Date: 2019-12-25 21:06:18 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 162
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.983 | 0.993 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.982 | 0.992 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.961 | 0.982 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 0.999 | 0.977 | 0.989 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.961 | 0.942 | 0.972 | ** | 2 |
| MAD:mclust | 2 | 0.938 | 0.935 | 0.970 | * | |
| ATC:kmeans | 4 | 0.928 | 0.917 | 0.960 | * | 2 |
| CV:skmeans | 2 | 0.914 | 0.956 | 0.979 | * | |
| SD:kmeans | 2 | 0.862 | 0.920 | 0.964 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.789 | 0.855 | 0.927 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.774 | 0.873 | 0.947 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.757 | 0.887 | 0.898 | ||
| CV:mclust | 4 | 0.670 | 0.737 | 0.887 | ||
| SD:NMF | 3 | 0.592 | 0.757 | 0.879 | ||
| CV:pam | 3 | 0.589 | 0.828 | 0.913 | ||
| MAD:NMF | 4 | 0.585 | 0.679 | 0.823 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.580 | 0.778 | 0.881 | ||
| SD:pam | 5 | 0.547 | 0.656 | 0.772 | ||
| SD:mclust | 4 | 0.472 | 0.697 | 0.843 | ||
| CV:hclust | 5 | 0.440 | 0.639 | 0.765 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.429 | 0.661 | 0.809 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.390 | 0.756 | 0.880 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.386 | 0.790 | 0.878 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.330 | 0.515 | 0.755 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.736 0.849 0.941 0.417 0.591 0.591
#> CV:NMF 2 0.819 0.908 0.960 0.438 0.557 0.557
#> MAD:NMF 2 0.694 0.813 0.923 0.439 0.553 0.553
#> ATC:NMF 2 0.774 0.873 0.947 0.477 0.510 0.510
#> SD:skmeans 2 0.999 0.977 0.989 0.501 0.500 0.500
#> CV:skmeans 2 0.914 0.956 0.979 0.501 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.983 0.993 0.502 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.501 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 0.789 0.920 0.965 0.333 0.681 0.681
#> CV:mclust 2 0.713 0.850 0.940 0.388 0.602 0.602
#> MAD:mclust 2 0.938 0.935 0.970 0.303 0.720 0.720
#> ATC:mclust 2 1.000 0.982 0.992 0.360 0.639 0.639
#> SD:kmeans 2 0.862 0.920 0.964 0.447 0.549 0.549
#> CV:kmeans 2 0.757 0.887 0.898 0.460 0.537 0.537
#> MAD:kmeans 2 0.789 0.855 0.927 0.472 0.528 0.528
#> ATC:kmeans 2 0.974 0.957 0.981 0.454 0.549 0.549
#> SD:pam 2 0.754 0.882 0.935 0.440 0.557 0.557
#> CV:pam 2 0.477 0.755 0.864 0.469 0.502 0.502
#> MAD:pam 2 0.390 0.756 0.880 0.461 0.525 0.525
#> ATC:pam 2 1.000 0.961 0.982 0.362 0.620 0.620
#> SD:hclust 2 0.389 0.782 0.877 0.342 0.632 0.632
#> CV:hclust 2 0.393 0.801 0.884 0.329 0.626 0.626
#> MAD:hclust 2 0.399 0.801 0.885 0.333 0.645 0.645
#> ATC:hclust 2 0.386 0.790 0.878 0.438 0.519 0.519
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.592 0.757 0.879 0.554 0.679 0.491
#> CV:NMF 3 0.580 0.778 0.881 0.500 0.708 0.511
#> MAD:NMF 3 0.386 0.549 0.764 0.486 0.655 0.443
#> ATC:NMF 3 0.764 0.836 0.926 0.363 0.749 0.551
#> SD:skmeans 3 0.640 0.734 0.882 0.317 0.791 0.604
#> CV:skmeans 3 0.727 0.746 0.880 0.318 0.742 0.530
#> MAD:skmeans 3 0.648 0.696 0.861 0.324 0.763 0.558
#> ATC:skmeans 3 0.961 0.942 0.972 0.263 0.830 0.671
#> SD:mclust 3 0.460 0.701 0.842 0.760 0.656 0.506
#> CV:mclust 3 0.509 0.754 0.847 0.506 0.699 0.532
#> MAD:mclust 3 0.430 0.579 0.757 0.703 0.831 0.765
#> ATC:mclust 3 0.533 0.678 0.845 0.736 0.699 0.530
#> SD:kmeans 3 0.615 0.782 0.885 0.444 0.724 0.532
#> CV:kmeans 3 0.533 0.670 0.855 0.408 0.668 0.454
#> MAD:kmeans 3 0.523 0.709 0.808 0.384 0.731 0.529
#> ATC:kmeans 3 0.886 0.886 0.955 0.356 0.665 0.471
#> SD:pam 3 0.476 0.580 0.821 0.443 0.669 0.463
#> CV:pam 3 0.589 0.828 0.913 0.360 0.567 0.330
#> MAD:pam 3 0.465 0.524 0.812 0.376 0.669 0.448
#> ATC:pam 3 0.868 0.926 0.969 0.623 0.685 0.535
#> SD:hclust 3 0.429 0.661 0.809 0.489 0.850 0.767
#> CV:hclust 3 0.327 0.613 0.768 0.560 0.868 0.793
#> MAD:hclust 3 0.330 0.515 0.755 0.666 0.793 0.686
#> ATC:hclust 3 0.396 0.614 0.704 0.318 0.853 0.734
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.630 0.718 0.848 0.1357 0.742 0.408
#> CV:NMF 4 0.666 0.737 0.869 0.1329 0.784 0.468
#> MAD:NMF 4 0.585 0.679 0.823 0.1349 0.731 0.386
#> ATC:NMF 4 0.584 0.644 0.808 0.0895 0.897 0.730
#> SD:skmeans 4 0.737 0.669 0.846 0.1332 0.793 0.485
#> CV:skmeans 4 0.679 0.732 0.856 0.1290 0.827 0.551
#> MAD:skmeans 4 0.743 0.674 0.866 0.1278 0.838 0.569
#> ATC:skmeans 4 0.769 0.754 0.887 0.1347 0.898 0.731
#> SD:mclust 4 0.472 0.697 0.843 0.0765 0.883 0.715
#> CV:mclust 4 0.670 0.737 0.887 0.1323 0.866 0.684
#> MAD:mclust 4 0.376 0.484 0.704 0.1512 0.790 0.656
#> ATC:mclust 4 0.624 0.673 0.836 0.1211 0.870 0.654
#> SD:kmeans 4 0.627 0.737 0.841 0.1246 0.863 0.643
#> CV:kmeans 4 0.601 0.702 0.827 0.1289 0.836 0.576
#> MAD:kmeans 4 0.633 0.606 0.776 0.1268 0.824 0.548
#> ATC:kmeans 4 0.928 0.917 0.960 0.1702 0.745 0.446
#> SD:pam 4 0.482 0.501 0.727 0.1347 0.787 0.477
#> CV:pam 4 0.678 0.786 0.885 0.1583 0.799 0.505
#> MAD:pam 4 0.551 0.625 0.787 0.1755 0.798 0.490
#> ATC:pam 4 0.790 0.827 0.927 0.2051 0.863 0.679
#> SD:hclust 4 0.442 0.626 0.800 0.1247 0.938 0.884
#> CV:hclust 4 0.370 0.633 0.744 0.1599 0.927 0.863
#> MAD:hclust 4 0.377 0.544 0.736 0.1318 0.904 0.810
#> ATC:hclust 4 0.510 0.709 0.832 0.1657 0.827 0.624
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.579 0.429 0.634 0.0745 0.837 0.484
#> CV:NMF 5 0.617 0.496 0.675 0.0689 0.850 0.510
#> MAD:NMF 5 0.589 0.449 0.692 0.0735 0.803 0.410
#> ATC:NMF 5 0.542 0.503 0.716 0.0798 0.867 0.616
#> SD:skmeans 5 0.857 0.808 0.906 0.0706 0.864 0.536
#> CV:skmeans 5 0.873 0.845 0.920 0.0741 0.837 0.471
#> MAD:skmeans 5 0.851 0.796 0.907 0.0700 0.888 0.604
#> ATC:skmeans 5 0.720 0.692 0.848 0.0487 0.945 0.816
#> SD:mclust 5 0.499 0.612 0.778 0.0682 0.802 0.530
#> CV:mclust 5 0.611 0.657 0.834 0.1040 0.751 0.410
#> MAD:mclust 5 0.478 0.590 0.751 0.1978 0.626 0.277
#> ATC:mclust 5 0.714 0.748 0.864 0.0554 0.967 0.885
#> SD:kmeans 5 0.596 0.487 0.699 0.0750 0.889 0.628
#> CV:kmeans 5 0.598 0.506 0.725 0.0686 0.849 0.511
#> MAD:kmeans 5 0.678 0.689 0.805 0.0754 0.855 0.518
#> ATC:kmeans 5 0.743 0.720 0.842 0.0758 0.945 0.812
#> SD:pam 5 0.547 0.656 0.772 0.0584 0.860 0.554
#> CV:pam 5 0.657 0.708 0.842 0.0299 0.883 0.615
#> MAD:pam 5 0.652 0.676 0.832 0.0392 0.869 0.568
#> ATC:pam 5 0.721 0.592 0.793 0.1128 0.804 0.430
#> SD:hclust 5 0.439 0.534 0.719 0.1260 0.910 0.822
#> CV:hclust 5 0.440 0.639 0.765 0.2169 0.756 0.504
#> MAD:hclust 5 0.463 0.466 0.722 0.1588 0.824 0.617
#> ATC:hclust 5 0.615 0.543 0.767 0.0846 0.902 0.698
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.600 0.419 0.684 0.0329 0.862 0.474
#> CV:NMF 6 0.681 0.635 0.785 0.0390 0.862 0.471
#> MAD:NMF 6 0.595 0.425 0.653 0.0318 0.860 0.466
#> ATC:NMF 6 0.576 0.496 0.700 0.0564 0.869 0.548
#> SD:skmeans 6 0.796 0.686 0.843 0.0350 0.938 0.715
#> CV:skmeans 6 0.776 0.694 0.843 0.0368 0.944 0.734
#> MAD:skmeans 6 0.828 0.718 0.857 0.0339 0.940 0.723
#> ATC:skmeans 6 0.761 0.643 0.825 0.0408 0.941 0.773
#> SD:mclust 6 0.555 0.536 0.764 0.1391 0.829 0.504
#> CV:mclust 6 0.611 0.594 0.729 0.0725 0.862 0.552
#> MAD:mclust 6 0.554 0.599 0.744 0.0832 0.946 0.758
#> ATC:mclust 6 0.665 0.589 0.757 0.0652 0.881 0.591
#> SD:kmeans 6 0.648 0.576 0.726 0.0424 0.847 0.432
#> CV:kmeans 6 0.658 0.599 0.764 0.0445 0.868 0.492
#> MAD:kmeans 6 0.703 0.578 0.744 0.0383 0.937 0.722
#> ATC:kmeans 6 0.717 0.638 0.755 0.0461 0.908 0.646
#> SD:pam 6 0.593 0.444 0.713 0.0507 0.870 0.525
#> CV:pam 6 0.722 0.749 0.858 0.0589 0.932 0.726
#> MAD:pam 6 0.660 0.631 0.793 0.0446 0.897 0.603
#> ATC:pam 6 0.716 0.573 0.754 0.0313 0.925 0.674
#> SD:hclust 6 0.451 0.482 0.717 0.1223 0.788 0.534
#> CV:hclust 6 0.487 0.630 0.759 0.0387 0.971 0.894
#> MAD:hclust 6 0.522 0.488 0.686 0.0466 0.907 0.713
#> ATC:hclust 6 0.647 0.686 0.838 0.0162 0.927 0.753
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 148 2.72e-07 0.95353 2
#> CV:NMF 156 1.04e-10 0.89399 2
#> MAD:NMF 140 2.33e-07 0.73990 2
#> ATC:NMF 151 5.16e-09 0.39540 2
#> SD:skmeans 161 1.40e-05 0.00811 2
#> CV:skmeans 161 1.78e-05 0.01017 2
#> MAD:skmeans 161 1.40e-05 0.00811 2
#> ATC:skmeans 161 2.03e-09 0.31523 2
#> SD:mclust 159 4.70e-06 0.54774 2
#> CV:mclust 146 4.88e-10 0.56505 2
#> MAD:mclust 158 1.58e-04 1.00000 2
#> ATC:mclust 161 3.70e-17 0.00218 2
#> SD:kmeans 157 1.65e-03 0.40766 2
#> CV:kmeans 157 2.25e-03 0.35121 2
#> MAD:kmeans 153 3.73e-05 0.21366 2
#> ATC:kmeans 160 3.83e-09 0.29419 2
#> SD:pam 158 1.36e-09 0.66407 2
#> CV:pam 152 1.31e-01 0.88517 2
#> MAD:pam 147 3.69e-08 0.22256 2
#> ATC:pam 161 8.34e-11 0.07868 2
#> SD:hclust 152 6.37e-05 0.95810 2
#> CV:hclust 154 2.10e-04 0.92488 2
#> MAD:hclust 154 1.75e-04 0.53830 2
#> ATC:hclust 152 1.92e-05 0.95107 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 142 9.71e-06 1.58e-03 3
#> CV:NMF 152 1.29e-05 1.00e-03 3
#> MAD:NMF 107 2.14e-03 6.05e-02 3
#> ATC:NMF 149 3.15e-18 4.64e-02 3
#> SD:skmeans 141 4.90e-06 4.25e-06 3
#> CV:skmeans 141 9.31e-11 2.92e-09 3
#> MAD:skmeans 144 5.56e-06 1.20e-06 3
#> ATC:skmeans 160 6.97e-18 2.21e-01 3
#> SD:mclust 139 1.54e-06 2.47e-06 3
#> CV:mclust 147 1.68e-11 2.52e-08 3
#> MAD:mclust 112 9.55e-08 3.13e-02 3
#> ATC:mclust 132 5.31e-14 1.05e-05 3
#> SD:kmeans 147 6.88e-08 7.88e-08 3
#> CV:kmeans 125 9.94e-13 4.64e-07 3
#> MAD:kmeans 147 5.49e-07 1.17e-07 3
#> ATC:kmeans 153 8.46e-13 8.56e-02 3
#> SD:pam 113 2.88e-11 1.91e-03 3
#> CV:pam 156 1.06e-16 7.49e-08 3
#> MAD:pam 103 2.78e-08 3.17e-04 3
#> ATC:pam 158 5.78e-14 1.99e-02 3
#> SD:hclust 133 2.56e-07 3.04e-01 3
#> CV:hclust 122 3.49e-03 1.71e-01 3
#> MAD:hclust 110 1.42e-04 8.38e-03 3
#> ATC:hclust 129 4.33e-06 3.19e-01 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 139 1.62e-08 6.27e-06 4
#> CV:NMF 143 7.49e-09 4.47e-04 4
#> MAD:NMF 133 2.60e-08 4.93e-05 4
#> ATC:NMF 127 4.35e-15 2.85e-02 4
#> SD:skmeans 116 5.83e-06 4.00e-05 4
#> CV:skmeans 142 4.72e-09 1.10e-04 4
#> MAD:skmeans 118 1.49e-06 3.19e-07 4
#> ATC:skmeans 144 4.60e-15 7.89e-03 4
#> SD:mclust 142 2.30e-13 1.86e-06 4
#> CV:mclust 139 2.24e-12 3.32e-06 4
#> MAD:mclust 93 1.50e-07 3.55e-01 4
#> ATC:mclust 127 4.69e-12 3.83e-07 4
#> SD:kmeans 145 2.65e-08 1.85e-05 4
#> CV:kmeans 141 1.44e-09 2.89e-04 4
#> MAD:kmeans 114 7.06e-06 3.39e-06 4
#> ATC:kmeans 157 3.04e-16 6.28e-04 4
#> SD:pam 100 2.61e-12 7.32e-05 4
#> CV:pam 150 1.04e-13 2.32e-05 4
#> MAD:pam 128 2.26e-15 2.23e-06 4
#> ATC:pam 149 6.20e-18 1.37e-02 4
#> SD:hclust 126 3.51e-12 5.13e-02 4
#> CV:hclust 135 1.16e-12 8.45e-03 4
#> MAD:hclust 114 9.12e-09 1.69e-03 4
#> ATC:hclust 143 8.63e-18 7.01e-02 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 74 1.44e-03 4.54e-04 5
#> CV:NMF 92 6.50e-07 3.63e-04 5
#> MAD:NMF 81 3.21e-05 1.72e-03 5
#> ATC:NMF 91 6.76e-09 2.77e-01 5
#> SD:skmeans 147 4.46e-09 7.54e-07 5
#> CV:skmeans 151 4.78e-11 7.44e-08 5
#> MAD:skmeans 140 2.70e-08 3.52e-05 5
#> ATC:skmeans 131 2.88e-13 5.68e-04 5
#> SD:mclust 128 3.60e-14 1.19e-04 5
#> CV:mclust 127 4.00e-15 3.18e-03 5
#> MAD:mclust 110 5.16e-05 1.82e-03 5
#> ATC:mclust 145 2.11e-12 2.83e-06 5
#> SD:kmeans 102 7.43e-05 4.58e-03 5
#> CV:kmeans 88 2.18e-06 1.19e-03 5
#> MAD:kmeans 133 5.14e-09 7.23e-06 5
#> ATC:kmeans 137 4.36e-12 6.81e-03 5
#> SD:pam 142 7.05e-14 2.05e-05 5
#> CV:pam 141 2.77e-18 8.06e-07 5
#> MAD:pam 142 2.24e-12 5.24e-06 5
#> ATC:pam 120 3.56e-14 2.93e-09 5
#> SD:hclust 113 7.09e-11 1.31e-01 5
#> CV:hclust 135 1.20e-15 3.22e-05 5
#> MAD:hclust 100 1.99e-09 1.09e-04 5
#> ATC:hclust 118 2.19e-10 9.89e-03 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 69 1.25e-07 1.17e-05 6
#> CV:NMF 134 1.66e-16 4.92e-07 6
#> MAD:NMF 75 2.04e-05 2.02e-04 6
#> ATC:NMF 91 1.73e-16 3.48e-12 6
#> SD:skmeans 130 2.21e-09 1.75e-04 6
#> CV:skmeans 132 7.36e-12 1.86e-06 6
#> MAD:skmeans 137 1.14e-09 5.73e-05 6
#> ATC:skmeans 119 1.27e-13 2.09e-04 6
#> SD:mclust 104 8.24e-10 6.49e-07 6
#> CV:mclust 113 1.90e-12 9.69e-05 6
#> MAD:mclust 108 1.15e-05 6.08e-05 6
#> ATC:mclust 104 1.14e-11 4.36e-07 6
#> SD:kmeans 115 8.00e-10 6.19e-09 6
#> CV:kmeans 119 4.29e-14 1.26e-08 6
#> MAD:kmeans 122 8.49e-09 8.07e-07 6
#> ATC:kmeans 116 1.24e-10 2.39e-03 6
#> SD:pam 82 4.54e-12 1.46e-07 6
#> CV:pam 147 7.71e-20 7.78e-08 6
#> MAD:pam 134 4.34e-17 7.32e-10 6
#> ATC:pam 115 2.35e-11 4.53e-10 6
#> SD:hclust 87 9.81e-06 7.59e-07 6
#> CV:hclust 135 1.73e-13 1.08e-05 6
#> MAD:hclust 84 1.42e-06 2.08e-05 6
#> ATC:hclust 132 3.29e-14 1.47e-02 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.389 0.782 0.877 0.342 0.632 0.632
#> 3 3 0.429 0.661 0.809 0.489 0.850 0.767
#> 4 4 0.442 0.626 0.800 0.125 0.938 0.884
#> 5 5 0.439 0.534 0.719 0.126 0.910 0.822
#> 6 6 0.451 0.482 0.717 0.122 0.788 0.534
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0672 0.896 0.992 0.008
#> GSM682003 2 0.6048 0.787 0.148 0.852
#> GSM682004 2 0.6048 0.787 0.148 0.852
#> GSM682005 1 0.2603 0.885 0.956 0.044
#> GSM682006 1 0.2236 0.895 0.964 0.036
#> GSM682007 1 0.3114 0.885 0.944 0.056
#> GSM682008 1 0.3114 0.885 0.944 0.056
#> GSM682009 1 0.8327 0.507 0.736 0.264
#> GSM682010 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682011 1 0.1414 0.894 0.980 0.020
#> GSM682096 1 0.7453 0.700 0.788 0.212
#> GSM682097 1 0.6623 0.773 0.828 0.172
#> GSM682098 1 0.7299 0.718 0.796 0.204
#> GSM682099 1 0.6973 0.730 0.812 0.188
#> GSM682100 2 0.8763 0.780 0.296 0.704
#> GSM682101 1 0.8267 0.578 0.740 0.260
#> GSM682102 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682103 1 0.2043 0.895 0.968 0.032
#> GSM682104 1 0.7376 0.678 0.792 0.208
#> GSM682105 1 0.0938 0.897 0.988 0.012
#> GSM682106 1 0.2236 0.895 0.964 0.036
#> GSM682107 1 0.1184 0.895 0.984 0.016
#> GSM682108 1 0.3274 0.876 0.940 0.060
#> GSM682109 1 0.7219 0.691 0.800 0.200
#> GSM682110 1 0.2603 0.892 0.956 0.044
#> GSM682111 1 0.8443 0.538 0.728 0.272
#> GSM682112 2 0.5519 0.743 0.128 0.872
#> GSM682113 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682114 1 0.3114 0.881 0.944 0.056
#> GSM682115 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682116 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682117 1 0.1414 0.894 0.980 0.020
#> GSM682118 1 0.1184 0.898 0.984 0.016
#> GSM682119 1 0.1184 0.896 0.984 0.016
#> GSM682120 1 0.0938 0.897 0.988 0.012
#> GSM682121 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682122 1 0.4939 0.834 0.892 0.108
#> GSM682012 2 0.8016 0.791 0.244 0.756
#> GSM682013 2 0.8909 0.770 0.308 0.692
#> GSM682014 2 0.8144 0.796 0.252 0.748
#> GSM682015 2 0.8144 0.796 0.252 0.748
#> GSM682016 2 0.8016 0.791 0.244 0.756
#> GSM682017 2 0.8144 0.796 0.252 0.748
#> GSM682018 2 0.9933 0.509 0.452 0.548
#> GSM682019 2 0.9491 0.690 0.368 0.632
#> GSM682020 2 0.8861 0.774 0.304 0.696
#> GSM682021 1 0.8861 0.447 0.696 0.304
#> GSM682022 2 0.9732 0.623 0.404 0.596
#> GSM682023 2 0.9732 0.623 0.404 0.596
#> GSM682024 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682025 1 0.9993 -0.318 0.516 0.484
#> GSM682026 2 0.9491 0.690 0.368 0.632
#> GSM682027 1 0.7139 0.718 0.804 0.196
#> GSM682028 1 0.4431 0.843 0.908 0.092
#> GSM682029 1 0.4431 0.843 0.908 0.092
#> GSM682030 1 0.4431 0.843 0.908 0.092
#> GSM682031 1 0.4431 0.843 0.908 0.092
#> GSM682032 1 0.4431 0.843 0.908 0.092
#> GSM682033 2 0.5178 0.770 0.116 0.884
#> GSM681992 1 0.7139 0.681 0.804 0.196
#> GSM681993 2 0.9427 0.638 0.360 0.640
#> GSM681994 1 0.2236 0.886 0.964 0.036
#> GSM681995 1 0.1633 0.893 0.976 0.024
#> GSM681996 1 0.3114 0.885 0.944 0.056
#> GSM681997 1 0.2423 0.886 0.960 0.040
#> GSM681998 1 0.2236 0.887 0.964 0.036
#> GSM681999 1 0.1414 0.894 0.980 0.020
#> GSM682000 1 0.2423 0.883 0.960 0.040
#> GSM682001 1 0.1414 0.894 0.980 0.020
#> GSM682055 1 0.9954 -0.179 0.540 0.460
#> GSM682056 1 0.6623 0.773 0.828 0.172
#> GSM682057 2 0.8813 0.777 0.300 0.700
#> GSM682058 1 0.6623 0.773 0.828 0.172
#> GSM682059 2 0.8763 0.780 0.296 0.704
#> GSM682060 2 0.8909 0.707 0.308 0.692
#> GSM682061 2 0.3733 0.735 0.072 0.928
#> GSM682062 2 0.8763 0.780 0.296 0.704
#> GSM682063 1 0.8267 0.578 0.740 0.260
#> GSM682064 1 0.0938 0.897 0.988 0.012
#> GSM682065 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682066 1 0.1184 0.897 0.984 0.016
#> GSM682067 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682068 1 0.4022 0.851 0.920 0.080
#> GSM682069 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682070 1 0.0938 0.897 0.988 0.012
#> GSM682071 2 0.9963 0.454 0.464 0.536
#> GSM682072 1 0.7883 0.613 0.764 0.236
#> GSM682073 1 0.5294 0.824 0.880 0.120
#> GSM682074 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682075 1 0.4022 0.851 0.920 0.080
#> GSM682076 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682077 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682078 1 0.0938 0.895 0.988 0.012
#> GSM682079 1 0.1184 0.898 0.984 0.016
#> GSM682080 2 0.9993 0.395 0.484 0.516
#> GSM682081 1 0.8608 0.497 0.716 0.284
#> GSM682082 1 0.2778 0.885 0.952 0.048
#> GSM682083 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682084 1 0.2948 0.880 0.948 0.052
#> GSM682085 1 0.2948 0.880 0.948 0.052
#> GSM682086 1 0.1184 0.895 0.984 0.016
#> GSM682087 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682088 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682089 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682090 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682091 1 0.1633 0.896 0.976 0.024
#> GSM682092 1 0.0938 0.897 0.988 0.012
#> GSM682093 1 0.1843 0.895 0.972 0.028
#> GSM682094 1 0.0938 0.895 0.988 0.012
#> GSM682095 2 0.6148 0.788 0.152 0.848
#> GSM681982 2 0.7528 0.755 0.216 0.784
#> GSM681983 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM681984 1 0.9954 -0.288 0.540 0.460
#> GSM681985 2 0.6887 0.761 0.184 0.816
#> GSM681986 1 0.9954 -0.288 0.540 0.460
#> GSM681987 2 0.6048 0.787 0.148 0.852
#> GSM681988 1 0.9087 0.367 0.676 0.324
#> GSM681989 1 0.8327 0.507 0.736 0.264
#> GSM681990 1 0.1414 0.897 0.980 0.020
#> GSM681991 2 0.6048 0.787 0.148 0.852
#> GSM682034 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682035 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682036 1 0.2423 0.890 0.960 0.040
#> GSM682037 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.9983 0.484 0.476 0.524
#> GSM682039 1 0.6531 0.731 0.832 0.168
#> GSM682040 2 0.3114 0.721 0.056 0.944
#> GSM682041 1 0.2423 0.887 0.960 0.040
#> GSM682042 2 0.7299 0.753 0.204 0.796
#> GSM682043 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682045 1 0.6531 0.731 0.832 0.168
#> GSM682046 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682048 1 0.8016 0.575 0.756 0.244
#> GSM682049 1 0.2423 0.887 0.960 0.040
#> GSM682050 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.2423 0.887 0.960 0.040
#> GSM682052 2 0.7139 0.755 0.196 0.804
#> GSM682053 2 0.9866 0.520 0.432 0.568
#> GSM682054 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682124 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682125 1 0.7745 0.612 0.772 0.228
#> GSM682126 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682127 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682128 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682129 2 0.8909 0.770 0.308 0.692
#> GSM682130 2 0.8861 0.774 0.304 0.696
#> GSM682131 2 0.6343 0.791 0.160 0.840
#> GSM682132 1 0.4022 0.851 0.920 0.080
#> GSM682133 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682134 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682135 1 0.2423 0.890 0.960 0.040
#> GSM682136 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682137 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682138 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682139 1 0.0672 0.898 0.992 0.008
#> GSM682140 1 0.1633 0.894 0.976 0.024
#> GSM682141 1 0.0000 0.897 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0376 0.897 0.996 0.004
#> GSM682143 2 0.6048 0.787 0.148 0.852
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.1860 0.8353 0.948 0.000 0.052
#> GSM682003 2 0.1411 0.6592 0.000 0.964 0.036
#> GSM682004 2 0.1411 0.6592 0.000 0.964 0.036
#> GSM682005 1 0.4465 0.7296 0.820 0.004 0.176
#> GSM682006 1 0.3851 0.7896 0.860 0.004 0.136
#> GSM682007 1 0.3918 0.8034 0.868 0.012 0.120
#> GSM682008 1 0.3918 0.8034 0.868 0.012 0.120
#> GSM682009 1 0.7844 0.3978 0.652 0.240 0.108
#> GSM682010 1 0.1989 0.8373 0.948 0.004 0.048
#> GSM682011 1 0.3192 0.8080 0.888 0.000 0.112
#> GSM682096 3 0.9674 0.5166 0.392 0.212 0.396
#> GSM682097 1 0.8371 0.1265 0.592 0.116 0.292
#> GSM682098 1 0.9152 -0.3126 0.484 0.152 0.364
#> GSM682099 3 0.9326 0.6098 0.284 0.204 0.512
#> GSM682100 2 0.4834 0.6598 0.004 0.792 0.204
#> GSM682101 3 0.9481 0.4590 0.224 0.284 0.492
#> GSM682102 1 0.0424 0.8456 0.992 0.000 0.008
#> GSM682103 1 0.2651 0.8424 0.928 0.012 0.060
#> GSM682104 1 0.7441 0.5454 0.700 0.164 0.136
#> GSM682105 1 0.1529 0.8439 0.960 0.000 0.040
#> GSM682106 1 0.3500 0.8151 0.880 0.004 0.116
#> GSM682107 1 0.3340 0.8036 0.880 0.000 0.120
#> GSM682108 1 0.4749 0.7799 0.844 0.040 0.116
#> GSM682109 1 0.7281 0.5756 0.712 0.148 0.140
#> GSM682110 1 0.3377 0.8218 0.896 0.012 0.092
#> GSM682111 1 0.8085 0.4300 0.648 0.204 0.148
#> GSM682112 2 0.8129 0.4540 0.124 0.632 0.244
#> GSM682113 1 0.0237 0.8453 0.996 0.000 0.004
#> GSM682114 1 0.2400 0.8343 0.932 0.004 0.064
#> GSM682115 1 0.0424 0.8455 0.992 0.000 0.008
#> GSM682116 1 0.0424 0.8455 0.992 0.000 0.008
#> GSM682117 1 0.3192 0.8085 0.888 0.000 0.112
#> GSM682118 1 0.2496 0.8322 0.928 0.004 0.068
#> GSM682119 1 0.2682 0.8292 0.920 0.004 0.076
#> GSM682120 1 0.0747 0.8468 0.984 0.000 0.016
#> GSM682121 1 0.0592 0.8453 0.988 0.000 0.012
#> GSM682122 1 0.4892 0.7634 0.840 0.048 0.112
#> GSM682012 2 0.5178 0.6507 0.000 0.744 0.256
#> GSM682013 2 0.4978 0.6545 0.004 0.780 0.216
#> GSM682014 2 0.4351 0.6671 0.004 0.828 0.168
#> GSM682015 2 0.4351 0.6671 0.004 0.828 0.168
#> GSM682016 2 0.5216 0.6500 0.000 0.740 0.260
#> GSM682017 2 0.4351 0.6671 0.004 0.828 0.168
#> GSM682018 2 0.7665 0.4698 0.060 0.600 0.340
#> GSM682019 2 0.5896 0.6028 0.008 0.700 0.292
#> GSM682020 2 0.4931 0.6565 0.004 0.784 0.212
#> GSM682021 3 0.9268 0.2858 0.172 0.336 0.492
#> GSM682022 2 0.6677 0.5469 0.024 0.652 0.324
#> GSM682023 2 0.6702 0.5456 0.024 0.648 0.328
#> GSM682024 1 0.0424 0.8458 0.992 0.000 0.008
#> GSM682025 2 0.7785 0.3328 0.052 0.528 0.420
#> GSM682026 2 0.5896 0.6028 0.008 0.700 0.292
#> GSM682027 3 0.7431 0.3782 0.100 0.212 0.688
#> GSM682028 3 0.5363 0.7293 0.276 0.000 0.724
#> GSM682029 3 0.5363 0.7293 0.276 0.000 0.724
#> GSM682030 3 0.5363 0.7293 0.276 0.000 0.724
#> GSM682031 3 0.5363 0.7293 0.276 0.000 0.724
#> GSM682032 3 0.5363 0.7293 0.276 0.000 0.724
#> GSM682033 2 0.2537 0.6581 0.000 0.920 0.080
#> GSM681992 1 0.7441 0.5267 0.700 0.164 0.136
#> GSM681993 2 0.9767 0.0163 0.328 0.428 0.244
#> GSM681994 1 0.4291 0.7273 0.820 0.000 0.180
#> GSM681995 1 0.3340 0.8014 0.880 0.000 0.120
#> GSM681996 1 0.3918 0.8034 0.868 0.012 0.120
#> GSM681997 1 0.4351 0.7386 0.828 0.004 0.168
#> GSM681998 1 0.4235 0.7341 0.824 0.000 0.176
#> GSM681999 1 0.3116 0.8108 0.892 0.000 0.108
#> GSM682000 1 0.4605 0.6910 0.796 0.000 0.204
#> GSM682001 1 0.3116 0.8108 0.892 0.000 0.108
#> GSM682055 2 0.9431 -0.2949 0.400 0.424 0.176
#> GSM682056 1 0.8371 0.1265 0.592 0.116 0.292
#> GSM682057 2 0.5012 0.6582 0.008 0.788 0.204
#> GSM682058 1 0.8371 0.1265 0.592 0.116 0.292
#> GSM682059 2 0.4834 0.6598 0.004 0.792 0.204
#> GSM682060 2 0.7954 0.4022 0.148 0.660 0.192
#> GSM682061 2 0.3340 0.6309 0.000 0.880 0.120
#> GSM682062 2 0.4834 0.6598 0.004 0.792 0.204
#> GSM682063 3 0.9481 0.4590 0.224 0.284 0.492
#> GSM682064 1 0.2301 0.8380 0.936 0.004 0.060
#> GSM682065 1 0.0000 0.8442 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.2590 0.8348 0.924 0.004 0.072
#> GSM682067 1 0.0892 0.8459 0.980 0.000 0.020
#> GSM682068 3 0.6204 0.6331 0.424 0.000 0.576
#> GSM682069 1 0.0892 0.8459 0.980 0.000 0.020
#> GSM682070 1 0.2301 0.8380 0.936 0.004 0.060
#> GSM682071 2 0.9159 0.0143 0.328 0.508 0.164
#> GSM682072 1 0.7692 0.5043 0.680 0.184 0.136
#> GSM682073 1 0.5538 0.7416 0.808 0.060 0.132
#> GSM682074 1 0.0892 0.8434 0.980 0.000 0.020
#> GSM682075 3 0.6204 0.6331 0.424 0.000 0.576
#> GSM682076 1 0.0592 0.8453 0.988 0.000 0.012
#> GSM682077 1 0.0237 0.8454 0.996 0.000 0.004
#> GSM682078 1 0.0592 0.8456 0.988 0.000 0.012
#> GSM682079 1 0.1289 0.8470 0.968 0.000 0.032
#> GSM682080 2 0.9252 -0.0457 0.356 0.480 0.164
#> GSM682081 1 0.8176 0.3966 0.636 0.224 0.140
#> GSM682082 1 0.1878 0.8385 0.952 0.004 0.044
#> GSM682083 1 0.0424 0.8455 0.992 0.000 0.008
#> GSM682084 1 0.2301 0.8340 0.936 0.004 0.060
#> GSM682085 1 0.2301 0.8340 0.936 0.004 0.060
#> GSM682086 1 0.3340 0.8036 0.880 0.000 0.120
#> GSM682087 1 0.0592 0.8453 0.988 0.000 0.012
#> GSM682088 1 0.0892 0.8434 0.980 0.000 0.020
#> GSM682089 1 0.1031 0.8446 0.976 0.000 0.024
#> GSM682090 1 0.1031 0.8446 0.976 0.000 0.024
#> GSM682091 1 0.2682 0.8338 0.920 0.004 0.076
#> GSM682092 1 0.1411 0.8444 0.964 0.000 0.036
#> GSM682093 1 0.3112 0.8286 0.900 0.004 0.096
#> GSM682094 1 0.2537 0.8261 0.920 0.000 0.080
#> GSM682095 2 0.0747 0.6616 0.000 0.984 0.016
#> GSM681982 2 0.8845 0.3604 0.184 0.576 0.240
#> GSM681983 1 0.0747 0.8453 0.984 0.000 0.016
#> GSM681984 1 0.8889 -0.1806 0.452 0.428 0.120
#> GSM681985 2 0.8737 0.3834 0.180 0.588 0.232
#> GSM681986 1 0.8889 -0.1806 0.452 0.428 0.120
#> GSM681987 2 0.1411 0.6592 0.000 0.964 0.036
#> GSM681988 1 0.8460 0.2941 0.600 0.264 0.136
#> GSM681989 1 0.7844 0.3978 0.652 0.240 0.108
#> GSM681990 1 0.2680 0.8308 0.924 0.008 0.068
#> GSM681991 2 0.1411 0.6592 0.000 0.964 0.036
#> GSM682034 1 0.0000 0.8442 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.8442 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.3445 0.8198 0.896 0.016 0.088
#> GSM682037 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682038 2 0.8376 -0.0976 0.420 0.496 0.084
#> GSM682039 1 0.5564 0.6837 0.808 0.128 0.064
#> GSM682040 2 0.5070 0.5651 0.004 0.772 0.224
#> GSM682041 1 0.1411 0.8379 0.964 0.000 0.036
#> GSM682042 2 0.8924 0.3656 0.172 0.560 0.268
#> GSM682043 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0000 0.8442 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.5564 0.6837 0.808 0.128 0.064
#> GSM682046 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.0892 0.8434 0.980 0.000 0.020
#> GSM682048 1 0.6696 0.5495 0.736 0.188 0.076
#> GSM682049 1 0.1411 0.8379 0.964 0.000 0.036
#> GSM682050 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.1411 0.8379 0.964 0.000 0.036
#> GSM682052 2 0.8880 0.3758 0.168 0.564 0.268
#> GSM682053 1 0.9793 -0.2630 0.416 0.340 0.244
#> GSM682054 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> GSM682124 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> GSM682125 1 0.6490 0.5819 0.752 0.172 0.076
#> GSM682126 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0000 0.8442 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.2165 0.8161 0.936 0.000 0.064
#> GSM682129 2 0.4978 0.6545 0.004 0.780 0.216
#> GSM682130 2 0.4931 0.6565 0.004 0.784 0.212
#> GSM682131 2 0.2860 0.6654 0.004 0.912 0.084
#> GSM682132 3 0.6204 0.6331 0.424 0.000 0.576
#> GSM682133 1 0.2165 0.8161 0.936 0.000 0.064
#> GSM682134 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> GSM682135 1 0.3445 0.8198 0.896 0.016 0.088
#> GSM682136 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.2066 0.8202 0.940 0.000 0.060
#> GSM682138 1 0.0892 0.8434 0.980 0.000 0.020
#> GSM682139 1 0.0892 0.8459 0.980 0.000 0.020
#> GSM682140 1 0.0892 0.8434 0.980 0.000 0.020
#> GSM682141 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0237 0.8448 0.996 0.000 0.004
#> GSM682143 2 0.1411 0.6592 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.1902 0.8295 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM682003 2 0.5039 0.3182 0.000 0.592 0.404 0.004
#> GSM682004 2 0.5050 0.3145 0.000 0.588 0.408 0.004
#> GSM682005 1 0.6134 0.6639 0.672 0.008 0.080 0.240
#> GSM682006 1 0.5087 0.7778 0.780 0.008 0.088 0.124
#> GSM682007 1 0.5157 0.7798 0.784 0.016 0.116 0.084
#> GSM682008 1 0.5157 0.7798 0.784 0.016 0.116 0.084
#> GSM682009 1 0.7992 0.4243 0.560 0.212 0.180 0.048
#> GSM682010 1 0.3510 0.8148 0.868 0.008 0.096 0.028
#> GSM682011 1 0.4276 0.8017 0.828 0.004 0.072 0.096
#> GSM682096 1 0.9364 -0.1737 0.340 0.328 0.096 0.236
#> GSM682097 1 0.8682 0.3682 0.524 0.200 0.116 0.160
#> GSM682098 1 0.9179 0.1242 0.432 0.240 0.100 0.228
#> GSM682099 2 0.9086 -0.1441 0.224 0.356 0.072 0.348
#> GSM682100 2 0.0469 0.6024 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682101 2 0.8847 0.1173 0.168 0.472 0.092 0.268
#> GSM682102 1 0.0592 0.8313 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM682103 1 0.3378 0.8299 0.884 0.012 0.060 0.044
#> GSM682104 1 0.7721 0.5357 0.592 0.140 0.216 0.052
#> GSM682105 1 0.2578 0.8329 0.912 0.000 0.036 0.052
#> GSM682106 1 0.4731 0.7970 0.800 0.004 0.100 0.096
#> GSM682107 1 0.4266 0.8030 0.828 0.004 0.068 0.100
#> GSM682108 1 0.5804 0.7607 0.760 0.056 0.112 0.072
#> GSM682109 1 0.7426 0.5648 0.608 0.108 0.236 0.048
#> GSM682110 1 0.4583 0.7968 0.816 0.012 0.108 0.064
#> GSM682111 1 0.7991 0.4117 0.536 0.160 0.264 0.040
#> GSM682112 3 0.4638 0.5914 0.044 0.180 0.776 0.000
#> GSM682113 1 0.0188 0.8300 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682114 1 0.3047 0.8174 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM682115 1 0.0707 0.8280 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682116 1 0.0707 0.8280 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682117 1 0.4276 0.8018 0.828 0.004 0.072 0.096
#> GSM682118 1 0.4072 0.8124 0.844 0.008 0.088 0.060
#> GSM682119 1 0.3909 0.8113 0.856 0.012 0.080 0.052
#> GSM682120 1 0.0804 0.8323 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682121 1 0.1211 0.8243 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682122 1 0.5675 0.7354 0.744 0.052 0.172 0.032
#> GSM682012 2 0.4245 0.5431 0.000 0.820 0.116 0.064
#> GSM682013 2 0.0817 0.6036 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM682014 2 0.2999 0.5556 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM682015 2 0.2999 0.5556 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM682016 2 0.4301 0.5405 0.000 0.816 0.120 0.064
#> GSM682017 2 0.2999 0.5556 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM682018 2 0.4994 0.5217 0.044 0.796 0.032 0.128
#> GSM682019 2 0.2909 0.5829 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM682020 2 0.0707 0.6037 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682021 2 0.8322 0.2024 0.124 0.524 0.080 0.272
#> GSM682022 2 0.3736 0.5630 0.016 0.848 0.012 0.124
#> GSM682023 2 0.3854 0.5607 0.016 0.844 0.016 0.124
#> GSM682024 1 0.0336 0.8304 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682025 2 0.5564 0.4688 0.032 0.720 0.024 0.224
#> GSM682026 2 0.2909 0.5829 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM682027 4 0.5673 0.1977 0.032 0.372 0.000 0.596
#> GSM682028 4 0.0188 0.7718 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682029 4 0.0188 0.7718 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682030 4 0.0188 0.7718 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682031 4 0.0188 0.7718 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682032 4 0.0188 0.7718 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682033 2 0.5138 0.3156 0.000 0.600 0.392 0.008
#> GSM681992 1 0.7423 0.5783 0.636 0.184 0.108 0.072
#> GSM681993 3 0.7715 0.4503 0.240 0.208 0.536 0.016
#> GSM681994 1 0.5835 0.6722 0.684 0.004 0.068 0.244
#> GSM681995 1 0.4514 0.7949 0.812 0.004 0.072 0.112
#> GSM681996 1 0.5157 0.7798 0.784 0.016 0.116 0.084
#> GSM681997 1 0.6010 0.6761 0.684 0.008 0.076 0.232
#> GSM681998 1 0.5935 0.6727 0.680 0.004 0.076 0.240
#> GSM681999 1 0.4213 0.8030 0.832 0.004 0.072 0.092
#> GSM682000 1 0.5840 0.6531 0.672 0.004 0.060 0.264
#> GSM682001 1 0.4213 0.8030 0.832 0.004 0.072 0.092
#> GSM682055 2 0.8071 -0.0943 0.372 0.472 0.088 0.068
#> GSM682056 1 0.8682 0.3682 0.524 0.200 0.116 0.160
#> GSM682057 2 0.0657 0.6026 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM682058 1 0.8682 0.3682 0.524 0.200 0.116 0.160
#> GSM682059 2 0.0469 0.6024 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682060 3 0.7833 0.1954 0.108 0.360 0.492 0.040
#> GSM682061 3 0.5158 -0.1372 0.000 0.472 0.524 0.004
#> GSM682062 2 0.0469 0.6024 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682063 2 0.8847 0.1173 0.168 0.472 0.092 0.268
#> GSM682064 1 0.3039 0.8270 0.900 0.012 0.052 0.036
#> GSM682065 1 0.0000 0.8288 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3211 0.8279 0.892 0.012 0.040 0.056
#> GSM682067 1 0.1398 0.8326 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM682068 4 0.3649 0.6374 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM682069 1 0.1398 0.8326 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM682070 1 0.3039 0.8270 0.900 0.012 0.052 0.036
#> GSM682071 2 0.8665 -0.3073 0.256 0.384 0.324 0.036
#> GSM682072 1 0.7723 0.4997 0.576 0.136 0.244 0.044
#> GSM682073 1 0.6151 0.7263 0.720 0.044 0.172 0.064
#> GSM682074 1 0.0817 0.8289 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682075 4 0.3688 0.6297 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM682076 1 0.1211 0.8243 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682077 1 0.0188 0.8298 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682078 1 0.1174 0.8303 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM682079 1 0.1610 0.8347 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM682080 2 0.8708 -0.3182 0.268 0.352 0.344 0.036
#> GSM682081 1 0.8083 0.3872 0.528 0.176 0.256 0.040
#> GSM682082 1 0.2861 0.8219 0.888 0.000 0.096 0.016
#> GSM682083 1 0.0707 0.8280 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682084 1 0.3032 0.8158 0.868 0.000 0.124 0.008
#> GSM682085 1 0.3032 0.8158 0.868 0.000 0.124 0.008
#> GSM682086 1 0.4266 0.8030 0.828 0.004 0.068 0.100
#> GSM682087 1 0.1211 0.8243 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682088 1 0.0817 0.8289 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682089 1 0.1022 0.8311 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM682090 1 0.0921 0.8317 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM682091 1 0.3455 0.8233 0.880 0.012 0.064 0.044
#> GSM682092 1 0.1888 0.8334 0.940 0.000 0.016 0.044
#> GSM682093 1 0.3946 0.8189 0.856 0.016 0.080 0.048
#> GSM682094 1 0.3870 0.8098 0.852 0.004 0.080 0.064
#> GSM682095 2 0.4889 0.3678 0.000 0.636 0.360 0.004
#> GSM681982 3 0.6809 0.5877 0.104 0.240 0.636 0.020
#> GSM681983 1 0.0707 0.8325 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM681984 1 0.8596 -0.2256 0.380 0.336 0.252 0.032
#> GSM681985 3 0.5650 0.6381 0.104 0.180 0.716 0.000
#> GSM681986 1 0.8596 -0.2256 0.380 0.336 0.252 0.032
#> GSM681987 2 0.5050 0.3145 0.000 0.588 0.408 0.004
#> GSM681988 1 0.8256 0.3074 0.508 0.216 0.236 0.040
#> GSM681989 1 0.7992 0.4243 0.560 0.212 0.180 0.048
#> GSM681990 1 0.3996 0.8088 0.852 0.016 0.088 0.044
#> GSM681991 2 0.5050 0.3145 0.000 0.588 0.408 0.004
#> GSM682034 1 0.0000 0.8288 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.8288 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.3959 0.8162 0.860 0.024 0.064 0.052
#> GSM682037 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682038 1 0.8522 -0.3628 0.352 0.340 0.284 0.024
#> GSM682039 1 0.5327 0.6757 0.732 0.056 0.208 0.004
#> GSM682040 3 0.3688 0.3621 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM682041 1 0.1389 0.8255 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682042 3 0.5414 0.6413 0.096 0.152 0.748 0.004
#> GSM682043 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0000 0.8288 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.5327 0.6757 0.732 0.056 0.208 0.004
#> GSM682046 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.0817 0.8289 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682048 1 0.5897 0.5470 0.656 0.056 0.284 0.004
#> GSM682049 1 0.1389 0.8255 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682050 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.1389 0.8255 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682052 3 0.5174 0.6407 0.092 0.152 0.756 0.000
#> GSM682053 3 0.6140 0.3551 0.340 0.064 0.596 0.000
#> GSM682054 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.0707 0.8302 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM682124 1 0.0779 0.8316 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM682125 1 0.5840 0.5772 0.672 0.060 0.264 0.004
#> GSM682126 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0000 0.8288 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.2011 0.8124 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682129 2 0.0817 0.6036 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM682130 2 0.0707 0.6037 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682131 2 0.4551 0.4068 0.004 0.724 0.268 0.004
#> GSM682132 4 0.3649 0.6374 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM682133 1 0.2011 0.8124 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682134 1 0.0707 0.8302 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM682135 1 0.3959 0.8162 0.860 0.024 0.064 0.052
#> GSM682136 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.1940 0.8145 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM682138 1 0.0817 0.8289 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682139 1 0.1004 0.8330 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM682140 1 0.0707 0.8294 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM682141 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0188 0.8299 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682143 2 0.5050 0.3145 0.000 0.588 0.408 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.2729 0.7416 0.884 0.000 0.000 0.056 0.060
#> GSM682003 5 0.6742 0.2665 0.000 0.272 0.264 0.004 0.460
#> GSM682004 5 0.6742 0.2697 0.000 0.268 0.268 0.004 0.460
#> GSM682005 1 0.6831 0.4416 0.476 0.004 0.008 0.200 0.312
#> GSM682006 1 0.6017 0.5768 0.572 0.004 0.012 0.084 0.328
#> GSM682007 1 0.6468 0.5426 0.532 0.008 0.056 0.044 0.360
#> GSM682008 1 0.6468 0.5426 0.532 0.008 0.056 0.044 0.360
#> GSM682009 1 0.8266 0.1058 0.396 0.164 0.132 0.008 0.300
#> GSM682010 1 0.4659 0.6350 0.644 0.004 0.020 0.000 0.332
#> GSM682011 1 0.5312 0.6189 0.624 0.004 0.000 0.064 0.308
#> GSM682096 2 0.9141 0.0304 0.216 0.340 0.040 0.184 0.220
#> GSM682097 1 0.8928 0.1075 0.356 0.208 0.044 0.116 0.276
#> GSM682098 1 0.9243 -0.0808 0.304 0.252 0.044 0.176 0.224
#> GSM682099 2 0.8510 0.0284 0.136 0.360 0.016 0.320 0.168
#> GSM682100 2 0.0693 0.6821 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM682101 2 0.8179 0.2877 0.116 0.488 0.032 0.232 0.132
#> GSM682102 1 0.0798 0.7411 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM682103 1 0.4983 0.7139 0.756 0.012 0.044 0.032 0.156
#> GSM682104 1 0.8211 0.1773 0.376 0.108 0.160 0.012 0.344
#> GSM682105 1 0.3523 0.7367 0.836 0.000 0.008 0.040 0.116
#> GSM682106 1 0.6540 0.5840 0.552 0.004 0.056 0.064 0.324
#> GSM682107 1 0.5290 0.6337 0.644 0.004 0.000 0.072 0.280
#> GSM682108 1 0.6503 0.5782 0.588 0.052 0.032 0.032 0.296
#> GSM682109 1 0.7896 0.2020 0.380 0.088 0.148 0.008 0.376
#> GSM682110 1 0.6165 0.5767 0.560 0.008 0.056 0.028 0.348
#> GSM682111 5 0.8144 -0.1363 0.304 0.116 0.216 0.000 0.364
#> GSM682112 3 0.2208 0.4570 0.000 0.072 0.908 0.000 0.020
#> GSM682113 1 0.0162 0.7387 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682114 1 0.5102 0.6538 0.684 0.000 0.100 0.000 0.216
#> GSM682115 1 0.1117 0.7353 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM682116 1 0.1117 0.7353 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM682117 1 0.5295 0.6226 0.628 0.004 0.000 0.064 0.304
#> GSM682118 1 0.5184 0.6434 0.640 0.004 0.012 0.032 0.312
#> GSM682119 1 0.4754 0.6470 0.664 0.012 0.000 0.020 0.304
#> GSM682120 1 0.1978 0.7393 0.932 0.000 0.024 0.012 0.032
#> GSM682121 1 0.1492 0.7291 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008
#> GSM682122 1 0.6883 0.4997 0.532 0.052 0.124 0.000 0.292
#> GSM682012 2 0.4213 0.6344 0.000 0.808 0.036 0.048 0.108
#> GSM682013 2 0.0613 0.6885 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> GSM682014 2 0.4593 0.5018 0.000 0.748 0.124 0.000 0.128
#> GSM682015 2 0.4593 0.5018 0.000 0.748 0.124 0.000 0.128
#> GSM682016 2 0.4289 0.6333 0.000 0.804 0.040 0.048 0.108
#> GSM682017 2 0.4593 0.5018 0.000 0.748 0.124 0.000 0.128
#> GSM682018 2 0.4305 0.6567 0.024 0.812 0.012 0.104 0.048
#> GSM682019 2 0.2784 0.6846 0.000 0.888 0.012 0.072 0.028
#> GSM682020 2 0.0324 0.6876 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.7560 0.3613 0.080 0.540 0.024 0.240 0.116
#> GSM682022 2 0.3138 0.6787 0.008 0.864 0.008 0.104 0.016
#> GSM682023 2 0.3249 0.6776 0.008 0.860 0.012 0.104 0.016
#> GSM682024 1 0.0290 0.7381 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.4853 0.5799 0.016 0.736 0.008 0.200 0.040
#> GSM682026 2 0.2784 0.6846 0.000 0.888 0.012 0.072 0.028
#> GSM682027 4 0.5111 0.1068 0.016 0.372 0.000 0.592 0.020
#> GSM682028 4 0.0162 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682029 4 0.0162 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682030 4 0.0162 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682031 4 0.0162 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682032 4 0.0162 0.7906 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682033 5 0.6831 0.1220 0.000 0.324 0.224 0.008 0.444
#> GSM681992 1 0.7930 0.3839 0.504 0.156 0.080 0.028 0.232
#> GSM681993 3 0.6947 0.3933 0.100 0.112 0.580 0.000 0.208
#> GSM681994 1 0.6576 0.4703 0.496 0.004 0.000 0.216 0.284
#> GSM681995 1 0.5526 0.6082 0.608 0.004 0.000 0.080 0.308
#> GSM681996 1 0.6468 0.5426 0.532 0.008 0.056 0.044 0.360
#> GSM681997 1 0.6710 0.4565 0.484 0.004 0.004 0.200 0.308
#> GSM681998 1 0.6610 0.4463 0.476 0.004 0.000 0.204 0.316
#> GSM681999 1 0.5255 0.6213 0.628 0.004 0.000 0.060 0.308
#> GSM682000 1 0.6644 0.4467 0.484 0.004 0.000 0.236 0.276
#> GSM682001 1 0.5255 0.6213 0.628 0.004 0.000 0.060 0.308
#> GSM682055 2 0.8388 -0.0595 0.280 0.428 0.064 0.048 0.180
#> GSM682056 1 0.8928 0.1075 0.356 0.208 0.044 0.116 0.276
#> GSM682057 2 0.0798 0.6839 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM682058 1 0.8928 0.1075 0.356 0.208 0.044 0.116 0.276
#> GSM682059 2 0.0693 0.6821 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM682060 5 0.8225 -0.1315 0.060 0.200 0.288 0.032 0.420
#> GSM682061 5 0.6736 0.1028 0.000 0.212 0.372 0.004 0.412
#> GSM682062 2 0.0693 0.6821 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM682063 2 0.8179 0.2877 0.116 0.488 0.032 0.232 0.132
#> GSM682064 1 0.3953 0.7214 0.808 0.012 0.008 0.024 0.148
#> GSM682065 1 0.0000 0.7372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3984 0.7229 0.804 0.012 0.000 0.044 0.140
#> GSM682067 1 0.1568 0.7421 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM682068 4 0.3462 0.6581 0.196 0.000 0.000 0.792 0.012
#> GSM682069 1 0.1568 0.7421 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM682070 1 0.3953 0.7214 0.808 0.012 0.008 0.024 0.148
#> GSM682071 5 0.7913 -0.2682 0.080 0.256 0.276 0.000 0.388
#> GSM682072 5 0.8018 -0.2128 0.352 0.100 0.172 0.004 0.372
#> GSM682073 1 0.7243 0.4254 0.456 0.032 0.108 0.024 0.380
#> GSM682074 1 0.2729 0.7160 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> GSM682075 4 0.3496 0.6506 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012
#> GSM682076 1 0.1492 0.7291 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008
#> GSM682077 1 0.0162 0.7380 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.2751 0.7277 0.896 0.000 0.044 0.020 0.040
#> GSM682079 1 0.2537 0.7465 0.904 0.000 0.016 0.024 0.056
#> GSM682080 5 0.7869 -0.2764 0.084 0.224 0.284 0.000 0.408
#> GSM682081 5 0.8209 -0.1396 0.292 0.132 0.208 0.000 0.368
#> GSM682082 1 0.5092 0.6687 0.708 0.000 0.092 0.008 0.192
#> GSM682083 1 0.1117 0.7353 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM682084 1 0.5137 0.6532 0.684 0.000 0.108 0.000 0.208
#> GSM682085 1 0.5137 0.6532 0.684 0.000 0.108 0.000 0.208
#> GSM682086 1 0.5269 0.6366 0.648 0.004 0.000 0.072 0.276
#> GSM682087 1 0.1492 0.7291 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008
#> GSM682088 1 0.2729 0.7160 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> GSM682089 1 0.2729 0.7194 0.884 0.000 0.056 0.000 0.060
#> GSM682090 1 0.2659 0.7243 0.888 0.000 0.052 0.000 0.060
#> GSM682091 1 0.4167 0.7238 0.812 0.012 0.024 0.028 0.124
#> GSM682092 1 0.2754 0.7427 0.884 0.000 0.004 0.032 0.080
#> GSM682093 1 0.4616 0.7166 0.780 0.016 0.028 0.028 0.148
#> GSM682094 1 0.4715 0.6503 0.672 0.004 0.000 0.032 0.292
#> GSM682095 5 0.6635 0.2332 0.000 0.296 0.220 0.004 0.480
#> GSM681982 3 0.5066 0.4864 0.032 0.136 0.744 0.000 0.088
#> GSM681983 1 0.0912 0.7429 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM681984 3 0.8696 0.2551 0.268 0.224 0.288 0.004 0.216
#> GSM681985 3 0.3643 0.5201 0.044 0.072 0.848 0.000 0.036
#> GSM681986 3 0.8696 0.2551 0.268 0.224 0.288 0.004 0.216
#> GSM681987 5 0.6742 0.2697 0.000 0.268 0.268 0.004 0.460
#> GSM681988 5 0.8397 -0.1628 0.284 0.164 0.216 0.000 0.336
#> GSM681989 1 0.8266 0.1058 0.396 0.164 0.132 0.008 0.300
#> GSM681990 1 0.5081 0.6232 0.628 0.012 0.012 0.012 0.336
#> GSM681991 5 0.6742 0.2697 0.000 0.268 0.268 0.004 0.460
#> GSM682034 1 0.0000 0.7372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.7372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.4787 0.7125 0.780 0.028 0.024 0.036 0.132
#> GSM682037 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682038 3 0.8391 0.2990 0.252 0.208 0.360 0.000 0.180
#> GSM682039 1 0.5965 0.5001 0.636 0.032 0.240 0.000 0.092
#> GSM682040 3 0.3803 0.1718 0.000 0.056 0.804 0.000 0.140
#> GSM682041 1 0.2974 0.7019 0.868 0.000 0.080 0.000 0.052
#> GSM682042 3 0.3805 0.5284 0.044 0.068 0.840 0.000 0.048
#> GSM682043 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.5965 0.5001 0.636 0.032 0.240 0.000 0.092
#> GSM682046 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682047 1 0.2729 0.7160 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> GSM682048 1 0.6114 0.3337 0.568 0.024 0.324 0.000 0.084
#> GSM682049 1 0.2974 0.7019 0.868 0.000 0.080 0.000 0.052
#> GSM682050 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682051 1 0.2974 0.7019 0.868 0.000 0.080 0.000 0.052
#> GSM682052 3 0.3658 0.5246 0.040 0.068 0.848 0.000 0.044
#> GSM682053 3 0.5506 0.3910 0.272 0.024 0.648 0.000 0.056
#> GSM682054 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682123 1 0.0912 0.7393 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM682124 1 0.0912 0.7406 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM682125 1 0.6054 0.3739 0.584 0.024 0.308 0.000 0.084
#> GSM682126 1 0.0162 0.7382 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.7372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.1732 0.7143 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM682129 2 0.0613 0.6885 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> GSM682130 2 0.0324 0.6876 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.6220 0.0690 0.000 0.508 0.132 0.004 0.356
#> GSM682132 4 0.3388 0.6541 0.200 0.000 0.000 0.792 0.008
#> GSM682133 1 0.1732 0.7143 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM682134 1 0.0912 0.7393 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM682135 1 0.4742 0.7136 0.784 0.028 0.024 0.036 0.128
#> GSM682136 1 0.0162 0.7382 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682137 1 0.1671 0.7168 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM682138 1 0.2729 0.7160 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> GSM682139 1 0.1106 0.7420 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM682140 1 0.2661 0.7184 0.888 0.000 0.056 0.000 0.056
#> GSM682141 1 0.0162 0.7383 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682142 1 0.0162 0.7382 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682143 5 0.6742 0.2697 0.000 0.268 0.268 0.004 0.460
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.3566 0.63219 0.788 0.000 0.156 0.000 0.000 0.056
#> GSM682003 4 0.3078 0.86537 0.000 0.108 0.000 0.836 0.056 0.000
#> GSM682004 4 0.2923 0.86938 0.000 0.100 0.000 0.848 0.052 0.000
#> GSM682005 3 0.5807 0.48664 0.284 0.000 0.516 0.000 0.004 0.196
#> GSM682006 3 0.5161 0.44865 0.376 0.000 0.540 0.000 0.004 0.080
#> GSM682007 3 0.3836 0.52702 0.176 0.000 0.772 0.000 0.012 0.040
#> GSM682008 3 0.3836 0.52702 0.176 0.000 0.772 0.000 0.012 0.040
#> GSM682009 3 0.7711 0.39131 0.344 0.104 0.372 0.032 0.144 0.004
#> GSM682010 3 0.4357 0.39146 0.420 0.000 0.560 0.008 0.012 0.000
#> GSM682011 3 0.5135 0.38492 0.420 0.000 0.512 0.004 0.004 0.060
#> GSM682096 3 0.7610 -0.14470 0.060 0.348 0.364 0.000 0.052 0.176
#> GSM682097 3 0.7377 0.31216 0.116 0.212 0.508 0.000 0.052 0.112
#> GSM682098 3 0.7804 0.15347 0.100 0.260 0.420 0.000 0.052 0.168
#> GSM682099 2 0.7632 0.07914 0.068 0.360 0.220 0.000 0.036 0.316
#> GSM682100 2 0.0865 0.70588 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.7353 0.34200 0.064 0.496 0.156 0.000 0.060 0.224
#> GSM682102 1 0.1245 0.70639 0.952 0.000 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM682103 1 0.4855 0.30213 0.592 0.008 0.360 0.000 0.012 0.028
#> GSM682104 3 0.5935 0.37752 0.128 0.060 0.672 0.016 0.112 0.012
#> GSM682105 1 0.4028 0.51555 0.732 0.000 0.224 0.000 0.008 0.036
#> GSM682106 3 0.4810 0.49778 0.240 0.000 0.680 0.004 0.016 0.060
#> GSM682107 1 0.5249 -0.32397 0.464 0.000 0.460 0.004 0.004 0.068
#> GSM682108 3 0.6144 0.39431 0.424 0.032 0.456 0.000 0.060 0.028
#> GSM682109 3 0.5445 0.40178 0.120 0.044 0.712 0.020 0.096 0.008
#> GSM682110 3 0.4271 0.53138 0.220 0.000 0.728 0.004 0.024 0.024
#> GSM682111 3 0.5556 0.25795 0.068 0.056 0.692 0.032 0.152 0.000
#> GSM682112 5 0.3106 0.57065 0.000 0.016 0.084 0.048 0.852 0.000
#> GSM682113 1 0.0146 0.71555 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682114 3 0.4499 0.07826 0.428 0.000 0.540 0.000 0.032 0.000
#> GSM682115 1 0.2945 0.64971 0.824 0.000 0.156 0.000 0.000 0.020
#> GSM682116 1 0.2945 0.64971 0.824 0.000 0.156 0.000 0.000 0.020
#> GSM682117 3 0.5147 0.37656 0.432 0.000 0.500 0.004 0.004 0.060
#> GSM682118 3 0.4767 0.33113 0.432 0.000 0.528 0.004 0.004 0.032
#> GSM682119 3 0.4751 0.28215 0.476 0.008 0.492 0.004 0.004 0.016
#> GSM682120 1 0.2805 0.66360 0.828 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012
#> GSM682121 1 0.3123 0.66151 0.824 0.000 0.136 0.000 0.000 0.040
#> GSM682122 3 0.5151 0.43068 0.248 0.028 0.648 0.000 0.076 0.000
#> GSM682012 2 0.4142 0.64849 0.000 0.804 0.076 0.064 0.016 0.040
#> GSM682013 2 0.0508 0.71405 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682014 2 0.3482 0.40718 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.3482 0.40718 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.4227 0.64769 0.000 0.800 0.076 0.064 0.020 0.040
#> GSM682017 2 0.3482 0.40718 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.3687 0.69182 0.004 0.820 0.056 0.000 0.024 0.096
#> GSM682019 2 0.2350 0.71356 0.000 0.900 0.004 0.024 0.008 0.064
#> GSM682020 2 0.0458 0.71276 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.6755 0.41773 0.040 0.548 0.132 0.000 0.048 0.232
#> GSM682022 2 0.2698 0.70989 0.004 0.872 0.020 0.000 0.008 0.096
#> GSM682023 2 0.2798 0.70901 0.004 0.868 0.020 0.000 0.012 0.096
#> GSM682024 1 0.0363 0.71400 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682025 2 0.4275 0.62122 0.012 0.744 0.044 0.000 0.008 0.192
#> GSM682026 2 0.2350 0.71356 0.000 0.900 0.004 0.024 0.008 0.064
#> GSM682027 6 0.4665 0.04686 0.016 0.372 0.024 0.000 0.000 0.588
#> GSM682028 6 0.0146 0.77574 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682029 6 0.0146 0.77574 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682030 6 0.0146 0.77574 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682031 6 0.0146 0.77574 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682032 6 0.0146 0.77574 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682033 4 0.5205 0.65165 0.000 0.164 0.084 0.696 0.052 0.004
#> GSM681992 1 0.7724 -0.38161 0.396 0.116 0.336 0.016 0.112 0.024
#> GSM681993 5 0.6052 0.48269 0.024 0.040 0.332 0.060 0.544 0.000
#> GSM681994 3 0.5955 0.45534 0.308 0.000 0.476 0.004 0.000 0.212
#> GSM681995 3 0.5296 0.39996 0.404 0.000 0.512 0.004 0.004 0.076
#> GSM681996 3 0.3836 0.52702 0.176 0.000 0.772 0.000 0.012 0.040
#> GSM681997 3 0.5820 0.48104 0.288 0.000 0.512 0.004 0.000 0.196
#> GSM681998 3 0.5828 0.48219 0.284 0.000 0.512 0.004 0.000 0.200
#> GSM681999 3 0.5091 0.38208 0.424 0.000 0.512 0.004 0.004 0.056
#> GSM682000 3 0.6009 0.45731 0.296 0.000 0.468 0.004 0.000 0.232
#> GSM682001 3 0.5091 0.38208 0.424 0.000 0.512 0.004 0.004 0.056
#> GSM682055 2 0.7986 0.11066 0.088 0.408 0.328 0.092 0.044 0.040
#> GSM682056 3 0.7377 0.31216 0.116 0.212 0.508 0.000 0.052 0.112
#> GSM682057 2 0.0935 0.70829 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.7377 0.31216 0.116 0.212 0.508 0.000 0.052 0.112
#> GSM682059 2 0.0865 0.70588 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM682060 5 0.8436 0.00861 0.020 0.144 0.224 0.292 0.292 0.028
#> GSM682061 4 0.6245 0.37742 0.000 0.084 0.108 0.560 0.248 0.000
#> GSM682062 2 0.0865 0.70588 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.7353 0.34200 0.064 0.496 0.156 0.000 0.060 0.224
#> GSM682064 1 0.4502 0.42166 0.704 0.008 0.240 0.000 0.028 0.020
#> GSM682065 1 0.0000 0.71485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.4574 0.43567 0.704 0.008 0.232 0.000 0.016 0.040
#> GSM682067 1 0.1938 0.68871 0.920 0.000 0.036 0.004 0.040 0.000
#> GSM682068 6 0.3168 0.65176 0.192 0.000 0.016 0.000 0.000 0.792
#> GSM682069 1 0.1938 0.68871 0.920 0.000 0.036 0.004 0.040 0.000
#> GSM682070 1 0.4502 0.42166 0.704 0.008 0.240 0.000 0.028 0.020
#> GSM682071 3 0.7147 -0.26751 0.008 0.196 0.484 0.120 0.192 0.000
#> GSM682072 3 0.5687 0.36184 0.116 0.048 0.688 0.024 0.120 0.004
#> GSM682073 3 0.4060 0.46564 0.120 0.016 0.804 0.012 0.028 0.020
#> GSM682074 1 0.3565 0.51147 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000
#> GSM682075 6 0.3200 0.64785 0.196 0.000 0.016 0.000 0.000 0.788
#> GSM682076 1 0.3123 0.66151 0.824 0.000 0.136 0.000 0.000 0.040
#> GSM682077 1 0.0260 0.71463 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682078 1 0.3514 0.62043 0.768 0.000 0.208 0.000 0.004 0.020
#> GSM682079 1 0.3189 0.63334 0.796 0.000 0.184 0.000 0.000 0.020
#> GSM682080 3 0.6934 -0.23999 0.008 0.144 0.516 0.120 0.212 0.000
#> GSM682081 3 0.5750 0.26050 0.072 0.072 0.680 0.032 0.144 0.000
#> GSM682082 3 0.4478 -0.01487 0.452 0.000 0.524 0.000 0.016 0.008
#> GSM682083 1 0.2945 0.64971 0.824 0.000 0.156 0.000 0.000 0.020
#> GSM682084 3 0.4555 0.08226 0.424 0.000 0.540 0.000 0.036 0.000
#> GSM682085 3 0.4555 0.08226 0.424 0.000 0.540 0.000 0.036 0.000
#> GSM682086 1 0.5248 -0.31436 0.468 0.000 0.456 0.004 0.004 0.068
#> GSM682087 1 0.3123 0.66151 0.824 0.000 0.136 0.000 0.000 0.040
#> GSM682088 1 0.3547 0.51133 0.696 0.000 0.300 0.000 0.004 0.000
#> GSM682089 1 0.3565 0.51029 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000
#> GSM682090 1 0.3351 0.53395 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000
#> GSM682091 1 0.4667 0.45471 0.712 0.008 0.212 0.000 0.044 0.024
#> GSM682092 1 0.3312 0.58013 0.792 0.000 0.180 0.000 0.000 0.028
#> GSM682093 1 0.4975 0.41050 0.680 0.012 0.236 0.000 0.048 0.024
#> GSM682094 1 0.4728 -0.25435 0.500 0.000 0.464 0.004 0.004 0.028
#> GSM682095 4 0.2234 0.83904 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> GSM681982 5 0.5218 0.58999 0.012 0.076 0.160 0.048 0.704 0.000
#> GSM681983 1 0.1245 0.70657 0.952 0.000 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM681984 3 0.8735 -0.10302 0.216 0.124 0.272 0.140 0.248 0.000
#> GSM681985 5 0.4004 0.61480 0.024 0.016 0.120 0.040 0.800 0.000
#> GSM681986 3 0.8735 -0.10302 0.216 0.124 0.272 0.140 0.248 0.000
#> GSM681987 4 0.2923 0.86938 0.000 0.100 0.000 0.848 0.052 0.000
#> GSM681988 3 0.6203 0.20390 0.072 0.100 0.640 0.036 0.152 0.000
#> GSM681989 3 0.7711 0.39131 0.344 0.104 0.372 0.032 0.144 0.004
#> GSM681990 3 0.4533 0.39208 0.420 0.008 0.556 0.004 0.004 0.008
#> GSM681991 4 0.2923 0.86938 0.000 0.100 0.000 0.848 0.052 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.71485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.71485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.5090 0.41481 0.692 0.024 0.212 0.000 0.040 0.032
#> GSM682037 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682038 5 0.8743 0.14296 0.216 0.112 0.220 0.168 0.284 0.000
#> GSM682039 1 0.5848 0.29402 0.580 0.016 0.204 0.004 0.196 0.000
#> GSM682040 5 0.3404 0.15772 0.000 0.004 0.000 0.248 0.744 0.004
#> GSM682041 1 0.3725 0.47500 0.676 0.000 0.316 0.000 0.008 0.000
#> GSM682042 5 0.3553 0.62449 0.020 0.020 0.120 0.016 0.824 0.000
#> GSM682043 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0000 0.71485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.5848 0.29402 0.580 0.016 0.204 0.004 0.196 0.000
#> GSM682046 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.3565 0.51147 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000
#> GSM682048 1 0.6024 0.15097 0.512 0.008 0.196 0.004 0.280 0.000
#> GSM682049 1 0.3725 0.47500 0.676 0.000 0.316 0.000 0.008 0.000
#> GSM682050 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.3725 0.47500 0.676 0.000 0.316 0.000 0.008 0.000
#> GSM682052 5 0.3465 0.62147 0.020 0.020 0.112 0.016 0.832 0.000
#> GSM682053 5 0.5307 0.44931 0.240 0.008 0.136 0.000 0.616 0.000
#> GSM682054 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.1370 0.70246 0.948 0.000 0.012 0.004 0.036 0.000
#> GSM682124 1 0.1257 0.70306 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028 0.000
#> GSM682125 1 0.5966 0.18409 0.528 0.008 0.196 0.004 0.264 0.000
#> GSM682126 1 0.0146 0.71528 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0000 0.71485 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.2852 0.67617 0.856 0.000 0.064 0.000 0.000 0.080
#> GSM682129 2 0.0508 0.71405 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682130 2 0.0458 0.71276 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.6029 -0.29279 0.000 0.436 0.080 0.432 0.052 0.000
#> GSM682132 6 0.3110 0.64734 0.196 0.000 0.012 0.000 0.000 0.792
#> GSM682133 1 0.2794 0.67745 0.860 0.000 0.060 0.000 0.000 0.080
#> GSM682134 1 0.1370 0.70246 0.948 0.000 0.012 0.004 0.036 0.000
#> GSM682135 1 0.5126 0.41814 0.692 0.024 0.208 0.000 0.044 0.032
#> GSM682136 1 0.0146 0.71528 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.2799 0.67860 0.860 0.000 0.064 0.000 0.000 0.076
#> GSM682138 1 0.3565 0.51147 0.692 0.000 0.304 0.000 0.004 0.000
#> GSM682139 1 0.1498 0.69749 0.940 0.000 0.028 0.000 0.032 0.000
#> GSM682140 1 0.3446 0.51700 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0405 0.71413 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0146 0.71528 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682143 4 0.2923 0.86938 0.000 0.100 0.000 0.848 0.052 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:hclust 152 6.37e-05 9.58e-01 2
#> SD:hclust 133 2.56e-07 3.04e-01 3
#> SD:hclust 126 3.51e-12 5.13e-02 4
#> SD:hclust 113 7.09e-11 1.31e-01 5
#> SD:hclust 87 9.81e-06 7.59e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.862 0.920 0.964 0.4472 0.549 0.549
#> 3 3 0.615 0.782 0.885 0.4439 0.724 0.532
#> 4 4 0.627 0.737 0.841 0.1246 0.863 0.643
#> 5 5 0.596 0.487 0.699 0.0750 0.889 0.628
#> 6 6 0.648 0.576 0.726 0.0424 0.847 0.432
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682006 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682007 1 0.2423 0.942 0.960 0.040
#> GSM682008 1 0.4815 0.879 0.896 0.104
#> GSM682009 2 0.2236 0.923 0.036 0.964
#> GSM682010 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.8327 0.648 0.264 0.736
#> GSM682097 2 0.1414 0.931 0.020 0.980
#> GSM682098 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.3733 0.912 0.928 0.072
#> GSM682100 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.9909 0.201 0.444 0.556
#> GSM682102 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682105 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682110 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682111 2 0.7528 0.756 0.216 0.784
#> GSM682112 2 0.5842 0.845 0.140 0.860
#> GSM682113 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.9608 0.383 0.384 0.616
#> GSM682022 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682027 1 0.9970 0.118 0.532 0.468
#> GSM682028 1 0.9970 0.118 0.532 0.468
#> GSM682029 1 0.7376 0.749 0.792 0.208
#> GSM682030 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM682031 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM682032 1 0.7219 0.761 0.800 0.200
#> GSM682033 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.6048 0.840 0.148 0.852
#> GSM681993 2 0.5842 0.845 0.140 0.860
#> GSM681994 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM681997 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM681998 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM681999 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682000 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682055 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.6973 0.779 0.188 0.812
#> GSM682057 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.6887 0.781 0.816 0.184
#> GSM682059 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.2603 0.919 0.044 0.956
#> GSM682061 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682072 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682073 1 0.3114 0.929 0.944 0.056
#> GSM682074 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.4298 0.890 0.088 0.912
#> GSM682081 2 0.7528 0.757 0.216 0.784
#> GSM682082 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.3879 0.899 0.076 0.924
#> GSM681983 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.1184 0.932 0.016 0.984
#> GSM681985 2 0.9754 0.377 0.408 0.592
#> GSM681986 2 0.0938 0.934 0.012 0.988
#> GSM681987 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.1843 0.927 0.028 0.972
#> GSM681989 2 0.1633 0.929 0.024 0.976
#> GSM681990 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.3733 0.901 0.072 0.928
#> GSM682041 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682042 2 0.5178 0.867 0.116 0.884
#> GSM682043 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.5842 0.845 0.140 0.860
#> GSM682053 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.938 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0237 0.89619 0.996 0.000 0.004
#> GSM682003 2 0.1964 0.87431 0.000 0.944 0.056
#> GSM682004 2 0.0747 0.89248 0.000 0.984 0.016
#> GSM682005 3 0.3482 0.80511 0.128 0.000 0.872
#> GSM682006 3 0.3619 0.80283 0.136 0.000 0.864
#> GSM682007 3 0.0000 0.78917 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.78917 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 3 0.2879 0.79339 0.024 0.052 0.924
#> GSM682010 3 0.5650 0.44739 0.312 0.000 0.688
#> GSM682011 3 0.5621 0.64879 0.308 0.000 0.692
#> GSM682096 3 0.6488 0.74290 0.084 0.160 0.756
#> GSM682097 3 0.4291 0.63340 0.000 0.180 0.820
#> GSM682098 3 0.5397 0.63005 0.000 0.280 0.720
#> GSM682099 3 0.6291 0.77027 0.152 0.080 0.768
#> GSM682100 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 3 0.7512 0.63154 0.076 0.268 0.656
#> GSM682102 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.3551 0.85533 0.868 0.000 0.132
#> GSM682104 3 0.1753 0.78098 0.048 0.000 0.952
#> GSM682105 1 0.1031 0.88782 0.976 0.000 0.024
#> GSM682106 3 0.0892 0.79643 0.020 0.000 0.980
#> GSM682107 3 0.5621 0.64879 0.308 0.000 0.692
#> GSM682108 3 0.3038 0.80436 0.104 0.000 0.896
#> GSM682109 3 0.0592 0.78936 0.012 0.000 0.988
#> GSM682110 3 0.3619 0.80264 0.136 0.000 0.864
#> GSM682111 3 0.2050 0.77715 0.020 0.028 0.952
#> GSM682112 2 0.7353 0.57319 0.052 0.632 0.316
#> GSM682113 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 1 0.6180 0.42742 0.584 0.000 0.416
#> GSM682115 1 0.0747 0.89776 0.984 0.000 0.016
#> GSM682116 1 0.0747 0.89776 0.984 0.000 0.016
#> GSM682117 1 0.5291 0.53492 0.732 0.000 0.268
#> GSM682118 1 0.3340 0.87134 0.880 0.000 0.120
#> GSM682119 1 0.2537 0.88550 0.920 0.000 0.080
#> GSM682120 1 0.0892 0.89750 0.980 0.000 0.020
#> GSM682121 1 0.1529 0.89300 0.960 0.000 0.040
#> GSM682122 3 0.1643 0.78439 0.044 0.000 0.956
#> GSM682012 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2711 0.85316 0.000 0.912 0.088
#> GSM682017 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.7489 0.41960 0.080 0.664 0.256
#> GSM682022 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.6935 0.72525 0.096 0.176 0.728
#> GSM682028 3 0.6935 0.72525 0.096 0.176 0.728
#> GSM682029 3 0.7026 0.73805 0.120 0.152 0.728
#> GSM682030 3 0.7034 0.73976 0.124 0.148 0.728
#> GSM682031 3 0.7034 0.73976 0.124 0.148 0.728
#> GSM682032 3 0.7034 0.73976 0.124 0.148 0.728
#> GSM682033 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 3 0.3755 0.80634 0.120 0.008 0.872
#> GSM681993 3 0.5450 0.54845 0.012 0.228 0.760
#> GSM681994 3 0.4235 0.78807 0.176 0.000 0.824
#> GSM681995 3 0.4399 0.78148 0.188 0.000 0.812
#> GSM681996 3 0.0237 0.79121 0.004 0.000 0.996
#> GSM681997 3 0.3412 0.80522 0.124 0.000 0.876
#> GSM681998 3 0.3340 0.80616 0.120 0.000 0.880
#> GSM681999 3 0.3686 0.80126 0.140 0.000 0.860
#> GSM682000 3 0.5327 0.70363 0.272 0.000 0.728
#> GSM682001 3 0.4842 0.75708 0.224 0.000 0.776
#> GSM682055 2 0.4002 0.80115 0.000 0.840 0.160
#> GSM682056 3 0.4645 0.63491 0.008 0.176 0.816
#> GSM682057 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.3325 0.80496 0.076 0.020 0.904
#> GSM682059 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.7793 0.27690 0.052 0.524 0.424
#> GSM682061 2 0.4346 0.78172 0.000 0.816 0.184
#> GSM682062 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.5591 0.45361 0.696 0.000 0.304
#> GSM682065 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0424 0.89500 0.992 0.000 0.008
#> GSM682067 1 0.2711 0.88073 0.912 0.000 0.088
#> GSM682068 1 0.6252 0.00966 0.556 0.000 0.444
#> GSM682069 1 0.2711 0.88073 0.912 0.000 0.088
#> GSM682070 1 0.0747 0.89784 0.984 0.000 0.016
#> GSM682071 2 0.5560 0.65796 0.000 0.700 0.300
#> GSM682072 3 0.1753 0.78098 0.048 0.000 0.952
#> GSM682073 3 0.0000 0.78917 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.3267 0.86555 0.884 0.000 0.116
#> GSM682075 1 0.4062 0.73566 0.836 0.000 0.164
#> GSM682076 1 0.3038 0.87392 0.896 0.000 0.104
#> GSM682077 1 0.2796 0.87807 0.908 0.000 0.092
#> GSM682078 1 0.3340 0.86322 0.880 0.000 0.120
#> GSM682079 1 0.0592 0.89799 0.988 0.000 0.012
#> GSM682080 3 0.6701 0.05221 0.012 0.412 0.576
#> GSM682081 3 0.0000 0.78917 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.6302 0.26205 0.520 0.000 0.480
#> GSM682083 1 0.0592 0.89799 0.988 0.000 0.012
#> GSM682084 1 0.5905 0.56461 0.648 0.000 0.352
#> GSM682085 3 0.6260 -0.01978 0.448 0.000 0.552
#> GSM682086 1 0.0592 0.89367 0.988 0.000 0.012
#> GSM682087 1 0.3412 0.86716 0.876 0.000 0.124
#> GSM682088 1 0.3267 0.86555 0.884 0.000 0.116
#> GSM682089 1 0.3482 0.85756 0.872 0.000 0.128
#> GSM682090 1 0.3482 0.85756 0.872 0.000 0.128
#> GSM682091 1 0.1031 0.89646 0.976 0.000 0.024
#> GSM682092 1 0.0237 0.89778 0.996 0.000 0.004
#> GSM682093 1 0.6291 0.27606 0.532 0.000 0.468
#> GSM682094 1 0.0747 0.89207 0.984 0.000 0.016
#> GSM682095 2 0.0747 0.89248 0.000 0.984 0.016
#> GSM681982 3 0.6274 -0.10336 0.000 0.456 0.544
#> GSM681983 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 2 0.5431 0.67202 0.000 0.716 0.284
#> GSM681985 3 0.7332 0.46759 0.276 0.064 0.660
#> GSM681986 3 0.4443 0.78579 0.052 0.084 0.864
#> GSM681987 2 0.1964 0.87431 0.000 0.944 0.056
#> GSM681988 3 0.0592 0.78579 0.000 0.012 0.988
#> GSM681989 3 0.2663 0.79564 0.024 0.044 0.932
#> GSM681990 3 0.2261 0.80414 0.068 0.000 0.932
#> GSM681991 2 0.0747 0.89248 0.000 0.984 0.016
#> GSM682034 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.2448 0.88474 0.924 0.000 0.076
#> GSM682036 1 0.2356 0.88734 0.928 0.000 0.072
#> GSM682037 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.3267 0.83441 0.000 0.884 0.116
#> GSM682039 1 0.2261 0.88703 0.932 0.000 0.068
#> GSM682040 2 0.6193 0.65204 0.016 0.692 0.292
#> GSM682041 1 0.3267 0.86555 0.884 0.000 0.116
#> GSM682042 2 0.7175 0.49399 0.032 0.592 0.376
#> GSM682043 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0747 0.89784 0.984 0.000 0.016
#> GSM682046 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.3340 0.86322 0.880 0.000 0.120
#> GSM682048 1 0.2356 0.88623 0.928 0.000 0.072
#> GSM682049 1 0.3267 0.86555 0.884 0.000 0.116
#> GSM682050 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.3482 0.85756 0.872 0.000 0.128
#> GSM682052 2 0.7589 0.49511 0.052 0.588 0.360
#> GSM682053 1 0.4235 0.81429 0.824 0.000 0.176
#> GSM682054 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2625 0.88165 0.916 0.000 0.084
#> GSM682124 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.2878 0.87703 0.904 0.000 0.096
#> GSM682126 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.4555 0.68601 0.800 0.000 0.200
#> GSM682129 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.89605 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0747 0.89248 0.000 0.984 0.016
#> GSM682132 1 0.5835 0.37048 0.660 0.000 0.340
#> GSM682133 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.2625 0.88165 0.916 0.000 0.084
#> GSM682135 1 0.2165 0.85858 0.936 0.000 0.064
#> GSM682136 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0424 0.89487 0.992 0.000 0.008
#> GSM682138 1 0.3267 0.86555 0.884 0.000 0.116
#> GSM682139 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0747 0.89776 0.984 0.000 0.016
#> GSM682141 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.89728 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.1529 0.88260 0.000 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.3037 0.85698 0.888 0.000 0.076 0.036
#> GSM682003 2 0.2401 0.87461 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM682004 2 0.2334 0.87740 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM682005 4 0.2760 0.78867 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM682006 4 0.2944 0.78751 0.004 0.000 0.128 0.868
#> GSM682007 3 0.5085 0.43235 0.008 0.000 0.616 0.376
#> GSM682008 4 0.5281 0.00233 0.008 0.000 0.464 0.528
#> GSM682009 3 0.4406 0.54913 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM682010 3 0.4282 0.70055 0.060 0.000 0.816 0.124
#> GSM682011 4 0.2644 0.80179 0.032 0.000 0.060 0.908
#> GSM682096 4 0.4356 0.75213 0.000 0.048 0.148 0.804
#> GSM682097 3 0.3808 0.71848 0.004 0.012 0.824 0.160
#> GSM682098 4 0.4852 0.73392 0.000 0.072 0.152 0.776
#> GSM682099 4 0.1816 0.79892 0.004 0.024 0.024 0.948
#> GSM682100 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682101 4 0.7222 0.33748 0.004 0.356 0.132 0.508
#> GSM682102 1 0.0657 0.86517 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682103 1 0.5766 0.53187 0.564 0.000 0.404 0.032
#> GSM682104 3 0.3219 0.70464 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM682105 1 0.4364 0.83038 0.816 0.000 0.092 0.092
#> GSM682106 3 0.5378 0.23676 0.012 0.000 0.540 0.448
#> GSM682107 4 0.2915 0.80240 0.028 0.000 0.080 0.892
#> GSM682108 3 0.4690 0.61602 0.016 0.000 0.724 0.260
#> GSM682109 3 0.4103 0.63941 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM682110 4 0.3626 0.73422 0.004 0.000 0.184 0.812
#> GSM682111 3 0.2216 0.72464 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM682112 3 0.2888 0.69845 0.000 0.124 0.872 0.004
#> GSM682113 1 0.0804 0.86519 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682114 3 0.3706 0.65341 0.112 0.000 0.848 0.040
#> GSM682115 1 0.2742 0.85329 0.900 0.000 0.076 0.024
#> GSM682116 1 0.2845 0.85273 0.896 0.000 0.076 0.028
#> GSM682117 1 0.6356 0.43442 0.604 0.000 0.088 0.308
#> GSM682118 1 0.5592 0.65469 0.656 0.000 0.300 0.044
#> GSM682119 1 0.5078 0.63635 0.700 0.000 0.272 0.028
#> GSM682120 1 0.3342 0.84406 0.868 0.000 0.100 0.032
#> GSM682121 1 0.4144 0.82706 0.828 0.000 0.104 0.068
#> GSM682122 3 0.3695 0.69906 0.016 0.000 0.828 0.156
#> GSM682012 2 0.0188 0.91439 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682013 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682014 2 0.0188 0.91350 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0188 0.91350 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682016 2 0.5366 0.55721 0.000 0.684 0.276 0.040
#> GSM682017 2 0.0188 0.91350 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.2224 0.89016 0.000 0.928 0.032 0.040
#> GSM682019 2 0.1584 0.90322 0.000 0.952 0.012 0.036
#> GSM682020 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682021 2 0.7296 0.47532 0.064 0.608 0.068 0.260
#> GSM682022 2 0.1584 0.90322 0.000 0.952 0.012 0.036
#> GSM682023 2 0.1677 0.90110 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM682024 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682025 2 0.1677 0.90110 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM682026 2 0.0524 0.91501 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM682027 4 0.1847 0.78383 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682028 4 0.1847 0.78552 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682029 4 0.1847 0.78552 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682030 4 0.1847 0.78552 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682031 4 0.1847 0.78552 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682032 4 0.1847 0.78552 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM682033 2 0.0188 0.91350 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM681992 4 0.5212 0.29877 0.008 0.000 0.420 0.572
#> GSM681993 3 0.2131 0.72995 0.000 0.036 0.932 0.032
#> GSM681994 4 0.3105 0.78690 0.004 0.000 0.140 0.856
#> GSM681995 4 0.2198 0.80556 0.008 0.000 0.072 0.920
#> GSM681996 4 0.4011 0.70025 0.008 0.000 0.208 0.784
#> GSM681997 4 0.2149 0.80340 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM681998 4 0.2760 0.78867 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM681999 4 0.2480 0.80364 0.008 0.000 0.088 0.904
#> GSM682000 4 0.2256 0.80492 0.020 0.000 0.056 0.924
#> GSM682001 4 0.2882 0.80317 0.024 0.000 0.084 0.892
#> GSM682055 3 0.5105 0.16038 0.000 0.432 0.564 0.004
#> GSM682056 3 0.3598 0.70789 0.012 0.008 0.848 0.132
#> GSM682057 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682058 4 0.3006 0.78949 0.012 0.008 0.092 0.888
#> GSM682059 2 0.0000 0.91367 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.5970 0.58775 0.000 0.244 0.668 0.088
#> GSM682061 2 0.5236 0.24186 0.000 0.560 0.432 0.008
#> GSM682062 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682063 2 0.2131 0.89275 0.000 0.932 0.032 0.036
#> GSM682064 1 0.5083 0.65392 0.716 0.000 0.248 0.036
#> GSM682065 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682066 1 0.1624 0.86554 0.952 0.000 0.020 0.028
#> GSM682067 1 0.3649 0.74053 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM682068 4 0.3852 0.65145 0.192 0.000 0.008 0.800
#> GSM682069 1 0.3569 0.74906 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM682070 1 0.3166 0.81717 0.868 0.000 0.116 0.016
#> GSM682071 3 0.4741 0.41452 0.000 0.328 0.668 0.004
#> GSM682072 3 0.3024 0.71019 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM682073 3 0.4277 0.61266 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM682074 1 0.4406 0.78441 0.780 0.000 0.192 0.028
#> GSM682075 4 0.6170 0.35574 0.332 0.000 0.068 0.600
#> GSM682076 1 0.4853 0.75040 0.744 0.000 0.220 0.036
#> GSM682077 1 0.2402 0.85855 0.912 0.000 0.076 0.012
#> GSM682078 1 0.4764 0.75363 0.748 0.000 0.220 0.032
#> GSM682079 1 0.3117 0.84854 0.880 0.000 0.092 0.028
#> GSM682080 3 0.2197 0.72262 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM682081 3 0.3764 0.67348 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM682082 3 0.5847 0.37599 0.320 0.000 0.628 0.052
#> GSM682083 1 0.2742 0.85329 0.900 0.000 0.076 0.024
#> GSM682084 3 0.3037 0.68072 0.076 0.000 0.888 0.036
#> GSM682085 3 0.3505 0.67250 0.088 0.000 0.864 0.048
#> GSM682086 1 0.2142 0.85645 0.928 0.000 0.016 0.056
#> GSM682087 1 0.4853 0.75040 0.744 0.000 0.220 0.036
#> GSM682088 1 0.3205 0.84640 0.872 0.000 0.104 0.024
#> GSM682089 1 0.4764 0.75363 0.748 0.000 0.220 0.032
#> GSM682090 1 0.4764 0.75363 0.748 0.000 0.220 0.032
#> GSM682091 1 0.4137 0.73361 0.780 0.000 0.208 0.012
#> GSM682092 1 0.3308 0.85083 0.872 0.000 0.092 0.036
#> GSM682093 3 0.3958 0.66863 0.144 0.000 0.824 0.032
#> GSM682094 1 0.3090 0.83637 0.888 0.000 0.056 0.056
#> GSM682095 2 0.2125 0.88396 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM681982 3 0.2271 0.71987 0.000 0.076 0.916 0.008
#> GSM681983 1 0.0592 0.86444 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM681984 3 0.3764 0.66315 0.000 0.172 0.816 0.012
#> GSM681985 3 0.2284 0.72973 0.012 0.020 0.932 0.036
#> GSM681986 3 0.5105 0.06847 0.000 0.004 0.564 0.432
#> GSM681987 2 0.2401 0.87461 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM681988 3 0.3688 0.67338 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM681989 4 0.4948 0.21519 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM681990 3 0.4769 0.56029 0.008 0.000 0.684 0.308
#> GSM681991 2 0.2334 0.87740 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM682034 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682035 1 0.0188 0.86513 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682036 1 0.4516 0.68038 0.736 0.000 0.252 0.012
#> GSM682037 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682038 2 0.4836 0.54515 0.000 0.672 0.320 0.008
#> GSM682039 1 0.3764 0.76316 0.816 0.000 0.172 0.012
#> GSM682040 3 0.4800 0.40912 0.000 0.340 0.656 0.004
#> GSM682041 1 0.2060 0.86200 0.932 0.000 0.052 0.016
#> GSM682042 3 0.2888 0.69845 0.000 0.124 0.872 0.004
#> GSM682043 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682044 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682045 1 0.3479 0.78564 0.840 0.000 0.148 0.012
#> GSM682046 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682047 1 0.4764 0.75363 0.748 0.000 0.220 0.032
#> GSM682048 1 0.3306 0.78469 0.840 0.000 0.156 0.004
#> GSM682049 1 0.2662 0.85421 0.900 0.000 0.084 0.016
#> GSM682050 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682051 1 0.4609 0.74651 0.752 0.000 0.224 0.024
#> GSM682052 3 0.2466 0.71226 0.000 0.096 0.900 0.004
#> GSM682053 3 0.5408 -0.15908 0.488 0.000 0.500 0.012
#> GSM682054 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682123 1 0.1211 0.85814 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM682124 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682125 1 0.3123 0.78486 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM682126 1 0.0657 0.86517 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682127 1 0.0804 0.86519 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682128 1 0.6800 0.13546 0.460 0.000 0.096 0.444
#> GSM682129 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682130 2 0.0657 0.91519 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682131 2 0.1209 0.90526 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM682132 4 0.5235 0.54776 0.236 0.000 0.048 0.716
#> GSM682133 1 0.2222 0.86238 0.924 0.000 0.060 0.016
#> GSM682134 1 0.0188 0.86513 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682135 1 0.4574 0.71070 0.756 0.000 0.220 0.024
#> GSM682136 1 0.0657 0.86517 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682137 1 0.3894 0.84079 0.844 0.000 0.088 0.068
#> GSM682138 1 0.2973 0.85092 0.884 0.000 0.096 0.020
#> GSM682139 1 0.2610 0.83265 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM682140 1 0.2949 0.85109 0.888 0.000 0.088 0.024
#> GSM682141 1 0.0469 0.86488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682142 1 0.0657 0.86517 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682143 2 0.2401 0.87461 0.000 0.904 0.092 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.2370 0.5022 0.056 0.000 0.040 0.904 0.000
#> GSM682003 2 0.5766 0.6271 0.220 0.616 0.000 0.000 0.164
#> GSM682004 2 0.4708 0.7374 0.220 0.712 0.000 0.000 0.068
#> GSM682005 3 0.4153 0.7245 0.032 0.000 0.768 0.008 0.192
#> GSM682006 3 0.5042 0.6907 0.096 0.000 0.716 0.008 0.180
#> GSM682007 5 0.5593 0.2724 0.000 0.000 0.340 0.088 0.572
#> GSM682008 3 0.4617 0.3117 0.000 0.000 0.552 0.012 0.436
#> GSM682009 5 0.5124 0.5346 0.112 0.000 0.156 0.012 0.720
#> GSM682010 5 0.5806 0.5258 0.128 0.000 0.148 0.040 0.684
#> GSM682011 3 0.4155 0.7526 0.084 0.000 0.812 0.024 0.080
#> GSM682096 3 0.6367 0.6372 0.132 0.032 0.620 0.004 0.212
#> GSM682097 5 0.3239 0.6458 0.004 0.048 0.044 0.028 0.876
#> GSM682098 3 0.6556 0.5537 0.036 0.176 0.592 0.000 0.196
#> GSM682099 3 0.3568 0.7624 0.060 0.000 0.852 0.028 0.060
#> GSM682100 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.7344 0.2553 0.112 0.528 0.236 0.000 0.124
#> GSM682102 4 0.4294 -0.3383 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM682103 4 0.5229 0.3217 0.108 0.000 0.004 0.688 0.200
#> GSM682104 5 0.2798 0.6394 0.008 0.000 0.060 0.044 0.888
#> GSM682105 4 0.3320 0.4553 0.060 0.000 0.068 0.860 0.012
#> GSM682106 4 0.6897 -0.3062 0.004 0.000 0.272 0.388 0.336
#> GSM682107 3 0.4741 0.7354 0.104 0.000 0.776 0.040 0.080
#> GSM682108 5 0.5698 0.4768 0.108 0.000 0.208 0.020 0.664
#> GSM682109 5 0.3967 0.5579 0.020 0.000 0.200 0.008 0.772
#> GSM682110 3 0.5448 0.6472 0.092 0.000 0.680 0.016 0.212
#> GSM682111 5 0.0981 0.6564 0.008 0.000 0.008 0.012 0.972
#> GSM682112 5 0.3646 0.6384 0.120 0.044 0.000 0.008 0.828
#> GSM682113 1 0.4430 0.5304 0.540 0.000 0.000 0.456 0.004
#> GSM682114 5 0.5161 0.3229 0.032 0.000 0.004 0.432 0.532
#> GSM682115 4 0.1544 0.4954 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM682116 4 0.1571 0.5011 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> GSM682117 1 0.7701 0.3862 0.432 0.000 0.280 0.216 0.072
#> GSM682118 4 0.6515 0.2668 0.112 0.000 0.124 0.640 0.124
#> GSM682119 1 0.7357 0.5418 0.544 0.000 0.120 0.180 0.156
#> GSM682120 4 0.1243 0.5180 0.008 0.000 0.004 0.960 0.028
#> GSM682121 4 0.2562 0.5020 0.008 0.000 0.060 0.900 0.032
#> GSM682122 5 0.5384 0.4035 0.008 0.000 0.044 0.384 0.564
#> GSM682012 2 0.0880 0.8611 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.2077 0.8481 0.084 0.908 0.000 0.000 0.008
#> GSM682015 2 0.1956 0.8506 0.076 0.916 0.000 0.000 0.008
#> GSM682016 2 0.5326 0.4126 0.048 0.624 0.012 0.000 0.316
#> GSM682017 2 0.1956 0.8506 0.076 0.916 0.000 0.000 0.008
#> GSM682018 2 0.2921 0.8085 0.068 0.884 0.020 0.000 0.028
#> GSM682019 2 0.1469 0.8474 0.036 0.948 0.016 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.5480 0.6552 0.116 0.720 0.116 0.000 0.048
#> GSM682022 2 0.0992 0.8546 0.024 0.968 0.008 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.1728 0.8437 0.036 0.940 0.020 0.000 0.004
#> GSM682024 1 0.4307 0.3551 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM682025 2 0.1568 0.8453 0.036 0.944 0.020 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.2462 0.7279 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> GSM682028 3 0.2621 0.7273 0.112 0.000 0.876 0.004 0.008
#> GSM682029 3 0.2621 0.7273 0.112 0.000 0.876 0.004 0.008
#> GSM682030 3 0.2746 0.7269 0.112 0.000 0.872 0.008 0.008
#> GSM682031 3 0.2746 0.7269 0.112 0.000 0.872 0.008 0.008
#> GSM682032 3 0.2746 0.7269 0.112 0.000 0.872 0.008 0.008
#> GSM682033 2 0.3171 0.8073 0.176 0.816 0.000 0.000 0.008
#> GSM681992 5 0.6175 0.2056 0.120 0.000 0.336 0.008 0.536
#> GSM681993 5 0.1029 0.6583 0.008 0.008 0.004 0.008 0.972
#> GSM681994 3 0.5098 0.7275 0.032 0.000 0.744 0.112 0.112
#> GSM681995 3 0.3033 0.7675 0.032 0.000 0.876 0.016 0.076
#> GSM681996 3 0.4147 0.5859 0.000 0.000 0.676 0.008 0.316
#> GSM681997 3 0.3077 0.7644 0.028 0.000 0.864 0.008 0.100
#> GSM681998 3 0.4002 0.7402 0.044 0.000 0.796 0.008 0.152
#> GSM681999 3 0.4034 0.7486 0.084 0.000 0.808 0.008 0.100
#> GSM682000 3 0.2100 0.7660 0.012 0.000 0.924 0.016 0.048
#> GSM682001 3 0.4395 0.7421 0.096 0.000 0.792 0.020 0.092
#> GSM682055 5 0.4780 0.4685 0.048 0.280 0.000 0.000 0.672
#> GSM682056 5 0.6210 0.4582 0.008 0.060 0.036 0.304 0.592
#> GSM682057 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.5844 0.6880 0.048 0.004 0.696 0.112 0.140
#> GSM682059 2 0.1830 0.8526 0.068 0.924 0.000 0.000 0.008
#> GSM682060 5 0.7028 0.5304 0.192 0.164 0.044 0.016 0.584
#> GSM682061 5 0.6620 0.0205 0.228 0.336 0.000 0.000 0.436
#> GSM682062 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.1728 0.8396 0.020 0.940 0.004 0.000 0.036
#> GSM682064 1 0.6797 0.6324 0.568 0.000 0.048 0.228 0.156
#> GSM682065 4 0.4305 -0.3592 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM682066 1 0.5649 0.4621 0.480 0.000 0.064 0.452 0.004
#> GSM682067 1 0.5940 0.6622 0.568 0.000 0.000 0.292 0.140
#> GSM682068 3 0.3683 0.7069 0.072 0.000 0.828 0.096 0.004
#> GSM682069 1 0.5827 0.6645 0.576 0.000 0.000 0.300 0.124
#> GSM682070 1 0.5232 0.6638 0.600 0.000 0.000 0.340 0.060
#> GSM682071 5 0.4426 0.5574 0.052 0.196 0.000 0.004 0.748
#> GSM682072 5 0.2518 0.6381 0.016 0.000 0.080 0.008 0.896
#> GSM682073 5 0.3280 0.5731 0.000 0.000 0.176 0.012 0.812
#> GSM682074 4 0.2450 0.5087 0.028 0.000 0.000 0.896 0.076
#> GSM682075 3 0.4594 0.4221 0.012 0.000 0.620 0.364 0.004
#> GSM682076 4 0.2952 0.4930 0.004 0.000 0.036 0.872 0.088
#> GSM682077 4 0.3730 0.1182 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM682078 4 0.2597 0.5024 0.024 0.000 0.000 0.884 0.092
#> GSM682079 4 0.0671 0.5118 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM682080 5 0.1530 0.6592 0.008 0.028 0.004 0.008 0.952
#> GSM682081 5 0.2646 0.6157 0.004 0.000 0.124 0.004 0.868
#> GSM682082 4 0.4944 0.0910 0.004 0.000 0.032 0.620 0.344
#> GSM682083 4 0.1704 0.4968 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> GSM682084 5 0.5211 0.3898 0.032 0.000 0.008 0.396 0.564
#> GSM682085 5 0.5468 0.3506 0.024 0.000 0.024 0.424 0.528
#> GSM682086 1 0.6591 0.4950 0.468 0.000 0.192 0.336 0.004
#> GSM682087 4 0.2952 0.4930 0.004 0.000 0.036 0.872 0.088
#> GSM682088 4 0.1485 0.5148 0.032 0.000 0.000 0.948 0.020
#> GSM682089 4 0.2653 0.5011 0.024 0.000 0.000 0.880 0.096
#> GSM682090 4 0.2561 0.5018 0.020 0.000 0.000 0.884 0.096
#> GSM682091 1 0.6529 0.6610 0.576 0.000 0.036 0.260 0.128
#> GSM682092 4 0.2536 0.4076 0.128 0.000 0.000 0.868 0.004
#> GSM682093 5 0.4587 0.5935 0.188 0.000 0.012 0.052 0.748
#> GSM682094 1 0.7396 0.4839 0.468 0.000 0.176 0.296 0.060
#> GSM682095 2 0.4168 0.7703 0.200 0.756 0.000 0.000 0.044
#> GSM681982 5 0.2074 0.6537 0.060 0.016 0.004 0.000 0.920
#> GSM681983 1 0.4641 0.4380 0.532 0.000 0.012 0.456 0.000
#> GSM681984 5 0.4812 0.5655 0.288 0.032 0.008 0.000 0.672
#> GSM681985 5 0.2513 0.6478 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876
#> GSM681986 5 0.5895 0.4554 0.260 0.000 0.152 0.000 0.588
#> GSM681987 2 0.5799 0.6209 0.220 0.612 0.000 0.000 0.168
#> GSM681988 5 0.2179 0.6238 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM681989 5 0.5887 0.2256 0.100 0.000 0.344 0.004 0.552
#> GSM681990 5 0.5821 0.4434 0.108 0.000 0.240 0.016 0.636
#> GSM681991 2 0.4649 0.7409 0.220 0.716 0.000 0.000 0.064
#> GSM682034 4 0.4305 -0.3411 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM682035 4 0.4306 -0.3438 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> GSM682036 1 0.6713 0.6435 0.572 0.000 0.044 0.236 0.148
#> GSM682037 4 0.4304 -0.3356 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM682038 5 0.6643 -0.0978 0.224 0.372 0.000 0.000 0.404
#> GSM682039 1 0.5537 0.6634 0.624 0.000 0.000 0.264 0.112
#> GSM682040 5 0.6215 0.4006 0.252 0.164 0.000 0.008 0.576
#> GSM682041 4 0.2852 0.4105 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM682042 5 0.3773 0.6383 0.108 0.060 0.000 0.008 0.824
#> GSM682043 4 0.4273 -0.2826 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682044 4 0.4305 -0.3466 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM682045 1 0.5505 0.6761 0.604 0.000 0.000 0.304 0.092
#> GSM682046 4 0.4302 -0.3311 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM682047 4 0.2597 0.5026 0.024 0.000 0.000 0.884 0.092
#> GSM682048 1 0.5744 0.6394 0.572 0.000 0.000 0.320 0.108
#> GSM682049 4 0.1965 0.4889 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM682050 4 0.4302 -0.3311 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM682051 4 0.3375 0.4964 0.056 0.000 0.000 0.840 0.104
#> GSM682052 5 0.3640 0.6408 0.108 0.052 0.000 0.008 0.832
#> GSM682053 5 0.6637 -0.2366 0.348 0.000 0.000 0.228 0.424
#> GSM682054 4 0.4302 -0.3311 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM682123 1 0.4708 0.4739 0.548 0.000 0.000 0.436 0.016
#> GSM682124 1 0.4307 0.3551 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM682125 1 0.5855 0.5972 0.536 0.000 0.000 0.356 0.108
#> GSM682126 4 0.4297 -0.3313 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> GSM682127 4 0.4300 -0.3527 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM682128 4 0.4188 0.3793 0.008 0.000 0.228 0.744 0.020
#> GSM682129 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8636 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.1043 0.8607 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.4649 0.6072 0.068 0.000 0.720 0.212 0.000
#> GSM682133 4 0.4015 -0.0847 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> GSM682134 1 0.4291 0.4073 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> GSM682135 1 0.6679 0.6453 0.576 0.000 0.044 0.236 0.144
#> GSM682136 4 0.4297 -0.3313 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> GSM682137 4 0.2142 0.5077 0.028 0.000 0.048 0.920 0.004
#> GSM682138 4 0.1282 0.5084 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> GSM682139 1 0.5467 0.6133 0.548 0.000 0.000 0.384 0.068
#> GSM682140 4 0.0771 0.5128 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM682141 4 0.4304 -0.3356 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM682142 4 0.4300 -0.3526 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM682143 2 0.5766 0.6271 0.220 0.616 0.000 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.4443 0.6902 0.300 0.000 0.036 0.656 0.000 0.008
#> GSM682003 2 0.7571 0.4415 0.000 0.428 0.088 0.160 0.284 0.040
#> GSM682004 2 0.7318 0.5405 0.000 0.500 0.088 0.160 0.212 0.040
#> GSM682005 3 0.4657 0.5092 0.000 0.000 0.672 0.020 0.044 0.264
#> GSM682006 3 0.3696 0.5555 0.000 0.000 0.764 0.016 0.016 0.204
#> GSM682007 3 0.5992 0.3096 0.000 0.000 0.580 0.092 0.256 0.072
#> GSM682008 3 0.6305 0.4106 0.000 0.000 0.568 0.076 0.196 0.160
#> GSM682009 3 0.3404 0.4965 0.004 0.000 0.744 0.000 0.248 0.004
#> GSM682010 3 0.3602 0.5525 0.012 0.000 0.792 0.016 0.172 0.008
#> GSM682011 3 0.4009 0.4622 0.000 0.000 0.684 0.028 0.000 0.288
#> GSM682096 3 0.6066 0.3922 0.000 0.084 0.584 0.008 0.064 0.260
#> GSM682097 5 0.6099 0.6180 0.000 0.076 0.128 0.088 0.660 0.048
#> GSM682098 2 0.7013 0.1455 0.000 0.496 0.128 0.024 0.080 0.272
#> GSM682099 6 0.5279 0.4939 0.000 0.012 0.260 0.088 0.008 0.632
#> GSM682100 2 0.0146 0.7857 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682101 2 0.6270 0.4203 0.024 0.616 0.180 0.004 0.044 0.132
#> GSM682102 1 0.2784 0.7268 0.848 0.000 0.028 0.124 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.5051 0.6408 0.140 0.000 0.112 0.704 0.044 0.000
#> GSM682104 5 0.5341 0.4803 0.000 0.000 0.312 0.132 0.556 0.000
#> GSM682105 4 0.4813 0.6688 0.156 0.000 0.144 0.692 0.000 0.008
#> GSM682106 3 0.5605 0.2594 0.000 0.000 0.492 0.408 0.072 0.028
#> GSM682107 3 0.4393 0.4967 0.008 0.000 0.708 0.060 0.000 0.224
#> GSM682108 3 0.3089 0.5540 0.004 0.000 0.800 0.008 0.188 0.000
#> GSM682109 3 0.4763 0.2481 0.000 0.000 0.620 0.052 0.320 0.008
#> GSM682110 3 0.3721 0.5716 0.000 0.000 0.784 0.032 0.016 0.168
#> GSM682111 5 0.4307 0.6086 0.000 0.000 0.224 0.072 0.704 0.000
#> GSM682112 5 0.1836 0.6609 0.024 0.008 0.020 0.008 0.936 0.004
#> GSM682113 1 0.4103 0.7380 0.764 0.000 0.136 0.092 0.000 0.008
#> GSM682114 4 0.5363 -0.0624 0.004 0.000 0.096 0.496 0.404 0.000
#> GSM682115 4 0.3969 0.6670 0.344 0.000 0.004 0.644 0.000 0.008
#> GSM682116 4 0.3910 0.6777 0.328 0.000 0.004 0.660 0.000 0.008
#> GSM682117 3 0.4351 0.4554 0.196 0.000 0.728 0.064 0.000 0.012
#> GSM682118 3 0.4432 0.3449 0.036 0.000 0.600 0.364 0.000 0.000
#> GSM682119 3 0.4647 0.3863 0.272 0.000 0.672 0.012 0.036 0.008
#> GSM682120 4 0.3485 0.7498 0.204 0.000 0.020 0.772 0.000 0.004
#> GSM682121 4 0.3594 0.7482 0.184 0.000 0.028 0.780 0.000 0.008
#> GSM682122 4 0.5740 -0.1992 0.000 0.000 0.168 0.436 0.396 0.000
#> GSM682012 2 0.2726 0.7740 0.000 0.892 0.016 0.032 0.032 0.028
#> GSM682013 2 0.0291 0.7859 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682014 2 0.4757 0.7361 0.000 0.764 0.060 0.100 0.044 0.032
#> GSM682015 2 0.4664 0.7394 0.000 0.772 0.060 0.092 0.044 0.032
#> GSM682016 2 0.4561 0.5166 0.000 0.688 0.012 0.004 0.252 0.044
#> GSM682017 2 0.4664 0.7394 0.000 0.772 0.060 0.092 0.044 0.032
#> GSM682018 2 0.3158 0.7268 0.016 0.868 0.016 0.004 0.036 0.060
#> GSM682019 2 0.1477 0.7693 0.000 0.940 0.004 0.000 0.008 0.048
#> GSM682020 2 0.0146 0.7857 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.4655 0.6363 0.040 0.764 0.028 0.004 0.032 0.132
#> GSM682022 2 0.1124 0.7739 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM682023 2 0.1788 0.7641 0.000 0.928 0.004 0.004 0.012 0.052
#> GSM682024 1 0.1863 0.7638 0.928 0.000 0.032 0.032 0.004 0.004
#> GSM682025 2 0.1462 0.7666 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> GSM682026 2 0.0291 0.7857 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM682027 6 0.1411 0.7945 0.000 0.004 0.060 0.000 0.000 0.936
#> GSM682028 6 0.1411 0.7945 0.000 0.004 0.060 0.000 0.000 0.936
#> GSM682029 6 0.1555 0.7969 0.000 0.004 0.060 0.004 0.000 0.932
#> GSM682030 6 0.1555 0.7969 0.000 0.004 0.060 0.004 0.000 0.932
#> GSM682031 6 0.1555 0.7969 0.000 0.004 0.060 0.004 0.000 0.932
#> GSM682032 6 0.1555 0.7969 0.000 0.004 0.060 0.004 0.000 0.932
#> GSM682033 2 0.6144 0.6749 0.000 0.644 0.092 0.160 0.064 0.040
#> GSM681992 3 0.3791 0.5859 0.004 0.000 0.768 0.000 0.180 0.048
#> GSM681993 5 0.3700 0.6519 0.000 0.000 0.152 0.068 0.780 0.000
#> GSM681994 3 0.5054 0.4547 0.000 0.000 0.640 0.124 0.004 0.232
#> GSM681995 3 0.4153 0.3955 0.000 0.000 0.636 0.024 0.000 0.340
#> GSM681996 3 0.6125 0.4304 0.000 0.000 0.592 0.080 0.128 0.200
#> GSM681997 3 0.4259 0.4286 0.000 0.000 0.648 0.020 0.008 0.324
#> GSM681998 3 0.4058 0.5113 0.000 0.000 0.708 0.016 0.016 0.260
#> GSM681999 3 0.3855 0.4959 0.000 0.000 0.704 0.016 0.004 0.276
#> GSM682000 6 0.4535 -0.0601 0.000 0.000 0.480 0.032 0.000 0.488
#> GSM682001 3 0.3673 0.5146 0.004 0.000 0.736 0.016 0.000 0.244
#> GSM682055 5 0.4498 0.5828 0.000 0.220 0.040 0.016 0.716 0.008
#> GSM682056 5 0.7165 0.3944 0.000 0.076 0.100 0.316 0.464 0.044
#> GSM682057 2 0.0520 0.7845 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM682058 4 0.7479 -0.2647 0.000 0.044 0.168 0.388 0.060 0.340
#> GSM682059 2 0.4383 0.7460 0.000 0.792 0.060 0.080 0.036 0.032
#> GSM682060 3 0.8013 -0.2113 0.060 0.264 0.316 0.004 0.296 0.060
#> GSM682061 5 0.7000 0.1052 0.000 0.232 0.060 0.144 0.524 0.040
#> GSM682062 2 0.0291 0.7859 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682063 2 0.1963 0.7633 0.004 0.928 0.008 0.004 0.024 0.032
#> GSM682064 1 0.5291 0.5672 0.620 0.000 0.284 0.016 0.072 0.008
#> GSM682065 1 0.2173 0.7595 0.904 0.000 0.028 0.064 0.000 0.004
#> GSM682066 1 0.5835 0.4255 0.484 0.000 0.336 0.176 0.000 0.004
#> GSM682067 1 0.4601 0.7038 0.744 0.000 0.112 0.016 0.120 0.008
#> GSM682068 6 0.5684 0.5646 0.088 0.000 0.192 0.080 0.000 0.640
#> GSM682069 1 0.4557 0.7086 0.752 0.000 0.104 0.020 0.116 0.008
#> GSM682070 1 0.4526 0.6951 0.720 0.000 0.212 0.020 0.040 0.008
#> GSM682071 5 0.4916 0.6500 0.000 0.104 0.084 0.064 0.740 0.008
#> GSM682072 5 0.4926 0.4047 0.000 0.000 0.392 0.068 0.540 0.000
#> GSM682073 5 0.5300 0.4406 0.000 0.000 0.356 0.072 0.556 0.016
#> GSM682074 4 0.3519 0.7459 0.232 0.000 0.008 0.752 0.008 0.000
#> GSM682075 4 0.7191 0.1115 0.124 0.000 0.176 0.412 0.000 0.288
#> GSM682076 4 0.3635 0.7498 0.180 0.000 0.032 0.780 0.000 0.008
#> GSM682077 1 0.3895 0.4450 0.696 0.000 0.016 0.284 0.000 0.004
#> GSM682078 4 0.3577 0.7507 0.200 0.000 0.016 0.772 0.012 0.000
#> GSM682079 4 0.3629 0.7221 0.260 0.000 0.016 0.724 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.4152 0.6531 0.000 0.016 0.148 0.072 0.764 0.000
#> GSM682081 5 0.5032 0.5009 0.000 0.000 0.324 0.072 0.596 0.008
#> GSM682082 4 0.4593 0.6373 0.064 0.000 0.064 0.760 0.108 0.004
#> GSM682083 4 0.3955 0.6639 0.340 0.000 0.004 0.648 0.000 0.008
#> GSM682084 4 0.5609 -0.1249 0.008 0.000 0.112 0.464 0.416 0.000
#> GSM682085 4 0.5661 -0.0933 0.004 0.000 0.136 0.476 0.384 0.000
#> GSM682086 3 0.5254 0.3062 0.280 0.000 0.596 0.120 0.000 0.004
#> GSM682087 4 0.3602 0.7486 0.176 0.000 0.032 0.784 0.000 0.008
#> GSM682088 4 0.3499 0.7344 0.264 0.000 0.004 0.728 0.004 0.000
#> GSM682089 4 0.3777 0.7465 0.208 0.000 0.008 0.756 0.028 0.000
#> GSM682090 4 0.3630 0.7502 0.196 0.000 0.012 0.772 0.020 0.000
#> GSM682091 1 0.5051 0.6224 0.656 0.000 0.260 0.020 0.056 0.008
#> GSM682092 4 0.4270 0.6833 0.264 0.000 0.052 0.684 0.000 0.000
#> GSM682093 5 0.6652 0.2570 0.124 0.000 0.352 0.060 0.456 0.008
#> GSM682094 3 0.4926 0.3943 0.240 0.000 0.656 0.096 0.000 0.008
#> GSM682095 2 0.6842 0.6220 0.000 0.580 0.092 0.156 0.128 0.044
#> GSM681982 5 0.1956 0.6618 0.000 0.000 0.080 0.008 0.908 0.004
#> GSM681983 1 0.3932 0.7094 0.776 0.000 0.108 0.112 0.000 0.004
#> GSM681984 5 0.4161 0.5915 0.024 0.000 0.104 0.068 0.792 0.012
#> GSM681985 5 0.2100 0.6571 0.024 0.000 0.048 0.008 0.916 0.004
#> GSM681986 3 0.4658 0.3457 0.000 0.000 0.596 0.036 0.360 0.008
#> GSM681987 2 0.7596 0.4236 0.000 0.416 0.088 0.160 0.296 0.040
#> GSM681988 5 0.4910 0.5277 0.000 0.000 0.304 0.068 0.620 0.008
#> GSM681989 3 0.3953 0.5757 0.000 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060
#> GSM681990 3 0.2914 0.5899 0.004 0.000 0.832 0.008 0.152 0.004
#> GSM681991 2 0.7299 0.5454 0.000 0.504 0.088 0.160 0.208 0.040
#> GSM682034 1 0.1615 0.7481 0.928 0.000 0.004 0.064 0.000 0.004
#> GSM682035 1 0.1897 0.7378 0.908 0.000 0.004 0.084 0.000 0.004
#> GSM682036 1 0.5188 0.5971 0.636 0.000 0.272 0.016 0.068 0.008
#> GSM682037 1 0.1949 0.7354 0.904 0.000 0.004 0.088 0.000 0.004
#> GSM682038 5 0.5947 0.3168 0.000 0.176 0.036 0.120 0.640 0.028
#> GSM682039 1 0.5240 0.6503 0.660 0.000 0.168 0.012 0.156 0.004
#> GSM682040 5 0.5036 0.4940 0.000 0.076 0.056 0.096 0.744 0.028
#> GSM682041 4 0.4536 0.4307 0.464 0.000 0.008 0.512 0.012 0.004
#> GSM682042 5 0.1943 0.6609 0.024 0.016 0.016 0.008 0.932 0.004
#> GSM682043 1 0.4063 0.4142 0.692 0.000 0.020 0.280 0.000 0.008
#> GSM682044 1 0.1606 0.7497 0.932 0.000 0.008 0.056 0.000 0.004
#> GSM682045 1 0.4869 0.6832 0.704 0.000 0.180 0.012 0.096 0.008
#> GSM682046 1 0.2540 0.7272 0.872 0.000 0.020 0.104 0.000 0.004
#> GSM682047 4 0.3604 0.7485 0.216 0.000 0.012 0.760 0.012 0.000
#> GSM682048 1 0.4611 0.6996 0.736 0.000 0.088 0.020 0.152 0.004
#> GSM682049 4 0.4145 0.6613 0.356 0.000 0.008 0.628 0.004 0.004
#> GSM682050 1 0.2540 0.7272 0.872 0.000 0.020 0.104 0.000 0.004
#> GSM682051 4 0.4012 0.7358 0.232 0.000 0.008 0.728 0.032 0.000
#> GSM682052 5 0.2122 0.6632 0.024 0.012 0.024 0.012 0.924 0.004
#> GSM682053 5 0.5866 -0.0146 0.404 0.000 0.068 0.040 0.484 0.004
#> GSM682054 1 0.2540 0.7272 0.872 0.000 0.020 0.104 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.2722 0.7518 0.888 0.000 0.036 0.020 0.048 0.008
#> GSM682124 1 0.1780 0.7635 0.932 0.000 0.024 0.036 0.004 0.004
#> GSM682125 1 0.4630 0.6792 0.720 0.000 0.064 0.020 0.192 0.004
#> GSM682126 1 0.2573 0.7317 0.864 0.000 0.024 0.112 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.3000 0.7524 0.852 0.000 0.044 0.096 0.000 0.008
#> GSM682128 4 0.4495 0.7260 0.164 0.000 0.032 0.740 0.000 0.064
#> GSM682129 2 0.0551 0.7846 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> GSM682130 2 0.0146 0.7857 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.3750 0.7621 0.000 0.836 0.040 0.048 0.044 0.032
#> GSM682132 6 0.5207 0.5265 0.084 0.000 0.040 0.208 0.000 0.668
#> GSM682133 1 0.4378 0.0988 0.588 0.000 0.016 0.388 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.1956 0.7602 0.928 0.000 0.032 0.016 0.016 0.008
#> GSM682135 1 0.5016 0.6206 0.656 0.000 0.264 0.020 0.052 0.008
#> GSM682136 1 0.2760 0.7293 0.856 0.000 0.024 0.116 0.000 0.004
#> GSM682137 4 0.3966 0.7314 0.236 0.000 0.028 0.728 0.000 0.008
#> GSM682138 4 0.3646 0.7181 0.292 0.000 0.004 0.700 0.004 0.000
#> GSM682139 1 0.3198 0.7486 0.856 0.000 0.072 0.016 0.048 0.008
#> GSM682140 4 0.3521 0.7242 0.268 0.000 0.004 0.724 0.000 0.004
#> GSM682141 1 0.2264 0.7342 0.888 0.000 0.012 0.096 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.2595 0.7559 0.872 0.000 0.044 0.084 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.7552 0.4534 0.000 0.436 0.088 0.160 0.276 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:kmeans 157 1.65e-03 4.08e-01 2
#> SD:kmeans 147 6.88e-08 7.88e-08 3
#> SD:kmeans 145 2.65e-08 1.85e-05 4
#> SD:kmeans 102 7.43e-05 4.58e-03 5
#> SD:kmeans 115 8.00e-10 6.19e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.977 0.989 0.5006 0.500 0.500
#> 3 3 0.640 0.734 0.882 0.3173 0.791 0.604
#> 4 4 0.737 0.669 0.846 0.1332 0.793 0.485
#> 5 5 0.857 0.808 0.906 0.0706 0.864 0.536
#> 6 6 0.796 0.686 0.843 0.0350 0.938 0.715
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682006 2 0.3733 0.930 0.072 0.928
#> GSM682007 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM682008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682009 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.6801 0.798 0.180 0.820
#> GSM682100 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682104 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.9922 0.205 0.552 0.448
#> GSM682109 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682111 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682112 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM682012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM682031 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM682032 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM682033 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681993 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM681996 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM681997 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM681998 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM681999 2 0.3879 0.926 0.076 0.924
#> GSM682000 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.1843 0.965 0.972 0.028
#> GSM682055 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.2778 0.950 0.048 0.952
#> GSM682059 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682061 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.3431 0.930 0.936 0.064
#> GSM682065 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.3879 0.917 0.924 0.076
#> GSM682068 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.3879 0.917 0.924 0.076
#> GSM682070 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682073 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682081 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.3879 0.917 0.924 0.076
#> GSM682094 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681985 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681986 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681987 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681989 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM681990 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682042 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.2778 0.946 0.952 0.048
#> GSM682126 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.5465 0.5204 0.712 0.000 0.288
#> GSM682003 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.4733 0.7104 0.004 0.196 0.800
#> GSM682006 3 0.4629 0.7148 0.004 0.188 0.808
#> GSM682007 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 2 0.6126 0.2362 0.000 0.600 0.400
#> GSM682010 3 0.5905 0.2718 0.352 0.000 0.648
#> GSM682011 3 0.4702 0.6826 0.212 0.000 0.788
#> GSM682096 2 0.1163 0.8798 0.000 0.972 0.028
#> GSM682097 2 0.4346 0.7604 0.000 0.816 0.184
#> GSM682098 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 3 0.4702 0.7003 0.000 0.212 0.788
#> GSM682100 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682104 3 0.6079 0.1302 0.000 0.388 0.612
#> GSM682105 1 0.5810 0.4239 0.664 0.000 0.336
#> GSM682106 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 3 0.4702 0.6826 0.212 0.000 0.788
#> GSM682108 3 0.2165 0.7626 0.064 0.000 0.936
#> GSM682109 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.0237 0.7691 0.004 0.000 0.996
#> GSM682111 2 0.6154 0.4476 0.000 0.592 0.408
#> GSM682112 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682113 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 1 0.4702 0.7374 0.788 0.000 0.212
#> GSM682115 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682116 1 0.0424 0.8558 0.992 0.000 0.008
#> GSM682117 3 0.5138 0.6424 0.252 0.000 0.748
#> GSM682118 1 0.6295 0.3495 0.528 0.000 0.472
#> GSM682119 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682120 1 0.4399 0.7573 0.812 0.000 0.188
#> GSM682121 1 0.6305 0.3071 0.516 0.000 0.484
#> GSM682122 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.4702 0.7003 0.000 0.212 0.788
#> GSM682028 3 0.4702 0.7003 0.000 0.212 0.788
#> GSM682029 3 0.4702 0.7003 0.000 0.212 0.788
#> GSM682030 3 0.4883 0.7032 0.004 0.208 0.788
#> GSM682031 3 0.4883 0.7032 0.004 0.208 0.788
#> GSM682032 3 0.4883 0.7032 0.004 0.208 0.788
#> GSM682033 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 2 0.6483 0.0590 0.004 0.544 0.452
#> GSM681993 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM681994 3 0.0237 0.7691 0.004 0.000 0.996
#> GSM681995 3 0.4654 0.6858 0.208 0.000 0.792
#> GSM681996 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM681997 3 0.0237 0.7691 0.004 0.000 0.996
#> GSM681998 3 0.0237 0.7691 0.004 0.000 0.996
#> GSM681999 3 0.5863 0.7337 0.084 0.120 0.796
#> GSM682000 3 0.4702 0.6826 0.212 0.000 0.788
#> GSM682001 3 0.4654 0.6858 0.208 0.000 0.792
#> GSM682055 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682056 2 0.4654 0.7388 0.000 0.792 0.208
#> GSM682057 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.4750 0.6971 0.000 0.216 0.784
#> GSM682059 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682061 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.2384 0.8135 0.936 0.056 0.008
#> GSM682065 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0237 0.8558 0.996 0.000 0.004
#> GSM682067 1 0.3851 0.7372 0.860 0.136 0.004
#> GSM682068 3 0.6168 0.3444 0.412 0.000 0.588
#> GSM682069 1 0.3851 0.7372 0.860 0.136 0.004
#> GSM682070 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682071 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682072 3 0.5926 0.2237 0.000 0.356 0.644
#> GSM682073 3 0.0000 0.7680 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682075 1 0.6062 0.3069 0.616 0.000 0.384
#> GSM682076 1 0.6280 0.3778 0.540 0.000 0.460
#> GSM682077 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682078 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682079 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682080 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682081 3 0.2261 0.7285 0.000 0.068 0.932
#> GSM682082 3 0.6180 -0.0389 0.416 0.000 0.584
#> GSM682083 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682084 1 0.4702 0.7374 0.788 0.000 0.212
#> GSM682085 3 0.6111 0.0627 0.396 0.000 0.604
#> GSM682086 1 0.5988 0.3489 0.632 0.000 0.368
#> GSM682087 1 0.6299 0.3396 0.524 0.000 0.476
#> GSM682088 1 0.4399 0.7573 0.812 0.000 0.188
#> GSM682089 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682090 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682091 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682093 1 0.6895 0.6687 0.716 0.072 0.212
#> GSM682094 1 0.6026 0.3284 0.624 0.000 0.376
#> GSM682095 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM681983 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 2 0.0237 0.8992 0.000 0.996 0.004
#> GSM681985 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM681986 2 0.2448 0.8377 0.000 0.924 0.076
#> GSM681987 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM681988 3 0.6062 0.1412 0.000 0.384 0.616
#> GSM681989 2 0.6267 0.0697 0.000 0.548 0.452
#> GSM681990 3 0.0237 0.7691 0.004 0.000 0.996
#> GSM681991 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682036 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682040 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682041 1 0.4399 0.7573 0.812 0.000 0.188
#> GSM682042 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682043 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682048 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.4291 0.7630 0.820 0.000 0.180
#> GSM682050 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682052 2 0.4702 0.7362 0.000 0.788 0.212
#> GSM682053 1 0.4654 0.7412 0.792 0.000 0.208
#> GSM682054 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682124 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0475 0.8555 0.992 0.004 0.004
#> GSM682126 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 3 0.6260 -0.0960 0.448 0.000 0.552
#> GSM682129 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.6305 -0.0351 0.516 0.000 0.484
#> GSM682133 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0237 0.8568 0.996 0.000 0.004
#> GSM682135 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.5058 0.5960 0.756 0.000 0.244
#> GSM682138 1 0.4291 0.7630 0.820 0.000 0.180
#> GSM682139 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.2165 0.8307 0.936 0.000 0.064
#> GSM682141 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.8576 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.9016 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.6644 0.40186 0.088 0.000 0.392 0.520
#> GSM682003 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682005 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682006 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682007 3 0.4992 0.22873 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM682008 4 0.4907 0.00365 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM682009 2 0.5971 0.37591 0.000 0.584 0.048 0.368
#> GSM682010 3 0.4920 0.37732 0.004 0.000 0.628 0.368
#> GSM682011 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.1940 0.86391 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM682097 3 0.4955 0.34957 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682099 4 0.3726 0.65515 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM682100 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682103 3 0.2704 0.52836 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM682104 3 0.5346 0.51802 0.000 0.076 0.732 0.192
#> GSM682105 4 0.5969 0.45117 0.044 0.000 0.392 0.564
#> GSM682106 3 0.4866 0.03705 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM682107 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682108 3 0.6265 0.21237 0.056 0.000 0.500 0.444
#> GSM682109 3 0.4855 0.34396 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM682110 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682111 3 0.6548 0.51305 0.000 0.276 0.608 0.116
#> GSM682112 3 0.4991 0.43352 0.004 0.388 0.608 0.000
#> GSM682113 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682114 3 0.0188 0.55330 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682115 1 0.4830 0.51176 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM682116 1 0.6253 0.42931 0.544 0.000 0.396 0.060
#> GSM682117 4 0.4482 0.54524 0.264 0.000 0.008 0.728
#> GSM682118 3 0.5018 0.41211 0.088 0.000 0.768 0.144
#> GSM682119 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682120 3 0.5482 0.04773 0.368 0.000 0.608 0.024
#> GSM682121 4 0.6179 0.43632 0.056 0.000 0.392 0.552
#> GSM682122 3 0.0469 0.55177 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM682012 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682028 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681992 2 0.5980 0.31790 0.000 0.560 0.044 0.396
#> GSM681993 3 0.4830 0.42935 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM681994 4 0.3764 0.65213 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM681995 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681996 4 0.0707 0.75355 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM681997 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681998 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681999 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682000 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682001 4 0.0000 0.76961 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682055 2 0.0188 0.94183 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682056 3 0.4866 0.41846 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.4790 0.50797 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM682059 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682061 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682065 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682066 1 0.3852 0.71914 0.800 0.000 0.192 0.008
#> GSM682067 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682068 4 0.3616 0.69031 0.112 0.000 0.036 0.852
#> GSM682069 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.85994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682071 3 0.4843 0.42492 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM682072 3 0.5313 0.37239 0.000 0.016 0.608 0.376
#> GSM682073 3 0.4843 0.34886 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM682074 3 0.3688 0.45254 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM682075 4 0.4936 0.51479 0.004 0.000 0.372 0.624
#> GSM682076 3 0.5042 0.41825 0.096 0.000 0.768 0.136
#> GSM682077 1 0.4500 0.60382 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM682078 3 0.3649 0.45891 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM682079 1 0.4830 0.51176 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM682080 3 0.4830 0.42935 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM682081 3 0.5326 0.36920 0.000 0.016 0.604 0.380
#> GSM682082 3 0.1489 0.53374 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM682083 1 0.4830 0.51176 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM682084 3 0.0188 0.55420 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682085 3 0.0188 0.55330 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682086 4 0.5404 0.12723 0.476 0.000 0.012 0.512
#> GSM682087 3 0.4966 0.40082 0.076 0.000 0.768 0.156
#> GSM682088 3 0.4843 -0.02123 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM682089 3 0.2921 0.52222 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM682090 3 0.3074 0.51665 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM682091 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682092 1 0.4830 0.51176 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM682093 3 0.4564 0.40181 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM682094 1 0.5399 -0.02621 0.520 0.000 0.012 0.468
#> GSM682095 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.4830 0.42935 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM681983 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM681984 2 0.1389 0.89929 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM681985 3 0.5112 0.43678 0.008 0.384 0.608 0.000
#> GSM681986 2 0.5393 0.56003 0.000 0.688 0.044 0.268
#> GSM681987 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681988 3 0.5573 0.38160 0.000 0.028 0.604 0.368
#> GSM681989 2 0.6016 0.28050 0.000 0.544 0.044 0.412
#> GSM681990 4 0.4855 0.05633 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM681991 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682035 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682036 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682037 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682038 2 0.0707 0.92752 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM682039 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682040 3 0.4888 0.40319 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM682041 1 0.3837 0.68374 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM682042 3 0.4991 0.43352 0.004 0.388 0.608 0.000
#> GSM682043 1 0.1557 0.83297 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM682044 1 0.0188 0.86077 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682045 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682046 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682047 3 0.3610 0.46481 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM682048 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682049 1 0.4977 0.39373 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM682050 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682051 3 0.3172 0.51238 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM682052 3 0.4991 0.43352 0.004 0.388 0.608 0.000
#> GSM682053 1 0.4977 -0.01197 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM682054 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.85994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682125 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682126 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682127 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682128 4 0.5364 0.48056 0.016 0.000 0.392 0.592
#> GSM682129 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 4 0.4720 0.56142 0.004 0.000 0.324 0.672
#> GSM682133 1 0.4564 0.58907 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.85994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682136 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682137 4 0.6483 0.40829 0.076 0.000 0.392 0.532
#> GSM682138 1 0.4996 0.34043 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM682139 1 0.0188 0.85866 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682140 1 0.4955 0.42526 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM682141 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682142 1 0.0336 0.86148 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.1282 0.88510 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> GSM682003 2 0.3143 0.72027 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM682004 2 0.1965 0.84695 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM682005 3 0.1608 0.86700 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM682006 3 0.1544 0.86669 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM682007 3 0.4768 0.38262 0.000 0.000 0.592 0.024 0.384
#> GSM682008 3 0.3684 0.63240 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM682009 5 0.4768 0.62069 0.008 0.244 0.044 0.000 0.704
#> GSM682010 5 0.2868 0.77839 0.012 0.000 0.072 0.032 0.884
#> GSM682011 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM682096 2 0.1732 0.86487 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM682097 2 0.5246 0.39302 0.000 0.596 0.060 0.000 0.344
#> GSM682098 2 0.1410 0.87793 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM682099 3 0.0566 0.85438 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682100 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.1478 0.87516 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0609 0.93572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682103 4 0.0162 0.90948 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682104 5 0.2437 0.80914 0.000 0.004 0.060 0.032 0.904
#> GSM682105 4 0.1270 0.87885 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM682106 4 0.5180 0.36630 0.000 0.000 0.312 0.624 0.064
#> GSM682107 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM682108 5 0.3388 0.68921 0.008 0.000 0.200 0.000 0.792
#> GSM682109 5 0.2377 0.76103 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM682110 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM682111 5 0.0324 0.82242 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM682112 5 0.1768 0.83390 0.004 0.072 0.000 0.000 0.924
#> GSM682113 1 0.0290 0.93829 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682114 4 0.3730 0.60896 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM682115 4 0.0162 0.91027 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682116 4 0.0162 0.91027 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682117 3 0.5464 0.43559 0.348 0.000 0.584 0.004 0.064
#> GSM682118 4 0.0727 0.90181 0.004 0.000 0.004 0.980 0.012
#> GSM682119 1 0.1571 0.88806 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> GSM682120 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682122 4 0.3796 0.59286 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM682012 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1478 0.87516 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0404 0.93827 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682025 2 0.0162 0.91366 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682028 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682029 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682030 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682031 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682032 3 0.0162 0.85822 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682033 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681992 5 0.5256 0.44808 0.008 0.048 0.324 0.000 0.620
#> GSM681993 5 0.1608 0.83388 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM681994 3 0.2423 0.83166 0.000 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM681995 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM681996 3 0.2020 0.85070 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM681997 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM681998 3 0.1544 0.86669 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM681999 3 0.1478 0.86789 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM682000 3 0.1410 0.86802 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM682001 3 0.1638 0.86689 0.004 0.000 0.932 0.000 0.064
#> GSM682055 2 0.2471 0.80230 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM682056 2 0.7238 0.23958 0.000 0.496 0.060 0.156 0.288
#> GSM682057 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.4597 0.49656 0.000 0.024 0.672 0.300 0.004
#> GSM682059 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0992 0.90179 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM682061 2 0.4302 0.03205 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM682062 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682065 1 0.0404 0.93827 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682066 1 0.3530 0.72042 0.784 0.000 0.012 0.204 0.000
#> GSM682067 1 0.0404 0.93341 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682068 3 0.1918 0.84657 0.036 0.000 0.928 0.036 0.000
#> GSM682069 1 0.0404 0.93341 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682070 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682071 5 0.2813 0.76753 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM682072 5 0.0404 0.82026 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM682073 5 0.2074 0.77507 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM682074 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682075 3 0.3689 0.63556 0.004 0.000 0.740 0.256 0.000
#> GSM682076 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.4242 0.25223 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> GSM682078 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682079 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682080 5 0.1608 0.83388 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM682081 5 0.0609 0.81856 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM682082 4 0.0290 0.90709 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682083 4 0.0162 0.91027 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682084 4 0.3796 0.59286 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM682085 4 0.3796 0.59286 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM682086 3 0.5601 0.14123 0.452 0.000 0.488 0.008 0.052
#> GSM682087 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682092 4 0.0609 0.89958 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM682093 5 0.2624 0.76984 0.116 0.000 0.000 0.012 0.872
#> GSM682094 1 0.5641 -0.00481 0.504 0.000 0.432 0.008 0.056
#> GSM682095 2 0.1270 0.88289 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM681982 5 0.1608 0.83388 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM681983 1 0.0898 0.93228 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM681984 5 0.3048 0.76456 0.004 0.176 0.000 0.000 0.820
#> GSM681985 5 0.1704 0.83366 0.004 0.068 0.000 0.000 0.928
#> GSM681986 5 0.5680 0.65428 0.008 0.176 0.160 0.000 0.656
#> GSM681987 2 0.3816 0.53372 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM681988 5 0.0898 0.82297 0.000 0.008 0.020 0.000 0.972
#> GSM681989 5 0.4445 0.52387 0.000 0.024 0.300 0.000 0.676
#> GSM681990 5 0.4415 0.34256 0.008 0.000 0.388 0.000 0.604
#> GSM681991 2 0.1965 0.84695 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM682034 1 0.0404 0.93827 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682035 1 0.0609 0.93572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682036 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682037 1 0.0510 0.93745 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682038 5 0.4088 0.44971 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM682039 1 0.0609 0.92914 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682040 5 0.3003 0.74086 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM682041 4 0.3143 0.70286 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM682042 5 0.1732 0.83109 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM682043 1 0.3424 0.68631 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM682044 1 0.0290 0.93829 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682045 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682046 1 0.0510 0.93745 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682047 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0671 0.93317 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM682049 4 0.0162 0.91027 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682050 1 0.0510 0.93745 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682051 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682052 5 0.1671 0.83275 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM682053 1 0.5119 0.32874 0.592 0.000 0.000 0.048 0.360
#> GSM682054 1 0.0609 0.93572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682123 1 0.0451 0.93642 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM682124 1 0.0290 0.93829 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682125 1 0.0771 0.93087 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM682126 1 0.0510 0.93745 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682127 1 0.0404 0.93827 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682128 4 0.1608 0.86318 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.91459 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.3318 0.73320 0.012 0.000 0.808 0.180 0.000
#> GSM682133 4 0.4305 -0.03036 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM682134 1 0.0451 0.93796 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM682135 1 0.0162 0.93607 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682136 1 0.0609 0.93572 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682137 4 0.0880 0.89387 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM682138 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0324 0.93709 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682140 4 0.0000 0.91148 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0510 0.93745 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682142 1 0.0290 0.93829 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682143 2 0.2891 0.75844 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.1692 0.8389 0.048 0.000 0.008 0.932 0.000 0.012
#> GSM682003 2 0.4229 0.2506 0.000 0.548 0.016 0.000 0.436 0.000
#> GSM682004 2 0.3738 0.5879 0.000 0.704 0.016 0.000 0.280 0.000
#> GSM682005 6 0.3956 0.5113 0.000 0.000 0.252 0.000 0.036 0.712
#> GSM682006 3 0.3911 0.3790 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> GSM682007 3 0.6338 0.1445 0.000 0.000 0.476 0.028 0.296 0.200
#> GSM682008 6 0.5634 0.0919 0.000 0.000 0.416 0.000 0.148 0.436
#> GSM682009 3 0.3979 0.4219 0.000 0.020 0.708 0.000 0.264 0.008
#> GSM682010 3 0.1536 0.5829 0.000 0.000 0.940 0.004 0.040 0.016
#> GSM682011 3 0.3390 0.5071 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM682096 2 0.3288 0.6388 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM682097 5 0.5670 0.5443 0.000 0.228 0.024 0.000 0.600 0.148
#> GSM682098 2 0.2912 0.7090 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM682099 6 0.0508 0.7208 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> GSM682100 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.2416 0.7636 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM682102 1 0.0891 0.8986 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682104 5 0.4593 0.6665 0.000 0.000 0.188 0.012 0.712 0.088
#> GSM682105 4 0.1245 0.8498 0.000 0.000 0.016 0.952 0.000 0.032
#> GSM682106 4 0.5089 0.1784 0.000 0.000 0.408 0.524 0.008 0.060
#> GSM682107 3 0.3309 0.5209 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM682108 3 0.1644 0.5899 0.000 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> GSM682109 3 0.4758 -0.2302 0.000 0.000 0.476 0.000 0.476 0.048
#> GSM682110 3 0.3126 0.5394 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM682111 5 0.2969 0.6777 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM682112 5 0.0692 0.7226 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> GSM682113 1 0.0748 0.9007 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004 0.000
#> GSM682114 4 0.4750 0.3668 0.000 0.000 0.064 0.596 0.340 0.000
#> GSM682115 4 0.0865 0.8565 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM682116 4 0.0865 0.8565 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.4209 0.5463 0.104 0.000 0.736 0.000 0.000 0.160
#> GSM682118 4 0.3464 0.5068 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM682119 3 0.3514 0.4604 0.228 0.000 0.752 0.000 0.020 0.000
#> GSM682120 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682122 4 0.5898 0.1319 0.000 0.000 0.152 0.488 0.348 0.012
#> GSM682012 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0458 0.8735 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.2416 0.7636 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM682022 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0146 0.9005 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 6 0.0146 0.7253 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM682028 6 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 6 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.0603 0.8724 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM681992 3 0.4406 0.5513 0.000 0.008 0.728 0.000 0.176 0.088
#> GSM681993 5 0.3062 0.7137 0.000 0.024 0.160 0.000 0.816 0.000
#> GSM681994 6 0.4646 0.3972 0.000 0.000 0.324 0.060 0.000 0.616
#> GSM681995 3 0.3860 0.1393 0.000 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM681996 6 0.4933 0.2181 0.000 0.000 0.432 0.000 0.064 0.504
#> GSM681997 6 0.3756 0.3798 0.000 0.000 0.352 0.000 0.004 0.644
#> GSM681998 3 0.3975 0.1610 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> GSM681999 3 0.3330 0.5213 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM682000 6 0.3330 0.5036 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM682001 3 0.3076 0.5510 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM682055 2 0.4039 0.1653 0.000 0.568 0.008 0.000 0.424 0.000
#> GSM682056 5 0.7329 0.4527 0.000 0.252 0.032 0.092 0.476 0.148
#> GSM682057 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 6 0.2452 0.6488 0.000 0.028 0.004 0.084 0.000 0.884
#> GSM682059 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.1232 0.8611 0.000 0.956 0.016 0.000 0.024 0.004
#> GSM682061 5 0.4121 0.3192 0.000 0.380 0.016 0.000 0.604 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.2230 0.8723 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024 0.000
#> GSM682065 1 0.0146 0.9005 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3962 0.7204 0.772 0.000 0.096 0.128 0.000 0.004
#> GSM682067 1 0.1984 0.8774 0.912 0.000 0.032 0.000 0.056 0.000
#> GSM682068 6 0.4067 0.6026 0.064 0.000 0.172 0.008 0.000 0.756
#> GSM682069 1 0.2046 0.8756 0.908 0.000 0.032 0.000 0.060 0.000
#> GSM682070 1 0.2147 0.8738 0.896 0.000 0.084 0.000 0.020 0.000
#> GSM682071 5 0.4125 0.7036 0.000 0.128 0.124 0.000 0.748 0.000
#> GSM682072 5 0.3266 0.6329 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM682073 5 0.4989 0.4752 0.000 0.000 0.316 0.000 0.592 0.092
#> GSM682074 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682075 6 0.5217 0.4837 0.044 0.000 0.064 0.240 0.000 0.652
#> GSM682076 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3695 0.4321 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM682078 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.3381 0.7164 0.000 0.044 0.156 0.000 0.800 0.000
#> GSM682081 5 0.3778 0.6185 0.000 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020
#> GSM682082 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682083 4 0.1010 0.8547 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000 0.000
#> GSM682084 4 0.4938 0.3390 0.000 0.000 0.080 0.580 0.340 0.000
#> GSM682085 4 0.4938 0.3390 0.000 0.000 0.080 0.580 0.340 0.000
#> GSM682086 3 0.4418 0.5005 0.192 0.000 0.708 0.000 0.000 0.100
#> GSM682087 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682091 1 0.2383 0.8648 0.880 0.000 0.096 0.000 0.024 0.000
#> GSM682092 4 0.0405 0.8689 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> GSM682093 5 0.2806 0.6667 0.060 0.000 0.056 0.012 0.872 0.000
#> GSM682094 3 0.4299 0.5060 0.188 0.000 0.720 0.000 0.000 0.092
#> GSM682095 2 0.2653 0.7582 0.000 0.844 0.012 0.000 0.144 0.000
#> GSM681982 5 0.1341 0.7269 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948 0.000
#> GSM681983 1 0.1787 0.8729 0.920 0.000 0.068 0.008 0.000 0.004
#> GSM681984 5 0.3319 0.6287 0.000 0.164 0.036 0.000 0.800 0.000
#> GSM681985 5 0.0405 0.7176 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM681986 3 0.4578 0.1724 0.000 0.036 0.520 0.000 0.444 0.000
#> GSM681987 2 0.4242 0.2168 0.000 0.536 0.016 0.000 0.448 0.000
#> GSM681988 5 0.3023 0.6721 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM681989 3 0.4267 0.4532 0.000 0.004 0.692 0.000 0.260 0.044
#> GSM681990 3 0.1829 0.5952 0.000 0.000 0.920 0.000 0.024 0.056
#> GSM681991 2 0.3778 0.5756 0.000 0.696 0.016 0.000 0.288 0.000
#> GSM682034 1 0.0405 0.9008 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0520 0.9008 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.2911 0.8301 0.832 0.000 0.144 0.000 0.024 0.000
#> GSM682037 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.4131 0.1921 0.000 0.384 0.016 0.000 0.600 0.000
#> GSM682039 1 0.4220 0.7531 0.732 0.000 0.096 0.000 0.172 0.000
#> GSM682040 5 0.1765 0.7096 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM682041 4 0.2941 0.6629 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM682042 5 0.0713 0.7245 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682043 1 0.3984 0.4891 0.648 0.000 0.016 0.336 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0405 0.9008 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.2905 0.8580 0.852 0.000 0.084 0.000 0.064 0.000
#> GSM682046 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682048 1 0.3456 0.7911 0.788 0.000 0.040 0.000 0.172 0.000
#> GSM682049 4 0.1007 0.8520 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.0777 0.7252 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972 0.000
#> GSM682053 5 0.4770 0.1362 0.396 0.000 0.032 0.012 0.560 0.000
#> GSM682054 1 0.0806 0.8989 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.1921 0.8790 0.916 0.000 0.032 0.000 0.052 0.000
#> GSM682124 1 0.0146 0.9005 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3512 0.7633 0.772 0.000 0.032 0.000 0.196 0.000
#> GSM682126 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0551 0.9008 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> GSM682128 4 0.3769 0.3982 0.000 0.000 0.004 0.640 0.000 0.356
#> GSM682129 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 6 0.4199 0.6153 0.064 0.000 0.044 0.112 0.000 0.780
#> GSM682133 1 0.4405 0.3862 0.604 0.000 0.008 0.368 0.000 0.020
#> GSM682134 1 0.1341 0.8884 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024 0.000
#> GSM682135 1 0.1765 0.8853 0.924 0.000 0.052 0.000 0.024 0.000
#> GSM682136 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.1196 0.8471 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> GSM682138 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.1261 0.8895 0.952 0.000 0.024 0.000 0.024 0.000
#> GSM682140 4 0.0000 0.8731 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0717 0.8997 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0922 0.9002 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004 0.000
#> GSM682143 2 0.4205 0.2933 0.000 0.564 0.016 0.000 0.420 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:skmeans 161 1.40e-05 8.11e-03 2
#> SD:skmeans 141 4.90e-06 4.25e-06 3
#> SD:skmeans 116 5.83e-06 4.00e-05 4
#> SD:skmeans 147 4.46e-09 7.54e-07 5
#> SD:skmeans 130 2.21e-09 1.75e-04 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.754 0.882 0.935 0.4403 0.557 0.557
#> 3 3 0.476 0.580 0.821 0.4435 0.669 0.463
#> 4 4 0.482 0.501 0.727 0.1347 0.787 0.477
#> 5 5 0.547 0.656 0.772 0.0584 0.860 0.554
#> 6 6 0.593 0.444 0.713 0.0507 0.870 0.525
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.8661 0.601 0.288 0.712
#> GSM682006 1 0.4161 0.900 0.916 0.084
#> GSM682007 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM682008 2 0.9983 0.057 0.476 0.524
#> GSM682009 1 0.9710 0.412 0.600 0.400
#> GSM682010 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682011 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.1633 0.915 0.024 0.976
#> GSM682097 2 0.7602 0.722 0.220 0.780
#> GSM682098 2 0.0376 0.921 0.004 0.996
#> GSM682099 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM682100 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682101 1 0.7674 0.775 0.776 0.224
#> GSM682102 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682104 1 0.4022 0.922 0.920 0.080
#> GSM682105 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682107 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682109 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682110 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682111 1 0.4815 0.904 0.896 0.104
#> GSM682112 1 0.6887 0.823 0.816 0.184
#> GSM682113 1 0.2043 0.935 0.968 0.032
#> GSM682114 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682115 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682120 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682012 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.2948 0.933 0.948 0.052
#> GSM682025 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.3584 0.889 0.068 0.932
#> GSM682028 2 0.3584 0.889 0.068 0.932
#> GSM682029 2 0.3584 0.889 0.068 0.932
#> GSM682030 2 0.4815 0.873 0.104 0.896
#> GSM682031 2 0.3879 0.884 0.076 0.924
#> GSM682032 2 0.3879 0.884 0.076 0.924
#> GSM682033 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.9944 0.112 0.456 0.544
#> GSM681993 1 0.8861 0.641 0.696 0.304
#> GSM681994 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM681995 1 0.0376 0.932 0.996 0.004
#> GSM681996 1 0.6712 0.787 0.824 0.176
#> GSM681997 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM681998 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM681999 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM682000 1 0.3274 0.903 0.940 0.060
#> GSM682001 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682055 2 0.1414 0.915 0.020 0.980
#> GSM682056 1 0.9209 0.578 0.664 0.336
#> GSM682057 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.7219 0.782 0.200 0.800
#> GSM682059 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.7674 0.710 0.224 0.776
#> GSM682061 2 0.3431 0.893 0.064 0.936
#> GSM682062 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0376 0.921 0.004 0.996
#> GSM682064 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682065 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682066 1 0.1633 0.935 0.976 0.024
#> GSM682067 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682068 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682070 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682071 2 0.6801 0.771 0.180 0.820
#> GSM682072 1 0.3584 0.929 0.932 0.068
#> GSM682073 1 0.8909 0.634 0.692 0.308
#> GSM682074 1 0.2603 0.934 0.956 0.044
#> GSM682075 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682078 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.9000 0.621 0.684 0.316
#> GSM682081 1 0.8955 0.626 0.688 0.312
#> GSM682082 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682083 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682085 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682086 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682089 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682090 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682092 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682093 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682094 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.8713 0.584 0.292 0.708
#> GSM681983 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.3733 0.887 0.072 0.928
#> GSM681985 1 0.7376 0.792 0.792 0.208
#> GSM681986 2 0.3879 0.885 0.076 0.924
#> GSM681987 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.3733 0.887 0.072 0.928
#> GSM681989 2 0.3879 0.885 0.076 0.924
#> GSM681990 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM681991 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682035 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682036 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682037 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682038 2 0.3431 0.892 0.064 0.936
#> GSM682039 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682040 2 0.9580 0.360 0.380 0.620
#> GSM682041 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682042 1 0.8327 0.713 0.736 0.264
#> GSM682043 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.2423 0.934 0.960 0.040
#> GSM682046 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682048 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682049 1 0.3274 0.931 0.940 0.060
#> GSM682050 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682052 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682053 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682054 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682124 1 0.2948 0.932 0.948 0.052
#> GSM682125 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682126 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.1633 0.935 0.976 0.024
#> GSM682128 1 0.0672 0.934 0.992 0.008
#> GSM682129 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.922 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682135 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682136 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.3431 0.931 0.936 0.064
#> GSM682140 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.3431 0.892 0.064 0.936
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682003 2 0.4291 0.7191 0.000 0.820 0.180
#> GSM682004 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.0424 0.6743 0.008 0.000 0.992
#> GSM682006 3 0.4796 0.4762 0.220 0.000 0.780
#> GSM682007 3 0.5733 0.3106 0.324 0.000 0.676
#> GSM682008 3 0.1529 0.6613 0.040 0.000 0.960
#> GSM682009 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM682010 3 0.0747 0.6755 0.016 0.000 0.984
#> GSM682011 1 0.4702 0.5562 0.788 0.000 0.212
#> GSM682096 2 0.9287 0.4393 0.188 0.508 0.304
#> GSM682097 3 0.6188 0.5244 0.040 0.216 0.744
#> GSM682098 2 0.6189 0.4942 0.004 0.632 0.364
#> GSM682099 1 0.5016 0.5374 0.760 0.000 0.240
#> GSM682100 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 1 0.9793 -0.1303 0.388 0.236 0.376
#> GSM682102 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.5016 0.5275 0.760 0.000 0.240
#> GSM682104 3 0.3340 0.6046 0.120 0.000 0.880
#> GSM682105 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682106 3 0.6244 0.1259 0.440 0.000 0.560
#> GSM682107 1 0.6111 0.2413 0.604 0.000 0.396
#> GSM682108 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM682109 3 0.0000 0.6745 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.5785 0.3001 0.332 0.000 0.668
#> GSM682111 3 0.0000 0.6745 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM682113 1 0.4654 0.5965 0.792 0.000 0.208
#> GSM682114 3 0.6267 0.3056 0.452 0.000 0.548
#> GSM682115 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682116 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682117 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682118 3 0.5882 0.2796 0.348 0.000 0.652
#> GSM682119 1 0.4974 0.5966 0.764 0.000 0.236
#> GSM682120 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682121 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682122 3 0.3412 0.6445 0.124 0.000 0.876
#> GSM682012 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.5497 0.5921 0.000 0.708 0.292
#> GSM682017 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.2959 0.8001 0.000 0.900 0.100
#> GSM682019 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.2959 0.8001 0.000 0.900 0.100
#> GSM682022 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.2959 0.8001 0.000 0.900 0.100
#> GSM682024 1 0.6633 0.5386 0.728 0.212 0.060
#> GSM682025 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.7536 0.5637 0.304 0.632 0.064
#> GSM682028 2 0.7285 0.5493 0.320 0.632 0.048
#> GSM682029 2 0.7285 0.5493 0.320 0.632 0.048
#> GSM682030 2 0.7285 0.5493 0.320 0.632 0.048
#> GSM682031 2 0.7285 0.5493 0.320 0.632 0.048
#> GSM682032 2 0.7285 0.5493 0.320 0.632 0.048
#> GSM682033 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 3 0.1163 0.6741 0.028 0.000 0.972
#> GSM681993 3 0.0000 0.6745 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.5016 0.5398 0.760 0.000 0.240
#> GSM681995 1 0.6215 0.1888 0.572 0.000 0.428
#> GSM681996 3 0.5733 0.3106 0.324 0.000 0.676
#> GSM681997 3 0.5733 0.3107 0.324 0.000 0.676
#> GSM681998 3 0.5733 0.3107 0.324 0.000 0.676
#> GSM681999 3 0.6295 -0.0135 0.472 0.000 0.528
#> GSM682000 1 0.6225 0.1814 0.568 0.000 0.432
#> GSM682001 1 0.6204 0.1909 0.576 0.000 0.424
#> GSM682055 2 0.6045 0.4590 0.000 0.620 0.380
#> GSM682056 3 0.7169 0.3642 0.404 0.028 0.568
#> GSM682057 2 0.0237 0.8526 0.000 0.996 0.004
#> GSM682058 1 0.8395 0.3078 0.568 0.328 0.104
#> GSM682059 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.5292 0.5183 0.008 0.228 0.764
#> GSM682061 2 0.6308 0.1660 0.000 0.508 0.492
#> GSM682062 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.1529 0.8358 0.000 0.960 0.040
#> GSM682064 3 0.2537 0.6605 0.080 0.000 0.920
#> GSM682065 1 0.5706 0.3223 0.680 0.000 0.320
#> GSM682066 1 0.6192 0.0651 0.580 0.000 0.420
#> GSM682067 3 0.4931 0.5610 0.232 0.000 0.768
#> GSM682068 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682069 3 0.6215 0.3542 0.428 0.000 0.572
#> GSM682070 1 0.5560 0.3809 0.700 0.000 0.300
#> GSM682071 3 0.4399 0.5503 0.000 0.188 0.812
#> GSM682072 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM682073 3 0.0237 0.6739 0.004 0.000 0.996
#> GSM682074 1 0.6286 -0.1060 0.536 0.000 0.464
#> GSM682075 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682077 3 0.6274 0.3053 0.456 0.000 0.544
#> GSM682078 1 0.2261 0.7378 0.932 0.000 0.068
#> GSM682079 1 0.2066 0.7453 0.940 0.000 0.060
#> GSM682080 3 0.0000 0.6745 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0237 0.6745 0.004 0.000 0.996
#> GSM682082 1 0.5016 0.5374 0.760 0.000 0.240
#> GSM682083 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682084 3 0.5327 0.5250 0.272 0.000 0.728
#> GSM682085 3 0.6154 0.3757 0.408 0.000 0.592
#> GSM682086 1 0.3619 0.6582 0.864 0.000 0.136
#> GSM682087 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682088 3 0.6305 0.2471 0.484 0.000 0.516
#> GSM682089 3 0.6280 0.2888 0.460 0.000 0.540
#> GSM682090 1 0.3116 0.7102 0.892 0.000 0.108
#> GSM682091 3 0.6126 0.3900 0.400 0.000 0.600
#> GSM682092 1 0.4974 0.5332 0.764 0.000 0.236
#> GSM682093 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682094 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682095 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0237 0.6739 0.004 0.000 0.996
#> GSM681983 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM681984 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM681985 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM681986 3 0.0661 0.6751 0.008 0.004 0.988
#> GSM681987 2 0.5363 0.6260 0.000 0.724 0.276
#> GSM681988 3 0.0237 0.6741 0.000 0.004 0.996
#> GSM681989 3 0.0424 0.6753 0.008 0.000 0.992
#> GSM681990 3 0.0747 0.6743 0.016 0.000 0.984
#> GSM681991 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.5529 0.3780 0.704 0.000 0.296
#> GSM682035 1 0.5859 0.2776 0.656 0.000 0.344
#> GSM682036 3 0.2261 0.6646 0.068 0.000 0.932
#> GSM682037 3 0.6307 0.2283 0.488 0.000 0.512
#> GSM682038 3 0.0747 0.6720 0.000 0.016 0.984
#> GSM682039 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682040 3 0.4700 0.5623 0.008 0.180 0.812
#> GSM682041 3 0.6260 0.3270 0.448 0.000 0.552
#> GSM682042 3 0.0237 0.6739 0.004 0.000 0.996
#> GSM682043 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682045 1 0.3619 0.6680 0.864 0.000 0.136
#> GSM682046 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682047 3 0.6008 0.4306 0.372 0.000 0.628
#> GSM682048 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682049 1 0.6302 -0.1633 0.520 0.000 0.480
#> GSM682050 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682051 3 0.6267 0.3050 0.452 0.000 0.548
#> GSM682052 3 0.3752 0.6281 0.144 0.000 0.856
#> GSM682053 3 0.6235 0.3419 0.436 0.000 0.564
#> GSM682054 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682123 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682124 1 0.5431 0.4089 0.716 0.000 0.284
#> GSM682125 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682126 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.4605 0.5581 0.796 0.000 0.204
#> GSM682128 1 0.5058 0.5324 0.756 0.000 0.244
#> GSM682129 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8541 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682133 1 0.0000 0.7731 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 3 0.6244 0.3353 0.440 0.000 0.560
#> GSM682135 3 0.6215 0.3542 0.428 0.000 0.572
#> GSM682136 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.0424 0.7723 0.992 0.000 0.008
#> GSM682138 1 0.1031 0.7667 0.976 0.000 0.024
#> GSM682139 3 0.6244 0.3364 0.440 0.000 0.560
#> GSM682140 1 0.1031 0.7685 0.976 0.000 0.024
#> GSM682141 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0237 0.7731 0.996 0.000 0.004
#> GSM682143 3 0.6260 0.0935 0.000 0.448 0.552
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.3400 0.5269 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM682003 2 0.4039 0.7576 0.084 0.836 0.080 0.000
#> GSM682004 2 0.3754 0.7646 0.084 0.852 0.064 0.000
#> GSM682005 3 0.1833 0.7555 0.032 0.000 0.944 0.024
#> GSM682006 3 0.0804 0.7593 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM682007 3 0.3308 0.7301 0.036 0.000 0.872 0.092
#> GSM682008 3 0.2928 0.7416 0.052 0.000 0.896 0.052
#> GSM682009 3 0.3172 0.6397 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM682010 3 0.5769 0.4328 0.292 0.000 0.652 0.056
#> GSM682011 4 0.7581 -0.0321 0.380 0.000 0.196 0.424
#> GSM682096 3 0.7491 0.0921 0.004 0.368 0.468 0.160
#> GSM682097 3 0.6080 0.4986 0.000 0.236 0.664 0.100
#> GSM682098 2 0.5773 0.2691 0.004 0.564 0.408 0.024
#> GSM682099 4 0.1716 0.5831 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM682100 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.9904 -0.3145 0.256 0.288 0.272 0.184
#> GSM682102 4 0.2011 0.5691 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM682103 4 0.4610 0.4261 0.020 0.000 0.236 0.744
#> GSM682104 3 0.3764 0.6099 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM682105 4 0.2300 0.5770 0.064 0.000 0.016 0.920
#> GSM682106 4 0.4877 0.3138 0.008 0.000 0.328 0.664
#> GSM682107 1 0.7749 0.0717 0.408 0.000 0.236 0.356
#> GSM682108 3 0.2760 0.6757 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM682109 3 0.0336 0.7581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682110 3 0.4955 0.5616 0.024 0.000 0.708 0.268
#> GSM682111 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682112 3 0.1637 0.7376 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM682113 4 0.5927 0.1472 0.264 0.000 0.076 0.660
#> GSM682114 4 0.3942 0.4292 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM682115 4 0.4713 0.1841 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM682116 4 0.3266 0.5146 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM682117 4 0.4594 0.2358 0.280 0.000 0.008 0.712
#> GSM682118 3 0.7784 -0.0120 0.292 0.000 0.428 0.280
#> GSM682119 4 0.7894 -0.2014 0.332 0.000 0.296 0.372
#> GSM682120 4 0.1637 0.5770 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM682121 4 0.0000 0.5885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682122 3 0.2973 0.7240 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM682012 2 0.1211 0.7954 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.4647 0.5241 0.008 0.704 0.288 0.000
#> GSM682017 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.3486 0.6515 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.5102 0.6152 0.064 0.748 0.188 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.3486 0.6515 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM682024 1 0.4761 0.5985 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM682025 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.7925 0.4624 0.228 0.500 0.016 0.256
#> GSM682028 2 0.8001 0.4652 0.228 0.500 0.020 0.252
#> GSM682029 2 0.7925 0.4624 0.228 0.500 0.016 0.256
#> GSM682030 2 0.7925 0.4624 0.228 0.500 0.016 0.256
#> GSM682031 2 0.7925 0.4624 0.228 0.500 0.016 0.256
#> GSM682032 2 0.7925 0.4624 0.228 0.500 0.016 0.256
#> GSM682033 2 0.0707 0.7892 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM681992 3 0.6827 0.2689 0.304 0.000 0.568 0.128
#> GSM681993 3 0.1022 0.7536 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM681994 4 0.2722 0.5666 0.064 0.000 0.032 0.904
#> GSM681995 3 0.6805 0.2462 0.100 0.000 0.500 0.400
#> GSM681996 3 0.3652 0.7221 0.052 0.000 0.856 0.092
#> GSM681997 3 0.4188 0.7069 0.064 0.000 0.824 0.112
#> GSM681998 3 0.4614 0.6859 0.064 0.000 0.792 0.144
#> GSM681999 3 0.6436 0.4710 0.100 0.000 0.608 0.292
#> GSM682000 3 0.7192 0.2620 0.144 0.000 0.488 0.368
#> GSM682001 1 0.7837 0.0854 0.408 0.000 0.292 0.300
#> GSM682055 2 0.4941 0.2351 0.000 0.564 0.436 0.000
#> GSM682056 4 0.6903 0.1932 0.000 0.112 0.380 0.508
#> GSM682057 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.5512 0.4196 0.000 0.100 0.172 0.728
#> GSM682059 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4564 0.4223 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM682061 3 0.4898 0.2307 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM682062 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.2048 0.7699 0.064 0.928 0.008 0.000
#> GSM682064 3 0.5696 -0.1062 0.480 0.000 0.496 0.024
#> GSM682065 1 0.4817 0.5813 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM682066 1 0.6745 0.5001 0.480 0.000 0.092 0.428
#> GSM682067 1 0.6393 0.2001 0.480 0.000 0.456 0.064
#> GSM682068 4 0.4898 0.0621 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM682069 1 0.7551 0.4795 0.512 0.004 0.276 0.208
#> GSM682070 1 0.5950 0.5546 0.544 0.000 0.040 0.416
#> GSM682071 3 0.3610 0.6083 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682073 3 0.1635 0.7536 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM682074 4 0.5332 0.4165 0.080 0.000 0.184 0.736
#> GSM682075 4 0.1637 0.5770 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM682076 4 0.0000 0.5885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682077 1 0.6273 0.4878 0.488 0.000 0.056 0.456
#> GSM682078 4 0.1510 0.5856 0.028 0.000 0.016 0.956
#> GSM682079 4 0.2408 0.5840 0.044 0.000 0.036 0.920
#> GSM682080 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682081 3 0.2271 0.7472 0.008 0.000 0.916 0.076
#> GSM682082 4 0.0921 0.5868 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM682083 4 0.3311 0.5129 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM682084 3 0.4331 0.4957 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM682085 4 0.4543 0.3273 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM682086 4 0.6319 0.1021 0.312 0.000 0.084 0.604
#> GSM682087 4 0.0000 0.5885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682088 4 0.2408 0.5677 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM682089 4 0.2589 0.5590 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM682090 4 0.0000 0.5885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682091 4 0.7846 -0.1870 0.300 0.000 0.296 0.404
#> GSM682092 4 0.2469 0.5710 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM682093 3 0.5231 0.2287 0.012 0.000 0.604 0.384
#> GSM682094 4 0.4500 0.1432 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM682095 2 0.2081 0.7933 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0336 0.7581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM681983 1 0.4585 0.5110 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM681984 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681986 3 0.0336 0.7581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM681987 2 0.6607 0.2872 0.084 0.516 0.400 0.000
#> GSM681988 3 0.1635 0.7536 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM681989 3 0.0336 0.7581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM681990 3 0.1722 0.7540 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM681991 2 0.2412 0.7916 0.084 0.908 0.008 0.000
#> GSM682034 1 0.4477 0.6142 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM682035 1 0.4661 0.6035 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM682036 3 0.5792 0.0905 0.416 0.000 0.552 0.032
#> GSM682037 1 0.6340 0.5750 0.580 0.000 0.076 0.344
#> GSM682038 3 0.0779 0.7559 0.016 0.004 0.980 0.000
#> GSM682039 4 0.7876 -0.2413 0.352 0.000 0.280 0.368
#> GSM682040 3 0.4244 0.6122 0.032 0.168 0.800 0.000
#> GSM682041 4 0.7088 0.2374 0.228 0.000 0.204 0.568
#> GSM682042 3 0.0000 0.7569 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682043 4 0.3942 0.4742 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM682044 1 0.4477 0.6142 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM682045 1 0.6702 0.5590 0.616 0.000 0.168 0.216
#> GSM682046 1 0.4543 0.6058 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM682047 3 0.4996 -0.0420 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM682048 1 0.7289 0.4816 0.528 0.000 0.280 0.192
#> GSM682049 4 0.6055 0.0680 0.372 0.000 0.052 0.576
#> GSM682050 1 0.4564 0.6037 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM682051 4 0.6473 0.3168 0.108 0.000 0.280 0.612
#> GSM682052 3 0.2530 0.6872 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM682053 4 0.7785 -0.1625 0.284 0.000 0.288 0.428
#> GSM682054 4 0.4898 0.0332 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM682123 1 0.7062 0.5322 0.572 0.000 0.204 0.224
#> GSM682124 1 0.4477 0.6142 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM682125 1 0.7318 0.4794 0.524 0.000 0.280 0.196
#> GSM682126 1 0.4941 0.5151 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM682127 4 0.4998 -0.4332 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM682128 4 0.2408 0.5730 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM682129 2 0.0000 0.7931 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0336 0.7940 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.2011 0.7937 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM682132 4 0.4222 0.4851 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM682133 4 0.4624 0.2243 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM682134 1 0.5986 0.5988 0.620 0.000 0.060 0.320
#> GSM682135 1 0.7654 0.4452 0.464 0.000 0.284 0.252
#> GSM682136 1 0.4955 0.5030 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM682137 4 0.1474 0.5797 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM682138 4 0.4485 0.2897 0.248 0.000 0.012 0.740
#> GSM682139 1 0.6784 0.5233 0.600 0.000 0.244 0.156
#> GSM682140 4 0.3801 0.3626 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM682141 1 0.4713 0.5630 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM682142 1 0.4972 0.5046 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM682143 3 0.6564 0.1068 0.084 0.380 0.536 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.3750 0.6725 0.232 0.000 0.000 0.756 0.012
#> GSM682003 2 0.3647 0.5522 0.004 0.764 0.228 0.000 0.004
#> GSM682004 2 0.0324 0.8006 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM682005 3 0.0992 0.7866 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM682006 3 0.0290 0.7895 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682007 3 0.2286 0.7469 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> GSM682008 3 0.1892 0.7622 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM682009 3 0.4030 0.3297 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM682010 1 0.5490 0.4346 0.592 0.000 0.324 0.084 0.000
#> GSM682011 1 0.5854 0.5710 0.628 0.000 0.240 0.120 0.012
#> GSM682096 3 0.3284 0.7781 0.040 0.004 0.872 0.024 0.060
#> GSM682097 3 0.5732 0.5785 0.076 0.004 0.660 0.236 0.024
#> GSM682098 3 0.5720 0.6499 0.072 0.020 0.704 0.028 0.176
#> GSM682099 4 0.1717 0.7600 0.004 0.000 0.052 0.936 0.008
#> GSM682100 2 0.0162 0.8040 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.7634 0.3642 0.108 0.560 0.136 0.172 0.024
#> GSM682102 4 0.2561 0.7380 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM682103 4 0.5081 0.5794 0.140 0.000 0.132 0.720 0.008
#> GSM682104 3 0.3186 0.7805 0.080 0.000 0.864 0.048 0.008
#> GSM682105 4 0.2900 0.7548 0.108 0.000 0.028 0.864 0.000
#> GSM682106 4 0.4161 0.2915 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM682107 1 0.5981 0.5945 0.624 0.000 0.212 0.152 0.012
#> GSM682108 3 0.3730 0.4829 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM682109 3 0.1270 0.7908 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM682110 3 0.2818 0.7326 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM682111 3 0.1502 0.7905 0.056 0.000 0.940 0.004 0.000
#> GSM682112 3 0.3904 0.6818 0.216 0.000 0.764 0.008 0.012
#> GSM682113 1 0.5779 0.4932 0.492 0.000 0.076 0.428 0.004
#> GSM682114 4 0.1956 0.7625 0.012 0.000 0.052 0.928 0.008
#> GSM682115 4 0.4270 0.6092 0.320 0.000 0.000 0.668 0.012
#> GSM682116 4 0.3916 0.6606 0.256 0.000 0.000 0.732 0.012
#> GSM682117 1 0.5083 0.3959 0.492 0.000 0.020 0.480 0.008
#> GSM682118 1 0.6387 0.5467 0.516 0.000 0.248 0.236 0.000
#> GSM682119 1 0.5396 0.6491 0.688 0.000 0.156 0.148 0.008
#> GSM682120 4 0.2127 0.7515 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM682121 4 0.0290 0.7731 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682122 3 0.4599 0.7461 0.072 0.000 0.744 0.180 0.004
#> GSM682012 2 0.1952 0.7962 0.004 0.912 0.000 0.000 0.084
#> GSM682013 2 0.0162 0.8040 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.7037 0.3540 0.040 0.220 0.556 0.008 0.176
#> GSM682017 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.7155 0.5281 0.084 0.596 0.128 0.016 0.176
#> GSM682019 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682020 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.7224 0.5346 0.112 0.596 0.096 0.020 0.176
#> GSM682022 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682023 2 0.7110 0.5283 0.088 0.596 0.128 0.012 0.176
#> GSM682024 1 0.3177 0.6576 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM682025 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682026 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682027 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682028 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682029 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682030 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682031 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682032 5 0.0771 0.8105 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM682033 2 0.4767 0.7064 0.004 0.732 0.084 0.000 0.180
#> GSM681992 1 0.5310 0.4135 0.536 0.000 0.424 0.020 0.020
#> GSM681993 3 0.3503 0.7764 0.080 0.000 0.848 0.060 0.012
#> GSM681994 4 0.1877 0.7401 0.000 0.000 0.064 0.924 0.012
#> GSM681995 3 0.4124 0.6800 0.052 0.000 0.796 0.140 0.012
#> GSM681996 3 0.2286 0.7469 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> GSM681997 3 0.2818 0.7326 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM681998 3 0.2818 0.7326 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM681999 3 0.4124 0.6800 0.052 0.000 0.796 0.140 0.012
#> GSM682000 3 0.6326 0.2432 0.008 0.000 0.524 0.140 0.328
#> GSM682001 1 0.5801 0.5262 0.608 0.000 0.288 0.092 0.012
#> GSM682055 3 0.5754 0.6375 0.088 0.032 0.692 0.008 0.180
#> GSM682056 4 0.6868 0.4757 0.080 0.012 0.196 0.612 0.100
#> GSM682057 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682058 4 0.5002 0.6512 0.076 0.008 0.096 0.772 0.048
#> GSM682059 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.7476 0.4113 0.080 0.192 0.536 0.008 0.184
#> GSM682061 3 0.5715 0.6194 0.048 0.084 0.688 0.000 0.180
#> GSM682062 2 0.0162 0.8040 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.2891 0.7738 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM682064 1 0.4378 0.5219 0.676 0.000 0.308 0.008 0.008
#> GSM682065 1 0.3480 0.6414 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM682066 1 0.5674 0.6388 0.596 0.000 0.080 0.316 0.008
#> GSM682067 1 0.4734 0.5519 0.676 0.000 0.288 0.028 0.008
#> GSM682068 5 0.6825 -0.0759 0.336 0.000 0.000 0.324 0.340
#> GSM682069 1 0.5199 0.6438 0.708 0.000 0.132 0.152 0.008
#> GSM682070 1 0.4516 0.6440 0.704 0.000 0.024 0.264 0.008
#> GSM682071 3 0.5456 0.6501 0.084 0.020 0.708 0.008 0.180
#> GSM682072 3 0.1410 0.7900 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM682073 3 0.2172 0.7725 0.016 0.000 0.908 0.076 0.000
#> GSM682074 4 0.3110 0.7478 0.060 0.000 0.080 0.860 0.000
#> GSM682075 4 0.2127 0.7515 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM682076 4 0.0290 0.7731 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682077 1 0.5221 0.5411 0.552 0.000 0.048 0.400 0.000
#> GSM682078 4 0.2325 0.7725 0.068 0.000 0.028 0.904 0.000
#> GSM682079 4 0.3146 0.7595 0.092 0.000 0.052 0.856 0.000
#> GSM682080 3 0.2474 0.7813 0.084 0.000 0.896 0.012 0.008
#> GSM682081 3 0.3060 0.7487 0.024 0.000 0.848 0.128 0.000
#> GSM682082 4 0.0000 0.7726 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 4 0.3942 0.6595 0.260 0.000 0.000 0.728 0.012
#> GSM682084 3 0.4240 0.5858 0.004 0.000 0.684 0.304 0.008
#> GSM682085 4 0.2230 0.7332 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM682086 1 0.5415 0.5085 0.552 0.000 0.064 0.384 0.000
#> GSM682087 4 0.0290 0.7731 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682088 4 0.2020 0.7548 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682089 4 0.2127 0.7495 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM682090 4 0.0290 0.7731 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682091 1 0.5997 0.6030 0.616 0.000 0.180 0.196 0.008
#> GSM682092 4 0.2660 0.7343 0.008 0.000 0.128 0.864 0.000
#> GSM682093 3 0.5945 0.3671 0.096 0.000 0.556 0.340 0.008
#> GSM682094 1 0.4126 0.5746 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.1243 0.7925 0.028 0.000 0.960 0.008 0.004
#> GSM681983 1 0.3359 0.6152 0.816 0.000 0.000 0.164 0.020
#> GSM681984 3 0.2017 0.7856 0.080 0.000 0.912 0.000 0.008
#> GSM681985 3 0.1956 0.7867 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM681986 3 0.0324 0.7900 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM681987 3 0.4745 0.3377 0.012 0.424 0.560 0.000 0.004
#> GSM681988 3 0.1809 0.7789 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681990 3 0.0955 0.7851 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM681991 2 0.0324 0.8006 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM682034 1 0.2248 0.6429 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> GSM682035 1 0.3496 0.6026 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012
#> GSM682036 1 0.4735 0.4266 0.608 0.000 0.372 0.012 0.008
#> GSM682037 1 0.5309 0.5559 0.680 0.000 0.080 0.228 0.012
#> GSM682038 3 0.3351 0.7773 0.084 0.028 0.864 0.008 0.016
#> GSM682039 1 0.5579 0.6199 0.668 0.000 0.164 0.160 0.008
#> GSM682040 3 0.5964 0.6727 0.088 0.096 0.704 0.008 0.104
#> GSM682041 4 0.5505 0.6338 0.220 0.000 0.100 0.668 0.012
#> GSM682042 3 0.2532 0.7804 0.088 0.000 0.892 0.008 0.012
#> GSM682043 4 0.4387 0.6016 0.348 0.000 0.000 0.640 0.012
#> GSM682044 1 0.2248 0.6429 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> GSM682045 1 0.2990 0.6793 0.868 0.000 0.024 0.100 0.008
#> GSM682046 1 0.2470 0.6403 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> GSM682047 4 0.5404 0.5173 0.080 0.000 0.260 0.652 0.008
#> GSM682048 1 0.5614 0.6049 0.664 0.000 0.164 0.164 0.008
#> GSM682049 4 0.5088 0.6148 0.280 0.000 0.044 0.664 0.012
#> GSM682050 1 0.2470 0.6392 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012
#> GSM682051 4 0.5188 0.6782 0.168 0.000 0.108 0.712 0.012
#> GSM682052 3 0.4194 0.7318 0.084 0.000 0.800 0.104 0.012
#> GSM682053 1 0.6422 0.5306 0.532 0.000 0.168 0.292 0.008
#> GSM682054 1 0.4130 0.4573 0.696 0.000 0.000 0.292 0.012
#> GSM682123 1 0.4238 0.6601 0.768 0.000 0.068 0.164 0.000
#> GSM682124 1 0.2248 0.6429 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> GSM682125 1 0.5833 0.5521 0.660 0.000 0.164 0.156 0.020
#> GSM682126 1 0.3837 0.5761 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM682127 1 0.4278 0.4180 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM682128 4 0.2280 0.7434 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM682129 2 0.3048 0.7737 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> GSM682130 2 0.2773 0.7782 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM682131 2 0.0162 0.8040 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 5 0.5958 0.4101 0.200 0.000 0.000 0.208 0.592
#> GSM682133 4 0.4505 0.5350 0.384 0.000 0.000 0.604 0.012
#> GSM682134 1 0.4065 0.6604 0.772 0.000 0.048 0.180 0.000
#> GSM682135 1 0.5781 0.6123 0.644 0.000 0.168 0.180 0.008
#> GSM682136 1 0.3684 0.5611 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM682137 4 0.2074 0.7532 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM682138 4 0.3093 0.7104 0.168 0.000 0.008 0.824 0.000
#> GSM682139 1 0.3010 0.6239 0.860 0.000 0.116 0.016 0.008
#> GSM682140 4 0.2377 0.7485 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM682141 1 0.3039 0.6152 0.836 0.000 0.000 0.152 0.012
#> GSM682142 1 0.3774 0.6231 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM682143 2 0.4802 -0.1500 0.012 0.504 0.480 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.3592 0.46840 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM682003 2 0.3797 0.40896 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> GSM682004 2 0.3620 0.49972 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM682005 3 0.1814 0.61420 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM682006 3 0.1444 0.62545 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM682007 3 0.0363 0.64280 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.64109 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682009 3 0.5624 0.25901 0.200 0.000 0.536 0.000 0.264 0.000
#> GSM682010 3 0.6164 0.06987 0.332 0.000 0.432 0.008 0.228 0.000
#> GSM682011 1 0.6168 0.35553 0.496 0.000 0.316 0.160 0.028 0.000
#> GSM682096 3 0.3960 0.54040 0.004 0.000 0.752 0.032 0.204 0.008
#> GSM682097 5 0.5828 0.13376 0.000 0.000 0.408 0.160 0.428 0.004
#> GSM682098 5 0.5609 0.20165 0.000 0.072 0.412 0.000 0.488 0.028
#> GSM682099 4 0.3167 0.65968 0.000 0.000 0.072 0.832 0.096 0.000
#> GSM682100 2 0.2092 0.76049 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682101 2 0.6492 -0.17060 0.064 0.428 0.004 0.104 0.400 0.000
#> GSM682102 4 0.2234 0.65419 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004 0.000
#> GSM682103 4 0.4423 0.21644 0.028 0.000 0.000 0.552 0.420 0.000
#> GSM682104 3 0.4824 0.08413 0.000 0.000 0.524 0.056 0.420 0.000
#> GSM682105 4 0.2092 0.65540 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM682106 3 0.3867 -0.06924 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM682107 1 0.5726 0.11935 0.456 0.000 0.416 0.116 0.012 0.000
#> GSM682108 3 0.5371 0.34155 0.176 0.000 0.584 0.000 0.240 0.000
#> GSM682109 3 0.3050 0.52561 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM682110 3 0.0632 0.63874 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM682111 3 0.3076 0.52045 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM682112 5 0.3217 0.37843 0.008 0.000 0.224 0.000 0.768 0.000
#> GSM682113 4 0.5421 -0.26619 0.432 0.000 0.000 0.452 0.116 0.000
#> GSM682114 4 0.3221 0.65828 0.000 0.000 0.096 0.828 0.076 0.000
#> GSM682115 4 0.3706 0.40692 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM682116 4 0.4289 0.44766 0.360 0.000 0.028 0.612 0.000 0.000
#> GSM682117 4 0.5635 -0.03867 0.388 0.000 0.108 0.492 0.012 0.000
#> GSM682118 3 0.6996 -0.06018 0.332 0.000 0.388 0.204 0.076 0.000
#> GSM682119 1 0.6885 0.20074 0.428 0.000 0.124 0.112 0.336 0.000
#> GSM682120 4 0.1957 0.66166 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.1444 0.68131 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.4357 0.42972 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224 0.000
#> GSM682012 2 0.3037 0.74879 0.000 0.808 0.000 0.000 0.176 0.016
#> GSM682013 2 0.2048 0.76072 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.74739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.74739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.5698 0.22280 0.000 0.200 0.164 0.000 0.608 0.028
#> GSM682017 2 0.0000 0.74739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 5 0.4456 -0.11933 0.000 0.448 0.000 0.000 0.524 0.028
#> GSM682019 2 0.3470 0.73740 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> GSM682020 2 0.0146 0.74773 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 5 0.6962 0.06675 0.076 0.384 0.000 0.092 0.420 0.028
#> GSM682022 2 0.3470 0.73740 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> GSM682023 5 0.4456 -0.11933 0.000 0.448 0.000 0.000 0.524 0.028
#> GSM682024 1 0.3065 0.57443 0.820 0.000 0.000 0.152 0.028 0.000
#> GSM682025 2 0.3470 0.73740 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> GSM682026 2 0.3440 0.73897 0.000 0.776 0.000 0.000 0.196 0.028
#> GSM682027 6 0.1444 0.85998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM682028 6 0.0000 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 6 0.0000 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0260 0.90630 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM682031 6 0.0000 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.91325 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.4650 0.48273 0.000 0.548 0.008 0.000 0.416 0.028
#> GSM681992 5 0.4795 0.29766 0.072 0.000 0.324 0.000 0.604 0.000
#> GSM681993 3 0.4514 0.19103 0.000 0.000 0.588 0.040 0.372 0.000
#> GSM681994 4 0.3076 0.59356 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM681995 3 0.1007 0.63045 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.0000 0.64109 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681997 3 0.0632 0.63874 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM681998 3 0.0632 0.63874 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM681999 3 0.1007 0.63045 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM682000 3 0.4152 0.42824 0.004 0.000 0.712 0.044 0.000 0.240
#> GSM682001 3 0.4648 0.12006 0.408 0.000 0.548 0.044 0.000 0.000
#> GSM682055 5 0.2401 0.42928 0.000 0.072 0.008 0.000 0.892 0.028
#> GSM682056 4 0.5704 0.08580 0.000 0.000 0.084 0.500 0.388 0.028
#> GSM682057 2 0.3470 0.73575 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> GSM682058 4 0.4585 0.40877 0.000 0.000 0.060 0.632 0.308 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.74739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 5 0.6004 0.16280 0.000 0.116 0.412 0.000 0.444 0.028
#> GSM682061 5 0.6358 0.02232 0.000 0.176 0.392 0.000 0.404 0.028
#> GSM682062 2 0.2048 0.76072 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM682063 2 0.3490 0.68008 0.072 0.832 0.000 0.000 0.068 0.028
#> GSM682064 1 0.5479 0.14116 0.484 0.000 0.128 0.000 0.388 0.000
#> GSM682065 1 0.4322 0.39348 0.600 0.000 0.000 0.372 0.028 0.000
#> GSM682066 1 0.6013 0.39402 0.484 0.000 0.016 0.340 0.160 0.000
#> GSM682067 1 0.5701 0.16208 0.484 0.000 0.116 0.012 0.388 0.000
#> GSM682068 4 0.7111 -0.04094 0.352 0.000 0.044 0.364 0.016 0.224
#> GSM682069 1 0.5319 0.30177 0.504 0.000 0.000 0.108 0.388 0.000
#> GSM682070 1 0.4674 0.42003 0.608 0.000 0.000 0.332 0.060 0.000
#> GSM682071 5 0.4542 0.17354 0.000 0.004 0.412 0.000 0.556 0.028
#> GSM682072 3 0.3076 0.52045 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM682073 3 0.2003 0.62161 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM682074 4 0.1636 0.66928 0.036 0.000 0.024 0.936 0.004 0.000
#> GSM682075 4 0.1957 0.66166 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM682076 4 0.1444 0.68131 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM682077 4 0.4471 -0.28643 0.472 0.000 0.000 0.500 0.028 0.000
#> GSM682078 4 0.0260 0.68202 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.2480 0.66198 0.104 0.000 0.000 0.872 0.024 0.000
#> GSM682080 5 0.3857 0.07578 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM682081 3 0.2474 0.62059 0.000 0.000 0.880 0.040 0.080 0.000
#> GSM682082 4 0.1444 0.68131 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM682083 4 0.3890 0.43669 0.400 0.000 0.004 0.596 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.5481 0.24460 0.000 0.000 0.552 0.284 0.164 0.000
#> GSM682085 4 0.2482 0.65712 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004 0.000
#> GSM682086 4 0.4919 0.02538 0.412 0.000 0.040 0.536 0.012 0.000
#> GSM682087 4 0.1444 0.68131 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0000 0.68209 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0363 0.68378 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.68209 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682091 1 0.5919 0.24780 0.436 0.000 0.008 0.160 0.396 0.000
#> GSM682092 4 0.2219 0.63752 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM682093 5 0.5916 0.19423 0.000 0.000 0.336 0.220 0.444 0.000
#> GSM682094 4 0.4460 -0.08726 0.452 0.000 0.000 0.520 0.028 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.74739 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681982 5 0.3833 0.14275 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM681983 1 0.1075 0.58101 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM681984 5 0.3737 0.18490 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM681985 5 0.3659 0.14829 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM681986 3 0.3804 0.13877 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM681987 2 0.3838 0.35711 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM681988 3 0.1501 0.63654 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM681989 3 0.2092 0.62165 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM681990 3 0.2048 0.62443 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM681991 2 0.3620 0.49972 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM682034 1 0.0146 0.59425 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.2260 0.54141 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM682036 5 0.6026 0.00301 0.384 0.000 0.152 0.016 0.448 0.000
#> GSM682037 1 0.3297 0.53928 0.820 0.000 0.000 0.068 0.112 0.000
#> GSM682038 5 0.2703 0.44559 0.000 0.004 0.172 0.000 0.824 0.000
#> GSM682039 5 0.5142 -0.18881 0.428 0.000 0.000 0.084 0.488 0.000
#> GSM682040 5 0.2742 0.46253 0.000 0.036 0.072 0.000 0.876 0.016
#> GSM682041 4 0.4665 0.34014 0.412 0.000 0.024 0.552 0.012 0.000
#> GSM682042 5 0.2048 0.45300 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM682043 1 0.3866 -0.34632 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.59440 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3874 0.56454 0.760 0.000 0.000 0.068 0.172 0.000
#> GSM682046 1 0.0146 0.59480 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.4597 0.39537 0.000 0.000 0.072 0.652 0.276 0.000
#> GSM682048 5 0.4530 0.28991 0.208 0.000 0.000 0.100 0.692 0.000
#> GSM682049 4 0.3823 0.33456 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0146 0.59437 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.3453 0.59464 0.164 0.000 0.044 0.792 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.4855 0.22388 0.000 0.000 0.380 0.064 0.556 0.000
#> GSM682053 5 0.6195 -0.16503 0.292 0.000 0.004 0.304 0.400 0.000
#> GSM682054 1 0.2178 0.51829 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.4709 0.55157 0.680 0.000 0.000 0.188 0.132 0.000
#> GSM682124 1 0.0363 0.59878 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM682125 5 0.5001 0.07353 0.384 0.000 0.000 0.076 0.540 0.000
#> GSM682126 1 0.4076 0.32833 0.592 0.000 0.000 0.396 0.012 0.000
#> GSM682127 1 0.4314 0.25365 0.536 0.000 0.000 0.444 0.020 0.000
#> GSM682128 4 0.2048 0.64640 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM682129 2 0.3470 0.73740 0.000 0.772 0.000 0.000 0.200 0.028
#> GSM682130 2 0.2696 0.75908 0.000 0.856 0.000 0.000 0.116 0.028
#> GSM682131 2 0.2219 0.76021 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM682132 6 0.5214 0.49624 0.304 0.000 0.000 0.120 0.000 0.576
#> GSM682133 4 0.3756 0.35259 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.3278 0.57235 0.808 0.000 0.000 0.152 0.040 0.000
#> GSM682135 1 0.5583 0.28543 0.480 0.000 0.004 0.124 0.392 0.000
#> GSM682136 1 0.3725 0.41924 0.676 0.000 0.000 0.316 0.008 0.000
#> GSM682137 4 0.2250 0.66941 0.092 0.000 0.020 0.888 0.000 0.000
#> GSM682138 4 0.1584 0.66094 0.064 0.000 0.008 0.928 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.3547 0.39075 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> GSM682140 4 0.1075 0.66899 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0713 0.58719 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.4300 0.39034 0.608 0.000 0.000 0.364 0.028 0.000
#> GSM682143 2 0.4581 0.30333 0.000 0.516 0.036 0.000 0.448 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:pam 158 1.36e-09 6.64e-01 2
#> SD:pam 113 2.88e-11 1.91e-03 3
#> SD:pam 100 2.61e-12 7.32e-05 4
#> SD:pam 142 7.05e-14 2.05e-05 5
#> SD:pam 82 4.54e-12 1.46e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.789 0.920 0.965 0.3332 0.681 0.681
#> 3 3 0.460 0.701 0.842 0.7602 0.656 0.506
#> 4 4 0.472 0.697 0.843 0.0765 0.883 0.715
#> 5 5 0.499 0.612 0.778 0.0682 0.802 0.530
#> 6 6 0.555 0.536 0.764 0.1391 0.829 0.504
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.2236 0.938 0.964 0.036
#> GSM682010 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682011 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682096 1 0.6438 0.803 0.836 0.164
#> GSM682097 1 0.0672 0.961 0.992 0.008
#> GSM682098 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682099 1 0.2778 0.928 0.952 0.048
#> GSM682100 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682101 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682102 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682105 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682112 1 0.5519 0.838 0.872 0.128
#> GSM682113 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.5946 0.822 0.144 0.856
#> GSM682017 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682018 1 0.9286 0.488 0.656 0.344
#> GSM682019 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682021 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682022 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.7299 0.745 0.204 0.796
#> GSM682024 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682027 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682028 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682029 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682030 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682031 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682032 1 0.8081 0.682 0.752 0.248
#> GSM682033 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM681992 1 0.2043 0.941 0.968 0.032
#> GSM681993 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM681994 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682055 2 0.7602 0.725 0.220 0.780
#> GSM682056 1 0.3114 0.920 0.944 0.056
#> GSM682057 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.3584 0.908 0.932 0.068
#> GSM682059 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.7376 0.740 0.792 0.208
#> GSM682061 2 0.3879 0.887 0.076 0.924
#> GSM682062 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.5737 0.830 0.136 0.864
#> GSM682064 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.9833 0.286 0.424 0.576
#> GSM682072 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682081 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682085 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682086 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM681982 1 0.5178 0.852 0.884 0.116
#> GSM681983 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681984 1 0.9044 0.510 0.680 0.320
#> GSM681985 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM681986 1 0.6801 0.782 0.820 0.180
#> GSM681987 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM681988 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM681989 1 0.2778 0.928 0.952 0.048
#> GSM681990 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.1414 0.930 0.020 0.980
#> GSM682039 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.9944 0.179 0.456 0.544
#> GSM682041 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682043 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0376 0.964 0.996 0.004
#> GSM682053 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.1411 0.8509 0.964 0.000 0.036
#> GSM682003 2 0.0747 0.8661 0.000 0.984 0.016
#> GSM682004 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.4293 0.8023 0.164 0.004 0.832
#> GSM682006 3 0.4796 0.7583 0.220 0.000 0.780
#> GSM682007 3 0.4178 0.7986 0.172 0.000 0.828
#> GSM682008 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM682009 3 0.8673 0.6111 0.160 0.252 0.588
#> GSM682010 1 0.6235 0.1955 0.564 0.000 0.436
#> GSM682011 1 0.6244 0.2022 0.560 0.000 0.440
#> GSM682096 3 0.8882 0.5411 0.144 0.316 0.540
#> GSM682097 3 0.5598 0.7973 0.148 0.052 0.800
#> GSM682098 3 0.7603 0.7044 0.140 0.172 0.688
#> GSM682099 3 0.5466 0.7987 0.160 0.040 0.800
#> GSM682100 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 3 0.9111 0.3198 0.140 0.424 0.436
#> GSM682102 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.4842 0.6770 0.776 0.000 0.224
#> GSM682104 3 0.4351 0.8025 0.168 0.004 0.828
#> GSM682105 1 0.1289 0.8521 0.968 0.000 0.032
#> GSM682106 1 0.6267 0.1555 0.548 0.000 0.452
#> GSM682107 1 0.5968 0.4351 0.636 0.000 0.364
#> GSM682108 3 0.6189 0.5307 0.364 0.004 0.632
#> GSM682109 3 0.4178 0.8007 0.172 0.000 0.828
#> GSM682110 3 0.6308 0.0737 0.492 0.000 0.508
#> GSM682111 3 0.4235 0.8007 0.176 0.000 0.824
#> GSM682112 3 0.4811 0.8006 0.148 0.024 0.828
#> GSM682113 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM682114 3 0.5760 0.5865 0.328 0.000 0.672
#> GSM682115 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682116 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682117 1 0.4452 0.7269 0.808 0.000 0.192
#> GSM682118 1 0.4555 0.7219 0.800 0.000 0.200
#> GSM682119 1 0.3941 0.7500 0.844 0.000 0.156
#> GSM682120 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682121 1 0.2261 0.8393 0.932 0.000 0.068
#> GSM682122 3 0.4235 0.7966 0.176 0.000 0.824
#> GSM682012 2 0.0424 0.8695 0.000 0.992 0.008
#> GSM682013 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.6799 0.0939 0.012 0.532 0.456
#> GSM682017 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.6667 0.3024 0.016 0.616 0.368
#> GSM682019 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.9098 -0.2840 0.140 0.456 0.404
#> GSM682022 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.6126 0.3727 0.004 0.644 0.352
#> GSM682024 1 0.1015 0.8498 0.980 0.008 0.012
#> GSM682025 2 0.0237 0.8703 0.000 0.996 0.004
#> GSM682026 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.4575 0.5423 0.012 0.160 0.828
#> GSM682028 3 0.4233 0.5296 0.004 0.160 0.836
#> GSM682029 3 0.4002 0.5230 0.000 0.160 0.840
#> GSM682030 3 0.4002 0.5230 0.000 0.160 0.840
#> GSM682031 3 0.4002 0.5230 0.000 0.160 0.840
#> GSM682032 3 0.4002 0.5230 0.000 0.160 0.840
#> GSM682033 2 0.0747 0.8661 0.000 0.984 0.016
#> GSM681992 3 0.8733 0.6003 0.160 0.260 0.580
#> GSM681993 3 0.4351 0.8024 0.168 0.004 0.828
#> GSM681994 1 0.6244 0.2017 0.560 0.000 0.440
#> GSM681995 3 0.5465 0.6561 0.288 0.000 0.712
#> GSM681996 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM681997 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM681998 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM681999 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM682000 3 0.5706 0.6011 0.320 0.000 0.680
#> GSM682001 3 0.6215 0.3335 0.428 0.000 0.572
#> GSM682055 2 0.6771 0.1327 0.012 0.548 0.440
#> GSM682056 3 0.6737 0.7673 0.156 0.100 0.744
#> GSM682057 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.6463 0.7809 0.164 0.080 0.756
#> GSM682059 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.9102 -0.2930 0.140 0.452 0.408
#> GSM682061 2 0.3983 0.7429 0.004 0.852 0.144
#> GSM682062 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.4702 0.6276 0.000 0.788 0.212
#> GSM682064 1 0.6314 0.2895 0.604 0.004 0.392
#> GSM682065 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0892 0.8520 0.980 0.000 0.020
#> GSM682067 1 0.5363 0.5717 0.724 0.000 0.276
#> GSM682068 1 0.5678 0.5236 0.684 0.000 0.316
#> GSM682069 1 0.5363 0.5717 0.724 0.000 0.276
#> GSM682070 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM682071 3 0.6357 0.4066 0.012 0.336 0.652
#> GSM682072 3 0.4409 0.8022 0.172 0.004 0.824
#> GSM682073 3 0.4121 0.8005 0.168 0.000 0.832
#> GSM682074 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682075 1 0.3116 0.8165 0.892 0.000 0.108
#> GSM682076 1 0.1411 0.8514 0.964 0.000 0.036
#> GSM682077 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM682078 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682079 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682080 3 0.4741 0.8014 0.152 0.020 0.828
#> GSM682081 3 0.4235 0.8002 0.176 0.000 0.824
#> GSM682082 1 0.6062 0.3626 0.616 0.000 0.384
#> GSM682083 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682084 3 0.5988 0.4980 0.368 0.000 0.632
#> GSM682085 3 0.6252 0.2668 0.444 0.000 0.556
#> GSM682086 1 0.3619 0.7808 0.864 0.000 0.136
#> GSM682087 1 0.3038 0.8182 0.896 0.000 0.104
#> GSM682088 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682089 1 0.1411 0.8514 0.964 0.000 0.036
#> GSM682090 1 0.2711 0.8297 0.912 0.000 0.088
#> GSM682091 1 0.4702 0.6893 0.788 0.000 0.212
#> GSM682092 1 0.0892 0.8520 0.980 0.000 0.020
#> GSM682093 1 0.6299 -0.0644 0.524 0.000 0.476
#> GSM682094 1 0.3941 0.7600 0.844 0.000 0.156
#> GSM682095 2 0.0747 0.8661 0.000 0.984 0.016
#> GSM681982 3 0.4811 0.8006 0.148 0.024 0.828
#> GSM681983 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM681984 3 0.7056 0.2639 0.024 0.404 0.572
#> GSM681985 3 0.4178 0.8015 0.172 0.000 0.828
#> GSM681986 3 0.7236 0.3003 0.032 0.392 0.576
#> GSM681987 2 0.0747 0.8661 0.000 0.984 0.016
#> GSM681988 3 0.4634 0.8038 0.164 0.012 0.824
#> GSM681989 3 0.4575 0.8035 0.160 0.012 0.828
#> GSM681990 3 0.6307 0.0937 0.488 0.000 0.512
#> GSM681991 2 0.0747 0.8661 0.000 0.984 0.016
#> GSM682034 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM682036 1 0.4121 0.7506 0.832 0.000 0.168
#> GSM682037 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.3349 0.7794 0.004 0.888 0.108
#> GSM682039 1 0.4796 0.6773 0.780 0.000 0.220
#> GSM682040 3 0.6761 0.5530 0.048 0.252 0.700
#> GSM682041 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682042 3 0.5219 0.7886 0.196 0.016 0.788
#> GSM682043 1 0.0424 0.8488 0.992 0.000 0.008
#> GSM682044 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1643 0.8450 0.956 0.000 0.044
#> GSM682046 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.2537 0.8342 0.920 0.000 0.080
#> GSM682048 1 0.2796 0.8193 0.908 0.000 0.092
#> GSM682049 1 0.1031 0.8517 0.976 0.000 0.024
#> GSM682050 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.2959 0.8208 0.900 0.000 0.100
#> GSM682052 3 0.4912 0.7911 0.196 0.008 0.796
#> GSM682053 1 0.5254 0.6046 0.736 0.000 0.264
#> GSM682054 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2878 0.8164 0.904 0.000 0.096
#> GSM682124 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.5431 0.5638 0.716 0.000 0.284
#> GSM682126 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.5254 0.6226 0.736 0.000 0.264
#> GSM682129 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.5397 0.5886 0.720 0.000 0.280
#> GSM682133 1 0.0892 0.8520 0.980 0.000 0.020
#> GSM682134 1 0.0592 0.8503 0.988 0.000 0.012
#> GSM682135 1 0.5722 0.5383 0.704 0.004 0.292
#> GSM682136 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682138 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682139 1 0.3879 0.7624 0.848 0.000 0.152
#> GSM682140 1 0.1163 0.8523 0.972 0.000 0.028
#> GSM682141 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.8448 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.8724 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.4799 0.7392 0.744 0.000 0.224 0.032
#> GSM682003 2 0.0469 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682004 2 0.0336 0.9259 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682005 3 0.3907 0.6431 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM682006 3 0.4040 0.6224 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM682007 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682009 3 0.2760 0.7367 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM682010 3 0.4907 0.2126 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM682011 3 0.4888 0.2057 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM682096 3 0.5346 0.6150 0.248 0.040 0.708 0.004
#> GSM682097 3 0.1082 0.7311 0.004 0.020 0.972 0.004
#> GSM682098 3 0.3822 0.6476 0.016 0.140 0.836 0.008
#> GSM682099 3 0.5769 0.5848 0.264 0.032 0.684 0.020
#> GSM682100 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682101 3 0.7453 0.4161 0.308 0.160 0.524 0.008
#> GSM682102 1 0.0469 0.7754 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682103 1 0.5842 0.2542 0.520 0.000 0.448 0.032
#> GSM682104 3 0.0188 0.7378 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682105 1 0.4375 0.7811 0.788 0.000 0.180 0.032
#> GSM682106 3 0.2216 0.7527 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM682107 1 0.5000 0.1826 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM682108 3 0.4040 0.6224 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682110 3 0.4382 0.5434 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682112 3 0.1902 0.7369 0.064 0.004 0.932 0.000
#> GSM682113 1 0.2036 0.7916 0.936 0.000 0.032 0.032
#> GSM682114 3 0.2125 0.7361 0.076 0.000 0.920 0.004
#> GSM682115 1 0.2589 0.8012 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM682116 1 0.2921 0.8000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM682117 1 0.4722 0.6635 0.692 0.000 0.300 0.008
#> GSM682118 1 0.5143 0.5619 0.628 0.000 0.360 0.012
#> GSM682119 1 0.4697 0.6669 0.696 0.000 0.296 0.008
#> GSM682120 1 0.4152 0.7900 0.808 0.000 0.160 0.032
#> GSM682121 1 0.4728 0.7514 0.752 0.000 0.216 0.032
#> GSM682122 3 0.0592 0.7396 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.4978 0.2310 0.000 0.384 0.612 0.004
#> GSM682017 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.4872 0.2990 0.000 0.640 0.356 0.004
#> GSM682019 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682020 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682021 3 0.8032 0.2631 0.280 0.344 0.372 0.004
#> GSM682022 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682023 2 0.3539 0.6608 0.000 0.820 0.176 0.004
#> GSM682024 1 0.0817 0.7853 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682025 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682026 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.9650 0.0133 0.180 0.172 0.288 0.360
#> GSM682028 4 0.3463 0.7621 0.000 0.040 0.096 0.864
#> GSM682029 4 0.1211 0.8281 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM682030 4 0.1211 0.8281 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM682031 4 0.1211 0.8281 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM682032 4 0.1211 0.8281 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM682033 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681992 3 0.4008 0.6277 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM681993 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681994 3 0.4605 0.4570 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM681995 3 0.5532 0.6167 0.228 0.000 0.704 0.068
#> GSM681996 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681997 3 0.2101 0.7502 0.060 0.000 0.928 0.012
#> GSM681998 3 0.2704 0.7384 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM681999 3 0.4188 0.6264 0.244 0.000 0.752 0.004
#> GSM682000 3 0.6074 0.5329 0.268 0.000 0.648 0.084
#> GSM682001 3 0.4431 0.5243 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM682055 3 0.3300 0.6284 0.000 0.144 0.848 0.008
#> GSM682056 3 0.1909 0.7186 0.008 0.048 0.940 0.004
#> GSM682057 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682058 3 0.4980 0.6812 0.196 0.044 0.756 0.004
#> GSM682059 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.7370 0.5080 0.244 0.188 0.560 0.008
#> GSM682061 2 0.5244 0.2053 0.000 0.556 0.436 0.008
#> GSM682062 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682063 2 0.1151 0.8990 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM682064 1 0.5775 0.2796 0.560 0.000 0.408 0.032
#> GSM682065 1 0.0336 0.7750 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682066 1 0.4375 0.7816 0.788 0.000 0.180 0.032
#> GSM682067 1 0.5367 0.5273 0.664 0.000 0.304 0.032
#> GSM682068 1 0.6143 0.2492 0.496 0.000 0.456 0.048
#> GSM682069 1 0.4679 0.4018 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM682070 1 0.2036 0.7916 0.936 0.000 0.032 0.032
#> GSM682071 3 0.3401 0.6198 0.000 0.152 0.840 0.008
#> GSM682072 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.4199 0.7884 0.804 0.000 0.164 0.032
#> GSM682075 1 0.5085 0.7129 0.708 0.000 0.260 0.032
#> GSM682076 1 0.4500 0.7724 0.776 0.000 0.192 0.032
#> GSM682077 1 0.1022 0.7889 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM682078 1 0.4244 0.7866 0.800 0.000 0.168 0.032
#> GSM682079 1 0.3803 0.7973 0.836 0.000 0.132 0.032
#> GSM682080 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682082 3 0.4105 0.6758 0.156 0.000 0.812 0.032
#> GSM682083 1 0.2647 0.8013 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM682084 3 0.2589 0.7245 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM682085 3 0.2081 0.7361 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM682086 1 0.4744 0.7219 0.736 0.000 0.240 0.024
#> GSM682087 1 0.5222 0.6723 0.688 0.000 0.280 0.032
#> GSM682088 1 0.4105 0.7914 0.812 0.000 0.156 0.032
#> GSM682089 1 0.5195 0.6777 0.692 0.000 0.276 0.032
#> GSM682090 1 0.5222 0.6720 0.688 0.000 0.280 0.032
#> GSM682091 1 0.4244 0.7572 0.800 0.000 0.168 0.032
#> GSM682092 1 0.3749 0.7983 0.840 0.000 0.128 0.032
#> GSM682093 3 0.5659 0.3474 0.368 0.000 0.600 0.032
#> GSM682094 1 0.4767 0.7093 0.724 0.000 0.256 0.020
#> GSM682095 2 0.0469 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM681982 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681983 1 0.1724 0.7873 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM681984 3 0.1211 0.7245 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM681985 3 0.1792 0.7373 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM681986 3 0.5265 0.6505 0.092 0.160 0.748 0.000
#> GSM681987 2 0.0469 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM681988 3 0.0000 0.7366 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681989 3 0.1211 0.7493 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM681990 3 0.4331 0.5632 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM681991 2 0.0469 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682034 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1022 0.7889 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM682036 1 0.4900 0.6972 0.732 0.000 0.236 0.032
#> GSM682037 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.3401 0.7092 0.000 0.840 0.152 0.008
#> GSM682039 1 0.3668 0.7313 0.808 0.000 0.188 0.004
#> GSM682040 3 0.4397 0.6615 0.052 0.120 0.820 0.008
#> GSM682041 1 0.3074 0.7984 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM682042 3 0.2587 0.7339 0.076 0.004 0.908 0.012
#> GSM682043 1 0.2408 0.8011 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1637 0.7926 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.5113 0.7008 0.704 0.000 0.264 0.032
#> GSM682048 1 0.2921 0.7704 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM682049 1 0.2814 0.8023 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.5168 -0.1707 0.492 0.000 0.504 0.004
#> GSM682052 3 0.2662 0.7303 0.084 0.000 0.900 0.016
#> GSM682053 1 0.5858 0.1947 0.500 0.000 0.468 0.032
#> GSM682054 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2530 0.7873 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.4746 0.3863 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.5859 0.2112 0.496 0.000 0.472 0.032
#> GSM682129 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682130 2 0.0188 0.9289 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682131 2 0.0000 0.9294 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.6775 0.0106 0.412 0.000 0.492 0.096
#> GSM682133 1 0.2868 0.8009 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM682134 1 0.1022 0.7889 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM682135 1 0.5222 0.6268 0.688 0.000 0.280 0.032
#> GSM682136 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.4152 0.7900 0.808 0.000 0.160 0.032
#> GSM682138 1 0.3803 0.7978 0.836 0.000 0.132 0.032
#> GSM682139 1 0.2216 0.7910 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM682140 1 0.3907 0.7958 0.828 0.000 0.140 0.032
#> GSM682141 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.7739 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0336 0.9259 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.4967 0.6819 0.104 0.000 0.192 0.704 0.000
#> GSM682003 2 0.1341 0.8671 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM682004 2 0.1341 0.8671 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM682005 3 0.0000 0.7538 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682006 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM682007 3 0.0703 0.7553 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682008 3 0.0794 0.7559 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM682009 3 0.1557 0.7546 0.000 0.052 0.940 0.008 0.000
#> GSM682010 3 0.2144 0.7351 0.068 0.000 0.912 0.020 0.000
#> GSM682011 3 0.0162 0.7535 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682096 3 0.2072 0.7467 0.016 0.020 0.928 0.036 0.000
#> GSM682097 3 0.3952 0.7318 0.024 0.012 0.788 0.176 0.000
#> GSM682098 3 0.3171 0.7143 0.008 0.084 0.864 0.044 0.000
#> GSM682099 3 0.1686 0.7485 0.028 0.008 0.944 0.020 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 3 0.2766 0.7402 0.012 0.056 0.892 0.040 0.000
#> GSM682102 1 0.0880 0.4932 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM682103 3 0.3639 0.6509 0.144 0.000 0.812 0.044 0.000
#> GSM682104 3 0.1750 0.7560 0.036 0.000 0.936 0.028 0.000
#> GSM682105 4 0.5083 0.6948 0.120 0.000 0.184 0.696 0.000
#> GSM682106 3 0.0162 0.7542 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682107 3 0.3398 0.4864 0.004 0.000 0.780 0.216 0.000
#> GSM682108 3 0.0000 0.7538 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682109 3 0.0510 0.7559 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682110 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM682111 3 0.3177 0.7198 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM682112 3 0.3274 0.7193 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM682113 1 0.5123 0.5022 0.572 0.000 0.384 0.044 0.000
#> GSM682114 3 0.3491 0.7206 0.004 0.000 0.768 0.228 0.000
#> GSM682115 4 0.5289 0.5816 0.340 0.000 0.064 0.596 0.000
#> GSM682116 4 0.5673 0.6818 0.252 0.000 0.132 0.616 0.000
#> GSM682117 4 0.5289 0.5938 0.064 0.000 0.340 0.596 0.000
#> GSM682118 3 0.5498 -0.3568 0.064 0.000 0.496 0.440 0.000
#> GSM682119 3 0.5302 -0.0799 0.412 0.000 0.536 0.052 0.000
#> GSM682120 4 0.4968 0.6966 0.136 0.000 0.152 0.712 0.000
#> GSM682121 3 0.5960 -0.1578 0.116 0.000 0.516 0.368 0.000
#> GSM682122 3 0.2424 0.7415 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.4451 0.2003 0.000 0.492 0.504 0.004 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.4150 0.1438 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 3 0.5271 0.3482 0.048 0.432 0.520 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.3999 0.3030 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.2597 0.5108 0.884 0.000 0.092 0.024 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.4825 0.4530 0.000 0.024 0.568 0.000 0.408
#> GSM682028 5 0.3143 0.6268 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM682029 5 0.0162 0.9085 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682030 5 0.0000 0.9111 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 5 0.0000 0.9111 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 5 0.0000 0.9111 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681992 3 0.0000 0.7538 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681993 3 0.3177 0.7198 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM681994 3 0.0404 0.7526 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM681995 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM681996 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM681997 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM681998 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM681999 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM682000 3 0.0290 0.7542 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682001 3 0.0609 0.7545 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM682055 3 0.5112 0.6574 0.000 0.080 0.664 0.256 0.000
#> GSM682056 3 0.4141 0.7261 0.016 0.020 0.768 0.196 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.1997 0.7470 0.024 0.016 0.932 0.028 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4623 0.6278 0.024 0.184 0.752 0.040 0.000
#> GSM682061 2 0.6117 0.2515 0.000 0.540 0.304 0.156 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.3847 0.6087 0.000 0.784 0.180 0.036 0.000
#> GSM682064 3 0.5039 -0.1526 0.456 0.000 0.512 0.032 0.000
#> GSM682065 1 0.0404 0.5132 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682066 3 0.5632 0.3137 0.140 0.000 0.628 0.232 0.000
#> GSM682067 1 0.4920 0.5117 0.584 0.000 0.384 0.032 0.000
#> GSM682068 3 0.2824 0.6960 0.096 0.000 0.872 0.032 0.000
#> GSM682069 1 0.4288 0.5353 0.612 0.000 0.384 0.004 0.000
#> GSM682070 1 0.5246 0.4944 0.564 0.000 0.384 0.052 0.000
#> GSM682071 3 0.5112 0.6577 0.000 0.080 0.664 0.256 0.000
#> GSM682072 3 0.2852 0.7316 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM682073 3 0.2648 0.7374 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM682074 4 0.6554 0.3487 0.200 0.000 0.392 0.408 0.000
#> GSM682075 3 0.5641 0.2346 0.120 0.000 0.612 0.268 0.000
#> GSM682076 4 0.5558 0.6922 0.112 0.000 0.268 0.620 0.000
#> GSM682077 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682078 4 0.6248 0.4742 0.148 0.000 0.384 0.468 0.000
#> GSM682079 4 0.4737 0.6690 0.224 0.000 0.068 0.708 0.000
#> GSM682080 3 0.3177 0.7210 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM682081 3 0.2929 0.7303 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM682082 3 0.2260 0.7282 0.028 0.000 0.908 0.064 0.000
#> GSM682083 4 0.5649 0.6442 0.296 0.000 0.108 0.596 0.000
#> GSM682084 3 0.3398 0.7220 0.004 0.000 0.780 0.216 0.000
#> GSM682085 3 0.3300 0.7260 0.004 0.000 0.792 0.204 0.000
#> GSM682086 4 0.6006 0.6400 0.144 0.000 0.300 0.556 0.000
#> GSM682087 3 0.5515 0.2727 0.108 0.000 0.624 0.268 0.000
#> GSM682088 4 0.6763 0.2324 0.332 0.000 0.276 0.392 0.000
#> GSM682089 3 0.5638 0.4070 0.192 0.000 0.636 0.172 0.000
#> GSM682090 3 0.6090 -0.0852 0.136 0.000 0.516 0.348 0.000
#> GSM682091 1 0.5024 0.3745 0.528 0.000 0.440 0.032 0.000
#> GSM682092 4 0.6674 0.4512 0.280 0.000 0.280 0.440 0.000
#> GSM682093 3 0.3146 0.6764 0.128 0.000 0.844 0.028 0.000
#> GSM682094 4 0.5091 0.6480 0.088 0.000 0.236 0.676 0.000
#> GSM682095 2 0.1270 0.8691 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM681982 3 0.3177 0.7198 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM681983 1 0.3459 0.4814 0.832 0.000 0.116 0.052 0.000
#> GSM681984 3 0.4025 0.7023 0.000 0.132 0.792 0.076 0.000
#> GSM681985 3 0.3242 0.7218 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM681986 3 0.3003 0.6808 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM681987 2 0.1341 0.8671 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM681988 3 0.3003 0.7273 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM681989 3 0.0290 0.7546 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM681990 3 0.0000 0.7538 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681991 2 0.1341 0.8671 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM682034 1 0.0162 0.5164 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682036 3 0.5049 -0.2384 0.480 0.000 0.488 0.032 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.5166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.3555 0.7130 0.000 0.824 0.124 0.052 0.000
#> GSM682039 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682040 3 0.5160 0.6698 0.008 0.064 0.672 0.256 0.000
#> GSM682041 1 0.4708 0.3954 0.548 0.000 0.436 0.016 0.000
#> GSM682042 3 0.4870 0.6974 0.052 0.012 0.712 0.224 0.000
#> GSM682043 4 0.4440 0.3733 0.468 0.000 0.004 0.528 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.5166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682046 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682047 3 0.5961 0.0651 0.132 0.000 0.552 0.316 0.000
#> GSM682048 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682049 1 0.4675 0.5305 0.600 0.000 0.380 0.020 0.000
#> GSM682050 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682051 3 0.5748 0.3903 0.300 0.000 0.584 0.116 0.000
#> GSM682052 3 0.4575 0.6958 0.052 0.000 0.712 0.236 0.000
#> GSM682053 3 0.4464 0.1757 0.408 0.000 0.584 0.008 0.000
#> GSM682054 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682123 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682124 1 0.0162 0.5164 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682125 1 0.4410 0.3971 0.556 0.000 0.440 0.004 0.000
#> GSM682126 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682127 1 0.0162 0.5154 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682128 3 0.2554 0.7129 0.072 0.000 0.892 0.036 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.2712 0.7027 0.088 0.000 0.880 0.032 0.000
#> GSM682133 4 0.6694 0.4678 0.292 0.000 0.276 0.432 0.000
#> GSM682134 1 0.4276 0.5414 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM682135 3 0.5046 -0.1967 0.468 0.000 0.500 0.032 0.000
#> GSM682136 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682137 4 0.4989 0.6920 0.124 0.000 0.168 0.708 0.000
#> GSM682138 1 0.6698 0.1231 0.424 0.000 0.316 0.260 0.000
#> GSM682139 1 0.4494 0.5343 0.608 0.000 0.380 0.012 0.000
#> GSM682140 4 0.4964 0.6980 0.156 0.000 0.132 0.712 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.5166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0290 0.5149 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682143 2 0.1341 0.8671 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.1858 0.6799 0.004 0.000 0.092 0.904 0.000 0.000
#> GSM682003 2 0.2912 0.7830 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM682004 2 0.2178 0.8212 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM682005 3 0.2572 0.5098 0.000 0.000 0.852 0.136 0.012 0.000
#> GSM682006 3 0.2972 0.5158 0.000 0.000 0.836 0.128 0.036 0.000
#> GSM682007 3 0.2301 0.4128 0.000 0.000 0.884 0.020 0.096 0.000
#> GSM682008 3 0.1501 0.4245 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM682009 3 0.4103 0.3748 0.000 0.088 0.788 0.036 0.088 0.000
#> GSM682010 3 0.4057 0.2458 0.008 0.000 0.556 0.436 0.000 0.000
#> GSM682011 3 0.4508 0.0743 0.000 0.000 0.568 0.396 0.036 0.000
#> GSM682096 3 0.4071 0.4150 0.004 0.000 0.712 0.248 0.036 0.000
#> GSM682097 3 0.4832 0.0174 0.004 0.000 0.672 0.116 0.208 0.000
#> GSM682098 3 0.4131 0.3831 0.000 0.004 0.752 0.088 0.156 0.000
#> GSM682099 3 0.3834 0.4268 0.004 0.000 0.728 0.244 0.024 0.000
#> GSM682100 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682101 3 0.5916 0.2922 0.076 0.108 0.676 0.100 0.040 0.000
#> GSM682102 1 0.3933 0.6509 0.716 0.000 0.000 0.248 0.036 0.000
#> GSM682103 4 0.3852 0.4221 0.012 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000
#> GSM682104 3 0.5297 0.2753 0.004 0.000 0.616 0.212 0.168 0.000
#> GSM682105 4 0.2668 0.6512 0.004 0.000 0.168 0.828 0.000 0.000
#> GSM682106 3 0.2537 0.4824 0.000 0.000 0.872 0.096 0.032 0.000
#> GSM682107 4 0.4319 0.3919 0.000 0.000 0.400 0.576 0.024 0.000
#> GSM682108 3 0.2805 0.5023 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004 0.000
#> GSM682109 3 0.2859 0.3176 0.000 0.000 0.828 0.016 0.156 0.000
#> GSM682110 3 0.3014 0.5156 0.000 0.000 0.832 0.132 0.036 0.000
#> GSM682111 3 0.3907 -0.5132 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408 0.000
#> GSM682112 5 0.3961 0.6085 0.000 0.000 0.440 0.004 0.556 0.000
#> GSM682113 1 0.4500 0.6547 0.676 0.000 0.076 0.248 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.4851 -0.5487 0.000 0.000 0.536 0.060 0.404 0.000
#> GSM682115 4 0.3963 0.5962 0.192 0.000 0.012 0.756 0.040 0.000
#> GSM682116 4 0.3958 0.6269 0.144 0.000 0.036 0.784 0.036 0.000
#> GSM682117 4 0.4037 0.6089 0.064 0.000 0.200 0.736 0.000 0.000
#> GSM682118 4 0.2996 0.6008 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> GSM682119 1 0.5992 0.0584 0.440 0.000 0.268 0.292 0.000 0.000
#> GSM682120 4 0.1716 0.6699 0.004 0.000 0.028 0.932 0.036 0.000
#> GSM682121 4 0.3023 0.6247 0.004 0.000 0.212 0.784 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.2983 0.2718 0.000 0.000 0.832 0.032 0.136 0.000
#> GSM682012 2 0.1556 0.8517 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM682013 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682014 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682016 2 0.5328 0.1599 0.000 0.560 0.308 0.000 0.132 0.000
#> GSM682017 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.2149 0.7551 0.000 0.888 0.104 0.004 0.004 0.000
#> GSM682019 2 0.0146 0.8734 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682020 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.5886 0.2531 0.216 0.556 0.216 0.004 0.004 0.004
#> GSM682022 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682023 2 0.1219 0.8365 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> GSM682024 1 0.0748 0.8062 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004 0.000
#> GSM682025 2 0.0146 0.8734 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682026 2 0.0146 0.8734 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682027 6 0.3722 0.3461 0.000 0.008 0.260 0.004 0.004 0.724
#> GSM682028 6 0.2442 0.6891 0.000 0.000 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM682029 6 0.0000 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0000 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.1556 0.8517 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM681992 3 0.3224 0.5037 0.000 0.008 0.828 0.128 0.036 0.000
#> GSM681993 3 0.3971 -0.5638 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448 0.000
#> GSM681994 3 0.2703 0.4971 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004 0.000
#> GSM681995 3 0.3953 0.4787 0.000 0.000 0.764 0.132 0.104 0.000
#> GSM681996 3 0.1010 0.4590 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM681997 3 0.1794 0.4856 0.000 0.000 0.924 0.040 0.036 0.000
#> GSM681998 3 0.2294 0.5055 0.000 0.000 0.892 0.072 0.036 0.000
#> GSM681999 3 0.2972 0.5158 0.000 0.000 0.836 0.128 0.036 0.000
#> GSM682000 3 0.6416 0.3024 0.000 0.000 0.568 0.160 0.104 0.168
#> GSM682001 3 0.3054 0.5151 0.000 0.000 0.828 0.136 0.036 0.000
#> GSM682055 5 0.3905 0.6798 0.000 0.004 0.356 0.004 0.636 0.000
#> GSM682056 3 0.5215 0.0735 0.008 0.000 0.636 0.144 0.212 0.000
#> GSM682057 2 0.0146 0.8734 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682058 3 0.3979 0.4204 0.004 0.000 0.720 0.244 0.032 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.8732 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.6848 0.1525 0.144 0.248 0.508 0.092 0.008 0.000
#> GSM682061 2 0.6066 -0.1680 0.000 0.380 0.264 0.000 0.356 0.000
#> GSM682062 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682063 2 0.0520 0.8703 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM682064 1 0.4861 0.6915 0.712 0.000 0.144 0.116 0.028 0.000
#> GSM682065 1 0.2092 0.7949 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM682066 4 0.4704 0.6089 0.100 0.000 0.236 0.664 0.000 0.000
#> GSM682067 1 0.3537 0.7690 0.808 0.000 0.072 0.116 0.004 0.000
#> GSM682068 4 0.4997 0.2420 0.020 0.000 0.456 0.492 0.032 0.000
#> GSM682069 1 0.1946 0.8138 0.912 0.000 0.072 0.012 0.004 0.000
#> GSM682070 1 0.3728 0.7622 0.784 0.000 0.060 0.152 0.004 0.000
#> GSM682071 5 0.3961 0.6799 0.000 0.004 0.440 0.000 0.556 0.000
#> GSM682072 3 0.3782 0.1072 0.000 0.000 0.740 0.036 0.224 0.000
#> GSM682073 3 0.2762 0.2393 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM682074 4 0.1788 0.6866 0.004 0.000 0.076 0.916 0.004 0.000
#> GSM682075 4 0.3966 0.6332 0.008 0.000 0.236 0.728 0.028 0.000
#> GSM682076 4 0.1588 0.6902 0.004 0.000 0.072 0.924 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.1769 0.8185 0.924 0.000 0.060 0.012 0.004 0.000
#> GSM682078 4 0.1644 0.6896 0.004 0.000 0.076 0.920 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.2070 0.6950 0.048 0.000 0.044 0.908 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.4045 -0.5683 0.000 0.000 0.564 0.008 0.428 0.000
#> GSM682081 3 0.2969 0.1763 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM682082 4 0.3993 0.1036 0.004 0.000 0.476 0.520 0.000 0.000
#> GSM682083 4 0.4136 0.5976 0.192 0.000 0.020 0.748 0.040 0.000
#> GSM682084 3 0.5290 -0.4712 0.000 0.000 0.544 0.116 0.340 0.000
#> GSM682085 3 0.5222 -0.3608 0.000 0.000 0.584 0.128 0.288 0.000
#> GSM682086 4 0.4468 0.5997 0.184 0.000 0.088 0.720 0.008 0.000
#> GSM682087 4 0.3405 0.5232 0.004 0.000 0.272 0.724 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.4421 0.6450 0.052 0.000 0.068 0.764 0.116 0.000
#> GSM682089 4 0.3740 0.4917 0.012 0.000 0.252 0.728 0.008 0.000
#> GSM682090 4 0.1908 0.6807 0.004 0.000 0.096 0.900 0.000 0.000
#> GSM682091 1 0.4478 0.7012 0.728 0.000 0.148 0.116 0.008 0.000
#> GSM682092 4 0.3896 0.5958 0.204 0.000 0.052 0.744 0.000 0.000
#> GSM682093 3 0.5108 0.2823 0.040 0.000 0.548 0.388 0.024 0.000
#> GSM682094 4 0.4277 0.6267 0.124 0.000 0.144 0.732 0.000 0.000
#> GSM682095 2 0.2823 0.7909 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM681982 3 0.3804 -0.5446 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM681983 1 0.4489 0.5867 0.656 0.000 0.040 0.296 0.008 0.000
#> GSM681984 3 0.5871 -0.3693 0.000 0.216 0.464 0.000 0.320 0.000
#> GSM681985 5 0.5187 0.4599 0.000 0.000 0.440 0.088 0.472 0.000
#> GSM681986 3 0.5232 -0.0216 0.000 0.320 0.564 0.000 0.116 0.000
#> GSM681987 2 0.2883 0.7857 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM681988 3 0.2762 0.1783 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM681989 3 0.2282 0.4542 0.000 0.000 0.888 0.024 0.088 0.000
#> GSM681990 3 0.3323 0.4666 0.000 0.000 0.752 0.240 0.008 0.000
#> GSM681991 2 0.2092 0.8234 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682034 1 0.0260 0.7968 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1524 0.8186 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.4621 0.7016 0.720 0.000 0.140 0.128 0.012 0.000
#> GSM682037 1 0.0717 0.7966 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM682038 2 0.4167 0.7066 0.000 0.708 0.056 0.000 0.236 0.000
#> GSM682039 1 0.3260 0.7870 0.832 0.000 0.072 0.092 0.004 0.000
#> GSM682040 5 0.4237 0.6681 0.000 0.028 0.308 0.004 0.660 0.000
#> GSM682041 1 0.6531 0.1909 0.460 0.000 0.076 0.348 0.116 0.000
#> GSM682042 5 0.5695 0.6325 0.012 0.000 0.416 0.112 0.460 0.000
#> GSM682043 4 0.4242 0.2352 0.412 0.000 0.012 0.572 0.004 0.000
#> GSM682044 1 0.0260 0.7968 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.2034 0.8184 0.912 0.000 0.060 0.024 0.004 0.000
#> GSM682046 1 0.2106 0.7877 0.904 0.000 0.000 0.064 0.032 0.000
#> GSM682047 4 0.2902 0.5981 0.004 0.000 0.196 0.800 0.000 0.000
#> GSM682048 1 0.2655 0.8096 0.876 0.000 0.060 0.060 0.004 0.000
#> GSM682049 1 0.6159 0.3273 0.548 0.000 0.060 0.276 0.116 0.000
#> GSM682050 1 0.1856 0.7928 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032 0.000
#> GSM682051 4 0.6172 0.3281 0.148 0.000 0.268 0.540 0.044 0.000
#> GSM682052 5 0.5645 0.6434 0.012 0.000 0.372 0.112 0.504 0.000
#> GSM682053 4 0.6723 0.0826 0.340 0.000 0.260 0.364 0.036 0.000
#> GSM682054 1 0.2509 0.7743 0.876 0.000 0.000 0.088 0.036 0.000
#> GSM682123 1 0.1668 0.8179 0.928 0.000 0.060 0.008 0.004 0.000
#> GSM682124 1 0.0260 0.7968 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3152 0.6757 0.792 0.000 0.196 0.008 0.004 0.000
#> GSM682126 1 0.2294 0.7936 0.892 0.000 0.000 0.072 0.036 0.000
#> GSM682127 1 0.1471 0.8097 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> GSM682128 4 0.4478 0.2870 0.016 0.000 0.452 0.524 0.008 0.000
#> GSM682129 2 0.0865 0.8670 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682130 2 0.0146 0.8732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.1610 0.8501 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM682132 4 0.5991 0.3340 0.040 0.000 0.404 0.472 0.080 0.004
#> GSM682133 4 0.4795 0.2538 0.392 0.000 0.040 0.560 0.008 0.000
#> GSM682134 1 0.1668 0.8179 0.928 0.000 0.060 0.008 0.004 0.000
#> GSM682135 1 0.4750 0.7060 0.724 0.000 0.132 0.116 0.028 0.000
#> GSM682136 1 0.2706 0.7775 0.860 0.000 0.000 0.104 0.036 0.000
#> GSM682137 4 0.2907 0.6622 0.020 0.000 0.152 0.828 0.000 0.000
#> GSM682138 4 0.5820 0.4597 0.216 0.000 0.056 0.612 0.116 0.000
#> GSM682139 1 0.1555 0.8174 0.932 0.000 0.060 0.004 0.004 0.000
#> GSM682140 4 0.1767 0.6690 0.012 0.000 0.020 0.932 0.036 0.000
#> GSM682141 1 0.0935 0.7911 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM682142 1 0.2331 0.8025 0.888 0.000 0.000 0.080 0.032 0.000
#> GSM682143 2 0.2854 0.7884 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:mclust 159 4.70e-06 5.48e-01 2
#> SD:mclust 139 1.54e-06 2.47e-06 3
#> SD:mclust 142 2.30e-13 1.86e-06 4
#> SD:mclust 128 3.60e-14 1.19e-04 5
#> SD:mclust 104 8.24e-10 6.49e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.736 0.849 0.941 0.4175 0.591 0.591
#> 3 3 0.592 0.757 0.879 0.5543 0.679 0.491
#> 4 4 0.630 0.718 0.848 0.1357 0.742 0.408
#> 5 5 0.579 0.429 0.634 0.0745 0.837 0.484
#> 6 6 0.600 0.419 0.684 0.0329 0.862 0.474
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0376 0.940 0.996 0.004
#> GSM682009 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0376 0.940 0.996 0.004
#> GSM682096 2 0.9833 0.276 0.424 0.576
#> GSM682097 1 0.5294 0.818 0.880 0.120
#> GSM682098 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.7745 0.672 0.772 0.228
#> GSM682100 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.5178 0.817 0.116 0.884
#> GSM682102 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0376 0.940 0.996 0.004
#> GSM682105 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.5294 0.817 0.880 0.120
#> GSM682112 1 0.9881 0.141 0.564 0.436
#> GSM682113 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.7139 0.729 0.196 0.804
#> GSM682022 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.9686 0.318 0.604 0.396
#> GSM682025 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.9909 0.216 0.444 0.556
#> GSM682028 2 0.8861 0.557 0.304 0.696
#> GSM682029 1 0.9491 0.392 0.632 0.368
#> GSM682030 1 0.8207 0.626 0.744 0.256
#> GSM682031 1 0.9170 0.476 0.668 0.332
#> GSM682032 1 0.9000 0.511 0.684 0.316
#> GSM682033 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM681992 1 0.9552 0.372 0.624 0.376
#> GSM681993 1 0.9775 0.222 0.588 0.412
#> GSM681994 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0376 0.940 0.996 0.004
#> GSM682055 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.9170 0.535 0.332 0.668
#> GSM682057 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.1633 0.923 0.976 0.024
#> GSM682061 2 0.9323 0.502 0.348 0.652
#> GSM682062 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.7453 0.697 0.788 0.212
#> GSM682065 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.4562 0.834 0.096 0.904
#> GSM682072 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.8861 0.583 0.304 0.696
#> GSM682081 1 0.9993 -0.043 0.516 0.484
#> GSM682082 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.9552 0.442 0.376 0.624
#> GSM681983 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.7219 0.735 0.200 0.800
#> GSM681985 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.9491 0.392 0.632 0.368
#> GSM681987 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.8499 0.627 0.276 0.724
#> GSM681989 2 0.4815 0.828 0.104 0.896
#> GSM681990 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.9996 0.121 0.488 0.512
#> GSM682041 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.9358 0.393 0.648 0.352
#> GSM682043 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.9686 0.271 0.604 0.396
#> GSM682053 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.5842 0.795 0.860 0.140
#> GSM682136 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.7950 0.653 0.760 0.240
#> GSM682140 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.944 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.2448 0.8312 0.924 0.000 0.076
#> GSM682003 2 0.0747 0.9203 0.000 0.984 0.016
#> GSM682004 2 0.0424 0.9240 0.000 0.992 0.008
#> GSM682005 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM682006 1 0.0592 0.8425 0.988 0.000 0.012
#> GSM682007 3 0.6168 0.3981 0.412 0.000 0.588
#> GSM682008 1 0.3551 0.7587 0.868 0.000 0.132
#> GSM682009 2 0.1832 0.8966 0.036 0.956 0.008
#> GSM682010 3 0.3412 0.7988 0.124 0.000 0.876
#> GSM682011 1 0.1267 0.8441 0.972 0.004 0.024
#> GSM682096 1 0.4654 0.6397 0.792 0.208 0.000
#> GSM682097 3 0.6349 0.7276 0.092 0.140 0.768
#> GSM682098 2 0.2165 0.8841 0.064 0.936 0.000
#> GSM682099 1 0.0747 0.8373 0.984 0.016 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.1753 0.8981 0.048 0.952 0.000
#> GSM682102 1 0.5497 0.6591 0.708 0.000 0.292
#> GSM682103 3 0.1031 0.8436 0.024 0.000 0.976
#> GSM682104 3 0.4750 0.7236 0.216 0.000 0.784
#> GSM682105 1 0.2878 0.8243 0.904 0.000 0.096
#> GSM682106 1 0.6008 0.2611 0.628 0.000 0.372
#> GSM682107 1 0.1289 0.8428 0.968 0.000 0.032
#> GSM682108 3 0.4555 0.7538 0.200 0.000 0.800
#> GSM682109 3 0.5138 0.6852 0.252 0.000 0.748
#> GSM682110 1 0.0592 0.8416 0.988 0.000 0.012
#> GSM682111 3 0.3771 0.8026 0.112 0.012 0.876
#> GSM682112 3 0.0747 0.8394 0.000 0.016 0.984
#> GSM682113 1 0.6026 0.5386 0.624 0.000 0.376
#> GSM682114 3 0.1643 0.8398 0.044 0.000 0.956
#> GSM682115 3 0.2796 0.8155 0.092 0.000 0.908
#> GSM682116 3 0.6079 0.3837 0.388 0.000 0.612
#> GSM682117 1 0.3551 0.8019 0.868 0.000 0.132
#> GSM682118 3 0.3879 0.7928 0.152 0.000 0.848
#> GSM682119 3 0.2066 0.8388 0.060 0.000 0.940
#> GSM682120 3 0.3816 0.8003 0.148 0.000 0.852
#> GSM682121 1 0.2448 0.8156 0.924 0.000 0.076
#> GSM682122 3 0.4504 0.7436 0.196 0.000 0.804
#> GSM682012 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0237 0.9252 0.004 0.996 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1267 0.9094 0.004 0.972 0.024
#> GSM682019 2 0.0237 0.9252 0.004 0.996 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.6823 0.6915 0.152 0.740 0.108
#> GSM682022 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.8228 0.1536 0.076 0.512 0.412
#> GSM682025 2 0.0892 0.9170 0.020 0.980 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 1 0.1411 0.8269 0.964 0.036 0.000
#> GSM682028 1 0.1411 0.8269 0.964 0.036 0.000
#> GSM682029 1 0.0592 0.8389 0.988 0.012 0.000
#> GSM682030 1 0.0592 0.8389 0.988 0.012 0.000
#> GSM682031 1 0.0592 0.8389 0.988 0.012 0.000
#> GSM682032 1 0.0592 0.8389 0.988 0.012 0.000
#> GSM682033 2 0.0424 0.9236 0.008 0.992 0.000
#> GSM681992 1 0.4586 0.8171 0.856 0.048 0.096
#> GSM681993 3 0.4842 0.6797 0.000 0.224 0.776
#> GSM681994 1 0.0892 0.8437 0.980 0.000 0.020
#> GSM681995 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM681996 1 0.1031 0.8386 0.976 0.000 0.024
#> GSM681997 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM681998 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM681999 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM682000 1 0.0424 0.8415 0.992 0.000 0.008
#> GSM682001 1 0.1399 0.8439 0.968 0.004 0.028
#> GSM682055 2 0.1031 0.9152 0.000 0.976 0.024
#> GSM682056 2 0.6521 -0.0453 0.004 0.504 0.492
#> GSM682057 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 1 0.0237 0.8410 0.996 0.004 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.7742 0.4671 0.288 0.080 0.632
#> GSM682061 3 0.6307 0.0754 0.000 0.488 0.512
#> GSM682062 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.8128 0.3179 0.492 0.068 0.440
#> GSM682065 3 0.1529 0.8371 0.040 0.000 0.960
#> GSM682066 1 0.4605 0.7527 0.796 0.000 0.204
#> GSM682067 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000
#> GSM682068 1 0.0424 0.8436 0.992 0.000 0.008
#> GSM682069 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682070 3 0.1031 0.8412 0.024 0.000 0.976
#> GSM682071 2 0.3267 0.8258 0.000 0.884 0.116
#> GSM682072 3 0.3412 0.7988 0.124 0.000 0.876
#> GSM682073 3 0.6305 0.1967 0.484 0.000 0.516
#> GSM682074 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682075 1 0.0747 0.8440 0.984 0.000 0.016
#> GSM682076 3 0.4654 0.7455 0.208 0.000 0.792
#> GSM682077 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682078 3 0.2066 0.8377 0.060 0.000 0.940
#> GSM682079 3 0.2261 0.8359 0.068 0.000 0.932
#> GSM682080 3 0.6244 0.2338 0.000 0.440 0.560
#> GSM682081 3 0.8392 0.5286 0.148 0.236 0.616
#> GSM682082 3 0.5560 0.6222 0.300 0.000 0.700
#> GSM682083 3 0.5905 0.3523 0.352 0.000 0.648
#> GSM682084 3 0.0892 0.8434 0.020 0.000 0.980
#> GSM682085 3 0.3412 0.7988 0.124 0.000 0.876
#> GSM682086 1 0.2711 0.8264 0.912 0.000 0.088
#> GSM682087 3 0.5327 0.6718 0.272 0.000 0.728
#> GSM682088 3 0.0892 0.8420 0.020 0.000 0.980
#> GSM682089 3 0.0237 0.8419 0.004 0.000 0.996
#> GSM682090 3 0.2165 0.8365 0.064 0.000 0.936
#> GSM682091 3 0.2537 0.8144 0.080 0.000 0.920
#> GSM682092 3 0.3340 0.7822 0.120 0.000 0.880
#> GSM682093 3 0.0237 0.8424 0.004 0.000 0.996
#> GSM682094 1 0.4291 0.7685 0.820 0.000 0.180
#> GSM682095 2 0.0237 0.9254 0.000 0.996 0.004
#> GSM681982 3 0.5363 0.6000 0.000 0.276 0.724
#> GSM681983 1 0.4702 0.7426 0.788 0.000 0.212
#> GSM681984 3 0.6282 0.3599 0.004 0.384 0.612
#> GSM681985 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 1 0.6349 0.7612 0.764 0.080 0.156
#> GSM681987 2 0.0747 0.9203 0.000 0.984 0.016
#> GSM681988 2 0.7534 0.1366 0.040 0.532 0.428
#> GSM681989 2 0.6633 0.2277 0.444 0.548 0.008
#> GSM681990 3 0.4002 0.7881 0.160 0.000 0.840
#> GSM681991 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 3 0.1289 0.8393 0.032 0.000 0.968
#> GSM682035 3 0.1031 0.8409 0.024 0.000 0.976
#> GSM682036 3 0.1031 0.8436 0.024 0.000 0.976
#> GSM682037 3 0.5621 0.4556 0.308 0.000 0.692
#> GSM682038 2 0.0892 0.9194 0.000 0.980 0.020
#> GSM682039 3 0.0747 0.8424 0.016 0.000 0.984
#> GSM682040 3 0.3340 0.7821 0.000 0.120 0.880
#> GSM682041 3 0.0747 0.8419 0.016 0.000 0.984
#> GSM682042 3 0.1289 0.8336 0.000 0.032 0.968
#> GSM682043 1 0.5327 0.6874 0.728 0.000 0.272
#> GSM682044 3 0.2537 0.8168 0.080 0.000 0.920
#> GSM682045 3 0.1753 0.8340 0.048 0.000 0.952
#> GSM682046 1 0.5016 0.7198 0.760 0.000 0.240
#> GSM682047 3 0.2165 0.8351 0.064 0.000 0.936
#> GSM682048 3 0.0892 0.8420 0.020 0.000 0.980
#> GSM682049 3 0.0592 0.8419 0.012 0.000 0.988
#> GSM682050 1 0.6235 0.4104 0.564 0.000 0.436
#> GSM682051 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682052 3 0.1860 0.8249 0.000 0.052 0.948
#> GSM682053 3 0.0000 0.8418 0.000 0.000 1.000
#> GSM682054 1 0.5706 0.6287 0.680 0.000 0.320
#> GSM682123 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682124 3 0.6045 0.2362 0.380 0.000 0.620
#> GSM682125 3 0.0424 0.8416 0.008 0.000 0.992
#> GSM682126 1 0.6307 0.2586 0.512 0.000 0.488
#> GSM682127 3 0.2537 0.8168 0.080 0.000 0.920
#> GSM682128 1 0.0237 0.8427 0.996 0.000 0.004
#> GSM682129 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9265 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0424 0.9240 0.000 0.992 0.008
#> GSM682132 1 0.0424 0.8434 0.992 0.000 0.008
#> GSM682133 1 0.1643 0.8380 0.956 0.000 0.044
#> GSM682134 3 0.0592 0.8419 0.012 0.000 0.988
#> GSM682135 1 0.6318 0.5738 0.636 0.008 0.356
#> GSM682136 1 0.6062 0.5228 0.616 0.000 0.384
#> GSM682137 1 0.3038 0.8174 0.896 0.000 0.104
#> GSM682138 3 0.0747 0.8419 0.016 0.000 0.984
#> GSM682139 3 0.6319 0.6266 0.040 0.228 0.732
#> GSM682140 3 0.3816 0.8010 0.148 0.000 0.852
#> GSM682141 1 0.6235 0.4102 0.564 0.000 0.436
#> GSM682142 1 0.6260 0.3791 0.552 0.000 0.448
#> GSM682143 2 0.0592 0.9222 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.5639 0.4851 0.324 0.000 0.040 0.636
#> GSM682003 2 0.4955 0.1446 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM682004 2 0.0592 0.8841 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682005 4 0.2589 0.7796 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM682006 4 0.2593 0.7859 0.004 0.000 0.104 0.892
#> GSM682007 3 0.4040 0.6133 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM682008 4 0.4431 0.4792 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM682009 3 0.5070 0.3056 0.000 0.372 0.620 0.008
#> GSM682010 3 0.1109 0.7559 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM682011 4 0.3821 0.7586 0.120 0.000 0.040 0.840
#> GSM682096 4 0.5452 0.2732 0.012 0.400 0.004 0.584
#> GSM682097 3 0.5985 0.6879 0.016 0.120 0.724 0.140
#> GSM682098 4 0.5250 0.1143 0.000 0.440 0.008 0.552
#> GSM682099 4 0.0000 0.8024 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.1398 0.8691 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM682102 1 0.1677 0.8552 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM682103 1 0.4713 0.6193 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM682104 3 0.3768 0.6947 0.008 0.000 0.808 0.184
#> GSM682105 4 0.5847 0.2931 0.404 0.000 0.036 0.560
#> GSM682106 4 0.4679 0.4355 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM682107 4 0.3674 0.7681 0.104 0.000 0.044 0.852
#> GSM682108 3 0.6171 0.1989 0.348 0.000 0.588 0.064
#> GSM682109 3 0.3335 0.7241 0.020 0.000 0.860 0.120
#> GSM682110 4 0.2831 0.7767 0.004 0.000 0.120 0.876
#> GSM682111 3 0.0188 0.7614 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682112 3 0.1733 0.7638 0.024 0.028 0.948 0.000
#> GSM682113 1 0.1398 0.8566 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM682114 3 0.0707 0.7589 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM682115 1 0.2300 0.8535 0.920 0.000 0.064 0.016
#> GSM682116 1 0.4292 0.8114 0.820 0.000 0.080 0.100
#> GSM682117 1 0.6153 0.4157 0.604 0.000 0.068 0.328
#> GSM682118 3 0.5056 0.5275 0.224 0.000 0.732 0.044
#> GSM682119 1 0.4382 0.7195 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM682120 1 0.4088 0.8383 0.820 0.000 0.140 0.040
#> GSM682121 4 0.1398 0.7961 0.004 0.000 0.040 0.956
#> GSM682122 3 0.3528 0.6765 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM682012 2 0.0804 0.8838 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM682013 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.6031 0.3007 0.000 0.564 0.048 0.388
#> GSM682017 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1585 0.8637 0.040 0.952 0.004 0.004
#> GSM682019 2 0.1109 0.8801 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM682020 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.4514 0.6901 0.176 0.788 0.004 0.032
#> GSM682022 2 0.0657 0.8849 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM682023 2 0.0657 0.8849 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM682024 1 0.4252 0.6187 0.744 0.252 0.004 0.000
#> GSM682025 2 0.1489 0.8689 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM682026 2 0.0188 0.8881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682027 4 0.1930 0.7971 0.056 0.004 0.004 0.936
#> GSM682028 4 0.0000 0.8024 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 4 0.0000 0.8024 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 4 0.0469 0.8045 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682031 4 0.0469 0.8045 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682032 4 0.0592 0.8046 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682033 2 0.1576 0.8684 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM681992 2 0.9515 -0.0201 0.124 0.376 0.236 0.264
#> GSM681993 3 0.1302 0.7623 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM681994 4 0.2654 0.7840 0.004 0.000 0.108 0.888
#> GSM681995 4 0.1677 0.8048 0.012 0.000 0.040 0.948
#> GSM681996 4 0.3074 0.7186 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM681997 4 0.1557 0.7949 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM681998 4 0.2530 0.7803 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM681999 4 0.2739 0.8003 0.036 0.000 0.060 0.904
#> GSM682000 4 0.1305 0.8035 0.036 0.000 0.004 0.960
#> GSM682001 4 0.6178 0.5508 0.288 0.012 0.056 0.644
#> GSM682055 3 0.4936 0.4066 0.000 0.372 0.624 0.004
#> GSM682056 3 0.5830 0.6629 0.008 0.172 0.720 0.100
#> GSM682057 2 0.0188 0.8881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682058 4 0.0000 0.8024 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.0188 0.8876 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682060 1 0.4018 0.7253 0.812 0.168 0.004 0.016
#> GSM682061 3 0.4327 0.6534 0.000 0.216 0.768 0.016
#> GSM682062 2 0.0000 0.8883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0376 0.8873 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682064 1 0.5991 0.7274 0.728 0.136 0.116 0.020
#> GSM682065 1 0.1211 0.8569 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM682066 1 0.5693 0.6134 0.688 0.000 0.072 0.240
#> GSM682067 1 0.4253 0.8067 0.776 0.016 0.208 0.000
#> GSM682068 4 0.3278 0.7689 0.116 0.000 0.020 0.864
#> GSM682069 1 0.2706 0.8459 0.900 0.020 0.080 0.000
#> GSM682070 1 0.3024 0.8226 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM682071 3 0.5321 0.6300 0.000 0.228 0.716 0.056
#> GSM682072 3 0.0524 0.7603 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM682073 3 0.4277 0.5784 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM682074 1 0.4888 0.3783 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM682075 4 0.2924 0.7783 0.100 0.000 0.016 0.884
#> GSM682076 4 0.7478 0.1576 0.188 0.000 0.344 0.468
#> GSM682077 1 0.2149 0.8448 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM682078 1 0.3907 0.7884 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM682079 1 0.3157 0.8446 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM682080 3 0.4746 0.6930 0.000 0.168 0.776 0.056
#> GSM682081 3 0.4307 0.6784 0.000 0.024 0.784 0.192
#> GSM682082 3 0.5057 0.5228 0.012 0.000 0.648 0.340
#> GSM682083 1 0.2751 0.8503 0.904 0.000 0.056 0.040
#> GSM682084 3 0.0921 0.7567 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM682085 3 0.0657 0.7598 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM682086 1 0.6071 0.4330 0.612 0.000 0.064 0.324
#> GSM682087 4 0.5557 0.4681 0.040 0.000 0.308 0.652
#> GSM682088 1 0.2868 0.8444 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM682089 3 0.4948 0.1623 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM682090 3 0.5323 0.3791 0.352 0.000 0.628 0.020
#> GSM682091 1 0.2611 0.8447 0.896 0.008 0.096 0.000
#> GSM682092 1 0.1302 0.8615 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM682093 1 0.4406 0.7152 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM682094 1 0.6745 0.5058 0.604 0.000 0.152 0.244
#> GSM682095 2 0.1557 0.8567 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM681982 3 0.1356 0.7636 0.000 0.032 0.960 0.008
#> GSM681983 1 0.2313 0.8487 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM681984 3 0.3743 0.6910 0.016 0.160 0.824 0.000
#> GSM681985 3 0.1211 0.7512 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM681986 3 0.9187 0.0520 0.128 0.352 0.380 0.140
#> GSM681987 2 0.4713 0.3973 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM681988 3 0.4956 0.6762 0.000 0.056 0.756 0.188
#> GSM681989 4 0.5579 0.5938 0.000 0.060 0.252 0.688
#> GSM681990 3 0.4988 0.5131 0.236 0.000 0.728 0.036
#> GSM681991 2 0.0469 0.8857 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682034 1 0.0188 0.8546 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.1792 0.8516 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM682036 1 0.3356 0.8025 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.8536 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.4961 0.2131 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM682039 1 0.3266 0.8328 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM682040 3 0.4890 0.6994 0.080 0.144 0.776 0.000
#> GSM682041 1 0.2408 0.8468 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM682042 3 0.2413 0.7623 0.020 0.064 0.916 0.000
#> GSM682043 1 0.0804 0.8549 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682044 1 0.0000 0.8536 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1635 0.8590 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM682046 1 0.1388 0.8508 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM682047 1 0.4624 0.6690 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM682048 1 0.2011 0.8564 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM682049 1 0.2281 0.8433 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM682050 1 0.0188 0.8547 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682051 1 0.4843 0.3683 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM682052 3 0.2021 0.7634 0.012 0.056 0.932 0.000
#> GSM682053 1 0.3975 0.7811 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM682054 1 0.1042 0.8565 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM682123 1 0.2081 0.8464 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.8536 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.2081 0.8464 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM682126 1 0.1118 0.8574 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM682127 1 0.0592 0.8568 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682128 4 0.0336 0.8042 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682129 2 0.0336 0.8867 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682130 2 0.0524 0.8856 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.2530 0.8045 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM682132 4 0.1557 0.7990 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM682133 1 0.3945 0.7021 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM682134 1 0.1792 0.8516 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM682135 1 0.3699 0.8186 0.864 0.080 0.048 0.008
#> GSM682136 1 0.1545 0.8558 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM682137 4 0.4699 0.5409 0.320 0.000 0.004 0.676
#> GSM682138 1 0.2814 0.8458 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM682139 1 0.2704 0.7781 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.3325 0.8534 0.864 0.000 0.112 0.024
#> GSM682141 1 0.0000 0.8536 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.1211 0.8569 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM682143 2 0.2149 0.8278 0.000 0.912 0.088 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 3 0.3098 0.58686 0.016 0.000 0.836 0.000 0.148
#> GSM682003 2 0.5954 0.38454 0.000 0.592 0.000 0.216 0.192
#> GSM682004 2 0.1894 0.79529 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> GSM682005 3 0.4113 0.53200 0.000 0.000 0.784 0.076 0.140
#> GSM682006 3 0.4126 0.46942 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM682007 5 0.5723 -0.23341 0.000 0.000 0.088 0.392 0.520
#> GSM682008 4 0.6696 0.31485 0.000 0.000 0.372 0.388 0.240
#> GSM682009 5 0.0566 0.38139 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM682010 5 0.0609 0.36818 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM682011 3 0.3932 0.48178 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM682096 3 0.4595 0.11753 0.000 0.400 0.588 0.008 0.004
#> GSM682097 4 0.1608 0.51062 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM682098 4 0.6369 0.03252 0.000 0.244 0.236 0.520 0.000
#> GSM682099 3 0.4815 0.10133 0.000 0.020 0.524 0.456 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0510 0.84172 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM682102 5 0.6756 -0.06350 0.268 0.000 0.344 0.000 0.388
#> GSM682103 1 0.6482 0.18975 0.440 0.000 0.000 0.372 0.188
#> GSM682104 4 0.5008 0.48269 0.000 0.000 0.056 0.644 0.300
#> GSM682105 3 0.2787 0.59460 0.004 0.000 0.856 0.004 0.136
#> GSM682106 5 0.6586 -0.22640 0.000 0.000 0.292 0.244 0.464
#> GSM682107 3 0.4074 0.45876 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM682108 5 0.1965 0.32914 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM682109 5 0.4645 0.02466 0.000 0.000 0.044 0.268 0.688
#> GSM682110 3 0.4331 0.44431 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400
#> GSM682111 5 0.4256 -0.19451 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM682112 5 0.4383 -0.18106 0.004 0.000 0.000 0.424 0.572
#> GSM682113 5 0.6757 -0.03636 0.320 0.000 0.280 0.000 0.400
#> GSM682114 4 0.4283 0.43251 0.008 0.000 0.000 0.644 0.348
#> GSM682115 1 0.0290 0.74563 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682116 1 0.2740 0.72314 0.876 0.000 0.096 0.028 0.000
#> GSM682117 3 0.4440 0.32775 0.004 0.000 0.528 0.000 0.468
#> GSM682118 5 0.2654 0.34730 0.000 0.000 0.064 0.048 0.888
#> GSM682119 5 0.2852 0.24020 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM682120 1 0.4602 0.69854 0.776 0.000 0.104 0.020 0.100
#> GSM682121 3 0.4290 0.34418 0.016 0.000 0.680 0.304 0.000
#> GSM682122 4 0.4152 0.47303 0.000 0.000 0.012 0.692 0.296
#> GSM682012 2 0.5066 0.63518 0.000 0.608 0.048 0.344 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 4 0.6134 -0.19225 0.000 0.340 0.144 0.516 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0451 0.84303 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM682019 2 0.5210 0.68230 0.000 0.652 0.084 0.264 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.3374 0.79701 0.032 0.852 0.100 0.016 0.000
#> GSM682022 2 0.2561 0.82232 0.000 0.884 0.020 0.096 0.000
#> GSM682023 2 0.4946 0.69722 0.000 0.664 0.060 0.276 0.000
#> GSM682024 1 0.3934 0.54668 0.716 0.276 0.008 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.4883 0.73160 0.000 0.708 0.092 0.200 0.000
#> GSM682026 2 0.4295 0.75336 0.000 0.740 0.044 0.216 0.000
#> GSM682027 3 0.1168 0.58946 0.000 0.008 0.960 0.032 0.000
#> GSM682028 3 0.4350 0.21237 0.000 0.004 0.588 0.408 0.000
#> GSM682029 3 0.3796 0.37626 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM682030 3 0.3143 0.48228 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM682031 3 0.3424 0.44693 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM682032 3 0.2074 0.55721 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682033 2 0.5708 0.57359 0.000 0.556 0.096 0.348 0.000
#> GSM681992 5 0.4436 -0.17032 0.000 0.008 0.396 0.000 0.596
#> GSM681993 5 0.4300 -0.25326 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM681994 3 0.4719 0.48309 0.000 0.000 0.696 0.056 0.248
#> GSM681995 3 0.3366 0.55808 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM681996 3 0.6211 0.12371 0.000 0.000 0.544 0.192 0.264
#> GSM681997 3 0.3649 0.57243 0.000 0.000 0.824 0.088 0.088
#> GSM681998 3 0.4211 0.45577 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> GSM681999 3 0.3983 0.48670 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM682000 3 0.2561 0.59264 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM682001 3 0.4294 0.33398 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM682055 4 0.4073 0.34301 0.000 0.216 0.000 0.752 0.032
#> GSM682056 4 0.2439 0.49973 0.000 0.004 0.120 0.876 0.000
#> GSM682057 2 0.3852 0.77004 0.000 0.760 0.020 0.220 0.000
#> GSM682058 4 0.4855 0.00558 0.004 0.016 0.436 0.544 0.000
#> GSM682059 2 0.1410 0.83760 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM682060 1 0.5285 0.37960 0.584 0.356 0.060 0.000 0.000
#> GSM682061 4 0.5472 0.49567 0.000 0.056 0.028 0.664 0.252
#> GSM682062 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0162 0.84114 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682064 5 0.7067 -0.03966 0.012 0.340 0.260 0.000 0.388
#> GSM682065 1 0.4527 0.65005 0.732 0.000 0.064 0.000 0.204
#> GSM682066 3 0.4430 0.44115 0.012 0.000 0.628 0.000 0.360
#> GSM682067 5 0.6739 0.09411 0.208 0.316 0.000 0.008 0.468
#> GSM682068 3 0.2971 0.58438 0.008 0.000 0.836 0.000 0.156
#> GSM682069 1 0.6162 0.46880 0.572 0.172 0.000 0.004 0.252
#> GSM682070 5 0.6338 0.13219 0.232 0.008 0.196 0.000 0.564
#> GSM682071 4 0.2305 0.51980 0.000 0.012 0.000 0.896 0.092
#> GSM682072 5 0.3774 0.02629 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM682073 5 0.6003 -0.36158 0.000 0.000 0.112 0.444 0.444
#> GSM682074 1 0.3366 0.63502 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM682075 3 0.2017 0.59823 0.008 0.000 0.912 0.000 0.080
#> GSM682076 4 0.7452 0.18341 0.288 0.000 0.236 0.432 0.044
#> GSM682077 1 0.0609 0.74596 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682078 1 0.5700 0.55477 0.628 0.000 0.000 0.196 0.176
#> GSM682079 1 0.4033 0.68126 0.764 0.000 0.020 0.008 0.208
#> GSM682080 4 0.4446 0.38284 0.000 0.008 0.000 0.592 0.400
#> GSM682081 4 0.4702 0.35292 0.000 0.000 0.016 0.552 0.432
#> GSM682082 4 0.3810 0.49808 0.000 0.000 0.168 0.792 0.040
#> GSM682083 1 0.1082 0.74627 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000
#> GSM682084 5 0.4410 -0.20196 0.004 0.000 0.000 0.440 0.556
#> GSM682085 4 0.4294 0.29696 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM682086 3 0.4517 0.35411 0.008 0.000 0.556 0.000 0.436
#> GSM682087 4 0.7263 0.41229 0.104 0.000 0.216 0.544 0.136
#> GSM682088 1 0.1579 0.75085 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> GSM682089 1 0.5103 0.34534 0.556 0.000 0.000 0.404 0.040
#> GSM682090 1 0.4800 0.26696 0.508 0.000 0.012 0.476 0.004
#> GSM682091 5 0.7804 0.00875 0.088 0.224 0.248 0.000 0.440
#> GSM682092 1 0.0771 0.75229 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM682093 5 0.5935 0.02016 0.152 0.000 0.000 0.268 0.580
#> GSM682094 3 0.4305 0.30282 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM682095 2 0.1197 0.83364 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM681982 5 0.4262 -0.20426 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM681983 3 0.5271 0.30585 0.048 0.000 0.520 0.000 0.432
#> GSM681984 5 0.1544 0.32571 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM681985 5 0.3966 -0.04542 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM681986 5 0.3662 0.11116 0.000 0.004 0.252 0.000 0.744
#> GSM681987 2 0.5008 0.61189 0.000 0.708 0.000 0.152 0.140
#> GSM681988 4 0.4696 0.42762 0.000 0.000 0.024 0.616 0.360
#> GSM681989 5 0.3661 0.07370 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM681990 5 0.1410 0.36081 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM681991 2 0.1965 0.77476 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM682034 1 0.1341 0.75209 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM682035 1 0.0703 0.75205 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682036 5 0.6316 -0.02294 0.008 0.156 0.288 0.000 0.548
#> GSM682037 1 0.0963 0.75275 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM682038 5 0.5645 0.00956 0.000 0.376 0.000 0.084 0.540
#> GSM682039 5 0.4437 -0.30534 0.464 0.000 0.004 0.000 0.532
#> GSM682040 4 0.6452 0.26383 0.196 0.000 0.000 0.476 0.328
#> GSM682041 1 0.0771 0.74701 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM682042 4 0.5286 0.26699 0.048 0.000 0.000 0.504 0.448
#> GSM682043 1 0.2370 0.74368 0.904 0.000 0.056 0.000 0.040
#> GSM682044 1 0.4309 0.58234 0.676 0.000 0.016 0.000 0.308
#> GSM682045 5 0.7264 -0.13211 0.340 0.148 0.056 0.000 0.456
#> GSM682046 1 0.6661 0.22897 0.444 0.000 0.284 0.000 0.272
#> GSM682047 1 0.6653 0.33314 0.484 0.000 0.004 0.248 0.264
#> GSM682048 1 0.3861 0.62314 0.712 0.000 0.000 0.004 0.284
#> GSM682049 1 0.0510 0.74593 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682050 1 0.5459 0.54998 0.644 0.000 0.120 0.000 0.236
#> GSM682051 1 0.3003 0.67128 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM682052 5 0.4827 -0.26626 0.020 0.000 0.000 0.476 0.504
#> GSM682053 1 0.4801 0.63529 0.728 0.000 0.000 0.148 0.124
#> GSM682054 1 0.6564 0.27206 0.460 0.000 0.224 0.000 0.316
#> GSM682123 1 0.2293 0.74071 0.900 0.000 0.000 0.016 0.084
#> GSM682124 1 0.1478 0.75086 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM682125 1 0.0510 0.74593 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682126 1 0.5906 0.46548 0.576 0.000 0.140 0.000 0.284
#> GSM682127 1 0.3687 0.68770 0.792 0.000 0.028 0.000 0.180
#> GSM682128 3 0.4060 0.29093 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM682129 2 0.4679 0.68111 0.000 0.652 0.032 0.316 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.84276 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.4135 0.67531 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> GSM682132 3 0.3466 0.58713 0.008 0.000 0.844 0.100 0.048
#> GSM682133 1 0.4309 0.57820 0.676 0.000 0.308 0.000 0.016
#> GSM682134 1 0.0162 0.74605 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682135 5 0.7235 -0.08127 0.020 0.280 0.308 0.000 0.392
#> GSM682136 1 0.6262 0.35912 0.504 0.000 0.164 0.000 0.332
#> GSM682137 3 0.5234 0.26121 0.332 0.000 0.612 0.052 0.004
#> GSM682138 1 0.1310 0.75231 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024
#> GSM682139 1 0.6004 0.58215 0.640 0.172 0.020 0.000 0.168
#> GSM682140 1 0.2606 0.74850 0.900 0.000 0.032 0.012 0.056
#> GSM682141 1 0.1205 0.75322 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM682142 5 0.6596 -0.14361 0.372 0.000 0.212 0.000 0.416
#> GSM682143 2 0.1331 0.83230 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 3 0.2121 0.59769 0.032 0.000 0.916 0.008 0.004 0.040
#> GSM682003 4 0.7322 0.04841 0.000 0.240 0.000 0.368 0.280 0.112
#> GSM682004 2 0.3178 0.60715 0.000 0.848 0.000 0.016 0.080 0.056
#> GSM682005 3 0.4574 0.52011 0.000 0.000 0.732 0.036 0.060 0.172
#> GSM682006 3 0.4280 0.46690 0.000 0.000 0.716 0.228 0.044 0.012
#> GSM682007 4 0.3170 0.54533 0.000 0.000 0.056 0.856 0.052 0.036
#> GSM682008 4 0.6645 0.35532 0.000 0.000 0.188 0.496 0.068 0.248
#> GSM682009 5 0.4845 0.47636 0.000 0.028 0.156 0.092 0.720 0.004
#> GSM682010 4 0.5829 -0.08934 0.000 0.000 0.120 0.456 0.408 0.016
#> GSM682011 3 0.2623 0.53739 0.000 0.000 0.852 0.016 0.132 0.000
#> GSM682096 2 0.6475 0.27782 0.000 0.572 0.208 0.144 0.016 0.060
#> GSM682097 4 0.3724 0.50511 0.000 0.004 0.000 0.716 0.012 0.268
#> GSM682098 6 0.5072 0.47932 0.000 0.184 0.120 0.020 0.000 0.676
#> GSM682099 6 0.6390 0.08263 0.000 0.040 0.372 0.152 0.000 0.436
#> GSM682100 2 0.1610 0.63859 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM682101 2 0.2207 0.63745 0.000 0.908 0.020 0.004 0.008 0.060
#> GSM682102 3 0.5792 -0.10081 0.404 0.004 0.476 0.008 0.104 0.004
#> GSM682103 4 0.4370 0.39044 0.252 0.004 0.004 0.704 0.020 0.016
#> GSM682104 4 0.2404 0.56089 0.000 0.004 0.004 0.880 0.008 0.104
#> GSM682105 3 0.3169 0.58565 0.024 0.000 0.852 0.096 0.008 0.020
#> GSM682106 4 0.5741 0.37789 0.000 0.000 0.232 0.612 0.052 0.104
#> GSM682107 3 0.3473 0.52062 0.000 0.000 0.804 0.048 0.144 0.004
#> GSM682108 4 0.6471 -0.18559 0.000 0.000 0.332 0.360 0.292 0.016
#> GSM682109 4 0.4517 0.42741 0.000 0.000 0.112 0.740 0.128 0.020
#> GSM682110 3 0.5504 0.29269 0.000 0.000 0.560 0.324 0.100 0.016
#> GSM682111 4 0.2742 0.50728 0.000 0.000 0.012 0.852 0.128 0.008
#> GSM682112 5 0.4554 0.21536 0.004 0.000 0.000 0.360 0.600 0.036
#> GSM682113 1 0.7784 0.33572 0.448 0.032 0.296 0.116 0.060 0.048
#> GSM682114 4 0.2859 0.55173 0.008 0.000 0.000 0.856 0.028 0.108
#> GSM682115 1 0.0603 0.77099 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM682116 1 0.3136 0.73819 0.852 0.000 0.076 0.008 0.004 0.060
#> GSM682117 3 0.5497 0.36463 0.004 0.000 0.632 0.192 0.156 0.016
#> GSM682118 3 0.6418 -0.01318 0.004 0.000 0.440 0.228 0.312 0.016
#> GSM682119 5 0.6054 0.21162 0.004 0.000 0.316 0.232 0.448 0.000
#> GSM682120 1 0.5695 0.54507 0.612 0.000 0.112 0.240 0.004 0.032
#> GSM682121 3 0.6075 0.21729 0.032 0.000 0.508 0.112 0.004 0.344
#> GSM682122 4 0.2858 0.55496 0.000 0.000 0.000 0.844 0.032 0.124
#> GSM682012 6 0.5052 0.36032 0.000 0.308 0.004 0.004 0.076 0.608
#> GSM682013 2 0.3566 0.57881 0.000 0.788 0.000 0.000 0.056 0.156
#> GSM682014 2 0.1088 0.64246 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM682015 2 0.1970 0.63792 0.000 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> GSM682016 6 0.4488 0.47558 0.000 0.132 0.044 0.004 0.060 0.760
#> GSM682017 2 0.0777 0.64416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM682018 2 0.3352 0.58680 0.000 0.792 0.000 0.000 0.032 0.176
#> GSM682019 6 0.5040 0.29443 0.000 0.384 0.024 0.000 0.036 0.556
#> GSM682020 2 0.0937 0.64555 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM682021 2 0.2322 0.62511 0.004 0.904 0.016 0.008 0.004 0.064
#> GSM682022 2 0.3841 0.47975 0.000 0.716 0.000 0.000 0.028 0.256
#> GSM682023 6 0.4875 0.23984 0.000 0.400 0.000 0.004 0.052 0.544
#> GSM682024 1 0.4103 0.51422 0.684 0.288 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM682025 2 0.4463 0.15012 0.000 0.588 0.036 0.000 0.000 0.376
#> GSM682026 2 0.4396 -0.03314 0.000 0.520 0.000 0.000 0.024 0.456
#> GSM682027 3 0.3630 0.49366 0.000 0.032 0.756 0.000 0.000 0.212
#> GSM682028 6 0.4499 -0.13895 0.000 0.012 0.476 0.012 0.000 0.500
#> GSM682029 3 0.4010 0.28142 0.000 0.000 0.584 0.008 0.000 0.408
#> GSM682030 3 0.3911 0.34443 0.000 0.000 0.624 0.008 0.000 0.368
#> GSM682031 3 0.3975 0.30992 0.000 0.000 0.600 0.008 0.000 0.392
#> GSM682032 3 0.3707 0.41971 0.000 0.000 0.680 0.008 0.000 0.312
#> GSM682033 6 0.5643 0.30076 0.000 0.388 0.084 0.008 0.012 0.508
#> GSM681992 3 0.5409 -0.05969 0.000 0.020 0.468 0.064 0.448 0.000
#> GSM681993 4 0.4122 0.44559 0.000 0.000 0.000 0.724 0.212 0.064
#> GSM681994 3 0.5340 0.51774 0.000 0.000 0.676 0.144 0.048 0.132
#> GSM681995 3 0.1829 0.57897 0.000 0.000 0.920 0.004 0.064 0.012
#> GSM681996 3 0.6422 0.28584 0.000 0.000 0.528 0.224 0.056 0.192
#> GSM681997 3 0.3551 0.55084 0.000 0.000 0.792 0.060 0.000 0.148
#> GSM681998 3 0.4355 0.52713 0.000 0.000 0.756 0.136 0.084 0.024
#> GSM681999 3 0.2821 0.52436 0.000 0.000 0.832 0.016 0.152 0.000
#> GSM682000 3 0.1075 0.59784 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM682001 3 0.3821 0.44731 0.000 0.000 0.740 0.040 0.220 0.000
#> GSM682055 6 0.6207 0.17473 0.000 0.168 0.000 0.312 0.028 0.492
#> GSM682056 4 0.4754 0.27070 0.004 0.020 0.000 0.532 0.012 0.432
#> GSM682057 2 0.4135 0.47143 0.000 0.712 0.000 0.028 0.012 0.248
#> GSM682058 6 0.5924 0.31308 0.000 0.024 0.220 0.156 0.008 0.592
#> GSM682059 2 0.3129 0.59325 0.000 0.820 0.000 0.004 0.024 0.152
#> GSM682060 2 0.5636 0.46362 0.164 0.696 0.040 0.040 0.016 0.044
#> GSM682061 4 0.6441 0.30341 0.000 0.036 0.000 0.440 0.176 0.348
#> GSM682062 2 0.2930 0.61010 0.000 0.840 0.000 0.000 0.036 0.124
#> GSM682063 2 0.1124 0.63592 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM682064 2 0.6672 0.23073 0.004 0.528 0.260 0.012 0.144 0.052
#> GSM682065 1 0.5089 0.71917 0.760 0.032 0.096 0.036 0.036 0.040
#> GSM682066 3 0.3978 0.54625 0.020 0.000 0.804 0.036 0.116 0.024
#> GSM682067 2 0.7597 0.37417 0.132 0.564 0.060 0.108 0.084 0.052
#> GSM682068 3 0.1686 0.59795 0.012 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064
#> GSM682069 1 0.6420 0.34814 0.540 0.308 0.004 0.024 0.072 0.052
#> GSM682070 3 0.8307 -0.11178 0.252 0.024 0.292 0.120 0.292 0.020
#> GSM682071 4 0.5448 0.29634 0.000 0.008 0.000 0.468 0.092 0.432
#> GSM682072 4 0.4633 0.37640 0.000 0.000 0.064 0.704 0.212 0.020
#> GSM682073 4 0.3691 0.55062 0.000 0.000 0.036 0.820 0.072 0.072
#> GSM682074 1 0.4447 0.39424 0.600 0.000 0.004 0.372 0.004 0.020
#> GSM682075 3 0.2053 0.58237 0.004 0.000 0.888 0.000 0.000 0.108
#> GSM682076 4 0.7170 0.31900 0.208 0.000 0.116 0.460 0.004 0.212
#> GSM682077 1 0.2700 0.75426 0.884 0.016 0.000 0.072 0.012 0.016
#> GSM682078 1 0.5023 0.37012 0.564 0.004 0.032 0.384 0.008 0.008
#> GSM682079 1 0.6215 0.39121 0.524 0.008 0.088 0.340 0.024 0.016
#> GSM682080 5 0.6313 -0.19426 0.000 0.012 0.000 0.368 0.380 0.240
#> GSM682081 4 0.5584 0.40712 0.000 0.000 0.016 0.580 0.276 0.128
#> GSM682082 4 0.5297 0.23609 0.008 0.000 0.076 0.476 0.000 0.440
#> GSM682083 1 0.2153 0.76423 0.912 0.000 0.040 0.004 0.004 0.040
#> GSM682084 4 0.2156 0.53236 0.008 0.000 0.008 0.908 0.068 0.008
#> GSM682085 4 0.1836 0.54848 0.004 0.000 0.008 0.928 0.048 0.012
#> GSM682086 3 0.4005 0.50068 0.008 0.000 0.780 0.048 0.152 0.012
#> GSM682087 6 0.7472 -0.21152 0.140 0.000 0.140 0.352 0.012 0.356
#> GSM682088 1 0.4496 0.35707 0.552 0.004 0.000 0.424 0.012 0.008
#> GSM682089 1 0.5534 0.06531 0.476 0.004 0.000 0.436 0.020 0.064
#> GSM682090 4 0.5062 0.46596 0.204 0.004 0.000 0.672 0.012 0.108
#> GSM682091 2 0.7846 -0.02994 0.048 0.384 0.284 0.020 0.228 0.036
#> GSM682092 1 0.1387 0.77331 0.956 0.004 0.008 0.012 0.012 0.008
#> GSM682093 4 0.5941 0.35572 0.196 0.008 0.044 0.644 0.092 0.016
#> GSM682094 3 0.4311 0.42639 0.008 0.000 0.716 0.056 0.220 0.000
#> GSM682095 2 0.4914 0.49255 0.000 0.680 0.000 0.008 0.160 0.152
#> GSM681982 5 0.4788 0.25869 0.000 0.000 0.004 0.288 0.636 0.072
#> GSM681983 3 0.4746 0.39956 0.116 0.000 0.668 0.000 0.216 0.000
#> GSM681984 5 0.3896 0.46307 0.000 0.004 0.076 0.132 0.784 0.004
#> GSM681985 5 0.4331 0.25985 0.000 0.000 0.004 0.332 0.636 0.028
#> GSM681986 5 0.4740 0.41506 0.000 0.004 0.260 0.060 0.668 0.008
#> GSM681987 5 0.6757 0.00950 0.000 0.340 0.000 0.284 0.340 0.036
#> GSM681988 4 0.6336 0.27261 0.000 0.000 0.024 0.468 0.292 0.216
#> GSM681989 5 0.4453 0.08820 0.000 0.004 0.452 0.020 0.524 0.000
#> GSM681990 5 0.5127 0.35853 0.000 0.000 0.300 0.112 0.588 0.000
#> GSM681991 2 0.3175 0.58027 0.000 0.808 0.000 0.000 0.164 0.028
#> GSM682034 1 0.0603 0.77211 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.0508 0.77120 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> GSM682036 5 0.6227 0.13027 0.016 0.092 0.380 0.032 0.480 0.000
#> GSM682037 1 0.0935 0.77223 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> GSM682038 5 0.3163 0.41767 0.000 0.044 0.004 0.020 0.856 0.076
#> GSM682039 5 0.5619 0.28490 0.300 0.004 0.100 0.008 0.580 0.008
#> GSM682040 4 0.6348 0.08183 0.104 0.008 0.000 0.452 0.392 0.044
#> GSM682041 1 0.0146 0.76906 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682042 5 0.6256 0.26115 0.084 0.000 0.000 0.188 0.580 0.148
#> GSM682043 1 0.2462 0.74643 0.860 0.000 0.132 0.000 0.004 0.004
#> GSM682044 1 0.3518 0.70950 0.804 0.000 0.092 0.000 0.104 0.000
#> GSM682045 5 0.6584 0.28500 0.268 0.036 0.136 0.000 0.532 0.028
#> GSM682046 1 0.4888 0.35223 0.536 0.004 0.408 0.000 0.052 0.000
#> GSM682047 4 0.5664 0.29623 0.312 0.000 0.068 0.576 0.040 0.004
#> GSM682048 1 0.2536 0.74057 0.864 0.000 0.020 0.000 0.116 0.000
#> GSM682049 1 0.0146 0.76896 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.3488 0.69996 0.780 0.000 0.184 0.000 0.036 0.000
#> GSM682051 1 0.2070 0.73743 0.892 0.000 0.000 0.100 0.000 0.008
#> GSM682052 5 0.5945 0.16100 0.036 0.000 0.000 0.320 0.532 0.112
#> GSM682053 1 0.2000 0.76316 0.916 0.000 0.000 0.048 0.032 0.004
#> GSM682054 1 0.5166 0.39275 0.540 0.000 0.364 0.000 0.096 0.000
#> GSM682123 1 0.0146 0.76993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682124 1 0.1406 0.77353 0.952 0.016 0.020 0.000 0.004 0.008
#> GSM682125 1 0.1082 0.76790 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM682126 1 0.4554 0.64077 0.696 0.008 0.252 0.004 0.024 0.016
#> GSM682127 1 0.4490 0.73986 0.800 0.032 0.076 0.028 0.028 0.036
#> GSM682128 3 0.4396 0.15177 0.000 0.000 0.520 0.024 0.000 0.456
#> GSM682129 6 0.4932 0.12211 0.000 0.452 0.000 0.004 0.052 0.492
#> GSM682130 2 0.1643 0.64206 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM682131 6 0.5957 0.17576 0.000 0.392 0.000 0.024 0.120 0.464
#> GSM682132 3 0.4138 0.46019 0.020 0.000 0.700 0.008 0.004 0.268
#> GSM682133 3 0.5732 -0.09954 0.436 0.012 0.448 0.000 0.004 0.100
#> GSM682134 1 0.0146 0.76965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682135 2 0.6831 0.00745 0.020 0.412 0.388 0.000 0.132 0.048
#> GSM682136 1 0.4854 0.55584 0.632 0.004 0.308 0.000 0.040 0.016
#> GSM682137 3 0.5976 0.29198 0.316 0.000 0.484 0.008 0.000 0.192
#> GSM682138 1 0.1413 0.77001 0.948 0.000 0.004 0.036 0.008 0.004
#> GSM682139 2 0.6394 -0.04235 0.432 0.436 0.028 0.004 0.044 0.056
#> GSM682140 1 0.3695 0.73623 0.804 0.000 0.080 0.108 0.004 0.004
#> GSM682141 1 0.1462 0.77006 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008 0.000
#> GSM682142 1 0.5684 0.36910 0.516 0.004 0.324 0.000 0.156 0.000
#> GSM682143 2 0.4312 0.56025 0.000 0.768 0.000 0.120 0.076 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> SD:NMF 148 2.72e-07 9.54e-01 2
#> SD:NMF 142 9.71e-06 1.58e-03 3
#> SD:NMF 139 1.62e-08 6.27e-06 4
#> SD:NMF 74 1.44e-03 4.54e-04 5
#> SD:NMF 69 1.25e-07 1.17e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.393 0.801 0.884 0.3289 0.626 0.626
#> 3 3 0.327 0.613 0.768 0.5601 0.868 0.793
#> 4 4 0.370 0.633 0.744 0.1599 0.927 0.863
#> 5 5 0.440 0.639 0.765 0.2169 0.756 0.504
#> 6 6 0.487 0.630 0.759 0.0387 0.971 0.894
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.6712 0.746 0.176 0.824
#> GSM682004 2 0.6712 0.746 0.176 0.824
#> GSM682005 1 0.4562 0.865 0.904 0.096
#> GSM682006 1 0.4690 0.862 0.900 0.100
#> GSM682007 1 0.6148 0.811 0.848 0.152
#> GSM682008 1 0.6148 0.811 0.848 0.152
#> GSM682009 1 0.7528 0.698 0.784 0.216
#> GSM682010 1 0.4690 0.863 0.900 0.100
#> GSM682011 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682096 1 0.6973 0.758 0.812 0.188
#> GSM682097 1 0.6887 0.765 0.816 0.184
#> GSM682098 1 0.6973 0.758 0.812 0.188
#> GSM682099 1 0.4939 0.816 0.892 0.108
#> GSM682100 2 0.9881 0.581 0.436 0.564
#> GSM682101 1 0.6712 0.725 0.824 0.176
#> GSM682102 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.1843 0.906 0.972 0.028
#> GSM682104 1 0.6712 0.779 0.824 0.176
#> GSM682105 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> GSM682106 1 0.4431 0.870 0.908 0.092
#> GSM682107 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682108 1 0.3274 0.890 0.940 0.060
#> GSM682109 1 0.7376 0.728 0.792 0.208
#> GSM682110 1 0.4431 0.870 0.908 0.092
#> GSM682111 1 0.8016 0.657 0.756 0.244
#> GSM682112 2 0.0672 0.683 0.008 0.992
#> GSM682113 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.6148 0.809 0.848 0.152
#> GSM682115 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0938 0.910 0.988 0.012
#> GSM682118 1 0.0938 0.911 0.988 0.012
#> GSM682119 1 0.2603 0.899 0.956 0.044
#> GSM682120 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.6887 0.766 0.816 0.184
#> GSM682012 2 0.2778 0.704 0.048 0.952
#> GSM682013 2 0.9922 0.561 0.448 0.552
#> GSM682014 2 0.9087 0.698 0.324 0.676
#> GSM682015 2 0.9087 0.698 0.324 0.676
#> GSM682016 2 0.3274 0.710 0.060 0.940
#> GSM682017 2 0.9087 0.698 0.324 0.676
#> GSM682018 1 0.8909 0.355 0.692 0.308
#> GSM682019 2 0.9922 0.560 0.448 0.552
#> GSM682020 2 0.9850 0.593 0.428 0.572
#> GSM682021 1 0.8713 0.418 0.708 0.292
#> GSM682022 2 0.9933 0.552 0.452 0.548
#> GSM682023 2 0.9988 0.485 0.480 0.520
#> GSM682024 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.9933 0.552 0.452 0.548
#> GSM682026 2 0.9963 0.528 0.464 0.536
#> GSM682027 1 0.4939 0.816 0.892 0.108
#> GSM682028 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682029 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682030 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682031 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682032 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682033 2 0.4939 0.733 0.108 0.892
#> GSM681992 1 0.6247 0.796 0.844 0.156
#> GSM681993 2 0.7139 0.697 0.196 0.804
#> GSM681994 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> GSM681995 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM681996 1 0.6148 0.811 0.848 0.152
#> GSM681997 1 0.3431 0.887 0.936 0.064
#> GSM681998 1 0.3431 0.887 0.936 0.064
#> GSM681999 1 0.0938 0.910 0.988 0.012
#> GSM682000 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682001 1 0.0938 0.910 0.988 0.012
#> GSM682055 1 0.7376 0.726 0.792 0.208
#> GSM682056 1 0.6887 0.765 0.816 0.184
#> GSM682057 2 0.9988 0.483 0.480 0.520
#> GSM682058 1 0.6623 0.782 0.828 0.172
#> GSM682059 2 0.9686 0.633 0.396 0.604
#> GSM682060 2 0.0000 0.679 0.000 1.000
#> GSM682061 2 0.0000 0.679 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.9881 0.581 0.436 0.564
#> GSM682063 1 0.6712 0.725 0.824 0.176
#> GSM682064 1 0.1843 0.906 0.972 0.028
#> GSM682065 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> GSM682067 1 0.0938 0.911 0.988 0.012
#> GSM682068 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0938 0.911 0.988 0.012
#> GSM682070 1 0.1843 0.906 0.972 0.028
#> GSM682071 2 0.9358 0.611 0.352 0.648
#> GSM682072 1 0.7376 0.728 0.792 0.208
#> GSM682073 1 0.7745 0.690 0.772 0.228
#> GSM682074 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0376 0.911 0.996 0.004
#> GSM682078 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> GSM682079 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.9608 0.564 0.384 0.616
#> GSM682081 1 0.7815 0.681 0.768 0.232
#> GSM682082 1 0.5519 0.833 0.872 0.128
#> GSM682083 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.6048 0.814 0.852 0.148
#> GSM682085 1 0.6048 0.814 0.852 0.148
#> GSM682086 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682087 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> GSM682089 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> GSM682090 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.1843 0.906 0.972 0.028
#> GSM682092 1 0.0376 0.911 0.996 0.004
#> GSM682093 1 0.5059 0.853 0.888 0.112
#> GSM682094 1 0.1184 0.910 0.984 0.016
#> GSM682095 2 0.6531 0.746 0.168 0.832
#> GSM681982 2 0.5294 0.720 0.120 0.880
#> GSM681983 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.9944 0.465 0.456 0.544
#> GSM681985 2 0.5059 0.718 0.112 0.888
#> GSM681986 2 0.9944 0.465 0.456 0.544
#> GSM681987 2 0.6048 0.744 0.148 0.852
#> GSM681988 1 0.8909 0.490 0.692 0.308
#> GSM681989 1 0.7528 0.698 0.784 0.216
#> GSM681990 1 0.2948 0.896 0.948 0.052
#> GSM681991 2 0.6048 0.744 0.148 0.852
#> GSM682034 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.2043 0.904 0.968 0.032
#> GSM682037 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.8608 0.711 0.284 0.716
#> GSM682039 1 0.3431 0.887 0.936 0.064
#> GSM682040 2 0.0000 0.679 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.1414 0.907 0.980 0.020
#> GSM682042 2 0.6973 0.699 0.188 0.812
#> GSM682043 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3431 0.887 0.936 0.064
#> GSM682046 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.2043 0.904 0.968 0.032
#> GSM682048 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> GSM682049 1 0.1414 0.907 0.980 0.020
#> GSM682050 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.1414 0.907 0.980 0.020
#> GSM682052 2 0.6973 0.699 0.188 0.812
#> GSM682053 1 0.9963 -0.145 0.536 0.464
#> GSM682054 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682125 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> GSM682126 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.9922 0.561 0.448 0.552
#> GSM682130 2 0.9850 0.593 0.428 0.572
#> GSM682131 2 0.4815 0.732 0.104 0.896
#> GSM682132 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.2043 0.904 0.968 0.032
#> GSM682136 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM682140 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.911 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.6712 0.746 0.176 0.824
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.2448 0.8110 0.924 0.076 0.000
#> GSM682003 3 0.5016 0.5335 0.000 0.240 0.760
#> GSM682004 3 0.5016 0.5335 0.000 0.240 0.760
#> GSM682005 1 0.7180 0.7330 0.700 0.216 0.084
#> GSM682006 1 0.7124 0.7366 0.708 0.204 0.088
#> GSM682007 1 0.7830 0.6998 0.668 0.196 0.136
#> GSM682008 1 0.7830 0.6998 0.668 0.196 0.136
#> GSM682009 1 0.8386 0.6188 0.624 0.172 0.204
#> GSM682010 1 0.6567 0.7656 0.752 0.160 0.088
#> GSM682011 1 0.5327 0.7401 0.728 0.272 0.000
#> GSM682096 1 0.8241 0.6489 0.636 0.204 0.160
#> GSM682097 1 0.8112 0.6649 0.648 0.192 0.160
#> GSM682098 1 0.8199 0.6548 0.640 0.200 0.160
#> GSM682099 2 0.5905 0.3219 0.352 0.648 0.000
#> GSM682100 2 0.7192 0.2052 0.028 0.560 0.412
#> GSM682101 2 0.6506 0.3442 0.236 0.720 0.044
#> GSM682102 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682103 1 0.3112 0.8171 0.916 0.056 0.028
#> GSM682104 1 0.7975 0.6831 0.660 0.180 0.160
#> GSM682105 1 0.2703 0.8171 0.928 0.056 0.016
#> GSM682106 1 0.7144 0.7348 0.700 0.220 0.080
#> GSM682107 1 0.5178 0.7543 0.744 0.256 0.000
#> GSM682108 1 0.6393 0.7556 0.736 0.216 0.048
#> GSM682109 1 0.8260 0.6471 0.636 0.172 0.192
#> GSM682110 1 0.7144 0.7348 0.700 0.220 0.080
#> GSM682111 1 0.8485 0.6029 0.612 0.164 0.224
#> GSM682112 3 0.1525 0.6187 0.004 0.032 0.964
#> GSM682113 1 0.1753 0.8114 0.952 0.048 0.000
#> GSM682114 1 0.6462 0.7536 0.764 0.116 0.120
#> GSM682115 1 0.1163 0.8020 0.972 0.028 0.000
#> GSM682116 1 0.1163 0.8020 0.972 0.028 0.000
#> GSM682117 1 0.5024 0.7748 0.776 0.220 0.004
#> GSM682118 1 0.4645 0.7957 0.816 0.176 0.008
#> GSM682119 1 0.5874 0.7686 0.760 0.208 0.032
#> GSM682120 1 0.1289 0.8086 0.968 0.032 0.000
#> GSM682121 1 0.1289 0.8061 0.968 0.032 0.000
#> GSM682122 1 0.7975 0.6817 0.660 0.180 0.160
#> GSM682012 3 0.2550 0.6227 0.012 0.056 0.932
#> GSM682013 2 0.7169 0.2131 0.028 0.568 0.404
#> GSM682014 3 0.6295 0.1181 0.000 0.472 0.528
#> GSM682015 3 0.6295 0.1181 0.000 0.472 0.528
#> GSM682016 3 0.2845 0.6211 0.012 0.068 0.920
#> GSM682017 3 0.6295 0.1181 0.000 0.472 0.528
#> GSM682018 2 0.7672 0.3188 0.156 0.684 0.160
#> GSM682019 2 0.7169 0.2081 0.028 0.568 0.404
#> GSM682020 2 0.7102 0.1873 0.024 0.556 0.420
#> GSM682021 2 0.7661 0.3247 0.172 0.684 0.144
#> GSM682022 2 0.7156 0.2119 0.028 0.572 0.400
#> GSM682023 2 0.7032 0.2368 0.028 0.604 0.368
#> GSM682024 1 0.2356 0.7810 0.928 0.072 0.000
#> GSM682025 2 0.7156 0.2119 0.028 0.572 0.400
#> GSM682026 2 0.7099 0.2250 0.028 0.588 0.384
#> GSM682027 2 0.4931 0.3245 0.232 0.768 0.000
#> GSM682028 2 0.6260 -0.1370 0.448 0.552 0.000
#> GSM682029 2 0.6280 -0.1770 0.460 0.540 0.000
#> GSM682030 2 0.6280 -0.1770 0.460 0.540 0.000
#> GSM682031 2 0.6280 -0.1770 0.460 0.540 0.000
#> GSM682032 2 0.6280 -0.1770 0.460 0.540 0.000
#> GSM682033 3 0.3755 0.6123 0.008 0.120 0.872
#> GSM681992 1 0.7954 0.6806 0.660 0.192 0.148
#> GSM681993 3 0.6111 0.4859 0.104 0.112 0.784
#> GSM681994 1 0.4963 0.7842 0.792 0.200 0.008
#> GSM681995 1 0.5254 0.7470 0.736 0.264 0.000
#> GSM681996 1 0.7830 0.6998 0.668 0.196 0.136
#> GSM681997 1 0.6703 0.7397 0.712 0.236 0.052
#> GSM681998 1 0.6703 0.7397 0.712 0.236 0.052
#> GSM681999 1 0.5325 0.7570 0.748 0.248 0.004
#> GSM682000 1 0.5397 0.7328 0.720 0.280 0.000
#> GSM682001 1 0.5325 0.7570 0.748 0.248 0.004
#> GSM682055 1 0.8218 0.6480 0.640 0.176 0.184
#> GSM682056 1 0.8112 0.6649 0.648 0.192 0.160
#> GSM682057 2 0.7874 0.2172 0.064 0.568 0.368
#> GSM682058 1 0.7999 0.6756 0.656 0.196 0.148
#> GSM682059 2 0.7169 0.0839 0.024 0.520 0.456
#> GSM682060 3 0.0237 0.6225 0.000 0.004 0.996
#> GSM682061 3 0.0237 0.6225 0.000 0.004 0.996
#> GSM682062 2 0.7192 0.2052 0.028 0.560 0.412
#> GSM682063 2 0.6506 0.3442 0.236 0.720 0.044
#> GSM682064 1 0.4413 0.8069 0.852 0.124 0.024
#> GSM682065 1 0.1289 0.8102 0.968 0.032 0.000
#> GSM682066 1 0.4692 0.8002 0.820 0.168 0.012
#> GSM682067 1 0.2651 0.8151 0.928 0.060 0.012
#> GSM682068 1 0.6095 0.4273 0.608 0.392 0.000
#> GSM682069 1 0.2651 0.8151 0.928 0.060 0.012
#> GSM682070 1 0.4413 0.8062 0.852 0.124 0.024
#> GSM682071 3 0.8210 0.2444 0.240 0.132 0.628
#> GSM682072 1 0.8260 0.6471 0.636 0.172 0.192
#> GSM682073 1 0.8427 0.6206 0.620 0.172 0.208
#> GSM682074 1 0.1163 0.8096 0.972 0.028 0.000
#> GSM682075 1 0.6008 0.4607 0.628 0.372 0.000
#> GSM682076 1 0.1289 0.8061 0.968 0.032 0.000
#> GSM682077 1 0.1163 0.8110 0.972 0.028 0.000
#> GSM682078 1 0.3148 0.8148 0.916 0.048 0.036
#> GSM682079 1 0.1529 0.8141 0.960 0.040 0.000
#> GSM682080 3 0.8536 0.1911 0.260 0.144 0.596
#> GSM682081 1 0.8466 0.6139 0.616 0.172 0.212
#> GSM682082 1 0.5407 0.7755 0.820 0.076 0.104
#> GSM682083 1 0.1163 0.8020 0.972 0.028 0.000
#> GSM682084 1 0.6462 0.7558 0.764 0.120 0.116
#> GSM682085 1 0.6462 0.7558 0.764 0.120 0.116
#> GSM682086 1 0.5178 0.7543 0.744 0.256 0.000
#> GSM682087 1 0.1289 0.8061 0.968 0.032 0.000
#> GSM682088 1 0.2050 0.8092 0.952 0.028 0.020
#> GSM682089 1 0.1919 0.8082 0.956 0.024 0.020
#> GSM682090 1 0.1163 0.8072 0.972 0.028 0.000
#> GSM682091 1 0.4196 0.8087 0.864 0.112 0.024
#> GSM682092 1 0.1989 0.8156 0.948 0.048 0.004
#> GSM682093 1 0.6809 0.7606 0.740 0.156 0.104
#> GSM682094 1 0.5335 0.7658 0.760 0.232 0.008
#> GSM682095 3 0.4931 0.5405 0.000 0.232 0.768
#> GSM681982 3 0.4475 0.5750 0.072 0.064 0.864
#> GSM681983 1 0.1964 0.8123 0.944 0.056 0.000
#> GSM681984 3 0.9223 0.1479 0.272 0.200 0.528
#> GSM681985 3 0.4658 0.5726 0.076 0.068 0.856
#> GSM681986 3 0.9223 0.1479 0.272 0.200 0.528
#> GSM681987 3 0.4178 0.5878 0.000 0.172 0.828
#> GSM681988 1 0.8872 0.4848 0.556 0.156 0.288
#> GSM681989 1 0.8386 0.6188 0.624 0.172 0.204
#> GSM681990 1 0.6096 0.7640 0.752 0.208 0.040
#> GSM681991 3 0.4178 0.5878 0.000 0.172 0.828
#> GSM682034 1 0.0892 0.8044 0.980 0.020 0.000
#> GSM682035 1 0.0892 0.8044 0.980 0.020 0.000
#> GSM682036 1 0.4618 0.8019 0.840 0.136 0.024
#> GSM682037 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682038 3 0.7500 0.4440 0.140 0.164 0.696
#> GSM682039 1 0.5020 0.8001 0.836 0.108 0.056
#> GSM682040 3 0.1163 0.6161 0.000 0.028 0.972
#> GSM682041 1 0.1643 0.8019 0.956 0.044 0.000
#> GSM682042 3 0.6144 0.4789 0.132 0.088 0.780
#> GSM682043 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682044 1 0.0892 0.8044 0.980 0.020 0.000
#> GSM682045 1 0.5020 0.8001 0.836 0.108 0.056
#> GSM682046 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682047 1 0.2681 0.8161 0.932 0.040 0.028
#> GSM682048 1 0.5650 0.7881 0.808 0.108 0.084
#> GSM682049 1 0.1643 0.8019 0.956 0.044 0.000
#> GSM682050 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682051 1 0.1643 0.8019 0.956 0.044 0.000
#> GSM682052 3 0.6144 0.4789 0.132 0.088 0.780
#> GSM682053 1 0.8793 0.0973 0.452 0.112 0.436
#> GSM682054 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682123 1 0.1163 0.8092 0.972 0.028 0.000
#> GSM682124 1 0.2173 0.8152 0.944 0.048 0.008
#> GSM682125 1 0.5650 0.7881 0.808 0.108 0.084
#> GSM682126 1 0.1289 0.8006 0.968 0.032 0.000
#> GSM682127 1 0.1529 0.8095 0.960 0.040 0.000
#> GSM682128 1 0.1163 0.8063 0.972 0.028 0.000
#> GSM682129 2 0.7169 0.2131 0.028 0.568 0.404
#> GSM682130 2 0.7102 0.1873 0.024 0.556 0.420
#> GSM682131 3 0.3482 0.6113 0.000 0.128 0.872
#> GSM682132 1 0.6095 0.4133 0.608 0.392 0.000
#> GSM682133 1 0.1529 0.8030 0.960 0.040 0.000
#> GSM682134 1 0.1163 0.8092 0.972 0.028 0.000
#> GSM682135 1 0.4683 0.8018 0.836 0.140 0.024
#> GSM682136 1 0.1289 0.8006 0.968 0.032 0.000
#> GSM682137 1 0.1163 0.8063 0.972 0.028 0.000
#> GSM682138 1 0.1163 0.8096 0.972 0.028 0.000
#> GSM682139 1 0.2173 0.8152 0.944 0.048 0.008
#> GSM682140 1 0.1163 0.8096 0.972 0.028 0.000
#> GSM682141 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682142 1 0.1163 0.8015 0.972 0.028 0.000
#> GSM682143 3 0.5016 0.5335 0.000 0.240 0.760
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.2742 0.7569 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM682003 2 0.4164 0.3341 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM682004 2 0.4164 0.3341 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM682005 1 0.7051 0.6680 0.560 0.020 0.336 0.084
#> GSM682006 1 0.6306 0.6795 0.584 0.008 0.356 0.052
#> GSM682007 1 0.6193 0.6426 0.548 0.012 0.408 0.032
#> GSM682008 1 0.6193 0.6426 0.548 0.012 0.408 0.032
#> GSM682009 1 0.7651 0.5898 0.528 0.092 0.336 0.044
#> GSM682010 1 0.5127 0.7095 0.632 0.000 0.356 0.012
#> GSM682011 1 0.7034 0.6607 0.576 0.000 0.204 0.220
#> GSM682096 1 0.6752 0.5927 0.512 0.040 0.420 0.028
#> GSM682097 1 0.6515 0.6086 0.524 0.028 0.420 0.028
#> GSM682098 1 0.6676 0.5985 0.516 0.036 0.420 0.028
#> GSM682099 4 0.9336 0.2788 0.164 0.312 0.132 0.392
#> GSM682100 2 0.3271 0.6683 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM682101 2 0.9079 0.1357 0.116 0.460 0.248 0.176
#> GSM682102 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682103 1 0.3734 0.7705 0.848 0.000 0.108 0.044
#> GSM682104 1 0.6118 0.6342 0.548 0.028 0.412 0.012
#> GSM682105 1 0.3634 0.7709 0.856 0.000 0.096 0.048
#> GSM682106 1 0.6626 0.6738 0.568 0.004 0.344 0.084
#> GSM682107 1 0.6854 0.6863 0.600 0.000 0.204 0.196
#> GSM682108 1 0.6530 0.6999 0.608 0.008 0.304 0.080
#> GSM682109 1 0.6200 0.5990 0.524 0.036 0.432 0.008
#> GSM682110 1 0.6626 0.6738 0.568 0.004 0.344 0.084
#> GSM682111 1 0.6479 0.5627 0.508 0.060 0.428 0.004
#> GSM682112 3 0.4868 0.4703 0.000 0.304 0.684 0.012
#> GSM682113 1 0.2207 0.7672 0.932 0.004 0.040 0.024
#> GSM682114 1 0.4897 0.7084 0.660 0.000 0.332 0.008
#> GSM682115 1 0.0804 0.7470 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682116 1 0.0804 0.7470 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682117 1 0.6344 0.7224 0.648 0.000 0.224 0.128
#> GSM682118 1 0.5775 0.7505 0.696 0.000 0.212 0.092
#> GSM682119 1 0.6148 0.7146 0.636 0.000 0.280 0.084
#> GSM682120 1 0.1677 0.7527 0.948 0.000 0.012 0.040
#> GSM682121 1 0.1635 0.7485 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM682122 1 0.5756 0.6344 0.552 0.012 0.424 0.012
#> GSM682012 3 0.6071 0.2650 0.000 0.452 0.504 0.044
#> GSM682013 2 0.3638 0.6724 0.000 0.848 0.120 0.032
#> GSM682014 2 0.0592 0.6119 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682015 2 0.0592 0.6119 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682016 3 0.6130 0.2698 0.000 0.440 0.512 0.048
#> GSM682017 2 0.0592 0.6119 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682018 2 0.7700 0.3849 0.064 0.592 0.236 0.108
#> GSM682019 2 0.3764 0.6714 0.000 0.844 0.116 0.040
#> GSM682020 2 0.2944 0.6684 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM682021 2 0.7942 0.3575 0.080 0.576 0.236 0.108
#> GSM682022 2 0.3764 0.6718 0.000 0.844 0.116 0.040
#> GSM682023 2 0.4436 0.6549 0.000 0.800 0.148 0.052
#> GSM682024 1 0.2552 0.7280 0.920 0.048 0.020 0.012
#> GSM682025 2 0.3764 0.6718 0.000 0.844 0.116 0.040
#> GSM682026 2 0.4257 0.6628 0.000 0.812 0.140 0.048
#> GSM682027 4 0.7399 0.3152 0.020 0.312 0.120 0.548
#> GSM682028 4 0.1284 0.7534 0.000 0.024 0.012 0.964
#> GSM682029 4 0.0657 0.7595 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM682030 4 0.0657 0.7595 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM682031 4 0.0657 0.7595 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM682032 4 0.0657 0.7595 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM682033 2 0.5229 -0.0540 0.000 0.564 0.428 0.008
#> GSM681992 1 0.7651 0.6425 0.556 0.072 0.304 0.068
#> GSM681993 3 0.4926 0.5512 0.056 0.168 0.772 0.004
#> GSM681994 1 0.6390 0.7257 0.644 0.000 0.224 0.132
#> GSM681995 1 0.7007 0.6698 0.580 0.000 0.208 0.212
#> GSM681996 1 0.6193 0.6426 0.548 0.012 0.408 0.032
#> GSM681997 1 0.7003 0.6700 0.564 0.008 0.316 0.112
#> GSM681998 1 0.7020 0.6673 0.560 0.008 0.320 0.112
#> GSM681999 1 0.6908 0.6834 0.592 0.000 0.220 0.188
#> GSM682000 1 0.7085 0.6514 0.568 0.000 0.200 0.232
#> GSM682001 1 0.6875 0.6859 0.596 0.000 0.220 0.184
#> GSM682055 1 0.6935 0.5954 0.516 0.052 0.404 0.028
#> GSM682056 1 0.6515 0.6086 0.524 0.028 0.420 0.028
#> GSM682057 2 0.3997 0.6150 0.012 0.816 0.164 0.008
#> GSM682058 1 0.6805 0.6098 0.520 0.028 0.408 0.044
#> GSM682059 2 0.2125 0.6596 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM682060 3 0.4761 0.4126 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM682061 3 0.4761 0.4126 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM682062 2 0.3271 0.6683 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM682063 2 0.9079 0.1357 0.116 0.460 0.248 0.176
#> GSM682064 1 0.5137 0.7570 0.744 0.004 0.204 0.048
#> GSM682065 1 0.1296 0.7580 0.964 0.004 0.028 0.004
#> GSM682066 1 0.5878 0.7514 0.712 0.004 0.164 0.120
#> GSM682067 1 0.2899 0.7690 0.880 0.004 0.112 0.004
#> GSM682068 4 0.4139 0.6866 0.176 0.000 0.024 0.800
#> GSM682069 1 0.2899 0.7690 0.880 0.004 0.112 0.004
#> GSM682070 1 0.5031 0.7551 0.740 0.000 0.212 0.048
#> GSM682071 3 0.6656 0.4737 0.188 0.188 0.624 0.000
#> GSM682072 1 0.6200 0.5990 0.524 0.036 0.432 0.008
#> GSM682073 1 0.6413 0.5795 0.516 0.048 0.428 0.008
#> GSM682074 1 0.1406 0.7632 0.960 0.000 0.024 0.016
#> GSM682075 4 0.4576 0.5798 0.260 0.000 0.012 0.728
#> GSM682076 1 0.1635 0.7485 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM682077 1 0.1585 0.7624 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM682078 1 0.3404 0.7690 0.864 0.000 0.104 0.032
#> GSM682079 1 0.2840 0.7679 0.900 0.000 0.056 0.044
#> GSM682080 3 0.6429 0.4523 0.192 0.160 0.648 0.000
#> GSM682081 1 0.6480 0.5747 0.512 0.052 0.428 0.008
#> GSM682082 1 0.4706 0.7368 0.748 0.000 0.224 0.028
#> GSM682083 1 0.0804 0.7470 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682084 1 0.4917 0.7090 0.656 0.000 0.336 0.008
#> GSM682085 1 0.4917 0.7090 0.656 0.000 0.336 0.008
#> GSM682086 1 0.6854 0.6863 0.600 0.000 0.204 0.196
#> GSM682087 1 0.1635 0.7485 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM682088 1 0.2125 0.7663 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM682089 1 0.2125 0.7678 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM682090 1 0.1733 0.7623 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM682091 1 0.4919 0.7581 0.752 0.000 0.200 0.048
#> GSM682092 1 0.3071 0.7708 0.888 0.000 0.068 0.044
#> GSM682093 1 0.5871 0.7103 0.628 0.016 0.332 0.024
#> GSM682094 1 0.6769 0.6966 0.608 0.000 0.220 0.172
#> GSM682095 2 0.4250 0.3173 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM681982 3 0.5393 0.5382 0.044 0.268 0.688 0.000
#> GSM681983 1 0.2485 0.7561 0.916 0.004 0.016 0.064
#> GSM681984 3 0.8078 0.3936 0.216 0.264 0.496 0.024
#> GSM681985 3 0.5394 0.5498 0.044 0.212 0.732 0.012
#> GSM681986 3 0.8078 0.3936 0.216 0.264 0.496 0.024
#> GSM681987 2 0.4790 0.1023 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM681988 1 0.6920 0.4482 0.460 0.092 0.444 0.004
#> GSM681989 1 0.7651 0.5898 0.528 0.092 0.336 0.044
#> GSM681990 1 0.6354 0.7059 0.620 0.004 0.296 0.080
#> GSM681991 2 0.4790 0.1023 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM682034 1 0.0859 0.7498 0.980 0.004 0.008 0.008
#> GSM682035 1 0.0859 0.7498 0.980 0.004 0.008 0.008
#> GSM682036 1 0.5327 0.7500 0.720 0.000 0.220 0.060
#> GSM682037 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682038 3 0.6928 0.4173 0.116 0.372 0.512 0.000
#> GSM682039 1 0.4826 0.7478 0.716 0.000 0.264 0.020
#> GSM682040 3 0.5038 0.4377 0.000 0.336 0.652 0.012
#> GSM682041 1 0.1722 0.7618 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM682042 3 0.5321 0.5415 0.068 0.160 0.760 0.012
#> GSM682043 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682044 1 0.0859 0.7498 0.980 0.004 0.008 0.008
#> GSM682045 1 0.4826 0.7478 0.716 0.000 0.264 0.020
#> GSM682046 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682047 1 0.2909 0.7717 0.888 0.000 0.092 0.020
#> GSM682048 1 0.5456 0.7382 0.700 0.020 0.260 0.020
#> GSM682049 1 0.1722 0.7618 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM682050 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682051 1 0.1722 0.7618 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM682052 3 0.5321 0.5415 0.068 0.160 0.760 0.012
#> GSM682053 3 0.6450 0.0277 0.364 0.052 0.572 0.012
#> GSM682054 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682123 1 0.1492 0.7600 0.956 0.004 0.036 0.004
#> GSM682124 1 0.2520 0.7694 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM682125 1 0.5456 0.7382 0.700 0.020 0.260 0.020
#> GSM682126 1 0.1114 0.7467 0.972 0.004 0.008 0.016
#> GSM682127 1 0.1811 0.7590 0.948 0.004 0.028 0.020
#> GSM682128 1 0.1807 0.7479 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM682129 2 0.3638 0.6724 0.000 0.848 0.120 0.032
#> GSM682130 2 0.2944 0.6684 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM682131 2 0.5427 -0.0624 0.000 0.568 0.416 0.016
#> GSM682132 4 0.3852 0.6909 0.180 0.000 0.012 0.808
#> GSM682133 1 0.0921 0.7504 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682134 1 0.1492 0.7600 0.956 0.004 0.036 0.004
#> GSM682135 1 0.5505 0.7502 0.716 0.004 0.220 0.060
#> GSM682136 1 0.1114 0.7467 0.972 0.004 0.008 0.016
#> GSM682137 1 0.1807 0.7479 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM682138 1 0.1406 0.7632 0.960 0.000 0.024 0.016
#> GSM682139 1 0.2520 0.7694 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM682140 1 0.1406 0.7632 0.960 0.000 0.024 0.016
#> GSM682141 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682142 1 0.1229 0.7477 0.968 0.004 0.008 0.020
#> GSM682143 2 0.4164 0.3341 0.000 0.736 0.264 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.4255 0.7952 0.788 0.000 0.140 0.060 0.012
#> GSM682003 2 0.4440 -0.0438 0.000 0.528 0.000 0.004 0.468
#> GSM682004 2 0.4440 -0.0438 0.000 0.528 0.000 0.004 0.468
#> GSM682005 3 0.4596 0.7550 0.108 0.008 0.792 0.064 0.028
#> GSM682006 3 0.3628 0.7551 0.100 0.004 0.844 0.032 0.020
#> GSM682007 3 0.1794 0.7293 0.012 0.008 0.944 0.012 0.024
#> GSM682008 3 0.1794 0.7293 0.012 0.008 0.944 0.012 0.024
#> GSM682009 3 0.6040 0.7054 0.096 0.060 0.716 0.036 0.092
#> GSM682010 3 0.2835 0.7637 0.112 0.000 0.868 0.004 0.016
#> GSM682011 3 0.6096 0.6646 0.164 0.000 0.628 0.188 0.020
#> GSM682096 3 0.3625 0.6955 0.012 0.084 0.852 0.016 0.036
#> GSM682097 3 0.3446 0.7030 0.012 0.072 0.864 0.016 0.036
#> GSM682098 3 0.3567 0.6981 0.012 0.080 0.856 0.016 0.036
#> GSM682099 2 0.8371 -0.2032 0.120 0.360 0.144 0.356 0.020
#> GSM682100 2 0.1573 0.7235 0.004 0.948 0.036 0.008 0.004
#> GSM682101 2 0.7630 0.3399 0.076 0.552 0.188 0.156 0.028
#> GSM682102 1 0.0854 0.8105 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682103 1 0.5532 0.4443 0.564 0.000 0.380 0.032 0.024
#> GSM682104 3 0.2675 0.7308 0.032 0.020 0.904 0.004 0.040
#> GSM682105 1 0.5408 0.4979 0.584 0.000 0.364 0.032 0.020
#> GSM682106 3 0.3255 0.7544 0.056 0.000 0.868 0.056 0.020
#> GSM682107 3 0.6035 0.6722 0.180 0.000 0.636 0.164 0.020
#> GSM682108 3 0.4334 0.7586 0.124 0.004 0.796 0.060 0.016
#> GSM682109 3 0.2821 0.7083 0.012 0.032 0.896 0.008 0.052
#> GSM682110 3 0.3255 0.7544 0.056 0.000 0.868 0.056 0.020
#> GSM682111 3 0.3053 0.6796 0.004 0.036 0.872 0.004 0.084
#> GSM682112 5 0.3151 0.6182 0.000 0.064 0.068 0.004 0.864
#> GSM682113 1 0.2929 0.7981 0.860 0.004 0.124 0.008 0.004
#> GSM682114 3 0.3849 0.6981 0.104 0.000 0.820 0.008 0.068
#> GSM682115 1 0.2411 0.8179 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> GSM682116 1 0.2411 0.8179 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> GSM682117 3 0.5521 0.7240 0.168 0.004 0.704 0.100 0.024
#> GSM682118 3 0.5702 0.3145 0.376 0.000 0.552 0.060 0.012
#> GSM682119 3 0.4082 0.7531 0.140 0.000 0.796 0.056 0.008
#> GSM682120 1 0.4614 0.7415 0.728 0.000 0.224 0.032 0.016
#> GSM682121 1 0.4143 0.7861 0.784 0.000 0.168 0.032 0.016
#> GSM682122 3 0.2729 0.7136 0.020 0.016 0.900 0.008 0.056
#> GSM682012 5 0.5244 0.4631 0.000 0.312 0.012 0.044 0.632
#> GSM682013 2 0.2522 0.7237 0.004 0.912 0.032 0.028 0.024
#> GSM682014 2 0.2694 0.6322 0.004 0.864 0.004 0.000 0.128
#> GSM682015 2 0.2694 0.6322 0.004 0.864 0.004 0.000 0.128
#> GSM682016 5 0.5386 0.4607 0.000 0.308 0.016 0.048 0.628
#> GSM682017 2 0.2694 0.6322 0.004 0.864 0.004 0.000 0.128
#> GSM682018 2 0.6189 0.5391 0.044 0.684 0.156 0.092 0.024
#> GSM682019 2 0.2692 0.7219 0.004 0.904 0.028 0.036 0.028
#> GSM682020 2 0.1124 0.7223 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.6432 0.5210 0.056 0.668 0.156 0.096 0.024
#> GSM682022 2 0.2692 0.7228 0.004 0.904 0.028 0.036 0.028
#> GSM682023 2 0.2963 0.7142 0.004 0.888 0.044 0.048 0.016
#> GSM682024 1 0.2462 0.7741 0.912 0.048 0.004 0.016 0.020
#> GSM682025 2 0.2692 0.7228 0.004 0.904 0.028 0.036 0.028
#> GSM682026 2 0.3003 0.7186 0.004 0.888 0.040 0.044 0.024
#> GSM682027 4 0.6529 0.1556 0.016 0.360 0.104 0.512 0.008
#> GSM682028 4 0.1299 0.8044 0.008 0.020 0.012 0.960 0.000
#> GSM682029 4 0.0693 0.8132 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM682030 4 0.0693 0.8132 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM682031 4 0.0693 0.8132 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM682032 4 0.0693 0.8132 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM682033 5 0.4607 0.3859 0.000 0.368 0.004 0.012 0.616
#> GSM681992 3 0.5918 0.7303 0.100 0.052 0.728 0.056 0.064
#> GSM681993 5 0.4798 0.5807 0.000 0.044 0.268 0.004 0.684
#> GSM681994 3 0.5605 0.6850 0.228 0.000 0.656 0.104 0.012
#> GSM681995 3 0.5894 0.6817 0.148 0.000 0.652 0.180 0.020
#> GSM681996 3 0.1794 0.7293 0.012 0.008 0.944 0.012 0.024
#> GSM681997 3 0.4871 0.7496 0.112 0.004 0.768 0.088 0.028
#> GSM681998 3 0.4823 0.7500 0.108 0.004 0.772 0.088 0.028
#> GSM681999 3 0.5648 0.7013 0.140 0.000 0.680 0.160 0.020
#> GSM682000 3 0.5971 0.6682 0.140 0.000 0.640 0.200 0.020
#> GSM682001 3 0.5611 0.7029 0.140 0.000 0.684 0.156 0.020
#> GSM682055 3 0.3834 0.6924 0.012 0.088 0.840 0.016 0.044
#> GSM682056 3 0.3446 0.7030 0.012 0.072 0.864 0.016 0.036
#> GSM682057 2 0.2512 0.6909 0.004 0.892 0.092 0.004 0.008
#> GSM682058 3 0.3826 0.7042 0.016 0.072 0.848 0.032 0.032
#> GSM682059 2 0.2284 0.7008 0.004 0.912 0.028 0.000 0.056
#> GSM682060 5 0.2921 0.5988 0.000 0.124 0.020 0.000 0.856
#> GSM682061 5 0.2921 0.5988 0.000 0.124 0.020 0.000 0.856
#> GSM682062 2 0.1573 0.7235 0.004 0.948 0.036 0.008 0.004
#> GSM682063 2 0.7630 0.3399 0.076 0.552 0.188 0.156 0.028
#> GSM682064 3 0.6210 0.2688 0.452 0.020 0.468 0.040 0.020
#> GSM682065 1 0.1404 0.8020 0.956 0.004 0.028 0.008 0.004
#> GSM682066 3 0.6708 0.3702 0.396 0.008 0.472 0.100 0.024
#> GSM682067 1 0.3696 0.7525 0.832 0.020 0.124 0.008 0.016
#> GSM682068 4 0.4380 0.7355 0.140 0.000 0.068 0.780 0.012
#> GSM682069 1 0.3696 0.7525 0.832 0.020 0.124 0.008 0.016
#> GSM682070 3 0.6052 0.5123 0.352 0.020 0.568 0.040 0.020
#> GSM682071 5 0.5725 0.3035 0.000 0.084 0.428 0.000 0.488
#> GSM682072 3 0.2821 0.7083 0.012 0.032 0.896 0.008 0.052
#> GSM682073 3 0.2809 0.6913 0.004 0.036 0.888 0.004 0.068
#> GSM682074 1 0.4492 0.7284 0.712 0.000 0.256 0.016 0.016
#> GSM682075 4 0.4993 0.6590 0.200 0.000 0.072 0.716 0.012
#> GSM682076 1 0.4143 0.7861 0.784 0.000 0.168 0.032 0.016
#> GSM682077 1 0.2353 0.8081 0.916 0.004 0.028 0.008 0.044
#> GSM682078 1 0.5300 0.5342 0.600 0.000 0.352 0.024 0.024
#> GSM682079 1 0.5081 0.6592 0.664 0.000 0.284 0.032 0.020
#> GSM682080 3 0.5694 -0.2680 0.000 0.080 0.460 0.000 0.460
#> GSM682081 3 0.2872 0.6878 0.004 0.036 0.884 0.004 0.072
#> GSM682082 3 0.4944 0.6134 0.204 0.000 0.724 0.028 0.044
#> GSM682083 1 0.2411 0.8179 0.884 0.000 0.108 0.000 0.008
#> GSM682084 3 0.3849 0.7044 0.104 0.000 0.820 0.008 0.068
#> GSM682085 3 0.3849 0.7044 0.104 0.000 0.820 0.008 0.068
#> GSM682086 3 0.6035 0.6722 0.180 0.000 0.636 0.164 0.020
#> GSM682087 1 0.4143 0.7861 0.784 0.000 0.168 0.032 0.016
#> GSM682088 1 0.5070 0.5633 0.600 0.000 0.360 0.004 0.036
#> GSM682089 1 0.5175 0.5476 0.584 0.000 0.372 0.004 0.040
#> GSM682090 1 0.4323 0.7727 0.760 0.000 0.196 0.024 0.020
#> GSM682091 3 0.6096 0.4839 0.368 0.020 0.552 0.040 0.020
#> GSM682092 1 0.5322 0.4854 0.592 0.000 0.360 0.028 0.020
#> GSM682093 3 0.5109 0.6972 0.216 0.016 0.716 0.016 0.036
#> GSM682094 3 0.5792 0.6892 0.188 0.000 0.656 0.140 0.016
#> GSM682095 2 0.4446 -0.0708 0.000 0.520 0.000 0.004 0.476
#> GSM681982 5 0.4479 0.6247 0.000 0.072 0.184 0.000 0.744
#> GSM681983 1 0.2846 0.8074 0.888 0.000 0.052 0.048 0.012
#> GSM681984 5 0.7572 0.3071 0.020 0.176 0.380 0.028 0.396
#> GSM681985 5 0.4501 0.6191 0.020 0.044 0.156 0.004 0.776
#> GSM681986 5 0.7572 0.3071 0.020 0.176 0.380 0.028 0.396
#> GSM681987 5 0.4350 0.2957 0.000 0.408 0.000 0.004 0.588
#> GSM681988 3 0.3981 0.6151 0.004 0.060 0.800 0.000 0.136
#> GSM681989 3 0.6040 0.7054 0.096 0.060 0.716 0.036 0.092
#> GSM681990 3 0.3944 0.7554 0.124 0.000 0.812 0.052 0.012
#> GSM681991 5 0.4350 0.2957 0.000 0.408 0.000 0.004 0.588
#> GSM682034 1 0.0981 0.8087 0.972 0.000 0.012 0.008 0.008
#> GSM682035 1 0.1087 0.8087 0.968 0.000 0.016 0.008 0.008
#> GSM682036 3 0.5953 0.5843 0.312 0.016 0.604 0.048 0.020
#> GSM682037 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682038 5 0.6390 0.5063 0.000 0.200 0.260 0.004 0.536
#> GSM682039 3 0.5496 0.6520 0.264 0.016 0.664 0.016 0.040
#> GSM682040 5 0.2548 0.6034 0.000 0.072 0.028 0.004 0.896
#> GSM682041 1 0.4456 0.7358 0.716 0.000 0.248 0.004 0.032
#> GSM682042 5 0.4184 0.5674 0.000 0.024 0.232 0.004 0.740
#> GSM682043 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682044 1 0.0981 0.8087 0.972 0.000 0.012 0.008 0.008
#> GSM682045 3 0.5496 0.6520 0.264 0.016 0.664 0.016 0.040
#> GSM682046 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682047 1 0.5057 0.6171 0.628 0.000 0.332 0.016 0.024
#> GSM682048 3 0.5734 0.6490 0.256 0.016 0.652 0.012 0.064
#> GSM682049 1 0.4318 0.7534 0.736 0.000 0.228 0.004 0.032
#> GSM682050 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682051 1 0.4456 0.7358 0.716 0.000 0.248 0.004 0.032
#> GSM682052 5 0.4184 0.5674 0.000 0.024 0.232 0.004 0.740
#> GSM682053 3 0.6497 0.1606 0.104 0.016 0.460 0.004 0.416
#> GSM682054 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682123 1 0.1659 0.7995 0.948 0.004 0.016 0.008 0.024
#> GSM682124 1 0.3352 0.7763 0.856 0.016 0.104 0.008 0.016
#> GSM682125 3 0.5734 0.6490 0.256 0.016 0.652 0.012 0.064
#> GSM682126 1 0.0451 0.8041 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM682127 1 0.2622 0.8107 0.884 0.004 0.100 0.008 0.004
#> GSM682128 1 0.4143 0.7912 0.788 0.000 0.160 0.036 0.016
#> GSM682129 2 0.2522 0.7237 0.004 0.912 0.032 0.028 0.024
#> GSM682130 2 0.1124 0.7223 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.5111 0.3730 0.000 0.372 0.016 0.020 0.592
#> GSM682132 4 0.3964 0.7340 0.160 0.000 0.032 0.796 0.012
#> GSM682133 1 0.2444 0.8204 0.904 0.000 0.068 0.016 0.012
#> GSM682134 1 0.1659 0.7995 0.948 0.004 0.016 0.008 0.024
#> GSM682135 3 0.6235 0.3467 0.428 0.016 0.488 0.048 0.020
#> GSM682136 1 0.0451 0.8041 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM682137 1 0.4143 0.7912 0.788 0.000 0.160 0.036 0.016
#> GSM682138 1 0.4492 0.7284 0.712 0.000 0.256 0.016 0.016
#> GSM682139 1 0.3352 0.7763 0.856 0.016 0.104 0.008 0.016
#> GSM682140 1 0.4492 0.7284 0.712 0.000 0.256 0.016 0.016
#> GSM682141 1 0.0854 0.8093 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682142 1 0.0854 0.8105 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682143 2 0.4440 -0.0438 0.000 0.528 0.000 0.004 0.468
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.4134 0.7714 0.784 0.000 0.124 0.004 0.028 0.060
#> GSM682003 4 0.3102 0.7211 0.000 0.156 0.000 0.816 0.028 0.000
#> GSM682004 4 0.3102 0.7211 0.000 0.156 0.000 0.816 0.028 0.000
#> GSM682005 3 0.4125 0.7214 0.096 0.008 0.804 0.012 0.020 0.060
#> GSM682006 3 0.3211 0.7221 0.088 0.004 0.856 0.012 0.012 0.028
#> GSM682007 3 0.1129 0.6955 0.000 0.004 0.964 0.008 0.012 0.012
#> GSM682008 3 0.1129 0.6955 0.000 0.004 0.964 0.008 0.012 0.012
#> GSM682009 3 0.5741 0.6843 0.088 0.052 0.716 0.036 0.080 0.028
#> GSM682010 3 0.2808 0.7305 0.076 0.000 0.868 0.008 0.048 0.000
#> GSM682011 3 0.6409 0.6461 0.128 0.000 0.608 0.028 0.068 0.168
#> GSM682096 3 0.4326 0.6390 0.004 0.108 0.780 0.020 0.080 0.008
#> GSM682097 3 0.4190 0.6485 0.004 0.096 0.792 0.020 0.080 0.008
#> GSM682098 3 0.4282 0.6422 0.004 0.104 0.784 0.020 0.080 0.008
#> GSM682099 2 0.8275 -0.1007 0.092 0.384 0.104 0.036 0.064 0.320
#> GSM682100 2 0.0603 0.8053 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM682101 2 0.7159 0.4728 0.016 0.592 0.108 0.080 0.088 0.116
#> GSM682102 1 0.0837 0.7819 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> GSM682103 1 0.6113 0.4257 0.524 0.000 0.352 0.032 0.060 0.032
#> GSM682104 3 0.2626 0.6990 0.024 0.020 0.900 0.016 0.036 0.004
#> GSM682105 1 0.6063 0.4828 0.544 0.000 0.332 0.032 0.060 0.032
#> GSM682106 3 0.3002 0.7199 0.036 0.000 0.876 0.020 0.020 0.048
#> GSM682107 3 0.6342 0.6532 0.144 0.000 0.616 0.028 0.064 0.148
#> GSM682108 3 0.4496 0.7228 0.104 0.000 0.780 0.032 0.040 0.044
#> GSM682109 3 0.2550 0.6809 0.008 0.024 0.900 0.016 0.048 0.004
#> GSM682110 3 0.3002 0.7199 0.036 0.000 0.876 0.020 0.020 0.048
#> GSM682111 3 0.2782 0.6561 0.000 0.032 0.876 0.024 0.068 0.000
#> GSM682112 5 0.4046 0.4786 0.000 0.024 0.048 0.156 0.772 0.000
#> GSM682113 1 0.3295 0.7752 0.844 0.000 0.100 0.020 0.028 0.008
#> GSM682114 3 0.3942 0.6402 0.044 0.000 0.796 0.044 0.116 0.000
#> GSM682115 1 0.2163 0.7906 0.892 0.000 0.096 0.008 0.004 0.000
#> GSM682116 1 0.2163 0.7906 0.892 0.000 0.096 0.008 0.004 0.000
#> GSM682117 3 0.5892 0.6990 0.136 0.000 0.672 0.036 0.072 0.084
#> GSM682118 3 0.6140 0.2951 0.344 0.000 0.528 0.024 0.044 0.060
#> GSM682119 3 0.4606 0.7198 0.116 0.000 0.768 0.024 0.048 0.044
#> GSM682120 1 0.5187 0.7122 0.688 0.000 0.208 0.024 0.048 0.032
#> GSM682121 1 0.4627 0.7577 0.748 0.000 0.156 0.016 0.048 0.032
#> GSM682122 3 0.2367 0.6776 0.004 0.012 0.900 0.020 0.064 0.000
#> GSM682012 5 0.6074 0.1884 0.000 0.288 0.008 0.112 0.556 0.036
#> GSM682013 2 0.1294 0.8033 0.000 0.956 0.004 0.024 0.008 0.008
#> GSM682014 2 0.3290 0.6303 0.000 0.776 0.000 0.208 0.016 0.000
#> GSM682015 2 0.3261 0.6344 0.000 0.780 0.000 0.204 0.016 0.000
#> GSM682016 5 0.6098 0.1992 0.000 0.288 0.008 0.108 0.556 0.040
#> GSM682017 2 0.3261 0.6344 0.000 0.780 0.000 0.204 0.016 0.000
#> GSM682018 2 0.5376 0.6547 0.008 0.736 0.080 0.052 0.072 0.052
#> GSM682019 2 0.1570 0.8004 0.000 0.944 0.004 0.028 0.008 0.016
#> GSM682020 2 0.0632 0.8028 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.5603 0.6408 0.008 0.720 0.080 0.064 0.072 0.056
#> GSM682022 2 0.1743 0.8042 0.000 0.936 0.004 0.024 0.008 0.028
#> GSM682023 2 0.1476 0.7980 0.000 0.948 0.004 0.008 0.012 0.028
#> GSM682024 1 0.3327 0.7304 0.856 0.048 0.004 0.064 0.016 0.012
#> GSM682025 2 0.1743 0.8042 0.000 0.936 0.004 0.024 0.008 0.028
#> GSM682026 2 0.1686 0.7988 0.000 0.940 0.004 0.016 0.016 0.024
#> GSM682027 6 0.6469 0.0344 0.012 0.384 0.064 0.028 0.032 0.480
#> GSM682028 6 0.0891 0.7912 0.008 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM682029 6 0.0405 0.8008 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682030 6 0.0405 0.8008 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682031 6 0.0405 0.8008 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682032 6 0.0405 0.8008 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682033 4 0.5457 0.6168 0.000 0.132 0.004 0.620 0.232 0.012
#> GSM681992 3 0.5617 0.7058 0.092 0.036 0.728 0.052 0.052 0.040
#> GSM681993 5 0.5271 0.4688 0.000 0.040 0.252 0.068 0.640 0.000
#> GSM681994 3 0.5921 0.6682 0.196 0.000 0.636 0.024 0.040 0.104
#> GSM681995 3 0.6202 0.6626 0.112 0.000 0.632 0.028 0.068 0.160
#> GSM681996 3 0.1129 0.6955 0.000 0.004 0.964 0.008 0.012 0.012
#> GSM681997 3 0.4508 0.7150 0.100 0.004 0.776 0.020 0.020 0.080
#> GSM681998 3 0.4461 0.7152 0.096 0.004 0.780 0.020 0.020 0.080
#> GSM681999 3 0.5949 0.6807 0.108 0.000 0.660 0.028 0.064 0.140
#> GSM682000 3 0.6259 0.6499 0.108 0.000 0.620 0.028 0.064 0.180
#> GSM682001 3 0.5914 0.6818 0.108 0.000 0.664 0.028 0.064 0.136
#> GSM682055 3 0.4370 0.6394 0.004 0.112 0.776 0.020 0.080 0.008
#> GSM682056 3 0.4190 0.6485 0.004 0.096 0.792 0.020 0.080 0.008
#> GSM682057 2 0.2116 0.7814 0.000 0.916 0.024 0.024 0.036 0.000
#> GSM682058 3 0.4650 0.6478 0.008 0.096 0.772 0.020 0.080 0.024
#> GSM682059 2 0.2060 0.7595 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016 0.000
#> GSM682060 5 0.4270 0.3913 0.000 0.044 0.008 0.220 0.724 0.004
#> GSM682061 5 0.4270 0.3913 0.000 0.044 0.008 0.220 0.724 0.004
#> GSM682062 2 0.0603 0.8053 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM682063 2 0.7159 0.4728 0.016 0.592 0.108 0.080 0.088 0.116
#> GSM682064 3 0.6870 0.2730 0.396 0.016 0.440 0.052 0.068 0.028
#> GSM682065 1 0.2613 0.7612 0.892 0.000 0.016 0.056 0.028 0.008
#> GSM682066 3 0.6998 0.3481 0.364 0.004 0.444 0.028 0.072 0.088
#> GSM682067 1 0.5097 0.6970 0.744 0.016 0.100 0.060 0.072 0.008
#> GSM682068 6 0.4274 0.7257 0.120 0.004 0.036 0.012 0.040 0.788
#> GSM682069 1 0.5097 0.6970 0.744 0.016 0.100 0.060 0.072 0.008
#> GSM682070 3 0.6635 0.5129 0.300 0.016 0.540 0.048 0.068 0.028
#> GSM682071 5 0.6255 0.2762 0.000 0.072 0.424 0.068 0.432 0.004
#> GSM682072 3 0.2550 0.6809 0.008 0.024 0.900 0.016 0.048 0.004
#> GSM682073 3 0.2428 0.6663 0.000 0.024 0.896 0.020 0.060 0.000
#> GSM682074 1 0.5200 0.6920 0.660 0.000 0.244 0.020 0.060 0.016
#> GSM682075 6 0.4839 0.6472 0.180 0.004 0.052 0.008 0.032 0.724
#> GSM682076 1 0.4627 0.7577 0.748 0.000 0.156 0.016 0.048 0.032
#> GSM682077 1 0.3402 0.7624 0.852 0.004 0.024 0.056 0.056 0.008
#> GSM682078 1 0.5961 0.5042 0.548 0.000 0.332 0.028 0.068 0.024
#> GSM682079 1 0.5857 0.6295 0.612 0.000 0.260 0.036 0.060 0.032
#> GSM682080 3 0.6075 -0.2665 0.000 0.072 0.452 0.052 0.420 0.004
#> GSM682081 3 0.2570 0.6621 0.000 0.024 0.888 0.024 0.064 0.000
#> GSM682082 3 0.5326 0.5995 0.140 0.000 0.704 0.040 0.096 0.020
#> GSM682083 1 0.2163 0.7906 0.892 0.000 0.096 0.008 0.004 0.000
#> GSM682084 3 0.3833 0.6458 0.040 0.000 0.804 0.044 0.112 0.000
#> GSM682085 3 0.3833 0.6458 0.040 0.000 0.804 0.044 0.112 0.000
#> GSM682086 3 0.6342 0.6532 0.144 0.000 0.616 0.028 0.064 0.148
#> GSM682087 1 0.4627 0.7577 0.748 0.000 0.156 0.016 0.048 0.032
#> GSM682088 1 0.5590 0.5140 0.544 0.000 0.344 0.024 0.088 0.000
#> GSM682089 1 0.5646 0.5015 0.532 0.000 0.348 0.020 0.100 0.000
#> GSM682090 1 0.4983 0.7445 0.716 0.000 0.176 0.024 0.060 0.024
#> GSM682091 3 0.6746 0.4933 0.304 0.016 0.528 0.052 0.072 0.028
#> GSM682092 1 0.5905 0.4613 0.548 0.000 0.340 0.028 0.056 0.028
#> GSM682093 3 0.4951 0.6653 0.204 0.020 0.712 0.024 0.028 0.012
#> GSM682094 3 0.6097 0.6695 0.152 0.000 0.640 0.028 0.056 0.124
#> GSM682095 4 0.3139 0.7175 0.000 0.152 0.000 0.816 0.032 0.000
#> GSM681982 5 0.5621 0.4840 0.000 0.052 0.172 0.132 0.644 0.000
#> GSM681983 1 0.2793 0.7777 0.884 0.000 0.040 0.008 0.020 0.048
#> GSM681984 3 0.7392 -0.1774 0.008 0.060 0.400 0.288 0.232 0.012
#> GSM681985 5 0.4508 0.5316 0.012 0.016 0.128 0.088 0.756 0.000
#> GSM681986 3 0.7392 -0.1774 0.008 0.060 0.400 0.288 0.232 0.012
#> GSM681987 4 0.4432 0.6798 0.000 0.104 0.000 0.708 0.188 0.000
#> GSM681988 3 0.3813 0.6005 0.000 0.048 0.800 0.028 0.124 0.000
#> GSM681989 3 0.5741 0.6843 0.088 0.052 0.716 0.036 0.080 0.028
#> GSM681990 3 0.4318 0.7194 0.096 0.000 0.792 0.024 0.048 0.040
#> GSM681991 4 0.4432 0.6798 0.000 0.104 0.000 0.708 0.188 0.000
#> GSM682034 1 0.0767 0.7794 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682035 1 0.0912 0.7794 0.972 0.000 0.004 0.012 0.004 0.008
#> GSM682036 3 0.6479 0.5675 0.276 0.012 0.568 0.040 0.068 0.036
#> GSM682037 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682038 4 0.7094 -0.1639 0.000 0.072 0.256 0.340 0.332 0.000
#> GSM682039 3 0.5956 0.6337 0.232 0.016 0.616 0.024 0.104 0.008
#> GSM682040 5 0.3564 0.4185 0.000 0.020 0.008 0.200 0.772 0.000
#> GSM682041 1 0.4788 0.7027 0.688 0.000 0.224 0.024 0.064 0.000
#> GSM682042 5 0.3954 0.5225 0.000 0.008 0.172 0.056 0.764 0.000
#> GSM682043 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0767 0.7794 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM682045 3 0.5956 0.6337 0.232 0.016 0.616 0.024 0.104 0.008
#> GSM682046 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.5750 0.5858 0.576 0.000 0.312 0.028 0.068 0.016
#> GSM682048 3 0.6027 0.6313 0.220 0.016 0.604 0.016 0.136 0.008
#> GSM682049 1 0.4656 0.7201 0.708 0.000 0.204 0.024 0.064 0.000
#> GSM682050 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.4788 0.7027 0.688 0.000 0.224 0.024 0.064 0.000
#> GSM682052 5 0.3954 0.5225 0.000 0.008 0.172 0.056 0.764 0.000
#> GSM682053 5 0.5576 -0.0151 0.068 0.016 0.404 0.008 0.504 0.000
#> GSM682054 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.2677 0.7575 0.892 0.004 0.012 0.052 0.032 0.008
#> GSM682124 1 0.4659 0.7183 0.776 0.012 0.080 0.056 0.068 0.008
#> GSM682125 3 0.6027 0.6313 0.220 0.016 0.604 0.016 0.136 0.008
#> GSM682126 1 0.0692 0.7779 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.2965 0.7837 0.868 0.000 0.080 0.020 0.024 0.008
#> GSM682128 1 0.4534 0.7628 0.756 0.000 0.152 0.016 0.040 0.036
#> GSM682129 2 0.1294 0.8033 0.000 0.956 0.004 0.024 0.008 0.008
#> GSM682130 2 0.0632 0.8028 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM682131 4 0.6557 0.2411 0.000 0.224 0.016 0.392 0.360 0.008
#> GSM682132 6 0.3765 0.7239 0.140 0.004 0.012 0.008 0.032 0.804
#> GSM682133 1 0.2622 0.7916 0.888 0.000 0.064 0.004 0.028 0.016
#> GSM682134 1 0.2677 0.7575 0.892 0.004 0.012 0.052 0.032 0.008
#> GSM682135 3 0.6805 0.3230 0.388 0.012 0.452 0.044 0.068 0.036
#> GSM682136 1 0.0692 0.7779 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.4534 0.7628 0.756 0.000 0.152 0.016 0.040 0.036
#> GSM682138 1 0.5200 0.6920 0.660 0.000 0.244 0.020 0.060 0.016
#> GSM682139 1 0.4659 0.7183 0.776 0.012 0.080 0.056 0.068 0.008
#> GSM682140 1 0.5200 0.6920 0.660 0.000 0.244 0.020 0.060 0.016
#> GSM682141 1 0.0508 0.7798 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0837 0.7819 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> GSM682143 4 0.3102 0.7211 0.000 0.156 0.000 0.816 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:hclust 154 2.10e-04 9.25e-01 2
#> CV:hclust 122 3.49e-03 1.71e-01 3
#> CV:hclust 135 1.16e-12 8.45e-03 4
#> CV:hclust 135 1.20e-15 3.22e-05 5
#> CV:hclust 135 1.73e-13 1.08e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.757 0.887 0.898 0.4597 0.537 0.537
#> 3 3 0.533 0.670 0.855 0.4084 0.668 0.454
#> 4 4 0.601 0.702 0.827 0.1289 0.836 0.576
#> 5 5 0.598 0.506 0.725 0.0686 0.849 0.511
#> 6 6 0.658 0.599 0.764 0.0445 0.868 0.492
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682003 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682004 2 0.0376 0.9140 0.004 0.996
#> GSM682005 1 0.7528 0.7344 0.784 0.216
#> GSM682006 1 0.3733 0.9167 0.928 0.072
#> GSM682007 1 0.3274 0.9199 0.940 0.060
#> GSM682008 1 0.8555 0.6162 0.720 0.280
#> GSM682009 2 0.3733 0.8986 0.072 0.928
#> GSM682010 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682011 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682096 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682097 2 0.3733 0.9013 0.072 0.928
#> GSM682098 2 0.1633 0.9148 0.024 0.976
#> GSM682099 1 0.4939 0.8762 0.892 0.108
#> GSM682100 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682101 1 0.9286 0.5270 0.656 0.344
#> GSM682102 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682103 1 0.1184 0.9447 0.984 0.016
#> GSM682104 1 0.9686 0.3173 0.604 0.396
#> GSM682105 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682107 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM682108 1 0.6887 0.7793 0.816 0.184
#> GSM682109 1 0.7602 0.7273 0.780 0.220
#> GSM682110 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682111 2 0.6148 0.8399 0.152 0.848
#> GSM682112 2 0.6048 0.8439 0.148 0.852
#> GSM682113 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM682114 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682115 1 0.0376 0.9495 0.996 0.004
#> GSM682116 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0672 0.9475 0.992 0.008
#> GSM682118 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682119 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682120 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682012 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> GSM682013 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682014 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682015 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682016 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682017 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682018 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682019 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682020 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682021 2 0.9944 0.1220 0.456 0.544
#> GSM682022 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682023 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682024 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682025 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682026 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682027 2 0.9988 0.0255 0.480 0.520
#> GSM682028 2 0.9993 0.0222 0.484 0.516
#> GSM682029 1 0.7299 0.7711 0.796 0.204
#> GSM682030 1 0.7299 0.7711 0.796 0.204
#> GSM682031 1 0.7299 0.7711 0.796 0.204
#> GSM682032 1 0.7299 0.7711 0.796 0.204
#> GSM682033 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM681992 2 0.3733 0.8986 0.072 0.928
#> GSM681993 2 0.6048 0.8439 0.148 0.852
#> GSM681994 1 0.0938 0.9463 0.988 0.012
#> GSM681995 1 0.0672 0.9496 0.992 0.008
#> GSM681996 1 0.4161 0.8995 0.916 0.084
#> GSM681997 1 0.4161 0.8995 0.916 0.084
#> GSM681998 1 0.4161 0.8995 0.916 0.084
#> GSM681999 1 0.4298 0.9002 0.912 0.088
#> GSM682000 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682001 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682055 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682056 2 0.3733 0.9013 0.072 0.928
#> GSM682057 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682058 1 0.5059 0.8657 0.888 0.112
#> GSM682059 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682060 2 0.3274 0.9056 0.060 0.940
#> GSM682061 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682062 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682063 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682064 1 0.2948 0.9310 0.948 0.052
#> GSM682065 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682066 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682067 1 0.6048 0.8315 0.852 0.148
#> GSM682068 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682069 1 0.8813 0.5693 0.700 0.300
#> GSM682070 1 0.1184 0.9488 0.984 0.016
#> GSM682071 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682072 2 0.9427 0.5052 0.360 0.640
#> GSM682073 2 0.9460 0.4960 0.364 0.636
#> GSM682074 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682076 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0376 0.9493 0.996 0.004
#> GSM682078 1 0.1184 0.9447 0.984 0.016
#> GSM682079 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.4562 0.8878 0.096 0.904
#> GSM682081 2 0.6148 0.8399 0.152 0.848
#> GSM682082 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682083 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682085 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682086 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682087 1 0.0376 0.9485 0.996 0.004
#> GSM682088 1 0.1184 0.9447 0.984 0.016
#> GSM682089 1 0.1184 0.9447 0.984 0.016
#> GSM682090 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682092 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.6247 0.8155 0.844 0.156
#> GSM682094 1 0.0938 0.9492 0.988 0.012
#> GSM682095 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.4161 0.8954 0.084 0.916
#> GSM681983 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM681984 2 0.4161 0.8954 0.084 0.916
#> GSM681985 2 0.7528 0.7618 0.216 0.784
#> GSM681986 2 0.3584 0.9007 0.068 0.932
#> GSM681987 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM681988 2 0.4161 0.8954 0.084 0.916
#> GSM681989 2 0.1184 0.9152 0.016 0.984
#> GSM681990 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM681991 2 0.0000 0.9134 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682035 1 0.0376 0.9493 0.996 0.004
#> GSM682036 1 0.1414 0.9495 0.980 0.020
#> GSM682037 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682038 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682039 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682040 2 0.4815 0.8820 0.104 0.896
#> GSM682041 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682042 2 0.5178 0.8726 0.116 0.884
#> GSM682043 1 0.0672 0.9496 0.992 0.008
#> GSM682044 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682045 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682046 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682047 1 0.1184 0.9447 0.984 0.016
#> GSM682048 1 0.1184 0.9472 0.984 0.016
#> GSM682049 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682051 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682052 2 0.6048 0.8439 0.148 0.852
#> GSM682053 1 0.1414 0.9429 0.980 0.020
#> GSM682054 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682123 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682124 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682125 1 0.1184 0.9472 0.984 0.016
#> GSM682126 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682127 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682128 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682130 2 0.1414 0.9148 0.020 0.980
#> GSM682131 2 0.1414 0.9126 0.020 0.980
#> GSM682132 1 0.1184 0.9486 0.984 0.016
#> GSM682133 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682134 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682135 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682136 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682137 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682140 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682142 1 0.1414 0.9477 0.980 0.020
#> GSM682143 2 0.1184 0.9126 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682003 2 0.3412 0.7690 0.000 0.876 0.124
#> GSM682004 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.1129 0.7415 0.020 0.004 0.976
#> GSM682006 3 0.1031 0.7424 0.024 0.000 0.976
#> GSM682007 3 0.1031 0.7426 0.024 0.000 0.976
#> GSM682008 3 0.1129 0.7416 0.020 0.004 0.976
#> GSM682009 3 0.2031 0.7333 0.016 0.032 0.952
#> GSM682010 3 0.2711 0.7315 0.088 0.000 0.912
#> GSM682011 3 0.6308 -0.1062 0.492 0.000 0.508
#> GSM682096 3 0.5722 0.5034 0.004 0.292 0.704
#> GSM682097 3 0.5595 0.5424 0.016 0.228 0.756
#> GSM682098 3 0.6295 0.1510 0.000 0.472 0.528
#> GSM682099 3 0.8606 0.1880 0.364 0.108 0.528
#> GSM682100 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.8487 0.0788 0.100 0.536 0.364
#> GSM682102 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682103 3 0.5291 0.5941 0.268 0.000 0.732
#> GSM682104 3 0.1453 0.7422 0.024 0.008 0.968
#> GSM682105 1 0.4887 0.6911 0.772 0.000 0.228
#> GSM682106 3 0.1031 0.7426 0.024 0.000 0.976
#> GSM682107 3 0.6305 -0.0316 0.484 0.000 0.516
#> GSM682108 3 0.1267 0.7428 0.024 0.004 0.972
#> GSM682109 3 0.1267 0.7426 0.024 0.004 0.972
#> GSM682110 3 0.0892 0.7427 0.020 0.000 0.980
#> GSM682111 3 0.1905 0.7351 0.016 0.028 0.956
#> GSM682112 3 0.6836 0.1434 0.016 0.412 0.572
#> GSM682113 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682114 3 0.3340 0.7193 0.120 0.000 0.880
#> GSM682115 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682116 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682117 1 0.6280 0.1674 0.540 0.000 0.460
#> GSM682118 3 0.4654 0.6536 0.208 0.000 0.792
#> GSM682119 3 0.3412 0.7228 0.124 0.000 0.876
#> GSM682120 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682121 1 0.1860 0.8600 0.948 0.000 0.052
#> GSM682122 3 0.1163 0.7430 0.028 0.000 0.972
#> GSM682012 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.6126 0.3804 0.000 0.600 0.400
#> GSM682017 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0237 0.8441 0.000 0.996 0.004
#> GSM682019 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1999 0.8074 0.036 0.952 0.012
#> GSM682022 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0237 0.8441 0.000 0.996 0.004
#> GSM682024 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682025 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.7466 0.1634 0.036 0.444 0.520
#> GSM682028 3 0.7379 0.3770 0.048 0.336 0.616
#> GSM682029 3 0.8361 0.4932 0.216 0.160 0.624
#> GSM682030 3 0.8392 0.4707 0.236 0.148 0.616
#> GSM682031 3 0.8392 0.4707 0.236 0.148 0.616
#> GSM682032 3 0.8392 0.4707 0.236 0.148 0.616
#> GSM682033 2 0.3879 0.7444 0.000 0.848 0.152
#> GSM681992 3 0.1636 0.7379 0.016 0.020 0.964
#> GSM681993 3 0.6648 0.2759 0.016 0.364 0.620
#> GSM681994 3 0.3267 0.7165 0.116 0.000 0.884
#> GSM681995 3 0.4555 0.6351 0.200 0.000 0.800
#> GSM681996 3 0.1031 0.7426 0.024 0.000 0.976
#> GSM681997 3 0.0892 0.7427 0.020 0.000 0.980
#> GSM681998 3 0.0892 0.7427 0.020 0.000 0.980
#> GSM681999 3 0.1031 0.7424 0.024 0.000 0.976
#> GSM682000 3 0.6079 0.2669 0.388 0.000 0.612
#> GSM682001 3 0.4842 0.6219 0.224 0.000 0.776
#> GSM682055 2 0.6295 0.2275 0.000 0.528 0.472
#> GSM682056 3 0.6553 0.3638 0.020 0.324 0.656
#> GSM682057 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.4165 0.7064 0.048 0.076 0.876
#> GSM682059 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.6944 0.1805 0.016 0.516 0.468
#> GSM682061 2 0.6260 0.2852 0.000 0.552 0.448
#> GSM682062 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.6225 0.2392 0.568 0.000 0.432
#> GSM682065 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682066 1 0.5591 0.5442 0.696 0.000 0.304
#> GSM682067 1 0.6008 0.4867 0.664 0.004 0.332
#> GSM682068 1 0.6235 0.3072 0.564 0.000 0.436
#> GSM682069 1 0.7930 0.5207 0.664 0.164 0.172
#> GSM682070 1 0.4605 0.6938 0.796 0.000 0.204
#> GSM682071 2 0.6302 0.2051 0.000 0.520 0.480
#> GSM682072 3 0.1620 0.7415 0.024 0.012 0.964
#> GSM682073 3 0.1129 0.7416 0.020 0.004 0.976
#> GSM682074 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682075 1 0.3816 0.7841 0.852 0.000 0.148
#> GSM682076 1 0.1411 0.8695 0.964 0.000 0.036
#> GSM682077 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682078 1 0.3686 0.7839 0.860 0.000 0.140
#> GSM682079 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682080 3 0.6783 0.1913 0.016 0.396 0.588
#> GSM682081 3 0.1491 0.7391 0.016 0.016 0.968
#> GSM682082 3 0.5560 0.5317 0.300 0.000 0.700
#> GSM682083 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682084 3 0.4291 0.6819 0.180 0.000 0.820
#> GSM682085 3 0.3267 0.7210 0.116 0.000 0.884
#> GSM682086 1 0.5785 0.5009 0.668 0.000 0.332
#> GSM682087 1 0.2066 0.8553 0.940 0.000 0.060
#> GSM682088 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682089 1 0.3116 0.8005 0.892 0.000 0.108
#> GSM682090 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682091 1 0.6180 0.2848 0.584 0.000 0.416
#> GSM682092 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682093 3 0.3116 0.7237 0.108 0.000 0.892
#> GSM682094 1 0.6244 0.2391 0.560 0.000 0.440
#> GSM682095 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 3 0.6783 0.1913 0.016 0.396 0.588
#> GSM681983 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM681984 3 0.6824 0.1567 0.016 0.408 0.576
#> GSM681985 3 0.5974 0.6308 0.068 0.148 0.784
#> GSM681986 3 0.4411 0.6504 0.016 0.140 0.844
#> GSM681987 2 0.3412 0.7690 0.000 0.876 0.124
#> GSM681988 3 0.1774 0.7367 0.016 0.024 0.960
#> GSM681989 3 0.1636 0.7379 0.016 0.020 0.964
#> GSM681990 3 0.1163 0.7432 0.028 0.000 0.972
#> GSM681991 2 0.2796 0.7926 0.000 0.908 0.092
#> GSM682034 1 0.0000 0.8833 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.8833 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.5988 0.3743 0.368 0.000 0.632
#> GSM682037 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682038 2 0.6274 0.2668 0.000 0.544 0.456
#> GSM682039 3 0.6215 0.3110 0.428 0.000 0.572
#> GSM682040 2 0.6948 0.1775 0.016 0.512 0.472
#> GSM682041 1 0.3038 0.8044 0.896 0.000 0.104
#> GSM682042 3 0.6824 0.1567 0.016 0.408 0.576
#> GSM682043 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682045 1 0.1860 0.8588 0.948 0.000 0.052
#> GSM682046 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.3116 0.8043 0.892 0.000 0.108
#> GSM682048 1 0.3879 0.7521 0.848 0.000 0.152
#> GSM682049 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682050 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.3116 0.8005 0.892 0.000 0.108
#> GSM682052 3 0.6824 0.1567 0.016 0.408 0.576
#> GSM682053 3 0.6291 0.1958 0.468 0.000 0.532
#> GSM682054 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.0000 0.8833 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682125 1 0.3551 0.7717 0.868 0.000 0.132
#> GSM682126 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682128 1 0.5016 0.6710 0.760 0.000 0.240
#> GSM682129 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8468 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.4974 0.6894 0.764 0.000 0.236
#> GSM682133 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682134 1 0.0000 0.8833 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.5760 0.4931 0.672 0.000 0.328
#> GSM682136 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.1031 0.8757 0.976 0.000 0.024
#> GSM682138 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682139 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682140 1 0.0237 0.8829 0.996 0.000 0.004
#> GSM682141 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0237 0.8837 0.996 0.000 0.004
#> GSM682143 2 0.3116 0.7812 0.000 0.892 0.108
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.2197 0.8532 0.928 0.000 0.024 0.048
#> GSM682003 2 0.5132 0.3488 0.000 0.548 0.448 0.004
#> GSM682004 2 0.2921 0.8171 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM682005 4 0.4500 0.4929 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM682006 4 0.3764 0.6252 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM682007 3 0.4972 0.3171 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM682008 4 0.4500 0.4694 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM682009 3 0.4103 0.6678 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM682010 3 0.5407 0.6104 0.036 0.000 0.668 0.296
#> GSM682011 4 0.3286 0.7118 0.080 0.000 0.044 0.876
#> GSM682096 4 0.6567 0.5566 0.000 0.128 0.256 0.616
#> GSM682097 3 0.4070 0.7581 0.000 0.044 0.824 0.132
#> GSM682098 4 0.7666 0.1235 0.000 0.212 0.388 0.400
#> GSM682099 4 0.3674 0.6975 0.020 0.084 0.028 0.868
#> GSM682100 2 0.0188 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682101 2 0.6328 0.5873 0.040 0.716 0.100 0.144
#> GSM682102 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682103 3 0.7395 0.1690 0.344 0.000 0.480 0.176
#> GSM682104 3 0.3726 0.7225 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM682105 4 0.6009 0.2188 0.380 0.000 0.048 0.572
#> GSM682106 4 0.4932 0.5569 0.032 0.000 0.240 0.728
#> GSM682107 4 0.2589 0.7160 0.044 0.000 0.044 0.912
#> GSM682108 3 0.4454 0.6191 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM682109 3 0.3873 0.7164 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM682110 4 0.4164 0.5623 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM682111 3 0.3047 0.7608 0.000 0.012 0.872 0.116
#> GSM682112 3 0.2011 0.7470 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM682113 1 0.2546 0.8500 0.912 0.000 0.028 0.060
#> GSM682114 3 0.4874 0.6833 0.056 0.000 0.764 0.180
#> GSM682115 1 0.1837 0.8473 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM682116 1 0.1936 0.8464 0.940 0.000 0.032 0.028
#> GSM682117 4 0.5219 0.5934 0.244 0.000 0.044 0.712
#> GSM682118 4 0.7053 0.2060 0.132 0.000 0.356 0.512
#> GSM682119 3 0.5614 0.5795 0.044 0.000 0.652 0.304
#> GSM682120 1 0.3439 0.8207 0.868 0.000 0.048 0.084
#> GSM682121 1 0.5812 0.4621 0.624 0.000 0.048 0.328
#> GSM682122 3 0.4707 0.6873 0.036 0.000 0.760 0.204
#> GSM682012 2 0.2530 0.8376 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM682013 2 0.0000 0.8836 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0188 0.8832 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0188 0.8832 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682016 3 0.4844 0.5035 0.000 0.300 0.688 0.012
#> GSM682017 2 0.0188 0.8832 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.1174 0.8691 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM682019 2 0.0469 0.8824 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682020 2 0.0000 0.8836 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.3050 0.8112 0.044 0.900 0.012 0.044
#> GSM682022 2 0.0336 0.8823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682023 2 0.0707 0.8762 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682024 1 0.1584 0.8510 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM682025 2 0.0469 0.8824 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682026 2 0.0336 0.8832 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682027 4 0.3160 0.6842 0.004 0.120 0.008 0.868
#> GSM682028 4 0.3231 0.6857 0.004 0.116 0.012 0.868
#> GSM682029 4 0.3444 0.6912 0.016 0.104 0.012 0.868
#> GSM682030 4 0.3444 0.6912 0.016 0.104 0.012 0.868
#> GSM682031 4 0.3444 0.6912 0.016 0.104 0.012 0.868
#> GSM682032 4 0.3444 0.6912 0.016 0.104 0.012 0.868
#> GSM682033 2 0.5137 0.3284 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM681992 3 0.4193 0.6549 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM681993 3 0.1970 0.7547 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM681994 4 0.3024 0.6748 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM681995 4 0.2363 0.7138 0.024 0.000 0.056 0.920
#> GSM681996 4 0.4040 0.5901 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM681997 4 0.3444 0.6524 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM681998 4 0.3837 0.6169 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM681999 4 0.2831 0.6889 0.004 0.000 0.120 0.876
#> GSM682000 4 0.2500 0.7162 0.040 0.000 0.044 0.916
#> GSM682001 4 0.2660 0.7151 0.036 0.000 0.056 0.908
#> GSM682055 3 0.4123 0.6233 0.000 0.220 0.772 0.008
#> GSM682056 3 0.5495 0.6977 0.036 0.052 0.764 0.148
#> GSM682057 2 0.0188 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682058 4 0.5497 0.6099 0.032 0.020 0.228 0.720
#> GSM682059 2 0.0188 0.8832 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682060 3 0.4630 0.6037 0.000 0.252 0.732 0.016
#> GSM682061 3 0.4049 0.6130 0.000 0.212 0.780 0.008
#> GSM682062 2 0.0188 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682063 2 0.0804 0.8763 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM682064 1 0.6916 0.4072 0.588 0.000 0.176 0.236
#> GSM682065 1 0.1174 0.8544 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM682066 1 0.5417 0.6170 0.704 0.000 0.056 0.240
#> GSM682067 1 0.5219 0.6462 0.728 0.000 0.216 0.056
#> GSM682068 4 0.2944 0.7004 0.128 0.000 0.004 0.868
#> GSM682069 1 0.4845 0.6872 0.756 0.012 0.212 0.020
#> GSM682070 1 0.5624 0.6792 0.724 0.000 0.148 0.128
#> GSM682071 3 0.3791 0.6309 0.000 0.200 0.796 0.004
#> GSM682072 3 0.3649 0.7300 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM682073 3 0.3837 0.7185 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM682074 1 0.2844 0.8367 0.900 0.000 0.052 0.048
#> GSM682075 4 0.5417 0.4866 0.284 0.000 0.040 0.676
#> GSM682076 1 0.4624 0.7462 0.784 0.000 0.052 0.164
#> GSM682077 1 0.2214 0.8503 0.928 0.000 0.044 0.028
#> GSM682078 1 0.4203 0.7924 0.824 0.000 0.068 0.108
#> GSM682079 1 0.3156 0.8300 0.884 0.000 0.048 0.068
#> GSM682080 3 0.2197 0.7487 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM682081 3 0.3569 0.7335 0.000 0.000 0.804 0.196
#> GSM682082 4 0.7851 0.1467 0.268 0.000 0.356 0.376
#> GSM682083 1 0.1837 0.8473 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM682084 3 0.4638 0.6899 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM682085 3 0.4800 0.6859 0.044 0.000 0.760 0.196
#> GSM682086 4 0.5233 0.4827 0.332 0.000 0.020 0.648
#> GSM682087 1 0.5903 0.4504 0.616 0.000 0.052 0.332
#> GSM682088 1 0.3088 0.8320 0.888 0.000 0.052 0.060
#> GSM682089 1 0.3667 0.8140 0.856 0.000 0.056 0.088
#> GSM682090 1 0.3521 0.8186 0.864 0.000 0.052 0.084
#> GSM682091 1 0.6790 0.4943 0.608 0.000 0.196 0.196
#> GSM682092 1 0.3156 0.8338 0.884 0.000 0.048 0.068
#> GSM682093 3 0.3351 0.7344 0.008 0.000 0.844 0.148
#> GSM682094 4 0.5472 0.5611 0.280 0.000 0.044 0.676
#> GSM682095 2 0.2973 0.8135 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM681982 3 0.2053 0.7504 0.000 0.072 0.924 0.004
#> GSM681983 1 0.1211 0.8528 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM681984 3 0.2197 0.7472 0.000 0.080 0.916 0.004
#> GSM681985 3 0.1833 0.7593 0.000 0.024 0.944 0.032
#> GSM681986 3 0.2214 0.7574 0.000 0.028 0.928 0.044
#> GSM681987 2 0.5290 0.2602 0.000 0.516 0.476 0.008
#> GSM681988 3 0.2081 0.7562 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM681989 3 0.4134 0.6632 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM681990 3 0.4605 0.5843 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM681991 2 0.4053 0.7314 0.000 0.768 0.228 0.004
#> GSM682034 1 0.0707 0.8551 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682035 1 0.0188 0.8542 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682036 1 0.7701 -0.0968 0.392 0.000 0.388 0.220
#> GSM682037 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682038 3 0.3810 0.6468 0.000 0.188 0.804 0.008
#> GSM682039 3 0.3907 0.7124 0.120 0.000 0.836 0.044
#> GSM682040 3 0.3444 0.6540 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM682041 1 0.2214 0.8449 0.928 0.000 0.028 0.044
#> GSM682042 3 0.2011 0.7470 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM682043 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682044 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682045 1 0.4578 0.7358 0.788 0.000 0.160 0.052
#> GSM682046 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682047 1 0.3919 0.8066 0.840 0.000 0.056 0.104
#> GSM682048 1 0.4284 0.7132 0.780 0.000 0.200 0.020
#> GSM682049 1 0.2124 0.8454 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM682050 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682051 1 0.3090 0.8323 0.888 0.000 0.056 0.056
#> GSM682052 3 0.2011 0.7470 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM682053 3 0.4155 0.6874 0.100 0.000 0.828 0.072
#> GSM682054 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682123 1 0.0657 0.8542 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM682124 1 0.1584 0.8510 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM682125 1 0.3672 0.7553 0.824 0.000 0.164 0.012
#> GSM682126 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682127 1 0.1820 0.8528 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM682128 4 0.5754 0.4149 0.316 0.000 0.048 0.636
#> GSM682129 2 0.0188 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682130 2 0.0188 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682131 2 0.2888 0.8226 0.000 0.872 0.124 0.004
#> GSM682132 4 0.4313 0.5664 0.260 0.000 0.004 0.736
#> GSM682133 1 0.1305 0.8539 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM682134 1 0.0657 0.8542 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM682135 1 0.6416 0.5327 0.648 0.000 0.152 0.200
#> GSM682136 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682137 1 0.5773 0.4927 0.632 0.000 0.048 0.320
#> GSM682138 1 0.2761 0.8380 0.904 0.000 0.048 0.048
#> GSM682139 1 0.2319 0.8448 0.924 0.000 0.040 0.036
#> GSM682140 1 0.2675 0.8394 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM682141 1 0.1118 0.8536 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682142 1 0.1305 0.8529 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM682143 2 0.5119 0.3664 0.000 0.556 0.440 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.2962 0.675101 0.868 0.000 0.048 0.084 0.000
#> GSM682003 5 0.3366 0.528951 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM682004 2 0.3366 0.730324 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM682005 3 0.6210 0.471269 0.000 0.000 0.492 0.360 0.148
#> GSM682006 3 0.5821 0.495252 0.000 0.000 0.504 0.400 0.096
#> GSM682007 4 0.6265 0.077216 0.000 0.000 0.220 0.540 0.240
#> GSM682008 3 0.6538 0.374742 0.000 0.000 0.444 0.352 0.204
#> GSM682009 5 0.6100 0.367687 0.000 0.000 0.132 0.368 0.500
#> GSM682010 4 0.4375 0.267634 0.004 0.000 0.104 0.776 0.116
#> GSM682011 3 0.3754 0.669436 0.020 0.000 0.796 0.176 0.008
#> GSM682096 3 0.7473 0.436073 0.000 0.076 0.424 0.360 0.140
#> GSM682097 5 0.5201 0.291628 0.000 0.028 0.008 0.432 0.532
#> GSM682098 3 0.8397 0.145917 0.000 0.164 0.336 0.216 0.284
#> GSM682099 3 0.3744 0.637801 0.020 0.020 0.832 0.120 0.008
#> GSM682100 2 0.0000 0.909624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.4339 0.761670 0.024 0.824 0.052 0.064 0.036
#> GSM682102 1 0.1124 0.738342 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM682103 4 0.2408 0.456136 0.016 0.000 0.000 0.892 0.092
#> GSM682104 4 0.5352 -0.207778 0.000 0.000 0.052 0.480 0.468
#> GSM682105 4 0.5896 0.276848 0.168 0.000 0.236 0.596 0.000
#> GSM682106 4 0.4421 0.237612 0.000 0.000 0.184 0.748 0.068
#> GSM682107 3 0.4560 0.631071 0.016 0.000 0.672 0.304 0.008
#> GSM682108 4 0.5991 0.010729 0.000 0.000 0.148 0.564 0.288
#> GSM682109 5 0.5858 0.261832 0.000 0.000 0.096 0.448 0.456
#> GSM682110 4 0.5483 -0.354211 0.000 0.000 0.424 0.512 0.064
#> GSM682111 5 0.4651 0.440640 0.000 0.000 0.020 0.372 0.608
#> GSM682112 5 0.2522 0.711681 0.000 0.024 0.004 0.076 0.896
#> GSM682113 1 0.5041 0.405482 0.632 0.000 0.024 0.328 0.016
#> GSM682114 4 0.3430 0.382729 0.004 0.000 0.000 0.776 0.220
#> GSM682115 1 0.3491 0.553841 0.768 0.000 0.004 0.228 0.000
#> GSM682116 1 0.3766 0.494818 0.728 0.000 0.004 0.268 0.000
#> GSM682117 4 0.6271 -0.177265 0.132 0.000 0.332 0.528 0.008
#> GSM682118 4 0.3355 0.290527 0.000 0.000 0.132 0.832 0.036
#> GSM682119 4 0.6428 0.167889 0.116 0.000 0.128 0.648 0.108
#> GSM682120 4 0.4350 0.207230 0.408 0.000 0.004 0.588 0.000
#> GSM682121 4 0.5154 0.261237 0.372 0.000 0.048 0.580 0.000
#> GSM682122 4 0.3611 0.378292 0.004 0.000 0.008 0.780 0.208
#> GSM682012 2 0.4321 0.449547 0.000 0.600 0.000 0.004 0.396
#> GSM682013 2 0.0566 0.909208 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682014 2 0.1043 0.899384 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682015 2 0.1043 0.899384 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682016 5 0.3461 0.605939 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> GSM682017 2 0.1043 0.899384 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682018 2 0.1372 0.888701 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM682019 2 0.0613 0.909736 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM682020 2 0.0000 0.909624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.2653 0.853213 0.020 0.908 0.040 0.016 0.016
#> GSM682022 2 0.0324 0.908179 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM682023 2 0.0865 0.899097 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM682024 1 0.0740 0.744755 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> GSM682025 2 0.0613 0.909736 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM682026 2 0.0451 0.909797 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM682027 3 0.1492 0.644786 0.008 0.040 0.948 0.004 0.000
#> GSM682028 3 0.1331 0.643041 0.008 0.040 0.952 0.000 0.000
#> GSM682029 3 0.1386 0.644484 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM682030 3 0.1386 0.644484 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM682031 3 0.1386 0.644484 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM682032 3 0.1386 0.644484 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM682033 5 0.3551 0.541078 0.000 0.220 0.000 0.008 0.772
#> GSM681992 5 0.6321 0.295744 0.000 0.000 0.160 0.376 0.464
#> GSM681993 5 0.2835 0.704494 0.000 0.016 0.004 0.112 0.868
#> GSM681994 3 0.4767 0.526218 0.000 0.000 0.560 0.420 0.020
#> GSM681995 3 0.3318 0.670357 0.000 0.000 0.808 0.180 0.012
#> GSM681996 3 0.6385 0.459755 0.000 0.000 0.504 0.296 0.200
#> GSM681997 3 0.4874 0.598771 0.000 0.000 0.632 0.328 0.040
#> GSM681998 3 0.5874 0.520038 0.000 0.000 0.528 0.364 0.108
#> GSM681999 3 0.4687 0.632008 0.000 0.000 0.672 0.288 0.040
#> GSM682000 3 0.2796 0.672252 0.008 0.000 0.868 0.116 0.008
#> GSM682001 3 0.4477 0.637772 0.008 0.000 0.688 0.288 0.016
#> GSM682055 5 0.3035 0.702135 0.000 0.112 0.000 0.032 0.856
#> GSM682056 4 0.4409 0.375809 0.004 0.040 0.000 0.736 0.220
#> GSM682057 2 0.0290 0.909636 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682058 4 0.6361 0.000719 0.000 0.024 0.332 0.540 0.104
#> GSM682059 2 0.0963 0.901156 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682060 5 0.5416 0.652352 0.000 0.196 0.004 0.128 0.672
#> GSM682061 5 0.2286 0.671104 0.000 0.108 0.004 0.000 0.888
#> GSM682062 2 0.0162 0.909986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682063 2 0.0671 0.899813 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM682064 1 0.7579 0.000525 0.412 0.008 0.108 0.388 0.084
#> GSM682065 1 0.0404 0.746931 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682066 1 0.6357 0.088457 0.460 0.000 0.104 0.420 0.016
#> GSM682067 1 0.6169 0.395367 0.600 0.008 0.008 0.260 0.124
#> GSM682068 3 0.2729 0.655751 0.060 0.000 0.884 0.056 0.000
#> GSM682069 1 0.6187 0.396707 0.600 0.008 0.008 0.256 0.128
#> GSM682070 1 0.6233 0.223221 0.512 0.004 0.032 0.396 0.056
#> GSM682071 5 0.2046 0.702063 0.000 0.068 0.000 0.016 0.916
#> GSM682072 5 0.5483 0.333769 0.000 0.000 0.064 0.424 0.512
#> GSM682073 5 0.5584 0.359938 0.000 0.000 0.076 0.392 0.532
#> GSM682074 1 0.4452 0.003774 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> GSM682075 3 0.5983 0.317481 0.252 0.000 0.580 0.168 0.000
#> GSM682076 4 0.4735 0.262461 0.372 0.000 0.012 0.608 0.008
#> GSM682077 1 0.2966 0.653617 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM682078 4 0.4096 0.393274 0.260 0.000 0.004 0.724 0.012
#> GSM682079 4 0.4359 0.175169 0.412 0.000 0.004 0.584 0.000
#> GSM682080 5 0.2813 0.707287 0.000 0.024 0.000 0.108 0.868
#> GSM682081 5 0.5260 0.474285 0.000 0.000 0.064 0.332 0.604
#> GSM682082 4 0.4877 0.488411 0.144 0.000 0.024 0.752 0.080
#> GSM682083 1 0.3491 0.553841 0.768 0.000 0.004 0.228 0.000
#> GSM682084 4 0.3522 0.380970 0.004 0.000 0.004 0.780 0.212
#> GSM682085 4 0.3196 0.392541 0.004 0.000 0.000 0.804 0.192
#> GSM682086 3 0.6964 0.271173 0.308 0.000 0.412 0.272 0.008
#> GSM682087 4 0.5141 0.280695 0.360 0.000 0.028 0.600 0.012
#> GSM682088 4 0.4278 0.090112 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM682089 4 0.4632 0.259240 0.376 0.000 0.004 0.608 0.012
#> GSM682090 4 0.4595 0.217616 0.400 0.000 0.004 0.588 0.008
#> GSM682091 4 0.6749 -0.041548 0.412 0.004 0.048 0.460 0.076
#> GSM682092 4 0.4533 0.099954 0.448 0.000 0.008 0.544 0.000
#> GSM682093 4 0.5052 0.010425 0.008 0.000 0.028 0.600 0.364
#> GSM682094 4 0.6913 -0.272442 0.232 0.000 0.368 0.392 0.008
#> GSM682095 2 0.4161 0.485171 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM681982 5 0.2206 0.712151 0.000 0.016 0.004 0.068 0.912
#> GSM681983 1 0.1281 0.734190 0.956 0.000 0.012 0.032 0.000
#> GSM681984 5 0.2125 0.711425 0.000 0.024 0.004 0.052 0.920
#> GSM681985 5 0.3264 0.667602 0.000 0.000 0.016 0.164 0.820
#> GSM681986 5 0.3844 0.645965 0.000 0.000 0.044 0.164 0.792
#> GSM681987 5 0.3398 0.552032 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780
#> GSM681988 5 0.3283 0.686036 0.000 0.000 0.028 0.140 0.832
#> GSM681989 5 0.6224 0.351316 0.000 0.000 0.152 0.352 0.496
#> GSM681990 4 0.6206 -0.005534 0.000 0.000 0.200 0.548 0.252
#> GSM681991 5 0.3949 0.393229 0.000 0.300 0.000 0.004 0.696
#> GSM682034 1 0.0162 0.746899 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.0290 0.746238 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682036 4 0.7283 0.151801 0.316 0.004 0.084 0.496 0.100
#> GSM682037 1 0.0000 0.747445 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.1757 0.705242 0.000 0.048 0.004 0.012 0.936
#> GSM682039 5 0.6617 0.331610 0.092 0.004 0.032 0.368 0.504
#> GSM682040 5 0.1682 0.705343 0.000 0.044 0.004 0.012 0.940
#> GSM682041 1 0.3895 0.422779 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM682042 5 0.2264 0.711914 0.000 0.024 0.004 0.060 0.912
#> GSM682043 1 0.0162 0.747291 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.747445 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.6154 0.359363 0.584 0.004 0.024 0.308 0.080
#> GSM682046 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682047 4 0.4193 0.349556 0.304 0.000 0.000 0.684 0.012
#> GSM682048 1 0.6190 0.402947 0.600 0.004 0.012 0.252 0.132
#> GSM682049 1 0.3395 0.548823 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM682050 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682051 4 0.4560 -0.002647 0.484 0.000 0.000 0.508 0.008
#> GSM682052 5 0.2112 0.705569 0.000 0.004 0.004 0.084 0.908
#> GSM682053 4 0.5479 -0.086647 0.052 0.000 0.004 0.508 0.436
#> GSM682054 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682123 1 0.1444 0.738319 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM682124 1 0.0613 0.746153 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM682125 1 0.5345 0.528113 0.696 0.004 0.004 0.164 0.132
#> GSM682126 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682127 1 0.1571 0.732736 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM682128 4 0.6442 0.224890 0.208 0.000 0.300 0.492 0.000
#> GSM682129 2 0.0451 0.909797 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM682130 2 0.0000 0.909624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.4331 0.441134 0.000 0.596 0.000 0.004 0.400
#> GSM682132 3 0.3764 0.534004 0.156 0.000 0.800 0.044 0.000
#> GSM682133 1 0.1251 0.733181 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> GSM682134 1 0.1251 0.741001 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM682135 1 0.6775 0.293090 0.548 0.008 0.068 0.312 0.064
#> GSM682136 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682137 4 0.6236 0.137503 0.400 0.000 0.144 0.456 0.000
#> GSM682138 1 0.4249 0.209232 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM682139 1 0.2665 0.710702 0.900 0.008 0.004 0.052 0.036
#> GSM682140 1 0.4375 0.224392 0.576 0.000 0.004 0.420 0.000
#> GSM682141 1 0.0324 0.747181 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682142 1 0.1205 0.740866 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM682143 5 0.3521 0.526434 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.3571 0.4995 0.744 0.000 0.008 0.240 0.000 0.008
#> GSM682003 5 0.2306 0.7138 0.000 0.096 0.008 0.004 0.888 0.004
#> GSM682004 2 0.4261 0.3436 0.000 0.584 0.004 0.004 0.400 0.008
#> GSM682005 3 0.4131 0.5747 0.000 0.000 0.760 0.040 0.028 0.172
#> GSM682006 3 0.2841 0.6016 0.000 0.000 0.848 0.012 0.012 0.128
#> GSM682007 3 0.5039 0.4866 0.000 0.000 0.644 0.272 0.036 0.048
#> GSM682008 3 0.5764 0.4595 0.000 0.000 0.608 0.204 0.036 0.152
#> GSM682009 3 0.2979 0.6097 0.000 0.000 0.840 0.044 0.116 0.000
#> GSM682010 3 0.2102 0.6289 0.000 0.000 0.908 0.068 0.012 0.012
#> GSM682011 3 0.4549 0.2722 0.008 0.000 0.596 0.028 0.000 0.368
#> GSM682096 3 0.5132 0.5922 0.000 0.052 0.732 0.068 0.028 0.120
#> GSM682097 4 0.6524 -0.2217 0.000 0.020 0.196 0.416 0.360 0.008
#> GSM682098 3 0.8339 0.2681 0.000 0.200 0.400 0.128 0.132 0.140
#> GSM682099 6 0.4650 0.6408 0.000 0.008 0.076 0.232 0.000 0.684
#> GSM682100 2 0.0000 0.9552 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.3115 0.8450 0.024 0.880 0.024 0.032 0.020 0.020
#> GSM682102 1 0.2182 0.7234 0.900 0.000 0.020 0.076 0.000 0.004
#> GSM682103 4 0.4085 0.5388 0.020 0.000 0.212 0.744 0.016 0.008
#> GSM682104 3 0.5818 0.3094 0.000 0.000 0.492 0.328 0.176 0.004
#> GSM682105 4 0.5841 0.3909 0.092 0.000 0.328 0.540 0.000 0.040
#> GSM682106 3 0.4615 0.3109 0.000 0.000 0.568 0.396 0.008 0.028
#> GSM682107 3 0.4182 0.4765 0.004 0.000 0.700 0.040 0.000 0.256
#> GSM682108 3 0.2278 0.6305 0.000 0.000 0.900 0.044 0.052 0.004
#> GSM682109 3 0.4302 0.5476 0.000 0.000 0.728 0.156 0.116 0.000
#> GSM682110 3 0.3079 0.6153 0.000 0.000 0.844 0.056 0.004 0.096
#> GSM682111 5 0.5758 0.3808 0.000 0.000 0.312 0.196 0.492 0.000
#> GSM682112 5 0.4008 0.7253 0.000 0.004 0.100 0.128 0.768 0.000
#> GSM682113 1 0.6545 0.2901 0.476 0.000 0.312 0.164 0.004 0.044
#> GSM682114 4 0.3728 0.5564 0.000 0.000 0.152 0.784 0.060 0.004
#> GSM682115 1 0.3899 0.1278 0.592 0.000 0.000 0.404 0.000 0.004
#> GSM682116 1 0.4111 -0.0676 0.536 0.000 0.004 0.456 0.000 0.004
#> GSM682117 3 0.3497 0.6008 0.016 0.000 0.824 0.064 0.000 0.096
#> GSM682118 3 0.2980 0.5965 0.000 0.000 0.808 0.180 0.000 0.012
#> GSM682119 3 0.2811 0.6159 0.012 0.000 0.876 0.076 0.008 0.028
#> GSM682120 4 0.3883 0.7008 0.200 0.000 0.044 0.752 0.000 0.004
#> GSM682121 4 0.3991 0.7005 0.200 0.000 0.044 0.748 0.000 0.008
#> GSM682122 4 0.4005 0.5318 0.000 0.000 0.192 0.748 0.056 0.004
#> GSM682012 5 0.4283 0.4178 0.000 0.344 0.004 0.016 0.632 0.004
#> GSM682013 2 0.0146 0.9548 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682014 2 0.1082 0.9334 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM682015 2 0.1082 0.9334 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM682016 5 0.3913 0.6832 0.000 0.200 0.024 0.020 0.756 0.000
#> GSM682017 2 0.1082 0.9334 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM682018 2 0.0727 0.9484 0.004 0.980 0.004 0.004 0.004 0.004
#> GSM682019 2 0.0436 0.9554 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM682020 2 0.0000 0.9552 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1963 0.9057 0.024 0.932 0.008 0.012 0.008 0.016
#> GSM682022 2 0.0291 0.9548 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682023 2 0.0291 0.9548 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682024 1 0.1852 0.7256 0.928 0.004 0.040 0.004 0.000 0.024
#> GSM682025 2 0.0436 0.9554 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM682026 2 0.0436 0.9554 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM682027 6 0.1434 0.8478 0.000 0.012 0.048 0.000 0.000 0.940
#> GSM682028 6 0.1500 0.8506 0.000 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> GSM682029 6 0.1500 0.8506 0.000 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> GSM682030 6 0.1500 0.8506 0.000 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> GSM682031 6 0.1500 0.8506 0.000 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> GSM682032 6 0.1500 0.8506 0.000 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> GSM682033 5 0.2569 0.7153 0.000 0.092 0.012 0.012 0.880 0.004
#> GSM681992 3 0.2894 0.6220 0.000 0.000 0.864 0.028 0.088 0.020
#> GSM681993 5 0.4603 0.6824 0.000 0.000 0.156 0.148 0.696 0.000
#> GSM681994 3 0.4172 0.5261 0.000 0.000 0.724 0.072 0.000 0.204
#> GSM681995 3 0.4026 0.3441 0.000 0.000 0.636 0.016 0.000 0.348
#> GSM681996 3 0.5729 0.4667 0.000 0.000 0.616 0.168 0.036 0.180
#> GSM681997 3 0.3670 0.5089 0.000 0.000 0.736 0.024 0.000 0.240
#> GSM681998 3 0.3447 0.5773 0.000 0.000 0.800 0.024 0.012 0.164
#> GSM681999 3 0.3240 0.5141 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000 0.244
#> GSM682000 6 0.4444 0.1653 0.000 0.000 0.436 0.028 0.000 0.536
#> GSM682001 3 0.3420 0.5122 0.000 0.000 0.748 0.012 0.000 0.240
#> GSM682055 5 0.4455 0.7338 0.000 0.096 0.028 0.124 0.752 0.000
#> GSM682056 4 0.4339 0.5518 0.000 0.028 0.128 0.768 0.072 0.004
#> GSM682057 2 0.0436 0.9554 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM682058 4 0.5105 0.5177 0.000 0.016 0.132 0.712 0.024 0.116
#> GSM682059 2 0.0777 0.9439 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM682060 5 0.6197 0.5911 0.000 0.176 0.200 0.056 0.568 0.000
#> GSM682061 5 0.2189 0.7332 0.000 0.052 0.016 0.016 0.912 0.004
#> GSM682062 2 0.0000 0.9552 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0436 0.9495 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM682064 3 0.6673 0.0660 0.364 0.000 0.460 0.104 0.024 0.048
#> GSM682065 1 0.2544 0.7198 0.896 0.000 0.044 0.020 0.004 0.036
#> GSM682066 3 0.6400 0.2560 0.288 0.000 0.516 0.144 0.004 0.048
#> GSM682067 1 0.7022 0.4182 0.536 0.004 0.224 0.140 0.048 0.048
#> GSM682068 6 0.4033 0.7351 0.032 0.000 0.168 0.032 0.000 0.768
#> GSM682069 1 0.7103 0.4216 0.536 0.008 0.220 0.140 0.048 0.048
#> GSM682070 3 0.6777 0.0142 0.372 0.000 0.440 0.116 0.024 0.048
#> GSM682071 5 0.3251 0.7456 0.000 0.028 0.036 0.092 0.844 0.000
#> GSM682072 3 0.4982 0.4499 0.000 0.000 0.648 0.172 0.180 0.000
#> GSM682073 3 0.5690 0.2214 0.000 0.000 0.536 0.176 0.284 0.004
#> GSM682074 4 0.3628 0.6519 0.268 0.000 0.008 0.720 0.000 0.004
#> GSM682075 4 0.7453 0.0861 0.156 0.000 0.192 0.352 0.000 0.300
#> GSM682076 4 0.4025 0.7055 0.192 0.000 0.048 0.752 0.004 0.004
#> GSM682077 1 0.3906 0.6596 0.796 0.000 0.040 0.132 0.004 0.028
#> GSM682078 4 0.3615 0.7104 0.140 0.000 0.060 0.796 0.004 0.000
#> GSM682079 4 0.3780 0.6885 0.224 0.000 0.028 0.744 0.000 0.004
#> GSM682080 5 0.4528 0.6968 0.000 0.004 0.132 0.148 0.716 0.000
#> GSM682081 5 0.5890 0.1827 0.000 0.000 0.404 0.172 0.420 0.004
#> GSM682082 4 0.3565 0.6919 0.080 0.000 0.080 0.824 0.012 0.004
#> GSM682083 1 0.3907 0.1147 0.588 0.000 0.000 0.408 0.000 0.004
#> GSM682084 4 0.3999 0.5372 0.000 0.000 0.164 0.760 0.072 0.004
#> GSM682085 4 0.3819 0.5542 0.000 0.000 0.176 0.768 0.052 0.004
#> GSM682086 3 0.5562 0.4530 0.144 0.000 0.660 0.064 0.000 0.132
#> GSM682087 4 0.4055 0.7043 0.196 0.000 0.048 0.748 0.004 0.004
#> GSM682088 4 0.3819 0.6802 0.232 0.000 0.020 0.740 0.004 0.004
#> GSM682089 4 0.3792 0.7071 0.196 0.000 0.032 0.764 0.004 0.004
#> GSM682090 4 0.3909 0.6978 0.212 0.000 0.032 0.748 0.004 0.004
#> GSM682091 3 0.6784 0.0843 0.348 0.000 0.456 0.128 0.024 0.044
#> GSM682092 4 0.4572 0.6681 0.212 0.000 0.080 0.700 0.000 0.008
#> GSM682093 3 0.6239 0.4678 0.016 0.000 0.584 0.228 0.128 0.044
#> GSM682094 3 0.4551 0.5612 0.068 0.000 0.756 0.064 0.000 0.112
#> GSM682095 5 0.3998 0.4288 0.000 0.316 0.004 0.008 0.668 0.004
#> GSM681982 5 0.3876 0.7286 0.000 0.000 0.108 0.120 0.772 0.000
#> GSM681983 1 0.1616 0.7267 0.932 0.000 0.020 0.048 0.000 0.000
#> GSM681984 5 0.2452 0.7413 0.000 0.004 0.084 0.028 0.884 0.000
#> GSM681985 5 0.4757 0.6566 0.000 0.000 0.180 0.144 0.676 0.000
#> GSM681986 5 0.4264 0.0391 0.000 0.000 0.488 0.016 0.496 0.000
#> GSM681987 5 0.2305 0.7171 0.000 0.088 0.012 0.004 0.892 0.004
#> GSM681988 5 0.4908 0.6220 0.000 0.000 0.224 0.128 0.648 0.000
#> GSM681989 3 0.3195 0.6123 0.000 0.000 0.836 0.036 0.116 0.012
#> GSM681990 3 0.2271 0.6312 0.000 0.000 0.908 0.024 0.036 0.032
#> GSM681991 5 0.2404 0.7093 0.000 0.104 0.008 0.004 0.880 0.004
#> GSM682034 1 0.0790 0.7299 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0937 0.7289 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.5561 0.4994 0.124 0.000 0.692 0.112 0.028 0.044
#> GSM682037 1 0.0865 0.7287 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.1332 0.7359 0.000 0.012 0.028 0.008 0.952 0.000
#> GSM682039 3 0.7595 0.3019 0.144 0.000 0.480 0.140 0.192 0.044
#> GSM682040 5 0.1616 0.7379 0.000 0.012 0.020 0.028 0.940 0.000
#> GSM682041 1 0.4308 -0.0511 0.532 0.000 0.008 0.452 0.008 0.000
#> GSM682042 5 0.3716 0.7335 0.000 0.004 0.076 0.128 0.792 0.000
#> GSM682043 1 0.2149 0.6825 0.888 0.000 0.004 0.104 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0777 0.7315 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.7015 0.1966 0.444 0.000 0.344 0.128 0.040 0.044
#> GSM682046 1 0.1265 0.7281 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.3652 0.6997 0.124 0.000 0.064 0.804 0.004 0.004
#> GSM682048 1 0.7099 0.4175 0.516 0.000 0.228 0.152 0.056 0.048
#> GSM682049 1 0.4015 0.1341 0.596 0.000 0.000 0.396 0.004 0.004
#> GSM682050 1 0.1265 0.7281 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.3806 0.6582 0.256 0.000 0.008 0.724 0.008 0.004
#> GSM682052 5 0.4087 0.7221 0.000 0.004 0.100 0.136 0.760 0.000
#> GSM682053 4 0.7324 0.0405 0.044 0.000 0.224 0.448 0.240 0.044
#> GSM682054 1 0.1333 0.7283 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.3402 0.7017 0.852 0.000 0.040 0.052 0.012 0.044
#> GSM682124 1 0.2842 0.7148 0.880 0.000 0.048 0.028 0.004 0.040
#> GSM682125 1 0.6282 0.5598 0.636 0.000 0.108 0.148 0.060 0.048
#> GSM682126 1 0.1461 0.7306 0.940 0.000 0.016 0.044 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.3436 0.7026 0.844 0.000 0.048 0.064 0.004 0.040
#> GSM682128 4 0.5321 0.6699 0.140 0.000 0.076 0.688 0.000 0.096
#> GSM682129 2 0.0436 0.9554 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM682130 2 0.0000 0.9552 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.4105 0.4457 0.000 0.332 0.000 0.016 0.648 0.004
#> GSM682132 6 0.4525 0.6894 0.128 0.000 0.044 0.076 0.000 0.752
#> GSM682133 1 0.2703 0.6847 0.860 0.000 0.016 0.116 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.2926 0.7112 0.876 0.000 0.040 0.040 0.004 0.040
#> GSM682135 1 0.6671 0.0819 0.428 0.000 0.400 0.100 0.024 0.048
#> GSM682136 1 0.1461 0.7306 0.940 0.000 0.016 0.044 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.4504 0.6825 0.212 0.000 0.040 0.716 0.000 0.032
#> GSM682138 4 0.3822 0.5961 0.300 0.000 0.004 0.688 0.004 0.004
#> GSM682139 1 0.4551 0.6632 0.784 0.004 0.068 0.076 0.020 0.048
#> GSM682140 4 0.3665 0.5905 0.296 0.000 0.004 0.696 0.000 0.004
#> GSM682141 1 0.1152 0.7271 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.3123 0.7170 0.864 0.000 0.048 0.048 0.004 0.036
#> GSM682143 5 0.2306 0.7138 0.000 0.096 0.008 0.004 0.888 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:kmeans 157 2.25e-03 3.51e-01 2
#> CV:kmeans 125 9.94e-13 4.64e-07 3
#> CV:kmeans 141 1.44e-09 2.89e-04 4
#> CV:kmeans 88 2.18e-06 1.19e-03 5
#> CV:kmeans 119 4.29e-14 1.26e-08 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.914 0.956 0.979 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 0.727 0.746 0.880 0.3176 0.742 0.530
#> 4 4 0.679 0.732 0.856 0.1290 0.827 0.551
#> 5 5 0.873 0.845 0.920 0.0741 0.837 0.471
#> 6 6 0.776 0.694 0.843 0.0368 0.944 0.734
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682006 2 0.5059 0.881 0.112 0.888
#> GSM682007 2 0.6247 0.834 0.156 0.844
#> GSM682008 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682009 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682097 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.7528 0.718 0.784 0.216
#> GSM682100 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682104 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682108 2 0.6801 0.783 0.180 0.820
#> GSM682109 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682111 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682112 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.1843 0.954 0.028 0.972
#> GSM682030 2 0.7602 0.746 0.220 0.780
#> GSM682031 2 0.6887 0.798 0.184 0.816
#> GSM682032 2 0.6887 0.798 0.184 0.816
#> GSM682033 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681993 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM681996 2 0.4298 0.904 0.088 0.912
#> GSM681997 2 0.5519 0.865 0.128 0.872
#> GSM681998 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> GSM681999 2 0.5519 0.865 0.128 0.872
#> GSM682000 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.4022 0.905 0.920 0.080
#> GSM682055 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.6531 0.819 0.168 0.832
#> GSM682059 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682061 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.9460 0.455 0.636 0.364
#> GSM682065 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.7815 0.715 0.768 0.232
#> GSM682068 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.7815 0.715 0.768 0.232
#> GSM682070 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682072 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682073 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682081 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.3274 0.929 0.940 0.060
#> GSM682092 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682093 2 0.6531 0.800 0.168 0.832
#> GSM682094 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681985 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681986 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681987 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681989 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM681990 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM681991 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM682037 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.5178 0.870 0.884 0.116
#> GSM682040 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682042 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> GSM682046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> GSM682049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682053 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> GSM682054 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.5408 0.860 0.876 0.124
#> GSM682126 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.3584 0.921 0.932 0.068
#> GSM682136 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> GSM682140 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0592 0.924 0.988 0.012 0.000
#> GSM682003 3 0.6154 -0.576 0.000 0.408 0.592
#> GSM682004 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682005 3 0.6126 0.721 0.000 0.400 0.600
#> GSM682006 3 0.6126 0.721 0.000 0.400 0.600
#> GSM682007 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682008 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682009 3 0.5138 0.686 0.000 0.252 0.748
#> GSM682010 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682011 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682096 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682097 3 0.5058 -0.112 0.000 0.244 0.756
#> GSM682098 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682099 2 0.0237 0.430 0.004 0.996 0.000
#> GSM682100 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682101 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682102 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.3482 0.803 0.872 0.000 0.128
#> GSM682104 3 0.0592 0.561 0.000 0.012 0.988
#> GSM682105 1 0.2448 0.878 0.924 0.076 0.000
#> GSM682106 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682107 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682108 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682109 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682110 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682111 3 0.0592 0.561 0.000 0.012 0.988
#> GSM682112 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.6935 0.414 0.372 0.024 0.604
#> GSM682115 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682118 3 0.6330 0.721 0.004 0.396 0.600
#> GSM682119 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682120 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682121 1 0.1289 0.912 0.968 0.032 0.000
#> GSM682122 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682012 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682013 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682014 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682015 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682016 3 0.6154 -0.575 0.000 0.408 0.592
#> GSM682017 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682018 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682019 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682020 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682021 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682022 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682023 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682024 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682026 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682027 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.429 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM681992 3 0.5216 0.689 0.000 0.260 0.740
#> GSM681993 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM681995 3 0.6330 0.721 0.004 0.396 0.600
#> GSM681996 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM681997 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM681998 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM681999 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682000 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682001 3 0.6498 0.718 0.008 0.396 0.596
#> GSM682055 2 0.6154 0.873 0.000 0.592 0.408
#> GSM682056 2 0.6126 0.883 0.000 0.600 0.400
#> GSM682057 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682058 2 0.7319 0.598 0.164 0.708 0.128
#> GSM682059 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682060 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682061 3 0.0237 0.545 0.000 0.004 0.996
#> GSM682062 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682063 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682064 2 0.7569 0.723 0.088 0.664 0.248
#> GSM682065 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682067 1 0.5327 0.602 0.728 0.000 0.272
#> GSM682068 1 0.5905 0.564 0.648 0.352 0.000
#> GSM682069 1 0.5733 0.503 0.676 0.000 0.324
#> GSM682070 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682071 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.5678 0.709 0.000 0.316 0.684
#> GSM682073 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM682074 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682075 1 0.2448 0.878 0.924 0.076 0.000
#> GSM682076 1 0.1129 0.918 0.976 0.020 0.004
#> GSM682077 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> GSM682079 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.6062 0.722 0.000 0.384 0.616
#> GSM682082 3 0.7981 0.450 0.340 0.076 0.584
#> GSM682083 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.8474 0.593 0.252 0.144 0.604
#> GSM682085 3 0.8543 0.652 0.160 0.236 0.604
#> GSM682086 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682087 1 0.1453 0.914 0.968 0.024 0.008
#> GSM682088 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> GSM682090 1 0.0237 0.928 0.996 0.000 0.004
#> GSM682091 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> GSM682092 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682093 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682094 1 0.6111 0.496 0.604 0.396 0.000
#> GSM682095 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM681982 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 3 0.0592 0.554 0.000 0.012 0.988
#> GSM681987 3 0.5678 -0.344 0.000 0.316 0.684
#> GSM681988 3 0.5058 0.689 0.000 0.244 0.756
#> GSM681989 3 0.5706 0.706 0.000 0.320 0.680
#> GSM681990 3 0.6111 0.722 0.000 0.396 0.604
#> GSM681991 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682034 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.8397 0.418 0.588 0.296 0.116
#> GSM682037 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.0424 0.541 0.000 0.008 0.992
#> GSM682039 3 0.5431 0.531 0.284 0.000 0.716
#> GSM682040 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> GSM682042 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> GSM682048 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> GSM682052 3 0.0000 0.551 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 3 0.6154 0.353 0.408 0.000 0.592
#> GSM682054 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0237 0.928 0.996 0.000 0.004
#> GSM682126 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.2448 0.878 0.924 0.076 0.000
#> GSM682129 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682130 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682131 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
#> GSM682132 1 0.3192 0.848 0.888 0.112 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.1015 0.919 0.980 0.008 0.012
#> GSM682136 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0237 0.929 0.996 0.004 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.6111 0.887 0.000 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.4608 0.77483 0.800 0.000 0.096 0.104
#> GSM682003 2 0.4605 0.48416 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM682004 2 0.2408 0.82642 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682005 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682006 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682007 4 0.4985 -0.06163 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM682008 4 0.4072 0.54577 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM682009 3 0.7201 0.31536 0.000 0.356 0.496 0.148
#> GSM682010 3 0.4431 0.58379 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM682011 4 0.0188 0.82485 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682096 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682097 3 0.4564 0.55286 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682099 4 0.3550 0.77029 0.000 0.044 0.096 0.860
#> GSM682100 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0592 0.89261 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.5163 0.33127 0.516 0.000 0.480 0.004
#> GSM682104 3 0.2408 0.77168 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM682105 4 0.6050 0.57166 0.232 0.000 0.100 0.668
#> GSM682106 4 0.3726 0.60598 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM682107 4 0.0188 0.82485 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682108 3 0.4431 0.58384 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM682109 3 0.3649 0.68900 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM682110 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682111 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682112 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.2676 0.66519 0.092 0.000 0.896 0.012
#> GSM682115 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682116 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682117 4 0.0817 0.82039 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682118 4 0.4500 0.40840 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM682119 3 0.4741 0.54827 0.004 0.000 0.668 0.328
#> GSM682120 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682121 4 0.6516 0.42477 0.308 0.000 0.100 0.592
#> GSM682122 3 0.2469 0.70212 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM682012 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.3764 0.67173 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1302 0.86421 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.3873 0.65782 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM682028 4 0.2011 0.79018 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM682029 4 0.1118 0.81670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM682030 4 0.1022 0.81833 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM682031 4 0.1118 0.81670 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM682032 4 0.1022 0.81833 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM682033 2 0.2149 0.83990 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM681992 3 0.7449 0.32396 0.000 0.332 0.480 0.188
#> GSM681993 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM681994 4 0.0000 0.82459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681995 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681996 4 0.2011 0.77148 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM681997 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681998 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681999 4 0.0188 0.82445 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682000 4 0.0188 0.82485 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682001 4 0.0188 0.82485 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682055 2 0.4164 0.59240 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM682056 3 0.5161 0.16894 0.000 0.476 0.520 0.004
#> GSM682057 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.5938 0.68230 0.020 0.136 0.112 0.732
#> GSM682059 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.2149 0.83885 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM682061 3 0.3172 0.73946 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 2 0.6785 0.15006 0.420 0.484 0.096 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3833 0.81624 0.848 0.000 0.080 0.072
#> GSM682067 1 0.5440 0.64654 0.736 0.160 0.104 0.000
#> GSM682068 4 0.1022 0.81928 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM682069 1 0.5803 0.59189 0.700 0.196 0.104 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682071 3 0.2408 0.77168 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM682072 3 0.2654 0.74397 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM682073 3 0.3610 0.69162 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM682074 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682075 4 0.5900 0.59417 0.220 0.000 0.096 0.684
#> GSM682076 1 0.7883 -0.00534 0.384 0.000 0.300 0.316
#> GSM682077 1 0.2266 0.85875 0.912 0.000 0.084 0.004
#> GSM682078 1 0.4964 0.54668 0.616 0.000 0.380 0.004
#> GSM682079 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682080 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682081 3 0.3668 0.70180 0.000 0.004 0.808 0.188
#> GSM682082 3 0.7737 -0.20889 0.232 0.000 0.408 0.360
#> GSM682083 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682084 3 0.2345 0.70655 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM682085 3 0.2469 0.70212 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM682086 4 0.0817 0.82039 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682087 4 0.7900 0.14424 0.332 0.000 0.300 0.368
#> GSM682088 1 0.2999 0.83911 0.864 0.000 0.132 0.004
#> GSM682089 1 0.4936 0.56058 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM682090 1 0.4741 0.63024 0.668 0.000 0.328 0.004
#> GSM682091 1 0.4022 0.76431 0.836 0.068 0.096 0.000
#> GSM682092 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682093 3 0.2281 0.77290 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM682094 4 0.0817 0.82039 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682095 2 0.2149 0.84194 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM681982 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.4679 0.43261 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM681985 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM681986 3 0.5203 0.27411 0.000 0.416 0.576 0.008
#> GSM681987 2 0.4989 0.06415 0.000 0.528 0.472 0.000
#> GSM681988 3 0.2844 0.77222 0.000 0.052 0.900 0.048
#> GSM681989 3 0.7468 0.36809 0.000 0.304 0.492 0.204
#> GSM681990 3 0.4776 0.46480 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM681991 2 0.3172 0.77590 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.5936 0.40284 0.620 0.000 0.324 0.056
#> GSM682037 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.4898 0.28058 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM682039 3 0.2973 0.71070 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM682040 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682041 1 0.1743 0.86356 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM682042 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1940 0.83317 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.4761 0.62454 0.664 0.000 0.332 0.004
#> GSM682048 1 0.2011 0.83032 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM682049 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682050 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.4905 0.57420 0.632 0.000 0.364 0.004
#> GSM682052 3 0.2345 0.77305 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM682053 3 0.2714 0.72659 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM682054 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.2888 0.79596 0.872 0.000 0.124 0.004
#> GSM682126 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.6080 0.56497 0.236 0.000 0.100 0.664
#> GSM682129 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.90661 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0188 0.90428 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682132 4 0.4764 0.70495 0.124 0.000 0.088 0.788
#> GSM682133 1 0.2081 0.85960 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.3966 0.76951 0.840 0.072 0.088 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.6634 0.35825 0.336 0.000 0.100 0.564
#> GSM682138 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682139 1 0.1302 0.85533 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.2530 0.85415 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM682141 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.87733 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.3649 0.72179 0.000 0.796 0.204 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 3 0.4276 0.6232 0.032 0.000 0.724 0.244 0.000
#> GSM682003 5 0.1478 0.8838 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM682004 2 0.3177 0.7354 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM682005 3 0.1908 0.8406 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM682006 3 0.0162 0.8866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682007 3 0.4548 0.6274 0.000 0.000 0.716 0.052 0.232
#> GSM682008 3 0.1571 0.8591 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM682009 5 0.1685 0.8983 0.016 0.016 0.016 0.004 0.948
#> GSM682010 4 0.7070 0.1166 0.016 0.000 0.332 0.416 0.236
#> GSM682011 3 0.0324 0.8862 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM682096 2 0.0324 0.9741 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM682097 5 0.3835 0.6788 0.000 0.260 0.000 0.008 0.732
#> GSM682098 2 0.0162 0.9765 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682099 3 0.3688 0.7573 0.004 0.036 0.812 0.148 0.000
#> GSM682100 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682101 2 0.0162 0.9760 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682103 4 0.0451 0.8847 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM682104 5 0.0162 0.9100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682105 4 0.4403 0.2489 0.004 0.000 0.436 0.560 0.000
#> GSM682106 4 0.4300 0.1474 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM682107 3 0.0324 0.8862 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM682108 5 0.3538 0.7507 0.016 0.000 0.176 0.004 0.804
#> GSM682109 5 0.1638 0.8761 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932
#> GSM682110 3 0.0162 0.8866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682111 5 0.0162 0.9100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682112 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0963 0.9368 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682114 4 0.1502 0.8576 0.004 0.000 0.000 0.940 0.056
#> GSM682115 4 0.0609 0.8825 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM682116 4 0.0510 0.8842 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM682117 3 0.3491 0.6940 0.228 0.000 0.768 0.004 0.000
#> GSM682118 4 0.4323 0.4845 0.012 0.000 0.332 0.656 0.000
#> GSM682119 1 0.6728 0.1736 0.464 0.000 0.268 0.004 0.264
#> GSM682120 4 0.0404 0.8854 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682121 4 0.0451 0.8842 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> GSM682122 4 0.2193 0.8379 0.000 0.000 0.028 0.912 0.060
#> GSM682012 2 0.0609 0.9656 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682013 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682014 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682015 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682016 5 0.3816 0.6265 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM682017 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682018 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682021 2 0.0162 0.9760 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.2921 0.7909 0.004 0.148 0.844 0.004 0.000
#> GSM682028 3 0.1662 0.8657 0.004 0.056 0.936 0.004 0.000
#> GSM682029 3 0.1116 0.8802 0.004 0.028 0.964 0.004 0.000
#> GSM682030 3 0.1116 0.8802 0.004 0.028 0.964 0.004 0.000
#> GSM682031 3 0.1116 0.8802 0.004 0.028 0.964 0.004 0.000
#> GSM682032 3 0.1116 0.8802 0.004 0.028 0.964 0.004 0.000
#> GSM682033 5 0.2773 0.8035 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM681992 5 0.1947 0.8856 0.016 0.004 0.044 0.004 0.932
#> GSM681993 5 0.0162 0.9100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681994 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681995 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.0566 0.8837 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM681997 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681998 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681999 3 0.0324 0.8862 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM682000 3 0.0000 0.8866 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682001 3 0.0671 0.8833 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM682055 5 0.3876 0.6015 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM682056 4 0.4129 0.6663 0.000 0.204 0.000 0.756 0.040
#> GSM682057 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682058 4 0.5434 0.4387 0.004 0.068 0.324 0.604 0.000
#> GSM682059 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682060 5 0.4242 0.3661 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM682061 5 0.0510 0.9084 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682062 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682063 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0451 0.9172 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM682065 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682066 1 0.3639 0.7786 0.792 0.000 0.024 0.184 0.000
#> GSM682067 1 0.0579 0.9201 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM682068 3 0.0798 0.8813 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM682069 1 0.0579 0.9201 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM682070 1 0.0290 0.9235 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682071 5 0.0324 0.9102 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682072 5 0.0451 0.9085 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM682073 5 0.0451 0.9085 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM682074 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682075 3 0.3300 0.6992 0.004 0.000 0.792 0.204 0.000
#> GSM682076 4 0.0324 0.8849 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM682077 1 0.4227 0.3653 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> GSM682078 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682079 4 0.0404 0.8854 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682080 5 0.0162 0.9100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682081 5 0.0451 0.9085 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM682082 4 0.0727 0.8798 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> GSM682083 4 0.0609 0.8825 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM682084 4 0.2012 0.8443 0.000 0.000 0.020 0.920 0.060
#> GSM682085 4 0.2054 0.8445 0.000 0.000 0.028 0.920 0.052
#> GSM682086 3 0.3430 0.7048 0.220 0.000 0.776 0.004 0.000
#> GSM682087 4 0.0324 0.8849 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM682088 4 0.0404 0.8854 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682089 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682090 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682091 1 0.0486 0.9189 0.988 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM682092 4 0.0609 0.8824 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM682093 5 0.0880 0.9004 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM682094 3 0.3398 0.7104 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> GSM682095 2 0.3074 0.7566 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM681982 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM681984 5 0.0162 0.9099 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM681985 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 5 0.0727 0.9067 0.012 0.004 0.000 0.004 0.980
#> GSM681987 5 0.0703 0.9057 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM681988 5 0.0324 0.9096 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM681989 5 0.1573 0.8937 0.008 0.004 0.036 0.004 0.948
#> GSM681990 3 0.4888 0.0287 0.016 0.000 0.508 0.004 0.472
#> GSM681991 5 0.2020 0.8590 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM682034 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682035 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682036 1 0.1153 0.9042 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> GSM682037 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682038 5 0.0290 0.9098 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682039 5 0.4310 0.4249 0.392 0.000 0.000 0.004 0.604
#> GSM682040 5 0.0162 0.9104 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682041 4 0.2852 0.7303 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM682042 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.1671 0.9261 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM682044 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682045 1 0.0451 0.9194 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM682046 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682047 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682048 1 0.0693 0.9279 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM682049 4 0.0609 0.8825 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM682050 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682051 4 0.0290 0.8858 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682052 5 0.0000 0.9101 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 5 0.5848 0.5204 0.192 0.000 0.000 0.200 0.608
#> GSM682054 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682123 1 0.0609 0.9318 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682124 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682125 1 0.0798 0.9294 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM682126 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682127 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682128 4 0.4196 0.4516 0.004 0.000 0.356 0.640 0.000
#> GSM682129 2 0.0162 0.9782 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682130 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0794 0.9583 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682132 3 0.3013 0.7538 0.008 0.000 0.832 0.160 0.000
#> GSM682133 1 0.3424 0.7300 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM682134 1 0.0703 0.9332 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682135 1 0.0324 0.9189 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM682136 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682137 4 0.2286 0.8117 0.004 0.000 0.108 0.888 0.000
#> GSM682138 4 0.0404 0.8854 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682139 1 0.0609 0.9318 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682140 4 0.0404 0.8854 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682141 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682142 1 0.1341 0.9397 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM682143 5 0.2127 0.8525 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.6436 0.0913 0.216 0.000 0.024 0.412 0.000 0.348
#> GSM682003 5 0.1007 0.7914 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM682004 2 0.3076 0.6766 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM682005 6 0.5099 -0.1343 0.000 0.000 0.424 0.000 0.080 0.496
#> GSM682006 3 0.3563 0.4562 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM682007 3 0.4788 0.5599 0.000 0.000 0.728 0.048 0.080 0.144
#> GSM682008 3 0.3876 0.5109 0.000 0.000 0.700 0.000 0.024 0.276
#> GSM682009 3 0.3782 0.3190 0.000 0.000 0.636 0.000 0.360 0.004
#> GSM682010 3 0.2066 0.5929 0.012 0.000 0.920 0.024 0.004 0.040
#> GSM682011 6 0.3727 0.2781 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM682096 2 0.1141 0.9183 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM682097 5 0.3909 0.6987 0.000 0.168 0.040 0.004 0.776 0.012
#> GSM682098 2 0.0547 0.9424 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682099 6 0.1528 0.6666 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000 0.936
#> GSM682100 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682101 2 0.0790 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM682102 1 0.1820 0.8805 0.924 0.000 0.012 0.056 0.000 0.008
#> GSM682103 4 0.0508 0.8502 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM682104 5 0.3844 0.5615 0.000 0.000 0.312 0.004 0.676 0.008
#> GSM682105 4 0.3923 0.2733 0.000 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> GSM682106 3 0.4361 0.4603 0.000 0.000 0.700 0.236 0.004 0.060
#> GSM682107 6 0.3857 0.0755 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM682108 3 0.2122 0.5938 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024
#> GSM682109 3 0.3923 0.0503 0.000 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> GSM682110 3 0.2527 0.5830 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM682111 5 0.3531 0.5479 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM682112 5 0.0458 0.7926 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM682113 1 0.3293 0.8453 0.824 0.000 0.128 0.040 0.000 0.008
#> GSM682114 4 0.4041 0.6899 0.000 0.000 0.136 0.764 0.096 0.004
#> GSM682115 4 0.2404 0.7908 0.112 0.000 0.016 0.872 0.000 0.000
#> GSM682116 4 0.2214 0.8021 0.096 0.000 0.016 0.888 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.4575 0.2724 0.048 0.000 0.600 0.000 0.000 0.352
#> GSM682118 3 0.3307 0.5509 0.000 0.000 0.808 0.148 0.000 0.044
#> GSM682119 3 0.1714 0.5785 0.024 0.000 0.936 0.000 0.016 0.024
#> GSM682120 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0146 0.8558 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682122 4 0.4754 0.5609 0.000 0.000 0.236 0.668 0.092 0.004
#> GSM682012 2 0.2260 0.8246 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM682013 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682014 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682016 5 0.3314 0.6391 0.000 0.256 0.004 0.000 0.740 0.000
#> GSM682017 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682020 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.0790 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM682022 2 0.0000 0.9526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.1398 0.8810 0.940 0.000 0.008 0.052 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682026 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682027 6 0.1204 0.6644 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM682028 6 0.0717 0.6925 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> GSM682029 6 0.0725 0.6937 0.000 0.012 0.012 0.000 0.000 0.976
#> GSM682030 6 0.0622 0.6947 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM682031 6 0.0622 0.6947 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM682032 6 0.0622 0.6947 0.000 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> GSM682033 5 0.2178 0.7502 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM681992 3 0.3923 0.3386 0.000 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> GSM681993 5 0.2048 0.7555 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM681994 6 0.3717 0.2524 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM681995 6 0.3672 0.2971 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM681996 3 0.3729 0.4954 0.000 0.000 0.692 0.000 0.012 0.296
#> GSM681997 3 0.3756 0.3594 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM681998 3 0.3659 0.4152 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM681999 3 0.3620 0.3968 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM682000 6 0.3151 0.4920 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM682001 3 0.3857 0.0463 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM682055 5 0.3161 0.6811 0.000 0.216 0.008 0.000 0.776 0.000
#> GSM682056 4 0.5512 0.5793 0.000 0.180 0.044 0.660 0.112 0.004
#> GSM682057 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682058 6 0.4584 0.0666 0.000 0.040 0.000 0.404 0.000 0.556
#> GSM682059 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682060 5 0.3797 0.3104 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM682061 5 0.0935 0.7938 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> GSM682062 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3013 0.8081 0.828 0.004 0.152 0.000 0.004 0.012
#> GSM682065 1 0.1606 0.8810 0.932 0.000 0.008 0.056 0.000 0.004
#> GSM682066 1 0.5050 0.7233 0.712 0.000 0.060 0.124 0.000 0.104
#> GSM682067 1 0.2261 0.8325 0.884 0.000 0.104 0.000 0.004 0.008
#> GSM682068 6 0.1453 0.6823 0.008 0.000 0.040 0.008 0.000 0.944
#> GSM682069 1 0.2261 0.8325 0.884 0.000 0.104 0.000 0.004 0.008
#> GSM682070 1 0.3078 0.7846 0.796 0.000 0.192 0.000 0.000 0.012
#> GSM682071 5 0.1753 0.7737 0.000 0.004 0.084 0.000 0.912 0.000
#> GSM682072 5 0.3756 0.4270 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM682073 5 0.3765 0.4149 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM682074 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682075 6 0.3594 0.5447 0.020 0.000 0.008 0.204 0.000 0.768
#> GSM682076 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3861 0.5032 0.640 0.000 0.008 0.352 0.000 0.000
#> GSM682078 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.1863 0.7645 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM682081 5 0.3756 0.4225 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM682082 4 0.0291 0.8528 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM682083 4 0.2311 0.7970 0.104 0.000 0.016 0.880 0.000 0.000
#> GSM682084 4 0.4584 0.6111 0.000 0.000 0.196 0.700 0.100 0.004
#> GSM682085 4 0.4304 0.6395 0.000 0.000 0.196 0.724 0.076 0.004
#> GSM682086 3 0.5261 -0.0248 0.096 0.000 0.460 0.000 0.000 0.444
#> GSM682087 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0146 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682090 4 0.0146 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682091 1 0.3281 0.7754 0.784 0.000 0.200 0.000 0.004 0.012
#> GSM682092 4 0.0806 0.8487 0.020 0.000 0.008 0.972 0.000 0.000
#> GSM682093 5 0.3409 0.7189 0.044 0.000 0.144 0.000 0.808 0.004
#> GSM682094 3 0.5064 0.0263 0.076 0.000 0.492 0.000 0.000 0.432
#> GSM682095 2 0.3351 0.6032 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM681982 5 0.0146 0.7939 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM681983 1 0.2002 0.8796 0.916 0.000 0.020 0.056 0.000 0.008
#> GSM681984 5 0.0363 0.7932 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM681985 5 0.0260 0.7937 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM681986 5 0.2562 0.6820 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM681987 5 0.0935 0.7927 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> GSM681988 5 0.3547 0.5243 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM681989 3 0.4039 0.1745 0.000 0.000 0.568 0.000 0.424 0.008
#> GSM681990 3 0.2537 0.6014 0.000 0.000 0.872 0.000 0.032 0.096
#> GSM681991 5 0.1958 0.7632 0.000 0.100 0.004 0.000 0.896 0.000
#> GSM682034 1 0.1563 0.8806 0.932 0.000 0.012 0.056 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1779 0.8777 0.920 0.000 0.016 0.064 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.3836 0.7114 0.724 0.000 0.252 0.000 0.012 0.012
#> GSM682037 1 0.1657 0.8799 0.928 0.000 0.016 0.056 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.0603 0.7942 0.000 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM682039 5 0.5739 0.3947 0.232 0.000 0.204 0.000 0.556 0.008
#> GSM682040 5 0.0146 0.7946 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682041 4 0.3046 0.7219 0.188 0.000 0.012 0.800 0.000 0.000
#> GSM682042 5 0.0000 0.7939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.3543 0.7352 0.764 0.000 0.020 0.212 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.1594 0.8814 0.932 0.000 0.016 0.052 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3533 0.7663 0.776 0.000 0.196 0.000 0.020 0.008
#> GSM682046 1 0.2002 0.8796 0.916 0.000 0.020 0.056 0.000 0.008
#> GSM682047 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682048 1 0.3951 0.7645 0.780 0.000 0.100 0.000 0.112 0.008
#> GSM682049 4 0.2312 0.7943 0.112 0.000 0.012 0.876 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.2002 0.8796 0.916 0.000 0.020 0.056 0.000 0.008
#> GSM682051 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.0000 0.7939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682053 5 0.5119 0.6029 0.144 0.000 0.104 0.036 0.708 0.008
#> GSM682054 1 0.2002 0.8796 0.916 0.000 0.020 0.056 0.000 0.008
#> GSM682123 1 0.1398 0.8552 0.940 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008
#> GSM682124 1 0.1398 0.8810 0.940 0.000 0.008 0.052 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.4984 0.4370 0.600 0.000 0.068 0.000 0.324 0.008
#> GSM682126 1 0.1719 0.8805 0.928 0.000 0.008 0.056 0.000 0.008
#> GSM682127 1 0.1555 0.8814 0.932 0.000 0.004 0.060 0.000 0.004
#> GSM682128 4 0.3950 0.2511 0.000 0.000 0.004 0.564 0.000 0.432
#> GSM682129 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682130 2 0.0146 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.2883 0.7232 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM682132 6 0.2600 0.6334 0.036 0.000 0.004 0.084 0.000 0.876
#> GSM682133 1 0.3651 0.7126 0.752 0.000 0.016 0.224 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.1251 0.8667 0.956 0.000 0.024 0.012 0.000 0.008
#> GSM682135 1 0.2313 0.8349 0.884 0.000 0.100 0.000 0.004 0.012
#> GSM682136 1 0.1820 0.8805 0.924 0.000 0.012 0.056 0.000 0.008
#> GSM682137 4 0.3796 0.6799 0.032 0.000 0.012 0.768 0.000 0.188
#> GSM682138 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.1584 0.8502 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> GSM682140 4 0.0146 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.1889 0.8794 0.920 0.000 0.020 0.056 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.1757 0.8817 0.928 0.000 0.012 0.052 0.000 0.008
#> GSM682143 5 0.1814 0.7667 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:skmeans 161 1.78e-05 1.02e-02 2
#> CV:skmeans 141 9.31e-11 2.92e-09 3
#> CV:skmeans 142 4.72e-09 1.10e-04 4
#> CV:skmeans 151 4.78e-11 7.44e-08 5
#> CV:skmeans 132 7.36e-12 1.86e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.477 0.755 0.864 0.4685 0.502 0.502
#> 3 3 0.589 0.828 0.913 0.3595 0.567 0.330
#> 4 4 0.678 0.786 0.885 0.1583 0.799 0.505
#> 5 5 0.657 0.708 0.842 0.0299 0.883 0.615
#> 6 6 0.722 0.749 0.858 0.0589 0.932 0.726
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.8386 0.7412 0.268 0.732
#> GSM682006 1 0.1843 0.8955 0.972 0.028
#> GSM682007 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM682008 2 0.9993 0.3577 0.484 0.516
#> GSM682009 2 0.6438 0.7688 0.164 0.836
#> GSM682010 2 0.9460 0.6885 0.364 0.636
#> GSM682011 1 0.0938 0.9062 0.988 0.012
#> GSM682096 2 0.9710 0.1057 0.400 0.600
#> GSM682097 2 0.6148 0.7711 0.152 0.848
#> GSM682098 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0938 0.7615 0.012 0.988
#> GSM682101 2 0.8661 0.7366 0.288 0.712
#> GSM682102 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682104 2 0.9248 0.7069 0.340 0.660
#> GSM682105 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0938 0.9062 0.988 0.012
#> GSM682107 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM682108 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682109 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682110 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM682111 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682112 2 0.8081 0.7505 0.248 0.752
#> GSM682113 1 0.1633 0.8925 0.976 0.024
#> GSM682114 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682115 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0672 0.9085 0.992 0.008
#> GSM682118 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM682119 1 0.7453 0.6036 0.788 0.212
#> GSM682120 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682122 2 0.9491 0.6840 0.368 0.632
#> GSM682012 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.1184 0.7610 0.016 0.984
#> GSM682019 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0938 0.7615 0.012 0.988
#> GSM682021 2 0.3879 0.7261 0.076 0.924
#> GSM682022 2 0.1184 0.7610 0.016 0.984
#> GSM682023 2 0.1184 0.7610 0.016 0.984
#> GSM682024 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682027 1 0.9552 0.4304 0.624 0.376
#> GSM682028 1 0.9522 0.4362 0.628 0.372
#> GSM682029 1 0.9000 0.5263 0.684 0.316
#> GSM682030 1 0.6887 0.7078 0.816 0.184
#> GSM682031 1 0.7815 0.6434 0.768 0.232
#> GSM682032 1 0.7745 0.6582 0.772 0.228
#> GSM682033 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.5294 0.7744 0.120 0.880
#> GSM681993 2 0.7745 0.7563 0.228 0.772
#> GSM681994 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM681996 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM681997 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM681998 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM681999 1 0.2043 0.8922 0.968 0.032
#> GSM682000 1 0.0938 0.9062 0.988 0.012
#> GSM682001 1 0.1184 0.9040 0.984 0.016
#> GSM682055 2 0.4022 0.7751 0.080 0.920
#> GSM682056 2 0.8813 0.7312 0.300 0.700
#> GSM682057 2 0.1184 0.7610 0.016 0.984
#> GSM682058 1 0.2423 0.8781 0.960 0.040
#> GSM682059 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.4431 0.7757 0.092 0.908
#> GSM682061 2 0.3431 0.7734 0.064 0.936
#> GSM682062 2 0.0938 0.7615 0.012 0.988
#> GSM682063 2 0.0938 0.7615 0.012 0.988
#> GSM682064 2 0.7883 0.7544 0.236 0.764
#> GSM682065 2 0.9580 0.6786 0.380 0.620
#> GSM682066 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682067 2 0.9129 0.7146 0.328 0.672
#> GSM682068 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682069 2 0.9460 0.6944 0.364 0.636
#> GSM682070 1 0.9129 0.2416 0.672 0.328
#> GSM682071 2 0.4298 0.7755 0.088 0.912
#> GSM682072 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682073 2 0.9323 0.7017 0.348 0.652
#> GSM682074 1 0.9988 -0.3711 0.520 0.480
#> GSM682075 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682077 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682078 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.7815 0.7554 0.232 0.768
#> GSM682081 2 0.8443 0.7410 0.272 0.728
#> GSM682082 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682084 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682085 2 0.9491 0.6840 0.368 0.632
#> GSM682086 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682088 2 0.9635 0.6666 0.388 0.612
#> GSM682089 2 0.9635 0.6666 0.388 0.612
#> GSM682090 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682091 2 0.9522 0.6865 0.372 0.628
#> GSM682092 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682093 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682094 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.5178 0.7747 0.116 0.884
#> GSM681983 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.3879 0.7748 0.076 0.924
#> GSM681985 2 0.9358 0.6990 0.352 0.648
#> GSM681986 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM681987 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.4431 0.7757 0.092 0.908
#> GSM681989 2 0.4431 0.7757 0.092 0.908
#> GSM681990 1 0.9732 -0.0471 0.596 0.404
#> GSM681991 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.9866 -0.2050 0.568 0.432
#> GSM682035 1 1.0000 -0.4176 0.504 0.496
#> GSM682036 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682037 1 0.7528 0.5720 0.784 0.216
#> GSM682038 2 0.1414 0.7667 0.020 0.980
#> GSM682039 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682040 2 0.4431 0.7757 0.092 0.908
#> GSM682041 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682042 2 0.8713 0.7330 0.292 0.708
#> GSM682043 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1843 0.8887 0.972 0.028
#> GSM682046 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682047 2 0.9635 0.6666 0.388 0.612
#> GSM682048 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682049 2 0.9977 0.4923 0.472 0.528
#> GSM682050 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682051 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682052 2 0.9427 0.6923 0.360 0.640
#> GSM682053 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682054 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682123 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682124 1 0.0376 0.9099 0.996 0.004
#> GSM682125 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682126 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.1184 0.7610 0.016 0.984
#> GSM682131 2 0.0000 0.7617 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682134 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682135 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682136 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.9552 0.6837 0.376 0.624
#> GSM682140 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9124 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0376 0.7630 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682003 2 0.5363 0.645 0.000 0.724 0.276
#> GSM682004 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.0592 0.876 0.012 0.000 0.988
#> GSM682006 3 0.3192 0.820 0.112 0.000 0.888
#> GSM682007 3 0.3192 0.820 0.112 0.000 0.888
#> GSM682008 3 0.0892 0.873 0.020 0.000 0.980
#> GSM682009 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682010 3 0.0424 0.877 0.008 0.000 0.992
#> GSM682011 1 0.4452 0.713 0.808 0.000 0.192
#> GSM682096 2 0.5244 0.737 0.240 0.756 0.004
#> GSM682097 3 0.5397 0.549 0.280 0.000 0.720
#> GSM682098 2 0.6968 0.715 0.120 0.732 0.148
#> GSM682099 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682100 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 1 0.6026 0.677 0.732 0.244 0.024
#> GSM682102 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682104 3 0.2959 0.822 0.100 0.000 0.900
#> GSM682105 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682106 3 0.5254 0.690 0.264 0.000 0.736
#> GSM682107 3 0.5431 0.670 0.284 0.000 0.716
#> GSM682108 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.3752 0.803 0.144 0.000 0.856
#> GSM682111 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682114 1 0.6309 0.150 0.504 0.000 0.496
#> GSM682115 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682117 1 0.4399 0.727 0.812 0.000 0.188
#> GSM682118 3 0.3340 0.817 0.120 0.000 0.880
#> GSM682119 3 0.2356 0.857 0.072 0.000 0.928
#> GSM682120 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682121 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682122 3 0.0237 0.877 0.004 0.000 0.996
#> GSM682012 2 0.2537 0.844 0.000 0.920 0.080
#> GSM682013 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.5058 0.690 0.000 0.756 0.244
#> GSM682017 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 1 0.5058 0.686 0.756 0.244 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.4931 0.744 0.232 0.768 0.000
#> GSM682028 2 0.5058 0.735 0.244 0.756 0.000
#> GSM682029 2 0.5178 0.724 0.256 0.744 0.000
#> GSM682030 2 0.5291 0.711 0.268 0.732 0.000
#> GSM682031 2 0.5254 0.716 0.264 0.736 0.000
#> GSM682032 2 0.5254 0.716 0.264 0.736 0.000
#> GSM682033 2 0.5058 0.690 0.000 0.756 0.244
#> GSM681992 3 0.2448 0.836 0.076 0.000 0.924
#> GSM681993 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0892 0.908 0.980 0.000 0.020
#> GSM681995 3 0.5291 0.687 0.268 0.000 0.732
#> GSM681996 3 0.3192 0.820 0.112 0.000 0.888
#> GSM681997 3 0.3551 0.810 0.132 0.000 0.868
#> GSM681998 3 0.3551 0.810 0.132 0.000 0.868
#> GSM681999 3 0.5254 0.690 0.264 0.000 0.736
#> GSM682000 3 0.5327 0.683 0.272 0.000 0.728
#> GSM682001 3 0.6309 0.156 0.496 0.000 0.504
#> GSM682055 2 0.5948 0.495 0.000 0.640 0.360
#> GSM682056 1 0.3752 0.849 0.856 0.000 0.144
#> GSM682057 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682059 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4555 0.685 0.000 0.200 0.800
#> GSM682061 3 0.4504 0.691 0.000 0.196 0.804
#> GSM682062 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.6095 0.444 0.608 0.000 0.392
#> GSM682065 1 0.3192 0.868 0.888 0.000 0.112
#> GSM682066 1 0.0237 0.911 0.996 0.000 0.004
#> GSM682067 3 0.1411 0.866 0.036 0.000 0.964
#> GSM682068 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682069 1 0.5291 0.690 0.732 0.000 0.268
#> GSM682070 1 0.3340 0.868 0.880 0.000 0.120
#> GSM682071 3 0.3482 0.777 0.000 0.128 0.872
#> GSM682072 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.3551 0.860 0.868 0.000 0.132
#> GSM682075 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682076 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682077 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682078 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682079 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682080 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682083 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682085 3 0.0592 0.875 0.012 0.000 0.988
#> GSM682086 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682088 1 0.3412 0.865 0.876 0.000 0.124
#> GSM682089 1 0.3412 0.865 0.876 0.000 0.124
#> GSM682090 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682091 1 0.3482 0.863 0.872 0.000 0.128
#> GSM682092 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682093 1 0.5465 0.672 0.712 0.000 0.288
#> GSM682094 1 0.1964 0.882 0.944 0.000 0.056
#> GSM682095 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 3 0.0592 0.872 0.000 0.012 0.988
#> GSM681987 3 0.4555 0.694 0.000 0.200 0.800
#> GSM681988 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681990 3 0.0592 0.876 0.012 0.000 0.988
#> GSM681991 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.3038 0.872 0.896 0.000 0.104
#> GSM682035 1 0.3192 0.868 0.888 0.000 0.112
#> GSM682036 3 0.3116 0.815 0.108 0.000 0.892
#> GSM682037 1 0.2711 0.880 0.912 0.000 0.088
#> GSM682038 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.4062 0.838 0.836 0.000 0.164
#> GSM682040 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.5327 0.691 0.728 0.000 0.272
#> GSM682042 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682046 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.5859 0.424 0.344 0.000 0.656
#> GSM682048 1 0.3482 0.863 0.872 0.000 0.128
#> GSM682049 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682050 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.5926 0.547 0.644 0.000 0.356
#> GSM682052 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 1 0.5291 0.697 0.732 0.000 0.268
#> GSM682054 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682124 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682126 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM682129 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.2625 0.841 0.000 0.916 0.084
#> GSM682132 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682135 1 0.3340 0.865 0.880 0.000 0.120
#> GSM682136 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682138 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM682139 1 0.3267 0.867 0.884 0.000 0.116
#> GSM682140 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 3 0.6062 0.292 0.000 0.384 0.616
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.2281 0.8270 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM682003 2 0.3074 0.7668 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM682004 2 0.5566 0.6338 0.072 0.704 0.224 0.000
#> GSM682005 3 0.0188 0.8928 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682006 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682007 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682009 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682010 3 0.0779 0.8870 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM682011 4 0.3612 0.8192 0.100 0.000 0.044 0.856
#> GSM682096 2 0.4925 0.2198 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM682097 3 0.1867 0.8604 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM682098 2 0.3219 0.7791 0.000 0.868 0.020 0.112
#> GSM682099 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 1 0.5228 0.8350 0.756 0.120 0.000 0.124
#> GSM682102 4 0.0817 0.8551 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682103 4 0.0592 0.8523 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682104 3 0.4730 0.3533 0.000 0.000 0.636 0.364
#> GSM682105 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682106 4 0.4454 0.6131 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM682107 4 0.5172 0.6712 0.036 0.000 0.260 0.704
#> GSM682108 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682109 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682110 3 0.0817 0.8834 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM682111 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682112 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682113 4 0.2081 0.8200 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM682114 3 0.3801 0.7137 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM682115 1 0.2469 0.8612 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM682116 4 0.2408 0.8256 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM682117 4 0.4175 0.7487 0.016 0.000 0.200 0.784
#> GSM682118 3 0.3790 0.7574 0.016 0.000 0.820 0.164
#> GSM682119 3 0.2662 0.8366 0.016 0.000 0.900 0.084
#> GSM682120 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682121 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682122 3 0.0817 0.8853 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM682012 2 0.0188 0.8714 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2530 0.8043 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.4522 0.5069 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.2469 0.9099 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM682025 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.4888 0.2612 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM682028 2 0.5895 0.1835 0.028 0.544 0.004 0.424
#> GSM682029 4 0.5833 0.2970 0.028 0.396 0.004 0.572
#> GSM682030 4 0.5199 0.6325 0.036 0.240 0.004 0.720
#> GSM682031 4 0.5112 0.6161 0.028 0.252 0.004 0.716
#> GSM682032 4 0.5112 0.6165 0.028 0.252 0.004 0.716
#> GSM682033 2 0.4925 0.2793 0.000 0.572 0.428 0.000
#> GSM681992 3 0.2222 0.8508 0.016 0.000 0.924 0.060
#> GSM681993 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681994 4 0.1389 0.8487 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM681995 4 0.4661 0.5463 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM681996 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681997 3 0.0188 0.8928 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681998 3 0.0188 0.8928 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681999 3 0.4985 -0.0562 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM682000 4 0.3873 0.7195 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM682001 4 0.5130 0.5645 0.016 0.000 0.332 0.652
#> GSM682055 2 0.3402 0.7482 0.000 0.832 0.164 0.004
#> GSM682056 4 0.3693 0.8047 0.000 0.072 0.072 0.856
#> GSM682057 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.3791 0.6971 0.000 0.200 0.796 0.004
#> GSM682061 3 0.3528 0.7084 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.4406 0.5420 0.300 0.700 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3219 0.8261 0.868 0.000 0.112 0.020
#> GSM682065 1 0.2530 0.9094 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM682066 1 0.4804 0.5493 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM682067 1 0.3266 0.8307 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM682068 4 0.3266 0.7624 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM682069 1 0.2814 0.9077 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM682070 1 0.3355 0.8969 0.836 0.000 0.004 0.160
#> GSM682071 3 0.2944 0.7889 0.000 0.128 0.868 0.004
#> GSM682072 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682073 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.4741 0.7425 0.668 0.000 0.004 0.328
#> GSM682075 4 0.0895 0.8558 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM682076 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682077 1 0.2814 0.9077 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM682078 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682079 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682080 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682081 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682082 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 4 0.2469 0.8242 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM682084 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682085 3 0.1118 0.8799 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM682086 4 0.0817 0.8551 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682087 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682088 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682089 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682091 4 0.3123 0.7533 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM682092 4 0.0188 0.8563 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682093 3 0.2216 0.8447 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM682094 4 0.1118 0.8538 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM682095 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681983 1 0.2868 0.8344 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM681984 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681985 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681986 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681987 3 0.3311 0.7362 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM681988 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681990 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.4382 0.5572 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM682034 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682035 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682036 3 0.5512 -0.0732 0.016 0.000 0.496 0.488
#> GSM682037 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682038 3 0.0000 0.8935 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682039 4 0.4136 0.7422 0.016 0.000 0.196 0.788
#> GSM682040 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682041 3 0.7568 0.1243 0.352 0.000 0.448 0.200
#> GSM682042 3 0.0188 0.8937 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682043 4 0.3266 0.7910 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM682044 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682045 4 0.3610 0.7034 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM682046 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682047 4 0.4804 0.2375 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM682048 1 0.4655 0.7046 0.684 0.000 0.004 0.312
#> GSM682049 1 0.2589 0.8708 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM682050 1 0.1302 0.8858 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM682051 3 0.6939 0.3759 0.128 0.000 0.540 0.332
#> GSM682052 3 0.0817 0.8853 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM682053 3 0.4883 0.6041 0.016 0.000 0.696 0.288
#> GSM682054 4 0.4522 0.6338 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM682123 1 0.2760 0.9089 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM682124 1 0.2469 0.9099 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM682125 1 0.2973 0.9057 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM682126 1 0.2589 0.9100 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM682127 1 0.2647 0.9099 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM682128 4 0.0000 0.8560 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 4 0.2593 0.8249 0.104 0.000 0.004 0.892
#> GSM682133 1 0.2760 0.9082 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM682134 1 0.2760 0.9089 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM682135 1 0.2944 0.9083 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM682136 1 0.2760 0.9082 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM682137 4 0.0707 0.8562 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682138 1 0.4356 0.7924 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM682139 1 0.2760 0.9089 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM682140 1 0.3975 0.8268 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM682141 1 0.0921 0.8879 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682142 1 0.2868 0.9026 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM682143 3 0.4950 0.3440 0.000 0.376 0.620 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.3723 0.6752 0.152 0.000 0.000 0.804 0.044
#> GSM682003 2 0.5458 0.5445 0.020 0.700 0.140 0.000 0.140
#> GSM682004 2 0.7901 0.1291 0.136 0.424 0.300 0.000 0.140
#> GSM682005 3 0.2233 0.8264 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM682006 3 0.0324 0.8413 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682007 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682008 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682009 3 0.0404 0.8410 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM682010 3 0.2077 0.8072 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> GSM682011 1 0.5318 0.2599 0.496 0.000 0.040 0.460 0.004
#> GSM682096 3 0.6974 0.1560 0.016 0.344 0.432 0.208 0.000
#> GSM682097 3 0.0963 0.8374 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM682098 2 0.3521 0.6632 0.000 0.820 0.140 0.040 0.000
#> GSM682099 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 1 0.5339 0.6924 0.672 0.152 0.000 0.176 0.000
#> GSM682102 4 0.0880 0.8162 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM682103 4 0.1671 0.7685 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM682104 3 0.1121 0.8361 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM682105 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682106 4 0.4161 0.2589 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM682107 3 0.6102 0.1006 0.108 0.000 0.468 0.420 0.004
#> GSM682108 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682109 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682110 3 0.1410 0.8281 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM682111 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682112 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM682113 4 0.3242 0.6098 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM682114 3 0.3395 0.6546 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM682115 1 0.5365 0.0431 0.528 0.000 0.000 0.416 0.056
#> GSM682116 4 0.3821 0.6662 0.148 0.000 0.000 0.800 0.052
#> GSM682117 4 0.5728 -0.0277 0.084 0.000 0.432 0.484 0.000
#> GSM682118 3 0.2992 0.7930 0.064 0.000 0.868 0.068 0.000
#> GSM682119 3 0.3536 0.7589 0.084 0.000 0.832 0.084 0.000
#> GSM682120 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682121 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682122 3 0.0794 0.8389 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM682012 2 0.0955 0.8373 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM682013 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2964 0.7144 0.000 0.856 0.120 0.000 0.024
#> GSM682017 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 1 0.4659 0.0660 0.500 0.488 0.000 0.012 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.3183 0.7939 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016
#> GSM682025 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 5 0.5618 0.4279 0.000 0.348 0.000 0.088 0.564
#> GSM682028 5 0.3916 0.7781 0.000 0.104 0.000 0.092 0.804
#> GSM682029 5 0.3912 0.7940 0.000 0.088 0.000 0.108 0.804
#> GSM682030 5 0.4059 0.7954 0.008 0.072 0.000 0.116 0.804
#> GSM682031 5 0.3898 0.7985 0.000 0.080 0.000 0.116 0.804
#> GSM682032 5 0.3898 0.7985 0.000 0.080 0.000 0.116 0.804
#> GSM682033 3 0.6012 0.3896 0.012 0.344 0.552 0.000 0.092
#> GSM681992 3 0.4437 0.7639 0.100 0.000 0.760 0.000 0.140
#> GSM681993 3 0.1872 0.8327 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> GSM681994 4 0.1704 0.7717 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> GSM681995 3 0.3550 0.6430 0.000 0.000 0.760 0.236 0.004
#> GSM681996 3 0.0162 0.8408 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM681997 3 0.1357 0.8308 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM681998 3 0.1357 0.8308 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM681999 3 0.2763 0.7524 0.000 0.000 0.848 0.148 0.004
#> GSM682000 5 0.6665 0.3624 0.000 0.000 0.336 0.240 0.424
#> GSM682001 3 0.5192 0.5628 0.084 0.000 0.676 0.236 0.004
#> GSM682055 2 0.2970 0.6677 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> GSM682056 4 0.4819 0.5397 0.000 0.112 0.164 0.724 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.3160 0.7097 0.000 0.188 0.808 0.004 0.000
#> GSM682061 3 0.4797 0.6941 0.008 0.176 0.736 0.000 0.080
#> GSM682062 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.4297 0.0130 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3454 0.6619 0.816 0.000 0.156 0.028 0.000
#> GSM682065 1 0.2732 0.7897 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM682066 1 0.3366 0.7687 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM682067 1 0.3589 0.6826 0.824 0.000 0.132 0.040 0.004
#> GSM682068 1 0.4808 0.4806 0.576 0.000 0.000 0.400 0.024
#> GSM682069 1 0.3310 0.7753 0.836 0.000 0.004 0.136 0.024
#> GSM682070 1 0.3586 0.7814 0.792 0.000 0.020 0.188 0.000
#> GSM682071 3 0.2536 0.7736 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000
#> GSM682072 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682073 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682074 4 0.4233 0.5431 0.208 0.000 0.044 0.748 0.000
#> GSM682075 4 0.0955 0.8157 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> GSM682076 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682077 1 0.3074 0.7864 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM682078 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682079 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682080 3 0.0566 0.8413 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM682081 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682082 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 4 0.3930 0.6609 0.152 0.000 0.000 0.792 0.056
#> GSM682084 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682085 3 0.1478 0.8265 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM682086 4 0.1357 0.8101 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> GSM682087 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682088 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.4410 0.4646 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> GSM682092 4 0.0404 0.8194 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682093 3 0.1965 0.8100 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM682094 4 0.2233 0.7699 0.104 0.000 0.004 0.892 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM681983 1 0.2569 0.7271 0.892 0.000 0.000 0.068 0.040
#> GSM681984 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM681985 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM681986 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM681987 3 0.5334 0.7022 0.020 0.128 0.712 0.000 0.140
#> GSM681988 3 0.0162 0.8414 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.8412 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681990 3 0.0000 0.8412 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681991 2 0.6724 -0.1316 0.020 0.424 0.416 0.000 0.140
#> GSM682034 1 0.1943 0.7285 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM682035 1 0.1943 0.7285 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM682036 3 0.4504 0.6736 0.084 0.000 0.748 0.168 0.000
#> GSM682037 1 0.1943 0.7285 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM682038 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM682039 3 0.7054 0.5584 0.096 0.000 0.572 0.196 0.136
#> GSM682040 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM682041 4 0.6724 0.4263 0.244 0.000 0.124 0.576 0.056
#> GSM682042 3 0.3106 0.8054 0.020 0.000 0.840 0.000 0.140
#> GSM682043 4 0.4010 0.6572 0.160 0.000 0.000 0.784 0.056
#> GSM682044 1 0.1943 0.7285 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM682045 1 0.4620 0.5036 0.592 0.000 0.000 0.392 0.016
#> GSM682046 1 0.1648 0.7318 0.940 0.000 0.000 0.020 0.040
#> GSM682047 4 0.1965 0.7478 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM682048 1 0.5805 0.6729 0.652 0.000 0.016 0.200 0.132
#> GSM682049 1 0.5338 0.1393 0.544 0.000 0.000 0.400 0.056
#> GSM682050 1 0.2370 0.7188 0.904 0.000 0.000 0.056 0.040
#> GSM682051 4 0.5889 0.5058 0.104 0.000 0.188 0.668 0.040
#> GSM682052 3 0.3869 0.7971 0.020 0.000 0.812 0.028 0.140
#> GSM682053 3 0.6337 0.5106 0.084 0.000 0.600 0.264 0.052
#> GSM682054 1 0.4666 0.5090 0.676 0.000 0.000 0.284 0.040
#> GSM682123 1 0.3151 0.7925 0.836 0.000 0.000 0.144 0.020
#> GSM682124 1 0.2424 0.7923 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM682125 1 0.3381 0.7933 0.808 0.000 0.000 0.176 0.016
#> GSM682126 1 0.2852 0.7898 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM682127 1 0.3143 0.7797 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM682128 4 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 5 0.6272 0.2821 0.152 0.000 0.000 0.380 0.468
#> GSM682133 1 0.3424 0.7558 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM682134 1 0.3151 0.7925 0.836 0.000 0.000 0.144 0.020
#> GSM682135 1 0.3086 0.7871 0.816 0.000 0.004 0.180 0.000
#> GSM682136 1 0.3398 0.7714 0.780 0.000 0.000 0.216 0.004
#> GSM682137 4 0.0794 0.8176 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682138 4 0.3508 0.4978 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM682139 1 0.2852 0.7900 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM682140 4 0.3730 0.4755 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM682141 1 0.1943 0.7285 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM682142 1 0.2732 0.7896 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM682143 3 0.6393 0.4893 0.020 0.272 0.568 0.000 0.140
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.3997 0.6804 0.132 0.000 0.000 0.760 0.108 0.000
#> GSM682003 5 0.2491 0.7317 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM682004 5 0.2595 0.7367 0.000 0.160 0.004 0.000 0.836 0.000
#> GSM682005 5 0.3804 0.4484 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM682006 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682007 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682009 3 0.1610 0.7950 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM682010 3 0.2266 0.7782 0.108 0.000 0.880 0.000 0.012 0.000
#> GSM682011 1 0.4411 0.4206 0.576 0.000 0.012 0.400 0.012 0.000
#> GSM682096 3 0.5734 0.4743 0.008 0.224 0.588 0.172 0.008 0.000
#> GSM682097 3 0.1257 0.8388 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000
#> GSM682098 2 0.2711 0.8465 0.000 0.876 0.080 0.024 0.020 0.000
#> GSM682099 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682100 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682101 1 0.4541 0.7289 0.752 0.100 0.000 0.108 0.040 0.000
#> GSM682102 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.2679 0.7706 0.096 0.000 0.000 0.864 0.040 0.000
#> GSM682104 3 0.1572 0.8337 0.000 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000
#> GSM682105 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682106 4 0.3756 0.3182 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM682107 3 0.5771 0.1928 0.124 0.000 0.468 0.396 0.012 0.000
#> GSM682108 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682110 3 0.0865 0.8402 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682112 5 0.2416 0.8114 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM682113 4 0.3420 0.6107 0.240 0.000 0.000 0.748 0.012 0.000
#> GSM682114 3 0.3284 0.6843 0.000 0.000 0.784 0.196 0.020 0.000
#> GSM682115 1 0.5462 -0.0390 0.476 0.000 0.000 0.400 0.124 0.000
#> GSM682116 4 0.4203 0.6672 0.136 0.000 0.000 0.740 0.124 0.000
#> GSM682117 3 0.5637 0.1402 0.104 0.000 0.452 0.432 0.012 0.000
#> GSM682118 3 0.2933 0.7761 0.096 0.000 0.856 0.040 0.008 0.000
#> GSM682119 3 0.3602 0.7405 0.108 0.000 0.812 0.068 0.012 0.000
#> GSM682120 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.0777 0.8442 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM682012 2 0.1501 0.9014 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM682013 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682014 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682016 2 0.2230 0.8657 0.000 0.892 0.084 0.000 0.024 0.000
#> GSM682017 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.0547 0.9569 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 1 0.4170 0.5179 0.648 0.328 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0547 0.9569 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682024 1 0.2859 0.7763 0.828 0.000 0.000 0.156 0.016 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 6 0.2969 0.5739 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM682028 6 0.0000 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 6 0.0000 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0000 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 5 0.3240 0.6461 0.000 0.244 0.004 0.000 0.752 0.000
#> GSM681992 5 0.2852 0.7604 0.080 0.000 0.064 0.000 0.856 0.000
#> GSM681993 3 0.2491 0.7047 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM681994 4 0.1556 0.8038 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM681995 3 0.2631 0.7155 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681997 3 0.0713 0.8429 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM681998 3 0.0713 0.8429 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM681999 3 0.2003 0.7829 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM682000 6 0.5769 0.2264 0.000 0.000 0.360 0.180 0.000 0.460
#> GSM682001 3 0.5985 0.5344 0.108 0.000 0.616 0.180 0.096 0.000
#> GSM682055 2 0.2331 0.8835 0.000 0.888 0.032 0.000 0.080 0.000
#> GSM682056 4 0.5226 0.5154 0.000 0.208 0.104 0.660 0.028 0.000
#> GSM682057 2 0.0458 0.9604 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682058 4 0.0713 0.8413 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM682059 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682060 3 0.2981 0.7167 0.000 0.160 0.820 0.000 0.020 0.000
#> GSM682061 3 0.4836 0.5057 0.000 0.140 0.664 0.000 0.196 0.000
#> GSM682062 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682063 1 0.3756 0.4953 0.644 0.352 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682064 1 0.3386 0.7060 0.832 0.000 0.104 0.024 0.040 0.000
#> GSM682065 1 0.2877 0.7700 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012 0.000
#> GSM682066 1 0.3156 0.7609 0.800 0.000 0.000 0.180 0.020 0.000
#> GSM682067 1 0.3475 0.7168 0.832 0.000 0.084 0.028 0.056 0.000
#> GSM682068 1 0.4273 0.5870 0.648 0.000 0.000 0.324 0.012 0.016
#> GSM682069 1 0.3182 0.7293 0.832 0.008 0.000 0.036 0.124 0.000
#> GSM682070 1 0.3121 0.7681 0.824 0.000 0.008 0.148 0.020 0.000
#> GSM682071 3 0.2266 0.7801 0.000 0.108 0.880 0.000 0.012 0.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682074 4 0.3349 0.6722 0.164 0.000 0.024 0.804 0.008 0.000
#> GSM682075 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682076 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3284 0.7655 0.784 0.000 0.000 0.196 0.020 0.000
#> GSM682078 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682079 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.1092 0.8401 0.000 0.020 0.960 0.000 0.020 0.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682082 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682083 4 0.4203 0.6672 0.136 0.000 0.000 0.740 0.124 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682085 3 0.1387 0.8258 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM682086 4 0.0713 0.8488 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM682087 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682089 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682090 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682091 1 0.4332 0.5979 0.644 0.000 0.000 0.316 0.040 0.000
#> GSM682092 4 0.0260 0.8507 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM682093 3 0.1989 0.8234 0.004 0.000 0.916 0.052 0.028 0.000
#> GSM682094 4 0.2531 0.7742 0.132 0.000 0.000 0.856 0.012 0.000
#> GSM682095 2 0.0363 0.9673 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM681982 5 0.2527 0.8100 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM681983 1 0.2558 0.7069 0.868 0.000 0.000 0.028 0.104 0.000
#> GSM681984 5 0.2527 0.8100 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM681985 5 0.2527 0.8100 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM681986 5 0.2527 0.8100 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM681987 5 0.3123 0.7937 0.000 0.076 0.088 0.000 0.836 0.000
#> GSM681988 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681990 3 0.0000 0.8491 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681991 5 0.2595 0.7367 0.000 0.160 0.004 0.000 0.836 0.000
#> GSM682034 1 0.2092 0.7023 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682035 1 0.2234 0.7023 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> GSM682036 3 0.4909 0.6565 0.108 0.000 0.716 0.136 0.040 0.000
#> GSM682037 1 0.2092 0.7023 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682038 5 0.2527 0.8100 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM682039 5 0.2669 0.7058 0.108 0.000 0.004 0.024 0.864 0.000
#> GSM682040 5 0.2340 0.8106 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM682041 4 0.6329 0.4749 0.236 0.000 0.084 0.556 0.124 0.000
#> GSM682042 5 0.2340 0.8106 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM682043 4 0.4348 0.6546 0.152 0.000 0.000 0.724 0.124 0.000
#> GSM682044 1 0.2092 0.7023 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682045 1 0.5703 0.4291 0.524 0.000 0.000 0.236 0.240 0.000
#> GSM682046 1 0.2118 0.7096 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104 0.000
#> GSM682047 4 0.1524 0.8143 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008 0.000
#> GSM682048 5 0.2934 0.6852 0.112 0.000 0.000 0.044 0.844 0.000
#> GSM682049 1 0.5425 0.0817 0.504 0.000 0.000 0.372 0.124 0.000
#> GSM682050 1 0.2218 0.7086 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104 0.000
#> GSM682051 4 0.5277 0.6100 0.108 0.000 0.144 0.688 0.060 0.000
#> GSM682052 5 0.4333 0.1786 0.000 0.000 0.468 0.020 0.512 0.000
#> GSM682053 3 0.6849 0.3385 0.104 0.000 0.492 0.176 0.228 0.000
#> GSM682054 1 0.4402 0.5922 0.712 0.000 0.000 0.184 0.104 0.000
#> GSM682123 1 0.2560 0.7763 0.872 0.000 0.000 0.092 0.036 0.000
#> GSM682124 1 0.2218 0.7761 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012 0.000
#> GSM682125 1 0.3027 0.7786 0.824 0.000 0.000 0.148 0.028 0.000
#> GSM682126 1 0.2730 0.7640 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.3109 0.7499 0.772 0.000 0.000 0.224 0.004 0.000
#> GSM682128 4 0.0260 0.8504 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0146 0.9717 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.9713 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 6 0.6828 0.3103 0.136 0.000 0.000 0.296 0.104 0.464
#> GSM682133 1 0.3126 0.7326 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.2445 0.7784 0.872 0.000 0.000 0.108 0.020 0.000
#> GSM682135 1 0.3041 0.7667 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040 0.000
#> GSM682136 1 0.3076 0.7376 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.0632 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM682138 4 0.2848 0.6721 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008 0.000
#> GSM682139 1 0.2843 0.7703 0.848 0.000 0.000 0.116 0.036 0.000
#> GSM682140 4 0.2883 0.6509 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.2092 0.7023 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682142 1 0.2572 0.7704 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012 0.000
#> GSM682143 5 0.2669 0.7406 0.000 0.156 0.008 0.000 0.836 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:pam 152 1.31e-01 8.85e-01 2
#> CV:pam 156 1.06e-16 7.49e-08 3
#> CV:pam 150 1.04e-13 2.32e-05 4
#> CV:pam 141 2.77e-18 8.06e-07 5
#> CV:pam 147 7.71e-20 7.78e-08 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.713 0.850 0.940 0.3880 0.602 0.602
#> 3 3 0.509 0.754 0.847 0.5057 0.699 0.532
#> 4 4 0.670 0.737 0.887 0.1323 0.866 0.684
#> 5 5 0.611 0.657 0.834 0.1040 0.751 0.410
#> 6 6 0.611 0.594 0.729 0.0725 0.862 0.552
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.9954 0.0543 0.540 0.460
#> GSM682010 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.6801 0.7302 0.180 0.820
#> GSM682097 1 0.4939 0.8528 0.892 0.108
#> GSM682098 2 0.4562 0.8036 0.096 0.904
#> GSM682099 1 0.5408 0.8140 0.876 0.124
#> GSM682100 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0672 0.8556 0.008 0.992
#> GSM682102 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.3584 0.8960 0.932 0.068
#> GSM682105 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0672 0.9518 0.992 0.008
#> GSM682109 1 0.1633 0.9380 0.976 0.024
#> GSM682110 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682112 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682113 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.6801 0.7242 0.180 0.820
#> GSM682017 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0672 0.8556 0.008 0.992
#> GSM682022 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682028 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682029 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682030 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682031 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682032 2 0.9988 0.2354 0.480 0.520
#> GSM682033 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM681992 1 0.9909 0.1117 0.556 0.444
#> GSM681993 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM681994 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682055 2 1.0000 0.0856 0.496 0.504
#> GSM682056 1 0.1184 0.9450 0.984 0.016
#> GSM682057 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.9427 0.4632 0.360 0.640
#> GSM682061 2 0.9000 0.5383 0.316 0.684
#> GSM682062 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.8207 0.6062 0.744 0.256
#> GSM682065 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.9933 0.2293 0.452 0.548
#> GSM682072 1 0.4562 0.8661 0.904 0.096
#> GSM682073 1 0.2778 0.9159 0.952 0.048
#> GSM682074 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.9209 0.4378 0.664 0.336
#> GSM682081 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682082 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM681982 1 0.9129 0.4577 0.672 0.328
#> GSM681983 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681984 1 0.9944 0.0698 0.544 0.456
#> GSM681985 1 0.0672 0.9518 0.992 0.008
#> GSM681986 2 1.0000 0.0691 0.500 0.500
#> GSM681987 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM681988 1 0.7299 0.7123 0.796 0.204
#> GSM681989 1 0.9710 0.2674 0.600 0.400
#> GSM681990 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.4939 0.7913 0.108 0.892
#> GSM682039 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682041 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682043 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.4815 0.8576 0.896 0.104
#> GSM682053 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9582 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.8595 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682003 2 0.6095 0.6483 0.000 0.608 0.392
#> GSM682004 2 0.2878 0.8732 0.000 0.904 0.096
#> GSM682005 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM682006 3 0.5760 0.7255 0.328 0.000 0.672
#> GSM682007 3 0.5650 0.7435 0.312 0.000 0.688
#> GSM682008 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM682009 3 0.7003 0.7590 0.248 0.060 0.692
#> GSM682010 1 0.4121 0.7729 0.832 0.000 0.168
#> GSM682011 1 0.5254 0.7005 0.736 0.000 0.264
#> GSM682096 3 0.7139 0.7590 0.244 0.068 0.688
#> GSM682097 3 0.5560 0.7466 0.300 0.000 0.700
#> GSM682098 3 0.7884 0.7464 0.224 0.120 0.656
#> GSM682099 1 0.6244 0.1815 0.560 0.000 0.440
#> GSM682100 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682101 2 0.6349 0.6418 0.140 0.768 0.092
#> GSM682102 1 0.1753 0.8669 0.952 0.000 0.048
#> GSM682103 1 0.3551 0.8224 0.868 0.000 0.132
#> GSM682104 3 0.5560 0.7466 0.300 0.000 0.700
#> GSM682105 1 0.1529 0.8725 0.960 0.000 0.040
#> GSM682106 1 0.4555 0.7268 0.800 0.000 0.200
#> GSM682107 1 0.3619 0.8071 0.864 0.000 0.136
#> GSM682108 3 0.5678 0.7397 0.316 0.000 0.684
#> GSM682109 3 0.5591 0.7474 0.304 0.000 0.696
#> GSM682110 3 0.6062 0.6299 0.384 0.000 0.616
#> GSM682111 3 0.3482 0.7328 0.128 0.000 0.872
#> GSM682112 3 0.2261 0.6821 0.068 0.000 0.932
#> GSM682113 1 0.0592 0.8760 0.988 0.000 0.012
#> GSM682114 3 0.6309 0.2701 0.496 0.000 0.504
#> GSM682115 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682117 1 0.3267 0.8250 0.884 0.000 0.116
#> GSM682118 1 0.2356 0.8602 0.928 0.000 0.072
#> GSM682119 1 0.3879 0.7921 0.848 0.000 0.152
#> GSM682120 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682121 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682122 1 0.6235 -0.0360 0.564 0.000 0.436
#> GSM682012 2 0.4974 0.8119 0.000 0.764 0.236
#> GSM682013 2 0.0747 0.8968 0.000 0.984 0.016
#> GSM682014 2 0.1411 0.8975 0.000 0.964 0.036
#> GSM682015 2 0.1411 0.8975 0.000 0.964 0.036
#> GSM682016 3 0.5905 0.4740 0.044 0.184 0.772
#> GSM682017 2 0.1411 0.8975 0.000 0.964 0.036
#> GSM682018 2 0.2711 0.8322 0.000 0.912 0.088
#> GSM682019 2 0.0424 0.8949 0.000 0.992 0.008
#> GSM682020 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682021 2 0.2796 0.8281 0.000 0.908 0.092
#> GSM682022 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682023 2 0.0892 0.8898 0.000 0.980 0.020
#> GSM682024 1 0.2590 0.8662 0.924 0.004 0.072
#> GSM682025 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682026 2 0.1411 0.8975 0.000 0.964 0.036
#> GSM682027 3 0.6632 0.3053 0.012 0.392 0.596
#> GSM682028 3 0.6632 0.3053 0.012 0.392 0.596
#> GSM682029 3 0.6632 0.3053 0.012 0.392 0.596
#> GSM682030 3 0.6647 0.3029 0.012 0.396 0.592
#> GSM682031 3 0.6647 0.3029 0.012 0.396 0.592
#> GSM682032 3 0.6647 0.3029 0.012 0.396 0.592
#> GSM682033 2 0.5178 0.7998 0.000 0.744 0.256
#> GSM681992 3 0.7003 0.7590 0.248 0.060 0.692
#> GSM681993 3 0.2356 0.6866 0.072 0.000 0.928
#> GSM681994 1 0.5810 0.3817 0.664 0.000 0.336
#> GSM681995 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM681996 3 0.5733 0.7302 0.324 0.000 0.676
#> GSM681997 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM681998 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM681999 3 0.5621 0.7473 0.308 0.000 0.692
#> GSM682000 3 0.5465 0.7136 0.288 0.000 0.712
#> GSM682001 3 0.5327 0.7362 0.272 0.000 0.728
#> GSM682055 3 0.2356 0.5991 0.000 0.072 0.928
#> GSM682056 1 0.6307 -0.2340 0.512 0.000 0.488
#> GSM682057 2 0.1529 0.8968 0.000 0.960 0.040
#> GSM682058 3 0.6307 0.3264 0.488 0.000 0.512
#> GSM682059 2 0.1411 0.8975 0.000 0.964 0.036
#> GSM682060 3 0.8386 0.7121 0.224 0.156 0.620
#> GSM682061 3 0.5136 0.5330 0.044 0.132 0.824
#> GSM682062 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682063 2 0.1411 0.8794 0.000 0.964 0.036
#> GSM682064 1 0.5070 0.7684 0.772 0.004 0.224
#> GSM682065 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682066 1 0.3038 0.8373 0.896 0.000 0.104
#> GSM682067 1 0.4062 0.8337 0.836 0.000 0.164
#> GSM682068 1 0.6291 0.0306 0.532 0.000 0.468
#> GSM682069 1 0.3879 0.8408 0.848 0.000 0.152
#> GSM682070 1 0.1529 0.8761 0.960 0.000 0.040
#> GSM682071 3 0.3155 0.6404 0.044 0.040 0.916
#> GSM682072 3 0.5560 0.7466 0.300 0.000 0.700
#> GSM682073 3 0.5815 0.7491 0.304 0.004 0.692
#> GSM682074 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0424 0.8784 0.992 0.000 0.008
#> GSM682076 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682077 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682078 1 0.1411 0.8738 0.964 0.000 0.036
#> GSM682079 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.2261 0.6821 0.068 0.000 0.932
#> GSM682081 3 0.5109 0.7652 0.212 0.008 0.780
#> GSM682082 1 0.2796 0.8454 0.908 0.000 0.092
#> GSM682083 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682084 1 0.4291 0.7642 0.820 0.000 0.180
#> GSM682085 1 0.4654 0.7322 0.792 0.000 0.208
#> GSM682086 1 0.1031 0.8792 0.976 0.000 0.024
#> GSM682087 1 0.0592 0.8784 0.988 0.000 0.012
#> GSM682088 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682089 1 0.0592 0.8784 0.988 0.000 0.012
#> GSM682090 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682091 1 0.4346 0.7762 0.816 0.000 0.184
#> GSM682092 1 0.0592 0.8760 0.988 0.000 0.012
#> GSM682093 1 0.4399 0.7575 0.812 0.000 0.188
#> GSM682094 1 0.3038 0.8344 0.896 0.000 0.104
#> GSM682095 2 0.4974 0.8119 0.000 0.764 0.236
#> GSM681982 3 0.2711 0.7021 0.088 0.000 0.912
#> GSM681983 1 0.1860 0.8664 0.948 0.000 0.052
#> GSM681984 3 0.3425 0.7209 0.112 0.004 0.884
#> GSM681985 3 0.5497 0.7520 0.292 0.000 0.708
#> GSM681986 3 0.6887 0.7630 0.236 0.060 0.704
#> GSM681987 2 0.5968 0.6884 0.000 0.636 0.364
#> GSM681988 3 0.4897 0.7584 0.172 0.016 0.812
#> GSM681989 3 0.6668 0.7613 0.264 0.040 0.696
#> GSM681990 3 0.6126 0.5943 0.400 0.000 0.600
#> GSM681991 2 0.5327 0.7877 0.000 0.728 0.272
#> GSM682034 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682035 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682036 1 0.4291 0.7680 0.820 0.000 0.180
#> GSM682037 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682038 3 0.3412 0.5307 0.000 0.124 0.876
#> GSM682039 1 0.3038 0.8434 0.896 0.000 0.104
#> GSM682040 3 0.2261 0.6821 0.068 0.000 0.932
#> GSM682041 1 0.0424 0.8784 0.992 0.000 0.008
#> GSM682042 3 0.2356 0.6866 0.072 0.000 0.928
#> GSM682043 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682045 1 0.3551 0.8486 0.868 0.000 0.132
#> GSM682046 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682047 1 0.1643 0.8701 0.956 0.000 0.044
#> GSM682048 1 0.2878 0.8485 0.904 0.000 0.096
#> GSM682049 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682050 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682051 1 0.1289 0.8755 0.968 0.000 0.032
#> GSM682052 3 0.2711 0.7021 0.088 0.000 0.912
#> GSM682053 1 0.3116 0.8406 0.892 0.000 0.108
#> GSM682054 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682123 1 0.2066 0.8679 0.940 0.000 0.060
#> GSM682124 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682125 1 0.3038 0.8434 0.896 0.000 0.104
#> GSM682126 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682127 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682128 1 0.3038 0.8379 0.896 0.000 0.104
#> GSM682129 2 0.0747 0.8969 0.000 0.984 0.016
#> GSM682130 2 0.0237 0.8946 0.000 0.996 0.004
#> GSM682131 2 0.5254 0.7922 0.000 0.736 0.264
#> GSM682132 1 0.6267 0.0373 0.548 0.000 0.452
#> GSM682133 1 0.1753 0.8669 0.952 0.000 0.048
#> GSM682134 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682135 1 0.4796 0.7790 0.780 0.000 0.220
#> GSM682136 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682137 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682138 1 0.0000 0.8780 1.000 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.3619 0.8504 0.864 0.000 0.136
#> GSM682140 1 0.0237 0.8780 0.996 0.000 0.004
#> GSM682141 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682142 1 0.1964 0.8666 0.944 0.000 0.056
#> GSM682143 2 0.5706 0.7372 0.000 0.680 0.320
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.0657 0.8918 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM682003 2 0.3978 0.7081 0.000 0.796 0.192 0.012
#> GSM682004 2 0.1767 0.8982 0.000 0.944 0.044 0.012
#> GSM682005 3 0.1174 0.7730 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM682006 3 0.1867 0.7607 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM682007 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM682008 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM682009 3 0.0657 0.7702 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM682010 1 0.4981 0.0337 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM682011 3 0.7744 0.0120 0.292 0.000 0.440 0.268
#> GSM682096 3 0.2422 0.7649 0.028 0.016 0.928 0.028
#> GSM682097 3 0.1411 0.7716 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM682098 3 0.2096 0.7665 0.016 0.016 0.940 0.028
#> GSM682099 1 0.6265 0.1370 0.500 0.000 0.444 0.056
#> GSM682100 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.6116 0.2621 0.320 0.612 0.068 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.3659 0.8143 0.840 0.000 0.136 0.024
#> GSM682104 3 0.1411 0.7716 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM682105 1 0.4889 0.4183 0.636 0.000 0.360 0.004
#> GSM682106 3 0.1716 0.7666 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM682107 1 0.5296 0.0625 0.500 0.000 0.492 0.008
#> GSM682108 3 0.0921 0.7742 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM682109 3 0.0921 0.7742 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM682110 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.7605 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682112 3 0.4543 0.4849 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM682113 1 0.1182 0.8892 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM682114 3 0.4817 0.4150 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682117 1 0.3266 0.7940 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM682118 1 0.3266 0.7884 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM682119 1 0.3688 0.7380 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM682120 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682121 1 0.0779 0.8915 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM682122 3 0.3837 0.6411 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM682012 2 0.0469 0.9242 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.4134 0.5056 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0672 0.9215 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM682019 2 0.0469 0.9242 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.2039 0.8796 0.016 0.940 0.036 0.008
#> GSM682022 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.1520 0.8821 0.956 0.000 0.024 0.020
#> GSM682025 2 0.0336 0.9263 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.5677 0.3698 0.000 0.332 0.040 0.628
#> GSM682028 4 0.1936 0.7448 0.000 0.032 0.028 0.940
#> GSM682029 4 0.1936 0.7448 0.000 0.032 0.028 0.940
#> GSM682030 4 0.1022 0.7400 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM682031 4 0.1022 0.7400 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM682032 4 0.1022 0.7400 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM682033 2 0.4086 0.6455 0.000 0.776 0.216 0.008
#> GSM681992 3 0.1411 0.7716 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM681993 3 0.0707 0.7659 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM681994 3 0.4277 0.5168 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM681995 3 0.6207 -0.1483 0.052 0.000 0.496 0.452
#> GSM681996 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM681997 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM681998 3 0.1389 0.7719 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM681999 3 0.3004 0.7378 0.048 0.000 0.892 0.060
#> GSM682000 4 0.6148 0.1039 0.048 0.000 0.468 0.484
#> GSM682001 3 0.7204 0.1818 0.332 0.000 0.512 0.156
#> GSM682055 3 0.2521 0.7205 0.000 0.064 0.912 0.024
#> GSM682056 3 0.2882 0.7471 0.084 0.000 0.892 0.024
#> GSM682057 2 0.0188 0.9276 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682058 3 0.2111 0.7652 0.044 0.000 0.932 0.024
#> GSM682059 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.3751 0.5928 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM682061 3 0.3428 0.6229 0.000 0.144 0.844 0.012
#> GSM682062 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 3 0.5691 -0.0413 0.468 0.000 0.508 0.024
#> GSM682065 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3355 0.7957 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM682067 1 0.3853 0.7913 0.820 0.000 0.160 0.020
#> GSM682068 4 0.7188 0.1096 0.136 0.000 0.432 0.432
#> GSM682069 1 0.3554 0.8166 0.844 0.000 0.136 0.020
#> GSM682070 1 0.2706 0.8576 0.900 0.000 0.080 0.020
#> GSM682071 3 0.2610 0.6891 0.000 0.088 0.900 0.012
#> GSM682072 3 0.0592 0.7715 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM682073 3 0.0817 0.7740 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM682074 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682075 1 0.3870 0.7068 0.788 0.000 0.208 0.004
#> GSM682076 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682077 1 0.1042 0.8863 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM682078 1 0.0707 0.8910 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM682079 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.7605 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682081 3 0.0707 0.7732 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM682082 1 0.4981 -0.0478 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM682083 1 0.0188 0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682084 3 0.4761 0.4285 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM682085 3 0.4730 0.4425 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM682086 1 0.2944 0.8247 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM682087 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682088 1 0.0779 0.8915 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM682089 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682090 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682091 1 0.4472 0.7293 0.760 0.000 0.220 0.020
#> GSM682092 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682093 3 0.3763 0.6986 0.144 0.000 0.832 0.024
#> GSM682094 1 0.3668 0.7642 0.808 0.000 0.188 0.004
#> GSM682095 2 0.1807 0.8987 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM681982 3 0.0000 0.7605 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681983 1 0.0336 0.8911 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM681984 3 0.0000 0.7605 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681985 3 0.4585 0.4758 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM681986 3 0.0000 0.7605 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681987 2 0.3718 0.7466 0.000 0.820 0.168 0.012
#> GSM681988 3 0.0707 0.7732 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM681989 3 0.0707 0.7732 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM681990 3 0.1716 0.7698 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM681991 2 0.1938 0.8964 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM682034 1 0.0707 0.8829 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682035 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.5036 0.6372 0.696 0.000 0.280 0.024
#> GSM682037 1 0.0469 0.8860 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682038 3 0.3428 0.6301 0.000 0.144 0.844 0.012
#> GSM682039 3 0.5428 0.4081 0.380 0.000 0.600 0.020
#> GSM682040 3 0.5936 0.4440 0.324 0.056 0.620 0.000
#> GSM682041 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682042 3 0.1867 0.7399 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0707 0.8829 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682045 1 0.2973 0.8485 0.884 0.000 0.096 0.020
#> GSM682046 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.1302 0.8815 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM682048 1 0.2174 0.8731 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM682049 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.1004 0.8894 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM682052 3 0.3870 0.6158 0.208 0.000 0.788 0.004
#> GSM682053 3 0.5570 0.2791 0.440 0.000 0.540 0.020
#> GSM682054 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.1297 0.8826 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM682124 1 0.0895 0.8812 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM682125 1 0.2563 0.8620 0.908 0.000 0.072 0.020
#> GSM682126 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.5080 0.2747 0.576 0.000 0.420 0.004
#> GSM682129 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9289 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0817 0.9166 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682132 3 0.7720 -0.1527 0.228 0.000 0.412 0.360
#> GSM682133 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.1297 0.8826 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM682135 1 0.5038 0.5998 0.684 0.000 0.296 0.020
#> GSM682136 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0592 0.8919 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682138 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682139 1 0.3099 0.8425 0.876 0.000 0.104 0.020
#> GSM682140 1 0.0469 0.8919 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682141 1 0.0707 0.8829 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682142 1 0.0000 0.8885 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.2255 0.8815 0.000 0.920 0.068 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.3966 0.4126 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM682003 5 0.2605 0.6721 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM682004 2 0.1544 0.9085 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682005 3 0.2583 0.6843 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> GSM682006 3 0.0290 0.7190 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM682007 3 0.0162 0.7145 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682008 3 0.0510 0.7093 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM682009 5 0.4464 0.3766 0.008 0.000 0.408 0.000 0.584
#> GSM682010 3 0.1952 0.7246 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> GSM682011 3 0.4622 0.4668 0.040 0.000 0.684 0.276 0.000
#> GSM682096 3 0.3565 0.6794 0.024 0.000 0.800 0.000 0.176
#> GSM682097 5 0.3992 0.6409 0.012 0.000 0.268 0.000 0.720
#> GSM682098 3 0.3551 0.6366 0.008 0.000 0.772 0.000 0.220
#> GSM682099 3 0.4118 0.6868 0.076 0.000 0.812 0.092 0.020
#> GSM682100 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.5772 0.4548 0.176 0.660 0.016 0.000 0.148
#> GSM682102 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 3 0.3724 0.6703 0.204 0.000 0.776 0.000 0.020
#> GSM682104 3 0.3942 0.5638 0.012 0.000 0.728 0.000 0.260
#> GSM682105 3 0.3796 0.5813 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM682106 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682107 3 0.0963 0.7221 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM682108 3 0.1205 0.7141 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> GSM682109 3 0.3242 0.4637 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM682110 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682111 5 0.2624 0.7628 0.012 0.000 0.116 0.000 0.872
#> GSM682112 5 0.1444 0.7853 0.012 0.000 0.040 0.000 0.948
#> GSM682113 1 0.4273 0.0471 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.6054 0.4206 0.172 0.000 0.568 0.000 0.260
#> GSM682115 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.4171 0.2385 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.2179 0.7008 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM682118 3 0.2561 0.7048 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM682119 3 0.1410 0.7254 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM682120 3 0.4287 0.2662 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM682121 3 0.4114 0.4657 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.0771 0.7237 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM682012 2 0.2648 0.8096 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM682013 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.3492 0.6679 0.000 0.188 0.016 0.000 0.796
#> GSM682017 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1211 0.9069 0.024 0.960 0.016 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.1942 0.7464 0.920 0.000 0.012 0.000 0.068
#> GSM682025 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.1041 0.9620 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> GSM682028 4 0.0880 0.9662 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM682029 4 0.0794 0.9691 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM682030 4 0.0000 0.9701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 4 0.0000 0.9701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 4 0.0000 0.9701 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 5 0.3424 0.6008 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM681992 3 0.3487 0.6339 0.008 0.000 0.780 0.000 0.212
#> GSM681993 5 0.1597 0.7860 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940
#> GSM681994 3 0.0510 0.7212 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM681995 3 0.1914 0.7044 0.016 0.000 0.924 0.060 0.000
#> GSM681996 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681997 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681998 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681999 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682000 3 0.4811 -0.0286 0.020 0.000 0.528 0.452 0.000
#> GSM682001 3 0.0912 0.7196 0.016 0.000 0.972 0.012 0.000
#> GSM682055 5 0.0955 0.7783 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> GSM682056 3 0.5178 -0.0272 0.040 0.000 0.484 0.000 0.476
#> GSM682057 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.3863 0.6953 0.052 0.000 0.796 0.000 0.152
#> GSM682059 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 5 0.5836 0.5511 0.004 0.104 0.316 0.000 0.576
#> GSM682061 5 0.2843 0.6804 0.000 0.144 0.008 0.000 0.848
#> GSM682062 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.6342 0.0240 0.464 0.000 0.372 0.000 0.164
#> GSM682065 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 3 0.4161 0.4366 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM682067 1 0.3241 0.6611 0.832 0.000 0.024 0.000 0.144
#> GSM682068 3 0.5309 0.2905 0.060 0.000 0.576 0.364 0.000
#> GSM682069 1 0.3151 0.6647 0.836 0.000 0.020 0.000 0.144
#> GSM682070 1 0.4147 0.4353 0.676 0.000 0.316 0.000 0.008
#> GSM682071 5 0.0609 0.7708 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM682072 5 0.4397 0.3596 0.004 0.000 0.432 0.000 0.564
#> GSM682073 3 0.4249 -0.2345 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM682074 1 0.3612 0.5357 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM682075 3 0.4114 0.4638 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> GSM682076 3 0.4150 0.4435 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0290 0.7983 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682078 3 0.3983 0.5292 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM682079 1 0.4150 0.2632 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.1597 0.7860 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940
#> GSM682081 5 0.4101 0.5746 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM682082 3 0.2966 0.6827 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> GSM682083 1 0.2329 0.7211 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.5672 0.5629 0.180 0.000 0.632 0.000 0.188
#> GSM682085 3 0.4558 0.6676 0.168 0.000 0.744 0.000 0.088
#> GSM682086 3 0.4192 0.2433 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> GSM682087 3 0.4030 0.5079 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM682088 1 0.3966 0.3999 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM682089 3 0.4256 0.3370 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> GSM682090 3 0.4304 0.1909 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM682091 3 0.5886 0.5016 0.272 0.000 0.584 0.000 0.144
#> GSM682092 1 0.4305 -0.1191 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> GSM682093 3 0.4049 0.6792 0.056 0.000 0.780 0.000 0.164
#> GSM682094 3 0.2732 0.6716 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM682095 2 0.2074 0.8780 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM681982 5 0.1444 0.7853 0.012 0.000 0.040 0.000 0.948
#> GSM681983 1 0.0510 0.7967 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM681984 5 0.1444 0.7853 0.012 0.000 0.040 0.000 0.948
#> GSM681985 5 0.3319 0.7311 0.020 0.000 0.160 0.000 0.820
#> GSM681986 5 0.1894 0.7810 0.008 0.000 0.072 0.000 0.920
#> GSM681987 5 0.2690 0.6653 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM681988 5 0.2806 0.7471 0.004 0.000 0.152 0.000 0.844
#> GSM681989 5 0.4415 0.3160 0.004 0.000 0.444 0.000 0.552
#> GSM681990 3 0.0000 0.7153 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681991 2 0.2329 0.8628 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM682034 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0290 0.7983 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.4428 0.6850 0.096 0.000 0.760 0.000 0.144
#> GSM682037 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.0798 0.7683 0.000 0.008 0.016 0.000 0.976
#> GSM682039 3 0.4558 0.6722 0.080 0.000 0.740 0.000 0.180
#> GSM682040 5 0.1485 0.7812 0.020 0.000 0.032 0.000 0.948
#> GSM682041 1 0.4235 0.1352 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM682042 5 0.1626 0.7849 0.016 0.000 0.044 0.000 0.940
#> GSM682043 1 0.1671 0.7595 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.6154 0.1739 0.508 0.000 0.348 0.000 0.144
#> GSM682046 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.3837 0.5755 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM682048 3 0.6219 0.1292 0.424 0.000 0.436 0.000 0.140
#> GSM682049 1 0.0290 0.7983 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.4304 0.1931 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.1872 0.7831 0.020 0.000 0.052 0.000 0.928
#> GSM682053 3 0.6062 0.5156 0.268 0.000 0.564 0.000 0.168
#> GSM682054 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0290 0.7983 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 3 0.6233 0.2109 0.396 0.000 0.460 0.000 0.144
#> GSM682126 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 3 0.2773 0.6945 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.3796 0.5325 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM682132 3 0.5719 0.4170 0.120 0.000 0.596 0.284 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0290 0.7983 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.3495 0.6478 0.816 0.000 0.032 0.000 0.152
#> GSM682136 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 3 0.4201 0.4005 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> GSM682138 1 0.3039 0.6454 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.3055 0.6663 0.840 0.000 0.016 0.000 0.144
#> GSM682140 1 0.3966 0.4043 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.7977 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.3074 0.6276 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.4986 0.3331 0.556 0.000 0.024 0.388 0.032 0.000
#> GSM682003 5 0.2988 0.7451 0.000 0.144 0.028 0.000 0.828 0.000
#> GSM682004 2 0.2003 0.8287 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM682005 4 0.3076 0.5977 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM682006 4 0.2520 0.6418 0.004 0.000 0.152 0.844 0.000 0.000
#> GSM682007 4 0.3695 0.3272 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM682008 4 0.3592 0.3640 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> GSM682009 3 0.5595 0.5185 0.000 0.000 0.540 0.192 0.268 0.000
#> GSM682010 3 0.5333 0.1108 0.112 0.000 0.588 0.292 0.008 0.000
#> GSM682011 4 0.2290 0.6618 0.004 0.000 0.020 0.892 0.000 0.084
#> GSM682096 4 0.3721 0.5197 0.004 0.000 0.252 0.728 0.016 0.000
#> GSM682097 3 0.5121 0.5203 0.000 0.000 0.604 0.124 0.272 0.000
#> GSM682098 4 0.5501 -0.0582 0.000 0.000 0.412 0.460 0.128 0.000
#> GSM682099 4 0.1218 0.6765 0.004 0.000 0.012 0.956 0.000 0.028
#> GSM682100 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.3954 0.6206 0.052 0.780 0.148 0.020 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.1806 0.7468 0.928 0.000 0.020 0.044 0.008 0.000
#> GSM682103 4 0.5587 0.2663 0.124 0.000 0.396 0.476 0.004 0.000
#> GSM682104 3 0.4281 0.5132 0.000 0.000 0.708 0.220 0.072 0.000
#> GSM682105 4 0.3235 0.6576 0.136 0.000 0.008 0.824 0.032 0.000
#> GSM682106 4 0.2454 0.6301 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM682107 4 0.2062 0.6662 0.008 0.000 0.088 0.900 0.000 0.004
#> GSM682108 3 0.3737 0.1751 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM682109 3 0.4692 0.4521 0.000 0.000 0.644 0.276 0.080 0.000
#> GSM682110 4 0.2454 0.6301 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM682111 3 0.3934 0.4979 0.000 0.000 0.676 0.020 0.304 0.000
#> GSM682112 3 0.3922 0.4918 0.000 0.000 0.664 0.016 0.320 0.000
#> GSM682113 1 0.4034 0.6215 0.708 0.000 0.024 0.260 0.008 0.000
#> GSM682114 3 0.3886 0.4339 0.140 0.000 0.776 0.080 0.004 0.000
#> GSM682115 1 0.0547 0.7448 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682116 4 0.4896 0.1210 0.424 0.000 0.016 0.528 0.032 0.000
#> GSM682117 4 0.4158 0.6740 0.076 0.000 0.112 0.780 0.032 0.000
#> GSM682118 4 0.5740 0.5537 0.132 0.000 0.240 0.596 0.032 0.000
#> GSM682119 3 0.5883 -0.2709 0.100 0.000 0.444 0.428 0.028 0.000
#> GSM682120 4 0.4900 0.4262 0.296 0.000 0.036 0.636 0.032 0.000
#> GSM682121 4 0.3791 0.6194 0.200 0.000 0.008 0.760 0.032 0.000
#> GSM682122 3 0.4423 0.2000 0.028 0.000 0.608 0.360 0.004 0.000
#> GSM682012 5 0.4134 0.6228 0.000 0.316 0.028 0.000 0.656 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.5742 0.3211 0.000 0.140 0.292 0.016 0.552 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.1341 0.9206 0.000 0.948 0.028 0.000 0.024 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1401 0.8899 0.028 0.948 0.004 0.020 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0458 0.9513 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682024 1 0.2704 0.6957 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140 0.000
#> GSM682025 2 0.1168 0.9270 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016 0.000
#> GSM682026 2 0.1003 0.9369 0.000 0.964 0.020 0.000 0.016 0.000
#> GSM682027 6 0.1672 0.9393 0.000 0.000 0.004 0.048 0.016 0.932
#> GSM682028 6 0.1327 0.9277 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM682029 6 0.1007 0.9492 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM682030 6 0.0000 0.9519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.9519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.9519 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 5 0.3102 0.7453 0.000 0.156 0.028 0.000 0.816 0.000
#> GSM681992 3 0.5434 0.3239 0.000 0.000 0.512 0.360 0.128 0.000
#> GSM681993 3 0.3905 0.4918 0.000 0.000 0.668 0.016 0.316 0.000
#> GSM681994 4 0.2442 0.6476 0.004 0.000 0.144 0.852 0.000 0.000
#> GSM681995 4 0.2848 0.6423 0.004 0.000 0.124 0.848 0.000 0.024
#> GSM681996 4 0.3050 0.5553 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM681997 4 0.2597 0.6210 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM681998 4 0.2697 0.6105 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM681999 4 0.2491 0.6277 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM682000 4 0.3610 0.6218 0.004 0.000 0.088 0.804 0.000 0.104
#> GSM682001 4 0.2728 0.6538 0.004 0.000 0.100 0.864 0.000 0.032
#> GSM682055 3 0.4264 0.2495 0.000 0.000 0.496 0.016 0.488 0.000
#> GSM682056 3 0.5561 0.4910 0.000 0.000 0.552 0.244 0.204 0.000
#> GSM682057 2 0.0820 0.9445 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> GSM682058 4 0.2595 0.6216 0.004 0.000 0.160 0.836 0.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0458 0.9513 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682060 3 0.7277 0.3637 0.000 0.140 0.408 0.180 0.272 0.000
#> GSM682061 5 0.5357 0.3142 0.000 0.092 0.304 0.016 0.588 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.5661 0.5455 0.552 0.000 0.192 0.252 0.004 0.000
#> GSM682065 1 0.1564 0.7445 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040 0.000
#> GSM682066 4 0.4379 0.5718 0.224 0.000 0.028 0.716 0.032 0.000
#> GSM682067 1 0.5965 0.6570 0.600 0.000 0.200 0.144 0.056 0.000
#> GSM682068 4 0.1901 0.6643 0.004 0.000 0.008 0.912 0.000 0.076
#> GSM682069 1 0.5603 0.6716 0.648 0.000 0.184 0.104 0.064 0.000
#> GSM682070 1 0.5937 0.6548 0.600 0.000 0.172 0.180 0.048 0.000
#> GSM682071 3 0.4224 0.3366 0.000 0.000 0.552 0.016 0.432 0.000
#> GSM682072 3 0.3790 0.5533 0.000 0.000 0.772 0.072 0.156 0.000
#> GSM682073 3 0.5771 0.4518 0.000 0.000 0.508 0.244 0.248 0.000
#> GSM682074 1 0.5316 0.5778 0.592 0.000 0.240 0.168 0.000 0.000
#> GSM682075 4 0.3235 0.6576 0.136 0.000 0.008 0.824 0.032 0.000
#> GSM682076 4 0.4331 0.5645 0.228 0.000 0.024 0.716 0.032 0.000
#> GSM682077 1 0.3233 0.7031 0.828 0.000 0.016 0.024 0.132 0.000
#> GSM682078 4 0.6322 0.3399 0.220 0.000 0.244 0.504 0.032 0.000
#> GSM682079 1 0.5405 0.6083 0.644 0.000 0.128 0.200 0.028 0.000
#> GSM682080 3 0.3953 0.4814 0.000 0.000 0.656 0.016 0.328 0.000
#> GSM682081 3 0.5711 0.4368 0.000 0.000 0.516 0.208 0.276 0.000
#> GSM682082 4 0.4710 0.6371 0.144 0.000 0.144 0.704 0.008 0.000
#> GSM682083 1 0.1672 0.7481 0.932 0.000 0.016 0.048 0.004 0.000
#> GSM682084 3 0.3654 0.4119 0.144 0.000 0.792 0.060 0.004 0.000
#> GSM682085 3 0.4022 0.4222 0.144 0.000 0.764 0.088 0.004 0.000
#> GSM682086 4 0.4379 0.5145 0.224 0.000 0.028 0.716 0.032 0.000
#> GSM682087 4 0.3730 0.6284 0.192 0.000 0.008 0.768 0.032 0.000
#> GSM682088 1 0.5609 0.5384 0.552 0.000 0.276 0.168 0.004 0.000
#> GSM682089 1 0.6084 0.2054 0.380 0.000 0.344 0.276 0.000 0.000
#> GSM682090 1 0.6679 0.1669 0.376 0.000 0.272 0.320 0.032 0.000
#> GSM682091 1 0.6080 0.3569 0.396 0.000 0.316 0.288 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.5463 0.1185 0.460 0.000 0.084 0.444 0.012 0.000
#> GSM682093 3 0.3789 0.2747 0.004 0.000 0.668 0.324 0.004 0.000
#> GSM682094 4 0.2427 0.6778 0.036 0.000 0.032 0.900 0.032 0.000
#> GSM682095 5 0.4449 0.2650 0.000 0.440 0.028 0.000 0.532 0.000
#> GSM681982 3 0.3905 0.4918 0.000 0.000 0.668 0.016 0.316 0.000
#> GSM681983 1 0.3668 0.7037 0.800 0.000 0.024 0.144 0.032 0.000
#> GSM681984 3 0.3969 0.4842 0.000 0.000 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM681985 3 0.2480 0.5180 0.000 0.000 0.872 0.024 0.104 0.000
#> GSM681986 3 0.5015 0.4943 0.000 0.000 0.564 0.084 0.352 0.000
#> GSM681987 5 0.2988 0.7451 0.000 0.144 0.028 0.000 0.828 0.000
#> GSM681988 3 0.4229 0.5008 0.000 0.000 0.668 0.040 0.292 0.000
#> GSM681989 3 0.5746 0.5050 0.000 0.000 0.512 0.224 0.264 0.000
#> GSM681990 4 0.3804 0.2710 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM681991 5 0.4417 0.3342 0.000 0.416 0.028 0.000 0.556 0.000
#> GSM682034 1 0.2092 0.6941 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682035 1 0.1503 0.7445 0.944 0.000 0.008 0.016 0.032 0.000
#> GSM682036 4 0.4853 0.2047 0.056 0.000 0.456 0.488 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.1528 0.7374 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048 0.000
#> GSM682038 5 0.3261 0.4674 0.000 0.000 0.204 0.016 0.780 0.000
#> GSM682039 3 0.4616 0.3038 0.040 0.000 0.672 0.268 0.020 0.000
#> GSM682040 3 0.4150 0.3930 0.000 0.000 0.592 0.016 0.392 0.000
#> GSM682041 1 0.5559 0.5245 0.540 0.000 0.284 0.176 0.000 0.000
#> GSM682042 3 0.4105 0.4621 0.000 0.000 0.632 0.020 0.348 0.000
#> GSM682043 1 0.1666 0.7491 0.936 0.000 0.020 0.036 0.008 0.000
#> GSM682044 1 0.2092 0.6941 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682045 1 0.6174 0.6544 0.576 0.000 0.192 0.172 0.060 0.000
#> GSM682046 1 0.0146 0.7416 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.6443 0.2855 0.228 0.000 0.268 0.472 0.032 0.000
#> GSM682048 1 0.7237 0.5049 0.388 0.000 0.312 0.172 0.128 0.000
#> GSM682049 1 0.1794 0.7516 0.924 0.000 0.040 0.036 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0146 0.7416 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.5745 -0.3775 0.412 0.000 0.420 0.168 0.000 0.000
#> GSM682052 3 0.4249 0.4820 0.000 0.000 0.640 0.032 0.328 0.000
#> GSM682053 3 0.5565 0.3183 0.052 0.000 0.652 0.160 0.136 0.000
#> GSM682054 1 0.0547 0.7448 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.3056 0.6933 0.832 0.000 0.012 0.016 0.140 0.000
#> GSM682124 1 0.2260 0.6829 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM682125 1 0.6973 0.5430 0.440 0.000 0.304 0.128 0.128 0.000
#> GSM682126 1 0.0146 0.7416 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0260 0.7451 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.2691 0.6724 0.088 0.000 0.008 0.872 0.032 0.000
#> GSM682129 2 0.0692 0.9481 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.3558 0.7284 0.000 0.212 0.028 0.000 0.760 0.000
#> GSM682132 4 0.1862 0.6751 0.016 0.000 0.008 0.928 0.004 0.044
#> GSM682133 1 0.1053 0.7456 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012 0.000
#> GSM682134 1 0.3056 0.6933 0.832 0.000 0.012 0.016 0.140 0.000
#> GSM682135 1 0.4828 0.6664 0.668 0.000 0.176 0.156 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0146 0.7416 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.3849 0.6102 0.208 0.000 0.008 0.752 0.032 0.000
#> GSM682138 1 0.5336 0.5742 0.588 0.000 0.244 0.168 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.3572 0.6846 0.820 0.000 0.100 0.020 0.060 0.000
#> GSM682140 1 0.4454 0.6234 0.704 0.000 0.028 0.236 0.032 0.000
#> GSM682141 1 0.2100 0.7010 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112 0.000
#> GSM682142 1 0.0909 0.7476 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.2988 0.7451 0.000 0.144 0.028 0.000 0.828 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:mclust 146 4.88e-10 5.65e-01 2
#> CV:mclust 147 1.68e-11 2.52e-08 3
#> CV:mclust 139 2.24e-12 3.32e-06 4
#> CV:mclust 127 4.00e-15 3.18e-03 5
#> CV:mclust 113 1.90e-12 9.69e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.819 0.908 0.960 0.4378 0.557 0.557
#> 3 3 0.580 0.778 0.881 0.5005 0.708 0.511
#> 4 4 0.666 0.737 0.869 0.1329 0.784 0.468
#> 5 5 0.617 0.496 0.675 0.0689 0.850 0.510
#> 6 6 0.681 0.635 0.785 0.0390 0.862 0.471
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.0672 0.9658 0.992 0.008
#> GSM682006 1 0.0672 0.9658 0.992 0.008
#> GSM682007 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682009 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.1414 0.9551 0.980 0.020
#> GSM682096 2 0.5294 0.8519 0.120 0.880
#> GSM682097 1 0.4690 0.8707 0.900 0.100
#> GSM682098 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.9963 0.0144 0.536 0.464
#> GSM682100 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.1184 0.9587 0.984 0.016
#> GSM682113 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.7528 0.7662 0.216 0.784
#> GSM682025 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.1184 0.9177 0.016 0.984
#> GSM682028 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.7139 0.7868 0.196 0.804
#> GSM682030 2 0.9209 0.5708 0.336 0.664
#> GSM682031 2 0.6148 0.8281 0.152 0.848
#> GSM682032 2 0.7528 0.7662 0.216 0.784
#> GSM682033 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.7745 0.7510 0.228 0.772
#> GSM681993 1 0.0672 0.9659 0.992 0.008
#> GSM681994 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.1414 0.9551 0.980 0.020
#> GSM682055 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682056 1 0.9970 0.0927 0.532 0.468
#> GSM682057 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.4690 0.8666 0.900 0.100
#> GSM682059 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.2423 0.9036 0.040 0.960
#> GSM682061 2 0.6623 0.7867 0.172 0.828
#> GSM682062 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682064 2 0.8763 0.6474 0.296 0.704
#> GSM682065 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.9087 0.4668 0.676 0.324
#> GSM682068 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682069 2 0.9933 0.2754 0.452 0.548
#> GSM682070 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.9732 0.3436 0.404 0.596
#> GSM682081 1 0.1184 0.9590 0.984 0.016
#> GSM682082 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.1184 0.9589 0.984 0.016
#> GSM682092 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM681982 1 0.4815 0.8642 0.896 0.104
#> GSM681983 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.7674 0.7562 0.224 0.776
#> GSM681985 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681986 2 0.7883 0.7403 0.236 0.764
#> GSM681987 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM681988 1 0.9000 0.5254 0.684 0.316
#> GSM681989 2 0.6887 0.7980 0.184 0.816
#> GSM681990 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.7219 0.7299 0.800 0.200
#> GSM682041 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.1414 0.9553 0.980 0.020
#> GSM682043 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.3584 0.9057 0.932 0.068
#> GSM682053 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0376 0.9690 0.996 0.004
#> GSM682125 1 0.0672 0.9659 0.992 0.008
#> GSM682126 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.9954 0.0308 0.540 0.460
#> GSM682136 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.7376 0.7742 0.208 0.792
#> GSM682140 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9722 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.9255 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 3 0.0892 0.84432 0.020 0.000 0.980
#> GSM682003 2 0.1289 0.93058 0.032 0.968 0.000
#> GSM682004 2 0.0237 0.94622 0.004 0.996 0.000
#> GSM682005 3 0.0475 0.84660 0.004 0.004 0.992
#> GSM682006 3 0.0237 0.84665 0.004 0.000 0.996
#> GSM682007 1 0.6235 0.43781 0.564 0.000 0.436
#> GSM682008 3 0.1964 0.82469 0.056 0.000 0.944
#> GSM682009 2 0.3816 0.79986 0.000 0.852 0.148
#> GSM682010 1 0.4504 0.77264 0.804 0.000 0.196
#> GSM682011 3 0.0237 0.84592 0.000 0.004 0.996
#> GSM682096 2 0.2261 0.90087 0.000 0.932 0.068
#> GSM682097 1 0.7244 0.67628 0.700 0.208 0.092
#> GSM682098 2 0.0592 0.94299 0.000 0.988 0.012
#> GSM682099 3 0.1964 0.82457 0.000 0.056 0.944
#> GSM682100 2 0.0237 0.94623 0.004 0.996 0.000
#> GSM682101 2 0.0475 0.94540 0.004 0.992 0.004
#> GSM682102 3 0.4555 0.73570 0.200 0.000 0.800
#> GSM682103 1 0.2066 0.83063 0.940 0.000 0.060
#> GSM682104 1 0.4654 0.76365 0.792 0.000 0.208
#> GSM682105 3 0.1289 0.84309 0.032 0.000 0.968
#> GSM682106 3 0.5785 0.29983 0.332 0.000 0.668
#> GSM682107 3 0.0000 0.84661 0.000 0.000 1.000
#> GSM682108 3 0.6225 -0.06965 0.432 0.000 0.568
#> GSM682109 1 0.5859 0.63292 0.656 0.000 0.344
#> GSM682110 3 0.0592 0.84531 0.012 0.000 0.988
#> GSM682111 1 0.4555 0.76962 0.800 0.000 0.200
#> GSM682112 1 0.3554 0.81993 0.900 0.036 0.064
#> GSM682113 1 0.6295 -0.00741 0.528 0.000 0.472
#> GSM682114 1 0.4291 0.78326 0.820 0.000 0.180
#> GSM682115 1 0.2356 0.81769 0.928 0.000 0.072
#> GSM682116 1 0.5859 0.47070 0.656 0.000 0.344
#> GSM682117 3 0.2165 0.81834 0.064 0.000 0.936
#> GSM682118 1 0.5706 0.69480 0.680 0.000 0.320
#> GSM682119 1 0.5291 0.75058 0.732 0.000 0.268
#> GSM682120 1 0.4702 0.77915 0.788 0.000 0.212
#> GSM682121 3 0.3116 0.78074 0.108 0.000 0.892
#> GSM682122 1 0.4605 0.76642 0.796 0.000 0.204
#> GSM682012 2 0.0424 0.94470 0.000 0.992 0.008
#> GSM682013 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0983 0.94093 0.004 0.980 0.016
#> GSM682017 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0983 0.93999 0.016 0.980 0.004
#> GSM682019 2 0.0592 0.94361 0.000 0.988 0.012
#> GSM682020 2 0.0424 0.94511 0.008 0.992 0.000
#> GSM682021 2 0.2200 0.91143 0.056 0.940 0.004
#> GSM682022 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.4978 0.74475 0.216 0.780 0.004
#> GSM682025 2 0.0424 0.94509 0.000 0.992 0.008
#> GSM682026 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.4504 0.71584 0.000 0.196 0.804
#> GSM682028 3 0.4121 0.74540 0.000 0.168 0.832
#> GSM682029 3 0.2165 0.82164 0.000 0.064 0.936
#> GSM682030 3 0.1753 0.83180 0.000 0.048 0.952
#> GSM682031 3 0.2356 0.82135 0.000 0.072 0.928
#> GSM682032 3 0.1964 0.82784 0.000 0.056 0.944
#> GSM682033 2 0.0424 0.94470 0.000 0.992 0.008
#> GSM681992 3 0.3551 0.78037 0.000 0.132 0.868
#> GSM681993 1 0.4861 0.77771 0.808 0.012 0.180
#> GSM681994 3 0.0424 0.84640 0.008 0.000 0.992
#> GSM681995 3 0.0000 0.84661 0.000 0.000 1.000
#> GSM681996 3 0.0237 0.84665 0.004 0.000 0.996
#> GSM681997 3 0.0237 0.84665 0.004 0.000 0.996
#> GSM681998 3 0.0237 0.84665 0.004 0.000 0.996
#> GSM681999 3 0.0000 0.84661 0.000 0.000 1.000
#> GSM682000 3 0.0000 0.84661 0.000 0.000 1.000
#> GSM682001 3 0.0237 0.84592 0.000 0.004 0.996
#> GSM682055 2 0.2066 0.90992 0.060 0.940 0.000
#> GSM682056 1 0.5733 0.50882 0.676 0.324 0.000
#> GSM682057 2 0.0237 0.94623 0.004 0.996 0.000
#> GSM682058 3 0.4551 0.79019 0.132 0.024 0.844
#> GSM682059 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.3644 0.84938 0.124 0.872 0.004
#> GSM682061 2 0.4629 0.76686 0.188 0.808 0.004
#> GSM682062 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0475 0.94540 0.004 0.992 0.004
#> GSM682064 2 0.7344 0.57987 0.080 0.680 0.240
#> GSM682065 1 0.2066 0.81993 0.940 0.000 0.060
#> GSM682066 3 0.3340 0.78552 0.120 0.000 0.880
#> GSM682067 1 0.1964 0.80068 0.944 0.056 0.000
#> GSM682068 3 0.0592 0.84740 0.012 0.000 0.988
#> GSM682069 1 0.3192 0.75834 0.888 0.112 0.000
#> GSM682070 1 0.3482 0.82019 0.872 0.000 0.128
#> GSM682071 2 0.2772 0.89237 0.080 0.916 0.004
#> GSM682072 1 0.4654 0.76365 0.792 0.000 0.208
#> GSM682073 1 0.6111 0.49291 0.604 0.000 0.396
#> GSM682074 1 0.0424 0.82586 0.992 0.000 0.008
#> GSM682075 3 0.0747 0.84705 0.016 0.000 0.984
#> GSM682076 1 0.5178 0.75790 0.744 0.000 0.256
#> GSM682077 1 0.0000 0.82315 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.3879 0.81540 0.848 0.000 0.152
#> GSM682079 1 0.3340 0.82216 0.880 0.000 0.120
#> GSM682080 1 0.5553 0.62699 0.724 0.272 0.004
#> GSM682081 1 0.6172 0.64241 0.680 0.012 0.308
#> GSM682082 1 0.4796 0.75945 0.780 0.000 0.220
#> GSM682083 1 0.5098 0.63536 0.752 0.000 0.248
#> GSM682084 1 0.4346 0.78062 0.816 0.000 0.184
#> GSM682085 1 0.4452 0.77553 0.808 0.000 0.192
#> GSM682086 3 0.0592 0.84687 0.012 0.000 0.988
#> GSM682087 1 0.5529 0.72428 0.704 0.000 0.296
#> GSM682088 1 0.1529 0.82865 0.960 0.000 0.040
#> GSM682089 1 0.0237 0.82459 0.996 0.000 0.004
#> GSM682090 1 0.2066 0.82933 0.940 0.000 0.060
#> GSM682091 1 0.2356 0.81617 0.928 0.000 0.072
#> GSM682092 1 0.3192 0.79679 0.888 0.000 0.112
#> GSM682093 1 0.0424 0.82522 0.992 0.000 0.008
#> GSM682094 3 0.0592 0.84531 0.012 0.000 0.988
#> GSM682095 2 0.0237 0.94622 0.004 0.996 0.000
#> GSM681982 1 0.5277 0.77052 0.796 0.024 0.180
#> GSM681983 3 0.3816 0.77583 0.148 0.000 0.852
#> GSM681984 2 0.8466 0.51810 0.212 0.616 0.172
#> GSM681985 1 0.4346 0.78062 0.816 0.000 0.184
#> GSM681986 3 0.4121 0.74357 0.000 0.168 0.832
#> GSM681987 2 0.0237 0.94622 0.004 0.996 0.000
#> GSM681988 1 0.8677 0.50996 0.572 0.140 0.288
#> GSM681989 3 0.6309 -0.02361 0.000 0.496 0.504
#> GSM681990 3 0.6235 -0.09065 0.436 0.000 0.564
#> GSM681991 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.2066 0.81993 0.940 0.000 0.060
#> GSM682035 1 0.1411 0.82461 0.964 0.000 0.036
#> GSM682036 1 0.4654 0.79138 0.792 0.000 0.208
#> GSM682037 1 0.4002 0.75025 0.840 0.000 0.160
#> GSM682038 2 0.0237 0.94622 0.004 0.996 0.000
#> GSM682039 1 0.2066 0.81993 0.940 0.000 0.060
#> GSM682040 1 0.1289 0.81819 0.968 0.032 0.000
#> GSM682041 1 0.1289 0.82621 0.968 0.000 0.032
#> GSM682042 1 0.0237 0.82489 0.996 0.000 0.004
#> GSM682043 3 0.5254 0.67767 0.264 0.000 0.736
#> GSM682044 1 0.2537 0.81279 0.920 0.000 0.080
#> GSM682045 1 0.2796 0.80928 0.908 0.000 0.092
#> GSM682046 3 0.4702 0.72433 0.212 0.000 0.788
#> GSM682047 1 0.3482 0.82205 0.872 0.000 0.128
#> GSM682048 1 0.1643 0.82368 0.956 0.000 0.044
#> GSM682049 1 0.0237 0.82396 0.996 0.000 0.004
#> GSM682050 3 0.5291 0.67156 0.268 0.000 0.732
#> GSM682051 1 0.0424 0.82522 0.992 0.000 0.008
#> GSM682052 1 0.1129 0.82224 0.976 0.020 0.004
#> GSM682053 1 0.0237 0.82396 0.996 0.000 0.004
#> GSM682054 3 0.4654 0.72675 0.208 0.000 0.792
#> GSM682123 1 0.0475 0.82376 0.992 0.004 0.004
#> GSM682124 1 0.4504 0.70701 0.804 0.000 0.196
#> GSM682125 1 0.0237 0.82269 0.996 0.004 0.000
#> GSM682126 1 0.6307 -0.08620 0.512 0.000 0.488
#> GSM682127 1 0.2356 0.81616 0.928 0.000 0.072
#> GSM682128 3 0.0892 0.84653 0.020 0.000 0.980
#> GSM682129 2 0.0000 0.94670 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0424 0.94511 0.008 0.992 0.000
#> GSM682131 2 0.0424 0.94488 0.008 0.992 0.000
#> GSM682132 3 0.0424 0.84758 0.008 0.000 0.992
#> GSM682133 3 0.4702 0.72656 0.212 0.000 0.788
#> GSM682134 1 0.0475 0.82376 0.992 0.004 0.004
#> GSM682135 3 0.9550 0.29962 0.204 0.340 0.456
#> GSM682136 3 0.5465 0.65095 0.288 0.000 0.712
#> GSM682137 3 0.3482 0.79352 0.128 0.000 0.872
#> GSM682138 1 0.1411 0.82760 0.964 0.000 0.036
#> GSM682139 2 0.4978 0.74568 0.216 0.780 0.004
#> GSM682140 1 0.3686 0.81456 0.860 0.000 0.140
#> GSM682141 3 0.5835 0.55211 0.340 0.000 0.660
#> GSM682142 3 0.5431 0.65253 0.284 0.000 0.716
#> GSM682143 2 0.0747 0.94083 0.016 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.2814 0.74473 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM682003 2 0.3873 0.72121 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM682004 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682005 4 0.4761 0.50859 0.000 0.004 0.332 0.664
#> GSM682006 4 0.4661 0.46402 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM682007 3 0.1792 0.77366 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM682008 3 0.3831 0.64432 0.000 0.004 0.792 0.204
#> GSM682009 3 0.5473 0.24072 0.004 0.408 0.576 0.012
#> GSM682010 3 0.2530 0.78672 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM682011 4 0.1022 0.80225 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM682096 2 0.1022 0.89883 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682097 3 0.1004 0.79039 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM682098 2 0.5077 0.72683 0.000 0.760 0.080 0.160
#> GSM682099 4 0.1452 0.79424 0.000 0.008 0.036 0.956
#> GSM682100 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.4008 0.67865 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM682103 1 0.4431 0.53384 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM682104 3 0.1004 0.80142 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM682105 4 0.1211 0.80008 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM682106 3 0.3528 0.66391 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM682107 4 0.0817 0.80389 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682108 3 0.7464 0.28743 0.328 0.000 0.480 0.192
#> GSM682109 3 0.3245 0.77707 0.056 0.000 0.880 0.064
#> GSM682110 4 0.4391 0.62250 0.008 0.000 0.252 0.740
#> GSM682111 3 0.0188 0.79736 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682112 3 0.2814 0.77101 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM682113 1 0.1211 0.86754 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682114 3 0.1557 0.80064 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM682115 1 0.0657 0.87496 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM682116 1 0.3625 0.77022 0.828 0.000 0.012 0.160
#> GSM682117 4 0.4907 0.23341 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM682118 3 0.5076 0.69731 0.172 0.000 0.756 0.072
#> GSM682119 1 0.5998 0.53610 0.668 0.000 0.240 0.092
#> GSM682120 1 0.3088 0.83670 0.888 0.000 0.060 0.052
#> GSM682121 4 0.4485 0.67541 0.028 0.000 0.200 0.772
#> GSM682122 3 0.0336 0.79468 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682012 2 0.2222 0.87702 0.000 0.924 0.060 0.016
#> GSM682013 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.5951 0.66869 0.000 0.696 0.152 0.152
#> GSM682017 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0817 0.90184 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM682020 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0469 0.90725 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.91121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.91121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.4220 0.66547 0.748 0.248 0.000 0.004
#> GSM682025 2 0.0188 0.91027 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682026 2 0.0188 0.91027 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682027 4 0.2125 0.77641 0.004 0.076 0.000 0.920
#> GSM682028 4 0.1452 0.79544 0.000 0.036 0.008 0.956
#> GSM682029 4 0.0376 0.80433 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM682030 4 0.0188 0.80511 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682031 4 0.0188 0.80511 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682032 4 0.0188 0.80511 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682033 2 0.2996 0.85305 0.000 0.892 0.044 0.064
#> GSM681992 4 0.8198 0.40600 0.064 0.296 0.124 0.516
#> GSM681993 3 0.0188 0.79707 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM681994 4 0.4643 0.47832 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM681995 4 0.0672 0.80621 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM681996 4 0.5165 0.10532 0.000 0.004 0.484 0.512
#> GSM681997 4 0.4008 0.63265 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM681998 4 0.4250 0.59449 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM681999 4 0.0524 0.80623 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM682000 4 0.0188 0.80536 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682001 4 0.1792 0.78685 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM682055 3 0.4907 0.17001 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM682056 3 0.4128 0.67500 0.020 0.168 0.808 0.004
#> GSM682057 2 0.0000 0.91121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.4775 0.73695 0.048 0.024 0.120 0.808
#> GSM682059 2 0.0000 0.91121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.3626 0.72630 0.184 0.812 0.000 0.004
#> GSM682061 3 0.5099 0.26860 0.000 0.380 0.612 0.008
#> GSM682062 2 0.0000 0.91121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682064 2 0.7516 0.27844 0.228 0.524 0.004 0.244
#> GSM682065 1 0.0000 0.87523 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 4 0.4720 0.47262 0.324 0.000 0.004 0.672
#> GSM682067 1 0.2984 0.83181 0.888 0.084 0.028 0.000
#> GSM682068 4 0.0469 0.80542 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682069 1 0.2611 0.82646 0.896 0.096 0.008 0.000
#> GSM682070 1 0.1042 0.87295 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM682071 3 0.2944 0.72419 0.000 0.128 0.868 0.004
#> GSM682072 3 0.1452 0.80219 0.036 0.000 0.956 0.008
#> GSM682073 3 0.1022 0.79031 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM682074 1 0.4564 0.46968 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM682075 4 0.0592 0.80511 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682076 3 0.4452 0.72877 0.156 0.000 0.796 0.048
#> GSM682077 1 0.0707 0.87245 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM682078 1 0.4331 0.57983 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM682079 1 0.0524 0.87472 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM682080 3 0.0657 0.79338 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM682081 3 0.0469 0.79361 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM682082 3 0.2578 0.79491 0.052 0.000 0.912 0.036
#> GSM682083 1 0.1978 0.85351 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM682084 3 0.2647 0.77823 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM682085 3 0.1389 0.80131 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM682086 4 0.4164 0.58761 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM682087 3 0.4487 0.74115 0.092 0.000 0.808 0.100
#> GSM682088 1 0.1302 0.86127 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM682089 3 0.4994 0.12463 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM682090 3 0.4522 0.54958 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM682091 1 0.1938 0.85584 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM682092 1 0.0336 0.87530 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682093 1 0.4072 0.63945 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM682094 4 0.4164 0.58729 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM682095 2 0.1302 0.89425 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM681982 3 0.0188 0.79490 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681983 1 0.4955 0.24057 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM681984 2 0.5774 0.00693 0.020 0.496 0.480 0.004
#> GSM681985 3 0.3123 0.75784 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM681986 4 0.9113 0.30944 0.084 0.276 0.224 0.416
#> GSM681987 2 0.2944 0.83401 0.004 0.868 0.128 0.000
#> GSM681988 3 0.0657 0.79241 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM681989 3 0.7343 -0.09110 0.000 0.156 0.424 0.420
#> GSM681990 3 0.6897 0.46516 0.244 0.000 0.588 0.168
#> GSM681991 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.87523 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0376 0.87493 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM682036 1 0.5272 0.70011 0.752 0.000 0.112 0.136
#> GSM682037 1 0.0592 0.87398 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM682038 2 0.4790 0.44801 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM682039 1 0.0188 0.87580 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682040 3 0.4543 0.51011 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM682041 1 0.0469 0.87408 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682042 3 0.1302 0.80113 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM682043 1 0.2011 0.84822 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682044 1 0.0336 0.87487 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682045 1 0.0937 0.87369 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM682046 1 0.3975 0.68316 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM682047 1 0.3801 0.69780 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM682048 1 0.0188 0.87491 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682049 1 0.0592 0.87327 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682050 1 0.1557 0.86075 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM682051 1 0.4008 0.63747 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM682052 3 0.1792 0.79677 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM682053 1 0.1389 0.86278 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682054 1 0.3528 0.74577 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM682123 1 0.0804 0.87349 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM682124 1 0.1520 0.86702 0.956 0.024 0.000 0.020
#> GSM682125 1 0.1059 0.87256 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM682126 1 0.1302 0.86616 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM682127 1 0.0336 0.87487 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682128 4 0.1211 0.79404 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM682129 2 0.1022 0.89962 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM682130 2 0.0188 0.91146 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.2973 0.81872 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM682132 4 0.0188 0.80496 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682133 1 0.4564 0.53906 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM682134 1 0.0804 0.87349 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM682135 1 0.6531 0.56592 0.636 0.204 0.000 0.160
#> GSM682136 1 0.1474 0.86281 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM682137 4 0.3494 0.71626 0.172 0.000 0.004 0.824
#> GSM682138 1 0.0592 0.87327 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682139 1 0.3982 0.70562 0.776 0.220 0.000 0.004
#> GSM682140 1 0.1059 0.87426 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM682141 1 0.1576 0.86423 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM682142 1 0.1557 0.86133 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM682143 2 0.1209 0.89970 0.004 0.964 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.3282 0.57371 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> GSM682003 2 0.5059 0.37905 0.000 0.696 0.192 0.000 0.112
#> GSM682004 2 0.2982 0.61400 0.000 0.860 0.004 0.020 0.116
#> GSM682005 4 0.6072 0.48634 0.000 0.000 0.180 0.568 0.252
#> GSM682006 4 0.4941 0.31830 0.000 0.000 0.328 0.628 0.044
#> GSM682007 3 0.2189 0.71004 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> GSM682008 3 0.4605 0.59700 0.000 0.000 0.732 0.076 0.192
#> GSM682009 3 0.7247 0.26987 0.000 0.064 0.504 0.276 0.156
#> GSM682010 3 0.5681 0.40278 0.000 0.000 0.608 0.268 0.124
#> GSM682011 4 0.0865 0.60918 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM682096 2 0.2069 0.63034 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> GSM682097 5 0.4434 0.01508 0.000 0.004 0.460 0.000 0.536
#> GSM682098 5 0.3944 0.47513 0.000 0.272 0.004 0.004 0.720
#> GSM682099 5 0.4737 0.29510 0.000 0.056 0.004 0.228 0.712
#> GSM682100 2 0.0609 0.67002 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682101 2 0.0290 0.67310 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682102 4 0.4395 0.48889 0.188 0.000 0.000 0.748 0.064
#> GSM682103 3 0.5021 0.25218 0.380 0.000 0.588 0.024 0.008
#> GSM682104 3 0.2629 0.67331 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136
#> GSM682105 4 0.3305 0.54904 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM682106 3 0.3767 0.68460 0.000 0.000 0.812 0.120 0.068
#> GSM682107 4 0.2102 0.60994 0.004 0.000 0.012 0.916 0.068
#> GSM682108 3 0.6436 0.09540 0.004 0.000 0.440 0.404 0.152
#> GSM682109 3 0.2575 0.69856 0.004 0.000 0.884 0.100 0.012
#> GSM682110 4 0.5421 0.42247 0.000 0.000 0.276 0.628 0.096
#> GSM682111 3 0.0912 0.71788 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM682112 3 0.0880 0.71296 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682113 4 0.5850 -0.13763 0.428 0.000 0.000 0.476 0.096
#> GSM682114 3 0.2130 0.69889 0.012 0.000 0.908 0.000 0.080
#> GSM682115 1 0.0162 0.81980 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.1831 0.79779 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> GSM682117 4 0.2875 0.58978 0.008 0.000 0.052 0.884 0.056
#> GSM682118 3 0.4581 0.51242 0.004 0.000 0.696 0.268 0.032
#> GSM682119 3 0.6687 0.04936 0.004 0.008 0.420 0.416 0.152
#> GSM682120 1 0.3076 0.78885 0.876 0.000 0.024 0.072 0.028
#> GSM682121 4 0.6381 0.32353 0.016 0.000 0.112 0.496 0.376
#> GSM682122 3 0.2020 0.69178 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM682012 5 0.4644 0.23044 0.000 0.460 0.012 0.000 0.528
#> GSM682013 2 0.0880 0.66521 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM682014 2 0.0000 0.67380 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0404 0.67237 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682016 5 0.4280 0.44936 0.000 0.312 0.008 0.004 0.676
#> GSM682017 2 0.0000 0.67380 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1197 0.65816 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM682019 5 0.4305 0.17905 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM682020 2 0.0000 0.67380 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1341 0.65299 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM682022 2 0.3003 0.52067 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM682023 2 0.4305 -0.18559 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM682024 1 0.3913 0.45581 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.3684 0.37782 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM682026 2 0.4273 -0.07209 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM682027 4 0.6084 0.19081 0.000 0.132 0.000 0.508 0.360
#> GSM682028 5 0.4747 0.05839 0.000 0.028 0.000 0.352 0.620
#> GSM682029 5 0.4300 -0.20966 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM682030 4 0.4249 0.32571 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM682031 4 0.4256 0.31545 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM682032 4 0.4150 0.38526 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM682033 5 0.4390 0.29930 0.000 0.428 0.000 0.004 0.568
#> GSM681992 4 0.7186 0.26431 0.000 0.256 0.068 0.524 0.152
#> GSM681993 3 0.0404 0.71539 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM681994 4 0.6061 0.48060 0.000 0.000 0.212 0.576 0.212
#> GSM681995 4 0.2074 0.59964 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM681996 4 0.6760 0.28795 0.000 0.000 0.284 0.400 0.316
#> GSM681997 4 0.5470 0.50013 0.000 0.000 0.112 0.636 0.252
#> GSM681998 4 0.4946 0.56423 0.000 0.000 0.168 0.712 0.120
#> GSM681999 4 0.1942 0.60959 0.000 0.000 0.012 0.920 0.068
#> GSM682000 4 0.3210 0.55723 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM682001 4 0.2392 0.58307 0.004 0.000 0.004 0.888 0.104
#> GSM682055 5 0.6500 0.39363 0.000 0.276 0.236 0.000 0.488
#> GSM682056 5 0.5096 0.16280 0.016 0.016 0.400 0.000 0.568
#> GSM682057 2 0.4138 0.13196 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM682058 5 0.4305 0.50746 0.032 0.084 0.048 0.016 0.820
#> GSM682059 2 0.3534 0.41554 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM682060 2 0.3594 0.52652 0.172 0.804 0.000 0.004 0.020
#> GSM682061 5 0.5950 0.47017 0.000 0.220 0.188 0.000 0.592
#> GSM682062 2 0.1197 0.65708 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM682063 2 0.0000 0.67380 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 2 0.6219 0.32011 0.008 0.560 0.000 0.288 0.144
#> GSM682065 1 0.4949 0.65321 0.712 0.008 0.000 0.208 0.072
#> GSM682066 4 0.1857 0.61071 0.008 0.000 0.004 0.928 0.060
#> GSM682067 2 0.6911 0.43058 0.024 0.608 0.040 0.180 0.148
#> GSM682068 4 0.3210 0.55782 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM682069 2 0.7305 0.37538 0.244 0.528 0.000 0.104 0.124
#> GSM682070 4 0.9332 0.22042 0.156 0.168 0.128 0.400 0.148
#> GSM682071 3 0.4307 0.01126 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM682072 3 0.2236 0.70590 0.000 0.000 0.908 0.068 0.024
#> GSM682073 3 0.2592 0.71459 0.000 0.000 0.892 0.056 0.052
#> GSM682074 1 0.3086 0.70756 0.816 0.000 0.180 0.000 0.004
#> GSM682075 4 0.3508 0.52746 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM682076 3 0.6284 0.48388 0.224 0.000 0.592 0.016 0.168
#> GSM682077 1 0.0510 0.81835 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.5078 0.27371 0.544 0.000 0.424 0.028 0.004
#> GSM682079 1 0.2597 0.79445 0.884 0.000 0.024 0.092 0.000
#> GSM682080 3 0.2732 0.64794 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM682081 3 0.2172 0.70352 0.000 0.000 0.908 0.016 0.076
#> GSM682082 3 0.4505 0.41492 0.008 0.000 0.620 0.004 0.368
#> GSM682083 1 0.1041 0.81558 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM682084 3 0.0854 0.71780 0.004 0.000 0.976 0.008 0.012
#> GSM682085 3 0.1205 0.71294 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM682086 4 0.1518 0.59895 0.004 0.000 0.004 0.944 0.048
#> GSM682087 3 0.6541 0.48403 0.136 0.000 0.580 0.036 0.248
#> GSM682088 1 0.0609 0.81786 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM682089 1 0.4872 0.24854 0.540 0.000 0.436 0.000 0.024
#> GSM682090 1 0.5188 0.25532 0.540 0.000 0.416 0.000 0.044
#> GSM682091 2 0.6930 0.26174 0.020 0.520 0.012 0.300 0.148
#> GSM682092 1 0.0404 0.82138 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682093 3 0.4256 0.63174 0.184 0.000 0.764 0.048 0.004
#> GSM682094 4 0.2289 0.59152 0.004 0.000 0.012 0.904 0.080
#> GSM682095 2 0.0807 0.67021 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM681982 3 0.0510 0.71480 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM681983 4 0.3090 0.57686 0.052 0.000 0.000 0.860 0.088
#> GSM681984 3 0.7915 0.22809 0.000 0.156 0.460 0.228 0.156
#> GSM681985 3 0.3912 0.63976 0.000 0.000 0.804 0.088 0.108
#> GSM681986 4 0.7913 0.24728 0.000 0.184 0.192 0.468 0.156
#> GSM681987 2 0.2344 0.64555 0.000 0.904 0.064 0.000 0.032
#> GSM681988 3 0.2674 0.67372 0.000 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM681989 4 0.6255 0.18721 0.000 0.008 0.316 0.540 0.136
#> GSM681990 3 0.6381 0.10702 0.004 0.000 0.448 0.404 0.144
#> GSM681991 2 0.3567 0.59027 0.000 0.820 0.004 0.032 0.144
#> GSM682034 1 0.0000 0.82032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.82032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 4 0.8383 0.20432 0.012 0.224 0.184 0.428 0.152
#> GSM682037 1 0.0000 0.82032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.6139 0.30908 0.000 0.560 0.328 0.020 0.092
#> GSM682039 1 0.6858 0.46171 0.560 0.000 0.052 0.240 0.148
#> GSM682040 3 0.4823 0.47156 0.276 0.000 0.672 0.000 0.052
#> GSM682041 1 0.0000 0.82032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682042 3 0.3950 0.61929 0.068 0.000 0.796 0.000 0.136
#> GSM682043 1 0.1041 0.81826 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM682044 1 0.3691 0.73341 0.804 0.000 0.000 0.156 0.040
#> GSM682045 2 0.8853 -0.00351 0.276 0.308 0.020 0.248 0.148
#> GSM682046 4 0.4744 -0.16035 0.476 0.000 0.000 0.508 0.016
#> GSM682047 1 0.5576 0.22033 0.512 0.000 0.424 0.060 0.004
#> GSM682048 1 0.4855 0.65992 0.720 0.000 0.000 0.168 0.112
#> GSM682049 1 0.0162 0.81980 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.3720 0.69063 0.760 0.000 0.000 0.228 0.012
#> GSM682051 1 0.1430 0.80587 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM682052 3 0.0898 0.71554 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM682053 1 0.1908 0.79665 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM682054 1 0.4656 0.21707 0.508 0.000 0.000 0.480 0.012
#> GSM682123 1 0.0798 0.82031 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM682124 1 0.2077 0.79737 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> GSM682125 1 0.0000 0.82032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.4800 0.60965 0.676 0.000 0.000 0.272 0.052
#> GSM682127 1 0.3319 0.74355 0.820 0.000 0.000 0.160 0.020
#> GSM682128 5 0.5143 -0.18130 0.000 0.000 0.040 0.428 0.532
#> GSM682129 5 0.5177 0.19328 0.000 0.472 0.040 0.000 0.488
#> GSM682130 2 0.0290 0.67310 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682131 2 0.5509 -0.24553 0.000 0.472 0.064 0.000 0.464
#> GSM682132 4 0.4227 0.34811 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> GSM682133 1 0.3321 0.73220 0.832 0.000 0.000 0.136 0.032
#> GSM682134 1 0.0324 0.82031 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM682135 2 0.6582 0.27502 0.024 0.532 0.000 0.308 0.136
#> GSM682136 1 0.5822 0.41834 0.548 0.000 0.000 0.344 0.108
#> GSM682137 4 0.6678 0.33855 0.256 0.000 0.000 0.432 0.312
#> GSM682138 1 0.0162 0.81980 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682139 2 0.6705 0.42427 0.204 0.600 0.000 0.124 0.072
#> GSM682140 1 0.0671 0.82095 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM682141 1 0.1197 0.81533 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM682142 4 0.6362 -0.01508 0.372 0.008 0.000 0.488 0.132
#> GSM682143 2 0.0162 0.67356 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 3 0.1829 0.74010 0.036 0.000 0.928 0.000 0.008 0.028
#> GSM682003 5 0.6325 0.03425 0.000 0.100 0.000 0.064 0.448 0.388
#> GSM682004 2 0.1333 0.77501 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> GSM682005 3 0.4616 0.53237 0.000 0.000 0.672 0.020 0.268 0.040
#> GSM682006 4 0.4565 0.16754 0.000 0.000 0.476 0.496 0.020 0.008
#> GSM682007 4 0.3663 0.71066 0.000 0.000 0.064 0.816 0.096 0.024
#> GSM682008 4 0.6202 0.53083 0.000 0.000 0.124 0.572 0.076 0.228
#> GSM682009 5 0.3090 0.68047 0.000 0.024 0.092 0.024 0.856 0.004
#> GSM682010 4 0.3737 0.65388 0.000 0.000 0.044 0.780 0.168 0.008
#> GSM682011 3 0.1901 0.70773 0.000 0.000 0.912 0.004 0.076 0.008
#> GSM682096 2 0.2401 0.77835 0.000 0.900 0.028 0.024 0.000 0.048
#> GSM682097 4 0.4082 0.17437 0.000 0.004 0.000 0.560 0.004 0.432
#> GSM682098 6 0.2940 0.72026 0.000 0.112 0.036 0.004 0.000 0.848
#> GSM682099 6 0.6271 -0.07252 0.000 0.044 0.384 0.124 0.000 0.448
#> GSM682100 2 0.1501 0.78164 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682101 2 0.0632 0.78654 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682102 3 0.4205 0.59999 0.184 0.000 0.744 0.000 0.060 0.012
#> GSM682103 4 0.1845 0.72929 0.072 0.004 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM682104 4 0.0972 0.73089 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM682105 3 0.2209 0.74377 0.004 0.000 0.904 0.040 0.000 0.052
#> GSM682106 4 0.3307 0.71208 0.000 0.000 0.116 0.832 0.028 0.024
#> GSM682107 3 0.2036 0.71479 0.000 0.000 0.916 0.028 0.048 0.008
#> GSM682108 4 0.5204 0.57018 0.000 0.008 0.152 0.680 0.144 0.016
#> GSM682109 4 0.2625 0.71665 0.000 0.000 0.056 0.872 0.072 0.000
#> GSM682110 4 0.4224 0.48489 0.000 0.000 0.340 0.632 0.028 0.000
#> GSM682111 4 0.1138 0.72908 0.000 0.000 0.012 0.960 0.024 0.004
#> GSM682112 5 0.4249 0.49717 0.000 0.000 0.000 0.260 0.688 0.052
#> GSM682113 4 0.7958 0.08062 0.312 0.104 0.192 0.356 0.012 0.024
#> GSM682114 4 0.1536 0.72766 0.004 0.000 0.000 0.940 0.016 0.040
#> GSM682115 1 0.0146 0.88051 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.1616 0.86155 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM682117 3 0.5464 0.00414 0.000 0.004 0.484 0.428 0.072 0.012
#> GSM682118 4 0.5008 0.54364 0.000 0.000 0.188 0.644 0.168 0.000
#> GSM682119 5 0.6387 0.05221 0.000 0.004 0.200 0.380 0.400 0.016
#> GSM682120 4 0.5099 0.32148 0.416 0.000 0.060 0.516 0.000 0.008
#> GSM682121 3 0.6086 0.29730 0.020 0.000 0.504 0.300 0.000 0.176
#> GSM682122 4 0.1657 0.72616 0.000 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM682012 6 0.3763 0.71675 0.000 0.172 0.000 0.000 0.060 0.768
#> GSM682013 2 0.2783 0.73665 0.000 0.836 0.000 0.000 0.016 0.148
#> GSM682014 2 0.1151 0.78709 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM682015 2 0.2147 0.77444 0.000 0.896 0.000 0.000 0.020 0.084
#> GSM682016 6 0.2362 0.72007 0.000 0.080 0.016 0.000 0.012 0.892
#> GSM682017 2 0.1434 0.78575 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM682018 2 0.2234 0.75957 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> GSM682019 6 0.3452 0.66146 0.000 0.256 0.004 0.000 0.004 0.736
#> GSM682020 2 0.1010 0.78689 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM682021 2 0.1444 0.78292 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM682022 2 0.3314 0.61369 0.000 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> GSM682023 6 0.3766 0.59090 0.000 0.304 0.000 0.000 0.012 0.684
#> GSM682024 2 0.3266 0.55421 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.3409 0.54924 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM682026 6 0.3769 0.48864 0.000 0.356 0.000 0.000 0.004 0.640
#> GSM682027 3 0.3418 0.69478 0.000 0.032 0.784 0.000 0.000 0.184
#> GSM682028 3 0.4212 0.38368 0.000 0.016 0.560 0.000 0.000 0.424
#> GSM682029 3 0.3490 0.64162 0.000 0.008 0.724 0.000 0.000 0.268
#> GSM682030 3 0.2994 0.69472 0.000 0.004 0.788 0.000 0.000 0.208
#> GSM682031 3 0.3081 0.68709 0.000 0.004 0.776 0.000 0.000 0.220
#> GSM682032 3 0.2762 0.70391 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM682033 6 0.3638 0.72480 0.000 0.156 0.036 0.004 0.008 0.796
#> GSM681992 5 0.5237 0.50972 0.000 0.072 0.272 0.016 0.632 0.008
#> GSM681993 4 0.4537 0.51857 0.000 0.000 0.000 0.664 0.264 0.072
#> GSM681994 3 0.3634 0.71742 0.000 0.000 0.820 0.092 0.028 0.060
#> GSM681995 3 0.1245 0.73412 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM681996 3 0.4400 0.68003 0.000 0.000 0.744 0.092 0.016 0.148
#> GSM681997 3 0.3314 0.71976 0.000 0.000 0.820 0.048 0.004 0.128
#> GSM681998 3 0.3419 0.70092 0.000 0.000 0.828 0.072 0.088 0.012
#> GSM681999 3 0.1901 0.70888 0.000 0.000 0.912 0.008 0.076 0.004
#> GSM682000 3 0.1082 0.74251 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM682001 3 0.3324 0.63733 0.000 0.004 0.808 0.016 0.164 0.008
#> GSM682055 6 0.4688 0.67407 0.000 0.096 0.000 0.080 0.076 0.748
#> GSM682056 6 0.5173 0.15632 0.012 0.024 0.000 0.436 0.020 0.508
#> GSM682057 2 0.3707 0.51325 0.000 0.680 0.000 0.008 0.000 0.312
#> GSM682058 6 0.4308 0.61271 0.000 0.040 0.104 0.084 0.000 0.772
#> GSM682059 2 0.3938 0.47775 0.000 0.660 0.000 0.000 0.016 0.324
#> GSM682060 2 0.2827 0.75974 0.032 0.884 0.004 0.052 0.004 0.024
#> GSM682061 6 0.3512 0.70370 0.000 0.076 0.004 0.056 0.028 0.836
#> GSM682062 2 0.2482 0.74007 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM682063 2 0.0291 0.78359 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682064 2 0.3510 0.69042 0.000 0.824 0.088 0.000 0.072 0.016
#> GSM682065 1 0.6244 0.62589 0.636 0.184 0.060 0.084 0.012 0.024
#> GSM682066 3 0.3593 0.63825 0.004 0.000 0.788 0.176 0.024 0.008
#> GSM682067 2 0.3807 0.70871 0.008 0.832 0.020 0.080 0.032 0.028
#> GSM682068 3 0.1333 0.74365 0.008 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM682069 2 0.3521 0.71727 0.076 0.848 0.008 0.020 0.028 0.020
#> GSM682070 2 0.8326 -0.06180 0.040 0.356 0.164 0.284 0.140 0.016
#> GSM682071 6 0.4818 0.45061 0.000 0.004 0.000 0.212 0.112 0.672
#> GSM682072 4 0.2436 0.71373 0.000 0.000 0.032 0.880 0.088 0.000
#> GSM682073 4 0.2972 0.72592 0.000 0.000 0.032 0.868 0.052 0.048
#> GSM682074 4 0.4341 0.44399 0.356 0.004 0.000 0.620 0.008 0.012
#> GSM682075 3 0.1663 0.73914 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM682076 4 0.4148 0.70420 0.032 0.000 0.072 0.780 0.000 0.116
#> GSM682077 1 0.3993 0.72304 0.764 0.032 0.000 0.184 0.004 0.016
#> GSM682078 4 0.3017 0.70494 0.164 0.000 0.020 0.816 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.3811 0.67373 0.152 0.004 0.028 0.792 0.000 0.024
#> GSM682080 4 0.5879 0.26928 0.000 0.004 0.000 0.476 0.184 0.336
#> GSM682081 4 0.3821 0.67141 0.000 0.000 0.000 0.772 0.148 0.080
#> GSM682082 4 0.3580 0.67660 0.004 0.000 0.028 0.772 0.000 0.196
#> GSM682083 1 0.0622 0.88044 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM682084 4 0.1053 0.72949 0.004 0.000 0.000 0.964 0.020 0.012
#> GSM682085 4 0.1003 0.72872 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM682086 3 0.2758 0.69283 0.000 0.000 0.872 0.036 0.080 0.012
#> GSM682087 4 0.5015 0.66099 0.052 0.000 0.072 0.700 0.000 0.176
#> GSM682088 4 0.3451 0.65059 0.204 0.004 0.000 0.776 0.004 0.012
#> GSM682089 4 0.3529 0.66219 0.208 0.000 0.000 0.764 0.000 0.028
#> GSM682090 4 0.3660 0.67081 0.188 0.000 0.000 0.772 0.004 0.036
#> GSM682091 2 0.4836 0.61988 0.000 0.744 0.112 0.032 0.096 0.016
#> GSM682092 1 0.0858 0.87670 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM682093 4 0.1768 0.73147 0.044 0.004 0.000 0.932 0.008 0.012
#> GSM682094 3 0.3043 0.66396 0.000 0.000 0.836 0.024 0.132 0.008
#> GSM682095 2 0.4496 0.62770 0.000 0.704 0.000 0.000 0.116 0.180
#> GSM681982 5 0.2786 0.63984 0.000 0.000 0.000 0.056 0.860 0.084
#> GSM681983 3 0.4606 0.58819 0.080 0.004 0.720 0.000 0.184 0.012
#> GSM681984 5 0.1799 0.68028 0.000 0.008 0.052 0.008 0.928 0.004
#> GSM681985 5 0.1594 0.67082 0.000 0.000 0.000 0.052 0.932 0.016
#> GSM681986 5 0.4116 0.63948 0.000 0.044 0.172 0.008 0.764 0.012
#> GSM681987 5 0.5084 0.40809 0.000 0.252 0.000 0.012 0.640 0.096
#> GSM681988 5 0.5912 0.21824 0.000 0.000 0.000 0.216 0.440 0.344
#> GSM681989 5 0.3023 0.64342 0.000 0.000 0.180 0.008 0.808 0.004
#> GSM681990 5 0.4214 0.62438 0.000 0.000 0.184 0.076 0.736 0.004
#> GSM681991 2 0.3927 0.49266 0.000 0.644 0.000 0.000 0.344 0.012
#> GSM682034 1 0.0363 0.88117 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0146 0.88135 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 5 0.4938 0.59295 0.004 0.040 0.216 0.028 0.700 0.012
#> GSM682037 1 0.0146 0.88135 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.1957 0.64671 0.000 0.008 0.000 0.008 0.912 0.072
#> GSM682039 5 0.4576 0.56751 0.208 0.004 0.080 0.000 0.704 0.004
#> GSM682040 5 0.6292 0.49706 0.204 0.000 0.000 0.116 0.576 0.104
#> GSM682041 1 0.0000 0.88032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682042 5 0.5046 0.56085 0.072 0.000 0.000 0.048 0.692 0.188
#> GSM682043 1 0.1387 0.86607 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.2451 0.83320 0.884 0.000 0.056 0.000 0.060 0.000
#> GSM682045 5 0.5110 0.57091 0.196 0.020 0.092 0.000 0.684 0.008
#> GSM682046 3 0.4664 0.27410 0.388 0.000 0.572 0.000 0.032 0.008
#> GSM682047 4 0.4688 0.26131 0.428 0.000 0.024 0.536 0.012 0.000
#> GSM682048 1 0.3679 0.70251 0.760 0.000 0.040 0.000 0.200 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.88032 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.3460 0.75879 0.796 0.000 0.164 0.000 0.036 0.004
#> GSM682051 1 0.0458 0.87948 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.4820 0.58940 0.044 0.000 0.000 0.112 0.728 0.116
#> GSM682053 1 0.1666 0.86695 0.936 0.000 0.000 0.020 0.036 0.008
#> GSM682054 3 0.4891 0.32647 0.360 0.000 0.576 0.000 0.060 0.004
#> GSM682123 1 0.0260 0.88187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682124 1 0.2228 0.86128 0.908 0.056 0.024 0.000 0.004 0.008
#> GSM682125 1 0.0692 0.87811 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM682126 1 0.4006 0.77121 0.788 0.036 0.144 0.000 0.020 0.012
#> GSM682127 1 0.3794 0.82650 0.836 0.044 0.036 0.056 0.004 0.024
#> GSM682128 3 0.3584 0.60717 0.004 0.000 0.688 0.000 0.000 0.308
#> GSM682129 6 0.3766 0.67884 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.736
#> GSM682130 2 0.1471 0.78412 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM682131 6 0.4151 0.70583 0.000 0.176 0.000 0.004 0.076 0.744
#> GSM682132 3 0.2915 0.71204 0.008 0.000 0.808 0.000 0.000 0.184
#> GSM682133 1 0.4976 0.38366 0.592 0.000 0.340 0.012 0.000 0.056
#> GSM682134 1 0.1078 0.87843 0.964 0.016 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM682135 2 0.3991 0.64938 0.004 0.788 0.128 0.000 0.064 0.016
#> GSM682136 1 0.5371 0.58494 0.640 0.036 0.260 0.000 0.052 0.012
#> GSM682137 3 0.4932 0.60859 0.228 0.000 0.644 0.000 0.000 0.128
#> GSM682138 1 0.0858 0.87714 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM682139 2 0.3232 0.72257 0.076 0.860 0.028 0.004 0.012 0.020
#> GSM682140 1 0.3056 0.72919 0.804 0.004 0.008 0.184 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.1434 0.86717 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012 0.000
#> GSM682142 3 0.6179 0.24349 0.332 0.016 0.500 0.000 0.140 0.012
#> GSM682143 2 0.1787 0.77449 0.000 0.920 0.000 0.004 0.068 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> CV:NMF 156 1.04e-10 8.94e-01 2
#> CV:NMF 152 1.29e-05 1.00e-03 3
#> CV:NMF 143 7.49e-09 4.47e-04 4
#> CV:NMF 92 6.50e-07 3.63e-04 5
#> CV:NMF 134 1.66e-16 4.92e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.399 0.801 0.885 0.3327 0.645 0.645
#> 3 3 0.330 0.515 0.755 0.6660 0.793 0.686
#> 4 4 0.377 0.544 0.736 0.1318 0.904 0.810
#> 5 5 0.463 0.466 0.722 0.1588 0.824 0.617
#> 6 6 0.522 0.488 0.686 0.0466 0.907 0.713
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682003 2 0.5737 0.785 0.136 0.864
#> GSM682004 2 0.5629 0.784 0.132 0.868
#> GSM682005 1 0.2778 0.885 0.952 0.048
#> GSM682006 1 0.3274 0.881 0.940 0.060
#> GSM682007 1 0.6623 0.794 0.828 0.172
#> GSM682008 1 0.6623 0.794 0.828 0.172
#> GSM682009 1 0.5294 0.817 0.880 0.120
#> GSM682010 1 0.0938 0.905 0.988 0.012
#> GSM682011 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682096 1 0.8499 0.506 0.724 0.276
#> GSM682097 1 0.6048 0.810 0.852 0.148
#> GSM682098 1 0.7528 0.699 0.784 0.216
#> GSM682099 1 0.4022 0.860 0.920 0.080
#> GSM682100 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682101 1 0.9209 0.272 0.664 0.336
#> GSM682102 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.3733 0.880 0.928 0.072
#> GSM682104 1 0.5408 0.838 0.876 0.124
#> GSM682105 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682106 1 0.2423 0.897 0.960 0.040
#> GSM682107 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682108 1 0.0938 0.905 0.988 0.012
#> GSM682109 1 0.5519 0.825 0.872 0.128
#> GSM682110 1 0.2043 0.899 0.968 0.032
#> GSM682111 1 0.7299 0.743 0.796 0.204
#> GSM682112 2 0.0672 0.707 0.008 0.992
#> GSM682113 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.5178 0.845 0.884 0.116
#> GSM682115 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682116 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682117 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682118 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682119 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682120 1 0.1633 0.902 0.976 0.024
#> GSM682121 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682122 1 0.5408 0.839 0.876 0.124
#> GSM682012 2 0.8081 0.794 0.248 0.752
#> GSM682013 2 0.9522 0.736 0.372 0.628
#> GSM682014 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682015 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682016 2 0.8081 0.794 0.248 0.752
#> GSM682017 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682018 1 0.9909 -0.236 0.556 0.444
#> GSM682019 2 0.9815 0.652 0.420 0.580
#> GSM682020 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682021 1 0.9552 0.106 0.624 0.376
#> GSM682022 2 0.9933 0.581 0.452 0.548
#> GSM682023 2 0.9933 0.581 0.452 0.548
#> GSM682024 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682025 1 1.0000 -0.438 0.504 0.496
#> GSM682026 2 0.9710 0.691 0.400 0.600
#> GSM682027 1 0.4939 0.830 0.892 0.108
#> GSM682028 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> GSM682029 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> GSM682030 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> GSM682031 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> GSM682032 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> GSM682033 2 0.6623 0.792 0.172 0.828
#> GSM681992 1 0.6531 0.723 0.832 0.168
#> GSM681993 2 0.8955 0.687 0.312 0.688
#> GSM681994 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM681995 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM681996 1 0.6623 0.794 0.828 0.172
#> GSM681997 1 0.2423 0.890 0.960 0.040
#> GSM681998 1 0.1843 0.898 0.972 0.028
#> GSM681999 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682000 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682001 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682055 1 0.9427 0.302 0.640 0.360
#> GSM682056 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM682057 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682058 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM682059 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682060 2 0.8499 0.720 0.276 0.724
#> GSM682061 2 0.3584 0.746 0.068 0.932
#> GSM682062 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682063 1 0.9209 0.272 0.664 0.336
#> GSM682064 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682065 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682067 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682068 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682069 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682070 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682071 1 0.9815 0.129 0.580 0.420
#> GSM682072 1 0.5629 0.820 0.868 0.132
#> GSM682073 1 0.6887 0.774 0.816 0.184
#> GSM682074 1 0.4298 0.863 0.912 0.088
#> GSM682075 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682076 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682077 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.4022 0.868 0.920 0.080
#> GSM682079 1 0.1633 0.902 0.976 0.024
#> GSM682080 1 0.9795 0.147 0.584 0.416
#> GSM682081 1 0.7376 0.736 0.792 0.208
#> GSM682082 1 0.5178 0.845 0.884 0.116
#> GSM682083 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682084 1 0.5294 0.843 0.880 0.120
#> GSM682085 1 0.5294 0.843 0.880 0.120
#> GSM682086 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682087 1 0.0376 0.905 0.996 0.004
#> GSM682088 1 0.4022 0.868 0.920 0.080
#> GSM682089 1 0.4161 0.868 0.916 0.084
#> GSM682090 1 0.4298 0.865 0.912 0.088
#> GSM682091 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682092 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682093 1 0.0938 0.906 0.988 0.012
#> GSM682094 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.5737 0.785 0.136 0.864
#> GSM681982 2 0.3733 0.750 0.072 0.928
#> GSM681983 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.9608 0.655 0.384 0.616
#> GSM681985 2 0.3879 0.752 0.076 0.924
#> GSM681986 2 0.9608 0.655 0.384 0.616
#> GSM681987 2 0.5629 0.784 0.132 0.868
#> GSM681988 1 0.8386 0.626 0.732 0.268
#> GSM681989 1 0.5294 0.817 0.880 0.120
#> GSM681990 1 0.1184 0.904 0.984 0.016
#> GSM681991 2 0.5629 0.784 0.132 0.868
#> GSM682034 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682037 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.8327 0.782 0.264 0.736
#> GSM682039 1 0.1843 0.897 0.972 0.028
#> GSM682040 2 0.0000 0.706 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.4690 0.855 0.900 0.100
#> GSM682042 2 0.4161 0.740 0.084 0.916
#> GSM682043 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1843 0.897 0.972 0.028
#> GSM682046 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.4298 0.863 0.912 0.088
#> GSM682048 1 0.2603 0.890 0.956 0.044
#> GSM682049 1 0.4690 0.855 0.900 0.100
#> GSM682050 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.4690 0.855 0.900 0.100
#> GSM682052 2 0.4161 0.740 0.084 0.916
#> GSM682053 1 0.8661 0.541 0.712 0.288
#> GSM682054 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682124 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682125 1 0.2603 0.890 0.956 0.044
#> GSM682126 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682129 2 0.9358 0.755 0.352 0.648
#> GSM682130 2 0.9460 0.747 0.364 0.636
#> GSM682131 2 0.7674 0.796 0.224 0.776
#> GSM682132 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682133 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682134 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682135 1 0.0672 0.906 0.992 0.008
#> GSM682136 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0672 0.905 0.992 0.008
#> GSM682138 1 0.4298 0.863 0.912 0.088
#> GSM682139 1 0.0376 0.906 0.996 0.004
#> GSM682140 1 0.4298 0.863 0.912 0.088
#> GSM682141 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.5629 0.784 0.132 0.868
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.5529 0.3198 0.704 0.000 0.296
#> GSM682003 2 0.0237 0.7406 0.000 0.996 0.004
#> GSM682004 2 0.0000 0.7395 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.7493 0.4340 0.480 0.036 0.484
#> GSM682006 1 0.7263 -0.1358 0.568 0.032 0.400
#> GSM682007 3 0.8275 0.2104 0.452 0.076 0.472
#> GSM682008 3 0.8275 0.2104 0.452 0.076 0.472
#> GSM682009 1 0.7987 0.1043 0.616 0.092 0.292
#> GSM682010 1 0.5325 0.4688 0.748 0.004 0.248
#> GSM682011 1 0.5397 0.4031 0.720 0.000 0.280
#> GSM682096 3 0.9449 -0.1641 0.180 0.384 0.436
#> GSM682097 1 0.8972 -0.2558 0.460 0.128 0.412
#> GSM682098 3 0.9589 0.3846 0.376 0.200 0.424
#> GSM682099 3 0.9054 0.5021 0.404 0.136 0.460
#> GSM682100 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682101 2 0.9520 0.3301 0.196 0.452 0.352
#> GSM682102 1 0.0237 0.6878 0.996 0.000 0.004
#> GSM682103 1 0.5967 0.5689 0.752 0.032 0.216
#> GSM682104 1 0.8054 0.1413 0.568 0.076 0.356
#> GSM682105 1 0.2959 0.6709 0.900 0.000 0.100
#> GSM682106 1 0.6501 0.3916 0.664 0.020 0.316
#> GSM682107 1 0.5926 0.1885 0.644 0.000 0.356
#> GSM682108 1 0.5618 0.4361 0.732 0.008 0.260
#> GSM682109 1 0.8054 0.0810 0.568 0.076 0.356
#> GSM682110 1 0.6473 0.3752 0.668 0.020 0.312
#> GSM682111 1 0.8708 -0.0589 0.488 0.108 0.404
#> GSM682112 2 0.5461 0.6387 0.008 0.748 0.244
#> GSM682113 1 0.0237 0.6876 0.996 0.004 0.000
#> GSM682114 1 0.5775 0.5399 0.728 0.012 0.260
#> GSM682115 1 0.2165 0.6745 0.936 0.000 0.064
#> GSM682116 1 0.2165 0.6745 0.936 0.000 0.064
#> GSM682117 1 0.5517 0.4250 0.728 0.004 0.268
#> GSM682118 1 0.5115 0.5011 0.768 0.004 0.228
#> GSM682119 1 0.5070 0.5048 0.772 0.004 0.224
#> GSM682120 1 0.2356 0.6827 0.928 0.000 0.072
#> GSM682121 1 0.2356 0.6736 0.928 0.000 0.072
#> GSM682122 1 0.7044 0.3581 0.620 0.032 0.348
#> GSM682012 2 0.5637 0.7514 0.040 0.788 0.172
#> GSM682013 2 0.6306 0.7555 0.052 0.748 0.200
#> GSM682014 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682015 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682016 2 0.5637 0.7514 0.040 0.788 0.172
#> GSM682017 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682018 2 0.8345 0.5811 0.096 0.560 0.344
#> GSM682019 2 0.7015 0.7299 0.064 0.696 0.240
#> GSM682020 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682021 2 0.9065 0.4486 0.144 0.492 0.364
#> GSM682022 2 0.7400 0.7059 0.072 0.664 0.264
#> GSM682023 2 0.7400 0.7059 0.072 0.664 0.264
#> GSM682024 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.8172 0.6498 0.112 0.616 0.272
#> GSM682026 2 0.6767 0.7424 0.064 0.720 0.216
#> GSM682027 3 0.7634 0.0913 0.100 0.232 0.668
#> GSM682028 3 0.5397 0.6468 0.280 0.000 0.720
#> GSM682029 3 0.5397 0.6468 0.280 0.000 0.720
#> GSM682030 3 0.5397 0.6468 0.280 0.000 0.720
#> GSM682031 3 0.5397 0.6468 0.280 0.000 0.720
#> GSM682032 3 0.5397 0.6468 0.280 0.000 0.720
#> GSM682033 2 0.2625 0.7506 0.000 0.916 0.084
#> GSM681992 1 0.8008 0.2067 0.656 0.152 0.192
#> GSM681993 2 0.9212 0.2751 0.180 0.516 0.304
#> GSM681994 1 0.6509 -0.3423 0.524 0.004 0.472
#> GSM681995 1 0.5706 0.3080 0.680 0.000 0.320
#> GSM681996 3 0.8275 0.2104 0.452 0.076 0.472
#> GSM681997 3 0.7295 0.4184 0.484 0.028 0.488
#> GSM681998 3 0.7074 0.4319 0.480 0.020 0.500
#> GSM681999 1 0.5588 0.4071 0.720 0.004 0.276
#> GSM682000 3 0.6286 0.4633 0.464 0.000 0.536
#> GSM682001 1 0.5588 0.4071 0.720 0.004 0.276
#> GSM682055 1 0.9993 -0.3788 0.348 0.336 0.316
#> GSM682056 1 0.8929 -0.2543 0.460 0.124 0.416
#> GSM682057 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682058 1 0.8929 -0.2543 0.460 0.124 0.416
#> GSM682059 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682060 2 0.7507 0.6034 0.068 0.644 0.288
#> GSM682061 2 0.3879 0.6993 0.000 0.848 0.152
#> GSM682062 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682063 2 0.9520 0.3301 0.196 0.452 0.352
#> GSM682064 1 0.3193 0.6593 0.896 0.004 0.100
#> GSM682065 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3644 0.6413 0.872 0.004 0.124
#> GSM682067 1 0.0747 0.6889 0.984 0.000 0.016
#> GSM682068 3 0.6095 0.5762 0.392 0.000 0.608
#> GSM682069 1 0.0747 0.6889 0.984 0.000 0.016
#> GSM682070 1 0.3193 0.6593 0.896 0.004 0.100
#> GSM682071 1 0.9906 -0.2454 0.388 0.340 0.272
#> GSM682072 1 0.8125 0.1287 0.576 0.084 0.340
#> GSM682073 1 0.8395 -0.1072 0.480 0.084 0.436
#> GSM682074 1 0.3918 0.6282 0.856 0.004 0.140
#> GSM682075 3 0.6168 0.5543 0.412 0.000 0.588
#> GSM682076 1 0.2356 0.6736 0.928 0.000 0.072
#> GSM682077 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.3784 0.6355 0.864 0.004 0.132
#> GSM682079 1 0.3192 0.6761 0.888 0.000 0.112
#> GSM682080 1 0.9913 -0.2465 0.388 0.336 0.276
#> GSM682081 1 0.8779 -0.1178 0.472 0.112 0.416
#> GSM682082 1 0.5619 0.5559 0.744 0.012 0.244
#> GSM682083 1 0.2165 0.6745 0.936 0.000 0.064
#> GSM682084 1 0.6172 0.4799 0.680 0.012 0.308
#> GSM682085 1 0.6172 0.4799 0.680 0.012 0.308
#> GSM682086 1 0.5905 0.2034 0.648 0.000 0.352
#> GSM682087 1 0.2356 0.6736 0.928 0.000 0.072
#> GSM682088 1 0.3715 0.6355 0.868 0.004 0.128
#> GSM682089 1 0.3784 0.6340 0.864 0.004 0.132
#> GSM682090 1 0.3983 0.6312 0.852 0.004 0.144
#> GSM682091 1 0.3112 0.6618 0.900 0.004 0.096
#> GSM682092 1 0.2625 0.6773 0.916 0.000 0.084
#> GSM682093 1 0.3644 0.6492 0.872 0.004 0.124
#> GSM682094 1 0.5058 0.4745 0.756 0.000 0.244
#> GSM682095 2 0.0237 0.7406 0.000 0.996 0.004
#> GSM681982 2 0.6393 0.6324 0.048 0.736 0.216
#> GSM681983 1 0.3752 0.6050 0.856 0.000 0.144
#> GSM681984 2 0.8720 0.3097 0.252 0.584 0.164
#> GSM681985 2 0.6541 0.6262 0.056 0.732 0.212
#> GSM681986 2 0.8720 0.3097 0.252 0.584 0.164
#> GSM681987 2 0.0000 0.7395 0.000 1.000 0.000
#> GSM681988 1 0.9357 -0.1982 0.440 0.168 0.392
#> GSM681989 1 0.7987 0.1043 0.616 0.092 0.292
#> GSM681990 1 0.5443 0.4522 0.736 0.004 0.260
#> GSM681991 2 0.0000 0.7395 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.3112 0.6618 0.900 0.004 0.096
#> GSM682037 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.7365 0.5593 0.188 0.700 0.112
#> GSM682039 1 0.1781 0.6808 0.960 0.020 0.020
#> GSM682040 2 0.4974 0.6428 0.000 0.764 0.236
#> GSM682041 1 0.3983 0.6172 0.852 0.004 0.144
#> GSM682042 2 0.7418 0.5939 0.080 0.672 0.248
#> GSM682043 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1781 0.6808 0.960 0.020 0.020
#> GSM682046 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.3918 0.6282 0.856 0.004 0.140
#> GSM682048 1 0.2297 0.6745 0.944 0.036 0.020
#> GSM682049 1 0.3983 0.6172 0.852 0.004 0.144
#> GSM682050 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.3983 0.6172 0.852 0.004 0.144
#> GSM682052 2 0.7418 0.5939 0.080 0.672 0.248
#> GSM682053 1 0.7372 0.3073 0.704 0.128 0.168
#> GSM682054 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0424 0.6875 0.992 0.000 0.008
#> GSM682124 1 0.0747 0.6889 0.984 0.000 0.016
#> GSM682125 1 0.2297 0.6745 0.944 0.036 0.020
#> GSM682126 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.3116 0.6662 0.892 0.000 0.108
#> GSM682129 2 0.6054 0.7609 0.052 0.768 0.180
#> GSM682130 2 0.6208 0.7588 0.052 0.756 0.192
#> GSM682131 2 0.3752 0.7592 0.020 0.884 0.096
#> GSM682132 3 0.6126 0.5667 0.400 0.000 0.600
#> GSM682133 1 0.3116 0.6662 0.892 0.000 0.108
#> GSM682134 1 0.0424 0.6875 0.992 0.000 0.008
#> GSM682135 1 0.3112 0.6618 0.900 0.004 0.096
#> GSM682136 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.2796 0.6720 0.908 0.000 0.092
#> GSM682138 1 0.3918 0.6282 0.856 0.004 0.140
#> GSM682139 1 0.0747 0.6889 0.984 0.000 0.016
#> GSM682140 1 0.3983 0.6283 0.852 0.004 0.144
#> GSM682141 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.7395 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.5447 0.5175 0.652 0.004 0.024 0.320
#> GSM682003 2 0.4855 0.1797 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM682004 2 0.4866 0.1738 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM682005 4 0.7111 0.5649 0.208 0.064 0.080 0.648
#> GSM682006 1 0.8073 0.3332 0.504 0.068 0.096 0.332
#> GSM682007 1 0.9104 0.2014 0.372 0.068 0.260 0.300
#> GSM682008 1 0.9104 0.2014 0.372 0.068 0.260 0.300
#> GSM682009 1 0.8252 0.4643 0.572 0.128 0.116 0.184
#> GSM682010 1 0.6583 0.6027 0.684 0.028 0.116 0.172
#> GSM682011 1 0.6849 0.5515 0.640 0.024 0.104 0.232
#> GSM682096 2 0.8355 0.2867 0.128 0.544 0.096 0.232
#> GSM682097 1 0.9677 0.1815 0.380 0.176 0.216 0.228
#> GSM682098 1 0.9923 -0.0562 0.308 0.256 0.220 0.216
#> GSM682099 4 0.9038 0.2531 0.312 0.248 0.064 0.376
#> GSM682100 2 0.1474 0.6430 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.7393 0.4064 0.160 0.644 0.072 0.124
#> GSM682102 1 0.0779 0.7273 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM682103 1 0.6866 0.6584 0.672 0.048 0.180 0.100
#> GSM682104 1 0.8846 0.4495 0.480 0.092 0.248 0.180
#> GSM682105 1 0.4001 0.7245 0.840 0.004 0.048 0.108
#> GSM682106 1 0.7765 0.4960 0.528 0.020 0.176 0.276
#> GSM682107 1 0.6437 0.4373 0.576 0.012 0.052 0.360
#> GSM682108 1 0.6721 0.5793 0.664 0.028 0.104 0.204
#> GSM682109 1 0.8720 0.4277 0.484 0.072 0.224 0.220
#> GSM682110 1 0.7488 0.5542 0.596 0.032 0.152 0.220
#> GSM682111 1 0.9037 0.3231 0.396 0.084 0.336 0.184
#> GSM682112 3 0.4560 0.5006 0.004 0.296 0.700 0.000
#> GSM682113 1 0.0188 0.7295 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682114 1 0.6473 0.6183 0.628 0.004 0.268 0.100
#> GSM682115 1 0.3176 0.7128 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM682116 1 0.3176 0.7128 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM682117 1 0.6705 0.5698 0.656 0.024 0.100 0.220
#> GSM682118 1 0.5934 0.6401 0.704 0.012 0.076 0.208
#> GSM682119 1 0.6218 0.6158 0.700 0.016 0.108 0.176
#> GSM682120 1 0.3216 0.7254 0.880 0.000 0.076 0.044
#> GSM682121 1 0.3970 0.6958 0.840 0.000 0.076 0.084
#> GSM682122 1 0.7916 0.5206 0.520 0.028 0.284 0.168
#> GSM682012 2 0.4955 0.4586 0.000 0.772 0.144 0.084
#> GSM682013 2 0.1994 0.6425 0.052 0.936 0.004 0.008
#> GSM682014 2 0.1661 0.6428 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.1661 0.6428 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM682016 2 0.4955 0.4586 0.000 0.772 0.144 0.084
#> GSM682017 2 0.1661 0.6428 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM682018 2 0.6017 0.5304 0.076 0.748 0.064 0.112
#> GSM682019 2 0.3730 0.6254 0.060 0.872 0.028 0.040
#> GSM682020 2 0.1661 0.6428 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.6969 0.4647 0.104 0.680 0.072 0.144
#> GSM682022 2 0.4117 0.6118 0.064 0.852 0.024 0.060
#> GSM682023 2 0.4117 0.6118 0.064 0.852 0.024 0.060
#> GSM682024 1 0.0000 0.7297 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.5327 0.5705 0.084 0.788 0.040 0.088
#> GSM682026 2 0.3138 0.6333 0.060 0.896 0.020 0.024
#> GSM682027 4 0.6147 0.1063 0.056 0.380 0.000 0.564
#> GSM682028 4 0.0188 0.6607 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682029 4 0.0188 0.6607 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682030 4 0.0188 0.6607 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682031 4 0.0188 0.6607 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682032 4 0.0188 0.6607 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682033 2 0.4819 0.2684 0.000 0.652 0.344 0.004
#> GSM681992 1 0.7875 0.4897 0.604 0.184 0.108 0.104
#> GSM681993 3 0.8392 0.4013 0.160 0.252 0.520 0.068
#> GSM681994 4 0.6109 0.5705 0.240 0.016 0.064 0.680
#> GSM681995 1 0.7448 0.3419 0.520 0.024 0.104 0.352
#> GSM681996 1 0.9104 0.2014 0.372 0.068 0.260 0.300
#> GSM681997 4 0.6973 0.5650 0.208 0.056 0.080 0.656
#> GSM681998 4 0.6661 0.5830 0.200 0.040 0.084 0.676
#> GSM681999 1 0.6882 0.5565 0.644 0.028 0.104 0.224
#> GSM682000 4 0.5247 0.6227 0.188 0.012 0.048 0.752
#> GSM682001 1 0.6882 0.5565 0.644 0.028 0.104 0.224
#> GSM682055 2 0.9316 -0.1228 0.292 0.404 0.184 0.120
#> GSM682056 1 0.9669 0.1839 0.380 0.172 0.216 0.232
#> GSM682057 2 0.1474 0.6430 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM682058 1 0.9669 0.1839 0.380 0.172 0.216 0.232
#> GSM682059 2 0.1474 0.6430 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.7809 0.1880 0.052 0.388 0.476 0.084
#> GSM682061 3 0.5060 0.2597 0.000 0.412 0.584 0.004
#> GSM682062 2 0.1474 0.6430 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.7393 0.4064 0.160 0.644 0.072 0.124
#> GSM682064 1 0.4157 0.7141 0.848 0.020 0.060 0.072
#> GSM682065 1 0.0000 0.7297 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.4540 0.7064 0.824 0.020 0.056 0.100
#> GSM682067 1 0.1284 0.7320 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM682068 4 0.2773 0.6377 0.116 0.000 0.004 0.880
#> GSM682069 1 0.1284 0.7320 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM682070 1 0.4157 0.7141 0.848 0.020 0.060 0.072
#> GSM682071 3 0.9249 0.0856 0.308 0.284 0.332 0.076
#> GSM682072 1 0.8585 0.4503 0.492 0.064 0.248 0.196
#> GSM682073 1 0.9127 0.3050 0.396 0.080 0.300 0.224
#> GSM682074 1 0.3808 0.6858 0.812 0.000 0.176 0.012
#> GSM682075 4 0.3052 0.6312 0.136 0.000 0.004 0.860
#> GSM682076 1 0.3903 0.6977 0.844 0.000 0.076 0.080
#> GSM682077 1 0.0000 0.7297 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.3743 0.6937 0.824 0.000 0.160 0.016
#> GSM682079 1 0.4222 0.7266 0.832 0.004 0.080 0.084
#> GSM682080 3 0.9280 0.0798 0.308 0.276 0.336 0.080
#> GSM682081 1 0.9197 0.2940 0.384 0.096 0.328 0.192
#> GSM682082 1 0.6224 0.6296 0.648 0.004 0.264 0.084
#> GSM682083 1 0.3176 0.7128 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM682084 1 0.7099 0.5822 0.576 0.008 0.280 0.136
#> GSM682085 1 0.7099 0.5822 0.576 0.008 0.280 0.136
#> GSM682086 1 0.6423 0.4458 0.580 0.012 0.052 0.356
#> GSM682087 1 0.3903 0.6977 0.844 0.000 0.076 0.080
#> GSM682088 1 0.3300 0.7009 0.848 0.000 0.144 0.008
#> GSM682089 1 0.3681 0.6919 0.816 0.000 0.176 0.008
#> GSM682090 1 0.4079 0.6916 0.800 0.000 0.180 0.020
#> GSM682091 1 0.4117 0.7156 0.852 0.024 0.060 0.064
#> GSM682092 1 0.3689 0.7278 0.860 0.004 0.048 0.088
#> GSM682093 1 0.4687 0.7098 0.820 0.024 0.072 0.084
#> GSM682094 1 0.6346 0.5959 0.676 0.012 0.104 0.208
#> GSM682095 2 0.4855 0.1813 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM681982 3 0.6108 0.5272 0.044 0.316 0.628 0.012
#> GSM681983 1 0.3584 0.6905 0.836 0.004 0.008 0.152
#> GSM681984 2 0.8951 -0.1117 0.232 0.424 0.276 0.068
#> GSM681985 3 0.6195 0.5378 0.052 0.304 0.632 0.012
#> GSM681986 2 0.8951 -0.1117 0.232 0.424 0.276 0.068
#> GSM681987 2 0.4866 0.1738 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM681988 1 0.9468 0.2175 0.356 0.144 0.332 0.168
#> GSM681989 1 0.8252 0.4643 0.572 0.128 0.116 0.184
#> GSM681990 1 0.6749 0.5891 0.668 0.028 0.120 0.184
#> GSM681991 2 0.4866 0.1738 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM682034 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.0336 0.7303 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682036 1 0.4117 0.7156 0.852 0.024 0.060 0.064
#> GSM682037 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682038 2 0.8185 -0.0769 0.176 0.492 0.296 0.036
#> GSM682039 1 0.2328 0.7301 0.924 0.016 0.056 0.004
#> GSM682040 3 0.3873 0.4764 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM682041 1 0.3751 0.6756 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM682042 3 0.5714 0.5505 0.056 0.256 0.684 0.004
#> GSM682043 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682044 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682045 1 0.2328 0.7301 0.924 0.016 0.056 0.004
#> GSM682046 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682047 1 0.3808 0.6858 0.812 0.000 0.176 0.012
#> GSM682048 1 0.2635 0.7266 0.908 0.016 0.072 0.004
#> GSM682049 1 0.3751 0.6756 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM682050 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682051 1 0.3751 0.6756 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM682052 3 0.5714 0.5505 0.056 0.256 0.684 0.004
#> GSM682053 1 0.5497 0.4888 0.668 0.032 0.296 0.004
#> GSM682054 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682123 1 0.0817 0.7304 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682124 1 0.1174 0.7320 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM682125 1 0.2635 0.7266 0.908 0.016 0.072 0.004
#> GSM682126 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.7297 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.3697 0.7118 0.852 0.000 0.048 0.100
#> GSM682129 2 0.3339 0.6283 0.052 0.888 0.044 0.016
#> GSM682130 2 0.1661 0.6428 0.052 0.944 0.004 0.000
#> GSM682131 2 0.3719 0.5067 0.020 0.848 0.124 0.008
#> GSM682132 4 0.2888 0.6311 0.124 0.000 0.004 0.872
#> GSM682133 1 0.3697 0.7118 0.852 0.000 0.048 0.100
#> GSM682134 1 0.0817 0.7304 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM682135 1 0.4117 0.7156 0.852 0.024 0.060 0.064
#> GSM682136 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682137 1 0.3439 0.7126 0.868 0.000 0.048 0.084
#> GSM682138 1 0.3808 0.6858 0.812 0.000 0.176 0.012
#> GSM682139 1 0.1174 0.7320 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM682140 1 0.3925 0.6853 0.808 0.000 0.176 0.016
#> GSM682141 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682142 1 0.0188 0.7303 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682143 2 0.4866 0.1738 0.000 0.596 0.404 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.6227 0.343249 0.580 0.004 0.136 0.272 0.008
#> GSM682003 5 0.4262 0.536866 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM682004 5 0.4256 0.542176 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM682005 4 0.7020 0.314239 0.100 0.048 0.348 0.496 0.008
#> GSM682006 3 0.7546 0.165672 0.372 0.048 0.408 0.164 0.008
#> GSM682007 3 0.5618 0.539202 0.056 0.040 0.728 0.148 0.028
#> GSM682008 3 0.5618 0.539202 0.056 0.040 0.728 0.148 0.028
#> GSM682009 1 0.7657 -0.036130 0.452 0.108 0.356 0.048 0.036
#> GSM682010 1 0.5569 0.153701 0.508 0.012 0.444 0.008 0.028
#> GSM682011 1 0.6533 0.140904 0.492 0.012 0.400 0.068 0.028
#> GSM682096 2 0.7012 0.398167 0.032 0.564 0.248 0.136 0.020
#> GSM682097 3 0.6336 0.506668 0.056 0.172 0.656 0.108 0.008
#> GSM682098 3 0.7210 0.413522 0.048 0.256 0.556 0.116 0.024
#> GSM682099 3 0.8572 0.064007 0.160 0.268 0.316 0.252 0.004
#> GSM682100 2 0.0771 0.714588 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM682101 2 0.6489 0.528227 0.092 0.676 0.108 0.100 0.024
#> GSM682102 1 0.1235 0.647437 0.964 0.004 0.012 0.016 0.004
#> GSM682103 3 0.6037 0.170535 0.392 0.044 0.532 0.020 0.012
#> GSM682104 3 0.5700 0.596571 0.164 0.072 0.712 0.028 0.024
#> GSM682105 1 0.4816 0.525005 0.708 0.004 0.236 0.048 0.004
#> GSM682106 3 0.6074 0.431460 0.244 0.004 0.600 0.148 0.004
#> GSM682107 1 0.7196 0.197522 0.496 0.012 0.212 0.260 0.020
#> GSM682108 1 0.6296 0.170088 0.516 0.016 0.396 0.040 0.032
#> GSM682109 3 0.5850 0.553966 0.184 0.052 0.696 0.048 0.020
#> GSM682110 3 0.6287 0.185891 0.356 0.012 0.548 0.056 0.028
#> GSM682111 3 0.3829 0.596391 0.028 0.056 0.852 0.024 0.040
#> GSM682112 5 0.4922 0.601161 0.000 0.156 0.128 0.000 0.716
#> GSM682113 1 0.0324 0.648387 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682114 3 0.3851 0.491603 0.212 0.000 0.768 0.004 0.016
#> GSM682115 1 0.4520 0.442242 0.684 0.000 0.284 0.032 0.000
#> GSM682116 1 0.4520 0.442242 0.684 0.000 0.284 0.032 0.000
#> GSM682117 1 0.6372 0.167660 0.508 0.012 0.396 0.056 0.028
#> GSM682118 1 0.6108 0.282847 0.544 0.004 0.360 0.076 0.016
#> GSM682119 1 0.5779 0.269838 0.572 0.012 0.364 0.028 0.024
#> GSM682120 1 0.4197 0.509606 0.728 0.000 0.244 0.028 0.000
#> GSM682121 1 0.5265 0.403715 0.636 0.000 0.284 0.080 0.000
#> GSM682122 3 0.3705 0.601356 0.124 0.012 0.832 0.020 0.012
#> GSM682012 2 0.5816 0.282660 0.000 0.652 0.032 0.084 0.232
#> GSM682013 2 0.1299 0.714568 0.020 0.960 0.000 0.008 0.012
#> GSM682014 2 0.1012 0.713110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM682015 2 0.1012 0.713110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM682016 2 0.5816 0.282660 0.000 0.652 0.032 0.084 0.232
#> GSM682017 2 0.1012 0.713110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM682018 2 0.4895 0.632105 0.028 0.780 0.088 0.088 0.016
#> GSM682019 2 0.2931 0.705416 0.020 0.896 0.028 0.040 0.016
#> GSM682020 2 0.1012 0.713110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM682021 2 0.5928 0.577394 0.044 0.712 0.104 0.116 0.024
#> GSM682022 2 0.3113 0.699255 0.024 0.884 0.032 0.052 0.008
#> GSM682023 2 0.3113 0.699255 0.024 0.884 0.032 0.052 0.008
#> GSM682024 1 0.0451 0.648562 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM682025 2 0.4469 0.650262 0.028 0.812 0.064 0.076 0.020
#> GSM682026 2 0.2405 0.708874 0.020 0.920 0.024 0.024 0.012
#> GSM682027 4 0.4973 0.000767 0.024 0.408 0.004 0.564 0.000
#> GSM682028 4 0.0162 0.674091 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682029 4 0.0162 0.674091 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682030 4 0.0162 0.674091 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682031 4 0.0162 0.674091 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682032 4 0.0162 0.674091 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682033 5 0.4954 0.434509 0.000 0.448 0.020 0.004 0.528
#> GSM681992 1 0.7815 0.085205 0.484 0.164 0.272 0.032 0.048
#> GSM681993 3 0.6608 -0.229593 0.008 0.140 0.428 0.004 0.420
#> GSM681994 4 0.6344 0.396387 0.120 0.004 0.312 0.552 0.012
#> GSM681995 3 0.7467 0.058735 0.372 0.012 0.400 0.188 0.028
#> GSM681996 3 0.5618 0.539202 0.056 0.040 0.728 0.148 0.028
#> GSM681997 4 0.6822 0.293965 0.100 0.040 0.364 0.492 0.004
#> GSM681998 4 0.6520 0.344334 0.100 0.024 0.352 0.520 0.004
#> GSM681999 1 0.6437 0.145611 0.496 0.012 0.404 0.060 0.028
#> GSM682000 4 0.5877 0.516798 0.116 0.004 0.212 0.652 0.016
#> GSM682001 1 0.6437 0.145611 0.496 0.012 0.404 0.060 0.028
#> GSM682055 3 0.6805 0.182789 0.048 0.404 0.472 0.064 0.012
#> GSM682056 3 0.6302 0.509203 0.056 0.168 0.660 0.108 0.008
#> GSM682057 2 0.0771 0.714588 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM682058 3 0.6302 0.509203 0.056 0.168 0.660 0.108 0.008
#> GSM682059 2 0.0771 0.714588 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM682060 5 0.7340 0.394205 0.032 0.220 0.128 0.052 0.568
#> GSM682061 5 0.4269 0.594053 0.000 0.188 0.056 0.000 0.756
#> GSM682062 2 0.0771 0.714588 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM682063 2 0.6489 0.528227 0.092 0.676 0.108 0.100 0.024
#> GSM682064 1 0.4591 0.539089 0.756 0.016 0.192 0.016 0.020
#> GSM682065 1 0.0324 0.648711 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682066 1 0.5064 0.519269 0.732 0.016 0.192 0.044 0.016
#> GSM682067 1 0.1522 0.642899 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> GSM682068 4 0.2835 0.659213 0.112 0.000 0.016 0.868 0.004
#> GSM682069 1 0.1522 0.642899 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> GSM682070 1 0.4591 0.539089 0.756 0.016 0.192 0.016 0.020
#> GSM682071 3 0.5782 0.419478 0.012 0.216 0.644 0.000 0.128
#> GSM682072 3 0.5350 0.559842 0.184 0.044 0.724 0.020 0.028
#> GSM682073 3 0.4364 0.588016 0.032 0.052 0.824 0.060 0.032
#> GSM682074 1 0.4650 0.168081 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> GSM682075 4 0.2865 0.647606 0.132 0.000 0.008 0.856 0.004
#> GSM682076 1 0.5233 0.402289 0.636 0.000 0.288 0.076 0.000
#> GSM682077 1 0.0671 0.649065 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM682078 1 0.4769 0.214949 0.544 0.000 0.440 0.004 0.012
#> GSM682079 1 0.4865 0.483504 0.672 0.000 0.280 0.044 0.004
#> GSM682080 3 0.5918 0.426016 0.012 0.208 0.644 0.004 0.132
#> GSM682081 3 0.4284 0.592998 0.028 0.064 0.828 0.036 0.044
#> GSM682082 3 0.4033 0.451355 0.236 0.000 0.744 0.004 0.016
#> GSM682083 1 0.4520 0.442242 0.684 0.000 0.284 0.032 0.000
#> GSM682084 3 0.3320 0.558279 0.164 0.000 0.820 0.004 0.012
#> GSM682085 3 0.3320 0.558279 0.164 0.000 0.820 0.004 0.012
#> GSM682086 1 0.7180 0.204053 0.500 0.012 0.212 0.256 0.020
#> GSM682087 1 0.5233 0.402289 0.636 0.000 0.288 0.076 0.000
#> GSM682088 1 0.4527 0.287530 0.596 0.000 0.392 0.000 0.012
#> GSM682089 1 0.4650 0.187480 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> GSM682090 1 0.4659 0.149899 0.500 0.000 0.488 0.000 0.012
#> GSM682091 1 0.4374 0.559092 0.780 0.016 0.168 0.020 0.016
#> GSM682092 1 0.4673 0.543884 0.728 0.004 0.216 0.048 0.004
#> GSM682093 1 0.4886 0.521905 0.732 0.020 0.208 0.028 0.012
#> GSM682094 1 0.6245 0.260075 0.556 0.012 0.348 0.060 0.024
#> GSM682095 5 0.4410 0.532915 0.000 0.440 0.004 0.000 0.556
#> GSM681982 5 0.5814 0.587143 0.000 0.168 0.200 0.004 0.628
#> GSM681983 1 0.3773 0.583046 0.824 0.004 0.052 0.116 0.004
#> GSM681984 2 0.8862 -0.139124 0.160 0.316 0.192 0.024 0.308
#> GSM681985 5 0.5769 0.583142 0.000 0.156 0.208 0.004 0.632
#> GSM681986 2 0.8862 -0.139124 0.160 0.316 0.192 0.024 0.308
#> GSM681987 5 0.4256 0.542176 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM681988 3 0.5034 0.572939 0.024 0.104 0.776 0.036 0.060
#> GSM681989 1 0.7657 -0.036130 0.452 0.108 0.356 0.048 0.036
#> GSM681990 1 0.5832 0.145991 0.504 0.012 0.436 0.020 0.028
#> GSM681991 5 0.4256 0.542176 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM682034 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682035 1 0.0324 0.648569 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682036 1 0.4374 0.559092 0.780 0.016 0.168 0.020 0.016
#> GSM682037 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682038 2 0.8170 -0.241442 0.124 0.368 0.132 0.012 0.364
#> GSM682039 1 0.3112 0.627978 0.864 0.004 0.100 0.004 0.028
#> GSM682040 5 0.4166 0.605013 0.000 0.088 0.116 0.004 0.792
#> GSM682041 1 0.4655 0.140552 0.512 0.000 0.476 0.000 0.012
#> GSM682042 5 0.5937 0.574473 0.020 0.140 0.176 0.004 0.660
#> GSM682043 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682045 1 0.3112 0.627978 0.864 0.004 0.100 0.004 0.028
#> GSM682046 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.4650 0.168081 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> GSM682048 1 0.3631 0.617989 0.836 0.004 0.112 0.008 0.040
#> GSM682049 1 0.4655 0.140552 0.512 0.000 0.476 0.000 0.012
#> GSM682050 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.4746 0.131109 0.504 0.000 0.480 0.000 0.016
#> GSM682052 5 0.5937 0.574473 0.020 0.140 0.176 0.004 0.660
#> GSM682053 1 0.6052 0.378886 0.604 0.004 0.148 0.004 0.240
#> GSM682054 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.1281 0.644677 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM682124 1 0.1444 0.643179 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM682125 1 0.3631 0.617989 0.836 0.004 0.112 0.008 0.040
#> GSM682126 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0162 0.648417 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682128 1 0.4647 0.526870 0.736 0.000 0.172 0.092 0.000
#> GSM682129 2 0.2706 0.683339 0.016 0.904 0.016 0.016 0.048
#> GSM682130 2 0.1012 0.713110 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> GSM682131 2 0.4235 0.404888 0.000 0.768 0.040 0.008 0.184
#> GSM682132 4 0.2722 0.650724 0.120 0.000 0.008 0.868 0.004
#> GSM682133 1 0.4647 0.526870 0.736 0.000 0.172 0.092 0.000
#> GSM682134 1 0.1281 0.644677 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM682135 1 0.4374 0.559092 0.780 0.016 0.168 0.020 0.016
#> GSM682136 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.4502 0.529445 0.744 0.000 0.180 0.076 0.000
#> GSM682138 1 0.4650 0.168081 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> GSM682139 1 0.1444 0.643179 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM682140 1 0.4794 0.169578 0.520 0.000 0.464 0.004 0.012
#> GSM682141 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0162 0.648805 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682143 5 0.4256 0.542176 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.6387 0.39922 0.552 0.004 0.036 0.120 0.016 0.272
#> GSM682003 5 0.2805 0.65450 0.000 0.160 0.012 0.000 0.828 0.000
#> GSM682004 5 0.2593 0.66155 0.000 0.148 0.008 0.000 0.844 0.000
#> GSM682005 6 0.7403 0.44686 0.064 0.032 0.096 0.304 0.028 0.476
#> GSM682006 4 0.8017 -0.03932 0.328 0.032 0.088 0.380 0.028 0.144
#> GSM682007 4 0.5097 0.40134 0.016 0.020 0.068 0.740 0.028 0.128
#> GSM682008 4 0.5097 0.40134 0.016 0.020 0.068 0.740 0.028 0.128
#> GSM682009 1 0.7835 0.14545 0.400 0.080 0.088 0.352 0.052 0.028
#> GSM682010 1 0.6513 0.32925 0.468 0.004 0.120 0.360 0.040 0.008
#> GSM682011 1 0.7350 0.32717 0.452 0.008 0.128 0.312 0.032 0.068
#> GSM682096 2 0.6339 0.45095 0.004 0.592 0.040 0.224 0.024 0.116
#> GSM682097 4 0.5596 0.35509 0.008 0.196 0.028 0.664 0.012 0.092
#> GSM682098 4 0.6457 0.23511 0.008 0.272 0.036 0.560 0.024 0.100
#> GSM682099 4 0.8390 -0.10514 0.112 0.292 0.040 0.300 0.016 0.240
#> GSM682100 2 0.0713 0.81304 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682101 2 0.5947 0.61019 0.064 0.704 0.048 0.068 0.028 0.088
#> GSM682102 1 0.1078 0.65565 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000 0.016
#> GSM682103 4 0.6045 0.35065 0.300 0.040 0.024 0.584 0.024 0.028
#> GSM682104 4 0.4879 0.50616 0.112 0.064 0.020 0.760 0.028 0.016
#> GSM682105 1 0.5534 0.47619 0.636 0.000 0.040 0.252 0.016 0.056
#> GSM682106 4 0.6047 0.41036 0.164 0.000 0.044 0.628 0.020 0.144
#> GSM682107 1 0.7334 0.28445 0.460 0.008 0.088 0.168 0.012 0.264
#> GSM682108 1 0.7093 0.33988 0.472 0.012 0.116 0.324 0.040 0.036
#> GSM682109 4 0.5509 0.43773 0.160 0.032 0.060 0.704 0.020 0.024
#> GSM682110 4 0.6941 0.00948 0.308 0.008 0.100 0.500 0.036 0.048
#> GSM682111 4 0.3029 0.46000 0.000 0.044 0.060 0.864 0.032 0.000
#> GSM682112 3 0.5400 0.68646 0.000 0.140 0.676 0.060 0.124 0.000
#> GSM682113 1 0.0551 0.65699 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008 0.000
#> GSM682114 4 0.3754 0.52614 0.092 0.000 0.076 0.812 0.016 0.004
#> GSM682115 1 0.5076 0.16821 0.604 0.000 0.016 0.332 0.012 0.036
#> GSM682116 1 0.5076 0.16821 0.604 0.000 0.016 0.332 0.012 0.036
#> GSM682117 1 0.7256 0.34423 0.468 0.008 0.128 0.304 0.036 0.056
#> GSM682118 1 0.6449 0.38894 0.520 0.000 0.072 0.316 0.016 0.076
#> GSM682119 1 0.6752 0.40645 0.528 0.008 0.124 0.276 0.036 0.028
#> GSM682120 1 0.5254 0.31981 0.644 0.000 0.040 0.268 0.016 0.032
#> GSM682121 1 0.6074 0.04793 0.528 0.000 0.032 0.340 0.016 0.084
#> GSM682122 4 0.2593 0.52564 0.064 0.004 0.024 0.892 0.012 0.004
#> GSM682012 2 0.6141 0.39609 0.000 0.616 0.112 0.012 0.188 0.072
#> GSM682013 2 0.1124 0.81272 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM682014 2 0.0865 0.81145 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682015 2 0.0865 0.81145 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682016 2 0.6141 0.39609 0.000 0.616 0.112 0.012 0.188 0.072
#> GSM682017 2 0.0865 0.81145 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682018 2 0.4036 0.72549 0.008 0.820 0.044 0.040 0.016 0.072
#> GSM682019 2 0.1899 0.80023 0.000 0.928 0.004 0.008 0.032 0.028
#> GSM682020 2 0.0865 0.81145 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682021 2 0.5127 0.66826 0.020 0.752 0.044 0.060 0.024 0.100
#> GSM682022 2 0.2038 0.79454 0.004 0.924 0.004 0.012 0.016 0.040
#> GSM682023 2 0.2038 0.79454 0.004 0.924 0.004 0.012 0.016 0.040
#> GSM682024 1 0.0881 0.65578 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012 0.000
#> GSM682025 2 0.3689 0.73471 0.004 0.836 0.016 0.060 0.020 0.064
#> GSM682026 2 0.1332 0.80454 0.000 0.952 0.000 0.008 0.028 0.012
#> GSM682027 6 0.4178 -0.01600 0.004 0.428 0.008 0.000 0.000 0.560
#> GSM682028 6 0.0260 0.66146 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM682029 6 0.0260 0.66146 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM682030 6 0.0260 0.66146 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM682031 6 0.0260 0.66146 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM682032 6 0.0260 0.66146 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM682033 5 0.5081 0.47494 0.000 0.260 0.088 0.008 0.640 0.004
#> GSM681992 1 0.8199 0.27105 0.440 0.140 0.100 0.236 0.056 0.028
#> GSM681993 3 0.6909 0.42092 0.000 0.128 0.400 0.364 0.108 0.000
#> GSM681994 6 0.6750 0.50627 0.088 0.008 0.084 0.244 0.020 0.556
#> GSM681995 1 0.8124 0.09502 0.332 0.008 0.128 0.312 0.032 0.188
#> GSM681996 4 0.5097 0.40134 0.016 0.020 0.068 0.740 0.028 0.128
#> GSM681997 6 0.7125 0.42846 0.064 0.024 0.096 0.328 0.016 0.472
#> GSM681998 6 0.7119 0.47029 0.064 0.020 0.096 0.296 0.024 0.500
#> GSM681999 1 0.7321 0.33082 0.456 0.008 0.128 0.312 0.036 0.060
#> GSM682000 6 0.6020 0.57057 0.080 0.008 0.080 0.160 0.016 0.656
#> GSM682001 1 0.7321 0.33082 0.456 0.008 0.128 0.312 0.036 0.060
#> GSM682055 4 0.5936 0.04285 0.008 0.408 0.020 0.492 0.020 0.052
#> GSM682056 4 0.5568 0.35959 0.008 0.192 0.028 0.668 0.012 0.092
#> GSM682057 2 0.0713 0.81304 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682058 4 0.5568 0.35959 0.008 0.192 0.028 0.668 0.012 0.092
#> GSM682059 2 0.0713 0.81304 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682060 3 0.7933 0.27020 0.024 0.168 0.456 0.072 0.232 0.048
#> GSM682061 3 0.5907 0.20720 0.000 0.104 0.460 0.028 0.408 0.000
#> GSM682062 2 0.0713 0.81304 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682063 2 0.5947 0.61019 0.064 0.704 0.048 0.068 0.028 0.088
#> GSM682064 1 0.5197 0.57541 0.716 0.008 0.076 0.156 0.024 0.020
#> GSM682065 1 0.0653 0.65620 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012 0.000
#> GSM682066 1 0.5481 0.56275 0.696 0.008 0.064 0.168 0.020 0.044
#> GSM682067 1 0.1952 0.65306 0.920 0.000 0.052 0.016 0.012 0.000
#> GSM682068 6 0.2896 0.63710 0.092 0.004 0.016 0.016 0.004 0.868
#> GSM682069 1 0.1952 0.65306 0.920 0.000 0.052 0.016 0.012 0.000
#> GSM682070 1 0.5197 0.57541 0.716 0.008 0.076 0.156 0.024 0.020
#> GSM682071 4 0.5789 0.22764 0.000 0.188 0.084 0.632 0.096 0.000
#> GSM682072 4 0.4966 0.44807 0.160 0.036 0.048 0.728 0.028 0.000
#> GSM682073 4 0.3715 0.45639 0.000 0.032 0.064 0.836 0.032 0.036
#> GSM682074 4 0.5295 0.32417 0.412 0.000 0.052 0.516 0.016 0.004
#> GSM682075 6 0.2851 0.62647 0.112 0.004 0.012 0.008 0.004 0.860
#> GSM682076 1 0.6104 0.03776 0.524 0.000 0.036 0.344 0.016 0.080
#> GSM682077 1 0.1173 0.65480 0.960 0.000 0.008 0.016 0.016 0.000
#> GSM682078 4 0.5384 0.28099 0.432 0.000 0.056 0.492 0.012 0.008
#> GSM682079 1 0.5577 0.36501 0.600 0.000 0.036 0.300 0.016 0.048
#> GSM682080 4 0.5820 0.23267 0.000 0.180 0.088 0.632 0.100 0.000
#> GSM682081 4 0.3512 0.45395 0.000 0.044 0.064 0.844 0.036 0.012
#> GSM682082 4 0.3975 0.52632 0.116 0.000 0.072 0.792 0.016 0.004
#> GSM682083 1 0.5076 0.16821 0.604 0.000 0.016 0.332 0.012 0.036
#> GSM682084 4 0.2970 0.52991 0.072 0.000 0.060 0.860 0.004 0.004
#> GSM682085 4 0.2970 0.52991 0.072 0.000 0.060 0.860 0.004 0.004
#> GSM682086 1 0.7321 0.29268 0.464 0.008 0.088 0.168 0.012 0.260
#> GSM682087 1 0.6104 0.03776 0.524 0.000 0.036 0.344 0.016 0.080
#> GSM682088 1 0.5190 -0.19082 0.496 0.000 0.048 0.440 0.012 0.004
#> GSM682089 4 0.5431 0.31506 0.404 0.000 0.064 0.512 0.016 0.004
#> GSM682090 4 0.5399 0.34426 0.384 0.000 0.064 0.532 0.016 0.004
#> GSM682091 1 0.4957 0.59169 0.744 0.012 0.064 0.136 0.020 0.024
#> GSM682092 1 0.5360 0.49682 0.660 0.000 0.036 0.232 0.016 0.056
#> GSM682093 1 0.5269 0.55948 0.696 0.016 0.044 0.200 0.016 0.028
#> GSM682094 1 0.6962 0.40272 0.520 0.008 0.124 0.264 0.024 0.060
#> GSM682095 5 0.2378 0.65358 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM681982 3 0.6334 0.68592 0.000 0.152 0.584 0.128 0.136 0.000
#> GSM681983 1 0.3774 0.61198 0.816 0.004 0.024 0.032 0.008 0.116
#> GSM681984 5 0.8697 0.23732 0.156 0.220 0.084 0.160 0.364 0.016
#> GSM681985 3 0.6308 0.68789 0.000 0.140 0.588 0.136 0.136 0.000
#> GSM681986 5 0.8697 0.23732 0.156 0.220 0.084 0.160 0.364 0.016
#> GSM681987 5 0.2593 0.66155 0.000 0.148 0.008 0.000 0.844 0.000
#> GSM681988 4 0.4358 0.42457 0.000 0.076 0.068 0.788 0.056 0.012
#> GSM681989 1 0.7835 0.14545 0.400 0.080 0.088 0.352 0.052 0.028
#> GSM681990 1 0.6841 0.31737 0.456 0.008 0.120 0.356 0.040 0.020
#> GSM681991 5 0.2593 0.66155 0.000 0.148 0.008 0.000 0.844 0.000
#> GSM682034 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0653 0.65461 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM682036 1 0.4957 0.59169 0.744 0.012 0.064 0.136 0.020 0.024
#> GSM682037 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.8469 0.21287 0.124 0.268 0.124 0.108 0.368 0.008
#> GSM682039 1 0.3501 0.62508 0.832 0.004 0.080 0.072 0.008 0.004
#> GSM682040 3 0.5218 0.63033 0.000 0.072 0.676 0.056 0.196 0.000
#> GSM682041 4 0.5051 0.33145 0.412 0.000 0.040 0.532 0.012 0.004
#> GSM682042 3 0.5649 0.69596 0.008 0.124 0.676 0.096 0.096 0.000
#> GSM682043 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3501 0.62508 0.832 0.004 0.080 0.072 0.008 0.004
#> GSM682046 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.5219 0.31964 0.416 0.000 0.052 0.516 0.012 0.004
#> GSM682048 1 0.3956 0.61056 0.800 0.004 0.096 0.084 0.012 0.004
#> GSM682049 4 0.5102 0.33494 0.408 0.000 0.044 0.532 0.012 0.004
#> GSM682050 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.5468 0.35641 0.380 0.000 0.064 0.532 0.020 0.004
#> GSM682052 3 0.5649 0.69596 0.008 0.124 0.676 0.096 0.096 0.000
#> GSM682053 1 0.5542 0.33860 0.564 0.004 0.320 0.100 0.012 0.000
#> GSM682054 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.1726 0.65312 0.932 0.000 0.044 0.012 0.012 0.000
#> GSM682124 1 0.1793 0.65453 0.928 0.000 0.048 0.012 0.012 0.000
#> GSM682125 1 0.3956 0.61056 0.800 0.004 0.096 0.084 0.012 0.004
#> GSM682126 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0436 0.65607 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM682128 1 0.5238 0.38296 0.672 0.000 0.016 0.200 0.012 0.100
#> GSM682129 2 0.2101 0.78730 0.000 0.908 0.008 0.004 0.072 0.008
#> GSM682130 2 0.0865 0.81145 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682131 2 0.4848 0.27797 0.000 0.608 0.032 0.024 0.336 0.000
#> GSM682132 6 0.2710 0.63028 0.100 0.004 0.012 0.008 0.004 0.872
#> GSM682133 1 0.5151 0.38744 0.676 0.000 0.012 0.200 0.012 0.100
#> GSM682134 1 0.1726 0.65312 0.932 0.000 0.044 0.012 0.012 0.000
#> GSM682135 1 0.4957 0.59169 0.744 0.012 0.064 0.136 0.020 0.024
#> GSM682136 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.5113 0.38251 0.680 0.000 0.016 0.208 0.012 0.084
#> GSM682138 4 0.5219 0.31964 0.416 0.000 0.052 0.516 0.012 0.004
#> GSM682139 1 0.1793 0.65453 0.928 0.000 0.048 0.012 0.012 0.000
#> GSM682140 4 0.5395 0.32254 0.412 0.000 0.052 0.512 0.016 0.008
#> GSM682141 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0146 0.65676 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.2593 0.66155 0.000 0.148 0.008 0.000 0.844 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:hclust 154 1.75e-04 5.38e-01 2
#> MAD:hclust 110 1.42e-04 8.38e-03 3
#> MAD:hclust 114 9.12e-09 1.69e-03 4
#> MAD:hclust 100 1.99e-09 1.09e-04 5
#> MAD:hclust 84 1.42e-06 2.08e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.789 0.855 0.927 0.4719 0.528 0.528
#> 3 3 0.523 0.709 0.808 0.3836 0.731 0.529
#> 4 4 0.633 0.606 0.776 0.1268 0.824 0.548
#> 5 5 0.678 0.689 0.805 0.0754 0.855 0.518
#> 6 6 0.703 0.578 0.744 0.0383 0.937 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.2236 0.9242 0.964 0.036
#> GSM682003 2 0.2603 0.9052 0.044 0.956
#> GSM682004 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.9977 0.1875 0.528 0.472
#> GSM682006 1 0.9170 0.5684 0.668 0.332
#> GSM682007 1 0.8608 0.5660 0.716 0.284
#> GSM682008 2 0.9129 0.5811 0.328 0.672
#> GSM682009 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682096 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682097 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM682098 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.4431 0.8957 0.908 0.092
#> GSM682100 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.8713 0.5516 0.292 0.708
#> GSM682102 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682103 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.9850 0.1644 0.572 0.428
#> GSM682105 1 0.2236 0.9242 0.964 0.036
#> GSM682106 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682108 1 0.7815 0.7357 0.768 0.232
#> GSM682109 1 0.9393 0.3961 0.644 0.356
#> GSM682110 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682111 2 0.5519 0.8641 0.128 0.872
#> GSM682112 2 0.5408 0.8673 0.124 0.876
#> GSM682113 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682114 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682118 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682120 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.2603 0.9052 0.044 0.956
#> GSM682017 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.8608 0.5695 0.284 0.716
#> GSM682022 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682025 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.8661 0.5599 0.288 0.712
#> GSM682028 2 0.8661 0.5599 0.288 0.712
#> GSM682029 2 0.9983 -0.0375 0.476 0.524
#> GSM682030 1 0.9087 0.5980 0.676 0.324
#> GSM682031 1 0.9635 0.4622 0.612 0.388
#> GSM682032 1 0.9635 0.4622 0.612 0.388
#> GSM682033 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681993 2 0.5178 0.8734 0.116 0.884
#> GSM681994 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM681996 1 0.9129 0.4705 0.672 0.328
#> GSM681997 1 0.8555 0.5739 0.720 0.280
#> GSM681998 1 0.9323 0.5287 0.652 0.348
#> GSM681999 1 0.9170 0.5684 0.668 0.332
#> GSM682000 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682001 1 0.3114 0.9225 0.944 0.056
#> GSM682055 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM682056 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM682057 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.9044 0.5096 0.680 0.320
#> GSM682059 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.2043 0.9058 0.032 0.968
#> GSM682061 2 0.2778 0.9033 0.048 0.952
#> GSM682062 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682065 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682066 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682067 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682068 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682069 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682070 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682071 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM682072 2 0.9963 0.2432 0.464 0.536
#> GSM682073 2 0.9881 0.3283 0.436 0.564
#> GSM682074 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.2778 0.9245 0.952 0.048
#> GSM682076 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.4562 0.8859 0.096 0.904
#> GSM682081 2 0.5408 0.8676 0.124 0.876
#> GSM682082 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682087 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682092 1 0.2236 0.9242 0.964 0.036
#> GSM682093 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682095 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM681983 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM681984 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681985 2 0.5629 0.8605 0.132 0.868
#> GSM681986 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681987 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.2948 0.9014 0.052 0.948
#> GSM681989 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM681990 1 0.0376 0.9178 0.996 0.004
#> GSM681991 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.2778 0.9245 0.952 0.048
#> GSM682035 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682037 1 0.2778 0.9245 0.952 0.048
#> GSM682038 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682040 2 0.4690 0.8836 0.100 0.900
#> GSM682041 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682042 2 0.5178 0.8734 0.116 0.884
#> GSM682043 1 0.2603 0.9245 0.956 0.044
#> GSM682044 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682045 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682046 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682047 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682049 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682051 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.5408 0.8673 0.124 0.876
#> GSM682053 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682123 1 0.2423 0.9244 0.960 0.040
#> GSM682124 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682125 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> GSM682126 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682127 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682128 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.2603 0.9052 0.044 0.956
#> GSM682132 1 0.2778 0.9245 0.952 0.048
#> GSM682133 1 0.2778 0.9245 0.952 0.048
#> GSM682134 1 0.2423 0.9244 0.960 0.040
#> GSM682135 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682136 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682137 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682140 1 0.0000 0.9190 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682142 1 0.2948 0.9243 0.948 0.052
#> GSM682143 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.3192 0.7844 0.888 0.000 0.112
#> GSM682003 2 0.1529 0.8653 0.000 0.960 0.040
#> GSM682004 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.4575 0.7236 0.184 0.004 0.812
#> GSM682006 3 0.4605 0.7165 0.204 0.000 0.796
#> GSM682007 3 0.0000 0.7011 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 3 0.0592 0.6995 0.000 0.012 0.988
#> GSM682009 3 0.7001 0.3384 0.024 0.388 0.588
#> GSM682010 3 0.3752 0.6426 0.144 0.000 0.856
#> GSM682011 3 0.5905 0.5867 0.352 0.000 0.648
#> GSM682096 3 0.7448 0.4857 0.052 0.332 0.616
#> GSM682097 3 0.6180 0.0186 0.000 0.416 0.584
#> GSM682098 2 0.5327 0.5399 0.000 0.728 0.272
#> GSM682099 3 0.6646 0.6865 0.240 0.048 0.712
#> GSM682100 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 3 0.8464 0.5572 0.128 0.280 0.592
#> GSM682102 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682103 1 0.5529 0.6860 0.704 0.000 0.296
#> GSM682104 3 0.3043 0.6804 0.084 0.008 0.908
#> GSM682105 1 0.2711 0.8067 0.912 0.000 0.088
#> GSM682106 3 0.0000 0.7011 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 3 0.5835 0.5992 0.340 0.000 0.660
#> GSM682108 3 0.5431 0.6837 0.284 0.000 0.716
#> GSM682109 3 0.1399 0.7043 0.028 0.004 0.968
#> GSM682110 3 0.4555 0.7180 0.200 0.000 0.800
#> GSM682111 3 0.5200 0.5477 0.020 0.184 0.796
#> GSM682112 2 0.6396 0.5837 0.016 0.664 0.320
#> GSM682113 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.6286 -0.1927 0.464 0.000 0.536
#> GSM682115 1 0.3116 0.8262 0.892 0.000 0.108
#> GSM682116 1 0.3340 0.8239 0.880 0.000 0.120
#> GSM682117 3 0.6280 0.4039 0.460 0.000 0.540
#> GSM682118 1 0.6225 0.4722 0.568 0.000 0.432
#> GSM682119 1 0.3686 0.7154 0.860 0.000 0.140
#> GSM682120 1 0.3879 0.8089 0.848 0.000 0.152
#> GSM682121 1 0.5058 0.7439 0.756 0.000 0.244
#> GSM682122 3 0.1753 0.6973 0.048 0.000 0.952
#> GSM682012 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2261 0.8514 0.000 0.932 0.068
#> GSM682017 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.6129 0.4457 0.324 0.668 0.008
#> GSM682022 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.7899 0.6729 0.192 0.144 0.664
#> GSM682028 3 0.7458 0.6954 0.196 0.112 0.692
#> GSM682029 3 0.7222 0.6938 0.220 0.084 0.696
#> GSM682030 3 0.7226 0.6857 0.236 0.076 0.688
#> GSM682031 3 0.7226 0.6857 0.236 0.076 0.688
#> GSM682032 3 0.7226 0.6857 0.236 0.076 0.688
#> GSM682033 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 3 0.8112 0.6345 0.160 0.192 0.648
#> GSM681993 3 0.6633 -0.0891 0.008 0.444 0.548
#> GSM681994 3 0.4291 0.7234 0.180 0.000 0.820
#> GSM681995 3 0.5529 0.6518 0.296 0.000 0.704
#> GSM681996 3 0.0424 0.7043 0.008 0.000 0.992
#> GSM681997 3 0.4235 0.7246 0.176 0.000 0.824
#> GSM681998 3 0.4399 0.7221 0.188 0.000 0.812
#> GSM681999 3 0.5058 0.6954 0.244 0.000 0.756
#> GSM682000 3 0.5650 0.6327 0.312 0.000 0.688
#> GSM682001 3 0.5835 0.6046 0.340 0.000 0.660
#> GSM682055 2 0.2448 0.8462 0.000 0.924 0.076
#> GSM682056 3 0.6359 0.0365 0.004 0.404 0.592
#> GSM682057 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.0475 0.7036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682059 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.5970 0.7359 0.060 0.780 0.160
#> GSM682061 2 0.3816 0.7922 0.000 0.852 0.148
#> GSM682062 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3879 0.6904 0.848 0.000 0.152
#> GSM682065 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0424 0.8398 0.992 0.000 0.008
#> GSM682067 1 0.3340 0.8108 0.880 0.000 0.120
#> GSM682068 1 0.5678 0.3960 0.684 0.000 0.316
#> GSM682069 1 0.3340 0.8108 0.880 0.000 0.120
#> GSM682070 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682071 2 0.5835 0.5787 0.000 0.660 0.340
#> GSM682072 3 0.2804 0.6938 0.060 0.016 0.924
#> GSM682073 3 0.0829 0.6987 0.004 0.012 0.984
#> GSM682074 1 0.5397 0.7016 0.720 0.000 0.280
#> GSM682075 1 0.4605 0.6521 0.796 0.000 0.204
#> GSM682076 1 0.5733 0.6703 0.676 0.000 0.324
#> GSM682077 1 0.4002 0.7907 0.840 0.000 0.160
#> GSM682078 1 0.5465 0.6950 0.712 0.000 0.288
#> GSM682079 1 0.2878 0.8280 0.904 0.000 0.096
#> GSM682080 2 0.6189 0.5356 0.004 0.632 0.364
#> GSM682081 3 0.1267 0.6941 0.004 0.024 0.972
#> GSM682082 3 0.5988 0.1064 0.368 0.000 0.632
#> GSM682083 1 0.3192 0.8257 0.888 0.000 0.112
#> GSM682084 3 0.5760 0.2819 0.328 0.000 0.672
#> GSM682085 3 0.4654 0.5306 0.208 0.000 0.792
#> GSM682086 1 0.4555 0.6381 0.800 0.000 0.200
#> GSM682087 1 0.5988 0.6232 0.632 0.000 0.368
#> GSM682088 1 0.5058 0.7258 0.756 0.000 0.244
#> GSM682089 1 0.5560 0.6810 0.700 0.000 0.300
#> GSM682090 1 0.5529 0.6860 0.704 0.000 0.296
#> GSM682091 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.1163 0.8401 0.972 0.000 0.028
#> GSM682093 1 0.6192 0.4589 0.580 0.000 0.420
#> GSM682094 1 0.4931 0.5716 0.768 0.000 0.232
#> GSM682095 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 2 0.5926 0.5551 0.000 0.644 0.356
#> GSM681983 1 0.0424 0.8386 0.992 0.000 0.008
#> GSM681984 2 0.2261 0.8508 0.000 0.932 0.068
#> GSM681985 3 0.7084 0.2379 0.036 0.336 0.628
#> GSM681986 2 0.7164 0.0428 0.024 0.524 0.452
#> GSM681987 2 0.1529 0.8653 0.000 0.960 0.040
#> GSM681988 3 0.3752 0.6064 0.000 0.144 0.856
#> GSM681989 3 0.6451 0.5130 0.024 0.292 0.684
#> GSM681990 3 0.2537 0.7193 0.080 0.000 0.920
#> GSM681991 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.2165 0.8337 0.936 0.000 0.064
#> GSM682036 1 0.1031 0.8340 0.976 0.000 0.024
#> GSM682037 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.1753 0.8616 0.000 0.952 0.048
#> GSM682039 1 0.0237 0.8413 0.996 0.000 0.004
#> GSM682040 2 0.5873 0.6089 0.004 0.684 0.312
#> GSM682041 1 0.5058 0.7258 0.756 0.000 0.244
#> GSM682042 2 0.6297 0.5495 0.008 0.640 0.352
#> GSM682043 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682047 1 0.5497 0.6906 0.708 0.000 0.292
#> GSM682048 1 0.0237 0.8413 0.996 0.000 0.004
#> GSM682049 1 0.5016 0.7293 0.760 0.000 0.240
#> GSM682050 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682051 1 0.5431 0.6928 0.716 0.000 0.284
#> GSM682052 2 0.6648 0.5162 0.016 0.620 0.364
#> GSM682053 1 0.5497 0.6758 0.708 0.000 0.292
#> GSM682054 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.3482 0.8076 0.872 0.000 0.128
#> GSM682124 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3879 0.7943 0.848 0.000 0.152
#> GSM682126 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.5098 0.6649 0.752 0.000 0.248
#> GSM682129 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8808 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.5397 0.5080 0.720 0.000 0.280
#> GSM682133 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682134 1 0.2711 0.8274 0.912 0.000 0.088
#> GSM682135 1 0.0892 0.8328 0.980 0.000 0.020
#> GSM682136 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.2796 0.8170 0.908 0.000 0.092
#> GSM682138 1 0.5016 0.7293 0.760 0.000 0.240
#> GSM682139 1 0.0000 0.8412 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.3340 0.8235 0.880 0.000 0.120
#> GSM682141 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0237 0.8403 0.996 0.000 0.004
#> GSM682143 2 0.1411 0.8671 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.6996 0.5136 0.580 0.000 0.192 0.228
#> GSM682003 2 0.2844 0.8378 0.000 0.900 0.052 0.048
#> GSM682004 2 0.2089 0.8557 0.000 0.932 0.048 0.020
#> GSM682005 4 0.1661 0.7542 0.004 0.000 0.052 0.944
#> GSM682006 4 0.1545 0.7634 0.008 0.000 0.040 0.952
#> GSM682007 3 0.4941 0.2669 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM682008 3 0.5000 0.1172 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM682009 4 0.6946 0.3996 0.000 0.212 0.200 0.588
#> GSM682010 3 0.4889 0.3892 0.004 0.000 0.636 0.360
#> GSM682011 4 0.2480 0.7705 0.088 0.000 0.008 0.904
#> GSM682096 4 0.5710 0.6412 0.004 0.228 0.068 0.700
#> GSM682097 3 0.5664 0.5170 0.000 0.156 0.720 0.124
#> GSM682098 2 0.6854 0.2581 0.000 0.548 0.120 0.332
#> GSM682099 4 0.3489 0.7731 0.032 0.020 0.068 0.880
#> GSM682100 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.6993 -0.2013 0.020 0.460 0.064 0.456
#> GSM682102 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682103 3 0.5378 -0.1393 0.448 0.000 0.540 0.012
#> GSM682104 3 0.4277 0.4642 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM682105 1 0.6656 0.5688 0.620 0.000 0.220 0.160
#> GSM682106 3 0.4888 0.2093 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM682107 4 0.2480 0.7705 0.088 0.000 0.008 0.904
#> GSM682108 4 0.6517 0.3626 0.108 0.000 0.288 0.604
#> GSM682109 3 0.4898 0.2995 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM682110 4 0.2089 0.7689 0.020 0.000 0.048 0.932
#> GSM682111 3 0.4804 0.4567 0.000 0.016 0.708 0.276
#> GSM682112 3 0.5664 0.4411 0.000 0.228 0.696 0.076
#> GSM682113 1 0.0937 0.8180 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM682114 3 0.2662 0.5297 0.084 0.000 0.900 0.016
#> GSM682115 1 0.5010 0.6299 0.700 0.000 0.276 0.024
#> GSM682116 1 0.5247 0.6148 0.684 0.000 0.284 0.032
#> GSM682117 4 0.4973 0.4996 0.348 0.000 0.008 0.644
#> GSM682118 3 0.7128 0.0158 0.372 0.000 0.492 0.136
#> GSM682119 1 0.3758 0.7232 0.848 0.000 0.048 0.104
#> GSM682120 1 0.5599 0.5056 0.616 0.000 0.352 0.032
#> GSM682121 1 0.7516 0.3218 0.472 0.000 0.328 0.200
#> GSM682122 3 0.2530 0.5233 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM682012 2 0.0188 0.8759 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0336 0.8754 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682015 2 0.0336 0.8754 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682016 2 0.5325 0.6345 0.000 0.728 0.204 0.068
#> GSM682017 2 0.0336 0.8754 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682018 2 0.1004 0.8653 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM682019 2 0.0188 0.8751 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682020 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.5986 0.5612 0.220 0.700 0.060 0.020
#> GSM682022 2 0.0376 0.8738 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682023 2 0.0376 0.8738 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682024 1 0.0672 0.8196 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM682025 2 0.0376 0.8738 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682026 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.3806 0.7708 0.028 0.064 0.040 0.868
#> GSM682028 4 0.3806 0.7708 0.028 0.064 0.040 0.868
#> GSM682029 4 0.3843 0.7734 0.036 0.056 0.040 0.868
#> GSM682030 4 0.3853 0.7748 0.040 0.052 0.040 0.868
#> GSM682031 4 0.3853 0.7748 0.040 0.052 0.040 0.868
#> GSM682032 4 0.3853 0.7748 0.040 0.052 0.040 0.868
#> GSM682033 2 0.0524 0.8748 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM681992 4 0.5466 0.6626 0.032 0.160 0.048 0.760
#> GSM681993 3 0.5719 0.5060 0.000 0.176 0.712 0.112
#> GSM681994 4 0.2222 0.7680 0.016 0.000 0.060 0.924
#> GSM681995 4 0.2179 0.7769 0.064 0.000 0.012 0.924
#> GSM681996 4 0.4134 0.5050 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM681997 4 0.1305 0.7612 0.004 0.000 0.036 0.960
#> GSM681998 4 0.1398 0.7581 0.004 0.000 0.040 0.956
#> GSM681999 4 0.1722 0.7776 0.048 0.000 0.008 0.944
#> GSM682000 4 0.2255 0.7759 0.068 0.000 0.012 0.920
#> GSM682001 4 0.2610 0.7708 0.088 0.000 0.012 0.900
#> GSM682055 2 0.6407 0.2593 0.000 0.520 0.412 0.068
#> GSM682056 3 0.2699 0.5322 0.000 0.028 0.904 0.068
#> GSM682057 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.5039 0.4119 0.000 0.004 0.404 0.592
#> GSM682059 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.7502 0.3527 0.052 0.556 0.316 0.076
#> GSM682061 2 0.6350 0.3675 0.000 0.564 0.364 0.072
#> GSM682062 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0657 0.8706 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM682064 1 0.3612 0.7291 0.856 0.000 0.044 0.100
#> GSM682065 1 0.0336 0.8190 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682066 1 0.1733 0.8158 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM682067 1 0.2048 0.8034 0.928 0.000 0.064 0.008
#> GSM682068 4 0.3975 0.6429 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM682069 1 0.1902 0.8047 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM682070 1 0.1610 0.8104 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM682071 3 0.5979 0.3857 0.000 0.272 0.652 0.076
#> GSM682072 3 0.4522 0.4244 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM682073 3 0.4746 0.3701 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM682074 3 0.5512 -0.1937 0.488 0.000 0.496 0.016
#> GSM682075 4 0.7011 0.3081 0.300 0.000 0.148 0.552
#> GSM682076 3 0.5938 -0.1744 0.476 0.000 0.488 0.036
#> GSM682077 1 0.3444 0.7325 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM682078 3 0.5512 -0.1937 0.488 0.000 0.496 0.016
#> GSM682079 1 0.4606 0.6550 0.724 0.000 0.264 0.012
#> GSM682080 3 0.5655 0.4699 0.000 0.212 0.704 0.084
#> GSM682081 3 0.4605 0.4099 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM682082 3 0.3842 0.5102 0.128 0.000 0.836 0.036
#> GSM682083 1 0.5195 0.6246 0.692 0.000 0.276 0.032
#> GSM682084 3 0.2797 0.5318 0.032 0.000 0.900 0.068
#> GSM682085 3 0.2796 0.5247 0.016 0.000 0.892 0.092
#> GSM682086 1 0.5039 0.2124 0.592 0.000 0.004 0.404
#> GSM682087 3 0.6268 -0.1200 0.448 0.000 0.496 0.056
#> GSM682088 1 0.5189 0.4963 0.616 0.000 0.372 0.012
#> GSM682089 3 0.5417 0.0262 0.412 0.000 0.572 0.016
#> GSM682090 3 0.5493 -0.1058 0.456 0.000 0.528 0.016
#> GSM682091 1 0.1888 0.8042 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM682092 1 0.4387 0.6930 0.752 0.000 0.236 0.012
#> GSM682093 3 0.6065 0.4738 0.276 0.000 0.644 0.080
#> GSM682094 1 0.4872 0.3614 0.640 0.000 0.004 0.356
#> GSM682095 2 0.2089 0.8557 0.000 0.932 0.048 0.020
#> GSM681982 3 0.5716 0.4640 0.000 0.212 0.700 0.088
#> GSM681983 1 0.1004 0.8158 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM681984 2 0.6089 0.5476 0.000 0.640 0.280 0.080
#> GSM681985 3 0.5574 0.5161 0.000 0.124 0.728 0.148
#> GSM681986 4 0.6147 0.5207 0.000 0.224 0.112 0.664
#> GSM681987 2 0.2844 0.8378 0.000 0.900 0.052 0.048
#> GSM681988 3 0.4957 0.4141 0.000 0.012 0.668 0.320
#> GSM681989 4 0.5950 0.5543 0.000 0.156 0.148 0.696
#> GSM681990 4 0.4936 0.2399 0.004 0.000 0.372 0.624
#> GSM681991 2 0.2089 0.8557 0.000 0.932 0.048 0.020
#> GSM682034 1 0.0592 0.8158 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682035 1 0.1118 0.8090 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM682036 1 0.2313 0.7956 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM682037 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682038 2 0.4231 0.7759 0.000 0.824 0.096 0.080
#> GSM682039 1 0.1798 0.8075 0.944 0.000 0.040 0.016
#> GSM682040 3 0.6015 0.3819 0.000 0.268 0.652 0.080
#> GSM682041 1 0.4428 0.6200 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM682042 3 0.5564 0.4637 0.000 0.216 0.708 0.076
#> GSM682043 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682044 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682045 1 0.1584 0.8101 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM682046 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682047 3 0.5512 -0.1937 0.488 0.000 0.496 0.016
#> GSM682048 1 0.1635 0.8115 0.948 0.000 0.044 0.008
#> GSM682049 1 0.4936 0.5545 0.652 0.000 0.340 0.008
#> GSM682050 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682051 3 0.5300 0.0430 0.408 0.000 0.580 0.012
#> GSM682052 3 0.5494 0.4731 0.000 0.208 0.716 0.076
#> GSM682053 1 0.5236 0.2358 0.560 0.000 0.432 0.008
#> GSM682054 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682123 1 0.1474 0.8098 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM682124 1 0.0672 0.8196 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM682125 1 0.1902 0.8054 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM682126 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682127 1 0.0524 0.8200 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM682128 1 0.7806 0.2145 0.392 0.000 0.252 0.356
#> GSM682129 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8761 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.1182 0.8673 0.000 0.968 0.016 0.016
#> GSM682132 4 0.6479 0.4850 0.224 0.000 0.140 0.636
#> GSM682133 1 0.3325 0.7656 0.864 0.000 0.112 0.024
#> GSM682134 1 0.1389 0.8103 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682135 1 0.2224 0.7978 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM682136 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682137 1 0.7196 0.4763 0.552 0.000 0.236 0.212
#> GSM682138 1 0.4955 0.5542 0.648 0.000 0.344 0.008
#> GSM682139 1 0.1356 0.8129 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM682140 1 0.5182 0.6121 0.684 0.000 0.288 0.028
#> GSM682141 1 0.0336 0.8202 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682142 1 0.0469 0.8195 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682143 2 0.2675 0.8426 0.000 0.908 0.048 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.5163 0.7082 0.144 0.000 0.136 0.712 0.008
#> GSM682003 2 0.5258 0.4828 0.000 0.636 0.004 0.064 0.296
#> GSM682004 2 0.3087 0.8151 0.000 0.868 0.004 0.064 0.064
#> GSM682005 3 0.3443 0.7751 0.028 0.000 0.840 0.012 0.120
#> GSM682006 3 0.3567 0.7731 0.092 0.000 0.836 0.004 0.068
#> GSM682007 5 0.5203 0.4358 0.000 0.000 0.332 0.060 0.608
#> GSM682008 5 0.5295 0.0871 0.000 0.000 0.464 0.048 0.488
#> GSM682009 5 0.6065 0.4194 0.120 0.000 0.280 0.012 0.588
#> GSM682010 5 0.6539 0.5243 0.124 0.000 0.204 0.060 0.612
#> GSM682011 3 0.2984 0.7900 0.108 0.000 0.860 0.000 0.032
#> GSM682096 3 0.5738 0.6919 0.100 0.052 0.720 0.012 0.116
#> GSM682097 5 0.3637 0.7074 0.004 0.056 0.024 0.064 0.852
#> GSM682098 2 0.6912 0.0261 0.000 0.408 0.348 0.008 0.236
#> GSM682099 3 0.1960 0.8025 0.004 0.000 0.928 0.048 0.020
#> GSM682100 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682101 2 0.6807 0.3943 0.080 0.580 0.252 0.004 0.084
#> GSM682102 1 0.2909 0.8465 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM682103 4 0.3719 0.8035 0.116 0.000 0.000 0.816 0.068
#> GSM682104 5 0.3619 0.6746 0.008 0.000 0.040 0.124 0.828
#> GSM682105 4 0.3734 0.7900 0.168 0.000 0.036 0.796 0.000
#> GSM682106 4 0.6349 0.2964 0.000 0.000 0.232 0.524 0.244
#> GSM682107 3 0.3346 0.7873 0.108 0.000 0.848 0.008 0.036
#> GSM682108 5 0.6419 0.1757 0.152 0.000 0.384 0.004 0.460
#> GSM682109 5 0.4325 0.5946 0.000 0.000 0.240 0.036 0.724
#> GSM682110 3 0.3902 0.7679 0.092 0.000 0.824 0.016 0.068
#> GSM682111 5 0.2238 0.7114 0.004 0.004 0.036 0.036 0.920
#> GSM682112 5 0.2580 0.7198 0.020 0.064 0.000 0.016 0.900
#> GSM682113 1 0.1877 0.8436 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> GSM682114 4 0.4425 0.3784 0.008 0.000 0.000 0.600 0.392
#> GSM682115 4 0.3053 0.7858 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> GSM682116 4 0.3053 0.7858 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> GSM682117 3 0.5462 0.2135 0.464 0.000 0.488 0.012 0.036
#> GSM682118 4 0.5917 0.6193 0.160 0.000 0.104 0.680 0.056
#> GSM682119 1 0.3392 0.7207 0.852 0.000 0.080 0.008 0.060
#> GSM682120 4 0.2753 0.8041 0.136 0.000 0.000 0.856 0.008
#> GSM682121 4 0.3359 0.8127 0.112 0.000 0.024 0.848 0.016
#> GSM682122 4 0.4695 0.2153 0.004 0.000 0.008 0.524 0.464
#> GSM682012 2 0.0693 0.8743 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM682013 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682014 2 0.0693 0.8728 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682015 2 0.0693 0.8728 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682016 5 0.4589 0.1488 0.000 0.472 0.004 0.004 0.520
#> GSM682017 2 0.0693 0.8728 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682018 2 0.1728 0.8533 0.020 0.940 0.004 0.000 0.036
#> GSM682019 2 0.0566 0.8792 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM682020 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682021 2 0.5044 0.5874 0.232 0.704 0.016 0.004 0.044
#> GSM682022 2 0.0566 0.8792 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM682023 2 0.0566 0.8792 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM682024 1 0.2753 0.8489 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> GSM682025 2 0.0566 0.8792 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM682026 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682027 3 0.2197 0.7973 0.004 0.004 0.916 0.064 0.012
#> GSM682028 3 0.2102 0.7983 0.004 0.000 0.916 0.068 0.012
#> GSM682029 3 0.2102 0.7983 0.004 0.000 0.916 0.068 0.012
#> GSM682030 3 0.2102 0.7983 0.004 0.000 0.916 0.068 0.012
#> GSM682031 3 0.2102 0.7983 0.004 0.000 0.916 0.068 0.012
#> GSM682032 3 0.2102 0.7983 0.004 0.000 0.916 0.068 0.012
#> GSM682033 2 0.2664 0.8316 0.000 0.892 0.004 0.064 0.040
#> GSM681992 3 0.6568 0.0386 0.132 0.000 0.464 0.016 0.388
#> GSM681993 5 0.2411 0.7201 0.008 0.052 0.004 0.024 0.912
#> GSM681994 3 0.2687 0.8081 0.028 0.000 0.900 0.028 0.044
#> GSM681995 3 0.1195 0.8126 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> GSM681996 3 0.4665 0.5521 0.000 0.000 0.692 0.048 0.260
#> GSM681997 3 0.1538 0.8119 0.008 0.000 0.948 0.008 0.036
#> GSM681998 3 0.2740 0.7977 0.044 0.000 0.888 0.004 0.064
#> GSM681999 3 0.2983 0.7901 0.096 0.000 0.868 0.004 0.032
#> GSM682000 3 0.1405 0.8118 0.008 0.000 0.956 0.020 0.016
#> GSM682001 3 0.3170 0.7844 0.104 0.000 0.856 0.004 0.036
#> GSM682055 5 0.3398 0.6240 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780
#> GSM682056 5 0.5585 0.0920 0.004 0.028 0.020 0.408 0.540
#> GSM682057 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682058 4 0.6597 0.1002 0.004 0.012 0.392 0.464 0.128
#> GSM682059 2 0.0566 0.8797 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM682060 5 0.7246 0.2996 0.152 0.344 0.020 0.020 0.464
#> GSM682061 5 0.5449 0.3807 0.000 0.328 0.004 0.068 0.600
#> GSM682062 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682063 2 0.1331 0.8611 0.008 0.952 0.000 0.000 0.040
#> GSM682064 1 0.2304 0.7677 0.908 0.000 0.048 0.000 0.044
#> GSM682065 1 0.2674 0.8491 0.856 0.000 0.000 0.140 0.004
#> GSM682066 1 0.2580 0.8030 0.900 0.000 0.020 0.064 0.016
#> GSM682067 1 0.2885 0.8230 0.880 0.000 0.004 0.064 0.052
#> GSM682068 3 0.2989 0.7824 0.068 0.000 0.880 0.036 0.016
#> GSM682069 1 0.2719 0.8270 0.884 0.000 0.000 0.068 0.048
#> GSM682070 1 0.1059 0.8135 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> GSM682071 5 0.2825 0.6908 0.000 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM682072 5 0.3018 0.6958 0.008 0.000 0.084 0.036 0.872
#> GSM682073 5 0.3184 0.6819 0.000 0.000 0.100 0.048 0.852
#> GSM682074 4 0.3115 0.8137 0.112 0.000 0.000 0.852 0.036
#> GSM682075 3 0.5404 0.4600 0.080 0.000 0.652 0.260 0.008
#> GSM682076 4 0.3359 0.8151 0.108 0.000 0.000 0.840 0.052
#> GSM682077 1 0.4047 0.6228 0.676 0.000 0.000 0.320 0.004
#> GSM682078 4 0.3409 0.8148 0.112 0.000 0.000 0.836 0.052
#> GSM682079 4 0.2648 0.7942 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM682080 5 0.2456 0.7194 0.008 0.064 0.000 0.024 0.904
#> GSM682081 5 0.2735 0.6945 0.000 0.000 0.084 0.036 0.880
#> GSM682082 4 0.4037 0.6341 0.020 0.000 0.004 0.752 0.224
#> GSM682083 4 0.3053 0.7858 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> GSM682084 4 0.4637 0.2639 0.012 0.000 0.000 0.536 0.452
#> GSM682085 4 0.4595 0.3561 0.004 0.000 0.008 0.588 0.400
#> GSM682086 1 0.5244 0.1300 0.568 0.000 0.392 0.016 0.024
#> GSM682087 4 0.3533 0.8141 0.104 0.000 0.004 0.836 0.056
#> GSM682088 4 0.2953 0.8013 0.144 0.000 0.000 0.844 0.012
#> GSM682089 4 0.3506 0.8130 0.104 0.000 0.000 0.832 0.064
#> GSM682090 4 0.3375 0.8145 0.104 0.000 0.000 0.840 0.056
#> GSM682091 1 0.2299 0.7751 0.912 0.000 0.032 0.004 0.052
#> GSM682092 4 0.3913 0.5088 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM682093 5 0.5532 0.5991 0.216 0.004 0.012 0.092 0.676
#> GSM682094 1 0.5172 0.2161 0.600 0.000 0.356 0.008 0.036
#> GSM682095 2 0.3213 0.8094 0.000 0.860 0.004 0.064 0.072
#> GSM681982 5 0.1948 0.7216 0.004 0.056 0.004 0.008 0.928
#> GSM681983 1 0.1770 0.8290 0.936 0.000 0.008 0.048 0.008
#> GSM681984 5 0.6494 0.5877 0.108 0.160 0.016 0.060 0.656
#> GSM681985 5 0.1883 0.7165 0.028 0.012 0.008 0.012 0.940
#> GSM681986 5 0.7493 0.3161 0.112 0.020 0.300 0.064 0.504
#> GSM681987 2 0.5363 0.4260 0.000 0.612 0.004 0.064 0.320
#> GSM681988 5 0.2460 0.7029 0.000 0.004 0.072 0.024 0.900
#> GSM681989 5 0.6268 0.2147 0.108 0.000 0.384 0.012 0.496
#> GSM681990 5 0.6510 0.1146 0.112 0.000 0.424 0.020 0.444
#> GSM681991 2 0.3213 0.8094 0.000 0.860 0.004 0.064 0.072
#> GSM682034 1 0.2909 0.8467 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM682035 1 0.2997 0.8448 0.840 0.000 0.000 0.148 0.012
#> GSM682036 1 0.2663 0.7649 0.896 0.000 0.048 0.008 0.048
#> GSM682037 1 0.2997 0.8438 0.840 0.000 0.000 0.148 0.012
#> GSM682038 5 0.5934 0.1054 0.008 0.424 0.004 0.068 0.496
#> GSM682039 1 0.1444 0.8044 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM682040 5 0.4553 0.6426 0.012 0.136 0.004 0.072 0.776
#> GSM682041 4 0.4269 0.5862 0.300 0.000 0.000 0.684 0.016
#> GSM682042 5 0.2736 0.7185 0.024 0.068 0.000 0.016 0.892
#> GSM682043 1 0.3642 0.7564 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> GSM682044 1 0.2864 0.8487 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012
#> GSM682045 1 0.1281 0.8085 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM682046 1 0.2798 0.8467 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> GSM682047 4 0.3317 0.8150 0.116 0.000 0.000 0.840 0.044
#> GSM682048 1 0.2927 0.8362 0.868 0.000 0.000 0.092 0.040
#> GSM682049 4 0.3123 0.7894 0.160 0.000 0.000 0.828 0.012
#> GSM682050 1 0.2798 0.8467 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> GSM682051 4 0.3506 0.8130 0.104 0.000 0.000 0.832 0.064
#> GSM682052 5 0.2605 0.7186 0.024 0.060 0.000 0.016 0.900
#> GSM682053 1 0.5834 0.4706 0.584 0.000 0.000 0.132 0.284
#> GSM682054 1 0.2798 0.8467 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> GSM682123 1 0.2777 0.8458 0.864 0.000 0.000 0.120 0.016
#> GSM682124 1 0.2629 0.8490 0.860 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM682125 1 0.3242 0.8385 0.844 0.000 0.000 0.116 0.040
#> GSM682126 1 0.2909 0.8465 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM682127 1 0.2719 0.8484 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM682128 4 0.4641 0.7708 0.116 0.000 0.116 0.760 0.008
#> GSM682129 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682130 2 0.0404 0.8801 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682131 2 0.1251 0.8714 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM682132 3 0.5269 0.5569 0.072 0.000 0.688 0.224 0.016
#> GSM682133 1 0.4457 0.4997 0.620 0.000 0.000 0.368 0.012
#> GSM682134 1 0.2864 0.8470 0.852 0.000 0.000 0.136 0.012
#> GSM682135 1 0.2228 0.7703 0.912 0.000 0.048 0.000 0.040
#> GSM682136 1 0.2909 0.8465 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM682137 4 0.3838 0.7922 0.148 0.000 0.044 0.804 0.004
#> GSM682138 4 0.2806 0.7961 0.152 0.000 0.000 0.844 0.004
#> GSM682139 1 0.2423 0.8450 0.896 0.000 0.000 0.080 0.024
#> GSM682140 4 0.2690 0.7935 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM682141 1 0.2909 0.8467 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM682142 1 0.2753 0.8489 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> GSM682143 2 0.5135 0.5299 0.000 0.660 0.004 0.064 0.272
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.4655 0.7462 0.080 0.000 0.116 0.752 0.004 0.048
#> GSM682003 6 0.6039 0.9550 0.000 0.332 0.000 0.000 0.260 0.408
#> GSM682004 2 0.5157 -0.5046 0.000 0.508 0.000 0.000 0.088 0.404
#> GSM682005 3 0.3834 0.6014 0.000 0.000 0.792 0.016 0.132 0.060
#> GSM682006 3 0.2458 0.6079 0.016 0.000 0.888 0.004 0.084 0.008
#> GSM682007 5 0.5284 0.1049 0.000 0.000 0.420 0.068 0.500 0.012
#> GSM682008 5 0.5429 0.0898 0.000 0.000 0.404 0.032 0.512 0.052
#> GSM682009 3 0.5674 0.2167 0.028 0.004 0.528 0.000 0.368 0.072
#> GSM682010 3 0.5775 0.1753 0.032 0.000 0.524 0.024 0.380 0.040
#> GSM682011 3 0.1148 0.6336 0.020 0.000 0.960 0.004 0.000 0.016
#> GSM682096 3 0.5338 0.5552 0.016 0.104 0.712 0.000 0.100 0.068
#> GSM682097 5 0.3702 0.6036 0.000 0.064 0.000 0.076 0.820 0.040
#> GSM682098 2 0.5804 0.3195 0.000 0.652 0.108 0.004 0.144 0.092
#> GSM682099 3 0.6240 0.4906 0.000 0.004 0.536 0.172 0.032 0.256
#> GSM682100 2 0.0363 0.7206 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682101 2 0.5209 0.4682 0.040 0.724 0.100 0.000 0.028 0.108
#> GSM682102 1 0.2662 0.8574 0.884 0.000 0.008 0.056 0.004 0.048
#> GSM682103 4 0.2462 0.8362 0.064 0.000 0.008 0.896 0.024 0.008
#> GSM682104 5 0.4364 0.5772 0.000 0.008 0.044 0.192 0.740 0.016
#> GSM682105 4 0.2922 0.8266 0.068 0.000 0.056 0.864 0.000 0.012
#> GSM682106 4 0.6146 0.0776 0.000 0.000 0.300 0.452 0.240 0.008
#> GSM682107 3 0.0951 0.6316 0.020 0.000 0.968 0.008 0.000 0.004
#> GSM682108 3 0.5733 0.3816 0.076 0.000 0.604 0.012 0.272 0.036
#> GSM682109 5 0.4494 0.1686 0.000 0.000 0.424 0.032 0.544 0.000
#> GSM682110 3 0.3308 0.5913 0.016 0.000 0.844 0.028 0.100 0.012
#> GSM682111 5 0.1789 0.6336 0.000 0.000 0.044 0.032 0.924 0.000
#> GSM682112 5 0.3237 0.5540 0.016 0.028 0.000 0.004 0.840 0.112
#> GSM682113 1 0.2721 0.8561 0.888 0.000 0.028 0.024 0.008 0.052
#> GSM682114 4 0.4199 0.1079 0.004 0.000 0.000 0.544 0.444 0.008
#> GSM682115 4 0.2789 0.8271 0.088 0.000 0.000 0.864 0.004 0.044
#> GSM682116 4 0.2939 0.8305 0.080 0.000 0.008 0.864 0.004 0.044
#> GSM682117 3 0.4404 0.5054 0.236 0.000 0.708 0.012 0.004 0.040
#> GSM682118 4 0.5125 0.0874 0.028 0.000 0.440 0.504 0.024 0.004
#> GSM682119 3 0.5565 -0.0522 0.452 0.000 0.452 0.008 0.008 0.080
#> GSM682120 4 0.1524 0.8492 0.060 0.000 0.008 0.932 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.1542 0.8489 0.052 0.000 0.008 0.936 0.000 0.004
#> GSM682122 5 0.4062 0.1765 0.000 0.000 0.000 0.440 0.552 0.008
#> GSM682012 2 0.1657 0.6820 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> GSM682013 2 0.0146 0.7214 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682014 2 0.2531 0.6087 0.000 0.856 0.000 0.000 0.012 0.132
#> GSM682015 2 0.2402 0.6251 0.000 0.868 0.000 0.000 0.012 0.120
#> GSM682016 2 0.4808 -0.2749 0.000 0.476 0.000 0.000 0.472 0.052
#> GSM682017 2 0.2402 0.6251 0.000 0.868 0.000 0.000 0.012 0.120
#> GSM682018 2 0.2333 0.6405 0.040 0.896 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM682019 2 0.0146 0.7218 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682020 2 0.0458 0.7195 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM682021 2 0.3951 0.5156 0.112 0.780 0.000 0.000 0.008 0.100
#> GSM682022 2 0.0146 0.7218 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682023 2 0.0146 0.7218 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682024 1 0.1297 0.8671 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM682025 2 0.0146 0.7218 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682026 2 0.0000 0.7219 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682028 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682029 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682030 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682031 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682032 3 0.5108 0.5063 0.000 0.004 0.528 0.044 0.012 0.412
#> GSM682033 2 0.4649 -0.3106 0.000 0.572 0.000 0.000 0.048 0.380
#> GSM681992 3 0.5296 0.4896 0.040 0.004 0.684 0.004 0.188 0.080
#> GSM681993 5 0.1680 0.6281 0.000 0.020 0.012 0.024 0.940 0.004
#> GSM681994 3 0.3303 0.6225 0.000 0.000 0.848 0.044 0.048 0.060
#> GSM681995 3 0.2151 0.6266 0.000 0.000 0.904 0.016 0.008 0.072
#> GSM681996 3 0.5467 0.2485 0.000 0.000 0.540 0.032 0.368 0.060
#> GSM681997 3 0.2624 0.6253 0.000 0.000 0.884 0.020 0.028 0.068
#> GSM681998 3 0.2476 0.6210 0.000 0.000 0.888 0.008 0.072 0.032
#> GSM681999 3 0.1129 0.6318 0.012 0.000 0.964 0.004 0.012 0.008
#> GSM682000 3 0.3732 0.5875 0.000 0.000 0.744 0.024 0.004 0.228
#> GSM682001 3 0.1377 0.6294 0.024 0.000 0.952 0.004 0.004 0.016
#> GSM682055 5 0.3470 0.4882 0.000 0.152 0.000 0.000 0.796 0.052
#> GSM682056 5 0.5345 0.3800 0.000 0.052 0.000 0.336 0.576 0.036
#> GSM682057 2 0.0260 0.7219 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682058 4 0.6415 0.4645 0.000 0.016 0.172 0.600 0.120 0.092
#> GSM682059 2 0.1007 0.7057 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM682060 2 0.8427 -0.1865 0.120 0.328 0.116 0.004 0.312 0.120
#> GSM682061 5 0.5757 -0.4860 0.000 0.180 0.000 0.000 0.468 0.352
#> GSM682062 2 0.0458 0.7195 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM682063 2 0.1707 0.6837 0.012 0.928 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM682064 1 0.3613 0.7811 0.816 0.000 0.092 0.000 0.016 0.076
#> GSM682065 1 0.1680 0.8677 0.936 0.000 0.004 0.040 0.004 0.016
#> GSM682066 1 0.4999 0.7298 0.724 0.000 0.144 0.068 0.008 0.056
#> GSM682067 1 0.3136 0.8264 0.852 0.000 0.020 0.008 0.020 0.100
#> GSM682068 3 0.5564 0.5278 0.044 0.000 0.560 0.040 0.008 0.348
#> GSM682069 1 0.2938 0.8292 0.860 0.000 0.016 0.004 0.020 0.100
#> GSM682070 1 0.2930 0.8211 0.868 0.000 0.044 0.004 0.012 0.072
#> GSM682071 5 0.2736 0.5842 0.000 0.076 0.000 0.020 0.876 0.028
#> GSM682072 5 0.3485 0.5765 0.004 0.000 0.184 0.028 0.784 0.000
#> GSM682073 5 0.3353 0.5849 0.000 0.000 0.160 0.032 0.804 0.004
#> GSM682074 4 0.2058 0.8455 0.048 0.000 0.000 0.916 0.024 0.012
#> GSM682075 3 0.6804 0.1184 0.052 0.000 0.396 0.368 0.004 0.180
#> GSM682076 4 0.1718 0.8475 0.044 0.000 0.008 0.932 0.016 0.000
#> GSM682077 1 0.3695 0.6846 0.732 0.000 0.000 0.244 0.000 0.024
#> GSM682078 4 0.1693 0.8465 0.044 0.000 0.000 0.932 0.020 0.004
#> GSM682079 4 0.1700 0.8469 0.080 0.000 0.004 0.916 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.1636 0.6232 0.000 0.036 0.004 0.024 0.936 0.000
#> GSM682081 5 0.2527 0.6282 0.000 0.000 0.084 0.032 0.880 0.004
#> GSM682082 4 0.2149 0.7666 0.004 0.000 0.004 0.888 0.104 0.000
#> GSM682083 4 0.2939 0.8305 0.080 0.000 0.008 0.864 0.004 0.044
#> GSM682084 5 0.4095 0.0575 0.000 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> GSM682085 4 0.4217 0.0334 0.000 0.000 0.004 0.524 0.464 0.008
#> GSM682086 3 0.4625 0.4348 0.296 0.000 0.656 0.012 0.008 0.028
#> GSM682087 4 0.1806 0.8467 0.044 0.000 0.008 0.928 0.020 0.000
#> GSM682088 4 0.1732 0.8484 0.072 0.000 0.000 0.920 0.004 0.004
#> GSM682089 4 0.1864 0.8407 0.040 0.000 0.000 0.924 0.032 0.004
#> GSM682090 4 0.1633 0.8455 0.044 0.000 0.000 0.932 0.024 0.000
#> GSM682091 1 0.3705 0.7844 0.816 0.000 0.088 0.004 0.016 0.076
#> GSM682092 4 0.3340 0.7379 0.196 0.000 0.016 0.784 0.000 0.004
#> GSM682093 5 0.7602 0.4078 0.136 0.008 0.112 0.128 0.532 0.084
#> GSM682094 3 0.4744 0.4337 0.288 0.000 0.652 0.012 0.004 0.044
#> GSM682095 2 0.5071 -0.3995 0.000 0.540 0.000 0.000 0.084 0.376
#> GSM681982 5 0.2679 0.5723 0.000 0.024 0.008 0.004 0.876 0.088
#> GSM681983 1 0.3121 0.8419 0.864 0.000 0.044 0.036 0.004 0.052
#> GSM681984 5 0.6298 -0.2236 0.012 0.068 0.052 0.004 0.492 0.372
#> GSM681985 5 0.2957 0.5786 0.012 0.000 0.020 0.008 0.860 0.100
#> GSM681986 3 0.6356 0.1172 0.012 0.000 0.424 0.004 0.220 0.340
#> GSM681987 6 0.6034 0.9518 0.000 0.328 0.000 0.000 0.260 0.412
#> GSM681988 5 0.1693 0.6327 0.000 0.000 0.044 0.020 0.932 0.004
#> GSM681989 3 0.5289 0.3527 0.024 0.004 0.604 0.000 0.308 0.060
#> GSM681990 3 0.4962 0.3996 0.024 0.000 0.656 0.020 0.276 0.024
#> GSM681991 2 0.5196 -0.5182 0.000 0.504 0.000 0.000 0.092 0.404
#> GSM682034 1 0.2423 0.8617 0.896 0.000 0.004 0.048 0.004 0.048
#> GSM682035 1 0.2914 0.8547 0.864 0.000 0.004 0.068 0.004 0.060
#> GSM682036 1 0.3754 0.7806 0.812 0.000 0.092 0.004 0.016 0.076
#> GSM682037 1 0.2421 0.8603 0.896 0.000 0.004 0.052 0.004 0.044
#> GSM682038 5 0.6090 -0.6684 0.000 0.224 0.000 0.004 0.404 0.368
#> GSM682039 1 0.3424 0.8133 0.836 0.000 0.040 0.008 0.016 0.100
#> GSM682040 5 0.4971 0.1138 0.004 0.076 0.000 0.004 0.628 0.288
#> GSM682041 4 0.4336 0.6582 0.232 0.000 0.000 0.704 0.004 0.060
#> GSM682042 5 0.3336 0.5474 0.008 0.032 0.000 0.004 0.824 0.132
#> GSM682043 1 0.4559 0.6635 0.704 0.000 0.008 0.220 0.004 0.064
#> GSM682044 1 0.2356 0.8621 0.900 0.000 0.004 0.048 0.004 0.044
#> GSM682045 1 0.2982 0.8228 0.864 0.000 0.040 0.008 0.008 0.080
#> GSM682046 1 0.2726 0.8556 0.880 0.000 0.008 0.056 0.004 0.052
#> GSM682047 4 0.2058 0.8455 0.048 0.000 0.000 0.916 0.024 0.012
#> GSM682048 1 0.3083 0.8398 0.856 0.000 0.008 0.024 0.016 0.096
#> GSM682049 4 0.2866 0.8295 0.084 0.000 0.000 0.860 0.004 0.052
#> GSM682050 1 0.2662 0.8570 0.884 0.000 0.008 0.056 0.004 0.048
#> GSM682051 4 0.2259 0.8415 0.040 0.000 0.000 0.908 0.032 0.020
#> GSM682052 5 0.3363 0.5583 0.008 0.032 0.000 0.008 0.828 0.124
#> GSM682053 1 0.6347 0.5322 0.584 0.000 0.008 0.084 0.208 0.116
#> GSM682054 1 0.2726 0.8556 0.880 0.000 0.008 0.056 0.004 0.052
#> GSM682123 1 0.2000 0.8605 0.916 0.000 0.000 0.032 0.004 0.048
#> GSM682124 1 0.1082 0.8672 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> GSM682125 1 0.3493 0.8379 0.828 0.000 0.008 0.036 0.016 0.112
#> GSM682126 1 0.2662 0.8570 0.884 0.000 0.008 0.056 0.004 0.048
#> GSM682127 1 0.1554 0.8676 0.940 0.000 0.004 0.044 0.004 0.008
#> GSM682128 4 0.2693 0.8308 0.048 0.000 0.036 0.888 0.004 0.024
#> GSM682129 2 0.0146 0.7218 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682130 2 0.0363 0.7206 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682131 2 0.2448 0.6246 0.000 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> GSM682132 3 0.6608 0.4069 0.032 0.000 0.416 0.196 0.004 0.352
#> GSM682133 1 0.5176 0.2920 0.544 0.000 0.012 0.388 0.004 0.052
#> GSM682134 1 0.2144 0.8638 0.908 0.000 0.000 0.048 0.004 0.040
#> GSM682135 1 0.3460 0.7921 0.828 0.000 0.084 0.000 0.016 0.072
#> GSM682136 1 0.2662 0.8570 0.884 0.000 0.008 0.056 0.004 0.048
#> GSM682137 4 0.2688 0.8383 0.068 0.000 0.024 0.884 0.004 0.020
#> GSM682138 4 0.2002 0.8462 0.076 0.000 0.000 0.908 0.004 0.012
#> GSM682139 1 0.2043 0.8531 0.912 0.000 0.000 0.012 0.012 0.064
#> GSM682140 4 0.1787 0.8484 0.068 0.000 0.004 0.920 0.000 0.008
#> GSM682141 1 0.2483 0.8590 0.892 0.000 0.004 0.056 0.004 0.044
#> GSM682142 1 0.2034 0.8652 0.920 0.000 0.008 0.044 0.004 0.024
#> GSM682143 6 0.5965 0.9105 0.000 0.368 0.000 0.000 0.224 0.408
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:kmeans 153 3.73e-05 2.14e-01 2
#> MAD:kmeans 147 5.49e-07 1.17e-07 3
#> MAD:kmeans 114 7.06e-06 3.39e-06 4
#> MAD:kmeans 133 5.14e-09 7.23e-06 5
#> MAD:kmeans 122 8.49e-09 8.07e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.5016 0.499 0.499
#> 3 3 0.648 0.696 0.861 0.3236 0.763 0.558
#> 4 4 0.743 0.674 0.866 0.1278 0.838 0.569
#> 5 5 0.851 0.796 0.907 0.0700 0.888 0.604
#> 6 6 0.828 0.718 0.857 0.0339 0.940 0.723
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682006 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682007 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682009 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682097 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682098 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.563 0.844 0.132 0.868
#> GSM682100 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682104 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682105 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682108 2 0.975 0.297 0.408 0.592
#> GSM682109 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682110 1 0.118 0.978 0.984 0.016
#> GSM682111 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682112 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.443 0.898 0.908 0.092
#> GSM682012 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681993 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM681996 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681997 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681998 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681999 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682000 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.680 0.784 0.820 0.180
#> GSM682055 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682057 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682061 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682072 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682073 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682081 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.644 0.807 0.836 0.164
#> GSM682094 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681985 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681986 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681987 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681989 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM681990 1 0.605 0.829 0.852 0.148
#> GSM681991 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682041 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682042 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682053 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 3 0.6244 0.3790 0.440 0.000 0.560
#> GSM682003 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.5591 0.5685 0.000 0.304 0.696
#> GSM682006 3 0.5591 0.5685 0.000 0.304 0.696
#> GSM682007 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 2 0.3116 0.7828 0.000 0.892 0.108
#> GSM682010 3 0.1753 0.6630 0.048 0.000 0.952
#> GSM682011 3 0.5650 0.5636 0.312 0.000 0.688
#> GSM682096 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682097 2 0.3267 0.8043 0.000 0.884 0.116
#> GSM682098 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682100 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682104 2 0.5882 0.5839 0.000 0.652 0.348
#> GSM682105 1 0.5465 0.3923 0.712 0.000 0.288
#> GSM682106 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 3 0.5621 0.5668 0.308 0.000 0.692
#> GSM682108 3 0.5621 0.5670 0.308 0.000 0.692
#> GSM682109 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682111 2 0.5650 0.6258 0.000 0.688 0.312
#> GSM682112 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682113 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 1 0.5650 0.6093 0.688 0.000 0.312
#> GSM682115 1 0.0592 0.8297 0.988 0.000 0.012
#> GSM682116 1 0.4654 0.6964 0.792 0.000 0.208
#> GSM682117 3 0.5650 0.5636 0.312 0.000 0.688
#> GSM682118 3 0.4702 0.4865 0.212 0.000 0.788
#> GSM682119 1 0.3879 0.6621 0.848 0.000 0.152
#> GSM682120 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682121 3 0.6140 0.0455 0.404 0.000 0.596
#> GSM682122 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.5650 0.5605 0.000 0.312 0.688
#> GSM682028 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682029 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682030 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682031 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682032 3 0.5621 0.5657 0.000 0.308 0.692
#> GSM682033 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 2 0.3340 0.7685 0.000 0.880 0.120
#> GSM681993 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM681994 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681995 3 0.5591 0.5698 0.304 0.000 0.696
#> GSM681996 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681997 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681998 3 0.5016 0.6111 0.000 0.240 0.760
#> GSM681999 3 0.6262 0.5837 0.020 0.284 0.696
#> GSM682000 3 0.5621 0.5668 0.308 0.000 0.692
#> GSM682001 3 0.5845 0.5667 0.308 0.004 0.688
#> GSM682055 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682056 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682057 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.6386 0.4112 0.004 0.412 0.584
#> GSM682059 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682061 2 0.0237 0.8848 0.000 0.996 0.004
#> GSM682062 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3253 0.7595 0.912 0.052 0.036
#> GSM682065 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0237 0.8319 0.996 0.000 0.004
#> GSM682067 1 0.1031 0.8158 0.976 0.024 0.000
#> GSM682068 3 0.6235 0.3877 0.436 0.000 0.564
#> GSM682069 1 0.0592 0.8259 0.988 0.012 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682071 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682072 3 0.6140 -0.0724 0.000 0.404 0.596
#> GSM682073 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682075 1 0.5988 0.1707 0.632 0.000 0.368
#> GSM682076 3 0.6192 -0.0106 0.420 0.000 0.580
#> GSM682077 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682079 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682081 3 0.1163 0.6795 0.000 0.028 0.972
#> GSM682082 3 0.5497 0.3404 0.292 0.000 0.708
#> GSM682083 1 0.0592 0.8297 0.988 0.000 0.012
#> GSM682084 1 0.6079 0.5039 0.612 0.000 0.388
#> GSM682085 3 0.0747 0.6805 0.016 0.000 0.984
#> GSM682086 3 0.6204 0.4118 0.424 0.000 0.576
#> GSM682087 3 0.6154 0.0322 0.408 0.000 0.592
#> GSM682088 1 0.5591 0.6174 0.696 0.000 0.304
#> GSM682089 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682090 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682091 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682093 1 0.9949 0.1276 0.384 0.308 0.308
#> GSM682094 3 0.6215 0.4048 0.428 0.000 0.572
#> GSM682095 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM681983 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM681985 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM681986 2 0.0592 0.8779 0.000 0.988 0.012
#> GSM681987 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM681988 2 0.6252 0.4360 0.000 0.556 0.444
#> GSM681989 2 0.4887 0.6086 0.000 0.772 0.228
#> GSM681990 3 0.0000 0.6878 0.000 0.000 1.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682040 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682041 1 0.5591 0.6174 0.696 0.000 0.304
#> GSM682042 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682043 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682048 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.5591 0.6174 0.696 0.000 0.304
#> GSM682050 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682052 2 0.5621 0.6297 0.000 0.692 0.308
#> GSM682053 1 0.5591 0.6174 0.696 0.000 0.304
#> GSM682054 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 3 0.6079 0.0967 0.388 0.000 0.612
#> GSM682129 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.6215 -0.0373 0.572 0.000 0.428
#> GSM682133 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.5397 0.4114 0.720 0.000 0.280
#> GSM682138 1 0.5591 0.6174 0.696 0.000 0.304
#> GSM682139 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.5621 0.6144 0.692 0.000 0.308
#> GSM682141 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.8872 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.4907 0.1705 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM682003 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682005 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682006 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682007 4 0.4941 0.2734 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM682008 4 0.4331 0.5144 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM682009 2 0.4500 0.4714 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM682010 4 0.4977 0.2264 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM682011 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.2149 0.7805 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM682097 2 0.4713 0.4851 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682099 4 0.4382 0.4514 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM682100 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682104 3 0.4008 0.4643 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM682105 3 0.5236 0.2021 0.008 0.000 0.560 0.432
#> GSM682106 3 0.4746 0.2378 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM682107 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682108 4 0.5169 0.5280 0.272 0.000 0.032 0.696
#> GSM682109 4 0.4948 0.2676 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM682110 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682111 2 0.4955 0.3520 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM682112 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.0000 0.7003 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682115 3 0.5024 0.4008 0.360 0.000 0.632 0.008
#> GSM682116 3 0.5905 0.5533 0.156 0.000 0.700 0.144
#> GSM682117 4 0.4761 0.3533 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM682118 3 0.1545 0.6902 0.008 0.000 0.952 0.040
#> GSM682119 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682120 3 0.2730 0.6845 0.088 0.000 0.896 0.016
#> GSM682121 3 0.5203 0.2340 0.008 0.000 0.576 0.416
#> GSM682122 3 0.0000 0.7003 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.4382 0.5041 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682028 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681992 2 0.4888 0.2646 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM681993 2 0.4955 0.3520 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM681994 4 0.2408 0.7084 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM681995 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681996 4 0.2216 0.7271 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM681997 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681998 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681999 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682000 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682001 4 0.0000 0.7887 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682055 2 0.0336 0.8418 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682056 3 0.4250 0.4013 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.4941 0.1910 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM682059 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682061 2 0.0336 0.8412 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0188 0.9356 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.2011 0.8558 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682068 4 0.3907 0.5808 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM682069 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682071 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682072 3 0.7634 0.0473 0.000 0.216 0.444 0.340
#> GSM682073 4 0.4948 0.2676 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM682074 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682075 4 0.4624 0.3666 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM682076 3 0.0927 0.7005 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM682077 1 0.4193 0.5717 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM682078 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682079 3 0.4941 0.2212 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM682080 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682081 3 0.7463 -0.0188 0.000 0.176 0.440 0.384
#> GSM682082 3 0.0000 0.7003 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 3 0.5717 0.4481 0.324 0.000 0.632 0.044
#> GSM682084 3 0.0000 0.7003 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.7003 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.4961 0.1563 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM682087 3 0.1151 0.6979 0.008 0.000 0.968 0.024
#> GSM682088 3 0.2589 0.6778 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM682089 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682090 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682092 3 0.4948 0.2097 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM682093 3 0.6010 0.4418 0.104 0.220 0.676 0.000
#> GSM682094 1 0.4925 0.2161 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM682095 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681985 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM681986 2 0.4356 0.5154 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM681987 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681988 3 0.7733 0.0861 0.000 0.256 0.440 0.304
#> GSM681989 2 0.4941 0.2013 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM681990 4 0.4697 0.4047 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM681991 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682040 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682041 3 0.4713 0.4459 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM682042 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682049 3 0.3123 0.6588 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0336 0.7038 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682052 2 0.4948 0.3606 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM682053 1 0.4989 0.0139 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 3 0.5236 0.2021 0.008 0.000 0.560 0.432
#> GSM682129 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 4 0.4500 0.4149 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM682133 1 0.4748 0.5463 0.716 0.000 0.268 0.016
#> GSM682134 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 3 0.5236 0.2021 0.008 0.000 0.560 0.432
#> GSM682138 3 0.3123 0.6588 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 3 0.3498 0.6537 0.160 0.000 0.832 0.008
#> GSM682141 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9402 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.3452 0.653 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM682003 2 0.4138 0.519 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM682004 2 0.2813 0.771 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM682005 3 0.0865 0.886 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM682006 3 0.0404 0.889 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682007 5 0.4383 0.245 0.000 0.000 0.424 0.004 0.572
#> GSM682008 5 0.4268 0.195 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM682009 2 0.4830 0.439 0.004 0.560 0.016 0.000 0.420
#> GSM682010 5 0.3231 0.644 0.004 0.000 0.196 0.000 0.800
#> GSM682011 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682096 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682097 5 0.3913 0.513 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM682098 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682099 3 0.1502 0.855 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM682100 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682103 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682104 5 0.1956 0.755 0.000 0.008 0.000 0.076 0.916
#> GSM682105 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM682106 4 0.4909 0.187 0.000 0.000 0.412 0.560 0.028
#> GSM682107 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682108 3 0.4734 0.357 0.024 0.000 0.604 0.000 0.372
#> GSM682109 5 0.3534 0.570 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM682110 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682111 5 0.0290 0.779 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682112 5 0.0671 0.779 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> GSM682113 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682114 5 0.4249 0.310 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682115 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682116 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682117 3 0.2806 0.766 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> GSM682118 4 0.1153 0.911 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM682119 1 0.0290 0.957 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM682120 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682122 5 0.4227 0.332 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM682012 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.1732 0.829 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682017 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0486 0.875 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> GSM682022 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682025 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.1202 0.870 0.000 0.032 0.960 0.004 0.004
#> GSM682028 3 0.0324 0.891 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682029 3 0.0324 0.891 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682030 3 0.0324 0.891 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682031 3 0.0324 0.891 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682032 3 0.0324 0.891 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682033 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681992 2 0.6839 0.236 0.004 0.424 0.268 0.000 0.304
#> GSM681993 5 0.0404 0.779 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM681994 3 0.0324 0.892 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM681995 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM681996 3 0.3424 0.637 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM681997 3 0.0451 0.891 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM681998 3 0.0290 0.891 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM681999 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682000 3 0.0324 0.892 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM682001 3 0.0162 0.892 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682055 5 0.4126 0.413 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM682056 5 0.6033 0.537 0.000 0.220 0.000 0.200 0.580
#> GSM682057 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.3699 0.718 0.000 0.008 0.204 0.780 0.008
#> GSM682059 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.0609 0.872 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682061 5 0.3796 0.433 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM682062 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682066 1 0.3688 0.789 0.816 0.000 0.060 0.124 0.000
#> GSM682067 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682068 3 0.0566 0.887 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM682069 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682070 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682071 5 0.0609 0.779 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682072 5 0.0290 0.776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM682073 5 0.2891 0.659 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM682074 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682075 3 0.4047 0.484 0.004 0.000 0.676 0.320 0.000
#> GSM682076 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3534 0.649 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> GSM682078 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682079 4 0.0162 0.932 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682080 5 0.0510 0.780 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682081 5 0.0162 0.776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM682082 4 0.0290 0.930 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682083 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682084 5 0.4242 0.319 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM682085 5 0.4249 0.310 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682086 3 0.3274 0.695 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM682087 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682089 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682090 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682091 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682092 4 0.0404 0.926 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682093 5 0.1770 0.766 0.008 0.008 0.000 0.048 0.936
#> GSM682094 3 0.3689 0.651 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> GSM682095 2 0.2773 0.774 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM681982 5 0.0404 0.779 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM681983 1 0.0880 0.938 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM681984 2 0.4367 0.463 0.004 0.580 0.000 0.000 0.416
#> GSM681985 5 0.0613 0.778 0.004 0.008 0.004 0.000 0.984
#> GSM681986 2 0.5130 0.432 0.004 0.552 0.032 0.000 0.412
#> GSM681987 2 0.4182 0.494 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM681988 5 0.0162 0.776 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM681989 5 0.6396 -0.194 0.000 0.412 0.168 0.000 0.420
#> GSM681990 3 0.4211 0.401 0.004 0.000 0.636 0.000 0.360
#> GSM681991 2 0.2966 0.757 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM682034 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682035 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682036 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682038 2 0.4192 0.487 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM682039 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682040 5 0.0703 0.778 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM682041 4 0.3282 0.714 0.188 0.000 0.000 0.804 0.008
#> GSM682042 5 0.0609 0.779 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682043 1 0.4151 0.462 0.652 0.000 0.000 0.344 0.004
#> GSM682044 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682045 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682046 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682047 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682048 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682049 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682050 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682051 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682052 5 0.0609 0.779 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM682053 1 0.5373 0.443 0.632 0.000 0.000 0.092 0.276
#> GSM682054 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682123 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682124 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682125 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682126 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682127 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682128 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.3884 0.549 0.004 0.000 0.708 0.288 0.000
#> GSM682133 4 0.4138 0.345 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM682134 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682135 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682137 4 0.0404 0.927 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM682138 4 0.0162 0.933 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682139 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682140 4 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0324 0.962 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682142 1 0.0162 0.962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682143 2 0.3730 0.650 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.2703 0.7415 0.000 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> GSM682003 5 0.5380 0.0293 0.000 0.412 0.112 0.000 0.476 0.000
#> GSM682004 2 0.4934 0.5095 0.000 0.632 0.112 0.000 0.256 0.000
#> GSM682005 6 0.2826 0.6656 0.000 0.000 0.092 0.000 0.052 0.856
#> GSM682006 3 0.3907 0.3662 0.000 0.000 0.588 0.000 0.004 0.408
#> GSM682007 5 0.6225 0.0904 0.000 0.000 0.272 0.008 0.428 0.292
#> GSM682008 6 0.5641 0.1878 0.000 0.000 0.168 0.000 0.328 0.504
#> GSM682009 3 0.4520 0.4293 0.000 0.076 0.692 0.000 0.228 0.004
#> GSM682010 3 0.3279 0.5522 0.000 0.000 0.796 0.000 0.176 0.028
#> GSM682011 3 0.3531 0.5793 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM682096 2 0.2006 0.8452 0.000 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104
#> GSM682097 5 0.4188 0.6114 0.000 0.132 0.020 0.000 0.768 0.080
#> GSM682098 2 0.1753 0.8610 0.000 0.912 0.004 0.000 0.000 0.084
#> GSM682099 6 0.0725 0.7118 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM682100 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0713 0.9023 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM682102 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.0458 0.9111 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM682104 5 0.2737 0.6761 0.000 0.000 0.096 0.024 0.868 0.012
#> GSM682105 4 0.0520 0.9108 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM682106 4 0.6508 0.1359 0.000 0.000 0.320 0.484 0.076 0.120
#> GSM682107 3 0.3531 0.5793 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM682108 3 0.2308 0.6297 0.000 0.000 0.892 0.000 0.040 0.068
#> GSM682109 5 0.4497 0.3960 0.000 0.000 0.328 0.000 0.624 0.048
#> GSM682110 3 0.3266 0.6066 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM682111 5 0.1714 0.6809 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM682112 5 0.1398 0.6775 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940 0.000
#> GSM682113 1 0.0458 0.9316 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM682114 5 0.4591 0.1399 0.000 0.000 0.036 0.464 0.500 0.000
#> GSM682115 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.4330 0.6139 0.068 0.000 0.696 0.000 0.000 0.236
#> GSM682118 4 0.3337 0.6155 0.000 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> GSM682119 3 0.3489 0.4618 0.288 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004
#> GSM682120 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682122 5 0.5452 0.3231 0.000 0.000 0.100 0.372 0.520 0.008
#> GSM682012 2 0.0146 0.9178 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2848 0.7365 0.000 0.816 0.008 0.000 0.176 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0547 0.9070 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682022 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 1 0.0260 0.9330 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 6 0.0363 0.7134 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682028 6 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682029 6 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.1866 0.8608 0.000 0.908 0.084 0.000 0.008 0.000
#> GSM681992 3 0.4934 0.5647 0.000 0.032 0.704 0.000 0.164 0.100
#> GSM681993 5 0.1471 0.6863 0.000 0.004 0.064 0.000 0.932 0.000
#> GSM681994 6 0.3586 0.5273 0.000 0.000 0.268 0.012 0.000 0.720
#> GSM681995 6 0.3774 0.1676 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM681996 6 0.4977 0.4530 0.000 0.000 0.188 0.000 0.164 0.648
#> GSM681997 6 0.3126 0.5651 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM681998 6 0.3747 0.2422 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM681999 3 0.3482 0.5843 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM682000 6 0.2697 0.6162 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM682001 3 0.3482 0.5891 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM682055 5 0.3797 0.5296 0.000 0.292 0.016 0.000 0.692 0.000
#> GSM682056 5 0.5684 0.5793 0.000 0.128 0.028 0.076 0.688 0.080
#> GSM682057 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 6 0.4110 0.5122 0.000 0.016 0.016 0.228 0.008 0.732
#> GSM682059 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.2837 0.8220 0.000 0.856 0.088 0.000 0.056 0.000
#> GSM682061 5 0.4585 0.5282 0.000 0.192 0.116 0.000 0.692 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0937 0.9261 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0260 0.9326 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.4179 0.7168 0.772 0.000 0.104 0.104 0.000 0.020
#> GSM682067 1 0.1082 0.9247 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000
#> GSM682068 6 0.3470 0.5926 0.028 0.000 0.200 0.000 0.000 0.772
#> GSM682069 1 0.1082 0.9247 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000
#> GSM682070 1 0.0713 0.9303 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM682071 5 0.1745 0.6894 0.000 0.020 0.056 0.000 0.924 0.000
#> GSM682072 5 0.2135 0.6684 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM682073 5 0.3782 0.6191 0.000 0.000 0.124 0.000 0.780 0.096
#> GSM682074 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682075 6 0.4339 0.4657 0.016 0.000 0.020 0.300 0.000 0.664
#> GSM682076 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.3711 0.6322 0.720 0.000 0.020 0.260 0.000 0.000
#> GSM682078 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682079 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 5 0.1531 0.6857 0.000 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> GSM682081 5 0.2389 0.6667 0.000 0.000 0.128 0.000 0.864 0.008
#> GSM682082 4 0.0260 0.9146 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682083 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 5 0.5157 0.2681 0.000 0.000 0.088 0.404 0.508 0.000
#> GSM682085 5 0.5162 0.2593 0.000 0.000 0.088 0.408 0.504 0.000
#> GSM682086 3 0.4672 0.5956 0.128 0.000 0.684 0.000 0.000 0.188
#> GSM682087 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682088 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682090 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0790 0.9292 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM682092 4 0.0508 0.9095 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> GSM682093 5 0.2999 0.6648 0.024 0.000 0.084 0.032 0.860 0.000
#> GSM682094 3 0.4662 0.5913 0.140 0.000 0.688 0.000 0.000 0.172
#> GSM682095 2 0.4156 0.6542 0.000 0.732 0.080 0.000 0.188 0.000
#> GSM681982 5 0.1219 0.6797 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948 0.000
#> GSM681983 1 0.1531 0.8988 0.928 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004
#> GSM681984 5 0.5583 0.1987 0.000 0.336 0.156 0.000 0.508 0.000
#> GSM681985 5 0.1267 0.6755 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM681986 3 0.5203 0.3442 0.000 0.084 0.596 0.000 0.308 0.012
#> GSM681987 5 0.5376 0.0391 0.000 0.408 0.112 0.000 0.480 0.000
#> GSM681988 5 0.2048 0.6720 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM681989 3 0.4629 0.4837 0.000 0.016 0.696 0.000 0.224 0.064
#> GSM681990 3 0.2558 0.6366 0.000 0.000 0.868 0.000 0.028 0.104
#> GSM681991 2 0.5029 0.4712 0.000 0.612 0.112 0.000 0.276 0.000
#> GSM682034 1 0.0458 0.9328 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0458 0.9328 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.1267 0.9177 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0363 0.9331 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.5458 0.0630 0.000 0.396 0.124 0.000 0.480 0.000
#> GSM682039 1 0.1950 0.9011 0.912 0.000 0.064 0.000 0.024 0.000
#> GSM682040 5 0.1657 0.6761 0.000 0.016 0.056 0.000 0.928 0.000
#> GSM682041 4 0.2907 0.7383 0.152 0.000 0.020 0.828 0.000 0.000
#> GSM682042 5 0.1594 0.6776 0.000 0.016 0.052 0.000 0.932 0.000
#> GSM682043 1 0.3952 0.5286 0.672 0.000 0.020 0.308 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0458 0.9328 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0937 0.9289 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682048 1 0.1700 0.9075 0.928 0.000 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM682049 4 0.0260 0.9157 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682052 5 0.1594 0.6776 0.000 0.016 0.052 0.000 0.932 0.000
#> GSM682053 1 0.5692 0.1441 0.492 0.000 0.064 0.040 0.404 0.000
#> GSM682054 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.1010 0.9258 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> GSM682124 1 0.0146 0.9329 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.2680 0.8525 0.868 0.000 0.056 0.000 0.076 0.000
#> GSM682126 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0363 0.9323 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.3126 0.6314 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM682129 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9195 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0260 0.9156 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682132 6 0.3636 0.5692 0.016 0.000 0.012 0.208 0.000 0.764
#> GSM682133 4 0.4627 0.0824 0.456 0.000 0.008 0.512 0.000 0.024
#> GSM682134 1 0.0713 0.9291 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0865 0.9310 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.1204 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682138 4 0.0146 0.9175 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0458 0.9314 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.0000 0.9175 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0547 0.9326 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0547 0.9312 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.5387 0.0858 0.000 0.464 0.112 0.000 0.424 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:skmeans 161 1.40e-05 8.11e-03 2
#> MAD:skmeans 144 5.56e-06 1.20e-06 3
#> MAD:skmeans 118 1.49e-06 3.19e-07 4
#> MAD:skmeans 140 2.70e-08 3.52e-05 5
#> MAD:skmeans 137 1.14e-09 5.73e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.390 0.756 0.880 0.4605 0.525 0.525
#> 3 3 0.465 0.524 0.812 0.3764 0.669 0.448
#> 4 4 0.551 0.625 0.787 0.1755 0.798 0.490
#> 5 5 0.652 0.676 0.832 0.0392 0.869 0.568
#> 6 6 0.660 0.631 0.793 0.0446 0.897 0.603
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.5519 0.7834 0.128 0.872
#> GSM682006 1 0.8955 0.5127 0.688 0.312
#> GSM682007 1 0.8081 0.5638 0.752 0.248
#> GSM682008 2 0.9170 0.4664 0.332 0.668
#> GSM682009 2 0.7528 0.6739 0.216 0.784
#> GSM682010 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682011 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.5519 0.7918 0.128 0.872
#> GSM682097 2 0.5842 0.7733 0.140 0.860
#> GSM682098 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.8081 0.5638 0.752 0.248
#> GSM682100 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.9754 0.1935 0.408 0.592
#> GSM682102 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682104 1 0.7299 0.7940 0.796 0.204
#> GSM682105 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682107 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.8081 0.7453 0.752 0.248
#> GSM682109 1 0.9323 0.5800 0.652 0.348
#> GSM682110 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682111 1 0.9661 0.4786 0.608 0.392
#> GSM682112 1 0.9833 0.3986 0.576 0.424
#> GSM682113 1 0.0672 0.8445 0.992 0.008
#> GSM682114 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682115 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.4298 0.8346 0.912 0.088
#> GSM682120 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.8713 0.6826 0.708 0.292
#> GSM682012 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0938 0.8453 0.012 0.988
#> GSM682022 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.2778 0.8411 0.952 0.048
#> GSM682025 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.8499 0.6525 0.276 0.724
#> GSM682028 2 0.8499 0.6525 0.276 0.724
#> GSM682029 2 0.8499 0.6525 0.276 0.724
#> GSM682030 2 0.8608 0.6452 0.284 0.716
#> GSM682031 2 0.8555 0.6487 0.280 0.720
#> GSM682032 2 0.8555 0.6487 0.280 0.720
#> GSM682033 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.5519 0.7834 0.128 0.872
#> GSM681993 2 0.9552 0.3056 0.376 0.624
#> GSM681994 1 0.2778 0.8207 0.952 0.048
#> GSM681995 1 0.2423 0.8237 0.960 0.040
#> GSM681996 1 0.9881 -0.0394 0.564 0.436
#> GSM681997 1 0.8081 0.5638 0.752 0.248
#> GSM681998 1 0.8081 0.5638 0.752 0.248
#> GSM681999 2 0.9866 0.4283 0.432 0.568
#> GSM682000 1 0.3733 0.8002 0.928 0.072
#> GSM682001 1 0.8207 0.5371 0.744 0.256
#> GSM682055 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.9491 0.3298 0.368 0.632
#> GSM682057 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.9710 0.4705 0.400 0.600
#> GSM682059 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682060 2 0.8144 0.6333 0.252 0.748
#> GSM682061 2 0.3733 0.8207 0.072 0.928
#> GSM682062 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682065 1 0.7056 0.8019 0.808 0.192
#> GSM682066 1 0.4161 0.8356 0.916 0.084
#> GSM682067 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682068 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682070 1 0.6887 0.8056 0.816 0.184
#> GSM682071 2 0.5737 0.7625 0.136 0.864
#> GSM682072 1 0.9635 0.4885 0.612 0.388
#> GSM682073 2 0.9944 0.0529 0.456 0.544
#> GSM682074 1 0.6438 0.8139 0.836 0.164
#> GSM682075 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682078 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.9552 0.3056 0.376 0.624
#> GSM682081 2 0.9954 0.0350 0.460 0.540
#> GSM682082 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682083 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682085 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682086 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.7056 0.8028 0.808 0.192
#> GSM682089 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682090 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682092 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682093 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682094 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.6148 0.7465 0.152 0.848
#> GSM681983 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.3733 0.8207 0.072 0.928
#> GSM681985 1 0.9922 0.3212 0.552 0.448
#> GSM681986 2 0.4690 0.8029 0.100 0.900
#> GSM681987 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.1184 0.8439 0.016 0.984
#> GSM681989 2 0.4690 0.8029 0.100 0.900
#> GSM681990 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM681991 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.7056 0.8019 0.808 0.192
#> GSM682035 1 0.7056 0.8019 0.808 0.192
#> GSM682036 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682037 1 0.7056 0.8019 0.808 0.192
#> GSM682038 2 0.1184 0.8439 0.016 0.984
#> GSM682039 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682040 2 0.8499 0.5609 0.276 0.724
#> GSM682041 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682042 2 0.9522 0.3176 0.372 0.628
#> GSM682043 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.4562 0.8328 0.904 0.096
#> GSM682046 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682048 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682049 1 0.7056 0.8028 0.808 0.192
#> GSM682050 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682052 1 0.8555 0.7015 0.720 0.280
#> GSM682053 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682054 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682124 1 0.5842 0.8211 0.860 0.140
#> GSM682125 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682126 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0376 0.8443 0.996 0.004
#> GSM682129 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8484 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682135 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682136 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.7139 0.8007 0.804 0.196
#> GSM682140 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.8444 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.1184 0.8439 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682003 2 0.4654 0.66966 0.000 0.792 0.208
#> GSM682004 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.0237 0.65609 0.004 0.000 0.996
#> GSM682006 3 0.5650 0.33975 0.312 0.000 0.688
#> GSM682007 3 0.6062 0.23021 0.384 0.000 0.616
#> GSM682008 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682010 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682011 1 0.4750 0.48588 0.784 0.000 0.216
#> GSM682096 2 0.8525 0.54621 0.200 0.612 0.188
#> GSM682097 3 0.7238 0.30267 0.044 0.328 0.628
#> GSM682098 2 0.6282 0.40679 0.004 0.612 0.384
#> GSM682099 1 0.3816 0.68363 0.852 0.000 0.148
#> GSM682100 2 0.0237 0.82976 0.000 0.996 0.004
#> GSM682101 1 0.9974 -0.01044 0.368 0.324 0.308
#> GSM682102 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.3816 0.68363 0.852 0.000 0.148
#> GSM682104 3 0.3941 0.56119 0.156 0.000 0.844
#> GSM682105 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682106 3 0.6140 0.20159 0.404 0.000 0.596
#> GSM682107 3 0.6309 0.05526 0.496 0.000 0.504
#> GSM682108 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.6079 0.22477 0.388 0.000 0.612
#> GSM682111 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.2625 0.72631 0.916 0.000 0.084
#> GSM682114 3 0.6267 0.10801 0.452 0.000 0.548
#> GSM682115 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682117 1 0.1860 0.73377 0.948 0.000 0.052
#> GSM682118 3 0.6168 0.18916 0.412 0.000 0.588
#> GSM682119 1 0.4702 0.62472 0.788 0.000 0.212
#> GSM682120 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682121 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682122 3 0.2796 0.61583 0.092 0.000 0.908
#> GSM682012 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.6079 0.40521 0.000 0.612 0.388
#> GSM682017 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.3816 0.73272 0.000 0.852 0.148
#> GSM682019 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.4235 0.70577 0.000 0.824 0.176
#> GSM682022 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.4235 0.70577 0.000 0.824 0.176
#> GSM682024 1 0.6034 0.53936 0.752 0.212 0.036
#> GSM682025 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.6079 0.47584 0.388 0.612 0.000
#> GSM682028 2 0.6079 0.47584 0.388 0.612 0.000
#> GSM682029 2 0.6079 0.47584 0.388 0.612 0.000
#> GSM682030 2 0.6632 0.45743 0.392 0.596 0.012
#> GSM682031 2 0.6079 0.47584 0.388 0.612 0.000
#> GSM682032 2 0.6298 0.47238 0.388 0.608 0.004
#> GSM682033 2 0.0237 0.83023 0.000 0.996 0.004
#> GSM681992 3 0.3375 0.63033 0.048 0.044 0.908
#> GSM681993 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.4235 0.66008 0.824 0.000 0.176
#> GSM681995 1 0.6295 -0.01518 0.528 0.000 0.472
#> GSM681996 3 0.6062 0.23021 0.384 0.000 0.616
#> GSM681997 3 0.6079 0.22477 0.388 0.000 0.612
#> GSM681998 3 0.6079 0.22477 0.388 0.000 0.612
#> GSM681999 3 0.6305 0.07731 0.484 0.000 0.516
#> GSM682000 3 0.6308 0.06294 0.492 0.000 0.508
#> GSM682001 1 0.7446 0.01425 0.532 0.036 0.432
#> GSM682055 2 0.6079 0.40521 0.000 0.612 0.388
#> GSM682056 3 0.9066 0.29068 0.284 0.176 0.540
#> GSM682057 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 1 0.6796 0.27667 0.632 0.344 0.024
#> GSM682059 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.6095 0.17664 0.000 0.392 0.608
#> GSM682061 3 0.6140 0.14453 0.000 0.404 0.596
#> GSM682062 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.1643 0.80760 0.044 0.956 0.000
#> GSM682064 3 0.3340 0.60539 0.120 0.000 0.880
#> GSM682065 1 0.6062 0.19978 0.616 0.000 0.384
#> GSM682066 1 0.5678 0.40731 0.684 0.000 0.316
#> GSM682067 3 0.6140 0.24231 0.404 0.000 0.596
#> GSM682068 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682069 1 0.6308 -0.01636 0.508 0.000 0.492
#> GSM682070 1 0.5397 0.42622 0.720 0.000 0.280
#> GSM682071 3 0.4555 0.50950 0.000 0.200 0.800
#> GSM682072 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 3 0.6305 0.02266 0.484 0.000 0.516
#> GSM682075 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682076 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682077 1 0.6305 0.00609 0.516 0.000 0.484
#> GSM682078 1 0.3686 0.69029 0.860 0.000 0.140
#> GSM682079 1 0.3686 0.69029 0.860 0.000 0.140
#> GSM682080 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 1 0.3816 0.68363 0.852 0.000 0.148
#> GSM682083 1 0.1289 0.73869 0.968 0.000 0.032
#> GSM682084 3 0.4887 0.49000 0.228 0.000 0.772
#> GSM682085 3 0.6062 0.25096 0.384 0.000 0.616
#> GSM682086 1 0.0592 0.73646 0.988 0.000 0.012
#> GSM682087 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682088 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682089 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682090 1 0.3752 0.68710 0.856 0.000 0.144
#> GSM682091 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682092 1 0.3816 0.68363 0.852 0.000 0.148
#> GSM682093 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682094 1 0.1753 0.73533 0.952 0.000 0.048
#> GSM682095 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 3 0.3340 0.55128 0.000 0.120 0.880
#> GSM681987 2 0.5058 0.63364 0.000 0.756 0.244
#> GSM681988 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681990 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.6062 0.19978 0.616 0.000 0.384
#> GSM682035 1 0.6274 0.06580 0.544 0.000 0.456
#> GSM682036 3 0.4062 0.56069 0.164 0.000 0.836
#> GSM682037 1 0.6302 0.01541 0.520 0.000 0.480
#> GSM682038 3 0.0000 0.65747 0.000 0.000 1.000
#> GSM682039 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682040 3 0.4555 0.50950 0.000 0.200 0.800
#> GSM682041 3 0.6280 0.08962 0.460 0.000 0.540
#> GSM682042 3 0.0237 0.65658 0.000 0.004 0.996
#> GSM682043 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3412 0.66015 0.876 0.000 0.124
#> GSM682046 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.6095 0.23566 0.392 0.000 0.608
#> GSM682048 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682049 1 0.6308 -0.01636 0.508 0.000 0.492
#> GSM682050 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.6192 0.17767 0.420 0.000 0.580
#> GSM682052 3 0.0592 0.65415 0.012 0.000 0.988
#> GSM682053 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682054 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.6305 0.00609 0.516 0.000 0.484
#> GSM682124 1 0.4887 0.51856 0.772 0.000 0.228
#> GSM682125 3 0.6291 0.07226 0.468 0.000 0.532
#> GSM682126 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0424 0.74015 0.992 0.000 0.008
#> GSM682128 1 0.3816 0.68363 0.852 0.000 0.148
#> GSM682129 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.83178 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.6305 0.00609 0.516 0.000 0.484
#> GSM682135 1 0.6305 0.00609 0.516 0.000 0.484
#> GSM682136 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.2165 0.73189 0.936 0.000 0.064
#> GSM682138 1 0.3038 0.70718 0.896 0.000 0.104
#> GSM682139 1 0.6305 0.00609 0.516 0.000 0.484
#> GSM682140 1 0.1860 0.73294 0.948 0.000 0.052
#> GSM682141 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.74102 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.6204 0.27657 0.000 0.576 0.424
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.3528 0.5179 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM682003 2 0.0592 0.8270 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682004 2 0.3123 0.7340 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM682005 3 0.0921 0.8207 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM682006 3 0.1302 0.8173 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM682007 3 0.3219 0.7715 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM682008 3 0.3219 0.7715 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM682009 3 0.2281 0.7625 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM682010 3 0.4121 0.6651 0.184 0.000 0.796 0.020
#> GSM682011 4 0.7613 -0.0499 0.368 0.000 0.204 0.428
#> GSM682096 2 0.6167 0.6271 0.000 0.668 0.208 0.124
#> GSM682097 2 0.6743 0.1941 0.008 0.472 0.452 0.068
#> GSM682098 2 0.3494 0.7305 0.000 0.824 0.172 0.004
#> GSM682099 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682100 2 0.1716 0.8016 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM682101 1 0.8207 0.4907 0.544 0.236 0.156 0.064
#> GSM682102 4 0.3400 0.7062 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM682103 4 0.3900 0.6193 0.020 0.000 0.164 0.816
#> GSM682104 3 0.4428 0.5216 0.004 0.000 0.720 0.276
#> GSM682105 4 0.3743 0.7152 0.160 0.000 0.016 0.824
#> GSM682106 4 0.5530 0.5335 0.076 0.000 0.212 0.712
#> GSM682107 4 0.7526 -0.1485 0.188 0.000 0.372 0.440
#> GSM682108 3 0.2469 0.7504 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.8188 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682110 3 0.3610 0.7540 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM682111 3 0.0188 0.8184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682112 3 0.0469 0.8177 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM682113 1 0.4781 0.3987 0.660 0.000 0.004 0.336
#> GSM682114 4 0.5619 0.6368 0.152 0.000 0.124 0.724
#> GSM682115 1 0.4697 0.1209 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM682116 4 0.4819 0.5660 0.344 0.000 0.004 0.652
#> GSM682117 4 0.3668 0.5107 0.188 0.000 0.004 0.808
#> GSM682118 3 0.5786 0.4947 0.308 0.000 0.640 0.052
#> GSM682119 4 0.7520 0.1946 0.192 0.000 0.352 0.456
#> GSM682120 4 0.3355 0.7156 0.160 0.000 0.004 0.836
#> GSM682121 4 0.3074 0.7159 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM682122 3 0.1706 0.8148 0.016 0.000 0.948 0.036
#> GSM682012 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.3356 0.7282 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1938 0.8090 0.012 0.936 0.052 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.5358 0.5832 0.252 0.700 0.048 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.1474 0.8121 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM682024 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682025 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.4741 0.5731 0.000 0.668 0.004 0.328
#> GSM682028 2 0.5130 0.5892 0.000 0.668 0.020 0.312
#> GSM682029 2 0.5097 0.4759 0.000 0.568 0.004 0.428
#> GSM682030 2 0.5360 0.4514 0.000 0.552 0.012 0.436
#> GSM682031 2 0.4933 0.4724 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM682032 2 0.5229 0.4716 0.000 0.564 0.008 0.428
#> GSM682033 2 0.1211 0.8190 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM681992 3 0.8985 0.3216 0.180 0.172 0.496 0.152
#> GSM681993 3 0.0524 0.8195 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM681994 4 0.1118 0.6256 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM681995 3 0.4961 0.4118 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM681996 3 0.3266 0.7698 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM681997 3 0.3400 0.7644 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM681998 3 0.3400 0.7644 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM681999 3 0.4961 0.4118 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM682000 3 0.4961 0.4118 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM682001 4 0.8463 -0.1018 0.188 0.040 0.344 0.428
#> GSM682055 2 0.3400 0.7249 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM682056 2 0.8343 0.0602 0.016 0.372 0.280 0.332
#> GSM682057 2 0.0336 0.8294 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682058 4 0.4728 0.6065 0.008 0.048 0.152 0.792
#> GSM682059 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4188 0.5535 0.004 0.244 0.752 0.000
#> GSM682061 3 0.4679 0.3638 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.5791 0.4868 0.284 0.656 0.060 0.000
#> GSM682064 1 0.4679 0.4955 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM682065 1 0.3569 0.6374 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM682066 1 0.3933 0.6348 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM682067 1 0.6437 0.6172 0.648 0.000 0.168 0.184
#> GSM682068 4 0.4790 0.0302 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM682069 1 0.3450 0.6760 0.836 0.000 0.156 0.008
#> GSM682070 1 0.3569 0.6374 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM682071 3 0.4331 0.5077 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM682072 3 0.0188 0.8184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682073 3 0.0707 0.8199 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM682074 4 0.4920 0.6760 0.192 0.000 0.052 0.756
#> GSM682075 4 0.3172 0.7146 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM682076 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682077 1 0.4011 0.6290 0.784 0.000 0.008 0.208
#> GSM682078 4 0.3743 0.7152 0.160 0.000 0.016 0.824
#> GSM682079 4 0.3743 0.7152 0.160 0.000 0.016 0.824
#> GSM682080 3 0.2125 0.7899 0.004 0.076 0.920 0.000
#> GSM682081 3 0.0707 0.8199 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM682082 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682083 4 0.4697 0.5598 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM682084 3 0.4805 0.6657 0.132 0.000 0.784 0.084
#> GSM682085 4 0.6936 0.4524 0.144 0.000 0.292 0.564
#> GSM682086 4 0.4624 0.5242 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM682087 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682088 4 0.3862 0.7153 0.152 0.000 0.024 0.824
#> GSM682089 4 0.3862 0.7153 0.152 0.000 0.024 0.824
#> GSM682090 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682091 1 0.7121 0.4820 0.544 0.000 0.164 0.292
#> GSM682092 4 0.3862 0.7153 0.152 0.000 0.024 0.824
#> GSM682093 3 0.5364 0.2521 0.016 0.000 0.592 0.392
#> GSM682094 4 0.4917 0.5227 0.336 0.000 0.008 0.656
#> GSM682095 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.0592 0.8200 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM681983 1 0.3311 0.6302 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM681984 3 0.0188 0.8184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM681985 3 0.0188 0.8184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM681986 3 0.2714 0.7659 0.000 0.112 0.884 0.004
#> GSM681987 2 0.4222 0.5935 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM681988 3 0.0707 0.8199 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM681989 3 0.2345 0.7994 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM681990 3 0.3024 0.7767 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM681991 2 0.1022 0.8209 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM682034 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682035 1 0.0336 0.7174 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682036 1 0.5548 0.5215 0.628 0.000 0.340 0.032
#> GSM682037 1 0.0707 0.7122 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682038 3 0.2466 0.7764 0.004 0.096 0.900 0.000
#> GSM682039 1 0.5800 0.5917 0.708 0.000 0.164 0.128
#> GSM682040 3 0.3751 0.6288 0.004 0.196 0.800 0.000
#> GSM682041 1 0.6738 -0.0466 0.544 0.000 0.104 0.352
#> GSM682042 3 0.0376 0.8184 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM682043 4 0.4877 0.4995 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM682044 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682045 1 0.2921 0.6807 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM682046 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682047 4 0.5366 0.2628 0.012 0.000 0.440 0.548
#> GSM682048 1 0.4004 0.6755 0.812 0.000 0.164 0.024
#> GSM682049 1 0.4990 0.1327 0.640 0.000 0.008 0.352
#> GSM682050 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682051 4 0.7031 0.4548 0.152 0.000 0.296 0.552
#> GSM682052 3 0.0188 0.8184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682053 4 0.5594 0.5460 0.112 0.000 0.164 0.724
#> GSM682054 1 0.4134 0.3554 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM682123 1 0.3105 0.6853 0.856 0.000 0.140 0.004
#> GSM682124 1 0.0188 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682125 1 0.3790 0.6735 0.820 0.000 0.164 0.016
#> GSM682126 1 0.3688 0.6282 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM682127 1 0.3726 0.6254 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM682128 4 0.3862 0.7153 0.152 0.000 0.024 0.824
#> GSM682129 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8311 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 4 0.3528 0.5189 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM682133 1 0.3801 0.5193 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM682134 1 0.0524 0.7186 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM682135 1 0.6303 0.6207 0.660 0.000 0.148 0.192
#> GSM682136 1 0.3688 0.6282 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM682137 4 0.3257 0.7172 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM682138 4 0.4967 0.2126 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM682139 1 0.3024 0.6780 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM682140 4 0.4967 0.2086 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM682141 1 0.0336 0.7174 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682142 1 0.3569 0.6374 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM682143 2 0.5000 -0.0287 0.000 0.500 0.500 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.5024 0.6085 0.212 0.000 0.000 0.692 0.096
#> GSM682003 2 0.4522 0.5361 0.000 0.708 0.248 0.000 0.044
#> GSM682004 2 0.3958 0.6291 0.000 0.780 0.176 0.000 0.044
#> GSM682005 3 0.1430 0.7688 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM682006 3 0.1043 0.7692 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM682007 3 0.2329 0.7291 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM682008 3 0.2329 0.7291 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM682009 3 0.3642 0.5052 0.232 0.000 0.760 0.000 0.008
#> GSM682010 3 0.4705 -0.3017 0.484 0.000 0.504 0.004 0.008
#> GSM682011 1 0.5843 0.5288 0.624 0.000 0.204 0.004 0.168
#> GSM682096 3 0.4352 0.5325 0.004 0.320 0.668 0.004 0.004
#> GSM682097 3 0.7146 0.2520 0.000 0.124 0.488 0.324 0.064
#> GSM682098 3 0.4562 0.1130 0.000 0.492 0.500 0.008 0.000
#> GSM682099 4 0.0963 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM682100 2 0.0963 0.8360 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.7641 0.3387 0.176 0.576 0.120 0.064 0.064
#> GSM682102 4 0.0703 0.8292 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM682103 4 0.3920 0.7000 0.008 0.000 0.120 0.812 0.060
#> GSM682104 3 0.1877 0.7630 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> GSM682105 4 0.0290 0.8347 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682106 4 0.4674 0.5379 0.000 0.000 0.232 0.708 0.060
#> GSM682107 1 0.6490 0.3586 0.492 0.000 0.344 0.008 0.156
#> GSM682108 3 0.3534 0.4581 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM682109 3 0.0162 0.7739 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682110 3 0.2930 0.7056 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> GSM682111 3 0.0290 0.7739 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682112 3 0.2629 0.7537 0.012 0.000 0.880 0.004 0.104
#> GSM682113 1 0.3983 0.6266 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM682114 4 0.0566 0.8325 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM682115 4 0.3242 0.6946 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM682116 4 0.3274 0.6905 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> GSM682117 1 0.6415 0.4015 0.464 0.000 0.004 0.380 0.152
#> GSM682118 1 0.6277 0.3931 0.464 0.000 0.384 0.152 0.000
#> GSM682119 1 0.6953 0.5250 0.492 0.000 0.312 0.164 0.032
#> GSM682120 4 0.0290 0.8347 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682121 4 0.0324 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM682122 3 0.1661 0.7700 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> GSM682012 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.4450 -0.1120 0.000 0.508 0.488 0.004 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1591 0.8178 0.004 0.940 0.052 0.004 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.4480 0.5594 0.220 0.732 0.044 0.004 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.1430 0.8200 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 5 0.3210 0.7421 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM682028 5 0.3210 0.7421 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM682029 5 0.2179 0.8354 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM682030 5 0.2179 0.8354 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM682031 5 0.2230 0.8351 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM682032 5 0.2230 0.8351 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM682033 2 0.3983 0.3827 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> GSM681992 1 0.6514 0.3823 0.480 0.000 0.356 0.008 0.156
#> GSM681993 3 0.2074 0.7582 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM681994 4 0.3810 0.6717 0.000 0.000 0.040 0.792 0.168
#> GSM681995 3 0.3048 0.6969 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> GSM681996 3 0.2648 0.7151 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM681997 3 0.2970 0.7027 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM681998 3 0.2970 0.7027 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM681999 3 0.2970 0.7027 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM682000 5 0.3366 0.6098 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM682001 1 0.6444 0.3589 0.492 0.000 0.336 0.004 0.168
#> GSM682055 3 0.4448 0.1527 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> GSM682056 4 0.7446 0.1618 0.000 0.316 0.176 0.448 0.060
#> GSM682057 2 0.0290 0.8595 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.4193 0.6952 0.000 0.020 0.112 0.804 0.064
#> GSM682059 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4583 0.6000 0.004 0.256 0.708 0.004 0.028
#> GSM682061 3 0.3837 0.5508 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.4114 0.6169 0.176 0.776 0.044 0.000 0.004
#> GSM682064 1 0.4993 0.6388 0.684 0.000 0.248 0.004 0.064
#> GSM682065 1 0.3837 0.6559 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM682066 1 0.4142 0.6593 0.684 0.000 0.004 0.308 0.004
#> GSM682067 1 0.5989 0.6870 0.680 0.000 0.120 0.136 0.064
#> GSM682068 5 0.4906 0.5578 0.076 0.000 0.000 0.232 0.692
#> GSM682069 1 0.3897 0.7064 0.820 0.000 0.104 0.012 0.064
#> GSM682070 1 0.3969 0.6585 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004
#> GSM682071 3 0.4009 0.5311 0.000 0.312 0.684 0.004 0.000
#> GSM682072 3 0.0324 0.7739 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM682073 3 0.0404 0.7739 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682074 4 0.0162 0.8349 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682075 4 0.0290 0.8347 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682076 4 0.0162 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682077 1 0.3999 0.6283 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM682078 4 0.0162 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682079 4 0.0579 0.8342 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM682080 3 0.3209 0.7417 0.000 0.076 0.860 0.004 0.060
#> GSM682081 3 0.0404 0.7739 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682082 4 0.0162 0.8351 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682083 4 0.3242 0.6963 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM682084 3 0.3983 0.6775 0.000 0.000 0.784 0.164 0.052
#> GSM682085 4 0.0771 0.8296 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM682086 4 0.5112 -0.3270 0.468 0.000 0.000 0.496 0.036
#> GSM682087 4 0.0324 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM682088 4 0.0000 0.8353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0290 0.8339 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM682090 4 0.0000 0.8353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.6143 0.6797 0.664 0.000 0.120 0.152 0.064
#> GSM682092 4 0.0609 0.8292 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM682093 3 0.4298 0.6196 0.000 0.000 0.756 0.184 0.060
#> GSM682094 1 0.5348 0.3753 0.492 0.000 0.000 0.456 0.052
#> GSM682095 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.1430 0.7737 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM681983 1 0.1341 0.6898 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM681984 3 0.1197 0.7731 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM681985 3 0.1410 0.7715 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM681986 3 0.3255 0.7411 0.000 0.100 0.848 0.000 0.052
#> GSM681987 3 0.5068 0.4302 0.000 0.364 0.592 0.000 0.044
#> GSM681988 3 0.0451 0.7746 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM681989 3 0.1851 0.7499 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM681990 3 0.2329 0.7291 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM681991 2 0.2153 0.8023 0.000 0.916 0.040 0.000 0.044
#> GSM682034 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0162 0.7132 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682036 1 0.5686 0.6116 0.628 0.000 0.284 0.024 0.064
#> GSM682037 1 0.0794 0.7071 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682038 3 0.4149 0.7031 0.000 0.124 0.792 0.004 0.080
#> GSM682039 1 0.4289 0.7009 0.796 0.000 0.120 0.020 0.064
#> GSM682040 3 0.4126 0.7083 0.000 0.096 0.796 0.004 0.104
#> GSM682041 4 0.4066 0.5901 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> GSM682042 3 0.2731 0.7545 0.000 0.016 0.876 0.004 0.104
#> GSM682043 4 0.3932 0.5930 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0324 0.7157 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM682046 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.2674 0.7438 0.000 0.000 0.120 0.868 0.012
#> GSM682048 1 0.4509 0.7017 0.784 0.000 0.124 0.028 0.064
#> GSM682049 4 0.3876 0.5956 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.0162 0.8349 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682052 3 0.2233 0.7566 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM682053 4 0.7025 0.0274 0.312 0.000 0.120 0.508 0.060
#> GSM682054 1 0.0880 0.7073 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM682123 1 0.0451 0.7145 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM682124 1 0.0162 0.7144 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682125 1 0.4559 0.6996 0.784 0.000 0.120 0.036 0.060
#> GSM682126 1 0.3966 0.6294 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM682127 1 0.3966 0.6294 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM682128 4 0.0000 0.8353 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 5 0.3977 0.6812 0.204 0.000 0.000 0.032 0.764
#> GSM682133 4 0.4114 0.4646 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM682134 1 0.0290 0.7132 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682135 1 0.6105 0.6809 0.668 0.000 0.120 0.148 0.064
#> GSM682136 1 0.3561 0.6828 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> GSM682137 4 0.0324 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM682138 4 0.0290 0.8348 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682139 1 0.3265 0.7111 0.856 0.000 0.096 0.008 0.040
#> GSM682140 4 0.0290 0.8348 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.7138 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.3837 0.6559 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM682143 3 0.5068 0.4302 0.000 0.364 0.592 0.000 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.5539 0.6443 0.216 0.000 0.072 0.648 0.060 0.004
#> GSM682003 5 0.3799 0.5626 0.000 0.276 0.020 0.000 0.704 0.000
#> GSM682004 5 0.3769 0.4503 0.000 0.356 0.004 0.000 0.640 0.000
#> GSM682005 3 0.3494 0.4042 0.000 0.000 0.736 0.000 0.252 0.012
#> GSM682006 3 0.0291 0.6950 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM682007 3 0.0146 0.6957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.6942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682009 3 0.3774 0.5213 0.008 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000
#> GSM682010 3 0.5583 0.5516 0.192 0.000 0.648 0.068 0.092 0.000
#> GSM682011 1 0.6122 0.1856 0.460 0.000 0.412 0.028 0.084 0.016
#> GSM682096 3 0.3560 0.6265 0.000 0.104 0.808 0.004 0.084 0.000
#> GSM682097 3 0.6123 0.3608 0.000 0.052 0.576 0.184 0.188 0.000
#> GSM682098 2 0.5437 0.3420 0.000 0.568 0.292 0.000 0.136 0.004
#> GSM682099 4 0.3054 0.7856 0.000 0.000 0.076 0.848 0.072 0.004
#> GSM682100 2 0.0363 0.8230 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM682101 2 0.6150 0.1611 0.320 0.472 0.000 0.016 0.192 0.000
#> GSM682102 4 0.2785 0.7884 0.028 0.000 0.068 0.876 0.028 0.000
#> GSM682103 4 0.4258 0.6951 0.004 0.000 0.068 0.724 0.204 0.000
#> GSM682104 3 0.4029 0.5958 0.000 0.000 0.680 0.028 0.292 0.000
#> GSM682105 4 0.2344 0.7918 0.008 0.000 0.068 0.896 0.028 0.000
#> GSM682106 4 0.4528 0.3932 0.000 0.000 0.404 0.564 0.028 0.004
#> GSM682107 3 0.5561 0.4649 0.200 0.000 0.664 0.052 0.068 0.016
#> GSM682108 3 0.2765 0.6937 0.016 0.000 0.848 0.004 0.132 0.000
#> GSM682109 3 0.2454 0.6850 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM682110 3 0.0820 0.6877 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM682111 3 0.3563 0.6750 0.000 0.000 0.796 0.072 0.132 0.000
#> GSM682112 5 0.2300 0.5760 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM682113 1 0.5380 0.5180 0.580 0.000 0.068 0.324 0.028 0.000
#> GSM682114 4 0.0935 0.7958 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032 0.000
#> GSM682115 4 0.3511 0.6578 0.216 0.000 0.000 0.760 0.024 0.000
#> GSM682116 4 0.4199 0.6765 0.212 0.000 0.052 0.728 0.008 0.000
#> GSM682117 4 0.6429 0.5265 0.132 0.000 0.192 0.588 0.072 0.016
#> GSM682118 3 0.6730 0.4614 0.192 0.000 0.520 0.180 0.108 0.000
#> GSM682119 3 0.7458 0.2885 0.200 0.000 0.392 0.188 0.220 0.000
#> GSM682120 4 0.2231 0.7923 0.004 0.000 0.068 0.900 0.028 0.000
#> GSM682121 4 0.2201 0.7923 0.000 0.000 0.076 0.896 0.028 0.000
#> GSM682122 3 0.4687 0.6301 0.000 0.000 0.684 0.136 0.180 0.000
#> GSM682012 2 0.0870 0.8164 0.000 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
#> GSM682013 2 0.0632 0.8219 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682014 2 0.0865 0.8175 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682015 2 0.0865 0.8175 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682016 2 0.4496 0.5143 0.000 0.704 0.180 0.000 0.116 0.000
#> GSM682017 2 0.0865 0.8175 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682018 2 0.2442 0.7090 0.004 0.852 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0713 0.8201 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM682021 1 0.5409 0.3738 0.540 0.324 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.2300 0.7117 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM682024 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0146 0.8232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 6 0.0363 0.7986 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682028 6 0.0363 0.7986 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM682029 6 0.0000 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682030 6 0.0000 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 6 0.0000 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 6 0.0000 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 5 0.4751 0.4084 0.000 0.392 0.044 0.000 0.560 0.004
#> GSM681992 5 0.3159 0.5540 0.004 0.000 0.168 0.004 0.812 0.012
#> GSM681993 3 0.4703 0.5288 0.000 0.000 0.620 0.068 0.312 0.000
#> GSM681994 4 0.4289 0.6649 0.000 0.000 0.236 0.712 0.036 0.016
#> GSM681995 3 0.2545 0.6448 0.000 0.000 0.888 0.024 0.068 0.020
#> GSM681996 3 0.0260 0.6925 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM681997 3 0.0717 0.6876 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM681998 3 0.0717 0.6876 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM681999 3 0.2458 0.6467 0.000 0.000 0.892 0.024 0.068 0.016
#> GSM682000 6 0.4763 0.1758 0.000 0.000 0.440 0.004 0.040 0.516
#> GSM682001 3 0.6194 0.3367 0.200 0.000 0.580 0.028 0.176 0.016
#> GSM682055 2 0.5136 0.3470 0.000 0.584 0.092 0.004 0.320 0.000
#> GSM682056 4 0.6289 -0.0351 0.000 0.372 0.016 0.404 0.208 0.000
#> GSM682057 2 0.1610 0.7643 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM682058 4 0.4345 0.7017 0.000 0.012 0.068 0.732 0.188 0.000
#> GSM682059 2 0.0632 0.8219 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682060 3 0.5422 0.4613 0.000 0.156 0.588 0.004 0.252 0.000
#> GSM682061 5 0.5839 0.0432 0.000 0.188 0.404 0.000 0.408 0.000
#> GSM682062 2 0.0632 0.8219 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682063 2 0.5479 -0.0596 0.428 0.448 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM682064 1 0.4127 0.6763 0.740 0.000 0.088 0.000 0.172 0.000
#> GSM682065 1 0.3151 0.6944 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3645 0.7012 0.740 0.000 0.000 0.236 0.024 0.000
#> GSM682067 1 0.4309 0.7060 0.736 0.000 0.008 0.080 0.176 0.000
#> GSM682068 6 0.6443 0.2597 0.172 0.000 0.000 0.328 0.040 0.460
#> GSM682069 1 0.2703 0.7186 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172 0.000
#> GSM682070 1 0.3483 0.7002 0.748 0.000 0.000 0.236 0.016 0.000
#> GSM682071 2 0.5932 0.0196 0.000 0.440 0.336 0.000 0.224 0.000
#> GSM682072 3 0.3563 0.6750 0.000 0.000 0.796 0.072 0.132 0.000
#> GSM682073 3 0.3159 0.6824 0.000 0.000 0.832 0.068 0.100 0.000
#> GSM682074 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682075 4 0.2288 0.7922 0.004 0.000 0.072 0.896 0.028 0.000
#> GSM682076 4 0.0777 0.7959 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM682077 1 0.3984 0.6110 0.648 0.000 0.000 0.336 0.016 0.000
#> GSM682078 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682079 4 0.2563 0.7909 0.008 0.000 0.068 0.884 0.040 0.000
#> GSM682080 3 0.7069 0.3056 0.000 0.204 0.428 0.096 0.272 0.000
#> GSM682081 3 0.2962 0.6826 0.000 0.000 0.848 0.068 0.084 0.000
#> GSM682082 4 0.0891 0.7960 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM682083 4 0.3834 0.6722 0.216 0.000 0.028 0.748 0.008 0.000
#> GSM682084 3 0.5530 0.5164 0.000 0.000 0.560 0.216 0.224 0.000
#> GSM682085 4 0.1257 0.7926 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028 0.000
#> GSM682086 4 0.5255 0.6412 0.156 0.000 0.068 0.704 0.060 0.012
#> GSM682087 4 0.0891 0.7960 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM682088 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682089 4 0.0713 0.7961 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM682090 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682091 1 0.5759 0.6318 0.620 0.000 0.068 0.092 0.220 0.000
#> GSM682092 4 0.2568 0.7894 0.000 0.000 0.068 0.876 0.056 0.000
#> GSM682093 3 0.5607 0.4326 0.000 0.000 0.532 0.184 0.284 0.000
#> GSM682094 4 0.5925 0.5447 0.200 0.000 0.068 0.632 0.088 0.012
#> GSM682095 2 0.1075 0.8103 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM681982 5 0.3717 0.5044 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM681983 1 0.1442 0.7274 0.944 0.000 0.000 0.004 0.040 0.012
#> GSM681984 5 0.3620 0.5218 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM681985 5 0.3151 0.5325 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM681986 5 0.4057 0.4908 0.000 0.012 0.388 0.000 0.600 0.000
#> GSM681987 5 0.4085 0.5890 0.000 0.252 0.044 0.000 0.704 0.000
#> GSM681988 3 0.3017 0.6724 0.000 0.072 0.844 0.000 0.084 0.000
#> GSM681989 3 0.2454 0.6642 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM681990 3 0.2416 0.6647 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM681991 5 0.3634 0.4473 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0820 0.7470 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM682036 1 0.5201 0.5439 0.616 0.000 0.096 0.012 0.276 0.000
#> GSM682037 1 0.1387 0.7276 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM682038 5 0.4305 0.6152 0.000 0.068 0.232 0.000 0.700 0.000
#> GSM682039 5 0.4224 -0.1269 0.432 0.000 0.000 0.016 0.552 0.000
#> GSM682040 5 0.2346 0.5889 0.000 0.008 0.124 0.000 0.868 0.000
#> GSM682041 4 0.4002 0.6145 0.260 0.000 0.000 0.704 0.036 0.000
#> GSM682042 5 0.2662 0.5873 0.000 0.024 0.120 0.000 0.856 0.000
#> GSM682043 4 0.4251 0.5787 0.348 0.000 0.028 0.624 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0458 0.7522 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.2625 0.7574 0.000 0.000 0.056 0.872 0.072 0.000
#> GSM682048 1 0.4205 0.4184 0.564 0.000 0.000 0.016 0.420 0.000
#> GSM682049 4 0.3812 0.6133 0.264 0.000 0.000 0.712 0.024 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682052 5 0.5466 -0.1786 0.000 0.008 0.380 0.100 0.512 0.000
#> GSM682053 4 0.5252 0.6068 0.116 0.000 0.032 0.668 0.184 0.000
#> GSM682054 1 0.3748 0.6542 0.812 0.000 0.068 0.092 0.028 0.000
#> GSM682123 1 0.0405 0.7520 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM682124 1 0.0146 0.7521 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682125 1 0.4229 0.6759 0.712 0.000 0.000 0.068 0.220 0.000
#> GSM682126 1 0.3499 0.6368 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.3515 0.6321 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.2088 0.7927 0.000 0.000 0.068 0.904 0.028 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0458 0.8228 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682132 6 0.4366 0.6152 0.204 0.000 0.000 0.068 0.008 0.720
#> GSM682133 1 0.3330 0.5793 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0291 0.7512 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682135 1 0.4222 0.7024 0.728 0.000 0.000 0.088 0.184 0.000
#> GSM682136 1 0.3288 0.6802 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.2201 0.7923 0.000 0.000 0.076 0.896 0.028 0.000
#> GSM682138 4 0.0632 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM682139 1 0.2320 0.7350 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132 0.000
#> GSM682140 4 0.2092 0.7524 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.7518 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.3151 0.6944 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.4085 0.5890 0.000 0.252 0.044 0.000 0.704 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:pam 147 3.69e-08 2.23e-01 2
#> MAD:pam 103 2.78e-08 3.17e-04 3
#> MAD:pam 128 2.26e-15 2.23e-06 4
#> MAD:pam 142 2.24e-12 5.24e-06 5
#> MAD:pam 134 4.34e-17 7.32e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.938 0.935 0.970 0.3033 0.720 0.720
#> 3 3 0.430 0.579 0.757 0.7031 0.831 0.765
#> 4 4 0.376 0.484 0.704 0.1512 0.790 0.656
#> 5 5 0.478 0.590 0.751 0.1978 0.626 0.277
#> 6 6 0.554 0.599 0.744 0.0832 0.946 0.758
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682004 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682005 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682007 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682008 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682009 1 0.4562 0.888 0.904 0.096
#> GSM682010 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682096 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682097 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM682098 1 0.3733 0.912 0.928 0.072
#> GSM682099 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682100 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682101 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682107 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682108 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682110 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682111 1 0.3584 0.915 0.932 0.068
#> GSM682112 1 0.7815 0.715 0.768 0.232
#> GSM682113 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682013 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682014 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682015 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682016 1 0.9686 0.377 0.604 0.396
#> GSM682017 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682018 1 0.2948 0.930 0.948 0.052
#> GSM682019 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682020 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682021 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682023 1 0.8016 0.696 0.756 0.244
#> GSM682024 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682026 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682027 1 0.1184 0.962 0.984 0.016
#> GSM682028 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682029 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682030 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682031 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682032 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682033 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM681992 1 0.3114 0.926 0.944 0.056
#> GSM681993 1 0.4562 0.888 0.904 0.096
#> GSM681994 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM681996 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM681997 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM681998 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM681999 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682000 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682001 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682055 1 0.9358 0.488 0.648 0.352
#> GSM682056 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682057 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682058 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682060 1 0.2603 0.936 0.956 0.044
#> GSM682061 2 0.8861 0.558 0.304 0.696
#> GSM682062 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682063 1 0.9815 0.305 0.580 0.420
#> GSM682064 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.8813 0.597 0.700 0.300
#> GSM682072 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM682073 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM682074 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> GSM682081 1 0.3114 0.931 0.944 0.056
#> GSM682082 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM681982 1 0.7376 0.750 0.792 0.208
#> GSM681983 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.8861 0.558 0.304 0.696
#> GSM681985 1 0.0938 0.961 0.988 0.012
#> GSM681986 1 0.9686 0.373 0.604 0.396
#> GSM681987 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM681988 1 0.5294 0.862 0.880 0.120
#> GSM681989 1 0.4562 0.888 0.904 0.096
#> GSM681990 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> GSM681991 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682034 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.1633 0.960 0.024 0.976
#> GSM682039 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.8016 0.696 0.756 0.244
#> GSM682041 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.4161 0.900 0.916 0.084
#> GSM682043 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.3584 0.915 0.932 0.068
#> GSM682053 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682130 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682131 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
#> GSM682132 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0672 0.975 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682003 2 0.0892 0.9356 0.000 0.980 0.020
#> GSM682004 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 3 0.0237 0.6062 0.004 0.000 0.996
#> GSM682006 3 0.0424 0.6075 0.008 0.000 0.992
#> GSM682007 3 0.0892 0.5981 0.020 0.000 0.980
#> GSM682008 3 0.0892 0.5981 0.020 0.000 0.980
#> GSM682009 3 0.4178 0.5929 0.000 0.172 0.828
#> GSM682010 3 0.3686 0.6134 0.140 0.000 0.860
#> GSM682011 3 0.1129 0.6082 0.020 0.004 0.976
#> GSM682096 3 0.2165 0.6100 0.000 0.064 0.936
#> GSM682097 3 0.6770 0.5333 0.044 0.264 0.692
#> GSM682098 3 0.4605 0.5832 0.000 0.204 0.796
#> GSM682099 3 0.0237 0.6052 0.000 0.004 0.996
#> GSM682100 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 3 0.3678 0.6244 0.080 0.028 0.892
#> GSM682102 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682103 3 0.6244 0.4505 0.440 0.000 0.560
#> GSM682104 3 0.2959 0.6213 0.100 0.000 0.900
#> GSM682105 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682106 3 0.1964 0.6119 0.056 0.000 0.944
#> GSM682107 3 0.4178 0.5658 0.172 0.000 0.828
#> GSM682108 3 0.2625 0.6208 0.084 0.000 0.916
#> GSM682109 3 0.1289 0.6042 0.032 0.000 0.968
#> GSM682110 3 0.1411 0.6093 0.036 0.000 0.964
#> GSM682111 3 0.6201 0.5557 0.044 0.208 0.748
#> GSM682112 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682113 1 0.6309 -0.3556 0.500 0.000 0.500
#> GSM682114 3 0.5926 0.5588 0.356 0.000 0.644
#> GSM682115 3 0.6291 0.4003 0.468 0.000 0.532
#> GSM682116 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682117 3 0.5397 0.5355 0.280 0.000 0.720
#> GSM682118 3 0.6252 0.4445 0.444 0.000 0.556
#> GSM682119 3 0.6308 0.3384 0.492 0.000 0.508
#> GSM682120 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682121 3 0.6244 0.4505 0.440 0.000 0.560
#> GSM682122 3 0.3267 0.6210 0.116 0.000 0.884
#> GSM682012 2 0.0237 0.9507 0.000 0.996 0.004
#> GSM682013 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 3 0.7112 0.5118 0.044 0.308 0.648
#> GSM682017 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 3 0.5835 0.5138 0.000 0.340 0.660
#> GSM682019 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 3 0.5958 0.5756 0.300 0.008 0.692
#> GSM682022 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 3 0.5948 0.4937 0.000 0.360 0.640
#> GSM682024 1 0.5465 0.3620 0.712 0.000 0.288
#> GSM682025 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682028 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682029 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682030 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682031 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682032 3 0.0475 0.6036 0.004 0.004 0.992
#> GSM682033 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 3 0.3267 0.6038 0.000 0.116 0.884
#> GSM681993 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM681994 3 0.2356 0.6181 0.072 0.000 0.928
#> GSM681995 3 0.0829 0.6055 0.012 0.004 0.984
#> GSM681996 3 0.0892 0.5981 0.020 0.000 0.980
#> GSM681997 3 0.0000 0.6053 0.000 0.000 1.000
#> GSM681998 3 0.0237 0.6062 0.004 0.000 0.996
#> GSM681999 3 0.0237 0.6052 0.000 0.004 0.996
#> GSM682000 3 0.1129 0.6063 0.020 0.004 0.976
#> GSM682001 3 0.0237 0.6052 0.000 0.004 0.996
#> GSM682055 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682056 3 0.7454 0.5424 0.080 0.252 0.668
#> GSM682057 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 3 0.1753 0.6177 0.048 0.000 0.952
#> GSM682059 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.5815 0.5399 0.004 0.304 0.692
#> GSM682061 2 0.7619 0.0624 0.044 0.532 0.424
#> GSM682062 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 3 0.6280 0.3360 0.000 0.460 0.540
#> GSM682064 3 0.5706 0.5664 0.320 0.000 0.680
#> GSM682065 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682066 3 0.6280 0.4173 0.460 0.000 0.540
#> GSM682067 3 0.5835 0.5545 0.340 0.000 0.660
#> GSM682068 3 0.5623 0.5803 0.280 0.004 0.716
#> GSM682069 3 0.5835 0.5545 0.340 0.000 0.660
#> GSM682070 3 0.6309 0.3139 0.500 0.000 0.500
#> GSM682071 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682072 3 0.4015 0.6031 0.028 0.096 0.876
#> GSM682073 3 0.0892 0.5981 0.020 0.000 0.980
#> GSM682074 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682075 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682076 3 0.6244 0.4505 0.440 0.000 0.560
#> GSM682077 3 0.6307 0.3499 0.488 0.000 0.512
#> GSM682078 3 0.6274 0.4249 0.456 0.000 0.544
#> GSM682079 3 0.6307 0.3499 0.488 0.000 0.512
#> GSM682080 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682081 3 0.3683 0.5858 0.044 0.060 0.896
#> GSM682082 3 0.6026 0.5464 0.376 0.000 0.624
#> GSM682083 3 0.6291 0.4003 0.468 0.000 0.532
#> GSM682084 3 0.6079 0.5354 0.388 0.000 0.612
#> GSM682085 3 0.5363 0.5939 0.276 0.000 0.724
#> GSM682086 3 0.6305 0.3609 0.484 0.000 0.516
#> GSM682087 3 0.6235 0.4562 0.436 0.000 0.564
#> GSM682088 3 0.6291 0.4003 0.468 0.000 0.532
#> GSM682089 3 0.6267 0.4527 0.452 0.000 0.548
#> GSM682090 3 0.6235 0.4562 0.436 0.000 0.564
#> GSM682091 3 0.5948 0.5395 0.360 0.000 0.640
#> GSM682092 3 0.6305 0.3607 0.484 0.000 0.516
#> GSM682093 3 0.5650 0.5710 0.312 0.000 0.688
#> GSM682094 3 0.6295 0.3842 0.472 0.000 0.528
#> GSM682095 2 0.0237 0.9507 0.000 0.996 0.004
#> GSM681982 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM681983 1 0.6309 -0.3556 0.500 0.000 0.500
#> GSM681984 2 0.6148 0.3470 0.004 0.640 0.356
#> GSM681985 3 0.6684 0.5364 0.032 0.292 0.676
#> GSM681986 3 0.6168 0.4062 0.000 0.412 0.588
#> GSM681987 2 0.0237 0.9507 0.000 0.996 0.004
#> GSM681988 3 0.5514 0.5714 0.044 0.156 0.800
#> GSM681989 3 0.3192 0.6043 0.000 0.112 0.888
#> GSM681990 3 0.2165 0.6188 0.064 0.000 0.936
#> GSM681991 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.2448 0.7643 0.924 0.000 0.076
#> GSM682035 3 0.6309 0.3139 0.500 0.000 0.500
#> GSM682036 3 0.6026 0.5257 0.376 0.000 0.624
#> GSM682037 1 0.1860 0.7900 0.948 0.000 0.052
#> GSM682038 2 0.1964 0.8891 0.000 0.944 0.056
#> GSM682039 3 0.6008 0.5293 0.372 0.000 0.628
#> GSM682040 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682041 3 0.6291 0.4003 0.468 0.000 0.532
#> GSM682042 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682043 1 0.6309 -0.3556 0.500 0.000 0.500
#> GSM682044 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682045 3 0.6215 0.4616 0.428 0.000 0.572
#> GSM682046 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682047 3 0.6252 0.4445 0.444 0.000 0.556
#> GSM682048 3 0.6267 0.4291 0.452 0.000 0.548
#> GSM682049 3 0.6280 0.4173 0.460 0.000 0.540
#> GSM682050 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682051 3 0.6274 0.4582 0.456 0.000 0.544
#> GSM682052 3 0.7084 0.5137 0.044 0.304 0.652
#> GSM682053 3 0.6225 0.4864 0.432 0.000 0.568
#> GSM682054 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682123 3 0.6295 0.3911 0.472 0.000 0.528
#> GSM682124 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682125 3 0.5785 0.5593 0.332 0.000 0.668
#> GSM682126 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682127 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682128 3 0.6235 0.4562 0.436 0.000 0.564
#> GSM682129 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9529 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0747 0.9402 0.000 0.984 0.016
#> GSM682132 3 0.5517 0.5821 0.268 0.004 0.728
#> GSM682133 1 0.6309 -0.3556 0.500 0.000 0.500
#> GSM682134 3 0.6309 0.3139 0.500 0.000 0.500
#> GSM682135 3 0.5968 0.5367 0.364 0.000 0.636
#> GSM682136 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682137 3 0.6280 0.4173 0.460 0.000 0.540
#> GSM682138 3 0.6291 0.4003 0.468 0.000 0.532
#> GSM682139 3 0.6126 0.4979 0.400 0.000 0.600
#> GSM682140 3 0.6280 0.4173 0.460 0.000 0.540
#> GSM682141 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682142 1 0.1753 0.7934 0.952 0.000 0.048
#> GSM682143 2 0.0237 0.9507 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 3 0.2871 0.6145 0.032 0.000 0.896 0.072
#> GSM682003 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682004 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682005 3 0.6608 0.5349 0.000 0.168 0.628 0.204
#> GSM682006 3 0.5859 0.5420 0.000 0.064 0.652 0.284
#> GSM682007 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682008 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682009 3 0.8081 0.3686 0.248 0.044 0.536 0.172
#> GSM682010 3 0.4485 0.6156 0.000 0.028 0.772 0.200
#> GSM682011 3 0.4920 0.4940 0.004 0.000 0.628 0.368
#> GSM682096 3 0.7576 0.4261 0.212 0.020 0.568 0.200
#> GSM682097 2 0.4992 -0.2706 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM682098 3 0.7500 0.2466 0.092 0.408 0.472 0.028
#> GSM682099 3 0.5112 0.4651 0.000 0.008 0.608 0.384
#> GSM682100 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682101 3 0.4869 0.6041 0.000 0.132 0.780 0.088
#> GSM682102 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682103 3 0.0376 0.6163 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM682104 3 0.6478 0.4017 0.000 0.336 0.576 0.088
#> GSM682105 3 0.1022 0.5947 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM682106 3 0.7369 0.4060 0.000 0.292 0.512 0.196
#> GSM682107 3 0.4074 0.6089 0.008 0.004 0.792 0.196
#> GSM682108 3 0.3933 0.6116 0.000 0.008 0.792 0.200
#> GSM682109 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682110 3 0.5383 0.5556 0.000 0.036 0.672 0.292
#> GSM682111 3 0.6797 0.3416 0.000 0.436 0.468 0.096
#> GSM682112 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682113 3 0.4564 0.2534 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM682114 3 0.4605 0.4170 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM682115 3 0.1302 0.5848 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM682116 3 0.0817 0.6005 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM682117 3 0.4630 0.5958 0.036 0.000 0.768 0.196
#> GSM682118 3 0.1489 0.6240 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM682119 3 0.4769 0.2886 0.308 0.000 0.684 0.008
#> GSM682120 3 0.0817 0.6005 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM682121 3 0.0000 0.6136 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682122 3 0.4781 0.4166 0.000 0.336 0.660 0.004
#> GSM682012 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.7356 0.1447 0.164 0.368 0.468 0.000
#> GSM682017 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682018 3 0.7796 -0.0854 0.360 0.248 0.392 0.000
#> GSM682019 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682021 3 0.4882 0.5147 0.272 0.020 0.708 0.000
#> GSM682022 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.7907 0.3283 0.328 0.364 0.308 0.000
#> GSM682024 1 0.4843 0.8646 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM682025 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.5550 0.3728 0.000 0.020 0.552 0.428
#> GSM682028 4 0.5263 -0.2631 0.000 0.008 0.448 0.544
#> GSM682029 4 0.2011 0.7158 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM682030 4 0.0000 0.7628 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682031 4 0.0000 0.7628 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682032 4 0.0000 0.7628 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM681992 3 0.7319 0.4822 0.176 0.024 0.608 0.192
#> GSM681993 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM681994 3 0.3933 0.6116 0.000 0.008 0.792 0.200
#> GSM681995 3 0.5105 0.3845 0.000 0.004 0.564 0.432
#> GSM681996 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM681997 3 0.6407 0.3316 0.000 0.068 0.520 0.412
#> GSM681998 3 0.7013 0.4409 0.000 0.152 0.556 0.292
#> GSM681999 3 0.4936 0.4833 0.000 0.004 0.624 0.372
#> GSM682000 3 0.5105 0.3845 0.000 0.004 0.564 0.432
#> GSM682001 3 0.5013 0.5168 0.004 0.004 0.644 0.348
#> GSM682055 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682056 3 0.4605 0.4170 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM682057 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682058 3 0.3626 0.5814 0.000 0.184 0.812 0.004
#> GSM682059 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.6440 0.4375 0.148 0.208 0.644 0.000
#> GSM682061 2 0.7058 0.2612 0.168 0.560 0.272 0.000
#> GSM682062 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.7526 0.4377 0.332 0.468 0.200 0.000
#> GSM682064 3 0.4899 0.3367 0.300 0.008 0.688 0.004
#> GSM682065 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682066 3 0.2589 0.5630 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM682067 3 0.4634 0.3747 0.280 0.004 0.712 0.004
#> GSM682068 3 0.5219 0.6023 0.044 0.000 0.712 0.244
#> GSM682069 3 0.4634 0.3747 0.280 0.004 0.712 0.004
#> GSM682070 3 0.4741 0.2556 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM682071 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682072 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682073 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682074 3 0.0188 0.6117 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM682075 3 0.1940 0.5853 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM682076 3 0.0000 0.6136 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682077 3 0.4356 0.3155 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM682078 3 0.0336 0.6096 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM682079 3 0.2081 0.5690 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM682080 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682081 3 0.7511 0.3493 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM682082 3 0.4543 0.4286 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM682083 3 0.1302 0.5848 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM682084 3 0.4585 0.4202 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM682085 3 0.4585 0.4203 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM682086 3 0.5280 0.5597 0.124 0.000 0.752 0.124
#> GSM682087 3 0.0188 0.6145 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM682088 3 0.0817 0.6005 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM682089 3 0.1557 0.6151 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM682090 3 0.0000 0.6136 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682091 3 0.4428 0.3940 0.276 0.000 0.720 0.004
#> GSM682092 3 0.2345 0.5632 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM682093 3 0.3992 0.5370 0.188 0.008 0.800 0.004
#> GSM682094 3 0.5186 0.5772 0.084 0.000 0.752 0.164
#> GSM682095 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM681982 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM681983 3 0.4679 0.1598 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM681984 2 0.7429 0.4483 0.316 0.492 0.192 0.000
#> GSM681985 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM681986 2 0.8712 0.3939 0.328 0.424 0.192 0.056
#> GSM681987 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM681988 3 0.7167 0.3480 0.000 0.396 0.468 0.136
#> GSM681989 3 0.8243 0.3653 0.232 0.048 0.524 0.196
#> GSM681990 3 0.4998 0.6170 0.000 0.052 0.748 0.200
#> GSM681991 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.4713 0.9459 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM682035 3 0.4564 0.2534 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM682036 3 0.4832 0.3077 0.312 0.004 0.680 0.004
#> GSM682037 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682038 2 0.5530 0.5993 0.336 0.632 0.032 0.000
#> GSM682039 3 0.4655 0.3017 0.312 0.000 0.684 0.004
#> GSM682040 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682041 3 0.3726 0.5051 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM682042 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682043 3 0.4500 0.2902 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM682044 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682045 3 0.4741 0.2556 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM682046 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682047 3 0.0000 0.6136 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682048 3 0.4699 0.2807 0.320 0.000 0.676 0.004
#> GSM682049 3 0.2081 0.5834 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM682050 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682051 3 0.2921 0.5890 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM682052 2 0.4985 -0.2577 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM682053 3 0.3933 0.5266 0.196 0.004 0.796 0.004
#> GSM682054 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682123 3 0.4632 0.3121 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM682124 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682125 3 0.4153 0.5198 0.204 0.008 0.784 0.004
#> GSM682126 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682127 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682128 3 0.0000 0.6136 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682132 3 0.3117 0.6099 0.028 0.000 0.880 0.092
#> GSM682133 3 0.2814 0.5466 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM682134 3 0.4564 0.2534 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM682135 3 0.4832 0.3077 0.312 0.004 0.680 0.004
#> GSM682136 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682137 3 0.0921 0.5978 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM682138 3 0.1389 0.5818 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM682139 3 0.4741 0.2556 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM682140 3 0.0921 0.5978 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM682141 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682142 1 0.4605 0.9875 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM682143 2 0.4605 0.6240 0.336 0.664 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.4275 0.7510 0.020 0.000 0.284 0.696 0.000
#> GSM682003 2 0.0162 0.8689 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM682004 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682005 3 0.3884 0.3532 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
#> GSM682006 3 0.3857 0.3083 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM682007 3 0.6243 0.0984 0.000 0.000 0.532 0.184 0.284
#> GSM682008 3 0.4824 -0.1853 0.000 0.000 0.596 0.028 0.376
#> GSM682009 2 0.4704 -0.0677 0.000 0.508 0.480 0.004 0.008
#> GSM682010 3 0.4307 -0.3094 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM682011 3 0.1893 0.5086 0.048 0.000 0.928 0.024 0.000
#> GSM682096 3 0.4253 0.2900 0.000 0.332 0.660 0.004 0.004
#> GSM682097 5 0.4102 0.7725 0.000 0.004 0.300 0.004 0.692
#> GSM682098 5 0.6946 0.3028 0.000 0.320 0.312 0.004 0.364
#> GSM682099 3 0.2513 0.5177 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM682100 2 0.0798 0.8652 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM682101 3 0.6890 0.1731 0.252 0.288 0.452 0.004 0.004
#> GSM682102 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682103 4 0.3816 0.7537 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM682104 5 0.6586 0.3305 0.000 0.000 0.304 0.236 0.460
#> GSM682105 4 0.4206 0.7597 0.020 0.000 0.272 0.708 0.000
#> GSM682106 4 0.4562 0.2828 0.000 0.000 0.492 0.500 0.008
#> GSM682107 3 0.4419 0.3316 0.020 0.000 0.668 0.312 0.000
#> GSM682108 3 0.5273 0.2702 0.048 0.000 0.636 0.304 0.012
#> GSM682109 3 0.6229 -0.0268 0.000 0.000 0.516 0.164 0.320
#> GSM682110 3 0.3876 0.3004 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM682111 5 0.3762 0.7961 0.000 0.004 0.244 0.004 0.748
#> GSM682112 5 0.3989 0.7998 0.000 0.008 0.260 0.004 0.728
#> GSM682113 1 0.3635 0.7471 0.748 0.000 0.248 0.004 0.000
#> GSM682114 5 0.6764 0.0814 0.000 0.000 0.268 0.364 0.368
#> GSM682115 4 0.2605 0.6285 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM682116 4 0.2230 0.5825 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM682117 3 0.6514 0.1047 0.236 0.000 0.484 0.280 0.000
#> GSM682118 4 0.4118 0.7158 0.004 0.000 0.336 0.660 0.000
#> GSM682119 1 0.3756 0.7471 0.744 0.000 0.248 0.008 0.000
#> GSM682120 4 0.2230 0.5825 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM682121 4 0.3661 0.7728 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM682122 5 0.6807 0.1229 0.000 0.000 0.304 0.328 0.368
#> GSM682012 2 0.0000 0.8690 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682014 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682015 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682016 5 0.5673 0.6965 0.000 0.112 0.292 0.000 0.596
#> GSM682017 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682018 2 0.7182 0.2385 0.160 0.548 0.224 0.004 0.064
#> GSM682019 2 0.0404 0.8670 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682020 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682021 1 0.6802 0.3007 0.436 0.304 0.256 0.004 0.000
#> GSM682022 2 0.0880 0.8573 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM682023 2 0.5595 0.4599 0.000 0.656 0.160 0.004 0.180
#> GSM682024 1 0.1430 0.7284 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM682025 2 0.0162 0.8690 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM682026 2 0.0000 0.8690 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 3 0.1399 0.4845 0.000 0.028 0.952 0.000 0.020
#> GSM682028 3 0.1740 0.4697 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM682029 3 0.3991 0.3411 0.000 0.000 0.780 0.048 0.172
#> GSM682030 3 0.4806 0.2757 0.000 0.000 0.688 0.060 0.252
#> GSM682031 3 0.4806 0.2757 0.000 0.000 0.688 0.060 0.252
#> GSM682032 3 0.4806 0.2757 0.000 0.000 0.688 0.060 0.252
#> GSM682033 2 0.0000 0.8690 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681992 2 0.4446 -0.0387 0.000 0.520 0.476 0.004 0.000
#> GSM681993 5 0.3762 0.7961 0.000 0.004 0.244 0.004 0.748
#> GSM681994 3 0.4302 -0.2589 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM681995 3 0.1331 0.5137 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> GSM681996 3 0.5240 0.3924 0.000 0.000 0.672 0.216 0.112
#> GSM681997 3 0.3196 0.4693 0.000 0.000 0.804 0.192 0.004
#> GSM681998 3 0.3884 0.3537 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
#> GSM681999 3 0.2732 0.4940 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM682000 3 0.0510 0.4916 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM682001 3 0.4221 0.4675 0.160 0.008 0.780 0.052 0.000
#> GSM682055 5 0.3883 0.7965 0.000 0.008 0.244 0.004 0.744
#> GSM682056 5 0.4003 0.7828 0.000 0.000 0.288 0.008 0.704
#> GSM682057 2 0.1908 0.8184 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM682058 4 0.5821 0.4589 0.000 0.000 0.400 0.504 0.096
#> GSM682059 2 0.0000 0.8690 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.8840 -0.1980 0.156 0.380 0.304 0.088 0.072
#> GSM682061 2 0.5916 0.1623 0.000 0.544 0.120 0.000 0.336
#> GSM682062 2 0.0693 0.8667 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM682063 2 0.2660 0.7221 0.000 0.864 0.128 0.008 0.000
#> GSM682064 1 0.3689 0.7384 0.740 0.000 0.256 0.004 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.7061 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.6685 0.0282 0.436 0.000 0.284 0.280 0.000
#> GSM682067 1 0.3635 0.7482 0.748 0.000 0.248 0.004 0.000
#> GSM682068 3 0.1444 0.4970 0.040 0.000 0.948 0.012 0.000
#> GSM682069 1 0.3579 0.7534 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> GSM682070 1 0.3366 0.7649 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM682071 5 0.3883 0.7965 0.000 0.008 0.244 0.004 0.744
#> GSM682072 5 0.4452 0.4727 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> GSM682073 5 0.4452 0.4660 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> GSM682074 4 0.3661 0.7728 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM682075 4 0.5674 0.5925 0.100 0.000 0.324 0.576 0.000
#> GSM682076 4 0.3636 0.7712 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM682077 1 0.5303 0.6589 0.660 0.000 0.232 0.108 0.000
#> GSM682078 4 0.3661 0.7728 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM682079 4 0.4193 0.7647 0.024 0.000 0.256 0.720 0.000
#> GSM682080 5 0.3883 0.7965 0.000 0.008 0.244 0.004 0.744
#> GSM682081 5 0.4375 0.6140 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> GSM682082 4 0.3707 0.7702 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM682083 4 0.2230 0.5825 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM682084 4 0.6754 0.0833 0.000 0.000 0.284 0.404 0.312
#> GSM682085 4 0.6754 0.0841 0.000 0.000 0.284 0.404 0.312
#> GSM682086 1 0.4505 0.5460 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> GSM682087 4 0.3661 0.7728 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM682088 4 0.4090 0.7713 0.016 0.000 0.268 0.716 0.000
#> GSM682089 4 0.3707 0.7702 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM682090 4 0.3684 0.7720 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM682091 1 0.3662 0.7432 0.744 0.000 0.252 0.004 0.000
#> GSM682092 4 0.6723 0.2826 0.324 0.000 0.264 0.412 0.000
#> GSM682093 4 0.8429 0.1689 0.200 0.000 0.304 0.316 0.180
#> GSM682094 1 0.5777 0.2180 0.468 0.000 0.444 0.088 0.000
#> GSM682095 2 0.0162 0.8689 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM681982 5 0.3883 0.7965 0.000 0.008 0.244 0.004 0.744
#> GSM681983 1 0.3266 0.7612 0.796 0.000 0.200 0.004 0.000
#> GSM681984 2 0.1671 0.8038 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM681985 5 0.4240 0.7687 0.000 0.008 0.304 0.004 0.684
#> GSM681986 2 0.2516 0.7172 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM681987 2 0.0162 0.8689 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM681988 5 0.3838 0.7904 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> GSM681989 3 0.4452 0.0521 0.000 0.496 0.500 0.000 0.004
#> GSM681990 3 0.4182 0.2033 0.000 0.000 0.644 0.352 0.004
#> GSM681991 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682034 1 0.1205 0.7247 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> GSM682035 1 0.3461 0.7615 0.772 0.000 0.224 0.004 0.000
#> GSM682036 1 0.3635 0.7474 0.748 0.000 0.248 0.004 0.000
#> GSM682037 1 0.0963 0.7219 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0162 0.8684 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM682039 1 0.3430 0.7630 0.776 0.000 0.220 0.004 0.000
#> GSM682040 5 0.3963 0.8004 0.000 0.008 0.256 0.004 0.732
#> GSM682041 4 0.6545 0.4315 0.240 0.000 0.284 0.476 0.000
#> GSM682042 5 0.3883 0.7965 0.000 0.008 0.244 0.004 0.744
#> GSM682043 1 0.3689 0.7385 0.740 0.000 0.256 0.004 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.7061 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3366 0.7649 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM682046 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682047 4 0.3707 0.7702 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM682048 1 0.3366 0.7649 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM682049 4 0.5047 0.7232 0.064 0.000 0.284 0.652 0.000
#> GSM682050 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682051 4 0.5047 0.7182 0.000 0.000 0.284 0.652 0.064
#> GSM682052 5 0.3963 0.8004 0.000 0.008 0.256 0.004 0.732
#> GSM682053 1 0.7639 0.3097 0.468 0.000 0.284 0.136 0.112
#> GSM682054 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682123 1 0.3521 0.7578 0.764 0.000 0.232 0.004 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.7061 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3790 0.7214 0.724 0.000 0.272 0.004 0.000
#> GSM682126 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.7061 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.3816 0.7537 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM682129 2 0.2561 0.7762 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM682130 2 0.0290 0.8688 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682131 2 0.0451 0.8680 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM682132 3 0.4159 0.3171 0.068 0.000 0.776 0.156 0.000
#> GSM682133 1 0.5059 0.6616 0.668 0.000 0.256 0.076 0.000
#> GSM682134 1 0.3366 0.7649 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM682135 1 0.3607 0.7508 0.752 0.000 0.244 0.004 0.000
#> GSM682136 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682137 4 0.4206 0.7639 0.020 0.000 0.272 0.708 0.000
#> GSM682138 4 0.4665 0.7488 0.048 0.000 0.260 0.692 0.000
#> GSM682139 1 0.3366 0.7649 0.784 0.000 0.212 0.004 0.000
#> GSM682140 4 0.2230 0.5825 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM682141 1 0.0703 0.7045 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682142 1 0.0963 0.7039 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682143 2 0.0162 0.8684 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.5870 0.4643 0.092 0.000 0.272 0.592 0.024 0.020
#> GSM682003 2 0.0603 0.8809 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682005 3 0.4437 0.5220 0.000 0.000 0.724 0.088 0.180 0.008
#> GSM682006 3 0.5238 0.4874 0.000 0.000 0.680 0.088 0.180 0.052
#> GSM682007 3 0.5621 0.1674 0.000 0.000 0.472 0.040 0.432 0.056
#> GSM682008 5 0.5320 -0.1292 0.000 0.000 0.460 0.020 0.464 0.056
#> GSM682009 2 0.6044 0.3497 0.000 0.616 0.164 0.020 0.168 0.032
#> GSM682010 4 0.6596 0.1551 0.000 0.000 0.144 0.448 0.344 0.064
#> GSM682011 6 0.7109 0.4721 0.004 0.000 0.348 0.084 0.180 0.384
#> GSM682096 3 0.6885 0.2653 0.000 0.264 0.500 0.032 0.164 0.040
#> GSM682097 5 0.2765 0.5836 0.000 0.004 0.132 0.016 0.848 0.000
#> GSM682098 3 0.6007 0.1902 0.000 0.108 0.432 0.032 0.428 0.000
#> GSM682099 3 0.5647 0.5007 0.000 0.000 0.648 0.088 0.180 0.084
#> GSM682100 2 0.0632 0.8784 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682101 1 0.8909 -0.1190 0.328 0.180 0.224 0.036 0.176 0.056
#> GSM682102 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.4638 0.6272 0.044 0.000 0.008 0.676 0.264 0.008
#> GSM682104 5 0.4979 0.2232 0.000 0.004 0.312 0.080 0.604 0.000
#> GSM682105 4 0.5210 0.5664 0.100 0.000 0.212 0.660 0.028 0.000
#> GSM682106 3 0.6821 0.4223 0.000 0.000 0.420 0.224 0.300 0.056
#> GSM682107 3 0.7244 -0.3709 0.040 0.000 0.428 0.212 0.036 0.284
#> GSM682108 3 0.7748 0.4631 0.080 0.000 0.448 0.152 0.244 0.076
#> GSM682109 3 0.5021 0.2359 0.000 0.000 0.504 0.052 0.436 0.008
#> GSM682110 3 0.5827 0.4939 0.000 0.000 0.620 0.116 0.200 0.064
#> GSM682111 5 0.0405 0.6780 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM682112 5 0.0767 0.6722 0.000 0.004 0.012 0.008 0.976 0.000
#> GSM682113 1 0.3175 0.7847 0.832 0.000 0.000 0.080 0.088 0.000
#> GSM682114 5 0.4238 -0.1628 0.000 0.000 0.000 0.444 0.540 0.016
#> GSM682115 4 0.1010 0.6637 0.000 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM682116 4 0.0937 0.6628 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM682117 1 0.7414 0.2496 0.444 0.000 0.260 0.180 0.024 0.092
#> GSM682118 4 0.4103 0.7001 0.012 0.000 0.076 0.776 0.132 0.004
#> GSM682119 1 0.3605 0.7871 0.832 0.000 0.032 0.032 0.092 0.012
#> GSM682120 4 0.0937 0.6628 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.2841 0.7249 0.000 0.000 0.032 0.864 0.092 0.012
#> GSM682122 5 0.6420 0.0148 0.000 0.000 0.272 0.276 0.432 0.020
#> GSM682012 2 0.0405 0.8822 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0146 0.8826 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0146 0.8826 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.4555 0.2811 0.000 0.328 0.036 0.008 0.628 0.000
#> GSM682017 2 0.0146 0.8826 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.5431 0.5646 0.144 0.664 0.000 0.004 0.156 0.032
#> GSM682019 2 0.0547 0.8797 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 1 0.6513 0.4719 0.544 0.244 0.004 0.016 0.160 0.032
#> GSM682022 2 0.0865 0.8732 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM682023 2 0.3288 0.6428 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM682024 1 0.0622 0.7969 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM682025 2 0.0260 0.8825 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 6 0.7254 0.4545 0.000 0.032 0.280 0.068 0.160 0.460
#> GSM682028 6 0.5674 0.4596 0.000 0.000 0.288 0.008 0.156 0.548
#> GSM682029 6 0.3629 0.4754 0.000 0.000 0.276 0.000 0.012 0.712
#> GSM682030 6 0.2135 0.4536 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM682031 6 0.2260 0.4513 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM682032 6 0.2178 0.4535 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM682033 2 0.0146 0.8824 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM681992 2 0.6465 0.3321 0.000 0.608 0.128 0.032 0.160 0.072
#> GSM681993 5 0.0291 0.6778 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM681994 3 0.5477 0.4842 0.000 0.000 0.644 0.144 0.180 0.032
#> GSM681995 6 0.7020 0.4598 0.000 0.000 0.352 0.088 0.180 0.380
#> GSM681996 3 0.5458 0.4324 0.000 0.000 0.568 0.040 0.336 0.056
#> GSM681997 3 0.5119 0.4995 0.000 0.000 0.688 0.088 0.180 0.044
#> GSM681998 3 0.5057 0.5033 0.000 0.000 0.692 0.088 0.180 0.040
#> GSM681999 6 0.7021 0.4578 0.000 0.000 0.356 0.088 0.180 0.376
#> GSM682000 6 0.6943 0.4824 0.000 0.000 0.340 0.080 0.180 0.400
#> GSM682001 6 0.7202 0.4687 0.008 0.000 0.348 0.084 0.180 0.380
#> GSM682055 5 0.0692 0.6748 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM682056 5 0.1088 0.6653 0.000 0.000 0.024 0.016 0.960 0.000
#> GSM682057 2 0.1714 0.8402 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM682058 3 0.6086 0.4258 0.000 0.000 0.520 0.260 0.200 0.020
#> GSM682059 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 2 0.7283 -0.0699 0.144 0.416 0.004 0.056 0.348 0.032
#> GSM682061 2 0.4067 0.1187 0.000 0.548 0.008 0.000 0.444 0.000
#> GSM682062 2 0.0632 0.8784 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM682063 2 0.0508 0.8792 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM682064 1 0.3101 0.8054 0.852 0.000 0.000 0.024 0.092 0.032
#> GSM682065 1 0.0146 0.7869 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.5912 0.5777 0.624 0.000 0.076 0.148 0.152 0.000
#> GSM682067 1 0.2741 0.8094 0.868 0.000 0.000 0.008 0.092 0.032
#> GSM682068 6 0.7244 0.4694 0.012 0.000 0.340 0.080 0.180 0.388
#> GSM682069 1 0.2691 0.8104 0.872 0.000 0.000 0.008 0.088 0.032
#> GSM682070 1 0.1918 0.8120 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 0.000
#> GSM682071 5 0.0405 0.6780 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM682072 5 0.4581 0.1447 0.000 0.000 0.368 0.020 0.596 0.016
#> GSM682073 5 0.5244 -0.0697 0.000 0.000 0.448 0.016 0.480 0.056
#> GSM682074 4 0.2794 0.7311 0.004 0.000 0.000 0.840 0.144 0.012
#> GSM682075 4 0.7315 0.1593 0.148 0.000 0.292 0.436 0.108 0.016
#> GSM682076 4 0.2766 0.7255 0.000 0.000 0.028 0.868 0.092 0.012
#> GSM682077 1 0.4061 0.6904 0.748 0.000 0.000 0.164 0.088 0.000
#> GSM682078 4 0.2631 0.7338 0.012 0.000 0.004 0.856 0.128 0.000
#> GSM682079 4 0.4075 0.6970 0.100 0.000 0.024 0.784 0.092 0.000
#> GSM682080 5 0.0291 0.6786 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM682081 5 0.4953 0.2007 0.000 0.000 0.364 0.008 0.572 0.056
#> GSM682082 4 0.4343 0.5867 0.000 0.000 0.016 0.648 0.320 0.016
#> GSM682083 4 0.0937 0.6628 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM682084 4 0.4229 0.3846 0.000 0.000 0.000 0.548 0.436 0.016
#> GSM682085 4 0.4192 0.4358 0.000 0.000 0.000 0.572 0.412 0.016
#> GSM682086 1 0.6556 0.5414 0.584 0.000 0.168 0.140 0.016 0.092
#> GSM682087 4 0.3415 0.7081 0.000 0.000 0.028 0.808 0.152 0.012
#> GSM682088 4 0.3092 0.7253 0.060 0.000 0.000 0.836 0.104 0.000
#> GSM682089 4 0.3784 0.6028 0.000 0.000 0.000 0.680 0.308 0.012
#> GSM682090 4 0.2692 0.7290 0.000 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> GSM682091 1 0.3397 0.7954 0.832 0.000 0.000 0.032 0.104 0.032
#> GSM682092 1 0.5290 0.3370 0.524 0.000 0.004 0.380 0.092 0.000
#> GSM682093 5 0.6886 -0.0754 0.380 0.000 0.024 0.168 0.396 0.032
#> GSM682094 1 0.6919 0.4576 0.536 0.000 0.192 0.164 0.020 0.088
#> GSM682095 2 0.0458 0.8805 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM681982 5 0.0146 0.6784 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM681983 1 0.3782 0.7460 0.780 0.000 0.000 0.096 0.124 0.000
#> GSM681984 2 0.2488 0.7502 0.000 0.864 0.008 0.004 0.124 0.000
#> GSM681985 5 0.0508 0.6758 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM681986 2 0.3337 0.6985 0.000 0.820 0.036 0.004 0.136 0.004
#> GSM681987 2 0.0458 0.8805 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM681988 5 0.4617 0.3558 0.000 0.000 0.296 0.004 0.644 0.056
#> GSM681989 3 0.7214 0.2493 0.000 0.336 0.384 0.032 0.212 0.036
#> GSM681990 3 0.6777 0.5132 0.000 0.000 0.464 0.164 0.292 0.080
#> GSM681991 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0291 0.7891 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1918 0.8120 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 0.000
#> GSM682036 1 0.3101 0.8054 0.852 0.000 0.000 0.024 0.092 0.032
#> GSM682037 1 0.1082 0.7977 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0622 0.8789 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM682039 1 0.2691 0.8104 0.872 0.000 0.000 0.008 0.088 0.032
#> GSM682040 5 0.0653 0.6697 0.000 0.004 0.012 0.004 0.980 0.000
#> GSM682041 4 0.5570 0.4983 0.232 0.000 0.000 0.552 0.216 0.000
#> GSM682042 5 0.0146 0.6784 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM682043 1 0.4135 0.7455 0.760 0.000 0.072 0.156 0.012 0.000
#> GSM682044 1 0.0146 0.7869 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.2691 0.8104 0.872 0.000 0.000 0.008 0.088 0.032
#> GSM682046 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.3183 0.7088 0.008 0.000 0.004 0.788 0.200 0.000
#> GSM682048 1 0.2691 0.8104 0.872 0.000 0.000 0.008 0.088 0.032
#> GSM682049 4 0.4819 0.6638 0.124 0.000 0.000 0.688 0.180 0.008
#> GSM682050 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.3883 0.5693 0.000 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> GSM682052 5 0.0291 0.6778 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM682053 1 0.6176 0.3753 0.516 0.000 0.000 0.164 0.288 0.032
#> GSM682054 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2537 0.8115 0.880 0.000 0.000 0.008 0.088 0.024
#> GSM682124 1 0.0000 0.7871 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.3414 0.7942 0.828 0.000 0.000 0.028 0.112 0.032
#> GSM682126 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0146 0.7869 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.5321 0.4702 0.000 0.000 0.232 0.608 0.156 0.004
#> GSM682129 2 0.2703 0.7742 0.000 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.1951 0.8482 0.000 0.908 0.016 0.000 0.076 0.000
#> GSM682132 6 0.7899 0.2993 0.016 0.000 0.288 0.192 0.180 0.324
#> GSM682133 1 0.4788 0.6723 0.688 0.000 0.112 0.192 0.008 0.000
#> GSM682134 1 0.2174 0.8123 0.896 0.000 0.000 0.008 0.088 0.008
#> GSM682135 1 0.3179 0.8040 0.848 0.000 0.000 0.028 0.092 0.032
#> GSM682136 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.4317 0.6567 0.024 0.000 0.132 0.760 0.084 0.000
#> GSM682138 4 0.3832 0.6921 0.120 0.000 0.000 0.776 0.104 0.000
#> GSM682139 1 0.2691 0.8104 0.872 0.000 0.000 0.008 0.088 0.032
#> GSM682140 4 0.1082 0.6613 0.000 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> GSM682141 1 0.1610 0.7761 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.2260 0.7596 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0520 0.8810 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:mclust 158 1.58e-04 1.00e+00 2
#> MAD:mclust 112 9.55e-08 3.13e-02 3
#> MAD:mclust 93 1.50e-07 3.55e-01 4
#> MAD:mclust 110 5.16e-05 1.82e-03 5
#> MAD:mclust 108 1.15e-05 6.08e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.694 0.813 0.923 0.4392 0.553 0.553
#> 3 3 0.386 0.549 0.764 0.4863 0.655 0.443
#> 4 4 0.585 0.679 0.823 0.1349 0.731 0.386
#> 5 5 0.589 0.449 0.692 0.0735 0.803 0.410
#> 6 6 0.595 0.425 0.653 0.0318 0.860 0.466
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682003 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.8909 0.4384 0.692 0.308
#> GSM682009 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.4815 0.8313 0.896 0.104
#> GSM682096 2 0.8555 0.5852 0.280 0.720
#> GSM682097 2 0.9963 0.3121 0.464 0.536
#> GSM682098 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682099 1 0.7815 0.6533 0.768 0.232
#> GSM682100 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.2236 0.8294 0.036 0.964
#> GSM682102 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.3431 0.8729 0.936 0.064
#> GSM682105 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682111 2 0.9963 0.3115 0.464 0.536
#> GSM682112 2 0.9795 0.4287 0.416 0.584
#> GSM682113 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0376 0.9358 0.996 0.004
#> GSM682115 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0376 0.9358 0.996 0.004
#> GSM682012 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.7745 0.6580 0.228 0.772
#> GSM682022 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682024 1 0.9833 0.2261 0.576 0.424
#> GSM682025 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.8713 0.5656 0.292 0.708
#> GSM682028 2 0.8443 0.6023 0.272 0.728
#> GSM682029 1 0.9552 0.3534 0.624 0.376
#> GSM682030 1 0.7745 0.6562 0.772 0.228
#> GSM682031 1 0.8386 0.5860 0.732 0.268
#> GSM682032 1 0.9129 0.4654 0.672 0.328
#> GSM682033 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.8499 0.5911 0.276 0.724
#> GSM681993 2 0.9815 0.4172 0.420 0.580
#> GSM681994 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.7602 0.6697 0.780 0.220
#> GSM682055 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682056 2 0.9732 0.4491 0.404 0.596
#> GSM682057 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682058 1 0.2423 0.9001 0.960 0.040
#> GSM682059 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.6247 0.7700 0.844 0.156
#> GSM682061 2 0.9732 0.4491 0.404 0.596
#> GSM682062 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.9833 0.2258 0.576 0.424
#> GSM682065 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.9393 0.3742 0.644 0.356
#> GSM682068 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.9963 0.0459 0.536 0.464
#> GSM682070 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682071 2 0.7745 0.6826 0.228 0.772
#> GSM682072 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0938 0.9285 0.988 0.012
#> GSM682074 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682080 2 0.9710 0.4562 0.400 0.600
#> GSM682081 2 0.9933 0.3423 0.452 0.548
#> GSM682082 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.2423 0.9024 0.960 0.040
#> GSM682092 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682095 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM681982 2 0.9710 0.4562 0.400 0.600
#> GSM681983 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681984 2 0.3274 0.8144 0.060 0.940
#> GSM681985 1 0.0938 0.9286 0.988 0.012
#> GSM681986 2 0.9044 0.5131 0.320 0.680
#> GSM681987 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM681988 2 0.9710 0.4562 0.400 0.600
#> GSM681989 2 0.0672 0.8447 0.008 0.992
#> GSM681990 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM681991 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682038 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682040 2 0.9833 0.4085 0.424 0.576
#> GSM682041 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.9944 -0.0634 0.544 0.456
#> GSM682043 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.1843 0.9142 0.972 0.028
#> GSM682046 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682052 2 0.9996 0.2390 0.488 0.512
#> GSM682053 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0376 0.9358 0.996 0.004
#> GSM682126 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.9460 0.3838 0.636 0.364
#> GSM682136 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.9795 0.2485 0.584 0.416
#> GSM682140 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000
#> GSM682143 2 0.0000 0.8486 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000
#> GSM682003 2 0.5138 0.6833 0.000 0.748 0.252
#> GSM682004 2 0.0592 0.8541 0.000 0.988 0.012
#> GSM682005 1 0.3009 0.6643 0.920 0.028 0.052
#> GSM682006 1 0.0237 0.6972 0.996 0.000 0.004
#> GSM682007 3 0.5785 0.4691 0.332 0.000 0.668
#> GSM682008 3 0.6798 0.3478 0.400 0.016 0.584
#> GSM682009 2 0.3445 0.8057 0.088 0.896 0.016
#> GSM682010 3 0.5678 0.5174 0.316 0.000 0.684
#> GSM682011 1 0.2096 0.6865 0.944 0.052 0.004
#> GSM682096 2 0.5926 0.4668 0.356 0.644 0.000
#> GSM682097 3 0.6699 0.4493 0.044 0.256 0.700
#> GSM682098 2 0.3213 0.8199 0.008 0.900 0.092
#> GSM682099 1 0.4209 0.6221 0.856 0.128 0.016
#> GSM682100 2 0.0592 0.8530 0.000 0.988 0.012
#> GSM682101 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.4750 0.6156 0.784 0.000 0.216
#> GSM682103 3 0.4702 0.5775 0.212 0.000 0.788
#> GSM682104 3 0.7031 0.5336 0.196 0.088 0.716
#> GSM682105 1 0.2711 0.6928 0.912 0.000 0.088
#> GSM682106 3 0.6244 0.4020 0.440 0.000 0.560
#> GSM682107 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000
#> GSM682108 1 0.5678 0.0873 0.684 0.000 0.316
#> GSM682109 3 0.6244 0.4239 0.440 0.000 0.560
#> GSM682110 1 0.0592 0.6940 0.988 0.000 0.012
#> GSM682111 3 0.7337 0.5331 0.140 0.152 0.708
#> GSM682112 3 0.3941 0.5704 0.000 0.156 0.844
#> GSM682113 1 0.5397 0.5665 0.720 0.000 0.280
#> GSM682114 3 0.5115 0.5726 0.188 0.016 0.796
#> GSM682115 3 0.5497 0.4711 0.292 0.000 0.708
#> GSM682116 3 0.6299 0.2894 0.476 0.000 0.524
#> GSM682117 1 0.1411 0.7032 0.964 0.000 0.036
#> GSM682118 1 0.6286 -0.3145 0.536 0.000 0.464
#> GSM682119 3 0.6299 0.3474 0.476 0.000 0.524
#> GSM682120 3 0.6280 0.3495 0.460 0.000 0.540
#> GSM682121 1 0.4931 0.3634 0.768 0.000 0.232
#> GSM682122 3 0.5497 0.5049 0.292 0.000 0.708
#> GSM682012 2 0.0424 0.8553 0.000 0.992 0.008
#> GSM682013 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.5012 0.7378 0.008 0.788 0.204
#> GSM682017 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.3752 0.7600 0.000 0.856 0.144
#> GSM682019 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.2448 0.8179 0.000 0.924 0.076
#> GSM682021 2 0.6264 0.5954 0.028 0.716 0.256
#> GSM682022 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0424 0.8545 0.000 0.992 0.008
#> GSM682024 2 0.9678 0.0775 0.228 0.444 0.328
#> GSM682025 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 1 0.5650 0.3968 0.688 0.312 0.000
#> GSM682028 1 0.5728 0.4775 0.720 0.272 0.008
#> GSM682029 1 0.4062 0.5973 0.836 0.164 0.000
#> GSM682030 1 0.2796 0.6604 0.908 0.092 0.000
#> GSM682031 1 0.3412 0.6356 0.876 0.124 0.000
#> GSM682032 1 0.3412 0.6358 0.876 0.124 0.000
#> GSM682033 2 0.0237 0.8560 0.000 0.996 0.004
#> GSM681992 2 0.6111 0.3764 0.396 0.604 0.000
#> GSM681993 3 0.6452 0.4416 0.032 0.264 0.704
#> GSM681994 1 0.1411 0.6822 0.964 0.000 0.036
#> GSM681995 1 0.0000 0.6982 1.000 0.000 0.000
#> GSM681996 1 0.6026 0.1579 0.624 0.000 0.376
#> GSM681997 1 0.1860 0.6722 0.948 0.000 0.052
#> GSM681998 1 0.1031 0.6884 0.976 0.000 0.024
#> GSM681999 1 0.0237 0.6983 0.996 0.004 0.000
#> GSM682000 1 0.0237 0.6983 0.996 0.004 0.000
#> GSM682001 1 0.2625 0.6670 0.916 0.084 0.000
#> GSM682055 2 0.5465 0.6362 0.000 0.712 0.288
#> GSM682056 3 0.6155 0.3428 0.008 0.328 0.664
#> GSM682057 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 1 0.6823 0.5658 0.740 0.108 0.152
#> GSM682059 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.9084 0.2327 0.216 0.232 0.552
#> GSM682061 3 0.5785 0.3411 0.000 0.332 0.668
#> GSM682062 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.2261 0.8236 0.000 0.932 0.068
#> GSM682064 1 0.9734 0.3194 0.432 0.332 0.236
#> GSM682065 3 0.6111 0.2943 0.396 0.000 0.604
#> GSM682066 1 0.3267 0.6794 0.884 0.000 0.116
#> GSM682067 3 0.3682 0.5719 0.008 0.116 0.876
#> GSM682068 1 0.1878 0.7056 0.952 0.004 0.044
#> GSM682069 3 0.4602 0.5541 0.016 0.152 0.832
#> GSM682070 3 0.5968 0.3909 0.364 0.000 0.636
#> GSM682071 3 0.6521 -0.1538 0.004 0.496 0.500
#> GSM682072 3 0.5517 0.5243 0.268 0.004 0.728
#> GSM682073 3 0.5760 0.4687 0.328 0.000 0.672
#> GSM682074 3 0.3752 0.6009 0.144 0.000 0.856
#> GSM682075 1 0.1529 0.7046 0.960 0.000 0.040
#> GSM682076 1 0.6307 -0.3431 0.512 0.000 0.488
#> GSM682077 3 0.3879 0.5863 0.152 0.000 0.848
#> GSM682078 3 0.5968 0.4703 0.364 0.000 0.636
#> GSM682079 3 0.6126 0.4107 0.400 0.000 0.600
#> GSM682080 3 0.5956 0.3546 0.004 0.324 0.672
#> GSM682081 3 0.7853 0.4862 0.144 0.188 0.668
#> GSM682082 3 0.5988 0.4771 0.368 0.000 0.632
#> GSM682083 3 0.6140 0.3081 0.404 0.000 0.596
#> GSM682084 3 0.4605 0.5668 0.204 0.000 0.796
#> GSM682085 3 0.5291 0.5256 0.268 0.000 0.732
#> GSM682086 1 0.1643 0.7035 0.956 0.000 0.044
#> GSM682087 1 0.6308 -0.3669 0.508 0.000 0.492
#> GSM682088 3 0.5678 0.5014 0.316 0.000 0.684
#> GSM682089 3 0.2448 0.6024 0.076 0.000 0.924
#> GSM682090 3 0.5138 0.5727 0.252 0.000 0.748
#> GSM682091 3 0.8398 -0.1598 0.440 0.084 0.476
#> GSM682092 3 0.6215 0.1888 0.428 0.000 0.572
#> GSM682093 3 0.3816 0.5883 0.148 0.000 0.852
#> GSM682094 1 0.1753 0.7021 0.952 0.000 0.048
#> GSM682095 2 0.2796 0.8226 0.000 0.908 0.092
#> GSM681982 3 0.7057 0.4265 0.056 0.264 0.680
#> GSM681983 1 0.3879 0.6593 0.848 0.000 0.152
#> GSM681984 2 0.6208 0.7312 0.076 0.772 0.152
#> GSM681985 3 0.5008 0.5754 0.180 0.016 0.804
#> GSM681986 2 0.6045 0.4187 0.380 0.620 0.000
#> GSM681987 2 0.4605 0.7395 0.000 0.796 0.204
#> GSM681988 3 0.8287 0.3836 0.128 0.256 0.616
#> GSM681989 2 0.6181 0.7242 0.156 0.772 0.072
#> GSM681990 1 0.6180 -0.2323 0.584 0.000 0.416
#> GSM681991 2 0.0000 0.8566 0.000 1.000 0.000
#> GSM682034 3 0.5785 0.3960 0.332 0.000 0.668
#> GSM682035 3 0.5363 0.4839 0.276 0.000 0.724
#> GSM682036 3 0.6758 0.4207 0.360 0.020 0.620
#> GSM682037 1 0.5948 0.4671 0.640 0.000 0.360
#> GSM682038 2 0.3686 0.7933 0.000 0.860 0.140
#> GSM682039 3 0.5621 0.4389 0.308 0.000 0.692
#> GSM682040 3 0.3038 0.5808 0.000 0.104 0.896
#> GSM682041 3 0.4654 0.5527 0.208 0.000 0.792
#> GSM682042 3 0.2878 0.5850 0.000 0.096 0.904
#> GSM682043 1 0.4702 0.6227 0.788 0.000 0.212
#> GSM682044 1 0.6192 0.3433 0.580 0.000 0.420
#> GSM682045 3 0.8519 -0.0376 0.396 0.096 0.508
#> GSM682046 1 0.5327 0.5760 0.728 0.000 0.272
#> GSM682047 3 0.5905 0.4993 0.352 0.000 0.648
#> GSM682048 3 0.5529 0.4571 0.296 0.000 0.704
#> GSM682049 3 0.3879 0.5870 0.152 0.000 0.848
#> GSM682050 1 0.5650 0.5362 0.688 0.000 0.312
#> GSM682051 3 0.2878 0.6002 0.096 0.000 0.904
#> GSM682052 3 0.3267 0.5806 0.000 0.116 0.884
#> GSM682053 3 0.3482 0.5939 0.128 0.000 0.872
#> GSM682054 1 0.5465 0.5598 0.712 0.000 0.288
#> GSM682123 3 0.4840 0.5742 0.168 0.016 0.816
#> GSM682124 1 0.5882 0.4862 0.652 0.000 0.348
#> GSM682125 3 0.3340 0.5956 0.120 0.000 0.880
#> GSM682126 1 0.5465 0.5578 0.712 0.000 0.288
#> GSM682127 1 0.6235 0.3027 0.564 0.000 0.436
#> GSM682128 1 0.1964 0.7026 0.944 0.000 0.056
#> GSM682129 2 0.1643 0.8438 0.000 0.956 0.044
#> GSM682130 2 0.3192 0.7889 0.000 0.888 0.112
#> GSM682131 2 0.4452 0.7508 0.000 0.808 0.192
#> GSM682132 1 0.1289 0.7045 0.968 0.000 0.032
#> GSM682133 1 0.3482 0.6730 0.872 0.000 0.128
#> GSM682134 3 0.4750 0.5465 0.216 0.000 0.784
#> GSM682135 1 0.9347 0.4275 0.508 0.204 0.288
#> GSM682136 1 0.5497 0.5552 0.708 0.000 0.292
#> GSM682137 1 0.2878 0.6892 0.904 0.000 0.096
#> GSM682138 3 0.5138 0.5305 0.252 0.000 0.748
#> GSM682139 2 0.9413 0.1579 0.184 0.468 0.348
#> GSM682140 3 0.6267 0.3532 0.452 0.000 0.548
#> GSM682141 1 0.5678 0.5314 0.684 0.000 0.316
#> GSM682142 1 0.5678 0.5316 0.684 0.000 0.316
#> GSM682143 2 0.4121 0.7696 0.000 0.832 0.168
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.2799 0.7837 0.108 0.000 0.008 0.884
#> GSM682003 3 0.5004 0.3827 0.000 0.392 0.604 0.004
#> GSM682004 2 0.0336 0.8166 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682005 4 0.3444 0.7511 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682006 4 0.2589 0.7943 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM682007 3 0.4855 0.2772 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM682008 4 0.4866 0.3764 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM682009 2 0.5750 0.1704 0.000 0.532 0.440 0.028
#> GSM682010 3 0.3392 0.7427 0.072 0.000 0.872 0.056
#> GSM682011 4 0.2520 0.7911 0.088 0.004 0.004 0.904
#> GSM682096 2 0.4755 0.5866 0.004 0.724 0.012 0.260
#> GSM682097 3 0.3239 0.7807 0.000 0.068 0.880 0.052
#> GSM682098 4 0.7509 0.1606 0.000 0.360 0.188 0.452
#> GSM682099 4 0.1807 0.8122 0.000 0.008 0.052 0.940
#> GSM682100 2 0.0188 0.8176 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0779 0.8167 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM682102 1 0.3172 0.7501 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM682103 1 0.3725 0.7462 0.812 0.000 0.180 0.008
#> GSM682104 3 0.2676 0.7978 0.028 0.044 0.916 0.012
#> GSM682105 4 0.4817 0.2130 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM682106 4 0.4500 0.5538 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM682107 4 0.2530 0.7852 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM682108 1 0.7225 0.3504 0.512 0.000 0.160 0.328
#> GSM682109 3 0.5141 0.5244 0.032 0.000 0.700 0.268
#> GSM682110 4 0.3037 0.8021 0.020 0.000 0.100 0.880
#> GSM682111 3 0.0992 0.7910 0.012 0.008 0.976 0.004
#> GSM682112 3 0.3335 0.7419 0.128 0.016 0.856 0.000
#> GSM682113 1 0.2281 0.7882 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM682114 3 0.1767 0.7920 0.044 0.012 0.944 0.000
#> GSM682115 1 0.3611 0.7898 0.860 0.000 0.080 0.060
#> GSM682116 1 0.5172 0.7197 0.744 0.000 0.068 0.188
#> GSM682117 1 0.5906 0.2918 0.528 0.000 0.036 0.436
#> GSM682118 1 0.7673 0.3014 0.416 0.000 0.368 0.216
#> GSM682119 1 0.5092 0.7435 0.764 0.000 0.096 0.140
#> GSM682120 1 0.5167 0.7648 0.760 0.000 0.108 0.132
#> GSM682121 4 0.2924 0.8032 0.016 0.000 0.100 0.884
#> GSM682122 3 0.2408 0.7599 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM682012 2 0.2385 0.7857 0.000 0.920 0.052 0.028
#> GSM682013 2 0.0188 0.8175 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.7430 0.4320 0.000 0.260 0.512 0.228
#> GSM682017 2 0.0000 0.8173 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1474 0.7998 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.1888 0.7983 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM682020 2 0.0336 0.8172 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.2737 0.7606 0.104 0.888 0.000 0.008
#> GSM682022 2 0.0657 0.8172 0.004 0.984 0.012 0.000
#> GSM682023 2 0.1114 0.8153 0.004 0.972 0.016 0.008
#> GSM682024 2 0.5688 0.1892 0.464 0.512 0.000 0.024
#> GSM682025 2 0.0927 0.8149 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM682026 2 0.0927 0.8149 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM682027 4 0.3790 0.7817 0.040 0.088 0.012 0.860
#> GSM682028 4 0.2124 0.8081 0.000 0.040 0.028 0.932
#> GSM682029 4 0.1174 0.8179 0.000 0.012 0.020 0.968
#> GSM682030 4 0.0804 0.8195 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM682031 4 0.0804 0.8192 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM682032 4 0.0859 0.8198 0.004 0.008 0.008 0.980
#> GSM682033 2 0.2300 0.7918 0.000 0.924 0.028 0.048
#> GSM681992 2 0.6722 0.6237 0.108 0.704 0.092 0.096
#> GSM681993 3 0.0895 0.7941 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM681994 4 0.2921 0.7760 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM681995 4 0.0895 0.8184 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM681996 4 0.4164 0.6407 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM681997 4 0.2469 0.7930 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM681998 4 0.2760 0.7823 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM681999 4 0.2002 0.8176 0.044 0.000 0.020 0.936
#> GSM682000 4 0.1118 0.8133 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM682001 4 0.5589 0.6802 0.152 0.076 0.020 0.752
#> GSM682055 3 0.3907 0.6649 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM682056 3 0.4113 0.7565 0.004 0.128 0.828 0.040
#> GSM682057 2 0.0967 0.8164 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM682058 4 0.4837 0.7217 0.008 0.056 0.148 0.788
#> GSM682059 2 0.0469 0.8168 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682060 2 0.5827 0.2165 0.436 0.532 0.000 0.032
#> GSM682061 3 0.3534 0.7468 0.004 0.148 0.840 0.008
#> GSM682062 2 0.0336 0.8172 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682063 2 0.0524 0.8162 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM682064 2 0.7634 0.3992 0.296 0.560 0.052 0.092
#> GSM682065 1 0.1284 0.8108 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM682066 1 0.5615 0.5089 0.612 0.000 0.032 0.356
#> GSM682067 1 0.4277 0.7826 0.824 0.056 0.116 0.004
#> GSM682068 4 0.2081 0.7950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM682069 1 0.3521 0.7849 0.864 0.084 0.052 0.000
#> GSM682070 1 0.3471 0.8028 0.880 0.016 0.068 0.036
#> GSM682071 3 0.3308 0.7815 0.000 0.092 0.872 0.036
#> GSM682072 3 0.2363 0.7709 0.024 0.000 0.920 0.056
#> GSM682073 3 0.3837 0.6448 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM682074 1 0.4222 0.6275 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM682075 4 0.2216 0.7915 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM682076 1 0.7714 0.2644 0.440 0.000 0.316 0.244
#> GSM682077 1 0.1867 0.8001 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM682078 1 0.4139 0.7500 0.800 0.000 0.176 0.024
#> GSM682079 1 0.2565 0.8105 0.912 0.000 0.056 0.032
#> GSM682080 3 0.3037 0.7863 0.000 0.076 0.888 0.036
#> GSM682081 3 0.3335 0.7525 0.000 0.020 0.860 0.120
#> GSM682082 3 0.4767 0.5773 0.020 0.000 0.724 0.256
#> GSM682083 1 0.4227 0.7662 0.820 0.000 0.060 0.120
#> GSM682084 3 0.2706 0.7642 0.080 0.000 0.900 0.020
#> GSM682085 3 0.1297 0.7864 0.016 0.000 0.964 0.020
#> GSM682086 1 0.5590 0.2579 0.524 0.000 0.020 0.456
#> GSM682087 4 0.6972 0.2746 0.124 0.000 0.356 0.520
#> GSM682088 1 0.3047 0.7895 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM682089 1 0.4830 0.4076 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM682090 1 0.5088 0.3795 0.572 0.000 0.424 0.004
#> GSM682091 1 0.4542 0.7287 0.808 0.144 0.020 0.028
#> GSM682092 1 0.1059 0.8106 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM682093 1 0.3105 0.7762 0.856 0.000 0.140 0.004
#> GSM682094 1 0.6201 0.4087 0.564 0.000 0.060 0.376
#> GSM682095 2 0.4382 0.4698 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM681982 3 0.0921 0.7945 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM681983 1 0.4855 0.6316 0.712 0.000 0.020 0.268
#> GSM681984 2 0.4741 0.4942 0.004 0.668 0.328 0.000
#> GSM681985 3 0.3108 0.7505 0.112 0.016 0.872 0.000
#> GSM681986 2 0.7545 0.5502 0.084 0.636 0.132 0.148
#> GSM681987 3 0.4916 0.2926 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM681988 3 0.3587 0.7689 0.000 0.052 0.860 0.088
#> GSM681989 4 0.6889 0.5156 0.000 0.176 0.232 0.592
#> GSM681990 1 0.7884 0.1587 0.384 0.000 0.308 0.308
#> GSM681991 2 0.0188 0.8167 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682034 1 0.0524 0.8087 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM682035 1 0.1302 0.8059 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM682036 1 0.4366 0.7795 0.840 0.068 0.064 0.028
#> GSM682037 1 0.0592 0.8070 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM682038 3 0.4981 0.1170 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM682039 1 0.2610 0.8039 0.900 0.012 0.088 0.000
#> GSM682040 3 0.5537 0.5985 0.256 0.056 0.688 0.000
#> GSM682041 1 0.2081 0.7988 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM682042 3 0.4711 0.7329 0.152 0.064 0.784 0.000
#> GSM682043 1 0.2589 0.7793 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM682044 1 0.0336 0.8077 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682045 1 0.2553 0.7960 0.916 0.060 0.016 0.008
#> GSM682046 1 0.3400 0.7332 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM682047 1 0.4799 0.7232 0.744 0.000 0.224 0.032
#> GSM682048 1 0.1545 0.8071 0.952 0.008 0.040 0.000
#> GSM682049 1 0.2704 0.7803 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM682050 1 0.1637 0.7998 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM682051 1 0.4072 0.6609 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM682052 3 0.4205 0.7574 0.124 0.056 0.820 0.000
#> GSM682053 1 0.2589 0.7940 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM682054 1 0.2647 0.7760 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM682123 1 0.2255 0.8001 0.920 0.012 0.068 0.000
#> GSM682124 1 0.1520 0.8036 0.956 0.020 0.000 0.024
#> GSM682125 1 0.2198 0.7996 0.920 0.008 0.072 0.000
#> GSM682126 1 0.2149 0.7921 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM682127 1 0.0707 0.8086 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682128 4 0.1833 0.8205 0.024 0.000 0.032 0.944
#> GSM682129 2 0.3142 0.7264 0.000 0.860 0.132 0.008
#> GSM682130 2 0.0592 0.8154 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.5158 -0.0310 0.000 0.524 0.472 0.004
#> GSM682132 4 0.0921 0.8174 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM682133 1 0.4941 0.3458 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM682134 1 0.1807 0.8043 0.940 0.008 0.052 0.000
#> GSM682135 2 0.6933 0.1552 0.420 0.488 0.008 0.084
#> GSM682136 1 0.2408 0.7840 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM682137 4 0.3444 0.7188 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM682138 1 0.2334 0.7987 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM682139 1 0.5600 -0.0694 0.512 0.468 0.000 0.020
#> GSM682140 1 0.4163 0.7997 0.828 0.000 0.076 0.096
#> GSM682141 1 0.1211 0.8023 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682142 1 0.1716 0.7993 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM682143 2 0.4277 0.4937 0.000 0.720 0.280 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 3 0.3816 0.39742 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM682003 5 0.6433 0.22273 0.000 0.340 0.000 0.188 0.472
#> GSM682004 2 0.1830 0.66778 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008
#> GSM682005 3 0.6495 0.14793 0.000 0.000 0.424 0.388 0.188
#> GSM682006 3 0.4535 0.54518 0.000 0.000 0.752 0.140 0.108
#> GSM682007 5 0.3806 0.64697 0.000 0.000 0.104 0.084 0.812
#> GSM682008 5 0.5492 0.37602 0.000 0.000 0.068 0.396 0.536
#> GSM682009 5 0.6337 0.15753 0.000 0.180 0.320 0.000 0.500
#> GSM682010 5 0.3949 0.33939 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM682011 3 0.2179 0.55357 0.000 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM682096 2 0.5233 0.33725 0.000 0.636 0.288 0.076 0.000
#> GSM682097 4 0.4564 -0.10495 0.000 0.016 0.000 0.612 0.372
#> GSM682098 4 0.3491 0.31791 0.000 0.228 0.004 0.768 0.000
#> GSM682099 4 0.3370 0.41093 0.000 0.028 0.148 0.824 0.000
#> GSM682100 2 0.0510 0.68811 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM682101 2 0.0963 0.68467 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM682102 3 0.4088 0.24060 0.304 0.000 0.688 0.008 0.000
#> GSM682103 1 0.4812 0.46885 0.600 0.000 0.028 0.000 0.372
#> GSM682104 5 0.4039 0.61800 0.008 0.000 0.004 0.268 0.720
#> GSM682105 3 0.4054 0.45295 0.020 0.000 0.732 0.248 0.000
#> GSM682106 5 0.5732 0.46772 0.000 0.000 0.184 0.192 0.624
#> GSM682107 3 0.2624 0.55040 0.000 0.000 0.872 0.116 0.012
#> GSM682108 3 0.4182 0.25203 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM682109 5 0.3608 0.57725 0.000 0.000 0.148 0.040 0.812
#> GSM682110 3 0.4844 0.52498 0.000 0.000 0.720 0.172 0.108
#> GSM682111 5 0.0290 0.68128 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM682112 5 0.0451 0.68264 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM682113 3 0.4430 -0.22361 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> GSM682114 5 0.3789 0.64606 0.020 0.000 0.000 0.212 0.768
#> GSM682115 1 0.0324 0.79085 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM682116 1 0.3129 0.73103 0.832 0.000 0.004 0.156 0.008
#> GSM682117 3 0.1818 0.56331 0.000 0.000 0.932 0.024 0.044
#> GSM682118 5 0.5470 0.16026 0.000 0.000 0.332 0.080 0.588
#> GSM682119 3 0.4804 0.30312 0.008 0.016 0.612 0.000 0.364
#> GSM682120 1 0.4986 0.68310 0.748 0.000 0.136 0.088 0.028
#> GSM682121 4 0.5156 -0.02375 0.008 0.000 0.464 0.504 0.024
#> GSM682122 5 0.3707 0.60736 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> GSM682012 4 0.4689 -0.03103 0.000 0.424 0.000 0.560 0.016
#> GSM682013 2 0.1197 0.67984 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.68853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0290 0.68868 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682016 4 0.3819 0.31270 0.000 0.228 0.000 0.756 0.016
#> GSM682017 2 0.0000 0.68853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.1043 0.68282 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM682019 2 0.4420 0.22952 0.000 0.548 0.004 0.448 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.68853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.3573 0.62603 0.032 0.832 0.012 0.124 0.000
#> GSM682022 2 0.2605 0.61890 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM682023 2 0.4552 0.18663 0.000 0.524 0.000 0.468 0.008
#> GSM682024 1 0.3934 0.53700 0.716 0.276 0.008 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.4276 0.35749 0.000 0.616 0.004 0.380 0.000
#> GSM682026 2 0.4060 0.39077 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM682027 3 0.5452 -0.06774 0.000 0.060 0.492 0.448 0.000
#> GSM682028 4 0.3885 0.31761 0.000 0.008 0.268 0.724 0.000
#> GSM682029 4 0.3949 0.24249 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM682030 4 0.4242 0.08238 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM682031 4 0.4192 0.13006 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM682032 4 0.4300 -0.03315 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM682033 4 0.4446 0.03121 0.000 0.400 0.008 0.592 0.000
#> GSM681992 3 0.5700 0.08292 0.000 0.380 0.532 0.000 0.088
#> GSM681993 5 0.1502 0.68583 0.004 0.000 0.000 0.056 0.940
#> GSM681994 3 0.6402 0.27491 0.000 0.000 0.472 0.348 0.180
#> GSM681995 3 0.3582 0.47918 0.000 0.000 0.768 0.224 0.008
#> GSM681996 4 0.6685 0.06466 0.000 0.000 0.280 0.436 0.284
#> GSM681997 3 0.4736 0.23917 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> GSM681998 3 0.5500 0.45611 0.000 0.000 0.640 0.236 0.124
#> GSM681999 3 0.2825 0.54819 0.000 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM682000 3 0.4066 0.36851 0.000 0.000 0.672 0.324 0.004
#> GSM682001 3 0.1082 0.56042 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM682055 5 0.6092 0.24259 0.000 0.124 0.000 0.412 0.464
#> GSM682056 4 0.4536 0.00957 0.004 0.016 0.000 0.656 0.324
#> GSM682057 2 0.4321 0.33295 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> GSM682058 4 0.2587 0.44809 0.008 0.048 0.020 0.908 0.016
#> GSM682059 2 0.3809 0.51759 0.000 0.736 0.000 0.256 0.008
#> GSM682060 2 0.5498 0.29114 0.380 0.556 0.060 0.004 0.000
#> GSM682061 5 0.5059 0.54080 0.004 0.044 0.000 0.320 0.632
#> GSM682062 2 0.1043 0.68329 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.68853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 2 0.4403 0.34506 0.008 0.608 0.384 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.3508 0.67857 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM682066 3 0.3023 0.56175 0.008 0.000 0.868 0.096 0.028
#> GSM682067 2 0.6165 0.44991 0.084 0.624 0.244 0.000 0.048
#> GSM682068 3 0.3857 0.38426 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM682069 2 0.6478 0.14781 0.368 0.444 0.188 0.000 0.000
#> GSM682070 3 0.7793 0.18990 0.212 0.132 0.480 0.000 0.176
#> GSM682071 5 0.4590 0.43270 0.000 0.012 0.000 0.420 0.568
#> GSM682072 5 0.2020 0.64580 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM682073 5 0.3731 0.66341 0.000 0.000 0.040 0.160 0.800
#> GSM682074 1 0.3098 0.72673 0.836 0.000 0.000 0.016 0.148
#> GSM682075 3 0.4151 0.33236 0.004 0.000 0.652 0.344 0.000
#> GSM682076 1 0.7388 0.27143 0.436 0.000 0.040 0.292 0.232
#> GSM682077 1 0.0162 0.79063 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682078 1 0.4615 0.67159 0.724 0.000 0.052 0.004 0.220
#> GSM682079 1 0.3064 0.76051 0.856 0.000 0.108 0.000 0.036
#> GSM682080 5 0.3783 0.62250 0.000 0.008 0.000 0.252 0.740
#> GSM682081 5 0.3160 0.66009 0.000 0.000 0.004 0.188 0.808
#> GSM682082 4 0.4760 -0.23952 0.020 0.000 0.000 0.564 0.416
#> GSM682083 1 0.1571 0.78037 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> GSM682084 5 0.0912 0.68319 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> GSM682085 5 0.1990 0.68768 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> GSM682086 3 0.1281 0.56272 0.000 0.000 0.956 0.032 0.012
#> GSM682087 5 0.7400 0.21121 0.208 0.000 0.040 0.376 0.376
#> GSM682088 1 0.0693 0.79271 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> GSM682089 1 0.4825 0.32684 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> GSM682090 1 0.5683 0.41863 0.588 0.000 0.000 0.108 0.304
#> GSM682091 2 0.5010 0.30615 0.036 0.572 0.392 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0771 0.79379 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM682093 1 0.5452 0.23254 0.492 0.000 0.060 0.000 0.448
#> GSM682094 3 0.2130 0.55418 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM682095 2 0.2535 0.64635 0.000 0.892 0.000 0.032 0.076
#> GSM681982 5 0.0510 0.68491 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM681983 3 0.1059 0.55544 0.020 0.000 0.968 0.008 0.004
#> GSM681984 5 0.6253 0.18197 0.000 0.188 0.280 0.000 0.532
#> GSM681985 5 0.1430 0.66981 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944
#> GSM681986 3 0.6392 0.23224 0.000 0.268 0.512 0.000 0.220
#> GSM681987 2 0.5305 0.42592 0.000 0.640 0.020 0.040 0.300
#> GSM681988 5 0.3586 0.62068 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM681989 3 0.4746 0.40890 0.000 0.032 0.684 0.008 0.276
#> GSM681990 3 0.4557 0.08231 0.000 0.000 0.516 0.008 0.476
#> GSM681991 2 0.2470 0.64910 0.000 0.884 0.104 0.000 0.012
#> GSM682034 1 0.0404 0.79215 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0162 0.79163 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.6532 0.16327 0.004 0.304 0.496 0.000 0.196
#> GSM682037 1 0.0404 0.79079 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM682038 2 0.5756 0.39797 0.000 0.576 0.112 0.000 0.312
#> GSM682039 1 0.6887 0.40085 0.500 0.028 0.304 0.000 0.168
#> GSM682040 5 0.4462 0.58641 0.196 0.000 0.000 0.064 0.740
#> GSM682041 1 0.0290 0.79063 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682042 5 0.3464 0.66452 0.068 0.000 0.000 0.096 0.836
#> GSM682043 1 0.1965 0.76990 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.3561 0.66199 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM682045 2 0.7213 0.13985 0.212 0.416 0.344 0.000 0.028
#> GSM682046 3 0.4416 0.16331 0.356 0.000 0.632 0.012 0.000
#> GSM682047 5 0.5406 -0.24639 0.468 0.000 0.056 0.000 0.476
#> GSM682048 1 0.3123 0.72327 0.812 0.000 0.184 0.000 0.004
#> GSM682049 1 0.0290 0.79063 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682050 1 0.3857 0.60502 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM682051 1 0.2707 0.74235 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> GSM682052 5 0.2077 0.68297 0.040 0.000 0.000 0.040 0.920
#> GSM682053 1 0.3003 0.71590 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM682054 1 0.4302 0.31637 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.1205 0.79112 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> GSM682124 1 0.0794 0.79185 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0162 0.79063 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682126 1 0.4242 0.43618 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.2891 0.73408 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.4492 0.26736 0.020 0.000 0.296 0.680 0.004
#> GSM682129 4 0.5478 -0.03882 0.000 0.420 0.000 0.516 0.064
#> GSM682130 2 0.0404 0.68849 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM682131 4 0.5915 -0.04064 0.000 0.412 0.000 0.484 0.104
#> GSM682132 3 0.4451 0.03468 0.004 0.000 0.504 0.492 0.000
#> GSM682133 1 0.5886 0.43443 0.600 0.000 0.224 0.176 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.79055 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682135 2 0.4702 0.25067 0.016 0.552 0.432 0.000 0.000
#> GSM682136 3 0.4305 -0.30516 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.6582 -0.11344 0.208 0.000 0.376 0.416 0.000
#> GSM682138 1 0.0807 0.79298 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> GSM682139 2 0.6072 0.16473 0.392 0.484 0.124 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.2332 0.77693 0.904 0.000 0.076 0.016 0.004
#> GSM682141 1 0.1341 0.78733 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.4596 0.30005 0.496 0.004 0.496 0.000 0.004
#> GSM682143 2 0.1662 0.67263 0.000 0.936 0.004 0.004 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 3 0.2066 0.67185 0.040 0.000 0.920 0.024 0.004 0.012
#> GSM682003 5 0.6015 0.26076 0.000 0.168 0.000 0.060 0.600 0.172
#> GSM682004 2 0.1605 0.66026 0.000 0.940 0.000 0.012 0.032 0.016
#> GSM682005 3 0.5208 0.58911 0.008 0.000 0.692 0.028 0.156 0.116
#> GSM682006 3 0.3469 0.59281 0.004 0.000 0.764 0.220 0.008 0.004
#> GSM682007 4 0.6379 0.12067 0.004 0.000 0.128 0.436 0.392 0.040
#> GSM682008 5 0.7452 0.12720 0.000 0.000 0.188 0.192 0.392 0.228
#> GSM682009 5 0.7687 0.13162 0.004 0.140 0.060 0.352 0.380 0.064
#> GSM682010 4 0.4785 0.07075 0.004 0.000 0.056 0.652 0.280 0.008
#> GSM682011 3 0.3351 0.62697 0.012 0.000 0.828 0.124 0.004 0.032
#> GSM682096 2 0.4839 0.54556 0.000 0.736 0.092 0.088 0.000 0.084
#> GSM682097 5 0.6834 0.07202 0.000 0.020 0.012 0.320 0.348 0.300
#> GSM682098 6 0.4666 0.56877 0.000 0.096 0.124 0.004 0.032 0.744
#> GSM682099 3 0.6158 0.08603 0.000 0.024 0.444 0.104 0.012 0.416
#> GSM682100 2 0.2738 0.64635 0.000 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> GSM682101 2 0.3171 0.64953 0.000 0.812 0.008 0.008 0.004 0.168
#> GSM682102 3 0.6036 -0.05874 0.408 0.004 0.456 0.104 0.000 0.028
#> GSM682103 4 0.6342 0.14182 0.336 0.000 0.000 0.476 0.144 0.044
#> GSM682104 4 0.5409 0.17406 0.004 0.004 0.000 0.552 0.340 0.100
#> GSM682105 3 0.3619 0.64380 0.060 0.000 0.816 0.104 0.000 0.020
#> GSM682106 4 0.6029 0.19622 0.000 0.000 0.344 0.508 0.108 0.040
#> GSM682107 3 0.3409 0.60599 0.004 0.000 0.788 0.184 0.000 0.024
#> GSM682108 4 0.4987 0.15168 0.004 0.004 0.268 0.656 0.052 0.016
#> GSM682109 4 0.5331 0.23553 0.004 0.000 0.076 0.612 0.288 0.020
#> GSM682110 3 0.4120 0.25336 0.000 0.000 0.524 0.468 0.004 0.004
#> GSM682111 4 0.4331 0.21222 0.000 0.000 0.004 0.636 0.332 0.028
#> GSM682112 5 0.4158 0.30514 0.012 0.000 0.000 0.280 0.688 0.020
#> GSM682113 1 0.7496 0.43370 0.484 0.048 0.196 0.200 0.004 0.068
#> GSM682114 4 0.5103 0.13939 0.012 0.000 0.000 0.540 0.392 0.056
#> GSM682115 1 0.1065 0.74088 0.964 0.000 0.008 0.000 0.008 0.020
#> GSM682116 1 0.3281 0.70090 0.828 0.000 0.124 0.000 0.012 0.036
#> GSM682117 3 0.4457 0.34276 0.008 0.000 0.544 0.432 0.000 0.016
#> GSM682118 4 0.5550 -0.07637 0.012 0.000 0.392 0.508 0.084 0.004
#> GSM682119 4 0.6417 0.10737 0.004 0.004 0.240 0.556 0.140 0.056
#> GSM682120 1 0.6125 0.41364 0.548 0.000 0.148 0.268 0.004 0.032
#> GSM682121 3 0.5125 0.56899 0.024 0.000 0.700 0.072 0.020 0.184
#> GSM682122 4 0.5390 0.12964 0.000 0.000 0.012 0.508 0.400 0.080
#> GSM682012 6 0.4082 0.59496 0.000 0.188 0.008 0.000 0.056 0.748
#> GSM682013 2 0.3494 0.57408 0.000 0.736 0.000 0.012 0.000 0.252
#> GSM682014 2 0.0508 0.67256 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM682015 2 0.2219 0.66018 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM682016 6 0.3402 0.56682 0.000 0.048 0.028 0.000 0.088 0.836
#> GSM682017 2 0.1082 0.67560 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM682018 2 0.3586 0.57534 0.000 0.720 0.000 0.012 0.000 0.268
#> GSM682019 6 0.4092 0.41490 0.000 0.344 0.020 0.000 0.000 0.636
#> GSM682020 2 0.1501 0.67537 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682021 2 0.3499 0.64850 0.024 0.820 0.024 0.004 0.000 0.128
#> GSM682022 2 0.3668 0.48481 0.000 0.668 0.000 0.004 0.000 0.328
#> GSM682023 6 0.4157 0.35051 0.004 0.360 0.000 0.004 0.008 0.624
#> GSM682024 1 0.4976 0.40447 0.632 0.292 0.004 0.004 0.004 0.064
#> GSM682025 2 0.4289 0.33862 0.000 0.632 0.024 0.000 0.004 0.340
#> GSM682026 6 0.3975 0.14145 0.000 0.452 0.004 0.000 0.000 0.544
#> GSM682027 3 0.3078 0.61537 0.000 0.012 0.796 0.000 0.000 0.192
#> GSM682028 3 0.4037 0.41696 0.000 0.000 0.608 0.000 0.012 0.380
#> GSM682029 3 0.3756 0.46356 0.000 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> GSM682030 3 0.3198 0.57699 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM682031 3 0.3351 0.54797 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM682032 3 0.3050 0.59864 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM682033 6 0.5737 0.54198 0.000 0.272 0.080 0.000 0.056 0.592
#> GSM681992 4 0.8547 -0.05199 0.004 0.208 0.220 0.316 0.192 0.060
#> GSM681993 5 0.4945 0.17626 0.004 0.000 0.000 0.292 0.620 0.084
#> GSM681994 3 0.4321 0.60235 0.000 0.000 0.732 0.192 0.012 0.064
#> GSM681995 3 0.2020 0.65723 0.000 0.000 0.896 0.096 0.000 0.008
#> GSM681996 3 0.6335 0.35126 0.004 0.000 0.596 0.132 0.148 0.120
#> GSM681997 3 0.2294 0.66019 0.000 0.000 0.892 0.036 0.000 0.072
#> GSM681998 3 0.3888 0.60810 0.000 0.000 0.756 0.200 0.032 0.012
#> GSM681999 3 0.3843 0.59626 0.008 0.000 0.772 0.184 0.008 0.028
#> GSM682000 3 0.0603 0.67165 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM682001 3 0.4890 0.49715 0.008 0.000 0.648 0.280 0.008 0.056
#> GSM682055 6 0.6523 0.11768 0.000 0.104 0.000 0.088 0.332 0.476
#> GSM682056 6 0.6659 -0.15887 0.008 0.024 0.004 0.192 0.328 0.444
#> GSM682057 2 0.4387 0.39187 0.004 0.628 0.000 0.016 0.008 0.344
#> GSM682058 6 0.5480 0.31571 0.000 0.016 0.276 0.040 0.044 0.624
#> GSM682059 2 0.3998 0.40784 0.000 0.644 0.000 0.000 0.016 0.340
#> GSM682060 2 0.5172 0.54917 0.136 0.732 0.024 0.044 0.008 0.056
#> GSM682061 5 0.6056 0.26464 0.004 0.008 0.004 0.168 0.516 0.300
#> GSM682062 2 0.2969 0.60863 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM682063 2 0.0508 0.67042 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM682064 2 0.4721 0.53171 0.012 0.764 0.084 0.092 0.004 0.044
#> GSM682065 1 0.5113 0.71053 0.756 0.048 0.060 0.088 0.016 0.032
#> GSM682066 3 0.3863 0.61254 0.020 0.000 0.756 0.204 0.000 0.020
#> GSM682067 2 0.5357 0.55832 0.076 0.728 0.008 0.108 0.028 0.052
#> GSM682068 3 0.2084 0.67432 0.024 0.000 0.916 0.016 0.000 0.044
#> GSM682069 2 0.6045 0.22934 0.368 0.520 0.004 0.044 0.020 0.044
#> GSM682070 4 0.8616 0.00859 0.156 0.284 0.144 0.336 0.024 0.056
#> GSM682071 5 0.5895 0.24307 0.000 0.004 0.004 0.156 0.472 0.364
#> GSM682072 4 0.4234 0.22399 0.004 0.000 0.012 0.684 0.284 0.016
#> GSM682073 4 0.5978 0.14989 0.000 0.000 0.072 0.476 0.396 0.056
#> GSM682074 1 0.5921 0.32899 0.544 0.000 0.000 0.284 0.148 0.024
#> GSM682075 3 0.1003 0.67249 0.004 0.000 0.964 0.004 0.000 0.028
#> GSM682076 4 0.8420 0.15187 0.204 0.000 0.216 0.360 0.112 0.108
#> GSM682077 1 0.3268 0.71618 0.852 0.004 0.000 0.072 0.028 0.044
#> GSM682078 1 0.5123 0.48728 0.624 0.000 0.004 0.292 0.064 0.016
#> GSM682079 1 0.5403 0.44471 0.556 0.000 0.024 0.364 0.008 0.048
#> GSM682080 5 0.6007 0.28762 0.000 0.000 0.000 0.252 0.424 0.324
#> GSM682081 5 0.5603 0.05479 0.000 0.000 0.020 0.420 0.476 0.084
#> GSM682082 5 0.7470 -0.01898 0.012 0.000 0.088 0.332 0.336 0.232
#> GSM682083 1 0.1977 0.73791 0.920 0.000 0.040 0.000 0.008 0.032
#> GSM682084 4 0.4607 0.21907 0.012 0.000 0.004 0.624 0.336 0.024
#> GSM682085 4 0.4683 0.20470 0.008 0.000 0.004 0.592 0.368 0.028
#> GSM682086 3 0.3958 0.57451 0.012 0.000 0.740 0.220 0.000 0.028
#> GSM682087 4 0.8630 0.09260 0.116 0.000 0.224 0.328 0.156 0.176
#> GSM682088 1 0.5387 0.39581 0.544 0.000 0.000 0.372 0.040 0.044
#> GSM682089 1 0.6632 0.16030 0.476 0.000 0.000 0.272 0.196 0.056
#> GSM682090 4 0.7283 0.11923 0.236 0.004 0.000 0.376 0.296 0.088
#> GSM682091 2 0.6308 0.42892 0.024 0.612 0.096 0.204 0.004 0.060
#> GSM682092 1 0.2469 0.73065 0.896 0.000 0.004 0.044 0.008 0.048
#> GSM682093 4 0.6645 0.19508 0.288 0.004 0.008 0.512 0.132 0.056
#> GSM682094 3 0.5122 0.44716 0.016 0.000 0.608 0.320 0.008 0.048
#> GSM682095 2 0.5845 0.43742 0.000 0.612 0.000 0.056 0.124 0.208
#> GSM681982 5 0.3370 0.35954 0.000 0.000 0.000 0.148 0.804 0.048
#> GSM681983 3 0.6748 0.45448 0.092 0.012 0.588 0.208 0.040 0.060
#> GSM681984 5 0.7113 0.18338 0.004 0.136 0.024 0.300 0.472 0.064
#> GSM681985 5 0.4262 0.30449 0.012 0.000 0.008 0.208 0.736 0.036
#> GSM681986 5 0.8413 0.08147 0.008 0.152 0.148 0.280 0.348 0.064
#> GSM681987 5 0.5160 0.17470 0.000 0.336 0.000 0.028 0.588 0.048
#> GSM681988 5 0.5389 0.29789 0.000 0.000 0.020 0.140 0.636 0.204
#> GSM681989 5 0.7487 -0.04912 0.012 0.008 0.328 0.256 0.336 0.060
#> GSM681990 4 0.7020 -0.06907 0.012 0.000 0.204 0.388 0.348 0.048
#> GSM681991 2 0.4126 0.56822 0.000 0.792 0.000 0.064 0.076 0.068
#> GSM682034 1 0.0964 0.74429 0.968 0.000 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM682035 1 0.1180 0.74455 0.960 0.000 0.012 0.012 0.016 0.000
#> GSM682036 4 0.8871 -0.05708 0.024 0.228 0.184 0.316 0.184 0.064
#> GSM682037 1 0.1003 0.74411 0.964 0.000 0.028 0.004 0.000 0.004
#> GSM682038 5 0.6891 0.26423 0.004 0.104 0.004 0.208 0.524 0.156
#> GSM682039 1 0.7931 0.06696 0.356 0.008 0.040 0.260 0.268 0.068
#> GSM682040 5 0.4748 0.26311 0.168 0.000 0.000 0.108 0.708 0.016
#> GSM682041 1 0.0837 0.74016 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> GSM682042 5 0.4832 0.34599 0.128 0.000 0.000 0.024 0.712 0.136
#> GSM682043 1 0.2531 0.72108 0.860 0.000 0.128 0.008 0.000 0.004
#> GSM682044 1 0.3808 0.70766 0.820 0.000 0.060 0.080 0.008 0.032
#> GSM682045 1 0.8857 -0.02837 0.296 0.076 0.052 0.276 0.232 0.068
#> GSM682046 1 0.5839 0.25638 0.496 0.008 0.396 0.068 0.000 0.032
#> GSM682047 1 0.6669 -0.09224 0.376 0.000 0.008 0.304 0.296 0.016
#> GSM682048 1 0.3966 0.71133 0.824 0.004 0.020 0.064 0.044 0.044
#> GSM682049 1 0.0806 0.73825 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM682050 1 0.3674 0.69727 0.804 0.000 0.132 0.044 0.000 0.020
#> GSM682051 1 0.2951 0.70688 0.856 0.000 0.000 0.044 0.092 0.008
#> GSM682052 5 0.4732 0.35945 0.072 0.000 0.000 0.100 0.744 0.084
#> GSM682053 1 0.2535 0.72963 0.888 0.000 0.000 0.064 0.036 0.012
#> GSM682054 1 0.5886 0.38887 0.544 0.000 0.312 0.108 0.000 0.036
#> GSM682123 1 0.1508 0.74056 0.948 0.004 0.000 0.016 0.020 0.012
#> GSM682124 1 0.2188 0.74452 0.920 0.008 0.032 0.020 0.004 0.016
#> GSM682125 1 0.1218 0.73868 0.956 0.000 0.000 0.004 0.028 0.012
#> GSM682126 1 0.4554 0.67357 0.744 0.012 0.168 0.052 0.000 0.024
#> GSM682127 1 0.4339 0.72240 0.800 0.024 0.048 0.076 0.004 0.048
#> GSM682128 3 0.4499 0.48946 0.028 0.000 0.636 0.000 0.012 0.324
#> GSM682129 6 0.4094 0.52918 0.000 0.264 0.000 0.004 0.032 0.700
#> GSM682130 2 0.1910 0.67031 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM682131 6 0.4938 0.56874 0.000 0.200 0.000 0.012 0.112 0.676
#> GSM682132 3 0.3460 0.61512 0.020 0.000 0.760 0.000 0.000 0.220
#> GSM682133 3 0.4826 0.32524 0.332 0.004 0.612 0.008 0.000 0.044
#> GSM682134 1 0.1275 0.74025 0.956 0.000 0.000 0.012 0.016 0.016
#> GSM682135 2 0.5677 0.46610 0.028 0.688 0.140 0.096 0.004 0.044
#> GSM682136 1 0.4903 0.62525 0.696 0.008 0.208 0.068 0.000 0.020
#> GSM682137 3 0.4946 0.53729 0.220 0.000 0.656 0.000 0.004 0.120
#> GSM682138 1 0.2365 0.72834 0.896 0.000 0.000 0.068 0.024 0.012
#> GSM682139 2 0.5614 0.33799 0.336 0.580 0.024 0.020 0.016 0.024
#> GSM682140 1 0.3990 0.70198 0.788 0.000 0.080 0.116 0.004 0.012
#> GSM682141 1 0.1937 0.74195 0.924 0.000 0.048 0.012 0.004 0.012
#> GSM682142 1 0.6341 0.49095 0.572 0.004 0.200 0.156 0.000 0.068
#> GSM682143 2 0.3348 0.59589 0.000 0.812 0.000 0.020 0.152 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> MAD:NMF 140 2.33e-07 7.40e-01 2
#> MAD:NMF 107 2.14e-03 6.05e-02 3
#> MAD:NMF 133 2.60e-08 4.93e-05 4
#> MAD:NMF 81 3.21e-05 1.72e-03 5
#> MAD:NMF 75 2.04e-05 2.02e-04 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.386 0.790 0.878 0.4384 0.519 0.519
#> 3 3 0.396 0.614 0.704 0.3178 0.853 0.734
#> 4 4 0.510 0.709 0.832 0.1657 0.827 0.624
#> 5 5 0.615 0.543 0.767 0.0846 0.902 0.698
#> 6 6 0.647 0.686 0.838 0.0162 0.927 0.753
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682003 2 0.9686 0.3726 0.396 0.604
#> GSM682004 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.3733 0.8599 0.072 0.928
#> GSM682006 2 0.3879 0.8584 0.076 0.924
#> GSM682007 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM682008 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM682009 2 0.9209 0.5321 0.336 0.664
#> GSM682010 1 0.6623 0.8694 0.828 0.172
#> GSM682011 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.1184 0.8651 0.016 0.984
#> GSM682097 2 0.7883 0.7135 0.236 0.764
#> GSM682098 2 0.1184 0.8651 0.016 0.984
#> GSM682099 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682102 2 0.3584 0.8615 0.068 0.932
#> GSM682103 1 0.6343 0.8741 0.840 0.160
#> GSM682104 1 0.6247 0.8745 0.844 0.156
#> GSM682105 2 0.8267 0.6805 0.260 0.740
#> GSM682106 1 0.5059 0.8788 0.888 0.112
#> GSM682107 2 0.7299 0.7531 0.204 0.796
#> GSM682108 1 0.4939 0.8785 0.892 0.108
#> GSM682109 1 0.2603 0.8551 0.956 0.044
#> GSM682110 1 0.6887 0.8626 0.816 0.184
#> GSM682111 1 0.2603 0.8551 0.956 0.044
#> GSM682112 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.6973 0.8597 0.812 0.188
#> GSM682114 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682115 2 0.3584 0.8619 0.068 0.932
#> GSM682116 2 0.4161 0.8560 0.084 0.916
#> GSM682117 1 0.4815 0.8781 0.896 0.104
#> GSM682118 1 0.4939 0.8786 0.892 0.108
#> GSM682119 1 0.4690 0.8774 0.900 0.100
#> GSM682120 1 0.8016 0.8038 0.756 0.244
#> GSM682121 1 0.8267 0.7802 0.740 0.260
#> GSM682122 1 0.4431 0.8749 0.908 0.092
#> GSM682012 2 0.9850 0.2638 0.428 0.572
#> GSM682013 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.9922 0.1928 0.448 0.552
#> GSM682017 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.9732 0.3461 0.404 0.596
#> GSM681992 2 0.6148 0.8069 0.152 0.848
#> GSM681993 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM681994 2 0.3733 0.8599 0.072 0.928
#> GSM681995 2 0.3733 0.8599 0.072 0.928
#> GSM681996 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM681997 1 0.6712 0.8676 0.824 0.176
#> GSM681998 2 0.9963 0.1151 0.464 0.536
#> GSM681999 2 0.9323 0.5045 0.348 0.652
#> GSM682000 2 0.1414 0.8655 0.020 0.980
#> GSM682001 2 0.4939 0.8392 0.108 0.892
#> GSM682055 2 0.7883 0.7135 0.236 0.764
#> GSM682056 2 0.7883 0.7135 0.236 0.764
#> GSM682057 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.1184 0.8651 0.016 0.984
#> GSM682059 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.8608 0.6622 0.716 0.284
#> GSM682061 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682064 2 0.3584 0.8615 0.068 0.932
#> GSM682065 2 0.3274 0.8635 0.060 0.940
#> GSM682066 2 0.3879 0.8582 0.076 0.924
#> GSM682067 1 0.8016 0.8027 0.756 0.244
#> GSM682068 2 0.3114 0.8635 0.056 0.944
#> GSM682069 1 0.7139 0.8537 0.804 0.196
#> GSM682070 1 0.7056 0.8567 0.808 0.192
#> GSM682071 1 0.3431 0.8641 0.936 0.064
#> GSM682072 1 0.2603 0.8551 0.956 0.044
#> GSM682073 1 0.2236 0.8505 0.964 0.036
#> GSM682074 1 0.6801 0.8654 0.820 0.180
#> GSM682075 2 0.3879 0.8582 0.076 0.924
#> GSM682076 1 0.8144 0.7922 0.748 0.252
#> GSM682077 1 0.7602 0.8320 0.780 0.220
#> GSM682078 1 0.5178 0.8789 0.884 0.116
#> GSM682079 1 0.7883 0.8130 0.764 0.236
#> GSM682080 1 0.2778 0.8570 0.952 0.048
#> GSM682081 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.4562 0.8763 0.904 0.096
#> GSM682083 2 0.3584 0.8619 0.068 0.932
#> GSM682084 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682086 2 0.7299 0.7531 0.204 0.796
#> GSM682087 1 0.5842 0.8772 0.860 0.140
#> GSM682088 1 0.4431 0.8750 0.908 0.092
#> GSM682089 1 0.4815 0.8780 0.896 0.104
#> GSM682090 1 0.8016 0.8038 0.756 0.244
#> GSM682091 2 0.8267 0.6805 0.260 0.740
#> GSM682092 2 0.8267 0.6805 0.260 0.740
#> GSM682093 1 0.7056 0.8569 0.808 0.192
#> GSM682094 2 0.7674 0.7295 0.224 0.776
#> GSM682095 2 0.9909 0.2090 0.444 0.556
#> GSM681982 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM681983 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM681984 1 0.7950 0.8014 0.760 0.240
#> GSM681985 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM681986 1 0.9954 0.2348 0.540 0.460
#> GSM681987 2 0.9983 0.0793 0.476 0.524
#> GSM681988 1 0.6531 0.8714 0.832 0.168
#> GSM681989 2 0.9209 0.5321 0.336 0.664
#> GSM681990 1 0.6623 0.8694 0.828 0.172
#> GSM681991 2 0.9896 0.2224 0.440 0.560
#> GSM682034 2 0.7139 0.7631 0.196 0.804
#> GSM682035 2 0.7139 0.7631 0.196 0.804
#> GSM682036 1 0.6148 0.8751 0.848 0.152
#> GSM682037 2 0.3733 0.8612 0.072 0.928
#> GSM682038 1 0.7674 0.8229 0.776 0.224
#> GSM682039 1 0.5178 0.8790 0.884 0.116
#> GSM682040 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682043 2 0.7139 0.7631 0.196 0.804
#> GSM682044 2 0.7139 0.7631 0.196 0.804
#> GSM682045 2 0.9209 0.5318 0.336 0.664
#> GSM682046 2 0.0376 0.8634 0.004 0.996
#> GSM682047 1 0.8813 0.7078 0.700 0.300
#> GSM682048 2 0.9129 0.5497 0.328 0.672
#> GSM682049 1 0.8813 0.7078 0.700 0.300
#> GSM682050 2 0.0376 0.8634 0.004 0.996
#> GSM682051 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.8283 1.000 0.000
#> GSM682054 2 0.3274 0.8636 0.060 0.940
#> GSM682123 2 0.4161 0.8550 0.084 0.916
#> GSM682124 2 0.2043 0.8652 0.032 0.968
#> GSM682125 2 0.4161 0.8550 0.084 0.916
#> GSM682126 2 0.1843 0.8653 0.028 0.972
#> GSM682127 2 0.3733 0.8603 0.072 0.928
#> GSM682128 2 0.3733 0.8599 0.072 0.928
#> GSM682129 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.7883 0.7135 0.236 0.764
#> GSM682132 2 0.3274 0.8633 0.060 0.940
#> GSM682133 2 0.2778 0.8645 0.048 0.952
#> GSM682134 2 0.4161 0.8550 0.084 0.916
#> GSM682135 2 0.2603 0.8652 0.044 0.956
#> GSM682136 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682137 2 0.3733 0.8599 0.072 0.928
#> GSM682138 1 0.8813 0.7078 0.700 0.300
#> GSM682139 2 0.2043 0.8652 0.032 0.968
#> GSM682140 1 0.8813 0.7078 0.700 0.300
#> GSM682141 2 0.0000 0.8627 0.000 1.000
#> GSM682142 2 0.3733 0.8603 0.072 0.928
#> GSM682143 2 0.9993 0.0406 0.484 0.516
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.4449 0.6677 0.860 0.100 0.040
#> GSM682003 3 0.7878 0.2617 0.392 0.060 0.548
#> GSM682004 1 0.4449 0.6677 0.860 0.100 0.040
#> GSM682005 1 0.4555 0.6487 0.800 0.000 0.200
#> GSM682006 1 0.4654 0.6438 0.792 0.000 0.208
#> GSM682007 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM682008 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM682009 1 0.6518 0.1144 0.512 0.004 0.484
#> GSM682010 3 0.1315 0.7461 0.020 0.008 0.972
#> GSM682011 1 0.4335 0.6672 0.864 0.100 0.036
#> GSM682096 1 0.5791 0.6534 0.784 0.168 0.048
#> GSM682097 1 0.7207 0.3480 0.584 0.032 0.384
#> GSM682098 1 0.5791 0.6534 0.784 0.168 0.048
#> GSM682099 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682100 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682101 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682102 1 0.4555 0.6492 0.800 0.000 0.200
#> GSM682103 3 0.0424 0.7391 0.008 0.000 0.992
#> GSM682104 3 0.0237 0.7369 0.004 0.000 0.996
#> GSM682105 1 0.6126 0.3803 0.600 0.000 0.400
#> GSM682106 3 0.2261 0.6744 0.000 0.068 0.932
#> GSM682107 1 0.5859 0.4773 0.656 0.000 0.344
#> GSM682108 3 0.2261 0.6750 0.000 0.068 0.932
#> GSM682109 3 0.4346 0.4098 0.000 0.184 0.816
#> GSM682110 3 0.1647 0.7450 0.036 0.004 0.960
#> GSM682111 3 0.4702 0.3131 0.000 0.212 0.788
#> GSM682112 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682113 3 0.1765 0.7454 0.040 0.004 0.956
#> GSM682114 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682115 1 0.4963 0.6474 0.792 0.008 0.200
#> GSM682116 1 0.5156 0.6361 0.776 0.008 0.216
#> GSM682117 3 0.2165 0.6778 0.000 0.064 0.936
#> GSM682118 3 0.2356 0.6678 0.000 0.072 0.928
#> GSM682119 3 0.2448 0.6636 0.000 0.076 0.924
#> GSM682120 3 0.2945 0.7306 0.088 0.004 0.908
#> GSM682121 3 0.3375 0.7219 0.100 0.008 0.892
#> GSM682122 3 0.2796 0.6340 0.000 0.092 0.908
#> GSM682012 3 0.7824 0.3626 0.356 0.064 0.580
#> GSM682013 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682014 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682015 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682016 3 0.7727 0.4074 0.336 0.064 0.600
#> GSM682017 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682018 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682019 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682020 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682021 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682022 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682023 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682024 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682025 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682026 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682027 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682028 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682029 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682030 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682031 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682032 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682033 3 0.7919 0.2991 0.380 0.064 0.556
#> GSM681992 1 0.5690 0.5602 0.708 0.004 0.288
#> GSM681993 2 0.6267 0.9114 0.000 0.548 0.452
#> GSM681994 1 0.4605 0.6464 0.796 0.000 0.204
#> GSM681995 1 0.4605 0.6464 0.796 0.000 0.204
#> GSM681996 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM681997 3 0.1453 0.7474 0.024 0.008 0.968
#> GSM681998 3 0.6264 0.3044 0.380 0.004 0.616
#> GSM681999 1 0.6521 0.0740 0.500 0.004 0.496
#> GSM682000 1 0.6100 0.6698 0.784 0.096 0.120
#> GSM682001 1 0.5285 0.6078 0.752 0.004 0.244
#> GSM682055 1 0.7207 0.3480 0.584 0.032 0.384
#> GSM682056 1 0.7207 0.3480 0.584 0.032 0.384
#> GSM682057 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682058 1 0.5791 0.6534 0.784 0.168 0.048
#> GSM682059 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682060 3 0.7775 0.5184 0.156 0.168 0.676
#> GSM682061 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682062 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682063 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682064 1 0.4555 0.6492 0.800 0.000 0.200
#> GSM682065 1 0.4452 0.6531 0.808 0.000 0.192
#> GSM682066 1 0.4654 0.6436 0.792 0.000 0.208
#> GSM682067 3 0.2796 0.7255 0.092 0.000 0.908
#> GSM682068 1 0.4346 0.6551 0.816 0.000 0.184
#> GSM682069 3 0.1989 0.7458 0.048 0.004 0.948
#> GSM682070 3 0.1878 0.7455 0.044 0.004 0.952
#> GSM682071 3 0.3619 0.5379 0.000 0.136 0.864
#> GSM682072 3 0.4346 0.4098 0.000 0.184 0.816
#> GSM682073 3 0.5529 -0.0887 0.000 0.296 0.704
#> GSM682074 3 0.1163 0.7474 0.028 0.000 0.972
#> GSM682075 1 0.4654 0.6436 0.792 0.000 0.208
#> GSM682076 3 0.3213 0.7264 0.092 0.008 0.900
#> GSM682077 3 0.2261 0.7404 0.068 0.000 0.932
#> GSM682078 3 0.1964 0.6856 0.000 0.056 0.944
#> GSM682079 3 0.2625 0.7289 0.084 0.000 0.916
#> GSM682080 3 0.4121 0.4578 0.000 0.168 0.832
#> GSM682081 2 0.6062 0.9307 0.000 0.616 0.384
#> GSM682082 3 0.2711 0.6428 0.000 0.088 0.912
#> GSM682083 1 0.4963 0.6474 0.792 0.008 0.200
#> GSM682084 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682085 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682086 1 0.5859 0.4773 0.656 0.000 0.344
#> GSM682087 3 0.3045 0.7044 0.020 0.064 0.916
#> GSM682088 3 0.2796 0.6377 0.000 0.092 0.908
#> GSM682089 3 0.2537 0.6590 0.000 0.080 0.920
#> GSM682090 3 0.2945 0.7306 0.088 0.004 0.908
#> GSM682091 1 0.6126 0.3803 0.600 0.000 0.400
#> GSM682092 1 0.6126 0.3803 0.600 0.000 0.400
#> GSM682093 3 0.1529 0.7460 0.040 0.000 0.960
#> GSM682094 1 0.5968 0.4458 0.636 0.000 0.364
#> GSM682095 3 0.7748 0.3989 0.340 0.064 0.596
#> GSM681982 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM681983 1 0.4335 0.6672 0.864 0.100 0.036
#> GSM681984 3 0.3406 0.7306 0.068 0.028 0.904
#> GSM681985 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM681986 3 0.6388 0.5398 0.284 0.024 0.692
#> GSM681987 3 0.7562 0.4610 0.308 0.064 0.628
#> GSM681988 3 0.1170 0.7447 0.016 0.008 0.976
#> GSM681989 1 0.6518 0.1144 0.512 0.004 0.484
#> GSM681990 3 0.1315 0.7461 0.020 0.008 0.972
#> GSM681991 3 0.7768 0.3912 0.344 0.064 0.592
#> GSM682034 1 0.5835 0.4815 0.660 0.000 0.340
#> GSM682035 1 0.5835 0.4815 0.660 0.000 0.340
#> GSM682036 3 0.0475 0.7348 0.004 0.004 0.992
#> GSM682037 1 0.4605 0.6483 0.796 0.000 0.204
#> GSM682038 3 0.2651 0.7389 0.060 0.012 0.928
#> GSM682039 3 0.1860 0.6930 0.000 0.052 0.948
#> GSM682040 2 0.6045 0.9314 0.000 0.620 0.380
#> GSM682041 2 0.6291 0.8942 0.000 0.532 0.468
#> GSM682042 2 0.6260 0.9137 0.000 0.552 0.448
#> GSM682043 1 0.5835 0.4815 0.660 0.000 0.340
#> GSM682044 1 0.5835 0.4815 0.660 0.000 0.340
#> GSM682045 1 0.6305 0.1258 0.516 0.000 0.484
#> GSM682046 1 0.3797 0.6722 0.892 0.052 0.056
#> GSM682047 3 0.4099 0.6914 0.140 0.008 0.852
#> GSM682048 1 0.6299 0.1544 0.524 0.000 0.476
#> GSM682049 3 0.4099 0.6914 0.140 0.008 0.852
#> GSM682050 1 0.3899 0.6721 0.888 0.056 0.056
#> GSM682051 2 0.6291 0.8942 0.000 0.532 0.468
#> GSM682052 2 0.6267 0.9112 0.000 0.548 0.452
#> GSM682053 2 0.6291 0.8942 0.000 0.532 0.468
#> GSM682054 1 0.4452 0.6533 0.808 0.000 0.192
#> GSM682123 1 0.4750 0.6383 0.784 0.000 0.216
#> GSM682124 1 0.4390 0.6657 0.840 0.012 0.148
#> GSM682125 1 0.4750 0.6383 0.784 0.000 0.216
#> GSM682126 1 0.4615 0.6669 0.836 0.020 0.144
#> GSM682127 1 0.4654 0.6452 0.792 0.000 0.208
#> GSM682128 1 0.4605 0.6464 0.796 0.000 0.204
#> GSM682129 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682130 1 0.5678 0.5884 0.684 0.316 0.000
#> GSM682131 1 0.7207 0.3480 0.584 0.032 0.384
#> GSM682132 1 0.4452 0.6534 0.808 0.000 0.192
#> GSM682133 1 0.4692 0.6620 0.820 0.012 0.168
#> GSM682134 1 0.4750 0.6383 0.784 0.000 0.216
#> GSM682135 1 0.4749 0.6613 0.816 0.012 0.172
#> GSM682136 1 0.3875 0.6709 0.888 0.068 0.044
#> GSM682137 1 0.4605 0.6464 0.796 0.000 0.204
#> GSM682138 3 0.4099 0.6914 0.140 0.008 0.852
#> GSM682139 1 0.4390 0.6657 0.840 0.012 0.148
#> GSM682140 3 0.4099 0.6914 0.140 0.008 0.852
#> GSM682141 1 0.3875 0.6709 0.888 0.068 0.044
#> GSM682142 1 0.4654 0.6452 0.792 0.000 0.208
#> GSM682143 3 0.7451 0.4727 0.304 0.060 0.636
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.430 0.48972 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM682003 1 0.772 0.14113 0.480 0.100 0.384 0.036
#> GSM682004 1 0.433 0.48288 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM682005 1 0.130 0.80461 0.964 0.020 0.016 0.000
#> GSM682006 1 0.130 0.80579 0.964 0.016 0.020 0.000
#> GSM682007 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM682008 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM682009 1 0.539 0.50402 0.648 0.020 0.328 0.004
#> GSM682010 3 0.185 0.78608 0.052 0.004 0.940 0.004
#> GSM682011 1 0.433 0.48162 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.545 0.25940 0.460 0.528 0.008 0.004
#> GSM682097 1 0.597 0.63081 0.708 0.052 0.212 0.028
#> GSM682098 2 0.545 0.25940 0.460 0.528 0.008 0.004
#> GSM682099 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.130 0.80417 0.964 0.020 0.016 0.000
#> GSM682103 3 0.164 0.78469 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM682104 3 0.130 0.78279 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM682105 1 0.384 0.68485 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM682106 3 0.140 0.74722 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM682107 1 0.340 0.74798 0.832 0.004 0.164 0.000
#> GSM682108 3 0.140 0.74724 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM682109 3 0.312 0.60740 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM682110 3 0.215 0.78229 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM682111 3 0.344 0.54694 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM682112 4 0.121 0.74203 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM682113 3 0.234 0.77925 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM682114 4 0.156 0.75009 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM682115 1 0.104 0.80377 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM682116 1 0.141 0.80652 0.960 0.016 0.024 0.000
#> GSM682117 3 0.131 0.74876 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM682118 3 0.149 0.74464 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM682119 3 0.158 0.73961 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM682120 3 0.367 0.72881 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM682121 3 0.401 0.70897 0.208 0.008 0.784 0.000
#> GSM682122 3 0.190 0.72863 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM682012 1 0.787 -0.00524 0.436 0.112 0.416 0.036
#> GSM682013 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.787 0.04543 0.416 0.112 0.436 0.036
#> GSM682017 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682033 1 0.775 0.05498 0.452 0.100 0.412 0.036
#> GSM681992 1 0.286 0.79562 0.892 0.012 0.092 0.004
#> GSM681993 4 0.494 0.56654 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM681994 1 0.118 0.80460 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM681995 1 0.118 0.80460 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM681996 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM681997 3 0.216 0.78695 0.060 0.008 0.928 0.004
#> GSM681998 1 0.577 0.00733 0.492 0.020 0.484 0.004
#> GSM681999 1 0.546 0.47203 0.632 0.020 0.344 0.004
#> GSM682000 1 0.397 0.63693 0.788 0.204 0.008 0.000
#> GSM682001 1 0.226 0.80446 0.924 0.020 0.056 0.000
#> GSM682055 1 0.597 0.63081 0.708 0.052 0.212 0.028
#> GSM682056 1 0.597 0.63081 0.708 0.052 0.212 0.028
#> GSM682057 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.545 0.25940 0.460 0.528 0.008 0.004
#> GSM682059 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.720 0.50401 0.152 0.052 0.652 0.144
#> GSM682061 4 0.112 0.73829 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM682062 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.130 0.80417 0.964 0.020 0.016 0.000
#> GSM682065 1 0.151 0.80200 0.956 0.028 0.016 0.000
#> GSM682066 1 0.141 0.80614 0.960 0.016 0.024 0.000
#> GSM682067 3 0.340 0.73580 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM682068 1 0.100 0.79651 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM682069 3 0.253 0.77563 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM682070 3 0.247 0.77684 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM682071 3 0.247 0.68065 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM682072 3 0.312 0.60740 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM682073 3 0.425 0.30975 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM682074 3 0.201 0.78534 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM682075 1 0.130 0.80552 0.964 0.016 0.020 0.000
#> GSM682076 3 0.389 0.71935 0.196 0.008 0.796 0.000
#> GSM682077 3 0.312 0.75448 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM682078 3 0.126 0.75665 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM682079 3 0.331 0.74184 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM682080 3 0.292 0.63486 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM682081 4 0.172 0.74901 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM682082 3 0.182 0.73266 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM682083 1 0.104 0.80377 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM682084 4 0.156 0.75009 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM682085 4 0.156 0.75009 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM682086 1 0.340 0.74798 0.832 0.004 0.164 0.000
#> GSM682087 3 0.250 0.76519 0.044 0.004 0.920 0.032
#> GSM682088 3 0.190 0.72619 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM682089 3 0.166 0.73882 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM682090 3 0.367 0.72881 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM682091 1 0.384 0.68485 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM682092 1 0.384 0.68485 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM682093 3 0.234 0.77992 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM682094 1 0.340 0.73165 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM682095 3 0.780 0.14359 0.380 0.108 0.476 0.036
#> GSM681982 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM681983 1 0.433 0.48162 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.334 0.76599 0.084 0.024 0.880 0.012
#> GSM681985 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM681986 3 0.626 0.37909 0.372 0.040 0.576 0.012
#> GSM681987 3 0.763 0.28001 0.332 0.104 0.528 0.036
#> GSM681988 3 0.159 0.78473 0.040 0.004 0.952 0.004
#> GSM681989 1 0.539 0.50402 0.648 0.020 0.328 0.004
#> GSM681990 3 0.176 0.78593 0.048 0.004 0.944 0.004
#> GSM681991 3 0.780 0.13250 0.384 0.108 0.472 0.036
#> GSM682034 1 0.297 0.76319 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM682035 1 0.297 0.76319 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM682036 3 0.112 0.78194 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM682037 1 0.163 0.80602 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM682038 3 0.323 0.76883 0.084 0.020 0.884 0.012
#> GSM682039 3 0.126 0.75633 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM682040 4 0.121 0.74203 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM682041 4 0.500 0.50267 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM682042 4 0.497 0.54788 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM682043 1 0.297 0.76319 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM682044 1 0.297 0.76319 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM682045 1 0.479 0.54538 0.680 0.008 0.312 0.000
#> GSM682046 1 0.373 0.61885 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.442 0.65795 0.256 0.008 0.736 0.000
#> GSM682048 1 0.475 0.56035 0.688 0.008 0.304 0.000
#> GSM682049 3 0.442 0.65795 0.256 0.008 0.736 0.000
#> GSM682050 1 0.376 0.61319 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.500 0.50267 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM682052 4 0.498 0.54191 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM682053 4 0.500 0.50267 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM682054 1 0.172 0.80212 0.948 0.032 0.020 0.000
#> GSM682123 1 0.104 0.80645 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM682124 1 0.187 0.76968 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.104 0.80645 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM682126 1 0.208 0.76165 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.194 0.80536 0.940 0.028 0.032 0.000
#> GSM682128 1 0.118 0.80460 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM682129 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.253 0.95125 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM682131 1 0.597 0.63081 0.708 0.052 0.212 0.028
#> GSM682132 1 0.104 0.80105 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM682133 1 0.147 0.78226 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.104 0.80645 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM682135 1 0.139 0.78567 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.398 0.57394 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.118 0.80460 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM682138 3 0.442 0.65795 0.256 0.008 0.736 0.000
#> GSM682139 1 0.187 0.76968 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM682140 3 0.442 0.65795 0.256 0.008 0.736 0.000
#> GSM682141 1 0.398 0.57394 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.194 0.80536 0.940 0.028 0.032 0.000
#> GSM682143 3 0.749 0.32389 0.320 0.096 0.548 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.3861 0.61469 0.728 0.264 0.000 0.000 0.008
#> GSM682003 5 0.5060 0.77445 0.136 0.000 0.012 0.124 0.728
#> GSM682004 1 0.3992 0.60728 0.720 0.268 0.000 0.000 0.012
#> GSM682005 1 0.1082 0.79999 0.964 0.008 0.000 0.000 0.028
#> GSM682006 1 0.1202 0.79940 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032
#> GSM682007 4 0.4610 0.64952 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM682008 4 0.4610 0.64952 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM682009 1 0.6724 0.41286 0.576 0.000 0.060 0.248 0.116
#> GSM682010 4 0.4858 0.66422 0.008 0.000 0.424 0.556 0.012
#> GSM682011 1 0.3885 0.61000 0.724 0.268 0.000 0.000 0.008
#> GSM682096 2 0.5125 0.16771 0.416 0.544 0.000 0.000 0.040
#> GSM682097 1 0.5897 0.15023 0.496 0.000 0.004 0.088 0.412
#> GSM682098 2 0.5125 0.16771 0.416 0.544 0.000 0.000 0.040
#> GSM682099 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0865 0.79926 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM682103 4 0.5447 0.67353 0.012 0.000 0.440 0.512 0.036
#> GSM682104 4 0.5065 0.64727 0.008 0.000 0.448 0.524 0.020
#> GSM682105 1 0.5248 0.64009 0.728 0.000 0.068 0.160 0.044
#> GSM682106 3 0.4437 -0.43095 0.000 0.000 0.532 0.464 0.004
#> GSM682107 1 0.4327 0.71123 0.796 0.000 0.032 0.124 0.048
#> GSM682108 3 0.4546 -0.42708 0.000 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM682109 3 0.4030 -0.21183 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM682110 4 0.5872 0.68723 0.048 0.000 0.428 0.500 0.024
#> GSM682111 3 0.3913 -0.16237 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM682112 3 0.5799 -0.05368 0.000 0.000 0.492 0.416 0.092
#> GSM682113 4 0.6138 0.69106 0.048 0.000 0.420 0.492 0.040
#> GSM682114 3 0.5779 -0.03687 0.000 0.000 0.508 0.400 0.092
#> GSM682115 1 0.0693 0.80004 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM682116 1 0.1216 0.79902 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM682117 3 0.4440 -0.43823 0.000 0.000 0.528 0.468 0.004
#> GSM682118 3 0.4434 -0.41916 0.000 0.000 0.536 0.460 0.004
#> GSM682119 3 0.4430 -0.41206 0.000 0.000 0.540 0.456 0.004
#> GSM682120 4 0.6974 0.64971 0.148 0.000 0.384 0.436 0.032
#> GSM682121 4 0.7185 0.62822 0.164 0.000 0.368 0.428 0.040
#> GSM682122 3 0.4410 -0.37630 0.000 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM682012 5 0.2964 0.84318 0.024 0.000 0.000 0.120 0.856
#> GSM682013 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.3151 0.85180 0.020 0.000 0.000 0.144 0.836
#> GSM682017 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 5 0.2793 0.81838 0.036 0.000 0.000 0.088 0.876
#> GSM681992 1 0.3636 0.74639 0.824 0.004 0.004 0.032 0.136
#> GSM681993 3 0.1830 0.26819 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> GSM681994 1 0.0955 0.79946 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM681995 1 0.0955 0.79946 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM681996 4 0.4610 0.64952 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM681997 4 0.5458 0.67317 0.008 0.000 0.424 0.524 0.044
#> GSM681998 1 0.7870 -0.05886 0.416 0.000 0.160 0.312 0.112
#> GSM681999 1 0.6837 0.37378 0.556 0.000 0.064 0.268 0.112
#> GSM682000 1 0.3760 0.68947 0.784 0.188 0.000 0.000 0.028
#> GSM682001 1 0.2349 0.78549 0.900 0.004 0.000 0.012 0.084
#> GSM682055 1 0.5897 0.15023 0.496 0.000 0.004 0.088 0.412
#> GSM682056 1 0.5897 0.15023 0.496 0.000 0.004 0.088 0.412
#> GSM682057 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.5125 0.16771 0.416 0.544 0.000 0.000 0.040
#> GSM682059 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 4 0.6688 0.18399 0.000 0.000 0.356 0.404 0.240
#> GSM682061 3 0.5891 -0.07765 0.000 0.000 0.468 0.432 0.100
#> GSM682062 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0865 0.79926 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM682065 1 0.1299 0.79952 0.960 0.012 0.000 0.008 0.020
#> GSM682066 1 0.1202 0.79978 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> GSM682067 4 0.6932 0.65343 0.124 0.000 0.396 0.440 0.040
#> GSM682068 1 0.0693 0.79782 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM682069 4 0.6294 0.69199 0.060 0.000 0.412 0.488 0.040
#> GSM682070 4 0.6245 0.69139 0.056 0.000 0.416 0.488 0.040
#> GSM682071 3 0.4321 -0.30690 0.000 0.000 0.600 0.396 0.004
#> GSM682072 3 0.4030 -0.21183 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM682073 3 0.3671 -0.00601 0.000 0.000 0.756 0.236 0.008
#> GSM682074 4 0.5617 0.67986 0.048 0.000 0.424 0.516 0.012
#> GSM682075 1 0.1041 0.79910 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM682076 4 0.7117 0.64035 0.152 0.000 0.376 0.432 0.040
#> GSM682077 4 0.6741 0.67246 0.116 0.000 0.396 0.456 0.032
#> GSM682078 3 0.4589 -0.47817 0.004 0.000 0.520 0.472 0.004
#> GSM682079 4 0.6872 0.66056 0.116 0.000 0.404 0.440 0.040
#> GSM682080 3 0.4088 -0.24827 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM682081 3 0.5742 -0.03543 0.000 0.000 0.508 0.404 0.088
#> GSM682082 3 0.4415 -0.38685 0.000 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM682083 1 0.0693 0.80004 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM682084 3 0.5779 -0.03687 0.000 0.000 0.508 0.400 0.092
#> GSM682085 3 0.5779 -0.03687 0.000 0.000 0.508 0.400 0.092
#> GSM682086 1 0.4327 0.71123 0.796 0.000 0.032 0.124 0.048
#> GSM682087 3 0.5543 -0.53193 0.036 0.000 0.500 0.448 0.016
#> GSM682088 3 0.4268 -0.37578 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM682089 3 0.4425 -0.40111 0.000 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM682090 4 0.6974 0.64971 0.148 0.000 0.384 0.436 0.032
#> GSM682091 1 0.5248 0.64009 0.728 0.000 0.068 0.160 0.044
#> GSM682092 1 0.5248 0.64009 0.728 0.000 0.068 0.160 0.044
#> GSM682093 4 0.6131 0.69385 0.052 0.000 0.420 0.492 0.036
#> GSM682094 1 0.4629 0.68839 0.772 0.000 0.040 0.144 0.044
#> GSM682095 5 0.3693 0.85534 0.012 0.000 0.016 0.168 0.804
#> GSM681982 4 0.4610 0.64952 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM681983 1 0.3885 0.61000 0.724 0.268 0.000 0.000 0.008
#> GSM681984 4 0.6050 0.58985 0.004 0.000 0.360 0.524 0.112
#> GSM681985 4 0.4610 0.64952 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM681986 4 0.8476 0.20372 0.252 0.000 0.196 0.336 0.216
#> GSM681987 5 0.4779 0.73462 0.012 0.000 0.024 0.292 0.672
#> GSM681988 4 0.4702 0.64513 0.000 0.000 0.432 0.552 0.016
#> GSM681989 1 0.6724 0.41286 0.576 0.000 0.060 0.248 0.116
#> GSM681990 4 0.4745 0.65983 0.004 0.000 0.424 0.560 0.012
#> GSM681991 5 0.3653 0.85602 0.012 0.000 0.016 0.164 0.808
#> GSM682034 1 0.3193 0.73681 0.840 0.000 0.000 0.132 0.028
#> GSM682035 1 0.3193 0.73681 0.840 0.000 0.000 0.132 0.028
#> GSM682036 4 0.4965 0.62365 0.000 0.000 0.452 0.520 0.028
#> GSM682037 1 0.1518 0.80272 0.952 0.012 0.000 0.020 0.016
#> GSM682038 4 0.6315 0.56563 0.004 0.000 0.372 0.484 0.140
#> GSM682039 3 0.4557 -0.46244 0.000 0.000 0.516 0.476 0.008
#> GSM682040 3 0.5799 -0.05368 0.000 0.000 0.492 0.416 0.092
#> GSM682041 3 0.1493 0.25160 0.000 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM682042 3 0.1043 0.26466 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM682043 1 0.3193 0.73681 0.840 0.000 0.000 0.132 0.028
#> GSM682044 1 0.3193 0.73681 0.840 0.000 0.000 0.132 0.028
#> GSM682045 1 0.5669 0.50344 0.648 0.000 0.056 0.260 0.036
#> GSM682046 1 0.3282 0.69284 0.804 0.188 0.000 0.000 0.008
#> GSM682047 4 0.7225 0.56459 0.212 0.000 0.312 0.444 0.032
#> GSM682048 1 0.5623 0.51713 0.656 0.000 0.056 0.252 0.036
#> GSM682049 4 0.7225 0.56459 0.212 0.000 0.312 0.444 0.032
#> GSM682050 1 0.3318 0.68942 0.800 0.192 0.000 0.000 0.008
#> GSM682051 3 0.1493 0.25160 0.000 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM682052 3 0.1205 0.26267 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM682053 3 0.1493 0.25160 0.000 0.000 0.948 0.024 0.028
#> GSM682054 1 0.1299 0.80027 0.960 0.012 0.000 0.008 0.020
#> GSM682123 1 0.1074 0.80071 0.968 0.004 0.000 0.016 0.012
#> GSM682124 1 0.1484 0.78500 0.944 0.048 0.000 0.000 0.008
#> GSM682125 1 0.1074 0.80071 0.968 0.004 0.000 0.016 0.012
#> GSM682126 1 0.1697 0.77956 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008
#> GSM682127 1 0.1799 0.80032 0.940 0.012 0.000 0.028 0.020
#> GSM682128 1 0.0955 0.79946 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM682129 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.93884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 1 0.5892 0.16283 0.500 0.000 0.004 0.088 0.408
#> GSM682132 1 0.0981 0.80112 0.972 0.012 0.000 0.008 0.008
#> GSM682133 1 0.1251 0.79196 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.1074 0.80071 0.968 0.004 0.000 0.016 0.012
#> GSM682135 1 0.1386 0.79305 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM682136 1 0.3519 0.66742 0.776 0.216 0.000 0.000 0.008
#> GSM682137 1 0.0955 0.79946 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM682138 4 0.7225 0.56459 0.212 0.000 0.312 0.444 0.032
#> GSM682139 1 0.1484 0.78500 0.944 0.048 0.000 0.000 0.008
#> GSM682140 4 0.7225 0.56459 0.212 0.000 0.312 0.444 0.032
#> GSM682141 1 0.3519 0.66742 0.776 0.216 0.000 0.000 0.008
#> GSM682142 1 0.1799 0.80032 0.940 0.012 0.000 0.028 0.020
#> GSM682143 5 0.4991 0.66180 0.004 0.000 0.040 0.320 0.636
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.3956 0.5981 0.716 0.252 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682003 6 0.6153 -0.1432 0.136 0.000 0.168 0.096 0.000 0.600
#> GSM682004 1 0.4086 0.5899 0.708 0.256 0.028 0.000 0.000 0.008
#> GSM682005 1 0.0870 0.8007 0.972 0.004 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM682006 1 0.0806 0.8004 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> GSM682007 4 0.0692 0.7833 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM682008 4 0.0692 0.7833 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM682009 1 0.5837 0.4300 0.576 0.000 0.040 0.272 0.000 0.112
#> GSM682010 4 0.1036 0.7837 0.008 0.000 0.024 0.964 0.000 0.004
#> GSM682011 1 0.3979 0.5929 0.712 0.256 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682096 2 0.5352 0.1993 0.388 0.532 0.048 0.000 0.000 0.032
#> GSM682097 1 0.6728 0.0494 0.464 0.000 0.280 0.064 0.000 0.192
#> GSM682098 2 0.5352 0.1993 0.388 0.532 0.048 0.000 0.000 0.032
#> GSM682099 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0520 0.8004 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM682103 4 0.1922 0.7792 0.012 0.000 0.040 0.924 0.000 0.024
#> GSM682104 4 0.1313 0.7845 0.004 0.000 0.028 0.952 0.000 0.016
#> GSM682105 1 0.4448 0.6413 0.724 0.000 0.040 0.204 0.000 0.032
#> GSM682106 4 0.2196 0.7488 0.000 0.000 0.108 0.884 0.004 0.004
#> GSM682107 1 0.3878 0.7118 0.792 0.000 0.040 0.136 0.000 0.032
#> GSM682108 4 0.2468 0.7519 0.000 0.000 0.096 0.880 0.008 0.016
#> GSM682109 4 0.3920 0.6289 0.000 0.000 0.120 0.768 0.112 0.000
#> GSM682110 4 0.2295 0.7758 0.052 0.000 0.028 0.904 0.000 0.016
#> GSM682111 4 0.4200 0.5794 0.000 0.000 0.120 0.740 0.140 0.000
#> GSM682112 5 0.0000 0.4784 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682113 4 0.2769 0.7642 0.052 0.000 0.036 0.880 0.000 0.032
#> GSM682114 5 0.0458 0.4987 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM682115 1 0.1010 0.8012 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM682116 1 0.1477 0.8003 0.940 0.000 0.048 0.008 0.000 0.004
#> GSM682117 4 0.2264 0.7545 0.000 0.000 0.096 0.888 0.004 0.012
#> GSM682118 4 0.2196 0.7479 0.000 0.000 0.108 0.884 0.004 0.004
#> GSM682119 4 0.2568 0.7480 0.000 0.000 0.096 0.876 0.016 0.012
#> GSM682120 4 0.3891 0.6955 0.132 0.000 0.064 0.788 0.000 0.016
#> GSM682121 4 0.4152 0.6697 0.148 0.000 0.072 0.764 0.000 0.016
#> GSM682122 4 0.2592 0.7352 0.000 0.000 0.116 0.864 0.016 0.004
#> GSM682012 3 0.5374 0.9222 0.028 0.000 0.600 0.076 0.000 0.296
#> GSM682013 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.5273 0.9224 0.024 0.000 0.624 0.084 0.000 0.268
#> GSM682017 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 6 0.1333 0.1972 0.008 0.000 0.048 0.000 0.000 0.944
#> GSM681992 1 0.3192 0.7498 0.836 0.000 0.020 0.024 0.000 0.120
#> GSM681993 5 0.4845 0.4586 0.000 0.000 0.060 0.400 0.540 0.000
#> GSM681994 1 0.0622 0.8003 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM681995 1 0.0622 0.8003 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM681996 4 0.0692 0.7833 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM681997 4 0.1829 0.7820 0.008 0.000 0.028 0.928 0.000 0.036
#> GSM681998 4 0.6116 -0.0447 0.416 0.000 0.040 0.436 0.000 0.108
#> GSM681999 1 0.5893 0.3909 0.556 0.000 0.040 0.296 0.000 0.108
#> GSM682000 1 0.3529 0.6817 0.788 0.176 0.028 0.000 0.000 0.008
#> GSM682001 1 0.1982 0.7875 0.912 0.000 0.016 0.004 0.000 0.068
#> GSM682055 1 0.6728 0.0494 0.464 0.000 0.280 0.064 0.000 0.192
#> GSM682056 1 0.6728 0.0494 0.464 0.000 0.280 0.064 0.000 0.192
#> GSM682057 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.5352 0.1993 0.388 0.532 0.048 0.000 0.000 0.032
#> GSM682059 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 4 0.5468 0.2341 0.000 0.000 0.188 0.568 0.000 0.244
#> GSM682061 5 0.2805 0.2912 0.000 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> GSM682062 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0520 0.8004 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM682065 1 0.1536 0.7991 0.940 0.000 0.040 0.004 0.000 0.016
#> GSM682066 1 0.0862 0.8006 0.972 0.000 0.008 0.004 0.000 0.016
#> GSM682067 4 0.3802 0.7066 0.116 0.000 0.048 0.804 0.000 0.032
#> GSM682068 1 0.0363 0.7978 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM682069 4 0.2950 0.7592 0.064 0.000 0.036 0.868 0.000 0.032
#> GSM682070 4 0.2891 0.7610 0.060 0.000 0.036 0.872 0.000 0.032
#> GSM682071 4 0.3469 0.6914 0.000 0.000 0.120 0.812 0.064 0.004
#> GSM682072 4 0.3920 0.6289 0.000 0.000 0.120 0.768 0.112 0.000
#> GSM682073 4 0.4704 0.4048 0.000 0.000 0.100 0.664 0.236 0.000
#> GSM682074 4 0.2007 0.7761 0.044 0.000 0.036 0.916 0.000 0.004
#> GSM682075 1 0.0717 0.8000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM682076 4 0.4039 0.6847 0.136 0.000 0.072 0.776 0.000 0.016
#> GSM682077 4 0.3533 0.7265 0.100 0.000 0.052 0.824 0.000 0.024
#> GSM682078 4 0.2144 0.7605 0.004 0.000 0.092 0.896 0.004 0.004
#> GSM682079 4 0.3713 0.7150 0.108 0.000 0.048 0.812 0.000 0.032
#> GSM682080 4 0.3740 0.6541 0.000 0.000 0.120 0.784 0.096 0.000
#> GSM682081 5 0.0632 0.4982 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM682082 4 0.2592 0.7370 0.000 0.000 0.116 0.864 0.016 0.004
#> GSM682083 1 0.1010 0.8012 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM682084 5 0.0458 0.4987 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM682085 5 0.0458 0.4987 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM682086 1 0.3878 0.7118 0.792 0.000 0.040 0.136 0.000 0.032
#> GSM682087 4 0.2940 0.7618 0.036 0.000 0.112 0.848 0.000 0.004
#> GSM682088 4 0.2494 0.7332 0.000 0.000 0.120 0.864 0.016 0.000
#> GSM682089 4 0.2355 0.7435 0.000 0.000 0.112 0.876 0.008 0.004
#> GSM682090 4 0.3891 0.6955 0.132 0.000 0.064 0.788 0.000 0.016
#> GSM682091 1 0.4448 0.6413 0.724 0.000 0.040 0.204 0.000 0.032
#> GSM682092 1 0.4448 0.6413 0.724 0.000 0.040 0.204 0.000 0.032
#> GSM682093 4 0.2763 0.7654 0.052 0.000 0.040 0.880 0.000 0.028
#> GSM682094 1 0.4101 0.6896 0.768 0.000 0.040 0.160 0.000 0.032
#> GSM682095 6 0.2389 0.5381 0.008 0.000 0.000 0.128 0.000 0.864
#> GSM681982 4 0.0692 0.7833 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM681983 1 0.3979 0.5929 0.712 0.256 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM681984 4 0.2547 0.7306 0.004 0.000 0.016 0.868 0.000 0.112
#> GSM681985 4 0.0692 0.7833 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM681986 4 0.6452 0.1385 0.252 0.000 0.040 0.492 0.000 0.216
#> GSM681987 6 0.3518 0.5016 0.000 0.000 0.012 0.256 0.000 0.732
#> GSM681988 4 0.0972 0.7826 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM681989 1 0.5837 0.4300 0.576 0.000 0.040 0.272 0.000 0.112
#> GSM681990 4 0.0922 0.7837 0.004 0.000 0.024 0.968 0.000 0.004
#> GSM681991 6 0.2346 0.5346 0.008 0.000 0.000 0.124 0.000 0.868
#> GSM682034 1 0.3474 0.7387 0.824 0.000 0.056 0.104 0.000 0.016
#> GSM682035 1 0.3474 0.7387 0.824 0.000 0.056 0.104 0.000 0.016
#> GSM682036 4 0.1320 0.7815 0.000 0.000 0.016 0.948 0.000 0.036
#> GSM682037 1 0.1382 0.8028 0.948 0.000 0.036 0.008 0.000 0.008
#> GSM682038 4 0.3017 0.7028 0.000 0.000 0.020 0.816 0.000 0.164
#> GSM682039 4 0.2006 0.7618 0.000 0.000 0.080 0.904 0.000 0.016
#> GSM682040 5 0.0000 0.4784 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682041 5 0.5069 0.3815 0.000 0.000 0.076 0.440 0.484 0.000
#> GSM682042 5 0.4873 0.4324 0.000 0.000 0.060 0.420 0.520 0.000
#> GSM682043 1 0.3474 0.7387 0.824 0.000 0.056 0.104 0.000 0.016
#> GSM682044 1 0.3474 0.7387 0.824 0.000 0.056 0.104 0.000 0.016
#> GSM682045 1 0.5036 0.5125 0.632 0.000 0.052 0.288 0.000 0.028
#> GSM682046 1 0.3419 0.6835 0.792 0.176 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682047 4 0.4312 0.5986 0.204 0.000 0.064 0.724 0.000 0.008
#> GSM682048 1 0.5000 0.5256 0.640 0.000 0.052 0.280 0.000 0.028
#> GSM682049 4 0.4312 0.5986 0.204 0.000 0.064 0.724 0.000 0.008
#> GSM682050 1 0.3453 0.6799 0.788 0.180 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682051 5 0.5069 0.3815 0.000 0.000 0.076 0.440 0.484 0.000
#> GSM682052 5 0.4921 0.4298 0.000 0.000 0.064 0.420 0.516 0.000
#> GSM682053 5 0.5069 0.3815 0.000 0.000 0.076 0.440 0.484 0.000
#> GSM682054 1 0.1511 0.7996 0.940 0.000 0.044 0.004 0.000 0.012
#> GSM682123 1 0.1262 0.8007 0.956 0.000 0.020 0.008 0.000 0.016
#> GSM682124 1 0.1716 0.7822 0.932 0.036 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682125 1 0.1262 0.8007 0.956 0.000 0.020 0.008 0.000 0.016
#> GSM682126 1 0.1924 0.7765 0.920 0.048 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.1932 0.7992 0.924 0.000 0.040 0.016 0.000 0.020
#> GSM682128 1 0.0622 0.8003 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM682129 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 1 0.6716 0.0640 0.468 0.000 0.276 0.064 0.000 0.192
#> GSM682132 1 0.0603 0.8003 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM682133 1 0.1341 0.7896 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.1262 0.8007 0.956 0.000 0.020 0.008 0.000 0.016
#> GSM682135 1 0.1480 0.7915 0.940 0.020 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.3640 0.6559 0.764 0.204 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.0622 0.8003 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM682138 4 0.4312 0.5986 0.204 0.000 0.064 0.724 0.000 0.008
#> GSM682139 1 0.1716 0.7822 0.932 0.036 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682140 4 0.4312 0.5986 0.204 0.000 0.064 0.724 0.000 0.008
#> GSM682141 1 0.3640 0.6559 0.764 0.204 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.1932 0.7992 0.924 0.000 0.040 0.016 0.000 0.020
#> GSM682143 6 0.3748 0.4450 0.000 0.000 0.012 0.300 0.000 0.688
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:hclust 152 1.92e-05 0.95107 2
#> ATC:hclust 129 4.33e-06 0.31860 3
#> ATC:hclust 143 8.63e-18 0.07013 4
#> ATC:hclust 118 2.19e-10 0.00989 5
#> ATC:hclust 132 3.29e-14 0.01472 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.974 0.957 0.981 0.4542 0.549 0.549
#> 3 3 0.886 0.886 0.955 0.3555 0.665 0.471
#> 4 4 0.928 0.917 0.960 0.1702 0.745 0.446
#> 5 5 0.743 0.720 0.842 0.0758 0.945 0.812
#> 6 6 0.717 0.638 0.755 0.0461 0.908 0.646
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682003 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682006 1 0.6887 0.787 0.816 0.184
#> GSM682007 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682011 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682097 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682102 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682115 2 0.9933 0.137 0.452 0.548
#> GSM682116 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682016 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682033 1 0.3733 0.919 0.928 0.072
#> GSM681992 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM681993 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681994 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM681995 1 0.6531 0.809 0.832 0.168
#> GSM681996 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682000 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682001 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682055 1 0.4022 0.910 0.920 0.080
#> GSM682056 1 0.8016 0.698 0.756 0.244
#> GSM682057 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682061 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682064 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682065 2 0.7139 0.744 0.196 0.804
#> GSM682066 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682067 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682068 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> GSM682076 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682081 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.8443 0.649 0.728 0.272
#> GSM682084 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682087 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681982 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681983 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM681984 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681985 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681987 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681988 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681990 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM681991 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682035 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.7528 0.742 0.784 0.216
#> GSM682038 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682046 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682050 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682054 2 0.9522 0.392 0.372 0.628
#> GSM682123 1 0.7299 0.759 0.796 0.204
#> GSM682124 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682125 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682126 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682127 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682128 1 0.6343 0.819 0.840 0.160
#> GSM682129 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682131 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682132 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682133 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682134 1 0.7528 0.742 0.784 0.216
#> GSM682135 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682136 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682137 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM682138 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> GSM682141 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> GSM682142 1 0.3879 0.915 0.924 0.076
#> GSM682143 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 2 0.6299 0.19405 0.476 0.524 0.000
#> GSM682003 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682004 2 0.4974 0.69822 0.236 0.764 0.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682007 1 0.6280 0.12396 0.540 0.000 0.460
#> GSM682008 1 0.2261 0.91175 0.932 0.000 0.068
#> GSM682009 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682010 1 0.2537 0.90117 0.920 0.000 0.080
#> GSM682011 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682097 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.2261 0.91175 0.932 0.000 0.068
#> GSM682104 3 0.5254 0.64497 0.264 0.000 0.736
#> GSM682105 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682106 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682108 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 1 0.4002 0.81402 0.840 0.000 0.160
#> GSM682111 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.1643 0.92955 0.956 0.000 0.044
#> GSM682114 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682118 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682119 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682120 1 0.0592 0.94742 0.988 0.000 0.012
#> GSM682121 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 1 0.6308 0.00272 0.508 0.000 0.492
#> GSM682017 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681992 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681993 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.4235 0.77364 0.176 0.000 0.824
#> GSM681997 1 0.2537 0.90117 0.920 0.000 0.080
#> GSM681998 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682000 1 0.1163 0.93072 0.972 0.028 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682055 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682056 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.0592 0.94661 0.012 0.000 0.988
#> GSM682061 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682069 1 0.1411 0.93330 0.964 0.000 0.036
#> GSM682070 1 0.4887 0.71705 0.772 0.000 0.228
#> GSM682071 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.2261 0.91175 0.932 0.000 0.068
#> GSM682075 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682076 1 0.2261 0.91175 0.932 0.000 0.068
#> GSM682077 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682087 3 0.4121 0.78342 0.168 0.000 0.832
#> GSM682088 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682089 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682090 1 0.1860 0.92316 0.948 0.000 0.052
#> GSM682091 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682093 1 0.2165 0.91472 0.936 0.000 0.064
#> GSM682094 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.2959 0.85954 0.100 0.000 0.900
#> GSM681983 2 0.6267 0.26349 0.452 0.548 0.000
#> GSM681984 1 0.2261 0.91175 0.932 0.000 0.068
#> GSM681985 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681987 3 0.3192 0.84573 0.112 0.000 0.888
#> GSM681988 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM681990 3 0.6244 0.20928 0.440 0.000 0.560
#> GSM681991 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.2711 0.89473 0.912 0.000 0.088
#> GSM682037 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 1 0.3267 0.86546 0.884 0.000 0.116
#> GSM682039 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682040 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682041 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.6111 0.23738 0.604 0.396 0.000
#> GSM682047 1 0.1964 0.92043 0.944 0.000 0.056
#> GSM682048 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.1964 0.92043 0.944 0.000 0.056
#> GSM682050 2 0.6307 0.15658 0.488 0.512 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.95722 0.000 0.000 1.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 2 0.6307 0.15658 0.488 0.512 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.91644 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682136 2 0.4654 0.72856 0.208 0.792 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682138 1 0.1964 0.92043 0.944 0.000 0.056
#> GSM682139 1 0.6204 0.14222 0.576 0.424 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 2 0.4555 0.73634 0.200 0.800 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.95392 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 1 0.4504 0.76615 0.804 0.000 0.196
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM682003 4 0.0376 0.927 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682004 1 0.1004 0.950 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM682005 1 0.0336 0.970 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682006 1 0.0336 0.970 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682007 4 0.0592 0.925 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM682008 4 0.0188 0.929 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682009 4 0.0336 0.928 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682010 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682011 1 0.3764 0.708 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0564 0.992 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM682097 4 0.0376 0.927 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682098 2 0.0564 0.992 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM682099 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682103 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682104 4 0.0707 0.923 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM682105 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682106 4 0.1118 0.914 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM682107 4 0.1118 0.914 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM682108 4 0.4981 0.187 0.000 0.000 0.464 0.536
#> GSM682109 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682110 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682111 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682112 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682113 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682114 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682115 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682116 4 0.4898 0.341 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM682117 4 0.4961 0.239 0.000 0.000 0.448 0.552
#> GSM682118 4 0.1118 0.914 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM682119 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682120 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682121 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682122 3 0.4304 0.608 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM682012 4 0.4872 0.486 0.356 0.000 0.004 0.640
#> GSM682013 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 4 0.0657 0.924 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM682017 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0188 0.996 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0188 0.996 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0336 0.996 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682033 4 0.1004 0.918 0.024 0.000 0.004 0.972
#> GSM681992 4 0.4564 0.549 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM681993 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM681994 1 0.2589 0.856 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM681995 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM681996 4 0.0707 0.923 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM681997 4 0.0188 0.929 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681998 4 0.0336 0.928 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM681999 4 0.0336 0.928 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682000 1 0.0336 0.970 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682001 1 0.0336 0.970 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682055 4 0.3831 0.740 0.204 0.000 0.004 0.792
#> GSM682056 4 0.3908 0.731 0.212 0.000 0.004 0.784
#> GSM682057 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0564 0.992 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM682059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 4 0.3172 0.795 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM682061 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682062 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0188 0.997 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682065 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682066 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682067 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682068 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682069 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682070 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682071 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682072 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682073 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682074 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682075 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682076 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682077 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682078 4 0.1637 0.895 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM682079 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682080 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682081 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682082 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682083 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682084 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682085 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682086 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682087 4 0.0707 0.923 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM682088 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682089 3 0.4477 0.550 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM682090 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682091 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682092 4 0.1118 0.914 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM682093 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682094 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682095 4 0.0376 0.927 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM681982 4 0.0707 0.923 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM681983 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM681984 4 0.0188 0.929 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM681985 4 0.1211 0.911 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM681986 4 0.0336 0.928 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM681987 4 0.0592 0.924 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM681988 4 0.0707 0.923 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM681989 4 0.0592 0.925 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM681990 4 0.0592 0.925 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM681991 4 0.0376 0.927 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682034 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682035 4 0.4382 0.578 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM682036 4 0.0336 0.929 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM682037 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682038 4 0.0188 0.929 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682039 4 0.4933 0.287 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682040 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682041 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682042 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682043 1 0.3801 0.717 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM682044 1 0.3801 0.717 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM682045 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682046 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM682047 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682048 4 0.0469 0.928 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682049 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682050 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM682051 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682052 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682053 3 0.0188 0.969 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682054 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682123 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682124 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM682125 1 0.2704 0.846 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM682126 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682127 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682128 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682129 2 0.0188 0.996 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 4 0.3908 0.731 0.212 0.000 0.004 0.784
#> GSM682132 1 0.0336 0.970 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682133 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682134 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682135 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682136 1 0.0376 0.966 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM682137 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682138 4 0.0376 0.929 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM682139 1 0.0524 0.969 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM682140 4 0.2216 0.861 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM682141 1 0.0376 0.966 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682143 4 0.0188 0.929 0.000 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682003 5 0.4045 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM682004 1 0.0963 0.8645 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM682005 1 0.1956 0.8727 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> GSM682006 1 0.4562 0.6716 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> GSM682007 4 0.1544 0.6312 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM682008 4 0.2127 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM682009 4 0.4262 0.0163 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM682010 4 0.1043 0.6390 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM682011 1 0.3237 0.7628 0.848 0.104 0.000 0.000 0.048
#> GSM682096 2 0.3527 0.8962 0.056 0.828 0.000 0.000 0.116
#> GSM682097 5 0.3913 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM682098 2 0.2389 0.9340 0.004 0.880 0.000 0.000 0.116
#> GSM682099 2 0.1341 0.9515 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM682100 2 0.0963 0.9548 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682101 2 0.1270 0.9521 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM682102 1 0.0703 0.8862 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682103 4 0.1270 0.6428 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM682104 4 0.1608 0.6298 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM682105 4 0.4150 0.2584 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM682106 4 0.3641 0.5597 0.000 0.000 0.120 0.820 0.060
#> GSM682107 4 0.5527 0.0259 0.072 0.000 0.000 0.540 0.388
#> GSM682108 4 0.5659 0.3361 0.000 0.000 0.320 0.580 0.100
#> GSM682109 3 0.1740 0.9361 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM682110 4 0.2280 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM682111 3 0.1341 0.9404 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682112 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682113 4 0.2179 0.6169 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM682114 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682115 1 0.2209 0.8694 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> GSM682116 4 0.5731 0.2064 0.196 0.000 0.000 0.624 0.180
#> GSM682117 4 0.5422 0.3690 0.000 0.000 0.296 0.616 0.088
#> GSM682118 4 0.3575 0.5612 0.000 0.000 0.120 0.824 0.056
#> GSM682119 3 0.1845 0.9343 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM682120 4 0.1965 0.6319 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM682121 4 0.2280 0.6182 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM682122 4 0.5406 -0.0602 0.000 0.000 0.468 0.476 0.056
#> GSM682012 5 0.4870 0.7233 0.080 0.020 0.000 0.152 0.748
#> GSM682013 2 0.1043 0.9550 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682014 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 4 0.4287 -0.3436 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM682017 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.1732 0.9484 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682020 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0963 0.9548 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682022 2 0.1043 0.9550 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682023 2 0.1732 0.9484 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682024 2 0.1121 0.9542 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM682025 2 0.1043 0.9550 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM682026 2 0.1732 0.9484 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682027 2 0.1270 0.9521 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM682028 2 0.2179 0.9479 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM682029 2 0.2179 0.9479 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM682030 2 0.2179 0.9479 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM682031 2 0.1965 0.9477 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM682032 2 0.2179 0.9479 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM682033 5 0.3774 0.7918 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM681992 5 0.6100 0.6526 0.184 0.000 0.000 0.252 0.564
#> GSM681993 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681994 1 0.5284 0.6565 0.660 0.000 0.000 0.104 0.236
#> GSM681995 1 0.3171 0.8237 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM681996 4 0.2305 0.6196 0.000 0.000 0.012 0.896 0.092
#> GSM681997 4 0.1270 0.6332 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM681998 4 0.4219 0.0938 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM681999 4 0.4060 0.2868 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360
#> GSM682000 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682001 1 0.1270 0.8834 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM682055 5 0.4840 0.8045 0.056 0.000 0.000 0.268 0.676
#> GSM682056 5 0.4985 0.7846 0.076 0.000 0.000 0.244 0.680
#> GSM682057 2 0.1121 0.9548 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM682058 2 0.3527 0.8962 0.056 0.828 0.000 0.000 0.116
#> GSM682059 2 0.1121 0.9548 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM682060 4 0.5681 0.3352 0.000 0.000 0.120 0.604 0.276
#> GSM682061 3 0.1410 0.9344 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM682062 2 0.0963 0.9548 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682063 2 0.0963 0.9548 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682064 1 0.0794 0.8865 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM682065 1 0.0609 0.8860 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682066 1 0.4898 0.7033 0.684 0.000 0.000 0.068 0.248
#> GSM682067 4 0.3586 0.4788 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM682068 1 0.0794 0.8865 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM682069 4 0.2179 0.6169 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM682070 4 0.2377 0.6201 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM682071 3 0.2795 0.8936 0.000 0.000 0.880 0.064 0.056
#> GSM682072 3 0.1740 0.9361 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM682073 3 0.0880 0.9463 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682074 4 0.1732 0.6401 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM682075 1 0.4734 0.7257 0.704 0.000 0.000 0.064 0.232
#> GSM682076 4 0.1608 0.6411 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM682077 4 0.2230 0.6362 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM682078 4 0.3888 0.5404 0.000 0.000 0.148 0.796 0.056
#> GSM682079 4 0.2377 0.6225 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM682080 3 0.1845 0.9341 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM682081 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682082 3 0.2922 0.8859 0.000 0.000 0.872 0.072 0.056
#> GSM682083 1 0.2754 0.8612 0.880 0.000 0.000 0.040 0.080
#> GSM682084 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682085 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682086 1 0.3812 0.7857 0.772 0.000 0.000 0.024 0.204
#> GSM682087 4 0.2388 0.6180 0.000 0.000 0.028 0.900 0.072
#> GSM682088 3 0.2036 0.9293 0.000 0.000 0.920 0.024 0.056
#> GSM682089 4 0.4719 0.4331 0.000 0.000 0.248 0.696 0.056
#> GSM682090 4 0.1965 0.6319 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM682091 4 0.4201 0.1228 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> GSM682092 4 0.4150 0.2584 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM682093 4 0.2471 0.6129 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM682094 4 0.4060 0.3322 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360
#> GSM682095 5 0.4138 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM681982 4 0.3019 0.6011 0.000 0.000 0.048 0.864 0.088
#> GSM681983 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 4 0.3932 0.3228 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM681985 4 0.3734 0.5523 0.000 0.000 0.128 0.812 0.060
#> GSM681986 4 0.4114 0.1846 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM681987 4 0.4648 -0.1921 0.000 0.000 0.012 0.524 0.464
#> GSM681988 4 0.3702 0.5704 0.000 0.000 0.084 0.820 0.096
#> GSM681989 4 0.4300 -0.1064 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM681990 4 0.1410 0.6303 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM681991 5 0.4045 0.7343 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM682034 1 0.2771 0.8479 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> GSM682035 4 0.4743 0.4552 0.112 0.000 0.000 0.732 0.156
#> GSM682036 4 0.1965 0.6266 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM682037 1 0.1341 0.8844 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM682038 4 0.3730 0.3725 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM682039 4 0.5422 0.3700 0.000 0.000 0.296 0.616 0.088
#> GSM682040 3 0.1341 0.9366 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM682041 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682043 1 0.5733 0.5455 0.620 0.000 0.000 0.220 0.160
#> GSM682044 1 0.5567 0.5843 0.644 0.000 0.000 0.196 0.160
#> GSM682045 4 0.3766 0.4891 0.004 0.000 0.000 0.728 0.268
#> GSM682046 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.2020 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM682048 4 0.3366 0.5511 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM682049 4 0.2020 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM682050 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.9510 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0703 0.8862 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682123 1 0.1121 0.8861 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM682124 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.5490 0.6149 0.644 0.000 0.000 0.128 0.228
#> GSM682126 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.2563 0.8531 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> GSM682128 1 0.4465 0.7571 0.736 0.000 0.000 0.060 0.204
#> GSM682129 2 0.1732 0.9484 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682130 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.4820 0.8032 0.068 0.000 0.000 0.236 0.696
#> GSM682132 1 0.1571 0.8836 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM682133 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.1121 0.8861 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM682135 1 0.0609 0.8860 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682136 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.4933 0.7033 0.688 0.000 0.000 0.076 0.236
#> GSM682138 4 0.2020 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM682139 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.3695 0.5408 0.036 0.000 0.000 0.800 0.164
#> GSM682141 1 0.0000 0.8830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.1671 0.8767 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682143 4 0.4150 0.0719 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.0260 0.81199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682003 5 0.4297 0.77447 0.000 0.000 0.000 0.100 0.724 0.176
#> GSM682004 1 0.0870 0.79811 0.972 0.012 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM682005 1 0.3404 0.69039 0.760 0.000 0.000 0.000 0.016 0.224
#> GSM682006 6 0.5100 0.09320 0.392 0.000 0.000 0.000 0.084 0.524
#> GSM682007 4 0.1890 0.67468 0.000 0.000 0.000 0.916 0.024 0.060
#> GSM682008 4 0.3062 0.64159 0.000 0.000 0.000 0.816 0.024 0.160
#> GSM682009 6 0.5759 0.18984 0.004 0.000 0.000 0.240 0.220 0.536
#> GSM682010 4 0.2060 0.67515 0.000 0.000 0.000 0.900 0.016 0.084
#> GSM682011 1 0.2240 0.74877 0.908 0.016 0.000 0.000 0.032 0.044
#> GSM682096 2 0.5998 0.67564 0.136 0.608 0.000 0.000 0.184 0.072
#> GSM682097 5 0.4358 0.77888 0.000 0.000 0.000 0.100 0.716 0.184
#> GSM682098 2 0.4506 0.81190 0.020 0.728 0.000 0.000 0.180 0.072
#> GSM682099 2 0.2350 0.90360 0.000 0.880 0.000 0.000 0.020 0.100
#> GSM682100 2 0.1124 0.91488 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM682101 2 0.1524 0.91040 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM682102 1 0.1714 0.81180 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM682103 4 0.3088 0.64283 0.000 0.000 0.000 0.808 0.020 0.172
#> GSM682104 4 0.1492 0.67023 0.000 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024
#> GSM682105 6 0.4389 0.43505 0.008 0.000 0.000 0.200 0.072 0.720
#> GSM682106 4 0.2461 0.63322 0.000 0.000 0.064 0.888 0.044 0.004
#> GSM682107 6 0.4585 0.43956 0.024 0.000 0.000 0.180 0.072 0.724
#> GSM682108 4 0.6023 0.46791 0.000 0.000 0.192 0.608 0.092 0.108
#> GSM682109 3 0.3264 0.82589 0.000 0.000 0.820 0.136 0.040 0.004
#> GSM682110 4 0.4328 0.60782 0.000 0.000 0.000 0.708 0.080 0.212
#> GSM682111 3 0.2058 0.86493 0.000 0.000 0.908 0.056 0.036 0.000
#> GSM682112 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682113 4 0.4645 0.57369 0.000 0.000 0.000 0.648 0.076 0.276
#> GSM682114 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682115 1 0.3482 0.58431 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM682116 6 0.4921 0.33642 0.056 0.000 0.000 0.352 0.008 0.584
#> GSM682117 4 0.6062 0.46533 0.000 0.000 0.192 0.604 0.092 0.112
#> GSM682118 4 0.2519 0.62850 0.000 0.000 0.068 0.884 0.044 0.004
#> GSM682119 3 0.3960 0.75469 0.000 0.000 0.736 0.220 0.040 0.004
#> GSM682120 4 0.3337 0.55877 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004 0.260
#> GSM682121 4 0.3795 0.39481 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004 0.364
#> GSM682122 4 0.4163 0.43741 0.000 0.000 0.232 0.716 0.048 0.004
#> GSM682012 5 0.3860 0.75742 0.012 0.004 0.000 0.016 0.748 0.220
#> GSM682013 2 0.1563 0.91193 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> GSM682014 2 0.0146 0.91826 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.91816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.4515 0.65529 0.000 0.000 0.000 0.280 0.656 0.064
#> GSM682017 2 0.0000 0.91816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.91816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.2776 0.89898 0.000 0.860 0.000 0.000 0.088 0.052
#> GSM682020 2 0.0000 0.91816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1049 0.91481 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM682022 2 0.1333 0.91354 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> GSM682023 2 0.2776 0.89898 0.000 0.860 0.000 0.000 0.088 0.052
#> GSM682024 2 0.1196 0.91556 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM682025 2 0.1434 0.91347 0.000 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> GSM682026 2 0.2006 0.90876 0.000 0.904 0.000 0.000 0.080 0.016
#> GSM682027 2 0.1524 0.91040 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM682028 2 0.3270 0.89404 0.000 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> GSM682029 2 0.3270 0.89404 0.000 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> GSM682030 2 0.3270 0.89404 0.000 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> GSM682031 2 0.3088 0.89455 0.000 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120
#> GSM682032 2 0.3270 0.89404 0.000 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> GSM682033 5 0.3858 0.77911 0.000 0.000 0.000 0.044 0.740 0.216
#> GSM681992 6 0.5951 -0.22500 0.080 0.000 0.000 0.052 0.356 0.512
#> GSM681993 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM681994 6 0.4699 0.21334 0.356 0.000 0.000 0.024 0.020 0.600
#> GSM681995 1 0.4185 0.21030 0.496 0.000 0.000 0.000 0.012 0.492
#> GSM681996 4 0.1666 0.66963 0.000 0.000 0.008 0.936 0.020 0.036
#> GSM681997 4 0.2436 0.67814 0.000 0.000 0.000 0.880 0.032 0.088
#> GSM681998 6 0.5870 0.00016 0.000 0.000 0.000 0.328 0.212 0.460
#> GSM681999 6 0.5888 0.03553 0.000 0.000 0.000 0.320 0.220 0.460
#> GSM682000 1 0.1124 0.80837 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM682001 1 0.2750 0.78551 0.844 0.000 0.000 0.000 0.020 0.136
#> GSM682055 5 0.4563 0.77163 0.012 0.000 0.000 0.088 0.716 0.184
#> GSM682056 5 0.4556 0.75975 0.012 0.000 0.000 0.080 0.712 0.196
#> GSM682057 2 0.1838 0.91053 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016
#> GSM682058 2 0.5998 0.67564 0.136 0.608 0.000 0.000 0.184 0.072
#> GSM682059 2 0.1838 0.91053 0.000 0.916 0.000 0.000 0.068 0.016
#> GSM682060 4 0.6287 0.39746 0.000 0.000 0.076 0.572 0.184 0.168
#> GSM682061 3 0.2106 0.85204 0.000 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> GSM682062 2 0.1124 0.91488 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM682063 2 0.1049 0.91481 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM682064 1 0.2357 0.80192 0.872 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116
#> GSM682065 1 0.1663 0.81296 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM682066 6 0.4845 0.12369 0.388 0.000 0.000 0.008 0.044 0.560
#> GSM682067 4 0.5391 0.25310 0.000 0.000 0.000 0.456 0.112 0.432
#> GSM682068 1 0.2482 0.79698 0.848 0.000 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM682069 4 0.4682 0.57012 0.000 0.000 0.000 0.640 0.076 0.284
#> GSM682070 4 0.4223 0.60992 0.000 0.000 0.000 0.720 0.076 0.204
#> GSM682071 3 0.4024 0.75017 0.000 0.000 0.732 0.220 0.044 0.004
#> GSM682072 3 0.3381 0.81812 0.000 0.000 0.808 0.148 0.040 0.004
#> GSM682073 3 0.1789 0.87009 0.000 0.000 0.924 0.044 0.032 0.000
#> GSM682074 4 0.3109 0.59863 0.000 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> GSM682075 6 0.4310 0.06500 0.404 0.000 0.000 0.004 0.016 0.576
#> GSM682076 4 0.3190 0.59984 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008 0.220
#> GSM682077 4 0.4150 0.47240 0.000 0.000 0.000 0.592 0.016 0.392
#> GSM682078 4 0.2839 0.61388 0.000 0.000 0.092 0.860 0.044 0.004
#> GSM682079 4 0.4167 0.48923 0.000 0.000 0.000 0.612 0.020 0.368
#> GSM682080 3 0.3304 0.82263 0.000 0.000 0.816 0.140 0.040 0.004
#> GSM682081 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682082 3 0.4064 0.73847 0.000 0.000 0.720 0.236 0.040 0.004
#> GSM682083 1 0.3937 0.40891 0.572 0.000 0.000 0.004 0.000 0.424
#> GSM682084 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682085 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682086 6 0.4534 -0.15580 0.476 0.000 0.000 0.000 0.032 0.492
#> GSM682087 4 0.1577 0.66572 0.000 0.000 0.016 0.940 0.008 0.036
#> GSM682088 3 0.3960 0.75469 0.000 0.000 0.736 0.220 0.040 0.004
#> GSM682089 4 0.3076 0.59747 0.000 0.000 0.112 0.840 0.044 0.004
#> GSM682090 4 0.3314 0.56400 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM682091 6 0.5101 0.34651 0.004 0.000 0.000 0.216 0.140 0.640
#> GSM682092 6 0.4337 0.43741 0.008 0.000 0.000 0.200 0.068 0.724
#> GSM682093 4 0.4638 0.56115 0.000 0.000 0.000 0.636 0.068 0.296
#> GSM682094 6 0.4568 0.39046 0.008 0.000 0.000 0.244 0.064 0.684
#> GSM682095 5 0.5012 0.69032 0.000 0.000 0.000 0.132 0.632 0.236
#> GSM681982 4 0.2164 0.65787 0.000 0.000 0.044 0.912 0.028 0.016
#> GSM681983 1 0.0260 0.81199 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM681984 4 0.5753 0.37192 0.000 0.000 0.000 0.512 0.236 0.252
#> GSM681985 4 0.2425 0.62605 0.000 0.000 0.088 0.884 0.024 0.004
#> GSM681986 4 0.6038 0.20625 0.000 0.000 0.000 0.416 0.268 0.316
#> GSM681987 5 0.6009 0.25374 0.000 0.000 0.012 0.356 0.464 0.168
#> GSM681988 4 0.2505 0.63706 0.000 0.000 0.064 0.888 0.040 0.008
#> GSM681989 6 0.5362 0.21922 0.004 0.000 0.000 0.188 0.200 0.608
#> GSM681990 4 0.1594 0.67791 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016 0.052
#> GSM681991 5 0.4972 0.69338 0.000 0.000 0.000 0.116 0.628 0.256
#> GSM682034 1 0.3915 0.42581 0.584 0.000 0.000 0.000 0.004 0.412
#> GSM682035 6 0.4913 0.31874 0.072 0.000 0.000 0.364 0.000 0.564
#> GSM682036 4 0.4586 0.58410 0.000 0.000 0.000 0.660 0.076 0.264
#> GSM682037 1 0.3390 0.66547 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM682038 4 0.5787 0.34410 0.000 0.000 0.000 0.504 0.244 0.252
#> GSM682039 4 0.5958 0.48684 0.000 0.000 0.176 0.620 0.096 0.108
#> GSM682040 3 0.1616 0.86629 0.000 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM682041 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682042 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682043 6 0.5116 0.29016 0.344 0.000 0.000 0.096 0.000 0.560
#> GSM682044 6 0.5052 0.20258 0.388 0.000 0.000 0.080 0.000 0.532
#> GSM682045 6 0.4972 0.10250 0.008 0.000 0.000 0.352 0.060 0.580
#> GSM682046 1 0.0000 0.81372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.3601 0.49377 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> GSM682048 6 0.4482 0.07663 0.000 0.000 0.000 0.360 0.040 0.600
#> GSM682049 4 0.3601 0.49377 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> GSM682050 1 0.0000 0.81372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682052 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682053 3 0.0260 0.88380 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM682054 1 0.2260 0.79727 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM682123 1 0.2793 0.76017 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM682124 1 0.0000 0.81372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 6 0.4462 0.22293 0.356 0.000 0.000 0.020 0.012 0.612
#> GSM682126 1 0.0260 0.81511 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682127 1 0.3774 0.43769 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM682128 6 0.4262 -0.00157 0.424 0.000 0.000 0.004 0.012 0.560
#> GSM682129 2 0.2776 0.89898 0.000 0.860 0.000 0.000 0.088 0.052
#> GSM682130 2 0.0000 0.91816 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.4325 0.77705 0.012 0.000 0.000 0.056 0.724 0.208
#> GSM682132 1 0.3650 0.67597 0.708 0.000 0.000 0.000 0.012 0.280
#> GSM682133 1 0.0260 0.81511 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.2730 0.76620 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM682135 1 0.1444 0.81436 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM682136 1 0.0146 0.81157 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682137 6 0.4284 0.14578 0.384 0.000 0.000 0.012 0.008 0.596
#> GSM682138 4 0.3601 0.49377 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> GSM682139 1 0.0000 0.81372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 6 0.4195 0.15604 0.008 0.000 0.000 0.440 0.004 0.548
#> GSM682141 1 0.0146 0.81157 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682142 1 0.3490 0.67808 0.724 0.000 0.000 0.000 0.008 0.268
#> GSM682143 4 0.5910 0.12067 0.000 0.000 0.000 0.448 0.332 0.220
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:kmeans 160 3.83e-09 0.294193 2
#> ATC:kmeans 153 8.46e-13 0.085631 3
#> ATC:kmeans 157 3.04e-16 0.000628 4
#> ATC:kmeans 137 4.36e-12 0.006810 5
#> ATC:kmeans 116 1.24e-10 0.002388 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.5013 0.499 0.499
#> 3 3 0.961 0.942 0.972 0.2627 0.830 0.671
#> 4 4 0.769 0.754 0.887 0.1347 0.898 0.731
#> 5 5 0.720 0.692 0.848 0.0487 0.945 0.816
#> 6 6 0.761 0.643 0.825 0.0408 0.941 0.773
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682003 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682006 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682011 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682097 1 0.1414 0.979 0.980 0.020
#> GSM682098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682115 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682116 1 0.1184 0.983 0.984 0.016
#> GSM682117 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM681992 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM681993 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681994 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM681995 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682000 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682001 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682055 2 0.9661 0.357 0.392 0.608
#> GSM682056 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682061 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682064 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682066 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682075 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682081 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682083 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682086 2 0.0376 0.989 0.004 0.996
#> GSM682087 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681982 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681983 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM681984 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681985 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681987 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681988 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681990 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681991 1 0.2778 0.949 0.952 0.048
#> GSM682034 2 0.0672 0.985 0.008 0.992
#> GSM682035 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682037 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682038 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682046 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682050 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682054 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682123 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682124 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682125 2 0.0376 0.989 0.004 0.996
#> GSM682126 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682127 2 0.6623 0.791 0.172 0.828
#> GSM682128 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682132 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682133 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682134 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682135 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682136 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682137 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682141 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682142 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> GSM682143 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.2537 0.9142 0.920 0.080 0.000
#> GSM682003 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682005 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682006 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682007 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682010 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682011 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682097 2 0.6309 -0.0146 0.000 0.500 0.500
#> GSM682098 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.2625 0.9124 0.916 0.084 0.000
#> GSM682103 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682104 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682105 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682106 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 1 0.5497 0.5972 0.708 0.000 0.292
#> GSM682108 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682114 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682118 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682119 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682120 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682121 3 0.1643 0.9437 0.044 0.000 0.956
#> GSM682122 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM681992 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM681993 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.1163 0.9246 0.972 0.028 0.000
#> GSM681995 1 0.0892 0.9254 0.980 0.020 0.000
#> GSM681996 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681997 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681998 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681999 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682000 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682001 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682055 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682056 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682061 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.4887 0.7781 0.772 0.228 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.2796 0.9074 0.908 0.092 0.000
#> GSM682067 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682068 1 0.4399 0.8246 0.812 0.188 0.000
#> GSM682069 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682070 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682071 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682075 1 0.2165 0.9183 0.936 0.064 0.000
#> GSM682076 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682077 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682078 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682079 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682087 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682088 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682089 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682090 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682091 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682092 3 0.3038 0.8830 0.104 0.000 0.896
#> GSM682093 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682094 3 0.5497 0.5767 0.292 0.000 0.708
#> GSM682095 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681982 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 1 0.6008 0.5279 0.628 0.372 0.000
#> GSM681984 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681987 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681988 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 3 0.3482 0.8471 0.000 0.128 0.872
#> GSM681990 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM681991 3 0.6204 0.2718 0.000 0.424 0.576
#> GSM682034 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1860 0.8920 0.948 0.000 0.052
#> GSM682036 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682039 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682040 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682041 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 3 0.5363 0.6083 0.276 0.000 0.724
#> GSM682046 1 0.2537 0.9142 0.920 0.080 0.000
#> GSM682047 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682048 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682049 3 0.2537 0.9093 0.080 0.000 0.920
#> GSM682050 1 0.2537 0.9142 0.920 0.080 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.4555 0.8121 0.800 0.200 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.2537 0.9142 0.920 0.080 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.0000 0.9845 0.000 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.4796 0.7884 0.780 0.220 0.000
#> GSM682133 1 0.2537 0.9142 0.920 0.080 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.2625 0.9124 0.916 0.084 0.000
#> GSM682136 1 0.2625 0.9124 0.916 0.084 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682138 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
#> GSM682139 1 0.2625 0.9124 0.916 0.084 0.000
#> GSM682140 1 0.1643 0.8981 0.956 0.000 0.044
#> GSM682141 1 0.4555 0.8121 0.800 0.200 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9263 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 3 0.0000 0.9821 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682003 3 0.4907 -0.05878 0.000 0.000 0.580 0.420
#> GSM682004 2 0.3219 0.79666 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM682005 2 0.0469 0.96652 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM682006 2 0.0817 0.95766 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM682007 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682008 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682009 4 0.4422 0.82298 0.008 0.000 0.256 0.736
#> GSM682010 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682011 2 0.1302 0.94148 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682097 3 0.6723 0.23417 0.000 0.260 0.600 0.140
#> GSM682098 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682103 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682104 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682105 3 0.4967 -0.22996 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM682106 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682107 4 0.7402 0.57552 0.308 0.000 0.192 0.500
#> GSM682108 3 0.4855 -0.04316 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM682109 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682110 3 0.4830 -0.00912 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM682111 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682112 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682113 3 0.4948 -0.19692 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM682114 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682115 1 0.0921 0.90465 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682116 1 0.7766 0.17991 0.412 0.000 0.344 0.244
#> GSM682117 3 0.4804 0.02367 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM682118 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682119 3 0.4790 0.03892 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM682120 3 0.3266 0.64887 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM682121 3 0.3668 0.62258 0.004 0.000 0.808 0.188
#> GSM682122 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.1022 0.95136 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682013 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.1474 0.75679 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM682017 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682033 2 0.4500 0.62415 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM681992 4 0.5067 0.49608 0.048 0.216 0.000 0.736
#> GSM681993 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681994 1 0.0672 0.91091 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM681995 1 0.0188 0.90969 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681997 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM681998 4 0.4277 0.82477 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM681999 4 0.4277 0.82477 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM682000 2 0.1716 0.92337 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM682001 2 0.2704 0.85798 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM682055 2 0.2704 0.87509 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM682056 2 0.1022 0.95136 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682057 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.4776 0.05405 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM682061 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682062 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.2469 0.85870 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.90875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682067 3 0.4948 -0.19692 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM682068 1 0.1940 0.88535 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM682069 3 0.4948 -0.19692 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM682070 3 0.4948 -0.19692 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM682071 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682072 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682073 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682074 3 0.3266 0.64887 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM682075 1 0.1305 0.91048 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM682076 3 0.2081 0.73083 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM682077 3 0.3219 0.66358 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM682078 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682079 3 0.0188 0.79900 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682080 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682081 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682082 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.1118 0.90185 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682084 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682085 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0469 0.90807 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682087 3 0.0188 0.79673 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682088 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682089 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682090 3 0.3356 0.64021 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM682091 4 0.4477 0.79643 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM682092 4 0.5217 0.37711 0.012 0.000 0.380 0.608
#> GSM682093 3 0.3610 0.53901 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM682094 4 0.7186 0.56754 0.140 0.000 0.384 0.476
#> GSM682095 4 0.4103 0.81985 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM681982 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681983 1 0.4134 0.68357 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM681984 4 0.4713 0.72951 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM681985 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681986 4 0.4277 0.82477 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM681987 4 0.4331 0.82156 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM681988 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681989 4 0.4214 0.79263 0.016 0.000 0.204 0.780
#> GSM681990 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681991 4 0.4155 0.81117 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM682034 1 0.3486 0.81136 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM682035 1 0.6027 0.65457 0.664 0.000 0.092 0.244
#> GSM682036 3 0.4804 0.02367 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM682037 1 0.0707 0.90588 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682038 4 0.4356 0.81931 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM682039 3 0.4585 0.20195 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM682040 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682041 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682042 3 0.0188 0.79905 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682043 1 0.4008 0.76615 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM682044 1 0.3942 0.77132 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM682045 4 0.5740 0.74509 0.092 0.000 0.208 0.700
#> GSM682046 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682047 3 0.4008 0.55917 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM682048 4 0.4040 0.55305 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM682049 3 0.4872 0.52260 0.028 0.000 0.728 0.244
#> GSM682050 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.79889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682052 3 0.0188 0.79905 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM682053 3 0.0336 0.79882 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM682054 1 0.0000 0.90875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0707 0.90588 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682124 1 0.1637 0.89674 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM682125 1 0.1940 0.88459 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM682126 1 0.0000 0.90875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.2589 0.86232 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM682128 1 0.1488 0.91134 0.956 0.032 0.000 0.012
#> GSM682129 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.97445 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.2589 0.88294 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM682132 1 0.4222 0.67006 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM682133 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0707 0.90588 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682135 1 0.1302 0.90605 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.1022 0.91094 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM682137 1 0.2149 0.87885 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM682138 3 0.4008 0.55917 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM682139 1 0.1211 0.90796 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM682140 3 0.7683 0.09062 0.304 0.000 0.452 0.244
#> GSM682141 1 0.1637 0.89674 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.90875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 4 0.4356 0.81931 0.000 0.000 0.292 0.708
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.1638 0.757 0.932 0.064 0.000 0.004 0.000
#> GSM682003 5 0.4752 0.485 0.000 0.000 0.184 0.092 0.724
#> GSM682004 2 0.2690 0.773 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM682005 2 0.0955 0.917 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> GSM682006 2 0.3124 0.773 0.144 0.840 0.000 0.008 0.008
#> GSM682007 3 0.0290 0.859 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682008 3 0.0404 0.856 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM682009 5 0.3714 0.686 0.000 0.000 0.132 0.056 0.812
#> GSM682010 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682011 2 0.3586 0.588 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682097 3 0.7830 -0.260 0.000 0.176 0.384 0.092 0.348
#> GSM682098 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.1544 0.756 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 3 0.0162 0.862 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM682104 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682105 3 0.6661 -0.184 0.000 0.000 0.412 0.232 0.356
#> GSM682106 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682107 5 0.7719 0.223 0.324 0.000 0.060 0.236 0.380
#> GSM682108 3 0.5322 0.498 0.000 0.000 0.672 0.140 0.188
#> GSM682109 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682110 3 0.5392 0.484 0.000 0.000 0.664 0.144 0.192
#> GSM682111 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682113 3 0.5882 0.314 0.000 0.000 0.588 0.148 0.264
#> GSM682114 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682115 1 0.4375 0.198 0.576 0.004 0.000 0.420 0.000
#> GSM682116 4 0.4781 0.562 0.160 0.000 0.112 0.728 0.000
#> GSM682117 3 0.5120 0.542 0.000 0.000 0.696 0.140 0.164
#> GSM682118 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682119 3 0.4487 0.630 0.000 0.000 0.756 0.104 0.140
#> GSM682120 3 0.2561 0.737 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM682121 3 0.4171 0.240 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM682122 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682012 2 0.4683 0.684 0.000 0.732 0.000 0.092 0.176
#> GSM682013 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.4786 0.541 0.000 0.000 0.720 0.092 0.188
#> GSM682017 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 5 0.4974 0.352 0.000 0.212 0.000 0.092 0.696
#> GSM681992 5 0.1845 0.564 0.000 0.016 0.000 0.056 0.928
#> GSM681993 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681994 1 0.4520 0.529 0.684 0.032 0.000 0.284 0.000
#> GSM681995 1 0.3732 0.663 0.792 0.032 0.000 0.176 0.000
#> GSM681996 3 0.0162 0.861 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM681997 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681998 5 0.3366 0.688 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM681999 5 0.4031 0.697 0.000 0.000 0.184 0.044 0.772
#> GSM682000 2 0.4088 0.489 0.304 0.688 0.000 0.008 0.000
#> GSM682001 1 0.4291 0.209 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM682055 2 0.5452 0.508 0.000 0.616 0.000 0.092 0.292
#> GSM682056 2 0.4610 0.694 0.000 0.740 0.000 0.092 0.168
#> GSM682057 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.3573 0.694 0.000 0.000 0.812 0.036 0.152
#> GSM682061 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3003 0.682 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.729 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.3409 0.706 0.824 0.032 0.000 0.144 0.000
#> GSM682067 3 0.5968 0.290 0.000 0.000 0.576 0.156 0.268
#> GSM682068 1 0.3914 0.697 0.788 0.164 0.000 0.048 0.000
#> GSM682069 3 0.5882 0.314 0.000 0.000 0.588 0.148 0.264
#> GSM682070 3 0.5882 0.314 0.000 0.000 0.588 0.148 0.264
#> GSM682071 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682074 3 0.2516 0.742 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM682075 1 0.4066 0.672 0.768 0.044 0.000 0.188 0.000
#> GSM682076 3 0.1197 0.829 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM682077 3 0.3579 0.675 0.000 0.000 0.756 0.240 0.004
#> GSM682078 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682079 3 0.2471 0.766 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682083 1 0.4273 0.103 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682086 1 0.4159 0.607 0.776 0.000 0.000 0.156 0.068
#> GSM682087 3 0.0290 0.859 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682088 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682089 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682090 3 0.2852 0.700 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM682091 5 0.5372 0.614 0.000 0.000 0.152 0.180 0.668
#> GSM682092 4 0.7037 -0.295 0.008 0.000 0.308 0.372 0.312
#> GSM682093 3 0.3346 0.742 0.000 0.000 0.844 0.092 0.064
#> GSM682094 5 0.8012 0.316 0.084 0.000 0.300 0.268 0.348
#> GSM682095 5 0.1872 0.637 0.000 0.000 0.052 0.020 0.928
#> GSM681982 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681983 1 0.3508 0.612 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 5 0.4182 0.494 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM681985 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681986 5 0.4100 0.696 0.000 0.000 0.192 0.044 0.764
#> GSM681987 5 0.3809 0.675 0.000 0.000 0.256 0.008 0.736
#> GSM681988 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681989 5 0.2740 0.670 0.000 0.000 0.096 0.028 0.876
#> GSM681990 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681991 5 0.0671 0.590 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> GSM682034 1 0.4278 -0.100 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM682035 4 0.4252 0.435 0.340 0.000 0.008 0.652 0.000
#> GSM682036 3 0.4948 0.556 0.000 0.000 0.708 0.108 0.184
#> GSM682037 1 0.2074 0.660 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM682038 5 0.4243 0.667 0.000 0.000 0.264 0.024 0.712
#> GSM682039 3 0.2813 0.757 0.000 0.000 0.868 0.024 0.108
#> GSM682040 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682041 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682043 4 0.4015 0.421 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> GSM682044 4 0.4294 0.216 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM682045 5 0.7491 0.361 0.060 0.000 0.172 0.364 0.404
#> GSM682046 1 0.1478 0.756 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.4114 0.412 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM682048 4 0.5752 0.233 0.020 0.000 0.124 0.664 0.192
#> GSM682049 4 0.5027 0.483 0.056 0.000 0.304 0.640 0.000
#> GSM682050 1 0.1478 0.756 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.729 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2891 0.569 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM682124 1 0.2605 0.717 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 4 0.4557 0.133 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008
#> GSM682126 1 0.0000 0.729 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.3003 0.573 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM682128 1 0.5218 0.503 0.624 0.068 0.000 0.308 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.5192 0.588 0.000 0.664 0.000 0.092 0.244
#> GSM682132 1 0.6257 0.348 0.460 0.392 0.000 0.148 0.000
#> GSM682133 1 0.1410 0.756 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.2516 0.618 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM682135 1 0.1851 0.751 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.1544 0.756 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.4219 0.230 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> GSM682138 4 0.4114 0.412 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM682139 1 0.1792 0.752 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.4772 0.562 0.164 0.000 0.108 0.728 0.000
#> GSM682141 1 0.2561 0.720 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.729 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.4106 0.673 0.000 0.000 0.256 0.020 0.724
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.1312 0.73514 0.956 0.020 0.008 0.000 0.004 0.012
#> GSM682003 5 0.3356 0.43944 0.000 0.000 0.092 0.020 0.836 0.052
#> GSM682004 2 0.2793 0.71703 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682005 2 0.4323 0.70969 0.028 0.772 0.060 0.000 0.008 0.132
#> GSM682006 2 0.4356 0.72979 0.112 0.784 0.044 0.000 0.020 0.040
#> GSM682007 4 0.1364 0.85607 0.000 0.000 0.012 0.952 0.020 0.016
#> GSM682008 4 0.1364 0.85607 0.000 0.000 0.012 0.952 0.020 0.016
#> GSM682009 5 0.5398 0.50208 0.000 0.000 0.280 0.084 0.608 0.028
#> GSM682010 4 0.0951 0.86544 0.000 0.000 0.008 0.968 0.020 0.004
#> GSM682011 2 0.2491 0.76578 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682097 5 0.6776 0.11340 0.000 0.028 0.096 0.340 0.476 0.060
#> GSM682098 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0865 0.73759 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.0713 0.86446 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM682104 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682105 3 0.3316 0.57325 0.000 0.000 0.812 0.152 0.008 0.028
#> GSM682106 4 0.0146 0.87472 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682107 3 0.3693 0.36907 0.092 0.000 0.828 0.016 0.028 0.036
#> GSM682108 4 0.4086 -0.34664 0.000 0.000 0.464 0.528 0.008 0.000
#> GSM682109 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682110 3 0.4097 0.41305 0.000 0.000 0.504 0.488 0.008 0.000
#> GSM682111 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682112 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682113 3 0.4209 0.61220 0.000 0.000 0.596 0.384 0.020 0.000
#> GSM682114 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682115 6 0.5251 0.07059 0.432 0.000 0.072 0.000 0.008 0.488
#> GSM682116 6 0.2749 0.56773 0.044 0.000 0.048 0.020 0.004 0.884
#> GSM682117 4 0.4067 -0.27779 0.000 0.000 0.444 0.548 0.008 0.000
#> GSM682118 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682119 4 0.3081 0.56159 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004 0.000
#> GSM682120 4 0.2776 0.75004 0.000 0.000 0.032 0.860 0.004 0.104
#> GSM682121 4 0.4587 0.08634 0.000 0.000 0.036 0.508 0.000 0.456
#> GSM682122 4 0.0146 0.87451 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM682012 2 0.6151 0.14227 0.000 0.476 0.092 0.000 0.376 0.056
#> GSM682013 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 4 0.6192 -0.01979 0.000 0.000 0.096 0.468 0.380 0.056
#> GSM682017 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 5 0.3813 0.44337 0.000 0.076 0.072 0.000 0.812 0.040
#> GSM681992 5 0.3147 0.52263 0.000 0.008 0.160 0.000 0.816 0.016
#> GSM681993 4 0.0405 0.87340 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM681994 1 0.5581 0.05972 0.492 0.008 0.084 0.000 0.008 0.408
#> GSM681995 1 0.5540 0.20449 0.544 0.012 0.080 0.000 0.008 0.356
#> GSM681996 4 0.1269 0.85828 0.000 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> GSM681997 4 0.0820 0.86753 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> GSM681998 5 0.5258 0.50648 0.000 0.000 0.184 0.188 0.624 0.004
#> GSM681999 5 0.5288 0.49132 0.000 0.000 0.264 0.132 0.600 0.004
#> GSM682000 2 0.4431 0.61317 0.212 0.724 0.036 0.000 0.004 0.024
#> GSM682001 1 0.4058 0.36069 0.616 0.372 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM682055 5 0.6175 -0.00142 0.000 0.400 0.092 0.000 0.452 0.056
#> GSM682056 2 0.6139 0.16371 0.000 0.484 0.092 0.000 0.368 0.056
#> GSM682057 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 4 0.2491 0.74248 0.000 0.000 0.112 0.868 0.020 0.000
#> GSM682061 4 0.0405 0.87471 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.2805 0.63668 0.828 0.160 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.72924 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.5213 0.33775 0.544 0.000 0.352 0.000 0.000 0.104
#> GSM682067 3 0.4078 0.61888 0.000 0.000 0.656 0.320 0.024 0.000
#> GSM682068 1 0.4372 0.61965 0.760 0.140 0.048 0.000 0.000 0.052
#> GSM682069 3 0.4292 0.60920 0.000 0.000 0.588 0.388 0.024 0.000
#> GSM682070 3 0.4292 0.60920 0.000 0.000 0.588 0.388 0.024 0.000
#> GSM682071 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682072 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682073 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682074 4 0.2838 0.73852 0.000 0.000 0.028 0.852 0.004 0.116
#> GSM682075 1 0.6223 0.14856 0.476 0.016 0.156 0.000 0.008 0.344
#> GSM682076 4 0.2189 0.80155 0.000 0.000 0.032 0.904 0.004 0.060
#> GSM682077 4 0.5295 -0.42506 0.000 0.000 0.440 0.460 0.000 0.100
#> GSM682078 4 0.0000 0.87487 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682079 3 0.4097 0.36227 0.000 0.000 0.500 0.492 0.000 0.008
#> GSM682080 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682081 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682082 4 0.0000 0.87487 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682083 6 0.5072 0.23117 0.372 0.000 0.064 0.000 0.008 0.556
#> GSM682084 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682085 4 0.0000 0.87487 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682086 1 0.3991 0.27981 0.524 0.000 0.472 0.000 0.000 0.004
#> GSM682087 4 0.1237 0.85411 0.000 0.000 0.020 0.956 0.004 0.020
#> GSM682088 4 0.0260 0.87478 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM682089 4 0.0000 0.87487 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682090 4 0.3492 0.64162 0.000 0.000 0.032 0.788 0.004 0.176
#> GSM682091 3 0.3354 0.41442 0.000 0.000 0.812 0.060 0.128 0.000
#> GSM682092 3 0.3728 0.56705 0.000 0.000 0.784 0.152 0.004 0.060
#> GSM682093 4 0.2883 0.58541 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> GSM682094 3 0.3850 0.52797 0.032 0.000 0.816 0.104 0.020 0.028
#> GSM682095 5 0.4201 0.55363 0.000 0.000 0.196 0.068 0.732 0.004
#> GSM681982 4 0.1269 0.85895 0.000 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> GSM681983 1 0.3543 0.50492 0.720 0.272 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM681984 5 0.4763 0.30395 0.000 0.000 0.064 0.344 0.592 0.000
#> GSM681985 4 0.0976 0.86520 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> GSM681986 5 0.5298 0.49281 0.000 0.000 0.252 0.140 0.604 0.004
#> GSM681987 5 0.4849 0.51715 0.000 0.000 0.148 0.188 0.664 0.000
#> GSM681988 4 0.1269 0.85828 0.000 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> GSM681989 5 0.5114 0.54339 0.000 0.000 0.216 0.072 0.672 0.040
#> GSM681990 4 0.1167 0.86055 0.000 0.000 0.012 0.960 0.020 0.008
#> GSM681991 5 0.3261 0.53491 0.000 0.000 0.204 0.016 0.780 0.000
#> GSM682034 1 0.3998 -0.14191 0.504 0.000 0.000 0.000 0.004 0.492
#> GSM682035 6 0.3519 0.49894 0.244 0.000 0.004 0.004 0.004 0.744
#> GSM682036 4 0.3794 0.45856 0.000 0.000 0.248 0.724 0.028 0.000
#> GSM682037 1 0.1141 0.70491 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM682038 5 0.5336 0.40771 0.000 0.000 0.160 0.256 0.584 0.000
#> GSM682039 4 0.1926 0.80531 0.000 0.000 0.068 0.912 0.020 0.000
#> GSM682040 4 0.0508 0.87414 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM682041 4 0.0551 0.87203 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> GSM682042 4 0.0405 0.87417 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM682043 6 0.3360 0.47977 0.264 0.000 0.000 0.000 0.004 0.732
#> GSM682044 6 0.3975 0.15656 0.452 0.000 0.000 0.000 0.004 0.544
#> GSM682045 3 0.7974 -0.02018 0.052 0.000 0.340 0.088 0.220 0.300
#> GSM682046 1 0.0632 0.73878 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 6 0.3878 0.34068 0.000 0.000 0.008 0.320 0.004 0.668
#> GSM682048 6 0.6669 0.28835 0.024 0.000 0.172 0.080 0.148 0.576
#> GSM682049 6 0.4072 0.42646 0.020 0.000 0.008 0.256 0.004 0.712
#> GSM682050 1 0.0632 0.73878 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 4 0.0551 0.87203 0.000 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> GSM682052 4 0.0405 0.87417 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM682053 4 0.0508 0.87414 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.72924 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.2048 0.63048 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM682124 1 0.1863 0.69642 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 6 0.4328 0.43399 0.284 0.000 0.040 0.000 0.004 0.672
#> GSM682126 1 0.0000 0.72924 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.2883 0.53179 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM682128 1 0.6204 0.07596 0.460 0.052 0.076 0.000 0.008 0.404
#> GSM682129 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.93767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.6183 -0.05791 0.000 0.420 0.092 0.000 0.432 0.056
#> GSM682132 6 0.7363 -0.04017 0.284 0.300 0.076 0.000 0.008 0.332
#> GSM682133 1 0.0951 0.73773 0.968 0.020 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM682134 1 0.1814 0.65337 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM682135 1 0.0790 0.73865 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0713 0.73905 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 6 0.4440 0.47617 0.200 0.000 0.076 0.000 0.008 0.716
#> GSM682138 6 0.3827 0.35866 0.000 0.000 0.008 0.308 0.004 0.680
#> GSM682139 1 0.0790 0.73865 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 6 0.1816 0.57248 0.048 0.000 0.004 0.016 0.004 0.928
#> GSM682141 1 0.1610 0.71174 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.72924 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682143 5 0.5202 0.45437 0.000 0.000 0.164 0.224 0.612 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:skmeans 161 2.03e-09 0.315232 2
#> ATC:skmeans 160 6.97e-18 0.221488 3
#> ATC:skmeans 144 4.60e-15 0.007891 4
#> ATC:skmeans 131 2.88e-13 0.000568 5
#> ATC:skmeans 119 1.27e-13 0.000209 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.961 0.982 0.3622 0.620 0.620
#> 3 3 0.868 0.926 0.969 0.6233 0.685 0.535
#> 4 4 0.790 0.827 0.927 0.2051 0.863 0.679
#> 5 5 0.721 0.592 0.793 0.1128 0.804 0.430
#> 6 6 0.716 0.573 0.754 0.0313 0.925 0.674
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 2 0.9983 0.220 0.476 0.524
#> GSM682003 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.5737 0.826 0.136 0.864
#> GSM682005 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> GSM682006 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682011 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.1414 0.915 0.020 0.980
#> GSM682097 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682012 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> GSM682013 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682033 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681992 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681993 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.4022 0.904 0.920 0.080
#> GSM682001 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682055 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682056 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.8955 0.614 0.312 0.688
#> GSM682059 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682061 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682081 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681982 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681983 2 0.9358 0.547 0.352 0.648
#> GSM681984 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681985 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681987 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681988 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681990 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM681991 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682038 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682046 2 0.9358 0.547 0.352 0.648
#> GSM682047 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682050 2 0.9323 0.555 0.348 0.652
#> GSM682051 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682124 2 0.9323 0.555 0.348 0.652
#> GSM682125 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.927 0.000 1.000
#> GSM682131 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682136 2 0.1633 0.913 0.024 0.976
#> GSM682137 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.9323 0.555 0.348 0.652
#> GSM682140 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682141 2 0.6531 0.795 0.168 0.832
#> GSM682142 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM682143 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0892 0.9428 0.980 0.020 0.000
#> GSM682003 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682004 1 0.2625 0.8880 0.916 0.084 0.000
#> GSM682005 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682007 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682008 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682009 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682010 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682011 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.6192 0.2504 0.420 0.580 0.000
#> GSM682097 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682104 1 0.3686 0.8373 0.860 0.000 0.140
#> GSM682105 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682106 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682108 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682114 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682118 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682119 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682122 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682017 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681992 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681993 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.1643 0.9209 0.044 0.000 0.956
#> GSM681997 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM681998 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682055 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682056 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 1 0.6126 0.3207 0.600 0.400 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.1289 0.9364 0.032 0.000 0.968
#> GSM682061 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682070 1 0.3752 0.8233 0.856 0.000 0.144
#> GSM682071 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682075 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682076 1 0.4346 0.7905 0.816 0.000 0.184
#> GSM682077 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682078 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682087 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682088 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682089 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682090 1 0.0892 0.9439 0.980 0.000 0.020
#> GSM682091 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681982 3 0.6180 0.2362 0.416 0.000 0.584
#> GSM681983 1 0.2959 0.8684 0.900 0.100 0.000
#> GSM681984 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681985 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681987 3 0.4452 0.7090 0.192 0.000 0.808
#> GSM681988 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM681990 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM681991 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682034 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 1 0.0237 0.9549 0.996 0.000 0.004
#> GSM682039 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682040 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682041 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0424 0.9524 0.992 0.000 0.008
#> GSM682048 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682050 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.1289 0.9332 0.968 0.032 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682132 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682136 2 0.4399 0.7314 0.188 0.812 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682138 1 0.4452 0.7812 0.808 0.000 0.192
#> GSM682139 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.6299 0.0774 0.524 0.476 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9575 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 1 0.4605 0.7428 0.796 0.000 0.204
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682003 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682004 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682005 4 0.4888 0.2520 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM682006 4 0.1940 0.8313 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM682007 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682008 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682009 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682010 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682011 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682096 1 0.6355 0.3671 0.576 0.348 0.000 0.076
#> GSM682097 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682098 2 0.4605 0.4738 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682102 4 0.3975 0.6388 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM682103 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682104 4 0.1211 0.8607 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM682105 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682106 3 0.1940 0.8817 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM682107 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682108 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682110 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682111 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682113 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682114 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.4830 0.3887 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM682116 4 0.3123 0.7473 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM682117 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682118 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682119 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682120 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682121 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682122 3 0.1118 0.9145 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM682012 4 0.2081 0.8252 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM682013 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682017 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682033 4 0.1389 0.8525 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM681992 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681993 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM681994 4 0.0817 0.8687 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM681995 4 0.4406 0.5273 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM681996 3 0.4331 0.6227 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM681997 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM681998 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681999 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682000 1 0.3942 0.6680 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM682001 4 0.3837 0.6600 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM682055 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682056 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 4 0.5673 0.0631 0.448 0.024 0.000 0.528
#> GSM682059 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.2814 0.7889 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM682061 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 4 0.4907 0.2308 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM682065 1 0.0921 0.8362 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682066 4 0.2081 0.8261 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM682067 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682068 1 0.4790 0.4023 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM682069 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682070 4 0.0817 0.8698 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM682071 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682074 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682075 4 0.3172 0.7430 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM682076 4 0.3400 0.7476 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM682077 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682078 3 0.1792 0.8890 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM682079 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682080 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 4 0.4040 0.6212 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM682084 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682086 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682087 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682088 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682089 3 0.1557 0.8990 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM682090 4 0.2281 0.8188 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM682091 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682092 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682093 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682094 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682095 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681982 3 0.4830 0.3777 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM681983 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681985 3 0.1940 0.8820 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM681986 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681987 3 0.4585 0.5413 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM681988 3 0.3873 0.7061 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM681989 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681990 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM681991 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682034 1 0.4382 0.5744 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM682035 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682036 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682037 1 0.0921 0.8362 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM682038 4 0.0188 0.8794 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM682039 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682040 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682041 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682043 4 0.0336 0.8774 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682044 4 0.4855 0.2653 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM682045 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.0592 0.8737 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM682048 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682049 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682050 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682052 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682053 3 0.0000 0.9388 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.3610 0.7109 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM682123 1 0.1867 0.8134 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM682124 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 4 0.4193 0.5893 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM682126 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.4948 0.2229 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM682128 4 0.4643 0.4323 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM682129 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 4 0.0188 0.8792 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682132 1 0.4804 0.3920 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM682133 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0707 0.8387 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM682135 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.4790 0.3375 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM682138 4 0.3444 0.7438 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM682139 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.0000 0.8808 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.3726 0.6971 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM682143 4 0.2281 0.8207 0.000 0.000 0.096 0.904
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682003 5 0.6265 0.5770 0.220 0.000 0.000 0.240 0.540
#> GSM682004 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682005 5 0.3774 0.2557 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM682006 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM682007 4 0.2179 0.3769 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM682008 5 0.4297 0.4275 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM682009 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM682010 5 0.4291 0.4358 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> GSM682011 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682096 2 0.7561 -0.1987 0.272 0.352 0.000 0.040 0.336
#> GSM682097 5 0.4803 0.6421 0.444 0.000 0.000 0.020 0.536
#> GSM682098 2 0.6102 0.3145 0.176 0.560 0.000 0.000 0.264
#> GSM682099 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.3741 0.2913 0.816 0.000 0.000 0.108 0.076
#> GSM682103 4 0.4283 0.6085 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> GSM682104 4 0.2020 0.5236 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM682105 4 0.4287 0.6060 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM682106 4 0.2516 0.4120 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM682107 1 0.6257 -0.5214 0.460 0.000 0.000 0.148 0.392
#> GSM682108 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682109 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682110 4 0.5773 0.4583 0.396 0.000 0.000 0.512 0.092
#> GSM682111 3 0.1478 0.9412 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM682112 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682113 1 0.6401 -0.5274 0.448 0.000 0.000 0.172 0.380
#> GSM682114 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682115 1 0.6712 0.1580 0.416 0.000 0.000 0.324 0.260
#> GSM682116 4 0.4273 0.6120 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682117 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682118 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682119 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682120 4 0.4273 0.6120 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682121 4 0.4273 0.6120 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682122 3 0.4300 0.4583 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM682012 5 0.4731 0.6371 0.456 0.000 0.000 0.016 0.528
#> GSM682013 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.4291 0.4356 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536
#> GSM682017 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM681992 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM681993 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM681994 5 0.4727 0.6383 0.452 0.000 0.000 0.016 0.532
#> GSM681995 5 0.4807 0.5295 0.448 0.000 0.000 0.020 0.532
#> GSM681996 4 0.4088 -0.1805 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM681997 5 0.4287 0.4388 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM681998 5 0.5901 0.6509 0.344 0.000 0.000 0.116 0.540
#> GSM681999 5 0.5977 0.6480 0.332 0.000 0.000 0.128 0.540
#> GSM682000 5 0.3932 -0.3324 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM682001 1 0.5836 -0.5168 0.516 0.000 0.000 0.100 0.384
#> GSM682055 5 0.4818 0.6155 0.460 0.000 0.000 0.020 0.520
#> GSM682056 4 0.5553 0.5381 0.448 0.000 0.000 0.484 0.068
#> GSM682057 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 1 0.7954 0.3519 0.392 0.220 0.000 0.092 0.296
#> GSM682059 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.2592 0.8974 0.056 0.000 0.892 0.052 0.000
#> GSM682061 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.3682 0.2977 0.820 0.000 0.000 0.108 0.072
#> GSM682065 1 0.4639 0.5774 0.612 0.000 0.000 0.020 0.368
#> GSM682066 1 0.5799 -0.4321 0.564 0.000 0.000 0.112 0.324
#> GSM682067 4 0.4287 0.6060 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM682068 1 0.5595 0.5192 0.560 0.000 0.000 0.084 0.356
#> GSM682069 4 0.4735 0.5878 0.460 0.000 0.000 0.524 0.016
#> GSM682070 5 0.8083 0.4176 0.328 0.000 0.096 0.244 0.332
#> GSM682071 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682072 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682073 3 0.1410 0.9408 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM682074 4 0.0404 0.4991 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM682075 4 0.4294 0.6007 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM682076 4 0.0880 0.5096 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM682077 4 0.4278 0.6106 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM682078 4 0.3210 0.3465 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM682079 4 0.4273 0.6120 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682080 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682081 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682082 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682083 4 0.5341 0.5409 0.444 0.000 0.000 0.504 0.052
#> GSM682084 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682085 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682086 4 0.4644 0.5933 0.460 0.000 0.000 0.528 0.012
#> GSM682087 4 0.0609 0.4770 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM682088 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682089 4 0.4300 -0.1896 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM682090 4 0.3336 0.5675 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM682091 1 0.5778 -0.5775 0.460 0.000 0.000 0.452 0.088
#> GSM682092 4 0.4287 0.6060 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM682093 4 0.4287 0.6060 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM682094 4 0.4287 0.6060 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM682095 5 0.5100 0.6243 0.448 0.000 0.000 0.036 0.516
#> GSM681982 4 0.3003 0.2591 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM681983 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM681984 5 0.5845 0.5171 0.108 0.000 0.000 0.352 0.540
#> GSM681985 4 0.2690 0.3883 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM681986 5 0.5645 0.6540 0.376 0.000 0.000 0.084 0.540
#> GSM681987 5 0.6539 0.5225 0.104 0.000 0.036 0.320 0.540
#> GSM681988 5 0.4905 0.4016 0.000 0.000 0.024 0.476 0.500
#> GSM681989 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM681990 5 0.4287 0.4388 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM681991 5 0.4632 0.6470 0.448 0.000 0.000 0.012 0.540
#> GSM682034 1 0.4276 0.4445 0.764 0.000 0.000 0.068 0.168
#> GSM682035 4 0.4273 0.6120 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> GSM682036 5 0.6653 0.5502 0.320 0.000 0.000 0.244 0.436
#> GSM682037 1 0.4639 0.5774 0.612 0.000 0.000 0.020 0.368
#> GSM682038 5 0.6000 0.6464 0.328 0.000 0.000 0.132 0.540
#> GSM682039 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682040 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682041 3 0.2074 0.9405 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM682042 3 0.0000 0.9270 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682043 4 0.4278 0.6106 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> GSM682044 1 0.4171 0.3174 0.784 0.000 0.000 0.112 0.104
#> GSM682045 1 0.5933 -0.5946 0.448 0.000 0.000 0.104 0.448
#> GSM682046 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682047 4 0.2011 0.5156 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> GSM682048 1 0.6186 -0.5245 0.452 0.000 0.000 0.412 0.136
#> GSM682049 4 0.0290 0.4973 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682050 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682051 3 0.0510 0.9316 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM682052 3 0.1671 0.9416 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM682053 3 0.1410 0.9408 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM682054 1 0.4229 0.5405 0.704 0.000 0.000 0.020 0.276
#> GSM682123 1 0.4151 0.5679 0.652 0.000 0.000 0.004 0.344
#> GSM682124 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682125 1 0.6191 -0.3582 0.536 0.000 0.000 0.172 0.292
#> GSM682126 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682127 1 0.3495 0.4013 0.816 0.000 0.000 0.032 0.152
#> GSM682128 1 0.6296 -0.0334 0.504 0.000 0.000 0.324 0.172
#> GSM682129 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9621 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 5 0.5028 0.6259 0.444 0.000 0.000 0.032 0.524
#> GSM682132 5 0.4898 -0.2870 0.376 0.000 0.000 0.032 0.592
#> GSM682133 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682134 1 0.4473 0.5872 0.580 0.000 0.000 0.008 0.412
#> GSM682135 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682136 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682137 1 0.6152 -0.0705 0.524 0.000 0.000 0.324 0.152
#> GSM682138 4 0.0000 0.4924 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682140 4 0.2891 0.5467 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM682141 1 0.4287 0.5915 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM682142 1 0.3970 0.5190 0.744 0.000 0.000 0.020 0.236
#> GSM682143 5 0.6149 0.6346 0.296 0.000 0.000 0.164 0.540
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682003 3 0.3259 0.57012 0.000 0.000 0.772 0.216 0.000 0.012
#> GSM682004 1 0.0632 0.76542 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682005 3 0.3717 0.24162 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000
#> GSM682006 3 0.0000 0.65860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682007 4 0.3265 0.20091 0.000 0.000 0.248 0.748 0.004 0.000
#> GSM682008 3 0.3607 0.49773 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM682009 3 0.0363 0.65957 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682010 3 0.3592 0.50163 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM682011 1 0.1387 0.74084 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682096 2 0.5562 0.06285 0.368 0.536 0.004 0.068 0.000 0.024
#> GSM682097 3 0.0363 0.65579 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM682098 2 0.3766 0.47566 0.256 0.720 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682099 2 0.1663 0.77922 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM682100 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682101 2 0.3351 0.83427 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM682102 1 0.7109 0.02329 0.396 0.000 0.280 0.240 0.000 0.084
#> GSM682103 4 0.4913 0.54058 0.000 0.000 0.332 0.588 0.000 0.080
#> GSM682104 4 0.3919 0.44689 0.000 0.000 0.020 0.792 0.116 0.072
#> GSM682105 4 0.4970 0.53669 0.000 0.000 0.336 0.580 0.000 0.084
#> GSM682106 4 0.3221 0.32704 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM682107 3 0.4793 0.17481 0.000 0.000 0.628 0.288 0.000 0.084
#> GSM682108 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682109 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682110 4 0.5135 0.42847 0.000 0.000 0.368 0.540 0.000 0.092
#> GSM682111 5 0.1556 0.68384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM682112 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682113 3 0.4939 0.15697 0.000 0.000 0.612 0.292 0.000 0.096
#> GSM682114 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682115 1 0.5608 0.03985 0.436 0.000 0.124 0.436 0.000 0.004
#> GSM682116 4 0.3531 0.55301 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM682117 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682118 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682119 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682120 4 0.3531 0.55301 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.3531 0.55301 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM682122 5 0.3672 0.23488 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM682012 3 0.0405 0.65494 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> GSM682013 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682014 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682015 2 0.3330 0.83689 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM682016 3 0.3578 0.50369 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> GSM682017 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682018 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682019 2 0.0632 0.77396 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682020 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682021 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682022 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682023 2 0.3101 0.83738 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM682024 2 0.3198 0.83625 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM682025 2 0.3151 0.83632 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM682026 2 0.2793 0.83501 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM682027 2 0.3330 0.83407 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM682028 2 0.1501 0.77760 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682029 2 0.1501 0.77760 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682030 2 0.1610 0.77759 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM682031 2 0.1610 0.77759 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM682032 2 0.1610 0.77759 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM682033 3 0.0146 0.65937 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM681992 3 0.0000 0.65860 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681993 5 0.3499 -0.23545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM681994 3 0.0363 0.65359 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM681995 3 0.3279 0.55257 0.176 0.000 0.796 0.028 0.000 0.000
#> GSM681996 4 0.5808 -0.00834 0.000 0.000 0.288 0.492 0.220 0.000
#> GSM681997 3 0.3563 0.50603 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM681998 3 0.2019 0.64986 0.000 0.000 0.900 0.088 0.000 0.012
#> GSM681999 3 0.2170 0.64582 0.000 0.000 0.888 0.100 0.000 0.012
#> GSM682000 1 0.3737 0.31022 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000
#> GSM682001 3 0.5575 0.23968 0.064 0.000 0.632 0.228 0.000 0.076
#> GSM682055 3 0.0935 0.63712 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM682056 4 0.3991 0.38442 0.000 0.000 0.472 0.524 0.000 0.004
#> GSM682057 2 0.0937 0.79811 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM682058 2 0.7917 -0.29422 0.316 0.328 0.036 0.212 0.000 0.108
#> GSM682059 2 0.0937 0.79814 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM682060 5 0.2670 0.55394 0.000 0.000 0.040 0.084 0.872 0.004
#> GSM682061 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682062 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682063 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682064 1 0.7041 0.07725 0.412 0.000 0.276 0.232 0.000 0.080
#> GSM682065 1 0.1908 0.76139 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000 0.000
#> GSM682066 3 0.6005 0.14512 0.084 0.000 0.584 0.248 0.000 0.084
#> GSM682067 4 0.4970 0.53669 0.000 0.000 0.336 0.580 0.000 0.084
#> GSM682068 1 0.4402 0.57734 0.724 0.000 0.008 0.188 0.000 0.080
#> GSM682069 4 0.5094 0.52052 0.000 0.000 0.336 0.568 0.000 0.096
#> GSM682070 3 0.5992 0.26845 0.000 0.000 0.528 0.328 0.048 0.096
#> GSM682071 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682072 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682073 5 0.1610 0.67692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM682074 4 0.2883 0.39076 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM682075 4 0.5205 0.53204 0.008 0.000 0.336 0.572 0.000 0.084
#> GSM682076 4 0.3136 0.43098 0.000 0.000 0.016 0.796 0.188 0.000
#> GSM682077 4 0.4900 0.54251 0.000 0.000 0.328 0.592 0.000 0.080
#> GSM682078 4 0.3578 0.21758 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM682079 4 0.3867 0.55309 0.000 0.000 0.328 0.660 0.000 0.012
#> GSM682080 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682081 6 0.3838 0.96599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> GSM682082 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682083 4 0.5216 0.49709 0.128 0.000 0.256 0.612 0.000 0.004
#> GSM682084 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682085 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682086 4 0.5004 0.52399 0.000 0.000 0.348 0.568 0.000 0.084
#> GSM682087 4 0.3460 0.37014 0.000 0.000 0.020 0.760 0.220 0.000
#> GSM682088 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682089 5 0.3747 0.21470 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM682090 4 0.3475 0.51065 0.000 0.000 0.140 0.800 0.060 0.000
#> GSM682091 4 0.5142 0.40216 0.000 0.000 0.428 0.488 0.000 0.084
#> GSM682092 4 0.4970 0.53669 0.000 0.000 0.336 0.580 0.000 0.084
#> GSM682093 4 0.4970 0.53669 0.000 0.000 0.336 0.580 0.000 0.084
#> GSM682094 4 0.4970 0.53669 0.000 0.000 0.336 0.580 0.000 0.084
#> GSM682095 3 0.3278 0.52609 0.000 0.000 0.824 0.088 0.000 0.088
#> GSM681982 4 0.4625 0.32125 0.000 0.000 0.104 0.680 0.216 0.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM681984 3 0.3852 0.51117 0.000 0.000 0.664 0.324 0.000 0.012
#> GSM681985 4 0.3266 0.30187 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM681986 3 0.1563 0.65697 0.000 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012
#> GSM681987 3 0.4435 0.51260 0.000 0.000 0.664 0.292 0.032 0.012
#> GSM681988 3 0.5995 0.21927 0.000 0.000 0.408 0.356 0.236 0.000
#> GSM681989 3 0.0146 0.65937 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM681990 3 0.3563 0.50603 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM681991 3 0.0363 0.65957 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM682034 1 0.4924 0.50239 0.636 0.000 0.268 0.092 0.000 0.004
#> GSM682035 4 0.3531 0.55301 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.4945 0.40167 0.000 0.000 0.604 0.304 0.000 0.092
#> GSM682037 1 0.1908 0.76139 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.2218 0.64402 0.000 0.000 0.884 0.104 0.000 0.012
#> GSM682039 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682040 6 0.3817 0.99448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM682041 5 0.0000 0.77816 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682042 5 0.2941 0.24447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM682043 4 0.4660 0.54773 0.000 0.000 0.328 0.612 0.000 0.060
#> GSM682044 1 0.5582 0.30275 0.528 0.000 0.328 0.140 0.000 0.004
#> GSM682045 3 0.4565 0.31136 0.000 0.000 0.684 0.220 0.000 0.096
#> GSM682046 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.0725 0.46828 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> GSM682048 3 0.5261 -0.34629 0.000 0.000 0.460 0.444 0.000 0.096
#> GSM682049 4 0.3081 0.38001 0.000 0.000 0.004 0.776 0.220 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682051 5 0.3838 -0.70640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM682052 5 0.1141 0.72392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM682053 5 0.1556 0.68417 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM682054 1 0.3521 0.68548 0.796 0.000 0.156 0.044 0.000 0.004
#> GSM682123 1 0.2212 0.74334 0.880 0.000 0.112 0.008 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 3 0.6476 0.01470 0.120 0.000 0.516 0.280 0.000 0.084
#> GSM682126 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.4756 0.46105 0.608 0.000 0.332 0.056 0.000 0.004
#> GSM682128 4 0.6937 0.08010 0.360 0.000 0.168 0.388 0.000 0.084
#> GSM682129 2 0.0632 0.77396 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM682130 2 0.3464 0.83445 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM682131 3 0.0713 0.64847 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM682132 1 0.6098 0.42407 0.588 0.000 0.220 0.112 0.000 0.080
#> GSM682133 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.1049 0.77205 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.7045 0.16315 0.324 0.000 0.200 0.392 0.000 0.084
#> GSM682138 4 0.3287 0.37571 0.000 0.000 0.012 0.768 0.220 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.1556 0.49601 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.77531 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.3848 0.64373 0.752 0.000 0.204 0.040 0.000 0.004
#> GSM682143 3 0.2572 0.63005 0.000 0.000 0.852 0.136 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:pam 161 8.34e-11 7.87e-02 2
#> ATC:pam 158 5.78e-14 1.99e-02 3
#> ATC:pam 149 6.20e-18 1.37e-02 4
#> ATC:pam 120 3.56e-14 2.93e-09 5
#> ATC:pam 115 2.35e-11 4.53e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.992 0.3605 0.639 0.639
#> 3 3 0.533 0.678 0.845 0.7359 0.699 0.530
#> 4 4 0.624 0.673 0.836 0.1211 0.870 0.654
#> 5 5 0.714 0.748 0.864 0.0554 0.967 0.885
#> 6 6 0.665 0.589 0.757 0.0652 0.881 0.591
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682003 1 0.9988 0.0337 0.520 0.480
#> GSM682004 1 0.0938 0.9836 0.988 0.012
#> GSM682005 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682006 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682007 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682010 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682011 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682096 2 0.2948 0.9500 0.052 0.948
#> GSM682097 2 0.4022 0.9240 0.080 0.920
#> GSM682098 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682102 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682103 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682108 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682115 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.3114 0.9471 0.056 0.944
#> GSM682013 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682016 2 0.3114 0.9471 0.056 0.944
#> GSM682017 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.2778 0.9528 0.048 0.952
#> GSM682025 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.4690 0.9026 0.100 0.900
#> GSM681992 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681993 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681994 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681995 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681996 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682000 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682001 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682055 2 0.3114 0.9471 0.056 0.944
#> GSM682056 2 0.3114 0.9471 0.056 0.944
#> GSM682057 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.0938 0.9743 0.012 0.988
#> GSM682059 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682061 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682064 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682066 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682067 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682068 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682069 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682075 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682076 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682081 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682084 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682087 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682092 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682095 1 0.2778 0.9451 0.952 0.048
#> GSM681982 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681983 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681984 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681985 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681987 1 0.0376 0.9915 0.996 0.004
#> GSM681988 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681989 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681990 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM681991 1 0.0672 0.9876 0.992 0.008
#> GSM682034 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682037 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682038 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682045 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682046 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682050 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682054 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682124 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682125 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682126 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682128 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682129 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM682131 2 0.7219 0.7694 0.200 0.800
#> GSM682132 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682135 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682136 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682137 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682138 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682139 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682141 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM682143 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 3 0.2356 0.7500 0.072 0.000 0.928
#> GSM682003 2 0.6476 0.2428 0.004 0.548 0.448
#> GSM682004 1 0.5785 0.6296 0.668 0.000 0.332
#> GSM682005 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM682006 3 0.1753 0.7512 0.048 0.000 0.952
#> GSM682007 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682008 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM682009 1 0.5254 0.6961 0.736 0.000 0.264
#> GSM682010 3 0.5968 0.3544 0.364 0.000 0.636
#> GSM682011 3 0.3412 0.6682 0.124 0.000 0.876
#> GSM682096 2 0.1453 0.9609 0.008 0.968 0.024
#> GSM682097 2 0.1999 0.9493 0.012 0.952 0.036
#> GSM682098 2 0.0424 0.9729 0.008 0.992 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.6079 0.5596 0.612 0.000 0.388
#> GSM682103 3 0.3267 0.7145 0.116 0.000 0.884
#> GSM682104 3 0.4796 0.5925 0.220 0.000 0.780
#> GSM682105 3 0.6274 -0.1540 0.456 0.000 0.544
#> GSM682106 3 0.0237 0.7775 0.004 0.000 0.996
#> GSM682107 1 0.6154 0.5256 0.592 0.000 0.408
#> GSM682108 1 0.3686 0.7234 0.860 0.000 0.140
#> GSM682109 1 0.4750 0.6834 0.784 0.000 0.216
#> GSM682110 1 0.5882 0.5882 0.652 0.000 0.348
#> GSM682111 3 0.4399 0.6703 0.188 0.000 0.812
#> GSM682112 1 0.6260 0.0336 0.552 0.000 0.448
#> GSM682113 1 0.1964 0.7205 0.944 0.000 0.056
#> GSM682114 1 0.6267 0.0319 0.548 0.000 0.452
#> GSM682115 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682116 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682117 1 0.1529 0.7100 0.960 0.000 0.040
#> GSM682118 3 0.6126 0.2620 0.400 0.000 0.600
#> GSM682119 1 0.2625 0.7187 0.916 0.000 0.084
#> GSM682120 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682121 3 0.2796 0.7208 0.092 0.000 0.908
#> GSM682122 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.1620 0.9597 0.012 0.964 0.024
#> GSM682013 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 2 0.1620 0.9597 0.012 0.964 0.024
#> GSM682017 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0424 0.9729 0.008 0.992 0.000
#> GSM682024 2 0.1267 0.9618 0.004 0.972 0.024
#> GSM682025 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 2 0.1832 0.9480 0.036 0.956 0.008
#> GSM681992 1 0.6267 0.4353 0.548 0.000 0.452
#> GSM681993 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM681995 3 0.0424 0.7773 0.008 0.000 0.992
#> GSM681996 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM681997 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM681998 3 0.1753 0.7640 0.048 0.000 0.952
#> GSM681999 1 0.6095 0.5510 0.608 0.000 0.392
#> GSM682000 3 0.1163 0.7658 0.028 0.000 0.972
#> GSM682001 1 0.6154 0.5256 0.592 0.000 0.408
#> GSM682055 2 0.1620 0.9597 0.012 0.964 0.024
#> GSM682056 2 0.1620 0.9597 0.012 0.964 0.024
#> GSM682057 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0848 0.9696 0.008 0.984 0.008
#> GSM682059 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 1 0.5397 0.6246 0.720 0.000 0.280
#> GSM682061 3 0.6204 0.2931 0.424 0.000 0.576
#> GSM682062 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.5706 0.6239 0.680 0.000 0.320
#> GSM682065 1 0.2261 0.7250 0.932 0.000 0.068
#> GSM682066 1 0.6302 0.3510 0.520 0.000 0.480
#> GSM682067 1 0.4974 0.7138 0.764 0.000 0.236
#> GSM682068 1 0.6154 0.5256 0.592 0.000 0.408
#> GSM682069 1 0.1289 0.7081 0.968 0.000 0.032
#> GSM682070 1 0.1411 0.7105 0.964 0.000 0.036
#> GSM682071 3 0.0237 0.7775 0.004 0.000 0.996
#> GSM682072 3 0.6192 0.2793 0.420 0.000 0.580
#> GSM682073 3 0.6008 0.3971 0.372 0.000 0.628
#> GSM682074 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682075 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM682076 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682077 1 0.3038 0.7389 0.896 0.000 0.104
#> GSM682078 3 0.3816 0.6844 0.148 0.000 0.852
#> GSM682079 3 0.4504 0.6306 0.196 0.000 0.804
#> GSM682080 3 0.6045 0.4067 0.380 0.000 0.620
#> GSM682081 3 0.5968 0.4126 0.364 0.000 0.636
#> GSM682082 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 3 0.0592 0.7781 0.012 0.000 0.988
#> GSM682084 1 0.6235 0.0792 0.564 0.000 0.436
#> GSM682085 1 0.6267 0.0319 0.548 0.000 0.452
#> GSM682086 1 0.3686 0.7376 0.860 0.000 0.140
#> GSM682087 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM682088 1 0.3619 0.6993 0.864 0.000 0.136
#> GSM682089 3 0.5859 0.4406 0.344 0.000 0.656
#> GSM682090 3 0.0424 0.7787 0.008 0.000 0.992
#> GSM682091 1 0.6154 0.5256 0.592 0.000 0.408
#> GSM682092 3 0.6026 0.1603 0.376 0.000 0.624
#> GSM682093 3 0.6267 -0.0818 0.452 0.000 0.548
#> GSM682094 1 0.5058 0.6889 0.756 0.000 0.244
#> GSM682095 1 0.5948 0.5602 0.640 0.000 0.360
#> GSM681982 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 3 0.5621 0.2666 0.308 0.000 0.692
#> GSM681984 3 0.5291 0.5148 0.268 0.000 0.732
#> GSM681985 3 0.6062 0.3474 0.384 0.000 0.616
#> GSM681986 1 0.3879 0.7200 0.848 0.000 0.152
#> GSM681987 1 0.5178 0.6532 0.744 0.000 0.256
#> GSM681988 3 0.0000 0.7773 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 3 0.5926 0.2889 0.356 0.000 0.644
#> GSM681990 3 0.5431 0.4852 0.284 0.000 0.716
#> GSM681991 1 0.5706 0.6010 0.680 0.000 0.320
#> GSM682034 1 0.2878 0.7320 0.904 0.000 0.096
#> GSM682035 1 0.2878 0.7337 0.904 0.000 0.096
#> GSM682036 1 0.3619 0.7301 0.864 0.000 0.136
#> GSM682037 1 0.4062 0.7291 0.836 0.000 0.164
#> GSM682038 1 0.5926 0.5753 0.644 0.000 0.356
#> GSM682039 1 0.3038 0.7235 0.896 0.000 0.104
#> GSM682040 1 0.6252 0.0461 0.556 0.000 0.444
#> GSM682041 1 0.3686 0.6965 0.860 0.000 0.140
#> GSM682042 3 0.6154 0.3267 0.408 0.000 0.592
#> GSM682043 1 0.2796 0.7315 0.908 0.000 0.092
#> GSM682044 1 0.2537 0.7289 0.920 0.000 0.080
#> GSM682045 1 0.2356 0.7323 0.928 0.000 0.072
#> GSM682046 1 0.3482 0.7327 0.872 0.000 0.128
#> GSM682047 3 0.6079 0.3268 0.388 0.000 0.612
#> GSM682048 1 0.2261 0.7250 0.932 0.000 0.068
#> GSM682049 3 0.6299 0.0655 0.476 0.000 0.524
#> GSM682050 1 0.4062 0.7255 0.836 0.000 0.164
#> GSM682051 1 0.6235 0.0792 0.564 0.000 0.436
#> GSM682052 1 0.6274 0.0183 0.544 0.000 0.456
#> GSM682053 1 0.3752 0.6960 0.856 0.000 0.144
#> GSM682054 1 0.2878 0.7320 0.904 0.000 0.096
#> GSM682123 1 0.4121 0.7288 0.832 0.000 0.168
#> GSM682124 1 0.5621 0.6290 0.692 0.000 0.308
#> GSM682125 3 0.1031 0.7754 0.024 0.000 0.976
#> GSM682126 1 0.2959 0.7320 0.900 0.000 0.100
#> GSM682127 1 0.1964 0.7196 0.944 0.000 0.056
#> GSM682128 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM682129 2 0.0237 0.9741 0.004 0.996 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9753 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 2 0.4963 0.7406 0.008 0.792 0.200
#> GSM682132 3 0.1129 0.7646 0.004 0.020 0.976
#> GSM682133 1 0.6295 0.4009 0.528 0.000 0.472
#> GSM682134 1 0.3116 0.7317 0.892 0.000 0.108
#> GSM682135 1 0.3752 0.7392 0.856 0.000 0.144
#> GSM682136 1 0.3879 0.7297 0.848 0.000 0.152
#> GSM682137 3 0.0237 0.7783 0.004 0.000 0.996
#> GSM682138 1 0.6309 0.0369 0.504 0.000 0.496
#> GSM682139 1 0.4178 0.7295 0.828 0.000 0.172
#> GSM682140 3 0.5098 0.5717 0.248 0.000 0.752
#> GSM682141 1 0.5560 0.6385 0.700 0.000 0.300
#> GSM682142 1 0.2959 0.7334 0.900 0.000 0.100
#> GSM682143 1 0.3340 0.7117 0.880 0.000 0.120
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 4 0.0592 0.8161 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682003 4 0.5441 0.2843 0.004 0.396 0.012 0.588
#> GSM682004 1 0.7393 0.2143 0.488 0.000 0.332 0.180
#> GSM682005 4 0.0592 0.8065 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM682006 4 0.0469 0.8167 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682007 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682008 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682009 1 0.5165 0.6272 0.752 0.000 0.168 0.080
#> GSM682010 1 0.6894 0.2651 0.512 0.000 0.112 0.376
#> GSM682011 4 0.0921 0.8084 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM682096 2 0.1004 0.9704 0.024 0.972 0.004 0.000
#> GSM682097 2 0.1975 0.9525 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM682098 2 0.1297 0.9671 0.020 0.964 0.016 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.4382 0.5720 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM682103 4 0.2775 0.7560 0.020 0.000 0.084 0.896
#> GSM682104 4 0.6366 0.4566 0.240 0.000 0.120 0.640
#> GSM682105 4 0.6553 0.3108 0.316 0.000 0.100 0.584
#> GSM682106 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682107 1 0.6804 0.3514 0.520 0.000 0.104 0.376
#> GSM682108 1 0.5085 0.4217 0.676 0.000 0.304 0.020
#> GSM682109 3 0.4933 0.5274 0.296 0.000 0.688 0.016
#> GSM682110 1 0.6516 0.4392 0.592 0.000 0.308 0.100
#> GSM682111 4 0.5367 0.4517 0.032 0.000 0.304 0.664
#> GSM682112 3 0.6167 0.6193 0.256 0.000 0.648 0.096
#> GSM682113 1 0.4874 0.6031 0.764 0.000 0.180 0.056
#> GSM682114 3 0.6423 0.6460 0.196 0.000 0.648 0.156
#> GSM682115 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682116 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682117 1 0.4053 0.4476 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM682118 1 0.7079 0.4174 0.556 0.000 0.168 0.276
#> GSM682119 1 0.4401 0.3878 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM682120 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682121 4 0.1637 0.7776 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM682122 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.1975 0.9525 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM682013 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.1975 0.9525 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0336 0.9785 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682024 2 0.0895 0.9718 0.020 0.976 0.004 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682033 2 0.2483 0.9383 0.052 0.916 0.032 0.000
#> GSM681992 4 0.6939 0.2112 0.332 0.000 0.128 0.540
#> GSM681993 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681995 4 0.0188 0.8203 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM681996 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681997 4 0.0336 0.8191 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM681998 4 0.1211 0.8031 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM681999 1 0.6609 0.5104 0.620 0.000 0.144 0.236
#> GSM682000 4 0.0469 0.8167 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM682001 1 0.6669 0.4455 0.572 0.000 0.108 0.320
#> GSM682055 2 0.1975 0.9525 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM682056 2 0.1975 0.9525 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM682057 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.1297 0.9671 0.020 0.964 0.016 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.6454 0.1367 0.344 0.000 0.572 0.084
#> GSM682061 3 0.0927 0.5479 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM682062 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.4175 0.6544 0.776 0.000 0.012 0.212
#> GSM682065 1 0.1716 0.7162 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM682066 4 0.6412 0.3191 0.320 0.000 0.088 0.592
#> GSM682067 1 0.3198 0.7166 0.880 0.000 0.040 0.080
#> GSM682068 1 0.5721 0.5386 0.660 0.000 0.056 0.284
#> GSM682069 1 0.4234 0.6105 0.816 0.000 0.132 0.052
#> GSM682070 1 0.4932 0.5163 0.728 0.000 0.240 0.032
#> GSM682071 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.5894 0.6312 0.200 0.000 0.692 0.108
#> GSM682073 3 0.5358 0.5832 0.048 0.000 0.700 0.252
#> GSM682074 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682075 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682076 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682077 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682078 4 0.2915 0.7549 0.028 0.000 0.080 0.892
#> GSM682079 4 0.5690 0.5553 0.196 0.000 0.096 0.708
#> GSM682080 4 0.6504 0.3447 0.148 0.000 0.216 0.636
#> GSM682081 3 0.5141 0.5541 0.032 0.000 0.700 0.268
#> GSM682082 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682084 3 0.5420 0.5134 0.352 0.000 0.624 0.024
#> GSM682085 3 0.6655 0.6346 0.184 0.000 0.624 0.192
#> GSM682086 1 0.2081 0.7221 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM682087 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682088 1 0.5506 -0.2944 0.512 0.000 0.472 0.016
#> GSM682089 4 0.4289 0.6538 0.172 0.000 0.032 0.796
#> GSM682090 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682091 1 0.7200 0.3046 0.484 0.000 0.144 0.372
#> GSM682092 4 0.5910 0.5032 0.236 0.000 0.088 0.676
#> GSM682093 4 0.7242 0.0302 0.376 0.000 0.148 0.476
#> GSM682094 1 0.3726 0.6571 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM682095 3 0.6351 0.1315 0.332 0.000 0.588 0.080
#> GSM681982 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681983 4 0.0469 0.8167 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM681984 4 0.6739 0.3067 0.304 0.000 0.120 0.576
#> GSM681985 4 0.5751 0.5689 0.164 0.000 0.124 0.712
#> GSM681986 1 0.5792 0.4705 0.648 0.000 0.296 0.056
#> GSM681987 3 0.5903 0.1587 0.332 0.000 0.616 0.052
#> GSM681988 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 4 0.6370 0.4043 0.280 0.000 0.100 0.620
#> GSM681990 4 0.7151 -0.1450 0.420 0.000 0.132 0.448
#> GSM681991 3 0.6041 0.1517 0.332 0.000 0.608 0.060
#> GSM682034 1 0.1792 0.7190 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682035 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682036 1 0.5172 0.6118 0.744 0.000 0.188 0.068
#> GSM682037 1 0.2469 0.7178 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM682038 1 0.7792 0.0771 0.416 0.000 0.324 0.260
#> GSM682039 1 0.4770 0.4180 0.700 0.000 0.288 0.012
#> GSM682040 3 0.6390 0.6396 0.224 0.000 0.644 0.132
#> GSM682041 1 0.5497 -0.2733 0.524 0.000 0.460 0.016
#> GSM682042 3 0.6378 0.5891 0.108 0.000 0.628 0.264
#> GSM682043 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682044 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682045 1 0.2011 0.7223 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682046 1 0.2081 0.7221 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM682047 4 0.5111 0.5960 0.204 0.000 0.056 0.740
#> GSM682048 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682049 1 0.4661 0.3008 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM682050 1 0.2647 0.7128 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM682051 3 0.6506 0.3545 0.460 0.000 0.468 0.072
#> GSM682052 3 0.6550 0.6411 0.184 0.000 0.636 0.180
#> GSM682053 3 0.5511 0.2913 0.484 0.000 0.500 0.016
#> GSM682054 1 0.1792 0.7190 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682123 1 0.2589 0.7152 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM682124 1 0.4072 0.6188 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM682125 4 0.0336 0.8180 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM682126 1 0.1792 0.7190 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682127 1 0.1792 0.7186 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682128 4 0.0000 0.8213 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM682129 2 0.0336 0.9783 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.4931 0.6704 0.028 0.760 0.012 0.200
#> GSM682132 4 0.1624 0.7791 0.020 0.028 0.000 0.952
#> GSM682133 4 0.5151 -0.0266 0.464 0.000 0.004 0.532
#> GSM682134 1 0.1792 0.7190 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM682135 1 0.2271 0.7213 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM682136 1 0.2408 0.7179 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM682137 4 0.0188 0.8203 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM682138 1 0.3219 0.6651 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM682139 1 0.2081 0.7221 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM682140 4 0.2704 0.7236 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM682141 1 0.3400 0.6758 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM682142 1 0.1940 0.7214 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM682143 1 0.6209 0.0865 0.492 0.000 0.456 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 4 0.1908 0.8107 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM682003 2 0.4843 0.2375 0.004 0.552 0.000 0.428 0.016
#> GSM682004 5 0.5858 0.4713 0.308 0.000 0.000 0.124 0.568
#> GSM682005 4 0.1282 0.8328 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> GSM682006 4 0.1186 0.8447 0.020 0.000 0.008 0.964 0.008
#> GSM682007 4 0.0865 0.8558 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> GSM682008 4 0.0771 0.8561 0.020 0.000 0.004 0.976 0.000
#> GSM682009 1 0.4729 0.6738 0.748 0.000 0.024 0.048 0.180
#> GSM682010 1 0.6552 0.1874 0.508 0.000 0.040 0.364 0.088
#> GSM682011 4 0.1597 0.8358 0.012 0.000 0.000 0.940 0.048
#> GSM682096 2 0.1270 0.9343 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM682097 2 0.1952 0.9157 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM682098 2 0.1502 0.9315 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM682099 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.5185 0.5969 0.672 0.000 0.000 0.228 0.100
#> GSM682103 4 0.3238 0.8209 0.048 0.000 0.032 0.872 0.048
#> GSM682104 4 0.4733 0.7513 0.108 0.000 0.040 0.776 0.076
#> GSM682105 4 0.5894 0.5738 0.180 0.000 0.044 0.672 0.104
#> GSM682106 4 0.1026 0.8553 0.024 0.000 0.004 0.968 0.004
#> GSM682107 1 0.6190 0.4996 0.624 0.000 0.036 0.228 0.112
#> GSM682108 1 0.5614 0.5640 0.680 0.000 0.180 0.020 0.120
#> GSM682109 3 0.3640 0.7802 0.052 0.000 0.840 0.016 0.092
#> GSM682110 1 0.5377 0.6295 0.700 0.000 0.048 0.048 0.204
#> GSM682111 4 0.6446 0.5075 0.044 0.000 0.204 0.612 0.140
#> GSM682112 3 0.0671 0.8312 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM682113 1 0.4164 0.6998 0.812 0.000 0.064 0.028 0.096
#> GSM682114 3 0.0671 0.8312 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM682115 4 0.0290 0.8500 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682116 4 0.0290 0.8532 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682117 1 0.4434 0.4705 0.640 0.000 0.348 0.008 0.004
#> GSM682118 1 0.5901 0.6199 0.688 0.000 0.136 0.064 0.112
#> GSM682119 1 0.4905 0.4581 0.624 0.000 0.344 0.008 0.024
#> GSM682120 4 0.0794 0.8555 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM682121 4 0.3203 0.7631 0.168 0.000 0.000 0.820 0.012
#> GSM682122 4 0.0992 0.8549 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000
#> GSM682012 2 0.1952 0.9157 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM682013 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.1952 0.9157 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM682017 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0324 0.9546 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM682024 2 0.0963 0.9425 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM682025 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682033 2 0.3305 0.7724 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM681992 4 0.6841 -0.1606 0.408 0.000 0.040 0.440 0.112
#> GSM681993 4 0.1267 0.8550 0.024 0.000 0.012 0.960 0.004
#> GSM681994 4 0.0290 0.8500 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM681995 4 0.0451 0.8497 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM681996 4 0.1026 0.8560 0.024 0.000 0.004 0.968 0.004
#> GSM681997 4 0.2378 0.8368 0.048 0.000 0.000 0.904 0.048
#> GSM681998 4 0.2729 0.8294 0.056 0.000 0.000 0.884 0.060
#> GSM681999 1 0.5307 0.6465 0.716 0.000 0.032 0.080 0.172
#> GSM682000 4 0.0671 0.8487 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM682001 1 0.6147 0.5238 0.608 0.000 0.024 0.252 0.116
#> GSM682055 2 0.1952 0.9157 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM682056 2 0.1952 0.9157 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> GSM682057 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.1831 0.9203 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076
#> GSM682059 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 5 0.5133 0.5969 0.228 0.000 0.036 0.036 0.700
#> GSM682061 5 0.4701 0.0295 0.004 0.000 0.368 0.016 0.612
#> GSM682062 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 1 0.5045 0.6492 0.712 0.000 0.004 0.172 0.112
#> GSM682065 1 0.1808 0.7382 0.936 0.000 0.040 0.020 0.004
#> GSM682066 4 0.5576 0.6159 0.168 0.000 0.032 0.696 0.104
#> GSM682067 1 0.3374 0.7308 0.844 0.000 0.004 0.044 0.108
#> GSM682068 1 0.5809 0.5724 0.648 0.000 0.020 0.224 0.108
#> GSM682069 1 0.3525 0.6979 0.816 0.000 0.156 0.024 0.004
#> GSM682070 1 0.5132 0.6397 0.736 0.000 0.140 0.028 0.096
#> GSM682071 4 0.1116 0.8557 0.028 0.000 0.004 0.964 0.004
#> GSM682072 3 0.4636 0.6915 0.064 0.000 0.764 0.020 0.152
#> GSM682073 3 0.4557 0.7085 0.044 0.000 0.768 0.028 0.160
#> GSM682074 4 0.0703 0.8556 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM682075 4 0.0290 0.8500 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682076 4 0.0880 0.8560 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM682077 1 0.1828 0.7474 0.936 0.000 0.032 0.028 0.004
#> GSM682078 4 0.3398 0.8162 0.048 0.000 0.044 0.864 0.044
#> GSM682079 4 0.4195 0.7853 0.096 0.000 0.036 0.812 0.056
#> GSM682080 4 0.6059 0.6291 0.092 0.000 0.100 0.680 0.128
#> GSM682081 3 0.4361 0.7180 0.016 0.000 0.776 0.048 0.160
#> GSM682082 4 0.1153 0.8550 0.024 0.000 0.008 0.964 0.004
#> GSM682083 4 0.0290 0.8500 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682084 3 0.0671 0.8312 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM682085 3 0.0671 0.8312 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM682086 1 0.1331 0.7566 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM682087 4 0.0865 0.8558 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> GSM682088 1 0.4843 0.3211 0.552 0.000 0.428 0.016 0.004
#> GSM682089 4 0.5282 0.6940 0.184 0.000 0.048 0.716 0.052
#> GSM682090 4 0.0703 0.8556 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM682091 1 0.6273 0.4904 0.616 0.000 0.036 0.228 0.120
#> GSM682092 4 0.4411 0.7484 0.104 0.000 0.032 0.796 0.068
#> GSM682093 4 0.7091 0.1027 0.376 0.000 0.040 0.436 0.148
#> GSM682094 1 0.3779 0.7144 0.816 0.000 0.004 0.124 0.056
#> GSM682095 5 0.2387 0.6632 0.048 0.000 0.004 0.040 0.908
#> GSM681982 4 0.0865 0.8558 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> GSM681983 4 0.0693 0.8492 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM681984 4 0.5368 0.6836 0.148 0.000 0.036 0.720 0.096
#> GSM681985 4 0.5281 0.6904 0.192 0.000 0.044 0.712 0.052
#> GSM681986 1 0.4897 0.6816 0.748 0.000 0.048 0.040 0.164
#> GSM681987 5 0.2644 0.6639 0.060 0.000 0.008 0.036 0.896
#> GSM681988 4 0.0865 0.8558 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> GSM681989 4 0.4367 0.7488 0.064 0.000 0.028 0.796 0.112
#> GSM681990 1 0.6415 0.2977 0.520 0.000 0.040 0.364 0.076
#> GSM681991 5 0.2513 0.6637 0.048 0.000 0.008 0.040 0.904
#> GSM682034 1 0.1153 0.7518 0.964 0.000 0.008 0.024 0.004
#> GSM682035 1 0.1202 0.7559 0.960 0.000 0.004 0.032 0.004
#> GSM682036 1 0.4240 0.7100 0.804 0.000 0.044 0.036 0.116
#> GSM682037 1 0.1571 0.7552 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM682038 1 0.6887 0.4216 0.564 0.000 0.052 0.172 0.212
#> GSM682039 1 0.5419 0.5798 0.696 0.000 0.184 0.020 0.100
#> GSM682040 3 0.0671 0.8312 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM682041 3 0.4219 0.4386 0.264 0.000 0.716 0.016 0.004
#> GSM682042 3 0.4036 0.7691 0.052 0.000 0.816 0.024 0.108
#> GSM682043 1 0.1739 0.7452 0.940 0.000 0.032 0.024 0.004
#> GSM682044 1 0.1471 0.7455 0.952 0.000 0.024 0.020 0.004
#> GSM682045 1 0.1538 0.7573 0.948 0.000 0.008 0.036 0.008
#> GSM682046 1 0.1502 0.7521 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM682047 4 0.4782 0.6350 0.264 0.000 0.032 0.692 0.012
#> GSM682048 1 0.1743 0.7490 0.940 0.000 0.028 0.028 0.004
#> GSM682049 1 0.4714 0.3280 0.644 0.000 0.032 0.324 0.000
#> GSM682050 1 0.1502 0.7521 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM682051 3 0.1117 0.8246 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000
#> GSM682052 3 0.1988 0.8208 0.048 0.000 0.928 0.016 0.008
#> GSM682053 3 0.2966 0.6909 0.136 0.000 0.848 0.016 0.000
#> GSM682054 1 0.1153 0.7518 0.964 0.000 0.008 0.024 0.004
#> GSM682123 1 0.1942 0.7566 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> GSM682124 1 0.4768 0.6519 0.724 0.000 0.000 0.180 0.096
#> GSM682125 4 0.1410 0.8404 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM682126 1 0.1788 0.7511 0.932 0.000 0.008 0.056 0.004
#> GSM682127 1 0.1808 0.7382 0.936 0.000 0.040 0.020 0.004
#> GSM682128 4 0.0290 0.8500 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM682129 2 0.0290 0.9546 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM682130 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.3840 0.6940 0.004 0.784 0.004 0.192 0.016
#> GSM682132 4 0.1518 0.8294 0.004 0.004 0.000 0.944 0.048
#> GSM682133 4 0.5849 0.0901 0.396 0.000 0.012 0.524 0.068
#> GSM682134 1 0.1041 0.7553 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM682135 1 0.2264 0.7554 0.912 0.000 0.004 0.060 0.024
#> GSM682136 1 0.1502 0.7521 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM682137 4 0.0510 0.8514 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM682138 1 0.2719 0.6775 0.852 0.000 0.004 0.144 0.000
#> GSM682139 1 0.2124 0.7521 0.916 0.000 0.000 0.056 0.028
#> GSM682140 4 0.3942 0.6611 0.260 0.000 0.000 0.728 0.012
#> GSM682141 1 0.2722 0.7445 0.872 0.000 0.000 0.108 0.020
#> GSM682142 1 0.1243 0.7535 0.960 0.000 0.008 0.028 0.004
#> GSM682143 5 0.6340 0.2828 0.372 0.000 0.100 0.020 0.508
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 4 0.3606 0.73843 0.172 0.000 0.016 0.788 0.000 0.024
#> GSM682003 2 0.7010 -0.07945 0.056 0.408 0.020 0.396 0.008 0.112
#> GSM682004 1 0.7107 -0.03614 0.332 0.000 0.300 0.056 0.004 0.308
#> GSM682005 4 0.2880 0.75993 0.024 0.000 0.012 0.856 0.000 0.108
#> GSM682006 4 0.3956 0.71508 0.152 0.000 0.088 0.760 0.000 0.000
#> GSM682007 4 0.1194 0.81176 0.000 0.000 0.032 0.956 0.004 0.008
#> GSM682008 4 0.1929 0.81298 0.048 0.000 0.016 0.924 0.004 0.008
#> GSM682009 3 0.3957 0.42007 0.200 0.000 0.752 0.036 0.012 0.000
#> GSM682010 3 0.5947 0.32295 0.244 0.000 0.528 0.216 0.012 0.000
#> GSM682011 4 0.4603 0.70980 0.132 0.004 0.032 0.748 0.000 0.084
#> GSM682096 2 0.1644 0.88442 0.004 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM682097 2 0.3302 0.74938 0.004 0.760 0.000 0.004 0.000 0.232
#> GSM682098 2 0.2053 0.86338 0.004 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM682099 2 0.0260 0.92714 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682100 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682102 1 0.5213 0.08547 0.544 0.000 0.352 0.104 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.5344 0.28564 0.100 0.000 0.328 0.564 0.008 0.000
#> GSM682104 3 0.5615 0.37054 0.152 0.000 0.560 0.280 0.008 0.000
#> GSM682105 3 0.5656 0.33806 0.256 0.000 0.532 0.212 0.000 0.000
#> GSM682106 4 0.2203 0.80061 0.000 0.000 0.084 0.896 0.016 0.004
#> GSM682107 3 0.4808 0.38482 0.272 0.000 0.636 0.092 0.000 0.000
#> GSM682108 3 0.5870 0.15999 0.276 0.000 0.576 0.000 0.096 0.052
#> GSM682109 5 0.3842 0.69725 0.012 0.000 0.168 0.004 0.780 0.036
#> GSM682110 3 0.3996 0.43664 0.164 0.000 0.772 0.036 0.028 0.000
#> GSM682111 5 0.5628 0.39511 0.012 0.000 0.212 0.188 0.588 0.000
#> GSM682112 5 0.0000 0.77714 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682113 3 0.5582 0.17103 0.284 0.000 0.604 0.008 0.072 0.032
#> GSM682114 5 0.0000 0.77714 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682115 4 0.2247 0.79860 0.060 0.000 0.012 0.904 0.000 0.024
#> GSM682116 4 0.2196 0.80456 0.056 0.000 0.016 0.908 0.000 0.020
#> GSM682117 3 0.6128 0.10491 0.268 0.000 0.464 0.000 0.260 0.008
#> GSM682118 3 0.6755 0.34136 0.176 0.000 0.524 0.128 0.172 0.000
#> GSM682119 3 0.6112 0.11096 0.276 0.000 0.468 0.000 0.248 0.008
#> GSM682120 4 0.0632 0.81259 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM682121 4 0.3740 0.72681 0.120 0.000 0.096 0.784 0.000 0.000
#> GSM682122 4 0.1718 0.80881 0.000 0.000 0.044 0.932 0.016 0.008
#> GSM682012 2 0.2933 0.78902 0.004 0.796 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM682013 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 2 0.2964 0.78523 0.004 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM682017 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0363 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682020 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0547 0.92339 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682024 2 0.0508 0.92419 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682025 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0363 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682029 2 0.0363 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682030 2 0.0363 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682031 2 0.0363 0.92631 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM682032 2 0.0260 0.92714 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682033 6 0.4559 0.14412 0.000 0.412 0.016 0.004 0.008 0.560
#> GSM681992 3 0.5081 0.38603 0.256 0.000 0.616 0.128 0.000 0.000
#> GSM681993 4 0.3200 0.78390 0.008 0.000 0.092 0.840 0.060 0.000
#> GSM681994 4 0.1938 0.80271 0.052 0.000 0.008 0.920 0.000 0.020
#> GSM681995 4 0.1644 0.80376 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000 0.000
#> GSM681996 4 0.1116 0.81185 0.000 0.000 0.028 0.960 0.004 0.008
#> GSM681997 4 0.3010 0.75591 0.020 0.000 0.148 0.828 0.004 0.000
#> GSM681998 4 0.3907 0.70624 0.068 0.000 0.176 0.756 0.000 0.000
#> GSM681999 3 0.4372 0.43488 0.184 0.000 0.728 0.080 0.008 0.000
#> GSM682000 4 0.4018 0.73102 0.140 0.000 0.024 0.780 0.000 0.056
#> GSM682001 3 0.5339 0.34187 0.312 0.000 0.568 0.116 0.004 0.000
#> GSM682055 2 0.2964 0.78523 0.004 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM682056 2 0.2964 0.78523 0.004 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM682057 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.2402 0.84046 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM682059 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682060 3 0.5668 -0.10885 0.072 0.000 0.524 0.000 0.036 0.368
#> GSM682061 5 0.5129 0.13422 0.008 0.000 0.060 0.000 0.468 0.464
#> GSM682062 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682064 3 0.5203 0.27941 0.376 0.000 0.536 0.084 0.004 0.000
#> GSM682065 1 0.2513 0.55145 0.852 0.000 0.140 0.008 0.000 0.000
#> GSM682066 3 0.6054 0.20893 0.284 0.000 0.412 0.304 0.000 0.000
#> GSM682067 3 0.4310 0.36199 0.272 0.000 0.684 0.036 0.008 0.000
#> GSM682068 3 0.5262 0.09237 0.448 0.000 0.456 0.096 0.000 0.000
#> GSM682069 3 0.5541 0.08262 0.352 0.000 0.536 0.008 0.100 0.004
#> GSM682070 3 0.5630 0.17182 0.276 0.000 0.604 0.004 0.072 0.044
#> GSM682071 4 0.2487 0.79619 0.000 0.000 0.092 0.876 0.032 0.000
#> GSM682072 5 0.3457 0.72309 0.008 0.000 0.152 0.004 0.808 0.028
#> GSM682073 5 0.3120 0.74185 0.008 0.000 0.132 0.000 0.832 0.028
#> GSM682074 4 0.0458 0.81120 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM682075 4 0.1719 0.80612 0.056 0.000 0.008 0.928 0.000 0.008
#> GSM682076 4 0.0865 0.81278 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM682077 1 0.4015 0.21592 0.616 0.000 0.372 0.012 0.000 0.000
#> GSM682078 4 0.5142 0.49855 0.064 0.000 0.276 0.632 0.028 0.000
#> GSM682079 4 0.5656 -0.09892 0.152 0.000 0.408 0.440 0.000 0.000
#> GSM682080 4 0.6089 0.50227 0.032 0.000 0.200 0.552 0.216 0.000
#> GSM682081 5 0.3068 0.74466 0.008 0.000 0.120 0.000 0.840 0.032
#> GSM682082 4 0.2510 0.79933 0.004 0.000 0.088 0.884 0.016 0.008
#> GSM682083 4 0.2247 0.79860 0.060 0.000 0.012 0.904 0.000 0.024
#> GSM682084 5 0.0000 0.77714 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682085 5 0.0000 0.77714 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682086 1 0.3886 0.44191 0.708 0.000 0.264 0.028 0.000 0.000
#> GSM682087 4 0.0767 0.80965 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> GSM682088 5 0.5001 0.46235 0.236 0.000 0.116 0.004 0.644 0.000
#> GSM682089 4 0.5038 0.67606 0.092 0.000 0.180 0.692 0.036 0.000
#> GSM682090 4 0.0806 0.81283 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000 0.000
#> GSM682091 3 0.4590 0.41997 0.224 0.000 0.680 0.096 0.000 0.000
#> GSM682092 3 0.6026 0.18204 0.244 0.000 0.380 0.376 0.000 0.000
#> GSM682093 3 0.4344 0.43836 0.188 0.000 0.716 0.096 0.000 0.000
#> GSM682094 3 0.5152 0.08697 0.448 0.000 0.468 0.084 0.000 0.000
#> GSM682095 6 0.4356 0.67523 0.012 0.000 0.212 0.040 0.008 0.728
#> GSM681982 4 0.1078 0.80932 0.000 0.000 0.012 0.964 0.016 0.008
#> GSM681983 4 0.5903 0.46936 0.164 0.000 0.224 0.580 0.000 0.032
#> GSM681984 3 0.5051 0.42572 0.140 0.000 0.648 0.208 0.004 0.000
#> GSM681985 4 0.6344 0.29980 0.180 0.000 0.292 0.492 0.036 0.000
#> GSM681986 3 0.4657 0.34117 0.156 0.000 0.744 0.012 0.056 0.032
#> GSM681987 6 0.4289 0.62776 0.008 0.000 0.268 0.000 0.036 0.688
#> GSM681988 4 0.1346 0.80947 0.000 0.000 0.024 0.952 0.016 0.008
#> GSM681989 3 0.5969 0.24538 0.260 0.000 0.448 0.292 0.000 0.000
#> GSM681990 3 0.5644 0.40956 0.168 0.000 0.592 0.224 0.016 0.000
#> GSM681991 6 0.4661 0.67839 0.012 0.000 0.216 0.036 0.024 0.712
#> GSM682034 1 0.1838 0.60395 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.1950 0.60054 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.5366 0.14121 0.392 0.000 0.528 0.016 0.060 0.004
#> GSM682037 1 0.3516 0.50997 0.788 0.000 0.164 0.048 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.4445 0.43567 0.140 0.000 0.768 0.040 0.024 0.028
#> GSM682039 3 0.5779 0.16814 0.276 0.000 0.580 0.000 0.104 0.040
#> GSM682040 5 0.0000 0.77714 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM682041 5 0.3543 0.59207 0.224 0.000 0.016 0.004 0.756 0.000
#> GSM682042 5 0.2706 0.73525 0.008 0.000 0.160 0.000 0.832 0.000
#> GSM682043 1 0.1913 0.59945 0.908 0.000 0.080 0.012 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.2266 0.57874 0.880 0.000 0.108 0.012 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.4486 0.07335 0.512 0.000 0.464 0.016 0.008 0.000
#> GSM682046 1 0.1418 0.59284 0.944 0.000 0.024 0.032 0.000 0.000
#> GSM682047 4 0.5861 0.29357 0.204 0.000 0.288 0.504 0.004 0.000
#> GSM682048 1 0.3898 0.25752 0.652 0.000 0.336 0.012 0.000 0.000
#> GSM682049 4 0.5990 0.03529 0.404 0.000 0.144 0.436 0.016 0.000
#> GSM682050 1 0.2325 0.57808 0.892 0.000 0.060 0.048 0.000 0.000
#> GSM682051 5 0.0603 0.77185 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM682052 5 0.1700 0.77489 0.024 0.000 0.048 0.000 0.928 0.000
#> GSM682053 5 0.4389 0.55920 0.208 0.000 0.076 0.004 0.712 0.000
#> GSM682054 1 0.1802 0.60127 0.916 0.000 0.072 0.012 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.3679 0.49787 0.772 0.000 0.176 0.052 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.5056 0.17079 0.588 0.000 0.312 0.100 0.000 0.000
#> GSM682125 4 0.3227 0.78557 0.088 0.000 0.084 0.828 0.000 0.000
#> GSM682126 1 0.1168 0.60409 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.2768 0.53376 0.832 0.000 0.156 0.012 0.000 0.000
#> GSM682128 4 0.1983 0.80307 0.060 0.000 0.012 0.916 0.000 0.012
#> GSM682129 2 0.0547 0.92339 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM682130 2 0.0000 0.92836 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.5119 0.57987 0.020 0.672 0.000 0.128 0.000 0.180
#> GSM682132 4 0.3220 0.74895 0.032 0.004 0.012 0.840 0.000 0.112
#> GSM682133 1 0.6109 -0.13562 0.376 0.000 0.308 0.316 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.2121 0.60226 0.892 0.000 0.096 0.012 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.4500 0.13112 0.572 0.000 0.392 0.036 0.000 0.000
#> GSM682136 1 0.2442 0.57464 0.884 0.000 0.068 0.048 0.000 0.000
#> GSM682137 4 0.2201 0.80734 0.052 0.000 0.048 0.900 0.000 0.000
#> GSM682138 1 0.6213 0.00166 0.412 0.000 0.240 0.340 0.008 0.000
#> GSM682139 1 0.3821 0.42394 0.740 0.000 0.220 0.040 0.000 0.000
#> GSM682140 4 0.4127 0.68825 0.172 0.000 0.088 0.740 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.4094 0.44199 0.740 0.000 0.180 0.080 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.1838 0.60586 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000 0.000
#> GSM682143 3 0.4944 0.21553 0.056 0.000 0.724 0.004 0.072 0.144
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:mclust 161 3.70e-17 2.18e-03 2
#> ATC:mclust 132 5.31e-14 1.05e-05 3
#> ATC:mclust 127 4.69e-12 3.83e-07 4
#> ATC:mclust 145 2.11e-12 2.83e-06 5
#> ATC:mclust 104 1.14e-11 4.36e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 162 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.774 0.873 0.947 0.4768 0.510 0.510
#> 3 3 0.764 0.836 0.926 0.3628 0.749 0.551
#> 4 4 0.584 0.644 0.808 0.0895 0.897 0.730
#> 5 5 0.542 0.503 0.716 0.0798 0.867 0.616
#> 6 6 0.576 0.496 0.700 0.0564 0.869 0.548
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM682002 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682003 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682004 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682005 2 0.2778 0.8887 0.048 0.952
#> GSM682006 2 0.7602 0.7513 0.220 0.780
#> GSM682007 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682008 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682009 1 0.0938 0.9532 0.988 0.012
#> GSM682010 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682011 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682097 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682098 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682102 2 0.5408 0.8394 0.124 0.876
#> GSM682103 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682104 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682105 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682106 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682107 1 0.1843 0.9378 0.972 0.028
#> GSM682108 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682109 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682110 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682111 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682112 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682113 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682114 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682115 2 0.7602 0.7513 0.220 0.780
#> GSM682116 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682117 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682118 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682119 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682120 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682121 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682122 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682012 2 0.5946 0.8236 0.144 0.856
#> GSM682013 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682016 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682024 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682033 2 0.7453 0.7602 0.212 0.788
#> GSM681992 1 0.9998 -0.1172 0.508 0.492
#> GSM681993 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681994 1 0.7950 0.6373 0.760 0.240
#> GSM681995 2 0.8499 0.6732 0.276 0.724
#> GSM681996 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681997 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681998 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681999 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682000 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682001 2 0.5629 0.8333 0.132 0.868
#> GSM682055 1 0.5629 0.8145 0.868 0.132
#> GSM682056 2 0.9881 0.3380 0.436 0.564
#> GSM682057 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682060 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682061 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682064 2 0.4815 0.8537 0.104 0.896
#> GSM682065 2 0.7219 0.7725 0.200 0.800
#> GSM682066 2 0.9963 0.2533 0.464 0.536
#> GSM682067 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682068 2 0.1633 0.9008 0.024 0.976
#> GSM682069 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682070 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682071 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682072 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682073 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682074 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682075 2 0.9866 0.3492 0.432 0.568
#> GSM682076 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682077 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682078 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682079 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682080 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682081 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682082 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682083 2 0.9983 0.2128 0.476 0.524
#> GSM682084 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682085 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682086 2 0.9795 0.3915 0.416 0.584
#> GSM682087 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682088 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682089 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682090 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682091 1 0.0376 0.9603 0.996 0.004
#> GSM682092 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682093 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682094 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682095 1 0.0672 0.9568 0.992 0.008
#> GSM681982 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681983 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM681984 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681985 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681986 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681987 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681988 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681989 1 0.5519 0.8199 0.872 0.128
#> GSM681990 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM681991 1 0.9954 0.0128 0.540 0.460
#> GSM682034 1 0.9552 0.3104 0.624 0.376
#> GSM682035 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682036 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682037 2 0.7815 0.7367 0.232 0.768
#> GSM682038 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682039 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682040 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682041 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682042 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682043 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682044 1 0.1184 0.9495 0.984 0.016
#> GSM682045 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682046 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682047 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682048 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682050 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682051 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682052 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682053 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682054 2 0.7453 0.7602 0.212 0.788
#> GSM682123 2 0.7950 0.7263 0.240 0.760
#> GSM682124 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682125 1 0.2603 0.9213 0.956 0.044
#> GSM682126 2 0.1633 0.9008 0.024 0.976
#> GSM682127 1 0.9896 0.0932 0.560 0.440
#> GSM682128 2 0.9833 0.3710 0.424 0.576
#> GSM682129 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682131 1 0.9998 -0.1169 0.508 0.492
#> GSM682132 2 0.2603 0.8909 0.044 0.956
#> GSM682133 2 0.1843 0.8990 0.028 0.972
#> GSM682134 2 0.7883 0.7317 0.236 0.764
#> GSM682135 2 0.1843 0.8990 0.028 0.972
#> GSM682136 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682137 1 0.3733 0.8902 0.928 0.072
#> GSM682138 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682139 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
#> GSM682141 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000
#> GSM682142 2 0.7883 0.7317 0.236 0.764
#> GSM682143 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM682002 1 0.0237 0.9058 0.996 0.004 0.000
#> GSM682003 3 0.2711 0.8521 0.000 0.088 0.912
#> GSM682004 2 0.1031 0.9264 0.024 0.976 0.000
#> GSM682005 2 0.2448 0.8728 0.076 0.924 0.000
#> GSM682006 2 0.5012 0.8059 0.080 0.840 0.080
#> GSM682007 3 0.0592 0.9102 0.012 0.000 0.988
#> GSM682008 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682009 3 0.6305 0.0797 0.484 0.000 0.516
#> GSM682010 3 0.3619 0.8210 0.136 0.000 0.864
#> GSM682011 2 0.5291 0.5870 0.268 0.732 0.000
#> GSM682096 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682097 3 0.3412 0.8192 0.000 0.124 0.876
#> GSM682098 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682099 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682100 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682101 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682102 1 0.2165 0.8749 0.936 0.064 0.000
#> GSM682103 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682104 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682105 3 0.5859 0.4950 0.344 0.000 0.656
#> GSM682106 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682107 1 0.5882 0.4561 0.652 0.000 0.348
#> GSM682108 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682109 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682110 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682111 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682112 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682113 3 0.4504 0.7462 0.196 0.000 0.804
#> GSM682114 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682115 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682116 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682117 3 0.5859 0.5316 0.344 0.000 0.656
#> GSM682118 3 0.0424 0.9116 0.008 0.000 0.992
#> GSM682119 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682120 3 0.5988 0.4873 0.368 0.000 0.632
#> GSM682121 1 0.1163 0.8953 0.972 0.000 0.028
#> GSM682122 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682012 2 0.5216 0.6036 0.000 0.740 0.260
#> GSM682013 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682014 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682015 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682016 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682017 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682019 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682020 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682021 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682022 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682023 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682024 2 0.0892 0.9270 0.020 0.980 0.000
#> GSM682025 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682026 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682027 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682028 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682029 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682030 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682031 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682032 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682033 2 0.5926 0.3861 0.000 0.644 0.356
#> GSM681992 3 0.5443 0.6525 0.004 0.260 0.736
#> GSM681993 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM681994 1 0.0892 0.9004 0.980 0.000 0.020
#> GSM681995 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM681996 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM681997 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM681998 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM681999 3 0.2165 0.8807 0.064 0.000 0.936
#> GSM682000 2 0.5988 0.3475 0.368 0.632 0.000
#> GSM682001 2 0.5785 0.5146 0.300 0.696 0.004
#> GSM682055 3 0.5178 0.6566 0.000 0.256 0.744
#> GSM682056 3 0.6252 0.2570 0.000 0.444 0.556
#> GSM682057 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682058 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682059 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682060 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682061 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682062 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682063 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682064 1 0.6307 0.1396 0.512 0.488 0.000
#> GSM682065 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682066 1 0.6245 0.7294 0.760 0.060 0.180
#> GSM682067 3 0.1753 0.8926 0.048 0.000 0.952
#> GSM682068 1 0.5859 0.5254 0.656 0.344 0.000
#> GSM682069 3 0.5465 0.6217 0.288 0.000 0.712
#> GSM682070 3 0.4931 0.6965 0.232 0.000 0.768
#> GSM682071 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682072 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682073 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682074 3 0.5497 0.6286 0.292 0.000 0.708
#> GSM682075 1 0.2066 0.8730 0.940 0.000 0.060
#> GSM682076 3 0.3412 0.8321 0.124 0.000 0.876
#> GSM682077 1 0.1411 0.8912 0.964 0.000 0.036
#> GSM682078 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682079 3 0.1163 0.9037 0.028 0.000 0.972
#> GSM682080 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682081 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682082 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682083 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682084 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682085 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682086 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682087 3 0.0424 0.9116 0.008 0.000 0.992
#> GSM682088 3 0.1411 0.8990 0.036 0.000 0.964
#> GSM682089 3 0.1031 0.9052 0.024 0.000 0.976
#> GSM682090 3 0.4062 0.7933 0.164 0.000 0.836
#> GSM682091 3 0.0475 0.9118 0.004 0.004 0.992
#> GSM682092 1 0.5948 0.4148 0.640 0.000 0.360
#> GSM682093 3 0.0592 0.9102 0.012 0.000 0.988
#> GSM682094 1 0.4291 0.7592 0.820 0.000 0.180
#> GSM682095 3 0.4796 0.7088 0.000 0.220 0.780
#> GSM681982 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM681983 1 0.4654 0.7357 0.792 0.208 0.000
#> GSM681984 3 0.0424 0.9116 0.008 0.000 0.992
#> GSM681985 3 0.1163 0.9029 0.028 0.000 0.972
#> GSM681986 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM681987 3 0.0424 0.9089 0.000 0.008 0.992
#> GSM681988 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM681989 3 0.1636 0.9016 0.020 0.016 0.964
#> GSM681990 3 0.0747 0.9088 0.016 0.000 0.984
#> GSM681991 3 0.6215 0.3052 0.000 0.428 0.572
#> GSM682034 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682035 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682036 3 0.5882 0.4867 0.348 0.000 0.652
#> GSM682037 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682038 3 0.0000 0.9119 0.000 0.000 1.000
#> GSM682039 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682040 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682041 3 0.4702 0.7384 0.212 0.000 0.788
#> GSM682042 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682043 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682044 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682045 1 0.3267 0.8256 0.884 0.000 0.116
#> GSM682046 1 0.0237 0.9058 0.996 0.004 0.000
#> GSM682047 1 0.1163 0.8957 0.972 0.000 0.028
#> GSM682048 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682049 1 0.0747 0.9020 0.984 0.000 0.016
#> GSM682050 1 0.0237 0.9058 0.996 0.004 0.000
#> GSM682051 3 0.2537 0.8682 0.080 0.000 0.920
#> GSM682052 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682053 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
#> GSM682054 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682123 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682124 1 0.5465 0.6245 0.712 0.288 0.000
#> GSM682125 1 0.2066 0.8694 0.940 0.000 0.060
#> GSM682126 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682127 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682128 1 0.1399 0.8958 0.968 0.004 0.028
#> GSM682129 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682130 2 0.0000 0.9432 0.000 1.000 0.000
#> GSM682131 3 0.6330 0.3902 0.004 0.396 0.600
#> GSM682132 1 0.6225 0.3178 0.568 0.432 0.000
#> GSM682133 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682134 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682135 1 0.4931 0.7068 0.768 0.232 0.000
#> GSM682136 1 0.1964 0.8774 0.944 0.056 0.000
#> GSM682137 1 0.0424 0.9050 0.992 0.000 0.008
#> GSM682138 1 0.0747 0.9020 0.984 0.000 0.016
#> GSM682139 1 0.2448 0.8654 0.924 0.076 0.000
#> GSM682140 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682141 1 0.4452 0.7546 0.808 0.192 0.000
#> GSM682142 1 0.0000 0.9072 1.000 0.000 0.000
#> GSM682143 3 0.0237 0.9126 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM682002 1 0.2011 0.6761 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM682003 3 0.4220 0.7953 0.008 0.088 0.836 0.068
#> GSM682004 2 0.5219 0.5439 0.216 0.728 0.000 0.056
#> GSM682005 2 0.5754 0.4411 0.040 0.644 0.004 0.312
#> GSM682006 2 0.6281 0.5040 0.004 0.676 0.140 0.180
#> GSM682007 3 0.3215 0.8571 0.032 0.000 0.876 0.092
#> GSM682008 3 0.5135 0.6555 0.012 0.008 0.684 0.296
#> GSM682009 3 0.7730 0.2443 0.328 0.012 0.488 0.172
#> GSM682010 3 0.4035 0.7977 0.176 0.000 0.804 0.020
#> GSM682011 2 0.6566 0.3495 0.236 0.624 0.000 0.140
#> GSM682096 2 0.0336 0.7788 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682097 3 0.4541 0.7333 0.000 0.144 0.796 0.060
#> GSM682098 2 0.2469 0.7381 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM682099 2 0.3311 0.6831 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM682100 2 0.1661 0.7728 0.004 0.944 0.000 0.052
#> GSM682101 2 0.2048 0.7662 0.008 0.928 0.000 0.064
#> GSM682102 1 0.6580 0.5409 0.632 0.172 0.000 0.196
#> GSM682103 3 0.1716 0.8660 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM682104 3 0.0921 0.8716 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM682105 3 0.5371 0.7232 0.080 0.000 0.732 0.188
#> GSM682106 3 0.1211 0.8717 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM682107 4 0.8119 0.0783 0.272 0.008 0.328 0.392
#> GSM682108 3 0.1302 0.8637 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM682109 3 0.0817 0.8717 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM682110 3 0.1118 0.8664 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM682111 3 0.1302 0.8632 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM682112 3 0.1305 0.8672 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM682113 3 0.5304 0.7409 0.104 0.000 0.748 0.148
#> GSM682114 3 0.0524 0.8709 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM682115 4 0.5345 0.3023 0.428 0.000 0.012 0.560
#> GSM682116 4 0.5614 0.4227 0.304 0.000 0.044 0.652
#> GSM682117 3 0.5560 0.7178 0.156 0.000 0.728 0.116
#> GSM682118 3 0.2081 0.8633 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM682119 3 0.1022 0.8710 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM682120 3 0.6769 0.4867 0.220 0.000 0.608 0.172
#> GSM682121 4 0.6233 0.3371 0.388 0.000 0.060 0.552
#> GSM682122 3 0.0817 0.8714 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM682012 2 0.5564 0.5114 0.000 0.708 0.216 0.076
#> GSM682013 2 0.0469 0.7783 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682014 2 0.1584 0.7640 0.012 0.952 0.000 0.036
#> GSM682015 2 0.1004 0.7757 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM682016 3 0.2402 0.8478 0.000 0.012 0.912 0.076
#> GSM682017 2 0.1256 0.7731 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM682018 2 0.0895 0.7778 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM682019 2 0.1389 0.7704 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM682020 2 0.1256 0.7707 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM682021 2 0.0895 0.7780 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM682022 2 0.0657 0.7783 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM682023 2 0.0707 0.7772 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682024 2 0.1767 0.7736 0.012 0.944 0.000 0.044
#> GSM682025 2 0.0469 0.7787 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682026 2 0.0469 0.7781 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682027 2 0.2281 0.7485 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM682028 2 0.4250 0.5585 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM682029 4 0.4998 -0.0535 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM682030 4 0.4999 -0.0560 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM682031 2 0.4898 0.2612 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM682032 4 0.4977 0.0320 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM682033 2 0.5969 0.3016 0.000 0.564 0.392 0.044
#> GSM681992 2 0.9020 0.1290 0.152 0.400 0.348 0.100
#> GSM681993 3 0.1174 0.8710 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM681994 4 0.5962 0.4776 0.232 0.024 0.048 0.696
#> GSM681995 4 0.5398 0.2585 0.404 0.000 0.016 0.580
#> GSM681996 3 0.4212 0.7704 0.012 0.000 0.772 0.216
#> GSM681997 3 0.2589 0.8491 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM681998 3 0.0921 0.8729 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM681999 3 0.3505 0.8546 0.048 0.000 0.864 0.088
#> GSM682000 4 0.5231 0.3930 0.028 0.296 0.000 0.676
#> GSM682001 2 0.7538 -0.0503 0.380 0.480 0.016 0.124
#> GSM682055 3 0.6400 0.1296 0.000 0.408 0.524 0.068
#> GSM682056 2 0.6602 0.1503 0.000 0.484 0.436 0.080
#> GSM682057 2 0.0000 0.7790 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM682058 2 0.2345 0.7429 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM682059 2 0.0336 0.7788 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM682060 3 0.2149 0.8643 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM682061 3 0.1302 0.8671 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM682062 2 0.1576 0.7720 0.004 0.948 0.000 0.048
#> GSM682063 2 0.1452 0.7744 0.008 0.956 0.000 0.036
#> GSM682064 1 0.7673 0.3186 0.476 0.316 0.004 0.204
#> GSM682065 1 0.1489 0.6820 0.952 0.004 0.000 0.044
#> GSM682066 1 0.8994 0.0736 0.376 0.096 0.152 0.376
#> GSM682067 3 0.5154 0.6659 0.236 0.012 0.728 0.024
#> GSM682068 4 0.4656 0.5167 0.072 0.112 0.008 0.808
#> GSM682069 1 0.6207 -0.0197 0.496 0.000 0.452 0.052
#> GSM682070 3 0.5566 0.6485 0.224 0.000 0.704 0.072
#> GSM682071 3 0.0707 0.8713 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM682072 3 0.0592 0.8713 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM682073 3 0.0707 0.8711 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM682074 4 0.6998 0.0219 0.116 0.000 0.416 0.468
#> GSM682075 4 0.3861 0.5133 0.080 0.008 0.056 0.856
#> GSM682076 3 0.4072 0.8025 0.120 0.000 0.828 0.052
#> GSM682077 1 0.1724 0.6824 0.948 0.000 0.032 0.020
#> GSM682078 3 0.2345 0.8547 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM682079 3 0.1629 0.8723 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM682080 3 0.0779 0.8723 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM682081 3 0.0921 0.8685 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM682082 3 0.1302 0.8713 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM682083 4 0.5607 0.1365 0.484 0.000 0.020 0.496
#> GSM682084 3 0.0657 0.8716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM682085 3 0.1042 0.8732 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM682086 1 0.5208 0.5911 0.712 0.012 0.020 0.256
#> GSM682087 3 0.3710 0.7979 0.004 0.000 0.804 0.192
#> GSM682088 3 0.2411 0.8646 0.040 0.000 0.920 0.040
#> GSM682089 3 0.2928 0.8472 0.012 0.000 0.880 0.108
#> GSM682090 3 0.5070 0.7336 0.192 0.000 0.748 0.060
#> GSM682091 3 0.1796 0.8700 0.016 0.004 0.948 0.032
#> GSM682092 3 0.7417 0.1815 0.348 0.004 0.492 0.156
#> GSM682093 3 0.2593 0.8540 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM682094 1 0.6797 0.2830 0.468 0.000 0.096 0.436
#> GSM682095 3 0.5861 0.4823 0.000 0.296 0.644 0.060
#> GSM681982 3 0.2613 0.8580 0.024 0.008 0.916 0.052
#> GSM681983 1 0.6139 0.5310 0.656 0.244 0.000 0.100
#> GSM681984 3 0.3385 0.8442 0.048 0.012 0.884 0.056
#> GSM681985 3 0.3056 0.8544 0.072 0.004 0.892 0.032
#> GSM681986 3 0.3721 0.8476 0.072 0.008 0.864 0.056
#> GSM681987 3 0.3070 0.8445 0.016 0.020 0.896 0.068
#> GSM681988 3 0.2741 0.8573 0.012 0.000 0.892 0.096
#> GSM681989 3 0.4071 0.8431 0.036 0.012 0.840 0.112
#> GSM681990 3 0.2699 0.8552 0.068 0.000 0.904 0.028
#> GSM681991 2 0.7939 0.1596 0.040 0.444 0.404 0.112
#> GSM682034 1 0.1284 0.6829 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM682035 1 0.2670 0.6692 0.904 0.000 0.024 0.072
#> GSM682036 3 0.6476 0.5537 0.272 0.000 0.616 0.112
#> GSM682037 1 0.3881 0.6710 0.812 0.000 0.016 0.172
#> GSM682038 3 0.2861 0.8591 0.016 0.000 0.888 0.096
#> GSM682039 3 0.1936 0.8726 0.028 0.000 0.940 0.032
#> GSM682040 3 0.1297 0.8699 0.016 0.000 0.964 0.020
#> GSM682041 3 0.5464 0.6810 0.228 0.000 0.708 0.064
#> GSM682042 3 0.2376 0.8679 0.016 0.000 0.916 0.068
#> GSM682043 1 0.3991 0.6489 0.808 0.000 0.020 0.172
#> GSM682044 1 0.4149 0.6667 0.804 0.000 0.028 0.168
#> GSM682045 1 0.5594 0.5703 0.724 0.000 0.112 0.164
#> GSM682046 1 0.6393 0.5834 0.656 0.100 0.008 0.236
#> GSM682047 1 0.5352 0.5414 0.740 0.000 0.092 0.168
#> GSM682048 1 0.2214 0.6694 0.928 0.000 0.044 0.028
#> GSM682049 1 0.3876 0.6113 0.836 0.000 0.040 0.124
#> GSM682050 1 0.4700 0.6528 0.792 0.084 0.000 0.124
#> GSM682051 3 0.3691 0.8427 0.076 0.000 0.856 0.068
#> GSM682052 3 0.1510 0.8720 0.016 0.000 0.956 0.028
#> GSM682053 3 0.1629 0.8706 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM682054 1 0.5175 0.5834 0.656 0.004 0.012 0.328
#> GSM682123 1 0.2189 0.6630 0.932 0.020 0.004 0.044
#> GSM682124 1 0.6275 0.4112 0.596 0.328 0.000 0.076
#> GSM682125 1 0.1833 0.6747 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM682126 1 0.2053 0.6869 0.924 0.004 0.000 0.072
#> GSM682127 1 0.1970 0.6910 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM682128 4 0.3857 0.5198 0.060 0.020 0.056 0.864
#> GSM682129 2 0.1211 0.7711 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM682130 2 0.1398 0.7733 0.004 0.956 0.000 0.040
#> GSM682131 2 0.6315 0.2834 0.000 0.540 0.396 0.064
#> GSM682132 4 0.4170 0.5170 0.012 0.168 0.012 0.808
#> GSM682133 1 0.6986 0.4405 0.552 0.104 0.008 0.336
#> GSM682134 1 0.0376 0.6808 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM682135 1 0.7392 0.4579 0.560 0.228 0.008 0.204
#> GSM682136 1 0.4171 0.6487 0.828 0.088 0.000 0.084
#> GSM682137 4 0.5365 0.3089 0.264 0.000 0.044 0.692
#> GSM682138 1 0.3734 0.6313 0.848 0.000 0.044 0.108
#> GSM682139 1 0.5619 0.5143 0.688 0.248 0.000 0.064
#> GSM682140 1 0.5430 0.4054 0.664 0.000 0.036 0.300
#> GSM682141 1 0.6461 0.5217 0.640 0.216 0.000 0.144
#> GSM682142 1 0.3727 0.6764 0.832 0.008 0.008 0.152
#> GSM682143 3 0.2075 0.8727 0.016 0.004 0.936 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM682002 1 0.4735 0.30645 0.672 0.000 0.000 0.044 0.284
#> GSM682003 3 0.7014 0.13764 0.000 0.276 0.372 0.008 0.344
#> GSM682004 2 0.5405 0.44324 0.328 0.596 0.000 0.000 0.076
#> GSM682005 2 0.7523 0.19555 0.052 0.440 0.000 0.244 0.264
#> GSM682006 4 0.7282 0.40852 0.056 0.300 0.052 0.536 0.056
#> GSM682007 5 0.5411 -0.08151 0.016 0.000 0.400 0.032 0.552
#> GSM682008 4 0.6933 -0.13746 0.004 0.000 0.304 0.376 0.316
#> GSM682009 1 0.7795 0.05235 0.448 0.016 0.312 0.060 0.164
#> GSM682010 3 0.5054 0.55508 0.216 0.000 0.696 0.004 0.084
#> GSM682011 1 0.5630 0.38607 0.580 0.324 0.000 0.096 0.000
#> GSM682096 2 0.2362 0.80797 0.008 0.900 0.008 0.000 0.084
#> GSM682097 3 0.6772 0.13398 0.000 0.348 0.456 0.012 0.184
#> GSM682098 2 0.3980 0.73887 0.000 0.796 0.000 0.128 0.076
#> GSM682099 2 0.4527 0.55935 0.028 0.696 0.000 0.272 0.004
#> GSM682100 2 0.2325 0.81324 0.068 0.904 0.000 0.028 0.000
#> GSM682101 2 0.3037 0.78683 0.100 0.860 0.000 0.040 0.000
#> GSM682102 1 0.5571 0.51854 0.716 0.148 0.020 0.100 0.016
#> GSM682103 3 0.1484 0.70513 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM682104 3 0.0609 0.70366 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682105 3 0.4425 0.61417 0.064 0.000 0.784 0.132 0.020
#> GSM682106 3 0.0451 0.70149 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM682107 3 0.7466 -0.04772 0.336 0.008 0.412 0.216 0.028
#> GSM682108 3 0.0703 0.70008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM682109 3 0.0510 0.70348 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM682110 3 0.0865 0.69953 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM682111 3 0.0404 0.70229 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM682112 3 0.1608 0.70196 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM682113 3 0.4093 0.64174 0.120 0.000 0.808 0.052 0.020
#> GSM682114 3 0.2074 0.69373 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM682115 4 0.5741 0.50779 0.204 0.000 0.004 0.636 0.156
#> GSM682116 4 0.5241 0.50619 0.068 0.000 0.008 0.664 0.260
#> GSM682117 3 0.3363 0.69079 0.076 0.000 0.860 0.020 0.044
#> GSM682118 3 0.0727 0.70379 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM682119 3 0.0703 0.70258 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM682120 3 0.7072 0.29208 0.092 0.000 0.560 0.124 0.224
#> GSM682121 4 0.7370 0.39302 0.192 0.000 0.180 0.532 0.096
#> GSM682122 3 0.0880 0.70461 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM682012 2 0.6116 0.48915 0.000 0.588 0.104 0.020 0.288
#> GSM682013 2 0.0865 0.83209 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> GSM682014 2 0.1757 0.82541 0.048 0.936 0.000 0.004 0.012
#> GSM682015 2 0.0703 0.83149 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 3 0.5008 0.49022 0.000 0.024 0.620 0.012 0.344
#> GSM682017 2 0.1121 0.82728 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0404 0.83179 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM682019 2 0.2228 0.81405 0.000 0.912 0.000 0.040 0.048
#> GSM682020 2 0.1043 0.82828 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM682021 2 0.1082 0.82972 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> GSM682022 2 0.0740 0.83313 0.008 0.980 0.000 0.004 0.008
#> GSM682023 2 0.1628 0.82205 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM682024 2 0.1830 0.81696 0.068 0.924 0.000 0.008 0.000
#> GSM682025 2 0.0740 0.83166 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> GSM682026 2 0.1408 0.82657 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM682027 2 0.3289 0.77112 0.048 0.844 0.000 0.108 0.000
#> GSM682028 2 0.4464 0.29435 0.000 0.584 0.000 0.408 0.008
#> GSM682029 4 0.4183 0.52319 0.008 0.272 0.000 0.712 0.008
#> GSM682030 4 0.3779 0.58251 0.012 0.236 0.000 0.752 0.000
#> GSM682031 4 0.4791 0.28373 0.012 0.392 0.000 0.588 0.008
#> GSM682032 4 0.3727 0.60103 0.016 0.216 0.000 0.768 0.000
#> GSM682033 3 0.6688 0.20094 0.004 0.368 0.472 0.012 0.144
#> GSM681992 1 0.8511 0.11417 0.316 0.188 0.244 0.000 0.252
#> GSM681993 3 0.3336 0.63707 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM681994 4 0.5386 0.59258 0.112 0.008 0.004 0.696 0.180
#> GSM681995 4 0.5508 0.49750 0.244 0.000 0.000 0.636 0.120
#> GSM681996 5 0.6456 -0.13860 0.000 0.000 0.392 0.180 0.428
#> GSM681997 3 0.5523 0.47902 0.000 0.000 0.592 0.320 0.088
#> GSM681998 3 0.4206 0.59174 0.000 0.000 0.708 0.020 0.272
#> GSM681999 3 0.6932 0.49726 0.156 0.000 0.588 0.088 0.168
#> GSM682000 4 0.4086 0.59727 0.152 0.056 0.000 0.788 0.004
#> GSM682001 1 0.5650 0.48337 0.672 0.244 0.020 0.036 0.028
#> GSM682055 3 0.6797 -0.05326 0.000 0.388 0.404 0.008 0.200
#> GSM682056 2 0.7086 0.25321 0.000 0.468 0.336 0.040 0.156
#> GSM682057 2 0.0807 0.83387 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> GSM682058 2 0.4010 0.74725 0.000 0.796 0.000 0.088 0.116
#> GSM682059 2 0.1282 0.82725 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM682060 3 0.2722 0.69998 0.000 0.000 0.872 0.020 0.108
#> GSM682061 3 0.2127 0.69883 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM682062 2 0.2067 0.82042 0.048 0.920 0.000 0.032 0.000
#> GSM682063 2 0.2583 0.77195 0.132 0.864 0.000 0.004 0.000
#> GSM682064 1 0.5715 0.41927 0.628 0.300 0.028 0.028 0.016
#> GSM682065 1 0.2452 0.54087 0.896 0.016 0.004 0.000 0.084
#> GSM682066 3 0.7603 -0.19128 0.336 0.016 0.348 0.284 0.016
#> GSM682067 3 0.3769 0.62607 0.172 0.004 0.796 0.000 0.028
#> GSM682068 4 0.3495 0.61096 0.120 0.036 0.000 0.836 0.008
#> GSM682069 3 0.5099 0.42706 0.336 0.000 0.612 0.000 0.052
#> GSM682070 3 0.3653 0.65841 0.124 0.000 0.828 0.012 0.036
#> GSM682071 3 0.1121 0.70475 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM682072 3 0.0162 0.70259 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682073 3 0.0162 0.70251 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM682074 3 0.7204 -0.04760 0.020 0.000 0.404 0.312 0.264
#> GSM682075 4 0.4144 0.58663 0.100 0.008 0.092 0.800 0.000
#> GSM682076 3 0.4667 0.63152 0.052 0.000 0.780 0.052 0.116
#> GSM682077 1 0.6972 -0.00329 0.404 0.000 0.360 0.012 0.224
#> GSM682078 3 0.2740 0.69333 0.000 0.000 0.876 0.028 0.096
#> GSM682079 3 0.1997 0.69742 0.024 0.000 0.932 0.016 0.028
#> GSM682080 3 0.2516 0.68070 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM682081 3 0.0609 0.70421 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM682082 3 0.1831 0.70024 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM682083 4 0.6469 0.35305 0.220 0.000 0.004 0.524 0.252
#> GSM682084 3 0.2329 0.68659 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM682085 3 0.2471 0.68237 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM682086 1 0.6813 0.39236 0.616 0.036 0.124 0.196 0.028
#> GSM682087 3 0.4581 0.60706 0.000 0.000 0.732 0.196 0.072
#> GSM682088 3 0.1764 0.70230 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> GSM682089 3 0.3476 0.64852 0.000 0.000 0.804 0.020 0.176
#> GSM682090 5 0.6778 0.20846 0.128 0.000 0.408 0.028 0.436
#> GSM682091 3 0.2866 0.67752 0.080 0.004 0.884 0.008 0.024
#> GSM682092 3 0.5505 0.44970 0.288 0.000 0.636 0.056 0.020
#> GSM682093 3 0.1582 0.70473 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> GSM682094 1 0.7147 0.20081 0.452 0.000 0.260 0.264 0.024
#> GSM682095 3 0.4370 0.55523 0.000 0.236 0.724 0.000 0.040
#> GSM681982 5 0.4691 0.09124 0.004 0.012 0.320 0.008 0.656
#> GSM681983 1 0.5037 0.56332 0.760 0.076 0.000 0.064 0.100
#> GSM681984 3 0.5392 0.34640 0.020 0.016 0.520 0.004 0.440
#> GSM681985 5 0.5160 0.19106 0.056 0.000 0.336 0.000 0.608
#> GSM681986 3 0.6211 0.52701 0.116 0.012 0.600 0.008 0.264
#> GSM681987 3 0.4492 0.56258 0.000 0.020 0.680 0.004 0.296
#> GSM681988 3 0.5175 0.41502 0.000 0.000 0.548 0.044 0.408
#> GSM681989 3 0.6714 0.27747 0.064 0.000 0.468 0.068 0.400
#> GSM681990 3 0.5689 0.33275 0.072 0.000 0.528 0.004 0.396
#> GSM681991 3 0.8298 0.17704 0.132 0.224 0.396 0.004 0.244
#> GSM682034 5 0.4443 0.16657 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524
#> GSM682035 5 0.4655 0.33049 0.384 0.000 0.004 0.012 0.600
#> GSM682036 3 0.6982 0.34731 0.228 0.000 0.516 0.032 0.224
#> GSM682037 1 0.4740 -0.16265 0.516 0.000 0.000 0.016 0.468
#> GSM682038 3 0.4920 0.47570 0.000 0.000 0.584 0.032 0.384
#> GSM682039 3 0.4848 0.55140 0.032 0.000 0.644 0.004 0.320
#> GSM682040 3 0.3366 0.63340 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM682041 5 0.5197 0.45447 0.068 0.000 0.236 0.012 0.684
#> GSM682042 3 0.4747 0.27267 0.000 0.000 0.496 0.016 0.488
#> GSM682043 5 0.5103 0.29400 0.404 0.000 0.000 0.040 0.556
#> GSM682044 5 0.5002 0.10931 0.484 0.000 0.008 0.016 0.492
#> GSM682045 1 0.6021 0.28137 0.604 0.000 0.076 0.032 0.288
#> GSM682046 1 0.5214 0.54183 0.728 0.040 0.000 0.164 0.068
#> GSM682047 5 0.5014 0.46539 0.212 0.000 0.040 0.032 0.716
#> GSM682048 5 0.4518 0.43186 0.320 0.000 0.016 0.004 0.660
#> GSM682049 5 0.4806 0.40998 0.336 0.000 0.012 0.016 0.636
#> GSM682050 1 0.3720 0.55865 0.836 0.048 0.000 0.020 0.096
#> GSM682051 5 0.4807 -0.04185 0.008 0.000 0.464 0.008 0.520
#> GSM682052 3 0.4182 0.45725 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM682053 3 0.4350 0.43633 0.004 0.000 0.588 0.000 0.408
#> GSM682054 1 0.5524 0.48458 0.664 0.004 0.000 0.180 0.152
#> GSM682123 1 0.4902 -0.13938 0.508 0.024 0.000 0.000 0.468
#> GSM682124 1 0.4127 0.48160 0.680 0.312 0.000 0.000 0.008
#> GSM682125 5 0.4516 0.43051 0.276 0.000 0.012 0.016 0.696
#> GSM682126 1 0.3643 0.42722 0.776 0.004 0.000 0.008 0.212
#> GSM682127 1 0.3402 0.46521 0.804 0.008 0.000 0.004 0.184
#> GSM682128 4 0.2228 0.64770 0.020 0.016 0.000 0.920 0.044
#> GSM682129 2 0.2569 0.80759 0.000 0.892 0.000 0.040 0.068
#> GSM682130 2 0.1478 0.81968 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> GSM682131 2 0.5964 0.47439 0.000 0.600 0.128 0.008 0.264
#> GSM682132 4 0.2798 0.65034 0.008 0.044 0.000 0.888 0.060
#> GSM682133 1 0.6063 0.29168 0.572 0.056 0.000 0.332 0.040
#> GSM682134 1 0.4722 0.03204 0.572 0.004 0.000 0.012 0.412
#> GSM682135 1 0.4944 0.49705 0.700 0.240 0.000 0.044 0.016
#> GSM682136 1 0.2353 0.57293 0.908 0.060 0.000 0.004 0.028
#> GSM682137 4 0.4325 0.60309 0.100 0.004 0.000 0.780 0.116
#> GSM682138 5 0.5162 0.44303 0.300 0.000 0.032 0.020 0.648
#> GSM682139 1 0.5334 0.51035 0.652 0.244 0.000 0.000 0.104
#> GSM682140 5 0.5364 0.41203 0.284 0.000 0.004 0.076 0.636
#> GSM682141 1 0.4651 0.55800 0.728 0.208 0.000 0.004 0.060
#> GSM682142 1 0.3021 0.56739 0.888 0.032 0.008 0.020 0.052
#> GSM682143 3 0.4199 0.59548 0.000 0.008 0.692 0.004 0.296
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM682002 3 0.5100 0.0017 0.392 0.004 0.548 0.000 0.040 0.016
#> GSM682003 5 0.4172 0.4816 0.004 0.156 0.004 0.080 0.756 0.000
#> GSM682004 2 0.6649 0.0275 0.308 0.396 0.032 0.000 0.264 0.000
#> GSM682005 5 0.6607 0.0245 0.072 0.112 0.016 0.000 0.540 0.260
#> GSM682006 6 0.6907 0.5077 0.132 0.080 0.008 0.012 0.236 0.532
#> GSM682007 5 0.5211 0.4815 0.008 0.000 0.248 0.096 0.640 0.008
#> GSM682008 5 0.6600 0.1259 0.012 0.004 0.068 0.076 0.424 0.416
#> GSM682009 1 0.7123 -0.1886 0.424 0.004 0.060 0.096 0.376 0.040
#> GSM682010 5 0.6730 0.3743 0.216 0.000 0.040 0.304 0.436 0.004
#> GSM682011 1 0.6050 0.3506 0.616 0.140 0.012 0.000 0.048 0.184
#> GSM682096 2 0.3043 0.6949 0.004 0.796 0.000 0.000 0.196 0.004
#> GSM682097 2 0.6483 0.1271 0.020 0.396 0.004 0.208 0.372 0.000
#> GSM682098 2 0.4733 0.6111 0.012 0.708 0.000 0.000 0.136 0.144
#> GSM682099 2 0.4083 0.4770 0.020 0.688 0.000 0.000 0.008 0.284
#> GSM682100 2 0.2462 0.7550 0.096 0.876 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM682101 2 0.3861 0.6420 0.184 0.756 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM682102 1 0.5875 0.4701 0.624 0.100 0.188 0.088 0.000 0.000
#> GSM682103 4 0.1728 0.7449 0.008 0.000 0.064 0.924 0.004 0.000
#> GSM682104 4 0.0935 0.7466 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> GSM682105 4 0.2379 0.7353 0.052 0.000 0.012 0.904 0.008 0.024
#> GSM682106 4 0.1268 0.7393 0.008 0.000 0.004 0.952 0.036 0.000
#> GSM682107 4 0.6944 0.0446 0.320 0.000 0.016 0.416 0.036 0.212
#> GSM682108 4 0.1929 0.7322 0.016 0.000 0.008 0.924 0.048 0.004
#> GSM682109 4 0.1226 0.7389 0.004 0.000 0.000 0.952 0.040 0.004
#> GSM682110 4 0.2224 0.7306 0.036 0.000 0.012 0.912 0.036 0.004
#> GSM682111 4 0.1750 0.7368 0.004 0.000 0.008 0.928 0.056 0.004
#> GSM682112 4 0.3447 0.6861 0.004 0.000 0.044 0.804 0.148 0.000
#> GSM682113 4 0.2361 0.7275 0.104 0.000 0.012 0.880 0.000 0.004
#> GSM682114 4 0.3225 0.7015 0.000 0.000 0.080 0.828 0.092 0.000
#> GSM682115 3 0.6003 -0.1341 0.116 0.000 0.444 0.020 0.004 0.416
#> GSM682116 6 0.5639 0.1333 0.036 0.000 0.408 0.064 0.000 0.492
#> GSM682117 4 0.2900 0.7361 0.088 0.000 0.044 0.860 0.008 0.000
#> GSM682118 4 0.1476 0.7438 0.012 0.000 0.004 0.948 0.028 0.008
#> GSM682119 4 0.1340 0.7392 0.000 0.000 0.008 0.948 0.040 0.004
#> GSM682120 4 0.6292 0.3939 0.080 0.000 0.312 0.536 0.016 0.056
#> GSM682121 4 0.7410 0.0933 0.108 0.000 0.264 0.376 0.004 0.248
#> GSM682122 4 0.1760 0.7444 0.004 0.000 0.020 0.928 0.048 0.000
#> GSM682012 2 0.5892 0.3043 0.004 0.504 0.052 0.020 0.396 0.024
#> GSM682013 2 0.0692 0.7902 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM682014 2 0.1219 0.7868 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682015 2 0.0547 0.7913 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682016 5 0.6306 0.4726 0.000 0.048 0.108 0.268 0.560 0.016
#> GSM682017 2 0.0937 0.7887 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM682018 2 0.0653 0.7917 0.012 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM682019 2 0.1977 0.7744 0.008 0.920 0.000 0.000 0.032 0.040
#> GSM682020 2 0.0935 0.7907 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682021 2 0.1321 0.7872 0.024 0.952 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM682022 2 0.0810 0.7920 0.008 0.976 0.004 0.000 0.008 0.004
#> GSM682023 2 0.1225 0.7858 0.004 0.956 0.004 0.000 0.032 0.004
#> GSM682024 2 0.2201 0.7695 0.076 0.896 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM682025 2 0.0405 0.7914 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM682026 2 0.0603 0.7906 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682027 2 0.4025 0.5421 0.048 0.720 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM682028 6 0.4325 0.0557 0.008 0.480 0.000 0.000 0.008 0.504
#> GSM682029 6 0.2979 0.6295 0.004 0.188 0.000 0.000 0.004 0.804
#> GSM682030 6 0.2773 0.6455 0.008 0.152 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM682031 6 0.3791 0.5101 0.008 0.300 0.000 0.000 0.004 0.688
#> GSM682032 6 0.2872 0.6506 0.024 0.140 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM682033 4 0.6981 -0.0962 0.024 0.172 0.012 0.440 0.332 0.020
#> GSM681992 5 0.5766 0.3388 0.280 0.052 0.008 0.064 0.596 0.000
#> GSM681993 4 0.5235 0.1395 0.000 0.000 0.100 0.520 0.380 0.000
#> GSM681994 6 0.5707 0.4585 0.068 0.012 0.036 0.000 0.288 0.596
#> GSM681995 6 0.6455 0.5262 0.172 0.016 0.080 0.000 0.140 0.592
#> GSM681996 5 0.6752 0.4709 0.000 0.000 0.184 0.128 0.524 0.164
#> GSM681997 6 0.6005 0.2133 0.012 0.000 0.020 0.148 0.244 0.576
#> GSM681998 5 0.4401 0.5763 0.040 0.000 0.012 0.140 0.768 0.040
#> GSM681999 5 0.6605 0.3778 0.316 0.000 0.028 0.112 0.504 0.040
#> GSM682000 6 0.4436 0.6110 0.176 0.044 0.000 0.000 0.040 0.740
#> GSM682001 1 0.3902 0.5330 0.796 0.080 0.004 0.000 0.108 0.012
#> GSM682055 2 0.6335 0.1791 0.016 0.416 0.004 0.188 0.376 0.000
#> GSM682056 2 0.6549 0.3078 0.020 0.464 0.004 0.188 0.316 0.008
#> GSM682057 2 0.0508 0.7922 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM682058 2 0.4668 0.6179 0.012 0.708 0.000 0.000 0.180 0.100
#> GSM682059 2 0.0458 0.7910 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM682060 4 0.4726 0.5668 0.004 0.000 0.076 0.716 0.184 0.020
#> GSM682061 4 0.4216 0.5225 0.000 0.000 0.040 0.720 0.228 0.012
#> GSM682062 2 0.2350 0.7653 0.076 0.888 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM682063 2 0.2631 0.7170 0.152 0.840 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM682064 1 0.4422 0.5251 0.720 0.180 0.000 0.096 0.000 0.004
#> GSM682065 1 0.4513 0.4160 0.652 0.020 0.304 0.024 0.000 0.000
#> GSM682066 4 0.6516 0.3028 0.240 0.004 0.040 0.504 0.000 0.212
#> GSM682067 4 0.2972 0.7208 0.108 0.000 0.016 0.852 0.024 0.000
#> GSM682068 6 0.3855 0.6006 0.164 0.012 0.012 0.020 0.004 0.788
#> GSM682069 4 0.4023 0.6626 0.188 0.000 0.052 0.752 0.008 0.000
#> GSM682070 4 0.2586 0.7304 0.096 0.000 0.020 0.876 0.004 0.004
#> GSM682071 4 0.2568 0.7240 0.004 0.000 0.024 0.880 0.088 0.004
#> GSM682072 4 0.1096 0.7414 0.004 0.000 0.008 0.964 0.020 0.004
#> GSM682073 4 0.1508 0.7383 0.004 0.000 0.004 0.940 0.048 0.004
#> GSM682074 4 0.6119 0.2847 0.028 0.000 0.356 0.504 0.012 0.100
#> GSM682075 6 0.5333 0.4635 0.120 0.000 0.040 0.172 0.000 0.668
#> GSM682076 4 0.5254 0.6217 0.084 0.000 0.176 0.692 0.012 0.036
#> GSM682077 4 0.5482 0.4158 0.156 0.000 0.300 0.544 0.000 0.000
#> GSM682078 4 0.2651 0.7371 0.004 0.000 0.088 0.872 0.036 0.000
#> GSM682079 4 0.3424 0.7162 0.068 0.000 0.048 0.844 0.036 0.004
#> GSM682080 4 0.3703 0.6784 0.000 0.000 0.104 0.788 0.108 0.000
#> GSM682081 4 0.1812 0.7363 0.004 0.000 0.008 0.924 0.060 0.004
#> GSM682082 4 0.1930 0.7415 0.000 0.000 0.048 0.916 0.036 0.000
#> GSM682083 3 0.5718 0.0400 0.108 0.000 0.524 0.020 0.000 0.348
#> GSM682084 4 0.2985 0.7158 0.000 0.000 0.100 0.844 0.056 0.000
#> GSM682085 4 0.3361 0.7031 0.000 0.000 0.108 0.816 0.076 0.000
#> GSM682086 1 0.5318 0.3864 0.680 0.000 0.020 0.176 0.016 0.108
#> GSM682087 4 0.3418 0.7098 0.004 0.000 0.084 0.820 0.000 0.092
#> GSM682088 4 0.1888 0.7429 0.004 0.000 0.068 0.916 0.012 0.000
#> GSM682089 4 0.3601 0.6950 0.008 0.000 0.160 0.792 0.040 0.000
#> GSM682090 3 0.6070 -0.1132 0.072 0.000 0.460 0.416 0.044 0.008
#> GSM682091 4 0.2706 0.7242 0.084 0.000 0.008 0.876 0.028 0.004
#> GSM682092 4 0.4353 0.6707 0.144 0.000 0.052 0.768 0.020 0.016
#> GSM682093 4 0.2084 0.7474 0.016 0.000 0.044 0.916 0.024 0.000
#> GSM682094 1 0.6067 0.0482 0.448 0.000 0.008 0.388 0.008 0.148
#> GSM682095 4 0.5739 0.4196 0.020 0.140 0.008 0.628 0.200 0.004
#> GSM681982 5 0.3394 0.5429 0.000 0.000 0.144 0.052 0.804 0.000
#> GSM681983 1 0.6574 0.4754 0.604 0.048 0.176 0.000 0.088 0.084
#> GSM681984 5 0.3751 0.5606 0.060 0.004 0.048 0.064 0.824 0.000
#> GSM681985 5 0.4581 0.4600 0.016 0.000 0.244 0.036 0.696 0.008
#> GSM681986 5 0.6299 0.4797 0.256 0.008 0.040 0.148 0.548 0.000
#> GSM681987 5 0.4018 0.5785 0.008 0.012 0.020 0.196 0.760 0.004
#> GSM681988 5 0.5830 0.5436 0.000 0.000 0.140 0.156 0.632 0.072
#> GSM681989 5 0.6459 0.4736 0.084 0.004 0.188 0.060 0.616 0.048
#> GSM681990 5 0.4203 0.5598 0.056 0.000 0.096 0.064 0.784 0.000
#> GSM681991 5 0.5923 0.5239 0.156 0.072 0.004 0.120 0.644 0.004
#> GSM682034 3 0.4738 0.4489 0.224 0.000 0.688 0.008 0.076 0.004
#> GSM682035 3 0.4641 0.5580 0.084 0.000 0.736 0.024 0.152 0.004
#> GSM682036 4 0.7719 -0.1308 0.112 0.000 0.192 0.396 0.272 0.028
#> GSM682037 3 0.5533 0.4437 0.232 0.000 0.632 0.004 0.100 0.032
#> GSM682038 5 0.6182 0.4771 0.008 0.004 0.192 0.212 0.564 0.020
#> GSM682039 5 0.6621 0.3435 0.028 0.000 0.176 0.340 0.444 0.012
#> GSM682040 4 0.5389 0.3246 0.004 0.000 0.132 0.576 0.288 0.000
#> GSM682041 3 0.5641 0.2378 0.000 0.000 0.560 0.160 0.272 0.008
#> GSM682042 5 0.6027 0.3543 0.000 0.000 0.264 0.236 0.492 0.008
#> GSM682043 3 0.4897 0.5536 0.108 0.000 0.736 0.028 0.112 0.016
#> GSM682044 3 0.5620 0.4500 0.220 0.000 0.632 0.028 0.112 0.008
#> GSM682045 1 0.6875 -0.0780 0.388 0.000 0.276 0.032 0.296 0.008
#> GSM682046 1 0.4942 0.5458 0.712 0.048 0.156 0.000 0.000 0.084
#> GSM682047 3 0.4801 0.4258 0.012 0.000 0.672 0.032 0.264 0.020
#> GSM682048 3 0.5417 0.3912 0.068 0.000 0.588 0.024 0.316 0.004
#> GSM682049 3 0.4115 0.5595 0.068 0.000 0.788 0.020 0.116 0.008
#> GSM682050 1 0.4867 0.4883 0.644 0.076 0.272 0.000 0.000 0.008
#> GSM682051 3 0.5940 0.0386 0.004 0.000 0.456 0.348 0.192 0.000
#> GSM682052 5 0.6069 0.1739 0.000 0.000 0.216 0.384 0.396 0.004
#> GSM682053 4 0.5931 -0.1046 0.000 0.000 0.216 0.424 0.360 0.000
#> GSM682054 1 0.5307 0.3843 0.600 0.000 0.300 0.012 0.004 0.084
#> GSM682123 3 0.5721 0.3483 0.256 0.032 0.608 0.000 0.096 0.008
#> GSM682124 1 0.5045 0.3972 0.552 0.364 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM682125 3 0.5208 0.2581 0.068 0.004 0.520 0.000 0.404 0.004
#> GSM682126 1 0.4262 0.2674 0.560 0.012 0.424 0.000 0.000 0.004
#> GSM682127 1 0.4184 0.3754 0.640 0.004 0.340 0.012 0.000 0.004
#> GSM682128 6 0.2534 0.6507 0.024 0.016 0.056 0.008 0.000 0.896
#> GSM682129 2 0.2044 0.7766 0.008 0.920 0.004 0.000 0.040 0.028
#> GSM682130 2 0.1588 0.7782 0.072 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM682131 2 0.5461 0.3483 0.012 0.524 0.032 0.032 0.400 0.000
#> GSM682132 6 0.3122 0.6493 0.008 0.020 0.060 0.004 0.040 0.868
#> GSM682133 6 0.6629 0.0763 0.348 0.056 0.164 0.000 0.000 0.432
#> GSM682134 3 0.4159 0.3140 0.284 0.008 0.688 0.000 0.012 0.008
#> GSM682135 1 0.4172 0.5027 0.708 0.252 0.016 0.000 0.000 0.024
#> GSM682136 1 0.3575 0.5527 0.804 0.048 0.140 0.000 0.004 0.004
#> GSM682137 6 0.4339 0.5850 0.064 0.000 0.144 0.008 0.020 0.764
#> GSM682138 3 0.4643 0.5546 0.032 0.000 0.748 0.060 0.148 0.012
#> GSM682139 1 0.5938 0.4400 0.520 0.296 0.172 0.000 0.008 0.004
#> GSM682140 3 0.5044 0.5705 0.048 0.000 0.732 0.024 0.136 0.060
#> GSM682141 1 0.5478 0.4830 0.568 0.236 0.196 0.000 0.000 0.000
#> GSM682142 1 0.2999 0.5600 0.852 0.024 0.112 0.004 0.004 0.004
#> GSM682143 4 0.6408 -0.2043 0.008 0.004 0.156 0.408 0.408 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) protocol(p) k
#> ATC:NMF 151 5.16e-09 3.95e-01 2
#> ATC:NMF 149 3.15e-18 4.64e-02 3
#> ATC:NMF 127 4.35e-15 2.85e-02 4
#> ATC:NMF 91 6.76e-09 2.77e-01 5
#> ATC:NMF 91 1.73e-16 3.48e-12 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0