Date: 2019-12-25 21:05:23 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 23299 183
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:skmeans | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | 2 |
| SD:pam | 4 | 1.000 | 0.978 | 0.981 | ** | 2,3 |
| SD:NMF | 3 | 1.000 | 0.991 | 0.995 | ** | 2 |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:skmeans | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | 2 |
| CV:pam | 3 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | 2 |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:hclust | 4 | 0.976 | 0.908 | 0.961 | ** | 2 |
| MAD:hclust | 4 | 0.948 | 0.887 | 0.951 | * | 2,3 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.939 | 0.928 | 0.954 | * | 2,3,4 |
| CV:mclust | 5 | 0.933 | 0.717 | 0.873 | * | 2,3,4 |
| CV:NMF | 4 | 0.927 | 0.902 | 0.937 | * | 2,3 |
| MAD:NMF | 4 | 0.925 | 0.873 | 0.937 | * | 2,3 |
| MAD:mclust | 6 | 0.924 | 0.905 | 0.939 | * | 2,3,4 |
| ATC:skmeans | 5 | 0.921 | 0.823 | 0.903 | * | 2,3,4 |
| MAD:pam | 6 | 0.918 | 0.862 | 0.936 | * | 2,3,4 |
| ATC:mclust | 5 | 0.915 | 0.869 | 0.938 | * | 2,3,4 |
| SD:hclust | 5 | 0.905 | 0.807 | 0.915 | * | 2,3,4 |
| ATC:hclust | 4 | 0.902 | 0.888 | 0.950 | * | 2,3 |
| SD:mclust | 5 | 0.900 | 0.893 | 0.926 | * | 2,3,4 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:NMF 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:NMF 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:NMF 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> SD:skmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:skmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:skmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:skmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> SD:mclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:mclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:mclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:mclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> SD:kmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:kmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:kmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:kmeans 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> SD:pam 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:pam 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:pam 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:pam 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> SD:hclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> CV:hclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> MAD:hclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
#> ATC:hclust 2 1 1 1 0.419 0.582 0.582
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.991 0.995 0.594 0.750 0.571
#> CV:NMF 3 1.000 0.999 0.991 0.582 0.750 0.571
#> MAD:NMF 3 1.000 0.999 1.000 0.596 0.750 0.571
#> ATC:NMF 3 0.696 0.748 0.878 0.378 0.792 0.643
#> SD:skmeans 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> CV:skmeans 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> MAD:skmeans 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.996 0.998 0.596 0.750 0.571
#> SD:mclust 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> CV:mclust 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> MAD:mclust 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> ATC:mclust 3 1.000 0.986 0.994 0.596 0.750 0.571
#> SD:kmeans 3 0.702 0.982 0.898 0.483 0.750 0.571
#> CV:kmeans 3 0.703 0.973 0.868 0.460 0.750 0.571
#> MAD:kmeans 3 0.709 0.979 0.904 0.492 0.750 0.571
#> ATC:kmeans 3 0.709 0.980 0.902 0.488 0.750 0.571
#> SD:pam 3 1.000 0.997 0.999 0.596 0.750 0.571
#> CV:pam 3 1.000 0.998 0.999 0.596 0.750 0.571
#> MAD:pam 3 1.000 0.994 0.997 0.596 0.750 0.571
#> ATC:pam 3 1.000 0.997 0.999 0.595 0.750 0.571
#> SD:hclust 3 1.000 1.000 1.000 0.596 0.750 0.571
#> CV:hclust 3 0.706 0.976 0.874 0.463 0.750 0.571
#> MAD:hclust 3 1.000 0.997 0.998 0.595 0.750 0.571
#> ATC:hclust 3 1.000 0.976 0.989 0.594 0.751 0.571
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.928 0.948 0.948 0.0289 1.000 1.000
#> CV:NMF 4 0.927 0.902 0.937 0.0569 0.968 0.904
#> MAD:NMF 4 0.925 0.873 0.937 0.0542 0.974 0.922
#> ATC:NMF 4 0.813 0.915 0.923 0.1438 0.839 0.629
#> SD:skmeans 4 0.890 0.932 0.928 0.0905 0.939 0.815
#> CV:skmeans 4 0.870 0.908 0.909 0.0895 0.939 0.815
#> MAD:skmeans 4 0.998 0.953 0.960 0.0904 0.939 0.815
#> ATC:skmeans 4 1.000 0.992 0.994 0.0961 0.935 0.804
#> SD:mclust 4 0.970 0.970 0.967 0.0534 0.957 0.870
#> CV:mclust 4 0.957 0.913 0.952 0.0543 0.958 0.875
#> MAD:mclust 4 0.965 0.921 0.956 0.0490 0.979 0.937
#> ATC:mclust 4 0.915 0.937 0.917 0.0584 0.949 0.848
#> SD:kmeans 4 0.815 0.874 0.823 0.1285 1.000 1.000
#> CV:kmeans 4 0.806 0.876 0.821 0.1466 1.000 1.000
#> MAD:kmeans 4 0.818 0.868 0.826 0.1176 1.000 1.000
#> ATC:kmeans 4 0.819 0.851 0.826 0.1420 0.992 0.977
#> SD:pam 4 1.000 0.978 0.981 0.0645 0.956 0.869
#> CV:pam 4 0.893 0.959 0.930 0.0711 0.957 0.870
#> MAD:pam 4 0.969 0.909 0.950 0.0932 0.933 0.799
#> ATC:pam 4 0.862 0.859 0.879 0.0945 0.923 0.772
#> SD:hclust 4 0.966 0.912 0.943 0.0504 0.956 0.869
#> CV:hclust 4 0.976 0.908 0.961 0.1548 0.956 0.869
#> MAD:hclust 4 0.948 0.887 0.951 0.0633 0.967 0.900
#> ATC:hclust 4 0.902 0.888 0.950 0.0431 0.974 0.920
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.816 0.731 0.870 0.0586 0.958 0.875
#> CV:NMF 5 0.863 0.844 0.903 0.0471 0.959 0.865
#> MAD:NMF 5 0.867 0.873 0.919 0.0232 0.980 0.935
#> ATC:NMF 5 0.732 0.704 0.855 0.0744 0.959 0.878
#> SD:skmeans 5 0.858 0.848 0.871 0.0731 0.937 0.769
#> CV:skmeans 5 0.805 0.821 0.842 0.0742 0.933 0.753
#> MAD:skmeans 5 0.939 0.928 0.954 0.0681 0.949 0.812
#> ATC:skmeans 5 0.921 0.823 0.903 0.0343 0.985 0.944
#> SD:mclust 5 0.900 0.893 0.926 0.0368 0.982 0.939
#> CV:mclust 5 0.933 0.717 0.873 0.0258 0.961 0.872
#> MAD:mclust 5 0.855 0.800 0.873 0.0544 0.978 0.930
#> ATC:mclust 5 0.915 0.869 0.938 0.0596 0.964 0.875
#> SD:kmeans 5 0.766 0.766 0.724 0.0732 0.941 0.822
#> CV:kmeans 5 0.753 0.547 0.648 0.0821 0.896 0.687
#> MAD:kmeans 5 0.770 0.787 0.743 0.0778 1.000 1.000
#> ATC:kmeans 5 0.798 0.740 0.732 0.0656 0.879 0.635
#> SD:pam 5 0.894 0.842 0.898 0.0732 0.939 0.789
#> CV:pam 5 0.897 0.866 0.909 0.0717 0.939 0.789
#> MAD:pam 5 0.856 0.810 0.856 0.0705 0.937 0.771
#> ATC:pam 5 0.900 0.875 0.938 0.0676 0.937 0.770
#> SD:hclust 5 0.905 0.807 0.915 0.0477 0.948 0.830
#> CV:hclust 5 0.883 0.831 0.883 0.0460 1.000 1.000
#> MAD:hclust 5 0.799 0.774 0.869 0.0728 0.940 0.799
#> ATC:hclust 5 0.836 0.823 0.913 0.0365 0.988 0.962
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.762 0.785 0.848 0.0410 0.964 0.879
#> CV:NMF 6 0.805 0.816 0.884 0.0349 0.993 0.973
#> MAD:NMF 6 0.793 0.796 0.864 0.0354 1.000 1.000
#> ATC:NMF 6 0.653 0.704 0.795 0.0386 0.957 0.861
#> SD:skmeans 6 0.816 0.773 0.831 0.0384 0.996 0.982
#> CV:skmeans 6 0.793 0.780 0.830 0.0467 0.937 0.712
#> MAD:skmeans 6 0.854 0.794 0.882 0.0315 0.998 0.991
#> ATC:skmeans 6 0.847 0.856 0.907 0.0346 0.954 0.826
#> SD:mclust 6 0.830 0.846 0.893 0.0290 0.986 0.948
#> CV:mclust 6 0.825 0.784 0.869 0.0425 0.942 0.809
#> MAD:mclust 6 0.924 0.905 0.939 0.0375 0.950 0.828
#> ATC:mclust 6 0.787 0.751 0.860 0.0320 0.982 0.930
#> SD:kmeans 6 0.728 0.638 0.659 0.0473 0.873 0.557
#> CV:kmeans 6 0.719 0.581 0.657 0.0389 0.905 0.619
#> MAD:kmeans 6 0.739 0.633 0.693 0.0465 0.843 0.527
#> ATC:kmeans 6 0.747 0.786 0.782 0.0506 0.915 0.638
#> SD:pam 6 0.802 0.752 0.841 0.0649 0.940 0.740
#> CV:pam 6 0.787 0.714 0.837 0.0699 0.937 0.728
#> MAD:pam 6 0.918 0.862 0.936 0.0625 0.938 0.722
#> ATC:pam 6 0.840 0.842 0.902 0.0647 0.916 0.643
#> SD:hclust 6 0.785 0.615 0.826 0.0559 0.948 0.808
#> CV:hclust 6 0.816 0.696 0.831 0.0315 0.941 0.808
#> MAD:hclust 6 0.794 0.680 0.843 0.0298 0.985 0.940
#> ATC:hclust 6 0.820 0.769 0.881 0.0276 0.983 0.942
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
#> Error in valid.viewport(x, y, width, height, just, gp, clip, xscale, yscale, : invalid 'xscale' in viewport
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:NMF 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:NMF 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:NMF 163 0.964 6.65e-61 3
#> SD:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:skmeans 183 0.942 1.46e-75 3
#> SD:mclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:mclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:mclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:mclust 182 0.936 4.00e-75 3
#> SD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:kmeans 183 0.942 1.46e-75 3
#> SD:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:pam 183 0.942 1.46e-75 3
#> SD:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> ATC:hclust 181 0.974 1.51e-73 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 183 0.9620 6.15e-78 4
#> CV:NMF 178 0.0924 7.95e-74 4
#> MAD:NMF 174 0.8687 4.15e-72 4
#> ATC:NMF 180 0.9425 7.30e-72 4
#> SD:skmeans 182 0.9709 1.52e-75 4
#> CV:skmeans 180 0.9935 1.10e-74 4
#> MAD:skmeans 179 0.9731 2.96e-74 4
#> ATC:skmeans 183 0.8335 1.12e-73 4
#> SD:mclust 183 0.8443 5.66e-76 4
#> CV:mclust 177 0.5875 2.14e-73 4
#> MAD:mclust 179 0.8884 2.96e-74 4
#> ATC:mclust 182 0.7706 3.41e-73 4
#> SD:kmeans 183 0.9620 6.15e-78 4
#> CV:kmeans 183 0.9620 6.15e-78 4
#> MAD:kmeans 183 0.9620 6.15e-78 4
#> ATC:kmeans 181 0.9511 7.33e-76 4
#> SD:pam 182 0.8644 1.52e-75 4
#> CV:pam 183 0.8443 5.66e-76 4
#> MAD:pam 173 0.8810 1.11e-71 4
#> ATC:pam 172 0.9009 6.69e-69 4
#> SD:hclust 173 0.2857 1.11e-71 4
#> CV:hclust 172 0.4172 3.00e-71 4
#> MAD:hclust 174 0.9930 4.15e-72 4
#> ATC:hclust 172 0.3591 6.39e-68 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 161 0.229 1.57e-66 5
#> CV:NMF 168 0.371 1.56e-69 5
#> MAD:NMF 173 0.747 8.43e-70 5
#> ATC:NMF 149 0.791 5.61e-60 5
#> SD:skmeans 171 0.997 4.61e-69 5
#> CV:skmeans 175 1.000 9.06e-71 5
#> MAD:skmeans 178 0.930 4.74e-72 5
#> ATC:skmeans 170 0.799 2.16e-70 5
#> SD:mclust 181 0.552 2.48e-73 5
#> CV:mclust 150 0.548 8.18e-62 5
#> MAD:mclust 177 0.891 1.27e-71 5
#> ATC:mclust 171 0.533 4.42e-68 5
#> SD:kmeans 176 0.995 5.74e-73 5
#> CV:kmeans 149 0.914 1.10e-59 5
#> MAD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 5
#> ATC:kmeans 165 0.871 2.86e-65 5
#> SD:pam 170 0.809 1.23e-68 5
#> CV:pam 175 0.905 9.06e-71 5
#> MAD:pam 173 0.980 6.47e-70 5
#> ATC:pam 172 0.896 3.86e-66 5
#> SD:hclust 161 0.415 8.49e-65 5
#> CV:hclust 171 0.307 8.05e-71 5
#> MAD:hclust 168 0.974 8.79e-68 5
#> ATC:hclust 172 0.520 3.46e-66 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 170 0.8332 1.23e-68 6
#> CV:NMF 172 0.5025 1.73e-69 6
#> MAD:NMF 171 0.8820 1.15e-68 6
#> ATC:NMF 153 0.7607 1.80e-60 6
#> SD:skmeans 171 0.9921 4.61e-69 6
#> CV:skmeans 167 0.9645 9.86e-66 6
#> MAD:skmeans 167 0.9014 2.35e-67 6
#> ATC:skmeans 175 0.8230 3.98e-69 6
#> SD:mclust 177 0.2805 5.64e-70 6
#> CV:mclust 172 0.0333 7.47e-68 6
#> MAD:mclust 180 0.7773 3.00e-71 6
#> ATC:mclust 168 0.8744 1.08e-66 6
#> SD:kmeans 157 0.6876 1.70e-61 6
#> CV:kmeans 153 0.9862 8.37e-60 6
#> MAD:kmeans 155 0.6333 1.19e-60 6
#> ATC:kmeans 167 0.7330 1.43e-64 6
#> SD:pam 165 0.8857 6.95e-65 6
#> CV:pam 164 0.9109 1.84e-64 6
#> MAD:pam 172 0.9396 7.47e-68 6
#> ATC:pam 172 0.9831 1.10e-66 6
#> SD:hclust 148 0.5780 1.09e-57 6
#> CV:hclust 158 0.3578 6.41e-62 6
#> MAD:hclust 157 0.6682 1.70e-61 6
#> ATC:hclust 164 0.4129 7.79e-63 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.966 0.912 0.943 0.0504 0.956 0.869
#> 5 5 0.905 0.807 0.915 0.0477 0.948 0.830
#> 6 6 0.785 0.615 0.826 0.0559 0.948 0.808
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674282 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674284 1 0.3764 0.916 0.784 0 0 0.216
#> GSM674285 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674287 1 0.3764 0.916 0.784 0 0 0.216
#> GSM674288 4 0.4406 0.481 0.300 0 0 0.700
#> GSM674289 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674290 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674291 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674292 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674295 4 0.1716 0.703 0.064 0 0 0.936
#> GSM674297 1 0.3764 0.916 0.784 0 0 0.216
#> GSM674298 1 0.3764 0.916 0.784 0 0 0.216
#> GSM674299 1 0.4477 0.768 0.688 0 0 0.312
#> GSM674300 1 0.2011 0.608 0.920 0 0 0.080
#> GSM674301 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674302 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674304 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674305 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674306 1 0.1022 0.646 0.968 0 0 0.032
#> GSM674308 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674309 4 0.4967 0.196 0.452 0 0 0.548
#> GSM674313 4 0.3649 0.529 0.204 0 0 0.796
#> GSM674314 4 0.4961 0.197 0.448 0 0 0.552
#> GSM674315 1 0.1022 0.646 0.968 0 0 0.032
#> GSM674316 4 0.1389 0.712 0.048 0 0 0.952
#> GSM674318 4 0.0188 0.711 0.004 0 0 0.996
#> GSM674320 4 0.0000 0.709 0.000 0 0 1.000
#> GSM674323 4 0.1557 0.710 0.056 0 0 0.944
#> GSM674324 4 0.4967 0.196 0.452 0 0 0.548
#> GSM674325 4 0.1389 0.712 0.048 0 0 0.952
#> GSM674327 1 0.2081 0.602 0.916 0 0 0.084
#> GSM674328 1 0.3837 0.909 0.776 0 0 0.224
#> GSM674330 4 0.4967 0.196 0.452 0 0 0.548
#> GSM674331 4 0.4967 0.196 0.452 0 0 0.548
#> GSM674332 4 0.4972 0.180 0.456 0 0 0.544
#> GSM674334 4 0.4972 0.180 0.456 0 0 0.544
#> GSM674335 4 0.4967 0.194 0.452 0 0 0.548
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674283 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674286 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674293 1 0.3172 0.866 0.840 0 0 0.160
#> GSM674294 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674296 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674303 1 0.4103 0.855 0.744 0 0 0.256
#> GSM674307 1 0.3649 0.924 0.796 0 0 0.204
#> GSM674310 4 0.0188 0.711 0.004 0 0 0.996
#> GSM674311 4 0.4967 0.196 0.452 0 0 0.548
#> GSM674312 4 0.0188 0.711 0.004 0 0 0.996
#> GSM674317 1 0.3837 0.909 0.776 0 0 0.224
#> GSM674319 4 0.1792 0.703 0.068 0 0 0.932
#> GSM674321 4 0.1637 0.709 0.060 0 0 0.940
#> GSM674322 4 0.0188 0.711 0.004 0 0 0.996
#> GSM674326 4 0.0188 0.711 0.004 0 0 0.996
#> GSM674329 4 0.0000 0.709 0.000 0 0 1.000
#> GSM674333 4 0.0336 0.712 0.008 0 0 0.992
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.4242 -0.5278 0.000 0.572 0 0.000 0.428
#> GSM674183 5 0.4192 0.9167 0.000 0.404 0 0.000 0.596
#> GSM674184 5 0.4249 0.9171 0.000 0.432 0 0.000 0.568
#> GSM674185 5 0.4201 0.9294 0.000 0.408 0 0.000 0.592
#> GSM674186 2 0.2516 0.6650 0.000 0.860 0 0.000 0.140
#> GSM674187 2 0.1608 0.7780 0.000 0.928 0 0.000 0.072
#> GSM674190 2 0.2690 0.6370 0.000 0.844 0 0.000 0.156
#> GSM674191 2 0.2690 0.6370 0.000 0.844 0 0.000 0.156
#> GSM674192 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0162 0.8381 0.000 0.996 0 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.3612 0.3150 0.000 0.732 0 0.000 0.268
#> GSM674195 5 0.4192 0.9329 0.000 0.404 0 0.000 0.596
#> GSM674198 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674200 5 0.4101 0.9074 0.000 0.372 0 0.000 0.628
#> GSM674201 2 0.4227 -0.4942 0.000 0.580 0 0.000 0.420
#> GSM674202 2 0.0880 0.8213 0.000 0.968 0 0.000 0.032
#> GSM674203 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.3895 0.0651 0.000 0.680 0 0.000 0.320
#> GSM674208 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0162 0.8381 0.000 0.996 0 0.000 0.004
#> GSM674210 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674218 5 0.4273 0.8947 0.000 0.448 0 0.000 0.552
#> GSM674219 2 0.3395 0.4230 0.000 0.764 0 0.000 0.236
#> GSM674220 2 0.4210 -0.4840 0.000 0.588 0 0.000 0.412
#> GSM674221 2 0.3336 0.4483 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> GSM674223 2 0.0290 0.8369 0.000 0.992 0 0.000 0.008
#> GSM674225 2 0.2074 0.7056 0.000 0.896 0 0.000 0.104
#> GSM674226 2 0.0404 0.8350 0.000 0.988 0 0.000 0.012
#> GSM674229 2 0.0162 0.8381 0.000 0.996 0 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.0609 0.8321 0.000 0.980 0 0.000 0.020
#> GSM674231 2 0.0290 0.8377 0.000 0.992 0 0.000 0.008
#> GSM674232 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0162 0.8381 0.000 0.996 0 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.0880 0.8213 0.000 0.968 0 0.000 0.032
#> GSM674236 2 0.0880 0.8213 0.000 0.968 0 0.000 0.032
#> GSM674237 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.3774 0.1710 0.000 0.704 0 0.000 0.296
#> GSM674242 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.2127 0.6979 0.000 0.892 0 0.000 0.108
#> GSM674245 2 0.0404 0.8350 0.000 0.988 0 0.000 0.012
#> GSM674282 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0671 0.8391 0.980 0.000 0 0.016 0.004
#> GSM674285 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0671 0.8391 0.980 0.000 0 0.016 0.004
#> GSM674288 4 0.4367 0.2229 0.416 0.000 0 0.580 0.004
#> GSM674289 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.3911 0.8276 0.144 0.000 0 0.796 0.060
#> GSM674297 1 0.0671 0.8391 0.980 0.000 0 0.016 0.004
#> GSM674298 1 0.0671 0.8391 0.980 0.000 0 0.016 0.004
#> GSM674299 1 0.2389 0.7740 0.880 0.000 0 0.116 0.004
#> GSM674300 1 0.4810 0.6466 0.712 0.000 0 0.084 0.204
#> GSM674301 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.4054 0.6710 0.760 0.000 0 0.036 0.204
#> GSM674308 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.4276 0.4324 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674313 4 0.3932 0.6872 0.000 0.000 0 0.672 0.328
#> GSM674314 1 0.4528 0.2672 0.548 0.000 0 0.444 0.008
#> GSM674315 1 0.4054 0.6710 0.760 0.000 0 0.036 0.204
#> GSM674316 4 0.1792 0.8747 0.084 0.000 0 0.916 0.000
#> GSM674318 4 0.0963 0.8842 0.036 0.000 0 0.964 0.000
#> GSM674320 4 0.2514 0.8720 0.044 0.000 0 0.896 0.060
#> GSM674323 4 0.1908 0.8707 0.092 0.000 0 0.908 0.000
#> GSM674324 1 0.4276 0.4324 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674325 4 0.3109 0.7712 0.200 0.000 0 0.800 0.000
#> GSM674327 1 0.4602 0.6449 0.708 0.000 0 0.052 0.240
#> GSM674328 1 0.0771 0.8382 0.976 0.000 0 0.020 0.004
#> GSM674330 1 0.4276 0.4324 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674331 1 0.4276 0.4324 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674332 1 0.4276 0.4299 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674334 1 0.4264 0.4399 0.620 0.000 0 0.376 0.004
#> GSM674335 1 0.4299 0.4114 0.608 0.000 0 0.388 0.004
#> GSM674345 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.4235 -0.5112 0.000 0.576 0 0.000 0.424
#> GSM674188 2 0.1608 0.7780 0.000 0.928 0 0.000 0.072
#> GSM674189 5 0.4291 0.8617 0.000 0.464 0 0.000 0.536
#> GSM674196 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0290 0.8365 0.000 0.992 0 0.000 0.008
#> GSM674215 2 0.4307 -0.7656 0.000 0.504 0 0.000 0.496
#> GSM674216 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.3336 0.4483 0.000 0.772 0 0.000 0.228
#> GSM674222 2 0.0703 0.8221 0.000 0.976 0 0.000 0.024
#> GSM674224 2 0.0290 0.8371 0.000 0.992 0 0.000 0.008
#> GSM674227 2 0.0880 0.8213 0.000 0.968 0 0.000 0.032
#> GSM674228 2 0.0404 0.8359 0.000 0.988 0 0.000 0.012
#> GSM674233 2 0.3366 0.4352 0.000 0.768 0 0.000 0.232
#> GSM674238 5 0.4126 0.9188 0.000 0.380 0 0.000 0.620
#> GSM674241 2 0.0000 0.8393 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0162 0.8423 0.996 0.000 0 0.004 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.1341 0.8097 0.944 0.000 0 0.000 0.056
#> GSM674294 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.1502 0.8169 0.940 0.000 0 0.056 0.004
#> GSM674307 1 0.0000 0.8428 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.0963 0.8842 0.036 0.000 0 0.964 0.000
#> GSM674311 1 0.4276 0.4324 0.616 0.000 0 0.380 0.004
#> GSM674312 4 0.2359 0.8683 0.036 0.000 0 0.904 0.060
#> GSM674317 1 0.0771 0.8382 0.976 0.000 0 0.020 0.004
#> GSM674319 4 0.4496 0.7480 0.216 0.000 0 0.728 0.056
#> GSM674321 4 0.1908 0.8703 0.092 0.000 0 0.908 0.000
#> GSM674322 4 0.0963 0.8842 0.036 0.000 0 0.964 0.000
#> GSM674326 4 0.0963 0.8842 0.036 0.000 0 0.964 0.000
#> GSM674329 4 0.3110 0.8672 0.080 0.000 0 0.860 0.060
#> GSM674333 4 0.1124 0.8840 0.036 0.000 0 0.960 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.1196 0.6040 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM674346 3 0.0632 0.6237 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.3862 -0.7245 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.1204 0.6351 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.1007 0.6334 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.1610 0.6283 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.1501 0.6311 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0891 0.6245 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM674355 3 0.1444 0.6323 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0260 0.6353 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0260 0.6353 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.1141 0.6369 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.1387 0.6341 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.1444 0.6324 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0547 0.6266 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.1501 0.6245 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.1957 0.5903 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.3737 -0.3559 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1141 0.6345 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674370 3 0.3672 -0.2715 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.1863 0.6061 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.3695 -0.2644 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.3789 -0.4688 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM674379 4 0.3868 0.8182 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM674380 4 0.4083 0.8461 0.000 0.000 0.460 0.532 0.000 0.008
#> GSM674381 3 0.3076 0.3343 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM674382 4 0.3851 0.8920 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.3737 -0.3309 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.1714 0.6166 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0937 0.6318 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.3828 -0.5825 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.3756 -0.4096 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM674391 4 0.3838 0.8994 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.3860 -0.7222 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.3482 0.0717 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.3592 -0.0790 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.3288 0.1843 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM674398 4 0.3843 0.8983 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.3756 0.7886 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.3756 0.7886 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.1333 0.5961 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> GSM674403 4 0.3765 0.7898 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM674405 4 0.3828 0.8982 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.3823 -0.5855 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.3868 -0.7821 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.3854 -0.3305 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM674183 6 0.2597 0.7681 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM674184 6 0.3428 0.8243 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM674185 6 0.3266 0.8359 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM674186 2 0.2378 0.7273 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM674187 2 0.1814 0.8055 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM674190 2 0.2491 0.7078 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM674191 2 0.2491 0.7078 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM674192 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0146 0.8704 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.3266 0.4841 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM674195 6 0.3221 0.8356 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM674198 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.2300 0.7412 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM674201 2 0.3828 -0.2245 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM674202 2 0.1267 0.8382 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674203 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0146 0.8703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674205 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.3592 0.2617 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM674208 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0260 0.8700 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674210 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 6 0.3756 0.7065 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM674219 2 0.3198 0.5185 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM674220 6 0.3843 0.6112 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM674221 2 0.3151 0.5354 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM674223 2 0.0363 0.8689 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674225 2 0.2048 0.7429 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM674226 2 0.0363 0.8688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674229 2 0.0260 0.8699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674230 2 0.0790 0.8610 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674231 2 0.0363 0.8690 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674232 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0146 0.8704 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.1204 0.8429 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM674236 2 0.1267 0.8382 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674237 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.3499 0.3359 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM674242 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0146 0.8703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674244 2 0.2135 0.7323 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674245 2 0.0363 0.8688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674282 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0603 0.8319 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0603 0.8319 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM674288 5 0.4084 0.2394 0.400 0.000 0.000 0.012 0.588 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.3645 0.8261 0.128 0.000 0.000 0.056 0.804 0.012
#> GSM674297 1 0.0603 0.8319 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM674298 1 0.0603 0.8319 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM674299 1 0.2212 0.7691 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112 0.000
#> GSM674300 1 0.5291 0.5921 0.652 0.000 0.000 0.232 0.056 0.060
#> GSM674301 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.4443 0.6233 0.700 0.000 0.000 0.232 0.008 0.060
#> GSM674308 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.3862 0.4324 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674313 5 0.4831 0.6710 0.000 0.000 0.000 0.268 0.636 0.096
#> GSM674314 1 0.4114 0.2469 0.532 0.000 0.000 0.004 0.460 0.004
#> GSM674315 1 0.4443 0.6233 0.700 0.000 0.000 0.232 0.008 0.060
#> GSM674316 5 0.1387 0.8732 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM674318 5 0.0547 0.8828 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM674320 5 0.2231 0.8704 0.028 0.000 0.000 0.048 0.908 0.016
#> GSM674323 5 0.1501 0.8694 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM674324 1 0.3862 0.4324 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674325 5 0.2730 0.7606 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM674327 1 0.5590 0.5905 0.648 0.000 0.000 0.188 0.064 0.100
#> GSM674328 1 0.0692 0.8311 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM674330 1 0.3862 0.4324 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674331 1 0.3862 0.4324 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674332 1 0.3862 0.4298 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674334 1 0.3852 0.4397 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384 0.000
#> GSM674335 1 0.3984 0.4030 0.596 0.000 0.000 0.008 0.396 0.000
#> GSM674345 3 0.0547 0.6253 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.1501 0.6311 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.1610 0.6283 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0547 0.6253 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.1204 0.6333 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.1082 0.6080 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> GSM674369 3 0.1501 0.6181 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.3765 -0.3773 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.3634 -0.2293 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.3869 -0.8147 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.3862 0.8708 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM674378 3 0.3695 -0.2912 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.2048 0.5904 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM674386 4 0.3847 0.8970 0.000 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM674387 4 0.3869 0.7965 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.2340 0.5568 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM674396 4 0.3838 0.9004 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM674399 4 0.3828 0.8990 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM674404 4 0.3828 0.8982 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.3843 -0.2753 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM674188 2 0.1814 0.8055 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM674189 6 0.3817 0.6408 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM674196 2 0.0146 0.8703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674197 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0363 0.8692 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674215 6 0.3672 0.7692 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM674216 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.3126 0.5428 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674222 2 0.0790 0.8529 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674224 2 0.0363 0.8690 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674227 2 0.0865 0.8557 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674228 2 0.0790 0.8597 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674233 2 0.3175 0.5279 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM674238 6 0.3076 0.8280 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM674241 2 0.0000 0.8714 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0146 0.8350 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2605 0.7768 0.884 0.000 0.000 0.064 0.012 0.040
#> GSM674294 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.1411 0.8094 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.8355 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.0547 0.8828 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM674311 1 0.3862 0.4324 0.608 0.000 0.000 0.004 0.388 0.000
#> GSM674312 5 0.2103 0.8653 0.020 0.000 0.000 0.056 0.912 0.012
#> GSM674317 1 0.0692 0.8311 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM674319 5 0.4201 0.7426 0.204 0.000 0.000 0.056 0.732 0.008
#> GSM674321 5 0.1501 0.8690 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM674322 5 0.0547 0.8828 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM674326 5 0.0547 0.8828 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM674329 5 0.2831 0.8658 0.064 0.000 0.000 0.048 0.872 0.016
#> GSM674333 5 0.0806 0.8827 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:hclust 173 0.286 1.11e-71 4
#> SD:hclust 161 0.415 8.49e-65 5
#> SD:hclust 148 0.578 1.09e-57 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.702 0.982 0.898 0.4830 0.750 0.571
#> 4 4 0.815 0.874 0.823 0.1285 1.000 1.000
#> 5 5 0.766 0.766 0.724 0.0732 0.941 0.822
#> 6 6 0.728 0.638 0.659 0.0473 0.873 0.557
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674183 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674184 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674185 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674186 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674187 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674190 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674191 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674192 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674193 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674194 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674195 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674198 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674200 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674201 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674202 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674203 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674204 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674205 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674206 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674208 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674209 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674210 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674212 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674214 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674218 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674219 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674220 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674221 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674223 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674225 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674226 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674229 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674230 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674231 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674232 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674234 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674235 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674236 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674237 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674239 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674240 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674242 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674243 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674244 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674245 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674282 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.4605 0.920 0.796 0.204 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.2711 0.938 0.912 0.088 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.2711 0.938 0.912 0.088 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.1529 0.948 0.960 0.040 0.000
#> GSM674313 1 0.4842 0.913 0.776 0.224 0.000
#> GSM674314 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674315 1 0.2711 0.938 0.912 0.088 0.000
#> GSM674316 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674318 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674320 1 0.4605 0.920 0.796 0.204 0.000
#> GSM674323 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674324 1 0.0747 0.948 0.984 0.016 0.000
#> GSM674325 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674327 1 0.4842 0.913 0.776 0.224 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674331 1 0.1289 0.948 0.968 0.032 0.000
#> GSM674332 1 0.1529 0.948 0.960 0.040 0.000
#> GSM674334 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674335 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674188 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674189 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674196 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674197 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674199 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674207 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674211 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674213 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674215 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674216 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674217 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674222 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674224 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674227 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674228 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674233 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674238 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674241 2 0.4842 1.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM674283 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2066 0.936 0.940 0.060 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674311 1 0.1529 0.948 0.960 0.040 0.000
#> GSM674312 1 0.4235 0.927 0.824 0.176 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674321 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674322 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
#> GSM674326 1 0.4605 0.920 0.796 0.204 0.000
#> GSM674329 1 0.4504 0.922 0.804 0.196 0.000
#> GSM674333 1 0.4062 0.930 0.836 0.164 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674346 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674347 3 0.1637 0.910 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674348 3 0.3873 0.901 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM674349 3 0.3764 0.903 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM674350 3 0.3649 0.905 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674353 3 0.3688 0.904 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM674354 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674355 3 0.3801 0.903 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM674356 3 0.3907 0.901 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM674357 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674358 3 0.3649 0.905 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674361 3 0.3688 0.904 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM674363 3 0.3907 0.901 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM674364 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674365 3 0.3942 0.899 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674366 3 0.2530 0.911 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM674367 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674370 3 0.2814 0.911 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM674371 3 0.3726 0.904 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM674373 3 0.2149 0.910 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM674375 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.1118 0.904 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM674381 3 0.1118 0.904 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM674382 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674385 3 0.3907 0.900 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM674388 3 0.3942 0.899 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674389 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.2345 0.912 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM674395 3 0.1022 0.904 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM674397 3 0.2469 0.912 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM674398 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674400 3 0.0188 0.901 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674401 3 0.0188 0.901 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674402 3 0.4008 0.898 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM674403 3 0.3942 0.900 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674405 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674407 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674181 2 0.2334 0.843 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM674183 2 0.2843 0.840 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM674184 2 0.3421 0.842 0.000 0.868 0.088 0.044
#> GSM674185 2 0.2843 0.839 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM674186 2 0.3894 0.852 0.000 0.844 0.088 0.068
#> GSM674187 2 0.3745 0.851 0.000 0.852 0.088 0.060
#> GSM674190 2 0.2843 0.850 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM674191 2 0.2334 0.843 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM674192 2 0.6617 0.828 0.000 0.532 0.088 0.380
#> GSM674193 2 0.6635 0.827 0.000 0.524 0.088 0.388
#> GSM674194 2 0.3745 0.846 0.000 0.852 0.088 0.060
#> GSM674195 2 0.3333 0.840 0.000 0.872 0.088 0.040
#> GSM674198 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674200 2 0.2949 0.839 0.000 0.888 0.088 0.024
#> GSM674201 2 0.2610 0.842 0.000 0.900 0.088 0.012
#> GSM674202 2 0.3894 0.849 0.000 0.844 0.088 0.068
#> GSM674203 2 0.6562 0.828 0.000 0.552 0.088 0.360
#> GSM674204 2 0.6536 0.829 0.000 0.560 0.088 0.352
#> GSM674205 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674206 2 0.2480 0.842 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM674208 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674209 2 0.6508 0.838 0.000 0.568 0.088 0.344
#> GSM674210 2 0.6617 0.828 0.000 0.532 0.088 0.380
#> GSM674212 2 0.6523 0.829 0.000 0.564 0.088 0.348
#> GSM674214 2 0.6617 0.828 0.000 0.532 0.088 0.380
#> GSM674218 2 0.3243 0.841 0.000 0.876 0.088 0.036
#> GSM674219 2 0.2334 0.843 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM674220 2 0.2843 0.839 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM674221 2 0.2730 0.849 0.000 0.896 0.088 0.016
#> GSM674223 2 0.6523 0.829 0.000 0.564 0.088 0.348
#> GSM674225 2 0.4236 0.851 0.000 0.824 0.088 0.088
#> GSM674226 2 0.6375 0.839 0.000 0.600 0.088 0.312
#> GSM674229 2 0.6536 0.829 0.000 0.560 0.088 0.352
#> GSM674230 2 0.3333 0.852 0.000 0.872 0.088 0.040
#> GSM674231 2 0.6523 0.837 0.000 0.564 0.088 0.348
#> GSM674232 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674234 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674235 2 0.3333 0.852 0.000 0.872 0.088 0.040
#> GSM674236 2 0.4236 0.852 0.000 0.824 0.088 0.088
#> GSM674237 2 0.6617 0.828 0.000 0.532 0.088 0.380
#> GSM674239 2 0.6523 0.829 0.000 0.564 0.088 0.348
#> GSM674240 2 0.2480 0.846 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM674242 2 0.6562 0.828 0.000 0.552 0.088 0.360
#> GSM674243 2 0.6523 0.829 0.000 0.564 0.088 0.348
#> GSM674244 2 0.4036 0.848 0.000 0.836 0.088 0.076
#> GSM674245 2 0.6336 0.841 0.000 0.608 0.088 0.304
#> GSM674282 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0592 0.900 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.5085 0.865 0.708 0.032 0.000 0.260
#> GSM674289 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.5277 0.853 0.668 0.028 0.000 0.304
#> GSM674297 1 0.0592 0.899 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0592 0.899 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0707 0.900 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.3858 0.885 0.844 0.056 0.000 0.100
#> GSM674301 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.3778 0.885 0.848 0.052 0.000 0.100
#> GSM674308 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.2915 0.898 0.892 0.028 0.000 0.080
#> GSM674313 1 0.5814 0.842 0.644 0.056 0.000 0.300
#> GSM674314 1 0.5321 0.858 0.672 0.032 0.000 0.296
#> GSM674315 1 0.3778 0.885 0.848 0.052 0.000 0.100
#> GSM674316 1 0.4535 0.863 0.704 0.004 0.000 0.292
#> GSM674318 1 0.4585 0.852 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM674320 1 0.5152 0.850 0.664 0.020 0.000 0.316
#> GSM674323 1 0.4585 0.852 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM674324 1 0.1837 0.900 0.944 0.028 0.000 0.028
#> GSM674325 1 0.4382 0.862 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM674327 1 0.5764 0.846 0.644 0.052 0.000 0.304
#> GSM674328 1 0.0707 0.899 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.5022 0.866 0.708 0.028 0.000 0.264
#> GSM674331 1 0.2214 0.900 0.928 0.028 0.000 0.044
#> GSM674332 1 0.2915 0.898 0.892 0.028 0.000 0.080
#> GSM674334 1 0.4993 0.867 0.712 0.028 0.000 0.260
#> GSM674335 1 0.5143 0.865 0.708 0.036 0.000 0.256
#> GSM674345 3 0.3801 0.903 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM674351 3 0.3726 0.904 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM674352 3 0.3649 0.905 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674359 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674360 3 0.3942 0.899 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674362 3 0.3975 0.899 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM674369 3 0.3942 0.899 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674372 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674374 3 0.1792 0.910 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM674376 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674378 3 0.0336 0.903 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674383 3 0.3942 0.899 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674386 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674392 3 0.2760 0.911 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM674396 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.902 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0188 0.902 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674182 2 0.2334 0.843 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM674188 2 0.3894 0.850 0.000 0.844 0.088 0.068
#> GSM674189 2 0.3667 0.843 0.000 0.856 0.088 0.056
#> GSM674196 2 0.6574 0.829 0.000 0.548 0.088 0.364
#> GSM674197 2 0.6562 0.828 0.000 0.552 0.088 0.360
#> GSM674199 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674207 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674211 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674213 2 0.2480 0.846 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM674215 2 0.2843 0.839 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM674216 2 0.6635 0.827 0.000 0.524 0.088 0.388
#> GSM674217 2 0.2334 0.846 0.000 0.908 0.088 0.004
#> GSM674222 2 0.4236 0.851 0.000 0.824 0.088 0.088
#> GSM674224 2 0.6494 0.838 0.000 0.572 0.088 0.340
#> GSM674227 2 0.5681 0.849 0.000 0.704 0.088 0.208
#> GSM674228 2 0.3667 0.853 0.000 0.856 0.088 0.056
#> GSM674233 2 0.2480 0.846 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM674238 2 0.3333 0.840 0.000 0.872 0.088 0.040
#> GSM674241 2 0.6607 0.828 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM674283 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2546 0.885 0.912 0.028 0.000 0.060
#> GSM674294 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0921 0.899 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0188 0.899 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4585 0.852 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM674311 1 0.2915 0.898 0.892 0.028 0.000 0.080
#> GSM674312 1 0.4988 0.860 0.692 0.020 0.000 0.288
#> GSM674317 1 0.0592 0.900 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.5050 0.863 0.704 0.028 0.000 0.268
#> GSM674321 1 0.4585 0.852 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM674322 1 0.4382 0.862 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM674326 1 0.4605 0.851 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM674329 1 0.5130 0.852 0.668 0.020 0.000 0.312
#> GSM674333 1 0.4382 0.862 0.704 0.000 0.000 0.296
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.1579 0.808 0.000 0.032 0.944 NA 0.024
#> GSM674346 3 0.1668 0.808 0.000 0.032 0.940 NA 0.028
#> GSM674347 3 0.5600 0.827 0.000 0.032 0.636 NA 0.048
#> GSM674348 3 0.3089 0.810 0.000 0.032 0.880 NA 0.040
#> GSM674349 3 0.2515 0.813 0.000 0.032 0.908 NA 0.040
#> GSM674350 3 0.2829 0.815 0.000 0.032 0.892 NA 0.024
#> GSM674353 3 0.2269 0.814 0.000 0.032 0.920 NA 0.028
#> GSM674354 3 0.1753 0.809 0.000 0.032 0.936 NA 0.032
#> GSM674355 3 0.2082 0.814 0.000 0.032 0.928 NA 0.024
#> GSM674356 3 0.1168 0.811 0.000 0.032 0.960 NA 0.008
#> GSM674357 3 0.1579 0.810 0.000 0.032 0.944 NA 0.024
#> GSM674358 3 0.2450 0.816 0.000 0.032 0.912 NA 0.028
#> GSM674361 3 0.2269 0.814 0.000 0.032 0.920 NA 0.028
#> GSM674363 3 0.1739 0.811 0.000 0.032 0.940 NA 0.024
#> GSM674364 3 0.2278 0.809 0.000 0.032 0.908 NA 0.060
#> GSM674365 3 0.3219 0.807 0.000 0.032 0.872 NA 0.060
#> GSM674366 3 0.5182 0.829 0.000 0.032 0.704 NA 0.048
#> GSM674367 3 0.5361 0.812 0.000 0.032 0.532 NA 0.012
#> GSM674368 3 0.2278 0.808 0.000 0.032 0.908 NA 0.060
#> GSM674370 3 0.4959 0.834 0.000 0.032 0.704 NA 0.028
#> GSM674371 3 0.3236 0.811 0.000 0.032 0.872 NA 0.044
#> GSM674373 3 0.5081 0.830 0.000 0.032 0.664 NA 0.020
#> GSM674375 3 0.5390 0.806 0.000 0.032 0.504 NA 0.012
#> GSM674379 3 0.5272 0.808 0.000 0.032 0.528 NA 0.008
#> GSM674380 3 0.5439 0.822 0.000 0.032 0.596 NA 0.024
#> GSM674381 3 0.6021 0.820 0.000 0.032 0.548 NA 0.056
#> GSM674382 3 0.5433 0.810 0.000 0.032 0.540 NA 0.016
#> GSM674384 3 0.5479 0.819 0.000 0.032 0.556 NA 0.020
#> GSM674385 3 0.3445 0.811 0.000 0.032 0.860 NA 0.060
#> GSM674388 3 0.2875 0.810 0.000 0.032 0.888 NA 0.060
#> GSM674389 3 0.5631 0.806 0.000 0.032 0.504 NA 0.024
#> GSM674390 3 0.5295 0.806 0.000 0.032 0.504 NA 0.008
#> GSM674391 3 0.5451 0.809 0.000 0.032 0.528 NA 0.016
#> GSM674393 3 0.5881 0.810 0.000 0.032 0.512 NA 0.040
#> GSM674394 3 0.5166 0.834 0.000 0.032 0.680 NA 0.032
#> GSM674395 3 0.5012 0.821 0.000 0.032 0.600 NA 0.004
#> GSM674397 3 0.4849 0.834 0.000 0.032 0.712 NA 0.024
#> GSM674398 3 0.5631 0.805 0.000 0.032 0.504 NA 0.024
#> GSM674400 3 0.6058 0.812 0.000 0.032 0.532 NA 0.056
#> GSM674401 3 0.6058 0.812 0.000 0.032 0.532 NA 0.056
#> GSM674402 3 0.2515 0.809 0.000 0.032 0.908 NA 0.040
#> GSM674403 3 0.3016 0.816 0.000 0.032 0.884 NA 0.044
#> GSM674405 3 0.5603 0.808 0.000 0.032 0.528 NA 0.024
#> GSM674406 3 0.5088 0.815 0.000 0.032 0.572 NA 0.004
#> GSM674407 3 0.5106 0.814 0.000 0.032 0.564 NA 0.004
#> GSM674181 2 0.1549 0.738 0.000 0.944 0.000 NA 0.016
#> GSM674183 2 0.1121 0.735 0.000 0.956 0.000 NA 0.000
#> GSM674184 2 0.2208 0.736 0.000 0.908 0.000 NA 0.020
#> GSM674185 2 0.1121 0.735 0.000 0.956 0.000 NA 0.000
#> GSM674186 2 0.3912 0.696 0.000 0.804 0.000 NA 0.088
#> GSM674187 2 0.3946 0.669 0.000 0.800 0.000 NA 0.120
#> GSM674190 2 0.2726 0.733 0.000 0.884 0.000 NA 0.052
#> GSM674191 2 0.1469 0.744 0.000 0.948 0.000 NA 0.016
#> GSM674192 5 0.4767 0.938 0.000 0.420 0.000 NA 0.560
#> GSM674193 2 0.5968 -0.714 0.000 0.448 0.000 NA 0.444
#> GSM674194 2 0.3307 0.717 0.000 0.844 0.000 NA 0.052
#> GSM674195 2 0.2046 0.737 0.000 0.916 0.000 NA 0.016
#> GSM674198 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674200 2 0.1121 0.735 0.000 0.956 0.000 NA 0.000
#> GSM674201 2 0.1195 0.740 0.000 0.960 0.000 NA 0.012
#> GSM674202 2 0.4020 0.670 0.000 0.796 0.000 NA 0.096
#> GSM674203 5 0.4256 0.948 0.000 0.436 0.000 NA 0.564
#> GSM674204 5 0.4287 0.921 0.000 0.460 0.000 NA 0.540
#> GSM674205 5 0.4235 0.952 0.000 0.424 0.000 NA 0.576
#> GSM674206 2 0.1012 0.743 0.000 0.968 0.000 NA 0.012
#> GSM674208 5 0.4235 0.952 0.000 0.424 0.000 NA 0.576
#> GSM674209 2 0.5913 -0.435 0.000 0.524 0.000 NA 0.364
#> GSM674210 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674212 5 0.4291 0.914 0.000 0.464 0.000 NA 0.536
#> GSM674214 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674218 2 0.2208 0.736 0.000 0.908 0.000 NA 0.020
#> GSM674219 2 0.0566 0.746 0.000 0.984 0.000 NA 0.012
#> GSM674220 2 0.1043 0.742 0.000 0.960 0.000 NA 0.000
#> GSM674221 2 0.1764 0.730 0.000 0.928 0.000 NA 0.064
#> GSM674223 5 0.4827 0.887 0.000 0.476 0.000 NA 0.504
#> GSM674225 2 0.3888 0.687 0.000 0.804 0.000 NA 0.076
#> GSM674226 2 0.5700 -0.548 0.000 0.532 0.000 NA 0.380
#> GSM674229 5 0.4653 0.898 0.000 0.472 0.000 NA 0.516
#> GSM674230 2 0.3301 0.700 0.000 0.848 0.000 NA 0.072
#> GSM674231 2 0.5968 -0.482 0.000 0.512 0.000 NA 0.372
#> GSM674232 5 0.4696 0.936 0.000 0.428 0.000 NA 0.556
#> GSM674234 5 0.5003 0.919 0.000 0.424 0.000 NA 0.544
#> GSM674235 2 0.3242 0.700 0.000 0.852 0.000 NA 0.076
#> GSM674236 2 0.4172 0.654 0.000 0.784 0.000 NA 0.108
#> GSM674237 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674239 5 0.4287 0.921 0.000 0.460 0.000 NA 0.540
#> GSM674240 2 0.1403 0.742 0.000 0.952 0.000 NA 0.024
#> GSM674242 5 0.4256 0.948 0.000 0.436 0.000 NA 0.564
#> GSM674243 5 0.4821 0.906 0.000 0.464 0.000 NA 0.516
#> GSM674244 2 0.3719 0.695 0.000 0.816 0.000 NA 0.068
#> GSM674245 2 0.5645 -0.500 0.000 0.540 0.000 NA 0.376
#> GSM674282 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674284 1 0.1410 0.841 0.940 0.000 0.000 NA 0.060
#> GSM674285 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674287 1 0.1043 0.841 0.960 0.000 0.000 NA 0.040
#> GSM674288 1 0.6220 0.794 0.564 0.000 0.004 NA 0.180
#> GSM674289 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674290 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674291 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674292 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674295 1 0.6406 0.783 0.536 0.000 0.008 NA 0.168
#> GSM674297 1 0.0963 0.841 0.964 0.000 0.000 NA 0.036
#> GSM674298 1 0.0963 0.841 0.964 0.000 0.000 NA 0.036
#> GSM674299 1 0.1410 0.841 0.940 0.000 0.000 NA 0.060
#> GSM674300 1 0.5077 0.819 0.728 0.000 0.020 NA 0.168
#> GSM674301 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674302 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674304 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674305 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674306 1 0.4870 0.820 0.748 0.000 0.020 NA 0.152
#> GSM674308 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674309 1 0.4094 0.837 0.788 0.000 0.000 NA 0.128
#> GSM674313 1 0.6861 0.762 0.508 0.000 0.024 NA 0.188
#> GSM674314 1 0.6255 0.789 0.540 0.000 0.000 NA 0.208
#> GSM674315 1 0.4870 0.820 0.748 0.000 0.020 NA 0.152
#> GSM674316 1 0.5796 0.790 0.572 0.000 0.000 NA 0.116
#> GSM674318 1 0.5873 0.777 0.540 0.000 0.000 NA 0.112
#> GSM674320 1 0.6175 0.775 0.536 0.000 0.008 NA 0.120
#> GSM674323 1 0.5873 0.777 0.540 0.000 0.000 NA 0.112
#> GSM674324 1 0.2813 0.841 0.868 0.000 0.000 NA 0.108
#> GSM674325 1 0.5744 0.786 0.564 0.000 0.000 NA 0.104
#> GSM674327 1 0.6858 0.768 0.508 0.000 0.020 NA 0.236
#> GSM674328 1 0.1478 0.841 0.936 0.000 0.000 NA 0.064
#> GSM674330 1 0.6053 0.797 0.576 0.000 0.000 NA 0.196
#> GSM674331 1 0.3427 0.840 0.836 0.000 0.000 NA 0.108
#> GSM674332 1 0.4049 0.838 0.792 0.000 0.000 NA 0.124
#> GSM674334 1 0.5981 0.800 0.588 0.000 0.000 NA 0.196
#> GSM674335 1 0.6212 0.797 0.580 0.000 0.008 NA 0.172
#> GSM674345 3 0.1682 0.814 0.000 0.032 0.944 NA 0.012
#> GSM674351 3 0.2269 0.814 0.000 0.032 0.920 NA 0.028
#> GSM674352 3 0.2899 0.815 0.000 0.032 0.888 NA 0.024
#> GSM674359 3 0.1485 0.809 0.000 0.032 0.948 NA 0.020
#> GSM674360 3 0.3219 0.807 0.000 0.032 0.872 NA 0.060
#> GSM674362 3 0.2829 0.805 0.000 0.032 0.892 NA 0.052
#> GSM674369 3 0.2778 0.808 0.000 0.032 0.892 NA 0.060
#> GSM674372 3 0.5741 0.819 0.000 0.032 0.556 NA 0.036
#> GSM674374 3 0.5142 0.831 0.000 0.032 0.652 NA 0.020
#> GSM674376 3 0.5295 0.806 0.000 0.032 0.504 NA 0.008
#> GSM674377 3 0.5821 0.812 0.000 0.032 0.512 NA 0.036
#> GSM674378 3 0.5068 0.817 0.000 0.032 0.580 NA 0.004
#> GSM674383 3 0.3165 0.810 0.000 0.032 0.876 NA 0.048
#> GSM674386 3 0.5701 0.805 0.000 0.032 0.504 NA 0.028
#> GSM674387 3 0.5166 0.808 0.000 0.032 0.528 NA 0.004
#> GSM674392 3 0.4636 0.832 0.000 0.032 0.752 NA 0.032
#> GSM674396 3 0.5631 0.805 0.000 0.032 0.504 NA 0.024
#> GSM674399 3 0.5672 0.808 0.000 0.032 0.528 NA 0.028
#> GSM674404 3 0.5643 0.811 0.000 0.032 0.544 NA 0.028
#> GSM674182 2 0.1300 0.742 0.000 0.956 0.000 NA 0.016
#> GSM674188 2 0.3916 0.676 0.000 0.804 0.000 NA 0.104
#> GSM674189 2 0.3365 0.719 0.000 0.836 0.000 NA 0.044
#> GSM674196 5 0.4262 0.945 0.000 0.440 0.000 NA 0.560
#> GSM674197 5 0.4256 0.948 0.000 0.436 0.000 NA 0.564
#> GSM674199 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674207 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674211 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674213 2 0.1484 0.741 0.000 0.944 0.000 NA 0.048
#> GSM674215 2 0.1121 0.743 0.000 0.956 0.000 NA 0.000
#> GSM674216 5 0.5677 0.820 0.000 0.424 0.000 NA 0.496
#> GSM674217 2 0.1043 0.742 0.000 0.960 0.000 NA 0.040
#> GSM674222 2 0.4123 0.659 0.000 0.788 0.000 NA 0.104
#> GSM674224 2 0.5861 -0.467 0.000 0.520 0.000 NA 0.376
#> GSM674227 2 0.5116 0.437 0.000 0.692 0.000 NA 0.188
#> GSM674228 2 0.3532 0.677 0.000 0.832 0.000 NA 0.092
#> GSM674233 2 0.1408 0.741 0.000 0.948 0.000 NA 0.044
#> GSM674238 2 0.1597 0.737 0.000 0.940 0.000 NA 0.012
#> GSM674241 5 0.4227 0.951 0.000 0.420 0.000 NA 0.580
#> GSM674283 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674286 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674293 1 0.2419 0.823 0.904 0.000 0.004 NA 0.064
#> GSM674294 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674296 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.004 NA 0.000
#> GSM674303 1 0.1851 0.840 0.912 0.000 0.000 NA 0.088
#> GSM674307 1 0.0000 0.840 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674310 1 0.5873 0.777 0.540 0.000 0.000 NA 0.112
#> GSM674311 1 0.4094 0.837 0.788 0.000 0.000 NA 0.128
#> GSM674312 1 0.6046 0.782 0.552 0.000 0.008 NA 0.108
#> GSM674317 1 0.1197 0.841 0.952 0.000 0.000 NA 0.048
#> GSM674319 1 0.6164 0.794 0.576 0.000 0.008 NA 0.148
#> GSM674321 1 0.5873 0.777 0.540 0.000 0.000 NA 0.112
#> GSM674322 1 0.5684 0.785 0.564 0.000 0.000 NA 0.096
#> GSM674326 1 0.5912 0.775 0.536 0.000 0.000 NA 0.116
#> GSM674329 1 0.6175 0.775 0.536 0.000 0.008 NA 0.120
#> GSM674333 1 0.5744 0.786 0.564 0.000 0.000 NA 0.104
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0508 0.7325 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM674346 3 0.0508 0.7325 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM674347 3 0.5813 -0.4210 0.000 0.000 0.544 0.332 0.068 0.056
#> GSM674348 3 0.2427 0.7231 0.000 0.000 0.900 0.032 0.032 0.036
#> GSM674349 3 0.2563 0.7197 0.000 0.000 0.892 0.028 0.044 0.036
#> GSM674350 3 0.3135 0.6865 0.000 0.000 0.856 0.068 0.028 0.048
#> GSM674353 3 0.2415 0.6994 0.000 0.000 0.900 0.040 0.024 0.036
#> GSM674354 3 0.1176 0.7261 0.000 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> GSM674355 3 0.2351 0.7028 0.000 0.000 0.904 0.032 0.028 0.036
#> GSM674356 3 0.1078 0.7336 0.000 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012
#> GSM674357 3 0.1138 0.7278 0.000 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012
#> GSM674358 3 0.2484 0.6982 0.000 0.000 0.896 0.044 0.024 0.036
#> GSM674361 3 0.2415 0.6994 0.000 0.000 0.900 0.040 0.024 0.036
#> GSM674363 3 0.1851 0.7148 0.000 0.000 0.928 0.012 0.024 0.036
#> GSM674364 3 0.1341 0.7329 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM674365 3 0.3242 0.6989 0.000 0.000 0.848 0.024 0.060 0.068
#> GSM674366 3 0.5448 0.1673 0.000 0.000 0.640 0.232 0.060 0.068
#> GSM674367 4 0.5133 0.8683 0.000 0.000 0.412 0.524 0.044 0.020
#> GSM674368 3 0.2209 0.7231 0.000 0.000 0.904 0.004 0.040 0.052
#> GSM674370 3 0.5425 -0.0225 0.000 0.000 0.612 0.280 0.052 0.056
#> GSM674371 3 0.3351 0.7003 0.000 0.000 0.844 0.036 0.060 0.060
#> GSM674373 3 0.4876 -0.3773 0.000 0.000 0.596 0.348 0.036 0.020
#> GSM674375 4 0.4778 0.8815 0.000 0.000 0.400 0.556 0.012 0.032
#> GSM674379 4 0.4554 0.8864 0.000 0.000 0.400 0.568 0.024 0.008
#> GSM674380 3 0.5008 -0.7981 0.000 0.000 0.480 0.468 0.024 0.028
#> GSM674381 3 0.5668 -0.6513 0.000 0.000 0.480 0.420 0.044 0.056
#> GSM674382 4 0.4652 0.8862 0.000 0.000 0.404 0.560 0.024 0.012
#> GSM674384 4 0.5109 0.8440 0.000 0.000 0.424 0.516 0.028 0.032
#> GSM674385 3 0.2979 0.7077 0.000 0.000 0.868 0.036 0.044 0.052
#> GSM674388 3 0.2579 0.7151 0.000 0.000 0.884 0.008 0.048 0.060
#> GSM674389 4 0.5309 0.8774 0.000 0.000 0.392 0.532 0.036 0.040
#> GSM674390 4 0.4638 0.8819 0.000 0.000 0.392 0.572 0.016 0.020
#> GSM674391 4 0.4644 0.8859 0.000 0.000 0.400 0.564 0.024 0.012
#> GSM674393 4 0.5706 0.8459 0.000 0.000 0.404 0.492 0.048 0.056
#> GSM674394 3 0.5141 -0.0115 0.000 0.000 0.628 0.284 0.032 0.056
#> GSM674395 4 0.4652 0.8232 0.000 0.000 0.472 0.496 0.012 0.020
#> GSM674397 3 0.4735 -0.1652 0.000 0.000 0.632 0.312 0.040 0.016
#> GSM674398 4 0.4845 0.8838 0.000 0.000 0.392 0.560 0.032 0.016
#> GSM674400 4 0.5902 0.8083 0.000 0.000 0.408 0.472 0.064 0.056
#> GSM674401 4 0.5902 0.8083 0.000 0.000 0.408 0.472 0.064 0.056
#> GSM674402 3 0.2259 0.7264 0.000 0.000 0.908 0.020 0.032 0.040
#> GSM674403 3 0.3116 0.7045 0.000 0.000 0.860 0.044 0.052 0.044
#> GSM674405 4 0.4713 0.8872 0.000 0.000 0.400 0.560 0.028 0.012
#> GSM674406 4 0.4380 0.8666 0.000 0.000 0.436 0.544 0.012 0.008
#> GSM674407 4 0.4274 0.8700 0.000 0.000 0.432 0.552 0.012 0.004
#> GSM674181 6 0.4818 0.7866 0.000 0.296 0.016 0.016 0.024 0.648
#> GSM674183 6 0.5901 0.7691 0.000 0.272 0.016 0.048 0.068 0.596
#> GSM674184 6 0.6668 0.7522 0.000 0.292 0.016 0.088 0.088 0.516
#> GSM674185 6 0.6078 0.7661 0.000 0.268 0.016 0.052 0.080 0.584
#> GSM674186 6 0.6100 0.6640 0.000 0.388 0.016 0.084 0.028 0.484
#> GSM674187 6 0.6238 0.6621 0.000 0.388 0.016 0.080 0.040 0.476
#> GSM674190 6 0.5276 0.7457 0.000 0.344 0.016 0.036 0.020 0.584
#> GSM674191 6 0.4490 0.7906 0.000 0.296 0.016 0.012 0.012 0.664
#> GSM674192 2 0.2170 0.7834 0.000 0.912 0.016 0.056 0.008 0.008
#> GSM674193 2 0.5142 0.5997 0.000 0.716 0.016 0.136 0.036 0.096
#> GSM674194 6 0.6275 0.7217 0.000 0.328 0.016 0.084 0.048 0.524
#> GSM674195 6 0.6587 0.7591 0.000 0.280 0.016 0.084 0.088 0.532
#> GSM674198 2 0.0458 0.8014 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.6078 0.7661 0.000 0.268 0.016 0.052 0.080 0.584
#> GSM674201 6 0.4992 0.7878 0.000 0.284 0.016 0.028 0.024 0.648
#> GSM674202 6 0.7253 0.6194 0.000 0.356 0.016 0.092 0.144 0.392
#> GSM674203 2 0.0964 0.8010 0.000 0.968 0.016 0.000 0.004 0.012
#> GSM674204 2 0.1534 0.7883 0.000 0.944 0.016 0.004 0.004 0.032
#> GSM674205 2 0.0603 0.8019 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM674206 6 0.4002 0.7949 0.000 0.284 0.016 0.008 0.000 0.692
#> GSM674208 2 0.0603 0.8005 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM674209 2 0.5774 0.4891 0.000 0.656 0.016 0.140 0.044 0.144
#> GSM674210 2 0.0603 0.8015 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.2107 0.7761 0.000 0.916 0.016 0.008 0.008 0.052
#> GSM674214 2 0.0603 0.8015 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM674218 6 0.6668 0.7522 0.000 0.292 0.016 0.088 0.088 0.516
#> GSM674219 6 0.4576 0.7897 0.000 0.296 0.016 0.012 0.016 0.660
#> GSM674220 6 0.6473 0.7573 0.000 0.264 0.016 0.040 0.144 0.536
#> GSM674221 6 0.4785 0.7725 0.000 0.328 0.016 0.012 0.020 0.624
#> GSM674223 2 0.4460 0.6541 0.000 0.756 0.016 0.072 0.012 0.144
#> GSM674225 6 0.7434 0.6076 0.000 0.356 0.016 0.108 0.156 0.364
#> GSM674226 2 0.5502 0.5367 0.000 0.680 0.016 0.104 0.040 0.160
#> GSM674229 2 0.2711 0.7633 0.000 0.884 0.016 0.036 0.004 0.060
#> GSM674230 6 0.6421 0.6681 0.000 0.360 0.016 0.048 0.092 0.484
#> GSM674231 2 0.5692 0.5174 0.000 0.668 0.016 0.140 0.048 0.128
#> GSM674232 2 0.1007 0.8007 0.000 0.968 0.016 0.004 0.008 0.004
#> GSM674234 2 0.3059 0.7556 0.000 0.868 0.016 0.068 0.016 0.032
#> GSM674235 6 0.6371 0.6786 0.000 0.360 0.016 0.032 0.112 0.480
#> GSM674236 2 0.7180 -0.5921 0.000 0.388 0.016 0.088 0.136 0.372
#> GSM674237 2 0.0748 0.8010 0.000 0.976 0.016 0.004 0.000 0.004
#> GSM674239 2 0.1534 0.7883 0.000 0.944 0.016 0.004 0.004 0.032
#> GSM674240 6 0.4594 0.7869 0.000 0.300 0.016 0.016 0.012 0.656
#> GSM674242 2 0.0964 0.8010 0.000 0.968 0.016 0.000 0.004 0.012
#> GSM674243 2 0.3647 0.7364 0.000 0.828 0.016 0.064 0.012 0.080
#> GSM674244 6 0.7430 0.6272 0.000 0.344 0.016 0.108 0.156 0.376
#> GSM674245 2 0.5628 0.5104 0.000 0.680 0.016 0.064 0.096 0.144
#> GSM674282 1 0.0000 0.7610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.1644 0.7407 0.932 0.000 0.000 0.028 0.000 0.040
#> GSM674285 1 0.0363 0.7604 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.1074 0.7532 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> GSM674288 1 0.6120 -0.7714 0.440 0.012 0.000 0.044 0.436 0.068
#> GSM674289 1 0.0000 0.7610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0508 0.7601 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0508 0.7601 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0405 0.7607 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.5564 0.8595 0.372 0.012 0.000 0.024 0.540 0.052
#> GSM674297 1 0.0993 0.7545 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM674298 1 0.0993 0.7545 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM674299 1 0.1788 0.7388 0.928 0.004 0.000 0.028 0.000 0.040
#> GSM674300 1 0.5849 0.2501 0.620 0.000 0.000 0.124 0.192 0.064
#> GSM674301 1 0.0508 0.7601 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0508 0.7601 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0363 0.7604 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0363 0.7604 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.5839 0.2872 0.624 0.000 0.000 0.132 0.180 0.064
#> GSM674308 1 0.0508 0.7601 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.5211 0.3073 0.680 0.000 0.000 0.056 0.188 0.076
#> GSM674313 5 0.6181 0.7548 0.352 0.008 0.000 0.076 0.508 0.056
#> GSM674314 5 0.5958 0.7958 0.380 0.000 0.000 0.056 0.492 0.072
#> GSM674315 1 0.5839 0.2872 0.624 0.000 0.000 0.132 0.180 0.064
#> GSM674316 5 0.4555 0.8288 0.440 0.000 0.000 0.012 0.532 0.016
#> GSM674318 5 0.3841 0.8858 0.380 0.000 0.000 0.004 0.616 0.000
#> GSM674320 5 0.4744 0.8727 0.372 0.008 0.000 0.012 0.588 0.020
#> GSM674323 5 0.3841 0.8858 0.380 0.000 0.000 0.004 0.616 0.000
#> GSM674324 1 0.4317 0.5565 0.776 0.000 0.000 0.056 0.092 0.076
#> GSM674325 5 0.4093 0.8414 0.440 0.000 0.000 0.004 0.552 0.004
#> GSM674327 5 0.6556 0.6979 0.352 0.000 0.000 0.124 0.452 0.072
#> GSM674328 1 0.1716 0.7410 0.932 0.004 0.000 0.028 0.000 0.036
#> GSM674330 1 0.5957 -0.7239 0.440 0.000 0.000 0.056 0.436 0.068
#> GSM674331 1 0.4667 0.4898 0.744 0.000 0.000 0.056 0.124 0.076
#> GSM674332 1 0.5211 0.3073 0.680 0.000 0.000 0.056 0.188 0.076
#> GSM674334 1 0.5866 -0.6987 0.456 0.000 0.000 0.052 0.428 0.064
#> GSM674335 1 0.6160 -0.7720 0.440 0.012 0.000 0.044 0.432 0.072
#> GSM674345 3 0.2201 0.7275 0.000 0.000 0.912 0.028 0.032 0.028
#> GSM674351 3 0.2415 0.6994 0.000 0.000 0.900 0.040 0.024 0.036
#> GSM674352 3 0.3135 0.6865 0.000 0.000 0.856 0.068 0.028 0.048
#> GSM674359 3 0.1003 0.7334 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM674360 3 0.2638 0.7186 0.000 0.000 0.884 0.016 0.040 0.060
#> GSM674362 3 0.2084 0.7270 0.000 0.000 0.916 0.016 0.024 0.044
#> GSM674369 3 0.2579 0.7151 0.000 0.000 0.884 0.008 0.048 0.060
#> GSM674372 4 0.5676 0.7907 0.000 0.000 0.436 0.464 0.044 0.056
#> GSM674374 3 0.4934 -0.4384 0.000 0.000 0.568 0.376 0.040 0.016
#> GSM674376 4 0.4555 0.8843 0.000 0.000 0.392 0.576 0.012 0.020
#> GSM674377 4 0.5509 0.8062 0.000 0.000 0.416 0.496 0.040 0.048
#> GSM674378 4 0.5004 0.8198 0.000 0.000 0.456 0.492 0.028 0.024
#> GSM674383 3 0.3238 0.6984 0.000 0.000 0.848 0.024 0.056 0.072
#> GSM674386 4 0.4994 0.8823 0.000 0.000 0.392 0.552 0.032 0.024
#> GSM674387 4 0.4168 0.8875 0.000 0.000 0.400 0.584 0.016 0.000
#> GSM674392 3 0.4289 0.3751 0.000 0.000 0.740 0.192 0.028 0.040
#> GSM674396 4 0.4763 0.8858 0.000 0.000 0.392 0.564 0.032 0.012
#> GSM674399 4 0.4860 0.8855 0.000 0.000 0.400 0.552 0.032 0.016
#> GSM674404 4 0.5089 0.8823 0.000 0.000 0.408 0.532 0.028 0.032
#> GSM674182 6 0.4302 0.7895 0.000 0.296 0.016 0.008 0.008 0.672
#> GSM674188 6 0.6577 0.6587 0.000 0.376 0.016 0.096 0.056 0.456
#> GSM674189 6 0.7112 0.7279 0.000 0.304 0.016 0.128 0.096 0.456
#> GSM674196 2 0.1293 0.7957 0.000 0.956 0.016 0.004 0.004 0.020
#> GSM674197 2 0.1232 0.7975 0.000 0.956 0.016 0.004 0.000 0.024
#> GSM674199 2 0.0458 0.8014 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0976 0.8019 0.000 0.968 0.016 0.000 0.008 0.008
#> GSM674211 2 0.0748 0.8023 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
#> GSM674213 6 0.4628 0.7866 0.000 0.308 0.016 0.012 0.016 0.648
#> GSM674215 6 0.6443 0.7575 0.000 0.264 0.016 0.036 0.148 0.536
#> GSM674216 2 0.3783 0.6978 0.000 0.820 0.016 0.060 0.088 0.016
#> GSM674217 6 0.4542 0.7856 0.000 0.308 0.016 0.012 0.012 0.652
#> GSM674222 2 0.7309 -0.6062 0.000 0.372 0.016 0.096 0.148 0.368
#> GSM674224 2 0.5712 0.4926 0.000 0.660 0.016 0.144 0.040 0.140
#> GSM674227 2 0.7017 -0.2345 0.000 0.488 0.016 0.092 0.132 0.272
#> GSM674228 6 0.6289 0.5937 0.000 0.404 0.016 0.056 0.064 0.460
#> GSM674233 6 0.4645 0.7832 0.000 0.312 0.016 0.012 0.016 0.644
#> GSM674238 6 0.6300 0.7645 0.000 0.276 0.016 0.060 0.088 0.560
#> GSM674241 2 0.0603 0.8022 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM674283 1 0.0405 0.7612 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM674286 1 0.0000 0.7610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.3193 0.6197 0.852 0.004 0.000 0.032 0.088 0.024
#> GSM674294 1 0.0000 0.7610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0363 0.7604 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.2499 0.7005 0.880 0.000 0.000 0.048 0.000 0.072
#> GSM674307 1 0.0405 0.7616 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM674310 5 0.3841 0.8858 0.380 0.000 0.000 0.004 0.616 0.000
#> GSM674311 1 0.5211 0.3073 0.680 0.000 0.000 0.056 0.188 0.076
#> GSM674312 5 0.4916 0.8604 0.424 0.008 0.000 0.012 0.532 0.024
#> GSM674317 1 0.1478 0.7467 0.944 0.004 0.000 0.020 0.000 0.032
#> GSM674319 5 0.5648 0.8031 0.440 0.012 0.000 0.024 0.472 0.052
#> GSM674321 5 0.3841 0.8858 0.380 0.000 0.000 0.004 0.616 0.000
#> GSM674322 5 0.4057 0.8513 0.436 0.000 0.000 0.008 0.556 0.000
#> GSM674326 5 0.3819 0.8802 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624 0.000
#> GSM674329 5 0.4817 0.8716 0.372 0.008 0.000 0.012 0.584 0.024
#> GSM674333 5 0.4189 0.8523 0.436 0.000 0.000 0.004 0.552 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 4
#> SD:kmeans 176 0.995 5.74e-73 5
#> SD:kmeans 157 0.688 1.70e-61 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.890 0.932 0.928 0.0905 0.939 0.815
#> 5 5 0.858 0.848 0.871 0.0731 0.937 0.769
#> 6 6 0.816 0.773 0.831 0.0384 0.996 0.982
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.4643 0.749 0 0.000 0.656 0.344
#> GSM674348 4 0.1637 0.897 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674349 4 0.1302 0.911 0 0.000 0.044 0.956
#> GSM674350 4 0.2921 0.874 0 0.000 0.140 0.860
#> GSM674353 4 0.2081 0.885 0 0.000 0.084 0.916
#> GSM674354 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674355 4 0.1867 0.896 0 0.000 0.072 0.928
#> GSM674356 4 0.1211 0.911 0 0.000 0.040 0.960
#> GSM674357 4 0.1118 0.912 0 0.000 0.036 0.964
#> GSM674358 4 0.2149 0.884 0 0.000 0.088 0.912
#> GSM674361 4 0.2081 0.885 0 0.000 0.084 0.916
#> GSM674363 4 0.1474 0.907 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674364 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 4 0.1637 0.897 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674366 4 0.5000 -0.331 0 0.000 0.500 0.500
#> GSM674367 3 0.3610 0.906 0 0.000 0.800 0.200
#> GSM674368 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.4941 0.535 0 0.000 0.564 0.436
#> GSM674371 4 0.1716 0.898 0 0.000 0.064 0.936
#> GSM674373 3 0.4746 0.781 0 0.000 0.632 0.368
#> GSM674375 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674379 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674380 3 0.4356 0.864 0 0.000 0.708 0.292
#> GSM674381 3 0.4040 0.837 0 0.000 0.752 0.248
#> GSM674382 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674384 3 0.3356 0.894 0 0.000 0.824 0.176
#> GSM674385 4 0.2081 0.886 0 0.000 0.084 0.916
#> GSM674388 4 0.0188 0.915 0 0.000 0.004 0.996
#> GSM674389 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674390 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674391 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674393 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674394 3 0.4643 0.724 0 0.000 0.656 0.344
#> GSM674395 3 0.4008 0.891 0 0.000 0.756 0.244
#> GSM674397 3 0.4746 0.765 0 0.000 0.632 0.368
#> GSM674398 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674400 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674401 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674402 4 0.1474 0.899 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674403 4 0.1637 0.906 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674405 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674406 3 0.3688 0.905 0 0.000 0.792 0.208
#> GSM674407 3 0.3649 0.906 0 0.000 0.796 0.204
#> GSM674181 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674183 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674184 2 0.2814 0.938 0 0.868 0.132 0.000
#> GSM674185 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674186 2 0.2345 0.945 0 0.900 0.100 0.000
#> GSM674187 2 0.1792 0.952 0 0.932 0.068 0.000
#> GSM674190 2 0.2814 0.939 0 0.868 0.132 0.000
#> GSM674191 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.2469 0.942 0 0.892 0.108 0.000
#> GSM674195 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674201 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674202 2 0.1211 0.955 0 0.960 0.040 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0921 0.954 0 0.972 0.028 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0921 0.954 0 0.972 0.028 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2814 0.938 0 0.868 0.132 0.000
#> GSM674219 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674220 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674221 2 0.2408 0.947 0 0.896 0.104 0.000
#> GSM674223 2 0.1022 0.954 0 0.968 0.032 0.000
#> GSM674225 2 0.1211 0.955 0 0.960 0.040 0.000
#> GSM674226 2 0.0188 0.954 0 0.996 0.004 0.000
#> GSM674229 2 0.1022 0.954 0 0.968 0.032 0.000
#> GSM674230 2 0.1792 0.953 0 0.932 0.068 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.1792 0.953 0 0.932 0.068 0.000
#> GSM674236 2 0.1118 0.955 0 0.964 0.036 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0817 0.954 0 0.976 0.024 0.000
#> GSM674240 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0921 0.954 0 0.972 0.028 0.000
#> GSM674244 2 0.1389 0.955 0 0.952 0.048 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674345 4 0.1637 0.905 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674351 4 0.2081 0.885 0 0.000 0.084 0.916
#> GSM674352 4 0.2921 0.874 0 0.000 0.140 0.860
#> GSM674359 4 0.0000 0.915 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 4 0.1557 0.897 0 0.000 0.056 0.944
#> GSM674362 4 0.1474 0.899 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674369 4 0.0188 0.915 0 0.000 0.004 0.996
#> GSM674372 3 0.3024 0.899 0 0.000 0.852 0.148
#> GSM674374 3 0.4624 0.802 0 0.000 0.660 0.340
#> GSM674376 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674377 3 0.3688 0.863 0 0.000 0.792 0.208
#> GSM674378 3 0.3764 0.902 0 0.000 0.784 0.216
#> GSM674383 4 0.1637 0.897 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674386 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674387 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674392 3 0.4981 0.505 0 0.000 0.536 0.464
#> GSM674396 3 0.2973 0.899 0 0.000 0.856 0.144
#> GSM674399 3 0.3569 0.908 0 0.000 0.804 0.196
#> GSM674404 3 0.3610 0.906 0 0.000 0.800 0.200
#> GSM674182 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674188 2 0.1792 0.952 0 0.932 0.068 0.000
#> GSM674189 2 0.2530 0.941 0 0.888 0.112 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.2589 0.944 0 0.884 0.116 0.000
#> GSM674215 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.2704 0.942 0 0.876 0.124 0.000
#> GSM674222 2 0.1118 0.955 0 0.964 0.036 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.1557 0.954 0 0.944 0.056 0.000
#> GSM674233 2 0.2589 0.944 0 0.884 0.116 0.000
#> GSM674238 2 0.2973 0.935 0 0.856 0.144 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.954 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 5 0.0671 0.9195 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM674346 5 0.0798 0.9196 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> GSM674347 3 0.4065 0.6890 0.000 0.000 0.720 0.016 0.264
#> GSM674348 5 0.2927 0.8988 0.000 0.000 0.092 0.040 0.868
#> GSM674349 5 0.2464 0.9123 0.000 0.000 0.096 0.016 0.888
#> GSM674350 5 0.3326 0.8858 0.000 0.000 0.152 0.024 0.824
#> GSM674353 5 0.2305 0.9025 0.000 0.000 0.092 0.012 0.896
#> GSM674354 5 0.0912 0.9191 0.000 0.000 0.016 0.012 0.972
#> GSM674355 5 0.2305 0.9038 0.000 0.000 0.092 0.012 0.896
#> GSM674356 5 0.1544 0.9157 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM674357 5 0.1740 0.9168 0.000 0.000 0.056 0.012 0.932
#> GSM674358 5 0.2470 0.8994 0.000 0.000 0.104 0.012 0.884
#> GSM674361 5 0.2305 0.9025 0.000 0.000 0.092 0.012 0.896
#> GSM674363 5 0.2069 0.9105 0.000 0.000 0.076 0.012 0.912
#> GSM674364 5 0.1549 0.9161 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944
#> GSM674365 5 0.3297 0.8913 0.000 0.000 0.084 0.068 0.848
#> GSM674366 3 0.5368 0.4213 0.000 0.000 0.596 0.072 0.332
#> GSM674367 3 0.1408 0.8922 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM674368 5 0.1914 0.9131 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> GSM674370 3 0.4989 0.5952 0.000 0.000 0.648 0.056 0.296
#> GSM674371 5 0.3569 0.8886 0.000 0.000 0.104 0.068 0.828
#> GSM674373 3 0.4141 0.7858 0.000 0.000 0.736 0.028 0.236
#> GSM674375 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674379 3 0.1282 0.8920 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM674380 3 0.3565 0.8436 0.000 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM674381 3 0.3471 0.8201 0.000 0.000 0.836 0.072 0.092
#> GSM674382 3 0.1484 0.8924 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM674384 3 0.2067 0.8790 0.000 0.000 0.920 0.032 0.048
#> GSM674385 5 0.3825 0.8593 0.000 0.000 0.136 0.060 0.804
#> GSM674388 5 0.2193 0.9118 0.000 0.000 0.028 0.060 0.912
#> GSM674389 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674390 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674391 3 0.1408 0.8924 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM674393 3 0.0609 0.8856 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674394 3 0.4240 0.7207 0.000 0.000 0.736 0.036 0.228
#> GSM674395 3 0.2389 0.8747 0.000 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM674397 3 0.4223 0.7542 0.000 0.000 0.724 0.028 0.248
#> GSM674398 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674400 3 0.1981 0.8899 0.000 0.000 0.924 0.028 0.048
#> GSM674401 3 0.2054 0.8891 0.000 0.000 0.920 0.028 0.052
#> GSM674402 5 0.2344 0.9093 0.000 0.000 0.064 0.032 0.904
#> GSM674403 5 0.2983 0.9075 0.000 0.000 0.096 0.040 0.864
#> GSM674405 3 0.1282 0.8920 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM674406 3 0.1952 0.8841 0.000 0.000 0.912 0.004 0.084
#> GSM674407 3 0.1831 0.8864 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM674181 4 0.3210 0.8851 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM674183 4 0.3177 0.8846 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM674184 4 0.3835 0.8472 0.000 0.244 0.000 0.744 0.012
#> GSM674185 4 0.3109 0.8844 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM674186 4 0.4622 0.5792 0.000 0.440 0.000 0.548 0.012
#> GSM674187 2 0.4574 -0.1187 0.000 0.576 0.000 0.412 0.012
#> GSM674190 4 0.3932 0.7952 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM674191 4 0.3336 0.8835 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674192 2 0.0290 0.8417 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674193 2 0.0771 0.8324 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM674194 4 0.4494 0.6865 0.000 0.380 0.000 0.608 0.012
#> GSM674195 4 0.3487 0.8688 0.000 0.212 0.000 0.780 0.008
#> GSM674198 2 0.0162 0.8409 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674200 4 0.3109 0.8844 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM674201 4 0.3177 0.8846 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM674202 2 0.4306 0.2965 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> GSM674203 2 0.0510 0.8399 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674204 2 0.1908 0.7872 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM674205 2 0.0290 0.8416 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674206 4 0.3177 0.8846 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM674208 2 0.0290 0.8416 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674209 2 0.1195 0.8276 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM674210 2 0.0000 0.8416 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.2074 0.7776 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8416 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 4 0.3779 0.8536 0.000 0.236 0.000 0.752 0.012
#> GSM674219 4 0.3661 0.8526 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM674220 4 0.3109 0.8844 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM674221 4 0.4283 0.4847 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM674223 2 0.2179 0.7690 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM674225 2 0.4016 0.4734 0.000 0.716 0.000 0.272 0.012
#> GSM674226 2 0.1043 0.8290 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674229 2 0.2179 0.7690 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM674230 2 0.4210 0.0614 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM674231 2 0.1106 0.8287 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM674232 2 0.0404 0.8409 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674234 2 0.0510 0.8356 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674235 2 0.4138 0.1898 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM674236 2 0.4173 0.3872 0.000 0.688 0.000 0.300 0.012
#> GSM674237 2 0.0162 0.8408 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674239 2 0.1792 0.7945 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM674240 4 0.3424 0.8781 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM674242 2 0.0510 0.8399 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674243 2 0.1851 0.7910 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM674244 2 0.4339 0.2746 0.000 0.652 0.000 0.336 0.012
#> GSM674245 2 0.0510 0.8410 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674289 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674297 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674314 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674315 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674318 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674320 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674323 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674324 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674327 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674328 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674331 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674335 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674345 5 0.2068 0.9132 0.000 0.000 0.092 0.004 0.904
#> GSM674351 5 0.2305 0.9025 0.000 0.000 0.092 0.012 0.896
#> GSM674352 5 0.3409 0.8822 0.000 0.000 0.160 0.024 0.816
#> GSM674359 5 0.0671 0.9199 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM674360 5 0.2974 0.8973 0.000 0.000 0.080 0.052 0.868
#> GSM674362 5 0.2514 0.9016 0.000 0.000 0.060 0.044 0.896
#> GSM674369 5 0.2193 0.9118 0.000 0.000 0.028 0.060 0.912
#> GSM674372 3 0.1310 0.8845 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020
#> GSM674374 3 0.3574 0.8262 0.000 0.000 0.804 0.028 0.168
#> GSM674376 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674377 3 0.2659 0.8460 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060
#> GSM674378 3 0.2124 0.8802 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM674383 5 0.3359 0.8905 0.000 0.000 0.084 0.072 0.844
#> GSM674386 3 0.0510 0.8858 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674387 3 0.1282 0.8920 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM674392 3 0.4517 0.4820 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> GSM674396 3 0.0404 0.8863 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674399 3 0.1282 0.8920 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM674404 3 0.1430 0.8912 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM674182 4 0.3242 0.8851 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM674188 2 0.4582 -0.1155 0.000 0.572 0.000 0.416 0.012
#> GSM674189 4 0.4173 0.7867 0.000 0.300 0.000 0.688 0.012
#> GSM674196 2 0.0609 0.8386 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674197 2 0.0609 0.8385 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674199 2 0.0404 0.8373 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.0162 0.8409 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674211 2 0.0162 0.8417 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674213 4 0.3949 0.7858 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM674215 4 0.3109 0.8844 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM674216 2 0.0771 0.8324 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM674217 4 0.3895 0.8036 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM674222 2 0.3942 0.4942 0.000 0.728 0.000 0.260 0.012
#> GSM674224 2 0.0807 0.8390 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM674227 2 0.1195 0.8276 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM674228 2 0.3336 0.6203 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM674233 4 0.3966 0.7800 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM674238 4 0.3421 0.8712 0.000 0.204 0.000 0.788 0.008
#> GSM674241 2 0.0162 0.8409 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674311 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674317 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674321 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674322 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674326 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674329 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM674333 1 0.1952 0.9527 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0692 0.8449 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.004
#> GSM674346 3 0.0260 0.8441 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> GSM674347 4 0.4843 0.5113 0.000 0.000 0.300 0.616 NA 0.000
#> GSM674348 3 0.3422 0.8245 0.000 0.000 0.788 0.036 NA 0.000
#> GSM674349 3 0.4100 0.8185 0.000 0.000 0.752 0.064 NA 0.008
#> GSM674350 3 0.3221 0.8058 0.000 0.000 0.828 0.076 NA 0.000
#> GSM674353 3 0.2499 0.8157 0.000 0.000 0.880 0.072 NA 0.000
#> GSM674354 3 0.0713 0.8402 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000
#> GSM674355 3 0.2488 0.8172 0.000 0.000 0.880 0.076 NA 0.000
#> GSM674356 3 0.2078 0.8415 0.000 0.000 0.912 0.044 NA 0.004
#> GSM674357 3 0.1408 0.8366 0.000 0.000 0.944 0.036 NA 0.000
#> GSM674358 3 0.2712 0.8120 0.000 0.000 0.864 0.088 NA 0.000
#> GSM674361 3 0.2499 0.8156 0.000 0.000 0.880 0.072 NA 0.000
#> GSM674363 3 0.2136 0.8252 0.000 0.000 0.904 0.048 NA 0.000
#> GSM674364 3 0.2389 0.8350 0.000 0.000 0.864 0.000 NA 0.008
#> GSM674365 3 0.4274 0.7802 0.000 0.000 0.676 0.024 NA 0.012
#> GSM674366 4 0.6383 0.0160 0.000 0.000 0.308 0.384 NA 0.012
#> GSM674367 4 0.1788 0.8560 0.000 0.000 0.028 0.928 NA 0.004
#> GSM674368 3 0.3394 0.8034 0.000 0.000 0.752 0.000 NA 0.012
#> GSM674370 4 0.5567 0.5820 0.000 0.000 0.232 0.584 NA 0.008
#> GSM674371 3 0.4608 0.7764 0.000 0.000 0.656 0.044 NA 0.012
#> GSM674373 4 0.4543 0.7216 0.000 0.000 0.216 0.704 NA 0.012
#> GSM674375 4 0.1387 0.8542 0.000 0.000 0.000 0.932 NA 0.000
#> GSM674379 4 0.0692 0.8574 0.000 0.000 0.020 0.976 NA 0.000
#> GSM674380 4 0.2982 0.8145 0.000 0.000 0.164 0.820 NA 0.004
#> GSM674381 4 0.4361 0.7325 0.000 0.000 0.076 0.716 NA 0.004
#> GSM674382 4 0.0692 0.8574 0.000 0.000 0.020 0.976 NA 0.000
#> GSM674384 4 0.3068 0.8348 0.000 0.000 0.072 0.840 NA 0.000
#> GSM674385 3 0.4761 0.7706 0.000 0.000 0.688 0.088 NA 0.012
#> GSM674388 3 0.3445 0.8001 0.000 0.000 0.744 0.000 NA 0.012
#> GSM674389 4 0.1501 0.8538 0.000 0.000 0.000 0.924 NA 0.000
#> GSM674390 4 0.1075 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.952 NA 0.000
#> GSM674391 4 0.0692 0.8574 0.000 0.000 0.020 0.976 NA 0.000
#> GSM674393 4 0.2003 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.884 NA 0.000
#> GSM674394 4 0.5183 0.5986 0.000 0.000 0.272 0.608 NA 0.004
#> GSM674395 4 0.2623 0.8304 0.000 0.000 0.132 0.852 NA 0.000
#> GSM674397 4 0.4998 0.6326 0.000 0.000 0.252 0.648 NA 0.012
#> GSM674398 4 0.1327 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.936 NA 0.000
#> GSM674400 4 0.3994 0.7613 0.000 0.000 0.040 0.752 NA 0.012
#> GSM674401 4 0.4120 0.7556 0.000 0.000 0.048 0.744 NA 0.012
#> GSM674402 3 0.2237 0.8349 0.000 0.000 0.896 0.020 NA 0.004
#> GSM674403 3 0.5030 0.7548 0.000 0.000 0.660 0.084 NA 0.020
#> GSM674405 4 0.1003 0.8569 0.000 0.000 0.020 0.964 NA 0.000
#> GSM674406 4 0.1387 0.8516 0.000 0.000 0.068 0.932 NA 0.000
#> GSM674407 4 0.1267 0.8534 0.000 0.000 0.060 0.940 NA 0.000
#> GSM674181 6 0.1918 0.8352 0.000 0.088 0.000 0.000 NA 0.904
#> GSM674183 6 0.1930 0.8322 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.916
#> GSM674184 6 0.3092 0.7953 0.000 0.060 0.000 0.000 NA 0.836
#> GSM674185 6 0.2001 0.8311 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.912
#> GSM674186 6 0.5174 0.4065 0.000 0.368 0.000 0.000 NA 0.536
#> GSM674187 2 0.5233 0.0446 0.000 0.500 0.000 0.000 NA 0.404
#> GSM674190 6 0.3528 0.6350 0.000 0.296 0.000 0.000 NA 0.700
#> GSM674191 6 0.2092 0.8250 0.000 0.124 0.000 0.000 NA 0.876
#> GSM674192 2 0.0146 0.8309 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674193 2 0.2586 0.7874 0.000 0.868 0.000 0.000 NA 0.032
#> GSM674194 6 0.4809 0.6069 0.000 0.240 0.000 0.000 NA 0.652
#> GSM674195 6 0.2747 0.8063 0.000 0.044 0.000 0.000 NA 0.860
#> GSM674198 2 0.0146 0.8300 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674200 6 0.1930 0.8322 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.916
#> GSM674201 6 0.1204 0.8364 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.944
#> GSM674202 2 0.5440 0.3339 0.000 0.536 0.000 0.000 NA 0.324
#> GSM674203 2 0.0603 0.8298 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.016
#> GSM674204 2 0.1387 0.8066 0.000 0.932 0.000 0.000 NA 0.068
#> GSM674205 2 0.0363 0.8302 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.012
#> GSM674206 6 0.1327 0.8369 0.000 0.064 0.000 0.000 NA 0.936
#> GSM674208 2 0.0508 0.8304 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.012
#> GSM674209 2 0.3227 0.7651 0.000 0.824 0.000 0.000 NA 0.060
#> GSM674210 2 0.0000 0.8303 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674212 2 0.1610 0.7989 0.000 0.916 0.000 0.000 NA 0.084
#> GSM674214 2 0.0146 0.8300 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674218 6 0.2971 0.7994 0.000 0.052 0.000 0.000 NA 0.844
#> GSM674219 6 0.2416 0.8064 0.000 0.156 0.000 0.000 NA 0.844
#> GSM674220 6 0.2201 0.8342 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.900
#> GSM674221 6 0.3727 0.4011 0.000 0.388 0.000 0.000 NA 0.612
#> GSM674223 2 0.2003 0.7820 0.000 0.884 0.000 0.000 NA 0.116
#> GSM674225 2 0.5283 0.4828 0.000 0.588 0.000 0.000 NA 0.264
#> GSM674226 2 0.2412 0.8023 0.000 0.880 0.000 0.000 NA 0.092
#> GSM674229 2 0.1814 0.7907 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.100
#> GSM674230 2 0.4778 0.2127 0.000 0.524 0.000 0.000 NA 0.424
#> GSM674231 2 0.2843 0.7761 0.000 0.848 0.000 0.000 NA 0.036
#> GSM674232 2 0.0725 0.8309 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.012
#> GSM674234 2 0.1088 0.8206 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.016
#> GSM674235 2 0.4806 0.3478 0.000 0.560 0.000 0.000 NA 0.380
#> GSM674236 2 0.5183 0.4894 0.000 0.604 0.000 0.000 NA 0.256
#> GSM674237 2 0.0146 0.8300 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674239 2 0.1141 0.8149 0.000 0.948 0.000 0.000 NA 0.052
#> GSM674240 6 0.2340 0.8118 0.000 0.148 0.000 0.000 NA 0.852
#> GSM674242 2 0.0603 0.8298 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.016
#> GSM674243 2 0.1327 0.8092 0.000 0.936 0.000 0.000 NA 0.064
#> GSM674244 2 0.5578 0.2290 0.000 0.492 0.000 0.000 NA 0.360
#> GSM674245 2 0.1572 0.8268 0.000 0.936 0.000 0.000 NA 0.036
#> GSM674282 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674288 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674295 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674300 1 0.1075 0.8589 0.952 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674306 1 0.0458 0.8573 0.984 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674309 1 0.1141 0.8590 0.948 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674313 1 0.3684 0.7767 0.628 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674314 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674315 1 0.0547 0.8584 0.980 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674316 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674318 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674320 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674323 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674324 1 0.0363 0.8640 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674325 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674327 1 0.3647 0.7832 0.640 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674330 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674331 1 0.0937 0.8608 0.960 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674332 1 0.0937 0.8608 0.960 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674334 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674335 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674345 3 0.3068 0.8337 0.000 0.000 0.840 0.072 NA 0.000
#> GSM674351 3 0.2499 0.8156 0.000 0.000 0.880 0.072 NA 0.000
#> GSM674352 3 0.3424 0.8014 0.000 0.000 0.812 0.092 NA 0.000
#> GSM674359 3 0.1493 0.8461 0.000 0.000 0.936 0.004 NA 0.004
#> GSM674360 3 0.3855 0.8072 0.000 0.000 0.748 0.024 NA 0.012
#> GSM674362 3 0.3294 0.8246 0.000 0.000 0.812 0.020 NA 0.012
#> GSM674369 3 0.3445 0.8001 0.000 0.000 0.744 0.000 NA 0.012
#> GSM674372 4 0.3252 0.8239 0.000 0.000 0.068 0.824 NA 0.000
#> GSM674374 4 0.4202 0.7563 0.000 0.000 0.152 0.756 NA 0.012
#> GSM674376 4 0.1075 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.952 NA 0.000
#> GSM674377 4 0.2973 0.8148 0.000 0.000 0.024 0.836 NA 0.004
#> GSM674378 4 0.2126 0.8481 0.000 0.000 0.072 0.904 NA 0.004
#> GSM674383 3 0.4293 0.7793 0.000 0.000 0.672 0.024 NA 0.012
#> GSM674386 4 0.1327 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.936 NA 0.000
#> GSM674387 4 0.0547 0.8575 0.000 0.000 0.020 0.980 NA 0.000
#> GSM674392 3 0.4855 -0.1670 0.000 0.000 0.484 0.460 NA 0.000
#> GSM674396 4 0.1327 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.936 NA 0.000
#> GSM674399 4 0.1003 0.8569 0.000 0.000 0.020 0.964 NA 0.000
#> GSM674404 4 0.1418 0.8567 0.000 0.000 0.024 0.944 NA 0.000
#> GSM674182 6 0.1765 0.8329 0.000 0.096 0.000 0.000 NA 0.904
#> GSM674188 2 0.5357 -0.0168 0.000 0.464 0.000 0.000 NA 0.428
#> GSM674189 6 0.4121 0.7295 0.000 0.116 0.000 0.000 NA 0.748
#> GSM674196 2 0.0547 0.8284 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.020
#> GSM674197 2 0.0458 0.8293 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> GSM674199 2 0.0291 0.8289 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674207 2 0.0146 0.8309 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674211 2 0.0260 0.8307 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> GSM674213 6 0.3445 0.6977 0.000 0.260 0.000 0.000 NA 0.732
#> GSM674215 6 0.2136 0.8350 0.000 0.048 0.000 0.000 NA 0.904
#> GSM674216 2 0.2432 0.7909 0.000 0.876 0.000 0.000 NA 0.024
#> GSM674217 6 0.3050 0.7285 0.000 0.236 0.000 0.000 NA 0.764
#> GSM674222 2 0.5092 0.5357 0.000 0.624 0.000 0.000 NA 0.232
#> GSM674224 2 0.2728 0.7875 0.000 0.860 0.000 0.000 NA 0.040
#> GSM674227 2 0.3356 0.7564 0.000 0.808 0.000 0.000 NA 0.052
#> GSM674228 2 0.3717 0.6100 0.000 0.708 0.000 0.000 NA 0.276
#> GSM674233 6 0.3221 0.6878 0.000 0.264 0.000 0.000 NA 0.736
#> GSM674238 6 0.2190 0.8190 0.000 0.040 0.000 0.000 NA 0.900
#> GSM674241 2 0.0146 0.8309 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674283 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674310 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674311 1 0.1204 0.8583 0.944 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674312 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.8647 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674319 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674321 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674322 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674326 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674329 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674333 1 0.3634 0.7862 0.644 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:skmeans 182 0.971 1.52e-75 4
#> SD:skmeans 171 0.997 4.61e-69 5
#> SD:skmeans 171 0.992 4.61e-69 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.997 0.999 0.5957 0.750 0.571
#> 4 4 1.000 0.978 0.981 0.0645 0.956 0.869
#> 5 5 0.894 0.842 0.898 0.0732 0.939 0.789
#> 6 6 0.802 0.752 0.841 0.0649 0.940 0.740
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0237 0.993 0 0.004 0.996
#> GSM674346 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.4555 0.750 0 0.200 0.800
#> GSM674369 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.997 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0779 0.982 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM674346 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674347 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674349 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674350 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674353 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674354 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674355 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674356 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674357 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674358 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674361 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674363 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674364 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674365 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674366 3 0.0188 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674367 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674368 3 0.0188 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674370 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674371 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0592 0.986 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674375 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674379 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674380 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674381 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674382 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674384 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674385 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674388 3 0.0188 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674389 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674390 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674391 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674393 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0817 0.985 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674395 3 0.0817 0.985 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674397 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674398 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674400 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674403 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674405 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674406 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674407 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0592 0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0188 0.988 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674285 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674289 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.3726 0.819 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM674297 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0188 0.988 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674300 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM674301 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.2011 0.925 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674308 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 4 0.2011 0.945 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM674313 4 0.0921 0.937 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM674314 4 0.1867 0.946 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM674315 1 0.2011 0.925 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674316 4 0.1867 0.946 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM674318 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674320 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674323 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674324 4 0.3975 0.777 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM674325 4 0.1867 0.946 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM674327 4 0.1792 0.923 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM674328 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 4 0.1867 0.946 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM674331 4 0.2149 0.941 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM674332 4 0.4977 0.312 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM674334 4 0.2011 0.945 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM674335 4 0.2281 0.935 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM674345 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674351 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674352 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674359 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674360 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674362 3 0.4175 0.716 0.000 0.200 0.784 0.016
#> GSM674369 3 0.0188 0.986 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674372 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674374 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674376 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674377 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674378 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674383 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674387 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674392 3 0.0592 0.984 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674396 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674399 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674404 3 0.0469 0.985 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0592 0.979 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674294 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0188 0.988 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674307 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674311 4 0.2011 0.945 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM674312 4 0.1867 0.946 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM674317 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 4 0.2011 0.945 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM674321 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674322 4 0.1211 0.942 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM674326 4 0.0921 0.937 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM674329 4 0.1022 0.939 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM674333 4 0.2011 0.945 0.080 0.000 0.000 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 4 0.3730 0.7599 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM674346 4 0.2852 0.7876 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM674347 4 0.4307 0.1826 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM674348 4 0.4074 0.7151 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM674349 4 0.3876 0.7611 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM674350 4 0.3730 0.7405 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> GSM674353 4 0.3336 0.7855 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM674354 4 0.3305 0.7875 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM674355 4 0.3424 0.7836 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM674356 4 0.3395 0.7855 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM674357 4 0.3837 0.7866 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM674358 4 0.3424 0.7836 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM674361 4 0.3395 0.7844 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM674363 4 0.3395 0.7845 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM674364 4 0.2966 0.7895 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM674365 4 0.3876 0.7481 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM674366 3 0.4088 0.0449 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM674367 3 0.1544 0.7474 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM674368 4 0.4304 0.4687 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM674370 3 0.1544 0.7032 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM674371 3 0.4268 -0.2685 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM674373 3 0.2605 0.6381 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM674375 3 0.0510 0.7375 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674379 3 0.0609 0.7406 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674380 3 0.1043 0.7490 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM674381 3 0.1544 0.7014 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM674382 3 0.2561 0.7204 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM674384 3 0.2471 0.7223 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM674385 4 0.4030 0.7268 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM674388 4 0.4268 0.5530 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM674389 3 0.2471 0.7223 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM674390 3 0.0404 0.7389 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674391 3 0.2127 0.7388 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM674393 3 0.4283 -0.0799 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM674394 3 0.3895 0.4683 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM674395 3 0.4045 0.3958 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM674397 3 0.4192 -0.2189 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM674398 3 0.0703 0.7415 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674400 3 0.4235 0.0830 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM674401 3 0.4278 -0.2498 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM674402 4 0.3274 0.7740 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM674403 4 0.4030 0.7355 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM674405 3 0.2471 0.7241 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM674406 3 0.2648 0.7185 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM674407 3 0.0609 0.7406 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0290 0.9908 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674200 2 0.2648 0.8220 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674204 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674205 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674212 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674214 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674234 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674239 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0162 0.9919 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0703 0.9613 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674285 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0880 0.9548 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674289 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.2852 0.8338 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM674297 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0290 0.9739 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674300 1 0.3573 0.8402 0.812 0.000 0.000 0.152 0.036
#> GSM674301 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.3649 0.8367 0.808 0.000 0.000 0.152 0.040
#> GSM674308 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 5 0.0963 0.9472 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM674313 5 0.2648 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM674314 5 0.0880 0.9480 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM674315 1 0.3649 0.8367 0.808 0.000 0.000 0.152 0.040
#> GSM674316 5 0.0880 0.9480 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM674318 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674320 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674323 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674324 5 0.2732 0.8435 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM674325 5 0.0880 0.9480 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM674327 5 0.3649 0.8323 0.040 0.000 0.000 0.152 0.808
#> GSM674328 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 5 0.0880 0.9480 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM674331 5 0.1121 0.9442 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674332 5 0.4201 0.4017 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM674334 5 0.1043 0.9458 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM674335 5 0.1410 0.9346 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM674345 4 0.3895 0.7646 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM674351 4 0.3336 0.7855 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM674352 4 0.3480 0.7786 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM674359 4 0.3876 0.7611 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM674360 4 0.3837 0.7512 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM674362 4 0.4717 0.5553 0.000 0.144 0.120 0.736 0.000
#> GSM674369 4 0.4307 0.4326 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM674372 3 0.2471 0.7223 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM674374 3 0.3039 0.5812 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM674376 3 0.0963 0.7466 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674377 3 0.1608 0.7003 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM674378 3 0.0880 0.7380 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM674383 3 0.4262 -0.2413 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM674386 3 0.2648 0.7242 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM674387 3 0.0703 0.7398 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674392 4 0.3561 0.7679 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674396 3 0.2424 0.7248 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM674399 3 0.1792 0.7460 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674404 3 0.2561 0.7204 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674197 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674199 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674207 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674211 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0162 0.9919 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0510 0.9885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0992 0.9597 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM674294 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0162 0.9767 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674307 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674311 5 0.0963 0.9472 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM674312 5 0.0880 0.9480 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM674317 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 5 0.0963 0.9472 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM674321 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674322 5 0.0290 0.9438 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674326 5 0.0000 0.9402 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674329 5 0.0162 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM674333 5 0.0963 0.9472 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.2092 0.7268 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0363 0.7431 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.3797 0.2551 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.3428 0.6656 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.3101 0.7382 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.3151 0.6668 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.2260 0.7363 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.1556 0.7458 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.2491 0.7305 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.2527 0.7332 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.3050 0.7462 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.2562 0.7309 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.1714 0.7443 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.1957 0.7417 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0937 0.7474 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.2854 0.6979 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM674366 4 0.3804 -0.0386 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> GSM674367 4 0.2003 0.7413 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.3607 0.5386 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM674370 4 0.1910 0.6880 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM674371 4 0.3868 -0.3222 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM674373 4 0.3023 0.6033 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM674375 4 0.0865 0.7336 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM674379 4 0.1141 0.7395 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM674380 4 0.2135 0.7347 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM674381 4 0.2178 0.6663 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM674382 4 0.2562 0.7275 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM674384 4 0.2527 0.7215 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.3101 0.6776 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.3446 0.5959 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM674389 4 0.2340 0.7282 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM674390 4 0.0713 0.7363 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM674391 4 0.2340 0.7399 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM674393 4 0.3866 -0.0939 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM674394 4 0.3765 0.4272 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM674395 4 0.3851 0.3382 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM674397 4 0.3864 -0.3160 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> GSM674398 4 0.1075 0.7382 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.3862 0.0385 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM674401 3 0.3867 0.2808 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.1814 0.7119 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM674403 3 0.3330 0.7132 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM674405 4 0.2454 0.7327 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM674406 4 0.2793 0.7160 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM674407 4 0.1387 0.7384 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0146 0.8705 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674185 2 0.0146 0.8705 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674186 2 0.0260 0.8699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674187 2 0.0363 0.8688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674190 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 6 0.3867 0.6279 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM674193 2 0.3547 0.1750 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM674194 2 0.0458 0.8674 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674195 2 0.0146 0.8705 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674198 6 0.3547 0.9547 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM674200 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0458 0.8674 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674203 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674204 6 0.3592 0.9511 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM674205 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674206 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 6 0.3563 0.9543 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674209 2 0.2260 0.7251 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM674210 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674212 2 0.3817 -0.4295 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM674214 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674218 2 0.0146 0.8705 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674219 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0260 0.8685 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674223 2 0.1765 0.7813 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM674225 2 0.0713 0.8603 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674226 2 0.0937 0.8487 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674229 6 0.3737 0.8984 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM674230 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.2416 0.6858 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM674232 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674234 6 0.3620 0.9388 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM674235 2 0.0790 0.8494 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674236 2 0.2793 0.6044 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM674237 6 0.3547 0.9547 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM674239 6 0.3672 0.9303 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM674240 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674243 2 0.3695 -0.1453 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM674244 2 0.0363 0.8686 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674245 2 0.3266 0.3872 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM674282 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0632 0.9148 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674285 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674287 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.1663 0.8854 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM674289 1 0.0146 0.9273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674291 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674292 1 0.2092 0.9284 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM674295 5 0.3330 0.6856 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0260 0.9235 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674300 1 0.3104 0.7941 0.788 0.000 0.004 0.000 0.004 0.204
#> GSM674301 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674302 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674304 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674305 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674306 1 0.3543 0.7959 0.720 0.000 0.004 0.000 0.004 0.272
#> GSM674308 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674309 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674313 5 0.2964 0.8183 0.000 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204
#> GSM674314 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674315 1 0.3809 0.7850 0.732 0.000 0.004 0.000 0.024 0.240
#> GSM674316 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674318 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674320 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674323 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674324 5 0.3076 0.7326 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM674325 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674327 5 0.3848 0.7840 0.040 0.000 0.004 0.000 0.752 0.204
#> GSM674328 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674331 5 0.0363 0.9364 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM674332 5 0.3867 0.2027 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM674334 5 0.0260 0.9386 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM674335 5 0.1327 0.9066 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM674345 3 0.3076 0.7412 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.1957 0.7445 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.2823 0.7148 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.3101 0.7383 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.2664 0.7055 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.2462 0.7214 0.000 0.004 0.860 0.132 0.000 0.004
#> GSM674369 3 0.3717 0.5074 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM674372 4 0.2340 0.7282 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM674374 4 0.3023 0.5774 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM674376 4 0.1141 0.7440 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.1714 0.6923 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM674378 4 0.1556 0.7316 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.3843 0.3118 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM674386 4 0.2416 0.7333 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM674387 4 0.1387 0.7358 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.2697 0.7141 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM674396 4 0.2300 0.7304 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM674399 4 0.1957 0.7510 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM674404 4 0.2664 0.7215 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0363 0.8692 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674189 2 0.0458 0.8674 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674196 6 0.3563 0.9563 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674197 6 0.3765 0.8758 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM674199 6 0.3547 0.9547 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM674207 2 0.3838 -0.4819 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM674211 2 0.3851 -0.5030 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM674213 2 0.0260 0.8691 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674215 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 6 0.3547 0.9547 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM674217 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.1141 0.8371 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM674224 2 0.1714 0.7858 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM674227 2 0.3101 0.4740 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM674228 2 0.2300 0.6802 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM674233 2 0.0000 0.8715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0146 0.8705 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674241 6 0.3774 0.8602 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM674283 1 0.1387 0.9298 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM674286 1 0.1075 0.9308 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM674293 1 0.2520 0.9179 0.844 0.000 0.004 0.000 0.000 0.152
#> GSM674294 1 0.0146 0.9272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674296 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674303 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674307 1 0.2135 0.9280 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674310 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674311 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674312 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.9265 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 5 0.0865 0.9243 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674321 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674322 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674326 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674329 5 0.0000 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674333 5 0.0146 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:pam 182 0.864 1.52e-75 4
#> SD:pam 170 0.809 1.23e-68 5
#> SD:pam 165 0.886 6.95e-65 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.00 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.00 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.97 0.970 0.967 0.0534 0.957 0.870
#> 5 5 0.90 0.893 0.926 0.0368 0.982 0.939
#> 6 6 0.83 0.846 0.893 0.0290 0.986 0.948
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674347 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674384 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674393 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674400 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674401 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674402 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674403 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674405 3 0.0336 0.994 0.000 0 0.992 0.008
#> GSM674406 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674288 4 0.4277 0.888 0.280 0 0.000 0.720
#> GSM674289 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.4072 0.891 0.252 0 0.000 0.748
#> GSM674297 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674300 4 0.0336 0.730 0.008 0 0.000 0.992
#> GSM674301 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674306 4 0.0336 0.730 0.008 0 0.000 0.992
#> GSM674308 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.2011 0.887 0.920 0 0.000 0.080
#> GSM674313 4 0.0336 0.730 0.008 0 0.000 0.992
#> GSM674314 4 0.4250 0.891 0.276 0 0.000 0.724
#> GSM674315 4 0.0336 0.730 0.008 0 0.000 0.992
#> GSM674316 4 0.4697 0.796 0.356 0 0.000 0.644
#> GSM674318 4 0.4103 0.893 0.256 0 0.000 0.744
#> GSM674320 4 0.4134 0.894 0.260 0 0.000 0.740
#> GSM674323 4 0.4222 0.893 0.272 0 0.000 0.728
#> GSM674324 1 0.1118 0.940 0.964 0 0.000 0.036
#> GSM674325 4 0.4454 0.864 0.308 0 0.000 0.692
#> GSM674327 4 0.0592 0.735 0.016 0 0.000 0.984
#> GSM674328 1 0.1022 0.944 0.968 0 0.000 0.032
#> GSM674330 4 0.4477 0.860 0.312 0 0.000 0.688
#> GSM674331 1 0.1302 0.932 0.956 0 0.000 0.044
#> GSM674332 1 0.4134 0.507 0.740 0 0.000 0.260
#> GSM674334 1 0.2530 0.838 0.888 0 0.000 0.112
#> GSM674335 4 0.4543 0.846 0.324 0 0.000 0.676
#> GSM674345 3 0.0188 0.997 0.000 0 0.996 0.004
#> GSM674351 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0188 0.997 0.000 0 0.996 0.004
#> GSM674392 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.999 0.000 0 1.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674293 4 0.4040 0.887 0.248 0 0.000 0.752
#> GSM674294 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.4134 0.894 0.260 0 0.000 0.740
#> GSM674311 1 0.1716 0.908 0.936 0 0.000 0.064
#> GSM674312 4 0.4222 0.893 0.272 0 0.000 0.728
#> GSM674317 1 0.0000 0.971 1.000 0 0.000 0.000
#> GSM674319 4 0.4543 0.846 0.324 0 0.000 0.676
#> GSM674321 4 0.4193 0.894 0.268 0 0.000 0.732
#> GSM674322 4 0.4222 0.893 0.272 0 0.000 0.728
#> GSM674326 4 0.4040 0.889 0.248 0 0.000 0.752
#> GSM674329 4 0.4193 0.894 0.268 0 0.000 0.732
#> GSM674333 4 0.4222 0.893 0.272 0 0.000 0.728
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.2179 0.804 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM674346 5 0.4283 0.841 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM674347 3 0.1671 0.852 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674348 3 0.0703 0.887 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674349 3 0.1341 0.869 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674350 3 0.0404 0.890 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674353 3 0.1732 0.844 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674354 3 0.1197 0.871 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674355 3 0.1608 0.851 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674356 3 0.1608 0.851 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674357 3 0.1732 0.845 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674358 3 0.1608 0.851 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674361 3 0.1270 0.867 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674363 3 0.1608 0.851 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674364 3 0.0000 0.889 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.1197 0.878 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674366 3 0.0963 0.885 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674367 3 0.0794 0.884 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674368 3 0.0162 0.889 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674370 3 0.0510 0.890 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674371 3 0.0880 0.885 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674373 3 0.0609 0.885 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674375 3 0.1270 0.878 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674379 3 0.1410 0.871 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674380 3 0.1197 0.879 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674381 3 0.1410 0.871 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674382 3 0.2852 0.710 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM674384 3 0.1410 0.871 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674385 3 0.0703 0.888 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674388 3 0.0609 0.887 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674389 3 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674390 3 0.1043 0.884 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674391 3 0.2929 0.685 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM674393 3 0.0963 0.884 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674394 3 0.0703 0.888 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674395 3 0.1608 0.874 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674397 3 0.0000 0.889 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674400 5 0.4291 0.835 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM674401 5 0.4138 0.882 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM674402 5 0.3999 0.865 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM674403 5 0.4161 0.892 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM674405 3 0.4192 -0.381 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM674406 3 0.0880 0.884 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674407 3 0.2074 0.852 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM674181 2 0.0510 0.986 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674183 2 0.2488 0.886 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM674184 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674185 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674186 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674191 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674192 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674195 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674198 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674200 2 0.2488 0.886 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM674201 2 0.0290 0.989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674202 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674203 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674204 2 0.1121 0.964 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM674205 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674208 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674209 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674210 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674212 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674214 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674218 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674219 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674220 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674221 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674225 2 0.0510 0.985 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674226 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674229 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674231 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674232 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674237 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674239 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674240 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674242 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674243 2 0.1908 0.920 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674244 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674245 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674282 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 4 0.4339 0.723 0.336 0.000 0.000 0.652 0.012
#> GSM674289 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.3355 0.835 0.184 0.000 0.000 0.804 0.012
#> GSM674297 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0290 0.979 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674300 4 0.3635 0.644 0.004 0.000 0.000 0.748 0.248
#> GSM674301 1 0.0404 0.973 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 4 0.3635 0.644 0.004 0.000 0.000 0.748 0.248
#> GSM674308 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.1281 0.949 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM674313 4 0.3395 0.646 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM674314 4 0.3496 0.829 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012
#> GSM674315 4 0.3635 0.644 0.004 0.000 0.000 0.748 0.248
#> GSM674316 4 0.3983 0.718 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM674318 4 0.2953 0.833 0.144 0.000 0.000 0.844 0.012
#> GSM674320 4 0.3081 0.836 0.156 0.000 0.000 0.832 0.012
#> GSM674323 4 0.2813 0.838 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM674324 1 0.0703 0.966 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674325 4 0.3884 0.773 0.288 0.000 0.000 0.708 0.004
#> GSM674327 4 0.1764 0.720 0.008 0.000 0.000 0.928 0.064
#> GSM674328 1 0.0880 0.960 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674330 4 0.4537 0.644 0.396 0.000 0.000 0.592 0.012
#> GSM674331 1 0.0703 0.966 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674332 1 0.2818 0.800 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012
#> GSM674334 1 0.1740 0.918 0.932 0.000 0.000 0.056 0.012
#> GSM674335 4 0.4627 0.551 0.444 0.000 0.000 0.544 0.012
#> GSM674345 3 0.4256 -0.590 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM674351 3 0.1732 0.844 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674352 3 0.0609 0.889 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674359 3 0.2127 0.808 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674360 3 0.0703 0.888 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674362 3 0.0609 0.888 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674369 3 0.0000 0.889 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0794 0.891 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674374 3 0.0290 0.888 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674376 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674377 3 0.1410 0.871 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674378 3 0.0703 0.883 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674383 3 0.0880 0.885 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674386 3 0.1478 0.868 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674387 3 0.3074 0.656 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM674392 3 0.1544 0.855 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM674396 3 0.1792 0.853 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674399 3 0.1732 0.856 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674404 3 0.2377 0.836 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674182 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674188 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674196 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674197 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674211 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674216 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674217 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674224 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674227 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674228 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0290 0.989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674238 2 0.1341 0.952 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM674241 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 4 0.4982 0.604 0.412 0.000 0.000 0.556 0.032
#> GSM674294 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.2953 0.833 0.144 0.000 0.000 0.844 0.012
#> GSM674311 1 0.1195 0.954 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM674312 4 0.3280 0.837 0.176 0.000 0.000 0.812 0.012
#> GSM674317 1 0.0162 0.981 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674319 4 0.4649 0.633 0.404 0.000 0.000 0.580 0.016
#> GSM674321 4 0.2813 0.838 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM674322 4 0.3160 0.835 0.188 0.000 0.000 0.808 0.004
#> GSM674326 4 0.2674 0.833 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM674329 4 0.2970 0.837 0.168 0.000 0.000 0.828 0.004
#> GSM674333 4 0.3196 0.834 0.192 0.000 0.000 0.804 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.3050 0.816 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> GSM674346 4 0.2793 0.843 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.1663 0.829 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.1714 0.860 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0865 0.854 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.1663 0.827 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.2854 0.833 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.1556 0.832 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.2730 0.838 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.2178 0.841 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.1610 0.830 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.1610 0.842 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.2378 0.842 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.2340 0.843 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.2416 0.848 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0865 0.854 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.2340 0.843 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM674370 3 0.1327 0.864 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.2491 0.843 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.2454 0.843 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0713 0.855 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0790 0.854 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674380 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.2491 0.844 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.2260 0.791 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.2416 0.848 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.2003 0.861 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.1267 0.842 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.1075 0.861 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.2003 0.793 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.0713 0.855 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.2416 0.848 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.1204 0.846 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.2340 0.843 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.1556 0.829 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.3023 0.872 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.2912 0.858 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM674402 4 0.2092 0.808 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM674403 4 0.2912 0.865 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM674405 3 0.3857 -0.368 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.1141 0.848 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.1663 0.831 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.1262 0.940 0.000 0.956 0.000 0.008 0.020 0.016
#> GSM674183 2 0.5269 0.654 0.000 0.664 0.000 0.044 0.084 0.208
#> GSM674184 2 0.2135 0.883 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674185 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0937 0.944 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674187 2 0.2178 0.878 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM674190 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674191 2 0.0405 0.957 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM674192 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674193 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.1957 0.895 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM674195 2 0.2664 0.835 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM674198 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674200 2 0.5269 0.654 0.000 0.664 0.000 0.044 0.084 0.208
#> GSM674201 2 0.2209 0.913 0.000 0.900 0.000 0.004 0.024 0.072
#> GSM674202 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0436 0.957 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM674204 2 0.2738 0.844 0.000 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> GSM674205 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674206 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674208 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674209 2 0.2454 0.856 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM674210 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674212 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674214 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674218 2 0.2597 0.842 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM674219 2 0.0603 0.956 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM674220 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674221 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674223 2 0.1814 0.908 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM674225 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674226 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674229 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.0405 0.957 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM674231 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674232 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674235 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674239 2 0.0436 0.957 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM674240 2 0.0363 0.958 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674242 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM674243 2 0.3078 0.821 0.000 0.796 0.000 0.012 0.000 0.192
#> GSM674244 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674245 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674282 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0508 0.944 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM674288 5 0.3171 0.691 0.204 0.000 0.000 0.000 0.784 0.012
#> GSM674289 1 0.0405 0.945 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM674290 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0291 0.946 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674295 5 0.2257 0.707 0.116 0.000 0.000 0.000 0.876 0.008
#> GSM674297 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0260 0.946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674299 1 0.0692 0.940 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM674300 6 0.3647 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM674301 1 0.0935 0.919 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM674302 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0291 0.945 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM674305 1 0.0260 0.946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674306 6 0.3647 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM674308 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.1124 0.927 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM674313 6 0.3851 0.541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM674314 5 0.3717 0.609 0.276 0.000 0.000 0.000 0.708 0.016
#> GSM674315 6 0.3647 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM674316 1 0.4076 -0.195 0.540 0.000 0.000 0.000 0.452 0.008
#> GSM674318 5 0.3307 0.670 0.108 0.000 0.000 0.000 0.820 0.072
#> GSM674320 5 0.3878 0.647 0.116 0.000 0.000 0.000 0.772 0.112
#> GSM674323 5 0.2191 0.711 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM674324 1 0.0363 0.945 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674325 5 0.3965 0.516 0.388 0.000 0.000 0.000 0.604 0.008
#> GSM674327 5 0.2823 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674328 1 0.0777 0.938 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM674330 5 0.4242 0.437 0.448 0.000 0.000 0.000 0.536 0.016
#> GSM674331 1 0.0363 0.945 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674332 1 0.2553 0.782 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> GSM674334 1 0.1049 0.922 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM674335 1 0.4099 0.130 0.612 0.000 0.000 0.000 0.372 0.016
#> GSM674345 4 0.3672 0.725 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.1663 0.827 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0865 0.855 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.3023 0.818 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.2527 0.840 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.2527 0.840 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.2340 0.843 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0632 0.857 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.2378 0.843 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.1387 0.838 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674378 3 0.0713 0.856 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.2562 0.839 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0865 0.853 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.2527 0.759 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.1556 0.832 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.1267 0.842 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.1267 0.842 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.1863 0.824 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0405 0.957 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM674188 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.2664 0.835 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM674196 2 0.1082 0.943 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM674197 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674199 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674207 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674213 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674215 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674217 2 0.0363 0.957 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674222 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674224 2 0.0291 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674227 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674228 2 0.0146 0.958 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674233 2 0.0508 0.956 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM674238 2 0.2730 0.828 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM674241 2 0.0260 0.958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674283 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0146 0.946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674293 5 0.5861 0.177 0.308 0.000 0.000 0.000 0.472 0.220
#> GSM674294 1 0.0363 0.945 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674296 1 0.0405 0.945 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM674303 1 0.0260 0.946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674307 1 0.0458 0.944 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674310 5 0.3514 0.658 0.108 0.000 0.000 0.000 0.804 0.088
#> GSM674311 1 0.0603 0.942 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM674312 5 0.3958 0.661 0.128 0.000 0.000 0.000 0.764 0.108
#> GSM674317 1 0.0508 0.944 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM674319 5 0.3934 0.509 0.376 0.000 0.000 0.000 0.616 0.008
#> GSM674321 5 0.2191 0.711 0.120 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM674322 5 0.2597 0.711 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM674326 5 0.2165 0.691 0.108 0.000 0.000 0.000 0.884 0.008
#> GSM674329 5 0.2146 0.709 0.116 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM674333 5 0.2631 0.710 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:mclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:mclust 183 0.844 5.66e-76 4
#> SD:mclust 181 0.552 2.48e-73 5
#> SD:mclust 177 0.280 5.64e-70 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.991 0.995 0.5940 0.750 0.571
#> 4 4 0.928 0.948 0.948 0.0289 1.000 1.000
#> 5 5 0.816 0.731 0.870 0.0586 0.958 0.875
#> 6 6 0.762 0.785 0.848 0.0410 0.964 0.879
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.3267 0.884 0 0.116 0.884
#> GSM674346 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674347 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0592 0.981 0 0.012 0.988
#> GSM674349 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674350 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674353 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674354 3 0.0747 0.979 0 0.016 0.984
#> GSM674355 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674356 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674357 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674358 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674363 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674364 3 0.0592 0.981 0 0.012 0.988
#> GSM674365 3 0.1163 0.970 0 0.028 0.972
#> GSM674366 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674367 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.3038 0.897 0 0.104 0.896
#> GSM674370 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674371 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674373 3 0.0424 0.984 0 0.008 0.992
#> GSM674375 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.1753 0.953 0 0.048 0.952
#> GSM674381 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674382 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0424 0.984 0 0.008 0.992
#> GSM674385 3 0.2261 0.935 0 0.068 0.932
#> GSM674388 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674389 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674391 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674395 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0424 0.984 0 0.008 0.992
#> GSM674398 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.1289 0.967 0 0.032 0.968
#> GSM674403 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674407 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674351 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674352 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674359 3 0.0424 0.984 0 0.008 0.992
#> GSM674360 3 0.3116 0.893 0 0.108 0.892
#> GSM674362 3 0.4974 0.715 0 0.236 0.764
#> GSM674369 3 0.1289 0.967 0 0.032 0.968
#> GSM674372 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674376 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.1163 0.970 0 0.028 0.972
#> GSM674378 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674383 3 0.0592 0.981 0 0.012 0.988
#> GSM674386 3 0.0237 0.985 0 0.004 0.996
#> GSM674387 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.5226 0.824 0.000 0.116 0.756 0.128
#> GSM674346 3 0.3160 0.924 0.000 0.020 0.872 0.108
#> GSM674347 3 0.0469 0.961 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674348 3 0.2521 0.943 0.000 0.024 0.912 0.064
#> GSM674349 3 0.1305 0.958 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM674350 3 0.0921 0.959 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674353 3 0.1389 0.954 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM674354 3 0.3308 0.924 0.000 0.036 0.872 0.092
#> GSM674355 3 0.0592 0.961 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674356 3 0.1978 0.948 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM674357 3 0.2480 0.939 0.000 0.008 0.904 0.088
#> GSM674358 3 0.0817 0.960 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674361 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674363 3 0.1854 0.954 0.000 0.012 0.940 0.048
#> GSM674364 3 0.1913 0.949 0.000 0.040 0.940 0.020
#> GSM674365 3 0.2483 0.938 0.000 0.052 0.916 0.032
#> GSM674366 3 0.0672 0.962 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM674367 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674368 3 0.4130 0.875 0.000 0.108 0.828 0.064
#> GSM674370 3 0.0779 0.961 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM674371 3 0.1256 0.959 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM674373 3 0.1297 0.959 0.000 0.020 0.964 0.016
#> GSM674375 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674379 3 0.0592 0.960 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674380 3 0.2635 0.921 0.000 0.076 0.904 0.020
#> GSM674381 3 0.0779 0.961 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674382 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674384 3 0.0927 0.961 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM674385 3 0.2805 0.902 0.000 0.100 0.888 0.012
#> GSM674388 3 0.1059 0.960 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM674389 3 0.0469 0.961 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674390 3 0.0336 0.961 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674391 3 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM674393 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674394 3 0.0336 0.962 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM674395 3 0.0336 0.962 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674397 3 0.0895 0.960 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM674398 3 0.0469 0.961 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674400 3 0.0707 0.959 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674401 3 0.0817 0.959 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674402 3 0.3081 0.929 0.000 0.048 0.888 0.064
#> GSM674403 3 0.0817 0.960 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674405 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674406 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674407 3 0.0592 0.961 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674181 2 0.1118 0.976 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674183 2 0.1584 0.966 0.000 0.952 0.012 0.036
#> GSM674184 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674185 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674186 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674187 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674190 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674191 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674192 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674193 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674195 2 0.1356 0.973 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM674198 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.2611 0.923 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM674201 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674202 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0336 0.990 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674204 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674208 2 0.0188 0.992 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674209 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674210 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674214 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674218 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674219 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674220 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674221 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674223 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674225 2 0.0469 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674226 2 0.0336 0.991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674229 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.0592 0.989 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674231 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674232 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674236 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674237 2 0.0336 0.990 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674239 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674242 2 0.0592 0.987 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674243 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0336 0.993 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674245 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674282 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.2921 0.902 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM674289 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.3569 0.887 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM674297 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674300 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0469 0.928 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674313 1 0.4746 0.809 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM674314 1 0.3400 0.891 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM674315 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.3649 0.884 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM674318 1 0.4804 0.800 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM674320 1 0.4855 0.790 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM674323 1 0.4008 0.870 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM674324 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674325 1 0.4040 0.868 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM674327 1 0.2216 0.912 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674328 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.3444 0.890 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM674331 1 0.0469 0.928 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674332 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674334 1 0.3356 0.892 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM674335 1 0.3528 0.888 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM674345 3 0.1940 0.945 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM674351 3 0.1557 0.953 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM674352 3 0.1211 0.957 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM674359 3 0.3749 0.904 0.000 0.032 0.840 0.128
#> GSM674360 3 0.4130 0.876 0.000 0.108 0.828 0.064
#> GSM674362 3 0.5952 0.738 0.000 0.184 0.692 0.124
#> GSM674369 3 0.2722 0.930 0.000 0.064 0.904 0.032
#> GSM674372 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674374 3 0.0524 0.962 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM674376 3 0.0592 0.960 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674377 3 0.1938 0.944 0.000 0.052 0.936 0.012
#> GSM674378 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.1510 0.955 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM674386 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674387 3 0.0469 0.961 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674392 3 0.0188 0.961 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674396 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674399 3 0.0817 0.958 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674404 3 0.0592 0.960 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674182 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674188 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674196 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0336 0.991 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674199 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674211 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0469 0.992 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674215 2 0.0592 0.990 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674216 2 0.0592 0.988 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674222 2 0.0707 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674224 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674228 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.0336 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674238 2 0.1004 0.981 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM674241 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4855 0.790 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM674311 1 0.1118 0.924 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674312 1 0.4855 0.790 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM674317 1 0.0188 0.929 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674319 1 0.3975 0.871 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM674321 1 0.4008 0.870 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM674322 1 0.4713 0.814 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM674326 1 0.4072 0.866 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM674329 1 0.4730 0.812 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM674333 1 0.4605 0.827 0.664 0.000 0.000 0.336
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 5 0.5594 0.2669 0.000 0.064 0.400 0.004 0.532
#> GSM674346 3 0.4708 0.1177 0.000 0.016 0.548 0.000 0.436
#> GSM674347 3 0.1608 0.8175 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM674348 3 0.3724 0.7005 0.000 0.020 0.776 0.000 0.204
#> GSM674349 3 0.2843 0.7678 0.000 0.008 0.848 0.000 0.144
#> GSM674350 3 0.2605 0.7688 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM674353 3 0.3398 0.6968 0.000 0.004 0.780 0.000 0.216
#> GSM674354 3 0.4909 0.2750 0.000 0.032 0.588 0.000 0.380
#> GSM674355 3 0.1478 0.8162 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674356 3 0.3246 0.7358 0.000 0.008 0.808 0.000 0.184
#> GSM674357 3 0.4482 0.3439 0.000 0.012 0.612 0.000 0.376
#> GSM674358 3 0.2020 0.8001 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM674361 3 0.1205 0.8243 0.000 0.004 0.956 0.000 0.040
#> GSM674363 3 0.3628 0.6888 0.000 0.012 0.772 0.000 0.216
#> GSM674364 3 0.2554 0.7959 0.000 0.036 0.892 0.000 0.072
#> GSM674365 3 0.3452 0.7446 0.000 0.032 0.820 0.000 0.148
#> GSM674366 3 0.0693 0.8234 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM674367 3 0.1270 0.8170 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674368 3 0.4100 0.6754 0.000 0.044 0.764 0.000 0.192
#> GSM674370 3 0.1628 0.8188 0.000 0.008 0.936 0.000 0.056
#> GSM674371 3 0.1106 0.8238 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024
#> GSM674373 3 0.1800 0.8206 0.000 0.020 0.932 0.000 0.048
#> GSM674375 3 0.0404 0.8235 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674379 3 0.2439 0.7853 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM674380 3 0.4308 0.6841 0.000 0.060 0.768 0.004 0.168
#> GSM674381 3 0.1809 0.8168 0.000 0.012 0.928 0.000 0.060
#> GSM674382 3 0.2516 0.7739 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674384 3 0.2054 0.8140 0.000 0.028 0.920 0.000 0.052
#> GSM674385 3 0.2983 0.7795 0.000 0.040 0.864 0.000 0.096
#> GSM674388 3 0.2873 0.7787 0.000 0.020 0.860 0.000 0.120
#> GSM674389 3 0.1341 0.8144 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674390 3 0.2127 0.7951 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674391 3 0.3366 0.7021 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> GSM674393 3 0.0963 0.8201 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674394 3 0.1522 0.8202 0.000 0.012 0.944 0.000 0.044
#> GSM674395 3 0.0880 0.8251 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674397 3 0.1830 0.8158 0.000 0.028 0.932 0.000 0.040
#> GSM674398 3 0.2179 0.7903 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM674400 3 0.1671 0.8095 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674401 3 0.2127 0.7973 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674402 3 0.4980 0.2376 0.000 0.036 0.584 0.000 0.380
#> GSM674403 3 0.2280 0.7869 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM674405 3 0.2719 0.7690 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM674406 3 0.1197 0.8182 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674407 3 0.2124 0.8009 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM674181 2 0.4801 0.2598 0.000 0.604 0.020 0.004 0.372
#> GSM674183 5 0.5734 0.2586 0.000 0.444 0.084 0.000 0.472
#> GSM674184 2 0.2824 0.8452 0.000 0.864 0.020 0.000 0.116
#> GSM674185 2 0.2474 0.8827 0.000 0.896 0.012 0.008 0.084
#> GSM674186 2 0.1197 0.9214 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM674187 2 0.0963 0.9252 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674190 2 0.1197 0.9176 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM674191 2 0.1991 0.8977 0.000 0.916 0.004 0.004 0.076
#> GSM674192 2 0.0609 0.9305 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674193 2 0.0609 0.9310 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674194 2 0.1357 0.9163 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM674195 2 0.5302 -0.0724 0.000 0.536 0.052 0.000 0.412
#> GSM674198 2 0.0609 0.9280 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674200 5 0.5883 0.4513 0.000 0.368 0.108 0.000 0.524
#> GSM674201 2 0.3098 0.8099 0.000 0.836 0.016 0.000 0.148
#> GSM674202 2 0.0566 0.9312 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM674203 2 0.0609 0.9279 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674204 2 0.0290 0.9315 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674205 2 0.0510 0.9294 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674206 2 0.1502 0.9129 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM674208 2 0.0510 0.9286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674209 2 0.0807 0.9293 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM674210 2 0.0510 0.9286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674212 2 0.0404 0.9311 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674214 2 0.0510 0.9294 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674218 2 0.3067 0.8215 0.000 0.844 0.012 0.004 0.140
#> GSM674219 2 0.2166 0.8951 0.000 0.912 0.012 0.004 0.072
#> GSM674220 2 0.2228 0.8980 0.000 0.912 0.012 0.008 0.068
#> GSM674221 2 0.1205 0.9213 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM674223 2 0.1195 0.9229 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> GSM674225 2 0.2054 0.8850 0.000 0.916 0.008 0.004 0.072
#> GSM674226 2 0.0510 0.9302 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674229 2 0.0404 0.9309 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674230 2 0.0510 0.9313 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674231 2 0.0510 0.9307 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674232 2 0.0404 0.9295 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674234 2 0.0290 0.9304 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674235 2 0.0510 0.9308 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674236 2 0.0609 0.9292 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674237 2 0.0609 0.9276 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674239 2 0.0510 0.9286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674240 2 0.2077 0.8909 0.000 0.908 0.008 0.000 0.084
#> GSM674242 2 0.0794 0.9249 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674243 2 0.0609 0.9310 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674244 2 0.1788 0.9085 0.000 0.932 0.008 0.004 0.056
#> GSM674245 2 0.0510 0.9302 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674282 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674284 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674288 1 0.3884 0.1998 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> GSM674289 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0162 0.8147 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674291 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674292 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674295 1 0.4166 -0.1050 0.648 0.000 0.000 0.348 0.004
#> GSM674297 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0671 0.8100 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM674300 1 0.0451 0.8140 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM674301 1 0.0162 0.8147 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.1121 0.7815 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM674313 4 0.4383 0.8319 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004
#> GSM674314 1 0.3983 -0.0641 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM674315 1 0.0162 0.8162 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674316 1 0.4227 -0.4391 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> GSM674318 4 0.4235 0.8517 0.336 0.000 0.000 0.656 0.008
#> GSM674320 4 0.3857 0.8360 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM674323 1 0.4449 -0.6745 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004
#> GSM674324 1 0.0510 0.8099 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674325 4 0.4451 0.6997 0.492 0.000 0.000 0.504 0.004
#> GSM674327 1 0.2852 0.5567 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM674328 1 0.0451 0.8146 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM674330 1 0.4101 -0.2242 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM674331 1 0.1043 0.7861 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674332 1 0.0609 0.8068 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674334 1 0.4074 -0.1849 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674335 1 0.4264 -0.2492 0.620 0.000 0.000 0.376 0.004
#> GSM674345 3 0.3430 0.6923 0.000 0.004 0.776 0.000 0.220
#> GSM674351 3 0.2891 0.7447 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM674352 3 0.2930 0.7533 0.000 0.004 0.832 0.000 0.164
#> GSM674359 3 0.4824 -0.0379 0.000 0.020 0.512 0.000 0.468
#> GSM674360 3 0.4777 0.5212 0.000 0.052 0.680 0.000 0.268
#> GSM674362 5 0.5779 0.1314 0.000 0.088 0.456 0.000 0.456
#> GSM674369 3 0.2067 0.8028 0.000 0.048 0.920 0.000 0.032
#> GSM674372 3 0.0794 0.8222 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674374 3 0.1331 0.8216 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> GSM674376 3 0.2179 0.7902 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM674377 3 0.4147 0.7020 0.000 0.048 0.776 0.004 0.172
#> GSM674378 3 0.0794 0.8239 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674383 3 0.1907 0.8122 0.000 0.028 0.928 0.000 0.044
#> GSM674386 3 0.2970 0.7484 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168
#> GSM674387 3 0.2068 0.8017 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM674392 3 0.1197 0.8223 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674396 3 0.2629 0.7711 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136
#> GSM674399 3 0.3074 0.7196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM674404 3 0.1965 0.8036 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM674182 2 0.2124 0.8847 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM674188 2 0.0794 0.9274 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674189 2 0.2660 0.8465 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128
#> GSM674196 2 0.0290 0.9310 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674197 2 0.0162 0.9307 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674199 2 0.0703 0.9268 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674207 2 0.0162 0.9309 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674211 2 0.0404 0.9299 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674213 2 0.1605 0.9160 0.000 0.944 0.012 0.004 0.040
#> GSM674215 2 0.1756 0.9208 0.000 0.940 0.008 0.016 0.036
#> GSM674216 2 0.1502 0.9024 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM674217 2 0.1924 0.9038 0.000 0.924 0.008 0.004 0.064
#> GSM674222 2 0.1357 0.9195 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM674224 2 0.0771 0.9310 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM674227 2 0.0671 0.9292 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM674228 2 0.0451 0.9304 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.2116 0.8948 0.000 0.912 0.008 0.004 0.076
#> GSM674238 2 0.5201 -0.0840 0.000 0.532 0.044 0.000 0.424
#> GSM674241 2 0.0510 0.9286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674283 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0324 0.8149 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674294 1 0.0162 0.8167 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674296 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0290 0.8150 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.8170 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.4108 0.8285 0.308 0.000 0.000 0.684 0.008
#> GSM674311 1 0.1965 0.7095 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM674312 4 0.4009 0.8363 0.312 0.000 0.000 0.684 0.004
#> GSM674317 1 0.0671 0.8100 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM674319 1 0.4448 -0.6533 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004
#> GSM674321 1 0.4449 -0.6745 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004
#> GSM674322 4 0.4392 0.8619 0.380 0.000 0.000 0.612 0.008
#> GSM674326 4 0.4451 0.6943 0.492 0.000 0.000 0.504 0.004
#> GSM674329 4 0.4359 0.8469 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> GSM674333 4 0.4331 0.8572 0.400 0.000 0.000 0.596 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 6 0.5829 0.220098 0.000 0.028 0.352 NA 0.000 0.516
#> GSM674346 3 0.4968 0.228499 0.000 0.004 0.508 NA 0.000 0.432
#> GSM674347 3 0.2538 0.824229 0.000 0.000 0.860 NA 0.000 0.016
#> GSM674348 3 0.3296 0.767734 0.000 0.004 0.796 NA 0.000 0.180
#> GSM674349 3 0.2633 0.808412 0.000 0.004 0.864 NA 0.000 0.112
#> GSM674350 3 0.3280 0.771464 0.000 0.004 0.808 NA 0.000 0.160
#> GSM674353 3 0.3841 0.677389 0.000 0.000 0.724 NA 0.000 0.244
#> GSM674354 3 0.4555 0.506415 0.000 0.004 0.616 NA 0.000 0.340
#> GSM674355 3 0.1950 0.828930 0.000 0.000 0.912 NA 0.000 0.064
#> GSM674356 3 0.3168 0.781574 0.000 0.004 0.820 NA 0.000 0.148
#> GSM674357 3 0.4576 0.452353 0.000 0.004 0.592 NA 0.000 0.368
#> GSM674358 3 0.2201 0.820447 0.000 0.000 0.896 NA 0.000 0.076
#> GSM674361 3 0.2591 0.831022 0.000 0.004 0.880 NA 0.000 0.064
#> GSM674363 3 0.3858 0.681368 0.000 0.004 0.724 NA 0.000 0.248
#> GSM674364 3 0.2476 0.820233 0.000 0.004 0.880 NA 0.000 0.092
#> GSM674365 3 0.2544 0.805227 0.000 0.004 0.864 NA 0.000 0.120
#> GSM674366 3 0.2152 0.836508 0.000 0.004 0.904 NA 0.000 0.024
#> GSM674367 3 0.1967 0.831001 0.000 0.000 0.904 NA 0.000 0.012
#> GSM674368 3 0.3464 0.784705 0.000 0.032 0.812 NA 0.000 0.140
#> GSM674370 3 0.2138 0.833553 0.000 0.004 0.908 NA 0.000 0.052
#> GSM674371 3 0.2078 0.833424 0.000 0.004 0.912 NA 0.000 0.044
#> GSM674373 3 0.2078 0.834784 0.000 0.004 0.912 NA 0.000 0.044
#> GSM674375 3 0.1232 0.835159 0.000 0.004 0.956 NA 0.000 0.016
#> GSM674379 3 0.2768 0.781755 0.000 0.000 0.832 NA 0.000 0.012
#> GSM674380 3 0.4325 0.705723 0.000 0.056 0.724 NA 0.000 0.012
#> GSM674381 3 0.1728 0.829159 0.000 0.004 0.924 NA 0.000 0.008
#> GSM674382 3 0.2915 0.783707 0.000 0.000 0.808 NA 0.000 0.008
#> GSM674384 3 0.2745 0.818696 0.000 0.020 0.860 NA 0.000 0.008
#> GSM674385 3 0.4217 0.746651 0.000 0.036 0.772 NA 0.000 0.060
#> GSM674388 3 0.1845 0.824598 0.000 0.004 0.916 NA 0.000 0.072
#> GSM674389 3 0.1644 0.826102 0.000 0.000 0.920 NA 0.000 0.004
#> GSM674390 3 0.2592 0.806986 0.000 0.004 0.864 NA 0.000 0.016
#> GSM674391 3 0.3023 0.738015 0.000 0.000 0.768 NA 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.1364 0.834611 0.000 0.004 0.944 NA 0.000 0.004
#> GSM674394 3 0.2437 0.827383 0.000 0.004 0.888 NA 0.000 0.036
#> GSM674395 3 0.1982 0.834664 0.000 0.004 0.912 NA 0.000 0.016
#> GSM674397 3 0.1624 0.834031 0.000 0.008 0.936 NA 0.000 0.012
#> GSM674398 3 0.2738 0.796657 0.000 0.004 0.820 NA 0.000 0.000
#> GSM674400 3 0.2118 0.825163 0.000 0.000 0.888 NA 0.000 0.008
#> GSM674401 3 0.2704 0.810079 0.000 0.000 0.844 NA 0.000 0.016
#> GSM674402 3 0.5303 -0.000513 0.000 0.012 0.464 NA 0.000 0.456
#> GSM674403 3 0.2775 0.807163 0.000 0.000 0.856 NA 0.000 0.104
#> GSM674405 3 0.2896 0.785522 0.000 0.000 0.824 NA 0.000 0.016
#> GSM674406 3 0.1802 0.832922 0.000 0.000 0.916 NA 0.000 0.012
#> GSM674407 3 0.2389 0.817560 0.000 0.000 0.864 NA 0.000 0.008
#> GSM674181 6 0.5233 0.312285 0.000 0.384 0.012 NA 0.000 0.536
#> GSM674183 6 0.4671 0.675142 0.000 0.172 0.084 NA 0.000 0.720
#> GSM674184 2 0.4392 0.542746 0.000 0.628 0.000 NA 0.000 0.332
#> GSM674185 2 0.5421 0.406538 0.000 0.556 0.004 NA 0.000 0.316
#> GSM674186 2 0.2165 0.854522 0.000 0.884 0.000 NA 0.000 0.108
#> GSM674187 2 0.1866 0.864724 0.000 0.908 0.000 NA 0.000 0.084
#> GSM674190 2 0.1700 0.867509 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.080
#> GSM674191 2 0.2805 0.804569 0.000 0.812 0.000 NA 0.000 0.184
#> GSM674192 2 0.0405 0.873283 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674193 2 0.0820 0.869667 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674194 2 0.1644 0.868673 0.000 0.920 0.000 NA 0.000 0.076
#> GSM674195 6 0.4425 0.526436 0.000 0.296 0.036 NA 0.000 0.660
#> GSM674198 2 0.0260 0.871838 0.000 0.992 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.5407 0.670732 0.000 0.112 0.116 NA 0.000 0.684
#> GSM674201 2 0.4022 0.537403 0.000 0.628 0.004 NA 0.000 0.360
#> GSM674202 2 0.1501 0.869020 0.000 0.924 0.000 NA 0.000 0.076
#> GSM674203 2 0.0508 0.870308 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674204 2 0.0858 0.875299 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.028
#> GSM674205 2 0.0622 0.871934 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674206 2 0.2882 0.808126 0.000 0.812 0.000 NA 0.000 0.180
#> GSM674208 2 0.1194 0.860219 0.000 0.956 0.004 NA 0.000 0.008
#> GSM674209 2 0.1518 0.871640 0.000 0.944 0.008 NA 0.000 0.024
#> GSM674210 2 0.0665 0.870796 0.000 0.980 0.004 NA 0.000 0.008
#> GSM674212 2 0.1219 0.876297 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.048
#> GSM674214 2 0.0725 0.874368 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674218 2 0.5186 0.366381 0.000 0.556 0.016 NA 0.000 0.368
#> GSM674219 2 0.3582 0.719966 0.000 0.732 0.000 NA 0.000 0.252
#> GSM674220 2 0.6223 0.201262 0.000 0.488 0.024 NA 0.000 0.300
#> GSM674221 2 0.2135 0.844117 0.000 0.872 0.000 NA 0.000 0.128
#> GSM674223 2 0.1578 0.876756 0.000 0.936 0.004 NA 0.000 0.048
#> GSM674225 2 0.4484 0.670199 0.000 0.728 0.012 NA 0.000 0.092
#> GSM674226 2 0.1565 0.871588 0.000 0.940 0.004 NA 0.000 0.028
#> GSM674229 2 0.1049 0.877248 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.032
#> GSM674230 2 0.1745 0.869528 0.000 0.920 0.000 NA 0.000 0.068
#> GSM674231 2 0.0914 0.875679 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674232 2 0.0508 0.870303 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0508 0.874227 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674235 2 0.1765 0.862022 0.000 0.904 0.000 NA 0.000 0.096
#> GSM674236 2 0.1594 0.874221 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.052
#> GSM674237 2 0.0777 0.866287 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674239 2 0.0405 0.870499 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674240 2 0.3221 0.763376 0.000 0.772 0.004 NA 0.000 0.220
#> GSM674242 2 0.0363 0.871356 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0909 0.874396 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674244 2 0.4847 0.655903 0.000 0.688 0.008 NA 0.000 0.156
#> GSM674245 2 0.1391 0.875074 0.000 0.944 0.000 NA 0.000 0.040
#> GSM674282 1 0.0146 0.942812 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674284 1 0.0458 0.941047 0.984 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0458 0.941273 0.984 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674288 1 0.3797 -0.238440 0.580 0.000 0.000 NA 0.420 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0146 0.942812 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674292 1 0.0363 0.938986 0.988 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674295 5 0.3862 0.581177 0.476 0.000 0.000 NA 0.524 0.000
#> GSM674297 1 0.0363 0.941796 0.988 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674298 1 0.0260 0.943170 0.992 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> GSM674299 1 0.1007 0.920707 0.956 0.000 0.000 NA 0.044 0.000
#> GSM674300 1 0.0458 0.939023 0.984 0.000 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0146 0.943751 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0146 0.943751 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674309 1 0.1501 0.875332 0.924 0.000 0.000 NA 0.076 0.000
#> GSM674313 5 0.2941 0.849077 0.220 0.000 0.000 NA 0.780 0.000
#> GSM674314 5 0.3851 0.625018 0.460 0.000 0.000 NA 0.540 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674316 5 0.3578 0.809959 0.340 0.000 0.000 NA 0.660 0.000
#> GSM674318 5 0.2553 0.814762 0.144 0.000 0.000 NA 0.848 0.008
#> GSM674320 5 0.2300 0.816351 0.144 0.000 0.000 NA 0.856 0.000
#> GSM674323 5 0.3371 0.844545 0.292 0.000 0.000 NA 0.708 0.000
#> GSM674324 1 0.0790 0.926861 0.968 0.000 0.000 NA 0.032 0.000
#> GSM674325 5 0.3221 0.851063 0.264 0.000 0.000 NA 0.736 0.000
#> GSM674327 1 0.3351 0.344531 0.712 0.000 0.000 NA 0.288 0.000
#> GSM674328 1 0.0713 0.932568 0.972 0.000 0.000 NA 0.028 0.000
#> GSM674330 5 0.3765 0.737651 0.404 0.000 0.000 NA 0.596 0.000
#> GSM674331 1 0.1444 0.880839 0.928 0.000 0.000 NA 0.072 0.000
#> GSM674332 1 0.1663 0.861208 0.912 0.000 0.000 NA 0.088 0.000
#> GSM674334 5 0.3747 0.743944 0.396 0.000 0.000 NA 0.604 0.000
#> GSM674335 5 0.3765 0.730155 0.404 0.000 0.000 NA 0.596 0.000
#> GSM674345 3 0.3163 0.787022 0.000 0.000 0.820 NA 0.000 0.140
#> GSM674351 3 0.3487 0.713731 0.000 0.000 0.756 NA 0.000 0.224
#> GSM674352 3 0.3377 0.748325 0.000 0.000 0.784 NA 0.000 0.188
#> GSM674359 3 0.5345 0.132291 0.000 0.004 0.480 NA 0.000 0.424
#> GSM674360 3 0.5021 0.540407 0.000 0.040 0.640 NA 0.000 0.280
#> GSM674362 6 0.6144 0.064190 0.000 0.056 0.408 NA 0.000 0.448
#> GSM674369 3 0.2961 0.823990 0.000 0.032 0.868 NA 0.000 0.060
#> GSM674372 3 0.0790 0.835250 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.1562 0.836837 0.000 0.004 0.940 NA 0.000 0.024
#> GSM674376 3 0.2362 0.810772 0.000 0.004 0.860 NA 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.4139 0.709529 0.000 0.060 0.744 NA 0.000 0.008
#> GSM674378 3 0.1138 0.835986 0.000 0.004 0.960 NA 0.000 0.012
#> GSM674383 3 0.1555 0.828467 0.000 0.004 0.932 NA 0.000 0.060
#> GSM674386 3 0.3109 0.781077 0.000 0.016 0.812 NA 0.000 0.004
#> GSM674387 3 0.1858 0.826028 0.000 0.000 0.904 NA 0.000 0.004
#> GSM674392 3 0.1434 0.831151 0.000 0.000 0.940 NA 0.000 0.048
#> GSM674396 3 0.2772 0.785205 0.000 0.004 0.816 NA 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.2871 0.768426 0.000 0.004 0.804 NA 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.2234 0.814474 0.000 0.000 0.872 NA 0.000 0.004
#> GSM674182 2 0.3398 0.725019 0.000 0.740 0.000 NA 0.000 0.252
#> GSM674188 2 0.1387 0.870859 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.068
#> GSM674189 2 0.3816 0.655628 0.000 0.688 0.000 NA 0.000 0.296
#> GSM674196 2 0.1049 0.874122 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.032
#> GSM674197 2 0.0632 0.874618 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.024
#> GSM674199 2 0.0520 0.871226 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674207 2 0.1088 0.875205 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.024
#> GSM674211 2 0.0820 0.874991 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674213 2 0.3012 0.791272 0.000 0.796 0.000 NA 0.000 0.196
#> GSM674215 2 0.5870 0.446133 0.000 0.576 0.028 NA 0.000 0.236
#> GSM674216 2 0.1296 0.860859 0.000 0.952 0.004 NA 0.000 0.012
#> GSM674217 2 0.2520 0.826459 0.000 0.844 0.000 NA 0.000 0.152
#> GSM674222 2 0.2197 0.860129 0.000 0.900 0.000 NA 0.000 0.056
#> GSM674224 2 0.1434 0.877005 0.000 0.940 0.000 NA 0.000 0.048
#> GSM674227 2 0.1232 0.864383 0.000 0.956 0.004 NA 0.000 0.016
#> GSM674228 2 0.1674 0.871463 0.000 0.924 0.004 NA 0.000 0.068
#> GSM674233 2 0.2980 0.795724 0.000 0.800 0.000 NA 0.000 0.192
#> GSM674238 6 0.5907 0.635073 0.000 0.208 0.076 NA 0.000 0.612
#> GSM674241 2 0.0653 0.869852 0.000 0.980 0.004 NA 0.000 0.004
#> GSM674283 1 0.0260 0.943170 0.992 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> GSM674286 1 0.0146 0.943751 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.943259 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0146 0.942812 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674296 1 0.0146 0.943751 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674303 1 0.0363 0.941796 0.988 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674307 1 0.0146 0.943751 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674310 5 0.2431 0.804177 0.132 0.000 0.000 NA 0.860 0.008
#> GSM674311 1 0.2416 0.737750 0.844 0.000 0.000 NA 0.156 0.000
#> GSM674312 5 0.2178 0.806532 0.132 0.000 0.000 NA 0.868 0.000
#> GSM674317 1 0.0937 0.922911 0.960 0.000 0.000 NA 0.040 0.000
#> GSM674319 5 0.3499 0.825164 0.320 0.000 0.000 NA 0.680 0.000
#> GSM674321 5 0.3371 0.844689 0.292 0.000 0.000 NA 0.708 0.000
#> GSM674322 5 0.2527 0.830949 0.168 0.000 0.000 NA 0.832 0.000
#> GSM674326 5 0.3244 0.850657 0.268 0.000 0.000 NA 0.732 0.000
#> GSM674329 5 0.2912 0.848126 0.216 0.000 0.000 NA 0.784 0.000
#> GSM674333 5 0.2562 0.832906 0.172 0.000 0.000 NA 0.828 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> SD:NMF 183 0.962 6.15e-78 3
#> SD:NMF 183 0.962 6.15e-78 4
#> SD:NMF 161 0.229 1.57e-66 5
#> SD:NMF 170 0.833 1.23e-68 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.706 0.976 0.874 0.4631 0.750 0.571
#> 4 4 0.976 0.908 0.961 0.1548 0.956 0.869
#> 5 5 0.883 0.831 0.883 0.0460 1.000 1.000
#> 6 6 0.816 0.696 0.831 0.0315 0.941 0.808
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674346 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674347 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674348 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674349 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674350 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674353 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674354 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674355 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674356 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674357 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674358 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674361 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674363 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674364 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674365 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674366 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674367 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674368 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674370 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674371 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674373 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674375 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674379 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674380 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674381 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674382 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674384 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674385 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674388 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674389 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674390 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674391 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674393 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674394 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674395 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674397 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674398 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674400 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674401 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674402 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674403 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674405 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674406 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674407 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.4555 0.909 0.800 0.000 0.200
#> GSM674284 1 0.1031 0.937 0.976 0.000 0.024
#> GSM674285 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674287 1 0.0747 0.937 0.984 0.000 0.016
#> GSM674288 1 0.0237 0.937 0.996 0.000 0.004
#> GSM674289 1 0.4555 0.909 0.800 0.000 0.200
#> GSM674290 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674291 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674292 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674295 1 0.1964 0.927 0.944 0.000 0.056
#> GSM674297 1 0.1529 0.937 0.960 0.000 0.040
#> GSM674298 1 0.1529 0.937 0.960 0.000 0.040
#> GSM674299 1 0.0747 0.937 0.984 0.000 0.016
#> GSM674300 1 0.1860 0.936 0.948 0.000 0.052
#> GSM674301 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674302 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674304 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674305 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674306 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674308 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674309 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674314 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674316 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674318 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674320 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674323 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674324 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674327 1 0.1163 0.938 0.972 0.000 0.028
#> GSM674328 1 0.1643 0.936 0.956 0.000 0.044
#> GSM674330 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0424 0.936 0.992 0.000 0.008
#> GSM674345 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674351 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674352 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674359 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674360 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674362 3 0.5327 0.991 0.000 0.272 0.728
#> GSM674369 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674372 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674374 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674376 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674377 3 0.5291 0.995 0.000 0.268 0.732
#> GSM674378 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674383 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674386 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674387 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674392 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674396 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674399 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674404 3 0.5254 0.998 0.000 0.264 0.736
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674286 1 0.4555 0.909 0.800 0.000 0.200
#> GSM674293 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674294 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674296 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674303 1 0.1031 0.937 0.976 0.000 0.024
#> GSM674307 1 0.4605 0.908 0.796 0.000 0.204
#> GSM674310 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674311 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674317 1 0.1643 0.936 0.956 0.000 0.044
#> GSM674319 1 0.1964 0.927 0.944 0.000 0.056
#> GSM674321 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674322 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674326 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674329 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
#> GSM674333 1 0.2066 0.926 0.940 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0469 0.9877 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM674346 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674349 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0336 0.9919 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674357 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674363 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674364 3 0.0469 0.9877 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0188 0.9953 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0188 0.9953 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0188 0.9953 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0469 0.9877 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0188 0.8524 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674284 1 0.4193 0.6198 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM674285 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.4250 0.6061 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM674288 4 0.4948 0.2964 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM674289 1 0.0336 0.8503 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674290 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.1637 0.7539 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM674297 1 0.4072 0.6425 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM674298 1 0.4072 0.6425 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM674299 1 0.4855 0.2930 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM674300 1 0.4134 0.6233 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM674301 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674313 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674314 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674315 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 4 0.0817 0.7703 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM674318 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674320 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674323 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674324 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674325 4 0.0188 0.7771 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674327 1 0.4955 0.0762 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM674328 1 0.4164 0.6259 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM674330 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674331 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674332 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674334 4 0.4855 0.4382 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM674335 4 0.4193 0.5972 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM674345 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0188 0.9955 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674360 3 0.0336 0.9919 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM674362 3 0.0469 0.9877 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0188 0.9953 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.9978 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0188 0.8524 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674293 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.4193 0.6202 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM674307 1 0.0000 0.8538 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674311 4 0.4888 0.4190 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM674312 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674317 1 0.4477 0.5348 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM674319 4 0.0188 0.7773 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674321 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674322 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674326 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674329 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674333 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.1121 0.9691 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674346 3 0.0880 0.9751 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674347 3 0.0609 0.9804 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674348 3 0.0703 0.9779 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674349 3 0.0703 0.9779 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674350 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674353 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674354 3 0.1043 0.9714 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674355 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674356 3 0.0703 0.9775 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674357 3 0.0703 0.9775 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674358 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674361 3 0.0609 0.9785 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674363 3 0.0609 0.9785 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674364 3 0.0963 0.9734 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674365 3 0.0162 0.9805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674366 3 0.0162 0.9805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674367 3 0.0162 0.9801 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674368 3 0.0703 0.9777 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674370 3 0.0290 0.9804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674371 3 0.0290 0.9804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674373 3 0.0162 0.9801 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674375 3 0.0290 0.9803 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674379 3 0.0609 0.9766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674380 3 0.0794 0.9759 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674381 3 0.0404 0.9787 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674382 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674384 3 0.0404 0.9807 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674385 3 0.0703 0.9784 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674388 3 0.0404 0.9807 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674389 3 0.0609 0.9789 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674390 3 0.0290 0.9804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674391 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674393 3 0.0609 0.9789 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674394 3 0.0510 0.9805 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674395 3 0.0290 0.9807 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674397 3 0.0290 0.9804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674398 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674400 3 0.2561 0.8725 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM674401 3 0.2929 0.8379 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM674402 3 0.1121 0.9691 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674403 3 0.2561 0.8725 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM674405 3 0.0794 0.9736 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674406 3 0.0510 0.9778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674407 3 0.0510 0.9778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674181 2 0.3876 0.7805 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM674183 2 0.4242 0.6998 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM674184 2 0.4126 0.7369 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM674185 2 0.4256 0.6922 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM674186 2 0.3876 0.7841 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM674187 2 0.1478 0.8927 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM674190 2 0.2648 0.8623 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674191 2 0.2648 0.8623 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674192 2 0.0162 0.8960 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674193 2 0.0794 0.8964 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674194 2 0.3636 0.8106 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM674195 2 0.4242 0.6999 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM674198 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.4278 0.6793 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM674201 2 0.3983 0.7667 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM674202 2 0.1270 0.8941 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM674203 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0162 0.8960 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674206 2 0.4015 0.7668 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM674208 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0290 0.8965 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674210 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.4262 0.6906 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM674219 2 0.2773 0.8580 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM674220 2 0.3774 0.7933 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM674221 2 0.2516 0.8663 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM674223 2 0.0404 0.8966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674225 2 0.3395 0.8221 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM674226 2 0.0609 0.8972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674229 2 0.0404 0.8964 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674230 2 0.0703 0.8968 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674231 2 0.0510 0.8965 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674232 2 0.0162 0.8960 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0162 0.8960 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.1197 0.8946 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM674236 2 0.1121 0.8948 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM674237 2 0.0162 0.8963 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674239 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.2891 0.8539 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM674242 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0404 0.8966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674244 2 0.3452 0.8170 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM674245 2 0.1270 0.8910 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM674282 1 0.1043 0.8331 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674284 1 0.3999 0.6417 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM674285 1 0.0510 0.8400 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674287 1 0.4030 0.6328 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM674288 4 0.4341 0.0894 0.364 0.000 0.000 0.628 0.008
#> GSM674289 1 0.1121 0.8317 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.5002 0.6855 0.052 0.000 0.000 0.636 0.312
#> GSM674297 1 0.3932 0.6562 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM674298 1 0.3932 0.6562 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM674299 1 0.4300 0.3990 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM674300 1 0.4152 0.6524 0.692 0.000 0.000 0.296 0.012
#> GSM674301 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674313 4 0.3966 0.6992 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM674314 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 4 0.4219 0.6957 0.024 0.000 0.000 0.716 0.260
#> GSM674318 4 0.3895 0.7038 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM674320 4 0.3932 0.7014 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM674323 4 0.3586 0.7030 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM674324 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674325 4 0.3635 0.6994 0.004 0.000 0.000 0.748 0.248
#> GSM674327 1 0.4659 0.2267 0.496 0.000 0.000 0.492 0.012
#> GSM674328 1 0.3966 0.6455 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM674330 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674331 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674332 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674334 4 0.4288 0.2490 0.324 0.000 0.000 0.664 0.012
#> GSM674335 4 0.3977 0.4280 0.204 0.000 0.000 0.764 0.032
#> GSM674345 3 0.0794 0.9762 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674351 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674352 3 0.0510 0.9793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674359 3 0.0794 0.9762 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674360 3 0.0880 0.9745 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674362 3 0.1121 0.9691 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674369 3 0.0510 0.9798 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674372 3 0.0290 0.9803 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674374 3 0.0162 0.9801 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674376 3 0.0609 0.9766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674377 3 0.0609 0.9782 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674378 3 0.0162 0.9801 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674383 3 0.0290 0.9804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674386 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674387 3 0.0510 0.9778 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674392 3 0.0404 0.9802 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674396 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674399 3 0.0703 0.9751 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674404 3 0.0794 0.9736 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674182 2 0.3816 0.7883 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM674188 2 0.1478 0.8927 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM674189 2 0.4060 0.7546 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM674196 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0162 0.8968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674215 2 0.3949 0.7724 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM674216 2 0.0404 0.8963 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674217 2 0.2516 0.8663 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM674222 2 0.2074 0.8750 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM674224 2 0.0609 0.8972 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674227 2 0.1341 0.8938 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM674228 2 0.0609 0.8969 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674233 2 0.2732 0.8593 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM674238 2 0.4278 0.6793 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM674241 2 0.0000 0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0510 0.8400 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674286 1 0.1043 0.8331 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0290 0.8409 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8410 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.3999 0.6407 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM674307 1 0.0404 0.8405 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674310 4 0.3895 0.7038 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM674311 4 0.3966 0.2181 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM674312 4 0.3966 0.6992 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM674317 1 0.4138 0.5751 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM674319 4 0.3895 0.7022 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM674321 4 0.3774 0.7057 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM674322 4 0.3895 0.7038 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM674326 4 0.3895 0.7038 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM674329 4 0.3913 0.7027 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM674333 4 0.3586 0.7029 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.2257 0.8164 0.000 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008
#> GSM674346 3 0.1858 0.8485 0.000 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004
#> GSM674347 3 0.1610 0.8743 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.1152 0.8839 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> GSM674349 3 0.1152 0.8848 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> GSM674350 3 0.1267 0.8794 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.1267 0.8794 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.2146 0.8217 0.000 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> GSM674355 3 0.1327 0.8785 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.1471 0.8688 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> GSM674357 3 0.1471 0.8688 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> GSM674358 3 0.1267 0.8794 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.1285 0.8765 0.000 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> GSM674363 3 0.1285 0.8765 0.000 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> GSM674364 3 0.1970 0.8445 0.000 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008
#> GSM674365 3 0.0632 0.8907 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0713 0.8918 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0937 0.8890 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1444 0.8748 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM674370 3 0.1204 0.8873 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0713 0.8904 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.1141 0.8862 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.1267 0.8842 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.1863 0.8509 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674380 3 0.2048 0.8473 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.1610 0.8755 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.1957 0.8432 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.1141 0.8907 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.1765 0.8691 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0632 0.8926 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.1814 0.8579 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.1204 0.8873 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.1957 0.8432 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.1863 0.8541 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.1387 0.8943 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0937 0.8907 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0790 0.8925 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.2048 0.8383 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.3727 0.9353 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.3464 0.8844 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.2257 0.8164 0.000 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008
#> GSM674403 4 0.3727 0.9353 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM674405 3 0.2527 0.7724 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.1814 0.8542 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.1814 0.8542 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.3789 -0.4258 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM674183 6 0.3923 0.9514 0.000 0.416 0.000 0.004 0.000 0.580
#> GSM674184 2 0.3999 -0.7611 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> GSM674185 6 0.3944 0.9376 0.000 0.428 0.000 0.004 0.000 0.568
#> GSM674186 2 0.3804 -0.4851 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM674187 2 0.1958 0.7137 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM674190 2 0.2762 0.5267 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM674191 2 0.2762 0.5267 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM674192 2 0.0260 0.7713 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674193 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674194 2 0.3592 -0.0753 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM674195 6 0.3930 0.9489 0.000 0.420 0.000 0.004 0.000 0.576
#> GSM674198 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.3862 0.9424 0.000 0.388 0.000 0.004 0.000 0.608
#> GSM674201 2 0.3843 -0.5857 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM674202 2 0.2100 0.6982 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112
#> GSM674203 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0146 0.7708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674206 2 0.3823 -0.5160 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM674208 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0458 0.7700 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674210 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 6 0.3797 0.9460 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM674219 2 0.2912 0.4762 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM674220 2 0.4010 -0.3742 0.000 0.584 0.000 0.008 0.000 0.408
#> GSM674221 2 0.2527 0.5799 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM674223 2 0.0547 0.7689 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674225 2 0.3804 -0.0231 0.000 0.656 0.000 0.008 0.000 0.336
#> GSM674226 2 0.0790 0.7670 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674229 2 0.0363 0.7705 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674230 2 0.1082 0.7583 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM674231 2 0.0632 0.7676 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674232 2 0.0146 0.7708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0146 0.7708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.1908 0.7161 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> GSM674236 2 0.1958 0.7110 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM674237 2 0.0146 0.7711 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674239 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.3050 0.4164 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM674242 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0547 0.7677 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674244 2 0.3833 -0.0692 0.000 0.648 0.000 0.008 0.000 0.344
#> GSM674245 2 0.1753 0.7251 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> GSM674282 1 0.3784 0.7211 0.680 0.000 0.000 0.012 0.000 0.308
#> GSM674284 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.3592 0.7198 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM674287 1 0.0291 0.6772 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674288 1 0.3753 0.4069 0.696 0.000 0.000 0.004 0.292 0.008
#> GSM674289 1 0.3766 0.7213 0.684 0.000 0.000 0.012 0.000 0.304
#> GSM674290 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674291 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674292 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674295 5 0.3356 0.8834 0.072 0.000 0.000 0.064 0.840 0.024
#> GSM674297 1 0.0508 0.6819 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM674298 1 0.0508 0.6819 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM674299 1 0.2278 0.5987 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM674300 1 0.3832 0.6797 0.800 0.000 0.000 0.020 0.072 0.108
#> GSM674301 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674302 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674304 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674305 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674306 1 0.4999 0.6975 0.632 0.000 0.000 0.128 0.000 0.240
#> GSM674308 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674309 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674313 5 0.1594 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.052 0.932 0.016
#> GSM674314 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674315 1 0.4999 0.6975 0.632 0.000 0.000 0.128 0.000 0.240
#> GSM674316 5 0.1765 0.8997 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM674318 5 0.0000 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674320 5 0.1594 0.9386 0.000 0.000 0.000 0.052 0.932 0.016
#> GSM674323 5 0.1387 0.9221 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM674324 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674325 5 0.1663 0.9087 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM674327 1 0.4371 0.5339 0.720 0.000 0.000 0.020 0.216 0.044
#> GSM674328 1 0.1173 0.6783 0.960 0.000 0.000 0.016 0.016 0.008
#> GSM674330 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674331 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674332 1 0.3725 0.3749 0.676 0.000 0.000 0.000 0.316 0.008
#> GSM674334 1 0.3819 0.3372 0.652 0.000 0.000 0.000 0.340 0.008
#> GSM674335 1 0.4224 -0.0788 0.512 0.000 0.000 0.004 0.476 0.008
#> GSM674345 3 0.1531 0.8683 0.000 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> GSM674351 3 0.1267 0.8794 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.1267 0.8794 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.1531 0.8660 0.000 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> GSM674360 3 0.1958 0.8476 0.000 0.000 0.896 0.100 0.000 0.004
#> GSM674362 3 0.2257 0.8164 0.000 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008
#> GSM674369 3 0.0865 0.8894 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.1204 0.8853 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.1141 0.8862 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.1910 0.8472 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.1765 0.8678 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM674378 3 0.1141 0.8862 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0547 0.8919 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.2092 0.8353 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.1814 0.8542 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.1444 0.8858 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.2092 0.8353 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.2178 0.8270 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.2454 0.7863 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.3765 -0.3766 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM674188 2 0.1958 0.7137 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM674189 2 0.3860 -0.6562 0.000 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM674196 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0458 0.7690 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674215 2 0.4083 -0.6035 0.000 0.532 0.000 0.008 0.000 0.460
#> GSM674216 2 0.0458 0.7679 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.2527 0.5799 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM674222 2 0.2743 0.5871 0.000 0.828 0.000 0.008 0.000 0.164
#> GSM674224 2 0.0713 0.7680 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674227 2 0.2006 0.7090 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> GSM674228 2 0.0713 0.7674 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674233 2 0.2854 0.4926 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM674238 6 0.3862 0.9424 0.000 0.388 0.000 0.004 0.000 0.608
#> GSM674241 2 0.0000 0.7716 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.3592 0.7198 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM674286 1 0.3784 0.7211 0.680 0.000 0.000 0.012 0.000 0.308
#> GSM674293 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674294 1 0.3833 0.7189 0.648 0.000 0.000 0.008 0.000 0.344
#> GSM674296 1 0.3647 0.7167 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674303 1 0.0520 0.6801 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM674307 1 0.3607 0.7194 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM674310 5 0.0000 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674311 1 0.3707 0.3782 0.680 0.000 0.000 0.000 0.312 0.008
#> GSM674312 5 0.1779 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.064 0.920 0.016
#> GSM674317 1 0.2036 0.6542 0.912 0.000 0.000 0.016 0.064 0.008
#> GSM674319 5 0.2224 0.9317 0.012 0.000 0.000 0.064 0.904 0.020
#> GSM674321 5 0.0632 0.9434 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM674322 5 0.0000 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674326 5 0.0000 0.9455 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674329 5 0.1738 0.9394 0.004 0.000 0.000 0.052 0.928 0.016
#> GSM674333 5 0.1531 0.9239 0.068 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:hclust 172 0.417 3.00e-71 4
#> CV:hclust 171 0.307 8.05e-71 5
#> CV:hclust 158 0.358 6.41e-62 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.703 0.973 0.868 0.4596 0.750 0.571
#> 4 4 0.806 0.876 0.821 0.1466 1.000 1.000
#> 5 5 0.753 0.547 0.648 0.0821 0.896 0.687
#> 6 6 0.719 0.581 0.657 0.0389 0.905 0.619
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674183 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674184 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674185 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674186 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674187 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674190 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674191 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674192 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674193 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674194 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674195 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674198 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674200 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674201 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674202 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674203 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674204 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674205 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674206 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674208 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674209 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674210 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674212 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674214 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674218 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674219 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674220 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674221 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674223 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674225 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674226 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674229 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674230 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674231 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674232 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674234 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674235 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674236 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674237 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674239 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674240 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674242 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674243 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674244 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674245 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674282 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674284 1 0.0237 0.918 0.996 0.004 0.000
#> GSM674285 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674289 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674290 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674291 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674292 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674295 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674297 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674298 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674299 1 0.0592 0.918 0.988 0.012 0.000
#> GSM674300 1 0.0747 0.918 0.984 0.016 0.000
#> GSM674301 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674302 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674304 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674305 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674306 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674308 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674309 1 0.3879 0.912 0.848 0.152 0.000
#> GSM674313 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674314 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674315 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674316 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674318 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674320 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674323 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674324 1 0.3340 0.914 0.880 0.120 0.000
#> GSM674325 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674327 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674331 1 0.3340 0.914 0.880 0.120 0.000
#> GSM674332 1 0.4235 0.909 0.824 0.176 0.000
#> GSM674334 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674335 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674188 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674189 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674196 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674197 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674199 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674207 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674211 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674213 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674215 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674216 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674217 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674222 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674224 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674227 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674228 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674233 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674238 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674241 2 0.5363 1.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM674283 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674286 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674293 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674294 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674296 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.1289 0.915 0.968 0.032 0.000
#> GSM674310 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674311 1 0.3619 0.913 0.864 0.136 0.000
#> GSM674312 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674321 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674322 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674326 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674329 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
#> GSM674333 1 0.5058 0.901 0.756 0.244 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.5159 0.904 0.000 0.088 0.756 0.156
#> GSM674346 3 0.5113 0.905 0.000 0.088 0.760 0.152
#> GSM674347 3 0.4599 0.915 0.000 0.088 0.800 0.112
#> GSM674348 3 0.5535 0.901 0.000 0.088 0.720 0.192
#> GSM674349 3 0.5018 0.907 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674350 3 0.5417 0.904 0.000 0.088 0.732 0.180
#> GSM674353 3 0.4969 0.907 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674354 3 0.5113 0.905 0.000 0.088 0.760 0.152
#> GSM674355 3 0.5018 0.906 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674356 3 0.4969 0.907 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674357 3 0.5018 0.906 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674358 3 0.5018 0.907 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674361 3 0.4969 0.907 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674363 3 0.4969 0.907 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674364 3 0.5113 0.905 0.000 0.088 0.760 0.152
#> GSM674365 3 0.5535 0.901 0.000 0.088 0.720 0.192
#> GSM674366 3 0.4655 0.910 0.000 0.088 0.796 0.116
#> GSM674367 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674368 3 0.5113 0.905 0.000 0.088 0.760 0.152
#> GSM674370 3 0.4104 0.913 0.000 0.088 0.832 0.080
#> GSM674371 3 0.5457 0.904 0.000 0.088 0.728 0.184
#> GSM674373 3 0.2730 0.915 0.000 0.088 0.896 0.016
#> GSM674375 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674379 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674380 3 0.3894 0.905 0.000 0.088 0.844 0.068
#> GSM674381 3 0.4599 0.898 0.000 0.088 0.800 0.112
#> GSM674382 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674384 3 0.4599 0.901 0.000 0.088 0.800 0.112
#> GSM674385 3 0.5018 0.910 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674388 3 0.5113 0.905 0.000 0.088 0.760 0.152
#> GSM674389 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674390 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674391 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674393 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674394 3 0.4655 0.913 0.000 0.088 0.796 0.116
#> GSM674395 3 0.3587 0.908 0.000 0.088 0.860 0.052
#> GSM674397 3 0.2730 0.915 0.000 0.088 0.896 0.016
#> GSM674398 3 0.4542 0.898 0.000 0.088 0.804 0.108
#> GSM674400 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674401 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674402 3 0.5572 0.900 0.000 0.088 0.716 0.196
#> GSM674403 3 0.4969 0.908 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674405 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674406 3 0.3745 0.904 0.000 0.088 0.852 0.060
#> GSM674407 3 0.3745 0.904 0.000 0.088 0.852 0.060
#> GSM674181 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674183 2 0.1118 0.864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674184 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674185 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674186 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674187 2 0.0188 0.874 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674191 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674192 2 0.4277 0.871 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM674193 2 0.4164 0.873 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM674194 2 0.1022 0.867 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674195 2 0.1118 0.864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674198 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674200 2 0.1118 0.864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674201 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674202 2 0.0336 0.873 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674203 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674204 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674205 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674206 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674208 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674209 2 0.4164 0.873 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM674210 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674212 2 0.4304 0.870 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM674214 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674218 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674219 2 0.0817 0.869 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674220 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674221 2 0.0592 0.875 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674223 2 0.4277 0.870 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM674225 2 0.2216 0.881 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674226 2 0.3837 0.877 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM674229 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674230 2 0.1557 0.881 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674231 2 0.4193 0.873 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM674232 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674234 2 0.4164 0.873 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM674235 2 0.1302 0.880 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674236 2 0.1637 0.881 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674237 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674239 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674240 2 0.1302 0.878 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674242 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674243 2 0.4304 0.869 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM674244 2 0.1716 0.877 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674245 2 0.3649 0.879 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM674282 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674284 1 0.5861 0.864 0.644 0.000 0.060 0.296
#> GSM674285 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674287 1 0.5658 0.864 0.632 0.000 0.040 0.328
#> GSM674288 1 0.2048 0.837 0.928 0.000 0.064 0.008
#> GSM674289 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674290 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674291 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674292 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674295 1 0.0188 0.831 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674297 1 0.6156 0.859 0.592 0.000 0.064 0.344
#> GSM674298 1 0.6156 0.859 0.592 0.000 0.064 0.344
#> GSM674299 1 0.5791 0.864 0.656 0.000 0.060 0.284
#> GSM674300 1 0.5839 0.864 0.648 0.000 0.060 0.292
#> GSM674301 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674302 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674304 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674305 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674306 1 0.5781 0.858 0.584 0.000 0.036 0.380
#> GSM674308 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674309 1 0.4534 0.857 0.800 0.000 0.068 0.132
#> GSM674313 1 0.0592 0.829 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674314 1 0.1792 0.835 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM674315 1 0.5781 0.858 0.584 0.000 0.036 0.380
#> GSM674316 1 0.0707 0.831 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674318 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674320 1 0.0592 0.829 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674323 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674324 1 0.4875 0.859 0.772 0.000 0.068 0.160
#> GSM674325 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674327 1 0.1557 0.834 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674328 1 0.5993 0.863 0.628 0.000 0.064 0.308
#> GSM674330 1 0.1557 0.834 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674331 1 0.4875 0.859 0.772 0.000 0.068 0.160
#> GSM674332 1 0.4374 0.855 0.812 0.000 0.068 0.120
#> GSM674334 1 0.1557 0.834 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674335 1 0.0592 0.832 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674345 3 0.5018 0.907 0.000 0.088 0.768 0.144
#> GSM674351 3 0.4969 0.907 0.000 0.088 0.772 0.140
#> GSM674352 3 0.5417 0.904 0.000 0.088 0.732 0.180
#> GSM674359 3 0.5066 0.906 0.000 0.088 0.764 0.148
#> GSM674360 3 0.5572 0.900 0.000 0.088 0.716 0.196
#> GSM674362 3 0.5572 0.900 0.000 0.088 0.716 0.196
#> GSM674369 3 0.5066 0.906 0.000 0.088 0.764 0.148
#> GSM674372 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674374 3 0.2334 0.914 0.000 0.088 0.908 0.004
#> GSM674376 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674377 3 0.4655 0.897 0.000 0.088 0.796 0.116
#> GSM674378 3 0.2730 0.912 0.000 0.088 0.896 0.016
#> GSM674383 3 0.5496 0.902 0.000 0.088 0.724 0.188
#> GSM674386 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674387 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674392 3 0.4542 0.912 0.000 0.088 0.804 0.108
#> GSM674396 3 0.4483 0.898 0.000 0.088 0.808 0.104
#> GSM674399 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674404 3 0.3820 0.903 0.000 0.088 0.848 0.064
#> GSM674182 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674188 2 0.0188 0.874 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.0921 0.867 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674196 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674197 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674199 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674207 2 0.4356 0.868 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674211 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674213 2 0.1474 0.879 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674215 2 0.1022 0.865 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674216 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674217 2 0.0592 0.875 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674222 2 0.1716 0.881 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674224 2 0.4134 0.874 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM674227 2 0.3400 0.881 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM674228 2 0.3311 0.881 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM674233 2 0.1389 0.879 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674238 2 0.1118 0.864 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674241 2 0.4331 0.869 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM674283 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674286 1 0.5060 0.857 0.584 0.000 0.004 0.412
#> GSM674293 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674294 1 0.4898 0.856 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674296 1 0.5290 0.857 0.584 0.000 0.012 0.404
#> GSM674303 1 0.5951 0.863 0.636 0.000 0.064 0.300
#> GSM674307 1 0.5290 0.857 0.584 0.000 0.012 0.404
#> GSM674310 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674311 1 0.4782 0.859 0.780 0.000 0.068 0.152
#> GSM674312 1 0.0592 0.829 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674317 1 0.5947 0.863 0.628 0.000 0.060 0.312
#> GSM674319 1 0.0188 0.831 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674321 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674322 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674326 1 0.0469 0.830 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674329 1 0.0592 0.829 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674333 1 0.0592 0.829 0.984 0.000 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 4 0.5029 0.943 0.000 0.024 0.444 0.528 0.004
#> GSM674346 4 0.5029 0.943 0.000 0.024 0.444 0.528 0.004
#> GSM674347 3 0.5474 -0.133 0.000 0.024 0.628 0.304 0.044
#> GSM674348 3 0.5214 -0.641 0.000 0.024 0.540 0.424 0.012
#> GSM674349 4 0.5644 0.906 0.000 0.024 0.468 0.476 0.032
#> GSM674350 3 0.5201 -0.652 0.000 0.024 0.548 0.416 0.012
#> GSM674353 4 0.5249 0.942 0.000 0.024 0.456 0.508 0.012
#> GSM674354 4 0.5140 0.942 0.000 0.024 0.444 0.524 0.008
#> GSM674355 4 0.5144 0.946 0.000 0.024 0.448 0.520 0.008
#> GSM674356 4 0.5251 0.939 0.000 0.024 0.460 0.504 0.012
#> GSM674357 4 0.4886 0.948 0.000 0.024 0.448 0.528 0.000
#> GSM674358 4 0.5251 0.938 0.000 0.024 0.460 0.504 0.012
#> GSM674361 4 0.5151 0.944 0.000 0.024 0.456 0.512 0.008
#> GSM674363 4 0.5036 0.947 0.000 0.024 0.452 0.520 0.004
#> GSM674364 4 0.5140 0.940 0.000 0.024 0.444 0.524 0.008
#> GSM674365 3 0.5525 -0.633 0.000 0.024 0.536 0.412 0.028
#> GSM674366 3 0.3197 0.531 0.000 0.024 0.868 0.080 0.028
#> GSM674367 3 0.3226 0.588 0.000 0.024 0.864 0.088 0.024
#> GSM674368 4 0.5493 0.930 0.000 0.024 0.448 0.504 0.024
#> GSM674370 3 0.4426 0.289 0.000 0.024 0.760 0.188 0.028
#> GSM674371 3 0.5602 -0.617 0.000 0.024 0.560 0.380 0.036
#> GSM674373 3 0.4743 0.330 0.000 0.024 0.712 0.240 0.024
#> GSM674375 3 0.1493 0.598 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM674379 3 0.2700 0.592 0.000 0.024 0.884 0.088 0.004
#> GSM674380 3 0.3599 0.567 0.000 0.024 0.828 0.132 0.016
#> GSM674381 3 0.1372 0.594 0.000 0.024 0.956 0.016 0.004
#> GSM674382 3 0.2881 0.591 0.000 0.024 0.876 0.092 0.008
#> GSM674384 3 0.2355 0.585 0.000 0.024 0.916 0.036 0.024
#> GSM674385 3 0.4978 -0.357 0.000 0.024 0.628 0.336 0.012
#> GSM674388 4 0.5637 0.922 0.000 0.024 0.448 0.496 0.032
#> GSM674389 3 0.1493 0.597 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM674390 3 0.0992 0.599 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM674391 3 0.2824 0.592 0.000 0.024 0.880 0.088 0.008
#> GSM674393 3 0.1818 0.594 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> GSM674394 3 0.4985 -0.182 0.000 0.024 0.660 0.296 0.020
#> GSM674395 3 0.3694 0.566 0.000 0.024 0.824 0.132 0.020
#> GSM674397 3 0.4857 0.204 0.000 0.024 0.684 0.272 0.020
#> GSM674398 3 0.1493 0.597 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM674400 3 0.3839 0.583 0.000 0.024 0.832 0.088 0.056
#> GSM674401 3 0.3905 0.582 0.000 0.024 0.828 0.088 0.060
#> GSM674402 3 0.5394 -0.646 0.000 0.024 0.528 0.428 0.020
#> GSM674403 3 0.5990 -0.816 0.000 0.024 0.484 0.436 0.056
#> GSM674405 3 0.3313 0.591 0.000 0.024 0.860 0.088 0.028
#> GSM674406 3 0.2936 0.590 0.000 0.024 0.872 0.096 0.008
#> GSM674407 3 0.2972 0.587 0.000 0.024 0.864 0.108 0.004
#> GSM674181 5 0.4798 0.951 0.000 0.440 0.000 0.020 0.540
#> GSM674183 5 0.4517 0.959 0.000 0.436 0.000 0.008 0.556
#> GSM674184 5 0.4517 0.959 0.000 0.436 0.000 0.008 0.556
#> GSM674185 5 0.4517 0.959 0.000 0.436 0.000 0.008 0.556
#> GSM674186 5 0.4632 0.948 0.000 0.448 0.000 0.012 0.540
#> GSM674187 2 0.4980 -0.838 0.000 0.488 0.000 0.028 0.484
#> GSM674190 5 0.4718 0.949 0.000 0.444 0.000 0.016 0.540
#> GSM674191 5 0.4627 0.951 0.000 0.444 0.000 0.012 0.544
#> GSM674192 2 0.0671 0.668 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM674193 2 0.2754 0.618 0.000 0.880 0.000 0.080 0.040
#> GSM674194 5 0.5042 0.903 0.000 0.460 0.000 0.032 0.508
#> GSM674195 5 0.4522 0.956 0.000 0.440 0.000 0.008 0.552
#> GSM674198 2 0.0404 0.666 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674200 5 0.4517 0.959 0.000 0.436 0.000 0.008 0.556
#> GSM674201 5 0.4617 0.958 0.000 0.436 0.000 0.012 0.552
#> GSM674202 2 0.5731 -0.731 0.000 0.480 0.000 0.084 0.436
#> GSM674203 2 0.0162 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674204 2 0.0566 0.667 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM674205 2 0.0162 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674206 5 0.4713 0.953 0.000 0.440 0.000 0.016 0.544
#> GSM674208 2 0.0404 0.667 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674209 2 0.3237 0.600 0.000 0.848 0.000 0.104 0.048
#> GSM674210 2 0.0609 0.667 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674212 2 0.1117 0.661 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM674214 2 0.0609 0.666 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674218 5 0.4622 0.955 0.000 0.440 0.000 0.012 0.548
#> GSM674219 5 0.4968 0.917 0.000 0.456 0.000 0.028 0.516
#> GSM674220 5 0.5153 0.930 0.000 0.436 0.000 0.040 0.524
#> GSM674221 2 0.4906 -0.817 0.000 0.496 0.000 0.024 0.480
#> GSM674223 2 0.1997 0.644 0.000 0.924 0.000 0.036 0.040
#> GSM674225 2 0.5717 -0.301 0.000 0.572 0.000 0.104 0.324
#> GSM674226 2 0.4219 0.507 0.000 0.780 0.000 0.104 0.116
#> GSM674229 2 0.0865 0.668 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM674230 2 0.5751 -0.382 0.000 0.552 0.000 0.100 0.348
#> GSM674231 2 0.3237 0.600 0.000 0.848 0.000 0.104 0.048
#> GSM674232 2 0.0404 0.668 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674234 2 0.0865 0.660 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM674235 2 0.5664 -0.402 0.000 0.560 0.000 0.092 0.348
#> GSM674236 2 0.5626 -0.337 0.000 0.572 0.000 0.092 0.336
#> GSM674237 2 0.0510 0.667 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674239 2 0.0566 0.668 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM674240 2 0.5111 -0.788 0.000 0.500 0.000 0.036 0.464
#> GSM674242 2 0.0566 0.668 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM674243 2 0.1800 0.655 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM674244 2 0.5852 -0.494 0.000 0.524 0.000 0.104 0.372
#> GSM674245 2 0.4686 0.417 0.000 0.736 0.000 0.104 0.160
#> GSM674282 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674284 1 0.6155 0.808 0.560 0.000 0.000 0.212 0.228
#> GSM674285 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674287 1 0.6201 0.808 0.552 0.000 0.000 0.232 0.216
#> GSM674288 1 0.2408 0.773 0.892 0.000 0.004 0.008 0.096
#> GSM674289 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674290 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674291 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674292 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674295 1 0.0880 0.765 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674297 1 0.6510 0.800 0.484 0.000 0.000 0.232 0.284
#> GSM674298 1 0.6510 0.800 0.484 0.000 0.000 0.232 0.284
#> GSM674299 1 0.6059 0.809 0.576 0.000 0.000 0.204 0.220
#> GSM674300 1 0.6300 0.808 0.556 0.000 0.004 0.208 0.232
#> GSM674301 1 0.6497 0.797 0.476 0.000 0.000 0.312 0.212
#> GSM674302 1 0.6497 0.797 0.476 0.000 0.000 0.312 0.212
#> GSM674304 1 0.6497 0.797 0.476 0.000 0.000 0.312 0.212
#> GSM674305 1 0.6497 0.797 0.476 0.000 0.000 0.312 0.212
#> GSM674306 1 0.6675 0.798 0.476 0.000 0.004 0.280 0.240
#> GSM674308 1 0.6497 0.797 0.476 0.000 0.000 0.312 0.212
#> GSM674309 1 0.4557 0.797 0.764 0.000 0.008 0.088 0.140
#> GSM674313 1 0.1364 0.763 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> GSM674314 1 0.2017 0.770 0.912 0.000 0.008 0.000 0.080
#> GSM674315 1 0.6675 0.798 0.476 0.000 0.004 0.280 0.240
#> GSM674316 1 0.1041 0.767 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM674318 1 0.0693 0.764 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM674320 1 0.1364 0.763 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> GSM674323 1 0.0290 0.764 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674324 1 0.4852 0.800 0.740 0.000 0.008 0.108 0.144
#> GSM674325 1 0.0290 0.764 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674327 1 0.2130 0.771 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> GSM674328 1 0.6199 0.807 0.552 0.000 0.000 0.212 0.236
#> GSM674330 1 0.1956 0.770 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> GSM674331 1 0.4852 0.800 0.740 0.000 0.008 0.108 0.144
#> GSM674332 1 0.4303 0.795 0.784 0.000 0.008 0.076 0.132
#> GSM674334 1 0.1956 0.770 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> GSM674335 1 0.1043 0.767 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674345 4 0.5644 0.906 0.000 0.024 0.468 0.476 0.032
#> GSM674351 4 0.5249 0.942 0.000 0.024 0.456 0.508 0.012
#> GSM674352 3 0.5194 -0.645 0.000 0.024 0.552 0.412 0.012
#> GSM674359 4 0.5239 0.941 0.000 0.024 0.444 0.520 0.012
#> GSM674360 3 0.5019 -0.643 0.000 0.024 0.536 0.436 0.004
#> GSM674362 3 0.5136 -0.656 0.000 0.024 0.528 0.440 0.008
#> GSM674369 4 0.5569 0.920 0.000 0.024 0.452 0.496 0.028
#> GSM674372 3 0.1978 0.597 0.000 0.024 0.928 0.004 0.044
#> GSM674374 3 0.4573 0.359 0.000 0.024 0.728 0.228 0.020
#> GSM674376 3 0.0992 0.599 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM674377 3 0.1372 0.594 0.000 0.024 0.956 0.016 0.004
#> GSM674378 3 0.4160 0.503 0.000 0.024 0.784 0.168 0.024
#> GSM674383 3 0.5518 -0.627 0.000 0.024 0.540 0.408 0.028
#> GSM674386 3 0.1493 0.597 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM674387 3 0.2881 0.591 0.000 0.024 0.876 0.092 0.008
#> GSM674392 4 0.5427 0.886 0.000 0.024 0.476 0.480 0.020
#> GSM674396 3 0.1493 0.597 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM674399 3 0.3313 0.591 0.000 0.024 0.860 0.088 0.028
#> GSM674404 3 0.3452 0.590 0.000 0.024 0.852 0.092 0.032
#> GSM674182 5 0.4798 0.951 0.000 0.440 0.000 0.020 0.540
#> GSM674188 2 0.5401 -0.787 0.000 0.492 0.000 0.056 0.452
#> GSM674189 5 0.5032 0.923 0.000 0.448 0.000 0.032 0.520
#> GSM674196 2 0.0671 0.666 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM674197 2 0.0671 0.666 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM674199 2 0.0404 0.666 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.0609 0.666 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674211 2 0.0404 0.667 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674213 2 0.4930 -0.655 0.000 0.548 0.000 0.028 0.424
#> GSM674215 5 0.5276 0.917 0.000 0.436 0.000 0.048 0.516
#> GSM674216 2 0.1270 0.658 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM674217 2 0.4906 -0.822 0.000 0.496 0.000 0.024 0.480
#> GSM674222 2 0.5701 -0.323 0.000 0.568 0.000 0.100 0.332
#> GSM674224 2 0.3307 0.591 0.000 0.844 0.000 0.104 0.052
#> GSM674227 2 0.5013 0.312 0.000 0.700 0.000 0.108 0.192
#> GSM674228 2 0.4901 0.327 0.000 0.712 0.000 0.104 0.184
#> GSM674233 2 0.5014 -0.680 0.000 0.536 0.000 0.032 0.432
#> GSM674238 5 0.4517 0.959 0.000 0.436 0.000 0.008 0.556
#> GSM674241 2 0.0609 0.667 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674283 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674286 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674293 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674294 1 0.6487 0.797 0.476 0.000 0.000 0.316 0.208
#> GSM674296 1 0.6506 0.797 0.476 0.000 0.000 0.308 0.216
#> GSM674303 1 0.6359 0.808 0.560 0.000 0.008 0.196 0.236
#> GSM674307 1 0.6506 0.797 0.476 0.000 0.000 0.308 0.216
#> GSM674310 1 0.0693 0.764 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM674311 1 0.4754 0.799 0.748 0.000 0.008 0.100 0.144
#> GSM674312 1 0.1364 0.763 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> GSM674317 1 0.6199 0.807 0.552 0.000 0.000 0.212 0.236
#> GSM674319 1 0.0794 0.765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674321 1 0.0290 0.764 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674322 1 0.1195 0.764 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> GSM674326 1 0.0693 0.764 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM674329 1 0.0963 0.763 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674333 1 0.1082 0.764 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.4002 0.8318 0.000 0.000 0.588 0.404 0.000 0.008
#> GSM674346 3 0.3899 0.8318 0.000 0.000 0.592 0.404 0.000 0.004
#> GSM674347 4 0.5895 0.0195 0.000 0.000 0.236 0.600 0.072 0.092
#> GSM674348 3 0.5271 0.7521 0.000 0.000 0.512 0.408 0.068 0.012
#> GSM674349 4 0.6218 -0.7439 0.000 0.000 0.412 0.432 0.108 0.048
#> GSM674350 3 0.4415 0.7699 0.000 0.000 0.556 0.420 0.004 0.020
#> GSM674353 3 0.4751 0.8181 0.000 0.000 0.536 0.424 0.012 0.028
#> GSM674354 3 0.4093 0.8309 0.000 0.000 0.584 0.404 0.000 0.012
#> GSM674355 3 0.4317 0.8278 0.000 0.000 0.572 0.408 0.004 0.016
#> GSM674356 3 0.4913 0.8209 0.000 0.000 0.524 0.428 0.028 0.020
#> GSM674357 3 0.4010 0.8308 0.000 0.000 0.584 0.408 0.000 0.008
#> GSM674358 3 0.4913 0.8149 0.000 0.000 0.524 0.428 0.020 0.028
#> GSM674361 3 0.4726 0.8211 0.000 0.000 0.536 0.424 0.008 0.032
#> GSM674363 3 0.4402 0.8265 0.000 0.000 0.564 0.412 0.004 0.020
#> GSM674364 3 0.5064 0.8235 0.000 0.000 0.536 0.404 0.040 0.020
#> GSM674365 3 0.5936 0.7024 0.000 0.000 0.456 0.404 0.116 0.024
#> GSM674366 4 0.5035 0.4328 0.000 0.000 0.164 0.688 0.124 0.024
#> GSM674367 4 0.2560 0.6855 0.000 0.000 0.000 0.872 0.092 0.036
#> GSM674368 3 0.5671 0.7715 0.000 0.000 0.472 0.412 0.100 0.016
#> GSM674370 4 0.4992 0.2055 0.000 0.000 0.252 0.652 0.080 0.016
#> GSM674371 3 0.5848 0.6927 0.000 0.000 0.444 0.424 0.112 0.020
#> GSM674373 4 0.4603 0.3660 0.000 0.000 0.200 0.712 0.068 0.020
#> GSM674375 4 0.2847 0.7059 0.000 0.000 0.048 0.876 0.036 0.040
#> GSM674379 4 0.1418 0.7077 0.000 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> GSM674380 4 0.2323 0.6797 0.000 0.000 0.084 0.892 0.012 0.012
#> GSM674381 4 0.2883 0.6729 0.000 0.000 0.068 0.864 0.060 0.008
#> GSM674382 4 0.1802 0.7045 0.000 0.000 0.024 0.932 0.024 0.020
#> GSM674384 4 0.2990 0.6805 0.000 0.000 0.084 0.860 0.020 0.036
#> GSM674385 4 0.5517 -0.4695 0.000 0.000 0.396 0.512 0.060 0.032
#> GSM674388 3 0.5944 0.7493 0.000 0.000 0.440 0.420 0.116 0.024
#> GSM674389 4 0.2972 0.6979 0.000 0.000 0.048 0.868 0.032 0.052
#> GSM674390 4 0.1285 0.7020 0.000 0.000 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM674391 4 0.1478 0.7076 0.000 0.000 0.004 0.944 0.032 0.020
#> GSM674393 4 0.3779 0.6847 0.000 0.000 0.048 0.816 0.064 0.072
#> GSM674394 4 0.5073 -0.3029 0.000 0.000 0.368 0.568 0.028 0.036
#> GSM674395 4 0.2418 0.6821 0.000 0.000 0.092 0.884 0.008 0.016
#> GSM674397 4 0.4709 0.2936 0.000 0.000 0.220 0.696 0.060 0.024
#> GSM674398 4 0.2699 0.7015 0.000 0.000 0.048 0.884 0.028 0.040
#> GSM674400 4 0.3612 0.6702 0.000 0.000 0.000 0.796 0.100 0.104
#> GSM674401 4 0.3658 0.6687 0.000 0.000 0.000 0.792 0.104 0.104
#> GSM674402 3 0.5001 0.7622 0.000 0.000 0.548 0.396 0.032 0.024
#> GSM674403 4 0.6625 -0.6535 0.000 0.000 0.352 0.444 0.128 0.076
#> GSM674405 4 0.2740 0.6982 0.000 0.000 0.000 0.864 0.060 0.076
#> GSM674406 4 0.1585 0.7006 0.000 0.000 0.036 0.940 0.012 0.012
#> GSM674407 4 0.1387 0.6924 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM674181 6 0.4661 0.8797 0.000 0.316 0.012 0.016 0.016 0.640
#> GSM674183 6 0.5087 0.8758 0.000 0.308 0.032 0.016 0.020 0.624
#> GSM674184 6 0.5103 0.8757 0.000 0.312 0.032 0.016 0.020 0.620
#> GSM674185 6 0.5035 0.8774 0.000 0.312 0.028 0.016 0.020 0.624
#> GSM674186 6 0.4678 0.8776 0.000 0.324 0.008 0.016 0.020 0.632
#> GSM674187 6 0.5427 0.8170 0.000 0.364 0.016 0.016 0.048 0.556
#> GSM674190 6 0.4618 0.8780 0.000 0.316 0.004 0.016 0.024 0.640
#> GSM674191 6 0.4241 0.8809 0.000 0.316 0.000 0.016 0.012 0.656
#> GSM674192 2 0.2219 0.7214 0.000 0.916 0.012 0.016 0.020 0.036
#> GSM674193 2 0.4929 0.6324 0.000 0.748 0.076 0.016 0.084 0.076
#> GSM674194 6 0.4931 0.8671 0.000 0.328 0.012 0.016 0.028 0.616
#> GSM674195 6 0.5118 0.8749 0.000 0.316 0.032 0.016 0.020 0.616
#> GSM674198 2 0.1078 0.7239 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012 0.000
#> GSM674200 6 0.5087 0.8758 0.000 0.308 0.032 0.016 0.020 0.624
#> GSM674201 6 0.4714 0.8818 0.000 0.308 0.016 0.016 0.016 0.644
#> GSM674202 6 0.6553 0.6954 0.000 0.348 0.044 0.016 0.116 0.476
#> GSM674203 2 0.1109 0.7259 0.000 0.964 0.004 0.016 0.004 0.012
#> GSM674204 2 0.1109 0.7251 0.000 0.964 0.012 0.016 0.004 0.004
#> GSM674205 2 0.1337 0.7263 0.000 0.956 0.008 0.016 0.008 0.012
#> GSM674206 6 0.4871 0.8766 0.000 0.312 0.012 0.016 0.028 0.632
#> GSM674208 2 0.1621 0.7265 0.000 0.944 0.008 0.016 0.020 0.012
#> GSM674209 2 0.5287 0.6127 0.000 0.716 0.088 0.016 0.112 0.068
#> GSM674210 2 0.1542 0.7272 0.000 0.944 0.016 0.016 0.024 0.000
#> GSM674212 2 0.1686 0.7227 0.000 0.940 0.024 0.016 0.004 0.016
#> GSM674214 2 0.1622 0.7196 0.000 0.940 0.028 0.016 0.016 0.000
#> GSM674218 6 0.5110 0.8773 0.000 0.312 0.028 0.016 0.024 0.620
#> GSM674219 6 0.5037 0.8628 0.000 0.332 0.020 0.016 0.024 0.608
#> GSM674220 6 0.5932 0.8537 0.000 0.304 0.052 0.016 0.056 0.572
#> GSM674221 6 0.5230 0.8036 0.000 0.376 0.020 0.016 0.028 0.560
#> GSM674223 2 0.4336 0.6630 0.000 0.792 0.068 0.016 0.052 0.072
#> GSM674225 2 0.7071 -0.3128 0.000 0.432 0.072 0.016 0.148 0.332
#> GSM674226 2 0.6298 0.4449 0.000 0.612 0.088 0.016 0.112 0.172
#> GSM674229 2 0.2315 0.7259 0.000 0.908 0.040 0.016 0.032 0.004
#> GSM674230 2 0.6878 -0.4215 0.000 0.404 0.056 0.016 0.136 0.388
#> GSM674231 2 0.5186 0.6176 0.000 0.724 0.084 0.016 0.112 0.064
#> GSM674232 2 0.1647 0.7268 0.000 0.940 0.004 0.016 0.032 0.008
#> GSM674234 2 0.2518 0.7030 0.000 0.892 0.004 0.016 0.020 0.068
#> GSM674235 2 0.6689 -0.4956 0.000 0.412 0.044 0.016 0.128 0.400
#> GSM674236 2 0.6994 -0.3752 0.000 0.420 0.064 0.016 0.144 0.356
#> GSM674237 2 0.1799 0.7269 0.000 0.936 0.016 0.016 0.024 0.008
#> GSM674239 2 0.1337 0.7269 0.000 0.956 0.008 0.016 0.008 0.012
#> GSM674240 6 0.5517 0.6569 0.000 0.436 0.028 0.016 0.032 0.488
#> GSM674242 2 0.1419 0.7259 0.000 0.952 0.004 0.016 0.012 0.016
#> GSM674243 2 0.3923 0.6878 0.000 0.820 0.068 0.016 0.052 0.044
#> GSM674244 2 0.7164 -0.4347 0.000 0.388 0.076 0.016 0.152 0.368
#> GSM674245 2 0.6509 0.2764 0.000 0.564 0.060 0.016 0.140 0.220
#> GSM674282 1 0.0547 0.6823 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674284 1 0.3394 0.5607 0.776 0.000 0.000 0.000 0.200 0.024
#> GSM674285 1 0.0260 0.6826 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674287 1 0.3301 0.5700 0.788 0.000 0.000 0.000 0.188 0.024
#> GSM674288 5 0.5226 0.6994 0.412 0.004 0.028 0.000 0.524 0.032
#> GSM674289 1 0.0547 0.6823 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674290 1 0.0458 0.6817 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674291 1 0.0363 0.6822 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674292 1 0.0458 0.6825 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674295 5 0.6734 0.8243 0.384 0.004 0.140 0.000 0.408 0.064
#> GSM674297 1 0.3395 0.6224 0.812 0.004 0.000 0.000 0.136 0.048
#> GSM674298 1 0.3355 0.6252 0.816 0.004 0.000 0.000 0.132 0.048
#> GSM674299 1 0.3571 0.5381 0.760 0.004 0.000 0.000 0.216 0.020
#> GSM674300 1 0.3970 0.5445 0.756 0.008 0.004 0.000 0.196 0.036
#> GSM674301 1 0.0790 0.6798 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674302 1 0.0713 0.6794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674304 1 0.0713 0.6800 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674305 1 0.0713 0.6800 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674306 1 0.2633 0.6617 0.888 0.012 0.004 0.000 0.044 0.052
#> GSM674308 1 0.0713 0.6794 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674309 1 0.4587 -0.2554 0.516 0.004 0.004 0.000 0.456 0.020
#> GSM674313 1 0.6868 -0.8248 0.384 0.000 0.160 0.000 0.376 0.080
#> GSM674314 5 0.4409 0.6905 0.388 0.004 0.004 0.000 0.588 0.016
#> GSM674315 1 0.2699 0.6603 0.884 0.012 0.004 0.000 0.048 0.052
#> GSM674316 5 0.6321 0.8512 0.384 0.000 0.124 0.000 0.444 0.048
#> GSM674318 5 0.6427 0.8573 0.384 0.000 0.148 0.000 0.424 0.044
#> GSM674320 1 0.6868 -0.8248 0.384 0.000 0.160 0.000 0.376 0.080
#> GSM674323 5 0.6326 0.8595 0.384 0.000 0.140 0.000 0.436 0.040
#> GSM674324 1 0.4630 -0.1331 0.540 0.004 0.004 0.000 0.428 0.024
#> GSM674325 5 0.6326 0.8595 0.384 0.000 0.140 0.000 0.436 0.040
#> GSM674327 5 0.4520 0.6880 0.392 0.008 0.004 0.000 0.580 0.016
#> GSM674328 1 0.3543 0.5559 0.768 0.000 0.000 0.000 0.200 0.032
#> GSM674330 5 0.4100 0.7000 0.388 0.000 0.004 0.000 0.600 0.008
#> GSM674331 1 0.4630 -0.1331 0.540 0.004 0.004 0.000 0.428 0.024
#> GSM674332 1 0.4313 -0.3228 0.504 0.000 0.004 0.000 0.480 0.012
#> GSM674334 5 0.4090 0.7153 0.384 0.000 0.004 0.000 0.604 0.008
#> GSM674335 5 0.6531 0.8273 0.384 0.004 0.116 0.000 0.436 0.060
#> GSM674345 3 0.5930 0.7660 0.000 0.000 0.444 0.432 0.080 0.044
#> GSM674351 3 0.4751 0.8181 0.000 0.000 0.536 0.424 0.012 0.028
#> GSM674352 3 0.4427 0.7648 0.000 0.000 0.548 0.428 0.004 0.020
#> GSM674359 3 0.4569 0.8248 0.000 0.000 0.560 0.408 0.024 0.008
#> GSM674360 3 0.5163 0.7564 0.000 0.000 0.536 0.396 0.048 0.020
#> GSM674362 3 0.5108 0.7571 0.000 0.000 0.540 0.396 0.044 0.020
#> GSM674369 3 0.5960 0.7577 0.000 0.000 0.440 0.412 0.128 0.020
#> GSM674372 4 0.3338 0.6917 0.000 0.000 0.060 0.844 0.032 0.064
#> GSM674374 4 0.4537 0.3886 0.000 0.000 0.184 0.724 0.072 0.020
#> GSM674376 4 0.1219 0.7042 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004 0.000
#> GSM674377 4 0.2434 0.6866 0.000 0.000 0.064 0.892 0.036 0.008
#> GSM674378 4 0.3878 0.5612 0.000 0.000 0.128 0.792 0.060 0.020
#> GSM674383 3 0.5906 0.6769 0.000 0.000 0.440 0.420 0.120 0.020
#> GSM674386 4 0.2688 0.7022 0.000 0.000 0.048 0.884 0.024 0.044
#> GSM674387 4 0.1452 0.7060 0.000 0.000 0.020 0.948 0.020 0.012
#> GSM674392 3 0.4781 0.7811 0.000 0.000 0.504 0.456 0.012 0.028
#> GSM674396 4 0.2972 0.6983 0.000 0.000 0.048 0.868 0.032 0.052
#> GSM674399 4 0.2625 0.7002 0.000 0.000 0.000 0.872 0.056 0.072
#> GSM674404 4 0.2685 0.6998 0.000 0.000 0.000 0.868 0.060 0.072
#> GSM674182 6 0.4482 0.8793 0.000 0.316 0.012 0.016 0.008 0.648
#> GSM674188 6 0.5807 0.7918 0.000 0.356 0.024 0.016 0.068 0.536
#> GSM674189 6 0.5594 0.8733 0.000 0.320 0.040 0.016 0.040 0.584
#> GSM674196 2 0.1325 0.7237 0.000 0.956 0.012 0.016 0.012 0.004
#> GSM674197 2 0.1223 0.7238 0.000 0.960 0.008 0.016 0.012 0.004
#> GSM674199 2 0.1078 0.7239 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.1542 0.7202 0.000 0.944 0.024 0.016 0.016 0.000
#> GSM674211 2 0.1621 0.7234 0.000 0.944 0.020 0.016 0.008 0.012
#> GSM674213 2 0.5644 -0.6097 0.000 0.464 0.032 0.016 0.036 0.452
#> GSM674215 6 0.5932 0.8537 0.000 0.304 0.052 0.016 0.056 0.572
#> GSM674216 2 0.3417 0.6939 0.000 0.844 0.040 0.016 0.084 0.016
#> GSM674217 6 0.5238 0.8036 0.000 0.380 0.020 0.016 0.028 0.556
#> GSM674222 2 0.7011 -0.3733 0.000 0.420 0.068 0.016 0.140 0.356
#> GSM674224 2 0.5311 0.6053 0.000 0.716 0.088 0.016 0.100 0.080
#> GSM674227 2 0.6470 0.3433 0.000 0.584 0.068 0.016 0.164 0.168
#> GSM674228 2 0.6596 0.2213 0.000 0.556 0.076 0.016 0.120 0.232
#> GSM674233 6 0.5638 0.6226 0.000 0.448 0.028 0.016 0.040 0.468
#> GSM674238 6 0.5103 0.8757 0.000 0.312 0.032 0.016 0.020 0.620
#> GSM674241 2 0.1905 0.7270 0.000 0.932 0.020 0.016 0.020 0.012
#> GSM674283 1 0.0260 0.6826 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674286 1 0.0632 0.6824 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674293 1 0.0363 0.6825 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674294 1 0.0458 0.6831 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674296 1 0.0865 0.6793 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674303 1 0.3673 0.5143 0.736 0.000 0.004 0.000 0.244 0.016
#> GSM674307 1 0.0790 0.6796 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674310 5 0.6427 0.8573 0.384 0.000 0.148 0.000 0.424 0.044
#> GSM674311 1 0.4640 -0.1709 0.532 0.004 0.004 0.000 0.436 0.024
#> GSM674312 1 0.6868 -0.8248 0.384 0.000 0.160 0.000 0.376 0.080
#> GSM674317 1 0.3534 0.5579 0.772 0.004 0.000 0.000 0.200 0.024
#> GSM674319 5 0.6608 0.8294 0.384 0.000 0.140 0.000 0.412 0.064
#> GSM674321 5 0.6351 0.8588 0.384 0.000 0.144 0.000 0.432 0.040
#> GSM674322 5 0.6534 0.8475 0.384 0.000 0.168 0.000 0.404 0.044
#> GSM674326 5 0.6427 0.8573 0.384 0.000 0.148 0.000 0.424 0.044
#> GSM674329 1 0.6849 -0.8290 0.384 0.000 0.156 0.000 0.380 0.080
#> GSM674333 5 0.6629 0.8417 0.384 0.000 0.168 0.000 0.396 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:kmeans 183 0.962 6.15e-78 4
#> CV:kmeans 149 0.914 1.10e-59 5
#> CV:kmeans 153 0.986 8.37e-60 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.870 0.908 0.909 0.0895 0.939 0.815
#> 5 5 0.805 0.821 0.842 0.0742 0.933 0.753
#> 6 6 0.793 0.780 0.830 0.0467 0.937 0.712
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674346 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674347 3 0.4888 -0.398 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM674348 4 0.3400 0.809 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM674349 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674350 4 0.3486 0.809 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM674353 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674354 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674355 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674356 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674357 4 0.4605 0.897 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM674358 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674361 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674363 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674364 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674365 4 0.3400 0.809 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM674366 3 0.4008 0.754 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM674367 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674370 3 0.4072 0.749 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM674371 4 0.3486 0.809 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM674373 3 0.1637 0.802 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674375 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674379 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0921 0.832 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674381 3 0.3172 0.817 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM674382 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674384 3 0.3356 0.812 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM674385 4 0.4790 0.424 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM674388 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674389 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674390 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674391 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674393 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674394 3 0.4972 0.237 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM674395 3 0.0921 0.832 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674397 3 0.2921 0.661 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM674398 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674400 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674402 4 0.3400 0.809 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM674403 4 0.4776 0.862 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM674405 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674181 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674183 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674184 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674185 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674186 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674187 2 0.2589 0.943 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674190 2 0.2868 0.938 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674191 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674192 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674195 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674198 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674201 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674202 2 0.2408 0.945 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM674203 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674208 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674219 2 0.2760 0.940 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674220 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674221 2 0.2589 0.943 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674223 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.1716 0.949 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674226 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674229 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.1940 0.948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674231 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.1940 0.948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674236 2 0.1940 0.948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674237 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.2704 0.941 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM674242 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674244 2 0.1940 0.948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674245 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674282 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674284 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674287 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674289 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674290 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674291 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674292 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674295 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674297 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674298 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674299 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674302 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674304 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674305 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674306 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674308 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674309 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674314 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674315 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674316 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674318 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674320 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674323 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674324 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674327 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674328 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674331 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674335 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674345 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674351 4 0.4624 0.896 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM674352 4 0.3486 0.809 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM674359 4 0.4585 0.897 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674360 4 0.3400 0.809 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM674362 4 0.3400 0.809 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM674369 4 0.4605 0.897 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM674372 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674374 3 0.1389 0.809 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM674376 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674377 3 0.3123 0.819 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM674378 3 0.0921 0.828 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674383 4 0.3569 0.798 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM674386 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674387 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674392 4 0.4933 0.774 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM674396 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674399 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.844 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674182 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674188 2 0.2589 0.943 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674189 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674196 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.2589 0.943 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674215 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674216 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.2704 0.941 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM674222 2 0.1940 0.948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674224 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0188 0.950 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674228 2 0.0336 0.950 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.2589 0.943 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674238 2 0.2921 0.937 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674241 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674286 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674293 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674294 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674296 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674303 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.1118 0.981 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674310 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674311 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674317 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674321 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674322 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674326 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674329 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674333 1 0.0188 0.987 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 4 0.0162 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674346 4 0.0162 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674347 4 0.4108 0.3783 0.000 0.000 0.308 0.684 0.008
#> GSM674348 4 0.3209 0.7946 0.000 0.000 0.180 0.812 0.008
#> GSM674349 4 0.1310 0.8730 0.000 0.000 0.020 0.956 0.024
#> GSM674350 4 0.3231 0.7960 0.000 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM674353 4 0.0671 0.8774 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674354 4 0.0162 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674355 4 0.0324 0.8797 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM674356 4 0.0798 0.8771 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> GSM674357 4 0.0162 0.8797 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674358 4 0.0671 0.8774 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674361 4 0.0671 0.8774 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674363 4 0.0324 0.8797 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM674364 4 0.0290 0.8794 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674365 4 0.3656 0.7957 0.000 0.000 0.168 0.800 0.032
#> GSM674366 3 0.3241 0.7364 0.000 0.000 0.832 0.144 0.024
#> GSM674367 3 0.3724 0.8390 0.000 0.000 0.776 0.204 0.020
#> GSM674368 4 0.0794 0.8768 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674370 3 0.3779 0.6688 0.000 0.000 0.776 0.200 0.024
#> GSM674371 4 0.3779 0.7923 0.000 0.000 0.200 0.776 0.024
#> GSM674373 3 0.4437 0.7470 0.000 0.000 0.664 0.316 0.020
#> GSM674375 3 0.0865 0.8234 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM674379 3 0.3300 0.8436 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM674380 3 0.3642 0.8343 0.000 0.000 0.760 0.232 0.008
#> GSM674381 3 0.1205 0.8175 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM674382 3 0.3143 0.8437 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM674384 3 0.1478 0.8103 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM674385 4 0.4564 0.5173 0.000 0.000 0.372 0.612 0.016
#> GSM674388 4 0.0703 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674389 3 0.0703 0.8235 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674390 3 0.0865 0.8235 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM674391 3 0.3300 0.8436 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM674393 3 0.0992 0.8228 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM674394 3 0.4182 0.2064 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM674395 3 0.3395 0.8332 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM674397 3 0.4781 0.5213 0.000 0.000 0.552 0.428 0.020
#> GSM674398 3 0.0703 0.8235 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674400 3 0.3421 0.8424 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> GSM674401 3 0.3421 0.8424 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> GSM674402 4 0.3203 0.7976 0.000 0.000 0.168 0.820 0.012
#> GSM674403 4 0.2300 0.8316 0.000 0.000 0.072 0.904 0.024
#> GSM674405 3 0.3143 0.8437 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM674406 3 0.3300 0.8436 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM674407 3 0.3300 0.8436 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM674181 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0703 0.7860 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674187 2 0.3242 0.6505 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM674190 2 0.1043 0.7813 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM674191 2 0.0794 0.7850 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674192 5 0.3612 0.9810 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM674193 5 0.3612 0.9811 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM674194 2 0.0794 0.7854 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674195 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674198 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674200 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0162 0.7865 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674202 2 0.3684 0.5250 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM674203 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674204 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674205 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674206 2 0.0404 0.7874 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674208 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674209 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674210 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674212 5 0.3661 0.9711 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM674214 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674218 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.2471 0.7280 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM674220 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.3109 0.6723 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM674223 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674225 2 0.4306 -0.3574 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM674226 5 0.3876 0.9069 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM674229 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674230 2 0.4283 -0.1568 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM674231 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674232 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674234 5 0.3774 0.9401 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM674235 2 0.4291 -0.1893 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM674236 2 0.4287 -0.1681 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM674237 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674239 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674240 2 0.3003 0.6912 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM674242 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674243 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674244 2 0.4242 -0.0615 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM674245 5 0.3876 0.9069 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM674282 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674284 1 0.1774 0.9094 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> GSM674285 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674287 1 0.1774 0.9094 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> GSM674288 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674289 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674290 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674291 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674292 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674295 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674297 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674298 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674299 1 0.1701 0.9096 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> GSM674300 1 0.1549 0.9099 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> GSM674301 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674302 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674304 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674305 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674306 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674308 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674309 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674314 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674315 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674316 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674318 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674320 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674323 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674324 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674327 1 0.1638 0.9008 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> GSM674328 1 0.1701 0.9096 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> GSM674330 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674331 1 0.0162 0.9093 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674332 1 0.0290 0.9084 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674334 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674335 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674345 4 0.1117 0.8751 0.000 0.000 0.016 0.964 0.020
#> GSM674351 4 0.0671 0.8774 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674352 4 0.3231 0.7960 0.000 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM674359 4 0.0671 0.8783 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM674360 4 0.3304 0.7971 0.000 0.000 0.168 0.816 0.016
#> GSM674362 4 0.3304 0.7971 0.000 0.000 0.168 0.816 0.016
#> GSM674369 4 0.0771 0.8778 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM674372 3 0.1205 0.8187 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM674374 3 0.4318 0.7674 0.000 0.000 0.688 0.292 0.020
#> GSM674376 3 0.0703 0.8235 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674377 3 0.1041 0.8208 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM674378 3 0.4132 0.8004 0.000 0.000 0.720 0.260 0.020
#> GSM674383 4 0.3724 0.7796 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020
#> GSM674386 3 0.0703 0.8235 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674387 3 0.3300 0.8436 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM674392 4 0.2848 0.7193 0.000 0.000 0.156 0.840 0.004
#> GSM674396 3 0.0703 0.8235 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674399 3 0.3143 0.8437 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM674404 3 0.3143 0.8437 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM674182 2 0.0404 0.7871 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674188 2 0.3177 0.6625 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM674189 2 0.0290 0.7868 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674196 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674197 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674199 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674207 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674211 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674213 2 0.3274 0.6542 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM674215 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674217 2 0.2891 0.6972 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM674222 2 0.4291 -0.1977 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM674224 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674227 5 0.3661 0.9709 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM674228 5 0.4015 0.8413 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM674233 2 0.3336 0.6437 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674238 2 0.0000 0.7860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674241 5 0.3586 0.9854 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674283 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674286 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674293 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674294 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674296 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674303 1 0.1774 0.9094 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> GSM674307 1 0.3278 0.8940 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> GSM674310 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674311 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674317 1 0.1701 0.9096 0.936 0.000 0.016 0.000 0.048
#> GSM674319 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674321 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674322 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674326 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674329 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM674333 1 0.1704 0.9001 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0603 0.8460 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM674346 3 0.0363 0.8454 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674347 3 0.5065 0.3503 0.000 0.000 0.616 0.304 0.060 0.020
#> GSM674348 3 0.4697 0.7643 0.000 0.000 0.708 0.184 0.092 0.016
#> GSM674349 3 0.3312 0.8191 0.000 0.000 0.828 0.020 0.124 0.028
#> GSM674350 3 0.2730 0.7787 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0508 0.8435 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM674354 3 0.0260 0.8446 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674355 3 0.0405 0.8449 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM674356 3 0.1555 0.8428 0.000 0.000 0.940 0.012 0.040 0.008
#> GSM674357 3 0.0520 0.8447 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM674358 3 0.0653 0.8433 0.000 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> GSM674361 3 0.0405 0.8441 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM674363 3 0.0405 0.8445 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM674364 3 0.1434 0.8445 0.000 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> GSM674365 3 0.5358 0.7445 0.000 0.000 0.660 0.164 0.144 0.032
#> GSM674366 4 0.5042 0.5582 0.000 0.000 0.144 0.684 0.152 0.020
#> GSM674367 4 0.4241 0.8096 0.000 0.000 0.136 0.760 0.088 0.016
#> GSM674368 3 0.2744 0.8191 0.000 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016
#> GSM674370 4 0.4883 0.5285 0.000 0.000 0.192 0.684 0.112 0.012
#> GSM674371 3 0.5205 0.7409 0.000 0.000 0.648 0.196 0.144 0.012
#> GSM674373 4 0.5114 0.6567 0.000 0.000 0.292 0.604 0.100 0.004
#> GSM674375 4 0.0632 0.8072 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674379 4 0.3455 0.8183 0.000 0.000 0.132 0.816 0.036 0.016
#> GSM674380 4 0.3722 0.8029 0.000 0.000 0.196 0.764 0.036 0.004
#> GSM674381 4 0.2182 0.7801 0.000 0.000 0.008 0.904 0.068 0.020
#> GSM674382 4 0.3246 0.8165 0.000 0.000 0.160 0.812 0.016 0.012
#> GSM674384 4 0.1364 0.7967 0.000 0.000 0.048 0.944 0.004 0.004
#> GSM674385 3 0.5679 0.4283 0.000 0.000 0.508 0.384 0.076 0.032
#> GSM674388 3 0.2963 0.8163 0.000 0.000 0.828 0.004 0.152 0.016
#> GSM674389 4 0.0363 0.8070 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674390 4 0.0260 0.8079 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674391 4 0.3313 0.8192 0.000 0.000 0.140 0.820 0.024 0.016
#> GSM674393 4 0.1010 0.8044 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM674394 4 0.4218 0.1625 0.000 0.000 0.400 0.584 0.012 0.004
#> GSM674395 4 0.3432 0.7966 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020 0.000
#> GSM674397 4 0.4903 0.5345 0.000 0.000 0.380 0.552 0.068 0.000
#> GSM674398 4 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674400 4 0.4387 0.8062 0.000 0.000 0.128 0.752 0.100 0.020
#> GSM674401 4 0.4556 0.8021 0.000 0.000 0.124 0.740 0.112 0.024
#> GSM674402 3 0.3666 0.7769 0.000 0.000 0.792 0.160 0.024 0.024
#> GSM674403 3 0.4540 0.7450 0.000 0.000 0.732 0.076 0.168 0.024
#> GSM674405 4 0.3613 0.8177 0.000 0.000 0.128 0.808 0.048 0.016
#> GSM674406 4 0.3178 0.8129 0.000 0.000 0.176 0.804 0.016 0.004
#> GSM674407 4 0.3071 0.8097 0.000 0.000 0.180 0.804 0.016 0.000
#> GSM674181 6 0.1838 0.8418 0.000 0.068 0.000 0.000 0.016 0.916
#> GSM674183 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674184 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674185 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674186 6 0.2346 0.8356 0.000 0.124 0.000 0.000 0.008 0.868
#> GSM674187 6 0.4189 0.5580 0.000 0.376 0.000 0.000 0.020 0.604
#> GSM674190 6 0.2631 0.8215 0.000 0.152 0.000 0.000 0.008 0.840
#> GSM674191 6 0.2118 0.8402 0.000 0.104 0.000 0.000 0.008 0.888
#> GSM674192 2 0.1003 0.8843 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM674193 2 0.1334 0.8778 0.000 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> GSM674194 6 0.2613 0.8306 0.000 0.140 0.000 0.000 0.012 0.848
#> GSM674195 6 0.1779 0.8393 0.000 0.064 0.000 0.000 0.016 0.920
#> GSM674198 2 0.0363 0.8837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674200 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674201 6 0.1411 0.8411 0.000 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> GSM674202 6 0.4774 0.3823 0.000 0.420 0.000 0.000 0.052 0.528
#> GSM674203 2 0.0363 0.8843 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674204 2 0.0622 0.8844 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM674205 2 0.0405 0.8849 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM674206 6 0.2538 0.8338 0.000 0.124 0.000 0.000 0.016 0.860
#> GSM674208 2 0.0547 0.8831 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674209 2 0.1049 0.8836 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM674210 2 0.0260 0.8839 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674212 2 0.1549 0.8659 0.000 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM674214 2 0.0632 0.8821 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674218 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674219 6 0.3619 0.7529 0.000 0.232 0.000 0.000 0.024 0.744
#> GSM674220 6 0.2190 0.8382 0.000 0.060 0.000 0.000 0.040 0.900
#> GSM674221 6 0.4230 0.5811 0.000 0.364 0.000 0.000 0.024 0.612
#> GSM674223 2 0.0909 0.8838 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM674225 2 0.4392 0.5273 0.000 0.680 0.000 0.000 0.064 0.256
#> GSM674226 2 0.2740 0.8009 0.000 0.852 0.000 0.000 0.028 0.120
#> GSM674229 2 0.0820 0.8856 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM674230 2 0.4703 0.1315 0.000 0.544 0.000 0.000 0.048 0.408
#> GSM674231 2 0.1124 0.8834 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM674232 2 0.0632 0.8826 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674234 2 0.1657 0.8600 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> GSM674235 2 0.4631 0.2903 0.000 0.596 0.000 0.000 0.052 0.352
#> GSM674236 2 0.4707 0.2653 0.000 0.584 0.000 0.000 0.056 0.360
#> GSM674237 2 0.0632 0.8832 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674239 2 0.0622 0.8854 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM674240 6 0.4117 0.6903 0.000 0.296 0.000 0.000 0.032 0.672
#> GSM674242 2 0.0603 0.8848 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM674243 2 0.1003 0.8845 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM674244 2 0.4806 0.1893 0.000 0.560 0.000 0.000 0.060 0.380
#> GSM674245 2 0.3278 0.7574 0.000 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> GSM674282 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.2146 0.7698 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM674285 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.2100 0.7739 0.884 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004
#> GSM674288 5 0.3841 0.9226 0.380 0.000 0.000 0.000 0.616 0.004
#> GSM674289 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674297 1 0.0146 0.8637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674298 1 0.0146 0.8637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674299 1 0.2234 0.7588 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124 0.004
#> GSM674300 1 0.2278 0.7526 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM674301 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0146 0.8637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674308 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.3807 -0.0376 0.628 0.000 0.000 0.000 0.368 0.004
#> GSM674313 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674314 5 0.3769 0.9642 0.356 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004
#> GSM674315 1 0.0146 0.8637 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674316 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674318 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674320 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674323 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674324 1 0.3684 0.1656 0.664 0.000 0.000 0.000 0.332 0.004
#> GSM674325 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674327 5 0.3966 0.7748 0.444 0.000 0.000 0.000 0.552 0.004
#> GSM674328 1 0.2146 0.7698 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM674330 5 0.3728 0.9811 0.344 0.000 0.000 0.000 0.652 0.004
#> GSM674331 1 0.3684 0.1656 0.664 0.000 0.000 0.000 0.332 0.004
#> GSM674332 1 0.3915 -0.2808 0.584 0.000 0.000 0.000 0.412 0.004
#> GSM674334 5 0.3728 0.9811 0.344 0.000 0.000 0.000 0.652 0.004
#> GSM674335 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674345 3 0.2605 0.8303 0.000 0.000 0.876 0.012 0.092 0.020
#> GSM674351 3 0.0405 0.8441 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM674352 3 0.2762 0.7767 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.1493 0.8427 0.000 0.000 0.936 0.004 0.056 0.004
#> GSM674360 3 0.4495 0.7682 0.000 0.000 0.740 0.164 0.064 0.032
#> GSM674362 3 0.4094 0.7734 0.000 0.000 0.768 0.160 0.044 0.028
#> GSM674369 3 0.2925 0.8177 0.000 0.000 0.832 0.004 0.148 0.016
#> GSM674372 4 0.1367 0.7989 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012 0.000
#> GSM674374 4 0.5063 0.6701 0.000 0.000 0.280 0.616 0.100 0.004
#> GSM674376 4 0.0000 0.8076 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.1769 0.7895 0.000 0.000 0.004 0.924 0.060 0.012
#> GSM674378 4 0.4550 0.7376 0.000 0.000 0.240 0.676 0.084 0.000
#> GSM674383 3 0.5413 0.7274 0.000 0.000 0.640 0.196 0.140 0.024
#> GSM674386 4 0.0146 0.8075 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674387 4 0.3219 0.8143 0.000 0.000 0.168 0.808 0.016 0.008
#> GSM674392 3 0.2402 0.7208 0.000 0.000 0.856 0.140 0.000 0.004
#> GSM674396 4 0.0363 0.8070 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674399 4 0.3523 0.8180 0.000 0.000 0.132 0.812 0.040 0.016
#> GSM674404 4 0.3613 0.8177 0.000 0.000 0.128 0.808 0.048 0.016
#> GSM674182 6 0.1918 0.8425 0.000 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM674188 6 0.4155 0.5860 0.000 0.364 0.000 0.000 0.020 0.616
#> GSM674189 6 0.2301 0.8379 0.000 0.096 0.000 0.000 0.020 0.884
#> GSM674196 2 0.0622 0.8844 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM674197 2 0.0725 0.8840 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM674199 2 0.0363 0.8837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.0713 0.8817 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674211 2 0.0972 0.8821 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM674213 6 0.4504 0.4593 0.000 0.432 0.000 0.000 0.032 0.536
#> GSM674215 6 0.2119 0.8387 0.000 0.060 0.000 0.000 0.036 0.904
#> GSM674216 2 0.0790 0.8796 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674217 6 0.4094 0.6503 0.000 0.324 0.000 0.000 0.024 0.652
#> GSM674222 2 0.4619 0.2956 0.000 0.600 0.000 0.000 0.052 0.348
#> GSM674224 2 0.0972 0.8833 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM674227 2 0.1807 0.8651 0.000 0.920 0.000 0.000 0.060 0.020
#> GSM674228 2 0.3253 0.7030 0.000 0.788 0.000 0.000 0.020 0.192
#> GSM674233 6 0.4482 0.4829 0.000 0.416 0.000 0.000 0.032 0.552
#> GSM674238 6 0.1719 0.8403 0.000 0.060 0.000 0.000 0.016 0.924
#> GSM674241 2 0.0622 0.8849 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM674283 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.2146 0.7698 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM674307 1 0.0000 0.8650 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674311 1 0.3728 0.1043 0.652 0.000 0.000 0.000 0.344 0.004
#> GSM674312 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674317 1 0.2146 0.7698 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM674319 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674321 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674322 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674326 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674329 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674333 5 0.3592 0.9848 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:skmeans 180 0.993 1.10e-74 4
#> CV:skmeans 175 1.000 9.06e-71 5
#> CV:skmeans 167 0.965 9.86e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.998 0.999 0.5957 0.750 0.571
#> 4 4 0.893 0.959 0.930 0.0711 0.957 0.870
#> 5 5 0.897 0.866 0.909 0.0717 0.939 0.789
#> 6 6 0.787 0.714 0.837 0.0699 0.937 0.728
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0892 0.979 0 0.020 0.980
#> GSM674388 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0892 0.979 0 0.020 0.980
#> GSM674403 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.1529 0.957 0 0.960 0.040
#> GSM674201 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0424 0.990 0 0.008 0.992
#> GSM674362 3 0.2796 0.900 0 0.092 0.908
#> GSM674369 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.998 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674347 3 0.2469 0.902 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0336 0.902 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674366 3 0.3688 0.895 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM674367 3 0.3837 0.893 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674370 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674371 3 0.1389 0.904 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM674373 3 0.3837 0.893 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM674375 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674379 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674380 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674381 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674382 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674384 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674385 3 0.1042 0.891 0.008 0.020 0.972 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674390 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674391 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674393 3 0.1211 0.904 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM674394 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674395 3 0.2589 0.902 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674398 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674400 3 0.3688 0.895 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM674401 3 0.3486 0.896 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM674402 3 0.0707 0.889 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674405 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674406 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674407 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.3311 0.799 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674284 1 0.4072 0.969 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM674285 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674287 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674288 1 0.3942 0.988 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM674289 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674290 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674291 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674292 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674295 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674297 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674298 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674299 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674300 1 0.3942 0.988 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM674301 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674302 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674304 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674305 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674306 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674308 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674309 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674313 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674314 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674315 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674316 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674318 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674320 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674323 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674324 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674325 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674327 1 0.4643 0.831 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM674328 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674330 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674331 4 0.0336 0.989 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM674332 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674335 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0336 0.897 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM674362 3 0.2216 0.819 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674372 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674374 3 0.1557 0.903 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM674376 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674377 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674378 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674383 3 0.0817 0.903 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM674386 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674387 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674399 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674404 3 0.3873 0.892 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674286 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674293 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674294 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674296 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674303 1 0.3942 0.988 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM674307 1 0.3873 0.991 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674310 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674311 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674312 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674317 1 0.3907 0.991 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM674319 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674321 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674322 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674326 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674329 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674333 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.1792 0.744 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.746 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.3534 0.332 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM674348 3 0.3966 0.617 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM674349 3 0.3534 0.663 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM674350 3 0.1965 0.695 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM674353 3 0.0510 0.744 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674354 3 0.0290 0.746 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674355 3 0.1043 0.728 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM674356 3 0.0703 0.750 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674357 3 0.0963 0.751 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674358 3 0.0290 0.746 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674361 3 0.0290 0.746 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674363 3 0.0290 0.746 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674364 3 0.0162 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674365 3 0.4045 0.595 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM674366 4 0.3366 0.689 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM674367 4 0.3508 0.724 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM674368 3 0.3636 0.649 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM674370 4 0.2732 0.752 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM674371 3 0.4256 0.401 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> GSM674373 4 0.3816 0.646 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM674375 4 0.2280 0.763 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM674379 4 0.2852 0.763 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM674380 4 0.3508 0.758 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM674381 4 0.2377 0.759 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM674382 4 0.4227 0.666 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM674384 4 0.4045 0.686 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM674385 3 0.4147 0.621 0.000 0.008 0.676 0.316 0.000
#> GSM674388 3 0.3816 0.619 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM674389 4 0.3999 0.698 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM674390 4 0.2280 0.763 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM674391 4 0.2605 0.766 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM674393 3 0.3857 0.491 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM674394 4 0.4171 0.646 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM674395 4 0.4297 0.213 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM674397 3 0.3684 0.653 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> GSM674398 4 0.3561 0.758 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674400 3 0.4235 -0.273 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM674401 4 0.4262 0.374 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM674402 3 0.0992 0.741 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM674403 3 0.3395 0.683 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM674405 4 0.3796 0.745 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM674406 4 0.4150 0.698 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM674407 4 0.3143 0.749 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674193 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674200 2 0.3395 0.680 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674204 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674205 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674209 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674210 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674226 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674229 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674232 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674234 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674239 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674243 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674282 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674284 1 0.0404 0.953 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674285 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674287 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674288 1 0.0290 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674289 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674291 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674292 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674295 5 0.1792 0.922 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM674297 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674298 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674299 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674300 1 0.0290 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674301 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674302 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674304 1 0.2011 0.949 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> GSM674305 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674306 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674308 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674309 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674313 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674314 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674315 1 0.0324 0.957 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674316 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674318 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674320 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674323 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674324 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674325 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674327 1 0.1410 0.918 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674328 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674330 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674331 5 0.0404 0.981 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM674332 5 0.2074 0.903 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM674334 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674335 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674345 3 0.2929 0.710 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM674351 3 0.0290 0.746 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674352 3 0.1965 0.695 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM674359 3 0.3177 0.692 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM674360 3 0.3814 0.666 0.000 0.004 0.720 0.276 0.000
#> GSM674362 3 0.2067 0.696 0.000 0.048 0.920 0.032 0.000
#> GSM674369 3 0.3730 0.638 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM674372 4 0.4192 0.634 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM674374 3 0.4294 0.185 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM674376 4 0.2377 0.767 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM674377 4 0.2377 0.759 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM674378 4 0.3274 0.741 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM674383 3 0.4235 0.447 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM674386 4 0.3983 0.711 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM674387 4 0.3177 0.746 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM674392 3 0.0404 0.745 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674396 4 0.3707 0.747 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM674399 4 0.3796 0.749 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM674404 4 0.4182 0.685 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674197 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674199 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0290 0.992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0162 0.991 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674283 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674286 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674293 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674294 1 0.0324 0.957 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674296 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674303 1 0.0290 0.956 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674307 1 0.2179 0.945 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674310 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674311 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674312 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674317 1 0.0162 0.957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674319 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674321 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674322 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674326 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674329 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674333 5 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.1714 0.7363 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0260 0.7457 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.3371 0.2974 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.3833 0.4617 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.3221 0.6474 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.2793 0.5821 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0632 0.7408 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0363 0.7433 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0790 0.7329 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0713 0.7475 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.1007 0.7473 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0260 0.7428 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0458 0.7425 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0458 0.7425 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0146 0.7438 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.3854 0.4373 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000
#> GSM674366 4 0.1863 0.6759 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM674367 4 0.2941 0.6258 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.3330 0.6310 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM674370 4 0.0937 0.7010 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM674371 4 0.3817 -0.1461 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM674373 4 0.3482 0.4780 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> GSM674375 4 0.0000 0.7078 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674379 4 0.1387 0.7081 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM674380 4 0.3126 0.6369 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> GSM674381 4 0.0260 0.7050 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674382 4 0.3765 0.5477 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> GSM674384 4 0.3126 0.6447 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.3563 0.6046 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.3515 0.5897 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM674389 4 0.2996 0.6561 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> GSM674390 4 0.0000 0.7078 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674391 4 0.1075 0.7109 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.3843 0.2204 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM674394 4 0.3464 0.5917 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM674395 4 0.3864 0.0191 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.3371 0.6352 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM674398 4 0.2340 0.7022 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM674400 3 0.3847 -0.2122 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.3563 0.4616 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0937 0.7373 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674403 3 0.3198 0.6563 0.000 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM674405 4 0.2762 0.6983 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM674406 4 0.3695 0.5741 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM674407 4 0.2664 0.6437 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0146 0.7515 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674183 2 0.0260 0.7524 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674184 2 0.0146 0.7505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674185 2 0.0146 0.7505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674186 2 0.0260 0.7517 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674187 2 0.1556 0.7478 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM674190 2 0.0790 0.7514 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674191 2 0.0458 0.7525 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674192 2 0.3244 0.3801 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM674193 2 0.3126 0.4416 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674194 2 0.0146 0.7505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674195 2 0.0000 0.7505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674198 6 0.3101 0.8278 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM674200 2 0.3134 0.5780 0.000 0.808 0.168 0.000 0.000 0.024
#> GSM674201 2 0.0146 0.7505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674202 2 0.3126 0.6221 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674203 6 0.3023 0.8276 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM674204 6 0.3023 0.8276 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM674205 6 0.3446 0.8025 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM674206 2 0.0000 0.7505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 6 0.3737 0.6968 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM674209 6 0.3860 0.5208 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM674210 6 0.3330 0.8223 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM674212 6 0.3747 0.6087 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM674214 6 0.3050 0.8259 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM674218 2 0.0000 0.7505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.3126 0.6162 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674220 2 0.2300 0.7150 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM674221 2 0.3351 0.5752 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM674223 2 0.1444 0.7365 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674225 2 0.1387 0.7429 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM674226 2 0.2912 0.5277 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM674229 6 0.3547 0.7822 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM674230 2 0.1444 0.7471 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674231 2 0.3634 0.1253 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM674232 6 0.3050 0.8278 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM674234 6 0.3684 0.7119 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM674235 2 0.3371 0.5690 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM674236 2 0.3823 0.0927 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM674237 6 0.3747 0.6913 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM674239 6 0.3851 0.6016 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM674240 2 0.2883 0.6492 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM674242 6 0.3695 0.7159 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM674243 2 0.2340 0.6707 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674244 2 0.2941 0.6578 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM674245 2 0.2762 0.5895 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM674282 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.2912 0.8903 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM674287 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674291 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674292 1 0.2941 0.8895 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM674295 5 0.2664 0.8120 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674302 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674304 1 0.2631 0.8963 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM674305 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674306 1 0.2969 0.8887 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM674308 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674309 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674313 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674314 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0632 0.9156 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674316 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674318 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674320 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674323 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674324 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674325 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0547 0.9104 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 5 0.0146 0.9806 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM674331 5 0.0363 0.9728 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM674332 5 0.2762 0.7975 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM674334 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674335 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674345 3 0.2730 0.6968 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0363 0.7433 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.2793 0.5821 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.2883 0.6783 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.3607 0.5861 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.1075 0.7342 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.3482 0.6016 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000
#> GSM674372 4 0.3351 0.6114 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.3857 0.2641 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> GSM674376 4 0.0458 0.7111 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.0260 0.7050 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674378 4 0.2793 0.6315 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM674383 4 0.3828 -0.1903 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM674386 4 0.2941 0.6697 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM674387 4 0.2793 0.6328 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.0363 0.7425 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674396 4 0.2491 0.6963 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM674399 4 0.2762 0.7007 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM674404 4 0.3620 0.6066 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0713 0.7542 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674188 2 0.1814 0.7488 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM674189 2 0.0146 0.7505 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674196 6 0.3817 0.6408 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM674197 2 0.3868 -0.5537 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM674199 6 0.3023 0.8276 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM674207 6 0.3351 0.8027 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM674211 6 0.3330 0.8070 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM674213 2 0.3563 0.4670 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM674215 2 0.2135 0.7219 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674216 6 0.3023 0.8276 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM674217 2 0.3288 0.5939 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM674222 2 0.3390 0.5617 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM674224 2 0.1663 0.7481 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM674227 2 0.3409 0.4207 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM674228 2 0.3634 0.4138 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM674233 2 0.3288 0.5939 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM674238 2 0.2340 0.7069 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674241 6 0.3659 0.7310 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM674283 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674294 1 0.0363 0.9164 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674296 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674303 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.3023 0.8868 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM674310 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674311 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674312 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.9166 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674321 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674322 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674326 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674329 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674333 5 0.0000 0.9834 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> CV:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> CV:pam 183 0.844 5.66e-76 4
#> CV:pam 175 0.905 9.06e-71 5
#> CV:pam 164 0.911 1.84e-64 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.957 0.913 0.952 0.0543 0.958 0.875
#> 5 5 0.933 0.717 0.873 0.0258 0.961 0.872
#> 6 6 0.825 0.784 0.869 0.0425 0.942 0.809
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674200 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674284 1 0.3219 0.769 0.836 0 0 0.164
#> GSM674285 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674287 1 0.3486 0.750 0.812 0 0 0.188
#> GSM674288 4 0.4776 0.564 0.376 0 0 0.624
#> GSM674289 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674290 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674291 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674292 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674295 4 0.3356 0.826 0.176 0 0 0.824
#> GSM674297 1 0.2530 0.796 0.888 0 0 0.112
#> GSM674298 1 0.0707 0.823 0.980 0 0 0.020
#> GSM674299 1 0.3486 0.750 0.812 0 0 0.188
#> GSM674300 4 0.3801 0.584 0.220 0 0 0.780
#> GSM674301 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674302 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674304 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674305 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674306 4 0.4746 0.381 0.368 0 0 0.632
#> GSM674308 1 0.0592 0.820 0.984 0 0 0.016
#> GSM674309 1 0.3569 0.741 0.804 0 0 0.196
#> GSM674313 4 0.0000 0.690 0.000 0 0 1.000
#> GSM674314 4 0.5000 0.182 0.500 0 0 0.500
#> GSM674315 4 0.4746 0.381 0.368 0 0 0.632
#> GSM674316 1 0.4877 0.237 0.592 0 0 0.408
#> GSM674318 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674320 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674323 4 0.3311 0.828 0.172 0 0 0.828
#> GSM674324 1 0.3444 0.754 0.816 0 0 0.184
#> GSM674325 4 0.4713 0.574 0.360 0 0 0.640
#> GSM674327 4 0.3266 0.807 0.168 0 0 0.832
#> GSM674328 1 0.3356 0.761 0.824 0 0 0.176
#> GSM674330 1 0.5000 -0.242 0.500 0 0 0.500
#> GSM674331 1 0.3444 0.754 0.816 0 0 0.184
#> GSM674332 1 0.3873 0.691 0.772 0 0 0.228
#> GSM674334 1 0.3569 0.741 0.804 0 0 0.196
#> GSM674335 4 0.4746 0.563 0.368 0 0 0.632
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674293 1 0.4996 -0.268 0.516 0 0 0.484
#> GSM674294 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674296 1 0.0469 0.821 0.988 0 0 0.012
#> GSM674303 1 0.2921 0.785 0.860 0 0 0.140
#> GSM674307 1 0.0000 0.825 1.000 0 0 0.000
#> GSM674310 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674311 1 0.3486 0.750 0.812 0 0 0.188
#> GSM674312 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674317 1 0.2921 0.785 0.860 0 0 0.140
#> GSM674319 4 0.3975 0.768 0.240 0 0 0.760
#> GSM674321 4 0.3311 0.828 0.172 0 0 0.828
#> GSM674322 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674326 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674329 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
#> GSM674333 4 0.3219 0.830 0.164 0 0 0.836
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.0404 0.95043 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674346 3 0.4101 0.57858 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0404 0.95105 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674368 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0162 0.95615 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674380 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674385 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0162 0.95617 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.1270 0.91996 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM674400 3 0.4126 0.56709 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM674401 3 0.4161 0.54951 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM674402 3 0.4161 0.55153 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM674403 3 0.4150 0.55556 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM674405 3 0.4030 0.60468 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0794 0.97527 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674183 2 0.1043 0.96505 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674184 2 0.0290 0.99168 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674185 2 0.0162 0.99417 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0703 0.97918 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.1043 0.96505 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0162 0.99423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0290 0.99168 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0162 0.99423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674225 2 0.0162 0.99400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0963 0.96821 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 5 0.4235 0.55579 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM674284 1 0.4114 0.01148 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM674285 5 0.4101 0.61736 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM674287 1 0.4126 -0.00221 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM674288 1 0.3752 -0.29752 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM674289 5 0.4249 0.54198 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM674290 5 0.3983 0.62835 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM674291 5 0.3983 0.62835 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM674292 5 0.3983 0.62835 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM674295 1 0.4823 -0.44362 0.672 0.000 0.000 0.052 0.276
#> GSM674297 1 0.4171 -0.05538 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM674298 1 0.4273 -0.23977 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM674299 1 0.4074 0.03235 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM674300 5 0.5904 -0.59912 0.360 0.000 0.000 0.112 0.528
#> GSM674301 5 0.3983 0.62835 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM674302 5 0.3999 0.62810 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM674304 5 0.4060 0.62376 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM674305 5 0.4138 0.60719 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM674306 5 0.5862 -0.58682 0.344 0.000 0.000 0.112 0.544
#> GSM674308 5 0.3983 0.62281 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM674309 1 0.3876 0.10834 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM674313 4 0.5905 0.78281 0.144 0.000 0.000 0.580 0.276
#> GSM674314 1 0.2230 0.25269 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM674315 5 0.5862 -0.58682 0.344 0.000 0.000 0.112 0.544
#> GSM674316 1 0.5064 0.17798 0.680 0.000 0.000 0.088 0.232
#> GSM674318 4 0.6673 0.91629 0.284 0.000 0.000 0.440 0.276
#> GSM674320 1 0.6779 -0.85226 0.364 0.000 0.000 0.360 0.276
#> GSM674323 1 0.5598 -0.48113 0.612 0.000 0.000 0.112 0.276
#> GSM674324 1 0.4030 0.06064 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM674325 1 0.2179 0.30928 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM674327 1 0.5118 -0.52191 0.548 0.000 0.000 0.040 0.412
#> GSM674328 1 0.4074 0.04195 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM674330 1 0.2280 0.25015 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM674331 1 0.4030 0.06064 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM674332 1 0.3796 0.05765 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM674334 1 0.4437 0.11145 0.664 0.000 0.000 0.020 0.316
#> GSM674335 1 0.1830 0.31468 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> GSM674345 3 0.4088 0.58401 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0794 0.93865 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM674360 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674362 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0162 0.95632 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0162 0.95617 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.95806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0290 0.99168 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0703 0.97921 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.99667 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 5 0.4256 0.53336 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM674286 5 0.4249 0.54192 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> GSM674293 5 0.3565 -0.12656 0.176 0.000 0.000 0.024 0.800
#> GSM674294 5 0.4126 0.61056 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM674296 5 0.3966 0.62505 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM674303 1 0.4138 -0.01294 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM674307 5 0.4256 0.53340 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM674310 4 0.6650 0.91550 0.276 0.000 0.000 0.448 0.276
#> GSM674311 1 0.3999 0.07266 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM674312 4 0.6728 0.90935 0.308 0.000 0.000 0.416 0.276
#> GSM674317 1 0.4192 -0.12847 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM674319 1 0.4701 -0.21941 0.720 0.000 0.000 0.076 0.204
#> GSM674321 1 0.5834 -0.51870 0.588 0.000 0.000 0.136 0.276
#> GSM674322 1 0.6552 -0.68005 0.476 0.000 0.000 0.248 0.276
#> GSM674326 4 0.6770 0.88586 0.340 0.000 0.000 0.384 0.276
#> GSM674329 1 0.6402 -0.61355 0.508 0.000 0.000 0.216 0.276
#> GSM674333 1 0.6518 -0.67512 0.484 0.000 0.000 0.240 0.276
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.1957 0.764 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM674346 4 0.3860 0.487 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.1765 0.809 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.1141 0.824 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0547 0.846 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0146 0.846 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.1610 0.818 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.1075 0.826 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.1075 0.838 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0260 0.847 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0146 0.847 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.1444 0.825 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0547 0.846 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0458 0.844 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.1204 0.821 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0260 0.846 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0790 0.845 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1387 0.811 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM674370 3 0.0547 0.843 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0146 0.846 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0363 0.845 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.2664 0.717 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.2941 0.669 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM674380 3 0.1863 0.773 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.1204 0.836 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.3244 0.584 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.2003 0.800 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.1910 0.769 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0146 0.847 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.3101 0.630 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0260 0.847 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.3371 0.533 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.2048 0.788 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.1387 0.811 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.1327 0.831 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0146 0.846 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.3620 0.370 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.3309 0.786 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.2941 0.762 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM674402 4 0.3198 0.674 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> GSM674403 4 0.3050 0.775 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM674405 4 0.3695 0.657 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.1267 0.832 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.2996 0.657 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0146 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674183 2 0.2581 0.893 0.000 0.856 0.000 0.016 0.000 0.128
#> GSM674184 2 0.3108 0.893 0.000 0.828 0.000 0.044 0.000 0.128
#> GSM674185 2 0.1398 0.939 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> GSM674186 2 0.2048 0.909 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM674187 2 0.1814 0.922 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM674190 2 0.1010 0.947 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM674191 2 0.1007 0.945 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM674192 2 0.0935 0.947 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM674193 2 0.0363 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674194 2 0.2445 0.915 0.000 0.872 0.000 0.020 0.000 0.108
#> GSM674195 2 0.3270 0.884 0.000 0.820 0.000 0.060 0.000 0.120
#> GSM674198 2 0.0260 0.948 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674200 2 0.2667 0.890 0.000 0.852 0.000 0.020 0.000 0.128
#> GSM674201 2 0.1327 0.939 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674202 2 0.1225 0.943 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> GSM674203 2 0.0972 0.944 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM674204 2 0.2019 0.922 0.000 0.900 0.000 0.012 0.000 0.088
#> GSM674205 2 0.0713 0.947 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674206 2 0.0508 0.949 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM674208 2 0.1168 0.943 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM674209 2 0.0820 0.950 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM674210 2 0.0260 0.948 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674212 2 0.0972 0.948 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM674214 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2402 0.905 0.000 0.868 0.000 0.012 0.000 0.120
#> GSM674219 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.2106 0.923 0.000 0.904 0.000 0.064 0.000 0.032
#> GSM674221 2 0.1007 0.945 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM674223 2 0.1957 0.911 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM674225 2 0.2237 0.919 0.000 0.896 0.000 0.068 0.000 0.036
#> GSM674226 2 0.1644 0.935 0.000 0.932 0.000 0.040 0.000 0.028
#> GSM674229 2 0.0891 0.945 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM674230 2 0.1845 0.930 0.000 0.920 0.000 0.052 0.000 0.028
#> GSM674231 2 0.0146 0.948 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0713 0.945 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674234 2 0.0937 0.945 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674235 2 0.0909 0.946 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> GSM674236 2 0.1780 0.932 0.000 0.924 0.000 0.048 0.000 0.028
#> GSM674237 2 0.0972 0.944 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM674239 2 0.0972 0.944 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM674240 2 0.0632 0.949 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674242 2 0.0972 0.944 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM674243 2 0.2730 0.898 0.000 0.836 0.000 0.012 0.000 0.152
#> GSM674244 2 0.2237 0.919 0.000 0.896 0.000 0.068 0.000 0.036
#> GSM674245 2 0.1713 0.934 0.000 0.928 0.000 0.044 0.000 0.028
#> GSM674282 1 0.0713 0.780 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674284 1 0.3202 0.779 0.800 0.000 0.000 0.000 0.176 0.024
#> GSM674285 1 0.1194 0.752 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> GSM674287 1 0.3098 0.783 0.812 0.000 0.000 0.000 0.164 0.024
#> GSM674288 5 0.4952 -0.156 0.408 0.000 0.000 0.000 0.524 0.068
#> GSM674289 1 0.0547 0.777 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674290 1 0.1584 0.728 0.928 0.000 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM674291 1 0.1643 0.726 0.924 0.000 0.000 0.008 0.000 0.068
#> GSM674292 1 0.1643 0.726 0.924 0.000 0.000 0.008 0.000 0.068
#> GSM674295 5 0.2979 0.474 0.116 0.000 0.000 0.000 0.840 0.044
#> GSM674297 1 0.3098 0.783 0.812 0.000 0.000 0.000 0.164 0.024
#> GSM674298 1 0.2744 0.787 0.840 0.000 0.000 0.000 0.144 0.016
#> GSM674299 1 0.3245 0.779 0.800 0.000 0.000 0.000 0.172 0.028
#> GSM674300 6 0.6234 0.871 0.128 0.000 0.000 0.048 0.316 0.508
#> GSM674301 1 0.1584 0.728 0.928 0.000 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM674302 1 0.1584 0.728 0.928 0.000 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM674304 1 0.1398 0.737 0.940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.052
#> GSM674305 1 0.0508 0.763 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM674306 6 0.6307 0.876 0.144 0.000 0.000 0.048 0.300 0.508
#> GSM674308 1 0.1866 0.715 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> GSM674309 1 0.3925 0.735 0.724 0.000 0.000 0.000 0.236 0.040
#> GSM674313 5 0.3706 0.414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM674314 1 0.4786 0.583 0.584 0.000 0.000 0.000 0.352 0.064
#> GSM674315 6 0.6307 0.876 0.144 0.000 0.000 0.048 0.300 0.508
#> GSM674316 1 0.3934 0.603 0.616 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> GSM674318 5 0.3938 0.523 0.016 0.000 0.000 0.000 0.660 0.324
#> GSM674320 5 0.3841 0.578 0.028 0.000 0.000 0.000 0.716 0.256
#> GSM674323 5 0.1957 0.519 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM674324 1 0.3450 0.771 0.780 0.000 0.000 0.000 0.188 0.032
#> GSM674325 1 0.3989 0.422 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> GSM674327 6 0.5392 0.602 0.112 0.000 0.000 0.000 0.436 0.452
#> GSM674328 1 0.3377 0.772 0.784 0.000 0.000 0.000 0.188 0.028
#> GSM674330 1 0.4775 0.589 0.588 0.000 0.000 0.000 0.348 0.064
#> GSM674331 1 0.3450 0.771 0.780 0.000 0.000 0.000 0.188 0.032
#> GSM674332 1 0.4107 0.714 0.700 0.000 0.000 0.000 0.256 0.044
#> GSM674334 1 0.3863 0.722 0.712 0.000 0.000 0.000 0.260 0.028
#> GSM674335 1 0.4238 0.472 0.540 0.000 0.000 0.000 0.444 0.016
#> GSM674345 3 0.3727 -0.121 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0458 0.846 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0146 0.848 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0632 0.842 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.1910 0.769 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.1910 0.769 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.0547 0.844 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.1863 0.802 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.3390 0.532 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.1141 0.824 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM674378 3 0.0937 0.842 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0547 0.843 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.2883 0.689 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.3446 0.494 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.1204 0.834 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.3351 0.542 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.3351 0.542 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.3076 0.637 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0363 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674188 2 0.0935 0.947 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM674189 2 0.2858 0.897 0.000 0.844 0.000 0.032 0.000 0.124
#> GSM674196 2 0.1970 0.921 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> GSM674197 2 0.0692 0.949 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM674199 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.1267 0.939 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674211 2 0.0865 0.946 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674213 2 0.0363 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674215 2 0.1984 0.926 0.000 0.912 0.000 0.056 0.000 0.032
#> GSM674216 2 0.1908 0.928 0.000 0.916 0.000 0.056 0.000 0.028
#> GSM674217 2 0.1267 0.940 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674222 2 0.1970 0.926 0.000 0.912 0.000 0.060 0.000 0.028
#> GSM674224 2 0.0713 0.945 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674227 2 0.2046 0.925 0.000 0.908 0.000 0.060 0.000 0.032
#> GSM674228 2 0.0713 0.945 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674233 2 0.0865 0.946 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674238 2 0.3384 0.877 0.000 0.812 0.000 0.068 0.000 0.120
#> GSM674241 2 0.0909 0.946 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> GSM674283 1 0.0632 0.778 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674286 1 0.0632 0.778 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674293 1 0.6084 -0.550 0.420 0.000 0.000 0.008 0.196 0.376
#> GSM674294 1 0.1036 0.761 0.964 0.000 0.000 0.004 0.008 0.024
#> GSM674296 1 0.1584 0.728 0.928 0.000 0.000 0.008 0.000 0.064
#> GSM674303 1 0.3168 0.780 0.804 0.000 0.000 0.000 0.172 0.024
#> GSM674307 1 0.0790 0.780 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674310 5 0.3852 0.518 0.012 0.000 0.000 0.000 0.664 0.324
#> GSM674311 1 0.3738 0.756 0.752 0.000 0.000 0.000 0.208 0.040
#> GSM674312 5 0.3993 0.550 0.024 0.000 0.000 0.000 0.676 0.300
#> GSM674317 1 0.2558 0.787 0.868 0.000 0.000 0.000 0.104 0.028
#> GSM674319 5 0.3046 0.412 0.188 0.000 0.000 0.000 0.800 0.012
#> GSM674321 5 0.2100 0.522 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.004
#> GSM674322 5 0.3920 0.610 0.088 0.000 0.000 0.000 0.764 0.148
#> GSM674326 5 0.3652 0.538 0.016 0.000 0.000 0.000 0.720 0.264
#> GSM674329 5 0.3616 0.608 0.076 0.000 0.000 0.000 0.792 0.132
#> GSM674333 5 0.3637 0.601 0.084 0.000 0.000 0.000 0.792 0.124
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:mclust 183 0.9238 1.83e-40 2
#> CV:mclust 183 0.9620 6.15e-78 3
#> CV:mclust 177 0.5875 2.14e-73 4
#> CV:mclust 150 0.5483 8.18e-62 5
#> CV:mclust 172 0.0333 7.47e-68 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.999 0.991 0.5819 0.750 0.571
#> 4 4 0.927 0.902 0.937 0.0569 0.968 0.904
#> 5 5 0.863 0.844 0.903 0.0471 0.959 0.865
#> 6 6 0.805 0.816 0.884 0.0349 0.993 0.973
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.153 0.984 0 0.040 0.960
#> GSM674346 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674347 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674348 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674349 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674350 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674353 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674354 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674355 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674356 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674357 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674358 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674361 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674363 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674364 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674365 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674366 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674367 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674368 3 0.116 0.994 0 0.028 0.972
#> GSM674370 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674371 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674373 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674375 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674379 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674380 3 0.141 0.987 0 0.036 0.964
#> GSM674381 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674382 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674384 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674385 3 0.164 0.980 0 0.044 0.956
#> GSM674388 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674389 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674390 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674391 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674393 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674394 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674395 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674397 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674398 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674400 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674401 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674402 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674403 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674405 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674406 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674407 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674181 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674201 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674351 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674352 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674359 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674360 3 0.175 0.976 0 0.048 0.952
#> GSM674362 3 0.236 0.950 0 0.072 0.928
#> GSM674369 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674372 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674374 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674376 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674377 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674378 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674383 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674386 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674387 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674392 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674396 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674399 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674404 3 0.103 0.998 0 0.024 0.976
#> GSM674182 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.4164 0.761 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM674346 3 0.3356 0.853 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM674347 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.1716 0.946 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM674349 3 0.0707 0.971 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674350 3 0.0592 0.973 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674353 3 0.1022 0.965 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM674354 3 0.2704 0.899 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM674355 3 0.0188 0.976 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674356 3 0.1792 0.943 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM674357 3 0.2760 0.897 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM674358 3 0.0469 0.974 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674361 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0707 0.971 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674364 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0188 0.976 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674366 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1474 0.954 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM674370 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0592 0.972 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674373 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674379 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674380 3 0.0707 0.970 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674381 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674382 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674384 3 0.0336 0.976 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674385 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674388 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674390 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674391 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674393 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674394 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674395 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674397 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674398 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674400 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674401 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674402 3 0.0336 0.976 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674403 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674405 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674406 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674407 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674181 2 0.3444 0.830 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM674183 2 0.3764 0.796 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM674184 2 0.0707 0.976 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674185 2 0.0592 0.978 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674186 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674187 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674191 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674192 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.3219 0.850 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM674198 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.3942 0.773 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM674201 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674202 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674204 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0469 0.980 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674209 2 0.0469 0.980 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674210 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674219 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674220 2 0.0336 0.983 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674221 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674223 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.1022 0.968 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674226 2 0.0469 0.980 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674229 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674231 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0469 0.980 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674239 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674240 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674242 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674243 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674244 2 0.1022 0.968 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674245 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674282 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.1211 0.836 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM674285 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.1211 0.836 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM674288 1 0.3444 0.651 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM674289 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.4866 -0.360 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM674297 1 0.0188 0.849 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674298 1 0.0188 0.849 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674299 1 0.2011 0.807 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674300 1 0.1792 0.817 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM674301 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.3074 0.717 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674313 4 0.4746 0.925 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM674314 1 0.3764 0.570 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM674315 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.4830 -0.295 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM674318 4 0.4730 0.922 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM674320 4 0.4713 0.917 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM674323 4 0.4999 0.742 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM674324 1 0.2704 0.758 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM674325 4 0.4955 0.856 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM674327 1 0.3172 0.702 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM674328 1 0.1389 0.831 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM674330 1 0.4331 0.311 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM674331 1 0.2704 0.758 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM674332 1 0.2868 0.742 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM674334 1 0.4304 0.329 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM674335 1 0.4888 -0.399 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM674345 3 0.1637 0.948 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674351 3 0.1022 0.965 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM674352 3 0.0921 0.967 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674359 3 0.4072 0.774 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM674360 3 0.0657 0.973 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM674362 3 0.3836 0.845 0.000 0.016 0.816 0.168
#> GSM674369 3 0.0707 0.971 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674372 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674374 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674377 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674378 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674387 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674392 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674399 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674404 3 0.0188 0.978 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674182 2 0.0817 0.973 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674188 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0592 0.978 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674196 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674215 2 0.0469 0.982 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674216 2 0.0592 0.978 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674222 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674224 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674227 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674228 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674238 2 0.1637 0.945 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM674241 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674283 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.1211 0.836 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM674307 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.4730 0.922 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM674311 1 0.3024 0.723 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM674312 4 0.4713 0.917 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM674317 1 0.2081 0.803 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM674319 4 0.4977 0.827 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM674321 4 0.4967 0.843 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM674322 4 0.4746 0.925 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM674326 4 0.4866 0.903 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM674329 4 0.4761 0.924 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM674333 4 0.4761 0.924 0.372 0.000 0.000 0.628
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 5 0.4310 0.2455 0.000 0.004 0.392 0.000 0.604
#> GSM674346 3 0.4331 0.2740 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400
#> GSM674347 3 0.0451 0.9287 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM674348 3 0.2124 0.8788 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM674349 3 0.0865 0.9249 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM674350 3 0.1357 0.9126 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM674353 3 0.2806 0.8107 0.000 0.000 0.844 0.004 0.152
#> GSM674354 3 0.4375 0.2056 0.000 0.000 0.576 0.004 0.420
#> GSM674355 3 0.0671 0.9277 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM674356 3 0.2719 0.8207 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM674357 3 0.4251 0.3603 0.000 0.000 0.624 0.004 0.372
#> GSM674358 3 0.1041 0.9214 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM674361 3 0.0992 0.9269 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM674363 3 0.2563 0.8547 0.000 0.000 0.872 0.008 0.120
#> GSM674364 3 0.1082 0.9255 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM674365 3 0.0963 0.9230 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674366 3 0.0451 0.9308 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM674367 3 0.0451 0.9308 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM674368 3 0.1270 0.9148 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674370 3 0.0451 0.9303 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM674371 3 0.0865 0.9263 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM674373 3 0.0162 0.9306 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674375 3 0.0671 0.9302 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM674379 3 0.1484 0.9180 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM674380 3 0.1830 0.9054 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM674381 3 0.1557 0.9190 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674382 3 0.1557 0.9159 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674384 3 0.1628 0.9211 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM674385 3 0.1168 0.9281 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM674388 3 0.0510 0.9288 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674389 3 0.1168 0.9260 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM674390 3 0.1041 0.9262 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM674391 3 0.1557 0.9159 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674393 3 0.0771 0.9310 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM674394 3 0.0404 0.9297 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674395 3 0.0992 0.9298 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM674397 3 0.0290 0.9309 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674398 3 0.1845 0.9135 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM674400 3 0.0798 0.9297 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM674401 3 0.1408 0.9217 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM674402 3 0.2439 0.8615 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM674403 3 0.0671 0.9285 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM674405 3 0.1484 0.9183 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM674406 3 0.0898 0.9296 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM674407 3 0.1041 0.9262 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM674181 5 0.4235 0.3249 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM674183 5 0.4161 0.3876 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM674184 2 0.3039 0.7874 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM674185 2 0.2561 0.8542 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM674186 2 0.2011 0.9024 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM674187 2 0.2017 0.9101 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> GSM674190 2 0.2074 0.8889 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM674191 2 0.2179 0.8827 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM674192 2 0.0290 0.9339 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674193 2 0.0404 0.9346 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674194 2 0.1908 0.8973 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674195 5 0.4273 0.2740 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM674198 2 0.0579 0.9330 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM674200 5 0.4430 0.4326 0.000 0.360 0.012 0.000 0.628
#> GSM674201 2 0.2690 0.8349 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM674202 2 0.1331 0.9292 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM674203 2 0.0898 0.9309 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM674204 2 0.0451 0.9333 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM674205 2 0.0579 0.9330 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM674206 2 0.1430 0.9237 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM674208 2 0.0794 0.9296 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674209 2 0.1082 0.9274 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM674210 2 0.0992 0.9299 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM674212 2 0.1082 0.9308 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM674214 2 0.0898 0.9322 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM674218 2 0.2864 0.8431 0.000 0.852 0.000 0.012 0.136
#> GSM674219 2 0.2011 0.9037 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM674220 2 0.1965 0.9077 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM674221 2 0.1894 0.9129 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> GSM674223 2 0.0955 0.9312 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM674225 2 0.1282 0.9201 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM674226 2 0.1082 0.9272 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM674229 2 0.0404 0.9329 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674230 2 0.0510 0.9343 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674231 2 0.0671 0.9323 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM674232 2 0.0898 0.9309 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM674234 2 0.0324 0.9343 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM674235 2 0.1082 0.9325 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM674236 2 0.0671 0.9347 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM674237 2 0.0794 0.9291 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674239 2 0.0609 0.9316 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674240 2 0.2074 0.8873 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM674242 2 0.0898 0.9309 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM674243 2 0.0992 0.9299 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM674244 2 0.1205 0.9252 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM674245 2 0.0609 0.9316 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674282 1 0.0290 0.9076 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674284 1 0.1331 0.8910 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM674285 1 0.0162 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674287 1 0.1168 0.8951 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM674288 1 0.4323 0.2774 0.656 0.000 0.000 0.332 0.012
#> GSM674289 1 0.0162 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674291 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674292 1 0.0162 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674295 4 0.4464 0.6572 0.408 0.000 0.000 0.584 0.008
#> GSM674297 1 0.0324 0.9069 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674298 1 0.0162 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674299 1 0.1768 0.8685 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> GSM674300 1 0.1341 0.8829 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM674301 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674302 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674304 1 0.0162 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674305 1 0.0162 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674306 1 0.0000 0.9079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0162 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674309 1 0.3123 0.7177 0.812 0.000 0.000 0.184 0.004
#> GSM674313 4 0.2929 0.8567 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM674314 1 0.4321 -0.0109 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004
#> GSM674315 1 0.0000 0.9079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 4 0.4268 0.7683 0.344 0.000 0.000 0.648 0.008
#> GSM674318 4 0.2773 0.8483 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM674320 4 0.2605 0.8360 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM674323 4 0.3861 0.8329 0.284 0.000 0.000 0.712 0.004
#> GSM674324 1 0.2439 0.8160 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004
#> GSM674325 4 0.3662 0.8537 0.252 0.000 0.000 0.744 0.004
#> GSM674327 1 0.3550 0.6032 0.760 0.000 0.000 0.236 0.004
#> GSM674328 1 0.1410 0.8798 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM674330 4 0.4304 0.4671 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM674331 1 0.2536 0.8057 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM674332 1 0.3231 0.6968 0.800 0.000 0.000 0.196 0.004
#> GSM674334 4 0.4450 0.4509 0.488 0.000 0.000 0.508 0.004
#> GSM674335 4 0.4182 0.7581 0.352 0.000 0.000 0.644 0.004
#> GSM674345 3 0.1571 0.9060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM674351 3 0.2124 0.8756 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM674352 3 0.1831 0.8968 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM674359 5 0.4450 -0.0224 0.000 0.000 0.488 0.004 0.508
#> GSM674360 3 0.2179 0.8785 0.000 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM674362 5 0.5121 0.0584 0.000 0.028 0.468 0.004 0.500
#> GSM674369 3 0.0771 0.9280 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM674372 3 0.0771 0.9314 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM674374 3 0.0162 0.9306 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674376 3 0.1484 0.9196 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM674377 3 0.1830 0.9082 0.000 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM674378 3 0.0162 0.9306 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674383 3 0.0404 0.9293 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674386 3 0.1697 0.9132 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> GSM674387 3 0.1331 0.9218 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> GSM674392 3 0.0404 0.9288 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674396 3 0.1740 0.9136 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM674399 3 0.1557 0.9159 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674404 3 0.1082 0.9262 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM674182 2 0.2516 0.8554 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM674188 2 0.1697 0.9203 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM674189 2 0.3109 0.7583 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM674196 2 0.1331 0.9278 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM674197 2 0.0898 0.9322 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM674199 2 0.0579 0.9330 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM674207 2 0.1444 0.9274 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> GSM674211 2 0.0579 0.9331 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM674213 2 0.1956 0.9104 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM674215 2 0.1478 0.9261 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM674216 2 0.0955 0.9281 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM674217 2 0.2017 0.9071 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> GSM674222 2 0.0671 0.9335 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM674224 2 0.0955 0.9309 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM674227 2 0.0865 0.9300 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM674228 2 0.0290 0.9345 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.1671 0.9137 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM674238 2 0.4262 0.0664 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM674241 2 0.0703 0.9306 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674283 1 0.0290 0.9076 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674286 1 0.0000 0.9079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674294 1 0.0000 0.9079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0290 0.9061 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674303 1 0.1282 0.8896 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM674307 1 0.0000 0.9079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.2648 0.8396 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM674311 1 0.3010 0.7377 0.824 0.000 0.000 0.172 0.004
#> GSM674312 4 0.2516 0.8277 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM674317 1 0.1768 0.8685 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> GSM674319 4 0.3561 0.8513 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM674321 4 0.3715 0.8509 0.260 0.000 0.000 0.736 0.004
#> GSM674322 4 0.2852 0.8532 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM674326 4 0.3424 0.8566 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM674329 4 0.2966 0.8575 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> GSM674333 4 0.2929 0.8566 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 6 0.4238 0.3303 0.000 0.000 0.344 NA 0.000 0.628
#> GSM674346 3 0.4314 0.1837 0.000 0.000 0.536 NA 0.000 0.444
#> GSM674347 3 0.0520 0.9002 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.008
#> GSM674348 3 0.1663 0.8726 0.000 0.000 0.912 NA 0.000 0.088
#> GSM674349 3 0.0972 0.8988 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.028
#> GSM674350 3 0.2214 0.8507 0.000 0.000 0.888 NA 0.000 0.096
#> GSM674353 3 0.3665 0.6555 0.000 0.000 0.728 NA 0.000 0.252
#> GSM674354 3 0.4407 0.0174 0.000 0.000 0.492 NA 0.000 0.484
#> GSM674355 3 0.0622 0.8996 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.012
#> GSM674356 3 0.2805 0.7940 0.000 0.000 0.828 NA 0.000 0.160
#> GSM674357 3 0.4205 0.2716 0.000 0.000 0.564 NA 0.000 0.420
#> GSM674358 3 0.1297 0.8883 0.000 0.000 0.948 NA 0.000 0.040
#> GSM674361 3 0.2461 0.8603 0.000 0.000 0.888 NA 0.004 0.064
#> GSM674363 3 0.3641 0.6902 0.000 0.000 0.748 NA 0.000 0.224
#> GSM674364 3 0.2003 0.8742 0.000 0.000 0.912 NA 0.000 0.044
#> GSM674365 3 0.0692 0.8983 0.000 0.000 0.976 NA 0.000 0.020
#> GSM674366 3 0.0603 0.9019 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.004
#> GSM674367 3 0.0363 0.9013 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1462 0.8898 0.000 0.000 0.936 NA 0.000 0.056
#> GSM674370 3 0.0363 0.9021 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0806 0.8992 0.000 0.000 0.972 NA 0.000 0.020
#> GSM674373 3 0.0632 0.9029 0.000 0.000 0.976 NA 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0632 0.9013 0.000 0.000 0.976 NA 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.1398 0.8880 0.000 0.000 0.940 NA 0.000 0.008
#> GSM674380 3 0.2070 0.8611 0.000 0.008 0.892 NA 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0865 0.8990 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> GSM674382 3 0.1349 0.8911 0.000 0.000 0.940 NA 0.000 0.004
#> GSM674384 3 0.2631 0.8187 0.000 0.000 0.840 NA 0.000 0.008
#> GSM674385 3 0.3532 0.7819 0.000 0.000 0.796 NA 0.000 0.064
#> GSM674388 3 0.0603 0.9006 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.016
#> GSM674389 3 0.0632 0.9021 0.000 0.000 0.976 NA 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0935 0.8969 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.004
#> GSM674391 3 0.1757 0.8777 0.000 0.000 0.916 NA 0.000 0.008
#> GSM674393 3 0.0405 0.9016 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.004
#> GSM674394 3 0.0993 0.9012 0.000 0.000 0.964 NA 0.000 0.012
#> GSM674395 3 0.0777 0.9024 0.000 0.000 0.972 NA 0.000 0.004
#> GSM674397 3 0.0458 0.9018 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.2389 0.8466 0.000 0.000 0.864 NA 0.000 0.008
#> GSM674400 3 0.0692 0.9019 0.000 0.000 0.976 NA 0.004 0.000
#> GSM674401 3 0.1296 0.8977 0.000 0.000 0.948 NA 0.004 0.004
#> GSM674402 3 0.4684 0.5401 0.000 0.000 0.656 NA 0.000 0.256
#> GSM674403 3 0.0603 0.8988 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.016
#> GSM674405 3 0.1462 0.8887 0.000 0.000 0.936 NA 0.000 0.008
#> GSM674406 3 0.0547 0.9004 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0790 0.8978 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.000
#> GSM674181 6 0.3898 0.4578 0.000 0.336 0.000 NA 0.000 0.652
#> GSM674183 6 0.3541 0.5636 0.000 0.260 0.000 NA 0.000 0.728
#> GSM674184 2 0.3974 0.6138 0.000 0.680 0.000 NA 0.000 0.296
#> GSM674185 2 0.3699 0.7377 0.000 0.752 0.000 NA 0.000 0.212
#> GSM674186 2 0.2311 0.8523 0.000 0.880 0.000 NA 0.000 0.104
#> GSM674187 2 0.2404 0.8572 0.000 0.884 0.000 NA 0.000 0.080
#> GSM674190 2 0.1663 0.8641 0.000 0.912 0.000 NA 0.000 0.088
#> GSM674191 2 0.2320 0.8358 0.000 0.864 0.000 NA 0.000 0.132
#> GSM674192 2 0.0405 0.8746 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674193 2 0.1616 0.8694 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674194 2 0.1918 0.8625 0.000 0.904 0.000 NA 0.000 0.088
#> GSM674195 6 0.3653 0.5199 0.000 0.300 0.000 NA 0.000 0.692
#> GSM674198 2 0.1219 0.8678 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674200 6 0.3902 0.5876 0.000 0.212 0.012 NA 0.000 0.748
#> GSM674201 2 0.3690 0.6487 0.000 0.700 0.000 NA 0.000 0.288
#> GSM674202 2 0.1845 0.8712 0.000 0.920 0.000 NA 0.000 0.052
#> GSM674203 2 0.1471 0.8663 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674204 2 0.1219 0.8684 0.000 0.948 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674205 2 0.1124 0.8725 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674206 2 0.3325 0.8295 0.000 0.820 0.000 NA 0.000 0.084
#> GSM674208 2 0.1814 0.8491 0.000 0.900 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.2613 0.8168 0.000 0.848 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674210 2 0.1285 0.8695 0.000 0.944 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674212 2 0.2384 0.8568 0.000 0.888 0.000 NA 0.000 0.048
#> GSM674214 2 0.1895 0.8610 0.000 0.912 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674218 2 0.5100 0.5165 0.000 0.612 0.000 NA 0.000 0.260
#> GSM674219 2 0.3506 0.7988 0.000 0.792 0.000 NA 0.000 0.156
#> GSM674220 2 0.4214 0.7363 0.000 0.736 0.004 NA 0.000 0.184
#> GSM674221 2 0.3193 0.8276 0.000 0.824 0.000 NA 0.000 0.124
#> GSM674223 2 0.2752 0.8394 0.000 0.856 0.000 NA 0.000 0.036
#> GSM674225 2 0.3798 0.7290 0.000 0.748 0.004 NA 0.000 0.032
#> GSM674226 2 0.2830 0.8152 0.000 0.836 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674229 2 0.0547 0.8725 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.1934 0.8681 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.040
#> GSM674231 2 0.2019 0.8497 0.000 0.900 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674232 2 0.1349 0.8685 0.000 0.940 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0777 0.8725 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.1713 0.8719 0.000 0.928 0.000 NA 0.000 0.044
#> GSM674236 2 0.0806 0.8748 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674237 2 0.1610 0.8551 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.1075 0.8658 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.2730 0.8217 0.000 0.836 0.000 NA 0.000 0.152
#> GSM674242 2 0.1349 0.8683 0.000 0.940 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674243 2 0.2312 0.8367 0.000 0.876 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674244 2 0.3867 0.7319 0.000 0.744 0.004 NA 0.000 0.036
#> GSM674245 2 0.1088 0.8733 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674282 1 0.0405 0.9168 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674284 1 0.1624 0.8999 0.936 0.000 0.000 NA 0.044 0.012
#> GSM674285 1 0.0260 0.9169 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674287 1 0.1218 0.9083 0.956 0.000 0.000 NA 0.028 0.012
#> GSM674288 1 0.4754 0.1706 0.544 0.000 0.000 NA 0.416 0.016
#> GSM674289 1 0.0291 0.9172 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.0820 0.9111 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674291 1 0.0717 0.9146 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674292 1 0.0603 0.9157 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674295 5 0.3317 0.8413 0.168 0.000 0.000 NA 0.804 0.012
#> GSM674297 1 0.0146 0.9172 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674298 1 0.0146 0.9172 0.996 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674299 1 0.2375 0.8774 0.896 0.000 0.000 NA 0.068 0.016
#> GSM674300 1 0.1340 0.9037 0.948 0.000 0.000 NA 0.040 0.008
#> GSM674301 1 0.0622 0.9133 0.980 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674302 1 0.0520 0.9132 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674304 1 0.0260 0.9164 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674305 1 0.0146 0.9173 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674306 1 0.0146 0.9173 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674308 1 0.0508 0.9156 0.984 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674309 1 0.3586 0.6107 0.712 0.000 0.000 NA 0.280 0.004
#> GSM674313 5 0.1477 0.9057 0.048 0.000 0.000 NA 0.940 0.004
#> GSM674314 5 0.3890 0.4219 0.400 0.000 0.000 NA 0.596 0.004
#> GSM674315 1 0.0146 0.9173 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674316 5 0.1863 0.9051 0.104 0.000 0.000 NA 0.896 0.000
#> GSM674318 5 0.1124 0.8973 0.036 0.000 0.000 NA 0.956 0.000
#> GSM674320 5 0.1049 0.8951 0.032 0.000 0.000 NA 0.960 0.000
#> GSM674323 5 0.1814 0.9075 0.100 0.000 0.000 NA 0.900 0.000
#> GSM674324 1 0.2773 0.7921 0.828 0.000 0.000 NA 0.164 0.004
#> GSM674325 5 0.1610 0.9117 0.084 0.000 0.000 NA 0.916 0.000
#> GSM674327 1 0.3650 0.6247 0.716 0.000 0.000 NA 0.272 0.008
#> GSM674328 1 0.1757 0.8940 0.928 0.000 0.000 NA 0.052 0.008
#> GSM674330 5 0.3690 0.6474 0.308 0.000 0.000 NA 0.684 0.008
#> GSM674331 1 0.2668 0.7892 0.828 0.000 0.000 NA 0.168 0.000
#> GSM674332 1 0.3545 0.6884 0.748 0.000 0.000 NA 0.236 0.008
#> GSM674334 5 0.3398 0.7391 0.252 0.000 0.000 NA 0.740 0.008
#> GSM674335 5 0.2699 0.8872 0.124 0.000 0.000 NA 0.856 0.008
#> GSM674345 3 0.1701 0.8757 0.000 0.000 0.920 NA 0.000 0.072
#> GSM674351 3 0.3189 0.7548 0.000 0.000 0.796 NA 0.000 0.184
#> GSM674352 3 0.2709 0.8137 0.000 0.000 0.848 NA 0.000 0.132
#> GSM674359 6 0.4444 0.0708 0.000 0.000 0.436 NA 0.000 0.536
#> GSM674360 3 0.4131 0.5955 0.000 0.000 0.688 NA 0.000 0.272
#> GSM674362 6 0.5428 0.2791 0.000 0.036 0.368 NA 0.000 0.544
#> GSM674369 3 0.0909 0.9004 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.020
#> GSM674372 3 0.0692 0.9021 0.000 0.000 0.976 NA 0.000 0.004
#> GSM674374 3 0.0291 0.9016 0.000 0.000 0.992 NA 0.000 0.004
#> GSM674376 3 0.1204 0.8923 0.000 0.000 0.944 NA 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.1970 0.8676 0.000 0.000 0.900 NA 0.000 0.008
#> GSM674378 3 0.0146 0.9010 0.000 0.000 0.996 NA 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0405 0.8996 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.008
#> GSM674386 3 0.1753 0.8755 0.000 0.000 0.912 NA 0.004 0.000
#> GSM674387 3 0.1075 0.8929 0.000 0.000 0.952 NA 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.0622 0.9000 0.000 0.000 0.980 NA 0.000 0.012
#> GSM674396 3 0.2006 0.8668 0.000 0.000 0.892 NA 0.000 0.004
#> GSM674399 3 0.1757 0.8760 0.000 0.000 0.916 NA 0.000 0.008
#> GSM674404 3 0.0363 0.9007 0.000 0.000 0.988 NA 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.3290 0.7676 0.000 0.776 0.000 NA 0.000 0.208
#> GSM674188 2 0.1616 0.8713 0.000 0.932 0.000 NA 0.000 0.048
#> GSM674189 2 0.4039 0.4929 0.000 0.632 0.000 NA 0.000 0.352
#> GSM674196 2 0.2046 0.8616 0.000 0.908 0.000 NA 0.000 0.032
#> GSM674197 2 0.1700 0.8667 0.000 0.928 0.000 NA 0.000 0.024
#> GSM674199 2 0.1285 0.8677 0.000 0.944 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674207 2 0.2457 0.8502 0.000 0.880 0.000 NA 0.000 0.036
#> GSM674211 2 0.1867 0.8622 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674213 2 0.3678 0.8022 0.000 0.788 0.000 NA 0.000 0.128
#> GSM674215 2 0.3922 0.7849 0.000 0.776 0.004 NA 0.000 0.124
#> GSM674216 2 0.1700 0.8586 0.000 0.916 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674217 2 0.3193 0.8258 0.000 0.824 0.000 NA 0.000 0.124
#> GSM674222 2 0.1168 0.8765 0.000 0.956 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674224 2 0.2872 0.8185 0.000 0.836 0.000 NA 0.000 0.024
#> GSM674227 2 0.2311 0.8408 0.000 0.880 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674228 2 0.0891 0.8745 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.024
#> GSM674233 2 0.2214 0.8538 0.000 0.888 0.000 NA 0.000 0.096
#> GSM674238 6 0.4932 0.3861 0.000 0.356 0.008 NA 0.000 0.580
#> GSM674241 2 0.0937 0.8682 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0291 0.9172 0.992 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674286 1 0.0000 0.9170 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0717 0.9146 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674294 1 0.0405 0.9168 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674296 1 0.0363 0.9157 0.988 0.000 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674303 1 0.1196 0.9036 0.952 0.000 0.000 NA 0.040 0.008
#> GSM674307 1 0.0146 0.9173 0.996 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674310 5 0.1124 0.8973 0.036 0.000 0.000 NA 0.956 0.000
#> GSM674311 1 0.3437 0.6876 0.752 0.000 0.000 NA 0.236 0.008
#> GSM674312 5 0.1151 0.8955 0.032 0.000 0.000 NA 0.956 0.000
#> GSM674317 1 0.2508 0.8660 0.884 0.000 0.000 NA 0.084 0.016
#> GSM674319 5 0.2169 0.9109 0.080 0.000 0.000 NA 0.900 0.008
#> GSM674321 5 0.1970 0.9103 0.092 0.000 0.000 NA 0.900 0.008
#> GSM674322 5 0.1082 0.9010 0.040 0.000 0.000 NA 0.956 0.000
#> GSM674326 5 0.1501 0.9119 0.076 0.000 0.000 NA 0.924 0.000
#> GSM674329 5 0.1471 0.9101 0.064 0.000 0.000 NA 0.932 0.000
#> GSM674333 5 0.0937 0.9008 0.040 0.000 0.000 NA 0.960 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:NMF 183 0.9238 1.83e-40 2
#> CV:NMF 183 0.9620 6.15e-78 3
#> CV:NMF 178 0.0924 7.95e-74 4
#> CV:NMF 168 0.3714 1.56e-69 5
#> CV:NMF 172 0.5025 1.73e-69 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.997 0.998 0.5955 0.750 0.571
#> 4 4 0.948 0.887 0.951 0.0633 0.967 0.900
#> 5 5 0.799 0.774 0.869 0.0728 0.940 0.799
#> 6 6 0.794 0.680 0.843 0.0298 0.985 0.940
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0237 0.992 0 0.996 0.004
#> GSM674184 2 0.0237 0.992 0 0.996 0.004
#> GSM674185 2 0.1529 0.963 0 0.960 0.040
#> GSM674186 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0237 0.992 0 0.996 0.004
#> GSM674198 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.1529 0.963 0 0.960 0.040
#> GSM674201 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0237 0.992 0 0.996 0.004
#> GSM674219 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.1411 0.966 0 0.964 0.036
#> GSM674221 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.1411 0.966 0 0.964 0.036
#> GSM674226 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.1411 0.966 0 0.964 0.036
#> GSM674245 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0237 0.992 0 0.996 0.004
#> GSM674196 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.1411 0.966 0 0.964 0.036
#> GSM674216 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.1163 0.973 0 0.972 0.028
#> GSM674224 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.1529 0.963 0 0.960 0.040
#> GSM674241 2 0.0000 0.995 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674346 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674347 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674349 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674350 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674353 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674354 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674355 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674356 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674357 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674358 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674361 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674363 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674364 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674365 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674366 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674367 3 0.0336 0.9903 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674368 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674370 3 0.0817 0.9800 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674371 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674373 3 0.0817 0.9796 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674375 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674379 3 0.1022 0.9751 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674380 3 0.1211 0.9696 0 0.000 0.960 0.040
#> GSM674381 3 0.0469 0.9889 0 0.000 0.988 0.012
#> GSM674382 3 0.1118 0.9723 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674384 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674385 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674388 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674389 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0817 0.9800 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674391 3 0.1118 0.9723 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674393 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674395 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674398 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674400 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674403 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674405 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674406 3 0.1022 0.9751 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674407 3 0.1022 0.9751 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674181 2 0.4996 -0.2128 0 0.516 0.000 0.484
#> GSM674183 4 0.4304 0.6735 0 0.284 0.000 0.716
#> GSM674184 4 0.4500 0.6573 0 0.316 0.000 0.684
#> GSM674185 4 0.0707 0.7191 0 0.020 0.000 0.980
#> GSM674186 2 0.3837 0.6463 0 0.776 0.000 0.224
#> GSM674187 2 0.2011 0.8244 0 0.920 0.000 0.080
#> GSM674190 2 0.3726 0.6598 0 0.788 0.000 0.212
#> GSM674191 2 0.3726 0.6598 0 0.788 0.000 0.212
#> GSM674192 2 0.0592 0.8484 0 0.984 0.000 0.016
#> GSM674193 2 0.0817 0.8481 0 0.976 0.000 0.024
#> GSM674194 2 0.4193 0.5651 0 0.732 0.000 0.268
#> GSM674195 4 0.4522 0.6563 0 0.320 0.000 0.680
#> GSM674198 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.0188 0.7123 0 0.004 0.000 0.996
#> GSM674201 2 0.4996 -0.1955 0 0.516 0.000 0.484
#> GSM674202 2 0.3074 0.7398 0 0.848 0.000 0.152
#> GSM674203 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0592 0.8484 0 0.984 0.000 0.016
#> GSM674206 2 0.4898 0.1211 0 0.584 0.000 0.416
#> GSM674208 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0707 0.8489 0 0.980 0.000 0.020
#> GSM674210 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 4 0.4679 0.6036 0 0.352 0.000 0.648
#> GSM674219 2 0.2921 0.7621 0 0.860 0.000 0.140
#> GSM674220 4 0.4431 0.4983 0 0.304 0.000 0.696
#> GSM674221 2 0.2921 0.7621 0 0.860 0.000 0.140
#> GSM674223 2 0.0817 0.8474 0 0.976 0.000 0.024
#> GSM674225 2 0.4994 -0.0284 0 0.520 0.000 0.480
#> GSM674226 2 0.0817 0.8477 0 0.976 0.000 0.024
#> GSM674229 2 0.0188 0.8497 0 0.996 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.1302 0.8433 0 0.956 0.000 0.044
#> GSM674231 2 0.1474 0.8403 0 0.948 0.000 0.052
#> GSM674232 2 0.0469 0.8466 0 0.988 0.000 0.012
#> GSM674234 2 0.1118 0.8468 0 0.964 0.000 0.036
#> GSM674235 2 0.3074 0.7398 0 0.848 0.000 0.152
#> GSM674236 2 0.3074 0.7398 0 0.848 0.000 0.152
#> GSM674237 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.4406 0.4630 0 0.700 0.000 0.300
#> GSM674242 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0921 0.8462 0 0.972 0.000 0.028
#> GSM674244 2 0.4994 -0.0284 0 0.520 0.000 0.480
#> GSM674245 2 0.0921 0.8473 0 0.972 0.000 0.028
#> GSM674282 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674351 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674352 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674359 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674360 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674362 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674369 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674372 3 0.0000 0.9906 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0817 0.9796 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674376 3 0.1022 0.9751 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674377 3 0.1211 0.9696 0 0.000 0.960 0.040
#> GSM674378 3 0.0817 0.9796 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674383 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674386 3 0.1118 0.9723 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674387 3 0.1022 0.9751 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674392 3 0.0188 0.9913 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674396 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674399 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674404 3 0.0188 0.9897 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674182 2 0.4989 -0.1627 0 0.528 0.000 0.472
#> GSM674188 2 0.2011 0.8244 0 0.920 0.000 0.080
#> GSM674189 4 0.4830 0.5138 0 0.392 0.000 0.608
#> GSM674196 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.1792 0.8279 0 0.932 0.000 0.068
#> GSM674215 4 0.2345 0.7214 0 0.100 0.000 0.900
#> GSM674216 2 0.0592 0.8454 0 0.984 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.2921 0.7621 0 0.860 0.000 0.140
#> GSM674222 2 0.4382 0.4868 0 0.704 0.000 0.296
#> GSM674224 2 0.0817 0.8477 0 0.976 0.000 0.024
#> GSM674227 2 0.3074 0.7398 0 0.848 0.000 0.152
#> GSM674228 2 0.1389 0.8413 0 0.952 0.000 0.048
#> GSM674233 2 0.2921 0.7621 0 0.860 0.000 0.140
#> GSM674238 4 0.0188 0.7123 0 0.004 0.000 0.996
#> GSM674241 2 0.0000 0.8501 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.0290 0.85648 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674346 3 0.0290 0.85648 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674347 4 0.4242 0.68341 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM674348 3 0.0404 0.86368 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674349 3 0.0963 0.85803 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674350 3 0.0703 0.86212 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674353 3 0.0703 0.86212 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674354 3 0.0290 0.85648 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674355 3 0.1270 0.84323 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM674356 3 0.0290 0.85648 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674357 3 0.0404 0.85783 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674358 3 0.0963 0.85579 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674361 3 0.0609 0.86297 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674363 3 0.0703 0.86290 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674364 3 0.0404 0.85808 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674365 3 0.0510 0.86280 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674366 3 0.2471 0.73521 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM674367 3 0.4126 -0.04302 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM674368 3 0.0794 0.85864 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM674370 4 0.4227 0.70157 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM674371 3 0.0609 0.86302 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674373 4 0.4192 0.72054 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM674375 4 0.4306 0.54334 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM674379 4 0.3561 0.80781 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674380 4 0.2930 0.77581 0.000 0.000 0.164 0.832 0.004
#> GSM674381 3 0.4273 -0.26317 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM674382 4 0.2970 0.77893 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> GSM674384 3 0.4302 -0.45429 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM674385 3 0.1792 0.81884 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674388 3 0.1043 0.85398 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM674389 4 0.4307 0.50253 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM674390 4 0.4210 0.71467 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM674391 4 0.2970 0.77893 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> GSM674393 4 0.4210 0.70761 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM674394 3 0.2179 0.77088 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM674395 3 0.3999 0.07903 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM674397 3 0.3143 0.61641 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM674398 4 0.3707 0.81403 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM674400 4 0.3966 0.79144 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM674401 4 0.3932 0.79412 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM674402 3 0.0510 0.86085 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674403 4 0.4030 0.78026 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM674405 4 0.3752 0.81162 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM674406 4 0.3684 0.80818 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM674407 4 0.3561 0.80781 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674181 2 0.4306 -0.22314 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM674183 5 0.3661 0.67711 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM674184 5 0.3837 0.66130 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM674185 5 0.1300 0.71786 0.000 0.016 0.000 0.028 0.956
#> GSM674186 2 0.3336 0.64499 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM674187 2 0.1732 0.82360 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674190 2 0.3242 0.65836 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM674191 2 0.3242 0.65836 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM674192 2 0.0609 0.84650 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674193 2 0.0794 0.84617 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674194 2 0.3636 0.56420 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM674195 5 0.3857 0.66035 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM674198 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 5 0.0794 0.70518 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM674201 2 0.4306 -0.20635 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM674202 2 0.2648 0.73963 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674203 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0609 0.84650 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674206 2 0.4235 0.10723 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM674208 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0609 0.84798 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674210 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0162 0.84853 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674214 2 0.0162 0.84853 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674218 5 0.3999 0.60835 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM674219 2 0.2605 0.75509 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM674220 5 0.4526 0.49903 0.000 0.300 0.000 0.028 0.672
#> GSM674221 2 0.2605 0.75509 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM674223 2 0.0794 0.84539 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674225 2 0.4965 -0.01978 0.000 0.520 0.000 0.028 0.452
#> GSM674226 2 0.0703 0.84663 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674229 2 0.0162 0.84831 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.1121 0.84235 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM674231 2 0.1270 0.83942 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM674232 2 0.0404 0.84513 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674234 2 0.1043 0.84503 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM674235 2 0.2648 0.73963 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674236 2 0.2648 0.73963 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674237 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.3837 0.45231 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM674242 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0794 0.84577 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674244 2 0.4965 -0.01978 0.000 0.520 0.000 0.028 0.452
#> GSM674245 2 0.0794 0.84630 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674282 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.2505 0.92744 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> GSM674289 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0162 0.94501 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674295 1 0.3152 0.90832 0.840 0.000 0.000 0.136 0.024
#> GSM674297 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.2505 0.92744 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> GSM674300 1 0.0566 0.94377 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM674301 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.3326 0.89904 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM674314 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.2915 0.91786 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> GSM674318 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674320 1 0.3326 0.89904 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM674323 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674324 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674327 1 0.2915 0.91786 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> GSM674328 1 0.0566 0.94377 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM674330 1 0.2505 0.92687 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> GSM674331 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.2505 0.92687 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> GSM674334 1 0.2505 0.92687 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> GSM674335 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674345 3 0.0609 0.86319 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674351 3 0.0703 0.86212 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674352 3 0.0703 0.86212 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674359 3 0.0162 0.86102 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674360 3 0.0794 0.85864 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM674362 3 0.0290 0.85648 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674369 3 0.0609 0.86302 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674372 3 0.4045 0.00799 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM674374 4 0.4192 0.72054 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM674376 4 0.3561 0.80781 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674377 4 0.3231 0.79111 0.000 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM674378 4 0.4182 0.72388 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM674383 3 0.0963 0.85707 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674386 4 0.2970 0.77893 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> GSM674387 4 0.3561 0.80781 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM674392 3 0.3424 0.49017 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM674396 4 0.3707 0.81403 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM674399 4 0.3707 0.81403 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM674404 4 0.3816 0.81229 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM674182 2 0.4302 -0.17400 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM674188 2 0.1732 0.82360 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674189 5 0.4138 0.51968 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM674196 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0162 0.84853 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674211 2 0.0162 0.84853 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674213 2 0.1608 0.82668 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM674215 5 0.2740 0.72325 0.000 0.096 0.000 0.028 0.876
#> GSM674216 2 0.0510 0.84397 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.2605 0.75509 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM674222 2 0.4229 0.48984 0.000 0.704 0.000 0.020 0.276
#> GSM674224 2 0.0703 0.84663 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674227 2 0.2648 0.73965 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674228 2 0.1197 0.84044 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM674233 2 0.2605 0.75509 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM674238 5 0.0794 0.70518 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM674241 2 0.0000 0.84839 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0162 0.94501 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674294 1 0.0162 0.94501 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674311 1 0.0000 0.94521 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.3326 0.89904 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM674317 1 0.2331 0.93014 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> GSM674319 1 0.3326 0.89904 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM674321 1 0.2915 0.91786 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> GSM674322 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674326 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
#> GSM674329 1 0.3326 0.89904 0.824 0.000 0.000 0.152 0.024
#> GSM674333 1 0.2964 0.91632 0.856 0.000 0.000 0.120 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0260 0.8122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674346 3 0.0260 0.8122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674347 4 0.6104 -0.3606 0.000 0.000 0.328 0.376 0.296 0.000
#> GSM674348 3 0.0547 0.8168 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.1176 0.8091 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000
#> GSM674350 3 0.0725 0.8144 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM674353 3 0.0725 0.8144 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM674354 3 0.0260 0.8122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674355 3 0.1434 0.7965 0.000 0.000 0.940 0.048 0.012 0.000
#> GSM674356 3 0.0260 0.8122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674357 3 0.0405 0.8133 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM674358 3 0.0993 0.8105 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> GSM674361 3 0.0622 0.8148 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM674363 3 0.0725 0.8156 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM674364 3 0.0405 0.8130 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM674365 3 0.0603 0.8159 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> GSM674366 3 0.2581 0.7026 0.000 0.000 0.860 0.120 0.020 0.000
#> GSM674367 3 0.4331 -0.1158 0.000 0.000 0.516 0.464 0.020 0.000
#> GSM674368 3 0.0937 0.8077 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674370 4 0.3584 0.4815 0.000 0.000 0.308 0.688 0.004 0.000
#> GSM674371 3 0.0717 0.8156 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM674373 4 0.3390 0.5022 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.5262 -0.2545 0.000 0.000 0.452 0.452 0.096 0.000
#> GSM674379 4 0.2445 0.6108 0.000 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000
#> GSM674380 4 0.0777 0.5544 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM674381 4 0.4184 0.1698 0.000 0.000 0.408 0.576 0.016 0.000
#> GSM674382 4 0.0458 0.5539 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674384 3 0.4338 -0.1019 0.000 0.000 0.492 0.488 0.020 0.000
#> GSM674385 3 0.1908 0.7675 0.000 0.000 0.900 0.096 0.004 0.000
#> GSM674388 3 0.2178 0.6935 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.5763 -0.3558 0.000 0.000 0.480 0.332 0.188 0.000
#> GSM674390 4 0.3547 0.4911 0.000 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000
#> GSM674391 4 0.0458 0.5539 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674393 4 0.6100 -0.3466 0.000 0.000 0.312 0.384 0.304 0.000
#> GSM674394 3 0.2234 0.7218 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> GSM674395 3 0.4249 0.2434 0.000 0.000 0.640 0.328 0.032 0.000
#> GSM674397 3 0.3201 0.5932 0.000 0.000 0.780 0.208 0.012 0.000
#> GSM674398 4 0.5492 0.1799 0.000 0.000 0.168 0.552 0.280 0.000
#> GSM674400 5 0.5606 0.9680 0.000 0.000 0.324 0.164 0.512 0.000
#> GSM674401 5 0.5558 0.9600 0.000 0.000 0.316 0.160 0.524 0.000
#> GSM674402 3 0.0508 0.8154 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM674403 5 0.5618 0.9524 0.000 0.000 0.340 0.160 0.500 0.000
#> GSM674405 4 0.5799 -0.1446 0.000 0.000 0.184 0.448 0.368 0.000
#> GSM674406 4 0.2907 0.5928 0.000 0.000 0.152 0.828 0.020 0.000
#> GSM674407 4 0.2445 0.6108 0.000 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000
#> GSM674181 2 0.3868 -0.2141 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM674183 6 0.3288 0.6675 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM674184 6 0.3446 0.6536 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM674185 6 0.1059 0.6297 0.000 0.016 0.000 0.004 0.016 0.964
#> GSM674186 2 0.2996 0.6423 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM674187 2 0.1757 0.8198 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> GSM674190 2 0.2912 0.6563 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM674191 2 0.2912 0.6563 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM674192 2 0.0547 0.8410 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674193 2 0.0713 0.8407 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674194 2 0.3266 0.5631 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM674195 6 0.3464 0.6526 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM674198 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674200 6 0.0603 0.6128 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> GSM674201 2 0.3868 -0.1975 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM674202 2 0.2950 0.7224 0.000 0.828 0.000 0.000 0.024 0.148
#> GSM674203 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674204 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674205 2 0.0547 0.8410 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674206 2 0.3804 0.1122 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM674208 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674209 2 0.0547 0.8426 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674210 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674212 2 0.0291 0.8439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674214 2 0.0291 0.8439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674218 6 0.3592 0.6000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM674219 2 0.2340 0.7512 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674220 6 0.4035 0.4950 0.000 0.296 0.000 0.004 0.020 0.680
#> GSM674221 2 0.2340 0.7512 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674223 2 0.0713 0.8401 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674225 2 0.4593 -0.0716 0.000 0.492 0.000 0.000 0.036 0.472
#> GSM674226 2 0.0632 0.8418 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674229 2 0.0146 0.8435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674230 2 0.1007 0.8379 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM674231 2 0.1141 0.8358 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM674232 2 0.0717 0.8385 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM674234 2 0.0937 0.8405 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674235 2 0.2950 0.7224 0.000 0.828 0.000 0.000 0.024 0.148
#> GSM674236 2 0.2950 0.7224 0.000 0.828 0.000 0.000 0.024 0.148
#> GSM674237 2 0.0363 0.8429 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674239 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674240 2 0.3446 0.4546 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM674242 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674243 2 0.0972 0.8424 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM674244 2 0.4593 -0.0716 0.000 0.492 0.000 0.000 0.036 0.472
#> GSM674245 2 0.0713 0.8416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM674282 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.3446 0.7781 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0146 0.8652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674295 1 0.3659 0.7538 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.3288 0.7907 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM674300 1 0.0458 0.8634 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.3756 0.7276 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.3634 0.7576 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> GSM674318 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674320 1 0.3756 0.7276 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM674323 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674327 1 0.3620 0.7596 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM674328 1 0.0458 0.8634 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674330 1 0.2178 0.8381 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.2178 0.8381 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM674334 1 0.2178 0.8381 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM674335 1 0.3672 0.7508 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM674345 3 0.0603 0.8133 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674351 3 0.0725 0.8144 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM674352 3 0.0725 0.8144 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM674359 3 0.0146 0.8147 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0937 0.8071 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0260 0.8122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674369 3 0.0717 0.8156 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM674372 3 0.4438 0.1891 0.000 0.000 0.628 0.328 0.044 0.000
#> GSM674374 4 0.3390 0.5022 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM674376 4 0.2445 0.6108 0.000 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000
#> GSM674377 4 0.1320 0.5791 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016 0.000
#> GSM674378 4 0.3508 0.5034 0.000 0.000 0.292 0.704 0.004 0.000
#> GSM674383 3 0.1225 0.8076 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> GSM674386 4 0.0547 0.5526 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674387 4 0.2445 0.6108 0.000 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000
#> GSM674392 3 0.3686 0.4857 0.000 0.000 0.748 0.220 0.032 0.000
#> GSM674396 4 0.5492 0.1799 0.000 0.000 0.168 0.552 0.280 0.000
#> GSM674399 4 0.5445 0.2031 0.000 0.000 0.168 0.564 0.268 0.000
#> GSM674404 4 0.5791 -0.0630 0.000 0.000 0.192 0.472 0.336 0.000
#> GSM674182 2 0.3864 -0.1650 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> GSM674188 2 0.1757 0.8198 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> GSM674189 6 0.3717 0.5107 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM674196 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674197 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674199 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674207 2 0.0291 0.8439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674211 2 0.0291 0.8439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674213 2 0.1444 0.8227 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674215 6 0.2393 0.6643 0.000 0.092 0.000 0.004 0.020 0.884
#> GSM674216 2 0.0909 0.8360 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM674217 2 0.2340 0.7512 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674222 2 0.3956 0.4660 0.000 0.684 0.000 0.000 0.024 0.292
#> GSM674224 2 0.0632 0.8418 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674227 2 0.2950 0.7224 0.000 0.828 0.000 0.000 0.024 0.148
#> GSM674228 2 0.1075 0.8358 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM674233 2 0.2340 0.7512 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674238 6 0.0603 0.6128 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> GSM674241 2 0.0260 0.8435 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0146 0.8652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674294 1 0.0146 0.8652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.8656 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.3756 0.7276 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM674317 1 0.2562 0.8272 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM674319 1 0.3756 0.7276 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM674321 1 0.3620 0.7596 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM674322 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674326 1 0.3659 0.7533 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM674329 1 0.3756 0.7276 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM674333 1 0.3672 0.7508 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:hclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:hclust 174 0.993 4.15e-72 4
#> MAD:hclust 168 0.974 8.79e-68 5
#> MAD:hclust 157 0.668 1.70e-61 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.709 0.979 0.904 0.4921 0.750 0.571
#> 4 4 0.818 0.868 0.826 0.1176 1.000 1.000
#> 5 5 0.770 0.787 0.743 0.0778 1.000 1.000
#> 6 6 0.739 0.633 0.693 0.0465 0.843 0.527
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674346 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674347 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674348 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674349 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674350 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674353 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674354 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674355 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674356 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674357 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674358 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674361 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674363 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674364 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674365 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674366 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674367 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674368 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674370 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674371 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674373 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674375 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674379 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674380 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674381 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674382 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674384 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674385 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674388 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674389 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674390 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674391 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674393 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674394 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674395 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674397 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674398 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674400 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674401 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674402 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674403 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674405 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674406 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674407 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674181 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.3816 0.770 0.000 0.852 0.148
#> GSM674201 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.4605 0.911 0.796 0.000 0.204
#> GSM674289 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674297 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0592 0.948 0.988 0.000 0.012
#> GSM674301 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0592 0.948 0.988 0.000 0.012
#> GSM674308 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0747 0.948 0.984 0.000 0.016
#> GSM674313 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674314 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM674315 1 0.0592 0.948 0.988 0.000 0.012
#> GSM674316 1 0.4555 0.912 0.800 0.000 0.200
#> GSM674318 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674320 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674323 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674324 1 0.0237 0.949 0.996 0.000 0.004
#> GSM674325 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674327 1 0.3551 0.928 0.868 0.000 0.132
#> GSM674328 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.3551 0.928 0.868 0.000 0.132
#> GSM674331 1 0.0237 0.949 0.996 0.000 0.004
#> GSM674332 1 0.0747 0.948 0.984 0.000 0.016
#> GSM674334 1 0.3116 0.932 0.892 0.000 0.108
#> GSM674335 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674345 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674351 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674352 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674359 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674360 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674362 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674369 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674372 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674374 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674376 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674377 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674378 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674383 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674386 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674387 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674392 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674396 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674399 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674404 3 0.4654 1.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674182 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674311 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM674312 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674317 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674321 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674322 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674326 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674329 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
#> GSM674333 1 0.4654 0.910 0.792 0.000 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674346 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674347 3 0.5995 0.868 0.000 0.096 0.672 0.232
#> GSM674348 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674349 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674350 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674353 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674354 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674355 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674356 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674357 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674358 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674361 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674363 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674364 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674365 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674366 3 0.4834 0.867 0.000 0.096 0.784 0.120
#> GSM674367 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674368 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674370 3 0.4297 0.868 0.000 0.096 0.820 0.084
#> GSM674371 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674373 3 0.4362 0.868 0.000 0.096 0.816 0.088
#> GSM674375 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674379 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674380 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674381 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674382 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674384 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674385 3 0.6025 0.870 0.000 0.096 0.668 0.236
#> GSM674388 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674389 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674390 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674391 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674393 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674394 3 0.5369 0.870 0.000 0.096 0.740 0.164
#> GSM674395 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674397 3 0.5867 0.871 0.000 0.096 0.688 0.216
#> GSM674398 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674400 3 0.2611 0.862 0.000 0.096 0.896 0.008
#> GSM674401 3 0.2611 0.862 0.000 0.096 0.896 0.008
#> GSM674402 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674403 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674405 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674406 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674407 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674181 2 0.1474 0.884 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674183 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674184 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674185 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674186 2 0.1389 0.885 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674187 2 0.0188 0.891 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.1389 0.885 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674191 2 0.1557 0.883 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674192 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674193 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674194 2 0.2408 0.867 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM674195 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674198 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674200 2 0.5817 0.602 0.000 0.676 0.076 0.248
#> GSM674201 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674202 2 0.1716 0.881 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674203 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674204 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674205 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674206 2 0.2345 0.869 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM674208 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674209 2 0.2760 0.884 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674210 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674212 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674214 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674218 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674219 2 0.1211 0.887 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674220 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674221 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674225 2 0.2345 0.869 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM674226 2 0.3024 0.881 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM674229 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674230 2 0.0707 0.890 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674231 2 0.2281 0.887 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM674232 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674234 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674235 2 0.0707 0.890 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674236 2 0.0817 0.890 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674237 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674239 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674240 2 0.0707 0.890 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674242 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674243 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674244 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674245 2 0.0921 0.892 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674282 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674284 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674285 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674287 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674288 1 0.5442 0.823 0.636 0.000 0.028 0.336
#> GSM674289 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674290 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674291 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674292 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674295 1 0.5582 0.816 0.620 0.000 0.032 0.348
#> GSM674297 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM674298 1 0.1118 0.892 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM674299 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674300 1 0.2399 0.892 0.920 0.000 0.048 0.032
#> GSM674301 1 0.0188 0.894 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674302 1 0.0188 0.894 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674304 1 0.0188 0.894 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674305 1 0.0188 0.894 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674306 1 0.2483 0.890 0.916 0.000 0.052 0.032
#> GSM674308 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.2313 0.891 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM674313 1 0.5790 0.815 0.616 0.000 0.044 0.340
#> GSM674314 1 0.5123 0.853 0.724 0.000 0.044 0.232
#> GSM674315 1 0.2483 0.890 0.916 0.000 0.052 0.032
#> GSM674316 1 0.5492 0.826 0.640 0.000 0.032 0.328
#> GSM674318 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674320 1 0.5582 0.816 0.620 0.000 0.032 0.348
#> GSM674323 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674324 1 0.1489 0.892 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM674325 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674327 1 0.4877 0.859 0.752 0.000 0.044 0.204
#> GSM674328 1 0.1022 0.894 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674330 1 0.4745 0.859 0.756 0.000 0.036 0.208
#> GSM674331 1 0.1489 0.892 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM674332 1 0.2214 0.891 0.928 0.000 0.044 0.028
#> GSM674334 1 0.4590 0.863 0.772 0.000 0.036 0.192
#> GSM674335 1 0.5511 0.816 0.620 0.000 0.028 0.352
#> GSM674345 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674351 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674352 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674359 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674360 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674362 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674369 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674372 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674374 3 0.3716 0.866 0.000 0.096 0.852 0.052
#> GSM674376 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674377 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674378 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674383 3 0.6464 0.865 0.000 0.096 0.596 0.308
#> GSM674386 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674387 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674392 3 0.5495 0.870 0.000 0.096 0.728 0.176
#> GSM674396 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674399 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674404 3 0.2281 0.861 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM674182 2 0.1474 0.884 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674188 2 0.0707 0.890 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674189 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674196 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674197 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674199 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674207 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674211 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674213 2 0.0188 0.891 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674215 2 0.2469 0.866 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674216 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674217 2 0.0336 0.891 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674222 2 0.1716 0.881 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674224 2 0.3074 0.880 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM674227 2 0.1716 0.881 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674228 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0188 0.891 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674238 2 0.3074 0.835 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM674241 2 0.3610 0.873 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM674283 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674286 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674293 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674294 1 0.0336 0.894 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674296 1 0.0707 0.893 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0707 0.893 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674310 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674311 1 0.1635 0.892 0.948 0.000 0.044 0.008
#> GSM674312 1 0.5582 0.816 0.620 0.000 0.032 0.348
#> GSM674317 1 0.0657 0.894 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM674319 1 0.5582 0.816 0.620 0.000 0.032 0.348
#> GSM674321 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674322 1 0.4790 0.816 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM674326 1 0.5070 0.817 0.620 0.000 0.008 0.372
#> GSM674329 1 0.5511 0.816 0.620 0.000 0.028 0.352
#> GSM674333 1 0.5070 0.816 0.620 0.000 0.008 0.372
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.6556 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674346 3 0.6649 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674347 3 0.6535 0.788 0.000 0.028 0.572 NA NA
#> GSM674348 3 0.6649 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674349 3 0.6907 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674350 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674353 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674354 3 0.6649 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674355 3 0.6671 0.780 0.000 0.028 0.484 NA NA
#> GSM674356 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674357 3 0.6649 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674358 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674361 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674363 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674364 3 0.6556 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674365 3 0.6925 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674366 3 0.5663 0.788 0.000 0.028 0.688 NA NA
#> GSM674367 3 0.1830 0.779 0.000 0.028 0.932 NA NA
#> GSM674368 3 0.6869 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674370 3 0.3823 0.792 0.000 0.028 0.836 NA NA
#> GSM674371 3 0.6942 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674373 3 0.3823 0.791 0.000 0.028 0.836 NA NA
#> GSM674375 3 0.1750 0.778 0.000 0.028 0.936 NA NA
#> GSM674379 3 0.0955 0.776 0.000 0.028 0.968 NA NA
#> GSM674380 3 0.1082 0.775 0.000 0.028 0.964 NA NA
#> GSM674381 3 0.1300 0.778 0.000 0.028 0.956 NA NA
#> GSM674382 3 0.0794 0.776 0.000 0.028 0.972 NA NA
#> GSM674384 3 0.1082 0.777 0.000 0.028 0.964 NA NA
#> GSM674385 3 0.5790 0.797 0.000 0.028 0.652 NA NA
#> GSM674388 3 0.6925 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674389 3 0.1668 0.776 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674390 3 0.0955 0.776 0.000 0.028 0.968 NA NA
#> GSM674391 3 0.0794 0.776 0.000 0.028 0.972 NA NA
#> GSM674393 3 0.2548 0.780 0.000 0.028 0.896 NA NA
#> GSM674394 3 0.5254 0.796 0.000 0.028 0.712 NA NA
#> GSM674395 3 0.1082 0.776 0.000 0.028 0.964 NA NA
#> GSM674397 3 0.5846 0.797 0.000 0.028 0.656 NA NA
#> GSM674398 3 0.1582 0.776 0.000 0.028 0.944 NA NA
#> GSM674400 3 0.3023 0.782 0.000 0.028 0.872 NA NA
#> GSM674401 3 0.3023 0.782 0.000 0.028 0.872 NA NA
#> GSM674402 3 0.6705 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674403 3 0.7024 0.781 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674405 3 0.1750 0.776 0.000 0.028 0.936 NA NA
#> GSM674406 3 0.0955 0.776 0.000 0.028 0.968 NA NA
#> GSM674407 3 0.0794 0.776 0.000 0.028 0.972 NA NA
#> GSM674181 2 0.2291 0.792 0.000 0.908 0.000 NA NA
#> GSM674183 2 0.4528 0.741 0.000 0.728 0.000 NA NA
#> GSM674184 2 0.4528 0.741 0.000 0.728 0.000 NA NA
#> GSM674185 2 0.4588 0.740 0.000 0.720 0.000 NA NA
#> GSM674186 2 0.2278 0.794 0.000 0.908 0.000 NA NA
#> GSM674187 2 0.0162 0.805 0.000 0.996 0.000 NA NA
#> GSM674190 2 0.2278 0.794 0.000 0.908 0.000 NA NA
#> GSM674191 2 0.2491 0.791 0.000 0.896 0.000 NA NA
#> GSM674192 2 0.4288 0.775 0.000 0.612 0.000 NA NA
#> GSM674193 2 0.4009 0.787 0.000 0.684 0.000 NA NA
#> GSM674194 2 0.3888 0.759 0.000 0.800 0.000 NA NA
#> GSM674195 2 0.4528 0.741 0.000 0.728 0.000 NA NA
#> GSM674198 2 0.4150 0.774 0.000 0.612 0.000 NA NA
#> GSM674200 2 0.6362 0.591 0.000 0.572 0.012 NA NA
#> GSM674201 2 0.4035 0.753 0.000 0.784 0.000 NA NA
#> GSM674202 2 0.3944 0.777 0.000 0.788 0.000 NA NA
#> GSM674203 2 0.4171 0.773 0.000 0.604 0.000 NA NA
#> GSM674204 2 0.4138 0.774 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674205 2 0.4138 0.774 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674206 2 0.3601 0.766 0.000 0.820 0.000 NA NA
#> GSM674208 2 0.4171 0.773 0.000 0.604 0.000 NA NA
#> GSM674209 2 0.3430 0.802 0.000 0.776 0.000 NA NA
#> GSM674210 2 0.4150 0.774 0.000 0.612 0.000 NA NA
#> GSM674212 2 0.4114 0.776 0.000 0.624 0.000 NA NA
#> GSM674214 2 0.4126 0.776 0.000 0.620 0.000 NA NA
#> GSM674218 2 0.4528 0.741 0.000 0.728 0.000 NA NA
#> GSM674219 2 0.1211 0.800 0.000 0.960 0.000 NA NA
#> GSM674220 2 0.5059 0.741 0.000 0.668 0.000 NA NA
#> GSM674221 2 0.0162 0.805 0.000 0.996 0.000 NA NA
#> GSM674223 2 0.4009 0.786 0.000 0.684 0.000 NA NA
#> GSM674225 2 0.5066 0.745 0.000 0.676 0.000 NA NA
#> GSM674226 2 0.3994 0.803 0.000 0.772 0.000 NA NA
#> GSM674229 2 0.4101 0.777 0.000 0.628 0.000 NA NA
#> GSM674230 2 0.2390 0.802 0.000 0.896 0.000 NA NA
#> GSM674231 2 0.3280 0.807 0.000 0.812 0.000 NA NA
#> GSM674232 2 0.4761 0.778 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674234 2 0.3983 0.782 0.000 0.660 0.000 NA NA
#> GSM674235 2 0.2712 0.799 0.000 0.880 0.000 NA NA
#> GSM674236 2 0.2850 0.798 0.000 0.872 0.000 NA NA
#> GSM674237 2 0.4171 0.773 0.000 0.604 0.000 NA NA
#> GSM674239 2 0.4138 0.774 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674240 2 0.1741 0.798 0.000 0.936 0.000 NA NA
#> GSM674242 2 0.4171 0.773 0.000 0.604 0.000 NA NA
#> GSM674243 2 0.4029 0.785 0.000 0.680 0.000 NA NA
#> GSM674244 2 0.5117 0.743 0.000 0.672 0.000 NA NA
#> GSM674245 2 0.2676 0.803 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> GSM674282 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674284 1 0.4448 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674285 1 0.4591 0.847 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674287 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674288 1 0.1670 0.753 0.936 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674289 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674290 1 0.4448 0.847 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674291 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674292 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674295 1 0.0992 0.739 0.968 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674297 1 0.5856 0.845 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674298 1 0.5856 0.845 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674299 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674300 1 0.5533 0.846 0.540 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674301 1 0.4992 0.848 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674302 1 0.5148 0.847 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674304 1 0.5148 0.847 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674305 1 0.5148 0.847 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674306 1 0.6079 0.842 0.540 0.000 0.012 NA NA
#> GSM674308 1 0.5111 0.848 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674309 1 0.5606 0.845 0.556 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674313 1 0.1757 0.738 0.936 0.000 0.012 NA NA
#> GSM674314 1 0.3849 0.791 0.808 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674315 1 0.6079 0.842 0.540 0.000 0.012 NA NA
#> GSM674316 1 0.1809 0.754 0.928 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674318 1 0.0162 0.740 0.996 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674320 1 0.1106 0.739 0.964 0.000 0.012 NA NA
#> GSM674323 1 0.0000 0.740 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674324 1 0.5670 0.845 0.528 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674325 1 0.0000 0.740 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674327 1 0.4452 0.800 0.760 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674328 1 0.5174 0.848 0.520 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674330 1 0.3994 0.797 0.792 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674331 1 0.5670 0.845 0.528 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674332 1 0.5606 0.845 0.556 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674334 1 0.4238 0.804 0.768 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674335 1 0.0992 0.739 0.968 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674345 3 0.6827 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674351 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674352 3 0.6678 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674359 3 0.6649 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674360 3 0.6705 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674362 3 0.6556 0.779 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674369 3 0.6925 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674372 3 0.2430 0.782 0.000 0.028 0.912 NA NA
#> GSM674374 3 0.3432 0.789 0.000 0.028 0.860 NA NA
#> GSM674376 3 0.0794 0.776 0.000 0.028 0.972 NA NA
#> GSM674377 3 0.1195 0.778 0.000 0.028 0.960 NA NA
#> GSM674378 3 0.1668 0.779 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674383 3 0.6942 0.780 0.000 0.028 0.480 NA NA
#> GSM674386 3 0.1668 0.776 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674387 3 0.0794 0.776 0.000 0.028 0.972 NA NA
#> GSM674392 3 0.5579 0.796 0.000 0.028 0.676 NA NA
#> GSM674396 3 0.1668 0.776 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674399 3 0.1668 0.776 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674404 3 0.1668 0.776 0.000 0.028 0.940 NA NA
#> GSM674182 2 0.2221 0.793 0.000 0.912 0.000 NA NA
#> GSM674188 2 0.0579 0.804 0.000 0.984 0.000 NA NA
#> GSM674189 2 0.4558 0.742 0.000 0.724 0.000 NA NA
#> GSM674196 2 0.4138 0.774 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674197 2 0.4138 0.774 0.000 0.616 0.000 NA NA
#> GSM674199 2 0.4150 0.774 0.000 0.612 0.000 NA NA
#> GSM674207 2 0.4126 0.776 0.000 0.620 0.000 NA NA
#> GSM674211 2 0.4114 0.776 0.000 0.624 0.000 NA NA
#> GSM674213 2 0.0290 0.805 0.000 0.992 0.000 NA NA
#> GSM674215 2 0.5059 0.741 0.000 0.668 0.000 NA NA
#> GSM674216 2 0.5260 0.778 0.000 0.604 0.000 NA NA
#> GSM674217 2 0.0162 0.804 0.000 0.996 0.000 NA NA
#> GSM674222 2 0.4238 0.772 0.000 0.756 0.000 NA NA
#> GSM674224 2 0.3491 0.800 0.000 0.768 0.000 NA NA
#> GSM674227 2 0.3904 0.778 0.000 0.792 0.000 NA NA
#> GSM674228 2 0.1907 0.807 0.000 0.928 0.000 NA NA
#> GSM674233 2 0.0162 0.804 0.000 0.996 0.000 NA NA
#> GSM674238 2 0.5423 0.686 0.000 0.652 0.000 NA NA
#> GSM674241 2 0.4150 0.774 0.000 0.612 0.000 NA NA
#> GSM674283 1 0.4591 0.847 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674286 1 0.4448 0.847 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674293 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674294 1 0.4304 0.847 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674296 1 0.5770 0.846 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674303 1 0.5178 0.848 0.516 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674307 1 0.5770 0.846 0.516 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674310 1 0.0162 0.740 0.996 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674311 1 0.5654 0.845 0.536 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674312 1 0.1106 0.739 0.964 0.000 0.012 NA NA
#> GSM674317 1 0.4653 0.848 0.516 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674319 1 0.0992 0.739 0.968 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674321 1 0.0000 0.740 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674322 1 0.0451 0.739 0.988 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674326 1 0.0162 0.740 0.996 0.000 0.004 NA NA
#> GSM674329 1 0.0992 0.739 0.968 0.000 0.008 NA NA
#> GSM674333 1 0.0451 0.739 0.988 0.000 0.004 NA NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.4161 0.90872 0.000 0.000 0.608 0.376 0.004 0.012
#> GSM674346 3 0.4591 0.90411 0.000 0.000 0.588 0.376 0.024 0.012
#> GSM674347 4 0.5984 -0.63985 0.000 0.000 0.412 0.460 0.076 0.052
#> GSM674348 3 0.4752 0.90342 0.000 0.000 0.580 0.376 0.020 0.024
#> GSM674349 3 0.5560 0.88112 0.000 0.000 0.528 0.376 0.052 0.044
#> GSM674350 3 0.4894 0.89597 0.000 0.000 0.572 0.376 0.028 0.024
#> GSM674353 3 0.4894 0.89597 0.000 0.000 0.572 0.376 0.028 0.024
#> GSM674354 3 0.4518 0.90299 0.000 0.000 0.592 0.376 0.020 0.012
#> GSM674355 3 0.4904 0.89344 0.000 0.000 0.568 0.380 0.028 0.024
#> GSM674356 3 0.4601 0.90541 0.000 0.000 0.588 0.376 0.016 0.020
#> GSM674357 3 0.4518 0.90299 0.000 0.000 0.592 0.376 0.020 0.012
#> GSM674358 3 0.4894 0.89597 0.000 0.000 0.572 0.376 0.028 0.024
#> GSM674361 3 0.4963 0.89421 0.000 0.000 0.568 0.376 0.028 0.028
#> GSM674363 3 0.4821 0.89811 0.000 0.000 0.576 0.376 0.028 0.020
#> GSM674364 3 0.4161 0.90791 0.000 0.000 0.608 0.376 0.004 0.012
#> GSM674365 3 0.5665 0.87267 0.000 0.000 0.520 0.376 0.056 0.048
#> GSM674366 4 0.5225 0.27985 0.000 0.000 0.204 0.672 0.064 0.060
#> GSM674367 4 0.1418 0.80495 0.000 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> GSM674368 3 0.5641 0.86027 0.000 0.000 0.508 0.392 0.048 0.052
#> GSM674370 4 0.3461 0.66750 0.000 0.000 0.092 0.832 0.044 0.032
#> GSM674371 3 0.5717 0.87276 0.000 0.000 0.516 0.376 0.056 0.052
#> GSM674373 4 0.3317 0.65826 0.000 0.000 0.104 0.836 0.036 0.024
#> GSM674375 4 0.1498 0.81447 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM674379 4 0.0260 0.81703 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674380 4 0.0405 0.81393 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM674381 4 0.0820 0.81019 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM674382 4 0.0291 0.81674 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674384 4 0.0976 0.81476 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> GSM674385 4 0.5241 -0.49671 0.000 0.000 0.400 0.528 0.024 0.048
#> GSM674388 3 0.5672 0.86932 0.000 0.000 0.516 0.380 0.056 0.048
#> GSM674389 4 0.1794 0.80711 0.000 0.000 0.000 0.924 0.040 0.036
#> GSM674390 4 0.0291 0.81460 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674391 4 0.0291 0.81674 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674393 4 0.3127 0.76774 0.000 0.000 0.020 0.852 0.084 0.044
#> GSM674394 4 0.5121 -0.13246 0.000 0.000 0.320 0.604 0.036 0.040
#> GSM674395 4 0.0909 0.81655 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM674397 4 0.5247 -0.43506 0.000 0.000 0.364 0.560 0.044 0.032
#> GSM674398 4 0.1649 0.80960 0.000 0.000 0.000 0.932 0.036 0.032
#> GSM674400 4 0.3637 0.74298 0.000 0.000 0.032 0.820 0.096 0.052
#> GSM674401 4 0.3637 0.74298 0.000 0.000 0.032 0.820 0.096 0.052
#> GSM674402 3 0.5004 0.88500 0.000 0.000 0.572 0.368 0.036 0.024
#> GSM674403 3 0.5932 0.84900 0.000 0.000 0.504 0.368 0.076 0.052
#> GSM674405 4 0.1720 0.80843 0.000 0.000 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM674406 4 0.0291 0.81460 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674407 4 0.0000 0.81586 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 6 0.4611 0.56310 0.000 0.392 0.016 0.012 0.004 0.576
#> GSM674183 6 0.5939 0.70866 0.000 0.288 0.068 0.012 0.052 0.580
#> GSM674184 6 0.5992 0.70832 0.000 0.288 0.068 0.012 0.056 0.576
#> GSM674185 6 0.5990 0.70573 0.000 0.276 0.072 0.012 0.056 0.584
#> GSM674186 6 0.4729 0.54347 0.000 0.400 0.016 0.012 0.008 0.564
#> GSM674187 2 0.5670 -0.24104 0.000 0.484 0.040 0.012 0.036 0.428
#> GSM674190 6 0.4545 0.54664 0.000 0.400 0.012 0.012 0.004 0.572
#> GSM674191 6 0.4519 0.56828 0.000 0.388 0.012 0.012 0.004 0.584
#> GSM674192 2 0.1699 0.66965 0.000 0.936 0.040 0.012 0.004 0.008
#> GSM674193 2 0.3654 0.61033 0.000 0.824 0.048 0.012 0.016 0.100
#> GSM674194 6 0.4490 0.68108 0.000 0.296 0.012 0.012 0.016 0.664
#> GSM674195 6 0.5992 0.70832 0.000 0.288 0.068 0.012 0.056 0.576
#> GSM674198 2 0.0870 0.67609 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012 0.000
#> GSM674200 6 0.6516 0.58893 0.000 0.180 0.152 0.024 0.060 0.584
#> GSM674201 6 0.4553 0.69788 0.000 0.292 0.020 0.012 0.012 0.664
#> GSM674202 6 0.7364 0.51479 0.000 0.332 0.084 0.012 0.204 0.368
#> GSM674203 2 0.1414 0.66781 0.000 0.952 0.004 0.012 0.020 0.012
#> GSM674204 2 0.0653 0.67769 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM674205 2 0.0870 0.67780 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004 0.000
#> GSM674206 6 0.4216 0.68101 0.000 0.296 0.008 0.012 0.008 0.676
#> GSM674208 2 0.1167 0.66849 0.000 0.960 0.000 0.012 0.020 0.008
#> GSM674209 2 0.4885 0.45832 0.000 0.708 0.060 0.012 0.024 0.196
#> GSM674210 2 0.0870 0.67762 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004 0.000
#> GSM674212 2 0.1691 0.67212 0.000 0.940 0.028 0.012 0.008 0.012
#> GSM674214 2 0.1672 0.67157 0.000 0.940 0.028 0.012 0.016 0.004
#> GSM674218 6 0.6084 0.70689 0.000 0.288 0.076 0.012 0.056 0.568
#> GSM674219 6 0.5502 0.36930 0.000 0.440 0.032 0.012 0.032 0.484
#> GSM674220 6 0.7445 0.62983 0.000 0.276 0.108 0.012 0.196 0.408
#> GSM674221 2 0.5554 -0.21166 0.000 0.492 0.036 0.012 0.032 0.428
#> GSM674223 2 0.3401 0.61604 0.000 0.832 0.048 0.012 0.004 0.104
#> GSM674225 6 0.7516 0.59342 0.000 0.296 0.100 0.012 0.224 0.368
#> GSM674226 2 0.5990 0.38365 0.000 0.632 0.080 0.012 0.088 0.188
#> GSM674229 2 0.1616 0.67249 0.000 0.940 0.020 0.012 0.000 0.028
#> GSM674230 2 0.6868 -0.30870 0.000 0.428 0.052 0.012 0.160 0.348
#> GSM674231 2 0.5398 0.37279 0.000 0.660 0.064 0.012 0.040 0.224
#> GSM674232 2 0.2799 0.62379 0.000 0.880 0.028 0.012 0.068 0.012
#> GSM674234 2 0.3182 0.63938 0.000 0.856 0.040 0.012 0.012 0.080
#> GSM674235 2 0.7205 -0.36191 0.000 0.400 0.072 0.012 0.192 0.324
#> GSM674236 2 0.7274 -0.40328 0.000 0.388 0.076 0.012 0.200 0.324
#> GSM674237 2 0.1251 0.66653 0.000 0.956 0.000 0.012 0.024 0.008
#> GSM674239 2 0.0363 0.67801 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM674240 6 0.5220 0.33809 0.000 0.460 0.036 0.012 0.012 0.480
#> GSM674242 2 0.1498 0.66580 0.000 0.948 0.004 0.012 0.024 0.012
#> GSM674243 2 0.3091 0.63196 0.000 0.856 0.044 0.012 0.004 0.084
#> GSM674244 6 0.7487 0.60280 0.000 0.292 0.100 0.012 0.216 0.380
#> GSM674245 2 0.6807 -0.17745 0.000 0.464 0.052 0.012 0.160 0.312
#> GSM674282 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0405 0.80863 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM674285 1 0.0653 0.80866 0.980 0.004 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM674287 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.5149 -0.82459 0.472 0.000 0.048 0.000 0.464 0.016
#> GSM674289 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0603 0.80709 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.5533 0.90137 0.392 0.000 0.080 0.000 0.508 0.020
#> GSM674297 1 0.2795 0.77422 0.856 0.000 0.044 0.000 0.000 0.100
#> GSM674298 1 0.2795 0.77422 0.856 0.000 0.044 0.000 0.000 0.100
#> GSM674299 1 0.0508 0.80570 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM674300 1 0.3635 0.73350 0.832 0.008 0.040 0.000 0.040 0.080
#> GSM674301 1 0.1268 0.80807 0.952 0.004 0.036 0.000 0.000 0.008
#> GSM674302 1 0.1464 0.80692 0.944 0.004 0.036 0.000 0.000 0.016
#> GSM674304 1 0.1552 0.80625 0.940 0.004 0.036 0.000 0.000 0.020
#> GSM674305 1 0.1464 0.80692 0.944 0.004 0.036 0.000 0.000 0.016
#> GSM674306 1 0.4522 0.69415 0.764 0.008 0.068 0.000 0.040 0.120
#> GSM674308 1 0.1485 0.80846 0.944 0.004 0.028 0.000 0.000 0.024
#> GSM674309 1 0.4142 0.70569 0.784 0.004 0.040 0.000 0.044 0.128
#> GSM674313 5 0.5732 0.87810 0.380 0.000 0.088 0.000 0.504 0.028
#> GSM674314 1 0.6255 -0.34584 0.512 0.004 0.040 0.000 0.316 0.128
#> GSM674315 1 0.4522 0.69415 0.764 0.008 0.068 0.000 0.040 0.120
#> GSM674316 5 0.5774 0.75262 0.408 0.000 0.024 0.000 0.472 0.096
#> GSM674318 5 0.4435 0.90828 0.392 0.000 0.004 0.000 0.580 0.024
#> GSM674320 5 0.5417 0.90321 0.392 0.000 0.076 0.000 0.516 0.016
#> GSM674323 5 0.4504 0.90613 0.392 0.000 0.004 0.000 0.576 0.028
#> GSM674324 1 0.3523 0.74050 0.812 0.000 0.040 0.000 0.016 0.132
#> GSM674325 5 0.4437 0.90272 0.392 0.000 0.000 0.000 0.576 0.032
#> GSM674327 1 0.6096 -0.19850 0.544 0.004 0.040 0.000 0.296 0.116
#> GSM674328 1 0.2011 0.79231 0.912 0.000 0.020 0.000 0.004 0.064
#> GSM674330 1 0.5889 -0.16353 0.556 0.000 0.044 0.000 0.300 0.100
#> GSM674331 1 0.3549 0.74114 0.812 0.000 0.044 0.000 0.016 0.128
#> GSM674332 1 0.4171 0.69892 0.776 0.000 0.044 0.000 0.048 0.132
#> GSM674334 1 0.5740 -0.00296 0.584 0.000 0.040 0.000 0.276 0.100
#> GSM674335 5 0.5459 0.90316 0.392 0.000 0.080 0.000 0.512 0.016
#> GSM674345 3 0.5395 0.88920 0.000 0.000 0.540 0.376 0.044 0.040
#> GSM674351 3 0.4894 0.89597 0.000 0.000 0.572 0.376 0.028 0.024
#> GSM674352 3 0.4894 0.89597 0.000 0.000 0.572 0.376 0.028 0.024
#> GSM674359 3 0.5011 0.89814 0.000 0.000 0.564 0.376 0.020 0.040
#> GSM674360 3 0.4744 0.90415 0.000 0.000 0.580 0.376 0.016 0.028
#> GSM674362 3 0.4026 0.90775 0.000 0.000 0.612 0.376 0.000 0.012
#> GSM674369 3 0.5667 0.87345 0.000 0.000 0.520 0.376 0.052 0.052
#> GSM674372 4 0.3431 0.73600 0.000 0.000 0.060 0.840 0.052 0.048
#> GSM674374 4 0.2854 0.71827 0.000 0.000 0.068 0.872 0.036 0.024
#> GSM674376 4 0.0146 0.81635 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674377 4 0.0725 0.81048 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM674378 4 0.1003 0.80745 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM674383 3 0.5672 0.86932 0.000 0.000 0.516 0.380 0.056 0.048
#> GSM674386 4 0.1720 0.80843 0.000 0.000 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM674387 4 0.0000 0.81586 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674392 4 0.5322 -0.48277 0.000 0.000 0.400 0.524 0.036 0.040
#> GSM674396 4 0.1720 0.80843 0.000 0.000 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM674399 4 0.1720 0.80843 0.000 0.000 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM674404 4 0.1794 0.80711 0.000 0.000 0.000 0.924 0.040 0.036
#> GSM674182 6 0.4545 0.54459 0.000 0.400 0.012 0.012 0.004 0.572
#> GSM674188 2 0.5839 -0.35170 0.000 0.452 0.040 0.012 0.048 0.448
#> GSM674189 6 0.6233 0.70766 0.000 0.288 0.072 0.012 0.072 0.556
#> GSM674196 2 0.0653 0.67769 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM674197 2 0.0653 0.67769 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM674199 2 0.0870 0.67609 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.1672 0.67157 0.000 0.940 0.028 0.012 0.016 0.004
#> GSM674211 2 0.1483 0.67411 0.000 0.944 0.036 0.012 0.008 0.000
#> GSM674213 2 0.5554 -0.21166 0.000 0.492 0.036 0.012 0.032 0.428
#> GSM674215 6 0.7445 0.62983 0.000 0.276 0.108 0.012 0.196 0.408
#> GSM674216 2 0.3861 0.54354 0.000 0.796 0.040 0.012 0.140 0.012
#> GSM674217 2 0.5497 -0.22152 0.000 0.492 0.032 0.012 0.032 0.432
#> GSM674222 6 0.7509 0.52534 0.000 0.336 0.100 0.012 0.212 0.340
#> GSM674224 2 0.4605 0.49843 0.000 0.732 0.060 0.012 0.016 0.180
#> GSM674227 6 0.7321 0.51115 0.000 0.340 0.080 0.012 0.200 0.368
#> GSM674228 2 0.6458 -0.07198 0.000 0.512 0.068 0.012 0.088 0.320
#> GSM674233 2 0.5497 -0.22152 0.000 0.492 0.032 0.012 0.032 0.432
#> GSM674238 6 0.6177 0.67823 0.000 0.248 0.096 0.012 0.060 0.584
#> GSM674241 2 0.0767 0.67773 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004 0.000
#> GSM674283 1 0.0748 0.80902 0.976 0.004 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM674286 1 0.0363 0.80699 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0260 0.80669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.2407 0.79385 0.892 0.004 0.048 0.000 0.000 0.056
#> GSM674303 1 0.1857 0.80439 0.924 0.004 0.028 0.000 0.000 0.044
#> GSM674307 1 0.2407 0.79385 0.892 0.004 0.048 0.000 0.000 0.056
#> GSM674310 5 0.4435 0.90828 0.392 0.000 0.004 0.000 0.580 0.024
#> GSM674311 1 0.3608 0.73656 0.808 0.000 0.040 0.000 0.020 0.132
#> GSM674312 5 0.5417 0.90321 0.392 0.000 0.076 0.000 0.516 0.016
#> GSM674317 1 0.1167 0.80585 0.960 0.000 0.012 0.000 0.008 0.020
#> GSM674319 5 0.5533 0.90137 0.392 0.000 0.080 0.000 0.508 0.020
#> GSM674321 5 0.4504 0.90613 0.392 0.000 0.004 0.000 0.576 0.028
#> GSM674322 5 0.4284 0.91217 0.392 0.000 0.016 0.000 0.588 0.004
#> GSM674326 5 0.4435 0.90828 0.392 0.000 0.004 0.000 0.580 0.024
#> GSM674329 5 0.5336 0.90471 0.392 0.000 0.076 0.000 0.520 0.012
#> GSM674333 5 0.4150 0.91276 0.392 0.000 0.016 0.000 0.592 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 4
#> MAD:kmeans 183 0.962 6.15e-78 5
#> MAD:kmeans 155 0.633 1.19e-60 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.998 0.953 0.960 0.0904 0.939 0.815
#> 5 5 0.939 0.928 0.954 0.0681 0.949 0.812
#> 6 6 0.854 0.794 0.882 0.0315 0.998 0.991
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 4 0.3688 0.6809 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM674348 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674349 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674350 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674353 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674354 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674355 4 0.0188 0.9554 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM674356 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674357 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674358 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674361 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674363 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674364 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.4907 0.4141 0.000 0.000 0.580 0.420
#> GSM674367 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674368 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.3074 0.9039 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674371 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.3486 0.8619 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM674375 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674379 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674380 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674381 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674382 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674384 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674385 4 0.4830 0.1975 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM674388 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674390 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674391 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674393 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674394 3 0.4790 0.5385 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM674395 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674397 3 0.4996 0.2404 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM674398 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674400 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674401 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674402 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674403 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674406 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674407 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674181 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674183 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674184 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674185 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674186 2 0.2011 0.9531 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM674187 2 0.0592 0.9737 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674190 2 0.2081 0.9516 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674191 2 0.2149 0.9500 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.2081 0.9516 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674195 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674201 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674202 2 0.0188 0.9759 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674219 2 0.1211 0.9675 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM674220 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674221 2 0.0592 0.9737 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0336 0.9752 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0188 0.9759 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.1716 0.9595 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0469 0.9748 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674314 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674318 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674320 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674323 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674345 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674351 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674352 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674359 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674362 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674369 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674374 3 0.2530 0.9431 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM674376 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674377 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674378 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674383 4 0.0000 0.9594 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674387 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674392 4 0.4907 0.0958 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM674396 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674399 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674404 3 0.2281 0.9571 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM674182 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674188 2 0.0592 0.9737 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674189 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.1022 0.9697 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM674215 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.1118 0.9686 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.1118 0.9686 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM674238 2 0.2216 0.9484 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.9764 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.9989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674321 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674322 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674326 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674329 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674333 1 0.0188 0.9978 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 5 0.0290 0.94214 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674346 5 0.0404 0.94211 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM674347 5 0.4284 0.66115 0.000 0.000 0.224 0.040 0.736
#> GSM674348 5 0.0510 0.94159 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM674349 5 0.0963 0.93766 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM674350 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674353 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674354 5 0.0290 0.94193 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674355 5 0.0451 0.94028 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM674356 5 0.0609 0.94085 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM674357 5 0.0290 0.94193 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674358 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674361 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674363 5 0.0162 0.94207 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM674364 5 0.0162 0.94234 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM674365 5 0.1270 0.93389 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM674366 3 0.5019 0.45185 0.000 0.000 0.632 0.052 0.316
#> GSM674367 3 0.0609 0.94308 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674368 5 0.1364 0.93422 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> GSM674370 3 0.2036 0.90153 0.000 0.000 0.920 0.024 0.056
#> GSM674371 5 0.1197 0.93383 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM674373 3 0.2505 0.86235 0.000 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM674375 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0162 0.94619 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0566 0.94654 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674385 5 0.4930 0.18101 0.000 0.000 0.424 0.028 0.548
#> GSM674388 5 0.1270 0.93389 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM674389 3 0.0609 0.94548 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.1251 0.93716 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM674394 3 0.4419 0.54570 0.000 0.000 0.668 0.020 0.312
#> GSM674395 3 0.0510 0.94627 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674397 3 0.4697 0.32886 0.000 0.000 0.592 0.020 0.388
#> GSM674398 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674400 3 0.1522 0.93169 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> GSM674401 3 0.1522 0.93169 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> GSM674402 5 0.0404 0.94134 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM674403 5 0.1270 0.93233 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM674405 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 4 0.2732 0.93883 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM674183 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674184 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674185 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674186 4 0.3661 0.81525 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM674187 2 0.1341 0.91362 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674190 4 0.3305 0.88655 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM674191 4 0.3003 0.92164 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 4 0.3210 0.90038 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM674195 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674201 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674202 2 0.0162 0.95796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 4 0.2561 0.94703 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674219 2 0.3305 0.68130 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM674220 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674221 2 0.1478 0.90572 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM674223 2 0.0162 0.95778 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674225 2 0.1341 0.91095 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0290 0.95521 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0162 0.95796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674236 2 0.0162 0.95796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.4268 -0.00224 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.1671 0.89414 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674314 1 0.0404 0.98681 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0880 0.98060 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674318 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674320 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674323 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674327 1 0.0290 0.98780 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0404 0.98681 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0404 0.98681 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674335 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674345 5 0.0963 0.93766 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM674351 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674352 5 0.0290 0.94153 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674359 5 0.0703 0.94043 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM674360 5 0.0609 0.94127 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM674362 5 0.0162 0.94234 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM674369 5 0.1270 0.93389 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM674372 3 0.1310 0.93751 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020
#> GSM674374 3 0.1216 0.92924 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM674376 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0290 0.94520 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674378 3 0.0290 0.94508 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674383 5 0.1121 0.93491 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM674386 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.94673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674392 5 0.4787 0.15206 0.000 0.000 0.432 0.020 0.548
#> GSM674396 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674399 3 0.0510 0.94624 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674404 3 0.0609 0.94548 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674182 4 0.2929 0.92736 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM674188 2 0.1197 0.92119 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM674189 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.2929 0.75528 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM674215 4 0.2773 0.93042 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.2966 0.74893 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM674222 2 0.0162 0.95796 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.3003 0.74289 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM674238 4 0.2179 0.95515 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.96013 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.98961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674321 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674322 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674326 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674329 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674333 1 0.0963 0.97923 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0713 0.7579 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674346 3 0.0363 0.7578 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674347 3 0.5026 0.2110 0.000 0.000 0.656 0.180 0.160 0.004
#> GSM674348 3 0.1863 0.7347 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM674349 3 0.3409 0.5865 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM674350 3 0.0632 0.7495 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM674353 3 0.0363 0.7549 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674354 3 0.0260 0.7571 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674355 3 0.1074 0.7390 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000
#> GSM674356 3 0.2003 0.7287 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM674357 3 0.0260 0.7571 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674358 3 0.0363 0.7549 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674361 3 0.0547 0.7516 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.7572 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0937 0.7578 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674365 3 0.3765 0.4607 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM674366 5 0.5919 0.0000 0.000 0.000 0.212 0.364 0.424 0.000
#> GSM674367 4 0.2340 0.7084 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM674368 3 0.4378 0.4460 0.000 0.000 0.600 0.032 0.368 0.000
#> GSM674370 4 0.3744 0.5685 0.000 0.000 0.052 0.764 0.184 0.000
#> GSM674371 3 0.3747 0.4605 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM674373 4 0.3101 0.6525 0.000 0.000 0.032 0.820 0.148 0.000
#> GSM674375 4 0.1700 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM674379 4 0.0508 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674380 4 0.0632 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM674381 4 0.1610 0.7883 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM674382 4 0.0146 0.8241 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674384 4 0.1780 0.8142 0.000 0.000 0.028 0.924 0.048 0.000
#> GSM674385 3 0.5807 -0.3515 0.000 0.000 0.440 0.376 0.184 0.000
#> GSM674388 3 0.3774 0.4562 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM674389 4 0.1753 0.8079 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> GSM674390 4 0.0458 0.8217 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674391 4 0.0458 0.8218 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674393 4 0.3352 0.6660 0.000 0.000 0.008 0.776 0.208 0.008
#> GSM674394 4 0.5034 -0.0898 0.000 0.000 0.404 0.520 0.076 0.000
#> GSM674395 4 0.1501 0.8166 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM674397 4 0.5303 -0.1631 0.000 0.000 0.204 0.600 0.196 0.000
#> GSM674398 4 0.1471 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> GSM674400 4 0.4130 0.4090 0.000 0.000 0.016 0.664 0.312 0.008
#> GSM674401 4 0.4244 0.3682 0.000 0.000 0.020 0.652 0.320 0.008
#> GSM674402 3 0.1007 0.7461 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM674403 3 0.3930 0.4167 0.000 0.000 0.576 0.000 0.420 0.004
#> GSM674405 4 0.1643 0.8146 0.000 0.000 0.000 0.924 0.068 0.008
#> GSM674406 4 0.0458 0.8216 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674407 4 0.0458 0.8216 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674181 6 0.2846 0.8521 0.000 0.084 0.000 0.000 0.060 0.856
#> GSM674183 6 0.0260 0.8709 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674184 6 0.0260 0.8709 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674185 6 0.0520 0.8687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674186 6 0.4066 0.7507 0.000 0.204 0.000 0.000 0.064 0.732
#> GSM674187 2 0.3920 0.7734 0.000 0.768 0.000 0.000 0.112 0.120
#> GSM674190 6 0.3706 0.7925 0.000 0.172 0.000 0.000 0.056 0.772
#> GSM674191 6 0.3276 0.8301 0.000 0.132 0.000 0.000 0.052 0.816
#> GSM674192 2 0.1265 0.8775 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM674193 2 0.1398 0.8779 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM674194 6 0.3513 0.8189 0.000 0.144 0.000 0.000 0.060 0.796
#> GSM674195 6 0.0260 0.8709 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674198 2 0.0363 0.8828 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674200 6 0.0520 0.8687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674201 6 0.1176 0.8724 0.000 0.020 0.000 0.000 0.024 0.956
#> GSM674202 2 0.3217 0.7984 0.000 0.768 0.000 0.000 0.224 0.008
#> GSM674203 2 0.0547 0.8821 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674204 2 0.0363 0.8830 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674205 2 0.0937 0.8788 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674206 6 0.2724 0.8566 0.000 0.084 0.000 0.000 0.052 0.864
#> GSM674208 2 0.0713 0.8812 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674209 2 0.1584 0.8756 0.000 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> GSM674210 2 0.0363 0.8830 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674212 2 0.0937 0.8831 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674214 2 0.0713 0.8839 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674218 6 0.0260 0.8709 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674219 2 0.4704 0.6169 0.000 0.664 0.000 0.000 0.100 0.236
#> GSM674220 6 0.3161 0.7471 0.000 0.008 0.000 0.000 0.216 0.776
#> GSM674221 2 0.3658 0.7927 0.000 0.792 0.000 0.000 0.104 0.104
#> GSM674223 2 0.1625 0.8729 0.000 0.928 0.000 0.000 0.060 0.012
#> GSM674225 2 0.4495 0.7027 0.000 0.672 0.000 0.000 0.256 0.072
#> GSM674226 2 0.1444 0.8834 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM674229 2 0.0260 0.8838 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674230 2 0.3168 0.8273 0.000 0.804 0.000 0.000 0.172 0.024
#> GSM674231 2 0.1462 0.8775 0.000 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM674232 2 0.1663 0.8677 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM674234 2 0.0937 0.8788 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674235 2 0.3103 0.8142 0.000 0.784 0.000 0.000 0.208 0.008
#> GSM674236 2 0.3271 0.7965 0.000 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> GSM674237 2 0.0937 0.8785 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674239 2 0.0458 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674240 2 0.4991 0.2131 0.000 0.524 0.000 0.000 0.072 0.404
#> GSM674242 2 0.0937 0.8785 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674243 2 0.0937 0.8800 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674244 2 0.5065 0.6432 0.000 0.616 0.000 0.000 0.260 0.124
#> GSM674245 2 0.2260 0.8515 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.1957 0.9211 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674314 1 0.0865 0.9493 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.1814 0.9260 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM674318 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674320 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674323 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674327 1 0.0632 0.9529 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0713 0.9518 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0790 0.9505 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674335 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674345 3 0.3126 0.6351 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM674351 3 0.0363 0.7549 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674352 3 0.0363 0.7549 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674359 3 0.2631 0.6968 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM674360 3 0.2219 0.7220 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM674362 3 0.0713 0.7575 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674369 3 0.3765 0.4607 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM674372 4 0.3821 0.6301 0.000 0.000 0.148 0.772 0.080 0.000
#> GSM674374 4 0.2340 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM674376 4 0.0260 0.8238 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674377 4 0.1204 0.8042 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM674378 4 0.1765 0.7722 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM674383 3 0.3747 0.4605 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM674386 4 0.1588 0.8153 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> GSM674387 4 0.0363 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674392 3 0.4783 -0.0591 0.000 0.000 0.616 0.308 0.076 0.000
#> GSM674396 4 0.1531 0.8153 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM674399 4 0.1531 0.8153 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM674404 4 0.1644 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM674182 6 0.3354 0.8297 0.000 0.128 0.000 0.000 0.060 0.812
#> GSM674188 2 0.3834 0.7822 0.000 0.776 0.000 0.000 0.108 0.116
#> GSM674189 6 0.1049 0.8719 0.000 0.008 0.000 0.000 0.032 0.960
#> GSM674196 2 0.0260 0.8831 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674197 2 0.0260 0.8831 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674199 2 0.0363 0.8828 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674207 2 0.0790 0.8841 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674211 2 0.1141 0.8790 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM674213 2 0.4374 0.6916 0.000 0.712 0.000 0.000 0.096 0.192
#> GSM674215 6 0.4255 0.7004 0.000 0.068 0.000 0.000 0.224 0.708
#> GSM674216 2 0.2631 0.8189 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM674217 2 0.4599 0.6531 0.000 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> GSM674222 2 0.3421 0.7755 0.000 0.736 0.000 0.000 0.256 0.008
#> GSM674224 2 0.1327 0.8789 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM674227 2 0.2912 0.8046 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM674228 2 0.1643 0.8768 0.000 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> GSM674233 2 0.4599 0.6544 0.000 0.684 0.000 0.000 0.104 0.212
#> GSM674238 6 0.0520 0.8687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674241 2 0.0458 0.8830 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674317 1 0.0146 0.9581 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674319 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674321 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674322 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674326 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674329 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM674333 1 0.2219 0.9105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:skmeans 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:skmeans 179 0.973 2.96e-74 4
#> MAD:skmeans 178 0.930 4.74e-72 5
#> MAD:skmeans 167 0.901 2.35e-67 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.994 0.997 0.5956 0.750 0.571
#> 4 4 0.969 0.909 0.950 0.0932 0.933 0.799
#> 5 5 0.856 0.810 0.856 0.0705 0.937 0.771
#> 6 6 0.918 0.862 0.936 0.0625 0.938 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.4887 0.709 0 0.228 0.772
#> GSM674346 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.0237 0.996 0 0.996 0.004
#> GSM674201 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.4974 0.696 0 0.236 0.764
#> GSM674369 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.992 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0336 0.8411 0 0.008 0.992 0.000
#> GSM674346 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674347 4 0.4888 0.2730 0 0.000 0.412 0.588
#> GSM674348 3 0.0817 0.8442 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674349 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674350 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674353 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674354 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674355 3 0.4250 0.5649 0 0.000 0.724 0.276
#> GSM674356 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674357 3 0.0817 0.8463 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674358 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674361 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674363 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674364 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674365 3 0.0817 0.8428 0 0.000 0.976 0.024
#> GSM674366 4 0.4877 0.3225 0 0.000 0.408 0.592
#> GSM674367 4 0.1792 0.9192 0 0.000 0.068 0.932
#> GSM674368 3 0.4996 0.0227 0 0.000 0.516 0.484
#> GSM674370 4 0.1792 0.9211 0 0.000 0.068 0.932
#> GSM674371 3 0.4454 0.5297 0 0.000 0.692 0.308
#> GSM674373 4 0.3219 0.8172 0 0.000 0.164 0.836
#> GSM674375 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674379 4 0.1637 0.9235 0 0.000 0.060 0.940
#> GSM674380 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674381 4 0.2011 0.9112 0 0.000 0.080 0.920
#> GSM674382 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674384 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674385 3 0.1389 0.8303 0 0.000 0.952 0.048
#> GSM674388 3 0.4356 0.5548 0 0.000 0.708 0.292
#> GSM674389 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674390 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674391 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674393 3 0.4713 0.4417 0 0.000 0.640 0.360
#> GSM674394 4 0.4643 0.4921 0 0.000 0.344 0.656
#> GSM674395 4 0.4679 0.4733 0 0.000 0.352 0.648
#> GSM674397 3 0.4992 0.0967 0 0.000 0.524 0.476
#> GSM674398 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674400 4 0.2149 0.9081 0 0.000 0.088 0.912
#> GSM674401 4 0.3219 0.8292 0 0.000 0.164 0.836
#> GSM674402 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674403 3 0.1022 0.8390 0 0.000 0.968 0.032
#> GSM674405 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674406 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674407 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674181 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0188 0.9752 0 0.996 0.004 0.000
#> GSM674198 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674200 3 0.4977 0.1276 0 0.460 0.540 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674204 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674205 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674206 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674209 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674212 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674214 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674218 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0336 0.9729 0 0.992 0.000 0.008
#> GSM674221 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0336 0.9729 0 0.992 0.000 0.008
#> GSM674226 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674230 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674234 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674235 2 0.1635 0.9662 0 0.948 0.008 0.044
#> GSM674236 2 0.1722 0.9653 0 0.944 0.008 0.048
#> GSM674237 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674239 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674240 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674243 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674351 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674352 3 0.1118 0.8452 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674359 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674360 3 0.0336 0.8453 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674362 3 0.0336 0.8411 0 0.008 0.992 0.000
#> GSM674369 3 0.4431 0.5364 0 0.000 0.696 0.304
#> GSM674372 4 0.2760 0.8570 0 0.000 0.128 0.872
#> GSM674374 4 0.2011 0.9112 0 0.000 0.080 0.920
#> GSM674376 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674377 4 0.2011 0.9112 0 0.000 0.080 0.920
#> GSM674378 4 0.1557 0.9250 0 0.000 0.056 0.944
#> GSM674383 3 0.4605 0.4767 0 0.000 0.664 0.336
#> GSM674386 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674387 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674392 3 0.4643 0.4197 0 0.000 0.656 0.344
#> GSM674396 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674399 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674404 4 0.1474 0.9270 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674182 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674197 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674199 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674207 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674211 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674213 2 0.0336 0.9759 0 0.992 0.000 0.008
#> GSM674215 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674217 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.1356 0.9691 0 0.960 0.008 0.032
#> GSM674233 2 0.0000 0.9773 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 2 0.3266 0.7914 0 0.832 0.168 0.000
#> GSM674241 2 0.1807 0.9643 0 0.940 0.008 0.052
#> GSM674283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.4291 0.0255 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM674348 5 0.0404 0.8870 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674349 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674350 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674353 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674354 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674355 5 0.3837 0.5230 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM674356 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674357 5 0.0162 0.8894 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM674358 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674361 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674363 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674364 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 5 0.0510 0.8844 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM674366 3 0.4074 0.3675 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM674367 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.4307 -0.0677 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM674370 3 0.0290 0.9089 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674371 5 0.3752 0.5940 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM674373 3 0.2074 0.8221 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM674375 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0290 0.9091 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674380 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0404 0.9069 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674382 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674385 5 0.1410 0.8523 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM674388 5 0.3707 0.6057 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM674389 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674393 5 0.3966 0.5205 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM674394 3 0.3752 0.5423 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM674395 3 0.3837 0.5130 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM674397 5 0.4283 0.1996 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM674398 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674400 3 0.0609 0.9031 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674401 3 0.2561 0.7807 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM674402 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674403 5 0.0703 0.8797 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM674405 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0609 0.8798 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.3177 0.4705 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM674193 2 0.1544 0.8189 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674198 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674200 2 0.4304 0.0501 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM674201 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674204 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674205 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674209 2 0.1197 0.8495 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM674210 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674212 4 0.4283 0.9286 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM674214 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0162 0.8940 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0404 0.8881 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674223 2 0.0880 0.8692 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0290 0.8920 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674229 4 0.4278 0.9359 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM674230 2 0.0162 0.8940 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674231 2 0.1043 0.8588 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674232 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674234 4 0.4235 0.9796 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM674235 2 0.4305 -0.8161 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM674236 2 0.4297 -0.7727 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM674237 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674239 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674243 2 0.0880 0.8709 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0162 0.8940 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.3480 0.8044 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.4210 0.7778 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674313 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674314 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674318 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674320 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674323 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674324 1 0.4138 0.7834 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM674325 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674327 1 0.1197 0.8317 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674331 1 0.3366 0.8083 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM674332 1 0.1792 0.8276 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM674334 1 0.4201 0.7788 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM674335 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674345 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674351 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674352 5 0.0404 0.8894 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674359 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674362 5 0.0000 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674369 5 0.3730 0.6001 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM674372 3 0.2280 0.8013 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM674374 3 0.0404 0.9069 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674376 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0404 0.9069 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674378 3 0.0162 0.9111 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674383 5 0.3913 0.5390 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM674386 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674392 5 0.3966 0.4578 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM674396 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674196 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674197 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674199 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674207 4 0.4227 0.9837 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM674211 4 0.4227 0.9838 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM674213 2 0.0510 0.8855 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.8957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 4 0.4219 0.9879 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM674217 2 0.0794 0.8693 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674222 2 0.0703 0.8771 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM674224 2 0.0794 0.8727 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674227 2 0.1043 0.8570 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674228 2 0.4268 -0.7044 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM674233 2 0.0162 0.8940 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674238 2 0.0510 0.8745 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674241 4 0.4278 0.9359 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674311 1 0.4192 0.7796 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM674312 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.8366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674321 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674322 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674326 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674329 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674333 1 0.4219 0.7767 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.8768 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674347 4 0.4258 -0.0575 0.000 0.000 0.468 0.516 0.016 0.000
#> GSM674348 3 0.0405 0.8762 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM674349 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674350 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674353 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674354 3 0.0291 0.8767 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM674355 3 0.3853 0.5137 0.000 0.000 0.680 0.304 0.016 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.8768 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.8768 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674361 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674363 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674364 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674365 3 0.0508 0.8741 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM674366 4 0.3769 0.3483 0.000 0.000 0.356 0.640 0.004 0.000
#> GSM674367 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.3999 0.0911 0.000 0.000 0.500 0.496 0.004 0.000
#> GSM674370 4 0.0717 0.9165 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM674371 3 0.3468 0.6162 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004 0.000
#> GSM674373 4 0.2263 0.8305 0.000 0.000 0.100 0.884 0.016 0.000
#> GSM674375 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674379 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674380 4 0.0260 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674381 4 0.0405 0.9204 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM674382 4 0.0260 0.9233 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674384 4 0.0458 0.9205 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674385 3 0.1411 0.8431 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> GSM674388 3 0.3426 0.6267 0.000 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> GSM674389 4 0.0458 0.9205 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674390 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674391 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.3531 0.5535 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000 0.000
#> GSM674394 4 0.3758 0.5476 0.000 0.000 0.284 0.700 0.016 0.000
#> GSM674395 4 0.3835 0.5174 0.000 0.000 0.300 0.684 0.016 0.000
#> GSM674397 3 0.3838 0.2598 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM674398 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674400 4 0.0458 0.9177 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.2340 0.7754 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674403 3 0.0777 0.8682 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM674405 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674406 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674183 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674184 6 0.0260 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674185 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674186 6 0.1757 0.8892 0.000 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> GSM674187 6 0.0713 0.9344 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM674190 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674191 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674192 2 0.3823 0.1915 0.000 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM674193 6 0.3198 0.6621 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM674194 6 0.0260 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674195 6 0.0260 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674198 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674200 6 0.4274 0.2533 0.000 0.008 0.424 0.000 0.008 0.560
#> GSM674201 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674202 6 0.0260 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674203 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674205 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674206 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 6 0.2697 0.7679 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM674210 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674212 2 0.2883 0.7524 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM674214 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 6 0.0260 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674219 6 0.0260 0.9403 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674220 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674221 6 0.0547 0.9348 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM674223 6 0.1327 0.9039 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM674225 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674226 6 0.0363 0.9394 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM674229 2 0.2823 0.7598 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM674230 6 0.0260 0.9403 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674231 6 0.2941 0.7286 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM674232 2 0.0146 0.8886 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.1267 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM674235 2 0.3706 0.4947 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM674236 2 0.3634 0.5381 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM674237 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0458 0.8863 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674240 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 6 0.2454 0.8060 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM674244 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674245 6 0.0363 0.9393 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM674282 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.3789 0.2297 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.0790 0.9670 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0146 0.9751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674313 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674314 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674318 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674320 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674323 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674324 5 0.1327 0.9396 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM674325 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674327 1 0.2378 0.7983 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674331 5 0.2996 0.7381 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM674332 5 0.3774 0.3633 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM674334 5 0.0865 0.9643 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674335 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.8768 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0603 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM674352 3 0.0291 0.8767 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM674359 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674360 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674362 3 0.0146 0.8766 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674369 3 0.3448 0.6216 0.000 0.000 0.716 0.280 0.004 0.000
#> GSM674372 4 0.2538 0.7987 0.000 0.000 0.124 0.860 0.016 0.000
#> GSM674374 4 0.0146 0.9233 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674376 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.0146 0.9233 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674378 4 0.0603 0.9188 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM674383 3 0.3601 0.5732 0.000 0.000 0.684 0.312 0.004 0.000
#> GSM674386 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674387 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.3922 0.4756 0.000 0.000 0.664 0.320 0.016 0.000
#> GSM674396 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674399 4 0.0000 0.9251 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674404 4 0.0458 0.9205 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674182 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674188 6 0.0000 0.9412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674189 6 0.0405 0.9409 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM674196 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674197 2 0.0260 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674199 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0458 0.8880 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674211 2 0.1141 0.8741 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM674213 6 0.0547 0.9360 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM674215 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674216 2 0.0000 0.8882 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 6 0.0713 0.9287 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM674222 6 0.1267 0.9120 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM674224 6 0.1075 0.9164 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM674227 6 0.3076 0.6987 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM674228 2 0.3810 0.4071 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM674233 6 0.0260 0.9403 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674238 6 0.0520 0.9401 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM674241 2 0.2793 0.7634 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM674283 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674311 5 0.0937 0.9609 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM674312 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.9788 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674321 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674322 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674326 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674329 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674333 5 0.0713 0.9695 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:pam 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:pam 173 0.881 1.11e-71 4
#> MAD:pam 173 0.980 6.47e-70 5
#> MAD:pam 172 0.940 7.47e-68 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.965 0.921 0.956 0.0490 0.979 0.937
#> 5 5 0.855 0.800 0.873 0.0544 0.978 0.930
#> 6 6 0.924 0.905 0.939 0.0375 0.950 0.828
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0 1 0 0 1
#> GSM674346 3 0 1 0 0 1
#> GSM674347 3 0 1 0 0 1
#> GSM674348 3 0 1 0 0 1
#> GSM674349 3 0 1 0 0 1
#> GSM674350 3 0 1 0 0 1
#> GSM674353 3 0 1 0 0 1
#> GSM674354 3 0 1 0 0 1
#> GSM674355 3 0 1 0 0 1
#> GSM674356 3 0 1 0 0 1
#> GSM674357 3 0 1 0 0 1
#> GSM674358 3 0 1 0 0 1
#> GSM674361 3 0 1 0 0 1
#> GSM674363 3 0 1 0 0 1
#> GSM674364 3 0 1 0 0 1
#> GSM674365 3 0 1 0 0 1
#> GSM674366 3 0 1 0 0 1
#> GSM674367 3 0 1 0 0 1
#> GSM674368 3 0 1 0 0 1
#> GSM674370 3 0 1 0 0 1
#> GSM674371 3 0 1 0 0 1
#> GSM674373 3 0 1 0 0 1
#> GSM674375 3 0 1 0 0 1
#> GSM674379 3 0 1 0 0 1
#> GSM674380 3 0 1 0 0 1
#> GSM674381 3 0 1 0 0 1
#> GSM674382 3 0 1 0 0 1
#> GSM674384 3 0 1 0 0 1
#> GSM674385 3 0 1 0 0 1
#> GSM674388 3 0 1 0 0 1
#> GSM674389 3 0 1 0 0 1
#> GSM674390 3 0 1 0 0 1
#> GSM674391 3 0 1 0 0 1
#> GSM674393 3 0 1 0 0 1
#> GSM674394 3 0 1 0 0 1
#> GSM674395 3 0 1 0 0 1
#> GSM674397 3 0 1 0 0 1
#> GSM674398 3 0 1 0 0 1
#> GSM674400 3 0 1 0 0 1
#> GSM674401 3 0 1 0 0 1
#> GSM674402 3 0 1 0 0 1
#> GSM674403 3 0 1 0 0 1
#> GSM674405 3 0 1 0 0 1
#> GSM674406 3 0 1 0 0 1
#> GSM674407 3 0 1 0 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1 0
#> GSM674183 2 0 1 0 1 0
#> GSM674184 2 0 1 0 1 0
#> GSM674185 2 0 1 0 1 0
#> GSM674186 2 0 1 0 1 0
#> GSM674187 2 0 1 0 1 0
#> GSM674190 2 0 1 0 1 0
#> GSM674191 2 0 1 0 1 0
#> GSM674192 2 0 1 0 1 0
#> GSM674193 2 0 1 0 1 0
#> GSM674194 2 0 1 0 1 0
#> GSM674195 2 0 1 0 1 0
#> GSM674198 2 0 1 0 1 0
#> GSM674200 2 0 1 0 1 0
#> GSM674201 2 0 1 0 1 0
#> GSM674202 2 0 1 0 1 0
#> GSM674203 2 0 1 0 1 0
#> GSM674204 2 0 1 0 1 0
#> GSM674205 2 0 1 0 1 0
#> GSM674206 2 0 1 0 1 0
#> GSM674208 2 0 1 0 1 0
#> GSM674209 2 0 1 0 1 0
#> GSM674210 2 0 1 0 1 0
#> GSM674212 2 0 1 0 1 0
#> GSM674214 2 0 1 0 1 0
#> GSM674218 2 0 1 0 1 0
#> GSM674219 2 0 1 0 1 0
#> GSM674220 2 0 1 0 1 0
#> GSM674221 2 0 1 0 1 0
#> GSM674223 2 0 1 0 1 0
#> GSM674225 2 0 1 0 1 0
#> GSM674226 2 0 1 0 1 0
#> GSM674229 2 0 1 0 1 0
#> GSM674230 2 0 1 0 1 0
#> GSM674231 2 0 1 0 1 0
#> GSM674232 2 0 1 0 1 0
#> GSM674234 2 0 1 0 1 0
#> GSM674235 2 0 1 0 1 0
#> GSM674236 2 0 1 0 1 0
#> GSM674237 2 0 1 0 1 0
#> GSM674239 2 0 1 0 1 0
#> GSM674240 2 0 1 0 1 0
#> GSM674242 2 0 1 0 1 0
#> GSM674243 2 0 1 0 1 0
#> GSM674244 2 0 1 0 1 0
#> GSM674245 2 0 1 0 1 0
#> GSM674282 1 0 1 1 0 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0 0
#> GSM674345 3 0 1 0 0 1
#> GSM674351 3 0 1 0 0 1
#> GSM674352 3 0 1 0 0 1
#> GSM674359 3 0 1 0 0 1
#> GSM674360 3 0 1 0 0 1
#> GSM674362 3 0 1 0 0 1
#> GSM674369 3 0 1 0 0 1
#> GSM674372 3 0 1 0 0 1
#> GSM674374 3 0 1 0 0 1
#> GSM674376 3 0 1 0 0 1
#> GSM674377 3 0 1 0 0 1
#> GSM674378 3 0 1 0 0 1
#> GSM674383 3 0 1 0 0 1
#> GSM674386 3 0 1 0 0 1
#> GSM674387 3 0 1 0 0 1
#> GSM674392 3 0 1 0 0 1
#> GSM674396 3 0 1 0 0 1
#> GSM674399 3 0 1 0 0 1
#> GSM674404 3 0 1 0 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1 0
#> GSM674188 2 0 1 0 1 0
#> GSM674189 2 0 1 0 1 0
#> GSM674196 2 0 1 0 1 0
#> GSM674197 2 0 1 0 1 0
#> GSM674199 2 0 1 0 1 0
#> GSM674207 2 0 1 0 1 0
#> GSM674211 2 0 1 0 1 0
#> GSM674213 2 0 1 0 1 0
#> GSM674215 2 0 1 0 1 0
#> GSM674216 2 0 1 0 1 0
#> GSM674217 2 0 1 0 1 0
#> GSM674222 2 0 1 0 1 0
#> GSM674224 2 0 1 0 1 0
#> GSM674227 2 0 1 0 1 0
#> GSM674228 2 0 1 0 1 0
#> GSM674233 2 0 1 0 1 0
#> GSM674238 2 0 1 0 1 0
#> GSM674241 2 0 1 0 1 0
#> GSM674283 1 0 1 1 0 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.4933 -0.1705 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM674346 4 0.4477 0.8380 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM674347 3 0.0707 0.9292 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674348 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674349 3 0.4643 0.2341 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM674350 3 0.0707 0.9275 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674353 3 0.1022 0.9203 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM674354 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674355 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674356 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674357 3 0.2647 0.8111 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM674358 3 0.1211 0.9141 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM674361 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674363 3 0.0707 0.9275 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674364 3 0.0188 0.9330 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674365 3 0.3688 0.6403 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM674366 3 0.0188 0.9334 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674367 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0469 0.9321 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674370 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0592 0.9309 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674373 3 0.0336 0.9326 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674375 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674380 3 0.1824 0.8827 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM674381 3 0.0592 0.9314 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674382 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674384 3 0.0188 0.9326 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674385 3 0.0336 0.9326 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674388 3 0.3266 0.7220 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM674389 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0336 0.9332 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674391 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674393 3 0.0469 0.9322 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674394 3 0.0188 0.9330 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674395 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674398 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674400 4 0.4477 0.8324 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM674401 4 0.3356 0.8637 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM674402 4 0.3311 0.8710 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM674403 4 0.3266 0.8683 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM674405 3 0.4817 0.0531 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM674406 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0707 0.9262 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674181 2 0.2647 0.8850 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM674183 2 0.3873 0.7737 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM674184 2 0.1302 0.9550 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674185 2 0.0469 0.9723 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674186 2 0.0707 0.9682 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674187 2 0.1118 0.9598 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674190 2 0.0336 0.9725 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674191 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674192 2 0.0469 0.9716 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674193 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.1302 0.9550 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674195 2 0.3486 0.8221 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM674198 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674200 2 0.3975 0.7576 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM674201 2 0.1118 0.9598 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674202 2 0.0469 0.9735 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674203 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674204 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674205 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674206 2 0.0469 0.9713 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674208 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674209 2 0.1302 0.9550 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674210 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674212 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674214 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674218 2 0.1474 0.9508 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674219 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0592 0.9723 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674221 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674223 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674225 2 0.0817 0.9685 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674226 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674229 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674230 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674231 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674232 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674234 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674236 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674237 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674239 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674240 2 0.0469 0.9713 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674242 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674243 2 0.3123 0.8451 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM674244 2 0.0707 0.9705 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674245 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674282 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674289 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.2149 0.9503 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM674297 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674301 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674308 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.2216 0.9481 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674314 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674315 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674316 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674320 1 0.2081 0.9523 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM674323 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674324 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674327 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674328 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.1022 0.9631 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM674331 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674345 4 0.4585 0.8133 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM674351 3 0.1474 0.9025 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM674352 3 0.1389 0.9068 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM674359 3 0.4977 -0.2801 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM674360 3 0.0817 0.9265 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674362 3 0.0921 0.9237 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674369 3 0.0469 0.9321 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674372 3 0.0592 0.9310 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674374 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674377 3 0.0921 0.9209 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674378 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674387 3 0.1302 0.9114 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM674392 3 0.0336 0.9322 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674396 3 0.0592 0.9279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674399 3 0.0817 0.9239 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674404 3 0.0921 0.9237 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674182 2 0.0469 0.9713 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674188 2 0.0707 0.9684 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674189 2 0.1302 0.9550 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674196 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674207 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674215 2 0.0469 0.9735 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674216 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674217 2 0.0817 0.9663 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674222 2 0.0592 0.9722 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674224 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674227 2 0.0469 0.9735 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674228 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.0188 0.9734 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674238 2 0.3400 0.8319 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM674241 2 0.0336 0.9744 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674283 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674294 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674311 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.2216 0.9481 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674317 1 0.0000 0.9682 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.2149 0.9503 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM674321 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674322 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674326 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674329 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM674333 1 0.2011 0.9542 0.920 0.000 0.000 0.080
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.2648 0.8508 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM674346 5 0.3242 0.8404 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM674347 3 0.2377 0.8762 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674348 3 0.1671 0.8935 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674349 3 0.3816 0.5212 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM674350 3 0.2516 0.8619 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM674353 3 0.2773 0.8430 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM674354 3 0.1908 0.8901 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674355 3 0.2127 0.8860 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674356 3 0.1792 0.8915 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674357 3 0.2377 0.8705 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674358 3 0.2813 0.8393 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM674361 3 0.2230 0.8783 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674363 3 0.2648 0.8524 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM674364 3 0.1270 0.9015 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674365 3 0.1965 0.8906 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM674366 3 0.0290 0.9051 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674367 3 0.0162 0.9052 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674368 3 0.1341 0.9036 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674370 3 0.0404 0.9059 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674371 3 0.1671 0.8935 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674373 3 0.0290 0.9046 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674375 3 0.0404 0.9053 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674379 3 0.1628 0.8807 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM674380 3 0.2233 0.8584 0.000 0.000 0.904 0.016 0.080
#> GSM674381 3 0.1043 0.8943 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674382 3 0.1704 0.8745 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM674384 3 0.0510 0.9013 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674385 3 0.0609 0.9060 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674388 3 0.1671 0.8935 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM674389 3 0.0703 0.9030 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674390 3 0.0693 0.9022 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM674391 3 0.1697 0.8783 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> GSM674393 3 0.1908 0.8941 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674394 3 0.0609 0.9063 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674395 3 0.0290 0.9036 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674397 3 0.0290 0.9051 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674398 3 0.1764 0.8751 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM674400 5 0.3990 0.8240 0.000 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM674401 5 0.3461 0.7997 0.000 0.000 0.224 0.004 0.772
#> GSM674402 5 0.2561 0.8226 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM674403 5 0.2605 0.8266 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM674405 5 0.4403 0.7160 0.000 0.000 0.384 0.008 0.608
#> GSM674406 3 0.0510 0.9013 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674407 3 0.1270 0.8855 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674181 2 0.4364 0.5077 0.000 0.768 0.000 0.120 0.112
#> GSM674183 4 0.6273 0.8662 0.000 0.316 0.000 0.512 0.172
#> GSM674184 2 0.4909 -0.4012 0.000 0.560 0.000 0.412 0.028
#> GSM674185 2 0.2012 0.8449 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> GSM674186 2 0.1205 0.8788 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM674187 2 0.2124 0.8012 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM674190 2 0.0794 0.8912 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674191 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674192 2 0.0880 0.8922 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674193 2 0.0880 0.8895 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674194 2 0.4540 0.0621 0.000 0.656 0.000 0.320 0.024
#> GSM674195 4 0.6122 0.8549 0.000 0.348 0.000 0.512 0.140
#> GSM674198 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.6529 0.7090 0.000 0.228 0.004 0.512 0.256
#> GSM674201 2 0.4558 0.0466 0.000 0.652 0.000 0.324 0.024
#> GSM674202 2 0.0865 0.8935 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM674203 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.2189 0.7929 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM674205 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674206 2 0.0955 0.8896 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM674208 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.4183 0.0960 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> GSM674210 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.5049 -0.6587 0.000 0.484 0.000 0.484 0.032
#> GSM674219 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.1106 0.8880 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM674221 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0794 0.8889 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM674225 2 0.0992 0.8910 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM674226 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674231 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0703 0.8954 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM674235 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674236 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.1410 0.8611 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.5968 -0.3825 0.000 0.576 0.000 0.268 0.156
#> GSM674244 2 0.0955 0.8907 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM674245 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674282 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674284 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674285 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674287 1 0.4294 0.7935 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM674288 1 0.0794 0.6872 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674289 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674290 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674291 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674292 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674295 1 0.0510 0.6753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674297 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674298 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674299 1 0.4287 0.7927 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM674300 1 0.0162 0.6732 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674301 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674302 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674304 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674305 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674306 1 0.0162 0.6732 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674308 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674309 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674313 1 0.0609 0.6723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674314 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0162 0.6732 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674316 1 0.4294 0.7941 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0510 0.6753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674323 1 0.0609 0.6844 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674324 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674325 1 0.0794 0.6872 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.4294 0.7940 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM674330 1 0.4060 0.7693 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM674331 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674332 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674334 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674335 1 0.0794 0.6872 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674345 5 0.3424 0.8361 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM674351 3 0.3003 0.8173 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM674352 3 0.2852 0.8347 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM674359 3 0.3366 0.7314 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674360 3 0.2020 0.8906 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM674362 3 0.1965 0.8896 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM674369 3 0.1341 0.9041 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674372 3 0.2471 0.8684 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674374 3 0.0290 0.9034 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674376 3 0.1571 0.8790 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM674377 3 0.2233 0.8584 0.000 0.000 0.904 0.016 0.080
#> GSM674378 3 0.0162 0.9042 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674383 3 0.1121 0.9034 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674386 3 0.1704 0.8745 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM674387 3 0.2179 0.8331 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM674392 3 0.2230 0.8783 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674396 3 0.1571 0.8799 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM674399 3 0.1697 0.8783 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> GSM674404 3 0.1478 0.8845 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM674182 2 0.1410 0.8611 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM674188 2 0.1282 0.8748 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM674189 4 0.4906 0.5857 0.000 0.480 0.000 0.496 0.024
#> GSM674196 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0865 0.8935 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM674216 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674217 2 0.1410 0.8609 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM674222 2 0.0771 0.8966 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM674224 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0865 0.8935 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM674228 2 0.0162 0.9052 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674233 2 0.0290 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674238 4 0.6357 0.8706 0.000 0.324 0.004 0.512 0.160
#> GSM674241 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674286 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674296 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674303 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674307 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.4297 0.7944 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM674312 1 0.0510 0.6753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674317 1 0.4235 0.7852 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM674319 1 0.0510 0.6753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM674321 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0510 0.6829 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 0.6759 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0703 0.6858 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.1686 0.929 0.000 0.000 0.924 0.064 0.000 0.012
#> GSM674346 4 0.2491 0.801 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.3175 0.558 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0790 0.956 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.1075 0.947 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0790 0.959 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0458 0.962 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.1267 0.937 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0937 0.952 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0937 0.951 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0458 0.962 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0547 0.962 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0993 0.957 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM674370 3 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0458 0.963 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674379 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674380 3 0.2116 0.925 0.000 0.000 0.916 0.024 0.024 0.036
#> GSM674381 3 0.0717 0.961 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM674382 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674384 3 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0820 0.957 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> GSM674390 3 0.0881 0.961 0.000 0.000 0.972 0.008 0.012 0.008
#> GSM674391 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674393 3 0.0260 0.964 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674398 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674400 4 0.2883 0.787 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> GSM674401 4 0.2146 0.759 0.000 0.000 0.116 0.880 0.000 0.004
#> GSM674402 4 0.1908 0.756 0.000 0.000 0.096 0.900 0.000 0.004
#> GSM674403 4 0.1908 0.755 0.000 0.000 0.096 0.900 0.000 0.004
#> GSM674405 4 0.4088 0.597 0.000 0.000 0.368 0.616 0.016 0.000
#> GSM674406 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0993 0.954 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> GSM674181 2 0.4383 0.636 0.000 0.716 0.000 0.108 0.000 0.176
#> GSM674183 6 0.2667 0.816 0.000 0.020 0.000 0.128 0.000 0.852
#> GSM674184 2 0.3843 0.195 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM674185 2 0.1327 0.912 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674186 2 0.2092 0.866 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM674187 2 0.2003 0.872 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM674190 2 0.1387 0.904 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM674191 2 0.1501 0.901 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM674192 2 0.1720 0.918 0.000 0.928 0.000 0.032 0.000 0.040
#> GSM674193 2 0.1444 0.904 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674194 2 0.2793 0.777 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM674195 6 0.2706 0.830 0.000 0.036 0.000 0.104 0.000 0.860
#> GSM674198 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.2667 0.816 0.000 0.020 0.000 0.128 0.000 0.852
#> GSM674201 2 0.3198 0.690 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM674202 2 0.0790 0.920 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674203 2 0.1320 0.919 0.000 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016
#> GSM674204 2 0.4823 0.148 0.000 0.552 0.000 0.060 0.000 0.388
#> GSM674205 2 0.1049 0.923 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> GSM674206 2 0.1863 0.884 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM674208 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.3727 0.425 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM674210 2 0.0547 0.924 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674218 6 0.2915 0.724 0.000 0.184 0.000 0.008 0.000 0.808
#> GSM674219 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.1204 0.914 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM674221 2 0.1327 0.903 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674223 2 0.1265 0.918 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> GSM674225 2 0.1700 0.896 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> GSM674226 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0363 0.923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674232 2 0.1151 0.920 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM674234 2 0.0937 0.916 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674235 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.1245 0.920 0.000 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016
#> GSM674239 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.1327 0.907 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674242 2 0.1320 0.918 0.000 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016
#> GSM674243 6 0.3878 0.789 0.000 0.112 0.000 0.116 0.000 0.772
#> GSM674244 2 0.1219 0.915 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM674245 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 5 0.2597 0.831 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674295 5 0.1780 0.910 0.028 0.000 0.000 0.028 0.932 0.012
#> GSM674297 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0458 0.975 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674300 5 0.0713 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 5 0.0713 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674313 5 0.1851 0.903 0.024 0.000 0.000 0.036 0.928 0.012
#> GSM674314 5 0.1501 0.910 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM674315 5 0.0713 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674316 1 0.0260 0.981 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674318 5 0.1141 0.921 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM674320 5 0.1780 0.910 0.028 0.000 0.000 0.028 0.932 0.012
#> GSM674323 5 0.1765 0.901 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM674324 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674325 5 0.3244 0.718 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM674327 5 0.0713 0.919 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674328 1 0.0458 0.975 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674330 1 0.3023 0.660 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0790 0.957 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 5 0.3330 0.696 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM674345 4 0.3050 0.770 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.1007 0.949 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.1007 0.949 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.1910 0.888 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0547 0.962 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0777 0.960 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM674369 3 0.0547 0.962 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.1176 0.951 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000
#> GSM674377 3 0.1886 0.938 0.000 0.000 0.928 0.024 0.024 0.024
#> GSM674378 3 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0363 0.963 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674387 3 0.2263 0.874 0.000 0.000 0.884 0.100 0.016 0.000
#> GSM674392 3 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674399 3 0.1261 0.949 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM674404 3 0.1297 0.947 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> GSM674182 2 0.1444 0.903 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674188 2 0.1765 0.886 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM674189 6 0.2941 0.672 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM674196 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.1075 0.916 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM674216 2 0.1320 0.919 0.000 0.948 0.000 0.036 0.000 0.016
#> GSM674217 2 0.2135 0.863 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674222 2 0.1219 0.915 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM674224 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0790 0.920 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674228 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.1714 0.890 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM674238 6 0.2726 0.828 0.000 0.032 0.000 0.112 0.000 0.856
#> GSM674241 2 0.0790 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 5 0.1910 0.894 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0146 0.984 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.0790 0.921 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 5 0.1780 0.910 0.028 0.000 0.000 0.028 0.932 0.012
#> GSM674317 1 0.1141 0.937 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM674319 5 0.1857 0.911 0.032 0.000 0.000 0.028 0.928 0.012
#> GSM674321 5 0.1267 0.918 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM674322 5 0.2003 0.888 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM674326 5 0.0790 0.921 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM674329 5 0.0865 0.921 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674333 5 0.2340 0.859 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:mclust 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:mclust 179 0.888 2.96e-74 4
#> MAD:mclust 177 0.891 1.27e-71 5
#> MAD:mclust 180 0.777 3.00e-71 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.999 1.000 0.5958 0.750 0.571
#> 4 4 0.925 0.873 0.937 0.0542 0.974 0.922
#> 5 5 0.867 0.873 0.919 0.0232 0.980 0.935
#> 6 6 0.793 0.796 0.864 0.0354 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.1289 0.967 0 0.968 0.032
#> GSM674201 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.0892 0.979 0 0.980 0.020
#> GSM674241 2 0.0000 0.999 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 4 0.4991 0.5970 0.000 0.004 0.388 0.608
#> GSM674346 4 0.4999 0.4725 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM674347 3 0.0707 0.8408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674348 3 0.2589 0.7591 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM674349 3 0.1940 0.8031 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM674350 3 0.1867 0.8068 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM674353 3 0.4008 0.5172 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM674354 4 0.4992 0.5167 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM674355 3 0.0817 0.8392 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674356 3 0.4193 0.4480 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM674357 3 0.4955 -0.3289 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM674358 3 0.1389 0.8258 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM674361 3 0.0921 0.8375 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674363 3 0.4331 0.3830 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM674364 3 0.0817 0.8392 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674365 3 0.1022 0.8355 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM674366 3 0.0188 0.8456 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674367 3 0.0817 0.8444 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674368 3 0.1118 0.8341 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM674370 3 0.0000 0.8451 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.1637 0.8172 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674373 3 0.0336 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674375 3 0.0707 0.8448 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674379 3 0.3486 0.7349 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM674380 3 0.4690 0.5950 0.000 0.012 0.712 0.276
#> GSM674381 3 0.2469 0.8060 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM674382 3 0.3801 0.6970 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM674384 3 0.1940 0.8247 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM674385 3 0.0336 0.8461 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674388 3 0.0921 0.8375 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM674389 3 0.1389 0.8375 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM674390 3 0.2589 0.8002 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM674391 3 0.4134 0.6418 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM674393 3 0.0000 0.8451 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0188 0.8447 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674395 3 0.0817 0.8448 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674397 3 0.0188 0.8457 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674398 3 0.3074 0.7716 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674400 3 0.0817 0.8452 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674401 3 0.1118 0.8418 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM674402 3 0.3123 0.7100 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM674403 3 0.1637 0.8170 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674405 3 0.2530 0.8038 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM674406 3 0.1474 0.8360 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM674407 3 0.2589 0.8002 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM674181 2 0.4790 0.4005 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM674183 4 0.4989 -0.0972 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM674184 2 0.0707 0.9581 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674185 2 0.0336 0.9638 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674186 2 0.0336 0.9637 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674187 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.1022 0.9503 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674191 2 0.0592 0.9603 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674192 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674193 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.0592 0.9604 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674195 2 0.4898 0.3005 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM674198 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.6752 0.4778 0.000 0.280 0.132 0.588
#> GSM674201 2 0.0921 0.9533 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674202 2 0.0336 0.9644 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674203 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674204 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674206 2 0.0336 0.9638 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674208 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674209 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674210 2 0.0336 0.9644 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674212 2 0.0188 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674214 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674218 2 0.1211 0.9440 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674219 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0817 0.9575 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674221 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0336 0.9637 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674225 2 0.3024 0.8260 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM674226 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674229 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674231 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0707 0.9598 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674234 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674235 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674236 2 0.0592 0.9617 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674237 2 0.0707 0.9598 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674239 2 0.0336 0.9644 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674240 2 0.0817 0.9556 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674242 2 0.0707 0.9598 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674243 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674244 2 0.1474 0.9354 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM674245 2 0.0592 0.9617 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674282 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674287 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0188 0.9952 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674289 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674291 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0469 0.9916 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674297 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674302 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674304 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674305 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674306 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.1118 0.9738 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM674314 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674320 1 0.0707 0.9865 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674323 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674324 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674327 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674345 3 0.4040 0.5065 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM674351 3 0.3764 0.5859 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM674352 3 0.3074 0.7073 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674359 4 0.4941 0.5863 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM674360 3 0.3569 0.6384 0.000 0.000 0.804 0.196
#> GSM674362 4 0.4933 0.5902 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM674369 3 0.2530 0.7640 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM674372 3 0.0000 0.8451 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0469 0.8455 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674376 3 0.3172 0.7640 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM674377 3 0.4072 0.6529 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM674378 3 0.0817 0.8445 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM674383 3 0.0707 0.8408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674386 3 0.3649 0.7169 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674387 3 0.3123 0.7679 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM674392 3 0.0707 0.8408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM674396 3 0.3074 0.7716 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM674399 3 0.3649 0.7169 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM674404 3 0.1637 0.8325 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM674182 2 0.0817 0.9556 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674188 2 0.0188 0.9648 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.2011 0.9047 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674196 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.9653 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0188 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674215 2 0.0707 0.9598 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674216 2 0.1022 0.9521 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674217 2 0.0592 0.9603 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674222 2 0.1302 0.9425 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674224 2 0.0188 0.9650 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674227 2 0.0469 0.9633 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674228 2 0.0336 0.9644 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674233 2 0.0469 0.9622 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674238 2 0.5436 0.3848 0.000 0.620 0.024 0.356
#> GSM674241 2 0.0336 0.9644 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674283 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674286 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674293 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674303 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0188 0.9950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674310 1 0.0469 0.9916 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674311 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0707 0.9865 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM674317 1 0.0000 0.9963 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0592 0.9892 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674321 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674322 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674326 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674329 1 0.0592 0.9892 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674333 1 0.0336 0.9936 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 4 0.3742 0.649 0.000 0.004 0.188 0.788 NA
#> GSM674346 4 0.4171 0.465 0.000 0.000 0.396 0.604 NA
#> GSM674347 3 0.1211 0.885 0.000 0.000 0.960 0.024 NA
#> GSM674348 3 0.2230 0.827 0.000 0.000 0.884 0.116 NA
#> GSM674349 3 0.1557 0.877 0.000 0.000 0.940 0.052 NA
#> GSM674350 3 0.2848 0.776 0.000 0.000 0.840 0.156 NA
#> GSM674353 3 0.4088 0.321 0.000 0.000 0.632 0.368 NA
#> GSM674354 4 0.4161 0.474 0.000 0.000 0.392 0.608 NA
#> GSM674355 3 0.1124 0.880 0.000 0.000 0.960 0.036 NA
#> GSM674356 3 0.3550 0.660 0.000 0.000 0.760 0.236 NA
#> GSM674357 4 0.4268 0.354 0.000 0.000 0.444 0.556 NA
#> GSM674358 3 0.1478 0.868 0.000 0.000 0.936 0.064 NA
#> GSM674361 3 0.2233 0.836 0.000 0.000 0.892 0.104 NA
#> GSM674363 3 0.3949 0.436 0.000 0.000 0.668 0.332 NA
#> GSM674364 3 0.1502 0.872 0.000 0.000 0.940 0.056 NA
#> GSM674365 3 0.0794 0.883 0.000 0.000 0.972 0.028 NA
#> GSM674366 3 0.1403 0.886 0.000 0.000 0.952 0.024 NA
#> GSM674367 3 0.1493 0.883 0.000 0.000 0.948 0.028 NA
#> GSM674368 3 0.1430 0.878 0.000 0.000 0.944 0.052 NA
#> GSM674370 3 0.0451 0.888 0.000 0.000 0.988 0.008 NA
#> GSM674371 3 0.1211 0.884 0.000 0.000 0.960 0.024 NA
#> GSM674373 3 0.1216 0.885 0.000 0.000 0.960 0.020 NA
#> GSM674375 3 0.0798 0.888 0.000 0.000 0.976 0.008 NA
#> GSM674379 3 0.2813 0.839 0.000 0.000 0.876 0.040 NA
#> GSM674380 3 0.4491 0.736 0.000 0.024 0.776 0.052 NA
#> GSM674381 3 0.2074 0.871 0.000 0.000 0.920 0.036 NA
#> GSM674382 3 0.2927 0.838 0.000 0.000 0.868 0.040 NA
#> GSM674384 3 0.1579 0.884 0.000 0.000 0.944 0.024 NA
#> GSM674385 3 0.2719 0.857 0.000 0.000 0.884 0.068 NA
#> GSM674388 3 0.0955 0.883 0.000 0.000 0.968 0.028 NA
#> GSM674389 3 0.1012 0.888 0.000 0.000 0.968 0.012 NA
#> GSM674390 3 0.2221 0.867 0.000 0.000 0.912 0.036 NA
#> GSM674391 3 0.3521 0.793 0.000 0.000 0.820 0.040 NA
#> GSM674393 3 0.1117 0.885 0.000 0.000 0.964 0.020 NA
#> GSM674394 3 0.1915 0.882 0.000 0.000 0.928 0.040 NA
#> GSM674395 3 0.1549 0.886 0.000 0.000 0.944 0.016 NA
#> GSM674397 3 0.0451 0.886 0.000 0.000 0.988 0.008 NA
#> GSM674398 3 0.2491 0.861 0.000 0.000 0.896 0.036 NA
#> GSM674400 3 0.1211 0.885 0.000 0.000 0.960 0.024 NA
#> GSM674401 3 0.1216 0.887 0.000 0.000 0.960 0.020 NA
#> GSM674402 4 0.4965 0.293 0.000 0.000 0.452 0.520 NA
#> GSM674403 3 0.1877 0.870 0.000 0.000 0.924 0.064 NA
#> GSM674405 3 0.2067 0.873 0.000 0.000 0.920 0.032 NA
#> GSM674406 3 0.1403 0.882 0.000 0.000 0.952 0.024 NA
#> GSM674407 3 0.2209 0.867 0.000 0.000 0.912 0.032 NA
#> GSM674181 4 0.4497 0.209 0.000 0.424 0.000 0.568 NA
#> GSM674183 4 0.3461 0.593 0.000 0.224 0.000 0.772 NA
#> GSM674184 2 0.2660 0.856 0.000 0.864 0.000 0.128 NA
#> GSM674185 2 0.2236 0.911 0.000 0.908 0.000 0.068 NA
#> GSM674186 2 0.0609 0.961 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> GSM674187 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674190 2 0.1043 0.950 0.000 0.960 0.000 0.040 NA
#> GSM674191 2 0.1043 0.950 0.000 0.960 0.000 0.040 NA
#> GSM674192 2 0.0451 0.965 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> GSM674193 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674194 2 0.0609 0.961 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> GSM674195 4 0.4270 0.439 0.000 0.336 0.004 0.656 NA
#> GSM674198 2 0.0579 0.964 0.000 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM674200 4 0.4703 0.666 0.000 0.096 0.096 0.776 NA
#> GSM674201 2 0.2389 0.874 0.000 0.880 0.000 0.116 NA
#> GSM674202 2 0.0451 0.965 0.000 0.988 0.000 0.008 NA
#> GSM674203 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674204 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM674205 2 0.0324 0.965 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> GSM674206 2 0.0963 0.953 0.000 0.964 0.000 0.036 NA
#> GSM674208 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674209 2 0.0404 0.964 0.000 0.988 0.000 0.012 NA
#> GSM674210 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674212 2 0.0451 0.965 0.000 0.988 0.000 0.004 NA
#> GSM674214 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674218 2 0.4016 0.613 0.000 0.716 0.000 0.272 NA
#> GSM674219 2 0.0703 0.959 0.000 0.976 0.000 0.024 NA
#> GSM674220 2 0.2149 0.919 0.000 0.916 0.000 0.048 NA
#> GSM674221 2 0.0566 0.965 0.000 0.984 0.000 0.012 NA
#> GSM674223 2 0.0609 0.961 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> GSM674225 2 0.2806 0.878 0.000 0.888 0.008 0.052 NA
#> GSM674226 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674229 2 0.0162 0.965 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM674230 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> GSM674231 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674232 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674234 2 0.0324 0.965 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> GSM674235 2 0.0324 0.965 0.000 0.992 0.000 0.004 NA
#> GSM674236 2 0.0693 0.963 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674237 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674239 2 0.0162 0.965 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM674240 2 0.0880 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032 NA
#> GSM674242 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674243 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674244 2 0.1493 0.941 0.000 0.948 0.000 0.028 NA
#> GSM674245 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674282 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674284 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674285 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674287 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674288 1 0.2424 0.910 0.868 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674289 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674290 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674291 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674292 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674295 1 0.2773 0.895 0.836 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674297 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674298 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674299 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674300 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674301 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674302 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674304 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674305 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674306 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674308 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674309 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674313 1 0.2852 0.891 0.828 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674314 1 0.1608 0.932 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674315 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674316 1 0.2179 0.918 0.888 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674318 1 0.2773 0.895 0.836 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674320 1 0.3177 0.865 0.792 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674323 1 0.2648 0.901 0.848 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674324 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674325 1 0.2648 0.901 0.848 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674327 1 0.0609 0.947 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674328 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674330 1 0.1732 0.930 0.920 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674331 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674332 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674334 1 0.1341 0.937 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674335 1 0.2605 0.903 0.852 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674345 3 0.3209 0.749 0.000 0.000 0.812 0.180 NA
#> GSM674351 3 0.3837 0.499 0.000 0.000 0.692 0.308 NA
#> GSM674352 3 0.3003 0.730 0.000 0.000 0.812 0.188 NA
#> GSM674359 4 0.3783 0.628 0.000 0.000 0.252 0.740 NA
#> GSM674360 3 0.4276 0.280 0.000 0.000 0.616 0.380 NA
#> GSM674362 4 0.3756 0.634 0.000 0.000 0.248 0.744 NA
#> GSM674369 3 0.1364 0.883 0.000 0.000 0.952 0.036 NA
#> GSM674372 3 0.0771 0.885 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> GSM674374 3 0.1211 0.886 0.000 0.000 0.960 0.016 NA
#> GSM674376 3 0.2554 0.858 0.000 0.000 0.892 0.036 NA
#> GSM674377 3 0.3601 0.781 0.000 0.000 0.820 0.052 NA
#> GSM674378 3 0.1493 0.882 0.000 0.000 0.948 0.024 NA
#> GSM674383 3 0.0703 0.884 0.000 0.000 0.976 0.024 NA
#> GSM674386 3 0.2754 0.844 0.000 0.000 0.880 0.040 NA
#> GSM674387 3 0.2616 0.854 0.000 0.000 0.888 0.036 NA
#> GSM674392 3 0.1251 0.881 0.000 0.000 0.956 0.036 NA
#> GSM674396 3 0.2359 0.861 0.000 0.000 0.904 0.036 NA
#> GSM674399 3 0.2871 0.840 0.000 0.000 0.872 0.040 NA
#> GSM674404 3 0.1012 0.888 0.000 0.000 0.968 0.012 NA
#> GSM674182 2 0.0963 0.953 0.000 0.964 0.000 0.036 NA
#> GSM674188 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674189 2 0.3932 0.501 0.000 0.672 0.000 0.328 NA
#> GSM674196 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> GSM674197 2 0.0162 0.965 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM674199 2 0.0579 0.964 0.000 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM674207 2 0.0404 0.965 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> GSM674211 2 0.0693 0.962 0.000 0.980 0.000 0.012 NA
#> GSM674213 2 0.0566 0.965 0.000 0.984 0.000 0.012 NA
#> GSM674215 2 0.1386 0.948 0.000 0.952 0.000 0.016 NA
#> GSM674216 2 0.0807 0.960 0.000 0.976 0.000 0.012 NA
#> GSM674217 2 0.0955 0.959 0.000 0.968 0.000 0.028 NA
#> GSM674222 2 0.1012 0.955 0.000 0.968 0.000 0.020 NA
#> GSM674224 2 0.0162 0.965 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> GSM674227 2 0.0290 0.965 0.000 0.992 0.000 0.008 NA
#> GSM674228 2 0.0162 0.965 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM674233 2 0.0880 0.955 0.000 0.968 0.000 0.032 NA
#> GSM674238 4 0.4870 0.544 0.000 0.276 0.016 0.680 NA
#> GSM674241 2 0.0579 0.964 0.000 0.984 0.000 0.008 NA
#> GSM674283 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674286 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674293 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674294 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674296 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674303 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674307 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674310 1 0.2891 0.888 0.824 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674311 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674312 1 0.3242 0.859 0.784 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674317 1 0.0794 0.945 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674319 1 0.2813 0.893 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674321 1 0.2690 0.899 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674322 1 0.2852 0.891 0.828 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674326 1 0.2561 0.905 0.856 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674329 1 0.2852 0.891 0.828 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674333 1 0.2813 0.893 0.832 0.000 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 6 0.2678 0.651 0.000 0.000 0.116 NA 0.004 0.860
#> GSM674346 6 0.3592 0.434 0.000 0.000 0.344 NA 0.000 0.656
#> GSM674347 3 0.2375 0.835 0.000 0.000 0.896 NA 0.008 0.036
#> GSM674348 3 0.3468 0.668 0.000 0.000 0.712 NA 0.000 0.284
#> GSM674349 3 0.3201 0.798 0.000 0.000 0.820 NA 0.008 0.148
#> GSM674350 3 0.3314 0.701 0.000 0.000 0.740 NA 0.000 0.256
#> GSM674353 3 0.3828 0.306 0.000 0.000 0.560 NA 0.000 0.440
#> GSM674354 6 0.3706 0.354 0.000 0.000 0.380 NA 0.000 0.620
#> GSM674355 3 0.2306 0.831 0.000 0.000 0.888 NA 0.004 0.092
#> GSM674356 3 0.3563 0.586 0.000 0.000 0.664 NA 0.000 0.336
#> GSM674357 6 0.3717 0.343 0.000 0.000 0.384 NA 0.000 0.616
#> GSM674358 3 0.2584 0.808 0.000 0.000 0.848 NA 0.004 0.144
#> GSM674361 3 0.3053 0.788 0.000 0.000 0.812 NA 0.004 0.172
#> GSM674363 3 0.3797 0.371 0.000 0.000 0.580 NA 0.000 0.420
#> GSM674364 3 0.2191 0.821 0.000 0.000 0.876 NA 0.000 0.120
#> GSM674365 3 0.2450 0.822 0.000 0.000 0.868 NA 0.000 0.116
#> GSM674366 3 0.2349 0.832 0.000 0.000 0.892 NA 0.008 0.020
#> GSM674367 3 0.1411 0.839 0.000 0.000 0.936 NA 0.000 0.004
#> GSM674368 3 0.2946 0.794 0.000 0.000 0.812 NA 0.000 0.176
#> GSM674370 3 0.1857 0.840 0.000 0.000 0.924 NA 0.004 0.028
#> GSM674371 3 0.3074 0.822 0.000 0.000 0.856 NA 0.016 0.068
#> GSM674373 3 0.2088 0.842 0.000 0.000 0.904 NA 0.000 0.028
#> GSM674375 3 0.0520 0.843 0.000 0.000 0.984 NA 0.000 0.008
#> GSM674379 3 0.1866 0.822 0.000 0.000 0.908 NA 0.008 0.000
#> GSM674380 3 0.4117 0.630 0.000 0.036 0.704 NA 0.004 0.000
#> GSM674381 3 0.0777 0.840 0.000 0.000 0.972 NA 0.000 0.004
#> GSM674382 3 0.2442 0.798 0.000 0.000 0.852 NA 0.000 0.004
#> GSM674384 3 0.2002 0.832 0.000 0.000 0.908 NA 0.004 0.012
#> GSM674385 3 0.4233 0.707 0.000 0.000 0.724 NA 0.004 0.064
#> GSM674388 3 0.2218 0.827 0.000 0.000 0.884 NA 0.000 0.104
#> GSM674389 3 0.0858 0.841 0.000 0.000 0.968 NA 0.000 0.004
#> GSM674390 3 0.1462 0.839 0.000 0.000 0.936 NA 0.008 0.000
#> GSM674391 3 0.2597 0.772 0.000 0.000 0.824 NA 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.2164 0.836 0.000 0.000 0.908 NA 0.012 0.020
#> GSM674394 3 0.3276 0.805 0.000 0.000 0.816 NA 0.000 0.052
#> GSM674395 3 0.2662 0.814 0.000 0.000 0.856 NA 0.000 0.024
#> GSM674397 3 0.1053 0.843 0.000 0.000 0.964 NA 0.004 0.012
#> GSM674398 3 0.2848 0.775 0.000 0.000 0.816 NA 0.000 0.008
#> GSM674400 3 0.2036 0.834 0.000 0.000 0.912 NA 0.008 0.016
#> GSM674401 3 0.2647 0.819 0.000 0.000 0.876 NA 0.020 0.016
#> GSM674402 6 0.4355 0.216 0.000 0.000 0.420 NA 0.000 0.556
#> GSM674403 3 0.3559 0.782 0.000 0.000 0.800 NA 0.012 0.152
#> GSM674405 3 0.2199 0.821 0.000 0.000 0.892 NA 0.020 0.000
#> GSM674406 3 0.0935 0.841 0.000 0.000 0.964 NA 0.004 0.000
#> GSM674407 3 0.1700 0.831 0.000 0.000 0.916 NA 0.000 0.004
#> GSM674181 6 0.4799 0.208 0.000 0.356 0.000 NA 0.012 0.592
#> GSM674183 6 0.3472 0.650 0.000 0.100 0.000 NA 0.000 0.808
#> GSM674184 2 0.5238 0.497 0.000 0.580 0.000 NA 0.000 0.292
#> GSM674185 2 0.5143 0.591 0.000 0.612 0.000 NA 0.000 0.140
#> GSM674186 2 0.1794 0.895 0.000 0.924 0.000 NA 0.000 0.036
#> GSM674187 2 0.0622 0.910 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674190 2 0.2110 0.884 0.000 0.900 0.000 NA 0.004 0.084
#> GSM674191 2 0.2506 0.872 0.000 0.880 0.000 NA 0.000 0.068
#> GSM674192 2 0.0551 0.911 0.000 0.984 0.000 NA 0.008 0.004
#> GSM674193 2 0.0820 0.909 0.000 0.972 0.000 NA 0.016 0.012
#> GSM674194 2 0.2152 0.888 0.000 0.904 0.000 NA 0.004 0.068
#> GSM674195 6 0.4390 0.567 0.000 0.176 0.000 NA 0.004 0.724
#> GSM674198 2 0.0508 0.909 0.000 0.984 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674200 6 0.4202 0.657 0.000 0.032 0.028 NA 0.012 0.772
#> GSM674201 2 0.4960 0.524 0.000 0.600 0.000 NA 0.000 0.308
#> GSM674202 2 0.0777 0.910 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674203 2 0.0622 0.909 0.000 0.980 0.000 NA 0.008 0.000
#> GSM674204 2 0.0508 0.909 0.000 0.984 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674205 2 0.0692 0.908 0.000 0.976 0.000 NA 0.020 0.000
#> GSM674206 2 0.3017 0.847 0.000 0.844 0.000 NA 0.000 0.072
#> GSM674208 2 0.0622 0.910 0.000 0.980 0.000 NA 0.008 0.000
#> GSM674209 2 0.0653 0.911 0.000 0.980 0.000 NA 0.004 0.012
#> GSM674210 2 0.0603 0.908 0.000 0.980 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674212 2 0.0363 0.910 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0725 0.908 0.000 0.976 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674218 2 0.5290 0.299 0.000 0.504 0.000 NA 0.000 0.392
#> GSM674219 2 0.2660 0.862 0.000 0.868 0.000 NA 0.000 0.048
#> GSM674220 2 0.5092 0.550 0.000 0.588 0.008 NA 0.000 0.076
#> GSM674221 2 0.0914 0.909 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.016
#> GSM674223 2 0.1225 0.904 0.000 0.952 0.000 NA 0.012 0.036
#> GSM674225 2 0.4792 0.585 0.000 0.624 0.032 NA 0.000 0.024
#> GSM674226 2 0.1049 0.908 0.000 0.960 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674229 2 0.0146 0.910 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.1807 0.896 0.000 0.920 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674231 2 0.0405 0.911 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.008
#> GSM674232 2 0.0458 0.910 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0363 0.910 0.000 0.988 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674235 2 0.0692 0.910 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674236 2 0.0777 0.910 0.000 0.972 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674237 2 0.0363 0.910 0.000 0.988 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0146 0.910 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.2600 0.867 0.000 0.876 0.000 NA 0.004 0.084
#> GSM674242 2 0.0692 0.909 0.000 0.976 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674243 2 0.0862 0.909 0.000 0.972 0.000 NA 0.016 0.008
#> GSM674244 2 0.4489 0.608 0.000 0.632 0.008 NA 0.000 0.032
#> GSM674245 2 0.1152 0.906 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674282 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.2823 0.824 0.796 0.000 0.000 NA 0.204 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.3499 0.772 0.680 0.000 0.000 NA 0.320 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.3706 0.731 0.620 0.000 0.000 NA 0.380 0.000
#> GSM674314 1 0.3266 0.796 0.728 0.000 0.000 NA 0.272 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.3390 0.784 0.704 0.000 0.000 NA 0.296 0.000
#> GSM674318 1 0.3684 0.737 0.628 0.000 0.000 NA 0.372 0.000
#> GSM674320 1 0.3833 0.671 0.556 0.000 0.000 NA 0.444 0.000
#> GSM674323 1 0.3464 0.776 0.688 0.000 0.000 NA 0.312 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.3482 0.774 0.684 0.000 0.000 NA 0.316 0.000
#> GSM674327 1 0.1327 0.868 0.936 0.000 0.000 NA 0.064 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.2883 0.820 0.788 0.000 0.000 NA 0.212 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0363 0.882 0.988 0.000 0.000 NA 0.012 0.000
#> GSM674334 1 0.2996 0.814 0.772 0.000 0.000 NA 0.228 0.000
#> GSM674335 1 0.3446 0.778 0.692 0.000 0.000 NA 0.308 0.000
#> GSM674345 3 0.3936 0.665 0.000 0.000 0.700 NA 0.004 0.276
#> GSM674351 3 0.3727 0.460 0.000 0.000 0.612 NA 0.000 0.388
#> GSM674352 3 0.3468 0.661 0.000 0.000 0.712 NA 0.000 0.284
#> GSM674359 6 0.3152 0.621 0.000 0.000 0.196 NA 0.008 0.792
#> GSM674360 3 0.3823 0.314 0.000 0.000 0.564 NA 0.000 0.436
#> GSM674362 6 0.2838 0.632 0.000 0.000 0.188 NA 0.000 0.808
#> GSM674369 3 0.3543 0.791 0.000 0.000 0.812 NA 0.012 0.124
#> GSM674372 3 0.1788 0.841 0.000 0.000 0.928 NA 0.004 0.040
#> GSM674374 3 0.1461 0.846 0.000 0.000 0.940 NA 0.000 0.016
#> GSM674376 3 0.2100 0.816 0.000 0.000 0.884 NA 0.000 0.004
#> GSM674377 3 0.2706 0.782 0.000 0.000 0.832 NA 0.008 0.000
#> GSM674378 3 0.1082 0.844 0.000 0.000 0.956 NA 0.004 0.000
#> GSM674383 3 0.2221 0.833 0.000 0.000 0.896 NA 0.000 0.072
#> GSM674386 3 0.2118 0.819 0.000 0.000 0.888 NA 0.008 0.000
#> GSM674387 3 0.2278 0.807 0.000 0.000 0.868 NA 0.000 0.004
#> GSM674392 3 0.2393 0.832 0.000 0.000 0.884 NA 0.004 0.092
#> GSM674396 3 0.1970 0.825 0.000 0.000 0.900 NA 0.008 0.000
#> GSM674399 3 0.2431 0.807 0.000 0.000 0.860 NA 0.008 0.000
#> GSM674404 3 0.1049 0.841 0.000 0.000 0.960 NA 0.000 0.008
#> GSM674182 2 0.3112 0.844 0.000 0.840 0.000 NA 0.004 0.104
#> GSM674188 2 0.0622 0.910 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674189 2 0.4903 0.407 0.000 0.552 0.000 NA 0.000 0.380
#> GSM674196 2 0.0603 0.908 0.000 0.980 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674197 2 0.0146 0.910 0.000 0.996 0.000 NA 0.004 0.000
#> GSM674199 2 0.0603 0.908 0.000 0.980 0.000 NA 0.016 0.000
#> GSM674207 2 0.1168 0.901 0.000 0.956 0.000 NA 0.028 0.000
#> GSM674211 2 0.0520 0.909 0.000 0.984 0.000 NA 0.008 0.000
#> GSM674213 2 0.1682 0.897 0.000 0.928 0.000 NA 0.000 0.020
#> GSM674215 2 0.4408 0.662 0.000 0.664 0.000 NA 0.000 0.056
#> GSM674216 2 0.0547 0.909 0.000 0.980 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.1788 0.897 0.000 0.928 0.000 NA 0.004 0.040
#> GSM674222 2 0.2006 0.878 0.000 0.892 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674224 2 0.0909 0.909 0.000 0.968 0.000 NA 0.000 0.012
#> GSM674227 2 0.0632 0.911 0.000 0.976 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0508 0.910 0.000 0.984 0.000 NA 0.000 0.004
#> GSM674233 2 0.2190 0.881 0.000 0.900 0.000 NA 0.000 0.060
#> GSM674238 6 0.4637 0.620 0.000 0.136 0.008 NA 0.000 0.712
#> GSM674241 2 0.0146 0.910 0.000 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.3756 0.715 0.600 0.000 0.000 NA 0.400 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.884 1.000 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.3847 0.658 0.544 0.000 0.000 NA 0.456 0.000
#> GSM674317 1 0.0937 0.875 0.960 0.000 0.000 NA 0.040 0.000
#> GSM674319 1 0.3620 0.752 0.648 0.000 0.000 NA 0.352 0.000
#> GSM674321 1 0.3482 0.774 0.684 0.000 0.000 NA 0.316 0.000
#> GSM674322 1 0.3706 0.731 0.620 0.000 0.000 NA 0.380 0.000
#> GSM674326 1 0.3482 0.774 0.684 0.000 0.000 NA 0.316 0.000
#> GSM674329 1 0.3684 0.737 0.628 0.000 0.000 NA 0.372 0.000
#> GSM674333 1 0.3695 0.734 0.624 0.000 0.000 NA 0.376 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> MAD:NMF 183 0.962 6.15e-78 3
#> MAD:NMF 174 0.869 4.15e-72 4
#> MAD:NMF 173 0.747 8.43e-70 5
#> MAD:NMF 171 0.882 1.15e-68 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.976 0.989 0.5937 0.751 0.571
#> 4 4 0.902 0.888 0.950 0.0431 0.974 0.920
#> 5 5 0.836 0.823 0.913 0.0365 0.988 0.962
#> 6 6 0.820 0.769 0.881 0.0276 0.983 0.942
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0237 0.986 0 0.004 0.996
#> GSM674365 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674380 2 0.5988 0.437 0 0.632 0.368
#> GSM674381 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0747 0.975 0 0.016 0.984
#> GSM674388 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674183 3 0.1860 0.939 0 0.052 0.948
#> GSM674184 2 0.3340 0.873 0 0.880 0.120
#> GSM674185 2 0.3267 0.877 0 0.884 0.116
#> GSM674186 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674195 3 0.6204 0.239 0 0.424 0.576
#> GSM674198 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674200 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674201 2 0.1643 0.946 0 0.956 0.044
#> GSM674202 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2796 0.902 0 0.908 0.092
#> GSM674208 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.3482 0.863 0 0.872 0.128
#> GSM674219 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.3752 0.843 0 0.856 0.144
#> GSM674221 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.3267 0.875 0 0.884 0.116
#> GSM674226 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0237 0.986 0 0.004 0.996
#> GSM674362 3 0.0237 0.986 0 0.004 0.996
#> GSM674369 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.1860 0.938 0 0.052 0.948
#> GSM674378 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.989 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0237 0.976 0 0.996 0.004
#> GSM674188 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.2165 0.928 0 0.936 0.064
#> GSM674196 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0424 0.973 0 0.992 0.008
#> GSM674216 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.2165 0.928 0 0.936 0.064
#> GSM674224 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674238 3 0.3816 0.821 0 0.148 0.852
#> GSM674241 2 0.0000 0.978 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0188 0.982 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674380 2 0.5127 0.435 0.000 0.632 0.356 0.012
#> GSM674381 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674382 3 0.0469 0.979 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674384 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0779 0.968 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM674388 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674390 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674391 3 0.0469 0.979 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674393 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674398 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674400 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674401 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674402 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674403 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674405 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674406 3 0.0188 0.983 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674407 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674181 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 3 0.1474 0.926 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM674184 2 0.2647 0.843 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM674185 2 0.2589 0.848 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 3 0.4916 0.242 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674201 2 0.1302 0.932 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2216 0.878 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2760 0.832 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.3271 0.814 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM674221 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.2799 0.850 0.000 0.884 0.108 0.008
#> GSM674226 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.4888 0.206 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM674289 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.4713 0.601 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM674297 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.2973 0.757 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM674300 1 0.4679 0.425 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM674301 1 0.1474 0.821 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM674302 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.3074 0.732 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674308 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 4 0.0592 0.723 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674314 1 0.0817 0.838 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674315 1 0.3074 0.732 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM674316 1 0.4888 0.231 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM674318 4 0.3074 0.801 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM674320 4 0.4193 0.748 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM674323 1 0.4898 0.218 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM674324 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674325 1 0.4888 0.231 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM674327 1 0.4697 0.414 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM674328 1 0.2868 0.765 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM674330 1 0.2647 0.777 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM674331 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674332 1 0.3610 0.691 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM674334 1 0.3610 0.691 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM674335 1 0.3610 0.691 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM674345 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0188 0.982 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674362 3 0.0188 0.982 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM674369 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674377 3 0.1938 0.920 0.000 0.052 0.936 0.012
#> GSM674378 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0469 0.979 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM674387 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674392 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674399 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674404 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674182 2 0.0188 0.970 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.1716 0.910 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0336 0.966 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.1938 0.914 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM674224 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.3024 0.793 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2589 0.770 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM674294 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674307 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.3074 0.801 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM674311 1 0.0000 0.847 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 4 0.0707 0.725 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM674317 1 0.3123 0.747 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM674319 4 0.4961 0.387 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM674321 1 0.4746 0.363 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM674322 4 0.4164 0.746 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM674326 4 0.3074 0.801 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM674329 4 0.4193 0.748 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM674333 1 0.4804 0.334 0.616 0.000 0.000 0.384
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674346 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674347 3 0.0794 0.852 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674348 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674349 3 0.1043 0.852 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674350 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0162 0.850 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.1341 0.850 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM674366 3 0.1544 0.848 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM674367 3 0.2329 0.828 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM674368 3 0.0703 0.842 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674370 3 0.1732 0.846 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674371 3 0.0703 0.842 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674373 3 0.2471 0.815 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674375 3 0.2852 0.777 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM674379 3 0.3177 0.733 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM674380 2 0.5565 0.351 0.000 0.632 0.240 0.000 0.128
#> GSM674381 3 0.2690 0.796 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM674382 5 0.3774 1.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM674384 3 0.2471 0.811 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674385 3 0.3264 0.774 0.000 0.016 0.820 0.000 0.164
#> GSM674388 3 0.1121 0.836 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM674389 3 0.2424 0.812 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM674390 3 0.2732 0.805 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM674391 5 0.3774 1.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM674393 3 0.2230 0.822 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674394 3 0.2561 0.803 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM674395 3 0.2424 0.812 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM674397 3 0.2127 0.839 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674398 3 0.3366 0.696 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674400 3 0.1792 0.806 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674401 3 0.1792 0.806 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674402 3 0.1792 0.806 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674403 3 0.1792 0.806 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674405 3 0.3366 0.696 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674406 3 0.2561 0.816 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM674407 3 0.3210 0.727 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM674181 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 3 0.2300 0.769 0.000 0.052 0.908 0.000 0.040
#> GSM674184 2 0.2735 0.857 0.000 0.880 0.084 0.000 0.036
#> GSM674185 2 0.2676 0.862 0.000 0.884 0.080 0.000 0.036
#> GSM674186 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 3 0.5137 -0.101 0.000 0.424 0.536 0.000 0.040
#> GSM674198 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674201 2 0.1281 0.941 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012
#> GSM674202 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.2278 0.890 0.000 0.908 0.060 0.000 0.032
#> GSM674208 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.2850 0.845 0.000 0.872 0.092 0.000 0.036
#> GSM674219 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.3090 0.846 0.000 0.856 0.040 0.000 0.104
#> GSM674221 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.2561 0.879 0.000 0.884 0.020 0.000 0.096
#> GSM674226 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.4256 0.156 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 4 0.4235 0.605 0.336 0.000 0.000 0.656 0.008
#> GSM674297 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.2605 0.750 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM674300 1 0.5911 0.412 0.596 0.000 0.000 0.228 0.176
#> GSM674301 1 0.1478 0.808 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674302 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.3419 0.695 0.804 0.000 0.000 0.016 0.180
#> GSM674308 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0162 0.841 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674313 4 0.1270 0.658 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM674314 1 0.0865 0.832 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM674315 1 0.3419 0.695 0.804 0.000 0.000 0.016 0.180
#> GSM674316 1 0.4268 0.158 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> GSM674318 4 0.2230 0.799 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM674320 4 0.3988 0.741 0.252 0.000 0.000 0.732 0.016
#> GSM674323 1 0.4273 0.143 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM674324 1 0.0794 0.833 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674325 1 0.4268 0.158 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> GSM674327 1 0.5941 0.403 0.592 0.000 0.000 0.228 0.180
#> GSM674328 1 0.2516 0.757 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM674330 1 0.2424 0.764 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM674331 1 0.0794 0.833 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674332 1 0.3242 0.675 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM674334 1 0.3242 0.675 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM674335 1 0.3242 0.675 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM674345 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674351 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674360 3 0.0162 0.850 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0162 0.850 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.0703 0.842 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674372 3 0.2424 0.812 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM674374 3 0.2471 0.815 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674376 3 0.3210 0.727 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM674377 3 0.4575 0.575 0.000 0.052 0.712 0.000 0.236
#> GSM674378 3 0.2377 0.820 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM674383 3 0.0703 0.842 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674386 5 0.3774 1.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM674387 3 0.3210 0.727 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM674392 3 0.1792 0.839 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM674396 3 0.3366 0.696 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674399 3 0.3366 0.696 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674404 3 0.3366 0.696 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674182 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.1725 0.919 0.000 0.936 0.044 0.000 0.020
#> GSM674196 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0290 0.970 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.1628 0.928 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056
#> GSM674224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.3608 0.538 0.000 0.148 0.812 0.000 0.040
#> GSM674241 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2909 0.738 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140
#> GSM674294 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0794 0.833 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.2230 0.799 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM674311 1 0.0162 0.841 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674312 4 0.1043 0.661 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM674317 1 0.2773 0.737 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM674319 4 0.4510 0.369 0.432 0.000 0.000 0.560 0.008
#> GSM674321 1 0.4171 0.308 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM674322 4 0.3336 0.753 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM674326 4 0.2230 0.799 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM674329 4 0.3988 0.741 0.252 0.000 0.000 0.732 0.016
#> GSM674333 1 0.4227 0.249 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.2136 0.7569 0.000 0.000 0.904 0.048 0.000 NA
#> GSM674346 3 0.2136 0.7569 0.000 0.000 0.904 0.048 0.000 NA
#> GSM674347 3 0.1082 0.8020 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000 NA
#> GSM674348 3 0.2070 0.7596 0.000 0.000 0.908 0.048 0.000 NA
#> GSM674349 3 0.1461 0.8000 0.000 0.000 0.940 0.044 0.000 NA
#> GSM674350 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674353 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674354 3 0.0146 0.8002 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674355 3 0.0146 0.8012 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674356 3 0.0146 0.8002 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674357 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674358 3 0.0146 0.8012 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674361 3 0.0146 0.8002 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674363 3 0.0146 0.8002 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> GSM674364 3 0.0291 0.8000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> GSM674365 3 0.1444 0.8010 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 NA
#> GSM674366 3 0.1714 0.7983 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 NA
#> GSM674367 3 0.2491 0.7784 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000 NA
#> GSM674368 3 0.0865 0.7959 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 NA
#> GSM674370 3 0.1863 0.7965 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000 NA
#> GSM674371 3 0.0865 0.7959 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 NA
#> GSM674373 3 0.2562 0.7659 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 NA
#> GSM674375 3 0.2883 0.7355 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 NA
#> GSM674379 3 0.3409 0.6430 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000 NA
#> GSM674380 2 0.5078 0.4008 0.000 0.632 0.160 0.208 0.000 NA
#> GSM674381 3 0.2912 0.7341 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000 NA
#> GSM674382 4 0.2135 1.0000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 NA
#> GSM674384 3 0.2491 0.7676 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000 NA
#> GSM674385 3 0.3261 0.7316 0.000 0.016 0.780 0.204 0.000 NA
#> GSM674388 3 0.2197 0.7617 0.000 0.000 0.900 0.056 0.000 NA
#> GSM674389 3 0.2562 0.7623 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 NA
#> GSM674390 3 0.3023 0.7356 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000 NA
#> GSM674391 4 0.2135 1.0000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 NA
#> GSM674393 3 0.2340 0.7737 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 NA
#> GSM674394 3 0.2562 0.7626 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 NA
#> GSM674395 3 0.2527 0.7640 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 NA
#> GSM674397 3 0.2597 0.7728 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000 NA
#> GSM674398 3 0.3634 0.5625 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 NA
#> GSM674400 3 0.4916 0.1298 0.000 0.000 0.520 0.064 0.000 NA
#> GSM674401 3 0.4916 0.1298 0.000 0.000 0.520 0.064 0.000 NA
#> GSM674402 3 0.4916 0.1298 0.000 0.000 0.520 0.064 0.000 NA
#> GSM674403 3 0.4916 0.1298 0.000 0.000 0.520 0.064 0.000 NA
#> GSM674405 3 0.3634 0.5625 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 NA
#> GSM674406 3 0.2883 0.7495 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 NA
#> GSM674407 3 0.3464 0.6272 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 NA
#> GSM674181 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674183 3 0.3181 0.7114 0.000 0.052 0.856 0.048 0.000 NA
#> GSM674184 2 0.2474 0.8574 0.000 0.880 0.080 0.040 0.000 NA
#> GSM674185 2 0.2420 0.8622 0.000 0.884 0.076 0.040 0.000 NA
#> GSM674186 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674187 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674190 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674191 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674192 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674193 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674194 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674195 3 0.5400 0.0309 0.000 0.424 0.496 0.048 0.000 NA
#> GSM674198 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674200 3 0.2136 0.7569 0.000 0.000 0.904 0.048 0.000 NA
#> GSM674201 2 0.1151 0.9402 0.000 0.956 0.032 0.012 0.000 NA
#> GSM674202 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674203 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674204 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674205 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674206 2 0.2058 0.8908 0.000 0.908 0.056 0.036 0.000 NA
#> GSM674208 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674209 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674210 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674212 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674214 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674218 2 0.2579 0.8466 0.000 0.872 0.088 0.040 0.000 NA
#> GSM674219 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674220 2 0.2726 0.8453 0.000 0.856 0.032 0.112 0.000 NA
#> GSM674221 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674223 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674225 2 0.2218 0.8752 0.000 0.884 0.012 0.104 0.000 NA
#> GSM674226 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674229 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674230 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674231 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674232 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674234 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674235 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674236 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674237 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674239 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674240 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674242 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674243 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674244 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674245 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674282 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674284 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674285 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674287 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674288 5 0.4381 0.3606 0.440 0.000 0.000 0.000 0.536 NA
#> GSM674289 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674290 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674291 1 0.0363 0.8429 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM674292 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674295 5 0.4881 0.6263 0.232 0.000 0.000 0.000 0.648 NA
#> GSM674297 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674298 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674299 1 0.3244 0.5432 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 NA
#> GSM674300 1 0.6592 -0.1259 0.448 0.000 0.000 0.068 0.348 NA
#> GSM674301 1 0.1633 0.8023 0.932 0.000 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM674302 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674304 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674305 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674306 1 0.4024 0.6384 0.776 0.000 0.000 0.068 0.016 NA
#> GSM674308 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674309 1 0.0632 0.8384 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> GSM674313 5 0.4238 0.2675 0.000 0.000 0.000 0.016 0.540 NA
#> GSM674314 1 0.1448 0.8264 0.948 0.000 0.000 0.012 0.024 NA
#> GSM674315 1 0.4024 0.6384 0.776 0.000 0.000 0.068 0.016 NA
#> GSM674316 5 0.3804 0.4051 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> GSM674318 5 0.1367 0.5431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM674320 5 0.4354 0.6450 0.144 0.000 0.000 0.000 0.724 NA
#> GSM674323 5 0.3797 0.4126 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 NA
#> GSM674324 1 0.1387 0.8063 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> GSM674325 5 0.3804 0.4051 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 NA
#> GSM674327 1 0.6619 -0.1357 0.444 0.000 0.000 0.068 0.348 NA
#> GSM674328 1 0.3023 0.6052 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 NA
#> GSM674330 1 0.3215 0.5927 0.756 0.000 0.000 0.000 0.240 NA
#> GSM674331 1 0.1387 0.8063 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> GSM674332 1 0.3756 0.3473 0.644 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> GSM674334 1 0.3756 0.3473 0.644 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> GSM674335 1 0.3756 0.3473 0.644 0.000 0.000 0.000 0.352 NA
#> GSM674345 3 0.2136 0.7569 0.000 0.000 0.904 0.048 0.000 NA
#> GSM674351 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674352 3 0.0000 0.8008 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674359 3 0.2136 0.7569 0.000 0.000 0.904 0.048 0.000 NA
#> GSM674360 3 0.0291 0.8000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> GSM674362 3 0.0291 0.8000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 NA
#> GSM674369 3 0.0865 0.7959 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 NA
#> GSM674372 3 0.2527 0.7640 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 NA
#> GSM674374 3 0.2562 0.7659 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 NA
#> GSM674376 3 0.3464 0.6269 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 NA
#> GSM674377 3 0.4553 0.5094 0.000 0.052 0.620 0.328 0.000 NA
#> GSM674378 3 0.2527 0.7681 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 NA
#> GSM674383 3 0.0937 0.7987 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 NA
#> GSM674386 4 0.2135 1.0000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 NA
#> GSM674387 3 0.3464 0.6272 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 NA
#> GSM674392 3 0.1910 0.7882 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 NA
#> GSM674396 3 0.3634 0.5625 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 NA
#> GSM674399 3 0.3634 0.5625 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 NA
#> GSM674404 3 0.3634 0.5625 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000 NA
#> GSM674182 2 0.0146 0.9740 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 NA
#> GSM674188 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674189 2 0.1564 0.9204 0.000 0.936 0.040 0.024 0.000 NA
#> GSM674196 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674197 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674199 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674207 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674211 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674213 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674215 2 0.0260 0.9707 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 NA
#> GSM674216 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674217 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674222 2 0.1411 0.9264 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000 NA
#> GSM674224 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674227 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674228 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674233 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674238 3 0.3844 0.6024 0.000 0.148 0.788 0.040 0.000 NA
#> GSM674241 2 0.0000 0.9776 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674283 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674286 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674293 1 0.3836 0.6868 0.804 0.000 0.000 0.056 0.032 NA
#> GSM674294 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674296 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674303 1 0.1387 0.8063 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> GSM674307 1 0.0000 0.8469 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674310 5 0.1367 0.5431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM674311 1 0.0632 0.8384 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> GSM674312 5 0.4147 0.2748 0.000 0.000 0.000 0.012 0.552 NA
#> GSM674317 1 0.3330 0.5135 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 NA
#> GSM674319 5 0.5268 0.5310 0.332 0.000 0.000 0.000 0.552 NA
#> GSM674321 5 0.3991 0.2801 0.472 0.000 0.000 0.000 0.524 NA
#> GSM674322 5 0.2527 0.6219 0.108 0.000 0.000 0.000 0.868 NA
#> GSM674326 5 0.1367 0.5431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> GSM674329 5 0.4354 0.6450 0.144 0.000 0.000 0.000 0.724 NA
#> GSM674333 5 0.3961 0.3436 0.440 0.000 0.000 0.000 0.556 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:hclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:hclust 181 0.974 1.51e-73 3
#> ATC:hclust 172 0.359 6.39e-68 4
#> ATC:hclust 172 0.520 3.46e-66 5
#> ATC:hclust 164 0.413 7.79e-63 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.709 0.980 0.902 0.4878 0.750 0.571
#> 4 4 0.819 0.851 0.826 0.1420 0.992 0.977
#> 5 5 0.798 0.740 0.732 0.0656 0.879 0.635
#> 6 6 0.747 0.786 0.782 0.0506 0.915 0.638
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674183 2 0.5178 0.946 0.000 0.744 0.256
#> GSM674184 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674185 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674186 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674187 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674190 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674191 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674192 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674193 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674194 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674195 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674198 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674200 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674201 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674202 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674203 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674204 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674205 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674206 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674208 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674209 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674210 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674212 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674214 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674218 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674219 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674220 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674221 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674223 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674225 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674226 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674229 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674230 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674231 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674232 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674234 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674235 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674236 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674237 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674239 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674240 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674242 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674243 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674244 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674245 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674282 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.2959 0.933 0.900 0.100 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.2448 0.938 0.924 0.076 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674314 1 0.3752 0.924 0.856 0.144 0.000
#> GSM674315 1 0.2448 0.938 0.924 0.076 0.000
#> GSM674316 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674318 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674320 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674323 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674327 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.1031 0.946 0.976 0.024 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0892 0.946 0.980 0.020 0.000
#> GSM674335 1 0.2537 0.937 0.920 0.080 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674188 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674189 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674196 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674197 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674199 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674207 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674211 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674213 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674215 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674216 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674217 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674222 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674224 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674227 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674228 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674233 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674238 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674241 2 0.4750 0.999 0.000 0.784 0.216
#> GSM674283 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.1643 0.943 0.956 0.044 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.4399 0.912 0.812 0.188 0.000
#> GSM674321 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674322 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674326 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674329 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
#> GSM674333 1 0.4750 0.906 0.784 0.216 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.5720 0.869 0.000 0.052 0.652 NA
#> GSM674346 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674347 3 0.5599 0.874 0.000 0.052 0.672 NA
#> GSM674348 3 0.5673 0.872 0.000 0.052 0.660 NA
#> GSM674349 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674350 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674353 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674354 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674355 3 0.5491 0.874 0.000 0.052 0.688 NA
#> GSM674356 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674357 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674358 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674361 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674363 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674364 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674365 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674366 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674367 3 0.1661 0.861 0.000 0.052 0.944 NA
#> GSM674368 3 0.5720 0.869 0.000 0.052 0.652 NA
#> GSM674370 3 0.5624 0.873 0.000 0.052 0.668 NA
#> GSM674371 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674373 3 0.1938 0.858 0.000 0.052 0.936 NA
#> GSM674375 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674379 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674380 3 0.1938 0.858 0.000 0.052 0.936 NA
#> GSM674381 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674382 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674384 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674385 3 0.1938 0.858 0.000 0.052 0.936 NA
#> GSM674388 3 0.5573 0.874 0.000 0.052 0.676 NA
#> GSM674389 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674390 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674391 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674393 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674394 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674395 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674397 3 0.1938 0.858 0.000 0.052 0.936 NA
#> GSM674398 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674400 3 0.5624 0.873 0.000 0.052 0.668 NA
#> GSM674401 3 0.5624 0.873 0.000 0.052 0.668 NA
#> GSM674402 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674403 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674405 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674406 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674407 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674181 2 0.2973 0.838 0.000 0.856 0.000 NA
#> GSM674183 2 0.5013 0.436 0.000 0.688 0.020 NA
#> GSM674184 2 0.0469 0.807 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM674185 2 0.0592 0.805 0.000 0.984 0.000 NA
#> GSM674186 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674187 2 0.4661 0.847 0.000 0.652 0.000 NA
#> GSM674190 2 0.4304 0.847 0.000 0.716 0.000 NA
#> GSM674191 2 0.3219 0.842 0.000 0.836 0.000 NA
#> GSM674192 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674193 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674194 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674195 2 0.1716 0.771 0.000 0.936 0.000 NA
#> GSM674198 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674200 3 0.5764 0.865 0.000 0.052 0.644 NA
#> GSM674201 2 0.0336 0.809 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM674202 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674203 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674204 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674205 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674206 2 0.0336 0.809 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM674208 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674209 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674210 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674212 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674214 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674218 2 0.0707 0.803 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM674219 2 0.0188 0.810 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM674220 2 0.0707 0.803 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM674221 2 0.3172 0.841 0.000 0.840 0.000 NA
#> GSM674223 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674225 2 0.0469 0.807 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM674226 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674229 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674230 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674231 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674232 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674234 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674235 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674236 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674237 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674239 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674240 2 0.3311 0.842 0.000 0.828 0.000 NA
#> GSM674242 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674243 2 0.3726 0.845 0.000 0.788 0.000 NA
#> GSM674244 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674245 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674282 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674284 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674285 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674287 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674288 1 0.4814 0.839 0.676 0.000 0.008 NA
#> GSM674289 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674290 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674291 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674292 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674295 1 0.5085 0.839 0.676 0.000 0.020 NA
#> GSM674297 1 0.0469 0.908 0.988 0.000 0.012 NA
#> GSM674298 1 0.0469 0.908 0.988 0.000 0.012 NA
#> GSM674299 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674300 1 0.3647 0.883 0.832 0.000 0.016 NA
#> GSM674301 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674302 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674304 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674305 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674306 1 0.3616 0.889 0.852 0.000 0.036 NA
#> GSM674308 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674309 1 0.0895 0.907 0.976 0.000 0.020 NA
#> GSM674313 1 0.5161 0.839 0.676 0.000 0.024 NA
#> GSM674314 1 0.4781 0.866 0.752 0.000 0.036 NA
#> GSM674315 1 0.3616 0.889 0.852 0.000 0.036 NA
#> GSM674316 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674318 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674320 1 0.5003 0.839 0.676 0.000 0.016 NA
#> GSM674323 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674324 1 0.0895 0.907 0.976 0.000 0.020 NA
#> GSM674325 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674327 1 0.5003 0.840 0.676 0.000 0.016 NA
#> GSM674328 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674330 1 0.1913 0.905 0.940 0.000 0.020 NA
#> GSM674331 1 0.0895 0.907 0.976 0.000 0.020 NA
#> GSM674332 1 0.0895 0.907 0.976 0.000 0.020 NA
#> GSM674334 1 0.1913 0.905 0.940 0.000 0.020 NA
#> GSM674335 1 0.3638 0.887 0.848 0.000 0.032 NA
#> GSM674345 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674351 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674352 3 0.5649 0.873 0.000 0.052 0.664 NA
#> GSM674359 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674360 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674362 3 0.5720 0.869 0.000 0.052 0.652 NA
#> GSM674369 3 0.5720 0.869 0.000 0.052 0.652 NA
#> GSM674372 3 0.1661 0.861 0.000 0.052 0.944 NA
#> GSM674374 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674376 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674377 3 0.1938 0.858 0.000 0.052 0.936 NA
#> GSM674378 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674383 3 0.5697 0.871 0.000 0.052 0.656 NA
#> GSM674386 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674387 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674392 3 0.2578 0.864 0.000 0.052 0.912 NA
#> GSM674396 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674399 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674404 3 0.1474 0.861 0.000 0.052 0.948 NA
#> GSM674182 2 0.3219 0.841 0.000 0.836 0.000 NA
#> GSM674188 2 0.3356 0.843 0.000 0.824 0.000 NA
#> GSM674189 2 0.0469 0.807 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM674196 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674197 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674199 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674207 2 0.4605 0.847 0.000 0.664 0.000 NA
#> GSM674211 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674213 2 0.3486 0.843 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM674215 2 0.0469 0.807 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM674216 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674217 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674222 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674224 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674227 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674228 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674233 2 0.0000 0.812 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674238 2 0.7790 -0.357 0.000 0.424 0.272 NA
#> GSM674241 2 0.4761 0.846 0.000 0.628 0.000 NA
#> GSM674283 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674286 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674293 1 0.2222 0.900 0.924 0.000 0.016 NA
#> GSM674294 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674296 1 0.0469 0.908 0.988 0.000 0.012 NA
#> GSM674303 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674307 1 0.0469 0.908 0.988 0.000 0.012 NA
#> GSM674310 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674311 1 0.0895 0.907 0.976 0.000 0.020 NA
#> GSM674312 1 0.5003 0.839 0.676 0.000 0.016 NA
#> GSM674317 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674319 1 0.4857 0.846 0.700 0.000 0.016 NA
#> GSM674321 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674322 1 0.4699 0.839 0.676 0.000 0.004 NA
#> GSM674326 1 0.4543 0.839 0.676 0.000 0.000 NA
#> GSM674329 1 0.5003 0.839 0.676 0.000 0.016 NA
#> GSM674333 1 0.4699 0.839 0.676 0.000 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.2104 0.7881 0.000 0.000 0.916 0.024 0.060
#> GSM674346 3 0.1124 0.8078 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM674347 3 0.0671 0.8003 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM674348 3 0.1670 0.8066 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM674349 3 0.1282 0.8078 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM674350 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0992 0.8109 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM674355 3 0.0566 0.8060 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674356 3 0.1331 0.8097 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> GSM674357 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0162 0.8114 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674363 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.1168 0.8087 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM674365 3 0.1484 0.8088 0.000 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM674366 3 0.1626 0.8062 0.000 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM674367 3 0.4826 -0.9121 0.000 0.000 0.508 0.472 0.020
#> GSM674368 3 0.1845 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM674370 3 0.1485 0.8054 0.000 0.000 0.948 0.020 0.032
#> GSM674371 3 0.1557 0.8061 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674373 4 0.4650 0.9569 0.000 0.000 0.468 0.520 0.012
#> GSM674375 4 0.4559 0.9600 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> GSM674379 4 0.4555 0.9593 0.000 0.000 0.472 0.520 0.008
#> GSM674380 4 0.5153 0.8816 0.000 0.000 0.436 0.524 0.040
#> GSM674381 4 0.5047 0.9488 0.000 0.000 0.472 0.496 0.032
#> GSM674382 4 0.4980 0.9517 0.000 0.000 0.484 0.488 0.028
#> GSM674384 3 0.4906 -0.9362 0.000 0.000 0.496 0.480 0.024
#> GSM674385 4 0.5047 0.9314 0.000 0.000 0.472 0.496 0.032
#> GSM674388 3 0.2491 0.7803 0.000 0.000 0.896 0.036 0.068
#> GSM674389 3 0.4656 -0.9308 0.000 0.000 0.508 0.480 0.012
#> GSM674390 4 0.4827 0.9536 0.000 0.000 0.476 0.504 0.020
#> GSM674391 4 0.4980 0.9517 0.000 0.000 0.484 0.488 0.028
#> GSM674393 3 0.4650 -0.9123 0.000 0.000 0.520 0.468 0.012
#> GSM674394 4 0.4659 0.9465 0.000 0.000 0.492 0.496 0.012
#> GSM674395 4 0.4659 0.9465 0.000 0.000 0.492 0.496 0.012
#> GSM674397 4 0.5048 0.9324 0.000 0.000 0.476 0.492 0.032
#> GSM674398 4 0.4448 0.9615 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004
#> GSM674400 3 0.1357 0.7979 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM674401 3 0.1357 0.7979 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM674402 3 0.1124 0.8003 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM674403 3 0.1502 0.8002 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM674405 4 0.4559 0.9623 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> GSM674406 4 0.4744 0.9612 0.000 0.000 0.476 0.508 0.016
#> GSM674407 4 0.4448 0.9614 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004
#> GSM674181 2 0.5423 0.3831 0.000 0.700 0.024 0.096 0.180
#> GSM674183 2 0.6153 0.4658 0.000 0.648 0.204 0.080 0.068
#> GSM674184 2 0.2264 0.7391 0.000 0.912 0.024 0.060 0.004
#> GSM674185 2 0.2321 0.7384 0.000 0.912 0.024 0.056 0.008
#> GSM674186 5 0.5504 0.9289 0.000 0.400 0.024 0.028 0.548
#> GSM674187 2 0.6048 -0.7613 0.000 0.468 0.024 0.060 0.448
#> GSM674190 2 0.5194 -0.5518 0.000 0.552 0.024 0.012 0.412
#> GSM674191 2 0.4572 0.2351 0.000 0.708 0.024 0.012 0.256
#> GSM674192 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674193 5 0.5186 0.9309 0.000 0.408 0.024 0.012 0.556
#> GSM674194 2 0.1393 0.7423 0.000 0.956 0.024 0.012 0.008
#> GSM674195 2 0.4019 0.6577 0.000 0.828 0.064 0.060 0.048
#> GSM674198 5 0.5361 0.9490 0.000 0.372 0.024 0.024 0.580
#> GSM674200 3 0.3019 0.7175 0.000 0.016 0.880 0.048 0.056
#> GSM674201 2 0.2396 0.7411 0.000 0.904 0.024 0.068 0.004
#> GSM674202 2 0.1901 0.7462 0.000 0.932 0.024 0.040 0.004
#> GSM674203 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674204 5 0.5512 0.9443 0.000 0.372 0.024 0.032 0.572
#> GSM674205 5 0.5193 0.9515 0.000 0.372 0.024 0.016 0.588
#> GSM674206 2 0.1564 0.7465 0.000 0.948 0.024 0.024 0.004
#> GSM674208 5 0.4746 0.9510 0.000 0.376 0.024 0.000 0.600
#> GSM674209 5 0.5253 0.9378 0.000 0.396 0.024 0.016 0.564
#> GSM674210 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674212 5 0.5948 0.9262 0.000 0.372 0.024 0.060 0.544
#> GSM674214 5 0.5948 0.9262 0.000 0.372 0.024 0.060 0.544
#> GSM674218 2 0.2537 0.7337 0.000 0.904 0.024 0.056 0.016
#> GSM674219 2 0.1579 0.7405 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000
#> GSM674220 2 0.3497 0.7072 0.000 0.852 0.024 0.084 0.040
#> GSM674221 2 0.5410 0.2976 0.000 0.692 0.024 0.080 0.204
#> GSM674223 5 0.5253 0.9378 0.000 0.396 0.024 0.016 0.564
#> GSM674225 2 0.2703 0.7312 0.000 0.896 0.024 0.060 0.020
#> GSM674226 5 0.5170 0.9388 0.000 0.400 0.024 0.012 0.564
#> GSM674229 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674230 2 0.1710 0.7413 0.000 0.944 0.024 0.020 0.012
#> GSM674231 2 0.1153 0.7451 0.000 0.964 0.024 0.008 0.004
#> GSM674232 5 0.5253 0.9212 0.000 0.396 0.024 0.016 0.564
#> GSM674234 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674235 2 0.1653 0.7451 0.000 0.944 0.024 0.028 0.004
#> GSM674236 2 0.1653 0.7451 0.000 0.944 0.024 0.028 0.004
#> GSM674237 5 0.4746 0.9510 0.000 0.376 0.024 0.000 0.600
#> GSM674239 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674240 2 0.5710 0.1542 0.000 0.652 0.024 0.084 0.240
#> GSM674242 5 0.4746 0.9510 0.000 0.376 0.024 0.000 0.600
#> GSM674243 2 0.5355 -0.0958 0.000 0.632 0.024 0.036 0.308
#> GSM674244 2 0.1901 0.7418 0.000 0.932 0.024 0.040 0.004
#> GSM674245 5 0.5170 0.9388 0.000 0.400 0.024 0.012 0.564
#> GSM674282 1 0.0451 0.8656 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM674284 1 0.0290 0.8658 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674285 1 0.0324 0.8653 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM674287 1 0.0451 0.8656 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM674288 1 0.6284 0.7654 0.576 0.012 0.000 0.252 0.160
#> GSM674289 1 0.0451 0.8656 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.0324 0.8653 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM674291 1 0.0579 0.8656 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM674292 1 0.0451 0.8656 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM674295 1 0.6295 0.7645 0.576 0.012 0.000 0.248 0.164
#> GSM674297 1 0.1043 0.8638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674298 1 0.1043 0.8638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674299 1 0.0693 0.8659 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM674300 1 0.4777 0.8256 0.748 0.008 0.000 0.116 0.128
#> GSM674301 1 0.0162 0.8653 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0162 0.8653 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0162 0.8653 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0162 0.8653 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.4415 0.8342 0.768 0.008 0.000 0.064 0.160
#> GSM674308 1 0.0162 0.8653 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.1798 0.8608 0.928 0.004 0.000 0.004 0.064
#> GSM674313 1 0.6179 0.7623 0.572 0.004 0.000 0.244 0.180
#> GSM674314 1 0.5142 0.8181 0.704 0.008 0.000 0.096 0.192
#> GSM674315 1 0.4415 0.8342 0.768 0.008 0.000 0.064 0.160
#> GSM674316 1 0.5923 0.7631 0.572 0.000 0.000 0.288 0.140
#> GSM674318 1 0.5843 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.304 0.124
#> GSM674320 1 0.6087 0.7602 0.572 0.004 0.000 0.276 0.148
#> GSM674323 1 0.5843 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.304 0.124
#> GSM674324 1 0.1478 0.8613 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674325 1 0.5940 0.7629 0.572 0.000 0.000 0.284 0.144
#> GSM674327 1 0.6152 0.7629 0.572 0.004 0.000 0.256 0.168
#> GSM674328 1 0.0579 0.8659 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM674330 1 0.2130 0.8604 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080
#> GSM674331 1 0.1704 0.8608 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM674332 1 0.1608 0.8609 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674334 1 0.2130 0.8604 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080
#> GSM674335 1 0.3981 0.8441 0.800 0.004 0.000 0.060 0.136
#> GSM674345 3 0.1124 0.8078 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM674351 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.8114 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.1628 0.8056 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM674360 3 0.1082 0.8099 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM674362 3 0.1281 0.8071 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> GSM674369 3 0.1557 0.8061 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM674372 3 0.4637 -0.8791 0.000 0.000 0.536 0.452 0.012
#> GSM674374 4 0.4653 0.9582 0.000 0.000 0.472 0.516 0.012
#> GSM674376 4 0.4448 0.9614 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004
#> GSM674377 4 0.5168 0.9128 0.000 0.000 0.452 0.508 0.040
#> GSM674378 4 0.4656 0.9596 0.000 0.000 0.480 0.508 0.012
#> GSM674383 3 0.1331 0.8079 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> GSM674386 4 0.4978 0.9480 0.000 0.000 0.476 0.496 0.028
#> GSM674387 4 0.4559 0.9600 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> GSM674392 3 0.4446 -0.7369 0.000 0.000 0.592 0.400 0.008
#> GSM674396 4 0.4448 0.9615 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004
#> GSM674399 4 0.4559 0.9623 0.000 0.000 0.480 0.512 0.008
#> GSM674404 4 0.4449 0.9610 0.000 0.000 0.484 0.512 0.004
#> GSM674182 2 0.5550 0.2592 0.000 0.676 0.024 0.084 0.216
#> GSM674188 2 0.5291 0.2068 0.000 0.684 0.024 0.056 0.236
#> GSM674189 2 0.2053 0.7422 0.000 0.924 0.024 0.048 0.004
#> GSM674196 5 0.5512 0.9443 0.000 0.372 0.024 0.032 0.572
#> GSM674197 5 0.5361 0.9490 0.000 0.372 0.024 0.024 0.580
#> GSM674199 5 0.5361 0.9490 0.000 0.372 0.024 0.024 0.580
#> GSM674207 5 0.6268 0.8224 0.000 0.416 0.024 0.080 0.480
#> GSM674211 5 0.5948 0.9262 0.000 0.372 0.024 0.060 0.544
#> GSM674213 2 0.5754 0.0709 0.000 0.640 0.024 0.080 0.256
#> GSM674215 2 0.2522 0.7388 0.000 0.896 0.024 0.076 0.004
#> GSM674216 5 0.5339 0.9162 0.000 0.396 0.024 0.020 0.560
#> GSM674217 2 0.2766 0.7031 0.000 0.884 0.024 0.084 0.008
#> GSM674222 2 0.2467 0.7395 0.000 0.908 0.024 0.052 0.016
#> GSM674224 5 0.5262 0.9370 0.000 0.400 0.024 0.016 0.560
#> GSM674227 2 0.1739 0.7452 0.000 0.940 0.024 0.032 0.004
#> GSM674228 2 0.1739 0.7385 0.000 0.940 0.024 0.032 0.004
#> GSM674233 2 0.1780 0.7365 0.000 0.940 0.024 0.028 0.008
#> GSM674238 2 0.6385 0.1895 0.000 0.528 0.360 0.060 0.052
#> GSM674241 5 0.4734 0.9528 0.000 0.372 0.024 0.000 0.604
#> GSM674283 1 0.0324 0.8653 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM674286 1 0.0324 0.8653 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM674293 1 0.3018 0.8516 0.872 0.008 0.000 0.036 0.084
#> GSM674294 1 0.0579 0.8656 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM674296 1 0.0771 0.8650 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM674303 1 0.0324 0.8656 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM674307 1 0.0771 0.8650 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM674310 1 0.5843 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.304 0.124
#> GSM674311 1 0.1798 0.8608 0.928 0.004 0.000 0.004 0.064
#> GSM674312 1 0.6087 0.7602 0.572 0.004 0.000 0.276 0.148
#> GSM674317 1 0.0693 0.8659 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM674319 1 0.6023 0.7798 0.616 0.012 0.000 0.224 0.148
#> GSM674321 1 0.5864 0.7606 0.572 0.000 0.000 0.300 0.128
#> GSM674322 1 0.5843 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.304 0.124
#> GSM674326 1 0.5843 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.304 0.124
#> GSM674329 1 0.6071 0.7603 0.572 0.004 0.000 0.280 0.144
#> GSM674333 1 0.5885 0.7604 0.572 0.000 0.000 0.296 0.132
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.2577 0.8985 0.000 0.000 0.888 0.016 0.056 0.040
#> GSM674346 3 0.2209 0.9118 0.000 0.000 0.900 0.004 0.072 0.024
#> GSM674347 3 0.1173 0.9171 0.000 0.000 0.960 0.016 0.016 0.008
#> GSM674348 3 0.2265 0.9117 0.000 0.000 0.896 0.004 0.076 0.024
#> GSM674349 3 0.2039 0.9145 0.000 0.000 0.908 0.004 0.072 0.016
#> GSM674350 3 0.0767 0.9196 0.000 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> GSM674353 3 0.0767 0.9196 0.000 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> GSM674354 3 0.1092 0.9215 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM674355 3 0.1409 0.9080 0.000 0.000 0.948 0.032 0.012 0.008
#> GSM674356 3 0.1257 0.9215 0.000 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> GSM674357 3 0.0870 0.9207 0.000 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012
#> GSM674358 3 0.0862 0.9191 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> GSM674361 3 0.1053 0.9194 0.000 0.000 0.964 0.004 0.020 0.012
#> GSM674363 3 0.0622 0.9203 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM674364 3 0.1401 0.9168 0.000 0.000 0.948 0.004 0.020 0.028
#> GSM674365 3 0.2006 0.9160 0.000 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016
#> GSM674366 3 0.2103 0.9121 0.000 0.000 0.912 0.012 0.056 0.020
#> GSM674367 4 0.4873 0.8325 0.000 0.000 0.376 0.572 0.036 0.016
#> GSM674368 3 0.2263 0.9086 0.000 0.000 0.900 0.004 0.060 0.036
#> GSM674370 3 0.2039 0.9149 0.000 0.000 0.916 0.020 0.052 0.012
#> GSM674371 3 0.1789 0.9150 0.000 0.000 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM674373 4 0.4626 0.9260 0.000 0.000 0.292 0.652 0.044 0.012
#> GSM674375 4 0.4225 0.9394 0.000 0.000 0.276 0.688 0.016 0.020
#> GSM674379 4 0.3855 0.9397 0.000 0.000 0.276 0.704 0.016 0.004
#> GSM674380 4 0.4884 0.8830 0.000 0.000 0.244 0.672 0.052 0.032
#> GSM674381 4 0.4416 0.9299 0.000 0.000 0.288 0.668 0.032 0.012
#> GSM674382 4 0.4225 0.9371 0.000 0.000 0.276 0.688 0.020 0.016
#> GSM674384 4 0.4530 0.9289 0.000 0.000 0.308 0.648 0.020 0.024
#> GSM674385 4 0.4453 0.9259 0.000 0.000 0.296 0.660 0.012 0.032
#> GSM674388 3 0.3815 0.8423 0.000 0.000 0.808 0.056 0.100 0.036
#> GSM674389 4 0.4254 0.9191 0.000 0.000 0.312 0.656 0.004 0.028
#> GSM674390 4 0.4245 0.9357 0.000 0.000 0.280 0.684 0.020 0.016
#> GSM674391 4 0.4138 0.9376 0.000 0.000 0.276 0.692 0.020 0.012
#> GSM674393 4 0.4302 0.8952 0.000 0.000 0.344 0.628 0.004 0.024
#> GSM674394 4 0.4130 0.9291 0.000 0.000 0.300 0.672 0.004 0.024
#> GSM674395 4 0.4165 0.9246 0.000 0.000 0.308 0.664 0.004 0.024
#> GSM674397 4 0.4693 0.9121 0.000 0.000 0.312 0.636 0.028 0.024
#> GSM674398 4 0.3961 0.9390 0.000 0.000 0.276 0.700 0.008 0.016
#> GSM674400 3 0.3438 0.8468 0.000 0.000 0.820 0.012 0.120 0.048
#> GSM674401 3 0.3438 0.8468 0.000 0.000 0.820 0.012 0.120 0.048
#> GSM674402 3 0.3296 0.8497 0.000 0.000 0.828 0.008 0.116 0.048
#> GSM674403 3 0.3587 0.8486 0.000 0.000 0.804 0.008 0.132 0.056
#> GSM674405 4 0.3874 0.9393 0.000 0.000 0.276 0.704 0.008 0.012
#> GSM674406 4 0.4097 0.9374 0.000 0.000 0.284 0.688 0.016 0.012
#> GSM674407 4 0.3961 0.9393 0.000 0.000 0.276 0.700 0.016 0.008
#> GSM674181 6 0.6420 0.3582 0.000 0.412 0.004 0.060 0.100 0.424
#> GSM674183 6 0.6735 0.5582 0.000 0.060 0.164 0.084 0.096 0.596
#> GSM674184 6 0.5396 0.8124 0.000 0.248 0.004 0.064 0.044 0.640
#> GSM674185 6 0.5353 0.8088 0.000 0.240 0.004 0.064 0.044 0.648
#> GSM674186 2 0.2971 0.7910 0.000 0.868 0.004 0.020 0.072 0.036
#> GSM674187 2 0.4835 0.6356 0.000 0.724 0.004 0.032 0.088 0.152
#> GSM674190 2 0.4910 0.3668 0.000 0.640 0.004 0.008 0.064 0.284
#> GSM674191 2 0.5256 -0.1084 0.000 0.524 0.004 0.008 0.064 0.400
#> GSM674192 2 0.0146 0.8192 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.2599 0.7919 0.000 0.888 0.004 0.008 0.052 0.048
#> GSM674194 6 0.4521 0.8112 0.000 0.256 0.004 0.012 0.040 0.688
#> GSM674195 6 0.5773 0.7481 0.000 0.176 0.044 0.064 0.048 0.668
#> GSM674198 2 0.0964 0.8183 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM674200 3 0.4185 0.7929 0.000 0.000 0.780 0.060 0.116 0.044
#> GSM674201 6 0.5257 0.8204 0.000 0.248 0.004 0.068 0.032 0.648
#> GSM674202 6 0.4310 0.8319 0.000 0.252 0.004 0.024 0.016 0.704
#> GSM674203 2 0.0405 0.8189 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM674204 2 0.1053 0.8176 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020 0.000
#> GSM674205 2 0.0964 0.8183 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM674206 6 0.3633 0.8300 0.000 0.252 0.004 0.012 0.000 0.732
#> GSM674208 2 0.0146 0.8192 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.2408 0.7994 0.000 0.896 0.004 0.008 0.068 0.024
#> GSM674210 2 0.0653 0.8188 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> GSM674212 2 0.2113 0.8091 0.000 0.908 0.004 0.028 0.060 0.000
#> GSM674214 2 0.2052 0.8098 0.000 0.912 0.004 0.028 0.056 0.000
#> GSM674218 6 0.5200 0.8071 0.000 0.232 0.004 0.056 0.044 0.664
#> GSM674219 6 0.5007 0.8025 0.000 0.252 0.004 0.032 0.048 0.664
#> GSM674220 6 0.5701 0.7883 0.000 0.212 0.004 0.088 0.060 0.636
#> GSM674221 6 0.6140 0.4213 0.000 0.396 0.004 0.052 0.080 0.468
#> GSM674223 2 0.2369 0.8007 0.000 0.900 0.004 0.008 0.060 0.028
#> GSM674225 6 0.5779 0.8069 0.000 0.252 0.004 0.056 0.080 0.608
#> GSM674226 2 0.2753 0.7930 0.000 0.876 0.004 0.012 0.080 0.028
#> GSM674229 2 0.0436 0.8190 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM674230 6 0.5287 0.8040 0.000 0.272 0.004 0.024 0.072 0.628
#> GSM674231 6 0.4231 0.8238 0.000 0.264 0.004 0.004 0.032 0.696
#> GSM674232 2 0.2484 0.7722 0.000 0.896 0.004 0.012 0.032 0.056
#> GSM674234 2 0.0291 0.8198 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM674235 6 0.4406 0.8288 0.000 0.256 0.004 0.016 0.028 0.696
#> GSM674236 6 0.4689 0.8246 0.000 0.256 0.004 0.020 0.040 0.680
#> GSM674237 2 0.0146 0.8192 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0146 0.8192 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.6311 -0.2219 0.000 0.460 0.004 0.052 0.100 0.384
#> GSM674242 2 0.0653 0.8188 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> GSM674243 2 0.5402 0.1348 0.000 0.588 0.004 0.028 0.060 0.320
#> GSM674244 6 0.5936 0.7995 0.000 0.256 0.004 0.040 0.116 0.584
#> GSM674245 2 0.2358 0.8026 0.000 0.896 0.004 0.012 0.076 0.012
#> GSM674282 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674284 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674288 5 0.5306 0.9362 0.428 0.000 0.000 0.056 0.496 0.020
#> GSM674289 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674290 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674292 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674295 5 0.5444 0.9277 0.428 0.000 0.000 0.068 0.484 0.020
#> GSM674297 1 0.1245 0.8303 0.952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032
#> GSM674298 1 0.1245 0.8303 0.952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032
#> GSM674299 1 0.0520 0.8443 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM674300 1 0.4733 -0.0263 0.668 0.000 0.000 0.024 0.264 0.044
#> GSM674301 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0146 0.8474 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674305 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.5409 0.2804 0.668 0.000 0.000 0.056 0.172 0.104
#> GSM674308 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.2658 0.7758 0.876 0.000 0.000 0.036 0.008 0.080
#> GSM674313 5 0.5330 0.9363 0.428 0.004 0.000 0.060 0.496 0.012
#> GSM674314 1 0.5989 -0.2641 0.568 0.000 0.000 0.048 0.264 0.120
#> GSM674315 1 0.5409 0.2804 0.668 0.000 0.000 0.056 0.172 0.104
#> GSM674316 5 0.4566 0.9456 0.428 0.000 0.000 0.004 0.540 0.028
#> GSM674318 5 0.3944 0.9544 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568 0.000
#> GSM674320 5 0.5194 0.9392 0.428 0.004 0.000 0.056 0.504 0.008
#> GSM674323 5 0.4045 0.9535 0.428 0.000 0.000 0.000 0.564 0.008
#> GSM674324 1 0.2476 0.7847 0.888 0.000 0.000 0.032 0.008 0.072
#> GSM674325 5 0.4631 0.9459 0.428 0.000 0.000 0.004 0.536 0.032
#> GSM674327 5 0.4976 0.9281 0.428 0.000 0.000 0.020 0.520 0.032
#> GSM674328 1 0.0405 0.8470 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM674330 1 0.3649 0.7005 0.820 0.000 0.000 0.032 0.056 0.092
#> GSM674331 1 0.2476 0.7847 0.888 0.000 0.000 0.032 0.008 0.072
#> GSM674332 1 0.2639 0.7759 0.876 0.000 0.000 0.032 0.008 0.084
#> GSM674334 1 0.3360 0.7292 0.840 0.000 0.000 0.032 0.044 0.084
#> GSM674335 1 0.5301 0.2569 0.680 0.000 0.000 0.068 0.172 0.080
#> GSM674345 3 0.2126 0.9120 0.000 0.000 0.904 0.004 0.072 0.020
#> GSM674351 3 0.0767 0.9196 0.000 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> GSM674352 3 0.0767 0.9196 0.000 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> GSM674359 3 0.2122 0.9112 0.000 0.000 0.900 0.000 0.076 0.024
#> GSM674360 3 0.1257 0.9186 0.000 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028
#> GSM674362 3 0.1675 0.9119 0.000 0.000 0.936 0.008 0.024 0.032
#> GSM674369 3 0.1863 0.9143 0.000 0.000 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM674372 4 0.4570 0.8434 0.000 0.000 0.376 0.588 0.008 0.028
#> GSM674374 4 0.4608 0.9273 0.000 0.000 0.288 0.656 0.044 0.012
#> GSM674376 4 0.3672 0.9398 0.000 0.000 0.276 0.712 0.008 0.004
#> GSM674377 4 0.4691 0.9057 0.000 0.000 0.256 0.676 0.044 0.024
#> GSM674378 4 0.4263 0.9374 0.000 0.000 0.276 0.684 0.032 0.008
#> GSM674383 3 0.1418 0.9171 0.000 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM674386 4 0.4225 0.9371 0.000 0.000 0.276 0.688 0.020 0.016
#> GSM674387 4 0.4143 0.9396 0.000 0.000 0.276 0.692 0.016 0.016
#> GSM674392 4 0.4493 0.6428 0.000 0.000 0.484 0.492 0.008 0.016
#> GSM674396 4 0.3961 0.9390 0.000 0.000 0.276 0.700 0.008 0.016
#> GSM674399 4 0.3874 0.9393 0.000 0.000 0.276 0.704 0.008 0.012
#> GSM674404 4 0.3767 0.9393 0.000 0.000 0.276 0.708 0.004 0.012
#> GSM674182 2 0.6311 -0.2219 0.000 0.460 0.004 0.052 0.100 0.384
#> GSM674188 2 0.5794 -0.2827 0.000 0.456 0.004 0.028 0.076 0.436
#> GSM674189 6 0.4844 0.8233 0.000 0.244 0.004 0.036 0.036 0.680
#> GSM674196 2 0.1053 0.8176 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020 0.000
#> GSM674197 2 0.0964 0.8183 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM674199 2 0.0964 0.8183 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM674207 2 0.4804 0.6442 0.000 0.740 0.004 0.048 0.096 0.112
#> GSM674211 2 0.2113 0.8091 0.000 0.908 0.004 0.028 0.060 0.000
#> GSM674213 2 0.6237 -0.1315 0.000 0.480 0.004 0.056 0.088 0.372
#> GSM674215 6 0.5866 0.8122 0.000 0.248 0.004 0.068 0.076 0.604
#> GSM674216 2 0.2807 0.7624 0.000 0.880 0.004 0.020 0.040 0.056
#> GSM674217 6 0.5669 0.7617 0.000 0.252 0.004 0.048 0.080 0.616
#> GSM674222 6 0.5271 0.8180 0.000 0.256 0.004 0.040 0.056 0.644
#> GSM674224 2 0.2753 0.7930 0.000 0.876 0.004 0.012 0.080 0.028
#> GSM674227 6 0.4667 0.8224 0.000 0.264 0.004 0.020 0.036 0.676
#> GSM674228 6 0.5095 0.8059 0.000 0.256 0.004 0.036 0.048 0.656
#> GSM674233 6 0.5014 0.7976 0.000 0.252 0.004 0.036 0.044 0.664
#> GSM674238 6 0.5511 0.4255 0.000 0.000 0.264 0.064 0.056 0.616
#> GSM674241 2 0.0291 0.8196 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2955 0.6697 0.860 0.000 0.000 0.016 0.088 0.036
#> GSM674294 1 0.0291 0.8462 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM674296 1 0.0993 0.8362 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM674303 1 0.0146 0.8474 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674307 1 0.0993 0.8362 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM674310 5 0.3944 0.9544 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568 0.000
#> GSM674311 1 0.2658 0.7758 0.876 0.000 0.000 0.036 0.008 0.080
#> GSM674312 5 0.5194 0.9392 0.428 0.004 0.000 0.056 0.504 0.008
#> GSM674317 1 0.0520 0.8443 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM674319 1 0.5379 -0.8554 0.472 0.000 0.000 0.068 0.444 0.016
#> GSM674321 5 0.4136 0.9539 0.428 0.000 0.000 0.000 0.560 0.012
#> GSM674322 5 0.4045 0.9545 0.428 0.000 0.000 0.008 0.564 0.000
#> GSM674326 5 0.3944 0.9544 0.428 0.000 0.000 0.004 0.568 0.000
#> GSM674329 5 0.5312 0.9407 0.428 0.004 0.000 0.052 0.500 0.016
#> GSM674333 5 0.4370 0.9552 0.428 0.000 0.000 0.012 0.552 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:kmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:kmeans 183 0.942 1.46e-75 3
#> ATC:kmeans 181 0.951 7.33e-76 4
#> ATC:kmeans 165 0.871 2.86e-65 5
#> ATC:kmeans 167 0.733 1.43e-64 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.996 0.998 0.5956 0.750 0.571
#> 4 4 1.000 0.992 0.994 0.0961 0.935 0.804
#> 5 5 0.921 0.823 0.903 0.0343 0.985 0.944
#> 6 6 0.847 0.856 0.907 0.0346 0.954 0.826
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674200 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674201 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674372 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674378 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.000 0.995 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674238 3 0.553 0.580 0 0.296 0.704
#> GSM674241 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674347 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674348 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674349 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674350 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674353 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674354 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674355 3 0.0469 0.980 0 0.000 0.988 0.012
#> GSM674356 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674357 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674358 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674361 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674363 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674364 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674365 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674366 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674367 4 0.1022 0.973 0 0.000 0.032 0.968
#> GSM674368 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674370 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674371 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674373 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674375 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674379 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674380 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674381 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674382 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674384 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674385 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674388 3 0.1118 0.956 0 0.000 0.964 0.036
#> GSM674389 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674390 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674391 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674393 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674394 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674395 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674397 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674398 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674400 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674401 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674402 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674403 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674405 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674406 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674407 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674181 2 0.0188 0.996 0 0.996 0.004 0.000
#> GSM674183 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674184 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674185 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674186 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674198 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 3 0.0336 0.976 0 0.000 0.992 0.008
#> GSM674201 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674202 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674208 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674219 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674221 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674351 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674352 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674359 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674360 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674362 3 0.0000 0.984 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM674369 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674372 4 0.1474 0.953 0 0.000 0.052 0.948
#> GSM674374 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674376 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674377 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674378 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674383 3 0.0188 0.987 0 0.000 0.996 0.004
#> GSM674386 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674387 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674392 4 0.2868 0.856 0 0.000 0.136 0.864
#> GSM674396 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674399 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674404 4 0.0336 0.993 0 0.000 0.008 0.992
#> GSM674182 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0524 0.991 0 0.988 0.004 0.008
#> GSM674196 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0336 0.994 0 0.992 0.000 0.008
#> GSM674216 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.4697 0.569 0 0.296 0.696 0.008
#> GSM674241 2 0.0000 0.998 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 4 0.4307 0.6919 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM674346 5 0.4304 -0.6862 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM674347 4 0.4440 0.7105 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM674348 4 0.4304 0.6906 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM674349 4 0.4304 0.6906 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM674350 5 0.4307 -0.7463 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM674353 4 0.4306 0.7155 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM674354 4 0.4304 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM674355 4 0.4655 0.7034 0.000 0.000 0.012 0.512 0.476
#> GSM674356 4 0.4304 0.7183 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM674357 4 0.4305 0.7151 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM674358 4 0.4450 0.7168 0.000 0.000 0.004 0.508 0.488
#> GSM674361 4 0.4450 0.7109 0.000 0.000 0.004 0.508 0.488
#> GSM674363 4 0.4307 0.7063 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM674364 4 0.4449 0.7080 0.000 0.000 0.004 0.512 0.484
#> GSM674365 4 0.4306 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM674366 4 0.4552 0.6887 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468
#> GSM674367 3 0.3194 0.8207 0.000 0.000 0.832 0.148 0.020
#> GSM674368 4 0.4440 0.6993 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468
#> GSM674370 4 0.4653 0.6858 0.000 0.000 0.012 0.516 0.472
#> GSM674371 4 0.4297 0.7143 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM674373 3 0.0794 0.9627 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM674375 3 0.0609 0.9651 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674379 3 0.0404 0.9667 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674380 3 0.0510 0.9655 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM674381 3 0.0807 0.9631 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM674382 3 0.0324 0.9667 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674384 3 0.1012 0.9606 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM674385 3 0.0807 0.9635 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM674388 5 0.5778 -0.3972 0.000 0.000 0.088 0.448 0.464
#> GSM674389 3 0.0566 0.9657 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM674390 3 0.0404 0.9667 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674391 3 0.0162 0.9670 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM674393 3 0.1522 0.9414 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012
#> GSM674394 3 0.0566 0.9657 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM674395 3 0.0566 0.9657 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM674397 3 0.1544 0.9365 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM674398 3 0.0451 0.9663 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM674400 5 0.0162 0.3507 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM674401 5 0.0162 0.3507 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM674402 5 0.0290 0.3498 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674403 5 0.0290 0.3500 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM674405 3 0.0324 0.9666 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674406 3 0.0609 0.9654 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674407 3 0.0404 0.9664 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674181 2 0.2605 0.8701 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM674183 2 0.4610 0.6597 0.000 0.556 0.000 0.432 0.012
#> GSM674184 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674185 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0880 0.9057 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674190 2 0.1043 0.9055 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM674191 2 0.1851 0.8959 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.2561 0.8771 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM674195 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.3109 -0.0198 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM674201 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674202 2 0.3003 0.8560 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.4171 0.7056 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674219 2 0.3109 0.8505 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM674220 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674221 2 0.1270 0.9035 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.3796 0.7787 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.2424 0.8808 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM674231 2 0.2424 0.8808 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.2516 0.8785 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM674236 2 0.2424 0.8808 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.1121 0.9048 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.1851 0.8964 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0510 0.9897 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674318 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674320 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674323 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674327 1 0.0510 0.9897 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0290 0.9923 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674345 5 0.4304 -0.6862 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM674351 4 0.4307 0.7063 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM674352 5 0.4307 -0.7463 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM674359 5 0.4302 -0.6846 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> GSM674360 4 0.4306 0.7128 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM674362 4 0.4306 0.7128 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM674369 4 0.4297 0.7143 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM674372 3 0.2580 0.8855 0.000 0.000 0.892 0.064 0.044
#> GSM674374 3 0.0880 0.9611 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM674376 3 0.0404 0.9664 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674377 3 0.0609 0.9654 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM674378 3 0.0794 0.9627 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM674383 4 0.4305 0.7029 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM674386 3 0.0324 0.9667 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674387 3 0.0404 0.9664 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM674392 3 0.5139 0.4715 0.000 0.000 0.648 0.280 0.072
#> GSM674396 3 0.0324 0.9666 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674399 3 0.0324 0.9666 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM674404 3 0.0162 0.9667 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674182 2 0.1270 0.9037 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM674188 2 0.1478 0.9016 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM674189 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0404 0.9070 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.1341 0.9029 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM674215 2 0.4242 0.6777 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.1851 0.8966 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM674222 2 0.2929 0.8591 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.2424 0.8808 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM674228 2 0.1732 0.8978 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM674233 2 0.2561 0.8771 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM674238 4 0.4215 -0.0720 0.000 0.168 0.000 0.768 0.064
#> GSM674241 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 0.9946 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674321 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674322 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674326 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674329 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM674333 1 0.0609 0.9883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.2134 0.8860 0.000 0.000 0.904 0.000 0.052 0.044
#> GSM674346 3 0.2747 0.8537 0.000 0.000 0.860 0.000 0.096 0.044
#> GSM674347 3 0.1350 0.9046 0.000 0.000 0.952 0.020 0.020 0.008
#> GSM674348 3 0.2948 0.8588 0.000 0.000 0.848 0.000 0.092 0.060
#> GSM674349 3 0.2625 0.8771 0.000 0.000 0.872 0.000 0.072 0.056
#> GSM674350 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674353 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674354 3 0.0146 0.9110 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM674355 3 0.0909 0.9054 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM674356 3 0.0790 0.9115 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM674357 3 0.0260 0.9088 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM674358 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674361 3 0.1036 0.9060 0.000 0.000 0.964 0.004 0.024 0.008
#> GSM674363 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674364 3 0.1503 0.9000 0.000 0.000 0.944 0.008 0.032 0.016
#> GSM674365 3 0.2721 0.8845 0.000 0.000 0.868 0.004 0.088 0.040
#> GSM674366 3 0.3174 0.8531 0.000 0.000 0.836 0.004 0.104 0.056
#> GSM674367 4 0.5523 0.4985 0.000 0.000 0.280 0.604 0.068 0.048
#> GSM674368 3 0.2398 0.8917 0.000 0.000 0.888 0.004 0.080 0.028
#> GSM674370 3 0.2675 0.8869 0.000 0.000 0.876 0.008 0.076 0.040
#> GSM674371 3 0.2344 0.8936 0.000 0.000 0.892 0.004 0.076 0.028
#> GSM674373 4 0.2113 0.8830 0.000 0.000 0.004 0.908 0.028 0.060
#> GSM674375 4 0.0993 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM674379 4 0.1498 0.9004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032
#> GSM674380 4 0.3183 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.828 0.112 0.060
#> GSM674381 4 0.2575 0.8839 0.000 0.000 0.004 0.880 0.072 0.044
#> GSM674382 4 0.2201 0.8861 0.000 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048
#> GSM674384 4 0.2620 0.8850 0.000 0.000 0.040 0.888 0.048 0.024
#> GSM674385 4 0.1528 0.8972 0.000 0.000 0.016 0.944 0.028 0.012
#> GSM674388 3 0.5790 0.5123 0.000 0.000 0.632 0.176 0.124 0.068
#> GSM674389 4 0.0717 0.9001 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM674390 4 0.2129 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.904 0.056 0.040
#> GSM674391 4 0.2070 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044 0.048
#> GSM674393 4 0.3310 0.7903 0.000 0.000 0.132 0.824 0.028 0.016
#> GSM674394 4 0.0964 0.8992 0.000 0.000 0.012 0.968 0.016 0.004
#> GSM674395 4 0.0976 0.8997 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> GSM674397 4 0.3643 0.8342 0.000 0.000 0.080 0.824 0.052 0.044
#> GSM674398 4 0.0508 0.9022 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674400 5 0.2823 0.9801 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM674401 5 0.2902 0.9766 0.000 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> GSM674402 5 0.2883 0.9757 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM674403 5 0.2730 0.9593 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM674405 4 0.0405 0.9023 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM674406 4 0.2316 0.8933 0.000 0.000 0.016 0.904 0.040 0.040
#> GSM674407 4 0.0806 0.9022 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM674181 2 0.3714 0.4029 0.000 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> GSM674183 6 0.3152 0.8372 0.000 0.196 0.008 0.000 0.004 0.792
#> GSM674184 6 0.3240 0.8881 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004 0.752
#> GSM674185 6 0.3240 0.8881 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004 0.752
#> GSM674186 2 0.0363 0.8665 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674187 2 0.1141 0.8534 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM674190 2 0.1387 0.8466 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM674191 2 0.2416 0.7868 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM674192 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0146 0.8677 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.3126 0.6781 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674195 6 0.3240 0.8881 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004 0.752
#> GSM674198 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 6 0.4517 0.0216 0.000 0.000 0.292 0.000 0.060 0.648
#> GSM674201 6 0.3101 0.8868 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM674202 2 0.4446 0.3751 0.000 0.612 0.000 0.000 0.040 0.348
#> GSM674203 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 6 0.3489 0.8222 0.000 0.288 0.000 0.000 0.004 0.708
#> GSM674208 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0146 0.8677 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674210 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0146 0.8669 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674214 2 0.0146 0.8669 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674218 6 0.3240 0.8881 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004 0.752
#> GSM674219 2 0.3881 0.2950 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> GSM674220 6 0.4110 0.8664 0.000 0.236 0.000 0.000 0.052 0.712
#> GSM674221 2 0.2146 0.8183 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116
#> GSM674223 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.4829 -0.0567 0.000 0.520 0.000 0.000 0.056 0.424
#> GSM674226 2 0.0291 0.8670 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM674229 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.3766 0.6774 0.000 0.748 0.000 0.000 0.040 0.212
#> GSM674231 2 0.2994 0.7202 0.000 0.788 0.000 0.000 0.004 0.208
#> GSM674232 2 0.1398 0.8427 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM674234 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.4085 0.6356 0.000 0.716 0.000 0.000 0.052 0.232
#> GSM674236 2 0.4007 0.6506 0.000 0.728 0.000 0.000 0.052 0.220
#> GSM674237 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.2006 0.8240 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> GSM674242 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.3176 0.7607 0.000 0.812 0.000 0.000 0.032 0.156
#> GSM674245 2 0.0146 0.8677 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674282 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.2221 0.9171 0.896 0.000 0.000 0.000 0.032 0.072
#> GSM674289 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674297 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0146 0.9559 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674301 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674314 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.2633 0.9021 0.864 0.000 0.000 0.000 0.032 0.104
#> GSM674318 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674320 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674323 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674324 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674327 1 0.1890 0.9258 0.916 0.000 0.000 0.000 0.024 0.060
#> GSM674328 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.1480 0.9353 0.940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.040
#> GSM674345 3 0.2647 0.8597 0.000 0.000 0.868 0.000 0.088 0.044
#> GSM674351 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674352 3 0.0363 0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM674359 3 0.2889 0.8455 0.000 0.000 0.848 0.000 0.108 0.044
#> GSM674360 3 0.1176 0.9090 0.000 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> GSM674362 3 0.0820 0.9078 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM674369 3 0.2344 0.8936 0.000 0.000 0.892 0.004 0.076 0.028
#> GSM674372 4 0.3316 0.7679 0.000 0.000 0.152 0.812 0.028 0.008
#> GSM674374 4 0.2113 0.8830 0.000 0.000 0.004 0.908 0.028 0.060
#> GSM674376 4 0.0806 0.9032 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM674377 4 0.2263 0.8894 0.000 0.000 0.000 0.896 0.056 0.048
#> GSM674378 4 0.1890 0.8899 0.000 0.000 0.008 0.924 0.024 0.044
#> GSM674383 3 0.2373 0.8931 0.000 0.000 0.888 0.004 0.084 0.024
#> GSM674386 4 0.2201 0.8861 0.000 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048
#> GSM674387 4 0.0820 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM674392 4 0.4338 0.0952 0.000 0.000 0.484 0.496 0.020 0.000
#> GSM674396 4 0.0508 0.9022 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674399 4 0.0508 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM674404 4 0.0260 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM674182 2 0.2234 0.8102 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> GSM674188 2 0.2178 0.8098 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM674189 6 0.3101 0.8868 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM674196 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0603 0.8620 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM674211 2 0.0146 0.8669 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674213 2 0.2482 0.7950 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM674215 6 0.3934 0.8544 0.000 0.260 0.000 0.000 0.032 0.708
#> GSM674216 2 0.1462 0.8402 0.000 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM674217 2 0.2933 0.7400 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> GSM674222 2 0.4463 0.4872 0.000 0.652 0.000 0.000 0.056 0.292
#> GSM674224 2 0.0146 0.8677 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674227 2 0.4038 0.6505 0.000 0.728 0.000 0.000 0.056 0.216
#> GSM674228 2 0.2442 0.7981 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> GSM674233 2 0.3405 0.6348 0.000 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> GSM674238 6 0.3947 0.6410 0.000 0.096 0.116 0.000 0.008 0.780
#> GSM674241 2 0.0000 0.8681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674311 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674317 1 0.0000 0.9573 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.2633 0.9021 0.864 0.000 0.000 0.000 0.032 0.104
#> GSM674321 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674322 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674326 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674329 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM674333 1 0.2680 0.9000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.032 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:skmeans 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:skmeans 183 0.942 1.46e-75 3
#> ATC:skmeans 183 0.833 1.12e-73 4
#> ATC:skmeans 170 0.799 2.16e-70 5
#> ATC:skmeans 175 0.823 3.98e-69 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.997 0.999 0.5953 0.750 0.571
#> 4 4 0.862 0.859 0.879 0.0945 0.923 0.772
#> 5 5 0.900 0.875 0.938 0.0676 0.937 0.770
#> 6 6 0.840 0.842 0.902 0.0647 0.916 0.643
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674401 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674402 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674403 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674405 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.2165 0.933 0 0.936 0.064
#> GSM674184 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.1753 0.949 0 0.952 0.048
#> GSM674198 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674200 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.2625 0.911 0 0.916 0.084
#> GSM674221 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674369 3 0.1643 0.954 0 0.044 0.956
#> GSM674372 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.0424 0.991 0 0.008 0.992
#> GSM674378 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.999 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674238 3 0.0892 0.979 0 0.020 0.980
#> GSM674241 2 0.0000 0.997 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674346 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674347 4 0.4967 0.597 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM674348 4 0.4304 0.895 0.000 0.000 0.284 0.716
#> GSM674349 4 0.4134 0.912 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM674350 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674353 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674354 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674355 4 0.4972 0.558 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM674356 4 0.4250 0.902 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM674357 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674358 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674361 4 0.4164 0.909 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM674363 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674364 4 0.4866 0.727 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM674365 4 0.4605 0.835 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM674366 3 0.4955 -0.321 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM674367 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.4843 -0.147 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM674370 3 0.0336 0.846 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674371 4 0.4817 0.760 0.000 0.000 0.388 0.612
#> GSM674373 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674384 3 0.0592 0.839 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674385 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674388 4 0.4855 0.737 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM674389 3 0.2589 0.721 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM674390 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674393 4 0.4193 0.907 0.000 0.000 0.268 0.732
#> GSM674394 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674395 3 0.4454 0.316 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM674397 3 0.4855 -0.166 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM674398 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674400 4 0.4907 0.651 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM674401 4 0.4134 0.912 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM674402 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674403 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674405 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674183 4 0.5387 0.268 0.000 0.400 0.016 0.584
#> GSM674184 2 0.0921 0.956 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674185 2 0.3764 0.727 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.5050 0.313 0.000 0.588 0.004 0.408
#> GSM674198 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674201 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0817 0.960 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674219 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 3 0.4804 0.259 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.4817 0.399 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674284 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674285 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674287 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674288 1 0.2530 0.900 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM674289 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674290 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674291 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674292 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674295 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674298 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674299 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674300 1 0.2704 0.900 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM674301 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674302 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674304 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674305 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674306 1 0.0921 0.894 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674308 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674309 1 0.2760 0.898 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM674313 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.1302 0.896 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM674316 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.3688 0.901 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM674325 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674330 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.2921 0.899 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM674332 1 0.2081 0.899 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM674334 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674345 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674351 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674352 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674359 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674360 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674362 4 0.4103 0.914 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM674369 3 0.5220 -0.254 0.000 0.008 0.568 0.424
#> GSM674372 3 0.4277 0.398 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM674374 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674377 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 4 0.4500 0.862 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM674386 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674392 3 0.4989 -0.351 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM674396 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674404 3 0.0336 0.846 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM674182 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 4 0.4737 0.892 0.000 0.020 0.252 0.728
#> GSM674241 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674286 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674293 1 0.3172 0.902 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM674294 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674296 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674303 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674307 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674310 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.4103 0.899 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM674319 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 0.891 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.3913 0.629 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM674348 3 0.0880 0.847 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674349 3 0.0162 0.851 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674350 3 0.2127 0.827 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674353 3 0.2127 0.827 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674354 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.4030 0.522 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM674356 3 0.0794 0.848 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674357 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.2020 0.831 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM674361 3 0.2230 0.823 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM674363 3 0.0290 0.852 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674364 3 0.2929 0.757 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM674365 3 0.1908 0.822 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM674366 3 0.4030 0.503 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM674367 5 0.2230 0.843 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM674368 3 0.4182 0.405 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM674370 5 0.0609 0.916 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM674371 3 0.2690 0.779 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM674373 5 0.2280 0.840 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM674375 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674379 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674380 5 0.1671 0.880 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM674381 5 0.0963 0.908 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM674382 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674384 5 0.1270 0.892 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM674385 5 0.1544 0.891 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM674388 3 0.2966 0.753 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM674389 5 0.2773 0.765 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM674390 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674391 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674393 3 0.2471 0.823 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM674394 5 0.0703 0.914 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM674395 5 0.4101 0.355 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM674397 3 0.4235 0.344 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM674398 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674400 3 0.3774 0.626 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM674401 3 0.1965 0.836 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM674402 3 0.2127 0.827 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674403 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674405 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674406 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674407 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674181 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674183 3 0.3242 0.646 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0794 0.952 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.3305 0.699 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM674186 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674193 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.4249 0.206 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674200 3 0.1851 0.836 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM674201 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674204 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674205 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674206 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674209 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674210 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674212 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674214 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674218 2 0.0794 0.952 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674220 5 0.3999 0.464 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM674221 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.4192 0.305 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM674226 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674230 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674234 2 0.0404 0.972 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674235 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674239 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674240 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674243 2 0.0324 0.973 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM674244 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0566 0.972 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM674282 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674284 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674285 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674287 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674288 4 0.4015 0.433 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> GSM674289 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674290 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674291 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674292 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0404 0.925 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674297 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674298 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674299 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674300 4 0.3177 0.721 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> GSM674301 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674302 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674304 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674305 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674306 1 0.3983 0.508 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM674308 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674309 1 0.3177 0.751 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM674313 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674314 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674315 1 0.3508 0.674 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM674316 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674318 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674320 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674323 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674324 1 0.4219 0.376 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM674325 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674327 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674328 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0703 0.921 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674331 1 0.3274 0.736 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM674332 1 0.3949 0.542 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> GSM674334 1 0.0703 0.921 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674335 1 0.0703 0.921 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.2127 0.827 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM674352 3 0.0290 0.852 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674359 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674369 3 0.4088 0.474 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM674372 5 0.3966 0.447 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM674374 5 0.2280 0.842 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM674376 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674377 5 0.2280 0.840 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM674378 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674383 3 0.1732 0.839 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM674386 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674387 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674392 3 0.4192 0.391 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM674396 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674399 5 0.0404 0.919 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM674404 5 0.0609 0.915 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM674182 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674197 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674199 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674207 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674211 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674213 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674217 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.0798 0.848 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM674241 2 0.0693 0.971 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM674283 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674286 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674293 4 0.2471 0.824 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM674294 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674296 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674303 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674307 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674311 1 0.0703 0.921 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674312 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674317 4 0.0000 0.971 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0703 0.921 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674321 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674322 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674326 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674329 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674333 1 0.0609 0.922 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674346 3 0.0260 0.8442 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM674347 3 0.4067 0.3349 0.000 0.008 0.548 0.444 0.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0790 0.8360 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0260 0.8427 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674350 3 0.2212 0.8309 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.2212 0.8309 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.3217 0.7502 0.000 0.008 0.768 0.224 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0790 0.8362 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674358 3 0.2118 0.8339 0.000 0.008 0.888 0.104 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.2346 0.8276 0.000 0.008 0.868 0.124 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0520 0.8454 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.3409 0.5383 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000
#> GSM674365 3 0.2664 0.7101 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM674366 4 0.3531 0.5748 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM674367 4 0.1910 0.8494 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM674368 4 0.3482 0.5945 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> GSM674370 4 0.0260 0.9072 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.3647 0.3949 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM674373 4 0.1957 0.8463 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM674375 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674379 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674380 4 0.2020 0.8405 0.000 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> GSM674381 4 0.0632 0.9021 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM674382 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674384 4 0.1327 0.8629 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM674385 4 0.1387 0.8834 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM674388 3 0.3695 0.3486 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM674389 4 0.3575 0.4766 0.000 0.008 0.284 0.708 0.000 0.000
#> GSM674390 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674391 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674393 3 0.2416 0.8211 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM674394 4 0.0713 0.8957 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.3741 0.6173 0.000 0.008 0.672 0.320 0.000 0.000
#> GSM674397 4 0.3221 0.6788 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM674398 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674400 3 0.2669 0.8115 0.000 0.008 0.836 0.156 0.000 0.000
#> GSM674401 3 0.2070 0.8380 0.000 0.008 0.892 0.100 0.000 0.000
#> GSM674402 3 0.2212 0.8309 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000 0.000
#> GSM674403 3 0.0260 0.8442 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM674405 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674406 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674181 6 0.2491 0.8612 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM674183 6 0.2178 0.7676 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM674184 6 0.2454 0.8630 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM674185 6 0.0000 0.8595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674186 6 0.2491 0.8612 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM674187 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674190 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674191 6 0.2491 0.8630 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM674192 2 0.1610 0.9030 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM674193 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674194 6 0.2454 0.8630 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM674195 6 0.2593 0.8655 0.000 0.148 0.008 0.000 0.000 0.844
#> GSM674198 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674200 3 0.2588 0.8333 0.000 0.008 0.876 0.092 0.000 0.024
#> GSM674201 6 0.1610 0.8756 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM674202 6 0.0260 0.8620 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM674203 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674204 2 0.1141 0.9210 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM674205 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674206 6 0.0458 0.8663 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM674208 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674209 2 0.1610 0.9030 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM674210 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674212 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674214 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674218 6 0.0000 0.8595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674219 6 0.0000 0.8595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674220 6 0.3817 0.0878 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM674221 6 0.1765 0.8739 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM674223 6 0.2527 0.8654 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM674225 6 0.0000 0.8595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674226 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674229 2 0.0865 0.9291 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674230 6 0.1075 0.8681 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM674231 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674232 2 0.3126 0.7701 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM674234 2 0.2597 0.8161 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM674235 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674236 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674237 2 0.2730 0.7949 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM674239 2 0.1556 0.9059 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM674240 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674242 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674243 2 0.3862 0.2494 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM674244 6 0.2416 0.8651 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM674245 2 0.2378 0.8299 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM674282 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0458 0.9635 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0458 0.9635 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.3531 0.4832 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674295 5 0.0363 0.9201 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM674297 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.2793 0.7448 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM674301 1 0.0260 0.9645 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0363 0.9638 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0146 0.9645 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 5 0.3578 0.4908 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM674308 1 0.0458 0.9636 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674309 5 0.3202 0.7682 0.176 0.024 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM674313 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674314 5 0.0458 0.9192 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM674315 5 0.3126 0.6685 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM674316 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674318 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674320 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674323 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674324 5 0.4283 0.4118 0.384 0.024 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM674325 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674327 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674330 5 0.0993 0.9137 0.012 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674331 5 0.3301 0.7547 0.188 0.024 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM674332 5 0.4078 0.5317 0.320 0.024 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM674334 5 0.0935 0.9131 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674335 5 0.0993 0.9137 0.012 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674351 3 0.2212 0.8309 0.000 0.008 0.880 0.112 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0520 0.8454 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674362 3 0.0000 0.8439 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674369 4 0.3499 0.5882 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM674372 3 0.4057 0.3997 0.000 0.008 0.556 0.436 0.000 0.000
#> GSM674374 4 0.2048 0.8442 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM674376 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674377 4 0.1957 0.8463 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM674378 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.2416 0.7692 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> GSM674386 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674387 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674392 3 0.3271 0.7493 0.000 0.008 0.760 0.232 0.000 0.000
#> GSM674396 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674399 4 0.0000 0.9108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674404 4 0.0260 0.9065 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674182 6 0.2527 0.8609 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM674188 6 0.2823 0.8503 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM674189 6 0.2378 0.8665 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM674196 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674197 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674199 2 0.0937 0.9274 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674207 2 0.0865 0.9291 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674211 2 0.0790 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM674213 6 0.2664 0.8588 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM674215 6 0.0000 0.8595 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674216 2 0.2969 0.7836 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM674217 6 0.1204 0.8702 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM674222 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674224 6 0.2854 0.8478 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM674227 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674228 6 0.1141 0.8643 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM674233 6 0.1007 0.8668 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM674238 3 0.3923 0.4283 0.000 0.000 0.620 0.008 0.000 0.372
#> GSM674241 2 0.1327 0.9158 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM674283 1 0.0363 0.9639 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.2178 0.8361 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 0.9645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0632 0.9614 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674311 5 0.0993 0.9137 0.012 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674312 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0363 0.9639 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674319 5 0.0993 0.9137 0.012 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674321 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674322 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674326 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674329 5 0.0000 0.9222 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674333 5 0.0632 0.9170 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:pam 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:pam 183 0.942 1.46e-75 3
#> ATC:pam 172 0.901 6.69e-69 4
#> ATC:pam 172 0.896 3.86e-66 5
#> ATC:pam 172 0.983 1.10e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 1.000 0.986 0.994 0.5956 0.750 0.571
#> 4 4 0.915 0.937 0.917 0.0584 0.949 0.848
#> 5 5 0.915 0.869 0.938 0.0596 0.964 0.875
#> 6 6 0.787 0.751 0.860 0.0320 0.982 0.930
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674346 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674349 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674350 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674368 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674380 2 0.6299 0.0763 0 0.524 0.476
#> GSM674381 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674382 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674385 3 0.0237 0.9880 0 0.004 0.996
#> GSM674388 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674389 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674391 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674393 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674397 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674398 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674400 3 0.0237 0.9881 0 0.004 0.996
#> GSM674401 3 0.0237 0.9881 0 0.004 0.996
#> GSM674402 3 0.0237 0.9881 0 0.004 0.996
#> GSM674403 3 0.0237 0.9881 0 0.004 0.996
#> GSM674405 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674407 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674181 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674200 3 0.0237 0.9881 0 0.004 0.996
#> GSM674201 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674359 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674362 3 0.1860 0.9409 0 0.052 0.948
#> GSM674369 3 0.0747 0.9771 0 0.016 0.984
#> GSM674372 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674376 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674377 3 0.4750 0.7265 0 0.216 0.784
#> GSM674378 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674386 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674387 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674396 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674399 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674404 3 0.0000 0.9911 0 0.000 1.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674238 3 0.5016 0.6880 0 0.240 0.760
#> GSM674241 2 0.0000 0.9921 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.1940 0.912 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM674346 3 0.3266 0.850 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM674347 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674348 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674349 3 0.0707 0.943 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM674350 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674358 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674365 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674366 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674367 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674368 3 0.2011 0.890 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM674370 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674375 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674379 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674380 3 0.6033 0.669 0.116 0.204 0.680 0.000
#> GSM674381 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674382 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674384 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674385 3 0.0524 0.946 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM674388 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674390 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674391 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674393 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674394 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0592 0.941 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM674398 3 0.0336 0.949 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM674400 3 0.4222 0.769 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM674401 3 0.4730 0.679 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM674402 3 0.4500 0.728 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM674403 3 0.4697 0.687 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM674405 3 0.1557 0.923 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM674406 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674181 2 0.3649 0.806 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM674183 2 0.4546 0.738 0.256 0.732 0.012 0.000
#> GSM674184 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0336 0.980 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674200 3 0.4500 0.726 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM674201 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0921 0.967 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0469 0.978 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0921 0.968 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.2530 0.901 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674243 2 0.4431 0.697 0.304 0.696 0.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0469 0.979 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674284 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674285 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674287 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674288 4 0.0592 0.957 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674289 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674290 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674291 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674292 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674295 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674297 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674298 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674299 1 0.4996 0.805 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM674300 4 0.0188 0.964 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674301 1 0.4804 0.954 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM674302 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674304 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674305 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674306 4 0.0592 0.957 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674308 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674309 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674313 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674314 4 0.0707 0.957 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM674315 4 0.0188 0.964 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674316 4 0.0592 0.957 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674318 4 0.0188 0.962 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674320 4 0.0188 0.962 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674323 4 0.0188 0.964 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674324 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674325 4 0.0592 0.957 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674327 4 0.0921 0.955 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM674328 1 0.4992 0.820 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM674330 4 0.1940 0.856 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM674331 1 0.4776 0.962 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM674332 1 0.4776 0.962 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM674334 1 0.4996 0.807 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM674335 4 0.4222 0.204 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM674345 3 0.3528 0.832 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM674351 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674359 3 0.3074 0.861 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM674360 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674362 3 0.1489 0.919 0.004 0.044 0.952 0.000
#> GSM674369 3 0.2760 0.843 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM674372 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674374 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674377 3 0.5705 0.690 0.092 0.204 0.704 0.000
#> GSM674378 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674387 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674392 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674399 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674404 3 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM674182 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.1474 0.949 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0188 0.983 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0336 0.981 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.1389 0.954 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.5767 0.600 0.060 0.280 0.660 0.000
#> GSM674241 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674286 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674293 4 0.0592 0.957 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM674294 1 0.4989 0.821 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM674296 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674303 1 0.4790 0.959 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM674307 1 0.4761 0.965 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM674310 4 0.0188 0.962 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674311 1 0.4817 0.950 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM674312 4 0.0188 0.962 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674317 1 0.5000 0.779 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM674319 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674321 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674322 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674326 4 0.0188 0.962 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM674329 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM674333 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.3003 0.734 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM674346 5 0.4030 0.498 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM674347 3 0.0609 0.924 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM674348 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674349 3 0.3366 0.666 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM674350 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674353 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674354 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674355 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674357 3 0.0404 0.928 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674358 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674364 3 0.0703 0.924 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM674365 3 0.0162 0.931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674366 3 0.0162 0.931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM674367 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.1282 0.907 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM674370 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674371 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674373 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674375 3 0.0290 0.930 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674379 3 0.0794 0.925 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674380 3 0.6321 -0.143 0.000 0.160 0.464 0.000 0.376
#> GSM674381 3 0.0404 0.930 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674382 3 0.3452 0.652 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM674384 3 0.0404 0.930 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674385 3 0.0963 0.919 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM674388 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674389 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674390 3 0.0290 0.930 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM674391 3 0.3424 0.660 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM674393 3 0.1043 0.914 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM674394 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674397 3 0.0880 0.919 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674398 3 0.0794 0.925 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674400 5 0.1732 0.708 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM674401 5 0.0609 0.688 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM674402 5 0.1270 0.707 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM674403 5 0.0703 0.691 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM674405 3 0.4114 0.357 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM674406 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674181 2 0.4182 0.350 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM674183 5 0.4135 0.394 0.000 0.340 0.004 0.000 0.656
#> GSM674184 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674185 2 0.0290 0.966 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM674186 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674190 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674194 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674195 2 0.3816 0.575 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM674198 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674200 5 0.1544 0.709 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM674201 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674202 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674203 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674204 2 0.1341 0.928 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM674205 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674208 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674218 2 0.1908 0.893 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM674219 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674220 2 0.3612 0.700 0.000 0.764 0.008 0.000 0.228
#> GSM674221 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674223 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674225 2 0.3932 0.525 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM674226 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674231 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674232 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674234 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674236 2 0.0162 0.966 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674237 2 0.0510 0.959 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM674239 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674242 2 0.0703 0.953 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM674243 5 0.4101 0.316 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM674244 2 0.0880 0.947 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM674245 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0162 0.917 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.1410 0.903 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM674288 4 0.2516 0.881 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM674291 1 0.0963 0.913 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674292 1 0.1908 0.883 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM674295 4 0.0794 0.917 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM674297 1 0.0162 0.917 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674298 1 0.0162 0.917 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674299 1 0.3480 0.710 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM674300 4 0.1410 0.920 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM674301 1 0.2074 0.873 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0162 0.917 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 4 0.1965 0.908 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM674308 1 0.1043 0.914 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM674309 1 0.1197 0.910 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM674313 4 0.0324 0.911 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM674314 4 0.2516 0.882 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM674315 4 0.1544 0.918 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM674316 4 0.2561 0.877 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM674318 4 0.0162 0.908 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674320 4 0.0451 0.913 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM674323 4 0.0963 0.920 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM674324 1 0.0162 0.917 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674325 4 0.2516 0.881 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM674327 4 0.2124 0.908 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004
#> GSM674328 1 0.3143 0.774 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM674330 4 0.2773 0.854 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM674331 1 0.1732 0.892 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM674332 1 0.1792 0.886 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM674334 1 0.4101 0.443 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM674335 4 0.4138 0.408 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM674345 5 0.4045 0.492 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM674351 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674352 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674359 5 0.4201 0.376 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM674360 3 0.0404 0.929 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM674362 3 0.1197 0.907 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM674369 3 0.2124 0.869 0.000 0.028 0.916 0.000 0.056
#> GSM674372 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674374 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674376 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674377 3 0.5243 0.471 0.000 0.132 0.680 0.000 0.188
#> GSM674378 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674386 3 0.0880 0.923 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM674387 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674392 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.0794 0.925 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674399 3 0.0794 0.925 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM674404 3 0.0510 0.928 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM674182 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674188 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674189 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674196 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674197 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674207 2 0.2230 0.866 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM674211 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0404 0.964 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674216 2 0.0794 0.951 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM674217 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674222 2 0.2020 0.882 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM674224 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0404 0.964 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM674228 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674233 2 0.0162 0.967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM674238 3 0.6542 -0.254 0.000 0.200 0.428 0.000 0.372
#> GSM674241 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0703 0.917 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM674286 1 0.0404 0.918 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674293 4 0.2074 0.904 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM674294 1 0.3752 0.626 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> GSM674296 1 0.0404 0.918 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM674303 1 0.0963 0.915 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 4 0.0162 0.908 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM674311 1 0.2127 0.875 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM674312 4 0.0451 0.913 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM674317 1 0.4015 0.517 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM674319 4 0.1478 0.918 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM674321 4 0.1478 0.920 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM674322 4 0.0290 0.913 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM674326 4 0.0000 0.908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM674329 4 0.0290 0.913 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM674333 4 0.0404 0.915 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.4193 0.5475 0.000 0.000 0.684 0.272 0.000 0.044
#> GSM674346 4 0.4312 0.6893 0.000 0.000 0.272 0.676 0.000 0.052
#> GSM674347 3 0.2046 0.8660 0.000 0.000 0.908 0.060 0.000 0.032
#> GSM674348 3 0.1434 0.8720 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> GSM674349 3 0.4674 0.3283 0.000 0.000 0.608 0.332 0.000 0.060
#> GSM674350 3 0.0717 0.8816 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> GSM674353 3 0.0858 0.8784 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM674354 3 0.2145 0.8538 0.000 0.000 0.900 0.028 0.000 0.072
#> GSM674355 3 0.0547 0.8807 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM674356 3 0.2350 0.8465 0.000 0.000 0.888 0.036 0.000 0.076
#> GSM674357 3 0.1010 0.8741 0.000 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM674358 3 0.0363 0.8811 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674361 3 0.0146 0.8801 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674363 3 0.0935 0.8786 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM674364 3 0.3017 0.8152 0.000 0.000 0.844 0.072 0.000 0.084
#> GSM674365 3 0.1765 0.8679 0.000 0.000 0.924 0.024 0.000 0.052
#> GSM674366 3 0.2129 0.8653 0.000 0.000 0.904 0.056 0.000 0.040
#> GSM674367 3 0.0146 0.8794 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674368 3 0.4309 0.7260 0.000 0.020 0.760 0.104 0.000 0.116
#> GSM674370 3 0.0508 0.8801 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM674371 3 0.2488 0.8413 0.000 0.000 0.880 0.044 0.000 0.076
#> GSM674373 3 0.2897 0.8223 0.000 0.000 0.852 0.060 0.000 0.088
#> GSM674375 3 0.1196 0.8734 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM674379 3 0.1088 0.8778 0.000 0.000 0.960 0.024 0.000 0.016
#> GSM674380 6 0.7007 -0.0828 0.000 0.124 0.308 0.136 0.000 0.432
#> GSM674381 3 0.1225 0.8786 0.000 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> GSM674382 3 0.2692 0.7717 0.000 0.000 0.840 0.148 0.000 0.012
#> GSM674384 3 0.0692 0.8803 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM674385 3 0.3063 0.8095 0.000 0.000 0.840 0.068 0.000 0.092
#> GSM674388 3 0.1367 0.8721 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> GSM674389 3 0.1196 0.8731 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM674390 3 0.0820 0.8786 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> GSM674391 3 0.2730 0.7666 0.000 0.000 0.836 0.152 0.000 0.012
#> GSM674393 3 0.1812 0.8455 0.000 0.000 0.912 0.080 0.000 0.008
#> GSM674394 3 0.0260 0.8795 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM674395 3 0.0603 0.8787 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM674397 3 0.3225 0.8026 0.000 0.000 0.828 0.080 0.000 0.092
#> GSM674398 3 0.1245 0.8753 0.000 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> GSM674400 4 0.3270 0.7650 0.000 0.000 0.120 0.820 0.000 0.060
#> GSM674401 4 0.2837 0.7196 0.000 0.000 0.056 0.856 0.000 0.088
#> GSM674402 4 0.2487 0.7705 0.000 0.000 0.092 0.876 0.000 0.032
#> GSM674403 4 0.2088 0.7435 0.000 0.000 0.068 0.904 0.000 0.028
#> GSM674405 3 0.4272 0.4656 0.000 0.000 0.668 0.288 0.000 0.044
#> GSM674406 3 0.0458 0.8810 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM674407 3 0.1049 0.8743 0.000 0.000 0.960 0.032 0.000 0.008
#> GSM674181 2 0.4339 0.3873 0.000 0.684 0.000 0.256 0.000 0.060
#> GSM674183 2 0.5400 -0.1098 0.000 0.488 0.008 0.416 0.000 0.088
#> GSM674184 2 0.0865 0.7958 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674185 2 0.1075 0.7941 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM674186 2 0.2340 0.8037 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674187 2 0.1663 0.8121 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM674190 2 0.2219 0.8064 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM674191 2 0.1765 0.8112 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM674192 2 0.2300 0.8054 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM674193 2 0.1387 0.8076 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM674194 2 0.0260 0.8027 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674195 2 0.3858 0.5757 0.000 0.780 0.004 0.132 0.000 0.084
#> GSM674198 2 0.2340 0.8007 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM674200 4 0.2706 0.7593 0.000 0.000 0.104 0.860 0.000 0.036
#> GSM674201 2 0.0547 0.7978 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM674202 2 0.0937 0.7967 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM674203 2 0.3499 0.6746 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM674204 2 0.3295 0.7414 0.000 0.816 0.000 0.056 0.000 0.128
#> GSM674205 2 0.2135 0.8092 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM674206 2 0.0260 0.8028 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674208 2 0.3076 0.7606 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM674209 2 0.2092 0.8103 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM674210 2 0.2793 0.7822 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM674212 2 0.2664 0.7876 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM674214 2 0.2562 0.7901 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM674218 2 0.1807 0.7639 0.000 0.920 0.000 0.020 0.000 0.060
#> GSM674219 2 0.0260 0.8016 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM674220 2 0.4745 -0.1683 0.000 0.552 0.020 0.020 0.000 0.408
#> GSM674221 2 0.0632 0.8065 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674223 2 0.1863 0.8101 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM674225 6 0.4946 -0.0764 0.000 0.404 0.000 0.068 0.000 0.528
#> GSM674226 2 0.2762 0.7766 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM674229 2 0.2260 0.8055 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM674230 2 0.2527 0.7599 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM674231 2 0.0632 0.8037 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM674232 2 0.3371 0.6646 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM674234 2 0.2300 0.8032 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM674235 2 0.0865 0.8062 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674236 2 0.2762 0.7199 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM674237 2 0.3634 0.6183 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM674239 2 0.2854 0.7799 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM674240 2 0.0000 0.8032 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674242 2 0.3647 0.6111 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM674243 2 0.5706 -0.0726 0.000 0.488 0.000 0.336 0.000 0.176
#> GSM674244 2 0.3872 0.3371 0.000 0.604 0.000 0.004 0.000 0.392
#> GSM674245 2 0.2416 0.7990 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM674282 1 0.0146 0.9168 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0865 0.9104 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM674288 5 0.4945 0.6978 0.292 0.000 0.000 0.004 0.620 0.084
#> GSM674289 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0713 0.9145 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674292 1 0.1367 0.9025 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM674295 5 0.0692 0.7709 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM674297 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0146 0.9168 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674299 1 0.2790 0.8087 0.840 0.000 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM674300 5 0.4431 0.7720 0.200 0.000 0.000 0.004 0.712 0.084
#> GSM674301 1 0.2006 0.8586 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> GSM674302 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0146 0.9166 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674306 5 0.4729 0.7271 0.264 0.000 0.000 0.008 0.660 0.068
#> GSM674308 1 0.0713 0.9155 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM674309 1 0.0858 0.9133 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM674313 5 0.2058 0.7392 0.012 0.000 0.000 0.008 0.908 0.072
#> GSM674314 5 0.4894 0.6929 0.300 0.000 0.000 0.008 0.624 0.068
#> GSM674315 5 0.4340 0.7611 0.224 0.000 0.000 0.004 0.708 0.064
#> GSM674316 5 0.4993 0.6799 0.304 0.000 0.000 0.004 0.608 0.084
#> GSM674318 5 0.1082 0.7525 0.004 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040
#> GSM674320 5 0.1889 0.7551 0.020 0.000 0.000 0.004 0.920 0.056
#> GSM674323 5 0.3354 0.7925 0.168 0.000 0.000 0.000 0.796 0.036
#> GSM674324 1 0.0146 0.9168 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674325 5 0.4945 0.6978 0.292 0.000 0.000 0.004 0.620 0.084
#> GSM674327 5 0.4991 0.7301 0.252 0.000 0.000 0.008 0.644 0.096
#> GSM674328 1 0.2667 0.8249 0.852 0.000 0.000 0.000 0.128 0.020
#> GSM674330 5 0.4993 0.6799 0.304 0.000 0.000 0.004 0.608 0.084
#> GSM674331 1 0.1501 0.8882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM674332 1 0.1524 0.8933 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060 0.008
#> GSM674334 1 0.3628 0.5819 0.720 0.000 0.000 0.004 0.268 0.008
#> GSM674335 1 0.4829 0.0109 0.544 0.000 0.000 0.004 0.404 0.048
#> GSM674345 4 0.4291 0.6769 0.000 0.000 0.292 0.664 0.000 0.044
#> GSM674351 3 0.0935 0.8786 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM674352 3 0.0909 0.8813 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> GSM674359 4 0.4092 0.6121 0.000 0.000 0.344 0.636 0.000 0.020
#> GSM674360 3 0.2680 0.8328 0.000 0.000 0.868 0.056 0.000 0.076
#> GSM674362 3 0.4213 0.7366 0.000 0.024 0.772 0.104 0.000 0.100
#> GSM674369 3 0.5750 0.4943 0.000 0.140 0.648 0.092 0.000 0.120
#> GSM674372 3 0.0972 0.8781 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> GSM674374 3 0.1434 0.8720 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> GSM674376 3 0.1334 0.8732 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM674377 3 0.6666 -0.2703 0.000 0.092 0.436 0.112 0.000 0.360
#> GSM674378 3 0.0146 0.8794 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM674383 3 0.2365 0.8471 0.000 0.000 0.888 0.040 0.000 0.072
#> GSM674386 3 0.1421 0.8736 0.000 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028
#> GSM674387 3 0.1196 0.8724 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM674392 3 0.0363 0.8802 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM674396 3 0.1334 0.8742 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM674399 3 0.1334 0.8742 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM674404 3 0.1334 0.8726 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM674182 2 0.0146 0.8043 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM674188 2 0.1204 0.8099 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM674189 2 0.0865 0.7958 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM674196 2 0.1765 0.8068 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM674197 2 0.2454 0.7977 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM674199 2 0.1957 0.8080 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM674207 2 0.3261 0.7026 0.000 0.824 0.000 0.072 0.000 0.104
#> GSM674211 2 0.2454 0.8014 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM674213 2 0.1444 0.8114 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM674215 2 0.3151 0.5646 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM674216 2 0.3872 0.4783 0.000 0.604 0.000 0.004 0.000 0.392
#> GSM674217 2 0.0000 0.8032 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674222 2 0.4314 0.0187 0.000 0.536 0.000 0.020 0.000 0.444
#> GSM674224 2 0.2219 0.8058 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM674227 2 0.1610 0.7778 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM674228 2 0.0363 0.8016 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM674233 2 0.0000 0.8032 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674238 3 0.7292 -0.3859 0.000 0.300 0.364 0.228 0.000 0.108
#> GSM674241 2 0.2793 0.7824 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM674283 1 0.0790 0.9138 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM674286 1 0.0146 0.9168 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674293 5 0.4663 0.7192 0.272 0.000 0.000 0.004 0.656 0.068
#> GSM674294 1 0.3014 0.7483 0.804 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012
#> GSM674296 1 0.0146 0.9168 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM674303 1 0.1007 0.9088 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.9158 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM674310 5 0.1462 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.008 0.936 0.056
#> GSM674311 1 0.1644 0.8874 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> GSM674312 5 0.2339 0.7441 0.020 0.000 0.000 0.012 0.896 0.072
#> GSM674317 1 0.3284 0.7234 0.784 0.000 0.000 0.000 0.196 0.020
#> GSM674319 5 0.1895 0.7835 0.072 0.000 0.000 0.000 0.912 0.016
#> GSM674321 5 0.2997 0.7960 0.096 0.000 0.000 0.000 0.844 0.060
#> GSM674322 5 0.0692 0.7709 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM674326 5 0.0458 0.7586 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM674329 5 0.0777 0.7732 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM674333 5 0.3361 0.7969 0.108 0.000 0.000 0.000 0.816 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:mclust 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:mclust 182 0.936 4.00e-75 3
#> ATC:mclust 182 0.771 3.41e-73 4
#> ATC:mclust 171 0.533 4.42e-68 5
#> ATC:mclust 168 0.874 1.08e-66 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 23299 rows and 183 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4189 0.582 0.582
#> 3 3 0.696 0.748 0.878 0.3783 0.792 0.643
#> 4 4 0.813 0.915 0.923 0.1438 0.839 0.629
#> 5 5 0.732 0.704 0.855 0.0744 0.959 0.878
#> 6 6 0.653 0.704 0.795 0.0386 0.957 0.861
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM674344 2 0 1 0 1
#> GSM674346 2 0 1 0 1
#> GSM674347 2 0 1 0 1
#> GSM674348 2 0 1 0 1
#> GSM674349 2 0 1 0 1
#> GSM674350 2 0 1 0 1
#> GSM674353 2 0 1 0 1
#> GSM674354 2 0 1 0 1
#> GSM674355 2 0 1 0 1
#> GSM674356 2 0 1 0 1
#> GSM674357 2 0 1 0 1
#> GSM674358 2 0 1 0 1
#> GSM674361 2 0 1 0 1
#> GSM674363 2 0 1 0 1
#> GSM674364 2 0 1 0 1
#> GSM674365 2 0 1 0 1
#> GSM674366 2 0 1 0 1
#> GSM674367 2 0 1 0 1
#> GSM674368 2 0 1 0 1
#> GSM674370 2 0 1 0 1
#> GSM674371 2 0 1 0 1
#> GSM674373 2 0 1 0 1
#> GSM674375 2 0 1 0 1
#> GSM674379 2 0 1 0 1
#> GSM674380 2 0 1 0 1
#> GSM674381 2 0 1 0 1
#> GSM674382 2 0 1 0 1
#> GSM674384 2 0 1 0 1
#> GSM674385 2 0 1 0 1
#> GSM674388 2 0 1 0 1
#> GSM674389 2 0 1 0 1
#> GSM674390 2 0 1 0 1
#> GSM674391 2 0 1 0 1
#> GSM674393 2 0 1 0 1
#> GSM674394 2 0 1 0 1
#> GSM674395 2 0 1 0 1
#> GSM674397 2 0 1 0 1
#> GSM674398 2 0 1 0 1
#> GSM674400 2 0 1 0 1
#> GSM674401 2 0 1 0 1
#> GSM674402 2 0 1 0 1
#> GSM674403 2 0 1 0 1
#> GSM674405 2 0 1 0 1
#> GSM674406 2 0 1 0 1
#> GSM674407 2 0 1 0 1
#> GSM674181 2 0 1 0 1
#> GSM674183 2 0 1 0 1
#> GSM674184 2 0 1 0 1
#> GSM674185 2 0 1 0 1
#> GSM674186 2 0 1 0 1
#> GSM674187 2 0 1 0 1
#> GSM674190 2 0 1 0 1
#> GSM674191 2 0 1 0 1
#> GSM674192 2 0 1 0 1
#> GSM674193 2 0 1 0 1
#> GSM674194 2 0 1 0 1
#> GSM674195 2 0 1 0 1
#> GSM674198 2 0 1 0 1
#> GSM674200 2 0 1 0 1
#> GSM674201 2 0 1 0 1
#> GSM674202 2 0 1 0 1
#> GSM674203 2 0 1 0 1
#> GSM674204 2 0 1 0 1
#> GSM674205 2 0 1 0 1
#> GSM674206 2 0 1 0 1
#> GSM674208 2 0 1 0 1
#> GSM674209 2 0 1 0 1
#> GSM674210 2 0 1 0 1
#> GSM674212 2 0 1 0 1
#> GSM674214 2 0 1 0 1
#> GSM674218 2 0 1 0 1
#> GSM674219 2 0 1 0 1
#> GSM674220 2 0 1 0 1
#> GSM674221 2 0 1 0 1
#> GSM674223 2 0 1 0 1
#> GSM674225 2 0 1 0 1
#> GSM674226 2 0 1 0 1
#> GSM674229 2 0 1 0 1
#> GSM674230 2 0 1 0 1
#> GSM674231 2 0 1 0 1
#> GSM674232 2 0 1 0 1
#> GSM674234 2 0 1 0 1
#> GSM674235 2 0 1 0 1
#> GSM674236 2 0 1 0 1
#> GSM674237 2 0 1 0 1
#> GSM674239 2 0 1 0 1
#> GSM674240 2 0 1 0 1
#> GSM674242 2 0 1 0 1
#> GSM674243 2 0 1 0 1
#> GSM674244 2 0 1 0 1
#> GSM674245 2 0 1 0 1
#> GSM674282 1 0 1 1 0
#> GSM674284 1 0 1 1 0
#> GSM674285 1 0 1 1 0
#> GSM674287 1 0 1 1 0
#> GSM674288 1 0 1 1 0
#> GSM674289 1 0 1 1 0
#> GSM674290 1 0 1 1 0
#> GSM674291 1 0 1 1 0
#> GSM674292 1 0 1 1 0
#> GSM674295 1 0 1 1 0
#> GSM674297 1 0 1 1 0
#> GSM674298 1 0 1 1 0
#> GSM674299 1 0 1 1 0
#> GSM674300 1 0 1 1 0
#> GSM674301 1 0 1 1 0
#> GSM674302 1 0 1 1 0
#> GSM674304 1 0 1 1 0
#> GSM674305 1 0 1 1 0
#> GSM674306 1 0 1 1 0
#> GSM674308 1 0 1 1 0
#> GSM674309 1 0 1 1 0
#> GSM674313 1 0 1 1 0
#> GSM674314 1 0 1 1 0
#> GSM674315 1 0 1 1 0
#> GSM674316 1 0 1 1 0
#> GSM674318 1 0 1 1 0
#> GSM674320 1 0 1 1 0
#> GSM674323 1 0 1 1 0
#> GSM674324 1 0 1 1 0
#> GSM674325 1 0 1 1 0
#> GSM674327 1 0 1 1 0
#> GSM674328 1 0 1 1 0
#> GSM674330 1 0 1 1 0
#> GSM674331 1 0 1 1 0
#> GSM674332 1 0 1 1 0
#> GSM674334 1 0 1 1 0
#> GSM674335 1 0 1 1 0
#> GSM674345 2 0 1 0 1
#> GSM674351 2 0 1 0 1
#> GSM674352 2 0 1 0 1
#> GSM674359 2 0 1 0 1
#> GSM674360 2 0 1 0 1
#> GSM674362 2 0 1 0 1
#> GSM674369 2 0 1 0 1
#> GSM674372 2 0 1 0 1
#> GSM674374 2 0 1 0 1
#> GSM674376 2 0 1 0 1
#> GSM674377 2 0 1 0 1
#> GSM674378 2 0 1 0 1
#> GSM674383 2 0 1 0 1
#> GSM674386 2 0 1 0 1
#> GSM674387 2 0 1 0 1
#> GSM674392 2 0 1 0 1
#> GSM674396 2 0 1 0 1
#> GSM674399 2 0 1 0 1
#> GSM674404 2 0 1 0 1
#> GSM674182 2 0 1 0 1
#> GSM674188 2 0 1 0 1
#> GSM674189 2 0 1 0 1
#> GSM674196 2 0 1 0 1
#> GSM674197 2 0 1 0 1
#> GSM674199 2 0 1 0 1
#> GSM674207 2 0 1 0 1
#> GSM674211 2 0 1 0 1
#> GSM674213 2 0 1 0 1
#> GSM674215 2 0 1 0 1
#> GSM674216 2 0 1 0 1
#> GSM674217 2 0 1 0 1
#> GSM674222 2 0 1 0 1
#> GSM674224 2 0 1 0 1
#> GSM674227 2 0 1 0 1
#> GSM674228 2 0 1 0 1
#> GSM674233 2 0 1 0 1
#> GSM674238 2 0 1 0 1
#> GSM674241 2 0 1 0 1
#> GSM674283 1 0 1 1 0
#> GSM674286 1 0 1 1 0
#> GSM674293 1 0 1 1 0
#> GSM674294 1 0 1 1 0
#> GSM674296 1 0 1 1 0
#> GSM674303 1 0 1 1 0
#> GSM674307 1 0 1 1 0
#> GSM674310 1 0 1 1 0
#> GSM674311 1 0 1 1 0
#> GSM674312 1 0 1 1 0
#> GSM674317 1 0 1 1 0
#> GSM674319 1 0 1 1 0
#> GSM674321 1 0 1 1 0
#> GSM674322 1 0 1 1 0
#> GSM674326 1 0 1 1 0
#> GSM674329 1 0 1 1 0
#> GSM674333 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM674344 2 0.4605 0.5270 0 0.796 0.204
#> GSM674346 3 0.5363 0.8280 0 0.276 0.724
#> GSM674347 3 0.6235 0.7520 0 0.436 0.564
#> GSM674348 2 0.6302 -0.5457 0 0.520 0.480
#> GSM674349 3 0.6274 0.7145 0 0.456 0.544
#> GSM674350 3 0.5948 0.8373 0 0.360 0.640
#> GSM674353 3 0.6026 0.8252 0 0.376 0.624
#> GSM674354 2 0.6026 -0.1187 0 0.624 0.376
#> GSM674355 3 0.5706 0.8456 0 0.320 0.680
#> GSM674356 2 0.5968 -0.0572 0 0.636 0.364
#> GSM674357 3 0.5859 0.8449 0 0.344 0.656
#> GSM674358 3 0.5706 0.8456 0 0.320 0.680
#> GSM674361 2 0.6299 -0.5323 0 0.524 0.476
#> GSM674363 2 0.6309 -0.6109 0 0.500 0.500
#> GSM674364 2 0.4974 0.4460 0 0.764 0.236
#> GSM674365 2 0.6204 -0.3365 0 0.576 0.424
#> GSM674366 3 0.6309 0.5960 0 0.500 0.500
#> GSM674367 3 0.6307 0.6334 0 0.488 0.512
#> GSM674368 2 0.3038 0.7118 0 0.896 0.104
#> GSM674370 3 0.6079 0.8140 0 0.388 0.612
#> GSM674371 2 0.5810 0.0862 0 0.664 0.336
#> GSM674373 2 0.5760 0.1233 0 0.672 0.328
#> GSM674375 3 0.5431 0.8328 0 0.284 0.716
#> GSM674379 3 0.6252 0.7383 0 0.444 0.556
#> GSM674380 2 0.2711 0.7335 0 0.912 0.088
#> GSM674381 2 0.6308 -0.5854 0 0.508 0.492
#> GSM674382 3 0.5397 0.8306 0 0.280 0.720
#> GSM674384 2 0.6235 -0.3855 0 0.564 0.436
#> GSM674385 2 0.5760 0.1232 0 0.672 0.328
#> GSM674388 2 0.6299 -0.5319 0 0.524 0.476
#> GSM674389 3 0.5058 0.7998 0 0.244 0.756
#> GSM674390 2 0.6154 -0.2685 0 0.592 0.408
#> GSM674391 3 0.5650 0.8439 0 0.312 0.688
#> GSM674393 3 0.5859 0.8448 0 0.344 0.656
#> GSM674394 3 0.6260 0.7306 0 0.448 0.552
#> GSM674395 3 0.5216 0.8152 0 0.260 0.740
#> GSM674397 2 0.4702 0.5081 0 0.788 0.212
#> GSM674398 3 0.6291 0.6881 0 0.468 0.532
#> GSM674400 3 0.4750 0.7710 0 0.216 0.784
#> GSM674401 3 0.5291 0.8226 0 0.268 0.732
#> GSM674402 3 0.4062 0.7127 0 0.164 0.836
#> GSM674403 3 0.4399 0.7410 0 0.188 0.812
#> GSM674405 3 0.6062 0.8177 0 0.384 0.616
#> GSM674406 3 0.6299 0.6672 0 0.476 0.524
#> GSM674407 3 0.5291 0.8221 0 0.268 0.732
#> GSM674181 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674183 2 0.0237 0.8268 0 0.996 0.004
#> GSM674184 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674185 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674186 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674187 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674190 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674191 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674192 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674193 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674194 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674195 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674198 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674200 2 0.5529 0.2538 0 0.704 0.296
#> GSM674201 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674202 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674203 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674204 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674205 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674206 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674208 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674209 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674210 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674212 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674214 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674218 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674219 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674220 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674221 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674223 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674225 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674226 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674229 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674230 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674231 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674232 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674234 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674235 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674236 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674237 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674239 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674240 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674242 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674243 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674244 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674245 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674282 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674288 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674292 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674299 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674313 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674314 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674315 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674316 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674318 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674320 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674323 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674324 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674325 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674327 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674334 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674335 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674345 3 0.5926 0.8400 0 0.356 0.644
#> GSM674351 3 0.6235 0.7525 0 0.436 0.564
#> GSM674352 3 0.5926 0.8397 0 0.356 0.644
#> GSM674359 2 0.6204 -0.3367 0 0.576 0.424
#> GSM674360 2 0.5948 -0.0365 0 0.640 0.360
#> GSM674362 2 0.3816 0.6411 0 0.852 0.148
#> GSM674369 2 0.2711 0.7335 0 0.912 0.088
#> GSM674372 3 0.5465 0.8346 0 0.288 0.712
#> GSM674374 2 0.6295 -0.5181 0 0.528 0.472
#> GSM674376 3 0.5706 0.8456 0 0.320 0.680
#> GSM674377 2 0.3192 0.7003 0 0.888 0.112
#> GSM674378 3 0.6299 0.6673 0 0.476 0.524
#> GSM674383 2 0.5968 -0.0572 0 0.636 0.364
#> GSM674386 2 0.6260 -0.4321 0 0.552 0.448
#> GSM674387 3 0.4062 0.7127 0 0.164 0.836
#> GSM674392 3 0.5835 0.8456 0 0.340 0.660
#> GSM674396 3 0.5835 0.8457 0 0.340 0.660
#> GSM674399 3 0.6180 0.7808 0 0.416 0.584
#> GSM674404 3 0.4399 0.7412 0 0.188 0.812
#> GSM674182 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674188 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674189 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674196 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674197 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674199 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674207 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674211 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674213 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674215 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674216 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674217 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674222 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674224 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674227 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674228 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674233 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674238 2 0.3267 0.6942 0 0.884 0.116
#> GSM674241 2 0.0000 0.8305 0 1.000 0.000
#> GSM674283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674293 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674294 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674310 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674311 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674312 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674317 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674319 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674321 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674322 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674329 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> GSM674333 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM674344 3 0.4908 0.745 0.000 0.292 0.692 NA
#> GSM674346 3 0.2413 0.900 0.000 0.064 0.916 NA
#> GSM674347 3 0.2011 0.906 0.000 0.080 0.920 NA
#> GSM674348 3 0.2928 0.906 0.000 0.108 0.880 NA
#> GSM674349 3 0.2867 0.906 0.000 0.104 0.884 NA
#> GSM674350 3 0.2412 0.907 0.000 0.084 0.908 NA
#> GSM674353 3 0.2542 0.906 0.000 0.084 0.904 NA
#> GSM674354 3 0.3529 0.890 0.000 0.152 0.836 NA
#> GSM674355 3 0.1637 0.900 0.000 0.060 0.940 NA
#> GSM674356 3 0.3428 0.894 0.000 0.144 0.844 NA
#> GSM674357 3 0.2329 0.904 0.000 0.072 0.916 NA
#> GSM674358 3 0.1716 0.902 0.000 0.064 0.936 NA
#> GSM674361 3 0.3529 0.891 0.000 0.152 0.836 NA
#> GSM674363 3 0.3217 0.902 0.000 0.128 0.860 NA
#> GSM674364 3 0.4804 0.769 0.000 0.276 0.708 NA
#> GSM674365 3 0.3377 0.896 0.000 0.140 0.848 NA
#> GSM674366 3 0.2530 0.906 0.000 0.112 0.888 NA
#> GSM674367 3 0.2654 0.907 0.000 0.108 0.888 NA
#> GSM674368 3 0.4722 0.739 0.000 0.300 0.692 NA
#> GSM674370 3 0.2412 0.907 0.000 0.084 0.908 NA
#> GSM674371 3 0.3577 0.888 0.000 0.156 0.832 NA
#> GSM674373 3 0.3196 0.898 0.000 0.136 0.856 NA
#> GSM674375 3 0.2101 0.900 0.000 0.060 0.928 NA
#> GSM674379 3 0.4513 0.888 0.000 0.120 0.804 NA
#> GSM674380 2 0.4267 0.700 0.000 0.788 0.188 NA
#> GSM674381 3 0.3278 0.905 0.000 0.116 0.864 NA
#> GSM674382 3 0.5861 0.729 0.000 0.060 0.644 NA
#> GSM674384 3 0.5291 0.852 0.000 0.180 0.740 NA
#> GSM674385 3 0.4764 0.832 0.000 0.220 0.748 NA
#> GSM674388 3 0.3047 0.905 0.000 0.116 0.872 NA
#> GSM674389 3 0.2565 0.895 0.000 0.056 0.912 NA
#> GSM674390 3 0.3606 0.899 0.000 0.132 0.844 NA
#> GSM674391 3 0.6098 0.697 0.000 0.068 0.616 NA
#> GSM674393 3 0.2402 0.905 0.000 0.076 0.912 NA
#> GSM674394 3 0.2546 0.907 0.000 0.092 0.900 NA
#> GSM674395 3 0.2300 0.901 0.000 0.064 0.920 NA
#> GSM674397 3 0.5069 0.704 0.000 0.320 0.664 NA
#> GSM674398 3 0.5763 0.836 0.000 0.132 0.712 NA
#> GSM674400 3 0.1637 0.900 0.000 0.060 0.940 NA
#> GSM674401 3 0.1902 0.902 0.000 0.064 0.932 NA
#> GSM674402 3 0.1975 0.893 0.000 0.048 0.936 NA
#> GSM674403 3 0.2399 0.889 0.000 0.048 0.920 NA
#> GSM674405 3 0.4301 0.859 0.000 0.064 0.816 NA
#> GSM674406 3 0.2593 0.907 0.000 0.104 0.892 NA
#> GSM674407 3 0.2214 0.888 0.000 0.044 0.928 NA
#> GSM674181 2 0.2675 0.855 0.000 0.892 0.100 NA
#> GSM674183 2 0.5508 -0.219 0.000 0.508 0.476 NA
#> GSM674184 2 0.1305 0.938 0.000 0.960 0.036 NA
#> GSM674185 2 0.0336 0.964 0.000 0.992 0.008 NA
#> GSM674186 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674187 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674190 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674191 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674192 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674193 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674194 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674195 2 0.4746 0.447 0.000 0.688 0.304 NA
#> GSM674198 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674200 3 0.4579 0.846 0.000 0.200 0.768 NA
#> GSM674201 2 0.1398 0.933 0.000 0.956 0.040 NA
#> GSM674202 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674203 2 0.0188 0.965 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM674204 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674205 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674206 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674208 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674209 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674210 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674212 2 0.0188 0.965 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM674214 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674218 2 0.0804 0.962 0.000 0.980 0.012 NA
#> GSM674219 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674220 2 0.1938 0.917 0.000 0.936 0.052 NA
#> GSM674221 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674223 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674225 2 0.1837 0.934 0.000 0.944 0.028 NA
#> GSM674226 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674229 2 0.0188 0.965 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM674230 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674231 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674232 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674234 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674235 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674236 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674237 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674239 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674240 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674242 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674243 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM674244 2 0.0804 0.961 0.000 0.980 0.008 NA
#> GSM674245 2 0.0672 0.963 0.000 0.984 0.008 NA
#> GSM674282 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674284 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674285 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674287 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674288 1 0.1211 0.973 0.960 0.000 0.000 NA
#> GSM674289 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674290 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674291 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674292 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674295 1 0.1940 0.962 0.924 0.000 0.000 NA
#> GSM674297 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674298 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674299 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674300 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674301 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674302 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674304 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674305 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674306 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674308 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674309 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674313 1 0.2149 0.957 0.912 0.000 0.000 NA
#> GSM674314 1 0.0707 0.978 0.980 0.000 0.000 NA
#> GSM674315 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674316 1 0.1716 0.966 0.936 0.000 0.000 NA
#> GSM674318 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674320 1 0.2149 0.957 0.912 0.000 0.000 NA
#> GSM674323 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674324 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674325 1 0.1940 0.962 0.924 0.000 0.000 NA
#> GSM674327 1 0.0707 0.978 0.980 0.000 0.000 NA
#> GSM674328 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674330 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 NA
#> GSM674331 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674332 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674334 1 0.0921 0.977 0.972 0.000 0.000 NA
#> GSM674335 1 0.1302 0.972 0.956 0.000 0.000 NA
#> GSM674345 3 0.2450 0.903 0.000 0.072 0.912 NA
#> GSM674351 3 0.2546 0.907 0.000 0.092 0.900 NA
#> GSM674352 3 0.2473 0.905 0.000 0.080 0.908 NA
#> GSM674359 3 0.4289 0.867 0.000 0.172 0.796 NA
#> GSM674360 3 0.3583 0.873 0.000 0.180 0.816 NA
#> GSM674362 3 0.4897 0.689 0.000 0.332 0.660 NA
#> GSM674369 3 0.4973 0.658 0.000 0.348 0.644 NA
#> GSM674372 3 0.2179 0.902 0.000 0.064 0.924 NA
#> GSM674374 3 0.2859 0.906 0.000 0.112 0.880 NA
#> GSM674376 3 0.3245 0.889 0.000 0.064 0.880 NA
#> GSM674377 2 0.4855 0.530 0.000 0.712 0.268 NA
#> GSM674378 3 0.2654 0.907 0.000 0.108 0.888 NA
#> GSM674383 3 0.3024 0.893 0.000 0.148 0.852 NA
#> GSM674386 3 0.7803 0.415 0.000 0.316 0.416 NA
#> GSM674387 3 0.1936 0.877 0.000 0.028 0.940 NA
#> GSM674392 3 0.2198 0.904 0.000 0.072 0.920 NA
#> GSM674396 3 0.5522 0.805 0.000 0.080 0.716 NA
#> GSM674399 3 0.6275 0.787 0.000 0.136 0.660 NA
#> GSM674404 3 0.3013 0.863 0.000 0.032 0.888 NA
#> GSM674182 2 0.0657 0.956 0.000 0.984 0.012 NA
#> GSM674188 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674189 2 0.0336 0.964 0.000 0.992 0.008 NA
#> GSM674196 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674197 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674199 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674207 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.012 NA
#> GSM674211 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674213 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM674215 2 0.0937 0.958 0.000 0.976 0.012 NA
#> GSM674216 2 0.0657 0.964 0.000 0.984 0.004 NA
#> GSM674217 2 0.0188 0.964 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674222 2 0.0804 0.961 0.000 0.980 0.008 NA
#> GSM674224 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674227 2 0.0524 0.965 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM674228 2 0.0188 0.966 0.000 0.996 0.004 NA
#> GSM674233 2 0.0336 0.964 0.000 0.992 0.008 NA
#> GSM674238 3 0.4990 0.652 0.000 0.352 0.640 NA
#> GSM674241 2 0.0376 0.966 0.000 0.992 0.004 NA
#> GSM674283 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674286 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674293 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674294 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674296 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674303 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674307 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674310 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674311 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674312 1 0.2149 0.957 0.912 0.000 0.000 NA
#> GSM674317 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM674319 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674321 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674322 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674326 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674329 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
#> GSM674333 1 0.2011 0.960 0.920 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM674344 3 0.3962 0.526163 0.000 0.088 0.800 NA 0.112
#> GSM674346 3 0.2331 0.575117 0.000 0.020 0.900 NA 0.080
#> GSM674347 3 0.3326 0.493789 0.000 0.024 0.824 NA 0.152
#> GSM674348 3 0.2793 0.582574 0.000 0.036 0.876 NA 0.088
#> GSM674349 3 0.2511 0.585153 0.000 0.028 0.892 NA 0.080
#> GSM674350 3 0.1661 0.592736 0.000 0.036 0.940 NA 0.024
#> GSM674353 3 0.1386 0.592795 0.000 0.032 0.952 NA 0.016
#> GSM674354 3 0.2331 0.587801 0.000 0.080 0.900 NA 0.020
#> GSM674355 3 0.3398 0.404467 0.000 0.004 0.780 NA 0.216
#> GSM674356 3 0.1981 0.592502 0.000 0.064 0.920 NA 0.016
#> GSM674357 3 0.1493 0.593517 0.000 0.028 0.948 NA 0.024
#> GSM674358 3 0.2625 0.542568 0.000 0.016 0.876 NA 0.108
#> GSM674361 3 0.5295 0.351505 0.000 0.096 0.684 NA 0.212
#> GSM674363 3 0.2171 0.592328 0.000 0.064 0.912 NA 0.024
#> GSM674364 3 0.6031 0.179252 0.000 0.244 0.576 NA 0.180
#> GSM674365 3 0.2036 0.594234 0.000 0.056 0.920 NA 0.024
#> GSM674366 3 0.3165 0.544775 0.000 0.036 0.848 NA 0.116
#> GSM674367 3 0.4552 0.283591 0.000 0.040 0.696 NA 0.264
#> GSM674368 3 0.4125 0.477403 0.000 0.172 0.772 NA 0.056
#> GSM674370 3 0.2915 0.556426 0.000 0.024 0.860 NA 0.116
#> GSM674371 3 0.1809 0.595263 0.000 0.060 0.928 NA 0.012
#> GSM674373 3 0.6087 0.069910 0.000 0.148 0.572 NA 0.276
#> GSM674375 3 0.4297 0.256627 0.000 0.020 0.692 NA 0.288
#> GSM674379 5 0.6002 0.736273 0.000 0.088 0.408 NA 0.496
#> GSM674380 2 0.6408 -0.251115 0.000 0.440 0.172 NA 0.388
#> GSM674381 3 0.5097 0.054497 0.000 0.056 0.624 NA 0.320
#> GSM674382 5 0.5319 0.779950 0.000 0.044 0.360 NA 0.588
#> GSM674384 3 0.6267 -0.467735 0.000 0.148 0.448 NA 0.404
#> GSM674385 3 0.6420 -0.437788 0.000 0.176 0.448 NA 0.376
#> GSM674388 3 0.3262 0.568272 0.000 0.036 0.840 NA 0.124
#> GSM674389 3 0.4416 -0.010886 0.000 0.012 0.632 NA 0.356
#> GSM674390 3 0.5934 -0.445074 0.000 0.108 0.496 NA 0.396
#> GSM674391 5 0.5448 0.754226 0.000 0.068 0.300 NA 0.624
#> GSM674393 3 0.4637 0.189750 0.000 0.036 0.672 NA 0.292
#> GSM674394 3 0.4728 0.194399 0.000 0.040 0.664 NA 0.296
#> GSM674395 3 0.4318 0.212238 0.000 0.020 0.688 NA 0.292
#> GSM674397 3 0.6536 -0.344056 0.000 0.216 0.464 NA 0.320
#> GSM674398 5 0.6120 0.770303 0.000 0.092 0.392 NA 0.504
#> GSM674400 3 0.2511 0.552295 0.000 0.016 0.892 NA 0.088
#> GSM674401 3 0.3050 0.563984 0.000 0.024 0.876 NA 0.076
#> GSM674402 3 0.2139 0.578658 0.000 0.032 0.916 NA 0.052
#> GSM674403 3 0.2616 0.551084 0.000 0.020 0.880 NA 0.100
#> GSM674405 5 0.5352 0.712793 0.000 0.044 0.428 NA 0.524
#> GSM674406 3 0.4597 0.287443 0.000 0.044 0.696 NA 0.260
#> GSM674407 3 0.5041 -0.304160 0.000 0.028 0.564 NA 0.404
#> GSM674181 2 0.5144 0.496773 0.000 0.632 0.304 NA 0.064
#> GSM674183 3 0.5571 0.207517 0.000 0.348 0.568 NA 0.084
#> GSM674184 2 0.3012 0.858034 0.000 0.860 0.104 NA 0.036
#> GSM674185 2 0.1845 0.911647 0.000 0.928 0.056 NA 0.016
#> GSM674186 2 0.1195 0.920225 0.000 0.960 0.028 NA 0.012
#> GSM674187 2 0.1549 0.919864 0.000 0.944 0.040 NA 0.016
#> GSM674190 2 0.1386 0.919336 0.000 0.952 0.032 NA 0.016
#> GSM674191 2 0.1124 0.922074 0.000 0.960 0.036 NA 0.004
#> GSM674192 2 0.0693 0.921654 0.000 0.980 0.012 NA 0.008
#> GSM674193 2 0.1012 0.921255 0.000 0.968 0.020 NA 0.012
#> GSM674194 2 0.1568 0.915748 0.000 0.944 0.036 NA 0.020
#> GSM674195 3 0.5602 0.000244 0.000 0.464 0.472 NA 0.060
#> GSM674198 2 0.0609 0.921172 0.000 0.980 0.020 NA 0.000
#> GSM674200 3 0.3865 0.528015 0.000 0.092 0.808 NA 0.100
#> GSM674201 2 0.4149 0.733992 0.000 0.768 0.188 NA 0.040
#> GSM674202 2 0.1568 0.919323 0.000 0.944 0.036 NA 0.020
#> GSM674203 2 0.0451 0.919384 0.000 0.988 0.004 NA 0.008
#> GSM674204 2 0.1012 0.920222 0.000 0.968 0.020 NA 0.012
#> GSM674205 2 0.1018 0.920530 0.000 0.968 0.016 NA 0.016
#> GSM674206 2 0.1493 0.918778 0.000 0.948 0.028 NA 0.024
#> GSM674208 2 0.1211 0.920863 0.000 0.960 0.016 NA 0.024
#> GSM674209 2 0.0798 0.921213 0.000 0.976 0.008 NA 0.016
#> GSM674210 2 0.1364 0.909854 0.000 0.952 0.012 NA 0.036
#> GSM674212 2 0.1469 0.914590 0.000 0.948 0.016 NA 0.036
#> GSM674214 2 0.1661 0.914271 0.000 0.940 0.024 NA 0.036
#> GSM674218 2 0.2835 0.876190 0.000 0.880 0.080 NA 0.036
#> GSM674219 2 0.1830 0.912932 0.000 0.932 0.040 NA 0.028
#> GSM674220 2 0.3667 0.800299 0.000 0.812 0.048 NA 0.140
#> GSM674221 2 0.1579 0.916923 0.000 0.944 0.032 NA 0.024
#> GSM674223 2 0.1195 0.919907 0.000 0.960 0.028 NA 0.012
#> GSM674225 2 0.3141 0.818318 0.000 0.832 0.016 NA 0.152
#> GSM674226 2 0.1043 0.912292 0.000 0.960 0.000 NA 0.040
#> GSM674229 2 0.0566 0.921510 0.000 0.984 0.012 NA 0.004
#> GSM674230 2 0.1597 0.914346 0.000 0.940 0.012 NA 0.048
#> GSM674231 2 0.1403 0.919404 0.000 0.952 0.024 NA 0.024
#> GSM674232 2 0.1282 0.911665 0.000 0.952 0.004 NA 0.044
#> GSM674234 2 0.0510 0.921423 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> GSM674235 2 0.0992 0.923675 0.000 0.968 0.024 NA 0.008
#> GSM674236 2 0.0992 0.919008 0.000 0.968 0.008 NA 0.024
#> GSM674237 2 0.0880 0.914710 0.000 0.968 0.000 NA 0.032
#> GSM674239 2 0.0912 0.921438 0.000 0.972 0.012 NA 0.016
#> GSM674240 2 0.2359 0.901997 0.000 0.904 0.060 NA 0.036
#> GSM674242 2 0.1522 0.906788 0.000 0.944 0.012 NA 0.044
#> GSM674243 2 0.2125 0.902755 0.000 0.920 0.052 NA 0.024
#> GSM674244 2 0.2233 0.882645 0.000 0.904 0.016 NA 0.080
#> GSM674245 2 0.1597 0.904882 0.000 0.940 0.012 NA 0.048
#> GSM674282 1 0.0162 0.948755 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674284 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674285 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674287 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674288 1 0.2561 0.915858 0.856 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674289 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674290 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674291 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674292 1 0.0162 0.948755 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674295 1 0.2690 0.911509 0.844 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674297 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674298 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674299 1 0.0290 0.948456 0.992 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674300 1 0.0290 0.948586 0.992 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674301 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674302 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674304 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674305 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674306 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674308 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674309 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674313 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674314 1 0.2011 0.930798 0.908 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674315 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674316 1 0.2848 0.909038 0.840 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674318 1 0.2890 0.907135 0.836 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674320 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674323 1 0.2848 0.908914 0.840 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674324 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674325 1 0.2890 0.907135 0.836 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674327 1 0.1892 0.932811 0.916 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674328 1 0.0162 0.948755 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674330 1 0.2020 0.928276 0.900 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674331 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674332 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674334 1 0.2471 0.917721 0.864 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674335 1 0.2561 0.915850 0.856 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674345 3 0.2293 0.574277 0.000 0.016 0.900 NA 0.084
#> GSM674351 3 0.1918 0.592763 0.000 0.036 0.928 NA 0.036
#> GSM674352 3 0.1399 0.590292 0.000 0.028 0.952 NA 0.020
#> GSM674359 3 0.3780 0.532338 0.000 0.072 0.812 NA 0.116
#> GSM674360 3 0.2813 0.569881 0.000 0.108 0.868 NA 0.024
#> GSM674362 3 0.4394 0.411228 0.000 0.228 0.732 NA 0.036
#> GSM674369 3 0.4136 0.452976 0.000 0.188 0.764 NA 0.048
#> GSM674372 3 0.4157 0.311627 0.000 0.020 0.716 NA 0.264
#> GSM674374 3 0.5231 0.362119 0.000 0.080 0.680 NA 0.232
#> GSM674376 3 0.5114 -0.578406 0.000 0.036 0.488 NA 0.476
#> GSM674377 2 0.6513 -0.334042 0.000 0.424 0.192 NA 0.384
#> GSM674378 3 0.5524 0.229713 0.000 0.092 0.628 NA 0.276
#> GSM674383 3 0.2592 0.583090 0.000 0.056 0.892 NA 0.052
#> GSM674386 5 0.6603 0.633993 0.000 0.192 0.272 NA 0.524
#> GSM674387 3 0.4849 -0.358802 0.000 0.016 0.548 NA 0.432
#> GSM674392 3 0.3999 0.359484 0.000 0.020 0.740 NA 0.240
#> GSM674396 5 0.5567 0.801633 0.000 0.052 0.368 NA 0.568
#> GSM674399 5 0.5887 0.801985 0.000 0.100 0.344 NA 0.552
#> GSM674404 3 0.4945 -0.422964 0.000 0.020 0.536 NA 0.440
#> GSM674182 2 0.2754 0.874427 0.000 0.880 0.080 NA 0.040
#> GSM674188 2 0.1251 0.921989 0.000 0.956 0.036 NA 0.008
#> GSM674189 2 0.2036 0.910001 0.000 0.920 0.056 NA 0.024
#> GSM674196 2 0.1485 0.919540 0.000 0.948 0.032 NA 0.020
#> GSM674197 2 0.0955 0.922594 0.000 0.968 0.028 NA 0.004
#> GSM674199 2 0.0609 0.921172 0.000 0.980 0.020 NA 0.000
#> GSM674207 2 0.3267 0.847481 0.000 0.844 0.112 NA 0.044
#> GSM674211 2 0.1403 0.918234 0.000 0.952 0.024 NA 0.024
#> GSM674213 2 0.1836 0.913265 0.000 0.932 0.032 NA 0.036
#> GSM674215 2 0.2685 0.867227 0.000 0.880 0.028 NA 0.092
#> GSM674216 2 0.1768 0.896865 0.000 0.924 0.004 NA 0.072
#> GSM674217 2 0.2491 0.897056 0.000 0.896 0.068 NA 0.036
#> GSM674222 2 0.2707 0.864002 0.000 0.876 0.024 NA 0.100
#> GSM674224 2 0.0609 0.917733 0.000 0.980 0.000 NA 0.020
#> GSM674227 2 0.2230 0.904587 0.000 0.912 0.044 NA 0.044
#> GSM674228 2 0.0671 0.921609 0.000 0.980 0.016 NA 0.004
#> GSM674233 2 0.1800 0.913584 0.000 0.932 0.048 NA 0.020
#> GSM674238 3 0.4359 0.439549 0.000 0.196 0.752 NA 0.048
#> GSM674241 2 0.0404 0.918162 0.000 0.988 0.000 NA 0.012
#> GSM674283 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674286 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674293 1 0.0162 0.948755 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674294 1 0.0162 0.948755 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674296 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674303 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674307 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674310 1 0.2890 0.907135 0.836 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674311 1 0.0000 0.949508 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674312 1 0.2929 0.899522 0.820 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674317 1 0.0703 0.946127 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674319 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674321 1 0.2890 0.907135 0.836 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674322 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674326 1 0.2890 0.907135 0.836 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM674329 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM674333 1 0.2813 0.905946 0.832 0.000 0.000 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM674344 3 0.3419 0.57862 0.000 0.084 0.812 0.000 NA NA
#> GSM674346 3 0.2466 0.61744 0.000 0.024 0.896 0.028 NA NA
#> GSM674347 3 0.4083 0.44266 0.000 0.020 0.688 0.284 NA NA
#> GSM674348 3 0.4394 0.58673 0.000 0.048 0.768 0.088 NA NA
#> GSM674349 3 0.3721 0.61887 0.000 0.048 0.820 0.072 NA NA
#> GSM674350 3 0.2685 0.63360 0.000 0.036 0.880 0.068 NA NA
#> GSM674353 3 0.1970 0.63461 0.000 0.028 0.920 0.044 NA NA
#> GSM674354 3 0.2624 0.63216 0.000 0.068 0.884 0.020 NA NA
#> GSM674355 3 0.3954 0.42820 0.000 0.016 0.684 0.296 NA NA
#> GSM674356 3 0.2541 0.63691 0.000 0.052 0.892 0.032 NA NA
#> GSM674357 3 0.2074 0.63627 0.000 0.036 0.912 0.048 NA NA
#> GSM674358 3 0.3406 0.57202 0.000 0.020 0.792 0.180 NA NA
#> GSM674361 3 0.6422 0.33441 0.000 0.124 0.580 0.180 NA NA
#> GSM674363 3 0.3329 0.62311 0.000 0.072 0.844 0.032 NA NA
#> GSM674364 3 0.6531 0.18324 0.000 0.292 0.504 0.108 NA NA
#> GSM674365 3 0.3083 0.63527 0.000 0.052 0.860 0.060 NA NA
#> GSM674366 3 0.4252 0.51837 0.000 0.040 0.724 0.220 NA NA
#> GSM674367 3 0.4936 0.12875 0.000 0.036 0.540 0.408 NA NA
#> GSM674368 3 0.5169 0.48949 0.000 0.168 0.692 0.064 NA NA
#> GSM674370 3 0.4653 0.49613 0.000 0.024 0.700 0.220 NA NA
#> GSM674371 3 0.2978 0.63590 0.000 0.056 0.860 0.072 NA NA
#> GSM674373 4 0.7074 0.40291 0.000 0.136 0.316 0.416 NA NA
#> GSM674375 3 0.5147 -0.13535 0.000 0.016 0.480 0.456 NA NA
#> GSM674379 4 0.4830 0.65551 0.000 0.084 0.204 0.692 NA NA
#> GSM674380 4 0.6258 0.41772 0.000 0.368 0.100 0.472 NA NA
#> GSM674381 3 0.5379 -0.12575 0.000 0.068 0.472 0.444 NA NA
#> GSM674382 4 0.5528 0.59269 0.000 0.052 0.224 0.636 NA NA
#> GSM674384 4 0.6905 0.33283 0.000 0.168 0.368 0.384 NA NA
#> GSM674385 4 0.6636 0.37163 0.000 0.192 0.368 0.396 NA NA
#> GSM674388 3 0.4946 0.52107 0.000 0.044 0.704 0.176 NA NA
#> GSM674389 3 0.4935 -0.11517 0.000 0.020 0.496 0.456 NA NA
#> GSM674390 4 0.5426 0.55248 0.000 0.096 0.312 0.576 NA NA
#> GSM674391 4 0.3958 0.63899 0.000 0.060 0.128 0.788 NA NA
#> GSM674393 3 0.4584 0.00993 0.000 0.028 0.524 0.444 NA NA
#> GSM674394 3 0.4833 0.15478 0.000 0.036 0.556 0.396 NA NA
#> GSM674395 3 0.4637 0.13752 0.000 0.028 0.556 0.408 NA NA
#> GSM674397 4 0.6521 0.46552 0.000 0.216 0.320 0.432 NA NA
#> GSM674398 4 0.4678 0.66278 0.000 0.096 0.156 0.724 NA NA
#> GSM674400 3 0.3232 0.57483 0.000 0.008 0.812 0.160 NA NA
#> GSM674401 3 0.4002 0.59838 0.000 0.028 0.816 0.056 NA NA
#> GSM674402 3 0.3003 0.60942 0.000 0.024 0.872 0.028 NA NA
#> GSM674403 3 0.2582 0.61055 0.000 0.028 0.892 0.008 NA NA
#> GSM674405 4 0.4151 0.65369 0.000 0.052 0.192 0.744 NA NA
#> GSM674406 3 0.5112 0.09120 0.000 0.048 0.524 0.412 NA NA
#> GSM674407 4 0.4854 0.49317 0.000 0.016 0.328 0.612 NA NA
#> GSM674181 2 0.5562 0.44229 0.000 0.552 0.308 0.008 NA NA
#> GSM674183 3 0.5455 0.27022 0.000 0.264 0.564 0.000 NA NA
#> GSM674184 2 0.3955 0.81208 0.000 0.784 0.112 0.012 NA NA
#> GSM674185 2 0.2340 0.88662 0.000 0.896 0.044 0.004 NA NA
#> GSM674186 2 0.2377 0.88408 0.000 0.892 0.024 0.008 NA NA
#> GSM674187 2 0.2420 0.88213 0.000 0.888 0.032 0.004 NA NA
#> GSM674190 2 0.2001 0.88389 0.000 0.912 0.048 0.000 NA NA
#> GSM674191 2 0.1720 0.89323 0.000 0.928 0.040 0.000 NA NA
#> GSM674192 2 0.0993 0.89239 0.000 0.964 0.024 0.000 NA NA
#> GSM674193 2 0.1421 0.88943 0.000 0.944 0.028 0.000 NA NA
#> GSM674194 2 0.1995 0.89010 0.000 0.912 0.052 0.000 NA NA
#> GSM674195 3 0.5370 0.06925 0.000 0.428 0.480 0.008 NA NA
#> GSM674198 2 0.1492 0.89410 0.000 0.940 0.024 0.000 NA NA
#> GSM674200 3 0.3705 0.57625 0.000 0.076 0.816 0.004 NA NA
#> GSM674201 2 0.4156 0.73528 0.000 0.732 0.188 0.000 NA NA
#> GSM674202 2 0.1864 0.89679 0.000 0.924 0.032 0.004 NA NA
#> GSM674203 2 0.0291 0.89106 0.000 0.992 0.004 0.004 NA NA
#> GSM674204 2 0.2066 0.88757 0.000 0.904 0.024 0.000 NA NA
#> GSM674205 2 0.1418 0.89353 0.000 0.944 0.032 0.000 NA NA
#> GSM674206 2 0.2527 0.86856 0.000 0.884 0.048 0.004 NA NA
#> GSM674208 2 0.1944 0.87735 0.000 0.924 0.024 0.016 NA NA
#> GSM674209 2 0.1353 0.89058 0.000 0.952 0.012 0.012 NA NA
#> GSM674210 2 0.1777 0.88530 0.000 0.928 0.004 0.024 NA NA
#> GSM674212 2 0.3072 0.86587 0.000 0.856 0.024 0.036 NA NA
#> GSM674214 2 0.3270 0.86456 0.000 0.844 0.028 0.040 NA NA
#> GSM674218 2 0.4267 0.76470 0.000 0.764 0.132 0.024 NA NA
#> GSM674219 2 0.2763 0.87263 0.000 0.868 0.036 0.008 NA NA
#> GSM674220 2 0.4255 0.73285 0.000 0.772 0.048 0.128 NA NA
#> GSM674221 2 0.2679 0.87402 0.000 0.868 0.032 0.004 NA NA
#> GSM674223 2 0.2134 0.87663 0.000 0.904 0.052 0.000 NA NA
#> GSM674225 2 0.4027 0.71693 0.000 0.768 0.012 0.156 NA NA
#> GSM674226 2 0.1901 0.87484 0.000 0.924 0.008 0.040 NA NA
#> GSM674229 2 0.0622 0.89237 0.000 0.980 0.012 0.000 NA NA
#> GSM674230 2 0.1787 0.88138 0.000 0.932 0.016 0.020 NA NA
#> GSM674231 2 0.2649 0.86441 0.000 0.876 0.052 0.004 NA NA
#> GSM674232 2 0.1269 0.88603 0.000 0.956 0.012 0.012 NA NA
#> GSM674234 2 0.0909 0.89589 0.000 0.968 0.020 0.000 NA NA
#> GSM674235 2 0.1401 0.89742 0.000 0.948 0.028 0.004 NA NA
#> GSM674236 2 0.0881 0.89093 0.000 0.972 0.008 0.008 NA NA
#> GSM674237 2 0.1679 0.88000 0.000 0.936 0.016 0.012 NA NA
#> GSM674239 2 0.1167 0.88688 0.000 0.960 0.012 0.008 NA NA
#> GSM674240 2 0.3482 0.84841 0.000 0.812 0.068 0.004 NA NA
#> GSM674242 2 0.2325 0.87695 0.000 0.900 0.008 0.048 NA NA
#> GSM674243 2 0.2966 0.85086 0.000 0.848 0.076 0.000 NA NA
#> GSM674244 2 0.3652 0.80552 0.000 0.808 0.016 0.120 NA NA
#> GSM674245 2 0.2760 0.86317 0.000 0.872 0.008 0.068 NA NA
#> GSM674282 1 0.0291 0.88294 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674284 1 0.0146 0.88294 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674285 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674287 1 0.0260 0.88318 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674288 1 0.3528 0.80884 0.700 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674289 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674290 1 0.0146 0.88151 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674291 1 0.0146 0.88258 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674292 1 0.0405 0.88299 0.988 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674295 1 0.3584 0.80555 0.688 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674297 1 0.0146 0.88234 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674298 1 0.0146 0.88234 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674299 1 0.1531 0.87371 0.928 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674300 1 0.0713 0.88186 0.972 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674301 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674302 1 0.0146 0.88151 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674304 1 0.0363 0.88111 0.988 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674305 1 0.0260 0.88169 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674306 1 0.0632 0.88200 0.976 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674308 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674309 1 0.0713 0.88183 0.972 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674313 1 0.3769 0.78186 0.640 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674314 1 0.2883 0.83994 0.788 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674315 1 0.0547 0.88274 0.980 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674316 1 0.3578 0.79363 0.660 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674318 1 0.3706 0.77230 0.620 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674320 1 0.3672 0.77706 0.632 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674323 1 0.3634 0.78580 0.644 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674324 1 0.0458 0.88271 0.984 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674325 1 0.3659 0.78222 0.636 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674327 1 0.2664 0.84779 0.816 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674328 1 0.0632 0.88245 0.976 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674330 1 0.2762 0.84402 0.804 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674331 1 0.0632 0.88239 0.976 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674332 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674334 1 0.3221 0.82280 0.736 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674335 1 0.3565 0.80744 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674345 3 0.3077 0.62033 0.000 0.032 0.860 0.040 NA NA
#> GSM674351 3 0.3255 0.63039 0.000 0.044 0.848 0.076 NA NA
#> GSM674352 3 0.2480 0.62769 0.000 0.028 0.896 0.048 NA NA
#> GSM674359 3 0.3127 0.59682 0.000 0.056 0.840 0.004 NA NA
#> GSM674360 3 0.4066 0.58617 0.000 0.112 0.788 0.036 NA NA
#> GSM674362 3 0.5084 0.38930 0.000 0.244 0.648 0.016 NA NA
#> GSM674369 3 0.4310 0.50166 0.000 0.188 0.740 0.024 NA NA
#> GSM674372 3 0.4579 0.22201 0.000 0.028 0.584 0.380 NA NA
#> GSM674374 3 0.6756 -0.14430 0.000 0.088 0.448 0.328 NA NA
#> GSM674376 4 0.4193 0.59536 0.000 0.028 0.276 0.688 NA NA
#> GSM674377 4 0.5824 0.45194 0.000 0.344 0.092 0.528 NA NA
#> GSM674378 4 0.6529 0.27472 0.000 0.084 0.404 0.412 NA NA
#> GSM674383 3 0.3566 0.61308 0.000 0.076 0.812 0.104 NA NA
#> GSM674386 4 0.5904 0.57750 0.000 0.204 0.140 0.604 NA NA
#> GSM674387 4 0.4564 0.53635 0.000 0.012 0.292 0.656 NA NA
#> GSM674392 3 0.4492 0.31538 0.000 0.036 0.620 0.340 NA NA
#> GSM674396 4 0.4146 0.64624 0.000 0.052 0.152 0.768 NA NA
#> GSM674399 4 0.4551 0.66186 0.000 0.088 0.152 0.736 NA NA
#> GSM674404 4 0.4515 0.45924 0.000 0.008 0.356 0.608 NA NA
#> GSM674182 2 0.3972 0.81303 0.000 0.772 0.120 0.004 NA NA
#> GSM674188 2 0.1788 0.89262 0.000 0.928 0.028 0.004 NA NA
#> GSM674189 2 0.3032 0.84350 0.000 0.840 0.104 0.000 NA NA
#> GSM674196 2 0.2702 0.87718 0.000 0.868 0.036 0.004 NA NA
#> GSM674197 2 0.1716 0.89330 0.000 0.932 0.028 0.004 NA NA
#> GSM674199 2 0.1528 0.89154 0.000 0.936 0.016 0.000 NA NA
#> GSM674207 2 0.4332 0.77374 0.000 0.744 0.128 0.008 NA NA
#> GSM674211 2 0.2894 0.87143 0.000 0.864 0.020 0.028 NA NA
#> GSM674213 2 0.3514 0.85667 0.000 0.828 0.040 0.036 NA NA
#> GSM674215 2 0.4405 0.76414 0.000 0.756 0.036 0.140 NA NA
#> GSM674216 2 0.2251 0.86289 0.000 0.904 0.008 0.052 NA NA
#> GSM674217 2 0.3502 0.84358 0.000 0.812 0.076 0.004 NA NA
#> GSM674222 2 0.3124 0.82005 0.000 0.848 0.016 0.096 NA NA
#> GSM674224 2 0.1426 0.88692 0.000 0.948 0.008 0.016 NA NA
#> GSM674227 2 0.3017 0.85291 0.000 0.860 0.060 0.016 NA NA
#> GSM674228 2 0.1257 0.89702 0.000 0.952 0.028 0.000 NA NA
#> GSM674233 2 0.2653 0.88223 0.000 0.876 0.056 0.004 NA NA
#> GSM674238 3 0.4164 0.50347 0.000 0.184 0.744 0.008 NA NA
#> GSM674241 2 0.0551 0.89027 0.000 0.984 0.004 0.004 NA NA
#> GSM674283 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674286 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674293 1 0.0146 0.88258 0.996 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674294 1 0.0603 0.88235 0.980 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674296 1 0.0363 0.88111 0.988 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674303 1 0.0000 0.88236 1.000 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674307 1 0.0260 0.88147 0.992 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674310 1 0.3684 0.77723 0.628 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674311 1 0.0713 0.88183 0.972 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674312 1 0.3830 0.76971 0.620 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674317 1 0.1753 0.87064 0.912 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674319 1 0.3728 0.78853 0.652 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674321 1 0.3659 0.78204 0.636 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674322 1 0.3672 0.77974 0.632 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674326 1 0.3659 0.78170 0.636 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674329 1 0.3659 0.78051 0.636 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> GSM674333 1 0.3647 0.78136 0.640 0.000 0.000 0.000 NA NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:NMF 183 0.924 1.83e-40 2
#> ATC:NMF 163 0.964 6.65e-61 3
#> ATC:NMF 180 0.943 7.30e-72 4
#> ATC:NMF 149 0.791 5.61e-60 5
#> ATC:NMF 153 0.761 1.80e-60 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0