#> GSM342500 2 0.0592 0.7813 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.3074 0.7016 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM342502 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.7794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.1118 0.7811 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.1940 0.9242 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM342506 4 0.5112 0.3921 0.384 0.008 0.000 0.608
#> GSM342507 4 0.0188 0.5506 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342508 4 0.4624 0.4333 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM342509 4 0.1022 0.5465 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM342510 4 0.0000 0.5507 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342511 4 0.8163 0.1386 0.156 0.032 0.396 0.416
#> GSM342512 2 0.0336 0.7800 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.0592 0.7762 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.6854 0.4076 0.204 0.000 0.600 0.196
#> GSM342515 1 0.4040 0.1450 0.752 0.000 0.000 0.248
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.4573 0.3691 0.012 0.032 0.000 0.724 0.232
#> GSM342323 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342325 4 0.4982 0.3514 0.024 0.032 0.000 0.692 0.252
#> GSM342326 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342327 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342329 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342331 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342334 5 0.8327 -0.1248 0.168 0.184 0.000 0.304 0.344
#> GSM342335 4 0.5068 0.0830 0.000 0.388 0.000 0.572 0.040
#> GSM342354 3 0.2104 0.8215 0.024 0.000 0.916 0.000 0.060
#> GSM342371 2 0.4980 0.1871 0.000 0.488 0.000 0.028 0.484
#> GSM342380 5 0.8090 -0.3530 0.212 0.108 0.000 0.324 0.356
#> GSM342382 2 0.5473 0.2823 0.000 0.520 0.000 0.064 0.416
#> GSM342399 4 0.6133 0.2095 0.076 0.028 0.000 0.560 0.336
#> GSM342402 4 0.5762 -0.2465 0.352 0.000 0.000 0.548 0.100
#> GSM342404 2 0.5158 0.3778 0.020 0.636 0.000 0.316 0.028
#> GSM342408 3 0.2139 0.8184 0.032 0.000 0.916 0.000 0.052
#> GSM342409 5 0.8336 -0.2045 0.244 0.164 0.000 0.220 0.372
#> GSM342426 4 0.0290 0.4606 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342441 3 0.0404 0.8299 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.4470 0.7561 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM342451 3 0.4045 0.7593 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.5848 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 5 0.8418 -0.1802 0.240 0.184 0.000 0.220 0.356
#> GSM342484 4 0.5125 -0.2470 0.416 0.000 0.000 0.544 0.040
#> GSM342491 5 0.8503 -0.1548 0.240 0.212 0.000 0.216 0.332
#> GSM342322 4 0.3023 0.4155 0.012 0.028 0.000 0.872 0.088
#> GSM342338 3 0.4734 0.7516 0.372 0.000 0.604 0.000 0.024
#> GSM342347 3 0.3346 0.7822 0.064 0.000 0.844 0.000 0.092
#> GSM342356 3 0.5223 0.6731 0.444 0.000 0.512 0.000 0.044
#> GSM342357 4 0.5606 -0.2373 0.360 0.000 0.000 0.556 0.084
#> GSM342366 2 0.4885 0.3085 0.000 0.572 0.000 0.028 0.400
#> GSM342385 5 0.8179 -0.3200 0.240 0.120 0.000 0.264 0.376
#> GSM342421 2 0.5028 0.2516 0.000 0.524 0.000 0.444 0.032
#> GSM342437 4 0.7031 -0.4102 0.396 0.024 0.000 0.400 0.180
#> GSM342454 3 0.4015 0.7627 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM342471 4 0.6826 0.2923 0.148 0.120 0.000 0.608 0.124
#> GSM342477 5 0.8446 -0.1415 0.216 0.200 0.000 0.232 0.352
#> GSM342495 2 0.0162 0.5843 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342496 2 0.6519 -0.1324 0.000 0.448 0.000 0.200 0.352
#> GSM342320 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342321 4 0.1121 0.4546 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM342324 4 0.5626 -0.0769 0.232 0.000 0.004 0.640 0.124
#> GSM342328 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342330 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342332 4 0.4033 0.3767 0.008 0.020 0.000 0.764 0.208
#> GSM342333 5 0.8321 -0.1511 0.188 0.168 0.000 0.284 0.360
#> GSM342336 4 0.6216 0.2148 0.000 0.180 0.000 0.536 0.284
#> GSM342337 3 0.5230 0.6630 0.452 0.000 0.504 0.000 0.044
#> GSM342339 3 0.4252 0.7697 0.340 0.000 0.652 0.000 0.008
#> GSM342340 3 0.4812 0.7497 0.372 0.000 0.600 0.000 0.028
#> GSM342341 3 0.4341 0.7617 0.364 0.000 0.628 0.000 0.008
#> GSM342342 3 0.4251 0.7574 0.372 0.000 0.624 0.000 0.004
#> GSM342343 3 0.4969 0.7431 0.376 0.000 0.588 0.000 0.036
#> GSM342344 3 0.1018 0.8326 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> GSM342345 3 0.4470 0.7561 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM342346 5 0.8680 -0.1957 0.256 0.188 0.008 0.212 0.336
#> GSM342348 1 0.4675 0.5642 0.600 0.000 0.000 0.380 0.020
#> GSM342349 3 0.2036 0.8221 0.024 0.000 0.920 0.000 0.056
#> GSM342350 3 0.2036 0.8221 0.024 0.000 0.920 0.000 0.056
#> GSM342351 3 0.2171 0.8181 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064
#> GSM342352 3 0.2036 0.8221 0.024 0.000 0.920 0.000 0.056
#> GSM342353 3 0.2595 0.8319 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> GSM342355 1 0.7145 0.1836 0.480 0.000 0.288 0.196 0.036
#> GSM342358 4 0.5080 -0.2089 0.396 0.000 0.012 0.572 0.020
#> GSM342359 4 0.5161 -0.2099 0.396 0.000 0.012 0.568 0.024
#> GSM342360 4 0.4928 -0.2122 0.408 0.000 0.012 0.568 0.012
#> GSM342361 4 0.5652 -0.2051 0.372 0.008 0.012 0.568 0.040
#> GSM342362 4 0.5252 -0.1164 0.316 0.000 0.000 0.616 0.068
#> GSM342363 4 0.5535 -0.0854 0.272 0.000 0.000 0.620 0.108
#> GSM342364 5 0.4979 -0.2281 0.000 0.480 0.000 0.028 0.492
#> GSM342365 2 0.4288 0.3523 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> GSM342367 5 0.4978 -0.2226 0.000 0.476 0.000 0.028 0.496
#> GSM342368 5 0.4980 -0.2335 0.000 0.484 0.000 0.028 0.488
#> GSM342369 2 0.3333 0.4966 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> GSM342370 2 0.4436 0.3362 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008
#> GSM342372 2 0.3928 0.4293 0.000 0.700 0.000 0.296 0.004
#> GSM342373 2 0.4902 0.3103 0.000 0.564 0.000 0.028 0.408
#> GSM342374 2 0.4182 0.3377 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM342375 2 0.4848 0.3003 0.000 0.556 0.000 0.420 0.024
#> GSM342376 5 0.7847 -0.0876 0.064 0.288 0.000 0.300 0.348
#> GSM342377 2 0.6749 0.1060 0.000 0.396 0.000 0.268 0.336
#> GSM342378 4 0.6844 -0.1984 0.320 0.012 0.000 0.460 0.208
#> GSM342379 4 0.4315 0.3725 0.016 0.012 0.000 0.728 0.244
#> GSM342381 5 0.5435 -0.2015 0.000 0.428 0.000 0.060 0.512
#> GSM342383 4 0.6347 0.1924 0.024 0.088 0.000 0.480 0.408
#> GSM342384 5 0.4902 -0.2137 0.000 0.468 0.000 0.024 0.508
#> GSM342386 2 0.4904 0.2197 0.000 0.504 0.000 0.024 0.472
#> GSM342387 4 0.5090 0.2368 0.208 0.000 0.000 0.688 0.104
#> GSM342388 3 0.4969 0.7431 0.376 0.000 0.588 0.000 0.036
#> GSM342389 5 0.4904 -0.2174 0.000 0.472 0.000 0.024 0.504
#> GSM342390 1 0.4969 0.5596 0.588 0.000 0.000 0.376 0.036
#> GSM342391 1 0.6236 0.4472 0.456 0.000 0.000 0.400 0.144
#> GSM342392 3 0.4470 0.7561 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM342393 2 0.7003 0.2565 0.092 0.560 0.000 0.240 0.108
#> GSM342394 4 0.6877 0.0128 0.240 0.020 0.000 0.504 0.236
#> GSM342395 2 0.4979 0.1947 0.000 0.492 0.000 0.028 0.480
#> GSM342396 3 0.4470 0.7561 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM342397 3 0.3427 0.7815 0.032 0.000 0.844 0.012 0.112
#> GSM342398 5 0.5028 -0.2061 0.000 0.444 0.000 0.032 0.524
#> GSM342400 5 0.4974 -0.2104 0.000 0.464 0.000 0.028 0.508
#> GSM342401 3 0.4470 0.7561 0.372 0.000 0.616 0.000 0.012
#> GSM342403 5 0.8308 -0.1888 0.232 0.168 0.000 0.216 0.384
#> GSM342405 1 0.8975 0.3059 0.352 0.036 0.148 0.204 0.260
#> GSM342406 1 0.4494 0.5650 0.608 0.000 0.000 0.380 0.012
#> GSM342407 3 0.1741 0.8241 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> GSM342410 1 0.5820 0.5299 0.524 0.000 0.000 0.376 0.100
#> GSM342411 4 0.5565 0.1500 0.240 0.000 0.000 0.632 0.128
#> GSM342412 4 0.7049 0.1581 0.028 0.184 0.000 0.460 0.328
#> GSM342413 1 0.5283 0.5434 0.572 0.000 0.012 0.384 0.032
#> GSM342414 3 0.1830 0.8234 0.028 0.000 0.932 0.000 0.040
#> GSM342415 4 0.6010 0.1108 0.008 0.364 0.000 0.532 0.096
#> GSM342416 1 0.4494 0.5650 0.608 0.000 0.000 0.380 0.012
#> GSM342417 4 0.2891 0.4032 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM342418 4 0.0290 0.4611 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342419 4 0.8199 0.1111 0.168 0.224 0.000 0.412 0.196
#> GSM342420 4 0.2516 0.4213 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM342422 5 0.4727 -0.2042 0.000 0.452 0.000 0.016 0.532
#> GSM342423 2 0.5444 0.4566 0.000 0.656 0.000 0.140 0.204
#> GSM342424 4 0.0162 0.4612 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342425 4 0.0290 0.4606 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342427 2 0.5884 0.1901 0.000 0.536 0.000 0.352 0.112
#> GSM342428 2 0.5599 0.2059 0.000 0.484 0.000 0.444 0.072
#> GSM342429 2 0.3012 0.4996 0.000 0.860 0.000 0.036 0.104
#> GSM342430 3 0.4045 0.7593 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.4045 0.7593 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0693 0.8331 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM342433 3 0.0880 0.8257 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342434 3 0.1830 0.8208 0.028 0.000 0.932 0.000 0.040
#> GSM342435 3 0.0992 0.8263 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> GSM342436 3 0.0404 0.8299 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0510 0.8309 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0865 0.8318 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM342440 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0566 0.8293 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342443 2 0.0000 0.5848 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0290 0.8323 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.4898 0.7452 0.376 0.000 0.592 0.000 0.032
#> GSM342448 3 0.1485 0.8232 0.020 0.000 0.948 0.000 0.032
#> GSM342449 3 0.0290 0.8323 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0880 0.8257 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342452 3 0.2424 0.8199 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.4030 0.7610 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.1043 0.8331 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.5652 -0.2051 0.372 0.008 0.012 0.568 0.040
#> GSM342457 5 0.4979 -0.2281 0.000 0.480 0.000 0.028 0.492
#> GSM342458 2 0.3266 0.5020 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> GSM342459 2 0.0000 0.5848 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.5848 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.2891 0.5234 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM342463 2 0.3999 0.4100 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM342464 2 0.3966 0.4146 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM342465 2 0.4030 0.4081 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM342466 1 0.6011 0.5489 0.556 0.000 0.052 0.356 0.036
#> GSM342468 2 0.3333 0.4966 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> GSM342469 4 0.8234 0.0968 0.188 0.188 0.000 0.408 0.216
#> GSM342470 1 0.5273 0.5445 0.576 0.000 0.012 0.380 0.032
#> GSM342472 1 0.8837 0.3123 0.368 0.028 0.156 0.188 0.260
#> GSM342473 2 0.2891 0.5234 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM342474 2 0.3242 0.5021 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM342475 3 0.0162 0.8311 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.1626 0.5715 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM342478 2 0.0510 0.5809 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342479 2 0.6545 -0.1392 0.000 0.448 0.000 0.208 0.344
#> GSM342480 2 0.0510 0.5809 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342481 2 0.1197 0.5800 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342482 2 0.2732 0.5293 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM342483 2 0.0510 0.5809 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342485 2 0.3999 0.4100 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM342486 2 0.4015 0.4067 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM342487 3 0.2331 0.7833 0.016 0.000 0.908 0.008 0.068
#> GSM342488 2 0.1579 0.5702 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM342489 2 0.0000 0.5848 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.5562 0.2742 0.000 0.644 0.000 0.156 0.200
#> GSM342492 3 0.0912 0.8274 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM342493 2 0.3999 0.4100 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM342494 2 0.1300 0.5751 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> GSM342497 2 0.2228 0.5577 0.000 0.912 0.000 0.048 0.040
#> GSM342498 4 0.7840 -0.3231 0.344 0.076 0.000 0.364 0.216
#> GSM342499 4 0.8233 0.0859 0.188 0.176 0.000 0.404 0.232
#> GSM342500 2 0.0404 0.5839 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342501 2 0.6486 -0.1013 0.000 0.472 0.000 0.204 0.324
#> GSM342502 2 0.3796 0.4442 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM342503 2 0.2852 0.5250 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM342504 2 0.0162 0.5843 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342505 3 0.2377 0.8208 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.6706 0.4447 0.452 0.008 0.000 0.352 0.188
#> GSM342507 4 0.5019 -0.2164 0.396 0.000 0.000 0.568 0.036
#> GSM342508 1 0.6232 0.4944 0.480 0.000 0.000 0.372 0.148
#> GSM342509 4 0.4942 -0.2495 0.432 0.000 0.000 0.540 0.028
#> GSM342510 4 0.5503 -0.2279 0.392 0.000 0.012 0.552 0.044
#> GSM342511 1 0.8899 0.3167 0.372 0.032 0.160 0.192 0.244
#> GSM342512 2 0.3949 0.4216 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342513 2 0.4030 0.4125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM342514 3 0.6959 0.2894 0.220 0.000 0.548 0.184 0.048
#> GSM342515 4 0.7164 0.0104 0.220 0.032 0.000 0.472 0.276
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.6068 0.23740 0.168 0.000 0.000 0.472 0.344 0.016
#> GSM342323 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342325 4 0.6400 0.22599 0.196 0.004 0.000 0.444 0.336 0.020
#> GSM342326 4 0.1049 0.69612 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342334 1 0.2995 0.38307 0.844 0.008 0.000 0.128 0.012 0.008
#> GSM342335 4 0.6568 0.11913 0.380 0.200 0.000 0.384 0.036 0.000
#> GSM342354 6 0.3699 0.59412 0.000 0.000 0.336 0.004 0.000 0.660
#> GSM342371 2 0.3298 0.59129 0.008 0.756 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM342380 1 0.2594 0.43762 0.888 0.000 0.000 0.056 0.036 0.020
#> GSM342382 5 0.4844 -0.04903 0.012 0.456 0.000 0.032 0.500 0.000
#> GSM342399 5 0.6690 -0.09202 0.272 0.008 0.000 0.300 0.400 0.020
#> GSM342402 1 0.5957 0.45705 0.568 0.000 0.000 0.144 0.252 0.036
#> GSM342404 2 0.5675 0.48657 0.080 0.596 0.000 0.284 0.032 0.008
#> GSM342408 6 0.2632 0.76429 0.000 0.000 0.164 0.004 0.000 0.832
#> GSM342409 1 0.3341 0.44716 0.864 0.020 0.012 0.044 0.016 0.044
#> GSM342426 4 0.2007 0.68477 0.012 0.036 0.000 0.920 0.032 0.000
#> GSM342441 6 0.2854 0.73705 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM342444 3 0.0260 0.76225 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342451 3 0.2562 0.77327 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM342462 2 0.0508 0.69125 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342467 1 0.4493 0.30894 0.728 0.036 0.000 0.192 0.000 0.044
#> GSM342484 1 0.6144 0.44482 0.540 0.000 0.000 0.168 0.256 0.036
#> GSM342491 1 0.3398 0.42794 0.848 0.040 0.000 0.076 0.016 0.020
#> GSM342322 4 0.5271 0.33384 0.132 0.000 0.000 0.576 0.292 0.000
#> GSM342338 3 0.2146 0.78829 0.000 0.000 0.880 0.004 0.000 0.116
#> GSM342347 6 0.3441 0.74153 0.024 0.000 0.188 0.004 0.000 0.784
#> GSM342356 3 0.1610 0.70747 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.6127 0.44518 0.544 0.000 0.000 0.168 0.252 0.036
#> GSM342366 2 0.3673 0.57499 0.016 0.736 0.000 0.000 0.244 0.004
#> GSM342385 1 0.2328 0.44596 0.904 0.000 0.000 0.044 0.032 0.020
#> GSM342421 2 0.6656 0.11704 0.208 0.404 0.000 0.352 0.032 0.004
#> GSM342437 1 0.7183 0.24509 0.408 0.040 0.000 0.272 0.256 0.024
#> GSM342454 3 0.2178 0.78162 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM342471 1 0.6450 -0.02549 0.456 0.024 0.000 0.316 0.200 0.004
#> GSM342477 1 0.3916 0.27509 0.748 0.024 0.000 0.212 0.000 0.016
#> GSM342495 2 0.0146 0.69040 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 1 0.6445 -0.05682 0.512 0.108 0.000 0.040 0.320 0.020
#> GSM342320 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.1908 0.65627 0.096 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM342324 4 0.5451 -0.18244 0.424 0.000 0.000 0.468 0.104 0.004
#> GSM342328 4 0.0713 0.70223 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0260 0.70774 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.5573 0.24498 0.416 0.036 0.000 0.500 0.040 0.008
#> GSM342333 1 0.3340 0.41577 0.840 0.024 0.000 0.100 0.004 0.032
#> GSM342336 1 0.5012 -0.09362 0.548 0.012 0.000 0.400 0.032 0.008
#> GSM342337 3 0.1610 0.70747 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM342339 3 0.2048 0.79299 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM342340 3 0.1075 0.78666 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342341 3 0.3309 0.60959 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM342342 3 0.2562 0.76873 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM342343 3 0.0632 0.77506 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342344 6 0.3979 0.39250 0.000 0.000 0.456 0.004 0.000 0.540
#> GSM342345 3 0.1387 0.79193 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM342346 1 0.2206 0.43344 0.904 0.024 0.000 0.064 0.000 0.008
#> GSM342348 1 0.4370 0.45823 0.536 0.000 0.000 0.016 0.444 0.004
#> GSM342349 6 0.3023 0.75305 0.000 0.000 0.212 0.004 0.000 0.784
#> GSM342350 6 0.2703 0.76530 0.000 0.000 0.172 0.004 0.000 0.824
#> GSM342351 6 0.2871 0.75629 0.000 0.000 0.192 0.004 0.000 0.804
#> GSM342352 6 0.3601 0.63410 0.000 0.000 0.312 0.004 0.000 0.684
#> GSM342353 3 0.2933 0.73678 0.000 0.000 0.796 0.004 0.000 0.200
#> GSM342355 3 0.4193 0.45952 0.228 0.000 0.724 0.008 0.036 0.004
#> GSM342358 1 0.6298 0.43149 0.524 0.000 0.000 0.192 0.244 0.040
#> GSM342359 1 0.6977 0.41401 0.460 0.000 0.000 0.192 0.248 0.100
#> GSM342360 1 0.6315 0.43065 0.520 0.000 0.000 0.192 0.248 0.040
#> GSM342361 1 0.7430 0.37535 0.380 0.000 0.000 0.224 0.248 0.148
#> GSM342362 1 0.6550 0.37928 0.456 0.000 0.000 0.264 0.244 0.036
#> GSM342363 1 0.6535 0.39343 0.460 0.000 0.000 0.240 0.264 0.036
#> GSM342364 2 0.4222 0.17376 0.008 0.516 0.000 0.000 0.472 0.004
#> GSM342365 2 0.4930 0.48866 0.032 0.616 0.000 0.320 0.032 0.000
#> GSM342367 5 0.3971 -0.03724 0.000 0.448 0.000 0.000 0.548 0.004
#> GSM342368 2 0.3938 0.49458 0.016 0.660 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM342369 2 0.3807 0.61249 0.008 0.772 0.000 0.184 0.032 0.004
#> GSM342370 2 0.5296 0.46453 0.056 0.588 0.000 0.324 0.032 0.000
#> GSM342372 2 0.4539 0.52050 0.016 0.656 0.000 0.296 0.032 0.000
#> GSM342373 2 0.2920 0.63815 0.008 0.820 0.000 0.000 0.168 0.004
#> GSM342374 2 0.4277 0.48112 0.028 0.616 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM342375 2 0.5303 0.42359 0.048 0.556 0.000 0.364 0.032 0.000
#> GSM342376 1 0.6191 -0.03138 0.528 0.036 0.000 0.084 0.332 0.020
#> GSM342377 5 0.6886 0.22823 0.180 0.268 0.000 0.076 0.472 0.004
#> GSM342378 5 0.5035 -0.18344 0.296 0.000 0.000 0.104 0.600 0.000
#> GSM342379 4 0.6789 0.16287 0.272 0.016 0.000 0.388 0.308 0.016
#> GSM342381 5 0.5698 0.14285 0.104 0.332 0.000 0.016 0.544 0.004
#> GSM342383 1 0.5841 -0.02853 0.520 0.016 0.000 0.092 0.360 0.012
#> GSM342384 5 0.3838 -0.03040 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM342386 5 0.3851 -0.05762 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM342387 4 0.5495 0.24697 0.156 0.000 0.000 0.540 0.304 0.000
#> GSM342388 3 0.0000 0.75613 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 5 0.3966 -0.02630 0.000 0.444 0.000 0.000 0.552 0.004
#> GSM342390 1 0.5203 0.45411 0.500 0.000 0.036 0.016 0.440 0.008
#> GSM342391 1 0.4646 0.44851 0.500 0.000 0.000 0.040 0.460 0.000
#> GSM342392 3 0.1444 0.79276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM342393 2 0.6168 0.24247 0.252 0.448 0.000 0.292 0.000 0.008
#> GSM342394 5 0.5134 -0.00619 0.228 0.000 0.000 0.152 0.620 0.000
#> GSM342395 2 0.3560 0.56976 0.008 0.732 0.000 0.000 0.256 0.004
#> GSM342396 3 0.1663 0.79336 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM342397 6 0.4418 0.64507 0.056 0.000 0.232 0.004 0.004 0.704
#> GSM342398 5 0.5179 0.06978 0.044 0.396 0.000 0.024 0.536 0.000
#> GSM342400 5 0.4279 -0.01983 0.012 0.436 0.000 0.000 0.548 0.004
#> GSM342401 3 0.2092 0.78627 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM342403 1 0.1820 0.44834 0.928 0.000 0.000 0.044 0.016 0.012
#> GSM342405 1 0.4829 0.41081 0.752 0.016 0.028 0.068 0.008 0.128
#> GSM342406 1 0.4466 0.45873 0.536 0.000 0.000 0.016 0.440 0.008
#> GSM342407 6 0.2668 0.76563 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000 0.828
#> GSM342410 1 0.4157 0.45860 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> GSM342411 4 0.5927 0.04301 0.324 0.000 0.000 0.448 0.228 0.000
#> GSM342412 1 0.4529 -0.05349 0.576 0.008 0.000 0.396 0.004 0.016
#> GSM342413 5 0.6230 -0.45067 0.404 0.000 0.000 0.040 0.432 0.124
#> GSM342414 6 0.2520 0.77078 0.000 0.000 0.152 0.004 0.000 0.844
#> GSM342415 1 0.7437 -0.24714 0.376 0.188 0.000 0.132 0.300 0.004
#> GSM342416 1 0.4466 0.45873 0.536 0.000 0.000 0.016 0.440 0.008
#> GSM342417 4 0.2636 0.65058 0.120 0.004 0.000 0.860 0.000 0.016
#> GSM342418 4 0.1007 0.70204 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM342419 5 0.6397 0.14079 0.372 0.076 0.000 0.072 0.472 0.008
#> GSM342420 4 0.2060 0.67154 0.084 0.000 0.000 0.900 0.000 0.016
#> GSM342422 5 0.4178 0.00188 0.008 0.428 0.000 0.000 0.560 0.004
#> GSM342423 2 0.2788 0.66555 0.016 0.880 0.000 0.044 0.056 0.004
#> GSM342424 4 0.1049 0.69612 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.2078 0.68289 0.012 0.040 0.000 0.916 0.032 0.000
#> GSM342427 1 0.6893 -0.14395 0.400 0.236 0.000 0.320 0.032 0.012
#> GSM342428 1 0.7076 -0.18415 0.328 0.296 0.000 0.328 0.032 0.016
#> GSM342429 2 0.4907 0.27196 0.304 0.636 0.000 0.032 0.012 0.016
#> GSM342430 3 0.3151 0.70496 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM342431 3 0.2730 0.76046 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM342432 3 0.3756 -0.18015 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM342433 6 0.2527 0.77309 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM342434 6 0.2320 0.77250 0.000 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864
#> GSM342435 6 0.2178 0.77184 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM342436 6 0.2631 0.75666 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM342438 6 0.3823 0.32469 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM342439 6 0.3828 0.31065 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM342440 6 0.3101 0.69797 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM342442 6 0.3659 0.52912 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM342443 2 0.0291 0.69059 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342445 6 0.2823 0.74223 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM342446 6 0.3823 0.27623 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM342447 3 0.0632 0.77506 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM342448 6 0.2048 0.77134 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM342449 6 0.3838 0.22793 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM342450 6 0.2135 0.77185 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM342452 3 0.3620 0.52553 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM342453 3 0.3371 0.64065 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM342455 3 0.3774 0.36866 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM342456 1 0.7453 0.37395 0.372 0.000 0.000 0.232 0.248 0.148
#> GSM342457 2 0.4079 0.40557 0.008 0.608 0.000 0.000 0.380 0.004
#> GSM342458 2 0.3534 0.62347 0.008 0.792 0.000 0.168 0.032 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.69086 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.69086 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.1124 0.68344 0.008 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM342463 2 0.4076 0.21718 0.004 0.564 0.000 0.004 0.428 0.000
#> GSM342464 2 0.3215 0.54302 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> GSM342465 2 0.4456 0.14994 0.020 0.520 0.000 0.004 0.456 0.000
#> GSM342466 1 0.4614 0.47074 0.568 0.000 0.020 0.008 0.400 0.004
#> GSM342468 2 0.3827 0.60794 0.012 0.764 0.000 0.192 0.032 0.000
#> GSM342469 5 0.5025 0.07997 0.392 0.016 0.000 0.044 0.548 0.000
#> GSM342470 5 0.6256 -0.44934 0.400 0.000 0.000 0.040 0.432 0.128
#> GSM342472 1 0.5690 0.36311 0.688 0.024 0.056 0.068 0.008 0.156
#> GSM342473 2 0.1194 0.68447 0.008 0.956 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM342474 2 0.1268 0.68282 0.008 0.952 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM342475 6 0.3126 0.69907 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM342476 2 0.3182 0.64943 0.036 0.832 0.000 0.124 0.000 0.008
#> GSM342478 2 0.0363 0.68848 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 1 0.6608 0.05242 0.544 0.152 0.000 0.056 0.232 0.016
#> GSM342480 2 0.0632 0.68533 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.1682 0.68217 0.020 0.928 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM342482 2 0.0405 0.69064 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342483 2 0.0603 0.68869 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342485 2 0.3961 0.18929 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> GSM342486 2 0.4211 0.14952 0.008 0.532 0.000 0.004 0.456 0.000
#> GSM342487 6 0.2586 0.74251 0.032 0.000 0.100 0.000 0.000 0.868
#> GSM342488 2 0.3148 0.64912 0.064 0.840 0.000 0.092 0.000 0.004
#> GSM342489 2 0.0000 0.69086 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 1 0.6473 -0.10728 0.432 0.260 0.000 0.284 0.000 0.024
#> GSM342492 6 0.2178 0.77184 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM342493 2 0.4293 0.17464 0.012 0.536 0.000 0.004 0.448 0.000
#> GSM342494 2 0.2019 0.67537 0.012 0.900 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.4988 0.51989 0.116 0.660 0.000 0.216 0.000 0.008
#> GSM342498 5 0.5290 -0.13462 0.336 0.036 0.000 0.048 0.580 0.000
#> GSM342499 5 0.5028 0.07610 0.380 0.012 0.000 0.052 0.556 0.000
#> GSM342500 2 0.0291 0.69085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM342501 1 0.6086 -0.02684 0.540 0.080 0.000 0.044 0.324 0.012
#> GSM342502 2 0.1268 0.68337 0.008 0.952 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM342503 2 0.1370 0.68623 0.012 0.948 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM342504 2 0.0909 0.68959 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342505 3 0.3634 0.51606 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM342506 1 0.4543 0.45700 0.584 0.004 0.000 0.032 0.380 0.000
#> GSM342507 1 0.6203 0.44396 0.536 0.000 0.000 0.168 0.256 0.040
#> GSM342508 1 0.4093 0.44094 0.516 0.000 0.000 0.008 0.476 0.000
#> GSM342509 1 0.6203 0.44396 0.536 0.000 0.000 0.168 0.256 0.040
#> GSM342510 1 0.8291 0.34258 0.328 0.000 0.048 0.192 0.248 0.184
#> GSM342511 1 0.4317 0.42087 0.784 0.000 0.076 0.040 0.008 0.092
#> GSM342512 2 0.4300 0.14139 0.012 0.528 0.000 0.004 0.456 0.000
#> GSM342513 2 0.4456 0.14994 0.020 0.520 0.000 0.004 0.456 0.000
#> GSM342514 6 0.5960 0.28539 0.020 0.000 0.104 0.008 0.372 0.496
#> GSM342515 5 0.4732 0.00516 0.220 0.000 0.000 0.112 0.668 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:mclust 191 0.1967 2
#> CV:mclust 175 0.1612 3
#> CV:mclust 131 0.9764 4
#> CV:mclust 83 0.6971 5
#> CV:mclust 93 0.0465 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.543 0.732 0.884 0.4685 0.546 0.546
#> 3 3 0.643 0.651 0.826 0.4215 0.721 0.518
#> 4 4 0.721 0.724 0.864 0.1165 0.807 0.506
#> 5 5 0.727 0.667 0.813 0.0490 0.919 0.705
#> 6 6 0.771 0.644 0.791 0.0311 0.920 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.7219 0.7156 0.200 0.800
#> GSM342323 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342325 2 0.7674 0.6957 0.224 0.776
#> GSM342326 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342382 1 0.9998 -0.2167 0.508 0.492
#> GSM342399 2 0.9686 0.4961 0.396 0.604
#> GSM342402 2 0.9286 0.5704 0.344 0.656
#> GSM342404 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.9710 0.3447 0.600 0.400
#> GSM342409 1 0.9460 0.3184 0.636 0.364
#> GSM342426 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342441 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342484 2 0.9635 0.5085 0.388 0.612
#> GSM342491 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342322 2 0.2948 0.8115 0.052 0.948
#> GSM342338 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342357 2 0.9580 0.5205 0.380 0.620
#> GSM342366 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342421 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342454 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342496 1 0.9686 0.1523 0.604 0.396
#> GSM342320 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342336 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342348 2 0.9286 0.5681 0.344 0.656
#> GSM342349 1 0.0938 0.8881 0.988 0.012
#> GSM342350 1 0.2603 0.8639 0.956 0.044
#> GSM342351 1 0.9044 0.4991 0.680 0.320
#> GSM342352 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342353 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342358 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342359 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342360 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342361 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342362 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342363 2 0.7299 0.7124 0.204 0.796
#> GSM342364 2 0.6887 0.7280 0.184 0.816
#> GSM342365 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342367 2 0.9209 0.5802 0.336 0.664
#> GSM342368 2 0.2043 0.8210 0.032 0.968
#> GSM342369 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342376 2 0.9993 0.2775 0.484 0.516
#> GSM342377 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342378 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342379 2 0.0938 0.8297 0.012 0.988
#> GSM342381 2 0.9393 0.5545 0.356 0.644
#> GSM342383 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342384 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342386 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342387 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342389 2 0.9358 0.5599 0.352 0.648
#> GSM342390 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342391 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342392 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342394 2 0.9491 0.5380 0.368 0.632
#> GSM342395 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.1843 0.8768 0.972 0.028
#> GSM342398 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342400 2 0.8661 0.6348 0.288 0.712
#> GSM342401 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342403 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342405 2 0.9686 0.2029 0.396 0.604
#> GSM342406 1 0.6247 0.7251 0.844 0.156
#> GSM342407 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342410 2 0.9775 0.4664 0.412 0.588
#> GSM342411 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342413 2 0.9552 0.2565 0.376 0.624
#> GSM342414 1 0.2423 0.8673 0.960 0.040
#> GSM342415 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342416 1 0.4815 0.8051 0.896 0.104
#> GSM342417 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342419 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342420 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342422 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342423 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.3274 0.8071 0.060 0.940
#> GSM342430 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342433 1 0.4298 0.8223 0.912 0.088
#> GSM342434 1 0.9608 0.3772 0.616 0.384
#> GSM342435 1 0.1843 0.8768 0.972 0.028
#> GSM342436 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.7219 0.6859 0.800 0.200
#> GSM342449 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.4562 0.8138 0.904 0.096
#> GSM342452 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.1633 0.8246 0.024 0.976
#> GSM342458 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.3274 0.8072 0.060 0.940
#> GSM342463 2 0.9795 0.4559 0.416 0.584
#> GSM342464 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342465 1 0.9710 0.1381 0.600 0.400
#> GSM342466 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.8813 0.6222 0.300 0.700
#> GSM342470 2 0.9323 0.3271 0.348 0.652
#> GSM342472 2 0.9686 0.2029 0.396 0.604
#> GSM342473 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.0672 0.8313 0.008 0.992
#> GSM342475 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.0376 0.8328 0.004 0.996
#> GSM342479 2 0.4939 0.7791 0.108 0.892
#> GSM342480 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.8813 0.6222 0.300 0.700
#> GSM342482 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.9963 0.3364 0.464 0.536
#> GSM342486 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342487 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342492 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342493 2 1.0000 0.2396 0.496 0.504
#> GSM342494 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342499 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342500 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.9754 0.4733 0.408 0.592
#> GSM342502 2 0.9427 0.5498 0.360 0.640
#> GSM342503 2 0.7453 0.7061 0.212 0.788
#> GSM342504 2 0.0000 0.8343 0.000 1.000
#> GSM342505 1 0.0000 0.8960 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.9933 -0.0699 0.548 0.452
#> GSM342507 2 0.7056 0.7232 0.192 0.808
#> GSM342508 1 0.7602 0.6111 0.780 0.220
#> GSM342509 1 0.9815 0.0607 0.580 0.420
#> GSM342510 2 0.2043 0.8116 0.032 0.968
#> GSM342511 1 0.7453 0.6701 0.788 0.212
#> GSM342512 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
#> GSM342513 1 0.9754 0.1087 0.592 0.408
#> GSM342514 1 0.5946 0.7588 0.856 0.144
#> GSM342515 2 0.9710 0.4897 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 1 0.6299 -0.4029 0.524 0.476 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342327 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342329 1 0.6235 -0.3220 0.564 0.436 0.000
#> GSM342331 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342334 2 0.1411 0.6408 0.036 0.964 0.000
#> GSM342335 1 0.6168 0.6093 0.588 0.412 0.000
#> GSM342354 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342408 3 0.5968 0.4114 0.000 0.364 0.636
#> GSM342409 1 0.9850 0.3585 0.392 0.356 0.252
#> GSM342426 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342441 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.1964 0.6091 0.056 0.944 0.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342484 1 0.5470 0.4547 0.796 0.036 0.168
#> GSM342491 2 0.6345 0.5607 0.400 0.596 0.004
#> GSM342322 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342356 3 0.4555 0.7268 0.200 0.000 0.800
#> GSM342357 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 2 0.2356 0.5975 0.072 0.928 0.000
#> GSM342437 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.1753 0.6404 0.952 0.048 0.000
#> GSM342477 2 0.4605 0.6172 0.204 0.796 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342496 2 0.9773 -0.1892 0.232 0.396 0.372
#> GSM342320 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342321 1 0.1163 0.6154 0.972 0.028 0.000
#> GSM342324 2 0.6180 0.5483 0.416 0.584 0.000
#> GSM342328 1 0.4291 0.3839 0.820 0.180 0.000
#> GSM342330 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342332 1 0.2878 0.6351 0.904 0.096 0.000
#> GSM342333 2 0.6608 -0.3409 0.432 0.560 0.008
#> GSM342336 2 0.5706 0.5688 0.320 0.680 0.000
#> GSM342337 3 0.5785 0.4925 0.332 0.000 0.668
#> GSM342339 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342340 3 0.0747 0.9335 0.016 0.000 0.984
#> GSM342341 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342343 3 0.1031 0.9271 0.024 0.000 0.976
#> GSM342344 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342346 2 0.2448 0.6511 0.076 0.924 0.000
#> GSM342348 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342349 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342351 3 0.4235 0.7552 0.000 0.176 0.824
#> GSM342352 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 3 0.5621 0.5495 0.308 0.000 0.692
#> GSM342358 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342359 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342360 2 0.6168 0.5524 0.412 0.588 0.000
#> GSM342361 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342362 1 0.3482 0.4819 0.872 0.128 0.000
#> GSM342363 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342365 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342368 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342372 2 0.0747 0.6507 0.016 0.984 0.000
#> GSM342373 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342377 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.6095 0.6240 0.608 0.392 0.000
#> GSM342383 1 0.1031 0.6424 0.976 0.024 0.000
#> GSM342384 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342386 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342387 2 0.6267 0.5055 0.452 0.548 0.000
#> GSM342388 3 0.1643 0.9095 0.044 0.000 0.956
#> GSM342389 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342390 1 0.4002 0.4841 0.840 0.000 0.160
#> GSM342391 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342396 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342398 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342400 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342403 1 0.5905 0.6261 0.648 0.352 0.000
#> GSM342405 2 0.5098 0.5345 0.000 0.752 0.248
#> GSM342406 1 0.0592 0.6307 0.988 0.000 0.012
#> GSM342407 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.0592 0.6294 0.988 0.012 0.000
#> GSM342412 2 0.6204 0.5328 0.424 0.576 0.000
#> GSM342413 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342414 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342416 1 0.1289 0.6161 0.968 0.000 0.032
#> GSM342417 2 0.6180 0.5484 0.416 0.584 0.000
#> GSM342418 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342419 1 0.3116 0.6428 0.892 0.108 0.000
#> GSM342420 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342422 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342423 1 0.6140 0.6173 0.596 0.404 0.000
#> GSM342424 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342425 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342427 2 0.0237 0.6621 0.004 0.996 0.000
#> GSM342428 2 0.0892 0.6612 0.020 0.980 0.000
#> GSM342429 2 0.8000 -0.0453 0.284 0.620 0.096
#> GSM342430 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342434 3 0.4654 0.7095 0.000 0.208 0.792
#> GSM342435 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.1163 0.9221 0.000 0.028 0.972
#> GSM342449 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342450 3 0.0237 0.9424 0.000 0.004 0.996
#> GSM342452 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.6111 0.5653 0.396 0.604 0.000
#> GSM342457 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0237 0.6590 0.004 0.996 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 1 0.6168 0.6097 0.588 0.412 0.000
#> GSM342463 1 0.8755 0.5183 0.488 0.400 0.112
#> GSM342464 1 0.8859 0.5087 0.480 0.400 0.120
#> GSM342465 1 0.8403 0.5458 0.512 0.400 0.088
#> GSM342466 3 0.6008 0.4158 0.372 0.000 0.628
#> GSM342468 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 1 0.1163 0.6425 0.972 0.028 0.000
#> GSM342470 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342472 2 0.5016 0.5403 0.000 0.760 0.240
#> GSM342473 1 0.6140 0.6173 0.596 0.404 0.000
#> GSM342474 1 0.6126 0.6203 0.600 0.400 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342478 2 0.4172 0.5206 0.004 0.840 0.156
#> GSM342479 1 0.7097 0.3856 0.668 0.280 0.052
#> GSM342480 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342481 2 0.9464 -0.4213 0.404 0.416 0.180
#> GSM342482 2 0.5835 -0.0818 0.340 0.660 0.000
#> GSM342483 2 0.1753 0.6182 0.048 0.952 0.000
#> GSM342485 1 0.7043 0.6063 0.576 0.400 0.024
#> GSM342486 1 0.6111 0.6229 0.604 0.396 0.000
#> GSM342487 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342492 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342493 1 0.7156 0.6032 0.572 0.400 0.028
#> GSM342494 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM342498 1 0.0592 0.6334 0.988 0.000 0.012
#> GSM342499 1 0.0592 0.6403 0.988 0.012 0.000
#> GSM342500 2 0.2066 0.6045 0.060 0.940 0.000
#> GSM342501 1 0.6605 0.5961 0.752 0.152 0.096
#> GSM342502 1 0.7043 0.6062 0.576 0.400 0.024
#> GSM342503 2 0.9439 -0.3718 0.376 0.444 0.180
#> GSM342504 2 0.2945 0.5637 0.088 0.908 0.004
#> GSM342505 3 0.0000 0.9455 0.000 0.000 1.000
#> GSM342506 1 0.1964 0.6060 0.944 0.000 0.056
#> GSM342507 1 0.2165 0.5736 0.936 0.064 0.000
#> GSM342508 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.7021 0.3006 0.436 0.020 0.544
#> GSM342510 2 0.6126 0.5628 0.400 0.600 0.000
#> GSM342511 3 0.1031 0.9271 0.000 0.024 0.976
#> GSM342512 1 0.7366 0.5967 0.564 0.400 0.036
#> GSM342513 1 0.7890 0.5784 0.544 0.396 0.060
#> GSM342514 3 0.5058 0.6711 0.244 0.000 0.756
#> GSM342515 1 0.0000 0.6374 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.3444 0.7448 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342323 1 0.4843 0.5234 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM342325 1 0.3591 0.7486 0.824 0.008 0.000 0.168
#> GSM342326 4 0.2011 0.6805 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM342327 4 0.2469 0.6642 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM342329 1 0.4713 0.5843 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM342331 4 0.1867 0.6836 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM342334 4 0.6027 0.5611 0.192 0.124 0.000 0.684
#> GSM342335 2 0.4483 0.5640 0.284 0.712 0.000 0.004
#> GSM342354 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 2 0.0188 0.8421 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342380 1 0.3768 0.7470 0.808 0.008 0.000 0.184
#> GSM342382 2 0.1557 0.8222 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.3591 0.7483 0.824 0.008 0.000 0.168
#> GSM342402 1 0.2408 0.7685 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM342404 4 0.4776 0.3858 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM342408 3 0.4817 0.3273 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM342409 2 0.7763 0.3874 0.124 0.568 0.260 0.048
#> GSM342426 4 0.1637 0.6864 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM342441 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0817 0.8340 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342467 4 0.3942 0.6181 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM342484 1 0.4957 0.6977 0.776 0.000 0.112 0.112
#> GSM342491 4 0.4406 0.5517 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342322 1 0.3649 0.7388 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM342338 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342347 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342356 3 0.1716 0.9087 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342357 1 0.2345 0.7694 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM342366 2 0.0000 0.8413 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.3808 0.7482 0.812 0.012 0.000 0.176
#> GSM342421 2 0.4713 0.3909 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM342437 4 0.4250 0.6196 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM342454 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1624 0.7602 0.952 0.020 0.000 0.028
#> GSM342477 4 0.3377 0.6928 0.012 0.140 0.000 0.848
#> GSM342495 2 0.2868 0.7525 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM342496 2 0.0707 0.8406 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.1940 0.6823 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM342321 1 0.4134 0.7017 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342324 1 0.4898 0.5048 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM342328 1 0.4304 0.6806 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM342330 4 0.2868 0.6408 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM342332 1 0.5085 0.6739 0.708 0.032 0.000 0.260
#> GSM342333 1 0.6679 0.0471 0.488 0.440 0.008 0.064
#> GSM342336 4 0.4748 0.5190 0.268 0.016 0.000 0.716
#> GSM342337 3 0.3569 0.7438 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM342339 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0188 0.9659 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 3 0.0336 0.9627 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342346 4 0.1042 0.6916 0.008 0.020 0.000 0.972
#> GSM342348 1 0.0707 0.7725 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342349 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342355 3 0.4730 0.3973 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM342358 1 0.4304 0.6038 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM342359 4 0.4941 0.1944 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM342360 1 0.4040 0.6551 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM342361 4 0.3356 0.6558 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM342362 1 0.2973 0.7517 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM342363 1 0.2345 0.7694 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM342364 2 0.0188 0.8421 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.4382 0.5418 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM342367 2 0.0921 0.8380 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.0336 0.8421 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342369 2 0.4817 0.3221 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM342370 4 0.4522 0.5025 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM342372 2 0.4761 0.3551 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM342373 2 0.0188 0.8421 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342374 4 0.4679 0.4392 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM342375 2 0.4981 0.0929 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342376 2 0.4996 0.1183 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM342377 2 0.3975 0.6466 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0336 0.7699 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.3672 0.7497 0.824 0.012 0.000 0.164
#> GSM342381 2 0.4817 0.3525 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.4804 0.7258 0.780 0.072 0.000 0.148
#> GSM342384 2 0.0921 0.8380 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0592 0.8415 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.2011 0.7567 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM342388 3 0.0336 0.9627 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342389 2 0.0921 0.8380 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.1118 0.7717 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342391 1 0.0000 0.7712 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 4 0.4072 0.6004 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM342394 1 0.0000 0.7712 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0188 0.8406 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342396 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342398 2 0.3172 0.7319 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.1211 0.8319 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.6337 0.0158 0.472 0.468 0.000 0.060
#> GSM342405 4 0.5078 0.5353 0.000 0.028 0.272 0.700
#> GSM342406 1 0.0921 0.7720 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM342407 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.7712 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.1022 0.7720 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342412 4 0.4967 -0.1933 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM342413 4 0.4585 0.5615 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM342414 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342415 2 0.4981 0.1838 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.1118 0.7714 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342417 4 0.4790 0.0768 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM342418 4 0.2081 0.6712 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM342419 1 0.5332 0.6493 0.736 0.184 0.000 0.080
#> GSM342420 4 0.3123 0.6220 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM342422 2 0.2408 0.7847 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.0188 0.8412 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342424 4 0.2704 0.6527 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM342425 4 0.1792 0.6849 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM342427 4 0.4914 0.5158 0.012 0.312 0.000 0.676
#> GSM342428 4 0.4253 0.6447 0.016 0.208 0.000 0.776
#> GSM342429 2 0.1452 0.8316 0.036 0.956 0.000 0.008
#> GSM342430 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0336 0.9625 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342433 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 3 0.3837 0.6835 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM342435 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.3649 0.6731 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM342445 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0188 0.9658 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342449 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.3074 0.6654 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM342457 2 0.0592 0.8415 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342458 4 0.4961 0.1862 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM342459 2 0.1389 0.8222 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM342460 2 0.1940 0.8037 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM342461 2 0.0000 0.8413 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0592 0.8415 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0469 0.8420 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0817 0.8395 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.4679 0.4018 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM342468 2 0.4730 0.3918 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM342469 1 0.4431 0.5146 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM342470 4 0.4509 0.6023 0.288 0.000 0.004 0.708
#> GSM342472 4 0.4452 0.6346 0.000 0.048 0.156 0.796
#> GSM342473 2 0.0188 0.8421 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0469 0.8420 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 4 0.4985 0.1181 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM342478 2 0.1302 0.8245 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM342479 2 0.6761 0.3596 0.168 0.608 0.000 0.224
#> GSM342480 2 0.4500 0.4953 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM342481 2 0.0188 0.8421 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0336 0.8395 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342483 2 0.1022 0.8303 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342485 2 0.0817 0.8395 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0921 0.8380 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0188 0.9658 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342488 2 0.4817 0.3359 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM342489 2 0.2149 0.7947 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM342490 4 0.3569 0.6560 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM342492 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0817 0.8395 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.4998 0.0116 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM342497 4 0.4193 0.5815 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM342498 1 0.4250 0.5388 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.4761 0.3729 0.628 0.372 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0707 0.8355 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342501 2 0.5366 0.4987 0.276 0.684 0.000 0.040
#> GSM342502 2 0.0188 0.8406 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342503 2 0.0336 0.8395 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342504 2 0.0817 0.8340 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342505 3 0.0000 0.9688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.4234 0.6641 0.816 0.132 0.052 0.000
#> GSM342507 1 0.2589 0.7646 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM342508 1 0.1940 0.7424 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM342509 1 0.6652 0.4323 0.576 0.000 0.316 0.108
#> GSM342510 4 0.3583 0.6522 0.180 0.000 0.004 0.816
#> GSM342511 3 0.1557 0.9151 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM342512 2 0.0592 0.8415 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.0921 0.8380 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.4609 0.6710 0.224 0.000 0.752 0.024
#> GSM342515 1 0.2011 0.7395 0.920 0.080 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 5 0.5450 0.0812 0.444 0.000 0.000 0.060 0.496
#> GSM342323 5 0.6752 0.1554 0.316 0.000 0.000 0.280 0.404
#> GSM342325 5 0.4849 0.2502 0.360 0.000 0.000 0.032 0.608
#> GSM342326 4 0.5062 0.4220 0.068 0.000 0.000 0.656 0.276
#> GSM342327 4 0.5965 0.3071 0.128 0.000 0.000 0.544 0.328
#> GSM342329 5 0.5970 0.3486 0.228 0.000 0.000 0.184 0.588
#> GSM342331 4 0.5107 0.4656 0.108 0.000 0.000 0.688 0.204
#> GSM342334 5 0.5405 0.3447 0.004 0.124 0.000 0.200 0.672
#> GSM342335 5 0.4291 -0.0275 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM342354 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342371 2 0.3215 0.7963 0.000 0.852 0.000 0.056 0.092
#> GSM342380 5 0.1914 0.5049 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM342382 2 0.2221 0.8020 0.052 0.912 0.000 0.000 0.036
#> GSM342399 5 0.4009 0.3193 0.312 0.000 0.000 0.004 0.684
#> GSM342402 1 0.4541 0.7277 0.744 0.000 0.000 0.172 0.084
#> GSM342404 4 0.4387 0.3540 0.000 0.348 0.000 0.640 0.012
#> GSM342408 3 0.3266 0.7365 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> GSM342409 5 0.6908 0.2221 0.000 0.228 0.308 0.012 0.452
#> GSM342426 4 0.5144 0.4669 0.132 0.000 0.000 0.692 0.176
#> GSM342441 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.2476 0.8900 0.064 0.020 0.904 0.000 0.012
#> GSM342451 3 0.0833 0.9544 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.1571 0.8223 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM342467 4 0.3675 0.5264 0.000 0.216 0.008 0.772 0.004
#> GSM342484 1 0.4367 0.7301 0.748 0.000 0.000 0.192 0.060
#> GSM342491 1 0.5503 0.6130 0.632 0.004 0.000 0.272 0.092
#> GSM342322 5 0.5315 0.3133 0.332 0.000 0.000 0.068 0.600
#> GSM342338 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.2806 0.8189 0.000 0.000 0.844 0.004 0.152
#> GSM342356 3 0.2439 0.8500 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> GSM342357 1 0.4466 0.7296 0.748 0.000 0.000 0.176 0.076
#> GSM342366 2 0.2520 0.8143 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> GSM342385 5 0.1121 0.5049 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM342421 2 0.4589 0.6410 0.000 0.704 0.000 0.248 0.048
#> GSM342437 1 0.3123 0.7343 0.828 0.000 0.000 0.160 0.012
#> GSM342454 3 0.1836 0.9209 0.040 0.008 0.936 0.000 0.016
#> GSM342471 1 0.2228 0.7643 0.912 0.000 0.000 0.048 0.040
#> GSM342477 4 0.2144 0.5128 0.068 0.000 0.000 0.912 0.020
#> GSM342495 2 0.3353 0.7447 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008
#> GSM342496 2 0.2079 0.8023 0.064 0.916 0.000 0.000 0.020
#> GSM342320 4 0.4909 0.4817 0.120 0.000 0.000 0.716 0.164
#> GSM342321 5 0.5973 0.3630 0.256 0.000 0.000 0.164 0.580
#> GSM342324 5 0.6791 0.0907 0.312 0.000 0.000 0.304 0.384
#> GSM342328 5 0.6144 0.3266 0.280 0.000 0.000 0.172 0.548
#> GSM342330 4 0.6264 0.2368 0.160 0.000 0.000 0.496 0.344
#> GSM342332 5 0.5334 0.3944 0.180 0.000 0.000 0.148 0.672
#> GSM342333 5 0.5405 0.3600 0.012 0.292 0.016 0.032 0.648
#> GSM342336 5 0.4214 0.4570 0.064 0.004 0.000 0.152 0.780
#> GSM342337 3 0.3409 0.7803 0.024 0.000 0.816 0.000 0.160
#> GSM342339 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.4215 0.5008 0.000 0.024 0.008 0.748 0.220
#> GSM342348 1 0.1701 0.7636 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> GSM342349 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0162 0.9674 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342355 3 0.4650 0.1970 0.012 0.000 0.520 0.000 0.468
#> GSM342358 1 0.4840 0.6911 0.676 0.000 0.000 0.268 0.056
#> GSM342359 1 0.5322 0.5303 0.552 0.000 0.000 0.392 0.056
#> GSM342360 1 0.4769 0.6985 0.688 0.000 0.000 0.256 0.056
#> GSM342361 4 0.4735 0.2124 0.272 0.000 0.000 0.680 0.048
#> GSM342362 1 0.4613 0.7237 0.728 0.000 0.000 0.200 0.072
#> GSM342363 1 0.5895 0.5533 0.588 0.000 0.000 0.152 0.260
#> GSM342364 2 0.2777 0.7905 0.000 0.864 0.000 0.016 0.120
#> GSM342365 4 0.4183 0.4056 0.000 0.324 0.000 0.668 0.008
#> GSM342367 2 0.1648 0.8154 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> GSM342368 2 0.2438 0.8147 0.000 0.900 0.000 0.040 0.060
#> GSM342369 2 0.4526 0.5717 0.000 0.672 0.000 0.300 0.028
#> GSM342370 4 0.4418 0.3868 0.000 0.332 0.000 0.652 0.016
#> GSM342372 2 0.5980 0.5020 0.000 0.584 0.000 0.176 0.240
#> GSM342373 2 0.2520 0.8143 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> GSM342374 4 0.4585 0.3452 0.000 0.352 0.000 0.628 0.020
#> GSM342375 2 0.6362 0.3909 0.000 0.520 0.000 0.224 0.256
#> GSM342376 5 0.4876 0.1516 0.028 0.396 0.000 0.000 0.576
#> GSM342377 5 0.4557 -0.0983 0.008 0.476 0.000 0.000 0.516
#> GSM342378 1 0.2690 0.6781 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM342379 5 0.1485 0.4999 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> GSM342381 5 0.4697 0.3802 0.036 0.304 0.000 0.000 0.660
#> GSM342383 5 0.4019 0.4637 0.200 0.028 0.000 0.004 0.768
#> GSM342384 2 0.2011 0.8008 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> GSM342386 2 0.1106 0.8208 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> GSM342387 1 0.2462 0.7528 0.880 0.000 0.000 0.112 0.008
#> GSM342388 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342389 2 0.2583 0.7780 0.004 0.864 0.000 0.000 0.132
#> GSM342390 1 0.1943 0.7661 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM342391 1 0.1671 0.7483 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM342392 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.4025 0.4521 0.000 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM342394 1 0.1243 0.7654 0.960 0.004 0.000 0.008 0.028
#> GSM342395 2 0.2036 0.8198 0.000 0.920 0.000 0.056 0.024
#> GSM342396 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342398 2 0.4497 0.2774 0.008 0.568 0.000 0.000 0.424
#> GSM342400 2 0.2971 0.7539 0.008 0.836 0.000 0.000 0.156
#> GSM342401 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.5651 0.2175 0.020 0.356 0.000 0.048 0.576
#> GSM342405 4 0.5061 0.3418 0.000 0.040 0.288 0.660 0.012
#> GSM342406 1 0.1661 0.7680 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> GSM342407 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.2329 0.7148 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM342411 1 0.1981 0.7678 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028
#> GSM342412 5 0.2644 0.4738 0.012 0.012 0.000 0.088 0.888
#> GSM342413 1 0.4147 0.5245 0.676 0.000 0.000 0.316 0.008
#> GSM342414 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342415 5 0.4299 0.1866 0.004 0.388 0.000 0.000 0.608
#> GSM342416 1 0.1800 0.7643 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM342417 4 0.6323 0.1907 0.164 0.000 0.000 0.476 0.360
#> GSM342418 4 0.4781 0.4821 0.112 0.000 0.000 0.728 0.160
#> GSM342419 5 0.6070 0.0607 0.436 0.120 0.000 0.000 0.444
#> GSM342420 4 0.6545 0.1542 0.208 0.000 0.000 0.448 0.344
#> GSM342422 2 0.3318 0.7140 0.008 0.800 0.000 0.000 0.192
#> GSM342423 2 0.3401 0.7907 0.000 0.840 0.000 0.064 0.096
#> GSM342424 4 0.6519 0.1644 0.204 0.000 0.000 0.456 0.340
#> GSM342425 4 0.5720 0.4048 0.168 0.000 0.000 0.624 0.208
#> GSM342427 4 0.4552 0.5318 0.024 0.176 0.000 0.760 0.040
#> GSM342428 4 0.3682 0.5475 0.012 0.120 0.000 0.828 0.040
#> GSM342429 2 0.5576 0.5547 0.132 0.716 0.000 0.084 0.068
#> GSM342430 3 0.0162 0.9676 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342431 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.2451 0.8929 0.072 0.008 0.904 0.004 0.012
#> GSM342433 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.1043 0.9389 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM342435 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0324 0.9652 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.0486 0.9624 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> GSM342440 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.1200 0.9445 0.012 0.008 0.964 0.000 0.016
#> GSM342443 2 0.3421 0.7363 0.000 0.788 0.000 0.204 0.008
#> GSM342445 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0162 0.9676 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.4269 0.3116 0.232 0.000 0.000 0.732 0.036
#> GSM342457 2 0.1117 0.8266 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM342458 4 0.4504 0.1276 0.000 0.428 0.000 0.564 0.008
#> GSM342459 2 0.2660 0.7902 0.000 0.864 0.000 0.128 0.008
#> GSM342460 2 0.3013 0.7689 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> GSM342461 2 0.1386 0.8174 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> GSM342463 2 0.1872 0.8086 0.052 0.928 0.000 0.000 0.020
#> GSM342464 2 0.1774 0.8100 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM342465 2 0.2012 0.8046 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> GSM342466 1 0.2513 0.7176 0.904 0.060 0.020 0.000 0.016
#> GSM342468 2 0.4109 0.6107 0.000 0.700 0.000 0.288 0.012
#> GSM342469 1 0.3849 0.6322 0.808 0.112 0.000 0.000 0.080
#> GSM342470 1 0.3242 0.7054 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM342472 4 0.2390 0.5028 0.000 0.020 0.084 0.896 0.000
#> GSM342473 2 0.1399 0.8178 0.028 0.952 0.000 0.000 0.020
#> GSM342474 2 0.1725 0.8119 0.044 0.936 0.000 0.000 0.020
#> GSM342475 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342476 4 0.4517 0.0711 0.000 0.436 0.000 0.556 0.008
#> GSM342478 2 0.2395 0.8222 0.008 0.904 0.000 0.072 0.016
#> GSM342479 1 0.7873 0.1459 0.404 0.264 0.000 0.252 0.080
#> GSM342480 2 0.4003 0.6339 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> GSM342481 2 0.2036 0.8049 0.056 0.920 0.000 0.000 0.024
#> GSM342482 2 0.1270 0.8249 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM342483 2 0.1949 0.8266 0.012 0.932 0.000 0.040 0.016
#> GSM342485 2 0.2012 0.8046 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> GSM342486 2 0.2359 0.7947 0.060 0.904 0.000 0.000 0.036
#> GSM342487 3 0.0290 0.9651 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342488 2 0.4299 0.4537 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> GSM342489 2 0.3093 0.7658 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> GSM342490 4 0.2894 0.5525 0.008 0.124 0.000 0.860 0.008
#> GSM342492 3 0.0000 0.9697 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342493 2 0.2012 0.8046 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> GSM342494 2 0.4557 0.1805 0.000 0.516 0.000 0.476 0.008
#> GSM342497 4 0.3586 0.4957 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342498 1 0.1965 0.7313 0.924 0.052 0.000 0.000 0.024
#> GSM342499 1 0.4818 0.4711 0.708 0.212 0.000 0.000 0.080
#> GSM342500 2 0.1410 0.8232 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM342501 2 0.7494 0.0710 0.276 0.480 0.000 0.164 0.080
#> GSM342502 2 0.1386 0.8174 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> GSM342503 2 0.0794 0.8269 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM342504 2 0.2131 0.8253 0.008 0.920 0.000 0.056 0.016
#> GSM342505 3 0.0162 0.9676 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342506 1 0.1557 0.7375 0.940 0.052 0.000 0.000 0.008
#> GSM342507 1 0.4370 0.7288 0.744 0.000 0.000 0.200 0.056
#> GSM342508 1 0.1942 0.7222 0.920 0.068 0.000 0.000 0.012
#> GSM342509 1 0.4272 0.7301 0.752 0.000 0.000 0.196 0.052
#> GSM342510 1 0.5283 0.4371 0.508 0.000 0.000 0.444 0.048
#> GSM342511 3 0.0794 0.9505 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM342512 2 0.1872 0.8086 0.052 0.928 0.000 0.000 0.020
#> GSM342513 2 0.2012 0.8046 0.060 0.920 0.000 0.000 0.020
#> GSM342514 1 0.3433 0.7514 0.832 0.004 0.032 0.132 0.000
#> GSM342515 1 0.1877 0.7259 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 4 0.4907 0.5353 0.004 0.000 0.000 0.644 0.256 0.096
#> GSM342323 4 0.2902 0.6611 0.000 0.000 0.000 0.800 0.196 0.004
#> GSM342325 4 0.6517 0.1922 0.072 0.000 0.000 0.444 0.368 0.116
#> GSM342326 4 0.2412 0.6535 0.000 0.000 0.000 0.880 0.028 0.092
#> GSM342327 4 0.2325 0.6696 0.000 0.000 0.000 0.892 0.048 0.060
#> GSM342329 4 0.3401 0.6472 0.004 0.000 0.000 0.776 0.204 0.016
#> GSM342331 4 0.1531 0.6447 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM342334 5 0.4233 0.5288 0.000 0.048 0.000 0.120 0.776 0.056
#> GSM342335 2 0.3995 0.0824 0.000 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004
#> GSM342354 3 0.0146 0.9527 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342371 2 0.2221 0.7110 0.000 0.896 0.000 0.000 0.072 0.032
#> GSM342380 5 0.2630 0.5338 0.000 0.000 0.000 0.064 0.872 0.064
#> GSM342382 2 0.3500 0.6442 0.000 0.768 0.000 0.000 0.028 0.204
#> GSM342399 5 0.5260 0.3594 0.024 0.000 0.000 0.200 0.656 0.120
#> GSM342402 1 0.6035 0.4763 0.572 0.000 0.000 0.084 0.080 0.264
#> GSM342404 2 0.5446 0.4483 0.000 0.556 0.000 0.100 0.012 0.332
#> GSM342408 3 0.3755 0.6569 0.000 0.012 0.744 0.008 0.004 0.232
#> GSM342409 2 0.5578 -0.0480 0.000 0.452 0.088 0.000 0.444 0.016
#> GSM342426 4 0.1007 0.6580 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM342441 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.2982 0.7941 0.004 0.000 0.820 0.000 0.012 0.164
#> GSM342451 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.0713 0.7261 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM342467 4 0.6737 -0.1045 0.000 0.268 0.016 0.356 0.012 0.348
#> GSM342484 1 0.5330 0.5216 0.612 0.000 0.000 0.104 0.016 0.268
#> GSM342491 4 0.4246 0.5482 0.028 0.000 0.000 0.704 0.016 0.252
#> GSM342322 4 0.4436 0.5175 0.000 0.000 0.000 0.640 0.312 0.048
#> GSM342338 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.2234 0.8436 0.000 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> GSM342356 3 0.2494 0.8337 0.016 0.000 0.864 0.000 0.120 0.000
#> GSM342357 1 0.5637 0.5159 0.604 0.000 0.000 0.084 0.048 0.264
#> GSM342366 2 0.1700 0.7209 0.000 0.928 0.000 0.000 0.024 0.048
#> GSM342385 5 0.4200 0.3848 0.000 0.000 0.000 0.208 0.720 0.072
#> GSM342421 2 0.2982 0.6788 0.000 0.820 0.000 0.004 0.012 0.164
#> GSM342437 1 0.2494 0.6751 0.864 0.000 0.000 0.120 0.000 0.016
#> GSM342454 3 0.2170 0.8670 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM342471 1 0.3927 0.5186 0.776 0.000 0.000 0.100 0.004 0.120
#> GSM342477 4 0.3650 0.4916 0.000 0.008 0.000 0.716 0.004 0.272
#> GSM342495 2 0.2685 0.7004 0.000 0.852 0.000 0.008 0.008 0.132
#> GSM342496 2 0.4183 0.5350 0.000 0.668 0.000 0.000 0.036 0.296
#> GSM342320 4 0.1663 0.6283 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM342321 4 0.3852 0.6242 0.004 0.000 0.000 0.740 0.224 0.032
#> GSM342324 4 0.2912 0.6744 0.000 0.000 0.000 0.816 0.172 0.012
#> GSM342328 4 0.3825 0.6264 0.004 0.000 0.000 0.744 0.220 0.032
#> GSM342330 4 0.2350 0.6837 0.000 0.000 0.000 0.888 0.076 0.036
#> GSM342332 4 0.4768 0.5941 0.012 0.000 0.000 0.676 0.236 0.076
#> GSM342333 5 0.4284 0.4930 0.012 0.284 0.004 0.004 0.684 0.012
#> GSM342336 4 0.4189 0.6245 0.004 0.004 0.000 0.724 0.224 0.044
#> GSM342337 3 0.4190 0.6951 0.056 0.000 0.756 0.000 0.168 0.020
#> GSM342339 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342345 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.6173 0.1664 0.000 0.012 0.012 0.508 0.160 0.308
#> GSM342348 1 0.0291 0.7236 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM342349 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0260 0.9511 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342351 3 0.0260 0.9510 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342352 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342355 5 0.3915 0.1779 0.000 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> GSM342358 1 0.5800 0.4537 0.564 0.000 0.000 0.152 0.020 0.264
#> GSM342359 1 0.5889 0.4243 0.548 0.000 0.000 0.160 0.020 0.272
#> GSM342360 1 0.5644 0.4852 0.584 0.000 0.000 0.132 0.020 0.264
#> GSM342361 6 0.6395 -0.0052 0.344 0.000 0.000 0.224 0.020 0.412
#> GSM342362 1 0.5464 0.5173 0.608 0.000 0.000 0.104 0.024 0.264
#> GSM342363 1 0.5962 0.4589 0.564 0.000 0.000 0.036 0.140 0.260
#> GSM342364 2 0.1958 0.7027 0.000 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM342365 2 0.5573 0.3957 0.000 0.524 0.000 0.136 0.004 0.336
#> GSM342367 2 0.2398 0.7022 0.004 0.888 0.000 0.000 0.028 0.080
#> GSM342368 2 0.1219 0.7206 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> GSM342369 2 0.3519 0.6310 0.000 0.752 0.000 0.008 0.008 0.232
#> GSM342370 2 0.5569 0.4127 0.000 0.536 0.000 0.124 0.008 0.332
#> GSM342372 2 0.4530 0.5961 0.000 0.716 0.000 0.004 0.144 0.136
#> GSM342373 2 0.1780 0.7202 0.000 0.924 0.000 0.000 0.028 0.048
#> GSM342374 2 0.5168 0.4702 0.000 0.584 0.000 0.084 0.008 0.324
#> GSM342375 2 0.4894 0.5630 0.000 0.680 0.000 0.008 0.132 0.180
#> GSM342376 5 0.3791 0.4829 0.004 0.300 0.000 0.000 0.688 0.008
#> GSM342377 5 0.3923 0.2265 0.004 0.416 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM342378 1 0.2344 0.6644 0.896 0.000 0.000 0.004 0.048 0.052
#> GSM342379 5 0.2253 0.5307 0.012 0.004 0.000 0.084 0.896 0.004
#> GSM342381 5 0.7147 0.4816 0.032 0.156 0.000 0.144 0.536 0.132
#> GSM342383 5 0.4088 0.5132 0.004 0.020 0.000 0.096 0.788 0.092
#> GSM342384 2 0.2680 0.6894 0.000 0.868 0.000 0.000 0.076 0.056
#> GSM342386 2 0.1866 0.7113 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> GSM342387 1 0.2203 0.6991 0.896 0.000 0.000 0.084 0.004 0.016
#> GSM342388 3 0.1082 0.9286 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM342389 2 0.2714 0.6688 0.004 0.848 0.000 0.000 0.136 0.012
#> GSM342390 1 0.1297 0.7239 0.948 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040
#> GSM342391 1 0.0653 0.7181 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM342392 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 2 0.6284 0.1959 0.000 0.412 0.000 0.236 0.012 0.340
#> GSM342394 1 0.0767 0.7199 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> GSM342395 2 0.0914 0.7258 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM342396 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342398 5 0.6681 0.3445 0.008 0.336 0.000 0.040 0.444 0.172
#> GSM342400 2 0.3209 0.6506 0.012 0.816 0.000 0.000 0.156 0.016
#> GSM342401 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 5 0.4812 0.5298 0.000 0.224 0.000 0.004 0.668 0.104
#> GSM342405 3 0.7294 -0.1835 0.000 0.124 0.388 0.140 0.008 0.340
#> GSM342406 1 0.1261 0.7242 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.024
#> GSM342407 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0881 0.7194 0.972 0.000 0.000 0.008 0.012 0.008
#> GSM342411 1 0.0551 0.7237 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM342412 5 0.2383 0.5137 0.000 0.000 0.000 0.096 0.880 0.024
#> GSM342413 1 0.2837 0.6842 0.856 0.000 0.000 0.088 0.000 0.056
#> GSM342414 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342415 5 0.3850 0.4036 0.004 0.340 0.000 0.000 0.652 0.004
#> GSM342416 1 0.0909 0.7246 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> GSM342417 4 0.4328 0.6567 0.000 0.000 0.000 0.716 0.192 0.092
#> GSM342418 4 0.3686 0.5147 0.000 0.000 0.000 0.748 0.032 0.220
#> GSM342419 5 0.8311 0.2705 0.176 0.092 0.000 0.148 0.396 0.188
#> GSM342420 4 0.1398 0.6828 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM342422 2 0.3726 0.5772 0.004 0.752 0.000 0.000 0.216 0.028
#> GSM342423 2 0.2579 0.7067 0.000 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088
#> GSM342424 4 0.1922 0.6851 0.012 0.000 0.000 0.924 0.040 0.024
#> GSM342425 4 0.0603 0.6716 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM342427 4 0.5348 0.5731 0.088 0.028 0.000 0.720 0.068 0.096
#> GSM342428 4 0.3940 0.5573 0.000 0.056 0.000 0.788 0.024 0.132
#> GSM342429 4 0.6646 0.3867 0.044 0.052 0.000 0.528 0.080 0.296
#> GSM342430 3 0.0363 0.9491 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342431 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342432 3 0.2841 0.8310 0.008 0.004 0.852 0.000 0.012 0.124
#> GSM342433 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.2234 0.8380 0.000 0.000 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM342435 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342436 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0363 0.9491 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342439 3 0.0363 0.9491 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342440 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.2588 0.8392 0.000 0.004 0.860 0.000 0.012 0.124
#> GSM342443 2 0.2431 0.7013 0.000 0.860 0.000 0.008 0.000 0.132
#> GSM342445 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0603 0.9433 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM342448 3 0.0146 0.9529 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342449 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.6039 0.0147 0.344 0.000 0.000 0.216 0.004 0.436
#> GSM342457 2 0.1708 0.7195 0.024 0.932 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM342458 2 0.5007 0.4888 0.000 0.596 0.000 0.080 0.004 0.320
#> GSM342459 2 0.1556 0.7191 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM342460 2 0.1910 0.7115 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM342461 2 0.1949 0.7063 0.004 0.904 0.000 0.000 0.004 0.088
#> GSM342463 2 0.3421 0.6151 0.000 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> GSM342464 2 0.3190 0.6442 0.000 0.772 0.000 0.000 0.008 0.220
#> GSM342465 2 0.3541 0.6070 0.000 0.728 0.000 0.000 0.012 0.260
#> GSM342466 1 0.2417 0.6587 0.888 0.000 0.008 0.004 0.012 0.088
#> GSM342468 2 0.3183 0.6581 0.000 0.788 0.000 0.008 0.004 0.200
#> GSM342469 1 0.7559 0.1079 0.480 0.064 0.000 0.140 0.088 0.228
#> GSM342470 1 0.1788 0.7195 0.928 0.000 0.000 0.040 0.004 0.028
#> GSM342472 6 0.7178 -0.0702 0.000 0.084 0.156 0.360 0.012 0.388
#> GSM342473 2 0.3288 0.6570 0.008 0.800 0.000 0.000 0.016 0.176
#> GSM342474 2 0.3406 0.6493 0.008 0.792 0.000 0.000 0.020 0.180
#> GSM342475 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.5633 0.4448 0.000 0.548 0.000 0.128 0.012 0.312
#> GSM342478 2 0.1471 0.7266 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM342479 4 0.5866 0.4580 0.036 0.020 0.000 0.580 0.064 0.300
#> GSM342480 2 0.3548 0.6762 0.000 0.796 0.000 0.048 0.004 0.152
#> GSM342481 2 0.5168 0.3581 0.004 0.564 0.000 0.000 0.088 0.344
#> GSM342482 2 0.0632 0.7258 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342483 2 0.0790 0.7260 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM342485 2 0.3490 0.6032 0.000 0.724 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM342486 2 0.4694 0.5008 0.004 0.656 0.000 0.000 0.072 0.268
#> GSM342487 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.6283 0.0947 0.000 0.404 0.000 0.352 0.012 0.232
#> GSM342489 2 0.1957 0.7100 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM342490 4 0.4831 0.2957 0.000 0.056 0.000 0.632 0.012 0.300
#> GSM342492 3 0.0000 0.9544 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 2 0.2595 0.6768 0.000 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> GSM342494 2 0.5640 0.4008 0.000 0.520 0.000 0.148 0.004 0.328
#> GSM342497 2 0.6405 0.0636 0.000 0.356 0.000 0.296 0.012 0.336
#> GSM342498 1 0.0405 0.7227 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM342499 1 0.7538 0.1097 0.484 0.092 0.000 0.104 0.080 0.240
#> GSM342500 2 0.0260 0.7265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342501 6 0.7493 -0.2238 0.032 0.236 0.000 0.180 0.096 0.456
#> GSM342502 2 0.2048 0.6984 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM342503 2 0.0865 0.7229 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM342504 2 0.1007 0.7258 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342505 3 0.0713 0.9394 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM342506 1 0.0000 0.7225 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 1 0.5179 0.5385 0.632 0.000 0.000 0.084 0.020 0.264
#> GSM342508 1 0.0363 0.7203 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM342509 1 0.5052 0.5404 0.632 0.000 0.000 0.096 0.008 0.264
#> GSM342510 1 0.5943 0.4071 0.540 0.000 0.000 0.168 0.020 0.272
#> GSM342511 3 0.2074 0.8967 0.000 0.004 0.920 0.012 0.028 0.036
#> GSM342512 2 0.3161 0.6456 0.000 0.776 0.000 0.000 0.008 0.216
#> GSM342513 2 0.3490 0.6032 0.000 0.724 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM342514 1 0.2812 0.6948 0.868 0.000 0.004 0.084 0.004 0.040
#> GSM342515 1 0.1082 0.7056 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:NMF 158 0.1772 2
#> CV:NMF 179 0.7997 3
#> CV:NMF 169 0.3134 4
#> CV:NMF 142 0.2580 5
#> CV:NMF 154 0.0252 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.174 0.699 0.820 0.4463 0.517 0.517
#> 3 3 0.230 0.568 0.734 0.4272 0.812 0.640
#> 4 4 0.362 0.430 0.667 0.1213 0.919 0.764
#> 5 5 0.454 0.430 0.622 0.0742 0.930 0.756
#> 6 6 0.523 0.404 0.606 0.0470 0.875 0.531
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.7674 0.7512 0.776 0.224
#> GSM342323 2 0.3274 0.7471 0.060 0.940
#> GSM342325 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342326 2 0.0672 0.7393 0.008 0.992
#> GSM342327 2 0.0672 0.7393 0.008 0.992
#> GSM342329 2 0.3114 0.7483 0.056 0.944
#> GSM342331 2 0.0672 0.7393 0.008 0.992
#> GSM342334 2 0.8608 0.7189 0.284 0.716
#> GSM342335 2 0.8608 0.7189 0.284 0.716
#> GSM342354 1 0.9833 -0.0852 0.576 0.424
#> GSM342371 2 0.9754 0.4938 0.408 0.592
#> GSM342380 1 0.4939 0.8226 0.892 0.108
#> GSM342382 1 0.4022 0.8253 0.920 0.080
#> GSM342399 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342402 1 0.9954 0.2209 0.540 0.460
#> GSM342404 2 0.7376 0.7815 0.208 0.792
#> GSM342408 2 0.8813 0.7328 0.300 0.700
#> GSM342409 1 0.9552 0.2452 0.624 0.376
#> GSM342426 2 0.1184 0.7417 0.016 0.984
#> GSM342441 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342444 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342451 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342462 1 0.6438 0.7856 0.836 0.164
#> GSM342467 2 0.6973 0.7848 0.188 0.812
#> GSM342484 2 0.9896 0.2105 0.440 0.560
#> GSM342491 2 0.9427 0.5873 0.360 0.640
#> GSM342322 1 0.7674 0.7512 0.776 0.224
#> GSM342338 1 0.9087 0.3391 0.676 0.324
#> GSM342347 2 0.9635 0.6215 0.388 0.612
#> GSM342356 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342357 1 0.9460 0.5050 0.636 0.364
#> GSM342366 2 0.9896 0.3980 0.440 0.560
#> GSM342385 1 0.4939 0.8226 0.892 0.108
#> GSM342421 2 0.7950 0.7368 0.240 0.760
#> GSM342437 2 0.6623 0.7876 0.172 0.828
#> GSM342454 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342471 1 0.4431 0.8256 0.908 0.092
#> GSM342477 2 0.6531 0.7861 0.168 0.832
#> GSM342495 1 0.9491 0.4245 0.632 0.368
#> GSM342496 1 0.3879 0.8263 0.924 0.076
#> GSM342320 2 0.0938 0.7382 0.012 0.988
#> GSM342321 2 0.1184 0.7438 0.016 0.984
#> GSM342324 2 0.7528 0.6983 0.216 0.784
#> GSM342328 2 0.3584 0.7501 0.068 0.932
#> GSM342330 2 0.0672 0.7393 0.008 0.992
#> GSM342332 2 0.5519 0.7812 0.128 0.872
#> GSM342333 2 0.8608 0.7189 0.284 0.716
#> GSM342336 2 0.5519 0.7812 0.128 0.872
#> GSM342337 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342339 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342340 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342341 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342342 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342343 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342344 1 0.9815 -0.0654 0.580 0.420
#> GSM342345 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342346 2 0.8386 0.7295 0.268 0.732
#> GSM342348 1 0.9087 0.4789 0.676 0.324
#> GSM342349 2 0.9248 0.6951 0.340 0.660
#> GSM342350 2 0.9661 0.6146 0.392 0.608
#> GSM342351 2 0.9635 0.6215 0.388 0.612
#> GSM342352 2 0.9635 0.6215 0.388 0.612
#> GSM342353 1 0.9087 0.3391 0.676 0.324
#> GSM342355 1 0.5946 0.7340 0.856 0.144
#> GSM342358 2 0.7950 0.6898 0.240 0.760
#> GSM342359 2 0.7883 0.6902 0.236 0.764
#> GSM342360 2 0.7883 0.6902 0.236 0.764
#> GSM342361 2 0.3584 0.7201 0.068 0.932
#> GSM342362 1 0.9460 0.5050 0.636 0.364
#> GSM342363 1 0.9460 0.5050 0.636 0.364
#> GSM342364 1 0.4690 0.8229 0.900 0.100
#> GSM342365 2 0.6343 0.7855 0.160 0.840
#> GSM342367 1 0.5178 0.8185 0.884 0.116
#> GSM342368 2 0.9963 0.3136 0.464 0.536
#> GSM342369 2 0.6531 0.7858 0.168 0.832
#> GSM342370 2 0.6343 0.7855 0.160 0.840
#> GSM342372 2 0.6531 0.7858 0.168 0.832
#> GSM342373 2 0.9754 0.4938 0.408 0.592
#> GSM342374 2 0.6343 0.7855 0.160 0.840
#> GSM342375 2 0.7376 0.7753 0.208 0.792
#> GSM342376 1 0.7453 0.7267 0.788 0.212
#> GSM342377 1 0.7453 0.7267 0.788 0.212
#> GSM342378 1 0.6973 0.7506 0.812 0.188
#> GSM342379 1 0.9087 0.5716 0.676 0.324
#> GSM342381 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342383 1 0.4939 0.8226 0.892 0.108
#> GSM342384 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342386 1 0.4562 0.8242 0.904 0.096
#> GSM342387 2 0.9833 0.5104 0.424 0.576
#> GSM342388 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342389 1 0.4562 0.8242 0.904 0.096
#> GSM342390 1 0.9209 0.4628 0.664 0.336
#> GSM342391 1 0.7299 0.7359 0.796 0.204
#> GSM342392 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342393 2 0.7376 0.7815 0.208 0.792
#> GSM342394 1 0.6973 0.7506 0.812 0.188
#> GSM342395 1 0.9635 0.3485 0.612 0.388
#> GSM342396 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342397 2 0.9170 0.6996 0.332 0.668
#> GSM342398 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342400 1 0.4939 0.8210 0.892 0.108
#> GSM342401 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342403 1 0.9209 0.5442 0.664 0.336
#> GSM342405 2 0.7528 0.7790 0.216 0.784
#> GSM342406 1 0.9209 0.4628 0.664 0.336
#> GSM342407 2 0.9661 0.6146 0.392 0.608
#> GSM342410 1 0.7299 0.7353 0.796 0.204
#> GSM342411 2 0.9833 0.5104 0.424 0.576
#> GSM342412 2 0.8608 0.7189 0.284 0.716
#> GSM342413 2 0.8327 0.7550 0.264 0.736
#> GSM342414 2 0.9661 0.6146 0.392 0.608
#> GSM342415 1 0.9491 0.4017 0.632 0.368
#> GSM342416 1 0.9209 0.4628 0.664 0.336
#> GSM342417 2 0.1184 0.7402 0.016 0.984
#> GSM342418 2 0.0938 0.7396 0.012 0.988
#> GSM342419 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342420 2 0.1184 0.7402 0.016 0.984
#> GSM342422 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342423 2 0.9754 0.4938 0.408 0.592
#> GSM342424 2 0.1184 0.7417 0.016 0.984
#> GSM342425 2 0.1184 0.7417 0.016 0.984
#> GSM342427 2 0.6438 0.7840 0.164 0.836
#> GSM342428 2 0.5408 0.7803 0.124 0.876
#> GSM342429 2 0.9988 0.1314 0.480 0.520
#> GSM342430 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342431 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342432 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342433 2 0.9710 0.5879 0.400 0.600
#> GSM342434 2 0.7883 0.7640 0.236 0.764
#> GSM342435 2 0.9710 0.5879 0.400 0.600
#> GSM342436 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342438 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342439 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342440 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342442 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342443 1 0.8909 0.5708 0.692 0.308
#> GSM342445 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342446 1 0.1843 0.8117 0.972 0.028
#> GSM342447 1 0.1414 0.8122 0.980 0.020
#> GSM342448 2 0.7883 0.7640 0.236 0.764
#> GSM342449 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342450 2 0.8386 0.7520 0.268 0.732
#> GSM342452 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342453 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342455 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342456 2 0.3584 0.7201 0.068 0.932
#> GSM342457 1 0.7950 0.7104 0.760 0.240
#> GSM342458 2 0.6343 0.7855 0.160 0.840
#> GSM342459 1 0.6438 0.7848 0.836 0.164
#> GSM342460 1 0.9491 0.4245 0.632 0.368
#> GSM342461 1 0.6343 0.7876 0.840 0.160
#> GSM342463 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342464 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342465 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342466 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342468 2 0.7299 0.7781 0.204 0.796
#> GSM342469 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342470 2 0.8327 0.7550 0.264 0.736
#> GSM342472 2 0.5629 0.7714 0.132 0.868
#> GSM342473 1 0.6438 0.7858 0.836 0.164
#> GSM342474 1 0.6438 0.7858 0.836 0.164
#> GSM342475 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342476 1 0.9491 0.4245 0.632 0.368
#> GSM342478 1 0.6247 0.7909 0.844 0.156
#> GSM342479 1 0.4431 0.8250 0.908 0.092
#> GSM342480 1 0.8955 0.5707 0.688 0.312
#> GSM342481 1 0.4431 0.8234 0.908 0.092
#> GSM342482 1 0.6438 0.7848 0.836 0.164
#> GSM342483 1 0.6247 0.7909 0.844 0.156
#> GSM342485 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342486 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342487 1 0.8016 0.6051 0.756 0.244
#> GSM342488 1 0.9491 0.4245 0.632 0.368
#> GSM342489 1 0.9491 0.4245 0.632 0.368
#> GSM342490 2 0.5294 0.7805 0.120 0.880
#> GSM342492 2 0.8386 0.7520 0.268 0.732
#> GSM342493 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342494 2 0.6623 0.7855 0.172 0.828
#> GSM342497 2 0.6712 0.7867 0.176 0.824
#> GSM342498 1 0.4298 0.8262 0.912 0.088
#> GSM342499 1 0.4161 0.8249 0.916 0.084
#> GSM342500 1 0.6438 0.7858 0.836 0.164
#> GSM342501 1 0.4431 0.8250 0.908 0.092
#> GSM342502 1 0.6247 0.7908 0.844 0.156
#> GSM342503 1 0.6247 0.7907 0.844 0.156
#> GSM342504 1 0.6247 0.7909 0.844 0.156
#> GSM342505 1 0.1633 0.8127 0.976 0.024
#> GSM342506 1 0.3879 0.8266 0.924 0.076
#> GSM342507 1 0.9460 0.5050 0.636 0.364
#> GSM342508 1 0.3879 0.8266 0.924 0.076
#> GSM342509 2 0.9896 0.2105 0.440 0.560
#> GSM342510 2 0.3114 0.7279 0.056 0.944
#> GSM342511 1 0.9993 -0.0465 0.516 0.484
#> GSM342512 1 0.3879 0.8256 0.924 0.076
#> GSM342513 1 0.3733 0.8255 0.928 0.072
#> GSM342514 2 0.9996 0.2851 0.488 0.512
#> GSM342515 1 0.3879 0.8266 0.924 0.076
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.7039 0.7032 0.728 0.144 0.128
#> GSM342323 2 0.2772 0.7114 0.080 0.916 0.004
#> GSM342325 1 0.4121 0.7136 0.832 0.000 0.168
#> GSM342326 2 0.1031 0.7183 0.024 0.976 0.000
#> GSM342327 2 0.1031 0.7183 0.024 0.976 0.000
#> GSM342329 2 0.2537 0.7121 0.080 0.920 0.000
#> GSM342331 2 0.1031 0.7183 0.024 0.976 0.000
#> GSM342334 2 0.7713 0.6270 0.284 0.636 0.080
#> GSM342335 2 0.7713 0.6270 0.284 0.636 0.080
#> GSM342354 3 0.9944 -0.2096 0.344 0.284 0.372
#> GSM342371 2 0.8135 0.3025 0.448 0.484 0.068
#> GSM342380 1 0.5147 0.7167 0.800 0.020 0.180
#> GSM342382 1 0.4605 0.6967 0.796 0.000 0.204
#> GSM342399 1 0.4121 0.7136 0.832 0.000 0.168
#> GSM342402 1 0.7301 0.4260 0.640 0.308 0.052
#> GSM342404 2 0.6721 0.7271 0.116 0.748 0.136
#> GSM342408 2 0.8803 0.6217 0.180 0.580 0.240
#> GSM342409 1 0.9731 0.1323 0.444 0.308 0.248
#> GSM342426 2 0.1267 0.7169 0.024 0.972 0.004
#> GSM342441 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342444 3 0.0592 0.6545 0.012 0.000 0.988
#> GSM342451 3 0.0424 0.6543 0.008 0.000 0.992
#> GSM342462 3 0.7155 0.5993 0.152 0.128 0.720
#> GSM342467 2 0.6184 0.7312 0.112 0.780 0.108
#> GSM342484 2 0.9646 0.2079 0.272 0.468 0.260
#> GSM342491 2 0.8703 0.5262 0.160 0.584 0.256
#> GSM342322 1 0.7039 0.7032 0.728 0.144 0.128
#> GSM342338 3 0.9514 -0.0588 0.364 0.192 0.444
#> GSM342347 2 0.9594 0.5017 0.280 0.476 0.244
#> GSM342356 3 0.5560 0.3697 0.300 0.000 0.700
#> GSM342357 1 0.6208 0.5744 0.752 0.200 0.048
#> GSM342366 1 0.7890 -0.1382 0.512 0.432 0.056
#> GSM342385 1 0.5147 0.7167 0.800 0.020 0.180
#> GSM342421 2 0.7057 0.6298 0.264 0.680 0.056
#> GSM342437 2 0.6112 0.7344 0.108 0.784 0.108
#> GSM342454 3 0.0424 0.6543 0.008 0.000 0.992
#> GSM342471 1 0.5012 0.6956 0.788 0.008 0.204
#> GSM342477 2 0.5883 0.7306 0.112 0.796 0.092
#> GSM342495 3 0.9090 0.3761 0.156 0.332 0.512
#> GSM342496 3 0.5465 0.5444 0.288 0.000 0.712
#> GSM342320 2 0.1267 0.7183 0.024 0.972 0.004
#> GSM342321 2 0.1289 0.7199 0.032 0.968 0.000
#> GSM342324 2 0.6715 0.5292 0.312 0.660 0.028
#> GSM342328 2 0.3030 0.7119 0.092 0.904 0.004
#> GSM342330 2 0.1031 0.7183 0.024 0.976 0.000
#> GSM342332 2 0.4390 0.7158 0.148 0.840 0.012
#> GSM342333 2 0.7713 0.6270 0.284 0.636 0.080
#> GSM342336 2 0.4390 0.7158 0.148 0.840 0.012
#> GSM342337 3 0.5560 0.3697 0.300 0.000 0.700
#> GSM342339 3 0.5178 0.4504 0.256 0.000 0.744
#> GSM342340 3 0.5650 0.3513 0.312 0.000 0.688
#> GSM342341 3 0.5178 0.4504 0.256 0.000 0.744
#> GSM342342 3 0.5178 0.4504 0.256 0.000 0.744
#> GSM342343 3 0.5560 0.3697 0.300 0.000 0.700
#> GSM342344 3 0.9934 -0.1980 0.344 0.280 0.376
#> GSM342345 3 0.5138 0.4570 0.252 0.000 0.748
#> GSM342346 2 0.8350 0.6230 0.280 0.600 0.120
#> GSM342348 1 0.7759 0.5009 0.676 0.180 0.144
#> GSM342349 2 0.9208 0.5835 0.244 0.536 0.220
#> GSM342350 2 0.9617 0.4973 0.280 0.472 0.248
#> GSM342351 2 0.9594 0.5017 0.280 0.476 0.244
#> GSM342352 2 0.9594 0.5017 0.280 0.476 0.244
#> GSM342353 3 0.9521 -0.0645 0.368 0.192 0.440
#> GSM342355 1 0.7013 0.3909 0.608 0.028 0.364
#> GSM342358 2 0.7065 0.4925 0.352 0.616 0.032
#> GSM342359 2 0.7044 0.4946 0.348 0.620 0.032
#> GSM342360 2 0.7044 0.4946 0.348 0.620 0.032
#> GSM342361 2 0.4179 0.7163 0.052 0.876 0.072
#> GSM342362 1 0.6208 0.5744 0.752 0.200 0.048
#> GSM342363 1 0.6208 0.5744 0.752 0.200 0.048
#> GSM342364 1 0.5115 0.6756 0.768 0.004 0.228
#> GSM342365 2 0.5558 0.7196 0.152 0.800 0.048
#> GSM342367 1 0.5681 0.6636 0.748 0.016 0.236
#> GSM342368 1 0.8000 -0.0559 0.528 0.408 0.064
#> GSM342369 2 0.5719 0.7181 0.156 0.792 0.052
#> GSM342370 2 0.5558 0.7196 0.152 0.800 0.048
#> GSM342372 2 0.5719 0.7181 0.156 0.792 0.052
#> GSM342373 2 0.8135 0.3025 0.448 0.484 0.068
#> GSM342374 2 0.5558 0.7196 0.152 0.800 0.048
#> GSM342375 2 0.6354 0.7038 0.204 0.744 0.052
#> GSM342376 1 0.3028 0.7042 0.920 0.032 0.048
#> GSM342377 1 0.3028 0.7042 0.920 0.032 0.048
#> GSM342378 1 0.4676 0.7096 0.848 0.040 0.112
#> GSM342379 1 0.4810 0.6548 0.832 0.140 0.028
#> GSM342381 1 0.4931 0.6854 0.784 0.004 0.212
#> GSM342383 1 0.5147 0.7167 0.800 0.020 0.180
#> GSM342384 1 0.4654 0.6934 0.792 0.000 0.208
#> GSM342386 1 0.5502 0.6474 0.744 0.008 0.248
#> GSM342387 2 0.8740 0.3246 0.432 0.460 0.108
#> GSM342388 3 0.5650 0.3513 0.312 0.000 0.688
#> GSM342389 1 0.5502 0.6474 0.744 0.008 0.248
#> GSM342390 1 0.7999 0.4764 0.656 0.196 0.148
#> GSM342391 1 0.5730 0.6863 0.796 0.060 0.144
#> GSM342392 3 0.5138 0.4570 0.252 0.000 0.748
#> GSM342393 2 0.6721 0.7271 0.116 0.748 0.136
#> GSM342394 1 0.4602 0.7110 0.852 0.040 0.108
#> GSM342395 1 0.7782 0.4706 0.648 0.256 0.096
#> GSM342396 3 0.5138 0.4570 0.252 0.000 0.748
#> GSM342397 2 0.9110 0.5932 0.260 0.544 0.196
#> GSM342398 1 0.4235 0.7122 0.824 0.000 0.176
#> GSM342400 1 0.5020 0.7113 0.796 0.012 0.192
#> GSM342401 3 0.5138 0.4570 0.252 0.000 0.748
#> GSM342403 1 0.8284 0.5665 0.628 0.224 0.148
#> GSM342405 2 0.6843 0.7247 0.116 0.740 0.144
#> GSM342406 1 0.7999 0.4764 0.656 0.196 0.148
#> GSM342407 2 0.9617 0.4973 0.280 0.472 0.248
#> GSM342410 1 0.6027 0.6690 0.776 0.060 0.164
#> GSM342411 2 0.8740 0.3246 0.432 0.460 0.108
#> GSM342412 2 0.7758 0.6284 0.280 0.636 0.084
#> GSM342413 2 0.7923 0.6702 0.156 0.664 0.180
#> GSM342414 2 0.9617 0.4973 0.280 0.472 0.248
#> GSM342415 1 0.4172 0.5760 0.840 0.156 0.004
#> GSM342416 1 0.7999 0.4764 0.656 0.196 0.148
#> GSM342417 2 0.1399 0.7188 0.028 0.968 0.004
#> GSM342418 2 0.1585 0.7196 0.028 0.964 0.008
#> GSM342419 1 0.4121 0.7136 0.832 0.000 0.168
#> GSM342420 2 0.1399 0.7188 0.028 0.968 0.004
#> GSM342422 1 0.4291 0.7106 0.820 0.000 0.180
#> GSM342423 2 0.8135 0.3025 0.448 0.484 0.068
#> GSM342424 2 0.1267 0.7178 0.024 0.972 0.004
#> GSM342425 2 0.1267 0.7169 0.024 0.972 0.004
#> GSM342427 2 0.5810 0.7263 0.132 0.796 0.072
#> GSM342428 2 0.4539 0.7204 0.148 0.836 0.016
#> GSM342429 2 0.9193 0.1315 0.156 0.480 0.364
#> GSM342430 3 0.0424 0.6543 0.008 0.000 0.992
#> GSM342431 3 0.5058 0.4686 0.244 0.000 0.756
#> GSM342432 3 0.0592 0.6545 0.012 0.000 0.988
#> GSM342433 2 0.7319 0.4701 0.032 0.548 0.420
#> GSM342434 2 0.6379 0.6687 0.032 0.712 0.256
#> GSM342435 2 0.7319 0.4701 0.032 0.548 0.420
#> GSM342436 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342438 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342439 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342440 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342442 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342443 3 0.8722 0.4700 0.152 0.272 0.576
#> GSM342445 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342446 3 0.1015 0.6551 0.012 0.008 0.980
#> GSM342447 3 0.5216 0.4449 0.260 0.000 0.740
#> GSM342448 2 0.6379 0.6687 0.032 0.712 0.256
#> GSM342449 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342450 2 0.6653 0.6451 0.032 0.680 0.288
#> GSM342452 3 0.0747 0.6560 0.016 0.000 0.984
#> GSM342453 3 0.0747 0.6560 0.016 0.000 0.984
#> GSM342455 3 0.0424 0.6543 0.008 0.000 0.992
#> GSM342456 2 0.4179 0.7163 0.052 0.876 0.072
#> GSM342457 1 0.7319 0.6563 0.708 0.128 0.164
#> GSM342458 2 0.5558 0.7196 0.152 0.800 0.048
#> GSM342459 3 0.7495 0.5864 0.188 0.120 0.692
#> GSM342460 3 0.9090 0.3761 0.156 0.332 0.512
#> GSM342461 3 0.7431 0.5881 0.188 0.116 0.696
#> GSM342463 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342464 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342465 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342466 1 0.4654 0.6891 0.792 0.000 0.208
#> GSM342468 2 0.6354 0.7042 0.204 0.744 0.052
#> GSM342469 1 0.4654 0.6891 0.792 0.000 0.208
#> GSM342470 2 0.7923 0.6702 0.156 0.664 0.180
#> GSM342472 2 0.4960 0.7225 0.040 0.832 0.128
#> GSM342473 3 0.7495 0.5858 0.188 0.120 0.692
#> GSM342474 3 0.7495 0.5858 0.188 0.120 0.692
#> GSM342475 3 0.0592 0.6556 0.012 0.000 0.988
#> GSM342476 3 0.9090 0.3761 0.156 0.332 0.512
#> GSM342478 3 0.7016 0.6029 0.156 0.116 0.728
#> GSM342479 3 0.6301 0.5601 0.260 0.028 0.712
#> GSM342480 3 0.8700 0.4717 0.148 0.276 0.576
#> GSM342481 3 0.6187 0.5726 0.248 0.028 0.724
#> GSM342482 3 0.7495 0.5864 0.188 0.120 0.692
#> GSM342483 3 0.7016 0.6029 0.156 0.116 0.728
#> GSM342485 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342486 1 0.5902 0.5150 0.680 0.004 0.316
#> GSM342487 3 0.5849 0.4873 0.028 0.216 0.756
#> GSM342488 3 0.9090 0.3761 0.156 0.332 0.512
#> GSM342489 3 0.9090 0.3761 0.156 0.332 0.512
#> GSM342490 2 0.4689 0.7379 0.052 0.852 0.096
#> GSM342492 2 0.6653 0.6451 0.032 0.680 0.288
#> GSM342493 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342494 2 0.6317 0.7219 0.124 0.772 0.104
#> GSM342497 2 0.6462 0.7244 0.116 0.764 0.120
#> GSM342498 1 0.6301 0.6637 0.712 0.028 0.260
#> GSM342499 1 0.4654 0.6891 0.792 0.000 0.208
#> GSM342500 3 0.7447 0.5878 0.184 0.120 0.696
#> GSM342501 3 0.6301 0.5601 0.260 0.028 0.712
#> GSM342502 3 0.7365 0.5886 0.188 0.112 0.700
#> GSM342503 3 0.7391 0.5872 0.196 0.108 0.696
#> GSM342504 3 0.7016 0.6029 0.156 0.116 0.728
#> GSM342505 3 0.0424 0.6543 0.008 0.000 0.992
#> GSM342506 1 0.5578 0.6807 0.748 0.012 0.240
#> GSM342507 1 0.6208 0.5744 0.752 0.200 0.048
#> GSM342508 1 0.5578 0.6807 0.748 0.012 0.240
#> GSM342509 2 0.9646 0.2079 0.272 0.468 0.260
#> GSM342510 2 0.4097 0.7120 0.060 0.880 0.060
#> GSM342511 3 0.8637 -0.0784 0.100 0.444 0.456
#> GSM342512 3 0.5690 0.5430 0.288 0.004 0.708
#> GSM342513 3 0.5497 0.5410 0.292 0.000 0.708
#> GSM342514 2 0.7493 0.2722 0.036 0.488 0.476
#> GSM342515 1 0.5578 0.6807 0.748 0.012 0.240
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.4901 0.6884 0.780 0.052 0.008 0.160
#> GSM342323 4 0.1807 0.4810 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM342325 1 0.2450 0.7160 0.912 0.072 0.016 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.4950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.4950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 4 0.1661 0.4828 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM342331 4 0.0000 0.4950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 4 0.8362 0.2241 0.184 0.036 0.340 0.440
#> GSM342335 4 0.8362 0.2241 0.184 0.036 0.340 0.440
#> GSM342354 2 0.9674 -0.3286 0.232 0.328 0.300 0.140
#> GSM342371 4 0.8663 0.2026 0.352 0.044 0.212 0.392
#> GSM342380 1 0.3301 0.7174 0.880 0.088 0.012 0.020
#> GSM342382 1 0.2859 0.7007 0.880 0.112 0.008 0.000
#> GSM342399 1 0.2450 0.7160 0.912 0.072 0.016 0.000
#> GSM342402 1 0.7114 0.3904 0.564 0.000 0.232 0.204
#> GSM342404 4 0.7312 0.1655 0.040 0.060 0.416 0.484
#> GSM342408 3 0.8556 0.2752 0.064 0.156 0.464 0.316
#> GSM342409 1 0.9208 0.0731 0.420 0.116 0.292 0.172
#> GSM342426 4 0.2921 0.3886 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM342441 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342444 2 0.1284 0.6152 0.012 0.964 0.024 0.000
#> GSM342451 2 0.1151 0.6143 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM342462 2 0.7046 0.5832 0.112 0.680 0.116 0.092
#> GSM342467 4 0.7417 0.2579 0.056 0.060 0.340 0.544
#> GSM342484 3 0.9862 0.1854 0.228 0.228 0.336 0.208
#> GSM342491 3 0.9361 0.1135 0.104 0.224 0.380 0.292
#> GSM342322 1 0.4901 0.6884 0.780 0.052 0.008 0.160
#> GSM342338 2 0.9034 -0.1068 0.260 0.424 0.240 0.076
#> GSM342347 3 0.9277 0.3265 0.156 0.160 0.444 0.240
#> GSM342356 2 0.5482 0.2705 0.368 0.608 0.024 0.000
#> GSM342357 1 0.6187 0.5185 0.672 0.000 0.184 0.144
#> GSM342366 1 0.8495 -0.1054 0.420 0.048 0.168 0.364
#> GSM342385 1 0.3301 0.7174 0.880 0.088 0.012 0.020
#> GSM342421 4 0.8026 0.3004 0.184 0.036 0.248 0.532
#> GSM342437 4 0.7816 0.2141 0.076 0.072 0.316 0.536
#> GSM342454 2 0.1004 0.6145 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM342471 1 0.2922 0.7023 0.884 0.104 0.008 0.004
#> GSM342477 4 0.7344 0.2608 0.064 0.048 0.340 0.548
#> GSM342495 2 0.9051 0.3579 0.116 0.472 0.196 0.216
#> GSM342496 2 0.5195 0.5602 0.276 0.692 0.032 0.000
#> GSM342320 4 0.0188 0.4940 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM342321 4 0.0336 0.4981 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342324 4 0.7093 0.1529 0.220 0.000 0.212 0.568
#> GSM342328 4 0.2048 0.4818 0.064 0.000 0.008 0.928
#> GSM342330 4 0.0000 0.4950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 4 0.4762 0.4806 0.080 0.004 0.120 0.796
#> GSM342333 4 0.8362 0.2241 0.184 0.036 0.340 0.440
#> GSM342336 4 0.4762 0.4806 0.080 0.004 0.120 0.796
#> GSM342337 2 0.5482 0.2705 0.368 0.608 0.024 0.000
#> GSM342339 2 0.5250 0.3706 0.316 0.660 0.024 0.000
#> GSM342340 2 0.5339 0.2555 0.384 0.600 0.016 0.000
#> GSM342341 2 0.5250 0.3706 0.316 0.660 0.024 0.000
#> GSM342342 2 0.5250 0.3706 0.316 0.660 0.024 0.000
#> GSM342343 2 0.5482 0.2705 0.368 0.608 0.024 0.000
#> GSM342344 2 0.9667 -0.3146 0.232 0.336 0.292 0.140
#> GSM342345 2 0.5228 0.3778 0.312 0.664 0.024 0.000
#> GSM342346 3 0.8326 0.1414 0.136 0.060 0.488 0.316
#> GSM342348 1 0.7636 0.4347 0.588 0.084 0.256 0.072
#> GSM342349 3 0.8908 0.2942 0.112 0.144 0.468 0.276
#> GSM342350 3 0.9288 0.3291 0.156 0.164 0.444 0.236
#> GSM342351 3 0.9277 0.3265 0.156 0.160 0.444 0.240
#> GSM342352 3 0.9277 0.3265 0.156 0.160 0.444 0.240
#> GSM342353 2 0.9050 -0.1080 0.260 0.420 0.244 0.076
#> GSM342355 1 0.6896 0.3867 0.568 0.336 0.080 0.016
#> GSM342358 4 0.7594 0.0821 0.260 0.000 0.260 0.480
#> GSM342359 4 0.7576 0.0846 0.256 0.000 0.260 0.484
#> GSM342360 4 0.7576 0.0846 0.256 0.000 0.260 0.484
#> GSM342361 3 0.5165 0.1994 0.008 0.004 0.636 0.352
#> GSM342362 1 0.6187 0.5185 0.672 0.000 0.184 0.144
#> GSM342363 1 0.6187 0.5185 0.672 0.000 0.184 0.144
#> GSM342364 1 0.4336 0.6760 0.816 0.132 0.048 0.004
#> GSM342365 4 0.6616 0.4243 0.084 0.016 0.268 0.632
#> GSM342367 1 0.4792 0.6622 0.796 0.144 0.044 0.016
#> GSM342368 1 0.8480 -0.0374 0.440 0.052 0.160 0.348
#> GSM342369 4 0.6729 0.4233 0.092 0.016 0.268 0.624
#> GSM342370 4 0.6616 0.4243 0.084 0.016 0.268 0.632
#> GSM342372 4 0.6729 0.4233 0.092 0.016 0.268 0.624
#> GSM342373 4 0.8663 0.2026 0.352 0.044 0.212 0.392
#> GSM342374 4 0.6616 0.4243 0.084 0.016 0.268 0.632
#> GSM342375 4 0.7098 0.4019 0.112 0.016 0.288 0.584
#> GSM342376 1 0.3166 0.6917 0.888 0.012 0.080 0.020
#> GSM342377 1 0.3234 0.6921 0.884 0.012 0.084 0.020
#> GSM342378 1 0.4895 0.7053 0.808 0.064 0.100 0.028
#> GSM342379 1 0.5492 0.6073 0.752 0.008 0.112 0.128
#> GSM342381 1 0.3568 0.6937 0.856 0.116 0.024 0.004
#> GSM342383 1 0.3301 0.7174 0.880 0.088 0.012 0.020
#> GSM342384 1 0.3384 0.6956 0.860 0.116 0.024 0.000
#> GSM342386 1 0.4473 0.6519 0.804 0.152 0.036 0.008
#> GSM342387 1 0.8968 -0.1545 0.388 0.068 0.208 0.336
#> GSM342388 2 0.5339 0.2555 0.384 0.600 0.016 0.000
#> GSM342389 1 0.4473 0.6519 0.804 0.152 0.036 0.008
#> GSM342390 1 0.7854 0.4097 0.568 0.088 0.264 0.080
#> GSM342391 1 0.5790 0.6798 0.756 0.084 0.120 0.040
#> GSM342392 2 0.5228 0.3778 0.312 0.664 0.024 0.000
#> GSM342393 4 0.7312 0.1655 0.040 0.060 0.416 0.484
#> GSM342394 1 0.4821 0.7070 0.812 0.060 0.100 0.028
#> GSM342395 1 0.7878 0.4216 0.580 0.064 0.128 0.228
#> GSM342396 2 0.5228 0.3778 0.312 0.664 0.024 0.000
#> GSM342397 3 0.8758 0.2601 0.116 0.120 0.480 0.284
#> GSM342398 1 0.2593 0.7147 0.904 0.080 0.016 0.000
#> GSM342400 1 0.3919 0.7100 0.852 0.096 0.040 0.012
#> GSM342401 2 0.5228 0.3778 0.312 0.664 0.024 0.000
#> GSM342403 1 0.7709 0.5326 0.612 0.072 0.184 0.132
#> GSM342405 4 0.7419 0.1516 0.040 0.068 0.408 0.484
#> GSM342406 1 0.7854 0.4097 0.568 0.088 0.264 0.080
#> GSM342407 3 0.9288 0.3291 0.156 0.164 0.444 0.236
#> GSM342410 1 0.6089 0.6670 0.736 0.104 0.120 0.040
#> GSM342411 1 0.8968 -0.1545 0.388 0.068 0.208 0.336
#> GSM342412 4 0.8344 0.2241 0.180 0.036 0.344 0.440
#> GSM342413 3 0.8604 0.1704 0.092 0.108 0.408 0.392
#> GSM342414 3 0.9288 0.3291 0.156 0.164 0.444 0.236
#> GSM342415 1 0.5894 0.5222 0.692 0.000 0.200 0.108
#> GSM342416 1 0.7854 0.4097 0.568 0.088 0.264 0.080
#> GSM342417 4 0.0895 0.4931 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM342418 4 0.1004 0.4908 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM342419 1 0.2450 0.7160 0.912 0.072 0.016 0.000
#> GSM342420 4 0.0895 0.4931 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM342422 1 0.2662 0.7132 0.900 0.084 0.016 0.000
#> GSM342423 4 0.8663 0.2026 0.352 0.044 0.212 0.392
#> GSM342424 4 0.2469 0.4183 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM342425 4 0.2921 0.3886 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM342427 4 0.7259 0.2885 0.072 0.040 0.324 0.564
#> GSM342428 4 0.5781 0.4080 0.072 0.000 0.252 0.676
#> GSM342429 4 0.8782 0.0440 0.084 0.344 0.144 0.428
#> GSM342430 2 0.1151 0.6143 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM342431 2 0.5137 0.4006 0.296 0.680 0.024 0.000
#> GSM342432 2 0.1256 0.6156 0.008 0.964 0.028 0.000
#> GSM342433 3 0.7332 0.3661 0.000 0.356 0.480 0.164
#> GSM342434 3 0.7122 0.3660 0.000 0.192 0.560 0.248
#> GSM342435 3 0.7332 0.3661 0.000 0.356 0.480 0.164
#> GSM342436 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342438 2 0.0804 0.6210 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM342439 2 0.0804 0.6210 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM342440 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342442 2 0.0804 0.6210 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM342443 2 0.8590 0.4504 0.112 0.536 0.180 0.172
#> GSM342445 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342446 2 0.0927 0.6199 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM342447 2 0.5271 0.3645 0.320 0.656 0.024 0.000
#> GSM342448 3 0.7122 0.3660 0.000 0.192 0.560 0.248
#> GSM342449 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342450 3 0.7252 0.3745 0.000 0.224 0.544 0.232
#> GSM342452 2 0.0804 0.6226 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM342453 2 0.0804 0.6226 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM342455 2 0.1004 0.6145 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM342456 3 0.5165 0.1994 0.008 0.004 0.636 0.352
#> GSM342457 1 0.6879 0.6407 0.692 0.092 0.120 0.096
#> GSM342458 4 0.6616 0.4243 0.084 0.016 0.268 0.632
#> GSM342459 2 0.7209 0.5911 0.144 0.664 0.108 0.084
#> GSM342460 2 0.9051 0.3579 0.116 0.472 0.196 0.216
#> GSM342461 2 0.7200 0.5938 0.148 0.664 0.104 0.084
#> GSM342463 2 0.5282 0.5584 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342464 2 0.5282 0.5584 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342465 2 0.5222 0.5570 0.280 0.688 0.032 0.000
#> GSM342466 1 0.2799 0.6974 0.884 0.108 0.008 0.000
#> GSM342468 4 0.7124 0.4050 0.116 0.016 0.284 0.584
#> GSM342469 1 0.2799 0.6974 0.884 0.108 0.008 0.000
#> GSM342470 3 0.8604 0.1704 0.092 0.108 0.408 0.392
#> GSM342472 3 0.5614 0.2294 0.000 0.036 0.628 0.336
#> GSM342473 2 0.7259 0.5926 0.148 0.660 0.104 0.088
#> GSM342474 2 0.7259 0.5926 0.148 0.660 0.104 0.088
#> GSM342475 2 0.0672 0.6216 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM342476 2 0.9051 0.3579 0.116 0.472 0.196 0.216
#> GSM342478 2 0.6979 0.5911 0.120 0.684 0.112 0.084
#> GSM342479 2 0.5984 0.5711 0.248 0.684 0.048 0.020
#> GSM342480 2 0.8576 0.4483 0.108 0.536 0.184 0.172
#> GSM342481 2 0.6016 0.5843 0.228 0.692 0.064 0.016
#> GSM342482 2 0.7209 0.5911 0.144 0.664 0.108 0.084
#> GSM342483 2 0.6979 0.5911 0.120 0.684 0.112 0.084
#> GSM342485 2 0.5282 0.5584 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342486 1 0.4987 0.5311 0.732 0.236 0.028 0.004
#> GSM342487 2 0.6220 0.3315 0.020 0.680 0.232 0.068
#> GSM342488 2 0.9051 0.3579 0.116 0.472 0.196 0.216
#> GSM342489 2 0.9051 0.3579 0.116 0.472 0.196 0.216
#> GSM342490 4 0.6260 0.2276 0.016 0.036 0.364 0.584
#> GSM342492 3 0.7392 0.3719 0.000 0.248 0.520 0.232
#> GSM342493 2 0.5282 0.5584 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342494 3 0.6861 0.1553 0.052 0.044 0.612 0.292
#> GSM342497 3 0.6692 0.1797 0.044 0.044 0.624 0.288
#> GSM342498 1 0.4540 0.6876 0.808 0.140 0.040 0.012
#> GSM342499 1 0.2799 0.6974 0.884 0.108 0.008 0.000
#> GSM342500 2 0.7170 0.5900 0.140 0.668 0.104 0.088
#> GSM342501 2 0.5984 0.5711 0.248 0.684 0.048 0.020
#> GSM342502 2 0.7102 0.5928 0.144 0.672 0.100 0.084
#> GSM342503 2 0.7176 0.5944 0.156 0.664 0.096 0.084
#> GSM342504 2 0.6979 0.5911 0.120 0.684 0.112 0.084
#> GSM342505 2 0.1109 0.6144 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM342506 1 0.3781 0.6963 0.844 0.124 0.028 0.004
#> GSM342507 1 0.6187 0.5185 0.672 0.000 0.184 0.144
#> GSM342508 1 0.3781 0.6963 0.844 0.124 0.028 0.004
#> GSM342509 3 0.9862 0.1854 0.228 0.228 0.336 0.208
#> GSM342510 3 0.5244 0.1789 0.008 0.004 0.616 0.372
#> GSM342511 2 0.8607 -0.0304 0.052 0.408 0.176 0.364
#> GSM342512 2 0.5222 0.5575 0.280 0.688 0.032 0.000
#> GSM342513 2 0.5282 0.5584 0.276 0.688 0.036 0.000
#> GSM342514 3 0.7565 0.2993 0.008 0.404 0.440 0.148
#> GSM342515 1 0.3781 0.6963 0.844 0.124 0.028 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.422 0.66973 0.792 0.008 0.028 0.156 0.016
#> GSM342323 4 0.258 0.55762 0.036 0.000 0.056 0.900 0.008
#> GSM342325 1 0.180 0.72436 0.940 0.012 0.024 0.000 0.024
#> GSM342326 4 0.104 0.57955 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342327 4 0.104 0.57955 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342329 4 0.245 0.55872 0.036 0.000 0.056 0.904 0.004
#> GSM342331 4 0.104 0.57955 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342334 3 0.637 0.30860 0.104 0.012 0.568 0.304 0.012
#> GSM342335 3 0.637 0.30860 0.104 0.012 0.568 0.304 0.012
#> GSM342354 3 0.693 0.30740 0.108 0.308 0.532 0.044 0.008
#> GSM342371 3 0.797 0.21876 0.276 0.028 0.376 0.292 0.028
#> GSM342380 1 0.203 0.72558 0.936 0.016 0.016 0.016 0.016
#> GSM342382 1 0.218 0.71889 0.924 0.032 0.024 0.000 0.020
#> GSM342399 1 0.180 0.72436 0.940 0.012 0.024 0.000 0.024
#> GSM342402 1 0.759 0.28934 0.448 0.000 0.316 0.144 0.092
#> GSM342404 3 0.677 0.18282 0.004 0.020 0.496 0.340 0.140
#> GSM342408 3 0.654 0.47337 0.012 0.112 0.648 0.164 0.064
#> GSM342409 3 0.693 0.20992 0.392 0.036 0.480 0.064 0.028
#> GSM342426 4 0.254 0.50815 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM342441 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342444 2 0.252 0.47973 0.016 0.896 0.080 0.000 0.008
#> GSM342451 2 0.241 0.47861 0.012 0.900 0.080 0.000 0.008
#> GSM342462 2 0.782 0.47436 0.080 0.552 0.208 0.068 0.092
#> GSM342467 4 0.763 0.31154 0.028 0.028 0.228 0.484 0.232
#> GSM342484 5 0.942 0.35741 0.216 0.224 0.092 0.128 0.340
#> GSM342491 5 0.946 0.31117 0.088 0.208 0.152 0.212 0.340
#> GSM342322 1 0.422 0.66973 0.792 0.008 0.028 0.156 0.016
#> GSM342338 3 0.670 0.16770 0.156 0.388 0.444 0.004 0.008
#> GSM342347 3 0.591 0.50424 0.048 0.112 0.720 0.088 0.032
#> GSM342356 2 0.603 0.17409 0.368 0.532 0.088 0.000 0.012
#> GSM342357 1 0.738 0.45003 0.516 0.000 0.252 0.112 0.120
#> GSM342366 1 0.809 -0.18941 0.368 0.036 0.280 0.288 0.028
#> GSM342385 1 0.203 0.72558 0.936 0.016 0.016 0.016 0.016
#> GSM342421 4 0.742 -0.16928 0.120 0.024 0.400 0.420 0.036
#> GSM342437 4 0.801 0.24995 0.064 0.036 0.144 0.468 0.288
#> GSM342454 2 0.230 0.47975 0.008 0.904 0.080 0.000 0.008
#> GSM342471 1 0.274 0.71901 0.900 0.040 0.040 0.004 0.016
#> GSM342477 4 0.768 0.31084 0.040 0.028 0.188 0.496 0.248
#> GSM342495 2 0.936 0.27657 0.076 0.352 0.212 0.204 0.156
#> GSM342496 2 0.660 0.50606 0.272 0.576 0.068 0.000 0.084
#> GSM342320 4 0.120 0.57910 0.000 0.000 0.040 0.956 0.004
#> GSM342321 4 0.133 0.57922 0.008 0.000 0.040 0.952 0.000
#> GSM342324 4 0.718 0.03497 0.116 0.000 0.328 0.484 0.072
#> GSM342328 4 0.280 0.55260 0.048 0.000 0.056 0.888 0.008
#> GSM342330 4 0.104 0.57955 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM342332 4 0.535 0.48955 0.040 0.000 0.144 0.724 0.092
#> GSM342333 3 0.637 0.30860 0.104 0.012 0.568 0.304 0.012
#> GSM342336 4 0.535 0.48955 0.040 0.000 0.144 0.724 0.092
#> GSM342337 2 0.603 0.17409 0.368 0.532 0.088 0.000 0.012
#> GSM342339 2 0.581 0.27485 0.324 0.584 0.080 0.000 0.012
#> GSM342340 2 0.559 0.17391 0.396 0.540 0.056 0.000 0.008
#> GSM342341 2 0.581 0.27485 0.324 0.584 0.080 0.000 0.012
#> GSM342342 2 0.581 0.27485 0.324 0.584 0.080 0.000 0.012
#> GSM342343 2 0.603 0.17409 0.368 0.532 0.088 0.000 0.012
#> GSM342344 3 0.695 0.29945 0.108 0.316 0.524 0.044 0.008
#> GSM342345 2 0.579 0.28229 0.320 0.588 0.080 0.000 0.012
#> GSM342346 3 0.542 0.46991 0.036 0.016 0.732 0.156 0.060
#> GSM342348 1 0.743 0.30476 0.444 0.052 0.388 0.028 0.088
#> GSM342349 3 0.615 0.49680 0.028 0.096 0.700 0.120 0.056
#> GSM342350 3 0.596 0.50248 0.048 0.116 0.716 0.088 0.032
#> GSM342351 3 0.591 0.50424 0.048 0.112 0.720 0.088 0.032
#> GSM342352 3 0.591 0.50424 0.048 0.112 0.720 0.088 0.032
#> GSM342353 3 0.678 0.17364 0.156 0.376 0.452 0.004 0.012
#> GSM342355 1 0.695 0.29828 0.444 0.332 0.208 0.000 0.016
#> GSM342358 4 0.786 -0.05866 0.156 0.000 0.348 0.388 0.108
#> GSM342359 4 0.784 -0.05459 0.152 0.000 0.348 0.392 0.108
#> GSM342360 4 0.784 -0.05459 0.152 0.000 0.348 0.392 0.108
#> GSM342361 5 0.528 0.56244 0.004 0.000 0.160 0.144 0.692
#> GSM342362 1 0.738 0.45003 0.516 0.000 0.252 0.112 0.120
#> GSM342363 1 0.738 0.45003 0.516 0.000 0.252 0.112 0.120
#> GSM342364 1 0.379 0.69546 0.844 0.064 0.060 0.004 0.028
#> GSM342365 4 0.592 0.13055 0.020 0.000 0.440 0.484 0.056
#> GSM342367 1 0.414 0.68233 0.824 0.076 0.068 0.008 0.024
#> GSM342368 1 0.816 -0.12318 0.388 0.040 0.256 0.284 0.032
#> GSM342369 4 0.606 0.12394 0.028 0.000 0.436 0.480 0.056
#> GSM342370 4 0.592 0.13055 0.020 0.000 0.440 0.484 0.056
#> GSM342372 4 0.606 0.12394 0.028 0.000 0.436 0.480 0.056
#> GSM342373 3 0.797 0.21876 0.276 0.028 0.376 0.292 0.028
#> GSM342374 4 0.592 0.13055 0.020 0.000 0.440 0.484 0.056
#> GSM342375 3 0.626 -0.06241 0.044 0.000 0.476 0.428 0.052
#> GSM342376 1 0.397 0.64742 0.752 0.004 0.228 0.000 0.016
#> GSM342377 1 0.410 0.64765 0.744 0.004 0.232 0.000 0.020
#> GSM342378 1 0.510 0.66356 0.744 0.032 0.168 0.012 0.044
#> GSM342379 1 0.582 0.50768 0.612 0.000 0.296 0.064 0.028
#> GSM342381 1 0.285 0.71427 0.892 0.044 0.036 0.000 0.028
#> GSM342383 1 0.203 0.72558 0.936 0.016 0.016 0.016 0.016
#> GSM342384 1 0.277 0.71640 0.896 0.044 0.028 0.000 0.032
#> GSM342386 1 0.382 0.67930 0.844 0.076 0.044 0.008 0.028
#> GSM342387 3 0.877 0.23029 0.304 0.040 0.316 0.256 0.084
#> GSM342388 2 0.559 0.17391 0.396 0.540 0.056 0.000 0.008
#> GSM342389 1 0.382 0.67930 0.844 0.076 0.044 0.008 0.028
#> GSM342390 1 0.763 0.27614 0.424 0.056 0.388 0.028 0.104
#> GSM342391 1 0.580 0.63172 0.692 0.036 0.192 0.016 0.064
#> GSM342392 2 0.579 0.28229 0.320 0.588 0.080 0.000 0.012
#> GSM342393 3 0.677 0.18282 0.004 0.020 0.496 0.340 0.140
#> GSM342394 1 0.502 0.66536 0.748 0.028 0.168 0.012 0.044
#> GSM342395 1 0.748 0.33606 0.544 0.040 0.200 0.184 0.032
#> GSM342396 2 0.579 0.28229 0.320 0.588 0.080 0.000 0.012
#> GSM342397 3 0.599 0.50447 0.032 0.076 0.712 0.128 0.052
#> GSM342398 1 0.200 0.72357 0.932 0.016 0.028 0.000 0.024
#> GSM342400 1 0.311 0.71329 0.880 0.028 0.064 0.004 0.024
#> GSM342401 2 0.579 0.28229 0.320 0.588 0.080 0.000 0.012
#> GSM342403 1 0.617 0.40441 0.596 0.012 0.304 0.060 0.028
#> GSM342405 3 0.689 0.19192 0.004 0.028 0.492 0.340 0.136
#> GSM342406 1 0.763 0.27614 0.424 0.056 0.388 0.028 0.104
#> GSM342407 3 0.596 0.50248 0.048 0.116 0.716 0.088 0.032
#> GSM342410 1 0.609 0.61848 0.672 0.044 0.196 0.016 0.072
#> GSM342411 3 0.877 0.23029 0.304 0.040 0.316 0.256 0.084
#> GSM342412 3 0.632 0.30753 0.100 0.012 0.572 0.304 0.012
#> GSM342413 3 0.781 0.31987 0.016 0.064 0.476 0.260 0.184
#> GSM342414 3 0.596 0.50248 0.048 0.116 0.716 0.088 0.032
#> GSM342415 1 0.610 0.33684 0.508 0.000 0.404 0.032 0.056
#> GSM342416 1 0.763 0.27614 0.424 0.056 0.388 0.028 0.104
#> GSM342417 4 0.190 0.57561 0.004 0.000 0.040 0.932 0.024
#> GSM342418 4 0.198 0.57540 0.004 0.000 0.044 0.928 0.024
#> GSM342419 1 0.180 0.72436 0.940 0.012 0.024 0.000 0.024
#> GSM342420 4 0.190 0.57561 0.004 0.000 0.040 0.932 0.024
#> GSM342422 1 0.218 0.72245 0.924 0.020 0.032 0.000 0.024
#> GSM342423 3 0.797 0.21876 0.276 0.028 0.376 0.292 0.028
#> GSM342424 4 0.225 0.54147 0.000 0.000 0.012 0.900 0.088
#> GSM342425 4 0.254 0.50815 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM342427 4 0.754 0.34564 0.044 0.020 0.192 0.512 0.232
#> GSM342428 4 0.618 0.46890 0.036 0.000 0.160 0.640 0.164
#> GSM342429 4 0.887 0.05357 0.072 0.296 0.140 0.388 0.104
#> GSM342430 2 0.241 0.47861 0.012 0.900 0.080 0.000 0.008
#> GSM342431 2 0.573 0.30464 0.304 0.604 0.080 0.000 0.012
#> GSM342432 2 0.253 0.48077 0.012 0.896 0.080 0.000 0.012
#> GSM342433 5 0.681 0.56167 0.000 0.324 0.184 0.016 0.476
#> GSM342434 5 0.592 0.60707 0.000 0.160 0.208 0.008 0.624
#> GSM342435 5 0.681 0.56167 0.000 0.324 0.184 0.016 0.476
#> GSM342436 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342438 2 0.188 0.52670 0.032 0.936 0.020 0.000 0.012
#> GSM342439 2 0.168 0.52836 0.032 0.944 0.012 0.000 0.012
#> GSM342440 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342442 2 0.168 0.52836 0.032 0.944 0.012 0.000 0.012
#> GSM342443 2 0.911 0.35225 0.080 0.408 0.208 0.160 0.144
#> GSM342445 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342446 2 0.185 0.52473 0.028 0.940 0.020 0.004 0.008
#> GSM342447 2 0.589 0.27040 0.320 0.580 0.088 0.000 0.012
#> GSM342448 5 0.592 0.60707 0.000 0.160 0.208 0.008 0.624
#> GSM342449 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342450 5 0.611 0.61059 0.000 0.192 0.200 0.008 0.600
#> GSM342452 2 0.168 0.52972 0.032 0.944 0.012 0.000 0.012
#> GSM342453 2 0.188 0.52836 0.032 0.936 0.020 0.000 0.012
#> GSM342455 2 0.230 0.47975 0.008 0.904 0.080 0.000 0.008
#> GSM342456 5 0.528 0.56244 0.004 0.000 0.160 0.144 0.692
#> GSM342457 1 0.603 0.58211 0.660 0.032 0.232 0.032 0.044
#> GSM342458 4 0.592 0.13055 0.020 0.000 0.440 0.484 0.056
#> GSM342459 2 0.802 0.49364 0.116 0.548 0.160 0.060 0.116
#> GSM342460 2 0.936 0.27657 0.076 0.352 0.212 0.204 0.156
#> GSM342461 2 0.799 0.49607 0.120 0.552 0.156 0.060 0.112
#> GSM342463 2 0.666 0.50513 0.272 0.572 0.072 0.000 0.084
#> GSM342464 2 0.666 0.50513 0.272 0.572 0.072 0.000 0.084
#> GSM342465 2 0.662 0.50411 0.276 0.572 0.068 0.000 0.084
#> GSM342466 1 0.250 0.71743 0.908 0.040 0.036 0.000 0.016
#> GSM342468 3 0.638 -0.06752 0.052 0.000 0.464 0.432 0.052
#> GSM342469 1 0.250 0.71743 0.908 0.040 0.036 0.000 0.016
#> GSM342470 3 0.781 0.31987 0.016 0.064 0.476 0.260 0.184
#> GSM342472 5 0.527 0.57748 0.000 0.004 0.248 0.084 0.664
#> GSM342473 2 0.801 0.49649 0.120 0.552 0.152 0.064 0.112
#> GSM342474 2 0.801 0.49649 0.120 0.552 0.152 0.064 0.112
#> GSM342475 2 0.157 0.52928 0.032 0.948 0.012 0.000 0.008
#> GSM342476 2 0.936 0.27657 0.076 0.352 0.212 0.204 0.156
#> GSM342478 2 0.774 0.48064 0.084 0.560 0.204 0.060 0.092
#> GSM342479 2 0.683 0.50724 0.252 0.584 0.052 0.012 0.100
#> GSM342480 2 0.909 0.34978 0.076 0.408 0.212 0.160 0.144
#> GSM342481 2 0.699 0.51291 0.216 0.588 0.080 0.008 0.108
#> GSM342482 2 0.802 0.49364 0.116 0.548 0.160 0.060 0.116
#> GSM342483 2 0.774 0.48064 0.084 0.560 0.204 0.060 0.092
#> GSM342485 2 0.666 0.50513 0.272 0.572 0.072 0.000 0.084
#> GSM342486 1 0.452 0.57349 0.764 0.172 0.036 0.000 0.028
#> GSM342487 2 0.690 0.16577 0.036 0.596 0.200 0.020 0.148
#> GSM342488 2 0.936 0.27657 0.076 0.352 0.212 0.204 0.156
#> GSM342489 2 0.936 0.27657 0.076 0.352 0.212 0.204 0.156
#> GSM342490 4 0.672 0.27109 0.008 0.008 0.168 0.512 0.304
#> GSM342492 5 0.626 0.59745 0.000 0.232 0.184 0.008 0.576
#> GSM342493 2 0.666 0.50513 0.272 0.572 0.072 0.000 0.084
#> GSM342494 5 0.560 0.51869 0.008 0.008 0.328 0.052 0.604
#> GSM342497 5 0.549 0.53662 0.008 0.008 0.316 0.048 0.620
#> GSM342498 1 0.412 0.70397 0.828 0.060 0.052 0.004 0.056
#> GSM342499 1 0.250 0.71743 0.908 0.040 0.036 0.000 0.016
#> GSM342500 2 0.800 0.49401 0.112 0.552 0.160 0.064 0.112
#> GSM342501 2 0.683 0.50724 0.252 0.584 0.052 0.012 0.100
#> GSM342502 2 0.795 0.49804 0.116 0.556 0.156 0.060 0.112
#> GSM342503 2 0.800 0.49735 0.128 0.552 0.148 0.060 0.112
#> GSM342504 2 0.774 0.48064 0.084 0.560 0.204 0.060 0.092
#> GSM342505 2 0.241 0.47924 0.008 0.900 0.080 0.000 0.012
#> GSM342506 1 0.347 0.71206 0.864 0.056 0.040 0.004 0.036
#> GSM342507 1 0.738 0.45003 0.516 0.000 0.252 0.112 0.120
#> GSM342508 1 0.347 0.71206 0.864 0.056 0.040 0.004 0.036
#> GSM342509 5 0.942 0.35741 0.216 0.224 0.092 0.128 0.340
#> GSM342510 5 0.531 0.54309 0.004 0.000 0.144 0.164 0.688
#> GSM342511 2 0.884 -0.00897 0.044 0.336 0.204 0.316 0.100
#> GSM342512 2 0.659 0.50300 0.280 0.572 0.068 0.000 0.080
#> GSM342513 2 0.666 0.50513 0.272 0.572 0.072 0.000 0.084
#> GSM342514 5 0.757 0.44371 0.004 0.352 0.204 0.044 0.396
#> GSM342515 1 0.347 0.71206 0.864 0.056 0.040 0.004 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.4197 0.635179 0.064 0.004 0.012 0.144 0.772 0.004
#> GSM342323 4 0.1624 0.511661 0.020 0.004 0.000 0.936 0.040 0.000
#> GSM342325 5 0.2312 0.714760 0.036 0.016 0.016 0.000 0.912 0.020
#> GSM342326 4 0.0146 0.535277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0146 0.535277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.1536 0.512778 0.016 0.004 0.000 0.940 0.040 0.000
#> GSM342331 4 0.0146 0.535277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342334 1 0.8470 -0.044779 0.336 0.120 0.028 0.308 0.044 0.164
#> GSM342335 1 0.8470 -0.044779 0.336 0.120 0.028 0.308 0.044 0.164
#> GSM342354 1 0.6976 0.261247 0.480 0.020 0.348 0.044 0.048 0.060
#> GSM342371 4 0.8679 0.017984 0.264 0.160 0.020 0.304 0.204 0.048
#> GSM342380 5 0.3123 0.715212 0.048 0.036 0.048 0.000 0.864 0.004
#> GSM342382 5 0.2501 0.714088 0.016 0.028 0.056 0.000 0.896 0.004
#> GSM342399 5 0.2312 0.714760 0.036 0.016 0.016 0.000 0.912 0.020
#> GSM342402 1 0.6446 0.026922 0.472 0.004 0.016 0.096 0.376 0.036
#> GSM342404 4 0.7684 0.187038 0.184 0.092 0.024 0.360 0.004 0.336
#> GSM342408 1 0.8036 0.308697 0.400 0.040 0.136 0.180 0.004 0.240
#> GSM342409 5 0.8943 -0.259365 0.284 0.096 0.060 0.072 0.324 0.164
#> GSM342426 4 0.4863 0.374322 0.012 0.036 0.108 0.740 0.000 0.104
#> GSM342441 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342444 3 0.3534 0.479438 0.000 0.276 0.716 0.000 0.008 0.000
#> GSM342451 3 0.3426 0.477402 0.000 0.276 0.720 0.000 0.004 0.000
#> GSM342462 2 0.1223 0.630895 0.016 0.960 0.000 0.004 0.008 0.012
#> GSM342467 4 0.8661 0.122038 0.100 0.196 0.112 0.304 0.008 0.280
#> GSM342484 6 0.9430 0.316328 0.156 0.124 0.128 0.076 0.192 0.324
#> GSM342491 6 0.8934 0.375163 0.072 0.220 0.148 0.124 0.060 0.376
#> GSM342322 5 0.4197 0.635179 0.064 0.004 0.012 0.144 0.772 0.004
#> GSM342338 3 0.6042 0.040496 0.436 0.024 0.436 0.004 0.096 0.004
#> GSM342347 1 0.7497 0.401411 0.500 0.044 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342356 3 0.4273 0.641768 0.012 0.016 0.648 0.000 0.324 0.000
#> GSM342357 1 0.6642 -0.107521 0.444 0.004 0.048 0.064 0.404 0.036
#> GSM342366 5 0.8273 -0.165543 0.248 0.096 0.020 0.300 0.304 0.032
#> GSM342385 5 0.3123 0.715212 0.048 0.036 0.048 0.000 0.864 0.004
#> GSM342421 4 0.7995 0.136915 0.308 0.076 0.020 0.412 0.064 0.120
#> GSM342437 4 0.9267 0.036025 0.164 0.120 0.120 0.280 0.048 0.268
#> GSM342454 3 0.3309 0.469877 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 5 0.2730 0.706829 0.052 0.036 0.016 0.004 0.888 0.004
#> GSM342477 4 0.8845 0.104944 0.100 0.184 0.104 0.316 0.024 0.272
#> GSM342495 2 0.5115 0.472000 0.032 0.748 0.044 0.100 0.008 0.068
#> GSM342496 2 0.5115 0.545004 0.012 0.668 0.116 0.000 0.200 0.004
#> GSM342320 4 0.0291 0.534567 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0405 0.534676 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM342324 4 0.5709 -0.100832 0.432 0.000 0.012 0.476 0.052 0.028
#> GSM342328 4 0.1826 0.507102 0.020 0.004 0.000 0.924 0.052 0.000
#> GSM342330 4 0.0146 0.535277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.7115 0.448792 0.088 0.164 0.124 0.568 0.008 0.048
#> GSM342333 1 0.8470 -0.044779 0.336 0.120 0.028 0.308 0.044 0.164
#> GSM342336 4 0.7115 0.448792 0.088 0.164 0.124 0.568 0.008 0.048
#> GSM342337 3 0.4273 0.641768 0.012 0.016 0.648 0.000 0.324 0.000
#> GSM342339 3 0.4352 0.712531 0.000 0.052 0.668 0.000 0.280 0.000
#> GSM342340 3 0.4518 0.630212 0.000 0.044 0.604 0.000 0.352 0.000
#> GSM342341 3 0.4352 0.712531 0.000 0.052 0.668 0.000 0.280 0.000
#> GSM342342 3 0.4352 0.712531 0.000 0.052 0.668 0.000 0.280 0.000
#> GSM342343 3 0.4273 0.641768 0.012 0.016 0.648 0.000 0.324 0.000
#> GSM342344 1 0.6894 0.242995 0.480 0.020 0.356 0.044 0.048 0.052
#> GSM342345 3 0.4388 0.715212 0.000 0.056 0.668 0.000 0.276 0.000
#> GSM342346 1 0.7708 0.279740 0.464 0.100 0.040 0.152 0.008 0.236
#> GSM342348 1 0.6025 0.075057 0.540 0.004 0.048 0.016 0.344 0.048
#> GSM342349 1 0.7935 0.355549 0.452 0.056 0.120 0.136 0.008 0.228
#> GSM342350 1 0.7551 0.400338 0.496 0.048 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342351 1 0.7497 0.401411 0.500 0.044 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342352 1 0.7497 0.401411 0.500 0.044 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342353 1 0.6163 -0.081744 0.440 0.032 0.424 0.004 0.096 0.004
#> GSM342355 5 0.6034 -0.002759 0.248 0.000 0.368 0.000 0.384 0.000
#> GSM342358 1 0.6554 0.175171 0.472 0.004 0.012 0.368 0.084 0.060
#> GSM342359 1 0.6520 0.171292 0.472 0.004 0.012 0.372 0.080 0.060
#> GSM342360 1 0.6520 0.171292 0.472 0.004 0.012 0.372 0.080 0.060
#> GSM342361 6 0.4179 0.569753 0.116 0.004 0.016 0.088 0.000 0.776
#> GSM342362 1 0.6642 -0.107521 0.444 0.004 0.048 0.064 0.404 0.036
#> GSM342363 1 0.6642 -0.107521 0.444 0.004 0.048 0.064 0.404 0.036
#> GSM342364 5 0.4106 0.691824 0.036 0.108 0.060 0.000 0.792 0.004
#> GSM342365 4 0.7263 0.401860 0.136 0.180 0.012 0.500 0.004 0.168
#> GSM342367 5 0.4269 0.674260 0.044 0.124 0.060 0.000 0.772 0.000
#> GSM342368 5 0.8305 -0.125082 0.232 0.104 0.024 0.292 0.320 0.028
#> GSM342369 4 0.7425 0.398910 0.136 0.180 0.012 0.496 0.012 0.164
#> GSM342370 4 0.7263 0.401860 0.136 0.180 0.012 0.500 0.004 0.168
#> GSM342372 4 0.7425 0.398910 0.136 0.180 0.012 0.496 0.012 0.164
#> GSM342373 4 0.8679 0.017984 0.264 0.160 0.020 0.304 0.204 0.048
#> GSM342374 4 0.7263 0.401860 0.136 0.180 0.012 0.500 0.004 0.168
#> GSM342375 4 0.7876 0.343243 0.200 0.180 0.016 0.436 0.016 0.152
#> GSM342376 5 0.4766 0.532978 0.256 0.024 0.040 0.000 0.676 0.004
#> GSM342377 5 0.4787 0.536690 0.260 0.024 0.040 0.000 0.672 0.004
#> GSM342378 5 0.4527 0.497825 0.320 0.008 0.028 0.004 0.640 0.000
#> GSM342379 5 0.6038 0.272205 0.364 0.012 0.044 0.056 0.520 0.004
#> GSM342381 5 0.3375 0.710785 0.028 0.056 0.052 0.000 0.852 0.012
#> GSM342383 5 0.3123 0.715212 0.048 0.036 0.048 0.000 0.864 0.004
#> GSM342384 5 0.3103 0.713690 0.028 0.052 0.052 0.000 0.864 0.004
#> GSM342386 5 0.3859 0.680819 0.024 0.124 0.056 0.000 0.796 0.000
#> GSM342387 1 0.7503 0.235314 0.376 0.004 0.016 0.276 0.260 0.068
#> GSM342388 3 0.4518 0.630212 0.000 0.044 0.604 0.000 0.352 0.000
#> GSM342389 5 0.3859 0.680819 0.024 0.124 0.056 0.000 0.796 0.000
#> GSM342390 1 0.6140 0.102848 0.544 0.004 0.052 0.016 0.328 0.056
#> GSM342391 5 0.5056 0.437377 0.356 0.008 0.032 0.008 0.588 0.008
#> GSM342392 3 0.4388 0.715212 0.000 0.056 0.668 0.000 0.276 0.000
#> GSM342393 4 0.7684 0.187038 0.184 0.092 0.024 0.360 0.004 0.336
#> GSM342394 5 0.4455 0.499937 0.320 0.008 0.024 0.004 0.644 0.000
#> GSM342395 5 0.7847 0.270172 0.160 0.100 0.040 0.188 0.488 0.024
#> GSM342396 3 0.4388 0.715212 0.000 0.056 0.668 0.000 0.276 0.000
#> GSM342397 1 0.7909 0.340183 0.456 0.064 0.100 0.140 0.008 0.232
#> GSM342398 5 0.2302 0.717667 0.036 0.024 0.016 0.000 0.912 0.012
#> GSM342400 5 0.3742 0.707095 0.052 0.072 0.048 0.000 0.824 0.004
#> GSM342401 3 0.4388 0.715212 0.000 0.056 0.668 0.000 0.276 0.000
#> GSM342403 5 0.7549 0.260268 0.240 0.064 0.040 0.064 0.520 0.072
#> GSM342405 4 0.7766 0.177254 0.184 0.088 0.032 0.360 0.004 0.332
#> GSM342406 1 0.6140 0.102848 0.544 0.004 0.052 0.016 0.328 0.056
#> GSM342407 1 0.7551 0.400338 0.496 0.048 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342410 5 0.5107 0.411061 0.376 0.008 0.032 0.008 0.568 0.008
#> GSM342411 1 0.7503 0.235314 0.376 0.004 0.016 0.276 0.260 0.068
#> GSM342412 1 0.8446 -0.048287 0.336 0.124 0.028 0.308 0.040 0.164
#> GSM342413 1 0.6682 0.165809 0.408 0.000 0.036 0.276 0.000 0.280
#> GSM342414 1 0.7551 0.400338 0.496 0.048 0.140 0.104 0.004 0.208
#> GSM342415 1 0.6875 -0.087918 0.440 0.060 0.044 0.036 0.400 0.020
#> GSM342416 1 0.6140 0.102848 0.544 0.004 0.052 0.016 0.328 0.056
#> GSM342417 4 0.1457 0.528025 0.028 0.004 0.000 0.948 0.004 0.016
#> GSM342418 4 0.1706 0.526173 0.032 0.004 0.004 0.936 0.000 0.024
#> GSM342419 5 0.2312 0.714760 0.036 0.016 0.016 0.000 0.912 0.020
#> GSM342420 4 0.1457 0.528025 0.028 0.004 0.000 0.948 0.004 0.016
#> GSM342422 5 0.2306 0.718198 0.036 0.020 0.020 0.000 0.912 0.012
#> GSM342423 4 0.8679 0.017984 0.264 0.160 0.020 0.304 0.204 0.048
#> GSM342424 4 0.3841 0.431076 0.012 0.028 0.068 0.820 0.000 0.072
#> GSM342425 4 0.4863 0.374322 0.012 0.036 0.108 0.740 0.000 0.104
#> GSM342427 4 0.8684 0.156864 0.096 0.184 0.104 0.336 0.016 0.264
#> GSM342428 4 0.8286 0.302849 0.088 0.184 0.144 0.432 0.008 0.144
#> GSM342429 2 0.7743 0.137947 0.092 0.484 0.192 0.168 0.008 0.056
#> GSM342430 3 0.3426 0.477402 0.000 0.276 0.720 0.000 0.004 0.000
#> GSM342431 3 0.4414 0.716305 0.000 0.064 0.676 0.000 0.260 0.000
#> GSM342432 3 0.3606 0.464566 0.000 0.284 0.708 0.000 0.004 0.004
#> GSM342433 6 0.5164 0.576006 0.012 0.156 0.176 0.000 0.000 0.656
#> GSM342434 6 0.3073 0.611345 0.008 0.016 0.152 0.000 0.000 0.824
#> GSM342435 6 0.5164 0.576006 0.012 0.156 0.176 0.000 0.000 0.656
#> GSM342436 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342438 2 0.4098 -0.012610 0.000 0.496 0.496 0.000 0.000 0.008
#> GSM342439 2 0.4096 0.021886 0.000 0.508 0.484 0.000 0.000 0.008
#> GSM342440 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342442 2 0.4096 0.021886 0.000 0.508 0.484 0.000 0.000 0.008
#> GSM342443 2 0.4143 0.536084 0.024 0.816 0.036 0.068 0.008 0.048
#> GSM342445 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342446 3 0.4127 -0.000274 0.004 0.484 0.508 0.000 0.000 0.004
#> GSM342447 3 0.4668 0.706038 0.012 0.052 0.660 0.000 0.276 0.000
#> GSM342448 6 0.3073 0.611345 0.008 0.016 0.152 0.000 0.000 0.824
#> GSM342449 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342450 6 0.3460 0.614714 0.004 0.036 0.164 0.000 0.000 0.796
#> GSM342452 2 0.4128 0.012704 0.004 0.504 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.4128 -0.041628 0.004 0.492 0.500 0.000 0.000 0.004
#> GSM342455 3 0.3309 0.469877 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 6 0.4179 0.569753 0.116 0.004 0.016 0.088 0.000 0.776
#> GSM342457 5 0.6265 0.533970 0.192 0.136 0.024 0.016 0.612 0.020
#> GSM342458 4 0.7263 0.401860 0.136 0.180 0.012 0.500 0.004 0.168
#> GSM342459 2 0.1003 0.646020 0.004 0.964 0.004 0.000 0.028 0.000
#> GSM342460 2 0.5115 0.472000 0.032 0.748 0.044 0.100 0.008 0.068
#> GSM342461 2 0.0935 0.646904 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM342463 2 0.5048 0.549454 0.012 0.676 0.112 0.000 0.196 0.004
#> GSM342464 2 0.5048 0.549454 0.012 0.676 0.112 0.000 0.196 0.004
#> GSM342465 2 0.5075 0.546940 0.012 0.672 0.112 0.000 0.200 0.004
#> GSM342466 5 0.2523 0.706689 0.048 0.036 0.016 0.000 0.896 0.004
#> GSM342468 4 0.7939 0.346345 0.180 0.188 0.016 0.436 0.020 0.160
#> GSM342469 5 0.2523 0.706689 0.048 0.036 0.016 0.000 0.896 0.004
#> GSM342470 1 0.6682 0.165809 0.408 0.000 0.036 0.276 0.000 0.280
#> GSM342472 6 0.2358 0.593769 0.016 0.028 0.000 0.056 0.000 0.900
#> GSM342473 2 0.1080 0.647023 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM342474 2 0.1080 0.647023 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM342475 2 0.3997 0.018430 0.000 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004
#> GSM342476 2 0.5115 0.472000 0.032 0.748 0.044 0.100 0.008 0.068
#> GSM342478 2 0.1672 0.636079 0.020 0.944 0.008 0.004 0.012 0.012
#> GSM342479 2 0.4221 0.588856 0.016 0.756 0.052 0.000 0.172 0.004
#> GSM342480 2 0.4220 0.534196 0.028 0.812 0.036 0.068 0.008 0.048
#> GSM342481 2 0.3447 0.617666 0.008 0.816 0.036 0.000 0.136 0.004
#> GSM342482 2 0.1003 0.646020 0.004 0.964 0.004 0.000 0.028 0.000
#> GSM342483 2 0.1672 0.636079 0.020 0.944 0.008 0.004 0.012 0.012
#> GSM342485 2 0.5048 0.549454 0.012 0.676 0.112 0.000 0.196 0.004
#> GSM342486 5 0.4698 0.603598 0.016 0.200 0.056 0.000 0.716 0.012
#> GSM342487 2 0.6110 0.189206 0.016 0.504 0.220 0.000 0.000 0.260
#> GSM342488 2 0.5115 0.472000 0.032 0.748 0.044 0.100 0.008 0.068
#> GSM342489 2 0.5115 0.472000 0.032 0.748 0.044 0.100 0.008 0.068
#> GSM342490 6 0.8075 -0.109536 0.080 0.128 0.116 0.316 0.000 0.360
#> GSM342492 6 0.3640 0.600669 0.004 0.028 0.204 0.000 0.000 0.764
#> GSM342493 2 0.5048 0.549454 0.012 0.676 0.112 0.000 0.196 0.004
#> GSM342494 6 0.3691 0.534090 0.020 0.172 0.000 0.024 0.000 0.784
#> GSM342497 6 0.3390 0.553441 0.016 0.140 0.000 0.028 0.000 0.816
#> GSM342498 5 0.3709 0.677437 0.124 0.036 0.020 0.000 0.812 0.008
#> GSM342499 5 0.2523 0.706689 0.048 0.036 0.016 0.000 0.896 0.004
#> GSM342500 2 0.0777 0.646062 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342501 2 0.4221 0.588856 0.016 0.756 0.052 0.000 0.172 0.004
#> GSM342502 2 0.1116 0.648419 0.008 0.960 0.004 0.000 0.028 0.000
#> GSM342503 2 0.1082 0.647117 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM342504 2 0.1672 0.636079 0.020 0.944 0.008 0.004 0.012 0.012
#> GSM342505 3 0.3448 0.467313 0.000 0.280 0.716 0.000 0.000 0.004
#> GSM342506 5 0.3103 0.692899 0.100 0.036 0.016 0.000 0.848 0.000
#> GSM342507 1 0.6642 -0.107521 0.444 0.004 0.048 0.064 0.404 0.036
#> GSM342508 5 0.3103 0.692899 0.100 0.036 0.016 0.000 0.848 0.000
#> GSM342509 6 0.9430 0.316328 0.156 0.124 0.128 0.076 0.192 0.324
#> GSM342510 6 0.4531 0.557029 0.128 0.004 0.016 0.108 0.000 0.744
#> GSM342511 2 0.7512 0.146748 0.096 0.500 0.216 0.104 0.000 0.084
#> GSM342512 2 0.5102 0.543892 0.012 0.668 0.112 0.000 0.204 0.004
#> GSM342513 2 0.5048 0.549454 0.012 0.676 0.112 0.000 0.196 0.004
#> GSM342514 6 0.7031 0.430535 0.156 0.252 0.092 0.012 0.000 0.488
#> GSM342515 5 0.3103 0.692899 0.100 0.036 0.016 0.000 0.848 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:hclust 170 0.2789 2
#> MAD:hclust 144 0.5041 3
#> MAD:hclust 83 0.6062 4
#> MAD:hclust 92 0.0292 5
#> MAD:hclust 93 0.0166 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.302 0.716 0.821 0.4815 0.498 0.498
#> 3 3 0.428 0.581 0.763 0.3805 0.704 0.473
#> 4 4 0.492 0.530 0.739 0.1172 0.795 0.476
#> 5 5 0.556 0.502 0.686 0.0629 0.909 0.671
#> 6 6 0.621 0.475 0.648 0.0431 0.850 0.435
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342323 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342325 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342326 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0376 0.8350 0.004 0.996
#> GSM342335 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342354 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342371 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342380 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342382 1 0.9087 0.7410 0.676 0.324
#> GSM342399 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342402 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342404 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342408 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342409 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342426 2 0.2603 0.8228 0.044 0.956
#> GSM342441 1 0.6712 0.5423 0.824 0.176
#> GSM342444 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342467 2 0.3879 0.8173 0.076 0.924
#> GSM342484 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM342491 2 0.5946 0.7770 0.144 0.856
#> GSM342322 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342338 1 0.4431 0.7049 0.908 0.092
#> GSM342347 2 0.8207 0.6502 0.256 0.744
#> GSM342356 1 0.4562 0.7042 0.904 0.096
#> GSM342357 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342366 2 0.8861 0.1845 0.304 0.696
#> GSM342385 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342421 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.5737 0.7823 0.136 0.864
#> GSM342454 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.5629 0.7851 0.132 0.868
#> GSM342495 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342496 1 0.7528 0.7450 0.784 0.216
#> GSM342320 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342336 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.4298 0.7058 0.912 0.088
#> GSM342339 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342340 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342341 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342342 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342343 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342344 1 0.8144 0.5501 0.748 0.252
#> GSM342345 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342346 2 0.0672 0.8352 0.008 0.992
#> GSM342348 1 0.9795 0.6871 0.584 0.416
#> GSM342349 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342350 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342351 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342352 2 0.8661 0.6352 0.288 0.712
#> GSM342353 1 0.6623 0.6565 0.828 0.172
#> GSM342355 1 0.5946 0.6960 0.856 0.144
#> GSM342358 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342359 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342360 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342361 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342362 2 0.3431 0.7671 0.064 0.936
#> GSM342363 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342364 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342365 2 0.0672 0.8352 0.008 0.992
#> GSM342367 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342368 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342369 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342370 2 0.0672 0.8352 0.008 0.992
#> GSM342372 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342373 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342374 2 0.0672 0.8352 0.008 0.992
#> GSM342375 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342376 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342377 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342378 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342379 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342381 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342383 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342384 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342386 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342387 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342389 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342390 1 0.7602 0.7175 0.780 0.220
#> GSM342391 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342392 1 0.1414 0.7072 0.980 0.020
#> GSM342393 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342394 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342395 2 0.9044 0.1063 0.320 0.680
#> GSM342396 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342397 2 0.8608 0.6380 0.284 0.716
#> GSM342398 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342400 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342401 1 0.2603 0.7112 0.956 0.044
#> GSM342403 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342405 2 0.1633 0.8328 0.024 0.976
#> GSM342406 1 0.9552 0.7255 0.624 0.376
#> GSM342407 2 0.8713 0.6326 0.292 0.708
#> GSM342410 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342411 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342413 2 0.0938 0.8326 0.012 0.988
#> GSM342414 2 0.8861 0.6288 0.304 0.696
#> GSM342415 2 0.0672 0.8352 0.008 0.992
#> GSM342416 2 0.8861 0.1978 0.304 0.696
#> GSM342417 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342420 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342422 1 0.9522 0.7265 0.628 0.372
#> GSM342423 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342424 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.4298 0.8031 0.088 0.912
#> GSM342427 2 0.3114 0.8227 0.056 0.944
#> GSM342428 2 0.2603 0.8228 0.044 0.956
#> GSM342429 1 0.9963 0.3465 0.536 0.464
#> GSM342430 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342434 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342435 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342436 1 0.6712 0.5423 0.824 0.176
#> GSM342438 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.6712 0.5423 0.824 0.176
#> GSM342442 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342445 1 0.6712 0.5423 0.824 0.176
#> GSM342446 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342448 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342449 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342452 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0000 0.8345 0.000 1.000
#> GSM342457 1 0.9323 0.7337 0.652 0.348
#> GSM342458 2 0.1184 0.8351 0.016 0.984
#> GSM342459 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342460 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342461 1 0.9427 0.5967 0.640 0.360
#> GSM342463 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342464 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342465 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342466 1 0.3733 0.7193 0.928 0.072
#> GSM342468 2 0.0938 0.8349 0.012 0.988
#> GSM342469 1 0.9522 0.7282 0.628 0.372
#> GSM342470 2 0.2603 0.8302 0.044 0.956
#> GSM342472 2 0.8081 0.7124 0.248 0.752
#> GSM342473 1 0.9833 0.4620 0.576 0.424
#> GSM342474 1 0.9833 0.4620 0.576 0.424
#> GSM342475 1 0.6623 0.5484 0.828 0.172
#> GSM342476 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342478 1 1.0000 0.2320 0.504 0.496
#> GSM342479 1 0.9850 0.4699 0.572 0.428
#> GSM342480 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342481 1 0.9427 0.5967 0.640 0.360
#> GSM342482 2 0.6438 0.7684 0.164 0.836
#> GSM342483 1 0.9944 0.3718 0.544 0.456
#> GSM342485 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342486 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342487 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342488 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342489 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342490 2 0.5946 0.7795 0.144 0.856
#> GSM342492 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342493 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342494 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342497 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342498 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM342499 1 0.8909 0.7394 0.692 0.308
#> GSM342500 2 0.6247 0.7746 0.156 0.844
#> GSM342501 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342502 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342503 1 0.9710 0.5179 0.600 0.400
#> GSM342504 2 0.9896 0.0427 0.440 0.560
#> GSM342505 1 0.0000 0.7024 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM342507 1 0.9608 0.7222 0.616 0.384
#> GSM342508 1 0.8144 0.7452 0.748 0.252
#> GSM342509 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM342510 2 0.5842 0.7800 0.140 0.860
#> GSM342511 2 0.9608 0.5767 0.384 0.616
#> GSM342512 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342513 1 0.7745 0.7433 0.772 0.228
#> GSM342514 2 0.9522 0.5814 0.372 0.628
#> GSM342515 1 0.9248 0.7365 0.660 0.340
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.1289 0.73436 0.968 0.032 0.000
#> GSM342323 2 0.4121 0.78226 0.168 0.832 0.000
#> GSM342325 1 0.1163 0.73559 0.972 0.028 0.000
#> GSM342326 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342327 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342329 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342331 2 0.4002 0.78351 0.160 0.840 0.000
#> GSM342334 2 0.4047 0.78318 0.148 0.848 0.004
#> GSM342335 2 0.1919 0.73213 0.024 0.956 0.020
#> GSM342354 2 0.6527 0.46138 0.008 0.588 0.404
#> GSM342371 2 0.7029 0.00137 0.440 0.540 0.020
#> GSM342380 1 0.0592 0.73958 0.988 0.012 0.000
#> GSM342382 1 0.4453 0.70493 0.836 0.152 0.012
#> GSM342399 1 0.0592 0.73958 0.988 0.012 0.000
#> GSM342402 1 0.1411 0.73053 0.964 0.036 0.000
#> GSM342404 2 0.1636 0.73026 0.016 0.964 0.020
#> GSM342408 2 0.5763 0.60664 0.008 0.716 0.276
#> GSM342409 2 0.6803 0.43386 0.280 0.680 0.040
#> GSM342426 2 0.4874 0.76437 0.144 0.828 0.028
#> GSM342441 3 0.0000 0.64852 0.000 0.000 1.000
#> GSM342444 3 0.5733 0.14936 0.324 0.000 0.676
#> GSM342451 3 0.5733 0.14936 0.324 0.000 0.676
#> GSM342462 3 0.6647 0.54810 0.012 0.396 0.592
#> GSM342467 2 0.2356 0.68732 0.000 0.928 0.072
#> GSM342484 3 0.7610 0.38140 0.388 0.048 0.564
#> GSM342491 3 0.8427 0.49343 0.148 0.240 0.612
#> GSM342322 1 0.1529 0.73123 0.960 0.040 0.000
#> GSM342338 1 0.6111 0.47638 0.604 0.000 0.396
#> GSM342347 2 0.6548 0.49890 0.012 0.616 0.372
#> GSM342356 1 0.5497 0.58741 0.708 0.000 0.292
#> GSM342357 1 0.1411 0.73053 0.964 0.036 0.000
#> GSM342366 1 0.6062 0.61455 0.708 0.276 0.016
#> GSM342385 1 0.0592 0.73958 0.988 0.012 0.000
#> GSM342421 2 0.1620 0.73465 0.024 0.964 0.012
#> GSM342437 3 0.8957 0.38347 0.152 0.312 0.536
#> GSM342454 3 0.1964 0.61435 0.056 0.000 0.944
#> GSM342471 2 0.6295 0.37521 0.472 0.528 0.000
#> GSM342477 3 0.9082 0.19446 0.140 0.392 0.468
#> GSM342495 3 0.6451 0.50334 0.004 0.436 0.560
#> GSM342496 3 0.8914 0.43153 0.280 0.164 0.556
#> GSM342320 2 0.4002 0.78351 0.160 0.840 0.000
#> GSM342321 2 0.4121 0.78274 0.168 0.832 0.000
#> GSM342324 2 0.4121 0.78226 0.168 0.832 0.000
#> GSM342328 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342330 2 0.4002 0.78351 0.160 0.840 0.000
#> GSM342332 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342333 2 0.2187 0.72897 0.028 0.948 0.024
#> GSM342336 2 0.4172 0.78416 0.156 0.840 0.004
#> GSM342337 1 0.5497 0.58741 0.708 0.000 0.292
#> GSM342339 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342340 1 0.5706 0.56132 0.680 0.000 0.320
#> GSM342341 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342342 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342343 1 0.5650 0.56959 0.688 0.000 0.312
#> GSM342344 3 0.9559 -0.03652 0.264 0.252 0.484
#> GSM342345 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342346 2 0.4741 0.78012 0.152 0.828 0.020
#> GSM342348 1 0.3686 0.62777 0.860 0.140 0.000
#> GSM342349 2 0.6298 0.47939 0.004 0.608 0.388
#> GSM342350 2 0.6345 0.46277 0.004 0.596 0.400
#> GSM342351 2 0.6275 0.52925 0.008 0.644 0.348
#> GSM342352 2 0.6345 0.46277 0.004 0.596 0.400
#> GSM342353 3 0.9598 -0.09328 0.304 0.228 0.468
#> GSM342355 1 0.5431 0.59286 0.716 0.000 0.284
#> GSM342358 2 0.4178 0.78102 0.172 0.828 0.000
#> GSM342359 2 0.4178 0.78102 0.172 0.828 0.000
#> GSM342360 2 0.4291 0.77724 0.180 0.820 0.000
#> GSM342361 2 0.4002 0.78202 0.160 0.840 0.000
#> GSM342362 1 0.6291 -0.23005 0.532 0.468 0.000
#> GSM342363 1 0.1411 0.73053 0.964 0.036 0.000
#> GSM342364 1 0.5147 0.68377 0.800 0.180 0.020
#> GSM342365 2 0.1482 0.73230 0.012 0.968 0.020
#> GSM342367 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342368 1 0.5200 0.68697 0.796 0.184 0.020
#> GSM342369 2 0.1636 0.73026 0.016 0.964 0.020
#> GSM342370 2 0.1482 0.73230 0.012 0.968 0.020
#> GSM342372 2 0.1781 0.73136 0.020 0.960 0.020
#> GSM342373 2 0.7063 -0.08456 0.464 0.516 0.020
#> GSM342374 2 0.1482 0.73230 0.012 0.968 0.020
#> GSM342375 2 0.1781 0.73136 0.020 0.960 0.020
#> GSM342376 1 0.4047 0.70922 0.848 0.148 0.004
#> GSM342377 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342378 1 0.0237 0.73899 0.996 0.004 0.000
#> GSM342379 1 0.1529 0.73141 0.960 0.040 0.000
#> GSM342381 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342383 1 0.0592 0.73958 0.988 0.012 0.000
#> GSM342384 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342386 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342387 2 0.4346 0.77651 0.184 0.816 0.000
#> GSM342388 1 0.5591 0.57763 0.696 0.000 0.304
#> GSM342389 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342390 1 0.1170 0.73461 0.976 0.016 0.008
#> GSM342391 1 0.0237 0.73899 0.996 0.004 0.000
#> GSM342392 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342393 2 0.1315 0.73024 0.008 0.972 0.020
#> GSM342394 1 0.0747 0.73653 0.984 0.016 0.000
#> GSM342395 1 0.6387 0.58521 0.680 0.300 0.020
#> GSM342396 1 0.6235 0.43266 0.564 0.000 0.436
#> GSM342397 2 0.6434 0.48926 0.008 0.612 0.380
#> GSM342398 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342400 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342401 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342403 1 0.1267 0.73981 0.972 0.024 0.004
#> GSM342405 2 0.2116 0.72283 0.012 0.948 0.040
#> GSM342406 1 0.2066 0.71605 0.940 0.060 0.000
#> GSM342407 2 0.6421 0.42414 0.004 0.572 0.424
#> GSM342410 1 0.0747 0.73653 0.984 0.016 0.000
#> GSM342411 2 0.4605 0.76453 0.204 0.796 0.000
#> GSM342412 2 0.4002 0.78408 0.160 0.840 0.000
#> GSM342413 2 0.4346 0.77651 0.184 0.816 0.000
#> GSM342414 2 0.6359 0.45689 0.004 0.592 0.404
#> GSM342415 2 0.6735 0.07249 0.424 0.564 0.012
#> GSM342416 1 0.4555 0.53463 0.800 0.200 0.000
#> GSM342417 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342418 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342419 1 0.3551 0.71617 0.868 0.132 0.000
#> GSM342420 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342422 1 0.4110 0.70729 0.844 0.152 0.004
#> GSM342423 2 0.3995 0.67409 0.116 0.868 0.016
#> GSM342424 2 0.4062 0.78371 0.164 0.836 0.000
#> GSM342425 2 0.7807 0.57335 0.144 0.672 0.184
#> GSM342427 2 0.4233 0.56544 0.004 0.836 0.160
#> GSM342428 2 0.3039 0.73473 0.036 0.920 0.044
#> GSM342429 3 0.7234 0.60675 0.048 0.312 0.640
#> GSM342430 3 0.5733 0.14936 0.324 0.000 0.676
#> GSM342431 3 0.5733 0.14936 0.324 0.000 0.676
#> GSM342432 3 0.0892 0.64097 0.020 0.000 0.980
#> GSM342433 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342434 2 0.6309 0.29622 0.000 0.504 0.496
#> GSM342435 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342436 3 0.0000 0.64852 0.000 0.000 1.000
#> GSM342438 3 0.0892 0.64097 0.020 0.000 0.980
#> GSM342439 3 0.0892 0.64097 0.020 0.000 0.980
#> GSM342440 3 0.0000 0.64852 0.000 0.000 1.000
#> GSM342442 3 0.0892 0.64097 0.020 0.000 0.980
#> GSM342443 3 0.6451 0.50334 0.004 0.436 0.560
#> GSM342445 3 0.0000 0.64852 0.000 0.000 1.000
#> GSM342446 3 0.0747 0.64242 0.016 0.000 0.984
#> GSM342447 1 0.6244 0.42771 0.560 0.000 0.440
#> GSM342448 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342449 3 0.0747 0.64242 0.016 0.000 0.984
#> GSM342450 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342452 3 0.0892 0.64097 0.020 0.000 0.980
#> GSM342453 3 0.1964 0.61435 0.056 0.000 0.944
#> GSM342455 3 0.0747 0.64242 0.016 0.000 0.984
#> GSM342456 2 0.4002 0.78202 0.160 0.840 0.000
#> GSM342457 1 0.4782 0.69597 0.820 0.164 0.016
#> GSM342458 2 0.1129 0.72300 0.004 0.976 0.020
#> GSM342459 3 0.6608 0.50676 0.008 0.432 0.560
#> GSM342460 3 0.6608 0.50676 0.008 0.432 0.560
#> GSM342461 3 0.8355 0.58684 0.140 0.244 0.616
#> GSM342463 3 0.8962 0.42025 0.288 0.164 0.548
#> GSM342464 3 0.8590 0.49822 0.236 0.164 0.600
#> GSM342465 1 0.9174 0.18758 0.504 0.164 0.332
#> GSM342466 1 0.1163 0.73322 0.972 0.000 0.028
#> GSM342468 2 0.1482 0.72810 0.012 0.968 0.020
#> GSM342469 1 0.0424 0.73886 0.992 0.008 0.000
#> GSM342470 2 0.5036 0.77196 0.172 0.808 0.020
#> GSM342472 2 0.5315 0.66621 0.012 0.772 0.216
#> GSM342473 3 0.8334 0.58951 0.136 0.248 0.616
#> GSM342474 3 0.8334 0.58951 0.136 0.248 0.616
#> GSM342475 3 0.0000 0.64852 0.000 0.000 1.000
#> GSM342476 3 0.6520 0.41248 0.004 0.488 0.508
#> GSM342478 3 0.7728 0.61674 0.084 0.276 0.640
#> GSM342479 3 0.8388 0.55683 0.248 0.140 0.612
#> GSM342480 3 0.6451 0.50334 0.004 0.436 0.560
#> GSM342481 3 0.8355 0.58684 0.140 0.244 0.616
#> GSM342482 3 0.8038 0.60696 0.100 0.280 0.620
#> GSM342483 3 0.8278 0.59152 0.132 0.248 0.620
#> GSM342485 1 0.9174 0.18758 0.504 0.164 0.332
#> GSM342486 1 0.8985 0.29266 0.544 0.164 0.292
#> GSM342487 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342488 3 0.6460 0.49853 0.004 0.440 0.556
#> GSM342489 3 0.6460 0.49853 0.004 0.440 0.556
#> GSM342490 3 0.8765 0.31394 0.116 0.380 0.504
#> GSM342492 3 0.0424 0.65008 0.000 0.008 0.992
#> GSM342493 1 0.9174 0.18758 0.504 0.164 0.332
#> GSM342494 3 0.6516 0.42858 0.004 0.480 0.516
#> GSM342497 3 0.6309 0.40255 0.000 0.496 0.504
#> GSM342498 1 0.6905 -0.09438 0.544 0.016 0.440
#> GSM342499 1 0.0661 0.73856 0.988 0.008 0.004
#> GSM342500 3 0.6758 0.57991 0.020 0.360 0.620
#> GSM342501 3 0.7831 0.35690 0.404 0.056 0.540
#> GSM342502 3 0.8357 0.57993 0.148 0.232 0.620
#> GSM342503 3 0.8355 0.58684 0.140 0.244 0.616
#> GSM342504 3 0.7971 0.60926 0.096 0.280 0.624
#> GSM342505 3 0.1964 0.61435 0.056 0.000 0.944
#> GSM342506 1 0.5848 0.42969 0.720 0.012 0.268
#> GSM342507 1 0.1411 0.73053 0.964 0.036 0.000
#> GSM342508 1 0.0848 0.73811 0.984 0.008 0.008
#> GSM342509 3 0.7394 0.23263 0.472 0.032 0.496
#> GSM342510 2 0.9207 0.00312 0.152 0.456 0.392
#> GSM342511 3 0.0592 0.65090 0.000 0.012 0.988
#> GSM342512 1 0.9290 0.05611 0.464 0.164 0.372
#> GSM342513 1 0.9050 0.26374 0.532 0.164 0.304
#> GSM342514 3 0.3377 0.63641 0.092 0.012 0.896
#> GSM342515 1 0.0424 0.73886 0.992 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.2796 0.7715 0.892 0.016 0.000 0.092
#> GSM342323 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342325 1 0.2376 0.7740 0.916 0.016 0.000 0.068
#> GSM342326 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342327 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342329 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342331 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342334 4 0.4136 0.6944 0.016 0.196 0.000 0.788
#> GSM342335 4 0.4761 0.5837 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM342354 3 0.7495 -0.0515 0.000 0.180 0.428 0.392
#> GSM342371 2 0.7060 -0.1031 0.400 0.476 0.000 0.124
#> GSM342380 1 0.2328 0.7748 0.924 0.016 0.004 0.056
#> GSM342382 1 0.3266 0.7101 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.2142 0.7745 0.928 0.016 0.000 0.056
#> GSM342402 1 0.3105 0.7425 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM342404 4 0.4830 0.5731 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM342408 4 0.7080 0.4743 0.000 0.196 0.236 0.568
#> GSM342409 2 0.6945 -0.3434 0.068 0.484 0.016 0.432
#> GSM342426 4 0.4934 0.4430 0.028 0.252 0.000 0.720
#> GSM342441 3 0.2198 0.6313 0.000 0.072 0.920 0.008
#> GSM342444 3 0.3105 0.6333 0.140 0.004 0.856 0.000
#> GSM342451 3 0.3105 0.6333 0.140 0.004 0.856 0.000
#> GSM342462 2 0.3607 0.6594 0.008 0.852 0.124 0.016
#> GSM342467 2 0.5057 -0.0117 0.000 0.648 0.012 0.340
#> GSM342484 3 0.9272 -0.0762 0.344 0.140 0.376 0.140
#> GSM342491 2 0.8105 0.4998 0.108 0.588 0.168 0.136
#> GSM342322 1 0.4137 0.7182 0.780 0.012 0.000 0.208
#> GSM342338 3 0.4746 0.3793 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM342347 4 0.7526 0.1756 0.000 0.188 0.372 0.440
#> GSM342356 1 0.4134 0.5481 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM342357 1 0.3105 0.7425 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM342366 1 0.5483 0.3437 0.536 0.448 0.000 0.016
#> GSM342385 1 0.2328 0.7748 0.924 0.016 0.004 0.056
#> GSM342421 4 0.4776 0.5807 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM342437 2 0.8948 0.2893 0.136 0.452 0.116 0.296
#> GSM342454 3 0.1706 0.6511 0.036 0.016 0.948 0.000
#> GSM342471 1 0.5180 0.6159 0.740 0.064 0.000 0.196
#> GSM342477 2 0.7114 0.3552 0.016 0.568 0.104 0.312
#> GSM342495 2 0.4072 0.6510 0.000 0.828 0.120 0.052
#> GSM342496 2 0.7500 0.3422 0.180 0.412 0.408 0.000
#> GSM342320 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342321 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342324 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342328 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342330 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342332 4 0.1398 0.7247 0.040 0.004 0.000 0.956
#> GSM342333 4 0.5040 0.5878 0.008 0.364 0.000 0.628
#> GSM342336 4 0.4378 0.7030 0.040 0.164 0.000 0.796
#> GSM342337 1 0.4134 0.5481 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM342339 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342340 1 0.4989 0.1084 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM342341 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342342 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342343 1 0.4961 0.1839 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM342344 3 0.6691 0.5108 0.028 0.168 0.676 0.128
#> GSM342345 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342346 4 0.4544 0.6849 0.004 0.220 0.016 0.760
#> GSM342348 1 0.3429 0.7427 0.868 0.028 0.004 0.100
#> GSM342349 4 0.7546 0.0942 0.000 0.188 0.400 0.412
#> GSM342350 3 0.7543 -0.0646 0.000 0.188 0.420 0.392
#> GSM342351 4 0.7527 0.2179 0.000 0.192 0.356 0.452
#> GSM342352 3 0.7541 -0.0515 0.000 0.188 0.424 0.388
#> GSM342353 3 0.6887 0.5273 0.048 0.156 0.676 0.120
#> GSM342355 1 0.4072 0.5587 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM342358 4 0.2521 0.7196 0.060 0.020 0.004 0.916
#> GSM342359 4 0.2629 0.7189 0.060 0.024 0.004 0.912
#> GSM342360 4 0.2706 0.7171 0.064 0.024 0.004 0.908
#> GSM342361 4 0.2275 0.7229 0.020 0.048 0.004 0.928
#> GSM342362 4 0.5602 -0.1147 0.472 0.020 0.000 0.508
#> GSM342363 1 0.3208 0.7391 0.848 0.004 0.000 0.148
#> GSM342364 1 0.5126 0.3645 0.552 0.444 0.000 0.004
#> GSM342365 4 0.4761 0.5897 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM342367 1 0.4072 0.6262 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.5132 0.3636 0.548 0.448 0.000 0.004
#> GSM342369 4 0.4804 0.5774 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM342370 4 0.4761 0.5897 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM342372 4 0.4790 0.5775 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM342373 2 0.7261 -0.0367 0.368 0.480 0.000 0.152
#> GSM342374 4 0.4790 0.5818 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM342375 4 0.4804 0.5774 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM342376 1 0.2868 0.7304 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.3024 0.7237 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.1732 0.7702 0.948 0.008 0.004 0.040
#> GSM342379 1 0.2124 0.7742 0.924 0.008 0.000 0.068
#> GSM342381 1 0.3074 0.7212 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.1975 0.7743 0.936 0.016 0.000 0.048
#> GSM342384 1 0.3356 0.7031 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.4304 0.5835 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.3529 0.6868 0.152 0.012 0.000 0.836
#> GSM342388 1 0.4961 0.1839 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM342389 1 0.3764 0.6671 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.2528 0.7595 0.908 0.008 0.004 0.080
#> GSM342391 1 0.1732 0.7702 0.948 0.008 0.004 0.040
#> GSM342392 3 0.4103 0.5527 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM342393 4 0.5016 0.5688 0.000 0.396 0.004 0.600
#> GSM342394 1 0.1545 0.7708 0.952 0.008 0.000 0.040
#> GSM342395 1 0.6213 0.2424 0.484 0.464 0.000 0.052
#> GSM342396 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342397 4 0.7543 0.1200 0.000 0.188 0.392 0.420
#> GSM342398 1 0.3074 0.7212 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.3266 0.7097 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.4164 0.5451 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM342403 1 0.2275 0.7710 0.928 0.048 0.004 0.020
#> GSM342405 4 0.5805 0.5686 0.000 0.388 0.036 0.576
#> GSM342406 1 0.3043 0.7461 0.876 0.008 0.004 0.112
#> GSM342407 3 0.7398 0.1474 0.000 0.184 0.492 0.324
#> GSM342410 1 0.1822 0.7701 0.944 0.008 0.004 0.044
#> GSM342411 4 0.4423 0.6743 0.168 0.040 0.000 0.792
#> GSM342412 4 0.4121 0.6997 0.020 0.184 0.000 0.796
#> GSM342413 4 0.4726 0.6923 0.108 0.072 0.012 0.808
#> GSM342414 3 0.7521 0.0125 0.000 0.188 0.444 0.368
#> GSM342415 1 0.7290 0.3199 0.504 0.328 0.000 0.168
#> GSM342416 1 0.4271 0.7072 0.816 0.040 0.004 0.140
#> GSM342417 4 0.0921 0.7256 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342418 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342419 1 0.2266 0.7555 0.912 0.084 0.000 0.004
#> GSM342420 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342422 1 0.3074 0.7212 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.6332 -0.3032 0.060 0.488 0.000 0.452
#> GSM342424 4 0.1109 0.7255 0.028 0.004 0.000 0.968
#> GSM342425 4 0.5635 0.2497 0.028 0.340 0.004 0.628
#> GSM342427 2 0.6242 0.4737 0.020 0.692 0.084 0.204
#> GSM342428 4 0.5695 0.2054 0.024 0.476 0.000 0.500
#> GSM342429 2 0.5322 0.6478 0.032 0.740 0.208 0.020
#> GSM342430 3 0.3105 0.6333 0.140 0.004 0.856 0.000
#> GSM342431 3 0.3105 0.6333 0.140 0.004 0.856 0.000
#> GSM342432 3 0.1820 0.6454 0.020 0.036 0.944 0.000
#> GSM342433 3 0.5436 0.4081 0.000 0.356 0.620 0.024
#> GSM342434 3 0.7340 0.2694 0.000 0.408 0.436 0.156
#> GSM342435 3 0.5403 0.4124 0.000 0.348 0.628 0.024
#> GSM342436 3 0.2737 0.6142 0.000 0.104 0.888 0.008
#> GSM342438 3 0.1510 0.6491 0.016 0.028 0.956 0.000
#> GSM342439 3 0.1284 0.6496 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM342440 3 0.1807 0.6396 0.000 0.052 0.940 0.008
#> GSM342442 3 0.1545 0.6442 0.008 0.040 0.952 0.000
#> GSM342443 2 0.4072 0.6510 0.000 0.828 0.120 0.052
#> GSM342445 3 0.2593 0.6154 0.000 0.104 0.892 0.004
#> GSM342446 3 0.0817 0.6511 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM342447 3 0.3610 0.6031 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM342448 3 0.5467 0.4019 0.000 0.364 0.612 0.024
#> GSM342449 3 0.1004 0.6507 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM342450 3 0.5420 0.4102 0.000 0.352 0.624 0.024
#> GSM342452 3 0.1297 0.6508 0.020 0.016 0.964 0.000
#> GSM342453 3 0.1798 0.6513 0.040 0.016 0.944 0.000
#> GSM342455 3 0.1297 0.6508 0.020 0.016 0.964 0.000
#> GSM342456 4 0.2891 0.7125 0.020 0.080 0.004 0.896
#> GSM342457 1 0.5004 0.4353 0.604 0.392 0.004 0.000
#> GSM342458 4 0.4907 0.5416 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM342459 2 0.3791 0.6602 0.012 0.848 0.120 0.020
#> GSM342460 2 0.3731 0.6562 0.000 0.844 0.120 0.036
#> GSM342461 2 0.4887 0.6520 0.036 0.756 0.204 0.004
#> GSM342463 2 0.7416 0.3693 0.168 0.440 0.392 0.000
#> GSM342464 2 0.6726 0.4736 0.100 0.536 0.364 0.000
#> GSM342465 2 0.7827 0.2415 0.300 0.412 0.288 0.000
#> GSM342466 1 0.1739 0.7662 0.952 0.008 0.024 0.016
#> GSM342468 4 0.4804 0.5753 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM342469 1 0.1816 0.7732 0.948 0.024 0.004 0.024
#> GSM342470 4 0.6129 0.6343 0.116 0.168 0.012 0.704
#> GSM342472 2 0.6842 -0.2272 0.000 0.464 0.100 0.436
#> GSM342473 2 0.4887 0.6520 0.036 0.756 0.204 0.004
#> GSM342474 2 0.4887 0.6520 0.036 0.756 0.204 0.004
#> GSM342475 3 0.3688 0.5241 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM342476 2 0.4055 0.6422 0.000 0.832 0.108 0.060
#> GSM342478 2 0.4153 0.6545 0.004 0.784 0.204 0.008
#> GSM342479 2 0.7555 0.5629 0.124 0.612 0.208 0.056
#> GSM342480 2 0.4072 0.6510 0.000 0.828 0.120 0.052
#> GSM342481 2 0.4644 0.6530 0.024 0.764 0.208 0.004
#> GSM342482 2 0.4315 0.6593 0.020 0.800 0.172 0.008
#> GSM342483 2 0.4607 0.6542 0.024 0.768 0.204 0.004
#> GSM342485 2 0.7827 0.2415 0.300 0.412 0.288 0.000
#> GSM342486 2 0.7834 0.2026 0.320 0.404 0.276 0.000
#> GSM342487 3 0.5311 0.4144 0.000 0.328 0.648 0.024
#> GSM342488 2 0.4072 0.6510 0.000 0.828 0.120 0.052
#> GSM342489 2 0.3907 0.6542 0.000 0.836 0.120 0.044
#> GSM342490 2 0.6701 0.3965 0.008 0.608 0.100 0.284
#> GSM342492 3 0.5420 0.4102 0.000 0.352 0.624 0.024
#> GSM342493 2 0.7827 0.2415 0.300 0.412 0.288 0.000
#> GSM342494 2 0.3935 0.6422 0.000 0.840 0.100 0.060
#> GSM342497 2 0.5594 0.5247 0.000 0.720 0.100 0.180
#> GSM342498 1 0.7904 0.2329 0.532 0.148 0.284 0.036
#> GSM342499 1 0.1920 0.7726 0.944 0.028 0.004 0.024
#> GSM342500 2 0.4068 0.6593 0.016 0.816 0.160 0.008
#> GSM342501 3 0.8372 -0.2907 0.304 0.320 0.360 0.016
#> GSM342502 2 0.5334 0.6286 0.044 0.716 0.236 0.004
#> GSM342503 2 0.4798 0.6528 0.032 0.760 0.204 0.004
#> GSM342504 2 0.4420 0.6551 0.012 0.776 0.204 0.008
#> GSM342505 3 0.1610 0.6519 0.032 0.016 0.952 0.000
#> GSM342506 1 0.5624 0.5478 0.704 0.020 0.244 0.032
#> GSM342507 1 0.3823 0.7288 0.824 0.008 0.008 0.160
#> GSM342508 1 0.1821 0.7707 0.948 0.008 0.012 0.032
#> GSM342509 1 0.9161 0.0553 0.376 0.128 0.360 0.136
#> GSM342510 4 0.7364 0.2613 0.040 0.308 0.084 0.568
#> GSM342511 3 0.5671 0.3505 0.000 0.400 0.572 0.028
#> GSM342512 2 0.7820 0.2919 0.276 0.412 0.312 0.000
#> GSM342513 2 0.7844 0.2220 0.308 0.404 0.288 0.000
#> GSM342514 3 0.7687 0.2727 0.096 0.332 0.528 0.044
#> GSM342515 1 0.1639 0.7711 0.952 0.008 0.004 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.3320 0.6878 0.820 0.012 0.004 0.164 0.000
#> GSM342323 4 0.0324 0.6409 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM342325 1 0.2270 0.7077 0.908 0.016 0.004 0.072 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0162 0.6423 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342331 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342334 4 0.6328 0.4787 0.016 0.128 0.004 0.584 0.268
#> GSM342335 4 0.6808 0.4398 0.020 0.200 0.000 0.512 0.268
#> GSM342354 5 0.6577 0.6147 0.000 0.012 0.260 0.196 0.532
#> GSM342371 1 0.7663 0.1908 0.388 0.344 0.004 0.048 0.216
#> GSM342380 1 0.2171 0.7084 0.928 0.020 0.012 0.032 0.008
#> GSM342382 1 0.4112 0.6544 0.804 0.124 0.016 0.000 0.056
#> GSM342399 1 0.2015 0.7084 0.932 0.020 0.004 0.036 0.008
#> GSM342402 1 0.4854 0.6554 0.740 0.000 0.016 0.072 0.172
#> GSM342404 4 0.6737 0.3584 0.008 0.204 0.000 0.464 0.324
#> GSM342408 5 0.6672 0.5268 0.000 0.020 0.176 0.272 0.532
#> GSM342409 5 0.8161 0.1637 0.108 0.204 0.028 0.168 0.492
#> GSM342426 4 0.3608 0.4643 0.000 0.148 0.000 0.812 0.040
#> GSM342441 3 0.5195 0.5347 0.000 0.144 0.688 0.000 0.168
#> GSM342444 3 0.1804 0.6918 0.024 0.024 0.940 0.000 0.012
#> GSM342451 3 0.1804 0.6918 0.024 0.024 0.940 0.000 0.012
#> GSM342462 2 0.1357 0.6524 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM342467 2 0.6211 0.1027 0.004 0.512 0.000 0.132 0.352
#> GSM342484 1 0.9400 0.2043 0.320 0.152 0.248 0.072 0.208
#> GSM342491 2 0.6350 0.5207 0.064 0.692 0.040 0.084 0.120
#> GSM342322 1 0.3398 0.6639 0.780 0.004 0.000 0.216 0.000
#> GSM342338 3 0.4571 0.5801 0.188 0.000 0.736 0.000 0.076
#> GSM342347 5 0.6435 0.6228 0.000 0.008 0.236 0.208 0.548
#> GSM342356 1 0.5211 0.1106 0.524 0.000 0.432 0.000 0.044
#> GSM342357 1 0.4854 0.6554 0.740 0.000 0.016 0.072 0.172
#> GSM342366 1 0.6673 0.3039 0.472 0.340 0.004 0.004 0.180
#> GSM342385 1 0.2470 0.7080 0.916 0.020 0.016 0.036 0.012
#> GSM342421 4 0.6834 0.4491 0.024 0.216 0.000 0.524 0.236
#> GSM342437 2 0.7462 0.3129 0.092 0.540 0.008 0.144 0.216
#> GSM342454 3 0.2086 0.6929 0.008 0.048 0.924 0.000 0.020
#> GSM342471 1 0.5952 0.6308 0.684 0.056 0.008 0.072 0.180
#> GSM342477 2 0.5856 0.4306 0.020 0.656 0.000 0.144 0.180
#> GSM342495 2 0.2519 0.6296 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100
#> GSM342496 2 0.7319 0.3549 0.140 0.484 0.304 0.000 0.072
#> GSM342320 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0290 0.6416 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342324 4 0.0798 0.6355 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> GSM342328 4 0.0324 0.6409 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM342330 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342332 4 0.0404 0.6404 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM342333 4 0.7092 0.3890 0.032 0.188 0.000 0.472 0.308
#> GSM342336 4 0.5340 0.5403 0.008 0.108 0.004 0.700 0.180
#> GSM342337 1 0.5230 0.0502 0.504 0.000 0.452 0.000 0.044
#> GSM342339 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342340 3 0.4573 0.5464 0.256 0.000 0.700 0.000 0.044
#> GSM342341 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342342 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342343 3 0.4597 0.5419 0.260 0.000 0.696 0.000 0.044
#> GSM342344 3 0.5707 0.0456 0.008 0.012 0.500 0.036 0.444
#> GSM342345 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342346 5 0.6513 -0.1122 0.016 0.076 0.016 0.436 0.456
#> GSM342348 1 0.4846 0.6454 0.720 0.000 0.032 0.028 0.220
#> GSM342349 5 0.6546 0.6248 0.000 0.012 0.248 0.200 0.540
#> GSM342350 5 0.6540 0.6218 0.000 0.012 0.252 0.196 0.540
#> GSM342351 5 0.6653 0.6059 0.000 0.016 0.224 0.224 0.536
#> GSM342352 5 0.6526 0.6108 0.000 0.012 0.260 0.188 0.540
#> GSM342353 3 0.5512 0.2656 0.008 0.012 0.596 0.036 0.348
#> GSM342355 1 0.4902 0.4085 0.648 0.000 0.304 0.000 0.048
#> GSM342358 4 0.4841 0.5219 0.064 0.000 0.016 0.736 0.184
#> GSM342359 4 0.4875 0.5232 0.064 0.000 0.016 0.732 0.188
#> GSM342360 4 0.4942 0.5187 0.064 0.000 0.016 0.724 0.196
#> GSM342361 4 0.4715 0.4832 0.024 0.000 0.012 0.684 0.280
#> GSM342362 1 0.6763 0.2684 0.468 0.000 0.016 0.348 0.168
#> GSM342363 1 0.4721 0.6591 0.752 0.000 0.016 0.068 0.164
#> GSM342364 1 0.6734 0.2924 0.460 0.332 0.008 0.000 0.200
#> GSM342365 4 0.6529 0.4450 0.008 0.196 0.000 0.524 0.272
#> GSM342367 1 0.5003 0.5687 0.708 0.220 0.016 0.000 0.056
#> GSM342368 1 0.6686 0.3099 0.476 0.320 0.008 0.000 0.196
#> GSM342369 4 0.6703 0.4186 0.008 0.228 0.000 0.492 0.272
#> GSM342370 4 0.6529 0.4450 0.008 0.196 0.000 0.524 0.272
#> GSM342372 4 0.6560 0.4446 0.008 0.204 0.000 0.520 0.268
#> GSM342373 1 0.7791 0.1552 0.368 0.348 0.004 0.056 0.224
#> GSM342374 4 0.6529 0.4450 0.008 0.196 0.000 0.524 0.272
#> GSM342375 4 0.6621 0.4352 0.008 0.212 0.000 0.508 0.272
#> GSM342376 1 0.3204 0.6796 0.860 0.100 0.016 0.000 0.024
#> GSM342377 1 0.3204 0.6796 0.860 0.100 0.016 0.000 0.024
#> GSM342378 1 0.3265 0.6970 0.848 0.000 0.012 0.020 0.120
#> GSM342379 1 0.2358 0.7103 0.916 0.012 0.004 0.048 0.020
#> GSM342381 1 0.4017 0.6593 0.812 0.116 0.016 0.000 0.056
#> GSM342383 1 0.2141 0.7082 0.928 0.020 0.008 0.036 0.008
#> GSM342384 1 0.4112 0.6544 0.804 0.124 0.016 0.000 0.056
#> GSM342386 1 0.5278 0.5259 0.672 0.252 0.016 0.000 0.060
#> GSM342387 4 0.4375 0.5458 0.116 0.000 0.004 0.776 0.104
#> GSM342388 3 0.4547 0.5499 0.252 0.000 0.704 0.000 0.044
#> GSM342389 1 0.4848 0.5968 0.732 0.192 0.016 0.000 0.060
#> GSM342390 1 0.4677 0.6436 0.716 0.000 0.036 0.012 0.236
#> GSM342391 1 0.3407 0.6930 0.836 0.000 0.012 0.020 0.132
#> GSM342392 3 0.3593 0.6509 0.116 0.000 0.824 0.000 0.060
#> GSM342393 4 0.6789 0.2633 0.008 0.200 0.000 0.420 0.372
#> GSM342394 1 0.3407 0.6930 0.836 0.000 0.012 0.020 0.132
#> GSM342395 1 0.7262 0.2396 0.424 0.340 0.004 0.024 0.208
#> GSM342396 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342397 5 0.6546 0.6248 0.000 0.012 0.248 0.200 0.540
#> GSM342398 1 0.4017 0.6595 0.812 0.116 0.016 0.000 0.056
#> GSM342400 1 0.4177 0.6541 0.800 0.124 0.016 0.000 0.060
#> GSM342401 3 0.3780 0.6445 0.132 0.000 0.808 0.000 0.060
#> GSM342403 1 0.2618 0.7074 0.908 0.040 0.016 0.008 0.028
#> GSM342405 5 0.6183 0.1214 0.004 0.144 0.000 0.308 0.544
#> GSM342406 1 0.4956 0.6303 0.696 0.000 0.032 0.024 0.248
#> GSM342407 5 0.6499 0.6104 0.000 0.012 0.260 0.184 0.544
#> GSM342410 1 0.3685 0.6888 0.816 0.000 0.016 0.020 0.148
#> GSM342411 4 0.5715 0.4592 0.164 0.000 0.008 0.652 0.176
#> GSM342412 4 0.6041 0.4880 0.020 0.104 0.000 0.604 0.272
#> GSM342413 4 0.6367 0.2865 0.100 0.000 0.020 0.492 0.388
#> GSM342414 5 0.6472 0.6093 0.000 0.012 0.260 0.180 0.548
#> GSM342415 1 0.7732 0.3717 0.512 0.152 0.004 0.144 0.188
#> GSM342416 1 0.5141 0.6218 0.684 0.000 0.032 0.032 0.252
#> GSM342417 4 0.0162 0.6423 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342418 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.2636 0.6895 0.888 0.092 0.004 0.008 0.008
#> GSM342420 4 0.0162 0.6423 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342422 1 0.4065 0.6570 0.808 0.120 0.016 0.000 0.056
#> GSM342423 2 0.8307 -0.1988 0.148 0.336 0.000 0.312 0.204
#> GSM342424 4 0.0000 0.6431 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342425 4 0.4297 0.3536 0.000 0.236 0.000 0.728 0.036
#> GSM342427 2 0.5025 0.4915 0.008 0.724 0.000 0.116 0.152
#> GSM342428 2 0.6209 -0.1023 0.004 0.452 0.000 0.424 0.120
#> GSM342429 2 0.2550 0.6608 0.012 0.912 0.032 0.012 0.032
#> GSM342430 3 0.1690 0.6927 0.024 0.024 0.944 0.000 0.008
#> GSM342431 3 0.1690 0.6927 0.024 0.024 0.944 0.000 0.008
#> GSM342432 3 0.2824 0.6741 0.000 0.096 0.872 0.000 0.032
#> GSM342433 3 0.6821 -0.0400 0.000 0.320 0.352 0.000 0.328
#> GSM342434 5 0.7228 0.3260 0.000 0.232 0.260 0.036 0.472
#> GSM342435 3 0.6821 -0.0400 0.000 0.320 0.352 0.000 0.328
#> GSM342436 3 0.5195 0.5347 0.000 0.144 0.688 0.000 0.168
#> GSM342438 3 0.2270 0.6852 0.000 0.076 0.904 0.000 0.020
#> GSM342439 3 0.2438 0.6856 0.000 0.060 0.900 0.000 0.040
#> GSM342440 3 0.4797 0.5694 0.000 0.104 0.724 0.000 0.172
#> GSM342442 3 0.3184 0.6633 0.000 0.100 0.852 0.000 0.048
#> GSM342443 2 0.2416 0.6316 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM342445 3 0.5229 0.5301 0.000 0.144 0.684 0.000 0.172
#> GSM342446 3 0.3339 0.6530 0.000 0.048 0.840 0.000 0.112
#> GSM342447 3 0.2673 0.6739 0.060 0.004 0.892 0.000 0.044
#> GSM342448 5 0.6794 0.0793 0.000 0.300 0.320 0.000 0.380
#> GSM342449 3 0.3130 0.6632 0.000 0.048 0.856 0.000 0.096
#> GSM342450 3 0.6819 -0.0575 0.000 0.312 0.348 0.000 0.340
#> GSM342452 3 0.1626 0.6924 0.000 0.044 0.940 0.000 0.016
#> GSM342453 3 0.1651 0.6951 0.012 0.036 0.944 0.000 0.008
#> GSM342455 3 0.1701 0.6919 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> GSM342456 4 0.5126 0.4504 0.024 0.008 0.012 0.648 0.308
#> GSM342457 1 0.6508 0.2815 0.468 0.392 0.016 0.000 0.124
#> GSM342458 4 0.6768 0.3556 0.004 0.268 0.000 0.452 0.276
#> GSM342459 2 0.1357 0.6525 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM342460 2 0.2416 0.6316 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM342461 2 0.2217 0.6555 0.044 0.920 0.024 0.000 0.012
#> GSM342463 2 0.7394 0.3744 0.156 0.500 0.264 0.000 0.080
#> GSM342464 2 0.6499 0.4946 0.100 0.624 0.196 0.000 0.080
#> GSM342465 2 0.7691 0.2917 0.208 0.452 0.260 0.000 0.080
#> GSM342466 1 0.4160 0.6834 0.780 0.004 0.040 0.004 0.172
#> GSM342468 4 0.6633 0.4125 0.004 0.240 0.000 0.488 0.268
#> GSM342469 1 0.3759 0.6993 0.832 0.012 0.016 0.020 0.120
#> GSM342470 5 0.7723 0.0820 0.100 0.096 0.024 0.272 0.508
#> GSM342472 5 0.6638 0.2953 0.000 0.320 0.020 0.148 0.512
#> GSM342473 2 0.2053 0.6569 0.048 0.924 0.024 0.000 0.004
#> GSM342474 2 0.2053 0.6569 0.048 0.924 0.024 0.000 0.004
#> GSM342475 3 0.6012 0.3776 0.000 0.264 0.572 0.000 0.164
#> GSM342476 2 0.3910 0.5332 0.000 0.772 0.000 0.032 0.196
#> GSM342478 2 0.1753 0.6614 0.000 0.936 0.032 0.000 0.032
#> GSM342479 2 0.4337 0.6364 0.072 0.824 0.032 0.032 0.040
#> GSM342480 2 0.2624 0.6224 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116
#> GSM342481 2 0.2269 0.6641 0.028 0.920 0.032 0.000 0.020
#> GSM342482 2 0.1179 0.6638 0.016 0.964 0.016 0.000 0.004
#> GSM342483 2 0.1461 0.6629 0.016 0.952 0.028 0.000 0.004
#> GSM342485 2 0.7691 0.2917 0.208 0.452 0.260 0.000 0.080
#> GSM342486 2 0.7771 0.2117 0.268 0.432 0.220 0.000 0.080
#> GSM342487 3 0.6821 -0.0356 0.000 0.324 0.352 0.000 0.324
#> GSM342488 2 0.2773 0.6200 0.000 0.868 0.000 0.020 0.112
#> GSM342489 2 0.2416 0.6316 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM342490 2 0.4869 0.4793 0.000 0.712 0.000 0.096 0.192
#> GSM342492 3 0.6821 -0.0400 0.000 0.320 0.352 0.000 0.328
#> GSM342493 2 0.7671 0.2990 0.204 0.456 0.260 0.000 0.080
#> GSM342494 2 0.3829 0.5387 0.000 0.776 0.000 0.028 0.196
#> GSM342497 2 0.4527 0.4879 0.000 0.732 0.000 0.064 0.204
#> GSM342498 1 0.8162 0.3868 0.488 0.140 0.192 0.020 0.160
#> GSM342499 1 0.3854 0.6988 0.828 0.012 0.020 0.020 0.120
#> GSM342500 2 0.1200 0.6642 0.012 0.964 0.016 0.000 0.008
#> GSM342501 2 0.8043 0.2493 0.272 0.400 0.248 0.008 0.072
#> GSM342502 2 0.4484 0.6039 0.056 0.796 0.096 0.000 0.052
#> GSM342503 2 0.2777 0.6469 0.040 0.896 0.028 0.000 0.036
#> GSM342504 2 0.1461 0.6647 0.004 0.952 0.028 0.000 0.016
#> GSM342505 3 0.1913 0.6938 0.008 0.044 0.932 0.000 0.016
#> GSM342506 1 0.7175 0.5085 0.572 0.060 0.192 0.012 0.164
#> GSM342507 1 0.5634 0.6313 0.668 0.000 0.028 0.080 0.224
#> GSM342508 1 0.4417 0.6787 0.776 0.004 0.048 0.012 0.160
#> GSM342509 1 0.9267 0.2392 0.340 0.132 0.248 0.068 0.212
#> GSM342510 5 0.8133 0.0589 0.060 0.192 0.024 0.336 0.388
#> GSM342511 2 0.6726 -0.1930 0.000 0.400 0.208 0.004 0.388
#> GSM342512 2 0.7611 0.3160 0.204 0.472 0.244 0.000 0.080
#> GSM342513 2 0.7728 0.2760 0.216 0.444 0.260 0.000 0.080
#> GSM342514 5 0.7876 0.0954 0.096 0.308 0.188 0.000 0.408
#> GSM342515 1 0.4020 0.6871 0.800 0.004 0.020 0.020 0.156
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.5977 0.12260 0.356 0.000 0.004 0.172 0.464 0.004
#> GSM342323 4 0.0547 0.79052 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM342325 5 0.4795 0.19564 0.408 0.000 0.004 0.036 0.548 0.004
#> GSM342326 4 0.0260 0.78845 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342327 4 0.0260 0.78845 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342329 4 0.0547 0.79052 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0260 0.78845 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342334 6 0.7383 0.27208 0.016 0.160 0.000 0.332 0.100 0.392
#> GSM342335 6 0.7688 0.32876 0.016 0.220 0.000 0.264 0.124 0.376
#> GSM342354 6 0.3593 0.47740 0.004 0.000 0.132 0.064 0.000 0.800
#> GSM342371 5 0.7030 0.26434 0.056 0.220 0.000 0.024 0.492 0.208
#> GSM342380 5 0.4218 0.23555 0.400 0.000 0.004 0.000 0.584 0.012
#> GSM342382 5 0.3878 0.45903 0.228 0.032 0.004 0.000 0.736 0.000
#> GSM342399 5 0.4277 0.21640 0.408 0.000 0.004 0.008 0.576 0.004
#> GSM342402 1 0.5139 0.49922 0.692 0.004 0.000 0.052 0.188 0.064
#> GSM342404 6 0.7153 0.34280 0.000 0.236 0.000 0.292 0.088 0.384
#> GSM342408 6 0.4141 0.48334 0.000 0.016 0.060 0.128 0.012 0.784
#> GSM342409 6 0.6544 0.41592 0.012 0.200 0.000 0.052 0.188 0.548
#> GSM342426 4 0.2612 0.68673 0.008 0.108 0.000 0.868 0.000 0.016
#> GSM342441 3 0.6255 0.46637 0.012 0.080 0.572 0.000 0.076 0.260
#> GSM342444 3 0.0964 0.72613 0.016 0.004 0.968 0.000 0.012 0.000
#> GSM342451 3 0.0951 0.72617 0.020 0.004 0.968 0.000 0.008 0.000
#> GSM342462 2 0.1610 0.75563 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM342467 2 0.5766 0.17721 0.008 0.572 0.000 0.068 0.040 0.312
#> GSM342484 1 0.7089 0.42903 0.600 0.048 0.160 0.048 0.072 0.072
#> GSM342491 2 0.5115 0.64980 0.096 0.744 0.016 0.016 0.092 0.036
#> GSM342322 5 0.6263 0.05193 0.336 0.000 0.004 0.248 0.408 0.004
#> GSM342338 3 0.4552 0.67213 0.044 0.000 0.752 0.000 0.116 0.088
#> GSM342347 6 0.3552 0.50218 0.004 0.008 0.100 0.068 0.000 0.820
#> GSM342356 3 0.6162 0.37161 0.188 0.000 0.552 0.000 0.220 0.040
#> GSM342357 1 0.5167 0.49716 0.688 0.004 0.000 0.052 0.192 0.064
#> GSM342366 5 0.6258 0.41932 0.092 0.180 0.000 0.008 0.604 0.116
#> GSM342385 5 0.4200 0.23666 0.392 0.000 0.004 0.000 0.592 0.012
#> GSM342421 6 0.7767 0.28901 0.020 0.284 0.000 0.288 0.104 0.304
#> GSM342437 2 0.5505 0.47537 0.264 0.636 0.004 0.048 0.024 0.024
#> GSM342454 3 0.2800 0.71144 0.012 0.008 0.880 0.000 0.060 0.040
#> GSM342471 1 0.4029 0.57028 0.788 0.032 0.000 0.032 0.140 0.008
#> GSM342477 2 0.3656 0.68015 0.012 0.840 0.004 0.040 0.040 0.064
#> GSM342495 2 0.0935 0.73716 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM342496 5 0.7299 -0.00441 0.048 0.324 0.264 0.000 0.344 0.020
#> GSM342320 4 0.0260 0.78845 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342321 4 0.0777 0.78772 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM342324 4 0.0806 0.78577 0.020 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM342328 4 0.0547 0.79052 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0260 0.78845 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342332 4 0.1608 0.77469 0.036 0.004 0.000 0.940 0.004 0.016
#> GSM342333 6 0.7590 0.35025 0.020 0.180 0.000 0.240 0.132 0.428
#> GSM342336 4 0.7092 -0.01808 0.028 0.136 0.000 0.480 0.072 0.284
#> GSM342337 3 0.6162 0.37161 0.188 0.000 0.552 0.000 0.220 0.040
#> GSM342339 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342340 3 0.4801 0.62317 0.072 0.000 0.716 0.000 0.172 0.040
#> GSM342341 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342342 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342343 3 0.4832 0.61836 0.072 0.000 0.712 0.000 0.176 0.040
#> GSM342344 6 0.4090 0.09728 0.004 0.000 0.328 0.000 0.016 0.652
#> GSM342345 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342346 6 0.5264 0.42512 0.004 0.112 0.000 0.164 0.036 0.684
#> GSM342348 1 0.2418 0.61563 0.884 0.000 0.000 0.008 0.092 0.016
#> GSM342349 6 0.3588 0.49762 0.004 0.008 0.108 0.064 0.000 0.816
#> GSM342350 6 0.3610 0.48566 0.004 0.004 0.120 0.064 0.000 0.808
#> GSM342351 6 0.3773 0.49788 0.000 0.012 0.092 0.096 0.000 0.800
#> GSM342352 6 0.3636 0.47420 0.000 0.004 0.128 0.060 0.004 0.804
#> GSM342353 3 0.4442 0.32424 0.004 0.000 0.536 0.000 0.020 0.440
#> GSM342355 3 0.6713 0.09050 0.228 0.000 0.416 0.000 0.312 0.044
#> GSM342358 4 0.6101 0.47815 0.276 0.008 0.004 0.532 0.008 0.172
#> GSM342359 4 0.6248 0.46909 0.272 0.008 0.004 0.508 0.008 0.200
#> GSM342360 4 0.6240 0.46528 0.276 0.008 0.004 0.508 0.008 0.196
#> GSM342361 4 0.6810 0.45555 0.184 0.032 0.004 0.512 0.024 0.244
#> GSM342362 1 0.5967 0.45779 0.620 0.004 0.004 0.216 0.072 0.084
#> GSM342363 1 0.5139 0.49738 0.692 0.004 0.000 0.052 0.188 0.064
#> GSM342364 5 0.5723 0.42077 0.056 0.156 0.000 0.000 0.636 0.152
#> GSM342365 6 0.7225 0.31434 0.000 0.260 0.000 0.316 0.088 0.336
#> GSM342367 5 0.4697 0.47129 0.212 0.088 0.004 0.000 0.692 0.004
#> GSM342368 5 0.5666 0.42699 0.064 0.144 0.000 0.000 0.648 0.144
#> GSM342369 6 0.7231 0.32089 0.000 0.268 0.000 0.304 0.088 0.340
#> GSM342370 6 0.7225 0.31434 0.000 0.260 0.000 0.316 0.088 0.336
#> GSM342372 6 0.7161 0.31886 0.000 0.260 0.000 0.312 0.080 0.348
#> GSM342373 5 0.6870 0.31125 0.056 0.196 0.000 0.024 0.524 0.200
#> GSM342374 6 0.7221 0.31173 0.000 0.256 0.000 0.320 0.088 0.336
#> GSM342375 6 0.7224 0.31712 0.000 0.260 0.000 0.312 0.088 0.340
#> GSM342376 5 0.4141 0.40142 0.296 0.020 0.008 0.000 0.676 0.000
#> GSM342377 5 0.4111 0.40610 0.296 0.024 0.004 0.000 0.676 0.000
#> GSM342378 1 0.3468 0.47917 0.728 0.000 0.008 0.000 0.264 0.000
#> GSM342379 5 0.4316 0.17729 0.432 0.000 0.004 0.008 0.552 0.004
#> GSM342381 5 0.3721 0.44377 0.252 0.016 0.004 0.000 0.728 0.000
#> GSM342383 5 0.4127 0.23940 0.400 0.000 0.004 0.000 0.588 0.008
#> GSM342384 5 0.3883 0.45537 0.240 0.028 0.004 0.000 0.728 0.000
#> GSM342386 5 0.4736 0.47308 0.192 0.104 0.004 0.000 0.696 0.004
#> GSM342387 4 0.4565 0.56681 0.260 0.004 0.000 0.684 0.016 0.036
#> GSM342388 3 0.4780 0.62323 0.068 0.000 0.716 0.000 0.176 0.040
#> GSM342389 5 0.4749 0.46982 0.220 0.088 0.004 0.000 0.684 0.004
#> GSM342390 1 0.2213 0.61648 0.908 0.000 0.000 0.012 0.048 0.032
#> GSM342391 1 0.3103 0.55117 0.784 0.000 0.008 0.000 0.208 0.000
#> GSM342392 3 0.3497 0.70748 0.016 0.000 0.824 0.000 0.096 0.064
#> GSM342393 6 0.6758 0.37852 0.000 0.228 0.000 0.240 0.064 0.468
#> GSM342394 1 0.3073 0.55433 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204 0.000
#> GSM342395 5 0.6394 0.38849 0.056 0.192 0.000 0.012 0.576 0.164
#> GSM342396 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342397 6 0.3599 0.50055 0.004 0.008 0.104 0.068 0.000 0.816
#> GSM342398 5 0.3673 0.44790 0.244 0.016 0.004 0.000 0.736 0.000
#> GSM342400 5 0.3972 0.45273 0.244 0.024 0.004 0.000 0.724 0.004
#> GSM342401 3 0.3719 0.70485 0.024 0.000 0.812 0.000 0.096 0.068
#> GSM342403 5 0.4734 0.25171 0.380 0.012 0.004 0.000 0.580 0.024
#> GSM342405 6 0.4977 0.46134 0.000 0.128 0.000 0.136 0.032 0.704
#> GSM342406 1 0.2358 0.61609 0.900 0.000 0.000 0.012 0.048 0.040
#> GSM342407 6 0.3455 0.46409 0.000 0.004 0.128 0.048 0.004 0.816
#> GSM342410 1 0.3012 0.55946 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196 0.000
#> GSM342411 1 0.6105 -0.12464 0.440 0.000 0.000 0.416 0.044 0.100
#> GSM342412 6 0.7505 0.25906 0.020 0.144 0.000 0.328 0.120 0.388
#> GSM342413 1 0.6366 -0.06455 0.468 0.004 0.000 0.244 0.016 0.268
#> GSM342414 6 0.3455 0.46409 0.000 0.004 0.128 0.048 0.004 0.816
#> GSM342415 5 0.7383 0.19284 0.092 0.076 0.000 0.088 0.496 0.248
#> GSM342416 1 0.2358 0.61609 0.900 0.000 0.000 0.012 0.048 0.040
#> GSM342417 4 0.0508 0.79042 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342418 4 0.0405 0.78902 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM342419 5 0.4022 0.32759 0.360 0.008 0.004 0.000 0.628 0.000
#> GSM342420 4 0.0458 0.79044 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.3755 0.44944 0.244 0.020 0.004 0.000 0.732 0.000
#> GSM342423 5 0.7923 -0.16828 0.016 0.236 0.000 0.168 0.328 0.252
#> GSM342424 4 0.0725 0.78316 0.012 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.3288 0.61299 0.008 0.176 0.000 0.800 0.000 0.016
#> GSM342427 2 0.3983 0.65311 0.016 0.816 0.000 0.044 0.056 0.068
#> GSM342428 2 0.5785 0.28372 0.012 0.568 0.000 0.320 0.040 0.060
#> GSM342429 2 0.3811 0.73893 0.016 0.812 0.020 0.012 0.128 0.012
#> GSM342430 3 0.0405 0.72802 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM342431 3 0.0405 0.72802 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM342432 3 0.4133 0.68130 0.020 0.048 0.808 0.000 0.068 0.056
#> GSM342433 6 0.7514 0.10205 0.012 0.288 0.228 0.004 0.084 0.384
#> GSM342434 6 0.6255 0.34867 0.004 0.192 0.132 0.016 0.048 0.608
#> GSM342435 6 0.7514 0.10205 0.012 0.288 0.228 0.004 0.084 0.384
#> GSM342436 3 0.6255 0.46637 0.012 0.080 0.572 0.000 0.076 0.260
#> GSM342438 3 0.3784 0.69138 0.012 0.028 0.824 0.000 0.072 0.064
#> GSM342439 3 0.3652 0.69376 0.012 0.016 0.828 0.000 0.072 0.072
#> GSM342440 3 0.5913 0.49792 0.012 0.052 0.600 0.000 0.076 0.260
#> GSM342442 3 0.4507 0.66256 0.012 0.052 0.776 0.000 0.076 0.084
#> GSM342443 2 0.0748 0.74569 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM342445 3 0.6255 0.46637 0.012 0.080 0.572 0.000 0.076 0.260
#> GSM342446 3 0.4888 0.58709 0.012 0.008 0.688 0.000 0.076 0.216
#> GSM342447 3 0.1861 0.72419 0.020 0.000 0.928 0.000 0.036 0.016
#> GSM342448 6 0.7464 0.12903 0.012 0.248 0.220 0.004 0.092 0.424
#> GSM342449 3 0.4780 0.60262 0.012 0.008 0.704 0.000 0.076 0.200
#> GSM342450 6 0.7507 0.10263 0.012 0.284 0.228 0.004 0.084 0.388
#> GSM342452 3 0.2811 0.71223 0.012 0.008 0.880 0.000 0.048 0.052
#> GSM342453 3 0.0551 0.72606 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM342455 3 0.3057 0.70690 0.012 0.008 0.864 0.000 0.064 0.052
#> GSM342456 4 0.7165 0.44117 0.184 0.048 0.004 0.488 0.032 0.244
#> GSM342457 5 0.5802 0.39630 0.196 0.256 0.000 0.000 0.540 0.008
#> GSM342458 2 0.7146 -0.31371 0.000 0.368 0.000 0.268 0.080 0.284
#> GSM342459 2 0.1714 0.75347 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM342460 2 0.0870 0.74878 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM342461 2 0.3449 0.68602 0.004 0.784 0.016 0.000 0.192 0.004
#> GSM342463 5 0.6769 0.14464 0.044 0.324 0.204 0.000 0.424 0.004
#> GSM342464 2 0.6362 0.20135 0.032 0.480 0.156 0.000 0.328 0.004
#> GSM342465 5 0.6886 0.18996 0.056 0.308 0.204 0.000 0.428 0.004
#> GSM342466 1 0.3053 0.57986 0.828 0.000 0.024 0.000 0.144 0.004
#> GSM342468 2 0.7188 -0.36962 0.000 0.328 0.000 0.284 0.080 0.308
#> GSM342469 1 0.3626 0.40125 0.704 0.000 0.004 0.000 0.288 0.004
#> GSM342470 1 0.7283 0.17115 0.500 0.116 0.000 0.128 0.032 0.224
#> GSM342472 6 0.5897 0.35705 0.004 0.280 0.028 0.056 0.032 0.600
#> GSM342473 2 0.3311 0.69295 0.004 0.780 0.012 0.000 0.204 0.000
#> GSM342474 2 0.3311 0.69295 0.004 0.780 0.012 0.000 0.204 0.000
#> GSM342475 3 0.6862 0.37435 0.012 0.152 0.504 0.000 0.076 0.256
#> GSM342476 2 0.2127 0.71024 0.004 0.912 0.000 0.012 0.012 0.060
#> GSM342478 2 0.2636 0.74304 0.000 0.860 0.016 0.000 0.120 0.004
#> GSM342479 2 0.4293 0.69570 0.032 0.756 0.020 0.004 0.180 0.008
#> GSM342480 2 0.1036 0.74183 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008 0.024
#> GSM342481 2 0.3635 0.71344 0.008 0.788 0.016 0.000 0.176 0.012
#> GSM342482 2 0.2402 0.73608 0.000 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> GSM342483 2 0.3066 0.72412 0.004 0.828 0.016 0.000 0.148 0.004
#> GSM342485 5 0.6886 0.18996 0.056 0.308 0.204 0.000 0.428 0.004
#> GSM342486 5 0.6638 0.29737 0.064 0.248 0.172 0.000 0.512 0.004
#> GSM342487 6 0.7491 0.09930 0.012 0.304 0.224 0.004 0.080 0.376
#> GSM342488 2 0.1484 0.73600 0.004 0.944 0.000 0.004 0.008 0.040
#> GSM342489 2 0.0748 0.74569 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM342490 2 0.3046 0.69545 0.008 0.872 0.004 0.028 0.024 0.064
#> GSM342492 6 0.7514 0.10205 0.012 0.288 0.228 0.004 0.084 0.384
#> GSM342493 5 0.6886 0.18996 0.056 0.308 0.204 0.000 0.428 0.004
#> GSM342494 2 0.2127 0.71024 0.004 0.912 0.000 0.012 0.012 0.060
#> GSM342497 2 0.2646 0.70480 0.008 0.892 0.004 0.012 0.024 0.060
#> GSM342498 1 0.5892 0.42999 0.644 0.072 0.120 0.000 0.156 0.008
#> GSM342499 1 0.3646 0.39431 0.700 0.000 0.004 0.000 0.292 0.004
#> GSM342500 2 0.2003 0.74478 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM342501 5 0.7661 0.10360 0.124 0.296 0.196 0.000 0.368 0.016
#> GSM342502 2 0.4843 0.53329 0.004 0.660 0.080 0.000 0.252 0.004
#> GSM342503 2 0.3541 0.67405 0.004 0.772 0.016 0.000 0.204 0.004
#> GSM342504 2 0.2833 0.72862 0.000 0.836 0.012 0.000 0.148 0.004
#> GSM342505 3 0.2768 0.71115 0.008 0.008 0.880 0.000 0.060 0.044
#> GSM342506 1 0.5001 0.49793 0.696 0.012 0.124 0.000 0.160 0.008
#> GSM342507 1 0.3515 0.58708 0.840 0.004 0.004 0.052 0.024 0.076
#> GSM342508 1 0.3280 0.57109 0.812 0.000 0.032 0.000 0.152 0.004
#> GSM342509 1 0.6696 0.44943 0.624 0.024 0.160 0.044 0.076 0.072
#> GSM342510 4 0.8544 0.14842 0.256 0.180 0.008 0.264 0.044 0.248
#> GSM342511 6 0.7109 0.16009 0.016 0.352 0.136 0.004 0.068 0.424
#> GSM342512 5 0.6855 0.17035 0.056 0.320 0.192 0.000 0.428 0.004
#> GSM342513 5 0.6787 0.25870 0.056 0.268 0.204 0.000 0.468 0.004
#> GSM342514 1 0.8502 -0.03685 0.316 0.268 0.112 0.004 0.084 0.216
#> GSM342515 1 0.2920 0.56749 0.820 0.000 0.008 0.000 0.168 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:kmeans 187 0.3973 2
#> MAD:kmeans 143 0.0632 3
#> MAD:kmeans 139 0.2853 4
#> MAD:kmeans 125 0.6589 5
#> MAD:kmeans 87 0.0245 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.511 0.857 0.905 0.4998 0.498 0.498
#> 3 3 0.477 0.647 0.791 0.3387 0.707 0.477
#> 4 4 0.648 0.606 0.822 0.1214 0.765 0.425
#> 5 5 0.600 0.485 0.677 0.0594 0.908 0.670
#> 6 6 0.662 0.580 0.736 0.0424 0.892 0.562
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342323 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342325 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342326 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342354 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342371 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342380 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342382 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342399 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342402 1 0.6531 0.865 0.832 0.168
#> GSM342404 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342408 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342409 2 0.7139 0.821 0.196 0.804
#> GSM342426 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342441 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342484 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342491 2 0.7376 0.813 0.208 0.792
#> GSM342322 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342338 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342347 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342356 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.6887 0.865 0.816 0.184
#> GSM342366 2 0.6048 0.736 0.148 0.852
#> GSM342385 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342421 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342454 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342496 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342320 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.0672 0.903 0.008 0.992
#> GSM342336 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342344 2 0.9896 0.455 0.440 0.560
#> GSM342345 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.3114 0.884 0.056 0.944
#> GSM342348 1 0.7219 0.632 0.800 0.200
#> GSM342349 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342350 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342351 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342352 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342353 1 0.8386 0.491 0.732 0.268
#> GSM342355 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342358 2 0.1414 0.899 0.020 0.980
#> GSM342359 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342360 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342361 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342362 2 0.1184 0.894 0.016 0.984
#> GSM342363 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342364 1 0.7376 0.858 0.792 0.208
#> GSM342365 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342368 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342369 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342377 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342378 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342379 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342381 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342383 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342384 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342386 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342387 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342390 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.3431 0.866 0.936 0.064
#> GSM342392 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342395 2 0.5946 0.742 0.144 0.856
#> GSM342396 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342397 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342398 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342400 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342401 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342405 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342406 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342407 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342410 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342411 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342413 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342414 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342415 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342416 2 0.9710 0.544 0.400 0.600
#> GSM342417 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342420 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342422 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342423 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342429 1 0.8661 0.771 0.712 0.288
#> GSM342430 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342434 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342435 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342436 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342448 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342449 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342452 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342457 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342458 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342461 1 0.7376 0.858 0.792 0.208
#> GSM342463 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342464 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342465 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342466 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342469 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342470 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342472 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342473 1 0.7674 0.844 0.776 0.224
#> GSM342474 1 0.7674 0.844 0.776 0.224
#> GSM342475 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342478 1 0.9710 0.578 0.600 0.400
#> GSM342479 1 0.7376 0.858 0.792 0.208
#> GSM342480 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342481 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342482 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342483 1 0.9427 0.657 0.640 0.360
#> GSM342485 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342486 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342487 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342488 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342492 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342493 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342494 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342498 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342499 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342500 2 0.0000 0.906 0.000 1.000
#> GSM342501 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342502 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342503 1 0.7602 0.848 0.780 0.220
#> GSM342504 2 0.8207 0.526 0.256 0.744
#> GSM342505 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342507 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342508 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342509 1 0.0000 0.865 1.000 0.000
#> GSM342510 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342511 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342512 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342513 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
#> GSM342514 2 0.7219 0.819 0.200 0.800
#> GSM342515 1 0.7219 0.864 0.800 0.200
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342323 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342326 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342335 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342354 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342371 1 0.6168 0.547 0.588 0.000 0.412
#> GSM342380 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342382 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342399 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342402 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342404 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342408 1 0.5138 0.639 0.748 0.252 0.000
#> GSM342409 1 0.7975 0.637 0.660 0.160 0.180
#> GSM342426 1 0.0747 0.765 0.984 0.016 0.000
#> GSM342441 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 3 0.6260 0.540 0.000 0.448 0.552
#> GSM342451 3 0.6260 0.540 0.000 0.448 0.552
#> GSM342462 2 0.8638 0.631 0.184 0.600 0.216
#> GSM342467 1 0.5268 0.685 0.776 0.012 0.212
#> GSM342484 2 0.8466 0.537 0.212 0.616 0.172
#> GSM342491 2 0.6126 0.523 0.400 0.600 0.000
#> GSM342322 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342338 3 0.6126 0.589 0.000 0.400 0.600
#> GSM342347 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342356 3 0.6008 0.612 0.000 0.372 0.628
#> GSM342357 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342366 3 0.1411 0.694 0.036 0.000 0.964
#> GSM342385 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342421 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342437 2 0.6154 0.514 0.408 0.592 0.000
#> GSM342454 2 0.0592 0.666 0.000 0.988 0.012
#> GSM342471 1 0.4796 0.571 0.780 0.000 0.220
#> GSM342477 2 0.6204 0.492 0.424 0.576 0.000
#> GSM342495 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342496 2 0.4605 0.619 0.000 0.796 0.204
#> GSM342320 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342333 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342336 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342337 3 0.6008 0.612 0.000 0.372 0.628
#> GSM342339 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342340 3 0.6095 0.596 0.000 0.392 0.608
#> GSM342341 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342342 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342343 3 0.6008 0.612 0.000 0.372 0.628
#> GSM342344 1 0.6688 0.487 0.580 0.408 0.012
#> GSM342345 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342346 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342348 1 0.6309 -0.221 0.500 0.000 0.500
#> GSM342349 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342350 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342351 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342352 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342353 1 0.6950 0.479 0.572 0.408 0.020
#> GSM342355 3 0.6008 0.612 0.000 0.372 0.628
#> GSM342358 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342359 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342360 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342362 1 0.2165 0.738 0.936 0.000 0.064
#> GSM342363 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342364 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342365 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342367 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342368 3 0.0592 0.707 0.012 0.000 0.988
#> GSM342369 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342370 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342372 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342373 1 0.6168 0.547 0.588 0.000 0.412
#> GSM342374 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342375 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342376 3 0.0424 0.714 0.008 0.000 0.992
#> GSM342377 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342378 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342379 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342381 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342383 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342384 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342386 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342387 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342388 3 0.6008 0.612 0.000 0.372 0.628
#> GSM342389 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342390 3 0.8001 0.684 0.212 0.136 0.652
#> GSM342391 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342392 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342393 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342394 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342395 3 0.2537 0.659 0.080 0.000 0.920
#> GSM342396 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342397 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342398 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342400 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342401 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342403 3 0.4883 0.739 0.208 0.004 0.788
#> GSM342405 1 0.5305 0.678 0.788 0.192 0.020
#> GSM342406 3 0.8043 0.681 0.228 0.128 0.644
#> GSM342407 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342410 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342411 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342412 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342413 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342414 1 0.6126 0.507 0.600 0.400 0.000
#> GSM342415 1 0.6215 0.529 0.572 0.000 0.428
#> GSM342416 1 0.7319 0.524 0.708 0.128 0.164
#> GSM342417 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 3 0.1964 0.727 0.056 0.000 0.944
#> GSM342420 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342423 1 0.5905 0.597 0.648 0.000 0.352
#> GSM342424 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 2 0.6252 0.461 0.444 0.556 0.000
#> GSM342427 1 0.9669 -0.214 0.408 0.380 0.212
#> GSM342428 1 0.3771 0.738 0.876 0.012 0.112
#> GSM342429 2 0.8638 0.640 0.184 0.600 0.216
#> GSM342430 3 0.6260 0.540 0.000 0.448 0.552
#> GSM342431 3 0.6260 0.540 0.000 0.448 0.552
#> GSM342432 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 2 0.6260 -0.242 0.448 0.552 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342445 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.6154 0.584 0.000 0.408 0.592
#> GSM342448 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 2 0.0592 0.666 0.000 0.988 0.012
#> GSM342455 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342457 3 0.0000 0.711 0.000 0.000 1.000
#> GSM342458 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342459 2 0.8722 0.625 0.192 0.592 0.216
#> GSM342460 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342461 2 0.7050 0.618 0.028 0.600 0.372
#> GSM342463 2 0.6168 0.581 0.000 0.588 0.412
#> GSM342464 2 0.6126 0.593 0.000 0.600 0.400
#> GSM342465 3 0.2066 0.670 0.000 0.060 0.940
#> GSM342466 3 0.7898 0.672 0.116 0.232 0.652
#> GSM342468 1 0.4702 0.694 0.788 0.000 0.212
#> GSM342469 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342470 1 0.0000 0.775 1.000 0.000 0.000
#> GSM342472 1 0.4887 0.658 0.772 0.228 0.000
#> GSM342473 2 0.7141 0.622 0.032 0.600 0.368
#> GSM342474 2 0.7141 0.622 0.032 0.600 0.368
#> GSM342475 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342478 2 0.7600 0.635 0.056 0.600 0.344
#> GSM342479 2 0.8250 0.572 0.292 0.600 0.108
#> GSM342480 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342481 2 0.7141 0.622 0.032 0.600 0.368
#> GSM342482 2 0.7600 0.635 0.056 0.600 0.344
#> GSM342483 2 0.7141 0.622 0.032 0.600 0.368
#> GSM342485 3 0.2066 0.670 0.000 0.060 0.940
#> GSM342486 3 0.1643 0.684 0.000 0.044 0.956
#> GSM342487 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342489 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342490 2 0.6647 0.524 0.396 0.592 0.012
#> GSM342492 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 3 0.2066 0.670 0.000 0.060 0.940
#> GSM342494 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342497 2 0.8726 0.623 0.196 0.592 0.212
#> GSM342498 2 0.9585 0.240 0.212 0.456 0.332
#> GSM342499 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342500 2 0.8623 0.634 0.176 0.600 0.224
#> GSM342501 2 0.8804 0.505 0.212 0.584 0.204
#> GSM342502 2 0.7050 0.618 0.028 0.600 0.372
#> GSM342503 2 0.7141 0.622 0.032 0.600 0.368
#> GSM342504 2 0.7600 0.635 0.056 0.600 0.344
#> GSM342505 2 0.0592 0.666 0.000 0.988 0.012
#> GSM342506 3 0.5803 0.726 0.212 0.028 0.760
#> GSM342507 3 0.4750 0.736 0.216 0.000 0.784
#> GSM342508 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
#> GSM342509 2 0.7213 0.568 0.212 0.700 0.088
#> GSM342510 2 0.6260 0.455 0.448 0.552 0.000
#> GSM342511 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342512 3 0.3192 0.604 0.000 0.112 0.888
#> GSM342513 3 0.1643 0.684 0.000 0.044 0.956
#> GSM342514 2 0.0000 0.676 0.000 1.000 0.000
#> GSM342515 3 0.4702 0.738 0.212 0.000 0.788
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.1557 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342323 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342325 1 0.1557 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342326 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342327 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342329 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342331 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342334 4 0.0188 0.81578 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM342335 4 0.2704 0.77071 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM342354 3 0.4989 0.09360 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM342371 1 0.6292 0.43936 0.524 0.416 0.000 0.060
#> GSM342380 1 0.1474 0.81144 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342382 1 0.3400 0.75796 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.1557 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342402 1 0.1940 0.80274 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM342404 4 0.2408 0.78236 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM342408 4 0.3726 0.64252 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM342409 4 0.6357 0.58521 0.000 0.184 0.160 0.656
#> GSM342426 4 0.5119 0.09676 0.004 0.440 0.000 0.556
#> GSM342441 3 0.0817 0.73207 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.74852 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342467 4 0.5000 -0.00799 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM342484 3 0.8562 0.10914 0.344 0.124 0.452 0.080
#> GSM342491 2 0.6313 0.46283 0.044 0.648 0.028 0.280
#> GSM342322 1 0.3024 0.76868 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM342338 3 0.1716 0.71202 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM342347 4 0.4907 0.21425 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM342356 1 0.3837 0.65195 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM342357 1 0.1867 0.80459 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM342366 1 0.4898 0.50491 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.1557 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342421 4 0.3208 0.75513 0.004 0.148 0.000 0.848
#> GSM342437 2 0.6868 0.36860 0.152 0.584 0.000 0.264
#> GSM342454 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 1 0.1284 0.80682 0.964 0.012 0.000 0.024
#> GSM342477 2 0.4948 0.21737 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM342495 2 0.0592 0.74457 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342496 3 0.5912 -0.07820 0.036 0.440 0.524 0.000
#> GSM342320 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342321 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342324 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342328 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342330 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342332 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342333 4 0.2796 0.78573 0.004 0.096 0.008 0.892
#> GSM342336 4 0.0657 0.81617 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM342337 1 0.3837 0.65195 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM342339 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342340 3 0.3975 0.53706 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM342341 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342342 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342343 3 0.4730 0.30015 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM342344 3 0.2675 0.68718 0.008 0.000 0.892 0.100
#> GSM342345 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342346 4 0.0188 0.81578 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM342348 1 0.1022 0.80667 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342349 3 0.4999 0.03279 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM342350 3 0.4989 0.09360 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM342351 4 0.4843 0.27748 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM342352 3 0.4985 0.10511 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM342353 3 0.2198 0.70539 0.008 0.000 0.920 0.072
#> GSM342355 1 0.3764 0.65980 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM342358 4 0.1302 0.80294 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM342359 4 0.1302 0.80294 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM342360 4 0.1557 0.79733 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM342361 4 0.0188 0.81652 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342362 1 0.4164 0.61970 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM342363 1 0.1792 0.80605 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM342364 1 0.4898 0.50491 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.2081 0.79132 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM342367 1 0.4746 0.56610 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.4898 0.50491 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM342369 4 0.3726 0.69505 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM342370 4 0.2081 0.79132 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM342372 4 0.3172 0.74348 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM342373 1 0.7186 0.31075 0.444 0.420 0.000 0.136
#> GSM342374 4 0.2345 0.78446 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM342375 4 0.3569 0.71052 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM342376 1 0.2647 0.78725 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.3356 0.76048 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0188 0.80955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342379 1 0.1557 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342381 1 0.3539 0.75985 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM342383 1 0.1474 0.81144 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342384 1 0.3444 0.75525 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.4830 0.53056 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.3486 0.73097 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM342388 3 0.4697 0.31734 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM342389 1 0.4543 0.62329 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0707 0.80879 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342391 1 0.0188 0.80955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342392 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342393 4 0.2081 0.79132 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM342394 1 0.0188 0.80955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342395 1 0.5329 0.48677 0.568 0.420 0.000 0.012
#> GSM342396 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342397 4 0.4989 0.05437 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM342398 1 0.3539 0.75985 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM342400 1 0.3400 0.75796 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0592 0.73710 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM342403 1 0.1389 0.81176 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342405 4 0.3598 0.74363 0.000 0.028 0.124 0.848
#> GSM342406 1 0.1022 0.80667 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342407 3 0.4967 0.14655 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM342410 1 0.0188 0.80955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342411 4 0.3486 0.73097 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM342412 4 0.0188 0.81578 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM342413 4 0.3400 0.73535 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM342414 3 0.4985 0.10511 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM342415 1 0.5410 0.71386 0.728 0.192 0.000 0.080
#> GSM342416 1 0.1211 0.80411 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM342417 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342418 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342419 1 0.2401 0.79691 0.904 0.092 0.000 0.004
#> GSM342420 4 0.0188 0.81703 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342422 1 0.3400 0.75796 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM342423 4 0.5203 0.34590 0.008 0.416 0.000 0.576
#> GSM342424 4 0.0376 0.81606 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM342425 4 0.5163 -0.02874 0.004 0.480 0.000 0.516
#> GSM342427 2 0.5097 0.18101 0.004 0.568 0.000 0.428
#> GSM342428 4 0.5296 -0.00757 0.008 0.496 0.000 0.496
#> GSM342429 2 0.3128 0.69581 0.008 0.876 0.008 0.108
#> GSM342430 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0336 0.73623 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342433 3 0.4972 0.23604 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM342434 3 0.6130 0.20646 0.000 0.440 0.512 0.048
#> GSM342435 3 0.4972 0.23604 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM342436 3 0.1022 0.72840 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM342438 3 0.0336 0.73623 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342439 3 0.0188 0.73742 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342440 3 0.0469 0.73666 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM342442 3 0.0469 0.73524 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM342443 2 0.0188 0.74765 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342445 3 0.0921 0.73043 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342448 3 0.5143 0.23161 0.000 0.456 0.540 0.004
#> GSM342449 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 3 0.5143 0.23161 0.000 0.456 0.540 0.004
#> GSM342452 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 4 0.0376 0.81613 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM342457 1 0.5229 0.47940 0.564 0.428 0.008 0.000
#> GSM342458 4 0.3569 0.72349 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM342459 2 0.0000 0.74852 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.74852 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0188 0.74791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.5912 0.25258 0.036 0.524 0.440 0.000
#> GSM342464 2 0.5543 0.28615 0.020 0.556 0.424 0.000
#> GSM342465 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342466 1 0.1022 0.80495 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM342468 4 0.3610 0.71011 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM342469 1 0.0524 0.81033 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM342470 4 0.5050 0.69948 0.176 0.068 0.000 0.756
#> GSM342472 4 0.5668 0.07526 0.000 0.444 0.024 0.532
#> GSM342473 2 0.0188 0.74791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0188 0.74791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.3688 0.57790 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM342476 2 0.2921 0.66659 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM342478 2 0.0188 0.74808 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342479 2 0.3973 0.61934 0.004 0.792 0.004 0.200
#> GSM342480 2 0.0188 0.74765 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342481 2 0.0524 0.74586 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM342482 2 0.0188 0.74791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0188 0.74791 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342486 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342487 3 0.5137 0.23581 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM342488 2 0.2814 0.67552 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM342489 2 0.0000 0.74852 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.4877 0.28982 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM342492 3 0.4972 0.23604 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM342493 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342494 2 0.1211 0.73600 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342497 2 0.4585 0.38792 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM342498 1 0.7281 -0.03684 0.448 0.128 0.420 0.004
#> GSM342499 1 0.0524 0.80950 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.74852 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.8612 -0.06876 0.184 0.332 0.432 0.052
#> GSM342502 2 0.1824 0.71634 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM342503 2 0.0524 0.74586 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM342504 2 0.0188 0.74808 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342505 3 0.0000 0.73861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.5143 0.09418 0.540 0.000 0.456 0.004
#> GSM342507 1 0.2124 0.80385 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM342508 1 0.0895 0.80750 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM342509 3 0.7835 0.15698 0.360 0.076 0.500 0.064
#> GSM342510 4 0.5996 0.03783 0.040 0.448 0.000 0.512
#> GSM342511 3 0.5143 0.23161 0.000 0.456 0.540 0.004
#> GSM342512 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342513 2 0.6125 0.25345 0.048 0.516 0.436 0.000
#> GSM342514 2 0.7462 -0.02818 0.152 0.452 0.392 0.004
#> GSM342515 1 0.0524 0.80903 0.988 0.000 0.008 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 5 0.5121 0.5101 0.136 0.000 0.004 0.152 0.708
#> GSM342323 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342325 5 0.5084 0.5140 0.144 0.000 0.004 0.140 0.712
#> GSM342326 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342334 4 0.5811 0.6717 0.068 0.140 0.084 0.704 0.004
#> GSM342335 4 0.7255 0.6233 0.072 0.204 0.084 0.596 0.044
#> GSM342354 3 0.3771 0.4171 0.040 0.000 0.796 0.164 0.000
#> GSM342371 5 0.7220 0.2348 0.068 0.100 0.072 0.132 0.628
#> GSM342380 5 0.5084 0.5140 0.144 0.000 0.004 0.140 0.712
#> GSM342382 5 0.0671 0.5120 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> GSM342399 5 0.5084 0.5140 0.144 0.000 0.004 0.140 0.712
#> GSM342402 5 0.6401 0.3750 0.268 0.000 0.004 0.196 0.532
#> GSM342404 4 0.6789 0.6276 0.072 0.208 0.104 0.608 0.008
#> GSM342408 3 0.5858 -0.1238 0.064 0.020 0.568 0.348 0.000
#> GSM342409 3 0.9377 -0.3279 0.072 0.200 0.348 0.200 0.180
#> GSM342426 4 0.3684 0.3933 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM342441 3 0.4442 0.6485 0.284 0.028 0.688 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.1836 0.7565 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> GSM342467 2 0.5612 0.4837 0.056 0.700 0.072 0.172 0.000
#> GSM342484 1 0.5717 0.2881 0.664 0.008 0.048 0.244 0.036
#> GSM342491 2 0.4442 0.5913 0.016 0.716 0.004 0.256 0.008
#> GSM342322 5 0.5466 0.4841 0.136 0.000 0.004 0.192 0.668
#> GSM342338 3 0.5158 0.5913 0.224 0.000 0.676 0.000 0.100
#> GSM342347 3 0.4433 0.3266 0.060 0.000 0.740 0.200 0.000
#> GSM342356 5 0.6352 0.1883 0.188 0.000 0.308 0.000 0.504
#> GSM342357 5 0.6330 0.3819 0.276 0.000 0.004 0.180 0.540
#> GSM342366 5 0.4912 0.3878 0.044 0.104 0.024 0.044 0.784
#> GSM342385 5 0.5083 0.5125 0.136 0.000 0.004 0.148 0.712
#> GSM342421 4 0.7137 0.6239 0.064 0.208 0.076 0.604 0.048
#> GSM342437 2 0.5887 0.4818 0.264 0.600 0.004 0.132 0.000
#> GSM342454 3 0.4171 0.6435 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.6677 -0.0346 0.456 0.004 0.000 0.328 0.212
#> GSM342477 2 0.4375 0.4572 0.000 0.628 0.004 0.364 0.004
#> GSM342495 2 0.0000 0.7577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 1 0.7987 0.2716 0.432 0.204 0.120 0.000 0.244
#> GSM342320 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342324 4 0.0324 0.7276 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM342328 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342332 4 0.0162 0.7302 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342333 4 0.7566 0.6103 0.072 0.204 0.112 0.568 0.044
#> GSM342336 4 0.5220 0.6839 0.056 0.140 0.056 0.744 0.004
#> GSM342337 5 0.6430 0.1341 0.192 0.000 0.328 0.000 0.480
#> GSM342339 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342340 3 0.6279 0.4612 0.268 0.000 0.532 0.000 0.200
#> GSM342341 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342342 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342343 3 0.6312 0.4478 0.276 0.000 0.524 0.000 0.200
#> GSM342344 3 0.0898 0.5693 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM342345 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342346 4 0.5976 0.5689 0.052 0.040 0.324 0.584 0.000
#> GSM342348 1 0.5605 -0.2800 0.472 0.000 0.008 0.052 0.468
#> GSM342349 3 0.4136 0.3668 0.048 0.000 0.764 0.188 0.000
#> GSM342350 3 0.3958 0.3931 0.044 0.000 0.780 0.176 0.000
#> GSM342351 3 0.4820 0.2724 0.052 0.008 0.708 0.232 0.000
#> GSM342352 3 0.3495 0.4351 0.028 0.000 0.812 0.160 0.000
#> GSM342353 3 0.1408 0.5796 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> GSM342355 5 0.5990 0.2541 0.144 0.000 0.296 0.000 0.560
#> GSM342358 4 0.2792 0.6867 0.072 0.000 0.040 0.884 0.004
#> GSM342359 4 0.2792 0.6867 0.072 0.000 0.040 0.884 0.004
#> GSM342360 4 0.2853 0.6839 0.076 0.000 0.040 0.880 0.004
#> GSM342361 4 0.3063 0.6832 0.036 0.000 0.096 0.864 0.004
#> GSM342362 4 0.6466 0.0610 0.252 0.000 0.008 0.540 0.200
#> GSM342363 5 0.6319 0.3822 0.280 0.000 0.004 0.176 0.540
#> GSM342364 5 0.4383 0.3996 0.048 0.104 0.048 0.000 0.800
#> GSM342365 4 0.6554 0.6342 0.072 0.208 0.084 0.628 0.008
#> GSM342367 5 0.1740 0.4809 0.012 0.056 0.000 0.000 0.932
#> GSM342368 5 0.4284 0.4049 0.048 0.080 0.052 0.004 0.816
#> GSM342369 4 0.7247 0.6141 0.072 0.224 0.084 0.584 0.036
#> GSM342370 4 0.6554 0.6342 0.072 0.208 0.084 0.628 0.008
#> GSM342372 4 0.7198 0.6186 0.072 0.216 0.084 0.592 0.036
#> GSM342373 5 0.7265 0.2225 0.056 0.108 0.076 0.140 0.620
#> GSM342374 4 0.6582 0.6319 0.072 0.212 0.084 0.624 0.008
#> GSM342375 4 0.7223 0.6163 0.072 0.220 0.084 0.588 0.036
#> GSM342376 5 0.2011 0.5354 0.088 0.004 0.000 0.000 0.908
#> GSM342377 5 0.1952 0.5353 0.084 0.004 0.000 0.000 0.912
#> GSM342378 5 0.4410 0.3326 0.440 0.000 0.004 0.000 0.556
#> GSM342379 5 0.4970 0.5132 0.140 0.000 0.000 0.148 0.712
#> GSM342381 5 0.0671 0.5247 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> GSM342383 5 0.4683 0.5248 0.144 0.000 0.004 0.104 0.748
#> GSM342384 5 0.0566 0.5144 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984
#> GSM342386 5 0.1942 0.4698 0.012 0.068 0.000 0.000 0.920
#> GSM342387 4 0.3333 0.6373 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004
#> GSM342388 3 0.6333 0.4447 0.288 0.000 0.516 0.000 0.196
#> GSM342389 5 0.1628 0.4843 0.008 0.056 0.000 0.000 0.936
#> GSM342390 1 0.5486 -0.2936 0.476 0.000 0.016 0.032 0.476
#> GSM342391 5 0.4420 0.3229 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548
#> GSM342392 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342393 4 0.7553 0.5772 0.072 0.204 0.200 0.516 0.008
#> GSM342394 5 0.4420 0.3229 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548
#> GSM342395 5 0.6469 0.2922 0.052 0.108 0.064 0.088 0.688
#> GSM342396 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342397 3 0.4204 0.3523 0.048 0.000 0.756 0.196 0.000
#> GSM342398 5 0.0324 0.5210 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM342400 5 0.0566 0.5159 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984
#> GSM342401 3 0.4555 0.6473 0.344 0.000 0.636 0.000 0.020
#> GSM342403 5 0.5080 0.5192 0.164 0.004 0.004 0.108 0.720
#> GSM342405 4 0.7835 0.4607 0.072 0.192 0.332 0.400 0.004
#> GSM342406 1 0.6076 -0.2434 0.476 0.000 0.016 0.076 0.432
#> GSM342407 3 0.3327 0.4567 0.028 0.000 0.828 0.144 0.000
#> GSM342410 5 0.4572 0.3141 0.452 0.000 0.004 0.004 0.540
#> GSM342411 4 0.4173 0.5390 0.300 0.000 0.000 0.688 0.012
#> GSM342412 4 0.4600 0.7019 0.068 0.048 0.084 0.796 0.004
#> GSM342413 4 0.5724 0.4910 0.304 0.000 0.112 0.584 0.000
#> GSM342414 3 0.3454 0.4406 0.028 0.000 0.816 0.156 0.000
#> GSM342415 5 0.7444 0.2076 0.072 0.052 0.072 0.240 0.564
#> GSM342416 1 0.6021 -0.2391 0.476 0.000 0.008 0.088 0.428
#> GSM342417 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342419 5 0.2629 0.5296 0.136 0.004 0.000 0.000 0.860
#> GSM342420 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342422 5 0.0162 0.5194 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342423 4 0.8374 0.2630 0.060 0.104 0.084 0.384 0.368
#> GSM342424 4 0.0000 0.7309 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342425 4 0.4262 -0.0407 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM342427 2 0.3106 0.6751 0.020 0.856 0.000 0.116 0.008
#> GSM342428 2 0.4659 0.2972 0.020 0.644 0.000 0.332 0.004
#> GSM342429 2 0.3046 0.7524 0.048 0.880 0.000 0.020 0.052
#> GSM342430 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.4171 0.6435 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.4327 0.3212 0.008 0.360 0.632 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.5048 0.3642 0.040 0.268 0.676 0.016 0.000
#> GSM342435 3 0.4327 0.3212 0.008 0.360 0.632 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.4498 0.6475 0.280 0.032 0.688 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.4161 0.6454 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.4161 0.6454 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.3969 0.6519 0.304 0.004 0.692 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.4161 0.6454 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.7577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.4498 0.6475 0.280 0.032 0.688 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.3895 0.6540 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.4252 0.3412 0.008 0.340 0.652 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.3966 0.6532 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.4313 0.3253 0.008 0.356 0.636 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.4138 0.6478 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.4150 0.6462 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.3993 0.6658 0.036 0.036 0.096 0.828 0.004
#> GSM342457 5 0.4237 0.3336 0.076 0.152 0.000 0.000 0.772
#> GSM342458 4 0.6933 0.5613 0.068 0.300 0.080 0.544 0.008
#> GSM342459 2 0.1818 0.7564 0.024 0.932 0.000 0.000 0.044
#> GSM342460 2 0.0162 0.7581 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342461 2 0.4162 0.6780 0.056 0.768 0.000 0.000 0.176
#> GSM342463 1 0.7267 0.3289 0.396 0.224 0.028 0.000 0.352
#> GSM342464 2 0.7348 -0.0187 0.284 0.400 0.028 0.000 0.288
#> GSM342465 1 0.7153 0.3615 0.400 0.192 0.028 0.000 0.380
#> GSM342466 1 0.4686 -0.1092 0.596 0.000 0.020 0.000 0.384
#> GSM342468 4 0.7167 0.6058 0.068 0.240 0.080 0.580 0.032
#> GSM342469 5 0.4242 0.3502 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> GSM342470 4 0.7745 0.2836 0.336 0.096 0.156 0.412 0.000
#> GSM342472 2 0.7337 0.1515 0.044 0.468 0.252 0.236 0.000
#> GSM342473 2 0.4125 0.6856 0.056 0.772 0.000 0.000 0.172
#> GSM342474 2 0.4125 0.6856 0.056 0.772 0.000 0.000 0.172
#> GSM342475 3 0.5137 0.6211 0.228 0.096 0.676 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.1419 0.7433 0.016 0.956 0.016 0.012 0.000
#> GSM342478 2 0.2370 0.7485 0.056 0.904 0.000 0.000 0.040
#> GSM342479 2 0.5111 0.6319 0.048 0.724 0.000 0.188 0.040
#> GSM342480 2 0.0000 0.7577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.3930 0.7028 0.056 0.792 0.000 0.000 0.152
#> GSM342482 2 0.3930 0.6989 0.056 0.792 0.000 0.000 0.152
#> GSM342483 2 0.3970 0.6958 0.056 0.788 0.000 0.000 0.156
#> GSM342485 1 0.7204 0.3525 0.388 0.204 0.028 0.000 0.380
#> GSM342486 5 0.7136 -0.4010 0.388 0.188 0.028 0.000 0.396
#> GSM342487 3 0.4327 0.3212 0.008 0.360 0.632 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0510 0.7542 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.7577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.2966 0.6817 0.000 0.848 0.016 0.136 0.000
#> GSM342492 3 0.4327 0.3212 0.008 0.360 0.632 0.000 0.000
#> GSM342493 1 0.7204 0.3525 0.388 0.204 0.028 0.000 0.380
#> GSM342494 2 0.1306 0.7446 0.016 0.960 0.016 0.008 0.000
#> GSM342497 2 0.2416 0.7192 0.016 0.908 0.016 0.060 0.000
#> GSM342498 1 0.3779 0.2814 0.812 0.048 0.004 0.000 0.136
#> GSM342499 5 0.4249 0.3465 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM342500 2 0.3242 0.7274 0.040 0.844 0.000 0.000 0.116
#> GSM342501 1 0.8640 0.3175 0.424 0.228 0.064 0.068 0.216
#> GSM342502 2 0.5484 0.5430 0.096 0.656 0.008 0.000 0.240
#> GSM342503 2 0.4465 0.6396 0.056 0.732 0.000 0.000 0.212
#> GSM342504 2 0.3375 0.7273 0.056 0.840 0.000 0.000 0.104
#> GSM342505 3 0.4161 0.6449 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.3366 0.2730 0.828 0.000 0.032 0.000 0.140
#> GSM342507 5 0.7045 0.1879 0.316 0.000 0.008 0.312 0.364
#> GSM342508 1 0.4242 -0.1702 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM342509 1 0.5755 0.2947 0.684 0.004 0.060 0.200 0.052
#> GSM342510 4 0.7688 0.2058 0.080 0.220 0.212 0.484 0.004
#> GSM342511 3 0.4565 0.2158 0.012 0.408 0.580 0.000 0.000
#> GSM342512 1 0.7233 0.3451 0.388 0.212 0.028 0.000 0.372
#> GSM342513 1 0.7036 0.3546 0.408 0.168 0.028 0.000 0.396
#> GSM342514 2 0.6801 0.1457 0.292 0.360 0.348 0.000 0.000
#> GSM342515 5 0.4437 0.3050 0.464 0.000 0.004 0.000 0.532
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.5243 0.2325 0.208 0.000 0.000 0.164 0.624 0.004
#> GSM342323 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 5 0.5322 0.2346 0.220 0.000 0.000 0.140 0.628 0.012
#> GSM342326 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 4 0.5849 0.6002 0.124 0.064 0.000 0.620 0.000 0.192
#> GSM342335 4 0.7525 0.5428 0.140 0.148 0.000 0.488 0.040 0.184
#> GSM342354 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342371 5 0.5196 0.5339 0.140 0.052 0.000 0.024 0.720 0.064
#> GSM342380 5 0.5457 0.2503 0.220 0.000 0.000 0.040 0.640 0.100
#> GSM342382 5 0.0603 0.6010 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM342399 5 0.5435 0.2468 0.220 0.000 0.000 0.104 0.640 0.036
#> GSM342402 1 0.6767 0.4652 0.472 0.000 0.000 0.168 0.280 0.080
#> GSM342404 4 0.7172 0.5150 0.140 0.184 0.000 0.472 0.004 0.200
#> GSM342408 6 0.3743 0.7296 0.004 0.000 0.136 0.072 0.000 0.788
#> GSM342409 6 0.6900 0.3047 0.128 0.116 0.004 0.016 0.180 0.556
#> GSM342426 4 0.3009 0.6111 0.004 0.112 0.000 0.844 0.000 0.040
#> GSM342441 3 0.3426 0.4685 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000 0.276
#> GSM342444 3 0.0458 0.7796 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0458 0.7796 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.1168 0.8086 0.028 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342467 2 0.4998 0.4997 0.012 0.648 0.000 0.088 0.000 0.252
#> GSM342484 1 0.6907 0.3980 0.464 0.004 0.284 0.168 0.000 0.080
#> GSM342491 2 0.4527 0.6873 0.016 0.732 0.000 0.152 0.000 0.100
#> GSM342322 5 0.5617 0.1286 0.204 0.000 0.000 0.228 0.564 0.004
#> GSM342338 3 0.4205 0.6514 0.032 0.000 0.768 0.000 0.056 0.144
#> GSM342347 6 0.3447 0.7429 0.004 0.000 0.148 0.044 0.000 0.804
#> GSM342356 3 0.6142 0.1686 0.188 0.000 0.496 0.000 0.296 0.020
#> GSM342357 1 0.6755 0.4647 0.472 0.000 0.000 0.164 0.284 0.080
#> GSM342366 5 0.4115 0.5685 0.140 0.040 0.000 0.012 0.784 0.024
#> GSM342385 5 0.5659 0.2240 0.232 0.000 0.000 0.052 0.620 0.096
#> GSM342421 4 0.6897 0.5886 0.140 0.168 0.000 0.568 0.044 0.080
#> GSM342437 2 0.5671 0.4251 0.320 0.564 0.000 0.068 0.000 0.048
#> GSM342454 3 0.0291 0.7806 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342471 1 0.4407 0.5961 0.692 0.000 0.000 0.232 0.076 0.000
#> GSM342477 2 0.5095 0.5683 0.008 0.632 0.000 0.256 0.000 0.104
#> GSM342495 2 0.1204 0.7987 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM342496 3 0.6316 0.3792 0.056 0.172 0.616 0.000 0.124 0.032
#> GSM342320 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.0865 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342333 4 0.7710 0.4367 0.140 0.136 0.000 0.404 0.032 0.288
#> GSM342336 4 0.4288 0.6626 0.068 0.036 0.000 0.768 0.000 0.128
#> GSM342337 3 0.5986 0.2431 0.168 0.000 0.528 0.000 0.284 0.020
#> GSM342339 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342340 3 0.3396 0.7060 0.040 0.000 0.828 0.000 0.112 0.020
#> GSM342341 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342342 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342343 3 0.3396 0.7060 0.040 0.000 0.828 0.000 0.112 0.020
#> GSM342344 6 0.3468 0.6103 0.004 0.000 0.284 0.000 0.000 0.712
#> GSM342345 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342346 6 0.3684 0.1821 0.000 0.004 0.000 0.332 0.000 0.664
#> GSM342348 1 0.3618 0.6872 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176 0.000
#> GSM342349 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342350 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342351 6 0.3530 0.7422 0.000 0.000 0.152 0.056 0.000 0.792
#> GSM342352 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342353 6 0.3862 0.4242 0.004 0.000 0.388 0.000 0.000 0.608
#> GSM342355 3 0.6268 -0.0444 0.184 0.000 0.400 0.000 0.396 0.020
#> GSM342358 4 0.3650 0.5926 0.116 0.000 0.000 0.792 0.000 0.092
#> GSM342359 4 0.3607 0.5967 0.112 0.000 0.000 0.796 0.000 0.092
#> GSM342360 4 0.3740 0.5865 0.120 0.000 0.000 0.784 0.000 0.096
#> GSM342361 4 0.3501 0.6140 0.080 0.000 0.000 0.804 0.000 0.116
#> GSM342362 4 0.5527 -0.0591 0.388 0.000 0.000 0.512 0.020 0.080
#> GSM342363 1 0.6754 0.4652 0.468 0.000 0.000 0.160 0.292 0.080
#> GSM342364 5 0.3850 0.5712 0.140 0.036 0.000 0.000 0.792 0.032
#> GSM342365 4 0.7060 0.5502 0.140 0.196 0.000 0.504 0.008 0.152
#> GSM342367 5 0.0547 0.6055 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM342368 5 0.3847 0.5724 0.140 0.028 0.000 0.004 0.796 0.032
#> GSM342369 4 0.7391 0.5391 0.140 0.200 0.000 0.484 0.024 0.152
#> GSM342370 4 0.7060 0.5502 0.140 0.196 0.000 0.504 0.008 0.152
#> GSM342372 4 0.7301 0.5439 0.140 0.196 0.000 0.492 0.020 0.152
#> GSM342373 5 0.5011 0.5401 0.140 0.040 0.000 0.024 0.732 0.064
#> GSM342374 4 0.7060 0.5502 0.140 0.196 0.000 0.504 0.008 0.152
#> GSM342375 4 0.7322 0.5419 0.140 0.200 0.000 0.488 0.020 0.152
#> GSM342376 5 0.1556 0.5582 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM342377 5 0.1387 0.5669 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM342378 1 0.3409 0.6412 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM342379 5 0.5393 0.2391 0.212 0.000 0.000 0.144 0.628 0.016
#> GSM342381 5 0.0520 0.6008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM342383 5 0.5264 0.2734 0.220 0.000 0.000 0.036 0.656 0.088
#> GSM342384 5 0.0508 0.6019 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM342386 5 0.0632 0.6054 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM342387 4 0.3240 0.5448 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000
#> GSM342388 3 0.3396 0.7060 0.040 0.000 0.828 0.000 0.112 0.020
#> GSM342389 5 0.0547 0.6055 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM342390 1 0.3812 0.6843 0.780 0.000 0.000 0.028 0.168 0.024
#> GSM342391 1 0.3351 0.6511 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM342392 3 0.2100 0.7691 0.032 0.000 0.916 0.000 0.016 0.036
#> GSM342393 4 0.7188 0.4126 0.116 0.184 0.000 0.404 0.000 0.296
#> GSM342394 1 0.3351 0.6511 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM342395 5 0.4555 0.5568 0.140 0.040 0.000 0.016 0.760 0.044
#> GSM342396 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342397 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342398 5 0.0622 0.5993 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM342400 5 0.0000 0.6038 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 3 0.2307 0.7654 0.032 0.000 0.904 0.000 0.016 0.048
#> GSM342403 5 0.5606 0.2268 0.228 0.000 0.032 0.000 0.616 0.124
#> GSM342405 6 0.5382 0.4392 0.076 0.124 0.000 0.116 0.000 0.684
#> GSM342406 1 0.4038 0.6822 0.780 0.000 0.000 0.060 0.136 0.024
#> GSM342407 6 0.3319 0.7406 0.000 0.000 0.164 0.036 0.000 0.800
#> GSM342410 1 0.3330 0.6527 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM342411 4 0.3945 0.3187 0.380 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000
#> GSM342412 4 0.5137 0.6108 0.136 0.012 0.000 0.656 0.000 0.196
#> GSM342413 4 0.5025 0.1638 0.436 0.000 0.000 0.492 0.000 0.072
#> GSM342414 6 0.3381 0.7459 0.000 0.000 0.156 0.044 0.000 0.800
#> GSM342415 5 0.5753 0.4835 0.140 0.012 0.000 0.096 0.668 0.084
#> GSM342416 1 0.4136 0.6782 0.772 0.000 0.000 0.076 0.132 0.020
#> GSM342417 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 5 0.2848 0.4572 0.176 0.000 0.000 0.000 0.816 0.008
#> GSM342420 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.0260 0.6019 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM342423 5 0.7015 0.3469 0.140 0.056 0.000 0.168 0.560 0.076
#> GSM342424 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342425 4 0.4308 0.3496 0.004 0.280 0.000 0.676 0.000 0.040
#> GSM342427 2 0.3753 0.7215 0.004 0.792 0.000 0.100 0.000 0.104
#> GSM342428 2 0.5336 0.2008 0.004 0.516 0.000 0.384 0.000 0.096
#> GSM342429 2 0.3663 0.7806 0.036 0.832 0.004 0.080 0.004 0.044
#> GSM342430 3 0.0260 0.7811 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0260 0.7811 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0291 0.7806 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342433 6 0.5842 0.6257 0.008 0.236 0.220 0.000 0.000 0.536
#> GSM342434 6 0.4388 0.7179 0.008 0.092 0.168 0.000 0.000 0.732
#> GSM342435 6 0.5842 0.6257 0.008 0.236 0.220 0.000 0.000 0.536
#> GSM342436 3 0.3521 0.4784 0.004 0.004 0.724 0.000 0.000 0.268
#> GSM342438 3 0.0291 0.7798 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.0405 0.7786 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM342440 3 0.3468 0.4518 0.004 0.000 0.712 0.000 0.000 0.284
#> GSM342442 3 0.0508 0.7770 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM342443 2 0.1152 0.8018 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342445 3 0.3606 0.4450 0.004 0.004 0.708 0.000 0.000 0.284
#> GSM342446 3 0.2994 0.5862 0.004 0.000 0.788 0.000 0.000 0.208
#> GSM342447 3 0.0547 0.7795 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 6 0.5564 0.6577 0.008 0.196 0.208 0.000 0.000 0.588
#> GSM342449 3 0.2933 0.5976 0.004 0.000 0.796 0.000 0.000 0.200
#> GSM342450 6 0.5744 0.6392 0.008 0.220 0.216 0.000 0.000 0.556
#> GSM342452 3 0.0291 0.7798 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.0000 0.7810 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0291 0.7798 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342456 4 0.4024 0.6023 0.084 0.012 0.000 0.776 0.000 0.128
#> GSM342457 5 0.4222 0.5393 0.132 0.116 0.000 0.000 0.748 0.004
#> GSM342458 4 0.7332 0.4221 0.140 0.308 0.000 0.408 0.008 0.136
#> GSM342459 2 0.0777 0.8073 0.024 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342460 2 0.0937 0.8037 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM342461 2 0.3202 0.7476 0.040 0.816 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM342463 5 0.6791 0.2898 0.056 0.216 0.300 0.000 0.428 0.000
#> GSM342464 2 0.6561 0.2282 0.056 0.476 0.168 0.000 0.300 0.000
#> GSM342465 5 0.6684 0.2851 0.056 0.180 0.328 0.000 0.436 0.000
#> GSM342466 1 0.3841 0.6748 0.764 0.000 0.068 0.000 0.168 0.000
#> GSM342468 4 0.7357 0.5120 0.140 0.252 0.000 0.456 0.016 0.136
#> GSM342469 1 0.3844 0.6118 0.676 0.000 0.004 0.000 0.312 0.008
#> GSM342470 1 0.6343 0.1929 0.500 0.040 0.000 0.288 0.000 0.172
#> GSM342472 6 0.4268 0.5687 0.008 0.240 0.004 0.036 0.000 0.712
#> GSM342473 2 0.3264 0.7535 0.040 0.820 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM342474 2 0.3264 0.7535 0.040 0.820 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM342475 3 0.4632 0.3742 0.004 0.072 0.668 0.000 0.000 0.256
#> GSM342476 2 0.1644 0.7873 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM342478 2 0.1196 0.8052 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342479 2 0.4725 0.7357 0.036 0.764 0.004 0.096 0.016 0.084
#> GSM342480 2 0.1152 0.8018 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342481 2 0.3455 0.7840 0.040 0.840 0.004 0.000 0.080 0.036
#> GSM342482 2 0.2579 0.7890 0.040 0.872 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM342483 2 0.2629 0.7868 0.040 0.868 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM342485 5 0.6734 0.3089 0.056 0.200 0.304 0.000 0.440 0.000
#> GSM342486 5 0.6515 0.3689 0.056 0.172 0.276 0.000 0.496 0.000
#> GSM342487 6 0.5822 0.6289 0.008 0.236 0.216 0.000 0.000 0.540
#> GSM342488 2 0.1493 0.7959 0.004 0.936 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM342489 2 0.1007 0.8028 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342490 2 0.2591 0.7731 0.004 0.880 0.000 0.052 0.000 0.064
#> GSM342492 6 0.5842 0.6257 0.008 0.236 0.220 0.000 0.000 0.536
#> GSM342493 5 0.6760 0.3047 0.056 0.208 0.300 0.000 0.436 0.000
#> GSM342494 2 0.1531 0.7912 0.004 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM342497 2 0.2095 0.7777 0.004 0.904 0.000 0.016 0.000 0.076
#> GSM342498 1 0.4913 0.5381 0.704 0.040 0.180 0.000 0.076 0.000
#> GSM342499 1 0.3897 0.6226 0.684 0.000 0.008 0.000 0.300 0.008
#> GSM342500 2 0.2404 0.7946 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM342501 3 0.8675 -0.0245 0.124 0.288 0.348 0.024 0.116 0.100
#> GSM342502 2 0.4882 0.6101 0.044 0.692 0.052 0.000 0.212 0.000
#> GSM342503 2 0.3527 0.7238 0.040 0.792 0.004 0.000 0.164 0.000
#> GSM342504 2 0.1564 0.8049 0.040 0.936 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342505 3 0.0146 0.7804 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342506 1 0.4376 0.5660 0.704 0.000 0.212 0.000 0.084 0.000
#> GSM342507 1 0.5549 0.4924 0.588 0.000 0.000 0.296 0.036 0.080
#> GSM342508 1 0.3952 0.6654 0.736 0.000 0.052 0.000 0.212 0.000
#> GSM342509 1 0.6628 0.4203 0.492 0.000 0.284 0.144 0.000 0.080
#> GSM342510 4 0.7187 0.2399 0.120 0.120 0.016 0.464 0.000 0.280
#> GSM342511 6 0.5147 0.6448 0.008 0.212 0.136 0.000 0.000 0.644
#> GSM342512 5 0.6760 0.3047 0.056 0.208 0.300 0.000 0.436 0.000
#> GSM342513 5 0.6525 0.2865 0.056 0.148 0.340 0.000 0.456 0.000
#> GSM342514 1 0.6952 -0.1300 0.384 0.212 0.068 0.000 0.000 0.336
#> GSM342515 1 0.3360 0.6589 0.732 0.000 0.004 0.000 0.264 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:skmeans 195 0.394 2
#> MAD:skmeans 188 0.162 3
#> MAD:skmeans 146 0.158 4
#> MAD:skmeans 114 0.416 5
#> MAD:skmeans 144 0.418 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.254 0.614 0.777 0.4920 0.512 0.512
#> 3 3 0.317 0.510 0.695 0.3188 0.724 0.516
#> 4 4 0.500 0.593 0.703 0.1380 0.810 0.523
#> 5 5 0.631 0.566 0.728 0.0642 0.871 0.561
#> 6 6 0.656 0.439 0.700 0.0424 0.856 0.442
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.4690 0.75755 0.100 0.900
#> GSM342323 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342325 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342326 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342327 2 0.7745 0.69331 0.228 0.772
#> GSM342329 2 0.7674 0.69690 0.224 0.776
#> GSM342331 2 0.9044 0.61427 0.320 0.680
#> GSM342334 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342335 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342354 1 0.4022 0.74369 0.920 0.080
#> GSM342371 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.6247 0.74508 0.156 0.844
#> GSM342382 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342399 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342402 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342404 2 0.7815 0.69071 0.232 0.768
#> GSM342408 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342409 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342426 1 0.9754 0.09229 0.592 0.408
#> GSM342441 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342444 1 0.5842 0.73064 0.860 0.140
#> GSM342451 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342462 2 0.5294 0.68664 0.120 0.880
#> GSM342467 1 0.8081 0.50513 0.752 0.248
#> GSM342484 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342491 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342322 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342338 1 0.6973 0.63869 0.812 0.188
#> GSM342347 1 0.9933 -0.00102 0.548 0.452
#> GSM342356 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342357 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342366 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342385 2 0.1633 0.75863 0.024 0.976
#> GSM342421 2 0.5842 0.75019 0.140 0.860
#> GSM342437 1 0.2948 0.76464 0.948 0.052
#> GSM342454 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342471 2 0.9580 0.46157 0.380 0.620
#> GSM342477 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342495 2 0.6048 0.65802 0.148 0.852
#> GSM342496 2 0.9988 -0.09521 0.480 0.520
#> GSM342320 2 0.7674 0.69690 0.224 0.776
#> GSM342321 2 0.6247 0.74495 0.156 0.844
#> GSM342324 2 0.8327 0.65494 0.264 0.736
#> GSM342328 2 0.6438 0.74125 0.164 0.836
#> GSM342330 2 0.9580 0.47008 0.380 0.620
#> GSM342332 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342333 2 0.9954 0.26494 0.460 0.540
#> GSM342336 2 0.9522 0.47781 0.372 0.628
#> GSM342337 1 0.9988 -0.09985 0.520 0.480
#> GSM342339 1 0.2043 0.76806 0.968 0.032
#> GSM342340 1 0.7453 0.60898 0.788 0.212
#> GSM342341 1 0.5629 0.69163 0.868 0.132
#> GSM342342 1 0.3431 0.75055 0.936 0.064
#> GSM342343 1 0.6438 0.65513 0.836 0.164
#> GSM342344 1 0.2778 0.76191 0.952 0.048
#> GSM342345 1 0.5178 0.70853 0.884 0.116
#> GSM342346 1 0.7056 0.62966 0.808 0.192
#> GSM342348 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342349 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342350 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342351 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342352 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342353 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342355 1 0.9983 -0.08614 0.524 0.476
#> GSM342358 1 0.9896 0.00244 0.560 0.440
#> GSM342359 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342360 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342361 1 0.4690 0.72045 0.900 0.100
#> GSM342362 2 0.7674 0.69480 0.224 0.776
#> GSM342363 2 0.6343 0.74346 0.160 0.840
#> GSM342364 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342365 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342367 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342368 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342369 2 0.5294 0.75435 0.120 0.880
#> GSM342370 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342372 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342373 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342374 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342375 2 0.8608 0.61998 0.284 0.716
#> GSM342376 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342377 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342378 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342379 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342381 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342383 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342384 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342386 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342387 2 0.6712 0.73541 0.176 0.824
#> GSM342388 1 0.9909 0.37109 0.556 0.444
#> GSM342389 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342390 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342391 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342392 1 0.4431 0.73075 0.908 0.092
#> GSM342393 2 0.9170 0.59782 0.332 0.668
#> GSM342394 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342395 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342396 1 0.5294 0.70408 0.880 0.120
#> GSM342397 1 0.2778 0.76191 0.952 0.048
#> GSM342398 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342400 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342401 1 0.5629 0.69163 0.868 0.132
#> GSM342403 2 0.1843 0.75851 0.028 0.972
#> GSM342405 1 0.9491 0.21440 0.632 0.368
#> GSM342406 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342407 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342410 2 0.9993 0.19708 0.484 0.516
#> GSM342411 2 0.6712 0.73435 0.176 0.824
#> GSM342412 2 0.8813 0.60414 0.300 0.700
#> GSM342413 1 0.9998 -0.14341 0.508 0.492
#> GSM342414 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342415 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342416 2 1.0000 0.16205 0.496 0.504
#> GSM342417 2 0.6048 0.74801 0.148 0.852
#> GSM342418 2 0.7745 0.69319 0.228 0.772
#> GSM342419 2 0.4161 0.75862 0.084 0.916
#> GSM342420 2 0.7674 0.69690 0.224 0.776
#> GSM342422 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342423 2 0.5294 0.75435 0.120 0.880
#> GSM342424 2 0.7528 0.70419 0.216 0.784
#> GSM342425 2 0.9983 -0.04210 0.476 0.524
#> GSM342427 1 0.9358 0.26145 0.648 0.352
#> GSM342428 1 0.9815 0.04654 0.580 0.420
#> GSM342429 1 0.9815 0.31932 0.580 0.420
#> GSM342430 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342431 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342432 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342433 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342434 1 0.1414 0.77039 0.980 0.020
#> GSM342435 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342436 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342438 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342439 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342440 1 0.5294 0.73924 0.880 0.120
#> GSM342442 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342443 2 0.9209 0.34125 0.336 0.664
#> GSM342445 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342448 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342449 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342450 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342452 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.5946 0.72870 0.856 0.144
#> GSM342455 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342456 1 0.1843 0.76900 0.972 0.028
#> GSM342457 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342458 2 0.1414 0.75254 0.020 0.980
#> GSM342459 2 0.4690 0.70486 0.100 0.900
#> GSM342460 2 0.5629 0.67481 0.132 0.868
#> GSM342461 2 0.2948 0.73982 0.052 0.948
#> GSM342463 2 0.8608 0.41592 0.284 0.716
#> GSM342464 2 0.6887 0.59708 0.184 0.816
#> GSM342465 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342466 1 0.7376 0.59300 0.792 0.208
#> GSM342468 2 0.0000 0.75458 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342470 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342472 1 0.1633 0.76901 0.976 0.024
#> GSM342473 2 0.2778 0.74182 0.048 0.952
#> GSM342474 2 0.2778 0.74182 0.048 0.952
#> GSM342475 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.9833 0.12007 0.424 0.576
#> GSM342478 2 0.9963 -0.03085 0.464 0.536
#> GSM342479 1 0.9933 0.25435 0.548 0.452
#> GSM342480 1 1.0000 0.13405 0.504 0.496
#> GSM342481 2 0.9209 0.32582 0.336 0.664
#> GSM342482 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342483 2 0.9491 0.26125 0.368 0.632
#> GSM342485 2 0.6148 0.64139 0.152 0.848
#> GSM342486 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342487 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342488 2 0.9866 0.09079 0.432 0.568
#> GSM342489 2 0.5629 0.67481 0.132 0.868
#> GSM342490 1 0.9286 0.48012 0.656 0.344
#> GSM342492 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342494 1 0.9963 0.21211 0.536 0.464
#> GSM342497 1 0.9815 0.31932 0.580 0.420
#> GSM342498 2 0.8499 0.46494 0.276 0.724
#> GSM342499 2 0.4022 0.73494 0.080 0.920
#> GSM342500 2 0.9248 0.33216 0.340 0.660
#> GSM342501 2 0.9460 0.21534 0.364 0.636
#> GSM342502 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342503 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342504 2 0.5294 0.68866 0.120 0.880
#> GSM342505 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342506 1 0.8861 0.59870 0.696 0.304
#> GSM342507 1 0.9998 -0.14447 0.508 0.492
#> GSM342508 2 0.5629 0.69563 0.132 0.868
#> GSM342509 1 0.6048 0.72665 0.852 0.148
#> GSM342510 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342511 1 0.0000 0.77515 1.000 0.000
#> GSM342512 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
#> GSM342513 2 0.6712 0.60900 0.176 0.824
#> GSM342514 1 0.0376 0.77489 0.996 0.004
#> GSM342515 2 0.1633 0.75182 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 2 0.8637 0.52143 0.260 0.588 0.152
#> GSM342323 1 0.5588 0.67902 0.720 0.276 0.004
#> GSM342325 2 0.8207 0.56959 0.216 0.636 0.148
#> GSM342326 1 0.6521 0.22912 0.504 0.492 0.004
#> GSM342327 1 0.5024 0.70372 0.776 0.220 0.004
#> GSM342329 1 0.5285 0.69962 0.752 0.244 0.004
#> GSM342331 1 0.4978 0.70509 0.780 0.216 0.004
#> GSM342334 2 0.4733 0.53525 0.196 0.800 0.004
#> GSM342335 2 0.4733 0.53525 0.196 0.800 0.004
#> GSM342354 3 0.7034 0.51886 0.284 0.048 0.668
#> GSM342371 2 0.3752 0.57589 0.144 0.856 0.000
#> GSM342380 2 0.8884 0.29616 0.420 0.460 0.120
#> GSM342382 2 0.8122 0.57101 0.168 0.648 0.184
#> GSM342399 1 0.9226 -0.20825 0.436 0.412 0.152
#> GSM342402 1 0.5625 0.55132 0.808 0.116 0.076
#> GSM342404 2 0.5517 0.49059 0.268 0.728 0.004
#> GSM342408 3 0.9100 0.26773 0.324 0.160 0.516
#> GSM342409 2 0.4733 0.53525 0.196 0.800 0.004
#> GSM342426 1 0.6915 0.61691 0.736 0.124 0.140
#> GSM342441 3 0.4228 0.67272 0.008 0.148 0.844
#> GSM342444 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342451 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342462 2 0.4683 0.59190 0.024 0.836 0.140
#> GSM342467 2 0.9895 0.00422 0.312 0.404 0.284
#> GSM342484 1 0.9040 0.25813 0.524 0.156 0.320
#> GSM342491 3 0.9425 0.41637 0.312 0.200 0.488
#> GSM342322 1 0.8884 -0.20216 0.460 0.420 0.120
#> GSM342338 3 0.5363 0.58181 0.276 0.000 0.724
#> GSM342347 2 0.9864 -0.06299 0.288 0.416 0.296
#> GSM342356 3 0.9277 -0.08188 0.176 0.328 0.496
#> GSM342357 1 0.6960 0.47074 0.732 0.116 0.152
#> GSM342366 2 0.0237 0.63220 0.004 0.996 0.000
#> GSM342385 1 0.7741 -0.04622 0.568 0.376 0.056
#> GSM342421 2 0.4575 0.54535 0.184 0.812 0.004
#> GSM342437 3 0.8981 0.51254 0.264 0.180 0.556
#> GSM342454 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342471 2 0.6443 0.46406 0.240 0.720 0.040
#> GSM342477 1 0.9268 0.06852 0.512 0.188 0.300
#> GSM342495 2 0.6773 0.19050 0.024 0.636 0.340
#> GSM342496 3 0.8349 0.57046 0.128 0.264 0.608
#> GSM342320 1 0.5024 0.70372 0.776 0.220 0.004
#> GSM342321 1 0.6008 0.63030 0.664 0.332 0.004
#> GSM342324 1 0.5115 0.70557 0.768 0.228 0.004
#> GSM342328 1 0.5404 0.69338 0.740 0.256 0.004
#> GSM342330 1 0.4233 0.70405 0.836 0.160 0.004
#> GSM342332 2 0.4629 0.54178 0.188 0.808 0.004
#> GSM342333 2 0.6936 0.40629 0.284 0.672 0.044
#> GSM342336 2 0.6475 0.43239 0.280 0.692 0.028
#> GSM342337 3 0.9292 -0.09378 0.176 0.332 0.492
#> GSM342339 3 0.3752 0.60550 0.144 0.000 0.856
#> GSM342340 3 0.7381 0.43607 0.164 0.132 0.704
#> GSM342341 3 0.4033 0.60307 0.136 0.008 0.856
#> GSM342342 3 0.3752 0.60550 0.144 0.000 0.856
#> GSM342343 3 0.8345 0.28953 0.172 0.200 0.628
#> GSM342344 3 0.5058 0.59828 0.244 0.000 0.756
#> GSM342345 3 0.4121 0.61363 0.168 0.000 0.832
#> GSM342346 1 0.6405 0.67877 0.756 0.172 0.072
#> GSM342348 1 0.7479 0.59983 0.660 0.264 0.076
#> GSM342349 3 0.5431 0.56304 0.284 0.000 0.716
#> GSM342350 3 0.6388 0.54448 0.284 0.024 0.692
#> GSM342351 3 0.6570 0.51944 0.308 0.024 0.668
#> GSM342352 3 0.6512 0.52613 0.300 0.024 0.676
#> GSM342353 3 0.4796 0.61540 0.220 0.000 0.780
#> GSM342355 3 0.9970 -0.19778 0.296 0.348 0.356
#> GSM342358 1 0.4233 0.70405 0.836 0.160 0.004
#> GSM342359 1 0.4233 0.70405 0.836 0.160 0.004
#> GSM342360 1 0.4575 0.70271 0.812 0.184 0.004
#> GSM342361 1 0.4233 0.70405 0.836 0.160 0.004
#> GSM342362 1 0.5070 0.70313 0.772 0.224 0.004
#> GSM342363 1 0.4749 0.58351 0.844 0.116 0.040
#> GSM342364 2 0.0892 0.63095 0.020 0.980 0.000
#> GSM342365 2 0.4978 0.53598 0.216 0.780 0.004
#> GSM342367 2 0.6174 0.61762 0.168 0.768 0.064
#> GSM342368 2 0.0424 0.63215 0.008 0.992 0.000
#> GSM342369 2 0.4346 0.54821 0.184 0.816 0.000
#> GSM342370 2 0.5024 0.53242 0.220 0.776 0.004
#> GSM342372 2 0.4733 0.53525 0.196 0.800 0.004
#> GSM342373 2 0.0237 0.63220 0.004 0.996 0.000
#> GSM342374 2 0.5070 0.53016 0.224 0.772 0.004
#> GSM342375 2 0.5977 0.47802 0.252 0.728 0.020
#> GSM342376 2 0.8179 0.57120 0.208 0.640 0.152
#> GSM342377 2 0.8179 0.57120 0.208 0.640 0.152
#> GSM342378 2 0.8212 0.56661 0.168 0.640 0.192
#> GSM342379 2 0.5741 0.55753 0.188 0.776 0.036
#> GSM342381 2 0.5852 0.59179 0.060 0.788 0.152
#> GSM342383 2 0.8179 0.57120 0.208 0.640 0.152
#> GSM342384 2 0.8095 0.57448 0.200 0.648 0.152
#> GSM342386 2 0.4062 0.62761 0.164 0.836 0.000
#> GSM342387 1 0.5988 0.57779 0.632 0.368 0.000
#> GSM342388 3 0.8938 0.07448 0.164 0.284 0.552
#> GSM342389 2 0.3752 0.64385 0.096 0.884 0.020
#> GSM342390 1 0.4683 0.52284 0.836 0.024 0.140
#> GSM342391 2 0.9563 0.43122 0.284 0.480 0.236
#> GSM342392 3 0.4121 0.61363 0.168 0.000 0.832
#> GSM342393 2 0.5902 0.39584 0.316 0.680 0.004
#> GSM342394 2 0.7821 0.58124 0.176 0.672 0.152
#> GSM342395 2 0.0237 0.63220 0.004 0.996 0.000
#> GSM342396 3 0.4121 0.61363 0.168 0.000 0.832
#> GSM342397 3 0.7931 0.45870 0.284 0.092 0.624
#> GSM342398 2 0.8122 0.57101 0.168 0.648 0.184
#> GSM342400 2 0.1337 0.63383 0.012 0.972 0.016
#> GSM342401 3 0.4121 0.61363 0.168 0.000 0.832
#> GSM342403 2 0.8298 0.56473 0.220 0.628 0.152
#> GSM342405 2 0.7698 0.34949 0.304 0.624 0.072
#> GSM342406 1 0.4121 0.68637 0.868 0.108 0.024
#> GSM342407 3 0.6388 0.54448 0.284 0.024 0.692
#> GSM342410 1 0.4056 0.58863 0.876 0.032 0.092
#> GSM342411 2 0.4654 0.53154 0.208 0.792 0.000
#> GSM342412 1 0.6126 0.54808 0.644 0.352 0.004
#> GSM342413 1 0.4233 0.70405 0.836 0.160 0.004
#> GSM342414 3 0.5621 0.54809 0.308 0.000 0.692
#> GSM342415 2 0.4733 0.53525 0.196 0.800 0.004
#> GSM342416 1 0.6407 0.68232 0.760 0.160 0.080
#> GSM342417 1 0.5815 0.65913 0.692 0.304 0.004
#> GSM342418 1 0.4978 0.70507 0.780 0.216 0.004
#> GSM342419 2 0.8179 0.57120 0.208 0.640 0.152
#> GSM342420 1 0.5365 0.68630 0.744 0.252 0.004
#> GSM342422 2 0.7772 0.58200 0.172 0.676 0.152
#> GSM342423 2 0.3879 0.56952 0.152 0.848 0.000
#> GSM342424 1 0.6345 0.48584 0.596 0.400 0.004
#> GSM342425 1 0.9083 0.32949 0.548 0.256 0.196
#> GSM342427 2 0.7694 0.36244 0.292 0.632 0.076
#> GSM342428 2 0.6770 0.44653 0.264 0.692 0.044
#> GSM342429 3 0.7043 0.37578 0.024 0.400 0.576
#> GSM342430 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342431 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342432 3 0.4228 0.67272 0.008 0.148 0.844
#> GSM342433 3 0.7508 0.64296 0.156 0.148 0.696
#> GSM342434 3 0.5958 0.55717 0.300 0.008 0.692
#> GSM342435 3 0.7564 0.64094 0.156 0.152 0.692
#> GSM342436 3 0.4228 0.67272 0.008 0.148 0.844
#> GSM342438 3 0.3879 0.67136 0.000 0.152 0.848
#> GSM342439 3 0.3816 0.67223 0.000 0.148 0.852
#> GSM342440 3 0.4411 0.67508 0.016 0.140 0.844
#> GSM342442 3 0.3941 0.67013 0.000 0.156 0.844
#> GSM342443 2 0.5486 0.53976 0.024 0.780 0.196
#> GSM342445 3 0.6590 0.66375 0.132 0.112 0.756
#> GSM342446 3 0.4892 0.67772 0.048 0.112 0.840
#> GSM342447 3 0.3816 0.60732 0.148 0.000 0.852
#> GSM342448 3 0.6949 0.65606 0.156 0.112 0.732
#> GSM342449 3 0.4892 0.67772 0.048 0.112 0.840
#> GSM342450 3 0.7016 0.65533 0.156 0.116 0.728
#> GSM342452 3 0.4586 0.67953 0.048 0.096 0.856
#> GSM342453 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342455 3 0.3619 0.67462 0.000 0.136 0.864
#> GSM342456 1 0.4865 0.61547 0.832 0.032 0.136
#> GSM342457 2 0.0000 0.63202 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.1411 0.62617 0.036 0.964 0.000
#> GSM342459 2 0.4683 0.59190 0.024 0.836 0.140
#> GSM342460 2 0.1453 0.62453 0.024 0.968 0.008
#> GSM342461 2 0.5111 0.57445 0.024 0.808 0.168
#> GSM342463 2 0.8674 0.16636 0.136 0.568 0.296
#> GSM342464 2 0.4654 0.55384 0.000 0.792 0.208
#> GSM342465 2 0.6372 0.60447 0.152 0.764 0.084
#> GSM342466 1 0.6045 0.25303 0.620 0.000 0.380
#> GSM342468 2 0.3941 0.56676 0.156 0.844 0.000
#> GSM342469 2 0.7558 0.58664 0.164 0.692 0.144
#> GSM342470 1 0.6434 0.21177 0.612 0.008 0.380
#> GSM342472 3 0.5621 0.54809 0.308 0.000 0.692
#> GSM342473 2 0.1289 0.63207 0.000 0.968 0.032
#> GSM342474 2 0.1753 0.63058 0.000 0.952 0.048
#> GSM342475 3 0.6590 0.66375 0.132 0.112 0.756
#> GSM342476 3 0.7584 0.23695 0.040 0.472 0.488
#> GSM342478 2 0.7187 -0.20361 0.024 0.496 0.480
#> GSM342479 3 0.8392 0.53388 0.148 0.236 0.616
#> GSM342480 3 0.7102 0.38066 0.024 0.420 0.556
#> GSM342481 2 0.5860 0.52126 0.024 0.748 0.228
#> GSM342482 2 0.4196 0.60426 0.024 0.864 0.112
#> GSM342483 2 0.5223 0.56584 0.024 0.800 0.176
#> GSM342485 2 0.5777 0.61579 0.160 0.788 0.052
#> GSM342486 2 0.6271 0.60400 0.140 0.772 0.088
#> GSM342487 3 0.7016 0.65473 0.116 0.156 0.728
#> GSM342488 2 0.7286 -0.16312 0.028 0.508 0.464
#> GSM342489 2 0.1453 0.62453 0.024 0.968 0.008
#> GSM342490 3 0.8275 0.55634 0.108 0.296 0.596
#> GSM342492 3 0.7082 0.65434 0.156 0.120 0.724
#> GSM342493 2 0.4865 0.62595 0.136 0.832 0.032
#> GSM342494 2 0.7752 -0.20674 0.048 0.496 0.456
#> GSM342497 3 0.7835 0.27134 0.052 0.456 0.492
#> GSM342498 3 0.7292 0.07942 0.028 0.472 0.500
#> GSM342499 2 0.9108 0.48176 0.164 0.520 0.316
#> GSM342500 2 0.6651 0.30131 0.024 0.656 0.320
#> GSM342501 2 0.8066 0.03881 0.068 0.528 0.404
#> GSM342502 2 0.5111 0.57445 0.024 0.808 0.168
#> GSM342503 2 0.4121 0.58870 0.000 0.832 0.168
#> GSM342504 2 0.7145 -0.08002 0.024 0.536 0.440
#> GSM342505 3 0.4744 0.61995 0.136 0.028 0.836
#> GSM342506 3 0.8408 0.48574 0.124 0.280 0.596
#> GSM342507 1 0.3966 0.56291 0.876 0.024 0.100
#> GSM342508 2 0.9514 0.43066 0.204 0.468 0.328
#> GSM342509 1 0.8392 0.33922 0.616 0.148 0.236
#> GSM342510 1 0.7245 0.44416 0.712 0.120 0.168
#> GSM342511 3 0.7082 0.65434 0.156 0.120 0.724
#> GSM342512 2 0.6653 0.59985 0.136 0.752 0.112
#> GSM342513 2 0.7396 0.55752 0.144 0.704 0.152
#> GSM342514 3 0.6892 0.65707 0.152 0.112 0.736
#> GSM342515 2 0.8657 0.53116 0.164 0.592 0.244
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.0376 0.5627 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM342323 4 0.2011 0.8423 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM342325 1 0.0188 0.5644 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342326 4 0.5820 0.4308 0.100 0.204 0.000 0.696
#> GSM342327 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 4 0.0336 0.8547 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342331 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 1 0.7312 0.6198 0.608 0.200 0.024 0.168
#> GSM342335 1 0.6976 0.6278 0.636 0.200 0.020 0.144
#> GSM342354 3 0.7582 0.6254 0.024 0.200 0.576 0.200
#> GSM342371 1 0.6479 0.6219 0.636 0.224 0.000 0.140
#> GSM342380 1 0.5954 0.5241 0.724 0.028 0.068 0.180
#> GSM342382 1 0.3893 0.6303 0.796 0.196 0.008 0.000
#> GSM342399 1 0.4534 0.5001 0.800 0.000 0.068 0.132
#> GSM342402 4 0.3074 0.7944 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM342404 1 0.7873 0.4784 0.500 0.328 0.028 0.144
#> GSM342408 3 0.7572 0.4874 0.000 0.224 0.476 0.300
#> GSM342409 1 0.7142 0.6288 0.636 0.192 0.032 0.140
#> GSM342426 2 0.6407 0.2481 0.000 0.544 0.072 0.384
#> GSM342441 3 0.3801 0.7473 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM342444 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342451 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342462 2 0.3649 0.6146 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.5453 0.5099 0.052 0.764 0.032 0.152
#> GSM342484 4 0.4483 0.7469 0.000 0.088 0.104 0.808
#> GSM342491 2 0.7244 0.2586 0.000 0.544 0.212 0.244
#> GSM342322 1 0.3494 0.5203 0.824 0.004 0.000 0.172
#> GSM342338 3 0.5007 0.7035 0.156 0.060 0.776 0.008
#> GSM342347 1 0.9221 0.2187 0.440 0.144 0.264 0.152
#> GSM342356 1 0.4955 0.1982 0.648 0.000 0.344 0.008
#> GSM342357 4 0.3486 0.7591 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM342366 1 0.6036 0.5883 0.636 0.292 0.000 0.072
#> GSM342385 1 0.6888 0.3673 0.564 0.004 0.112 0.320
#> GSM342421 1 0.6915 0.6278 0.636 0.200 0.016 0.148
#> GSM342437 2 0.6877 0.4520 0.200 0.664 0.088 0.048
#> GSM342454 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342471 1 0.7174 -0.1445 0.532 0.356 0.016 0.096
#> GSM342477 2 0.5156 0.4462 0.000 0.720 0.044 0.236
#> GSM342495 2 0.3311 0.6365 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.2760 0.6830 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342321 4 0.4122 0.7447 0.236 0.004 0.000 0.760
#> GSM342324 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 4 0.0592 0.8542 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342330 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 1 0.5798 0.6135 0.704 0.112 0.000 0.184
#> GSM342333 1 0.7302 0.6181 0.612 0.212 0.028 0.148
#> GSM342336 1 0.7458 0.6028 0.592 0.228 0.028 0.152
#> GSM342337 3 0.5497 0.0854 0.460 0.016 0.524 0.000
#> GSM342339 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342340 3 0.4500 0.4730 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM342341 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342342 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342343 3 0.4898 0.2475 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM342344 3 0.4706 0.7429 0.000 0.224 0.748 0.028
#> GSM342345 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342346 4 0.2319 0.8402 0.000 0.040 0.036 0.924
#> GSM342348 1 0.6133 -0.2043 0.552 0.020 0.020 0.408
#> GSM342349 3 0.6798 0.6630 0.000 0.224 0.604 0.172
#> GSM342350 3 0.7945 0.6572 0.076 0.224 0.580 0.120
#> GSM342351 3 0.7209 0.6274 0.008 0.224 0.584 0.184
#> GSM342352 3 0.7076 0.6303 0.004 0.224 0.588 0.184
#> GSM342353 3 0.4284 0.7409 0.000 0.224 0.764 0.012
#> GSM342355 1 0.6194 0.2993 0.632 0.060 0.300 0.008
#> GSM342358 4 0.0469 0.8557 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM342359 4 0.0707 0.8542 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM342360 4 0.0927 0.8533 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM342361 4 0.0657 0.8553 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM342362 4 0.1510 0.8490 0.028 0.000 0.016 0.956
#> GSM342363 4 0.2647 0.8166 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM342364 1 0.6036 0.5889 0.636 0.292 0.000 0.072
#> GSM342365 1 0.7407 0.5156 0.524 0.296 0.004 0.176
#> GSM342367 1 0.4164 0.6068 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.6036 0.5889 0.636 0.292 0.000 0.072
#> GSM342369 1 0.6605 0.6076 0.616 0.248 0.000 0.136
#> GSM342370 1 0.7597 0.4814 0.504 0.312 0.008 0.176
#> GSM342372 1 0.6998 0.6250 0.632 0.208 0.020 0.140
#> GSM342373 1 0.6037 0.5779 0.628 0.304 0.000 0.068
#> GSM342374 1 0.7153 0.6114 0.608 0.220 0.016 0.156
#> GSM342375 1 0.7095 0.6232 0.628 0.208 0.024 0.140
#> GSM342376 1 0.3528 0.6323 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.3528 0.6323 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.1792 0.5237 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342379 1 0.5371 0.6463 0.732 0.188 0.000 0.080
#> GSM342381 1 0.4387 0.6370 0.776 0.200 0.000 0.024
#> GSM342383 1 0.0804 0.5679 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM342384 1 0.3610 0.6300 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.4382 0.5836 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.3907 0.7549 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM342388 3 0.4916 0.2281 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM342389 1 0.4509 0.5912 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM342390 4 0.5828 0.6736 0.344 0.016 0.020 0.620
#> GSM342391 1 0.3238 0.5090 0.880 0.020 0.092 0.008
#> GSM342392 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342393 2 0.8169 -0.0437 0.220 0.492 0.028 0.260
#> GSM342394 1 0.0188 0.5644 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342395 1 0.5994 0.5851 0.636 0.296 0.000 0.068
#> GSM342396 3 0.2345 0.7296 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM342397 3 0.6946 0.5845 0.000 0.168 0.580 0.252
#> GSM342398 1 0.3933 0.6293 0.792 0.200 0.008 0.000
#> GSM342400 1 0.5949 0.5928 0.644 0.288 0.000 0.068
#> GSM342401 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342403 1 0.4077 0.6334 0.800 0.184 0.004 0.012
#> GSM342405 2 0.8132 -0.3775 0.392 0.424 0.032 0.152
#> GSM342406 4 0.5434 0.7361 0.272 0.016 0.020 0.692
#> GSM342407 3 0.6863 0.6925 0.032 0.224 0.648 0.096
#> GSM342410 4 0.5585 0.7159 0.296 0.016 0.020 0.668
#> GSM342411 1 0.4050 0.5568 0.824 0.012 0.016 0.148
#> GSM342412 4 0.5527 0.6255 0.084 0.136 0.020 0.760
#> GSM342413 4 0.5838 0.7406 0.200 0.056 0.024 0.720
#> GSM342414 3 0.6296 0.6822 0.000 0.224 0.652 0.124
#> GSM342415 1 0.7039 0.6286 0.636 0.196 0.024 0.144
#> GSM342416 4 0.5539 0.7340 0.272 0.020 0.020 0.688
#> GSM342417 4 0.0657 0.8523 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM342418 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.3105 0.6250 0.856 0.140 0.004 0.000
#> GSM342420 4 0.2466 0.8325 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM342422 1 0.3528 0.6323 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM342423 1 0.6449 0.6205 0.636 0.232 0.000 0.132
#> GSM342424 2 0.7771 0.2466 0.256 0.424 0.000 0.320
#> GSM342425 2 0.6539 0.3135 0.008 0.576 0.068 0.348
#> GSM342427 2 0.4808 0.5766 0.044 0.812 0.036 0.108
#> GSM342428 2 0.5297 0.5829 0.048 0.792 0.076 0.084
#> GSM342429 2 0.2125 0.6397 0.004 0.920 0.076 0.000
#> GSM342430 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342431 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342432 3 0.2469 0.7498 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342433 3 0.5038 0.6673 0.000 0.336 0.652 0.012
#> GSM342434 3 0.5291 0.6732 0.000 0.324 0.652 0.024
#> GSM342435 3 0.4955 0.6610 0.000 0.344 0.648 0.008
#> GSM342436 3 0.3444 0.7486 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM342438 3 0.3356 0.7444 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM342439 3 0.2216 0.7507 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM342440 3 0.3649 0.7495 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM342442 3 0.2216 0.7507 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM342443 2 0.1637 0.6527 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.3444 0.7524 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM342446 3 0.3610 0.7504 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM342447 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342448 3 0.4516 0.7295 0.000 0.252 0.736 0.012
#> GSM342449 3 0.3219 0.7535 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM342450 3 0.4978 0.6785 0.000 0.324 0.664 0.012
#> GSM342452 3 0.1792 0.7568 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM342453 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342455 3 0.2489 0.7554 0.020 0.068 0.912 0.000
#> GSM342456 4 0.0707 0.8511 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM342457 2 0.4916 0.1412 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.5566 0.5180 0.224 0.704 0.000 0.072
#> GSM342459 2 0.3400 0.6321 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.2921 0.6461 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.3837 0.5920 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.4931 0.6153 0.132 0.776 0.092 0.000
#> GSM342464 2 0.4500 0.6107 0.192 0.776 0.032 0.000
#> GSM342465 2 0.6138 0.4886 0.092 0.648 0.260 0.000
#> GSM342466 1 0.7872 -0.2392 0.376 0.000 0.344 0.280
#> GSM342468 1 0.6605 0.6076 0.616 0.248 0.000 0.136
#> GSM342469 1 0.3837 0.2224 0.776 0.224 0.000 0.000
#> GSM342470 4 0.9513 0.3329 0.200 0.224 0.164 0.412
#> GSM342472 3 0.5384 0.6710 0.000 0.324 0.648 0.028
#> GSM342473 2 0.3801 0.5973 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.3726 0.6065 0.212 0.788 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.3486 0.7520 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342476 2 0.2965 0.6234 0.036 0.892 0.072 0.000
#> GSM342478 2 0.1637 0.6527 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.5121 0.5145 0.000 0.764 0.120 0.116
#> GSM342480 2 0.4907 0.5530 0.060 0.764 0.176 0.000
#> GSM342481 2 0.3494 0.6359 0.172 0.824 0.004 0.000
#> GSM342482 2 0.3837 0.5920 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.3219 0.6399 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.6360 0.5014 0.180 0.656 0.164 0.000
#> GSM342486 2 0.5925 0.4361 0.284 0.648 0.068 0.000
#> GSM342487 3 0.4643 0.6754 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM342488 2 0.1474 0.6513 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.3486 0.6274 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.4621 0.4123 0.012 0.764 0.212 0.012
#> GSM342492 3 0.4999 0.6750 0.000 0.328 0.660 0.012
#> GSM342493 2 0.6004 0.4464 0.276 0.648 0.076 0.000
#> GSM342494 2 0.2797 0.6231 0.032 0.900 0.068 0.000
#> GSM342497 2 0.2871 0.6214 0.032 0.896 0.072 0.000
#> GSM342498 2 0.7539 0.3484 0.256 0.492 0.252 0.000
#> GSM342499 1 0.7824 -0.1406 0.392 0.260 0.348 0.000
#> GSM342500 2 0.1637 0.6527 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.7644 0.3722 0.272 0.468 0.260 0.000
#> GSM342502 2 0.3982 0.5956 0.220 0.776 0.004 0.000
#> GSM342503 2 0.3837 0.5920 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.3688 0.6109 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.2281 0.7321 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342506 2 0.7890 0.2081 0.288 0.360 0.352 0.000
#> GSM342507 4 0.4016 0.7934 0.136 0.016 0.016 0.832
#> GSM342508 1 0.7785 -0.1226 0.404 0.248 0.348 0.000
#> GSM342509 4 0.4483 0.7538 0.000 0.104 0.088 0.808
#> GSM342510 4 0.3695 0.7558 0.000 0.016 0.156 0.828
#> GSM342511 3 0.4978 0.6785 0.000 0.324 0.664 0.012
#> GSM342512 2 0.6488 0.4917 0.128 0.628 0.244 0.000
#> GSM342513 1 0.7749 0.2416 0.408 0.356 0.236 0.000
#> GSM342514 3 0.6646 0.6543 0.156 0.224 0.620 0.000
#> GSM342515 1 0.5213 0.3415 0.724 0.052 0.224 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.0703 0.58636 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342323 5 0.4515 0.72350 0.004 0.184 0.000 0.064 0.748
#> GSM342325 1 0.0963 0.58194 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM342326 4 0.6581 0.29975 0.012 0.216 0.000 0.536 0.236
#> GSM342327 4 0.6362 0.14169 0.000 0.184 0.000 0.496 0.320
#> GSM342329 4 0.6418 0.07735 0.000 0.184 0.000 0.472 0.344
#> GSM342331 4 0.6362 0.14169 0.000 0.184 0.000 0.496 0.320
#> GSM342334 4 0.3616 0.64545 0.224 0.000 0.004 0.768 0.004
#> GSM342335 4 0.3878 0.64924 0.236 0.016 0.000 0.748 0.000
#> GSM342354 3 0.4898 0.68617 0.000 0.000 0.684 0.248 0.068
#> GSM342371 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342380 1 0.4199 0.54152 0.764 0.000 0.000 0.056 0.180
#> GSM342382 1 0.3582 0.50138 0.768 0.008 0.000 0.224 0.000
#> GSM342399 1 0.2074 0.56217 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM342402 5 0.1697 0.76668 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932
#> GSM342404 4 0.4077 0.58917 0.044 0.172 0.004 0.780 0.000
#> GSM342408 4 0.4901 0.06643 0.000 0.000 0.268 0.672 0.060
#> GSM342409 4 0.5010 0.60875 0.228 0.004 0.008 0.704 0.056
#> GSM342426 2 0.1885 0.66848 0.000 0.936 0.020 0.012 0.032
#> GSM342441 3 0.2813 0.70967 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM342444 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342467 4 0.4204 0.53290 0.012 0.216 0.020 0.752 0.000
#> GSM342484 5 0.1544 0.75755 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM342491 2 0.5584 0.43926 0.000 0.592 0.096 0.000 0.312
#> GSM342322 1 0.7146 -0.10912 0.472 0.160 0.000 0.044 0.324
#> GSM342338 1 0.7606 -0.24734 0.424 0.000 0.280 0.240 0.056
#> GSM342347 4 0.4496 0.19564 0.000 0.000 0.216 0.728 0.056
#> GSM342356 1 0.3480 0.42397 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM342357 5 0.1638 0.76702 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> GSM342366 4 0.4058 0.64796 0.236 0.024 0.000 0.740 0.000
#> GSM342385 1 0.4095 0.50607 0.752 0.000 0.004 0.024 0.220
#> GSM342421 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342437 2 0.4096 0.62169 0.232 0.744 0.020 0.000 0.004
#> GSM342454 3 0.1197 0.69141 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.6767 -0.09382 0.380 0.348 0.000 0.272 0.000
#> GSM342477 2 0.1483 0.69739 0.000 0.952 0.012 0.008 0.028
#> GSM342495 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342496 3 0.1809 0.67992 0.000 0.060 0.928 0.012 0.000
#> GSM342320 5 0.6362 0.33372 0.000 0.184 0.000 0.320 0.496
#> GSM342321 4 0.7158 0.19478 0.044 0.184 0.000 0.496 0.276
#> GSM342324 5 0.4325 0.72517 0.000 0.180 0.000 0.064 0.756
#> GSM342328 5 0.4635 0.72219 0.008 0.184 0.000 0.064 0.744
#> GSM342330 5 0.4360 0.72317 0.000 0.184 0.000 0.064 0.752
#> GSM342332 4 0.6517 0.50210 0.264 0.184 0.000 0.540 0.012
#> GSM342333 4 0.3706 0.64591 0.236 0.004 0.004 0.756 0.000
#> GSM342336 4 0.4117 0.64059 0.240 0.004 0.004 0.740 0.012
#> GSM342337 1 0.5243 0.16522 0.540 0.000 0.412 0.048 0.000
#> GSM342339 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342340 3 0.4291 0.12595 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342342 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342343 3 0.4302 0.08110 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.4780 0.68916 0.000 0.000 0.692 0.248 0.060
#> GSM342345 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342346 5 0.2621 0.70977 0.000 0.008 0.004 0.112 0.876
#> GSM342348 5 0.4443 0.43300 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524
#> GSM342349 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342350 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342351 4 0.4969 0.00836 0.000 0.000 0.292 0.652 0.056
#> GSM342352 4 0.5385 -0.35198 0.000 0.000 0.432 0.512 0.056
#> GSM342353 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342355 1 0.6229 0.10287 0.540 0.000 0.192 0.268 0.000
#> GSM342358 5 0.1341 0.77364 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM342359 5 0.0609 0.77711 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM342360 5 0.1341 0.77364 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM342361 5 0.0000 0.77242 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 5 0.1697 0.77367 0.008 0.000 0.000 0.060 0.932
#> GSM342363 5 0.1697 0.76668 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932
#> GSM342364 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342365 4 0.4962 0.60274 0.108 0.168 0.000 0.720 0.004
#> GSM342367 1 0.6651 0.08132 0.444 0.300 0.000 0.256 0.000
#> GSM342368 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342369 4 0.4612 0.63946 0.180 0.084 0.000 0.736 0.000
#> GSM342370 4 0.5020 0.60296 0.104 0.180 0.000 0.712 0.004
#> GSM342372 4 0.4029 0.65068 0.232 0.024 0.000 0.744 0.000
#> GSM342373 4 0.4029 0.65068 0.232 0.024 0.000 0.744 0.000
#> GSM342374 4 0.4000 0.65182 0.228 0.024 0.000 0.748 0.000
#> GSM342375 4 0.3942 0.65116 0.232 0.020 0.000 0.748 0.000
#> GSM342376 1 0.3741 0.47088 0.732 0.004 0.000 0.264 0.000
#> GSM342377 1 0.3689 0.48001 0.740 0.004 0.000 0.256 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.58432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 4 0.4443 0.22954 0.472 0.004 0.000 0.524 0.000
#> GSM342381 4 0.4418 0.52231 0.332 0.016 0.000 0.652 0.000
#> GSM342383 1 0.1043 0.59140 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM342384 1 0.4014 0.46765 0.728 0.016 0.000 0.256 0.000
#> GSM342386 1 0.6596 0.14816 0.464 0.280 0.000 0.256 0.000
#> GSM342387 4 0.6500 0.12513 0.236 0.000 0.000 0.488 0.276
#> GSM342388 1 0.4902 0.01767 0.508 0.000 0.468 0.024 0.000
#> GSM342389 1 0.5171 -0.07501 0.504 0.040 0.000 0.456 0.000
#> GSM342390 5 0.4249 0.50262 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM342391 1 0.0579 0.58496 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> GSM342392 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.1892 0.56216 0.000 0.080 0.004 0.916 0.000
#> GSM342394 1 0.0963 0.58194 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM342395 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342396 3 0.3876 0.47062 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.4955 0.68461 0.000 0.000 0.680 0.248 0.072
#> GSM342398 1 0.3845 0.49789 0.760 0.012 0.004 0.224 0.000
#> GSM342400 4 0.4058 0.64796 0.236 0.024 0.000 0.740 0.000
#> GSM342401 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.4270 0.48295 0.728 0.004 0.004 0.248 0.016
#> GSM342405 4 0.1628 0.49459 0.000 0.000 0.008 0.936 0.056
#> GSM342406 5 0.3752 0.66266 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM342407 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342410 5 0.4287 0.45837 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM342411 1 0.4306 -0.35883 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> GSM342412 4 0.4135 0.40923 0.004 0.000 0.000 0.656 0.340
#> GSM342413 5 0.6289 0.47666 0.232 0.000 0.000 0.232 0.536
#> GSM342414 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342415 4 0.3962 0.64647 0.240 0.012 0.004 0.744 0.000
#> GSM342416 5 0.3837 0.64975 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM342417 5 0.6445 0.23128 0.000 0.184 0.000 0.360 0.456
#> GSM342418 4 0.6469 -0.03982 0.000 0.184 0.000 0.436 0.380
#> GSM342419 1 0.3048 0.53342 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> GSM342420 5 0.6258 0.41305 0.000 0.184 0.000 0.288 0.528
#> GSM342422 1 0.3689 0.48001 0.740 0.004 0.000 0.256 0.000
#> GSM342423 4 0.3970 0.64948 0.236 0.020 0.000 0.744 0.000
#> GSM342424 4 0.4803 0.38834 0.004 0.488 0.000 0.496 0.012
#> GSM342425 2 0.1405 0.68388 0.000 0.956 0.020 0.008 0.016
#> GSM342427 4 0.4166 0.32569 0.000 0.348 0.004 0.648 0.000
#> GSM342428 4 0.4135 0.38315 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> GSM342429 2 0.3328 0.86532 0.008 0.812 0.004 0.176 0.000
#> GSM342430 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342434 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342435 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342436 3 0.0290 0.71209 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342438 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.2929 0.70788 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM342442 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342445 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.2813 0.70969 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM342447 3 0.3857 0.47761 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342449 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342452 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0703 0.70267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 5 0.0000 0.77242 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.5565 0.67943 0.144 0.640 0.000 0.216 0.000
#> GSM342458 4 0.3932 0.37182 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM342459 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342460 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342461 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342463 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342464 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342465 2 0.5779 0.68668 0.000 0.616 0.172 0.212 0.000
#> GSM342466 1 0.3480 0.42397 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM342468 4 0.4083 0.65086 0.228 0.028 0.000 0.744 0.000
#> GSM342469 1 0.4310 0.10204 0.604 0.392 0.000 0.004 0.000
#> GSM342470 5 0.6878 0.45807 0.232 0.000 0.024 0.228 0.516
#> GSM342472 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342473 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342474 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342475 3 0.0000 0.71130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.3639 0.85820 0.000 0.792 0.024 0.184 0.000
#> GSM342478 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342479 2 0.4071 0.72138 0.000 0.808 0.072 0.012 0.108
#> GSM342480 2 0.3980 0.75782 0.000 0.796 0.128 0.076 0.000
#> GSM342481 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342482 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342483 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342485 2 0.5493 0.71238 0.124 0.660 0.004 0.212 0.000
#> GSM342486 2 0.5534 0.70742 0.128 0.656 0.004 0.212 0.000
#> GSM342487 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342488 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342489 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342490 2 0.3649 0.71641 0.000 0.808 0.152 0.040 0.000
#> GSM342492 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342493 2 0.5422 0.70368 0.132 0.656 0.000 0.212 0.000
#> GSM342494 2 0.3550 0.86011 0.000 0.796 0.020 0.184 0.000
#> GSM342497 2 0.3639 0.85820 0.000 0.792 0.024 0.184 0.000
#> GSM342498 2 0.6056 0.25551 0.348 0.520 0.132 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.3336 0.44247 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342501 2 0.6604 0.47627 0.164 0.600 0.188 0.048 0.000
#> GSM342502 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342503 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342504 2 0.2966 0.87030 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM342505 3 0.0703 0.70267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.6581 0.18627 0.452 0.324 0.224 0.000 0.000
#> GSM342507 5 0.1544 0.76688 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM342508 1 0.3395 0.43313 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM342509 5 0.1544 0.75755 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM342510 5 0.0451 0.76846 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM342511 3 0.4719 0.69045 0.000 0.000 0.696 0.248 0.056
#> GSM342512 2 0.5521 0.75354 0.008 0.672 0.136 0.184 0.000
#> GSM342513 1 0.8063 0.31439 0.436 0.188 0.152 0.224 0.000
#> GSM342514 3 0.5560 0.59202 0.156 0.000 0.660 0.180 0.004
#> GSM342515 1 0.2930 0.51024 0.832 0.004 0.164 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 1 0.1141 0.45455 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 4 0.4222 0.46299 0.004 0.000 0.008 0.516 0.472 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.43188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 5 0.4663 -0.22909 0.016 0.020 0.008 0.320 0.636 0.000
#> GSM342327 5 0.3945 -0.29754 0.000 0.000 0.008 0.380 0.612 0.000
#> GSM342329 5 0.4079 -0.29847 0.004 0.000 0.008 0.380 0.608 0.000
#> GSM342331 5 0.3945 -0.29754 0.000 0.000 0.008 0.380 0.612 0.000
#> GSM342334 5 0.7260 0.34390 0.304 0.096 0.028 0.004 0.464 0.104
#> GSM342335 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342354 6 0.0935 0.76851 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000 0.964
#> GSM342371 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342380 3 0.7589 -0.07863 0.152 0.016 0.424 0.172 0.236 0.000
#> GSM342382 3 0.7647 -0.30417 0.248 0.184 0.308 0.000 0.260 0.000
#> GSM342399 1 0.4974 0.28888 0.588 0.000 0.324 0.088 0.000 0.000
#> GSM342402 4 0.2480 0.68960 0.104 0.000 0.000 0.872 0.024 0.000
#> GSM342404 2 0.7439 -0.23595 0.256 0.384 0.000 0.000 0.192 0.168
#> GSM342408 6 0.2060 0.72495 0.000 0.000 0.000 0.016 0.084 0.900
#> GSM342409 5 0.7381 0.38748 0.308 0.184 0.028 0.000 0.412 0.068
#> GSM342426 5 0.6352 -0.12325 0.000 0.356 0.008 0.132 0.472 0.032
#> GSM342441 6 0.4147 0.47661 0.000 0.000 0.224 0.000 0.060 0.716
#> GSM342444 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342451 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342462 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.6667 0.16166 0.080 0.484 0.000 0.000 0.148 0.288
#> GSM342484 4 0.2135 0.67729 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.6300 0.20283 0.000 0.484 0.036 0.320 0.000 0.160
#> GSM342322 1 0.2989 0.34042 0.812 0.000 0.004 0.008 0.176 0.000
#> GSM342338 6 0.3774 0.27473 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM342347 6 0.4608 0.45816 0.220 0.000 0.000 0.000 0.100 0.680
#> GSM342356 3 0.2805 0.53160 0.184 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004
#> GSM342357 4 0.2135 0.68110 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM342366 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342385 3 0.7238 -0.04621 0.184 0.000 0.440 0.160 0.216 0.000
#> GSM342421 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342437 2 0.4453 0.25449 0.400 0.568 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM342454 3 0.4173 0.56690 0.000 0.000 0.712 0.000 0.060 0.228
#> GSM342471 1 0.4310 0.12607 0.580 0.396 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342477 2 0.4193 0.62030 0.000 0.756 0.004 0.016 0.176 0.048
#> GSM342495 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.6582 0.38751 0.000 0.172 0.496 0.000 0.064 0.268
#> GSM342320 5 0.4002 -0.33476 0.000 0.000 0.008 0.404 0.588 0.000
#> GSM342321 5 0.5361 -0.22515 0.140 0.000 0.008 0.244 0.608 0.000
#> GSM342324 4 0.4076 0.48193 0.000 0.000 0.008 0.540 0.452 0.000
#> GSM342328 4 0.4091 0.46458 0.000 0.000 0.008 0.520 0.472 0.000
#> GSM342330 4 0.4091 0.46458 0.000 0.000 0.008 0.520 0.472 0.000
#> GSM342332 5 0.5280 -0.09958 0.248 0.000 0.008 0.128 0.616 0.000
#> GSM342333 5 0.6610 0.44067 0.312 0.184 0.028 0.000 0.464 0.012
#> GSM342336 5 0.7634 0.14845 0.344 0.180 0.004 0.116 0.344 0.012
#> GSM342337 3 0.2234 0.57444 0.124 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004
#> GSM342339 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342340 3 0.0935 0.69309 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM342341 3 0.1007 0.69223 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM342342 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342343 3 0.0935 0.69309 0.004 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM342344 6 0.0508 0.77664 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM342345 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342346 4 0.3950 0.44561 0.000 0.008 0.000 0.672 0.008 0.312
#> GSM342348 1 0.4038 0.33382 0.728 0.000 0.000 0.216 0.056 0.000
#> GSM342349 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342351 6 0.1141 0.75607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM342352 6 0.1141 0.75607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM342353 6 0.0146 0.77965 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342355 6 0.5479 0.10064 0.124 0.000 0.428 0.000 0.000 0.448
#> GSM342358 4 0.0000 0.74701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.74701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.74701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 4 0.0146 0.74714 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342362 4 0.2135 0.66956 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM342363 4 0.2629 0.68953 0.068 0.000 0.000 0.872 0.060 0.000
#> GSM342364 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342365 2 0.7258 -0.26035 0.180 0.376 0.004 0.104 0.336 0.000
#> GSM342367 1 0.6837 -0.30686 0.376 0.248 0.048 0.000 0.328 0.000
#> GSM342368 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342369 5 0.6455 0.40867 0.308 0.260 0.020 0.000 0.412 0.000
#> GSM342370 5 0.6988 0.24130 0.188 0.364 0.000 0.080 0.368 0.000
#> GSM342372 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342373 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342374 5 0.6296 0.44668 0.288 0.196 0.028 0.000 0.488 0.000
#> GSM342375 5 0.6368 0.44973 0.308 0.200 0.028 0.000 0.464 0.000
#> GSM342376 1 0.7227 -0.28023 0.372 0.184 0.116 0.000 0.328 0.000
#> GSM342377 1 0.7197 -0.27544 0.380 0.184 0.112 0.000 0.324 0.000
#> GSM342378 1 0.3309 0.36174 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.6234 -0.23481 0.496 0.180 0.028 0.000 0.296 0.000
#> GSM342381 5 0.6483 0.33386 0.388 0.192 0.032 0.000 0.388 0.000
#> GSM342383 1 0.5290 0.27076 0.612 0.004 0.152 0.000 0.232 0.000
#> GSM342384 1 0.7245 -0.29221 0.364 0.196 0.112 0.000 0.328 0.000
#> GSM342386 1 0.6933 -0.30867 0.364 0.252 0.056 0.000 0.328 0.000
#> GSM342387 1 0.5659 0.02295 0.488 0.000 0.000 0.348 0.164 0.000
#> GSM342388 3 0.1644 0.62364 0.076 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004
#> GSM342389 1 0.6848 -0.29557 0.396 0.220 0.056 0.000 0.328 0.000
#> GSM342390 1 0.3464 0.20669 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.2854 0.42324 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342393 6 0.7479 -0.12193 0.140 0.292 0.000 0.008 0.168 0.392
#> GSM342394 1 0.0000 0.43188 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342396 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342397 6 0.1387 0.74728 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM342398 5 0.7601 0.13035 0.296 0.184 0.208 0.000 0.312 0.000
#> GSM342400 5 0.6414 0.40780 0.344 0.196 0.028 0.000 0.432 0.000
#> GSM342401 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342403 1 0.7631 -0.26370 0.356 0.164 0.136 0.016 0.328 0.000
#> GSM342405 6 0.5267 0.48307 0.156 0.016 0.028 0.000 0.104 0.696
#> GSM342406 1 0.3864 -0.10232 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> GSM342407 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.3565 0.21532 0.692 0.000 0.004 0.304 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.1910 0.36102 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM342412 4 0.6724 0.02749 0.116 0.112 0.000 0.484 0.288 0.000
#> GSM342413 1 0.6109 -0.06227 0.376 0.000 0.000 0.308 0.000 0.316
#> GSM342414 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342416 1 0.3659 0.12720 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000
#> GSM342417 4 0.3782 0.52446 0.000 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> GSM342418 5 0.3945 -0.29754 0.000 0.000 0.008 0.380 0.612 0.000
#> GSM342419 1 0.2442 0.29672 0.852 0.144 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342420 5 0.4039 -0.36747 0.000 0.000 0.008 0.424 0.568 0.000
#> GSM342422 1 0.6331 -0.26128 0.460 0.184 0.028 0.000 0.328 0.000
#> GSM342423 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342424 5 0.5414 -0.06567 0.004 0.248 0.008 0.128 0.612 0.000
#> GSM342425 5 0.6329 -0.11992 0.000 0.360 0.008 0.128 0.472 0.032
#> GSM342427 2 0.2178 0.71453 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM342428 2 0.2527 0.68595 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM342429 2 0.2482 0.68830 0.004 0.848 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342431 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342432 3 0.4921 0.42395 0.000 0.004 0.564 0.000 0.060 0.372
#> GSM342433 6 0.0935 0.77092 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> GSM342434 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342435 6 0.1267 0.76016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM342436 6 0.4823 0.02933 0.000 0.000 0.388 0.000 0.060 0.552
#> GSM342438 3 0.5234 0.43150 0.000 0.020 0.564 0.000 0.060 0.356
#> GSM342439 3 0.4798 0.42131 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM342440 6 0.4039 0.50560 0.000 0.000 0.208 0.000 0.060 0.732
#> GSM342442 3 0.4798 0.42131 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM342443 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.4806 0.41430 0.000 0.000 0.560 0.000 0.060 0.380
#> GSM342446 6 0.4121 0.48440 0.000 0.000 0.220 0.000 0.060 0.720
#> GSM342447 3 0.0865 0.69481 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342448 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342449 3 0.4798 0.42131 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM342450 6 0.1267 0.76016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM342452 3 0.4798 0.42131 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM342453 3 0.4360 0.54177 0.000 0.000 0.680 0.000 0.060 0.260
#> GSM342455 3 0.4798 0.42131 0.000 0.000 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM342456 4 0.0146 0.74714 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342457 2 0.4064 0.57764 0.036 0.764 0.028 0.000 0.172 0.000
#> GSM342458 2 0.2260 0.70502 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.3290 0.65490 0.000 0.776 0.208 0.000 0.016 0.000
#> GSM342466 3 0.3684 0.35442 0.332 0.000 0.664 0.000 0.000 0.004
#> GSM342468 5 0.6349 0.45192 0.308 0.196 0.028 0.000 0.468 0.000
#> GSM342469 1 0.3244 0.36004 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342470 6 0.5917 0.00568 0.392 0.000 0.000 0.208 0.000 0.400
#> GSM342472 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.5032 0.41372 0.000 0.008 0.556 0.000 0.060 0.376
#> GSM342476 2 0.2006 0.76086 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> GSM342478 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.3163 0.64254 0.000 0.808 0.172 0.008 0.000 0.012
#> GSM342480 2 0.1007 0.80528 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342481 2 0.0146 0.82189 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.3176 0.65087 0.000 0.812 0.032 0.000 0.156 0.000
#> GSM342486 2 0.3315 0.65226 0.000 0.804 0.040 0.000 0.156 0.000
#> GSM342487 6 0.1267 0.76016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM342488 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.2003 0.77977 0.000 0.912 0.000 0.000 0.044 0.044
#> GSM342492 6 0.1267 0.76016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM342493 2 0.3139 0.64782 0.000 0.812 0.028 0.000 0.160 0.000
#> GSM342494 2 0.0865 0.80850 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM342497 2 0.1863 0.76224 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM342498 1 0.3737 0.15294 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.3565 0.32958 0.692 0.004 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.4454 0.29675 0.008 0.576 0.400 0.000 0.012 0.004
#> GSM342502 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.82366 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0146 0.82180 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342505 3 0.4462 0.52461 0.000 0.000 0.660 0.000 0.060 0.280
#> GSM342506 1 0.3917 0.32957 0.692 0.284 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 4 0.2135 0.68110 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM342508 1 0.3446 0.32631 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM342509 4 0.2135 0.67729 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM342510 4 0.1267 0.72820 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM342511 6 0.0000 0.78055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342512 2 0.3081 0.63673 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004 0.000
#> GSM342513 3 0.7032 -0.08067 0.140 0.228 0.472 0.000 0.160 0.000
#> GSM342514 6 0.6429 0.30276 0.220 0.000 0.188 0.000 0.060 0.532
#> GSM342515 1 0.3371 0.34745 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:pam 155 0.5288 2
#> MAD:pam 146 0.2647 3
#> MAD:pam 159 0.4347 4
#> MAD:pam 132 0.0729 5
#> MAD:pam 92 0.5982 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.419 0.644 0.823 0.4622 0.556 0.556
#> 3 3 0.575 0.640 0.837 0.3880 0.729 0.533
#> 4 4 0.578 0.489 0.675 0.1471 0.742 0.413
#> 5 5 0.617 0.613 0.762 0.0578 0.809 0.441
#> 6 6 0.634 0.506 0.711 0.0474 0.909 0.607
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 2 0.2043 0.749 0.032 0.968
#> GSM342323 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342325 2 0.2043 0.749 0.032 0.968
#> GSM342326 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342327 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342329 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342331 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342334 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342335 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342354 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342371 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342380 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342382 2 0.0376 0.753 0.004 0.996
#> GSM342399 2 0.2043 0.749 0.032 0.968
#> GSM342402 2 0.7815 0.441 0.232 0.768
#> GSM342404 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342408 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342409 2 0.5408 0.640 0.124 0.876
#> GSM342426 2 0.9358 0.623 0.352 0.648
#> GSM342441 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342444 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342451 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342462 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342467 2 0.9248 0.628 0.340 0.660
#> GSM342484 1 0.9881 -0.231 0.564 0.436
#> GSM342491 2 0.9552 0.596 0.376 0.624
#> GSM342322 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342338 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342347 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342356 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342357 2 0.7139 0.518 0.196 0.804
#> GSM342366 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342385 2 0.2043 0.744 0.032 0.968
#> GSM342421 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.9358 0.620 0.352 0.648
#> GSM342454 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342471 2 0.0672 0.754 0.008 0.992
#> GSM342477 2 0.9323 0.623 0.348 0.652
#> GSM342495 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342496 2 0.9393 0.616 0.356 0.644
#> GSM342320 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342321 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342324 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342328 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342330 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342332 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342333 2 0.1414 0.751 0.020 0.980
#> GSM342336 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342337 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342339 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342340 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342341 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342342 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342343 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342344 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342345 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342346 1 0.9993 0.464 0.516 0.484
#> GSM342348 2 0.7815 0.441 0.232 0.768
#> GSM342349 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342350 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342351 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342352 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342353 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342355 1 0.9661 0.625 0.608 0.392
#> GSM342358 2 0.8016 0.412 0.244 0.756
#> GSM342359 2 0.9996 -0.406 0.488 0.512
#> GSM342360 2 0.9661 -0.098 0.392 0.608
#> GSM342361 1 0.9993 0.464 0.516 0.484
#> GSM342362 2 0.3274 0.719 0.060 0.940
#> GSM342363 2 0.2423 0.738 0.040 0.960
#> GSM342364 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342365 2 0.0376 0.754 0.004 0.996
#> GSM342367 2 0.0376 0.753 0.004 0.996
#> GSM342368 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342369 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0376 0.754 0.004 0.996
#> GSM342372 2 0.0376 0.754 0.004 0.996
#> GSM342373 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342374 2 0.0376 0.754 0.004 0.996
#> GSM342375 2 0.0376 0.754 0.004 0.996
#> GSM342376 2 0.1414 0.752 0.020 0.980
#> GSM342377 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342378 2 0.2236 0.747 0.036 0.964
#> GSM342379 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342381 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342383 2 0.0938 0.753 0.012 0.988
#> GSM342384 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342386 2 0.0376 0.753 0.004 0.996
#> GSM342387 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342388 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342389 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342390 1 0.9993 0.464 0.516 0.484
#> GSM342391 2 0.3114 0.727 0.056 0.944
#> GSM342392 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342393 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342394 2 0.2043 0.749 0.032 0.968
#> GSM342395 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342396 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342397 1 0.9775 0.596 0.588 0.412
#> GSM342398 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342400 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342401 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342403 2 0.7602 0.468 0.220 0.780
#> GSM342405 2 0.9993 -0.395 0.484 0.516
#> GSM342406 1 0.9993 0.464 0.516 0.484
#> GSM342407 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342410 2 0.7139 0.518 0.196 0.804
#> GSM342411 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM342412 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342413 1 0.9993 0.464 0.516 0.484
#> GSM342414 1 0.9209 0.690 0.664 0.336
#> GSM342415 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342416 2 0.9866 -0.242 0.432 0.568
#> GSM342417 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342418 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342419 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342420 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342422 2 0.0672 0.752 0.008 0.992
#> GSM342423 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.1843 0.750 0.028 0.972
#> GSM342425 2 0.9358 0.623 0.352 0.648
#> GSM342427 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342428 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342429 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342430 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342431 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342432 1 0.1414 0.721 0.980 0.020
#> GSM342433 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342434 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342435 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342436 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342438 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342439 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342440 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342442 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342443 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342445 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342446 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342447 1 0.7674 0.706 0.776 0.224
#> GSM342448 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342449 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342450 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342452 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342453 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342455 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342456 2 0.9998 -0.416 0.492 0.508
#> GSM342457 2 0.8499 0.653 0.276 0.724
#> GSM342458 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342459 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342460 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342461 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342463 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342464 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342465 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342466 2 0.9686 -0.113 0.396 0.604
#> GSM342468 2 0.0000 0.754 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.0938 0.753 0.012 0.988
#> GSM342470 2 0.9996 -0.406 0.488 0.512
#> GSM342472 1 0.6343 0.570 0.840 0.160
#> GSM342473 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342474 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342475 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342476 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342478 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342479 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342480 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342481 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342482 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342483 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342485 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342486 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342487 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342488 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342489 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342490 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342492 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342493 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342494 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342497 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342498 2 0.9323 0.623 0.348 0.652
#> GSM342499 2 0.4431 0.732 0.092 0.908
#> GSM342500 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342501 2 0.9286 0.625 0.344 0.656
#> GSM342502 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342503 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342504 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342505 1 0.0938 0.726 0.988 0.012
#> GSM342506 2 0.9988 0.424 0.480 0.520
#> GSM342507 2 0.7950 0.422 0.240 0.760
#> GSM342508 2 0.7883 0.659 0.236 0.764
#> GSM342509 1 0.7815 0.494 0.768 0.232
#> GSM342510 1 0.6343 0.570 0.840 0.160
#> GSM342511 1 0.2948 0.698 0.948 0.052
#> GSM342512 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342513 2 0.9087 0.632 0.324 0.676
#> GSM342514 1 0.2778 0.701 0.952 0.048
#> GSM342515 2 0.2043 0.749 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.5253 0.66498 0.792 0.188 0.020
#> GSM342323 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342325 1 0.6195 0.55471 0.704 0.276 0.020
#> GSM342326 1 0.4291 0.67536 0.820 0.180 0.000
#> GSM342327 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342329 1 0.3619 0.70187 0.864 0.136 0.000
#> GSM342331 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342334 1 0.4555 0.59695 0.800 0.200 0.000
#> GSM342335 1 0.5810 0.46041 0.664 0.336 0.000
#> GSM342354 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342371 2 0.6513 0.07643 0.476 0.520 0.004
#> GSM342380 1 0.2636 0.70167 0.932 0.048 0.020
#> GSM342382 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342399 1 0.4802 0.68751 0.824 0.156 0.020
#> GSM342402 1 0.0892 0.69632 0.980 0.000 0.020
#> GSM342404 1 0.5621 0.50274 0.692 0.308 0.000
#> GSM342408 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342409 1 0.5292 0.61573 0.800 0.172 0.028
#> GSM342426 1 0.6299 0.12514 0.524 0.476 0.000
#> GSM342441 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342444 3 0.0237 0.96446 0.000 0.004 0.996
#> GSM342451 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342462 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342467 1 0.6357 0.36998 0.652 0.336 0.012
#> GSM342484 1 0.6151 0.55744 0.772 0.160 0.068
#> GSM342491 2 0.5588 0.43425 0.276 0.720 0.004
#> GSM342322 1 0.4921 0.68291 0.816 0.164 0.020
#> GSM342338 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342347 3 0.1753 0.95819 0.048 0.000 0.952
#> GSM342356 3 0.2878 0.88886 0.096 0.000 0.904
#> GSM342357 1 0.0892 0.69632 0.980 0.000 0.020
#> GSM342366 2 0.6941 0.08730 0.464 0.520 0.016
#> GSM342385 1 0.1636 0.70072 0.964 0.016 0.020
#> GSM342421 2 0.6305 0.05888 0.484 0.516 0.000
#> GSM342437 2 0.6244 0.14458 0.440 0.560 0.000
#> GSM342454 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342471 1 0.6308 0.00455 0.508 0.492 0.000
#> GSM342477 1 0.6307 0.01660 0.512 0.488 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342496 2 0.5743 0.49217 0.172 0.784 0.044
#> GSM342320 1 0.3482 0.70494 0.872 0.128 0.000
#> GSM342321 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342324 1 0.0000 0.69539 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342330 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342332 1 0.4887 0.63249 0.772 0.228 0.000
#> GSM342333 1 0.4555 0.59695 0.800 0.200 0.000
#> GSM342336 1 0.5706 0.48578 0.680 0.320 0.000
#> GSM342337 3 0.2796 0.89409 0.092 0.000 0.908
#> GSM342339 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342340 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342341 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342342 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342343 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342344 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342345 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342346 1 0.9318 0.28451 0.476 0.172 0.352
#> GSM342348 1 0.0747 0.69651 0.984 0.000 0.016
#> GSM342349 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342350 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342351 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342352 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342353 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342355 3 0.3267 0.87395 0.116 0.000 0.884
#> GSM342358 1 0.0000 0.69539 1.000 0.000 0.000
#> GSM342359 1 0.3412 0.65619 0.876 0.000 0.124
#> GSM342360 1 0.3116 0.66549 0.892 0.000 0.108
#> GSM342361 1 0.4235 0.61260 0.824 0.000 0.176
#> GSM342362 1 0.0000 0.69539 1.000 0.000 0.000
#> GSM342363 1 0.2050 0.69768 0.952 0.028 0.020
#> GSM342364 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342365 1 0.6111 0.32959 0.604 0.396 0.000
#> GSM342367 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342368 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342369 2 0.6305 0.05888 0.484 0.516 0.000
#> GSM342370 1 0.5968 0.40518 0.636 0.364 0.000
#> GSM342372 1 0.6274 0.15349 0.544 0.456 0.000
#> GSM342373 2 0.6813 0.08385 0.468 0.520 0.012
#> GSM342374 1 0.6267 0.16660 0.548 0.452 0.000
#> GSM342375 1 0.5810 0.46041 0.664 0.336 0.000
#> GSM342376 1 0.5551 0.58851 0.768 0.212 0.020
#> GSM342377 1 0.7074 0.05291 0.500 0.480 0.020
#> GSM342378 1 0.2527 0.70905 0.936 0.044 0.020
#> GSM342379 1 0.4921 0.68312 0.816 0.164 0.020
#> GSM342381 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342383 1 0.6053 0.59562 0.720 0.260 0.020
#> GSM342384 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342386 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342387 1 0.2165 0.71079 0.936 0.064 0.000
#> GSM342388 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342389 2 0.7063 0.07653 0.464 0.516 0.020
#> GSM342390 1 0.6126 0.31383 0.600 0.000 0.400
#> GSM342391 1 0.1129 0.69822 0.976 0.004 0.020
#> GSM342392 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342393 1 0.5318 0.59045 0.780 0.204 0.016
#> GSM342394 1 0.4741 0.69070 0.828 0.152 0.020
#> GSM342395 2 0.6941 0.08730 0.464 0.520 0.016
#> GSM342396 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342397 3 0.2448 0.94196 0.076 0.000 0.924
#> GSM342398 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342400 2 0.7063 0.07653 0.464 0.516 0.020
#> GSM342401 3 0.1031 0.96246 0.024 0.000 0.976
#> GSM342403 1 0.5915 0.63734 0.792 0.128 0.080
#> GSM342405 1 0.5803 0.58417 0.760 0.028 0.212
#> GSM342406 1 0.4062 0.62941 0.836 0.000 0.164
#> GSM342407 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342410 1 0.0892 0.69632 0.980 0.000 0.020
#> GSM342411 1 0.2537 0.71142 0.920 0.080 0.000
#> GSM342412 1 0.4291 0.62158 0.820 0.180 0.000
#> GSM342413 1 0.4842 0.57194 0.776 0.000 0.224
#> GSM342414 3 0.1643 0.96040 0.044 0.000 0.956
#> GSM342415 1 0.5859 0.44627 0.656 0.344 0.000
#> GSM342416 1 0.3482 0.65317 0.872 0.000 0.128
#> GSM342417 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342418 1 0.3116 0.70929 0.892 0.108 0.000
#> GSM342419 1 0.7075 0.03560 0.496 0.484 0.020
#> GSM342420 1 0.3551 0.70370 0.868 0.132 0.000
#> GSM342422 2 0.7059 0.09053 0.460 0.520 0.020
#> GSM342423 2 0.6305 0.05888 0.484 0.516 0.000
#> GSM342424 1 0.5397 0.55384 0.720 0.280 0.000
#> GSM342425 2 0.5678 0.35931 0.316 0.684 0.000
#> GSM342427 2 0.5621 0.40143 0.308 0.692 0.000
#> GSM342428 2 0.5650 0.39540 0.312 0.688 0.000
#> GSM342429 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342430 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342431 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342432 3 0.2810 0.94060 0.036 0.036 0.928
#> GSM342433 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342434 3 0.0983 0.96759 0.004 0.016 0.980
#> GSM342435 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342436 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342438 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342439 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342440 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342442 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342443 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342446 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342447 3 0.0000 0.96318 0.000 0.000 1.000
#> GSM342448 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342449 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342450 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342452 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342453 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342455 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342456 1 0.3879 0.63358 0.848 0.000 0.152
#> GSM342457 2 0.6865 0.24818 0.384 0.596 0.020
#> GSM342458 2 0.6140 0.24053 0.404 0.596 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342466 1 0.4842 0.61132 0.776 0.000 0.224
#> GSM342468 2 0.6302 0.07246 0.480 0.520 0.000
#> GSM342469 2 0.7063 0.07715 0.464 0.516 0.020
#> GSM342470 1 0.5216 0.55183 0.740 0.000 0.260
#> GSM342472 3 0.1765 0.95745 0.040 0.004 0.956
#> GSM342473 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342476 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342487 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342488 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342490 2 0.1753 0.65873 0.048 0.952 0.000
#> GSM342492 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342493 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342497 2 0.0237 0.69338 0.004 0.996 0.000
#> GSM342498 2 0.4277 0.60310 0.132 0.852 0.016
#> GSM342499 2 0.6881 0.24077 0.388 0.592 0.020
#> GSM342500 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342501 2 0.0237 0.69338 0.004 0.996 0.000
#> GSM342502 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342505 3 0.0892 0.96789 0.000 0.020 0.980
#> GSM342506 1 0.8728 0.38022 0.592 0.208 0.200
#> GSM342507 1 0.1163 0.69631 0.972 0.000 0.028
#> GSM342508 1 0.4741 0.61318 0.828 0.152 0.020
#> GSM342509 1 0.8501 0.08551 0.488 0.092 0.420
#> GSM342510 3 0.5623 0.66267 0.280 0.004 0.716
#> GSM342511 3 0.2947 0.93344 0.060 0.020 0.920
#> GSM342512 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.69601 0.000 1.000 0.000
#> GSM342514 3 0.1129 0.96693 0.004 0.020 0.976
#> GSM342515 1 0.5305 0.65985 0.788 0.192 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 4 0.1211 0.7317 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM342323 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342325 4 0.1489 0.7335 0.044 0.004 0.000 0.952
#> GSM342326 4 0.1938 0.7032 0.012 0.000 0.052 0.936
#> GSM342327 4 0.1059 0.7249 0.012 0.000 0.016 0.972
#> GSM342329 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342331 4 0.1584 0.7143 0.012 0.000 0.036 0.952
#> GSM342334 1 0.8576 0.4066 0.392 0.056 0.392 0.160
#> GSM342335 4 0.4513 0.7405 0.040 0.160 0.004 0.796
#> GSM342354 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 4 0.5110 0.6421 0.004 0.372 0.004 0.620
#> GSM342380 1 0.7771 0.4191 0.404 0.004 0.392 0.200
#> GSM342382 4 0.5839 0.6286 0.044 0.352 0.000 0.604
#> GSM342399 4 0.1824 0.7346 0.060 0.004 0.000 0.936
#> GSM342402 1 0.7666 0.4114 0.396 0.000 0.392 0.212
#> GSM342404 4 0.7066 0.6946 0.100 0.152 0.076 0.672
#> GSM342408 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342409 3 0.7953 -0.3669 0.412 0.100 0.440 0.048
#> GSM342426 4 0.4284 0.5371 0.012 0.224 0.000 0.764
#> GSM342441 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342444 1 0.5000 -0.4378 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM342451 1 0.4999 -0.4351 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.5587 0.5812 0.312 0.652 0.004 0.032
#> GSM342484 2 0.7886 0.1116 0.396 0.424 0.016 0.164
#> GSM342491 2 0.6301 0.5180 0.260 0.636 0.000 0.104
#> GSM342322 4 0.0707 0.7301 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342338 3 0.2081 0.3853 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM342347 3 0.0707 0.3821 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM342356 3 0.3764 0.2207 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM342357 1 0.7648 0.4139 0.400 0.000 0.392 0.208
#> GSM342366 4 0.5668 0.6660 0.032 0.328 0.004 0.636
#> GSM342385 1 0.7608 0.4194 0.408 0.000 0.392 0.200
#> GSM342421 4 0.4282 0.7469 0.036 0.148 0.004 0.812
#> GSM342437 2 0.6286 0.5515 0.200 0.660 0.000 0.140
#> GSM342454 1 0.4999 -0.4351 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM342471 4 0.3771 0.7575 0.052 0.088 0.004 0.856
#> GSM342477 2 0.5710 0.6229 0.192 0.708 0.000 0.100
#> GSM342495 2 0.0188 0.8670 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342496 2 0.3910 0.8075 0.120 0.844 0.016 0.020
#> GSM342320 4 0.2329 0.6861 0.012 0.000 0.072 0.916
#> GSM342321 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342324 4 0.7701 -0.3694 0.220 0.000 0.388 0.392
#> GSM342328 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342330 4 0.1488 0.7166 0.012 0.000 0.032 0.956
#> GSM342332 4 0.1707 0.7364 0.024 0.020 0.004 0.952
#> GSM342333 1 0.8678 0.3646 0.400 0.092 0.392 0.116
#> GSM342336 4 0.5245 0.7203 0.052 0.076 0.076 0.796
#> GSM342337 3 0.3610 0.2448 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM342339 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342340 3 0.3688 0.4411 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM342341 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342342 3 0.3873 0.4467 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM342343 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342344 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342346 3 0.7928 -0.4128 0.408 0.044 0.444 0.104
#> GSM342348 1 0.7648 0.4139 0.400 0.000 0.392 0.208
#> GSM342349 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342351 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342353 3 0.0469 0.3976 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342355 3 0.5376 0.0235 0.176 0.000 0.736 0.088
#> GSM342358 3 0.7758 -0.4378 0.368 0.000 0.396 0.236
#> GSM342359 3 0.7530 -0.4090 0.376 0.000 0.436 0.188
#> GSM342360 3 0.7673 -0.4264 0.368 0.000 0.416 0.216
#> GSM342361 3 0.7485 -0.4048 0.380 0.000 0.440 0.180
#> GSM342362 4 0.7684 -0.2840 0.220 0.000 0.360 0.420
#> GSM342363 4 0.3975 0.6100 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM342364 4 0.5311 0.6186 0.008 0.392 0.004 0.596
#> GSM342365 4 0.4513 0.7405 0.040 0.160 0.004 0.796
#> GSM342367 4 0.5713 0.6259 0.036 0.360 0.000 0.604
#> GSM342368 4 0.5588 0.6272 0.020 0.376 0.004 0.600
#> GSM342369 4 0.4741 0.6814 0.000 0.328 0.004 0.668
#> GSM342370 4 0.4513 0.7405 0.040 0.160 0.004 0.796
#> GSM342372 4 0.4376 0.7402 0.028 0.172 0.004 0.796
#> GSM342373 4 0.5404 0.6222 0.012 0.384 0.004 0.600
#> GSM342374 4 0.4655 0.7409 0.040 0.160 0.008 0.792
#> GSM342375 4 0.4693 0.7409 0.044 0.156 0.008 0.792
#> GSM342376 4 0.7729 0.4204 0.280 0.032 0.140 0.548
#> GSM342377 4 0.5142 0.7325 0.064 0.192 0.000 0.744
#> GSM342378 4 0.4919 0.5931 0.200 0.000 0.048 0.752
#> GSM342379 4 0.1022 0.7307 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM342381 4 0.5929 0.6711 0.064 0.296 0.000 0.640
#> GSM342383 4 0.2699 0.7424 0.068 0.028 0.000 0.904
#> GSM342384 4 0.5920 0.6418 0.052 0.336 0.000 0.612
#> GSM342386 4 0.5756 0.6177 0.036 0.372 0.000 0.592
#> GSM342387 4 0.2483 0.7016 0.032 0.000 0.052 0.916
#> GSM342388 3 0.3907 0.4431 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM342389 4 0.5666 0.6397 0.036 0.348 0.000 0.616
#> GSM342390 3 0.7044 -0.2896 0.276 0.000 0.560 0.164
#> GSM342391 4 0.6715 0.3515 0.252 0.000 0.144 0.604
#> GSM342392 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342393 2 0.8995 0.1320 0.336 0.416 0.140 0.108
#> GSM342394 4 0.1637 0.7330 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM342395 4 0.5165 0.6280 0.004 0.388 0.004 0.604
#> GSM342396 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342397 3 0.2342 0.3009 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM342398 4 0.6033 0.6541 0.064 0.316 0.000 0.620
#> GSM342400 4 0.5947 0.6602 0.060 0.312 0.000 0.628
#> GSM342401 3 0.3942 0.4483 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM342403 1 0.8071 0.4121 0.432 0.032 0.392 0.144
#> GSM342405 3 0.7511 -0.3596 0.412 0.060 0.476 0.052
#> GSM342406 3 0.7416 -0.4134 0.392 0.000 0.440 0.168
#> GSM342407 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.7629 0.4176 0.404 0.000 0.392 0.204
#> GSM342411 4 0.2936 0.7001 0.040 0.004 0.056 0.900
#> GSM342412 4 0.7871 0.1952 0.116 0.048 0.300 0.536
#> GSM342413 3 0.7485 -0.4048 0.380 0.000 0.440 0.180
#> GSM342414 3 0.0000 0.4002 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342415 4 0.4388 0.7492 0.048 0.136 0.004 0.812
#> GSM342416 3 0.7566 -0.4360 0.392 0.000 0.416 0.192
#> GSM342417 4 0.0937 0.7266 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM342418 4 0.1854 0.7063 0.012 0.000 0.048 0.940
#> GSM342419 4 0.5021 0.7375 0.064 0.180 0.000 0.756
#> GSM342420 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342422 4 0.5917 0.6553 0.056 0.320 0.000 0.624
#> GSM342423 4 0.4872 0.6607 0.000 0.356 0.004 0.640
#> GSM342424 4 0.0657 0.7294 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342425 2 0.5408 0.2436 0.012 0.500 0.000 0.488
#> GSM342427 2 0.4181 0.7098 0.052 0.820 0.000 0.128
#> GSM342428 4 0.5957 0.4872 0.040 0.420 0.000 0.540
#> GSM342429 2 0.1474 0.8541 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM342430 1 0.4999 -0.4351 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM342431 1 0.4999 -0.4351 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM342432 3 0.4925 0.4326 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM342433 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342434 3 0.4916 0.4322 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM342435 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342436 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342438 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342439 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342440 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342442 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342446 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342447 3 0.4981 0.4093 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM342448 3 0.4933 0.4325 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM342449 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342450 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342452 3 0.4967 0.4258 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM342453 3 0.5000 0.3980 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM342455 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342456 3 0.7773 -0.4095 0.380 0.008 0.432 0.180
#> GSM342457 4 0.5465 0.6045 0.020 0.392 0.000 0.588
#> GSM342458 4 0.5243 0.5810 0.004 0.416 0.004 0.576
#> GSM342459 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0469 0.8659 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0592 0.8645 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0592 0.8645 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.1004 0.8621 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM342466 1 0.8920 0.3841 0.400 0.092 0.360 0.148
#> GSM342468 4 0.5560 0.6712 0.028 0.324 0.004 0.644
#> GSM342469 4 0.5598 0.7104 0.076 0.220 0.000 0.704
#> GSM342470 1 0.9590 0.3449 0.392 0.208 0.240 0.160
#> GSM342472 3 0.8944 0.1764 0.360 0.180 0.384 0.076
#> GSM342473 2 0.0188 0.8669 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0336 0.8665 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342476 2 0.1661 0.8528 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM342478 2 0.0188 0.8675 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.2483 0.8410 0.052 0.916 0.000 0.032
#> GSM342480 2 0.1022 0.8619 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0469 0.8659 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.1174 0.8575 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM342486 2 0.1174 0.8575 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM342487 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342488 2 0.1474 0.8541 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.2759 0.8335 0.052 0.904 0.000 0.044
#> GSM342492 3 0.4941 0.4330 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM342493 2 0.0895 0.8615 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM342494 2 0.0336 0.8668 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.1661 0.8528 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM342498 2 0.4424 0.7564 0.088 0.812 0.000 0.100
#> GSM342499 4 0.5845 0.6877 0.076 0.252 0.000 0.672
#> GSM342500 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.3533 0.8162 0.080 0.864 0.000 0.056
#> GSM342502 2 0.0469 0.8659 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.8674 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.4992 0.4126 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM342506 2 0.7484 0.2416 0.388 0.464 0.008 0.140
#> GSM342507 3 0.7648 -0.4459 0.392 0.000 0.400 0.208
#> GSM342508 2 0.7290 0.3166 0.328 0.504 0.000 0.168
#> GSM342509 1 0.7652 0.1385 0.548 0.276 0.024 0.152
#> GSM342510 1 0.9424 -0.0555 0.412 0.156 0.264 0.168
#> GSM342511 3 0.7125 0.2981 0.392 0.132 0.476 0.000
#> GSM342512 2 0.0921 0.8640 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.1488 0.8575 0.032 0.956 0.000 0.012
#> GSM342514 3 0.6197 0.4023 0.440 0.000 0.508 0.052
#> GSM342515 4 0.4332 0.7392 0.072 0.112 0.000 0.816
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.4597 0.2007 0.564 0.012 0.000 0.424 0.000
#> GSM342323 4 0.2286 0.7204 0.108 0.004 0.000 0.888 0.000
#> GSM342325 1 0.5208 0.2025 0.544 0.012 0.000 0.420 0.024
#> GSM342326 4 0.1644 0.7390 0.048 0.004 0.000 0.940 0.008
#> GSM342327 4 0.2052 0.7339 0.080 0.004 0.000 0.912 0.004
#> GSM342329 4 0.2286 0.7204 0.108 0.004 0.000 0.888 0.000
#> GSM342331 4 0.2054 0.7362 0.072 0.004 0.000 0.916 0.008
#> GSM342334 4 0.3072 0.7210 0.016 0.004 0.012 0.868 0.100
#> GSM342335 4 0.3719 0.6744 0.116 0.068 0.000 0.816 0.000
#> GSM342354 5 0.5405 0.5746 0.000 0.000 0.380 0.064 0.556
#> GSM342371 1 0.3039 0.6726 0.836 0.152 0.000 0.012 0.000
#> GSM342380 4 0.4474 0.7039 0.052 0.004 0.020 0.784 0.140
#> GSM342382 1 0.1753 0.6992 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032
#> GSM342399 4 0.4270 0.5353 0.320 0.012 0.000 0.668 0.000
#> GSM342402 4 0.4467 0.7036 0.044 0.004 0.024 0.784 0.144
#> GSM342404 4 0.5623 0.4605 0.092 0.212 0.000 0.672 0.024
#> GSM342408 5 0.5375 0.5788 0.000 0.000 0.368 0.064 0.568
#> GSM342409 4 0.5687 0.3683 0.032 0.012 0.024 0.616 0.316
#> GSM342426 2 0.6982 0.2844 0.116 0.440 0.000 0.396 0.048
#> GSM342441 3 0.0000 0.8388 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.3876 0.5991 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM342451 3 0.3452 0.6810 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM342462 2 0.0798 0.7527 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> GSM342467 2 0.7782 0.4167 0.100 0.524 0.016 0.180 0.180
#> GSM342484 2 0.9167 0.1975 0.100 0.360 0.080 0.244 0.216
#> GSM342491 2 0.6456 0.5232 0.016 0.600 0.016 0.248 0.120
#> GSM342322 4 0.4415 0.1811 0.444 0.004 0.000 0.552 0.000
#> GSM342338 5 0.3885 0.6289 0.000 0.000 0.176 0.040 0.784
#> GSM342347 5 0.5480 0.5806 0.000 0.000 0.368 0.072 0.560
#> GSM342356 5 0.4082 0.6238 0.008 0.000 0.160 0.044 0.788
#> GSM342357 4 0.4467 0.7036 0.044 0.004 0.024 0.784 0.144
#> GSM342366 1 0.3264 0.6828 0.820 0.164 0.000 0.016 0.000
#> GSM342385 4 0.4412 0.7033 0.060 0.004 0.012 0.784 0.140
#> GSM342421 4 0.4430 0.0144 0.456 0.004 0.000 0.540 0.000
#> GSM342437 2 0.5797 0.5525 0.012 0.624 0.000 0.260 0.104
#> GSM342454 3 0.3395 0.6884 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM342471 1 0.4138 0.5259 0.708 0.016 0.000 0.276 0.000
#> GSM342477 2 0.7152 0.4586 0.088 0.532 0.000 0.264 0.116
#> GSM342495 2 0.0671 0.7521 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM342496 2 0.5293 0.6167 0.052 0.700 0.000 0.212 0.036
#> GSM342320 4 0.1644 0.7392 0.048 0.004 0.000 0.940 0.008
#> GSM342321 4 0.2338 0.7175 0.112 0.004 0.000 0.884 0.000
#> GSM342324 4 0.2727 0.7289 0.016 0.004 0.004 0.884 0.092
#> GSM342328 4 0.2286 0.7204 0.108 0.004 0.000 0.888 0.000
#> GSM342330 4 0.1857 0.7385 0.060 0.004 0.000 0.928 0.008
#> GSM342332 4 0.3949 0.4703 0.300 0.004 0.000 0.696 0.000
#> GSM342333 4 0.3058 0.7234 0.020 0.004 0.008 0.868 0.100
#> GSM342336 4 0.1644 0.7403 0.048 0.004 0.000 0.940 0.008
#> GSM342337 5 0.4122 0.6222 0.008 0.000 0.164 0.044 0.784
#> GSM342339 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342340 5 0.3844 0.6202 0.004 0.000 0.180 0.028 0.788
#> GSM342341 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342342 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342343 5 0.3742 0.6169 0.004 0.000 0.188 0.020 0.788
#> GSM342344 5 0.5432 0.5703 0.000 0.000 0.392 0.064 0.544
#> GSM342345 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342346 5 0.5624 0.4805 0.012 0.004 0.060 0.308 0.616
#> GSM342348 4 0.4077 0.7071 0.040 0.004 0.024 0.816 0.116
#> GSM342349 5 0.5364 0.5797 0.000 0.000 0.364 0.064 0.572
#> GSM342350 5 0.5405 0.5746 0.000 0.000 0.380 0.064 0.556
#> GSM342351 5 0.5328 0.5817 0.000 0.000 0.352 0.064 0.584
#> GSM342352 5 0.5405 0.5746 0.000 0.000 0.380 0.064 0.556
#> GSM342353 5 0.5415 0.5701 0.000 0.000 0.384 0.064 0.552
#> GSM342355 5 0.5969 0.5859 0.008 0.000 0.140 0.244 0.608
#> GSM342358 4 0.3552 0.7093 0.012 0.004 0.028 0.840 0.116
#> GSM342359 4 0.5313 0.1689 0.000 0.000 0.056 0.556 0.388
#> GSM342360 4 0.4126 0.6838 0.008 0.004 0.040 0.792 0.156
#> GSM342361 5 0.5139 0.4687 0.000 0.000 0.060 0.316 0.624
#> GSM342362 4 0.3952 0.7155 0.036 0.004 0.024 0.824 0.112
#> GSM342363 4 0.5180 0.7051 0.124 0.004 0.024 0.740 0.108
#> GSM342364 1 0.2674 0.6480 0.856 0.140 0.000 0.004 0.000
#> GSM342365 4 0.5689 0.4580 0.160 0.192 0.000 0.644 0.004
#> GSM342367 1 0.1197 0.7073 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.1704 0.7004 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000
#> GSM342369 1 0.6613 0.2911 0.440 0.228 0.000 0.332 0.000
#> GSM342370 4 0.5756 0.4448 0.168 0.192 0.000 0.636 0.004
#> GSM342372 4 0.6171 0.2993 0.240 0.204 0.000 0.556 0.000
#> GSM342373 1 0.3203 0.6278 0.820 0.168 0.000 0.012 0.000
#> GSM342374 4 0.5166 0.5052 0.100 0.204 0.000 0.692 0.004
#> GSM342375 4 0.5167 0.5019 0.116 0.200 0.000 0.684 0.000
#> GSM342376 4 0.4557 0.6670 0.204 0.004 0.000 0.736 0.056
#> GSM342377 1 0.5099 0.3474 0.596 0.020 0.000 0.368 0.016
#> GSM342378 4 0.4578 0.6192 0.244 0.004 0.000 0.712 0.040
#> GSM342379 4 0.2891 0.6947 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM342381 1 0.0771 0.7157 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM342383 1 0.5340 0.0996 0.508 0.020 0.000 0.452 0.020
#> GSM342384 1 0.0703 0.7142 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.2329 0.6562 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.1443 0.7425 0.044 0.004 0.000 0.948 0.004
#> GSM342388 5 0.3795 0.6189 0.004 0.000 0.184 0.024 0.788
#> GSM342389 1 0.0703 0.7142 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 5 0.5595 0.5303 0.016 0.000 0.076 0.268 0.640
#> GSM342391 4 0.4359 0.7043 0.092 0.004 0.000 0.776 0.128
#> GSM342392 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342393 4 0.7618 0.3687 0.068 0.204 0.016 0.524 0.188
#> GSM342394 1 0.4607 0.3546 0.620 0.008 0.000 0.364 0.008
#> GSM342395 1 0.3942 0.6154 0.728 0.260 0.000 0.012 0.000
#> GSM342396 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342397 5 0.5538 0.5962 0.000 0.000 0.212 0.144 0.644
#> GSM342398 1 0.1173 0.7133 0.964 0.020 0.000 0.004 0.012
#> GSM342400 1 0.0703 0.7142 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 5 0.3621 0.6157 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM342403 4 0.4812 0.6837 0.048 0.004 0.024 0.752 0.172
#> GSM342405 5 0.6288 0.3340 0.016 0.020 0.056 0.384 0.524
#> GSM342406 5 0.5778 0.2830 0.020 0.004 0.040 0.400 0.536
#> GSM342407 5 0.5415 0.5710 0.000 0.000 0.384 0.064 0.552
#> GSM342410 4 0.4467 0.7036 0.044 0.004 0.024 0.784 0.144
#> GSM342411 4 0.1644 0.7426 0.048 0.004 0.000 0.940 0.008
#> GSM342412 4 0.1990 0.7424 0.028 0.004 0.000 0.928 0.040
#> GSM342413 5 0.5188 0.4639 0.000 0.000 0.060 0.328 0.612
#> GSM342414 5 0.5432 0.5627 0.000 0.000 0.392 0.064 0.544
#> GSM342415 4 0.2763 0.7097 0.148 0.004 0.000 0.848 0.000
#> GSM342416 4 0.4761 0.5784 0.004 0.004 0.048 0.716 0.228
#> GSM342417 4 0.2179 0.7241 0.100 0.004 0.000 0.896 0.000
#> GSM342418 4 0.1831 0.7346 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> GSM342419 1 0.4724 0.5217 0.696 0.020 0.000 0.264 0.020
#> GSM342420 4 0.2389 0.7151 0.116 0.004 0.000 0.880 0.000
#> GSM342422 1 0.0703 0.7142 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 1 0.5394 0.5839 0.628 0.280 0.000 0.092 0.000
#> GSM342424 4 0.4557 0.0298 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> GSM342425 2 0.6103 0.4635 0.044 0.544 0.000 0.364 0.048
#> GSM342427 2 0.3980 0.6940 0.076 0.828 0.000 0.060 0.036
#> GSM342428 2 0.6547 0.4427 0.116 0.588 0.000 0.248 0.048
#> GSM342429 2 0.3122 0.7493 0.120 0.852 0.000 0.024 0.004
#> GSM342430 3 0.3424 0.6851 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM342431 3 0.3424 0.6851 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM342432 3 0.2075 0.8102 0.000 0.004 0.924 0.032 0.040
#> GSM342433 3 0.0404 0.8327 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342434 3 0.2773 0.6440 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM342435 3 0.0290 0.8353 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342436 3 0.0000 0.8388 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0609 0.8384 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342439 3 0.0609 0.8384 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342440 3 0.0000 0.8388 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.0609 0.8384 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342443 2 0.0798 0.7527 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> GSM342445 3 0.0000 0.8388 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0404 0.8391 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342447 5 0.3999 0.3648 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM342448 3 0.0609 0.8268 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342449 3 0.0510 0.8390 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342450 3 0.0510 0.8298 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342452 3 0.1544 0.8190 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM342453 3 0.3424 0.6851 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM342455 3 0.0963 0.8330 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342456 5 0.5458 0.3507 0.000 0.000 0.068 0.380 0.552
#> GSM342457 1 0.3424 0.5170 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.6244 0.4297 0.144 0.640 0.000 0.172 0.044
#> GSM342459 2 0.0693 0.7532 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342460 2 0.0898 0.7522 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM342461 2 0.3388 0.7191 0.200 0.792 0.000 0.000 0.008
#> GSM342463 2 0.3671 0.7096 0.236 0.756 0.000 0.000 0.008
#> GSM342464 2 0.3582 0.7127 0.224 0.768 0.000 0.000 0.008
#> GSM342465 2 0.3807 0.7069 0.240 0.748 0.000 0.000 0.012
#> GSM342466 5 0.6155 0.0589 0.032 0.008 0.040 0.436 0.484
#> GSM342468 1 0.6745 0.3388 0.452 0.240 0.000 0.304 0.004
#> GSM342469 1 0.3745 0.5990 0.780 0.024 0.000 0.196 0.000
#> GSM342470 5 0.5837 0.3791 0.000 0.016 0.068 0.352 0.564
#> GSM342472 3 0.6768 0.1366 0.000 0.020 0.520 0.196 0.264
#> GSM342473 2 0.3353 0.7208 0.196 0.796 0.000 0.000 0.008
#> GSM342474 2 0.3388 0.7191 0.200 0.792 0.000 0.000 0.008
#> GSM342475 3 0.0162 0.8394 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342476 2 0.2054 0.7370 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM342478 2 0.0693 0.7539 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342479 2 0.4537 0.6460 0.036 0.744 0.000 0.204 0.016
#> GSM342480 2 0.1216 0.7489 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM342481 2 0.3421 0.7171 0.204 0.788 0.000 0.000 0.008
#> GSM342482 2 0.0579 0.7537 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM342483 2 0.0693 0.7540 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM342485 2 0.3700 0.7072 0.240 0.752 0.000 0.000 0.008
#> GSM342486 2 0.3700 0.7072 0.240 0.752 0.000 0.000 0.008
#> GSM342487 3 0.0162 0.8371 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342488 2 0.1216 0.7489 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM342489 2 0.0693 0.7532 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342490 2 0.4288 0.6611 0.004 0.740 0.000 0.224 0.032
#> GSM342492 3 0.0290 0.8353 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342493 2 0.3700 0.7072 0.240 0.752 0.000 0.000 0.008
#> GSM342494 2 0.1907 0.7389 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> GSM342497 2 0.2369 0.7325 0.004 0.908 0.000 0.056 0.032
#> GSM342498 2 0.5249 0.6130 0.084 0.692 0.000 0.212 0.012
#> GSM342499 1 0.3829 0.5991 0.776 0.028 0.000 0.196 0.000
#> GSM342500 2 0.0579 0.7533 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM342501 2 0.4687 0.6405 0.052 0.736 0.000 0.200 0.012
#> GSM342502 2 0.3388 0.7191 0.200 0.792 0.000 0.000 0.008
#> GSM342503 2 0.2513 0.7445 0.116 0.876 0.000 0.000 0.008
#> GSM342504 2 0.0579 0.7537 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM342505 3 0.2280 0.7846 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM342506 2 0.8498 0.3328 0.112 0.448 0.040 0.244 0.156
#> GSM342507 4 0.4488 0.6852 0.032 0.004 0.028 0.776 0.160
#> GSM342508 1 0.8396 0.1621 0.340 0.228 0.000 0.272 0.160
#> GSM342509 5 0.8444 0.1635 0.016 0.096 0.312 0.228 0.348
#> GSM342510 3 0.6922 -0.1692 0.000 0.012 0.396 0.208 0.384
#> GSM342511 3 0.3962 0.6291 0.012 0.016 0.788 0.004 0.180
#> GSM342512 2 0.3671 0.7096 0.236 0.756 0.000 0.000 0.008
#> GSM342513 2 0.3807 0.7069 0.240 0.748 0.000 0.000 0.012
#> GSM342514 3 0.3099 0.6743 0.000 0.000 0.848 0.124 0.028
#> GSM342515 1 0.3815 0.5758 0.764 0.012 0.000 0.220 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.6075 0.1590 0.208 0.004 0.000 0.312 0.472 0.004
#> GSM342323 4 0.0458 0.6228 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342325 5 0.6374 0.1071 0.208 0.004 0.000 0.332 0.440 0.016
#> GSM342326 4 0.0260 0.6192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0363 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342329 4 0.0146 0.6198 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342331 4 0.0363 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342334 4 0.4594 0.0507 0.476 0.000 0.000 0.488 0.036 0.000
#> GSM342335 4 0.4054 0.5935 0.024 0.180 0.000 0.760 0.036 0.000
#> GSM342354 6 0.5561 0.5937 0.104 0.000 0.364 0.012 0.000 0.520
#> GSM342371 5 0.3314 0.5404 0.004 0.256 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM342380 1 0.5031 -0.0447 0.504 0.000 0.000 0.440 0.040 0.016
#> GSM342382 5 0.1406 0.6839 0.008 0.004 0.000 0.020 0.952 0.016
#> GSM342399 4 0.6134 0.2164 0.208 0.004 0.000 0.440 0.344 0.004
#> GSM342402 1 0.4727 0.1792 0.580 0.000 0.000 0.376 0.032 0.012
#> GSM342404 4 0.6490 0.3348 0.236 0.204 0.000 0.508 0.052 0.000
#> GSM342408 6 0.5789 0.5866 0.132 0.000 0.364 0.012 0.000 0.492
#> GSM342409 1 0.4777 0.4484 0.676 0.000 0.000 0.212 0.004 0.108
#> GSM342426 4 0.7161 -0.2559 0.260 0.272 0.000 0.392 0.072 0.004
#> GSM342441 3 0.0363 0.7713 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342444 3 0.3810 0.5535 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM342451 3 0.3684 0.6195 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM342462 2 0.0603 0.7268 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342467 1 0.5853 -0.1734 0.492 0.360 0.000 0.136 0.008 0.004
#> GSM342484 1 0.3340 0.3313 0.784 0.196 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM342491 1 0.4323 -0.1316 0.600 0.376 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM342322 5 0.5917 -0.0719 0.208 0.000 0.000 0.392 0.400 0.000
#> GSM342338 6 0.1480 0.6668 0.040 0.000 0.020 0.000 0.000 0.940
#> GSM342347 6 0.6042 0.5695 0.172 0.000 0.364 0.012 0.000 0.452
#> GSM342356 6 0.3494 0.5279 0.252 0.000 0.012 0.000 0.000 0.736
#> GSM342357 1 0.4825 0.1270 0.560 0.000 0.000 0.392 0.036 0.012
#> GSM342366 5 0.3565 0.5162 0.004 0.304 0.000 0.000 0.692 0.000
#> GSM342385 1 0.4941 0.2012 0.584 0.000 0.000 0.356 0.044 0.016
#> GSM342421 4 0.6586 0.3418 0.084 0.136 0.000 0.504 0.276 0.000
#> GSM342437 1 0.5661 -0.2407 0.476 0.384 0.000 0.136 0.000 0.004
#> GSM342454 3 0.3659 0.6275 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM342471 5 0.4499 0.5590 0.216 0.008 0.000 0.072 0.704 0.000
#> GSM342477 1 0.5796 -0.2120 0.484 0.368 0.000 0.140 0.004 0.004
#> GSM342495 2 0.0363 0.7220 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 2 0.4951 0.4694 0.276 0.620 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.6187 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 4 0.3017 0.5785 0.164 0.000 0.000 0.816 0.020 0.000
#> GSM342324 4 0.4264 0.3948 0.332 0.000 0.000 0.636 0.032 0.000
#> GSM342328 4 0.0260 0.6216 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342330 4 0.0363 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342332 4 0.4863 0.5267 0.200 0.000 0.000 0.660 0.140 0.000
#> GSM342333 1 0.4651 -0.0958 0.480 0.000 0.000 0.480 0.040 0.000
#> GSM342336 4 0.4095 0.5346 0.208 0.000 0.000 0.728 0.064 0.000
#> GSM342337 6 0.3230 0.5770 0.212 0.000 0.012 0.000 0.000 0.776
#> GSM342339 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342340 6 0.1657 0.6665 0.056 0.000 0.016 0.000 0.000 0.928
#> GSM342341 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342342 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342343 6 0.2538 0.6472 0.124 0.000 0.016 0.000 0.000 0.860
#> GSM342344 6 0.5507 0.5964 0.100 0.000 0.356 0.012 0.000 0.532
#> GSM342345 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342346 1 0.5238 0.2162 0.612 0.000 0.072 0.016 0.004 0.296
#> GSM342348 1 0.4400 0.2134 0.592 0.000 0.000 0.376 0.032 0.000
#> GSM342349 6 0.5827 0.5896 0.120 0.000 0.364 0.012 0.004 0.500
#> GSM342350 6 0.5576 0.5882 0.104 0.000 0.372 0.012 0.000 0.512
#> GSM342351 6 0.6364 0.5420 0.216 0.000 0.364 0.012 0.004 0.404
#> GSM342352 6 0.5576 0.5882 0.104 0.000 0.372 0.012 0.000 0.512
#> GSM342353 6 0.5084 0.6088 0.096 0.000 0.252 0.012 0.000 0.640
#> GSM342355 1 0.4721 0.1276 0.512 0.000 0.004 0.028 0.004 0.452
#> GSM342358 1 0.4206 0.2699 0.620 0.000 0.000 0.356 0.024 0.000
#> GSM342359 1 0.7008 0.4526 0.524 0.000 0.144 0.176 0.012 0.144
#> GSM342360 1 0.4546 0.3466 0.644 0.000 0.000 0.312 0.024 0.020
#> GSM342361 1 0.6177 0.2326 0.568 0.000 0.152 0.036 0.008 0.236
#> GSM342362 4 0.4400 0.3184 0.376 0.000 0.000 0.592 0.032 0.000
#> GSM342363 4 0.4818 0.3398 0.372 0.000 0.000 0.572 0.052 0.004
#> GSM342364 5 0.0363 0.6780 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342365 4 0.4373 0.5723 0.012 0.212 0.000 0.724 0.048 0.004
#> GSM342367 5 0.0291 0.6855 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM342368 5 0.0405 0.6835 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342369 4 0.6164 0.3104 0.012 0.224 0.000 0.504 0.256 0.004
#> GSM342370 4 0.4706 0.5652 0.012 0.212 0.000 0.700 0.072 0.004
#> GSM342372 4 0.4601 0.5686 0.012 0.212 0.000 0.708 0.064 0.004
#> GSM342373 5 0.2340 0.5793 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM342374 4 0.3967 0.5715 0.012 0.212 0.000 0.748 0.024 0.004
#> GSM342375 4 0.3816 0.5809 0.012 0.200 0.000 0.760 0.028 0.000
#> GSM342376 4 0.5947 0.3512 0.280 0.000 0.000 0.528 0.176 0.016
#> GSM342377 5 0.5988 0.2493 0.164 0.004 0.000 0.300 0.520 0.012
#> GSM342378 4 0.6198 0.3286 0.248 0.000 0.000 0.484 0.252 0.016
#> GSM342379 4 0.5302 0.4287 0.208 0.000 0.000 0.600 0.192 0.000
#> GSM342381 5 0.0405 0.6872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342383 5 0.6319 0.1614 0.208 0.004 0.000 0.304 0.468 0.016
#> GSM342384 5 0.0405 0.6872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342386 5 0.0363 0.6780 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342387 4 0.3394 0.5434 0.200 0.000 0.000 0.776 0.024 0.000
#> GSM342388 6 0.2768 0.6301 0.156 0.000 0.012 0.000 0.000 0.832
#> GSM342389 5 0.0405 0.6872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342390 1 0.5203 0.1907 0.528 0.000 0.012 0.052 0.004 0.404
#> GSM342391 4 0.5428 0.2524 0.400 0.000 0.000 0.508 0.076 0.016
#> GSM342392 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342393 4 0.7400 -0.0430 0.344 0.204 0.000 0.352 0.012 0.088
#> GSM342394 5 0.5620 0.3534 0.220 0.000 0.000 0.212 0.564 0.004
#> GSM342395 5 0.3547 0.4805 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> GSM342396 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342397 6 0.6299 0.2946 0.360 0.000 0.200 0.012 0.004 0.424
#> GSM342398 5 0.0767 0.6869 0.012 0.004 0.000 0.000 0.976 0.008
#> GSM342400 5 0.0405 0.6872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342401 6 0.0547 0.6605 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342403 1 0.4589 0.3288 0.648 0.000 0.000 0.304 0.024 0.024
#> GSM342405 1 0.6729 0.3958 0.584 0.028 0.124 0.116 0.000 0.148
#> GSM342406 1 0.5159 0.4831 0.660 0.000 0.004 0.140 0.008 0.188
#> GSM342407 6 0.5576 0.5882 0.104 0.000 0.372 0.012 0.000 0.512
#> GSM342410 1 0.4893 -0.0279 0.512 0.000 0.000 0.440 0.036 0.012
#> GSM342411 4 0.3630 0.5339 0.212 0.000 0.000 0.756 0.032 0.000
#> GSM342412 4 0.3686 0.5265 0.220 0.000 0.000 0.748 0.032 0.000
#> GSM342413 1 0.6177 0.2374 0.568 0.000 0.152 0.036 0.008 0.236
#> GSM342414 6 0.5576 0.5882 0.104 0.000 0.372 0.012 0.000 0.512
#> GSM342415 4 0.5108 0.4657 0.208 0.000 0.000 0.628 0.164 0.000
#> GSM342416 1 0.5178 0.3671 0.628 0.000 0.008 0.292 0.028 0.044
#> GSM342417 4 0.0146 0.6210 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342418 4 0.0146 0.6210 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342419 5 0.5770 0.4277 0.208 0.004 0.000 0.180 0.592 0.016
#> GSM342420 4 0.0547 0.6245 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM342422 5 0.0405 0.6872 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM342423 5 0.4993 0.4552 0.004 0.344 0.000 0.072 0.580 0.000
#> GSM342424 4 0.3919 0.3294 0.016 0.008 0.000 0.708 0.268 0.000
#> GSM342425 2 0.6817 0.4046 0.208 0.384 0.000 0.360 0.044 0.004
#> GSM342427 2 0.5574 0.5285 0.248 0.604 0.000 0.124 0.024 0.000
#> GSM342428 2 0.6918 0.3791 0.260 0.476 0.000 0.176 0.084 0.004
#> GSM342429 2 0.2768 0.7152 0.012 0.832 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM342430 3 0.3672 0.6238 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM342431 3 0.3684 0.6195 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM342432 3 0.3315 0.7581 0.040 0.000 0.804 0.000 0.000 0.156
#> GSM342433 3 0.0000 0.7614 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 3 0.3522 0.4337 0.044 0.000 0.784 0.000 0.000 0.172
#> GSM342435 3 0.0363 0.7713 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342436 3 0.0547 0.7742 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342438 3 0.2260 0.7808 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM342439 3 0.2260 0.7808 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM342440 3 0.0458 0.7729 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM342442 3 0.2260 0.7808 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM342443 2 0.0146 0.7243 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342445 3 0.0363 0.7713 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342446 3 0.2178 0.7823 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM342447 6 0.4026 0.4844 0.088 0.000 0.160 0.000 0.000 0.752
#> GSM342448 3 0.0260 0.7545 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342449 3 0.2219 0.7816 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM342450 3 0.0260 0.7545 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342452 3 0.3409 0.6846 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM342453 3 0.3672 0.6238 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM342455 3 0.2491 0.7696 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM342456 1 0.6575 0.3819 0.572 0.000 0.152 0.108 0.008 0.160
#> GSM342457 5 0.3372 0.5592 0.100 0.084 0.000 0.000 0.816 0.000
#> GSM342458 2 0.7341 0.2470 0.248 0.420 0.000 0.204 0.124 0.004
#> GSM342459 2 0.0547 0.7262 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342460 2 0.0363 0.7262 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM342461 2 0.2941 0.6938 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM342463 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342464 2 0.3531 0.6440 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM342465 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342466 1 0.5385 0.4729 0.660 0.000 0.000 0.136 0.036 0.168
#> GSM342468 5 0.6453 0.1118 0.012 0.260 0.000 0.320 0.404 0.004
#> GSM342469 5 0.2994 0.5917 0.208 0.004 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM342470 1 0.6765 0.2861 0.520 0.000 0.156 0.096 0.004 0.224
#> GSM342472 1 0.6094 -0.0179 0.396 0.000 0.376 0.000 0.004 0.224
#> GSM342473 2 0.2854 0.6996 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM342474 2 0.2941 0.6938 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM342475 3 0.1501 0.7834 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM342476 2 0.5054 0.5584 0.232 0.640 0.000 0.124 0.000 0.004
#> GSM342478 2 0.0458 0.7266 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342479 2 0.5462 0.4002 0.404 0.492 0.000 0.008 0.096 0.000
#> GSM342480 2 0.2542 0.6938 0.044 0.876 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.2969 0.6898 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM342482 2 0.0632 0.7268 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342483 2 0.1610 0.7260 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM342485 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342486 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342487 3 0.0363 0.7713 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342488 2 0.3449 0.6693 0.116 0.808 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0458 0.7258 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342490 2 0.5076 0.5574 0.236 0.636 0.000 0.124 0.000 0.004
#> GSM342492 3 0.0363 0.7713 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342493 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342494 2 0.2979 0.6758 0.044 0.840 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.4451 0.6174 0.148 0.724 0.000 0.124 0.000 0.004
#> GSM342498 2 0.5696 0.3872 0.372 0.464 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM342499 5 0.3411 0.5804 0.232 0.008 0.000 0.000 0.756 0.004
#> GSM342500 2 0.0632 0.7277 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM342501 2 0.5590 0.4323 0.328 0.512 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM342502 2 0.2883 0.6966 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM342503 2 0.2762 0.7033 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM342504 2 0.0547 0.7273 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342505 3 0.3531 0.6618 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM342506 1 0.3622 0.2523 0.744 0.236 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM342507 1 0.4546 0.3287 0.644 0.000 0.000 0.312 0.024 0.020
#> GSM342508 1 0.3991 0.3074 0.748 0.200 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM342509 1 0.5308 0.3774 0.700 0.084 0.084 0.000 0.004 0.128
#> GSM342510 1 0.6103 -0.0101 0.400 0.000 0.368 0.000 0.004 0.228
#> GSM342511 3 0.3514 0.5715 0.108 0.000 0.804 0.000 0.000 0.088
#> GSM342512 2 0.4653 0.6095 0.052 0.588 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342513 2 0.3647 0.6235 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM342514 3 0.2744 0.6039 0.144 0.000 0.840 0.000 0.000 0.016
#> GSM342515 5 0.3481 0.5841 0.208 0.004 0.000 0.012 0.772 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:mclust 177 0.3583 2
#> MAD:mclust 150 0.0208 3
#> MAD:mclust 103 0.1611 4
#> MAD:mclust 158 0.2730 5
#> MAD:mclust 127 0.1329 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.490 0.806 0.896 0.4951 0.501 0.501
#> 3 3 0.576 0.750 0.873 0.3478 0.690 0.457
#> 4 4 0.754 0.819 0.901 0.1248 0.774 0.438
#> 5 5 0.658 0.593 0.762 0.0543 0.849 0.507
#> 6 6 0.669 0.546 0.730 0.0337 0.918 0.668
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.9358 0.630 0.648 0.352
#> GSM342323 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342325 1 0.9087 0.675 0.676 0.324
#> GSM342326 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342327 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342329 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342331 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342334 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342335 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342354 2 0.9922 0.376 0.448 0.552
#> GSM342371 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342380 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342382 1 0.3733 0.847 0.928 0.072
#> GSM342399 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342402 1 0.7745 0.795 0.772 0.228
#> GSM342404 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342408 2 0.7219 0.744 0.200 0.800
#> GSM342409 1 0.9286 0.341 0.656 0.344
#> GSM342426 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342441 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342444 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342451 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342484 1 0.6887 0.825 0.816 0.184
#> GSM342491 2 0.7219 0.705 0.200 0.800
#> GSM342322 1 0.9775 0.514 0.588 0.412
#> GSM342338 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342347 2 0.9491 0.540 0.368 0.632
#> GSM342356 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342366 2 0.2236 0.878 0.036 0.964
#> GSM342385 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342421 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342454 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342496 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342320 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342321 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342324 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342328 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342330 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342332 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342333 2 0.4161 0.848 0.084 0.916
#> GSM342336 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342346 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342348 1 0.9686 0.520 0.604 0.396
#> GSM342349 2 0.8661 0.657 0.288 0.712
#> GSM342350 2 0.9710 0.483 0.400 0.600
#> GSM342351 2 0.7219 0.744 0.200 0.800
#> GSM342352 2 0.9710 0.483 0.400 0.600
#> GSM342353 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342358 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342359 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342360 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342361 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342362 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342363 1 0.9580 0.581 0.620 0.380
#> GSM342364 1 0.9129 0.669 0.672 0.328
#> GSM342365 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342368 1 0.9427 0.617 0.640 0.360
#> GSM342369 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342370 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342372 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342373 2 0.1414 0.893 0.020 0.980
#> GSM342374 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342375 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.4431 0.845 0.908 0.092
#> GSM342377 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342378 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342379 2 0.4431 0.818 0.092 0.908
#> GSM342381 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342383 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342384 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342386 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342387 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342390 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.6623 0.828 0.828 0.172
#> GSM342392 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342393 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342395 2 0.7950 0.571 0.240 0.760
#> GSM342396 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342397 2 0.9323 0.573 0.348 0.652
#> GSM342398 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342400 1 0.7299 0.816 0.796 0.204
#> GSM342401 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342405 2 0.7219 0.744 0.200 0.800
#> GSM342406 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342407 2 0.9795 0.450 0.416 0.584
#> GSM342410 1 0.6343 0.832 0.840 0.160
#> GSM342411 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342412 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342413 2 0.7139 0.748 0.196 0.804
#> GSM342414 2 0.9710 0.483 0.400 0.600
#> GSM342415 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342416 1 1.0000 -0.240 0.500 0.500
#> GSM342417 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342418 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342420 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342422 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342423 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342429 1 0.7453 0.810 0.788 0.212
#> GSM342430 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342431 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342432 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.9963 0.334 0.464 0.536
#> GSM342434 2 0.7528 0.731 0.216 0.784
#> GSM342435 1 0.9087 0.382 0.676 0.324
#> GSM342436 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342438 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342439 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342440 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342442 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342445 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342446 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342447 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342448 2 0.9686 0.490 0.396 0.604
#> GSM342449 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.9795 0.450 0.416 0.584
#> GSM342452 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342453 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342455 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342457 1 0.8443 0.746 0.728 0.272
#> GSM342458 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342461 1 0.7453 0.809 0.788 0.212
#> GSM342463 1 0.6048 0.834 0.852 0.148
#> GSM342464 1 0.6712 0.827 0.824 0.176
#> GSM342465 1 0.0376 0.850 0.996 0.004
#> GSM342466 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342469 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342470 2 0.7219 0.744 0.200 0.800
#> GSM342472 2 0.7219 0.744 0.200 0.800
#> GSM342473 1 0.9635 0.566 0.612 0.388
#> GSM342474 1 0.9209 0.657 0.664 0.336
#> GSM342475 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342478 1 0.7602 0.803 0.780 0.220
#> GSM342479 1 0.7674 0.799 0.776 0.224
#> GSM342480 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342481 1 0.7139 0.820 0.804 0.196
#> GSM342482 2 0.5178 0.789 0.116 0.884
#> GSM342483 1 0.7376 0.813 0.792 0.208
#> GSM342485 1 0.4298 0.845 0.912 0.088
#> GSM342486 1 0.3584 0.848 0.932 0.068
#> GSM342487 1 0.2043 0.833 0.968 0.032
#> GSM342488 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342492 1 0.9522 0.238 0.628 0.372
#> GSM342493 1 0.3114 0.849 0.944 0.056
#> GSM342494 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> GSM342498 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342499 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342500 2 0.0938 0.900 0.012 0.988
#> GSM342501 1 0.2778 0.849 0.952 0.048
#> GSM342502 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342503 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM342504 1 0.8327 0.758 0.736 0.264
#> GSM342505 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342506 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342507 1 0.7299 0.816 0.796 0.204
#> GSM342508 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342509 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> GSM342510 2 0.4022 0.852 0.080 0.920
#> GSM342511 2 0.9933 0.365 0.452 0.548
#> GSM342512 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
#> GSM342513 1 0.0376 0.850 0.996 0.004
#> GSM342514 1 0.8861 0.433 0.696 0.304
#> GSM342515 1 0.7219 0.818 0.800 0.200
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0237 0.8731 0.996 0.000 0.004
#> GSM342323 1 0.3686 0.7959 0.860 0.140 0.000
#> GSM342325 1 0.0424 0.8732 0.992 0.000 0.008
#> GSM342326 2 0.3551 0.8019 0.132 0.868 0.000
#> GSM342327 2 0.3192 0.8204 0.112 0.888 0.000
#> GSM342329 1 0.3879 0.7846 0.848 0.152 0.000
#> GSM342331 2 0.1860 0.8595 0.052 0.948 0.000
#> GSM342334 1 0.6192 0.3467 0.580 0.420 0.000
#> GSM342335 1 0.3879 0.7878 0.848 0.152 0.000
#> GSM342354 3 0.8800 0.0786 0.396 0.116 0.488
#> GSM342371 1 0.0892 0.8708 0.980 0.020 0.000
#> GSM342380 1 0.0892 0.8722 0.980 0.000 0.020
#> GSM342382 1 0.3551 0.7905 0.868 0.000 0.132
#> GSM342399 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342402 1 0.0747 0.8732 0.984 0.000 0.016
#> GSM342404 2 0.0424 0.8697 0.008 0.992 0.000
#> GSM342408 2 0.1964 0.8495 0.000 0.944 0.056
#> GSM342409 1 0.7246 0.5197 0.648 0.052 0.300
#> GSM342426 2 0.1289 0.8659 0.032 0.968 0.000
#> GSM342441 3 0.1411 0.8214 0.000 0.036 0.964
#> GSM342444 3 0.0237 0.8327 0.004 0.000 0.996
#> GSM342451 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.2584 0.8414 0.008 0.928 0.064
#> GSM342467 2 0.0000 0.8698 0.000 1.000 0.000
#> GSM342484 3 0.4555 0.7528 0.200 0.000 0.800
#> GSM342491 2 0.8140 0.0707 0.068 0.476 0.456
#> GSM342322 1 0.0000 0.8725 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 3 0.5706 0.4612 0.320 0.000 0.680
#> GSM342347 1 0.9989 0.0138 0.356 0.316 0.328
#> GSM342356 1 0.6111 0.3906 0.604 0.000 0.396
#> GSM342357 1 0.0892 0.8722 0.980 0.000 0.020
#> GSM342366 1 0.0747 0.8712 0.984 0.016 0.000
#> GSM342385 1 0.1289 0.8680 0.968 0.000 0.032
#> GSM342421 1 0.4178 0.7671 0.828 0.172 0.000
#> GSM342437 2 0.1905 0.8684 0.028 0.956 0.016
#> GSM342454 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342471 1 0.5621 0.5052 0.692 0.308 0.000
#> GSM342477 2 0.0848 0.8713 0.008 0.984 0.008
#> GSM342495 2 0.0747 0.8685 0.000 0.984 0.016
#> GSM342496 3 0.0592 0.8342 0.012 0.000 0.988
#> GSM342320 2 0.1860 0.8589 0.052 0.948 0.000
#> GSM342321 1 0.0892 0.8696 0.980 0.020 0.000
#> GSM342324 1 0.4452 0.7428 0.808 0.192 0.000
#> GSM342328 1 0.1964 0.8552 0.944 0.056 0.000
#> GSM342330 2 0.3192 0.8207 0.112 0.888 0.000
#> GSM342332 1 0.1529 0.8626 0.960 0.040 0.000
#> GSM342333 1 0.5408 0.7689 0.812 0.052 0.136
#> GSM342336 1 0.4931 0.6908 0.768 0.232 0.000
#> GSM342337 1 0.6295 0.1656 0.528 0.000 0.472
#> GSM342339 3 0.0747 0.8329 0.016 0.000 0.984
#> GSM342340 3 0.3941 0.7619 0.156 0.000 0.844
#> GSM342341 3 0.0892 0.8326 0.020 0.000 0.980
#> GSM342342 3 0.0747 0.8329 0.016 0.000 0.984
#> GSM342343 3 0.3192 0.7999 0.112 0.000 0.888
#> GSM342344 3 0.4033 0.7588 0.136 0.008 0.856
#> GSM342345 3 0.0892 0.8326 0.020 0.000 0.980
#> GSM342346 2 0.0237 0.8700 0.004 0.996 0.000
#> GSM342348 1 0.0747 0.8729 0.984 0.000 0.016
#> GSM342349 2 0.5431 0.6262 0.000 0.716 0.284
#> GSM342350 2 0.6104 0.5152 0.004 0.648 0.348
#> GSM342351 2 0.4291 0.7484 0.000 0.820 0.180
#> GSM342352 2 0.6204 0.3672 0.000 0.576 0.424
#> GSM342353 3 0.1585 0.8301 0.028 0.008 0.964
#> GSM342355 1 0.5098 0.6691 0.752 0.000 0.248
#> GSM342358 2 0.5497 0.5784 0.292 0.708 0.000
#> GSM342359 2 0.2356 0.8479 0.072 0.928 0.000
#> GSM342360 1 0.4235 0.7616 0.824 0.176 0.000
#> GSM342361 2 0.0237 0.8700 0.004 0.996 0.000
#> GSM342362 1 0.0747 0.8707 0.984 0.016 0.000
#> GSM342363 1 0.0424 0.8735 0.992 0.000 0.008
#> GSM342364 1 0.1129 0.8719 0.976 0.020 0.004
#> GSM342365 2 0.0747 0.8689 0.016 0.984 0.000
#> GSM342367 1 0.0892 0.8718 0.980 0.000 0.020
#> GSM342368 1 0.0237 0.8726 0.996 0.004 0.000
#> GSM342369 2 0.0892 0.8687 0.020 0.980 0.000
#> GSM342370 2 0.0747 0.8689 0.016 0.984 0.000
#> GSM342372 2 0.6235 0.1658 0.436 0.564 0.000
#> GSM342373 1 0.0747 0.8712 0.984 0.016 0.000
#> GSM342374 2 0.0892 0.8682 0.020 0.980 0.000
#> GSM342375 2 0.3941 0.7579 0.156 0.844 0.000
#> GSM342376 1 0.1643 0.8612 0.956 0.000 0.044
#> GSM342377 1 0.0747 0.8728 0.984 0.000 0.016
#> GSM342378 1 0.0892 0.8721 0.980 0.000 0.020
#> GSM342379 1 0.0000 0.8725 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342383 1 0.0747 0.8727 0.984 0.000 0.016
#> GSM342384 1 0.0892 0.8719 0.980 0.000 0.020
#> GSM342386 1 0.1031 0.8704 0.976 0.000 0.024
#> GSM342387 1 0.4062 0.7701 0.836 0.164 0.000
#> GSM342388 3 0.3941 0.7659 0.156 0.000 0.844
#> GSM342389 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342390 1 0.5016 0.6787 0.760 0.000 0.240
#> GSM342391 1 0.1031 0.8710 0.976 0.000 0.024
#> GSM342392 3 0.0592 0.8330 0.012 0.000 0.988
#> GSM342393 2 0.0000 0.8698 0.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342395 1 0.1289 0.8675 0.968 0.032 0.000
#> GSM342396 3 0.1163 0.8316 0.028 0.000 0.972
#> GSM342397 2 0.6381 0.5390 0.012 0.648 0.340
#> GSM342398 1 0.1411 0.8659 0.964 0.000 0.036
#> GSM342400 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342401 3 0.1289 0.8312 0.032 0.000 0.968
#> GSM342403 1 0.4291 0.7531 0.820 0.000 0.180
#> GSM342405 2 0.0892 0.8672 0.000 0.980 0.020
#> GSM342406 1 0.2796 0.8266 0.908 0.000 0.092
#> GSM342407 2 0.6286 0.2331 0.000 0.536 0.464
#> GSM342410 1 0.0892 0.8720 0.980 0.000 0.020
#> GSM342411 1 0.0892 0.8696 0.980 0.020 0.000
#> GSM342412 1 0.5497 0.6017 0.708 0.292 0.000
#> GSM342413 2 0.1877 0.8649 0.012 0.956 0.032
#> GSM342414 2 0.6026 0.4609 0.000 0.624 0.376
#> GSM342415 1 0.0592 0.8717 0.988 0.012 0.000
#> GSM342416 1 0.4121 0.7535 0.832 0.000 0.168
#> GSM342417 1 0.5926 0.4769 0.644 0.356 0.000
#> GSM342418 2 0.3038 0.8242 0.104 0.896 0.000
#> GSM342419 1 0.0592 0.8732 0.988 0.000 0.012
#> GSM342420 2 0.5058 0.6683 0.244 0.756 0.000
#> GSM342422 1 0.1163 0.8691 0.972 0.000 0.028
#> GSM342423 1 0.1643 0.8625 0.956 0.044 0.000
#> GSM342424 2 0.4750 0.7083 0.216 0.784 0.000
#> GSM342425 2 0.2165 0.8531 0.064 0.936 0.000
#> GSM342427 2 0.2959 0.8293 0.100 0.900 0.000
#> GSM342428 2 0.1289 0.8664 0.032 0.968 0.000
#> GSM342429 3 0.5798 0.7563 0.184 0.040 0.776
#> GSM342430 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342432 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342433 3 0.5650 0.4667 0.000 0.312 0.688
#> GSM342434 2 0.4504 0.7340 0.000 0.804 0.196
#> GSM342435 3 0.4974 0.6200 0.000 0.236 0.764
#> GSM342436 3 0.1289 0.8224 0.000 0.032 0.968
#> GSM342438 3 0.0747 0.8280 0.000 0.016 0.984
#> GSM342439 3 0.0424 0.8302 0.000 0.008 0.992
#> GSM342440 3 0.1289 0.8229 0.000 0.032 0.968
#> GSM342442 3 0.0592 0.8290 0.000 0.012 0.988
#> GSM342443 2 0.0892 0.8675 0.000 0.980 0.020
#> GSM342445 3 0.1031 0.8252 0.000 0.024 0.976
#> GSM342446 3 0.0747 0.8280 0.000 0.016 0.984
#> GSM342447 3 0.0592 0.8330 0.012 0.000 0.988
#> GSM342448 2 0.6095 0.4190 0.000 0.608 0.392
#> GSM342449 3 0.0747 0.8280 0.000 0.016 0.984
#> GSM342450 3 0.6308 -0.0842 0.000 0.492 0.508
#> GSM342452 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342453 3 0.0000 0.8322 0.000 0.000 1.000
#> GSM342455 3 0.0424 0.8302 0.000 0.008 0.992
#> GSM342456 2 0.0000 0.8698 0.000 1.000 0.000
#> GSM342457 1 0.5098 0.5950 0.752 0.000 0.248
#> GSM342458 2 0.0424 0.8700 0.008 0.992 0.000
#> GSM342459 2 0.1170 0.8702 0.008 0.976 0.016
#> GSM342460 2 0.0747 0.8685 0.000 0.984 0.016
#> GSM342461 3 0.6319 0.7155 0.228 0.040 0.732
#> GSM342463 3 0.4796 0.7403 0.220 0.000 0.780
#> GSM342464 3 0.4654 0.7483 0.208 0.000 0.792
#> GSM342465 3 0.4346 0.7671 0.184 0.000 0.816
#> GSM342466 3 0.3267 0.8037 0.116 0.000 0.884
#> GSM342468 2 0.1031 0.8681 0.024 0.976 0.000
#> GSM342469 1 0.2165 0.8441 0.936 0.000 0.064
#> GSM342470 2 0.2066 0.8497 0.000 0.940 0.060
#> GSM342472 2 0.0747 0.8690 0.000 0.984 0.016
#> GSM342473 3 0.8155 0.5217 0.332 0.088 0.580
#> GSM342474 3 0.7693 0.4946 0.364 0.056 0.580
#> GSM342475 3 0.0892 0.8266 0.000 0.020 0.980
#> GSM342476 2 0.0592 0.8693 0.000 0.988 0.012
#> GSM342478 3 0.5733 0.5492 0.000 0.324 0.676
#> GSM342479 3 0.5728 0.7514 0.196 0.032 0.772
#> GSM342480 2 0.1529 0.8593 0.000 0.960 0.040
#> GSM342481 3 0.5167 0.7571 0.192 0.016 0.792
#> GSM342482 2 0.8548 0.3344 0.120 0.568 0.312
#> GSM342483 3 0.6108 0.6676 0.028 0.240 0.732
#> GSM342485 3 0.5216 0.6951 0.260 0.000 0.740
#> GSM342486 3 0.5560 0.6356 0.300 0.000 0.700
#> GSM342487 3 0.3686 0.7495 0.000 0.140 0.860
#> GSM342488 2 0.1163 0.8648 0.000 0.972 0.028
#> GSM342489 2 0.0661 0.8709 0.008 0.988 0.004
#> GSM342490 2 0.0592 0.8693 0.000 0.988 0.012
#> GSM342492 3 0.4974 0.6173 0.000 0.236 0.764
#> GSM342493 3 0.4887 0.7292 0.228 0.000 0.772
#> GSM342494 2 0.0592 0.8693 0.000 0.988 0.012
#> GSM342497 2 0.0592 0.8693 0.000 0.988 0.012
#> GSM342498 3 0.5621 0.6340 0.308 0.000 0.692
#> GSM342499 1 0.6140 0.1921 0.596 0.000 0.404
#> GSM342500 2 0.6056 0.6358 0.032 0.744 0.224
#> GSM342501 3 0.4702 0.7440 0.212 0.000 0.788
#> GSM342502 3 0.5731 0.7198 0.228 0.020 0.752
#> GSM342503 3 0.5331 0.7872 0.076 0.100 0.824
#> GSM342504 3 0.6318 0.4813 0.008 0.356 0.636
#> GSM342505 3 0.0237 0.8312 0.000 0.004 0.996
#> GSM342506 3 0.3340 0.8052 0.120 0.000 0.880
#> GSM342507 1 0.1031 0.8710 0.976 0.000 0.024
#> GSM342508 3 0.5733 0.5919 0.324 0.000 0.676
#> GSM342509 3 0.1878 0.8323 0.044 0.004 0.952
#> GSM342510 2 0.1289 0.8637 0.000 0.968 0.032
#> GSM342511 3 0.6079 0.2750 0.000 0.388 0.612
#> GSM342512 3 0.5443 0.6974 0.260 0.004 0.736
#> GSM342513 3 0.4931 0.7251 0.232 0.000 0.768
#> GSM342514 3 0.4178 0.7074 0.000 0.172 0.828
#> GSM342515 1 0.5098 0.5977 0.752 0.000 0.248
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.2589 0.8236 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM342323 1 0.3142 0.8366 0.860 0.008 0.000 0.132
#> GSM342325 1 0.2408 0.8371 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.1398 0.8563 0.040 0.004 0.000 0.956
#> GSM342327 4 0.2125 0.8371 0.076 0.004 0.000 0.920
#> GSM342329 1 0.2799 0.8530 0.884 0.008 0.000 0.108
#> GSM342331 4 0.1004 0.8610 0.024 0.004 0.000 0.972
#> GSM342334 1 0.4072 0.7207 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM342335 1 0.4919 0.7068 0.752 0.200 0.000 0.048
#> GSM342354 3 0.4049 0.7279 0.212 0.000 0.780 0.008
#> GSM342371 2 0.2408 0.8315 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM342380 1 0.0524 0.8921 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM342382 2 0.1452 0.8815 0.036 0.956 0.008 0.000
#> GSM342399 1 0.1389 0.8792 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0188 0.8924 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342404 4 0.0336 0.8647 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM342408 4 0.4252 0.6688 0.004 0.000 0.252 0.744
#> GSM342409 1 0.6440 0.5653 0.648 0.040 0.272 0.040
#> GSM342426 4 0.0779 0.8624 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM342441 3 0.0188 0.9364 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342444 3 0.1209 0.9247 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM342451 3 0.0779 0.9334 0.004 0.016 0.980 0.000
#> GSM342462 2 0.2773 0.7944 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM342467 4 0.0000 0.8638 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342484 3 0.6602 0.5365 0.208 0.164 0.628 0.000
#> GSM342491 4 0.4969 0.7902 0.028 0.040 0.140 0.792
#> GSM342322 1 0.1824 0.8744 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM342338 3 0.2149 0.8895 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM342347 3 0.5606 0.0106 0.480 0.000 0.500 0.020
#> GSM342356 1 0.4955 0.1831 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM342357 1 0.0188 0.8924 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342366 2 0.0817 0.8814 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0672 0.8922 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM342421 4 0.7531 0.3895 0.208 0.316 0.000 0.476
#> GSM342437 4 0.0592 0.8623 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342454 3 0.0336 0.9364 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342471 2 0.5142 0.7373 0.192 0.744 0.000 0.064
#> GSM342477 4 0.0469 0.8627 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342495 4 0.4905 0.5205 0.000 0.364 0.004 0.632
#> GSM342496 2 0.2401 0.8353 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM342320 4 0.0921 0.8597 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM342321 1 0.0927 0.8921 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM342324 1 0.2408 0.8537 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM342328 1 0.1109 0.8890 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM342330 4 0.2466 0.8228 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM342332 1 0.2319 0.8837 0.924 0.036 0.000 0.040
#> GSM342333 1 0.3634 0.8333 0.860 0.008 0.104 0.028
#> GSM342336 1 0.3356 0.7995 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM342337 3 0.4996 0.0854 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM342339 3 0.0336 0.9367 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342340 3 0.1940 0.8981 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM342341 3 0.0336 0.9367 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342342 3 0.0336 0.9367 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342343 3 0.1833 0.9145 0.024 0.032 0.944 0.000
#> GSM342344 3 0.1004 0.9307 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM342345 3 0.0336 0.9365 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342346 4 0.3497 0.8036 0.036 0.000 0.104 0.860
#> GSM342348 1 0.0188 0.8924 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342349 3 0.2466 0.8971 0.028 0.000 0.916 0.056
#> GSM342350 3 0.3149 0.8696 0.088 0.000 0.880 0.032
#> GSM342351 4 0.4888 0.3511 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM342352 3 0.1488 0.9242 0.012 0.000 0.956 0.032
#> GSM342353 3 0.1109 0.9289 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM342355 1 0.3649 0.7274 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM342358 1 0.2921 0.8316 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM342359 1 0.4741 0.5759 0.668 0.000 0.004 0.328
#> GSM342360 1 0.2149 0.8639 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM342361 4 0.0657 0.8628 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342362 1 0.0336 0.8919 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM342363 1 0.0188 0.8923 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342364 2 0.1389 0.8731 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.0376 0.8644 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM342367 2 0.0188 0.8835 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.1867 0.8588 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM342369 4 0.3569 0.7764 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM342370 4 0.0469 0.8627 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342372 4 0.4692 0.7571 0.032 0.212 0.000 0.756
#> GSM342373 2 0.1151 0.8790 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM342374 4 0.1389 0.8606 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM342375 4 0.3937 0.7813 0.012 0.188 0.000 0.800
#> GSM342376 1 0.1867 0.8663 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM342377 2 0.4761 0.4266 0.372 0.628 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.1305 0.8843 0.960 0.036 0.004 0.000
#> GSM342379 1 0.0592 0.8914 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM342381 2 0.4999 0.1541 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.2408 0.8380 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM342384 2 0.0707 0.8838 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342386 2 0.0336 0.8839 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.0921 0.8895 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM342388 3 0.2266 0.8891 0.084 0.004 0.912 0.000
#> GSM342389 2 0.0817 0.8821 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.2216 0.8498 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM342391 1 0.0804 0.8918 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM342392 3 0.0376 0.9367 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342393 4 0.0376 0.8645 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM342394 1 0.3219 0.7624 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM342395 2 0.0188 0.8835 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0336 0.9367 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM342397 3 0.2882 0.8803 0.084 0.000 0.892 0.024
#> GSM342398 2 0.3356 0.7860 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM342400 2 0.1389 0.8777 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342401 3 0.0469 0.9357 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM342403 1 0.1833 0.8837 0.944 0.024 0.032 0.000
#> GSM342405 4 0.1557 0.8509 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM342406 1 0.0336 0.8920 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM342407 3 0.1209 0.9267 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM342410 1 0.0469 0.8912 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342411 1 0.0188 0.8921 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342412 1 0.3444 0.7904 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM342413 4 0.3307 0.8107 0.104 0.000 0.028 0.868
#> GSM342414 3 0.1576 0.9160 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM342415 1 0.2704 0.8268 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM342416 1 0.0469 0.8912 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342417 1 0.4193 0.6964 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM342418 4 0.3266 0.7465 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM342419 2 0.4331 0.6495 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.3105 0.7946 0.140 0.004 0.000 0.856
#> GSM342422 2 0.1637 0.8723 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342423 2 0.4364 0.7612 0.136 0.808 0.000 0.056
#> GSM342424 4 0.2443 0.8491 0.060 0.024 0.000 0.916
#> GSM342425 4 0.1174 0.8630 0.020 0.012 0.000 0.968
#> GSM342427 4 0.2611 0.8468 0.008 0.096 0.000 0.896
#> GSM342428 4 0.1059 0.8651 0.012 0.016 0.000 0.972
#> GSM342429 2 0.1209 0.8777 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM342430 3 0.0376 0.9367 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342431 3 0.0376 0.9367 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342432 3 0.0921 0.9273 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM342433 3 0.0707 0.9319 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM342434 4 0.4522 0.5600 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM342435 3 0.1022 0.9274 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM342436 3 0.0376 0.9366 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM342438 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342439 3 0.0336 0.9364 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342440 3 0.0336 0.9355 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342442 3 0.0336 0.9364 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342443 4 0.4720 0.6013 0.000 0.324 0.004 0.672
#> GSM342445 3 0.0188 0.9361 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342446 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342447 3 0.0657 0.9349 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM342448 3 0.2081 0.8890 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM342449 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342450 3 0.1389 0.9188 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM342452 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342453 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342455 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342456 4 0.0657 0.8628 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM342457 2 0.0000 0.8835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342458 4 0.3311 0.7944 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM342459 2 0.3105 0.7689 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM342460 2 0.5151 -0.0391 0.000 0.532 0.004 0.464
#> GSM342461 2 0.0000 0.8835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342464 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342465 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342466 3 0.4756 0.7528 0.144 0.072 0.784 0.000
#> GSM342468 4 0.4040 0.7243 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM342469 2 0.3486 0.7672 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM342470 4 0.3764 0.7735 0.012 0.000 0.172 0.816
#> GSM342472 4 0.1004 0.8622 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM342473 2 0.0000 0.8835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.8835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342476 4 0.3208 0.8079 0.000 0.148 0.004 0.848
#> GSM342478 2 0.1388 0.8759 0.000 0.960 0.028 0.012
#> GSM342479 2 0.3574 0.8422 0.044 0.876 0.016 0.064
#> GSM342480 4 0.3982 0.7483 0.000 0.220 0.004 0.776
#> GSM342481 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.8835 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.1059 0.8801 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM342485 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342486 2 0.0336 0.8840 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342487 3 0.0921 0.9294 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM342488 4 0.3982 0.7508 0.000 0.220 0.004 0.776
#> GSM342489 2 0.5163 -0.1048 0.000 0.516 0.004 0.480
#> GSM342490 4 0.0376 0.8642 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM342492 3 0.0817 0.9310 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342493 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342494 4 0.3539 0.7880 0.000 0.176 0.004 0.820
#> GSM342497 4 0.1004 0.8640 0.000 0.024 0.004 0.972
#> GSM342498 2 0.3852 0.7734 0.180 0.808 0.012 0.000
#> GSM342499 2 0.3626 0.7688 0.184 0.812 0.004 0.000
#> GSM342500 2 0.1305 0.8676 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM342501 2 0.3392 0.8209 0.124 0.856 0.020 0.000
#> GSM342502 2 0.0188 0.8838 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342503 2 0.0895 0.8817 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM342504 2 0.1174 0.8792 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM342505 3 0.0188 0.9370 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342506 2 0.6921 0.5182 0.160 0.580 0.260 0.000
#> GSM342507 1 0.0779 0.8920 0.980 0.016 0.004 0.000
#> GSM342508 2 0.4998 0.7226 0.200 0.748 0.052 0.000
#> GSM342509 3 0.4735 0.7516 0.148 0.068 0.784 0.000
#> GSM342510 4 0.2662 0.8308 0.016 0.000 0.084 0.900
#> GSM342511 3 0.1716 0.9063 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM342512 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342513 2 0.0592 0.8836 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342514 3 0.0469 0.9345 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM342515 2 0.3870 0.7460 0.208 0.788 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.6417 0.29205 0.520 0.096 0.000 0.028 0.356
#> GSM342323 4 0.5476 0.49218 0.184 0.000 0.000 0.656 0.160
#> GSM342325 1 0.6268 0.18608 0.480 0.080 0.000 0.024 0.416
#> GSM342326 4 0.2011 0.70612 0.020 0.008 0.000 0.928 0.044
#> GSM342327 4 0.2304 0.70305 0.044 0.000 0.000 0.908 0.048
#> GSM342329 4 0.6200 0.29313 0.180 0.000 0.000 0.540 0.280
#> GSM342331 4 0.1300 0.70737 0.028 0.000 0.000 0.956 0.016
#> GSM342334 5 0.2823 0.52150 0.020 0.004 0.004 0.092 0.880
#> GSM342335 5 0.5148 0.36254 0.060 0.264 0.000 0.008 0.668
#> GSM342354 3 0.5107 0.55955 0.064 0.000 0.640 0.000 0.296
#> GSM342371 2 0.2894 0.77019 0.084 0.876 0.000 0.004 0.036
#> GSM342380 5 0.2462 0.49898 0.112 0.008 0.000 0.000 0.880
#> GSM342382 2 0.3381 0.72498 0.176 0.808 0.000 0.000 0.016
#> GSM342399 5 0.4787 0.01341 0.432 0.020 0.000 0.000 0.548
#> GSM342402 5 0.5048 0.00523 0.412 0.004 0.004 0.020 0.560
#> GSM342404 4 0.7211 0.31026 0.168 0.304 0.008 0.488 0.032
#> GSM342408 3 0.8109 0.10006 0.172 0.048 0.424 0.316 0.040
#> GSM342409 5 0.7507 0.34237 0.128 0.136 0.152 0.016 0.568
#> GSM342426 4 0.1571 0.70397 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> GSM342441 3 0.0162 0.87448 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.3661 0.62016 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.2179 0.82455 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.2982 0.75716 0.116 0.860 0.004 0.020 0.000
#> GSM342467 4 0.4573 0.58754 0.164 0.072 0.000 0.756 0.008
#> GSM342484 1 0.4231 0.48837 0.740 0.000 0.016 0.232 0.012
#> GSM342491 4 0.5383 0.17688 0.420 0.000 0.024 0.536 0.020
#> GSM342322 5 0.5559 0.07901 0.392 0.024 0.000 0.032 0.552
#> GSM342338 3 0.2424 0.81419 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM342347 5 0.6011 -0.02197 0.100 0.004 0.404 0.000 0.492
#> GSM342356 5 0.4820 0.31036 0.036 0.000 0.332 0.000 0.632
#> GSM342357 1 0.4892 0.11490 0.496 0.000 0.004 0.016 0.484
#> GSM342366 2 0.0451 0.80002 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM342385 5 0.3855 0.39582 0.240 0.000 0.008 0.004 0.748
#> GSM342421 2 0.5546 0.64695 0.124 0.712 0.000 0.044 0.120
#> GSM342437 4 0.3612 0.56912 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM342454 3 0.2329 0.81207 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.4656 0.47424 0.692 0.036 0.000 0.268 0.004
#> GSM342477 4 0.1430 0.70537 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM342495 2 0.4137 0.70933 0.128 0.792 0.000 0.076 0.004
#> GSM342496 2 0.5629 0.41587 0.312 0.588 0.100 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.1251 0.70725 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> GSM342321 5 0.6362 0.21782 0.256 0.000 0.000 0.224 0.520
#> GSM342324 4 0.5756 0.46854 0.176 0.000 0.000 0.620 0.204
#> GSM342328 5 0.6642 0.14588 0.248 0.000 0.000 0.308 0.444
#> GSM342330 4 0.2859 0.69490 0.068 0.000 0.000 0.876 0.056
#> GSM342332 5 0.6684 0.12100 0.240 0.000 0.000 0.352 0.408
#> GSM342333 5 0.3694 0.50518 0.052 0.024 0.072 0.004 0.848
#> GSM342336 5 0.4575 0.42968 0.052 0.000 0.000 0.236 0.712
#> GSM342337 3 0.5867 0.10882 0.100 0.000 0.496 0.000 0.404
#> GSM342339 3 0.0566 0.87369 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342340 3 0.1943 0.85578 0.020 0.000 0.924 0.000 0.056
#> GSM342341 3 0.0566 0.87409 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM342342 3 0.0566 0.87448 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM342343 3 0.2439 0.81327 0.120 0.000 0.876 0.000 0.004
#> GSM342344 3 0.1701 0.86010 0.016 0.000 0.936 0.000 0.048
#> GSM342345 3 0.0579 0.87473 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM342346 3 0.7688 0.06395 0.096 0.000 0.408 0.352 0.144
#> GSM342348 1 0.4824 0.09075 0.512 0.000 0.000 0.020 0.468
#> GSM342349 3 0.4183 0.75238 0.136 0.000 0.780 0.000 0.084
#> GSM342350 3 0.5618 0.60528 0.152 0.004 0.652 0.000 0.192
#> GSM342351 3 0.6299 0.59562 0.164 0.012 0.652 0.140 0.032
#> GSM342352 3 0.2300 0.84307 0.072 0.000 0.904 0.000 0.024
#> GSM342353 3 0.0865 0.87114 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM342355 5 0.2462 0.49293 0.008 0.000 0.112 0.000 0.880
#> GSM342358 4 0.4998 0.55539 0.196 0.000 0.000 0.700 0.104
#> GSM342359 4 0.4219 0.65084 0.104 0.000 0.000 0.780 0.116
#> GSM342360 4 0.6319 0.28108 0.196 0.000 0.000 0.520 0.284
#> GSM342361 4 0.2077 0.70046 0.040 0.000 0.000 0.920 0.040
#> GSM342362 5 0.6152 0.12039 0.324 0.000 0.000 0.152 0.524
#> GSM342363 5 0.2583 0.48853 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> GSM342364 2 0.1568 0.79390 0.020 0.944 0.000 0.000 0.036
#> GSM342365 4 0.6496 0.40503 0.168 0.264 0.000 0.552 0.016
#> GSM342367 2 0.1608 0.79362 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 2 0.1106 0.79789 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
#> GSM342369 2 0.6550 0.52208 0.172 0.620 0.000 0.144 0.064
#> GSM342370 4 0.6477 0.41222 0.168 0.260 0.000 0.556 0.016
#> GSM342372 2 0.6949 0.44594 0.156 0.560 0.000 0.060 0.224
#> GSM342373 2 0.1830 0.79084 0.052 0.932 0.000 0.004 0.012
#> GSM342374 4 0.6951 0.24332 0.164 0.340 0.000 0.468 0.028
#> GSM342375 2 0.7640 0.26332 0.164 0.452 0.000 0.088 0.296
#> GSM342376 5 0.2777 0.50083 0.016 0.120 0.000 0.000 0.864
#> GSM342377 5 0.4793 0.15411 0.020 0.436 0.000 0.000 0.544
#> GSM342378 1 0.4863 0.46854 0.672 0.056 0.000 0.000 0.272
#> GSM342379 5 0.1502 0.52631 0.056 0.004 0.000 0.000 0.940
#> GSM342381 5 0.5813 0.21026 0.112 0.328 0.000 0.000 0.560
#> GSM342383 5 0.5759 -0.03176 0.388 0.092 0.000 0.000 0.520
#> GSM342384 2 0.2110 0.78958 0.072 0.912 0.000 0.000 0.016
#> GSM342386 2 0.1608 0.79362 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.5811 0.40134 0.264 0.000 0.000 0.596 0.140
#> GSM342388 3 0.2540 0.83026 0.088 0.000 0.888 0.000 0.024
#> GSM342389 2 0.2074 0.79088 0.044 0.920 0.000 0.000 0.036
#> GSM342390 1 0.5942 0.10269 0.472 0.000 0.080 0.008 0.440
#> GSM342391 1 0.4762 0.42963 0.684 0.004 0.008 0.024 0.280
#> GSM342392 3 0.0510 0.87347 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.5649 0.54748 0.168 0.116 0.008 0.692 0.016
#> GSM342394 1 0.4596 0.57868 0.784 0.096 0.000 0.032 0.088
#> GSM342395 2 0.0290 0.79953 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342396 3 0.0566 0.87369 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM342397 3 0.4665 0.71698 0.112 0.000 0.740 0.000 0.148
#> GSM342398 2 0.5831 0.39404 0.160 0.604 0.000 0.000 0.236
#> GSM342400 2 0.2376 0.78741 0.052 0.904 0.000 0.000 0.044
#> GSM342401 3 0.0579 0.87432 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM342403 5 0.1989 0.52760 0.020 0.016 0.032 0.000 0.932
#> GSM342405 4 0.8402 0.33802 0.168 0.104 0.220 0.468 0.040
#> GSM342406 1 0.5636 0.17557 0.524 0.000 0.016 0.044 0.416
#> GSM342407 3 0.3291 0.79910 0.120 0.000 0.840 0.000 0.040
#> GSM342410 1 0.4650 0.11859 0.520 0.000 0.000 0.012 0.468
#> GSM342411 5 0.6119 0.23343 0.296 0.000 0.000 0.160 0.544
#> GSM342412 5 0.1106 0.53264 0.012 0.000 0.000 0.024 0.964
#> GSM342413 4 0.3805 0.68615 0.108 0.000 0.020 0.828 0.044
#> GSM342414 3 0.3484 0.78299 0.144 0.000 0.824 0.004 0.028
#> GSM342415 5 0.2077 0.52086 0.008 0.084 0.000 0.000 0.908
#> GSM342416 5 0.4769 0.04576 0.440 0.000 0.004 0.012 0.544
#> GSM342417 4 0.4467 0.60333 0.084 0.000 0.000 0.752 0.164
#> GSM342418 4 0.2570 0.70103 0.028 0.000 0.000 0.888 0.084
#> GSM342419 1 0.6193 0.41141 0.548 0.260 0.000 0.000 0.192
#> GSM342420 4 0.4017 0.63661 0.148 0.000 0.000 0.788 0.064
#> GSM342422 2 0.3641 0.73068 0.120 0.820 0.000 0.000 0.060
#> GSM342423 2 0.3529 0.75025 0.112 0.840 0.000 0.016 0.032
#> GSM342424 4 0.3888 0.64556 0.136 0.000 0.000 0.800 0.064
#> GSM342425 4 0.2305 0.69395 0.092 0.000 0.000 0.896 0.012
#> GSM342427 4 0.3501 0.69824 0.068 0.044 0.000 0.856 0.032
#> GSM342428 4 0.1828 0.70102 0.032 0.028 0.000 0.936 0.004
#> GSM342429 1 0.7095 0.26962 0.488 0.328 0.040 0.140 0.004
#> GSM342430 3 0.0703 0.87177 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0963 0.86791 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.3837 0.57308 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM342433 3 0.0833 0.87442 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004
#> GSM342434 3 0.6130 0.51992 0.164 0.004 0.612 0.212 0.008
#> GSM342435 3 0.1518 0.86586 0.048 0.000 0.944 0.004 0.004
#> GSM342436 3 0.0162 0.87448 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.0290 0.87489 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0703 0.87262 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0290 0.87414 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.1410 0.85762 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.4579 0.68588 0.144 0.764 0.004 0.084 0.004
#> GSM342445 3 0.0290 0.87487 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0000 0.87469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.1732 0.84596 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.2445 0.82770 0.108 0.000 0.884 0.004 0.004
#> GSM342449 3 0.0000 0.87469 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342450 3 0.1831 0.84859 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM342452 3 0.0290 0.87420 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0510 0.87347 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0290 0.87420 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM342456 4 0.1485 0.70406 0.032 0.000 0.000 0.948 0.020
#> GSM342457 2 0.1410 0.79624 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.6507 0.19497 0.164 0.500 0.000 0.328 0.008
#> GSM342459 2 0.2795 0.76229 0.100 0.872 0.000 0.028 0.000
#> GSM342460 2 0.3496 0.74057 0.124 0.832 0.000 0.040 0.004
#> GSM342461 2 0.1732 0.79202 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.3053 0.74544 0.164 0.828 0.008 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.2929 0.75422 0.152 0.840 0.008 0.000 0.000
#> GSM342465 2 0.3282 0.72409 0.188 0.804 0.008 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.3305 0.47004 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.4994 0.63401 0.152 0.720 0.000 0.124 0.004
#> GSM342469 1 0.3912 0.55210 0.768 0.208 0.000 0.004 0.020
#> GSM342470 4 0.3689 0.66066 0.144 0.000 0.032 0.816 0.008
#> GSM342472 4 0.4788 0.58881 0.164 0.044 0.024 0.760 0.008
#> GSM342473 2 0.2011 0.79082 0.088 0.908 0.000 0.004 0.000
#> GSM342474 2 0.1908 0.78773 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.0404 0.87524 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM342476 4 0.6759 0.04183 0.164 0.408 0.004 0.416 0.008
#> GSM342478 2 0.1924 0.79170 0.064 0.924 0.008 0.000 0.004
#> GSM342479 1 0.5530 0.50870 0.696 0.048 0.012 0.212 0.032
#> GSM342480 2 0.5355 0.60898 0.144 0.696 0.004 0.152 0.004
#> GSM342481 2 0.3353 0.71659 0.196 0.796 0.008 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0955 0.80069 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> GSM342483 2 0.1864 0.79894 0.068 0.924 0.000 0.004 0.004
#> GSM342485 2 0.3461 0.68464 0.224 0.772 0.004 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.3336 0.68186 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 3 0.1502 0.85922 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> GSM342488 2 0.6136 0.24847 0.104 0.520 0.004 0.368 0.004
#> GSM342489 2 0.3374 0.74884 0.108 0.844 0.000 0.044 0.004
#> GSM342490 4 0.1087 0.69586 0.016 0.008 0.000 0.968 0.008
#> GSM342492 3 0.0865 0.87106 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM342493 2 0.2690 0.75199 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 4 0.6622 0.10401 0.160 0.392 0.004 0.440 0.004
#> GSM342497 4 0.4480 0.59976 0.128 0.092 0.000 0.772 0.008
#> GSM342498 1 0.4205 0.58306 0.808 0.108 0.016 0.064 0.004
#> GSM342499 1 0.3863 0.52257 0.740 0.248 0.000 0.000 0.012
#> GSM342500 2 0.1597 0.79018 0.048 0.940 0.000 0.012 0.000
#> GSM342501 1 0.4698 0.51518 0.708 0.244 0.040 0.008 0.000
#> GSM342502 2 0.1831 0.79364 0.076 0.920 0.004 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0671 0.80104 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0833 0.79887 0.016 0.976 0.000 0.004 0.004
#> GSM342505 3 0.0703 0.87254 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.4159 0.52227 0.780 0.036 0.172 0.000 0.012
#> GSM342507 1 0.5292 0.44081 0.660 0.000 0.004 0.252 0.084
#> GSM342508 1 0.4356 0.57190 0.784 0.140 0.060 0.000 0.016
#> GSM342509 1 0.5557 0.47057 0.692 0.000 0.196 0.068 0.044
#> GSM342510 4 0.2990 0.69215 0.080 0.000 0.012 0.876 0.032
#> GSM342511 3 0.1043 0.86709 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM342512 2 0.2843 0.75948 0.144 0.848 0.008 0.000 0.000
#> GSM342513 2 0.3635 0.65426 0.248 0.748 0.004 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.4834 0.66709 0.152 0.000 0.740 0.100 0.008
#> GSM342515 1 0.3684 0.56291 0.788 0.192 0.004 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.6078 0.4815 0.108 0.020 0.000 0.228 0.604 0.040
#> GSM342323 4 0.3309 0.5565 0.016 0.000 0.000 0.788 0.192 0.004
#> GSM342325 1 0.7199 0.0337 0.432 0.032 0.000 0.180 0.308 0.048
#> GSM342326 4 0.1168 0.6298 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> GSM342327 4 0.1237 0.6326 0.004 0.000 0.000 0.956 0.020 0.020
#> GSM342329 4 0.3915 0.4305 0.008 0.000 0.000 0.696 0.284 0.012
#> GSM342331 4 0.1049 0.6275 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM342334 5 0.2685 0.6556 0.000 0.000 0.004 0.044 0.872 0.080
#> GSM342335 5 0.4659 0.4870 0.000 0.252 0.000 0.004 0.668 0.076
#> GSM342354 3 0.4313 0.7008 0.000 0.004 0.728 0.000 0.184 0.084
#> GSM342371 2 0.1819 0.7549 0.008 0.932 0.000 0.004 0.024 0.032
#> GSM342380 5 0.1562 0.6515 0.024 0.000 0.000 0.032 0.940 0.004
#> GSM342382 2 0.5850 0.4919 0.048 0.600 0.000 0.000 0.124 0.228
#> GSM342399 5 0.5844 0.3331 0.300 0.004 0.000 0.088 0.568 0.040
#> GSM342402 5 0.5820 0.1607 0.356 0.000 0.000 0.068 0.524 0.052
#> GSM342404 6 0.6379 0.2315 0.000 0.384 0.016 0.176 0.008 0.416
#> GSM342408 6 0.5360 -0.1942 0.000 0.032 0.460 0.028 0.008 0.472
#> GSM342409 5 0.5656 0.5089 0.000 0.120 0.100 0.000 0.660 0.120
#> GSM342426 4 0.1003 0.6280 0.004 0.000 0.000 0.964 0.004 0.028
#> GSM342441 3 0.1138 0.8028 0.024 0.004 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM342444 3 0.5102 0.5537 0.140 0.000 0.620 0.000 0.000 0.240
#> GSM342451 3 0.3200 0.7256 0.196 0.000 0.788 0.000 0.000 0.016
#> GSM342462 2 0.1584 0.7402 0.000 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM342467 4 0.5719 -0.0614 0.000 0.076 0.032 0.472 0.000 0.420
#> GSM342484 1 0.4623 0.6209 0.736 0.000 0.008 0.156 0.016 0.084
#> GSM342491 4 0.3701 0.6019 0.056 0.000 0.004 0.816 0.020 0.104
#> GSM342322 5 0.4668 0.4411 0.028 0.004 0.000 0.292 0.656 0.020
#> GSM342338 3 0.3203 0.7647 0.004 0.000 0.812 0.000 0.160 0.024
#> GSM342347 3 0.5598 0.4706 0.000 0.008 0.552 0.000 0.300 0.140
#> GSM342356 1 0.6004 -0.0293 0.416 0.000 0.400 0.000 0.176 0.008
#> GSM342357 1 0.5920 0.1629 0.492 0.004 0.000 0.060 0.392 0.052
#> GSM342366 2 0.1452 0.7596 0.020 0.948 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM342385 5 0.2663 0.6431 0.012 0.000 0.000 0.084 0.876 0.028
#> GSM342421 2 0.2922 0.7308 0.000 0.864 0.000 0.012 0.068 0.056
#> GSM342437 4 0.4377 0.5308 0.244 0.000 0.000 0.688 0.000 0.068
#> GSM342454 3 0.3555 0.7136 0.040 0.000 0.776 0.000 0.000 0.184
#> GSM342471 1 0.2954 0.6883 0.876 0.040 0.000 0.048 0.008 0.028
#> GSM342477 4 0.2405 0.5973 0.016 0.004 0.000 0.880 0.000 0.100
#> GSM342495 2 0.2480 0.7078 0.000 0.872 0.000 0.024 0.000 0.104
#> GSM342496 6 0.6785 -0.1962 0.080 0.380 0.144 0.000 0.000 0.396
#> GSM342320 4 0.1888 0.6198 0.004 0.000 0.000 0.916 0.012 0.068
#> GSM342321 4 0.5021 0.1168 0.024 0.000 0.000 0.536 0.408 0.032
#> GSM342324 4 0.3990 0.4126 0.016 0.000 0.000 0.676 0.304 0.004
#> GSM342328 4 0.4570 0.2536 0.024 0.000 0.000 0.596 0.368 0.012
#> GSM342330 4 0.1116 0.6340 0.008 0.000 0.000 0.960 0.028 0.004
#> GSM342332 4 0.4663 0.3152 0.008 0.000 0.000 0.624 0.324 0.044
#> GSM342333 5 0.3489 0.6403 0.000 0.036 0.028 0.004 0.832 0.100
#> GSM342336 4 0.4835 0.0944 0.004 0.000 0.000 0.540 0.408 0.048
#> GSM342337 3 0.5203 0.1130 0.456 0.000 0.464 0.000 0.076 0.004
#> GSM342339 3 0.1546 0.8062 0.020 0.000 0.944 0.000 0.020 0.016
#> GSM342340 3 0.3316 0.7672 0.052 0.000 0.812 0.000 0.136 0.000
#> GSM342341 3 0.1390 0.8068 0.004 0.000 0.948 0.000 0.032 0.016
#> GSM342342 3 0.1605 0.8060 0.004 0.000 0.936 0.000 0.044 0.016
#> GSM342343 3 0.3746 0.6348 0.272 0.000 0.712 0.000 0.012 0.004
#> GSM342344 3 0.2852 0.7846 0.000 0.000 0.856 0.000 0.080 0.064
#> GSM342345 3 0.1511 0.8069 0.012 0.000 0.940 0.000 0.044 0.004
#> GSM342346 5 0.6560 0.2090 0.000 0.000 0.156 0.332 0.456 0.056
#> GSM342348 1 0.2928 0.7012 0.880 0.000 0.016 0.028 0.048 0.028
#> GSM342349 3 0.3943 0.7361 0.000 0.016 0.776 0.000 0.052 0.156
#> GSM342350 3 0.4981 0.6329 0.000 0.016 0.672 0.000 0.100 0.212
#> GSM342351 3 0.4737 0.4805 0.000 0.024 0.612 0.008 0.012 0.344
#> GSM342352 3 0.3333 0.7306 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192
#> GSM342353 3 0.2263 0.7979 0.004 0.000 0.900 0.000 0.060 0.036
#> GSM342355 5 0.3236 0.5792 0.004 0.000 0.140 0.000 0.820 0.036
#> GSM342358 4 0.6228 0.4378 0.220 0.000 0.000 0.556 0.052 0.172
#> GSM342359 4 0.6061 0.4195 0.124 0.000 0.000 0.544 0.044 0.288
#> GSM342360 4 0.7534 0.1488 0.276 0.000 0.000 0.344 0.216 0.164
#> GSM342361 4 0.4989 0.3113 0.060 0.000 0.000 0.528 0.004 0.408
#> GSM342362 1 0.6744 0.2821 0.476 0.000 0.000 0.164 0.280 0.080
#> GSM342363 1 0.5125 0.1875 0.488 0.000 0.000 0.024 0.452 0.036
#> GSM342364 2 0.1579 0.7585 0.008 0.944 0.004 0.000 0.020 0.024
#> GSM342365 6 0.6251 0.2861 0.000 0.300 0.000 0.276 0.008 0.416
#> GSM342367 2 0.1616 0.7516 0.048 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM342368 2 0.1630 0.7590 0.016 0.940 0.000 0.000 0.024 0.020
#> GSM342369 2 0.3887 0.5325 0.000 0.724 0.000 0.020 0.008 0.248
#> GSM342370 6 0.6041 0.2412 0.000 0.384 0.000 0.208 0.004 0.404
#> GSM342372 2 0.4605 0.5808 0.000 0.728 0.000 0.024 0.084 0.164
#> GSM342373 2 0.1317 0.7589 0.008 0.956 0.000 0.004 0.016 0.016
#> GSM342374 2 0.5037 0.1054 0.000 0.540 0.000 0.080 0.000 0.380
#> GSM342375 2 0.4648 0.3698 0.000 0.628 0.000 0.008 0.044 0.320
#> GSM342376 5 0.3961 0.6102 0.036 0.160 0.000 0.000 0.776 0.028
#> GSM342377 2 0.5581 0.3904 0.188 0.584 0.000 0.000 0.220 0.008
#> GSM342378 1 0.2658 0.6878 0.884 0.024 0.000 0.004 0.072 0.016
#> GSM342379 5 0.1675 0.6578 0.032 0.000 0.000 0.024 0.936 0.008
#> GSM342381 5 0.6887 0.4737 0.104 0.244 0.000 0.064 0.540 0.048
#> GSM342383 5 0.4191 0.5775 0.140 0.020 0.000 0.044 0.780 0.016
#> GSM342384 2 0.2426 0.7425 0.048 0.896 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM342386 2 0.1718 0.7563 0.024 0.936 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM342387 4 0.5730 0.4640 0.268 0.000 0.000 0.596 0.072 0.064
#> GSM342388 3 0.5022 0.5892 0.048 0.000 0.656 0.000 0.256 0.040
#> GSM342389 2 0.2007 0.7513 0.036 0.916 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM342390 1 0.3791 0.6765 0.820 0.000 0.076 0.012 0.020 0.072
#> GSM342391 1 0.2461 0.7011 0.908 0.008 0.008 0.020 0.036 0.020
#> GSM342392 3 0.1464 0.8037 0.016 0.000 0.944 0.000 0.004 0.036
#> GSM342393 6 0.5759 0.0338 0.000 0.120 0.012 0.424 0.000 0.444
#> GSM342394 1 0.2662 0.6953 0.896 0.028 0.000 0.028 0.028 0.020
#> GSM342395 2 0.1180 0.7592 0.004 0.960 0.000 0.004 0.008 0.024
#> GSM342396 3 0.1549 0.8042 0.044 0.000 0.936 0.000 0.020 0.000
#> GSM342397 3 0.4360 0.6499 0.000 0.000 0.680 0.000 0.260 0.060
#> GSM342398 5 0.6568 0.3139 0.068 0.356 0.000 0.020 0.480 0.076
#> GSM342400 2 0.2240 0.7485 0.056 0.904 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM342401 3 0.1524 0.8043 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060 0.000
#> GSM342403 5 0.2888 0.6520 0.020 0.040 0.004 0.004 0.880 0.052
#> GSM342405 6 0.6959 0.2451 0.000 0.092 0.312 0.132 0.008 0.456
#> GSM342406 1 0.4635 0.6603 0.776 0.000 0.028 0.056 0.072 0.068
#> GSM342407 3 0.3206 0.7584 0.000 0.004 0.816 0.000 0.028 0.152
#> GSM342410 1 0.4118 0.5757 0.732 0.000 0.000 0.032 0.220 0.016
#> GSM342411 5 0.6209 0.1185 0.348 0.000 0.000 0.236 0.408 0.008
#> GSM342412 5 0.1908 0.6570 0.000 0.000 0.000 0.028 0.916 0.056
#> GSM342413 4 0.6804 0.2085 0.232 0.000 0.048 0.380 0.000 0.340
#> GSM342414 3 0.3457 0.7236 0.000 0.012 0.780 0.000 0.012 0.196
#> GSM342415 5 0.5020 0.4156 0.020 0.300 0.000 0.004 0.628 0.048
#> GSM342416 1 0.3411 0.6893 0.848 0.000 0.044 0.016 0.020 0.072
#> GSM342417 4 0.3509 0.5873 0.016 0.000 0.000 0.788 0.180 0.016
#> GSM342418 4 0.3972 0.6078 0.012 0.000 0.000 0.776 0.144 0.068
#> GSM342419 1 0.7116 0.2979 0.540 0.196 0.000 0.068 0.136 0.060
#> GSM342420 4 0.1718 0.6303 0.008 0.000 0.000 0.932 0.044 0.016
#> GSM342422 2 0.4208 0.6394 0.096 0.760 0.000 0.000 0.132 0.012
#> GSM342423 2 0.1760 0.7503 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020 0.048
#> GSM342424 4 0.1518 0.6314 0.008 0.000 0.000 0.944 0.024 0.024
#> GSM342425 4 0.1149 0.6324 0.008 0.000 0.000 0.960 0.008 0.024
#> GSM342427 4 0.4837 0.5275 0.080 0.036 0.000 0.744 0.016 0.124
#> GSM342428 4 0.2432 0.5819 0.000 0.024 0.000 0.876 0.000 0.100
#> GSM342429 6 0.7122 -0.1664 0.068 0.036 0.052 0.392 0.024 0.428
#> GSM342430 3 0.2538 0.7667 0.016 0.000 0.860 0.000 0.000 0.124
#> GSM342431 3 0.2214 0.7827 0.016 0.000 0.888 0.000 0.000 0.096
#> GSM342432 3 0.4829 0.4909 0.308 0.000 0.612 0.000 0.000 0.080
#> GSM342433 3 0.3172 0.7500 0.016 0.000 0.820 0.012 0.000 0.152
#> GSM342434 3 0.5309 0.2878 0.004 0.016 0.536 0.056 0.000 0.388
#> GSM342435 3 0.3783 0.6485 0.008 0.004 0.728 0.008 0.000 0.252
#> GSM342436 3 0.0870 0.8057 0.012 0.004 0.972 0.000 0.000 0.012
#> GSM342438 3 0.3758 0.6733 0.024 0.004 0.740 0.000 0.000 0.232
#> GSM342439 3 0.3807 0.6757 0.028 0.004 0.740 0.000 0.000 0.228
#> GSM342440 3 0.0922 0.8043 0.024 0.004 0.968 0.000 0.000 0.004
#> GSM342442 3 0.4360 0.5379 0.028 0.004 0.628 0.000 0.000 0.340
#> GSM342443 2 0.2450 0.7022 0.000 0.868 0.000 0.016 0.000 0.116
#> GSM342445 3 0.0909 0.8049 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM342446 3 0.0405 0.8053 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM342447 3 0.3409 0.6057 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.3384 0.6890 0.000 0.004 0.760 0.008 0.000 0.228
#> GSM342449 3 0.1485 0.8014 0.028 0.004 0.944 0.000 0.000 0.024
#> GSM342450 3 0.3192 0.7548 0.000 0.020 0.828 0.016 0.000 0.136
#> GSM342452 3 0.0692 0.8048 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.0891 0.8046 0.024 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008
#> GSM342455 3 0.0622 0.8050 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342456 4 0.4857 0.3059 0.060 0.000 0.000 0.532 0.000 0.408
#> GSM342457 2 0.1701 0.7510 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342458 2 0.4626 0.3939 0.000 0.652 0.000 0.076 0.000 0.272
#> GSM342459 2 0.1563 0.7421 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> GSM342460 2 0.2006 0.7275 0.000 0.904 0.000 0.016 0.000 0.080
#> GSM342461 2 0.1124 0.7562 0.036 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342463 2 0.5552 0.3873 0.044 0.532 0.052 0.000 0.000 0.372
#> GSM342464 2 0.4047 0.6096 0.036 0.716 0.004 0.000 0.000 0.244
#> GSM342465 2 0.5250 0.4486 0.048 0.576 0.032 0.000 0.000 0.344
#> GSM342466 1 0.1781 0.6985 0.924 0.000 0.060 0.000 0.008 0.008
#> GSM342468 2 0.2821 0.6728 0.000 0.832 0.000 0.016 0.000 0.152
#> GSM342469 1 0.4682 0.6039 0.772 0.076 0.000 0.052 0.028 0.072
#> GSM342470 1 0.6744 -0.1506 0.376 0.004 0.032 0.352 0.000 0.236
#> GSM342472 6 0.5730 -0.0421 0.004 0.036 0.060 0.416 0.000 0.484
#> GSM342473 2 0.2540 0.7447 0.044 0.892 0.000 0.020 0.000 0.044
#> GSM342474 2 0.2699 0.7413 0.048 0.884 0.000 0.028 0.000 0.040
#> GSM342475 3 0.1261 0.8037 0.024 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024
#> GSM342476 2 0.6109 -0.3065 0.000 0.376 0.000 0.312 0.000 0.312
#> GSM342478 2 0.3630 0.6957 0.024 0.796 0.024 0.000 0.000 0.156
#> GSM342479 4 0.6336 0.2766 0.056 0.020 0.028 0.524 0.024 0.348
#> GSM342480 2 0.4087 0.5953 0.000 0.760 0.004 0.100 0.000 0.136
#> GSM342481 2 0.6215 0.4055 0.040 0.544 0.028 0.072 0.000 0.316
#> GSM342482 2 0.0291 0.7593 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.1152 0.7612 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342485 2 0.4909 0.4636 0.056 0.588 0.008 0.000 0.000 0.348
#> GSM342486 2 0.4006 0.6713 0.084 0.772 0.008 0.000 0.000 0.136
#> GSM342487 3 0.2136 0.7973 0.016 0.012 0.908 0.000 0.000 0.064
#> GSM342488 4 0.5261 0.1419 0.008 0.280 0.004 0.612 0.000 0.096
#> GSM342489 2 0.2006 0.7277 0.000 0.904 0.000 0.016 0.000 0.080
#> GSM342490 4 0.2902 0.5357 0.000 0.004 0.000 0.800 0.000 0.196
#> GSM342492 3 0.1958 0.7865 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100
#> GSM342493 2 0.3140 0.7170 0.056 0.844 0.008 0.000 0.000 0.092
#> GSM342494 2 0.6131 -0.3682 0.000 0.340 0.000 0.328 0.000 0.332
#> GSM342497 4 0.5462 -0.0522 0.000 0.124 0.000 0.476 0.000 0.400
#> GSM342498 1 0.2076 0.7064 0.920 0.016 0.008 0.044 0.000 0.012
#> GSM342499 1 0.3981 0.6220 0.804 0.088 0.000 0.008 0.024 0.076
#> GSM342500 2 0.1741 0.7540 0.012 0.936 0.008 0.008 0.000 0.036
#> GSM342501 6 0.8458 -0.0355 0.176 0.112 0.112 0.144 0.020 0.436
#> GSM342502 2 0.2643 0.7265 0.008 0.856 0.008 0.000 0.000 0.128
#> GSM342503 2 0.0363 0.7598 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM342504 2 0.3230 0.7216 0.024 0.836 0.024 0.000 0.000 0.116
#> GSM342505 3 0.3695 0.6578 0.024 0.000 0.732 0.000 0.000 0.244
#> GSM342506 1 0.1462 0.7000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.000 0.008
#> GSM342507 1 0.3869 0.6685 0.808 0.000 0.016 0.084 0.008 0.084
#> GSM342508 1 0.1565 0.7024 0.944 0.008 0.032 0.000 0.008 0.008
#> GSM342509 1 0.3968 0.6751 0.804 0.000 0.072 0.032 0.004 0.088
#> GSM342510 4 0.5891 0.3769 0.140 0.000 0.004 0.520 0.012 0.324
#> GSM342511 3 0.2967 0.7849 0.012 0.016 0.872 0.032 0.000 0.068
#> GSM342512 2 0.3759 0.6436 0.024 0.752 0.008 0.000 0.000 0.216
#> GSM342513 2 0.5604 0.3981 0.080 0.536 0.028 0.000 0.000 0.356
#> GSM342514 1 0.7662 0.0372 0.348 0.004 0.200 0.268 0.000 0.180
#> GSM342515 1 0.2017 0.6896 0.920 0.048 0.000 0.004 0.008 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:NMF 183 0.2723 2
#> MAD:NMF 177 0.1561 3
#> MAD:NMF 188 0.2379 4
#> MAD:NMF 138 0.6440 5
#> MAD:NMF 134 0.0533 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.5014 0.500 0.500
#> 3 3 0.749 0.558 0.855 0.1816 0.969 0.938
#> 4 4 0.633 0.535 0.768 0.1126 0.955 0.905
#> 5 5 0.602 0.577 0.747 0.0874 0.882 0.725
#> 6 6 0.651 0.661 0.810 0.0765 0.854 0.567
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342323 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342326 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342327 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342329 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342331 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342334 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342335 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342371 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342404 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342408 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342409 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342426 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342441 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342451 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342421 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342454 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342320 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342321 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342324 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342330 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342332 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342333 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342336 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342348 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342349 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.9087 0.530 0.676 0.324
#> GSM342352 1 0.9087 0.530 0.676 0.324
#> GSM342353 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342358 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342359 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342360 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342361 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342362 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342363 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342365 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342368 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342369 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342370 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342372 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342373 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342374 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342375 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342392 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342393 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342405 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342406 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342407 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342411 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342412 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342413 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342414 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342416 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342417 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342418 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342420 1 0.9087 0.530 0.676 0.324
#> GSM342422 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342423 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM342424 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> GSM342425 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342430 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342431 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342432 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342433 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342434 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342435 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342436 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342438 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342439 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342445 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342446 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342447 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342448 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342449 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342452 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342453 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342455 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342466 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342468 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> GSM342469 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342470 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342472 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342475 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342479 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.5397 0.09144 0.720 0.000 0.280
#> GSM342323 1 0.1411 0.51146 0.964 0.000 0.036
#> GSM342325 1 0.5968 -0.32169 0.636 0.000 0.364
#> GSM342326 1 0.3038 0.49767 0.896 0.000 0.104
#> GSM342327 1 0.3116 0.49499 0.892 0.000 0.108
#> GSM342329 1 0.6307 -0.89394 0.512 0.000 0.488
#> GSM342331 1 0.2625 0.50688 0.916 0.000 0.084
#> GSM342334 1 0.0892 0.52515 0.980 0.000 0.020
#> GSM342335 1 0.6309 -0.93482 0.500 0.000 0.500
#> GSM342354 1 0.0237 0.52465 0.996 0.000 0.004
#> GSM342371 1 0.0237 0.52352 0.996 0.000 0.004
#> GSM342380 1 0.5397 0.09078 0.720 0.000 0.280
#> GSM342382 1 0.5363 0.10601 0.724 0.000 0.276
#> GSM342399 1 0.5968 -0.32169 0.636 0.000 0.364
#> GSM342402 1 0.5431 0.07498 0.716 0.000 0.284
#> GSM342404 1 0.4178 0.44811 0.828 0.000 0.172
#> GSM342408 1 0.4178 0.44811 0.828 0.000 0.172
#> GSM342409 1 0.0000 0.52416 1.000 0.000 0.000
#> GSM342426 2 0.1643 0.95498 0.000 0.956 0.044
#> GSM342441 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342451 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342462 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342467 2 0.4974 0.80425 0.000 0.764 0.236
#> GSM342484 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342322 1 0.5397 0.09144 0.720 0.000 0.280
#> GSM342338 3 0.6299 0.98498 0.476 0.000 0.524
#> GSM342347 1 0.6309 -0.93482 0.500 0.000 0.500
#> GSM342356 1 0.6299 -0.83988 0.524 0.000 0.476
#> GSM342357 1 0.5363 0.10601 0.724 0.000 0.276
#> GSM342366 1 0.5560 -0.00679 0.700 0.000 0.300
#> GSM342385 1 0.5431 0.07688 0.716 0.000 0.284
#> GSM342421 1 0.0237 0.52352 0.996 0.000 0.004
#> GSM342437 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342454 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342471 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342477 2 0.4346 0.84926 0.000 0.816 0.184
#> GSM342495 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342496 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342320 1 0.4121 0.45141 0.832 0.000 0.168
#> GSM342321 1 0.5138 0.15412 0.748 0.000 0.252
#> GSM342324 1 0.1289 0.51369 0.968 0.000 0.032
#> GSM342328 1 0.0747 0.52527 0.984 0.000 0.016
#> GSM342330 1 0.2625 0.50688 0.916 0.000 0.084
#> GSM342332 1 0.2356 0.48987 0.928 0.000 0.072
#> GSM342333 1 0.1289 0.51338 0.968 0.000 0.032
#> GSM342336 1 0.0892 0.52515 0.980 0.000 0.020
#> GSM342337 1 0.6008 -0.36660 0.628 0.000 0.372
#> GSM342339 1 0.3192 0.45089 0.888 0.000 0.112
#> GSM342340 1 0.5497 0.04119 0.708 0.000 0.292
#> GSM342341 1 0.3192 0.45089 0.888 0.000 0.112
#> GSM342342 1 0.5431 0.07688 0.716 0.000 0.284
#> GSM342343 1 0.6008 -0.36660 0.628 0.000 0.372
#> GSM342344 1 0.2711 0.48317 0.912 0.000 0.088
#> GSM342345 1 0.3192 0.45089 0.888 0.000 0.112
#> GSM342346 1 0.3038 0.45575 0.896 0.000 0.104
#> GSM342348 1 0.0000 0.52416 1.000 0.000 0.000
#> GSM342349 1 0.3412 0.47913 0.876 0.000 0.124
#> GSM342350 1 0.5591 -0.12271 0.696 0.000 0.304
#> GSM342351 1 0.8068 0.12478 0.480 0.064 0.456
#> GSM342352 1 0.8068 0.12478 0.480 0.064 0.456
#> GSM342353 1 0.3686 0.46629 0.860 0.000 0.140
#> GSM342355 3 0.6299 0.98498 0.476 0.000 0.524
#> GSM342358 1 0.4555 0.42176 0.800 0.000 0.200
#> GSM342359 1 0.2959 0.49972 0.900 0.000 0.100
#> GSM342360 1 0.2959 0.49972 0.900 0.000 0.100
#> GSM342361 1 0.4605 0.41817 0.796 0.000 0.204
#> GSM342362 1 0.0000 0.52416 1.000 0.000 0.000
#> GSM342363 3 0.6299 0.98498 0.476 0.000 0.524
#> GSM342364 1 0.6008 -0.36660 0.628 0.000 0.372
#> GSM342365 1 0.3038 0.49736 0.896 0.000 0.104
#> GSM342367 1 0.5591 -0.04243 0.696 0.000 0.304
#> GSM342368 1 0.5465 0.05987 0.712 0.000 0.288
#> GSM342369 1 0.2537 0.51792 0.920 0.000 0.080
#> GSM342370 1 0.2537 0.51792 0.920 0.000 0.080
#> GSM342372 1 0.1163 0.52547 0.972 0.000 0.028
#> GSM342373 1 0.0237 0.52352 0.996 0.000 0.004
#> GSM342374 1 0.5785 -0.31488 0.668 0.000 0.332
#> GSM342375 1 0.5785 -0.31488 0.668 0.000 0.332
#> GSM342376 1 0.6299 -0.83988 0.524 0.000 0.476
#> GSM342377 1 0.6299 -0.83988 0.524 0.000 0.476
#> GSM342378 1 0.5988 -0.34805 0.632 0.000 0.368
#> GSM342379 3 0.6299 0.98498 0.476 0.000 0.524
#> GSM342381 1 0.5948 -0.30670 0.640 0.000 0.360
#> GSM342383 1 0.5363 0.10601 0.724 0.000 0.276
#> GSM342384 1 0.5363 0.10601 0.724 0.000 0.276
#> GSM342386 1 0.5363 0.10601 0.724 0.000 0.276
#> GSM342387 1 0.3482 0.49941 0.872 0.000 0.128
#> GSM342388 1 0.5397 0.09144 0.720 0.000 0.280
#> GSM342389 1 0.6008 -0.36660 0.628 0.000 0.372
#> GSM342390 1 0.5497 0.01892 0.708 0.000 0.292
#> GSM342391 1 0.5465 0.03519 0.712 0.000 0.288
#> GSM342392 1 0.3267 0.44637 0.884 0.000 0.116
#> GSM342393 1 0.4605 0.41817 0.796 0.000 0.204
#> GSM342394 1 0.5465 0.03519 0.712 0.000 0.288
#> GSM342395 1 0.5058 0.20143 0.756 0.000 0.244
#> GSM342396 1 0.3192 0.45089 0.888 0.000 0.112
#> GSM342397 1 0.3038 0.45575 0.896 0.000 0.104
#> GSM342398 1 0.6062 -0.42307 0.616 0.000 0.384
#> GSM342400 1 0.5650 -0.06650 0.688 0.000 0.312
#> GSM342401 1 0.6062 -0.42307 0.616 0.000 0.384
#> GSM342403 1 0.5431 0.07498 0.716 0.000 0.284
#> GSM342405 1 0.4178 0.44811 0.828 0.000 0.172
#> GSM342406 1 0.5835 -0.24952 0.660 0.000 0.340
#> GSM342407 1 0.4002 0.46930 0.840 0.000 0.160
#> GSM342410 1 0.5835 -0.24952 0.660 0.000 0.340
#> GSM342411 1 0.0892 0.52515 0.980 0.000 0.020
#> GSM342412 3 0.6309 0.92099 0.500 0.000 0.500
#> GSM342413 1 0.4555 0.42176 0.800 0.000 0.200
#> GSM342414 1 0.4346 0.43389 0.816 0.000 0.184
#> GSM342415 3 0.6299 0.98498 0.476 0.000 0.524
#> GSM342416 1 0.0000 0.52416 1.000 0.000 0.000
#> GSM342417 1 0.1031 0.52462 0.976 0.000 0.024
#> GSM342418 1 0.3038 0.49767 0.896 0.000 0.104
#> GSM342419 1 0.4062 0.41704 0.836 0.000 0.164
#> GSM342420 1 0.8068 0.12478 0.480 0.064 0.456
#> GSM342422 1 0.6204 -0.61822 0.576 0.000 0.424
#> GSM342423 1 0.0237 0.52352 0.996 0.000 0.004
#> GSM342424 2 0.5443 0.77748 0.004 0.736 0.260
#> GSM342425 2 0.0237 0.97458 0.000 0.996 0.004
#> GSM342427 2 0.4974 0.80425 0.000 0.764 0.236
#> GSM342428 2 0.4750 0.82207 0.000 0.784 0.216
#> GSM342429 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342430 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342431 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342432 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342434 2 0.1753 0.95240 0.000 0.952 0.048
#> GSM342435 2 0.0747 0.97120 0.000 0.984 0.016
#> GSM342436 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0592 0.97286 0.000 0.988 0.012
#> GSM342445 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 2 0.0237 0.97435 0.000 0.996 0.004
#> GSM342447 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342448 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0237 0.97458 0.000 0.996 0.004
#> GSM342452 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342453 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342455 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342456 2 0.5016 0.80074 0.000 0.760 0.240
#> GSM342457 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342458 2 0.5016 0.80074 0.000 0.760 0.240
#> GSM342459 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342460 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342461 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342463 2 0.0237 0.97434 0.000 0.996 0.004
#> GSM342464 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342465 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342466 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342468 2 0.5443 0.77748 0.004 0.736 0.260
#> GSM342469 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342470 2 0.4974 0.80459 0.000 0.764 0.236
#> GSM342472 2 0.1964 0.94717 0.000 0.944 0.056
#> GSM342473 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342474 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342475 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342478 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342479 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342480 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342481 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342482 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342483 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342485 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342486 2 0.0424 0.97369 0.000 0.992 0.008
#> GSM342487 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342489 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342490 2 0.0237 0.97458 0.000 0.996 0.004
#> GSM342492 2 0.0592 0.97286 0.000 0.988 0.012
#> GSM342493 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342494 2 0.0747 0.97120 0.000 0.984 0.016
#> GSM342497 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342498 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342499 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342500 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342501 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342502 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342504 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342505 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342507 2 0.1163 0.96611 0.000 0.972 0.028
#> GSM342508 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342509 2 0.0424 0.97360 0.000 0.992 0.008
#> GSM342510 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342511 2 0.0000 0.97477 0.000 1.000 0.000
#> GSM342512 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342513 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
#> GSM342514 2 0.0424 0.97412 0.000 0.992 0.008
#> GSM342515 2 0.0592 0.97257 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 4 0.4382 0.5453 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM342323 4 0.1743 0.6732 0.056 0.000 0.004 0.940
#> GSM342325 4 0.4855 0.3614 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM342326 4 0.2730 0.6440 0.088 0.000 0.016 0.896
#> GSM342327 4 0.2796 0.6411 0.092 0.000 0.016 0.892
#> GSM342329 1 0.5143 0.6828 0.708 0.000 0.036 0.256
#> GSM342331 4 0.2081 0.6546 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM342334 4 0.0895 0.6794 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM342335 1 0.3895 0.7913 0.832 0.000 0.036 0.132
#> GSM342354 4 0.0376 0.6818 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM342371 4 0.0592 0.6827 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342380 4 0.4382 0.5451 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM342382 4 0.4356 0.5497 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342399 4 0.4855 0.3614 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM342402 4 0.4431 0.5401 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM342404 4 0.4235 0.5911 0.092 0.000 0.084 0.824
#> GSM342408 4 0.4235 0.5911 0.092 0.000 0.084 0.824
#> GSM342409 4 0.0592 0.6821 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342426 2 0.1211 0.6488 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM342441 2 0.0707 0.7064 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM342444 2 0.4713 0.4780 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM342451 2 0.4250 0.5628 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM342462 2 0.1637 0.7066 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM342467 2 0.4948 -0.8424 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM342484 2 0.2704 0.6765 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342491 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342322 4 0.4382 0.5453 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM342338 1 0.3372 0.7895 0.868 0.000 0.036 0.096
#> GSM342347 1 0.3895 0.7913 0.832 0.000 0.036 0.132
#> GSM342356 1 0.4950 0.4475 0.620 0.000 0.004 0.376
#> GSM342357 4 0.4356 0.5497 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342366 4 0.4564 0.5035 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM342385 4 0.4406 0.5418 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342421 4 0.0592 0.6827 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342437 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342454 2 0.4543 0.5132 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM342471 2 0.4985 0.3022 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM342477 2 0.4500 -0.3969 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM342495 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342496 2 0.3569 0.6365 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM342320 4 0.4168 0.5946 0.092 0.000 0.080 0.828
#> GSM342321 4 0.4673 0.5319 0.292 0.000 0.008 0.700
#> GSM342324 4 0.1661 0.6771 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM342328 4 0.0469 0.6807 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM342330 4 0.2081 0.6546 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM342332 4 0.2466 0.6709 0.096 0.000 0.004 0.900
#> GSM342333 4 0.1792 0.6708 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM342336 4 0.0895 0.6794 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM342337 4 0.4888 0.3293 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM342339 4 0.3280 0.6596 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM342340 4 0.4454 0.5316 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM342341 4 0.3280 0.6596 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM342342 4 0.4406 0.5418 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM342343 4 0.4888 0.3293 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM342344 4 0.2149 0.6758 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM342345 4 0.3280 0.6596 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM342346 4 0.2831 0.6629 0.120 0.000 0.004 0.876
#> GSM342348 4 0.0592 0.6821 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342349 4 0.3439 0.6267 0.048 0.000 0.084 0.868
#> GSM342350 4 0.5493 -0.0859 0.456 0.000 0.016 0.528
#> GSM342351 4 0.7548 0.0998 0.088 0.032 0.432 0.448
#> GSM342352 4 0.7548 0.0998 0.088 0.032 0.432 0.448
#> GSM342353 4 0.3877 0.6090 0.048 0.000 0.112 0.840
#> GSM342355 1 0.3372 0.7895 0.868 0.000 0.036 0.096
#> GSM342358 4 0.4879 0.5577 0.092 0.000 0.128 0.780
#> GSM342359 4 0.2480 0.6474 0.088 0.000 0.008 0.904
#> GSM342360 4 0.2480 0.6474 0.088 0.000 0.008 0.904
#> GSM342361 4 0.4940 0.5537 0.096 0.000 0.128 0.776
#> GSM342362 4 0.0592 0.6821 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342363 1 0.3372 0.7895 0.868 0.000 0.036 0.096
#> GSM342364 4 0.4866 0.3511 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM342365 4 0.2546 0.6449 0.092 0.000 0.008 0.900
#> GSM342367 4 0.4585 0.4950 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM342368 4 0.4477 0.5308 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM342369 4 0.2266 0.6762 0.084 0.000 0.004 0.912
#> GSM342370 4 0.2266 0.6762 0.084 0.000 0.004 0.912
#> GSM342372 4 0.1118 0.6816 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM342373 4 0.0592 0.6827 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342374 4 0.5781 -0.2794 0.484 0.000 0.028 0.488
#> GSM342375 4 0.5781 -0.2794 0.484 0.000 0.028 0.488
#> GSM342376 1 0.4950 0.4475 0.620 0.000 0.004 0.376
#> GSM342377 1 0.4950 0.4475 0.620 0.000 0.004 0.376
#> GSM342378 4 0.4877 0.3391 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM342379 1 0.3372 0.7895 0.868 0.000 0.036 0.096
#> GSM342381 4 0.4830 0.3802 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM342383 4 0.4356 0.5497 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342384 4 0.4356 0.5497 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342386 4 0.4356 0.5497 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM342387 4 0.2918 0.6532 0.116 0.000 0.008 0.876
#> GSM342388 4 0.4382 0.5453 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM342389 4 0.4866 0.3511 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM342390 4 0.4543 0.5114 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM342391 4 0.4522 0.5170 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM342392 4 0.3335 0.6579 0.128 0.000 0.016 0.856
#> GSM342393 4 0.4940 0.5537 0.096 0.000 0.128 0.776
#> GSM342394 4 0.4522 0.5170 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM342395 4 0.4193 0.5784 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM342396 4 0.3280 0.6596 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM342397 4 0.2831 0.6629 0.120 0.000 0.004 0.876
#> GSM342398 4 0.4907 0.3063 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM342400 4 0.4624 0.4810 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM342401 4 0.4907 0.3063 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM342403 4 0.4431 0.5376 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM342405 4 0.4235 0.5911 0.092 0.000 0.084 0.824
#> GSM342406 4 0.5536 0.3034 0.384 0.000 0.024 0.592
#> GSM342407 4 0.3970 0.6199 0.084 0.000 0.076 0.840
#> GSM342410 4 0.5536 0.3034 0.384 0.000 0.024 0.592
#> GSM342411 4 0.0895 0.6794 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM342412 1 0.3895 0.7913 0.832 0.000 0.036 0.132
#> GSM342413 4 0.4827 0.5593 0.092 0.000 0.124 0.784
#> GSM342414 4 0.4635 0.5715 0.080 0.000 0.124 0.796
#> GSM342415 1 0.3372 0.7895 0.868 0.000 0.036 0.096
#> GSM342416 4 0.0592 0.6821 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342417 4 0.0707 0.6789 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342418 4 0.2730 0.6440 0.088 0.000 0.016 0.896
#> GSM342419 4 0.4590 0.6218 0.192 0.000 0.036 0.772
#> GSM342420 4 0.7548 0.0998 0.088 0.032 0.432 0.448
#> GSM342422 1 0.5161 0.0436 0.520 0.000 0.004 0.476
#> GSM342423 4 0.0592 0.6827 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM342424 3 0.5000 1.0000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM342425 2 0.0336 0.6990 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342427 2 0.4843 -0.7176 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM342428 2 0.4746 -0.6191 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM342429 2 0.0707 0.7043 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM342430 2 0.4843 0.4267 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM342431 2 0.4790 0.4519 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM342432 2 0.1211 0.7086 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM342433 2 0.0336 0.6952 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342434 2 0.1940 0.5858 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM342435 2 0.0469 0.6883 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342436 2 0.0707 0.7064 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM342438 2 0.1557 0.7084 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM342439 2 0.2081 0.7014 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM342440 2 0.2081 0.7014 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM342442 2 0.1940 0.7036 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM342443 2 0.0336 0.6925 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342445 2 0.1474 0.7072 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM342446 2 0.2704 0.6835 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342447 2 0.4730 0.4731 0.000 0.636 0.364 0.000
#> GSM342448 2 0.1389 0.7079 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342449 2 0.1474 0.7072 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM342450 2 0.0817 0.7051 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342452 2 0.4072 0.5831 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM342453 2 0.4072 0.5831 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM342455 2 0.4543 0.5132 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM342456 2 0.4985 -0.9112 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM342457 2 0.4972 0.3266 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM342458 2 0.4989 -0.9178 0.000 0.528 0.472 0.000
#> GSM342459 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.6986 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342463 2 0.2647 0.6851 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM342464 2 0.3528 0.6391 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM342465 2 0.4713 0.4780 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM342466 2 0.4985 0.3022 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM342468 3 0.5000 1.0000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM342469 2 0.4981 0.3110 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM342470 2 0.4972 -0.8715 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM342472 2 0.2216 0.5572 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM342473 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342474 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342475 2 0.0707 0.7062 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM342476 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342478 2 0.0336 0.7026 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342479 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342480 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342481 2 0.0336 0.7026 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342482 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342483 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342485 2 0.4522 0.5215 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM342486 2 0.3688 0.6271 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM342487 2 0.1474 0.7072 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM342488 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342489 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342490 2 0.0336 0.6990 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342492 2 0.0336 0.6925 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342493 2 0.4679 0.4869 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM342494 2 0.0469 0.6883 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342497 2 0.1389 0.7079 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342498 2 0.3610 0.6328 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM342499 2 0.4730 0.4731 0.000 0.636 0.364 0.000
#> GSM342500 2 0.0188 0.6959 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342501 2 0.2868 0.6734 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM342502 2 0.2530 0.6841 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM342503 2 0.0188 0.7009 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342504 2 0.1389 0.6980 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342505 2 0.2408 0.6927 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM342506 2 0.4477 0.4756 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM342507 2 0.4998 0.2526 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM342508 2 0.4981 0.3110 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM342509 2 0.3311 0.6529 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM342510 2 0.0921 0.6828 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM342511 2 0.1716 0.7065 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM342512 2 0.4713 0.4780 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM342513 2 0.4843 0.4267 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM342514 2 0.0469 0.7016 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342515 2 0.4985 0.3022 0.000 0.532 0.468 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.4402 0.5271 0.000 0.000 0.012 0.636 0.352
#> GSM342323 4 0.2054 0.6210 0.000 0.000 0.028 0.920 0.052
#> GSM342325 4 0.4542 0.3787 0.000 0.000 0.008 0.536 0.456
#> GSM342326 4 0.3093 0.5690 0.000 0.000 0.168 0.824 0.008
#> GSM342327 4 0.3171 0.5622 0.000 0.000 0.176 0.816 0.008
#> GSM342329 5 0.5693 0.6089 0.000 0.000 0.144 0.236 0.620
#> GSM342331 4 0.2920 0.5833 0.000 0.000 0.132 0.852 0.016
#> GSM342334 4 0.1502 0.6225 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM342335 5 0.4376 0.6683 0.000 0.000 0.144 0.092 0.764
#> GSM342354 4 0.0566 0.6339 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM342371 4 0.0451 0.6351 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342380 4 0.4387 0.5300 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342382 4 0.4387 0.5297 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342399 4 0.4542 0.3787 0.000 0.000 0.008 0.536 0.456
#> GSM342402 4 0.4416 0.5259 0.000 0.000 0.012 0.632 0.356
#> GSM342404 4 0.3728 0.5004 0.000 0.000 0.244 0.748 0.008
#> GSM342408 4 0.3728 0.5004 0.000 0.000 0.244 0.748 0.008
#> GSM342409 4 0.0290 0.6341 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342426 2 0.1907 0.7568 0.044 0.928 0.028 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0794 0.8115 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 1 0.3796 0.8102 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 1 0.4249 0.6173 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 2 0.2966 0.6723 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 3 0.6779 0.5671 0.276 0.360 0.364 0.000 0.000
#> GSM342484 2 0.3366 0.6137 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342322 4 0.4402 0.5271 0.000 0.000 0.012 0.636 0.352
#> GSM342338 5 0.3327 0.6324 0.000 0.000 0.144 0.028 0.828
#> GSM342347 5 0.4376 0.6683 0.000 0.000 0.144 0.092 0.764
#> GSM342356 5 0.4779 0.2842 0.000 0.000 0.032 0.340 0.628
#> GSM342357 4 0.4387 0.5297 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342366 4 0.4367 0.5035 0.000 0.000 0.008 0.620 0.372
#> GSM342385 4 0.4416 0.5232 0.000 0.000 0.012 0.632 0.356
#> GSM342421 4 0.0451 0.6351 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342437 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 1 0.4060 0.7497 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.2561 0.7498 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM342477 2 0.6056 -0.0521 0.152 0.552 0.296 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 2 0.4262 -0.1982 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.3728 0.5006 0.000 0.000 0.244 0.748 0.008
#> GSM342321 4 0.4485 0.5094 0.000 0.000 0.028 0.680 0.292
#> GSM342324 4 0.2054 0.6248 0.000 0.000 0.028 0.920 0.052
#> GSM342328 4 0.0794 0.6308 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM342330 4 0.2920 0.5833 0.000 0.000 0.132 0.852 0.016
#> GSM342332 4 0.2464 0.6220 0.000 0.000 0.016 0.888 0.096
#> GSM342333 4 0.1774 0.6146 0.000 0.000 0.016 0.932 0.052
#> GSM342336 4 0.1502 0.6225 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM342337 4 0.4440 0.3594 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM342339 4 0.5093 0.5735 0.000 0.000 0.124 0.696 0.180
#> GSM342340 4 0.4444 0.5154 0.000 0.000 0.012 0.624 0.364
#> GSM342341 4 0.5093 0.5735 0.000 0.000 0.124 0.696 0.180
#> GSM342342 4 0.4416 0.5232 0.000 0.000 0.012 0.632 0.356
#> GSM342343 4 0.4440 0.3594 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM342344 4 0.2540 0.6307 0.000 0.000 0.024 0.888 0.088
#> GSM342345 4 0.5093 0.5735 0.000 0.000 0.124 0.696 0.180
#> GSM342346 4 0.2825 0.6153 0.000 0.000 0.016 0.860 0.124
#> GSM342348 4 0.0579 0.6346 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM342349 4 0.2813 0.5707 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM342350 4 0.5944 -0.2114 0.000 0.000 0.108 0.488 0.404
#> GSM342351 3 0.4170 0.3381 0.012 0.004 0.712 0.272 0.000
#> GSM342352 3 0.4170 0.3381 0.012 0.004 0.712 0.272 0.000
#> GSM342353 4 0.3730 0.5072 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM342355 5 0.3327 0.6324 0.000 0.000 0.144 0.028 0.828
#> GSM342358 4 0.4415 0.4136 0.000 0.000 0.388 0.604 0.008
#> GSM342359 4 0.3013 0.5721 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> GSM342360 4 0.3013 0.5721 0.000 0.000 0.160 0.832 0.008
#> GSM342361 4 0.4425 0.4092 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008
#> GSM342362 4 0.0290 0.6341 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342363 5 0.3327 0.6324 0.000 0.000 0.144 0.028 0.828
#> GSM342364 4 0.4430 0.3828 0.000 0.000 0.004 0.540 0.456
#> GSM342365 4 0.3053 0.5703 0.000 0.000 0.164 0.828 0.008
#> GSM342367 4 0.4768 0.4788 0.000 0.000 0.024 0.592 0.384
#> GSM342368 4 0.4387 0.5256 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342369 4 0.2561 0.6215 0.000 0.000 0.096 0.884 0.020
#> GSM342370 4 0.2561 0.6215 0.000 0.000 0.096 0.884 0.020
#> GSM342372 4 0.0955 0.6364 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM342373 4 0.0451 0.6351 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342374 5 0.5650 0.2844 0.000 0.000 0.076 0.456 0.468
#> GSM342375 5 0.5650 0.2844 0.000 0.000 0.076 0.456 0.468
#> GSM342376 5 0.4779 0.2842 0.000 0.000 0.032 0.340 0.628
#> GSM342377 5 0.4779 0.2842 0.000 0.000 0.032 0.340 0.628
#> GSM342378 4 0.4437 0.3677 0.000 0.000 0.004 0.532 0.464
#> GSM342379 5 0.3327 0.6324 0.000 0.000 0.144 0.028 0.828
#> GSM342381 4 0.4415 0.4071 0.000 0.000 0.004 0.552 0.444
#> GSM342383 4 0.4387 0.5297 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342384 4 0.4387 0.5297 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342386 4 0.4387 0.5297 0.000 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM342387 4 0.3577 0.5809 0.000 0.000 0.160 0.808 0.032
#> GSM342388 4 0.4402 0.5271 0.000 0.000 0.012 0.636 0.352
#> GSM342389 4 0.4430 0.3828 0.000 0.000 0.004 0.540 0.456
#> GSM342390 4 0.4283 0.5052 0.000 0.000 0.008 0.644 0.348
#> GSM342391 4 0.4268 0.5090 0.000 0.000 0.008 0.648 0.344
#> GSM342392 4 0.5169 0.5700 0.000 0.000 0.128 0.688 0.184
#> GSM342393 4 0.4425 0.4092 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008
#> GSM342394 4 0.4268 0.5090 0.000 0.000 0.008 0.648 0.344
#> GSM342395 4 0.4661 0.5471 0.000 0.000 0.032 0.656 0.312
#> GSM342396 4 0.5093 0.5735 0.000 0.000 0.124 0.696 0.180
#> GSM342397 4 0.2825 0.6153 0.000 0.000 0.016 0.860 0.124
#> GSM342398 4 0.4302 0.3419 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> GSM342400 4 0.4425 0.4802 0.000 0.000 0.008 0.600 0.392
#> GSM342401 4 0.4302 0.3419 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> GSM342403 4 0.4416 0.5237 0.000 0.000 0.012 0.632 0.356
#> GSM342405 4 0.3728 0.5004 0.000 0.000 0.244 0.748 0.008
#> GSM342406 4 0.5185 0.3160 0.000 0.000 0.048 0.568 0.384
#> GSM342407 4 0.3724 0.5396 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020
#> GSM342410 4 0.5185 0.3160 0.000 0.000 0.048 0.568 0.384
#> GSM342411 4 0.1430 0.6243 0.000 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM342412 5 0.4376 0.6683 0.000 0.000 0.144 0.092 0.764
#> GSM342413 4 0.4392 0.4180 0.000 0.000 0.380 0.612 0.008
#> GSM342414 4 0.4283 0.4466 0.000 0.000 0.348 0.644 0.008
#> GSM342415 5 0.3327 0.6324 0.000 0.000 0.144 0.028 0.828
#> GSM342416 4 0.0290 0.6341 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342417 4 0.1197 0.6267 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM342418 4 0.3093 0.5690 0.000 0.000 0.168 0.824 0.008
#> GSM342419 4 0.5957 0.4943 0.000 0.000 0.176 0.588 0.236
#> GSM342420 3 0.4170 0.3381 0.012 0.004 0.712 0.272 0.000
#> GSM342422 5 0.4696 -0.0902 0.000 0.000 0.016 0.428 0.556
#> GSM342423 4 0.0451 0.6351 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342424 3 0.6701 0.6370 0.300 0.272 0.428 0.000 0.000
#> GSM342425 2 0.0162 0.8153 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.6646 -0.4942 0.228 0.416 0.356 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.6561 -0.4074 0.216 0.452 0.332 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0880 0.8112 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 1 0.3586 0.8118 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 1 0.3707 0.8133 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.2074 0.7658 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0451 0.8118 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.3234 0.6717 0.064 0.852 0.084 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0290 0.8099 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0794 0.8115 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.2074 0.7668 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 2 0.2966 0.6734 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 2 0.2929 0.6796 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 2 0.2690 0.7108 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0162 0.8124 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.2280 0.7479 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 2 0.3774 0.4312 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 1 0.3752 0.8136 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.1792 0.7778 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 2 0.2280 0.7479 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0880 0.8090 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 1 0.4294 0.4674 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 1 0.4294 0.4674 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 1 0.4060 0.7497 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 3 0.6796 0.6287 0.308 0.312 0.380 0.000 0.000
#> GSM342457 1 0.2732 0.7654 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 3 0.6779 0.6341 0.308 0.300 0.392 0.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0162 0.8151 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.3707 0.4551 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.4192 -0.0397 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> GSM342465 1 0.3774 0.8119 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.2561 0.7498 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM342468 3 0.6701 0.6370 0.300 0.272 0.428 0.000 0.000
#> GSM342469 1 0.2605 0.7548 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM342470 3 0.6805 0.6122 0.308 0.320 0.372 0.000 0.000
#> GSM342472 2 0.3532 0.6475 0.076 0.832 0.092 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0794 0.8113 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0510 0.8145 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0510 0.8145 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 1 0.4227 0.6507 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 2 0.4273 -0.2303 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 2 0.2280 0.7479 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0162 0.8153 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0162 0.8124 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 1 0.3949 0.7855 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0290 0.8099 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.1792 0.7778 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM342498 2 0.4278 -0.2523 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.3730 0.8147 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.8143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.3684 0.5110 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> GSM342502 2 0.3452 0.5906 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0290 0.8155 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.2127 0.7714 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 2 0.3612 0.4974 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.4299 0.5429 0.608 0.388 0.004 0.000 0.000
#> GSM342507 1 0.3061 0.7274 0.844 0.136 0.020 0.000 0.000
#> GSM342508 1 0.2605 0.7548 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM342509 2 0.4227 -0.0971 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> GSM342510 2 0.1124 0.7948 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> GSM342511 2 0.3074 0.6650 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM342512 1 0.3774 0.8119 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM342513 1 0.3586 0.8118 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> GSM342514 2 0.1410 0.7941 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.2561 0.7498 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.0405 0.8061 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM342323 4 0.5034 0.3967 0.000 0.000 0.072 0.468 0.460 0.000
#> GSM342325 5 0.1814 0.7728 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM342326 4 0.2003 0.6624 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM342327 4 0.1765 0.6509 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM342329 3 0.3861 0.5006 0.000 0.000 0.640 0.008 0.352 0.000
#> GSM342331 4 0.2768 0.6653 0.000 0.000 0.012 0.832 0.156 0.000
#> GSM342334 4 0.4193 0.6178 0.000 0.000 0.024 0.624 0.352 0.000
#> GSM342335 3 0.2219 0.7391 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM342354 4 0.4361 0.5446 0.000 0.000 0.024 0.552 0.424 0.000
#> GSM342371 4 0.4372 0.5348 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> GSM342380 5 0.0692 0.8042 0.000 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM342382 5 0.0291 0.8056 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342399 5 0.1814 0.7728 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM342402 5 0.0909 0.8049 0.000 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> GSM342404 4 0.1010 0.6062 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM342408 4 0.1010 0.6062 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM342409 4 0.4439 0.5309 0.000 0.000 0.028 0.540 0.432 0.000
#> GSM342426 2 0.1610 0.8105 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM342441 2 0.0713 0.8604 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 1 0.2527 0.7712 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 1 0.3652 0.6599 0.672 0.324 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342462 2 0.3240 0.6471 0.244 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342467 6 0.4003 0.8414 0.124 0.116 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM342484 2 0.3337 0.6289 0.260 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342491 2 0.0146 0.8624 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342322 5 0.0405 0.8061 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM342338 3 0.1387 0.7187 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342347 3 0.2219 0.7391 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM342356 5 0.3620 0.3813 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM342357 5 0.0291 0.8056 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342366 5 0.1700 0.8020 0.000 0.000 0.048 0.024 0.928 0.000
#> GSM342385 5 0.0291 0.8065 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342421 4 0.4372 0.5348 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> GSM342437 2 0.0146 0.8624 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342454 1 0.3189 0.7535 0.760 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342471 1 0.0291 0.6485 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342477 6 0.4986 0.6318 0.096 0.304 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM342495 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 1 0.3961 0.4202 0.556 0.440 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342320 4 0.0935 0.6035 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM342321 5 0.3997 0.6119 0.000 0.000 0.108 0.132 0.760 0.000
#> GSM342324 4 0.4902 0.4048 0.000 0.000 0.060 0.480 0.460 0.000
#> GSM342328 4 0.4209 0.5941 0.000 0.000 0.020 0.596 0.384 0.000
#> GSM342330 4 0.2768 0.6653 0.000 0.000 0.012 0.832 0.156 0.000
#> GSM342332 5 0.4905 -0.2335 0.000 0.000 0.064 0.408 0.528 0.000
#> GSM342333 4 0.5191 0.5276 0.000 0.000 0.092 0.508 0.400 0.000
#> GSM342336 4 0.4193 0.6178 0.000 0.000 0.024 0.624 0.352 0.000
#> GSM342337 5 0.1957 0.7635 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM342339 5 0.3699 0.6930 0.000 0.000 0.068 0.028 0.816 0.088
#> GSM342340 5 0.0508 0.8065 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM342341 5 0.3699 0.6930 0.000 0.000 0.068 0.028 0.816 0.088
#> GSM342342 5 0.0291 0.8065 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342343 5 0.1957 0.7635 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM342344 5 0.4449 -0.2948 0.000 0.000 0.028 0.440 0.532 0.000
#> GSM342345 5 0.3699 0.6930 0.000 0.000 0.068 0.028 0.816 0.088
#> GSM342346 5 0.4747 -0.1114 0.000 0.000 0.056 0.376 0.568 0.000
#> GSM342348 4 0.4499 0.5348 0.000 0.000 0.032 0.540 0.428 0.000
#> GSM342349 4 0.3536 0.6555 0.000 0.000 0.004 0.736 0.252 0.008
#> GSM342350 3 0.5934 0.2805 0.000 0.000 0.448 0.232 0.320 0.000
#> GSM342351 4 0.4979 -0.0539 0.004 0.000 0.056 0.492 0.000 0.448
#> GSM342352 4 0.4979 -0.0539 0.004 0.000 0.056 0.492 0.000 0.448
#> GSM342353 4 0.5803 0.5512 0.000 0.000 0.052 0.600 0.244 0.104
#> GSM342355 3 0.1387 0.7187 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342358 4 0.3322 0.4925 0.000 0.000 0.052 0.832 0.012 0.104
#> GSM342359 4 0.2092 0.6615 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342360 4 0.2092 0.6615 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342361 4 0.3112 0.4862 0.000 0.000 0.052 0.840 0.004 0.104
#> GSM342362 4 0.4439 0.5309 0.000 0.000 0.028 0.540 0.432 0.000
#> GSM342363 3 0.1387 0.7187 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342364 5 0.1910 0.7710 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM342365 4 0.1910 0.6566 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342367 5 0.1838 0.7960 0.000 0.000 0.068 0.000 0.916 0.016
#> GSM342368 5 0.1341 0.8032 0.000 0.000 0.028 0.024 0.948 0.000
#> GSM342369 4 0.3448 0.6623 0.000 0.000 0.004 0.716 0.280 0.000
#> GSM342370 4 0.3448 0.6623 0.000 0.000 0.004 0.716 0.280 0.000
#> GSM342372 4 0.3789 0.5678 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM342373 4 0.4372 0.5348 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> GSM342374 3 0.5955 0.3107 0.000 0.000 0.436 0.232 0.332 0.000
#> GSM342375 3 0.5955 0.3107 0.000 0.000 0.436 0.232 0.332 0.000
#> GSM342376 5 0.3620 0.3813 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM342377 5 0.3620 0.3813 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM342378 5 0.1910 0.7651 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM342379 3 0.1387 0.7187 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342381 5 0.1765 0.7795 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM342383 5 0.0291 0.8056 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342384 5 0.0291 0.8056 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342386 5 0.0291 0.8056 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342387 4 0.2219 0.6565 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM342388 5 0.0405 0.8061 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM342389 5 0.1910 0.7710 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM342390 5 0.2625 0.7667 0.000 0.000 0.072 0.056 0.872 0.000
#> GSM342391 5 0.2680 0.7666 0.000 0.000 0.076 0.056 0.868 0.000
#> GSM342392 5 0.3590 0.6955 0.000 0.000 0.068 0.020 0.820 0.092
#> GSM342393 4 0.3112 0.4862 0.000 0.000 0.052 0.840 0.004 0.104
#> GSM342394 5 0.2680 0.7666 0.000 0.000 0.076 0.056 0.868 0.000
#> GSM342395 5 0.3077 0.7726 0.000 0.000 0.052 0.084 0.852 0.012
#> GSM342396 5 0.3699 0.6930 0.000 0.000 0.068 0.028 0.816 0.088
#> GSM342397 5 0.4747 -0.1114 0.000 0.000 0.056 0.376 0.568 0.000
#> GSM342398 5 0.2092 0.7540 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM342400 5 0.1616 0.8014 0.000 0.000 0.048 0.020 0.932 0.000
#> GSM342401 5 0.2092 0.7540 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM342403 5 0.0909 0.8066 0.000 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> GSM342405 4 0.1010 0.6062 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM342406 5 0.3896 0.6561 0.000 0.000 0.196 0.056 0.748 0.000
#> GSM342407 4 0.2584 0.6565 0.000 0.000 0.004 0.848 0.144 0.004
#> GSM342410 5 0.3896 0.6561 0.000 0.000 0.196 0.056 0.748 0.000
#> GSM342411 4 0.4206 0.6145 0.000 0.000 0.024 0.620 0.356 0.000
#> GSM342412 3 0.2219 0.7391 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM342413 4 0.3212 0.4987 0.000 0.000 0.048 0.840 0.012 0.100
#> GSM342414 4 0.4975 0.5400 0.000 0.000 0.052 0.716 0.128 0.104
#> GSM342415 3 0.1387 0.7187 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342416 4 0.4439 0.5309 0.000 0.000 0.028 0.540 0.432 0.000
#> GSM342417 4 0.4076 0.6143 0.000 0.000 0.016 0.620 0.364 0.000
#> GSM342418 4 0.2003 0.6624 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM342419 5 0.5656 0.5530 0.000 0.000 0.120 0.120 0.660 0.100
#> GSM342420 4 0.4979 -0.0539 0.004 0.000 0.056 0.492 0.000 0.448
#> GSM342422 5 0.3023 0.6233 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM342423 4 0.4372 0.5348 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432 0.000
#> GSM342424 6 0.2389 0.8126 0.128 0.008 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM342425 2 0.0146 0.8634 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 6 0.4030 0.8063 0.080 0.172 0.000 0.000 0.000 0.748
#> GSM342428 6 0.4354 0.7679 0.080 0.216 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM342429 2 0.1075 0.8542 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 1 0.2234 0.7485 0.872 0.124 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342431 1 0.2340 0.7646 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.2178 0.7963 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0405 0.8611 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342434 2 0.3428 0.4586 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM342435 2 0.0260 0.8593 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342436 2 0.0713 0.8604 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.2006 0.8183 0.104 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342439 2 0.3136 0.6742 0.228 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342440 2 0.3109 0.6811 0.224 0.772 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342442 2 0.2772 0.7421 0.180 0.816 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342443 2 0.0146 0.8607 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342445 2 0.2402 0.7849 0.140 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342446 2 0.3756 0.3902 0.352 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342447 1 0.2416 0.7690 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.2053 0.8142 0.108 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342449 2 0.2402 0.7849 0.140 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342450 2 0.0858 0.8580 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342452 1 0.3923 0.5572 0.620 0.372 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342453 1 0.3923 0.5572 0.620 0.372 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342455 1 0.3189 0.7535 0.760 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342456 6 0.3293 0.8455 0.140 0.048 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM342457 1 0.0692 0.6672 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342458 6 0.3023 0.8358 0.140 0.032 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM342459 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0146 0.8633 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.3769 0.3582 0.356 0.640 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342464 2 0.3991 -0.1495 0.472 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342465 1 0.2527 0.7712 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.0291 0.6485 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342468 6 0.2389 0.8126 0.128 0.008 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM342469 1 0.0405 0.6545 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342470 6 0.3645 0.8488 0.152 0.064 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM342472 2 0.3636 0.4101 0.004 0.676 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM342473 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0713 0.8602 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0458 0.8629 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0146 0.8624 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342480 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0547 0.8625 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 1 0.3714 0.6363 0.656 0.340 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342486 1 0.3923 0.4725 0.580 0.416 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342487 2 0.2320 0.7925 0.132 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342488 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0146 0.8634 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0146 0.8607 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342493 1 0.2823 0.7643 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0260 0.8593 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342497 2 0.2053 0.8142 0.108 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342498 1 0.3950 0.4424 0.564 0.432 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342499 1 0.2378 0.7679 0.848 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.8623 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 2 0.3782 0.4016 0.360 0.636 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342502 2 0.3584 0.5360 0.308 0.688 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342503 2 0.0260 0.8638 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.2416 0.7793 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 2 0.3728 0.3953 0.344 0.652 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342506 1 0.3674 0.6117 0.716 0.268 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM342507 1 0.0935 0.6313 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM342508 1 0.0405 0.6545 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342509 1 0.3991 0.3125 0.524 0.472 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342510 2 0.1124 0.8410 0.036 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342511 2 0.3398 0.6336 0.252 0.740 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342512 1 0.2527 0.7712 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342513 1 0.2234 0.7485 0.872 0.124 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342514 2 0.1814 0.8155 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.0291 0.6485 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:hclust 197 0.193 2
#> ATC:hclust 120 0.106 3
#> ATC:hclust 149 0.283 4
#> ATC:hclust 154 0.337 5
#> ATC:hclust 167 0.383 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5010 0.500 0.500
#> 3 3 0.699 0.485 0.783 0.2392 0.977 0.955
#> 4 4 0.678 0.840 0.805 0.1275 0.755 0.497
#> 5 5 0.595 0.738 0.776 0.0655 0.950 0.814
#> 6 6 0.712 0.609 0.735 0.0594 0.953 0.809
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342323 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342325 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342326 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342327 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342329 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342331 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342334 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342335 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342354 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342371 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342380 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342382 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342399 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342402 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342404 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342408 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342409 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342426 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342441 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342451 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342484 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342322 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342338 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342366 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342385 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342421 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342454 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342320 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342321 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342324 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342328 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342330 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342332 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342333 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342336 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342348 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342349 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.469 0.889 0.900 0.100
#> GSM342352 1 0.689 0.776 0.816 0.184
#> GSM342353 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342358 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342359 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342360 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342361 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342362 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342363 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342364 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342365 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342368 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342369 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342370 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342372 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342373 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342374 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342375 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342377 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342379 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342381 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342383 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342384 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342386 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342388 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342392 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342393 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342395 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342396 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342400 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342401 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342405 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342406 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342407 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342411 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342412 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342413 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342414 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342416 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342417 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342418 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342420 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342422 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342423 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM342424 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342430 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342431 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342433 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342434 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342436 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342438 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342439 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342440 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342445 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342446 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342447 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342448 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342449 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342450 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342452 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342453 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342455 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342466 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342470 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342472 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342473 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342475 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342479 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342487 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342492 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342500 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342502 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342505 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342506 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342507 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342508 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342509 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342510 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342511 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342512 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> GSM342515 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342323 1 0.4504 0.778 0.804 0.000 0.196
#> GSM342325 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342326 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342331 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342335 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342354 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342371 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342380 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342382 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342399 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342402 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342404 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342408 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342409 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342426 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342441 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342451 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342462 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342467 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342484 2 0.0424 0.599 0.000 0.992 0.008
#> GSM342491 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342322 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342338 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342347 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342356 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342357 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342366 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342385 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342421 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342437 2 0.0237 0.603 0.000 0.996 0.004
#> GSM342454 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342471 3 0.6299 0.980 0.000 0.476 0.524
#> GSM342477 2 0.0747 0.595 0.000 0.984 0.016
#> GSM342495 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342496 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342320 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342324 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342333 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342336 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342337 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342339 1 0.4235 0.781 0.824 0.000 0.176
#> GSM342340 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342341 1 0.4235 0.781 0.824 0.000 0.176
#> GSM342342 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342343 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342344 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342345 1 0.4235 0.781 0.824 0.000 0.176
#> GSM342346 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342348 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342349 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342350 1 0.5591 0.776 0.696 0.000 0.304
#> GSM342351 1 0.3910 0.680 0.876 0.020 0.104
#> GSM342352 1 0.3846 0.680 0.876 0.016 0.108
#> GSM342353 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342355 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342358 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342359 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342360 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342362 1 0.0892 0.778 0.980 0.000 0.020
#> GSM342363 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342364 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342365 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342367 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342368 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342369 1 0.0592 0.777 0.988 0.000 0.012
#> GSM342370 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342372 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342373 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342375 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342376 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342377 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342378 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342379 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342381 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342383 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342384 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342386 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342387 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342388 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342389 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342390 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342391 1 0.5968 0.779 0.636 0.000 0.364
#> GSM342392 1 0.5968 0.779 0.636 0.000 0.364
#> GSM342393 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342394 1 0.6267 0.775 0.548 0.000 0.452
#> GSM342395 1 0.4235 0.781 0.824 0.000 0.176
#> GSM342396 1 0.6267 0.775 0.548 0.000 0.452
#> GSM342397 1 0.3192 0.777 0.888 0.000 0.112
#> GSM342398 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342400 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342401 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342403 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342405 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342406 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342407 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342411 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342412 1 0.6180 0.776 0.584 0.000 0.416
#> GSM342413 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342414 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342415 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342416 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342417 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 1 0.5968 0.779 0.636 0.000 0.364
#> GSM342420 1 0.2796 0.710 0.908 0.000 0.092
#> GSM342422 1 0.6299 0.774 0.524 0.000 0.476
#> GSM342423 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> GSM342424 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342425 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342427 2 0.1529 0.571 0.000 0.960 0.040
#> GSM342428 2 0.1031 0.585 0.000 0.976 0.024
#> GSM342429 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342430 2 0.6267 -0.751 0.000 0.548 0.452
#> GSM342431 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342432 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342435 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342440 2 0.2165 0.532 0.000 0.936 0.064
#> GSM342442 2 0.6180 -0.630 0.000 0.584 0.416
#> GSM342443 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 2 0.1753 0.554 0.000 0.952 0.048
#> GSM342446 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342447 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342448 2 0.3116 0.458 0.000 0.892 0.108
#> GSM342449 2 0.6180 -0.630 0.000 0.584 0.416
#> GSM342450 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342453 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342455 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342456 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342457 2 0.6267 -0.751 0.000 0.548 0.452
#> GSM342458 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342459 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342463 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342464 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342465 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342466 3 0.6305 0.986 0.000 0.484 0.516
#> GSM342468 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342469 3 0.6305 0.986 0.000 0.484 0.516
#> GSM342470 2 0.3038 0.488 0.000 0.896 0.104
#> GSM342472 2 0.1031 0.585 0.000 0.976 0.024
#> GSM342473 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342478 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342485 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342486 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342487 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342490 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342494 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342497 2 0.3038 0.466 0.000 0.896 0.104
#> GSM342498 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342499 2 0.6235 -0.686 0.000 0.564 0.436
#> GSM342500 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342501 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342502 2 0.6225 -0.672 0.000 0.568 0.432
#> GSM342503 2 0.0000 0.605 0.000 1.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0592 0.596 0.000 0.988 0.012
#> GSM342505 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342506 2 0.6267 -0.751 0.000 0.548 0.452
#> GSM342507 3 0.6299 0.980 0.000 0.476 0.524
#> GSM342508 2 0.6235 -0.686 0.000 0.564 0.436
#> GSM342509 2 0.6192 -0.635 0.000 0.580 0.420
#> GSM342510 2 0.0424 0.600 0.000 0.992 0.008
#> GSM342511 2 0.6235 -0.686 0.000 0.564 0.436
#> GSM342512 2 0.6235 -0.686 0.000 0.564 0.436
#> GSM342513 2 0.6235 -0.686 0.000 0.564 0.436
#> GSM342514 2 0.3267 0.442 0.000 0.884 0.116
#> GSM342515 3 0.6305 0.986 0.000 0.484 0.516
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342323 4 0.3668 0.6121 0.188 0.004 0.000 0.808
#> GSM342325 1 0.4155 0.9193 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342326 4 0.0707 0.8964 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342327 4 0.0707 0.8964 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342329 1 0.7407 0.7744 0.508 0.204 0.000 0.288
#> GSM342331 4 0.0707 0.8964 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342334 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342335 1 0.7256 0.8086 0.540 0.204 0.000 0.256
#> GSM342354 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342380 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342382 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342399 1 0.4155 0.9193 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342402 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342404 4 0.0817 0.8953 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM342408 4 0.1211 0.8892 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM342409 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342426 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342441 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342444 3 0.0817 0.9090 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM342451 3 0.0817 0.9090 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM342462 3 0.2623 0.8882 0.064 0.028 0.908 0.000
#> GSM342467 2 0.7321 0.6348 0.172 0.500 0.328 0.000
#> GSM342484 2 0.5403 0.9077 0.024 0.628 0.348 0.000
#> GSM342491 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342322 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342338 1 0.7164 0.8213 0.556 0.204 0.000 0.240
#> GSM342347 1 0.7277 0.8049 0.536 0.204 0.000 0.260
#> GSM342356 1 0.7135 0.8242 0.560 0.200 0.000 0.240
#> GSM342357 1 0.4008 0.9176 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM342366 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342385 1 0.4155 0.9193 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342421 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342454 3 0.1936 0.9039 0.032 0.028 0.940 0.000
#> GSM342471 3 0.4370 0.7269 0.156 0.044 0.800 0.000
#> GSM342477 2 0.4605 0.9125 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM342495 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342496 3 0.2131 0.8997 0.036 0.032 0.932 0.000
#> GSM342320 4 0.1211 0.8892 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM342321 1 0.4663 0.9012 0.716 0.012 0.000 0.272
#> GSM342324 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342330 4 0.0707 0.8964 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342332 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342333 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342336 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342339 4 0.6214 -0.1787 0.408 0.056 0.000 0.536
#> GSM342340 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342341 4 0.6214 -0.1787 0.408 0.056 0.000 0.536
#> GSM342342 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342343 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342344 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342345 4 0.6214 -0.1787 0.408 0.056 0.000 0.536
#> GSM342346 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342348 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 4 0.6887 -0.1110 0.308 0.132 0.000 0.560
#> GSM342351 4 0.6420 0.5998 0.172 0.160 0.004 0.664
#> GSM342352 4 0.6826 0.5846 0.176 0.160 0.016 0.648
#> GSM342353 4 0.1792 0.8696 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM342355 1 0.7164 0.8213 0.556 0.204 0.000 0.240
#> GSM342358 4 0.2081 0.8643 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM342359 4 0.1211 0.8892 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM342360 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 4 0.2662 0.8529 0.016 0.084 0.000 0.900
#> GSM342362 4 0.0336 0.8945 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342363 1 0.7164 0.8213 0.556 0.204 0.000 0.240
#> GSM342364 1 0.5267 0.9051 0.712 0.048 0.000 0.240
#> GSM342365 4 0.0707 0.8964 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342367 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342368 1 0.4222 0.9018 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM342369 4 0.0804 0.8933 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM342370 4 0.0592 0.8973 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM342372 4 0.0469 0.8980 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM342373 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342374 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342375 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.5940 0.8870 0.672 0.088 0.000 0.240
#> GSM342377 1 0.7135 0.8242 0.560 0.200 0.000 0.240
#> GSM342378 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342379 1 0.7164 0.8213 0.556 0.204 0.000 0.240
#> GSM342381 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342383 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342384 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342386 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342387 4 0.0336 0.8986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM342388 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342389 1 0.4155 0.9193 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342390 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342391 1 0.4746 0.7655 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM342392 1 0.5460 0.7796 0.632 0.028 0.000 0.340
#> GSM342393 4 0.2662 0.8529 0.016 0.084 0.000 0.900
#> GSM342394 1 0.4431 0.8627 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM342395 4 0.4817 -0.0466 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM342396 1 0.4222 0.8950 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM342397 4 0.2469 0.7721 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM342398 1 0.4155 0.9193 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM342400 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342401 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342403 1 0.3975 0.9199 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM342405 4 0.1211 0.8892 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM342406 1 0.6719 0.8527 0.608 0.152 0.000 0.240
#> GSM342407 4 0.1211 0.8892 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM342410 1 0.7010 0.8331 0.576 0.184 0.000 0.240
#> GSM342411 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342412 1 0.7617 0.6197 0.424 0.204 0.000 0.372
#> GSM342413 4 0.2266 0.8619 0.004 0.084 0.000 0.912
#> GSM342414 4 0.2081 0.8643 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM342415 1 0.7164 0.8213 0.556 0.204 0.000 0.240
#> GSM342416 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342417 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342418 4 0.0336 0.8986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM342419 1 0.5558 0.7426 0.608 0.028 0.000 0.364
#> GSM342420 4 0.5569 0.6615 0.172 0.104 0.000 0.724
#> GSM342422 1 0.5267 0.9051 0.712 0.048 0.000 0.240
#> GSM342423 4 0.0000 0.8994 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.7345 0.6208 0.172 0.492 0.336 0.000
#> GSM342425 2 0.5233 0.9141 0.020 0.648 0.332 0.000
#> GSM342427 2 0.5884 0.8287 0.052 0.620 0.328 0.000
#> GSM342428 2 0.5003 0.8912 0.016 0.676 0.308 0.000
#> GSM342429 2 0.6123 0.8880 0.064 0.600 0.336 0.000
#> GSM342430 3 0.0524 0.9015 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM342431 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342432 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342433 2 0.4585 0.9159 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM342434 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342435 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342436 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342438 2 0.6123 0.8880 0.064 0.600 0.336 0.000
#> GSM342439 3 0.2830 0.8783 0.060 0.040 0.900 0.000
#> GSM342440 2 0.6253 0.8405 0.064 0.564 0.372 0.000
#> GSM342442 3 0.4245 0.7524 0.064 0.116 0.820 0.000
#> GSM342443 2 0.4585 0.9159 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM342445 2 0.6200 0.8641 0.064 0.580 0.356 0.000
#> GSM342446 3 0.2623 0.8882 0.064 0.028 0.908 0.000
#> GSM342447 3 0.0376 0.9080 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342448 2 0.6371 0.7331 0.064 0.508 0.428 0.000
#> GSM342449 3 0.4245 0.7524 0.064 0.116 0.820 0.000
#> GSM342450 2 0.6123 0.8880 0.064 0.600 0.336 0.000
#> GSM342452 3 0.1474 0.9055 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM342453 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342455 3 0.1629 0.9079 0.024 0.024 0.952 0.000
#> GSM342456 2 0.7309 0.6408 0.172 0.504 0.324 0.000
#> GSM342457 3 0.1109 0.8860 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM342458 2 0.7309 0.6408 0.172 0.504 0.324 0.000
#> GSM342459 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342460 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342461 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342463 3 0.2644 0.8868 0.060 0.032 0.908 0.000
#> GSM342464 3 0.2644 0.8868 0.060 0.032 0.908 0.000
#> GSM342465 3 0.0376 0.9080 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM342466 3 0.1677 0.8703 0.012 0.040 0.948 0.000
#> GSM342468 2 0.7113 0.5394 0.172 0.552 0.276 0.000
#> GSM342469 3 0.1677 0.8703 0.012 0.040 0.948 0.000
#> GSM342470 2 0.7321 0.6348 0.172 0.500 0.328 0.000
#> GSM342472 2 0.4454 0.9009 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM342473 2 0.5311 0.9144 0.024 0.648 0.328 0.000
#> GSM342474 2 0.5331 0.9137 0.024 0.644 0.332 0.000
#> GSM342475 2 0.5311 0.9144 0.024 0.648 0.328 0.000
#> GSM342476 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342478 2 0.6058 0.8907 0.060 0.604 0.336 0.000
#> GSM342479 2 0.5311 0.9144 0.024 0.648 0.328 0.000
#> GSM342480 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342481 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342482 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342483 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342485 3 0.1488 0.9056 0.012 0.032 0.956 0.000
#> GSM342486 3 0.1488 0.9056 0.012 0.032 0.956 0.000
#> GSM342487 2 0.6123 0.8880 0.064 0.600 0.336 0.000
#> GSM342488 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342489 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342490 2 0.5130 0.9149 0.016 0.652 0.332 0.000
#> GSM342492 2 0.4564 0.9159 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342493 3 0.1677 0.9009 0.012 0.040 0.948 0.000
#> GSM342494 2 0.4585 0.9159 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM342497 2 0.6360 0.7501 0.064 0.516 0.420 0.000
#> GSM342498 3 0.1510 0.9070 0.016 0.028 0.956 0.000
#> GSM342499 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342500 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342501 3 0.1256 0.9083 0.028 0.008 0.964 0.000
#> GSM342502 3 0.1584 0.9081 0.036 0.012 0.952 0.000
#> GSM342503 2 0.5596 0.9102 0.036 0.632 0.332 0.000
#> GSM342504 2 0.5452 0.8979 0.024 0.616 0.360 0.000
#> GSM342505 3 0.2546 0.8900 0.060 0.028 0.912 0.000
#> GSM342506 3 0.1284 0.9049 0.024 0.012 0.964 0.000
#> GSM342507 3 0.4224 0.7418 0.144 0.044 0.812 0.000
#> GSM342508 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342509 3 0.2466 0.8928 0.056 0.028 0.916 0.000
#> GSM342510 2 0.4605 0.9129 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM342511 3 0.1557 0.9044 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM342512 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342513 3 0.0188 0.9069 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM342514 3 0.6366 -0.5356 0.064 0.424 0.512 0.000
#> GSM342515 3 0.1677 0.8703 0.012 0.040 0.948 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.2806 0.831 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000
#> GSM342323 4 0.2358 0.742 0.104 0.000 0.000 0.888 0.008
#> GSM342325 1 0.4072 0.820 0.792 0.000 0.008 0.152 0.048
#> GSM342326 4 0.2632 0.848 0.000 0.000 0.072 0.888 0.040
#> GSM342327 4 0.2754 0.843 0.000 0.000 0.080 0.880 0.040
#> GSM342329 5 0.6764 -0.440 0.364 0.000 0.000 0.268 0.368
#> GSM342331 4 0.2871 0.839 0.000 0.000 0.088 0.872 0.040
#> GSM342334 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342335 1 0.6507 0.486 0.432 0.000 0.000 0.192 0.376
#> GSM342354 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342371 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342380 1 0.2806 0.831 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000
#> GSM342382 1 0.3039 0.830 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> GSM342399 1 0.4072 0.820 0.792 0.000 0.008 0.152 0.048
#> GSM342402 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342404 4 0.3164 0.826 0.000 0.000 0.104 0.852 0.044
#> GSM342408 4 0.3442 0.815 0.000 0.000 0.104 0.836 0.060
#> GSM342409 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342426 2 0.1830 0.819 0.000 0.924 0.008 0.000 0.068
#> GSM342441 2 0.1618 0.812 0.008 0.944 0.008 0.000 0.040
#> GSM342444 3 0.4768 0.875 0.048 0.252 0.696 0.000 0.004
#> GSM342451 3 0.5181 0.872 0.060 0.252 0.676 0.000 0.012
#> GSM342462 3 0.7139 0.786 0.132 0.284 0.516 0.000 0.068
#> GSM342467 2 0.5476 0.437 0.000 0.544 0.068 0.000 0.388
#> GSM342484 2 0.1564 0.819 0.004 0.948 0.024 0.000 0.024
#> GSM342491 2 0.0963 0.828 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342322 1 0.2806 0.831 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000
#> GSM342338 1 0.6260 0.554 0.476 0.000 0.000 0.152 0.372
#> GSM342347 1 0.6507 0.486 0.432 0.000 0.000 0.192 0.376
#> GSM342356 1 0.6486 0.564 0.484 0.000 0.008 0.152 0.356
#> GSM342357 1 0.3039 0.830 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> GSM342366 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342385 1 0.4072 0.822 0.792 0.000 0.008 0.152 0.048
#> GSM342421 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342437 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342454 3 0.5647 0.866 0.080 0.252 0.648 0.000 0.020
#> GSM342471 3 0.6512 0.591 0.008 0.196 0.528 0.000 0.268
#> GSM342477 2 0.2325 0.808 0.000 0.904 0.028 0.000 0.068
#> GSM342495 2 0.1430 0.826 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM342496 3 0.5819 0.861 0.092 0.256 0.632 0.000 0.020
#> GSM342320 4 0.3442 0.815 0.000 0.000 0.104 0.836 0.060
#> GSM342321 1 0.4974 0.715 0.660 0.000 0.004 0.288 0.048
#> GSM342324 4 0.0854 0.878 0.008 0.000 0.004 0.976 0.012
#> GSM342328 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342330 4 0.2871 0.839 0.000 0.000 0.088 0.872 0.040
#> GSM342332 4 0.0451 0.875 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM342333 4 0.0579 0.874 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM342336 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342337 1 0.3210 0.830 0.832 0.000 0.008 0.152 0.008
#> GSM342339 1 0.6152 0.528 0.572 0.000 0.032 0.320 0.076
#> GSM342340 1 0.3320 0.831 0.828 0.000 0.008 0.152 0.012
#> GSM342341 1 0.6166 0.520 0.568 0.000 0.032 0.324 0.076
#> GSM342342 1 0.2929 0.831 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> GSM342343 1 0.3141 0.831 0.832 0.000 0.016 0.152 0.000
#> GSM342344 4 0.0579 0.874 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM342345 1 0.6180 0.514 0.564 0.000 0.032 0.328 0.076
#> GSM342346 4 0.0854 0.878 0.008 0.000 0.004 0.976 0.012
#> GSM342348 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342349 4 0.0794 0.878 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM342350 4 0.5791 0.174 0.196 0.000 0.000 0.616 0.188
#> GSM342351 5 0.6470 0.249 0.000 0.000 0.192 0.348 0.460
#> GSM342352 5 0.6463 0.253 0.000 0.000 0.192 0.344 0.464
#> GSM342353 4 0.3800 0.741 0.000 0.000 0.080 0.812 0.108
#> GSM342355 1 0.6260 0.554 0.476 0.000 0.000 0.152 0.372
#> GSM342358 4 0.5032 0.661 0.000 0.000 0.168 0.704 0.128
#> GSM342359 4 0.3442 0.815 0.000 0.000 0.104 0.836 0.060
#> GSM342360 4 0.0854 0.878 0.008 0.000 0.004 0.976 0.012
#> GSM342361 4 0.5155 0.633 0.000 0.000 0.168 0.692 0.140
#> GSM342362 4 0.0693 0.873 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM342363 1 0.6260 0.554 0.476 0.000 0.000 0.152 0.372
#> GSM342364 1 0.4883 0.793 0.736 0.000 0.008 0.152 0.104
#> GSM342365 4 0.2871 0.839 0.000 0.000 0.088 0.872 0.040
#> GSM342367 1 0.3081 0.830 0.832 0.000 0.012 0.156 0.000
#> GSM342368 1 0.3143 0.808 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM342369 4 0.1498 0.875 0.008 0.000 0.024 0.952 0.016
#> GSM342370 4 0.2788 0.853 0.008 0.000 0.064 0.888 0.040
#> GSM342372 4 0.1741 0.870 0.000 0.000 0.024 0.936 0.040
#> GSM342373 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342374 4 0.0740 0.878 0.008 0.000 0.008 0.980 0.004
#> GSM342375 4 0.0451 0.875 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM342376 1 0.5608 0.743 0.664 0.000 0.008 0.152 0.176
#> GSM342377 1 0.6486 0.564 0.484 0.000 0.008 0.152 0.356
#> GSM342378 1 0.3210 0.830 0.832 0.000 0.008 0.152 0.008
#> GSM342379 1 0.6260 0.554 0.476 0.000 0.000 0.152 0.372
#> GSM342381 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342383 1 0.2929 0.831 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> GSM342384 1 0.3039 0.830 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> GSM342386 1 0.2929 0.831 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> GSM342387 4 0.1954 0.870 0.008 0.000 0.032 0.932 0.028
#> GSM342388 1 0.3039 0.830 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> GSM342389 1 0.4072 0.820 0.792 0.000 0.008 0.152 0.048
#> GSM342390 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342391 1 0.3766 0.728 0.728 0.000 0.004 0.268 0.000
#> GSM342392 1 0.4862 0.732 0.712 0.000 0.016 0.228 0.044
#> GSM342393 4 0.5155 0.633 0.000 0.000 0.168 0.692 0.140
#> GSM342394 1 0.3508 0.749 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM342395 1 0.4586 0.407 0.524 0.000 0.004 0.468 0.004
#> GSM342396 1 0.3563 0.790 0.780 0.000 0.012 0.208 0.000
#> GSM342397 4 0.1991 0.796 0.076 0.000 0.004 0.916 0.004
#> GSM342398 1 0.4072 0.820 0.792 0.000 0.008 0.152 0.048
#> GSM342400 1 0.2929 0.831 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> GSM342401 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342403 1 0.2648 0.831 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM342405 4 0.3442 0.815 0.000 0.000 0.104 0.836 0.060
#> GSM342406 1 0.6301 0.598 0.516 0.000 0.000 0.184 0.300
#> GSM342407 4 0.3442 0.815 0.000 0.000 0.104 0.836 0.060
#> GSM342410 1 0.6232 0.568 0.492 0.000 0.000 0.152 0.356
#> GSM342411 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342412 5 0.6808 -0.303 0.308 0.000 0.000 0.324 0.368
#> GSM342413 4 0.5032 0.661 0.000 0.000 0.168 0.704 0.128
#> GSM342414 4 0.5032 0.661 0.000 0.000 0.168 0.704 0.128
#> GSM342415 1 0.6347 0.532 0.460 0.000 0.000 0.164 0.376
#> GSM342416 4 0.0579 0.874 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM342417 4 0.0324 0.877 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM342418 4 0.1403 0.872 0.000 0.000 0.024 0.952 0.024
#> GSM342419 1 0.4981 0.728 0.704 0.000 0.020 0.232 0.044
#> GSM342420 5 0.6443 0.188 0.000 0.000 0.180 0.376 0.444
#> GSM342422 1 0.5240 0.773 0.704 0.000 0.008 0.152 0.136
#> GSM342423 4 0.0290 0.878 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342424 2 0.5836 0.365 0.000 0.492 0.096 0.000 0.412
#> GSM342425 2 0.3272 0.803 0.060 0.860 0.008 0.000 0.072
#> GSM342427 2 0.3527 0.752 0.000 0.828 0.056 0.000 0.116
#> GSM342428 2 0.2654 0.794 0.000 0.884 0.032 0.000 0.084
#> GSM342429 2 0.2879 0.774 0.032 0.880 0.008 0.000 0.080
#> GSM342430 3 0.3612 0.870 0.000 0.228 0.764 0.000 0.008
#> GSM342431 3 0.3612 0.869 0.000 0.228 0.764 0.000 0.008
#> GSM342432 2 0.1682 0.810 0.004 0.940 0.012 0.000 0.044
#> GSM342433 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342434 2 0.1704 0.821 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> GSM342435 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342436 2 0.1492 0.813 0.004 0.948 0.008 0.000 0.040
#> GSM342438 2 0.4026 0.720 0.088 0.816 0.016 0.000 0.080
#> GSM342439 3 0.7343 0.756 0.136 0.292 0.492 0.000 0.080
#> GSM342440 2 0.5290 0.617 0.140 0.732 0.048 0.000 0.080
#> GSM342442 2 0.7553 -0.545 0.144 0.396 0.380 0.000 0.080
#> GSM342443 2 0.1197 0.828 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342445 2 0.5066 0.643 0.132 0.748 0.040 0.000 0.080
#> GSM342446 3 0.7083 0.793 0.120 0.284 0.524 0.000 0.072
#> GSM342447 3 0.4318 0.875 0.032 0.228 0.736 0.000 0.004
#> GSM342448 2 0.5826 0.541 0.140 0.696 0.084 0.000 0.080
#> GSM342449 2 0.7553 -0.545 0.144 0.396 0.380 0.000 0.080
#> GSM342450 2 0.4188 0.712 0.108 0.800 0.012 0.000 0.080
#> GSM342452 3 0.5296 0.856 0.020 0.272 0.660 0.000 0.048
#> GSM342453 3 0.4267 0.873 0.004 0.232 0.736 0.000 0.028
#> GSM342455 3 0.5647 0.866 0.080 0.252 0.648 0.000 0.020
#> GSM342456 2 0.5423 0.444 0.000 0.548 0.064 0.000 0.388
#> GSM342457 3 0.4089 0.847 0.008 0.204 0.764 0.000 0.024
#> GSM342458 2 0.5423 0.444 0.000 0.548 0.064 0.000 0.388
#> GSM342459 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342460 2 0.1121 0.829 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM342461 2 0.1695 0.810 0.008 0.940 0.008 0.000 0.044
#> GSM342463 3 0.6821 0.804 0.084 0.300 0.540 0.000 0.076
#> GSM342464 3 0.6673 0.813 0.080 0.300 0.552 0.000 0.068
#> GSM342465 3 0.4318 0.875 0.032 0.228 0.736 0.000 0.004
#> GSM342466 3 0.4443 0.821 0.008 0.200 0.748 0.000 0.044
#> GSM342468 5 0.6346 -0.308 0.000 0.404 0.160 0.000 0.436
#> GSM342469 3 0.4443 0.821 0.008 0.200 0.748 0.000 0.044
#> GSM342470 2 0.5605 0.398 0.000 0.520 0.076 0.000 0.404
#> GSM342472 2 0.2554 0.798 0.000 0.892 0.036 0.000 0.072
#> GSM342473 2 0.0324 0.827 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342474 2 0.0162 0.827 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0324 0.827 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342476 2 0.1430 0.826 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM342478 2 0.2302 0.789 0.008 0.904 0.008 0.000 0.080
#> GSM342479 2 0.0324 0.827 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342480 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342481 2 0.1695 0.810 0.008 0.940 0.008 0.000 0.044
#> GSM342482 2 0.0898 0.822 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM342483 2 0.1492 0.813 0.004 0.948 0.008 0.000 0.040
#> GSM342485 3 0.5361 0.871 0.064 0.256 0.664 0.000 0.016
#> GSM342486 3 0.5265 0.870 0.064 0.256 0.668 0.000 0.012
#> GSM342487 2 0.4188 0.712 0.108 0.800 0.012 0.000 0.080
#> GSM342488 2 0.1197 0.828 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342489 2 0.1430 0.826 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM342490 2 0.2409 0.825 0.028 0.908 0.008 0.000 0.056
#> GSM342492 2 0.1270 0.827 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM342493 3 0.5497 0.867 0.072 0.260 0.652 0.000 0.016
#> GSM342494 2 0.1197 0.828 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342497 2 0.5772 0.550 0.140 0.700 0.080 0.000 0.080
#> GSM342498 3 0.5250 0.871 0.072 0.252 0.668 0.000 0.008
#> GSM342499 3 0.3996 0.867 0.008 0.228 0.752 0.000 0.012
#> GSM342500 2 0.0898 0.822 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM342501 3 0.4672 0.861 0.004 0.284 0.680 0.000 0.032
#> GSM342502 3 0.5155 0.852 0.008 0.288 0.652 0.000 0.052
#> GSM342503 2 0.1682 0.810 0.004 0.940 0.012 0.000 0.044
#> GSM342504 2 0.1564 0.818 0.004 0.948 0.024 0.000 0.024
#> GSM342505 3 0.6759 0.810 0.080 0.296 0.548 0.000 0.076
#> GSM342506 3 0.4782 0.862 0.012 0.264 0.692 0.000 0.032
#> GSM342507 3 0.6421 0.623 0.008 0.196 0.548 0.000 0.248
#> GSM342508 3 0.3996 0.867 0.008 0.228 0.752 0.000 0.012
#> GSM342509 3 0.6259 0.843 0.080 0.284 0.592 0.000 0.044
#> GSM342510 2 0.1430 0.827 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM342511 3 0.6502 0.823 0.088 0.264 0.588 0.000 0.060
#> GSM342512 3 0.3612 0.869 0.000 0.228 0.764 0.000 0.008
#> GSM342513 3 0.3612 0.870 0.000 0.228 0.764 0.000 0.008
#> GSM342514 2 0.6887 0.229 0.136 0.588 0.192 0.000 0.084
#> GSM342515 3 0.4443 0.821 0.008 0.200 0.748 0.000 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 3 0.5207 0.6036 0.008 0.000 0.492 0.068 0.432 0.000
#> GSM342323 4 0.1904 0.8191 0.004 0.000 0.020 0.924 0.048 0.004
#> GSM342325 5 0.4921 -0.4712 0.000 0.000 0.420 0.064 0.516 0.000
#> GSM342326 4 0.2658 0.8294 0.000 0.000 0.036 0.864 0.000 0.100
#> GSM342327 4 0.2633 0.8264 0.000 0.000 0.032 0.864 0.000 0.104
#> GSM342329 5 0.4655 0.4007 0.052 0.000 0.004 0.188 0.724 0.032
#> GSM342331 4 0.3054 0.8202 0.004 0.000 0.040 0.840 0.000 0.116
#> GSM342334 4 0.0146 0.8684 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342335 5 0.3790 0.4760 0.044 0.000 0.004 0.108 0.812 0.032
#> GSM342354 4 0.0146 0.8689 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342371 4 0.0291 0.8681 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM342380 3 0.4947 0.5741 0.000 0.000 0.480 0.064 0.456 0.000
#> GSM342382 3 0.5125 0.6092 0.008 0.000 0.528 0.064 0.400 0.000
#> GSM342399 5 0.4921 -0.4712 0.000 0.000 0.420 0.064 0.516 0.000
#> GSM342402 3 0.4948 0.5688 0.000 0.000 0.476 0.064 0.460 0.000
#> GSM342404 4 0.3381 0.7954 0.004 0.000 0.040 0.808 0.000 0.148
#> GSM342408 4 0.3777 0.7690 0.004 0.000 0.056 0.776 0.000 0.164
#> GSM342409 4 0.0291 0.8681 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM342426 2 0.1480 0.7951 0.000 0.940 0.040 0.000 0.000 0.020
#> GSM342441 2 0.2537 0.8056 0.000 0.880 0.024 0.000 0.008 0.088
#> GSM342444 1 0.3336 0.8070 0.832 0.100 0.000 0.000 0.012 0.056
#> GSM342451 1 0.3500 0.8060 0.820 0.104 0.000 0.000 0.012 0.064
#> GSM342462 1 0.5442 0.6637 0.548 0.108 0.000 0.000 0.008 0.336
#> GSM342467 2 0.6596 0.1777 0.044 0.448 0.308 0.000 0.000 0.200
#> GSM342484 2 0.3428 0.7959 0.024 0.844 0.024 0.000 0.020 0.088
#> GSM342491 2 0.0891 0.8167 0.000 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> GSM342322 3 0.5155 0.6031 0.008 0.000 0.504 0.064 0.424 0.000
#> GSM342338 5 0.3088 0.4976 0.044 0.000 0.000 0.064 0.860 0.032
#> GSM342347 5 0.3835 0.4730 0.044 0.000 0.004 0.112 0.808 0.032
#> GSM342356 5 0.2086 0.4884 0.008 0.000 0.004 0.064 0.912 0.012
#> GSM342357 3 0.5204 0.6109 0.008 0.000 0.528 0.072 0.392 0.000
#> GSM342366 3 0.4948 0.5643 0.000 0.000 0.472 0.064 0.464 0.000
#> GSM342385 3 0.5076 0.5065 0.004 0.000 0.472 0.064 0.460 0.000
#> GSM342421 4 0.0146 0.8689 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 1 0.4374 0.7960 0.744 0.104 0.000 0.000 0.012 0.140
#> GSM342471 1 0.7183 0.3290 0.500 0.068 0.172 0.000 0.036 0.224
#> GSM342477 2 0.1874 0.7869 0.028 0.928 0.028 0.000 0.000 0.016
#> GSM342495 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 1 0.4560 0.7897 0.724 0.108 0.000 0.000 0.012 0.156
#> GSM342320 4 0.3742 0.7693 0.004 0.000 0.056 0.780 0.000 0.160
#> GSM342321 5 0.6278 -0.1397 0.008 0.000 0.316 0.232 0.440 0.004
#> GSM342324 4 0.0862 0.8686 0.004 0.000 0.016 0.972 0.000 0.008
#> GSM342328 4 0.0146 0.8684 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.3009 0.8224 0.004 0.000 0.040 0.844 0.000 0.112
#> GSM342332 4 0.0653 0.8677 0.004 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004
#> GSM342333 4 0.0405 0.8672 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM342336 4 0.0146 0.8689 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342337 5 0.5077 -0.5796 0.000 0.000 0.464 0.064 0.468 0.004
#> GSM342339 3 0.6703 0.2937 0.012 0.000 0.524 0.216 0.192 0.056
#> GSM342340 3 0.5052 0.5958 0.004 0.000 0.512 0.064 0.420 0.000
#> GSM342341 3 0.6703 0.2937 0.012 0.000 0.524 0.216 0.192 0.056
#> GSM342342 3 0.5137 0.6077 0.008 0.000 0.520 0.064 0.408 0.000
#> GSM342343 3 0.5198 0.5832 0.004 0.000 0.488 0.064 0.440 0.004
#> GSM342344 4 0.0798 0.8682 0.004 0.000 0.012 0.976 0.004 0.004
#> GSM342345 3 0.6689 0.2811 0.008 0.000 0.512 0.232 0.192 0.056
#> GSM342346 4 0.0862 0.8695 0.004 0.000 0.016 0.972 0.000 0.008
#> GSM342348 4 0.0291 0.8681 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM342349 4 0.0820 0.8693 0.000 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM342350 4 0.4444 0.3871 0.000 0.000 0.032 0.644 0.316 0.008
#> GSM342351 6 0.5951 0.5966 0.004 0.000 0.332 0.200 0.000 0.464
#> GSM342352 6 0.6084 0.5996 0.012 0.000 0.336 0.188 0.000 0.464
#> GSM342353 4 0.4228 0.6152 0.000 0.000 0.072 0.716 0.000 0.212
#> GSM342355 5 0.3088 0.4976 0.044 0.000 0.000 0.064 0.860 0.032
#> GSM342358 4 0.4989 0.5012 0.000 0.000 0.092 0.592 0.000 0.316
#> GSM342359 4 0.3707 0.7730 0.004 0.000 0.056 0.784 0.000 0.156
#> GSM342360 4 0.0665 0.8695 0.004 0.000 0.008 0.980 0.000 0.008
#> GSM342361 4 0.5109 0.4647 0.000 0.000 0.104 0.580 0.000 0.316
#> GSM342362 4 0.0717 0.8615 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM342363 5 0.3088 0.4976 0.044 0.000 0.000 0.064 0.860 0.032
#> GSM342364 5 0.4725 -0.2015 0.000 0.000 0.332 0.064 0.604 0.000
#> GSM342365 4 0.2985 0.8195 0.004 0.000 0.036 0.844 0.000 0.116
#> GSM342367 3 0.5159 0.5829 0.004 0.000 0.480 0.072 0.444 0.000
#> GSM342368 3 0.5627 0.5017 0.000 0.000 0.460 0.128 0.408 0.004
#> GSM342369 4 0.1810 0.8634 0.004 0.000 0.020 0.932 0.008 0.036
#> GSM342370 4 0.2474 0.8436 0.004 0.000 0.032 0.884 0.000 0.080
#> GSM342372 4 0.1408 0.8617 0.000 0.000 0.020 0.944 0.000 0.036
#> GSM342373 4 0.0260 0.8688 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342374 4 0.0665 0.8692 0.008 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004
#> GSM342375 4 0.0665 0.8692 0.008 0.000 0.008 0.980 0.000 0.004
#> GSM342376 5 0.4415 0.1424 0.000 0.000 0.236 0.064 0.696 0.004
#> GSM342377 5 0.1973 0.4871 0.004 0.000 0.004 0.064 0.916 0.012
#> GSM342378 5 0.4948 -0.5791 0.000 0.000 0.464 0.064 0.472 0.000
#> GSM342379 5 0.3088 0.4976 0.044 0.000 0.000 0.064 0.860 0.032
#> GSM342381 5 0.4948 -0.5816 0.000 0.000 0.464 0.064 0.472 0.000
#> GSM342383 3 0.5131 0.6093 0.008 0.000 0.524 0.064 0.404 0.000
#> GSM342384 3 0.5165 0.6112 0.008 0.000 0.528 0.068 0.396 0.000
#> GSM342386 3 0.5131 0.6093 0.008 0.000 0.524 0.064 0.404 0.000
#> GSM342387 4 0.1636 0.8625 0.004 0.000 0.024 0.936 0.000 0.036
#> GSM342388 3 0.5214 0.6086 0.012 0.000 0.524 0.064 0.400 0.000
#> GSM342389 5 0.4921 -0.4712 0.000 0.000 0.420 0.064 0.516 0.000
#> GSM342390 3 0.4948 0.5643 0.000 0.000 0.472 0.064 0.464 0.000
#> GSM342391 3 0.5667 0.5317 0.004 0.000 0.488 0.140 0.368 0.000
#> GSM342392 3 0.5971 0.5188 0.008 0.000 0.532 0.108 0.328 0.024
#> GSM342393 4 0.5109 0.4647 0.000 0.000 0.104 0.580 0.000 0.316
#> GSM342394 3 0.5651 0.5400 0.004 0.000 0.484 0.136 0.376 0.000
#> GSM342395 3 0.5907 0.1653 0.004 0.000 0.424 0.396 0.176 0.000
#> GSM342396 3 0.5552 0.5712 0.012 0.000 0.536 0.108 0.344 0.000
#> GSM342397 4 0.1659 0.8415 0.004 0.000 0.020 0.940 0.028 0.008
#> GSM342398 5 0.4925 -0.4777 0.000 0.000 0.424 0.064 0.512 0.000
#> GSM342400 5 0.4948 -0.5816 0.000 0.000 0.464 0.064 0.472 0.000
#> GSM342401 3 0.5077 0.5653 0.004 0.000 0.468 0.064 0.464 0.000
#> GSM342403 3 0.4948 0.5688 0.000 0.000 0.476 0.064 0.460 0.000
#> GSM342405 4 0.3835 0.7667 0.004 0.000 0.060 0.772 0.000 0.164
#> GSM342406 5 0.3735 0.3752 0.000 0.000 0.124 0.092 0.784 0.000
#> GSM342407 4 0.3777 0.7707 0.004 0.000 0.056 0.776 0.000 0.164
#> GSM342410 5 0.2434 0.4659 0.008 0.000 0.036 0.064 0.892 0.000
#> GSM342411 4 0.0146 0.8689 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342412 5 0.4650 0.3826 0.044 0.000 0.004 0.204 0.716 0.032
#> GSM342413 4 0.4947 0.5063 0.000 0.000 0.088 0.596 0.000 0.316
#> GSM342414 4 0.4989 0.5012 0.000 0.000 0.092 0.592 0.000 0.316
#> GSM342415 5 0.3255 0.4943 0.044 0.000 0.000 0.076 0.848 0.032
#> GSM342416 4 0.0405 0.8672 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM342417 4 0.0146 0.8684 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.1334 0.8640 0.000 0.000 0.020 0.948 0.000 0.032
#> GSM342419 3 0.6158 0.4986 0.004 0.000 0.476 0.116 0.372 0.032
#> GSM342420 6 0.5867 0.5851 0.000 0.000 0.336 0.208 0.000 0.456
#> GSM342422 5 0.4705 -0.0505 0.000 0.000 0.292 0.064 0.640 0.004
#> GSM342423 4 0.0146 0.8689 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342424 2 0.6881 0.1031 0.064 0.408 0.320 0.000 0.000 0.208
#> GSM342425 2 0.2912 0.7389 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM342427 2 0.3620 0.7086 0.036 0.824 0.084 0.000 0.000 0.056
#> GSM342428 2 0.2687 0.7541 0.008 0.876 0.072 0.000 0.000 0.044
#> GSM342429 2 0.4125 0.7181 0.000 0.716 0.024 0.000 0.016 0.244
#> GSM342430 1 0.1932 0.7934 0.912 0.076 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM342431 1 0.1501 0.7945 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.3149 0.7901 0.000 0.836 0.024 0.000 0.016 0.124
#> GSM342433 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.1480 0.7951 0.000 0.940 0.040 0.000 0.000 0.020
#> GSM342435 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.2537 0.8056 0.000 0.880 0.024 0.000 0.008 0.088
#> GSM342438 2 0.4678 0.6376 0.004 0.624 0.024 0.000 0.016 0.332
#> GSM342439 1 0.5587 0.6441 0.532 0.112 0.000 0.000 0.012 0.344
#> GSM342440 2 0.4379 0.5653 0.028 0.576 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM342442 6 0.5917 -0.5702 0.392 0.208 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM342443 2 0.0260 0.8169 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342445 2 0.4283 0.5742 0.024 0.592 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM342446 1 0.5445 0.6886 0.572 0.108 0.000 0.000 0.012 0.308
#> GSM342447 1 0.2961 0.8045 0.860 0.080 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM342448 2 0.4941 0.4940 0.072 0.552 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM342449 1 0.5917 0.4164 0.396 0.208 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM342450 2 0.3620 0.6344 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM342452 1 0.4492 0.7871 0.768 0.076 0.020 0.000 0.020 0.116
#> GSM342453 1 0.2917 0.8027 0.868 0.076 0.004 0.000 0.012 0.040
#> GSM342455 1 0.4298 0.7991 0.752 0.104 0.000 0.000 0.012 0.132
#> GSM342456 2 0.6543 0.1855 0.040 0.452 0.308 0.000 0.000 0.200
#> GSM342457 1 0.3474 0.7588 0.848 0.068 0.024 0.000 0.032 0.028
#> GSM342458 2 0.6543 0.1855 0.040 0.452 0.308 0.000 0.000 0.200
#> GSM342459 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.2833 0.7995 0.000 0.860 0.024 0.000 0.012 0.104
#> GSM342463 1 0.5890 0.7371 0.624 0.108 0.024 0.000 0.028 0.216
#> GSM342464 1 0.5736 0.7445 0.632 0.108 0.016 0.000 0.028 0.216
#> GSM342465 1 0.2896 0.8046 0.864 0.080 0.000 0.000 0.012 0.044
#> GSM342466 1 0.4476 0.7133 0.784 0.068 0.032 0.000 0.032 0.084
#> GSM342468 3 0.7061 -0.4846 0.064 0.292 0.324 0.000 0.000 0.320
#> GSM342469 1 0.4425 0.7168 0.788 0.068 0.032 0.000 0.032 0.080
#> GSM342470 2 0.6844 0.1265 0.064 0.420 0.316 0.000 0.000 0.200
#> GSM342472 2 0.2386 0.7701 0.024 0.900 0.052 0.000 0.000 0.024
#> GSM342473 2 0.1675 0.8153 0.000 0.936 0.024 0.000 0.008 0.032
#> GSM342474 2 0.1890 0.8143 0.000 0.924 0.024 0.000 0.008 0.044
#> GSM342475 2 0.1675 0.8153 0.000 0.936 0.024 0.000 0.008 0.032
#> GSM342476 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.3391 0.7770 0.000 0.812 0.024 0.000 0.016 0.148
#> GSM342479 2 0.1675 0.8153 0.000 0.936 0.024 0.000 0.008 0.032
#> GSM342480 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.3018 0.7951 0.000 0.848 0.024 0.000 0.016 0.112
#> GSM342482 2 0.2322 0.8101 0.000 0.896 0.024 0.000 0.008 0.072
#> GSM342483 2 0.2637 0.8046 0.000 0.876 0.024 0.000 0.012 0.088
#> GSM342485 1 0.4048 0.8042 0.780 0.108 0.000 0.000 0.016 0.096
#> GSM342486 1 0.4094 0.8053 0.776 0.108 0.000 0.000 0.016 0.100
#> GSM342487 2 0.3647 0.6293 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM342488 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.2135 0.7901 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM342492 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 1 0.4288 0.7936 0.748 0.112 0.000 0.000 0.008 0.132
#> GSM342494 2 0.0260 0.8169 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342497 2 0.4838 0.5172 0.064 0.564 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM342498 1 0.4263 0.7994 0.756 0.108 0.000 0.000 0.012 0.124
#> GSM342499 1 0.3324 0.7715 0.852 0.076 0.012 0.000 0.032 0.028
#> GSM342500 2 0.2094 0.8127 0.000 0.908 0.024 0.000 0.004 0.064
#> GSM342501 1 0.4382 0.7860 0.784 0.080 0.028 0.000 0.020 0.088
#> GSM342502 1 0.5019 0.7708 0.728 0.104 0.028 0.000 0.020 0.120
#> GSM342503 2 0.3106 0.7918 0.000 0.840 0.024 0.000 0.016 0.120
#> GSM342504 2 0.3249 0.8003 0.032 0.860 0.028 0.000 0.016 0.064
#> GSM342505 1 0.5890 0.7381 0.624 0.108 0.024 0.000 0.028 0.216
#> GSM342506 1 0.4964 0.7706 0.752 0.076 0.036 0.000 0.048 0.088
#> GSM342507 1 0.6802 0.4396 0.564 0.068 0.144 0.000 0.036 0.188
#> GSM342508 1 0.3324 0.7715 0.852 0.076 0.012 0.000 0.032 0.028
#> GSM342509 1 0.5423 0.7645 0.664 0.108 0.012 0.000 0.024 0.192
#> GSM342510 2 0.0000 0.8163 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 1 0.4878 0.7173 0.648 0.076 0.004 0.000 0.004 0.268
#> GSM342512 1 0.1788 0.7940 0.916 0.076 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM342513 1 0.1788 0.7940 0.916 0.076 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM342514 2 0.6013 0.1634 0.204 0.428 0.000 0.000 0.004 0.364
#> GSM342515 1 0.4476 0.7133 0.784 0.068 0.032 0.000 0.032 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:kmeans 197 0.193 2
#> ATC:kmeans 155 0.458 3
#> ATC:kmeans 191 0.154 4
#> ATC:kmeans 179 0.257 5
#> ATC:kmeans 152 0.224 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.5015 0.499 0.499
#> 3 3 1.000 0.977 0.987 0.2808 0.853 0.707
#> 4 4 0.887 0.961 0.947 0.1416 0.894 0.702
#> 5 5 0.947 0.886 0.937 0.0511 0.976 0.908
#> 6 6 0.866 0.785 0.871 0.0316 0.989 0.955
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342323 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342325 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342326 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342327 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342329 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342331 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342334 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342335 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342354 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342371 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342380 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342382 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342399 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342402 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342404 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342408 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342409 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342426 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342441 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342444 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342451 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342484 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342491 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342322 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342338 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342366 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342385 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342421 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342454 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342320 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342321 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342324 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342328 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342330 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342332 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342333 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342336 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342348 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342349 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.802 0.676 0.756 0.244
#> GSM342352 2 0.644 0.803 0.164 0.836
#> GSM342353 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342358 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342359 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342360 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342361 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342362 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342363 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342364 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342365 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342368 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342369 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342370 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342372 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342373 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342374 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342375 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342377 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342379 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342381 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342383 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342384 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342386 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342388 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342392 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342393 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342395 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342396 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342400 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342401 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342405 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342406 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342407 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342411 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342412 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342413 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342414 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342416 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342417 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342418 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342420 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342422 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342423 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM342424 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342430 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342431 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342432 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342433 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342434 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342435 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342436 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342438 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342439 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342440 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342442 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342445 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342446 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342447 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342448 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342449 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342450 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342452 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342453 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342455 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342466 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342468 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342470 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342472 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342473 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342475 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342479 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342487 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342492 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342500 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342502 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342505 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342506 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342507 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342508 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342509 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342510 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342511 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342512 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342514 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM342515 2 0.000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 3 0.2261 0.9201 0.068 0.000 0.932
#> GSM342325 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342327 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342329 1 0.0892 0.9763 0.980 0.000 0.020
#> GSM342331 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342334 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342335 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342354 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342371 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342380 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342408 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342409 3 0.0592 0.9640 0.012 0.000 0.988
#> GSM342426 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342451 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342462 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342467 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342484 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342437 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342454 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342471 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342477 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342496 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342320 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342321 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342328 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342330 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342332 3 0.0892 0.9591 0.020 0.000 0.980
#> GSM342333 3 0.1031 0.9565 0.024 0.000 0.976
#> GSM342336 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342337 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.5098 0.6964 0.248 0.000 0.752
#> GSM342345 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 3 0.0592 0.9640 0.012 0.000 0.988
#> GSM342348 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342349 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342350 3 0.6168 0.3510 0.412 0.000 0.588
#> GSM342351 3 0.0592 0.9556 0.000 0.012 0.988
#> GSM342352 3 0.3340 0.8397 0.000 0.120 0.880
#> GSM342353 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342355 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342358 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342359 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342360 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342361 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342362 1 0.3619 0.8357 0.864 0.000 0.136
#> GSM342363 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342365 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342367 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342369 3 0.1753 0.9377 0.048 0.000 0.952
#> GSM342370 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342372 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342373 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342374 3 0.1031 0.9565 0.024 0.000 0.976
#> GSM342375 3 0.1031 0.9565 0.024 0.000 0.976
#> GSM342376 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342387 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342388 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342394 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.2878 0.8934 0.096 0.000 0.904
#> GSM342398 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342405 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342406 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342407 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342410 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342412 3 0.6308 0.0979 0.492 0.000 0.508
#> GSM342413 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342414 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342415 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342416 3 0.3816 0.8358 0.148 0.000 0.852
#> GSM342417 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342418 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342419 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342420 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342422 1 0.0000 0.9969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342423 3 0.0424 0.9662 0.008 0.000 0.992
#> GSM342424 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342430 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342431 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342432 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342440 2 0.0237 0.9968 0.000 0.996 0.004
#> GSM342442 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342443 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 2 0.0237 0.9968 0.000 0.996 0.004
#> GSM342446 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342447 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342448 2 0.0237 0.9968 0.000 0.996 0.004
#> GSM342449 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342450 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342453 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342455 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342456 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342457 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342458 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342464 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342465 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342466 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342468 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342469 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342470 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342472 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342486 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342487 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342494 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342497 2 0.0237 0.9968 0.000 0.996 0.004
#> GSM342498 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342499 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342500 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342501 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342502 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342503 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342505 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342506 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342507 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342508 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342509 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342510 2 0.0000 0.9971 0.000 1.000 0.000
#> GSM342511 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342512 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342513 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
#> GSM342514 2 0.0237 0.9968 0.000 0.996 0.004
#> GSM342515 2 0.0424 0.9963 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 1 0.1118 0.957 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM342331 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342335 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342354 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342404 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342408 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342426 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342451 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342462 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342467 2 0.0592 0.955 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342484 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342347 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342421 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342471 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342321 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342324 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342333 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342336 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342344 4 0.3123 0.810 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM342345 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342346 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342348 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 4 0.4817 0.390 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM342351 4 0.4365 0.813 0.000 0.028 0.188 0.784
#> GSM342352 4 0.4365 0.813 0.000 0.028 0.188 0.784
#> GSM342353 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342358 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 1 0.4134 0.641 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM342363 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342369 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342370 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342372 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342373 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342374 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342375 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 4 0.0336 0.960 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342398 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342406 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342407 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342411 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342412 4 0.4985 0.154 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM342413 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342414 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342416 4 0.2081 0.892 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM342417 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342420 4 0.3486 0.837 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM342422 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.3311 0.781 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342431 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342432 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342440 2 0.2760 0.813 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM342442 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.1940 0.885 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM342446 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342447 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342448 2 0.3726 0.666 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM342449 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342450 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342453 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342455 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342456 2 0.0592 0.955 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342457 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342458 2 0.1211 0.930 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342463 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342464 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342465 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342466 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342468 2 0.3486 0.763 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM342469 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342470 2 0.0592 0.955 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342472 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342485 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342486 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342487 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.3726 0.666 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM342498 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342499 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342502 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342506 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342507 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342508 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342509 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342510 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342512 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342513 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM342514 2 0.3726 0.666 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM342515 3 0.3486 1.000 0.000 0.188 0.812 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342323 4 0.1041 0.832 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.3612 0.742 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM342327 4 0.3684 0.735 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM342329 4 0.4268 0.145 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> GSM342331 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342334 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342335 1 0.3707 0.600 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM342354 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 4 0.0794 0.834 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM342380 1 0.0963 0.953 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM342382 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342399 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0703 0.955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342404 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342408 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342409 4 0.0963 0.829 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM342426 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342444 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342462 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342467 2 0.2798 0.777 0.000 0.852 0.008 0.000 0.140
#> GSM342484 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342491 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342322 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342338 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342347 1 0.3876 0.545 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342366 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342421 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342471 3 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342321 1 0.3796 0.573 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM342324 4 0.0324 0.846 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM342328 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342330 4 0.3790 0.739 0.000 0.000 0.004 0.724 0.272
#> GSM342332 4 0.0162 0.846 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342333 4 0.0963 0.829 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM342336 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.0703 0.955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342339 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342340 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342341 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342342 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342343 1 0.1121 0.951 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342344 4 0.1197 0.821 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM342345 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342346 4 0.0162 0.846 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342348 4 0.0703 0.836 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 4 0.3480 0.552 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM342351 5 0.1197 0.683 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM342352 5 0.1197 0.683 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM342353 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342358 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342359 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342360 4 0.0162 0.846 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342361 4 0.3928 0.720 0.000 0.000 0.004 0.700 0.296
#> GSM342362 4 0.1908 0.776 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM342363 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342367 1 0.0609 0.956 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM342368 1 0.0963 0.930 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM342369 4 0.1571 0.836 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM342370 4 0.2674 0.806 0.000 0.000 0.004 0.856 0.140
#> GSM342372 4 0.1478 0.835 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM342373 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342374 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 4 0.0290 0.844 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM342376 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0703 0.955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342379 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342384 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342386 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342387 4 0.1571 0.836 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM342388 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342389 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.1121 0.951 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM342393 4 0.3928 0.720 0.000 0.000 0.004 0.700 0.296
#> GSM342394 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0609 0.943 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM342396 1 0.1282 0.951 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM342397 4 0.0324 0.846 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM342398 1 0.0609 0.956 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM342400 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0794 0.955 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM342403 1 0.0703 0.955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM342405 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342406 1 0.1270 0.915 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM342407 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342410 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342411 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342412 4 0.3534 0.539 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM342413 4 0.3707 0.732 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM342414 4 0.3861 0.731 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM342415 1 0.1478 0.903 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM342416 4 0.1121 0.822 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM342417 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342418 4 0.1478 0.835 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM342419 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342420 5 0.1197 0.683 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM342422 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 4 0.0000 0.846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342424 5 0.4546 0.228 0.000 0.460 0.008 0.000 0.532
#> GSM342425 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0162 0.948 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0162 0.948 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342430 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342433 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342438 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342440 2 0.1357 0.893 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM342442 3 0.0771 0.989 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM342443 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.0865 0.924 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM342446 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342447 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.4182 0.328 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004
#> GSM342449 3 0.0865 0.984 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM342450 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342452 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342455 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342456 2 0.2753 0.783 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> GSM342457 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.2798 0.777 0.000 0.852 0.008 0.000 0.140
#> GSM342459 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342463 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342464 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342465 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342466 3 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342468 5 0.4403 0.409 0.000 0.384 0.008 0.000 0.608
#> GSM342469 3 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342470 2 0.2707 0.788 0.000 0.860 0.008 0.000 0.132
#> GSM342472 2 0.0162 0.948 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342474 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342475 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342476 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342479 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342480 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342482 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342483 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342485 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342486 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342487 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342488 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.3607 0.549 0.000 0.752 0.244 0.000 0.004
#> GSM342498 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342499 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342501 3 0.1041 0.974 0.000 0.032 0.964 0.000 0.004
#> GSM342502 3 0.2011 0.893 0.000 0.088 0.908 0.000 0.004
#> GSM342503 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342504 2 0.0162 0.951 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342505 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342506 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342507 3 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342508 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342510 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.0671 0.992 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM342512 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342513 3 0.0510 0.993 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM342514 2 0.4251 0.287 0.000 0.624 0.372 0.000 0.004
#> GSM342515 3 0.0290 0.986 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.2747 0.8542 0.096 0.000 0.000 0.000 0.860 0.044
#> GSM342323 4 0.1320 0.7080 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> GSM342325 5 0.0260 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342326 4 0.3737 0.5916 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM342327 4 0.3789 0.5767 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM342329 4 0.4067 0.0632 0.000 0.000 0.000 0.548 0.444 0.008
#> GSM342331 4 0.3862 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM342334 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342335 5 0.3899 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.364 0.628 0.008
#> GSM342354 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342371 4 0.1010 0.7078 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM342380 5 0.1564 0.8793 0.024 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040
#> GSM342382 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342399 5 0.0146 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342402 5 0.1124 0.8837 0.008 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036
#> GSM342404 4 0.3862 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM342408 4 0.3862 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM342409 4 0.1333 0.6963 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM342426 2 0.1663 0.8563 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0146 0.8944 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0146 0.9374 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342451 3 0.0146 0.9374 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342462 3 0.1265 0.9226 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 1 0.3659 0.7583 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342484 2 0.0260 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342322 5 0.2999 0.8461 0.112 0.000 0.000 0.000 0.840 0.048
#> GSM342338 5 0.0260 0.8859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342347 5 0.4086 0.2088 0.000 0.000 0.000 0.464 0.528 0.008
#> GSM342356 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342357 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342366 5 0.0146 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342385 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342421 4 0.0146 0.7288 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342437 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.9375 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 3 0.4123 0.3412 0.420 0.000 0.568 0.000 0.000 0.012
#> GSM342477 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.0146 0.9372 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.3864 0.5345 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM342321 5 0.3874 0.4417 0.000 0.000 0.000 0.356 0.636 0.008
#> GSM342324 4 0.2631 0.7117 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM342328 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 4 0.3843 0.5590 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM342332 4 0.0260 0.7277 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342333 4 0.0972 0.7107 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM342336 4 0.0146 0.7288 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342337 5 0.0632 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342339 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342340 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342341 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342342 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342343 5 0.3394 0.8317 0.144 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052
#> GSM342344 4 0.2020 0.6552 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096 0.008
#> GSM342345 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342346 4 0.2491 0.7177 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM342348 4 0.0508 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM342349 4 0.0937 0.7314 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342350 4 0.3653 0.3622 0.000 0.000 0.000 0.692 0.300 0.008
#> GSM342351 6 0.3446 0.9767 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM342352 6 0.3499 0.9666 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM342353 4 0.0458 0.7297 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342355 5 0.0260 0.8859 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342358 4 0.3864 0.5345 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM342359 4 0.3862 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM342360 4 0.2340 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM342361 4 0.3868 0.5183 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM342362 4 0.2814 0.5597 0.000 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> GSM342363 5 0.0146 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342364 5 0.0146 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342365 4 0.3860 0.5425 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM342367 5 0.0547 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM342368 5 0.0972 0.8703 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM342369 4 0.2902 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> GSM342370 4 0.3499 0.6475 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM342372 4 0.2378 0.7170 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM342373 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 4 0.0790 0.7310 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342375 4 0.0405 0.7274 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM342376 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342377 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342378 5 0.0858 0.8860 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028
#> GSM342379 5 0.0405 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342381 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342384 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342386 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342387 4 0.3151 0.6836 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM342388 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342389 5 0.0146 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342390 5 0.0405 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342391 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342392 5 0.3394 0.8317 0.144 0.000 0.000 0.000 0.804 0.052
#> GSM342393 4 0.3868 0.5183 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM342394 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342395 5 0.0972 0.8704 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM342396 5 0.3612 0.8198 0.168 0.000 0.000 0.000 0.780 0.052
#> GSM342397 4 0.1866 0.7278 0.000 0.000 0.000 0.908 0.008 0.084
#> GSM342398 5 0.0603 0.8880 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> GSM342400 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 5 0.1408 0.8815 0.020 0.000 0.000 0.000 0.944 0.036
#> GSM342403 5 0.0632 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM342405 4 0.3862 0.5385 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM342406 5 0.1196 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> GSM342407 4 0.3854 0.5501 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM342410 5 0.0405 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM342411 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342412 4 0.3833 0.2959 0.000 0.000 0.000 0.648 0.344 0.008
#> GSM342413 4 0.3860 0.5378 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM342414 4 0.3866 0.5293 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM342415 5 0.2070 0.8033 0.000 0.000 0.000 0.100 0.892 0.008
#> GSM342416 4 0.2473 0.6060 0.000 0.000 0.000 0.856 0.136 0.008
#> GSM342417 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 4 0.2631 0.7093 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM342419 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342420 6 0.3371 0.9648 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM342422 5 0.0146 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342423 4 0.0000 0.7282 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342424 1 0.3607 0.3171 0.796 0.092 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM342425 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.3515 0.3270 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.3428 0.3961 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0405 0.8904 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.0291 0.9368 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342431 3 0.0291 0.9368 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342432 2 0.0405 0.8904 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.1765 0.8468 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0260 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0520 0.8873 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.1333 0.9206 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 2 0.1398 0.8314 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.2257 0.8510 0.008 0.116 0.876 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.0717 0.8791 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.1333 0.9206 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0405 0.9358 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM342448 2 0.3653 0.3351 0.008 0.692 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.1866 0.8886 0.008 0.084 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0146 0.8944 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.1398 0.9181 0.008 0.052 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0717 0.9333 0.008 0.016 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.9375 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 1 0.3728 0.7665 0.652 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342457 3 0.0622 0.9331 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342458 1 0.3804 0.7634 0.656 0.336 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM342459 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0260 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 3 0.1398 0.9181 0.008 0.052 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM342464 3 0.1398 0.9181 0.008 0.052 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM342465 3 0.0291 0.9368 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342466 3 0.1074 0.9236 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM342468 1 0.3458 0.2713 0.808 0.080 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM342469 3 0.1074 0.9236 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM342470 1 0.3695 0.7442 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342472 2 0.3620 0.2178 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0146 0.8944 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0405 0.8904 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342480 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0260 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0146 0.8944 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 3 0.0146 0.9374 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342486 3 0.0436 0.9377 0.004 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM342487 2 0.0405 0.8904 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.0146 0.9374 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342494 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.2669 0.6470 0.008 0.836 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM342498 3 0.0000 0.9375 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 3 0.0622 0.9331 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342500 2 0.0000 0.8952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.3012 0.7382 0.008 0.196 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM342502 3 0.3653 0.5421 0.008 0.300 0.692 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0405 0.8904 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0260 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.1524 0.9127 0.008 0.060 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 3 0.0806 0.9321 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 3 0.1151 0.9212 0.032 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012
#> GSM342508 3 0.0622 0.9331 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM342509 3 0.1196 0.9245 0.008 0.040 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM342510 2 0.1141 0.8901 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.1333 0.9206 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM342512 3 0.0291 0.9368 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342513 3 0.0291 0.9368 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM342514 2 0.3774 0.2681 0.008 0.664 0.328 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 3 0.1074 0.9236 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:skmeans 197 0.1708 2
#> ATC:skmeans 195 0.0751 3
#> ATC:skmeans 195 0.1914 4
#> ATC:skmeans 192 0.3280 5
#> ATC:skmeans 183 0.4936 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5009 0.500 0.500
#> 3 3 0.978 0.955 0.980 0.2845 0.858 0.716
#> 4 4 0.785 0.874 0.894 0.1421 0.892 0.699
#> 5 5 0.717 0.647 0.776 0.0602 0.958 0.837
#> 6 6 0.800 0.727 0.861 0.0558 0.890 0.571
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0 1 1 0
#> GSM342323 1 0 1 1 0
#> GSM342325 1 0 1 1 0
#> GSM342326 1 0 1 1 0
#> GSM342327 1 0 1 1 0
#> GSM342329 1 0 1 1 0
#> GSM342331 1 0 1 1 0
#> GSM342334 1 0 1 1 0
#> GSM342335 1 0 1 1 0
#> GSM342354 1 0 1 1 0
#> GSM342371 1 0 1 1 0
#> GSM342380 1 0 1 1 0
#> GSM342382 1 0 1 1 0
#> GSM342399 1 0 1 1 0
#> GSM342402 1 0 1 1 0
#> GSM342404 1 0 1 1 0
#> GSM342408 1 0 1 1 0
#> GSM342409 1 0 1 1 0
#> GSM342426 2 0 1 0 1
#> GSM342441 2 0 1 0 1
#> GSM342444 2 0 1 0 1
#> GSM342451 2 0 1 0 1
#> GSM342462 2 0 1 0 1
#> GSM342467 2 0 1 0 1
#> GSM342484 2 0 1 0 1
#> GSM342491 2 0 1 0 1
#> GSM342322 1 0 1 1 0
#> GSM342338 1 0 1 1 0
#> GSM342347 1 0 1 1 0
#> GSM342356 1 0 1 1 0
#> GSM342357 1 0 1 1 0
#> GSM342366 1 0 1 1 0
#> GSM342385 1 0 1 1 0
#> GSM342421 1 0 1 1 0
#> GSM342437 2 0 1 0 1
#> GSM342454 2 0 1 0 1
#> GSM342471 2 0 1 0 1
#> GSM342477 2 0 1 0 1
#> GSM342495 2 0 1 0 1
#> GSM342496 2 0 1 0 1
#> GSM342320 1 0 1 1 0
#> GSM342321 1 0 1 1 0
#> GSM342324 1 0 1 1 0
#> GSM342328 1 0 1 1 0
#> GSM342330 1 0 1 1 0
#> GSM342332 1 0 1 1 0
#> GSM342333 1 0 1 1 0
#> GSM342336 1 0 1 1 0
#> GSM342337 1 0 1 1 0
#> GSM342339 1 0 1 1 0
#> GSM342340 1 0 1 1 0
#> GSM342341 1 0 1 1 0
#> GSM342342 1 0 1 1 0
#> GSM342343 1 0 1 1 0
#> GSM342344 1 0 1 1 0
#> GSM342345 1 0 1 1 0
#> GSM342346 1 0 1 1 0
#> GSM342348 1 0 1 1 0
#> GSM342349 1 0 1 1 0
#> GSM342350 1 0 1 1 0
#> GSM342351 1 0 1 1 0
#> GSM342352 1 0 1 1 0
#> GSM342353 1 0 1 1 0
#> GSM342355 1 0 1 1 0
#> GSM342358 1 0 1 1 0
#> GSM342359 1 0 1 1 0
#> GSM342360 1 0 1 1 0
#> GSM342361 1 0 1 1 0
#> GSM342362 1 0 1 1 0
#> GSM342363 1 0 1 1 0
#> GSM342364 1 0 1 1 0
#> GSM342365 1 0 1 1 0
#> GSM342367 1 0 1 1 0
#> GSM342368 1 0 1 1 0
#> GSM342369 1 0 1 1 0
#> GSM342370 1 0 1 1 0
#> GSM342372 1 0 1 1 0
#> GSM342373 1 0 1 1 0
#> GSM342374 1 0 1 1 0
#> GSM342375 1 0 1 1 0
#> GSM342376 1 0 1 1 0
#> GSM342377 1 0 1 1 0
#> GSM342378 1 0 1 1 0
#> GSM342379 1 0 1 1 0
#> GSM342381 1 0 1 1 0
#> GSM342383 1 0 1 1 0
#> GSM342384 1 0 1 1 0
#> GSM342386 1 0 1 1 0
#> GSM342387 1 0 1 1 0
#> GSM342388 1 0 1 1 0
#> GSM342389 1 0 1 1 0
#> GSM342390 1 0 1 1 0
#> GSM342391 1 0 1 1 0
#> GSM342392 1 0 1 1 0
#> GSM342393 1 0 1 1 0
#> GSM342394 1 0 1 1 0
#> GSM342395 1 0 1 1 0
#> GSM342396 1 0 1 1 0
#> GSM342397 1 0 1 1 0
#> GSM342398 1 0 1 1 0
#> GSM342400 1 0 1 1 0
#> GSM342401 1 0 1 1 0
#> GSM342403 1 0 1 1 0
#> GSM342405 1 0 1 1 0
#> GSM342406 1 0 1 1 0
#> GSM342407 1 0 1 1 0
#> GSM342410 1 0 1 1 0
#> GSM342411 1 0 1 1 0
#> GSM342412 1 0 1 1 0
#> GSM342413 1 0 1 1 0
#> GSM342414 1 0 1 1 0
#> GSM342415 1 0 1 1 0
#> GSM342416 1 0 1 1 0
#> GSM342417 1 0 1 1 0
#> GSM342418 1 0 1 1 0
#> GSM342419 1 0 1 1 0
#> GSM342420 1 0 1 1 0
#> GSM342422 1 0 1 1 0
#> GSM342423 1 0 1 1 0
#> GSM342424 2 0 1 0 1
#> GSM342425 2 0 1 0 1
#> GSM342427 2 0 1 0 1
#> GSM342428 2 0 1 0 1
#> GSM342429 2 0 1 0 1
#> GSM342430 2 0 1 0 1
#> GSM342431 2 0 1 0 1
#> GSM342432 2 0 1 0 1
#> GSM342433 2 0 1 0 1
#> GSM342434 2 0 1 0 1
#> GSM342435 2 0 1 0 1
#> GSM342436 2 0 1 0 1
#> GSM342438 2 0 1 0 1
#> GSM342439 2 0 1 0 1
#> GSM342440 2 0 1 0 1
#> GSM342442 2 0 1 0 1
#> GSM342443 2 0 1 0 1
#> GSM342445 2 0 1 0 1
#> GSM342446 2 0 1 0 1
#> GSM342447 2 0 1 0 1
#> GSM342448 2 0 1 0 1
#> GSM342449 2 0 1 0 1
#> GSM342450 2 0 1 0 1
#> GSM342452 2 0 1 0 1
#> GSM342453 2 0 1 0 1
#> GSM342455 2 0 1 0 1
#> GSM342456 2 0 1 0 1
#> GSM342457 2 0 1 0 1
#> GSM342458 2 0 1 0 1
#> GSM342459 2 0 1 0 1
#> GSM342460 2 0 1 0 1
#> GSM342461 2 0 1 0 1
#> GSM342463 2 0 1 0 1
#> GSM342464 2 0 1 0 1
#> GSM342465 2 0 1 0 1
#> GSM342466 2 0 1 0 1
#> GSM342468 2 0 1 0 1
#> GSM342469 2 0 1 0 1
#> GSM342470 2 0 1 0 1
#> GSM342472 2 0 1 0 1
#> GSM342473 2 0 1 0 1
#> GSM342474 2 0 1 0 1
#> GSM342475 2 0 1 0 1
#> GSM342476 2 0 1 0 1
#> GSM342478 2 0 1 0 1
#> GSM342479 2 0 1 0 1
#> GSM342480 2 0 1 0 1
#> GSM342481 2 0 1 0 1
#> GSM342482 2 0 1 0 1
#> GSM342483 2 0 1 0 1
#> GSM342485 2 0 1 0 1
#> GSM342486 2 0 1 0 1
#> GSM342487 2 0 1 0 1
#> GSM342488 2 0 1 0 1
#> GSM342489 2 0 1 0 1
#> GSM342490 2 0 1 0 1
#> GSM342492 2 0 1 0 1
#> GSM342493 2 0 1 0 1
#> GSM342494 2 0 1 0 1
#> GSM342497 2 0 1 0 1
#> GSM342498 2 0 1 0 1
#> GSM342499 2 0 1 0 1
#> GSM342500 2 0 1 0 1
#> GSM342501 2 0 1 0 1
#> GSM342502 2 0 1 0 1
#> GSM342503 2 0 1 0 1
#> GSM342504 2 0 1 0 1
#> GSM342505 2 0 1 0 1
#> GSM342506 2 0 1 0 1
#> GSM342507 2 0 1 0 1
#> GSM342508 2 0 1 0 1
#> GSM342509 2 0 1 0 1
#> GSM342510 2 0 1 0 1
#> GSM342511 2 0 1 0 1
#> GSM342512 2 0 1 0 1
#> GSM342513 2 0 1 0 1
#> GSM342514 2 0 1 0 1
#> GSM342515 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 3 0.1529 0.925 0.040 0.000 0.960
#> GSM342325 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342327 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342335 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342354 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 3 0.3192 0.866 0.112 0.000 0.888
#> GSM342380 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342408 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 3 0.3116 0.869 0.108 0.000 0.892
#> GSM342426 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342444 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342451 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342462 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342467 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.1964 0.930 0.944 0.000 0.056
#> GSM342366 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342471 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342496 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342320 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342321 3 0.6168 0.366 0.412 0.000 0.588
#> GSM342324 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342330 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342333 3 0.3551 0.848 0.132 0.000 0.868
#> GSM342336 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342339 3 0.5926 0.459 0.356 0.000 0.644
#> GSM342340 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 3 0.4346 0.769 0.184 0.000 0.816
#> GSM342342 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.0237 0.945 0.004 0.000 0.996
#> GSM342345 3 0.5465 0.629 0.288 0.000 0.712
#> GSM342346 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342348 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342349 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 3 0.6305 0.142 0.484 0.000 0.516
#> GSM342351 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342352 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342353 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342358 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 3 0.2796 0.883 0.092 0.000 0.908
#> GSM342363 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342365 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342368 3 0.5465 0.636 0.288 0.000 0.712
#> GSM342369 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> GSM342370 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342372 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342373 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342374 3 0.1163 0.932 0.028 0.000 0.972
#> GSM342375 3 0.1163 0.932 0.028 0.000 0.972
#> GSM342376 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342387 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.3412 0.845 0.876 0.000 0.124
#> GSM342392 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 3 0.3752 0.836 0.144 0.000 0.856
#> GSM342396 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.1411 0.927 0.036 0.000 0.964
#> GSM342398 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342405 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342406 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342407 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342412 1 0.5968 0.368 0.636 0.000 0.364
#> GSM342413 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342414 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342416 3 0.2356 0.900 0.072 0.000 0.928
#> GSM342417 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342418 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.3482 0.839 0.872 0.000 0.128
#> GSM342420 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342422 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM342423 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342425 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342430 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342431 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342432 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342439 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342442 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342445 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342446 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342447 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342448 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342449 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342452 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342453 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342457 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342463 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342464 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342465 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342466 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.5733 0.513 0.000 0.676 0.324
#> GSM342469 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342470 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342472 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342486 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342493 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342497 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342498 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342499 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342506 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342510 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342511 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342512 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342513 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342514 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> GSM342515 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 4 0.3335 0.8589 0.016 0.000 0.128 0.856
#> GSM342325 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342331 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342335 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342354 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 4 0.2469 0.8654 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM342380 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342404 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342408 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 4 0.2469 0.8654 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM342426 2 0.1211 0.8828 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM342441 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342444 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342451 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342462 2 0.4817 -0.0894 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM342467 2 0.2760 0.8153 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM342484 3 0.4776 0.8177 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM342491 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342347 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342356 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.1637 0.9202 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM342366 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.2704 0.9099 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM342421 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342471 3 0.4193 0.6966 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM342477 2 0.1389 0.8884 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.4331 0.9025 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342321 4 0.6773 0.4747 0.284 0.000 0.132 0.584
#> GSM342324 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342333 4 0.5063 0.7789 0.108 0.000 0.124 0.768
#> GSM342336 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342339 4 0.4697 0.4460 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM342340 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 4 0.3444 0.7656 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM342342 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342344 4 0.0188 0.9367 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342345 4 0.4382 0.6111 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM342346 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342348 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 4 0.7042 0.2953 0.352 0.000 0.132 0.516
#> GSM342351 4 0.0921 0.9250 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM342352 4 0.1867 0.9000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM342353 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342358 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 4 0.2281 0.8752 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM342363 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 4 0.4769 0.6172 0.308 0.000 0.008 0.684
#> GSM342369 4 0.3652 0.8609 0.052 0.000 0.092 0.856
#> GSM342370 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342372 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342373 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342374 4 0.2999 0.8633 0.004 0.000 0.132 0.864
#> GSM342375 4 0.1151 0.9244 0.024 0.000 0.008 0.968
#> GSM342376 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0188 0.9601 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.1557 0.9172 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM342392 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 4 0.3610 0.7795 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342396 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 4 0.3245 0.8719 0.028 0.000 0.100 0.872
#> GSM342398 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342406 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342407 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.2647 0.9116 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM342411 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342412 1 0.7073 0.2275 0.504 0.000 0.132 0.364
#> GSM342413 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342414 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 1 0.2814 0.9060 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM342416 4 0.1940 0.8915 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM342417 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.1637 0.9134 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM342420 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342422 1 0.0000 0.9615 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 4 0.0000 0.9386 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.3649 0.7379 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM342425 2 0.0188 0.9050 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342427 2 0.2469 0.8227 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342428 2 0.2469 0.8227 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342429 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342430 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342431 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342432 3 0.4994 0.6027 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM342433 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.1118 0.8857 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM342435 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342438 3 0.4679 0.8530 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM342439 3 0.4477 0.8914 0.000 0.312 0.688 0.000
#> GSM342440 2 0.3610 0.6234 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM342442 3 0.4605 0.8705 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.2345 0.8164 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM342446 3 0.4222 0.9070 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM342447 3 0.3907 0.9060 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM342448 2 0.1389 0.8830 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342449 3 0.4564 0.8785 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM342450 2 0.0592 0.9044 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342452 3 0.3873 0.9037 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM342453 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342455 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342456 2 0.2469 0.8227 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342457 3 0.4431 0.8958 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM342458 2 0.2469 0.8227 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342459 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342460 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342461 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342463 3 0.4761 0.8205 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM342464 3 0.4431 0.8958 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM342465 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342466 3 0.2814 0.8114 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM342468 2 0.5256 0.6639 0.000 0.732 0.204 0.064
#> GSM342469 3 0.2921 0.8207 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM342470 2 0.3444 0.7618 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM342472 2 0.2469 0.8227 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342473 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342474 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342475 2 0.0336 0.9058 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342479 2 0.0188 0.9050 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342482 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342483 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342485 3 0.4431 0.8958 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM342486 3 0.4522 0.8854 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM342487 2 0.0592 0.9044 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM342488 2 0.0188 0.9050 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.4605 0.8705 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.0921 0.8999 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM342498 3 0.4134 0.9089 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM342499 3 0.3873 0.9037 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM342500 2 0.0817 0.9023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM342501 3 0.4522 0.8866 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM342502 3 0.4981 0.6244 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM342503 2 0.3486 0.6498 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM342504 2 0.3907 0.5550 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM342505 3 0.4454 0.8940 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM342506 3 0.3873 0.9037 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM342507 3 0.3074 0.7991 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM342508 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342509 3 0.4431 0.8958 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM342510 2 0.1022 0.8949 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM342511 3 0.4222 0.8870 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM342512 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342513 3 0.3975 0.9096 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM342514 2 0.4933 -0.2886 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM342515 3 0.2921 0.8207 0.000 0.140 0.860 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 5 0.4425 0.2309 0.008 0.000 0.000 0.392 0.600
#> GSM342325 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 5 0.4114 0.3255 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM342331 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342334 4 0.0162 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342335 5 0.4138 0.3117 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM342354 4 0.2329 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM342371 4 0.4158 0.7384 0.092 0.000 0.000 0.784 0.124
#> GSM342380 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0162 0.8831 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342404 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342408 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342409 4 0.4210 0.7332 0.096 0.000 0.000 0.780 0.124
#> GSM342426 2 0.2439 0.7115 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004
#> GSM342441 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342444 3 0.0404 0.7055 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342462 3 0.5354 0.4927 0.000 0.192 0.668 0.000 0.140
#> GSM342467 2 0.1670 0.5892 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM342484 3 0.6323 0.4039 0.000 0.164 0.476 0.000 0.360
#> GSM342491 2 0.3123 0.7291 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> GSM342322 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.4307 -0.0995 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM342347 5 0.4114 0.3255 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM342356 1 0.0162 0.8837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342357 1 0.1671 0.7945 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM342366 1 0.2329 0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM342385 1 0.3999 0.3509 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM342421 4 0.1410 0.8466 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM342437 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342471 3 0.3890 0.5251 0.000 0.252 0.736 0.000 0.012
#> GSM342477 2 0.3048 0.7029 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM342495 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.2012 0.6968 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020
#> GSM342320 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342321 5 0.4972 0.3562 0.044 0.000 0.000 0.336 0.620
#> GSM342324 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342328 4 0.2280 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM342330 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342332 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342333 5 0.4494 0.2448 0.012 0.000 0.000 0.380 0.608
#> GSM342336 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342339 4 0.5896 0.2846 0.308 0.000 0.000 0.564 0.128
#> GSM342340 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 4 0.4262 0.7217 0.100 0.000 0.000 0.776 0.124
#> GSM342342 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342344 4 0.2488 0.8145 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> GSM342345 4 0.5740 0.4235 0.272 0.000 0.000 0.600 0.128
#> GSM342346 4 0.2329 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM342348 4 0.2280 0.8188 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM342349 4 0.2377 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM342350 5 0.5113 0.3803 0.056 0.000 0.000 0.324 0.620
#> GSM342351 4 0.1704 0.8193 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> GSM342352 4 0.2771 0.7526 0.000 0.128 0.000 0.860 0.012
#> GSM342353 4 0.2377 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM342355 1 0.4307 -0.0995 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM342358 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342359 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342361 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342362 4 0.4801 0.6600 0.148 0.000 0.000 0.728 0.124
#> GSM342363 1 0.4307 -0.0995 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM342364 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 4 0.6347 0.0624 0.408 0.000 0.000 0.432 0.160
#> GSM342369 4 0.4907 0.3993 0.056 0.000 0.000 0.664 0.280
#> GSM342370 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342372 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342373 4 0.2377 0.8162 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM342374 4 0.4451 -0.1168 0.004 0.000 0.000 0.504 0.492
#> GSM342375 4 0.1281 0.8409 0.032 0.000 0.000 0.956 0.012
#> GSM342376 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.4307 -0.0995 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM342381 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0162 0.8839 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342390 1 0.2329 0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM342391 1 0.0693 0.8713 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM342392 1 0.0162 0.8837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM342393 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342394 1 0.0451 0.8778 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM342395 4 0.5996 0.2731 0.352 0.000 0.000 0.524 0.124
#> GSM342396 1 0.2329 0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM342397 4 0.5000 0.3447 0.036 0.000 0.000 0.576 0.388
#> GSM342398 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.2329 0.7465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM342403 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342406 5 0.4219 0.2483 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM342407 4 0.0290 0.8626 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342410 1 0.4302 -0.0478 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM342411 4 0.2074 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM342412 5 0.5628 0.4886 0.132 0.000 0.000 0.244 0.624
#> GSM342413 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342414 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342415 5 0.4307 -0.0145 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM342416 4 0.3814 0.7633 0.068 0.000 0.000 0.808 0.124
#> GSM342417 4 0.1608 0.8224 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM342418 4 0.0000 0.8637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.0451 0.8773 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM342420 4 0.0162 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342422 1 0.0000 0.8863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342423 4 0.2230 0.8211 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM342424 2 0.2953 0.4856 0.000 0.844 0.144 0.000 0.012
#> GSM342425 2 0.2690 0.7295 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0404 0.6221 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342428 2 0.0404 0.6221 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342429 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342430 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.6585 0.2839 0.000 0.212 0.428 0.000 0.360
#> GSM342433 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.2424 0.7194 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342438 3 0.6349 0.4021 0.000 0.168 0.472 0.000 0.360
#> GSM342439 3 0.5506 0.5791 0.000 0.100 0.616 0.000 0.284
#> GSM342440 2 0.6736 0.3282 0.000 0.384 0.256 0.000 0.360
#> GSM342442 3 0.6063 0.4937 0.000 0.144 0.540 0.000 0.316
#> GSM342443 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.6732 0.3837 0.000 0.400 0.260 0.000 0.340
#> GSM342446 3 0.2370 0.7029 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056
#> GSM342447 3 0.0290 0.7016 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.6219 -0.2922 0.000 0.424 0.436 0.000 0.140
#> GSM342449 3 0.2753 0.6471 0.000 0.136 0.856 0.000 0.008
#> GSM342450 2 0.4818 0.6882 0.000 0.720 0.180 0.000 0.100
#> GSM342452 3 0.4243 0.6456 0.000 0.024 0.712 0.000 0.264
#> GSM342453 3 0.3659 0.6608 0.000 0.012 0.768 0.000 0.220
#> GSM342455 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0807 0.6141 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM342457 3 0.3875 0.6726 0.000 0.072 0.804 0.000 0.124
#> GSM342458 2 0.0807 0.6141 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM342459 2 0.5672 0.6373 0.000 0.632 0.180 0.000 0.188
#> GSM342460 2 0.5258 0.6677 0.000 0.680 0.180 0.000 0.140
#> GSM342461 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342463 3 0.6050 0.4753 0.000 0.128 0.512 0.000 0.360
#> GSM342464 3 0.5606 0.5424 0.000 0.084 0.556 0.000 0.360
#> GSM342465 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342466 3 0.2732 0.5868 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.3953 0.4445 0.000 0.804 0.144 0.040 0.012
#> GSM342469 3 0.2690 0.5909 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM342470 2 0.2522 0.5316 0.000 0.880 0.108 0.000 0.012
#> GSM342472 2 0.0807 0.6141 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM342473 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342474 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342475 2 0.6273 0.5384 0.000 0.500 0.164 0.000 0.336
#> GSM342476 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342479 2 0.4159 0.7149 0.000 0.776 0.156 0.000 0.068
#> GSM342480 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342482 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342483 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342485 3 0.5606 0.5424 0.000 0.084 0.556 0.000 0.360
#> GSM342486 3 0.5741 0.5268 0.000 0.096 0.544 0.000 0.360
#> GSM342487 2 0.3995 0.7111 0.000 0.776 0.180 0.000 0.044
#> GSM342488 2 0.2690 0.7294 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.4255 0.6258 0.000 0.128 0.776 0.000 0.096
#> GSM342494 2 0.2732 0.7306 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.5919 0.3692 0.000 0.480 0.416 0.000 0.104
#> GSM342498 3 0.1082 0.7054 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM342499 3 0.0404 0.6993 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.6422 0.5049 0.000 0.460 0.180 0.000 0.360
#> GSM342501 3 0.5652 0.5378 0.000 0.088 0.552 0.000 0.360
#> GSM342502 3 0.6117 0.4588 0.000 0.136 0.504 0.000 0.360
#> GSM342503 2 0.6764 0.2922 0.000 0.372 0.268 0.000 0.360
#> GSM342504 5 0.6813 -0.5876 0.000 0.308 0.332 0.000 0.360
#> GSM342505 3 0.5652 0.5378 0.000 0.088 0.552 0.000 0.360
#> GSM342506 3 0.4243 0.6456 0.000 0.024 0.712 0.000 0.264
#> GSM342507 3 0.3829 0.5647 0.000 0.196 0.776 0.000 0.028
#> GSM342508 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.4054 0.6621 0.000 0.072 0.788 0.000 0.140
#> GSM342510 2 0.3003 0.7033 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.2172 0.7069 0.000 0.016 0.908 0.000 0.076
#> GSM342512 3 0.0000 0.7054 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342513 3 0.3628 0.6627 0.000 0.012 0.772 0.000 0.216
#> GSM342514 3 0.6344 0.3770 0.000 0.172 0.484 0.000 0.344
#> GSM342515 3 0.2690 0.5909 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.3714 0.8206 0.000 0.000 0.000 0.004 0.656 0.340
#> GSM342323 6 0.4718 0.6990 0.000 0.000 0.000 0.076 0.292 0.632
#> GSM342325 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342326 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342329 6 0.3578 0.7201 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM342331 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342334 4 0.0865 0.8348 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM342335 6 0.2883 0.7181 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM342354 4 0.3531 0.6568 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM342371 4 0.3843 0.5101 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM342380 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342382 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342399 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342402 5 0.3953 0.8116 0.000 0.000 0.000 0.016 0.656 0.328
#> GSM342404 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342408 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342409 4 0.3857 0.4837 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM342426 2 0.1588 0.8921 0.004 0.924 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM342441 3 0.2631 0.7572 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 1 0.2454 0.7897 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 3 0.3198 0.5819 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 2 0.1387 0.8418 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342484 3 0.1421 0.8298 0.028 0.028 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.2260 0.8754 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM342322 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342338 6 0.0146 0.6118 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM342347 6 0.3531 0.7209 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM342356 5 0.3592 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM342357 5 0.5029 0.7250 0.000 0.000 0.000 0.092 0.580 0.328
#> GSM342366 5 0.0146 0.4354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342385 6 0.3266 -0.0526 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM342421 4 0.2092 0.7957 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342437 2 0.1957 0.8923 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.2762 0.6989 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342477 2 0.3867 0.7810 0.052 0.748 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.2048 0.8906 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 1 0.4034 0.5235 0.652 0.020 0.328 0.000 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342321 6 0.3756 0.7215 0.000 0.000 0.000 0.004 0.352 0.644
#> GSM342324 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 4 0.3266 0.7034 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342332 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342333 6 0.4292 0.7074 0.000 0.000 0.000 0.032 0.340 0.628
#> GSM342336 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342337 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342339 4 0.4394 0.4350 0.016 0.000 0.004 0.492 0.488 0.000
#> GSM342340 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342341 4 0.3823 0.5331 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> GSM342342 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342343 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342344 4 0.3592 0.6430 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM342345 5 0.4211 -0.2605 0.016 0.000 0.004 0.364 0.616 0.000
#> GSM342346 4 0.3578 0.6462 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM342348 4 0.3330 0.6945 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM342349 4 0.4090 0.6534 0.016 0.000 0.004 0.652 0.328 0.000
#> GSM342350 6 0.3833 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.008 0.344 0.648
#> GSM342351 4 0.1155 0.8256 0.036 0.004 0.004 0.956 0.000 0.000
#> GSM342352 4 0.2000 0.7970 0.048 0.032 0.004 0.916 0.000 0.000
#> GSM342353 4 0.4090 0.6534 0.016 0.000 0.004 0.652 0.328 0.000
#> GSM342355 6 0.0000 0.6156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342358 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342362 5 0.3810 -0.3815 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM342363 6 0.0260 0.6073 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM342364 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342365 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342367 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342368 5 0.3023 0.1724 0.000 0.000 0.000 0.120 0.836 0.044
#> GSM342369 4 0.4532 0.3234 0.000 0.000 0.000 0.636 0.056 0.308
#> GSM342370 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342372 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342373 4 0.4134 0.6420 0.016 0.000 0.004 0.640 0.340 0.000
#> GSM342374 6 0.4438 0.4444 0.000 0.000 0.000 0.328 0.044 0.628
#> GSM342375 4 0.1049 0.8196 0.000 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM342376 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342377 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342378 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342379 6 0.0000 0.6156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342381 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342383 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342384 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342386 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342387 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342388 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342389 5 0.3547 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM342390 5 0.0000 0.4296 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342391 5 0.3802 0.8048 0.000 0.000 0.000 0.012 0.676 0.312
#> GSM342392 5 0.4004 0.8140 0.012 0.000 0.004 0.000 0.656 0.328
#> GSM342393 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342394 5 0.3802 0.8044 0.000 0.000 0.000 0.012 0.676 0.312
#> GSM342395 5 0.2854 0.1205 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM342396 5 0.0000 0.4296 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 5 0.6080 -0.4256 0.000 0.000 0.000 0.352 0.376 0.272
#> GSM342398 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342400 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342401 5 0.0260 0.4411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342403 5 0.3531 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM342405 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342406 6 0.3747 0.7021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM342407 4 0.1141 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM342410 6 0.0713 0.5852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM342411 4 0.2996 0.7338 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM342412 6 0.3578 0.7201 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM342413 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342414 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342415 6 0.0000 0.6156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342416 4 0.3765 0.5776 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM342417 4 0.2416 0.7121 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM342418 4 0.0000 0.8424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342419 5 0.4046 0.8142 0.008 0.000 0.004 0.004 0.656 0.328
#> GSM342420 4 0.0603 0.8374 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM342422 5 0.3578 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM342423 4 0.3515 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM342424 2 0.2562 0.7459 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342425 2 0.1556 0.8884 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0935 0.8594 0.032 0.964 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0790 0.8589 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342429 3 0.0363 0.8407 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 1 0.1141 0.8510 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.2092 0.8891 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.1267 0.8878 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.1267 0.8878 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 3 0.2048 0.7917 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 3 0.2340 0.7829 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.3126 0.5698 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.3773 0.6420 0.204 0.044 0.752 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.1957 0.8923 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 3 0.3588 0.7452 0.044 0.180 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 1 0.3647 0.5197 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 3 0.5472 0.4880 0.256 0.180 0.564 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 1 0.4599 0.6275 0.696 0.140 0.164 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.3804 0.2359 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 1 0.3684 0.5115 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 1 0.3428 0.6178 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 2 0.0790 0.8589 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342457 3 0.3782 0.3086 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.0790 0.8589 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342459 3 0.3409 0.4861 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 3 0.3854 -0.0769 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 3 0.0713 0.8379 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342464 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342465 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.0458 0.8214 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.2738 0.7380 0.176 0.820 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM342469 1 0.0458 0.8214 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342470 2 0.2593 0.7703 0.148 0.844 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM342472 2 0.0790 0.8589 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342473 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 3 0.1141 0.8310 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 3 0.2883 0.6943 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.2003 0.8918 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 3 0.0790 0.8373 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.2969 0.7775 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM342480 2 0.1957 0.8923 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 3 0.0865 0.8356 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 2 0.3126 0.6924 0.000 0.752 0.248 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.2003 0.8920 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.2048 0.8909 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.1765 0.8842 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.1910 0.8929 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.4166 0.4626 0.324 0.028 0.648 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.1663 0.8895 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 3 0.5946 0.3476 0.256 0.288 0.456 0.000 0.000 0.000
#> GSM342498 1 0.2969 0.7247 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 3 0.2048 0.7938 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.0260 0.8395 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342502 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 3 0.0146 0.8407 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.0146 0.8400 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 1 0.3684 0.5115 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 1 0.1838 0.8055 0.916 0.068 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM342508 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.3288 0.5612 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM342510 2 0.2442 0.8751 0.004 0.852 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 1 0.2340 0.8007 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM342512 1 0.1075 0.8525 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM342513 1 0.3409 0.6240 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM342514 3 0.2070 0.7804 0.100 0.008 0.892 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.0458 0.8214 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:pam 197 0.1926 2
#> ATC:pam 193 0.0382 3
#> ATC:pam 191 0.0914 4
#> ATC:pam 158 0.3627 5
#> ATC:pam 176 0.4455 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.5012 0.499 0.499
#> 3 3 0.940 0.943 0.963 0.2739 0.853 0.706
#> 4 4 0.791 0.857 0.916 0.1654 0.881 0.672
#> 5 5 0.834 0.832 0.911 0.0354 0.907 0.675
#> 6 6 0.955 0.931 0.952 0.0307 0.969 0.865
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342380 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342399 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342402 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342408 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342409 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342426 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342441 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342444 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342451 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342462 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342467 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342484 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342491 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342356 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342357 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342366 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342385 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342421 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342454 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342471 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342477 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342495 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342496 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342343 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342352 2 0.973 0.322 0.404 0.596
#> GSM342353 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342355 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342358 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342360 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342361 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342363 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342365 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342367 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342368 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342370 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342377 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342378 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342379 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342381 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342384 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342386 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342387 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342388 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342389 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342390 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342392 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342393 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342395 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342396 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342398 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342400 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342401 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342405 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342406 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342407 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342410 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342411 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342412 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342413 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342414 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342415 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342416 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342417 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342418 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342423 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM342424 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342425 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342427 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342428 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342429 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342430 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342431 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342432 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342433 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342434 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342435 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342436 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342438 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342439 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342440 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342442 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342443 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342445 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342446 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342447 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342448 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342449 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342450 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342452 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342453 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342455 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342456 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342457 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342458 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342459 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342460 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342461 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342463 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342464 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342465 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342466 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342468 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342469 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342470 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342472 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342473 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342474 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342475 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342476 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342478 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342479 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342480 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342481 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342482 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342483 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342485 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342486 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342487 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342488 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342489 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342490 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342492 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342493 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342494 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342497 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342498 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342499 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342500 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342501 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342502 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342503 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342504 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342505 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342506 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342507 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342508 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342509 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342510 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342511 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342512 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342513 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342514 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> GSM342515 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 3 0.4555 0.833 0.200 0.000 0.800
#> GSM342325 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342326 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342327 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342329 3 0.4702 0.820 0.212 0.000 0.788
#> GSM342331 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM342334 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342335 3 0.6305 0.226 0.484 0.000 0.516
#> GSM342354 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342371 3 0.3116 0.905 0.108 0.000 0.892
#> GSM342380 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 3 0.1289 0.931 0.032 0.000 0.968
#> GSM342408 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM342409 3 0.4504 0.837 0.196 0.000 0.804
#> GSM342426 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342441 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342444 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342451 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342462 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342467 2 0.1163 0.988 0.000 0.972 0.028
#> GSM342484 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342491 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342322 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342347 3 0.5560 0.688 0.300 0.000 0.700
#> GSM342356 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342357 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342437 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342454 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342471 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342477 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342495 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342496 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342320 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342321 1 0.6307 -0.155 0.512 0.000 0.488
#> GSM342324 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342328 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342330 3 0.1289 0.931 0.032 0.000 0.968
#> GSM342332 3 0.1964 0.933 0.056 0.000 0.944
#> GSM342333 3 0.3879 0.874 0.152 0.000 0.848
#> GSM342336 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342337 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM342342 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342344 3 0.4654 0.824 0.208 0.000 0.792
#> GSM342345 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 3 0.2356 0.926 0.072 0.000 0.928
#> GSM342348 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342349 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342350 3 0.4654 0.824 0.208 0.000 0.792
#> GSM342351 3 0.0592 0.915 0.012 0.000 0.988
#> GSM342352 3 0.5072 0.691 0.012 0.196 0.792
#> GSM342353 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342355 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342358 3 0.1289 0.931 0.032 0.000 0.968
#> GSM342359 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342360 3 0.1753 0.936 0.048 0.000 0.952
#> GSM342361 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM342362 3 0.4605 0.829 0.204 0.000 0.796
#> GSM342363 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342364 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342365 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342367 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.0237 0.965 0.996 0.000 0.004
#> GSM342369 3 0.2448 0.924 0.076 0.000 0.924
#> GSM342370 3 0.1753 0.936 0.048 0.000 0.952
#> GSM342372 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342373 3 0.1964 0.933 0.056 0.000 0.944
#> GSM342374 3 0.4062 0.865 0.164 0.000 0.836
#> GSM342375 3 0.4605 0.829 0.204 0.000 0.796
#> GSM342376 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342377 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342378 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342387 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342388 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342393 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM342394 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342397 3 0.4654 0.824 0.208 0.000 0.792
#> GSM342398 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342405 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM342406 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342407 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342410 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342412 3 0.4654 0.824 0.208 0.000 0.792
#> GSM342413 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342414 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342415 1 0.6079 0.236 0.612 0.000 0.388
#> GSM342416 3 0.4062 0.865 0.164 0.000 0.836
#> GSM342417 3 0.1860 0.935 0.052 0.000 0.948
#> GSM342418 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342419 1 0.6204 0.122 0.576 0.000 0.424
#> GSM342420 3 0.0747 0.919 0.016 0.000 0.984
#> GSM342422 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM342423 3 0.1643 0.937 0.044 0.000 0.956
#> GSM342424 2 0.1643 0.976 0.000 0.956 0.044
#> GSM342425 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342427 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342428 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342429 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342430 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342431 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342432 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342433 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342434 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342435 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342436 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342438 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342439 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342440 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342442 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342443 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342445 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342446 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342447 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342448 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342449 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342450 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342452 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342453 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342455 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342456 2 0.1643 0.976 0.000 0.956 0.044
#> GSM342457 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342458 2 0.1643 0.976 0.000 0.956 0.044
#> GSM342459 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342460 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342461 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342463 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342464 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342465 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342466 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342468 2 0.3116 0.911 0.000 0.892 0.108
#> GSM342469 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342470 2 0.1163 0.988 0.000 0.972 0.028
#> GSM342472 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342473 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342474 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342475 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342476 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342478 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342479 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342480 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342481 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342482 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342483 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342485 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342486 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342487 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342488 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342489 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342490 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342492 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342493 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342494 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342497 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342498 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342499 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342500 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342501 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342502 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342503 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342504 2 0.0592 0.992 0.000 0.988 0.012
#> GSM342505 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342506 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342507 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342508 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342509 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342510 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342511 2 0.0592 0.991 0.000 0.988 0.012
#> GSM342512 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342513 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM342514 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> GSM342515 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342329 4 0.3610 0.7487 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342331 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342334 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342335 4 0.4933 0.2355 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM342354 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342371 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342404 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342408 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342409 4 0.0336 0.9554 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342426 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342444 3 0.0707 0.8475 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM342451 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342462 3 0.2589 0.8527 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM342467 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342484 2 0.3024 0.8669 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM342491 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342322 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342347 4 0.3907 0.7004 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM342356 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342357 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342421 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342437 2 0.2530 0.8641 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM342454 3 0.2408 0.8558 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM342471 3 0.0921 0.8408 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM342477 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.2814 0.8681 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM342496 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342320 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342321 4 0.4730 0.4230 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM342324 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342328 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342330 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342332 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342333 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342336 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342337 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342339 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.2589 0.8509 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM342342 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342344 4 0.0336 0.9554 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM342345 1 0.0188 0.9596 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342346 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342348 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342350 4 0.3610 0.7487 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM342351 4 0.2973 0.8338 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM342352 2 0.4866 0.2498 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM342353 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342355 1 0.3726 0.7277 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM342358 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342359 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342360 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342361 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342362 4 0.0707 0.9462 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM342363 1 0.3172 0.8009 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM342364 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342367 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342368 1 0.0469 0.9533 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342369 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342370 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342372 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342373 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342374 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342375 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342376 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342377 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342378 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 1 0.4761 0.4023 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM342381 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342388 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342391 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342393 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 4 0.1302 0.9255 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM342398 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.9620 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342406 1 0.1022 0.9373 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM342407 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342410 1 0.3688 0.7339 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM342411 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342412 4 0.3266 0.7924 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM342413 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342414 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342415 1 0.4916 0.2581 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM342416 4 0.0188 0.9582 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM342417 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342419 1 0.1389 0.9231 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM342420 4 0.2973 0.8338 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM342422 1 0.0188 0.9600 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342423 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM342424 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342425 3 0.4843 0.6157 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM342427 2 0.0188 0.8228 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM342428 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342430 3 0.4500 0.3919 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM342431 3 0.0336 0.8435 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342432 2 0.3266 0.8514 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM342433 2 0.1302 0.8440 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM342434 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342436 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342438 2 0.3688 0.8127 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM342439 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342440 3 0.3528 0.8036 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM342442 3 0.2530 0.8539 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM342443 2 0.1022 0.8395 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM342445 3 0.3074 0.8390 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM342446 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342447 3 0.0336 0.8435 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342448 3 0.4304 0.7484 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM342449 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342450 3 0.4454 0.7305 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM342452 3 0.4972 0.0375 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM342453 3 0.4996 -0.2834 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM342455 3 0.1940 0.8565 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM342456 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342457 3 0.0000 0.8390 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342458 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342459 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342460 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342463 2 0.4356 0.6955 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM342464 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342465 3 0.0336 0.8435 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342466 3 0.0000 0.8390 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342468 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342469 3 0.0592 0.8396 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM342470 2 0.2469 0.7619 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM342472 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342474 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342475 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342476 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342479 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342480 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.3266 0.8501 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM342482 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342483 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342485 3 0.3444 0.7989 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM342486 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342487 3 0.4477 0.7264 0.000 0.312 0.688 0.000
#> GSM342488 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.8249 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342490 3 0.4866 0.6035 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM342492 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342493 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342494 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342497 3 0.4304 0.7484 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM342498 3 0.2469 0.8553 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM342499 3 0.0336 0.8435 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342500 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342501 2 0.4605 0.6739 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM342502 2 0.4250 0.7211 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM342503 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342504 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342505 2 0.4222 0.7271 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM342506 2 0.4406 0.7205 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM342507 2 0.4776 0.6464 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM342508 3 0.0336 0.8435 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342509 3 0.3907 0.7358 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM342510 2 0.2973 0.8695 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM342511 3 0.1118 0.8425 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM342512 3 0.0188 0.8413 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM342513 3 0.2216 0.8074 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM342514 3 0.3528 0.8031 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM342515 3 0.0000 0.8390 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342323 4 0.0963 0.9214 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM342325 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342326 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342327 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342329 5 0.6700 0.6093 0.244 0.000 0.000 0.356 0.400
#> GSM342331 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342334 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342335 5 0.5793 0.8016 0.348 0.000 0.000 0.104 0.548
#> GSM342354 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342371 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342399 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342402 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342404 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342408 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342409 4 0.0162 0.9483 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342426 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342444 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0609 0.8739 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM342462 3 0.2189 0.8384 0.000 0.012 0.904 0.000 0.084
#> GSM342467 2 0.3949 0.6519 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM342484 2 0.1638 0.8610 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> GSM342491 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342322 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342338 5 0.4538 0.6472 0.452 0.000 0.000 0.008 0.540
#> GSM342347 5 0.6183 0.7609 0.276 0.000 0.000 0.180 0.544
#> GSM342356 1 0.4165 0.0658 0.672 0.000 0.000 0.008 0.320
#> GSM342357 1 0.0290 0.8887 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342366 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342385 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342421 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342437 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342471 3 0.2390 0.8365 0.000 0.020 0.896 0.000 0.084
#> GSM342477 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0880 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM342321 1 0.3816 0.1288 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM342324 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342328 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342330 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342332 4 0.0162 0.9493 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342333 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342336 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342337 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342339 1 0.3143 0.5282 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM342340 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342341 1 0.3210 0.5097 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM342342 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342343 1 0.0162 0.8937 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342344 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342345 1 0.3039 0.5536 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM342346 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342348 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342349 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342350 4 0.3366 0.5384 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> GSM342351 4 0.4192 0.4318 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM342352 4 0.5467 0.3245 0.000 0.064 0.000 0.524 0.412
#> GSM342353 4 0.1408 0.8996 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> GSM342355 5 0.5288 0.7682 0.404 0.000 0.000 0.052 0.544
#> GSM342358 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342359 4 0.0290 0.9483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM342360 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342361 4 0.0162 0.9485 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342362 4 0.0671 0.9358 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM342363 5 0.5288 0.7682 0.404 0.000 0.000 0.052 0.544
#> GSM342364 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342365 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342367 1 0.0162 0.8937 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM342368 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342369 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342370 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342372 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342373 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342374 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342375 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342376 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342377 1 0.4165 0.0660 0.672 0.000 0.000 0.008 0.320
#> GSM342378 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342379 5 0.5330 0.7762 0.396 0.000 0.000 0.056 0.548
#> GSM342381 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342387 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342388 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342389 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342390 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342391 1 0.0510 0.8817 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM342392 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342393 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342394 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.3143 0.5282 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM342396 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342397 4 0.1211 0.9296 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016
#> GSM342398 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342400 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342403 1 0.0000 0.8963 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342405 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342406 1 0.1270 0.8178 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM342407 4 0.1043 0.9383 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM342410 1 0.5264 -0.4494 0.556 0.000 0.000 0.052 0.392
#> GSM342411 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342412 5 0.6703 0.6760 0.276 0.000 0.000 0.296 0.428
#> GSM342413 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342414 4 0.0162 0.9483 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342415 5 0.5793 0.8016 0.348 0.000 0.000 0.104 0.548
#> GSM342416 4 0.0162 0.9483 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM342417 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342418 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342419 1 0.2888 0.7519 0.888 0.000 0.020 0.056 0.036
#> GSM342420 4 0.4161 0.4519 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM342422 1 0.0290 0.8902 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM342423 4 0.0000 0.9499 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342424 2 0.4201 0.5635 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM342425 2 0.3852 0.7106 0.000 0.760 0.220 0.000 0.020
#> GSM342427 2 0.0609 0.9003 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342428 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342430 3 0.2516 0.8320 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.0451 0.9067 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM342433 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0162 0.9087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342435 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342438 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342439 3 0.1197 0.8673 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM342440 2 0.3300 0.7327 0.000 0.792 0.204 0.000 0.004
#> GSM342442 3 0.3109 0.7536 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.4167 0.6669 0.000 0.724 0.252 0.000 0.024
#> GSM342446 3 0.1410 0.8659 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.4338 0.6224 0.000 0.696 0.280 0.000 0.024
#> GSM342449 3 0.1671 0.8558 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.3789 0.7209 0.000 0.768 0.212 0.000 0.020
#> GSM342452 3 0.2674 0.8342 0.000 0.140 0.856 0.000 0.004
#> GSM342453 3 0.2629 0.8350 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> GSM342455 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342456 2 0.3837 0.6771 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM342457 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342458 2 0.3966 0.6478 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM342459 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0609 0.9003 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM342461 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342463 3 0.4211 0.5852 0.000 0.360 0.636 0.000 0.004
#> GSM342464 3 0.2230 0.8503 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> GSM342465 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342466 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342468 2 0.4210 0.5586 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM342469 3 0.0162 0.8736 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342470 2 0.4201 0.5635 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM342472 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342474 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342475 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342476 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342479 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342480 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342482 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342483 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342485 3 0.2516 0.8418 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM342486 3 0.1410 0.8716 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM342487 2 0.3970 0.6884 0.000 0.744 0.236 0.000 0.020
#> GSM342488 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.3724 0.7305 0.000 0.776 0.204 0.000 0.020
#> GSM342492 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.0162 0.8733 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.4132 0.6561 0.000 0.720 0.260 0.000 0.020
#> GSM342498 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342499 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.3790 0.7030 0.000 0.272 0.724 0.000 0.004
#> GSM342502 3 0.4084 0.6379 0.000 0.328 0.668 0.000 0.004
#> GSM342503 2 0.0324 0.9088 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM342504 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM342505 3 0.4321 0.5080 0.000 0.396 0.600 0.000 0.004
#> GSM342506 3 0.3838 0.6938 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> GSM342507 3 0.3635 0.7231 0.000 0.248 0.748 0.000 0.004
#> GSM342508 3 0.1270 0.8705 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM342509 3 0.2719 0.8382 0.000 0.144 0.852 0.000 0.004
#> GSM342510 2 0.0000 0.9101 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.5187 0.5352 0.000 0.260 0.656 0.000 0.084
#> GSM342512 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM342513 3 0.2074 0.8523 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM342514 2 0.3003 0.7519 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM342515 3 0.0000 0.8730 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.0260 0.937 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM342323 4 0.0909 0.961 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM342325 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342326 4 0.1124 0.962 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036
#> GSM342327 4 0.1124 0.962 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036
#> GSM342329 6 0.3925 0.875 0.000 0.000 0.000 0.056 0.200 0.744
#> GSM342331 4 0.1333 0.957 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.048
#> GSM342334 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342335 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342354 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342371 4 0.0632 0.965 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342380 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342382 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342399 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342402 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342404 4 0.1333 0.957 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.048
#> GSM342408 4 0.1196 0.959 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM342409 4 0.0458 0.966 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342426 2 0.0547 0.979 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342441 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342444 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342451 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342462 3 0.0520 0.939 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342467 1 0.0547 0.949 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342484 2 0.0405 0.975 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM342491 2 0.0146 0.980 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342322 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342338 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342347 6 0.3073 0.913 0.000 0.000 0.000 0.008 0.204 0.788
#> GSM342356 6 0.3607 0.817 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM342357 5 0.0458 0.928 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM342366 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342385 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342421 4 0.0547 0.966 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342437 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342454 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342471 3 0.2264 0.893 0.012 0.004 0.888 0.000 0.000 0.096
#> GSM342477 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342495 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342496 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342320 4 0.0972 0.965 0.008 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028
#> GSM342321 5 0.3993 0.154 0.000 0.000 0.000 0.400 0.592 0.008
#> GSM342324 4 0.0865 0.962 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342328 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342330 4 0.1196 0.959 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM342332 4 0.0790 0.966 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM342333 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342336 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342337 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342339 5 0.2871 0.661 0.000 0.000 0.000 0.192 0.804 0.004
#> GSM342340 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342341 5 0.3012 0.649 0.000 0.000 0.000 0.196 0.796 0.008
#> GSM342342 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342343 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342344 4 0.0260 0.966 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM342345 5 0.3046 0.656 0.000 0.000 0.000 0.188 0.800 0.012
#> GSM342346 4 0.0937 0.960 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342348 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342349 4 0.0363 0.967 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM342350 4 0.2933 0.693 0.000 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> GSM342351 1 0.1572 0.921 0.936 0.000 0.000 0.028 0.000 0.036
#> GSM342352 1 0.1408 0.926 0.944 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM342353 4 0.0865 0.963 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342355 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342358 4 0.1124 0.961 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036
#> GSM342359 4 0.0891 0.966 0.008 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024
#> GSM342360 4 0.0547 0.965 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342361 4 0.1895 0.935 0.016 0.000 0.000 0.912 0.000 0.072
#> GSM342362 4 0.0632 0.965 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342363 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342364 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342365 4 0.1265 0.959 0.008 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044
#> GSM342367 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342368 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342369 4 0.0937 0.960 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342370 4 0.0937 0.960 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM342372 4 0.0865 0.963 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342373 4 0.0632 0.965 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342374 4 0.0632 0.965 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342375 4 0.0458 0.966 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342376 5 0.1075 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM342377 6 0.3672 0.786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> GSM342378 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342379 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342381 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342383 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342384 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342386 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342387 4 0.0547 0.965 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342388 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342389 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342390 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342391 5 0.0547 0.922 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM342392 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342393 4 0.1643 0.942 0.008 0.000 0.000 0.924 0.000 0.068
#> GSM342394 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342395 5 0.3168 0.663 0.000 0.000 0.000 0.172 0.804 0.024
#> GSM342396 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342397 4 0.1092 0.956 0.000 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM342398 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342400 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342401 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342403 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342405 4 0.1196 0.959 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM342406 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342407 4 0.1196 0.959 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM342410 6 0.3620 0.811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM342411 4 0.0865 0.963 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342412 6 0.4039 0.866 0.000 0.000 0.000 0.060 0.208 0.732
#> GSM342413 4 0.1124 0.962 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036
#> GSM342414 4 0.1124 0.961 0.008 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036
#> GSM342415 6 0.2854 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM342416 4 0.0713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM342417 4 0.0632 0.965 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM342418 4 0.0865 0.963 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM342419 5 0.0508 0.929 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM342420 1 0.2979 0.797 0.840 0.000 0.000 0.116 0.000 0.044
#> GSM342422 5 0.0000 0.945 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM342423 4 0.0458 0.967 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM342424 1 0.0363 0.951 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342425 2 0.0820 0.975 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342427 2 0.0547 0.979 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342428 2 0.0547 0.979 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342429 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.0260 0.940 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342431 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342434 2 0.0547 0.979 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342435 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342436 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342439 3 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342440 2 0.0508 0.974 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342442 3 0.2482 0.807 0.004 0.148 0.848 0.000 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342445 2 0.0508 0.974 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342446 3 0.0458 0.939 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342447 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.3023 0.700 0.004 0.784 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM342449 3 0.0713 0.934 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.0508 0.976 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342452 3 0.0777 0.936 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM342453 3 0.0363 0.940 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM342455 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342456 1 0.0632 0.945 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342457 3 0.1714 0.904 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM342458 1 0.0547 0.949 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342459 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342460 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342461 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342463 3 0.1958 0.867 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000 0.000
#> GSM342464 3 0.0858 0.933 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM342465 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342466 3 0.1765 0.902 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM342468 1 0.0363 0.951 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342469 3 0.1765 0.902 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM342470 1 0.0363 0.951 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342472 2 0.0547 0.979 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342473 2 0.0146 0.980 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342474 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342475 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342476 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342478 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342480 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342481 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342483 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342485 3 0.0458 0.940 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM342486 3 0.0547 0.937 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 2 0.0508 0.976 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342489 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342490 2 0.0820 0.975 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM342492 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342493 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342497 2 0.1556 0.898 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM342498 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 3 0.0000 0.940 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.0260 0.981 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342501 3 0.0692 0.937 0.004 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM342502 3 0.1588 0.902 0.004 0.072 0.924 0.000 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.0146 0.979 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342505 3 0.3547 0.560 0.004 0.300 0.696 0.000 0.000 0.000
#> GSM342506 3 0.1753 0.883 0.004 0.084 0.912 0.000 0.000 0.000
#> GSM342507 3 0.2214 0.897 0.000 0.016 0.888 0.000 0.000 0.096
#> GSM342508 3 0.0363 0.939 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM342509 3 0.0858 0.933 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM342510 2 0.0458 0.980 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM342511 3 0.4578 0.633 0.020 0.204 0.712 0.000 0.000 0.064
#> GSM342512 3 0.1765 0.902 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM342513 3 0.0260 0.940 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM342514 2 0.1152 0.943 0.004 0.952 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM342515 3 0.1765 0.902 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:mclust 196 0.182 2
#> ATC:mclust 193 0.130 3
#> ATC:mclust 189 0.321 4
#> ATC:mclust 190 0.232 5
#> ATC:mclust 196 0.204 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 197 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5009 0.500 0.500
#> 3 3 0.857 0.896 0.937 0.1878 0.891 0.785
#> 4 4 0.689 0.725 0.854 0.0980 0.908 0.787
#> 5 5 0.638 0.687 0.822 0.0528 0.931 0.822
#> 6 6 0.582 0.609 0.763 0.0530 0.974 0.926
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM342319 1 0 1 1 0
#> GSM342323 1 0 1 1 0
#> GSM342325 1 0 1 1 0
#> GSM342326 1 0 1 1 0
#> GSM342327 1 0 1 1 0
#> GSM342329 1 0 1 1 0
#> GSM342331 1 0 1 1 0
#> GSM342334 1 0 1 1 0
#> GSM342335 1 0 1 1 0
#> GSM342354 1 0 1 1 0
#> GSM342371 1 0 1 1 0
#> GSM342380 1 0 1 1 0
#> GSM342382 1 0 1 1 0
#> GSM342399 1 0 1 1 0
#> GSM342402 1 0 1 1 0
#> GSM342404 1 0 1 1 0
#> GSM342408 1 0 1 1 0
#> GSM342409 1 0 1 1 0
#> GSM342426 2 0 1 0 1
#> GSM342441 2 0 1 0 1
#> GSM342444 2 0 1 0 1
#> GSM342451 2 0 1 0 1
#> GSM342462 2 0 1 0 1
#> GSM342467 2 0 1 0 1
#> GSM342484 2 0 1 0 1
#> GSM342491 2 0 1 0 1
#> GSM342322 1 0 1 1 0
#> GSM342338 1 0 1 1 0
#> GSM342347 1 0 1 1 0
#> GSM342356 1 0 1 1 0
#> GSM342357 1 0 1 1 0
#> GSM342366 1 0 1 1 0
#> GSM342385 1 0 1 1 0
#> GSM342421 1 0 1 1 0
#> GSM342437 2 0 1 0 1
#> GSM342454 2 0 1 0 1
#> GSM342471 2 0 1 0 1
#> GSM342477 2 0 1 0 1
#> GSM342495 2 0 1 0 1
#> GSM342496 2 0 1 0 1
#> GSM342320 1 0 1 1 0
#> GSM342321 1 0 1 1 0
#> GSM342324 1 0 1 1 0
#> GSM342328 1 0 1 1 0
#> GSM342330 1 0 1 1 0
#> GSM342332 1 0 1 1 0
#> GSM342333 1 0 1 1 0
#> GSM342336 1 0 1 1 0
#> GSM342337 1 0 1 1 0
#> GSM342339 1 0 1 1 0
#> GSM342340 1 0 1 1 0
#> GSM342341 1 0 1 1 0
#> GSM342342 1 0 1 1 0
#> GSM342343 1 0 1 1 0
#> GSM342344 1 0 1 1 0
#> GSM342345 1 0 1 1 0
#> GSM342346 1 0 1 1 0
#> GSM342348 1 0 1 1 0
#> GSM342349 1 0 1 1 0
#> GSM342350 1 0 1 1 0
#> GSM342351 1 0 1 1 0
#> GSM342352 1 0 1 1 0
#> GSM342353 1 0 1 1 0
#> GSM342355 1 0 1 1 0
#> GSM342358 1 0 1 1 0
#> GSM342359 1 0 1 1 0
#> GSM342360 1 0 1 1 0
#> GSM342361 1 0 1 1 0
#> GSM342362 1 0 1 1 0
#> GSM342363 1 0 1 1 0
#> GSM342364 1 0 1 1 0
#> GSM342365 1 0 1 1 0
#> GSM342367 1 0 1 1 0
#> GSM342368 1 0 1 1 0
#> GSM342369 1 0 1 1 0
#> GSM342370 1 0 1 1 0
#> GSM342372 1 0 1 1 0
#> GSM342373 1 0 1 1 0
#> GSM342374 1 0 1 1 0
#> GSM342375 1 0 1 1 0
#> GSM342376 1 0 1 1 0
#> GSM342377 1 0 1 1 0
#> GSM342378 1 0 1 1 0
#> GSM342379 1 0 1 1 0
#> GSM342381 1 0 1 1 0
#> GSM342383 1 0 1 1 0
#> GSM342384 1 0 1 1 0
#> GSM342386 1 0 1 1 0
#> GSM342387 1 0 1 1 0
#> GSM342388 1 0 1 1 0
#> GSM342389 1 0 1 1 0
#> GSM342390 1 0 1 1 0
#> GSM342391 1 0 1 1 0
#> GSM342392 1 0 1 1 0
#> GSM342393 1 0 1 1 0
#> GSM342394 1 0 1 1 0
#> GSM342395 1 0 1 1 0
#> GSM342396 1 0 1 1 0
#> GSM342397 1 0 1 1 0
#> GSM342398 1 0 1 1 0
#> GSM342400 1 0 1 1 0
#> GSM342401 1 0 1 1 0
#> GSM342403 1 0 1 1 0
#> GSM342405 1 0 1 1 0
#> GSM342406 1 0 1 1 0
#> GSM342407 1 0 1 1 0
#> GSM342410 1 0 1 1 0
#> GSM342411 1 0 1 1 0
#> GSM342412 1 0 1 1 0
#> GSM342413 1 0 1 1 0
#> GSM342414 1 0 1 1 0
#> GSM342415 1 0 1 1 0
#> GSM342416 1 0 1 1 0
#> GSM342417 1 0 1 1 0
#> GSM342418 1 0 1 1 0
#> GSM342419 1 0 1 1 0
#> GSM342420 1 0 1 1 0
#> GSM342422 1 0 1 1 0
#> GSM342423 1 0 1 1 0
#> GSM342424 2 0 1 0 1
#> GSM342425 2 0 1 0 1
#> GSM342427 2 0 1 0 1
#> GSM342428 2 0 1 0 1
#> GSM342429 2 0 1 0 1
#> GSM342430 2 0 1 0 1
#> GSM342431 2 0 1 0 1
#> GSM342432 2 0 1 0 1
#> GSM342433 2 0 1 0 1
#> GSM342434 2 0 1 0 1
#> GSM342435 2 0 1 0 1
#> GSM342436 2 0 1 0 1
#> GSM342438 2 0 1 0 1
#> GSM342439 2 0 1 0 1
#> GSM342440 2 0 1 0 1
#> GSM342442 2 0 1 0 1
#> GSM342443 2 0 1 0 1
#> GSM342445 2 0 1 0 1
#> GSM342446 2 0 1 0 1
#> GSM342447 2 0 1 0 1
#> GSM342448 2 0 1 0 1
#> GSM342449 2 0 1 0 1
#> GSM342450 2 0 1 0 1
#> GSM342452 2 0 1 0 1
#> GSM342453 2 0 1 0 1
#> GSM342455 2 0 1 0 1
#> GSM342456 2 0 1 0 1
#> GSM342457 2 0 1 0 1
#> GSM342458 2 0 1 0 1
#> GSM342459 2 0 1 0 1
#> GSM342460 2 0 1 0 1
#> GSM342461 2 0 1 0 1
#> GSM342463 2 0 1 0 1
#> GSM342464 2 0 1 0 1
#> GSM342465 2 0 1 0 1
#> GSM342466 2 0 1 0 1
#> GSM342468 2 0 1 0 1
#> GSM342469 2 0 1 0 1
#> GSM342470 2 0 1 0 1
#> GSM342472 2 0 1 0 1
#> GSM342473 2 0 1 0 1
#> GSM342474 2 0 1 0 1
#> GSM342475 2 0 1 0 1
#> GSM342476 2 0 1 0 1
#> GSM342478 2 0 1 0 1
#> GSM342479 2 0 1 0 1
#> GSM342480 2 0 1 0 1
#> GSM342481 2 0 1 0 1
#> GSM342482 2 0 1 0 1
#> GSM342483 2 0 1 0 1
#> GSM342485 2 0 1 0 1
#> GSM342486 2 0 1 0 1
#> GSM342487 2 0 1 0 1
#> GSM342488 2 0 1 0 1
#> GSM342489 2 0 1 0 1
#> GSM342490 2 0 1 0 1
#> GSM342492 2 0 1 0 1
#> GSM342493 2 0 1 0 1
#> GSM342494 2 0 1 0 1
#> GSM342497 2 0 1 0 1
#> GSM342498 2 0 1 0 1
#> GSM342499 2 0 1 0 1
#> GSM342500 2 0 1 0 1
#> GSM342501 2 0 1 0 1
#> GSM342502 2 0 1 0 1
#> GSM342503 2 0 1 0 1
#> GSM342504 2 0 1 0 1
#> GSM342505 2 0 1 0 1
#> GSM342506 2 0 1 0 1
#> GSM342507 2 0 1 0 1
#> GSM342508 2 0 1 0 1
#> GSM342509 2 0 1 0 1
#> GSM342510 2 0 1 0 1
#> GSM342511 2 0 1 0 1
#> GSM342512 2 0 1 0 1
#> GSM342513 2 0 1 0 1
#> GSM342514 2 0 1 0 1
#> GSM342515 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM342319 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342323 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342325 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342326 1 0.3482 0.852 0.872 0.000 0.128
#> GSM342327 1 0.4121 0.801 0.832 0.000 0.168
#> GSM342329 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342331 1 0.5363 0.626 0.724 0.000 0.276
#> GSM342334 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342335 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342354 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342371 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342380 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342382 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342399 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342402 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342404 1 0.3482 0.852 0.872 0.000 0.128
#> GSM342408 1 0.3686 0.837 0.860 0.000 0.140
#> GSM342409 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342426 3 0.3941 0.769 0.000 0.156 0.844
#> GSM342441 2 0.2796 0.910 0.000 0.908 0.092
#> GSM342444 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> GSM342451 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342462 2 0.1529 0.935 0.000 0.960 0.040
#> GSM342467 3 0.2066 0.780 0.000 0.060 0.940
#> GSM342484 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> GSM342491 2 0.3686 0.861 0.000 0.860 0.140
#> GSM342322 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342338 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342347 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342356 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342357 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342366 1 0.0237 0.973 0.996 0.000 0.004
#> GSM342385 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342421 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342437 3 0.6168 0.464 0.000 0.412 0.588
#> GSM342454 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> GSM342471 2 0.1964 0.932 0.000 0.944 0.056
#> GSM342477 2 0.3267 0.888 0.000 0.884 0.116
#> GSM342495 3 0.5363 0.693 0.000 0.276 0.724
#> GSM342496 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> GSM342320 1 0.5859 0.481 0.656 0.000 0.344
#> GSM342321 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342324 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342328 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342330 1 0.1753 0.937 0.952 0.000 0.048
#> GSM342332 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342333 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342336 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342337 1 0.2339 0.930 0.940 0.012 0.048
#> GSM342339 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342340 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342341 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342342 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342343 1 0.2947 0.910 0.920 0.020 0.060
#> GSM342344 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342345 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342346 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342348 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342349 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342350 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342351 3 0.3340 0.717 0.120 0.000 0.880
#> GSM342352 3 0.5988 0.371 0.368 0.000 0.632
#> GSM342353 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342355 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342358 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> GSM342359 1 0.1411 0.948 0.964 0.000 0.036
#> GSM342360 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342361 3 0.5560 0.521 0.300 0.000 0.700
#> GSM342362 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342363 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342364 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342365 1 0.5254 0.649 0.736 0.000 0.264
#> GSM342367 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342368 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342369 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM342370 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM342372 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM342373 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342374 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM342375 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342376 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342377 1 0.0747 0.967 0.984 0.000 0.016
#> GSM342378 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342379 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342381 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342383 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342384 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342386 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342387 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> GSM342388 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342389 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342390 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342391 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342392 1 0.2383 0.930 0.940 0.016 0.044
#> GSM342393 3 0.6026 0.369 0.376 0.000 0.624
#> GSM342394 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342395 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342396 1 0.0237 0.973 0.996 0.000 0.004
#> GSM342397 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342398 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342400 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342401 1 0.0592 0.969 0.988 0.000 0.012
#> GSM342403 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342405 1 0.4002 0.811 0.840 0.000 0.160
#> GSM342406 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342407 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342410 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342411 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342412 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342413 1 0.4291 0.784 0.820 0.000 0.180
#> GSM342414 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> GSM342415 1 0.0424 0.971 0.992 0.000 0.008
#> GSM342416 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342417 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342418 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> GSM342419 1 0.2313 0.932 0.944 0.024 0.032
#> GSM342420 3 0.3412 0.715 0.124 0.000 0.876
#> GSM342422 1 0.2116 0.937 0.948 0.012 0.040
#> GSM342423 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> GSM342424 3 0.2066 0.780 0.000 0.060 0.940
#> GSM342425 2 0.3551 0.871 0.000 0.868 0.132
#> GSM342427 3 0.2959 0.781 0.000 0.100 0.900
#> GSM342428 3 0.2448 0.782 0.000 0.076 0.924
#> GSM342429 2 0.1964 0.932 0.000 0.944 0.056
#> GSM342430 2 0.1860 0.902 0.000 0.948 0.052
#> GSM342431 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> GSM342432 2 0.1163 0.936 0.000 0.972 0.028
#> GSM342433 2 0.3412 0.880 0.000 0.876 0.124
#> GSM342434 3 0.4796 0.738 0.000 0.220 0.780
#> GSM342435 3 0.4235 0.761 0.000 0.176 0.824
#> GSM342436 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342438 2 0.1643 0.935 0.000 0.956 0.044
#> GSM342439 2 0.0237 0.933 0.000 0.996 0.004
#> GSM342440 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> GSM342442 2 0.1411 0.936 0.000 0.964 0.036
#> GSM342443 3 0.6079 0.517 0.000 0.388 0.612
#> GSM342445 2 0.1964 0.932 0.000 0.944 0.056
#> GSM342446 2 0.1529 0.912 0.000 0.960 0.040
#> GSM342447 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342448 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> GSM342449 2 0.1643 0.935 0.000 0.956 0.044
#> GSM342450 2 0.2959 0.903 0.000 0.900 0.100
#> GSM342452 2 0.1031 0.936 0.000 0.976 0.024
#> GSM342453 2 0.0237 0.931 0.000 0.996 0.004
#> GSM342455 2 0.1031 0.922 0.000 0.976 0.024
#> GSM342456 3 0.2066 0.780 0.000 0.060 0.940
#> GSM342457 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> GSM342458 3 0.2066 0.780 0.000 0.060 0.940
#> GSM342459 3 0.6274 0.335 0.000 0.456 0.544
#> GSM342460 2 0.3619 0.866 0.000 0.864 0.136
#> GSM342461 2 0.1964 0.932 0.000 0.944 0.056
#> GSM342463 2 0.1289 0.917 0.000 0.968 0.032
#> GSM342464 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> GSM342465 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342466 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> GSM342468 3 0.2743 0.757 0.052 0.020 0.928
#> GSM342469 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> GSM342470 3 0.2165 0.781 0.000 0.064 0.936
#> GSM342472 3 0.2448 0.782 0.000 0.076 0.924
#> GSM342473 2 0.2537 0.920 0.000 0.920 0.080
#> GSM342474 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342475 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342476 3 0.4974 0.728 0.000 0.236 0.764
#> GSM342478 2 0.1643 0.935 0.000 0.956 0.044
#> GSM342479 2 0.2448 0.922 0.000 0.924 0.076
#> GSM342480 3 0.5706 0.639 0.000 0.320 0.680
#> GSM342481 2 0.1964 0.932 0.000 0.944 0.056
#> GSM342482 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342483 2 0.2066 0.931 0.000 0.940 0.060
#> GSM342485 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342486 2 0.1964 0.898 0.000 0.944 0.056
#> GSM342487 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342488 2 0.4605 0.763 0.000 0.796 0.204
#> GSM342489 3 0.5733 0.634 0.000 0.324 0.676
#> GSM342490 2 0.3941 0.840 0.000 0.844 0.156
#> GSM342492 3 0.6168 0.463 0.000 0.412 0.588
#> GSM342493 2 0.0237 0.933 0.000 0.996 0.004
#> GSM342494 3 0.5465 0.680 0.000 0.288 0.712
#> GSM342497 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> GSM342498 2 0.0592 0.934 0.000 0.988 0.012
#> GSM342499 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342500 2 0.3551 0.871 0.000 0.868 0.132
#> GSM342501 2 0.1031 0.936 0.000 0.976 0.024
#> GSM342502 2 0.1163 0.936 0.000 0.972 0.028
#> GSM342503 2 0.1643 0.935 0.000 0.956 0.044
#> GSM342504 2 0.2356 0.925 0.000 0.928 0.072
#> GSM342505 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342506 2 0.0892 0.924 0.000 0.980 0.020
#> GSM342507 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> GSM342508 2 0.1529 0.912 0.000 0.960 0.040
#> GSM342509 2 0.1411 0.915 0.000 0.964 0.036
#> GSM342510 2 0.6140 0.218 0.000 0.596 0.404
#> GSM342511 2 0.1753 0.934 0.000 0.952 0.048
#> GSM342512 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> GSM342513 2 0.1643 0.909 0.000 0.956 0.044
#> GSM342514 2 0.1643 0.935 0.000 0.956 0.044
#> GSM342515 2 0.1031 0.922 0.000 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM342319 1 0.1637 0.9179 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM342323 1 0.0779 0.9220 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM342325 1 0.1576 0.9164 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM342326 1 0.6120 0.0550 0.520 0.000 0.048 0.432
#> GSM342327 4 0.5866 0.4997 0.324 0.000 0.052 0.624
#> GSM342329 1 0.1004 0.9216 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM342331 1 0.5252 0.4595 0.644 0.000 0.020 0.336
#> GSM342334 1 0.2565 0.8992 0.912 0.000 0.056 0.032
#> GSM342335 1 0.0895 0.9229 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM342354 1 0.2830 0.8918 0.900 0.000 0.060 0.040
#> GSM342371 1 0.1452 0.9166 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM342380 1 0.1557 0.9143 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM342382 1 0.2530 0.8890 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM342399 1 0.0592 0.9233 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM342402 1 0.1792 0.9104 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM342404 1 0.3441 0.8555 0.856 0.000 0.024 0.120
#> GSM342408 1 0.3099 0.8721 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM342409 1 0.1545 0.9159 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM342426 4 0.4356 0.4760 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM342441 2 0.2032 0.7123 0.000 0.936 0.028 0.036
#> GSM342444 2 0.5000 -0.6672 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM342451 2 0.4331 0.2402 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM342462 2 0.4948 -0.4805 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM342467 4 0.1716 0.6739 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM342484 2 0.1118 0.7108 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM342491 2 0.3591 0.6299 0.000 0.824 0.008 0.168
#> GSM342322 1 0.1637 0.9139 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM342338 1 0.0779 0.9228 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM342347 1 0.1305 0.9198 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM342356 1 0.0336 0.9241 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM342357 1 0.2149 0.9068 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM342366 1 0.1743 0.9156 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM342385 1 0.2197 0.9019 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM342421 1 0.1545 0.9158 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM342437 2 0.4522 0.4911 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM342454 2 0.4454 0.1581 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM342471 3 0.4819 0.8930 0.000 0.344 0.652 0.004
#> GSM342477 2 0.3198 0.6853 0.000 0.880 0.040 0.080
#> GSM342495 2 0.4643 0.4528 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM342496 2 0.4406 0.1929 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM342320 4 0.5925 0.1452 0.452 0.000 0.036 0.512
#> GSM342321 1 0.1022 0.9207 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM342324 1 0.1151 0.9215 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM342328 1 0.2363 0.9040 0.920 0.000 0.056 0.024
#> GSM342330 1 0.2593 0.8910 0.904 0.000 0.016 0.080
#> GSM342332 1 0.1356 0.9178 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM342333 1 0.2376 0.9044 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM342336 1 0.2483 0.9015 0.916 0.000 0.052 0.032
#> GSM342337 1 0.1109 0.9215 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM342339 1 0.3626 0.8313 0.812 0.000 0.184 0.004
#> GSM342340 1 0.3088 0.8651 0.864 0.000 0.128 0.008
#> GSM342341 1 0.4122 0.7692 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM342342 1 0.3893 0.7978 0.796 0.000 0.196 0.008
#> GSM342343 1 0.3032 0.8693 0.868 0.000 0.124 0.008
#> GSM342344 1 0.0817 0.9222 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM342345 1 0.1557 0.9203 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM342346 1 0.1118 0.9230 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM342348 1 0.2385 0.9045 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM342349 1 0.1888 0.9120 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM342350 1 0.1109 0.9200 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM342351 4 0.2908 0.6715 0.064 0.000 0.040 0.896
#> GSM342352 4 0.6764 0.5265 0.260 0.000 0.144 0.596
#> GSM342353 1 0.2385 0.9043 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM342355 1 0.1109 0.9240 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM342358 1 0.1733 0.9205 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM342359 1 0.3674 0.8495 0.848 0.000 0.036 0.116
#> GSM342360 1 0.1151 0.9215 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM342361 4 0.4840 0.6086 0.240 0.000 0.028 0.732
#> GSM342362 1 0.1398 0.9174 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM342363 1 0.0895 0.9235 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM342364 1 0.0779 0.9228 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM342365 1 0.4538 0.7247 0.760 0.000 0.024 0.216
#> GSM342367 1 0.1743 0.9135 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM342368 1 0.1557 0.9149 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM342369 1 0.0804 0.9247 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM342370 1 0.0937 0.9238 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM342372 1 0.4181 0.8094 0.820 0.000 0.052 0.128
#> GSM342373 1 0.1209 0.9191 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM342374 1 0.2943 0.8821 0.892 0.000 0.032 0.076
#> GSM342375 1 0.2089 0.9112 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM342376 1 0.0524 0.9235 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM342377 1 0.0779 0.9235 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM342378 1 0.1743 0.9131 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM342379 1 0.0817 0.9227 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM342381 1 0.0817 0.9220 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM342383 1 0.2081 0.9116 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM342384 1 0.3208 0.8503 0.848 0.000 0.148 0.004
#> GSM342386 1 0.4049 0.7782 0.780 0.000 0.212 0.008
#> GSM342387 1 0.1356 0.9226 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM342388 1 0.3810 0.8054 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM342389 1 0.1209 0.9208 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM342390 1 0.0336 0.9231 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM342391 1 0.0188 0.9231 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342392 1 0.3300 0.8539 0.848 0.000 0.144 0.008
#> GSM342393 4 0.5594 0.4345 0.352 0.004 0.024 0.620
#> GSM342394 1 0.1118 0.9197 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM342395 1 0.0921 0.9215 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM342396 1 0.4011 0.7818 0.784 0.000 0.208 0.008
#> GSM342397 1 0.1118 0.9230 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM342398 1 0.2480 0.8958 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM342400 1 0.0469 0.9229 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM342401 1 0.2342 0.9000 0.912 0.000 0.080 0.008
#> GSM342403 1 0.1824 0.9119 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM342405 1 0.2730 0.8895 0.896 0.000 0.016 0.088
#> GSM342406 1 0.0592 0.9231 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM342407 1 0.1743 0.9223 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM342410 1 0.0188 0.9229 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM342411 1 0.3088 0.8831 0.888 0.000 0.060 0.052
#> GSM342412 1 0.0657 0.9224 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM342413 4 0.5812 0.4914 0.328 0.000 0.048 0.624
#> GSM342414 1 0.2983 0.8853 0.892 0.000 0.040 0.068
#> GSM342415 1 0.1637 0.9134 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM342416 1 0.1890 0.9125 0.936 0.000 0.056 0.008
#> GSM342417 1 0.2197 0.9073 0.928 0.000 0.048 0.024
#> GSM342418 1 0.4801 0.7255 0.764 0.000 0.048 0.188
#> GSM342419 1 0.2589 0.8658 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM342420 4 0.3505 0.6616 0.088 0.000 0.048 0.864
#> GSM342422 1 0.0779 0.9235 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM342423 1 0.1452 0.9166 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM342424 4 0.1191 0.6772 0.004 0.004 0.024 0.968
#> GSM342425 2 0.2565 0.7048 0.000 0.912 0.032 0.056
#> GSM342427 4 0.3306 0.6240 0.000 0.156 0.004 0.840
#> GSM342428 4 0.3569 0.6026 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM342429 2 0.0524 0.7199 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM342430 2 0.4936 -0.0254 0.000 0.624 0.372 0.004
#> GSM342431 3 0.4955 0.8142 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM342432 2 0.3351 0.6488 0.000 0.844 0.148 0.008
#> GSM342433 2 0.1637 0.7132 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM342434 4 0.4761 0.3100 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM342435 2 0.4843 0.3282 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM342436 2 0.1936 0.7138 0.000 0.940 0.032 0.028
#> GSM342438 2 0.1118 0.7192 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM342439 2 0.2704 0.6367 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM342440 2 0.1557 0.7022 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM342442 2 0.1557 0.7024 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM342443 2 0.4543 0.4868 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM342445 2 0.1637 0.7004 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM342446 2 0.1940 0.6893 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM342447 3 0.4866 0.8752 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM342448 2 0.1940 0.6911 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM342449 2 0.2921 0.6161 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM342450 2 0.0657 0.7200 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM342452 2 0.3123 0.5841 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM342453 2 0.4283 0.3450 0.000 0.740 0.256 0.004
#> GSM342455 2 0.4817 -0.2551 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM342456 4 0.1388 0.6790 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM342457 3 0.4661 0.8977 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM342458 4 0.0707 0.6775 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM342459 2 0.4356 0.5195 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM342460 2 0.2334 0.7071 0.000 0.908 0.004 0.088
#> GSM342461 2 0.0188 0.7209 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM342463 2 0.2831 0.6990 0.000 0.876 0.120 0.004
#> GSM342464 2 0.2530 0.6499 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM342465 3 0.4933 0.8375 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM342466 3 0.4356 0.8477 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM342468 4 0.0844 0.6789 0.004 0.004 0.012 0.980
#> GSM342469 3 0.4500 0.8745 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM342470 4 0.2739 0.6666 0.000 0.060 0.036 0.904
#> GSM342472 4 0.3123 0.6334 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM342473 2 0.3617 0.6707 0.000 0.860 0.076 0.064
#> GSM342474 2 0.1356 0.7186 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM342475 2 0.3216 0.6837 0.000 0.880 0.076 0.044
#> GSM342476 4 0.4961 0.0909 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM342478 2 0.1022 0.7194 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM342479 2 0.2197 0.7092 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM342480 2 0.4605 0.4719 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM342481 2 0.0469 0.7182 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM342482 2 0.0707 0.7208 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM342483 2 0.1059 0.7205 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM342485 2 0.3024 0.6050 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM342486 2 0.4356 0.2300 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM342487 2 0.1474 0.7057 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM342488 2 0.2921 0.6673 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM342489 2 0.4790 0.3796 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM342490 2 0.1474 0.7181 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM342492 2 0.4304 0.5256 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM342493 2 0.4643 -0.0234 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM342494 2 0.4804 0.3580 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM342497 2 0.1716 0.6992 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM342498 2 0.4679 -0.0675 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM342499 3 0.4776 0.8980 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM342500 2 0.2593 0.6848 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM342501 2 0.2125 0.6898 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM342502 2 0.1557 0.7025 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM342503 2 0.0895 0.7212 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM342504 2 0.0657 0.7219 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM342505 2 0.3448 0.6582 0.000 0.828 0.168 0.004
#> GSM342506 2 0.3831 0.6306 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM342507 3 0.4713 0.8877 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM342508 3 0.4830 0.8790 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM342509 2 0.2530 0.6495 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM342510 2 0.3764 0.5897 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM342511 3 0.4977 0.7553 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM342512 3 0.4730 0.9005 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM342513 2 0.4991 -0.2342 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM342514 2 0.1389 0.7072 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM342515 3 0.4356 0.8476 0.000 0.292 0.708 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM342319 4 0.2833 0.8530 0.004 0.000 0.140 0.852 0.004
#> GSM342323 4 0.0898 0.8881 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM342325 4 0.3300 0.8117 0.004 0.000 0.204 0.792 0.000
#> GSM342326 4 0.4807 0.0519 0.000 0.000 0.020 0.532 0.448
#> GSM342327 5 0.4747 0.3854 0.000 0.000 0.028 0.352 0.620
#> GSM342329 4 0.1124 0.8828 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> GSM342331 4 0.3128 0.7872 0.004 0.004 0.000 0.824 0.168
#> GSM342334 4 0.2139 0.8676 0.000 0.000 0.032 0.916 0.052
#> GSM342335 4 0.1430 0.8851 0.004 0.000 0.052 0.944 0.000
#> GSM342354 4 0.2519 0.8592 0.004 0.000 0.036 0.900 0.060
#> GSM342371 4 0.1168 0.8818 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> GSM342380 4 0.2787 0.8563 0.004 0.000 0.136 0.856 0.004
#> GSM342382 4 0.3662 0.7498 0.004 0.000 0.252 0.744 0.000
#> GSM342399 4 0.1768 0.8813 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000
#> GSM342402 4 0.3243 0.8310 0.004 0.000 0.180 0.812 0.004
#> GSM342404 4 0.2052 0.8707 0.000 0.004 0.004 0.912 0.080
#> GSM342408 4 0.2141 0.8770 0.000 0.004 0.016 0.916 0.064
#> GSM342409 4 0.1630 0.8787 0.004 0.000 0.036 0.944 0.016
#> GSM342426 2 0.4480 0.2371 0.004 0.592 0.004 0.000 0.400
#> GSM342441 2 0.1524 0.7293 0.016 0.952 0.016 0.000 0.016
#> GSM342444 1 0.3671 0.6518 0.756 0.236 0.008 0.000 0.000
#> GSM342451 1 0.4590 0.4528 0.568 0.420 0.012 0.000 0.000
#> GSM342462 1 0.4505 0.5163 0.604 0.384 0.012 0.000 0.000
#> GSM342467 5 0.3733 0.6027 0.004 0.160 0.032 0.000 0.804
#> GSM342484 2 0.5830 0.4077 0.124 0.604 0.268 0.000 0.004
#> GSM342491 2 0.2006 0.7001 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> GSM342322 4 0.2921 0.8488 0.004 0.000 0.148 0.844 0.004
#> GSM342338 4 0.1608 0.8815 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM342347 4 0.1041 0.8830 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> GSM342356 4 0.1041 0.8867 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> GSM342357 4 0.3266 0.8107 0.000 0.000 0.200 0.796 0.004
#> GSM342366 4 0.2629 0.8575 0.004 0.000 0.136 0.860 0.000
#> GSM342385 4 0.2471 0.8590 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM342421 4 0.1469 0.8786 0.000 0.000 0.016 0.948 0.036
#> GSM342437 2 0.2439 0.6738 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120
#> GSM342454 1 0.4415 0.3979 0.552 0.444 0.004 0.000 0.000
#> GSM342471 1 0.3238 0.4860 0.872 0.048 0.048 0.000 0.032
#> GSM342477 2 0.6103 0.4836 0.192 0.588 0.004 0.000 0.216
#> GSM342495 2 0.3462 0.6000 0.000 0.792 0.012 0.000 0.196
#> GSM342496 1 0.4538 0.3606 0.540 0.452 0.008 0.000 0.000
#> GSM342320 5 0.4401 0.4195 0.000 0.000 0.016 0.328 0.656
#> GSM342321 4 0.1831 0.8814 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM342324 4 0.1216 0.8857 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> GSM342328 4 0.1965 0.8717 0.000 0.000 0.024 0.924 0.052
#> GSM342330 4 0.1484 0.8861 0.000 0.000 0.008 0.944 0.048
#> GSM342332 4 0.1568 0.8883 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> GSM342333 4 0.1710 0.8776 0.004 0.000 0.040 0.940 0.016
#> GSM342336 4 0.1992 0.8704 0.000 0.000 0.032 0.924 0.044
#> GSM342337 4 0.2719 0.8543 0.004 0.000 0.144 0.852 0.000
#> GSM342339 4 0.4560 0.1664 0.008 0.000 0.484 0.508 0.000
#> GSM342340 4 0.3895 0.6649 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM342341 3 0.4420 0.2414 0.028 0.000 0.692 0.280 0.000
#> GSM342342 4 0.3534 0.7603 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> GSM342343 4 0.3715 0.7553 0.004 0.000 0.260 0.736 0.000
#> GSM342344 4 0.1195 0.8851 0.000 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM342345 4 0.2358 0.8784 0.000 0.000 0.104 0.888 0.008
#> GSM342346 4 0.1195 0.8872 0.000 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM342348 4 0.2036 0.8727 0.000 0.000 0.024 0.920 0.056
#> GSM342349 4 0.1915 0.8766 0.000 0.000 0.032 0.928 0.040
#> GSM342350 4 0.1202 0.8828 0.004 0.000 0.032 0.960 0.004
#> GSM342351 5 0.3756 0.6132 0.004 0.016 0.020 0.140 0.820
#> GSM342352 5 0.3952 0.5788 0.012 0.000 0.024 0.176 0.788
#> GSM342353 4 0.2740 0.8598 0.004 0.000 0.044 0.888 0.064
#> GSM342355 4 0.2179 0.8773 0.004 0.000 0.100 0.896 0.000
#> GSM342358 4 0.1981 0.8804 0.000 0.000 0.028 0.924 0.048
#> GSM342359 4 0.4125 0.6797 0.004 0.000 0.020 0.740 0.236
#> GSM342360 4 0.1386 0.8867 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> GSM342361 5 0.5694 0.2674 0.004 0.032 0.020 0.436 0.508
#> GSM342362 4 0.0865 0.8834 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM342363 4 0.1851 0.8786 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM342364 4 0.2338 0.8720 0.004 0.000 0.112 0.884 0.000
#> GSM342365 4 0.4127 0.5369 0.000 0.000 0.008 0.680 0.312
#> GSM342367 4 0.2068 0.8786 0.004 0.000 0.092 0.904 0.000
#> GSM342368 4 0.3006 0.8526 0.004 0.000 0.156 0.836 0.004
#> GSM342369 4 0.0703 0.8873 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM342370 4 0.0609 0.8861 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM342372 4 0.2325 0.8624 0.000 0.000 0.028 0.904 0.068
#> GSM342373 4 0.0992 0.8833 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> GSM342374 4 0.1822 0.8783 0.004 0.000 0.036 0.936 0.024
#> GSM342375 4 0.1412 0.8811 0.004 0.000 0.036 0.952 0.008
#> GSM342376 4 0.1282 0.8858 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> GSM342377 4 0.1638 0.8856 0.004 0.000 0.064 0.932 0.000
#> GSM342378 4 0.3048 0.8336 0.004 0.000 0.176 0.820 0.000
#> GSM342379 4 0.1704 0.8858 0.004 0.000 0.068 0.928 0.000
#> GSM342381 4 0.1892 0.8807 0.004 0.000 0.080 0.916 0.000
#> GSM342383 4 0.4009 0.6660 0.000 0.000 0.312 0.684 0.004
#> GSM342384 4 0.3741 0.7384 0.004 0.000 0.264 0.732 0.000
#> GSM342386 4 0.4151 0.6308 0.004 0.000 0.344 0.652 0.000
#> GSM342387 4 0.1818 0.8874 0.000 0.000 0.044 0.932 0.024
#> GSM342388 3 0.4171 0.0660 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM342389 4 0.2389 0.8670 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> GSM342390 4 0.1830 0.8840 0.000 0.000 0.068 0.924 0.008
#> GSM342391 4 0.1638 0.8836 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM342392 4 0.2852 0.8428 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM342393 4 0.5842 0.1854 0.004 0.048 0.020 0.556 0.372
#> GSM342394 4 0.2597 0.8634 0.004 0.000 0.120 0.872 0.004
#> GSM342395 4 0.1357 0.8875 0.004 0.000 0.048 0.948 0.000
#> GSM342396 4 0.3949 0.6444 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM342397 4 0.1281 0.8878 0.000 0.000 0.032 0.956 0.012
#> GSM342398 4 0.3160 0.8286 0.004 0.000 0.188 0.808 0.000
#> GSM342400 4 0.1638 0.8837 0.004 0.000 0.064 0.932 0.000
#> GSM342401 4 0.2471 0.8605 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM342403 4 0.2629 0.8565 0.004 0.000 0.136 0.860 0.000
#> GSM342405 4 0.1990 0.8780 0.000 0.004 0.008 0.920 0.068
#> GSM342406 4 0.1410 0.8854 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM342407 4 0.1522 0.8870 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM342410 4 0.0963 0.8865 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM342411 4 0.2713 0.8513 0.004 0.000 0.036 0.888 0.072
#> GSM342412 4 0.0865 0.8844 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM342413 5 0.4268 0.4895 0.000 0.000 0.024 0.268 0.708
#> GSM342414 4 0.2419 0.8665 0.004 0.000 0.028 0.904 0.064
#> GSM342415 4 0.1894 0.8836 0.008 0.000 0.072 0.920 0.000
#> GSM342416 4 0.1461 0.8828 0.004 0.000 0.028 0.952 0.016
#> GSM342417 4 0.1661 0.8773 0.000 0.000 0.024 0.940 0.036
#> GSM342418 4 0.3495 0.7752 0.000 0.000 0.028 0.812 0.160
#> GSM342419 4 0.3215 0.8353 0.092 0.000 0.056 0.852 0.000
#> GSM342420 5 0.2197 0.6394 0.004 0.004 0.012 0.064 0.916
#> GSM342422 4 0.1638 0.8856 0.004 0.000 0.064 0.932 0.000
#> GSM342423 4 0.1386 0.8802 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> GSM342424 5 0.3641 0.6036 0.076 0.020 0.060 0.000 0.844
#> GSM342425 2 0.4119 0.6666 0.212 0.752 0.000 0.000 0.036
#> GSM342427 5 0.4204 0.5546 0.012 0.216 0.020 0.000 0.752
#> GSM342428 5 0.4449 0.4133 0.004 0.352 0.008 0.000 0.636
#> GSM342429 2 0.2674 0.7103 0.140 0.856 0.004 0.000 0.000
#> GSM342430 3 0.6354 0.1552 0.264 0.216 0.520 0.000 0.000
#> GSM342431 1 0.3495 0.6217 0.812 0.160 0.028 0.000 0.000
#> GSM342432 2 0.4066 0.6392 0.044 0.768 0.188 0.000 0.000
#> GSM342433 2 0.1579 0.7336 0.032 0.944 0.000 0.000 0.024
#> GSM342434 2 0.5219 0.4449 0.052 0.616 0.004 0.000 0.328
#> GSM342435 2 0.3044 0.6405 0.004 0.840 0.008 0.000 0.148
#> GSM342436 2 0.1549 0.7335 0.040 0.944 0.016 0.000 0.000
#> GSM342438 2 0.2843 0.7085 0.144 0.848 0.008 0.000 0.000
#> GSM342439 2 0.3861 0.5584 0.284 0.712 0.004 0.000 0.000
#> GSM342440 2 0.3579 0.6276 0.240 0.756 0.004 0.000 0.000
#> GSM342442 2 0.3607 0.6234 0.244 0.752 0.004 0.000 0.000
#> GSM342443 2 0.2548 0.6728 0.004 0.876 0.004 0.000 0.116
#> GSM342445 2 0.3579 0.6309 0.240 0.756 0.004 0.000 0.000
#> GSM342446 2 0.3662 0.6128 0.252 0.744 0.004 0.000 0.000
#> GSM342447 1 0.2818 0.6223 0.856 0.132 0.012 0.000 0.000
#> GSM342448 2 0.3662 0.6164 0.252 0.744 0.004 0.000 0.000
#> GSM342449 2 0.4151 0.4185 0.344 0.652 0.004 0.000 0.000
#> GSM342450 2 0.2848 0.7028 0.156 0.840 0.004 0.000 0.000
#> GSM342452 2 0.4196 0.3967 0.356 0.640 0.004 0.000 0.000
#> GSM342453 2 0.6680 -0.2559 0.348 0.412 0.240 0.000 0.000
#> GSM342455 1 0.4473 0.4792 0.580 0.412 0.008 0.000 0.000
#> GSM342456 5 0.2149 0.6371 0.036 0.048 0.000 0.000 0.916
#> GSM342457 1 0.2264 0.5434 0.912 0.060 0.024 0.000 0.004
#> GSM342458 5 0.2756 0.6296 0.012 0.096 0.012 0.000 0.880
#> GSM342459 2 0.2722 0.6684 0.004 0.868 0.008 0.000 0.120
#> GSM342460 2 0.2208 0.7150 0.012 0.916 0.012 0.000 0.060
#> GSM342461 2 0.1952 0.7294 0.084 0.912 0.004 0.000 0.000
#> GSM342463 2 0.3757 0.6557 0.208 0.772 0.020 0.000 0.000
#> GSM342464 2 0.3715 0.5998 0.260 0.736 0.004 0.000 0.000
#> GSM342465 1 0.2690 0.6359 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM342466 1 0.3722 0.3944 0.812 0.040 0.144 0.000 0.004
#> GSM342468 5 0.3146 0.6169 0.056 0.012 0.052 0.004 0.876
#> GSM342469 1 0.4608 0.2279 0.700 0.036 0.260 0.000 0.004
#> GSM342470 5 0.3132 0.5914 0.092 0.036 0.008 0.000 0.864
#> GSM342472 5 0.3966 0.5542 0.012 0.224 0.008 0.000 0.756
#> GSM342473 2 0.1818 0.7095 0.000 0.932 0.024 0.000 0.044
#> GSM342474 2 0.1503 0.7294 0.020 0.952 0.008 0.000 0.020
#> GSM342475 2 0.1524 0.7274 0.016 0.952 0.016 0.000 0.016
#> GSM342476 2 0.3616 0.5710 0.004 0.768 0.004 0.000 0.224
#> GSM342478 2 0.2416 0.7261 0.100 0.888 0.012 0.000 0.000
#> GSM342479 2 0.2277 0.7273 0.028 0.920 0.024 0.000 0.028
#> GSM342480 2 0.2741 0.6601 0.004 0.860 0.004 0.000 0.132
#> GSM342481 2 0.2629 0.7115 0.136 0.860 0.004 0.000 0.000
#> GSM342482 2 0.1412 0.7333 0.036 0.952 0.008 0.000 0.004
#> GSM342483 2 0.1774 0.7332 0.052 0.932 0.016 0.000 0.000
#> GSM342485 2 0.5629 0.3076 0.312 0.588 0.100 0.000 0.000
#> GSM342486 1 0.4262 0.3953 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> GSM342487 2 0.3366 0.6603 0.212 0.784 0.004 0.000 0.000
#> GSM342488 2 0.2351 0.7097 0.016 0.896 0.000 0.000 0.088
#> GSM342489 2 0.3575 0.6087 0.004 0.800 0.016 0.000 0.180
#> GSM342490 2 0.3064 0.7286 0.108 0.856 0.000 0.000 0.036
#> GSM342492 2 0.2284 0.6854 0.004 0.896 0.004 0.000 0.096
#> GSM342493 1 0.4211 0.5609 0.636 0.360 0.004 0.000 0.000
#> GSM342494 2 0.2694 0.6644 0.004 0.864 0.004 0.000 0.128
#> GSM342497 2 0.3579 0.6288 0.240 0.756 0.004 0.000 0.000
#> GSM342498 1 0.4150 0.5158 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000
#> GSM342499 1 0.2482 0.5758 0.892 0.084 0.024 0.000 0.000
#> GSM342500 2 0.1205 0.7194 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM342501 2 0.6244 0.1605 0.156 0.496 0.348 0.000 0.000
#> GSM342502 2 0.3789 0.6455 0.224 0.760 0.016 0.000 0.000
#> GSM342503 2 0.2624 0.7209 0.116 0.872 0.012 0.000 0.000
#> GSM342504 2 0.2439 0.7191 0.120 0.876 0.004 0.000 0.000
#> GSM342505 2 0.4022 0.6857 0.104 0.796 0.100 0.000 0.000
#> GSM342506 3 0.5689 0.2667 0.136 0.248 0.616 0.000 0.000
#> GSM342507 3 0.5253 0.2476 0.384 0.036 0.572 0.000 0.008
#> GSM342508 1 0.4681 0.4103 0.728 0.084 0.188 0.000 0.000
#> GSM342509 2 0.3766 0.5867 0.268 0.728 0.004 0.000 0.000
#> GSM342510 2 0.1877 0.7161 0.012 0.924 0.000 0.000 0.064
#> GSM342511 1 0.4735 0.6289 0.668 0.300 0.020 0.000 0.012
#> GSM342512 1 0.2389 0.6112 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> GSM342513 3 0.6360 0.0651 0.352 0.172 0.476 0.000 0.000
#> GSM342514 2 0.3366 0.6589 0.212 0.784 0.004 0.000 0.000
#> GSM342515 1 0.2813 0.4516 0.880 0.032 0.084 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM342319 5 0.2930 0.7890 0.000 0.000 0.124 0.000 0.840 NA
#> GSM342323 5 0.1686 0.8139 0.000 0.000 0.012 0.000 0.924 NA
#> GSM342325 5 0.4265 0.7325 0.000 0.000 0.100 0.000 0.728 NA
#> GSM342326 4 0.4935 0.1412 0.000 0.000 0.004 0.484 0.460 NA
#> GSM342327 4 0.4999 0.3019 0.000 0.000 0.004 0.564 0.364 NA
#> GSM342329 5 0.3152 0.7712 0.000 0.000 0.008 0.004 0.792 NA
#> GSM342331 5 0.3078 0.7328 0.000 0.000 0.000 0.192 0.796 NA
#> GSM342334 5 0.1982 0.7928 0.000 0.000 0.004 0.016 0.912 NA
#> GSM342335 5 0.3383 0.7195 0.000 0.000 0.004 0.000 0.728 NA
#> GSM342354 5 0.2476 0.7790 0.000 0.000 0.004 0.024 0.880 NA
#> GSM342371 5 0.1668 0.8085 0.000 0.000 0.004 0.008 0.928 NA
#> GSM342380 5 0.3130 0.7845 0.000 0.000 0.124 0.000 0.828 NA
#> GSM342382 5 0.4206 0.5333 0.000 0.000 0.356 0.000 0.620 NA
#> GSM342399 5 0.2775 0.7982 0.000 0.000 0.040 0.000 0.856 NA
#> GSM342402 5 0.3920 0.7535 0.000 0.000 0.148 0.000 0.764 NA
#> GSM342404 5 0.2862 0.7725 0.000 0.000 0.008 0.080 0.864 NA
#> GSM342408 5 0.3448 0.7476 0.000 0.000 0.016 0.092 0.828 NA
#> GSM342409 5 0.1901 0.8005 0.000 0.000 0.004 0.008 0.912 NA
#> GSM342426 2 0.3940 0.3261 0.000 0.640 0.000 0.348 0.000 NA
#> GSM342441 2 0.2071 0.7193 0.044 0.916 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM342444 1 0.3189 0.6602 0.796 0.184 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342451 1 0.4317 0.4581 0.636 0.336 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM342462 1 0.3314 0.6301 0.764 0.224 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342467 4 0.4554 0.4148 0.000 0.272 0.008 0.668 0.000 NA
#> GSM342484 2 0.6173 0.4406 0.092 0.604 0.220 0.016 0.000 NA
#> GSM342491 2 0.1918 0.6892 0.000 0.904 0.000 0.088 0.000 NA
#> GSM342322 5 0.3979 0.7391 0.000 0.000 0.172 0.000 0.752 NA
#> GSM342338 5 0.2558 0.8057 0.000 0.000 0.028 0.000 0.868 NA
#> GSM342347 5 0.2257 0.8080 0.000 0.000 0.008 0.000 0.876 NA
#> GSM342356 5 0.2536 0.8063 0.000 0.000 0.020 0.000 0.864 NA
#> GSM342357 5 0.3738 0.6530 0.000 0.000 0.280 0.000 0.704 NA
#> GSM342366 5 0.4270 0.6877 0.000 0.000 0.052 0.000 0.684 NA
#> GSM342385 5 0.2696 0.7941 0.000 0.000 0.116 0.000 0.856 NA
#> GSM342421 5 0.1398 0.7987 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940 NA
#> GSM342437 2 0.2473 0.6561 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 NA
#> GSM342454 1 0.4411 0.3996 0.612 0.356 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342471 1 0.5102 0.2929 0.672 0.000 0.032 0.084 0.000 NA
#> GSM342477 2 0.4589 0.6179 0.096 0.708 0.000 0.188 0.000 NA
#> GSM342495 2 0.3290 0.5789 0.000 0.776 0.000 0.208 0.000 NA
#> GSM342496 1 0.3668 0.4959 0.668 0.328 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342320 4 0.5307 0.2601 0.000 0.000 0.008 0.508 0.404 NA
#> GSM342321 5 0.1720 0.8119 0.000 0.000 0.040 0.000 0.928 NA
#> GSM342324 5 0.1605 0.7999 0.000 0.000 0.004 0.016 0.936 NA
#> GSM342328 5 0.1707 0.7977 0.000 0.000 0.004 0.012 0.928 NA
#> GSM342330 5 0.3328 0.7902 0.000 0.000 0.000 0.064 0.816 NA
#> GSM342332 5 0.0976 0.8117 0.000 0.000 0.008 0.008 0.968 NA
#> GSM342333 5 0.2110 0.8044 0.000 0.000 0.004 0.012 0.900 NA
#> GSM342336 5 0.1951 0.7899 0.000 0.000 0.000 0.016 0.908 NA
#> GSM342337 5 0.3578 0.7710 0.000 0.000 0.052 0.000 0.784 NA
#> GSM342339 3 0.4842 0.3170 0.000 0.000 0.600 0.000 0.324 NA
#> GSM342340 5 0.4534 0.4446 0.000 0.000 0.380 0.000 0.580 NA
#> GSM342341 3 0.3667 0.3963 0.000 0.000 0.788 0.000 0.132 NA
#> GSM342342 5 0.4575 0.4866 0.000 0.000 0.352 0.000 0.600 NA
#> GSM342343 5 0.4634 0.6115 0.000 0.000 0.284 0.000 0.644 NA
#> GSM342344 5 0.1760 0.7977 0.000 0.000 0.020 0.004 0.928 NA
#> GSM342345 5 0.3553 0.7560 0.000 0.000 0.128 0.004 0.804 NA
#> GSM342346 5 0.2085 0.7939 0.000 0.000 0.024 0.008 0.912 NA
#> GSM342348 5 0.2114 0.7891 0.000 0.000 0.008 0.012 0.904 NA
#> GSM342349 5 0.2764 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.024 0.872 NA
#> GSM342350 5 0.1219 0.8048 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948 NA
#> GSM342351 4 0.4676 0.4067 0.000 0.004 0.000 0.684 0.216 NA
#> GSM342352 4 0.5266 0.3663 0.012 0.000 0.000 0.616 0.264 NA
#> GSM342353 5 0.3618 0.7362 0.000 0.000 0.032 0.032 0.812 NA
#> GSM342355 5 0.3719 0.7309 0.000 0.000 0.024 0.000 0.728 NA
#> GSM342358 5 0.3439 0.7487 0.000 0.000 0.016 0.096 0.828 NA
#> GSM342359 5 0.4704 0.4071 0.000 0.000 0.004 0.304 0.632 NA
#> GSM342360 5 0.1760 0.8010 0.000 0.000 0.020 0.004 0.928 NA
#> GSM342361 5 0.5636 -0.1360 0.000 0.016 0.000 0.412 0.476 NA
#> GSM342362 5 0.1267 0.8105 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> GSM342363 5 0.3671 0.7555 0.000 0.000 0.036 0.000 0.756 NA
#> GSM342364 5 0.3719 0.7319 0.000 0.000 0.024 0.000 0.728 NA
#> GSM342365 5 0.3721 0.6696 0.000 0.000 0.012 0.220 0.752 NA
#> GSM342367 5 0.3149 0.7876 0.000 0.000 0.044 0.000 0.824 NA
#> GSM342368 5 0.3912 0.7600 0.000 0.000 0.076 0.000 0.760 NA
#> GSM342369 5 0.2053 0.8116 0.000 0.000 0.000 0.004 0.888 NA
#> GSM342370 5 0.1531 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.004 0.928 NA
#> GSM342372 5 0.2384 0.7880 0.000 0.000 0.000 0.048 0.888 NA
#> GSM342373 5 0.1219 0.8055 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948 NA
#> GSM342374 5 0.3056 0.7878 0.000 0.000 0.008 0.012 0.820 NA
#> GSM342375 5 0.2848 0.7904 0.000 0.000 0.008 0.004 0.828 NA
#> GSM342376 5 0.2750 0.8019 0.000 0.000 0.020 0.000 0.844 NA
#> GSM342377 5 0.3487 0.7559 0.000 0.000 0.020 0.000 0.756 NA
#> GSM342378 5 0.4164 0.7415 0.000 0.000 0.132 0.000 0.744 NA
#> GSM342379 5 0.3152 0.7785 0.004 0.000 0.008 0.000 0.792 NA
#> GSM342381 5 0.2887 0.7960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.844 NA
#> GSM342383 5 0.4300 0.3410 0.000 0.000 0.432 0.000 0.548 NA
#> GSM342384 5 0.4408 0.5723 0.000 0.000 0.320 0.000 0.636 NA
#> GSM342386 5 0.5147 0.4527 0.000 0.000 0.328 0.000 0.568 NA
#> GSM342387 5 0.1794 0.8089 0.000 0.000 0.016 0.028 0.932 NA
#> GSM342388 3 0.3582 0.3857 0.000 0.000 0.732 0.000 0.252 NA
#> GSM342389 5 0.3975 0.7227 0.000 0.000 0.040 0.000 0.716 NA
#> GSM342390 5 0.2201 0.8085 0.000 0.000 0.052 0.000 0.900 NA
#> GSM342391 5 0.1549 0.8121 0.000 0.000 0.044 0.000 0.936 NA
#> GSM342392 5 0.3893 0.7612 0.000 0.000 0.140 0.000 0.768 NA
#> GSM342393 5 0.5363 0.3082 0.000 0.020 0.004 0.308 0.596 NA
#> GSM342394 5 0.2752 0.7960 0.000 0.000 0.108 0.000 0.856 NA
#> GSM342395 5 0.1334 0.8128 0.000 0.000 0.020 0.000 0.948 NA
#> GSM342396 3 0.4802 -0.1328 0.000 0.000 0.496 0.000 0.452 NA
#> GSM342397 5 0.2052 0.7954 0.000 0.000 0.028 0.004 0.912 NA
#> GSM342398 5 0.4079 0.7460 0.000 0.000 0.084 0.000 0.744 NA
#> GSM342400 5 0.3014 0.7936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.832 NA
#> GSM342401 5 0.2985 0.7978 0.000 0.000 0.100 0.000 0.844 NA
#> GSM342403 5 0.3370 0.7785 0.000 0.000 0.124 0.000 0.812 NA
#> GSM342405 5 0.2744 0.7792 0.000 0.000 0.012 0.052 0.876 NA
#> GSM342406 5 0.2145 0.8123 0.000 0.000 0.028 0.000 0.900 NA
#> GSM342407 5 0.3033 0.7782 0.000 0.000 0.056 0.012 0.856 NA
#> GSM342410 5 0.1745 0.8107 0.000 0.000 0.012 0.000 0.920 NA
#> GSM342411 5 0.2670 0.7749 0.000 0.000 0.004 0.040 0.872 NA
#> GSM342412 5 0.1957 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 NA
#> GSM342413 4 0.5673 0.2539 0.000 0.000 0.004 0.464 0.396 NA
#> GSM342414 5 0.3820 0.7126 0.000 0.000 0.012 0.100 0.796 NA
#> GSM342415 5 0.3584 0.6778 0.004 0.000 0.000 0.000 0.688 NA
#> GSM342416 5 0.1845 0.8072 0.000 0.000 0.004 0.008 0.916 NA
#> GSM342417 5 0.1493 0.8051 0.000 0.000 0.004 0.004 0.936 NA
#> GSM342418 5 0.4325 0.5533 0.000 0.000 0.000 0.244 0.692 NA
#> GSM342419 5 0.5863 0.2517 0.164 0.000 0.008 0.000 0.492 NA
#> GSM342420 4 0.1977 0.4784 0.000 0.008 0.000 0.920 0.040 NA
#> GSM342422 5 0.3394 0.7493 0.000 0.000 0.012 0.000 0.752 NA
#> GSM342423 5 0.1555 0.8068 0.000 0.000 0.004 0.004 0.932 NA
#> GSM342424 4 0.4868 0.3565 0.028 0.024 0.012 0.660 0.000 NA
#> GSM342425 2 0.3904 0.6458 0.232 0.732 0.000 0.032 0.000 NA
#> GSM342427 4 0.5615 0.3632 0.020 0.312 0.008 0.576 0.000 NA
#> GSM342428 4 0.4401 0.1305 0.000 0.464 0.000 0.512 0.000 NA
#> GSM342429 2 0.3086 0.6805 0.156 0.820 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342430 3 0.5508 -0.0110 0.308 0.084 0.580 0.000 0.000 NA
#> GSM342431 1 0.3812 0.6306 0.788 0.132 0.072 0.000 0.000 NA
#> GSM342432 2 0.4361 0.5823 0.036 0.700 0.248 0.000 0.000 NA
#> GSM342433 2 0.1511 0.7229 0.044 0.940 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM342434 2 0.4551 0.6446 0.096 0.728 0.000 0.160 0.000 NA
#> GSM342435 2 0.1807 0.7082 0.000 0.920 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM342436 2 0.2479 0.7159 0.064 0.892 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM342438 2 0.3626 0.6615 0.176 0.784 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM342439 2 0.4899 0.3325 0.388 0.560 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM342440 2 0.4661 0.4688 0.332 0.620 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM342442 2 0.4773 0.4461 0.340 0.608 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM342443 2 0.2006 0.6825 0.000 0.892 0.000 0.104 0.000 NA
#> GSM342445 2 0.4049 0.5042 0.332 0.648 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342446 2 0.4312 0.4339 0.368 0.604 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342447 1 0.2058 0.5977 0.908 0.056 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342448 2 0.3874 0.4823 0.356 0.636 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342449 2 0.4300 0.2701 0.432 0.548 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342450 2 0.3348 0.6444 0.216 0.768 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342452 2 0.5706 0.1506 0.404 0.492 0.056 0.000 0.000 NA
#> GSM342453 1 0.6862 0.3447 0.380 0.284 0.288 0.000 0.000 NA
#> GSM342455 1 0.4668 0.5289 0.648 0.296 0.016 0.000 0.000 NA
#> GSM342456 4 0.2817 0.4658 0.012 0.032 0.012 0.880 0.000 NA
#> GSM342457 1 0.3617 0.4280 0.796 0.008 0.012 0.020 0.000 NA
#> GSM342458 4 0.2848 0.4779 0.000 0.160 0.004 0.828 0.000 NA
#> GSM342459 2 0.2118 0.6796 0.000 0.888 0.000 0.104 0.000 NA
#> GSM342460 2 0.2306 0.6874 0.004 0.888 0.000 0.092 0.000 NA
#> GSM342461 2 0.1699 0.7205 0.060 0.928 0.004 0.004 0.000 NA
#> GSM342463 2 0.4828 0.5302 0.280 0.652 0.036 0.000 0.000 NA
#> GSM342464 2 0.4569 0.4677 0.344 0.616 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM342465 1 0.2006 0.6232 0.904 0.080 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342466 1 0.5575 0.3160 0.644 0.000 0.172 0.044 0.000 NA
#> GSM342468 4 0.4615 0.4006 0.028 0.032 0.016 0.728 0.000 NA
#> GSM342469 1 0.6628 0.0862 0.476 0.000 0.220 0.052 0.000 NA
#> GSM342470 4 0.2339 0.4749 0.024 0.028 0.004 0.908 0.000 NA
#> GSM342472 4 0.4624 0.4056 0.028 0.280 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM342473 2 0.2395 0.6868 0.000 0.892 0.012 0.076 0.000 NA
#> GSM342474 2 0.0993 0.7137 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM342475 2 0.1078 0.7186 0.008 0.964 0.012 0.016 0.000 NA
#> GSM342476 2 0.3298 0.5439 0.000 0.756 0.000 0.236 0.000 NA
#> GSM342478 2 0.2565 0.7056 0.104 0.872 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM342479 2 0.1862 0.7105 0.008 0.928 0.004 0.044 0.000 NA
#> GSM342480 2 0.2389 0.6620 0.000 0.864 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM342481 2 0.2531 0.6992 0.128 0.860 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342482 2 0.1262 0.7202 0.020 0.956 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM342483 2 0.1628 0.7217 0.036 0.940 0.004 0.008 0.000 NA
#> GSM342485 2 0.5459 0.2009 0.400 0.512 0.060 0.000 0.000 NA
#> GSM342486 1 0.3908 0.6251 0.724 0.244 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342487 2 0.4065 0.5466 0.300 0.672 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342488 2 0.1787 0.7044 0.008 0.920 0.000 0.068 0.000 NA
#> GSM342489 2 0.3290 0.5796 0.000 0.776 0.000 0.208 0.000 NA
#> GSM342490 2 0.2420 0.7207 0.076 0.888 0.000 0.032 0.000 NA
#> GSM342492 2 0.1471 0.7046 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 NA
#> GSM342493 1 0.3738 0.5677 0.704 0.280 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342494 2 0.2312 0.6734 0.000 0.876 0.000 0.112 0.000 NA
#> GSM342497 2 0.3791 0.5691 0.300 0.688 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM342498 1 0.3650 0.5696 0.708 0.280 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342499 1 0.3332 0.4565 0.816 0.012 0.012 0.008 0.000 NA
#> GSM342500 2 0.0405 0.7192 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM342501 2 0.6795 0.2166 0.148 0.476 0.280 0.000 0.000 NA
#> GSM342502 2 0.3630 0.6615 0.196 0.772 0.012 0.000 0.000 NA
#> GSM342503 2 0.2222 0.7140 0.084 0.896 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM342504 2 0.2400 0.7063 0.116 0.872 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342505 2 0.5357 0.5730 0.184 0.660 0.120 0.000 0.000 NA
#> GSM342506 3 0.4496 0.3220 0.080 0.080 0.764 0.000 0.000 NA
#> GSM342507 3 0.6290 0.1963 0.228 0.000 0.540 0.048 0.000 NA
#> GSM342508 1 0.4886 0.4654 0.696 0.044 0.204 0.000 0.000 NA
#> GSM342509 2 0.4378 0.4037 0.388 0.588 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM342510 2 0.2113 0.7159 0.028 0.908 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM342511 1 0.4562 0.5375 0.648 0.296 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM342512 1 0.1838 0.6133 0.916 0.068 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM342513 3 0.5913 -0.2223 0.424 0.084 0.452 0.000 0.000 NA
#> GSM342514 2 0.4471 0.5362 0.292 0.660 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM342515 1 0.5133 0.3210 0.688 0.000 0.084 0.048 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:NMF 197 0.193 2
#> ATC:NMF 190 0.354 3
#> ATC:NMF 169 0.188 4
#> ATC:NMF 164 0.192 5
#> ATC:NMF 141 0.172 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0