Date: 2019-12-25 20:56:29 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51941 200
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.953 | 0.967 | ** | 2 |
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.988 | 0.995 | ** | |
| ATC:mclust | 5 | 0.991 | 0.960 | 0.985 | ** | 4 |
| ATC:pam | 3 | 0.964 | 0.962 | 0.986 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 0.881 | 0.940 | 0.974 | ||
| SD:pam | 2 | 0.847 | 0.901 | 0.957 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.825 | 0.912 | 0.962 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.807 | 0.911 | 0.960 | ||
| CV:NMF | 2 | 0.788 | 0.891 | 0.954 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.783 | 0.916 | 0.950 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.771 | 0.894 | 0.954 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.764 | 0.907 | 0.958 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.755 | 0.885 | 0.950 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.753 | 0.829 | 0.933 | ||
| MAD:skmeans | 2 | 0.736 | 0.855 | 0.942 | ||
| SD:skmeans | 2 | 0.726 | 0.866 | 0.944 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.693 | 0.850 | 0.939 | ||
| CV:pam | 2 | 0.525 | 0.743 | 0.894 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.396 | 0.669 | 0.796 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.285 | 0.684 | 0.842 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.263 | 0.601 | 0.762 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.246 | 0.397 | 0.673 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.241 | 0.758 | 0.837 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.238 | 0.573 | 0.744 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.771 0.894 0.954 0.478 0.524 0.524
#> CV:NMF 2 0.788 0.891 0.954 0.480 0.522 0.522
#> MAD:NMF 2 0.825 0.912 0.962 0.482 0.522 0.522
#> ATC:NMF 2 0.881 0.940 0.974 0.479 0.522 0.522
#> SD:skmeans 2 0.726 0.866 0.944 0.500 0.501 0.501
#> CV:skmeans 2 0.693 0.850 0.939 0.500 0.502 0.502
#> MAD:skmeans 2 0.736 0.855 0.942 0.501 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.988 0.995 0.472 0.526 0.526
#> SD:mclust 2 0.216 0.349 0.732 0.437 0.546 0.546
#> CV:mclust 2 0.241 0.758 0.837 0.483 0.498 0.498
#> MAD:mclust 2 0.219 0.468 0.749 0.425 0.500 0.500
#> ATC:mclust 2 0.860 0.922 0.964 0.393 0.599 0.599
#> SD:kmeans 2 0.764 0.907 0.958 0.489 0.516 0.516
#> CV:kmeans 2 0.755 0.885 0.950 0.487 0.518 0.518
#> MAD:kmeans 2 0.807 0.911 0.960 0.494 0.510 0.510
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.980 0.991 0.337 0.672 0.672
#> SD:pam 2 0.847 0.901 0.957 0.501 0.498 0.498
#> CV:pam 2 0.525 0.743 0.894 0.494 0.498 0.498
#> MAD:pam 2 0.753 0.829 0.933 0.496 0.504 0.504
#> ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.250 0.751 0.751
#> SD:hclust 2 0.283 0.710 0.850 0.407 0.574 0.574
#> CV:hclust 2 0.301 0.691 0.850 0.387 0.586 0.586
#> MAD:hclust 2 0.285 0.684 0.842 0.420 0.595 0.595
#> ATC:hclust 2 0.668 0.871 0.931 0.314 0.751 0.751
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.417 0.485 0.702 0.357 0.755 0.562
#> CV:NMF 3 0.440 0.604 0.794 0.338 0.803 0.636
#> MAD:NMF 3 0.398 0.348 0.607 0.347 0.674 0.449
#> ATC:NMF 3 0.583 0.638 0.822 0.254 0.962 0.929
#> SD:skmeans 3 0.629 0.744 0.861 0.295 0.802 0.623
#> CV:skmeans 3 0.506 0.672 0.823 0.286 0.806 0.631
#> MAD:skmeans 3 0.545 0.518 0.788 0.293 0.783 0.596
#> ATC:skmeans 3 0.861 0.872 0.930 0.369 0.811 0.646
#> SD:mclust 3 0.263 0.601 0.762 0.323 0.556 0.367
#> CV:mclust 3 0.286 0.656 0.737 0.195 0.810 0.662
#> MAD:mclust 3 0.396 0.669 0.796 0.417 0.717 0.516
#> ATC:mclust 3 0.827 0.914 0.952 0.662 0.652 0.459
#> SD:kmeans 3 0.431 0.572 0.788 0.299 0.718 0.515
#> CV:kmeans 3 0.418 0.536 0.712 0.300 0.740 0.548
#> MAD:kmeans 3 0.406 0.602 0.789 0.302 0.680 0.460
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.953 0.967 0.592 0.721 0.604
#> SD:pam 3 0.559 0.637 0.823 0.226 0.779 0.608
#> CV:pam 3 0.468 0.733 0.842 0.287 0.723 0.512
#> MAD:pam 3 0.729 0.830 0.909 0.229 0.838 0.698
#> ATC:pam 3 0.964 0.962 0.986 1.262 0.653 0.547
#> SD:hclust 3 0.246 0.397 0.673 0.409 0.892 0.816
#> CV:hclust 3 0.238 0.573 0.744 0.528 0.649 0.471
#> MAD:hclust 3 0.240 0.560 0.702 0.413 0.709 0.535
#> ATC:hclust 3 0.783 0.916 0.950 0.667 0.699 0.601
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.585 0.693 0.813 0.1383 0.752 0.419
#> CV:NMF 4 0.555 0.667 0.807 0.1448 0.795 0.505
#> MAD:NMF 4 0.543 0.643 0.785 0.1382 0.758 0.415
#> ATC:NMF 4 0.629 0.729 0.858 0.1620 0.760 0.535
#> SD:skmeans 4 0.694 0.740 0.868 0.1375 0.846 0.598
#> CV:skmeans 4 0.602 0.541 0.772 0.1334 0.780 0.470
#> MAD:skmeans 4 0.571 0.447 0.693 0.1369 0.733 0.394
#> ATC:skmeans 4 0.832 0.869 0.925 0.1259 0.844 0.594
#> SD:mclust 4 0.432 0.526 0.759 0.1795 0.781 0.528
#> CV:mclust 4 0.556 0.726 0.827 0.1861 0.755 0.502
#> MAD:mclust 4 0.446 0.418 0.690 0.1428 0.794 0.555
#> ATC:mclust 4 0.995 0.965 0.981 0.0913 0.866 0.646
#> SD:kmeans 4 0.457 0.480 0.684 0.1464 0.770 0.464
#> CV:kmeans 4 0.478 0.523 0.738 0.1463 0.825 0.578
#> MAD:kmeans 4 0.510 0.577 0.734 0.1430 0.778 0.468
#> ATC:kmeans 4 0.657 0.726 0.821 0.2671 0.772 0.530
#> SD:pam 4 0.521 0.668 0.796 0.1257 0.780 0.536
#> CV:pam 4 0.567 0.738 0.831 0.0960 0.931 0.813
#> MAD:pam 4 0.601 0.709 0.851 0.1349 0.894 0.743
#> ATC:pam 4 0.817 0.818 0.929 0.2849 0.769 0.507
#> SD:hclust 4 0.291 0.471 0.658 0.1077 0.884 0.772
#> CV:hclust 4 0.299 0.554 0.701 0.1125 0.891 0.730
#> MAD:hclust 4 0.264 0.429 0.658 0.1146 0.942 0.848
#> ATC:hclust 4 0.850 0.891 0.932 0.1021 0.991 0.979
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.789 0.764 0.887 0.0551 0.908 0.675
#> CV:NMF 5 0.787 0.747 0.881 0.0647 0.932 0.750
#> MAD:NMF 5 0.724 0.748 0.870 0.0576 0.902 0.655
#> ATC:NMF 5 0.585 0.591 0.776 0.0897 0.884 0.650
#> SD:skmeans 5 0.827 0.817 0.915 0.0743 0.894 0.633
#> CV:skmeans 5 0.796 0.780 0.901 0.0842 0.918 0.697
#> MAD:skmeans 5 0.794 0.750 0.890 0.0760 0.880 0.587
#> ATC:skmeans 5 0.754 0.707 0.846 0.0612 0.932 0.753
#> SD:mclust 5 0.538 0.623 0.744 0.1144 0.793 0.432
#> CV:mclust 5 0.538 0.564 0.737 0.0910 0.934 0.792
#> MAD:mclust 5 0.488 0.499 0.704 0.1155 0.703 0.295
#> ATC:mclust 5 0.991 0.960 0.985 0.0280 0.937 0.794
#> SD:kmeans 5 0.635 0.674 0.789 0.0816 0.865 0.551
#> CV:kmeans 5 0.607 0.657 0.782 0.0820 0.842 0.508
#> MAD:kmeans 5 0.586 0.604 0.763 0.0730 0.866 0.547
#> ATC:kmeans 5 0.684 0.769 0.848 0.0982 0.956 0.851
#> SD:pam 5 0.550 0.642 0.760 0.0854 0.884 0.661
#> CV:pam 5 0.618 0.694 0.821 0.0683 0.918 0.752
#> MAD:pam 5 0.640 0.648 0.820 0.0942 0.903 0.704
#> ATC:pam 5 0.769 0.731 0.864 0.0496 0.952 0.835
#> SD:hclust 5 0.336 0.333 0.626 0.1086 0.862 0.676
#> CV:hclust 5 0.386 0.519 0.657 0.0738 0.942 0.832
#> MAD:hclust 5 0.346 0.386 0.603 0.1031 0.778 0.431
#> ATC:hclust 5 0.707 0.858 0.904 0.1121 0.943 0.873
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.707 0.644 0.809 0.0495 0.910 0.639
#> CV:NMF 6 0.707 0.592 0.789 0.0505 0.889 0.558
#> MAD:NMF 6 0.645 0.511 0.719 0.0534 0.853 0.460
#> ATC:NMF 6 0.574 0.520 0.735 0.0355 0.889 0.615
#> SD:skmeans 6 0.759 0.630 0.775 0.0467 0.926 0.679
#> CV:skmeans 6 0.747 0.649 0.795 0.0480 0.915 0.629
#> MAD:skmeans 6 0.728 0.623 0.742 0.0406 0.947 0.765
#> ATC:skmeans 6 0.874 0.845 0.915 0.0389 0.955 0.800
#> SD:mclust 6 0.574 0.494 0.692 0.0416 0.860 0.489
#> CV:mclust 6 0.583 0.503 0.705 0.0515 0.938 0.772
#> MAD:mclust 6 0.521 0.403 0.650 0.0374 0.922 0.688
#> ATC:mclust 6 0.870 0.811 0.818 0.0608 0.895 0.626
#> SD:kmeans 6 0.664 0.514 0.709 0.0428 0.961 0.820
#> CV:kmeans 6 0.670 0.534 0.732 0.0467 0.945 0.753
#> MAD:kmeans 6 0.650 0.482 0.699 0.0457 0.945 0.750
#> ATC:kmeans 6 0.760 0.623 0.758 0.0616 0.922 0.718
#> SD:pam 6 0.612 0.598 0.748 0.0635 0.946 0.785
#> CV:pam 6 0.612 0.587 0.759 0.0446 0.961 0.860
#> MAD:pam 6 0.650 0.363 0.687 0.0551 0.849 0.487
#> ATC:pam 6 0.793 0.830 0.899 0.0550 0.906 0.654
#> SD:hclust 6 0.399 0.421 0.620 0.0422 0.934 0.793
#> CV:hclust 6 0.426 0.383 0.631 0.0421 0.938 0.821
#> MAD:hclust 6 0.402 0.447 0.655 0.0560 0.895 0.619
#> ATC:hclust 6 0.725 0.697 0.845 0.0543 0.994 0.986
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 194 1.0000 1.68e-07 2
#> CV:NMF 190 0.9128 1.38e-08 2
#> MAD:NMF 193 0.9559 1.60e-07 2
#> ATC:NMF 197 0.0399 9.95e-04 2
#> SD:skmeans 187 0.5925 4.34e-10 2
#> CV:skmeans 184 0.4895 3.66e-10 2
#> MAD:skmeans 183 0.9648 5.65e-10 2
#> ATC:skmeans 199 0.0620 2.04e-03 2
#> SD:mclust 81 0.8135 1.29e-07 2
#> CV:mclust 188 0.8982 2.60e-07 2
#> MAD:mclust 119 1.0000 2.92e-09 2
#> ATC:mclust 194 0.2653 3.11e-02 2
#> SD:kmeans 193 0.8128 1.19e-08 2
#> CV:kmeans 187 0.7961 3.32e-09 2
#> MAD:kmeans 193 0.6774 1.30e-09 2
#> ATC:kmeans 199 0.2104 5.16e-02 2
#> SD:pam 191 0.3059 6.73e-10 2
#> CV:pam 166 0.4205 1.77e-09 2
#> MAD:pam 176 0.1152 2.75e-07 2
#> ATC:pam 200 0.0289 8.32e-02 2
#> SD:hclust 171 0.0581 2.11e-09 2
#> CV:hclust 169 0.0346 9.99e-10 2
#> MAD:hclust 166 0.0602 7.66e-09 2
#> ATC:hclust 200 0.0289 8.32e-02 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 138 2.88e-01 1.16e-04 3
#> CV:NMF 151 1.28e-07 5.32e-12 3
#> MAD:NMF 75 7.33e-02 3.95e-04 3
#> ATC:NMF 154 3.14e-01 1.34e-01 3
#> SD:skmeans 176 4.09e-04 1.12e-11 3
#> CV:skmeans 174 9.69e-07 2.98e-14 3
#> MAD:skmeans 121 2.11e-01 3.71e-11 3
#> ATC:skmeans 184 2.34e-01 4.05e-03 3
#> SD:mclust 165 3.43e-01 4.11e-09 3
#> CV:mclust 174 1.95e-01 3.56e-07 3
#> MAD:mclust 173 2.67e-01 8.42e-11 3
#> ATC:mclust 197 4.62e-01 3.71e-01 3
#> SD:kmeans 133 8.06e-04 4.22e-12 3
#> CV:kmeans 113 3.91e-01 6.98e-09 3
#> MAD:kmeans 142 6.61e-03 4.03e-12 3
#> ATC:kmeans 196 6.42e-03 9.03e-04 3
#> SD:pam 160 1.34e-01 1.29e-07 3
#> CV:pam 178 3.89e-03 2.10e-06 3
#> MAD:pam 188 1.08e-01 2.18e-08 3
#> ATC:pam 199 4.35e-03 2.17e-03 3
#> SD:hclust 116 9.67e-04 2.04e-12 3
#> CV:hclust 118 1.53e-03 2.90e-08 3
#> MAD:hclust 139 2.48e-05 2.89e-11 3
#> ATC:hclust 199 1.59e-02 3.11e-03 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 171 1.90e-04 6.80e-14 4
#> CV:NMF 169 6.37e-04 1.40e-11 4
#> MAD:NMF 164 1.06e-05 2.82e-17 4
#> ATC:NMF 181 9.54e-02 2.92e-02 4
#> SD:skmeans 179 2.09e-08 2.22e-21 4
#> CV:skmeans 120 NA 5.35e-08 4
#> MAD:skmeans 99 1.53e-05 1.55e-15 4
#> ATC:skmeans 193 2.41e-02 3.51e-04 4
#> SD:mclust 133 9.08e-03 5.86e-10 4
#> CV:mclust 183 1.95e-02 3.10e-05 4
#> MAD:mclust 100 1.01e-02 4.20e-07 4
#> ATC:mclust 199 2.50e-02 8.43e-02 4
#> SD:kmeans 96 1.18e-04 4.68e-12 4
#> CV:kmeans 133 3.03e-05 3.79e-12 4
#> MAD:kmeans 132 1.35e-04 3.72e-13 4
#> ATC:kmeans 161 8.29e-03 3.49e-04 4
#> SD:pam 172 7.20e-03 3.60e-07 4
#> CV:pam 180 2.28e-03 3.07e-06 4
#> MAD:pam 171 8.04e-07 1.56e-10 4
#> ATC:pam 175 2.53e-02 2.65e-03 4
#> SD:hclust 127 9.41e-02 8.62e-07 4
#> CV:hclust 124 1.34e-01 1.52e-06 4
#> MAD:hclust 104 5.58e-01 3.95e-03 4
#> ATC:hclust 197 4.84e-03 3.63e-03 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 176 2.47e-04 1.28e-12 5
#> CV:NMF 172 3.79e-04 6.64e-12 5
#> MAD:NMF 178 1.08e-04 1.01e-14 5
#> ATC:NMF 156 7.90e-02 1.68e-02 5
#> SD:skmeans 183 3.81e-07 2.20e-17 5
#> CV:skmeans 177 4.96e-08 9.03e-17 5
#> MAD:skmeans 171 1.60e-06 6.26e-18 5
#> ATC:skmeans 158 1.40e-01 2.63e-02 5
#> SD:mclust 162 2.52e-01 2.58e-08 5
#> CV:mclust 147 3.44e-04 2.10e-07 5
#> MAD:mclust 121 3.64e-03 5.42e-09 5
#> ATC:mclust 198 1.93e-02 2.12e-02 5
#> SD:kmeans 174 3.51e-05 2.93e-16 5
#> CV:kmeans 167 4.47e-05 4.38e-16 5
#> MAD:kmeans 152 4.72e-04 2.25e-16 5
#> ATC:kmeans 184 4.13e-03 2.45e-04 5
#> SD:pam 177 3.04e-02 2.07e-06 5
#> CV:pam 172 5.90e-07 5.10e-08 5
#> MAD:pam 163 6.70e-06 3.24e-12 5
#> ATC:pam 167 4.80e-02 1.12e-02 5
#> SD:hclust 62 2.01e-02 7.68e-06 5
#> CV:hclust 125 1.38e-01 2.99e-06 5
#> MAD:hclust 88 1.06e-04 7.10e-12 5
#> ATC:hclust 195 1.13e-02 3.42e-03 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 156 7.33e-05 1.08e-09 6
#> CV:NMF 141 3.71e-04 2.79e-09 6
#> MAD:NMF 121 1.60e-04 1.41e-05 6
#> ATC:NMF 128 3.66e-02 6.41e-04 6
#> SD:skmeans 152 1.15e-05 2.03e-11 6
#> CV:skmeans 162 3.74e-07 6.01e-14 6
#> MAD:skmeans 155 2.85e-05 2.49e-17 6
#> ATC:skmeans 191 6.39e-02 2.48e-02 6
#> SD:mclust 118 8.02e-03 4.89e-10 6
#> CV:mclust 140 8.94e-03 2.03e-05 6
#> MAD:mclust 82 3.48e-01 1.53e-04 6
#> ATC:mclust 182 3.24e-03 1.65e-03 6
#> SD:kmeans 124 9.23e-05 2.02e-13 6
#> CV:kmeans 131 1.97e-04 4.01e-11 6
#> MAD:kmeans 113 4.21e-03 7.03e-09 6
#> ATC:kmeans 149 1.55e-03 5.06e-05 6
#> SD:pam 157 5.73e-02 2.69e-06 6
#> CV:pam 153 1.35e-05 2.49e-10 6
#> MAD:pam 86 9.87e-02 1.28e-06 6
#> ATC:pam 189 1.97e-02 1.56e-03 6
#> SD:hclust 96 7.96e-02 2.88e-07 6
#> CV:hclust 89 3.82e-05 4.30e-05 6
#> MAD:hclust 114 1.09e-03 8.39e-10 6
#> ATC:hclust 172 3.10e-02 3.87e-02 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.283 0.710 0.850 0.4068 0.574 0.574
#> 3 3 0.246 0.397 0.673 0.4087 0.892 0.816
#> 4 4 0.291 0.471 0.658 0.1077 0.884 0.772
#> 5 5 0.336 0.333 0.626 0.1086 0.862 0.676
#> 6 6 0.399 0.421 0.620 0.0422 0.934 0.793
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483302 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483303 1 0.6343 0.7710 0.840 0.160
#> GSM483305 2 0.4298 0.7798 0.088 0.912
#> GSM483307 2 0.3114 0.7762 0.056 0.944
#> GSM483312 2 0.2603 0.7692 0.044 0.956
#> GSM483313 1 0.8386 0.6251 0.732 0.268
#> GSM483317 1 0.8555 0.6130 0.720 0.280
#> GSM483318 1 0.8861 0.5702 0.696 0.304
#> GSM483319 1 0.8555 0.6130 0.720 0.280
#> GSM483322 1 0.8327 0.6384 0.736 0.264
#> GSM483327 1 0.9608 0.3723 0.616 0.384
#> GSM483328 1 0.8443 0.6180 0.728 0.272
#> GSM483330 1 0.6247 0.7693 0.844 0.156
#> GSM483332 1 0.9998 -0.0215 0.508 0.492
#> GSM483333 1 0.7056 0.7219 0.808 0.192
#> GSM483336 1 0.8267 0.6411 0.740 0.260
#> GSM483337 1 0.9323 0.4691 0.652 0.348
#> GSM483339 1 0.9993 -0.1407 0.516 0.484
#> GSM483351 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483352 1 0.5059 0.8069 0.888 0.112
#> GSM483354 1 0.1843 0.8415 0.972 0.028
#> GSM483358 2 0.5737 0.7818 0.136 0.864
#> GSM483384 1 0.9732 0.1673 0.596 0.404
#> GSM483386 2 0.9988 0.2821 0.480 0.520
#> GSM483388 2 0.9129 0.6165 0.328 0.672
#> GSM483390 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483391 1 0.6973 0.7458 0.812 0.188
#> GSM483396 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> GSM483399 2 0.8386 0.7037 0.268 0.732
#> GSM483400 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483401 2 0.0938 0.7493 0.012 0.988
#> GSM483412 1 0.1184 0.8424 0.984 0.016
#> GSM483418 2 0.7883 0.7450 0.236 0.764
#> GSM483420 2 0.8144 0.7333 0.252 0.748
#> GSM483421 2 0.6712 0.7722 0.176 0.824
#> GSM483426 1 0.8909 0.5639 0.692 0.308
#> GSM483428 2 0.2603 0.7692 0.044 0.956
#> GSM483431 1 0.4690 0.8160 0.900 0.100
#> GSM483436 1 0.4690 0.8126 0.900 0.100
#> GSM483442 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483443 1 0.1633 0.8419 0.976 0.024
#> GSM483444 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483447 1 0.1414 0.8418 0.980 0.020
#> GSM483448 1 0.7219 0.7297 0.800 0.200
#> GSM483450 1 0.0672 0.8414 0.992 0.008
#> GSM483455 2 0.9963 0.3369 0.464 0.536
#> GSM483458 1 0.0672 0.8415 0.992 0.008
#> GSM483461 2 0.9358 0.6034 0.352 0.648
#> GSM483462 1 0.0000 0.8393 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483466 2 0.9795 0.4939 0.416 0.584
#> GSM483468 1 0.2778 0.8354 0.952 0.048
#> GSM483476 2 0.8386 0.7037 0.268 0.732
#> GSM483477 1 0.9732 0.1673 0.596 0.404
#> GSM483300 1 0.9129 0.5222 0.672 0.328
#> GSM483308 2 0.5059 0.7647 0.112 0.888
#> GSM483310 2 0.2603 0.7692 0.044 0.956
#> GSM483311 2 0.2603 0.7692 0.044 0.956
#> GSM483323 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483338 2 0.6048 0.7803 0.148 0.852
#> GSM483353 1 0.2043 0.8420 0.968 0.032
#> GSM483361 1 0.1184 0.8420 0.984 0.016
#> GSM483363 2 0.9833 0.4529 0.424 0.576
#> GSM483364 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483366 1 0.1843 0.8416 0.972 0.028
#> GSM483368 2 0.9248 0.6245 0.340 0.660
#> GSM483371 1 0.2236 0.8407 0.964 0.036
#> GSM483372 2 0.5519 0.7828 0.128 0.872
#> GSM483373 1 0.9993 -0.1296 0.516 0.484
#> GSM483374 2 0.9710 0.5233 0.400 0.600
#> GSM483379 1 0.0672 0.8394 0.992 0.008
#> GSM483380 2 0.4939 0.7827 0.108 0.892
#> GSM483381 1 0.4161 0.8210 0.916 0.084
#> GSM483389 1 0.5178 0.8017 0.884 0.116
#> GSM483404 1 0.4562 0.8145 0.904 0.096
#> GSM483405 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483410 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483411 1 0.3274 0.8351 0.940 0.060
#> GSM483413 1 0.6048 0.7823 0.852 0.148
#> GSM483416 1 0.1414 0.8424 0.980 0.020
#> GSM483417 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483419 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483427 1 0.4431 0.8180 0.908 0.092
#> GSM483433 1 0.4815 0.8108 0.896 0.104
#> GSM483434 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483445 1 0.7056 0.7219 0.808 0.192
#> GSM483459 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483465 1 0.0938 0.8422 0.988 0.012
#> GSM483470 1 0.8555 0.5999 0.720 0.280
#> GSM483473 1 0.4562 0.8145 0.904 0.096
#> GSM483478 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483304 2 0.2778 0.7714 0.048 0.952
#> GSM483315 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483320 1 0.3431 0.8308 0.936 0.064
#> GSM483325 1 0.7056 0.7219 0.808 0.192
#> GSM483329 1 0.3733 0.8268 0.928 0.072
#> GSM483331 1 0.3879 0.8224 0.924 0.076
#> GSM483334 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483341 1 0.5946 0.7664 0.856 0.144
#> GSM483343 1 0.7528 0.7138 0.784 0.216
#> GSM483344 1 0.9635 0.2782 0.612 0.388
#> GSM483347 1 0.9635 0.3710 0.612 0.388
#> GSM483348 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483349 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483350 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483356 1 0.0672 0.8397 0.992 0.008
#> GSM483362 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483365 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483367 1 0.0672 0.8394 0.992 0.008
#> GSM483369 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483370 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483375 1 0.1184 0.8420 0.984 0.016
#> GSM483376 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> GSM483377 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483378 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483385 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483402 1 0.7453 0.6867 0.788 0.212
#> GSM483403 1 0.1414 0.8422 0.980 0.020
#> GSM483406 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483407 1 0.4431 0.8203 0.908 0.092
#> GSM483408 1 0.7745 0.6923 0.772 0.228
#> GSM483414 1 0.1184 0.8424 0.984 0.016
#> GSM483415 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483424 1 0.2236 0.8407 0.964 0.036
#> GSM483437 1 0.2236 0.8347 0.964 0.036
#> GSM483439 1 0.1184 0.8420 0.984 0.016
#> GSM483440 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483446 1 0.2236 0.8347 0.964 0.036
#> GSM483449 1 0.1414 0.8421 0.980 0.020
#> GSM483454 1 0.1184 0.8423 0.984 0.016
#> GSM483456 2 0.0376 0.7433 0.004 0.996
#> GSM483460 1 0.0672 0.8416 0.992 0.008
#> GSM483463 2 0.8267 0.7226 0.260 0.740
#> GSM483471 1 0.0376 0.8381 0.996 0.004
#> GSM483297 2 0.4298 0.7742 0.088 0.912
#> GSM483298 2 0.2778 0.7729 0.048 0.952
#> GSM483299 2 0.4431 0.7730 0.092 0.908
#> GSM483306 2 0.2603 0.7709 0.044 0.956
#> GSM483309 2 0.5294 0.7641 0.120 0.880
#> GSM483314 1 0.9460 0.4565 0.636 0.364
#> GSM483316 1 0.6623 0.7475 0.828 0.172
#> GSM483321 1 0.9993 -0.1610 0.516 0.484
#> GSM483324 1 0.8861 0.5741 0.696 0.304
#> GSM483326 2 0.7528 0.7584 0.216 0.784
#> GSM483335 1 0.9044 0.5447 0.680 0.320
#> GSM483340 2 0.6801 0.7743 0.180 0.820
#> GSM483342 2 0.7674 0.7514 0.224 0.776
#> GSM483345 2 0.4022 0.7790 0.080 0.920
#> GSM483346 2 0.4022 0.7790 0.080 0.920
#> GSM483355 2 0.4431 0.7730 0.092 0.908
#> GSM483357 2 0.4298 0.7802 0.088 0.912
#> GSM483359 1 0.9866 0.0703 0.568 0.432
#> GSM483360 2 0.5629 0.7824 0.132 0.868
#> GSM483382 2 0.8267 0.7273 0.260 0.740
#> GSM483383 2 0.3879 0.7827 0.076 0.924
#> GSM483387 1 0.3879 0.8289 0.924 0.076
#> GSM483392 2 0.8267 0.7226 0.260 0.740
#> GSM483393 2 0.9998 0.2979 0.492 0.508
#> GSM483394 2 0.3274 0.7758 0.060 0.940
#> GSM483395 2 0.9850 0.4667 0.428 0.572
#> GSM483397 1 0.8713 0.5887 0.708 0.292
#> GSM483398 2 0.9710 0.5233 0.400 0.600
#> GSM483409 1 0.0672 0.8415 0.992 0.008
#> GSM483422 2 0.2603 0.7692 0.044 0.956
#> GSM483423 1 0.8386 0.6017 0.732 0.268
#> GSM483425 1 0.6148 0.7781 0.848 0.152
#> GSM483429 2 0.6048 0.7793 0.148 0.852
#> GSM483430 2 0.6048 0.7793 0.148 0.852
#> GSM483432 2 0.9795 0.4951 0.416 0.584
#> GSM483435 2 0.7376 0.7627 0.208 0.792
#> GSM483438 2 0.3879 0.7827 0.076 0.924
#> GSM483441 2 0.9795 0.4951 0.416 0.584
#> GSM483451 2 0.9795 0.4939 0.416 0.584
#> GSM483452 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483453 2 0.8661 0.7053 0.288 0.712
#> GSM483457 1 0.9286 0.4805 0.656 0.344
#> GSM483467 2 0.8499 0.7170 0.276 0.724
#> GSM483469 2 0.9661 0.5485 0.392 0.608
#> GSM483472 2 0.9970 0.3569 0.468 0.532
#> GSM483474 1 0.1414 0.8414 0.980 0.020
#> GSM483475 2 0.8386 0.7037 0.268 0.732
#> GSM483479 1 0.1843 0.8414 0.972 0.028
#> GSM483480 1 0.9522 0.4078 0.628 0.372
#> GSM483481 1 0.9522 0.4078 0.628 0.372
#> GSM483482 1 0.9522 0.4078 0.628 0.372
#> GSM483483 1 0.6343 0.7474 0.840 0.160
#> GSM483484 1 0.6343 0.7474 0.840 0.160
#> GSM483485 1 0.9358 0.4704 0.648 0.352
#> GSM483486 1 0.9209 0.4952 0.664 0.336
#> GSM483487 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483488 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483489 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483490 1 0.9775 0.3147 0.588 0.412
#> GSM483491 1 0.3274 0.8277 0.940 0.060
#> GSM483492 1 0.1184 0.8424 0.984 0.016
#> GSM483493 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
#> GSM483494 1 0.2778 0.8354 0.952 0.048
#> GSM483495 1 0.2778 0.8354 0.952 0.048
#> GSM483496 1 0.0376 0.8404 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2173 0.68847 0.944 0.008 0.048
#> GSM483302 1 0.2173 0.68847 0.944 0.008 0.048
#> GSM483303 1 0.5330 0.55517 0.812 0.144 0.044
#> GSM483305 2 0.7458 0.44236 0.088 0.676 0.236
#> GSM483307 2 0.2743 0.53988 0.052 0.928 0.020
#> GSM483312 2 0.6685 0.44601 0.048 0.708 0.244
#> GSM483313 1 0.9627 -0.60605 0.428 0.208 0.364
#> GSM483317 1 0.9717 -0.73626 0.392 0.220 0.388
#> GSM483318 3 0.9810 0.72856 0.372 0.240 0.388
#> GSM483319 1 0.9717 -0.73626 0.392 0.220 0.388
#> GSM483322 1 0.9687 -0.69696 0.412 0.216 0.372
#> GSM483327 3 0.9714 0.80383 0.256 0.292 0.452
#> GSM483328 1 0.9649 -0.66661 0.404 0.208 0.388
#> GSM483330 1 0.8245 0.13927 0.624 0.132 0.244
#> GSM483332 3 0.9425 0.56693 0.180 0.368 0.452
#> GSM483333 1 0.9223 -0.43378 0.504 0.172 0.324
#> GSM483336 1 0.9642 -0.69412 0.416 0.208 0.376
#> GSM483337 3 0.9768 0.83402 0.296 0.264 0.440
#> GSM483339 2 0.9356 -0.19127 0.368 0.460 0.172
#> GSM483351 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483352 1 0.4092 0.62631 0.876 0.088 0.036
#> GSM483354 1 0.1267 0.68363 0.972 0.024 0.004
#> GSM483358 2 0.6341 0.47664 0.032 0.716 0.252
#> GSM483384 1 0.9357 -0.44656 0.440 0.392 0.168
#> GSM483386 2 0.9323 -0.13451 0.312 0.500 0.188
#> GSM483388 2 0.8896 0.14668 0.156 0.552 0.292
#> GSM483390 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483391 1 0.6490 0.48058 0.752 0.172 0.076
#> GSM483396 1 0.7148 0.50065 0.716 0.108 0.176
#> GSM483399 2 0.8020 0.32027 0.084 0.596 0.320
#> GSM483400 1 0.5058 0.65093 0.756 0.000 0.244
#> GSM483401 2 0.6102 0.43805 0.008 0.672 0.320
#> GSM483412 1 0.0829 0.68428 0.984 0.012 0.004
#> GSM483418 2 0.7959 0.36652 0.092 0.620 0.288
#> GSM483420 2 0.8139 0.33155 0.108 0.616 0.276
#> GSM483421 2 0.6999 0.44005 0.052 0.680 0.268
#> GSM483426 1 0.9544 -0.33131 0.464 0.208 0.328
#> GSM483428 2 0.6685 0.44601 0.048 0.708 0.244
#> GSM483431 1 0.6171 0.65048 0.776 0.080 0.144
#> GSM483436 1 0.3889 0.62852 0.884 0.084 0.032
#> GSM483442 1 0.0237 0.68491 0.996 0.000 0.004
#> GSM483443 1 0.2846 0.68305 0.924 0.020 0.056
#> GSM483444 1 0.1585 0.68543 0.964 0.008 0.028
#> GSM483447 1 0.3690 0.69275 0.884 0.016 0.100
#> GSM483448 1 0.7797 0.32177 0.672 0.140 0.188
#> GSM483450 1 0.0829 0.68405 0.984 0.004 0.012
#> GSM483455 2 0.9666 -0.22127 0.324 0.448 0.228
#> GSM483458 1 0.0475 0.68513 0.992 0.004 0.004
#> GSM483461 2 0.9223 0.10357 0.200 0.528 0.272
#> GSM483462 1 0.5254 0.62723 0.736 0.000 0.264
#> GSM483464 1 0.1832 0.68818 0.956 0.008 0.036
#> GSM483466 2 0.8814 0.06289 0.312 0.548 0.140
#> GSM483468 1 0.2116 0.67240 0.948 0.040 0.012
#> GSM483476 2 0.8020 0.32027 0.084 0.596 0.320
#> GSM483477 1 0.9357 -0.44656 0.440 0.392 0.168
#> GSM483300 1 0.9950 -0.71042 0.372 0.288 0.340
#> GSM483308 2 0.4196 0.51984 0.112 0.864 0.024
#> GSM483310 2 0.6685 0.44601 0.048 0.708 0.244
#> GSM483311 2 0.6685 0.44601 0.048 0.708 0.244
#> GSM483323 1 0.4887 0.65153 0.772 0.000 0.228
#> GSM483338 2 0.6526 0.46838 0.036 0.704 0.260
#> GSM483353 1 0.4015 0.69332 0.876 0.028 0.096
#> GSM483361 1 0.2446 0.67839 0.936 0.012 0.052
#> GSM483363 2 0.9588 -0.06876 0.284 0.476 0.240
#> GSM483364 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483366 1 0.4979 0.68443 0.812 0.020 0.168
#> GSM483368 2 0.9137 0.13897 0.188 0.536 0.276
#> GSM483371 1 0.3028 0.68658 0.920 0.032 0.048
#> GSM483372 2 0.6183 0.48074 0.032 0.732 0.236
#> GSM483373 2 0.9928 -0.25411 0.352 0.372 0.276
#> GSM483374 2 0.9411 0.04761 0.252 0.508 0.240
#> GSM483379 1 0.4235 0.66825 0.824 0.000 0.176
#> GSM483380 2 0.5816 0.49161 0.024 0.752 0.224
#> GSM483381 1 0.5343 0.67203 0.816 0.052 0.132
#> GSM483389 1 0.6586 0.61669 0.728 0.056 0.216
#> GSM483404 1 0.5471 0.66711 0.812 0.060 0.128
#> GSM483405 1 0.4796 0.65177 0.780 0.000 0.220
#> GSM483410 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483411 1 0.5393 0.62896 0.808 0.044 0.148
#> GSM483413 1 0.5760 0.55501 0.796 0.140 0.064
#> GSM483416 1 0.2550 0.67738 0.932 0.012 0.056
#> GSM483417 1 0.4796 0.65177 0.780 0.000 0.220
#> GSM483419 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483427 1 0.3856 0.63687 0.888 0.072 0.040
#> GSM483433 1 0.6400 0.63053 0.740 0.052 0.208
#> GSM483434 1 0.5016 0.65369 0.760 0.000 0.240
#> GSM483445 1 0.9223 -0.43378 0.504 0.172 0.324
#> GSM483459 1 0.5016 0.65369 0.760 0.000 0.240
#> GSM483465 1 0.1015 0.68326 0.980 0.008 0.012
#> GSM483470 1 0.7949 0.21509 0.640 0.252 0.108
#> GSM483473 1 0.5471 0.66711 0.812 0.060 0.128
#> GSM483478 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483304 2 0.6781 0.44588 0.052 0.704 0.244
#> GSM483315 1 0.4842 0.64949 0.776 0.000 0.224
#> GSM483320 1 0.7034 0.48985 0.668 0.048 0.284
#> GSM483325 1 0.9223 -0.43378 0.504 0.172 0.324
#> GSM483329 1 0.6527 0.57548 0.744 0.068 0.188
#> GSM483331 1 0.7618 0.53489 0.628 0.068 0.304
#> GSM483334 1 0.4974 0.65525 0.764 0.000 0.236
#> GSM483341 1 0.8857 0.22196 0.524 0.132 0.344
#> GSM483343 1 0.9083 -0.01804 0.520 0.160 0.320
#> GSM483344 1 0.9672 -0.48086 0.424 0.360 0.216
#> GSM483347 1 0.9976 -0.72110 0.356 0.300 0.344
#> GSM483348 1 0.4842 0.64949 0.776 0.000 0.224
#> GSM483349 1 0.4399 0.66440 0.812 0.000 0.188
#> GSM483350 1 0.4654 0.65616 0.792 0.000 0.208
#> GSM483356 1 0.4834 0.66437 0.792 0.004 0.204
#> GSM483362 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483365 1 0.4842 0.64949 0.776 0.000 0.224
#> GSM483367 1 0.4235 0.66825 0.824 0.000 0.176
#> GSM483369 1 0.4750 0.65308 0.784 0.000 0.216
#> GSM483370 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483375 1 0.2446 0.67839 0.936 0.012 0.052
#> GSM483376 1 0.7568 0.47311 0.680 0.108 0.212
#> GSM483377 1 0.4842 0.65105 0.776 0.000 0.224
#> GSM483378 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483385 1 0.4452 0.67195 0.808 0.000 0.192
#> GSM483402 1 0.9452 -0.48803 0.476 0.196 0.328
#> GSM483403 1 0.4411 0.68947 0.844 0.016 0.140
#> GSM483406 1 0.4062 0.67419 0.836 0.000 0.164
#> GSM483407 1 0.5897 0.58134 0.792 0.076 0.132
#> GSM483408 1 0.8233 0.36088 0.612 0.116 0.272
#> GSM483414 1 0.4059 0.69178 0.860 0.012 0.128
#> GSM483415 1 0.4605 0.66035 0.796 0.000 0.204
#> GSM483424 1 0.3028 0.68658 0.920 0.032 0.048
#> GSM483437 1 0.6589 0.59782 0.688 0.032 0.280
#> GSM483439 1 0.2446 0.67839 0.936 0.012 0.052
#> GSM483440 1 0.4796 0.65062 0.780 0.000 0.220
#> GSM483446 1 0.6589 0.59782 0.688 0.032 0.280
#> GSM483449 1 0.3771 0.69143 0.876 0.012 0.112
#> GSM483454 1 0.3618 0.68935 0.884 0.012 0.104
#> GSM483456 2 0.5859 0.43089 0.000 0.656 0.344
#> GSM483460 1 0.4413 0.68044 0.832 0.008 0.160
#> GSM483463 2 0.8250 0.33735 0.108 0.600 0.292
#> GSM483471 1 0.4399 0.66500 0.812 0.000 0.188
#> GSM483297 2 0.2945 0.53208 0.088 0.908 0.004
#> GSM483298 2 0.2096 0.53993 0.052 0.944 0.004
#> GSM483299 2 0.3030 0.53061 0.092 0.904 0.004
#> GSM483306 2 0.3148 0.53592 0.048 0.916 0.036
#> GSM483309 2 0.3921 0.51887 0.112 0.872 0.016
#> GSM483314 3 0.9777 0.75684 0.304 0.260 0.436
#> GSM483316 1 0.8910 -0.25722 0.540 0.148 0.312
#> GSM483321 2 0.9585 -0.24062 0.332 0.456 0.212
#> GSM483324 1 0.9823 -0.75213 0.392 0.244 0.364
#> GSM483326 2 0.6880 0.44038 0.108 0.736 0.156
#> GSM483335 3 0.9840 0.74132 0.364 0.248 0.388
#> GSM483340 2 0.6933 0.45768 0.076 0.716 0.208
#> GSM483342 2 0.7228 0.40824 0.104 0.708 0.188
#> GSM483345 2 0.4095 0.53455 0.056 0.880 0.064
#> GSM483346 2 0.4095 0.53455 0.056 0.880 0.064
#> GSM483355 2 0.3030 0.53061 0.092 0.904 0.004
#> GSM483357 2 0.3802 0.54048 0.080 0.888 0.032
#> GSM483359 2 0.9402 -0.23205 0.412 0.416 0.172
#> GSM483360 2 0.6276 0.48060 0.040 0.736 0.224
#> GSM483382 2 0.8367 0.36048 0.136 0.612 0.252
#> GSM483383 2 0.3045 0.54046 0.064 0.916 0.020
#> GSM483387 1 0.5000 0.65859 0.832 0.044 0.124
#> GSM483392 2 0.8275 0.33893 0.108 0.596 0.296
#> GSM483393 2 0.8701 -0.02504 0.400 0.492 0.108
#> GSM483394 2 0.2301 0.53860 0.060 0.936 0.004
#> GSM483395 2 0.8738 0.05936 0.328 0.544 0.128
#> GSM483397 1 0.9423 -0.29625 0.492 0.204 0.304
#> GSM483398 2 0.9411 0.04761 0.252 0.508 0.240
#> GSM483409 1 0.0475 0.68513 0.992 0.004 0.004
#> GSM483422 2 0.6685 0.44601 0.048 0.708 0.244
#> GSM483423 1 0.9076 -0.15999 0.552 0.240 0.208
#> GSM483425 1 0.5343 0.55808 0.816 0.132 0.052
#> GSM483429 2 0.6452 0.45992 0.032 0.704 0.264
#> GSM483430 2 0.6452 0.45992 0.032 0.704 0.264
#> GSM483432 2 0.8793 0.07998 0.308 0.552 0.140
#> GSM483435 2 0.7497 0.40971 0.072 0.652 0.276
#> GSM483438 2 0.3045 0.54046 0.064 0.916 0.020
#> GSM483441 2 0.8763 0.07368 0.312 0.552 0.136
#> GSM483451 2 0.8814 0.06289 0.312 0.548 0.140
#> GSM483452 1 0.1832 0.68818 0.956 0.008 0.036
#> GSM483453 2 0.8670 0.33278 0.168 0.592 0.240
#> GSM483457 1 0.9450 -0.02342 0.492 0.212 0.296
#> GSM483467 2 0.8543 0.34967 0.160 0.604 0.236
#> GSM483469 2 0.8727 0.13219 0.280 0.572 0.148
#> GSM483472 2 0.8973 -0.06740 0.364 0.500 0.136
#> GSM483474 1 0.1491 0.68266 0.968 0.016 0.016
#> GSM483475 2 0.8020 0.32027 0.084 0.596 0.320
#> GSM483479 1 0.2982 0.68122 0.920 0.024 0.056
#> GSM483480 3 0.9775 0.83179 0.272 0.288 0.440
#> GSM483481 3 0.9775 0.83179 0.272 0.288 0.440
#> GSM483482 3 0.9775 0.83179 0.272 0.288 0.440
#> GSM483483 1 0.8192 -0.00195 0.636 0.144 0.220
#> GSM483484 1 0.8192 -0.00195 0.636 0.144 0.220
#> GSM483485 1 0.9895 -0.68998 0.396 0.272 0.332
#> GSM483486 3 0.9731 0.82504 0.308 0.248 0.444
#> GSM483487 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483488 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483489 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483490 3 0.9693 0.75336 0.252 0.292 0.456
#> GSM483491 1 0.5734 0.50355 0.788 0.048 0.164
#> GSM483492 1 0.0829 0.68428 0.984 0.012 0.004
#> GSM483493 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
#> GSM483494 1 0.2116 0.67240 0.948 0.040 0.012
#> GSM483495 1 0.2116 0.67240 0.948 0.040 0.012
#> GSM483496 1 0.0237 0.68524 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.2021 0.6831 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM483302 1 0.2021 0.6831 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM483303 1 0.5148 0.5380 0.796 0.084 0.032 0.088
#> GSM483305 2 0.4208 0.7483 0.048 0.840 0.016 0.096
#> GSM483307 4 0.6177 0.1746 0.020 0.432 0.020 0.528
#> GSM483312 2 0.2651 0.8180 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM483313 1 0.8127 -0.6839 0.376 0.008 0.348 0.268
#> GSM483317 3 0.7763 0.7744 0.308 0.004 0.464 0.224
#> GSM483318 3 0.8091 0.7681 0.280 0.012 0.444 0.264
#> GSM483319 3 0.7763 0.7744 0.308 0.004 0.464 0.224
#> GSM483322 3 0.8194 0.7669 0.316 0.020 0.444 0.220
#> GSM483327 3 0.7795 0.6723 0.192 0.008 0.456 0.344
#> GSM483328 3 0.8146 0.6415 0.352 0.008 0.364 0.276
#> GSM483330 1 0.7448 -0.0925 0.560 0.024 0.292 0.124
#> GSM483332 4 0.7176 -0.4476 0.120 0.004 0.392 0.484
#> GSM483333 3 0.7596 0.6776 0.404 0.008 0.436 0.152
#> GSM483336 3 0.7910 0.7682 0.324 0.008 0.448 0.220
#> GSM483337 3 0.7807 0.7244 0.216 0.008 0.480 0.296
#> GSM483339 4 0.9502 -0.0820 0.332 0.132 0.192 0.344
#> GSM483351 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483352 1 0.4071 0.6073 0.856 0.036 0.040 0.068
#> GSM483354 1 0.1443 0.6796 0.960 0.028 0.008 0.004
#> GSM483358 4 0.3494 0.4523 0.016 0.028 0.080 0.876
#> GSM483384 1 0.8946 -0.3530 0.420 0.100 0.144 0.336
#> GSM483386 4 0.9646 0.1760 0.276 0.204 0.156 0.364
#> GSM483388 4 0.7488 0.3787 0.144 0.080 0.136 0.640
#> GSM483390 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483391 1 0.6272 0.4539 0.728 0.100 0.052 0.120
#> GSM483396 1 0.6410 0.4370 0.672 0.008 0.184 0.136
#> GSM483399 4 0.5991 0.4425 0.072 0.052 0.132 0.744
#> GSM483400 1 0.5003 0.6454 0.676 0.016 0.308 0.000
#> GSM483401 2 0.6646 0.5784 0.000 0.584 0.112 0.304
#> GSM483412 1 0.0657 0.6787 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM483418 4 0.3945 0.5066 0.064 0.008 0.076 0.852
#> GSM483420 4 0.4222 0.4903 0.080 0.004 0.084 0.832
#> GSM483421 4 0.2901 0.5235 0.036 0.016 0.040 0.908
#> GSM483426 1 0.8007 -0.3757 0.388 0.004 0.272 0.336
#> GSM483428 2 0.2651 0.8180 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM483431 1 0.6515 0.6309 0.688 0.128 0.160 0.024
#> GSM483436 1 0.3940 0.6106 0.864 0.040 0.044 0.052
#> GSM483442 1 0.0188 0.6796 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483443 1 0.3095 0.6796 0.892 0.012 0.076 0.020
#> GSM483444 1 0.1489 0.6796 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483447 1 0.3946 0.6945 0.812 0.012 0.172 0.004
#> GSM483448 1 0.7075 0.2838 0.640 0.032 0.128 0.200
#> GSM483450 1 0.0672 0.6773 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM483455 4 0.7752 0.2028 0.280 0.044 0.120 0.556
#> GSM483458 1 0.0376 0.6799 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483461 4 0.5644 0.4112 0.160 0.008 0.096 0.736
#> GSM483462 1 0.6333 0.5337 0.636 0.032 0.296 0.036
#> GSM483464 1 0.1661 0.6831 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM483466 4 0.8265 0.3331 0.272 0.148 0.060 0.520
#> GSM483468 1 0.1985 0.6652 0.944 0.012 0.024 0.020
#> GSM483476 4 0.5991 0.4425 0.072 0.052 0.132 0.744
#> GSM483477 1 0.8946 -0.3530 0.420 0.100 0.144 0.336
#> GSM483300 3 0.9654 0.5667 0.240 0.184 0.384 0.192
#> GSM483308 4 0.7388 0.1348 0.088 0.436 0.024 0.452
#> GSM483310 2 0.2651 0.8180 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM483311 2 0.2651 0.8180 0.004 0.896 0.004 0.096
#> GSM483323 1 0.4963 0.6516 0.696 0.020 0.284 0.000
#> GSM483338 4 0.3285 0.4603 0.016 0.020 0.080 0.884
#> GSM483353 1 0.4195 0.6940 0.812 0.012 0.160 0.016
#> GSM483361 1 0.2207 0.6694 0.928 0.004 0.056 0.012
#> GSM483363 4 0.6999 0.3159 0.252 0.040 0.080 0.628
#> GSM483364 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483366 1 0.5622 0.6731 0.728 0.048 0.204 0.020
#> GSM483368 4 0.5448 0.4256 0.148 0.008 0.092 0.752
#> GSM483371 1 0.3084 0.6818 0.896 0.028 0.064 0.012
#> GSM483372 4 0.2807 0.4921 0.020 0.044 0.024 0.912
#> GSM483373 4 0.7146 0.1048 0.284 0.004 0.152 0.560
#> GSM483374 4 0.6862 0.3879 0.220 0.048 0.076 0.656
#> GSM483379 1 0.4194 0.6736 0.764 0.008 0.228 0.000
#> GSM483380 4 0.3304 0.4506 0.012 0.052 0.048 0.888
#> GSM483381 1 0.5057 0.6719 0.776 0.012 0.156 0.056
#> GSM483389 1 0.6514 0.5996 0.652 0.016 0.244 0.088
#> GSM483404 1 0.5038 0.6668 0.780 0.012 0.148 0.060
#> GSM483405 1 0.4744 0.6532 0.704 0.012 0.284 0.000
#> GSM483410 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483411 1 0.6240 0.5772 0.712 0.060 0.180 0.048
#> GSM483413 1 0.5611 0.5311 0.772 0.100 0.048 0.080
#> GSM483416 1 0.2328 0.6680 0.924 0.004 0.056 0.016
#> GSM483417 1 0.4744 0.6532 0.704 0.012 0.284 0.000
#> GSM483419 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483427 1 0.3867 0.6187 0.864 0.024 0.044 0.068
#> GSM483433 1 0.6367 0.6142 0.664 0.016 0.240 0.080
#> GSM483434 1 0.4914 0.6453 0.676 0.012 0.312 0.000
#> GSM483445 3 0.7596 0.6776 0.404 0.008 0.436 0.152
#> GSM483459 1 0.4914 0.6453 0.676 0.012 0.312 0.000
#> GSM483465 1 0.0927 0.6752 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM483470 1 0.7642 0.1928 0.612 0.112 0.072 0.204
#> GSM483473 1 0.5038 0.6668 0.780 0.012 0.148 0.060
#> GSM483478 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483304 2 0.2586 0.8150 0.004 0.900 0.004 0.092
#> GSM483315 1 0.4831 0.6528 0.704 0.016 0.280 0.000
#> GSM483320 1 0.6053 0.1927 0.540 0.012 0.424 0.024
#> GSM483325 3 0.7596 0.6776 0.404 0.008 0.436 0.152
#> GSM483329 1 0.6582 0.5090 0.648 0.036 0.260 0.056
#> GSM483331 1 0.6588 0.4756 0.544 0.008 0.384 0.064
#> GSM483334 1 0.4957 0.6495 0.684 0.016 0.300 0.000
#> GSM483341 1 0.7276 0.0938 0.456 0.004 0.412 0.128
#> GSM483343 1 0.7704 -0.1558 0.440 0.004 0.364 0.192
#> GSM483344 1 0.9390 -0.4962 0.380 0.108 0.224 0.288
#> GSM483347 4 0.8279 -0.5299 0.300 0.012 0.328 0.360
#> GSM483348 1 0.4857 0.6513 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483349 1 0.4516 0.6667 0.736 0.012 0.252 0.000
#> GSM483350 1 0.4663 0.6577 0.716 0.012 0.272 0.000
#> GSM483356 1 0.4748 0.6681 0.716 0.016 0.268 0.000
#> GSM483362 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483365 1 0.4857 0.6513 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483367 1 0.4194 0.6736 0.764 0.008 0.228 0.000
#> GSM483369 1 0.4831 0.6535 0.704 0.016 0.280 0.000
#> GSM483370 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483375 1 0.2207 0.6694 0.928 0.004 0.056 0.012
#> GSM483376 1 0.7063 0.3576 0.604 0.012 0.240 0.144
#> GSM483377 1 0.4883 0.6538 0.696 0.016 0.288 0.000
#> GSM483378 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483385 1 0.4252 0.6759 0.744 0.000 0.252 0.004
#> GSM483402 3 0.8612 0.6207 0.360 0.048 0.404 0.188
#> GSM483403 1 0.5362 0.6773 0.748 0.048 0.188 0.016
#> GSM483406 1 0.4163 0.6793 0.772 0.004 0.220 0.004
#> GSM483407 1 0.6416 0.5593 0.720 0.064 0.128 0.088
#> GSM483408 1 0.7866 0.2423 0.512 0.016 0.236 0.236
#> GSM483414 1 0.4258 0.6958 0.812 0.020 0.156 0.012
#> GSM483415 1 0.4663 0.6632 0.716 0.012 0.272 0.000
#> GSM483424 1 0.3084 0.6818 0.896 0.028 0.064 0.012
#> GSM483437 1 0.6119 0.5858 0.632 0.016 0.312 0.040
#> GSM483439 1 0.2207 0.6694 0.928 0.004 0.056 0.012
#> GSM483440 1 0.4857 0.6509 0.700 0.016 0.284 0.000
#> GSM483446 1 0.6119 0.5858 0.632 0.016 0.312 0.040
#> GSM483449 1 0.3779 0.6943 0.840 0.012 0.136 0.012
#> GSM483454 1 0.3828 0.6862 0.840 0.008 0.132 0.020
#> GSM483456 2 0.7003 0.5066 0.000 0.508 0.124 0.368
#> GSM483460 1 0.4212 0.6866 0.772 0.012 0.216 0.000
#> GSM483463 4 0.4229 0.4973 0.080 0.008 0.076 0.836
#> GSM483471 1 0.4053 0.6729 0.768 0.004 0.228 0.000
#> GSM483297 4 0.7033 0.1887 0.068 0.424 0.020 0.488
#> GSM483298 4 0.6147 0.2059 0.028 0.428 0.012 0.532
#> GSM483299 4 0.7089 0.1843 0.072 0.424 0.020 0.484
#> GSM483306 2 0.5914 -0.0744 0.016 0.504 0.012 0.468
#> GSM483309 4 0.7536 0.1851 0.088 0.412 0.032 0.468
#> GSM483314 3 0.7819 0.6825 0.220 0.004 0.436 0.340
#> GSM483316 1 0.7406 -0.5589 0.444 0.012 0.428 0.116
#> GSM483321 4 0.9409 0.0163 0.308 0.120 0.196 0.376
#> GSM483324 3 0.8130 0.7608 0.304 0.012 0.428 0.256
#> GSM483326 4 0.7795 0.4513 0.068 0.276 0.092 0.564
#> GSM483335 3 0.8010 0.7572 0.272 0.008 0.440 0.280
#> GSM483340 4 0.6586 0.5128 0.060 0.116 0.116 0.708
#> GSM483342 4 0.8013 0.4791 0.092 0.176 0.140 0.592
#> GSM483345 4 0.7600 0.2274 0.056 0.388 0.064 0.492
#> GSM483346 4 0.7600 0.2274 0.056 0.388 0.064 0.492
#> GSM483355 4 0.7089 0.1843 0.072 0.424 0.020 0.484
#> GSM483357 4 0.6983 0.3024 0.060 0.368 0.028 0.544
#> GSM483359 1 0.9257 -0.3989 0.376 0.108 0.180 0.336
#> GSM483360 4 0.5500 0.4524 0.024 0.112 0.096 0.768
#> GSM483382 4 0.5304 0.5171 0.108 0.048 0.056 0.788
#> GSM483383 4 0.6505 0.2314 0.032 0.416 0.024 0.528
#> GSM483387 1 0.4932 0.6519 0.792 0.012 0.128 0.068
#> GSM483392 4 0.4159 0.4991 0.080 0.008 0.072 0.840
#> GSM483393 4 0.8257 0.1919 0.368 0.136 0.048 0.448
#> GSM483394 4 0.6437 0.1996 0.032 0.432 0.020 0.516
#> GSM483395 4 0.8334 0.3017 0.288 0.148 0.060 0.504
#> GSM483397 1 0.7950 -0.3791 0.420 0.004 0.268 0.308
#> GSM483398 4 0.6862 0.3879 0.220 0.048 0.076 0.656
#> GSM483409 1 0.0376 0.6799 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483422 2 0.2715 0.7979 0.004 0.892 0.004 0.100
#> GSM483423 1 0.8631 -0.2716 0.504 0.076 0.216 0.204
#> GSM483425 1 0.5214 0.5350 0.796 0.064 0.048 0.092
#> GSM483429 4 0.2531 0.5021 0.020 0.024 0.032 0.924
#> GSM483430 4 0.2531 0.5021 0.020 0.024 0.032 0.924
#> GSM483432 4 0.8246 0.3441 0.268 0.148 0.060 0.524
#> GSM483435 4 0.3888 0.5158 0.052 0.016 0.072 0.860
#> GSM483438 4 0.6505 0.2314 0.032 0.416 0.024 0.528
#> GSM483441 4 0.8265 0.3377 0.272 0.148 0.060 0.520
#> GSM483451 4 0.8265 0.3331 0.272 0.148 0.060 0.520
#> GSM483452 1 0.1661 0.6831 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM483453 4 0.5928 0.5065 0.132 0.064 0.056 0.748
#> GSM483457 1 0.8425 -0.1401 0.404 0.036 0.188 0.372
#> GSM483467 4 0.5750 0.5144 0.124 0.064 0.052 0.760
#> GSM483469 4 0.8133 0.3823 0.236 0.148 0.064 0.552
#> GSM483472 4 0.8242 0.2174 0.328 0.112 0.068 0.492
#> GSM483474 1 0.1271 0.6750 0.968 0.008 0.012 0.012
#> GSM483475 4 0.5991 0.4425 0.072 0.052 0.132 0.744
#> GSM483479 1 0.3285 0.6767 0.884 0.016 0.080 0.020
#> GSM483480 3 0.7855 0.6997 0.208 0.008 0.456 0.328
#> GSM483481 3 0.7855 0.6997 0.208 0.008 0.456 0.328
#> GSM483482 3 0.7855 0.6997 0.208 0.008 0.456 0.328
#> GSM483483 1 0.6818 -0.1699 0.600 0.000 0.232 0.168
#> GSM483484 1 0.6818 -0.1699 0.600 0.000 0.232 0.168
#> GSM483485 1 0.8926 -0.7127 0.328 0.048 0.328 0.296
#> GSM483486 3 0.7808 0.7321 0.224 0.008 0.484 0.284
#> GSM483487 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483488 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483489 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483490 3 0.7725 0.5986 0.172 0.008 0.436 0.384
#> GSM483491 1 0.5019 0.3602 0.728 0.004 0.240 0.028
#> GSM483492 1 0.0657 0.6787 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM483493 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483494 1 0.1985 0.6652 0.944 0.012 0.024 0.020
#> GSM483495 1 0.1985 0.6652 0.944 0.012 0.024 0.020
#> GSM483496 1 0.0188 0.6798 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.2908 0.4168 0.108 0.000 0.016 0.008 0.868
#> GSM483302 5 0.2908 0.4168 0.108 0.000 0.016 0.008 0.868
#> GSM483303 5 0.4912 0.4429 0.020 0.080 0.060 0.052 0.788
#> GSM483305 2 0.2875 0.7437 0.020 0.896 0.016 0.016 0.052
#> GSM483307 4 0.5822 0.2474 0.008 0.432 0.044 0.504 0.012
#> GSM483312 2 0.1278 0.7982 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004
#> GSM483313 3 0.7061 0.6164 0.056 0.004 0.540 0.132 0.268
#> GSM483317 3 0.5748 0.7338 0.032 0.000 0.680 0.116 0.172
#> GSM483318 3 0.6148 0.7262 0.040 0.000 0.648 0.152 0.160
#> GSM483319 3 0.5748 0.7338 0.032 0.000 0.680 0.116 0.172
#> GSM483322 3 0.6345 0.7304 0.044 0.012 0.652 0.108 0.184
#> GSM483327 3 0.5187 0.6691 0.016 0.004 0.712 0.200 0.068
#> GSM483328 3 0.6953 0.6499 0.056 0.004 0.568 0.140 0.232
#> GSM483330 5 0.7189 -0.0907 0.092 0.016 0.352 0.052 0.488
#> GSM483332 3 0.5608 0.5104 0.016 0.004 0.576 0.364 0.040
#> GSM483333 3 0.6101 0.6651 0.056 0.004 0.608 0.044 0.288
#> GSM483336 3 0.5977 0.7326 0.040 0.004 0.672 0.104 0.180
#> GSM483337 3 0.5006 0.6994 0.004 0.004 0.724 0.172 0.096
#> GSM483339 5 0.9259 -0.3631 0.052 0.144 0.248 0.272 0.284
#> GSM483351 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483352 5 0.3467 0.4595 0.004 0.032 0.052 0.048 0.864
#> GSM483354 5 0.1940 0.4515 0.028 0.024 0.008 0.004 0.936
#> GSM483358 4 0.3273 0.4873 0.032 0.008 0.080 0.868 0.012
#> GSM483384 5 0.8897 -0.2320 0.104 0.084 0.128 0.288 0.396
#> GSM483386 4 0.9474 0.2477 0.088 0.192 0.144 0.312 0.264
#> GSM483388 4 0.7586 0.4093 0.080 0.064 0.148 0.592 0.116
#> GSM483390 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483391 5 0.6194 0.4148 0.040 0.092 0.080 0.080 0.708
#> GSM483396 5 0.6917 0.2940 0.128 0.000 0.164 0.112 0.596
#> GSM483399 4 0.5566 0.4736 0.072 0.024 0.104 0.744 0.056
#> GSM483400 1 0.5406 0.8072 0.480 0.000 0.056 0.000 0.464
#> GSM483401 2 0.7070 0.5118 0.084 0.548 0.120 0.248 0.000
#> GSM483412 5 0.1525 0.4502 0.036 0.004 0.012 0.000 0.948
#> GSM483418 4 0.3694 0.5244 0.020 0.000 0.140 0.820 0.020
#> GSM483420 4 0.3775 0.5147 0.016 0.000 0.148 0.812 0.024
#> GSM483421 4 0.2165 0.5342 0.004 0.004 0.056 0.920 0.016
#> GSM483426 4 0.8347 -0.2639 0.132 0.000 0.280 0.300 0.288
#> GSM483428 2 0.1278 0.7982 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004
#> GSM483431 5 0.6740 0.0338 0.264 0.104 0.040 0.012 0.580
#> GSM483436 5 0.3322 0.4615 0.004 0.036 0.052 0.036 0.872
#> GSM483442 5 0.0963 0.4458 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM483443 5 0.3655 0.4164 0.108 0.004 0.044 0.008 0.836
#> GSM483444 5 0.2408 0.4300 0.092 0.000 0.016 0.000 0.892
#> GSM483447 5 0.4212 0.1157 0.236 0.004 0.024 0.000 0.736
#> GSM483448 5 0.7591 0.3162 0.080 0.024 0.196 0.148 0.552
#> GSM483450 5 0.1597 0.4501 0.048 0.000 0.012 0.000 0.940
#> GSM483455 4 0.7736 0.3119 0.028 0.048 0.192 0.504 0.228
#> GSM483458 5 0.1285 0.4455 0.036 0.004 0.004 0.000 0.956
#> GSM483461 4 0.5608 0.4784 0.044 0.004 0.164 0.708 0.080
#> GSM483462 1 0.5951 -0.0622 0.480 0.000 0.092 0.004 0.424
#> GSM483464 5 0.2464 0.4219 0.096 0.000 0.016 0.000 0.888
#> GSM483466 4 0.8088 0.4037 0.024 0.144 0.096 0.468 0.268
#> GSM483468 5 0.1910 0.4608 0.016 0.008 0.020 0.016 0.940
#> GSM483476 4 0.5566 0.4736 0.072 0.024 0.104 0.744 0.056
#> GSM483477 5 0.8897 -0.2320 0.104 0.084 0.128 0.288 0.396
#> GSM483300 3 0.8191 0.5659 0.048 0.168 0.504 0.084 0.196
#> GSM483308 4 0.6352 0.1802 0.004 0.444 0.016 0.448 0.088
#> GSM483310 2 0.1278 0.7982 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004
#> GSM483311 2 0.1278 0.7982 0.016 0.960 0.000 0.020 0.004
#> GSM483323 5 0.4702 -0.8000 0.476 0.000 0.008 0.004 0.512
#> GSM483338 4 0.3186 0.4935 0.040 0.004 0.072 0.872 0.012
#> GSM483353 5 0.4565 0.2113 0.196 0.004 0.044 0.008 0.748
#> GSM483361 5 0.2802 0.4452 0.100 0.000 0.016 0.008 0.876
#> GSM483363 4 0.7183 0.3953 0.028 0.040 0.148 0.576 0.208
#> GSM483364 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483366 5 0.5662 -0.2758 0.352 0.020 0.028 0.012 0.588
#> GSM483368 4 0.5422 0.4857 0.044 0.004 0.156 0.724 0.072
#> GSM483371 5 0.3269 0.4304 0.080 0.024 0.024 0.004 0.868
#> GSM483372 4 0.2221 0.5237 0.004 0.036 0.024 0.924 0.012
#> GSM483373 4 0.7448 0.2352 0.104 0.000 0.172 0.524 0.200
#> GSM483374 4 0.6969 0.4471 0.028 0.044 0.132 0.608 0.188
#> GSM483379 5 0.4321 -0.5888 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> GSM483380 4 0.2680 0.4943 0.016 0.048 0.024 0.904 0.008
#> GSM483381 5 0.5815 0.1248 0.188 0.000 0.092 0.044 0.676
#> GSM483389 5 0.7109 -0.1622 0.296 0.000 0.108 0.080 0.516
#> GSM483404 5 0.5894 0.1381 0.180 0.000 0.104 0.044 0.672
#> GSM483405 1 0.4452 0.8454 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> GSM483410 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483411 5 0.6837 0.3052 0.244 0.044 0.080 0.032 0.600
#> GSM483413 5 0.5675 0.4190 0.048 0.096 0.060 0.052 0.744
#> GSM483416 5 0.2845 0.4479 0.096 0.000 0.020 0.008 0.876
#> GSM483417 1 0.4452 0.8454 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> GSM483419 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483427 5 0.3582 0.4578 0.024 0.020 0.040 0.052 0.864
#> GSM483433 5 0.6981 -0.1845 0.308 0.000 0.096 0.076 0.520
#> GSM483434 1 0.5509 0.7898 0.472 0.000 0.064 0.000 0.464
#> GSM483445 3 0.6101 0.6651 0.056 0.004 0.608 0.044 0.288
#> GSM483459 1 0.5509 0.7898 0.472 0.000 0.064 0.000 0.464
#> GSM483465 5 0.1549 0.4578 0.040 0.000 0.016 0.000 0.944
#> GSM483470 5 0.7143 0.3000 0.028 0.112 0.092 0.152 0.616
#> GSM483473 5 0.5894 0.1381 0.180 0.000 0.104 0.044 0.672
#> GSM483478 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483304 2 0.1439 0.7950 0.020 0.956 0.004 0.016 0.004
#> GSM483315 1 0.4448 0.8534 0.516 0.000 0.004 0.000 0.480
#> GSM483320 3 0.6538 0.0971 0.204 0.000 0.444 0.000 0.352
#> GSM483325 3 0.6041 0.6648 0.052 0.004 0.612 0.044 0.288
#> GSM483329 5 0.6952 0.2393 0.208 0.020 0.156 0.032 0.584
#> GSM483331 5 0.7350 -0.1965 0.312 0.000 0.212 0.040 0.436
#> GSM483334 1 0.5297 0.8090 0.476 0.000 0.048 0.000 0.476
#> GSM483341 5 0.7832 0.0178 0.272 0.000 0.308 0.064 0.356
#> GSM483343 5 0.8143 -0.1735 0.168 0.000 0.316 0.144 0.372
#> GSM483344 5 0.8999 -0.3617 0.052 0.112 0.268 0.212 0.356
#> GSM483347 3 0.7796 0.4271 0.060 0.004 0.416 0.280 0.240
#> GSM483348 1 0.4446 0.8539 0.520 0.000 0.004 0.000 0.476
#> GSM483349 5 0.4708 -0.7071 0.436 0.000 0.016 0.000 0.548
#> GSM483350 5 0.4430 -0.7701 0.456 0.000 0.004 0.000 0.540
#> GSM483356 5 0.4713 -0.7118 0.440 0.000 0.016 0.000 0.544
#> GSM483362 5 0.4452 -0.8486 0.496 0.000 0.004 0.000 0.500
#> GSM483365 1 0.4446 0.8539 0.520 0.000 0.004 0.000 0.476
#> GSM483367 5 0.4321 -0.5888 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> GSM483369 1 0.4452 0.8451 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> GSM483370 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483375 5 0.2802 0.4452 0.100 0.000 0.016 0.008 0.876
#> GSM483376 5 0.7697 0.2162 0.208 0.000 0.192 0.112 0.488
#> GSM483377 1 0.4656 0.8280 0.508 0.000 0.012 0.000 0.480
#> GSM483378 1 0.4451 0.8514 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> GSM483385 5 0.4640 -0.5837 0.400 0.000 0.016 0.000 0.584
#> GSM483402 3 0.7613 0.5884 0.092 0.028 0.508 0.080 0.292
#> GSM483403 5 0.5642 -0.1304 0.316 0.020 0.040 0.008 0.616
#> GSM483406 5 0.4524 -0.3679 0.336 0.000 0.020 0.000 0.644
#> GSM483407 5 0.6716 0.3667 0.160 0.048 0.072 0.064 0.656
#> GSM483408 5 0.8335 0.0635 0.268 0.000 0.156 0.216 0.360
#> GSM483414 5 0.4994 -0.0909 0.272 0.008 0.032 0.008 0.680
#> GSM483415 5 0.4627 -0.7158 0.444 0.000 0.012 0.000 0.544
#> GSM483424 5 0.3269 0.4304 0.080 0.024 0.024 0.004 0.868
#> GSM483437 5 0.6205 -0.3544 0.440 0.000 0.080 0.020 0.460
#> GSM483439 5 0.2802 0.4452 0.100 0.000 0.016 0.008 0.876
#> GSM483440 5 0.4452 -0.8486 0.496 0.000 0.004 0.000 0.500
#> GSM483446 5 0.6205 -0.3544 0.440 0.000 0.080 0.020 0.460
#> GSM483449 5 0.4612 0.1078 0.204 0.000 0.052 0.008 0.736
#> GSM483454 5 0.4636 0.2996 0.168 0.000 0.060 0.016 0.756
#> GSM483456 2 0.7401 0.4447 0.088 0.472 0.124 0.316 0.000
#> GSM483460 5 0.4511 -0.4480 0.356 0.000 0.016 0.000 0.628
#> GSM483463 4 0.3940 0.5290 0.032 0.004 0.104 0.828 0.032
#> GSM483471 5 0.4310 -0.5586 0.392 0.000 0.004 0.000 0.604
#> GSM483297 4 0.6268 0.2194 0.008 0.432 0.020 0.476 0.064
#> GSM483298 4 0.5573 0.2568 0.008 0.432 0.024 0.520 0.016
#> GSM483299 4 0.6317 0.2161 0.008 0.432 0.020 0.472 0.068
#> GSM483306 2 0.5259 -0.1768 0.004 0.508 0.028 0.456 0.004
#> GSM483309 4 0.6775 0.2146 0.012 0.420 0.028 0.452 0.088
#> GSM483314 3 0.6075 0.6631 0.028 0.000 0.620 0.248 0.104
#> GSM483316 3 0.6523 0.5605 0.076 0.008 0.548 0.036 0.332
#> GSM483321 4 0.9419 0.1394 0.100 0.108 0.216 0.316 0.260
#> GSM483324 3 0.6483 0.7217 0.040 0.008 0.632 0.152 0.168
#> GSM483326 4 0.6982 0.4093 0.008 0.272 0.172 0.524 0.024
#> GSM483335 3 0.6146 0.7160 0.036 0.000 0.644 0.168 0.152
#> GSM483340 4 0.5913 0.4661 0.012 0.120 0.208 0.652 0.008
#> GSM483342 4 0.6988 0.4195 0.004 0.176 0.276 0.516 0.028
#> GSM483345 4 0.6818 0.2251 0.008 0.396 0.112 0.460 0.024
#> GSM483346 4 0.6818 0.2251 0.008 0.396 0.112 0.460 0.024
#> GSM483355 4 0.6317 0.2161 0.008 0.432 0.020 0.472 0.068
#> GSM483357 4 0.6389 0.3257 0.012 0.368 0.032 0.532 0.056
#> GSM483359 5 0.9182 -0.2591 0.072 0.116 0.196 0.264 0.352
#> GSM483360 4 0.5333 0.4472 0.028 0.120 0.132 0.720 0.000
#> GSM483382 4 0.5546 0.5344 0.020 0.048 0.116 0.740 0.076
#> GSM483383 4 0.5855 0.2754 0.008 0.420 0.036 0.516 0.020
#> GSM483387 5 0.5315 0.3722 0.136 0.000 0.080 0.052 0.732
#> GSM483392 4 0.3967 0.5305 0.036 0.004 0.100 0.828 0.032
#> GSM483393 4 0.8142 0.3073 0.032 0.136 0.076 0.408 0.348
#> GSM483394 4 0.5805 0.2486 0.008 0.436 0.032 0.504 0.020
#> GSM483395 4 0.8100 0.3805 0.024 0.144 0.092 0.456 0.284
#> GSM483397 5 0.8314 -0.3266 0.128 0.000 0.284 0.268 0.320
#> GSM483398 4 0.6969 0.4471 0.028 0.044 0.132 0.608 0.188
#> GSM483409 5 0.1285 0.4455 0.036 0.004 0.004 0.000 0.956
#> GSM483422 2 0.1363 0.7786 0.004 0.956 0.004 0.032 0.004
#> GSM483423 5 0.8375 -0.1354 0.060 0.076 0.240 0.152 0.472
#> GSM483425 5 0.4677 0.4464 0.020 0.060 0.056 0.060 0.804
#> GSM483429 4 0.1812 0.5280 0.004 0.008 0.036 0.940 0.012
#> GSM483430 4 0.1812 0.5280 0.004 0.008 0.036 0.940 0.012
#> GSM483432 4 0.8034 0.4114 0.024 0.144 0.092 0.476 0.264
#> GSM483435 4 0.3142 0.5311 0.004 0.004 0.124 0.852 0.016
#> GSM483438 4 0.5855 0.2754 0.008 0.420 0.036 0.516 0.020
#> GSM483441 4 0.8048 0.4068 0.024 0.144 0.092 0.472 0.268
#> GSM483451 4 0.8088 0.4037 0.024 0.144 0.096 0.468 0.268
#> GSM483452 5 0.2464 0.4219 0.096 0.000 0.016 0.000 0.888
#> GSM483453 4 0.6103 0.5290 0.020 0.060 0.112 0.700 0.108
#> GSM483457 4 0.8200 -0.0316 0.280 0.004 0.092 0.352 0.272
#> GSM483467 4 0.5962 0.5358 0.020 0.060 0.108 0.712 0.100
#> GSM483469 4 0.7940 0.4338 0.024 0.144 0.096 0.504 0.232
#> GSM483472 4 0.8001 0.3223 0.024 0.112 0.096 0.436 0.332
#> GSM483474 5 0.2069 0.4561 0.052 0.012 0.012 0.000 0.924
#> GSM483475 4 0.5566 0.4736 0.072 0.024 0.104 0.744 0.056
#> GSM483479 5 0.3727 0.4196 0.104 0.008 0.044 0.008 0.836
#> GSM483480 3 0.5594 0.6891 0.016 0.004 0.684 0.192 0.104
#> GSM483481 3 0.5594 0.6891 0.016 0.004 0.684 0.192 0.104
#> GSM483482 3 0.5594 0.6891 0.016 0.004 0.684 0.192 0.104
#> GSM483483 5 0.6506 -0.0423 0.056 0.000 0.312 0.076 0.556
#> GSM483484 5 0.6506 -0.0423 0.056 0.000 0.312 0.076 0.556
#> GSM483485 3 0.7641 0.5496 0.016 0.048 0.480 0.184 0.272
#> GSM483486 3 0.4733 0.7019 0.008 0.000 0.748 0.152 0.092
#> GSM483487 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483488 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483489 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483490 3 0.5577 0.6183 0.008 0.004 0.632 0.284 0.072
#> GSM483491 5 0.5732 0.2794 0.096 0.000 0.248 0.016 0.640
#> GSM483492 5 0.1525 0.4502 0.036 0.004 0.012 0.000 0.948
#> GSM483493 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> GSM483494 5 0.1910 0.4608 0.016 0.008 0.020 0.016 0.940
#> GSM483495 5 0.1910 0.4608 0.016 0.008 0.020 0.016 0.940
#> GSM483496 5 0.1205 0.4411 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.2897 0.50632 0.108 0.004 0.008 0.004 0.860 0.016
#> GSM483302 5 0.2897 0.50632 0.108 0.004 0.008 0.004 0.860 0.016
#> GSM483303 5 0.4528 0.51286 0.024 0.072 0.032 0.076 0.788 0.008
#> GSM483305 2 0.2217 0.86489 0.000 0.908 0.004 0.004 0.048 0.036
#> GSM483307 4 0.5374 0.34413 0.016 0.416 0.028 0.520 0.008 0.012
#> GSM483312 2 0.0972 0.96005 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483313 3 0.6426 0.59376 0.052 0.004 0.576 0.104 0.244 0.020
#> GSM483317 3 0.4965 0.68853 0.036 0.000 0.732 0.084 0.132 0.016
#> GSM483318 3 0.5901 0.68049 0.044 0.000 0.668 0.116 0.128 0.044
#> GSM483319 3 0.4965 0.68853 0.036 0.000 0.732 0.084 0.132 0.016
#> GSM483322 3 0.5516 0.68657 0.040 0.012 0.704 0.080 0.144 0.020
#> GSM483327 3 0.4125 0.62848 0.008 0.004 0.776 0.160 0.032 0.020
#> GSM483328 3 0.6309 0.61857 0.052 0.004 0.604 0.112 0.208 0.020
#> GSM483330 5 0.7149 -0.14742 0.100 0.008 0.344 0.064 0.452 0.032
#> GSM483332 3 0.5469 0.51881 0.012 0.004 0.604 0.308 0.028 0.044
#> GSM483333 3 0.5839 0.62638 0.056 0.000 0.616 0.044 0.256 0.028
#> GSM483336 3 0.5192 0.68736 0.044 0.000 0.712 0.080 0.148 0.016
#> GSM483337 3 0.3577 0.65562 0.000 0.004 0.808 0.128 0.056 0.004
#> GSM483339 4 0.8902 0.02393 0.052 0.140 0.240 0.280 0.252 0.036
#> GSM483351 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483352 5 0.3290 0.53290 0.008 0.024 0.032 0.068 0.860 0.008
#> GSM483354 5 0.2131 0.53317 0.048 0.024 0.004 0.004 0.916 0.004
#> GSM483358 4 0.3802 0.40432 0.000 0.004 0.044 0.776 0.004 0.172
#> GSM483384 5 0.8696 -0.27213 0.088 0.080 0.120 0.288 0.368 0.056
#> GSM483386 4 0.9218 0.29646 0.072 0.176 0.148 0.320 0.220 0.064
#> GSM483388 4 0.7225 0.38979 0.060 0.052 0.140 0.596 0.092 0.060
#> GSM483390 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483391 5 0.5676 0.47897 0.032 0.088 0.044 0.104 0.712 0.020
#> GSM483396 5 0.6968 0.33410 0.144 0.000 0.100 0.108 0.580 0.068
#> GSM483399 4 0.5763 0.37688 0.052 0.024 0.112 0.708 0.032 0.072
#> GSM483400 1 0.4921 0.79198 0.584 0.000 0.056 0.000 0.352 0.008
#> GSM483401 6 0.4427 0.86270 0.000 0.136 0.000 0.148 0.000 0.716
#> GSM483412 5 0.1668 0.52944 0.060 0.004 0.008 0.000 0.928 0.000
#> GSM483418 4 0.4202 0.47794 0.012 0.000 0.160 0.760 0.004 0.064
#> GSM483420 4 0.3983 0.48557 0.012 0.000 0.164 0.776 0.008 0.040
#> GSM483421 4 0.3050 0.47641 0.004 0.004 0.056 0.864 0.008 0.064
#> GSM483426 4 0.8370 -0.21969 0.124 0.000 0.224 0.312 0.268 0.072
#> GSM483428 2 0.0972 0.96005 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483431 5 0.6910 0.01578 0.276 0.104 0.036 0.012 0.528 0.044
#> GSM483436 5 0.3116 0.53522 0.008 0.028 0.028 0.056 0.872 0.008
#> GSM483442 5 0.1411 0.52610 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483443 5 0.3739 0.48704 0.108 0.008 0.028 0.012 0.824 0.020
#> GSM483444 5 0.2510 0.51851 0.088 0.004 0.008 0.000 0.884 0.016
#> GSM483447 5 0.4406 0.12086 0.264 0.008 0.016 0.000 0.692 0.020
#> GSM483448 5 0.7609 0.33116 0.100 0.020 0.144 0.152 0.532 0.052
#> GSM483450 5 0.1745 0.52713 0.068 0.000 0.012 0.000 0.920 0.000
#> GSM483455 4 0.7030 0.34795 0.020 0.032 0.180 0.532 0.208 0.028
#> GSM483458 5 0.1493 0.52568 0.056 0.004 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483461 4 0.5178 0.47728 0.040 0.000 0.100 0.736 0.072 0.052
#> GSM483462 1 0.6245 -0.04928 0.476 0.004 0.096 0.004 0.380 0.040
#> GSM483464 5 0.2561 0.51178 0.092 0.004 0.008 0.000 0.880 0.016
#> GSM483466 4 0.7145 0.43416 0.020 0.120 0.056 0.524 0.252 0.028
#> GSM483468 5 0.2024 0.53793 0.036 0.008 0.012 0.020 0.924 0.000
#> GSM483476 4 0.5763 0.37688 0.052 0.024 0.112 0.708 0.032 0.072
#> GSM483477 5 0.8696 -0.27213 0.088 0.080 0.120 0.288 0.368 0.056
#> GSM483300 3 0.7971 0.50977 0.044 0.164 0.492 0.080 0.176 0.044
#> GSM483308 4 0.6109 0.26431 0.008 0.420 0.016 0.460 0.080 0.016
#> GSM483310 2 0.0972 0.96005 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483311 2 0.0972 0.96005 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483323 1 0.4196 0.78562 0.568 0.000 0.004 0.004 0.420 0.004
#> GSM483338 4 0.3875 0.41330 0.008 0.004 0.044 0.788 0.004 0.152
#> GSM483353 5 0.4612 0.25285 0.212 0.004 0.036 0.012 0.720 0.016
#> GSM483361 5 0.2902 0.52368 0.100 0.004 0.012 0.004 0.864 0.016
#> GSM483363 4 0.6427 0.42235 0.024 0.028 0.092 0.616 0.204 0.036
#> GSM483364 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483366 5 0.5800 -0.33591 0.408 0.012 0.024 0.008 0.500 0.048
#> GSM483368 4 0.4980 0.47780 0.040 0.000 0.092 0.752 0.064 0.052
#> GSM483371 5 0.3353 0.50549 0.092 0.028 0.012 0.004 0.848 0.016
#> GSM483372 4 0.2748 0.47781 0.004 0.012 0.032 0.884 0.004 0.064
#> GSM483373 4 0.7228 0.27062 0.096 0.000 0.108 0.540 0.188 0.068
#> GSM483374 4 0.6182 0.46899 0.024 0.032 0.084 0.648 0.180 0.032
#> GSM483379 5 0.4312 -0.60567 0.476 0.000 0.012 0.000 0.508 0.004
#> GSM483380 4 0.3200 0.44065 0.004 0.024 0.020 0.844 0.000 0.108
#> GSM483381 5 0.5869 0.14869 0.224 0.000 0.044 0.052 0.636 0.044
#> GSM483389 5 0.7239 -0.30785 0.348 0.000 0.108 0.096 0.420 0.028
#> GSM483404 5 0.6050 0.13975 0.216 0.000 0.056 0.048 0.628 0.052
#> GSM483405 1 0.3872 0.82637 0.604 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004
#> GSM483410 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483411 5 0.7007 0.31989 0.232 0.036 0.088 0.024 0.560 0.060
#> GSM483413 5 0.5515 0.48340 0.044 0.092 0.044 0.064 0.732 0.024
#> GSM483416 5 0.2914 0.52520 0.100 0.004 0.008 0.008 0.864 0.016
#> GSM483417 1 0.3872 0.82637 0.604 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004
#> GSM483419 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483427 5 0.3468 0.53183 0.028 0.016 0.028 0.060 0.856 0.012
#> GSM483433 5 0.7256 -0.32118 0.344 0.000 0.112 0.088 0.424 0.032
#> GSM483434 1 0.4972 0.78187 0.580 0.000 0.060 0.000 0.352 0.008
#> GSM483445 3 0.5839 0.62638 0.056 0.000 0.616 0.044 0.256 0.028
#> GSM483459 1 0.4972 0.78187 0.580 0.000 0.060 0.000 0.352 0.008
#> GSM483465 5 0.1945 0.53670 0.056 0.004 0.016 0.000 0.920 0.004
#> GSM483470 5 0.6422 0.34939 0.020 0.092 0.056 0.192 0.620 0.020
#> GSM483473 5 0.6050 0.13975 0.216 0.000 0.056 0.048 0.628 0.052
#> GSM483478 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483304 2 0.0935 0.95256 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM483315 1 0.3819 0.82659 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> GSM483320 3 0.6493 0.19838 0.220 0.000 0.468 0.000 0.276 0.036
#> GSM483325 3 0.5785 0.62590 0.052 0.000 0.620 0.044 0.256 0.028
#> GSM483329 5 0.7162 0.25429 0.220 0.016 0.148 0.036 0.532 0.048
#> GSM483331 5 0.7131 -0.32072 0.352 0.000 0.220 0.036 0.368 0.024
#> GSM483334 1 0.4845 0.79665 0.580 0.000 0.048 0.000 0.364 0.008
#> GSM483341 3 0.7409 0.01357 0.308 0.000 0.316 0.056 0.300 0.020
#> GSM483343 3 0.8005 0.19194 0.176 0.000 0.324 0.156 0.312 0.032
#> GSM483344 5 0.8636 -0.33949 0.048 0.112 0.256 0.216 0.336 0.032
#> GSM483347 3 0.8052 0.37261 0.064 0.004 0.364 0.280 0.216 0.072
#> GSM483348 1 0.3819 0.82782 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> GSM483349 1 0.4488 0.69515 0.508 0.000 0.016 0.000 0.468 0.008
#> GSM483350 1 0.4199 0.76576 0.544 0.000 0.004 0.000 0.444 0.008
#> GSM483356 1 0.5033 0.73884 0.520 0.000 0.036 0.000 0.424 0.020
#> GSM483362 1 0.4135 0.81637 0.584 0.000 0.004 0.000 0.404 0.008
#> GSM483365 1 0.3819 0.82782 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> GSM483367 5 0.4312 -0.60567 0.476 0.000 0.012 0.000 0.508 0.004
#> GSM483369 1 0.4100 0.82722 0.600 0.000 0.004 0.000 0.388 0.008
#> GSM483370 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483375 5 0.2902 0.52368 0.100 0.004 0.012 0.004 0.864 0.016
#> GSM483376 5 0.7778 0.21397 0.228 0.000 0.128 0.108 0.460 0.076
#> GSM483377 1 0.4290 0.80839 0.612 0.000 0.020 0.000 0.364 0.004
#> GSM483378 1 0.4090 0.82972 0.604 0.000 0.004 0.000 0.384 0.008
#> GSM483385 5 0.4538 -0.57299 0.468 0.000 0.008 0.004 0.508 0.012
#> GSM483402 3 0.7587 0.53538 0.076 0.024 0.500 0.076 0.256 0.068
#> GSM483403 5 0.5987 -0.11716 0.340 0.016 0.032 0.008 0.548 0.056
#> GSM483406 5 0.4368 -0.33468 0.384 0.000 0.016 0.000 0.592 0.008
#> GSM483407 5 0.6781 0.41535 0.140 0.044 0.072 0.056 0.632 0.056
#> GSM483408 5 0.8269 0.01481 0.276 0.000 0.092 0.220 0.328 0.084
#> GSM483414 5 0.5016 -0.08203 0.316 0.008 0.012 0.008 0.624 0.032
#> GSM483415 1 0.4450 0.70749 0.528 0.000 0.020 0.000 0.448 0.004
#> GSM483424 5 0.3353 0.50549 0.092 0.028 0.012 0.004 0.848 0.016
#> GSM483437 1 0.6196 0.44979 0.488 0.000 0.092 0.012 0.372 0.036
#> GSM483439 5 0.2902 0.52368 0.100 0.004 0.012 0.004 0.864 0.016
#> GSM483440 1 0.4135 0.81637 0.584 0.000 0.004 0.000 0.404 0.008
#> GSM483446 1 0.6196 0.44979 0.488 0.000 0.092 0.012 0.372 0.036
#> GSM483449 5 0.4632 0.12672 0.248 0.000 0.016 0.012 0.692 0.032
#> GSM483454 5 0.4527 0.34979 0.204 0.000 0.024 0.016 0.728 0.028
#> GSM483456 6 0.3852 0.87538 0.000 0.064 0.000 0.176 0.000 0.760
#> GSM483460 5 0.4370 -0.50235 0.428 0.000 0.008 0.000 0.552 0.012
#> GSM483463 4 0.4071 0.47872 0.028 0.004 0.064 0.816 0.024 0.064
#> GSM483471 5 0.3986 -0.54546 0.464 0.000 0.000 0.000 0.532 0.004
#> GSM483297 4 0.5955 0.30923 0.008 0.404 0.020 0.492 0.060 0.016
#> GSM483298 4 0.5100 0.35151 0.008 0.404 0.016 0.544 0.004 0.024
#> GSM483299 4 0.6001 0.30455 0.008 0.404 0.020 0.488 0.064 0.016
#> GSM483306 4 0.5420 0.23170 0.004 0.448 0.016 0.472 0.000 0.060
#> GSM483309 4 0.6461 0.29437 0.016 0.396 0.028 0.464 0.080 0.016
#> GSM483314 3 0.5553 0.63500 0.028 0.000 0.668 0.196 0.076 0.032
#> GSM483316 3 0.6540 0.56988 0.080 0.004 0.544 0.044 0.292 0.036
#> GSM483321 4 0.9054 0.20134 0.084 0.092 0.228 0.324 0.216 0.056
#> GSM483324 3 0.5900 0.68233 0.040 0.004 0.660 0.132 0.140 0.024
#> GSM483326 4 0.6722 0.43063 0.012 0.268 0.180 0.504 0.016 0.020
#> GSM483335 3 0.6052 0.67015 0.040 0.000 0.656 0.128 0.120 0.056
#> GSM483340 4 0.6179 0.42852 0.008 0.132 0.244 0.572 0.000 0.044
#> GSM483342 4 0.6322 0.40460 0.012 0.180 0.320 0.476 0.012 0.000
#> GSM483345 4 0.6729 0.31916 0.008 0.332 0.128 0.472 0.004 0.056
#> GSM483346 4 0.6729 0.31916 0.008 0.332 0.128 0.472 0.004 0.056
#> GSM483355 4 0.6001 0.30455 0.008 0.404 0.020 0.488 0.064 0.016
#> GSM483357 4 0.5952 0.39951 0.016 0.344 0.020 0.552 0.044 0.024
#> GSM483359 5 0.8767 -0.26329 0.060 0.120 0.180 0.268 0.336 0.036
#> GSM483360 4 0.6330 0.39605 0.008 0.128 0.148 0.604 0.000 0.112
#> GSM483382 4 0.4281 0.53144 0.012 0.028 0.068 0.804 0.072 0.016
#> GSM483383 4 0.5417 0.36025 0.008 0.392 0.024 0.540 0.012 0.024
#> GSM483387 5 0.5434 0.41179 0.144 0.000 0.064 0.056 0.704 0.032
#> GSM483392 4 0.4070 0.47700 0.028 0.004 0.060 0.816 0.024 0.068
#> GSM483393 4 0.7395 0.35630 0.032 0.116 0.056 0.448 0.328 0.020
#> GSM483394 4 0.5371 0.34063 0.008 0.408 0.020 0.528 0.012 0.024
#> GSM483395 4 0.7156 0.41443 0.020 0.120 0.052 0.512 0.268 0.028
#> GSM483397 5 0.8489 -0.27142 0.124 0.000 0.224 0.268 0.296 0.088
#> GSM483398 4 0.6182 0.46899 0.024 0.032 0.084 0.648 0.180 0.032
#> GSM483409 5 0.1493 0.52568 0.056 0.004 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483422 2 0.1745 0.89233 0.000 0.924 0.000 0.020 0.000 0.056
#> GSM483423 5 0.8075 -0.12425 0.056 0.068 0.228 0.164 0.452 0.032
#> GSM483425 5 0.4295 0.51607 0.024 0.052 0.032 0.080 0.804 0.008
#> GSM483429 4 0.2604 0.47219 0.000 0.004 0.044 0.884 0.004 0.064
#> GSM483430 4 0.2604 0.47219 0.000 0.004 0.044 0.884 0.004 0.064
#> GSM483432 4 0.7077 0.44020 0.020 0.120 0.052 0.532 0.248 0.028
#> GSM483435 4 0.3658 0.48915 0.004 0.004 0.128 0.808 0.004 0.052
#> GSM483438 4 0.5417 0.36025 0.008 0.392 0.024 0.540 0.012 0.024
#> GSM483441 4 0.7094 0.43722 0.020 0.120 0.052 0.528 0.252 0.028
#> GSM483451 4 0.7145 0.43416 0.020 0.120 0.056 0.524 0.252 0.028
#> GSM483452 5 0.2561 0.51178 0.092 0.004 0.008 0.000 0.880 0.016
#> GSM483453 4 0.4704 0.53604 0.012 0.036 0.060 0.772 0.104 0.016
#> GSM483457 4 0.8563 -0.25890 0.248 0.008 0.092 0.304 0.256 0.092
#> GSM483467 4 0.4565 0.53787 0.012 0.036 0.060 0.784 0.092 0.016
#> GSM483469 4 0.6976 0.46322 0.020 0.120 0.056 0.560 0.216 0.028
#> GSM483472 4 0.6974 0.36392 0.020 0.092 0.060 0.484 0.328 0.016
#> GSM483474 5 0.2202 0.53288 0.072 0.008 0.012 0.004 0.904 0.000
#> GSM483475 4 0.5763 0.37688 0.052 0.024 0.112 0.708 0.032 0.072
#> GSM483479 5 0.3792 0.48967 0.104 0.012 0.028 0.012 0.824 0.020
#> GSM483480 3 0.4234 0.65760 0.012 0.004 0.768 0.148 0.064 0.004
#> GSM483481 3 0.4234 0.65760 0.012 0.004 0.768 0.148 0.064 0.004
#> GSM483482 3 0.4234 0.65760 0.012 0.004 0.768 0.148 0.064 0.004
#> GSM483483 5 0.6211 -0.00395 0.076 0.000 0.312 0.076 0.532 0.004
#> GSM483484 5 0.6211 -0.00395 0.076 0.000 0.312 0.076 0.532 0.004
#> GSM483485 3 0.7194 0.51241 0.020 0.036 0.484 0.188 0.252 0.020
#> GSM483486 3 0.3459 0.64631 0.000 0.000 0.824 0.108 0.052 0.016
#> GSM483487 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483488 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483489 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483490 3 0.5030 0.60555 0.004 0.004 0.680 0.232 0.048 0.032
#> GSM483491 5 0.5503 0.30354 0.116 0.000 0.252 0.016 0.612 0.004
#> GSM483492 5 0.1668 0.52944 0.060 0.004 0.008 0.000 0.928 0.000
#> GSM483493 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
#> GSM483494 5 0.2024 0.53793 0.036 0.008 0.012 0.020 0.924 0.000
#> GSM483495 5 0.2024 0.53793 0.036 0.008 0.012 0.020 0.924 0.000
#> GSM483496 5 0.1411 0.52100 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:hclust 171 0.058146 2.11e-09 2
#> SD:hclust 116 0.000967 2.04e-12 3
#> SD:hclust 127 0.094148 8.62e-07 4
#> SD:hclust 62 0.020055 7.68e-06 5
#> SD:hclust 96 0.079616 2.88e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.764 0.907 0.958 0.4888 0.516 0.516
#> 3 3 0.431 0.572 0.788 0.2994 0.718 0.515
#> 4 4 0.457 0.480 0.684 0.1464 0.770 0.464
#> 5 5 0.635 0.674 0.789 0.0816 0.865 0.551
#> 6 6 0.664 0.514 0.709 0.0428 0.961 0.820
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.7219 0.758 0.200 0.800
#> GSM483307 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.6801 0.784 0.180 0.820
#> GSM483317 1 0.8144 0.698 0.748 0.252
#> GSM483318 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483319 1 0.9732 0.397 0.596 0.404
#> GSM483322 2 0.9833 0.193 0.424 0.576
#> GSM483327 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483330 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0938 0.941 0.988 0.012
#> GSM483336 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.758 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0376 0.946 0.996 0.004
#> GSM483386 2 0.7219 0.758 0.200 0.800
#> GSM483388 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.6048 0.827 0.852 0.148
#> GSM483396 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.3274 0.906 0.940 0.060
#> GSM483436 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483442 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.3114 0.910 0.944 0.056
#> GSM483450 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.3274 0.913 0.060 0.940
#> GSM483458 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9710 0.408 0.600 0.400
#> GSM483462 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.0376 0.946 0.996 0.004
#> GSM483300 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.5629 0.842 0.132 0.868
#> GSM483310 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.9710 0.408 0.600 0.400
#> GSM483364 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.5294 0.841 0.880 0.120
#> GSM483372 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.4815 0.866 0.104 0.896
#> GSM483374 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.7139 0.773 0.804 0.196
#> GSM483404 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483413 2 0.6438 0.804 0.164 0.836
#> GSM483416 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.3431 0.903 0.936 0.064
#> GSM483433 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483434 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.8443 0.668 0.728 0.272
#> GSM483473 1 0.5178 0.858 0.884 0.116
#> GSM483478 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.5178 0.859 0.116 0.884
#> GSM483315 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483331 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483344 2 0.9710 0.365 0.400 0.600
#> GSM483347 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5519 0.847 0.872 0.128
#> GSM483377 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.2043 0.927 0.968 0.032
#> GSM483408 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483414 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7219 0.758 0.200 0.800
#> GSM483314 1 0.9710 0.408 0.600 0.400
#> GSM483316 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483324 1 0.9710 0.408 0.600 0.400
#> GSM483326 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.7219 0.769 0.800 0.200
#> GSM483340 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.4815 0.859 0.896 0.104
#> GSM483360 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483393 1 0.9286 0.507 0.656 0.344
#> GSM483394 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.8861 0.613 0.696 0.304
#> GSM483398 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.4815 0.859 0.896 0.104
#> GSM483425 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.1184 0.951 0.016 0.984
#> GSM483469 2 0.5946 0.815 0.144 0.856
#> GSM483472 2 0.3431 0.909 0.064 0.936
#> GSM483474 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.2236 0.935 0.036 0.964
#> GSM483483 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.2423 0.932 0.040 0.960
#> GSM483487 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.3274 0.901 0.940 0.060
#> GSM483490 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.948 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.7181 0.54230 0.648 0.048 0.304
#> GSM483302 1 0.0475 0.80128 0.992 0.004 0.004
#> GSM483303 3 0.6154 0.40220 0.000 0.408 0.592
#> GSM483305 2 0.2434 0.77944 0.036 0.940 0.024
#> GSM483307 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483312 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483313 3 0.5473 0.56910 0.052 0.140 0.808
#> GSM483317 3 0.2773 0.59381 0.048 0.024 0.928
#> GSM483318 3 0.2804 0.58810 0.060 0.016 0.924
#> GSM483319 3 0.2063 0.59457 0.008 0.044 0.948
#> GSM483322 3 0.2384 0.59436 0.008 0.056 0.936
#> GSM483327 3 0.5948 0.11033 0.000 0.360 0.640
#> GSM483328 3 0.6056 0.45021 0.224 0.032 0.744
#> GSM483330 1 0.4409 0.69493 0.824 0.004 0.172
#> GSM483332 3 0.5397 0.35524 0.000 0.280 0.720
#> GSM483333 3 0.6229 0.50946 0.172 0.064 0.764
#> GSM483336 3 0.7424 0.29661 0.288 0.064 0.648
#> GSM483337 3 0.2625 0.57543 0.000 0.084 0.916
#> GSM483339 2 0.5811 0.61442 0.108 0.800 0.092
#> GSM483351 1 0.7690 0.28880 0.536 0.048 0.416
#> GSM483352 3 0.4887 0.52853 0.000 0.228 0.772
#> GSM483354 1 0.8069 0.12049 0.476 0.064 0.460
#> GSM483358 2 0.5650 0.59528 0.000 0.688 0.312
#> GSM483384 1 0.7801 0.22694 0.520 0.052 0.428
#> GSM483386 2 0.3583 0.76942 0.044 0.900 0.056
#> GSM483388 3 0.6252 0.19383 0.000 0.444 0.556
#> GSM483390 1 0.6437 0.66234 0.732 0.048 0.220
#> GSM483391 3 0.9485 0.07441 0.388 0.184 0.428
#> GSM483396 3 0.6724 0.06435 0.420 0.012 0.568
#> GSM483399 3 0.6062 0.29099 0.000 0.384 0.616
#> GSM483400 1 0.2384 0.78268 0.936 0.008 0.056
#> GSM483401 2 0.2711 0.82665 0.000 0.912 0.088
#> GSM483412 1 0.7285 0.51245 0.632 0.048 0.320
#> GSM483418 3 0.6026 0.28162 0.000 0.376 0.624
#> GSM483420 3 0.3619 0.56622 0.000 0.136 0.864
#> GSM483421 3 0.6126 0.25168 0.000 0.400 0.600
#> GSM483426 3 0.4842 0.46502 0.000 0.224 0.776
#> GSM483428 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483431 1 0.4514 0.72096 0.832 0.156 0.012
#> GSM483436 3 0.9290 0.13408 0.372 0.164 0.464
#> GSM483442 1 0.6348 0.67081 0.740 0.048 0.212
#> GSM483443 1 0.4920 0.74979 0.840 0.052 0.108
#> GSM483444 1 0.6723 0.62849 0.704 0.048 0.248
#> GSM483447 1 0.0475 0.80128 0.992 0.004 0.004
#> GSM483448 1 0.7332 0.59544 0.660 0.064 0.276
#> GSM483450 1 0.7715 0.25320 0.524 0.048 0.428
#> GSM483455 3 0.5247 0.53294 0.008 0.224 0.768
#> GSM483458 1 0.7551 0.39929 0.580 0.048 0.372
#> GSM483461 3 0.4836 0.59377 0.072 0.080 0.848
#> GSM483462 1 0.5156 0.70709 0.776 0.008 0.216
#> GSM483464 1 0.4423 0.76174 0.864 0.048 0.088
#> GSM483466 3 0.5988 0.39880 0.000 0.368 0.632
#> GSM483468 1 0.6723 0.62849 0.704 0.048 0.248
#> GSM483476 3 0.5363 0.48689 0.000 0.276 0.724
#> GSM483477 3 0.7838 -0.08442 0.460 0.052 0.488
#> GSM483300 2 0.0892 0.81995 0.000 0.980 0.020
#> GSM483308 2 0.1774 0.80135 0.016 0.960 0.024
#> GSM483310 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483311 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483323 1 0.4228 0.71136 0.844 0.008 0.148
#> GSM483338 3 0.6215 0.16940 0.000 0.428 0.572
#> GSM483353 1 0.2945 0.78218 0.908 0.004 0.088
#> GSM483361 1 0.2492 0.79059 0.936 0.016 0.048
#> GSM483363 3 0.6394 0.56282 0.116 0.116 0.768
#> GSM483364 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0661 0.79957 0.988 0.004 0.008
#> GSM483368 3 0.5138 0.50691 0.000 0.252 0.748
#> GSM483371 3 0.8972 0.09437 0.412 0.128 0.460
#> GSM483372 2 0.5968 0.48836 0.000 0.636 0.364
#> GSM483373 3 0.5812 0.49828 0.012 0.264 0.724
#> GSM483374 3 0.5397 0.48162 0.000 0.280 0.720
#> GSM483379 1 0.0000 0.80109 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.5810 0.56623 0.000 0.664 0.336
#> GSM483381 1 0.1337 0.79989 0.972 0.012 0.016
#> GSM483389 1 0.5660 0.63866 0.772 0.028 0.200
#> GSM483404 1 0.3539 0.77830 0.888 0.012 0.100
#> GSM483405 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483410 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483411 1 0.6798 0.39464 0.584 0.016 0.400
#> GSM483413 3 0.8524 0.30677 0.092 0.452 0.456
#> GSM483416 1 0.4563 0.75919 0.852 0.036 0.112
#> GSM483417 1 0.1015 0.79720 0.980 0.012 0.008
#> GSM483419 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483427 3 0.7708 0.00139 0.424 0.048 0.528
#> GSM483433 1 0.7279 0.41287 0.652 0.056 0.292
#> GSM483434 1 0.3607 0.74029 0.880 0.008 0.112
#> GSM483445 1 0.6553 0.47399 0.580 0.008 0.412
#> GSM483459 1 0.4912 0.68536 0.796 0.008 0.196
#> GSM483465 1 0.7095 0.56307 0.660 0.048 0.292
#> GSM483470 3 0.9385 0.25295 0.328 0.188 0.484
#> GSM483473 1 0.7209 0.47493 0.604 0.036 0.360
#> GSM483478 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483304 2 0.1337 0.80902 0.016 0.972 0.012
#> GSM483315 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483320 1 0.5977 0.61746 0.728 0.020 0.252
#> GSM483325 3 0.6548 0.15504 0.372 0.012 0.616
#> GSM483329 1 0.1482 0.79913 0.968 0.020 0.012
#> GSM483331 1 0.6016 0.61000 0.724 0.020 0.256
#> GSM483334 1 0.0424 0.79996 0.992 0.000 0.008
#> GSM483341 1 0.6155 0.52424 0.664 0.008 0.328
#> GSM483343 3 0.4921 0.50930 0.164 0.020 0.816
#> GSM483344 3 0.8659 0.40980 0.228 0.176 0.596
#> GSM483347 3 0.5465 0.37250 0.000 0.288 0.712
#> GSM483348 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483349 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483350 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483356 1 0.1015 0.79720 0.980 0.012 0.008
#> GSM483362 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483365 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483367 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483369 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483375 1 0.0237 0.80130 0.996 0.000 0.004
#> GSM483376 1 0.6274 0.36752 0.544 0.000 0.456
#> GSM483377 1 0.1015 0.79695 0.980 0.008 0.012
#> GSM483378 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483385 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483402 1 0.5536 0.65471 0.776 0.024 0.200
#> GSM483403 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483406 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483407 1 0.6949 0.67885 0.732 0.156 0.112
#> GSM483408 1 0.7260 0.36842 0.636 0.048 0.316
#> GSM483414 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483415 1 0.1015 0.79720 0.980 0.012 0.008
#> GSM483424 1 0.4217 0.76435 0.868 0.032 0.100
#> GSM483437 1 0.5728 0.62093 0.720 0.008 0.272
#> GSM483439 1 0.1860 0.79166 0.948 0.000 0.052
#> GSM483440 1 0.0237 0.80114 0.996 0.004 0.000
#> GSM483446 1 0.1015 0.79772 0.980 0.008 0.012
#> GSM483449 1 0.0237 0.80077 0.996 0.004 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.80109 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4842 0.70589 0.000 0.776 0.224
#> GSM483460 1 0.0000 0.80109 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 3 0.5988 0.32212 0.000 0.368 0.632
#> GSM483471 1 0.0848 0.79766 0.984 0.008 0.008
#> GSM483297 2 0.0592 0.82653 0.000 0.988 0.012
#> GSM483298 2 0.2537 0.82975 0.000 0.920 0.080
#> GSM483299 2 0.1015 0.81450 0.008 0.980 0.012
#> GSM483306 2 0.2165 0.83705 0.000 0.936 0.064
#> GSM483309 2 0.2681 0.77066 0.040 0.932 0.028
#> GSM483314 3 0.1832 0.59260 0.008 0.036 0.956
#> GSM483316 3 0.6758 0.18375 0.360 0.020 0.620
#> GSM483321 3 0.4654 0.52784 0.000 0.208 0.792
#> GSM483324 3 0.2173 0.59112 0.008 0.048 0.944
#> GSM483326 2 0.2537 0.83584 0.000 0.920 0.080
#> GSM483335 3 0.1905 0.59464 0.028 0.016 0.956
#> GSM483340 2 0.5591 0.63747 0.000 0.696 0.304
#> GSM483342 2 0.3816 0.74955 0.000 0.852 0.148
#> GSM483345 2 0.2261 0.83647 0.000 0.932 0.068
#> GSM483346 2 0.1163 0.82100 0.000 0.972 0.028
#> GSM483355 2 0.0983 0.81752 0.004 0.980 0.016
#> GSM483357 2 0.1860 0.82277 0.000 0.948 0.052
#> GSM483359 1 0.8190 0.15981 0.496 0.072 0.432
#> GSM483360 2 0.5678 0.59253 0.000 0.684 0.316
#> GSM483382 3 0.6168 0.22091 0.000 0.412 0.588
#> GSM483383 2 0.1753 0.82172 0.000 0.952 0.048
#> GSM483387 1 0.3276 0.78159 0.908 0.024 0.068
#> GSM483392 3 0.6204 0.18235 0.000 0.424 0.576
#> GSM483393 3 0.9062 0.43965 0.152 0.336 0.512
#> GSM483394 2 0.2261 0.83620 0.000 0.932 0.068
#> GSM483395 2 0.6204 0.12807 0.000 0.576 0.424
#> GSM483397 3 0.3499 0.58622 0.072 0.028 0.900
#> GSM483398 3 0.5431 0.47945 0.000 0.284 0.716
#> GSM483409 1 0.7757 0.14951 0.488 0.048 0.464
#> GSM483422 2 0.2066 0.83818 0.000 0.940 0.060
#> GSM483423 3 0.7666 0.31737 0.288 0.076 0.636
#> GSM483425 3 0.6298 0.42370 0.004 0.388 0.608
#> GSM483429 3 0.6291 0.09101 0.000 0.468 0.532
#> GSM483430 2 0.2796 0.82358 0.000 0.908 0.092
#> GSM483432 2 0.6008 0.18221 0.000 0.628 0.372
#> GSM483435 3 0.6168 0.22091 0.000 0.412 0.588
#> GSM483438 2 0.2066 0.81674 0.000 0.940 0.060
#> GSM483441 3 0.6416 0.43419 0.008 0.376 0.616
#> GSM483451 3 0.5988 0.39898 0.000 0.368 0.632
#> GSM483452 1 0.0424 0.80112 0.992 0.000 0.008
#> GSM483453 3 0.5465 0.47782 0.000 0.288 0.712
#> GSM483457 3 0.5327 0.49028 0.000 0.272 0.728
#> GSM483467 3 0.5431 0.48457 0.000 0.284 0.716
#> GSM483469 3 0.7787 0.45830 0.064 0.348 0.588
#> GSM483472 3 0.5723 0.52337 0.016 0.240 0.744
#> GSM483474 1 0.7755 0.16236 0.492 0.048 0.460
#> GSM483475 2 0.5760 0.58030 0.000 0.672 0.328
#> GSM483479 1 0.3272 0.77503 0.892 0.004 0.104
#> GSM483480 3 0.3918 0.57162 0.004 0.140 0.856
#> GSM483481 3 0.3192 0.55679 0.000 0.112 0.888
#> GSM483482 3 0.1765 0.59445 0.004 0.040 0.956
#> GSM483483 3 0.7517 0.12050 0.364 0.048 0.588
#> GSM483484 3 0.7729 -0.06862 0.436 0.048 0.516
#> GSM483485 3 0.1753 0.59134 0.000 0.048 0.952
#> GSM483486 3 0.1878 0.59365 0.004 0.044 0.952
#> GSM483487 3 0.7660 0.01117 0.404 0.048 0.548
#> GSM483488 3 0.7300 0.34380 0.272 0.064 0.664
#> GSM483489 3 0.7567 0.10848 0.376 0.048 0.576
#> GSM483490 3 0.2448 0.58625 0.000 0.076 0.924
#> GSM483491 3 0.7648 0.02657 0.400 0.048 0.552
#> GSM483492 1 0.7481 0.43702 0.596 0.048 0.356
#> GSM483493 1 0.6723 0.62849 0.704 0.048 0.248
#> GSM483494 1 0.7481 0.43702 0.596 0.048 0.356
#> GSM483495 1 0.6437 0.66234 0.732 0.048 0.220
#> GSM483496 1 0.6437 0.66234 0.732 0.048 0.220
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.5219 0.398505 0.244 0.000 0.044 0.712
#> GSM483302 1 0.2888 0.772320 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM483303 4 0.3695 0.386449 0.000 0.156 0.016 0.828
#> GSM483305 2 0.2940 0.766301 0.012 0.892 0.008 0.088
#> GSM483307 2 0.0469 0.805977 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483312 2 0.0469 0.805778 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483313 3 0.5090 0.526388 0.000 0.016 0.660 0.324
#> GSM483317 3 0.4903 0.585145 0.000 0.028 0.724 0.248
#> GSM483318 3 0.4719 0.587635 0.008 0.016 0.752 0.224
#> GSM483319 3 0.4932 0.587231 0.000 0.032 0.728 0.240
#> GSM483322 3 0.5374 0.585103 0.000 0.052 0.704 0.244
#> GSM483327 3 0.4225 0.501543 0.000 0.184 0.792 0.024
#> GSM483328 3 0.5666 0.518899 0.040 0.004 0.660 0.296
#> GSM483330 1 0.6650 0.062700 0.500 0.004 0.424 0.072
#> GSM483332 3 0.5574 0.428423 0.000 0.148 0.728 0.124
#> GSM483333 3 0.5725 0.455298 0.016 0.012 0.600 0.372
#> GSM483336 3 0.5838 0.394966 0.016 0.012 0.560 0.412
#> GSM483337 3 0.4728 0.593823 0.000 0.032 0.752 0.216
#> GSM483339 2 0.5303 0.664659 0.036 0.764 0.032 0.168
#> GSM483351 4 0.5056 0.423606 0.224 0.000 0.044 0.732
#> GSM483352 4 0.6412 0.199141 0.004 0.084 0.296 0.616
#> GSM483354 4 0.4677 0.448458 0.176 0.000 0.048 0.776
#> GSM483358 2 0.7392 0.302388 0.000 0.472 0.356 0.172
#> GSM483384 4 0.5191 0.333635 0.292 0.004 0.020 0.684
#> GSM483386 2 0.4631 0.727321 0.012 0.784 0.024 0.180
#> GSM483388 4 0.7868 0.026527 0.000 0.276 0.352 0.372
#> GSM483390 4 0.5657 0.270115 0.312 0.000 0.044 0.644
#> GSM483391 4 0.5380 0.443556 0.136 0.120 0.000 0.744
#> GSM483396 4 0.7670 -0.035655 0.216 0.000 0.364 0.420
#> GSM483399 4 0.7717 0.031960 0.000 0.224 0.384 0.392
#> GSM483400 1 0.5566 0.636679 0.704 0.000 0.224 0.072
#> GSM483401 2 0.0707 0.804724 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM483412 4 0.5188 0.404171 0.240 0.000 0.044 0.716
#> GSM483418 3 0.7138 0.193044 0.000 0.164 0.540 0.296
#> GSM483420 3 0.6536 0.246347 0.000 0.096 0.580 0.324
#> GSM483421 4 0.7758 0.028227 0.000 0.236 0.368 0.396
#> GSM483426 3 0.5811 0.398065 0.000 0.116 0.704 0.180
#> GSM483428 2 0.0779 0.805307 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM483431 1 0.4059 0.726225 0.832 0.124 0.004 0.040
#> GSM483436 4 0.5976 0.445425 0.184 0.044 0.048 0.724
#> GSM483442 4 0.4713 0.177963 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM483443 1 0.5276 0.303602 0.560 0.004 0.004 0.432
#> GSM483444 4 0.5365 0.364219 0.264 0.000 0.044 0.692
#> GSM483447 1 0.2651 0.779827 0.896 0.004 0.004 0.096
#> GSM483448 1 0.7371 0.164286 0.444 0.008 0.124 0.424
#> GSM483450 4 0.5022 0.428126 0.220 0.000 0.044 0.736
#> GSM483455 4 0.6391 0.202116 0.004 0.084 0.292 0.620
#> GSM483458 4 0.5090 0.419221 0.228 0.000 0.044 0.728
#> GSM483461 4 0.6724 -0.058485 0.004 0.076 0.452 0.468
#> GSM483462 4 0.6668 0.110296 0.380 0.000 0.092 0.528
#> GSM483464 1 0.4933 0.341910 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM483466 4 0.7004 0.221114 0.000 0.200 0.220 0.580
#> GSM483468 4 0.5309 0.376762 0.256 0.000 0.044 0.700
#> GSM483476 4 0.7186 0.087355 0.000 0.140 0.384 0.476
#> GSM483477 4 0.3695 0.444392 0.108 0.008 0.028 0.856
#> GSM483300 2 0.2936 0.782856 0.004 0.900 0.040 0.056
#> GSM483308 2 0.2334 0.774890 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM483310 2 0.0779 0.805307 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM483311 2 0.0469 0.805778 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483323 1 0.5453 0.363299 0.592 0.000 0.388 0.020
#> GSM483338 3 0.7803 0.001183 0.000 0.252 0.396 0.352
#> GSM483353 1 0.3933 0.707118 0.796 0.004 0.004 0.196
#> GSM483361 1 0.3808 0.716689 0.808 0.004 0.004 0.184
#> GSM483363 4 0.5904 0.258952 0.004 0.080 0.228 0.688
#> GSM483364 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483366 1 0.2174 0.792355 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM483368 3 0.7055 0.082602 0.000 0.124 0.480 0.396
#> GSM483371 4 0.5245 0.430376 0.196 0.044 0.012 0.748
#> GSM483372 4 0.7924 -0.129751 0.000 0.336 0.328 0.336
#> GSM483373 4 0.7394 0.089417 0.004 0.148 0.368 0.480
#> GSM483374 4 0.7392 0.063716 0.000 0.168 0.372 0.460
#> GSM483379 1 0.2983 0.795586 0.892 0.000 0.068 0.040
#> GSM483380 2 0.7792 0.235467 0.000 0.412 0.332 0.256
#> GSM483381 1 0.4290 0.738766 0.800 0.000 0.036 0.164
#> GSM483389 1 0.4500 0.701808 0.776 0.000 0.192 0.032
#> GSM483404 1 0.5035 0.692413 0.748 0.000 0.056 0.196
#> GSM483405 1 0.2466 0.778456 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM483410 1 0.1762 0.795804 0.944 0.004 0.004 0.048
#> GSM483411 3 0.8020 0.193312 0.356 0.044 0.480 0.120
#> GSM483413 4 0.4694 0.371758 0.012 0.220 0.012 0.756
#> GSM483416 1 0.5558 0.561849 0.640 0.000 0.036 0.324
#> GSM483417 1 0.2281 0.778784 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM483419 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483427 4 0.5690 0.422081 0.196 0.000 0.096 0.708
#> GSM483433 1 0.7159 0.494778 0.636 0.056 0.224 0.084
#> GSM483434 1 0.5233 0.487160 0.648 0.000 0.332 0.020
#> GSM483445 3 0.7039 0.393293 0.144 0.000 0.540 0.316
#> GSM483459 3 0.7082 0.154173 0.368 0.000 0.500 0.132
#> GSM483465 4 0.5219 0.398505 0.244 0.000 0.044 0.712
#> GSM483470 4 0.3978 0.426697 0.056 0.108 0.000 0.836
#> GSM483473 1 0.7752 0.150716 0.456 0.028 0.116 0.400
#> GSM483478 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483304 2 0.2928 0.774776 0.028 0.904 0.012 0.056
#> GSM483315 1 0.2611 0.778078 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM483320 3 0.6431 0.286921 0.324 0.004 0.596 0.076
#> GSM483325 3 0.6581 0.453944 0.076 0.008 0.588 0.328
#> GSM483329 1 0.5050 0.737622 0.784 0.008 0.108 0.100
#> GSM483331 3 0.6718 0.379146 0.284 0.004 0.600 0.112
#> GSM483334 1 0.2813 0.786735 0.896 0.000 0.080 0.024
#> GSM483341 3 0.6640 0.403466 0.268 0.000 0.604 0.128
#> GSM483343 3 0.4362 0.555046 0.088 0.000 0.816 0.096
#> GSM483344 3 0.6890 0.440300 0.020 0.068 0.556 0.356
#> GSM483347 3 0.5188 0.448789 0.000 0.096 0.756 0.148
#> GSM483348 1 0.2611 0.778078 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM483349 1 0.1492 0.797694 0.956 0.004 0.004 0.036
#> GSM483350 1 0.1492 0.797694 0.956 0.004 0.004 0.036
#> GSM483356 1 0.2081 0.782558 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM483362 1 0.1118 0.798365 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM483365 1 0.2611 0.778078 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM483367 1 0.2412 0.782468 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM483369 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483370 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483375 1 0.2909 0.789007 0.888 0.000 0.020 0.092
#> GSM483376 1 0.8206 -0.025285 0.368 0.012 0.364 0.256
#> GSM483377 1 0.2611 0.778078 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM483378 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483385 1 0.1305 0.798075 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM483402 3 0.6633 -0.039136 0.456 0.032 0.484 0.028
#> GSM483403 1 0.1398 0.797245 0.956 0.004 0.000 0.040
#> GSM483406 1 0.2586 0.781528 0.900 0.004 0.004 0.092
#> GSM483407 1 0.7023 0.401588 0.552 0.124 0.004 0.320
#> GSM483408 1 0.7774 0.383932 0.576 0.076 0.260 0.088
#> GSM483414 1 0.3013 0.788211 0.888 0.000 0.080 0.032
#> GSM483415 1 0.2546 0.779639 0.900 0.000 0.092 0.008
#> GSM483424 1 0.5080 0.449675 0.628 0.004 0.004 0.364
#> GSM483437 1 0.7179 0.235468 0.480 0.000 0.140 0.380
#> GSM483439 1 0.4086 0.698260 0.776 0.000 0.008 0.216
#> GSM483440 1 0.1118 0.798365 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM483446 1 0.4188 0.772166 0.824 0.000 0.112 0.064
#> GSM483449 1 0.1174 0.797605 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM483454 1 0.2871 0.796549 0.896 0.000 0.032 0.072
#> GSM483456 2 0.5318 0.617572 0.000 0.732 0.196 0.072
#> GSM483460 1 0.1211 0.798680 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483463 4 0.7710 0.037480 0.000 0.224 0.368 0.408
#> GSM483471 1 0.1635 0.792221 0.948 0.000 0.044 0.008
#> GSM483297 2 0.1661 0.797011 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM483298 2 0.1209 0.800463 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM483299 2 0.2382 0.781816 0.004 0.912 0.004 0.080
#> GSM483306 2 0.0817 0.804202 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM483309 2 0.2860 0.765589 0.004 0.888 0.008 0.100
#> GSM483314 3 0.3895 0.572933 0.000 0.036 0.832 0.132
#> GSM483316 3 0.6491 0.448913 0.064 0.008 0.576 0.352
#> GSM483321 3 0.5448 0.565403 0.000 0.056 0.700 0.244
#> GSM483324 3 0.3984 0.570636 0.000 0.040 0.828 0.132
#> GSM483326 2 0.2480 0.781506 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM483335 3 0.4323 0.589638 0.000 0.028 0.788 0.184
#> GSM483340 2 0.5658 0.502266 0.000 0.632 0.328 0.040
#> GSM483342 2 0.5080 0.662334 0.000 0.764 0.144 0.092
#> GSM483345 2 0.1209 0.799970 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM483346 2 0.2376 0.789170 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM483355 2 0.2382 0.781816 0.004 0.912 0.004 0.080
#> GSM483357 2 0.5365 0.650138 0.000 0.692 0.044 0.264
#> GSM483359 4 0.5888 0.332741 0.308 0.004 0.048 0.640
#> GSM483360 2 0.7304 0.322880 0.000 0.492 0.344 0.164
#> GSM483382 3 0.7756 -0.005308 0.000 0.236 0.400 0.364
#> GSM483383 2 0.3810 0.729991 0.000 0.804 0.008 0.188
#> GSM483387 1 0.4051 0.696403 0.784 0.004 0.004 0.208
#> GSM483392 4 0.7772 0.024046 0.000 0.240 0.368 0.392
#> GSM483393 4 0.4774 0.418139 0.056 0.116 0.020 0.808
#> GSM483394 2 0.1209 0.800463 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM483395 4 0.7495 -0.076931 0.000 0.392 0.180 0.428
#> GSM483397 3 0.4523 0.564299 0.020 0.036 0.816 0.128
#> GSM483398 4 0.7169 0.134377 0.000 0.152 0.332 0.516
#> GSM483409 4 0.4285 0.450499 0.156 0.000 0.040 0.804
#> GSM483422 2 0.0469 0.805778 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483423 4 0.7076 0.153884 0.088 0.028 0.288 0.596
#> GSM483425 4 0.3822 0.385701 0.004 0.120 0.032 0.844
#> GSM483429 4 0.7851 0.008681 0.000 0.280 0.324 0.396
#> GSM483430 2 0.5950 0.605284 0.000 0.696 0.148 0.156
#> GSM483432 4 0.6189 -0.000229 0.000 0.372 0.060 0.568
#> GSM483435 3 0.7743 -0.006070 0.000 0.232 0.400 0.368
#> GSM483438 2 0.5955 0.505721 0.000 0.616 0.056 0.328
#> GSM483441 4 0.3920 0.394733 0.012 0.108 0.032 0.848
#> GSM483451 4 0.7042 0.240664 0.000 0.240 0.188 0.572
#> GSM483452 1 0.3249 0.761668 0.852 0.000 0.008 0.140
#> GSM483453 4 0.6993 0.172173 0.000 0.148 0.296 0.556
#> GSM483457 4 0.7253 0.086902 0.000 0.152 0.364 0.484
#> GSM483467 4 0.7161 0.166405 0.004 0.144 0.304 0.548
#> GSM483469 4 0.4321 0.392871 0.016 0.128 0.032 0.824
#> GSM483472 4 0.6232 0.240376 0.004 0.092 0.248 0.656
#> GSM483474 4 0.4010 0.453582 0.156 0.000 0.028 0.816
#> GSM483475 2 0.7806 0.247600 0.000 0.408 0.332 0.260
#> GSM483479 1 0.4661 0.595475 0.708 0.004 0.004 0.284
#> GSM483480 3 0.4857 0.561587 0.000 0.016 0.700 0.284
#> GSM483481 3 0.4888 0.591988 0.000 0.036 0.740 0.224
#> GSM483482 3 0.4767 0.582707 0.000 0.020 0.724 0.256
#> GSM483483 4 0.5775 -0.117514 0.032 0.000 0.408 0.560
#> GSM483484 4 0.5998 0.289520 0.108 0.000 0.212 0.680
#> GSM483485 3 0.4755 0.497407 0.000 0.040 0.760 0.200
#> GSM483486 3 0.4675 0.587485 0.000 0.020 0.736 0.244
#> GSM483487 4 0.5936 0.090103 0.056 0.000 0.324 0.620
#> GSM483488 4 0.4872 0.246134 0.028 0.000 0.244 0.728
#> GSM483489 4 0.5947 0.116344 0.060 0.000 0.312 0.628
#> GSM483490 3 0.4985 0.479107 0.000 0.080 0.768 0.152
#> GSM483491 4 0.5866 0.090581 0.052 0.000 0.324 0.624
#> GSM483492 4 0.5123 0.414365 0.232 0.000 0.044 0.724
#> GSM483493 4 0.5365 0.364219 0.264 0.000 0.044 0.692
#> GSM483494 4 0.5123 0.414365 0.232 0.000 0.044 0.724
#> GSM483495 4 0.4790 0.131069 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM483496 4 0.5657 0.270115 0.312 0.000 0.044 0.644
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.2032 0.7990 0.052 0.000 0.020 0.004 0.924
#> GSM483302 1 0.4425 0.5810 0.680 0.000 0.024 0.000 0.296
#> GSM483303 5 0.4149 0.6899 0.000 0.128 0.000 0.088 0.784
#> GSM483305 2 0.1975 0.8776 0.004 0.936 0.020 0.024 0.016
#> GSM483307 2 0.1200 0.8819 0.000 0.964 0.012 0.016 0.008
#> GSM483312 2 0.1498 0.8793 0.000 0.952 0.016 0.024 0.008
#> GSM483313 3 0.4091 0.7837 0.000 0.008 0.804 0.096 0.092
#> GSM483317 3 0.3701 0.7908 0.000 0.004 0.824 0.112 0.060
#> GSM483318 3 0.2889 0.7942 0.000 0.000 0.872 0.084 0.044
#> GSM483319 3 0.3937 0.7818 0.000 0.004 0.804 0.132 0.060
#> GSM483322 3 0.3779 0.7865 0.000 0.012 0.824 0.116 0.048
#> GSM483327 3 0.3895 0.7430 0.000 0.032 0.796 0.164 0.008
#> GSM483328 3 0.2708 0.7939 0.000 0.000 0.884 0.044 0.072
#> GSM483330 3 0.5184 0.5091 0.280 0.000 0.660 0.016 0.044
#> GSM483332 4 0.4888 -0.0742 0.000 0.016 0.472 0.508 0.004
#> GSM483333 3 0.3484 0.7949 0.008 0.004 0.852 0.056 0.080
#> GSM483336 3 0.3336 0.7931 0.004 0.004 0.856 0.048 0.088
#> GSM483337 3 0.3955 0.7810 0.000 0.004 0.804 0.128 0.064
#> GSM483339 2 0.5290 0.7747 0.040 0.760 0.060 0.028 0.112
#> GSM483351 5 0.1605 0.8003 0.040 0.000 0.012 0.004 0.944
#> GSM483352 4 0.3838 0.6400 0.000 0.004 0.000 0.716 0.280
#> GSM483354 5 0.1518 0.7989 0.016 0.000 0.012 0.020 0.952
#> GSM483358 4 0.3875 0.6420 0.000 0.228 0.012 0.756 0.004
#> GSM483384 5 0.5653 0.5244 0.268 0.000 0.012 0.088 0.632
#> GSM483386 2 0.4121 0.7937 0.004 0.808 0.012 0.120 0.056
#> GSM483388 4 0.4662 0.7121 0.000 0.132 0.020 0.768 0.080
#> GSM483390 5 0.2270 0.7865 0.076 0.000 0.020 0.000 0.904
#> GSM483391 5 0.5045 0.7169 0.028 0.168 0.016 0.040 0.748
#> GSM483396 3 0.6686 0.1821 0.060 0.000 0.488 0.072 0.380
#> GSM483399 4 0.2673 0.7910 0.000 0.036 0.020 0.900 0.044
#> GSM483400 1 0.6485 0.3309 0.484 0.008 0.412 0.036 0.060
#> GSM483401 2 0.1913 0.8734 0.000 0.932 0.016 0.044 0.008
#> GSM483412 5 0.2032 0.7990 0.052 0.000 0.020 0.004 0.924
#> GSM483418 4 0.2179 0.7406 0.000 0.004 0.100 0.896 0.000
#> GSM483420 4 0.2286 0.7332 0.000 0.004 0.108 0.888 0.000
#> GSM483421 4 0.2698 0.7908 0.000 0.036 0.028 0.900 0.036
#> GSM483426 4 0.3686 0.6205 0.000 0.004 0.204 0.780 0.012
#> GSM483428 2 0.1686 0.8778 0.000 0.944 0.020 0.028 0.008
#> GSM483431 1 0.4531 0.6603 0.768 0.176 0.020 0.012 0.024
#> GSM483436 5 0.2177 0.8005 0.032 0.016 0.016 0.008 0.928
#> GSM483442 5 0.2249 0.7765 0.096 0.000 0.008 0.000 0.896
#> GSM483443 5 0.5006 0.2872 0.408 0.000 0.008 0.020 0.564
#> GSM483444 5 0.1943 0.7978 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924
#> GSM483447 1 0.3342 0.7218 0.836 0.000 0.008 0.020 0.136
#> GSM483448 5 0.7442 0.1600 0.256 0.000 0.260 0.044 0.440
#> GSM483450 5 0.1836 0.8013 0.040 0.000 0.016 0.008 0.936
#> GSM483455 4 0.3766 0.6547 0.000 0.004 0.000 0.728 0.268
#> GSM483458 5 0.2011 0.8007 0.044 0.000 0.020 0.008 0.928
#> GSM483461 4 0.2792 0.7687 0.004 0.000 0.072 0.884 0.040
#> GSM483462 5 0.3600 0.7605 0.100 0.008 0.040 0.008 0.844
#> GSM483464 5 0.3093 0.7184 0.168 0.000 0.008 0.000 0.824
#> GSM483466 4 0.4863 0.6250 0.000 0.056 0.000 0.672 0.272
#> GSM483468 5 0.1943 0.7978 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924
#> GSM483476 4 0.2708 0.7902 0.000 0.020 0.016 0.892 0.072
#> GSM483477 5 0.4428 0.7460 0.036 0.044 0.012 0.100 0.808
#> GSM483300 2 0.2544 0.8653 0.000 0.900 0.064 0.028 0.008
#> GSM483308 2 0.1282 0.8784 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM483310 2 0.1686 0.8778 0.000 0.944 0.020 0.028 0.008
#> GSM483311 2 0.1498 0.8793 0.000 0.952 0.016 0.024 0.008
#> GSM483323 3 0.5782 0.0514 0.380 0.008 0.556 0.036 0.020
#> GSM483338 4 0.2395 0.7804 0.000 0.036 0.040 0.912 0.012
#> GSM483353 1 0.4726 0.5582 0.684 0.000 0.016 0.020 0.280
#> GSM483361 1 0.4430 0.5823 0.708 0.000 0.008 0.020 0.264
#> GSM483363 4 0.4102 0.5963 0.000 0.004 0.004 0.692 0.300
#> GSM483364 1 0.1124 0.7669 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM483366 1 0.3553 0.7519 0.844 0.004 0.108 0.028 0.016
#> GSM483368 4 0.2270 0.7636 0.000 0.004 0.072 0.908 0.016
#> GSM483371 5 0.6780 0.5901 0.196 0.068 0.008 0.116 0.612
#> GSM483372 4 0.3051 0.7542 0.000 0.120 0.000 0.852 0.028
#> GSM483373 4 0.2665 0.7897 0.000 0.020 0.032 0.900 0.048
#> GSM483374 4 0.2927 0.7907 0.000 0.028 0.036 0.888 0.048
#> GSM483379 1 0.4366 0.7572 0.808 0.008 0.100 0.028 0.056
#> GSM483380 4 0.2648 0.7289 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM483381 1 0.5204 0.6394 0.684 0.000 0.080 0.008 0.228
#> GSM483389 1 0.6236 0.6185 0.644 0.008 0.188 0.132 0.028
#> GSM483404 1 0.5669 0.6073 0.660 0.000 0.064 0.036 0.240
#> GSM483405 1 0.4090 0.7222 0.800 0.008 0.148 0.036 0.008
#> GSM483410 1 0.1787 0.7625 0.936 0.000 0.004 0.016 0.044
#> GSM483411 3 0.5479 0.5470 0.244 0.012 0.676 0.052 0.016
#> GSM483413 5 0.5556 0.5725 0.000 0.244 0.008 0.100 0.648
#> GSM483416 1 0.5919 0.5044 0.580 0.000 0.092 0.012 0.316
#> GSM483417 1 0.4090 0.7222 0.800 0.008 0.148 0.036 0.008
#> GSM483419 1 0.1205 0.7661 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM483427 5 0.2805 0.7918 0.032 0.000 0.068 0.012 0.888
#> GSM483433 1 0.6152 0.4907 0.588 0.004 0.112 0.284 0.012
#> GSM483434 1 0.5782 0.5319 0.600 0.008 0.328 0.036 0.028
#> GSM483445 3 0.3379 0.7913 0.024 0.000 0.860 0.040 0.076
#> GSM483459 3 0.5459 0.5760 0.140 0.008 0.728 0.036 0.088
#> GSM483465 5 0.1960 0.7997 0.048 0.000 0.020 0.004 0.928
#> GSM483470 5 0.4679 0.7095 0.012 0.148 0.008 0.064 0.768
#> GSM483473 5 0.7674 0.2471 0.280 0.000 0.096 0.164 0.460
#> GSM483478 1 0.0880 0.7683 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483304 2 0.1903 0.8735 0.012 0.940 0.020 0.020 0.008
#> GSM483315 1 0.4688 0.7200 0.772 0.008 0.152 0.036 0.032
#> GSM483320 3 0.2363 0.7477 0.052 0.000 0.912 0.024 0.012
#> GSM483325 3 0.3279 0.7941 0.016 0.000 0.864 0.048 0.072
#> GSM483329 1 0.6248 0.6768 0.660 0.008 0.124 0.044 0.164
#> GSM483331 3 0.2980 0.7344 0.040 0.008 0.892 0.032 0.028
#> GSM483334 1 0.4881 0.7170 0.752 0.008 0.172 0.036 0.032
#> GSM483341 3 0.3380 0.7281 0.040 0.008 0.872 0.044 0.036
#> GSM483343 3 0.3016 0.7362 0.028 0.004 0.884 0.064 0.020
#> GSM483344 3 0.6624 0.6349 0.020 0.172 0.648 0.076 0.084
#> GSM483347 4 0.4919 0.2779 0.000 0.016 0.368 0.604 0.012
#> GSM483348 1 0.4688 0.7200 0.772 0.008 0.152 0.036 0.032
#> GSM483349 1 0.1626 0.7632 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> GSM483350 1 0.1701 0.7623 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> GSM483356 1 0.3979 0.7302 0.816 0.008 0.128 0.036 0.012
#> GSM483362 1 0.0880 0.7683 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483365 1 0.4688 0.7200 0.772 0.008 0.152 0.036 0.032
#> GSM483367 1 0.4442 0.7307 0.792 0.008 0.136 0.032 0.032
#> GSM483369 1 0.0880 0.7683 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483370 1 0.0880 0.7683 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483375 1 0.4348 0.6680 0.744 0.000 0.032 0.008 0.216
#> GSM483376 3 0.7559 0.3721 0.188 0.000 0.496 0.092 0.224
#> GSM483377 1 0.4688 0.7200 0.772 0.008 0.152 0.036 0.032
#> GSM483378 1 0.1124 0.7669 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM483385 1 0.1041 0.7677 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM483402 3 0.5845 0.3705 0.304 0.064 0.608 0.020 0.004
#> GSM483403 1 0.1646 0.7708 0.944 0.004 0.020 0.000 0.032
#> GSM483406 1 0.3639 0.7012 0.808 0.000 0.008 0.020 0.164
#> GSM483407 1 0.7805 0.2553 0.468 0.176 0.044 0.028 0.284
#> GSM483408 1 0.6389 0.1908 0.464 0.000 0.084 0.424 0.028
#> GSM483414 1 0.6009 0.7038 0.676 0.008 0.132 0.032 0.152
#> GSM483415 1 0.4688 0.7200 0.772 0.008 0.152 0.036 0.032
#> GSM483424 1 0.5041 0.1900 0.544 0.000 0.008 0.020 0.428
#> GSM483437 5 0.7617 -0.1312 0.352 0.008 0.180 0.048 0.412
#> GSM483439 1 0.4906 0.5297 0.648 0.000 0.016 0.020 0.316
#> GSM483440 1 0.0794 0.7687 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483446 1 0.7238 0.5906 0.540 0.008 0.172 0.052 0.228
#> GSM483449 1 0.1469 0.7712 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM483454 1 0.4993 0.7008 0.724 0.000 0.084 0.012 0.180
#> GSM483456 4 0.4751 0.2631 0.000 0.420 0.008 0.564 0.008
#> GSM483460 1 0.1502 0.7685 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM483463 4 0.2791 0.7913 0.000 0.036 0.016 0.892 0.056
#> GSM483471 1 0.3380 0.7608 0.868 0.008 0.068 0.024 0.032
#> GSM483297 2 0.1469 0.8798 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM483298 2 0.2561 0.8391 0.000 0.884 0.000 0.096 0.020
#> GSM483299 2 0.1557 0.8762 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM483306 2 0.1329 0.8790 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008
#> GSM483309 2 0.2368 0.8709 0.004 0.912 0.012 0.012 0.060
#> GSM483314 3 0.3565 0.7524 0.000 0.000 0.800 0.176 0.024
#> GSM483316 3 0.3126 0.7944 0.008 0.000 0.868 0.048 0.076
#> GSM483321 3 0.4240 0.7682 0.000 0.016 0.788 0.148 0.048
#> GSM483324 3 0.3565 0.7524 0.000 0.000 0.800 0.176 0.024
#> GSM483326 2 0.3582 0.8195 0.000 0.840 0.108 0.024 0.028
#> GSM483335 3 0.3495 0.7857 0.008 0.000 0.836 0.120 0.036
#> GSM483340 2 0.6648 0.3278 0.000 0.520 0.208 0.260 0.012
#> GSM483342 2 0.4703 0.6614 0.000 0.736 0.204 0.020 0.040
#> GSM483345 2 0.2390 0.8500 0.000 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM483346 2 0.1525 0.8800 0.000 0.948 0.012 0.004 0.036
#> GSM483355 2 0.1557 0.8762 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM483357 2 0.4437 0.7416 0.000 0.760 0.000 0.140 0.100
#> GSM483359 5 0.5329 0.5245 0.280 0.008 0.020 0.032 0.660
#> GSM483360 4 0.3333 0.6723 0.000 0.208 0.004 0.788 0.000
#> GSM483382 4 0.2698 0.7872 0.000 0.036 0.036 0.900 0.028
#> GSM483383 2 0.3779 0.7724 0.000 0.804 0.000 0.144 0.052
#> GSM483387 1 0.4245 0.6281 0.736 0.000 0.008 0.020 0.236
#> GSM483392 4 0.2701 0.7890 0.000 0.036 0.032 0.900 0.032
#> GSM483393 5 0.6107 0.5592 0.012 0.144 0.016 0.176 0.652
#> GSM483394 2 0.2208 0.8578 0.000 0.908 0.000 0.072 0.020
#> GSM483395 4 0.6133 0.5192 0.000 0.216 0.000 0.564 0.220
#> GSM483397 3 0.5742 0.5889 0.068 0.000 0.624 0.284 0.024
#> GSM483398 4 0.3122 0.7741 0.000 0.024 0.004 0.852 0.120
#> GSM483409 5 0.1399 0.7964 0.020 0.000 0.000 0.028 0.952
#> GSM483422 2 0.1498 0.8793 0.000 0.952 0.016 0.024 0.008
#> GSM483423 5 0.7454 0.5288 0.076 0.068 0.196 0.072 0.588
#> GSM483425 5 0.4172 0.6846 0.000 0.108 0.000 0.108 0.784
#> GSM483429 4 0.3471 0.7651 0.000 0.092 0.000 0.836 0.072
#> GSM483430 4 0.4410 0.2593 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> GSM483432 5 0.6564 0.1181 0.000 0.236 0.000 0.296 0.468
#> GSM483435 4 0.2591 0.7836 0.000 0.032 0.044 0.904 0.020
#> GSM483438 2 0.5422 0.4400 0.000 0.616 0.000 0.296 0.088
#> GSM483441 5 0.4981 0.5861 0.000 0.108 0.000 0.188 0.704
#> GSM483451 4 0.6066 0.2914 0.000 0.124 0.000 0.488 0.388
#> GSM483452 1 0.3885 0.6176 0.724 0.000 0.008 0.000 0.268
#> GSM483453 4 0.4250 0.6711 0.000 0.028 0.000 0.720 0.252
#> GSM483457 4 0.2800 0.7901 0.000 0.024 0.016 0.888 0.072
#> GSM483467 4 0.4267 0.6913 0.000 0.028 0.004 0.736 0.232
#> GSM483469 5 0.5233 0.5662 0.000 0.128 0.000 0.192 0.680
#> GSM483472 4 0.4582 0.3655 0.000 0.012 0.000 0.572 0.416
#> GSM483474 5 0.1469 0.7933 0.016 0.000 0.000 0.036 0.948
#> GSM483475 4 0.2877 0.7319 0.000 0.144 0.004 0.848 0.004
#> GSM483479 1 0.5144 0.3288 0.580 0.000 0.016 0.020 0.384
#> GSM483480 3 0.4135 0.7831 0.000 0.008 0.800 0.108 0.084
#> GSM483481 3 0.4093 0.7810 0.000 0.008 0.800 0.124 0.068
#> GSM483482 3 0.4032 0.7819 0.000 0.004 0.800 0.124 0.072
#> GSM483483 3 0.4781 0.4230 0.008 0.000 0.592 0.012 0.388
#> GSM483484 5 0.2805 0.7755 0.020 0.000 0.072 0.020 0.888
#> GSM483485 4 0.5250 0.1005 0.000 0.000 0.416 0.536 0.048
#> GSM483486 3 0.4032 0.7819 0.000 0.004 0.800 0.124 0.072
#> GSM483487 5 0.3731 0.6738 0.012 0.000 0.172 0.016 0.800
#> GSM483488 5 0.1877 0.7784 0.000 0.000 0.064 0.012 0.924
#> GSM483489 5 0.3498 0.7206 0.012 0.000 0.132 0.024 0.832
#> GSM483490 3 0.4723 0.2535 0.000 0.000 0.536 0.448 0.016
#> GSM483491 5 0.4063 0.5090 0.012 0.000 0.280 0.000 0.708
#> GSM483492 5 0.2011 0.8007 0.044 0.000 0.020 0.008 0.928
#> GSM483493 5 0.1943 0.7978 0.056 0.000 0.020 0.000 0.924
#> GSM483494 5 0.2011 0.8007 0.044 0.000 0.020 0.008 0.928
#> GSM483495 5 0.2358 0.7701 0.104 0.000 0.008 0.000 0.888
#> GSM483496 5 0.2270 0.7865 0.076 0.000 0.020 0.000 0.904
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.2013 0.73765 0.076 0.000 0.008 0.000 0.908 0.008
#> GSM483302 1 0.4860 0.22898 0.540 0.000 0.012 0.000 0.412 0.036
#> GSM483303 5 0.5974 0.56625 0.000 0.140 0.004 0.116 0.636 0.104
#> GSM483305 2 0.3577 0.78094 0.000 0.792 0.012 0.004 0.020 0.172
#> GSM483307 2 0.1988 0.80180 0.000 0.912 0.004 0.008 0.004 0.072
#> GSM483312 2 0.3196 0.78735 0.000 0.824 0.008 0.008 0.012 0.148
#> GSM483313 3 0.3380 0.70597 0.000 0.000 0.840 0.036 0.044 0.080
#> GSM483317 3 0.2016 0.71900 0.000 0.000 0.920 0.024 0.040 0.016
#> GSM483318 3 0.1793 0.70953 0.000 0.000 0.928 0.012 0.012 0.048
#> GSM483319 3 0.1821 0.72116 0.000 0.000 0.928 0.040 0.024 0.008
#> GSM483322 3 0.1675 0.72117 0.000 0.000 0.936 0.032 0.024 0.008
#> GSM483327 3 0.2895 0.71204 0.000 0.000 0.868 0.052 0.016 0.064
#> GSM483328 3 0.2418 0.70976 0.000 0.000 0.884 0.008 0.016 0.092
#> GSM483330 3 0.4250 0.44969 0.244 0.000 0.708 0.000 0.012 0.036
#> GSM483332 3 0.5137 0.46824 0.000 0.000 0.588 0.332 0.016 0.064
#> GSM483333 3 0.1396 0.71601 0.004 0.000 0.952 0.008 0.024 0.012
#> GSM483336 3 0.1514 0.71385 0.004 0.000 0.944 0.004 0.036 0.012
#> GSM483337 3 0.2836 0.71252 0.000 0.000 0.872 0.052 0.016 0.060
#> GSM483339 2 0.6754 0.57976 0.068 0.612 0.108 0.008 0.060 0.144
#> GSM483351 5 0.2190 0.73314 0.044 0.000 0.008 0.000 0.908 0.040
#> GSM483352 4 0.3316 0.75392 0.000 0.000 0.004 0.804 0.164 0.028
#> GSM483354 5 0.1899 0.73180 0.028 0.004 0.008 0.000 0.928 0.032
#> GSM483358 4 0.3252 0.72747 0.000 0.112 0.008 0.832 0.000 0.048
#> GSM483384 5 0.8098 0.22175 0.260 0.032 0.020 0.088 0.384 0.216
#> GSM483386 2 0.5870 0.61087 0.000 0.648 0.012 0.124 0.060 0.156
#> GSM483388 4 0.5798 0.61222 0.000 0.160 0.016 0.652 0.044 0.128
#> GSM483390 5 0.2009 0.73334 0.084 0.000 0.004 0.000 0.904 0.008
#> GSM483391 5 0.6218 0.59360 0.028 0.144 0.004 0.052 0.636 0.136
#> GSM483396 3 0.7980 -0.08823 0.100 0.004 0.368 0.036 0.240 0.252
#> GSM483399 4 0.1585 0.79820 0.000 0.012 0.000 0.940 0.012 0.036
#> GSM483400 6 0.6647 0.42084 0.268 0.000 0.224 0.000 0.048 0.460
#> GSM483401 2 0.3308 0.78711 0.000 0.812 0.008 0.008 0.012 0.160
#> GSM483412 5 0.1956 0.73580 0.080 0.000 0.004 0.000 0.908 0.008
#> GSM483418 4 0.1633 0.79356 0.000 0.000 0.044 0.932 0.000 0.024
#> GSM483420 4 0.1856 0.78954 0.000 0.000 0.048 0.920 0.000 0.032
#> GSM483421 4 0.1439 0.80644 0.000 0.012 0.016 0.952 0.008 0.012
#> GSM483426 4 0.4644 0.64143 0.000 0.000 0.100 0.724 0.020 0.156
#> GSM483428 2 0.3611 0.77711 0.000 0.784 0.012 0.008 0.012 0.184
#> GSM483431 1 0.4967 0.29607 0.704 0.132 0.004 0.000 0.020 0.140
#> GSM483436 5 0.1526 0.73750 0.036 0.008 0.008 0.004 0.944 0.000
#> GSM483442 5 0.1918 0.73129 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM483443 1 0.5994 0.19355 0.484 0.000 0.012 0.008 0.368 0.128
#> GSM483444 5 0.1956 0.73580 0.080 0.000 0.004 0.000 0.908 0.008
#> GSM483447 1 0.3633 0.47707 0.800 0.000 0.004 0.000 0.076 0.120
#> GSM483448 6 0.8154 0.12486 0.224 0.004 0.184 0.020 0.268 0.300
#> GSM483450 5 0.1667 0.73831 0.044 0.000 0.008 0.004 0.936 0.008
#> GSM483455 4 0.3917 0.74116 0.000 0.004 0.004 0.784 0.124 0.084
#> GSM483458 5 0.1956 0.73580 0.080 0.000 0.004 0.000 0.908 0.008
#> GSM483461 4 0.3526 0.76400 0.000 0.000 0.088 0.828 0.028 0.056
#> GSM483462 5 0.3513 0.64127 0.084 0.000 0.004 0.000 0.812 0.100
#> GSM483464 5 0.2118 0.72230 0.104 0.000 0.000 0.000 0.888 0.008
#> GSM483466 4 0.5189 0.70227 0.000 0.072 0.008 0.716 0.120 0.084
#> GSM483468 5 0.1901 0.73588 0.076 0.000 0.004 0.000 0.912 0.008
#> GSM483476 4 0.1693 0.80001 0.000 0.004 0.000 0.932 0.020 0.044
#> GSM483477 5 0.7707 0.48560 0.076 0.068 0.020 0.104 0.496 0.236
#> GSM483300 2 0.4671 0.74784 0.000 0.716 0.088 0.004 0.012 0.180
#> GSM483308 2 0.1282 0.80253 0.000 0.956 0.004 0.004 0.024 0.012
#> GSM483310 2 0.3477 0.78118 0.000 0.800 0.012 0.008 0.012 0.168
#> GSM483311 2 0.3196 0.78735 0.000 0.824 0.008 0.008 0.012 0.148
#> GSM483323 6 0.6267 0.39496 0.272 0.000 0.316 0.000 0.008 0.404
#> GSM483338 4 0.1592 0.80372 0.000 0.012 0.024 0.944 0.004 0.016
#> GSM483353 1 0.5345 0.40047 0.656 0.000 0.012 0.008 0.156 0.168
#> GSM483361 1 0.4967 0.42680 0.700 0.000 0.012 0.008 0.156 0.124
#> GSM483363 4 0.4701 0.70622 0.000 0.008 0.012 0.728 0.144 0.108
#> GSM483364 1 0.0717 0.51681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM483366 1 0.3895 0.22123 0.700 0.000 0.012 0.000 0.008 0.280
#> GSM483368 4 0.1592 0.80101 0.000 0.000 0.032 0.940 0.008 0.020
#> GSM483371 5 0.8779 0.24637 0.252 0.084 0.020 0.116 0.324 0.204
#> GSM483372 4 0.1578 0.80147 0.000 0.048 0.000 0.936 0.004 0.012
#> GSM483373 4 0.2460 0.80330 0.000 0.004 0.016 0.896 0.020 0.064
#> GSM483374 4 0.3499 0.78307 0.000 0.020 0.020 0.840 0.032 0.088
#> GSM483379 1 0.4428 0.16872 0.640 0.000 0.012 0.000 0.024 0.324
#> GSM483380 4 0.1493 0.79805 0.000 0.056 0.004 0.936 0.000 0.004
#> GSM483381 1 0.6076 0.33753 0.612 0.004 0.028 0.020 0.124 0.212
#> GSM483389 6 0.5966 0.22079 0.404 0.000 0.040 0.048 0.020 0.488
#> GSM483404 1 0.6196 0.34775 0.608 0.004 0.024 0.028 0.144 0.192
#> GSM483405 1 0.4284 0.03496 0.588 0.000 0.016 0.000 0.004 0.392
#> GSM483410 1 0.2094 0.50532 0.900 0.000 0.000 0.000 0.020 0.080
#> GSM483411 3 0.5679 0.28596 0.124 0.000 0.600 0.008 0.016 0.252
#> GSM483413 5 0.7667 0.35635 0.004 0.240 0.020 0.144 0.436 0.156
#> GSM483416 1 0.7338 0.18072 0.448 0.008 0.048 0.024 0.228 0.244
#> GSM483417 1 0.4444 0.01054 0.576 0.000 0.024 0.000 0.004 0.396
#> GSM483419 1 0.1003 0.51498 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM483427 5 0.4248 0.65799 0.048 0.004 0.032 0.016 0.796 0.104
#> GSM483433 6 0.6537 0.23569 0.384 0.000 0.028 0.168 0.008 0.412
#> GSM483434 1 0.5873 -0.25819 0.452 0.000 0.116 0.000 0.020 0.412
#> GSM483445 3 0.2735 0.68309 0.012 0.004 0.880 0.004 0.020 0.080
#> GSM483459 3 0.6098 -0.15199 0.052 0.000 0.448 0.000 0.088 0.412
#> GSM483465 5 0.1901 0.73634 0.076 0.000 0.004 0.000 0.912 0.008
#> GSM483470 5 0.5558 0.59729 0.004 0.160 0.004 0.060 0.676 0.096
#> GSM483473 1 0.8181 -0.09111 0.292 0.004 0.044 0.104 0.288 0.268
#> GSM483478 1 0.1003 0.51394 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM483304 2 0.3708 0.77969 0.004 0.792 0.012 0.008 0.016 0.168
#> GSM483315 1 0.4705 -0.00904 0.564 0.000 0.028 0.000 0.012 0.396
#> GSM483320 3 0.2920 0.61565 0.004 0.000 0.820 0.000 0.008 0.168
#> GSM483325 3 0.1364 0.71004 0.012 0.000 0.952 0.000 0.016 0.020
#> GSM483329 1 0.5916 0.01325 0.524 0.000 0.032 0.000 0.112 0.332
#> GSM483331 3 0.4058 0.39680 0.016 0.000 0.660 0.000 0.004 0.320
#> GSM483334 1 0.5678 -0.17538 0.500 0.000 0.096 0.000 0.020 0.384
#> GSM483341 6 0.4732 -0.19145 0.020 0.000 0.476 0.000 0.016 0.488
#> GSM483343 3 0.4810 0.17498 0.012 0.000 0.504 0.012 0.012 0.460
#> GSM483344 3 0.6404 0.48989 0.016 0.128 0.588 0.012 0.036 0.220
#> GSM483347 4 0.6553 0.03625 0.000 0.008 0.316 0.460 0.028 0.188
#> GSM483348 1 0.4564 0.01154 0.572 0.000 0.020 0.000 0.012 0.396
#> GSM483349 1 0.1745 0.51047 0.924 0.000 0.000 0.000 0.020 0.056
#> GSM483350 1 0.1867 0.50923 0.916 0.000 0.000 0.000 0.020 0.064
#> GSM483356 1 0.4161 0.07292 0.608 0.000 0.012 0.000 0.004 0.376
#> GSM483362 1 0.1168 0.51191 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM483365 1 0.4636 0.00233 0.568 0.000 0.024 0.000 0.012 0.396
#> GSM483367 1 0.4299 0.10097 0.620 0.000 0.012 0.000 0.012 0.356
#> GSM483369 1 0.1003 0.51394 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM483370 1 0.1003 0.51394 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM483375 1 0.5549 0.40327 0.656 0.004 0.020 0.008 0.168 0.144
#> GSM483376 3 0.8123 -0.20718 0.156 0.004 0.356 0.036 0.168 0.280
#> GSM483377 1 0.4756 -0.08684 0.532 0.000 0.028 0.000 0.012 0.428
#> GSM483378 1 0.0603 0.51721 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM483385 1 0.0914 0.51462 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM483402 3 0.6846 -0.02261 0.212 0.048 0.456 0.000 0.008 0.276
#> GSM483403 1 0.2060 0.48480 0.900 0.000 0.000 0.000 0.016 0.084
#> GSM483406 1 0.3516 0.48218 0.812 0.000 0.004 0.000 0.096 0.088
#> GSM483407 1 0.8541 0.01930 0.344 0.136 0.076 0.008 0.180 0.256
#> GSM483408 4 0.7047 -0.36790 0.320 0.004 0.032 0.340 0.008 0.296
#> GSM483414 1 0.6107 -0.06578 0.464 0.004 0.024 0.000 0.124 0.384
#> GSM483415 1 0.4572 0.00261 0.568 0.000 0.020 0.000 0.012 0.400
#> GSM483424 1 0.5753 0.35526 0.612 0.004 0.012 0.008 0.208 0.156
#> GSM483437 6 0.6970 0.24190 0.188 0.004 0.048 0.012 0.284 0.464
#> GSM483439 1 0.5553 0.37782 0.624 0.000 0.016 0.008 0.228 0.124
#> GSM483440 1 0.1168 0.51191 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM483446 6 0.6802 0.14204 0.356 0.004 0.036 0.020 0.136 0.448
#> GSM483449 1 0.1985 0.49426 0.916 0.004 0.008 0.000 0.008 0.064
#> GSM483454 1 0.6145 0.30048 0.588 0.004 0.036 0.008 0.136 0.228
#> GSM483456 4 0.4783 0.36516 0.000 0.332 0.012 0.612 0.000 0.044
#> GSM483460 1 0.2034 0.51355 0.920 0.004 0.008 0.000 0.044 0.024
#> GSM483463 4 0.1242 0.80796 0.000 0.012 0.012 0.960 0.008 0.008
#> GSM483471 1 0.4470 0.23115 0.684 0.004 0.008 0.000 0.040 0.264
#> GSM483297 2 0.0964 0.80281 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM483298 2 0.2194 0.76861 0.000 0.892 0.004 0.096 0.004 0.004
#> GSM483299 2 0.1116 0.80108 0.000 0.960 0.004 0.008 0.028 0.000
#> GSM483306 2 0.1760 0.80054 0.000 0.928 0.004 0.048 0.000 0.020
#> GSM483309 2 0.2918 0.78336 0.000 0.872 0.016 0.004 0.056 0.052
#> GSM483314 3 0.2076 0.71947 0.000 0.000 0.912 0.060 0.016 0.012
#> GSM483316 3 0.1476 0.71391 0.008 0.000 0.948 0.004 0.028 0.012
#> GSM483321 3 0.3662 0.68907 0.000 0.016 0.832 0.068 0.020 0.064
#> GSM483324 3 0.2108 0.71946 0.000 0.000 0.912 0.056 0.016 0.016
#> GSM483326 2 0.4861 0.61580 0.000 0.704 0.200 0.012 0.016 0.068
#> GSM483335 3 0.3710 0.64810 0.004 0.004 0.812 0.032 0.020 0.128
#> GSM483340 2 0.6806 0.15635 0.000 0.436 0.348 0.148 0.008 0.060
#> GSM483342 2 0.4865 0.49219 0.000 0.640 0.288 0.000 0.016 0.056
#> GSM483345 2 0.2518 0.78450 0.000 0.892 0.036 0.060 0.008 0.004
#> GSM483346 2 0.1338 0.80187 0.000 0.952 0.032 0.008 0.004 0.004
#> GSM483355 2 0.1116 0.80108 0.000 0.960 0.004 0.008 0.028 0.000
#> GSM483357 2 0.6222 0.47113 0.000 0.600 0.008 0.196 0.076 0.120
#> GSM483359 5 0.7332 0.14407 0.328 0.040 0.024 0.008 0.396 0.204
#> GSM483360 4 0.2923 0.75195 0.000 0.108 0.008 0.856 0.004 0.024
#> GSM483382 4 0.1096 0.80753 0.000 0.008 0.020 0.964 0.004 0.004
#> GSM483383 2 0.5333 0.55407 0.000 0.684 0.008 0.176 0.044 0.088
#> GSM483387 1 0.5402 0.40944 0.676 0.012 0.008 0.012 0.124 0.168
#> GSM483392 4 0.1312 0.80551 0.000 0.012 0.020 0.956 0.004 0.008
#> GSM483393 5 0.8079 0.33626 0.020 0.148 0.024 0.220 0.420 0.168
#> GSM483394 2 0.1637 0.78925 0.000 0.932 0.004 0.056 0.004 0.004
#> GSM483395 4 0.6420 0.54084 0.000 0.200 0.008 0.580 0.120 0.092
#> GSM483397 3 0.6655 0.43839 0.052 0.000 0.548 0.184 0.020 0.196
#> GSM483398 4 0.3492 0.77598 0.000 0.028 0.004 0.836 0.048 0.084
#> GSM483409 5 0.2257 0.73269 0.028 0.004 0.008 0.012 0.916 0.032
#> GSM483422 2 0.3196 0.78735 0.000 0.824 0.008 0.008 0.012 0.148
#> GSM483423 5 0.8757 0.19214 0.140 0.080 0.144 0.024 0.328 0.284
#> GSM483425 5 0.6199 0.52656 0.000 0.136 0.004 0.156 0.608 0.096
#> GSM483429 4 0.1861 0.80280 0.000 0.036 0.000 0.928 0.020 0.016
#> GSM483430 4 0.3615 0.55823 0.000 0.292 0.000 0.700 0.000 0.008
#> GSM483432 5 0.7522 -0.00923 0.000 0.264 0.008 0.308 0.320 0.100
#> GSM483435 4 0.1381 0.80363 0.000 0.004 0.020 0.952 0.004 0.020
#> GSM483438 2 0.6355 0.23819 0.000 0.528 0.008 0.304 0.064 0.096
#> GSM483441 5 0.7026 0.33327 0.000 0.152 0.008 0.252 0.484 0.104
#> GSM483451 4 0.6328 0.56976 0.000 0.144 0.008 0.596 0.168 0.084
#> GSM483452 1 0.4952 0.31012 0.596 0.004 0.008 0.004 0.348 0.040
#> GSM483453 4 0.4988 0.71498 0.000 0.060 0.008 0.732 0.116 0.084
#> GSM483457 4 0.1312 0.80719 0.000 0.012 0.004 0.956 0.020 0.008
#> GSM483467 4 0.5029 0.71385 0.000 0.060 0.008 0.728 0.120 0.084
#> GSM483469 5 0.7205 0.28121 0.000 0.160 0.008 0.272 0.448 0.112
#> GSM483472 4 0.5807 0.50062 0.000 0.048 0.004 0.592 0.272 0.084
#> GSM483474 5 0.2773 0.71754 0.020 0.004 0.008 0.016 0.884 0.068
#> GSM483475 4 0.2222 0.78911 0.000 0.040 0.000 0.908 0.012 0.040
#> GSM483479 1 0.5774 0.34266 0.588 0.000 0.012 0.008 0.236 0.156
#> GSM483480 3 0.3023 0.71130 0.000 0.000 0.864 0.036 0.036 0.064
#> GSM483481 3 0.2918 0.71214 0.000 0.000 0.868 0.048 0.020 0.064
#> GSM483482 3 0.2934 0.71252 0.000 0.000 0.868 0.044 0.024 0.064
#> GSM483483 3 0.5315 0.32207 0.012 0.000 0.532 0.000 0.380 0.076
#> GSM483484 5 0.3324 0.68386 0.020 0.000 0.060 0.000 0.840 0.080
#> GSM483485 3 0.6113 0.18367 0.000 0.000 0.452 0.396 0.036 0.116
#> GSM483486 3 0.2859 0.71315 0.000 0.000 0.872 0.048 0.020 0.060
#> GSM483487 5 0.3765 0.65298 0.016 0.000 0.096 0.000 0.804 0.084
#> GSM483488 5 0.2213 0.71230 0.004 0.000 0.048 0.000 0.904 0.044
#> GSM483489 5 0.3815 0.65587 0.016 0.000 0.088 0.000 0.800 0.096
#> GSM483490 3 0.5303 0.43028 0.000 0.000 0.568 0.340 0.016 0.076
#> GSM483491 5 0.3492 0.62484 0.020 0.000 0.168 0.000 0.796 0.016
#> GSM483492 5 0.1956 0.73580 0.080 0.000 0.004 0.000 0.908 0.008
#> GSM483493 5 0.1956 0.73580 0.080 0.000 0.004 0.000 0.908 0.008
#> GSM483494 5 0.1901 0.73588 0.076 0.000 0.004 0.000 0.912 0.008
#> GSM483495 5 0.1918 0.72978 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM483496 5 0.2009 0.73334 0.084 0.000 0.004 0.000 0.904 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:kmeans 193 8.13e-01 1.19e-08 2
#> SD:kmeans 133 8.06e-04 4.22e-12 3
#> SD:kmeans 96 1.18e-04 4.68e-12 4
#> SD:kmeans 174 3.51e-05 2.93e-16 5
#> SD:kmeans 124 9.23e-05 2.02e-13 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.726 0.866 0.944 0.4997 0.501 0.501
#> 3 3 0.629 0.744 0.861 0.2952 0.802 0.623
#> 4 4 0.694 0.740 0.868 0.1375 0.846 0.598
#> 5 5 0.827 0.817 0.915 0.0743 0.894 0.633
#> 6 6 0.759 0.630 0.775 0.0467 0.926 0.679
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.7219 0.7303 0.200 0.800
#> GSM483307 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.6712 0.7606 0.176 0.824
#> GSM483317 1 0.9710 0.3648 0.600 0.400
#> GSM483318 1 0.7745 0.7116 0.772 0.228
#> GSM483319 2 0.9710 0.3061 0.400 0.600
#> GSM483322 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483330 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.4161 0.8746 0.916 0.084
#> GSM483336 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.7303 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.7453 0.7076 0.788 0.212
#> GSM483358 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.9710 0.2988 0.600 0.400
#> GSM483386 2 0.7219 0.7303 0.200 0.800
#> GSM483388 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.9522 0.4372 0.628 0.372
#> GSM483396 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.6712 0.7774 0.824 0.176
#> GSM483436 1 0.8267 0.6629 0.740 0.260
#> GSM483442 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7219 0.7488 0.800 0.200
#> GSM483450 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483461 2 0.9710 0.3061 0.400 0.600
#> GSM483462 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483477 2 0.9850 0.2807 0.428 0.572
#> GSM483300 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.2236 0.9068 0.036 0.964
#> GSM483310 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483363 2 0.6247 0.7735 0.156 0.844
#> GSM483364 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.9087 0.5297 0.324 0.676
#> GSM483372 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.7219 0.7488 0.800 0.200
#> GSM483404 1 0.0376 0.9361 0.996 0.004
#> GSM483405 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7219 0.7488 0.800 0.200
#> GSM483413 2 0.2603 0.9000 0.044 0.956
#> GSM483416 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5294 0.8386 0.880 0.120
#> GSM483433 1 0.9087 0.5456 0.676 0.324
#> GSM483434 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483470 2 0.9795 0.2592 0.416 0.584
#> GSM483473 1 0.7219 0.7488 0.800 0.200
#> GSM483478 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2948 0.8929 0.052 0.948
#> GSM483315 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0938 0.9300 0.988 0.012
#> GSM483331 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.8955 0.5765 0.688 0.312
#> GSM483344 2 0.9710 0.3578 0.400 0.600
#> GSM483347 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7219 0.7488 0.800 0.200
#> GSM483377 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.5408 0.8336 0.876 0.124
#> GSM483408 1 0.7745 0.7114 0.772 0.228
#> GSM483414 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7219 0.7303 0.200 0.800
#> GSM483314 2 0.9732 0.2946 0.404 0.596
#> GSM483316 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483324 2 0.9710 0.3061 0.400 0.600
#> GSM483326 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.9000 0.5624 0.684 0.316
#> GSM483340 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.9710 0.2988 0.600 0.400
#> GSM483360 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483397 2 0.9977 0.0645 0.472 0.528
#> GSM483398 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.6973 0.7424 0.812 0.188
#> GSM483422 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.9522 0.4269 0.372 0.628
#> GSM483425 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.8081 0.6483 0.752 0.248
#> GSM483475 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.7453 0.7099 0.788 0.212
#> GSM483489 1 0.7602 0.6952 0.780 0.220
#> GSM483490 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9390 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483302 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.2959 0.8257 0.000 0.900 0.100
#> GSM483305 2 0.3112 0.8318 0.028 0.916 0.056
#> GSM483307 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483312 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483313 3 0.2066 0.7249 0.000 0.060 0.940
#> GSM483317 3 0.3237 0.7494 0.056 0.032 0.912
#> GSM483318 3 0.3802 0.7509 0.080 0.032 0.888
#> GSM483319 3 0.3484 0.7459 0.048 0.048 0.904
#> GSM483322 3 0.2711 0.7175 0.000 0.088 0.912
#> GSM483327 3 0.2711 0.7175 0.000 0.088 0.912
#> GSM483328 3 0.2711 0.7515 0.088 0.000 0.912
#> GSM483330 3 0.5760 0.6262 0.328 0.000 0.672
#> GSM483332 3 0.4291 0.6177 0.000 0.180 0.820
#> GSM483333 3 0.3038 0.7527 0.104 0.000 0.896
#> GSM483336 3 0.4842 0.7089 0.224 0.000 0.776
#> GSM483337 3 0.2711 0.7175 0.000 0.088 0.912
#> GSM483339 2 0.6922 0.6172 0.200 0.720 0.080
#> GSM483351 1 0.3192 0.8359 0.888 0.000 0.112
#> GSM483352 2 0.4842 0.7896 0.000 0.776 0.224
#> GSM483354 1 0.5639 0.7569 0.808 0.080 0.112
#> GSM483358 2 0.4504 0.7985 0.000 0.804 0.196
#> GSM483384 1 0.6597 0.5297 0.696 0.268 0.036
#> GSM483386 2 0.2492 0.8311 0.048 0.936 0.016
#> GSM483388 2 0.3412 0.8280 0.000 0.876 0.124
#> GSM483390 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483391 1 0.8362 0.3431 0.528 0.384 0.088
#> GSM483396 1 0.6111 0.2529 0.604 0.000 0.396
#> GSM483399 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483400 1 0.4002 0.7066 0.840 0.000 0.160
#> GSM483401 2 0.3941 0.8201 0.000 0.844 0.156
#> GSM483412 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483418 2 0.5733 0.6072 0.000 0.676 0.324
#> GSM483420 3 0.6154 0.1462 0.000 0.408 0.592
#> GSM483421 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483426 3 0.6309 -0.2377 0.000 0.496 0.504
#> GSM483428 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483431 1 0.4346 0.7142 0.816 0.184 0.000
#> GSM483436 1 0.6754 0.6867 0.740 0.168 0.092
#> GSM483442 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483443 1 0.1411 0.8724 0.964 0.000 0.036
#> GSM483444 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483447 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.5201 0.6074 0.760 0.004 0.236
#> GSM483450 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483455 2 0.4702 0.7953 0.000 0.788 0.212
#> GSM483458 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483461 3 0.9836 0.2538 0.344 0.252 0.404
#> GSM483462 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483464 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483466 2 0.1411 0.8479 0.000 0.964 0.036
#> GSM483468 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483476 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483477 2 0.8220 0.1952 0.408 0.516 0.076
#> GSM483300 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483308 2 0.1964 0.8460 0.000 0.944 0.056
#> GSM483310 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483311 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483323 3 0.6280 0.3949 0.460 0.000 0.540
#> GSM483338 2 0.4178 0.8029 0.000 0.828 0.172
#> GSM483353 1 0.1031 0.8715 0.976 0.000 0.024
#> GSM483361 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 2 0.9150 0.4303 0.232 0.544 0.224
#> GSM483364 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 2 0.4654 0.7706 0.000 0.792 0.208
#> GSM483371 2 0.4035 0.7913 0.080 0.880 0.040
#> GSM483372 2 0.0424 0.8562 0.000 0.992 0.008
#> GSM483373 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483374 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483379 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.4062 0.8084 0.000 0.836 0.164
#> GSM483381 1 0.0424 0.8805 0.992 0.000 0.008
#> GSM483389 1 0.6491 0.5735 0.732 0.052 0.216
#> GSM483404 1 0.3619 0.7510 0.864 0.000 0.136
#> GSM483405 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 3 0.7158 0.4193 0.372 0.032 0.596
#> GSM483413 2 0.2066 0.8359 0.000 0.940 0.060
#> GSM483416 1 0.1643 0.8543 0.956 0.000 0.044
#> GSM483417 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5216 0.6794 0.740 0.000 0.260
#> GSM483433 1 0.7724 0.3483 0.620 0.072 0.308
#> GSM483434 1 0.6305 -0.2665 0.516 0.000 0.484
#> GSM483445 3 0.5397 0.6766 0.280 0.000 0.720
#> GSM483459 3 0.6274 0.4035 0.456 0.000 0.544
#> GSM483465 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483470 2 0.8324 0.1719 0.372 0.540 0.088
#> GSM483473 1 0.5719 0.6650 0.792 0.052 0.156
#> GSM483478 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2313 0.8421 0.032 0.944 0.024
#> GSM483315 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.4796 0.7191 0.220 0.000 0.780
#> GSM483325 3 0.5397 0.6766 0.280 0.000 0.720
#> GSM483329 1 0.2689 0.8471 0.932 0.032 0.036
#> GSM483331 3 0.5397 0.6766 0.280 0.000 0.720
#> GSM483334 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.5178 0.6897 0.256 0.000 0.744
#> GSM483343 3 0.3237 0.7465 0.056 0.032 0.912
#> GSM483344 3 0.8309 0.6355 0.180 0.188 0.632
#> GSM483347 2 0.6274 0.3707 0.000 0.544 0.456
#> GSM483348 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7143 0.1977 0.576 0.028 0.396
#> GSM483377 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.5529 0.6617 0.296 0.000 0.704
#> GSM483403 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.4796 0.6662 0.780 0.220 0.000
#> GSM483408 1 0.7562 0.3646 0.628 0.064 0.308
#> GSM483414 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.1163 0.8754 0.972 0.000 0.028
#> GSM483437 1 0.0237 0.8836 0.996 0.000 0.004
#> GSM483439 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4452 0.8013 0.000 0.808 0.192
#> GSM483460 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 2 0.4062 0.8087 0.000 0.836 0.164
#> GSM483471 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483298 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483299 2 0.1860 0.8479 0.000 0.948 0.052
#> GSM483306 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483309 2 0.3375 0.8253 0.044 0.908 0.048
#> GSM483314 3 0.3369 0.7482 0.052 0.040 0.908
#> GSM483316 3 0.5363 0.6802 0.276 0.000 0.724
#> GSM483321 3 0.3340 0.7095 0.000 0.120 0.880
#> GSM483324 3 0.3875 0.7491 0.068 0.044 0.888
#> GSM483326 2 0.1753 0.8541 0.000 0.952 0.048
#> GSM483335 3 0.3802 0.7509 0.080 0.032 0.888
#> GSM483340 2 0.6126 0.5047 0.000 0.600 0.400
#> GSM483342 2 0.6079 0.4980 0.000 0.612 0.388
#> GSM483345 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483346 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483355 2 0.1411 0.8542 0.000 0.964 0.036
#> GSM483357 2 0.1529 0.8529 0.000 0.960 0.040
#> GSM483359 1 0.7809 0.2748 0.568 0.372 0.060
#> GSM483360 2 0.4504 0.7985 0.000 0.804 0.196
#> GSM483382 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483383 2 0.0000 0.8554 0.000 1.000 0.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483392 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483393 2 0.2383 0.8385 0.016 0.940 0.044
#> GSM483394 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483395 2 0.0000 0.8554 0.000 1.000 0.000
#> GSM483397 3 0.3802 0.7509 0.080 0.032 0.888
#> GSM483398 2 0.2711 0.8425 0.000 0.912 0.088
#> GSM483409 1 0.4316 0.8213 0.868 0.044 0.088
#> GSM483422 2 0.1031 0.8568 0.000 0.976 0.024
#> GSM483423 2 0.8808 0.3504 0.164 0.572 0.264
#> GSM483425 2 0.2711 0.8175 0.000 0.912 0.088
#> GSM483429 2 0.0424 0.8562 0.000 0.992 0.008
#> GSM483430 2 0.0000 0.8554 0.000 1.000 0.000
#> GSM483432 2 0.1643 0.8443 0.000 0.956 0.044
#> GSM483435 2 0.4121 0.8059 0.000 0.832 0.168
#> GSM483438 2 0.0000 0.8554 0.000 1.000 0.000
#> GSM483441 2 0.2448 0.8263 0.000 0.924 0.076
#> GSM483451 2 0.1753 0.8425 0.000 0.952 0.048
#> GSM483452 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 2 0.2261 0.8501 0.000 0.932 0.068
#> GSM483457 2 0.4399 0.8020 0.000 0.812 0.188
#> GSM483467 2 0.2261 0.8501 0.000 0.932 0.068
#> GSM483469 2 0.1753 0.8425 0.000 0.952 0.048
#> GSM483472 2 0.2625 0.8412 0.000 0.916 0.084
#> GSM483474 1 0.6886 0.6391 0.728 0.184 0.088
#> GSM483475 2 0.4062 0.8084 0.000 0.836 0.164
#> GSM483479 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2165 0.7247 0.000 0.064 0.936
#> GSM483481 3 0.2711 0.7175 0.000 0.088 0.912
#> GSM483482 3 0.2165 0.7263 0.000 0.064 0.936
#> GSM483483 3 0.5529 0.5545 0.296 0.000 0.704
#> GSM483484 3 0.6516 0.0885 0.480 0.004 0.516
#> GSM483485 3 0.5397 0.4418 0.000 0.280 0.720
#> GSM483486 3 0.2711 0.7175 0.000 0.088 0.912
#> GSM483487 3 0.5905 0.4552 0.352 0.000 0.648
#> GSM483488 3 0.5815 0.5349 0.304 0.004 0.692
#> GSM483489 3 0.6566 0.4695 0.348 0.016 0.636
#> GSM483490 3 0.2796 0.7153 0.000 0.092 0.908
#> GSM483491 3 0.6026 0.4232 0.376 0.000 0.624
#> GSM483492 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483493 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483494 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483495 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
#> GSM483496 1 0.2711 0.8524 0.912 0.000 0.088
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483302 1 0.0336 0.9288 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483303 2 0.5244 0.2244 0.000 0.600 0.012 0.388
#> GSM483305 2 0.1767 0.7905 0.044 0.944 0.012 0.000
#> GSM483307 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483312 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483313 3 0.3351 0.6819 0.000 0.008 0.844 0.148
#> GSM483317 3 0.0469 0.7810 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483318 3 0.0524 0.7822 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM483319 3 0.0657 0.7814 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM483322 3 0.0524 0.7824 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM483327 3 0.0188 0.7818 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483328 3 0.1557 0.7735 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM483330 3 0.4855 0.3642 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM483332 3 0.1406 0.7701 0.000 0.024 0.960 0.016
#> GSM483333 3 0.2473 0.7624 0.080 0.000 0.908 0.012
#> GSM483336 3 0.4008 0.6824 0.032 0.000 0.820 0.148
#> GSM483337 3 0.0000 0.7823 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483339 2 0.4267 0.6746 0.188 0.788 0.024 0.000
#> GSM483351 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483352 4 0.6469 0.4626 0.000 0.164 0.192 0.644
#> GSM483354 4 0.1624 0.8437 0.028 0.020 0.000 0.952
#> GSM483358 2 0.4464 0.7433 0.000 0.768 0.208 0.024
#> GSM483384 1 0.4718 0.5582 0.708 0.280 0.000 0.012
#> GSM483386 2 0.1822 0.7943 0.044 0.944 0.004 0.008
#> GSM483388 2 0.3907 0.7775 0.000 0.828 0.140 0.032
#> GSM483390 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483391 4 0.5321 0.5898 0.032 0.296 0.000 0.672
#> GSM483396 1 0.5388 0.0662 0.532 0.000 0.456 0.012
#> GSM483399 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483400 1 0.0895 0.9194 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM483401 2 0.3105 0.7816 0.000 0.856 0.140 0.004
#> GSM483412 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483418 3 0.6061 0.0561 0.000 0.400 0.552 0.048
#> GSM483420 3 0.5249 0.4857 0.000 0.248 0.708 0.044
#> GSM483421 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483426 3 0.5663 -0.0469 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM483428 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483431 1 0.3074 0.7861 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM483436 4 0.1211 0.8504 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM483442 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483443 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483444 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483447 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.3636 0.7508 0.820 0.000 0.172 0.008
#> GSM483450 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483455 2 0.7589 0.2268 0.000 0.404 0.196 0.400
#> GSM483458 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483461 3 0.7045 0.5569 0.100 0.060 0.664 0.176
#> GSM483462 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483464 4 0.2868 0.7800 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM483466 2 0.4482 0.6083 0.000 0.728 0.008 0.264
#> GSM483468 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483476 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483477 4 0.7095 0.3991 0.180 0.260 0.000 0.560
#> GSM483300 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483308 2 0.0657 0.8110 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM483310 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483311 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483323 1 0.4222 0.5811 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM483338 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483353 1 0.0336 0.9287 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.6973 0.3352 0.000 0.220 0.196 0.584
#> GSM483364 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 2 0.5793 0.5777 0.000 0.628 0.324 0.048
#> GSM483371 2 0.5440 0.6734 0.160 0.736 0.000 0.104
#> GSM483372 2 0.3004 0.8012 0.000 0.892 0.060 0.048
#> GSM483373 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483374 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483379 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.4842 0.7460 0.000 0.760 0.192 0.048
#> GSM483381 1 0.0188 0.9317 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483389 1 0.4334 0.7302 0.808 0.028 0.156 0.008
#> GSM483404 1 0.2412 0.8476 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM483405 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 3 0.4560 0.5489 0.296 0.004 0.700 0.000
#> GSM483413 2 0.1970 0.7869 0.008 0.932 0.000 0.060
#> GSM483416 1 0.0336 0.9288 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483417 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 4 0.2124 0.8345 0.040 0.000 0.028 0.932
#> GSM483433 1 0.5349 0.6489 0.752 0.044 0.184 0.020
#> GSM483434 1 0.3400 0.7377 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM483445 3 0.3933 0.6891 0.200 0.000 0.792 0.008
#> GSM483459 3 0.6400 0.5644 0.180 0.000 0.652 0.168
#> GSM483465 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483470 4 0.3591 0.7378 0.008 0.168 0.000 0.824
#> GSM483473 1 0.4687 0.7109 0.796 0.040 0.152 0.012
#> GSM483478 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.1767 0.7905 0.044 0.944 0.012 0.000
#> GSM483315 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483320 3 0.3688 0.6873 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM483325 3 0.3688 0.6873 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM483329 1 0.2179 0.8708 0.924 0.064 0.012 0.000
#> GSM483331 3 0.3649 0.6893 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM483334 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483341 3 0.3610 0.6908 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM483343 3 0.0188 0.7832 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483344 2 0.7370 -0.1429 0.160 0.428 0.412 0.000
#> GSM483347 3 0.5663 -0.0658 0.000 0.440 0.536 0.024
#> GSM483348 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 3 0.5392 0.1332 0.460 0.000 0.528 0.012
#> GSM483377 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.4761 0.3160 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3172 0.7773 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.5308 0.6517 0.756 0.044 0.180 0.020
#> GSM483414 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.1936 0.8919 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM483439 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0188 0.9321 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483456 2 0.4464 0.7433 0.000 0.768 0.208 0.024
#> GSM483460 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483471 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483298 2 0.0592 0.8122 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483299 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483306 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483309 2 0.1767 0.7905 0.044 0.944 0.012 0.000
#> GSM483314 3 0.0469 0.7810 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483316 3 0.3933 0.6891 0.200 0.000 0.792 0.008
#> GSM483321 3 0.2125 0.7617 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM483324 3 0.0469 0.7828 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM483326 2 0.1637 0.7962 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM483335 3 0.0779 0.7808 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM483340 2 0.5080 0.4257 0.000 0.576 0.420 0.004
#> GSM483342 2 0.4679 0.5064 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM483345 2 0.0707 0.8126 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM483346 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483355 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483357 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483359 2 0.8082 0.1499 0.304 0.440 0.012 0.244
#> GSM483360 2 0.4562 0.7434 0.000 0.764 0.208 0.028
#> GSM483382 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483383 2 0.0707 0.8094 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483387 1 0.0336 0.9288 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483393 2 0.3942 0.6141 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM483394 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483395 2 0.0921 0.8089 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483397 3 0.4399 0.6565 0.212 0.000 0.768 0.020
#> GSM483398 2 0.4589 0.7610 0.000 0.784 0.168 0.048
#> GSM483409 4 0.1305 0.8495 0.036 0.004 0.000 0.960
#> GSM483422 2 0.0469 0.8119 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483423 2 0.6285 0.4493 0.284 0.624 0.092 0.000
#> GSM483425 4 0.4679 0.4745 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM483429 2 0.3156 0.7992 0.000 0.884 0.068 0.048
#> GSM483430 2 0.1767 0.8087 0.000 0.944 0.012 0.044
#> GSM483432 2 0.0817 0.8089 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483435 2 0.4881 0.7433 0.000 0.756 0.196 0.048
#> GSM483438 2 0.0817 0.8089 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483441 2 0.4188 0.6031 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM483451 2 0.4539 0.5892 0.000 0.720 0.008 0.272
#> GSM483452 1 0.0336 0.9288 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483453 2 0.6293 0.5710 0.000 0.628 0.096 0.276
#> GSM483457 4 0.7589 -0.2484 0.000 0.400 0.196 0.404
#> GSM483467 2 0.6293 0.5710 0.000 0.628 0.096 0.276
#> GSM483469 2 0.4103 0.5901 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM483472 4 0.5742 0.4793 0.000 0.276 0.060 0.664
#> GSM483474 4 0.1209 0.8474 0.032 0.004 0.000 0.964
#> GSM483475 2 0.4677 0.7552 0.000 0.776 0.176 0.048
#> GSM483479 1 0.0000 0.9339 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2654 0.7222 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM483481 3 0.0188 0.7818 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483482 3 0.0188 0.7825 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483483 3 0.5212 0.2101 0.008 0.000 0.572 0.420
#> GSM483484 4 0.3374 0.7890 0.012 0.028 0.080 0.880
#> GSM483485 3 0.4307 0.5948 0.000 0.192 0.784 0.024
#> GSM483486 3 0.0188 0.7825 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483487 4 0.4422 0.5799 0.008 0.000 0.256 0.736
#> GSM483488 4 0.1639 0.8259 0.004 0.008 0.036 0.952
#> GSM483489 4 0.5274 0.5989 0.008 0.036 0.232 0.724
#> GSM483490 3 0.1297 0.7698 0.000 0.020 0.964 0.016
#> GSM483491 4 0.4422 0.5799 0.008 0.000 0.256 0.736
#> GSM483492 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483493 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483494 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483495 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483496 4 0.1389 0.8542 0.048 0.000 0.000 0.952
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483302 1 0.1894 0.8833 0.920 0.008 0.000 0.000 0.072
#> GSM483303 2 0.2953 0.7296 0.000 0.844 0.000 0.012 0.144
#> GSM483305 2 0.0000 0.8364 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483312 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483313 3 0.0671 0.8858 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM483317 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483318 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483319 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483322 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483327 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.8955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.3388 0.7105 0.200 0.008 0.792 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.3814 0.5780 0.000 0.004 0.720 0.276 0.000
#> GSM483333 3 0.0162 0.8954 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0162 0.8953 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483337 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483339 2 0.3421 0.7254 0.152 0.824 0.016 0.008 0.000
#> GSM483351 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483352 4 0.2127 0.8182 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM483354 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483358 4 0.3707 0.6087 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM483384 1 0.5344 0.5587 0.672 0.164 0.000 0.164 0.000
#> GSM483386 2 0.0162 0.8368 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483388 4 0.3752 0.4888 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM483390 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483391 5 0.3659 0.7077 0.000 0.220 0.000 0.012 0.768
#> GSM483396 1 0.4252 0.7233 0.764 0.000 0.172 0.064 0.000
#> GSM483399 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483400 1 0.2516 0.8120 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.1851 0.7886 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM483412 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483418 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483420 4 0.0510 0.8895 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM483421 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483426 4 0.3796 0.5753 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM483428 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483431 1 0.3074 0.7572 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483443 1 0.0740 0.9295 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004
#> GSM483444 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483447 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483448 1 0.3800 0.7840 0.812 0.000 0.080 0.108 0.000
#> GSM483450 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483455 4 0.0290 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483458 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483461 4 0.0324 0.8944 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM483462 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483464 5 0.0963 0.9225 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM483466 4 0.1270 0.8642 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM483468 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483476 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483477 2 0.8037 0.3366 0.160 0.416 0.000 0.280 0.144
#> GSM483300 2 0.0000 0.8364 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.8364 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483311 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483323 3 0.4219 0.3216 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483353 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483361 1 0.0451 0.9313 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483363 4 0.0290 0.8943 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483364 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483371 2 0.6144 0.4699 0.172 0.548 0.000 0.280 0.000
#> GSM483372 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483373 4 0.0000 0.8943 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483374 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483379 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483381 1 0.0880 0.9156 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM483389 1 0.3160 0.7627 0.808 0.000 0.004 0.188 0.000
#> GSM483404 1 0.2813 0.7894 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM483405 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483411 3 0.4264 0.3605 0.376 0.000 0.620 0.004 0.000
#> GSM483413 2 0.0880 0.8270 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM483416 1 0.1121 0.9093 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM483417 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.1908 0.8684 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM483433 1 0.4321 0.3812 0.600 0.000 0.004 0.396 0.000
#> GSM483434 1 0.0955 0.9195 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM483445 3 0.0510 0.8912 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM483459 3 0.2677 0.8033 0.016 0.000 0.872 0.000 0.112
#> GSM483465 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483470 5 0.3196 0.7574 0.000 0.192 0.000 0.004 0.804
#> GSM483473 1 0.3143 0.7442 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM483478 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.8364 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.0000 0.8955 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0162 0.8954 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.3550 0.6537 0.236 0.760 0.004 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0290 0.8929 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0703 0.9226 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.0290 0.8929 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0794 0.8815 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM483344 2 0.4585 0.3503 0.004 0.592 0.396 0.008 0.000
#> GSM483347 4 0.5507 0.4551 0.000 0.316 0.088 0.596 0.000
#> GSM483348 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483350 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483356 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5127 0.6263 0.692 0.000 0.212 0.092 0.004
#> GSM483377 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.4829 0.0226 0.484 0.020 0.496 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0290 0.9318 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483407 1 0.3424 0.6977 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.4287 0.2030 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM483414 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483437 1 0.2331 0.8641 0.900 0.000 0.020 0.000 0.080
#> GSM483439 1 0.0290 0.9315 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483456 4 0.3730 0.6024 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483471 1 0.0162 0.9320 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483298 2 0.0703 0.8329 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483299 2 0.0162 0.8372 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483306 2 0.0404 0.8367 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.8364 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483316 3 0.0162 0.8954 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483324 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483326 2 0.1792 0.7997 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM483335 3 0.2516 0.7773 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM483340 2 0.5606 0.4608 0.000 0.600 0.296 0.104 0.000
#> GSM483342 2 0.3715 0.6132 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483345 2 0.0703 0.8329 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483346 2 0.0324 0.8369 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483355 2 0.0162 0.8372 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483357 2 0.0609 0.8344 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483359 2 0.3582 0.6632 0.224 0.768 0.000 0.008 0.000
#> GSM483360 4 0.3636 0.6271 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM483382 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483383 2 0.2891 0.7183 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM483387 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483392 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483393 2 0.4264 0.4409 0.000 0.620 0.000 0.376 0.004
#> GSM483394 2 0.0510 0.8356 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483395 2 0.4297 0.2199 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM483397 4 0.6420 0.2681 0.260 0.000 0.232 0.508 0.000
#> GSM483398 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483409 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483422 2 0.0290 0.8374 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483423 2 0.2694 0.7650 0.108 0.876 0.008 0.008 0.000
#> GSM483425 5 0.5844 0.5042 0.000 0.184 0.000 0.208 0.608
#> GSM483429 4 0.0404 0.8961 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM483430 4 0.2179 0.8269 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM483432 2 0.3857 0.5562 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM483435 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483438 2 0.3837 0.5603 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM483441 2 0.4610 0.4134 0.000 0.596 0.000 0.388 0.016
#> GSM483451 4 0.2719 0.7565 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> GSM483452 1 0.1043 0.9101 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM483453 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483457 4 0.0324 0.8966 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM483467 4 0.0290 0.8984 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483469 2 0.4552 0.2198 0.000 0.524 0.000 0.468 0.008
#> GSM483472 4 0.0671 0.8894 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM483474 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483475 4 0.0404 0.8968 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM483479 1 0.0579 0.9306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM483480 3 0.0162 0.8953 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483481 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483482 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483483 3 0.3452 0.6480 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM483484 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483485 4 0.4904 0.6069 0.000 0.240 0.072 0.688 0.000
#> GSM483486 3 0.0162 0.8966 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483487 5 0.0324 0.9502 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM483488 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483489 5 0.3461 0.6890 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> GSM483490 3 0.4235 0.2414 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM483491 5 0.1270 0.9112 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM483492 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.5310 -0.1055 0.536 0.000 0.000 0.000 0.116 0.348
#> GSM483303 2 0.3846 0.7752 0.000 0.800 0.000 0.024 0.064 0.112
#> GSM483305 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.1088 0.9021 0.000 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM483317 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0632 0.9115 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483328 3 0.0632 0.9115 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483330 3 0.4085 0.6484 0.120 0.000 0.752 0.000 0.000 0.128
#> GSM483332 3 0.3719 0.6575 0.000 0.000 0.728 0.248 0.000 0.024
#> GSM483333 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0547 0.9123 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483339 2 0.3923 0.6631 0.076 0.784 0.012 0.000 0.000 0.128
#> GSM483351 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483352 4 0.1007 0.8120 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM483354 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483358 4 0.3043 0.6655 0.000 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008
#> GSM483384 6 0.3767 0.6029 0.172 0.028 0.000 0.020 0.000 0.780
#> GSM483386 2 0.1858 0.7930 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> GSM483388 4 0.4781 0.6321 0.000 0.140 0.000 0.672 0.000 0.188
#> GSM483390 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 5 0.5402 0.4748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.576 0.172
#> GSM483396 1 0.7140 0.0755 0.384 0.000 0.088 0.180 0.004 0.344
#> GSM483399 4 0.0790 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483400 1 0.1858 0.5504 0.904 0.000 0.092 0.000 0.000 0.004
#> GSM483401 2 0.1204 0.7990 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 4 0.0260 0.8245 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483420 4 0.0806 0.8193 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM483421 4 0.0260 0.8245 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483426 4 0.3810 0.6360 0.004 0.208 0.000 0.752 0.000 0.036
#> GSM483428 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.5888 -0.2761 0.400 0.200 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM483436 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483443 6 0.3652 0.7523 0.324 0.000 0.000 0.000 0.004 0.672
#> GSM483444 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483447 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483448 1 0.2868 0.5568 0.876 0.004 0.020 0.060 0.000 0.040
#> GSM483450 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483455 4 0.2135 0.8061 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM483458 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483461 4 0.0820 0.8192 0.000 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016
#> GSM483462 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483464 5 0.0993 0.9108 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024
#> GSM483466 4 0.3288 0.7244 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM483468 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483476 4 0.0790 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483477 6 0.6014 0.3295 0.072 0.076 0.000 0.092 0.084 0.676
#> GSM483300 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0146 0.8232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483310 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.3101 0.4296 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0260 0.8245 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483353 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483361 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483363 4 0.1910 0.8173 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM483364 6 0.3868 0.4087 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM483366 1 0.1349 0.5596 0.940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM483368 4 0.0547 0.8215 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483371 6 0.3260 0.4794 0.076 0.040 0.000 0.036 0.000 0.848
#> GSM483372 4 0.2664 0.7824 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM483373 4 0.0260 0.8248 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483374 4 0.1765 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM483379 1 0.0713 0.5763 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483380 4 0.0790 0.8271 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483381 1 0.4098 0.3073 0.676 0.000 0.000 0.032 0.000 0.292
#> GSM483389 1 0.2163 0.5446 0.892 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016
#> GSM483404 1 0.5339 -0.0224 0.488 0.000 0.000 0.108 0.000 0.404
#> GSM483405 1 0.0146 0.5850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483410 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483411 1 0.4411 0.2375 0.544 0.004 0.436 0.004 0.000 0.012
#> GSM483413 2 0.2631 0.7340 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM483416 1 0.4593 0.0889 0.576 0.000 0.000 0.044 0.000 0.380
#> GSM483417 1 0.0146 0.5850 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483419 6 0.3867 0.4247 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM483427 5 0.2468 0.8335 0.008 0.000 0.000 0.096 0.880 0.016
#> GSM483433 1 0.3394 0.4757 0.776 0.000 0.000 0.200 0.000 0.024
#> GSM483434 1 0.1152 0.5740 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> GSM483445 3 0.0603 0.9062 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM483459 1 0.4779 -0.1603 0.488 0.000 0.468 0.000 0.040 0.004
#> GSM483465 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 5 0.5120 0.5707 0.000 0.196 0.000 0.000 0.628 0.176
#> GSM483473 1 0.4085 0.4635 0.736 0.000 0.000 0.192 0.000 0.072
#> GSM483478 1 0.3857 -0.3223 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM483304 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.5855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.0713 0.9002 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.4168 0.5761 0.256 0.696 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM483331 3 0.3652 0.6432 0.264 0.000 0.720 0.000 0.000 0.016
#> GSM483334 1 0.1524 0.5698 0.932 0.000 0.060 0.000 0.000 0.008
#> GSM483341 1 0.4405 -0.1617 0.504 0.000 0.472 0.000 0.000 0.024
#> GSM483343 1 0.5369 -0.2070 0.464 0.000 0.460 0.040 0.000 0.036
#> GSM483344 2 0.5708 0.2700 0.004 0.488 0.360 0.000 0.000 0.148
#> GSM483347 4 0.4995 0.5341 0.000 0.244 0.060 0.664 0.000 0.032
#> GSM483348 1 0.0000 0.5855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 6 0.3563 0.7477 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM483350 6 0.3578 0.7429 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM483356 1 0.0260 0.5839 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483362 1 0.3756 -0.0839 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM483365 1 0.0000 0.5855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.5855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.3833 -0.2427 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM483370 1 0.3857 -0.3223 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM483375 1 0.3647 0.0657 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> GSM483376 1 0.5604 0.4508 0.668 0.000 0.120 0.140 0.004 0.068
#> GSM483377 1 0.0146 0.5854 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483378 6 0.3866 0.4202 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM483385 1 0.3854 -0.3093 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM483402 1 0.6159 0.3320 0.544 0.120 0.280 0.000 0.000 0.056
#> GSM483403 1 0.3986 0.1743 0.664 0.020 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM483406 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483407 1 0.5937 -0.0122 0.480 0.208 0.004 0.000 0.000 0.308
#> GSM483408 1 0.4348 0.2725 0.560 0.000 0.000 0.416 0.000 0.024
#> GSM483414 1 0.0260 0.5843 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483415 1 0.0000 0.5855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483437 1 0.1901 0.5661 0.924 0.000 0.008 0.000 0.040 0.028
#> GSM483439 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483440 1 0.3756 -0.0839 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM483446 1 0.0632 0.5820 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483449 1 0.3244 0.3031 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM483454 1 0.2912 0.3916 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM483456 4 0.3109 0.6412 0.000 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> GSM483460 1 0.3828 -0.2104 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM483463 4 0.1714 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM483471 1 0.1327 0.5575 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM483297 2 0.1610 0.8188 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483298 2 0.2660 0.8001 0.000 0.868 0.000 0.048 0.000 0.084
#> GSM483299 2 0.1610 0.8188 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483306 2 0.2060 0.8143 0.000 0.900 0.000 0.016 0.000 0.084
#> GSM483309 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.0000 0.9144 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0520 0.9103 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM483324 3 0.0291 0.9122 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483326 2 0.3469 0.7752 0.000 0.808 0.104 0.000 0.000 0.088
#> GSM483335 3 0.4585 0.6889 0.112 0.000 0.728 0.144 0.000 0.016
#> GSM483340 2 0.4397 0.3993 0.000 0.596 0.376 0.024 0.000 0.004
#> GSM483342 2 0.3515 0.5267 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2724 0.7979 0.000 0.864 0.000 0.052 0.000 0.084
#> GSM483346 2 0.1610 0.8188 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483355 2 0.1610 0.8188 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483357 2 0.2697 0.8000 0.000 0.864 0.000 0.044 0.000 0.092
#> GSM483359 6 0.4914 0.4620 0.104 0.268 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM483360 4 0.3052 0.6515 0.000 0.216 0.000 0.780 0.000 0.004
#> GSM483382 4 0.0790 0.8271 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483383 2 0.4462 0.6297 0.000 0.660 0.000 0.060 0.000 0.280
#> GSM483387 6 0.3482 0.7433 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> GSM483392 4 0.0000 0.8256 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 2 0.6046 0.1727 0.000 0.416 0.000 0.304 0.000 0.280
#> GSM483394 2 0.2457 0.8057 0.000 0.880 0.000 0.036 0.000 0.084
#> GSM483395 4 0.6070 0.0976 0.000 0.320 0.000 0.400 0.000 0.280
#> GSM483397 4 0.5659 0.3460 0.016 0.000 0.112 0.532 0.000 0.340
#> GSM483398 4 0.2664 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM483409 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 6 0.4933 0.2031 0.056 0.404 0.004 0.000 0.000 0.536
#> GSM483425 5 0.7060 0.1915 0.000 0.100 0.000 0.192 0.432 0.276
#> GSM483429 4 0.2664 0.7792 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM483430 4 0.4506 0.6734 0.000 0.176 0.000 0.704 0.000 0.120
#> GSM483432 2 0.5950 0.2858 0.000 0.456 0.000 0.264 0.000 0.280
#> GSM483435 4 0.0146 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483438 2 0.5897 0.3161 0.000 0.472 0.000 0.248 0.000 0.280
#> GSM483441 2 0.6460 0.0334 0.000 0.360 0.000 0.344 0.016 0.280
#> GSM483451 4 0.4388 0.6631 0.000 0.056 0.000 0.668 0.000 0.276
#> GSM483452 1 0.5291 -0.0400 0.552 0.000 0.000 0.000 0.120 0.328
#> GSM483453 4 0.3244 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM483457 4 0.0146 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483467 4 0.3244 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM483469 4 0.6065 0.1108 0.000 0.316 0.000 0.404 0.000 0.280
#> GSM483472 4 0.3244 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM483474 5 0.0937 0.9148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483475 4 0.0935 0.8275 0.000 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM483479 6 0.3531 0.7552 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> GSM483480 3 0.0632 0.9115 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483481 3 0.0632 0.9115 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483482 3 0.0632 0.9115 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483483 3 0.3916 0.5549 0.000 0.000 0.680 0.000 0.300 0.020
#> GSM483484 5 0.0547 0.9277 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483485 4 0.4874 0.6237 0.000 0.104 0.144 0.716 0.000 0.036
#> GSM483486 3 0.0547 0.9123 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483487 5 0.0692 0.9252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM483488 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483489 5 0.3189 0.7239 0.000 0.184 0.000 0.000 0.796 0.020
#> GSM483490 3 0.4407 0.1092 0.000 0.000 0.496 0.480 0.000 0.024
#> GSM483491 5 0.1151 0.9077 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM483492 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:skmeans 187 5.92e-01 4.34e-10 2
#> SD:skmeans 176 4.09e-04 1.12e-11 3
#> SD:skmeans 179 2.09e-08 2.22e-21 4
#> SD:skmeans 183 3.81e-07 2.20e-17 5
#> SD:skmeans 152 1.15e-05 2.03e-11 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.847 0.901 0.957 0.5010 0.498 0.498
#> 3 3 0.559 0.637 0.823 0.2261 0.779 0.608
#> 4 4 0.521 0.668 0.796 0.1257 0.780 0.536
#> 5 5 0.550 0.642 0.760 0.0854 0.884 0.661
#> 6 6 0.612 0.598 0.748 0.0635 0.946 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.9686 0.3736 0.396 0.604
#> GSM483307 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.5842 0.8161 0.140 0.860
#> GSM483317 2 0.2043 0.9263 0.032 0.968
#> GSM483318 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483319 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483322 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.1184 0.9402 0.016 0.984
#> GSM483330 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483332 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483333 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483336 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483337 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.9710 0.3662 0.400 0.600
#> GSM483351 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483386 2 0.7139 0.7485 0.196 0.804
#> GSM483388 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.9323 0.5120 0.652 0.348
#> GSM483396 1 0.8499 0.6494 0.724 0.276
#> GSM483399 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.1414 0.9365 0.020 0.980
#> GSM483428 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.6148 0.8288 0.848 0.152
#> GSM483436 1 0.3584 0.9088 0.932 0.068
#> GSM483442 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483448 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9358 0.5016 0.648 0.352
#> GSM483462 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483300 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483363 1 0.8144 0.6924 0.748 0.252
#> GSM483364 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.7139 0.7485 0.196 0.804
#> GSM483372 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.7376 0.7569 0.792 0.208
#> GSM483389 1 0.7674 0.7313 0.776 0.224
#> GSM483404 1 0.7528 0.7402 0.784 0.216
#> GSM483405 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.3431 0.9126 0.936 0.064
#> GSM483413 2 0.3879 0.8853 0.076 0.924
#> GSM483416 1 0.6623 0.7971 0.828 0.172
#> GSM483417 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.3431 0.9127 0.936 0.064
#> GSM483433 1 0.9909 0.2574 0.556 0.444
#> GSM483434 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.3114 0.9228 0.944 0.056
#> GSM483459 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483470 2 0.8955 0.5722 0.312 0.688
#> GSM483473 2 0.3431 0.8951 0.064 0.936
#> GSM483478 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483304 1 0.8861 0.5697 0.696 0.304
#> GSM483315 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483325 2 0.9909 0.2560 0.444 0.556
#> GSM483329 1 0.2043 0.9381 0.968 0.032
#> GSM483331 1 0.2043 0.9381 0.968 0.032
#> GSM483334 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.2603 0.9252 0.956 0.044
#> GSM483343 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483344 2 0.9686 0.3736 0.396 0.604
#> GSM483347 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5737 0.8421 0.864 0.136
#> GSM483377 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483403 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483406 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.4022 0.9018 0.920 0.080
#> GSM483408 2 0.9580 0.3454 0.380 0.620
#> GSM483414 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483415 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483424 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483437 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483439 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483449 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0376 0.9496 0.004 0.996
#> GSM483306 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7056 0.7539 0.192 0.808
#> GSM483314 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483324 2 0.9988 0.0112 0.480 0.520
#> GSM483326 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483335 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.2603 0.9159 0.044 0.956
#> GSM483357 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483392 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483397 2 0.9795 0.2405 0.416 0.584
#> GSM483398 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.2778 0.9274 0.952 0.048
#> GSM483425 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.2603 0.9297 0.956 0.044
#> GSM483475 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483480 2 0.0376 0.9495 0.004 0.996
#> GSM483481 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0376 0.9495 0.004 0.996
#> GSM483483 1 0.0376 0.9542 0.996 0.004
#> GSM483484 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483485 1 0.9552 0.4437 0.624 0.376
#> GSM483486 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.9525 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9559 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483305 3 0.6521 -0.10126 0.004 0.492 0.504
#> GSM483307 2 0.5291 0.71218 0.000 0.732 0.268
#> GSM483312 2 0.5733 0.68136 0.000 0.676 0.324
#> GSM483313 3 0.4483 0.59550 0.024 0.128 0.848
#> GSM483317 3 0.6264 0.17759 0.380 0.004 0.616
#> GSM483318 3 0.0237 0.60789 0.000 0.004 0.996
#> GSM483319 3 0.0237 0.60789 0.000 0.004 0.996
#> GSM483322 3 0.0424 0.60801 0.000 0.008 0.992
#> GSM483327 3 0.4974 0.53115 0.000 0.236 0.764
#> GSM483328 3 0.4654 0.57503 0.000 0.208 0.792
#> GSM483330 1 0.8703 0.37000 0.592 0.180 0.228
#> GSM483332 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483333 3 0.4555 0.55227 0.000 0.200 0.800
#> GSM483336 3 0.9083 0.29789 0.256 0.196 0.548
#> GSM483337 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483339 3 0.6875 0.44695 0.196 0.080 0.724
#> GSM483351 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483352 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483354 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483358 3 0.5178 0.51163 0.000 0.256 0.744
#> GSM483384 3 0.8577 0.25061 0.356 0.108 0.536
#> GSM483386 3 0.4834 0.54613 0.004 0.204 0.792
#> GSM483388 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483390 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483391 3 0.8605 0.36019 0.208 0.188 0.604
#> GSM483396 3 0.5956 0.36393 0.324 0.004 0.672
#> GSM483399 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483400 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.4504 0.52392 0.000 0.804 0.196
#> GSM483412 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483418 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483420 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483421 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483426 3 0.5580 0.55634 0.008 0.256 0.736
#> GSM483428 3 0.5591 0.41115 0.000 0.304 0.696
#> GSM483431 3 0.9110 0.32712 0.260 0.196 0.544
#> GSM483436 1 0.5216 0.62193 0.740 0.000 0.260
#> GSM483442 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 3 0.6252 0.21544 0.444 0.000 0.556
#> GSM483462 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483468 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483477 3 0.7360 0.21009 0.440 0.032 0.528
#> GSM483300 3 0.5178 0.48651 0.000 0.256 0.744
#> GSM483308 2 0.4931 0.72352 0.000 0.768 0.232
#> GSM483310 2 0.6008 0.65902 0.000 0.628 0.372
#> GSM483311 2 0.5216 0.72307 0.000 0.740 0.260
#> GSM483323 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483353 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.1529 0.87729 0.960 0.040 0.000
#> GSM483363 3 0.6235 0.24077 0.436 0.000 0.564
#> GSM483364 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483371 3 0.4733 0.55219 0.004 0.196 0.800
#> GSM483372 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483373 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483374 3 0.4399 0.55731 0.000 0.188 0.812
#> GSM483379 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.6309 -0.33833 0.000 0.504 0.496
#> GSM483381 3 0.6235 0.24077 0.436 0.000 0.564
#> GSM483389 1 0.8965 0.31336 0.564 0.196 0.240
#> GSM483404 1 0.5815 0.54797 0.692 0.004 0.304
#> GSM483405 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.8291 0.43293 0.604 0.116 0.280
#> GSM483413 3 0.4733 0.55219 0.004 0.196 0.800
#> GSM483416 1 0.9083 0.28332 0.548 0.196 0.256
#> GSM483417 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.7458 0.55878 0.692 0.196 0.112
#> GSM483433 3 0.8901 0.37612 0.196 0.232 0.572
#> GSM483434 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483445 1 0.9408 0.14641 0.488 0.196 0.316
#> GSM483459 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.5859 0.43884 0.656 0.000 0.344
#> GSM483473 3 0.0747 0.60654 0.016 0.000 0.984
#> GSM483478 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.5115 0.72079 0.004 0.768 0.228
#> GSM483315 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.1529 0.87885 0.960 0.040 0.000
#> GSM483325 3 0.9593 -0.00226 0.380 0.200 0.420
#> GSM483329 1 0.9328 0.00918 0.460 0.168 0.372
#> GSM483331 1 0.9187 0.24048 0.532 0.196 0.272
#> GSM483334 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 1 0.1482 0.88127 0.968 0.012 0.020
#> GSM483343 3 0.5058 0.55575 0.000 0.244 0.756
#> GSM483344 3 0.5268 0.53643 0.012 0.212 0.776
#> GSM483347 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483348 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5929 0.53168 0.676 0.004 0.320
#> GSM483377 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.8659 0.38029 0.596 0.176 0.228
#> GSM483403 1 0.5276 0.73987 0.820 0.128 0.052
#> GSM483406 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 3 0.9392 0.20586 0.312 0.196 0.492
#> GSM483408 3 0.8122 0.43723 0.168 0.184 0.648
#> GSM483414 1 0.4504 0.71794 0.804 0.196 0.000
#> GSM483415 1 0.1964 0.86368 0.944 0.056 0.000
#> GSM483424 3 0.9211 0.28006 0.276 0.196 0.528
#> GSM483437 3 0.8763 0.34361 0.216 0.196 0.588
#> GSM483439 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 3 0.6912 0.21888 0.444 0.016 0.540
#> GSM483449 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4555 0.52425 0.000 0.800 0.200
#> GSM483460 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 3 0.0424 0.60752 0.000 0.008 0.992
#> GSM483471 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4931 0.72352 0.000 0.768 0.232
#> GSM483298 2 0.4178 0.57838 0.000 0.828 0.172
#> GSM483299 2 0.4931 0.72352 0.000 0.768 0.232
#> GSM483306 2 0.4002 0.71844 0.000 0.840 0.160
#> GSM483309 3 0.5325 0.49225 0.004 0.248 0.748
#> GSM483314 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483316 1 0.0237 0.90380 0.996 0.004 0.000
#> GSM483321 3 0.4605 0.54925 0.000 0.204 0.796
#> GSM483324 3 0.5785 0.38244 0.300 0.004 0.696
#> GSM483326 3 0.3879 0.58567 0.000 0.152 0.848
#> GSM483335 3 0.0592 0.60709 0.000 0.012 0.988
#> GSM483340 2 0.4504 0.49487 0.000 0.804 0.196
#> GSM483342 2 0.2711 0.61827 0.000 0.912 0.088
#> GSM483345 2 0.2261 0.62687 0.000 0.932 0.068
#> GSM483346 2 0.4887 0.72507 0.000 0.772 0.228
#> GSM483355 2 0.4931 0.72352 0.000 0.768 0.232
#> GSM483357 3 0.4605 0.55054 0.000 0.204 0.796
#> GSM483359 1 0.4750 0.66945 0.784 0.000 0.216
#> GSM483360 3 0.5760 0.40623 0.000 0.328 0.672
#> GSM483382 3 0.0424 0.60865 0.000 0.008 0.992
#> GSM483383 3 0.4555 0.54961 0.000 0.200 0.800
#> GSM483387 1 0.4452 0.72294 0.808 0.192 0.000
#> GSM483392 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483393 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483394 2 0.4931 0.72352 0.000 0.768 0.232
#> GSM483395 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483397 3 0.7875 0.43365 0.136 0.200 0.664
#> GSM483398 3 0.1411 0.60396 0.000 0.036 0.964
#> GSM483409 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483422 2 0.4887 0.72507 0.000 0.772 0.228
#> GSM483423 3 0.9162 0.27635 0.268 0.196 0.536
#> GSM483425 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483429 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483430 2 0.4702 0.51630 0.000 0.788 0.212
#> GSM483432 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483435 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483438 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483441 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483451 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483452 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483457 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483467 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483469 3 0.4504 0.55292 0.000 0.196 0.804
#> GSM483472 3 0.0000 0.60801 0.000 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.6154 0.20167 0.592 0.000 0.408
#> GSM483475 3 0.5058 0.52297 0.000 0.244 0.756
#> GSM483479 1 0.8828 0.34607 0.580 0.192 0.228
#> GSM483480 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483481 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483482 3 0.4931 0.53359 0.000 0.232 0.768
#> GSM483483 1 0.0747 0.89332 0.984 0.000 0.016
#> GSM483484 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.8901 0.37435 0.196 0.232 0.572
#> GSM483486 3 0.5785 0.53017 0.000 0.332 0.668
#> GSM483487 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483490 3 0.4887 0.53445 0.000 0.228 0.772
#> GSM483491 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.90675 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0188 0.8513 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0469 0.8520 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483303 4 0.4155 0.5014 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM483305 4 0.5478 0.3490 0.028 0.344 0.000 0.628
#> GSM483307 2 0.5326 0.6272 0.000 0.604 0.016 0.380
#> GSM483312 2 0.3320 0.7862 0.000 0.876 0.068 0.056
#> GSM483313 3 0.4546 0.5436 0.048 0.024 0.824 0.104
#> GSM483317 1 0.7393 0.1522 0.436 0.000 0.400 0.164
#> GSM483318 4 0.5119 0.4503 0.004 0.000 0.440 0.556
#> GSM483319 4 0.4855 0.4712 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM483322 4 0.4843 0.4779 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM483327 3 0.2149 0.7217 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM483328 3 0.3974 0.5673 0.040 0.016 0.852 0.092
#> GSM483330 4 0.6205 0.5452 0.136 0.000 0.196 0.668
#> GSM483332 3 0.4008 0.7771 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM483333 4 0.3356 0.6215 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM483336 4 0.6476 0.4968 0.180 0.000 0.176 0.644
#> GSM483337 3 0.0707 0.6838 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483339 4 0.6236 0.5603 0.096 0.012 0.208 0.684
#> GSM483351 1 0.2984 0.8212 0.888 0.028 0.084 0.000
#> GSM483352 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483354 1 0.3780 0.8131 0.864 0.028 0.084 0.024
#> GSM483358 3 0.5392 0.7585 0.000 0.072 0.724 0.204
#> GSM483384 4 0.4277 0.5432 0.280 0.000 0.000 0.720
#> GSM483386 4 0.0707 0.6819 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483388 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483391 4 0.6256 0.1564 0.424 0.020 0.024 0.532
#> GSM483396 1 0.7210 0.5178 0.616 0.024 0.212 0.148
#> GSM483399 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483400 1 0.0000 0.8512 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.3444 0.6761 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM483412 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483418 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483420 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483421 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483426 4 0.5290 -0.2014 0.008 0.000 0.476 0.516
#> GSM483428 4 0.5434 0.4918 0.000 0.252 0.052 0.696
#> GSM483431 1 0.8234 0.2999 0.508 0.072 0.112 0.308
#> GSM483436 1 0.4554 0.7423 0.796 0.028 0.164 0.012
#> GSM483442 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.1389 0.8444 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483444 1 0.0817 0.8508 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.8512 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 4 0.4155 0.5014 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM483450 1 0.2466 0.8318 0.916 0.028 0.000 0.056
#> GSM483455 4 0.4155 0.5014 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM483458 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.6175 0.5554 0.664 0.004 0.240 0.092
#> GSM483462 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0188 0.8513 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.4155 0.5014 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM483477 4 0.4522 0.5138 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM483300 4 0.4724 0.6197 0.000 0.076 0.136 0.788
#> GSM483308 2 0.3400 0.8196 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM483310 2 0.3354 0.7737 0.000 0.872 0.084 0.044
#> GSM483311 2 0.3160 0.8133 0.000 0.872 0.020 0.108
#> GSM483323 1 0.4295 0.7050 0.752 0.008 0.240 0.000
#> GSM483338 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483353 1 0.4060 0.8210 0.852 0.024 0.084 0.040
#> GSM483361 1 0.1389 0.8458 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483363 1 0.5805 0.5944 0.688 0.004 0.240 0.068
#> GSM483364 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.1211 0.8511 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483371 4 0.1297 0.6851 0.020 0.000 0.016 0.964
#> GSM483372 4 0.0188 0.6854 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483373 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483374 4 0.1867 0.6653 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM483379 1 0.0707 0.8512 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.6700 -0.3881 0.000 0.088 0.432 0.480
#> GSM483381 1 0.5737 0.6006 0.692 0.004 0.240 0.064
#> GSM483389 1 0.5732 0.6007 0.672 0.000 0.064 0.264
#> GSM483404 1 0.5213 0.6438 0.724 0.000 0.224 0.052
#> GSM483405 1 0.2081 0.8436 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7648 0.4052 0.520 0.012 0.288 0.180
#> GSM483413 4 0.0707 0.6819 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483416 4 0.4072 0.5379 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM483417 1 0.4297 0.8119 0.820 0.096 0.084 0.000
#> GSM483419 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.4807 0.6573 0.728 0.024 0.000 0.248
#> GSM483433 3 0.5701 0.6606 0.148 0.004 0.728 0.120
#> GSM483434 1 0.2921 0.7992 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM483445 4 0.7092 0.3244 0.320 0.000 0.148 0.532
#> GSM483459 1 0.4807 0.6926 0.728 0.024 0.248 0.000
#> GSM483465 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483470 4 0.6272 0.4513 0.292 0.004 0.076 0.628
#> GSM483473 4 0.4840 0.5130 0.028 0.000 0.240 0.732
#> GSM483478 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.3160 0.8068 0.020 0.872 0.000 0.108
#> GSM483315 1 0.0000 0.8512 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.4713 0.7330 0.776 0.000 0.172 0.052
#> GSM483325 4 0.4993 0.5546 0.028 0.000 0.260 0.712
#> GSM483329 4 0.5507 0.5550 0.240 0.024 0.024 0.712
#> GSM483331 1 0.7842 0.2606 0.456 0.004 0.268 0.272
#> GSM483334 1 0.2868 0.7827 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM483341 3 0.5151 -0.1289 0.464 0.004 0.532 0.000
#> GSM483343 4 0.4843 0.2254 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM483344 4 0.6288 0.5382 0.036 0.032 0.288 0.644
#> GSM483347 3 0.3444 0.7716 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM483348 1 0.2266 0.8264 0.912 0.004 0.084 0.000
#> GSM483349 1 0.4297 0.8119 0.820 0.096 0.084 0.000
#> GSM483350 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0927 0.8516 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM483362 1 0.1792 0.8467 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.1004 0.8516 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM483369 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0592 0.8515 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5911 0.6602 0.712 0.024 0.208 0.056
#> GSM483377 1 0.0000 0.8512 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.1716 0.8487 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM483402 4 0.7326 0.5453 0.100 0.068 0.192 0.640
#> GSM483403 1 0.3649 0.7349 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM483406 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483407 4 0.5805 0.5800 0.176 0.052 0.036 0.736
#> GSM483408 1 0.7441 0.0528 0.468 0.004 0.376 0.152
#> GSM483414 1 0.3123 0.7781 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM483415 1 0.1557 0.8430 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM483424 1 0.6780 0.1660 0.488 0.096 0.000 0.416
#> GSM483437 4 0.4228 0.5741 0.232 0.000 0.008 0.760
#> GSM483439 1 0.0000 0.8512 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.4978 0.4685 0.384 0.004 0.000 0.612
#> GSM483449 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.1211 0.8512 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4882 0.5649 0.000 0.708 0.272 0.020
#> GSM483460 1 0.2281 0.8404 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.4188 0.4951 0.000 0.004 0.244 0.752
#> GSM483471 1 0.1637 0.8486 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4304 0.7913 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM483298 2 0.5458 0.6859 0.000 0.720 0.204 0.076
#> GSM483299 2 0.4304 0.7913 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM483306 2 0.3569 0.8237 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM483309 4 0.2221 0.6776 0.020 0.020 0.024 0.936
#> GSM483314 3 0.2469 0.7290 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM483316 1 0.4507 0.7438 0.788 0.000 0.168 0.044
#> GSM483321 4 0.3123 0.6334 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM483324 1 0.7055 0.2716 0.480 0.000 0.396 0.124
#> GSM483326 3 0.5269 0.6320 0.000 0.016 0.620 0.364
#> GSM483335 4 0.4741 0.4793 0.000 0.004 0.328 0.668
#> GSM483340 3 0.7236 0.3978 0.000 0.168 0.520 0.312
#> GSM483342 3 0.6835 0.4096 0.024 0.132 0.656 0.188
#> GSM483345 2 0.5677 0.7697 0.000 0.720 0.140 0.140
#> GSM483346 2 0.4304 0.7913 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM483355 2 0.4661 0.7106 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM483357 4 0.2831 0.6004 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM483359 4 0.6172 0.4777 0.284 0.000 0.084 0.632
#> GSM483360 3 0.5970 0.7298 0.000 0.088 0.668 0.244
#> GSM483382 4 0.3831 0.5482 0.000 0.004 0.204 0.792
#> GSM483383 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.3400 0.7602 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM483392 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483393 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.4304 0.7913 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM483395 4 0.0188 0.6854 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483397 4 0.4624 0.6329 0.052 0.000 0.164 0.784
#> GSM483398 4 0.3870 0.5444 0.000 0.004 0.208 0.788
#> GSM483409 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483422 2 0.2760 0.8139 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM483423 4 0.4595 0.5880 0.176 0.000 0.044 0.780
#> GSM483425 4 0.4155 0.5014 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM483429 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483430 3 0.5206 0.4438 0.000 0.308 0.668 0.024
#> GSM483432 4 0.0188 0.6854 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483435 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483438 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483441 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483451 4 0.0188 0.6854 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483452 1 0.0921 0.8504 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483453 4 0.3583 0.5709 0.000 0.004 0.180 0.816
#> GSM483457 3 0.4343 0.7784 0.000 0.004 0.732 0.264
#> GSM483467 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483469 4 0.0000 0.6855 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483472 4 0.4122 0.5072 0.000 0.004 0.236 0.760
#> GSM483474 1 0.5760 -0.0511 0.524 0.028 0.000 0.448
#> GSM483475 3 0.4630 0.7788 0.000 0.016 0.732 0.252
#> GSM483479 4 0.4382 0.5118 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM483480 3 0.0000 0.6658 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0817 0.6895 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM483482 3 0.0817 0.6895 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM483483 1 0.6148 0.6491 0.680 0.028 0.244 0.048
#> GSM483484 1 0.3367 0.8110 0.864 0.028 0.108 0.000
#> GSM483485 3 0.5122 0.6388 0.164 0.000 0.756 0.080
#> GSM483486 3 0.3571 0.5676 0.028 0.024 0.876 0.072
#> GSM483487 1 0.3367 0.8110 0.864 0.028 0.108 0.000
#> GSM483488 1 0.3236 0.8190 0.880 0.028 0.088 0.004
#> GSM483489 1 0.5013 0.7691 0.800 0.028 0.108 0.064
#> GSM483490 3 0.3539 0.7620 0.000 0.004 0.820 0.176
#> GSM483491 1 0.3542 0.8049 0.852 0.028 0.120 0.000
#> GSM483492 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.1256 0.8511 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM483496 1 0.0921 0.8505 0.972 0.028 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0451 0.82488 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483302 1 0.0404 0.82517 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483303 5 0.3816 0.50777 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM483305 5 0.4276 0.36700 0.004 0.380 0.000 0.000 0.616
#> GSM483307 2 0.4949 0.54724 0.000 0.572 0.000 0.032 0.396
#> GSM483312 2 0.1168 0.73319 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM483313 3 0.5487 0.32733 0.052 0.000 0.564 0.376 0.008
#> GSM483317 3 0.6243 0.55761 0.132 0.000 0.620 0.216 0.032
#> GSM483318 3 0.3366 0.59000 0.000 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM483319 3 0.5707 0.54297 0.000 0.000 0.624 0.216 0.160
#> GSM483322 3 0.5704 0.53305 0.000 0.000 0.620 0.232 0.148
#> GSM483327 3 0.3452 0.55892 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM483328 3 0.4158 0.62496 0.056 0.000 0.800 0.128 0.016
#> GSM483330 3 0.5306 0.53506 0.072 0.000 0.612 0.000 0.316
#> GSM483332 4 0.4094 0.73708 0.000 0.000 0.084 0.788 0.128
#> GSM483333 3 0.4674 0.42153 0.000 0.000 0.568 0.016 0.416
#> GSM483336 3 0.5684 0.57544 0.076 0.000 0.636 0.020 0.268
#> GSM483337 3 0.2966 0.59978 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM483339 5 0.6767 0.45548 0.076 0.012 0.172 0.112 0.628
#> GSM483351 1 0.4588 0.65963 0.748 0.000 0.136 0.116 0.000
#> GSM483352 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483354 1 0.4863 0.65327 0.740 0.000 0.136 0.116 0.008
#> GSM483358 4 0.3536 0.77920 0.000 0.032 0.000 0.812 0.156
#> GSM483384 5 0.3639 0.63055 0.184 0.000 0.000 0.024 0.792
#> GSM483386 5 0.1059 0.71040 0.004 0.020 0.000 0.008 0.968
#> GSM483388 5 0.0703 0.71481 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483390 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483391 5 0.6299 0.26661 0.372 0.020 0.000 0.096 0.512
#> GSM483396 1 0.6486 0.52643 0.624 0.000 0.088 0.200 0.088
#> GSM483399 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483400 1 0.0451 0.82493 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483401 2 0.3255 0.68361 0.000 0.848 0.052 0.100 0.000
#> GSM483412 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483418 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483420 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483421 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483426 4 0.4436 0.18580 0.000 0.000 0.008 0.596 0.396
#> GSM483428 5 0.6585 0.39167 0.000 0.292 0.112 0.040 0.556
#> GSM483431 1 0.8102 0.31583 0.484 0.152 0.016 0.136 0.212
#> GSM483436 1 0.3651 0.73815 0.812 0.000 0.032 0.152 0.004
#> GSM483442 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483443 1 0.1671 0.80989 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483444 1 0.0865 0.82308 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM483447 1 0.0162 0.82423 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483448 5 0.3774 0.51829 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM483450 1 0.2437 0.79786 0.904 0.000 0.032 0.004 0.060
#> GSM483455 5 0.3816 0.50777 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM483458 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483461 1 0.4623 0.54510 0.664 0.000 0.000 0.304 0.032
#> GSM483462 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483464 1 0.0290 0.82414 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483466 5 0.0162 0.71432 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483468 1 0.1168 0.82229 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> GSM483476 5 0.3816 0.50777 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM483477 5 0.3745 0.62696 0.196 0.000 0.000 0.024 0.780
#> GSM483300 5 0.6261 0.29485 0.000 0.160 0.268 0.008 0.564
#> GSM483308 2 0.3132 0.75785 0.008 0.820 0.000 0.000 0.172
#> GSM483310 2 0.1043 0.74570 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483311 2 0.1043 0.74570 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483323 3 0.5238 0.52402 0.292 0.004 0.640 0.064 0.000
#> GSM483338 4 0.2891 0.79029 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM483353 1 0.6314 0.64634 0.676 0.016 0.136 0.112 0.060
#> GSM483361 1 0.1894 0.81302 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> GSM483363 1 0.4623 0.54510 0.664 0.000 0.000 0.304 0.032
#> GSM483364 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483366 1 0.1830 0.82237 0.932 0.028 0.040 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483371 5 0.1211 0.71481 0.016 0.000 0.000 0.024 0.960
#> GSM483372 5 0.1197 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483373 5 0.0703 0.71481 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483374 5 0.2471 0.67911 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM483379 1 0.0671 0.82380 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM483380 4 0.5685 0.45522 0.000 0.084 0.000 0.520 0.396
#> GSM483381 1 0.4422 0.58173 0.680 0.000 0.004 0.300 0.016
#> GSM483389 1 0.5426 0.56154 0.640 0.000 0.000 0.108 0.252
#> GSM483404 1 0.4948 0.62955 0.700 0.000 0.004 0.224 0.072
#> GSM483405 1 0.3836 0.79401 0.832 0.036 0.096 0.036 0.000
#> GSM483410 1 0.4068 0.78964 0.816 0.040 0.108 0.036 0.000
#> GSM483411 3 0.6549 0.60723 0.172 0.000 0.628 0.112 0.088
#> GSM483413 5 0.0771 0.70868 0.000 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM483416 5 0.2970 0.63099 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828
#> GSM483417 1 0.6265 0.64082 0.628 0.040 0.204 0.128 0.000
#> GSM483419 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483427 1 0.4513 0.59855 0.688 0.000 0.024 0.004 0.284
#> GSM483433 4 0.3214 0.66362 0.120 0.000 0.000 0.844 0.036
#> GSM483434 1 0.5493 0.42681 0.632 0.000 0.256 0.112 0.000
#> GSM483445 3 0.6408 0.52768 0.152 0.000 0.560 0.016 0.272
#> GSM483459 3 0.3906 0.54373 0.292 0.000 0.704 0.004 0.000
#> GSM483465 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483470 5 0.5749 0.44792 0.260 0.000 0.004 0.120 0.616
#> GSM483473 5 0.4276 0.56282 0.028 0.000 0.000 0.256 0.716
#> GSM483478 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483304 2 0.1043 0.74570 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483315 1 0.0000 0.82373 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.4668 0.58146 0.272 0.000 0.684 0.000 0.044
#> GSM483325 3 0.4898 0.53027 0.032 0.000 0.632 0.004 0.332
#> GSM483329 5 0.4812 0.59858 0.192 0.020 0.052 0.000 0.736
#> GSM483331 3 0.3055 0.61865 0.072 0.000 0.864 0.000 0.064
#> GSM483334 3 0.4283 0.38981 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.4498 0.56785 0.132 0.000 0.756 0.112 0.000
#> GSM483343 5 0.6086 0.32044 0.000 0.000 0.152 0.304 0.544
#> GSM483344 3 0.7357 -0.02424 0.048 0.012 0.420 0.120 0.400
#> GSM483347 4 0.2110 0.64048 0.000 0.000 0.072 0.912 0.016
#> GSM483348 1 0.4317 0.66935 0.772 0.000 0.112 0.116 0.000
#> GSM483349 1 0.6342 0.63404 0.620 0.040 0.204 0.136 0.000
#> GSM483350 1 0.3938 0.79055 0.824 0.040 0.104 0.032 0.000
#> GSM483356 1 0.1082 0.82424 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483362 1 0.2775 0.81188 0.884 0.036 0.076 0.004 0.000
#> GSM483365 1 0.4017 0.78939 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483367 1 0.1043 0.82190 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM483369 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483370 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483375 1 0.0566 0.82414 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM483376 1 0.5673 0.63245 0.692 0.000 0.052 0.180 0.076
#> GSM483377 1 0.0486 0.82534 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM483378 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483385 1 0.2595 0.81656 0.888 0.032 0.080 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.6429 0.53881 0.036 0.124 0.592 0.000 0.248
#> GSM483403 1 0.3579 0.67791 0.756 0.004 0.000 0.000 0.240
#> GSM483406 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483407 5 0.5224 0.62095 0.128 0.108 0.004 0.024 0.736
#> GSM483408 4 0.5178 -0.09096 0.476 0.000 0.000 0.484 0.040
#> GSM483414 1 0.2690 0.76523 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM483415 1 0.1768 0.81250 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM483424 5 0.7959 -0.00859 0.392 0.040 0.104 0.068 0.396
#> GSM483437 5 0.4096 0.63475 0.176 0.000 0.000 0.052 0.772
#> GSM483439 1 0.0162 0.82447 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483440 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483446 5 0.4853 0.54876 0.296 0.000 0.008 0.032 0.664
#> GSM483449 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483454 1 0.2142 0.82063 0.920 0.028 0.048 0.004 0.000
#> GSM483456 2 0.4445 0.50753 0.000 0.676 0.000 0.300 0.024
#> GSM483460 1 0.4017 0.78903 0.820 0.040 0.104 0.036 0.000
#> GSM483463 5 0.3730 0.50058 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM483471 1 0.2568 0.81535 0.900 0.012 0.064 0.024 0.000
#> GSM483297 2 0.3857 0.72325 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483298 2 0.4904 0.61077 0.000 0.688 0.000 0.240 0.072
#> GSM483299 2 0.3932 0.71382 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483306 2 0.3577 0.77020 0.000 0.808 0.000 0.032 0.160
#> GSM483309 5 0.2214 0.71148 0.024 0.020 0.012 0.016 0.928
#> GSM483314 3 0.4307 0.15841 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM483316 3 0.5002 0.55133 0.312 0.000 0.636 0.000 0.052
#> GSM483321 3 0.4674 0.42153 0.000 0.000 0.568 0.016 0.416
#> GSM483324 3 0.6390 0.54953 0.120 0.000 0.604 0.236 0.040
#> GSM483326 4 0.6325 0.59386 0.000 0.016 0.136 0.564 0.284
#> GSM483335 3 0.6301 0.38754 0.000 0.000 0.512 0.308 0.180
#> GSM483340 4 0.7399 0.42716 0.000 0.128 0.152 0.540 0.180
#> GSM483342 4 0.6987 -0.03057 0.036 0.028 0.400 0.468 0.068
#> GSM483345 2 0.5136 0.67281 0.000 0.688 0.000 0.196 0.116
#> GSM483346 2 0.3857 0.72325 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483355 2 0.4171 0.60191 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483357 5 0.2852 0.61614 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM483359 5 0.6213 0.50441 0.116 0.000 0.104 0.112 0.668
#> GSM483360 4 0.4844 0.69884 0.000 0.108 0.000 0.720 0.172
#> GSM483382 5 0.3586 0.56401 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM483383 5 0.0000 0.71380 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.3086 0.74737 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> GSM483392 4 0.2891 0.79029 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM483393 5 0.0000 0.71380 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.3857 0.72325 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483395 5 0.1197 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483397 5 0.5155 0.54030 0.000 0.000 0.140 0.168 0.692
#> GSM483398 5 0.3424 0.57089 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM483409 1 0.1202 0.82190 0.960 0.000 0.032 0.004 0.004
#> GSM483422 2 0.1043 0.74570 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483423 5 0.3593 0.65684 0.088 0.000 0.000 0.084 0.828
#> GSM483425 5 0.3816 0.50777 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM483429 4 0.2891 0.79029 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM483430 4 0.4481 0.53606 0.000 0.232 0.000 0.720 0.048
#> GSM483432 5 0.1197 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483435 4 0.2648 0.79484 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM483438 5 0.0000 0.71380 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483441 5 0.0000 0.71380 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483451 5 0.1197 0.71083 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483452 1 0.1502 0.81766 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM483453 5 0.2966 0.61932 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM483457 4 0.2891 0.79029 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM483467 5 0.0963 0.71309 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM483469 5 0.0000 0.71380 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483472 5 0.3534 0.54565 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM483474 1 0.5904 -0.12852 0.488 0.000 0.032 0.040 0.440
#> GSM483475 4 0.2690 0.79367 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM483479 5 0.3210 0.61119 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM483480 3 0.3395 0.57191 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM483481 3 0.3612 0.53710 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM483482 3 0.3636 0.53266 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM483483 3 0.4971 0.52621 0.176 0.000 0.708 0.116 0.000
#> GSM483484 1 0.5072 0.60102 0.696 0.000 0.188 0.116 0.000
#> GSM483485 4 0.4166 0.60511 0.120 0.000 0.076 0.796 0.008
#> GSM483486 3 0.4485 0.58476 0.040 0.000 0.772 0.160 0.028
#> GSM483487 1 0.5072 0.60102 0.696 0.000 0.188 0.116 0.000
#> GSM483488 1 0.4671 0.65194 0.740 0.000 0.144 0.116 0.000
#> GSM483489 1 0.5449 0.58727 0.684 0.000 0.188 0.116 0.012
#> GSM483490 4 0.1444 0.70498 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> GSM483491 1 0.5167 0.58388 0.684 0.000 0.200 0.116 0.000
#> GSM483492 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483493 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM483494 1 0.1168 0.82229 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> GSM483495 1 0.1281 0.82240 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM483496 1 0.1041 0.82196 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0405 0.6956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM483302 5 0.1644 0.6867 0.040 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028
#> GSM483303 6 0.3737 0.5003 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM483305 6 0.3852 0.3793 0.000 0.384 0.000 0.004 0.000 0.612
#> GSM483307 2 0.5012 0.5260 0.000 0.576 0.000 0.088 0.000 0.336
#> GSM483312 2 0.0000 0.7354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.6310 0.4396 0.276 0.000 0.516 0.164 0.044 0.000
#> GSM483317 3 0.3307 0.6728 0.000 0.000 0.832 0.116 0.024 0.028
#> GSM483318 3 0.1444 0.6937 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.2962 0.6826 0.000 0.000 0.848 0.084 0.000 0.068
#> GSM483322 3 0.2985 0.6771 0.000 0.000 0.844 0.100 0.000 0.056
#> GSM483327 3 0.0632 0.6911 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0922 0.6917 0.004 0.000 0.968 0.024 0.004 0.000
#> GSM483330 3 0.3871 0.5680 0.008 0.000 0.696 0.004 0.004 0.288
#> GSM483332 4 0.4328 0.6257 0.000 0.000 0.212 0.708 0.000 0.080
#> GSM483333 3 0.3684 0.5309 0.000 0.000 0.664 0.004 0.000 0.332
#> GSM483336 3 0.2488 0.6806 0.000 0.000 0.864 0.004 0.008 0.124
#> GSM483337 3 0.1141 0.6932 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM483339 6 0.6822 0.2905 0.284 0.008 0.060 0.080 0.036 0.532
#> GSM483351 5 0.4886 0.4259 0.276 0.000 0.008 0.076 0.640 0.000
#> GSM483352 4 0.1610 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM483354 5 0.4886 0.4259 0.276 0.000 0.008 0.076 0.640 0.000
#> GSM483358 4 0.2826 0.7775 0.000 0.028 0.000 0.844 0.000 0.128
#> GSM483384 6 0.3576 0.6515 0.004 0.000 0.000 0.060 0.136 0.800
#> GSM483386 6 0.0865 0.7000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM483388 6 0.1663 0.7014 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM483390 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 6 0.5730 0.2804 0.000 0.004 0.000 0.160 0.332 0.504
#> GSM483396 5 0.6426 0.3399 0.020 0.000 0.128 0.192 0.592 0.068
#> GSM483399 4 0.1556 0.7965 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM483400 5 0.2903 0.6579 0.036 0.000 0.084 0.000 0.864 0.016
#> GSM483401 2 0.1572 0.7267 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 4 0.1610 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM483420 4 0.1610 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM483421 4 0.1556 0.7965 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM483426 4 0.3684 0.1842 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM483428 6 0.6218 0.3898 0.000 0.332 0.076 0.084 0.000 0.508
#> GSM483431 1 0.7250 0.6613 0.496 0.180 0.000 0.068 0.216 0.040
#> GSM483436 5 0.1714 0.6449 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483443 5 0.3247 0.6169 0.036 0.000 0.000 0.000 0.808 0.156
#> GSM483444 5 0.0935 0.6894 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM483447 5 0.1003 0.6945 0.016 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020
#> GSM483448 6 0.3620 0.5485 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM483450 5 0.1267 0.6716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM483455 6 0.3737 0.5003 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM483458 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483461 5 0.4717 0.3022 0.000 0.000 0.000 0.364 0.580 0.056
#> GSM483462 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483464 5 0.0909 0.6920 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012
#> GSM483466 6 0.1204 0.7037 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM483468 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483476 6 0.3737 0.5003 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM483477 6 0.3453 0.6503 0.000 0.000 0.000 0.064 0.132 0.804
#> GSM483300 6 0.5983 0.1269 0.000 0.204 0.340 0.004 0.000 0.452
#> GSM483308 2 0.2964 0.7295 0.004 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM483310 2 0.0000 0.7354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.7354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.6795 0.4477 0.220 0.000 0.484 0.052 0.236 0.008
#> GSM483338 4 0.2300 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM483353 5 0.6853 0.2937 0.356 0.000 0.008 0.076 0.432 0.128
#> GSM483361 5 0.3313 0.6196 0.036 0.000 0.004 0.000 0.812 0.148
#> GSM483363 5 0.4552 0.2859 0.000 0.000 0.000 0.388 0.572 0.040
#> GSM483364 1 0.3309 0.8918 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM483366 5 0.3078 0.5481 0.192 0.000 0.000 0.000 0.796 0.012
#> GSM483368 4 0.1556 0.7965 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM483371 6 0.1643 0.7000 0.008 0.000 0.000 0.068 0.000 0.924
#> GSM483372 6 0.2664 0.6503 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM483373 6 0.1663 0.7014 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM483374 6 0.2823 0.6557 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM483379 5 0.1010 0.6881 0.036 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004
#> GSM483380 4 0.4793 0.5823 0.000 0.084 0.000 0.628 0.000 0.288
#> GSM483381 5 0.3905 0.4111 0.016 0.000 0.000 0.316 0.668 0.000
#> GSM483389 5 0.5603 0.3853 0.024 0.000 0.000 0.132 0.604 0.240
#> GSM483404 5 0.5261 0.4760 0.028 0.000 0.004 0.144 0.680 0.144
#> GSM483405 1 0.4048 0.8107 0.644 0.000 0.004 0.000 0.340 0.012
#> GSM483410 1 0.3555 0.8893 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008
#> GSM483411 3 0.3593 0.6897 0.000 0.000 0.828 0.068 0.064 0.040
#> GSM483413 6 0.0692 0.6990 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> GSM483416 6 0.3269 0.5891 0.024 0.000 0.000 0.000 0.184 0.792
#> GSM483417 1 0.4950 0.4454 0.664 0.000 0.012 0.064 0.252 0.008
#> GSM483419 1 0.3555 0.8893 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008
#> GSM483427 5 0.3409 0.4465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> GSM483433 4 0.1556 0.7293 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM483434 5 0.6779 0.3149 0.308 0.000 0.124 0.080 0.480 0.008
#> GSM483445 3 0.4942 0.5615 0.036 0.000 0.660 0.008 0.028 0.268
#> GSM483459 3 0.4140 0.5557 0.024 0.000 0.688 0.008 0.280 0.000
#> GSM483465 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 6 0.5110 0.5219 0.000 0.000 0.000 0.136 0.248 0.616
#> GSM483473 6 0.3627 0.6395 0.004 0.000 0.000 0.224 0.020 0.752
#> GSM483478 1 0.3309 0.8918 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.7354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 5 0.1838 0.6830 0.040 0.000 0.020 0.000 0.928 0.012
#> GSM483320 3 0.1588 0.6915 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> GSM483325 3 0.3584 0.5607 0.004 0.000 0.688 0.000 0.000 0.308
#> GSM483329 6 0.4091 0.6262 0.000 0.000 0.044 0.036 0.144 0.776
#> GSM483331 3 0.0405 0.6905 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM483334 3 0.4425 0.5203 0.036 0.000 0.660 0.000 0.296 0.008
#> GSM483341 3 0.5521 0.5043 0.280 0.000 0.608 0.080 0.024 0.008
#> GSM483343 6 0.6715 0.2654 0.276 0.000 0.076 0.168 0.000 0.480
#> GSM483344 3 0.7796 0.2704 0.284 0.008 0.384 0.080 0.028 0.216
#> GSM483347 4 0.2814 0.5983 0.000 0.000 0.172 0.820 0.000 0.008
#> GSM483348 5 0.5442 0.4196 0.308 0.000 0.012 0.076 0.592 0.012
#> GSM483349 1 0.2070 0.6605 0.892 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008
#> GSM483350 1 0.3555 0.8893 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008
#> GSM483356 5 0.2579 0.6551 0.088 0.000 0.004 0.000 0.876 0.032
#> GSM483362 5 0.4045 -0.1790 0.428 0.000 0.000 0.000 0.564 0.008
#> GSM483365 1 0.3895 0.8817 0.700 0.000 0.008 0.000 0.280 0.012
#> GSM483367 5 0.2658 0.6609 0.036 0.000 0.000 0.000 0.864 0.100
#> GSM483369 1 0.3309 0.8918 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM483370 1 0.3309 0.8918 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM483375 5 0.1767 0.6883 0.036 0.000 0.012 0.000 0.932 0.020
#> GSM483376 5 0.5333 0.4759 0.016 0.000 0.024 0.136 0.688 0.136
#> GSM483377 5 0.2957 0.6119 0.140 0.000 0.008 0.000 0.836 0.016
#> GSM483378 1 0.3309 0.8918 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM483385 5 0.3422 0.5630 0.168 0.000 0.000 0.000 0.792 0.040
#> GSM483402 3 0.4581 0.6214 0.004 0.116 0.728 0.000 0.008 0.144
#> GSM483403 5 0.3634 0.4710 0.008 0.000 0.000 0.000 0.696 0.296
#> GSM483406 1 0.3993 0.7028 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> GSM483407 6 0.4893 0.6351 0.000 0.104 0.004 0.048 0.112 0.732
#> GSM483408 4 0.4057 0.0485 0.000 0.000 0.000 0.556 0.436 0.008
#> GSM483414 5 0.3418 0.5836 0.032 0.000 0.000 0.000 0.784 0.184
#> GSM483415 5 0.2617 0.6682 0.040 0.000 0.004 0.000 0.876 0.080
#> GSM483424 1 0.4995 0.7856 0.688 0.000 0.000 0.064 0.204 0.044
#> GSM483437 6 0.4561 0.6450 0.040 0.000 0.008 0.088 0.100 0.764
#> GSM483439 5 0.2316 0.6832 0.040 0.000 0.016 0.000 0.904 0.040
#> GSM483440 1 0.3330 0.8895 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM483446 6 0.5590 0.5293 0.040 0.000 0.008 0.068 0.268 0.616
#> GSM483449 5 0.3996 -0.4076 0.484 0.000 0.000 0.000 0.512 0.004
#> GSM483454 5 0.3434 0.5966 0.140 0.000 0.004 0.000 0.808 0.048
#> GSM483456 2 0.3464 0.5410 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.3448 0.8898 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> GSM483463 6 0.3563 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM483471 5 0.3329 0.4280 0.236 0.000 0.004 0.000 0.756 0.004
#> GSM483297 2 0.3867 0.6877 0.004 0.688 0.000 0.012 0.000 0.296
#> GSM483298 2 0.3997 0.5719 0.004 0.688 0.000 0.288 0.000 0.020
#> GSM483299 2 0.4048 0.6592 0.004 0.644 0.000 0.012 0.000 0.340
#> GSM483306 2 0.3554 0.7311 0.004 0.808 0.000 0.108 0.000 0.080
#> GSM483309 6 0.1584 0.6964 0.000 0.000 0.008 0.064 0.000 0.928
#> GSM483314 3 0.3198 0.5272 0.000 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.2165 0.6810 0.000 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM483321 3 0.3699 0.5278 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000 0.336
#> GSM483324 3 0.4488 0.6464 0.000 0.000 0.748 0.132 0.028 0.092
#> GSM483326 4 0.5528 0.5475 0.004 0.008 0.144 0.600 0.000 0.244
#> GSM483335 3 0.4831 0.2695 0.000 0.000 0.548 0.392 0.000 0.060
#> GSM483340 4 0.6546 0.4158 0.004 0.136 0.276 0.516 0.000 0.068
#> GSM483342 3 0.6523 0.2297 0.280 0.008 0.396 0.308 0.004 0.004
#> GSM483345 2 0.3997 0.5773 0.004 0.688 0.000 0.288 0.000 0.020
#> GSM483346 2 0.3909 0.6893 0.004 0.688 0.008 0.004 0.000 0.296
#> GSM483355 2 0.4090 0.5693 0.004 0.604 0.000 0.008 0.000 0.384
#> GSM483357 6 0.3446 0.5118 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM483359 6 0.6199 0.3556 0.268 0.000 0.012 0.076 0.072 0.572
#> GSM483360 4 0.4154 0.6854 0.000 0.112 0.000 0.744 0.000 0.144
#> GSM483382 6 0.3592 0.5604 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM483383 6 0.0632 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483387 5 0.3608 0.4965 0.012 0.000 0.000 0.000 0.716 0.272
#> GSM483392 4 0.2260 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM483393 6 0.0632 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483394 2 0.3867 0.6877 0.004 0.688 0.000 0.012 0.000 0.296
#> GSM483395 6 0.2664 0.6503 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM483397 6 0.5810 0.3986 0.256 0.000 0.020 0.128 0.008 0.588
#> GSM483398 6 0.3482 0.5288 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> GSM483409 5 0.0363 0.6944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483422 2 0.0000 0.7354 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 6 0.2984 0.6645 0.000 0.000 0.004 0.104 0.044 0.848
#> GSM483425 6 0.3727 0.5003 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM483429 4 0.2300 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM483430 4 0.3920 0.5584 0.000 0.216 0.000 0.736 0.000 0.048
#> GSM483432 6 0.2631 0.6536 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM483435 4 0.1610 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM483438 6 0.0632 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483441 6 0.0632 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483451 6 0.2664 0.6503 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM483452 5 0.2772 0.6586 0.040 0.000 0.004 0.000 0.864 0.092
#> GSM483453 6 0.2969 0.6201 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM483457 4 0.2300 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM483467 6 0.2260 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM483469 6 0.0632 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483472 6 0.3428 0.5434 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM483474 5 0.5105 -0.1877 0.000 0.000 0.000 0.080 0.488 0.432
#> GSM483475 4 0.1858 0.7928 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> GSM483479 6 0.2730 0.6148 0.012 0.000 0.000 0.000 0.152 0.836
#> GSM483480 3 0.4349 0.5717 0.208 0.000 0.708 0.084 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.2048 0.6603 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.1349 0.6892 0.004 0.000 0.940 0.056 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.6954 0.3952 0.276 0.000 0.436 0.080 0.208 0.000
#> GSM483484 5 0.5806 0.3821 0.276 0.000 0.060 0.080 0.584 0.000
#> GSM483485 4 0.4012 0.5903 0.000 0.000 0.176 0.748 0.076 0.000
#> GSM483486 3 0.4828 0.5180 0.276 0.000 0.640 0.080 0.004 0.000
#> GSM483487 5 0.5806 0.3821 0.276 0.000 0.060 0.080 0.584 0.000
#> GSM483488 5 0.5021 0.4244 0.276 0.000 0.008 0.076 0.636 0.004
#> GSM483489 5 0.5806 0.3821 0.276 0.000 0.060 0.080 0.584 0.000
#> GSM483490 4 0.1615 0.7138 0.064 0.000 0.004 0.928 0.000 0.004
#> GSM483491 5 0.5701 0.3864 0.276 0.000 0.052 0.080 0.592 0.000
#> GSM483492 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483495 5 0.0146 0.6962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483496 5 0.0000 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:pam 191 0.3059 6.73e-10 2
#> SD:pam 160 0.1338 1.29e-07 3
#> SD:pam 172 0.0072 3.60e-07 4
#> SD:pam 177 0.0304 2.07e-06 5
#> SD:pam 157 0.0573 2.69e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.216 0.349 0.732 0.4368 0.546 0.546
#> 3 3 0.263 0.601 0.762 0.3234 0.556 0.367
#> 4 4 0.432 0.526 0.759 0.1795 0.781 0.528
#> 5 5 0.538 0.623 0.744 0.1144 0.793 0.432
#> 6 6 0.574 0.494 0.692 0.0416 0.860 0.489
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.9909 -0.16373 0.556 0.444
#> GSM483302 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483303 2 0.4939 0.51398 0.108 0.892
#> GSM483305 1 0.9996 0.15035 0.512 0.488
#> GSM483307 2 1.0000 -0.14155 0.496 0.504
#> GSM483312 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483313 1 0.9896 0.20151 0.560 0.440
#> GSM483317 1 0.8016 0.45930 0.756 0.244
#> GSM483318 1 0.8499 0.41327 0.724 0.276
#> GSM483319 1 0.9129 0.34561 0.672 0.328
#> GSM483322 1 0.9661 0.25977 0.608 0.392
#> GSM483327 1 0.9922 0.19296 0.552 0.448
#> GSM483328 1 0.7602 0.47477 0.780 0.220
#> GSM483330 1 0.2236 0.59730 0.964 0.036
#> GSM483332 1 0.9922 0.19296 0.552 0.448
#> GSM483333 1 0.6712 0.51154 0.824 0.176
#> GSM483336 1 0.1414 0.59904 0.980 0.020
#> GSM483337 1 0.9922 0.19256 0.552 0.448
#> GSM483339 1 0.9983 0.16663 0.524 0.476
#> GSM483351 2 0.9944 0.23889 0.456 0.544
#> GSM483352 2 0.4431 0.51658 0.092 0.908
#> GSM483354 2 0.9944 0.23815 0.456 0.544
#> GSM483358 1 0.9933 0.18861 0.548 0.452
#> GSM483384 1 0.9661 -0.05656 0.608 0.392
#> GSM483386 1 0.9996 0.15035 0.512 0.488
#> GSM483388 2 0.9044 0.32541 0.320 0.680
#> GSM483390 2 0.9944 0.23889 0.456 0.544
#> GSM483391 2 0.9323 0.35227 0.348 0.652
#> GSM483396 1 0.4562 0.56095 0.904 0.096
#> GSM483399 2 0.8207 0.41501 0.256 0.744
#> GSM483400 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483401 1 0.9933 0.18861 0.548 0.452
#> GSM483412 2 0.9922 0.24183 0.448 0.552
#> GSM483418 1 0.9896 0.20066 0.560 0.440
#> GSM483420 1 0.9896 0.20066 0.560 0.440
#> GSM483421 2 0.9850 0.10606 0.428 0.572
#> GSM483426 1 0.9896 0.20066 0.560 0.440
#> GSM483428 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483431 1 0.4022 0.58779 0.920 0.080
#> GSM483436 2 0.8327 0.38579 0.264 0.736
#> GSM483442 2 0.9954 0.23790 0.460 0.540
#> GSM483443 1 0.9460 -0.00180 0.636 0.364
#> GSM483444 1 0.9993 -0.21091 0.516 0.484
#> GSM483447 1 0.2948 0.58504 0.948 0.052
#> GSM483448 1 0.1633 0.59863 0.976 0.024
#> GSM483450 2 0.9970 0.23370 0.468 0.532
#> GSM483455 2 0.5294 0.51317 0.120 0.880
#> GSM483458 2 0.9909 0.24466 0.444 0.556
#> GSM483461 2 0.9933 0.21813 0.452 0.548
#> GSM483462 1 0.8144 0.30187 0.748 0.252
#> GSM483464 1 0.9922 -0.16881 0.552 0.448
#> GSM483466 2 0.4298 0.51642 0.088 0.912
#> GSM483468 2 0.9896 0.24742 0.440 0.560
#> GSM483476 2 0.5946 0.50517 0.144 0.856
#> GSM483477 1 0.9977 -0.18449 0.528 0.472
#> GSM483300 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483308 1 1.0000 0.13730 0.504 0.496
#> GSM483310 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483311 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483323 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483338 1 0.9944 0.18015 0.544 0.456
#> GSM483353 1 0.2423 0.59102 0.960 0.040
#> GSM483361 1 0.8081 0.25617 0.752 0.248
#> GSM483363 2 0.9170 0.38574 0.332 0.668
#> GSM483364 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483366 1 0.2043 0.59391 0.968 0.032
#> GSM483368 1 0.9922 0.18807 0.552 0.448
#> GSM483371 2 0.8713 0.41575 0.292 0.708
#> GSM483372 2 0.5737 0.50391 0.136 0.864
#> GSM483373 2 0.7674 0.48212 0.224 0.776
#> GSM483374 2 0.7139 0.47918 0.196 0.804
#> GSM483379 1 0.2948 0.58532 0.948 0.052
#> GSM483380 1 0.9954 0.17555 0.540 0.460
#> GSM483381 1 0.3114 0.57977 0.944 0.056
#> GSM483389 1 0.2236 0.59571 0.964 0.036
#> GSM483404 1 0.9710 -0.12158 0.600 0.400
#> GSM483405 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483410 1 0.2948 0.58380 0.948 0.052
#> GSM483411 1 0.7602 0.47470 0.780 0.220
#> GSM483413 2 0.6712 0.49099 0.176 0.824
#> GSM483416 1 0.1414 0.59904 0.980 0.020
#> GSM483417 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483419 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483427 1 0.6148 0.50503 0.848 0.152
#> GSM483433 1 0.7602 0.47470 0.780 0.220
#> GSM483434 1 0.0938 0.59904 0.988 0.012
#> GSM483445 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483459 1 0.1633 0.59463 0.976 0.024
#> GSM483465 2 0.9944 0.23889 0.456 0.544
#> GSM483470 2 0.9209 0.35951 0.336 0.664
#> GSM483473 1 0.9983 -0.20360 0.524 0.476
#> GSM483478 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483304 1 0.9998 0.14623 0.508 0.492
#> GSM483315 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483320 1 0.7056 0.49844 0.808 0.192
#> GSM483325 1 0.1843 0.59836 0.972 0.028
#> GSM483329 1 0.6438 0.54927 0.836 0.164
#> GSM483331 1 0.7376 0.48458 0.792 0.208
#> GSM483334 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483341 1 0.7883 0.46017 0.764 0.236
#> GSM483343 1 0.8661 0.39886 0.712 0.288
#> GSM483344 1 0.9833 0.21787 0.576 0.424
#> GSM483347 1 0.9909 0.19690 0.556 0.444
#> GSM483348 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483349 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483350 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483356 1 0.1414 0.59685 0.980 0.020
#> GSM483362 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483365 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483367 1 0.0000 0.59703 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483370 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483375 1 0.2423 0.59102 0.960 0.040
#> GSM483376 1 0.5629 0.54563 0.868 0.132
#> GSM483377 1 0.0672 0.59954 0.992 0.008
#> GSM483378 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483385 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483402 1 0.5519 0.56889 0.872 0.128
#> GSM483403 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483406 1 0.2948 0.58372 0.948 0.052
#> GSM483407 1 0.4431 0.58605 0.908 0.092
#> GSM483408 1 0.7745 0.46706 0.772 0.228
#> GSM483414 1 0.0672 0.59789 0.992 0.008
#> GSM483415 1 0.0672 0.59890 0.992 0.008
#> GSM483424 1 0.6712 0.42119 0.824 0.176
#> GSM483437 1 0.0938 0.59880 0.988 0.012
#> GSM483439 1 0.1414 0.59706 0.980 0.020
#> GSM483440 1 0.1633 0.59608 0.976 0.024
#> GSM483446 1 0.1414 0.59678 0.980 0.020
#> GSM483449 1 0.0000 0.59703 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.59703 1.000 0.000
#> GSM483456 1 0.9933 0.18861 0.548 0.452
#> GSM483460 1 0.5737 0.47813 0.864 0.136
#> GSM483463 2 0.6247 0.50210 0.156 0.844
#> GSM483471 1 0.3274 0.57982 0.940 0.060
#> GSM483297 2 0.9998 -0.13394 0.492 0.508
#> GSM483298 2 0.9983 -0.11466 0.476 0.524
#> GSM483299 2 0.9970 -0.09511 0.468 0.532
#> GSM483306 2 1.0000 -0.14155 0.496 0.504
#> GSM483309 1 0.9996 0.15035 0.512 0.488
#> GSM483314 1 0.9944 0.18327 0.544 0.456
#> GSM483316 1 0.1633 0.59860 0.976 0.024
#> GSM483321 1 0.9896 0.20066 0.560 0.440
#> GSM483324 1 0.8327 0.42734 0.736 0.264
#> GSM483326 1 0.9970 0.17037 0.532 0.468
#> GSM483335 1 0.7745 0.46706 0.772 0.228
#> GSM483340 1 0.9933 0.18861 0.548 0.452
#> GSM483342 1 0.9970 0.16994 0.532 0.468
#> GSM483345 1 0.9988 0.15188 0.520 0.480
#> GSM483346 2 0.9996 -0.13195 0.488 0.512
#> GSM483355 2 1.0000 -0.14155 0.496 0.504
#> GSM483357 2 0.7453 0.41784 0.212 0.788
#> GSM483359 1 0.3733 0.57570 0.928 0.072
#> GSM483360 1 0.9933 0.18861 0.548 0.452
#> GSM483382 2 0.9970 -0.00591 0.468 0.532
#> GSM483383 2 0.7745 0.41434 0.228 0.772
#> GSM483387 1 0.9815 -0.10560 0.580 0.420
#> GSM483392 2 0.8499 0.39563 0.276 0.724
#> GSM483393 2 0.9286 0.36239 0.344 0.656
#> GSM483394 2 1.0000 -0.14155 0.496 0.504
#> GSM483395 2 0.5178 0.51303 0.116 0.884
#> GSM483397 1 0.7745 0.46706 0.772 0.228
#> GSM483398 2 0.5178 0.51471 0.116 0.884
#> GSM483409 2 0.9922 0.24353 0.448 0.552
#> GSM483422 2 0.9998 -0.13747 0.492 0.508
#> GSM483423 1 0.8016 0.48105 0.756 0.244
#> GSM483425 2 0.4298 0.51642 0.088 0.912
#> GSM483429 2 0.4298 0.51443 0.088 0.912
#> GSM483430 2 0.9323 0.18751 0.348 0.652
#> GSM483432 2 0.4161 0.51524 0.084 0.916
#> GSM483435 1 0.9993 0.13610 0.516 0.484
#> GSM483438 2 0.4939 0.51039 0.108 0.892
#> GSM483441 2 0.4298 0.51642 0.088 0.912
#> GSM483451 2 0.4298 0.51642 0.088 0.912
#> GSM483452 1 0.9896 -0.15907 0.560 0.440
#> GSM483453 2 0.4431 0.51658 0.092 0.908
#> GSM483457 2 0.9608 0.16401 0.384 0.616
#> GSM483467 2 0.5178 0.51384 0.116 0.884
#> GSM483469 2 0.6712 0.49394 0.176 0.824
#> GSM483472 2 0.4431 0.51658 0.092 0.908
#> GSM483474 2 0.9909 0.24466 0.444 0.556
#> GSM483475 1 0.9998 0.10602 0.508 0.492
#> GSM483479 1 0.2603 0.58925 0.956 0.044
#> GSM483480 1 0.9954 0.17786 0.540 0.460
#> GSM483481 1 0.9963 0.17469 0.536 0.464
#> GSM483482 1 0.9954 0.17786 0.540 0.460
#> GSM483483 1 0.4431 0.55021 0.908 0.092
#> GSM483484 1 0.6148 0.48899 0.848 0.152
#> GSM483485 1 0.9944 0.18327 0.544 0.456
#> GSM483486 1 0.9944 0.18327 0.544 0.456
#> GSM483487 1 0.5842 0.50010 0.860 0.140
#> GSM483488 2 0.9393 0.29833 0.356 0.644
#> GSM483489 1 0.4690 0.55305 0.900 0.100
#> GSM483490 1 0.9944 0.18327 0.544 0.456
#> GSM483491 1 0.6531 0.46734 0.832 0.168
#> GSM483492 2 0.9881 0.24901 0.436 0.564
#> GSM483493 2 0.9944 0.23889 0.456 0.544
#> GSM483494 2 0.9881 0.24901 0.436 0.564
#> GSM483495 2 0.9922 0.24288 0.448 0.552
#> GSM483496 2 0.9944 0.23889 0.456 0.544
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2866 0.7476 0.916 0.008 0.076
#> GSM483302 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483303 3 0.4931 0.6435 0.232 0.000 0.768
#> GSM483305 2 0.3618 0.8156 0.012 0.884 0.104
#> GSM483307 2 0.4931 0.8064 0.032 0.828 0.140
#> GSM483312 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483313 3 0.3550 0.5901 0.024 0.080 0.896
#> GSM483317 1 0.8239 0.4366 0.532 0.080 0.388
#> GSM483318 3 0.7454 0.3986 0.252 0.080 0.668
#> GSM483319 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483322 3 0.3678 0.5881 0.028 0.080 0.892
#> GSM483327 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483328 3 0.8091 0.1251 0.348 0.080 0.572
#> GSM483330 1 0.6721 0.6780 0.748 0.116 0.136
#> GSM483332 3 0.3043 0.5857 0.008 0.084 0.908
#> GSM483333 3 0.8013 0.1845 0.332 0.080 0.588
#> GSM483336 1 0.8316 0.3601 0.496 0.080 0.424
#> GSM483337 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483339 2 0.8972 0.1285 0.128 0.460 0.412
#> GSM483351 1 0.6389 0.6641 0.768 0.108 0.124
#> GSM483352 3 0.5158 0.6421 0.232 0.004 0.764
#> GSM483354 1 0.8312 0.2349 0.576 0.100 0.324
#> GSM483358 3 0.3129 0.5817 0.008 0.088 0.904
#> GSM483384 1 0.6313 0.4263 0.676 0.016 0.308
#> GSM483386 2 0.7396 0.0900 0.032 0.488 0.480
#> GSM483388 3 0.5493 0.6504 0.232 0.012 0.756
#> GSM483390 1 0.4818 0.7272 0.844 0.108 0.048
#> GSM483391 1 0.6526 0.6000 0.704 0.036 0.260
#> GSM483396 3 0.6252 -0.0697 0.444 0.000 0.556
#> GSM483399 3 0.4654 0.6506 0.208 0.000 0.792
#> GSM483400 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483401 2 0.6677 0.6295 0.024 0.652 0.324
#> GSM483412 1 0.5811 0.7134 0.800 0.108 0.092
#> GSM483418 3 0.2939 0.5928 0.012 0.072 0.916
#> GSM483420 3 0.1482 0.6086 0.012 0.020 0.968
#> GSM483421 3 0.5156 0.6526 0.216 0.008 0.776
#> GSM483426 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483428 2 0.5541 0.6848 0.008 0.740 0.252
#> GSM483431 1 0.6752 0.6921 0.744 0.152 0.104
#> GSM483436 1 0.6577 0.2143 0.572 0.008 0.420
#> GSM483442 1 0.5566 0.7180 0.812 0.108 0.080
#> GSM483443 1 0.1337 0.7601 0.972 0.016 0.012
#> GSM483444 1 0.5285 0.7257 0.824 0.112 0.064
#> GSM483447 1 0.1031 0.7602 0.976 0.024 0.000
#> GSM483448 1 0.6239 0.6834 0.768 0.072 0.160
#> GSM483450 1 0.6322 0.6689 0.772 0.108 0.120
#> GSM483455 3 0.5158 0.6421 0.232 0.004 0.764
#> GSM483458 1 0.5965 0.7101 0.792 0.108 0.100
#> GSM483461 3 0.3619 0.6484 0.136 0.000 0.864
#> GSM483462 1 0.5719 0.7179 0.792 0.052 0.156
#> GSM483464 1 0.1182 0.7599 0.976 0.012 0.012
#> GSM483466 3 0.4931 0.6435 0.232 0.000 0.768
#> GSM483468 1 0.5811 0.7134 0.800 0.108 0.092
#> GSM483476 3 0.5201 0.6440 0.236 0.004 0.760
#> GSM483477 1 0.6912 0.3012 0.628 0.028 0.344
#> GSM483300 3 0.6678 -0.1201 0.008 0.480 0.512
#> GSM483308 2 0.3846 0.8188 0.016 0.876 0.108
#> GSM483310 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483311 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483323 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483338 3 0.0848 0.6094 0.008 0.008 0.984
#> GSM483353 1 0.1315 0.7634 0.972 0.008 0.020
#> GSM483361 1 0.1751 0.7607 0.960 0.028 0.012
#> GSM483363 3 0.5497 0.6177 0.292 0.000 0.708
#> GSM483364 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483366 1 0.1525 0.7607 0.964 0.032 0.004
#> GSM483368 3 0.1129 0.6170 0.020 0.004 0.976
#> GSM483371 1 0.7489 -0.0298 0.496 0.036 0.468
#> GSM483372 3 0.5595 0.6439 0.228 0.016 0.756
#> GSM483373 3 0.5406 0.6489 0.224 0.012 0.764
#> GSM483374 3 0.5024 0.6516 0.220 0.004 0.776
#> GSM483379 1 0.0592 0.7625 0.988 0.000 0.012
#> GSM483380 3 0.3043 0.5857 0.008 0.084 0.908
#> GSM483381 1 0.4702 0.6917 0.788 0.000 0.212
#> GSM483389 1 0.7379 0.5321 0.584 0.040 0.376
#> GSM483404 1 0.4702 0.6912 0.788 0.000 0.212
#> GSM483405 1 0.5915 0.6974 0.792 0.080 0.128
#> GSM483410 1 0.1529 0.7594 0.960 0.040 0.000
#> GSM483411 1 0.8073 0.5030 0.576 0.080 0.344
#> GSM483413 3 0.7671 0.3903 0.380 0.052 0.568
#> GSM483416 1 0.4555 0.6970 0.800 0.000 0.200
#> GSM483417 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483419 1 0.1529 0.7594 0.960 0.040 0.000
#> GSM483427 1 0.5497 0.5556 0.708 0.000 0.292
#> GSM483433 1 0.8019 0.5045 0.576 0.076 0.348
#> GSM483434 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483445 1 0.7266 0.6071 0.688 0.080 0.232
#> GSM483459 1 0.7489 0.5950 0.664 0.080 0.256
#> GSM483465 1 0.4371 0.7298 0.860 0.108 0.032
#> GSM483470 1 0.7156 0.2592 0.572 0.028 0.400
#> GSM483473 1 0.4654 0.6877 0.792 0.000 0.208
#> GSM483478 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483304 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483315 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483320 1 0.7770 0.5640 0.628 0.080 0.292
#> GSM483325 1 0.7489 0.5932 0.664 0.080 0.256
#> GSM483329 1 0.5643 0.6864 0.760 0.220 0.020
#> GSM483331 1 0.7381 0.5994 0.676 0.080 0.244
#> GSM483334 1 0.6922 0.6363 0.720 0.080 0.200
#> GSM483341 1 0.8271 0.3748 0.520 0.080 0.400
#> GSM483343 3 0.7226 0.4311 0.228 0.080 0.692
#> GSM483344 3 0.8038 0.4354 0.280 0.100 0.620
#> GSM483347 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483348 1 0.6208 0.6811 0.772 0.076 0.152
#> GSM483349 1 0.2711 0.7594 0.912 0.088 0.000
#> GSM483350 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483356 1 0.3415 0.7530 0.900 0.080 0.020
#> GSM483362 1 0.1315 0.7618 0.972 0.020 0.008
#> GSM483365 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483367 1 0.1399 0.7622 0.968 0.004 0.028
#> GSM483369 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483370 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483375 1 0.1129 0.7625 0.976 0.004 0.020
#> GSM483376 1 0.6154 0.5546 0.592 0.000 0.408
#> GSM483377 1 0.7226 0.6086 0.692 0.080 0.228
#> GSM483378 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483385 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483402 1 0.7926 0.6148 0.656 0.128 0.216
#> GSM483403 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483406 1 0.1411 0.7598 0.964 0.036 0.000
#> GSM483407 1 0.5243 0.7268 0.828 0.072 0.100
#> GSM483408 1 0.6260 0.4818 0.552 0.000 0.448
#> GSM483414 1 0.1129 0.7625 0.976 0.004 0.020
#> GSM483415 1 0.1453 0.7632 0.968 0.008 0.024
#> GSM483424 1 0.1999 0.7608 0.952 0.036 0.012
#> GSM483437 1 0.6402 0.6421 0.744 0.056 0.200
#> GSM483439 1 0.1129 0.7625 0.976 0.004 0.020
#> GSM483440 1 0.1170 0.7626 0.976 0.008 0.016
#> GSM483446 1 0.3141 0.7563 0.912 0.068 0.020
#> GSM483449 1 0.1163 0.7623 0.972 0.000 0.028
#> GSM483454 1 0.1620 0.7634 0.964 0.012 0.024
#> GSM483456 2 0.6786 0.4699 0.012 0.540 0.448
#> GSM483460 1 0.2680 0.7555 0.924 0.008 0.068
#> GSM483463 3 0.5378 0.6457 0.236 0.008 0.756
#> GSM483471 1 0.0592 0.7625 0.988 0.000 0.012
#> GSM483297 2 0.4679 0.7899 0.020 0.832 0.148
#> GSM483298 2 0.6511 0.7323 0.072 0.748 0.180
#> GSM483299 2 0.4196 0.8165 0.024 0.864 0.112
#> GSM483306 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483309 2 0.7919 0.1099 0.056 0.480 0.464
#> GSM483314 3 0.2955 0.5911 0.008 0.080 0.912
#> GSM483316 1 0.7418 0.5995 0.672 0.080 0.248
#> GSM483321 3 0.3272 0.5894 0.016 0.080 0.904
#> GSM483324 3 0.5260 0.5429 0.092 0.080 0.828
#> GSM483326 3 0.6737 0.3611 0.040 0.272 0.688
#> GSM483335 3 0.6295 0.5002 0.164 0.072 0.764
#> GSM483340 3 0.6617 -0.2823 0.008 0.436 0.556
#> GSM483342 2 0.6498 0.5550 0.008 0.596 0.396
#> GSM483345 2 0.5831 0.7892 0.076 0.796 0.128
#> GSM483346 2 0.4994 0.8051 0.052 0.836 0.112
#> GSM483355 2 0.3987 0.8182 0.020 0.872 0.108
#> GSM483357 3 0.4931 0.6435 0.232 0.000 0.768
#> GSM483359 1 0.6148 0.5153 0.728 0.028 0.244
#> GSM483360 3 0.3043 0.5857 0.008 0.084 0.908
#> GSM483382 3 0.2959 0.6460 0.100 0.000 0.900
#> GSM483383 3 0.8538 0.1449 0.100 0.380 0.520
#> GSM483387 1 0.4861 0.6889 0.808 0.012 0.180
#> GSM483392 3 0.3941 0.6567 0.156 0.000 0.844
#> GSM483393 3 0.6950 0.3773 0.408 0.020 0.572
#> GSM483394 2 0.5263 0.8034 0.060 0.824 0.116
#> GSM483395 3 0.5849 0.6373 0.216 0.028 0.756
#> GSM483397 3 0.8277 -0.2779 0.460 0.076 0.464
#> GSM483398 3 0.5201 0.6440 0.236 0.004 0.760
#> GSM483409 1 0.8512 0.2913 0.552 0.108 0.340
#> GSM483422 2 0.3532 0.8178 0.008 0.884 0.108
#> GSM483423 1 0.8631 -0.1891 0.468 0.100 0.432
#> GSM483425 3 0.5178 0.6319 0.256 0.000 0.744
#> GSM483429 3 0.4931 0.6435 0.232 0.000 0.768
#> GSM483430 2 0.9509 0.3413 0.228 0.488 0.284
#> GSM483432 3 0.5158 0.6431 0.232 0.004 0.764
#> GSM483435 3 0.1289 0.6147 0.032 0.000 0.968
#> GSM483438 3 0.6719 0.6142 0.204 0.068 0.728
#> GSM483441 3 0.5216 0.6284 0.260 0.000 0.740
#> GSM483451 3 0.4931 0.6435 0.232 0.000 0.768
#> GSM483452 1 0.2066 0.7523 0.940 0.000 0.060
#> GSM483453 3 0.5158 0.6421 0.232 0.004 0.764
#> GSM483457 3 0.3879 0.6486 0.152 0.000 0.848
#> GSM483467 3 0.5378 0.6448 0.236 0.008 0.756
#> GSM483469 3 0.6648 0.4924 0.364 0.016 0.620
#> GSM483472 3 0.5158 0.6421 0.232 0.004 0.764
#> GSM483474 1 0.8372 0.3727 0.580 0.108 0.312
#> GSM483475 3 0.4353 0.6562 0.156 0.008 0.836
#> GSM483479 1 0.1453 0.7618 0.968 0.024 0.008
#> GSM483480 3 0.2772 0.5906 0.004 0.080 0.916
#> GSM483481 3 0.2955 0.5911 0.008 0.080 0.912
#> GSM483482 3 0.2772 0.5906 0.004 0.080 0.916
#> GSM483483 1 0.9028 0.4174 0.540 0.168 0.292
#> GSM483484 1 0.7666 0.5451 0.680 0.128 0.192
#> GSM483485 3 0.2280 0.6047 0.008 0.052 0.940
#> GSM483486 3 0.2955 0.5911 0.008 0.080 0.912
#> GSM483487 1 0.6829 0.7070 0.736 0.168 0.096
#> GSM483488 3 0.8138 0.1635 0.452 0.068 0.480
#> GSM483489 1 0.8624 0.4122 0.596 0.164 0.240
#> GSM483490 3 0.2866 0.5936 0.008 0.076 0.916
#> GSM483491 1 0.5408 0.7318 0.812 0.136 0.052
#> GSM483492 1 0.5889 0.7120 0.796 0.108 0.096
#> GSM483493 1 0.5566 0.7180 0.812 0.108 0.080
#> GSM483494 1 0.5889 0.7120 0.796 0.108 0.096
#> GSM483495 1 0.5740 0.7156 0.804 0.096 0.100
#> GSM483496 1 0.5650 0.7166 0.808 0.108 0.084
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.5281 0.53455 0.728 0.004 0.048 0.220
#> GSM483302 1 0.0895 0.71152 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM483303 4 0.5184 0.66133 0.212 0.000 0.056 0.732
#> GSM483305 2 0.1598 0.82780 0.004 0.956 0.020 0.020
#> GSM483307 2 0.3030 0.82488 0.020 0.900 0.060 0.020
#> GSM483312 2 0.1411 0.82695 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM483313 3 0.1474 0.67387 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483317 3 0.6366 0.04226 0.424 0.000 0.512 0.064
#> GSM483318 3 0.2053 0.66298 0.072 0.000 0.924 0.004
#> GSM483319 3 0.5212 0.57354 0.068 0.000 0.740 0.192
#> GSM483322 3 0.2399 0.67610 0.032 0.000 0.920 0.048
#> GSM483327 3 0.1022 0.67309 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483328 3 0.3306 0.62551 0.156 0.000 0.840 0.004
#> GSM483330 1 0.4114 0.59764 0.788 0.004 0.200 0.008
#> GSM483332 3 0.1792 0.67000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM483333 3 0.7505 0.10621 0.324 0.000 0.476 0.200
#> GSM483336 1 0.5750 0.22827 0.532 0.000 0.440 0.028
#> GSM483337 3 0.0921 0.67465 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483339 2 0.4572 0.72556 0.164 0.796 0.016 0.024
#> GSM483351 4 0.5607 0.07654 0.484 0.020 0.000 0.496
#> GSM483352 4 0.2142 0.65248 0.016 0.000 0.056 0.928
#> GSM483354 4 0.5306 0.46917 0.348 0.020 0.000 0.632
#> GSM483358 3 0.4164 0.56003 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM483384 4 0.5672 0.34562 0.468 0.004 0.016 0.512
#> GSM483386 2 0.5992 0.29991 0.012 0.568 0.024 0.396
#> GSM483388 4 0.5911 0.66836 0.196 0.000 0.112 0.692
#> GSM483390 1 0.5013 0.51869 0.688 0.020 0.000 0.292
#> GSM483391 4 0.7262 0.46805 0.392 0.064 0.036 0.508
#> GSM483396 4 0.7620 0.15835 0.316 0.000 0.224 0.460
#> GSM483399 4 0.3577 0.58921 0.012 0.000 0.156 0.832
#> GSM483400 1 0.5183 0.32723 0.584 0.000 0.408 0.008
#> GSM483401 2 0.6120 0.30586 0.008 0.564 0.392 0.036
#> GSM483412 1 0.5355 0.42721 0.620 0.020 0.000 0.360
#> GSM483418 3 0.4193 0.55012 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM483420 3 0.4072 0.55769 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM483421 4 0.4045 0.59746 0.028 0.004 0.144 0.824
#> GSM483426 3 0.1022 0.67514 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483428 2 0.1297 0.82446 0.000 0.964 0.016 0.020
#> GSM483431 1 0.4627 0.64534 0.808 0.136 0.036 0.020
#> GSM483436 4 0.5215 0.63204 0.204 0.004 0.052 0.740
#> GSM483442 1 0.5062 0.50753 0.680 0.020 0.000 0.300
#> GSM483443 1 0.3490 0.64096 0.836 0.004 0.004 0.156
#> GSM483444 1 0.5130 0.48856 0.668 0.020 0.000 0.312
#> GSM483447 1 0.0524 0.71180 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM483448 1 0.5676 0.59145 0.720 0.000 0.144 0.136
#> GSM483450 4 0.5597 0.17326 0.464 0.020 0.000 0.516
#> GSM483455 4 0.2174 0.65610 0.020 0.000 0.052 0.928
#> GSM483458 4 0.5428 0.36186 0.380 0.020 0.000 0.600
#> GSM483461 4 0.5172 0.52565 0.068 0.000 0.188 0.744
#> GSM483462 1 0.6735 0.26834 0.496 0.020 0.048 0.436
#> GSM483464 1 0.3208 0.65325 0.848 0.004 0.000 0.148
#> GSM483466 4 0.2814 0.65935 0.032 0.008 0.052 0.908
#> GSM483468 4 0.5606 -0.24193 0.480 0.020 0.000 0.500
#> GSM483476 4 0.2450 0.64925 0.016 0.000 0.072 0.912
#> GSM483477 4 0.6309 0.43486 0.428 0.012 0.036 0.524
#> GSM483300 2 0.4882 0.61106 0.000 0.708 0.272 0.020
#> GSM483308 2 0.2329 0.82939 0.024 0.932 0.024 0.020
#> GSM483310 2 0.1174 0.82396 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM483311 2 0.1174 0.82396 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM483323 1 0.4991 0.35433 0.608 0.000 0.388 0.004
#> GSM483338 3 0.4500 0.49716 0.000 0.000 0.684 0.316
#> GSM483353 1 0.0895 0.71265 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM483361 1 0.2593 0.67856 0.892 0.004 0.000 0.104
#> GSM483363 4 0.3107 0.65810 0.036 0.000 0.080 0.884
#> GSM483364 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0712 0.71166 0.984 0.004 0.004 0.008
#> GSM483368 3 0.4454 0.50364 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM483371 4 0.7118 0.52871 0.352 0.072 0.028 0.548
#> GSM483372 4 0.4349 0.62804 0.040 0.036 0.084 0.840
#> GSM483373 4 0.3581 0.62599 0.032 0.000 0.116 0.852
#> GSM483374 4 0.3984 0.61009 0.040 0.000 0.132 0.828
#> GSM483379 1 0.0937 0.71471 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM483380 3 0.5203 0.32870 0.000 0.008 0.576 0.416
#> GSM483381 1 0.6898 0.31080 0.524 0.000 0.116 0.360
#> GSM483389 1 0.6750 0.10484 0.472 0.000 0.436 0.092
#> GSM483404 1 0.7200 0.25158 0.484 0.000 0.144 0.372
#> GSM483405 1 0.4155 0.56122 0.756 0.000 0.240 0.004
#> GSM483410 1 0.0469 0.71170 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483411 3 0.5755 0.00752 0.444 0.000 0.528 0.028
#> GSM483413 4 0.7309 0.55235 0.312 0.112 0.020 0.556
#> GSM483416 1 0.5484 0.58761 0.732 0.000 0.104 0.164
#> GSM483417 1 0.4509 0.49081 0.708 0.000 0.288 0.004
#> GSM483419 1 0.0524 0.71109 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM483427 4 0.6315 -0.03762 0.432 0.000 0.060 0.508
#> GSM483433 3 0.5678 0.00133 0.452 0.000 0.524 0.024
#> GSM483434 1 0.4741 0.45235 0.668 0.000 0.328 0.004
#> GSM483445 1 0.5320 0.31465 0.572 0.000 0.416 0.012
#> GSM483459 1 0.5663 0.22371 0.536 0.000 0.440 0.024
#> GSM483465 1 0.5252 0.44188 0.644 0.020 0.000 0.336
#> GSM483470 4 0.6537 0.54467 0.344 0.024 0.044 0.588
#> GSM483473 1 0.7130 0.19889 0.472 0.000 0.132 0.396
#> GSM483478 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483304 2 0.1174 0.82396 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM483315 1 0.4837 0.41745 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM483320 3 0.5163 -0.07127 0.480 0.000 0.516 0.004
#> GSM483325 1 0.5172 0.32852 0.588 0.000 0.404 0.008
#> GSM483329 1 0.3710 0.60864 0.804 0.192 0.000 0.004
#> GSM483331 3 0.4790 0.25336 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM483334 1 0.4535 0.50144 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM483341 3 0.4283 0.49716 0.256 0.000 0.740 0.004
#> GSM483343 3 0.2266 0.65848 0.084 0.000 0.912 0.004
#> GSM483344 1 0.7866 -0.02661 0.388 0.000 0.284 0.328
#> GSM483347 3 0.1022 0.67456 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483348 1 0.4313 0.54577 0.736 0.000 0.260 0.004
#> GSM483349 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483350 1 0.0188 0.71184 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0779 0.71411 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483362 1 0.0672 0.71298 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM483365 1 0.4837 0.41745 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM483367 1 0.1767 0.71530 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM483369 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483375 1 0.1256 0.71292 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM483376 1 0.7441 0.14251 0.468 0.000 0.352 0.180
#> GSM483377 1 0.4936 0.37948 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM483378 1 0.0376 0.71118 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483385 1 0.0376 0.71200 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483402 1 0.5684 0.51329 0.696 0.032 0.252 0.020
#> GSM483403 1 0.0469 0.71170 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0188 0.71184 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.4880 0.63830 0.808 0.108 0.032 0.052
#> GSM483408 1 0.7598 0.12141 0.460 0.000 0.324 0.216
#> GSM483414 1 0.2329 0.69820 0.916 0.000 0.012 0.072
#> GSM483415 1 0.0657 0.71446 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM483424 1 0.4387 0.49680 0.752 0.012 0.000 0.236
#> GSM483437 1 0.5440 0.62178 0.736 0.000 0.104 0.160
#> GSM483439 1 0.2089 0.70930 0.932 0.000 0.020 0.048
#> GSM483440 1 0.0779 0.71411 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483446 1 0.1854 0.70825 0.940 0.000 0.012 0.048
#> GSM483449 1 0.1610 0.71640 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM483454 1 0.1356 0.71596 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM483456 3 0.6813 0.13918 0.000 0.380 0.516 0.104
#> GSM483460 1 0.2334 0.69113 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM483463 4 0.3720 0.63314 0.024 0.016 0.100 0.860
#> GSM483471 1 0.2255 0.70059 0.920 0.000 0.012 0.068
#> GSM483297 2 0.3161 0.82365 0.020 0.896 0.028 0.056
#> GSM483298 2 0.4728 0.74603 0.008 0.792 0.048 0.152
#> GSM483299 2 0.3030 0.82205 0.020 0.900 0.020 0.060
#> GSM483306 2 0.2786 0.82748 0.020 0.912 0.048 0.020
#> GSM483309 2 0.4324 0.79891 0.056 0.840 0.024 0.080
#> GSM483314 3 0.1211 0.67739 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483316 1 0.5172 0.33978 0.588 0.000 0.404 0.008
#> GSM483321 3 0.1798 0.67710 0.016 0.000 0.944 0.040
#> GSM483324 3 0.6215 0.31958 0.328 0.000 0.600 0.072
#> GSM483326 2 0.6846 0.48902 0.052 0.604 0.304 0.040
#> GSM483335 3 0.7146 0.37781 0.276 0.000 0.548 0.176
#> GSM483340 3 0.4761 0.52037 0.000 0.192 0.764 0.044
#> GSM483342 2 0.6209 0.08944 0.000 0.492 0.456 0.052
#> GSM483345 2 0.4597 0.75906 0.004 0.800 0.056 0.140
#> GSM483346 2 0.3907 0.81479 0.056 0.864 0.052 0.028
#> GSM483355 2 0.2113 0.82857 0.020 0.940 0.020 0.020
#> GSM483357 4 0.5440 0.66970 0.192 0.012 0.056 0.740
#> GSM483359 1 0.5467 -0.03160 0.584 0.008 0.008 0.400
#> GSM483360 3 0.5185 0.58122 0.000 0.076 0.748 0.176
#> GSM483382 4 0.4632 0.37943 0.004 0.000 0.308 0.688
#> GSM483383 2 0.6920 0.02317 0.048 0.468 0.028 0.456
#> GSM483387 1 0.5033 0.55247 0.740 0.004 0.036 0.220
#> GSM483392 4 0.4453 0.49354 0.012 0.000 0.244 0.744
#> GSM483393 4 0.6340 0.51171 0.388 0.004 0.056 0.552
#> GSM483394 2 0.4017 0.81508 0.036 0.860 0.052 0.052
#> GSM483395 4 0.6014 0.66137 0.180 0.044 0.052 0.724
#> GSM483397 3 0.6875 0.03347 0.420 0.000 0.476 0.104
#> GSM483398 4 0.2222 0.65207 0.016 0.000 0.060 0.924
#> GSM483409 4 0.4988 0.55251 0.288 0.020 0.000 0.692
#> GSM483422 2 0.1174 0.82396 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM483423 1 0.6242 -0.04275 0.584 0.004 0.056 0.356
#> GSM483425 4 0.4982 0.67240 0.188 0.004 0.048 0.760
#> GSM483429 4 0.2450 0.64563 0.016 0.000 0.072 0.912
#> GSM483430 4 0.6192 -0.12217 0.000 0.436 0.052 0.512
#> GSM483432 4 0.5551 0.65977 0.212 0.012 0.052 0.724
#> GSM483435 3 0.4981 0.22455 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM483438 4 0.6998 0.63021 0.228 0.076 0.052 0.644
#> GSM483441 4 0.4996 0.67196 0.192 0.000 0.056 0.752
#> GSM483451 4 0.2855 0.66279 0.040 0.004 0.052 0.904
#> GSM483452 1 0.3852 0.62720 0.800 0.000 0.008 0.192
#> GSM483453 4 0.2142 0.65248 0.016 0.000 0.056 0.928
#> GSM483457 4 0.3945 0.51052 0.004 0.000 0.216 0.780
#> GSM483467 4 0.2945 0.65437 0.024 0.016 0.056 0.904
#> GSM483469 4 0.6295 0.62313 0.268 0.024 0.052 0.656
#> GSM483472 4 0.2174 0.65610 0.020 0.000 0.052 0.928
#> GSM483474 4 0.5085 0.53379 0.304 0.020 0.000 0.676
#> GSM483475 4 0.7336 0.23675 0.012 0.148 0.280 0.560
#> GSM483479 1 0.1743 0.70230 0.940 0.004 0.000 0.056
#> GSM483480 3 0.1637 0.67271 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM483481 3 0.1637 0.67256 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM483482 3 0.1474 0.67479 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483483 1 0.7106 0.54236 0.616 0.020 0.228 0.136
#> GSM483484 1 0.5038 0.45538 0.684 0.020 0.000 0.296
#> GSM483485 4 0.4916 -0.00306 0.000 0.000 0.424 0.576
#> GSM483486 3 0.1118 0.67514 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483487 1 0.5873 0.63324 0.728 0.020 0.080 0.172
#> GSM483488 4 0.5427 0.48148 0.336 0.020 0.004 0.640
#> GSM483489 1 0.5328 0.33171 0.660 0.020 0.004 0.316
#> GSM483490 3 0.1474 0.67418 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483491 1 0.6043 0.56978 0.688 0.020 0.056 0.236
#> GSM483492 4 0.5508 0.24214 0.408 0.020 0.000 0.572
#> GSM483493 1 0.5108 0.49545 0.672 0.020 0.000 0.308
#> GSM483494 4 0.5526 -0.02133 0.416 0.020 0.000 0.564
#> GSM483495 1 0.5899 0.25582 0.500 0.020 0.008 0.472
#> GSM483496 1 0.5062 0.51063 0.680 0.020 0.000 0.300
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.4798 0.3060 0.404 0.004 0.016 0.000 0.576
#> GSM483302 1 0.2284 0.8092 0.896 0.000 0.004 0.004 0.096
#> GSM483303 5 0.5252 0.7267 0.092 0.008 0.044 0.104 0.752
#> GSM483305 2 0.1074 0.8338 0.012 0.968 0.004 0.000 0.016
#> GSM483307 2 0.1393 0.8320 0.000 0.956 0.012 0.024 0.008
#> GSM483312 2 0.0290 0.8308 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483313 3 0.3807 0.5363 0.000 0.008 0.776 0.204 0.012
#> GSM483317 4 0.6566 0.5092 0.056 0.008 0.196 0.628 0.112
#> GSM483318 3 0.3957 0.5046 0.008 0.000 0.712 0.280 0.000
#> GSM483319 3 0.5324 0.3641 0.000 0.004 0.568 0.380 0.048
#> GSM483322 3 0.3561 0.5224 0.000 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM483327 3 0.3949 0.4519 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM483328 3 0.3291 0.6076 0.040 0.000 0.840 0.120 0.000
#> GSM483330 1 0.5112 0.4108 0.664 0.004 0.268 0.000 0.064
#> GSM483332 4 0.3966 0.3943 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM483333 3 0.6702 0.5048 0.060 0.004 0.604 0.120 0.212
#> GSM483336 3 0.5763 0.6153 0.144 0.004 0.696 0.036 0.120
#> GSM483337 3 0.4289 0.4844 0.000 0.008 0.708 0.272 0.012
#> GSM483339 2 0.3516 0.6982 0.164 0.812 0.004 0.000 0.020
#> GSM483351 5 0.4753 0.5783 0.244 0.000 0.032 0.016 0.708
#> GSM483352 5 0.4199 0.6833 0.004 0.008 0.044 0.156 0.788
#> GSM483354 5 0.3961 0.6626 0.184 0.000 0.032 0.004 0.780
#> GSM483358 4 0.2664 0.6931 0.000 0.020 0.092 0.884 0.004
#> GSM483384 5 0.4679 0.3798 0.376 0.004 0.004 0.008 0.608
#> GSM483386 2 0.3366 0.7702 0.012 0.860 0.004 0.084 0.040
#> GSM483388 5 0.5412 0.6939 0.068 0.012 0.016 0.200 0.704
#> GSM483390 5 0.5183 0.6624 0.152 0.000 0.112 0.016 0.720
#> GSM483391 5 0.4118 0.7283 0.072 0.108 0.004 0.008 0.808
#> GSM483396 5 0.6976 0.3351 0.072 0.000 0.112 0.276 0.540
#> GSM483399 4 0.4947 0.4453 0.004 0.008 0.028 0.660 0.300
#> GSM483400 3 0.5134 0.6167 0.220 0.000 0.688 0.004 0.088
#> GSM483401 2 0.6234 0.2386 0.000 0.524 0.304 0.172 0.000
#> GSM483412 5 0.2959 0.7108 0.008 0.000 0.112 0.016 0.864
#> GSM483418 4 0.2583 0.6810 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004
#> GSM483420 4 0.2763 0.6723 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> GSM483421 5 0.4218 0.5680 0.000 0.000 0.008 0.332 0.660
#> GSM483426 3 0.3430 0.5456 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004
#> GSM483428 2 0.0162 0.8299 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483431 1 0.3653 0.6843 0.808 0.164 0.012 0.000 0.016
#> GSM483436 5 0.2082 0.7397 0.012 0.004 0.044 0.012 0.928
#> GSM483442 5 0.4889 0.6872 0.128 0.000 0.108 0.016 0.748
#> GSM483443 1 0.3895 0.6708 0.728 0.004 0.004 0.000 0.264
#> GSM483444 5 0.4406 0.6956 0.128 0.000 0.108 0.000 0.764
#> GSM483447 1 0.0451 0.8027 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM483448 5 0.6489 0.0927 0.432 0.004 0.068 0.036 0.460
#> GSM483450 5 0.4010 0.6362 0.208 0.000 0.032 0.000 0.760
#> GSM483455 5 0.3851 0.7044 0.004 0.008 0.044 0.124 0.820
#> GSM483458 5 0.2959 0.7108 0.008 0.000 0.112 0.016 0.864
#> GSM483461 4 0.6235 0.0408 0.048 0.004 0.036 0.464 0.448
#> GSM483462 5 0.3182 0.7224 0.096 0.004 0.028 0.008 0.864
#> GSM483464 1 0.4698 0.0300 0.520 0.004 0.008 0.000 0.468
#> GSM483466 5 0.4122 0.6803 0.000 0.008 0.044 0.164 0.784
#> GSM483468 5 0.2835 0.7100 0.004 0.000 0.112 0.016 0.868
#> GSM483476 5 0.4157 0.6720 0.004 0.008 0.028 0.184 0.776
#> GSM483477 5 0.4538 0.4816 0.336 0.004 0.004 0.008 0.648
#> GSM483300 2 0.4268 0.6388 0.000 0.772 0.144 0.084 0.000
#> GSM483308 2 0.1455 0.8364 0.008 0.952 0.000 0.008 0.032
#> GSM483310 2 0.0162 0.8299 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483311 2 0.0162 0.8299 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483323 3 0.4029 0.6219 0.316 0.000 0.680 0.004 0.000
#> GSM483338 4 0.1408 0.6935 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> GSM483353 1 0.2389 0.8019 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> GSM483361 1 0.2930 0.7839 0.832 0.000 0.004 0.000 0.164
#> GSM483363 5 0.2579 0.7254 0.004 0.004 0.028 0.064 0.900
#> GSM483364 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0566 0.7951 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.2997 0.6767 0.000 0.000 0.148 0.840 0.012
#> GSM483371 5 0.5832 0.5980 0.232 0.100 0.004 0.016 0.648
#> GSM483372 5 0.4682 0.6550 0.004 0.060 0.000 0.212 0.724
#> GSM483373 5 0.3205 0.6953 0.004 0.004 0.004 0.160 0.828
#> GSM483374 5 0.4217 0.6272 0.004 0.004 0.008 0.272 0.712
#> GSM483379 1 0.1697 0.8123 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> GSM483380 4 0.2395 0.6882 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012
#> GSM483381 5 0.4336 0.6644 0.172 0.000 0.052 0.008 0.768
#> GSM483389 3 0.7169 0.4014 0.100 0.000 0.544 0.240 0.116
#> GSM483404 5 0.4845 0.6719 0.120 0.000 0.060 0.052 0.768
#> GSM483405 1 0.3607 0.4218 0.752 0.000 0.244 0.004 0.000
#> GSM483410 1 0.1205 0.8096 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040
#> GSM483411 3 0.5461 0.6247 0.116 0.000 0.728 0.076 0.080
#> GSM483413 5 0.6880 0.6418 0.184 0.136 0.004 0.076 0.600
#> GSM483416 5 0.5100 0.5720 0.276 0.004 0.032 0.016 0.672
#> GSM483417 1 0.4425 -0.2477 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> GSM483419 1 0.0613 0.7994 0.984 0.004 0.004 0.000 0.008
#> GSM483427 5 0.4101 0.7127 0.084 0.008 0.036 0.044 0.828
#> GSM483433 3 0.5402 0.6181 0.120 0.000 0.720 0.124 0.036
#> GSM483434 3 0.4118 0.6120 0.336 0.000 0.660 0.004 0.000
#> GSM483445 3 0.5296 0.6008 0.176 0.000 0.688 0.004 0.132
#> GSM483459 3 0.4843 0.6277 0.280 0.000 0.676 0.008 0.036
#> GSM483465 5 0.4874 0.5882 0.240 0.000 0.040 0.016 0.704
#> GSM483470 5 0.3838 0.7419 0.072 0.052 0.020 0.012 0.844
#> GSM483473 5 0.4974 0.6864 0.060 0.000 0.100 0.076 0.764
#> GSM483478 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483304 2 0.0162 0.8291 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 3 0.4047 0.6201 0.320 0.000 0.676 0.004 0.000
#> GSM483320 3 0.3835 0.6412 0.244 0.000 0.744 0.012 0.000
#> GSM483325 3 0.5158 0.6217 0.188 0.000 0.704 0.008 0.100
#> GSM483329 1 0.5375 0.6411 0.676 0.196 0.004 0.000 0.124
#> GSM483331 3 0.3590 0.6276 0.092 0.000 0.828 0.080 0.000
#> GSM483334 3 0.4383 0.4859 0.424 0.000 0.572 0.004 0.000
#> GSM483341 3 0.3535 0.6253 0.080 0.000 0.832 0.088 0.000
#> GSM483343 3 0.3236 0.5902 0.020 0.000 0.828 0.152 0.000
#> GSM483344 3 0.8014 0.2798 0.364 0.108 0.380 0.140 0.008
#> GSM483347 3 0.3932 0.4485 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM483348 3 0.4437 0.3839 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> GSM483349 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483350 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483356 1 0.0162 0.7981 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.7985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 3 0.4066 0.6191 0.324 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM483367 1 0.2574 0.8054 0.876 0.000 0.012 0.000 0.112
#> GSM483369 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0324 0.7981 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483375 1 0.2233 0.8077 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> GSM483376 4 0.7283 0.2987 0.100 0.000 0.256 0.524 0.120
#> GSM483377 3 0.4047 0.6210 0.320 0.000 0.676 0.004 0.000
#> GSM483378 1 0.0486 0.7998 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM483385 1 0.1591 0.8122 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> GSM483402 3 0.4749 0.5860 0.348 0.008 0.628 0.000 0.016
#> GSM483403 1 0.0671 0.7996 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM483406 1 0.2284 0.8086 0.896 0.000 0.004 0.004 0.096
#> GSM483407 1 0.5237 0.6878 0.684 0.156 0.000 0.000 0.160
#> GSM483408 4 0.6820 0.4162 0.080 0.000 0.212 0.588 0.120
#> GSM483414 1 0.3700 0.6854 0.752 0.000 0.008 0.000 0.240
#> GSM483415 1 0.1725 0.8074 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> GSM483424 1 0.3500 0.7773 0.808 0.016 0.004 0.000 0.172
#> GSM483437 1 0.5852 0.2934 0.524 0.000 0.104 0.000 0.372
#> GSM483439 1 0.2660 0.7979 0.864 0.000 0.008 0.000 0.128
#> GSM483440 1 0.0000 0.7985 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.3081 0.7849 0.832 0.000 0.012 0.000 0.156
#> GSM483449 1 0.1626 0.8073 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> GSM483454 1 0.3075 0.7969 0.860 0.000 0.048 0.000 0.092
#> GSM483456 4 0.4149 0.5970 0.000 0.188 0.040 0.768 0.004
#> GSM483460 1 0.4331 0.0794 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> GSM483463 5 0.4010 0.6514 0.004 0.008 0.004 0.240 0.744
#> GSM483471 1 0.2462 0.7930 0.880 0.000 0.008 0.000 0.112
#> GSM483297 2 0.1686 0.8358 0.004 0.944 0.004 0.012 0.036
#> GSM483298 2 0.4637 0.7261 0.004 0.784 0.032 0.060 0.120
#> GSM483299 2 0.1682 0.8334 0.004 0.940 0.000 0.012 0.044
#> GSM483306 2 0.2308 0.8246 0.004 0.912 0.000 0.048 0.036
#> GSM483309 2 0.2611 0.8108 0.052 0.904 0.004 0.012 0.028
#> GSM483314 4 0.4153 0.6341 0.000 0.008 0.236 0.740 0.016
#> GSM483316 3 0.4797 0.6198 0.172 0.000 0.724 0.000 0.104
#> GSM483321 3 0.4735 0.5096 0.032 0.004 0.668 0.296 0.000
#> GSM483324 4 0.5137 0.5290 0.000 0.000 0.208 0.684 0.108
#> GSM483326 2 0.5804 0.5701 0.004 0.684 0.124 0.160 0.028
#> GSM483335 4 0.4833 0.6020 0.008 0.000 0.168 0.736 0.088
#> GSM483340 3 0.6468 0.1773 0.000 0.188 0.452 0.360 0.000
#> GSM483342 2 0.6474 -0.0796 0.000 0.432 0.428 0.128 0.012
#> GSM483345 2 0.4357 0.7512 0.004 0.808 0.032 0.068 0.088
#> GSM483346 2 0.2569 0.8257 0.016 0.908 0.004 0.028 0.044
#> GSM483355 2 0.1686 0.8358 0.004 0.944 0.004 0.012 0.036
#> GSM483357 5 0.6849 0.6767 0.060 0.092 0.044 0.160 0.644
#> GSM483359 1 0.3559 0.7700 0.800 0.004 0.004 0.008 0.184
#> GSM483360 4 0.2804 0.6796 0.000 0.068 0.044 0.884 0.004
#> GSM483382 4 0.3695 0.6261 0.004 0.004 0.016 0.800 0.176
#> GSM483383 2 0.6637 -0.0649 0.020 0.488 0.004 0.116 0.372
#> GSM483387 5 0.3585 0.6435 0.220 0.000 0.004 0.004 0.772
#> GSM483392 4 0.4465 0.4241 0.000 0.000 0.024 0.672 0.304
#> GSM483393 5 0.4984 0.6687 0.220 0.016 0.016 0.028 0.720
#> GSM483394 2 0.2605 0.8179 0.004 0.896 0.000 0.056 0.044
#> GSM483395 5 0.4817 0.6732 0.004 0.096 0.008 0.140 0.752
#> GSM483397 3 0.7096 0.3734 0.084 0.000 0.528 0.280 0.108
#> GSM483398 5 0.4199 0.6832 0.004 0.008 0.044 0.156 0.788
#> GSM483409 5 0.3068 0.7326 0.072 0.000 0.032 0.020 0.876
#> GSM483422 2 0.0162 0.8299 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483423 1 0.5520 0.6710 0.684 0.012 0.012 0.072 0.220
#> GSM483425 5 0.3922 0.7185 0.016 0.012 0.040 0.100 0.832
#> GSM483429 5 0.4122 0.6785 0.000 0.008 0.044 0.164 0.784
#> GSM483430 5 0.5538 0.5998 0.004 0.208 0.024 0.076 0.688
#> GSM483432 5 0.5173 0.7172 0.056 0.020 0.044 0.116 0.764
#> GSM483435 4 0.2869 0.6780 0.004 0.008 0.036 0.888 0.064
#> GSM483438 5 0.5791 0.6781 0.040 0.128 0.008 0.120 0.704
#> GSM483441 5 0.4430 0.7099 0.024 0.012 0.044 0.120 0.800
#> GSM483451 5 0.4042 0.6837 0.000 0.008 0.044 0.156 0.792
#> GSM483452 5 0.4403 0.4161 0.384 0.000 0.008 0.000 0.608
#> GSM483453 5 0.4082 0.6811 0.000 0.008 0.044 0.160 0.788
#> GSM483457 4 0.4342 0.6091 0.004 0.008 0.032 0.760 0.196
#> GSM483467 5 0.4084 0.6798 0.004 0.008 0.028 0.176 0.784
#> GSM483469 5 0.3930 0.7403 0.040 0.052 0.012 0.052 0.844
#> GSM483472 5 0.4002 0.6868 0.000 0.008 0.044 0.152 0.796
#> GSM483474 5 0.3221 0.7330 0.076 0.000 0.032 0.024 0.868
#> GSM483475 5 0.6013 0.4489 0.000 0.084 0.016 0.344 0.556
#> GSM483479 1 0.2536 0.7986 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128
#> GSM483480 3 0.4380 0.4528 0.000 0.004 0.688 0.292 0.016
#> GSM483481 3 0.4591 0.3949 0.000 0.008 0.648 0.332 0.012
#> GSM483482 3 0.4633 0.3518 0.000 0.004 0.632 0.348 0.016
#> GSM483483 3 0.7728 0.2496 0.284 0.000 0.424 0.072 0.220
#> GSM483484 1 0.4541 0.6443 0.680 0.000 0.032 0.000 0.288
#> GSM483485 4 0.5406 0.5749 0.000 0.008 0.280 0.640 0.072
#> GSM483486 3 0.4502 0.4184 0.000 0.008 0.668 0.312 0.012
#> GSM483487 1 0.6231 0.5525 0.560 0.000 0.176 0.004 0.260
#> GSM483488 5 0.2983 0.7307 0.096 0.000 0.032 0.004 0.868
#> GSM483489 1 0.5839 0.6209 0.644 0.000 0.032 0.080 0.244
#> GSM483490 4 0.4035 0.6468 0.000 0.008 0.220 0.756 0.016
#> GSM483491 5 0.6418 0.0624 0.368 0.000 0.140 0.008 0.484
#> GSM483492 5 0.2835 0.7100 0.004 0.000 0.112 0.016 0.868
#> GSM483493 5 0.4607 0.7011 0.100 0.000 0.112 0.016 0.772
#> GSM483494 5 0.2677 0.7099 0.000 0.000 0.112 0.016 0.872
#> GSM483495 5 0.3067 0.7151 0.004 0.008 0.108 0.016 0.864
#> GSM483496 5 0.4345 0.7112 0.084 0.000 0.108 0.016 0.792
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.5625 0.50657 0.356 0.008 0.000 0.124 0.512 0.000
#> GSM483302 1 0.4093 0.31359 0.656 0.000 0.008 0.012 0.324 0.000
#> GSM483303 4 0.3886 0.69162 0.056 0.000 0.008 0.772 0.164 0.000
#> GSM483305 2 0.0260 0.82069 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.1003 0.82183 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> GSM483312 2 0.0291 0.82134 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483313 3 0.4822 0.31616 0.004 0.000 0.612 0.052 0.004 0.328
#> GSM483317 3 0.6383 0.11316 0.024 0.000 0.492 0.056 0.064 0.364
#> GSM483318 3 0.3543 0.42838 0.004 0.000 0.720 0.000 0.004 0.272
#> GSM483319 3 0.4314 0.37136 0.004 0.004 0.656 0.004 0.016 0.316
#> GSM483322 3 0.3672 0.42848 0.004 0.000 0.712 0.000 0.008 0.276
#> GSM483327 6 0.3804 0.17940 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM483328 3 0.1320 0.51956 0.016 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM483330 1 0.5313 0.16582 0.476 0.004 0.432 0.000 0.088 0.000
#> GSM483332 6 0.2003 0.59063 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM483333 3 0.6375 0.37838 0.044 0.000 0.600 0.040 0.204 0.112
#> GSM483336 3 0.5846 0.39693 0.068 0.000 0.624 0.004 0.212 0.092
#> GSM483337 3 0.4292 0.32141 0.000 0.000 0.628 0.032 0.000 0.340
#> GSM483339 2 0.2772 0.67562 0.180 0.816 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483351 5 0.5090 0.67851 0.168 0.000 0.000 0.144 0.672 0.016
#> GSM483352 4 0.1082 0.81056 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> GSM483354 5 0.5537 0.66769 0.180 0.000 0.000 0.192 0.612 0.016
#> GSM483358 6 0.1553 0.65487 0.000 0.008 0.012 0.004 0.032 0.944
#> GSM483384 5 0.6413 0.53912 0.316 0.012 0.000 0.184 0.472 0.016
#> GSM483386 2 0.3513 0.71389 0.024 0.804 0.000 0.152 0.020 0.000
#> GSM483388 4 0.3608 0.74247 0.084 0.012 0.000 0.828 0.064 0.012
#> GSM483390 5 0.4459 0.69013 0.132 0.000 0.000 0.156 0.712 0.000
#> GSM483391 5 0.6704 0.58073 0.056 0.108 0.008 0.284 0.528 0.016
#> GSM483396 5 0.7260 0.47437 0.020 0.000 0.184 0.136 0.500 0.160
#> GSM483399 4 0.2803 0.75285 0.000 0.000 0.012 0.872 0.052 0.064
#> GSM483400 3 0.4865 0.40105 0.184 0.000 0.688 0.000 0.116 0.012
#> GSM483401 2 0.5029 0.47783 0.000 0.632 0.092 0.008 0.000 0.268
#> GSM483412 5 0.3595 0.63452 0.008 0.000 0.000 0.288 0.704 0.000
#> GSM483418 6 0.1889 0.65123 0.000 0.000 0.020 0.004 0.056 0.920
#> GSM483420 6 0.4870 0.29529 0.000 0.000 0.352 0.004 0.060 0.584
#> GSM483421 4 0.3464 0.75273 0.000 0.000 0.016 0.812 0.032 0.140
#> GSM483426 3 0.3104 0.47173 0.000 0.000 0.788 0.004 0.004 0.204
#> GSM483428 2 0.0291 0.82134 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483431 1 0.5579 0.24962 0.564 0.176 0.004 0.000 0.256 0.000
#> GSM483436 5 0.4246 0.55812 0.020 0.000 0.000 0.400 0.580 0.000
#> GSM483442 5 0.4283 0.69966 0.096 0.000 0.000 0.180 0.724 0.000
#> GSM483443 5 0.5496 0.43132 0.388 0.008 0.004 0.088 0.512 0.000
#> GSM483444 5 0.4459 0.69230 0.132 0.000 0.000 0.156 0.712 0.000
#> GSM483447 1 0.1584 0.61865 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064 0.000
#> GSM483448 5 0.7426 0.52622 0.284 0.000 0.096 0.112 0.460 0.048
#> GSM483450 5 0.5116 0.67282 0.176 0.000 0.000 0.140 0.668 0.016
#> GSM483455 4 0.1531 0.80040 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000
#> GSM483458 5 0.3575 0.63831 0.008 0.000 0.000 0.284 0.708 0.000
#> GSM483461 5 0.7391 0.28111 0.008 0.000 0.148 0.288 0.412 0.144
#> GSM483462 5 0.4072 0.65732 0.032 0.000 0.000 0.260 0.704 0.004
#> GSM483464 5 0.5558 0.42965 0.396 0.000 0.008 0.108 0.488 0.000
#> GSM483466 4 0.0632 0.81092 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM483468 5 0.3489 0.62991 0.004 0.000 0.000 0.288 0.708 0.000
#> GSM483476 4 0.1844 0.80743 0.000 0.000 0.004 0.924 0.048 0.024
#> GSM483477 5 0.6493 0.55421 0.300 0.012 0.000 0.208 0.464 0.016
#> GSM483300 2 0.3047 0.75640 0.004 0.848 0.084 0.000 0.000 0.064
#> GSM483308 2 0.0806 0.82196 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0291 0.82134 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483311 2 0.0291 0.82134 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483323 3 0.3646 0.36653 0.292 0.000 0.700 0.000 0.004 0.004
#> GSM483338 6 0.2283 0.64851 0.000 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM483353 1 0.3984 0.14208 0.596 0.000 0.008 0.000 0.396 0.000
#> GSM483361 5 0.5280 0.32427 0.444 0.000 0.004 0.084 0.468 0.000
#> GSM483363 4 0.4774 -0.16149 0.004 0.004 0.000 0.560 0.396 0.036
#> GSM483364 1 0.0405 0.62537 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM483366 1 0.0547 0.62812 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483368 6 0.6299 0.33982 0.000 0.000 0.308 0.120 0.060 0.512
#> GSM483371 5 0.7175 0.58283 0.172 0.072 0.008 0.236 0.496 0.016
#> GSM483372 4 0.1850 0.80535 0.000 0.016 0.000 0.924 0.008 0.052
#> GSM483373 4 0.4550 0.64753 0.000 0.004 0.008 0.728 0.160 0.100
#> GSM483374 4 0.3140 0.78641 0.000 0.008 0.000 0.844 0.056 0.092
#> GSM483379 1 0.2915 0.54461 0.808 0.000 0.008 0.000 0.184 0.000
#> GSM483380 6 0.2220 0.64425 0.000 0.020 0.000 0.020 0.052 0.908
#> GSM483381 5 0.6330 0.62922 0.072 0.000 0.072 0.292 0.548 0.016
#> GSM483389 3 0.6291 0.30770 0.036 0.000 0.556 0.008 0.184 0.216
#> GSM483404 5 0.6598 0.60395 0.048 0.000 0.096 0.284 0.536 0.036
#> GSM483405 1 0.3606 0.36946 0.724 0.000 0.264 0.000 0.008 0.004
#> GSM483410 1 0.2697 0.52863 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM483411 3 0.2959 0.52330 0.036 0.000 0.852 0.000 0.008 0.104
#> GSM483413 5 0.7268 0.18818 0.060 0.164 0.008 0.340 0.412 0.016
#> GSM483416 5 0.6993 0.58066 0.276 0.000 0.072 0.156 0.480 0.016
#> GSM483417 1 0.4127 0.24379 0.620 0.000 0.364 0.000 0.012 0.004
#> GSM483419 1 0.0458 0.62805 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM483427 5 0.5915 0.55628 0.016 0.000 0.064 0.340 0.544 0.036
#> GSM483433 3 0.3530 0.50383 0.032 0.000 0.796 0.004 0.004 0.164
#> GSM483434 1 0.4208 0.12054 0.536 0.000 0.452 0.000 0.008 0.004
#> GSM483445 3 0.6564 -0.14070 0.080 0.000 0.448 0.044 0.396 0.032
#> GSM483459 3 0.3926 0.39093 0.268 0.000 0.708 0.000 0.012 0.012
#> GSM483465 5 0.4662 0.67668 0.172 0.000 0.000 0.140 0.688 0.000
#> GSM483470 5 0.5842 0.47724 0.040 0.028 0.008 0.412 0.496 0.016
#> GSM483473 5 0.6465 0.56914 0.020 0.000 0.096 0.292 0.536 0.056
#> GSM483478 1 0.0508 0.62640 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM483304 2 0.0405 0.81989 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.4315 0.09886 0.524 0.000 0.460 0.000 0.008 0.008
#> GSM483320 3 0.1444 0.51873 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.3228 0.51714 0.092 0.000 0.844 0.000 0.020 0.044
#> GSM483329 1 0.5820 0.18772 0.484 0.172 0.004 0.000 0.340 0.000
#> GSM483331 3 0.1500 0.51957 0.052 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012
#> GSM483334 1 0.4178 0.16443 0.560 0.000 0.428 0.000 0.008 0.004
#> GSM483341 3 0.1434 0.52030 0.048 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012
#> GSM483343 3 0.2191 0.51069 0.004 0.000 0.876 0.000 0.000 0.120
#> GSM483344 3 0.6269 0.38151 0.108 0.160 0.640 0.056 0.024 0.012
#> GSM483347 3 0.3843 0.13406 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM483348 1 0.4158 0.19210 0.572 0.000 0.416 0.000 0.008 0.004
#> GSM483349 1 0.0603 0.62758 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM483350 1 0.1010 0.62551 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036 0.000
#> GSM483356 1 0.0858 0.62827 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> GSM483362 1 0.0405 0.62715 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM483365 1 0.4315 0.09886 0.524 0.000 0.460 0.000 0.008 0.008
#> GSM483367 1 0.4620 0.15438 0.580 0.000 0.020 0.016 0.384 0.000
#> GSM483369 1 0.0508 0.62640 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM483370 1 0.0260 0.62664 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483375 1 0.4219 0.23075 0.620 0.000 0.008 0.012 0.360 0.000
#> GSM483376 3 0.7041 0.09963 0.036 0.000 0.356 0.012 0.288 0.308
#> GSM483377 1 0.4325 0.03536 0.504 0.000 0.480 0.000 0.008 0.008
#> GSM483378 1 0.0603 0.62758 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM483385 1 0.1327 0.61907 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM483402 3 0.3883 0.44709 0.220 0.024 0.744 0.000 0.012 0.000
#> GSM483403 1 0.2378 0.56509 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM483406 1 0.3531 0.31052 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM483407 5 0.6188 0.22234 0.384 0.172 0.004 0.012 0.428 0.000
#> GSM483408 3 0.6497 0.24416 0.032 0.000 0.540 0.036 0.112 0.280
#> GSM483414 1 0.5218 -0.27233 0.468 0.000 0.008 0.068 0.456 0.000
#> GSM483415 1 0.2948 0.53519 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188 0.000
#> GSM483424 5 0.5203 0.27930 0.452 0.004 0.000 0.076 0.468 0.000
#> GSM483437 5 0.6629 0.41406 0.332 0.000 0.108 0.096 0.464 0.000
#> GSM483439 1 0.4522 -0.00167 0.548 0.000 0.008 0.020 0.424 0.000
#> GSM483440 1 0.0547 0.62812 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483446 1 0.5021 0.00377 0.540 0.000 0.008 0.056 0.396 0.000
#> GSM483449 1 0.3058 0.57209 0.848 0.000 0.012 0.036 0.104 0.000
#> GSM483454 1 0.4547 0.40376 0.656 0.000 0.068 0.000 0.276 0.000
#> GSM483456 6 0.1285 0.63661 0.000 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944
#> GSM483460 1 0.4600 0.36188 0.708 0.000 0.004 0.136 0.152 0.000
#> GSM483463 4 0.1769 0.80209 0.000 0.004 0.000 0.924 0.012 0.060
#> GSM483471 1 0.3845 0.49711 0.788 0.000 0.008 0.084 0.120 0.000
#> GSM483297 2 0.3753 0.76350 0.004 0.768 0.008 0.024 0.196 0.000
#> GSM483298 2 0.5462 0.64366 0.004 0.592 0.000 0.204 0.200 0.000
#> GSM483299 2 0.3626 0.76828 0.000 0.776 0.008 0.028 0.188 0.000
#> GSM483306 2 0.1297 0.82061 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM483309 2 0.2263 0.79590 0.060 0.900 0.004 0.036 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.5863 -0.04572 0.000 0.000 0.468 0.060 0.056 0.416
#> GSM483316 3 0.3150 0.52431 0.068 0.000 0.856 0.000 0.036 0.040
#> GSM483321 3 0.4888 0.30903 0.020 0.000 0.592 0.036 0.000 0.352
#> GSM483324 3 0.5065 0.09505 0.000 0.000 0.532 0.004 0.068 0.396
#> GSM483326 2 0.5802 0.32357 0.000 0.528 0.028 0.104 0.000 0.340
#> GSM483335 3 0.5296 0.11458 0.008 0.000 0.532 0.008 0.060 0.392
#> GSM483340 6 0.3065 0.52429 0.000 0.028 0.152 0.000 0.000 0.820
#> GSM483342 2 0.6612 0.17178 0.000 0.488 0.188 0.060 0.000 0.264
#> GSM483345 2 0.2902 0.73359 0.000 0.800 0.000 0.196 0.000 0.004
#> GSM483346 2 0.2020 0.80005 0.000 0.896 0.000 0.096 0.000 0.008
#> GSM483355 2 0.2555 0.80660 0.000 0.876 0.008 0.020 0.096 0.000
#> GSM483357 4 0.3352 0.76838 0.008 0.032 0.000 0.812 0.148 0.000
#> GSM483359 1 0.5194 -0.03695 0.536 0.012 0.000 0.064 0.388 0.000
#> GSM483360 6 0.0692 0.64852 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM483382 4 0.4465 0.47082 0.000 0.000 0.020 0.692 0.036 0.252
#> GSM483383 2 0.5941 0.08543 0.004 0.460 0.008 0.384 0.144 0.000
#> GSM483387 5 0.5820 0.64800 0.188 0.008 0.000 0.272 0.532 0.000
#> GSM483392 4 0.3301 0.69553 0.000 0.000 0.000 0.788 0.024 0.188
#> GSM483393 5 0.7212 0.53473 0.208 0.048 0.004 0.324 0.400 0.016
#> GSM483394 2 0.4541 0.75025 0.000 0.724 0.000 0.100 0.164 0.012
#> GSM483395 4 0.3237 0.78062 0.000 0.048 0.004 0.836 0.108 0.004
#> GSM483397 3 0.4819 0.31165 0.008 0.000 0.636 0.004 0.052 0.300
#> GSM483398 4 0.0858 0.81145 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> GSM483409 5 0.4773 0.63279 0.052 0.000 0.000 0.280 0.652 0.016
#> GSM483422 2 0.0291 0.82134 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483423 1 0.6162 -0.20151 0.476 0.012 0.020 0.088 0.396 0.008
#> GSM483425 4 0.3178 0.69858 0.004 0.000 0.000 0.804 0.176 0.016
#> GSM483429 4 0.0146 0.80846 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483430 4 0.5514 0.31804 0.000 0.260 0.000 0.596 0.128 0.016
#> GSM483432 4 0.2442 0.77715 0.004 0.000 0.000 0.852 0.144 0.000
#> GSM483435 6 0.4876 0.51490 0.000 0.000 0.024 0.248 0.060 0.668
#> GSM483438 4 0.4194 0.73416 0.004 0.076 0.008 0.760 0.152 0.000
#> GSM483441 4 0.2536 0.76931 0.020 0.000 0.000 0.864 0.116 0.000
#> GSM483451 4 0.1007 0.80730 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM483452 5 0.5727 0.57269 0.304 0.000 0.008 0.156 0.532 0.000
#> GSM483453 4 0.0632 0.81088 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM483457 4 0.4314 0.57840 0.000 0.000 0.024 0.752 0.064 0.160
#> GSM483467 4 0.1738 0.80865 0.000 0.016 0.000 0.928 0.052 0.004
#> GSM483469 4 0.5438 0.18647 0.020 0.040 0.000 0.588 0.328 0.024
#> GSM483472 4 0.1141 0.80727 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM483474 5 0.4696 0.62963 0.048 0.000 0.000 0.276 0.660 0.016
#> GSM483475 4 0.4602 0.21917 0.000 0.028 0.000 0.492 0.004 0.476
#> GSM483479 1 0.4267 0.04927 0.564 0.000 0.008 0.008 0.420 0.000
#> GSM483480 3 0.4976 0.16850 0.000 0.000 0.540 0.052 0.008 0.400
#> GSM483481 6 0.4955 0.11152 0.000 0.000 0.420 0.056 0.004 0.520
#> GSM483482 3 0.4659 0.32605 0.000 0.000 0.624 0.052 0.004 0.320
#> GSM483483 3 0.6228 0.06505 0.116 0.000 0.424 0.000 0.416 0.044
#> GSM483484 5 0.4675 0.37079 0.392 0.000 0.000 0.048 0.560 0.000
#> GSM483485 6 0.6584 0.15599 0.000 0.000 0.372 0.160 0.052 0.416
#> GSM483486 3 0.4659 0.32605 0.000 0.000 0.624 0.052 0.004 0.320
#> GSM483487 5 0.6011 0.35284 0.252 0.000 0.156 0.008 0.564 0.020
#> GSM483488 5 0.5229 0.68908 0.108 0.000 0.016 0.240 0.636 0.000
#> GSM483489 5 0.5318 0.27804 0.412 0.000 0.020 0.048 0.516 0.004
#> GSM483490 6 0.5839 0.14623 0.000 0.000 0.400 0.068 0.048 0.484
#> GSM483491 5 0.6175 0.47631 0.228 0.000 0.088 0.024 0.604 0.056
#> GSM483492 5 0.3489 0.62991 0.004 0.000 0.000 0.288 0.708 0.000
#> GSM483493 5 0.4235 0.70093 0.084 0.000 0.000 0.192 0.724 0.000
#> GSM483494 5 0.3489 0.62991 0.004 0.000 0.000 0.288 0.708 0.000
#> GSM483495 5 0.3528 0.62727 0.004 0.000 0.000 0.296 0.700 0.000
#> GSM483496 5 0.4142 0.68245 0.056 0.000 0.000 0.232 0.712 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:mclust 81 0.81354 1.29e-07 2
#> SD:mclust 165 0.34318 4.11e-09 3
#> SD:mclust 133 0.00908 5.86e-10 4
#> SD:mclust 162 0.25197 2.58e-08 5
#> SD:mclust 118 0.00802 4.89e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.771 0.894 0.954 0.4782 0.524 0.524
#> 3 3 0.417 0.485 0.702 0.3572 0.755 0.562
#> 4 4 0.585 0.693 0.813 0.1383 0.752 0.419
#> 5 5 0.789 0.764 0.887 0.0551 0.908 0.675
#> 6 6 0.707 0.644 0.809 0.0495 0.910 0.639
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> GSM483305 2 0.0938 0.946 0.012 0.988
#> GSM483307 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.6973 0.749 0.188 0.812
#> GSM483317 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM483318 1 0.7139 0.768 0.804 0.196
#> GSM483319 1 0.9754 0.360 0.592 0.408
#> GSM483322 1 0.9983 0.142 0.524 0.476
#> GSM483327 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.0376 0.944 0.996 0.004
#> GSM483330 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.732 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0938 0.947 0.012 0.988
#> GSM483354 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483386 2 0.2043 0.929 0.032 0.968
#> GSM483388 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM483396 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> GSM483428 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM483436 1 0.7299 0.758 0.796 0.204
#> GSM483442 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7056 0.772 0.808 0.192
#> GSM483450 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.8555 0.597 0.280 0.720
#> GSM483458 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9248 0.528 0.660 0.340
#> GSM483462 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.2948 0.910 0.052 0.948
#> GSM483477 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.8016 0.701 0.756 0.244
#> GSM483364 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483372 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.9896 0.171 0.440 0.560
#> GSM483374 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.5408 0.844 0.876 0.124
#> GSM483404 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.2236 0.920 0.964 0.036
#> GSM483413 1 0.9323 0.511 0.652 0.348
#> GSM483416 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0672 0.941 0.992 0.008
#> GSM483433 1 0.7602 0.736 0.780 0.220
#> GSM483434 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.6247 0.812 0.844 0.156
#> GSM483473 1 0.5842 0.829 0.860 0.140
#> GSM483478 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483331 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.7376 0.752 0.792 0.208
#> GSM483344 1 0.9881 0.193 0.564 0.436
#> GSM483347 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM483414 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.9248 0.528 0.660 0.340
#> GSM483316 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0672 0.950 0.008 0.992
#> GSM483324 1 0.9044 0.569 0.680 0.320
#> GSM483326 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.7299 0.758 0.796 0.204
#> GSM483340 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483393 1 0.7219 0.763 0.800 0.200
#> GSM483394 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.4815 0.863 0.896 0.104
#> GSM483398 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483425 2 0.7815 0.683 0.232 0.768
#> GSM483429 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.9358 0.436 0.352 0.648
#> GSM483451 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0376 0.952 0.004 0.996
#> GSM483457 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.8713 0.573 0.292 0.708
#> GSM483469 1 0.9044 0.570 0.680 0.320
#> GSM483472 2 0.9909 0.157 0.444 0.556
#> GSM483474 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.8443 0.613 0.272 0.728
#> GSM483483 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.7674 0.696 0.224 0.776
#> GSM483487 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.1529 0.5660 0.960 0.000 0.040
#> GSM483302 1 0.6026 0.5527 0.624 0.000 0.376
#> GSM483303 2 0.6608 0.5475 0.432 0.560 0.008
#> GSM483305 2 0.4842 0.6744 0.224 0.776 0.000
#> GSM483307 2 0.0592 0.7283 0.000 0.988 0.012
#> GSM483312 2 0.1129 0.7337 0.020 0.976 0.004
#> GSM483313 3 0.7758 0.2731 0.084 0.280 0.636
#> GSM483317 3 0.6463 0.5485 0.164 0.080 0.756
#> GSM483318 3 0.3412 0.5802 0.000 0.124 0.876
#> GSM483319 3 0.5406 0.5294 0.020 0.200 0.780
#> GSM483322 3 0.5864 0.4054 0.008 0.288 0.704
#> GSM483327 3 0.6291 0.0142 0.000 0.468 0.532
#> GSM483328 3 0.0424 0.5764 0.008 0.000 0.992
#> GSM483330 3 0.5497 0.2800 0.292 0.000 0.708
#> GSM483332 2 0.6291 0.1318 0.000 0.532 0.468
#> GSM483333 3 0.2878 0.5463 0.096 0.000 0.904
#> GSM483336 3 0.3038 0.5361 0.104 0.000 0.896
#> GSM483337 3 0.6600 0.1873 0.012 0.384 0.604
#> GSM483339 2 0.6091 0.5851 0.092 0.784 0.124
#> GSM483351 1 0.3412 0.5039 0.876 0.000 0.124
#> GSM483352 2 0.7299 0.5681 0.412 0.556 0.032
#> GSM483354 1 0.5136 0.4678 0.824 0.044 0.132
#> GSM483358 2 0.2878 0.6997 0.000 0.904 0.096
#> GSM483384 1 0.3832 0.5872 0.880 0.020 0.100
#> GSM483386 2 0.6302 0.4805 0.480 0.520 0.000
#> GSM483388 2 0.5122 0.6977 0.200 0.788 0.012
#> GSM483390 1 0.3116 0.5298 0.892 0.000 0.108
#> GSM483391 1 0.3412 0.4982 0.876 0.124 0.000
#> GSM483396 1 0.6295 0.4229 0.528 0.000 0.472
#> GSM483399 2 0.6673 0.6946 0.200 0.732 0.068
#> GSM483400 3 0.3551 0.5133 0.132 0.000 0.868
#> GSM483401 2 0.2878 0.6997 0.000 0.904 0.096
#> GSM483412 1 0.2066 0.5566 0.940 0.000 0.060
#> GSM483418 2 0.5948 0.3769 0.000 0.640 0.360
#> GSM483420 2 0.6235 0.2123 0.000 0.564 0.436
#> GSM483421 2 0.1643 0.7202 0.000 0.956 0.044
#> GSM483426 2 0.6252 0.2086 0.000 0.556 0.444
#> GSM483428 2 0.2486 0.7322 0.060 0.932 0.008
#> GSM483431 1 0.8345 0.4600 0.596 0.116 0.288
#> GSM483436 1 0.4931 0.4657 0.828 0.032 0.140
#> GSM483442 1 0.0237 0.5749 0.996 0.000 0.004
#> GSM483443 1 0.2878 0.5905 0.904 0.000 0.096
#> GSM483444 1 0.0892 0.5716 0.980 0.000 0.020
#> GSM483447 1 0.6008 0.5541 0.628 0.000 0.372
#> GSM483448 1 0.9357 0.3063 0.500 0.196 0.304
#> GSM483450 1 0.2703 0.5517 0.928 0.016 0.056
#> GSM483455 2 0.6520 0.4345 0.488 0.508 0.004
#> GSM483458 1 0.1647 0.5659 0.960 0.004 0.036
#> GSM483461 2 0.9773 -0.2895 0.372 0.396 0.232
#> GSM483462 1 0.5706 0.3986 0.680 0.000 0.320
#> GSM483464 1 0.1031 0.5795 0.976 0.000 0.024
#> GSM483466 2 0.5882 0.6275 0.348 0.652 0.000
#> GSM483468 1 0.1753 0.5627 0.952 0.000 0.048
#> GSM483476 2 0.6999 0.6596 0.268 0.680 0.052
#> GSM483477 1 0.3896 0.5630 0.888 0.060 0.052
#> GSM483300 2 0.5988 0.6416 0.056 0.776 0.168
#> GSM483308 2 0.3192 0.7196 0.112 0.888 0.000
#> GSM483310 2 0.2297 0.7345 0.036 0.944 0.020
#> GSM483311 2 0.1267 0.7342 0.024 0.972 0.004
#> GSM483323 3 0.2796 0.5462 0.092 0.000 0.908
#> GSM483338 2 0.2711 0.7034 0.000 0.912 0.088
#> GSM483353 1 0.6095 0.5448 0.608 0.000 0.392
#> GSM483361 1 0.4178 0.5903 0.828 0.000 0.172
#> GSM483363 1 0.4654 0.4652 0.792 0.208 0.000
#> GSM483364 1 0.6126 0.5393 0.600 0.000 0.400
#> GSM483366 1 0.6204 0.5119 0.576 0.000 0.424
#> GSM483368 2 0.2878 0.6997 0.000 0.904 0.096
#> GSM483371 1 0.5096 0.5580 0.836 0.080 0.084
#> GSM483372 2 0.2301 0.7363 0.060 0.936 0.004
#> GSM483373 2 0.6769 0.3412 0.320 0.652 0.028
#> GSM483374 2 0.1774 0.7343 0.024 0.960 0.016
#> GSM483379 1 0.6126 0.5393 0.600 0.000 0.400
#> GSM483380 2 0.2711 0.7034 0.000 0.912 0.088
#> GSM483381 1 0.6168 0.5276 0.588 0.000 0.412
#> GSM483389 3 0.7735 -0.2846 0.440 0.048 0.512
#> GSM483404 1 0.6154 0.5329 0.592 0.000 0.408
#> GSM483405 1 0.6274 0.4563 0.544 0.000 0.456
#> GSM483410 1 0.5397 0.5776 0.720 0.000 0.280
#> GSM483411 3 0.5610 0.4341 0.196 0.028 0.776
#> GSM483413 1 0.4346 0.4720 0.816 0.184 0.000
#> GSM483416 1 0.6168 0.5279 0.588 0.000 0.412
#> GSM483417 1 0.6302 0.4048 0.520 0.000 0.480
#> GSM483419 1 0.6140 0.5356 0.596 0.000 0.404
#> GSM483427 1 0.7831 0.3517 0.540 0.056 0.404
#> GSM483433 3 0.8043 0.4650 0.128 0.228 0.644
#> GSM483434 3 0.3412 0.5322 0.124 0.000 0.876
#> GSM483445 3 0.4002 0.4821 0.160 0.000 0.840
#> GSM483459 3 0.2796 0.5462 0.092 0.000 0.908
#> GSM483465 1 0.1753 0.5627 0.952 0.000 0.048
#> GSM483470 1 0.3500 0.5023 0.880 0.116 0.004
#> GSM483473 1 0.6714 0.5611 0.672 0.032 0.296
#> GSM483478 1 0.6154 0.5318 0.592 0.000 0.408
#> GSM483304 2 0.2774 0.7308 0.072 0.920 0.008
#> GSM483315 3 0.5529 0.1940 0.296 0.000 0.704
#> GSM483320 3 0.2066 0.5629 0.060 0.000 0.940
#> GSM483325 3 0.2878 0.5449 0.096 0.000 0.904
#> GSM483329 1 0.5859 0.5504 0.656 0.000 0.344
#> GSM483331 3 0.1031 0.5745 0.024 0.000 0.976
#> GSM483334 1 0.6274 0.4552 0.544 0.000 0.456
#> GSM483341 3 0.1163 0.5736 0.028 0.000 0.972
#> GSM483343 3 0.3340 0.5817 0.000 0.120 0.880
#> GSM483344 3 0.7446 0.4909 0.076 0.260 0.664
#> GSM483347 2 0.6274 0.1600 0.000 0.544 0.456
#> GSM483348 3 0.6252 -0.3185 0.444 0.000 0.556
#> GSM483349 1 0.6154 0.5318 0.592 0.000 0.408
#> GSM483350 1 0.6126 0.5390 0.600 0.000 0.400
#> GSM483356 1 0.6244 0.4841 0.560 0.000 0.440
#> GSM483362 1 0.6154 0.5318 0.592 0.000 0.408
#> GSM483365 3 0.5678 0.1644 0.316 0.000 0.684
#> GSM483367 1 0.6215 0.5063 0.572 0.000 0.428
#> GSM483369 1 0.6154 0.5318 0.592 0.000 0.408
#> GSM483370 1 0.6168 0.5268 0.588 0.000 0.412
#> GSM483375 1 0.6111 0.5425 0.604 0.000 0.396
#> GSM483376 3 0.6307 -0.3527 0.488 0.000 0.512
#> GSM483377 3 0.5016 0.3634 0.240 0.000 0.760
#> GSM483378 1 0.6111 0.5421 0.604 0.000 0.396
#> GSM483385 1 0.5968 0.5578 0.636 0.000 0.364
#> GSM483402 3 0.5706 0.2080 0.320 0.000 0.680
#> GSM483403 1 0.6154 0.5318 0.592 0.000 0.408
#> GSM483406 1 0.5968 0.5581 0.636 0.000 0.364
#> GSM483407 1 0.6104 0.5544 0.648 0.004 0.348
#> GSM483408 3 0.9451 0.0258 0.364 0.184 0.452
#> GSM483414 1 0.6168 0.5284 0.588 0.000 0.412
#> GSM483415 1 0.6215 0.5056 0.572 0.000 0.428
#> GSM483424 1 0.2982 0.5815 0.920 0.024 0.056
#> GSM483437 3 0.6079 0.0299 0.388 0.000 0.612
#> GSM483439 1 0.6079 0.5470 0.612 0.000 0.388
#> GSM483440 1 0.6180 0.5224 0.584 0.000 0.416
#> GSM483446 3 0.6260 -0.3077 0.448 0.000 0.552
#> GSM483449 1 0.6192 0.5178 0.580 0.000 0.420
#> GSM483454 1 0.6204 0.5122 0.576 0.000 0.424
#> GSM483456 2 0.2796 0.7016 0.000 0.908 0.092
#> GSM483460 1 0.6111 0.5425 0.604 0.000 0.396
#> GSM483463 2 0.5450 0.6850 0.228 0.760 0.012
#> GSM483471 1 0.6140 0.5356 0.596 0.000 0.404
#> GSM483297 2 0.4702 0.7004 0.212 0.788 0.000
#> GSM483298 2 0.0592 0.7328 0.012 0.988 0.000
#> GSM483299 2 0.5810 0.6388 0.336 0.664 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.7299 0.000 1.000 0.000
#> GSM483309 2 0.3879 0.7156 0.152 0.848 0.000
#> GSM483314 3 0.3879 0.5548 0.000 0.152 0.848
#> GSM483316 3 0.2878 0.5431 0.096 0.000 0.904
#> GSM483321 3 0.6215 0.1118 0.000 0.428 0.572
#> GSM483324 3 0.6546 0.5167 0.044 0.240 0.716
#> GSM483326 2 0.2711 0.7056 0.000 0.912 0.088
#> GSM483335 3 0.4326 0.5787 0.012 0.144 0.844
#> GSM483340 2 0.5905 0.3851 0.000 0.648 0.352
#> GSM483342 3 0.6954 -0.0759 0.016 0.484 0.500
#> GSM483345 2 0.2066 0.7160 0.000 0.940 0.060
#> GSM483346 2 0.1647 0.7349 0.036 0.960 0.004
#> GSM483355 2 0.3686 0.7222 0.140 0.860 0.000
#> GSM483357 2 0.6026 0.6117 0.376 0.624 0.000
#> GSM483359 1 0.4384 0.5609 0.868 0.068 0.064
#> GSM483360 2 0.2878 0.6997 0.000 0.904 0.096
#> GSM483382 2 0.2448 0.7088 0.000 0.924 0.076
#> GSM483383 2 0.5785 0.6394 0.332 0.668 0.000
#> GSM483387 1 0.4842 0.5874 0.776 0.000 0.224
#> GSM483392 2 0.2165 0.7137 0.000 0.936 0.064
#> GSM483393 1 0.6109 0.5375 0.780 0.140 0.080
#> GSM483394 2 0.0000 0.7299 0.000 1.000 0.000
#> GSM483395 2 0.5835 0.6343 0.340 0.660 0.000
#> GSM483397 3 0.6950 -0.1138 0.408 0.020 0.572
#> GSM483398 2 0.5397 0.6568 0.280 0.720 0.000
#> GSM483409 1 0.3112 0.5372 0.916 0.056 0.028
#> GSM483422 2 0.1647 0.7347 0.036 0.960 0.004
#> GSM483423 1 0.6111 0.5414 0.604 0.000 0.396
#> GSM483425 1 0.6062 -0.1662 0.616 0.384 0.000
#> GSM483429 2 0.5968 0.6234 0.364 0.636 0.000
#> GSM483430 2 0.1411 0.7361 0.036 0.964 0.000
#> GSM483432 2 0.6235 0.5482 0.436 0.564 0.000
#> GSM483435 2 0.4002 0.6531 0.000 0.840 0.160
#> GSM483438 2 0.5785 0.6384 0.332 0.668 0.000
#> GSM483441 1 0.5948 -0.0815 0.640 0.360 0.000
#> GSM483451 2 0.6274 0.5197 0.456 0.544 0.000
#> GSM483452 1 0.4399 0.5904 0.812 0.000 0.188
#> GSM483453 2 0.6168 0.5783 0.412 0.588 0.000
#> GSM483457 2 0.7272 0.6847 0.204 0.700 0.096
#> GSM483467 2 0.6168 0.5000 0.412 0.588 0.000
#> GSM483469 1 0.5098 0.3827 0.752 0.248 0.000
#> GSM483472 1 0.6169 -0.0914 0.636 0.360 0.004
#> GSM483474 1 0.3998 0.5223 0.884 0.056 0.060
#> GSM483475 2 0.2165 0.7137 0.000 0.936 0.064
#> GSM483479 1 0.5529 0.5762 0.704 0.000 0.296
#> GSM483480 3 0.8332 0.1802 0.104 0.316 0.580
#> GSM483481 3 0.7685 0.1358 0.052 0.384 0.564
#> GSM483482 3 0.7694 0.2511 0.068 0.316 0.616
#> GSM483483 3 0.5497 0.4304 0.292 0.000 0.708
#> GSM483484 1 0.4291 0.4466 0.820 0.000 0.180
#> GSM483485 2 0.7065 0.5069 0.052 0.672 0.276
#> GSM483486 3 0.5882 0.2730 0.000 0.348 0.652
#> GSM483487 3 0.6079 0.2270 0.388 0.000 0.612
#> GSM483488 1 0.4605 0.3979 0.796 0.000 0.204
#> GSM483489 1 0.6140 0.1756 0.596 0.000 0.404
#> GSM483490 3 0.6280 0.0349 0.000 0.460 0.540
#> GSM483491 1 0.6111 0.0536 0.604 0.000 0.396
#> GSM483492 1 0.2537 0.5434 0.920 0.000 0.080
#> GSM483493 1 0.1860 0.5607 0.948 0.000 0.052
#> GSM483494 1 0.3686 0.4860 0.860 0.000 0.140
#> GSM483495 1 0.1411 0.5792 0.964 0.000 0.036
#> GSM483496 1 0.2356 0.5533 0.928 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.2714 0.7710 0.112 0.000 0.004 0.884
#> GSM483302 1 0.0779 0.8860 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM483303 4 0.0921 0.7387 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM483305 2 0.4036 0.7263 0.020 0.816 0.004 0.160
#> GSM483307 2 0.2255 0.7769 0.000 0.920 0.012 0.068
#> GSM483312 2 0.2281 0.7674 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM483313 3 0.2530 0.7730 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM483317 3 0.3962 0.7720 0.044 0.000 0.832 0.124
#> GSM483318 3 0.0376 0.7958 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM483319 3 0.1004 0.7998 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM483322 3 0.1510 0.7957 0.028 0.016 0.956 0.000
#> GSM483327 3 0.0592 0.7846 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM483328 3 0.1174 0.8032 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM483330 1 0.4514 0.6384 0.756 0.008 0.228 0.008
#> GSM483332 3 0.2216 0.7250 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM483333 3 0.4685 0.7605 0.156 0.000 0.784 0.060
#> GSM483336 3 0.4746 0.7591 0.168 0.000 0.776 0.056
#> GSM483337 3 0.1824 0.7949 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM483339 2 0.4817 0.6949 0.088 0.784 0.000 0.128
#> GSM483351 4 0.2443 0.7729 0.060 0.000 0.024 0.916
#> GSM483352 4 0.2838 0.7518 0.016 0.056 0.020 0.908
#> GSM483354 4 0.1724 0.7644 0.032 0.000 0.020 0.948
#> GSM483358 2 0.3908 0.7229 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM483384 1 0.6197 -0.1088 0.508 0.052 0.000 0.440
#> GSM483386 2 0.5732 0.4107 0.028 0.604 0.004 0.364
#> GSM483388 4 0.7044 -0.0979 0.000 0.428 0.120 0.452
#> GSM483390 4 0.3279 0.7718 0.096 0.000 0.032 0.872
#> GSM483391 4 0.7037 0.5454 0.168 0.268 0.000 0.564
#> GSM483396 1 0.5820 0.6019 0.700 0.000 0.192 0.108
#> GSM483399 4 0.7220 0.0847 0.000 0.384 0.144 0.472
#> GSM483400 3 0.4331 0.6519 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM483401 2 0.3908 0.7229 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM483412 4 0.3245 0.7719 0.100 0.000 0.028 0.872
#> GSM483418 3 0.5268 -0.1367 0.000 0.452 0.540 0.008
#> GSM483420 2 0.5004 0.4933 0.000 0.604 0.392 0.004
#> GSM483421 2 0.3498 0.7470 0.000 0.832 0.160 0.008
#> GSM483426 2 0.5898 0.6752 0.076 0.708 0.204 0.012
#> GSM483428 2 0.3052 0.7626 0.012 0.880 0.004 0.104
#> GSM483431 1 0.4194 0.7590 0.800 0.172 0.000 0.028
#> GSM483436 4 0.2845 0.7748 0.076 0.000 0.028 0.896
#> GSM483442 4 0.3105 0.7604 0.140 0.000 0.004 0.856
#> GSM483443 1 0.2593 0.8151 0.892 0.004 0.000 0.104
#> GSM483444 4 0.2918 0.7699 0.116 0.000 0.008 0.876
#> GSM483447 1 0.0000 0.8875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.5387 0.7237 0.776 0.100 0.100 0.024
#> GSM483450 4 0.1767 0.7681 0.044 0.000 0.012 0.944
#> GSM483455 4 0.4308 0.7144 0.032 0.136 0.012 0.820
#> GSM483458 4 0.2530 0.7739 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM483461 1 0.6830 0.3779 0.596 0.296 0.096 0.012
#> GSM483462 4 0.3758 0.7634 0.104 0.000 0.048 0.848
#> GSM483464 4 0.3208 0.7568 0.148 0.004 0.000 0.848
#> GSM483466 4 0.4868 0.5269 0.012 0.304 0.000 0.684
#> GSM483468 4 0.2976 0.7688 0.120 0.000 0.008 0.872
#> GSM483476 2 0.7148 0.3294 0.004 0.524 0.128 0.344
#> GSM483477 4 0.6702 0.5460 0.216 0.168 0.000 0.616
#> GSM483300 2 0.3828 0.7493 0.000 0.848 0.068 0.084
#> GSM483308 2 0.3157 0.7446 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM483310 2 0.2941 0.7654 0.008 0.888 0.008 0.096
#> GSM483311 2 0.2345 0.7671 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM483323 3 0.3942 0.7226 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM483338 2 0.4434 0.7115 0.000 0.756 0.228 0.016
#> GSM483353 1 0.0657 0.8820 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM483361 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483363 4 0.9026 0.2501 0.160 0.316 0.100 0.424
#> GSM483364 1 0.0000 0.8875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0524 0.8850 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483368 2 0.4399 0.7146 0.000 0.760 0.224 0.016
#> GSM483371 4 0.7661 0.2542 0.376 0.212 0.000 0.412
#> GSM483372 2 0.3367 0.7617 0.000 0.864 0.108 0.028
#> GSM483373 2 0.6850 0.4899 0.300 0.592 0.096 0.012
#> GSM483374 2 0.3931 0.7563 0.000 0.832 0.128 0.040
#> GSM483379 1 0.0524 0.8879 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483380 2 0.4290 0.7225 0.000 0.772 0.212 0.016
#> GSM483381 1 0.0469 0.8880 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483389 1 0.3943 0.7997 0.844 0.036 0.112 0.008
#> GSM483404 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483405 1 0.1305 0.8742 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483410 1 0.0524 0.8851 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM483411 1 0.4194 0.6634 0.764 0.008 0.228 0.000
#> GSM483413 2 0.6750 0.0120 0.092 0.472 0.000 0.436
#> GSM483416 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483417 1 0.1271 0.8755 0.968 0.008 0.012 0.012
#> GSM483419 1 0.0469 0.8838 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483427 4 0.5853 0.7375 0.120 0.040 0.088 0.752
#> GSM483433 1 0.6462 0.5852 0.676 0.172 0.140 0.012
#> GSM483434 3 0.5159 0.7502 0.156 0.000 0.756 0.088
#> GSM483445 3 0.5137 0.6998 0.244 0.000 0.716 0.040
#> GSM483459 3 0.4849 0.7257 0.064 0.000 0.772 0.164
#> GSM483465 4 0.3143 0.7733 0.100 0.000 0.024 0.876
#> GSM483470 4 0.3550 0.7241 0.044 0.096 0.000 0.860
#> GSM483473 1 0.4612 0.6369 0.764 0.016 0.008 0.212
#> GSM483478 1 0.0188 0.8882 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483304 2 0.3196 0.7612 0.012 0.876 0.008 0.104
#> GSM483315 1 0.3448 0.7577 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM483320 3 0.4137 0.7494 0.208 0.000 0.780 0.012
#> GSM483325 3 0.3873 0.7312 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM483329 1 0.4514 0.7683 0.812 0.112 0.004 0.072
#> GSM483331 3 0.3626 0.7706 0.184 0.000 0.812 0.004
#> GSM483334 1 0.1256 0.8800 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM483341 3 0.3448 0.7784 0.168 0.000 0.828 0.004
#> GSM483343 3 0.0672 0.7928 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM483344 3 0.7336 0.6191 0.140 0.228 0.604 0.028
#> GSM483347 3 0.4936 0.2291 0.000 0.372 0.624 0.004
#> GSM483348 1 0.4130 0.7866 0.828 0.000 0.064 0.108
#> GSM483349 1 0.0469 0.8838 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483350 1 0.0804 0.8801 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM483356 1 0.0844 0.8840 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM483362 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483365 1 0.2654 0.8228 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM483367 1 0.0524 0.8879 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483369 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483370 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483375 1 0.0592 0.8860 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483376 1 0.2198 0.8531 0.920 0.000 0.072 0.008
#> GSM483377 1 0.3444 0.7353 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM483378 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483385 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483402 1 0.3250 0.8230 0.888 0.016 0.072 0.024
#> GSM483403 1 0.0376 0.8883 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483406 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483407 1 0.3485 0.8023 0.856 0.116 0.000 0.028
#> GSM483408 1 0.5672 0.6739 0.744 0.124 0.120 0.012
#> GSM483414 1 0.0524 0.8879 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483415 1 0.0524 0.8879 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483424 1 0.4004 0.7593 0.812 0.164 0.000 0.024
#> GSM483437 4 0.7488 0.2087 0.180 0.000 0.384 0.436
#> GSM483439 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483440 1 0.0000 0.8875 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.7681 0.2071 0.380 0.000 0.216 0.404
#> GSM483449 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483456 2 0.4327 0.7201 0.000 0.768 0.216 0.016
#> GSM483460 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483463 2 0.4724 0.7407 0.000 0.792 0.112 0.096
#> GSM483471 1 0.1576 0.8694 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM483297 2 0.2760 0.7610 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM483298 2 0.3048 0.7742 0.000 0.876 0.016 0.108
#> GSM483299 2 0.3024 0.7524 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM483306 2 0.1978 0.7771 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM483309 2 0.3105 0.7508 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM483314 3 0.0469 0.7957 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483316 3 0.4212 0.7414 0.216 0.000 0.772 0.012
#> GSM483321 3 0.0188 0.7934 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483324 3 0.6509 0.6052 0.228 0.140 0.632 0.000
#> GSM483326 2 0.5434 0.7014 0.000 0.696 0.252 0.052
#> GSM483335 3 0.1762 0.7692 0.004 0.048 0.944 0.004
#> GSM483340 3 0.4008 0.5090 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM483342 3 0.4549 0.6122 0.000 0.188 0.776 0.036
#> GSM483345 2 0.5911 0.7558 0.000 0.692 0.196 0.112
#> GSM483346 2 0.2831 0.7619 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM483355 2 0.2760 0.7610 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM483357 4 0.4304 0.4982 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM483359 1 0.7341 0.3032 0.528 0.220 0.000 0.252
#> GSM483360 2 0.4434 0.7115 0.000 0.756 0.228 0.016
#> GSM483382 2 0.5530 0.7073 0.000 0.712 0.212 0.076
#> GSM483383 2 0.4382 0.5671 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483387 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 2 0.4054 0.7352 0.000 0.796 0.188 0.016
#> GSM483393 4 0.7340 0.4804 0.324 0.176 0.000 0.500
#> GSM483394 2 0.2376 0.7778 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM483395 4 0.5273 0.1584 0.008 0.456 0.000 0.536
#> GSM483397 1 0.1771 0.8691 0.948 0.036 0.012 0.004
#> GSM483398 2 0.6957 0.4053 0.012 0.568 0.096 0.324
#> GSM483409 4 0.1398 0.7633 0.040 0.004 0.000 0.956
#> GSM483422 2 0.2593 0.7652 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM483423 1 0.4940 0.7262 0.776 0.128 0.000 0.096
#> GSM483425 4 0.1284 0.7558 0.024 0.012 0.000 0.964
#> GSM483429 4 0.6005 0.0735 0.000 0.460 0.040 0.500
#> GSM483430 2 0.2565 0.7796 0.000 0.912 0.032 0.056
#> GSM483432 4 0.2888 0.6851 0.004 0.124 0.000 0.872
#> GSM483435 2 0.4535 0.7065 0.000 0.744 0.240 0.016
#> GSM483438 2 0.5088 0.2588 0.004 0.572 0.000 0.424
#> GSM483441 4 0.2706 0.7309 0.020 0.080 0.000 0.900
#> GSM483451 4 0.1975 0.7433 0.016 0.048 0.000 0.936
#> GSM483452 1 0.4972 -0.0363 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM483453 4 0.3779 0.7045 0.012 0.136 0.012 0.840
#> GSM483457 4 0.6571 0.4559 0.000 0.264 0.124 0.612
#> GSM483467 4 0.7419 0.4180 0.040 0.276 0.100 0.584
#> GSM483469 4 0.6113 0.5715 0.080 0.284 0.000 0.636
#> GSM483472 4 0.2186 0.7711 0.048 0.012 0.008 0.932
#> GSM483474 4 0.1722 0.7689 0.048 0.000 0.008 0.944
#> GSM483475 2 0.4204 0.7343 0.000 0.788 0.192 0.020
#> GSM483479 1 0.0336 0.8886 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483480 3 0.3123 0.7427 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM483481 3 0.2345 0.7802 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM483482 3 0.2647 0.7680 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM483483 4 0.5167 -0.0401 0.004 0.000 0.488 0.508
#> GSM483484 4 0.2385 0.7615 0.028 0.000 0.052 0.920
#> GSM483485 2 0.7315 0.3997 0.000 0.516 0.300 0.184
#> GSM483486 3 0.0592 0.7966 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483487 4 0.5498 0.2109 0.020 0.000 0.404 0.576
#> GSM483488 4 0.2797 0.7573 0.032 0.000 0.068 0.900
#> GSM483489 4 0.5606 0.4088 0.036 0.004 0.300 0.660
#> GSM483490 3 0.2401 0.7224 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM483491 4 0.4910 0.5219 0.020 0.000 0.276 0.704
#> GSM483492 4 0.2909 0.7749 0.092 0.000 0.020 0.888
#> GSM483493 4 0.3015 0.7748 0.092 0.000 0.024 0.884
#> GSM483494 4 0.3182 0.7734 0.096 0.000 0.028 0.876
#> GSM483495 4 0.3539 0.7375 0.176 0.000 0.004 0.820
#> GSM483496 4 0.3245 0.7719 0.100 0.000 0.028 0.872
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.1410 0.8333 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM483302 1 0.0290 0.9086 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483303 5 0.0404 0.8214 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM483305 2 0.0404 0.8645 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.1195 0.8676 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000
#> GSM483312 2 0.1410 0.8608 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM483313 3 0.0162 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483317 3 0.1041 0.8476 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM483318 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.0451 0.8598 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM483322 3 0.0162 0.8619 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0162 0.8614 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.1216 0.8450 0.020 0.020 0.960 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0510 0.8545 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483333 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483339 2 0.1446 0.8627 0.004 0.952 0.036 0.004 0.004
#> GSM483351 5 0.0451 0.8245 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> GSM483352 5 0.0290 0.8281 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483354 5 0.0609 0.8184 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM483358 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483384 1 0.4383 0.0904 0.572 0.004 0.000 0.000 0.424
#> GSM483386 2 0.1502 0.8691 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM483388 5 0.4481 0.2489 0.000 0.008 0.000 0.416 0.576
#> GSM483390 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483391 5 0.5785 0.4206 0.108 0.332 0.000 0.000 0.560
#> GSM483396 1 0.3128 0.7381 0.824 0.004 0.004 0.000 0.168
#> GSM483399 4 0.3430 0.6796 0.000 0.004 0.000 0.776 0.220
#> GSM483400 3 0.4291 0.0722 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM483401 4 0.0404 0.8718 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM483412 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483418 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483420 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483421 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483426 4 0.5541 0.0514 0.444 0.056 0.004 0.496 0.000
#> GSM483428 2 0.1740 0.8356 0.056 0.932 0.000 0.012 0.000
#> GSM483431 1 0.3534 0.6863 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483442 5 0.1478 0.8316 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM483443 1 0.0404 0.9066 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483444 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483447 1 0.0880 0.8982 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4157 0.7241 0.776 0.004 0.008 0.184 0.028
#> GSM483450 5 0.0324 0.8257 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM483455 5 0.2387 0.8239 0.048 0.004 0.000 0.040 0.908
#> GSM483458 5 0.1282 0.8347 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> GSM483461 1 0.3756 0.6614 0.744 0.000 0.000 0.248 0.008
#> GSM483462 5 0.1831 0.8256 0.076 0.004 0.000 0.000 0.920
#> GSM483464 5 0.2233 0.8088 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> GSM483466 5 0.3456 0.6635 0.004 0.004 0.000 0.204 0.788
#> GSM483468 5 0.1571 0.8329 0.060 0.004 0.000 0.000 0.936
#> GSM483476 4 0.4581 0.5439 0.032 0.004 0.000 0.696 0.268
#> GSM483477 2 0.5484 0.2368 0.068 0.540 0.000 0.000 0.392
#> GSM483300 2 0.2612 0.7939 0.000 0.868 0.124 0.008 0.000
#> GSM483308 2 0.1205 0.8711 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM483310 2 0.1121 0.8623 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM483311 2 0.1043 0.8649 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483323 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.1341 0.8849 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 5 0.6391 0.2547 0.152 0.004 0.000 0.364 0.480
#> GSM483364 1 0.0510 0.9051 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0162 0.9088 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483371 2 0.6401 0.3648 0.336 0.480 0.000 0.000 0.184
#> GSM483372 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.3774 0.5800 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM483374 4 0.2763 0.7777 0.004 0.000 0.000 0.848 0.148
#> GSM483379 1 0.0290 0.9079 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483380 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.0451 0.9071 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483389 1 0.2621 0.8287 0.876 0.000 0.004 0.112 0.008
#> GSM483404 1 0.0162 0.9086 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483405 1 0.0404 0.9076 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0963 0.8961 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.4192 0.6797 0.736 0.032 0.232 0.000 0.000
#> GSM483413 2 0.2775 0.8409 0.036 0.884 0.000 0.004 0.076
#> GSM483416 1 0.0162 0.9086 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483417 1 0.1444 0.8923 0.948 0.040 0.012 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.1121 0.8919 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.3362 0.7886 0.076 0.000 0.000 0.080 0.844
#> GSM483433 1 0.3607 0.6651 0.752 0.004 0.000 0.244 0.000
#> GSM483434 3 0.1608 0.8186 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM483445 3 0.4236 0.5018 0.328 0.004 0.664 0.000 0.004
#> GSM483459 3 0.0162 0.8621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483465 5 0.1197 0.8348 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM483470 5 0.3237 0.7903 0.048 0.104 0.000 0.000 0.848
#> GSM483473 1 0.4462 0.4389 0.672 0.004 0.000 0.016 0.308
#> GSM483478 1 0.0162 0.9085 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0912 0.8641 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> GSM483315 1 0.1697 0.8820 0.932 0.000 0.060 0.000 0.008
#> GSM483320 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483329 1 0.4268 0.2905 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.1197 0.8909 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483344 3 0.3616 0.6390 0.000 0.224 0.768 0.004 0.004
#> GSM483347 4 0.4045 0.3803 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM483348 1 0.3055 0.7931 0.840 0.000 0.016 0.000 0.144
#> GSM483349 1 0.1121 0.8920 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.1341 0.8843 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0898 0.9034 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.1168 0.8988 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> GSM483367 1 0.0290 0.9079 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483369 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0451 0.9071 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483376 1 0.0579 0.9072 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM483377 1 0.1557 0.8873 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> GSM483378 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0162 0.9086 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483402 1 0.4232 0.5870 0.676 0.312 0.012 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0324 0.9092 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483406 1 0.0510 0.9051 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3707 0.6444 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.3455 0.7166 0.784 0.000 0.000 0.208 0.008
#> GSM483414 1 0.0451 0.9078 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM483415 1 0.0451 0.9081 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483424 1 0.0510 0.9068 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 5 0.5156 0.6043 0.276 0.004 0.064 0.000 0.656
#> GSM483439 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 5 0.5216 0.4142 0.388 0.004 0.040 0.000 0.568
#> GSM483449 1 0.0290 0.9079 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.0451 0.9071 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483456 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483460 1 0.0451 0.9071 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483463 4 0.1544 0.8433 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM483471 1 0.1768 0.8616 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072
#> GSM483297 2 0.1557 0.8696 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM483298 2 0.5122 0.4646 0.000 0.628 0.000 0.312 0.060
#> GSM483299 2 0.1830 0.8649 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM483306 2 0.2179 0.8329 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483309 2 0.1121 0.8709 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM483314 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483324 3 0.4138 0.3237 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.4580 0.1262 0.000 0.460 0.532 0.004 0.004
#> GSM483335 3 0.6189 0.3176 0.024 0.000 0.580 0.296 0.100
#> GSM483340 3 0.0451 0.8587 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM483342 3 0.2068 0.7954 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM483345 2 0.4910 0.7510 0.000 0.764 0.060 0.120 0.056
#> GSM483346 2 0.1331 0.8712 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM483355 2 0.1557 0.8694 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM483357 5 0.3430 0.5998 0.000 0.220 0.000 0.004 0.776
#> GSM483359 2 0.3994 0.7052 0.188 0.772 0.000 0.000 0.040
#> GSM483360 4 0.0404 0.8740 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM483382 4 0.3039 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM483383 2 0.1892 0.8600 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM483387 1 0.0000 0.9089 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483393 5 0.4961 0.2785 0.448 0.028 0.000 0.000 0.524
#> GSM483394 2 0.2561 0.8342 0.000 0.884 0.000 0.096 0.020
#> GSM483395 5 0.5714 0.3857 0.000 0.116 0.000 0.292 0.592
#> GSM483397 1 0.1043 0.8940 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 5 0.4627 0.2116 0.012 0.000 0.000 0.444 0.544
#> GSM483409 5 0.0510 0.8200 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM483422 2 0.0963 0.8651 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM483423 2 0.1043 0.8545 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM483425 5 0.0290 0.8224 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483429 5 0.2929 0.7148 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483430 4 0.1270 0.8455 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM483432 5 0.0510 0.8222 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM483435 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483438 2 0.4162 0.5679 0.004 0.680 0.000 0.004 0.312
#> GSM483441 5 0.0566 0.8240 0.004 0.012 0.000 0.000 0.984
#> GSM483451 5 0.0324 0.8272 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM483452 5 0.4420 0.3247 0.448 0.004 0.000 0.000 0.548
#> GSM483453 5 0.0833 0.8259 0.004 0.004 0.000 0.016 0.976
#> GSM483457 4 0.3048 0.7444 0.000 0.004 0.000 0.820 0.176
#> GSM483467 5 0.5225 0.3318 0.040 0.004 0.000 0.392 0.564
#> GSM483469 5 0.5558 0.6627 0.064 0.136 0.000 0.084 0.716
#> GSM483472 5 0.1124 0.8339 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> GSM483474 5 0.0162 0.8268 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483475 4 0.0000 0.8803 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483479 1 0.0162 0.9085 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.0290 0.8607 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483481 3 0.0162 0.8620 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483482 3 0.0404 0.8590 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483483 3 0.3816 0.5718 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM483484 5 0.3551 0.6118 0.000 0.008 0.220 0.000 0.772
#> GSM483485 3 0.5296 0.1517 0.000 0.000 0.484 0.048 0.468
#> GSM483486 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483487 3 0.4278 0.2678 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM483488 5 0.1012 0.8177 0.000 0.012 0.020 0.000 0.968
#> GSM483489 3 0.5889 0.2223 0.000 0.100 0.472 0.000 0.428
#> GSM483490 3 0.3109 0.6577 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM483491 5 0.3480 0.5775 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM483492 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483493 5 0.1197 0.8348 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM483494 5 0.1341 0.8345 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483495 5 0.1892 0.8238 0.080 0.004 0.000 0.000 0.916
#> GSM483496 5 0.1410 0.8333 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.4842 0.5891 0.104 0.008 0.000 0.000 0.676 0.212
#> GSM483302 1 0.2697 0.7480 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044 0.092
#> GSM483303 5 0.0458 0.8541 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483305 2 0.0000 0.6475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.6475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0146 0.6482 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0260 0.8847 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483317 3 0.7202 0.0424 0.068 0.128 0.400 0.000 0.372 0.032
#> GSM483318 3 0.0146 0.8856 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483319 3 0.3250 0.8183 0.028 0.048 0.860 0.000 0.052 0.012
#> GSM483322 3 0.3010 0.7868 0.028 0.132 0.836 0.000 0.000 0.004
#> GSM483327 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.1865 0.8579 0.040 0.000 0.920 0.000 0.000 0.040
#> GSM483332 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483333 3 0.1913 0.8504 0.012 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080
#> GSM483336 3 0.0291 0.8851 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM483337 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483339 6 0.5084 0.4261 0.016 0.244 0.092 0.000 0.000 0.648
#> GSM483351 5 0.0790 0.8482 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483352 5 0.0458 0.8543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483354 5 0.0937 0.8447 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483358 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483384 6 0.4492 0.1316 0.340 0.004 0.000 0.000 0.036 0.620
#> GSM483386 2 0.3782 0.0610 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM483388 6 0.4252 0.5502 0.000 0.072 0.000 0.052 0.096 0.780
#> GSM483390 5 0.0146 0.8575 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483391 2 0.7339 0.0632 0.136 0.396 0.000 0.000 0.260 0.208
#> GSM483396 1 0.4153 0.5903 0.636 0.000 0.000 0.000 0.024 0.340
#> GSM483399 4 0.0260 0.7922 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483400 1 0.4712 0.1600 0.524 0.000 0.440 0.000 0.020 0.016
#> GSM483401 4 0.3810 0.1747 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0146 0.8575 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483418 4 0.0146 0.7924 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483420 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483421 4 0.0146 0.7922 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483426 4 0.5715 -0.0527 0.432 0.024 0.000 0.456 0.000 0.088
#> GSM483428 2 0.2197 0.6232 0.056 0.900 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM483431 2 0.5305 0.1265 0.404 0.492 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM483436 5 0.0146 0.8571 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483442 5 0.1092 0.8522 0.020 0.000 0.000 0.000 0.960 0.020
#> GSM483443 1 0.3817 0.5078 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM483444 5 0.3488 0.7073 0.036 0.000 0.000 0.000 0.780 0.184
#> GSM483447 1 0.3330 0.6888 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM483448 1 0.6125 0.5086 0.592 0.004 0.000 0.132 0.060 0.212
#> GSM483450 5 0.0146 0.8566 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483455 5 0.3855 0.7284 0.020 0.000 0.000 0.048 0.788 0.144
#> GSM483458 5 0.1349 0.8419 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056
#> GSM483461 1 0.4688 0.3398 0.560 0.000 0.000 0.400 0.008 0.032
#> GSM483462 5 0.1196 0.8433 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008
#> GSM483464 5 0.5642 0.3805 0.220 0.004 0.000 0.000 0.560 0.216
#> GSM483466 5 0.6952 0.0928 0.012 0.044 0.000 0.220 0.432 0.292
#> GSM483468 5 0.0520 0.8568 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM483476 4 0.2201 0.7571 0.000 0.000 0.000 0.896 0.028 0.076
#> GSM483477 6 0.3699 0.5574 0.020 0.092 0.000 0.000 0.076 0.812
#> GSM483300 2 0.2006 0.5970 0.004 0.892 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.2883 0.4139 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM483310 2 0.0777 0.6444 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0146 0.6482 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.1753 0.8458 0.084 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004
#> GSM483338 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 1 0.3563 0.6398 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM483361 1 0.3409 0.6637 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM483363 4 0.7415 0.1002 0.264 0.000 0.000 0.380 0.148 0.208
#> GSM483364 1 0.2527 0.7533 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM483366 1 0.4093 0.7088 0.784 0.108 0.000 0.000 0.028 0.080
#> GSM483368 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483371 6 0.3689 0.5461 0.056 0.084 0.000 0.000 0.040 0.820
#> GSM483372 4 0.2491 0.7431 0.000 0.020 0.000 0.868 0.000 0.112
#> GSM483373 1 0.5548 0.2180 0.464 0.000 0.000 0.400 0.000 0.136
#> GSM483374 4 0.6093 0.3474 0.032 0.044 0.000 0.556 0.052 0.316
#> GSM483379 1 0.2129 0.7610 0.904 0.000 0.000 0.000 0.056 0.040
#> GSM483380 4 0.0632 0.7891 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483381 1 0.1910 0.7813 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM483389 1 0.2532 0.7667 0.892 0.000 0.000 0.052 0.020 0.036
#> GSM483404 1 0.2431 0.7695 0.860 0.000 0.000 0.008 0.000 0.132
#> GSM483405 1 0.1757 0.7693 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> GSM483410 1 0.3330 0.6874 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM483411 1 0.5640 -0.0353 0.472 0.428 0.068 0.000 0.000 0.032
#> GSM483413 6 0.4849 0.1760 0.012 0.472 0.000 0.000 0.032 0.484
#> GSM483416 1 0.2340 0.7636 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM483417 1 0.1858 0.7692 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM483419 1 0.2048 0.7640 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM483427 5 0.1909 0.8285 0.024 0.000 0.000 0.052 0.920 0.004
#> GSM483433 1 0.4865 0.6270 0.692 0.004 0.000 0.208 0.016 0.080
#> GSM483434 3 0.3374 0.7783 0.044 0.000 0.824 0.000 0.120 0.012
#> GSM483445 3 0.5191 0.4716 0.212 0.000 0.616 0.000 0.000 0.172
#> GSM483459 3 0.0363 0.8847 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM483465 5 0.1265 0.8479 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044
#> GSM483470 5 0.5441 0.5473 0.028 0.200 0.000 0.000 0.640 0.132
#> GSM483473 1 0.4900 0.6177 0.700 0.000 0.000 0.028 0.092 0.180
#> GSM483478 1 0.1501 0.7742 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483304 2 0.1745 0.6330 0.020 0.924 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM483315 1 0.2313 0.7651 0.904 0.000 0.016 0.000 0.044 0.036
#> GSM483320 3 0.1398 0.8629 0.052 0.000 0.940 0.000 0.000 0.008
#> GSM483325 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.4271 0.4813 0.244 0.696 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM483331 3 0.0603 0.8830 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM483334 1 0.3836 0.7071 0.804 0.000 0.108 0.000 0.032 0.056
#> GSM483341 3 0.0405 0.8854 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM483343 3 0.0935 0.8778 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> GSM483344 3 0.5185 0.6069 0.028 0.128 0.688 0.000 0.004 0.152
#> GSM483347 4 0.4808 0.1610 0.016 0.004 0.412 0.548 0.000 0.020
#> GSM483348 1 0.3377 0.7057 0.808 0.000 0.000 0.000 0.136 0.056
#> GSM483349 1 0.2883 0.7363 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM483350 1 0.2838 0.7437 0.808 0.004 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM483356 1 0.2863 0.7594 0.864 0.036 0.000 0.000 0.012 0.088
#> GSM483362 1 0.1643 0.7721 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM483365 1 0.2001 0.7696 0.920 0.000 0.016 0.000 0.020 0.044
#> GSM483367 1 0.1863 0.7662 0.920 0.000 0.000 0.000 0.044 0.036
#> GSM483369 1 0.1556 0.7793 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM483370 1 0.1387 0.7741 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483375 1 0.3349 0.7157 0.748 0.000 0.000 0.000 0.008 0.244
#> GSM483376 1 0.2070 0.7663 0.896 0.000 0.000 0.000 0.012 0.092
#> GSM483377 1 0.1777 0.7698 0.928 0.000 0.004 0.000 0.024 0.044
#> GSM483378 1 0.2527 0.7545 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM483385 1 0.3156 0.7505 0.800 0.000 0.000 0.000 0.020 0.180
#> GSM483402 2 0.5648 0.4188 0.264 0.592 0.116 0.000 0.000 0.028
#> GSM483403 1 0.2982 0.7430 0.856 0.096 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483406 1 0.3309 0.6949 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> GSM483407 2 0.3905 0.4301 0.316 0.668 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM483408 1 0.3787 0.5951 0.720 0.000 0.000 0.260 0.008 0.012
#> GSM483414 1 0.2119 0.7668 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> GSM483415 1 0.1760 0.7700 0.928 0.004 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM483424 6 0.4076 -0.2222 0.452 0.008 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM483437 1 0.7213 0.0303 0.376 0.000 0.112 0.000 0.324 0.188
#> GSM483439 1 0.3266 0.6994 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM483440 1 0.1501 0.7704 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483446 1 0.5136 0.5476 0.644 0.000 0.008 0.000 0.132 0.216
#> GSM483449 1 0.1462 0.7760 0.936 0.000 0.000 0.000 0.008 0.056
#> GSM483454 1 0.2706 0.7511 0.832 0.000 0.000 0.000 0.008 0.160
#> GSM483456 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.2257 0.7742 0.876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.116
#> GSM483463 4 0.2257 0.7424 0.000 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> GSM483471 1 0.3395 0.7181 0.808 0.000 0.000 0.000 0.060 0.132
#> GSM483297 6 0.3782 0.3595 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> GSM483298 6 0.6226 0.2228 0.000 0.332 0.000 0.292 0.004 0.372
#> GSM483299 6 0.4002 0.3682 0.000 0.404 0.000 0.000 0.008 0.588
#> GSM483306 2 0.3168 0.4862 0.000 0.804 0.000 0.172 0.000 0.024
#> GSM483309 2 0.3330 0.2569 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM483314 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0713 0.8808 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483324 3 0.3098 0.7314 0.164 0.000 0.812 0.000 0.000 0.024
#> GSM483326 3 0.4795 0.5430 0.000 0.176 0.672 0.000 0.000 0.152
#> GSM483335 3 0.5379 0.6698 0.084 0.000 0.716 0.096 0.024 0.080
#> GSM483340 3 0.0508 0.8819 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM483342 3 0.2278 0.7958 0.000 0.128 0.868 0.000 0.000 0.004
#> GSM483345 6 0.7388 0.2069 0.000 0.348 0.176 0.068 0.028 0.380
#> GSM483346 2 0.4263 -0.2201 0.000 0.504 0.016 0.000 0.000 0.480
#> GSM483355 6 0.3881 0.3753 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004 0.600
#> GSM483357 5 0.4254 0.4986 0.000 0.048 0.000 0.000 0.680 0.272
#> GSM483359 6 0.4354 0.4037 0.132 0.144 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483360 4 0.2264 0.7339 0.000 0.012 0.096 0.888 0.000 0.004
#> GSM483382 4 0.2692 0.7157 0.000 0.000 0.000 0.840 0.012 0.148
#> GSM483383 6 0.3816 0.4819 0.000 0.296 0.000 0.000 0.016 0.688
#> GSM483387 1 0.3266 0.6984 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM483392 4 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 6 0.4554 0.4681 0.152 0.008 0.000 0.000 0.120 0.720
#> GSM483394 6 0.4747 0.4022 0.000 0.356 0.000 0.060 0.000 0.584
#> GSM483395 6 0.6358 0.4766 0.000 0.144 0.000 0.120 0.156 0.580
#> GSM483397 1 0.3543 0.6941 0.720 0.000 0.004 0.004 0.000 0.272
#> GSM483398 4 0.4314 0.5891 0.000 0.000 0.000 0.720 0.184 0.096
#> GSM483409 5 0.1444 0.8269 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483422 2 0.0000 0.6475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 6 0.4871 0.4098 0.112 0.244 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM483425 5 0.0713 0.8501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483429 5 0.3043 0.6965 0.000 0.000 0.000 0.200 0.792 0.008
#> GSM483430 4 0.2100 0.7333 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> GSM483432 6 0.5371 0.3315 0.000 0.120 0.000 0.000 0.360 0.520
#> GSM483435 4 0.3309 0.5752 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> GSM483438 6 0.4199 0.5389 0.000 0.196 0.000 0.008 0.060 0.736
#> GSM483441 6 0.4918 0.2397 0.012 0.044 0.000 0.000 0.380 0.564
#> GSM483451 5 0.3219 0.7477 0.016 0.008 0.000 0.000 0.808 0.168
#> GSM483452 1 0.5149 0.5326 0.624 0.000 0.000 0.000 0.184 0.192
#> GSM483453 5 0.4169 0.6962 0.020 0.000 0.000 0.044 0.748 0.188
#> GSM483457 4 0.3464 0.5204 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM483467 6 0.6565 0.2850 0.056 0.000 0.000 0.220 0.224 0.500
#> GSM483469 6 0.4463 0.4874 0.060 0.012 0.000 0.004 0.200 0.724
#> GSM483472 5 0.1265 0.8478 0.008 0.000 0.000 0.000 0.948 0.044
#> GSM483474 5 0.0790 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483475 4 0.0260 0.7925 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483479 1 0.3797 0.5195 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM483480 3 0.0260 0.8847 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0547 0.8812 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483483 3 0.3288 0.6233 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM483484 5 0.1563 0.8273 0.000 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> GSM483485 5 0.2765 0.7491 0.000 0.016 0.132 0.004 0.848 0.000
#> GSM483486 3 0.0000 0.8854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483487 5 0.3298 0.6242 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> GSM483488 5 0.1196 0.8430 0.000 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040
#> GSM483489 5 0.4557 0.5898 0.000 0.048 0.212 0.000 0.712 0.028
#> GSM483490 3 0.2933 0.7053 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004 0.000
#> GSM483491 5 0.1765 0.7990 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM483492 5 0.0291 0.8577 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM483493 5 0.0291 0.8577 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM483494 5 0.0260 0.8571 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483495 5 0.1616 0.8361 0.048 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020
#> GSM483496 5 0.0405 0.8568 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> SD:NMF 194 1.00e+00 1.68e-07 2
#> SD:NMF 138 2.88e-01 1.16e-04 3
#> SD:NMF 171 1.90e-04 6.80e-14 4
#> SD:NMF 176 2.47e-04 1.28e-12 5
#> SD:NMF 156 7.33e-05 1.08e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.301 0.691 0.850 0.3874 0.586 0.586
#> 3 3 0.238 0.573 0.744 0.5276 0.649 0.471
#> 4 4 0.299 0.554 0.701 0.1125 0.891 0.730
#> 5 5 0.386 0.519 0.657 0.0738 0.942 0.832
#> 6 6 0.426 0.383 0.631 0.0421 0.938 0.821
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0376 0.8440 0.996 0.004
#> GSM483302 1 0.0376 0.8440 0.996 0.004
#> GSM483303 1 0.6887 0.7543 0.816 0.184
#> GSM483305 2 0.7139 0.6699 0.196 0.804
#> GSM483307 2 0.2043 0.7126 0.032 0.968
#> GSM483312 2 0.0938 0.7053 0.012 0.988
#> GSM483313 1 0.8608 0.5689 0.716 0.284
#> GSM483317 1 0.6048 0.7879 0.852 0.148
#> GSM483318 1 0.6438 0.7749 0.836 0.164
#> GSM483319 1 0.6048 0.7879 0.852 0.148
#> GSM483322 1 0.6247 0.7817 0.844 0.156
#> GSM483327 1 0.8813 0.5603 0.700 0.300
#> GSM483328 1 0.8608 0.5689 0.716 0.284
#> GSM483330 1 0.5178 0.8025 0.884 0.116
#> GSM483332 1 0.9944 0.0900 0.544 0.456
#> GSM483333 1 0.2778 0.8411 0.952 0.048
#> GSM483336 1 0.3584 0.8362 0.932 0.068
#> GSM483337 1 0.8861 0.5460 0.696 0.304
#> GSM483339 1 0.9552 0.2762 0.624 0.376
#> GSM483351 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483352 1 0.5178 0.8092 0.884 0.116
#> GSM483354 1 0.2423 0.8448 0.960 0.040
#> GSM483358 2 0.7376 0.6975 0.208 0.792
#> GSM483384 1 0.8763 0.4751 0.704 0.296
#> GSM483386 1 0.9661 0.2299 0.608 0.392
#> GSM483388 2 0.9922 0.4019 0.448 0.552
#> GSM483390 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.7139 0.7395 0.804 0.196
#> GSM483396 1 0.5946 0.7895 0.856 0.144
#> GSM483399 2 0.8443 0.6612 0.272 0.728
#> GSM483400 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0672 0.7028 0.008 0.992
#> GSM483412 1 0.1184 0.8447 0.984 0.016
#> GSM483418 2 0.9248 0.5837 0.340 0.660
#> GSM483420 2 0.9522 0.5294 0.372 0.628
#> GSM483421 2 0.7950 0.6843 0.240 0.760
#> GSM483426 1 0.8608 0.6119 0.716 0.284
#> GSM483428 2 0.1843 0.7089 0.028 0.972
#> GSM483431 1 0.7674 0.7085 0.776 0.224
#> GSM483436 1 0.5178 0.8092 0.884 0.116
#> GSM483442 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.1414 0.8459 0.980 0.020
#> GSM483444 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.6973 0.7556 0.812 0.188
#> GSM483450 1 0.0938 0.8439 0.988 0.012
#> GSM483455 1 0.9988 -0.1117 0.520 0.480
#> GSM483458 1 0.0376 0.8439 0.996 0.004
#> GSM483461 2 0.9996 0.2182 0.488 0.512
#> GSM483462 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0376 0.8440 0.996 0.004
#> GSM483466 2 0.9983 0.2979 0.476 0.524
#> GSM483468 1 0.1414 0.8449 0.980 0.020
#> GSM483476 2 0.8443 0.6612 0.272 0.728
#> GSM483477 1 0.8813 0.4673 0.700 0.300
#> GSM483300 1 0.7815 0.6975 0.768 0.232
#> GSM483308 2 0.4562 0.7013 0.096 0.904
#> GSM483310 2 0.0938 0.7053 0.012 0.988
#> GSM483311 2 0.0938 0.7053 0.012 0.988
#> GSM483323 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.8144 0.6777 0.252 0.748
#> GSM483353 1 0.2236 0.8441 0.964 0.036
#> GSM483361 1 0.1184 0.8453 0.984 0.016
#> GSM483363 2 0.9963 0.3013 0.464 0.536
#> GSM483364 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.1414 0.8444 0.980 0.020
#> GSM483368 2 0.9977 0.2691 0.472 0.528
#> GSM483371 1 0.2778 0.8414 0.952 0.048
#> GSM483372 2 0.7815 0.6879 0.232 0.768
#> GSM483373 1 0.7815 0.7007 0.768 0.232
#> GSM483374 2 0.9866 0.3899 0.432 0.568
#> GSM483379 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.5842 0.7160 0.140 0.860
#> GSM483381 1 0.3879 0.8311 0.924 0.076
#> GSM483389 1 0.7815 0.6968 0.768 0.232
#> GSM483404 1 0.4022 0.8297 0.920 0.080
#> GSM483405 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.6148 0.7834 0.848 0.152
#> GSM483413 1 0.6148 0.7837 0.848 0.152
#> GSM483416 1 0.3733 0.8333 0.928 0.072
#> GSM483417 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5519 0.8031 0.872 0.128
#> GSM483433 1 0.7219 0.7378 0.800 0.200
#> GSM483434 1 0.0376 0.8439 0.996 0.004
#> GSM483445 1 0.2778 0.8411 0.952 0.048
#> GSM483459 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.1184 0.8435 0.984 0.016
#> GSM483470 1 0.9850 0.0927 0.572 0.428
#> GSM483473 1 0.4022 0.8297 0.920 0.080
#> GSM483478 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.1843 0.7089 0.028 0.972
#> GSM483315 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.3733 0.8328 0.928 0.072
#> GSM483325 1 0.2778 0.8411 0.952 0.048
#> GSM483329 1 0.4298 0.8132 0.912 0.088
#> GSM483331 1 0.4022 0.8225 0.920 0.080
#> GSM483334 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.4690 0.8044 0.900 0.100
#> GSM483343 1 0.8386 0.6395 0.732 0.268
#> GSM483344 1 0.9686 0.2244 0.604 0.396
#> GSM483347 1 0.9209 0.4910 0.664 0.336
#> GSM483348 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0938 0.8453 0.988 0.012
#> GSM483362 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.1184 0.8453 0.984 0.016
#> GSM483376 1 0.6148 0.7826 0.848 0.152
#> GSM483377 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.7602 0.7153 0.780 0.220
#> GSM483403 1 0.5946 0.7904 0.856 0.144
#> GSM483406 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.5946 0.7904 0.856 0.144
#> GSM483408 1 0.8081 0.6706 0.752 0.248
#> GSM483414 1 0.0376 0.8427 0.996 0.004
#> GSM483415 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.2778 0.8414 0.952 0.048
#> GSM483437 1 0.2948 0.8301 0.948 0.052
#> GSM483439 1 0.1184 0.8453 0.984 0.016
#> GSM483440 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.2948 0.8301 0.948 0.052
#> GSM483449 1 0.2423 0.8428 0.960 0.040
#> GSM483454 1 0.2423 0.8428 0.960 0.040
#> GSM483456 2 0.0000 0.6975 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.2423 0.8428 0.960 0.040
#> GSM483463 2 0.9944 0.3256 0.456 0.544
#> GSM483471 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4298 0.7066 0.088 0.912
#> GSM483298 2 0.2043 0.7124 0.032 0.968
#> GSM483299 2 0.4298 0.7066 0.088 0.912
#> GSM483306 2 0.1843 0.7113 0.028 0.972
#> GSM483309 2 0.4562 0.7013 0.096 0.904
#> GSM483314 1 0.8016 0.6827 0.756 0.244
#> GSM483316 1 0.3879 0.8303 0.924 0.076
#> GSM483321 1 0.9044 0.4347 0.680 0.320
#> GSM483324 1 0.6973 0.7508 0.812 0.188
#> GSM483326 2 0.9686 0.4877 0.396 0.604
#> GSM483335 1 0.7056 0.7454 0.808 0.192
#> GSM483340 2 0.6148 0.7150 0.152 0.848
#> GSM483342 2 0.8327 0.6236 0.264 0.736
#> GSM483345 2 0.3114 0.7128 0.056 0.944
#> GSM483346 2 0.3114 0.7128 0.056 0.944
#> GSM483355 2 0.4161 0.7051 0.084 0.916
#> GSM483357 2 0.2948 0.7143 0.052 0.948
#> GSM483359 1 0.9460 0.3102 0.636 0.364
#> GSM483360 2 0.5842 0.7159 0.140 0.860
#> GSM483382 2 0.8955 0.6181 0.312 0.688
#> GSM483383 2 0.2603 0.7153 0.044 0.956
#> GSM483387 1 0.6973 0.7516 0.812 0.188
#> GSM483392 2 0.9944 0.3256 0.456 0.544
#> GSM483393 1 0.9896 -0.0214 0.560 0.440
#> GSM483394 2 0.2603 0.7153 0.044 0.956
#> GSM483395 2 0.9977 0.3044 0.472 0.528
#> GSM483397 1 0.7376 0.7279 0.792 0.208
#> GSM483398 2 0.9866 0.3905 0.432 0.568
#> GSM483409 1 0.0376 0.8440 0.996 0.004
#> GSM483422 2 0.1843 0.7089 0.028 0.972
#> GSM483423 1 0.9580 0.2690 0.620 0.380
#> GSM483425 1 0.6801 0.7604 0.820 0.180
#> GSM483429 2 0.7950 0.6843 0.240 0.760
#> GSM483430 2 0.7950 0.6843 0.240 0.760
#> GSM483432 2 0.9983 0.2979 0.476 0.524
#> GSM483435 2 0.8016 0.6829 0.244 0.756
#> GSM483438 2 0.2603 0.7153 0.044 0.956
#> GSM483441 2 0.9983 0.2979 0.476 0.524
#> GSM483451 2 0.9983 0.2979 0.476 0.524
#> GSM483452 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.9635 0.5156 0.388 0.612
#> GSM483457 1 0.9922 0.0635 0.552 0.448
#> GSM483467 2 0.9635 0.5156 0.388 0.612
#> GSM483469 2 0.9977 0.3113 0.472 0.528
#> GSM483472 2 1.0000 0.2215 0.500 0.500
#> GSM483474 1 0.1633 0.8420 0.976 0.024
#> GSM483475 2 0.8443 0.6612 0.272 0.728
#> GSM483479 1 0.2043 0.8447 0.968 0.032
#> GSM483480 1 0.8955 0.5269 0.688 0.312
#> GSM483481 1 0.8955 0.5269 0.688 0.312
#> GSM483482 1 0.8955 0.5269 0.688 0.312
#> GSM483483 1 0.6887 0.6901 0.816 0.184
#> GSM483484 1 0.6887 0.6901 0.816 0.184
#> GSM483485 1 0.9881 0.1439 0.564 0.436
#> GSM483486 1 0.7883 0.6770 0.764 0.236
#> GSM483487 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483490 1 0.8267 0.6459 0.740 0.260
#> GSM483491 1 0.3733 0.8180 0.928 0.072
#> GSM483492 1 0.1184 0.8447 0.984 0.016
#> GSM483493 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.1414 0.8449 0.980 0.020
#> GSM483495 1 0.1414 0.8449 0.980 0.020
#> GSM483496 1 0.0000 0.8434 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2448 0.8419 0.924 0.000 0.076
#> GSM483302 1 0.2356 0.8417 0.928 0.000 0.072
#> GSM483303 1 0.7902 0.5810 0.660 0.132 0.208
#> GSM483305 2 0.6039 0.6435 0.104 0.788 0.108
#> GSM483307 2 0.4575 0.8163 0.012 0.828 0.160
#> GSM483312 2 0.1411 0.7916 0.000 0.964 0.036
#> GSM483313 3 0.6148 0.5528 0.148 0.076 0.776
#> GSM483317 3 0.6601 0.4538 0.296 0.028 0.676
#> GSM483318 3 0.6927 0.4563 0.296 0.040 0.664
#> GSM483319 3 0.6601 0.4538 0.296 0.028 0.676
#> GSM483322 3 0.7367 0.4505 0.292 0.060 0.648
#> GSM483327 3 0.4665 0.5359 0.100 0.048 0.852
#> GSM483328 3 0.6148 0.5528 0.148 0.076 0.776
#> GSM483330 3 0.6769 0.3541 0.392 0.016 0.592
#> GSM483332 3 0.3921 0.4228 0.016 0.112 0.872
#> GSM483333 3 0.6654 0.1409 0.456 0.008 0.536
#> GSM483336 3 0.6467 0.3036 0.388 0.008 0.604
#> GSM483337 3 0.5625 0.5473 0.116 0.076 0.808
#> GSM483339 3 0.9383 0.4538 0.252 0.236 0.512
#> GSM483351 1 0.3112 0.8337 0.900 0.004 0.096
#> GSM483352 1 0.6208 0.7513 0.776 0.088 0.136
#> GSM483354 1 0.4371 0.8252 0.860 0.032 0.108
#> GSM483358 3 0.6280 -0.1657 0.000 0.460 0.540
#> GSM483384 3 0.9331 0.4944 0.344 0.176 0.480
#> GSM483386 3 0.9162 0.4892 0.196 0.268 0.536
#> GSM483388 3 0.8630 0.3492 0.120 0.328 0.552
#> GSM483390 1 0.2400 0.8406 0.932 0.004 0.064
#> GSM483391 1 0.8666 0.4132 0.584 0.152 0.264
#> GSM483396 1 0.7065 0.6023 0.672 0.052 0.276
#> GSM483399 3 0.6228 0.0367 0.004 0.372 0.624
#> GSM483400 1 0.0424 0.8334 0.992 0.000 0.008
#> GSM483401 2 0.4121 0.7299 0.000 0.832 0.168
#> GSM483412 1 0.3045 0.8407 0.916 0.020 0.064
#> GSM483418 3 0.6396 0.1772 0.016 0.320 0.664
#> GSM483420 3 0.6161 0.2462 0.016 0.288 0.696
#> GSM483421 3 0.6154 -0.0462 0.000 0.408 0.592
#> GSM483426 3 0.7860 0.5078 0.284 0.088 0.628
#> GSM483428 2 0.2031 0.7919 0.016 0.952 0.032
#> GSM483431 1 0.9457 0.0867 0.460 0.188 0.352
#> GSM483436 1 0.6208 0.7513 0.776 0.088 0.136
#> GSM483442 1 0.2165 0.8408 0.936 0.000 0.064
#> GSM483443 1 0.4128 0.8164 0.856 0.012 0.132
#> GSM483444 1 0.3340 0.8274 0.880 0.000 0.120
#> GSM483447 1 0.2261 0.8446 0.932 0.000 0.068
#> GSM483448 3 0.8496 0.2081 0.416 0.092 0.492
#> GSM483450 1 0.3851 0.8106 0.860 0.004 0.136
#> GSM483455 3 0.7945 0.4940 0.124 0.224 0.652
#> GSM483458 1 0.3213 0.8358 0.900 0.008 0.092
#> GSM483461 3 0.6304 0.4016 0.056 0.192 0.752
#> GSM483462 1 0.5873 0.4863 0.684 0.004 0.312
#> GSM483464 1 0.2448 0.8419 0.924 0.000 0.076
#> GSM483466 3 0.8924 0.3906 0.140 0.336 0.524
#> GSM483468 1 0.3181 0.8403 0.912 0.024 0.064
#> GSM483476 3 0.6228 0.0367 0.004 0.372 0.624
#> GSM483477 3 0.9355 0.4980 0.340 0.180 0.480
#> GSM483300 3 0.8849 0.4565 0.292 0.152 0.556
#> GSM483308 2 0.5423 0.7915 0.084 0.820 0.096
#> GSM483310 2 0.1411 0.7916 0.000 0.964 0.036
#> GSM483311 2 0.1411 0.7916 0.000 0.964 0.036
#> GSM483323 1 0.0747 0.8318 0.984 0.000 0.016
#> GSM483338 3 0.6386 -0.0469 0.004 0.412 0.584
#> GSM483353 1 0.2636 0.8429 0.932 0.020 0.048
#> GSM483361 1 0.3272 0.8368 0.892 0.004 0.104
#> GSM483363 3 0.7564 0.4391 0.096 0.232 0.672
#> GSM483364 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.4411 0.7937 0.844 0.016 0.140
#> GSM483368 3 0.6159 0.3799 0.048 0.196 0.756
#> GSM483371 1 0.4779 0.8070 0.840 0.036 0.124
#> GSM483372 3 0.6180 -0.0574 0.000 0.416 0.584
#> GSM483373 3 0.7671 0.2703 0.380 0.052 0.568
#> GSM483374 3 0.7479 0.3896 0.076 0.264 0.660
#> GSM483379 1 0.0424 0.8325 0.992 0.000 0.008
#> GSM483380 2 0.6291 0.4025 0.000 0.532 0.468
#> GSM483381 1 0.4848 0.8002 0.836 0.036 0.128
#> GSM483389 3 0.8228 0.2121 0.412 0.076 0.512
#> GSM483404 1 0.4848 0.7985 0.836 0.036 0.128
#> GSM483405 1 0.0237 0.8323 0.996 0.000 0.004
#> GSM483410 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.8228 0.1944 0.512 0.076 0.412
#> GSM483413 1 0.8103 0.5122 0.632 0.120 0.248
#> GSM483416 1 0.5067 0.8049 0.832 0.052 0.116
#> GSM483417 1 0.0237 0.8323 0.996 0.000 0.004
#> GSM483419 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.6372 0.7390 0.764 0.084 0.152
#> GSM483433 3 0.8132 0.1259 0.444 0.068 0.488
#> GSM483434 1 0.2448 0.8259 0.924 0.000 0.076
#> GSM483445 3 0.6654 0.1409 0.456 0.008 0.536
#> GSM483459 1 0.1289 0.8374 0.968 0.000 0.032
#> GSM483465 1 0.3983 0.8060 0.852 0.004 0.144
#> GSM483470 3 0.9718 0.4439 0.260 0.288 0.452
#> GSM483473 1 0.4848 0.7978 0.836 0.036 0.128
#> GSM483478 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2031 0.7919 0.016 0.952 0.032
#> GSM483315 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.6813 0.0637 0.468 0.012 0.520
#> GSM483325 3 0.6647 0.1509 0.452 0.008 0.540
#> GSM483329 1 0.7268 0.0658 0.524 0.028 0.448
#> GSM483331 1 0.6799 0.0890 0.532 0.012 0.456
#> GSM483334 1 0.0424 0.8334 0.992 0.000 0.008
#> GSM483341 1 0.6518 -0.0699 0.512 0.004 0.484
#> GSM483343 3 0.7770 0.4940 0.292 0.080 0.628
#> GSM483344 3 0.9175 0.4643 0.216 0.244 0.540
#> GSM483347 3 0.6393 0.5463 0.120 0.112 0.768
#> GSM483348 1 0.0237 0.8323 0.996 0.000 0.004
#> GSM483349 1 0.1643 0.8370 0.956 0.000 0.044
#> GSM483350 1 0.1643 0.8370 0.956 0.000 0.044
#> GSM483356 1 0.2866 0.8226 0.916 0.008 0.076
#> GSM483362 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0237 0.8323 0.996 0.000 0.004
#> GSM483367 1 0.0592 0.8332 0.988 0.000 0.012
#> GSM483369 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.3272 0.8368 0.892 0.004 0.104
#> GSM483376 1 0.7824 0.1565 0.504 0.052 0.444
#> GSM483377 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0424 0.8344 0.992 0.000 0.008
#> GSM483402 3 0.8742 0.4386 0.308 0.136 0.556
#> GSM483403 1 0.8058 0.5453 0.640 0.124 0.236
#> GSM483406 1 0.0892 0.8377 0.980 0.000 0.020
#> GSM483407 1 0.8129 0.5341 0.632 0.124 0.244
#> GSM483408 3 0.7634 0.1077 0.432 0.044 0.524
#> GSM483414 1 0.3112 0.8373 0.900 0.004 0.096
#> GSM483415 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.4779 0.8070 0.840 0.036 0.124
#> GSM483437 1 0.5363 0.5235 0.724 0.000 0.276
#> GSM483439 1 0.3272 0.8368 0.892 0.004 0.104
#> GSM483440 1 0.0000 0.8315 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.5363 0.5235 0.724 0.000 0.276
#> GSM483449 1 0.3910 0.8249 0.876 0.020 0.104
#> GSM483454 1 0.4136 0.8233 0.864 0.020 0.116
#> GSM483456 2 0.4702 0.6648 0.000 0.788 0.212
#> GSM483460 1 0.3325 0.8335 0.904 0.020 0.076
#> GSM483463 3 0.6393 0.3558 0.048 0.216 0.736
#> GSM483471 1 0.0424 0.8344 0.992 0.000 0.008
#> GSM483297 2 0.5449 0.8048 0.068 0.816 0.116
#> GSM483298 2 0.4723 0.8151 0.016 0.824 0.160
#> GSM483299 2 0.5481 0.8020 0.076 0.816 0.108
#> GSM483306 2 0.4514 0.8155 0.012 0.832 0.156
#> GSM483309 2 0.5423 0.7915 0.084 0.820 0.096
#> GSM483314 3 0.5486 0.5352 0.196 0.024 0.780
#> GSM483316 3 0.6633 0.2059 0.444 0.008 0.548
#> GSM483321 3 0.8950 0.5326 0.272 0.172 0.556
#> GSM483324 3 0.6771 0.4869 0.276 0.040 0.684
#> GSM483326 3 0.7102 0.0712 0.024 0.420 0.556
#> GSM483335 3 0.6999 0.4879 0.268 0.052 0.680
#> GSM483340 2 0.6654 0.4519 0.008 0.536 0.456
#> GSM483342 2 0.8332 0.4517 0.104 0.580 0.316
#> GSM483345 2 0.5346 0.8163 0.040 0.808 0.152
#> GSM483346 2 0.5346 0.8163 0.040 0.808 0.152
#> GSM483355 2 0.5407 0.8027 0.076 0.820 0.104
#> GSM483357 2 0.5235 0.8170 0.036 0.812 0.152
#> GSM483359 3 0.9394 0.4638 0.268 0.224 0.508
#> GSM483360 2 0.6280 0.4477 0.000 0.540 0.460
#> GSM483382 3 0.7271 0.1532 0.040 0.352 0.608
#> GSM483383 2 0.4934 0.8187 0.024 0.820 0.156
#> GSM483387 1 0.7747 0.2913 0.544 0.052 0.404
#> GSM483392 3 0.6523 0.3488 0.048 0.228 0.724
#> GSM483393 3 0.9565 0.4419 0.228 0.296 0.476
#> GSM483394 2 0.4934 0.8187 0.024 0.820 0.156
#> GSM483395 3 0.8841 0.3953 0.136 0.328 0.536
#> GSM483397 3 0.7824 0.0498 0.444 0.052 0.504
#> GSM483398 3 0.7479 0.3890 0.076 0.264 0.660
#> GSM483409 1 0.3193 0.8336 0.896 0.004 0.100
#> GSM483422 2 0.2031 0.7919 0.016 0.952 0.032
#> GSM483423 3 0.9412 0.4652 0.248 0.244 0.508
#> GSM483425 1 0.7884 0.5689 0.656 0.120 0.224
#> GSM483429 3 0.6192 -0.0558 0.000 0.420 0.580
#> GSM483430 3 0.6192 -0.0558 0.000 0.420 0.580
#> GSM483432 3 0.8939 0.3853 0.140 0.340 0.520
#> GSM483435 3 0.6154 -0.0423 0.000 0.408 0.592
#> GSM483438 2 0.4934 0.8187 0.024 0.820 0.156
#> GSM483441 3 0.8939 0.3853 0.140 0.340 0.520
#> GSM483451 3 0.8924 0.3906 0.140 0.336 0.524
#> GSM483452 1 0.2165 0.8420 0.936 0.000 0.064
#> GSM483453 3 0.8117 0.2616 0.076 0.372 0.552
#> GSM483457 3 0.9017 0.3629 0.212 0.228 0.560
#> GSM483467 3 0.8117 0.2616 0.076 0.372 0.552
#> GSM483469 3 0.8857 0.3813 0.132 0.344 0.524
#> GSM483472 3 0.9199 0.4103 0.168 0.328 0.504
#> GSM483474 1 0.4326 0.7996 0.844 0.012 0.144
#> GSM483475 3 0.6228 0.0367 0.004 0.372 0.624
#> GSM483479 1 0.4136 0.8214 0.864 0.020 0.116
#> GSM483480 3 0.5407 0.5412 0.104 0.076 0.820
#> GSM483481 3 0.5407 0.5412 0.104 0.076 0.820
#> GSM483482 3 0.5407 0.5412 0.104 0.076 0.820
#> GSM483483 3 0.7693 0.4553 0.364 0.056 0.580
#> GSM483484 3 0.7693 0.4553 0.364 0.056 0.580
#> GSM483485 3 0.6543 0.4923 0.076 0.176 0.748
#> GSM483486 3 0.4663 0.5592 0.156 0.016 0.828
#> GSM483487 1 0.3500 0.8285 0.880 0.004 0.116
#> GSM483488 1 0.3500 0.8285 0.880 0.004 0.116
#> GSM483489 1 0.3500 0.8285 0.880 0.004 0.116
#> GSM483490 3 0.4551 0.5521 0.132 0.024 0.844
#> GSM483491 1 0.6264 0.3685 0.616 0.004 0.380
#> GSM483492 1 0.3045 0.8407 0.916 0.020 0.064
#> GSM483493 1 0.2400 0.8406 0.932 0.004 0.064
#> GSM483494 1 0.3181 0.8403 0.912 0.024 0.064
#> GSM483495 1 0.3181 0.8403 0.912 0.024 0.064
#> GSM483496 1 0.2400 0.8406 0.932 0.004 0.064
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.2345 0.80264 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM483302 1 0.2281 0.80245 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM483303 1 0.7606 0.50837 0.620 0.120 0.188 0.072
#> GSM483305 2 0.4428 0.60010 0.064 0.816 0.116 0.004
#> GSM483307 2 0.5281 0.74065 0.004 0.728 0.048 0.220
#> GSM483312 2 0.1004 0.69647 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM483313 3 0.6530 0.37391 0.052 0.052 0.676 0.220
#> GSM483317 3 0.5576 0.52490 0.140 0.020 0.756 0.084
#> GSM483318 3 0.5834 0.53068 0.148 0.032 0.744 0.076
#> GSM483319 3 0.5576 0.52490 0.140 0.020 0.756 0.084
#> GSM483322 3 0.6356 0.52655 0.144 0.068 0.720 0.068
#> GSM483327 3 0.4507 0.32895 0.000 0.020 0.756 0.224
#> GSM483328 3 0.6530 0.37391 0.052 0.052 0.676 0.220
#> GSM483330 3 0.7291 0.53590 0.288 0.020 0.572 0.120
#> GSM483332 3 0.5827 0.00151 0.000 0.032 0.532 0.436
#> GSM483333 3 0.5590 0.54320 0.304 0.008 0.660 0.028
#> GSM483336 3 0.5258 0.54882 0.220 0.008 0.732 0.040
#> GSM483337 3 0.5176 0.35790 0.004 0.056 0.748 0.192
#> GSM483339 3 0.9602 0.32051 0.188 0.196 0.400 0.216
#> GSM483351 1 0.3447 0.78774 0.852 0.000 0.128 0.020
#> GSM483352 1 0.6032 0.68687 0.724 0.072 0.172 0.032
#> GSM483354 1 0.4493 0.77776 0.816 0.028 0.132 0.024
#> GSM483358 4 0.2021 0.50851 0.000 0.056 0.012 0.932
#> GSM483384 3 0.9624 0.27586 0.300 0.128 0.328 0.244
#> GSM483386 3 0.9667 0.10438 0.148 0.236 0.360 0.256
#> GSM483388 4 0.8942 0.30965 0.088 0.176 0.292 0.444
#> GSM483390 1 0.2714 0.79692 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM483391 1 0.8190 0.24453 0.528 0.140 0.272 0.060
#> GSM483396 1 0.6846 0.42833 0.604 0.040 0.304 0.052
#> GSM483399 4 0.3995 0.56428 0.004 0.024 0.148 0.824
#> GSM483400 1 0.0921 0.79643 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483401 2 0.5645 0.35025 0.000 0.604 0.032 0.364
#> GSM483412 1 0.3350 0.79487 0.864 0.016 0.116 0.004
#> GSM483418 4 0.3306 0.55650 0.000 0.004 0.156 0.840
#> GSM483420 4 0.3626 0.54372 0.000 0.004 0.184 0.812
#> GSM483421 4 0.2282 0.55964 0.000 0.024 0.052 0.924
#> GSM483426 3 0.8864 0.40217 0.212 0.080 0.468 0.240
#> GSM483428 2 0.0469 0.69334 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483431 1 0.8701 -0.16489 0.412 0.236 0.308 0.044
#> GSM483436 1 0.6032 0.68687 0.724 0.072 0.172 0.032
#> GSM483442 1 0.2654 0.79912 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM483443 1 0.4215 0.77354 0.820 0.024 0.144 0.012
#> GSM483444 1 0.3497 0.79049 0.852 0.000 0.124 0.024
#> GSM483447 1 0.2334 0.80848 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM483448 3 0.8829 0.37292 0.360 0.092 0.412 0.136
#> GSM483450 1 0.4224 0.76545 0.812 0.000 0.144 0.044
#> GSM483455 4 0.8150 0.28148 0.064 0.104 0.348 0.484
#> GSM483458 1 0.3573 0.78800 0.848 0.004 0.132 0.016
#> GSM483461 4 0.5608 0.46140 0.016 0.020 0.300 0.664
#> GSM483462 1 0.6620 0.27681 0.576 0.000 0.320 0.104
#> GSM483464 1 0.2281 0.80280 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM483466 4 0.9289 0.30617 0.108 0.224 0.252 0.416
#> GSM483468 1 0.3408 0.79405 0.860 0.016 0.120 0.004
#> GSM483476 4 0.3995 0.56428 0.004 0.024 0.148 0.824
#> GSM483477 3 0.9644 0.27553 0.292 0.132 0.332 0.244
#> GSM483300 3 0.8606 0.48476 0.212 0.196 0.512 0.080
#> GSM483308 2 0.5658 0.74122 0.056 0.744 0.028 0.172
#> GSM483310 2 0.1004 0.69647 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM483311 2 0.1004 0.69647 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM483323 1 0.1118 0.79366 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM483338 4 0.1854 0.54932 0.000 0.012 0.048 0.940
#> GSM483353 1 0.2853 0.80658 0.900 0.016 0.076 0.008
#> GSM483361 1 0.3182 0.79464 0.860 0.004 0.132 0.004
#> GSM483363 4 0.8087 0.40440 0.064 0.120 0.280 0.536
#> GSM483364 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483366 1 0.4140 0.74001 0.812 0.024 0.160 0.004
#> GSM483368 4 0.5065 0.49504 0.016 0.008 0.268 0.708
#> GSM483371 1 0.4696 0.76217 0.808 0.052 0.124 0.016
#> GSM483372 4 0.2399 0.55737 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM483373 3 0.8674 0.33781 0.296 0.036 0.392 0.276
#> GSM483374 4 0.7664 0.47755 0.056 0.116 0.236 0.592
#> GSM483379 1 0.1209 0.79742 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM483380 4 0.4842 0.35715 0.000 0.192 0.048 0.760
#> GSM483381 1 0.4823 0.73294 0.776 0.032 0.180 0.012
#> GSM483389 3 0.8888 0.42895 0.336 0.084 0.420 0.160
#> GSM483404 1 0.4698 0.73469 0.780 0.032 0.180 0.008
#> GSM483405 1 0.0707 0.79594 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483410 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483411 3 0.8355 0.19679 0.404 0.088 0.420 0.088
#> GSM483413 1 0.7706 0.35629 0.576 0.132 0.248 0.044
#> GSM483416 1 0.4805 0.74589 0.780 0.052 0.164 0.004
#> GSM483417 1 0.0707 0.79594 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483419 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483427 1 0.6225 0.67927 0.720 0.076 0.160 0.044
#> GSM483433 3 0.8715 0.37336 0.368 0.076 0.412 0.144
#> GSM483434 1 0.2805 0.77105 0.888 0.000 0.100 0.012
#> GSM483445 3 0.5590 0.54320 0.304 0.008 0.660 0.028
#> GSM483459 1 0.1716 0.79612 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM483465 1 0.4206 0.76987 0.816 0.000 0.136 0.048
#> GSM483470 4 0.9875 -0.01013 0.212 0.200 0.272 0.316
#> GSM483473 1 0.4655 0.73869 0.784 0.032 0.176 0.008
#> GSM483478 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483304 2 0.0469 0.69334 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483315 1 0.0707 0.79564 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483320 3 0.4304 0.53445 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM483325 3 0.5544 0.54462 0.296 0.008 0.668 0.028
#> GSM483329 1 0.7656 -0.12137 0.492 0.036 0.376 0.096
#> GSM483331 1 0.7255 -0.10842 0.500 0.020 0.392 0.088
#> GSM483334 1 0.0921 0.79643 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483341 1 0.7279 -0.29402 0.464 0.012 0.420 0.104
#> GSM483343 3 0.8587 0.44908 0.224 0.084 0.516 0.176
#> GSM483344 3 0.9468 0.29689 0.160 0.200 0.420 0.220
#> GSM483347 3 0.7019 0.26571 0.044 0.060 0.600 0.296
#> GSM483348 1 0.0707 0.79594 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483349 1 0.1677 0.79799 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483350 1 0.1677 0.79799 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483356 1 0.3344 0.77822 0.876 0.008 0.092 0.024
#> GSM483362 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483365 1 0.0707 0.79594 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483367 1 0.1305 0.79793 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483369 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483370 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483375 1 0.3236 0.79309 0.856 0.004 0.136 0.004
#> GSM483376 3 0.7834 0.26475 0.384 0.040 0.472 0.104
#> GSM483377 1 0.0817 0.79510 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483378 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483385 1 0.0707 0.79925 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483402 3 0.8526 0.49981 0.228 0.172 0.520 0.080
#> GSM483403 1 0.7562 0.34112 0.560 0.164 0.256 0.020
#> GSM483406 1 0.1042 0.80120 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM483407 1 0.7562 0.32743 0.560 0.164 0.256 0.020
#> GSM483408 3 0.7852 0.31201 0.360 0.000 0.372 0.268
#> GSM483414 1 0.3253 0.79997 0.876 0.008 0.100 0.016
#> GSM483415 1 0.0817 0.79510 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483424 1 0.4696 0.76217 0.808 0.052 0.124 0.016
#> GSM483437 1 0.5759 0.47731 0.708 0.000 0.180 0.112
#> GSM483439 1 0.3236 0.79309 0.856 0.004 0.136 0.004
#> GSM483440 1 0.0592 0.79529 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483446 1 0.5759 0.47731 0.708 0.000 0.180 0.112
#> GSM483449 1 0.3647 0.77615 0.832 0.016 0.152 0.000
#> GSM483454 1 0.3878 0.77479 0.824 0.016 0.156 0.004
#> GSM483456 4 0.5691 -0.17602 0.000 0.468 0.024 0.508
#> GSM483460 1 0.3280 0.78854 0.860 0.016 0.124 0.000
#> GSM483463 4 0.4917 0.51255 0.016 0.008 0.248 0.728
#> GSM483471 1 0.0592 0.79907 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483297 2 0.5857 0.74669 0.044 0.732 0.044 0.180
#> GSM483298 2 0.5398 0.73794 0.004 0.724 0.056 0.216
#> GSM483299 2 0.5854 0.74514 0.048 0.732 0.040 0.180
#> GSM483306 2 0.5327 0.73869 0.000 0.720 0.060 0.220
#> GSM483309 2 0.5658 0.74122 0.056 0.744 0.028 0.172
#> GSM483314 3 0.5763 0.41656 0.096 0.000 0.700 0.204
#> GSM483316 3 0.6657 0.54633 0.308 0.016 0.604 0.072
#> GSM483321 3 0.9156 0.26949 0.180 0.116 0.444 0.260
#> GSM483324 3 0.6378 0.50128 0.152 0.020 0.696 0.132
#> GSM483326 2 0.7969 -0.04787 0.004 0.384 0.360 0.252
#> GSM483335 3 0.6684 0.52176 0.148 0.056 0.696 0.100
#> GSM483340 4 0.6095 0.28012 0.000 0.224 0.108 0.668
#> GSM483342 2 0.7960 0.37209 0.016 0.468 0.324 0.192
#> GSM483345 2 0.6117 0.73834 0.004 0.688 0.120 0.188
#> GSM483346 2 0.6117 0.73834 0.004 0.688 0.120 0.188
#> GSM483355 2 0.5813 0.74655 0.048 0.736 0.040 0.176
#> GSM483357 2 0.5934 0.73917 0.012 0.704 0.076 0.208
#> GSM483359 3 0.9725 0.32761 0.224 0.188 0.372 0.216
#> GSM483360 4 0.5723 0.29819 0.000 0.220 0.084 0.696
#> GSM483382 4 0.6156 0.56838 0.036 0.104 0.132 0.728
#> GSM483383 2 0.5643 0.74221 0.004 0.712 0.072 0.212
#> GSM483387 1 0.8073 -0.01087 0.476 0.036 0.344 0.144
#> GSM483392 4 0.4788 0.51453 0.016 0.008 0.232 0.744
#> GSM483393 4 0.9749 0.10674 0.192 0.204 0.240 0.364
#> GSM483394 2 0.5607 0.74309 0.004 0.716 0.072 0.208
#> GSM483395 4 0.9262 0.32239 0.112 0.220 0.240 0.428
#> GSM483397 3 0.8480 0.34307 0.360 0.036 0.404 0.200
#> GSM483398 4 0.7552 0.48765 0.056 0.116 0.220 0.608
#> GSM483409 1 0.3554 0.78633 0.844 0.000 0.136 0.020
#> GSM483422 2 0.0804 0.69158 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM483423 3 0.9683 0.31458 0.200 0.200 0.384 0.216
#> GSM483425 1 0.7720 0.48088 0.608 0.104 0.204 0.084
#> GSM483429 4 0.2021 0.55365 0.000 0.024 0.040 0.936
#> GSM483430 4 0.2021 0.55365 0.000 0.024 0.040 0.936
#> GSM483432 4 0.9332 0.30248 0.112 0.232 0.244 0.412
#> GSM483435 4 0.2282 0.56003 0.000 0.024 0.052 0.924
#> GSM483438 2 0.5643 0.74221 0.004 0.712 0.072 0.212
#> GSM483441 4 0.9306 0.30231 0.108 0.228 0.252 0.412
#> GSM483451 4 0.9289 0.30617 0.108 0.224 0.252 0.416
#> GSM483452 1 0.2011 0.80362 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM483453 4 0.8206 0.46798 0.064 0.196 0.188 0.552
#> GSM483457 4 0.7270 0.18068 0.140 0.008 0.308 0.544
#> GSM483467 4 0.8206 0.46798 0.064 0.196 0.188 0.552
#> GSM483469 4 0.9226 0.31301 0.100 0.228 0.252 0.420
#> GSM483472 4 0.9431 0.24356 0.124 0.212 0.268 0.396
#> GSM483474 1 0.4728 0.75309 0.792 0.008 0.152 0.048
#> GSM483475 4 0.3995 0.56428 0.004 0.024 0.148 0.824
#> GSM483479 1 0.4165 0.77692 0.824 0.024 0.140 0.012
#> GSM483480 3 0.5363 0.34247 0.004 0.056 0.728 0.212
#> GSM483481 3 0.5363 0.34247 0.004 0.056 0.728 0.212
#> GSM483482 3 0.5363 0.34247 0.004 0.056 0.728 0.212
#> GSM483483 3 0.8509 0.42339 0.320 0.040 0.436 0.204
#> GSM483484 3 0.8509 0.42339 0.320 0.040 0.436 0.204
#> GSM483485 3 0.7332 0.09807 0.020 0.104 0.532 0.344
#> GSM483486 3 0.3355 0.38370 0.004 0.000 0.836 0.160
#> GSM483487 1 0.3806 0.77891 0.824 0.000 0.156 0.020
#> GSM483488 1 0.3806 0.77891 0.824 0.000 0.156 0.020
#> GSM483489 1 0.3806 0.77891 0.824 0.000 0.156 0.020
#> GSM483490 3 0.3945 0.35220 0.004 0.000 0.780 0.216
#> GSM483491 1 0.6491 0.15829 0.528 0.000 0.396 0.076
#> GSM483492 1 0.3292 0.79582 0.868 0.016 0.112 0.004
#> GSM483493 1 0.2714 0.79692 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM483494 1 0.3408 0.79405 0.860 0.016 0.120 0.004
#> GSM483495 1 0.3408 0.79405 0.860 0.016 0.120 0.004
#> GSM483496 1 0.2714 0.79692 0.884 0.000 0.112 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.275 0.7468 0.888 0.004 0.048 0.000 NA
#> GSM483302 1 0.261 0.7464 0.896 0.004 0.044 0.000 NA
#> GSM483303 1 0.740 0.5345 0.604 0.132 0.132 0.044 NA
#> GSM483305 2 0.486 0.5714 0.064 0.772 0.064 0.000 NA
#> GSM483307 2 0.444 0.7006 0.008 0.744 0.040 0.208 NA
#> GSM483312 2 0.223 0.6391 0.000 0.892 0.000 0.004 NA
#> GSM483313 3 0.575 0.4780 0.036 0.052 0.716 0.160 NA
#> GSM483317 3 0.541 0.5407 0.100 0.012 0.748 0.060 NA
#> GSM483318 3 0.537 0.5518 0.108 0.024 0.756 0.056 NA
#> GSM483319 3 0.541 0.5407 0.100 0.012 0.748 0.060 NA
#> GSM483322 3 0.600 0.5402 0.100 0.036 0.716 0.048 NA
#> GSM483327 3 0.482 0.4618 0.000 0.024 0.748 0.168 NA
#> GSM483328 3 0.575 0.4780 0.036 0.052 0.716 0.160 NA
#> GSM483330 3 0.728 0.5142 0.240 0.012 0.556 0.092 NA
#> GSM483332 3 0.575 0.2234 0.000 0.028 0.548 0.384 NA
#> GSM483333 3 0.551 0.5497 0.236 0.000 0.664 0.016 NA
#> GSM483336 3 0.491 0.5609 0.172 0.000 0.740 0.024 NA
#> GSM483337 3 0.430 0.4828 0.000 0.048 0.792 0.136 NA
#> GSM483339 3 0.915 0.3374 0.168 0.192 0.396 0.176 NA
#> GSM483351 1 0.379 0.7301 0.840 0.008 0.064 0.012 NA
#> GSM483352 1 0.606 0.6614 0.704 0.080 0.100 0.016 NA
#> GSM483354 1 0.463 0.7226 0.800 0.040 0.068 0.012 NA
#> GSM483358 4 0.304 0.5215 0.000 0.020 0.020 0.872 NA
#> GSM483384 1 0.981 -0.3772 0.280 0.136 0.224 0.164 NA
#> GSM483386 3 0.982 0.0663 0.124 0.220 0.260 0.172 NA
#> GSM483388 4 0.911 0.2679 0.064 0.180 0.232 0.384 NA
#> GSM483390 1 0.308 0.7370 0.872 0.008 0.060 0.000 NA
#> GSM483391 1 0.850 0.3078 0.472 0.148 0.168 0.040 NA
#> GSM483396 1 0.720 0.4971 0.596 0.040 0.208 0.064 NA
#> GSM483399 4 0.480 0.5160 0.004 0.020 0.116 0.768 NA
#> GSM483400 1 0.214 0.7377 0.912 0.000 0.020 0.000 NA
#> GSM483401 2 0.684 0.2351 0.000 0.480 0.016 0.308 NA
#> GSM483412 1 0.361 0.7347 0.848 0.024 0.064 0.000 NA
#> GSM483418 4 0.334 0.5306 0.000 0.000 0.124 0.836 NA
#> GSM483420 4 0.368 0.5170 0.000 0.000 0.148 0.808 NA
#> GSM483421 4 0.155 0.5658 0.000 0.000 0.040 0.944 NA
#> GSM483426 3 0.928 0.2983 0.164 0.076 0.376 0.180 NA
#> GSM483428 2 0.218 0.6375 0.000 0.888 0.000 0.000 NA
#> GSM483431 1 0.874 -0.0230 0.360 0.156 0.192 0.020 NA
#> GSM483436 1 0.606 0.6614 0.704 0.080 0.100 0.016 NA
#> GSM483442 1 0.301 0.7392 0.876 0.008 0.052 0.000 NA
#> GSM483443 1 0.445 0.7298 0.796 0.024 0.068 0.004 NA
#> GSM483444 1 0.383 0.7380 0.836 0.004 0.072 0.016 NA
#> GSM483447 1 0.288 0.7523 0.880 0.000 0.048 0.004 NA
#> GSM483448 1 0.902 -0.1643 0.340 0.096 0.316 0.072 NA
#> GSM483450 1 0.451 0.7133 0.800 0.008 0.092 0.028 NA
#> GSM483455 4 0.814 0.3214 0.048 0.100 0.292 0.468 NA
#> GSM483458 1 0.385 0.7303 0.836 0.012 0.064 0.008 NA
#> GSM483461 4 0.576 0.4713 0.004 0.012 0.192 0.664 NA
#> GSM483462 1 0.672 0.1756 0.440 0.008 0.092 0.028 NA
#> GSM483464 1 0.261 0.7473 0.896 0.004 0.048 0.000 NA
#> GSM483466 4 0.887 0.3531 0.096 0.244 0.192 0.404 NA
#> GSM483468 1 0.367 0.7338 0.844 0.024 0.068 0.000 NA
#> GSM483476 4 0.480 0.5160 0.004 0.020 0.116 0.768 NA
#> GSM483477 1 0.982 -0.3883 0.272 0.136 0.228 0.164 NA
#> GSM483300 3 0.860 0.4465 0.144 0.124 0.456 0.052 NA
#> GSM483308 2 0.533 0.7042 0.048 0.736 0.024 0.164 NA
#> GSM483310 2 0.223 0.6391 0.000 0.892 0.000 0.004 NA
#> GSM483311 2 0.223 0.6391 0.000 0.892 0.000 0.004 NA
#> GSM483323 1 0.236 0.7316 0.892 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM483338 4 0.269 0.5475 0.000 0.004 0.032 0.888 NA
#> GSM483353 1 0.320 0.7541 0.876 0.020 0.052 0.004 NA
#> GSM483361 1 0.361 0.7421 0.848 0.012 0.064 0.004 NA
#> GSM483363 4 0.808 0.4237 0.052 0.128 0.212 0.520 NA
#> GSM483364 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483366 1 0.470 0.6949 0.760 0.016 0.080 0.000 NA
#> GSM483368 4 0.523 0.5008 0.004 0.004 0.156 0.708 NA
#> GSM483371 1 0.449 0.7231 0.808 0.048 0.068 0.008 NA
#> GSM483372 4 0.179 0.5613 0.000 0.016 0.032 0.940 NA
#> GSM483373 1 0.919 -0.2713 0.276 0.036 0.252 0.256 NA
#> GSM483374 4 0.752 0.4865 0.048 0.124 0.172 0.584 NA
#> GSM483379 1 0.223 0.7406 0.904 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM483380 4 0.539 0.3822 0.000 0.184 0.040 0.708 NA
#> GSM483381 1 0.526 0.7009 0.756 0.044 0.096 0.012 NA
#> GSM483389 3 0.932 0.2891 0.284 0.084 0.312 0.112 NA
#> GSM483404 1 0.515 0.7016 0.760 0.044 0.096 0.008 NA
#> GSM483405 1 0.194 0.7377 0.920 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM483410 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483411 1 0.853 -0.0631 0.348 0.052 0.240 0.048 NA
#> GSM483413 1 0.808 0.3760 0.520 0.132 0.152 0.032 NA
#> GSM483416 1 0.508 0.7059 0.764 0.064 0.096 0.004 NA
#> GSM483417 1 0.194 0.7377 0.920 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM483419 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483427 1 0.618 0.6615 0.704 0.084 0.096 0.028 NA
#> GSM483433 1 0.923 -0.2653 0.308 0.080 0.300 0.100 NA
#> GSM483434 1 0.370 0.7065 0.820 0.000 0.096 0.000 NA
#> GSM483445 3 0.551 0.5497 0.236 0.000 0.664 0.016 NA
#> GSM483459 1 0.292 0.7344 0.872 0.000 0.056 0.000 NA
#> GSM483465 1 0.438 0.7218 0.808 0.008 0.096 0.028 NA
#> GSM483470 4 0.963 0.1393 0.192 0.204 0.212 0.300 NA
#> GSM483473 1 0.510 0.7045 0.764 0.044 0.096 0.008 NA
#> GSM483478 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483304 2 0.223 0.6361 0.000 0.884 0.000 0.000 NA
#> GSM483315 1 0.198 0.7379 0.920 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM483320 3 0.513 0.5326 0.220 0.000 0.680 0.000 NA
#> GSM483325 3 0.548 0.5520 0.224 0.000 0.672 0.016 NA
#> GSM483329 1 0.824 -0.0348 0.436 0.032 0.272 0.068 NA
#> GSM483331 1 0.788 -0.0169 0.448 0.020 0.304 0.060 NA
#> GSM483334 1 0.214 0.7386 0.912 0.000 0.020 0.000 NA
#> GSM483341 1 0.747 -0.2362 0.400 0.012 0.396 0.040 NA
#> GSM483343 3 0.901 0.3624 0.180 0.084 0.424 0.116 NA
#> GSM483344 3 0.913 0.3070 0.140 0.212 0.400 0.172 NA
#> GSM483347 3 0.756 0.3110 0.028 0.048 0.532 0.224 NA
#> GSM483348 1 0.201 0.7368 0.916 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM483349 1 0.245 0.7421 0.896 0.000 0.028 0.000 NA
#> GSM483350 1 0.245 0.7421 0.896 0.000 0.028 0.000 NA
#> GSM483356 1 0.394 0.7230 0.820 0.008 0.064 0.004 NA
#> GSM483362 1 0.176 0.7391 0.928 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483365 1 0.201 0.7368 0.916 0.000 0.012 0.000 NA
#> GSM483367 1 0.227 0.7402 0.904 0.000 0.020 0.000 NA
#> GSM483369 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483370 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483375 1 0.367 0.7410 0.844 0.012 0.068 0.004 NA
#> GSM483376 1 0.874 -0.1044 0.340 0.040 0.296 0.084 NA
#> GSM483377 1 0.211 0.7384 0.912 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM483378 1 0.170 0.7391 0.932 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483385 1 0.148 0.7444 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM483402 3 0.854 0.4570 0.160 0.108 0.464 0.052 NA
#> GSM483403 1 0.779 0.3538 0.500 0.100 0.144 0.012 NA
#> GSM483406 1 0.204 0.7461 0.920 0.000 0.012 0.004 NA
#> GSM483407 1 0.778 0.3462 0.504 0.100 0.148 0.012 NA
#> GSM483408 1 0.864 -0.1402 0.324 0.004 0.200 0.244 NA
#> GSM483414 1 0.375 0.7494 0.836 0.004 0.052 0.012 NA
#> GSM483415 1 0.211 0.7384 0.912 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM483424 1 0.449 0.7231 0.808 0.048 0.068 0.008 NA
#> GSM483437 1 0.604 0.4866 0.652 0.000 0.124 0.036 NA
#> GSM483439 1 0.361 0.7410 0.848 0.012 0.068 0.004 NA
#> GSM483440 1 0.176 0.7391 0.928 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483446 1 0.604 0.4866 0.652 0.000 0.124 0.036 NA
#> GSM483449 1 0.425 0.7298 0.812 0.024 0.076 0.004 NA
#> GSM483454 1 0.449 0.7281 0.800 0.024 0.084 0.008 NA
#> GSM483456 4 0.676 -0.0574 0.000 0.352 0.012 0.456 NA
#> GSM483460 1 0.394 0.7361 0.832 0.024 0.056 0.004 NA
#> GSM483463 4 0.487 0.5126 0.004 0.000 0.140 0.732 NA
#> GSM483471 1 0.133 0.7450 0.952 0.000 0.008 0.000 NA
#> GSM483297 2 0.509 0.7082 0.036 0.736 0.032 0.184 NA
#> GSM483298 2 0.448 0.6924 0.004 0.732 0.044 0.220 NA
#> GSM483299 2 0.509 0.7074 0.040 0.736 0.028 0.184 NA
#> GSM483306 2 0.486 0.6937 0.004 0.724 0.040 0.216 NA
#> GSM483309 2 0.533 0.7042 0.048 0.736 0.024 0.164 NA
#> GSM483314 3 0.582 0.4669 0.060 0.000 0.684 0.176 NA
#> GSM483316 3 0.660 0.5413 0.248 0.008 0.600 0.048 NA
#> GSM483321 3 0.937 0.2303 0.148 0.108 0.384 0.176 NA
#> GSM483324 3 0.714 0.4632 0.112 0.016 0.608 0.128 NA
#> GSM483326 2 0.719 -0.0093 0.008 0.396 0.368 0.216 NA
#> GSM483335 3 0.631 0.5377 0.108 0.056 0.700 0.080 NA
#> GSM483340 4 0.651 0.2890 0.000 0.216 0.108 0.612 NA
#> GSM483342 2 0.719 0.4099 0.004 0.464 0.328 0.172 NA
#> GSM483345 2 0.583 0.6933 0.004 0.676 0.108 0.184 NA
#> GSM483346 2 0.583 0.6933 0.004 0.676 0.108 0.184 NA
#> GSM483355 2 0.505 0.7088 0.040 0.740 0.028 0.180 NA
#> GSM483357 2 0.520 0.6984 0.008 0.716 0.048 0.204 NA
#> GSM483359 3 0.939 0.3168 0.212 0.188 0.348 0.176 NA
#> GSM483360 4 0.620 0.3095 0.000 0.212 0.084 0.640 NA
#> GSM483382 4 0.567 0.5524 0.028 0.100 0.124 0.724 NA
#> GSM483383 2 0.470 0.6991 0.008 0.724 0.052 0.216 NA
#> GSM483387 1 0.849 0.2378 0.460 0.040 0.224 0.128 NA
#> GSM483392 4 0.486 0.5147 0.004 0.004 0.128 0.744 NA
#> GSM483393 4 0.935 0.2102 0.176 0.216 0.184 0.352 NA
#> GSM483394 2 0.467 0.7003 0.008 0.728 0.052 0.212 NA
#> GSM483395 4 0.884 0.3608 0.104 0.232 0.188 0.416 NA
#> GSM483397 1 0.907 -0.1324 0.336 0.036 0.256 0.180 NA
#> GSM483398 4 0.736 0.4995 0.048 0.120 0.156 0.604 NA
#> GSM483409 1 0.391 0.7295 0.832 0.008 0.064 0.012 NA
#> GSM483422 2 0.228 0.6366 0.000 0.880 0.000 0.000 NA
#> GSM483423 3 0.929 0.3039 0.184 0.208 0.368 0.168 NA
#> GSM483425 1 0.754 0.5144 0.592 0.116 0.152 0.052 NA
#> GSM483429 4 0.146 0.5597 0.000 0.004 0.028 0.952 NA
#> GSM483430 4 0.146 0.5597 0.000 0.004 0.028 0.952 NA
#> GSM483432 4 0.890 0.3477 0.100 0.248 0.188 0.400 NA
#> GSM483435 4 0.155 0.5632 0.000 0.000 0.040 0.944 NA
#> GSM483438 2 0.470 0.6991 0.008 0.724 0.052 0.216 NA
#> GSM483441 4 0.889 0.3495 0.096 0.248 0.192 0.400 NA
#> GSM483451 4 0.887 0.3531 0.096 0.244 0.192 0.404 NA
#> GSM483452 1 0.245 0.7491 0.900 0.000 0.044 0.000 NA
#> GSM483453 4 0.755 0.4739 0.056 0.196 0.164 0.552 NA
#> GSM483457 4 0.686 0.2349 0.052 0.004 0.084 0.476 NA
#> GSM483467 4 0.755 0.4739 0.056 0.196 0.164 0.552 NA
#> GSM483469 4 0.881 0.3570 0.088 0.248 0.192 0.408 NA
#> GSM483472 4 0.921 0.3057 0.104 0.220 0.208 0.376 NA
#> GSM483474 1 0.492 0.7043 0.780 0.020 0.100 0.028 NA
#> GSM483475 4 0.480 0.5160 0.004 0.020 0.116 0.768 NA
#> GSM483479 1 0.431 0.7329 0.808 0.024 0.080 0.004 NA
#> GSM483480 3 0.462 0.4714 0.000 0.052 0.768 0.152 NA
#> GSM483481 3 0.462 0.4714 0.000 0.052 0.768 0.152 NA
#> GSM483482 3 0.462 0.4714 0.000 0.052 0.768 0.152 NA
#> GSM483483 3 0.828 0.3949 0.300 0.052 0.436 0.152 NA
#> GSM483484 3 0.828 0.3949 0.300 0.052 0.436 0.152 NA
#> GSM483485 3 0.722 0.2381 0.016 0.100 0.528 0.296 NA
#> GSM483486 3 0.378 0.4895 0.000 0.004 0.820 0.108 NA
#> GSM483487 1 0.420 0.7250 0.812 0.008 0.088 0.012 NA
#> GSM483488 1 0.420 0.7250 0.812 0.008 0.088 0.012 NA
#> GSM483489 1 0.420 0.7250 0.812 0.008 0.088 0.012 NA
#> GSM483490 3 0.421 0.4692 0.000 0.004 0.776 0.164 NA
#> GSM483491 1 0.678 0.2155 0.516 0.008 0.352 0.056 NA
#> GSM483492 1 0.355 0.7356 0.852 0.024 0.064 0.000 NA
#> GSM483493 1 0.308 0.7370 0.872 0.008 0.060 0.000 NA
#> GSM483494 1 0.367 0.7338 0.844 0.024 0.068 0.000 NA
#> GSM483495 1 0.367 0.7338 0.844 0.024 0.068 0.000 NA
#> GSM483496 1 0.308 0.7370 0.872 0.008 0.060 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.2833 0.68502 0.836 0.004 0.012 0.000 0.000 0.148
#> GSM483302 1 0.2815 0.68572 0.848 0.004 0.012 0.000 0.004 0.132
#> GSM483303 1 0.6818 0.35944 0.560 0.156 0.036 0.032 0.012 0.204
#> GSM483305 2 0.6391 0.03034 0.036 0.516 0.016 0.000 0.312 0.120
#> GSM483307 2 0.1752 0.42454 0.004 0.936 0.004 0.036 0.016 0.004
#> GSM483312 2 0.4025 0.01719 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416 0.000
#> GSM483313 3 0.5548 0.49196 0.032 0.100 0.712 0.088 0.004 0.064
#> GSM483317 3 0.5606 0.48582 0.080 0.032 0.720 0.032 0.032 0.104
#> GSM483318 3 0.5656 0.47743 0.080 0.060 0.716 0.028 0.020 0.096
#> GSM483319 3 0.5674 0.48442 0.080 0.036 0.716 0.032 0.032 0.104
#> GSM483322 3 0.5911 0.47811 0.080 0.032 0.700 0.024 0.068 0.096
#> GSM483327 3 0.4363 0.51435 0.000 0.040 0.788 0.104 0.032 0.036
#> GSM483328 3 0.5548 0.49196 0.032 0.100 0.712 0.088 0.004 0.064
#> GSM483330 3 0.7444 0.20748 0.204 0.048 0.512 0.040 0.024 0.172
#> GSM483332 3 0.6411 0.29029 0.000 0.032 0.536 0.308 0.048 0.076
#> GSM483333 3 0.5729 0.37835 0.192 0.020 0.648 0.004 0.020 0.116
#> GSM483336 3 0.5091 0.47086 0.136 0.016 0.736 0.016 0.028 0.068
#> GSM483337 3 0.4195 0.51655 0.000 0.100 0.788 0.068 0.004 0.040
#> GSM483339 3 0.8241 0.11709 0.136 0.308 0.348 0.052 0.008 0.148
#> GSM483351 1 0.3468 0.65179 0.784 0.008 0.012 0.004 0.000 0.192
#> GSM483352 1 0.5642 0.55251 0.652 0.104 0.016 0.012 0.012 0.204
#> GSM483354 1 0.4276 0.63954 0.748 0.044 0.012 0.004 0.004 0.188
#> GSM483358 4 0.4915 0.39482 0.000 0.096 0.028 0.744 0.104 0.028
#> GSM483384 6 0.8065 0.36334 0.232 0.240 0.144 0.020 0.008 0.356
#> GSM483386 6 0.8438 0.19152 0.084 0.300 0.172 0.024 0.068 0.352
#> GSM483388 2 0.8599 -0.14902 0.048 0.320 0.152 0.228 0.016 0.236
#> GSM483390 1 0.2958 0.66932 0.824 0.008 0.008 0.000 0.000 0.160
#> GSM483391 1 0.7892 -0.07522 0.412 0.176 0.060 0.020 0.044 0.288
#> GSM483396 1 0.7293 0.35765 0.584 0.080 0.108 0.032 0.060 0.136
#> GSM483399 4 0.6582 0.42824 0.004 0.184 0.072 0.568 0.008 0.164
#> GSM483400 1 0.2182 0.67465 0.900 0.000 0.020 0.000 0.004 0.076
#> GSM483401 5 0.6932 0.00000 0.000 0.204 0.008 0.340 0.400 0.048
#> GSM483412 1 0.3427 0.66512 0.804 0.032 0.008 0.000 0.000 0.156
#> GSM483418 4 0.5575 0.50393 0.000 0.108 0.104 0.700 0.036 0.052
#> GSM483420 4 0.5936 0.50304 0.000 0.108 0.116 0.672 0.044 0.060
#> GSM483421 4 0.3951 0.54307 0.000 0.136 0.032 0.792 0.004 0.036
#> GSM483426 6 0.8901 0.28376 0.120 0.108 0.252 0.140 0.032 0.348
#> GSM483428 2 0.4039 0.01698 0.000 0.568 0.000 0.000 0.424 0.008
#> GSM483431 1 0.8338 -0.40244 0.328 0.072 0.120 0.004 0.168 0.308
#> GSM483436 1 0.5642 0.55251 0.652 0.104 0.016 0.012 0.012 0.204
#> GSM483442 1 0.2848 0.67261 0.828 0.004 0.008 0.000 0.000 0.160
#> GSM483443 1 0.3892 0.65690 0.752 0.020 0.020 0.000 0.000 0.208
#> GSM483444 1 0.3723 0.66625 0.780 0.004 0.024 0.012 0.000 0.180
#> GSM483447 1 0.2856 0.69467 0.844 0.004 0.012 0.000 0.004 0.136
#> GSM483448 1 0.8228 -0.47660 0.320 0.128 0.188 0.020 0.024 0.320
#> GSM483450 1 0.4140 0.62235 0.744 0.008 0.020 0.020 0.000 0.208
#> GSM483455 4 0.8724 0.27811 0.032 0.260 0.204 0.312 0.040 0.152
#> GSM483458 1 0.3534 0.65374 0.784 0.012 0.012 0.004 0.000 0.188
#> GSM483461 4 0.7491 0.47026 0.004 0.136 0.112 0.540 0.104 0.104
#> GSM483462 6 0.6992 0.13764 0.404 0.008 0.056 0.036 0.080 0.416
#> GSM483464 1 0.2794 0.68693 0.840 0.004 0.012 0.000 0.000 0.144
#> GSM483466 2 0.7825 0.03700 0.068 0.432 0.092 0.252 0.000 0.156
#> GSM483468 1 0.3525 0.66365 0.800 0.032 0.012 0.000 0.000 0.156
#> GSM483476 4 0.6582 0.42824 0.004 0.184 0.072 0.568 0.008 0.164
#> GSM483477 6 0.8155 0.36146 0.228 0.240 0.148 0.020 0.012 0.352
#> GSM483300 3 0.8386 0.12524 0.084 0.044 0.372 0.036 0.188 0.276
#> GSM483308 2 0.2497 0.40737 0.032 0.896 0.000 0.000 0.040 0.032
#> GSM483310 2 0.4025 0.01719 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416 0.000
#> GSM483311 2 0.4025 0.01719 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416 0.000
#> GSM483323 1 0.2313 0.66313 0.884 0.000 0.012 0.000 0.004 0.100
#> GSM483338 4 0.4784 0.47164 0.000 0.108 0.036 0.760 0.060 0.036
#> GSM483353 1 0.3137 0.69570 0.860 0.036 0.020 0.000 0.008 0.076
#> GSM483361 1 0.3489 0.67840 0.808 0.016 0.020 0.000 0.004 0.152
#> GSM483363 4 0.8428 0.31855 0.032 0.284 0.136 0.356 0.032 0.160
#> GSM483364 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483366 1 0.4426 0.59384 0.724 0.008 0.028 0.000 0.024 0.216
#> GSM483368 4 0.7093 0.49174 0.004 0.120 0.096 0.584 0.100 0.096
#> GSM483371 1 0.3991 0.64526 0.772 0.064 0.012 0.000 0.000 0.152
#> GSM483372 4 0.3581 0.53350 0.000 0.188 0.024 0.780 0.004 0.004
#> GSM483373 1 0.9572 -0.38196 0.264 0.080 0.140 0.212 0.104 0.200
#> GSM483374 4 0.7999 0.40030 0.032 0.276 0.116 0.432 0.032 0.112
#> GSM483379 1 0.2253 0.68183 0.896 0.004 0.012 0.000 0.004 0.084
#> GSM483380 4 0.6399 0.22025 0.000 0.316 0.052 0.528 0.080 0.024
#> GSM483381 1 0.4908 0.62587 0.732 0.064 0.032 0.004 0.012 0.156
#> GSM483389 6 0.8669 0.42990 0.236 0.108 0.204 0.080 0.020 0.352
#> GSM483404 1 0.4818 0.62747 0.740 0.060 0.032 0.004 0.012 0.152
#> GSM483405 1 0.1946 0.67528 0.912 0.000 0.012 0.000 0.004 0.072
#> GSM483410 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483411 6 0.8289 0.26765 0.320 0.040 0.156 0.024 0.112 0.348
#> GSM483413 1 0.7564 0.02255 0.452 0.152 0.052 0.012 0.048 0.284
#> GSM483416 1 0.4745 0.63100 0.736 0.072 0.032 0.000 0.008 0.152
#> GSM483417 1 0.1946 0.67528 0.912 0.000 0.012 0.000 0.004 0.072
#> GSM483419 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483427 1 0.5741 0.55742 0.656 0.108 0.020 0.016 0.012 0.188
#> GSM483433 6 0.8568 0.43584 0.260 0.100 0.196 0.072 0.020 0.352
#> GSM483434 1 0.3468 0.62291 0.816 0.000 0.092 0.000 0.004 0.088
#> GSM483445 3 0.5729 0.37835 0.192 0.020 0.648 0.004 0.020 0.116
#> GSM483459 1 0.2814 0.66579 0.864 0.000 0.052 0.000 0.004 0.080
#> GSM483465 1 0.4272 0.63973 0.748 0.012 0.028 0.020 0.000 0.192
#> GSM483470 2 0.8736 -0.10528 0.156 0.364 0.108 0.156 0.012 0.204
#> GSM483473 1 0.4782 0.63312 0.744 0.060 0.032 0.004 0.012 0.148
#> GSM483478 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483304 2 0.4045 0.00753 0.000 0.564 0.000 0.000 0.428 0.008
#> GSM483315 1 0.2039 0.67642 0.908 0.000 0.016 0.000 0.004 0.072
#> GSM483320 3 0.5088 0.36499 0.184 0.000 0.684 0.000 0.032 0.100
#> GSM483325 3 0.5711 0.38914 0.184 0.020 0.652 0.004 0.020 0.120
#> GSM483329 1 0.7503 -0.40799 0.400 0.040 0.200 0.032 0.012 0.316
#> GSM483331 1 0.7290 -0.38967 0.408 0.024 0.248 0.032 0.008 0.280
#> GSM483334 1 0.2239 0.67659 0.900 0.000 0.020 0.000 0.008 0.072
#> GSM483341 1 0.6837 -0.41254 0.392 0.020 0.348 0.008 0.008 0.224
#> GSM483343 6 0.8518 0.26376 0.136 0.112 0.304 0.080 0.020 0.348
#> GSM483344 3 0.8097 0.08646 0.120 0.324 0.356 0.048 0.008 0.144
#> GSM483347 3 0.8322 0.19645 0.020 0.116 0.384 0.152 0.052 0.276
#> GSM483348 1 0.2002 0.67436 0.908 0.000 0.012 0.000 0.004 0.076
#> GSM483349 1 0.2417 0.67994 0.888 0.004 0.012 0.000 0.008 0.088
#> GSM483350 1 0.2417 0.67994 0.888 0.004 0.012 0.000 0.008 0.088
#> GSM483356 1 0.3726 0.63025 0.796 0.020 0.040 0.000 0.000 0.144
#> GSM483362 1 0.1931 0.68285 0.916 0.004 0.008 0.000 0.004 0.068
#> GSM483365 1 0.2002 0.67436 0.908 0.000 0.012 0.000 0.004 0.076
#> GSM483367 1 0.2257 0.67986 0.900 0.008 0.012 0.000 0.004 0.076
#> GSM483369 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483370 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483375 1 0.3569 0.67685 0.804 0.016 0.024 0.000 0.004 0.152
#> GSM483376 1 0.9013 -0.29534 0.324 0.080 0.188 0.048 0.108 0.252
#> GSM483377 1 0.2056 0.67537 0.904 0.000 0.012 0.000 0.004 0.080
#> GSM483378 1 0.1818 0.68206 0.920 0.004 0.004 0.000 0.004 0.068
#> GSM483385 1 0.1732 0.68988 0.920 0.004 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM483402 3 0.8255 0.13138 0.092 0.032 0.384 0.036 0.176 0.280
#> GSM483403 1 0.7469 -0.04051 0.428 0.028 0.068 0.004 0.184 0.288
#> GSM483406 1 0.1932 0.68991 0.912 0.004 0.004 0.000 0.004 0.076
#> GSM483407 1 0.7491 -0.05284 0.432 0.028 0.072 0.004 0.184 0.280
#> GSM483408 1 0.8946 -0.29352 0.312 0.020 0.112 0.216 0.116 0.224
#> GSM483414 1 0.3245 0.68583 0.820 0.004 0.016 0.004 0.004 0.152
#> GSM483415 1 0.2056 0.67537 0.904 0.000 0.012 0.000 0.004 0.080
#> GSM483424 1 0.3991 0.64526 0.772 0.064 0.012 0.000 0.000 0.152
#> GSM483437 1 0.4881 0.22706 0.640 0.000 0.088 0.000 0.004 0.268
#> GSM483439 1 0.3532 0.67716 0.808 0.016 0.024 0.000 0.004 0.148
#> GSM483440 1 0.1931 0.68285 0.916 0.004 0.008 0.000 0.004 0.068
#> GSM483446 1 0.4881 0.22706 0.640 0.000 0.088 0.000 0.004 0.268
#> GSM483449 1 0.4086 0.66491 0.788 0.048 0.020 0.000 0.012 0.132
#> GSM483454 1 0.4146 0.66218 0.780 0.048 0.024 0.000 0.008 0.140
#> GSM483456 4 0.6169 -0.72344 0.000 0.092 0.004 0.488 0.368 0.048
#> GSM483460 1 0.3656 0.67297 0.820 0.048 0.012 0.000 0.012 0.108
#> GSM483463 4 0.6769 0.50076 0.004 0.112 0.092 0.616 0.092 0.084
#> GSM483471 1 0.1152 0.68994 0.952 0.000 0.004 0.000 0.000 0.044
#> GSM483297 2 0.1346 0.43851 0.016 0.952 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM483298 2 0.0865 0.42902 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.1515 0.43626 0.020 0.944 0.000 0.008 0.000 0.028
#> GSM483306 2 0.1636 0.41999 0.000 0.936 0.004 0.036 0.024 0.000
#> GSM483309 2 0.2497 0.40737 0.032 0.896 0.000 0.000 0.040 0.032
#> GSM483314 3 0.5420 0.47137 0.040 0.000 0.704 0.136 0.032 0.088
#> GSM483316 3 0.6651 0.31474 0.204 0.036 0.580 0.020 0.020 0.140
#> GSM483321 3 0.8221 -0.11631 0.120 0.236 0.320 0.024 0.016 0.284
#> GSM483324 3 0.7662 0.37657 0.088 0.036 0.556 0.100 0.092 0.128
#> GSM483326 2 0.6280 -0.00833 0.000 0.512 0.336 0.100 0.016 0.036
#> GSM483335 3 0.6470 0.44706 0.080 0.076 0.656 0.056 0.020 0.112
#> GSM483340 4 0.7260 0.07297 0.000 0.340 0.112 0.424 0.096 0.028
#> GSM483342 2 0.4442 0.20199 0.000 0.652 0.308 0.004 0.004 0.032
#> GSM483345 2 0.2485 0.39760 0.000 0.884 0.088 0.004 0.020 0.004
#> GSM483346 2 0.2485 0.39760 0.000 0.884 0.088 0.004 0.020 0.004
#> GSM483355 2 0.1401 0.43463 0.020 0.948 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM483357 2 0.2055 0.43109 0.000 0.924 0.020 0.020 0.008 0.028
#> GSM483359 3 0.8362 -0.00931 0.180 0.304 0.304 0.052 0.004 0.156
#> GSM483360 4 0.7086 0.08970 0.000 0.332 0.096 0.452 0.092 0.028
#> GSM483382 4 0.6600 0.49680 0.020 0.252 0.084 0.560 0.004 0.080
#> GSM483383 2 0.1396 0.43240 0.000 0.952 0.012 0.024 0.008 0.004
#> GSM483387 1 0.8621 -0.01393 0.444 0.076 0.116 0.092 0.080 0.192
#> GSM483392 4 0.6690 0.49654 0.004 0.104 0.088 0.624 0.096 0.084
#> GSM483393 2 0.8630 -0.00866 0.136 0.352 0.092 0.224 0.008 0.188
#> GSM483394 2 0.1312 0.43327 0.000 0.956 0.012 0.020 0.008 0.004
#> GSM483395 2 0.8065 0.00410 0.080 0.408 0.092 0.268 0.004 0.148
#> GSM483397 1 0.9405 -0.30781 0.320 0.080 0.144 0.140 0.104 0.212
#> GSM483398 4 0.7831 0.42094 0.032 0.272 0.100 0.456 0.032 0.108
#> GSM483409 1 0.3530 0.65110 0.776 0.008 0.012 0.004 0.000 0.200
#> GSM483422 2 0.4057 0.00153 0.000 0.556 0.000 0.000 0.436 0.008
#> GSM483423 2 0.8239 -0.26748 0.156 0.320 0.316 0.048 0.004 0.156
#> GSM483425 1 0.6958 0.33156 0.548 0.152 0.048 0.036 0.008 0.208
#> GSM483429 4 0.3168 0.52340 0.000 0.120 0.024 0.840 0.008 0.008
#> GSM483430 4 0.3168 0.52340 0.000 0.120 0.024 0.840 0.008 0.008
#> GSM483432 2 0.7980 0.04164 0.072 0.428 0.092 0.248 0.004 0.156
#> GSM483435 4 0.3510 0.52354 0.000 0.120 0.032 0.824 0.016 0.008
#> GSM483438 2 0.1396 0.43240 0.000 0.952 0.012 0.024 0.008 0.004
#> GSM483441 2 0.7813 0.04354 0.068 0.436 0.092 0.248 0.000 0.156
#> GSM483451 2 0.7825 0.03700 0.068 0.432 0.092 0.252 0.000 0.156
#> GSM483452 1 0.2408 0.69453 0.876 0.004 0.012 0.000 0.000 0.108
#> GSM483453 4 0.7158 0.22768 0.032 0.384 0.084 0.400 0.000 0.100
#> GSM483457 4 0.6974 -0.16090 0.032 0.012 0.052 0.480 0.088 0.336
#> GSM483467 4 0.7158 0.22768 0.032 0.384 0.084 0.400 0.000 0.100
#> GSM483469 2 0.7752 0.03155 0.060 0.436 0.092 0.256 0.000 0.156
#> GSM483472 2 0.8311 0.04001 0.072 0.388 0.104 0.232 0.008 0.196
#> GSM483474 1 0.4560 0.60721 0.724 0.020 0.028 0.020 0.000 0.208
#> GSM483475 4 0.6582 0.42824 0.004 0.184 0.072 0.568 0.008 0.164
#> GSM483479 1 0.3953 0.66420 0.776 0.040 0.024 0.000 0.000 0.160
#> GSM483480 3 0.4526 0.50952 0.000 0.104 0.764 0.080 0.004 0.048
#> GSM483481 3 0.4526 0.50952 0.000 0.104 0.764 0.080 0.004 0.048
#> GSM483482 3 0.4526 0.50952 0.000 0.104 0.764 0.080 0.004 0.048
#> GSM483483 3 0.8207 -0.00703 0.260 0.088 0.384 0.084 0.004 0.180
#> GSM483484 3 0.8207 -0.00703 0.260 0.088 0.384 0.084 0.004 0.180
#> GSM483485 3 0.7846 0.29119 0.004 0.184 0.444 0.192 0.036 0.140
#> GSM483486 3 0.3339 0.52022 0.000 0.028 0.856 0.056 0.016 0.044
#> GSM483487 1 0.3939 0.64347 0.760 0.008 0.036 0.004 0.000 0.192
#> GSM483488 1 0.3939 0.64347 0.760 0.008 0.036 0.004 0.000 0.192
#> GSM483489 1 0.3939 0.64347 0.760 0.008 0.036 0.004 0.000 0.192
#> GSM483490 3 0.4199 0.51734 0.000 0.028 0.796 0.104 0.024 0.048
#> GSM483491 1 0.6656 -0.01217 0.472 0.012 0.308 0.036 0.000 0.172
#> GSM483492 1 0.3390 0.66650 0.808 0.032 0.008 0.000 0.000 0.152
#> GSM483493 1 0.2958 0.66932 0.824 0.008 0.008 0.000 0.000 0.160
#> GSM483494 1 0.3525 0.66365 0.800 0.032 0.012 0.000 0.000 0.156
#> GSM483495 1 0.3525 0.66365 0.800 0.032 0.012 0.000 0.000 0.156
#> GSM483496 1 0.2958 0.66932 0.824 0.008 0.008 0.000 0.000 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:hclust 169 3.46e-02 9.99e-10 2
#> CV:hclust 118 1.53e-03 2.90e-08 3
#> CV:hclust 124 1.34e-01 1.52e-06 4
#> CV:hclust 125 1.38e-01 2.99e-06 5
#> CV:hclust 89 3.82e-05 4.30e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.755 0.885 0.950 0.4869 0.518 0.518
#> 3 3 0.418 0.536 0.712 0.3002 0.740 0.548
#> 4 4 0.478 0.523 0.738 0.1463 0.825 0.578
#> 5 5 0.607 0.657 0.782 0.0820 0.842 0.508
#> 6 6 0.670 0.534 0.732 0.0467 0.945 0.753
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.7453 0.737 0.212 0.788
#> GSM483307 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> GSM483317 1 0.9661 0.429 0.608 0.392
#> GSM483318 1 0.7883 0.709 0.764 0.236
#> GSM483319 1 0.9732 0.400 0.596 0.404
#> GSM483322 2 0.9635 0.303 0.388 0.612
#> GSM483327 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483330 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483386 2 0.7453 0.737 0.212 0.788
#> GSM483388 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.5737 0.825 0.864 0.136
#> GSM483396 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.5946 0.817 0.856 0.144
#> GSM483436 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> GSM483442 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4815 0.856 0.896 0.104
#> GSM483450 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9732 0.400 0.596 0.404
#> GSM483462 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> GSM483310 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.9732 0.400 0.596 0.404
#> GSM483364 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483372 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.8909 0.515 0.308 0.692
#> GSM483374 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> GSM483404 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> GSM483405 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> GSM483413 1 0.3431 0.887 0.936 0.064
#> GSM483416 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.6343 0.800 0.840 0.160
#> GSM483433 1 0.9522 0.474 0.628 0.372
#> GSM483434 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.9635 0.438 0.612 0.388
#> GSM483473 1 0.6801 0.778 0.820 0.180
#> GSM483478 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> GSM483315 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483331 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.8016 0.698 0.756 0.244
#> GSM483344 2 0.9732 0.362 0.404 0.596
#> GSM483347 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> GSM483377 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.9000 0.584 0.684 0.316
#> GSM483414 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> GSM483306 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7453 0.737 0.212 0.788
#> GSM483314 1 0.9732 0.400 0.596 0.404
#> GSM483316 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.2778 0.913 0.048 0.952
#> GSM483324 1 0.9732 0.400 0.596 0.404
#> GSM483326 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.8661 0.632 0.712 0.288
#> GSM483340 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.2948 0.909 0.052 0.948
#> GSM483357 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0376 0.938 0.996 0.004
#> GSM483360 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483393 1 0.0376 0.938 0.996 0.004
#> GSM483394 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.9491 0.483 0.632 0.368
#> GSM483398 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.9087 0.483 0.676 0.324
#> GSM483425 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0672 0.945 0.008 0.992
#> GSM483469 2 0.9323 0.418 0.348 0.652
#> GSM483472 2 0.8016 0.645 0.244 0.756
#> GSM483474 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.5291 0.7062 0.732 0.000 0.268
#> GSM483302 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 3 0.6180 0.2445 0.000 0.416 0.584
#> GSM483305 2 0.5585 0.6612 0.096 0.812 0.092
#> GSM483307 2 0.0000 0.7782 0.000 1.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0237 0.7795 0.000 0.996 0.004
#> GSM483313 3 0.7284 0.1262 0.044 0.336 0.620
#> GSM483317 3 0.6462 0.4524 0.116 0.120 0.764
#> GSM483318 3 0.6250 0.4694 0.104 0.120 0.776
#> GSM483319 3 0.4139 0.4891 0.016 0.124 0.860
#> GSM483322 3 0.4453 0.4823 0.012 0.152 0.836
#> GSM483327 2 0.5591 0.5085 0.000 0.696 0.304
#> GSM483328 3 0.6859 0.0521 0.356 0.024 0.620
#> GSM483330 1 0.5254 0.6315 0.736 0.000 0.264
#> GSM483332 3 0.6305 0.1914 0.000 0.484 0.516
#> GSM483333 3 0.6313 0.1428 0.308 0.016 0.676
#> GSM483336 3 0.6717 -0.0431 0.352 0.020 0.628
#> GSM483337 3 0.4351 0.4666 0.004 0.168 0.828
#> GSM483339 2 0.7603 0.5191 0.140 0.688 0.172
#> GSM483351 1 0.6180 0.5112 0.584 0.000 0.416
#> GSM483352 3 0.6521 0.4558 0.016 0.340 0.644
#> GSM483354 3 0.7075 -0.3222 0.488 0.020 0.492
#> GSM483358 2 0.5621 0.3823 0.000 0.692 0.308
#> GSM483384 1 0.5835 0.5597 0.660 0.000 0.340
#> GSM483386 2 0.6363 0.6389 0.096 0.768 0.136
#> GSM483388 3 0.6307 0.3057 0.000 0.488 0.512
#> GSM483390 1 0.5327 0.7071 0.728 0.000 0.272
#> GSM483391 1 0.8016 0.5967 0.632 0.108 0.260
#> GSM483396 1 0.5948 0.5387 0.640 0.000 0.360
#> GSM483399 3 0.6244 0.3534 0.000 0.440 0.560
#> GSM483400 1 0.3038 0.7916 0.896 0.000 0.104
#> GSM483401 2 0.1289 0.7620 0.000 0.968 0.032
#> GSM483412 1 0.5529 0.6873 0.704 0.000 0.296
#> GSM483418 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483420 3 0.6180 0.3770 0.000 0.416 0.584
#> GSM483421 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483426 3 0.6309 0.2087 0.000 0.500 0.500
#> GSM483428 2 0.0424 0.7805 0.000 0.992 0.008
#> GSM483431 1 0.4790 0.7533 0.848 0.096 0.056
#> GSM483436 3 0.8395 -0.2189 0.436 0.084 0.480
#> GSM483442 1 0.5138 0.7203 0.748 0.000 0.252
#> GSM483443 1 0.2165 0.8032 0.936 0.000 0.064
#> GSM483444 1 0.5497 0.6896 0.708 0.000 0.292
#> GSM483447 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483448 1 0.6929 0.6786 0.688 0.052 0.260
#> GSM483450 1 0.6215 0.4871 0.572 0.000 0.428
#> GSM483455 3 0.6490 0.4461 0.012 0.360 0.628
#> GSM483458 1 0.5650 0.6707 0.688 0.000 0.312
#> GSM483461 3 0.7640 0.4821 0.096 0.240 0.664
#> GSM483462 1 0.5254 0.7171 0.736 0.000 0.264
#> GSM483464 1 0.2356 0.7999 0.928 0.000 0.072
#> GSM483466 3 0.6359 0.4153 0.004 0.404 0.592
#> GSM483468 1 0.5397 0.7010 0.720 0.000 0.280
#> GSM483476 3 0.6548 0.4359 0.012 0.372 0.616
#> GSM483477 1 0.6215 0.4212 0.572 0.000 0.428
#> GSM483300 2 0.3987 0.7357 0.020 0.872 0.108
#> GSM483308 2 0.4914 0.6993 0.068 0.844 0.088
#> GSM483310 2 0.0424 0.7805 0.000 0.992 0.008
#> GSM483311 2 0.0424 0.7805 0.000 0.992 0.008
#> GSM483323 1 0.3686 0.7466 0.860 0.000 0.140
#> GSM483338 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483353 1 0.3116 0.7747 0.892 0.000 0.108
#> GSM483361 1 0.1163 0.8097 0.972 0.000 0.028
#> GSM483363 3 0.7983 0.4712 0.108 0.256 0.636
#> GSM483364 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483366 1 0.0237 0.8100 0.996 0.000 0.004
#> GSM483368 3 0.6386 0.3933 0.004 0.412 0.584
#> GSM483371 1 0.6584 0.4720 0.608 0.012 0.380
#> GSM483372 3 0.6307 0.2603 0.000 0.488 0.512
#> GSM483373 3 0.6839 0.4452 0.024 0.352 0.624
#> GSM483374 3 0.6180 0.3898 0.000 0.416 0.584
#> GSM483379 1 0.0592 0.8103 0.988 0.000 0.012
#> GSM483380 2 0.5733 0.3481 0.000 0.676 0.324
#> GSM483381 1 0.1411 0.8110 0.964 0.000 0.036
#> GSM483389 1 0.6462 0.6540 0.764 0.120 0.116
#> GSM483404 1 0.2584 0.8018 0.928 0.008 0.064
#> GSM483405 1 0.0592 0.8100 0.988 0.000 0.012
#> GSM483410 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483411 1 0.8337 0.5156 0.592 0.112 0.296
#> GSM483413 3 0.9663 0.0803 0.372 0.212 0.416
#> GSM483416 1 0.3116 0.7903 0.892 0.000 0.108
#> GSM483417 1 0.0892 0.8073 0.980 0.000 0.020
#> GSM483419 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483427 1 0.7295 0.3277 0.488 0.028 0.484
#> GSM483433 1 0.9627 -0.1422 0.452 0.220 0.328
#> GSM483434 1 0.3752 0.7497 0.856 0.000 0.144
#> GSM483445 1 0.5591 0.6658 0.696 0.000 0.304
#> GSM483459 1 0.5216 0.7063 0.740 0.000 0.260
#> GSM483465 1 0.5560 0.6817 0.700 0.000 0.300
#> GSM483470 3 0.8841 0.3724 0.204 0.216 0.580
#> GSM483473 1 0.7267 0.6376 0.708 0.112 0.180
#> GSM483478 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483304 2 0.4790 0.6963 0.096 0.848 0.056
#> GSM483315 1 0.1163 0.8074 0.972 0.000 0.028
#> GSM483320 1 0.5953 0.6539 0.708 0.012 0.280
#> GSM483325 1 0.6307 0.3345 0.512 0.000 0.488
#> GSM483329 1 0.6829 0.6402 0.736 0.096 0.168
#> GSM483331 1 0.6798 0.4790 0.584 0.016 0.400
#> GSM483334 1 0.1163 0.8074 0.972 0.000 0.028
#> GSM483341 1 0.6045 0.5237 0.620 0.000 0.380
#> GSM483343 3 0.5892 0.4721 0.100 0.104 0.796
#> GSM483344 3 0.9515 0.1616 0.216 0.304 0.480
#> GSM483347 3 0.6286 0.2175 0.000 0.464 0.536
#> GSM483348 1 0.1031 0.8084 0.976 0.000 0.024
#> GSM483349 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483350 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483356 1 0.0424 0.8102 0.992 0.000 0.008
#> GSM483362 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483365 1 0.1163 0.8074 0.972 0.000 0.028
#> GSM483367 1 0.0592 0.8103 0.988 0.000 0.012
#> GSM483369 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483370 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483375 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7677 0.5945 0.660 0.096 0.244
#> GSM483377 1 0.1289 0.8064 0.968 0.000 0.032
#> GSM483378 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483385 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483402 1 0.5860 0.6676 0.748 0.024 0.228
#> GSM483403 1 0.0475 0.8112 0.992 0.004 0.004
#> GSM483406 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483407 1 0.5471 0.7555 0.812 0.060 0.128
#> GSM483408 1 0.9501 -0.0793 0.472 0.204 0.324
#> GSM483414 1 0.0592 0.8103 0.988 0.000 0.012
#> GSM483415 1 0.0237 0.8100 0.996 0.000 0.004
#> GSM483424 1 0.1411 0.8092 0.964 0.000 0.036
#> GSM483437 1 0.4931 0.7116 0.768 0.000 0.232
#> GSM483439 1 0.1031 0.8101 0.976 0.000 0.024
#> GSM483440 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483446 1 0.1031 0.8084 0.976 0.000 0.024
#> GSM483449 1 0.0424 0.8091 0.992 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.0592 0.8092 0.988 0.000 0.012
#> GSM483456 2 0.3816 0.6502 0.000 0.852 0.148
#> GSM483460 1 0.0592 0.8088 0.988 0.000 0.012
#> GSM483463 3 0.6267 0.3317 0.000 0.452 0.548
#> GSM483471 1 0.0592 0.8103 0.988 0.000 0.012
#> GSM483297 2 0.1643 0.7701 0.000 0.956 0.044
#> GSM483298 2 0.1031 0.7659 0.000 0.976 0.024
#> GSM483299 2 0.4642 0.7112 0.060 0.856 0.084
#> GSM483306 2 0.0424 0.7750 0.000 0.992 0.008
#> GSM483309 2 0.5585 0.6612 0.096 0.812 0.092
#> GSM483314 3 0.3989 0.4902 0.012 0.124 0.864
#> GSM483316 3 0.6676 -0.2704 0.476 0.008 0.516
#> GSM483321 3 0.5435 0.4277 0.048 0.144 0.808
#> GSM483324 3 0.4805 0.4846 0.012 0.176 0.812
#> GSM483326 2 0.1411 0.7741 0.000 0.964 0.036
#> GSM483335 3 0.4324 0.4909 0.028 0.112 0.860
#> GSM483340 2 0.4235 0.6659 0.000 0.824 0.176
#> GSM483342 2 0.4654 0.6670 0.000 0.792 0.208
#> GSM483345 2 0.0592 0.7778 0.000 0.988 0.012
#> GSM483346 2 0.2796 0.7547 0.000 0.908 0.092
#> GSM483355 2 0.3921 0.7339 0.036 0.884 0.080
#> GSM483357 2 0.3267 0.7379 0.000 0.884 0.116
#> GSM483359 1 0.6721 0.4598 0.604 0.016 0.380
#> GSM483360 2 0.5291 0.4605 0.000 0.732 0.268
#> GSM483382 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483383 2 0.2356 0.7649 0.000 0.928 0.072
#> GSM483387 1 0.1411 0.8092 0.964 0.000 0.036
#> GSM483392 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483393 3 0.8524 -0.1277 0.452 0.092 0.456
#> GSM483394 2 0.0592 0.7736 0.000 0.988 0.012
#> GSM483395 2 0.6305 -0.2971 0.000 0.516 0.484
#> GSM483397 3 0.6410 0.4873 0.092 0.144 0.764
#> GSM483398 3 0.6282 0.4255 0.004 0.384 0.612
#> GSM483409 1 0.6307 0.3490 0.512 0.000 0.488
#> GSM483422 2 0.0424 0.7805 0.000 0.992 0.008
#> GSM483423 3 0.8470 0.0917 0.344 0.104 0.552
#> GSM483425 3 0.6148 0.3371 0.004 0.356 0.640
#> GSM483429 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483430 2 0.2959 0.7071 0.000 0.900 0.100
#> GSM483432 3 0.6295 0.1420 0.000 0.472 0.528
#> GSM483435 3 0.6302 0.2791 0.000 0.480 0.520
#> GSM483438 2 0.5397 0.3798 0.000 0.720 0.280
#> GSM483441 3 0.5905 0.3397 0.000 0.352 0.648
#> GSM483451 3 0.6688 0.4077 0.012 0.408 0.580
#> GSM483452 1 0.0424 0.8105 0.992 0.000 0.008
#> GSM483453 3 0.6264 0.4299 0.004 0.380 0.616
#> GSM483457 3 0.6282 0.4255 0.004 0.384 0.612
#> GSM483467 3 0.6548 0.4359 0.012 0.372 0.616
#> GSM483469 3 0.7251 0.3774 0.040 0.348 0.612
#> GSM483472 3 0.6541 0.4624 0.024 0.304 0.672
#> GSM483474 1 0.6307 0.3490 0.512 0.000 0.488
#> GSM483475 2 0.5760 0.3394 0.000 0.672 0.328
#> GSM483479 1 0.1163 0.8104 0.972 0.000 0.028
#> GSM483480 3 0.5216 0.2853 0.000 0.260 0.740
#> GSM483481 3 0.5733 0.2543 0.000 0.324 0.676
#> GSM483482 3 0.3129 0.4744 0.008 0.088 0.904
#> GSM483483 3 0.6434 -0.1277 0.380 0.008 0.612
#> GSM483484 3 0.6608 -0.2214 0.432 0.008 0.560
#> GSM483485 3 0.6204 0.3738 0.000 0.424 0.576
#> GSM483486 3 0.3532 0.4723 0.008 0.108 0.884
#> GSM483487 3 0.6260 -0.3115 0.448 0.000 0.552
#> GSM483488 3 0.6796 -0.0723 0.368 0.020 0.612
#> GSM483489 3 0.6373 -0.1751 0.408 0.004 0.588
#> GSM483490 3 0.5397 0.4432 0.000 0.280 0.720
#> GSM483491 3 0.6140 -0.1812 0.404 0.000 0.596
#> GSM483492 1 0.5650 0.6707 0.688 0.000 0.312
#> GSM483493 1 0.5431 0.6971 0.716 0.000 0.284
#> GSM483494 1 0.5650 0.6707 0.688 0.000 0.312
#> GSM483495 1 0.5291 0.7109 0.732 0.000 0.268
#> GSM483496 1 0.5216 0.7157 0.740 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.8462 0.2919 0.464 0.100 0.344 0.092
#> GSM483302 1 0.2179 0.7196 0.924 0.012 0.064 0.000
#> GSM483303 4 0.7721 0.2179 0.000 0.280 0.272 0.448
#> GSM483305 2 0.2310 0.8232 0.020 0.932 0.016 0.032
#> GSM483307 2 0.3217 0.8591 0.000 0.860 0.012 0.128
#> GSM483312 2 0.3335 0.8587 0.000 0.856 0.016 0.128
#> GSM483313 3 0.4695 0.5547 0.004 0.120 0.800 0.076
#> GSM483317 3 0.4303 0.5215 0.008 0.004 0.768 0.220
#> GSM483318 3 0.4682 0.5378 0.020 0.008 0.764 0.208
#> GSM483319 3 0.4853 0.5119 0.000 0.036 0.744 0.220
#> GSM483322 3 0.5292 0.5292 0.000 0.088 0.744 0.168
#> GSM483327 3 0.7251 0.2408 0.000 0.272 0.536 0.192
#> GSM483328 3 0.4916 0.6113 0.100 0.032 0.808 0.060
#> GSM483330 3 0.5526 0.3075 0.416 0.020 0.564 0.000
#> GSM483332 4 0.6466 0.3344 0.000 0.092 0.320 0.588
#> GSM483333 3 0.3914 0.6143 0.120 0.004 0.840 0.036
#> GSM483336 3 0.3027 0.6159 0.088 0.004 0.888 0.020
#> GSM483337 3 0.4644 0.5096 0.000 0.024 0.748 0.228
#> GSM483339 2 0.5724 0.6620 0.120 0.740 0.128 0.012
#> GSM483351 3 0.8649 -0.2216 0.396 0.100 0.400 0.104
#> GSM483352 4 0.2644 0.6676 0.000 0.032 0.060 0.908
#> GSM483354 3 0.8849 -0.1477 0.356 0.104 0.416 0.124
#> GSM483358 4 0.4343 0.4651 0.000 0.264 0.004 0.732
#> GSM483384 1 0.8292 0.3857 0.540 0.064 0.188 0.208
#> GSM483386 2 0.4898 0.6827 0.020 0.772 0.024 0.184
#> GSM483388 4 0.4919 0.5483 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM483390 1 0.8286 0.2566 0.436 0.100 0.392 0.072
#> GSM483391 1 0.9639 0.1590 0.360 0.248 0.252 0.140
#> GSM483396 1 0.6522 0.3718 0.560 0.004 0.364 0.072
#> GSM483399 4 0.1938 0.6874 0.000 0.052 0.012 0.936
#> GSM483400 1 0.4917 0.5697 0.728 0.016 0.248 0.008
#> GSM483401 2 0.3743 0.8386 0.000 0.824 0.016 0.160
#> GSM483412 1 0.8567 0.2174 0.412 0.100 0.392 0.096
#> GSM483418 4 0.3090 0.6690 0.000 0.056 0.056 0.888
#> GSM483420 4 0.3176 0.6648 0.000 0.036 0.084 0.880
#> GSM483421 4 0.2271 0.6779 0.000 0.076 0.008 0.916
#> GSM483426 4 0.5964 0.5057 0.000 0.108 0.208 0.684
#> GSM483428 2 0.3447 0.8586 0.000 0.852 0.020 0.128
#> GSM483431 1 0.4281 0.5972 0.792 0.180 0.028 0.000
#> GSM483436 3 0.9041 -0.1442 0.348 0.144 0.400 0.108
#> GSM483442 1 0.8139 0.3694 0.508 0.100 0.320 0.072
#> GSM483443 1 0.4089 0.6803 0.844 0.032 0.104 0.020
#> GSM483444 1 0.8607 0.2228 0.412 0.100 0.388 0.100
#> GSM483447 1 0.1284 0.7162 0.964 0.012 0.024 0.000
#> GSM483448 1 0.7392 0.3785 0.524 0.072 0.364 0.040
#> GSM483450 3 0.8647 -0.2068 0.388 0.100 0.408 0.104
#> GSM483455 4 0.1389 0.6867 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483458 1 0.8649 0.1989 0.400 0.100 0.396 0.104
#> GSM483461 4 0.1890 0.6886 0.008 0.000 0.056 0.936
#> GSM483462 1 0.8286 0.2904 0.436 0.100 0.392 0.072
#> GSM483464 1 0.6218 0.6043 0.720 0.092 0.152 0.036
#> GSM483466 4 0.2197 0.6755 0.000 0.024 0.048 0.928
#> GSM483468 1 0.8509 0.2627 0.436 0.100 0.372 0.092
#> GSM483476 4 0.0707 0.6930 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM483477 1 0.9304 0.1333 0.380 0.092 0.276 0.252
#> GSM483300 2 0.4850 0.7582 0.004 0.776 0.168 0.052
#> GSM483308 2 0.3094 0.8361 0.020 0.900 0.032 0.048
#> GSM483310 2 0.3447 0.8586 0.000 0.852 0.020 0.128
#> GSM483311 2 0.3335 0.8587 0.000 0.856 0.016 0.128
#> GSM483323 1 0.5798 -0.0406 0.512 0.016 0.464 0.008
#> GSM483338 4 0.2271 0.6779 0.000 0.076 0.008 0.916
#> GSM483353 1 0.2125 0.7138 0.932 0.012 0.052 0.004
#> GSM483361 1 0.2207 0.7131 0.928 0.012 0.056 0.004
#> GSM483363 4 0.2761 0.6693 0.016 0.012 0.064 0.908
#> GSM483364 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.2221 0.7119 0.932 0.016 0.044 0.008
#> GSM483368 4 0.2313 0.6862 0.000 0.044 0.032 0.924
#> GSM483371 1 0.8875 0.2192 0.460 0.088 0.172 0.280
#> GSM483372 4 0.2081 0.6735 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM483373 4 0.1362 0.6924 0.012 0.004 0.020 0.964
#> GSM483374 4 0.2089 0.6894 0.000 0.048 0.020 0.932
#> GSM483379 1 0.2474 0.7095 0.920 0.016 0.056 0.008
#> GSM483380 4 0.2704 0.6397 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483381 1 0.1902 0.7185 0.932 0.004 0.064 0.000
#> GSM483389 1 0.6018 0.5557 0.720 0.016 0.112 0.152
#> GSM483404 1 0.3353 0.6964 0.880 0.004 0.060 0.056
#> GSM483405 1 0.2392 0.7071 0.924 0.016 0.052 0.008
#> GSM483410 1 0.0657 0.7141 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM483411 3 0.7571 0.0462 0.424 0.068 0.460 0.048
#> GSM483413 4 0.9488 0.0707 0.116 0.308 0.224 0.352
#> GSM483416 1 0.4381 0.6716 0.808 0.032 0.152 0.008
#> GSM483417 1 0.2307 0.7076 0.928 0.016 0.048 0.008
#> GSM483419 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483427 3 0.8665 -0.1568 0.364 0.096 0.428 0.112
#> GSM483433 1 0.6679 0.0647 0.476 0.012 0.056 0.456
#> GSM483434 1 0.5902 -0.0660 0.492 0.020 0.480 0.008
#> GSM483445 3 0.4053 0.5404 0.228 0.004 0.768 0.000
#> GSM483459 3 0.5093 0.5092 0.232 0.028 0.732 0.008
#> GSM483465 1 0.8609 0.2063 0.404 0.100 0.396 0.100
#> GSM483470 4 0.9104 0.0935 0.072 0.260 0.276 0.392
#> GSM483473 1 0.6833 0.5155 0.628 0.008 0.156 0.208
#> GSM483478 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.3508 0.8409 0.036 0.880 0.020 0.064
#> GSM483315 1 0.2707 0.7048 0.908 0.016 0.068 0.008
#> GSM483320 3 0.5065 0.4913 0.268 0.016 0.708 0.008
#> GSM483325 3 0.4353 0.5492 0.232 0.000 0.756 0.012
#> GSM483329 1 0.7937 -0.0401 0.444 0.196 0.348 0.012
#> GSM483331 3 0.4929 0.5325 0.224 0.024 0.744 0.008
#> GSM483334 1 0.3060 0.7000 0.888 0.016 0.088 0.008
#> GSM483341 3 0.5053 0.5222 0.236 0.020 0.732 0.012
#> GSM483343 3 0.5476 0.5370 0.036 0.024 0.736 0.204
#> GSM483344 3 0.6075 0.5366 0.112 0.180 0.700 0.008
#> GSM483347 4 0.6733 0.3292 0.000 0.112 0.324 0.564
#> GSM483348 1 0.2631 0.7062 0.912 0.016 0.064 0.008
#> GSM483349 1 0.0804 0.7143 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM483350 1 0.0804 0.7143 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM483356 1 0.2474 0.7071 0.920 0.016 0.056 0.008
#> GSM483362 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.2553 0.7067 0.916 0.016 0.060 0.008
#> GSM483367 1 0.2553 0.7081 0.916 0.016 0.060 0.008
#> GSM483369 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.2412 0.7153 0.908 0.008 0.084 0.000
#> GSM483376 1 0.7215 0.3194 0.528 0.004 0.328 0.140
#> GSM483377 1 0.2631 0.7062 0.912 0.016 0.064 0.008
#> GSM483378 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.6260 0.4501 0.288 0.068 0.636 0.008
#> GSM483403 1 0.1406 0.7177 0.960 0.024 0.016 0.000
#> GSM483406 1 0.1174 0.7164 0.968 0.012 0.020 0.000
#> GSM483407 1 0.6874 0.5509 0.664 0.184 0.116 0.036
#> GSM483408 4 0.6427 0.0463 0.440 0.008 0.048 0.504
#> GSM483414 1 0.2553 0.7105 0.916 0.016 0.060 0.008
#> GSM483415 1 0.2631 0.7062 0.912 0.016 0.064 0.008
#> GSM483424 1 0.2803 0.7054 0.900 0.012 0.080 0.008
#> GSM483437 1 0.5905 0.5561 0.660 0.016 0.288 0.036
#> GSM483439 1 0.2658 0.7106 0.904 0.012 0.080 0.004
#> GSM483440 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.4068 0.6830 0.816 0.016 0.160 0.008
#> GSM483449 1 0.0927 0.7159 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM483454 1 0.2665 0.7126 0.900 0.008 0.088 0.004
#> GSM483456 4 0.5161 -0.1014 0.000 0.476 0.004 0.520
#> GSM483460 1 0.0469 0.7149 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.1970 0.6853 0.000 0.060 0.008 0.932
#> GSM483471 1 0.1985 0.7137 0.940 0.016 0.040 0.004
#> GSM483297 2 0.2799 0.8577 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM483298 2 0.4194 0.7772 0.000 0.764 0.008 0.228
#> GSM483299 2 0.3304 0.8452 0.012 0.884 0.028 0.076
#> GSM483306 2 0.3257 0.8479 0.000 0.844 0.004 0.152
#> GSM483309 2 0.2730 0.8153 0.020 0.916 0.036 0.028
#> GSM483314 3 0.4697 0.3385 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM483316 3 0.4399 0.5668 0.212 0.000 0.768 0.020
#> GSM483321 3 0.6196 0.5066 0.020 0.096 0.704 0.180
#> GSM483324 3 0.4961 0.1161 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM483326 2 0.4458 0.8355 0.000 0.808 0.076 0.116
#> GSM483335 3 0.4896 0.4611 0.012 0.004 0.704 0.280
#> GSM483340 2 0.6654 0.4910 0.000 0.588 0.116 0.296
#> GSM483342 2 0.4678 0.7170 0.000 0.744 0.232 0.024
#> GSM483345 2 0.4152 0.8395 0.000 0.808 0.032 0.160
#> GSM483346 2 0.3679 0.8530 0.000 0.856 0.060 0.084
#> GSM483355 2 0.3232 0.8466 0.012 0.888 0.028 0.072
#> GSM483357 2 0.4893 0.7664 0.000 0.768 0.064 0.168
#> GSM483359 1 0.8638 0.2467 0.492 0.084 0.272 0.152
#> GSM483360 4 0.4428 0.4468 0.000 0.276 0.004 0.720
#> GSM483382 4 0.2271 0.6779 0.000 0.076 0.008 0.916
#> GSM483383 2 0.5386 0.4999 0.000 0.612 0.020 0.368
#> GSM483387 1 0.2099 0.7145 0.936 0.012 0.044 0.008
#> GSM483392 4 0.2271 0.6779 0.000 0.076 0.008 0.916
#> GSM483393 4 0.9771 -0.0432 0.204 0.192 0.248 0.356
#> GSM483394 2 0.3852 0.8312 0.000 0.808 0.012 0.180
#> GSM483395 4 0.4595 0.5564 0.000 0.176 0.044 0.780
#> GSM483397 3 0.6334 0.0766 0.060 0.000 0.484 0.456
#> GSM483398 4 0.0592 0.6923 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483409 3 0.8962 -0.1330 0.348 0.100 0.408 0.144
#> GSM483422 2 0.3335 0.8587 0.000 0.856 0.016 0.128
#> GSM483423 3 0.7698 0.5103 0.112 0.196 0.612 0.080
#> GSM483425 4 0.7945 0.2096 0.012 0.216 0.304 0.468
#> GSM483429 4 0.2011 0.6754 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM483430 4 0.4830 0.1854 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM483432 4 0.7264 0.2269 0.000 0.320 0.168 0.512
#> GSM483435 4 0.2271 0.6779 0.000 0.076 0.008 0.916
#> GSM483438 4 0.5581 -0.0143 0.000 0.448 0.020 0.532
#> GSM483441 4 0.8092 0.2131 0.016 0.232 0.292 0.460
#> GSM483451 4 0.4171 0.6098 0.000 0.084 0.088 0.828
#> GSM483452 1 0.2125 0.7182 0.920 0.004 0.076 0.000
#> GSM483453 4 0.1398 0.6863 0.000 0.004 0.040 0.956
#> GSM483457 4 0.0469 0.6931 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483467 4 0.1398 0.6863 0.000 0.004 0.040 0.956
#> GSM483469 4 0.8040 0.2584 0.020 0.228 0.260 0.492
#> GSM483472 4 0.3850 0.6195 0.000 0.044 0.116 0.840
#> GSM483474 3 0.9382 0.0339 0.252 0.108 0.392 0.248
#> GSM483475 4 0.2888 0.6380 0.000 0.124 0.004 0.872
#> GSM483479 1 0.2795 0.7061 0.896 0.012 0.088 0.004
#> GSM483480 3 0.4655 0.5457 0.000 0.088 0.796 0.116
#> GSM483481 3 0.5484 0.5057 0.000 0.104 0.732 0.164
#> GSM483482 3 0.4121 0.5383 0.000 0.020 0.796 0.184
#> GSM483483 3 0.4524 0.5603 0.064 0.104 0.820 0.012
#> GSM483484 3 0.6842 0.4580 0.116 0.120 0.692 0.072
#> GSM483485 4 0.5627 0.4891 0.000 0.068 0.240 0.692
#> GSM483486 3 0.4464 0.5247 0.000 0.024 0.768 0.208
#> GSM483487 3 0.6354 0.4856 0.108 0.112 0.724 0.056
#> GSM483488 3 0.6840 0.4655 0.072 0.112 0.692 0.124
#> GSM483489 3 0.6290 0.4945 0.096 0.120 0.728 0.056
#> GSM483490 4 0.5586 0.0496 0.000 0.020 0.452 0.528
#> GSM483491 3 0.6244 0.4862 0.104 0.108 0.732 0.056
#> GSM483492 1 0.8648 0.2035 0.404 0.100 0.392 0.104
#> GSM483493 1 0.8524 0.2256 0.416 0.100 0.392 0.092
#> GSM483494 1 0.8648 0.2035 0.404 0.100 0.392 0.104
#> GSM483495 1 0.8112 0.3773 0.516 0.100 0.312 0.072
#> GSM483496 1 0.8258 0.2981 0.460 0.100 0.368 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.2964 0.73972 0.120 0.000 0.024 0.000 0.856
#> GSM483302 1 0.4402 0.72207 0.740 0.000 0.056 0.000 0.204
#> GSM483303 5 0.5436 0.51724 0.000 0.192 0.012 0.112 0.684
#> GSM483305 2 0.2552 0.84792 0.008 0.908 0.028 0.008 0.048
#> GSM483307 2 0.2456 0.86512 0.000 0.904 0.008 0.064 0.024
#> GSM483312 2 0.2625 0.85930 0.000 0.900 0.028 0.056 0.016
#> GSM483313 3 0.4364 0.72324 0.000 0.052 0.788 0.024 0.136
#> GSM483317 3 0.3923 0.76106 0.008 0.008 0.828 0.080 0.076
#> GSM483318 3 0.2361 0.76831 0.008 0.004 0.916 0.040 0.032
#> GSM483319 3 0.3388 0.76333 0.000 0.020 0.860 0.064 0.056
#> GSM483322 3 0.3229 0.75894 0.000 0.040 0.872 0.032 0.056
#> GSM483327 3 0.4751 0.68350 0.000 0.092 0.776 0.092 0.040
#> GSM483328 3 0.2471 0.76845 0.012 0.004 0.908 0.016 0.060
#> GSM483330 3 0.5088 0.51343 0.284 0.008 0.664 0.004 0.040
#> GSM483332 4 0.5193 -0.04240 0.000 0.004 0.480 0.484 0.032
#> GSM483333 3 0.2805 0.76595 0.024 0.008 0.892 0.008 0.068
#> GSM483336 3 0.2861 0.76136 0.016 0.008 0.884 0.008 0.084
#> GSM483337 3 0.3870 0.74343 0.000 0.008 0.820 0.092 0.080
#> GSM483339 2 0.6572 0.63318 0.164 0.652 0.060 0.020 0.104
#> GSM483351 5 0.2582 0.75140 0.080 0.000 0.024 0.004 0.892
#> GSM483352 4 0.3196 0.72017 0.000 0.000 0.004 0.804 0.192
#> GSM483354 5 0.2331 0.75114 0.064 0.000 0.024 0.004 0.908
#> GSM483358 4 0.2248 0.78418 0.000 0.088 0.012 0.900 0.000
#> GSM483384 5 0.6091 0.11127 0.432 0.020 0.012 0.044 0.492
#> GSM483386 2 0.4573 0.80702 0.008 0.788 0.016 0.084 0.104
#> GSM483388 4 0.4803 0.60422 0.000 0.184 0.012 0.736 0.068
#> GSM483390 5 0.2813 0.74858 0.108 0.000 0.024 0.000 0.868
#> GSM483391 5 0.5639 0.66320 0.100 0.176 0.016 0.012 0.696
#> GSM483396 3 0.8054 -0.16908 0.288 0.020 0.332 0.040 0.320
#> GSM483399 4 0.1280 0.82018 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024
#> GSM483400 1 0.6355 0.47488 0.576 0.044 0.308 0.004 0.068
#> GSM483401 2 0.3558 0.82292 0.000 0.840 0.036 0.108 0.016
#> GSM483412 5 0.2813 0.74858 0.108 0.000 0.024 0.000 0.868
#> GSM483418 4 0.0955 0.81795 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM483420 4 0.1041 0.81519 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM483421 4 0.1143 0.82032 0.004 0.012 0.008 0.968 0.008
#> GSM483426 4 0.3857 0.71993 0.004 0.012 0.128 0.820 0.036
#> GSM483428 2 0.2722 0.85954 0.000 0.896 0.028 0.056 0.020
#> GSM483431 1 0.5315 0.59986 0.716 0.188 0.016 0.012 0.068
#> GSM483436 5 0.3095 0.75262 0.096 0.008 0.024 0.004 0.868
#> GSM483442 5 0.2723 0.73776 0.124 0.000 0.012 0.000 0.864
#> GSM483443 1 0.4941 0.36984 0.612 0.008 0.004 0.016 0.360
#> GSM483444 5 0.2813 0.74858 0.108 0.000 0.024 0.000 0.868
#> GSM483447 1 0.3620 0.72155 0.816 0.008 0.004 0.016 0.156
#> GSM483448 5 0.7997 -0.19642 0.316 0.064 0.296 0.004 0.320
#> GSM483450 5 0.2582 0.75140 0.080 0.000 0.024 0.004 0.892
#> GSM483455 4 0.2536 0.77659 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM483458 5 0.2919 0.75039 0.104 0.000 0.024 0.004 0.868
#> GSM483461 4 0.1267 0.81793 0.004 0.000 0.024 0.960 0.012
#> GSM483462 5 0.3902 0.71627 0.152 0.016 0.028 0.000 0.804
#> GSM483464 5 0.4109 0.54199 0.288 0.000 0.012 0.000 0.700
#> GSM483466 4 0.3412 0.74560 0.000 0.028 0.000 0.820 0.152
#> GSM483468 5 0.2824 0.74414 0.116 0.000 0.020 0.000 0.864
#> GSM483476 4 0.1202 0.81884 0.004 0.000 0.004 0.960 0.032
#> GSM483477 5 0.5494 0.57414 0.220 0.024 0.012 0.052 0.692
#> GSM483300 2 0.3678 0.79592 0.004 0.820 0.144 0.008 0.024
#> GSM483308 2 0.2769 0.86196 0.004 0.892 0.008 0.028 0.068
#> GSM483310 2 0.2625 0.85930 0.000 0.900 0.028 0.056 0.016
#> GSM483311 2 0.2625 0.85930 0.000 0.900 0.028 0.056 0.016
#> GSM483323 3 0.5920 0.12247 0.400 0.044 0.528 0.004 0.024
#> GSM483338 4 0.1018 0.81757 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000
#> GSM483353 1 0.4030 0.68319 0.772 0.008 0.004 0.016 0.200
#> GSM483361 1 0.3890 0.69998 0.788 0.008 0.004 0.016 0.184
#> GSM483363 4 0.2497 0.78431 0.004 0.000 0.004 0.880 0.112
#> GSM483364 1 0.1557 0.76756 0.940 0.008 0.000 0.000 0.052
#> GSM483366 1 0.4664 0.74053 0.780 0.032 0.128 0.004 0.056
#> GSM483368 4 0.1016 0.81986 0.004 0.004 0.012 0.972 0.008
#> GSM483371 5 0.6636 0.13935 0.416 0.036 0.008 0.072 0.468
#> GSM483372 4 0.1116 0.81639 0.000 0.028 0.004 0.964 0.004
#> GSM483373 4 0.0854 0.81926 0.004 0.000 0.012 0.976 0.008
#> GSM483374 4 0.1334 0.82103 0.004 0.004 0.012 0.960 0.020
#> GSM483379 1 0.4943 0.73514 0.764 0.040 0.128 0.004 0.064
#> GSM483380 4 0.1809 0.80301 0.000 0.060 0.012 0.928 0.000
#> GSM483381 1 0.4630 0.73048 0.768 0.024 0.028 0.012 0.168
#> GSM483389 1 0.6970 0.57479 0.624 0.044 0.172 0.116 0.044
#> GSM483404 1 0.4875 0.72648 0.764 0.024 0.024 0.032 0.156
#> GSM483405 1 0.4637 0.71825 0.776 0.040 0.144 0.004 0.036
#> GSM483410 1 0.2617 0.75583 0.896 0.008 0.004 0.016 0.076
#> GSM483411 3 0.6385 0.43258 0.276 0.020 0.604 0.028 0.072
#> GSM483413 5 0.6342 0.49746 0.036 0.264 0.012 0.076 0.612
#> GSM483416 1 0.5980 0.67876 0.652 0.024 0.080 0.012 0.232
#> GSM483417 1 0.4351 0.72044 0.792 0.040 0.140 0.004 0.024
#> GSM483419 1 0.2003 0.76491 0.928 0.008 0.004 0.008 0.052
#> GSM483427 5 0.3387 0.74743 0.088 0.004 0.044 0.008 0.856
#> GSM483433 4 0.7047 -0.00806 0.420 0.028 0.108 0.428 0.016
#> GSM483434 3 0.6029 0.14128 0.392 0.040 0.532 0.008 0.028
#> GSM483445 3 0.3969 0.74118 0.068 0.012 0.828 0.008 0.084
#> GSM483459 3 0.5816 0.61694 0.112 0.044 0.696 0.004 0.144
#> GSM483465 5 0.2707 0.74963 0.100 0.000 0.024 0.000 0.876
#> GSM483470 5 0.5752 0.57476 0.016 0.184 0.004 0.124 0.672
#> GSM483473 1 0.8295 0.39946 0.444 0.028 0.096 0.164 0.268
#> GSM483478 1 0.1430 0.76838 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052
#> GSM483304 2 0.2763 0.85540 0.012 0.904 0.028 0.028 0.028
#> GSM483315 1 0.4906 0.70767 0.756 0.040 0.156 0.004 0.044
#> GSM483320 3 0.2353 0.75599 0.060 0.000 0.908 0.004 0.028
#> GSM483325 3 0.2589 0.76584 0.048 0.000 0.900 0.008 0.044
#> GSM483329 1 0.8723 0.11249 0.332 0.252 0.244 0.012 0.160
#> GSM483331 3 0.3235 0.74260 0.052 0.040 0.876 0.004 0.028
#> GSM483334 1 0.5193 0.68767 0.732 0.040 0.172 0.004 0.052
#> GSM483341 3 0.3816 0.72530 0.084 0.044 0.840 0.004 0.028
#> GSM483343 3 0.3617 0.74354 0.044 0.040 0.864 0.028 0.024
#> GSM483344 3 0.6795 0.55969 0.048 0.188 0.624 0.024 0.116
#> GSM483347 4 0.5969 0.38233 0.004 0.040 0.316 0.596 0.044
#> GSM483348 1 0.4826 0.71461 0.764 0.040 0.148 0.004 0.044
#> GSM483349 1 0.2457 0.75582 0.900 0.008 0.000 0.016 0.076
#> GSM483350 1 0.2617 0.75449 0.896 0.008 0.004 0.016 0.076
#> GSM483356 1 0.4172 0.73314 0.808 0.040 0.124 0.004 0.024
#> GSM483362 1 0.1197 0.76921 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM483365 1 0.4866 0.71115 0.760 0.040 0.152 0.004 0.044
#> GSM483367 1 0.4656 0.72700 0.780 0.040 0.132 0.004 0.044
#> GSM483369 1 0.1430 0.76838 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052
#> GSM483370 1 0.1430 0.76838 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052
#> GSM483375 1 0.5002 0.72036 0.720 0.016 0.052 0.004 0.208
#> GSM483376 3 0.8178 -0.17543 0.336 0.012 0.356 0.076 0.220
#> GSM483377 1 0.4938 0.70895 0.756 0.044 0.152 0.004 0.044
#> GSM483378 1 0.1557 0.76756 0.940 0.008 0.000 0.000 0.052
#> GSM483385 1 0.1430 0.76838 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052
#> GSM483402 3 0.5218 0.60518 0.220 0.060 0.700 0.004 0.016
#> GSM483403 1 0.2871 0.77316 0.876 0.004 0.032 0.000 0.088
#> GSM483406 1 0.3493 0.72957 0.828 0.008 0.004 0.016 0.144
#> GSM483407 1 0.7544 0.44530 0.500 0.176 0.064 0.008 0.252
#> GSM483408 4 0.6546 0.30031 0.340 0.020 0.060 0.548 0.032
#> GSM483414 1 0.5346 0.73364 0.736 0.044 0.132 0.004 0.084
#> GSM483415 1 0.4785 0.71804 0.768 0.040 0.144 0.004 0.044
#> GSM483424 1 0.4540 0.58082 0.700 0.008 0.004 0.016 0.272
#> GSM483437 1 0.7582 0.42785 0.468 0.044 0.192 0.012 0.284
#> GSM483439 1 0.4248 0.67569 0.756 0.008 0.008 0.016 0.212
#> GSM483440 1 0.1357 0.76878 0.948 0.004 0.000 0.000 0.048
#> GSM483446 1 0.6969 0.61016 0.576 0.040 0.160 0.012 0.212
#> GSM483449 1 0.2604 0.77370 0.896 0.020 0.012 0.000 0.072
#> GSM483454 1 0.5463 0.72682 0.708 0.016 0.100 0.008 0.168
#> GSM483456 4 0.4288 0.45792 0.000 0.324 0.012 0.664 0.000
#> GSM483460 1 0.1830 0.77001 0.924 0.008 0.000 0.000 0.068
#> GSM483463 4 0.1059 0.82041 0.000 0.008 0.004 0.968 0.020
#> GSM483471 1 0.3953 0.75453 0.836 0.036 0.064 0.004 0.060
#> GSM483297 2 0.2520 0.86241 0.000 0.896 0.000 0.048 0.056
#> GSM483298 2 0.3927 0.78344 0.000 0.792 0.004 0.164 0.040
#> GSM483299 2 0.2569 0.86106 0.004 0.896 0.000 0.032 0.068
#> GSM483306 2 0.1924 0.86250 0.000 0.924 0.008 0.064 0.004
#> GSM483309 2 0.3360 0.84205 0.012 0.856 0.016 0.012 0.104
#> GSM483314 3 0.3304 0.70059 0.000 0.000 0.816 0.168 0.016
#> GSM483316 3 0.2661 0.76623 0.044 0.000 0.896 0.008 0.052
#> GSM483321 3 0.4176 0.74000 0.004 0.048 0.824 0.060 0.064
#> GSM483324 3 0.4153 0.62334 0.004 0.000 0.736 0.240 0.020
#> GSM483326 2 0.4544 0.79858 0.000 0.784 0.120 0.032 0.064
#> GSM483335 3 0.3866 0.76184 0.024 0.012 0.844 0.068 0.052
#> GSM483340 2 0.7078 0.41777 0.000 0.512 0.248 0.200 0.040
#> GSM483342 2 0.5053 0.58081 0.000 0.668 0.268 0.004 0.060
#> GSM483345 2 0.3610 0.85198 0.000 0.852 0.056 0.048 0.044
#> GSM483346 2 0.2745 0.86174 0.000 0.896 0.024 0.028 0.052
#> GSM483355 2 0.2569 0.86106 0.004 0.896 0.000 0.032 0.068
#> GSM483357 2 0.4657 0.78882 0.000 0.752 0.004 0.116 0.128
#> GSM483359 5 0.6410 0.11964 0.408 0.024 0.032 0.036 0.500
#> GSM483360 4 0.2864 0.76484 0.000 0.104 0.012 0.872 0.012
#> GSM483382 4 0.1074 0.81841 0.000 0.016 0.012 0.968 0.004
#> GSM483383 2 0.4815 0.65726 0.000 0.692 0.000 0.244 0.064
#> GSM483387 1 0.3835 0.70998 0.800 0.008 0.004 0.020 0.168
#> GSM483392 4 0.0798 0.81796 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM483393 5 0.7671 0.50843 0.084 0.180 0.028 0.156 0.552
#> GSM483394 2 0.2913 0.85466 0.000 0.876 0.004 0.080 0.040
#> GSM483395 4 0.5440 0.54756 0.000 0.184 0.000 0.660 0.156
#> GSM483397 4 0.7836 -0.09929 0.140 0.008 0.356 0.408 0.088
#> GSM483398 4 0.1408 0.81541 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM483409 5 0.2162 0.74977 0.064 0.000 0.012 0.008 0.916
#> GSM483422 2 0.2625 0.85930 0.000 0.900 0.028 0.056 0.016
#> GSM483423 5 0.8622 0.24126 0.096 0.172 0.244 0.052 0.436
#> GSM483425 5 0.5506 0.52633 0.000 0.140 0.004 0.192 0.664
#> GSM483429 4 0.1547 0.81579 0.000 0.032 0.004 0.948 0.016
#> GSM483430 4 0.3053 0.72114 0.000 0.164 0.008 0.828 0.000
#> GSM483432 5 0.6806 0.15535 0.000 0.252 0.004 0.312 0.432
#> GSM483435 4 0.1278 0.81808 0.000 0.016 0.020 0.960 0.004
#> GSM483438 2 0.5908 0.30066 0.000 0.512 0.000 0.380 0.108
#> GSM483441 5 0.6089 0.42277 0.000 0.168 0.004 0.244 0.584
#> GSM483451 4 0.5958 0.40402 0.000 0.144 0.000 0.568 0.288
#> GSM483452 1 0.3948 0.72265 0.768 0.012 0.012 0.000 0.208
#> GSM483453 4 0.3219 0.76223 0.000 0.020 0.004 0.840 0.136
#> GSM483457 4 0.1082 0.81963 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM483467 4 0.3061 0.76214 0.000 0.020 0.000 0.844 0.136
#> GSM483469 5 0.6383 0.41299 0.004 0.188 0.004 0.244 0.560
#> GSM483472 4 0.4763 0.41999 0.000 0.020 0.004 0.616 0.360
#> GSM483474 5 0.2555 0.73833 0.040 0.004 0.012 0.036 0.908
#> GSM483475 4 0.1901 0.80410 0.000 0.056 0.012 0.928 0.004
#> GSM483479 1 0.4561 0.60907 0.712 0.008 0.008 0.016 0.256
#> GSM483480 3 0.4347 0.72698 0.000 0.032 0.792 0.044 0.132
#> GSM483481 3 0.4574 0.72504 0.000 0.040 0.788 0.072 0.100
#> GSM483482 3 0.3948 0.73334 0.000 0.008 0.808 0.056 0.128
#> GSM483483 3 0.4425 0.30701 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452
#> GSM483484 5 0.3770 0.61881 0.016 0.004 0.160 0.012 0.808
#> GSM483485 4 0.3890 0.68558 0.000 0.004 0.168 0.792 0.036
#> GSM483486 3 0.3873 0.74447 0.000 0.008 0.820 0.084 0.088
#> GSM483487 5 0.4265 0.54426 0.020 0.000 0.224 0.012 0.744
#> GSM483488 5 0.2664 0.69625 0.020 0.000 0.092 0.004 0.884
#> GSM483489 5 0.3879 0.58707 0.016 0.000 0.188 0.012 0.784
#> GSM483490 3 0.4882 0.14298 0.000 0.000 0.532 0.444 0.024
#> GSM483491 5 0.4555 0.30922 0.020 0.000 0.344 0.000 0.636
#> GSM483492 5 0.2919 0.75039 0.104 0.000 0.024 0.004 0.868
#> GSM483493 5 0.2813 0.74858 0.108 0.000 0.024 0.000 0.868
#> GSM483494 5 0.2919 0.75039 0.104 0.000 0.024 0.004 0.868
#> GSM483495 5 0.2771 0.73669 0.128 0.000 0.012 0.000 0.860
#> GSM483496 5 0.2864 0.74599 0.112 0.000 0.024 0.000 0.864
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.1155 0.79541 0.036 0.004 0.000 0.000 0.956 0.004
#> GSM483302 1 0.5128 0.39508 0.656 0.000 0.012 0.000 0.200 0.132
#> GSM483303 5 0.6312 0.51214 0.000 0.068 0.008 0.100 0.556 0.268
#> GSM483305 2 0.1230 0.75942 0.000 0.956 0.008 0.000 0.008 0.028
#> GSM483307 2 0.2884 0.79406 0.000 0.848 0.012 0.008 0.004 0.128
#> GSM483312 2 0.0405 0.76692 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483313 3 0.3488 0.66725 0.000 0.000 0.800 0.012 0.028 0.160
#> GSM483317 3 0.2158 0.67907 0.004 0.000 0.912 0.012 0.056 0.016
#> GSM483318 3 0.2002 0.67430 0.000 0.000 0.908 0.004 0.012 0.076
#> GSM483319 3 0.1546 0.68859 0.004 0.000 0.944 0.004 0.028 0.020
#> GSM483322 3 0.1465 0.68875 0.004 0.000 0.948 0.004 0.020 0.024
#> GSM483327 3 0.3759 0.66270 0.000 0.012 0.792 0.024 0.012 0.160
#> GSM483328 3 0.3134 0.67597 0.000 0.000 0.808 0.000 0.024 0.168
#> GSM483330 3 0.5014 0.33593 0.284 0.000 0.624 0.000 0.008 0.084
#> GSM483332 3 0.6162 0.17135 0.000 0.008 0.424 0.408 0.012 0.148
#> GSM483333 3 0.2004 0.68664 0.004 0.004 0.924 0.004 0.028 0.036
#> GSM483336 3 0.1786 0.68648 0.004 0.000 0.932 0.004 0.032 0.028
#> GSM483337 3 0.3015 0.68064 0.000 0.000 0.844 0.012 0.024 0.120
#> GSM483339 2 0.7364 0.55356 0.104 0.440 0.084 0.008 0.032 0.332
#> GSM483351 5 0.0972 0.79566 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM483352 4 0.4332 0.60279 0.000 0.000 0.008 0.688 0.264 0.040
#> GSM483354 5 0.1168 0.79469 0.028 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016
#> GSM483358 4 0.1932 0.79844 0.000 0.040 0.020 0.924 0.000 0.016
#> GSM483384 1 0.6294 0.15980 0.520 0.004 0.004 0.032 0.304 0.136
#> GSM483386 2 0.5724 0.69973 0.000 0.612 0.012 0.080 0.036 0.260
#> GSM483388 4 0.5984 0.51178 0.000 0.072 0.024 0.592 0.040 0.272
#> GSM483390 5 0.1007 0.79143 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM483391 5 0.6023 0.60782 0.032 0.168 0.004 0.020 0.632 0.144
#> GSM483396 1 0.7882 -0.17989 0.324 0.004 0.312 0.012 0.176 0.172
#> GSM483399 4 0.0912 0.81614 0.000 0.004 0.004 0.972 0.008 0.012
#> GSM483400 6 0.6730 0.43205 0.280 0.000 0.224 0.000 0.052 0.444
#> GSM483401 2 0.1598 0.75390 0.000 0.940 0.008 0.040 0.004 0.008
#> GSM483412 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483418 4 0.1296 0.81076 0.000 0.004 0.032 0.952 0.000 0.012
#> GSM483420 4 0.1480 0.80904 0.000 0.000 0.040 0.940 0.000 0.020
#> GSM483421 4 0.0870 0.81581 0.000 0.004 0.012 0.972 0.000 0.012
#> GSM483426 4 0.4915 0.63506 0.004 0.004 0.092 0.700 0.012 0.188
#> GSM483428 2 0.1332 0.75882 0.000 0.952 0.012 0.000 0.008 0.028
#> GSM483431 1 0.4768 0.29082 0.700 0.216 0.016 0.000 0.008 0.060
#> GSM483436 5 0.0858 0.79609 0.028 0.004 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM483442 5 0.1007 0.79143 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM483443 1 0.3851 0.41964 0.756 0.004 0.004 0.000 0.204 0.032
#> GSM483444 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483447 1 0.2011 0.54607 0.912 0.000 0.004 0.000 0.064 0.020
#> GSM483448 6 0.7719 0.37744 0.172 0.012 0.184 0.004 0.212 0.416
#> GSM483450 5 0.1168 0.79469 0.028 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016
#> GSM483455 4 0.3795 0.73990 0.000 0.000 0.004 0.788 0.112 0.096
#> GSM483458 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483461 4 0.3251 0.78624 0.008 0.000 0.064 0.848 0.008 0.072
#> GSM483462 5 0.1789 0.76252 0.032 0.000 0.000 0.000 0.924 0.044
#> GSM483464 5 0.2135 0.71682 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM483466 4 0.4634 0.65736 0.000 0.000 0.000 0.688 0.124 0.188
#> GSM483468 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483476 4 0.1976 0.81263 0.000 0.000 0.008 0.916 0.016 0.060
#> GSM483477 5 0.6730 0.40289 0.228 0.004 0.008 0.052 0.520 0.188
#> GSM483300 2 0.2691 0.71907 0.000 0.872 0.088 0.000 0.008 0.032
#> GSM483308 2 0.3469 0.79579 0.000 0.800 0.016 0.008 0.008 0.168
#> GSM483310 2 0.1138 0.75876 0.000 0.960 0.012 0.000 0.004 0.024
#> GSM483311 2 0.0405 0.76692 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483323 6 0.6428 0.44066 0.248 0.000 0.312 0.000 0.020 0.420
#> GSM483338 4 0.1138 0.81283 0.000 0.004 0.024 0.960 0.000 0.012
#> GSM483353 1 0.2789 0.52696 0.864 0.000 0.004 0.000 0.088 0.044
#> GSM483361 1 0.2516 0.53618 0.884 0.004 0.004 0.000 0.084 0.024
#> GSM483363 4 0.4156 0.73840 0.004 0.000 0.004 0.764 0.108 0.120
#> GSM483364 1 0.1245 0.55649 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483366 1 0.4837 0.03766 0.564 0.000 0.016 0.000 0.032 0.388
#> GSM483368 4 0.1218 0.81298 0.000 0.004 0.028 0.956 0.000 0.012
#> GSM483371 1 0.6864 0.10811 0.484 0.012 0.004 0.040 0.248 0.212
#> GSM483372 4 0.0717 0.81465 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> GSM483373 4 0.2554 0.79918 0.020 0.000 0.012 0.880 0.000 0.088
#> GSM483374 4 0.2356 0.79870 0.000 0.004 0.008 0.884 0.004 0.100
#> GSM483379 1 0.5083 -0.00268 0.524 0.000 0.012 0.000 0.052 0.412
#> GSM483380 4 0.1630 0.80770 0.000 0.020 0.016 0.940 0.000 0.024
#> GSM483381 1 0.4396 0.47097 0.772 0.004 0.024 0.004 0.088 0.108
#> GSM483389 6 0.6665 0.34166 0.332 0.000 0.068 0.056 0.044 0.500
#> GSM483404 1 0.4486 0.45945 0.780 0.004 0.028 0.016 0.080 0.092
#> GSM483405 1 0.4837 -0.03287 0.528 0.000 0.016 0.000 0.028 0.428
#> GSM483410 1 0.0603 0.55512 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM483411 3 0.5852 0.25784 0.112 0.004 0.612 0.004 0.036 0.232
#> GSM483413 5 0.7767 0.31492 0.032 0.204 0.008 0.092 0.436 0.228
#> GSM483416 1 0.6216 0.30355 0.608 0.004 0.056 0.008 0.152 0.172
#> GSM483417 1 0.4623 -0.01971 0.540 0.000 0.016 0.000 0.016 0.428
#> GSM483419 1 0.1003 0.55550 0.964 0.000 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM483427 5 0.2973 0.75035 0.032 0.004 0.016 0.000 0.864 0.084
#> GSM483433 6 0.6873 0.29921 0.264 0.000 0.032 0.268 0.012 0.424
#> GSM483434 6 0.6243 0.43456 0.252 0.000 0.288 0.000 0.012 0.448
#> GSM483445 3 0.3575 0.63599 0.044 0.004 0.840 0.008 0.028 0.076
#> GSM483459 3 0.5987 -0.07097 0.036 0.000 0.464 0.000 0.100 0.400
#> GSM483465 5 0.0713 0.79567 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483470 5 0.6025 0.57228 0.008 0.104 0.000 0.068 0.616 0.204
#> GSM483473 6 0.8140 0.25851 0.296 0.004 0.056 0.100 0.192 0.352
#> GSM483478 1 0.1616 0.55497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM483304 2 0.1332 0.75882 0.000 0.952 0.012 0.000 0.008 0.028
#> GSM483315 1 0.5467 -0.11801 0.488 0.000 0.040 0.000 0.044 0.428
#> GSM483320 3 0.2501 0.64233 0.016 0.000 0.872 0.000 0.004 0.108
#> GSM483325 3 0.2075 0.68273 0.016 0.004 0.924 0.004 0.020 0.032
#> GSM483329 6 0.7493 0.31824 0.216 0.140 0.108 0.000 0.048 0.488
#> GSM483331 3 0.3758 0.50670 0.008 0.000 0.668 0.000 0.000 0.324
#> GSM483334 6 0.6396 0.30319 0.380 0.000 0.152 0.000 0.040 0.428
#> GSM483341 3 0.4091 0.30862 0.008 0.000 0.520 0.000 0.000 0.472
#> GSM483343 3 0.3979 0.35827 0.004 0.000 0.540 0.000 0.000 0.456
#> GSM483344 3 0.6914 0.46495 0.068 0.096 0.516 0.004 0.032 0.284
#> GSM483347 4 0.6443 0.10110 0.004 0.004 0.300 0.452 0.012 0.228
#> GSM483348 1 0.5151 -0.06277 0.508 0.000 0.020 0.000 0.044 0.428
#> GSM483349 1 0.1138 0.55235 0.960 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012
#> GSM483350 1 0.1138 0.55235 0.960 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012
#> GSM483356 1 0.4612 -0.01435 0.544 0.000 0.012 0.000 0.020 0.424
#> GSM483362 1 0.2350 0.53378 0.880 0.000 0.000 0.000 0.020 0.100
#> GSM483365 1 0.5221 -0.07268 0.504 0.000 0.024 0.000 0.044 0.428
#> GSM483367 1 0.5063 -0.03374 0.524 0.000 0.016 0.000 0.044 0.416
#> GSM483369 1 0.1528 0.55318 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> GSM483370 1 0.1616 0.55497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM483375 1 0.4883 0.44555 0.708 0.000 0.016 0.004 0.144 0.128
#> GSM483376 3 0.7796 -0.22561 0.264 0.004 0.388 0.024 0.104 0.216
#> GSM483377 1 0.5415 -0.13267 0.484 0.000 0.036 0.000 0.044 0.436
#> GSM483378 1 0.1245 0.55649 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483385 1 0.1616 0.55497 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM483402 3 0.6927 0.22263 0.104 0.156 0.532 0.004 0.008 0.196
#> GSM483403 1 0.4518 0.42032 0.740 0.036 0.008 0.000 0.036 0.180
#> GSM483406 1 0.1606 0.55161 0.932 0.000 0.004 0.000 0.056 0.008
#> GSM483407 1 0.8379 -0.03998 0.400 0.220 0.096 0.008 0.104 0.172
#> GSM483408 4 0.6720 0.14598 0.204 0.000 0.040 0.528 0.024 0.204
#> GSM483414 1 0.5579 -0.07312 0.484 0.000 0.016 0.004 0.076 0.420
#> GSM483415 1 0.5080 -0.06877 0.508 0.000 0.016 0.000 0.044 0.432
#> GSM483424 1 0.3436 0.48178 0.812 0.000 0.004 0.000 0.128 0.056
#> GSM483437 6 0.6912 0.37049 0.280 0.000 0.064 0.004 0.204 0.448
#> GSM483439 1 0.2902 0.52083 0.852 0.004 0.004 0.000 0.116 0.024
#> GSM483440 1 0.2250 0.53817 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483446 6 0.6157 0.19824 0.388 0.000 0.016 0.004 0.152 0.440
#> GSM483449 1 0.3663 0.43657 0.776 0.000 0.000 0.004 0.040 0.180
#> GSM483454 1 0.5409 0.33466 0.648 0.000 0.024 0.004 0.116 0.208
#> GSM483456 4 0.4073 0.59518 0.000 0.224 0.016 0.732 0.000 0.028
#> GSM483460 1 0.1938 0.55654 0.920 0.000 0.000 0.004 0.040 0.036
#> GSM483463 4 0.0665 0.81610 0.000 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> GSM483471 1 0.4939 0.03973 0.552 0.000 0.004 0.004 0.048 0.392
#> GSM483297 2 0.3855 0.79206 0.000 0.760 0.012 0.016 0.008 0.204
#> GSM483298 2 0.5126 0.74530 0.000 0.668 0.012 0.120 0.004 0.196
#> GSM483299 2 0.3944 0.79134 0.000 0.756 0.016 0.016 0.008 0.204
#> GSM483306 2 0.3494 0.79687 0.000 0.800 0.004 0.032 0.004 0.160
#> GSM483309 2 0.4720 0.76554 0.004 0.688 0.040 0.008 0.012 0.248
#> GSM483314 3 0.2085 0.68698 0.000 0.000 0.912 0.056 0.008 0.024
#> GSM483316 3 0.1893 0.68435 0.008 0.000 0.928 0.004 0.024 0.036
#> GSM483321 3 0.2314 0.69283 0.000 0.008 0.900 0.008 0.012 0.072
#> GSM483324 3 0.3931 0.61320 0.008 0.000 0.788 0.144 0.012 0.048
#> GSM483326 2 0.6474 0.55142 0.000 0.464 0.176 0.016 0.016 0.328
#> GSM483335 3 0.3771 0.61218 0.004 0.000 0.792 0.024 0.024 0.156
#> GSM483340 3 0.7357 -0.04354 0.000 0.312 0.376 0.092 0.008 0.212
#> GSM483342 2 0.6377 0.16145 0.000 0.400 0.368 0.008 0.008 0.216
#> GSM483345 2 0.5300 0.76125 0.000 0.668 0.076 0.028 0.012 0.216
#> GSM483346 2 0.3928 0.79313 0.000 0.764 0.024 0.012 0.008 0.192
#> GSM483355 2 0.3884 0.79147 0.000 0.756 0.016 0.012 0.008 0.208
#> GSM483357 2 0.6641 0.63862 0.000 0.476 0.016 0.116 0.052 0.340
#> GSM483359 1 0.6049 0.18286 0.568 0.004 0.016 0.008 0.156 0.248
#> GSM483360 4 0.2664 0.77333 0.000 0.056 0.020 0.884 0.000 0.040
#> GSM483382 4 0.0436 0.81592 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> GSM483383 2 0.6472 0.56200 0.000 0.492 0.016 0.204 0.016 0.272
#> GSM483387 1 0.3323 0.50136 0.840 0.004 0.004 0.004 0.060 0.088
#> GSM483392 4 0.0748 0.81495 0.000 0.004 0.016 0.976 0.000 0.004
#> GSM483393 5 0.7727 0.42941 0.040 0.084 0.024 0.116 0.468 0.268
#> GSM483394 2 0.4377 0.78707 0.000 0.732 0.016 0.048 0.004 0.200
#> GSM483395 4 0.6430 0.47940 0.000 0.088 0.004 0.560 0.120 0.228
#> GSM483397 3 0.7492 0.10263 0.272 0.000 0.380 0.240 0.012 0.096
#> GSM483398 4 0.2199 0.79588 0.000 0.000 0.000 0.892 0.020 0.088
#> GSM483409 5 0.1478 0.79196 0.032 0.000 0.000 0.004 0.944 0.020
#> GSM483422 2 0.0405 0.76692 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483423 6 0.8303 -0.04614 0.236 0.076 0.148 0.012 0.116 0.412
#> GSM483425 5 0.6118 0.52494 0.000 0.052 0.000 0.156 0.572 0.220
#> GSM483429 4 0.0653 0.81513 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> GSM483430 4 0.2404 0.77010 0.000 0.080 0.000 0.884 0.000 0.036
#> GSM483432 5 0.7768 0.10315 0.000 0.140 0.012 0.232 0.324 0.292
#> GSM483435 4 0.1232 0.81190 0.000 0.004 0.024 0.956 0.000 0.016
#> GSM483438 2 0.7408 0.28434 0.000 0.336 0.016 0.288 0.064 0.296
#> GSM483441 5 0.6941 0.43195 0.000 0.076 0.012 0.172 0.496 0.244
#> GSM483451 4 0.6369 0.40558 0.000 0.048 0.000 0.524 0.240 0.188
#> GSM483452 1 0.4886 0.38163 0.648 0.000 0.000 0.004 0.252 0.096
#> GSM483453 4 0.4474 0.67720 0.000 0.000 0.000 0.708 0.120 0.172
#> GSM483457 4 0.0870 0.81657 0.000 0.000 0.012 0.972 0.012 0.004
#> GSM483467 4 0.4474 0.67720 0.000 0.000 0.000 0.708 0.120 0.172
#> GSM483469 5 0.7268 0.39454 0.000 0.104 0.016 0.172 0.468 0.240
#> GSM483472 4 0.5641 0.28549 0.000 0.000 0.000 0.504 0.328 0.168
#> GSM483474 5 0.2282 0.77468 0.020 0.000 0.000 0.012 0.900 0.068
#> GSM483475 4 0.1514 0.81147 0.000 0.012 0.004 0.944 0.004 0.036
#> GSM483479 1 0.3348 0.49658 0.824 0.004 0.004 0.000 0.124 0.044
#> GSM483480 3 0.3542 0.66779 0.000 0.000 0.800 0.016 0.028 0.156
#> GSM483481 3 0.3542 0.66779 0.000 0.000 0.800 0.016 0.028 0.156
#> GSM483482 3 0.3299 0.67395 0.000 0.000 0.820 0.012 0.028 0.140
#> GSM483483 3 0.5534 0.18289 0.000 0.000 0.444 0.000 0.424 0.132
#> GSM483484 5 0.4169 0.63294 0.004 0.000 0.104 0.000 0.752 0.140
#> GSM483485 4 0.5334 0.55755 0.004 0.000 0.140 0.644 0.012 0.200
#> GSM483486 3 0.3092 0.68008 0.000 0.000 0.840 0.012 0.028 0.120
#> GSM483487 5 0.3918 0.62188 0.000 0.000 0.124 0.000 0.768 0.108
#> GSM483488 5 0.1765 0.76335 0.000 0.000 0.024 0.000 0.924 0.052
#> GSM483489 5 0.4204 0.60121 0.000 0.000 0.128 0.000 0.740 0.132
#> GSM483490 3 0.5874 0.33529 0.000 0.000 0.500 0.336 0.012 0.152
#> GSM483491 5 0.3803 0.58796 0.000 0.000 0.184 0.000 0.760 0.056
#> GSM483492 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483493 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483494 5 0.0865 0.79598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483495 5 0.1075 0.78837 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM483496 5 0.1007 0.79143 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:kmeans 187 7.96e-01 3.32e-09 2
#> CV:kmeans 113 3.91e-01 6.98e-09 3
#> CV:kmeans 133 3.03e-05 3.79e-12 4
#> CV:kmeans 167 4.47e-05 4.38e-16 5
#> CV:kmeans 131 1.97e-04 4.01e-11 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.693 0.850 0.939 0.5005 0.502 0.502
#> 3 3 0.506 0.672 0.823 0.2860 0.806 0.631
#> 4 4 0.602 0.541 0.772 0.1334 0.780 0.470
#> 5 5 0.796 0.780 0.901 0.0842 0.918 0.697
#> 6 6 0.747 0.649 0.795 0.0480 0.915 0.629
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483307 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483317 1 0.9710 0.3685 0.600 0.400
#> GSM483318 1 0.9661 0.3886 0.608 0.392
#> GSM483319 2 0.9710 0.2926 0.400 0.600
#> GSM483322 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.9850 0.2303 0.572 0.428
#> GSM483330 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483386 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483388 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.8144 0.6637 0.748 0.252
#> GSM483396 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483436 1 0.7299 0.7302 0.796 0.204
#> GSM483442 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483450 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483461 2 0.9710 0.2926 0.400 0.600
#> GSM483462 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483310 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483363 2 0.6048 0.7863 0.148 0.852
#> GSM483364 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.9970 0.0956 0.532 0.468
#> GSM483372 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0672 0.9192 0.992 0.008
#> GSM483389 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483404 1 0.6148 0.7898 0.848 0.152
#> GSM483405 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483413 2 0.7376 0.7275 0.208 0.792
#> GSM483416 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.7139 0.7400 0.804 0.196
#> GSM483433 2 0.9944 0.1103 0.456 0.544
#> GSM483434 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483470 2 0.6148 0.7811 0.152 0.848
#> GSM483473 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483478 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.7139 0.7429 0.196 0.804
#> GSM483315 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.9710 0.3122 0.600 0.400
#> GSM483331 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483343 2 0.4939 0.8373 0.108 0.892
#> GSM483344 2 0.9710 0.3431 0.400 0.600
#> GSM483347 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7219 0.7351 0.800 0.200
#> GSM483377 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0376 0.9221 0.996 0.004
#> GSM483408 1 0.9710 0.3685 0.600 0.400
#> GSM483414 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.3733 0.8763 0.072 0.928
#> GSM483306 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7219 0.7380 0.200 0.800
#> GSM483314 2 0.9710 0.2926 0.400 0.600
#> GSM483316 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0672 0.9295 0.008 0.992
#> GSM483324 2 0.9710 0.2926 0.400 0.600
#> GSM483326 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.9710 0.3685 0.600 0.400
#> GSM483340 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0376 0.9325 0.004 0.996
#> GSM483357 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.9710 0.3122 0.600 0.400
#> GSM483360 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.2423 0.8945 0.960 0.040
#> GSM483392 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.7602 0.7145 0.220 0.780
#> GSM483394 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.9710 0.3685 0.600 0.400
#> GSM483398 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.8955 0.5516 0.312 0.688
#> GSM483425 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.9710 0.3122 0.600 0.400
#> GSM483475 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.8763 0.5531 0.704 0.296
#> GSM483484 1 0.9000 0.5131 0.684 0.316
#> GSM483485 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.6887 0.7350 0.816 0.184
#> GSM483489 1 0.8207 0.6258 0.744 0.256
#> GSM483490 2 0.0000 0.9353 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.4178 0.7627 0.828 0.000 0.172
#> GSM483302 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.6295 0.5480 0.000 0.528 0.472
#> GSM483305 2 0.9171 0.4949 0.172 0.516 0.312
#> GSM483307 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483312 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483313 3 0.1411 0.6012 0.000 0.036 0.964
#> GSM483317 3 0.9108 0.5675 0.164 0.316 0.520
#> GSM483318 3 0.9292 0.5908 0.208 0.272 0.520
#> GSM483319 3 0.8597 0.5163 0.104 0.380 0.516
#> GSM483322 3 0.5327 0.5178 0.000 0.272 0.728
#> GSM483327 3 0.5327 0.5178 0.000 0.272 0.728
#> GSM483328 3 0.6380 0.6522 0.224 0.044 0.732
#> GSM483330 3 0.5431 0.6284 0.284 0.000 0.716
#> GSM483332 2 0.6291 0.1975 0.000 0.532 0.468
#> GSM483333 3 0.7624 0.5613 0.368 0.052 0.580
#> GSM483336 3 0.6095 0.4542 0.392 0.000 0.608
#> GSM483337 3 0.5016 0.5503 0.000 0.240 0.760
#> GSM483339 3 0.9198 0.1943 0.200 0.268 0.532
#> GSM483351 1 0.4452 0.7489 0.808 0.000 0.192
#> GSM483352 2 0.0747 0.7771 0.000 0.984 0.016
#> GSM483354 1 0.5497 0.6284 0.708 0.000 0.292
#> GSM483358 2 0.3192 0.7598 0.000 0.888 0.112
#> GSM483384 1 0.2711 0.7794 0.912 0.088 0.000
#> GSM483386 2 0.8466 0.5611 0.172 0.616 0.212
#> GSM483388 2 0.2066 0.7788 0.000 0.940 0.060
#> GSM483390 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483391 1 0.7510 0.6006 0.692 0.124 0.184
#> GSM483396 1 0.2982 0.7920 0.920 0.024 0.056
#> GSM483399 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483400 1 0.3551 0.7091 0.868 0.000 0.132
#> GSM483401 2 0.5327 0.7219 0.000 0.728 0.272
#> GSM483412 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483418 2 0.0424 0.7776 0.000 0.992 0.008
#> GSM483420 2 0.0424 0.7776 0.000 0.992 0.008
#> GSM483421 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483426 2 0.4750 0.7137 0.000 0.784 0.216
#> GSM483428 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483431 1 0.4689 0.7358 0.852 0.052 0.096
#> GSM483436 1 0.6348 0.6993 0.752 0.060 0.188
#> GSM483442 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483443 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483447 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4277 0.7293 0.852 0.132 0.016
#> GSM483450 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483455 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483458 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483461 2 0.5335 0.4432 0.232 0.760 0.008
#> GSM483462 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483464 1 0.1031 0.8435 0.976 0.000 0.024
#> GSM483466 2 0.1753 0.7796 0.000 0.952 0.048
#> GSM483468 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483476 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483477 1 0.5852 0.6360 0.788 0.152 0.060
#> GSM483300 2 0.6228 0.6388 0.004 0.624 0.372
#> GSM483308 2 0.8393 0.5341 0.088 0.516 0.396
#> GSM483310 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483311 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483323 3 0.6309 0.3500 0.500 0.000 0.500
#> GSM483338 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483353 1 0.2878 0.7583 0.904 0.000 0.096
#> GSM483361 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 2 0.0475 0.7777 0.004 0.992 0.004
#> GSM483364 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0424 0.7776 0.000 0.992 0.008
#> GSM483371 2 0.8464 0.1127 0.448 0.464 0.088
#> GSM483372 2 0.0424 0.7809 0.000 0.992 0.008
#> GSM483373 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483374 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483379 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483381 1 0.0424 0.8487 0.992 0.008 0.000
#> GSM483389 1 0.5728 0.5254 0.720 0.272 0.008
#> GSM483404 1 0.1289 0.8347 0.968 0.032 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.9687 -0.1577 0.460 0.268 0.272
#> GSM483413 2 0.7309 0.5953 0.168 0.708 0.124
#> GSM483416 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5356 0.7320 0.784 0.020 0.196
#> GSM483433 2 0.6799 0.0333 0.456 0.532 0.012
#> GSM483434 1 0.6307 -0.3450 0.512 0.000 0.488
#> GSM483445 3 0.6307 0.3750 0.488 0.000 0.512
#> GSM483459 3 0.5948 0.4549 0.360 0.000 0.640
#> GSM483465 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483470 2 0.5692 0.6279 0.008 0.724 0.268
#> GSM483473 1 0.5216 0.5579 0.740 0.260 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.9210 0.4895 0.184 0.520 0.296
#> GSM483315 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.6305 0.3828 0.484 0.000 0.516
#> GSM483325 3 0.6307 0.3750 0.488 0.000 0.512
#> GSM483329 1 0.8720 -0.1650 0.480 0.108 0.412
#> GSM483331 3 0.5363 0.6335 0.276 0.000 0.724
#> GSM483334 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.5397 0.6317 0.280 0.000 0.720
#> GSM483343 3 0.5553 0.5226 0.004 0.272 0.724
#> GSM483344 3 0.5982 0.6214 0.228 0.028 0.744
#> GSM483347 2 0.5327 0.6565 0.000 0.728 0.272
#> GSM483348 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7318 0.4461 0.668 0.264 0.068
#> GSM483377 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.6345 0.4953 0.400 0.004 0.596
#> GSM483403 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3207 0.7742 0.904 0.012 0.084
#> GSM483408 1 0.6608 0.2154 0.560 0.432 0.008
#> GSM483414 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.3816 0.7477 0.000 0.852 0.148
#> GSM483460 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483471 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.5291 0.7358 0.000 0.732 0.268
#> GSM483298 2 0.5291 0.7358 0.000 0.732 0.268
#> GSM483299 2 0.7271 0.6461 0.040 0.608 0.352
#> GSM483306 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483309 2 0.9171 0.4949 0.172 0.516 0.312
#> GSM483314 3 0.8538 0.5160 0.100 0.380 0.520
#> GSM483316 3 0.6305 0.3828 0.484 0.000 0.516
#> GSM483321 3 0.5414 0.5356 0.016 0.212 0.772
#> GSM483324 3 0.8549 0.5114 0.100 0.384 0.516
#> GSM483326 2 0.5465 0.7200 0.000 0.712 0.288
#> GSM483335 3 0.8597 0.5163 0.104 0.380 0.516
#> GSM483340 2 0.4887 0.7068 0.000 0.772 0.228
#> GSM483342 3 0.6079 -0.0885 0.000 0.388 0.612
#> GSM483345 2 0.5431 0.7203 0.000 0.716 0.284
#> GSM483346 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483355 2 0.6501 0.6953 0.020 0.664 0.316
#> GSM483357 2 0.6079 0.6522 0.000 0.612 0.388
#> GSM483359 1 0.9302 -0.0225 0.524 0.236 0.240
#> GSM483360 2 0.3879 0.7463 0.000 0.848 0.152
#> GSM483382 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483383 2 0.3116 0.7730 0.000 0.892 0.108
#> GSM483387 1 0.0237 0.8502 0.996 0.004 0.000
#> GSM483392 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483393 2 0.6808 0.5887 0.184 0.732 0.084
#> GSM483394 2 0.5291 0.7358 0.000 0.732 0.268
#> GSM483395 2 0.2625 0.7727 0.000 0.916 0.084
#> GSM483397 3 0.9746 0.5189 0.240 0.328 0.432
#> GSM483398 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483409 1 0.5253 0.7378 0.792 0.020 0.188
#> GSM483422 2 0.5529 0.7188 0.000 0.704 0.296
#> GSM483423 3 0.9392 0.0222 0.196 0.312 0.492
#> GSM483425 2 0.5327 0.6337 0.000 0.728 0.272
#> GSM483429 2 0.0000 0.7802 0.000 1.000 0.000
#> GSM483430 2 0.1411 0.7809 0.000 0.964 0.036
#> GSM483432 2 0.4796 0.6889 0.000 0.780 0.220
#> GSM483435 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483438 2 0.2711 0.7725 0.000 0.912 0.088
#> GSM483441 2 0.5178 0.6522 0.000 0.744 0.256
#> GSM483451 2 0.1753 0.7796 0.000 0.952 0.048
#> GSM483452 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.7802 0.000 1.000 0.000
#> GSM483457 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483467 2 0.0000 0.7802 0.000 1.000 0.000
#> GSM483469 2 0.2625 0.7727 0.000 0.916 0.084
#> GSM483472 2 0.1753 0.7624 0.000 0.952 0.048
#> GSM483474 1 0.9323 0.2583 0.500 0.312 0.188
#> GSM483475 2 0.0237 0.7796 0.000 0.996 0.004
#> GSM483479 1 0.0000 0.8526 1.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2625 0.6109 0.000 0.084 0.916
#> GSM483481 3 0.4555 0.5791 0.000 0.200 0.800
#> GSM483482 3 0.3038 0.6103 0.000 0.104 0.896
#> GSM483483 3 0.2878 0.6389 0.096 0.000 0.904
#> GSM483484 3 0.4702 0.5691 0.212 0.000 0.788
#> GSM483485 2 0.4796 0.7109 0.000 0.780 0.220
#> GSM483486 3 0.4452 0.5833 0.000 0.192 0.808
#> GSM483487 3 0.4796 0.5811 0.220 0.000 0.780
#> GSM483488 3 0.3879 0.6356 0.152 0.000 0.848
#> GSM483489 3 0.3192 0.6384 0.112 0.000 0.888
#> GSM483490 3 0.5529 0.5088 0.000 0.296 0.704
#> GSM483491 3 0.5650 0.4616 0.312 0.000 0.688
#> GSM483492 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483493 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483494 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483495 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
#> GSM483496 1 0.4399 0.7517 0.812 0.000 0.188
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483302 1 0.0336 0.85683 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483303 2 0.2814 0.70746 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM483305 2 0.0469 0.78975 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483312 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483313 3 0.6633 -0.03697 0.000 0.416 0.500 0.084
#> GSM483317 3 0.5337 0.05849 0.000 0.012 0.564 0.424
#> GSM483318 3 0.6692 0.08781 0.060 0.012 0.520 0.408
#> GSM483319 3 0.5353 0.04607 0.000 0.012 0.556 0.432
#> GSM483322 3 0.6844 0.05423 0.000 0.104 0.500 0.396
#> GSM483327 3 0.7648 -0.02877 0.000 0.208 0.400 0.392
#> GSM483328 3 0.8269 0.28615 0.324 0.088 0.496 0.092
#> GSM483330 3 0.7600 0.21635 0.388 0.064 0.492 0.056
#> GSM483332 4 0.7031 0.36736 0.000 0.288 0.156 0.556
#> GSM483333 3 0.7164 0.23960 0.368 0.028 0.532 0.072
#> GSM483336 3 0.5837 0.38547 0.212 0.012 0.708 0.068
#> GSM483337 3 0.6638 0.02965 0.000 0.084 0.496 0.420
#> GSM483339 2 0.4201 0.62463 0.196 0.788 0.004 0.012
#> GSM483351 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483352 4 0.2401 0.69834 0.000 0.004 0.092 0.904
#> GSM483354 3 0.6550 0.22275 0.432 0.008 0.504 0.056
#> GSM483358 4 0.4643 0.55595 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM483384 1 0.0712 0.85249 0.984 0.008 0.004 0.004
#> GSM483386 2 0.1174 0.78868 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM483388 4 0.4855 0.30970 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM483390 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483391 1 0.8979 -0.10935 0.404 0.244 0.288 0.064
#> GSM483396 1 0.2761 0.78240 0.908 0.012 0.016 0.064
#> GSM483399 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483400 1 0.3569 0.60359 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM483401 2 0.3873 0.51442 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM483412 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483418 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483420 4 0.2408 0.77589 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM483421 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483426 4 0.4967 0.37794 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM483428 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483431 1 0.3837 0.58609 0.776 0.224 0.000 0.000
#> GSM483436 3 0.6319 0.21943 0.436 0.000 0.504 0.060
#> GSM483442 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483443 1 0.0336 0.85667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483444 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483447 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4707 0.63275 0.800 0.040 0.016 0.144
#> GSM483450 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483455 4 0.1792 0.76187 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM483458 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483461 4 0.1557 0.75776 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM483462 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483464 1 0.5903 0.19656 0.616 0.000 0.332 0.052
#> GSM483466 4 0.3873 0.58773 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM483468 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483476 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483477 1 0.9135 -0.00958 0.436 0.128 0.148 0.288
#> GSM483300 2 0.1082 0.78659 0.004 0.972 0.004 0.020
#> GSM483308 2 0.0469 0.78975 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483311 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483323 1 0.5512 -0.05920 0.496 0.000 0.488 0.016
#> GSM483338 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483353 1 0.1716 0.79393 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.1792 0.76187 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM483364 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483371 2 0.7603 0.36448 0.244 0.476 0.000 0.280
#> GSM483372 4 0.2760 0.77999 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM483373 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483374 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483379 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483381 1 0.1302 0.82066 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM483389 1 0.4008 0.53276 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM483404 1 0.3024 0.67926 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM483405 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.8275 -0.13027 0.412 0.016 0.276 0.296
#> GSM483413 2 0.5182 0.53569 0.012 0.676 0.008 0.304
#> GSM483416 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 3 0.6380 0.21715 0.436 0.000 0.500 0.064
#> GSM483433 4 0.5345 0.25092 0.404 0.004 0.008 0.584
#> GSM483434 1 0.5508 -0.03868 0.508 0.000 0.476 0.016
#> GSM483445 3 0.6798 0.19709 0.400 0.012 0.520 0.068
#> GSM483459 3 0.5747 0.37704 0.224 0.008 0.704 0.064
#> GSM483465 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483470 4 0.7748 0.00554 0.000 0.276 0.284 0.440
#> GSM483473 1 0.4008 0.53198 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM483478 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0469 0.78975 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0469 0.85420 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483320 3 0.6834 0.16259 0.424 0.012 0.496 0.068
#> GSM483325 3 0.6834 0.16259 0.424 0.012 0.496 0.068
#> GSM483329 2 0.4483 0.52242 0.284 0.712 0.004 0.000
#> GSM483331 3 0.7893 0.24821 0.360 0.076 0.496 0.068
#> GSM483334 1 0.2530 0.73335 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483341 3 0.7750 0.23512 0.372 0.064 0.496 0.068
#> GSM483343 3 0.6828 0.03606 0.008 0.076 0.496 0.420
#> GSM483344 2 0.6456 0.50529 0.204 0.688 0.044 0.064
#> GSM483347 4 0.5119 0.36554 0.000 0.440 0.004 0.556
#> GSM483348 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0336 0.85739 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.4912 0.51576 0.740 0.012 0.016 0.232
#> GSM483377 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.6560 -0.09387 0.476 0.004 0.456 0.064
#> GSM483403 1 0.0188 0.86021 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3837 0.58531 0.776 0.224 0.000 0.000
#> GSM483408 4 0.4888 0.24445 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM483414 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.1022 0.84068 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0188 0.86020 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0336 0.85739 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483456 4 0.4776 0.51121 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM483460 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483471 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.1118 0.78533 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM483298 2 0.1302 0.78293 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM483299 2 0.1118 0.78533 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM483306 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483309 2 0.0469 0.78975 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.5360 0.03962 0.000 0.012 0.552 0.436
#> GSM483316 3 0.6798 0.19709 0.400 0.012 0.520 0.068
#> GSM483321 3 0.8094 0.16487 0.024 0.248 0.496 0.232
#> GSM483324 4 0.5460 0.35950 0.016 0.012 0.312 0.660
#> GSM483326 2 0.1489 0.77352 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM483335 3 0.6332 0.01985 0.036 0.012 0.504 0.448
#> GSM483340 2 0.5070 0.12595 0.000 0.620 0.008 0.372
#> GSM483342 2 0.3383 0.71071 0.000 0.872 0.052 0.076
#> GSM483345 2 0.1824 0.75987 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM483346 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483355 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483357 2 0.0657 0.79152 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM483359 2 0.4655 0.48001 0.312 0.684 0.004 0.000
#> GSM483360 4 0.4790 0.50471 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM483382 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483383 2 0.4222 0.55570 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM483387 1 0.0188 0.85993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483392 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483393 2 0.5256 0.40301 0.012 0.596 0.000 0.392
#> GSM483394 2 0.1118 0.78533 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM483395 2 0.5000 0.01217 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM483397 4 0.6835 0.35535 0.136 0.012 0.220 0.632
#> GSM483398 4 0.2408 0.77706 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM483409 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483422 2 0.0469 0.79219 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483423 2 0.2773 0.71512 0.116 0.880 0.000 0.004
#> GSM483425 2 0.7650 0.28245 0.000 0.448 0.224 0.328
#> GSM483429 4 0.2760 0.77999 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM483430 4 0.3400 0.73790 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM483432 2 0.4431 0.51048 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM483435 4 0.2704 0.78210 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483438 2 0.4431 0.51048 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM483441 2 0.5007 0.47359 0.000 0.636 0.008 0.356
#> GSM483451 4 0.4277 0.47662 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM483452 1 0.0817 0.84171 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483453 4 0.1940 0.76302 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM483457 4 0.1792 0.76187 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM483467 4 0.1940 0.76302 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM483469 2 0.4898 0.36897 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM483472 4 0.2563 0.71212 0.000 0.020 0.072 0.908
#> GSM483474 3 0.8811 0.27777 0.184 0.108 0.504 0.204
#> GSM483475 4 0.2868 0.77508 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM483479 1 0.0000 0.86271 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.6788 0.24186 0.000 0.188 0.608 0.204
#> GSM483481 3 0.7626 -0.01096 0.000 0.204 0.412 0.384
#> GSM483482 3 0.6124 0.21789 0.000 0.084 0.640 0.276
#> GSM483483 3 0.3341 0.37667 0.004 0.068 0.880 0.048
#> GSM483484 3 0.5816 -0.01516 0.036 0.392 0.572 0.000
#> GSM483485 4 0.4941 0.41065 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM483486 3 0.6621 0.04952 0.000 0.084 0.508 0.408
#> GSM483487 3 0.0707 0.40022 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM483488 3 0.3048 0.39360 0.028 0.016 0.900 0.056
#> GSM483489 3 0.4882 0.18810 0.020 0.272 0.708 0.000
#> GSM483490 4 0.6332 0.05559 0.000 0.060 0.452 0.488
#> GSM483491 3 0.0707 0.40022 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM483492 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483493 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483494 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483495 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
#> GSM483496 3 0.6261 0.21874 0.440 0.000 0.504 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.0290 0.9028 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483302 1 0.0771 0.9346 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM483303 2 0.2377 0.7333 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM483305 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.3508 0.6008 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM483317 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.2230 0.7853 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0404 0.8602 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.3305 0.6827 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.6056 0.4029 0.000 0.152 0.552 0.296 0.000
#> GSM483333 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0510 0.8584 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM483339 2 0.3391 0.6801 0.188 0.800 0.012 0.000 0.000
#> GSM483351 5 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483352 4 0.3395 0.6366 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM483354 5 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483358 4 0.3508 0.6072 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM483384 1 0.0510 0.9317 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM483386 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483388 4 0.3508 0.5347 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM483390 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483391 5 0.3910 0.6233 0.008 0.272 0.000 0.000 0.720
#> GSM483396 1 0.3130 0.8306 0.856 0.000 0.048 0.096 0.000
#> GSM483399 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.3282 0.7656 0.804 0.000 0.188 0.000 0.008
#> GSM483401 2 0.3074 0.6570 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM483412 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483418 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483420 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483421 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483426 4 0.4219 0.3056 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3242 0.7219 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483442 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483443 1 0.0510 0.9311 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM483444 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483447 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4476 0.7404 0.764 0.008 0.180 0.040 0.008
#> GSM483450 5 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483458 5 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483461 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483462 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483464 5 0.2648 0.7586 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM483466 4 0.0162 0.8630 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483468 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483476 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483477 5 0.7484 0.4183 0.224 0.092 0.000 0.176 0.508
#> GSM483300 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.4291 0.1282 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.0162 0.9355 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0798 0.9352 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM483368 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483371 2 0.6637 0.3969 0.248 0.488 0.000 0.260 0.004
#> GSM483372 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483373 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483374 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0912 0.9345 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM483380 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.1851 0.8704 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM483389 1 0.4153 0.7105 0.756 0.000 0.024 0.212 0.008
#> GSM483404 1 0.3074 0.7392 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM483405 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483410 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 3 0.3957 0.5529 0.280 0.000 0.712 0.000 0.008
#> GSM483413 2 0.4252 0.5612 0.000 0.700 0.000 0.280 0.020
#> GSM483416 1 0.0451 0.9371 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM483417 1 0.0771 0.9347 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM483419 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.1205 0.8763 0.004 0.000 0.000 0.040 0.956
#> GSM483433 4 0.5078 0.2383 0.404 0.000 0.024 0.564 0.008
#> GSM483434 1 0.4262 0.1957 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> GSM483445 3 0.1270 0.8367 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM483459 3 0.2439 0.7803 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> GSM483465 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483470 5 0.5211 0.5864 0.000 0.232 0.000 0.100 0.668
#> GSM483473 1 0.4245 0.6751 0.736 0.000 0.020 0.236 0.008
#> GSM483478 1 0.0162 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483304 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0992 0.9324 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM483320 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.3074 0.6774 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.2798 0.8267 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> GSM483341 3 0.0510 0.8578 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483344 2 0.4505 0.3424 0.012 0.604 0.384 0.000 0.000
#> GSM483347 4 0.4789 0.3293 0.000 0.392 0.024 0.584 0.000
#> GSM483348 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483349 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483362 1 0.0290 0.9371 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483365 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483367 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483369 1 0.0162 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483370 1 0.0162 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483375 1 0.0290 0.9371 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483376 1 0.4552 0.7344 0.756 0.000 0.068 0.168 0.008
#> GSM483377 1 0.0992 0.9324 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM483378 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0290 0.9371 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483402 3 0.4465 0.5230 0.304 0.024 0.672 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0613 0.9373 0.984 0.004 0.004 0.000 0.008
#> GSM483406 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3715 0.6547 0.736 0.260 0.000 0.000 0.004
#> GSM483408 4 0.4893 0.2765 0.396 0.000 0.016 0.580 0.008
#> GSM483414 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483415 1 0.0898 0.9341 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM483424 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.2189 0.8836 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> GSM483439 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0162 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483446 1 0.0992 0.9324 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM483449 1 0.0451 0.9371 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.0566 0.9367 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM483456 4 0.3707 0.5605 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM483460 1 0.0162 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483463 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0693 0.9361 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM483297 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483298 2 0.2690 0.7066 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0162 0.8233 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.0162 0.8628 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483316 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0609 0.8561 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM483324 3 0.2471 0.7766 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM483326 2 0.2536 0.7452 0.000 0.868 0.128 0.004 0.000
#> GSM483335 3 0.2471 0.7699 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM483340 2 0.5274 0.3931 0.000 0.600 0.336 0.064 0.000
#> GSM483342 2 0.3966 0.4612 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2580 0.7810 0.000 0.892 0.064 0.044 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0898 0.8147 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM483359 2 0.3636 0.6060 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM483360 4 0.3684 0.5668 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM483382 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483383 2 0.3906 0.5559 0.000 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM483387 1 0.0703 0.9255 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483392 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483393 2 0.4752 0.3044 0.004 0.556 0.000 0.428 0.012
#> GSM483394 2 0.0290 0.8224 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483395 4 0.4101 0.3697 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004
#> GSM483397 4 0.5748 0.4315 0.300 0.000 0.116 0.584 0.000
#> GSM483398 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483409 5 0.0290 0.9003 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483422 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.1121 0.8034 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM483425 5 0.6798 0.0122 0.000 0.300 0.000 0.324 0.376
#> GSM483429 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483430 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483432 2 0.4238 0.4410 0.000 0.628 0.000 0.368 0.004
#> GSM483435 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483438 2 0.4264 0.4266 0.000 0.620 0.000 0.376 0.004
#> GSM483441 2 0.5204 0.3687 0.000 0.560 0.000 0.392 0.048
#> GSM483451 4 0.1704 0.8009 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> GSM483452 1 0.1121 0.9202 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM483453 4 0.0162 0.8630 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483457 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483467 4 0.0162 0.8630 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483469 2 0.4549 0.2193 0.000 0.528 0.000 0.464 0.008
#> GSM483472 4 0.0290 0.8609 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483474 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483475 4 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9368 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2179 0.7891 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.2280 0.7812 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0510 0.8584 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.4950 0.4107 0.000 0.040 0.612 0.000 0.348
#> GSM483484 5 0.3661 0.5935 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM483485 4 0.4030 0.4431 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM483486 3 0.0404 0.8602 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483487 5 0.0794 0.8873 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM483488 5 0.0290 0.8991 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM483489 5 0.3607 0.6446 0.000 0.244 0.004 0.000 0.752
#> GSM483490 3 0.4803 0.1727 0.000 0.020 0.536 0.444 0.000
#> GSM483491 5 0.3003 0.7191 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483492 5 0.0000 0.9041 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483493 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483494 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483495 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483496 5 0.0162 0.9050 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.4947 -0.0644 0.596 0.000 0.000 0.000 0.088 0.316
#> GSM483303 2 0.2971 0.7453 0.000 0.844 0.000 0.000 0.104 0.052
#> GSM483305 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483307 2 0.2135 0.7794 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM483312 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483313 3 0.2907 0.7446 0.000 0.152 0.828 0.000 0.000 0.020
#> GSM483317 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 3 0.0260 0.8831 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 3 0.0291 0.8835 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM483327 3 0.1682 0.8546 0.000 0.052 0.928 0.000 0.000 0.020
#> GSM483328 3 0.0692 0.8810 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM483330 3 0.4393 0.5922 0.140 0.000 0.720 0.000 0.000 0.140
#> GSM483332 3 0.4884 0.5982 0.000 0.080 0.660 0.248 0.000 0.012
#> GSM483333 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0603 0.8818 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM483339 2 0.3655 0.6567 0.108 0.800 0.004 0.000 0.000 0.088
#> GSM483351 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483352 4 0.2260 0.7494 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM483354 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483358 4 0.2845 0.6975 0.000 0.172 0.004 0.820 0.000 0.004
#> GSM483384 6 0.2854 0.7430 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM483386 2 0.2964 0.7573 0.000 0.792 0.004 0.000 0.000 0.204
#> GSM483388 4 0.4769 0.5446 0.000 0.264 0.000 0.644 0.000 0.092
#> GSM483390 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 5 0.5392 0.5247 0.004 0.140 0.004 0.000 0.608 0.244
#> GSM483396 6 0.5569 0.5672 0.248 0.000 0.020 0.132 0.000 0.600
#> GSM483399 4 0.0146 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483400 1 0.1556 0.6315 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.3703 0.7240 0.000 0.788 0.000 0.104 0.000 0.108
#> GSM483412 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 4 0.0146 0.8446 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483420 4 0.0291 0.8437 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM483421 4 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483426 4 0.4293 0.1535 0.000 0.448 0.004 0.536 0.000 0.012
#> GSM483428 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483431 6 0.4235 0.5822 0.192 0.084 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483436 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483443 6 0.3490 0.7870 0.268 0.000 0.000 0.000 0.008 0.724
#> GSM483444 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483447 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483448 1 0.2554 0.6081 0.876 0.000 0.048 0.000 0.000 0.076
#> GSM483450 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0632 0.8418 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483458 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483461 4 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483462 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483464 5 0.2163 0.8325 0.092 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016
#> GSM483466 4 0.3834 0.7300 0.000 0.108 0.000 0.776 0.000 0.116
#> GSM483468 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483476 4 0.0260 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483477 6 0.4371 0.6039 0.120 0.012 0.000 0.032 0.060 0.776
#> GSM483300 2 0.2320 0.7782 0.000 0.864 0.004 0.000 0.000 0.132
#> GSM483308 2 0.1910 0.7804 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM483310 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483311 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483323 1 0.2871 0.5581 0.804 0.000 0.192 0.000 0.000 0.004
#> GSM483338 4 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 6 0.3266 0.7893 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM483361 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483363 4 0.0458 0.8441 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM483364 6 0.3547 0.7536 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM483366 1 0.0260 0.6526 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483368 4 0.0146 0.8444 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483371 6 0.3256 0.6477 0.112 0.032 0.000 0.020 0.000 0.836
#> GSM483372 4 0.0713 0.8410 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483373 4 0.0790 0.8327 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483374 4 0.0363 0.8441 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483379 1 0.0146 0.6546 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483380 4 0.0291 0.8450 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM483381 6 0.5127 0.5808 0.348 0.000 0.000 0.096 0.000 0.556
#> GSM483389 1 0.2278 0.5832 0.868 0.000 0.000 0.128 0.000 0.004
#> GSM483404 6 0.5156 0.6176 0.244 0.000 0.000 0.144 0.000 0.612
#> GSM483405 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483411 1 0.4703 0.2654 0.544 0.000 0.408 0.000 0.000 0.048
#> GSM483413 2 0.5526 0.6077 0.000 0.604 0.004 0.128 0.012 0.252
#> GSM483416 1 0.4224 -0.3143 0.552 0.000 0.000 0.016 0.000 0.432
#> GSM483417 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 6 0.3464 0.7697 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM483427 5 0.1471 0.8832 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM483433 1 0.3426 0.4691 0.720 0.000 0.000 0.276 0.000 0.004
#> GSM483434 1 0.3231 0.5414 0.784 0.000 0.200 0.000 0.000 0.016
#> GSM483445 3 0.1845 0.8392 0.028 0.000 0.920 0.000 0.000 0.052
#> GSM483459 1 0.4908 0.2318 0.584 0.000 0.348 0.000 0.064 0.004
#> GSM483465 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 5 0.6388 0.4645 0.000 0.136 0.004 0.072 0.560 0.228
#> GSM483473 1 0.3398 0.4783 0.740 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008
#> GSM483478 6 0.3854 0.5636 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM483304 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483315 1 0.0146 0.6568 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.4703 0.5079 0.312 0.620 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483331 3 0.3558 0.6402 0.248 0.000 0.736 0.000 0.000 0.016
#> GSM483334 1 0.1387 0.6368 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM483341 1 0.4269 0.1230 0.568 0.000 0.412 0.000 0.000 0.020
#> GSM483343 1 0.4394 -0.1173 0.492 0.000 0.488 0.004 0.000 0.016
#> GSM483344 2 0.5695 0.3795 0.004 0.540 0.272 0.000 0.000 0.184
#> GSM483347 4 0.4385 0.1724 0.000 0.440 0.008 0.540 0.000 0.012
#> GSM483348 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483350 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483356 1 0.0146 0.6546 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483362 1 0.3828 -0.3431 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM483365 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.3868 -0.4882 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM483370 6 0.3854 0.5636 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM483375 1 0.3782 -0.2647 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM483376 1 0.5895 0.3430 0.596 0.000 0.040 0.196 0.000 0.168
#> GSM483377 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 6 0.3607 0.7381 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM483385 6 0.3867 0.5113 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM483402 1 0.6004 0.2633 0.496 0.024 0.344 0.000 0.000 0.136
#> GSM483403 1 0.3872 0.1533 0.604 0.004 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM483406 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483407 6 0.5231 0.2615 0.392 0.084 0.004 0.000 0.000 0.520
#> GSM483408 1 0.3999 0.0599 0.500 0.000 0.000 0.496 0.000 0.004
#> GSM483414 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.6568 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483437 1 0.0653 0.6540 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> GSM483439 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483440 1 0.3854 -0.4111 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM483446 1 0.0146 0.6565 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483449 1 0.2527 0.4585 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM483454 1 0.3126 0.2916 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM483456 4 0.3337 0.5816 0.000 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> GSM483460 6 0.3857 0.5571 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM483463 4 0.0363 0.8441 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483471 1 0.0547 0.6437 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM483297 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483298 2 0.1387 0.7376 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.0713 0.7651 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483306 2 0.0146 0.7708 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.1910 0.7804 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM483314 3 0.0000 0.8839 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.0146 0.8842 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0146 0.8839 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483324 3 0.2462 0.7934 0.004 0.000 0.860 0.132 0.000 0.004
#> GSM483326 2 0.2009 0.7443 0.000 0.904 0.084 0.004 0.000 0.008
#> GSM483335 3 0.4570 0.6408 0.148 0.000 0.700 0.152 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.3923 0.2990 0.000 0.580 0.416 0.000 0.000 0.004
#> GSM483342 2 0.3636 0.4978 0.000 0.676 0.320 0.000 0.000 0.004
#> GSM483345 2 0.1434 0.7601 0.000 0.940 0.048 0.012 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.7720 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0622 0.7682 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM483359 6 0.4760 0.5689 0.120 0.212 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM483360 4 0.3240 0.6060 0.000 0.244 0.004 0.752 0.000 0.000
#> GSM483382 4 0.0146 0.8451 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483383 2 0.4434 0.5236 0.000 0.712 0.000 0.172 0.000 0.116
#> GSM483387 6 0.4038 0.7491 0.216 0.000 0.000 0.056 0.000 0.728
#> GSM483392 4 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 2 0.6167 -0.0944 0.024 0.432 0.000 0.420 0.008 0.116
#> GSM483394 2 0.0458 0.7676 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483395 4 0.5329 0.3205 0.000 0.356 0.000 0.528 0.000 0.116
#> GSM483397 6 0.4723 -0.0236 0.004 0.000 0.036 0.472 0.000 0.488
#> GSM483398 4 0.1225 0.8324 0.000 0.036 0.000 0.952 0.000 0.012
#> GSM483409 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.2178 0.7790 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM483423 2 0.4828 0.3638 0.064 0.568 0.000 0.000 0.000 0.368
#> GSM483425 2 0.7397 -0.0365 0.000 0.316 0.000 0.316 0.252 0.116
#> GSM483429 4 0.2070 0.7973 0.000 0.100 0.000 0.892 0.000 0.008
#> GSM483430 4 0.2320 0.7865 0.000 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> GSM483432 2 0.5361 0.0981 0.000 0.512 0.000 0.372 0.000 0.116
#> GSM483435 4 0.0146 0.8446 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483438 2 0.5368 0.0874 0.000 0.508 0.000 0.376 0.000 0.116
#> GSM483441 2 0.5854 0.0332 0.000 0.476 0.000 0.388 0.020 0.116
#> GSM483451 4 0.4083 0.7050 0.000 0.132 0.000 0.752 0.000 0.116
#> GSM483452 1 0.5735 -0.1653 0.504 0.000 0.000 0.000 0.200 0.296
#> GSM483453 4 0.3792 0.7328 0.000 0.108 0.000 0.780 0.000 0.112
#> GSM483457 4 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483467 4 0.3701 0.7395 0.000 0.100 0.000 0.788 0.000 0.112
#> GSM483469 4 0.5548 0.1142 0.000 0.428 0.000 0.452 0.004 0.116
#> GSM483472 4 0.3834 0.7300 0.000 0.108 0.000 0.776 0.000 0.116
#> GSM483474 5 0.1444 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483475 4 0.0508 0.8419 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM483479 6 0.3288 0.7910 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM483480 3 0.1745 0.8519 0.000 0.056 0.924 0.000 0.000 0.020
#> GSM483481 3 0.1745 0.8519 0.000 0.056 0.924 0.000 0.000 0.020
#> GSM483482 3 0.0692 0.8810 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM483483 3 0.4929 0.2918 0.000 0.032 0.552 0.000 0.396 0.020
#> GSM483484 5 0.3361 0.7283 0.000 0.188 0.004 0.000 0.788 0.020
#> GSM483485 4 0.4859 0.4363 0.000 0.308 0.044 0.628 0.000 0.020
#> GSM483486 3 0.0603 0.8818 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM483487 5 0.1003 0.9171 0.000 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> GSM483488 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483489 5 0.3168 0.7491 0.000 0.172 0.000 0.000 0.804 0.024
#> GSM483490 3 0.4361 0.2565 0.000 0.004 0.544 0.436 0.000 0.016
#> GSM483491 5 0.2531 0.8053 0.000 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> GSM483492 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:skmeans 184 4.90e-01 3.66e-10 2
#> CV:skmeans 174 9.69e-07 2.98e-14 3
#> CV:skmeans 120 NA 5.35e-08 4
#> CV:skmeans 177 4.96e-08 9.03e-17 5
#> CV:skmeans 162 3.74e-07 6.01e-14 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.525 0.743 0.894 0.4939 0.498 0.498
#> 3 3 0.468 0.733 0.842 0.2865 0.723 0.512
#> 4 4 0.567 0.738 0.831 0.0960 0.931 0.813
#> 5 5 0.618 0.694 0.821 0.0683 0.918 0.752
#> 6 6 0.612 0.587 0.759 0.0446 0.961 0.860
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483302 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0938 0.8928 0.012 0.988
#> GSM483305 2 0.9209 0.4654 0.336 0.664
#> GSM483307 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.7376 0.7060 0.208 0.792
#> GSM483317 2 0.9833 0.1700 0.424 0.576
#> GSM483318 2 0.1184 0.8907 0.016 0.984
#> GSM483319 2 0.0938 0.8928 0.012 0.988
#> GSM483322 2 0.0938 0.8928 0.012 0.988
#> GSM483327 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.7299 0.7103 0.204 0.796
#> GSM483330 1 0.9896 0.2844 0.560 0.440
#> GSM483332 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483333 2 0.6801 0.7370 0.180 0.820
#> GSM483336 1 0.9896 0.2844 0.560 0.440
#> GSM483337 2 0.3274 0.8611 0.060 0.940
#> GSM483339 2 0.9087 0.4811 0.324 0.676
#> GSM483351 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.8327 0.6171 0.736 0.264
#> GSM483358 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.9896 0.2864 0.560 0.440
#> GSM483386 2 0.7219 0.7110 0.200 0.800
#> GSM483388 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.9522 0.4679 0.628 0.372
#> GSM483396 2 0.9635 0.3472 0.388 0.612
#> GSM483399 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483401 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0376 0.8430 0.996 0.004
#> GSM483418 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0376 0.8968 0.004 0.996
#> GSM483431 1 0.7674 0.6780 0.776 0.224
#> GSM483436 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> GSM483442 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483444 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483448 2 0.0938 0.8928 0.012 0.988
#> GSM483450 1 0.9795 0.3326 0.584 0.416
#> GSM483455 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.1184 0.8396 0.984 0.016
#> GSM483461 1 0.8763 0.5634 0.704 0.296
#> GSM483462 1 0.3733 0.8072 0.928 0.072
#> GSM483464 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.3274 0.8178 0.940 0.060
#> GSM483476 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.9909 0.2784 0.556 0.444
#> GSM483300 2 0.3114 0.8629 0.056 0.944
#> GSM483308 2 0.6887 0.7343 0.184 0.816
#> GSM483310 2 0.0938 0.8928 0.012 0.988
#> GSM483311 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.2423 0.8322 0.960 0.040
#> GSM483361 1 0.1184 0.8408 0.984 0.016
#> GSM483363 1 0.7674 0.6686 0.776 0.224
#> GSM483364 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483368 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.6438 0.7567 0.164 0.836
#> GSM483372 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.6801 0.7164 0.820 0.180
#> GSM483389 1 0.8813 0.5723 0.700 0.300
#> GSM483404 1 0.6343 0.7419 0.840 0.160
#> GSM483405 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483411 1 0.5946 0.7625 0.856 0.144
#> GSM483413 2 0.5519 0.7953 0.128 0.872
#> GSM483416 2 1.0000 -0.1372 0.496 0.504
#> GSM483417 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0938 0.8420 0.988 0.012
#> GSM483427 1 0.4298 0.8087 0.912 0.088
#> GSM483433 2 0.8016 0.5983 0.244 0.756
#> GSM483434 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.8267 0.6275 0.740 0.260
#> GSM483459 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483470 2 0.5059 0.8033 0.112 0.888
#> GSM483473 2 0.0672 0.8947 0.008 0.992
#> GSM483478 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.9998 -0.0737 0.492 0.508
#> GSM483315 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0672 0.8428 0.992 0.008
#> GSM483325 2 0.9427 0.4003 0.360 0.640
#> GSM483329 1 0.9896 0.2844 0.560 0.440
#> GSM483331 1 0.9909 0.2730 0.556 0.444
#> GSM483334 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483341 2 0.9996 -0.0265 0.488 0.512
#> GSM483343 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483344 2 0.9358 0.4246 0.352 0.648
#> GSM483347 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.9044 0.5329 0.680 0.320
#> GSM483350 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483362 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0672 0.8429 0.992 0.008
#> GSM483369 1 0.1184 0.8402 0.984 0.016
#> GSM483370 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5629 0.7672 0.868 0.132
#> GSM483377 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.9909 0.2784 0.556 0.444
#> GSM483403 1 0.1843 0.8366 0.972 0.028
#> GSM483406 1 0.1184 0.8408 0.984 0.016
#> GSM483407 1 0.9988 0.1935 0.520 0.480
#> GSM483408 2 0.9954 0.0601 0.460 0.540
#> GSM483414 1 0.1414 0.8397 0.980 0.020
#> GSM483415 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483424 1 0.9881 0.2966 0.564 0.436
#> GSM483437 1 0.9963 0.2039 0.536 0.464
#> GSM483439 1 0.0672 0.8427 0.992 0.008
#> GSM483440 1 0.1184 0.8408 0.984 0.016
#> GSM483446 1 0.9850 0.3060 0.572 0.428
#> GSM483449 1 0.1184 0.8408 0.984 0.016
#> GSM483454 1 0.8861 0.5533 0.696 0.304
#> GSM483456 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483463 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.3274 0.8550 0.060 0.940
#> GSM483306 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.7219 0.7110 0.200 0.800
#> GSM483314 2 0.9491 0.3226 0.368 0.632
#> GSM483316 1 0.0938 0.8417 0.988 0.012
#> GSM483321 2 0.1414 0.8883 0.020 0.980
#> GSM483324 1 0.9580 0.3983 0.620 0.380
#> GSM483326 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483335 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.1843 0.8824 0.028 0.972
#> GSM483345 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0376 0.8968 0.004 0.996
#> GSM483355 2 0.5629 0.7926 0.132 0.868
#> GSM483357 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.9909 0.2784 0.556 0.444
#> GSM483360 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.5737 0.7636 0.864 0.136
#> GSM483392 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483397 2 0.8955 0.4514 0.312 0.688
#> GSM483398 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0672 0.8423 0.992 0.008
#> GSM483422 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.9922 0.2689 0.552 0.448
#> GSM483425 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> GSM483453 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483474 2 0.9922 0.0807 0.448 0.552
#> GSM483475 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.9909 0.2784 0.556 0.444
#> GSM483480 2 0.5178 0.8097 0.116 0.884
#> GSM483481 2 0.2043 0.8795 0.032 0.968
#> GSM483482 2 0.6973 0.7215 0.188 0.812
#> GSM483483 1 0.9795 0.3326 0.584 0.416
#> GSM483484 1 0.7528 0.6745 0.784 0.216
#> GSM483485 2 0.9998 -0.0465 0.492 0.508
#> GSM483486 2 0.0376 0.8962 0.004 0.996
#> GSM483487 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.9933 0.2692 0.548 0.452
#> GSM483489 1 0.9358 0.4660 0.648 0.352
#> GSM483490 2 0.0000 0.8986 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.3879 0.8150 0.924 0.076
#> GSM483492 1 0.4022 0.8021 0.920 0.080
#> GSM483493 1 0.0376 0.8430 0.996 0.004
#> GSM483494 1 0.5294 0.7739 0.880 0.120
#> GSM483495 1 0.5294 0.7777 0.880 0.120
#> GSM483496 1 0.0000 0.8433 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.1267 0.887 0.972 0.004 0.024
#> GSM483302 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.3340 0.704 0.000 0.880 0.120
#> GSM483305 2 0.5524 0.734 0.164 0.796 0.040
#> GSM483307 2 0.4178 0.686 0.000 0.828 0.172
#> GSM483312 3 0.6274 0.133 0.000 0.456 0.544
#> GSM483313 3 0.8710 0.320 0.112 0.380 0.508
#> GSM483317 1 0.8546 0.455 0.588 0.276 0.136
#> GSM483318 2 0.3116 0.717 0.000 0.892 0.108
#> GSM483319 2 0.3116 0.720 0.000 0.892 0.108
#> GSM483322 2 0.0892 0.774 0.000 0.980 0.020
#> GSM483327 3 0.5138 0.810 0.000 0.252 0.748
#> GSM483328 2 0.8984 -0.289 0.128 0.440 0.432
#> GSM483330 2 0.3910 0.768 0.104 0.876 0.020
#> GSM483332 3 0.5138 0.824 0.000 0.252 0.748
#> GSM483333 2 0.2313 0.780 0.032 0.944 0.024
#> GSM483336 2 0.3780 0.772 0.044 0.892 0.064
#> GSM483337 3 0.5158 0.819 0.004 0.232 0.764
#> GSM483339 2 0.4370 0.770 0.056 0.868 0.076
#> GSM483351 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483352 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483354 1 0.7277 0.531 0.660 0.280 0.060
#> GSM483358 3 0.3686 0.780 0.000 0.140 0.860
#> GSM483384 2 0.4099 0.761 0.140 0.852 0.008
#> GSM483386 2 0.2400 0.778 0.064 0.932 0.004
#> GSM483388 2 0.0237 0.775 0.000 0.996 0.004
#> GSM483390 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483391 2 0.5621 0.489 0.308 0.692 0.000
#> GSM483396 2 0.7665 0.570 0.268 0.648 0.084
#> GSM483399 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483400 1 0.1877 0.887 0.956 0.012 0.032
#> GSM483401 3 0.2066 0.741 0.000 0.060 0.940
#> GSM483412 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483418 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483420 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483421 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483426 2 0.5678 0.148 0.000 0.684 0.316
#> GSM483428 2 0.1289 0.776 0.000 0.968 0.032
#> GSM483431 2 0.5929 0.541 0.320 0.676 0.004
#> GSM483436 1 0.4063 0.841 0.868 0.020 0.112
#> GSM483442 1 0.1529 0.882 0.960 0.000 0.040
#> GSM483443 1 0.0237 0.887 0.996 0.004 0.000
#> GSM483444 1 0.0747 0.887 0.984 0.000 0.016
#> GSM483447 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 2 0.1289 0.769 0.000 0.968 0.032
#> GSM483450 2 0.7853 0.365 0.384 0.556 0.060
#> GSM483455 2 0.3619 0.687 0.000 0.864 0.136
#> GSM483458 1 0.1950 0.883 0.952 0.008 0.040
#> GSM483461 1 0.6046 0.733 0.784 0.080 0.136
#> GSM483462 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483464 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0237 0.774 0.000 0.996 0.004
#> GSM483468 1 0.1753 0.881 0.952 0.000 0.048
#> GSM483476 2 0.3619 0.687 0.000 0.864 0.136
#> GSM483477 2 0.4002 0.751 0.160 0.840 0.000
#> GSM483300 2 0.1337 0.781 0.016 0.972 0.012
#> GSM483308 2 0.6703 0.643 0.052 0.712 0.236
#> GSM483310 2 0.5968 0.418 0.000 0.636 0.364
#> GSM483311 2 0.6225 0.230 0.000 0.568 0.432
#> GSM483323 1 0.0892 0.886 0.980 0.000 0.020
#> GSM483338 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483353 1 0.3482 0.829 0.872 0.128 0.000
#> GSM483361 1 0.3038 0.841 0.896 0.104 0.000
#> GSM483363 1 0.6128 0.729 0.780 0.084 0.136
#> GSM483364 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0237 0.887 0.996 0.000 0.004
#> GSM483368 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483371 2 0.2165 0.779 0.064 0.936 0.000
#> GSM483372 2 0.1411 0.764 0.000 0.964 0.036
#> GSM483373 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483374 2 0.1529 0.764 0.000 0.960 0.040
#> GSM483379 1 0.1753 0.882 0.952 0.000 0.048
#> GSM483380 3 0.6062 0.726 0.000 0.384 0.616
#> GSM483381 1 0.6063 0.734 0.784 0.084 0.132
#> GSM483389 1 0.6286 0.254 0.536 0.464 0.000
#> GSM483404 1 0.4845 0.822 0.844 0.052 0.104
#> GSM483405 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0237 0.887 0.996 0.004 0.000
#> GSM483411 1 0.7044 0.482 0.620 0.348 0.032
#> GSM483413 2 0.2165 0.779 0.064 0.936 0.000
#> GSM483416 2 0.3921 0.766 0.112 0.872 0.016
#> GSM483417 1 0.0424 0.888 0.992 0.000 0.008
#> GSM483419 1 0.1964 0.871 0.944 0.056 0.000
#> GSM483427 1 0.6998 0.596 0.664 0.292 0.044
#> GSM483433 3 0.7843 0.722 0.140 0.192 0.668
#> GSM483434 1 0.0892 0.886 0.980 0.000 0.020
#> GSM483445 2 0.6195 0.594 0.276 0.704 0.020
#> GSM483459 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483465 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483470 2 0.6887 0.537 0.204 0.720 0.076
#> GSM483473 2 0.3272 0.720 0.004 0.892 0.104
#> GSM483478 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.6854 0.644 0.068 0.716 0.216
#> GSM483315 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> GSM483320 1 0.2443 0.884 0.940 0.032 0.028
#> GSM483325 2 0.3461 0.778 0.076 0.900 0.024
#> GSM483329 2 0.3989 0.767 0.124 0.864 0.012
#> GSM483331 2 0.4121 0.770 0.108 0.868 0.024
#> GSM483334 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> GSM483341 2 0.8037 0.448 0.352 0.572 0.076
#> GSM483343 2 0.1411 0.773 0.000 0.964 0.036
#> GSM483344 2 0.5260 0.760 0.092 0.828 0.080
#> GSM483347 3 0.5327 0.820 0.000 0.272 0.728
#> GSM483348 1 0.0892 0.886 0.980 0.000 0.020
#> GSM483349 1 0.6095 0.329 0.608 0.392 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0237 0.887 0.996 0.004 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0892 0.886 0.980 0.000 0.020
#> GSM483367 1 0.2796 0.850 0.908 0.092 0.000
#> GSM483369 1 0.2066 0.864 0.940 0.060 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5111 0.815 0.820 0.036 0.144
#> GSM483377 1 0.1163 0.883 0.972 0.028 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 2 0.3983 0.758 0.144 0.852 0.004
#> GSM483403 1 0.5678 0.543 0.684 0.316 0.000
#> GSM483406 1 0.2711 0.852 0.912 0.088 0.000
#> GSM483407 2 0.3644 0.762 0.124 0.872 0.004
#> GSM483408 1 0.8546 0.266 0.544 0.108 0.348
#> GSM483414 1 0.3752 0.789 0.856 0.144 0.000
#> GSM483415 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> GSM483424 2 0.4504 0.728 0.196 0.804 0.000
#> GSM483437 2 0.4733 0.723 0.196 0.800 0.004
#> GSM483439 1 0.2165 0.866 0.936 0.064 0.000
#> GSM483440 1 0.3038 0.841 0.896 0.104 0.000
#> GSM483446 2 0.4750 0.711 0.216 0.784 0.000
#> GSM483449 1 0.3412 0.827 0.876 0.124 0.000
#> GSM483454 1 0.5948 0.322 0.640 0.360 0.000
#> GSM483456 3 0.2261 0.744 0.000 0.068 0.932
#> GSM483460 1 0.0424 0.887 0.992 0.008 0.000
#> GSM483463 2 0.5621 0.336 0.000 0.692 0.308
#> GSM483471 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4452 0.668 0.000 0.808 0.192
#> GSM483298 3 0.4062 0.710 0.000 0.164 0.836
#> GSM483299 2 0.6007 0.670 0.044 0.764 0.192
#> GSM483306 3 0.6111 0.358 0.000 0.396 0.604
#> GSM483309 2 0.3888 0.774 0.048 0.888 0.064
#> GSM483314 3 0.7091 0.718 0.152 0.124 0.724
#> GSM483316 1 0.4045 0.841 0.872 0.104 0.024
#> GSM483321 2 0.1163 0.778 0.000 0.972 0.028
#> GSM483324 1 0.6979 0.689 0.732 0.140 0.128
#> GSM483326 3 0.5621 0.540 0.000 0.308 0.692
#> GSM483335 2 0.0747 0.772 0.000 0.984 0.016
#> GSM483340 3 0.3551 0.722 0.000 0.132 0.868
#> GSM483342 3 0.4473 0.653 0.008 0.164 0.828
#> GSM483345 3 0.4121 0.701 0.000 0.168 0.832
#> GSM483346 2 0.5810 0.471 0.000 0.664 0.336
#> GSM483355 2 0.6292 0.648 0.044 0.740 0.216
#> GSM483357 2 0.4002 0.651 0.000 0.840 0.160
#> GSM483359 2 0.3879 0.752 0.152 0.848 0.000
#> GSM483360 3 0.4842 0.822 0.000 0.224 0.776
#> GSM483382 2 0.3752 0.670 0.000 0.856 0.144
#> GSM483383 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483387 1 0.4228 0.814 0.844 0.148 0.008
#> GSM483392 3 0.5529 0.804 0.000 0.296 0.704
#> GSM483393 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483394 2 0.4750 0.646 0.000 0.784 0.216
#> GSM483395 2 0.1289 0.765 0.000 0.968 0.032
#> GSM483397 2 0.2486 0.782 0.060 0.932 0.008
#> GSM483398 2 0.3482 0.695 0.000 0.872 0.128
#> GSM483409 1 0.2486 0.878 0.932 0.008 0.060
#> GSM483422 2 0.6225 0.230 0.000 0.568 0.432
#> GSM483423 2 0.3030 0.774 0.092 0.904 0.004
#> GSM483425 2 0.3551 0.691 0.000 0.868 0.132
#> GSM483429 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483430 3 0.2959 0.760 0.000 0.100 0.900
#> GSM483432 2 0.1163 0.767 0.000 0.972 0.028
#> GSM483435 3 0.5178 0.823 0.000 0.256 0.744
#> GSM483438 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483451 2 0.1289 0.765 0.000 0.968 0.032
#> GSM483452 1 0.0892 0.886 0.980 0.020 0.000
#> GSM483453 2 0.3551 0.691 0.000 0.868 0.132
#> GSM483457 3 0.5397 0.819 0.000 0.280 0.720
#> GSM483467 2 0.1289 0.765 0.000 0.968 0.032
#> GSM483469 2 0.0000 0.775 0.000 1.000 0.000
#> GSM483472 2 0.3619 0.687 0.000 0.864 0.136
#> GSM483474 2 0.6083 0.684 0.168 0.772 0.060
#> GSM483475 3 0.5621 0.805 0.000 0.308 0.692
#> GSM483479 2 0.3619 0.759 0.136 0.864 0.000
#> GSM483480 3 0.5355 0.775 0.032 0.168 0.800
#> GSM483481 3 0.4931 0.818 0.004 0.212 0.784
#> GSM483482 3 0.5486 0.802 0.024 0.196 0.780
#> GSM483483 2 0.7794 0.404 0.368 0.572 0.060
#> GSM483484 1 0.6678 0.656 0.724 0.216 0.060
#> GSM483485 3 0.7079 0.695 0.176 0.104 0.720
#> GSM483486 3 0.5480 0.768 0.004 0.264 0.732
#> GSM483487 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483488 2 0.7993 0.128 0.456 0.484 0.060
#> GSM483489 1 0.7794 0.300 0.572 0.368 0.060
#> GSM483490 3 0.5178 0.823 0.000 0.256 0.744
#> GSM483491 1 0.3993 0.856 0.884 0.052 0.064
#> GSM483492 1 0.2492 0.877 0.936 0.016 0.048
#> GSM483493 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
#> GSM483494 1 0.2486 0.878 0.932 0.008 0.060
#> GSM483495 1 0.4280 0.836 0.856 0.020 0.124
#> GSM483496 1 0.2066 0.878 0.940 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0927 0.86032 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM483302 1 0.0000 0.85760 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 4 0.3400 0.73171 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483305 4 0.5932 0.58948 0.132 0.172 0.000 0.696
#> GSM483307 4 0.3907 0.66123 0.000 0.140 0.032 0.828
#> GSM483312 2 0.5141 0.71376 0.000 0.756 0.084 0.160
#> GSM483313 3 0.9164 -0.04142 0.112 0.300 0.420 0.168
#> GSM483317 1 0.7161 0.48983 0.592 0.008 0.196 0.204
#> GSM483318 4 0.4436 0.72375 0.000 0.052 0.148 0.800
#> GSM483319 4 0.3450 0.75184 0.000 0.008 0.156 0.836
#> GSM483322 4 0.1256 0.79273 0.000 0.008 0.028 0.964
#> GSM483327 3 0.3037 0.75642 0.000 0.020 0.880 0.100
#> GSM483328 3 0.7533 0.39630 0.140 0.052 0.616 0.192
#> GSM483330 4 0.4258 0.73836 0.064 0.048 0.040 0.848
#> GSM483332 3 0.1109 0.86376 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM483333 4 0.0992 0.78761 0.004 0.008 0.012 0.976
#> GSM483336 4 0.2870 0.77431 0.044 0.036 0.012 0.908
#> GSM483337 3 0.2757 0.79717 0.020 0.052 0.912 0.016
#> GSM483339 2 0.6774 0.54219 0.028 0.492 0.040 0.440
#> GSM483351 1 0.2125 0.84675 0.920 0.076 0.004 0.000
#> GSM483352 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483354 1 0.6204 0.49426 0.640 0.076 0.004 0.280
#> GSM483358 3 0.1584 0.86449 0.000 0.012 0.952 0.036
#> GSM483384 4 0.2469 0.77214 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM483386 4 0.0937 0.78749 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM483388 4 0.0707 0.78880 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM483390 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483391 4 0.4522 0.34743 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM483396 4 0.6365 0.51215 0.276 0.028 0.048 0.648
#> GSM483399 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483400 1 0.0927 0.86077 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM483401 2 0.4220 0.51019 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM483412 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483418 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483420 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483421 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483426 3 0.5000 -0.00595 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM483428 4 0.4012 0.64051 0.000 0.184 0.016 0.800
#> GSM483431 4 0.4576 0.45006 0.260 0.012 0.000 0.728
#> GSM483436 1 0.3567 0.84084 0.868 0.076 0.052 0.004
#> GSM483442 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0707 0.85924 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483444 1 0.1118 0.85595 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.1302 0.85884 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM483448 4 0.1940 0.78958 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM483450 4 0.6497 0.41903 0.340 0.076 0.004 0.580
#> GSM483455 4 0.3569 0.71852 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM483458 1 0.2125 0.84746 0.920 0.076 0.000 0.004
#> GSM483461 1 0.4095 0.75635 0.792 0.000 0.192 0.016
#> GSM483462 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0336 0.85852 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.0921 0.79026 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM483468 1 0.2708 0.84895 0.904 0.076 0.016 0.004
#> GSM483476 4 0.3569 0.71852 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM483477 4 0.2530 0.77064 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM483300 4 0.1256 0.78543 0.000 0.028 0.008 0.964
#> GSM483308 2 0.5693 0.72626 0.036 0.644 0.004 0.316
#> GSM483310 2 0.4353 0.75172 0.000 0.756 0.012 0.232
#> GSM483311 2 0.4468 0.75336 0.000 0.752 0.016 0.232
#> GSM483323 1 0.2825 0.82860 0.908 0.048 0.036 0.008
#> GSM483338 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483353 1 0.4300 0.82139 0.820 0.088 0.000 0.092
#> GSM483361 1 0.2987 0.84171 0.880 0.104 0.000 0.016
#> GSM483363 1 0.4095 0.75635 0.792 0.000 0.192 0.016
#> GSM483364 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.1792 0.85448 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483371 4 0.0712 0.78809 0.008 0.004 0.004 0.984
#> GSM483372 4 0.2408 0.77479 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM483373 4 0.0592 0.78761 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483374 4 0.1557 0.79078 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483379 1 0.0817 0.85772 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.3266 0.73752 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM483381 1 0.3810 0.76600 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM483389 1 0.5353 0.33876 0.556 0.000 0.012 0.432
#> GSM483404 1 0.3903 0.81713 0.844 0.000 0.080 0.076
#> GSM483405 1 0.0707 0.85879 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.5751 0.48167 0.616 0.020 0.012 0.352
#> GSM483413 4 0.0657 0.78853 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM483416 4 0.2271 0.78097 0.076 0.000 0.008 0.916
#> GSM483417 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5873 0.60707 0.660 0.056 0.004 0.280
#> GSM483433 3 0.2722 0.82154 0.032 0.000 0.904 0.064
#> GSM483434 1 0.2772 0.82666 0.908 0.048 0.040 0.004
#> GSM483445 4 0.4594 0.50366 0.280 0.008 0.000 0.712
#> GSM483459 1 0.3043 0.83164 0.876 0.112 0.004 0.008
#> GSM483465 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483470 4 0.6187 0.56520 0.184 0.000 0.144 0.672
#> GSM483473 4 0.2944 0.76514 0.004 0.000 0.128 0.868
#> GSM483478 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.4781 0.73853 0.036 0.752 0.000 0.212
#> GSM483315 1 0.0336 0.85795 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.3769 0.82522 0.864 0.052 0.012 0.072
#> GSM483325 4 0.2837 0.78447 0.068 0.016 0.012 0.904
#> GSM483329 4 0.4717 0.73213 0.096 0.044 0.040 0.820
#> GSM483331 4 0.5048 0.71797 0.096 0.052 0.048 0.804
#> GSM483334 1 0.0804 0.86017 0.980 0.012 0.000 0.008
#> GSM483341 4 0.8466 0.31080 0.296 0.060 0.160 0.484
#> GSM483343 4 0.1902 0.77546 0.000 0.004 0.064 0.932
#> GSM483344 2 0.7836 0.53638 0.112 0.504 0.040 0.344
#> GSM483347 3 0.1576 0.86740 0.000 0.004 0.948 0.048
#> GSM483348 1 0.0188 0.85801 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.6808 0.38311 0.560 0.120 0.000 0.320
#> GSM483350 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0707 0.85924 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483362 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.1576 0.84917 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM483367 1 0.2281 0.83236 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM483369 1 0.4227 0.81296 0.820 0.120 0.000 0.060
#> GSM483370 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0188 0.85819 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.5187 0.81870 0.800 0.064 0.076 0.060
#> GSM483377 1 0.1004 0.86122 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM483378 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.2589 0.84144 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM483402 4 0.2667 0.78322 0.060 0.020 0.008 0.912
#> GSM483403 1 0.4679 0.51708 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM483406 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483407 4 0.2101 0.78036 0.060 0.012 0.000 0.928
#> GSM483408 1 0.5290 0.42274 0.584 0.000 0.404 0.012
#> GSM483414 1 0.3172 0.76846 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM483415 1 0.0921 0.85945 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483424 4 0.3907 0.74069 0.044 0.120 0.000 0.836
#> GSM483437 4 0.3539 0.72785 0.176 0.000 0.004 0.820
#> GSM483439 1 0.1302 0.85584 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM483440 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.3837 0.69417 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM483449 1 0.2831 0.83926 0.876 0.120 0.000 0.004
#> GSM483454 1 0.6489 0.23294 0.548 0.080 0.000 0.372
#> GSM483456 3 0.3428 0.75089 0.000 0.144 0.844 0.012
#> GSM483460 1 0.2647 0.84008 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.4730 0.48186 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM483471 1 0.0707 0.85879 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.5268 0.70572 0.000 0.592 0.012 0.396
#> GSM483298 2 0.6516 0.52480 0.000 0.592 0.308 0.100
#> GSM483299 2 0.5550 0.70610 0.008 0.592 0.012 0.388
#> GSM483306 2 0.4485 0.75632 0.000 0.740 0.012 0.248
#> GSM483309 4 0.2597 0.77609 0.040 0.004 0.040 0.916
#> GSM483314 3 0.1109 0.86376 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM483316 1 0.4590 0.77999 0.804 0.040 0.012 0.144
#> GSM483321 4 0.0804 0.78772 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM483324 1 0.5612 0.73578 0.740 0.008 0.152 0.100
#> GSM483326 2 0.7628 0.59344 0.000 0.472 0.260 0.268
#> GSM483335 4 0.2197 0.78451 0.000 0.004 0.080 0.916
#> GSM483340 2 0.6906 0.34517 0.000 0.484 0.408 0.108
#> GSM483342 2 0.7356 0.44566 0.020 0.544 0.324 0.112
#> GSM483345 2 0.6607 0.54311 0.000 0.592 0.296 0.112
#> GSM483346 2 0.5268 0.70798 0.000 0.592 0.012 0.396
#> GSM483355 2 0.5550 0.70610 0.008 0.592 0.012 0.388
#> GSM483357 4 0.3942 0.63245 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM483359 4 0.1833 0.78425 0.032 0.000 0.024 0.944
#> GSM483360 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483382 4 0.3688 0.69430 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM483383 4 0.0469 0.78657 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483387 1 0.3895 0.76947 0.804 0.012 0.000 0.184
#> GSM483392 3 0.2281 0.82336 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM483393 4 0.0592 0.78761 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483394 2 0.5268 0.70572 0.000 0.592 0.012 0.396
#> GSM483395 4 0.2345 0.77566 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM483397 4 0.1767 0.77963 0.044 0.000 0.012 0.944
#> GSM483398 4 0.3486 0.72536 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM483409 1 0.2125 0.84746 0.920 0.076 0.000 0.004
#> GSM483422 2 0.4387 0.75391 0.000 0.752 0.012 0.236
#> GSM483423 4 0.1256 0.77818 0.008 0.000 0.028 0.964
#> GSM483425 4 0.3528 0.72158 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM483429 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483430 3 0.1584 0.84944 0.000 0.036 0.952 0.012
#> GSM483432 4 0.2281 0.77747 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM483435 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483438 4 0.0592 0.78761 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483441 4 0.0592 0.78761 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483451 4 0.2345 0.77566 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM483452 1 0.0817 0.85958 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483453 4 0.3528 0.72158 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM483457 3 0.1389 0.86945 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483467 4 0.2345 0.77566 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM483469 4 0.0592 0.78761 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483472 4 0.3569 0.71852 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM483474 4 0.5005 0.68577 0.144 0.076 0.004 0.776
#> GSM483475 3 0.2469 0.82325 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM483479 4 0.2773 0.76955 0.116 0.004 0.000 0.880
#> GSM483480 3 0.4096 0.73111 0.052 0.084 0.848 0.016
#> GSM483481 3 0.2757 0.79717 0.020 0.052 0.912 0.016
#> GSM483482 3 0.3215 0.77716 0.020 0.076 0.888 0.016
#> GSM483483 4 0.7637 0.42849 0.264 0.124 0.040 0.572
#> GSM483484 1 0.7180 0.55044 0.636 0.120 0.040 0.204
#> GSM483485 3 0.0469 0.85366 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483486 3 0.4882 0.69496 0.020 0.108 0.804 0.068
#> GSM483487 1 0.4004 0.80338 0.836 0.120 0.040 0.004
#> GSM483488 4 0.7148 0.29581 0.376 0.120 0.004 0.500
#> GSM483489 1 0.7967 0.11739 0.476 0.120 0.040 0.364
#> GSM483490 3 0.1211 0.86757 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483491 1 0.4801 0.78479 0.808 0.120 0.040 0.032
#> GSM483492 1 0.2587 0.84782 0.908 0.076 0.012 0.004
#> GSM483493 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.2125 0.84746 0.920 0.076 0.000 0.004
#> GSM483495 1 0.4508 0.83497 0.832 0.076 0.064 0.028
#> GSM483496 1 0.1940 0.84783 0.924 0.076 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0798 0.8483 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM483302 1 0.0609 0.8438 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM483303 5 0.2732 0.7347 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM483305 5 0.5895 0.2654 0.104 0.396 0.000 0.000 0.500
#> GSM483307 5 0.4971 -0.2627 0.000 0.460 0.000 0.028 0.512
#> GSM483312 2 0.2800 0.6851 0.000 0.892 0.016 0.052 0.040
#> GSM483313 3 0.2157 0.7598 0.024 0.028 0.928 0.004 0.016
#> GSM483317 1 0.6882 0.5417 0.588 0.000 0.144 0.080 0.188
#> GSM483318 5 0.5302 0.4789 0.000 0.000 0.344 0.064 0.592
#> GSM483319 5 0.3970 0.7116 0.000 0.000 0.156 0.056 0.788
#> GSM483322 5 0.3141 0.7270 0.000 0.000 0.152 0.016 0.832
#> GSM483327 3 0.4404 0.4750 0.000 0.000 0.684 0.292 0.024
#> GSM483328 3 0.1717 0.7620 0.052 0.000 0.936 0.004 0.008
#> GSM483330 3 0.3601 0.7041 0.052 0.000 0.820 0.000 0.128
#> GSM483332 4 0.2448 0.8261 0.000 0.000 0.088 0.892 0.020
#> GSM483333 5 0.1942 0.7552 0.012 0.000 0.068 0.000 0.920
#> GSM483336 5 0.3586 0.6265 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM483337 3 0.3586 0.5708 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM483339 3 0.4100 0.6539 0.016 0.028 0.784 0.000 0.172
#> GSM483351 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483352 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483354 1 0.6034 0.4412 0.612 0.020 0.052 0.020 0.296
#> GSM483358 4 0.0880 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483384 5 0.2179 0.7529 0.100 0.000 0.000 0.004 0.896
#> GSM483386 5 0.1153 0.7590 0.008 0.024 0.000 0.004 0.964
#> GSM483388 5 0.0510 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483390 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483391 5 0.4329 0.3636 0.312 0.016 0.000 0.000 0.672
#> GSM483396 5 0.5463 0.5009 0.304 0.012 0.016 0.032 0.636
#> GSM483399 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483400 1 0.1484 0.8433 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM483401 2 0.4041 0.6095 0.000 0.804 0.044 0.136 0.016
#> GSM483412 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483418 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483420 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483421 4 0.0880 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483426 4 0.4305 0.1159 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM483428 5 0.4235 0.2608 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM483431 5 0.5580 0.4204 0.248 0.100 0.000 0.008 0.644
#> GSM483436 1 0.2673 0.8306 0.900 0.020 0.036 0.044 0.000
#> GSM483442 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483443 1 0.0703 0.8478 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483444 1 0.1538 0.8431 0.952 0.020 0.020 0.004 0.004
#> GSM483447 1 0.1310 0.8478 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> GSM483448 5 0.1792 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM483450 5 0.6069 0.4452 0.304 0.020 0.052 0.020 0.604
#> GSM483455 5 0.2929 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483458 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483461 1 0.3958 0.7411 0.776 0.000 0.000 0.184 0.040
#> GSM483462 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483464 1 0.0898 0.8445 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> GSM483466 5 0.0609 0.7675 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM483468 1 0.2518 0.8313 0.908 0.020 0.036 0.036 0.000
#> GSM483476 5 0.2929 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483477 5 0.2408 0.7531 0.092 0.000 0.000 0.016 0.892
#> GSM483300 5 0.2825 0.7329 0.000 0.124 0.016 0.000 0.860
#> GSM483308 2 0.6636 0.3748 0.012 0.532 0.284 0.004 0.168
#> GSM483310 2 0.2408 0.7012 0.000 0.892 0.016 0.000 0.092
#> GSM483311 2 0.2233 0.7043 0.000 0.892 0.004 0.000 0.104
#> GSM483323 3 0.3143 0.7231 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0880 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483353 1 0.4185 0.8164 0.820 0.060 0.024 0.008 0.088
#> GSM483361 1 0.3150 0.8332 0.876 0.076 0.020 0.008 0.020
#> GSM483363 1 0.3883 0.7450 0.780 0.000 0.000 0.184 0.036
#> GSM483364 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483366 1 0.1701 0.8442 0.936 0.048 0.016 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0880 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483371 5 0.0566 0.7631 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM483372 5 0.2377 0.7478 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM483373 5 0.0162 0.7629 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483374 5 0.0794 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM483379 1 0.1267 0.8451 0.960 0.012 0.024 0.000 0.004
#> GSM483380 4 0.2561 0.7764 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483381 1 0.3438 0.7658 0.808 0.000 0.000 0.172 0.020
#> GSM483389 1 0.4383 0.4127 0.572 0.000 0.000 0.004 0.424
#> GSM483404 1 0.3459 0.8061 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> GSM483405 1 0.0451 0.8472 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483410 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483411 1 0.6104 0.5208 0.588 0.000 0.148 0.008 0.256
#> GSM483413 5 0.0740 0.7623 0.008 0.008 0.004 0.000 0.980
#> GSM483416 5 0.1478 0.7556 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM483417 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483419 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483427 1 0.5269 0.6074 0.652 0.012 0.016 0.024 0.296
#> GSM483433 4 0.1478 0.8640 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM483434 3 0.3003 0.7348 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM483445 5 0.4930 0.4887 0.244 0.000 0.072 0.000 0.684
#> GSM483459 3 0.4891 0.0774 0.480 0.016 0.500 0.004 0.000
#> GSM483465 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483470 5 0.5067 0.5972 0.172 0.000 0.000 0.128 0.700
#> GSM483473 5 0.2127 0.7590 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM483478 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483304 2 0.2482 0.6930 0.024 0.892 0.000 0.000 0.084
#> GSM483315 1 0.0771 0.8441 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM483320 1 0.4747 0.5634 0.636 0.000 0.332 0.000 0.032
#> GSM483325 5 0.3622 0.7298 0.056 0.000 0.124 0.000 0.820
#> GSM483329 3 0.4414 0.7143 0.076 0.008 0.784 0.004 0.128
#> GSM483331 3 0.2067 0.7578 0.048 0.000 0.920 0.000 0.032
#> GSM483334 1 0.1697 0.8406 0.932 0.008 0.060 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.1965 0.7631 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM483343 5 0.1997 0.7534 0.000 0.000 0.040 0.036 0.924
#> GSM483344 3 0.3097 0.7641 0.068 0.024 0.876 0.000 0.032
#> GSM483347 4 0.2625 0.8026 0.000 0.000 0.108 0.876 0.016
#> GSM483348 1 0.0771 0.8441 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM483349 1 0.6571 0.3072 0.536 0.088 0.024 0.012 0.340
#> GSM483350 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483356 1 0.0703 0.8478 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483362 1 0.2824 0.8304 0.880 0.088 0.024 0.008 0.000
#> GSM483365 1 0.3039 0.7002 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.2230 0.8193 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM483369 1 0.4229 0.8071 0.820 0.088 0.024 0.012 0.056
#> GSM483370 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483375 1 0.0771 0.8446 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM483376 1 0.4488 0.8063 0.804 0.012 0.028 0.060 0.096
#> GSM483377 1 0.1116 0.8468 0.964 0.004 0.028 0.000 0.004
#> GSM483378 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483385 1 0.2642 0.8329 0.888 0.084 0.024 0.004 0.000
#> GSM483402 5 0.4716 0.7124 0.028 0.088 0.112 0.000 0.772
#> GSM483403 1 0.4253 0.5740 0.660 0.004 0.004 0.000 0.332
#> GSM483406 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483407 5 0.3039 0.7462 0.024 0.092 0.004 0.008 0.872
#> GSM483408 1 0.4920 0.4433 0.584 0.000 0.000 0.384 0.032
#> GSM483414 1 0.2732 0.7676 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM483415 1 0.0880 0.8482 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483424 5 0.4091 0.7185 0.048 0.088 0.024 0.012 0.828
#> GSM483437 5 0.3409 0.7079 0.160 0.000 0.024 0.000 0.816
#> GSM483439 1 0.2171 0.8392 0.912 0.000 0.024 0.000 0.064
#> GSM483440 1 0.2824 0.8304 0.880 0.088 0.024 0.008 0.000
#> GSM483446 5 0.3745 0.6843 0.196 0.000 0.024 0.000 0.780
#> GSM483449 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483454 1 0.5582 0.1600 0.544 0.056 0.008 0.000 0.392
#> GSM483456 4 0.5046 -0.0867 0.000 0.468 0.000 0.500 0.032
#> GSM483460 1 0.2935 0.8293 0.876 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM483463 5 0.3983 0.5316 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM483471 1 0.0290 0.8476 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 5 0.4307 -0.3480 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM483298 2 0.5867 0.2468 0.000 0.496 0.000 0.404 0.100
#> GSM483299 5 0.4415 -0.1911 0.004 0.444 0.000 0.000 0.552
#> GSM483306 2 0.3462 0.6947 0.000 0.792 0.000 0.012 0.196
#> GSM483309 3 0.5272 0.2340 0.024 0.008 0.532 0.004 0.432
#> GSM483314 4 0.3106 0.7770 0.000 0.000 0.140 0.840 0.020
#> GSM483316 1 0.4965 0.5988 0.644 0.000 0.304 0.000 0.052
#> GSM483321 5 0.1638 0.7581 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932
#> GSM483324 1 0.5789 0.7114 0.704 0.000 0.104 0.088 0.104
#> GSM483326 3 0.6265 0.3996 0.000 0.072 0.604 0.056 0.268
#> GSM483335 5 0.2740 0.7595 0.000 0.000 0.028 0.096 0.876
#> GSM483340 4 0.4554 0.7172 0.000 0.028 0.128 0.780 0.064
#> GSM483342 3 0.4684 0.5886 0.000 0.028 0.728 0.220 0.024
#> GSM483345 2 0.5867 0.2468 0.000 0.496 0.000 0.404 0.100
#> GSM483346 2 0.4747 0.2959 0.000 0.496 0.016 0.000 0.488
#> GSM483355 2 0.4596 0.2833 0.004 0.496 0.000 0.004 0.496
#> GSM483357 5 0.3661 0.6029 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM483359 5 0.1168 0.7604 0.032 0.000 0.008 0.000 0.960
#> GSM483360 4 0.0880 0.8868 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483382 5 0.3274 0.6786 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM483383 5 0.0162 0.7629 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483387 1 0.3246 0.7768 0.808 0.000 0.000 0.008 0.184
#> GSM483392 4 0.1965 0.8196 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM483393 5 0.0000 0.7630 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 5 0.4452 -0.3502 0.000 0.496 0.000 0.004 0.500
#> GSM483395 5 0.2230 0.7506 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM483397 5 0.1278 0.7632 0.020 0.000 0.016 0.004 0.960
#> GSM483398 5 0.2813 0.7325 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM483409 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483422 2 0.2127 0.7038 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM483423 5 0.1173 0.7599 0.020 0.000 0.012 0.004 0.964
#> GSM483425 5 0.2773 0.7320 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM483429 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483430 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483432 5 0.2179 0.7522 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM483435 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483438 5 0.0162 0.7629 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483441 5 0.0000 0.7630 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483451 5 0.2230 0.7506 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM483452 1 0.0703 0.8478 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483453 5 0.2773 0.7320 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM483457 4 0.0963 0.8873 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483467 5 0.2230 0.7506 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM483469 5 0.0000 0.7630 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483472 5 0.2929 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483474 5 0.4897 0.6661 0.140 0.020 0.052 0.020 0.768
#> GSM483475 4 0.2179 0.8029 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM483479 5 0.2409 0.7530 0.068 0.000 0.032 0.000 0.900
#> GSM483480 3 0.1430 0.7450 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> GSM483481 3 0.1908 0.7279 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM483482 3 0.1792 0.7317 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM483483 3 0.3319 0.7380 0.116 0.020 0.848 0.016 0.000
#> GSM483484 3 0.3756 0.7292 0.140 0.020 0.820 0.016 0.004
#> GSM483485 4 0.2408 0.8199 0.000 0.000 0.092 0.892 0.016
#> GSM483486 3 0.1216 0.7498 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> GSM483487 3 0.3642 0.7273 0.144 0.020 0.820 0.016 0.000
#> GSM483488 5 0.7308 0.2803 0.204 0.020 0.256 0.020 0.500
#> GSM483489 3 0.3756 0.7292 0.140 0.020 0.820 0.016 0.004
#> GSM483490 4 0.1469 0.8813 0.000 0.000 0.016 0.948 0.036
#> GSM483491 3 0.3599 0.7299 0.140 0.020 0.824 0.016 0.000
#> GSM483492 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483493 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483494 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
#> GSM483495 1 0.4115 0.8255 0.836 0.020 0.036 0.060 0.048
#> GSM483496 1 0.2472 0.8303 0.908 0.020 0.052 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.1806 0.7287 0.908 0.088 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483302 1 0.0363 0.7419 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 6 0.2762 0.6650 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM483305 5 0.3499 0.3672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM483307 6 0.4800 0.3589 0.000 0.176 0.000 0.056 0.052 0.716
#> GSM483312 5 0.2631 0.7959 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM483313 3 0.0777 0.6261 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.8675 0.1728 0.396 0.084 0.220 0.060 0.180 0.060
#> GSM483318 3 0.6374 -0.1076 0.000 0.000 0.408 0.028 0.180 0.384
#> GSM483319 6 0.6107 0.3538 0.000 0.000 0.244 0.032 0.180 0.544
#> GSM483322 6 0.5883 0.3580 0.000 0.000 0.240 0.020 0.180 0.560
#> GSM483327 3 0.3103 0.4906 0.000 0.000 0.784 0.208 0.000 0.008
#> GSM483328 3 0.0260 0.6279 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.3343 0.5341 0.024 0.000 0.796 0.000 0.004 0.176
#> GSM483332 4 0.2709 0.7601 0.000 0.000 0.132 0.848 0.000 0.020
#> GSM483333 6 0.4528 0.4576 0.004 0.000 0.084 0.008 0.180 0.724
#> GSM483336 6 0.5624 0.2573 0.000 0.000 0.296 0.000 0.180 0.524
#> GSM483337 3 0.3385 0.5396 0.000 0.000 0.788 0.032 0.180 0.000
#> GSM483339 3 0.5885 0.0303 0.000 0.304 0.468 0.000 0.000 0.228
#> GSM483351 1 0.3221 0.6724 0.772 0.220 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483352 4 0.1176 0.8458 0.000 0.024 0.000 0.956 0.000 0.020
#> GSM483354 1 0.5960 0.2907 0.480 0.220 0.004 0.000 0.000 0.296
#> GSM483358 4 0.0260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483384 6 0.2118 0.6608 0.104 0.000 0.000 0.008 0.000 0.888
#> GSM483386 6 0.0622 0.6728 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM483388 6 0.1141 0.6826 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM483390 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483391 6 0.3934 0.2421 0.304 0.000 0.000 0.020 0.000 0.676
#> GSM483396 1 0.5188 -0.1600 0.476 0.020 0.004 0.036 0.000 0.464
#> GSM483399 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483400 1 0.1367 0.7409 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012
#> GSM483401 5 0.5466 0.5951 0.000 0.180 0.040 0.128 0.652 0.000
#> GSM483412 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483418 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483420 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483421 4 0.0260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483426 4 0.3847 -0.0170 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM483428 5 0.2854 0.5561 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM483431 6 0.7567 0.0384 0.240 0.144 0.000 0.008 0.212 0.396
#> GSM483436 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483442 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483443 1 0.0790 0.7456 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483444 1 0.0547 0.7421 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.2398 0.7517 0.888 0.080 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM483448 6 0.1957 0.6867 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM483450 6 0.5265 0.3967 0.176 0.220 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM483455 6 0.3023 0.6459 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM483458 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483461 1 0.5249 0.4917 0.600 0.000 0.000 0.244 0.000 0.156
#> GSM483462 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483464 1 0.0260 0.7436 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 6 0.1141 0.6867 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM483468 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483476 6 0.3023 0.6459 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM483477 6 0.1745 0.6695 0.068 0.012 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM483300 6 0.3512 0.5694 0.000 0.000 0.008 0.000 0.272 0.720
#> GSM483308 2 0.6983 0.3547 0.012 0.484 0.216 0.000 0.068 0.220
#> GSM483310 5 0.2631 0.7959 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM483311 5 0.2631 0.7959 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM483323 3 0.5330 0.5423 0.208 0.004 0.612 0.000 0.176 0.000
#> GSM483338 4 0.0260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483353 1 0.5421 0.5834 0.604 0.120 0.004 0.008 0.000 0.264
#> GSM483361 1 0.2983 0.7274 0.832 0.136 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483363 1 0.5249 0.4917 0.600 0.000 0.000 0.244 0.000 0.156
#> GSM483364 1 0.3772 0.6566 0.692 0.296 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483366 1 0.2003 0.7377 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483371 6 0.0146 0.6742 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483372 6 0.2941 0.6534 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM483373 6 0.0790 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM483374 6 0.0865 0.6784 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM483379 1 0.0984 0.7439 0.968 0.012 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM483380 4 0.1814 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM483381 1 0.3610 0.6719 0.768 0.028 0.000 0.200 0.000 0.004
#> GSM483389 1 0.3819 0.5648 0.672 0.000 0.000 0.012 0.000 0.316
#> GSM483404 1 0.3495 0.7094 0.812 0.016 0.000 0.036 0.000 0.136
#> GSM483405 1 0.1714 0.7392 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.4060 0.6528 0.680 0.296 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM483411 1 0.8010 0.1997 0.420 0.024 0.192 0.012 0.172 0.180
#> GSM483413 6 0.0547 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483416 6 0.2762 0.5431 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM483417 1 0.2738 0.7190 0.820 0.176 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.4060 0.6528 0.680 0.296 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM483427 1 0.5277 0.5667 0.616 0.072 0.000 0.028 0.000 0.284
#> GSM483433 4 0.1007 0.8385 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM483434 3 0.3073 0.5961 0.204 0.008 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM483445 6 0.6420 0.2437 0.228 0.000 0.060 0.000 0.180 0.532
#> GSM483459 3 0.6392 0.3758 0.340 0.032 0.448 0.000 0.180 0.000
#> GSM483465 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483470 6 0.3187 0.6689 0.012 0.004 0.000 0.188 0.000 0.796
#> GSM483473 6 0.2400 0.6883 0.004 0.008 0.000 0.116 0.000 0.872
#> GSM483478 1 0.3772 0.6566 0.692 0.296 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483304 5 0.2631 0.7959 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM483315 1 0.0547 0.7413 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.5800 0.0151 0.396 0.000 0.424 0.000 0.180 0.000
#> GSM483325 6 0.5510 0.4078 0.032 0.000 0.148 0.000 0.180 0.640
#> GSM483329 3 0.4085 0.5232 0.072 0.000 0.736 0.000 0.000 0.192
#> GSM483331 3 0.1194 0.6356 0.032 0.000 0.956 0.000 0.004 0.008
#> GSM483334 1 0.4579 0.5286 0.716 0.012 0.092 0.000 0.180 0.000
#> GSM483341 3 0.1411 0.6387 0.060 0.004 0.936 0.000 0.000 0.000
#> GSM483343 6 0.2070 0.6549 0.000 0.000 0.044 0.048 0.000 0.908
#> GSM483344 3 0.3145 0.6166 0.032 0.068 0.856 0.000 0.000 0.044
#> GSM483347 4 0.2669 0.7220 0.000 0.000 0.156 0.836 0.000 0.008
#> GSM483348 1 0.0260 0.7432 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.6447 0.1085 0.356 0.296 0.004 0.008 0.000 0.336
#> GSM483350 1 0.4060 0.6528 0.680 0.296 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM483356 1 0.0790 0.7459 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483362 1 0.2562 0.7203 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.2384 0.7289 0.884 0.084 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.2416 0.7087 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM483369 1 0.3973 0.6506 0.684 0.296 0.000 0.008 0.000 0.012
#> GSM483370 1 0.3634 0.6575 0.696 0.296 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0891 0.7416 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> GSM483376 1 0.4665 0.6956 0.740 0.064 0.004 0.040 0.000 0.152
#> GSM483377 1 0.1065 0.7455 0.964 0.008 0.020 0.000 0.000 0.008
#> GSM483378 1 0.3772 0.6566 0.692 0.296 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483385 1 0.2613 0.7301 0.848 0.140 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483402 6 0.5600 0.3921 0.016 0.008 0.068 0.004 0.348 0.556
#> GSM483403 1 0.3468 0.6118 0.712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.284
#> GSM483406 1 0.4041 0.6561 0.684 0.292 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM483407 6 0.3779 0.6107 0.004 0.008 0.008 0.012 0.200 0.768
#> GSM483408 1 0.4010 0.4403 0.584 0.000 0.000 0.408 0.000 0.008
#> GSM483414 1 0.1267 0.7450 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM483415 1 0.0713 0.7463 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483424 6 0.4141 0.4352 0.020 0.296 0.000 0.008 0.000 0.676
#> GSM483437 6 0.4058 0.4566 0.320 0.004 0.016 0.000 0.000 0.660
#> GSM483439 1 0.2331 0.7338 0.888 0.000 0.032 0.000 0.000 0.080
#> GSM483440 1 0.2912 0.7051 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 6 0.4064 0.4237 0.360 0.000 0.016 0.000 0.000 0.624
#> GSM483449 1 0.2883 0.7068 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.5162 0.0675 0.504 0.088 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM483456 4 0.3960 0.5868 0.000 0.180 0.000 0.760 0.052 0.008
#> GSM483460 1 0.3371 0.6615 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 6 0.3659 0.4894 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM483471 1 0.0260 0.7437 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.5267 0.6447 0.000 0.484 0.000 0.020 0.052 0.444
#> GSM483298 2 0.5761 0.1685 0.000 0.484 0.000 0.408 0.052 0.056
#> GSM483299 2 0.4732 0.6094 0.000 0.484 0.000 0.016 0.020 0.480
#> GSM483306 2 0.6186 0.2038 0.000 0.484 0.000 0.020 0.304 0.192
#> GSM483309 3 0.4318 0.0699 0.020 0.000 0.532 0.000 0.000 0.448
#> GSM483314 4 0.5803 0.4553 0.000 0.000 0.224 0.576 0.180 0.020
#> GSM483316 3 0.5927 0.0163 0.396 0.000 0.420 0.000 0.180 0.004
#> GSM483321 6 0.4475 0.4621 0.000 0.000 0.076 0.016 0.180 0.728
#> GSM483324 1 0.8269 0.1706 0.392 0.000 0.160 0.076 0.180 0.192
#> GSM483326 3 0.7422 -0.2663 0.000 0.300 0.376 0.060 0.024 0.240
#> GSM483335 6 0.5604 0.5030 0.000 0.000 0.032 0.160 0.180 0.628
#> GSM483340 4 0.6190 0.1966 0.000 0.304 0.208 0.472 0.000 0.016
#> GSM483342 3 0.5694 0.1913 0.000 0.304 0.508 0.188 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.5923 0.1515 0.000 0.484 0.012 0.408 0.052 0.044
#> GSM483346 2 0.5557 0.6376 0.000 0.484 0.024 0.008 0.052 0.432
#> GSM483355 2 0.5323 0.6409 0.000 0.484 0.004 0.016 0.052 0.444
#> GSM483357 6 0.3634 0.4772 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM483359 6 0.0692 0.6654 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976
#> GSM483360 4 0.0260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483382 6 0.3371 0.5871 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM483383 6 0.0790 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM483387 1 0.4034 0.5137 0.624 0.004 0.000 0.008 0.000 0.364
#> GSM483392 4 0.1444 0.7990 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM483393 6 0.0547 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483394 2 0.5457 0.6458 0.000 0.484 0.000 0.032 0.052 0.432
#> GSM483395 6 0.2762 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM483397 6 0.1078 0.6677 0.016 0.000 0.008 0.012 0.000 0.964
#> GSM483398 6 0.2883 0.6633 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM483409 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483422 5 0.2631 0.7959 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM483423 6 0.0725 0.6672 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM483425 6 0.3043 0.6613 0.000 0.008 0.000 0.200 0.000 0.792
#> GSM483429 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483430 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483432 6 0.2697 0.6675 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483435 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483438 6 0.0790 0.6770 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM483441 6 0.0547 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483451 6 0.2762 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM483452 1 0.0547 0.7452 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM483453 6 0.2793 0.6625 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM483457 4 0.0547 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483467 6 0.2762 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM483469 6 0.0547 0.6781 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483472 6 0.3457 0.6398 0.000 0.016 0.000 0.232 0.000 0.752
#> GSM483474 6 0.5265 0.3967 0.176 0.220 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM483475 4 0.1863 0.7522 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM483479 6 0.1867 0.6621 0.064 0.000 0.020 0.000 0.000 0.916
#> GSM483480 3 0.0146 0.6281 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0865 0.6235 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0858 0.6256 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> GSM483483 3 0.3435 0.6032 0.136 0.060 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.4308 0.5761 0.164 0.088 0.740 0.000 0.000 0.008
#> GSM483485 4 0.2882 0.6966 0.000 0.000 0.180 0.812 0.000 0.008
#> GSM483486 3 0.2597 0.5546 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM483487 3 0.4141 0.5734 0.168 0.092 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM483488 6 0.6306 0.2570 0.240 0.220 0.032 0.000 0.000 0.508
#> GSM483489 3 0.4247 0.5746 0.164 0.092 0.740 0.000 0.000 0.004
#> GSM483490 4 0.1176 0.8500 0.000 0.000 0.024 0.956 0.000 0.020
#> GSM483491 3 0.5149 0.4792 0.184 0.192 0.624 0.000 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483493 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483494 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483495 1 0.4789 0.6619 0.688 0.220 0.000 0.020 0.000 0.072
#> GSM483496 1 0.3081 0.6750 0.776 0.220 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:pam 166 4.21e-01 1.77e-09 2
#> CV:pam 178 3.89e-03 2.10e-06 3
#> CV:pam 180 2.28e-03 3.07e-06 4
#> CV:pam 172 5.90e-07 5.10e-08 5
#> CV:pam 153 1.35e-05 2.49e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.241 0.758 0.837 0.4830 0.498 0.498
#> 3 3 0.286 0.656 0.737 0.1954 0.810 0.662
#> 4 4 0.556 0.726 0.827 0.1861 0.755 0.502
#> 5 5 0.538 0.564 0.737 0.0910 0.934 0.792
#> 6 6 0.583 0.503 0.705 0.0515 0.938 0.772
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.3431 0.8171 0.936 0.064
#> GSM483302 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.1633 0.7813 0.024 0.976
#> GSM483305 2 0.6973 0.8570 0.188 0.812
#> GSM483307 2 0.7056 0.8561 0.192 0.808
#> GSM483312 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483313 2 0.3431 0.8279 0.064 0.936
#> GSM483317 2 0.9983 -0.0790 0.476 0.524
#> GSM483318 2 0.8267 0.7636 0.260 0.740
#> GSM483319 2 0.9815 0.4080 0.420 0.580
#> GSM483322 2 0.7219 0.8331 0.200 0.800
#> GSM483327 2 0.6438 0.8532 0.164 0.836
#> GSM483328 2 0.6531 0.8530 0.168 0.832
#> GSM483330 1 0.6343 0.7659 0.840 0.160
#> GSM483332 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483333 1 0.8763 0.5830 0.704 0.296
#> GSM483336 1 0.6048 0.7785 0.852 0.148
#> GSM483337 2 0.4690 0.8444 0.100 0.900
#> GSM483339 2 0.6973 0.8526 0.188 0.812
#> GSM483351 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483352 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483354 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483358 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483384 1 0.0376 0.8343 0.996 0.004
#> GSM483386 2 0.7139 0.8550 0.196 0.804
#> GSM483388 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483390 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483391 1 0.7453 0.6196 0.788 0.212
#> GSM483396 1 0.2423 0.8293 0.960 0.040
#> GSM483399 2 0.5737 0.7608 0.136 0.864
#> GSM483400 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483401 2 0.6247 0.8558 0.156 0.844
#> GSM483412 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483418 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483420 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483421 2 0.8555 0.8050 0.280 0.720
#> GSM483426 2 0.6438 0.8532 0.164 0.836
#> GSM483428 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483431 1 0.7453 0.6921 0.788 0.212
#> GSM483436 1 0.9522 0.5601 0.628 0.372
#> GSM483442 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483443 1 0.0376 0.8343 0.996 0.004
#> GSM483444 1 0.6438 0.7636 0.836 0.164
#> GSM483447 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.2778 0.8260 0.952 0.048
#> GSM483450 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483455 2 0.6048 0.7562 0.148 0.852
#> GSM483458 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483461 2 0.9996 0.3900 0.488 0.512
#> GSM483462 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483464 1 0.2948 0.8206 0.948 0.052
#> GSM483466 2 0.5737 0.7366 0.136 0.864
#> GSM483468 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483476 2 0.6438 0.7692 0.164 0.836
#> GSM483477 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.6973 0.8572 0.188 0.812
#> GSM483308 2 0.6887 0.8577 0.184 0.816
#> GSM483310 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483311 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483323 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483338 2 0.8386 0.8086 0.268 0.732
#> GSM483353 1 0.4939 0.7938 0.892 0.108
#> GSM483361 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483363 2 1.0000 0.3299 0.500 0.500
#> GSM483364 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0376 0.8345 0.996 0.004
#> GSM483368 2 0.8386 0.8086 0.268 0.732
#> GSM483371 1 0.9909 -0.2530 0.556 0.444
#> GSM483372 2 0.8661 0.8023 0.288 0.712
#> GSM483373 2 0.9552 0.6894 0.376 0.624
#> GSM483374 2 0.8443 0.8074 0.272 0.728
#> GSM483379 1 0.2236 0.8269 0.964 0.036
#> GSM483380 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483381 1 0.1633 0.8337 0.976 0.024
#> GSM483389 1 0.7453 0.7194 0.788 0.212
#> GSM483404 1 0.1843 0.8322 0.972 0.028
#> GSM483405 1 0.5519 0.7905 0.872 0.128
#> GSM483410 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.9087 0.5245 0.676 0.324
#> GSM483413 2 0.8813 0.7968 0.300 0.700
#> GSM483416 1 0.1633 0.8307 0.976 0.024
#> GSM483417 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483419 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.6623 0.7846 0.828 0.172
#> GSM483433 1 0.9933 0.1120 0.548 0.452
#> GSM483434 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483445 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483459 1 0.7674 0.7713 0.776 0.224
#> GSM483465 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483470 1 0.9815 0.4039 0.580 0.420
#> GSM483473 1 0.7376 0.6435 0.792 0.208
#> GSM483478 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.7056 0.8561 0.192 0.808
#> GSM483315 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483320 1 0.9323 0.4617 0.652 0.348
#> GSM483325 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483329 2 0.8499 0.7854 0.276 0.724
#> GSM483331 2 0.6712 0.8499 0.176 0.824
#> GSM483334 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483341 2 0.6712 0.8499 0.176 0.824
#> GSM483343 2 0.6531 0.8530 0.168 0.832
#> GSM483344 2 0.6712 0.8499 0.176 0.824
#> GSM483347 2 0.6438 0.8532 0.164 0.836
#> GSM483348 1 0.5842 0.7914 0.860 0.140
#> GSM483349 1 0.4939 0.7938 0.892 0.108
#> GSM483350 1 0.4939 0.7938 0.892 0.108
#> GSM483356 1 0.4690 0.7992 0.900 0.100
#> GSM483362 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483367 1 0.1414 0.8318 0.980 0.020
#> GSM483369 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7219 0.6632 0.800 0.200
#> GSM483377 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483378 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.6887 0.7462 0.816 0.184
#> GSM483403 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.2423 0.8191 0.960 0.040
#> GSM483408 1 0.9866 -0.0888 0.568 0.432
#> GSM483414 1 0.0672 0.8343 0.992 0.008
#> GSM483415 1 0.1184 0.8330 0.984 0.016
#> GSM483424 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483439 1 0.1633 0.8307 0.976 0.024
#> GSM483440 1 0.0672 0.8340 0.992 0.008
#> GSM483446 1 0.5294 0.7934 0.880 0.120
#> GSM483449 1 0.1633 0.8307 0.976 0.024
#> GSM483454 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483456 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483460 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.8555 0.8050 0.280 0.720
#> GSM483471 1 0.0376 0.8346 0.996 0.004
#> GSM483297 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483298 2 0.4161 0.8281 0.084 0.916
#> GSM483299 2 0.6712 0.8577 0.176 0.824
#> GSM483306 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483309 2 0.7139 0.8550 0.196 0.804
#> GSM483314 2 0.4431 0.8412 0.092 0.908
#> GSM483316 1 0.5629 0.7877 0.868 0.132
#> GSM483321 2 0.6623 0.8516 0.172 0.828
#> GSM483324 1 0.9896 -0.1152 0.560 0.440
#> GSM483326 2 0.6343 0.8548 0.160 0.840
#> GSM483335 2 0.9944 0.2843 0.456 0.544
#> GSM483340 2 0.6438 0.8532 0.164 0.836
#> GSM483342 2 0.4431 0.8436 0.092 0.908
#> GSM483345 2 0.2236 0.8134 0.036 0.964
#> GSM483346 2 0.6801 0.8584 0.180 0.820
#> GSM483355 2 0.6973 0.8570 0.188 0.812
#> GSM483357 2 0.1633 0.7813 0.024 0.976
#> GSM483359 2 0.9686 0.5540 0.396 0.604
#> GSM483360 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483382 2 0.6623 0.8563 0.172 0.828
#> GSM483383 2 0.7299 0.8552 0.204 0.796
#> GSM483387 1 0.3274 0.8050 0.940 0.060
#> GSM483392 2 0.8386 0.8086 0.268 0.732
#> GSM483393 1 0.7674 0.5667 0.776 0.224
#> GSM483394 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483395 2 0.8555 0.7996 0.280 0.720
#> GSM483397 1 0.8327 0.5591 0.736 0.264
#> GSM483398 2 0.6438 0.7585 0.164 0.836
#> GSM483409 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483422 2 0.6887 0.8581 0.184 0.816
#> GSM483423 2 0.7219 0.8533 0.200 0.800
#> GSM483425 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483429 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483430 2 0.2778 0.8021 0.048 0.952
#> GSM483432 2 0.5737 0.7318 0.136 0.864
#> GSM483435 2 0.1414 0.8013 0.020 0.980
#> GSM483438 2 0.8661 0.7993 0.288 0.712
#> GSM483441 2 0.5737 0.7318 0.136 0.864
#> GSM483451 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483452 1 0.1633 0.8302 0.976 0.024
#> GSM483453 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483457 2 0.5519 0.7399 0.128 0.872
#> GSM483467 2 0.8267 0.7984 0.260 0.740
#> GSM483469 2 0.9608 0.6668 0.384 0.616
#> GSM483472 2 0.5629 0.7332 0.132 0.868
#> GSM483474 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483475 2 0.6343 0.8546 0.160 0.840
#> GSM483479 1 0.0000 0.8348 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.2236 0.8136 0.036 0.964
#> GSM483481 2 0.3114 0.8255 0.056 0.944
#> GSM483482 2 0.2948 0.8231 0.052 0.948
#> GSM483483 2 0.8081 0.5440 0.248 0.752
#> GSM483484 1 0.9815 0.5598 0.580 0.420
#> GSM483485 2 0.2948 0.8225 0.052 0.948
#> GSM483486 2 0.3733 0.8333 0.072 0.928
#> GSM483487 1 0.8608 0.7359 0.716 0.284
#> GSM483488 1 0.8661 0.6843 0.712 0.288
#> GSM483489 1 0.9983 0.4167 0.524 0.476
#> GSM483490 2 0.3584 0.8304 0.068 0.932
#> GSM483491 1 0.8555 0.7364 0.720 0.280
#> GSM483492 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483493 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483494 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483495 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
#> GSM483496 1 0.6623 0.7588 0.828 0.172
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2269 0.8014 0.944 0.016 0.040
#> GSM483302 1 0.0424 0.7994 0.992 0.008 0.000
#> GSM483303 3 0.7909 0.4827 0.188 0.148 0.664
#> GSM483305 2 0.7673 0.8634 0.088 0.652 0.260
#> GSM483307 2 0.7301 0.8249 0.052 0.640 0.308
#> GSM483312 2 0.7222 0.8923 0.084 0.696 0.220
#> GSM483313 3 0.8268 0.4482 0.144 0.228 0.628
#> GSM483317 1 0.8543 0.5940 0.580 0.128 0.292
#> GSM483318 1 0.8742 0.5399 0.556 0.136 0.308
#> GSM483319 3 0.8752 0.2667 0.320 0.132 0.548
#> GSM483322 3 0.8435 0.3422 0.268 0.132 0.600
#> GSM483327 3 0.5595 0.5051 0.016 0.228 0.756
#> GSM483328 3 0.9008 0.1317 0.360 0.140 0.500
#> GSM483330 1 0.6128 0.7684 0.780 0.136 0.084
#> GSM483332 3 0.3695 0.6095 0.012 0.108 0.880
#> GSM483333 1 0.8430 0.6290 0.604 0.136 0.260
#> GSM483336 1 0.7447 0.7379 0.700 0.140 0.160
#> GSM483337 3 0.6192 0.5854 0.060 0.176 0.764
#> GSM483339 2 0.8841 0.6885 0.216 0.580 0.204
#> GSM483351 1 0.4808 0.7639 0.804 0.188 0.008
#> GSM483352 3 0.4629 0.5859 0.004 0.188 0.808
#> GSM483354 1 0.6976 0.7526 0.700 0.236 0.064
#> GSM483358 3 0.2749 0.6325 0.012 0.064 0.924
#> GSM483384 1 0.1129 0.8009 0.976 0.020 0.004
#> GSM483386 3 0.8608 -0.2770 0.100 0.412 0.488
#> GSM483388 3 0.5085 0.6178 0.072 0.092 0.836
#> GSM483390 1 0.5115 0.7650 0.796 0.188 0.016
#> GSM483391 1 0.5680 0.7269 0.764 0.024 0.212
#> GSM483396 1 0.7318 0.6963 0.668 0.068 0.264
#> GSM483399 3 0.3207 0.6314 0.012 0.084 0.904
#> GSM483400 1 0.6653 0.7602 0.752 0.136 0.112
#> GSM483401 2 0.6769 0.7976 0.028 0.652 0.320
#> GSM483412 1 0.5253 0.7646 0.792 0.188 0.020
#> GSM483418 3 0.2651 0.6346 0.012 0.060 0.928
#> GSM483420 3 0.1015 0.6454 0.012 0.008 0.980
#> GSM483421 3 0.2663 0.6351 0.044 0.024 0.932
#> GSM483426 3 0.3933 0.6156 0.028 0.092 0.880
#> GSM483428 2 0.7565 0.8715 0.084 0.660 0.256
#> GSM483431 1 0.5105 0.7710 0.828 0.048 0.124
#> GSM483436 1 0.7816 0.7033 0.668 0.132 0.200
#> GSM483442 1 0.4808 0.7639 0.804 0.188 0.008
#> GSM483443 1 0.0747 0.7993 0.984 0.016 0.000
#> GSM483444 1 0.4786 0.7899 0.844 0.112 0.044
#> GSM483447 1 0.0424 0.7994 0.992 0.008 0.000
#> GSM483448 1 0.7298 0.7165 0.692 0.088 0.220
#> GSM483450 1 0.4808 0.7639 0.804 0.188 0.008
#> GSM483455 3 0.4805 0.5923 0.012 0.176 0.812
#> GSM483458 1 0.5956 0.7610 0.768 0.188 0.044
#> GSM483461 3 0.5560 0.3450 0.300 0.000 0.700
#> GSM483462 1 0.7746 0.7349 0.656 0.244 0.100
#> GSM483464 1 0.1031 0.7991 0.976 0.024 0.000
#> GSM483466 3 0.3695 0.6191 0.012 0.108 0.880
#> GSM483468 1 0.7797 0.7196 0.672 0.188 0.140
#> GSM483476 3 0.4749 0.5982 0.012 0.172 0.816
#> GSM483477 1 0.2176 0.8024 0.948 0.020 0.032
#> GSM483300 3 0.8447 -0.1586 0.092 0.392 0.516
#> GSM483308 2 0.7317 0.8845 0.096 0.696 0.208
#> GSM483310 2 0.7180 0.8906 0.084 0.700 0.216
#> GSM483311 2 0.7222 0.8923 0.084 0.696 0.220
#> GSM483323 1 0.6653 0.7597 0.752 0.136 0.112
#> GSM483338 3 0.1015 0.6454 0.012 0.008 0.980
#> GSM483353 1 0.0000 0.8014 1.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483363 3 0.6956 0.3893 0.300 0.040 0.660
#> GSM483364 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0237 0.8022 0.996 0.000 0.004
#> GSM483368 3 0.0592 0.6452 0.012 0.000 0.988
#> GSM483371 1 0.5318 0.7241 0.780 0.016 0.204
#> GSM483372 3 0.2492 0.6331 0.048 0.016 0.936
#> GSM483373 3 0.4505 0.6153 0.048 0.092 0.860
#> GSM483374 3 0.1950 0.6437 0.040 0.008 0.952
#> GSM483379 1 0.0424 0.8004 0.992 0.008 0.000
#> GSM483380 3 0.3120 0.6232 0.012 0.080 0.908
#> GSM483381 1 0.5292 0.7605 0.764 0.008 0.228
#> GSM483389 1 0.7283 0.7001 0.672 0.068 0.260
#> GSM483404 1 0.5785 0.7054 0.696 0.004 0.300
#> GSM483405 1 0.5408 0.7820 0.812 0.136 0.052
#> GSM483410 1 0.0592 0.8012 0.988 0.012 0.000
#> GSM483411 1 0.7816 0.7083 0.668 0.132 0.200
#> GSM483413 1 0.7138 0.2024 0.540 0.024 0.436
#> GSM483416 1 0.4413 0.7897 0.832 0.008 0.160
#> GSM483417 1 0.5696 0.7775 0.800 0.136 0.064
#> GSM483419 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483427 1 0.7633 0.7174 0.680 0.120 0.200
#> GSM483433 1 0.7722 0.6439 0.628 0.076 0.296
#> GSM483434 1 0.5913 0.7779 0.788 0.144 0.068
#> GSM483445 1 0.6653 0.7602 0.752 0.136 0.112
#> GSM483459 1 0.7059 0.7610 0.724 0.164 0.112
#> GSM483465 1 0.4808 0.7639 0.804 0.188 0.008
#> GSM483470 1 0.7683 0.6281 0.640 0.080 0.280
#> GSM483473 1 0.5873 0.6942 0.684 0.004 0.312
#> GSM483478 1 0.0000 0.8014 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.7256 0.8907 0.088 0.696 0.216
#> GSM483315 1 0.6128 0.7715 0.780 0.136 0.084
#> GSM483320 1 0.7875 0.7038 0.664 0.136 0.200
#> GSM483325 1 0.6653 0.7602 0.752 0.136 0.112
#> GSM483329 1 0.7283 0.6419 0.708 0.116 0.176
#> GSM483331 1 0.8231 0.6253 0.628 0.136 0.236
#> GSM483334 1 0.5787 0.7761 0.796 0.136 0.068
#> GSM483341 1 0.8483 0.5782 0.600 0.140 0.260
#> GSM483343 3 0.8973 0.1169 0.364 0.136 0.500
#> GSM483344 3 0.9161 0.1312 0.388 0.148 0.464
#> GSM483347 3 0.3618 0.6108 0.012 0.104 0.884
#> GSM483348 1 0.5536 0.7829 0.804 0.144 0.052
#> GSM483349 1 0.0475 0.8018 0.992 0.004 0.004
#> GSM483350 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483356 1 0.2356 0.8013 0.928 0.072 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.8014 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.6286 0.7686 0.772 0.136 0.092
#> GSM483367 1 0.2096 0.8070 0.944 0.004 0.052
#> GSM483369 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8014 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0475 0.8020 0.992 0.004 0.004
#> GSM483376 1 0.6852 0.6900 0.664 0.036 0.300
#> GSM483377 1 0.6653 0.7602 0.752 0.136 0.112
#> GSM483378 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483385 1 0.0424 0.7994 0.992 0.008 0.000
#> GSM483402 1 0.5851 0.7793 0.792 0.140 0.068
#> GSM483403 1 0.0424 0.8009 0.992 0.008 0.000
#> GSM483406 1 0.0237 0.8003 0.996 0.004 0.000
#> GSM483407 1 0.3528 0.7874 0.892 0.016 0.092
#> GSM483408 3 0.6309 -0.3446 0.500 0.000 0.500
#> GSM483414 1 0.1267 0.8061 0.972 0.004 0.024
#> GSM483415 1 0.1585 0.8063 0.964 0.008 0.028
#> GSM483424 1 0.0747 0.8002 0.984 0.016 0.000
#> GSM483437 1 0.6561 0.7670 0.756 0.144 0.100
#> GSM483439 1 0.1525 0.8048 0.964 0.004 0.032
#> GSM483440 1 0.1289 0.8049 0.968 0.000 0.032
#> GSM483446 1 0.4475 0.7857 0.840 0.144 0.016
#> GSM483449 1 0.2356 0.8043 0.928 0.000 0.072
#> GSM483454 1 0.1877 0.8068 0.956 0.012 0.032
#> GSM483456 3 0.6688 -0.2110 0.012 0.408 0.580
#> GSM483460 1 0.0592 0.8053 0.988 0.000 0.012
#> GSM483463 3 0.2492 0.6331 0.048 0.016 0.936
#> GSM483471 1 0.0829 0.8003 0.984 0.012 0.004
#> GSM483297 2 0.7844 0.7988 0.084 0.624 0.292
#> GSM483298 2 0.7562 0.7714 0.064 0.628 0.308
#> GSM483299 2 0.7458 0.8708 0.084 0.672 0.244
#> GSM483306 2 0.7222 0.8923 0.084 0.696 0.220
#> GSM483309 2 0.8567 0.7547 0.128 0.576 0.296
#> GSM483314 3 0.4390 0.6266 0.012 0.148 0.840
#> GSM483316 1 0.6653 0.7602 0.752 0.136 0.112
#> GSM483321 3 0.7552 0.4652 0.168 0.140 0.692
#> GSM483324 3 0.7143 0.0443 0.396 0.028 0.576
#> GSM483326 2 0.7001 0.7700 0.032 0.628 0.340
#> GSM483335 1 0.8549 0.4338 0.516 0.100 0.384
#> GSM483340 3 0.6763 -0.2576 0.012 0.436 0.552
#> GSM483342 2 0.6082 0.7052 0.012 0.692 0.296
#> GSM483345 2 0.5763 0.7906 0.016 0.740 0.244
#> GSM483346 2 0.7339 0.8868 0.088 0.688 0.224
#> GSM483355 2 0.7256 0.8907 0.088 0.696 0.216
#> GSM483357 3 0.5982 0.4061 0.004 0.328 0.668
#> GSM483359 1 0.4209 0.7557 0.856 0.016 0.128
#> GSM483360 3 0.3207 0.6203 0.012 0.084 0.904
#> GSM483382 3 0.1482 0.6486 0.020 0.012 0.968
#> GSM483383 3 0.7665 0.1698 0.084 0.268 0.648
#> GSM483387 1 0.5461 0.7184 0.748 0.008 0.244
#> GSM483392 3 0.1453 0.6465 0.024 0.008 0.968
#> GSM483393 1 0.5536 0.6781 0.752 0.012 0.236
#> GSM483394 2 0.7367 0.8446 0.060 0.648 0.292
#> GSM483395 3 0.3802 0.5977 0.080 0.032 0.888
#> GSM483397 1 0.6008 0.6268 0.628 0.000 0.372
#> GSM483398 3 0.4390 0.6089 0.012 0.148 0.840
#> GSM483409 1 0.4968 0.7637 0.800 0.188 0.012
#> GSM483422 2 0.7222 0.8923 0.084 0.696 0.220
#> GSM483423 1 0.8574 0.0115 0.472 0.096 0.432
#> GSM483425 3 0.7525 0.4750 0.208 0.108 0.684
#> GSM483429 3 0.3454 0.6212 0.008 0.104 0.888
#> GSM483430 3 0.6848 -0.1178 0.016 0.416 0.568
#> GSM483432 3 0.6500 0.5599 0.140 0.100 0.760
#> GSM483435 3 0.3295 0.6366 0.008 0.096 0.896
#> GSM483438 3 0.5538 0.5497 0.116 0.072 0.812
#> GSM483441 3 0.7610 0.4696 0.216 0.108 0.676
#> GSM483451 3 0.3695 0.6191 0.012 0.108 0.880
#> GSM483452 1 0.0829 0.8035 0.984 0.012 0.004
#> GSM483453 3 0.4861 0.5894 0.012 0.180 0.808
#> GSM483457 3 0.3459 0.6283 0.012 0.096 0.892
#> GSM483467 3 0.4742 0.6033 0.048 0.104 0.848
#> GSM483469 1 0.7075 0.0320 0.496 0.020 0.484
#> GSM483472 3 0.4629 0.5859 0.004 0.188 0.808
#> GSM483474 1 0.6527 0.7379 0.744 0.188 0.068
#> GSM483475 3 0.1453 0.6474 0.024 0.008 0.968
#> GSM483479 1 0.0424 0.7994 0.992 0.008 0.000
#> GSM483480 3 0.6586 0.5748 0.056 0.216 0.728
#> GSM483481 3 0.4953 0.6071 0.016 0.176 0.808
#> GSM483482 3 0.6000 0.5983 0.040 0.200 0.760
#> GSM483483 1 0.8543 0.6579 0.580 0.292 0.128
#> GSM483484 1 0.7816 0.7159 0.628 0.288 0.084
#> GSM483485 3 0.4068 0.6375 0.016 0.120 0.864
#> GSM483486 3 0.5062 0.6032 0.016 0.184 0.800
#> GSM483487 1 0.6597 0.7473 0.664 0.312 0.024
#> GSM483488 1 0.9553 0.4492 0.484 0.272 0.244
#> GSM483489 1 0.8337 0.6703 0.592 0.296 0.112
#> GSM483490 3 0.4453 0.6221 0.012 0.152 0.836
#> GSM483491 1 0.6651 0.7437 0.656 0.320 0.024
#> GSM483492 1 0.6158 0.7589 0.760 0.188 0.052
#> GSM483493 1 0.4808 0.7639 0.804 0.188 0.008
#> GSM483494 1 0.7558 0.7297 0.688 0.188 0.124
#> GSM483495 1 0.7862 0.7168 0.668 0.184 0.148
#> GSM483496 1 0.5115 0.7650 0.796 0.188 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.1543 0.8316 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM483302 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483303 1 0.5279 0.4895 0.588 0.000 0.012 0.400
#> GSM483305 2 0.2207 0.8719 0.004 0.928 0.012 0.056
#> GSM483307 2 0.3025 0.8703 0.024 0.900 0.016 0.060
#> GSM483312 2 0.1637 0.8718 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM483313 3 0.3681 0.6924 0.036 0.004 0.856 0.104
#> GSM483317 3 0.5809 0.7160 0.232 0.004 0.692 0.072
#> GSM483318 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483319 3 0.4745 0.7317 0.208 0.000 0.756 0.036
#> GSM483322 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483327 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483328 3 0.2021 0.7122 0.056 0.000 0.932 0.012
#> GSM483330 3 0.4877 0.6513 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM483332 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483333 3 0.5003 0.7353 0.308 0.000 0.676 0.016
#> GSM483336 3 0.5478 0.7139 0.344 0.000 0.628 0.028
#> GSM483337 3 0.2010 0.6797 0.004 0.004 0.932 0.060
#> GSM483339 2 0.4059 0.7188 0.200 0.788 0.012 0.000
#> GSM483351 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483352 4 0.0000 0.7991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483358 4 0.3486 0.8125 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM483384 1 0.0524 0.8333 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM483386 2 0.5382 0.7294 0.064 0.752 0.012 0.172
#> GSM483388 1 0.7241 -0.0315 0.460 0.012 0.100 0.428
#> GSM483390 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483391 1 0.4114 0.7761 0.828 0.112 0.000 0.060
#> GSM483396 1 0.4405 0.7369 0.800 0.000 0.152 0.048
#> GSM483399 4 0.2164 0.8289 0.004 0.004 0.068 0.924
#> GSM483400 3 0.4477 0.7326 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM483401 2 0.5806 0.7122 0.020 0.724 0.192 0.064
#> GSM483412 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483418 4 0.3486 0.8125 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM483420 4 0.3486 0.8125 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM483421 4 0.3782 0.8276 0.024 0.012 0.112 0.852
#> GSM483426 3 0.1975 0.6766 0.016 0.000 0.936 0.048
#> GSM483428 2 0.2021 0.8707 0.000 0.932 0.012 0.056
#> GSM483431 1 0.4337 0.7711 0.808 0.140 0.000 0.052
#> GSM483436 1 0.4355 0.7711 0.772 0.012 0.004 0.212
#> GSM483442 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483443 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.4206 0.7941 0.816 0.048 0.000 0.136
#> GSM483447 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.2443 0.8119 0.916 0.000 0.024 0.060
#> GSM483450 1 0.4494 0.7881 0.808 0.056 0.004 0.132
#> GSM483455 4 0.0564 0.8055 0.004 0.004 0.004 0.988
#> GSM483458 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483461 4 0.6550 0.5953 0.184 0.000 0.180 0.636
#> GSM483462 1 0.5363 0.7412 0.728 0.056 0.004 0.212
#> GSM483464 1 0.0376 0.8337 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483466 4 0.0657 0.8037 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM483468 1 0.5290 0.7477 0.736 0.056 0.004 0.204
#> GSM483476 4 0.2088 0.8296 0.004 0.004 0.064 0.928
#> GSM483477 1 0.1174 0.8319 0.968 0.020 0.000 0.012
#> GSM483300 2 0.6391 0.3894 0.004 0.528 0.412 0.056
#> GSM483308 2 0.2644 0.8727 0.032 0.908 0.000 0.060
#> GSM483310 2 0.1557 0.8711 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM483311 2 0.1557 0.8711 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM483323 3 0.4522 0.7298 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM483338 4 0.3486 0.8125 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM483353 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.3196 0.8334 0.012 0.008 0.104 0.876
#> GSM483364 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.3626 0.8143 0.004 0.000 0.184 0.812
#> GSM483371 1 0.3080 0.8045 0.880 0.096 0.000 0.024
#> GSM483372 4 0.4079 0.8174 0.024 0.044 0.080 0.852
#> GSM483373 4 0.3681 0.8285 0.024 0.004 0.124 0.848
#> GSM483374 4 0.3625 0.8285 0.024 0.004 0.120 0.852
#> GSM483379 1 0.0376 0.8326 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483380 4 0.3208 0.8259 0.004 0.000 0.148 0.848
#> GSM483381 1 0.2255 0.8177 0.920 0.000 0.012 0.068
#> GSM483389 1 0.6344 0.5451 0.648 0.000 0.224 0.128
#> GSM483404 1 0.5940 0.6140 0.692 0.000 0.120 0.188
#> GSM483405 1 0.3074 0.6874 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM483410 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483411 3 0.4642 0.7258 0.240 0.000 0.740 0.020
#> GSM483413 1 0.6088 0.6570 0.708 0.116 0.012 0.164
#> GSM483416 1 0.1151 0.8274 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM483417 3 0.4877 0.6301 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.4173 0.7823 0.804 0.004 0.020 0.172
#> GSM483433 3 0.6407 0.3813 0.412 0.000 0.520 0.068
#> GSM483434 3 0.4905 0.6964 0.364 0.004 0.632 0.000
#> GSM483445 3 0.4624 0.7026 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM483459 3 0.5511 0.7204 0.332 0.000 0.636 0.032
#> GSM483465 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483470 1 0.3583 0.7866 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM483473 1 0.6477 0.5020 0.620 0.000 0.116 0.264
#> GSM483478 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.1743 0.8715 0.004 0.940 0.000 0.056
#> GSM483315 3 0.4713 0.7022 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM483320 3 0.4401 0.7486 0.272 0.000 0.724 0.004
#> GSM483325 3 0.4454 0.7342 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM483329 2 0.5503 0.1884 0.468 0.516 0.016 0.000
#> GSM483331 3 0.2281 0.7105 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM483334 3 0.4746 0.6944 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM483341 3 0.2149 0.7108 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM483343 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483344 3 0.4485 0.6762 0.152 0.052 0.796 0.000
#> GSM483347 3 0.0707 0.6917 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483348 3 0.5004 0.6676 0.392 0.004 0.604 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483365 3 0.4564 0.7245 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM483367 1 0.0336 0.8312 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.7500 -0.0939 0.416 0.000 0.180 0.404
#> GSM483377 3 0.4522 0.7267 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.5636 0.5865 0.436 0.004 0.544 0.016
#> GSM483403 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3821 0.7886 0.840 0.120 0.000 0.040
#> GSM483408 4 0.6916 0.4907 0.236 0.000 0.176 0.588
#> GSM483414 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.1637 0.8238 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.4981 -0.3132 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.3668 0.6016 0.808 0.004 0.188 0.000
#> GSM483449 1 0.0592 0.8283 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483456 4 0.6879 0.5971 0.000 0.216 0.188 0.596
#> GSM483460 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.3975 0.8241 0.024 0.028 0.096 0.852
#> GSM483471 1 0.0188 0.8329 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.2222 0.8756 0.016 0.924 0.000 0.060
#> GSM483298 2 0.2867 0.8578 0.012 0.884 0.000 0.104
#> GSM483299 2 0.2335 0.8753 0.020 0.920 0.000 0.060
#> GSM483306 2 0.2222 0.8759 0.016 0.924 0.000 0.060
#> GSM483309 2 0.3330 0.8463 0.072 0.884 0.012 0.032
#> GSM483314 3 0.2010 0.6797 0.004 0.004 0.932 0.060
#> GSM483316 3 0.4454 0.7342 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM483321 3 0.3004 0.7102 0.060 0.000 0.892 0.048
#> GSM483324 4 0.6969 0.5057 0.224 0.000 0.192 0.584
#> GSM483326 2 0.5027 0.7855 0.024 0.796 0.116 0.064
#> GSM483335 3 0.4426 0.7332 0.204 0.000 0.772 0.024
#> GSM483340 3 0.4361 0.5750 0.000 0.208 0.772 0.020
#> GSM483342 3 0.5936 0.5145 0.004 0.232 0.684 0.080
#> GSM483345 2 0.4232 0.7917 0.024 0.804 0.004 0.168
#> GSM483346 2 0.2924 0.8702 0.036 0.900 0.004 0.060
#> GSM483355 2 0.2256 0.8753 0.020 0.924 0.000 0.056
#> GSM483357 4 0.7906 -0.2062 0.184 0.380 0.012 0.424
#> GSM483359 1 0.1109 0.8308 0.968 0.028 0.004 0.000
#> GSM483360 4 0.4365 0.8022 0.000 0.028 0.188 0.784
#> GSM483382 4 0.3519 0.8288 0.016 0.004 0.128 0.852
#> GSM483383 2 0.7536 0.3910 0.164 0.532 0.012 0.292
#> GSM483387 1 0.0707 0.8307 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483392 4 0.3891 0.8264 0.020 0.004 0.148 0.828
#> GSM483393 1 0.2408 0.7992 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM483394 2 0.2629 0.8743 0.024 0.912 0.004 0.060
#> GSM483395 4 0.5172 0.6994 0.096 0.112 0.012 0.780
#> GSM483397 1 0.7117 0.3858 0.556 0.000 0.180 0.264
#> GSM483398 4 0.1284 0.8096 0.000 0.024 0.012 0.964
#> GSM483409 1 0.4597 0.7850 0.800 0.056 0.004 0.140
#> GSM483422 2 0.1557 0.8711 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM483423 1 0.1059 0.8287 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM483425 1 0.5300 0.4789 0.580 0.000 0.012 0.408
#> GSM483429 4 0.0469 0.8027 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483430 4 0.4464 0.6050 0.004 0.224 0.012 0.760
#> GSM483432 1 0.5320 0.4576 0.572 0.000 0.012 0.416
#> GSM483435 4 0.1004 0.8117 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM483438 1 0.7409 0.1468 0.480 0.120 0.012 0.388
#> GSM483441 1 0.5329 0.4545 0.568 0.000 0.012 0.420
#> GSM483451 4 0.0469 0.8027 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483452 1 0.0564 0.8331 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM483453 4 0.0000 0.7991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483457 4 0.0469 0.8027 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483467 4 0.3673 0.8209 0.020 0.040 0.068 0.872
#> GSM483469 1 0.6788 0.5168 0.628 0.104 0.016 0.252
#> GSM483472 4 0.0000 0.7991 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.4597 0.7850 0.800 0.056 0.004 0.140
#> GSM483475 4 0.3575 0.8289 0.020 0.004 0.124 0.852
#> GSM483479 1 0.0000 0.8331 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.3391 0.6650 0.004 0.004 0.844 0.148
#> GSM483481 3 0.2777 0.6794 0.004 0.004 0.888 0.104
#> GSM483482 3 0.3340 0.6669 0.004 0.004 0.848 0.144
#> GSM483483 3 0.4982 0.6505 0.028 0.048 0.796 0.128
#> GSM483484 1 0.4685 0.7887 0.804 0.052 0.012 0.132
#> GSM483485 4 0.5365 0.4415 0.008 0.004 0.412 0.576
#> GSM483486 3 0.2238 0.6814 0.004 0.004 0.920 0.072
#> GSM483487 3 0.7777 0.6497 0.220 0.056 0.588 0.136
#> GSM483488 1 0.5597 0.7638 0.764 0.056 0.044 0.136
#> GSM483489 1 0.7932 0.3385 0.544 0.048 0.276 0.132
#> GSM483490 3 0.2088 0.6780 0.004 0.004 0.928 0.064
#> GSM483491 3 0.7832 0.6392 0.228 0.056 0.580 0.136
#> GSM483492 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483493 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
#> GSM483494 1 0.4970 0.7699 0.768 0.056 0.004 0.172
#> GSM483495 1 0.5290 0.7478 0.736 0.056 0.004 0.204
#> GSM483496 1 0.4546 0.7863 0.804 0.056 0.004 0.136
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.2976 0.59306 0.852 0.012 0.004 0.000 0.132
#> GSM483302 1 0.1892 0.62522 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> GSM483303 1 0.6304 0.23758 0.604 0.020 0.004 0.132 0.240
#> GSM483305 2 0.0162 0.84443 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.1074 0.84305 0.012 0.968 0.004 0.016 0.000
#> GSM483312 2 0.0290 0.84455 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483313 3 0.4048 0.75401 0.004 0.020 0.824 0.076 0.076
#> GSM483317 3 0.7444 0.59478 0.128 0.020 0.580 0.152 0.120
#> GSM483318 3 0.1845 0.76871 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056
#> GSM483319 3 0.5088 0.72821 0.108 0.004 0.760 0.048 0.080
#> GSM483322 3 0.3038 0.76820 0.016 0.000 0.872 0.088 0.024
#> GSM483327 3 0.3209 0.75762 0.000 0.004 0.860 0.076 0.060
#> GSM483328 3 0.2308 0.78136 0.036 0.000 0.912 0.004 0.048
#> GSM483330 3 0.4637 0.68206 0.292 0.004 0.676 0.000 0.028
#> GSM483332 3 0.3442 0.74827 0.000 0.000 0.836 0.104 0.060
#> GSM483333 3 0.3435 0.75634 0.156 0.000 0.820 0.004 0.020
#> GSM483336 3 0.3944 0.74037 0.212 0.004 0.764 0.000 0.020
#> GSM483337 3 0.3256 0.76092 0.000 0.012 0.864 0.060 0.064
#> GSM483339 2 0.3318 0.68884 0.192 0.800 0.008 0.000 0.000
#> GSM483351 1 0.3561 0.49504 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM483352 4 0.4644 0.66335 0.004 0.020 0.004 0.676 0.296
#> GSM483354 1 0.4353 0.40201 0.660 0.000 0.004 0.008 0.328
#> GSM483358 4 0.2793 0.65172 0.000 0.000 0.088 0.876 0.036
#> GSM483384 1 0.2677 0.62633 0.872 0.016 0.000 0.000 0.112
#> GSM483386 2 0.3011 0.76271 0.076 0.876 0.000 0.012 0.036
#> GSM483388 4 0.8062 -0.45580 0.340 0.036 0.032 0.372 0.220
#> GSM483390 1 0.4150 0.42171 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM483391 1 0.6434 0.11395 0.556 0.180 0.000 0.012 0.252
#> GSM483396 1 0.7358 -0.30366 0.480 0.000 0.164 0.064 0.292
#> GSM483399 4 0.2588 0.67647 0.004 0.020 0.008 0.900 0.068
#> GSM483400 3 0.3500 0.75587 0.172 0.000 0.808 0.004 0.016
#> GSM483401 2 0.5342 0.66117 0.000 0.720 0.148 0.100 0.032
#> GSM483412 1 0.4937 0.02894 0.544 0.000 0.000 0.028 0.428
#> GSM483418 4 0.2769 0.65350 0.000 0.000 0.092 0.876 0.032
#> GSM483420 4 0.2879 0.65501 0.000 0.000 0.100 0.868 0.032
#> GSM483421 4 0.5455 0.69465 0.004 0.024 0.068 0.692 0.212
#> GSM483426 3 0.3958 0.72024 0.008 0.004 0.808 0.140 0.040
#> GSM483428 2 0.0000 0.84365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3988 0.49338 0.768 0.196 0.000 0.000 0.036
#> GSM483436 1 0.6326 -0.37943 0.448 0.016 0.000 0.100 0.436
#> GSM483442 1 0.4101 0.39892 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> GSM483443 1 0.1638 0.63788 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> GSM483444 1 0.4478 0.41732 0.680 0.004 0.004 0.012 0.300
#> GSM483447 1 0.1282 0.64212 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> GSM483448 1 0.5219 0.48283 0.740 0.016 0.080 0.016 0.148
#> GSM483450 1 0.3980 0.45875 0.708 0.000 0.000 0.008 0.284
#> GSM483455 4 0.4900 0.65149 0.008 0.020 0.008 0.664 0.300
#> GSM483458 1 0.5048 -0.19290 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> GSM483461 4 0.7024 0.49331 0.092 0.008 0.088 0.576 0.236
#> GSM483462 5 0.5741 0.43262 0.320 0.000 0.012 0.076 0.592
#> GSM483464 1 0.3081 0.63299 0.832 0.012 0.000 0.000 0.156
#> GSM483466 4 0.4729 0.66360 0.004 0.024 0.004 0.672 0.296
#> GSM483468 5 0.5664 0.55581 0.348 0.000 0.000 0.092 0.560
#> GSM483476 4 0.4726 0.67571 0.008 0.020 0.008 0.696 0.268
#> GSM483477 1 0.3527 0.57753 0.804 0.024 0.000 0.000 0.172
#> GSM483300 2 0.4676 0.31776 0.004 0.592 0.392 0.000 0.012
#> GSM483308 2 0.0609 0.84283 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0162 0.84476 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483311 2 0.0162 0.84476 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483323 3 0.2464 0.78440 0.096 0.000 0.888 0.000 0.016
#> GSM483338 4 0.2293 0.66292 0.000 0.000 0.084 0.900 0.016
#> GSM483353 1 0.0794 0.64328 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483361 1 0.1121 0.64256 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM483363 4 0.7121 0.38394 0.100 0.024 0.036 0.516 0.324
#> GSM483364 1 0.2522 0.60714 0.880 0.000 0.012 0.000 0.108
#> GSM483366 1 0.2074 0.61516 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM483368 4 0.1732 0.66981 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM483371 1 0.5490 0.41398 0.652 0.148 0.000 0.000 0.200
#> GSM483372 4 0.5875 0.69318 0.004 0.064 0.052 0.672 0.208
#> GSM483373 4 0.7293 0.42878 0.096 0.016 0.072 0.532 0.284
#> GSM483374 4 0.5483 0.69371 0.004 0.024 0.072 0.692 0.208
#> GSM483379 1 0.2228 0.61977 0.900 0.004 0.004 0.000 0.092
#> GSM483380 4 0.2775 0.66171 0.000 0.004 0.076 0.884 0.036
#> GSM483381 1 0.6714 0.12469 0.612 0.016 0.060 0.084 0.228
#> GSM483389 3 0.7835 -0.36764 0.364 0.000 0.368 0.092 0.176
#> GSM483404 5 0.8121 0.58675 0.352 0.004 0.116 0.168 0.360
#> GSM483405 1 0.5013 0.36611 0.696 0.000 0.204 0.000 0.100
#> GSM483410 1 0.2228 0.63362 0.908 0.012 0.004 0.000 0.076
#> GSM483411 3 0.4038 0.74646 0.132 0.000 0.808 0.032 0.028
#> GSM483413 1 0.6175 0.25222 0.576 0.192 0.000 0.004 0.228
#> GSM483416 1 0.4494 0.53981 0.792 0.012 0.040 0.024 0.132
#> GSM483417 3 0.5320 0.53822 0.368 0.000 0.572 0.000 0.060
#> GSM483419 1 0.2411 0.60821 0.884 0.000 0.008 0.000 0.108
#> GSM483427 1 0.7112 -0.26776 0.496 0.020 0.020 0.140 0.324
#> GSM483433 3 0.6743 0.48832 0.240 0.004 0.580 0.132 0.044
#> GSM483434 3 0.4643 0.73451 0.192 0.004 0.736 0.000 0.068
#> GSM483445 3 0.4221 0.71779 0.188 0.000 0.764 0.004 0.044
#> GSM483459 3 0.4857 0.76172 0.084 0.016 0.764 0.008 0.128
#> GSM483465 1 0.3838 0.46668 0.716 0.000 0.000 0.004 0.280
#> GSM483470 1 0.6463 -0.03816 0.524 0.040 0.004 0.068 0.364
#> GSM483473 5 0.8084 0.60027 0.340 0.004 0.096 0.196 0.364
#> GSM483478 1 0.2304 0.61241 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM483304 2 0.0000 0.84365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 3 0.4361 0.74814 0.124 0.000 0.768 0.000 0.108
#> GSM483320 3 0.2236 0.78688 0.068 0.000 0.908 0.000 0.024
#> GSM483325 3 0.3754 0.75280 0.176 0.000 0.796 0.008 0.020
#> GSM483329 2 0.5423 0.28814 0.420 0.532 0.012 0.000 0.036
#> GSM483331 3 0.2576 0.78534 0.056 0.000 0.900 0.008 0.036
#> GSM483334 3 0.5076 0.69959 0.200 0.000 0.692 0.000 0.108
#> GSM483341 3 0.2149 0.78403 0.048 0.000 0.916 0.000 0.036
#> GSM483343 3 0.1830 0.77157 0.004 0.000 0.932 0.012 0.052
#> GSM483344 3 0.5521 0.64694 0.140 0.156 0.688 0.000 0.016
#> GSM483347 3 0.3043 0.75716 0.000 0.000 0.864 0.080 0.056
#> GSM483348 3 0.5319 0.68521 0.212 0.004 0.676 0.000 0.108
#> GSM483349 1 0.1670 0.64024 0.936 0.000 0.012 0.000 0.052
#> GSM483350 1 0.1106 0.64396 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM483356 1 0.0932 0.64601 0.972 0.004 0.004 0.000 0.020
#> GSM483362 1 0.2124 0.61438 0.900 0.004 0.000 0.000 0.096
#> GSM483365 3 0.4172 0.75523 0.108 0.000 0.784 0.000 0.108
#> GSM483367 1 0.1740 0.64850 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> GSM483369 1 0.2416 0.61163 0.888 0.000 0.012 0.000 0.100
#> GSM483370 1 0.2304 0.61241 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM483375 1 0.0451 0.64558 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483376 5 0.8497 0.42524 0.240 0.000 0.180 0.268 0.312
#> GSM483377 3 0.4172 0.75413 0.108 0.000 0.784 0.000 0.108
#> GSM483378 1 0.2361 0.61410 0.892 0.000 0.012 0.000 0.096
#> GSM483385 1 0.1991 0.63071 0.916 0.004 0.004 0.000 0.076
#> GSM483402 3 0.4575 0.63756 0.328 0.000 0.648 0.000 0.024
#> GSM483403 1 0.1952 0.65081 0.912 0.004 0.000 0.000 0.084
#> GSM483406 1 0.1195 0.64638 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> GSM483407 1 0.5025 0.47561 0.704 0.172 0.000 0.000 0.124
#> GSM483408 4 0.6829 0.34941 0.128 0.004 0.128 0.620 0.120
#> GSM483414 1 0.1851 0.62691 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM483415 1 0.0955 0.64983 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM483424 1 0.2426 0.63343 0.900 0.036 0.000 0.000 0.064
#> GSM483437 3 0.4697 0.61664 0.304 0.000 0.660 0.000 0.036
#> GSM483439 1 0.0290 0.64481 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483440 1 0.2020 0.61451 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM483446 1 0.3845 0.37173 0.760 0.004 0.224 0.000 0.012
#> GSM483449 1 0.3242 0.62274 0.816 0.000 0.012 0.000 0.172
#> GSM483454 1 0.0579 0.64451 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM483456 4 0.5298 0.54680 0.000 0.132 0.092 0.732 0.044
#> GSM483460 1 0.2929 0.62312 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM483463 4 0.5450 0.69983 0.004 0.036 0.056 0.700 0.204
#> GSM483471 1 0.2719 0.62772 0.852 0.004 0.000 0.000 0.144
#> GSM483297 2 0.2430 0.82419 0.020 0.912 0.000 0.028 0.040
#> GSM483298 2 0.4387 0.75338 0.016 0.796 0.004 0.108 0.076
#> GSM483299 2 0.2256 0.82615 0.016 0.920 0.000 0.032 0.032
#> GSM483306 2 0.0404 0.84382 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483309 2 0.1544 0.81871 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.4673 0.72292 0.000 0.020 0.768 0.128 0.084
#> GSM483316 3 0.3716 0.75366 0.172 0.000 0.800 0.008 0.020
#> GSM483321 3 0.2860 0.78195 0.036 0.008 0.892 0.008 0.056
#> GSM483324 4 0.6850 0.36138 0.124 0.004 0.108 0.616 0.148
#> GSM483326 2 0.4372 0.71191 0.000 0.776 0.120 0.100 0.004
#> GSM483335 3 0.4981 0.71899 0.116 0.000 0.760 0.052 0.072
#> GSM483340 3 0.5815 0.69100 0.000 0.132 0.696 0.108 0.064
#> GSM483342 3 0.6679 0.63265 0.012 0.204 0.624 0.088 0.072
#> GSM483345 2 0.4587 0.73002 0.000 0.788 0.044 0.100 0.068
#> GSM483346 2 0.2072 0.83017 0.036 0.928 0.020 0.016 0.000
#> GSM483355 2 0.0162 0.84427 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.7944 0.12381 0.080 0.420 0.004 0.228 0.268
#> GSM483359 1 0.1648 0.63997 0.940 0.020 0.000 0.000 0.040
#> GSM483360 4 0.3003 0.64670 0.000 0.000 0.092 0.864 0.044
#> GSM483382 4 0.2492 0.68732 0.000 0.024 0.048 0.908 0.020
#> GSM483383 2 0.6981 0.34046 0.064 0.560 0.000 0.156 0.220
#> GSM483387 1 0.6100 0.14356 0.628 0.028 0.008 0.080 0.256
#> GSM483392 4 0.3639 0.69605 0.000 0.000 0.076 0.824 0.100
#> GSM483393 1 0.5290 0.34954 0.672 0.028 0.020 0.012 0.268
#> GSM483394 2 0.2590 0.82798 0.020 0.908 0.004 0.040 0.028
#> GSM483395 4 0.6108 0.60095 0.008 0.156 0.000 0.592 0.244
#> GSM483397 5 0.8394 0.52910 0.280 0.000 0.152 0.240 0.328
#> GSM483398 4 0.4886 0.66615 0.008 0.028 0.004 0.672 0.288
#> GSM483409 1 0.4341 0.23235 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> GSM483422 2 0.0000 0.84365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 1 0.2246 0.63270 0.924 0.016 0.028 0.004 0.028
#> GSM483425 1 0.6327 -0.12394 0.496 0.020 0.000 0.096 0.388
#> GSM483429 4 0.4623 0.66733 0.004 0.020 0.004 0.680 0.292
#> GSM483430 4 0.6167 0.61145 0.004 0.140 0.004 0.576 0.276
#> GSM483432 5 0.7456 0.37766 0.352 0.028 0.004 0.240 0.376
#> GSM483435 4 0.3274 0.66366 0.004 0.020 0.012 0.856 0.108
#> GSM483438 5 0.8436 0.18348 0.212 0.184 0.000 0.260 0.344
#> GSM483441 1 0.7263 -0.36279 0.404 0.020 0.004 0.224 0.348
#> GSM483451 4 0.4704 0.65324 0.004 0.020 0.004 0.664 0.308
#> GSM483452 1 0.3522 0.60522 0.780 0.004 0.000 0.004 0.212
#> GSM483453 4 0.4644 0.66487 0.004 0.020 0.004 0.676 0.296
#> GSM483457 4 0.2709 0.67015 0.004 0.020 0.004 0.888 0.084
#> GSM483467 4 0.5293 0.68825 0.008 0.048 0.020 0.696 0.228
#> GSM483469 1 0.6912 0.00177 0.528 0.128 0.004 0.040 0.300
#> GSM483472 4 0.4684 0.66075 0.004 0.020 0.004 0.668 0.304
#> GSM483474 1 0.3966 0.41050 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM483475 4 0.5011 0.70541 0.000 0.024 0.068 0.732 0.176
#> GSM483479 1 0.0404 0.64428 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483480 3 0.4432 0.73984 0.000 0.020 0.788 0.080 0.112
#> GSM483481 3 0.4048 0.75264 0.004 0.020 0.824 0.076 0.076
#> GSM483482 3 0.4121 0.74813 0.000 0.020 0.812 0.080 0.088
#> GSM483483 3 0.3795 0.73583 0.020 0.004 0.804 0.008 0.164
#> GSM483484 1 0.5477 0.39008 0.672 0.000 0.100 0.012 0.216
#> GSM483485 3 0.5875 0.20873 0.004 0.020 0.508 0.424 0.044
#> GSM483486 3 0.3584 0.75761 0.000 0.020 0.848 0.068 0.064
#> GSM483487 3 0.5349 0.66604 0.116 0.000 0.676 0.004 0.204
#> GSM483488 1 0.5710 0.25203 0.576 0.000 0.076 0.008 0.340
#> GSM483489 1 0.6721 -0.02889 0.460 0.000 0.336 0.008 0.196
#> GSM483490 3 0.5012 0.72951 0.004 0.020 0.748 0.140 0.088
#> GSM483491 3 0.5521 0.64391 0.124 0.000 0.656 0.004 0.216
#> GSM483492 1 0.5296 -0.24047 0.480 0.000 0.000 0.048 0.472
#> GSM483493 1 0.3999 0.38033 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM483494 5 0.5579 0.52190 0.368 0.000 0.000 0.080 0.552
#> GSM483495 5 0.5658 0.55807 0.332 0.000 0.000 0.096 0.572
#> GSM483496 1 0.4268 0.33449 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.3325 0.5772 0.820 0.000 0.000 0.084 0.096 0.000
#> GSM483302 1 0.0692 0.6799 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM483303 1 0.6493 0.1386 0.544 0.016 0.016 0.292 0.100 0.032
#> GSM483305 2 0.1082 0.8077 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483307 2 0.0291 0.8168 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM483312 2 0.0146 0.8177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483313 3 0.6395 0.6339 0.000 0.000 0.548 0.080 0.232 0.140
#> GSM483317 3 0.7362 0.2512 0.024 0.000 0.476 0.108 0.220 0.172
#> GSM483318 3 0.5054 0.6578 0.004 0.000 0.640 0.000 0.232 0.124
#> GSM483319 3 0.5435 0.6069 0.028 0.000 0.704 0.044 0.124 0.100
#> GSM483322 3 0.3946 0.6975 0.016 0.000 0.784 0.000 0.068 0.132
#> GSM483327 3 0.6141 0.5571 0.000 0.008 0.452 0.000 0.236 0.304
#> GSM483328 3 0.5182 0.6523 0.004 0.000 0.624 0.000 0.236 0.136
#> GSM483330 3 0.3426 0.6166 0.220 0.012 0.764 0.000 0.004 0.000
#> GSM483332 3 0.6286 0.5085 0.000 0.008 0.380 0.000 0.268 0.344
#> GSM483333 3 0.1755 0.6749 0.028 0.000 0.932 0.000 0.032 0.008
#> GSM483336 3 0.2285 0.6793 0.064 0.000 0.900 0.000 0.028 0.008
#> GSM483337 3 0.5496 0.6479 0.000 0.000 0.608 0.016 0.236 0.140
#> GSM483339 2 0.2933 0.6552 0.200 0.796 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483351 1 0.3819 0.4349 0.700 0.000 0.000 0.020 0.280 0.000
#> GSM483352 4 0.0865 0.5191 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM483354 1 0.5561 0.2992 0.604 0.000 0.016 0.080 0.284 0.016
#> GSM483358 6 0.3897 0.8337 0.000 0.008 0.008 0.300 0.000 0.684
#> GSM483384 1 0.3628 0.6127 0.820 0.000 0.000 0.036 0.100 0.044
#> GSM483386 2 0.2848 0.7063 0.160 0.828 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483388 4 0.6969 -0.2885 0.316 0.004 0.048 0.480 0.120 0.032
#> GSM483390 1 0.5137 0.2215 0.564 0.000 0.000 0.084 0.348 0.004
#> GSM483391 1 0.8136 -0.0811 0.416 0.188 0.000 0.184 0.136 0.076
#> GSM483396 5 0.7702 0.6010 0.256 0.000 0.276 0.100 0.348 0.020
#> GSM483399 4 0.3601 -0.1220 0.000 0.000 0.004 0.684 0.000 0.312
#> GSM483400 3 0.1285 0.6843 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000
#> GSM483401 2 0.5769 0.5467 0.000 0.652 0.076 0.016 0.064 0.192
#> GSM483412 5 0.5418 0.4394 0.388 0.000 0.000 0.120 0.492 0.000
#> GSM483418 6 0.3905 0.8337 0.000 0.000 0.016 0.316 0.000 0.668
#> GSM483420 6 0.3922 0.8331 0.000 0.000 0.016 0.320 0.000 0.664
#> GSM483421 4 0.2762 0.3175 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM483426 3 0.6223 0.5787 0.012 0.000 0.564 0.044 0.116 0.264
#> GSM483428 2 0.0000 0.8179 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3909 0.4902 0.760 0.200 0.008 0.000 0.020 0.012
#> GSM483436 5 0.6037 0.6409 0.284 0.000 0.008 0.196 0.508 0.004
#> GSM483442 1 0.4889 0.2689 0.604 0.000 0.000 0.084 0.312 0.000
#> GSM483443 1 0.1411 0.6747 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM483444 1 0.4918 0.3228 0.632 0.000 0.000 0.088 0.276 0.004
#> GSM483447 1 0.0603 0.6817 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM483448 1 0.6429 0.0432 0.548 0.000 0.224 0.084 0.144 0.000
#> GSM483450 1 0.4547 0.3676 0.656 0.000 0.000 0.068 0.276 0.000
#> GSM483455 4 0.1204 0.5141 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM483458 5 0.5637 0.5001 0.364 0.000 0.000 0.156 0.480 0.000
#> GSM483461 4 0.6227 0.1545 0.036 0.000 0.012 0.572 0.152 0.228
#> GSM483462 5 0.6739 0.6468 0.176 0.000 0.076 0.092 0.592 0.064
#> GSM483464 1 0.2971 0.6243 0.844 0.000 0.000 0.052 0.104 0.000
#> GSM483466 4 0.0520 0.5160 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM483468 5 0.5539 0.6680 0.200 0.000 0.000 0.244 0.556 0.000
#> GSM483476 4 0.0363 0.5212 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483477 1 0.4636 0.5467 0.756 0.004 0.000 0.084 0.104 0.052
#> GSM483300 2 0.5617 0.3350 0.000 0.592 0.288 0.000 0.060 0.060
#> GSM483308 2 0.0777 0.8132 0.024 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483310 2 0.0146 0.8173 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8179 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.4159 0.6737 0.140 0.000 0.744 0.000 0.116 0.000
#> GSM483338 6 0.3847 0.8171 0.000 0.000 0.008 0.348 0.000 0.644
#> GSM483353 1 0.0665 0.6809 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> GSM483361 1 0.0993 0.6827 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM483363 4 0.3828 0.4545 0.024 0.004 0.032 0.816 0.112 0.012
#> GSM483364 1 0.1194 0.6754 0.956 0.000 0.004 0.000 0.032 0.008
#> GSM483366 1 0.0935 0.6800 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483368 6 0.4057 0.6816 0.000 0.000 0.008 0.436 0.000 0.556
#> GSM483371 1 0.7676 0.1543 0.500 0.156 0.000 0.144 0.108 0.092
#> GSM483372 4 0.3141 0.2970 0.000 0.012 0.000 0.788 0.000 0.200
#> GSM483373 4 0.5154 0.3318 0.020 0.000 0.008 0.684 0.104 0.184
#> GSM483374 4 0.3607 0.3097 0.012 0.000 0.000 0.768 0.016 0.204
#> GSM483379 1 0.0777 0.6804 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM483380 6 0.3933 0.8349 0.000 0.008 0.008 0.308 0.000 0.676
#> GSM483381 5 0.7258 0.5896 0.344 0.000 0.148 0.148 0.360 0.000
#> GSM483389 3 0.7158 -0.2347 0.152 0.000 0.452 0.040 0.308 0.048
#> GSM483404 5 0.7518 0.6106 0.196 0.000 0.176 0.272 0.356 0.000
#> GSM483405 1 0.4504 -0.0107 0.540 0.000 0.432 0.000 0.024 0.004
#> GSM483410 1 0.1074 0.6792 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM483411 3 0.2384 0.6660 0.040 0.000 0.896 0.000 0.056 0.008
#> GSM483413 1 0.8208 -0.0619 0.404 0.196 0.000 0.196 0.100 0.104
#> GSM483416 1 0.6154 0.1342 0.592 0.000 0.132 0.084 0.192 0.000
#> GSM483417 3 0.3634 0.5587 0.296 0.000 0.696 0.000 0.008 0.000
#> GSM483419 1 0.1049 0.6764 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM483427 5 0.7624 0.5994 0.272 0.000 0.124 0.252 0.344 0.008
#> GSM483433 3 0.5443 0.5559 0.096 0.000 0.708 0.020 0.092 0.084
#> GSM483434 3 0.3377 0.6400 0.188 0.000 0.784 0.000 0.028 0.000
#> GSM483445 3 0.2507 0.6534 0.072 0.000 0.884 0.000 0.040 0.004
#> GSM483459 3 0.2250 0.6931 0.064 0.000 0.896 0.000 0.040 0.000
#> GSM483465 1 0.4427 0.3753 0.660 0.000 0.000 0.056 0.284 0.000
#> GSM483470 1 0.7085 -0.1607 0.412 0.020 0.000 0.360 0.140 0.068
#> GSM483473 5 0.7490 0.6174 0.192 0.000 0.176 0.264 0.368 0.000
#> GSM483478 1 0.1296 0.6742 0.952 0.000 0.004 0.000 0.032 0.012
#> GSM483304 2 0.0000 0.8179 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 3 0.2946 0.6488 0.160 0.000 0.824 0.000 0.012 0.004
#> GSM483320 3 0.2613 0.6939 0.012 0.000 0.848 0.000 0.140 0.000
#> GSM483325 3 0.1788 0.6849 0.076 0.000 0.916 0.000 0.004 0.004
#> GSM483329 2 0.4735 0.3743 0.392 0.564 0.036 0.000 0.008 0.000
#> GSM483331 3 0.5110 0.6858 0.040 0.000 0.664 0.000 0.232 0.064
#> GSM483334 3 0.3250 0.6241 0.196 0.000 0.788 0.000 0.012 0.004
#> GSM483341 3 0.4880 0.6793 0.016 0.000 0.672 0.000 0.232 0.080
#> GSM483343 3 0.5125 0.6563 0.004 0.000 0.632 0.000 0.232 0.132
#> GSM483344 3 0.5820 0.5094 0.160 0.228 0.588 0.000 0.004 0.020
#> GSM483347 3 0.5187 0.6361 0.000 0.000 0.600 0.000 0.136 0.264
#> GSM483348 3 0.3564 0.6127 0.204 0.000 0.768 0.000 0.024 0.004
#> GSM483349 1 0.1375 0.6760 0.952 0.004 0.008 0.000 0.028 0.008
#> GSM483350 1 0.1129 0.6794 0.964 0.004 0.008 0.000 0.012 0.012
#> GSM483356 1 0.1226 0.6636 0.952 0.000 0.040 0.000 0.004 0.004
#> GSM483362 1 0.0891 0.6783 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM483365 3 0.2909 0.6501 0.156 0.000 0.828 0.000 0.012 0.004
#> GSM483367 1 0.1732 0.6669 0.920 0.000 0.004 0.000 0.072 0.004
#> GSM483369 1 0.0922 0.6780 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM483370 1 0.1151 0.6752 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM483375 1 0.0291 0.6822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483376 5 0.8336 0.5066 0.140 0.000 0.256 0.100 0.368 0.136
#> GSM483377 3 0.1738 0.6861 0.052 0.000 0.928 0.000 0.016 0.004
#> GSM483378 1 0.1194 0.6754 0.956 0.000 0.004 0.000 0.032 0.008
#> GSM483385 1 0.0891 0.6795 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM483402 3 0.3302 0.6080 0.232 0.004 0.760 0.000 0.004 0.000
#> GSM483403 1 0.1152 0.6837 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM483406 1 0.1138 0.6792 0.960 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012
#> GSM483407 1 0.6487 0.3363 0.604 0.188 0.000 0.064 0.100 0.044
#> GSM483408 4 0.8144 -0.1593 0.068 0.000 0.088 0.324 0.232 0.288
#> GSM483414 1 0.3031 0.6178 0.852 0.000 0.004 0.044 0.096 0.004
#> GSM483415 1 0.0951 0.6830 0.968 0.000 0.008 0.000 0.020 0.004
#> GSM483424 1 0.0964 0.6805 0.968 0.004 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM483437 3 0.4938 0.5357 0.232 0.000 0.676 0.036 0.056 0.000
#> GSM483439 1 0.0260 0.6819 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483440 1 0.0922 0.6806 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM483446 1 0.4090 0.1909 0.604 0.000 0.384 0.000 0.008 0.004
#> GSM483449 1 0.3306 0.6195 0.820 0.000 0.004 0.032 0.140 0.004
#> GSM483454 1 0.2765 0.5719 0.848 0.000 0.132 0.000 0.016 0.004
#> GSM483456 6 0.4751 0.7867 0.000 0.040 0.000 0.280 0.024 0.656
#> GSM483460 1 0.2913 0.6370 0.848 0.000 0.000 0.032 0.116 0.004
#> GSM483463 4 0.2996 0.2522 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM483471 1 0.1956 0.6721 0.908 0.000 0.000 0.008 0.080 0.004
#> GSM483297 2 0.5236 0.6822 0.044 0.728 0.000 0.120 0.056 0.052
#> GSM483298 2 0.6123 0.4587 0.020 0.544 0.000 0.324 0.060 0.052
#> GSM483299 2 0.4893 0.6918 0.036 0.748 0.000 0.124 0.056 0.036
#> GSM483306 2 0.0000 0.8179 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.1588 0.7858 0.072 0.924 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483314 3 0.6544 0.5174 0.000 0.000 0.444 0.032 0.264 0.260
#> GSM483316 3 0.1668 0.6830 0.060 0.000 0.928 0.000 0.008 0.004
#> GSM483321 3 0.4132 0.6890 0.004 0.000 0.756 0.000 0.104 0.136
#> GSM483324 6 0.8106 0.1637 0.056 0.000 0.108 0.228 0.248 0.360
#> GSM483326 2 0.4403 0.6927 0.000 0.772 0.100 0.040 0.004 0.084
#> GSM483335 3 0.5103 0.5850 0.016 0.000 0.664 0.000 0.120 0.200
#> GSM483340 3 0.6363 0.5255 0.000 0.016 0.404 0.000 0.236 0.344
#> GSM483342 3 0.7856 0.5462 0.000 0.176 0.468 0.096 0.164 0.096
#> GSM483345 2 0.3566 0.6743 0.000 0.780 0.012 0.192 0.004 0.012
#> GSM483346 2 0.0748 0.8153 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM483355 2 0.0146 0.8177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483357 4 0.6543 -0.0613 0.088 0.372 0.000 0.468 0.024 0.048
#> GSM483359 1 0.1490 0.6740 0.948 0.008 0.016 0.000 0.024 0.004
#> GSM483360 6 0.3972 0.8296 0.000 0.016 0.004 0.300 0.000 0.680
#> GSM483382 6 0.4018 0.7482 0.000 0.000 0.008 0.412 0.000 0.580
#> GSM483383 2 0.6704 0.2456 0.036 0.488 0.000 0.340 0.076 0.060
#> GSM483387 1 0.7000 -0.2116 0.456 0.036 0.008 0.328 0.148 0.024
#> GSM483392 4 0.3409 0.0594 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM483393 1 0.6241 0.3255 0.616 0.024 0.000 0.176 0.128 0.056
#> GSM483394 2 0.4792 0.6926 0.020 0.752 0.000 0.124 0.056 0.048
#> GSM483395 4 0.3161 0.4397 0.000 0.136 0.000 0.828 0.008 0.028
#> GSM483397 5 0.8321 0.5792 0.180 0.000 0.240 0.184 0.340 0.056
#> GSM483398 4 0.0632 0.4984 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483409 1 0.6259 0.0416 0.500 0.000 0.000 0.148 0.312 0.040
#> GSM483422 2 0.0000 0.8179 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 1 0.2636 0.5961 0.860 0.000 0.120 0.000 0.016 0.004
#> GSM483425 4 0.7098 -0.3689 0.352 0.000 0.000 0.368 0.184 0.096
#> GSM483429 4 0.1349 0.4559 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM483430 4 0.2586 0.4301 0.000 0.032 0.000 0.880 0.008 0.080
#> GSM483432 4 0.6695 0.0782 0.220 0.012 0.000 0.548 0.096 0.124
#> GSM483435 4 0.4222 -0.4726 0.000 0.004 0.008 0.516 0.000 0.472
#> GSM483438 4 0.7316 0.2936 0.112 0.196 0.000 0.528 0.072 0.092
#> GSM483441 4 0.6256 -0.2408 0.360 0.000 0.004 0.488 0.092 0.056
#> GSM483451 4 0.0777 0.5233 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM483452 1 0.3948 0.5746 0.780 0.000 0.004 0.080 0.132 0.004
#> GSM483453 4 0.0692 0.5012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM483457 4 0.3887 -0.2687 0.000 0.000 0.008 0.632 0.000 0.360
#> GSM483467 4 0.0725 0.5224 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> GSM483469 1 0.7905 -0.1484 0.396 0.120 0.000 0.296 0.124 0.064
#> GSM483472 4 0.0865 0.5234 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM483474 1 0.5213 0.3095 0.612 0.000 0.000 0.076 0.292 0.020
#> GSM483475 4 0.4249 -0.3630 0.000 0.012 0.004 0.568 0.000 0.416
#> GSM483479 1 0.0291 0.6819 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM483480 3 0.6845 0.6100 0.000 0.000 0.488 0.116 0.252 0.144
#> GSM483481 3 0.6679 0.6190 0.000 0.000 0.516 0.104 0.236 0.144
#> GSM483482 3 0.6753 0.6156 0.000 0.000 0.508 0.116 0.236 0.140
#> GSM483483 3 0.4138 0.6398 0.036 0.000 0.764 0.000 0.164 0.036
#> GSM483484 1 0.5802 0.0753 0.508 0.004 0.304 0.000 0.184 0.000
#> GSM483485 3 0.6996 0.2817 0.000 0.000 0.408 0.324 0.088 0.180
#> GSM483486 3 0.6310 0.6349 0.000 0.000 0.552 0.068 0.236 0.144
#> GSM483487 3 0.3543 0.5974 0.032 0.000 0.768 0.000 0.200 0.000
#> GSM483488 1 0.6673 -0.0924 0.468 0.000 0.128 0.072 0.328 0.004
#> GSM483489 3 0.5636 0.2685 0.308 0.000 0.516 0.000 0.176 0.000
#> GSM483490 3 0.7396 0.5082 0.000 0.000 0.368 0.128 0.240 0.264
#> GSM483491 3 0.3740 0.6004 0.024 0.000 0.764 0.000 0.200 0.012
#> GSM483492 5 0.5547 0.5667 0.332 0.000 0.000 0.152 0.516 0.000
#> GSM483493 1 0.4918 0.2419 0.596 0.000 0.000 0.084 0.320 0.000
#> GSM483494 5 0.5374 0.6858 0.200 0.000 0.000 0.212 0.588 0.000
#> GSM483495 5 0.5515 0.6438 0.184 0.000 0.000 0.260 0.556 0.000
#> GSM483496 1 0.5258 0.0966 0.524 0.000 0.000 0.088 0.384 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:mclust 188 0.898173 2.60e-07 2
#> CV:mclust 174 0.195182 3.56e-07 3
#> CV:mclust 183 0.019467 3.10e-05 4
#> CV:mclust 147 0.000344 2.10e-07 5
#> CV:mclust 140 0.008936 2.03e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.788 0.891 0.954 0.4805 0.522 0.522
#> 3 3 0.440 0.604 0.794 0.3380 0.803 0.636
#> 4 4 0.555 0.667 0.807 0.1448 0.795 0.505
#> 5 5 0.787 0.747 0.881 0.0647 0.932 0.750
#> 6 6 0.707 0.592 0.789 0.0505 0.889 0.558
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.2778 0.91515 0.048 0.952
#> GSM483307 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.6438 0.78254 0.164 0.836
#> GSM483317 1 0.7139 0.76477 0.804 0.196
#> GSM483318 1 0.7674 0.72869 0.776 0.224
#> GSM483319 1 0.9732 0.37452 0.596 0.404
#> GSM483322 2 0.9710 0.29701 0.400 0.600
#> GSM483327 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.4022 0.88286 0.920 0.080
#> GSM483330 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0672 0.93932 0.992 0.008
#> GSM483336 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.73255 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.3431 0.90183 0.064 0.936
#> GSM483354 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483386 2 0.1414 0.94146 0.020 0.980
#> GSM483388 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.7299 0.75501 0.796 0.204
#> GSM483396 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.7299 0.75501 0.796 0.204
#> GSM483436 1 0.7299 0.75501 0.796 0.204
#> GSM483442 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7219 0.75997 0.800 0.200
#> GSM483450 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.7219 0.73266 0.200 0.800
#> GSM483458 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9686 0.39591 0.604 0.396
#> GSM483462 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.6048 0.80666 0.148 0.852
#> GSM483477 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.8443 0.65573 0.728 0.272
#> GSM483364 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483372 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.9993 -0.00682 0.484 0.516
#> GSM483374 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.6973 0.77432 0.812 0.188
#> GSM483404 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.2236 0.91900 0.964 0.036
#> GSM483413 1 0.6247 0.81030 0.844 0.156
#> GSM483416 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.2603 0.91296 0.956 0.044
#> GSM483433 1 0.9686 0.39591 0.604 0.396
#> GSM483434 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.8081 0.69410 0.752 0.248
#> GSM483473 1 0.7219 0.75997 0.800 0.200
#> GSM483478 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483331 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.8443 0.65571 0.728 0.272
#> GSM483344 1 0.9896 0.18178 0.560 0.440
#> GSM483347 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.7376 0.74990 0.792 0.208
#> GSM483414 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.9850 0.30585 0.572 0.428
#> GSM483316 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0672 0.95022 0.008 0.992
#> GSM483324 1 0.9491 0.46528 0.632 0.368
#> GSM483326 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.8207 0.68157 0.744 0.256
#> GSM483340 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483393 1 0.5946 0.82232 0.856 0.144
#> GSM483394 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.2778 0.90968 0.952 0.048
#> GSM483398 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483425 2 0.6343 0.79078 0.160 0.840
#> GSM483429 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.9044 0.50784 0.320 0.680
#> GSM483451 2 0.1843 0.93465 0.028 0.972
#> GSM483452 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0672 0.95022 0.008 0.992
#> GSM483457 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.8763 0.56004 0.296 0.704
#> GSM483469 1 0.9491 0.46509 0.632 0.368
#> GSM483472 2 0.9896 0.16566 0.440 0.560
#> GSM483474 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.2043 0.93138 0.032 0.968
#> GSM483483 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.3274 0.90580 0.060 0.940
#> GSM483487 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.95576 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.94485 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.5650 0.5929 0.688 0.000 0.312
#> GSM483302 1 0.0237 0.7726 0.996 0.000 0.004
#> GSM483303 2 0.5785 0.6066 0.004 0.696 0.300
#> GSM483305 2 0.3670 0.7671 0.020 0.888 0.092
#> GSM483307 2 0.0592 0.8065 0.000 0.988 0.012
#> GSM483312 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483313 3 0.3784 0.5537 0.004 0.132 0.864
#> GSM483317 3 0.7717 0.6275 0.220 0.112 0.668
#> GSM483318 3 0.7381 0.5813 0.132 0.164 0.704
#> GSM483319 3 0.7482 0.5600 0.108 0.204 0.688
#> GSM483322 3 0.7901 0.4020 0.080 0.312 0.608
#> GSM483327 3 0.5988 0.3087 0.000 0.368 0.632
#> GSM483328 3 0.6161 0.6020 0.272 0.020 0.708
#> GSM483330 1 0.4796 0.4756 0.780 0.000 0.220
#> GSM483332 3 0.6235 0.1146 0.000 0.436 0.564
#> GSM483333 3 0.6451 0.5268 0.384 0.008 0.608
#> GSM483336 3 0.6168 0.4885 0.412 0.000 0.588
#> GSM483337 3 0.5580 0.4893 0.008 0.256 0.736
#> GSM483339 2 0.5167 0.5912 0.192 0.792 0.016
#> GSM483351 3 0.6308 -0.3022 0.492 0.000 0.508
#> GSM483352 3 0.7293 -0.3437 0.028 0.476 0.496
#> GSM483354 3 0.7072 -0.2896 0.476 0.020 0.504
#> GSM483358 2 0.2959 0.7849 0.000 0.900 0.100
#> GSM483384 1 0.3551 0.7251 0.868 0.000 0.132
#> GSM483386 2 0.5028 0.7476 0.040 0.828 0.132
#> GSM483388 2 0.3412 0.8003 0.000 0.876 0.124
#> GSM483390 1 0.6244 0.4200 0.560 0.000 0.440
#> GSM483391 1 0.8522 0.5153 0.612 0.184 0.204
#> GSM483396 1 0.0592 0.7679 0.988 0.000 0.012
#> GSM483399 2 0.4291 0.7891 0.000 0.820 0.180
#> GSM483400 3 0.6305 0.3556 0.484 0.000 0.516
#> GSM483401 2 0.2878 0.7869 0.000 0.904 0.096
#> GSM483412 1 0.6192 0.4686 0.580 0.000 0.420
#> GSM483418 2 0.6062 0.4132 0.000 0.616 0.384
#> GSM483420 2 0.6154 0.3563 0.000 0.592 0.408
#> GSM483421 2 0.2261 0.7962 0.000 0.932 0.068
#> GSM483426 2 0.5363 0.6130 0.000 0.724 0.276
#> GSM483428 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 1 0.5138 0.5657 0.748 0.252 0.000
#> GSM483436 3 0.7074 -0.3039 0.480 0.020 0.500
#> GSM483442 1 0.5560 0.6020 0.700 0.000 0.300
#> GSM483443 1 0.3340 0.7316 0.880 0.000 0.120
#> GSM483444 1 0.5678 0.5897 0.684 0.000 0.316
#> GSM483447 1 0.0592 0.7729 0.988 0.000 0.012
#> GSM483448 1 0.4912 0.6073 0.796 0.196 0.008
#> GSM483450 1 0.6577 0.4609 0.572 0.008 0.420
#> GSM483455 2 0.6933 0.6937 0.076 0.716 0.208
#> GSM483458 1 0.5882 0.5600 0.652 0.000 0.348
#> GSM483461 1 0.7742 0.2781 0.584 0.356 0.060
#> GSM483462 3 0.5760 0.2626 0.328 0.000 0.672
#> GSM483464 1 0.5397 0.6178 0.720 0.000 0.280
#> GSM483466 2 0.4418 0.7598 0.020 0.848 0.132
#> GSM483468 1 0.6045 0.5240 0.620 0.000 0.380
#> GSM483476 2 0.6264 0.7438 0.068 0.764 0.168
#> GSM483477 1 0.5875 0.6848 0.792 0.072 0.136
#> GSM483300 2 0.3816 0.7219 0.000 0.852 0.148
#> GSM483308 2 0.2066 0.7925 0.000 0.940 0.060
#> GSM483310 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483323 3 0.6126 0.5049 0.400 0.000 0.600
#> GSM483338 2 0.3038 0.7831 0.000 0.896 0.104
#> GSM483353 1 0.0592 0.7729 0.988 0.000 0.012
#> GSM483361 1 0.1964 0.7615 0.944 0.000 0.056
#> GSM483363 1 0.8275 0.4136 0.596 0.296 0.108
#> GSM483364 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483368 2 0.2878 0.7865 0.000 0.904 0.096
#> GSM483371 1 0.5722 0.6898 0.804 0.084 0.112
#> GSM483372 2 0.2356 0.8079 0.000 0.928 0.072
#> GSM483373 2 0.7909 0.0429 0.448 0.496 0.056
#> GSM483374 2 0.2261 0.7991 0.000 0.932 0.068
#> GSM483379 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.2959 0.7849 0.000 0.900 0.100
#> GSM483381 1 0.0475 0.7733 0.992 0.004 0.004
#> GSM483389 1 0.5375 0.6468 0.816 0.128 0.056
#> GSM483404 1 0.0592 0.7730 0.988 0.000 0.012
#> GSM483405 1 0.0592 0.7672 0.988 0.000 0.012
#> GSM483410 1 0.1289 0.7698 0.968 0.000 0.032
#> GSM483411 1 0.4291 0.6086 0.840 0.008 0.152
#> GSM483413 1 0.8043 0.5268 0.644 0.228 0.128
#> GSM483416 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483417 1 0.0747 0.7650 0.984 0.000 0.016
#> GSM483419 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.8889 -0.0674 0.452 0.120 0.428
#> GSM483433 1 0.8920 0.1597 0.532 0.324 0.144
#> GSM483434 3 0.6095 0.4995 0.392 0.000 0.608
#> GSM483445 1 0.6274 -0.2173 0.544 0.000 0.456
#> GSM483459 3 0.5926 0.5430 0.356 0.000 0.644
#> GSM483465 1 0.6168 0.4806 0.588 0.000 0.412
#> GSM483470 1 0.9431 0.3698 0.496 0.212 0.292
#> GSM483473 1 0.4399 0.7189 0.864 0.092 0.044
#> GSM483478 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483304 2 0.0829 0.8062 0.004 0.984 0.012
#> GSM483315 1 0.3686 0.6714 0.860 0.000 0.140
#> GSM483320 3 0.5968 0.5452 0.364 0.000 0.636
#> GSM483325 3 0.6302 0.3861 0.480 0.000 0.520
#> GSM483329 1 0.1753 0.7547 0.952 0.048 0.000
#> GSM483331 3 0.5785 0.5683 0.332 0.000 0.668
#> GSM483334 1 0.0892 0.7627 0.980 0.000 0.020
#> GSM483341 3 0.5926 0.5519 0.356 0.000 0.644
#> GSM483343 3 0.7524 0.5680 0.128 0.180 0.692
#> GSM483344 3 0.9207 0.5436 0.320 0.172 0.508
#> GSM483347 2 0.5785 0.5171 0.000 0.668 0.332
#> GSM483348 1 0.3879 0.6867 0.848 0.000 0.152
#> GSM483349 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0592 0.7729 0.988 0.000 0.012
#> GSM483356 1 0.0892 0.7712 0.980 0.000 0.020
#> GSM483362 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.2711 0.7153 0.912 0.000 0.088
#> GSM483367 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483369 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483375 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0892 0.7632 0.980 0.000 0.020
#> GSM483377 1 0.3482 0.6730 0.872 0.000 0.128
#> GSM483378 1 0.0237 0.7726 0.996 0.000 0.004
#> GSM483385 1 0.0592 0.7729 0.988 0.000 0.012
#> GSM483402 1 0.2682 0.7144 0.920 0.004 0.076
#> GSM483403 1 0.0237 0.7722 0.996 0.004 0.000
#> GSM483406 1 0.0892 0.7719 0.980 0.000 0.020
#> GSM483407 1 0.1964 0.7500 0.944 0.056 0.000
#> GSM483408 1 0.7501 0.4505 0.684 0.212 0.104
#> GSM483414 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483415 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483424 1 0.4920 0.7165 0.840 0.052 0.108
#> GSM483437 1 0.6252 -0.1185 0.556 0.000 0.444
#> GSM483439 1 0.0592 0.7730 0.988 0.000 0.012
#> GSM483440 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483446 1 0.3686 0.6786 0.860 0.000 0.140
#> GSM483449 1 0.0237 0.7708 0.996 0.000 0.004
#> GSM483454 1 0.0424 0.7690 0.992 0.000 0.008
#> GSM483456 2 0.2878 0.7865 0.000 0.904 0.096
#> GSM483460 1 0.0237 0.7726 0.996 0.000 0.004
#> GSM483463 2 0.3412 0.8006 0.000 0.876 0.124
#> GSM483471 1 0.0000 0.7719 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.2682 0.7941 0.004 0.920 0.076
#> GSM483298 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483299 2 0.3851 0.7620 0.004 0.860 0.136
#> GSM483306 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0747 0.8064 0.000 0.984 0.016
#> GSM483314 3 0.7124 0.5508 0.088 0.204 0.708
#> GSM483316 3 0.6252 0.4409 0.444 0.000 0.556
#> GSM483321 3 0.5591 0.4355 0.000 0.304 0.696
#> GSM483324 1 0.9919 -0.2639 0.392 0.324 0.284
#> GSM483326 2 0.3267 0.7778 0.000 0.884 0.116
#> GSM483335 3 0.7588 0.5531 0.120 0.196 0.684
#> GSM483340 2 0.6026 0.4304 0.000 0.624 0.376
#> GSM483342 3 0.6045 0.2938 0.000 0.380 0.620
#> GSM483345 2 0.3340 0.7742 0.000 0.880 0.120
#> GSM483346 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483355 2 0.1031 0.8071 0.000 0.976 0.024
#> GSM483357 2 0.4555 0.7273 0.000 0.800 0.200
#> GSM483359 1 0.5848 0.6860 0.796 0.080 0.124
#> GSM483360 2 0.3482 0.7690 0.000 0.872 0.128
#> GSM483382 2 0.3116 0.7814 0.000 0.892 0.108
#> GSM483383 2 0.2959 0.7831 0.000 0.900 0.100
#> GSM483387 1 0.2066 0.7601 0.940 0.000 0.060
#> GSM483392 2 0.2448 0.7937 0.000 0.924 0.076
#> GSM483393 1 0.5285 0.7110 0.824 0.064 0.112
#> GSM483394 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483395 2 0.3573 0.7710 0.004 0.876 0.120
#> GSM483397 1 0.0983 0.7650 0.980 0.004 0.016
#> GSM483398 2 0.3551 0.7850 0.000 0.868 0.132
#> GSM483409 1 0.6625 0.5740 0.660 0.024 0.316
#> GSM483422 2 0.0000 0.8069 0.000 1.000 0.000
#> GSM483423 1 0.3129 0.7326 0.904 0.088 0.008
#> GSM483425 2 0.7798 0.5196 0.080 0.624 0.296
#> GSM483429 2 0.4654 0.7427 0.000 0.792 0.208
#> GSM483430 2 0.0592 0.8082 0.000 0.988 0.012
#> GSM483432 2 0.5896 0.6064 0.008 0.700 0.292
#> GSM483435 2 0.5905 0.4735 0.000 0.648 0.352
#> GSM483438 2 0.3116 0.7790 0.000 0.892 0.108
#> GSM483441 2 0.8408 0.4865 0.128 0.600 0.272
#> GSM483451 2 0.7644 0.5386 0.072 0.632 0.296
#> GSM483452 1 0.2796 0.7456 0.908 0.000 0.092
#> GSM483453 2 0.5797 0.6712 0.008 0.712 0.280
#> GSM483457 2 0.5397 0.7233 0.000 0.720 0.280
#> GSM483467 2 0.7721 0.6020 0.168 0.680 0.152
#> GSM483469 1 0.8967 0.2851 0.488 0.380 0.132
#> GSM483472 2 0.9936 0.1172 0.284 0.380 0.336
#> GSM483474 1 0.7652 0.3810 0.512 0.044 0.444
#> GSM483475 2 0.2537 0.7923 0.000 0.920 0.080
#> GSM483479 1 0.0747 0.7725 0.984 0.000 0.016
#> GSM483480 3 0.3267 0.5517 0.000 0.116 0.884
#> GSM483481 3 0.4121 0.5385 0.000 0.168 0.832
#> GSM483482 3 0.3573 0.5550 0.004 0.120 0.876
#> GSM483483 3 0.4235 0.5886 0.176 0.000 0.824
#> GSM483484 3 0.5785 0.2990 0.300 0.004 0.696
#> GSM483485 2 0.6045 0.4320 0.000 0.620 0.380
#> GSM483486 3 0.5763 0.4709 0.008 0.276 0.716
#> GSM483487 3 0.4654 0.5550 0.208 0.000 0.792
#> GSM483488 3 0.4702 0.4472 0.212 0.000 0.788
#> GSM483489 3 0.4842 0.4866 0.224 0.000 0.776
#> GSM483490 3 0.5706 0.4110 0.000 0.320 0.680
#> GSM483491 3 0.3551 0.5626 0.132 0.000 0.868
#> GSM483492 1 0.6252 0.4252 0.556 0.000 0.444
#> GSM483493 1 0.6180 0.4744 0.584 0.000 0.416
#> GSM483494 1 0.6308 0.3191 0.508 0.000 0.492
#> GSM483495 1 0.5621 0.5962 0.692 0.000 0.308
#> GSM483496 1 0.6154 0.4778 0.592 0.000 0.408
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.3764 0.6946 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM483302 1 0.0592 0.8559 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483303 4 0.3950 0.6763 0.008 0.160 0.012 0.820
#> GSM483305 2 0.2977 0.7137 0.052 0.904 0.020 0.024
#> GSM483307 2 0.0592 0.7530 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483312 2 0.0469 0.7532 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483313 3 0.2345 0.7899 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM483317 3 0.3032 0.7802 0.008 0.000 0.868 0.124
#> GSM483318 3 0.0188 0.8221 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483319 3 0.0188 0.8221 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483322 3 0.0376 0.8231 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM483327 3 0.0188 0.8208 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.8220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483330 1 0.4831 0.6377 0.752 0.040 0.208 0.000
#> GSM483332 3 0.4104 0.6650 0.000 0.080 0.832 0.088
#> GSM483333 3 0.3552 0.7929 0.128 0.000 0.848 0.024
#> GSM483336 3 0.3501 0.7918 0.132 0.000 0.848 0.020
#> GSM483337 3 0.0336 0.8223 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483339 2 0.5019 0.5849 0.196 0.760 0.020 0.024
#> GSM483351 4 0.4227 0.7104 0.060 0.000 0.120 0.820
#> GSM483352 4 0.2271 0.6951 0.000 0.008 0.076 0.916
#> GSM483354 4 0.4605 0.7130 0.048 0.024 0.108 0.820
#> GSM483358 2 0.6104 0.7351 0.000 0.680 0.140 0.180
#> GSM483384 1 0.4482 0.5329 0.728 0.008 0.000 0.264
#> GSM483386 2 0.4021 0.6520 0.020 0.840 0.020 0.120
#> GSM483388 4 0.6806 -0.1088 0.000 0.344 0.112 0.544
#> GSM483390 4 0.4662 0.7248 0.112 0.000 0.092 0.796
#> GSM483391 4 0.7722 0.3962 0.236 0.336 0.000 0.428
#> GSM483396 1 0.2596 0.8252 0.908 0.000 0.068 0.024
#> GSM483399 4 0.6640 0.1391 0.000 0.268 0.128 0.604
#> GSM483400 3 0.5110 0.5387 0.328 0.000 0.656 0.016
#> GSM483401 2 0.6282 0.7367 0.000 0.664 0.160 0.176
#> GSM483412 4 0.4586 0.7280 0.136 0.000 0.068 0.796
#> GSM483418 2 0.7466 0.4202 0.000 0.436 0.388 0.176
#> GSM483420 2 0.7375 0.4987 0.000 0.480 0.348 0.172
#> GSM483421 2 0.5913 0.7394 0.000 0.696 0.124 0.180
#> GSM483426 2 0.6970 0.6910 0.016 0.628 0.212 0.144
#> GSM483428 2 0.1406 0.7470 0.016 0.960 0.024 0.000
#> GSM483431 1 0.4567 0.6777 0.740 0.244 0.016 0.000
#> GSM483436 4 0.4608 0.7216 0.096 0.000 0.104 0.800
#> GSM483442 4 0.3726 0.6978 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM483443 1 0.0707 0.8553 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483444 4 0.3649 0.7021 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM483447 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.6388 0.6715 0.724 0.104 0.108 0.064
#> GSM483450 4 0.4666 0.7171 0.052 0.028 0.100 0.820
#> GSM483455 4 0.4708 0.5205 0.012 0.140 0.048 0.800
#> GSM483458 4 0.4174 0.7312 0.140 0.000 0.044 0.816
#> GSM483461 1 0.7950 0.3968 0.584 0.220 0.092 0.104
#> GSM483462 4 0.4700 0.7105 0.084 0.000 0.124 0.792
#> GSM483464 4 0.4072 0.6585 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM483466 4 0.5701 0.2646 0.012 0.340 0.020 0.628
#> GSM483468 4 0.3893 0.7093 0.196 0.000 0.008 0.796
#> GSM483476 4 0.7145 0.0851 0.016 0.288 0.116 0.580
#> GSM483477 1 0.7499 -0.1910 0.420 0.180 0.000 0.400
#> GSM483300 2 0.3074 0.6797 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM483308 2 0.1837 0.7410 0.000 0.944 0.028 0.028
#> GSM483310 2 0.1022 0.7488 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483311 2 0.0707 0.7521 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM483323 3 0.3448 0.7709 0.168 0.000 0.828 0.004
#> GSM483338 2 0.6149 0.7338 0.000 0.676 0.144 0.180
#> GSM483353 1 0.0469 0.8529 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0336 0.8572 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483363 2 0.9130 -0.0437 0.244 0.392 0.076 0.288
#> GSM483364 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0188 0.8565 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483368 2 0.6326 0.7327 0.004 0.672 0.144 0.180
#> GSM483371 1 0.6429 0.4949 0.644 0.144 0.000 0.212
#> GSM483372 2 0.5226 0.7481 0.000 0.744 0.076 0.180
#> GSM483373 1 0.7492 0.3734 0.588 0.272 0.072 0.068
#> GSM483374 2 0.5759 0.7426 0.000 0.708 0.112 0.180
#> GSM483379 1 0.0921 0.8525 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483380 2 0.6149 0.7338 0.000 0.676 0.144 0.180
#> GSM483381 1 0.1042 0.8544 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM483389 1 0.5750 0.7001 0.756 0.100 0.112 0.032
#> GSM483404 1 0.0469 0.8566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483405 1 0.0895 0.8539 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM483410 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.4134 0.6187 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM483413 2 0.7743 -0.1484 0.256 0.436 0.000 0.308
#> GSM483416 1 0.0592 0.8559 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483417 1 0.0469 0.8552 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 4 0.6984 0.6961 0.156 0.048 0.128 0.668
#> GSM483433 1 0.8586 0.2866 0.536 0.200 0.140 0.124
#> GSM483434 3 0.4150 0.7856 0.120 0.000 0.824 0.056
#> GSM483445 3 0.5657 0.5411 0.312 0.000 0.644 0.044
#> GSM483459 3 0.3900 0.7400 0.020 0.000 0.816 0.164
#> GSM483465 4 0.4514 0.7294 0.136 0.000 0.064 0.800
#> GSM483470 4 0.5463 0.6273 0.052 0.256 0.000 0.692
#> GSM483473 1 0.7333 0.3974 0.604 0.084 0.052 0.260
#> GSM483478 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2224 0.7287 0.040 0.928 0.032 0.000
#> GSM483315 1 0.3606 0.7694 0.844 0.000 0.132 0.024
#> GSM483320 3 0.2921 0.7917 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM483325 3 0.2973 0.7888 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM483329 1 0.4936 0.6154 0.700 0.280 0.020 0.000
#> GSM483331 3 0.2704 0.8001 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM483334 1 0.1059 0.8556 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM483341 3 0.2760 0.7982 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM483343 3 0.1585 0.8050 0.004 0.004 0.952 0.040
#> GSM483344 3 0.6251 0.6615 0.140 0.196 0.664 0.000
#> GSM483347 3 0.7096 -0.0647 0.000 0.344 0.516 0.140
#> GSM483348 1 0.4307 0.7423 0.808 0.000 0.048 0.144
#> GSM483349 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0336 0.8546 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0469 0.8558 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483362 1 0.0336 0.8572 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483365 1 0.3335 0.7751 0.856 0.000 0.128 0.016
#> GSM483367 1 0.0895 0.8548 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM483369 1 0.0336 0.8572 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483370 1 0.0188 0.8572 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483375 1 0.0592 0.8559 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483376 1 0.1706 0.8454 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM483377 1 0.4054 0.7047 0.796 0.000 0.188 0.016
#> GSM483378 1 0.0469 0.8566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483385 1 0.0469 0.8566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483402 1 0.3958 0.7629 0.836 0.112 0.052 0.000
#> GSM483403 1 0.0804 0.8572 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM483406 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3450 0.7602 0.836 0.156 0.008 0.000
#> GSM483408 1 0.7516 0.5499 0.644 0.120 0.124 0.112
#> GSM483414 1 0.1209 0.8501 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM483415 1 0.0804 0.8566 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM483424 1 0.2987 0.7939 0.880 0.104 0.000 0.016
#> GSM483437 4 0.7688 0.2892 0.220 0.000 0.364 0.416
#> GSM483439 1 0.0336 0.8572 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483440 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.7494 0.4104 0.312 0.000 0.204 0.484
#> GSM483449 1 0.0707 0.8550 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483454 1 0.0592 0.8559 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483456 2 0.6104 0.7351 0.000 0.680 0.140 0.180
#> GSM483460 1 0.0592 0.8559 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483463 2 0.5744 0.7430 0.000 0.708 0.108 0.184
#> GSM483471 1 0.2011 0.8172 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM483297 2 0.1022 0.7476 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM483298 2 0.2412 0.7557 0.000 0.908 0.008 0.084
#> GSM483299 2 0.1302 0.7467 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM483306 2 0.0817 0.7581 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483309 2 0.2066 0.7404 0.008 0.940 0.024 0.028
#> GSM483314 3 0.0524 0.8219 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM483316 3 0.3074 0.7834 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM483321 3 0.0000 0.8220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.6149 0.5946 0.676 0.144 0.180 0.000
#> GSM483326 2 0.3768 0.7316 0.000 0.808 0.184 0.008
#> GSM483335 3 0.3283 0.7533 0.004 0.020 0.872 0.104
#> GSM483340 3 0.5132 0.5305 0.000 0.184 0.748 0.068
#> GSM483342 3 0.3052 0.7127 0.000 0.136 0.860 0.004
#> GSM483345 2 0.4562 0.7563 0.000 0.792 0.152 0.056
#> GSM483346 2 0.1297 0.7473 0.000 0.964 0.016 0.020
#> GSM483355 2 0.0921 0.7469 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483357 2 0.5105 0.1201 0.000 0.564 0.004 0.432
#> GSM483359 1 0.5321 0.5681 0.672 0.296 0.000 0.032
#> GSM483360 2 0.6193 0.7323 0.000 0.672 0.148 0.180
#> GSM483382 2 0.6231 0.7314 0.000 0.668 0.148 0.184
#> GSM483383 2 0.1940 0.7336 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM483387 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 2 0.5962 0.7385 0.000 0.692 0.128 0.180
#> GSM483393 1 0.7001 -0.1754 0.464 0.116 0.000 0.420
#> GSM483394 2 0.1209 0.7589 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM483395 4 0.5168 0.0319 0.004 0.492 0.000 0.504
#> GSM483397 1 0.0188 0.8566 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483398 2 0.6200 0.5881 0.000 0.580 0.064 0.356
#> GSM483409 4 0.4419 0.7282 0.088 0.088 0.004 0.820
#> GSM483422 2 0.0707 0.7521 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM483423 1 0.5085 0.5922 0.688 0.292 0.004 0.016
#> GSM483425 4 0.3962 0.6908 0.028 0.152 0.000 0.820
#> GSM483429 4 0.5476 -0.1006 0.000 0.396 0.020 0.584
#> GSM483430 2 0.4332 0.7525 0.000 0.792 0.032 0.176
#> GSM483432 4 0.4673 0.5659 0.008 0.292 0.000 0.700
#> GSM483435 2 0.6236 0.7315 0.000 0.668 0.152 0.180
#> GSM483438 2 0.4382 0.4047 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483441 4 0.4459 0.6684 0.032 0.188 0.000 0.780
#> GSM483451 4 0.3707 0.6882 0.028 0.132 0.000 0.840
#> GSM483452 1 0.4977 -0.0384 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM483453 4 0.2944 0.5727 0.000 0.128 0.004 0.868
#> GSM483457 4 0.5594 0.3947 0.000 0.180 0.100 0.720
#> GSM483467 4 0.7058 0.2813 0.032 0.236 0.104 0.628
#> GSM483469 4 0.7119 0.4429 0.140 0.352 0.000 0.508
#> GSM483472 4 0.1724 0.7113 0.032 0.000 0.020 0.948
#> GSM483474 4 0.4407 0.7308 0.100 0.004 0.076 0.820
#> GSM483475 2 0.5962 0.7385 0.000 0.692 0.128 0.180
#> GSM483479 1 0.0000 0.8569 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2973 0.7579 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483481 3 0.2011 0.8008 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483482 3 0.2647 0.7760 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM483483 3 0.4936 0.3946 0.004 0.000 0.624 0.372
#> GSM483484 4 0.4201 0.6424 0.012 0.004 0.196 0.788
#> GSM483485 2 0.6170 0.5803 0.000 0.600 0.332 0.068
#> GSM483486 3 0.0000 0.8220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483487 4 0.5402 0.0415 0.012 0.000 0.472 0.516
#> GSM483488 4 0.4290 0.6779 0.036 0.000 0.164 0.800
#> GSM483489 4 0.5691 0.2798 0.012 0.012 0.396 0.580
#> GSM483490 3 0.2124 0.7711 0.000 0.068 0.924 0.008
#> GSM483491 4 0.5075 0.4142 0.012 0.000 0.344 0.644
#> GSM483492 4 0.4552 0.7293 0.128 0.000 0.072 0.800
#> GSM483493 4 0.4716 0.7296 0.132 0.004 0.068 0.796
#> GSM483494 4 0.4552 0.7293 0.128 0.000 0.072 0.800
#> GSM483495 4 0.3688 0.6992 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM483496 4 0.4605 0.7281 0.132 0.000 0.072 0.796
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.1341 0.8223 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483302 1 0.0566 0.8747 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM483303 5 0.0324 0.8308 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM483305 2 0.0290 0.8546 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.1628 0.8516 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> GSM483312 2 0.1697 0.8499 0.000 0.932 0.008 0.060 0.000
#> GSM483313 3 0.0000 0.9103 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 3 0.1012 0.9040 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> GSM483318 3 0.0290 0.9115 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.0324 0.9109 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM483322 3 0.0324 0.9104 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0290 0.9095 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483328 3 0.0162 0.9114 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.1041 0.8988 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0963 0.8918 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM483333 3 0.0510 0.9103 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0290 0.9115 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0162 0.9102 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483339 2 0.2308 0.8335 0.048 0.912 0.036 0.004 0.000
#> GSM483351 5 0.0162 0.8317 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483352 5 0.0324 0.8328 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM483354 5 0.0324 0.8308 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM483358 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483384 1 0.4007 0.6458 0.756 0.020 0.000 0.004 0.220
#> GSM483386 2 0.1538 0.8585 0.000 0.948 0.008 0.008 0.036
#> GSM483388 5 0.4542 0.1233 0.000 0.008 0.000 0.456 0.536
#> GSM483390 5 0.0865 0.8340 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM483391 5 0.5971 0.2079 0.112 0.396 0.000 0.000 0.492
#> GSM483396 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483399 4 0.2629 0.7648 0.000 0.000 0.004 0.860 0.136
#> GSM483400 3 0.4297 0.0504 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> GSM483401 4 0.1830 0.7905 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000
#> GSM483412 5 0.0865 0.8340 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM483418 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483420 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483421 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483426 4 0.2502 0.7956 0.060 0.012 0.024 0.904 0.000
#> GSM483428 2 0.1087 0.8541 0.008 0.968 0.008 0.016 0.000
#> GSM483431 1 0.3949 0.6080 0.696 0.300 0.004 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0771 0.8345 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM483442 5 0.1341 0.8220 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483443 1 0.0771 0.8729 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM483444 5 0.0703 0.8339 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM483447 1 0.1410 0.8613 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4675 0.7183 0.772 0.000 0.072 0.128 0.028
#> GSM483450 5 0.0162 0.8317 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483455 5 0.3852 0.6439 0.020 0.000 0.000 0.220 0.760
#> GSM483458 5 0.0609 0.8343 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM483461 1 0.4192 0.3472 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM483462 5 0.1704 0.8158 0.068 0.000 0.004 0.000 0.928
#> GSM483464 5 0.2230 0.7783 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM483466 5 0.4088 0.5031 0.000 0.008 0.000 0.304 0.688
#> GSM483468 5 0.1270 0.8240 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM483476 4 0.4260 0.5799 0.020 0.000 0.004 0.720 0.256
#> GSM483477 2 0.6755 0.2916 0.272 0.456 0.000 0.004 0.268
#> GSM483300 2 0.3081 0.7660 0.000 0.832 0.156 0.012 0.000
#> GSM483308 2 0.1442 0.8584 0.000 0.952 0.012 0.004 0.032
#> GSM483310 2 0.1522 0.8553 0.000 0.944 0.012 0.044 0.000
#> GSM483311 2 0.1484 0.8542 0.000 0.944 0.008 0.048 0.000
#> GSM483323 3 0.0963 0.8979 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483353 1 0.1892 0.8489 0.916 0.080 0.000 0.004 0.000
#> GSM483361 1 0.0963 0.8708 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.6590 0.2985 0.196 0.008 0.000 0.508 0.288
#> GSM483364 1 0.1043 0.8687 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0162 0.8750 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483371 1 0.5405 0.4231 0.620 0.304 0.000 0.004 0.072
#> GSM483372 4 0.0324 0.8488 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM483373 1 0.4494 0.4061 0.608 0.012 0.000 0.380 0.000
#> GSM483374 4 0.1026 0.8437 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> GSM483379 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483380 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483381 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483389 1 0.3352 0.7117 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> GSM483404 1 0.0324 0.8748 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483405 1 0.0162 0.8750 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.1478 0.8600 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.4298 0.4638 0.640 0.008 0.352 0.000 0.000
#> GSM483413 2 0.2708 0.8068 0.044 0.884 0.000 0.000 0.072
#> GSM483416 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483417 1 0.1124 0.8689 0.960 0.036 0.004 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.1341 0.8626 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.4131 0.7139 0.064 0.000 0.004 0.144 0.788
#> GSM483433 1 0.4507 0.3181 0.580 0.004 0.004 0.412 0.000
#> GSM483434 3 0.1670 0.8793 0.012 0.000 0.936 0.000 0.052
#> GSM483445 3 0.4555 0.1518 0.472 0.000 0.520 0.000 0.008
#> GSM483459 3 0.1106 0.9016 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> GSM483465 5 0.0771 0.8345 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM483470 5 0.2470 0.7830 0.012 0.104 0.000 0.000 0.884
#> GSM483473 1 0.5541 0.5268 0.648 0.000 0.000 0.164 0.188
#> GSM483478 1 0.0703 0.8731 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0740 0.8540 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000
#> GSM483315 1 0.2439 0.8021 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> GSM483320 3 0.0609 0.9085 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0510 0.9098 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.4415 0.2418 0.388 0.604 0.008 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0404 0.9112 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0794 0.8678 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.0404 0.9112 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0671 0.9093 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM483344 3 0.3766 0.5812 0.000 0.268 0.728 0.004 0.000
#> GSM483347 4 0.4088 0.3670 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM483348 1 0.3550 0.7279 0.796 0.000 0.020 0.000 0.184
#> GSM483349 1 0.1410 0.8609 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.1608 0.8545 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.1106 0.8701 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> GSM483362 1 0.0162 0.8750 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.1124 0.8618 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM483367 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483369 1 0.0290 0.8751 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0290 0.8751 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483376 1 0.0162 0.8746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.1638 0.8451 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> GSM483378 1 0.0404 0.8746 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0404 0.8746 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.4610 0.2980 0.556 0.432 0.012 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0162 0.8751 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.1197 0.8668 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.4299 0.4369 0.608 0.388 0.004 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.4060 0.4420 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM483414 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483415 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483424 1 0.1798 0.8574 0.928 0.064 0.000 0.004 0.004
#> GSM483437 5 0.6188 0.3927 0.160 0.000 0.316 0.000 0.524
#> GSM483439 1 0.0794 0.8725 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0290 0.8751 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 5 0.6332 0.4303 0.264 0.000 0.212 0.000 0.524
#> GSM483449 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483454 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483456 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483460 1 0.0162 0.8745 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483463 4 0.0451 0.8484 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM483471 1 0.1608 0.8323 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM483297 2 0.1106 0.8589 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM483298 4 0.4906 0.0364 0.000 0.480 0.000 0.496 0.024
#> GSM483299 2 0.1914 0.8478 0.000 0.924 0.000 0.016 0.060
#> GSM483306 2 0.2513 0.8136 0.000 0.876 0.008 0.116 0.000
#> GSM483309 2 0.1281 0.8582 0.000 0.956 0.012 0.000 0.032
#> GSM483314 3 0.0324 0.9109 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM483316 3 0.0404 0.9112 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0290 0.9095 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483324 1 0.3487 0.7039 0.780 0.000 0.212 0.008 0.000
#> GSM483326 2 0.4473 0.5128 0.000 0.656 0.324 0.020 0.000
#> GSM483335 3 0.5138 0.6424 0.056 0.000 0.732 0.168 0.044
#> GSM483340 3 0.0451 0.9087 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM483342 3 0.1410 0.8701 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.5683 0.5472 0.000 0.652 0.080 0.244 0.024
#> GSM483346 2 0.1498 0.8587 0.000 0.952 0.008 0.016 0.024
#> GSM483355 2 0.1329 0.8586 0.000 0.956 0.004 0.008 0.032
#> GSM483357 5 0.3628 0.6344 0.000 0.216 0.000 0.012 0.772
#> GSM483359 2 0.3676 0.6357 0.232 0.760 0.000 0.004 0.004
#> GSM483360 4 0.0404 0.8493 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM483382 4 0.2124 0.8014 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> GSM483383 2 0.2260 0.8419 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> GSM483387 1 0.1282 0.8675 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> GSM483392 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483393 1 0.4621 0.2052 0.576 0.008 0.000 0.004 0.412
#> GSM483394 2 0.3093 0.7472 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> GSM483395 5 0.5288 0.2032 0.000 0.052 0.000 0.404 0.544
#> GSM483397 1 0.1270 0.8636 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 4 0.4575 0.2808 0.008 0.004 0.000 0.596 0.392
#> GSM483409 5 0.0162 0.8306 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483422 2 0.1408 0.8552 0.000 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM483423 2 0.1041 0.8439 0.032 0.964 0.004 0.000 0.000
#> GSM483425 5 0.0162 0.8306 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483429 5 0.3636 0.5875 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM483430 4 0.0566 0.8479 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM483432 5 0.0290 0.8305 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483435 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483438 2 0.4728 0.5236 0.000 0.664 0.000 0.040 0.296
#> GSM483441 5 0.0566 0.8289 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM483451 5 0.0451 0.8301 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM483452 1 0.4300 -0.0116 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM483453 5 0.2020 0.7744 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM483457 4 0.3452 0.6231 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM483467 5 0.5036 0.1419 0.024 0.004 0.000 0.452 0.520
#> GSM483469 5 0.6098 0.5475 0.048 0.100 0.000 0.204 0.648
#> GSM483472 5 0.0794 0.8331 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM483474 5 0.0000 0.8316 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483475 4 0.0162 0.8522 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483479 1 0.1410 0.8623 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.0404 0.9081 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483481 3 0.0162 0.9104 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483482 3 0.1197 0.8848 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM483483 3 0.4126 0.3695 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM483484 5 0.3579 0.6129 0.000 0.004 0.240 0.000 0.756
#> GSM483485 4 0.6322 0.1050 0.000 0.000 0.408 0.436 0.156
#> GSM483486 3 0.0162 0.9102 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483487 5 0.4249 0.1920 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM483488 5 0.0324 0.8308 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM483489 5 0.5309 0.2852 0.000 0.060 0.364 0.000 0.576
#> GSM483490 3 0.3143 0.6658 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM483491 5 0.3274 0.6518 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM483492 5 0.0609 0.8343 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM483493 5 0.0771 0.8345 0.020 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM483494 5 0.0865 0.8340 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM483495 5 0.1608 0.8125 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM483496 5 0.0955 0.8330 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.4392 0.5609 0.332 0.000 0.000 0.000 0.628 0.040
#> GSM483302 1 0.0858 0.6894 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM483303 5 0.0000 0.8391 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.7767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.7767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0260 0.7782 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0146 0.8578 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483317 3 0.6009 0.5177 0.172 0.080 0.612 0.000 0.136 0.000
#> GSM483318 3 0.0146 0.8581 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.2034 0.8256 0.044 0.008 0.920 0.000 0.024 0.004
#> GSM483322 3 0.3046 0.7033 0.012 0.188 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.1349 0.8334 0.004 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056
#> GSM483332 3 0.1501 0.8181 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM483333 3 0.1895 0.8174 0.072 0.000 0.912 0.000 0.000 0.016
#> GSM483336 3 0.0146 0.8579 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483339 6 0.3929 0.2867 0.000 0.144 0.072 0.000 0.008 0.776
#> GSM483351 5 0.0260 0.8379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483352 5 0.0146 0.8406 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483354 5 0.0260 0.8379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483358 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483384 6 0.3756 0.2477 0.352 0.000 0.000 0.000 0.004 0.644
#> GSM483386 2 0.1858 0.7501 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM483388 6 0.7935 -0.0293 0.036 0.172 0.000 0.248 0.152 0.392
#> GSM483390 5 0.0865 0.8453 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483391 2 0.6504 0.2646 0.340 0.440 0.000 0.000 0.180 0.040
#> GSM483396 1 0.3945 0.3340 0.612 0.000 0.000 0.000 0.008 0.380
#> GSM483399 4 0.0260 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483400 1 0.3452 0.5116 0.736 0.000 0.256 0.000 0.004 0.004
#> GSM483401 2 0.3823 0.2536 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0790 0.8456 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM483418 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483420 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483421 4 0.1267 0.7978 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM483426 4 0.4907 0.4655 0.064 0.012 0.004 0.656 0.000 0.264
#> GSM483428 2 0.0865 0.7703 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483431 2 0.5486 0.2830 0.188 0.564 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM483436 5 0.0790 0.8456 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM483442 5 0.0937 0.8455 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM483443 6 0.3699 0.2763 0.336 0.000 0.000 0.000 0.004 0.660
#> GSM483444 5 0.3014 0.7823 0.132 0.000 0.000 0.000 0.832 0.036
#> GSM483447 6 0.3774 0.1843 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM483448 1 0.4630 0.5602 0.768 0.040 0.012 0.128 0.012 0.040
#> GSM483450 5 0.0713 0.8453 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483455 5 0.5097 0.5945 0.068 0.000 0.000 0.232 0.664 0.036
#> GSM483458 5 0.1333 0.8428 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008
#> GSM483461 4 0.3789 0.5267 0.260 0.000 0.000 0.716 0.000 0.024
#> GSM483462 5 0.1863 0.8185 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM483464 5 0.4576 0.4182 0.400 0.000 0.000 0.000 0.560 0.040
#> GSM483466 5 0.7483 0.0849 0.124 0.032 0.000 0.328 0.408 0.108
#> GSM483468 5 0.0937 0.8448 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM483476 4 0.0405 0.8258 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483477 6 0.5646 0.2051 0.084 0.168 0.000 0.000 0.096 0.652
#> GSM483300 2 0.1387 0.7539 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.1858 0.7360 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> GSM483310 2 0.0458 0.7772 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0260 0.7782 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.2933 0.7057 0.200 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004
#> GSM483338 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 6 0.3578 0.2717 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM483361 6 0.3810 0.1458 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> GSM483363 4 0.5312 0.5875 0.148 0.000 0.000 0.684 0.060 0.108
#> GSM483364 1 0.3854 0.1782 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM483366 1 0.3168 0.6596 0.820 0.028 0.000 0.000 0.004 0.148
#> GSM483368 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483371 6 0.4087 0.2743 0.044 0.168 0.000 0.000 0.024 0.764
#> GSM483372 4 0.1642 0.8048 0.004 0.028 0.000 0.936 0.000 0.032
#> GSM483373 6 0.5918 0.1246 0.216 0.000 0.000 0.348 0.000 0.436
#> GSM483374 4 0.3840 0.7079 0.064 0.012 0.000 0.788 0.000 0.136
#> GSM483379 1 0.0725 0.6990 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM483380 4 0.0146 0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483381 1 0.4024 0.5326 0.700 0.000 0.000 0.036 0.000 0.264
#> GSM483389 1 0.3967 0.6260 0.776 0.000 0.000 0.132 0.008 0.084
#> GSM483404 1 0.4201 0.4887 0.664 0.000 0.000 0.036 0.000 0.300
#> GSM483405 1 0.2260 0.6679 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM483410 6 0.3782 0.1760 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> GSM483411 1 0.5797 -0.0105 0.448 0.392 0.156 0.000 0.000 0.004
#> GSM483413 2 0.3023 0.7233 0.036 0.864 0.000 0.000 0.036 0.064
#> GSM483416 1 0.3729 0.5157 0.692 0.000 0.000 0.012 0.000 0.296
#> GSM483417 1 0.3101 0.5825 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM483419 1 0.3843 0.2217 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM483427 5 0.3265 0.7730 0.056 0.000 0.000 0.112 0.828 0.004
#> GSM483433 1 0.5827 0.2906 0.476 0.000 0.000 0.316 0.000 0.208
#> GSM483434 3 0.2373 0.8038 0.024 0.000 0.888 0.000 0.084 0.004
#> GSM483445 3 0.4829 0.2836 0.404 0.000 0.544 0.000 0.004 0.048
#> GSM483459 3 0.0547 0.8547 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM483465 5 0.1152 0.8445 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> GSM483470 5 0.5609 0.5357 0.104 0.252 0.000 0.000 0.608 0.036
#> GSM483473 1 0.3203 0.6245 0.848 0.000 0.000 0.088 0.032 0.032
#> GSM483478 1 0.3592 0.4550 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM483304 2 0.1610 0.7399 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483315 1 0.1649 0.6971 0.936 0.000 0.040 0.000 0.008 0.016
#> GSM483320 3 0.0547 0.8532 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.3344 0.6356 0.044 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM483331 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.1700 0.6752 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004 0.000
#> GSM483341 3 0.0405 0.8569 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM483343 3 0.1194 0.8470 0.032 0.000 0.956 0.008 0.000 0.004
#> GSM483344 3 0.4513 0.5107 0.000 0.044 0.640 0.000 0.004 0.312
#> GSM483347 4 0.4218 0.1329 0.000 0.000 0.428 0.556 0.000 0.016
#> GSM483348 1 0.2812 0.6593 0.856 0.000 0.000 0.000 0.096 0.048
#> GSM483349 6 0.3797 0.1508 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM483350 6 0.3833 0.0799 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM483356 1 0.3921 0.5974 0.736 0.036 0.000 0.000 0.004 0.224
#> GSM483362 1 0.3151 0.5763 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM483365 1 0.0922 0.6996 0.968 0.000 0.024 0.000 0.004 0.004
#> GSM483367 1 0.0806 0.7008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> GSM483369 1 0.2527 0.6470 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM483370 1 0.3482 0.4986 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM483375 1 0.1531 0.6887 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM483376 1 0.1863 0.6835 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM483377 1 0.0858 0.7008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM483378 1 0.3847 0.1615 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> GSM483385 1 0.2278 0.6595 0.868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.128
#> GSM483402 2 0.4855 0.5422 0.136 0.660 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.2846 0.6288 0.840 0.140 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM483406 6 0.3789 0.1690 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM483407 2 0.3023 0.6287 0.212 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483408 1 0.4434 0.2294 0.544 0.000 0.000 0.428 0.000 0.028
#> GSM483414 1 0.0717 0.6973 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM483415 1 0.1401 0.6974 0.948 0.028 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM483424 6 0.2823 0.3863 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM483437 1 0.5764 0.3432 0.616 0.000 0.172 0.000 0.172 0.040
#> GSM483439 6 0.3774 0.1824 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM483440 1 0.3371 0.5306 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM483446 1 0.3827 0.5696 0.808 0.000 0.060 0.000 0.096 0.036
#> GSM483449 1 0.0632 0.7002 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483454 1 0.1387 0.6924 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483456 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.2378 0.6613 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM483463 4 0.0632 0.8214 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483471 1 0.0820 0.6908 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM483297 6 0.4344 0.0677 0.000 0.336 0.000 0.000 0.036 0.628
#> GSM483298 4 0.6555 0.1570 0.000 0.260 0.000 0.440 0.032 0.268
#> GSM483299 6 0.4878 -0.1426 0.000 0.424 0.000 0.000 0.060 0.516
#> GSM483306 2 0.3073 0.6200 0.000 0.788 0.000 0.204 0.000 0.008
#> GSM483309 2 0.3081 0.6054 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004 0.220
#> GSM483314 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483324 3 0.4577 0.4504 0.272 0.000 0.656 0.000 0.000 0.072
#> GSM483326 3 0.4573 0.5514 0.000 0.084 0.672 0.000 0.000 0.244
#> GSM483335 3 0.5955 0.2824 0.356 0.000 0.480 0.152 0.004 0.008
#> GSM483340 3 0.0146 0.8577 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483342 3 0.1204 0.8318 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM483345 3 0.8132 -0.1471 0.000 0.252 0.300 0.104 0.052 0.292
#> GSM483346 2 0.5496 0.2694 0.000 0.508 0.048 0.000 0.040 0.404
#> GSM483355 6 0.4561 -0.0484 0.000 0.392 0.000 0.000 0.040 0.568
#> GSM483357 5 0.3337 0.6331 0.000 0.004 0.000 0.000 0.736 0.260
#> GSM483359 6 0.1391 0.4238 0.016 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM483360 4 0.0508 0.8229 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM483382 4 0.0858 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM483383 6 0.5318 -0.0922 0.000 0.384 0.000 0.008 0.084 0.524
#> GSM483387 6 0.3797 0.1601 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM483392 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 1 0.5174 0.2200 0.572 0.000 0.000 0.008 0.080 0.340
#> GSM483394 6 0.6315 -0.0561 0.000 0.276 0.000 0.260 0.016 0.448
#> GSM483395 4 0.8449 0.0751 0.060 0.176 0.000 0.296 0.220 0.248
#> GSM483397 6 0.3789 0.1692 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM483398 4 0.2997 0.7484 0.000 0.000 0.000 0.844 0.096 0.060
#> GSM483409 5 0.0458 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483422 2 0.0260 0.7782 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483423 6 0.1890 0.4215 0.024 0.060 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM483425 5 0.0146 0.8374 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483429 5 0.3309 0.5683 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM483430 4 0.0363 0.8234 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483432 5 0.5986 0.2514 0.008 0.200 0.000 0.000 0.488 0.304
#> GSM483435 4 0.2854 0.6768 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM483438 6 0.5915 0.0455 0.000 0.280 0.000 0.028 0.140 0.552
#> GSM483441 5 0.5826 0.4715 0.104 0.040 0.000 0.000 0.568 0.288
#> GSM483451 5 0.2959 0.7834 0.104 0.008 0.000 0.000 0.852 0.036
#> GSM483452 1 0.3134 0.5640 0.820 0.000 0.000 0.000 0.144 0.036
#> GSM483453 5 0.4480 0.7221 0.100 0.004 0.000 0.096 0.764 0.036
#> GSM483457 4 0.2597 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM483467 4 0.6850 0.3663 0.240 0.000 0.000 0.484 0.180 0.096
#> GSM483469 6 0.7219 0.0200 0.232 0.020 0.000 0.056 0.264 0.428
#> GSM483472 5 0.1802 0.8331 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012
#> GSM483474 5 0.0146 0.8406 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483475 4 0.0000 0.8264 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483479 6 0.3126 0.3495 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM483480 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0713 0.8491 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483483 3 0.3659 0.4176 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM483484 5 0.1285 0.8224 0.000 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM483485 5 0.5533 0.4680 0.000 0.008 0.236 0.168 0.588 0.000
#> GSM483486 3 0.0000 0.8584 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483487 5 0.3081 0.6552 0.000 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> GSM483488 5 0.0405 0.8382 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM483489 5 0.3390 0.7108 0.000 0.008 0.160 0.000 0.804 0.028
#> GSM483490 3 0.2300 0.7561 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM483491 5 0.1556 0.8064 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM483492 5 0.0790 0.8456 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM483493 5 0.0937 0.8455 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM483494 5 0.0865 0.8453 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483495 5 0.1814 0.8221 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM483496 5 0.0937 0.8448 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> CV:NMF 190 9.13e-01 1.38e-08 2
#> CV:NMF 151 1.28e-07 5.32e-12 3
#> CV:NMF 169 6.37e-04 1.40e-11 4
#> CV:NMF 172 3.79e-04 6.64e-12 5
#> CV:NMF 141 3.71e-04 2.79e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.285 0.684 0.842 0.420 0.595 0.595
#> 3 3 0.240 0.560 0.702 0.413 0.709 0.535
#> 4 4 0.264 0.429 0.658 0.115 0.942 0.848
#> 5 5 0.346 0.386 0.603 0.103 0.778 0.431
#> 6 6 0.402 0.447 0.655 0.056 0.895 0.619
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.1633 0.81005 0.976 0.024
#> GSM483302 1 0.1633 0.81005 0.976 0.024
#> GSM483303 1 0.7950 0.69759 0.760 0.240
#> GSM483305 2 0.3431 0.83143 0.064 0.936
#> GSM483307 2 0.2423 0.83141 0.040 0.960
#> GSM483312 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483313 2 0.8608 0.60879 0.284 0.716
#> GSM483317 1 0.8081 0.69822 0.752 0.248
#> GSM483318 1 0.8661 0.65301 0.712 0.288
#> GSM483319 1 0.8016 0.70135 0.756 0.244
#> GSM483322 1 0.8016 0.70188 0.756 0.244
#> GSM483327 2 0.9998 -0.13294 0.492 0.508
#> GSM483328 1 0.9866 0.35822 0.568 0.432
#> GSM483330 1 0.9087 0.58077 0.676 0.324
#> GSM483332 2 0.9944 -0.01292 0.456 0.544
#> GSM483333 1 0.7745 0.71581 0.772 0.228
#> GSM483336 1 0.7950 0.70562 0.760 0.240
#> GSM483337 1 0.9775 0.42398 0.588 0.412
#> GSM483339 2 0.7139 0.74160 0.196 0.804
#> GSM483351 1 0.3114 0.80700 0.944 0.056
#> GSM483352 1 0.6531 0.76860 0.832 0.168
#> GSM483354 1 0.3879 0.80366 0.924 0.076
#> GSM483358 2 0.5629 0.79686 0.132 0.868
#> GSM483384 1 0.9209 0.54560 0.664 0.336
#> GSM483386 1 0.9954 0.26774 0.540 0.460
#> GSM483388 1 0.9970 0.24856 0.532 0.468
#> GSM483390 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483391 1 0.7376 0.71920 0.792 0.208
#> GSM483396 1 0.6712 0.75927 0.824 0.176
#> GSM483399 2 0.7883 0.67269 0.236 0.764
#> GSM483400 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0376 0.80561 0.004 0.996
#> GSM483412 1 0.1414 0.80890 0.980 0.020
#> GSM483418 2 0.6048 0.78417 0.148 0.852
#> GSM483420 2 0.6623 0.76574 0.172 0.828
#> GSM483421 2 0.5629 0.79686 0.132 0.868
#> GSM483426 1 0.9815 0.38145 0.580 0.420
#> GSM483428 2 0.3733 0.83667 0.072 0.928
#> GSM483431 1 0.6438 0.76532 0.836 0.164
#> GSM483436 1 0.6048 0.77732 0.852 0.148
#> GSM483442 1 0.0938 0.80783 0.988 0.012
#> GSM483443 1 0.2423 0.80959 0.960 0.040
#> GSM483444 1 0.1633 0.80960 0.976 0.024
#> GSM483447 1 0.2778 0.80914 0.952 0.048
#> GSM483448 1 0.6712 0.76180 0.824 0.176
#> GSM483450 1 0.3733 0.80428 0.928 0.072
#> GSM483455 1 0.9795 0.38809 0.584 0.416
#> GSM483458 1 0.2043 0.80966 0.968 0.032
#> GSM483461 1 0.9580 0.48660 0.620 0.380
#> GSM483462 1 0.0376 0.80410 0.996 0.004
#> GSM483464 1 0.1414 0.80932 0.980 0.020
#> GSM483466 1 0.9988 0.12221 0.520 0.480
#> GSM483468 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483476 2 0.7883 0.67269 0.236 0.764
#> GSM483477 1 0.9393 0.51413 0.644 0.356
#> GSM483300 1 0.9795 0.39717 0.584 0.416
#> GSM483308 2 0.2948 0.83114 0.052 0.948
#> GSM483310 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483311 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483323 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.6048 0.78417 0.148 0.852
#> GSM483353 1 0.2778 0.80947 0.952 0.048
#> GSM483361 1 0.2043 0.81006 0.968 0.032
#> GSM483363 1 0.9580 0.49291 0.620 0.380
#> GSM483364 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0938 0.80782 0.988 0.012
#> GSM483368 1 0.9963 0.26749 0.536 0.464
#> GSM483371 1 0.2778 0.80881 0.952 0.048
#> GSM483372 2 0.3584 0.83070 0.068 0.932
#> GSM483373 1 0.9850 0.36363 0.572 0.428
#> GSM483374 2 0.9998 -0.08749 0.492 0.508
#> GSM483379 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.3733 0.82921 0.072 0.928
#> GSM483381 1 0.2603 0.80928 0.956 0.044
#> GSM483389 1 0.6623 0.75694 0.828 0.172
#> GSM483404 1 0.2236 0.80895 0.964 0.036
#> GSM483405 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.6712 0.75933 0.824 0.176
#> GSM483413 1 0.7299 0.72302 0.796 0.204
#> GSM483416 1 0.1633 0.80938 0.976 0.024
#> GSM483417 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.6148 0.77683 0.848 0.152
#> GSM483433 1 0.6531 0.75802 0.832 0.168
#> GSM483434 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.7745 0.71581 0.772 0.228
#> GSM483459 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.2948 0.80844 0.948 0.052
#> GSM483470 1 0.6887 0.75368 0.816 0.184
#> GSM483473 1 0.2603 0.80842 0.956 0.044
#> GSM483478 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.3274 0.83128 0.060 0.940
#> GSM483315 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.4562 0.79648 0.904 0.096
#> GSM483325 1 0.8081 0.69700 0.752 0.248
#> GSM483329 1 0.7219 0.70441 0.800 0.200
#> GSM483331 1 0.8327 0.65749 0.736 0.264
#> GSM483334 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.8267 0.66147 0.740 0.260
#> GSM483343 1 0.9358 0.54994 0.648 0.352
#> GSM483344 2 0.9129 0.56713 0.328 0.672
#> GSM483347 1 1.0000 0.14398 0.504 0.496
#> GSM483348 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.1633 0.80938 0.976 0.024
#> GSM483376 1 0.7528 0.72816 0.784 0.216
#> GSM483377 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.9661 0.45663 0.608 0.392
#> GSM483403 1 0.0938 0.80830 0.988 0.012
#> GSM483406 1 0.0938 0.80718 0.988 0.012
#> GSM483407 1 0.4562 0.80006 0.904 0.096
#> GSM483408 1 0.7299 0.73598 0.796 0.204
#> GSM483414 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.2778 0.80881 0.952 0.048
#> GSM483437 1 0.5519 0.76290 0.872 0.128
#> GSM483439 1 0.1633 0.80938 0.976 0.024
#> GSM483440 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.5519 0.76290 0.872 0.128
#> GSM483449 1 0.0376 0.80597 0.996 0.004
#> GSM483454 1 0.2043 0.81084 0.968 0.032
#> GSM483456 2 0.0000 0.80182 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.3733 0.83071 0.072 0.928
#> GSM483471 1 0.0000 0.80462 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483298 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483299 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483306 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483309 2 0.2948 0.83114 0.052 0.948
#> GSM483314 1 0.8909 0.63010 0.692 0.308
#> GSM483316 1 0.7674 0.71974 0.776 0.224
#> GSM483321 1 0.9775 0.40947 0.588 0.412
#> GSM483324 1 0.8443 0.67254 0.728 0.272
#> GSM483326 2 0.4815 0.82478 0.104 0.896
#> GSM483335 1 0.8661 0.65301 0.712 0.288
#> GSM483340 2 0.3431 0.83128 0.064 0.936
#> GSM483342 2 0.4939 0.82303 0.108 0.892
#> GSM483345 2 0.3584 0.83469 0.068 0.932
#> GSM483346 2 0.3584 0.83469 0.068 0.932
#> GSM483355 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483357 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483359 2 0.9000 0.58870 0.316 0.684
#> GSM483360 2 0.3431 0.83128 0.064 0.936
#> GSM483382 2 0.4022 0.83163 0.080 0.920
#> GSM483383 2 0.4161 0.83545 0.084 0.916
#> GSM483387 1 0.5059 0.79147 0.888 0.112
#> GSM483392 2 0.3733 0.83071 0.072 0.928
#> GSM483393 1 0.9988 0.12154 0.520 0.480
#> GSM483394 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483395 1 0.9996 0.09491 0.512 0.488
#> GSM483397 1 0.9522 0.50372 0.628 0.372
#> GSM483398 2 0.9983 0.00507 0.476 0.524
#> GSM483409 1 0.2423 0.80930 0.960 0.040
#> GSM483422 2 0.2423 0.83156 0.040 0.960
#> GSM483423 2 0.9988 0.10128 0.480 0.520
#> GSM483425 1 0.7950 0.69759 0.760 0.240
#> GSM483429 2 0.3733 0.83071 0.072 0.928
#> GSM483430 2 0.3733 0.83071 0.072 0.928
#> GSM483432 2 0.9933 0.16525 0.452 0.548
#> GSM483435 2 0.4939 0.82242 0.108 0.892
#> GSM483438 2 0.4161 0.83545 0.084 0.916
#> GSM483441 1 0.9998 0.07218 0.508 0.492
#> GSM483451 1 0.9988 0.12221 0.520 0.480
#> GSM483452 1 0.0672 0.80703 0.992 0.008
#> GSM483453 2 0.8909 0.58324 0.308 0.692
#> GSM483457 1 0.9552 0.49716 0.624 0.376
#> GSM483467 2 0.8661 0.62341 0.288 0.712
#> GSM483469 2 0.9850 0.26306 0.428 0.572
#> GSM483472 1 0.9963 0.18233 0.536 0.464
#> GSM483474 1 0.2948 0.80844 0.948 0.052
#> GSM483475 2 0.7883 0.67269 0.236 0.764
#> GSM483479 1 0.2778 0.80914 0.952 0.048
#> GSM483480 1 0.9933 0.31332 0.548 0.452
#> GSM483481 1 0.9933 0.31332 0.548 0.452
#> GSM483482 1 0.9933 0.31332 0.548 0.452
#> GSM483483 1 0.9286 0.52133 0.656 0.344
#> GSM483484 1 0.9286 0.52133 0.656 0.344
#> GSM483485 1 0.9944 0.30693 0.544 0.456
#> GSM483486 1 0.9833 0.39246 0.576 0.424
#> GSM483487 1 0.5059 0.78868 0.888 0.112
#> GSM483488 1 0.5059 0.78868 0.888 0.112
#> GSM483489 1 0.5059 0.78868 0.888 0.112
#> GSM483490 1 0.9866 0.38536 0.568 0.432
#> GSM483491 1 0.2778 0.80939 0.952 0.048
#> GSM483492 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483493 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483494 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483495 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
#> GSM483496 1 0.0672 0.80707 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.4733 0.7434 0.800 0.004 0.196
#> GSM483302 1 0.4733 0.7434 0.800 0.004 0.196
#> GSM483303 1 0.8550 0.2290 0.492 0.096 0.412
#> GSM483305 2 0.3610 0.7128 0.016 0.888 0.096
#> GSM483307 2 0.4062 0.7480 0.000 0.836 0.164
#> GSM483312 2 0.2625 0.7200 0.000 0.916 0.084
#> GSM483313 3 0.7442 -0.0788 0.044 0.368 0.588
#> GSM483317 3 0.6422 0.4202 0.324 0.016 0.660
#> GSM483318 3 0.6387 0.4647 0.300 0.020 0.680
#> GSM483319 3 0.6282 0.4169 0.324 0.012 0.664
#> GSM483322 3 0.6255 0.4282 0.320 0.012 0.668
#> GSM483327 3 0.3846 0.4455 0.016 0.108 0.876
#> GSM483328 3 0.4565 0.5466 0.076 0.064 0.860
#> GSM483330 3 0.6565 0.5673 0.232 0.048 0.720
#> GSM483332 3 0.4861 0.3667 0.012 0.180 0.808
#> GSM483333 3 0.6307 0.4031 0.328 0.012 0.660
#> GSM483336 3 0.6282 0.4203 0.324 0.012 0.664
#> GSM483337 3 0.4256 0.5764 0.096 0.036 0.868
#> GSM483339 2 0.8181 0.4970 0.092 0.584 0.324
#> GSM483351 1 0.5785 0.6607 0.696 0.004 0.300
#> GSM483352 1 0.7546 0.4435 0.560 0.044 0.396
#> GSM483354 1 0.6200 0.6407 0.676 0.012 0.312
#> GSM483358 2 0.6260 0.5198 0.000 0.552 0.448
#> GSM483384 3 0.8058 0.5506 0.236 0.124 0.640
#> GSM483386 3 0.7717 0.4620 0.112 0.220 0.668
#> GSM483388 3 0.7923 0.4648 0.120 0.228 0.652
#> GSM483390 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483391 1 0.8604 0.3670 0.540 0.112 0.348
#> GSM483396 1 0.6796 0.5183 0.612 0.020 0.368
#> GSM483399 3 0.6286 -0.3586 0.000 0.464 0.536
#> GSM483400 1 0.2625 0.7166 0.916 0.000 0.084
#> GSM483401 2 0.2625 0.6832 0.000 0.916 0.084
#> GSM483412 1 0.5158 0.7190 0.764 0.004 0.232
#> GSM483418 2 0.6286 0.5035 0.000 0.536 0.464
#> GSM483420 3 0.6309 -0.4610 0.000 0.496 0.504
#> GSM483421 2 0.6252 0.5285 0.000 0.556 0.444
#> GSM483426 3 0.9207 0.4730 0.320 0.172 0.508
#> GSM483428 2 0.3983 0.7288 0.004 0.852 0.144
#> GSM483431 1 0.6984 0.5414 0.720 0.088 0.192
#> GSM483436 1 0.7129 0.4916 0.580 0.028 0.392
#> GSM483442 1 0.4883 0.7324 0.788 0.004 0.208
#> GSM483443 1 0.5292 0.7235 0.764 0.008 0.228
#> GSM483444 1 0.5070 0.7305 0.772 0.004 0.224
#> GSM483447 1 0.5285 0.7126 0.752 0.004 0.244
#> GSM483448 1 0.7159 0.3617 0.528 0.024 0.448
#> GSM483450 1 0.6019 0.6722 0.700 0.012 0.288
#> GSM483455 3 0.9281 0.4275 0.340 0.172 0.488
#> GSM483458 1 0.5325 0.7097 0.748 0.004 0.248
#> GSM483461 3 0.8898 0.3758 0.372 0.128 0.500
#> GSM483462 1 0.3038 0.7498 0.896 0.000 0.104
#> GSM483464 1 0.4682 0.7435 0.804 0.004 0.192
#> GSM483466 3 0.9851 0.4306 0.296 0.284 0.420
#> GSM483468 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483476 3 0.6286 -0.3586 0.000 0.464 0.536
#> GSM483477 3 0.7984 0.5644 0.216 0.132 0.652
#> GSM483300 3 0.5331 0.5409 0.076 0.100 0.824
#> GSM483308 2 0.4645 0.7413 0.008 0.816 0.176
#> GSM483310 2 0.2625 0.7200 0.000 0.916 0.084
#> GSM483311 2 0.2625 0.7200 0.000 0.916 0.084
#> GSM483323 1 0.0237 0.7236 0.996 0.000 0.004
#> GSM483338 2 0.6286 0.4939 0.000 0.536 0.464
#> GSM483353 1 0.4931 0.7297 0.784 0.004 0.212
#> GSM483361 1 0.5115 0.7315 0.768 0.004 0.228
#> GSM483363 3 0.9267 0.3228 0.380 0.160 0.460
#> GSM483364 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483366 1 0.2173 0.7303 0.944 0.008 0.048
#> GSM483368 3 0.9690 0.4458 0.324 0.232 0.444
#> GSM483371 1 0.5831 0.6851 0.708 0.008 0.284
#> GSM483372 2 0.5835 0.6555 0.000 0.660 0.340
#> GSM483373 3 0.9364 0.4563 0.332 0.184 0.484
#> GSM483374 3 0.9510 0.4886 0.264 0.244 0.492
#> GSM483379 1 0.1765 0.7415 0.956 0.004 0.040
#> GSM483380 2 0.5905 0.6445 0.000 0.648 0.352
#> GSM483381 1 0.4473 0.7466 0.828 0.008 0.164
#> GSM483389 1 0.6630 0.5614 0.724 0.056 0.220
#> GSM483404 1 0.3532 0.7435 0.884 0.008 0.108
#> GSM483405 1 0.0237 0.7247 0.996 0.000 0.004
#> GSM483410 1 0.0424 0.7224 0.992 0.000 0.008
#> GSM483411 1 0.6786 0.2337 0.540 0.012 0.448
#> GSM483413 1 0.8606 0.3407 0.528 0.108 0.364
#> GSM483416 1 0.5070 0.7337 0.772 0.004 0.224
#> GSM483417 1 0.0424 0.7229 0.992 0.000 0.008
#> GSM483419 1 0.0424 0.7224 0.992 0.000 0.008
#> GSM483427 1 0.6721 0.5272 0.604 0.016 0.380
#> GSM483433 1 0.6633 0.5628 0.728 0.060 0.212
#> GSM483434 1 0.4002 0.6656 0.840 0.000 0.160
#> GSM483445 3 0.6307 0.4031 0.328 0.012 0.660
#> GSM483459 1 0.3551 0.6852 0.868 0.000 0.132
#> GSM483465 1 0.5690 0.6784 0.708 0.004 0.288
#> GSM483470 1 0.8102 0.4288 0.556 0.076 0.368
#> GSM483473 1 0.3644 0.7404 0.872 0.004 0.124
#> GSM483478 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483304 2 0.3272 0.7129 0.004 0.892 0.104
#> GSM483315 1 0.0000 0.7236 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.6333 0.5063 0.656 0.012 0.332
#> GSM483325 3 0.5958 0.4548 0.300 0.008 0.692
#> GSM483329 3 0.7309 0.3014 0.416 0.032 0.552
#> GSM483331 3 0.7013 0.4319 0.364 0.028 0.608
#> GSM483334 1 0.2625 0.7166 0.916 0.000 0.084
#> GSM483341 3 0.6629 0.4187 0.360 0.016 0.624
#> GSM483343 3 0.7331 0.5641 0.256 0.072 0.672
#> GSM483344 3 0.8981 -0.1534 0.128 0.424 0.448
#> GSM483347 3 0.5874 0.5122 0.088 0.116 0.796
#> GSM483348 1 0.0000 0.7236 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.1163 0.7321 0.972 0.000 0.028
#> GSM483350 1 0.0892 0.7270 0.980 0.000 0.020
#> GSM483356 1 0.0592 0.7285 0.988 0.000 0.012
#> GSM483362 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483365 1 0.0000 0.7236 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.1289 0.7372 0.968 0.000 0.032
#> GSM483369 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483370 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483375 1 0.5070 0.7337 0.772 0.004 0.224
#> GSM483376 1 0.7072 0.1079 0.504 0.020 0.476
#> GSM483377 1 0.0237 0.7255 0.996 0.000 0.004
#> GSM483378 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483385 1 0.2945 0.7487 0.908 0.004 0.088
#> GSM483402 3 0.4982 0.5687 0.096 0.064 0.840
#> GSM483403 1 0.2280 0.7346 0.940 0.008 0.052
#> GSM483406 1 0.3619 0.7437 0.864 0.000 0.136
#> GSM483407 1 0.6935 0.5485 0.604 0.024 0.372
#> GSM483408 1 0.7363 0.4309 0.656 0.064 0.280
#> GSM483414 1 0.2400 0.7467 0.932 0.004 0.064
#> GSM483415 1 0.0747 0.7309 0.984 0.000 0.016
#> GSM483424 1 0.5831 0.6851 0.708 0.008 0.284
#> GSM483437 1 0.6309 -0.0242 0.504 0.000 0.496
#> GSM483439 1 0.5070 0.7337 0.772 0.004 0.224
#> GSM483440 1 0.0237 0.7220 0.996 0.000 0.004
#> GSM483446 1 0.6309 -0.0242 0.504 0.000 0.496
#> GSM483449 1 0.1964 0.7452 0.944 0.000 0.056
#> GSM483454 1 0.4452 0.7462 0.808 0.000 0.192
#> GSM483456 2 0.2711 0.6782 0.000 0.912 0.088
#> GSM483460 1 0.0237 0.7256 0.996 0.000 0.004
#> GSM483463 2 0.5882 0.6457 0.000 0.652 0.348
#> GSM483471 1 0.1411 0.7391 0.964 0.000 0.036
#> GSM483297 2 0.4002 0.7458 0.000 0.840 0.160
#> GSM483298 2 0.3941 0.7472 0.000 0.844 0.156
#> GSM483299 2 0.4002 0.7458 0.000 0.840 0.160
#> GSM483306 2 0.2537 0.7261 0.000 0.920 0.080
#> GSM483309 2 0.4645 0.7413 0.008 0.816 0.176
#> GSM483314 3 0.6771 0.5014 0.276 0.040 0.684
#> GSM483316 3 0.6603 0.3941 0.332 0.020 0.648
#> GSM483321 3 0.7221 0.5527 0.148 0.136 0.716
#> GSM483324 3 0.6800 0.4528 0.308 0.032 0.660
#> GSM483326 2 0.6095 0.6226 0.000 0.608 0.392
#> GSM483335 3 0.6387 0.4647 0.300 0.020 0.680
#> GSM483340 2 0.6008 0.6404 0.000 0.628 0.372
#> GSM483342 2 0.6410 0.5968 0.004 0.576 0.420
#> GSM483345 2 0.4346 0.7117 0.000 0.816 0.184
#> GSM483346 2 0.4346 0.7117 0.000 0.816 0.184
#> GSM483355 2 0.4002 0.7458 0.000 0.840 0.160
#> GSM483357 2 0.4002 0.7458 0.000 0.840 0.160
#> GSM483359 2 0.9378 0.1747 0.184 0.480 0.336
#> GSM483360 2 0.6008 0.6404 0.000 0.628 0.372
#> GSM483382 2 0.5810 0.6593 0.000 0.664 0.336
#> GSM483383 2 0.5397 0.7106 0.000 0.720 0.280
#> GSM483387 1 0.6388 0.6521 0.692 0.024 0.284
#> GSM483392 2 0.5882 0.6457 0.000 0.652 0.348
#> GSM483393 3 0.9874 0.4273 0.304 0.284 0.412
#> GSM483394 2 0.3686 0.7421 0.000 0.860 0.140
#> GSM483395 3 0.9864 0.4250 0.296 0.288 0.416
#> GSM483397 3 0.8967 0.3542 0.380 0.132 0.488
#> GSM483398 3 0.9646 0.4563 0.260 0.272 0.468
#> GSM483409 1 0.5480 0.6966 0.732 0.004 0.264
#> GSM483422 2 0.2711 0.7218 0.000 0.912 0.088
#> GSM483423 3 0.9599 0.3588 0.236 0.292 0.472
#> GSM483425 1 0.8550 0.2290 0.492 0.096 0.412
#> GSM483429 2 0.5905 0.6431 0.000 0.648 0.352
#> GSM483430 2 0.5905 0.6431 0.000 0.648 0.352
#> GSM483432 3 0.9883 0.3255 0.264 0.344 0.392
#> GSM483435 2 0.6225 0.5987 0.000 0.568 0.432
#> GSM483438 2 0.5397 0.7106 0.000 0.720 0.280
#> GSM483441 3 0.9877 0.4164 0.292 0.296 0.412
#> GSM483451 3 0.9851 0.4306 0.296 0.284 0.420
#> GSM483452 1 0.4521 0.7445 0.816 0.004 0.180
#> GSM483453 2 0.9201 0.1480 0.160 0.488 0.352
#> GSM483457 1 0.9412 0.0721 0.508 0.248 0.244
#> GSM483467 2 0.9017 0.2537 0.148 0.516 0.336
#> GSM483469 3 0.9606 0.2832 0.208 0.352 0.440
#> GSM483472 3 0.9744 0.4416 0.300 0.256 0.444
#> GSM483474 1 0.5690 0.6784 0.708 0.004 0.288
#> GSM483475 3 0.6286 -0.3586 0.000 0.464 0.536
#> GSM483479 1 0.5325 0.7108 0.748 0.004 0.248
#> GSM483480 3 0.3375 0.5274 0.048 0.044 0.908
#> GSM483481 3 0.3375 0.5274 0.048 0.044 0.908
#> GSM483482 3 0.3375 0.5274 0.048 0.044 0.908
#> GSM483483 3 0.6054 0.5816 0.180 0.052 0.768
#> GSM483484 3 0.6054 0.5816 0.180 0.052 0.768
#> GSM483485 3 0.4925 0.5413 0.076 0.080 0.844
#> GSM483486 3 0.3713 0.5617 0.076 0.032 0.892
#> GSM483487 1 0.6667 0.5367 0.616 0.016 0.368
#> GSM483488 1 0.6667 0.5367 0.616 0.016 0.368
#> GSM483489 1 0.6667 0.5367 0.616 0.016 0.368
#> GSM483490 3 0.4830 0.5543 0.084 0.068 0.848
#> GSM483491 1 0.5754 0.6136 0.700 0.004 0.296
#> GSM483492 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483493 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483494 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483495 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
#> GSM483496 1 0.4784 0.7364 0.796 0.004 0.200
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.518 0.69555 0.776 0.024 0.152 0.048
#> GSM483302 1 0.518 0.69555 0.776 0.024 0.152 0.048
#> GSM483303 1 0.839 0.27568 0.476 0.120 0.332 0.072
#> GSM483305 2 0.338 0.38518 0.016 0.872 0.012 0.100
#> GSM483307 2 0.323 0.34922 0.000 0.880 0.072 0.048
#> GSM483312 2 0.253 0.37770 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM483313 3 0.621 -0.04103 0.020 0.400 0.556 0.024
#> GSM483317 3 0.570 0.54383 0.244 0.004 0.692 0.060
#> GSM483318 3 0.564 0.56655 0.220 0.008 0.712 0.060
#> GSM483319 3 0.577 0.54372 0.244 0.004 0.688 0.064
#> GSM483322 3 0.570 0.55528 0.236 0.008 0.700 0.056
#> GSM483327 3 0.415 0.37681 0.004 0.076 0.836 0.084
#> GSM483328 3 0.389 0.49333 0.036 0.068 0.864 0.032
#> GSM483330 3 0.659 0.54084 0.192 0.084 0.684 0.040
#> GSM483332 3 0.516 0.24305 0.000 0.088 0.756 0.156
#> GSM483333 3 0.563 0.54145 0.240 0.012 0.704 0.044
#> GSM483336 3 0.577 0.55226 0.236 0.008 0.696 0.060
#> GSM483337 3 0.367 0.50738 0.044 0.032 0.876 0.048
#> GSM483339 2 0.666 0.25168 0.084 0.656 0.232 0.028
#> GSM483351 1 0.583 0.60937 0.680 0.016 0.264 0.040
#> GSM483352 1 0.744 0.43012 0.544 0.044 0.336 0.076
#> GSM483354 1 0.612 0.58926 0.660 0.024 0.276 0.040
#> GSM483358 4 0.788 0.62458 0.000 0.292 0.328 0.380
#> GSM483384 3 0.913 0.41089 0.212 0.168 0.472 0.148
#> GSM483386 3 0.891 0.24657 0.096 0.300 0.448 0.156
#> GSM483388 3 0.873 0.29654 0.092 0.188 0.504 0.216
#> GSM483390 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483391 1 0.847 0.35745 0.520 0.152 0.248 0.080
#> GSM483396 1 0.633 0.46732 0.592 0.008 0.344 0.056
#> GSM483399 4 0.806 0.55815 0.012 0.228 0.324 0.436
#> GSM483400 1 0.436 0.63828 0.816 0.000 0.100 0.084
#> GSM483401 4 0.553 0.21099 0.000 0.336 0.032 0.632
#> GSM483412 1 0.533 0.66310 0.744 0.012 0.196 0.048
#> GSM483418 4 0.789 0.61815 0.000 0.292 0.336 0.372
#> GSM483420 3 0.786 -0.67994 0.000 0.280 0.392 0.328
#> GSM483421 4 0.788 0.62540 0.000 0.300 0.312 0.388
#> GSM483426 3 0.886 0.39411 0.288 0.080 0.452 0.180
#> GSM483428 2 0.394 0.36924 0.000 0.840 0.060 0.100
#> GSM483431 1 0.752 0.50367 0.640 0.152 0.112 0.096
#> GSM483436 1 0.713 0.46687 0.564 0.044 0.336 0.056
#> GSM483442 1 0.482 0.67745 0.776 0.012 0.180 0.032
#> GSM483443 1 0.586 0.67825 0.744 0.044 0.152 0.060
#> GSM483444 1 0.528 0.67832 0.760 0.024 0.176 0.040
#> GSM483447 1 0.606 0.67114 0.732 0.048 0.156 0.064
#> GSM483448 1 0.683 0.33357 0.512 0.032 0.416 0.040
#> GSM483450 1 0.625 0.61800 0.680 0.032 0.236 0.052
#> GSM483455 3 0.909 0.37532 0.324 0.124 0.416 0.136
#> GSM483458 1 0.562 0.65276 0.728 0.020 0.204 0.048
#> GSM483461 3 0.859 0.38242 0.332 0.076 0.456 0.136
#> GSM483462 1 0.403 0.70441 0.836 0.000 0.092 0.072
#> GSM483464 1 0.523 0.69356 0.772 0.024 0.156 0.048
#> GSM483466 2 0.964 -0.11996 0.284 0.300 0.292 0.124
#> GSM483468 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483476 4 0.806 0.55815 0.012 0.228 0.324 0.436
#> GSM483477 3 0.910 0.40615 0.192 0.176 0.480 0.152
#> GSM483300 3 0.547 0.42370 0.032 0.168 0.756 0.044
#> GSM483308 2 0.248 0.39829 0.012 0.920 0.056 0.012
#> GSM483310 2 0.247 0.37825 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM483311 2 0.253 0.37770 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM483323 1 0.267 0.66809 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM483338 4 0.789 0.61620 0.000 0.288 0.344 0.368
#> GSM483353 1 0.564 0.68253 0.760 0.036 0.136 0.068
#> GSM483361 1 0.555 0.68078 0.752 0.032 0.168 0.048
#> GSM483363 3 0.903 0.28179 0.352 0.104 0.396 0.148
#> GSM483364 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483366 1 0.395 0.67239 0.852 0.036 0.016 0.096
#> GSM483368 3 0.934 0.31199 0.300 0.092 0.360 0.248
#> GSM483371 1 0.633 0.62971 0.684 0.040 0.224 0.052
#> GSM483372 2 0.765 -0.52753 0.000 0.420 0.212 0.368
#> GSM483373 3 0.912 0.37834 0.300 0.100 0.420 0.180
#> GSM483374 3 0.946 0.30431 0.248 0.152 0.412 0.188
#> GSM483379 1 0.267 0.69524 0.912 0.008 0.020 0.060
#> GSM483380 2 0.772 -0.56780 0.000 0.392 0.224 0.384
#> GSM483381 1 0.485 0.69907 0.796 0.016 0.136 0.052
#> GSM483389 1 0.657 0.48429 0.644 0.004 0.208 0.144
#> GSM483404 1 0.388 0.69945 0.856 0.012 0.088 0.044
#> GSM483405 1 0.267 0.66897 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM483410 1 0.274 0.66620 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM483411 1 0.715 0.07413 0.476 0.016 0.424 0.084
#> GSM483413 1 0.856 0.33843 0.508 0.152 0.256 0.084
#> GSM483416 1 0.530 0.68334 0.764 0.028 0.168 0.040
#> GSM483417 1 0.274 0.66703 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM483419 1 0.274 0.66620 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM483427 1 0.664 0.50108 0.596 0.028 0.328 0.048
#> GSM483433 1 0.655 0.48867 0.648 0.004 0.200 0.148
#> GSM483434 1 0.535 0.55973 0.736 0.000 0.180 0.084
#> GSM483445 3 0.563 0.54145 0.240 0.012 0.704 0.044
#> GSM483459 1 0.505 0.58930 0.764 0.000 0.152 0.084
#> GSM483465 1 0.611 0.62624 0.688 0.024 0.232 0.056
#> GSM483470 1 0.824 0.41191 0.528 0.120 0.276 0.076
#> GSM483473 1 0.410 0.69650 0.844 0.016 0.100 0.040
#> GSM483478 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483304 2 0.304 0.37604 0.004 0.876 0.008 0.112
#> GSM483315 1 0.259 0.66703 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483320 1 0.706 0.25942 0.516 0.008 0.376 0.100
#> GSM483325 3 0.601 0.56538 0.220 0.024 0.700 0.056
#> GSM483329 3 0.729 0.35083 0.364 0.056 0.532 0.048
#> GSM483331 3 0.658 0.47511 0.312 0.032 0.612 0.044
#> GSM483334 1 0.436 0.63828 0.816 0.000 0.100 0.084
#> GSM483341 3 0.654 0.48015 0.320 0.032 0.608 0.040
#> GSM483343 3 0.682 0.51234 0.228 0.024 0.644 0.104
#> GSM483344 2 0.755 0.10499 0.116 0.488 0.376 0.020
#> GSM483347 3 0.579 0.42476 0.064 0.096 0.764 0.076
#> GSM483348 1 0.259 0.66703 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483349 1 0.304 0.67447 0.880 0.000 0.020 0.100
#> GSM483350 1 0.299 0.67159 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM483356 1 0.286 0.67462 0.888 0.000 0.016 0.096
#> GSM483362 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483365 1 0.259 0.66703 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483367 1 0.260 0.69042 0.908 0.000 0.024 0.068
#> GSM483369 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483370 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483375 1 0.530 0.68334 0.764 0.028 0.168 0.040
#> GSM483376 1 0.700 -0.04985 0.452 0.008 0.452 0.088
#> GSM483377 1 0.280 0.66968 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM483378 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483385 1 0.419 0.69982 0.848 0.024 0.060 0.068
#> GSM483402 3 0.523 0.48817 0.052 0.108 0.792 0.048
#> GSM483403 1 0.392 0.67726 0.852 0.040 0.012 0.096
#> GSM483406 1 0.454 0.69788 0.812 0.004 0.096 0.088
#> GSM483407 1 0.735 0.52806 0.592 0.068 0.280 0.060
#> GSM483408 1 0.711 0.35953 0.580 0.004 0.240 0.176
#> GSM483414 1 0.313 0.70116 0.892 0.008 0.032 0.068
#> GSM483415 1 0.264 0.68270 0.904 0.000 0.020 0.076
#> GSM483424 1 0.633 0.62971 0.684 0.040 0.224 0.052
#> GSM483437 1 0.755 0.00337 0.444 0.004 0.388 0.164
#> GSM483439 1 0.530 0.68334 0.764 0.028 0.168 0.040
#> GSM483440 1 0.259 0.66609 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM483446 1 0.755 0.00337 0.444 0.004 0.388 0.164
#> GSM483449 1 0.283 0.70360 0.908 0.008 0.044 0.040
#> GSM483454 1 0.511 0.69556 0.772 0.016 0.164 0.048
#> GSM483456 4 0.538 0.22430 0.000 0.324 0.028 0.648
#> GSM483460 1 0.245 0.67491 0.908 0.004 0.004 0.084
#> GSM483463 2 0.772 -0.57203 0.000 0.392 0.224 0.384
#> GSM483471 1 0.238 0.69882 0.920 0.000 0.028 0.052
#> GSM483297 2 0.228 0.39292 0.004 0.928 0.048 0.020
#> GSM483298 2 0.249 0.38199 0.000 0.916 0.048 0.036
#> GSM483299 2 0.228 0.39292 0.004 0.928 0.048 0.020
#> GSM483306 2 0.389 0.33488 0.000 0.796 0.008 0.196
#> GSM483309 2 0.248 0.39829 0.012 0.920 0.056 0.012
#> GSM483314 3 0.596 0.58076 0.204 0.008 0.700 0.088
#> GSM483316 3 0.669 0.52247 0.264 0.040 0.640 0.056
#> GSM483321 3 0.829 0.43355 0.116 0.156 0.572 0.156
#> GSM483324 3 0.584 0.56228 0.228 0.004 0.692 0.076
#> GSM483326 2 0.526 0.21961 0.000 0.700 0.260 0.040
#> GSM483335 3 0.564 0.56655 0.220 0.008 0.712 0.060
#> GSM483340 2 0.744 -0.22666 0.000 0.504 0.284 0.212
#> GSM483342 2 0.585 0.13123 0.004 0.636 0.316 0.044
#> GSM483345 2 0.559 0.32091 0.000 0.716 0.092 0.192
#> GSM483346 2 0.559 0.32091 0.000 0.716 0.092 0.192
#> GSM483355 2 0.228 0.39292 0.004 0.928 0.048 0.020
#> GSM483357 2 0.228 0.39292 0.004 0.928 0.048 0.020
#> GSM483359 2 0.777 0.19190 0.184 0.556 0.232 0.028
#> GSM483360 2 0.744 -0.22666 0.000 0.504 0.284 0.212
#> GSM483382 2 0.765 -0.50784 0.000 0.428 0.212 0.360
#> GSM483383 2 0.491 0.24836 0.000 0.776 0.140 0.084
#> GSM483387 1 0.634 0.60680 0.668 0.016 0.236 0.080
#> GSM483392 2 0.772 -0.57575 0.000 0.388 0.224 0.388
#> GSM483393 2 0.966 -0.11072 0.292 0.308 0.272 0.128
#> GSM483394 2 0.298 0.38592 0.000 0.892 0.040 0.068
#> GSM483395 2 0.966 -0.09698 0.280 0.316 0.276 0.128
#> GSM483397 3 0.872 0.34665 0.344 0.076 0.432 0.148
#> GSM483398 3 0.962 0.26616 0.236 0.192 0.392 0.180
#> GSM483409 1 0.576 0.64086 0.712 0.020 0.220 0.048
#> GSM483422 2 0.381 0.34077 0.000 0.804 0.008 0.188
#> GSM483423 3 0.858 0.16241 0.224 0.356 0.384 0.036
#> GSM483425 1 0.842 0.27660 0.476 0.124 0.328 0.072
#> GSM483429 4 0.773 0.53519 0.000 0.384 0.228 0.388
#> GSM483430 4 0.773 0.53519 0.000 0.384 0.228 0.388
#> GSM483432 2 0.958 0.00458 0.248 0.360 0.264 0.128
#> GSM483435 2 0.792 -0.58536 0.000 0.356 0.316 0.328
#> GSM483438 2 0.491 0.24836 0.000 0.776 0.140 0.084
#> GSM483441 2 0.968 -0.09454 0.280 0.312 0.276 0.132
#> GSM483451 2 0.964 -0.11996 0.284 0.300 0.292 0.124
#> GSM483452 1 0.451 0.69778 0.804 0.008 0.148 0.040
#> GSM483453 2 0.974 -0.15652 0.152 0.328 0.236 0.284
#> GSM483457 1 0.827 0.12376 0.488 0.044 0.164 0.304
#> GSM483467 2 0.968 -0.20905 0.148 0.328 0.216 0.308
#> GSM483469 2 0.971 0.02575 0.196 0.340 0.296 0.168
#> GSM483472 3 0.960 0.14888 0.292 0.268 0.320 0.120
#> GSM483474 1 0.611 0.62624 0.688 0.024 0.232 0.056
#> GSM483475 4 0.806 0.55815 0.012 0.228 0.324 0.436
#> GSM483479 1 0.615 0.66788 0.724 0.048 0.164 0.064
#> GSM483480 3 0.250 0.46288 0.004 0.040 0.920 0.036
#> GSM483481 3 0.250 0.46288 0.004 0.040 0.920 0.036
#> GSM483482 3 0.250 0.46288 0.004 0.040 0.920 0.036
#> GSM483483 3 0.573 0.52502 0.144 0.084 0.748 0.024
#> GSM483484 3 0.573 0.52502 0.144 0.084 0.748 0.024
#> GSM483485 3 0.459 0.48845 0.048 0.064 0.832 0.056
#> GSM483486 3 0.340 0.49010 0.032 0.032 0.888 0.048
#> GSM483487 1 0.663 0.50480 0.600 0.032 0.324 0.044
#> GSM483488 1 0.663 0.50480 0.600 0.032 0.324 0.044
#> GSM483489 1 0.663 0.50480 0.600 0.032 0.324 0.044
#> GSM483490 3 0.423 0.47754 0.040 0.028 0.844 0.088
#> GSM483491 1 0.668 0.50342 0.616 0.020 0.292 0.072
#> GSM483492 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483493 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483494 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483495 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
#> GSM483496 1 0.474 0.68194 0.784 0.012 0.172 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.5041 -0.05977 0.524 0.004 0.012 0.008 0.452
#> GSM483302 1 0.5041 -0.05977 0.524 0.004 0.012 0.008 0.452
#> GSM483303 5 0.6775 0.46770 0.172 0.024 0.052 0.120 0.632
#> GSM483305 2 0.3441 0.71501 0.004 0.828 0.000 0.140 0.028
#> GSM483307 2 0.4819 0.69299 0.000 0.620 0.024 0.352 0.004
#> GSM483312 2 0.2471 0.71104 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM483313 3 0.8373 0.02863 0.012 0.192 0.364 0.320 0.112
#> GSM483317 3 0.7566 0.58393 0.148 0.004 0.480 0.080 0.288
#> GSM483318 3 0.7467 0.61635 0.140 0.004 0.524 0.096 0.236
#> GSM483319 3 0.7633 0.58839 0.144 0.008 0.484 0.080 0.284
#> GSM483322 3 0.7641 0.61742 0.136 0.016 0.520 0.084 0.244
#> GSM483327 3 0.5861 0.52564 0.000 0.028 0.648 0.228 0.096
#> GSM483328 3 0.6756 0.59852 0.020 0.032 0.612 0.156 0.180
#> GSM483330 3 0.8692 0.53124 0.148 0.044 0.428 0.136 0.244
#> GSM483332 3 0.6141 0.40277 0.000 0.024 0.560 0.332 0.084
#> GSM483333 3 0.7636 0.60565 0.144 0.016 0.508 0.072 0.260
#> GSM483336 3 0.7674 0.61564 0.140 0.016 0.516 0.084 0.244
#> GSM483337 3 0.6184 0.61611 0.008 0.012 0.628 0.172 0.180
#> GSM483339 2 0.8513 0.39821 0.044 0.400 0.100 0.320 0.136
#> GSM483351 5 0.5234 0.42271 0.332 0.000 0.052 0.004 0.612
#> GSM483352 5 0.6499 0.46960 0.204 0.016 0.100 0.044 0.636
#> GSM483354 5 0.5480 0.43928 0.312 0.008 0.056 0.004 0.620
#> GSM483358 4 0.3309 0.55367 0.000 0.000 0.128 0.836 0.036
#> GSM483384 5 0.8349 -0.10396 0.080 0.124 0.264 0.064 0.468
#> GSM483386 5 0.8052 -0.23590 0.008 0.292 0.272 0.064 0.364
#> GSM483388 5 0.8392 -0.30441 0.008 0.164 0.324 0.148 0.356
#> GSM483390 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483391 5 0.7240 0.45052 0.216 0.052 0.032 0.120 0.580
#> GSM483396 5 0.7055 0.30271 0.312 0.004 0.168 0.028 0.488
#> GSM483399 4 0.6281 0.44513 0.000 0.048 0.160 0.640 0.152
#> GSM483400 1 0.3704 0.60122 0.820 0.000 0.088 0.000 0.092
#> GSM483401 4 0.6992 0.07778 0.000 0.388 0.100 0.452 0.060
#> GSM483412 5 0.4482 0.38209 0.376 0.000 0.012 0.000 0.612
#> GSM483418 4 0.3409 0.55168 0.000 0.000 0.144 0.824 0.032
#> GSM483420 4 0.4238 0.49914 0.000 0.000 0.192 0.756 0.052
#> GSM483421 4 0.3007 0.55480 0.000 0.004 0.104 0.864 0.028
#> GSM483426 3 0.8516 0.15299 0.192 0.000 0.300 0.284 0.224
#> GSM483428 2 0.3855 0.70241 0.000 0.800 0.032 0.160 0.008
#> GSM483431 1 0.6388 0.45151 0.684 0.088 0.048 0.044 0.136
#> GSM483436 5 0.6269 0.46754 0.224 0.016 0.100 0.024 0.636
#> GSM483442 5 0.4630 0.33502 0.416 0.000 0.008 0.004 0.572
#> GSM483443 1 0.4948 -0.11641 0.492 0.012 0.004 0.004 0.488
#> GSM483444 5 0.4799 0.30901 0.428 0.008 0.004 0.004 0.556
#> GSM483447 1 0.5399 -0.08215 0.492 0.024 0.012 0.004 0.468
#> GSM483448 5 0.7263 0.39635 0.256 0.012 0.188 0.032 0.512
#> GSM483450 5 0.4812 0.43833 0.324 0.012 0.012 0.004 0.648
#> GSM483455 5 0.8847 -0.13670 0.168 0.020 0.212 0.260 0.340
#> GSM483458 5 0.4491 0.40055 0.364 0.000 0.008 0.004 0.624
#> GSM483461 3 0.8569 0.20508 0.212 0.000 0.288 0.232 0.268
#> GSM483462 1 0.5921 0.05966 0.456 0.000 0.088 0.004 0.452
#> GSM483464 1 0.4589 -0.09987 0.520 0.004 0.000 0.004 0.472
#> GSM483466 5 0.8023 0.01689 0.064 0.128 0.036 0.356 0.416
#> GSM483468 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483476 4 0.6281 0.44513 0.000 0.048 0.160 0.640 0.152
#> GSM483477 5 0.8222 -0.13295 0.060 0.136 0.268 0.064 0.472
#> GSM483300 3 0.7492 0.52325 0.012 0.092 0.552 0.164 0.180
#> GSM483308 2 0.4577 0.72146 0.000 0.676 0.004 0.296 0.024
#> GSM483310 2 0.2694 0.71044 0.000 0.864 0.004 0.128 0.004
#> GSM483311 2 0.2471 0.71104 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM483323 1 0.1893 0.65186 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> GSM483338 4 0.3565 0.54804 0.000 0.000 0.144 0.816 0.040
#> GSM483353 1 0.5198 0.02881 0.532 0.020 0.008 0.004 0.436
#> GSM483361 5 0.5005 0.28022 0.424 0.004 0.012 0.008 0.552
#> GSM483363 5 0.8457 -0.02751 0.176 0.008 0.176 0.244 0.396
#> GSM483364 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.2474 0.64285 0.896 0.008 0.012 0.000 0.084
#> GSM483368 4 0.8398 -0.05847 0.184 0.000 0.228 0.364 0.224
#> GSM483371 5 0.4847 0.39074 0.360 0.012 0.008 0.004 0.616
#> GSM483372 4 0.1924 0.49088 0.000 0.064 0.004 0.924 0.008
#> GSM483373 4 0.8536 -0.14837 0.200 0.000 0.260 0.308 0.232
#> GSM483374 4 0.8453 0.00287 0.124 0.016 0.180 0.388 0.292
#> GSM483379 1 0.2848 0.59025 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> GSM483380 4 0.1780 0.52076 0.000 0.024 0.028 0.940 0.008
#> GSM483381 1 0.5100 0.03710 0.516 0.000 0.036 0.000 0.448
#> GSM483389 1 0.6811 0.33435 0.588 0.000 0.184 0.064 0.164
#> GSM483404 1 0.4836 0.33817 0.628 0.000 0.036 0.000 0.336
#> GSM483405 1 0.1469 0.65570 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM483410 1 0.0162 0.66027 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483411 5 0.7767 -0.08969 0.284 0.004 0.260 0.052 0.400
#> GSM483413 5 0.7116 0.45215 0.208 0.052 0.028 0.120 0.592
#> GSM483416 5 0.5160 0.25992 0.432 0.004 0.024 0.004 0.536
#> GSM483417 1 0.1300 0.65657 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM483419 1 0.0162 0.66027 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483427 5 0.6586 0.43621 0.252 0.012 0.132 0.020 0.584
#> GSM483433 1 0.6806 0.34085 0.592 0.000 0.176 0.068 0.164
#> GSM483434 1 0.4648 0.52265 0.740 0.000 0.156 0.000 0.104
#> GSM483445 3 0.7636 0.60565 0.144 0.016 0.508 0.072 0.260
#> GSM483459 1 0.4247 0.55380 0.776 0.000 0.132 0.000 0.092
#> GSM483465 5 0.4626 0.42780 0.332 0.004 0.004 0.012 0.648
#> GSM483470 5 0.6971 0.46969 0.208 0.072 0.052 0.052 0.616
#> GSM483473 1 0.5004 0.32861 0.624 0.004 0.028 0.004 0.340
#> GSM483478 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.4222 0.68742 0.004 0.804 0.016 0.120 0.056
#> GSM483315 1 0.1469 0.65063 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM483320 1 0.6362 0.10778 0.496 0.000 0.320 0.000 0.184
#> GSM483325 3 0.7555 0.61443 0.132 0.016 0.516 0.072 0.264
#> GSM483329 1 0.8576 -0.33688 0.336 0.016 0.324 0.128 0.196
#> GSM483331 3 0.8125 0.44195 0.304 0.008 0.416 0.128 0.144
#> GSM483334 1 0.3593 0.60286 0.828 0.000 0.088 0.000 0.084
#> GSM483341 3 0.8178 0.42511 0.244 0.004 0.408 0.112 0.232
#> GSM483343 3 0.8014 0.48371 0.144 0.000 0.440 0.180 0.236
#> GSM483344 2 0.9348 0.08512 0.056 0.288 0.224 0.268 0.164
#> GSM483347 3 0.7159 0.46239 0.012 0.016 0.492 0.256 0.224
#> GSM483348 1 0.1568 0.64920 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM483349 1 0.1168 0.65808 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> GSM483350 1 0.0771 0.65927 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM483356 1 0.1168 0.66070 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> GSM483362 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.1568 0.64920 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM483367 1 0.2707 0.60860 0.860 0.000 0.008 0.000 0.132
#> GSM483369 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 5 0.5160 0.25992 0.432 0.004 0.024 0.004 0.536
#> GSM483376 5 0.7971 -0.16505 0.276 0.004 0.304 0.064 0.352
#> GSM483377 1 0.2104 0.64606 0.916 0.000 0.024 0.000 0.060
#> GSM483378 1 0.0000 0.66078 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.3707 0.52880 0.768 0.008 0.004 0.000 0.220
#> GSM483402 3 0.6865 0.57744 0.020 0.024 0.584 0.164 0.208
#> GSM483403 1 0.2575 0.63375 0.884 0.012 0.004 0.000 0.100
#> GSM483406 1 0.4236 0.30092 0.664 0.000 0.004 0.004 0.328
#> GSM483407 5 0.6650 0.42757 0.296 0.032 0.080 0.020 0.572
#> GSM483408 1 0.7594 0.21703 0.508 0.000 0.184 0.116 0.192
#> GSM483414 1 0.3421 0.54527 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> GSM483415 1 0.2612 0.63958 0.868 0.000 0.008 0.000 0.124
#> GSM483424 5 0.4847 0.39074 0.360 0.012 0.008 0.004 0.616
#> GSM483437 5 0.7437 0.06748 0.336 0.016 0.244 0.012 0.392
#> GSM483439 5 0.5160 0.25992 0.432 0.004 0.024 0.004 0.536
#> GSM483440 1 0.0162 0.66066 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483446 5 0.7437 0.06748 0.336 0.016 0.244 0.012 0.392
#> GSM483449 1 0.3837 0.40321 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM483454 1 0.5267 -0.11272 0.492 0.004 0.028 0.004 0.472
#> GSM483456 4 0.6867 0.09913 0.000 0.372 0.100 0.476 0.052
#> GSM483460 1 0.1270 0.65600 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM483463 4 0.1772 0.52497 0.000 0.032 0.020 0.940 0.008
#> GSM483471 1 0.3612 0.44459 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM483297 2 0.4165 0.72383 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM483298 2 0.4118 0.71694 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> GSM483299 2 0.4165 0.72383 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM483306 2 0.3559 0.66176 0.000 0.804 0.008 0.176 0.012
#> GSM483309 2 0.4577 0.72146 0.000 0.676 0.004 0.296 0.024
#> GSM483314 3 0.7290 0.62601 0.124 0.000 0.544 0.120 0.212
#> GSM483316 3 0.8002 0.57454 0.156 0.028 0.472 0.072 0.272
#> GSM483321 5 0.7876 -0.32105 0.020 0.144 0.372 0.064 0.400
#> GSM483324 3 0.7485 0.59558 0.144 0.000 0.500 0.100 0.256
#> GSM483326 2 0.6888 0.41332 0.000 0.432 0.144 0.396 0.028
#> GSM483335 3 0.7467 0.61635 0.140 0.004 0.524 0.096 0.236
#> GSM483340 4 0.6175 0.07437 0.000 0.212 0.144 0.620 0.024
#> GSM483342 4 0.7325 -0.33874 0.000 0.368 0.204 0.392 0.036
#> GSM483345 2 0.5558 0.61112 0.000 0.696 0.088 0.180 0.036
#> GSM483346 2 0.5558 0.61112 0.000 0.696 0.088 0.180 0.036
#> GSM483355 2 0.4165 0.72383 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM483357 2 0.4165 0.72383 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM483359 2 0.9178 0.20781 0.088 0.328 0.088 0.292 0.204
#> GSM483360 4 0.6175 0.07437 0.000 0.212 0.144 0.620 0.024
#> GSM483382 4 0.2297 0.49771 0.000 0.060 0.020 0.912 0.008
#> GSM483383 2 0.4705 0.50297 0.000 0.504 0.004 0.484 0.008
#> GSM483387 5 0.6277 0.10792 0.440 0.000 0.104 0.012 0.444
#> GSM483392 4 0.1686 0.52603 0.000 0.028 0.020 0.944 0.008
#> GSM483393 5 0.8043 0.01476 0.068 0.124 0.036 0.360 0.412
#> GSM483394 2 0.4216 0.72912 0.000 0.720 0.008 0.260 0.012
#> GSM483395 5 0.8083 -0.01336 0.064 0.136 0.036 0.360 0.404
#> GSM483397 5 0.8582 -0.29385 0.216 0.000 0.272 0.236 0.276
#> GSM483398 4 0.8460 0.08021 0.096 0.036 0.152 0.400 0.316
#> GSM483409 5 0.4538 0.41301 0.348 0.000 0.012 0.004 0.636
#> GSM483422 2 0.2957 0.65841 0.000 0.860 0.008 0.120 0.012
#> GSM483423 5 0.9815 -0.22261 0.116 0.216 0.204 0.204 0.260
#> GSM483425 5 0.6792 0.46751 0.172 0.028 0.048 0.120 0.632
#> GSM483429 4 0.1597 0.52873 0.000 0.024 0.020 0.948 0.008
#> GSM483430 4 0.1597 0.52873 0.000 0.024 0.020 0.948 0.008
#> GSM483432 4 0.8379 0.11578 0.064 0.180 0.040 0.368 0.348
#> GSM483435 4 0.3573 0.53219 0.000 0.012 0.124 0.832 0.032
#> GSM483438 2 0.4705 0.50297 0.000 0.504 0.004 0.484 0.008
#> GSM483441 5 0.8061 -0.02398 0.064 0.132 0.036 0.368 0.400
#> GSM483451 5 0.8023 0.01689 0.064 0.128 0.036 0.356 0.416
#> GSM483452 1 0.4596 -0.18963 0.500 0.004 0.000 0.004 0.492
#> GSM483453 4 0.6478 0.41341 0.044 0.084 0.020 0.636 0.216
#> GSM483457 5 0.7811 0.15683 0.120 0.000 0.136 0.332 0.412
#> GSM483467 4 0.6191 0.43562 0.044 0.080 0.020 0.672 0.184
#> GSM483469 4 0.7897 0.22759 0.052 0.132 0.040 0.460 0.316
#> GSM483472 5 0.8000 0.07161 0.068 0.088 0.056 0.352 0.436
#> GSM483474 5 0.4626 0.42780 0.332 0.004 0.004 0.012 0.648
#> GSM483475 4 0.6281 0.44513 0.000 0.048 0.160 0.640 0.152
#> GSM483479 1 0.5401 -0.11084 0.484 0.024 0.012 0.004 0.476
#> GSM483480 3 0.5772 0.59296 0.000 0.016 0.660 0.176 0.148
#> GSM483481 3 0.5772 0.59296 0.000 0.016 0.660 0.176 0.148
#> GSM483482 3 0.5772 0.59296 0.000 0.016 0.660 0.176 0.148
#> GSM483483 3 0.8054 0.56561 0.096 0.028 0.496 0.152 0.228
#> GSM483484 3 0.8054 0.56561 0.096 0.028 0.496 0.152 0.228
#> GSM483485 3 0.6965 0.59102 0.020 0.024 0.572 0.188 0.196
#> GSM483486 3 0.5682 0.61332 0.000 0.008 0.656 0.168 0.168
#> GSM483487 5 0.6556 0.42737 0.304 0.008 0.076 0.044 0.568
#> GSM483488 5 0.6556 0.42737 0.304 0.008 0.076 0.044 0.568
#> GSM483489 5 0.6556 0.42737 0.304 0.008 0.076 0.044 0.568
#> GSM483490 3 0.6105 0.59191 0.008 0.000 0.600 0.212 0.180
#> GSM483491 1 0.6537 0.15802 0.508 0.000 0.156 0.012 0.324
#> GSM483492 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483493 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483494 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483495 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM483496 5 0.4489 0.32489 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.405 0.4557 0.228 0.000 0.008 0.004 0.732 0.028
#> GSM483302 5 0.405 0.4557 0.228 0.000 0.008 0.004 0.732 0.028
#> GSM483303 5 0.511 0.4446 0.008 0.032 0.088 0.108 0.740 0.024
#> GSM483305 2 0.219 0.6670 0.004 0.916 0.000 0.028 0.028 0.024
#> GSM483307 2 0.365 0.6946 0.000 0.748 0.020 0.228 0.000 0.004
#> GSM483312 2 0.141 0.6627 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM483313 3 0.761 -0.0105 0.008 0.272 0.432 0.184 0.076 0.028
#> GSM483317 3 0.662 0.5170 0.116 0.004 0.580 0.028 0.212 0.060
#> GSM483318 3 0.602 0.5357 0.108 0.004 0.640 0.024 0.184 0.040
#> GSM483319 3 0.662 0.5185 0.116 0.004 0.584 0.028 0.204 0.064
#> GSM483322 3 0.628 0.5319 0.096 0.008 0.624 0.024 0.192 0.056
#> GSM483327 3 0.405 0.4737 0.000 0.028 0.808 0.096 0.028 0.040
#> GSM483328 3 0.499 0.4908 0.016 0.028 0.756 0.044 0.116 0.040
#> GSM483330 3 0.722 0.3412 0.088 0.024 0.552 0.048 0.220 0.068
#> GSM483332 3 0.503 0.3923 0.000 0.028 0.700 0.204 0.024 0.044
#> GSM483333 3 0.603 0.5217 0.104 0.008 0.632 0.008 0.192 0.056
#> GSM483336 3 0.632 0.5310 0.100 0.008 0.620 0.024 0.192 0.056
#> GSM483337 3 0.386 0.5315 0.016 0.012 0.832 0.036 0.072 0.032
#> GSM483339 2 0.791 0.3956 0.024 0.496 0.148 0.176 0.100 0.056
#> GSM483351 5 0.272 0.5918 0.040 0.000 0.056 0.004 0.884 0.016
#> GSM483352 5 0.460 0.5059 0.016 0.020 0.120 0.040 0.776 0.028
#> GSM483354 5 0.315 0.5837 0.040 0.008 0.068 0.004 0.864 0.016
#> GSM483358 4 0.405 0.5724 0.004 0.000 0.204 0.744 0.004 0.044
#> GSM483384 5 0.820 -0.6659 0.024 0.100 0.108 0.064 0.372 0.332
#> GSM483386 6 0.841 0.7525 0.004 0.264 0.120 0.068 0.216 0.328
#> GSM483388 6 0.882 0.8044 0.004 0.148 0.168 0.148 0.212 0.320
#> GSM483390 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483391 5 0.573 0.4464 0.036 0.036 0.040 0.120 0.712 0.056
#> GSM483396 5 0.591 0.4694 0.116 0.004 0.184 0.012 0.640 0.044
#> GSM483399 4 0.626 0.3070 0.000 0.052 0.068 0.592 0.040 0.248
#> GSM483400 1 0.485 0.7232 0.716 0.000 0.092 0.000 0.156 0.036
#> GSM483401 4 0.651 0.1576 0.020 0.232 0.016 0.504 0.000 0.228
#> GSM483412 5 0.220 0.6072 0.064 0.000 0.008 0.008 0.908 0.012
#> GSM483418 4 0.428 0.5729 0.004 0.004 0.208 0.732 0.004 0.048
#> GSM483420 4 0.493 0.5190 0.016 0.000 0.252 0.664 0.004 0.064
#> GSM483421 4 0.408 0.5804 0.004 0.008 0.184 0.760 0.004 0.040
#> GSM483426 3 0.866 0.1419 0.204 0.000 0.304 0.232 0.152 0.108
#> GSM483428 2 0.305 0.6479 0.004 0.872 0.044 0.028 0.004 0.048
#> GSM483431 1 0.717 0.5752 0.556 0.052 0.052 0.024 0.216 0.100
#> GSM483436 5 0.419 0.5247 0.020 0.020 0.124 0.012 0.796 0.028
#> GSM483442 5 0.237 0.5947 0.104 0.000 0.008 0.000 0.880 0.008
#> GSM483443 5 0.402 0.4768 0.212 0.004 0.000 0.008 0.744 0.032
#> GSM483444 5 0.271 0.5892 0.112 0.000 0.008 0.004 0.864 0.012
#> GSM483447 5 0.479 0.4447 0.224 0.004 0.012 0.012 0.700 0.048
#> GSM483448 5 0.592 0.4336 0.052 0.008 0.180 0.036 0.664 0.060
#> GSM483450 5 0.241 0.5957 0.036 0.012 0.032 0.008 0.908 0.004
#> GSM483455 5 0.867 -0.1416 0.112 0.028 0.272 0.212 0.320 0.056
#> GSM483458 5 0.173 0.6047 0.048 0.000 0.008 0.004 0.932 0.008
#> GSM483461 3 0.876 0.2008 0.212 0.000 0.296 0.192 0.180 0.120
#> GSM483462 5 0.634 0.2783 0.284 0.000 0.052 0.000 0.516 0.148
#> GSM483464 5 0.340 0.4812 0.216 0.000 0.004 0.000 0.768 0.012
#> GSM483466 5 0.718 -0.0517 0.000 0.136 0.088 0.308 0.448 0.020
#> GSM483468 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483476 4 0.626 0.3070 0.000 0.052 0.068 0.592 0.040 0.248
#> GSM483477 5 0.820 -0.7114 0.016 0.108 0.112 0.068 0.356 0.340
#> GSM483300 3 0.641 0.4007 0.036 0.064 0.664 0.056 0.056 0.124
#> GSM483308 2 0.349 0.7017 0.000 0.788 0.004 0.184 0.016 0.008
#> GSM483310 2 0.130 0.6586 0.004 0.948 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM483311 2 0.141 0.6627 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM483323 1 0.358 0.7745 0.800 0.000 0.008 0.000 0.144 0.048
#> GSM483338 4 0.428 0.5680 0.008 0.000 0.212 0.728 0.004 0.048
#> GSM483353 5 0.491 0.3803 0.272 0.004 0.008 0.012 0.660 0.044
#> GSM483361 5 0.347 0.5683 0.136 0.000 0.012 0.004 0.816 0.032
#> GSM483363 5 0.852 -0.0143 0.116 0.012 0.212 0.204 0.376 0.080
#> GSM483364 1 0.298 0.7965 0.808 0.000 0.000 0.000 0.180 0.012
#> GSM483366 1 0.420 0.7540 0.712 0.000 0.008 0.000 0.240 0.040
#> GSM483368 4 0.862 -0.0465 0.192 0.000 0.228 0.320 0.156 0.104
#> GSM483371 5 0.260 0.5945 0.056 0.004 0.008 0.004 0.892 0.036
#> GSM483372 4 0.345 0.5718 0.000 0.108 0.072 0.816 0.004 0.000
#> GSM483373 3 0.872 0.0864 0.200 0.000 0.272 0.256 0.160 0.112
#> GSM483374 4 0.884 0.0441 0.108 0.028 0.252 0.304 0.232 0.076
#> GSM483379 1 0.411 0.5240 0.596 0.000 0.004 0.000 0.392 0.008
#> GSM483380 4 0.355 0.5923 0.000 0.068 0.084 0.828 0.004 0.016
#> GSM483381 5 0.461 0.4424 0.228 0.000 0.036 0.000 0.700 0.036
#> GSM483389 1 0.712 0.4360 0.548 0.000 0.128 0.060 0.184 0.080
#> GSM483404 5 0.512 0.1449 0.360 0.000 0.036 0.000 0.572 0.032
#> GSM483405 1 0.369 0.7823 0.788 0.000 0.008 0.000 0.156 0.048
#> GSM483410 1 0.310 0.7954 0.800 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016
#> GSM483411 5 0.837 -0.1607 0.236 0.004 0.248 0.052 0.324 0.136
#> GSM483413 5 0.567 0.4334 0.028 0.036 0.036 0.124 0.712 0.064
#> GSM483416 5 0.371 0.5535 0.148 0.000 0.024 0.000 0.796 0.032
#> GSM483417 1 0.357 0.7905 0.788 0.000 0.008 0.000 0.172 0.032
#> GSM483419 1 0.310 0.7954 0.800 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016
#> GSM483427 5 0.487 0.5278 0.052 0.012 0.140 0.012 0.748 0.036
#> GSM483433 1 0.710 0.4445 0.552 0.000 0.120 0.064 0.184 0.080
#> GSM483434 1 0.571 0.6393 0.608 0.000 0.172 0.000 0.192 0.028
#> GSM483445 3 0.603 0.5217 0.104 0.008 0.632 0.008 0.192 0.056
#> GSM483459 1 0.539 0.6689 0.656 0.000 0.144 0.000 0.168 0.032
#> GSM483465 5 0.183 0.5984 0.028 0.004 0.008 0.016 0.936 0.008
#> GSM483470 5 0.465 0.4781 0.004 0.068 0.060 0.064 0.780 0.024
#> GSM483473 5 0.533 0.1467 0.364 0.004 0.036 0.004 0.564 0.028
#> GSM483478 1 0.301 0.7960 0.804 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012
#> GSM483304 2 0.299 0.6162 0.016 0.856 0.000 0.004 0.020 0.104
#> GSM483315 1 0.308 0.7780 0.836 0.000 0.008 0.000 0.128 0.028
#> GSM483320 1 0.660 0.1082 0.480 0.000 0.312 0.000 0.124 0.084
#> GSM483325 3 0.612 0.5111 0.100 0.008 0.624 0.008 0.196 0.064
#> GSM483329 3 0.756 0.1914 0.220 0.004 0.420 0.044 0.264 0.048
#> GSM483331 3 0.711 0.3430 0.244 0.008 0.516 0.044 0.148 0.040
#> GSM483334 1 0.467 0.7259 0.724 0.000 0.092 0.000 0.160 0.024
#> GSM483341 3 0.718 0.3036 0.196 0.004 0.496 0.020 0.212 0.072
#> GSM483343 3 0.757 0.3432 0.128 0.000 0.500 0.084 0.196 0.092
#> GSM483344 2 0.848 -0.0208 0.020 0.352 0.292 0.128 0.148 0.060
#> GSM483347 3 0.683 0.3727 0.020 0.016 0.592 0.132 0.148 0.092
#> GSM483348 1 0.346 0.7751 0.812 0.000 0.008 0.000 0.132 0.048
#> GSM483349 1 0.360 0.7806 0.756 0.000 0.004 0.000 0.220 0.020
#> GSM483350 1 0.334 0.7892 0.776 0.000 0.004 0.000 0.208 0.012
#> GSM483356 1 0.328 0.7945 0.784 0.000 0.004 0.000 0.200 0.012
#> GSM483362 1 0.301 0.7947 0.796 0.000 0.000 0.000 0.196 0.008
#> GSM483365 1 0.346 0.7751 0.812 0.000 0.008 0.000 0.132 0.048
#> GSM483367 1 0.427 0.5910 0.620 0.000 0.004 0.000 0.356 0.020
#> GSM483369 1 0.310 0.7974 0.800 0.000 0.000 0.000 0.184 0.016
#> GSM483370 1 0.301 0.7960 0.804 0.000 0.000 0.000 0.184 0.012
#> GSM483375 5 0.367 0.5564 0.144 0.000 0.024 0.000 0.800 0.032
#> GSM483376 5 0.833 -0.2152 0.228 0.004 0.296 0.056 0.300 0.116
#> GSM483377 1 0.343 0.7744 0.816 0.000 0.012 0.000 0.132 0.040
#> GSM483378 1 0.298 0.7965 0.808 0.000 0.000 0.000 0.180 0.012
#> GSM483385 1 0.469 0.4095 0.532 0.000 0.004 0.000 0.428 0.036
#> GSM483402 3 0.571 0.4509 0.040 0.004 0.696 0.056 0.076 0.128
#> GSM483403 1 0.425 0.7346 0.700 0.004 0.004 0.000 0.256 0.036
#> GSM483406 5 0.446 0.1254 0.392 0.000 0.000 0.008 0.580 0.020
#> GSM483407 5 0.553 0.5260 0.076 0.020 0.068 0.028 0.728 0.080
#> GSM483408 1 0.775 0.2856 0.492 0.000 0.128 0.108 0.164 0.108
#> GSM483414 1 0.437 0.3945 0.540 0.000 0.004 0.000 0.440 0.016
#> GSM483415 1 0.422 0.7038 0.684 0.000 0.004 0.000 0.276 0.036
#> GSM483424 5 0.260 0.5945 0.056 0.004 0.008 0.004 0.892 0.036
#> GSM483437 5 0.713 -0.2707 0.216 0.000 0.072 0.004 0.360 0.348
#> GSM483439 5 0.371 0.5535 0.148 0.000 0.024 0.000 0.796 0.032
#> GSM483440 1 0.304 0.7936 0.792 0.000 0.000 0.000 0.200 0.008
#> GSM483446 5 0.713 -0.2707 0.216 0.000 0.072 0.004 0.360 0.348
#> GSM483449 5 0.445 0.0402 0.400 0.000 0.004 0.000 0.572 0.024
#> GSM483454 5 0.472 0.4996 0.204 0.000 0.040 0.004 0.712 0.040
#> GSM483456 4 0.628 0.1816 0.016 0.216 0.012 0.528 0.000 0.228
#> GSM483460 1 0.353 0.7767 0.740 0.000 0.000 0.000 0.244 0.016
#> GSM483463 4 0.335 0.6035 0.000 0.068 0.092 0.832 0.004 0.004
#> GSM483471 5 0.445 -0.0733 0.440 0.000 0.000 0.000 0.532 0.028
#> GSM483297 2 0.299 0.7075 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004 0.000
#> GSM483298 2 0.297 0.7052 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.299 0.7075 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004 0.000
#> GSM483306 2 0.382 0.6211 0.008 0.780 0.000 0.156 0.000 0.056
#> GSM483309 2 0.349 0.7017 0.000 0.788 0.004 0.184 0.016 0.008
#> GSM483314 3 0.600 0.5447 0.112 0.000 0.652 0.048 0.152 0.036
#> GSM483316 3 0.645 0.4800 0.112 0.012 0.588 0.008 0.216 0.064
#> GSM483321 6 0.847 0.7636 0.008 0.120 0.220 0.068 0.236 0.348
#> GSM483324 3 0.680 0.5156 0.120 0.000 0.576 0.048 0.184 0.072
#> GSM483326 2 0.618 0.5163 0.000 0.556 0.192 0.216 0.004 0.032
#> GSM483335 3 0.602 0.5357 0.108 0.004 0.640 0.024 0.184 0.040
#> GSM483340 4 0.654 -0.0389 0.000 0.300 0.192 0.464 0.000 0.044
#> GSM483342 2 0.658 0.4243 0.000 0.488 0.256 0.216 0.008 0.032
#> GSM483345 2 0.556 0.5695 0.008 0.684 0.076 0.156 0.004 0.072
#> GSM483346 2 0.556 0.5695 0.008 0.684 0.076 0.156 0.004 0.072
#> GSM483355 2 0.299 0.7075 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004 0.000
#> GSM483357 2 0.299 0.7075 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004 0.000
#> GSM483359 2 0.831 0.0990 0.024 0.408 0.140 0.160 0.228 0.040
#> GSM483360 4 0.654 -0.0389 0.000 0.300 0.192 0.464 0.000 0.044
#> GSM483382 4 0.375 0.5736 0.000 0.108 0.084 0.800 0.004 0.004
#> GSM483383 2 0.477 0.4948 0.000 0.604 0.056 0.336 0.004 0.000
#> GSM483387 5 0.584 0.4322 0.212 0.000 0.080 0.016 0.636 0.056
#> GSM483392 4 0.329 0.6039 0.000 0.064 0.092 0.836 0.004 0.004
#> GSM483393 5 0.718 -0.0605 0.000 0.136 0.080 0.312 0.448 0.024
#> GSM483394 2 0.315 0.7045 0.004 0.800 0.000 0.184 0.000 0.012
#> GSM483395 5 0.722 -0.0765 0.000 0.148 0.084 0.312 0.436 0.020
#> GSM483397 3 0.879 0.1734 0.216 0.000 0.276 0.192 0.200 0.116
#> GSM483398 4 0.850 0.0711 0.060 0.048 0.208 0.328 0.304 0.052
#> GSM483409 5 0.174 0.6012 0.036 0.000 0.012 0.008 0.936 0.008
#> GSM483422 2 0.352 0.6029 0.008 0.816 0.000 0.100 0.000 0.076
#> GSM483423 5 0.877 -0.3954 0.036 0.252 0.268 0.096 0.288 0.060
#> GSM483425 5 0.513 0.4439 0.008 0.036 0.084 0.108 0.740 0.024
#> GSM483429 4 0.337 0.6040 0.004 0.060 0.092 0.836 0.004 0.004
#> GSM483430 4 0.337 0.6040 0.004 0.060 0.092 0.836 0.004 0.004
#> GSM483432 5 0.752 -0.1794 0.000 0.196 0.092 0.312 0.380 0.020
#> GSM483435 4 0.461 0.5753 0.012 0.040 0.200 0.728 0.008 0.012
#> GSM483438 2 0.477 0.4948 0.000 0.604 0.056 0.336 0.004 0.000
#> GSM483441 5 0.724 -0.0770 0.000 0.144 0.088 0.316 0.432 0.020
#> GSM483451 5 0.718 -0.0517 0.000 0.136 0.088 0.308 0.448 0.020
#> GSM483452 5 0.312 0.5374 0.192 0.000 0.004 0.000 0.796 0.008
#> GSM483453 4 0.645 0.3236 0.000 0.096 0.096 0.560 0.240 0.008
#> GSM483457 5 0.780 -0.0719 0.068 0.000 0.088 0.332 0.380 0.132
#> GSM483467 4 0.622 0.3717 0.000 0.092 0.092 0.596 0.212 0.008
#> GSM483469 4 0.744 0.0311 0.000 0.140 0.112 0.388 0.340 0.020
#> GSM483472 5 0.713 -0.0160 0.000 0.096 0.112 0.304 0.464 0.024
#> GSM483474 5 0.183 0.5984 0.028 0.004 0.008 0.016 0.936 0.008
#> GSM483475 4 0.626 0.3070 0.000 0.052 0.068 0.592 0.040 0.248
#> GSM483479 5 0.474 0.4583 0.216 0.004 0.012 0.012 0.708 0.048
#> GSM483480 3 0.367 0.5067 0.004 0.016 0.840 0.052 0.060 0.028
#> GSM483481 3 0.367 0.5067 0.004 0.016 0.840 0.052 0.060 0.028
#> GSM483482 3 0.367 0.5067 0.004 0.016 0.840 0.052 0.060 0.028
#> GSM483483 3 0.605 0.4184 0.060 0.020 0.652 0.040 0.196 0.032
#> GSM483484 3 0.605 0.4184 0.060 0.020 0.652 0.040 0.196 0.032
#> GSM483485 3 0.560 0.4949 0.024 0.028 0.712 0.072 0.128 0.036
#> GSM483486 3 0.317 0.5277 0.000 0.008 0.860 0.032 0.072 0.028
#> GSM483487 5 0.388 0.5545 0.036 0.008 0.108 0.020 0.816 0.012
#> GSM483488 5 0.388 0.5545 0.036 0.008 0.108 0.020 0.816 0.012
#> GSM483489 5 0.388 0.5545 0.036 0.008 0.108 0.020 0.816 0.012
#> GSM483490 3 0.428 0.5235 0.020 0.000 0.796 0.076 0.068 0.040
#> GSM483491 5 0.601 -0.0457 0.332 0.000 0.192 0.000 0.468 0.008
#> GSM483492 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483493 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483494 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483495 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
#> GSM483496 5 0.236 0.5932 0.104 0.000 0.004 0.000 0.880 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:hclust 166 6.02e-02 7.66e-09 2
#> MAD:hclust 139 2.48e-05 2.89e-11 3
#> MAD:hclust 104 5.58e-01 3.95e-03 4
#> MAD:hclust 88 1.06e-04 7.10e-12 5
#> MAD:hclust 114 1.09e-03 8.39e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.807 0.911 0.960 0.4940 0.510 0.510
#> 3 3 0.406 0.602 0.789 0.3021 0.680 0.460
#> 4 4 0.510 0.577 0.734 0.1430 0.778 0.468
#> 5 5 0.586 0.604 0.763 0.0730 0.866 0.547
#> 6 6 0.650 0.482 0.699 0.0457 0.945 0.750
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.7139 0.7609 0.196 0.804
#> GSM483307 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.7219 0.7676 0.800 0.200
#> GSM483318 1 0.7219 0.7676 0.800 0.200
#> GSM483319 1 0.9710 0.4019 0.600 0.400
#> GSM483322 2 0.9795 0.2221 0.416 0.584
#> GSM483327 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.0376 0.9461 0.996 0.004
#> GSM483330 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.7219 0.7679 0.800 0.200
#> GSM483336 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.7553 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.3879 0.8906 0.924 0.076
#> GSM483358 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.4161 0.8832 0.916 0.084
#> GSM483386 2 0.6973 0.7717 0.188 0.812
#> GSM483388 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.5737 0.8390 0.864 0.136
#> GSM483396 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483436 1 0.5519 0.8471 0.872 0.128
#> GSM483442 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.5178 0.8588 0.884 0.116
#> GSM483450 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0938 0.9585 0.012 0.988
#> GSM483458 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9608 0.4421 0.616 0.384
#> GSM483462 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483477 1 0.7219 0.7449 0.800 0.200
#> GSM483300 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.9608 0.4421 0.616 0.384
#> GSM483364 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.7815 0.7097 0.232 0.768
#> GSM483372 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.7219 0.7303 0.200 0.800
#> GSM483374 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.1843 0.9305 0.972 0.028
#> GSM483404 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.3879 0.8942 0.924 0.076
#> GSM483413 2 0.3733 0.9033 0.072 0.928
#> GSM483416 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.7219 0.7676 0.800 0.200
#> GSM483434 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.6531 0.8072 0.832 0.168
#> GSM483473 1 0.3879 0.8940 0.924 0.076
#> GSM483478 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.5629 0.8403 0.132 0.868
#> GSM483315 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0672 0.9435 0.992 0.008
#> GSM483331 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0376 0.9461 0.996 0.004
#> GSM483343 1 0.7299 0.7636 0.796 0.204
#> GSM483344 2 0.7528 0.7333 0.216 0.784
#> GSM483347 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0376 0.9461 0.996 0.004
#> GSM483408 1 0.7219 0.7676 0.800 0.200
#> GSM483414 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.6973 0.7717 0.188 0.812
#> GSM483314 1 0.9580 0.4516 0.620 0.380
#> GSM483316 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483324 1 0.9608 0.4421 0.616 0.384
#> GSM483326 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.7219 0.7676 0.800 0.200
#> GSM483340 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.9970 0.0953 0.532 0.468
#> GSM483360 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.7299 0.7626 0.796 0.204
#> GSM483398 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.3879 0.8906 0.924 0.076
#> GSM483422 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.8499 0.6346 0.276 0.724
#> GSM483425 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.3879 0.8906 0.924 0.076
#> GSM483475 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.0376 0.9461 0.996 0.004
#> GSM483484 1 0.1414 0.9353 0.980 0.020
#> GSM483485 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.3114 0.9169 0.056 0.944
#> GSM483487 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.4161 0.8858 0.916 0.084
#> GSM483489 1 0.7815 0.6941 0.768 0.232
#> GSM483490 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.6520 0.1525 0.508 0.004 0.488
#> GSM483302 1 0.1289 0.8068 0.968 0.000 0.032
#> GSM483303 3 0.6298 0.4449 0.004 0.388 0.608
#> GSM483305 2 0.3234 0.8011 0.020 0.908 0.072
#> GSM483307 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483313 3 0.5098 0.4687 0.000 0.248 0.752
#> GSM483317 3 0.5428 0.6212 0.120 0.064 0.816
#> GSM483318 3 0.3375 0.6417 0.048 0.044 0.908
#> GSM483319 3 0.2866 0.6389 0.008 0.076 0.916
#> GSM483322 3 0.2866 0.6389 0.008 0.076 0.916
#> GSM483327 2 0.6204 0.3277 0.000 0.576 0.424
#> GSM483328 3 0.4045 0.6306 0.104 0.024 0.872
#> GSM483330 1 0.6033 0.5106 0.660 0.004 0.336
#> GSM483332 2 0.6126 0.3776 0.000 0.600 0.400
#> GSM483333 3 0.2152 0.6446 0.016 0.036 0.948
#> GSM483336 3 0.4233 0.5718 0.160 0.004 0.836
#> GSM483337 3 0.4121 0.5814 0.000 0.168 0.832
#> GSM483339 2 0.5036 0.7334 0.048 0.832 0.120
#> GSM483351 3 0.6225 0.1345 0.432 0.000 0.568
#> GSM483352 3 0.5722 0.5487 0.004 0.292 0.704
#> GSM483354 3 0.6445 0.4288 0.308 0.020 0.672
#> GSM483358 2 0.3879 0.7488 0.000 0.848 0.152
#> GSM483384 3 0.7061 0.4206 0.332 0.036 0.632
#> GSM483386 2 0.4209 0.7889 0.020 0.860 0.120
#> GSM483388 2 0.6235 -0.0602 0.000 0.564 0.436
#> GSM483390 1 0.5254 0.6659 0.736 0.000 0.264
#> GSM483391 3 0.8572 0.4535 0.288 0.132 0.580
#> GSM483396 3 0.4452 0.5865 0.192 0.000 0.808
#> GSM483399 3 0.5882 0.4791 0.000 0.348 0.652
#> GSM483400 1 0.3816 0.7648 0.852 0.000 0.148
#> GSM483401 2 0.2448 0.8089 0.000 0.924 0.076
#> GSM483412 1 0.6291 0.2301 0.532 0.000 0.468
#> GSM483418 3 0.6126 0.2909 0.000 0.400 0.600
#> GSM483420 3 0.3816 0.6051 0.000 0.148 0.852
#> GSM483421 3 0.6126 0.3799 0.000 0.400 0.600
#> GSM483426 3 0.5591 0.4132 0.000 0.304 0.696
#> GSM483428 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 1 0.1919 0.7990 0.956 0.024 0.020
#> GSM483436 3 0.6962 0.4257 0.316 0.036 0.648
#> GSM483442 1 0.5098 0.6824 0.752 0.000 0.248
#> GSM483443 1 0.4842 0.6925 0.776 0.000 0.224
#> GSM483444 1 0.6215 0.3511 0.572 0.000 0.428
#> GSM483447 1 0.1411 0.8044 0.964 0.000 0.036
#> GSM483448 3 0.6420 0.4576 0.288 0.024 0.688
#> GSM483450 3 0.6543 0.3669 0.344 0.016 0.640
#> GSM483455 3 0.5831 0.5564 0.008 0.284 0.708
#> GSM483458 3 0.6308 -0.1146 0.492 0.000 0.508
#> GSM483461 3 0.5740 0.6450 0.100 0.096 0.804
#> GSM483462 1 0.4504 0.7241 0.804 0.000 0.196
#> GSM483464 1 0.4750 0.7062 0.784 0.000 0.216
#> GSM483466 3 0.6489 0.3859 0.004 0.456 0.540
#> GSM483468 1 0.5678 0.5930 0.684 0.000 0.316
#> GSM483476 3 0.5845 0.5324 0.004 0.308 0.688
#> GSM483477 3 0.7960 0.5405 0.232 0.120 0.648
#> GSM483300 2 0.2878 0.8080 0.000 0.904 0.096
#> GSM483308 2 0.2165 0.8216 0.000 0.936 0.064
#> GSM483310 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483323 1 0.4002 0.7253 0.840 0.000 0.160
#> GSM483338 3 0.6302 0.1586 0.000 0.480 0.520
#> GSM483353 1 0.5216 0.6213 0.740 0.000 0.260
#> GSM483361 1 0.3619 0.7591 0.864 0.000 0.136
#> GSM483363 3 0.7129 0.6133 0.104 0.180 0.716
#> GSM483364 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.5178 0.5604 0.000 0.256 0.744
#> GSM483371 3 0.7798 0.5120 0.080 0.296 0.624
#> GSM483372 2 0.4062 0.7334 0.000 0.836 0.164
#> GSM483373 3 0.6373 0.5690 0.028 0.268 0.704
#> GSM483374 3 0.5785 0.5022 0.000 0.332 0.668
#> GSM483379 1 0.0747 0.8087 0.984 0.000 0.016
#> GSM483380 2 0.3551 0.7818 0.000 0.868 0.132
#> GSM483381 1 0.2066 0.8034 0.940 0.000 0.060
#> GSM483389 1 0.4784 0.6892 0.796 0.004 0.200
#> GSM483404 1 0.3619 0.7717 0.864 0.000 0.136
#> GSM483405 1 0.0424 0.8074 0.992 0.000 0.008
#> GSM483410 1 0.0424 0.8081 0.992 0.000 0.008
#> GSM483411 1 0.7208 0.5247 0.620 0.040 0.340
#> GSM483413 3 0.6629 0.4666 0.016 0.360 0.624
#> GSM483416 1 0.4504 0.7412 0.804 0.000 0.196
#> GSM483417 1 0.0592 0.8068 0.988 0.000 0.012
#> GSM483419 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 3 0.4291 0.5806 0.180 0.000 0.820
#> GSM483433 1 0.7092 0.5537 0.708 0.084 0.208
#> GSM483434 1 0.3941 0.7289 0.844 0.000 0.156
#> GSM483445 3 0.6286 -0.2101 0.464 0.000 0.536
#> GSM483459 1 0.4555 0.7149 0.800 0.000 0.200
#> GSM483465 1 0.6299 0.2004 0.524 0.000 0.476
#> GSM483470 3 0.8167 0.5648 0.212 0.148 0.640
#> GSM483473 1 0.7102 0.3832 0.556 0.024 0.420
#> GSM483478 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.3045 0.8089 0.020 0.916 0.064
#> GSM483315 1 0.1163 0.8071 0.972 0.000 0.028
#> GSM483320 1 0.5327 0.6306 0.728 0.000 0.272
#> GSM483325 3 0.4931 0.5249 0.212 0.004 0.784
#> GSM483329 1 0.7128 0.5313 0.664 0.052 0.284
#> GSM483331 1 0.6565 0.3837 0.576 0.008 0.416
#> GSM483334 1 0.1163 0.8071 0.972 0.000 0.028
#> GSM483341 1 0.6664 0.2535 0.528 0.008 0.464
#> GSM483343 3 0.5719 0.5849 0.156 0.052 0.792
#> GSM483344 3 0.7677 0.4697 0.092 0.252 0.656
#> GSM483347 3 0.6026 0.3205 0.000 0.376 0.624
#> GSM483348 1 0.1031 0.8077 0.976 0.000 0.024
#> GSM483349 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.1163 0.8071 0.972 0.000 0.028
#> GSM483367 1 0.0892 0.8082 0.980 0.000 0.020
#> GSM483369 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0892 0.8091 0.980 0.000 0.020
#> GSM483376 1 0.6451 0.4573 0.560 0.004 0.436
#> GSM483377 1 0.1163 0.8071 0.972 0.000 0.028
#> GSM483378 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0424 0.8081 0.992 0.000 0.008
#> GSM483402 1 0.5325 0.6398 0.748 0.004 0.248
#> GSM483403 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0424 0.8081 0.992 0.000 0.008
#> GSM483407 1 0.7748 0.5765 0.652 0.096 0.252
#> GSM483408 1 0.7144 0.5472 0.700 0.080 0.220
#> GSM483414 1 0.0892 0.8082 0.980 0.000 0.020
#> GSM483415 1 0.0424 0.8088 0.992 0.000 0.008
#> GSM483424 1 0.6625 0.2214 0.552 0.008 0.440
#> GSM483437 3 0.6305 0.0153 0.484 0.000 0.516
#> GSM483439 1 0.3941 0.7547 0.844 0.000 0.156
#> GSM483440 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.1964 0.8052 0.944 0.000 0.056
#> GSM483449 1 0.0424 0.8088 0.992 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.1529 0.8083 0.960 0.000 0.040
#> GSM483456 2 0.3038 0.7909 0.000 0.896 0.104
#> GSM483460 1 0.0000 0.8085 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 3 0.5988 0.4552 0.000 0.368 0.632
#> GSM483471 1 0.0237 0.8089 0.996 0.000 0.004
#> GSM483297 2 0.1643 0.8344 0.000 0.956 0.044
#> GSM483298 2 0.0424 0.8444 0.000 0.992 0.008
#> GSM483299 2 0.1964 0.8286 0.000 0.944 0.056
#> GSM483306 2 0.0237 0.8450 0.000 0.996 0.004
#> GSM483309 2 0.3045 0.8089 0.020 0.916 0.064
#> GSM483314 3 0.3722 0.6379 0.024 0.088 0.888
#> GSM483316 3 0.4978 0.5195 0.216 0.004 0.780
#> GSM483321 3 0.5621 0.4421 0.000 0.308 0.692
#> GSM483324 3 0.3889 0.6398 0.032 0.084 0.884
#> GSM483326 2 0.0424 0.8458 0.000 0.992 0.008
#> GSM483335 3 0.3554 0.6416 0.036 0.064 0.900
#> GSM483340 2 0.3752 0.7632 0.000 0.856 0.144
#> GSM483342 2 0.3752 0.7746 0.000 0.856 0.144
#> GSM483345 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483346 2 0.1163 0.8413 0.000 0.972 0.028
#> GSM483355 2 0.1964 0.8268 0.000 0.944 0.056
#> GSM483357 2 0.1529 0.8364 0.000 0.960 0.040
#> GSM483359 3 0.7941 0.5038 0.276 0.096 0.628
#> GSM483360 2 0.3267 0.7817 0.000 0.884 0.116
#> GSM483382 3 0.6308 0.1313 0.000 0.492 0.508
#> GSM483383 2 0.2537 0.8247 0.000 0.920 0.080
#> GSM483387 1 0.3340 0.7693 0.880 0.000 0.120
#> GSM483392 3 0.6307 0.1402 0.000 0.488 0.512
#> GSM483393 3 0.6169 0.4706 0.004 0.360 0.636
#> GSM483394 2 0.0237 0.8456 0.000 0.996 0.004
#> GSM483395 2 0.6215 -0.0709 0.000 0.572 0.428
#> GSM483397 3 0.4458 0.6402 0.056 0.080 0.864
#> GSM483398 3 0.6081 0.4929 0.004 0.344 0.652
#> GSM483409 3 0.6553 0.4044 0.324 0.020 0.656
#> GSM483422 2 0.0000 0.8464 0.000 1.000 0.000
#> GSM483423 3 0.4556 0.6355 0.060 0.080 0.860
#> GSM483425 3 0.6264 0.4503 0.004 0.380 0.616
#> GSM483429 2 0.5327 0.5395 0.000 0.728 0.272
#> GSM483430 2 0.1031 0.8382 0.000 0.976 0.024
#> GSM483432 2 0.6045 0.2497 0.000 0.620 0.380
#> GSM483435 3 0.6307 0.1431 0.000 0.488 0.512
#> GSM483438 2 0.3686 0.7771 0.000 0.860 0.140
#> GSM483441 3 0.6209 0.4625 0.004 0.368 0.628
#> GSM483451 3 0.6483 0.3941 0.004 0.452 0.544
#> GSM483452 1 0.1031 0.8092 0.976 0.000 0.024
#> GSM483453 3 0.6228 0.4750 0.004 0.372 0.624
#> GSM483457 3 0.5929 0.5159 0.004 0.320 0.676
#> GSM483467 3 0.6314 0.4594 0.004 0.392 0.604
#> GSM483469 3 0.6189 0.4677 0.004 0.364 0.632
#> GSM483472 3 0.6081 0.5154 0.004 0.344 0.652
#> GSM483474 3 0.6984 0.4420 0.304 0.040 0.656
#> GSM483475 2 0.3686 0.7771 0.000 0.860 0.140
#> GSM483479 1 0.6154 0.2947 0.592 0.000 0.408
#> GSM483480 3 0.5216 0.4719 0.000 0.260 0.740
#> GSM483481 3 0.5810 0.3683 0.000 0.336 0.664
#> GSM483482 3 0.2945 0.6348 0.004 0.088 0.908
#> GSM483483 3 0.5643 0.5115 0.220 0.020 0.760
#> GSM483484 3 0.5977 0.4862 0.252 0.020 0.728
#> GSM483485 3 0.3482 0.6229 0.000 0.128 0.872
#> GSM483486 3 0.2860 0.6354 0.004 0.084 0.912
#> GSM483487 3 0.5058 0.4828 0.244 0.000 0.756
#> GSM483488 3 0.4068 0.6113 0.120 0.016 0.864
#> GSM483489 3 0.5860 0.5100 0.228 0.024 0.748
#> GSM483490 3 0.4235 0.5943 0.000 0.176 0.824
#> GSM483491 3 0.5016 0.4884 0.240 0.000 0.760
#> GSM483492 1 0.6308 0.1548 0.508 0.000 0.492
#> GSM483493 1 0.5678 0.5948 0.684 0.000 0.316
#> GSM483494 1 0.6307 0.1658 0.512 0.000 0.488
#> GSM483495 1 0.4974 0.6969 0.764 0.000 0.236
#> GSM483496 1 0.4974 0.6925 0.764 0.000 0.236
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.5783 0.4122 0.220 0.000 0.088 0.692
#> GSM483302 1 0.5363 0.6596 0.720 0.000 0.064 0.216
#> GSM483303 4 0.4225 0.5384 0.000 0.184 0.024 0.792
#> GSM483305 2 0.2287 0.8097 0.012 0.924 0.004 0.060
#> GSM483307 2 0.0336 0.8377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483312 2 0.0524 0.8380 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483313 3 0.5146 0.6982 0.004 0.076 0.764 0.156
#> GSM483317 3 0.2707 0.7216 0.008 0.016 0.908 0.068
#> GSM483318 3 0.1722 0.7242 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM483319 3 0.2561 0.7201 0.004 0.016 0.912 0.068
#> GSM483322 3 0.2485 0.7203 0.004 0.016 0.916 0.064
#> GSM483327 3 0.3157 0.6583 0.000 0.144 0.852 0.004
#> GSM483328 3 0.3432 0.7103 0.012 0.008 0.860 0.120
#> GSM483330 3 0.5683 0.4519 0.376 0.004 0.596 0.024
#> GSM483332 3 0.5217 0.5668 0.000 0.136 0.756 0.108
#> GSM483333 3 0.4205 0.6888 0.008 0.016 0.804 0.172
#> GSM483336 3 0.4485 0.6352 0.012 0.000 0.740 0.248
#> GSM483337 3 0.2227 0.7161 0.000 0.036 0.928 0.036
#> GSM483339 2 0.3053 0.7992 0.012 0.892 0.016 0.080
#> GSM483351 4 0.5669 0.4371 0.200 0.000 0.092 0.708
#> GSM483352 4 0.5850 0.5006 0.000 0.080 0.244 0.676
#> GSM483354 4 0.4552 0.4536 0.044 0.000 0.172 0.784
#> GSM483358 2 0.6245 0.5540 0.000 0.648 0.244 0.108
#> GSM483384 4 0.3616 0.5487 0.112 0.000 0.036 0.852
#> GSM483386 2 0.5725 0.3957 0.012 0.600 0.016 0.372
#> GSM483388 4 0.7458 0.3304 0.000 0.288 0.212 0.500
#> GSM483390 1 0.6661 0.2493 0.460 0.000 0.084 0.456
#> GSM483391 4 0.4950 0.5599 0.044 0.148 0.020 0.788
#> GSM483396 3 0.6163 0.3073 0.060 0.000 0.576 0.364
#> GSM483399 4 0.6747 0.4494 0.000 0.140 0.264 0.596
#> GSM483400 1 0.5574 0.5637 0.668 0.000 0.284 0.048
#> GSM483401 2 0.3732 0.7515 0.000 0.852 0.092 0.056
#> GSM483412 4 0.6049 0.3276 0.264 0.000 0.084 0.652
#> GSM483418 3 0.6262 0.3006 0.000 0.092 0.628 0.280
#> GSM483420 3 0.5102 0.5208 0.000 0.064 0.748 0.188
#> GSM483421 4 0.6890 0.4344 0.000 0.152 0.268 0.580
#> GSM483426 3 0.4843 0.5970 0.000 0.112 0.784 0.104
#> GSM483428 2 0.0804 0.8376 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM483431 1 0.3093 0.7686 0.892 0.064 0.004 0.040
#> GSM483436 4 0.5591 0.4779 0.168 0.004 0.096 0.732
#> GSM483442 1 0.6447 0.2934 0.484 0.000 0.068 0.448
#> GSM483443 4 0.5695 -0.1858 0.476 0.000 0.024 0.500
#> GSM483444 4 0.5783 0.4122 0.220 0.000 0.088 0.692
#> GSM483447 1 0.4590 0.7086 0.772 0.000 0.036 0.192
#> GSM483448 4 0.7963 0.2508 0.256 0.008 0.284 0.452
#> GSM483450 4 0.4805 0.5054 0.132 0.000 0.084 0.784
#> GSM483455 4 0.5499 0.5173 0.000 0.072 0.216 0.712
#> GSM483458 4 0.5716 0.4230 0.212 0.000 0.088 0.700
#> GSM483461 4 0.6539 0.3605 0.020 0.044 0.372 0.564
#> GSM483462 1 0.6727 0.3964 0.520 0.000 0.096 0.384
#> GSM483464 1 0.6376 0.3306 0.504 0.000 0.064 0.432
#> GSM483466 4 0.6049 0.4893 0.000 0.200 0.120 0.680
#> GSM483468 4 0.6187 0.1629 0.336 0.000 0.068 0.596
#> GSM483476 4 0.5989 0.4864 0.000 0.080 0.264 0.656
#> GSM483477 4 0.3951 0.5603 0.048 0.068 0.024 0.860
#> GSM483300 2 0.5113 0.5492 0.000 0.704 0.264 0.032
#> GSM483308 2 0.1854 0.8215 0.000 0.940 0.012 0.048
#> GSM483310 2 0.0524 0.8380 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483311 2 0.0524 0.8380 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483323 1 0.5376 0.2250 0.588 0.000 0.396 0.016
#> GSM483338 4 0.7453 0.3276 0.000 0.204 0.300 0.496
#> GSM483353 1 0.5631 0.6407 0.700 0.000 0.076 0.224
#> GSM483361 1 0.4964 0.6353 0.716 0.000 0.028 0.256
#> GSM483363 4 0.5087 0.5374 0.004 0.060 0.176 0.760
#> GSM483364 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483366 1 0.1042 0.8080 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM483368 4 0.6633 0.2454 0.000 0.084 0.416 0.500
#> GSM483371 4 0.4874 0.5533 0.048 0.144 0.016 0.792
#> GSM483372 4 0.7299 0.2478 0.000 0.312 0.176 0.512
#> GSM483373 4 0.6028 0.4720 0.000 0.076 0.280 0.644
#> GSM483374 4 0.6347 0.4671 0.000 0.100 0.276 0.624
#> GSM483379 1 0.1724 0.8087 0.948 0.000 0.032 0.020
#> GSM483380 2 0.7344 0.3748 0.000 0.524 0.208 0.268
#> GSM483381 1 0.3934 0.7698 0.836 0.000 0.048 0.116
#> GSM483389 1 0.4501 0.6584 0.764 0.000 0.212 0.024
#> GSM483404 1 0.5250 0.6926 0.736 0.000 0.068 0.196
#> GSM483405 1 0.1452 0.8048 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM483410 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483411 3 0.5714 0.0994 0.424 0.004 0.552 0.020
#> GSM483413 4 0.4302 0.5406 0.012 0.180 0.012 0.796
#> GSM483416 1 0.6648 0.5800 0.612 0.000 0.140 0.248
#> GSM483417 1 0.1452 0.8038 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM483419 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483427 4 0.5697 0.3065 0.052 0.000 0.292 0.656
#> GSM483433 1 0.6054 0.5996 0.732 0.040 0.152 0.076
#> GSM483434 1 0.5536 0.2497 0.592 0.000 0.384 0.024
#> GSM483445 3 0.5417 0.6479 0.088 0.000 0.732 0.180
#> GSM483459 3 0.6123 0.3196 0.372 0.000 0.572 0.056
#> GSM483465 4 0.5750 0.4181 0.216 0.000 0.088 0.696
#> GSM483470 4 0.4619 0.5602 0.036 0.144 0.016 0.804
#> GSM483473 4 0.7427 0.1481 0.352 0.004 0.156 0.488
#> GSM483478 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483304 2 0.2474 0.8097 0.016 0.920 0.008 0.056
#> GSM483315 1 0.1677 0.8045 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483320 3 0.4584 0.5232 0.300 0.000 0.696 0.004
#> GSM483325 3 0.5076 0.6647 0.072 0.000 0.756 0.172
#> GSM483329 1 0.8767 -0.0595 0.412 0.076 0.360 0.152
#> GSM483331 3 0.4987 0.5985 0.236 0.004 0.732 0.028
#> GSM483334 1 0.2402 0.7949 0.912 0.000 0.076 0.012
#> GSM483341 3 0.5239 0.6319 0.200 0.008 0.744 0.048
#> GSM483343 3 0.1617 0.7188 0.024 0.008 0.956 0.012
#> GSM483344 3 0.6934 0.6053 0.008 0.160 0.616 0.216
#> GSM483347 3 0.4378 0.6259 0.000 0.164 0.796 0.040
#> GSM483348 1 0.1677 0.8045 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483349 1 0.0592 0.8087 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483350 1 0.0592 0.8087 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483356 1 0.1488 0.8046 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM483362 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483365 1 0.1677 0.8045 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483367 1 0.1488 0.8068 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM483369 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483370 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483375 1 0.4188 0.7580 0.824 0.000 0.064 0.112
#> GSM483376 3 0.7281 0.0182 0.380 0.000 0.468 0.152
#> GSM483377 1 0.1677 0.8045 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483378 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483385 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483402 3 0.4632 0.5266 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM483403 1 0.0469 0.8096 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483406 1 0.1545 0.8044 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM483407 4 0.8521 0.2186 0.324 0.136 0.072 0.468
#> GSM483408 1 0.6715 0.5141 0.672 0.044 0.204 0.080
#> GSM483414 1 0.2751 0.8010 0.904 0.000 0.040 0.056
#> GSM483415 1 0.1677 0.8045 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483424 4 0.5615 0.2846 0.356 0.000 0.032 0.612
#> GSM483437 4 0.7198 0.3405 0.256 0.000 0.196 0.548
#> GSM483439 1 0.6027 0.6067 0.660 0.000 0.088 0.252
#> GSM483440 1 0.0336 0.8092 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483446 1 0.4419 0.7585 0.812 0.000 0.104 0.084
#> GSM483449 1 0.0937 0.8102 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM483454 1 0.3667 0.7777 0.856 0.000 0.088 0.056
#> GSM483456 2 0.5436 0.6483 0.000 0.732 0.176 0.092
#> GSM483460 1 0.0927 0.8101 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM483463 4 0.6788 0.4425 0.000 0.144 0.264 0.592
#> GSM483471 1 0.1182 0.8104 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM483297 2 0.1389 0.8281 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM483298 2 0.0336 0.8365 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483299 2 0.1557 0.8240 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM483306 2 0.0336 0.8380 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483309 2 0.2510 0.8101 0.012 0.916 0.008 0.064
#> GSM483314 3 0.2360 0.7101 0.004 0.020 0.924 0.052
#> GSM483316 3 0.5050 0.6639 0.068 0.000 0.756 0.176
#> GSM483321 3 0.4773 0.6518 0.000 0.092 0.788 0.120
#> GSM483324 3 0.2485 0.7115 0.004 0.016 0.916 0.064
#> GSM483326 2 0.1256 0.8339 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM483335 3 0.2456 0.7177 0.008 0.008 0.916 0.068
#> GSM483340 2 0.4801 0.6827 0.000 0.764 0.188 0.048
#> GSM483342 2 0.3224 0.7673 0.000 0.864 0.120 0.016
#> GSM483345 2 0.0376 0.8379 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483346 2 0.1388 0.8323 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM483355 2 0.1576 0.8251 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM483357 2 0.1576 0.8285 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM483359 4 0.5734 0.4666 0.112 0.008 0.148 0.732
#> GSM483360 2 0.5798 0.6028 0.000 0.696 0.208 0.096
#> GSM483382 4 0.7397 0.3415 0.000 0.200 0.292 0.508
#> GSM483383 2 0.4635 0.5927 0.000 0.720 0.012 0.268
#> GSM483387 1 0.4606 0.6405 0.724 0.000 0.012 0.264
#> GSM483392 4 0.7289 0.3639 0.000 0.200 0.268 0.532
#> GSM483393 4 0.4095 0.5345 0.000 0.192 0.016 0.792
#> GSM483394 2 0.0469 0.8364 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483395 4 0.6101 0.2761 0.000 0.388 0.052 0.560
#> GSM483397 3 0.2246 0.7113 0.004 0.016 0.928 0.052
#> GSM483398 4 0.6019 0.5060 0.000 0.100 0.228 0.672
#> GSM483409 4 0.3810 0.5334 0.092 0.000 0.060 0.848
#> GSM483422 2 0.0524 0.8380 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483423 3 0.5954 0.4655 0.004 0.036 0.580 0.380
#> GSM483425 4 0.4204 0.5344 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM483429 4 0.7254 0.2812 0.000 0.300 0.176 0.524
#> GSM483430 2 0.2412 0.7960 0.000 0.908 0.008 0.084
#> GSM483432 4 0.5476 0.2325 0.000 0.396 0.020 0.584
#> GSM483435 4 0.7427 0.3342 0.000 0.200 0.300 0.500
#> GSM483438 2 0.5508 0.0509 0.000 0.508 0.016 0.476
#> GSM483441 4 0.4204 0.5344 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM483451 4 0.6025 0.4847 0.000 0.236 0.096 0.668
#> GSM483452 1 0.4707 0.6992 0.760 0.000 0.036 0.204
#> GSM483453 4 0.6224 0.4966 0.000 0.144 0.188 0.668
#> GSM483457 4 0.6428 0.4741 0.000 0.112 0.264 0.624
#> GSM483467 4 0.6231 0.4955 0.000 0.148 0.184 0.668
#> GSM483469 4 0.4121 0.5385 0.000 0.184 0.020 0.796
#> GSM483472 4 0.5423 0.5378 0.000 0.116 0.144 0.740
#> GSM483474 4 0.3427 0.5459 0.088 0.004 0.036 0.872
#> GSM483475 2 0.7389 0.3650 0.000 0.516 0.212 0.272
#> GSM483479 4 0.6514 0.0694 0.408 0.000 0.076 0.516
#> GSM483480 3 0.4104 0.7102 0.000 0.080 0.832 0.088
#> GSM483481 3 0.3342 0.6912 0.000 0.100 0.868 0.032
#> GSM483482 3 0.2466 0.7210 0.000 0.028 0.916 0.056
#> GSM483483 3 0.5190 0.5630 0.008 0.008 0.656 0.328
#> GSM483484 3 0.6688 0.2745 0.064 0.008 0.468 0.460
#> GSM483485 3 0.2494 0.7046 0.000 0.036 0.916 0.048
#> GSM483486 3 0.2363 0.7222 0.000 0.024 0.920 0.056
#> GSM483487 3 0.5860 0.4654 0.040 0.000 0.580 0.380
#> GSM483488 4 0.4331 0.2973 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM483489 3 0.6098 0.4721 0.036 0.008 0.572 0.384
#> GSM483490 3 0.3601 0.6611 0.000 0.056 0.860 0.084
#> GSM483491 3 0.5905 0.4349 0.040 0.000 0.564 0.396
#> GSM483492 4 0.5750 0.4181 0.216 0.000 0.088 0.696
#> GSM483493 4 0.6238 0.2537 0.296 0.000 0.084 0.620
#> GSM483494 4 0.5783 0.4122 0.220 0.000 0.088 0.692
#> GSM483495 1 0.5842 0.3425 0.520 0.000 0.032 0.448
#> GSM483496 1 0.6449 0.2860 0.480 0.000 0.068 0.452
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.3973 0.71835 0.072 0.008 0.012 0.080 0.828
#> GSM483302 5 0.4321 0.27536 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> GSM483303 4 0.6616 0.07320 0.000 0.164 0.008 0.428 0.400
#> GSM483305 2 0.1830 0.82472 0.000 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM483307 2 0.1267 0.83309 0.000 0.960 0.004 0.024 0.012
#> GSM483312 2 0.1908 0.82905 0.000 0.936 0.024 0.024 0.016
#> GSM483313 3 0.4442 0.78609 0.000 0.052 0.800 0.060 0.088
#> GSM483317 3 0.5195 0.77584 0.004 0.004 0.712 0.132 0.148
#> GSM483318 3 0.4071 0.79570 0.004 0.004 0.808 0.088 0.096
#> GSM483319 3 0.4359 0.79411 0.000 0.004 0.776 0.128 0.092
#> GSM483322 3 0.4220 0.79509 0.000 0.004 0.788 0.116 0.092
#> GSM483327 3 0.4188 0.76356 0.000 0.080 0.800 0.108 0.012
#> GSM483328 3 0.3556 0.78883 0.000 0.012 0.836 0.036 0.116
#> GSM483330 3 0.5101 0.63646 0.224 0.004 0.696 0.004 0.072
#> GSM483332 4 0.5607 -0.15300 0.000 0.040 0.448 0.496 0.016
#> GSM483333 3 0.3909 0.77254 0.000 0.004 0.800 0.048 0.148
#> GSM483336 3 0.3961 0.76596 0.000 0.004 0.792 0.044 0.160
#> GSM483337 3 0.4169 0.79348 0.000 0.012 0.800 0.116 0.072
#> GSM483339 2 0.3457 0.76741 0.000 0.848 0.080 0.008 0.064
#> GSM483351 5 0.3213 0.71179 0.040 0.000 0.028 0.060 0.872
#> GSM483352 4 0.2416 0.73536 0.000 0.000 0.012 0.888 0.100
#> GSM483354 5 0.3291 0.69759 0.004 0.008 0.036 0.092 0.860
#> GSM483358 4 0.5106 0.00883 0.000 0.408 0.020 0.560 0.012
#> GSM483384 5 0.5707 0.56777 0.028 0.036 0.044 0.188 0.704
#> GSM483386 2 0.5957 0.29796 0.000 0.576 0.040 0.336 0.048
#> GSM483388 4 0.4670 0.59756 0.000 0.188 0.032 0.748 0.032
#> GSM483390 5 0.3491 0.69353 0.124 0.000 0.012 0.028 0.836
#> GSM483391 5 0.6211 0.44913 0.000 0.156 0.016 0.228 0.600
#> GSM483396 3 0.6250 0.16176 0.016 0.000 0.448 0.092 0.444
#> GSM483399 4 0.1911 0.72998 0.000 0.004 0.028 0.932 0.036
#> GSM483400 3 0.6281 0.47845 0.212 0.012 0.612 0.008 0.156
#> GSM483401 2 0.4210 0.68377 0.000 0.772 0.028 0.184 0.016
#> GSM483412 5 0.3689 0.71497 0.084 0.000 0.012 0.068 0.836
#> GSM483418 4 0.2488 0.66691 0.000 0.000 0.124 0.872 0.004
#> GSM483420 4 0.3992 0.42064 0.000 0.000 0.268 0.720 0.012
#> GSM483421 4 0.1612 0.73345 0.000 0.012 0.024 0.948 0.016
#> GSM483426 4 0.5993 -0.18885 0.000 0.024 0.440 0.480 0.056
#> GSM483428 2 0.2244 0.82625 0.000 0.920 0.040 0.016 0.024
#> GSM483431 1 0.4066 0.69478 0.820 0.072 0.028 0.000 0.080
#> GSM483436 5 0.2935 0.71326 0.024 0.000 0.012 0.088 0.876
#> GSM483442 5 0.3563 0.68890 0.140 0.000 0.008 0.028 0.824
#> GSM483443 5 0.4189 0.56172 0.240 0.000 0.012 0.012 0.736
#> GSM483444 5 0.3910 0.71734 0.080 0.004 0.012 0.076 0.828
#> GSM483447 1 0.4666 0.37099 0.596 0.000 0.012 0.004 0.388
#> GSM483448 5 0.6491 0.44747 0.092 0.000 0.264 0.056 0.588
#> GSM483450 5 0.3036 0.70013 0.008 0.008 0.012 0.104 0.868
#> GSM483455 4 0.2488 0.71867 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> GSM483458 5 0.3791 0.71792 0.072 0.004 0.012 0.076 0.836
#> GSM483461 4 0.3547 0.69879 0.004 0.000 0.060 0.836 0.100
#> GSM483462 5 0.4939 0.61979 0.144 0.012 0.064 0.020 0.760
#> GSM483464 5 0.3651 0.67543 0.160 0.000 0.004 0.028 0.808
#> GSM483466 4 0.3846 0.68830 0.000 0.056 0.000 0.800 0.144
#> GSM483468 5 0.3727 0.71163 0.096 0.000 0.012 0.060 0.832
#> GSM483476 4 0.1872 0.73427 0.000 0.000 0.020 0.928 0.052
#> GSM483477 5 0.6591 0.22397 0.000 0.096 0.040 0.344 0.520
#> GSM483300 2 0.4625 0.46914 0.000 0.652 0.324 0.004 0.020
#> GSM483308 2 0.0867 0.83212 0.000 0.976 0.008 0.008 0.008
#> GSM483310 2 0.2263 0.82677 0.000 0.920 0.036 0.024 0.020
#> GSM483311 2 0.1908 0.82905 0.000 0.936 0.024 0.024 0.016
#> GSM483323 1 0.5929 0.32877 0.532 0.012 0.388 0.004 0.064
#> GSM483338 4 0.2157 0.71320 0.000 0.036 0.040 0.920 0.004
#> GSM483353 1 0.5436 0.14362 0.492 0.000 0.048 0.004 0.456
#> GSM483361 1 0.5067 0.14837 0.536 0.000 0.012 0.016 0.436
#> GSM483363 4 0.3211 0.68425 0.000 0.004 0.008 0.824 0.164
#> GSM483364 1 0.0703 0.77092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483366 1 0.2491 0.76762 0.904 0.008 0.068 0.004 0.016
#> GSM483368 4 0.1831 0.71150 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM483371 5 0.7343 0.01885 0.024 0.148 0.020 0.384 0.424
#> GSM483372 4 0.1965 0.70062 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM483373 4 0.1682 0.74356 0.000 0.004 0.012 0.940 0.044
#> GSM483374 4 0.1830 0.74360 0.000 0.004 0.012 0.932 0.052
#> GSM483379 1 0.3343 0.76786 0.864 0.012 0.068 0.004 0.052
#> GSM483380 4 0.3129 0.62580 0.000 0.156 0.008 0.832 0.004
#> GSM483381 1 0.5008 0.53871 0.644 0.000 0.056 0.000 0.300
#> GSM483389 1 0.5766 0.61825 0.676 0.008 0.220 0.048 0.048
#> GSM483404 1 0.5374 0.45180 0.612 0.000 0.048 0.012 0.328
#> GSM483405 1 0.3072 0.75498 0.868 0.012 0.100 0.004 0.016
#> GSM483410 1 0.1830 0.75594 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> GSM483411 3 0.6524 0.50317 0.256 0.004 0.596 0.048 0.096
#> GSM483413 5 0.6871 -0.00627 0.000 0.164 0.020 0.396 0.420
#> GSM483416 5 0.6525 0.13341 0.332 0.000 0.140 0.016 0.512
#> GSM483417 1 0.3765 0.74745 0.832 0.012 0.108 0.004 0.044
#> GSM483419 1 0.0794 0.77053 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483427 5 0.4363 0.66124 0.016 0.000 0.124 0.072 0.788
#> GSM483433 1 0.6139 0.59063 0.652 0.000 0.088 0.196 0.064
#> GSM483434 1 0.6451 0.17964 0.452 0.012 0.424 0.004 0.108
#> GSM483445 3 0.4251 0.73595 0.004 0.000 0.756 0.040 0.200
#> GSM483459 3 0.5501 0.63020 0.136 0.012 0.704 0.008 0.140
#> GSM483465 5 0.3910 0.71734 0.080 0.004 0.012 0.076 0.828
#> GSM483470 5 0.6671 0.21069 0.000 0.148 0.020 0.332 0.500
#> GSM483473 5 0.7005 0.57383 0.156 0.000 0.100 0.160 0.584
#> GSM483478 1 0.0703 0.77092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483304 2 0.2201 0.82475 0.000 0.920 0.040 0.008 0.032
#> GSM483315 1 0.3614 0.74883 0.840 0.012 0.108 0.004 0.036
#> GSM483320 3 0.4014 0.70564 0.128 0.000 0.804 0.008 0.060
#> GSM483325 3 0.3374 0.78339 0.000 0.004 0.844 0.044 0.108
#> GSM483329 5 0.8257 0.07519 0.140 0.168 0.316 0.004 0.372
#> GSM483331 3 0.3179 0.75504 0.052 0.016 0.876 0.004 0.052
#> GSM483334 1 0.4717 0.71481 0.768 0.012 0.140 0.008 0.072
#> GSM483341 3 0.4031 0.74309 0.052 0.016 0.828 0.012 0.092
#> GSM483343 3 0.3986 0.78142 0.020 0.004 0.828 0.068 0.080
#> GSM483344 3 0.5657 0.69083 0.000 0.124 0.676 0.020 0.180
#> GSM483347 3 0.6145 0.65620 0.000 0.072 0.632 0.236 0.060
#> GSM483348 1 0.3563 0.75045 0.844 0.012 0.104 0.004 0.036
#> GSM483349 1 0.2136 0.74665 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> GSM483350 1 0.2136 0.74665 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> GSM483356 1 0.3382 0.75589 0.860 0.012 0.080 0.004 0.044
#> GSM483362 1 0.0703 0.77092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483365 1 0.3614 0.74883 0.840 0.012 0.108 0.004 0.036
#> GSM483367 1 0.3608 0.75853 0.844 0.012 0.096 0.004 0.044
#> GSM483369 1 0.0703 0.77092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483370 1 0.0703 0.77092 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM483375 1 0.5189 0.44005 0.600 0.008 0.028 0.004 0.360
#> GSM483376 3 0.7404 0.14882 0.168 0.000 0.428 0.056 0.348
#> GSM483377 1 0.3691 0.74788 0.836 0.012 0.108 0.004 0.040
#> GSM483378 1 0.0794 0.77054 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483385 1 0.0794 0.77054 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483402 3 0.4380 0.71494 0.128 0.004 0.792 0.016 0.060
#> GSM483403 1 0.1310 0.76980 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> GSM483406 1 0.4064 0.59157 0.716 0.000 0.008 0.004 0.272
#> GSM483407 5 0.7501 0.56218 0.176 0.152 0.036 0.064 0.572
#> GSM483408 1 0.6001 0.55834 0.640 0.000 0.080 0.236 0.044
#> GSM483414 1 0.5873 0.57502 0.620 0.012 0.092 0.004 0.272
#> GSM483415 1 0.3483 0.75150 0.848 0.012 0.104 0.004 0.032
#> GSM483424 5 0.6215 0.41864 0.320 0.024 0.020 0.052 0.584
#> GSM483437 5 0.6737 0.49063 0.144 0.012 0.188 0.044 0.612
#> GSM483439 5 0.5002 0.02143 0.424 0.000 0.024 0.004 0.548
#> GSM483440 1 0.0609 0.77144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM483446 1 0.6883 0.41810 0.476 0.012 0.132 0.016 0.364
#> GSM483449 1 0.1356 0.77376 0.956 0.004 0.012 0.000 0.028
#> GSM483454 1 0.6169 0.48757 0.568 0.008 0.100 0.008 0.316
#> GSM483456 2 0.5320 0.24720 0.000 0.508 0.028 0.452 0.012
#> GSM483460 1 0.1671 0.76020 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483463 4 0.1082 0.74068 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> GSM483471 1 0.3011 0.76470 0.876 0.012 0.036 0.000 0.076
#> GSM483297 2 0.1377 0.82761 0.000 0.956 0.004 0.020 0.020
#> GSM483298 2 0.1282 0.82836 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483299 2 0.1377 0.82761 0.000 0.956 0.004 0.020 0.020
#> GSM483306 2 0.1386 0.83150 0.000 0.952 0.016 0.032 0.000
#> GSM483309 2 0.1646 0.82436 0.000 0.944 0.020 0.004 0.032
#> GSM483314 3 0.4360 0.77143 0.000 0.000 0.752 0.184 0.064
#> GSM483316 3 0.3752 0.77502 0.000 0.004 0.812 0.044 0.140
#> GSM483321 3 0.4964 0.73445 0.000 0.040 0.744 0.164 0.052
#> GSM483324 3 0.4634 0.77500 0.000 0.004 0.740 0.184 0.072
#> GSM483326 2 0.1596 0.82667 0.000 0.948 0.028 0.012 0.012
#> GSM483335 3 0.4909 0.78020 0.008 0.000 0.736 0.136 0.120
#> GSM483340 2 0.4284 0.64949 0.000 0.752 0.040 0.204 0.004
#> GSM483342 2 0.3583 0.69340 0.000 0.808 0.168 0.016 0.008
#> GSM483345 2 0.1041 0.83152 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM483346 2 0.0727 0.83222 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> GSM483355 2 0.1267 0.82809 0.000 0.960 0.004 0.012 0.024
#> GSM483357 2 0.1211 0.82853 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM483359 5 0.5959 0.61863 0.056 0.052 0.132 0.044 0.716
#> GSM483360 2 0.4702 0.19505 0.000 0.512 0.008 0.476 0.004
#> GSM483382 4 0.1579 0.72364 0.000 0.032 0.024 0.944 0.000
#> GSM483383 2 0.4859 0.36735 0.000 0.636 0.008 0.332 0.024
#> GSM483387 1 0.4902 0.34544 0.580 0.000 0.012 0.012 0.396
#> GSM483392 4 0.1646 0.72526 0.000 0.032 0.020 0.944 0.004
#> GSM483393 4 0.6676 0.20365 0.000 0.168 0.012 0.472 0.348
#> GSM483394 2 0.1124 0.83069 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483395 4 0.5554 0.51684 0.000 0.248 0.004 0.640 0.108
#> GSM483397 3 0.4734 0.77283 0.000 0.000 0.724 0.188 0.088
#> GSM483398 4 0.2249 0.73355 0.000 0.008 0.000 0.896 0.096
#> GSM483409 5 0.3517 0.64787 0.004 0.012 0.004 0.168 0.812
#> GSM483422 2 0.1908 0.82905 0.000 0.936 0.024 0.024 0.016
#> GSM483423 3 0.6181 0.36730 0.000 0.060 0.524 0.036 0.380
#> GSM483425 4 0.6612 0.10022 0.000 0.164 0.008 0.436 0.392
#> GSM483429 4 0.2420 0.70515 0.000 0.088 0.008 0.896 0.008
#> GSM483430 2 0.3876 0.52786 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM483432 4 0.6449 0.26398 0.000 0.368 0.008 0.480 0.144
#> GSM483435 4 0.2625 0.70727 0.000 0.028 0.056 0.900 0.016
#> GSM483438 2 0.5856 -0.11910 0.000 0.464 0.008 0.456 0.072
#> GSM483441 4 0.6605 0.20583 0.000 0.172 0.008 0.472 0.348
#> GSM483451 4 0.5375 0.57457 0.000 0.156 0.000 0.668 0.176
#> GSM483452 1 0.4522 0.22572 0.552 0.000 0.008 0.000 0.440
#> GSM483453 4 0.2773 0.72389 0.000 0.020 0.000 0.868 0.112
#> GSM483457 4 0.1444 0.74112 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> GSM483467 4 0.2773 0.72389 0.000 0.020 0.000 0.868 0.112
#> GSM483469 4 0.6676 0.20365 0.000 0.168 0.012 0.472 0.348
#> GSM483472 4 0.3438 0.67689 0.000 0.020 0.000 0.808 0.172
#> GSM483474 5 0.3845 0.58521 0.000 0.012 0.004 0.224 0.760
#> GSM483475 4 0.3825 0.62893 0.000 0.136 0.028 0.816 0.020
#> GSM483479 5 0.5393 0.40448 0.320 0.000 0.040 0.020 0.620
#> GSM483480 3 0.4435 0.79007 0.000 0.044 0.800 0.076 0.080
#> GSM483481 3 0.4519 0.78106 0.000 0.056 0.792 0.104 0.048
#> GSM483482 3 0.4285 0.79240 0.000 0.012 0.792 0.116 0.080
#> GSM483483 3 0.4236 0.59058 0.000 0.004 0.664 0.004 0.328
#> GSM483484 5 0.4772 0.33556 0.012 0.008 0.312 0.008 0.660
#> GSM483485 3 0.4848 0.75926 0.000 0.012 0.736 0.176 0.076
#> GSM483486 3 0.3997 0.79547 0.000 0.012 0.812 0.112 0.064
#> GSM483487 5 0.4745 0.00584 0.012 0.000 0.424 0.004 0.560
#> GSM483488 5 0.4166 0.61141 0.004 0.000 0.160 0.056 0.780
#> GSM483489 5 0.4997 0.03898 0.008 0.008 0.412 0.008 0.564
#> GSM483490 3 0.5122 0.59581 0.000 0.008 0.640 0.308 0.044
#> GSM483491 5 0.4705 -0.14186 0.000 0.004 0.484 0.008 0.504
#> GSM483492 5 0.3634 0.71758 0.072 0.000 0.012 0.076 0.840
#> GSM483493 5 0.3885 0.71270 0.096 0.004 0.012 0.060 0.828
#> GSM483494 5 0.3634 0.71706 0.076 0.000 0.012 0.072 0.840
#> GSM483495 5 0.4037 0.64441 0.188 0.000 0.008 0.028 0.776
#> GSM483496 5 0.3538 0.69185 0.128 0.000 0.012 0.028 0.832
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0862 0.6393 0.016 0.000 0.004 0.008 0.972 0.000
#> GSM483302 5 0.4778 0.2849 0.200 0.000 0.004 0.000 0.680 0.116
#> GSM483303 4 0.7021 0.2602 0.000 0.188 0.000 0.368 0.360 0.084
#> GSM483305 2 0.2730 0.8224 0.000 0.876 0.012 0.012 0.012 0.088
#> GSM483307 2 0.1693 0.8361 0.000 0.932 0.000 0.020 0.004 0.044
#> GSM483312 2 0.2639 0.8256 0.000 0.876 0.000 0.032 0.008 0.084
#> GSM483313 3 0.3452 0.7238 0.000 0.012 0.788 0.000 0.016 0.184
#> GSM483317 3 0.3877 0.7156 0.012 0.004 0.816 0.024 0.104 0.040
#> GSM483318 3 0.2938 0.7357 0.040 0.004 0.884 0.020 0.032 0.020
#> GSM483319 3 0.1904 0.7422 0.000 0.004 0.924 0.020 0.048 0.004
#> GSM483322 3 0.1586 0.7420 0.000 0.004 0.940 0.012 0.040 0.004
#> GSM483327 3 0.3423 0.7306 0.000 0.016 0.812 0.012 0.008 0.152
#> GSM483328 3 0.3056 0.7355 0.012 0.000 0.832 0.000 0.016 0.140
#> GSM483330 3 0.4429 0.6183 0.076 0.008 0.732 0.000 0.004 0.180
#> GSM483332 3 0.5941 0.2072 0.000 0.012 0.436 0.420 0.004 0.128
#> GSM483333 3 0.1768 0.7416 0.000 0.008 0.932 0.012 0.044 0.004
#> GSM483336 3 0.1655 0.7415 0.000 0.004 0.936 0.012 0.044 0.004
#> GSM483337 3 0.3310 0.7342 0.000 0.000 0.816 0.016 0.020 0.148
#> GSM483339 2 0.4623 0.6681 0.000 0.720 0.072 0.004 0.016 0.188
#> GSM483351 5 0.2355 0.5958 0.004 0.000 0.000 0.008 0.876 0.112
#> GSM483352 4 0.3444 0.7071 0.000 0.000 0.032 0.836 0.076 0.056
#> GSM483354 5 0.2773 0.5859 0.004 0.000 0.004 0.012 0.852 0.128
#> GSM483358 4 0.5773 0.2188 0.000 0.292 0.032 0.576 0.004 0.096
#> GSM483384 5 0.6413 0.3407 0.004 0.036 0.008 0.164 0.548 0.240
#> GSM483386 2 0.6272 0.1328 0.000 0.516 0.016 0.328 0.032 0.108
#> GSM483388 4 0.5273 0.5763 0.000 0.200 0.016 0.676 0.020 0.088
#> GSM483390 5 0.1267 0.6267 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM483391 5 0.6222 0.3690 0.000 0.164 0.012 0.140 0.612 0.072
#> GSM483396 3 0.7571 0.0552 0.084 0.008 0.392 0.028 0.348 0.140
#> GSM483399 4 0.2186 0.7000 0.000 0.004 0.024 0.916 0.024 0.032
#> GSM483400 1 0.5761 -0.0709 0.500 0.000 0.384 0.000 0.084 0.032
#> GSM483401 2 0.4707 0.6612 0.000 0.700 0.004 0.188 0.004 0.104
#> GSM483412 5 0.1082 0.6371 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956 0.000
#> GSM483418 4 0.2979 0.6567 0.000 0.004 0.088 0.852 0.000 0.056
#> GSM483420 4 0.4586 0.5103 0.000 0.008 0.176 0.712 0.000 0.104
#> GSM483421 4 0.2747 0.6926 0.000 0.004 0.032 0.884 0.024 0.056
#> GSM483426 4 0.6651 -0.2066 0.004 0.012 0.308 0.356 0.004 0.316
#> GSM483428 2 0.3157 0.8163 0.000 0.844 0.008 0.028 0.008 0.112
#> GSM483431 6 0.5375 -0.1585 0.444 0.032 0.016 0.008 0.008 0.492
#> GSM483436 5 0.1148 0.6345 0.004 0.000 0.000 0.020 0.960 0.016
#> GSM483442 5 0.1625 0.6201 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012
#> GSM483443 5 0.4672 0.2145 0.048 0.004 0.000 0.000 0.608 0.340
#> GSM483444 5 0.0858 0.6397 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000
#> GSM483447 6 0.5799 0.4522 0.236 0.004 0.000 0.000 0.232 0.528
#> GSM483448 5 0.7761 0.1323 0.148 0.008 0.284 0.016 0.400 0.144
#> GSM483450 5 0.1418 0.6261 0.000 0.000 0.000 0.032 0.944 0.024
#> GSM483455 4 0.4126 0.6884 0.000 0.008 0.012 0.772 0.152 0.056
#> GSM483458 5 0.0909 0.6393 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000
#> GSM483461 4 0.5729 0.5911 0.000 0.008 0.100 0.668 0.128 0.096
#> GSM483462 5 0.3276 0.4806 0.228 0.000 0.004 0.000 0.764 0.004
#> GSM483464 5 0.2145 0.5975 0.072 0.000 0.000 0.000 0.900 0.028
#> GSM483466 4 0.4274 0.6874 0.000 0.048 0.000 0.772 0.124 0.056
#> GSM483468 5 0.1226 0.6377 0.040 0.000 0.000 0.004 0.952 0.004
#> GSM483476 4 0.2360 0.7033 0.000 0.008 0.020 0.908 0.024 0.040
#> GSM483477 5 0.7130 0.0212 0.000 0.120 0.012 0.300 0.452 0.116
#> GSM483300 2 0.5260 0.3578 0.000 0.560 0.356 0.008 0.004 0.072
#> GSM483308 2 0.1425 0.8350 0.000 0.952 0.012 0.008 0.008 0.020
#> GSM483310 2 0.3212 0.8191 0.000 0.844 0.008 0.036 0.008 0.104
#> GSM483311 2 0.2639 0.8256 0.000 0.876 0.000 0.032 0.008 0.084
#> GSM483323 1 0.4181 0.2986 0.704 0.000 0.256 0.000 0.012 0.028
#> GSM483338 4 0.2577 0.6870 0.000 0.012 0.036 0.896 0.012 0.044
#> GSM483353 6 0.5487 0.4736 0.152 0.004 0.004 0.000 0.244 0.596
#> GSM483361 5 0.5997 -0.4318 0.196 0.004 0.000 0.000 0.404 0.396
#> GSM483363 4 0.4957 0.6517 0.000 0.016 0.008 0.700 0.180 0.096
#> GSM483364 1 0.4310 0.2695 0.580 0.000 0.000 0.000 0.024 0.396
#> GSM483366 1 0.3058 0.4802 0.836 0.000 0.008 0.004 0.016 0.136
#> GSM483368 4 0.3438 0.6713 0.000 0.012 0.056 0.840 0.012 0.080
#> GSM483371 4 0.7461 0.2575 0.000 0.116 0.008 0.380 0.300 0.196
#> GSM483372 4 0.2156 0.7024 0.000 0.048 0.000 0.912 0.020 0.020
#> GSM483373 4 0.3372 0.7037 0.000 0.012 0.024 0.848 0.036 0.080
#> GSM483374 4 0.3407 0.7088 0.000 0.008 0.012 0.840 0.072 0.068
#> GSM483379 1 0.2854 0.4918 0.860 0.000 0.000 0.004 0.048 0.088
#> GSM483380 4 0.2290 0.6741 0.000 0.084 0.004 0.892 0.000 0.020
#> GSM483381 1 0.7034 -0.1999 0.360 0.008 0.048 0.000 0.236 0.348
#> GSM483389 1 0.4017 0.4221 0.816 0.008 0.060 0.020 0.016 0.080
#> GSM483404 6 0.6972 0.1874 0.336 0.008 0.032 0.004 0.244 0.376
#> GSM483405 1 0.0777 0.5072 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM483410 1 0.4389 0.1517 0.528 0.000 0.000 0.000 0.024 0.448
#> GSM483411 3 0.6125 0.3421 0.340 0.004 0.528 0.012 0.032 0.084
#> GSM483413 4 0.7316 0.2605 0.000 0.180 0.012 0.372 0.348 0.088
#> GSM483416 5 0.7730 -0.0954 0.180 0.008 0.124 0.012 0.388 0.288
#> GSM483417 1 0.1219 0.4962 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> GSM483419 1 0.4261 0.2446 0.572 0.000 0.000 0.000 0.020 0.408
#> GSM483427 5 0.3732 0.5867 0.024 0.008 0.040 0.004 0.824 0.100
#> GSM483433 1 0.5248 0.3243 0.680 0.008 0.020 0.156 0.000 0.136
#> GSM483434 1 0.5343 0.2114 0.632 0.000 0.184 0.000 0.012 0.172
#> GSM483445 3 0.3362 0.7186 0.040 0.004 0.856 0.012 0.064 0.024
#> GSM483459 3 0.5232 0.2914 0.428 0.000 0.504 0.000 0.040 0.028
#> GSM483465 5 0.0858 0.6397 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000
#> GSM483470 5 0.6503 0.2062 0.000 0.140 0.012 0.216 0.564 0.068
#> GSM483473 5 0.7807 0.2342 0.172 0.008 0.080 0.116 0.500 0.124
#> GSM483478 1 0.4292 0.2818 0.588 0.000 0.000 0.000 0.024 0.388
#> GSM483304 2 0.3151 0.8153 0.000 0.848 0.012 0.020 0.012 0.108
#> GSM483315 1 0.0748 0.5065 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004
#> GSM483320 3 0.3229 0.6683 0.188 0.000 0.796 0.004 0.008 0.004
#> GSM483325 3 0.1680 0.7439 0.000 0.004 0.940 0.012 0.020 0.024
#> GSM483329 6 0.9137 -0.0793 0.136 0.184 0.220 0.016 0.168 0.276
#> GSM483331 3 0.4751 0.6402 0.228 0.000 0.672 0.000 0.004 0.096
#> GSM483334 1 0.3384 0.4286 0.820 0.000 0.132 0.000 0.032 0.016
#> GSM483341 3 0.6186 0.4872 0.300 0.000 0.440 0.000 0.008 0.252
#> GSM483343 3 0.6206 0.6102 0.168 0.004 0.520 0.012 0.008 0.288
#> GSM483344 3 0.5873 0.6008 0.000 0.108 0.568 0.004 0.032 0.288
#> GSM483347 3 0.7034 0.5085 0.000 0.060 0.416 0.160 0.016 0.348
#> GSM483348 1 0.0748 0.5071 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004
#> GSM483349 1 0.4264 0.0453 0.496 0.000 0.000 0.000 0.016 0.488
#> GSM483350 6 0.4338 -0.1457 0.484 0.000 0.000 0.000 0.020 0.496
#> GSM483356 1 0.2051 0.4872 0.896 0.000 0.004 0.004 0.000 0.096
#> GSM483362 1 0.4386 0.2975 0.600 0.000 0.000 0.004 0.024 0.372
#> GSM483365 1 0.0748 0.5071 0.976 0.000 0.004 0.000 0.016 0.004
#> GSM483367 1 0.1937 0.5067 0.924 0.000 0.004 0.004 0.036 0.032
#> GSM483369 1 0.4292 0.2818 0.588 0.000 0.000 0.000 0.024 0.388
#> GSM483370 1 0.4292 0.2818 0.588 0.000 0.000 0.000 0.024 0.388
#> GSM483375 1 0.6563 -0.2234 0.396 0.000 0.028 0.000 0.336 0.240
#> GSM483376 3 0.7793 0.0773 0.196 0.008 0.372 0.020 0.304 0.100
#> GSM483377 1 0.1262 0.4992 0.956 0.000 0.008 0.000 0.016 0.020
#> GSM483378 1 0.4319 0.2636 0.576 0.000 0.000 0.000 0.024 0.400
#> GSM483385 1 0.4326 0.2556 0.572 0.000 0.000 0.000 0.024 0.404
#> GSM483402 3 0.4525 0.6433 0.180 0.004 0.728 0.012 0.000 0.076
#> GSM483403 1 0.4678 0.3241 0.624 0.000 0.016 0.004 0.024 0.332
#> GSM483406 6 0.5667 0.2840 0.340 0.000 0.000 0.000 0.168 0.492
#> GSM483407 5 0.7855 0.2480 0.064 0.168 0.088 0.016 0.492 0.172
#> GSM483408 1 0.5630 0.3114 0.676 0.008 0.036 0.176 0.016 0.088
#> GSM483414 1 0.5188 0.1407 0.628 0.000 0.012 0.004 0.272 0.084
#> GSM483415 1 0.1490 0.5087 0.948 0.000 0.008 0.004 0.016 0.024
#> GSM483424 6 0.6151 0.2988 0.096 0.024 0.000 0.016 0.392 0.472
#> GSM483437 5 0.6901 0.0641 0.380 0.000 0.100 0.016 0.420 0.084
#> GSM483439 5 0.6032 -0.2762 0.172 0.000 0.012 0.000 0.460 0.356
#> GSM483440 1 0.4386 0.2975 0.600 0.000 0.000 0.004 0.024 0.372
#> GSM483446 1 0.5997 0.1241 0.600 0.000 0.048 0.012 0.244 0.096
#> GSM483449 1 0.4182 0.3314 0.660 0.000 0.004 0.000 0.024 0.312
#> GSM483454 1 0.6634 0.0372 0.512 0.000 0.092 0.000 0.252 0.144
#> GSM483456 4 0.5313 -0.0298 0.000 0.408 0.008 0.512 0.004 0.068
#> GSM483460 1 0.5071 0.1959 0.540 0.000 0.000 0.000 0.084 0.376
#> GSM483463 4 0.1553 0.7090 0.000 0.004 0.012 0.944 0.032 0.008
#> GSM483471 1 0.4213 0.4000 0.744 0.000 0.004 0.000 0.092 0.160
#> GSM483297 2 0.0891 0.8302 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM483298 2 0.1152 0.8278 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM483299 2 0.0976 0.8298 0.000 0.968 0.000 0.016 0.008 0.008
#> GSM483306 2 0.1434 0.8312 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> GSM483309 2 0.1901 0.8255 0.000 0.924 0.008 0.004 0.012 0.052
#> GSM483314 3 0.2662 0.7414 0.000 0.004 0.888 0.048 0.016 0.044
#> GSM483316 3 0.1801 0.7421 0.000 0.004 0.932 0.012 0.040 0.012
#> GSM483321 3 0.3454 0.7196 0.000 0.016 0.836 0.100 0.012 0.036
#> GSM483324 3 0.3072 0.7364 0.000 0.008 0.868 0.048 0.024 0.052
#> GSM483326 2 0.2685 0.7963 0.000 0.872 0.044 0.004 0.000 0.080
#> GSM483335 3 0.5138 0.6776 0.092 0.008 0.748 0.032 0.048 0.072
#> GSM483340 2 0.5576 0.5985 0.000 0.664 0.148 0.096 0.000 0.092
#> GSM483342 2 0.4506 0.5974 0.000 0.704 0.204 0.004 0.000 0.088
#> GSM483345 2 0.1334 0.8295 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> GSM483346 2 0.0665 0.8346 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> GSM483355 2 0.0881 0.8309 0.000 0.972 0.000 0.012 0.008 0.008
#> GSM483357 2 0.2288 0.7897 0.000 0.896 0.000 0.072 0.004 0.028
#> GSM483359 5 0.6204 0.1337 0.004 0.044 0.064 0.012 0.444 0.432
#> GSM483360 4 0.5165 0.1067 0.000 0.388 0.024 0.544 0.000 0.044
#> GSM483382 4 0.1533 0.7013 0.000 0.016 0.016 0.948 0.012 0.008
#> GSM483383 2 0.5157 0.1234 0.000 0.568 0.000 0.356 0.016 0.060
#> GSM483387 6 0.5754 0.4567 0.200 0.008 0.000 0.000 0.240 0.552
#> GSM483392 4 0.1892 0.7001 0.000 0.008 0.020 0.932 0.020 0.020
#> GSM483393 4 0.6992 0.4055 0.000 0.192 0.004 0.444 0.284 0.076
#> GSM483394 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM483395 4 0.5902 0.5657 0.000 0.204 0.000 0.612 0.116 0.068
#> GSM483397 3 0.4775 0.6834 0.004 0.012 0.716 0.060 0.012 0.196
#> GSM483398 4 0.3764 0.7026 0.000 0.020 0.008 0.816 0.100 0.056
#> GSM483409 5 0.1829 0.6144 0.000 0.000 0.000 0.056 0.920 0.024
#> GSM483422 2 0.2639 0.8256 0.000 0.876 0.000 0.032 0.008 0.084
#> GSM483423 3 0.7002 0.3603 0.000 0.060 0.428 0.008 0.200 0.304
#> GSM483425 4 0.6949 0.2926 0.000 0.188 0.000 0.384 0.352 0.076
#> GSM483429 4 0.2066 0.7036 0.000 0.040 0.004 0.920 0.024 0.012
#> GSM483430 2 0.3769 0.3986 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> GSM483432 4 0.6566 0.3773 0.000 0.332 0.000 0.464 0.136 0.068
#> GSM483435 4 0.2806 0.6759 0.000 0.012 0.040 0.876 0.004 0.068
#> GSM483438 4 0.6254 0.3134 0.000 0.380 0.000 0.464 0.088 0.068
#> GSM483441 4 0.6811 0.4124 0.000 0.196 0.000 0.448 0.288 0.068
#> GSM483451 4 0.5857 0.5936 0.000 0.148 0.000 0.624 0.164 0.064
#> GSM483452 5 0.5478 0.0170 0.240 0.000 0.004 0.000 0.584 0.172
#> GSM483453 4 0.4041 0.6974 0.000 0.028 0.008 0.796 0.116 0.052
#> GSM483457 4 0.2345 0.6999 0.000 0.004 0.028 0.908 0.032 0.028
#> GSM483467 4 0.4114 0.6964 0.000 0.032 0.008 0.792 0.116 0.052
#> GSM483469 4 0.6883 0.4075 0.000 0.196 0.000 0.444 0.284 0.076
#> GSM483472 4 0.4401 0.6707 0.000 0.028 0.000 0.744 0.168 0.060
#> GSM483474 5 0.3285 0.5499 0.000 0.000 0.000 0.116 0.820 0.064
#> GSM483475 4 0.2504 0.6757 0.000 0.064 0.008 0.892 0.004 0.032
#> GSM483479 6 0.5861 0.2001 0.124 0.004 0.004 0.004 0.424 0.440
#> GSM483480 3 0.3282 0.7276 0.000 0.012 0.808 0.000 0.016 0.164
#> GSM483481 3 0.3587 0.7292 0.000 0.008 0.800 0.016 0.016 0.160
#> GSM483482 3 0.3348 0.7319 0.000 0.000 0.812 0.016 0.020 0.152
#> GSM483483 3 0.5291 0.5795 0.000 0.000 0.616 0.004 0.216 0.164
#> GSM483484 5 0.5577 0.3432 0.000 0.000 0.216 0.004 0.572 0.208
#> GSM483485 3 0.4830 0.6904 0.000 0.004 0.664 0.052 0.016 0.264
#> GSM483486 3 0.3272 0.7339 0.000 0.000 0.820 0.016 0.020 0.144
#> GSM483487 5 0.5916 0.1892 0.000 0.000 0.256 0.004 0.500 0.240
#> GSM483488 5 0.4112 0.4895 0.000 0.000 0.048 0.004 0.724 0.224
#> GSM483489 5 0.5928 0.2158 0.000 0.000 0.236 0.004 0.496 0.264
#> GSM483490 3 0.5800 0.5949 0.000 0.004 0.588 0.200 0.016 0.192
#> GSM483491 5 0.4944 -0.0893 0.000 0.000 0.448 0.000 0.488 0.064
#> GSM483492 5 0.0891 0.6396 0.024 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000
#> GSM483493 5 0.1010 0.6383 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960 0.000
#> GSM483494 5 0.1155 0.6389 0.036 0.000 0.000 0.004 0.956 0.004
#> GSM483495 5 0.2364 0.5977 0.072 0.004 0.000 0.000 0.892 0.032
#> GSM483496 5 0.1387 0.6222 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:kmeans 193 0.677422 1.30e-09 2
#> MAD:kmeans 142 0.006610 4.03e-12 3
#> MAD:kmeans 132 0.000135 3.72e-13 4
#> MAD:kmeans 152 0.000472 2.25e-16 5
#> MAD:kmeans 113 0.004212 7.03e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.736 0.855 0.942 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 0.545 0.518 0.788 0.2934 0.783 0.596
#> 4 4 0.571 0.447 0.693 0.1369 0.733 0.394
#> 5 5 0.794 0.750 0.890 0.0760 0.880 0.587
#> 6 6 0.728 0.623 0.742 0.0406 0.947 0.765
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.6973 0.7502 0.188 0.812
#> GSM483307 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.7219 0.7441 0.800 0.200
#> GSM483318 1 0.7219 0.7441 0.800 0.200
#> GSM483319 2 0.9710 0.2757 0.400 0.600
#> GSM483322 2 0.3114 0.8811 0.056 0.944
#> GSM483327 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.2236 0.9098 0.964 0.036
#> GSM483330 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483333 2 0.9922 0.1218 0.448 0.552
#> GSM483336 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7219 0.7354 0.200 0.800
#> GSM483351 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483354 2 0.9944 0.2297 0.456 0.544
#> GSM483358 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483384 2 1.0000 0.0958 0.496 0.504
#> GSM483386 2 0.6712 0.7643 0.176 0.824
#> GSM483388 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.7815 0.7007 0.768 0.232
#> GSM483396 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.0376 0.9356 0.996 0.004
#> GSM483436 1 0.7219 0.7441 0.800 0.200
#> GSM483442 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7139 0.7491 0.804 0.196
#> GSM483450 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.9710 0.3708 0.600 0.400
#> GSM483462 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483477 2 0.7528 0.7150 0.216 0.784
#> GSM483300 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483363 2 0.9993 -0.0145 0.484 0.516
#> GSM483364 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.7219 0.7354 0.200 0.800
#> GSM483372 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.6623 0.7770 0.828 0.172
#> GSM483404 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.7056 0.7540 0.808 0.192
#> GSM483413 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.7219 0.7441 0.800 0.200
#> GSM483434 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.9996 0.1019 0.512 0.488
#> GSM483473 1 0.6887 0.7631 0.816 0.184
#> GSM483478 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2236 0.9016 0.036 0.964
#> GSM483315 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.9710 0.2648 0.600 0.400
#> GSM483331 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483343 2 0.8713 0.5629 0.292 0.708
#> GSM483344 2 0.7219 0.7354 0.200 0.800
#> GSM483347 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0672 0.9325 0.992 0.008
#> GSM483408 1 0.7219 0.7441 0.800 0.200
#> GSM483414 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.6623 0.7688 0.172 0.828
#> GSM483314 1 0.9732 0.3605 0.596 0.404
#> GSM483316 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483324 1 0.9710 0.3708 0.600 0.400
#> GSM483326 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.7376 0.7337 0.792 0.208
#> GSM483340 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483359 2 0.9686 0.3886 0.396 0.604
#> GSM483360 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.9460 0.4571 0.636 0.364
#> GSM483398 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.9954 0.0564 0.540 0.460
#> GSM483422 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.6973 0.7503 0.188 0.812
#> GSM483425 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483474 2 0.9954 0.2169 0.460 0.540
#> GSM483475 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.7815 0.6559 0.768 0.232
#> GSM483484 1 0.9000 0.4873 0.684 0.316
#> GSM483485 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483488 2 0.9922 0.2532 0.448 0.552
#> GSM483489 2 0.9944 0.2297 0.456 0.544
#> GSM483490 2 0.0000 0.9299 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483302 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.2448 0.64182 0.000 0.924 0.076
#> GSM483305 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483313 3 0.5810 0.46490 0.000 0.336 0.664
#> GSM483317 3 0.5650 0.25621 0.312 0.000 0.688
#> GSM483318 3 0.5650 0.26411 0.312 0.000 0.688
#> GSM483319 3 0.4172 0.42037 0.156 0.004 0.840
#> GSM483322 3 0.5621 0.47676 0.000 0.308 0.692
#> GSM483327 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483328 3 0.5988 0.47838 0.008 0.304 0.688
#> GSM483330 3 0.9793 0.34796 0.280 0.284 0.436
#> GSM483332 3 0.5835 0.45942 0.000 0.340 0.660
#> GSM483333 3 0.4810 0.41368 0.140 0.028 0.832
#> GSM483336 1 0.6295 0.23718 0.528 0.000 0.472
#> GSM483337 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483339 2 0.3325 0.50323 0.020 0.904 0.076
#> GSM483351 1 0.4921 0.68161 0.816 0.164 0.020
#> GSM483352 3 0.6286 -0.36132 0.000 0.464 0.536
#> GSM483354 1 0.7029 0.20292 0.540 0.440 0.020
#> GSM483358 2 0.4887 0.34282 0.000 0.772 0.228
#> GSM483384 1 0.9598 -0.00446 0.468 0.228 0.304
#> GSM483386 2 0.5465 0.66885 0.000 0.712 0.288
#> GSM483388 2 0.5650 0.65853 0.000 0.688 0.312
#> GSM483390 1 0.0747 0.84195 0.984 0.000 0.016
#> GSM483391 1 0.9389 0.04512 0.468 0.352 0.180
#> GSM483396 1 0.6215 0.34074 0.572 0.000 0.428
#> GSM483399 3 0.6295 -0.36195 0.000 0.472 0.528
#> GSM483400 1 0.2066 0.81074 0.940 0.000 0.060
#> GSM483401 2 0.4887 0.34282 0.000 0.772 0.228
#> GSM483412 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483418 3 0.5810 -0.17556 0.000 0.336 0.664
#> GSM483420 3 0.5397 0.47109 0.000 0.280 0.720
#> GSM483421 3 0.6305 -0.36625 0.000 0.484 0.516
#> GSM483426 3 0.5859 0.45632 0.000 0.344 0.656
#> GSM483428 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3192 0.76145 0.888 0.112 0.000
#> GSM483436 1 0.5852 0.68217 0.788 0.060 0.152
#> GSM483442 1 0.0747 0.84195 0.984 0.000 0.016
#> GSM483443 1 0.0424 0.84445 0.992 0.000 0.008
#> GSM483444 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483447 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.4605 0.66689 0.796 0.000 0.204
#> GSM483450 1 0.2116 0.82106 0.948 0.012 0.040
#> GSM483455 3 0.6286 -0.36102 0.000 0.464 0.536
#> GSM483458 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483461 1 0.7159 0.25555 0.528 0.024 0.448
#> GSM483462 1 0.0747 0.84195 0.984 0.000 0.016
#> GSM483464 1 0.0592 0.84322 0.988 0.000 0.012
#> GSM483466 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483468 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483476 3 0.6291 -0.36122 0.000 0.468 0.532
#> GSM483477 2 0.6715 0.64281 0.028 0.660 0.312
#> GSM483300 2 0.2066 0.55209 0.000 0.940 0.060
#> GSM483308 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483323 1 0.5465 0.56516 0.712 0.000 0.288
#> GSM483338 3 0.6302 -0.36443 0.000 0.480 0.520
#> GSM483353 1 0.4235 0.67562 0.824 0.176 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 3 0.9008 -0.19273 0.164 0.296 0.540
#> GSM483364 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.6126 -0.27162 0.000 0.400 0.600
#> GSM483371 2 0.5845 0.66289 0.004 0.688 0.308
#> GSM483372 2 0.5706 0.65461 0.000 0.680 0.320
#> GSM483373 3 0.6291 -0.36122 0.000 0.468 0.532
#> GSM483374 3 0.6295 -0.36195 0.000 0.472 0.528
#> GSM483379 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.6305 -0.37165 0.000 0.484 0.516
#> GSM483381 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.4702 0.65569 0.788 0.000 0.212
#> GSM483404 1 0.2878 0.77572 0.904 0.000 0.096
#> GSM483405 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.6204 0.35038 0.576 0.000 0.424
#> GSM483413 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483416 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.5098 0.63288 0.752 0.000 0.248
#> GSM483433 1 0.5138 0.60342 0.748 0.000 0.252
#> GSM483434 1 0.5363 0.57994 0.724 0.000 0.276
#> GSM483445 1 0.6192 0.34658 0.580 0.000 0.420
#> GSM483459 1 0.5560 0.54742 0.700 0.000 0.300
#> GSM483465 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483470 2 0.9002 0.46743 0.156 0.532 0.312
#> GSM483473 1 0.4755 0.67698 0.808 0.008 0.184
#> GSM483478 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.6291 0.24549 0.532 0.000 0.468
#> GSM483325 1 0.6280 0.26144 0.540 0.000 0.460
#> GSM483329 1 0.7974 0.13141 0.504 0.436 0.060
#> GSM483331 3 0.9681 0.37952 0.256 0.284 0.460
#> GSM483334 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.9671 0.38921 0.248 0.292 0.460
#> GSM483343 3 0.6113 0.47876 0.012 0.300 0.688
#> GSM483344 3 0.9431 0.37019 0.176 0.400 0.424
#> GSM483347 3 0.6235 0.35390 0.000 0.436 0.564
#> GSM483348 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.6008 0.44453 0.628 0.000 0.372
#> GSM483377 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.6280 0.26144 0.540 0.000 0.460
#> GSM483403 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.4504 0.66859 0.804 0.196 0.000
#> GSM483408 1 0.5138 0.60342 0.748 0.000 0.252
#> GSM483414 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.1620 0.83182 0.964 0.012 0.024
#> GSM483437 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4887 0.34282 0.000 0.772 0.228
#> GSM483460 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 3 0.6291 -0.36122 0.000 0.468 0.532
#> GSM483471 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.5465 0.66885 0.000 0.712 0.288
#> GSM483298 2 0.5363 0.67039 0.000 0.724 0.276
#> GSM483299 2 0.5465 0.66885 0.000 0.712 0.288
#> GSM483306 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483314 3 0.5591 0.27514 0.304 0.000 0.696
#> GSM483316 1 0.6280 0.26144 0.540 0.000 0.460
#> GSM483321 3 0.5178 0.13909 0.000 0.256 0.744
#> GSM483324 3 0.5621 0.27155 0.308 0.000 0.692
#> GSM483326 2 0.0892 0.60348 0.000 0.980 0.020
#> GSM483335 3 0.5621 0.27155 0.308 0.000 0.692
#> GSM483340 2 0.6008 0.01802 0.000 0.628 0.372
#> GSM483342 2 0.5882 0.01244 0.000 0.652 0.348
#> GSM483345 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483359 2 0.6104 0.07565 0.348 0.648 0.004
#> GSM483360 2 0.4931 0.33573 0.000 0.768 0.232
#> GSM483382 3 0.6302 -0.36443 0.000 0.480 0.520
#> GSM483383 2 0.5497 0.66756 0.000 0.708 0.292
#> GSM483387 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483392 3 0.6302 -0.36443 0.000 0.480 0.520
#> GSM483393 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483394 2 0.5178 0.66933 0.000 0.744 0.256
#> GSM483395 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483397 3 0.5650 0.26411 0.312 0.000 0.688
#> GSM483398 2 0.6305 0.44068 0.000 0.516 0.484
#> GSM483409 1 0.9211 0.15001 0.512 0.176 0.312
#> GSM483422 2 0.0000 0.62628 0.000 1.000 0.000
#> GSM483423 2 0.5988 -0.13147 0.000 0.632 0.368
#> GSM483425 2 0.5650 0.66211 0.000 0.688 0.312
#> GSM483429 2 0.5785 0.64589 0.000 0.668 0.332
#> GSM483430 2 0.5497 0.66756 0.000 0.708 0.292
#> GSM483432 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483435 2 0.5216 0.35572 0.000 0.740 0.260
#> GSM483438 2 0.5591 0.66522 0.000 0.696 0.304
#> GSM483441 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483451 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483452 1 0.0000 0.84668 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 2 0.5905 0.63467 0.000 0.648 0.352
#> GSM483457 3 0.6286 -0.36102 0.000 0.464 0.536
#> GSM483467 2 0.5810 0.64753 0.000 0.664 0.336
#> GSM483469 2 0.5621 0.66432 0.000 0.692 0.308
#> GSM483472 2 0.5905 0.63729 0.000 0.648 0.352
#> GSM483474 1 0.9956 -0.27322 0.380 0.308 0.312
#> GSM483475 3 0.6309 -0.39510 0.000 0.496 0.504
#> GSM483479 1 0.0237 0.84515 0.996 0.004 0.000
#> GSM483480 3 0.5706 0.47371 0.000 0.320 0.680
#> GSM483481 3 0.5678 0.47541 0.000 0.316 0.684
#> GSM483482 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483483 3 0.9702 0.39175 0.232 0.328 0.440
#> GSM483484 1 0.9937 -0.15734 0.384 0.328 0.288
#> GSM483485 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483486 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483487 3 0.9937 0.26031 0.328 0.288 0.384
#> GSM483488 3 0.9456 0.40102 0.200 0.320 0.480
#> GSM483489 3 0.9712 0.38900 0.232 0.332 0.436
#> GSM483490 3 0.5650 0.47670 0.000 0.312 0.688
#> GSM483491 1 0.6095 0.41359 0.608 0.000 0.392
#> GSM483492 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483493 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483494 1 0.0892 0.84037 0.980 0.000 0.020
#> GSM483495 1 0.0747 0.84195 0.984 0.000 0.016
#> GSM483496 1 0.0747 0.84195 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483302 1 0.2408 0.7593 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM483303 2 0.5018 0.2764 0.000 0.656 0.012 0.332
#> GSM483305 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483307 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483312 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483313 2 0.5816 0.2627 0.000 0.708 0.148 0.144
#> GSM483317 3 0.8226 0.0713 0.016 0.292 0.428 0.264
#> GSM483318 3 0.8883 0.0580 0.052 0.296 0.392 0.260
#> GSM483319 3 0.7968 0.0498 0.004 0.300 0.416 0.280
#> GSM483322 3 0.7833 -0.0353 0.000 0.364 0.376 0.260
#> GSM483327 2 0.7590 0.1552 0.000 0.480 0.272 0.248
#> GSM483328 2 0.8590 0.0949 0.044 0.440 0.300 0.216
#> GSM483330 1 0.7653 0.1229 0.460 0.240 0.300 0.000
#> GSM483332 2 0.7315 0.2116 0.000 0.512 0.180 0.308
#> GSM483333 3 0.8269 0.0365 0.016 0.324 0.404 0.256
#> GSM483336 3 0.7005 0.2361 0.120 0.296 0.576 0.008
#> GSM483337 2 0.7738 0.1219 0.000 0.440 0.300 0.260
#> GSM483339 2 0.5060 0.3551 0.016 0.692 0.004 0.288
#> GSM483351 3 0.5764 0.5364 0.244 0.056 0.692 0.008
#> GSM483352 4 0.4054 0.4736 0.000 0.016 0.188 0.796
#> GSM483354 3 0.5641 0.2938 0.024 0.332 0.636 0.008
#> GSM483358 4 0.4855 -0.0971 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM483384 4 0.8653 0.2033 0.332 0.100 0.112 0.456
#> GSM483386 4 0.4679 0.4261 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM483388 4 0.4193 0.5150 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM483390 3 0.4406 0.5236 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM483391 3 0.8563 0.0715 0.060 0.196 0.488 0.256
#> GSM483396 1 0.9502 -0.0399 0.404 0.232 0.144 0.220
#> GSM483399 4 0.0188 0.5664 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483400 1 0.4121 0.6863 0.796 0.020 0.184 0.000
#> GSM483401 4 0.4972 -0.1645 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM483412 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483418 4 0.5694 0.2342 0.000 0.224 0.080 0.696
#> GSM483420 4 0.7800 -0.1860 0.000 0.372 0.248 0.380
#> GSM483421 4 0.1940 0.5116 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM483426 2 0.4730 0.2423 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM483428 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483431 1 0.0592 0.8415 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM483436 3 0.5010 0.5332 0.276 0.000 0.700 0.024
#> GSM483442 3 0.4406 0.5236 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM483443 1 0.3123 0.6833 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM483444 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483447 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.3907 0.6508 0.808 0.004 0.008 0.180
#> GSM483450 3 0.5309 0.5368 0.256 0.000 0.700 0.044
#> GSM483455 4 0.2814 0.5186 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM483458 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483461 4 0.9145 -0.0388 0.136 0.204 0.192 0.468
#> GSM483462 3 0.4406 0.5236 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM483464 3 0.4431 0.5186 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM483466 4 0.5677 0.5332 0.000 0.256 0.064 0.680
#> GSM483468 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483476 4 0.0188 0.5664 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483477 4 0.7583 0.3771 0.000 0.240 0.280 0.480
#> GSM483300 2 0.6915 0.2549 0.000 0.564 0.140 0.296
#> GSM483308 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483310 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483311 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483323 1 0.5524 0.4746 0.676 0.048 0.276 0.000
#> GSM483338 4 0.0336 0.5649 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM483353 1 0.2944 0.7174 0.868 0.128 0.004 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.3400 0.4821 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM483364 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.4137 0.3407 0.000 0.208 0.012 0.780
#> GSM483371 4 0.5135 0.4970 0.008 0.296 0.012 0.684
#> GSM483372 4 0.3801 0.5420 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM483373 4 0.0188 0.5665 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483374 4 0.0000 0.5672 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.0707 0.5682 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM483381 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.4034 0.6361 0.796 0.008 0.004 0.192
#> GSM483404 1 0.0817 0.8365 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483405 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.9133 0.1294 0.468 0.208 0.132 0.192
#> GSM483413 4 0.4560 0.4945 0.000 0.296 0.004 0.700
#> GSM483416 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 3 0.5284 0.5327 0.264 0.000 0.696 0.040
#> GSM483433 1 0.4408 0.5818 0.756 0.008 0.004 0.232
#> GSM483434 1 0.5491 0.4925 0.688 0.052 0.260 0.000
#> GSM483445 3 0.7869 0.1106 0.312 0.296 0.392 0.000
#> GSM483459 3 0.7371 -0.0697 0.416 0.160 0.424 0.000
#> GSM483465 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483470 3 0.7626 0.0180 0.008 0.200 0.516 0.276
#> GSM483473 1 0.5212 0.5778 0.740 0.000 0.068 0.192
#> GSM483478 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483315 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483320 1 0.7875 -0.0120 0.388 0.296 0.316 0.000
#> GSM483325 1 0.7881 -0.0191 0.384 0.296 0.320 0.000
#> GSM483329 2 0.5483 0.0635 0.448 0.536 0.000 0.016
#> GSM483331 2 0.7827 -0.0716 0.288 0.412 0.300 0.000
#> GSM483334 1 0.3161 0.7543 0.864 0.012 0.124 0.000
#> GSM483341 2 0.7767 -0.0509 0.268 0.432 0.300 0.000
#> GSM483343 2 0.7902 0.1169 0.004 0.436 0.300 0.260
#> GSM483344 2 0.6092 0.3177 0.160 0.728 0.044 0.068
#> GSM483347 2 0.4790 0.2363 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM483348 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.9171 0.0930 0.464 0.196 0.136 0.204
#> GSM483377 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.7544 0.1591 0.484 0.224 0.292 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.3400 0.6491 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.4661 0.5285 0.724 0.008 0.004 0.264
#> GSM483414 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0859 0.8398 0.980 0.008 0.008 0.004
#> GSM483437 1 0.3587 0.7357 0.860 0.032 0.104 0.004
#> GSM483439 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0188 0.8511 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483456 4 0.4855 -0.0971 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM483460 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.0000 0.5672 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.8528 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4916 0.0914 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM483298 2 0.4898 0.1125 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM483299 2 0.4925 0.0801 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM483306 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483309 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483314 3 0.8208 0.0537 0.012 0.300 0.404 0.284
#> GSM483316 3 0.7875 0.1038 0.316 0.296 0.388 0.000
#> GSM483321 2 0.7423 0.1119 0.000 0.504 0.292 0.204
#> GSM483324 3 0.9025 0.0505 0.060 0.296 0.372 0.272
#> GSM483326 2 0.4560 0.3585 0.000 0.700 0.004 0.296
#> GSM483335 3 0.8823 0.0527 0.044 0.296 0.376 0.284
#> GSM483340 2 0.5277 0.2020 0.000 0.532 0.008 0.460
#> GSM483342 2 0.5026 0.2988 0.000 0.672 0.016 0.312
#> GSM483345 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483346 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483355 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483357 2 0.4564 0.3068 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM483359 2 0.8796 0.2525 0.120 0.512 0.196 0.172
#> GSM483360 4 0.4855 -0.0971 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM483382 4 0.0336 0.5649 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM483383 4 0.4431 0.4864 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM483387 1 0.0188 0.8501 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483392 4 0.0336 0.5649 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM483393 4 0.5929 0.5066 0.000 0.296 0.064 0.640
#> GSM483394 2 0.4888 0.1227 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM483395 4 0.4382 0.4927 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM483397 4 0.9919 -0.1871 0.188 0.260 0.276 0.276
#> GSM483398 4 0.2500 0.5761 0.000 0.040 0.044 0.916
#> GSM483409 3 0.5808 0.2588 0.036 0.008 0.644 0.312
#> GSM483422 2 0.4382 0.3590 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM483423 2 0.4219 0.3514 0.040 0.820 0.004 0.136
#> GSM483425 4 0.6259 0.5010 0.000 0.300 0.084 0.616
#> GSM483429 4 0.3688 0.5470 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM483430 4 0.4730 0.3965 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM483432 4 0.4382 0.4927 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM483435 4 0.3873 0.2716 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM483438 4 0.4382 0.4927 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM483441 4 0.5929 0.5066 0.000 0.296 0.064 0.640
#> GSM483451 4 0.5677 0.5332 0.000 0.256 0.064 0.680
#> GSM483452 1 0.2589 0.7474 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM483453 4 0.4758 0.5698 0.000 0.156 0.064 0.780
#> GSM483457 4 0.2973 0.5101 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM483467 4 0.4937 0.5660 0.000 0.172 0.064 0.764
#> GSM483469 4 0.5929 0.5066 0.000 0.296 0.064 0.640
#> GSM483472 4 0.6581 0.4777 0.000 0.144 0.232 0.624
#> GSM483474 3 0.5895 0.2015 0.020 0.020 0.624 0.336
#> GSM483475 4 0.1211 0.5690 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM483479 1 0.0376 0.8487 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM483480 2 0.7341 0.1784 0.000 0.528 0.252 0.220
#> GSM483481 2 0.7319 0.1980 0.000 0.532 0.220 0.248
#> GSM483482 2 0.7738 0.1219 0.000 0.440 0.300 0.260
#> GSM483483 3 0.4624 0.2022 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM483484 3 0.5500 0.1603 0.016 0.464 0.520 0.000
#> GSM483485 2 0.4820 0.2566 0.000 0.692 0.012 0.296
#> GSM483486 2 0.7738 0.1219 0.000 0.440 0.300 0.260
#> GSM483487 3 0.3790 0.3739 0.016 0.164 0.820 0.000
#> GSM483488 3 0.4857 0.2809 0.000 0.324 0.668 0.008
#> GSM483489 3 0.6021 0.1147 0.016 0.476 0.492 0.016
#> GSM483490 2 0.7735 0.1287 0.000 0.444 0.276 0.280
#> GSM483491 3 0.2662 0.4239 0.016 0.084 0.900 0.000
#> GSM483492 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483493 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483494 3 0.4673 0.5308 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM483495 3 0.4406 0.5236 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM483496 3 0.4406 0.5236 0.300 0.000 0.700 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483302 1 0.3752 0.5964 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM483303 2 0.0566 0.8163 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM483305 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.4299 0.3092 0.000 0.388 0.608 0.000 0.004
#> GSM483317 3 0.0955 0.8353 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM483318 3 0.0162 0.8408 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483319 3 0.0324 0.8410 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483322 3 0.0324 0.8410 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483327 3 0.2741 0.7512 0.000 0.132 0.860 0.004 0.004
#> GSM483328 3 0.0162 0.8411 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483330 3 0.3143 0.6958 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM483332 4 0.6819 -0.0930 0.000 0.312 0.340 0.348 0.000
#> GSM483333 3 0.0451 0.8403 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM483336 3 0.0404 0.8393 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483337 3 0.0486 0.8408 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483339 2 0.0404 0.8190 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483351 5 0.0162 0.9134 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483352 4 0.2722 0.7448 0.000 0.004 0.008 0.868 0.120
#> GSM483354 5 0.0162 0.9134 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483358 2 0.4538 0.2593 0.000 0.540 0.008 0.452 0.000
#> GSM483384 1 0.6084 0.1407 0.508 0.060 0.000 0.404 0.028
#> GSM483386 2 0.3730 0.4231 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> GSM483388 4 0.2852 0.7128 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM483390 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483391 5 0.5348 0.6042 0.008 0.200 0.000 0.108 0.684
#> GSM483396 3 0.5802 0.4765 0.312 0.000 0.588 0.008 0.092
#> GSM483399 4 0.0162 0.8272 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483400 3 0.4251 0.4097 0.372 0.000 0.624 0.000 0.004
#> GSM483401 2 0.3636 0.5687 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM483412 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483418 4 0.1282 0.8066 0.000 0.004 0.044 0.952 0.000
#> GSM483420 4 0.4193 0.5416 0.000 0.024 0.256 0.720 0.000
#> GSM483421 4 0.1830 0.7828 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000
#> GSM483426 2 0.4658 0.3421 0.000 0.576 0.016 0.408 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0290 0.9181 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483442 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483443 1 0.2516 0.8080 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM483444 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483447 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483448 1 0.3602 0.7122 0.796 0.000 0.180 0.024 0.000
#> GSM483450 5 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483458 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483461 4 0.2589 0.7770 0.008 0.000 0.044 0.900 0.048
#> GSM483462 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483464 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483466 4 0.0510 0.8234 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM483468 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483476 4 0.0162 0.8272 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483477 4 0.5708 0.3421 0.000 0.384 0.000 0.528 0.088
#> GSM483300 2 0.0609 0.8136 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.4397 0.1956 0.564 0.000 0.432 0.000 0.004
#> GSM483338 4 0.0451 0.8246 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM483353 1 0.0451 0.9145 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483361 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.1041 0.8135 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM483371 4 0.4273 0.3107 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM483372 4 0.0162 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483373 4 0.0162 0.8272 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483374 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.3388 0.7175 0.792 0.000 0.008 0.200 0.000
#> GSM483404 1 0.0290 0.9151 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483411 3 0.4219 0.3205 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM483413 2 0.4307 -0.1983 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.0613 0.9157 0.008 0.000 0.004 0.004 0.984
#> GSM483433 1 0.3835 0.6581 0.744 0.000 0.012 0.244 0.000
#> GSM483434 1 0.3689 0.6250 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> GSM483445 3 0.0451 0.8410 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM483459 3 0.1668 0.8242 0.028 0.000 0.940 0.000 0.032
#> GSM483465 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483470 5 0.4168 0.6950 0.000 0.184 0.000 0.052 0.764
#> GSM483473 1 0.3686 0.7097 0.780 0.000 0.004 0.204 0.012
#> GSM483478 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0404 0.9139 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483320 3 0.0451 0.8410 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM483325 3 0.0290 0.8412 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483329 2 0.1410 0.7819 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0451 0.8408 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM483334 1 0.3689 0.6257 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> GSM483341 3 0.0740 0.8406 0.008 0.008 0.980 0.000 0.004
#> GSM483343 3 0.0486 0.8415 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483344 2 0.4108 0.4816 0.000 0.684 0.308 0.000 0.008
#> GSM483347 2 0.5987 0.4579 0.000 0.584 0.236 0.180 0.000
#> GSM483348 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483350 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483356 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 3 0.5765 0.3425 0.380 0.000 0.544 0.012 0.064
#> GSM483377 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.4030 0.4820 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483407 1 0.3074 0.7227 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.4213 0.5562 0.680 0.000 0.012 0.308 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0566 0.9131 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM483437 1 0.5006 0.6193 0.704 0.000 0.180 0.000 0.116
#> GSM483439 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483440 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0162 0.9179 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4533 0.2684 0.000 0.544 0.008 0.448 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9193 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0290 0.8188 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.0703 0.8080 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.1041 0.8337 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM483316 3 0.0451 0.8410 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM483321 3 0.1740 0.8174 0.000 0.012 0.932 0.056 0.000
#> GSM483324 3 0.2389 0.7754 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> GSM483326 2 0.0290 0.8207 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483335 3 0.1952 0.8031 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> GSM483340 2 0.4521 0.6466 0.000 0.748 0.088 0.164 0.000
#> GSM483342 2 0.3143 0.6515 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483359 2 0.3544 0.6392 0.200 0.788 0.004 0.000 0.008
#> GSM483360 2 0.4403 0.3001 0.000 0.560 0.004 0.436 0.000
#> GSM483382 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483383 2 0.4302 -0.1500 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM483387 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 4 0.0162 0.8272 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM483393 4 0.4074 0.4792 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM483394 2 0.0162 0.8212 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483395 4 0.4015 0.5034 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483397 3 0.5957 0.5160 0.176 0.000 0.588 0.236 0.000
#> GSM483398 4 0.0000 0.8279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483409 5 0.0290 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM483422 2 0.0000 0.8231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.1082 0.8100 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> GSM483425 4 0.4403 0.4446 0.000 0.384 0.000 0.608 0.008
#> GSM483429 4 0.0162 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483430 4 0.2852 0.6932 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM483432 4 0.4201 0.3998 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM483435 4 0.2513 0.7345 0.000 0.116 0.008 0.876 0.000
#> GSM483438 4 0.4219 0.3839 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM483441 4 0.4045 0.4916 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM483451 4 0.2020 0.7707 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM483452 1 0.3796 0.5819 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM483453 4 0.0162 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483457 4 0.0290 0.8256 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483467 4 0.0290 0.8264 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483469 4 0.4015 0.5034 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483472 4 0.0162 0.8277 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483474 5 0.1043 0.8927 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM483475 4 0.0162 0.8275 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483479 1 0.0290 0.9163 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483480 3 0.3352 0.6817 0.000 0.192 0.800 0.004 0.004
#> GSM483481 3 0.3456 0.6654 0.000 0.204 0.788 0.004 0.004
#> GSM483482 3 0.0324 0.8411 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483483 3 0.4104 0.6244 0.000 0.032 0.748 0.000 0.220
#> GSM483484 5 0.3957 0.5688 0.000 0.280 0.008 0.000 0.712
#> GSM483485 2 0.6716 0.1873 0.000 0.420 0.208 0.368 0.004
#> GSM483486 3 0.0324 0.8411 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483487 5 0.3305 0.6721 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM483488 5 0.0162 0.9134 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483489 5 0.4446 0.0804 0.000 0.476 0.004 0.000 0.520
#> GSM483490 3 0.4422 0.4872 0.000 0.012 0.664 0.320 0.004
#> GSM483491 5 0.4015 0.4518 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM483492 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483493 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483494 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483495 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483496 5 0.0404 0.9199 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.5037 0.2950 0.524 0.000 0.004 0.000 0.408 0.064
#> GSM483303 2 0.2445 0.7407 0.000 0.872 0.000 0.020 0.000 0.108
#> GSM483305 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.5586 0.4255 0.000 0.284 0.552 0.004 0.000 0.160
#> GSM483317 3 0.1511 0.7687 0.000 0.000 0.940 0.044 0.004 0.012
#> GSM483318 3 0.0632 0.7816 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483319 3 0.0146 0.7818 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483322 3 0.0000 0.7822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.3785 0.7362 0.000 0.064 0.780 0.004 0.000 0.152
#> GSM483328 3 0.2737 0.7573 0.000 0.004 0.832 0.004 0.000 0.160
#> GSM483330 3 0.4060 0.6976 0.112 0.004 0.764 0.000 0.000 0.120
#> GSM483332 4 0.6717 0.1549 0.000 0.140 0.284 0.484 0.000 0.092
#> GSM483333 3 0.0000 0.7822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483336 3 0.0000 0.7822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.2848 0.7561 0.000 0.008 0.828 0.004 0.000 0.160
#> GSM483339 2 0.2716 0.7560 0.008 0.868 0.028 0.000 0.000 0.096
#> GSM483351 5 0.0865 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483352 4 0.1838 0.5682 0.000 0.000 0.000 0.916 0.068 0.016
#> GSM483354 5 0.1007 0.8592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483358 4 0.3778 0.4311 0.000 0.272 0.000 0.708 0.000 0.020
#> GSM483384 6 0.5935 -0.0697 0.376 0.024 0.000 0.076 0.016 0.508
#> GSM483386 2 0.4789 0.0725 0.000 0.640 0.000 0.092 0.000 0.268
#> GSM483388 4 0.5315 -0.0751 0.000 0.132 0.000 0.564 0.000 0.304
#> GSM483390 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 5 0.6294 0.0290 0.000 0.196 0.000 0.024 0.468 0.312
#> GSM483396 3 0.8412 0.1891 0.184 0.000 0.312 0.284 0.076 0.144
#> GSM483399 4 0.1556 0.5688 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM483400 3 0.5616 0.2127 0.372 0.000 0.492 0.000 0.004 0.132
#> GSM483401 2 0.3136 0.6388 0.000 0.796 0.000 0.188 0.000 0.016
#> GSM483412 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 4 0.1577 0.5812 0.000 0.008 0.036 0.940 0.000 0.016
#> GSM483420 4 0.2959 0.5483 0.000 0.008 0.104 0.852 0.000 0.036
#> GSM483421 4 0.1701 0.5718 0.000 0.072 0.000 0.920 0.000 0.008
#> GSM483426 4 0.5182 0.4068 0.000 0.236 0.004 0.624 0.000 0.136
#> GSM483428 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3341 0.7838 0.816 0.068 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM483436 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.4809 0.6680 0.652 0.000 0.000 0.000 0.108 0.240
#> GSM483444 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.3023 0.7566 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM483448 1 0.4643 0.7273 0.756 0.008 0.096 0.024 0.004 0.112
#> GSM483450 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483455 4 0.3515 0.3062 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM483458 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483461 4 0.3188 0.5418 0.004 0.000 0.100 0.848 0.024 0.024
#> GSM483462 5 0.0363 0.8707 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483464 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483466 4 0.4289 -0.0220 0.000 0.020 0.000 0.556 0.000 0.424
#> GSM483468 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483476 4 0.1501 0.5713 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM483477 6 0.6802 0.6026 0.004 0.204 0.000 0.184 0.092 0.516
#> GSM483300 2 0.0935 0.7976 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0508 0.8097 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM483310 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.5465 0.1712 0.508 0.000 0.360 0.000 0.000 0.132
#> GSM483338 4 0.0508 0.5840 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM483353 1 0.3101 0.7507 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM483361 1 0.2805 0.7798 0.812 0.000 0.000 0.000 0.004 0.184
#> GSM483363 4 0.3330 0.3790 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM483364 1 0.1957 0.8020 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483366 1 0.1610 0.8073 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483368 4 0.1485 0.5795 0.000 0.004 0.028 0.944 0.000 0.024
#> GSM483371 6 0.6213 0.5805 0.060 0.164 0.000 0.208 0.000 0.568
#> GSM483372 4 0.3934 0.1601 0.000 0.008 0.000 0.616 0.000 0.376
#> GSM483373 4 0.1075 0.5794 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM483374 4 0.3482 0.3203 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM483379 1 0.1444 0.8047 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM483380 4 0.2482 0.5206 0.000 0.004 0.000 0.848 0.000 0.148
#> GSM483381 1 0.1958 0.8073 0.896 0.000 0.000 0.004 0.000 0.100
#> GSM483389 1 0.4117 0.7175 0.756 0.000 0.004 0.096 0.000 0.144
#> GSM483404 1 0.2772 0.7994 0.864 0.000 0.000 0.040 0.004 0.092
#> GSM483405 1 0.1957 0.7924 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483410 1 0.2854 0.7692 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM483411 3 0.6031 0.2290 0.356 0.000 0.504 0.052 0.000 0.088
#> GSM483413 2 0.5638 -0.5701 0.000 0.464 0.000 0.152 0.000 0.384
#> GSM483416 1 0.2507 0.7973 0.884 0.000 0.004 0.040 0.000 0.072
#> GSM483417 1 0.1957 0.7924 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483419 1 0.1957 0.8015 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483427 5 0.2622 0.8086 0.016 0.000 0.004 0.028 0.888 0.064
#> GSM483433 1 0.4911 0.5492 0.624 0.000 0.000 0.276 0.000 0.100
#> GSM483434 1 0.5142 0.5309 0.620 0.000 0.156 0.000 0.000 0.224
#> GSM483445 3 0.1074 0.7797 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM483459 3 0.4649 0.6546 0.152 0.000 0.716 0.000 0.012 0.120
#> GSM483465 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 5 0.5814 0.1703 0.000 0.124 0.000 0.020 0.524 0.332
#> GSM483473 1 0.4572 0.7154 0.740 0.000 0.000 0.136 0.028 0.096
#> GSM483478 1 0.1814 0.8040 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM483304 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.2312 0.7887 0.876 0.000 0.012 0.000 0.000 0.112
#> GSM483320 3 0.0858 0.7813 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM483325 3 0.0146 0.7824 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483329 2 0.2066 0.7623 0.024 0.904 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM483331 3 0.3878 0.7447 0.032 0.004 0.736 0.000 0.000 0.228
#> GSM483334 1 0.5230 0.3106 0.548 0.000 0.344 0.000 0.000 0.108
#> GSM483341 3 0.5649 0.6589 0.100 0.016 0.552 0.004 0.000 0.328
#> GSM483343 3 0.6227 0.6195 0.032 0.008 0.536 0.140 0.000 0.284
#> GSM483344 2 0.5649 0.3750 0.000 0.536 0.236 0.000 0.000 0.228
#> GSM483347 4 0.6891 0.2327 0.000 0.264 0.096 0.468 0.000 0.172
#> GSM483348 1 0.1957 0.7924 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483349 1 0.2883 0.7652 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM483350 1 0.2912 0.7631 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM483356 1 0.1556 0.8026 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM483362 1 0.1141 0.8118 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM483365 1 0.1957 0.7924 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483367 1 0.1863 0.7951 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM483369 1 0.1814 0.8040 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM483370 1 0.1814 0.8040 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM483375 1 0.0865 0.8131 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483376 1 0.7804 -0.0979 0.364 0.000 0.348 0.124 0.060 0.104
#> GSM483377 1 0.2092 0.7884 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM483378 1 0.2048 0.8012 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM483385 1 0.1814 0.8040 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM483402 3 0.5537 0.3031 0.348 0.012 0.560 0.020 0.000 0.060
#> GSM483403 1 0.1501 0.8103 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483406 1 0.2941 0.7627 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM483407 1 0.4544 0.7260 0.748 0.156 0.012 0.020 0.000 0.064
#> GSM483408 1 0.5209 0.4280 0.560 0.000 0.004 0.344 0.000 0.092
#> GSM483414 1 0.1957 0.7951 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483415 1 0.1910 0.7938 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM483424 1 0.3748 0.6878 0.688 0.000 0.000 0.000 0.012 0.300
#> GSM483437 1 0.6542 0.4524 0.552 0.000 0.176 0.000 0.112 0.160
#> GSM483439 1 0.2871 0.7746 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.192
#> GSM483440 1 0.1075 0.8119 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM483446 1 0.2362 0.7933 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004 0.136
#> GSM483449 1 0.1327 0.8106 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM483454 1 0.2070 0.8009 0.892 0.000 0.008 0.000 0.000 0.100
#> GSM483456 4 0.3464 0.4022 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.1471 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM483463 4 0.3309 0.3713 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM483471 1 0.1806 0.8049 0.908 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088
#> GSM483297 2 0.1663 0.7854 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM483298 2 0.2006 0.7864 0.000 0.904 0.000 0.016 0.000 0.080
#> GSM483299 2 0.2558 0.7032 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> GSM483306 2 0.1625 0.7983 0.000 0.928 0.000 0.012 0.000 0.060
#> GSM483309 2 0.0363 0.8097 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483314 3 0.1643 0.7557 0.000 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008
#> GSM483316 3 0.0000 0.7822 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.3246 0.7324 0.000 0.028 0.848 0.048 0.000 0.076
#> GSM483324 3 0.2706 0.7167 0.000 0.000 0.852 0.124 0.000 0.024
#> GSM483326 2 0.2488 0.7816 0.000 0.880 0.044 0.000 0.000 0.076
#> GSM483335 3 0.4170 0.6416 0.012 0.000 0.756 0.160 0.000 0.072
#> GSM483340 2 0.4916 0.5960 0.000 0.692 0.208 0.048 0.000 0.052
#> GSM483342 2 0.3896 0.6350 0.000 0.744 0.204 0.000 0.000 0.052
#> GSM483345 2 0.1982 0.7986 0.000 0.912 0.004 0.016 0.000 0.068
#> GSM483346 2 0.1542 0.8041 0.000 0.936 0.008 0.004 0.000 0.052
#> GSM483355 2 0.1219 0.8043 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM483357 2 0.1895 0.7922 0.000 0.912 0.000 0.016 0.000 0.072
#> GSM483359 2 0.5353 0.4436 0.152 0.600 0.000 0.000 0.004 0.244
#> GSM483360 4 0.3652 0.3930 0.000 0.324 0.000 0.672 0.000 0.004
#> GSM483382 4 0.2300 0.5218 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM483383 6 0.5720 0.5968 0.000 0.400 0.000 0.164 0.000 0.436
#> GSM483387 1 0.3136 0.7606 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.228
#> GSM483392 4 0.0713 0.5791 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483393 6 0.5948 0.7222 0.000 0.232 0.000 0.328 0.000 0.440
#> GSM483394 2 0.1745 0.7946 0.000 0.920 0.000 0.012 0.000 0.068
#> GSM483395 6 0.5932 0.7111 0.000 0.224 0.000 0.336 0.000 0.440
#> GSM483397 4 0.6249 0.1904 0.048 0.000 0.300 0.516 0.000 0.136
#> GSM483398 4 0.3684 0.1981 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM483409 5 0.0260 0.8751 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483422 2 0.0146 0.8106 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.4947 0.5189 0.024 0.608 0.040 0.000 0.000 0.328
#> GSM483425 6 0.5994 0.7337 0.000 0.276 0.000 0.284 0.000 0.440
#> GSM483429 4 0.3774 0.2629 0.000 0.008 0.000 0.664 0.000 0.328
#> GSM483430 2 0.5725 -0.1249 0.000 0.420 0.000 0.416 0.000 0.164
#> GSM483432 6 0.5995 0.7380 0.000 0.280 0.000 0.280 0.000 0.440
#> GSM483435 4 0.2263 0.5581 0.000 0.100 0.000 0.884 0.000 0.016
#> GSM483438 6 0.5994 0.7363 0.000 0.284 0.000 0.276 0.000 0.440
#> GSM483441 6 0.5956 0.7254 0.000 0.236 0.000 0.324 0.000 0.440
#> GSM483451 4 0.5058 -0.2636 0.000 0.076 0.000 0.500 0.000 0.424
#> GSM483452 1 0.3934 0.4093 0.616 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> GSM483453 4 0.4039 0.0317 0.000 0.008 0.000 0.568 0.000 0.424
#> GSM483457 4 0.0146 0.5832 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483467 4 0.4039 0.0317 0.000 0.008 0.000 0.568 0.000 0.424
#> GSM483469 6 0.6023 0.6928 0.000 0.212 0.000 0.344 0.004 0.440
#> GSM483472 4 0.4172 0.0221 0.000 0.008 0.000 0.564 0.004 0.424
#> GSM483474 5 0.3592 0.6035 0.000 0.000 0.000 0.020 0.740 0.240
#> GSM483475 4 0.2581 0.5506 0.000 0.020 0.000 0.860 0.000 0.120
#> GSM483479 1 0.3265 0.7474 0.748 0.000 0.000 0.000 0.004 0.248
#> GSM483480 3 0.4474 0.6910 0.000 0.116 0.720 0.004 0.000 0.160
#> GSM483481 3 0.4515 0.6868 0.000 0.120 0.716 0.004 0.000 0.160
#> GSM483482 3 0.2737 0.7573 0.000 0.004 0.832 0.004 0.000 0.160
#> GSM483483 3 0.5518 0.6284 0.000 0.032 0.640 0.000 0.160 0.168
#> GSM483484 5 0.5688 0.4077 0.000 0.264 0.004 0.000 0.544 0.188
#> GSM483485 4 0.7389 0.1445 0.000 0.256 0.168 0.396 0.000 0.180
#> GSM483486 3 0.2737 0.7573 0.000 0.004 0.832 0.004 0.000 0.160
#> GSM483487 5 0.4606 0.6233 0.000 0.004 0.092 0.000 0.692 0.212
#> GSM483488 5 0.2219 0.7965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM483489 5 0.6019 0.0842 0.000 0.356 0.000 0.000 0.400 0.244
#> GSM483490 4 0.6061 -0.0307 0.000 0.016 0.340 0.476 0.000 0.168
#> GSM483491 5 0.4902 0.3804 0.000 0.000 0.304 0.000 0.608 0.088
#> GSM483492 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.8781 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:skmeans 183 9.65e-01 5.65e-10 2
#> MAD:skmeans 121 2.11e-01 3.71e-11 3
#> MAD:skmeans 99 1.53e-05 1.55e-15 4
#> MAD:skmeans 171 1.60e-06 6.26e-18 5
#> MAD:skmeans 155 2.85e-05 2.49e-17 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.753 0.829 0.933 0.4962 0.504 0.504
#> 3 3 0.729 0.830 0.909 0.2293 0.838 0.698
#> 4 4 0.601 0.709 0.851 0.1349 0.894 0.743
#> 5 5 0.640 0.648 0.820 0.0942 0.903 0.704
#> 6 6 0.650 0.363 0.687 0.0551 0.849 0.487
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.1633 0.904 0.024 0.976
#> GSM483305 2 0.7299 0.710 0.204 0.796
#> GSM483307 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483317 2 0.9775 0.295 0.412 0.588
#> GSM483318 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483319 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483322 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483330 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483333 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483336 1 0.9686 0.318 0.604 0.396
#> GSM483337 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.7602 0.687 0.220 0.780
#> GSM483351 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.8861 0.541 0.304 0.696
#> GSM483354 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.9129 0.494 0.672 0.328
#> GSM483386 2 0.7139 0.721 0.196 0.804
#> GSM483388 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483391 2 0.9881 0.239 0.436 0.564
#> GSM483396 2 0.3879 0.863 0.076 0.924
#> GSM483399 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0376 0.918 0.004 0.996
#> GSM483428 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483431 2 0.9661 0.362 0.392 0.608
#> GSM483436 1 0.9833 0.241 0.576 0.424
#> GSM483442 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483448 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483461 2 0.9850 0.263 0.428 0.572
#> GSM483462 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483477 2 0.9963 0.149 0.464 0.536
#> GSM483300 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483363 2 0.9427 0.440 0.360 0.640
#> GSM483364 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483371 2 0.3584 0.869 0.068 0.932
#> GSM483372 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483374 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483381 2 0.9881 0.239 0.436 0.564
#> GSM483389 2 0.9944 0.179 0.456 0.544
#> GSM483404 1 0.9833 0.240 0.576 0.424
#> GSM483405 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.9909 0.182 0.556 0.444
#> GSM483413 2 0.0938 0.913 0.012 0.988
#> GSM483416 1 0.9000 0.514 0.684 0.316
#> GSM483417 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.9427 0.418 0.640 0.360
#> GSM483433 2 0.3879 0.863 0.076 0.924
#> GSM483434 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483445 2 0.9944 0.180 0.456 0.544
#> GSM483459 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.9552 0.400 0.624 0.376
#> GSM483473 2 0.9460 0.414 0.364 0.636
#> GSM483478 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.6247 0.788 0.156 0.844
#> GSM483315 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.9358 0.420 0.648 0.352
#> GSM483325 1 0.9881 0.212 0.564 0.436
#> GSM483329 1 0.4431 0.845 0.908 0.092
#> GSM483331 2 0.9988 0.082 0.480 0.520
#> GSM483334 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.9491 0.383 0.632 0.368
#> GSM483343 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483344 2 0.3431 0.873 0.064 0.936
#> GSM483347 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483376 2 0.9977 0.124 0.472 0.528
#> GSM483377 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.9427 0.401 0.640 0.360
#> GSM483403 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483407 2 0.4298 0.854 0.088 0.912
#> GSM483408 2 0.8861 0.557 0.304 0.696
#> GSM483414 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.9129 0.486 0.672 0.328
#> GSM483437 2 0.7674 0.700 0.224 0.776
#> GSM483439 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.9000 0.519 0.684 0.316
#> GSM483449 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0376 0.924 0.996 0.004
#> GSM483456 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.4298 0.850 0.088 0.912
#> GSM483314 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483324 2 0.4431 0.851 0.092 0.908
#> GSM483326 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483335 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483397 2 0.3879 0.863 0.076 0.924
#> GSM483398 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.8499 0.612 0.276 0.724
#> GSM483425 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483451 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483467 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483469 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483472 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483474 1 0.8861 0.536 0.696 0.304
#> GSM483475 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483483 1 0.3274 0.874 0.940 0.060
#> GSM483484 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.3879 0.863 0.076 0.924
#> GSM483486 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483487 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.927 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483305 3 0.6047 0.6516 0.008 0.312 0.680
#> GSM483307 2 0.4931 0.8639 0.000 0.768 0.232
#> GSM483312 2 0.4504 0.8722 0.000 0.804 0.196
#> GSM483313 3 0.1753 0.8356 0.000 0.048 0.952
#> GSM483317 3 0.6225 0.1915 0.432 0.000 0.568
#> GSM483318 3 0.0237 0.8434 0.000 0.004 0.996
#> GSM483319 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483322 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483327 3 0.1860 0.8337 0.000 0.052 0.948
#> GSM483328 3 0.1529 0.8384 0.000 0.040 0.960
#> GSM483330 1 0.4094 0.8277 0.872 0.100 0.028
#> GSM483332 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483333 3 0.4235 0.7908 0.000 0.176 0.824
#> GSM483336 3 0.5467 0.7764 0.032 0.176 0.792
#> GSM483337 3 0.1289 0.8396 0.000 0.032 0.968
#> GSM483339 3 0.6546 0.7361 0.096 0.148 0.756
#> GSM483351 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483352 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483354 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483358 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483384 3 0.6793 0.7205 0.128 0.128 0.744
#> GSM483386 3 0.5109 0.7661 0.008 0.212 0.780
#> GSM483388 3 0.4062 0.7971 0.000 0.164 0.836
#> GSM483390 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483391 3 0.1031 0.8425 0.000 0.024 0.976
#> GSM483396 3 0.1163 0.8363 0.028 0.000 0.972
#> GSM483399 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483400 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.4555 0.8639 0.000 0.800 0.200
#> GSM483412 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483418 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483420 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483421 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483426 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483428 3 0.1964 0.8358 0.000 0.056 0.944
#> GSM483431 3 0.1860 0.8197 0.052 0.000 0.948
#> GSM483436 1 0.6154 0.3380 0.592 0.000 0.408
#> GSM483442 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 3 0.4750 0.6017 0.216 0.000 0.784
#> GSM483462 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483468 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483477 3 0.7348 0.6826 0.120 0.176 0.704
#> GSM483300 3 0.4974 0.7502 0.000 0.236 0.764
#> GSM483308 2 0.1289 0.8299 0.000 0.968 0.032
#> GSM483310 2 0.4887 0.8661 0.000 0.772 0.228
#> GSM483311 2 0.4654 0.8714 0.000 0.792 0.208
#> GSM483323 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483353 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 3 0.1163 0.8363 0.028 0.000 0.972
#> GSM483364 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483371 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483372 3 0.3551 0.8109 0.000 0.132 0.868
#> GSM483373 3 0.4178 0.7932 0.000 0.172 0.828
#> GSM483374 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.6286 0.0355 0.000 0.464 0.536
#> GSM483381 3 0.1163 0.8363 0.028 0.000 0.972
#> GSM483389 3 0.6140 0.2767 0.404 0.000 0.596
#> GSM483404 1 0.6154 0.3379 0.592 0.000 0.408
#> GSM483405 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483410 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483411 1 0.6359 0.4123 0.628 0.008 0.364
#> GSM483413 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483416 1 0.6570 0.5057 0.668 0.024 0.308
#> GSM483417 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483419 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483427 1 0.8513 0.3878 0.596 0.140 0.264
#> GSM483433 3 0.1399 0.8393 0.004 0.028 0.968
#> GSM483434 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483445 3 0.4953 0.7889 0.016 0.176 0.808
#> GSM483459 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 3 0.8043 0.5603 0.228 0.128 0.644
#> GSM483473 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483478 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483304 2 0.5961 0.8385 0.076 0.788 0.136
#> GSM483315 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0237 0.9509 0.996 0.004 0.000
#> GSM483325 1 0.5402 0.7267 0.792 0.180 0.028
#> GSM483329 3 0.8976 0.2210 0.416 0.128 0.456
#> GSM483331 3 0.6798 0.3953 0.400 0.016 0.584
#> GSM483334 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 1 0.1585 0.9220 0.964 0.008 0.028
#> GSM483343 3 0.4702 0.7918 0.000 0.212 0.788
#> GSM483344 3 0.4058 0.8127 0.044 0.076 0.880
#> GSM483347 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483348 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483350 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 3 0.6026 0.3234 0.376 0.000 0.624
#> GSM483377 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.3713 0.8512 0.892 0.076 0.032
#> GSM483403 1 0.0592 0.9446 0.988 0.012 0.000
#> GSM483406 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483407 3 0.5521 0.7760 0.032 0.180 0.788
#> GSM483408 3 0.3850 0.7665 0.088 0.028 0.884
#> GSM483414 1 0.1411 0.9240 0.964 0.036 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 3 0.6007 0.7600 0.048 0.184 0.768
#> GSM483437 3 0.5167 0.7828 0.024 0.172 0.804
#> GSM483439 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483446 3 0.7059 0.6809 0.164 0.112 0.724
#> GSM483449 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483454 1 0.2448 0.8696 0.924 0.000 0.076
#> GSM483456 2 0.4654 0.8591 0.000 0.792 0.208
#> GSM483460 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483463 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0237 0.9518 0.996 0.004 0.000
#> GSM483297 2 0.1411 0.8311 0.000 0.964 0.036
#> GSM483298 2 0.4346 0.8695 0.000 0.816 0.184
#> GSM483299 2 0.1411 0.8311 0.000 0.964 0.036
#> GSM483306 2 0.1031 0.8409 0.000 0.976 0.024
#> GSM483309 2 0.4629 0.6800 0.004 0.808 0.188
#> GSM483314 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483316 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.4504 0.7816 0.000 0.196 0.804
#> GSM483324 3 0.5327 0.4973 0.272 0.000 0.728
#> GSM483326 2 0.4504 0.8683 0.000 0.804 0.196
#> GSM483335 3 0.0592 0.8427 0.000 0.012 0.988
#> GSM483340 2 0.4346 0.8679 0.000 0.816 0.184
#> GSM483342 2 0.4399 0.8677 0.000 0.812 0.188
#> GSM483345 2 0.4291 0.8692 0.000 0.820 0.180
#> GSM483346 2 0.1289 0.8299 0.000 0.968 0.032
#> GSM483355 2 0.1411 0.8311 0.000 0.964 0.036
#> GSM483357 3 0.5098 0.7401 0.000 0.248 0.752
#> GSM483359 1 0.1163 0.9276 0.972 0.000 0.028
#> GSM483360 2 0.5529 0.7604 0.000 0.704 0.296
#> GSM483382 3 0.0237 0.8433 0.000 0.004 0.996
#> GSM483383 3 0.4452 0.7830 0.000 0.192 0.808
#> GSM483387 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483392 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483393 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483394 2 0.1411 0.8311 0.000 0.964 0.036
#> GSM483395 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483397 3 0.1163 0.8419 0.000 0.028 0.972
#> GSM483398 3 0.0424 0.8438 0.000 0.008 0.992
#> GSM483409 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483422 2 0.1411 0.8311 0.000 0.964 0.036
#> GSM483423 3 0.5223 0.7800 0.024 0.176 0.800
#> GSM483425 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483429 3 0.1289 0.8406 0.000 0.032 0.968
#> GSM483430 2 0.4842 0.8454 0.000 0.776 0.224
#> GSM483432 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483435 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483438 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483441 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483451 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483452 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 3 0.0592 0.8435 0.000 0.012 0.988
#> GSM483457 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483467 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483469 3 0.4291 0.7891 0.000 0.180 0.820
#> GSM483472 3 0.0000 0.8433 0.000 0.000 1.000
#> GSM483474 3 0.5578 0.6403 0.240 0.012 0.748
#> GSM483475 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483479 1 0.0237 0.9507 0.996 0.004 0.000
#> GSM483480 3 0.1529 0.8384 0.000 0.040 0.960
#> GSM483481 3 0.1411 0.8392 0.000 0.036 0.964
#> GSM483482 3 0.1289 0.8396 0.000 0.032 0.968
#> GSM483483 1 0.6410 0.1628 0.576 0.004 0.420
#> GSM483484 1 0.2796 0.8480 0.908 0.000 0.092
#> GSM483485 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483486 3 0.1643 0.8397 0.000 0.044 0.956
#> GSM483487 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0424 0.9470 0.992 0.000 0.008
#> GSM483489 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483490 3 0.1163 0.8402 0.000 0.028 0.972
#> GSM483491 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483305 4 0.5311 0.6378 0.012 0.328 0.008 0.652
#> GSM483307 2 0.3801 0.7961 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM483312 2 0.3266 0.8082 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM483313 3 0.2654 0.5754 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM483317 4 0.5088 0.2016 0.424 0.000 0.004 0.572
#> GSM483318 4 0.1211 0.8159 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM483319 4 0.0188 0.8175 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483322 4 0.0188 0.8175 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483327 4 0.4991 0.4351 0.000 0.004 0.388 0.608
#> GSM483328 3 0.2704 0.5670 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM483330 3 0.7475 0.3966 0.384 0.100 0.492 0.024
#> GSM483332 4 0.1022 0.8124 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM483333 4 0.3836 0.7759 0.000 0.168 0.016 0.816
#> GSM483336 4 0.6044 0.7436 0.048 0.132 0.080 0.740
#> GSM483337 3 0.4898 0.1996 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM483339 3 0.5504 0.6353 0.104 0.104 0.768 0.024
#> GSM483351 3 0.5000 0.3230 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM483352 4 0.1022 0.8121 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM483354 1 0.5000 -0.3579 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM483358 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483384 4 0.5619 0.7038 0.152 0.124 0.000 0.724
#> GSM483386 4 0.3688 0.7631 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM483388 4 0.3123 0.7849 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM483390 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 4 0.1820 0.8179 0.020 0.036 0.000 0.944
#> GSM483396 4 0.1302 0.8051 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM483399 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483400 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.3610 0.7943 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM483412 1 0.0188 0.8765 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483418 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483420 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483421 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483426 4 0.1474 0.8055 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM483428 4 0.2647 0.8047 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM483431 4 0.2164 0.7884 0.068 0.004 0.004 0.924
#> GSM483436 1 0.4877 0.3104 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM483442 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 4 0.3907 0.5951 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM483462 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.3486 0.7733 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483468 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483477 4 0.6119 0.6652 0.152 0.168 0.000 0.680
#> GSM483300 4 0.3982 0.7545 0.000 0.220 0.004 0.776
#> GSM483308 2 0.1211 0.7714 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM483310 2 0.3356 0.8069 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM483311 2 0.3266 0.8082 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM483323 3 0.4072 0.6898 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM483338 4 0.1284 0.8135 0.000 0.012 0.024 0.964
#> GSM483353 1 0.4999 -0.3397 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.1302 0.8051 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM483364 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483371 4 0.3710 0.7704 0.004 0.192 0.000 0.804
#> GSM483372 4 0.2973 0.7927 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM483373 4 0.3172 0.7827 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM483374 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.5682 0.0173 0.000 0.456 0.024 0.520
#> GSM483381 4 0.1302 0.8051 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM483389 4 0.4855 0.2974 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM483404 1 0.4888 0.3038 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM483405 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483410 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483411 1 0.5214 0.3690 0.624 0.008 0.004 0.364
#> GSM483413 4 0.3528 0.7715 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM483416 1 0.5277 0.4570 0.668 0.028 0.000 0.304
#> GSM483417 3 0.4933 0.2852 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM483419 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483427 1 0.6947 0.3362 0.596 0.128 0.008 0.268
#> GSM483433 4 0.1629 0.8080 0.024 0.000 0.024 0.952
#> GSM483434 3 0.4040 0.6911 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM483445 4 0.4517 0.7737 0.036 0.168 0.004 0.792
#> GSM483459 1 0.4761 0.1542 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483470 4 0.6338 0.5732 0.236 0.120 0.000 0.644
#> GSM483473 4 0.0657 0.8174 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM483478 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483304 2 0.4344 0.7624 0.076 0.816 0.000 0.108
#> GSM483315 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.2149 0.8029 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM483325 3 0.4625 0.5515 0.016 0.160 0.796 0.028
#> GSM483329 4 0.9315 0.1700 0.188 0.128 0.260 0.424
#> GSM483331 3 0.2999 0.6712 0.132 0.004 0.864 0.000
#> GSM483334 1 0.0188 0.8766 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483341 3 0.2868 0.6720 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM483343 3 0.3862 0.5511 0.000 0.152 0.824 0.024
#> GSM483344 3 0.3937 0.6131 0.032 0.032 0.860 0.076
#> GSM483347 4 0.1118 0.8108 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM483348 1 0.4999 -0.3397 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM483349 3 0.4888 0.3344 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM483350 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0469 0.8748 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483365 1 0.3024 0.8007 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483370 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 4 0.4790 0.3534 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM483377 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.7340 0.3802 0.436 0.084 0.456 0.024
#> GSM483403 1 0.0469 0.8728 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483407 4 0.4801 0.7607 0.048 0.188 0.000 0.764
#> GSM483408 4 0.3205 0.7453 0.104 0.000 0.024 0.872
#> GSM483414 1 0.1118 0.8570 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 4 0.6155 0.7219 0.072 0.076 0.112 0.740
#> GSM483437 4 0.4624 0.7643 0.052 0.164 0.000 0.784
#> GSM483439 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.2216 0.8360 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM483446 4 0.5766 0.6649 0.192 0.104 0.000 0.704
#> GSM483449 1 0.2408 0.8292 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM483454 1 0.1940 0.7924 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM483456 2 0.4307 0.7921 0.000 0.784 0.024 0.192
#> GSM483460 1 0.2530 0.8241 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM483463 4 0.0469 0.8172 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM483471 1 0.2408 0.8292 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM483297 2 0.0921 0.7696 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483298 2 0.4095 0.8030 0.000 0.804 0.024 0.172
#> GSM483299 2 0.0817 0.7685 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483306 2 0.0707 0.7834 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483309 2 0.7351 0.3445 0.004 0.544 0.264 0.188
#> GSM483314 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483316 1 0.0336 0.8747 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483321 4 0.4423 0.7638 0.000 0.176 0.036 0.788
#> GSM483324 4 0.4483 0.5056 0.284 0.000 0.004 0.712
#> GSM483326 2 0.6946 0.4708 0.000 0.504 0.380 0.116
#> GSM483335 4 0.0469 0.8158 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483340 2 0.4948 0.7773 0.000 0.776 0.124 0.100
#> GSM483342 3 0.3307 0.5644 0.000 0.028 0.868 0.104
#> GSM483345 2 0.4840 0.7807 0.000 0.784 0.116 0.100
#> GSM483346 2 0.2111 0.7717 0.000 0.932 0.044 0.024
#> GSM483355 2 0.0817 0.7685 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM483357 4 0.6862 0.5653 0.000 0.228 0.176 0.596
#> GSM483359 3 0.5695 0.3722 0.476 0.000 0.500 0.024
#> GSM483360 2 0.5231 0.6953 0.000 0.676 0.028 0.296
#> GSM483382 4 0.0188 0.8168 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483383 4 0.3569 0.7694 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM483387 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 4 0.1284 0.8135 0.000 0.012 0.024 0.964
#> GSM483393 4 0.3528 0.7715 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM483394 2 0.0921 0.7696 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM483395 4 0.3528 0.7715 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM483397 4 0.6032 0.0545 0.008 0.028 0.428 0.536
#> GSM483398 4 0.0592 0.8178 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM483409 1 0.0524 0.8718 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM483422 2 0.0000 0.7703 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483423 4 0.5922 0.7317 0.032 0.168 0.068 0.732
#> GSM483425 4 0.0000 0.8170 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483429 4 0.1520 0.8136 0.000 0.020 0.024 0.956
#> GSM483430 2 0.4267 0.7952 0.000 0.788 0.024 0.188
#> GSM483432 4 0.3528 0.7715 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM483435 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483438 4 0.3528 0.7715 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM483441 4 0.3486 0.7733 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483451 4 0.3486 0.7733 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483452 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.0817 0.8170 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM483457 4 0.1284 0.8135 0.000 0.012 0.024 0.964
#> GSM483467 4 0.3486 0.7733 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483469 4 0.3486 0.7733 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483472 4 0.0469 0.8172 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM483474 4 0.4482 0.6203 0.264 0.008 0.000 0.728
#> GSM483475 4 0.0817 0.8126 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM483479 1 0.0188 0.8770 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.2530 0.5751 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM483481 4 0.4855 0.4223 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM483482 4 0.4855 0.4205 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM483483 3 0.2868 0.6720 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM483484 3 0.4008 0.6924 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM483485 4 0.1488 0.8103 0.012 0.000 0.032 0.956
#> GSM483486 3 0.2530 0.5751 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM483487 3 0.3975 0.6931 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM483488 3 0.5143 0.4254 0.456 0.000 0.540 0.004
#> GSM483489 3 0.3975 0.6931 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM483490 3 0.4998 0.1038 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM483491 3 0.3975 0.6931 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.8788 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 4 0.0510 0.7537 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483305 5 0.5039 0.6323 0.040 0.064 0.000 0.152 0.744
#> GSM483307 2 0.3421 0.7625 0.000 0.788 0.000 0.204 0.008
#> GSM483312 2 0.3657 0.8179 0.000 0.820 0.000 0.116 0.064
#> GSM483313 3 0.0404 0.6527 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483317 4 0.6028 0.2196 0.372 0.000 0.008 0.524 0.096
#> GSM483318 4 0.1831 0.7356 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> GSM483319 4 0.2513 0.6883 0.000 0.000 0.008 0.876 0.116
#> GSM483322 4 0.0451 0.7538 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM483327 4 0.4305 0.2734 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM483328 3 0.0963 0.6413 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM483330 3 0.6788 0.4111 0.344 0.000 0.456 0.012 0.188
#> GSM483332 4 0.2677 0.6921 0.000 0.000 0.016 0.872 0.112
#> GSM483333 4 0.4114 0.5788 0.000 0.000 0.024 0.732 0.244
#> GSM483336 4 0.5182 0.6259 0.028 0.000 0.140 0.732 0.100
#> GSM483337 3 0.3796 0.3721 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM483339 3 0.4774 0.6468 0.112 0.008 0.748 0.000 0.132
#> GSM483351 1 0.4307 -0.3551 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM483352 4 0.0794 0.7507 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483354 1 0.4307 -0.3551 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM483358 4 0.3366 0.5013 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM483384 4 0.5513 0.5267 0.168 0.000 0.000 0.652 0.180
#> GSM483386 5 0.4249 0.5091 0.016 0.000 0.000 0.296 0.688
#> GSM483388 4 0.3480 0.5997 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM483390 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 4 0.2351 0.7257 0.016 0.000 0.000 0.896 0.088
#> GSM483396 4 0.0510 0.7539 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483399 4 0.0404 0.7536 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483400 1 0.0162 0.8351 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.2929 0.7834 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483418 4 0.2230 0.6922 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM483420 4 0.0609 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483421 4 0.0404 0.7536 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483426 4 0.0703 0.7519 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM483428 4 0.2813 0.7131 0.000 0.024 0.000 0.868 0.108
#> GSM483431 4 0.2300 0.7285 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052
#> GSM483436 1 0.4249 0.2647 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 4 0.0566 0.7546 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> GSM483450 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0510 0.7537 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483458 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 4 0.3143 0.5837 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 5 0.1478 0.7615 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM483468 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.0510 0.7537 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483477 4 0.5666 0.4844 0.136 0.000 0.000 0.620 0.244
#> GSM483300 4 0.5292 0.2002 0.000 0.032 0.008 0.508 0.452
#> GSM483308 2 0.3946 0.7826 0.000 0.800 0.080 0.000 0.120
#> GSM483310 2 0.3734 0.8158 0.000 0.812 0.000 0.128 0.060
#> GSM483311 2 0.3657 0.8179 0.000 0.820 0.000 0.116 0.064
#> GSM483323 3 0.3689 0.6895 0.256 0.000 0.740 0.004 0.000
#> GSM483338 5 0.3895 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM483353 3 0.4307 0.3190 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.0510 0.7539 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483364 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483366 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0404 0.7536 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483371 4 0.4252 0.4771 0.008 0.000 0.000 0.652 0.340
#> GSM483372 5 0.1908 0.7586 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM483373 4 0.3366 0.6174 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM483374 4 0.0510 0.7537 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483379 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 5 0.3631 0.6982 0.000 0.072 0.000 0.104 0.824
#> GSM483381 4 0.0510 0.7539 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483389 4 0.4114 0.3471 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM483404 1 0.4256 0.2555 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM483405 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483410 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483411 1 0.4679 0.3601 0.596 0.000 0.008 0.388 0.008
#> GSM483413 5 0.2773 0.7061 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM483416 1 0.5404 0.4782 0.636 0.000 0.000 0.264 0.100
#> GSM483417 3 0.7111 0.3875 0.308 0.180 0.476 0.000 0.036
#> GSM483419 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483427 1 0.5644 0.3669 0.584 0.000 0.000 0.316 0.100
#> GSM483433 4 0.0510 0.7540 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483434 3 0.3534 0.6908 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM483445 4 0.3453 0.6844 0.020 0.000 0.012 0.832 0.136
#> GSM483459 1 0.4482 0.1301 0.612 0.000 0.376 0.012 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483470 5 0.6546 0.0039 0.200 0.000 0.000 0.376 0.424
#> GSM483473 4 0.0798 0.7549 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> GSM483478 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483304 2 0.4003 0.7853 0.072 0.820 0.000 0.088 0.020
#> GSM483315 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.3391 0.6863 0.800 0.000 0.188 0.012 0.000
#> GSM483325 3 0.3916 0.5237 0.000 0.000 0.732 0.012 0.256
#> GSM483329 4 0.8198 0.1857 0.140 0.000 0.244 0.396 0.220
#> GSM483331 3 0.0693 0.6558 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> GSM483334 1 0.0693 0.8249 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM483341 3 0.0290 0.6587 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.3319 0.5956 0.000 0.000 0.820 0.020 0.160
#> GSM483344 3 0.0613 0.6543 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> GSM483347 4 0.0404 0.7538 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM483348 1 0.4307 -0.3551 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM483349 3 0.7220 0.4176 0.284 0.180 0.488 0.000 0.048
#> GSM483350 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483356 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.1012 0.8264 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM483365 1 0.5042 0.6945 0.732 0.180 0.040 0.000 0.048
#> GSM483367 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483370 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483375 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 4 0.4030 0.3815 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483385 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.6821 0.4508 0.368 0.000 0.432 0.012 0.188
#> GSM483403 1 0.0404 0.8316 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483406 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483407 4 0.4297 0.6109 0.036 0.000 0.000 0.728 0.236
#> GSM483408 4 0.1965 0.7040 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM483414 1 0.0794 0.8229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483415 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 4 0.6242 0.5351 0.036 0.180 0.008 0.652 0.124
#> GSM483437 4 0.3916 0.6665 0.056 0.000 0.004 0.804 0.136
#> GSM483439 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.3689 0.7540 0.820 0.128 0.004 0.000 0.048
#> GSM483446 4 0.5563 0.5368 0.160 0.000 0.004 0.660 0.176
#> GSM483449 1 0.3806 0.7386 0.796 0.172 0.008 0.000 0.024
#> GSM483454 1 0.1608 0.7716 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM483456 2 0.3810 0.7881 0.000 0.792 0.000 0.168 0.040
#> GSM483460 1 0.4341 0.7192 0.764 0.180 0.008 0.000 0.048
#> GSM483463 5 0.3876 0.6251 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM483471 1 0.4122 0.7324 0.784 0.164 0.008 0.000 0.044
#> GSM483297 5 0.4109 0.4159 0.000 0.288 0.000 0.012 0.700
#> GSM483298 2 0.3911 0.8052 0.000 0.796 0.000 0.144 0.060
#> GSM483299 5 0.3048 0.5747 0.000 0.176 0.000 0.004 0.820
#> GSM483306 2 0.3264 0.7807 0.000 0.820 0.000 0.016 0.164
#> GSM483309 5 0.8860 -0.1133 0.024 0.260 0.236 0.144 0.336
#> GSM483314 4 0.0290 0.7542 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483316 1 0.0912 0.8219 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM483321 4 0.5059 0.5271 0.000 0.000 0.076 0.668 0.256
#> GSM483324 4 0.3835 0.4956 0.260 0.000 0.008 0.732 0.000
#> GSM483326 2 0.4802 0.3760 0.000 0.504 0.480 0.012 0.004
#> GSM483335 4 0.0162 0.7541 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483340 2 0.3906 0.7213 0.000 0.744 0.240 0.016 0.000
#> GSM483342 3 0.0898 0.6462 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> GSM483345 2 0.3427 0.7550 0.000 0.796 0.192 0.012 0.000
#> GSM483346 2 0.4020 0.7813 0.000 0.796 0.096 0.000 0.108
#> GSM483355 2 0.3550 0.7232 0.000 0.760 0.000 0.004 0.236
#> GSM483357 5 0.1410 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM483359 3 0.5450 0.4222 0.444 0.000 0.496 0.000 0.060
#> GSM483360 5 0.6775 0.3250 0.000 0.256 0.012 0.236 0.496
#> GSM483382 4 0.2561 0.6809 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483383 5 0.1341 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483387 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 5 0.4235 0.4841 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> GSM483393 5 0.1341 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483394 2 0.3427 0.7602 0.000 0.796 0.000 0.012 0.192
#> GSM483395 5 0.1341 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483397 4 0.4610 0.1863 0.000 0.000 0.432 0.556 0.012
#> GSM483398 5 0.3424 0.6896 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM483409 1 0.3949 0.3821 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM483422 2 0.3132 0.7773 0.000 0.820 0.000 0.008 0.172
#> GSM483423 4 0.6018 0.5086 0.068 0.000 0.052 0.636 0.244
#> GSM483425 4 0.1270 0.7442 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483429 5 0.3837 0.6331 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM483430 2 0.4035 0.7934 0.000 0.784 0.000 0.156 0.060
#> GSM483432 5 0.1341 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483435 4 0.0794 0.7510 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483438 5 0.1341 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483441 5 0.1792 0.7580 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM483451 5 0.1478 0.7615 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM483452 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 5 0.3109 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM483457 5 0.3895 0.6232 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM483467 5 0.1544 0.7618 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483469 5 0.1478 0.7615 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM483472 5 0.3210 0.7057 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM483474 4 0.5149 0.5370 0.216 0.000 0.000 0.680 0.104
#> GSM483475 4 0.0404 0.7536 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483479 1 0.1124 0.8130 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM483480 3 0.0510 0.6514 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483481 4 0.4304 0.2788 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM483482 4 0.4302 0.2842 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM483483 3 0.0290 0.6587 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.3534 0.6908 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM483485 4 0.0404 0.7542 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483486 3 0.0290 0.6534 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483487 3 0.3534 0.6908 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM483488 3 0.4708 0.4557 0.436 0.000 0.548 0.000 0.016
#> GSM483489 3 0.3508 0.6911 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM483490 4 0.4307 0.0178 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM483491 3 0.3534 0.6908 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483302 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483303 4 0.3975 0.54429 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM483305 6 0.5160 0.59738 0.000 0.212 0.048 0.068 0.000 0.672
#> GSM483307 4 0.4079 -0.35594 0.000 0.380 0.008 0.608 0.000 0.004
#> GSM483312 2 0.4371 0.46478 0.000 0.580 0.004 0.396 0.000 0.020
#> GSM483313 3 0.3881 0.20554 0.396 0.000 0.600 0.004 0.000 0.000
#> GSM483317 4 0.5546 0.19780 0.000 0.400 0.004 0.508 0.020 0.068
#> GSM483318 4 0.5029 0.17634 0.000 0.400 0.076 0.524 0.000 0.000
#> GSM483319 4 0.5071 0.21794 0.000 0.400 0.004 0.528 0.000 0.068
#> GSM483322 4 0.4024 0.25653 0.000 0.400 0.004 0.592 0.000 0.004
#> GSM483327 3 0.5265 0.01487 0.000 0.400 0.500 0.100 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.3984 0.04091 0.000 0.396 0.596 0.008 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.7270 0.00751 0.004 0.400 0.292 0.000 0.100 0.204
#> GSM483332 4 0.4962 0.49617 0.000 0.000 0.416 0.516 0.000 0.068
#> GSM483333 2 0.6419 0.03666 0.000 0.400 0.016 0.312 0.000 0.272
#> GSM483336 2 0.7405 0.01366 0.000 0.400 0.124 0.340 0.024 0.112
#> GSM483337 2 0.6063 -0.02097 0.000 0.400 0.328 0.272 0.000 0.000
#> GSM483339 1 0.7102 -0.12249 0.408 0.004 0.336 0.000 0.104 0.148
#> GSM483351 5 0.5238 0.09442 0.408 0.000 0.096 0.000 0.496 0.000
#> GSM483352 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483354 5 0.5238 0.09442 0.408 0.000 0.096 0.000 0.496 0.000
#> GSM483358 4 0.5308 0.36809 0.000 0.000 0.164 0.592 0.000 0.244
#> GSM483384 3 0.7353 -0.09198 0.000 0.000 0.392 0.260 0.136 0.212
#> GSM483386 6 0.4942 0.50539 0.000 0.048 0.188 0.064 0.000 0.700
#> GSM483388 3 0.6066 -0.19623 0.000 0.000 0.392 0.340 0.000 0.268
#> GSM483390 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 4 0.5583 0.44668 0.000 0.000 0.392 0.480 0.004 0.124
#> GSM483396 4 0.3975 0.54442 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008 0.000
#> GSM483399 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483400 5 0.0146 0.75347 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483401 2 0.3995 0.43277 0.000 0.516 0.004 0.480 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 4 0.4926 0.50858 0.000 0.000 0.392 0.540 0.000 0.068
#> GSM483420 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483421 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483426 4 0.4047 0.54247 0.012 0.000 0.384 0.604 0.000 0.000
#> GSM483428 3 0.6218 -0.35431 0.000 0.208 0.396 0.384 0.000 0.012
#> GSM483431 1 0.7279 -0.19222 0.384 0.084 0.372 0.136 0.024 0.000
#> GSM483436 5 0.3817 0.12961 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM483442 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483443 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483444 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483447 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483448 4 0.3975 0.54429 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM483450 5 0.0146 0.75329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483455 4 0.3975 0.54429 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM483458 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483461 4 0.5304 0.39047 0.000 0.000 0.200 0.600 0.200 0.000
#> GSM483462 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483464 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483466 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483468 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483476 4 0.3975 0.54429 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM483477 3 0.7189 -0.05947 0.000 0.000 0.392 0.236 0.096 0.276
#> GSM483300 2 0.5287 0.14730 0.000 0.588 0.004 0.120 0.000 0.288
#> GSM483308 2 0.6515 0.41965 0.000 0.420 0.076 0.396 0.000 0.108
#> GSM483310 2 0.3890 0.46602 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000 0.004
#> GSM483311 2 0.3881 0.46648 0.000 0.600 0.004 0.396 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.7527 -0.04266 0.268 0.144 0.324 0.000 0.264 0.000
#> GSM483338 6 0.3426 0.63347 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000 0.720
#> GSM483353 5 0.5238 0.09442 0.408 0.000 0.096 0.000 0.496 0.000
#> GSM483361 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483363 4 0.3975 0.54442 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008 0.000
#> GSM483364 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483366 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483368 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483371 3 0.6047 -0.10936 0.000 0.000 0.392 0.256 0.000 0.352
#> GSM483372 6 0.1007 0.77319 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM483373 3 0.6039 -0.22130 0.000 0.000 0.392 0.356 0.000 0.252
#> GSM483374 4 0.3975 0.54429 0.000 0.000 0.392 0.600 0.000 0.008
#> GSM483379 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483380 6 0.2964 0.73845 0.000 0.040 0.004 0.108 0.000 0.848
#> GSM483381 4 0.3975 0.54442 0.000 0.000 0.392 0.600 0.008 0.000
#> GSM483389 4 0.5374 0.22449 0.000 0.000 0.116 0.504 0.380 0.000
#> GSM483404 5 0.3817 0.12938 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM483405 1 0.3789 0.44052 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM483410 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483411 4 0.6356 0.04644 0.000 0.240 0.004 0.376 0.372 0.008
#> GSM483413 6 0.1531 0.73672 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000 0.928
#> GSM483416 5 0.4895 0.25476 0.000 0.000 0.000 0.256 0.636 0.108
#> GSM483417 1 0.4014 0.23077 0.716 0.000 0.044 0.000 0.240 0.000
#> GSM483419 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483427 5 0.5251 0.18074 0.000 0.000 0.004 0.288 0.592 0.116
#> GSM483433 4 0.3872 0.54608 0.000 0.000 0.392 0.604 0.004 0.000
#> GSM483434 1 0.6044 0.05668 0.408 0.000 0.328 0.000 0.264 0.000
#> GSM483445 4 0.6205 0.02321 0.000 0.400 0.008 0.424 0.012 0.156
#> GSM483459 5 0.6058 0.03702 0.008 0.400 0.188 0.000 0.404 0.000
#> GSM483465 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 6 0.7162 0.01858 0.000 0.000 0.268 0.136 0.164 0.432
#> GSM483473 4 0.4284 0.54050 0.000 0.000 0.392 0.588 0.004 0.016
#> GSM483478 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483304 2 0.3881 0.46648 0.000 0.600 0.004 0.396 0.000 0.000
#> GSM483315 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483320 5 0.5872 -0.02358 0.000 0.400 0.196 0.000 0.404 0.000
#> GSM483325 2 0.6357 0.03853 0.012 0.400 0.304 0.000 0.000 0.284
#> GSM483329 3 0.6048 0.17863 0.000 0.048 0.616 0.020 0.100 0.216
#> GSM483331 3 0.3756 0.04041 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 5 0.3890 0.28367 0.000 0.400 0.004 0.000 0.596 0.000
#> GSM483341 3 0.3907 0.20248 0.408 0.004 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM483343 1 0.6198 -0.21770 0.408 0.000 0.392 0.016 0.000 0.184
#> GSM483344 3 0.3907 0.20008 0.408 0.004 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM483347 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483348 5 0.5238 0.09442 0.408 0.000 0.096 0.000 0.496 0.000
#> GSM483349 1 0.0146 0.21833 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483350 1 0.3789 0.44052 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM483356 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483362 5 0.3351 0.28089 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM483365 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483367 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483370 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483375 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483376 4 0.4786 0.25080 0.000 0.000 0.064 0.584 0.352 0.000
#> GSM483377 5 0.0458 0.74276 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483378 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483385 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483402 2 0.6604 0.08585 0.008 0.472 0.036 0.000 0.304 0.180
#> GSM483403 5 0.0363 0.74593 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483406 1 0.3838 0.38535 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM483407 3 0.7063 -0.21137 0.000 0.020 0.368 0.340 0.032 0.240
#> GSM483408 4 0.4945 0.48635 0.000 0.000 0.304 0.604 0.092 0.000
#> GSM483414 5 0.0632 0.73373 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM483415 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.5321 -0.08042 0.520 0.000 0.392 0.080 0.004 0.004
#> GSM483437 4 0.6393 0.28142 0.000 0.000 0.396 0.408 0.036 0.160
#> GSM483439 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.3862 0.33688 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM483446 3 0.7312 -0.10475 0.000 0.000 0.396 0.272 0.132 0.200
#> GSM483449 5 0.3330 0.30152 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM483454 5 0.1501 0.67342 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM483456 4 0.4675 -0.39160 0.000 0.392 0.000 0.560 0.000 0.048
#> GSM483460 1 0.3774 0.44965 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483463 6 0.3266 0.63766 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM483471 5 0.3428 0.25219 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM483297 6 0.3385 0.61425 0.000 0.180 0.000 0.032 0.000 0.788
#> GSM483298 4 0.4861 -0.39789 0.000 0.392 0.004 0.552 0.000 0.052
#> GSM483299 6 0.1812 0.72428 0.000 0.080 0.000 0.008 0.000 0.912
#> GSM483306 2 0.5202 0.44837 0.000 0.516 0.004 0.400 0.000 0.080
#> GSM483309 3 0.7214 -0.11413 0.000 0.048 0.372 0.264 0.016 0.300
#> GSM483314 4 0.3890 0.25744 0.000 0.400 0.004 0.596 0.000 0.000
#> GSM483316 5 0.4084 0.27543 0.000 0.400 0.012 0.000 0.588 0.000
#> GSM483321 2 0.6899 0.05503 0.000 0.400 0.056 0.268 0.000 0.276
#> GSM483324 4 0.4158 0.25439 0.000 0.400 0.004 0.588 0.004 0.004
#> GSM483326 3 0.5260 -0.22563 0.000 0.100 0.504 0.396 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.3872 0.54581 0.000 0.004 0.392 0.604 0.000 0.000
#> GSM483340 4 0.6063 -0.47646 0.000 0.328 0.272 0.400 0.000 0.000
#> GSM483342 3 0.4150 0.20262 0.392 0.016 0.592 0.000 0.000 0.000
#> GSM483345 4 0.5902 -0.48986 0.000 0.392 0.204 0.404 0.000 0.000
#> GSM483346 4 0.6750 -0.50684 0.000 0.392 0.112 0.396 0.000 0.100
#> GSM483355 4 0.6144 -0.47239 0.000 0.356 0.004 0.396 0.000 0.244
#> GSM483357 6 0.0146 0.77520 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483359 5 0.6351 -0.00347 0.408 0.000 0.092 0.000 0.428 0.072
#> GSM483360 6 0.6330 0.38735 0.000 0.240 0.028 0.240 0.000 0.492
#> GSM483382 4 0.5211 0.49168 0.000 0.000 0.388 0.516 0.000 0.096
#> GSM483383 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483387 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483392 6 0.3819 0.57146 0.000 0.000 0.008 0.340 0.000 0.652
#> GSM483393 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 4 0.6042 -0.48109 0.000 0.392 0.004 0.396 0.000 0.208
#> GSM483395 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483397 4 0.4943 0.07801 0.404 0.000 0.032 0.544 0.000 0.020
#> GSM483398 6 0.2697 0.70927 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM483409 5 0.3634 0.30239 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM483422 2 0.3881 0.46648 0.000 0.600 0.004 0.396 0.000 0.000
#> GSM483423 3 0.7494 -0.07442 0.036 0.000 0.368 0.272 0.048 0.276
#> GSM483425 4 0.4610 0.52956 0.000 0.000 0.388 0.568 0.000 0.044
#> GSM483429 6 0.3405 0.63648 0.000 0.000 0.004 0.272 0.000 0.724
#> GSM483430 4 0.4955 -0.39435 0.000 0.388 0.004 0.548 0.000 0.060
#> GSM483432 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483435 4 0.4076 0.54306 0.000 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> GSM483438 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483441 6 0.0146 0.77513 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483451 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483452 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483453 6 0.2527 0.72252 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM483457 6 0.3426 0.63347 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000 0.720
#> GSM483467 6 0.0146 0.77599 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483469 6 0.0000 0.77600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483472 6 0.2491 0.72286 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM483474 3 0.7246 -0.14428 0.000 0.000 0.392 0.292 0.200 0.116
#> GSM483475 4 0.3747 0.54617 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM483479 5 0.1010 0.72082 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM483480 3 0.5121 0.19040 0.272 0.124 0.604 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.5257 0.02933 0.000 0.372 0.524 0.104 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.5208 0.04682 0.000 0.336 0.556 0.108 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.3907 0.20248 0.408 0.004 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 1 0.6044 0.05668 0.408 0.000 0.328 0.000 0.264 0.000
#> GSM483485 4 0.3756 0.54543 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM483486 3 0.3907 0.20248 0.408 0.004 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM483487 1 0.6044 0.05668 0.408 0.000 0.328 0.000 0.264 0.000
#> GSM483488 5 0.5967 -0.00497 0.408 0.000 0.140 0.000 0.436 0.016
#> GSM483489 1 0.6039 0.05250 0.408 0.000 0.332 0.000 0.260 0.000
#> GSM483490 4 0.5201 -0.00716 0.408 0.000 0.092 0.500 0.000 0.000
#> GSM483491 1 0.6044 0.05668 0.408 0.000 0.328 0.000 0.264 0.000
#> GSM483492 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.75664 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:pam 176 1.15e-01 2.75e-07 2
#> MAD:pam 188 1.08e-01 2.18e-08 3
#> MAD:pam 171 8.04e-07 1.56e-10 4
#> MAD:pam 163 6.70e-06 3.24e-12 5
#> MAD:pam 86 9.87e-02 1.28e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.219 0.468 0.749 0.4247 0.500 0.500
#> 3 3 0.396 0.669 0.796 0.4170 0.717 0.516
#> 4 4 0.446 0.418 0.690 0.1428 0.794 0.555
#> 5 5 0.488 0.499 0.704 0.1155 0.703 0.295
#> 6 6 0.521 0.403 0.650 0.0374 0.922 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483302 1 0.0938 0.6358 0.988 0.012
#> GSM483303 2 0.5737 0.5008 0.136 0.864
#> GSM483305 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483307 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483312 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483313 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483317 1 0.9491 0.1837 0.632 0.368
#> GSM483318 1 0.9661 0.0812 0.608 0.392
#> GSM483319 1 0.9998 -0.3367 0.508 0.492
#> GSM483322 2 0.9970 0.4364 0.468 0.532
#> GSM483327 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483328 2 0.9988 0.4067 0.480 0.520
#> GSM483330 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483332 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483333 1 0.9491 0.2006 0.632 0.368
#> GSM483336 1 0.7219 0.6397 0.800 0.200
#> GSM483337 2 0.9850 0.5029 0.428 0.572
#> GSM483339 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483351 1 0.6247 0.5012 0.844 0.156
#> GSM483352 2 0.2778 0.4842 0.048 0.952
#> GSM483354 1 0.9896 0.3049 0.560 0.440
#> GSM483358 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483384 2 0.9944 -0.1607 0.456 0.544
#> GSM483386 2 0.8813 0.5295 0.300 0.700
#> GSM483388 2 0.8813 0.5303 0.300 0.700
#> GSM483390 1 0.9608 0.2389 0.616 0.384
#> GSM483391 2 0.7219 0.3074 0.200 0.800
#> GSM483396 1 0.7376 0.6339 0.792 0.208
#> GSM483399 2 0.3584 0.5012 0.068 0.932
#> GSM483400 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483401 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483412 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483418 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483420 2 0.9922 0.4751 0.448 0.552
#> GSM483421 2 0.9580 0.5275 0.380 0.620
#> GSM483426 2 0.9933 0.4683 0.452 0.548
#> GSM483428 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483431 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483436 2 0.8555 0.1583 0.280 0.720
#> GSM483442 1 0.9754 0.2171 0.592 0.408
#> GSM483443 1 0.6887 0.4675 0.816 0.184
#> GSM483444 1 0.9775 0.2161 0.588 0.412
#> GSM483447 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483448 1 0.7376 0.6402 0.792 0.208
#> GSM483450 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483455 2 0.2948 0.4759 0.052 0.948
#> GSM483458 2 0.9732 -0.0944 0.404 0.596
#> GSM483461 2 0.8661 0.3020 0.288 0.712
#> GSM483462 1 0.7745 0.6279 0.772 0.228
#> GSM483464 1 0.9754 0.2171 0.592 0.408
#> GSM483466 2 0.0672 0.4844 0.008 0.992
#> GSM483468 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483476 2 0.2778 0.4778 0.048 0.952
#> GSM483477 2 0.7056 0.3216 0.192 0.808
#> GSM483300 2 0.9732 0.5240 0.404 0.596
#> GSM483308 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483310 2 0.9732 0.5240 0.404 0.596
#> GSM483311 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483323 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483338 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483353 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483361 1 0.9044 0.3039 0.680 0.320
#> GSM483363 2 0.7056 0.3196 0.192 0.808
#> GSM483364 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483366 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483368 2 0.9954 0.4536 0.460 0.540
#> GSM483371 2 0.3274 0.4708 0.060 0.940
#> GSM483372 2 0.0000 0.4836 0.000 1.000
#> GSM483373 2 0.4161 0.4508 0.084 0.916
#> GSM483374 2 0.2603 0.4827 0.044 0.956
#> GSM483379 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483380 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483381 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483389 1 0.7219 0.6397 0.800 0.200
#> GSM483404 1 0.9993 0.2554 0.516 0.484
#> GSM483405 1 0.6048 0.6544 0.852 0.148
#> GSM483410 1 0.3274 0.6496 0.940 0.060
#> GSM483411 1 0.7219 0.6397 0.800 0.200
#> GSM483413 2 0.2948 0.4759 0.052 0.948
#> GSM483416 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483417 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483419 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483427 1 0.7219 0.6397 0.800 0.200
#> GSM483433 1 0.8386 0.5005 0.732 0.268
#> GSM483434 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483445 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483459 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483465 1 0.9795 0.2144 0.584 0.416
#> GSM483470 2 0.7139 0.3136 0.196 0.804
#> GSM483473 2 0.9661 -0.0776 0.392 0.608
#> GSM483478 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483304 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483315 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483320 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483325 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483329 1 0.9983 -0.2589 0.524 0.476
#> GSM483331 1 0.7602 0.6050 0.780 0.220
#> GSM483334 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483341 2 0.9993 0.3989 0.484 0.516
#> GSM483343 2 0.9963 0.4454 0.464 0.536
#> GSM483344 2 0.9732 0.5240 0.404 0.596
#> GSM483347 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483348 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483349 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483350 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483356 1 0.0938 0.6393 0.988 0.012
#> GSM483362 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483365 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483367 1 0.1843 0.6436 0.972 0.028
#> GSM483369 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483370 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483375 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483376 1 0.7219 0.6397 0.800 0.200
#> GSM483377 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483378 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483385 1 0.2603 0.6428 0.956 0.044
#> GSM483402 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483403 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483406 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483407 1 0.7674 0.6323 0.776 0.224
#> GSM483408 1 0.9460 0.1994 0.636 0.364
#> GSM483414 1 0.4022 0.6516 0.920 0.080
#> GSM483415 1 0.2948 0.6485 0.948 0.052
#> GSM483424 1 0.9522 0.4420 0.628 0.372
#> GSM483437 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483439 1 0.0938 0.6393 0.988 0.012
#> GSM483440 1 0.0672 0.6377 0.992 0.008
#> GSM483446 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483449 1 0.0938 0.6393 0.988 0.012
#> GSM483454 1 0.6973 0.6524 0.812 0.188
#> GSM483456 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483460 1 0.5408 0.5379 0.876 0.124
#> GSM483463 2 0.0672 0.4844 0.008 0.992
#> GSM483471 1 0.2423 0.6177 0.960 0.040
#> GSM483297 2 0.9087 0.5300 0.324 0.676
#> GSM483298 2 0.9358 0.5305 0.352 0.648
#> GSM483299 2 0.8016 0.5204 0.244 0.756
#> GSM483306 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483309 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483314 2 0.9963 0.4454 0.464 0.536
#> GSM483316 1 0.7056 0.6488 0.808 0.192
#> GSM483321 2 0.9775 0.5205 0.412 0.588
#> GSM483324 1 0.9710 0.0446 0.600 0.400
#> GSM483326 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483335 1 0.9710 0.0446 0.600 0.400
#> GSM483340 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483342 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483345 2 0.9732 0.5240 0.404 0.596
#> GSM483346 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483355 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483357 2 0.8713 0.5275 0.292 0.708
#> GSM483359 2 0.9970 0.4198 0.468 0.532
#> GSM483360 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483382 2 0.9608 0.5308 0.384 0.616
#> GSM483383 2 0.0672 0.4873 0.008 0.992
#> GSM483387 1 0.9866 0.3450 0.568 0.432
#> GSM483392 2 0.0376 0.4856 0.004 0.996
#> GSM483393 2 0.3274 0.4708 0.060 0.940
#> GSM483394 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483395 2 0.0000 0.4836 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.9635 0.0992 0.612 0.388
#> GSM483398 2 0.1843 0.4835 0.028 0.972
#> GSM483409 2 0.8144 0.2168 0.252 0.748
#> GSM483422 2 0.9710 0.5246 0.400 0.600
#> GSM483423 2 0.9954 0.4356 0.460 0.540
#> GSM483425 2 0.2236 0.4817 0.036 0.964
#> GSM483429 2 0.0000 0.4836 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.8499 0.5255 0.276 0.724
#> GSM483432 2 0.0000 0.4836 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483438 2 0.0000 0.4836 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.1843 0.4835 0.028 0.972
#> GSM483451 2 0.1633 0.4840 0.024 0.976
#> GSM483452 1 0.9754 0.2171 0.592 0.408
#> GSM483453 2 0.1633 0.4840 0.024 0.976
#> GSM483457 2 0.9580 0.5006 0.380 0.620
#> GSM483467 2 0.2778 0.4778 0.048 0.952
#> GSM483469 2 0.3114 0.4735 0.056 0.944
#> GSM483472 2 0.2948 0.4759 0.052 0.948
#> GSM483474 2 0.7376 0.2962 0.208 0.792
#> GSM483475 2 0.8955 0.5304 0.312 0.688
#> GSM483479 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483480 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483481 2 0.9754 0.5229 0.408 0.592
#> GSM483482 2 0.9944 0.4612 0.456 0.544
#> GSM483483 1 0.7376 0.6340 0.792 0.208
#> GSM483484 1 0.7219 0.6480 0.800 0.200
#> GSM483485 2 0.9922 0.4751 0.448 0.552
#> GSM483486 2 0.9954 0.4536 0.460 0.540
#> GSM483487 1 0.7139 0.6486 0.804 0.196
#> GSM483488 1 0.9635 0.1367 0.612 0.388
#> GSM483489 1 0.9248 0.3203 0.660 0.340
#> GSM483490 2 0.9850 0.5037 0.428 0.572
#> GSM483491 1 0.7139 0.6486 0.804 0.196
#> GSM483492 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483493 1 0.9754 0.2171 0.592 0.408
#> GSM483494 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483495 2 0.9710 -0.0899 0.400 0.600
#> GSM483496 1 0.9754 0.2171 0.592 0.408
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.4326 0.7589 0.844 0.012 0.144
#> GSM483302 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 3 0.4357 0.7085 0.052 0.080 0.868
#> GSM483305 2 0.2945 0.8248 0.088 0.908 0.004
#> GSM483307 2 0.3030 0.8238 0.092 0.904 0.004
#> GSM483312 2 0.2945 0.8246 0.088 0.908 0.004
#> GSM483313 3 0.4755 0.7243 0.008 0.184 0.808
#> GSM483317 1 0.8082 0.5839 0.608 0.096 0.296
#> GSM483318 3 0.8171 0.6264 0.184 0.172 0.644
#> GSM483319 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483322 3 0.4409 0.7274 0.004 0.172 0.824
#> GSM483327 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483328 3 0.8779 0.5255 0.248 0.172 0.580
#> GSM483330 1 0.6394 0.7534 0.768 0.116 0.116
#> GSM483332 3 0.3686 0.7381 0.000 0.140 0.860
#> GSM483333 3 0.8578 0.5760 0.224 0.172 0.604
#> GSM483336 1 0.9400 0.0406 0.424 0.172 0.404
#> GSM483337 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483339 2 0.3293 0.8216 0.088 0.900 0.012
#> GSM483351 1 0.5465 0.5056 0.712 0.000 0.288
#> GSM483352 3 0.0237 0.7523 0.004 0.000 0.996
#> GSM483354 3 0.7872 0.5478 0.276 0.092 0.632
#> GSM483358 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483384 1 0.7974 -0.1247 0.504 0.060 0.436
#> GSM483386 3 0.8310 0.3384 0.088 0.368 0.544
#> GSM483388 3 0.4479 0.7354 0.044 0.096 0.860
#> GSM483390 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483391 3 0.7992 0.4284 0.328 0.080 0.592
#> GSM483396 3 0.7633 0.5373 0.264 0.084 0.652
#> GSM483399 3 0.1031 0.7534 0.000 0.024 0.976
#> GSM483400 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483401 2 0.7027 0.5726 0.044 0.660 0.296
#> GSM483412 1 0.2878 0.7979 0.904 0.000 0.096
#> GSM483418 3 0.2356 0.7521 0.000 0.072 0.928
#> GSM483420 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483421 3 0.1529 0.7491 0.040 0.000 0.960
#> GSM483426 3 0.3896 0.7410 0.052 0.060 0.888
#> GSM483428 2 0.8515 -0.0204 0.092 0.476 0.432
#> GSM483431 1 0.2443 0.7944 0.940 0.032 0.028
#> GSM483436 3 0.5497 0.5249 0.292 0.000 0.708
#> GSM483442 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483443 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483447 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.8852 0.1495 0.484 0.120 0.396
#> GSM483450 1 0.9152 -0.0728 0.432 0.144 0.424
#> GSM483455 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483458 1 0.5016 0.6490 0.760 0.000 0.240
#> GSM483461 3 0.0424 0.7544 0.008 0.000 0.992
#> GSM483462 1 0.6208 0.7487 0.756 0.052 0.192
#> GSM483464 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483466 3 0.2063 0.7300 0.008 0.044 0.948
#> GSM483468 1 0.4974 0.7521 0.764 0.000 0.236
#> GSM483476 3 0.0237 0.7523 0.004 0.000 0.996
#> GSM483477 3 0.8571 0.5428 0.272 0.140 0.588
#> GSM483300 3 0.7508 0.4159 0.040 0.416 0.544
#> GSM483308 2 0.2356 0.8200 0.072 0.928 0.000
#> GSM483310 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483311 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483323 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483338 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483353 1 0.3551 0.7402 0.868 0.000 0.132
#> GSM483361 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483364 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483371 3 0.7778 0.5748 0.264 0.092 0.644
#> GSM483372 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483373 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483374 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483379 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.3482 0.7429 0.000 0.128 0.872
#> GSM483381 1 0.5842 0.7568 0.768 0.036 0.196
#> GSM483389 1 0.6354 0.7394 0.744 0.052 0.204
#> GSM483404 1 0.5058 0.7480 0.756 0.000 0.244
#> GSM483405 1 0.4290 0.7899 0.872 0.064 0.064
#> GSM483410 1 0.1860 0.7810 0.948 0.052 0.000
#> GSM483411 1 0.6677 0.7489 0.744 0.168 0.088
#> GSM483413 3 0.8038 0.5664 0.280 0.100 0.620
#> GSM483416 1 0.5200 0.7678 0.796 0.020 0.184
#> GSM483417 1 0.5357 0.7725 0.820 0.116 0.064
#> GSM483419 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 3 0.7990 0.0997 0.404 0.064 0.532
#> GSM483433 1 0.5061 0.7578 0.784 0.008 0.208
#> GSM483434 1 0.5656 0.7689 0.804 0.128 0.068
#> GSM483445 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483459 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483465 1 0.3482 0.7705 0.872 0.000 0.128
#> GSM483470 3 0.7639 0.5770 0.256 0.088 0.656
#> GSM483473 1 0.5363 0.7273 0.724 0.000 0.276
#> GSM483478 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483315 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483320 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483325 1 0.9328 0.2422 0.472 0.172 0.356
#> GSM483329 1 0.8694 0.3833 0.580 0.152 0.268
#> GSM483331 1 0.7825 0.6847 0.672 0.172 0.156
#> GSM483334 1 0.6229 0.7592 0.764 0.172 0.064
#> GSM483341 1 0.9347 0.2138 0.464 0.172 0.364
#> GSM483343 3 0.7661 0.6600 0.144 0.172 0.684
#> GSM483344 3 0.8293 0.5614 0.272 0.120 0.608
#> GSM483347 3 0.4002 0.7316 0.000 0.160 0.840
#> GSM483348 1 0.5519 0.7695 0.812 0.120 0.068
#> GSM483349 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0237 0.7914 0.996 0.004 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483367 1 0.2165 0.8012 0.936 0.000 0.064
#> GSM483369 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.6306 0.7426 0.748 0.052 0.200
#> GSM483377 1 0.6405 0.7547 0.756 0.172 0.072
#> GSM483378 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.1643 0.7834 0.956 0.044 0.000
#> GSM483402 1 0.5944 0.7667 0.792 0.120 0.088
#> GSM483403 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.7907 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.6625 0.6864 0.736 0.068 0.196
#> GSM483408 1 0.6491 0.7287 0.732 0.052 0.216
#> GSM483414 1 0.0424 0.7937 0.992 0.000 0.008
#> GSM483415 1 0.0848 0.7947 0.984 0.008 0.008
#> GSM483424 1 0.6119 0.6731 0.772 0.064 0.164
#> GSM483437 1 0.9361 0.0680 0.436 0.168 0.396
#> GSM483439 1 0.0237 0.7924 0.996 0.000 0.004
#> GSM483440 1 0.1411 0.7999 0.964 0.000 0.036
#> GSM483446 1 0.5304 0.7759 0.824 0.108 0.068
#> GSM483449 1 0.2165 0.8012 0.936 0.000 0.064
#> GSM483454 1 0.5471 0.7802 0.812 0.128 0.060
#> GSM483456 2 0.5859 0.4927 0.000 0.656 0.344
#> GSM483460 1 0.1643 0.7962 0.956 0.000 0.044
#> GSM483463 3 0.0237 0.7523 0.004 0.000 0.996
#> GSM483471 1 0.1411 0.7898 0.964 0.000 0.036
#> GSM483297 2 0.4423 0.7946 0.088 0.864 0.048
#> GSM483298 2 0.4527 0.7912 0.088 0.860 0.052
#> GSM483299 2 0.2945 0.8246 0.088 0.908 0.004
#> GSM483306 2 0.2945 0.8246 0.088 0.908 0.004
#> GSM483309 2 0.7831 0.4416 0.088 0.632 0.280
#> GSM483314 3 0.3551 0.7410 0.000 0.132 0.868
#> GSM483316 1 0.9133 0.3962 0.524 0.172 0.304
#> GSM483321 3 0.4968 0.7241 0.012 0.188 0.800
#> GSM483324 3 0.3722 0.7542 0.024 0.088 0.888
#> GSM483326 2 0.1163 0.7638 0.000 0.972 0.028
#> GSM483335 3 0.3454 0.7524 0.008 0.104 0.888
#> GSM483340 2 0.5397 0.5310 0.000 0.720 0.280
#> GSM483342 2 0.2356 0.7273 0.000 0.928 0.072
#> GSM483345 2 0.3694 0.7801 0.052 0.896 0.052
#> GSM483346 2 0.1860 0.8086 0.052 0.948 0.000
#> GSM483355 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483357 2 0.8515 0.0061 0.092 0.476 0.432
#> GSM483359 3 0.9144 0.2738 0.408 0.144 0.448
#> GSM483360 2 0.5948 0.4451 0.000 0.640 0.360
#> GSM483382 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483383 2 0.7487 -0.0454 0.036 0.500 0.464
#> GSM483387 1 0.4346 0.7722 0.816 0.000 0.184
#> GSM483392 3 0.0000 0.7515 0.000 0.000 1.000
#> GSM483393 3 0.7515 0.6169 0.220 0.100 0.680
#> GSM483394 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483395 3 0.4316 0.6839 0.044 0.088 0.868
#> GSM483397 3 0.6964 0.5310 0.264 0.052 0.684
#> GSM483398 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483409 3 0.7903 0.4614 0.356 0.068 0.576
#> GSM483422 2 0.2711 0.8252 0.088 0.912 0.000
#> GSM483423 3 0.8137 0.5260 0.316 0.092 0.592
#> GSM483425 3 0.4357 0.6890 0.052 0.080 0.868
#> GSM483429 3 0.0661 0.7516 0.008 0.004 0.988
#> GSM483430 2 0.5330 0.7354 0.044 0.812 0.144
#> GSM483432 3 0.6319 0.5680 0.040 0.228 0.732
#> GSM483435 3 0.1964 0.7514 0.000 0.056 0.944
#> GSM483438 3 0.6559 0.5202 0.040 0.252 0.708
#> GSM483441 3 0.4920 0.6908 0.052 0.108 0.840
#> GSM483451 3 0.3031 0.7063 0.012 0.076 0.912
#> GSM483452 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483453 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483457 3 0.1860 0.7509 0.000 0.052 0.948
#> GSM483467 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483469 3 0.5010 0.6898 0.076 0.084 0.840
#> GSM483472 3 0.0424 0.7531 0.008 0.000 0.992
#> GSM483474 3 0.7962 0.4611 0.352 0.072 0.576
#> GSM483475 3 0.2796 0.6749 0.000 0.092 0.908
#> GSM483479 1 0.6808 0.6341 0.732 0.084 0.184
#> GSM483480 3 0.4235 0.7262 0.000 0.176 0.824
#> GSM483481 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483482 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483483 3 0.9377 0.1474 0.380 0.172 0.448
#> GSM483484 1 0.8918 0.0706 0.492 0.128 0.380
#> GSM483485 3 0.3551 0.7409 0.000 0.132 0.868
#> GSM483486 3 0.4178 0.7270 0.000 0.172 0.828
#> GSM483487 1 0.8914 0.4609 0.556 0.164 0.280
#> GSM483488 3 0.7815 0.5720 0.260 0.096 0.644
#> GSM483489 3 0.8814 0.2033 0.404 0.116 0.480
#> GSM483490 3 0.3619 0.7391 0.000 0.136 0.864
#> GSM483491 1 0.8918 0.4223 0.548 0.156 0.296
#> GSM483492 1 0.4605 0.7482 0.796 0.000 0.204
#> GSM483493 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
#> GSM483494 1 0.5138 0.7448 0.748 0.000 0.252
#> GSM483495 1 0.4974 0.7521 0.764 0.000 0.236
#> GSM483496 1 0.1860 0.7867 0.948 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0707 0.61682 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483302 1 0.0336 0.63214 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483303 4 0.7088 0.42643 0.392 0.100 0.008 0.500
#> GSM483305 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483307 2 0.1940 0.73419 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM483312 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.5168 0.62384 0.004 0.000 0.504 0.492
#> GSM483317 1 0.7517 0.23931 0.484 0.000 0.304 0.212
#> GSM483318 4 0.6775 -0.55305 0.096 0.000 0.412 0.492
#> GSM483319 4 0.4996 -0.07102 0.056 0.000 0.192 0.752
#> GSM483322 4 0.5730 -0.52813 0.040 0.000 0.344 0.616
#> GSM483327 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483328 4 0.6851 -0.53564 0.104 0.000 0.400 0.496
#> GSM483330 1 0.5919 0.40286 0.564 0.012 0.020 0.404
#> GSM483332 3 0.4941 0.63773 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM483333 4 0.4372 -0.01580 0.268 0.000 0.004 0.728
#> GSM483336 1 0.4972 0.35534 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM483337 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483339 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483351 1 0.1716 0.57701 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM483352 4 0.7456 0.47265 0.200 0.000 0.308 0.492
#> GSM483354 1 0.4713 -0.00916 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM483358 3 0.4327 0.62194 0.000 0.016 0.768 0.216
#> GSM483384 1 0.4746 -0.03102 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM483386 2 0.7602 -0.06706 0.200 0.420 0.000 0.380
#> GSM483388 4 0.7977 0.42670 0.324 0.148 0.032 0.496
#> GSM483390 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.5292 -0.30020 0.512 0.000 0.008 0.480
#> GSM483396 1 0.6295 0.19752 0.616 0.000 0.296 0.088
#> GSM483399 4 0.7561 0.44512 0.200 0.000 0.348 0.452
#> GSM483400 4 0.5000 -0.36296 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483401 2 0.7137 0.16956 0.000 0.536 0.160 0.304
#> GSM483412 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483418 3 0.3764 0.62444 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM483420 3 0.3726 0.62603 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM483421 4 0.7561 0.44597 0.200 0.000 0.348 0.452
#> GSM483426 3 0.4382 0.64432 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM483428 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483431 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483436 1 0.5923 -0.13307 0.580 0.000 0.044 0.376
#> GSM483442 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0188 0.62695 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483447 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483448 1 0.0524 0.62623 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483450 1 0.4792 0.10919 0.680 0.008 0.000 0.312
#> GSM483455 4 0.7449 0.48484 0.208 0.000 0.292 0.500
#> GSM483458 1 0.4382 0.16448 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM483461 4 0.7860 0.42968 0.292 0.000 0.312 0.396
#> GSM483462 1 0.2921 0.55103 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.7458 0.49966 0.288 0.000 0.212 0.500
#> GSM483468 1 0.1661 0.60800 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM483476 4 0.7442 0.47520 0.200 0.000 0.304 0.496
#> GSM483477 1 0.6754 -0.34814 0.464 0.092 0.000 0.444
#> GSM483300 2 0.7660 0.00867 0.004 0.476 0.320 0.200
#> GSM483308 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.5000 0.27829 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483338 3 0.6075 0.10986 0.192 0.000 0.680 0.128
#> GSM483353 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.7486 0.49545 0.228 0.000 0.272 0.500
#> GSM483364 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483366 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483368 3 0.3975 0.60946 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM483371 4 0.6081 0.33555 0.472 0.044 0.000 0.484
#> GSM483372 4 0.7489 0.48421 0.212 0.000 0.296 0.492
#> GSM483373 4 0.7439 0.48138 0.204 0.000 0.296 0.500
#> GSM483374 4 0.7458 0.48778 0.212 0.000 0.288 0.500
#> GSM483379 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483380 3 0.7946 0.09711 0.200 0.148 0.584 0.068
#> GSM483381 1 0.3801 0.46363 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM483389 1 0.7458 0.26644 0.500 0.000 0.288 0.212
#> GSM483404 1 0.4382 0.35410 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM483405 1 0.5784 0.60720 0.700 0.000 0.200 0.100
#> GSM483410 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483411 4 0.5607 -0.34700 0.488 0.000 0.020 0.492
#> GSM483413 4 0.6980 0.41018 0.400 0.116 0.000 0.484
#> GSM483416 1 0.1284 0.63401 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM483417 1 0.6722 0.55610 0.616 0.000 0.200 0.184
#> GSM483419 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483427 1 0.4617 0.46079 0.764 0.000 0.204 0.032
#> GSM483433 1 0.7563 0.26474 0.484 0.000 0.236 0.280
#> GSM483434 1 0.5000 0.27829 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483445 1 0.4992 0.31599 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM483459 4 0.5000 -0.36296 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483465 1 0.0469 0.62202 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483470 1 0.5781 -0.33624 0.488 0.028 0.000 0.484
#> GSM483473 1 0.5489 0.29355 0.664 0.000 0.296 0.040
#> GSM483478 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.4790 0.45082 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM483320 4 0.5408 -0.34880 0.488 0.000 0.012 0.500
#> GSM483325 1 0.5607 0.26189 0.492 0.000 0.020 0.488
#> GSM483329 1 0.7412 0.42759 0.504 0.296 0.200 0.000
#> GSM483331 4 0.7474 -0.31913 0.280 0.000 0.220 0.500
#> GSM483334 1 0.4585 0.50509 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM483341 4 0.7486 -0.38388 0.228 0.000 0.272 0.500
#> GSM483343 3 0.5168 0.62444 0.004 0.000 0.504 0.492
#> GSM483344 3 0.9407 0.33394 0.104 0.232 0.360 0.304
#> GSM483347 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483348 1 0.5953 0.54365 0.656 0.000 0.076 0.268
#> GSM483349 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483350 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483356 1 0.4059 0.64454 0.788 0.000 0.200 0.012
#> GSM483362 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483365 1 0.4941 0.37638 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM483367 1 0.2814 0.65202 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM483369 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483370 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483375 1 0.2921 0.65208 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM483376 1 0.7427 0.26156 0.500 0.000 0.300 0.200
#> GSM483377 1 0.4830 0.43587 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM483378 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483385 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483402 1 0.5000 0.27829 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483403 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483406 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483407 1 0.0336 0.62527 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483408 1 0.7456 0.24426 0.492 0.000 0.308 0.200
#> GSM483414 1 0.1022 0.63891 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM483415 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483424 1 0.2973 0.47324 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM483437 1 0.3610 0.53252 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM483439 1 0.2921 0.65205 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM483440 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483446 1 0.2739 0.63961 0.904 0.000 0.036 0.060
#> GSM483449 1 0.3486 0.64928 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM483454 1 0.3649 0.59097 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM483456 3 0.7093 0.46032 0.000 0.220 0.568 0.212
#> GSM483460 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.7468 0.47718 0.204 0.000 0.304 0.492
#> GSM483471 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.3610 0.63996 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM483298 2 0.3791 0.63656 0.200 0.796 0.004 0.000
#> GSM483299 2 0.3610 0.63996 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 3 0.3649 0.63075 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM483316 1 0.4998 0.29637 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM483321 4 0.5360 -0.60625 0.012 0.000 0.436 0.552
#> GSM483324 3 0.7648 0.00406 0.392 0.000 0.400 0.208
#> GSM483326 2 0.3975 0.53621 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM483335 3 0.7036 0.40631 0.208 0.000 0.576 0.216
#> GSM483340 4 0.7538 -0.52782 0.000 0.248 0.260 0.492
#> GSM483342 2 0.4992 0.10689 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM483345 2 0.0188 0.79211 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483346 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.4826 0.53879 0.264 0.716 0.000 0.020
#> GSM483359 1 0.8433 0.17966 0.436 0.036 0.200 0.328
#> GSM483360 3 0.7091 0.48010 0.000 0.208 0.568 0.224
#> GSM483382 3 0.7328 -0.23891 0.200 0.000 0.524 0.276
#> GSM483383 2 0.7269 0.21693 0.200 0.536 0.000 0.264
#> GSM483387 1 0.0779 0.62979 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483392 4 0.7575 0.43830 0.200 0.000 0.356 0.444
#> GSM483393 4 0.6028 0.33300 0.476 0.032 0.004 0.488
#> GSM483394 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483395 4 0.7799 0.40370 0.308 0.176 0.016 0.500
#> GSM483397 1 0.7563 0.21201 0.476 0.000 0.304 0.220
#> GSM483398 4 0.7486 0.49545 0.228 0.000 0.272 0.500
#> GSM483409 1 0.4961 -0.22579 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM483422 2 0.0000 0.79452 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483423 4 0.9024 -0.11138 0.352 0.100 0.152 0.396
#> GSM483425 4 0.6871 0.40948 0.412 0.080 0.008 0.500
#> GSM483429 4 0.7506 0.48924 0.220 0.000 0.288 0.492
#> GSM483430 2 0.7505 0.35988 0.216 0.568 0.200 0.016
#> GSM483432 4 0.7542 0.39039 0.308 0.188 0.004 0.500
#> GSM483435 3 0.3873 0.61818 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM483438 4 0.7542 0.39039 0.308 0.188 0.004 0.500
#> GSM483441 4 0.7180 0.42869 0.372 0.124 0.004 0.500
#> GSM483451 4 0.7755 0.50014 0.300 0.012 0.188 0.500
#> GSM483452 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.7458 0.48778 0.212 0.000 0.288 0.500
#> GSM483457 4 0.7607 0.40589 0.200 0.000 0.388 0.412
#> GSM483467 4 0.7486 0.49545 0.228 0.000 0.272 0.500
#> GSM483469 4 0.6296 0.36777 0.452 0.040 0.008 0.500
#> GSM483472 4 0.7486 0.49545 0.228 0.000 0.272 0.500
#> GSM483474 1 0.5126 -0.22394 0.552 0.004 0.000 0.444
#> GSM483475 3 0.8864 -0.02890 0.200 0.172 0.504 0.124
#> GSM483479 1 0.3610 0.64786 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483480 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483481 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483482 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483483 4 0.7341 -0.23715 0.360 0.000 0.164 0.476
#> GSM483484 1 0.7088 0.58320 0.636 0.028 0.196 0.140
#> GSM483485 3 0.3801 0.63251 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM483486 3 0.4999 0.62743 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM483487 1 0.4992 0.31618 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM483488 1 0.5143 -0.12989 0.540 0.000 0.004 0.456
#> GSM483489 1 0.7550 0.42414 0.464 0.000 0.204 0.332
#> GSM483490 3 0.4564 0.64809 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM483491 1 0.4697 0.48371 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483492 1 0.4122 0.29936 0.760 0.000 0.004 0.236
#> GSM483493 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.2443 0.57392 0.916 0.000 0.024 0.060
#> GSM483495 1 0.1716 0.60322 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.62904 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.6386 0.173195 0.480 0.000 0.000 0.180 0.340
#> GSM483302 1 0.3736 0.681206 0.808 0.000 0.000 0.140 0.052
#> GSM483303 5 0.3368 0.647668 0.120 0.020 0.000 0.016 0.844
#> GSM483305 2 0.1893 0.824237 0.048 0.928 0.000 0.000 0.024
#> GSM483307 2 0.1211 0.835174 0.024 0.960 0.000 0.016 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.1410 0.560541 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM483317 4 0.3441 0.577731 0.004 0.000 0.148 0.824 0.024
#> GSM483318 3 0.2561 0.505354 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM483319 4 0.4451 0.234492 0.000 0.000 0.340 0.644 0.016
#> GSM483322 3 0.3461 0.513736 0.004 0.000 0.772 0.224 0.000
#> GSM483327 3 0.1792 0.550569 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.574564 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.7108 0.393359 0.324 0.056 0.488 0.132 0.000
#> GSM483332 3 0.4383 -0.076287 0.000 0.000 0.572 0.424 0.004
#> GSM483333 3 0.7855 0.180795 0.116 0.000 0.444 0.272 0.168
#> GSM483336 3 0.7060 0.342028 0.104 0.000 0.544 0.260 0.092
#> GSM483337 3 0.1732 0.552425 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM483339 2 0.0451 0.847076 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> GSM483351 1 0.7004 0.486076 0.584 0.000 0.100 0.164 0.152
#> GSM483352 5 0.2891 0.575667 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM483354 5 0.7947 0.155016 0.312 0.008 0.144 0.104 0.432
#> GSM483358 4 0.6291 0.499964 0.000 0.188 0.168 0.616 0.028
#> GSM483384 5 0.5364 0.444107 0.272 0.000 0.008 0.072 0.648
#> GSM483386 2 0.4290 0.513885 0.016 0.680 0.000 0.000 0.304
#> GSM483388 5 0.7620 0.450673 0.108 0.036 0.156 0.124 0.576
#> GSM483390 1 0.6695 0.129570 0.432 0.000 0.000 0.284 0.284
#> GSM483391 5 0.4622 0.606079 0.084 0.004 0.000 0.164 0.748
#> GSM483396 4 0.4119 0.563075 0.000 0.000 0.152 0.780 0.068
#> GSM483399 4 0.5948 0.340260 0.000 0.000 0.108 0.484 0.408
#> GSM483400 3 0.5752 0.491275 0.172 0.000 0.620 0.208 0.000
#> GSM483401 3 0.5753 0.300002 0.000 0.324 0.584 0.084 0.008
#> GSM483412 5 0.6651 0.331783 0.256 0.000 0.000 0.300 0.444
#> GSM483418 4 0.4444 0.506264 0.000 0.000 0.364 0.624 0.012
#> GSM483420 4 0.4341 0.506343 0.000 0.000 0.364 0.628 0.008
#> GSM483421 5 0.5785 0.099686 0.000 0.000 0.112 0.320 0.568
#> GSM483426 3 0.3750 0.294745 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> GSM483428 2 0.0671 0.842795 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM483431 1 0.2344 0.665590 0.904 0.000 0.000 0.032 0.064
#> GSM483436 5 0.7342 0.456227 0.096 0.004 0.108 0.272 0.520
#> GSM483442 1 0.6804 -0.065984 0.368 0.000 0.000 0.300 0.332
#> GSM483443 1 0.4864 0.613275 0.720 0.000 0.000 0.164 0.116
#> GSM483444 5 0.6785 0.196611 0.312 0.000 0.000 0.300 0.388
#> GSM483447 1 0.0324 0.698041 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483448 1 0.8405 0.187679 0.352 0.000 0.188 0.264 0.196
#> GSM483450 5 0.7355 0.249200 0.316 0.048 0.004 0.164 0.468
#> GSM483455 5 0.2536 0.615385 0.004 0.000 0.000 0.128 0.868
#> GSM483458 5 0.6483 0.397422 0.216 0.000 0.000 0.300 0.484
#> GSM483461 4 0.5574 0.469247 0.004 0.000 0.132 0.652 0.212
#> GSM483462 4 0.6708 -0.061155 0.204 0.000 0.008 0.476 0.312
#> GSM483464 1 0.6783 -0.000085 0.388 0.000 0.000 0.296 0.316
#> GSM483466 5 0.2462 0.623838 0.008 0.000 0.000 0.112 0.880
#> GSM483468 5 0.5394 0.521901 0.060 0.000 0.000 0.400 0.540
#> GSM483476 5 0.2605 0.604351 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM483477 5 0.5189 0.506858 0.240 0.024 0.000 0.048 0.688
#> GSM483300 2 0.5089 0.225082 0.004 0.536 0.432 0.028 0.000
#> GSM483308 2 0.0290 0.846970 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.4649 0.555825 0.220 0.000 0.716 0.064 0.000
#> GSM483338 4 0.5668 0.568816 0.000 0.000 0.232 0.624 0.144
#> GSM483353 1 0.3141 0.689700 0.832 0.000 0.000 0.152 0.016
#> GSM483361 1 0.5952 0.399055 0.584 0.000 0.000 0.164 0.252
#> GSM483363 5 0.4132 0.596132 0.020 0.000 0.000 0.260 0.720
#> GSM483364 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0162 0.697679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483368 4 0.5268 0.533007 0.000 0.000 0.320 0.612 0.068
#> GSM483371 5 0.4161 0.587350 0.188 0.016 0.000 0.024 0.772
#> GSM483372 5 0.2439 0.618287 0.004 0.000 0.000 0.120 0.876
#> GSM483373 5 0.3424 0.599838 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM483374 5 0.3438 0.596219 0.020 0.000 0.000 0.172 0.808
#> GSM483379 1 0.2770 0.704850 0.880 0.000 0.000 0.076 0.044
#> GSM483380 4 0.6487 0.525451 0.000 0.136 0.072 0.632 0.160
#> GSM483381 4 0.6620 -0.052135 0.208 0.000 0.004 0.476 0.312
#> GSM483389 4 0.6023 0.296520 0.148 0.000 0.224 0.616 0.012
#> GSM483404 5 0.6177 0.459119 0.164 0.000 0.000 0.304 0.532
#> GSM483405 1 0.4883 0.120424 0.652 0.000 0.300 0.048 0.000
#> GSM483410 1 0.0451 0.697299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM483411 3 0.6024 0.465397 0.152 0.000 0.588 0.256 0.004
#> GSM483413 5 0.3606 0.612502 0.152 0.024 0.000 0.008 0.816
#> GSM483416 1 0.6099 0.419100 0.536 0.000 0.004 0.336 0.124
#> GSM483417 3 0.5538 0.397987 0.428 0.000 0.504 0.068 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 4 0.6138 0.415509 0.036 0.000 0.144 0.644 0.176
#> GSM483433 3 0.6859 0.247810 0.256 0.000 0.452 0.284 0.008
#> GSM483434 3 0.5180 0.505818 0.312 0.000 0.624 0.064 0.000
#> GSM483445 3 0.7490 0.289948 0.124 0.000 0.472 0.304 0.100
#> GSM483459 3 0.5447 0.524239 0.168 0.000 0.660 0.172 0.000
#> GSM483465 1 0.6794 -0.014787 0.380 0.000 0.000 0.300 0.320
#> GSM483470 5 0.5118 0.579643 0.128 0.008 0.000 0.148 0.716
#> GSM483473 5 0.4696 0.506820 0.016 0.000 0.000 0.428 0.556
#> GSM483478 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 3 0.5343 0.486050 0.340 0.000 0.592 0.068 0.000
#> GSM483320 3 0.3160 0.568864 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> GSM483325 3 0.2891 0.545462 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM483329 2 0.8571 -0.006461 0.324 0.372 0.132 0.144 0.028
#> GSM483331 3 0.0609 0.580811 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.5447 -0.047069 0.572 0.000 0.356 0.072 0.000
#> GSM483341 3 0.0162 0.576262 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0162 0.573932 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483344 3 0.4313 0.438097 0.012 0.276 0.704 0.008 0.000
#> GSM483347 3 0.2377 0.533545 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM483348 3 0.5484 0.427854 0.392 0.000 0.540 0.068 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.1568 0.656631 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 3 0.5315 0.491726 0.332 0.000 0.600 0.068 0.000
#> GSM483367 1 0.3814 0.681453 0.808 0.000 0.000 0.124 0.068
#> GSM483369 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.3413 0.691578 0.832 0.000 0.000 0.124 0.044
#> GSM483376 4 0.3849 0.487627 0.136 0.000 0.052 0.808 0.004
#> GSM483377 3 0.6159 0.445144 0.332 0.000 0.532 0.132 0.004
#> GSM483378 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.1628 0.708378 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM483402 3 0.3558 0.576932 0.064 0.000 0.828 0.108 0.000
#> GSM483403 1 0.0693 0.702221 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM483406 1 0.1270 0.707178 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM483407 1 0.6417 0.332848 0.496 0.004 0.000 0.164 0.336
#> GSM483408 4 0.5315 0.479754 0.140 0.000 0.064 0.732 0.064
#> GSM483414 1 0.4789 0.619086 0.728 0.000 0.000 0.156 0.116
#> GSM483415 1 0.2830 0.705974 0.876 0.000 0.000 0.080 0.044
#> GSM483424 1 0.5990 0.517227 0.600 0.004 0.000 0.164 0.232
#> GSM483437 3 0.8398 0.025851 0.256 0.000 0.344 0.240 0.160
#> GSM483439 1 0.3764 0.675934 0.800 0.000 0.000 0.156 0.044
#> GSM483440 1 0.0000 0.696476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.6776 0.483090 0.584 0.000 0.160 0.200 0.056
#> GSM483449 1 0.2616 0.697063 0.888 0.000 0.000 0.036 0.076
#> GSM483454 1 0.5562 0.522730 0.644 0.000 0.156 0.200 0.000
#> GSM483456 4 0.5857 0.398576 0.000 0.280 0.092 0.612 0.016
#> GSM483460 1 0.5080 0.347750 0.628 0.000 0.000 0.056 0.316
#> GSM483463 5 0.2629 0.611478 0.004 0.000 0.000 0.136 0.860
#> GSM483471 1 0.4058 0.633611 0.784 0.000 0.000 0.064 0.152
#> GSM483297 2 0.3695 0.693069 0.036 0.800 0.000 0.000 0.164
#> GSM483298 2 0.3292 0.737655 0.032 0.844 0.000 0.004 0.120
#> GSM483299 2 0.2970 0.710887 0.004 0.828 0.000 0.000 0.168
#> GSM483306 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0162 0.847757 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.4276 0.489516 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM483316 3 0.4575 0.498376 0.052 0.000 0.712 0.236 0.000
#> GSM483321 3 0.3870 0.533261 0.016 0.000 0.792 0.176 0.016
#> GSM483324 4 0.3577 0.574290 0.000 0.000 0.160 0.808 0.032
#> GSM483326 2 0.3536 0.688964 0.000 0.812 0.156 0.032 0.000
#> GSM483335 4 0.2890 0.575402 0.000 0.000 0.160 0.836 0.004
#> GSM483340 3 0.5487 0.375040 0.000 0.280 0.620 0.100 0.000
#> GSM483342 2 0.4302 0.075859 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2179 0.774807 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0290 0.846970 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0566 0.846291 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM483357 5 0.5677 0.266550 0.080 0.424 0.000 0.000 0.496
#> GSM483359 1 0.8220 0.372229 0.524 0.104 0.132 0.064 0.176
#> GSM483360 4 0.5715 0.399825 0.000 0.280 0.088 0.620 0.012
#> GSM483382 4 0.5404 0.577741 0.000 0.000 0.152 0.664 0.184
#> GSM483383 5 0.4397 0.222645 0.004 0.432 0.000 0.000 0.564
#> GSM483387 5 0.6599 0.364015 0.272 0.000 0.000 0.264 0.464
#> GSM483392 5 0.4161 0.182821 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM483393 5 0.3022 0.634639 0.136 0.004 0.000 0.012 0.848
#> GSM483394 2 0.0290 0.847240 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483395 5 0.2839 0.642889 0.048 0.036 0.000 0.024 0.892
#> GSM483397 4 0.4457 0.367738 0.000 0.000 0.368 0.620 0.012
#> GSM483398 5 0.2488 0.617177 0.004 0.000 0.000 0.124 0.872
#> GSM483409 5 0.4134 0.584393 0.196 0.000 0.000 0.044 0.760
#> GSM483422 2 0.0000 0.848443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 1 0.7765 0.067190 0.448 0.028 0.320 0.164 0.040
#> GSM483425 5 0.2520 0.648898 0.096 0.012 0.000 0.004 0.888
#> GSM483429 5 0.2488 0.616887 0.004 0.000 0.000 0.124 0.872
#> GSM483430 5 0.5960 0.333445 0.000 0.352 0.000 0.120 0.528
#> GSM483432 5 0.3112 0.641508 0.100 0.044 0.000 0.000 0.856
#> GSM483435 4 0.5304 0.553280 0.000 0.000 0.292 0.628 0.080
#> GSM483438 5 0.2946 0.642386 0.088 0.044 0.000 0.000 0.868
#> GSM483441 5 0.2628 0.645030 0.088 0.028 0.000 0.000 0.884
#> GSM483451 5 0.2462 0.623838 0.008 0.000 0.000 0.112 0.880
#> GSM483452 1 0.6552 0.069992 0.444 0.000 0.000 0.208 0.348
#> GSM483453 5 0.2389 0.620132 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880
#> GSM483457 4 0.5733 0.563063 0.000 0.000 0.136 0.608 0.256
#> GSM483467 5 0.2338 0.621329 0.004 0.000 0.000 0.112 0.884
#> GSM483469 5 0.2623 0.648106 0.096 0.016 0.000 0.004 0.884
#> GSM483472 5 0.2824 0.625787 0.020 0.000 0.000 0.116 0.864
#> GSM483474 5 0.4297 0.579772 0.200 0.008 0.000 0.036 0.756
#> GSM483475 5 0.6141 0.318882 0.000 0.164 0.004 0.260 0.572
#> GSM483479 1 0.4691 0.669216 0.756 0.000 0.020 0.164 0.060
#> GSM483480 3 0.1792 0.550569 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM483481 3 0.1965 0.543872 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM483482 3 0.2179 0.533398 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM483483 3 0.4528 0.546676 0.144 0.000 0.752 0.104 0.000
#> GSM483484 1 0.8091 0.179255 0.444 0.048 0.288 0.180 0.040
#> GSM483485 4 0.4653 0.293541 0.000 0.000 0.472 0.516 0.012
#> GSM483486 3 0.1851 0.548520 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM483487 3 0.5670 0.479714 0.192 0.000 0.632 0.176 0.000
#> GSM483488 3 0.8551 -0.097132 0.280 0.000 0.288 0.204 0.228
#> GSM483489 3 0.6235 0.344276 0.344 0.000 0.500 0.156 0.000
#> GSM483490 3 0.4109 0.231703 0.000 0.000 0.700 0.288 0.012
#> GSM483491 3 0.6750 0.248339 0.300 0.000 0.452 0.244 0.004
#> GSM483492 5 0.6261 0.483869 0.156 0.000 0.000 0.356 0.488
#> GSM483493 5 0.6807 0.132422 0.336 0.000 0.000 0.300 0.364
#> GSM483494 5 0.5550 0.525393 0.072 0.000 0.000 0.400 0.528
#> GSM483495 5 0.5499 0.517117 0.068 0.000 0.000 0.400 0.532
#> GSM483496 5 0.6764 0.093584 0.364 0.000 0.000 0.268 0.368
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.5171 0.27204 0.560 0.000 0.000 0.000 0.336 0.104
#> GSM483302 1 0.2378 0.63990 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM483303 5 0.5048 -0.08100 0.068 0.012 0.000 0.000 0.604 0.316
#> GSM483305 2 0.1807 0.81530 0.020 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM483307 2 0.1985 0.81340 0.008 0.916 0.004 0.008 0.000 0.064
#> GSM483312 2 0.1387 0.81506 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483313 3 0.4781 0.42676 0.000 0.000 0.672 0.188 0.000 0.140
#> GSM483317 4 0.5742 0.43935 0.232 0.000 0.044 0.608 0.116 0.000
#> GSM483318 3 0.4590 0.38103 0.000 0.000 0.680 0.224 0.000 0.096
#> GSM483319 4 0.5931 0.40755 0.028 0.000 0.316 0.548 0.100 0.008
#> GSM483322 3 0.4976 0.23017 0.028 0.000 0.588 0.356 0.004 0.024
#> GSM483327 3 0.5046 0.40837 0.000 0.000 0.632 0.224 0.000 0.144
#> GSM483328 3 0.2129 0.52983 0.000 0.000 0.904 0.056 0.000 0.040
#> GSM483330 3 0.6843 0.27469 0.324 0.196 0.432 0.024 0.000 0.024
#> GSM483332 4 0.5537 0.42339 0.000 0.000 0.244 0.600 0.016 0.140
#> GSM483333 1 0.7845 0.03515 0.292 0.000 0.264 0.260 0.176 0.008
#> GSM483336 1 0.7543 -0.03861 0.320 0.000 0.312 0.240 0.124 0.004
#> GSM483337 3 0.4277 0.45264 0.000 0.000 0.732 0.124 0.000 0.144
#> GSM483339 2 0.0603 0.82510 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM483351 1 0.2964 0.59875 0.792 0.000 0.000 0.000 0.204 0.004
#> GSM483352 5 0.1942 0.38357 0.000 0.000 0.012 0.064 0.916 0.008
#> GSM483354 1 0.5080 0.14822 0.508 0.008 0.016 0.000 0.440 0.028
#> GSM483358 4 0.5884 0.54121 0.000 0.020 0.160 0.656 0.064 0.100
#> GSM483384 5 0.5592 0.22449 0.340 0.000 0.000 0.000 0.504 0.156
#> GSM483386 2 0.5527 -0.04599 0.000 0.560 0.000 0.000 0.208 0.232
#> GSM483388 5 0.7884 0.05727 0.240 0.024 0.048 0.076 0.464 0.148
#> GSM483390 1 0.5558 0.22153 0.524 0.000 0.000 0.000 0.316 0.160
#> GSM483391 5 0.5202 0.23933 0.140 0.000 0.000 0.000 0.600 0.260
#> GSM483396 4 0.4810 0.49985 0.112 0.000 0.036 0.724 0.128 0.000
#> GSM483399 5 0.5817 0.16635 0.000 0.000 0.076 0.200 0.624 0.100
#> GSM483400 3 0.4765 0.49025 0.236 0.000 0.684 0.064 0.008 0.008
#> GSM483401 3 0.7881 0.15033 0.000 0.268 0.340 0.232 0.020 0.140
#> GSM483412 5 0.5590 0.26952 0.328 0.000 0.000 0.000 0.512 0.160
#> GSM483418 4 0.4153 0.56857 0.000 0.000 0.184 0.752 0.024 0.040
#> GSM483420 4 0.5259 0.54548 0.000 0.000 0.284 0.620 0.036 0.060
#> GSM483421 5 0.3684 0.34545 0.004 0.000 0.052 0.124 0.808 0.012
#> GSM483426 3 0.4894 0.27231 0.000 0.000 0.688 0.200 0.020 0.092
#> GSM483428 2 0.2039 0.80180 0.020 0.904 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483431 1 0.1615 0.67362 0.928 0.000 0.000 0.004 0.004 0.064
#> GSM483436 5 0.4122 0.35204 0.316 0.000 0.000 0.004 0.660 0.020
#> GSM483442 1 0.6039 -0.08992 0.392 0.000 0.000 0.000 0.356 0.252
#> GSM483443 1 0.4358 0.54073 0.716 0.000 0.000 0.000 0.184 0.100
#> GSM483444 5 0.6068 0.12337 0.364 0.000 0.000 0.000 0.372 0.264
#> GSM483447 1 0.2019 0.66442 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088
#> GSM483448 1 0.5443 0.53606 0.680 0.000 0.032 0.064 0.192 0.032
#> GSM483450 5 0.5521 0.17803 0.392 0.004 0.000 0.000 0.488 0.116
#> GSM483455 5 0.0363 0.39288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483458 5 0.5549 0.32576 0.296 0.000 0.000 0.000 0.536 0.168
#> GSM483461 5 0.6336 0.17031 0.252 0.000 0.024 0.216 0.504 0.004
#> GSM483462 5 0.6356 0.21806 0.280 0.000 0.024 0.200 0.492 0.004
#> GSM483464 1 0.6044 -0.04851 0.404 0.000 0.000 0.000 0.336 0.260
#> GSM483466 5 0.2300 0.27029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483468 5 0.4897 0.41127 0.128 0.000 0.000 0.020 0.700 0.152
#> GSM483476 5 0.1642 0.38401 0.000 0.000 0.004 0.032 0.936 0.028
#> GSM483477 5 0.5715 0.20257 0.284 0.004 0.000 0.000 0.532 0.180
#> GSM483300 2 0.5713 0.35347 0.000 0.592 0.248 0.132 0.000 0.028
#> GSM483308 2 0.0146 0.82915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0260 0.83069 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483311 2 0.0865 0.82798 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483323 3 0.3686 0.55315 0.156 0.000 0.792 0.016 0.000 0.036
#> GSM483338 4 0.4823 0.58235 0.000 0.000 0.156 0.716 0.096 0.032
#> GSM483353 1 0.0696 0.67810 0.980 0.000 0.004 0.004 0.008 0.004
#> GSM483361 1 0.4444 0.47845 0.676 0.000 0.000 0.000 0.256 0.068
#> GSM483363 5 0.1807 0.42115 0.060 0.000 0.000 0.020 0.920 0.000
#> GSM483364 1 0.2611 0.64675 0.864 0.000 0.000 0.008 0.012 0.116
#> GSM483366 1 0.2536 0.65279 0.864 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116
#> GSM483368 4 0.5812 0.52239 0.000 0.000 0.248 0.540 0.204 0.008
#> GSM483371 6 0.5258 0.36303 0.084 0.004 0.000 0.000 0.412 0.500
#> GSM483372 5 0.2300 0.27329 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483373 5 0.1536 0.41688 0.040 0.000 0.000 0.016 0.940 0.004
#> GSM483374 5 0.3146 0.35022 0.000 0.000 0.012 0.060 0.848 0.080
#> GSM483379 1 0.2771 0.66775 0.852 0.000 0.000 0.000 0.116 0.032
#> GSM483380 4 0.5096 0.54769 0.000 0.120 0.036 0.736 0.044 0.064
#> GSM483381 5 0.6531 0.08426 0.272 0.000 0.012 0.292 0.416 0.008
#> GSM483389 4 0.6664 0.24996 0.184 0.000 0.316 0.452 0.044 0.004
#> GSM483404 5 0.4697 0.37762 0.260 0.000 0.000 0.060 0.668 0.012
#> GSM483405 1 0.5704 0.02314 0.500 0.000 0.368 0.012 0.000 0.120
#> GSM483410 1 0.2214 0.67088 0.892 0.000 0.000 0.004 0.012 0.092
#> GSM483411 3 0.5116 0.40471 0.144 0.000 0.656 0.192 0.004 0.004
#> GSM483413 6 0.4778 0.38580 0.040 0.004 0.000 0.000 0.464 0.492
#> GSM483416 1 0.4757 0.58660 0.728 0.000 0.032 0.076 0.160 0.004
#> GSM483417 3 0.5548 0.50194 0.224 0.000 0.624 0.032 0.000 0.120
#> GSM483419 1 0.2257 0.64641 0.876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.116
#> GSM483427 4 0.5635 0.32282 0.172 0.000 0.024 0.612 0.192 0.000
#> GSM483433 3 0.5990 0.23591 0.152 0.000 0.552 0.272 0.016 0.008
#> GSM483434 3 0.4813 0.53101 0.156 0.000 0.708 0.020 0.000 0.116
#> GSM483445 1 0.7415 0.14685 0.408 0.000 0.260 0.184 0.144 0.004
#> GSM483459 3 0.4252 0.54306 0.164 0.000 0.756 0.028 0.000 0.052
#> GSM483465 1 0.6000 -0.00835 0.420 0.000 0.000 0.000 0.336 0.244
#> GSM483470 5 0.5199 0.13643 0.120 0.000 0.000 0.000 0.580 0.300
#> GSM483473 5 0.4964 0.41005 0.116 0.000 0.000 0.028 0.700 0.156
#> GSM483478 1 0.2611 0.64675 0.864 0.000 0.000 0.008 0.012 0.116
#> GSM483304 2 0.1141 0.82748 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM483315 3 0.5325 0.51659 0.168 0.000 0.672 0.044 0.000 0.116
#> GSM483320 3 0.3232 0.56164 0.140 0.000 0.824 0.016 0.000 0.020
#> GSM483325 3 0.3432 0.53676 0.052 0.000 0.800 0.148 0.000 0.000
#> GSM483329 1 0.5061 0.15028 0.552 0.392 0.024 0.004 0.000 0.028
#> GSM483331 3 0.1434 0.54665 0.012 0.000 0.948 0.012 0.000 0.028
#> GSM483334 3 0.6004 0.22227 0.376 0.000 0.476 0.028 0.000 0.120
#> GSM483341 3 0.1313 0.54243 0.004 0.000 0.952 0.016 0.000 0.028
#> GSM483343 3 0.2145 0.53043 0.000 0.000 0.900 0.028 0.000 0.072
#> GSM483344 3 0.3996 0.27262 0.000 0.388 0.604 0.004 0.000 0.004
#> GSM483347 3 0.5431 0.18835 0.000 0.000 0.532 0.332 0.000 0.136
#> GSM483348 3 0.5408 0.48550 0.212 0.000 0.640 0.028 0.000 0.120
#> GSM483349 1 0.3975 0.57126 0.772 0.112 0.000 0.004 0.000 0.112
#> GSM483350 1 0.2053 0.64450 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.108
#> GSM483356 1 0.3975 0.54353 0.772 0.000 0.112 0.004 0.000 0.112
#> GSM483362 1 0.2611 0.64675 0.864 0.000 0.000 0.008 0.012 0.116
#> GSM483365 3 0.5229 0.52328 0.156 0.000 0.684 0.044 0.000 0.116
#> GSM483367 1 0.2454 0.63564 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM483369 1 0.2357 0.64880 0.872 0.000 0.000 0.000 0.012 0.116
#> GSM483370 1 0.2611 0.64675 0.864 0.000 0.000 0.008 0.012 0.116
#> GSM483375 1 0.2260 0.64632 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM483376 4 0.5699 0.43407 0.240 0.000 0.036 0.604 0.120 0.000
#> GSM483377 3 0.6490 0.42368 0.164 0.000 0.560 0.164 0.000 0.112
#> GSM483378 1 0.2455 0.65010 0.872 0.000 0.000 0.004 0.012 0.112
#> GSM483385 1 0.1168 0.67892 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM483402 3 0.3222 0.55050 0.140 0.000 0.824 0.024 0.000 0.012
#> GSM483403 1 0.1418 0.67856 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032
#> GSM483406 1 0.1225 0.67848 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM483407 1 0.3520 0.60596 0.776 0.000 0.000 0.000 0.188 0.036
#> GSM483408 4 0.7350 0.38546 0.196 0.000 0.120 0.436 0.240 0.008
#> GSM483414 1 0.2527 0.62970 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM483415 1 0.1124 0.67700 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM483424 1 0.5461 0.34940 0.568 0.000 0.000 0.000 0.184 0.248
#> GSM483437 1 0.7528 0.28717 0.420 0.000 0.204 0.200 0.168 0.008
#> GSM483439 1 0.2048 0.65471 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM483440 1 0.2257 0.64641 0.876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.116
#> GSM483446 1 0.5317 0.52707 0.664 0.000 0.180 0.016 0.132 0.008
#> GSM483449 1 0.4141 0.65639 0.740 0.000 0.000 0.000 0.168 0.092
#> GSM483454 1 0.3807 0.60431 0.784 0.000 0.164 0.036 0.012 0.004
#> GSM483456 4 0.6027 0.47054 0.000 0.164 0.032 0.640 0.040 0.124
#> GSM483460 1 0.5145 0.25577 0.484 0.000 0.000 0.000 0.432 0.084
#> GSM483463 5 0.1957 0.29155 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM483471 1 0.4205 0.64094 0.728 0.000 0.000 0.000 0.188 0.084
#> GSM483297 6 0.5542 0.47168 0.016 0.352 0.000 0.000 0.096 0.536
#> GSM483298 6 0.5449 0.43827 0.016 0.364 0.000 0.000 0.084 0.536
#> GSM483299 2 0.5390 -0.34771 0.004 0.452 0.000 0.000 0.096 0.448
#> GSM483306 2 0.1531 0.81347 0.004 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483309 2 0.0820 0.82428 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM483314 4 0.4907 0.53873 0.000 0.000 0.292 0.636 0.020 0.052
#> GSM483316 3 0.5630 0.46245 0.148 0.000 0.628 0.188 0.036 0.000
#> GSM483321 3 0.5320 0.38585 0.016 0.000 0.648 0.256 0.036 0.044
#> GSM483324 4 0.4579 0.54599 0.032 0.000 0.116 0.744 0.108 0.000
#> GSM483326 2 0.3170 0.72414 0.000 0.840 0.032 0.112 0.000 0.016
#> GSM483335 4 0.3916 0.57676 0.016 0.000 0.212 0.748 0.024 0.000
#> GSM483340 3 0.7309 0.32073 0.000 0.152 0.448 0.248 0.008 0.144
#> GSM483342 2 0.6189 0.04313 0.000 0.484 0.364 0.064 0.000 0.088
#> GSM483345 2 0.0547 0.82565 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0146 0.82915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.1152 0.82505 0.004 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM483357 6 0.5978 0.59162 0.012 0.300 0.000 0.000 0.184 0.504
#> GSM483359 1 0.2677 0.65493 0.892 0.008 0.028 0.000 0.040 0.032
#> GSM483360 4 0.5613 0.49838 0.000 0.140 0.040 0.680 0.024 0.116
#> GSM483382 4 0.5954 0.54051 0.000 0.000 0.168 0.592 0.196 0.044
#> GSM483383 6 0.5994 0.58692 0.000 0.252 0.000 0.000 0.316 0.432
#> GSM483387 5 0.4274 0.37006 0.288 0.000 0.000 0.012 0.676 0.024
#> GSM483392 5 0.4895 0.20675 0.000 0.000 0.032 0.140 0.712 0.116
#> GSM483393 5 0.5515 -0.10593 0.152 0.000 0.000 0.000 0.528 0.320
#> GSM483394 2 0.2110 0.80407 0.012 0.900 0.000 0.000 0.004 0.084
#> GSM483395 5 0.4754 -0.34991 0.016 0.024 0.000 0.000 0.544 0.416
#> GSM483397 4 0.5981 0.28592 0.140 0.000 0.320 0.520 0.012 0.008
#> GSM483398 5 0.1910 0.29748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM483409 5 0.5831 0.12287 0.264 0.000 0.000 0.000 0.492 0.244
#> GSM483422 2 0.0260 0.83069 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483423 1 0.6916 0.26657 0.516 0.092 0.296 0.020 0.056 0.020
#> GSM483425 5 0.4356 -0.32937 0.016 0.004 0.000 0.000 0.548 0.432
#> GSM483429 5 0.2260 0.27640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM483430 5 0.6204 -0.42254 0.000 0.272 0.000 0.004 0.372 0.352
#> GSM483432 5 0.4866 -0.49734 0.016 0.028 0.000 0.000 0.480 0.476
#> GSM483435 4 0.3499 0.58943 0.000 0.000 0.164 0.796 0.032 0.008
#> GSM483438 6 0.4795 0.44338 0.016 0.024 0.000 0.000 0.456 0.504
#> GSM483441 5 0.4546 -0.34789 0.016 0.012 0.000 0.000 0.540 0.432
#> GSM483451 5 0.2772 0.22585 0.000 0.004 0.000 0.000 0.816 0.180
#> GSM483452 1 0.4529 0.09507 0.508 0.000 0.000 0.000 0.460 0.032
#> GSM483453 5 0.2260 0.27998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM483457 5 0.5765 -0.08004 0.000 0.000 0.168 0.248 0.568 0.016
#> GSM483467 5 0.2300 0.29138 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483469 5 0.4310 -0.26053 0.016 0.004 0.000 0.000 0.576 0.404
#> GSM483472 5 0.1714 0.31766 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM483474 5 0.5906 0.02468 0.236 0.000 0.000 0.000 0.464 0.300
#> GSM483475 5 0.7555 -0.10121 0.000 0.156 0.016 0.340 0.360 0.128
#> GSM483479 1 0.1453 0.67625 0.944 0.000 0.008 0.000 0.040 0.008
#> GSM483480 3 0.5023 0.40638 0.000 0.000 0.636 0.220 0.000 0.144
#> GSM483481 3 0.5156 0.39051 0.000 0.000 0.612 0.244 0.000 0.144
#> GSM483482 3 0.4526 0.42614 0.000 0.000 0.704 0.164 0.000 0.132
#> GSM483483 3 0.4154 0.51268 0.136 0.008 0.772 0.076 0.000 0.008
#> GSM483484 1 0.6476 0.44234 0.616 0.148 0.144 0.012 0.060 0.020
#> GSM483485 4 0.4710 0.51023 0.000 0.000 0.336 0.616 0.024 0.024
#> GSM483486 3 0.4318 0.44932 0.000 0.000 0.728 0.132 0.000 0.140
#> GSM483487 3 0.4479 0.42777 0.356 0.000 0.608 0.032 0.000 0.004
#> GSM483488 1 0.6672 0.37814 0.524 0.000 0.204 0.044 0.212 0.016
#> GSM483489 3 0.6181 0.27779 0.388 0.108 0.468 0.020 0.000 0.016
#> GSM483490 4 0.5982 0.33800 0.000 0.000 0.372 0.472 0.020 0.136
#> GSM483491 1 0.6769 0.03013 0.432 0.000 0.304 0.224 0.028 0.012
#> GSM483492 5 0.5477 0.35851 0.276 0.000 0.000 0.000 0.556 0.168
#> GSM483493 5 0.6044 0.11690 0.372 0.000 0.000 0.000 0.376 0.252
#> GSM483494 5 0.5095 0.41175 0.160 0.000 0.000 0.016 0.672 0.152
#> GSM483495 5 0.4931 0.41061 0.128 0.000 0.000 0.020 0.696 0.156
#> GSM483496 5 0.5358 0.15640 0.392 0.000 0.000 0.000 0.496 0.112
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:mclust 119 1.00000 2.92e-09 2
#> MAD:mclust 173 0.26744 8.42e-11 3
#> MAD:mclust 100 0.01010 4.20e-07 4
#> MAD:mclust 121 0.00364 5.42e-09 5
#> MAD:mclust 82 0.34805 1.53e-04 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.825 0.912 0.962 0.4815 0.522 0.522
#> 3 3 0.398 0.348 0.607 0.3465 0.674 0.449
#> 4 4 0.543 0.643 0.785 0.1382 0.758 0.415
#> 5 5 0.724 0.748 0.870 0.0576 0.902 0.655
#> 6 6 0.645 0.511 0.719 0.0534 0.853 0.460
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483318 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483319 1 0.9491 0.4690 0.632 0.368
#> GSM483322 1 0.9983 0.1567 0.524 0.476
#> GSM483327 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483328 1 0.2948 0.9135 0.948 0.052
#> GSM483330 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.6343 0.8130 0.840 0.160
#> GSM483336 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.1414 0.9522 0.020 0.980
#> GSM483351 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483352 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483386 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483388 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483396 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483399 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0376 0.9670 0.004 0.996
#> GSM483428 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.0672 0.9471 0.992 0.008
#> GSM483436 1 0.7139 0.7724 0.804 0.196
#> GSM483442 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483450 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483455 2 0.9170 0.4724 0.332 0.668
#> GSM483458 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.8016 0.7063 0.756 0.244
#> GSM483462 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483466 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0938 0.9601 0.012 0.988
#> GSM483477 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483338 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483353 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.8267 0.6813 0.740 0.260
#> GSM483364 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0672 0.9637 0.008 0.992
#> GSM483371 1 0.0376 0.9499 0.996 0.004
#> GSM483372 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483373 1 0.9983 0.1568 0.524 0.476
#> GSM483374 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483413 2 0.9754 0.2609 0.408 0.592
#> GSM483416 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483434 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.6623 0.8004 0.828 0.172
#> GSM483473 1 0.1184 0.9413 0.984 0.016
#> GSM483478 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483329 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483331 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483344 2 0.7453 0.7171 0.212 0.788
#> GSM483347 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.6438 0.8090 0.836 0.164
#> GSM483414 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483463 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.8713 0.6264 0.708 0.292
#> GSM483316 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483324 1 0.7528 0.7465 0.784 0.216
#> GSM483326 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.7219 0.7675 0.800 0.200
#> GSM483340 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483359 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483393 1 0.8016 0.7066 0.756 0.244
#> GSM483394 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483395 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483397 1 0.3274 0.9069 0.940 0.060
#> GSM483398 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.7299 0.7556 0.796 0.204
#> GSM483425 2 0.0376 0.9670 0.004 0.996
#> GSM483429 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483441 2 0.1843 0.9450 0.028 0.972
#> GSM483451 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483453 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483457 2 0.0376 0.9670 0.004 0.996
#> GSM483467 2 0.6343 0.7900 0.160 0.840
#> GSM483469 1 0.9850 0.3116 0.572 0.428
#> GSM483472 2 0.9963 0.0622 0.464 0.536
#> GSM483474 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.6148 0.8012 0.152 0.848
#> GSM483483 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483484 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.8909 0.5279 0.308 0.692
#> GSM483487 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000
#> GSM483491 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9526 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.3192 0.52805 0.888 0.000 0.112
#> GSM483302 1 0.6126 0.19066 0.600 0.000 0.400
#> GSM483303 1 0.6291 -0.33017 0.532 0.468 0.000
#> GSM483305 2 0.5760 0.61387 0.328 0.672 0.000
#> GSM483307 2 0.0983 0.72862 0.016 0.980 0.004
#> GSM483312 2 0.4605 0.69645 0.204 0.796 0.000
#> GSM483313 2 0.6302 0.26892 0.000 0.520 0.480
#> GSM483317 3 0.7923 0.45537 0.228 0.120 0.652
#> GSM483318 3 0.4702 0.36367 0.000 0.212 0.788
#> GSM483319 3 0.7565 0.38210 0.084 0.256 0.660
#> GSM483322 3 0.6148 0.09378 0.004 0.356 0.640
#> GSM483327 3 0.6309 -0.24535 0.000 0.496 0.504
#> GSM483328 3 0.4842 0.34536 0.000 0.224 0.776
#> GSM483330 3 0.3941 0.49709 0.156 0.000 0.844
#> GSM483332 2 0.6168 0.37357 0.000 0.588 0.412
#> GSM483333 3 0.6705 0.47443 0.176 0.084 0.740
#> GSM483336 3 0.4702 0.46642 0.212 0.000 0.788
#> GSM483337 3 0.6291 -0.18848 0.000 0.468 0.532
#> GSM483339 2 0.7824 0.68236 0.212 0.664 0.124
#> GSM483351 1 0.4654 0.49037 0.792 0.000 0.208
#> GSM483352 2 0.5291 0.62013 0.268 0.732 0.000
#> GSM483354 1 0.1643 0.53217 0.956 0.000 0.044
#> GSM483358 2 0.1753 0.71171 0.000 0.952 0.048
#> GSM483384 1 0.0237 0.52932 0.996 0.000 0.004
#> GSM483386 1 0.6267 -0.30422 0.548 0.452 0.000
#> GSM483388 2 0.4654 0.67659 0.208 0.792 0.000
#> GSM483390 1 0.5254 0.43764 0.736 0.000 0.264
#> GSM483391 1 0.1765 0.51705 0.956 0.040 0.004
#> GSM483396 3 0.5621 0.36281 0.308 0.000 0.692
#> GSM483399 2 0.5201 0.62065 0.236 0.760 0.004
#> GSM483400 3 0.3816 0.50170 0.148 0.000 0.852
#> GSM483401 2 0.1860 0.71000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483412 1 0.4796 0.47993 0.780 0.000 0.220
#> GSM483418 2 0.6026 0.42120 0.000 0.624 0.376
#> GSM483420 2 0.6299 0.27274 0.000 0.524 0.476
#> GSM483421 2 0.0237 0.72672 0.004 0.996 0.000
#> GSM483426 3 0.6308 -0.22486 0.000 0.492 0.508
#> GSM483428 2 0.4682 0.70168 0.192 0.804 0.004
#> GSM483431 3 0.6513 0.14591 0.476 0.004 0.520
#> GSM483436 1 0.4174 0.53119 0.872 0.036 0.092
#> GSM483442 1 0.4654 0.48839 0.792 0.000 0.208
#> GSM483443 1 0.3816 0.51856 0.852 0.000 0.148
#> GSM483444 1 0.3619 0.52242 0.864 0.000 0.136
#> GSM483447 1 0.6305 -0.04987 0.516 0.000 0.484
#> GSM483448 1 0.9370 -0.16847 0.420 0.168 0.412
#> GSM483450 1 0.1964 0.53347 0.944 0.000 0.056
#> GSM483455 1 0.6126 0.01663 0.600 0.400 0.000
#> GSM483458 1 0.2625 0.53218 0.916 0.000 0.084
#> GSM483461 1 0.9916 -0.02056 0.396 0.288 0.316
#> GSM483462 1 0.6286 0.07835 0.536 0.000 0.464
#> GSM483464 1 0.4842 0.47669 0.776 0.000 0.224
#> GSM483466 1 0.6235 -0.26802 0.564 0.436 0.000
#> GSM483468 1 0.4796 0.47993 0.780 0.000 0.220
#> GSM483476 2 0.5760 0.51312 0.328 0.672 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.52846 1.000 0.000 0.000
#> GSM483300 2 0.8894 0.55778 0.152 0.548 0.300
#> GSM483308 2 0.4605 0.69626 0.204 0.796 0.000
#> GSM483310 2 0.5319 0.72198 0.104 0.824 0.072
#> GSM483311 2 0.4291 0.70488 0.180 0.820 0.000
#> GSM483323 3 0.0424 0.52797 0.008 0.000 0.992
#> GSM483338 2 0.0237 0.72574 0.000 0.996 0.004
#> GSM483353 3 0.6299 0.13812 0.476 0.000 0.524
#> GSM483361 1 0.5138 0.45089 0.748 0.000 0.252
#> GSM483363 1 0.6490 0.46540 0.752 0.172 0.076
#> GSM483364 1 0.6309 -0.07563 0.504 0.000 0.496
#> GSM483366 3 0.6295 0.14688 0.472 0.000 0.528
#> GSM483368 2 0.2959 0.68422 0.000 0.900 0.100
#> GSM483371 1 0.0424 0.52615 0.992 0.008 0.000
#> GSM483372 2 0.5760 0.56968 0.328 0.672 0.000
#> GSM483373 2 0.8581 -0.19421 0.444 0.460 0.096
#> GSM483374 2 0.4796 0.66323 0.220 0.780 0.000
#> GSM483379 1 0.6295 0.00229 0.528 0.000 0.472
#> GSM483380 2 0.0747 0.72767 0.016 0.984 0.000
#> GSM483381 3 0.6302 0.12221 0.480 0.000 0.520
#> GSM483389 3 0.7360 0.46961 0.212 0.096 0.692
#> GSM483404 1 0.6305 -0.03570 0.516 0.000 0.484
#> GSM483405 3 0.6126 0.26415 0.400 0.000 0.600
#> GSM483410 1 0.5678 0.35579 0.684 0.000 0.316
#> GSM483411 3 0.0237 0.52737 0.004 0.000 0.996
#> GSM483413 1 0.2625 0.49343 0.916 0.084 0.000
#> GSM483416 3 0.6299 0.13753 0.476 0.000 0.524
#> GSM483417 3 0.4346 0.48656 0.184 0.000 0.816
#> GSM483419 3 0.6299 0.13777 0.476 0.000 0.524
#> GSM483427 3 0.6204 0.21778 0.424 0.000 0.576
#> GSM483433 3 0.5201 0.34789 0.004 0.236 0.760
#> GSM483434 3 0.1289 0.52861 0.032 0.000 0.968
#> GSM483445 3 0.5678 0.36280 0.316 0.000 0.684
#> GSM483459 3 0.1163 0.52921 0.028 0.000 0.972
#> GSM483465 1 0.4504 0.49581 0.804 0.000 0.196
#> GSM483470 1 0.1267 0.52328 0.972 0.024 0.004
#> GSM483473 1 0.6556 0.38844 0.692 0.032 0.276
#> GSM483478 3 0.6305 0.11572 0.484 0.000 0.516
#> GSM483304 2 0.6109 0.70272 0.192 0.760 0.048
#> GSM483315 3 0.5560 0.39062 0.300 0.000 0.700
#> GSM483320 3 0.0237 0.52570 0.000 0.004 0.996
#> GSM483325 3 0.0592 0.52823 0.012 0.000 0.988
#> GSM483329 1 0.6140 0.04463 0.596 0.000 0.404
#> GSM483331 3 0.2261 0.50772 0.000 0.068 0.932
#> GSM483334 3 0.6235 0.21618 0.436 0.000 0.564
#> GSM483341 3 0.2261 0.50716 0.000 0.068 0.932
#> GSM483343 3 0.4931 0.33227 0.000 0.232 0.768
#> GSM483344 3 0.6057 0.04348 0.004 0.340 0.656
#> GSM483347 2 0.6291 0.28828 0.000 0.532 0.468
#> GSM483348 3 0.5968 0.31471 0.364 0.000 0.636
#> GSM483349 3 0.6280 0.17180 0.460 0.000 0.540
#> GSM483350 3 0.6295 0.14686 0.472 0.000 0.528
#> GSM483356 3 0.6260 0.19494 0.448 0.000 0.552
#> GSM483362 3 0.6307 0.10330 0.488 0.000 0.512
#> GSM483365 3 0.5327 0.41958 0.272 0.000 0.728
#> GSM483367 3 0.6309 0.05430 0.500 0.000 0.500
#> GSM483369 3 0.6302 0.12720 0.480 0.000 0.520
#> GSM483370 3 0.6302 0.12720 0.480 0.000 0.520
#> GSM483375 1 0.6302 -0.02301 0.520 0.000 0.480
#> GSM483376 3 0.5058 0.43886 0.244 0.000 0.756
#> GSM483377 3 0.3192 0.51675 0.112 0.000 0.888
#> GSM483378 1 0.6299 -0.01046 0.524 0.000 0.476
#> GSM483385 1 0.5760 0.34048 0.672 0.000 0.328
#> GSM483402 3 0.1525 0.52716 0.032 0.004 0.964
#> GSM483403 1 0.6308 -0.06261 0.508 0.000 0.492
#> GSM483406 1 0.6244 0.09243 0.560 0.000 0.440
#> GSM483407 1 0.5760 0.24381 0.672 0.000 0.328
#> GSM483408 3 0.9150 0.39136 0.272 0.192 0.536
#> GSM483414 1 0.6309 -0.08421 0.500 0.000 0.500
#> GSM483415 3 0.6299 0.13722 0.476 0.000 0.524
#> GSM483424 1 0.1289 0.53289 0.968 0.000 0.032
#> GSM483437 3 0.6676 0.02048 0.476 0.008 0.516
#> GSM483439 1 0.6299 -0.01046 0.524 0.000 0.476
#> GSM483440 3 0.6299 0.13777 0.476 0.000 0.524
#> GSM483446 3 0.6244 0.16098 0.440 0.000 0.560
#> GSM483449 3 0.6308 0.08895 0.492 0.000 0.508
#> GSM483454 3 0.6244 0.20669 0.440 0.000 0.560
#> GSM483456 2 0.0424 0.72520 0.000 0.992 0.008
#> GSM483460 1 0.6280 0.03794 0.540 0.000 0.460
#> GSM483463 2 0.6126 0.45629 0.400 0.600 0.000
#> GSM483471 1 0.6291 0.01452 0.532 0.000 0.468
#> GSM483297 2 0.6126 0.52749 0.400 0.600 0.000
#> GSM483298 2 0.4887 0.68656 0.228 0.772 0.000
#> GSM483299 2 0.6291 0.42937 0.468 0.532 0.000
#> GSM483306 2 0.3267 0.72405 0.116 0.884 0.000
#> GSM483309 2 0.5098 0.67206 0.248 0.752 0.000
#> GSM483314 3 0.4974 0.32602 0.000 0.236 0.764
#> GSM483316 3 0.2448 0.52556 0.076 0.000 0.924
#> GSM483321 2 0.6225 0.33857 0.000 0.568 0.432
#> GSM483324 3 0.5526 0.48265 0.036 0.172 0.792
#> GSM483326 2 0.3530 0.73137 0.068 0.900 0.032
#> GSM483335 3 0.5253 0.42200 0.020 0.188 0.792
#> GSM483340 2 0.5859 0.46241 0.000 0.656 0.344
#> GSM483342 2 0.6008 0.42677 0.000 0.628 0.372
#> GSM483345 2 0.0237 0.72576 0.000 0.996 0.004
#> GSM483346 2 0.4291 0.70720 0.180 0.820 0.000
#> GSM483355 2 0.5363 0.65196 0.276 0.724 0.000
#> GSM483357 2 0.6140 0.52154 0.404 0.596 0.000
#> GSM483359 1 0.0424 0.52689 0.992 0.008 0.000
#> GSM483360 2 0.0592 0.72470 0.000 0.988 0.012
#> GSM483382 2 0.1163 0.72791 0.028 0.972 0.000
#> GSM483383 2 0.6309 0.38027 0.496 0.504 0.000
#> GSM483387 1 0.5591 0.38209 0.696 0.000 0.304
#> GSM483392 2 0.1753 0.72792 0.048 0.952 0.000
#> GSM483393 1 0.2165 0.50456 0.936 0.064 0.000
#> GSM483394 2 0.4702 0.69486 0.212 0.788 0.000
#> GSM483395 1 0.6295 -0.33779 0.528 0.472 0.000
#> GSM483397 3 0.3030 0.50919 0.004 0.092 0.904
#> GSM483398 1 0.6302 -0.34725 0.520 0.480 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.52846 1.000 0.000 0.000
#> GSM483422 2 0.4521 0.70518 0.180 0.816 0.004
#> GSM483423 3 0.9964 0.02446 0.300 0.328 0.372
#> GSM483425 1 0.6095 -0.17270 0.608 0.392 0.000
#> GSM483429 2 0.6274 0.44101 0.456 0.544 0.000
#> GSM483430 2 0.4887 0.68656 0.228 0.772 0.000
#> GSM483432 1 0.6280 -0.31547 0.540 0.460 0.000
#> GSM483435 2 0.0747 0.72412 0.000 0.984 0.016
#> GSM483438 1 0.6291 -0.33045 0.532 0.468 0.000
#> GSM483441 1 0.5785 -0.01570 0.668 0.332 0.000
#> GSM483451 1 0.6126 -0.19083 0.600 0.400 0.000
#> GSM483452 1 0.5327 0.42768 0.728 0.000 0.272
#> GSM483453 1 0.6307 -0.34014 0.512 0.488 0.000
#> GSM483457 2 0.4346 0.65303 0.184 0.816 0.000
#> GSM483467 1 0.6026 -0.07124 0.624 0.376 0.000
#> GSM483469 1 0.3340 0.45476 0.880 0.120 0.000
#> GSM483472 1 0.4605 0.30533 0.796 0.204 0.000
#> GSM483474 1 0.0000 0.52846 1.000 0.000 0.000
#> GSM483475 2 0.1964 0.72697 0.056 0.944 0.000
#> GSM483479 1 0.6244 0.09058 0.560 0.000 0.440
#> GSM483480 2 0.6302 0.26892 0.000 0.520 0.480
#> GSM483481 2 0.6291 0.28911 0.000 0.532 0.468
#> GSM483482 3 0.6291 -0.18869 0.000 0.468 0.532
#> GSM483483 3 0.0424 0.52767 0.008 0.000 0.992
#> GSM483484 1 0.5431 0.36308 0.716 0.000 0.284
#> GSM483485 2 0.5926 0.44856 0.000 0.644 0.356
#> GSM483486 3 0.6095 -0.01135 0.000 0.392 0.608
#> GSM483487 3 0.3038 0.51779 0.104 0.000 0.896
#> GSM483488 1 0.5874 0.48892 0.760 0.032 0.208
#> GSM483489 3 0.4968 0.47842 0.188 0.012 0.800
#> GSM483490 3 0.6307 -0.22930 0.000 0.488 0.512
#> GSM483491 3 0.5650 0.36743 0.312 0.000 0.688
#> GSM483492 1 0.3340 0.52738 0.880 0.000 0.120
#> GSM483493 1 0.3412 0.52570 0.876 0.000 0.124
#> GSM483494 1 0.4842 0.48051 0.776 0.000 0.224
#> GSM483495 1 0.5291 0.43282 0.732 0.000 0.268
#> GSM483496 1 0.5178 0.44659 0.744 0.000 0.256
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.4276 0.6898 0.192 0.004 0.016 0.788
#> GSM483302 1 0.2081 0.8346 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM483303 4 0.2987 0.5539 0.000 0.104 0.016 0.880
#> GSM483305 2 0.6070 0.5992 0.044 0.584 0.004 0.368
#> GSM483307 2 0.2943 0.6999 0.000 0.892 0.032 0.076
#> GSM483312 2 0.4313 0.6696 0.000 0.736 0.004 0.260
#> GSM483313 3 0.0524 0.7917 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM483317 3 0.5689 0.6535 0.188 0.008 0.724 0.080
#> GSM483318 3 0.1059 0.7927 0.012 0.016 0.972 0.000
#> GSM483319 3 0.3376 0.7669 0.008 0.016 0.868 0.108
#> GSM483322 3 0.1471 0.7926 0.012 0.024 0.960 0.004
#> GSM483327 3 0.0707 0.7870 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM483328 3 0.1798 0.7974 0.040 0.016 0.944 0.000
#> GSM483330 1 0.5558 0.0859 0.548 0.000 0.432 0.020
#> GSM483332 3 0.4543 0.4626 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM483333 3 0.4569 0.7429 0.052 0.004 0.800 0.144
#> GSM483336 3 0.4332 0.7631 0.072 0.000 0.816 0.112
#> GSM483337 3 0.0779 0.7898 0.004 0.016 0.980 0.000
#> GSM483339 2 0.6363 0.5964 0.028 0.584 0.028 0.360
#> GSM483351 4 0.3787 0.6862 0.124 0.000 0.036 0.840
#> GSM483352 2 0.5987 -0.0271 0.016 0.532 0.016 0.436
#> GSM483354 4 0.1985 0.6292 0.020 0.012 0.024 0.944
#> GSM483358 2 0.2704 0.6545 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM483384 4 0.6189 0.5539 0.372 0.060 0.000 0.568
#> GSM483386 4 0.4431 0.2940 0.004 0.252 0.004 0.740
#> GSM483388 4 0.5078 0.2990 0.000 0.272 0.028 0.700
#> GSM483390 4 0.5649 0.5765 0.344 0.000 0.036 0.620
#> GSM483391 4 0.5448 0.6703 0.244 0.056 0.000 0.700
#> GSM483396 3 0.7716 0.0785 0.356 0.000 0.416 0.228
#> GSM483399 4 0.5827 0.2725 0.000 0.436 0.032 0.532
#> GSM483400 3 0.4139 0.7539 0.176 0.000 0.800 0.024
#> GSM483401 2 0.2814 0.6498 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM483412 4 0.5233 0.5984 0.332 0.000 0.020 0.648
#> GSM483418 3 0.4996 0.1013 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM483420 2 0.4967 0.0578 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM483421 2 0.2125 0.6752 0.004 0.920 0.076 0.000
#> GSM483426 2 0.6462 0.4903 0.172 0.676 0.140 0.012
#> GSM483428 2 0.5764 0.6596 0.056 0.692 0.008 0.244
#> GSM483431 1 0.0657 0.8750 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483436 4 0.4214 0.6895 0.204 0.000 0.016 0.780
#> GSM483442 4 0.5326 0.5363 0.380 0.000 0.016 0.604
#> GSM483443 1 0.3047 0.7964 0.872 0.012 0.000 0.116
#> GSM483444 4 0.4399 0.6900 0.212 0.000 0.020 0.768
#> GSM483447 1 0.0657 0.8750 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483448 1 0.7123 0.4515 0.616 0.188 0.016 0.180
#> GSM483450 4 0.1724 0.6453 0.032 0.000 0.020 0.948
#> GSM483455 4 0.6236 0.5382 0.068 0.284 0.008 0.640
#> GSM483458 4 0.3658 0.6885 0.144 0.000 0.020 0.836
#> GSM483461 1 0.6157 0.5763 0.672 0.256 0.028 0.044
#> GSM483462 4 0.6454 0.5452 0.344 0.000 0.084 0.572
#> GSM483464 4 0.5417 0.4877 0.412 0.000 0.016 0.572
#> GSM483466 4 0.3946 0.5839 0.020 0.168 0.000 0.812
#> GSM483468 4 0.5253 0.5659 0.360 0.000 0.016 0.624
#> GSM483476 2 0.6366 -0.2005 0.032 0.492 0.016 0.460
#> GSM483477 4 0.3051 0.5667 0.028 0.088 0.000 0.884
#> GSM483300 2 0.8047 0.4835 0.020 0.492 0.248 0.240
#> GSM483308 2 0.4872 0.6195 0.000 0.640 0.004 0.356
#> GSM483310 2 0.5305 0.6857 0.008 0.732 0.044 0.216
#> GSM483311 2 0.4391 0.6730 0.000 0.740 0.008 0.252
#> GSM483323 3 0.3219 0.7622 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM483338 2 0.2868 0.6480 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM483353 1 0.0844 0.8738 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM483361 1 0.1211 0.8729 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483363 4 0.7628 0.5846 0.248 0.204 0.012 0.536
#> GSM483364 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 2 0.3105 0.6440 0.004 0.856 0.140 0.000
#> GSM483371 4 0.4940 0.6154 0.128 0.096 0.000 0.776
#> GSM483372 2 0.2450 0.6685 0.000 0.912 0.016 0.072
#> GSM483373 2 0.5858 0.4175 0.292 0.660 0.028 0.020
#> GSM483374 2 0.5666 0.4514 0.028 0.708 0.028 0.236
#> GSM483379 1 0.1389 0.8704 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483380 2 0.3392 0.6590 0.000 0.856 0.124 0.020
#> GSM483381 1 0.1302 0.8725 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM483389 1 0.4322 0.7769 0.828 0.120 0.032 0.020
#> GSM483404 1 0.1302 0.8714 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM483405 1 0.0188 0.8791 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483410 1 0.0592 0.8767 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483411 1 0.4428 0.5706 0.720 0.004 0.276 0.000
#> GSM483413 4 0.3991 0.4666 0.020 0.172 0.000 0.808
#> GSM483416 1 0.0921 0.8777 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483417 1 0.1488 0.8581 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM483419 1 0.0469 0.8764 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483427 4 0.7828 0.3612 0.292 0.000 0.296 0.412
#> GSM483433 1 0.5733 0.5074 0.652 0.308 0.028 0.012
#> GSM483434 3 0.3528 0.7408 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM483445 3 0.6320 0.5852 0.160 0.000 0.660 0.180
#> GSM483459 3 0.3693 0.7841 0.072 0.000 0.856 0.072
#> GSM483465 4 0.4387 0.6917 0.200 0.000 0.024 0.776
#> GSM483470 4 0.2845 0.6578 0.076 0.028 0.000 0.896
#> GSM483473 4 0.5769 0.3551 0.468 0.020 0.004 0.508
#> GSM483478 1 0.0336 0.8805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483304 2 0.5516 0.6602 0.036 0.692 0.008 0.264
#> GSM483315 1 0.3384 0.8089 0.860 0.000 0.116 0.024
#> GSM483320 3 0.3074 0.7689 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM483325 3 0.2921 0.7753 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM483329 1 0.4684 0.6262 0.756 0.016 0.008 0.220
#> GSM483331 3 0.2469 0.7875 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM483334 1 0.2813 0.8410 0.896 0.000 0.080 0.024
#> GSM483341 3 0.2611 0.7911 0.096 0.008 0.896 0.000
#> GSM483343 3 0.2300 0.7962 0.048 0.028 0.924 0.000
#> GSM483344 3 0.6665 0.4527 0.076 0.320 0.592 0.012
#> GSM483347 3 0.4978 0.3129 0.004 0.384 0.612 0.000
#> GSM483348 1 0.2385 0.8636 0.920 0.000 0.052 0.028
#> GSM483349 1 0.0657 0.8750 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483350 1 0.0657 0.8750 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483356 1 0.0657 0.8750 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483362 1 0.0469 0.8805 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483365 1 0.1677 0.8713 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM483367 1 0.1118 0.8751 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM483369 1 0.0592 0.8800 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483370 1 0.0469 0.8805 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483375 1 0.1389 0.8698 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483376 1 0.5386 0.3344 0.612 0.000 0.368 0.020
#> GSM483377 1 0.1722 0.8681 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM483378 1 0.0921 0.8780 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483385 1 0.1022 0.8769 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM483402 1 0.4894 0.5413 0.720 0.008 0.260 0.012
#> GSM483403 1 0.0707 0.8797 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483406 1 0.0336 0.8804 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483407 1 0.2408 0.8457 0.920 0.016 0.004 0.060
#> GSM483408 1 0.5139 0.6889 0.760 0.188 0.028 0.024
#> GSM483414 1 0.1211 0.8736 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483415 1 0.0707 0.8796 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483424 1 0.5200 0.6169 0.744 0.072 0.000 0.184
#> GSM483437 4 0.7000 0.3376 0.108 0.004 0.368 0.520
#> GSM483439 1 0.0921 0.8777 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM483440 1 0.0336 0.8779 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483446 4 0.7645 0.4315 0.264 0.000 0.268 0.468
#> GSM483449 1 0.1022 0.8765 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM483454 1 0.1209 0.8765 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM483456 2 0.2760 0.6527 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM483460 1 0.1389 0.8686 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483463 2 0.5506 0.2457 0.004 0.640 0.024 0.332
#> GSM483471 1 0.3486 0.6898 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM483297 2 0.4889 0.6175 0.000 0.636 0.004 0.360
#> GSM483298 2 0.4313 0.6675 0.000 0.736 0.004 0.260
#> GSM483299 2 0.5126 0.5216 0.000 0.552 0.004 0.444
#> GSM483306 2 0.2376 0.6977 0.000 0.916 0.016 0.068
#> GSM483309 2 0.4991 0.5908 0.000 0.608 0.004 0.388
#> GSM483314 3 0.0895 0.7884 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM483316 3 0.3351 0.7709 0.148 0.000 0.844 0.008
#> GSM483321 3 0.1059 0.7910 0.000 0.016 0.972 0.012
#> GSM483324 3 0.6269 0.6013 0.272 0.096 0.632 0.000
#> GSM483326 2 0.7121 0.6320 0.000 0.540 0.160 0.300
#> GSM483335 3 0.4726 0.6684 0.024 0.168 0.788 0.020
#> GSM483340 3 0.4888 0.1741 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM483342 3 0.5112 0.1451 0.000 0.436 0.560 0.004
#> GSM483345 2 0.6356 0.6621 0.000 0.604 0.088 0.308
#> GSM483346 2 0.4955 0.6294 0.000 0.648 0.008 0.344
#> GSM483355 2 0.4950 0.6032 0.000 0.620 0.004 0.376
#> GSM483357 2 0.5088 0.5505 0.000 0.572 0.004 0.424
#> GSM483359 1 0.7477 -0.0147 0.424 0.152 0.004 0.420
#> GSM483360 2 0.2921 0.6452 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM483382 2 0.5006 0.6231 0.000 0.772 0.124 0.104
#> GSM483383 4 0.4560 0.1824 0.000 0.296 0.004 0.700
#> GSM483387 1 0.0336 0.8799 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 2 0.2662 0.6752 0.000 0.900 0.084 0.016
#> GSM483393 4 0.4957 0.6849 0.204 0.048 0.000 0.748
#> GSM483394 2 0.4761 0.6374 0.000 0.664 0.004 0.332
#> GSM483395 4 0.4040 0.4823 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM483397 1 0.3485 0.8196 0.876 0.048 0.068 0.008
#> GSM483398 4 0.5821 0.2676 0.020 0.412 0.008 0.560
#> GSM483409 4 0.1284 0.6378 0.024 0.000 0.012 0.964
#> GSM483422 2 0.4482 0.6723 0.000 0.728 0.008 0.264
#> GSM483423 2 0.8329 0.5214 0.144 0.468 0.052 0.336
#> GSM483425 4 0.2777 0.5564 0.004 0.104 0.004 0.888
#> GSM483429 2 0.2987 0.6562 0.000 0.880 0.016 0.104
#> GSM483430 2 0.2593 0.6987 0.000 0.904 0.016 0.080
#> GSM483432 4 0.2760 0.5218 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM483435 2 0.3311 0.6211 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM483438 4 0.3266 0.4707 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM483441 4 0.1256 0.6194 0.008 0.028 0.000 0.964
#> GSM483451 4 0.2363 0.6176 0.024 0.056 0.000 0.920
#> GSM483452 4 0.4948 0.4392 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM483453 4 0.4576 0.5514 0.020 0.232 0.000 0.748
#> GSM483457 4 0.6337 0.1753 0.000 0.464 0.060 0.476
#> GSM483467 4 0.5402 0.5141 0.024 0.288 0.008 0.680
#> GSM483469 4 0.2500 0.6373 0.044 0.040 0.000 0.916
#> GSM483472 4 0.6412 0.6471 0.152 0.144 0.016 0.688
#> GSM483474 4 0.1888 0.6521 0.044 0.000 0.016 0.940
#> GSM483475 2 0.2676 0.6717 0.000 0.896 0.092 0.012
#> GSM483479 1 0.0469 0.8794 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483480 3 0.0469 0.7917 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483481 3 0.0000 0.7914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0188 0.7927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483483 3 0.3383 0.7866 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM483484 4 0.5806 0.4922 0.080 0.004 0.216 0.700
#> GSM483485 3 0.4193 0.5336 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM483486 3 0.0188 0.7927 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483487 3 0.4171 0.7774 0.088 0.000 0.828 0.084
#> GSM483488 4 0.5178 0.5432 0.020 0.012 0.252 0.716
#> GSM483489 3 0.6954 0.6780 0.112 0.076 0.684 0.128
#> GSM483490 3 0.0921 0.7856 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM483491 3 0.4453 0.6310 0.012 0.000 0.744 0.244
#> GSM483492 4 0.4927 0.6638 0.264 0.000 0.024 0.712
#> GSM483493 4 0.4182 0.6910 0.180 0.000 0.024 0.796
#> GSM483494 4 0.5349 0.5926 0.336 0.000 0.024 0.640
#> GSM483495 4 0.5383 0.4015 0.452 0.000 0.012 0.536
#> GSM483496 4 0.5482 0.5502 0.368 0.000 0.024 0.608
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.0693 0.81860 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980
#> GSM483302 1 0.2127 0.88264 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM483303 5 0.2329 0.76592 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM483305 2 0.1430 0.80067 0.052 0.944 0.000 0.004 0.000
#> GSM483307 2 0.3284 0.74103 0.000 0.828 0.024 0.148 0.000
#> GSM483312 2 0.2329 0.77642 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM483313 3 0.0162 0.86353 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483317 5 0.4380 0.55889 0.032 0.000 0.260 0.000 0.708
#> GSM483318 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 3 0.3209 0.71639 0.008 0.000 0.812 0.000 0.180
#> GSM483322 3 0.0162 0.86357 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483327 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.4366 0.48802 0.320 0.016 0.664 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.3039 0.70128 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM483333 3 0.0404 0.86159 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM483336 3 0.0290 0.86293 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM483337 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483339 2 0.1485 0.80359 0.032 0.948 0.020 0.000 0.000
#> GSM483351 5 0.1732 0.79338 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM483352 5 0.1569 0.80649 0.004 0.008 0.000 0.044 0.944
#> GSM483354 5 0.4273 0.16679 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM483358 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483384 5 0.4370 0.68215 0.200 0.056 0.000 0.000 0.744
#> GSM483386 2 0.0992 0.81098 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM483388 5 0.5094 0.47927 0.000 0.352 0.000 0.048 0.600
#> GSM483390 5 0.0451 0.81773 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM483391 5 0.3900 0.72214 0.020 0.180 0.000 0.012 0.788
#> GSM483396 5 0.5490 0.56713 0.248 0.000 0.116 0.000 0.636
#> GSM483399 5 0.4448 0.15279 0.000 0.004 0.000 0.480 0.516
#> GSM483400 3 0.2046 0.81427 0.068 0.000 0.916 0.000 0.016
#> GSM483401 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0290 0.81766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483418 4 0.0404 0.89112 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM483420 4 0.0290 0.89316 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483421 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483426 1 0.4892 0.28074 0.568 0.020 0.004 0.408 0.000
#> GSM483428 2 0.5176 0.09112 0.468 0.492 0.000 0.040 0.000
#> GSM483431 1 0.0609 0.88024 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0451 0.81773 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM483442 5 0.0510 0.81732 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM483443 1 0.2519 0.87925 0.884 0.016 0.000 0.000 0.100
#> GSM483444 5 0.0162 0.81781 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483447 1 0.0703 0.87994 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 5 0.6536 -0.00664 0.396 0.000 0.000 0.196 0.408
#> GSM483450 5 0.1478 0.80067 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM483455 5 0.2470 0.77762 0.012 0.000 0.000 0.104 0.884
#> GSM483458 5 0.0324 0.81776 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM483461 1 0.5851 0.42345 0.548 0.000 0.000 0.340 0.112
#> GSM483462 5 0.0609 0.81564 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM483464 5 0.0794 0.81510 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM483466 5 0.4087 0.67901 0.000 0.036 0.000 0.208 0.756
#> GSM483468 5 0.0510 0.81654 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM483476 5 0.4341 0.36637 0.004 0.000 0.000 0.404 0.592
#> GSM483477 2 0.4030 0.36272 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM483300 2 0.5078 0.30209 0.008 0.564 0.404 0.024 0.000
#> GSM483308 2 0.0566 0.81265 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM483310 2 0.4183 0.55501 0.008 0.668 0.000 0.324 0.000
#> GSM483311 2 0.2377 0.77343 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM483323 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.0963 0.87465 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 1 0.1608 0.89334 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM483363 5 0.4054 0.65451 0.028 0.000 0.000 0.224 0.748
#> GSM483364 1 0.0290 0.88932 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483366 1 0.1043 0.89513 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM483368 4 0.0162 0.89438 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483371 2 0.5932 0.33109 0.132 0.560 0.000 0.000 0.308
#> GSM483372 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.5193 0.45258 0.584 0.000 0.000 0.364 0.052
#> GSM483374 5 0.4562 0.25400 0.004 0.004 0.000 0.444 0.548
#> GSM483379 1 0.2230 0.87858 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM483380 4 0.0162 0.89550 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483381 1 0.2179 0.87787 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483389 1 0.4277 0.77257 0.768 0.000 0.000 0.156 0.076
#> GSM483404 1 0.1851 0.88908 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM483405 1 0.0609 0.89198 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM483410 1 0.0609 0.88120 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.3652 0.72423 0.784 0.000 0.200 0.004 0.012
#> GSM483413 2 0.3491 0.62594 0.004 0.768 0.000 0.000 0.228
#> GSM483416 1 0.1792 0.89028 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483417 1 0.0510 0.88138 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0404 0.88312 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.1179 0.81354 0.016 0.004 0.016 0.000 0.964
#> GSM483433 1 0.3333 0.70670 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> GSM483434 3 0.0162 0.86332 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483445 3 0.4550 0.54414 0.036 0.000 0.688 0.000 0.276
#> GSM483459 3 0.1544 0.83374 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM483465 5 0.0324 0.81776 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM483470 5 0.2513 0.78901 0.008 0.116 0.000 0.000 0.876
#> GSM483473 5 0.4486 0.67612 0.172 0.000 0.000 0.080 0.748
#> GSM483478 1 0.0290 0.88932 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483304 2 0.3477 0.72959 0.136 0.824 0.000 0.040 0.000
#> GSM483315 1 0.2130 0.89083 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> GSM483320 3 0.0880 0.84804 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483329 1 0.3521 0.66156 0.764 0.232 0.000 0.000 0.004
#> GSM483331 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.3846 0.79232 0.800 0.000 0.144 0.000 0.056
#> GSM483341 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483343 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483344 3 0.3756 0.63031 0.008 0.248 0.744 0.000 0.000
#> GSM483347 3 0.4169 0.61631 0.004 0.016 0.724 0.256 0.000
#> GSM483348 1 0.2890 0.84317 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160
#> GSM483349 1 0.0703 0.87893 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0794 0.87732 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0290 0.88464 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.1043 0.89496 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM483365 1 0.2270 0.88959 0.904 0.000 0.020 0.000 0.076
#> GSM483367 1 0.1965 0.88620 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM483369 1 0.1270 0.89504 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM483370 1 0.0880 0.89416 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483375 1 0.2471 0.86012 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM483376 1 0.2997 0.84410 0.840 0.000 0.012 0.000 0.148
#> GSM483377 1 0.1792 0.89048 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM483378 1 0.1544 0.89367 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM483385 1 0.1671 0.89246 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM483402 1 0.3656 0.70914 0.784 0.020 0.196 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.1270 0.89562 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM483406 1 0.0703 0.87994 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.1668 0.89089 0.940 0.028 0.000 0.000 0.032
#> GSM483408 1 0.4679 0.70054 0.716 0.000 0.000 0.216 0.068
#> GSM483414 1 0.1965 0.88587 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM483415 1 0.1410 0.89454 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM483424 1 0.2795 0.87286 0.880 0.056 0.000 0.000 0.064
#> GSM483437 5 0.3476 0.72124 0.020 0.000 0.176 0.000 0.804
#> GSM483439 1 0.1571 0.89630 0.936 0.004 0.000 0.000 0.060
#> GSM483440 1 0.0290 0.88932 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483446 5 0.3035 0.76682 0.032 0.000 0.112 0.000 0.856
#> GSM483449 1 0.1851 0.88908 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM483454 1 0.2464 0.88279 0.888 0.000 0.016 0.000 0.096
#> GSM483456 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483460 1 0.2179 0.87772 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483463 4 0.3814 0.56890 0.000 0.004 0.000 0.720 0.276
#> GSM483471 1 0.4297 0.12405 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM483297 2 0.0912 0.81184 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM483298 2 0.3282 0.67817 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM483299 2 0.1117 0.81111 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM483306 2 0.3366 0.65762 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM483309 2 0.0671 0.81195 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM483314 3 0.0162 0.86357 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483316 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0162 0.86348 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483324 3 0.4559 0.01628 0.480 0.000 0.512 0.000 0.008
#> GSM483326 2 0.4181 0.50827 0.000 0.676 0.316 0.004 0.004
#> GSM483335 3 0.6870 0.08649 0.012 0.000 0.440 0.204 0.344
#> GSM483340 3 0.0579 0.85854 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM483342 3 0.2813 0.73165 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2308 0.80150 0.000 0.912 0.048 0.036 0.004
#> GSM483346 2 0.0613 0.81246 0.004 0.984 0.004 0.008 0.000
#> GSM483355 2 0.0566 0.81227 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM483357 2 0.1043 0.80638 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483359 2 0.1410 0.79672 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM483360 4 0.1836 0.85483 0.000 0.036 0.032 0.932 0.000
#> GSM483382 4 0.3491 0.65747 0.000 0.004 0.000 0.768 0.228
#> GSM483383 2 0.1386 0.80803 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM483387 1 0.0451 0.88860 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 4 0.0000 0.89672 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483393 5 0.4333 0.69852 0.060 0.188 0.000 0.000 0.752
#> GSM483394 2 0.1282 0.80845 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483395 5 0.4985 0.63365 0.000 0.244 0.000 0.076 0.680
#> GSM483397 1 0.0566 0.88194 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM483398 5 0.4113 0.65612 0.000 0.028 0.000 0.232 0.740
#> GSM483409 5 0.2179 0.77383 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM483422 2 0.2470 0.78109 0.012 0.884 0.000 0.104 0.000
#> GSM483423 2 0.2782 0.77372 0.048 0.880 0.072 0.000 0.000
#> GSM483425 5 0.2230 0.77155 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM483429 4 0.4446 0.22193 0.000 0.008 0.000 0.592 0.400
#> GSM483430 4 0.3210 0.67433 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM483432 5 0.3816 0.60589 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM483435 4 0.0324 0.89434 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM483438 2 0.4313 0.33108 0.000 0.636 0.000 0.008 0.356
#> GSM483441 5 0.2605 0.76624 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM483451 5 0.1205 0.80926 0.000 0.040 0.000 0.004 0.956
#> GSM483452 5 0.2813 0.72546 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM483453 5 0.1992 0.80623 0.000 0.032 0.000 0.044 0.924
#> GSM483457 4 0.2732 0.76317 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM483467 5 0.3487 0.68045 0.000 0.008 0.000 0.212 0.780
#> GSM483469 5 0.3452 0.67598 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM483472 5 0.0290 0.81799 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483474 5 0.0703 0.81319 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483475 4 0.0162 0.89550 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483479 1 0.1041 0.87727 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> GSM483480 3 0.0162 0.86353 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0451 0.86195 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM483484 3 0.5623 0.51331 0.000 0.104 0.596 0.000 0.300
#> GSM483485 3 0.4088 0.73835 0.000 0.004 0.792 0.064 0.140
#> GSM483486 3 0.0000 0.86430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483487 3 0.3519 0.70896 0.000 0.008 0.776 0.000 0.216
#> GSM483488 5 0.5624 0.11285 0.000 0.080 0.388 0.000 0.532
#> GSM483489 3 0.6502 0.41017 0.008 0.260 0.532 0.000 0.200
#> GSM483490 3 0.2074 0.79164 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM483491 3 0.4299 0.44690 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388
#> GSM483492 5 0.0290 0.81766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483493 5 0.0324 0.81776 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> GSM483494 5 0.0404 0.81718 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM483495 5 0.1121 0.80621 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM483496 5 0.0510 0.81654 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.5980 0.08023 0.508 0.036 0.000 0.000 0.348 0.108
#> GSM483302 1 0.3375 0.45166 0.828 0.000 0.008 0.000 0.076 0.088
#> GSM483303 5 0.0458 0.76039 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483305 2 0.2823 0.67026 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM483307 2 0.3329 0.67077 0.000 0.792 0.004 0.020 0.000 0.184
#> GSM483312 2 0.3649 0.65902 0.000 0.764 0.000 0.040 0.000 0.196
#> GSM483313 3 0.1555 0.84479 0.000 0.012 0.940 0.000 0.008 0.040
#> GSM483317 1 0.6656 0.06672 0.392 0.000 0.340 0.000 0.232 0.036
#> GSM483318 3 0.0405 0.85335 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM483319 3 0.6362 0.42054 0.272 0.020 0.556 0.000 0.048 0.104
#> GSM483322 3 0.2781 0.82464 0.048 0.008 0.876 0.000 0.004 0.064
#> GSM483327 3 0.0000 0.85354 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0363 0.85359 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483330 3 0.2624 0.82665 0.080 0.016 0.880 0.000 0.000 0.024
#> GSM483332 3 0.2278 0.78128 0.000 0.000 0.868 0.128 0.000 0.004
#> GSM483333 3 0.4440 0.67062 0.200 0.000 0.716 0.000 0.008 0.076
#> GSM483336 3 0.1605 0.84713 0.044 0.000 0.936 0.000 0.004 0.016
#> GSM483337 3 0.0146 0.85383 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483339 2 0.4031 0.65734 0.000 0.764 0.064 0.004 0.004 0.164
#> GSM483351 5 0.2617 0.71034 0.004 0.040 0.000 0.000 0.876 0.080
#> GSM483352 5 0.2170 0.73805 0.008 0.016 0.000 0.016 0.916 0.044
#> GSM483354 5 0.2786 0.69905 0.000 0.056 0.000 0.000 0.860 0.084
#> GSM483358 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483384 1 0.7462 0.13879 0.388 0.212 0.000 0.000 0.176 0.224
#> GSM483386 2 0.2665 0.71625 0.012 0.868 0.000 0.000 0.016 0.104
#> GSM483388 2 0.5392 0.64997 0.064 0.704 0.000 0.016 0.088 0.128
#> GSM483390 5 0.0603 0.76305 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM483391 1 0.6712 0.25070 0.496 0.076 0.000 0.000 0.200 0.228
#> GSM483396 1 0.6600 0.32556 0.524 0.000 0.116 0.000 0.244 0.116
#> GSM483399 4 0.2695 0.74468 0.004 0.000 0.000 0.844 0.144 0.008
#> GSM483400 3 0.2615 0.79796 0.136 0.000 0.852 0.000 0.004 0.008
#> GSM483401 4 0.0777 0.80101 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM483412 5 0.0603 0.76305 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM483418 4 0.0508 0.80858 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM483420 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483421 4 0.1075 0.79486 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM483426 6 0.5812 0.47468 0.220 0.000 0.012 0.212 0.000 0.556
#> GSM483428 6 0.5036 0.24013 0.076 0.312 0.000 0.008 0.000 0.604
#> GSM483431 6 0.3784 0.57352 0.308 0.012 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM483436 5 0.0909 0.76044 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020
#> GSM483442 5 0.1951 0.74668 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016
#> GSM483443 6 0.5407 0.58558 0.364 0.016 0.000 0.000 0.080 0.540
#> GSM483444 5 0.5268 0.36729 0.324 0.004 0.000 0.000 0.568 0.104
#> GSM483447 6 0.3765 0.67013 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM483448 1 0.5113 0.42980 0.712 0.000 0.000 0.104 0.096 0.088
#> GSM483450 5 0.0260 0.76307 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483455 5 0.6972 0.26950 0.176 0.004 0.000 0.244 0.480 0.096
#> GSM483458 5 0.2384 0.73629 0.084 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032
#> GSM483461 1 0.5908 0.06699 0.480 0.000 0.000 0.396 0.044 0.080
#> GSM483462 5 0.1049 0.76343 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM483464 1 0.5185 0.18190 0.564 0.000 0.000 0.000 0.328 0.108
#> GSM483466 5 0.8601 -0.00955 0.180 0.252 0.000 0.152 0.312 0.104
#> GSM483468 5 0.1124 0.76243 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008
#> GSM483476 4 0.3232 0.73135 0.020 0.000 0.000 0.824 0.140 0.016
#> GSM483477 2 0.5025 0.63750 0.064 0.716 0.000 0.000 0.104 0.116
#> GSM483300 2 0.6478 0.16511 0.028 0.404 0.360 0.000 0.000 0.208
#> GSM483308 2 0.1003 0.72302 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> GSM483310 2 0.5908 0.35141 0.000 0.500 0.004 0.268 0.000 0.228
#> GSM483311 2 0.3954 0.64262 0.000 0.740 0.000 0.056 0.000 0.204
#> GSM483323 3 0.1003 0.85625 0.028 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004
#> GSM483338 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 6 0.4245 0.65009 0.328 0.024 0.000 0.000 0.004 0.644
#> GSM483361 1 0.3460 0.29691 0.760 0.000 0.000 0.000 0.020 0.220
#> GSM483363 4 0.7341 0.06633 0.288 0.000 0.000 0.332 0.276 0.104
#> GSM483364 6 0.3851 0.63072 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM483366 6 0.4185 0.33111 0.492 0.000 0.000 0.000 0.012 0.496
#> GSM483368 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483371 2 0.6304 0.53338 0.184 0.572 0.000 0.000 0.080 0.164
#> GSM483372 4 0.4967 0.68800 0.088 0.036 0.000 0.748 0.036 0.092
#> GSM483373 4 0.5489 0.00719 0.396 0.000 0.000 0.496 0.008 0.100
#> GSM483374 1 0.8534 -0.05393 0.324 0.192 0.000 0.252 0.116 0.116
#> GSM483379 1 0.3663 0.35019 0.784 0.000 0.000 0.000 0.068 0.148
#> GSM483380 4 0.1151 0.80297 0.000 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483381 1 0.3512 0.33869 0.816 0.000 0.000 0.028 0.028 0.128
#> GSM483389 1 0.5684 -0.16855 0.536 0.000 0.000 0.148 0.008 0.308
#> GSM483404 1 0.5523 -0.41480 0.508 0.000 0.000 0.032 0.060 0.400
#> GSM483405 1 0.3975 -0.52610 0.544 0.000 0.000 0.000 0.004 0.452
#> GSM483410 6 0.3833 0.64291 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM483411 1 0.6240 0.07888 0.444 0.012 0.240 0.000 0.000 0.304
#> GSM483413 2 0.4985 0.65162 0.080 0.720 0.000 0.000 0.076 0.124
#> GSM483416 1 0.3990 -0.00144 0.688 0.000 0.000 0.028 0.000 0.284
#> GSM483417 6 0.3864 0.61217 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM483419 6 0.3854 0.62463 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM483427 5 0.2295 0.73938 0.028 0.000 0.016 0.000 0.904 0.052
#> GSM483433 6 0.5547 0.52801 0.312 0.000 0.000 0.160 0.000 0.528
#> GSM483434 3 0.3195 0.77923 0.036 0.000 0.836 0.000 0.012 0.116
#> GSM483445 1 0.5380 -0.00259 0.504 0.000 0.416 0.000 0.028 0.052
#> GSM483459 3 0.1477 0.84658 0.008 0.000 0.940 0.000 0.048 0.004
#> GSM483465 5 0.2230 0.74034 0.084 0.000 0.000 0.000 0.892 0.024
#> GSM483470 5 0.7194 0.16734 0.260 0.220 0.000 0.000 0.412 0.108
#> GSM483473 1 0.4942 0.42940 0.704 0.000 0.000 0.052 0.180 0.064
#> GSM483478 1 0.3737 -0.32493 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM483304 6 0.3938 0.18964 0.012 0.312 0.000 0.004 0.000 0.672
#> GSM483315 1 0.4916 0.27473 0.704 0.000 0.108 0.000 0.028 0.160
#> GSM483320 3 0.2019 0.83057 0.088 0.000 0.900 0.000 0.000 0.012
#> GSM483325 3 0.0603 0.85341 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM483329 6 0.4952 0.44407 0.252 0.116 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM483331 3 0.0146 0.85451 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.4576 0.32615 0.676 0.000 0.264 0.000 0.016 0.044
#> GSM483341 3 0.1987 0.83598 0.004 0.004 0.908 0.000 0.004 0.080
#> GSM483343 3 0.1983 0.84248 0.012 0.000 0.916 0.000 0.012 0.060
#> GSM483344 3 0.6000 0.44714 0.008 0.224 0.556 0.000 0.012 0.200
#> GSM483347 3 0.6935 0.30274 0.016 0.052 0.484 0.316 0.012 0.120
#> GSM483348 1 0.5748 -0.33238 0.488 0.000 0.012 0.000 0.124 0.376
#> GSM483349 6 0.3747 0.67276 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM483350 6 0.3695 0.67552 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM483356 6 0.4039 0.63182 0.424 0.000 0.000 0.000 0.008 0.568
#> GSM483362 1 0.4264 -0.56512 0.496 0.000 0.000 0.000 0.016 0.488
#> GSM483365 1 0.3366 0.35170 0.824 0.000 0.080 0.000 0.004 0.092
#> GSM483367 1 0.3301 0.27641 0.788 0.000 0.000 0.000 0.024 0.188
#> GSM483369 1 0.2048 0.33829 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM483370 1 0.3756 -0.37245 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM483375 1 0.2451 0.43737 0.884 0.000 0.000 0.000 0.056 0.060
#> GSM483376 1 0.2620 0.42097 0.888 0.000 0.028 0.000 0.032 0.052
#> GSM483377 1 0.3093 0.26894 0.816 0.000 0.012 0.000 0.008 0.164
#> GSM483378 1 0.2730 0.26853 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM483385 1 0.2633 0.44190 0.864 0.000 0.000 0.000 0.032 0.104
#> GSM483402 3 0.6483 0.25717 0.276 0.032 0.460 0.000 0.000 0.232
#> GSM483403 1 0.3250 0.28051 0.788 0.004 0.000 0.000 0.012 0.196
#> GSM483406 6 0.3915 0.66508 0.412 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> GSM483407 1 0.4989 0.24559 0.628 0.120 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM483408 1 0.5775 0.06733 0.504 0.000 0.000 0.320 0.004 0.172
#> GSM483414 1 0.3791 0.15339 0.732 0.000 0.000 0.000 0.032 0.236
#> GSM483415 1 0.3073 0.22631 0.788 0.000 0.000 0.000 0.008 0.204
#> GSM483424 1 0.5721 -0.00887 0.548 0.100 0.000 0.000 0.028 0.324
#> GSM483437 5 0.6350 0.24894 0.340 0.000 0.172 0.000 0.456 0.032
#> GSM483439 6 0.3955 0.63651 0.436 0.000 0.000 0.000 0.004 0.560
#> GSM483440 1 0.3869 -0.60976 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM483446 1 0.5724 0.31506 0.604 0.000 0.116 0.000 0.240 0.040
#> GSM483449 1 0.2491 0.29557 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM483454 1 0.2740 0.41680 0.864 0.000 0.076 0.000 0.000 0.060
#> GSM483456 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.2404 0.40715 0.884 0.000 0.000 0.000 0.036 0.080
#> GSM483463 4 0.5242 0.63131 0.080 0.004 0.000 0.708 0.108 0.100
#> GSM483471 1 0.2613 0.44513 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140 0.012
#> GSM483297 2 0.0508 0.72429 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM483298 2 0.1719 0.70872 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016 0.000
#> GSM483299 2 0.1826 0.72451 0.000 0.924 0.000 0.004 0.020 0.052
#> GSM483306 2 0.3212 0.61505 0.000 0.800 0.000 0.180 0.004 0.016
#> GSM483309 2 0.1267 0.71969 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM483314 3 0.0146 0.85358 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483316 3 0.1049 0.85006 0.032 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008
#> GSM483321 3 0.1871 0.84773 0.024 0.016 0.928 0.000 0.000 0.032
#> GSM483324 3 0.3314 0.68439 0.224 0.000 0.764 0.000 0.000 0.012
#> GSM483326 2 0.4273 0.34342 0.000 0.616 0.364 0.004 0.008 0.008
#> GSM483335 3 0.6194 0.51015 0.224 0.000 0.592 0.116 0.056 0.012
#> GSM483340 3 0.2039 0.82553 0.000 0.072 0.908 0.004 0.000 0.016
#> GSM483342 3 0.4725 0.57490 0.000 0.248 0.672 0.004 0.004 0.072
#> GSM483345 2 0.3383 0.69712 0.000 0.844 0.060 0.008 0.016 0.072
#> GSM483346 2 0.2144 0.71757 0.000 0.908 0.008 0.004 0.012 0.068
#> GSM483355 2 0.1218 0.72297 0.000 0.956 0.000 0.004 0.012 0.028
#> GSM483357 2 0.5145 0.08273 0.000 0.500 0.000 0.004 0.424 0.072
#> GSM483359 6 0.4517 -0.06106 0.024 0.444 0.000 0.000 0.004 0.528
#> GSM483360 4 0.3150 0.72468 0.000 0.064 0.104 0.832 0.000 0.000
#> GSM483382 4 0.4651 0.71612 0.036 0.024 0.016 0.780 0.040 0.104
#> GSM483383 2 0.2588 0.71435 0.008 0.876 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM483387 6 0.3774 0.66758 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM483392 4 0.0000 0.81102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 1 0.6846 0.13675 0.492 0.244 0.000 0.000 0.144 0.120
#> GSM483394 2 0.0881 0.72319 0.000 0.972 0.000 0.008 0.008 0.012
#> GSM483395 2 0.5875 0.55580 0.084 0.640 0.000 0.004 0.164 0.108
#> GSM483397 6 0.4578 0.62005 0.444 0.000 0.036 0.000 0.000 0.520
#> GSM483398 5 0.6590 -0.02794 0.052 0.072 0.000 0.404 0.440 0.032
#> GSM483409 5 0.2053 0.71423 0.000 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> GSM483422 2 0.3642 0.65775 0.000 0.760 0.000 0.036 0.000 0.204
#> GSM483423 2 0.5797 0.47220 0.016 0.560 0.132 0.000 0.004 0.288
#> GSM483425 5 0.0972 0.75463 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM483429 5 0.3923 0.16672 0.000 0.004 0.000 0.416 0.580 0.000
#> GSM483430 4 0.3595 0.53879 0.000 0.288 0.000 0.704 0.008 0.000
#> GSM483432 2 0.5591 0.56073 0.060 0.648 0.000 0.000 0.184 0.108
#> GSM483435 4 0.4554 0.34753 0.000 0.000 0.004 0.600 0.360 0.036
#> GSM483438 2 0.3914 0.68520 0.040 0.800 0.000 0.000 0.052 0.108
#> GSM483441 2 0.6824 0.20582 0.124 0.436 0.000 0.000 0.336 0.104
#> GSM483451 5 0.7203 0.24364 0.172 0.224 0.000 0.016 0.484 0.104
#> GSM483452 1 0.4498 0.34300 0.644 0.000 0.000 0.000 0.300 0.056
#> GSM483453 5 0.8319 0.21855 0.164 0.156 0.000 0.172 0.404 0.104
#> GSM483457 4 0.2969 0.65748 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM483467 1 0.8178 0.11678 0.416 0.160 0.000 0.104 0.208 0.112
#> GSM483469 2 0.7261 0.25779 0.272 0.404 0.000 0.000 0.200 0.124
#> GSM483472 5 0.3265 0.70995 0.108 0.000 0.000 0.016 0.836 0.040
#> GSM483474 5 0.1720 0.75326 0.040 0.000 0.000 0.000 0.928 0.032
#> GSM483475 4 0.0508 0.80858 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM483479 6 0.4651 0.59584 0.280 0.064 0.000 0.000 0.004 0.652
#> GSM483480 3 0.1408 0.84586 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM483481 3 0.0858 0.85051 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM483482 3 0.1088 0.85225 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> GSM483483 3 0.2843 0.78638 0.000 0.000 0.848 0.000 0.116 0.036
#> GSM483484 5 0.3920 0.64901 0.000 0.024 0.136 0.000 0.788 0.052
#> GSM483485 5 0.4661 0.57211 0.000 0.004 0.216 0.016 0.704 0.060
#> GSM483486 3 0.0405 0.85418 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM483487 5 0.4391 0.58524 0.000 0.004 0.188 0.000 0.720 0.088
#> GSM483488 5 0.3106 0.69250 0.000 0.048 0.016 0.000 0.852 0.084
#> GSM483489 5 0.6487 0.44568 0.012 0.132 0.112 0.000 0.592 0.152
#> GSM483490 3 0.2914 0.80506 0.000 0.000 0.860 0.084 0.008 0.048
#> GSM483491 5 0.3658 0.60194 0.000 0.000 0.216 0.000 0.752 0.032
#> GSM483492 5 0.0891 0.76374 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM483493 5 0.1049 0.76275 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM483494 5 0.0692 0.76397 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM483495 5 0.2312 0.73140 0.112 0.000 0.000 0.000 0.876 0.012
#> GSM483496 5 0.0713 0.76404 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> MAD:NMF 193 9.56e-01 1.60e-07 2
#> MAD:NMF 75 7.33e-02 3.95e-04 3
#> MAD:NMF 164 1.06e-05 2.82e-17 4
#> MAD:NMF 178 1.08e-04 1.01e-14 5
#> MAD:NMF 121 1.60e-04 1.41e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.668 0.871 0.931 0.3139 0.751 0.751
#> 3 3 0.783 0.916 0.950 0.6672 0.699 0.601
#> 4 4 0.850 0.891 0.932 0.1021 0.991 0.979
#> 5 5 0.707 0.858 0.904 0.1121 0.943 0.873
#> 6 6 0.725 0.697 0.845 0.0543 0.994 0.986
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483303 1 0.9552 0.550 0.624 0.376
#> GSM483305 1 0.8327 0.725 0.736 0.264
#> GSM483307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.2043 0.959 0.032 0.968
#> GSM483313 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM483327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> GSM483336 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483337 1 0.7950 0.751 0.760 0.240
#> GSM483339 2 0.7453 0.678 0.212 0.788
#> GSM483351 1 0.4431 0.863 0.908 0.092
#> GSM483352 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483358 1 0.7883 0.754 0.764 0.236
#> GSM483384 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483399 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483418 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483420 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483421 1 0.7883 0.754 0.764 0.236
#> GSM483426 1 0.9552 0.550 0.624 0.376
#> GSM483428 1 0.9635 0.526 0.612 0.388
#> GSM483431 1 0.8499 0.710 0.724 0.276
#> GSM483436 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM483458 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483300 1 0.7883 0.754 0.764 0.236
#> GSM483308 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.7745 0.762 0.772 0.228
#> GSM483361 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483371 1 0.6973 0.795 0.812 0.188
#> GSM483372 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483380 1 0.8144 0.739 0.748 0.252
#> GSM483381 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM483389 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483413 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.8499 0.710 0.724 0.276
#> GSM483434 1 0.8555 0.705 0.720 0.280
#> GSM483445 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483329 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.7674 0.766 0.776 0.224
#> GSM483343 1 0.7674 0.766 0.776 0.224
#> GSM483344 1 0.9608 0.535 0.616 0.384
#> GSM483347 1 0.8608 0.700 0.716 0.284
#> GSM483348 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.9323 0.601 0.652 0.348
#> GSM483350 1 0.8327 0.725 0.736 0.264
#> GSM483356 1 0.7528 0.773 0.784 0.216
#> GSM483362 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0672 0.911 0.992 0.008
#> GSM483376 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.8555 0.705 0.720 0.280
#> GSM483437 1 0.6973 0.795 0.812 0.188
#> GSM483439 1 0.2948 0.887 0.948 0.052
#> GSM483440 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.2043 0.959 0.032 0.968
#> GSM483460 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483297 1 0.9608 0.535 0.616 0.384
#> GSM483298 1 0.9608 0.535 0.616 0.384
#> GSM483299 1 0.8327 0.725 0.736 0.264
#> GSM483306 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483321 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483340 1 0.9710 0.501 0.600 0.400
#> GSM483342 1 0.9710 0.501 0.600 0.400
#> GSM483345 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> GSM483346 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> GSM483355 2 0.1414 0.971 0.020 0.980
#> GSM483357 1 0.8608 0.700 0.716 0.284
#> GSM483359 1 0.8386 0.720 0.732 0.268
#> GSM483360 1 0.9710 0.501 0.600 0.400
#> GSM483382 1 0.7815 0.758 0.768 0.232
#> GSM483383 1 0.7745 0.762 0.772 0.228
#> GSM483387 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483394 1 0.8327 0.725 0.736 0.264
#> GSM483395 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.8608 0.700 0.716 0.284
#> GSM483425 1 0.8555 0.705 0.720 0.280
#> GSM483429 1 0.7883 0.754 0.764 0.236
#> GSM483430 1 0.8327 0.725 0.736 0.264
#> GSM483432 1 0.7815 0.758 0.768 0.232
#> GSM483435 1 0.8608 0.700 0.716 0.284
#> GSM483438 1 0.6048 0.824 0.852 0.148
#> GSM483441 1 0.7745 0.762 0.772 0.228
#> GSM483451 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483474 1 0.7815 0.758 0.768 0.232
#> GSM483475 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483479 1 0.4161 0.868 0.916 0.084
#> GSM483480 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> GSM483486 1 0.7883 0.754 0.764 0.236
#> GSM483487 1 0.7674 0.766 0.776 0.224
#> GSM483488 1 0.0376 0.913 0.996 0.004
#> GSM483489 1 0.7674 0.766 0.776 0.224
#> GSM483490 1 0.8144 0.738 0.748 0.252
#> GSM483491 1 0.7815 0.758 0.768 0.232
#> GSM483492 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.915 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0892 0.7901 0.000 0.980 0.020
#> GSM483305 2 0.2878 0.8857 0.096 0.904 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483312 3 0.6079 0.5578 0.000 0.388 0.612
#> GSM483313 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.4062 0.7922 0.836 0.164 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.4178 0.7799 0.828 0.172 0.000
#> GSM483336 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483337 2 0.3340 0.8829 0.120 0.880 0.000
#> GSM483339 2 0.6225 -0.0802 0.000 0.568 0.432
#> GSM483351 1 0.4974 0.6643 0.764 0.236 0.000
#> GSM483352 1 0.0892 0.9751 0.980 0.020 0.000
#> GSM483354 1 0.0892 0.9751 0.980 0.020 0.000
#> GSM483358 2 0.4062 0.8569 0.164 0.836 0.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0592 0.9797 0.988 0.012 0.000
#> GSM483399 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0424 0.9806 0.992 0.008 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483418 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483420 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483421 2 0.4121 0.8534 0.168 0.832 0.000
#> GSM483426 2 0.0892 0.7901 0.000 0.980 0.020
#> GSM483428 2 0.1289 0.7838 0.000 0.968 0.032
#> GSM483431 2 0.2625 0.8823 0.084 0.916 0.000
#> GSM483436 1 0.0892 0.9751 0.980 0.020 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.2448 0.9190 0.924 0.076 0.000
#> GSM483444 1 0.0424 0.9806 0.992 0.008 0.000
#> GSM483447 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483448 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483450 1 0.0592 0.9795 0.988 0.012 0.000
#> GSM483455 1 0.0592 0.9796 0.988 0.012 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483300 2 0.3412 0.8818 0.124 0.876 0.000
#> GSM483308 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483353 2 0.4002 0.8612 0.160 0.840 0.000
#> GSM483361 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483363 1 0.0592 0.9797 0.988 0.012 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483371 2 0.4974 0.7647 0.236 0.764 0.000
#> GSM483372 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483373 1 0.0424 0.9808 0.992 0.008 0.000
#> GSM483374 1 0.0424 0.9808 0.992 0.008 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.3116 0.8853 0.108 0.892 0.000
#> GSM483381 1 0.1163 0.9694 0.972 0.028 0.000
#> GSM483389 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483410 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483413 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483416 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483417 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483419 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483427 1 0.0892 0.9751 0.980 0.020 0.000
#> GSM483433 2 0.2625 0.8823 0.084 0.916 0.000
#> GSM483434 2 0.2448 0.8786 0.076 0.924 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0424 0.9808 0.992 0.008 0.000
#> GSM483470 1 0.0892 0.9746 0.980 0.020 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.4291 0.8402 0.180 0.820 0.000
#> GSM483343 2 0.3879 0.8673 0.152 0.848 0.000
#> GSM483344 2 0.1163 0.7862 0.000 0.972 0.028
#> GSM483347 2 0.2356 0.8760 0.072 0.928 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0424 0.8082 0.008 0.992 0.000
#> GSM483350 2 0.2878 0.8856 0.096 0.904 0.000
#> GSM483356 2 0.4931 0.7709 0.232 0.768 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.2165 0.9306 0.936 0.064 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483414 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483415 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483424 2 0.2448 0.8786 0.076 0.924 0.000
#> GSM483437 2 0.5706 0.6453 0.320 0.680 0.000
#> GSM483439 1 0.4842 0.6845 0.776 0.224 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0424 0.9806 0.992 0.008 0.000
#> GSM483456 3 0.6079 0.5578 0.000 0.388 0.612
#> GSM483460 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.1163 0.7861 0.000 0.972 0.028
#> GSM483298 2 0.1163 0.7861 0.000 0.972 0.028
#> GSM483299 2 0.2796 0.8851 0.092 0.908 0.000
#> GSM483306 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483316 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483321 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0237 0.9818 0.996 0.004 0.000
#> GSM483340 2 0.1643 0.7750 0.000 0.956 0.044
#> GSM483342 2 0.1643 0.7750 0.000 0.956 0.044
#> GSM483345 3 0.6026 0.5782 0.000 0.376 0.624
#> GSM483346 3 0.6045 0.5712 0.000 0.380 0.620
#> GSM483355 3 0.6026 0.5782 0.000 0.376 0.624
#> GSM483357 2 0.2356 0.8760 0.072 0.928 0.000
#> GSM483359 2 0.2711 0.8837 0.088 0.912 0.000
#> GSM483360 2 0.1643 0.7750 0.000 0.956 0.044
#> GSM483382 2 0.3551 0.8791 0.132 0.868 0.000
#> GSM483383 2 0.3879 0.8671 0.152 0.848 0.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483393 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483394 2 0.2796 0.8851 0.092 0.908 0.000
#> GSM483395 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483397 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483398 1 0.0747 0.9768 0.984 0.016 0.000
#> GSM483409 1 0.1031 0.9726 0.976 0.024 0.000
#> GSM483422 3 0.5497 0.6853 0.000 0.292 0.708
#> GSM483423 2 0.2356 0.8760 0.072 0.928 0.000
#> GSM483425 2 0.2448 0.8785 0.076 0.924 0.000
#> GSM483429 2 0.4121 0.8534 0.168 0.832 0.000
#> GSM483430 2 0.2878 0.8857 0.096 0.904 0.000
#> GSM483432 2 0.3551 0.8791 0.132 0.868 0.000
#> GSM483435 2 0.2356 0.8760 0.072 0.928 0.000
#> GSM483438 2 0.5882 0.6022 0.348 0.652 0.000
#> GSM483441 2 0.3941 0.8636 0.156 0.844 0.000
#> GSM483451 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483457 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483467 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483469 1 0.0424 0.9808 0.992 0.008 0.000
#> GSM483472 1 0.0237 0.9819 0.996 0.004 0.000
#> GSM483474 2 0.3619 0.8774 0.136 0.864 0.000
#> GSM483475 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483479 1 0.4702 0.7139 0.788 0.212 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.9221 0.000 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.3412 0.8818 0.124 0.876 0.000
#> GSM483487 2 0.4291 0.8402 0.180 0.820 0.000
#> GSM483488 1 0.1529 0.9588 0.960 0.040 0.000
#> GSM483489 2 0.4291 0.8402 0.180 0.820 0.000
#> GSM483490 2 0.3116 0.8852 0.108 0.892 0.000
#> GSM483491 2 0.3619 0.8774 0.136 0.864 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483302 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483303 3 0.4222 0.684 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM483305 3 0.1389 0.846 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483307 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 4 0.4059 0.905 0.000 0.200 0.012 0.788
#> GSM483313 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483318 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483319 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483322 1 0.3610 0.790 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483332 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483333 1 0.3975 0.739 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM483336 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483337 3 0.0524 0.849 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM483339 4 0.5426 0.573 0.000 0.060 0.232 0.708
#> GSM483351 1 0.4819 0.541 0.652 0.000 0.344 0.004
#> GSM483352 1 0.1489 0.943 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483354 1 0.1489 0.943 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483358 3 0.1913 0.837 0.040 0.000 0.940 0.020
#> GSM483384 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483386 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483388 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483390 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483391 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483396 1 0.1211 0.947 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483399 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483400 1 0.1109 0.949 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM483401 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483418 1 0.1978 0.931 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM483420 1 0.1978 0.931 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM483421 3 0.2002 0.834 0.044 0.000 0.936 0.020
#> GSM483426 3 0.4222 0.684 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM483428 3 0.4304 0.671 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM483431 3 0.1576 0.850 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM483436 1 0.1489 0.943 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483442 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483443 1 0.3351 0.852 0.844 0.000 0.148 0.008
#> GSM483444 1 0.1209 0.949 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM483447 1 0.1902 0.934 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM483448 1 0.1902 0.934 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM483450 1 0.1118 0.948 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM483455 1 0.1211 0.947 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483458 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483461 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483462 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483464 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483466 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483468 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483476 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483477 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483300 3 0.0376 0.848 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM483308 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483338 1 0.1305 0.945 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483353 3 0.1211 0.837 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM483361 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483363 1 0.1118 0.948 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM483364 1 0.0524 0.951 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM483366 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483368 1 0.1209 0.947 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM483371 3 0.2944 0.715 0.128 0.000 0.868 0.004
#> GSM483372 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483373 1 0.1211 0.947 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483374 1 0.1211 0.947 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483379 1 0.0188 0.950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483380 3 0.0895 0.851 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM483381 1 0.1978 0.934 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM483389 1 0.1004 0.950 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM483404 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483405 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483410 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483411 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483413 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483416 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483417 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483419 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483427 1 0.1489 0.943 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM483433 3 0.1576 0.850 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM483434 3 0.1474 0.847 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483445 1 0.0376 0.951 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM483459 1 0.0376 0.951 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM483465 1 0.1118 0.948 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM483470 1 0.1474 0.942 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM483473 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483478 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483320 1 0.0524 0.951 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM483325 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483329 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483334 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483341 3 0.1890 0.819 0.056 0.000 0.936 0.008
#> GSM483343 3 0.1209 0.841 0.032 0.000 0.964 0.004
#> GSM483344 3 0.4585 0.605 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM483347 3 0.2011 0.837 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483348 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483349 3 0.3801 0.737 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM483350 3 0.1452 0.853 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM483356 3 0.2831 0.725 0.120 0.000 0.876 0.004
#> GSM483362 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483365 1 0.0672 0.950 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM483367 1 0.0188 0.950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483369 1 0.0524 0.951 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM483370 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483375 1 0.2814 0.873 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM483376 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483377 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483378 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483385 1 0.0524 0.951 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM483402 1 0.1978 0.931 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM483403 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483406 1 0.1661 0.940 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM483407 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483408 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483414 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483415 1 0.1743 0.938 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM483424 3 0.1474 0.847 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483437 3 0.3726 0.566 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM483439 1 0.4454 0.621 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM483440 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483446 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483449 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483454 1 0.0817 0.949 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM483456 4 0.4059 0.905 0.000 0.200 0.012 0.788
#> GSM483460 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483463 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483471 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483297 3 0.4866 0.488 0.000 0.000 0.596 0.404
#> GSM483298 3 0.4877 0.481 0.000 0.000 0.592 0.408
#> GSM483299 3 0.1302 0.846 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483306 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483316 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483321 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483324 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483326 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483340 3 0.4776 0.537 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM483342 3 0.4776 0.537 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM483345 4 0.3610 0.904 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM483346 4 0.3791 0.905 0.000 0.200 0.004 0.796
#> GSM483355 4 0.3610 0.904 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM483357 3 0.1867 0.840 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483359 3 0.1211 0.849 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483360 3 0.4776 0.537 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM483382 3 0.0657 0.848 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM483383 3 0.1610 0.844 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM483387 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483392 1 0.1305 0.945 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483393 1 0.1305 0.945 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483394 3 0.3311 0.771 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM483395 1 0.1305 0.945 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483397 1 0.1209 0.947 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM483398 1 0.1305 0.945 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483409 1 0.1661 0.940 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM483422 4 0.4304 0.799 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM483423 3 0.2011 0.837 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483425 3 0.1557 0.846 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM483429 3 0.1888 0.833 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM483430 3 0.1389 0.847 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483432 3 0.0657 0.848 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM483435 3 0.2011 0.837 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483438 3 0.4844 0.416 0.300 0.000 0.688 0.012
#> GSM483441 3 0.1305 0.838 0.036 0.000 0.960 0.004
#> GSM483451 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483452 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483453 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483457 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483467 1 0.0707 0.950 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483469 1 0.0921 0.950 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483472 1 0.0921 0.949 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483474 3 0.0779 0.848 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM483475 1 0.3356 0.813 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM483479 1 0.4857 0.583 0.668 0.000 0.324 0.008
#> GSM483480 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 2 0.0188 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483483 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 3 0.0376 0.848 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM483487 3 0.1890 0.819 0.056 0.000 0.936 0.008
#> GSM483488 1 0.2053 0.928 0.924 0.000 0.072 0.004
#> GSM483489 3 0.1890 0.819 0.056 0.000 0.936 0.008
#> GSM483490 3 0.1109 0.852 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM483491 3 0.0779 0.848 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM483492 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483493 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483494 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483495 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483496 1 0.0336 0.950 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0794 0.886 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483302 1 0.0794 0.886 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM483303 4 0.4465 0.682 0.000 0.212 0.000 0.732 0.056
#> GSM483305 4 0.1341 0.846 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM483307 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0798 0.904 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM483313 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483318 1 0.1386 0.894 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483319 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483322 1 0.4289 0.721 0.760 0.000 0.000 0.176 0.064
#> GSM483327 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483332 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483333 1 0.4649 0.661 0.720 0.000 0.000 0.212 0.068
#> GSM483336 1 0.1386 0.894 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483337 4 0.1041 0.851 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> GSM483339 2 0.3336 0.615 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM483351 1 0.6245 0.316 0.516 0.000 0.000 0.316 0.168
#> GSM483352 1 0.3327 0.851 0.828 0.000 0.000 0.028 0.144
#> GSM483354 1 0.3327 0.851 0.828 0.000 0.000 0.028 0.144
#> GSM483358 4 0.2124 0.837 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> GSM483384 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483386 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483388 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483390 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483391 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483396 1 0.2409 0.886 0.900 0.000 0.000 0.032 0.068
#> GSM483399 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483400 1 0.1741 0.892 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040
#> GSM483401 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483418 1 0.3914 0.826 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164
#> GSM483420 1 0.3914 0.826 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164
#> GSM483421 4 0.2249 0.836 0.008 0.000 0.000 0.896 0.096
#> GSM483426 4 0.4465 0.682 0.000 0.212 0.000 0.732 0.056
#> GSM483428 4 0.4555 0.668 0.000 0.224 0.000 0.720 0.056
#> GSM483431 4 0.1041 0.850 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> GSM483436 1 0.3327 0.851 0.828 0.000 0.000 0.028 0.144
#> GSM483442 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483443 1 0.5354 0.648 0.652 0.000 0.000 0.108 0.240
#> GSM483444 1 0.1818 0.892 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> GSM483447 1 0.3844 0.828 0.792 0.000 0.000 0.044 0.164
#> GSM483448 1 0.3844 0.828 0.792 0.000 0.000 0.044 0.164
#> GSM483450 1 0.2124 0.890 0.916 0.000 0.000 0.028 0.056
#> GSM483455 1 0.2473 0.885 0.896 0.000 0.000 0.032 0.072
#> GSM483458 1 0.0880 0.885 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483461 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483462 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483464 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483466 1 0.2505 0.880 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483468 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483476 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483477 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483300 4 0.0865 0.851 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM483308 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483338 1 0.3278 0.845 0.824 0.000 0.000 0.020 0.156
#> GSM483353 4 0.2012 0.840 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> GSM483361 1 0.1485 0.894 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> GSM483363 1 0.2260 0.888 0.908 0.000 0.000 0.028 0.064
#> GSM483364 1 0.0324 0.893 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483366 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483368 1 0.3055 0.861 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144
#> GSM483371 4 0.3291 0.719 0.120 0.000 0.000 0.840 0.040
#> GSM483372 1 0.2722 0.874 0.872 0.000 0.000 0.020 0.108
#> GSM483373 1 0.2473 0.884 0.896 0.000 0.000 0.032 0.072
#> GSM483374 1 0.2473 0.884 0.896 0.000 0.000 0.032 0.072
#> GSM483379 1 0.0000 0.892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 4 0.1202 0.853 0.004 0.004 0.000 0.960 0.032
#> GSM483381 1 0.2376 0.882 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> GSM483389 1 0.1216 0.895 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM483404 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483405 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483410 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483411 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483413 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483416 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483417 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483419 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483427 1 0.3327 0.851 0.828 0.000 0.000 0.028 0.144
#> GSM483433 4 0.1041 0.850 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> GSM483434 4 0.1041 0.848 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM483445 1 0.0451 0.893 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM483459 1 0.0451 0.893 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM483465 1 0.2388 0.885 0.900 0.000 0.000 0.028 0.072
#> GSM483470 1 0.2291 0.886 0.908 0.000 0.000 0.036 0.056
#> GSM483473 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483478 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483304 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483320 1 0.0324 0.893 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483325 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483329 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483334 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483341 4 0.2208 0.830 0.020 0.000 0.000 0.908 0.072
#> GSM483343 4 0.1818 0.841 0.024 0.000 0.000 0.932 0.044
#> GSM483344 4 0.4735 0.612 0.000 0.272 0.000 0.680 0.048
#> GSM483347 4 0.1915 0.838 0.000 0.040 0.000 0.928 0.032
#> GSM483348 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483349 4 0.3953 0.734 0.000 0.168 0.000 0.784 0.048
#> GSM483350 4 0.1243 0.854 0.008 0.004 0.000 0.960 0.028
#> GSM483356 4 0.3267 0.727 0.112 0.000 0.000 0.844 0.044
#> GSM483362 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483365 1 0.0451 0.892 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM483367 1 0.0000 0.892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0324 0.893 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483370 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483375 1 0.3558 0.825 0.828 0.000 0.000 0.108 0.064
#> GSM483376 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483377 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483378 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483385 1 0.0324 0.893 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM483402 1 0.3914 0.826 0.788 0.000 0.000 0.048 0.164
#> GSM483403 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483406 1 0.3616 0.836 0.804 0.000 0.000 0.032 0.164
#> GSM483407 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483408 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483414 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483415 1 0.3695 0.834 0.800 0.000 0.000 0.036 0.164
#> GSM483424 4 0.1041 0.848 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM483437 4 0.4170 0.578 0.192 0.000 0.000 0.760 0.048
#> GSM483439 1 0.5026 0.538 0.656 0.000 0.000 0.280 0.064
#> GSM483440 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483446 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483449 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483454 1 0.1725 0.892 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM483456 2 0.0798 0.904 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM483460 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483463 1 0.2505 0.880 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483471 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483297 4 0.5188 0.489 0.000 0.344 0.000 0.600 0.056
#> GSM483298 4 0.5202 0.482 0.000 0.348 0.000 0.596 0.056
#> GSM483299 4 0.1197 0.846 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483306 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.1386 0.894 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483316 1 0.1386 0.894 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483321 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483324 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483326 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.1386 0.894 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM483340 4 0.5080 0.538 0.000 0.316 0.000 0.628 0.056
#> GSM483342 4 0.5080 0.538 0.000 0.316 0.000 0.628 0.056
#> GSM483345 2 0.0162 0.907 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483346 2 0.0000 0.907 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0162 0.907 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483357 4 0.1753 0.841 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032
#> GSM483359 4 0.0865 0.850 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM483360 4 0.5080 0.538 0.000 0.316 0.000 0.628 0.056
#> GSM483382 4 0.1331 0.849 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM483383 4 0.1981 0.845 0.016 0.000 0.000 0.920 0.064
#> GSM483387 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM483392 1 0.3278 0.845 0.824 0.000 0.000 0.020 0.156
#> GSM483393 1 0.3278 0.845 0.824 0.000 0.000 0.020 0.156
#> GSM483394 4 0.3460 0.768 0.000 0.128 0.000 0.828 0.044
#> GSM483395 1 0.3278 0.845 0.824 0.000 0.000 0.020 0.156
#> GSM483397 1 0.3055 0.861 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144
#> GSM483398 1 0.3278 0.845 0.824 0.000 0.000 0.020 0.156
#> GSM483409 1 0.3616 0.836 0.804 0.000 0.000 0.032 0.164
#> GSM483422 2 0.1952 0.827 0.000 0.912 0.084 0.000 0.004
#> GSM483423 4 0.1915 0.838 0.000 0.040 0.000 0.928 0.032
#> GSM483425 4 0.1386 0.847 0.000 0.016 0.000 0.952 0.032
#> GSM483429 4 0.2193 0.836 0.008 0.000 0.000 0.900 0.092
#> GSM483430 4 0.1282 0.848 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM483432 4 0.1331 0.849 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM483435 4 0.1915 0.838 0.000 0.040 0.000 0.928 0.032
#> GSM483438 4 0.4616 0.432 0.288 0.000 0.000 0.676 0.036
#> GSM483441 4 0.1830 0.836 0.028 0.000 0.000 0.932 0.040
#> GSM483451 1 0.2505 0.880 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483452 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM483453 1 0.2046 0.889 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> GSM483457 1 0.2505 0.880 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483467 1 0.2046 0.889 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> GSM483469 1 0.2236 0.888 0.908 0.000 0.000 0.024 0.068
#> GSM483472 1 0.2505 0.880 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> GSM483474 4 0.1364 0.848 0.012 0.000 0.000 0.952 0.036
#> GSM483475 5 0.2280 1.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM483479 1 0.6510 0.257 0.484 0.000 0.000 0.284 0.232
#> GSM483480 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0162 0.996 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483483 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 4 0.0865 0.851 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM483487 4 0.2208 0.830 0.020 0.000 0.000 0.908 0.072
#> GSM483488 1 0.3835 0.832 0.796 0.000 0.000 0.048 0.156
#> GSM483489 4 0.2208 0.830 0.020 0.000 0.000 0.908 0.072
#> GSM483490 4 0.0932 0.854 0.004 0.004 0.000 0.972 0.020
#> GSM483491 4 0.1364 0.848 0.012 0.000 0.000 0.952 0.036
#> GSM483492 1 0.0880 0.885 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483493 1 0.0880 0.885 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483494 1 0.0880 0.885 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483495 1 0.0880 0.885 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM483496 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.1176 0.739 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024 0.000
#> GSM483302 1 0.1176 0.739 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024 0.000
#> GSM483303 6 0.4490 0.651 0.000 0.196 0.000 0.000 0.104 0.700
#> GSM483305 6 0.2260 0.807 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM483307 3 0.3464 0.789 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM483312 2 0.0935 0.897 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483313 3 0.3578 0.785 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM483317 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483318 1 0.1882 0.741 0.920 0.000 0.000 0.012 0.060 0.008
#> GSM483319 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483322 1 0.4874 0.331 0.692 0.000 0.000 0.012 0.152 0.144
#> GSM483327 3 0.0937 0.821 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.1007 0.803 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM483332 3 0.0260 0.819 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483333 1 0.5088 0.172 0.664 0.000 0.000 0.012 0.140 0.184
#> GSM483336 1 0.1882 0.741 0.920 0.000 0.000 0.012 0.060 0.008
#> GSM483337 6 0.1082 0.830 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040 0.956
#> GSM483339 2 0.3287 0.615 0.000 0.768 0.000 0.000 0.012 0.220
#> GSM483351 1 0.6488 -0.733 0.452 0.000 0.000 0.032 0.220 0.296
#> GSM483352 1 0.4144 0.561 0.728 0.000 0.000 0.032 0.224 0.016
#> GSM483354 1 0.4144 0.561 0.728 0.000 0.000 0.032 0.224 0.016
#> GSM483358 6 0.2738 0.799 0.004 0.000 0.000 0.000 0.176 0.820
#> GSM483384 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483386 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483388 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483390 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483391 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483396 1 0.3186 0.691 0.824 0.000 0.000 0.016 0.144 0.016
#> GSM483399 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483400 1 0.2376 0.727 0.884 0.000 0.000 0.008 0.096 0.012
#> GSM483401 3 0.4026 0.769 0.000 0.012 0.612 0.000 0.376 0.000
#> GSM483412 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483418 1 0.4854 0.438 0.664 0.000 0.000 0.044 0.260 0.032
#> GSM483420 1 0.4854 0.438 0.664 0.000 0.000 0.044 0.260 0.032
#> GSM483421 6 0.2772 0.797 0.004 0.000 0.000 0.000 0.180 0.816
#> GSM483426 6 0.4490 0.651 0.000 0.196 0.000 0.000 0.104 0.700
#> GSM483428 6 0.4573 0.637 0.000 0.208 0.000 0.000 0.104 0.688
#> GSM483431 6 0.1267 0.827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM483436 1 0.4144 0.561 0.728 0.000 0.000 0.032 0.224 0.016
#> GSM483442 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483443 1 0.5858 -0.354 0.504 0.000 0.000 0.068 0.376 0.052
#> GSM483444 1 0.2473 0.723 0.876 0.000 0.000 0.008 0.104 0.012
#> GSM483447 1 0.4785 0.446 0.668 0.000 0.000 0.044 0.260 0.028
#> GSM483448 1 0.4785 0.446 0.668 0.000 0.000 0.044 0.260 0.028
#> GSM483450 1 0.2890 0.711 0.848 0.000 0.000 0.012 0.124 0.016
#> GSM483455 1 0.3149 0.700 0.836 0.000 0.000 0.024 0.124 0.016
#> GSM483458 1 0.1261 0.737 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM483461 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483462 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483464 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483466 1 0.3239 0.681 0.816 0.000 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM483468 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483476 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483477 4 0.0000 0.994 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483300 6 0.1285 0.827 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944
#> GSM483308 3 0.3765 0.763 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM483310 3 0.3765 0.763 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM483311 3 0.3765 0.763 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM483323 4 0.0260 0.991 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483338 1 0.4201 0.531 0.728 0.000 0.000 0.044 0.216 0.012
#> GSM483353 6 0.2218 0.819 0.012 0.000 0.000 0.000 0.104 0.884
#> GSM483361 1 0.2013 0.738 0.908 0.000 0.000 0.008 0.076 0.008
#> GSM483363 1 0.2936 0.712 0.852 0.000 0.000 0.020 0.112 0.016
#> GSM483364 1 0.0632 0.750 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483366 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483368 1 0.3956 0.585 0.748 0.000 0.000 0.040 0.204 0.008
#> GSM483371 6 0.3520 0.693 0.096 0.000 0.000 0.000 0.100 0.804
#> GSM483372 1 0.3495 0.655 0.792 0.000 0.000 0.028 0.172 0.008
#> GSM483373 1 0.3261 0.687 0.820 0.000 0.000 0.024 0.144 0.012
#> GSM483374 1 0.3261 0.687 0.820 0.000 0.000 0.024 0.144 0.012
#> GSM483379 1 0.0458 0.751 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM483380 6 0.1226 0.832 0.004 0.004 0.000 0.000 0.040 0.952
#> GSM483381 1 0.2901 0.698 0.840 0.000 0.000 0.000 0.128 0.032
#> GSM483389 1 0.1701 0.742 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008
#> GSM483404 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483405 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483410 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483411 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483413 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483416 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483417 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483419 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483427 1 0.4144 0.561 0.728 0.000 0.000 0.032 0.224 0.016
#> GSM483433 6 0.1267 0.827 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM483434 6 0.1204 0.825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483445 1 0.1010 0.751 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM483459 1 0.1010 0.751 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM483465 1 0.3106 0.702 0.840 0.000 0.000 0.024 0.120 0.016
#> GSM483470 1 0.2971 0.706 0.848 0.000 0.000 0.012 0.116 0.024
#> GSM483473 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483478 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483304 3 0.3765 0.763 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM483315 1 0.0547 0.747 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483320 1 0.0632 0.751 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483325 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483329 3 0.0260 0.823 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483331 3 0.1007 0.803 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM483334 1 0.0547 0.747 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483341 6 0.2358 0.809 0.016 0.000 0.000 0.000 0.108 0.876
#> GSM483343 6 0.2039 0.821 0.020 0.000 0.000 0.000 0.076 0.904
#> GSM483344 6 0.4771 0.577 0.000 0.256 0.000 0.000 0.096 0.648
#> GSM483347 6 0.1794 0.817 0.000 0.040 0.000 0.000 0.036 0.924
#> GSM483348 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483349 6 0.3956 0.718 0.000 0.152 0.000 0.000 0.088 0.760
#> GSM483350 6 0.1411 0.829 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936
#> GSM483356 6 0.3575 0.715 0.076 0.000 0.000 0.000 0.128 0.796
#> GSM483362 1 0.0547 0.747 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483365 1 0.0713 0.748 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483367 1 0.0458 0.751 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM483369 1 0.0632 0.750 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483370 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483375 1 0.4152 0.576 0.764 0.000 0.000 0.012 0.136 0.088
#> GSM483376 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483377 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483378 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483385 1 0.0632 0.750 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483402 1 0.4854 0.438 0.664 0.000 0.000 0.044 0.260 0.032
#> GSM483403 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483406 1 0.4614 0.473 0.680 0.000 0.000 0.044 0.256 0.020
#> GSM483407 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483408 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483414 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483415 1 0.4636 0.469 0.676 0.000 0.000 0.044 0.260 0.020
#> GSM483424 6 0.1204 0.825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM483437 6 0.4348 0.504 0.152 0.000 0.000 0.000 0.124 0.724
#> GSM483439 1 0.5433 -0.216 0.596 0.000 0.000 0.008 0.144 0.252
#> GSM483440 1 0.0458 0.748 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM483446 4 0.0260 0.991 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483449 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483454 1 0.2426 0.727 0.884 0.000 0.000 0.012 0.092 0.012
#> GSM483456 2 0.0935 0.897 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483460 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483463 1 0.3239 0.681 0.816 0.000 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM483471 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483297 6 0.5185 0.444 0.000 0.328 0.000 0.000 0.108 0.564
#> GSM483298 6 0.5197 0.437 0.000 0.332 0.000 0.000 0.108 0.560
#> GSM483299 6 0.2178 0.809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM483306 3 0.3765 0.763 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM483309 3 0.3499 0.788 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM483314 1 0.1882 0.741 0.920 0.000 0.000 0.012 0.060 0.008
#> GSM483316 1 0.1882 0.741 0.920 0.000 0.000 0.012 0.060 0.008
#> GSM483321 4 0.0260 0.991 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483324 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483326 3 0.3747 0.767 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM483335 1 0.1882 0.741 0.920 0.000 0.000 0.012 0.060 0.008
#> GSM483340 6 0.5089 0.497 0.000 0.300 0.000 0.000 0.108 0.592
#> GSM483342 6 0.5089 0.497 0.000 0.300 0.000 0.000 0.108 0.592
#> GSM483345 2 0.0146 0.903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0146 0.903 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483357 6 0.1649 0.820 0.000 0.032 0.000 0.000 0.036 0.932
#> GSM483359 6 0.0777 0.828 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972
#> GSM483360 6 0.5089 0.497 0.000 0.300 0.000 0.000 0.108 0.592
#> GSM483382 6 0.1700 0.822 0.004 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916
#> GSM483383 6 0.2664 0.813 0.016 0.000 0.000 0.000 0.136 0.848
#> GSM483387 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM483392 1 0.4201 0.531 0.728 0.000 0.000 0.044 0.216 0.012
#> GSM483393 1 0.4201 0.531 0.728 0.000 0.000 0.044 0.216 0.012
#> GSM483394 6 0.4165 0.717 0.000 0.128 0.000 0.000 0.128 0.744
#> GSM483395 1 0.4201 0.531 0.728 0.000 0.000 0.044 0.216 0.012
#> GSM483397 1 0.3956 0.585 0.748 0.000 0.000 0.040 0.204 0.008
#> GSM483398 1 0.4201 0.531 0.728 0.000 0.000 0.044 0.216 0.012
#> GSM483409 1 0.4614 0.473 0.680 0.000 0.000 0.044 0.256 0.020
#> GSM483422 2 0.1995 0.830 0.000 0.912 0.052 0.000 0.036 0.000
#> GSM483423 6 0.1644 0.819 0.000 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> GSM483425 6 0.1168 0.825 0.000 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> GSM483429 6 0.2738 0.797 0.004 0.000 0.000 0.000 0.176 0.820
#> GSM483430 6 0.2278 0.810 0.000 0.004 0.000 0.000 0.128 0.868
#> GSM483432 6 0.1700 0.822 0.004 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916
#> GSM483435 6 0.1644 0.819 0.000 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> GSM483438 6 0.5061 0.169 0.252 0.000 0.000 0.000 0.128 0.620
#> GSM483441 6 0.2147 0.811 0.020 0.000 0.000 0.000 0.084 0.896
#> GSM483451 1 0.3239 0.681 0.816 0.000 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM483452 1 0.0632 0.746 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483453 1 0.2848 0.709 0.848 0.000 0.000 0.024 0.124 0.004
#> GSM483457 1 0.3239 0.681 0.816 0.000 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM483467 1 0.2848 0.709 0.848 0.000 0.000 0.024 0.124 0.004
#> GSM483469 1 0.3058 0.705 0.840 0.000 0.000 0.024 0.124 0.012
#> GSM483472 1 0.3239 0.681 0.816 0.000 0.000 0.024 0.152 0.008
#> GSM483474 6 0.1701 0.823 0.008 0.000 0.000 0.000 0.072 0.920
#> GSM483475 4 0.0458 0.981 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483479 5 0.6910 0.000 0.336 0.000 0.000 0.060 0.380 0.224
#> GSM483480 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0146 0.823 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483482 3 0.1007 0.803 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0260 0.823 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483485 3 0.0260 0.823 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483486 6 0.1285 0.827 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944
#> GSM483487 6 0.2358 0.809 0.016 0.000 0.000 0.000 0.108 0.876
#> GSM483488 1 0.4583 0.508 0.704 0.000 0.000 0.032 0.224 0.040
#> GSM483489 6 0.2358 0.809 0.016 0.000 0.000 0.000 0.108 0.876
#> GSM483490 6 0.1364 0.831 0.004 0.004 0.000 0.000 0.048 0.944
#> GSM483491 6 0.1757 0.822 0.008 0.000 0.000 0.000 0.076 0.916
#> GSM483492 1 0.1261 0.737 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM483493 1 0.1261 0.737 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM483494 1 0.1261 0.737 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM483495 1 0.1261 0.737 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024 0.000
#> GSM483496 1 0.1341 0.735 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:hclust 200 0.02885 0.08317 2
#> ATC:hclust 199 0.01592 0.00311 3
#> ATC:hclust 197 0.00484 0.00363 4
#> ATC:hclust 195 0.01130 0.00342 5
#> ATC:hclust 172 0.03103 0.03872 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.3371 0.672 0.672
#> 3 3 1.000 0.953 0.967 0.5921 0.721 0.604
#> 4 4 0.657 0.726 0.821 0.2671 0.772 0.530
#> 5 5 0.684 0.769 0.848 0.0982 0.956 0.851
#> 6 6 0.760 0.623 0.758 0.0616 0.922 0.718
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483305 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483307 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483327 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483337 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483339 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483351 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483352 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483354 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483358 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483384 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483386 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483388 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483390 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483399 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483418 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483420 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483421 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483426 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483431 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483436 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483442 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483450 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483458 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483476 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483477 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483300 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483308 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483338 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483371 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483372 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483380 1 0.827 0.657 0.740 0.260
#> GSM483381 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483413 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483416 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483434 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483329 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483344 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483347 1 0.827 0.657 0.740 0.260
#> GSM483348 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483349 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483350 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483414 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.388 0.916 0.076 0.924
#> GSM483298 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483299 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483306 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483321 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483326 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483340 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483357 1 0.939 0.463 0.644 0.356
#> GSM483359 1 0.827 0.657 0.740 0.260
#> GSM483360 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483382 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483383 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483387 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483392 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483393 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483394 1 0.827 0.657 0.740 0.260
#> GSM483395 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483397 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483398 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483409 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483425 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483429 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483430 1 0.827 0.657 0.740 0.260
#> GSM483432 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483435 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483438 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483441 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483451 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483472 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483474 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483475 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483479 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM483486 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483487 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483490 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483491 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483305 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483307 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483312 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483313 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483317 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483328 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483330 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483332 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483333 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483339 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483351 1 0.6095 0.288 0.608 0.392 0.000
#> GSM483352 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483358 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483384 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483386 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483388 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483390 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483399 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483400 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483412 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483418 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483420 2 0.3038 0.903 0.104 0.896 0.000
#> GSM483421 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483426 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483428 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483431 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483436 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483477 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483300 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483308 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483310 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483311 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483323 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483338 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483371 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483413 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483433 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483434 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483315 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483329 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483331 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483334 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483343 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483344 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483347 2 0.0747 0.916 0.016 0.984 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483350 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483356 1 0.5882 0.415 0.652 0.348 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483437 2 0.2625 0.929 0.084 0.916 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483449 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483460 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483298 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483299 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483306 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483309 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483314 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 1 0.2845 0.911 0.920 0.012 0.068
#> GSM483324 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483335 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483342 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483345 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483346 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483355 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483357 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0.000
#> GSM483359 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0.000
#> GSM483360 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483382 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483383 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483387 1 0.0592 0.973 0.988 0.012 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483394 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0.000
#> GSM483395 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483422 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483423 2 0.0661 0.910 0.004 0.988 0.008
#> GSM483425 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483429 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483430 2 0.0592 0.915 0.012 0.988 0.000
#> GSM483432 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483435 2 0.0592 0.907 0.000 0.988 0.012
#> GSM483438 2 0.6302 0.170 0.480 0.520 0.000
#> GSM483441 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483474 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483475 1 0.7670 0.447 0.620 0.312 0.068
#> GSM483479 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483480 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483481 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483482 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483483 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483484 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483485 3 0.2261 1.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM483486 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483487 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483489 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483490 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483491 2 0.2537 0.934 0.080 0.920 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.4624 0.8274 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM483302 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483303 3 0.1211 0.9245 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM483305 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.4543 0.8514 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM483318 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483319 1 0.4543 0.8514 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM483322 4 0.1637 0.7191 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM483327 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 4 0.2363 0.7246 0.024 0.000 0.056 0.920
#> GSM483336 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483337 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483339 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483351 4 0.3870 0.5801 0.004 0.000 0.208 0.788
#> GSM483352 4 0.0707 0.7374 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM483354 4 0.0707 0.7374 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM483358 3 0.1867 0.8902 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483384 1 0.4843 0.2881 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483386 1 0.4996 0.0637 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM483388 1 0.4977 0.1339 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM483390 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483391 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483396 4 0.0524 0.7415 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM483399 1 0.4843 0.2881 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483400 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483401 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.4624 0.8274 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM483418 4 0.2563 0.7029 0.020 0.000 0.072 0.908
#> GSM483420 4 0.4313 0.5286 0.004 0.000 0.260 0.736
#> GSM483421 3 0.1940 0.8870 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM483426 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483428 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483431 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483436 4 0.0188 0.7418 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483442 1 0.4522 0.8504 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM483443 4 0.3726 0.4630 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM483444 4 0.2921 0.6262 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM483447 4 0.0895 0.7389 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM483448 4 0.1305 0.7418 0.036 0.000 0.004 0.960
#> GSM483450 4 0.0817 0.7419 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483455 4 0.2596 0.7172 0.024 0.000 0.068 0.908
#> GSM483458 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483461 1 0.4522 0.8504 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM483462 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483464 1 0.4543 0.8514 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM483466 4 0.0592 0.7374 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM483468 1 0.4543 0.8514 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM483476 1 0.4843 0.2881 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483477 1 0.4843 0.2881 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483300 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483308 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.4998 0.0510 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM483338 4 0.3907 0.4111 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM483353 3 0.2011 0.8831 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483361 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483363 4 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483364 4 0.4406 0.3014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM483366 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483368 4 0.4500 0.1189 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM483371 4 0.4679 0.3736 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM483372 4 0.0921 0.7302 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM483373 4 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483374 4 0.1867 0.7104 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM483379 4 0.4564 0.2086 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM483380 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 4 0.1004 0.7426 0.024 0.000 0.004 0.972
#> GSM483389 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483404 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483405 4 0.4477 0.2775 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM483410 4 0.4277 0.3576 0.280 0.000 0.000 0.720
#> GSM483411 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483413 4 0.1743 0.7209 0.004 0.000 0.056 0.940
#> GSM483416 4 0.1211 0.7382 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM483417 4 0.0657 0.7408 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM483419 4 0.4477 0.2775 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM483427 4 0.0188 0.7418 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483433 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483434 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483445 4 0.4406 0.3014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM483459 4 0.4406 0.3014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM483465 4 0.1022 0.7395 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM483470 4 0.1284 0.7423 0.024 0.000 0.012 0.964
#> GSM483473 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483478 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483304 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483315 4 0.4907 -0.1889 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM483320 4 0.4406 0.3014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM483325 4 0.0817 0.7369 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483329 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.4605 0.8422 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM483341 3 0.3942 0.6904 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM483343 3 0.3907 0.6958 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM483344 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483347 3 0.0336 0.9275 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM483348 1 0.4564 0.8470 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483349 3 0.0592 0.9271 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM483350 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483356 4 0.3485 0.6775 0.028 0.000 0.116 0.856
#> GSM483362 1 0.4585 0.8471 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM483365 4 0.4679 0.1154 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM483367 4 0.4406 0.3014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM483369 4 0.4382 0.3123 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM483370 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483375 4 0.1520 0.7410 0.024 0.000 0.020 0.956
#> GSM483376 1 0.4522 0.8504 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM483377 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483378 1 0.4585 0.8471 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM483385 4 0.3975 0.4450 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM483402 4 0.1743 0.7209 0.004 0.000 0.056 0.940
#> GSM483403 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483406 4 0.3649 0.4646 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM483407 1 0.4500 0.8096 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483408 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483414 4 0.4382 0.3233 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM483415 1 0.4605 0.8369 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM483424 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483437 4 0.4406 0.4909 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM483439 4 0.2882 0.7050 0.024 0.000 0.084 0.892
#> GSM483440 1 0.4661 0.8240 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM483446 1 0.4843 0.2881 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM483449 1 0.4500 0.8495 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483454 4 0.0817 0.7419 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483456 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483460 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483463 4 0.3219 0.5355 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM483471 1 0.4585 0.8471 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM483297 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483298 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483299 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483316 4 0.0817 0.7419 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483321 1 0.4998 0.0510 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM483324 1 0.4605 0.8245 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM483326 2 0.0817 0.9662 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483340 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483342 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483345 2 0.6926 0.0518 0.108 0.460 0.432 0.000
#> GSM483346 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483355 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483357 3 0.1637 0.9203 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM483359 3 0.0188 0.9275 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483360 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483382 4 0.4697 0.3653 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM483383 3 0.4356 0.5985 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM483387 1 0.4164 0.7515 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM483392 4 0.3610 0.4927 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM483393 4 0.3975 0.3680 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM483394 3 0.1716 0.9194 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM483395 4 0.3486 0.5169 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483397 4 0.4817 -0.1834 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM483398 4 0.1022 0.7350 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM483409 4 0.0817 0.7369 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM483422 2 0.2216 0.9206 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM483423 3 0.0592 0.9271 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM483425 3 0.0188 0.9271 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483429 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483430 3 0.1716 0.9194 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM483432 3 0.2081 0.8790 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM483435 3 0.2081 0.9139 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM483438 4 0.4008 0.5464 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM483441 4 0.4679 0.3736 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM483451 4 0.3764 0.4186 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM483452 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483453 4 0.0000 0.7421 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483457 4 0.1118 0.7377 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM483467 4 0.1022 0.7388 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM483469 4 0.1004 0.7426 0.024 0.000 0.004 0.972
#> GSM483472 4 0.2704 0.6429 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM483474 3 0.1940 0.8871 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM483475 4 0.5966 0.4556 0.280 0.000 0.072 0.648
#> GSM483479 3 0.1302 0.9097 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483480 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9710 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 3 0.1867 0.8904 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483487 4 0.4679 0.3736 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM483488 4 0.2125 0.7063 0.004 0.000 0.076 0.920
#> GSM483489 3 0.1867 0.8902 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM483490 3 0.0469 0.9261 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM483491 4 0.4713 0.3571 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM483492 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483493 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483494 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483495 1 0.4564 0.8508 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483496 1 0.4543 0.8514 0.676 0.000 0.000 0.324
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.1992 0.874 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> GSM483302 1 0.1469 0.897 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> GSM483303 2 0.2424 0.791 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM483305 2 0.0794 0.811 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483313 3 0.0451 0.975 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM483317 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483318 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483319 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483322 4 0.0898 0.759 0.008 0.020 0.000 0.972 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483332 3 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483333 4 0.1405 0.760 0.016 0.020 0.000 0.956 0.008
#> GSM483336 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483337 2 0.1043 0.809 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483339 2 0.3876 0.717 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483351 4 0.5506 0.515 0.008 0.260 0.000 0.644 0.088
#> GSM483352 4 0.3214 0.738 0.036 0.000 0.000 0.844 0.120
#> GSM483354 4 0.3165 0.740 0.036 0.000 0.000 0.848 0.116
#> GSM483358 2 0.3019 0.760 0.000 0.864 0.000 0.088 0.048
#> GSM483384 5 0.6166 0.918 0.260 0.000 0.000 0.188 0.552
#> GSM483386 5 0.6108 0.916 0.208 0.000 0.000 0.224 0.568
#> GSM483388 5 0.6133 0.920 0.220 0.000 0.000 0.216 0.564
#> GSM483390 1 0.1041 0.907 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483391 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483396 4 0.2005 0.762 0.016 0.004 0.000 0.924 0.056
#> GSM483399 5 0.6166 0.918 0.260 0.000 0.000 0.188 0.552
#> GSM483400 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483401 3 0.1364 0.965 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> GSM483412 1 0.1992 0.874 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> GSM483418 4 0.2748 0.738 0.008 0.016 0.000 0.880 0.096
#> GSM483420 4 0.5557 0.520 0.008 0.252 0.000 0.644 0.096
#> GSM483421 2 0.3485 0.730 0.000 0.828 0.000 0.124 0.048
#> GSM483426 2 0.3684 0.735 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM483428 2 0.3707 0.733 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM483431 2 0.1484 0.805 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM483436 4 0.2899 0.750 0.028 0.004 0.000 0.872 0.096
#> GSM483442 1 0.0963 0.911 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM483443 4 0.4364 0.681 0.112 0.000 0.000 0.768 0.120
#> GSM483444 4 0.2753 0.722 0.136 0.000 0.000 0.856 0.008
#> GSM483447 4 0.2912 0.739 0.008 0.028 0.000 0.876 0.088
#> GSM483448 4 0.2694 0.768 0.040 0.000 0.000 0.884 0.076
#> GSM483450 4 0.1043 0.771 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM483455 4 0.0992 0.757 0.008 0.024 0.000 0.968 0.000
#> GSM483458 1 0.1121 0.912 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM483461 1 0.1281 0.898 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM483462 1 0.1408 0.910 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM483464 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483466 4 0.1661 0.764 0.036 0.000 0.000 0.940 0.024
#> GSM483468 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483476 5 0.6166 0.918 0.260 0.000 0.000 0.188 0.552
#> GSM483477 5 0.6166 0.918 0.260 0.000 0.000 0.188 0.552
#> GSM483300 2 0.1205 0.808 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM483308 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483310 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483311 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483323 5 0.6093 0.902 0.192 0.000 0.000 0.240 0.568
#> GSM483338 4 0.5027 0.578 0.188 0.000 0.000 0.700 0.112
#> GSM483353 2 0.3595 0.718 0.000 0.816 0.000 0.140 0.044
#> GSM483361 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483363 4 0.0609 0.768 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483364 4 0.4283 0.466 0.348 0.000 0.000 0.644 0.008
#> GSM483366 1 0.1408 0.910 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM483368 4 0.5282 0.439 0.268 0.000 0.000 0.644 0.088
#> GSM483371 4 0.3932 0.459 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM483372 4 0.1830 0.763 0.040 0.000 0.000 0.932 0.028
#> GSM483373 4 0.1493 0.770 0.024 0.000 0.000 0.948 0.028
#> GSM483374 4 0.0771 0.757 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM483379 1 0.4481 0.291 0.576 0.000 0.000 0.416 0.008
#> GSM483380 2 0.0671 0.811 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483381 4 0.1251 0.770 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> GSM483389 4 0.1764 0.766 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> GSM483404 1 0.1386 0.900 0.952 0.000 0.000 0.032 0.016
#> GSM483405 4 0.5729 0.352 0.396 0.000 0.000 0.516 0.088
#> GSM483410 4 0.5331 0.583 0.268 0.000 0.000 0.640 0.092
#> GSM483411 1 0.1469 0.897 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> GSM483413 4 0.2748 0.738 0.008 0.016 0.000 0.880 0.096
#> GSM483416 4 0.3354 0.761 0.068 0.000 0.000 0.844 0.088
#> GSM483417 4 0.2812 0.750 0.024 0.004 0.000 0.876 0.096
#> GSM483419 4 0.5723 0.362 0.392 0.000 0.000 0.520 0.088
#> GSM483427 4 0.2570 0.755 0.028 0.000 0.000 0.888 0.084
#> GSM483433 2 0.1557 0.803 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM483434 2 0.1082 0.810 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM483445 4 0.4425 0.380 0.392 0.000 0.000 0.600 0.008
#> GSM483459 4 0.4436 0.370 0.396 0.000 0.000 0.596 0.008
#> GSM483465 4 0.1557 0.769 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> GSM483470 4 0.0703 0.768 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM483473 1 0.1408 0.910 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM483478 1 0.1041 0.907 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483304 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483315 1 0.3861 0.615 0.728 0.000 0.000 0.264 0.008
#> GSM483320 4 0.4327 0.451 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> GSM483325 4 0.3631 0.738 0.072 0.000 0.000 0.824 0.104
#> GSM483329 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483334 1 0.2612 0.831 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> GSM483341 2 0.4765 0.573 0.000 0.704 0.000 0.228 0.068
#> GSM483343 2 0.4666 0.570 0.000 0.704 0.000 0.240 0.056
#> GSM483344 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483347 2 0.0324 0.811 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM483348 1 0.2305 0.866 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012
#> GSM483349 2 0.1965 0.801 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM483350 2 0.1331 0.808 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM483356 4 0.4090 0.535 0.000 0.268 0.000 0.716 0.016
#> GSM483362 1 0.2462 0.846 0.880 0.000 0.000 0.112 0.008
#> GSM483365 1 0.4403 0.392 0.608 0.000 0.000 0.384 0.008
#> GSM483367 4 0.4392 0.407 0.380 0.000 0.000 0.612 0.008
#> GSM483369 4 0.4003 0.554 0.288 0.000 0.000 0.704 0.008
#> GSM483370 1 0.1408 0.910 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM483375 4 0.1153 0.766 0.024 0.004 0.000 0.964 0.008
#> GSM483376 1 0.0794 0.909 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483377 1 0.1484 0.908 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008
#> GSM483378 1 0.2411 0.851 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> GSM483385 4 0.3455 0.657 0.208 0.000 0.000 0.784 0.008
#> GSM483402 4 0.2635 0.742 0.008 0.016 0.000 0.888 0.088
#> GSM483403 1 0.1041 0.907 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483406 4 0.4588 0.659 0.136 0.000 0.000 0.748 0.116
#> GSM483407 1 0.2077 0.861 0.920 0.000 0.000 0.040 0.040
#> GSM483408 1 0.1041 0.907 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483414 4 0.4413 0.631 0.232 0.000 0.000 0.724 0.044
#> GSM483415 1 0.4017 0.728 0.788 0.000 0.000 0.148 0.064
#> GSM483424 2 0.1124 0.810 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM483437 4 0.3730 0.512 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM483439 4 0.1571 0.736 0.004 0.060 0.000 0.936 0.000
#> GSM483440 1 0.3013 0.778 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> GSM483446 5 0.6166 0.918 0.260 0.000 0.000 0.188 0.552
#> GSM483449 1 0.1041 0.907 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM483454 4 0.1331 0.770 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> GSM483456 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483460 1 0.1121 0.912 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM483463 4 0.3012 0.707 0.124 0.000 0.000 0.852 0.024
#> GSM483471 1 0.2411 0.851 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> GSM483297 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483298 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483299 2 0.0609 0.811 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM483306 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483309 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483316 4 0.0963 0.771 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM483321 5 0.6098 0.908 0.196 0.000 0.000 0.236 0.568
#> GSM483324 1 0.2228 0.859 0.912 0.000 0.000 0.048 0.040
#> GSM483326 3 0.1281 0.966 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM483335 4 0.1697 0.767 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> GSM483340 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483342 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483345 2 0.6351 0.522 0.004 0.500 0.152 0.000 0.344
#> GSM483346 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483355 2 0.3876 0.717 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM483357 2 0.0880 0.809 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM483359 2 0.0671 0.811 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483360 2 0.3857 0.718 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM483382 4 0.4084 0.456 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM483383 2 0.4754 0.532 0.000 0.684 0.000 0.264 0.052
#> GSM483387 1 0.2580 0.814 0.892 0.000 0.000 0.044 0.064
#> GSM483392 4 0.4864 0.615 0.164 0.000 0.000 0.720 0.116
#> GSM483393 4 0.4783 0.614 0.176 0.000 0.000 0.724 0.100
#> GSM483394 2 0.2629 0.790 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM483395 4 0.4316 0.684 0.108 0.000 0.000 0.772 0.120
#> GSM483397 4 0.5697 0.079 0.404 0.000 0.000 0.512 0.084
#> GSM483398 4 0.3214 0.738 0.036 0.000 0.000 0.844 0.120
#> GSM483409 4 0.3437 0.733 0.048 0.000 0.000 0.832 0.120
#> GSM483422 3 0.4044 0.736 0.012 0.004 0.732 0.000 0.252
#> GSM483423 2 0.1965 0.801 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM483425 2 0.0671 0.811 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM483429 2 0.1205 0.808 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM483430 2 0.1952 0.803 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM483432 2 0.2970 0.723 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM483435 2 0.2852 0.779 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM483438 4 0.2654 0.727 0.000 0.064 0.000 0.888 0.048
#> GSM483441 4 0.3932 0.459 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM483451 4 0.3760 0.632 0.188 0.000 0.000 0.784 0.028
#> GSM483452 1 0.1408 0.910 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM483453 4 0.0865 0.770 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM483457 4 0.1638 0.769 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM483467 4 0.1430 0.771 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM483469 4 0.0880 0.770 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM483472 4 0.2707 0.730 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> GSM483474 2 0.3607 0.635 0.000 0.752 0.000 0.244 0.004
#> GSM483475 5 0.5278 0.655 0.052 0.004 0.000 0.344 0.600
#> GSM483479 2 0.3427 0.739 0.000 0.836 0.000 0.108 0.056
#> GSM483480 3 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483481 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM483483 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.3695 0.697 0.000 0.800 0.000 0.164 0.036
#> GSM483487 4 0.5470 0.424 0.000 0.332 0.000 0.588 0.080
#> GSM483488 4 0.2845 0.738 0.008 0.020 0.000 0.876 0.096
#> GSM483489 2 0.3339 0.741 0.000 0.840 0.000 0.112 0.048
#> GSM483490 2 0.1331 0.808 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM483491 4 0.3932 0.459 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM483492 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483493 1 0.1121 0.912 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM483494 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM483495 1 0.1121 0.912 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM483496 1 0.1043 0.913 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483302 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483303 2 0.4433 0.3393 0.000 0.616 0.000 0.040 0.000 0.344
#> GSM483305 6 0.4095 0.0789 0.000 0.480 0.000 0.008 0.000 0.512
#> GSM483307 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0458 0.7690 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0146 0.9582 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 5 0.5465 0.6854 0.020 0.000 0.000 0.072 0.504 0.404
#> GSM483319 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 5 0.5253 0.6764 0.008 0.000 0.000 0.072 0.484 0.436
#> GSM483327 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483333 5 0.5253 0.6764 0.008 0.000 0.000 0.072 0.484 0.436
#> GSM483336 5 0.5485 0.6804 0.020 0.000 0.000 0.072 0.484 0.424
#> GSM483337 6 0.3854 0.1140 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM483339 2 0.0363 0.7699 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483351 5 0.4099 0.0746 0.000 0.000 0.000 0.016 0.612 0.372
#> GSM483352 5 0.1078 0.5915 0.012 0.000 0.000 0.008 0.964 0.016
#> GSM483354 5 0.1167 0.5934 0.012 0.000 0.000 0.008 0.960 0.020
#> GSM483358 6 0.5743 0.3082 0.000 0.284 0.000 0.016 0.144 0.556
#> GSM483384 4 0.3307 0.9429 0.148 0.000 0.000 0.808 0.044 0.000
#> GSM483386 4 0.3419 0.9406 0.104 0.000 0.000 0.812 0.084 0.000
#> GSM483388 4 0.3464 0.9418 0.108 0.000 0.000 0.808 0.084 0.000
#> GSM483390 1 0.0858 0.9099 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM483391 1 0.0146 0.9181 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483396 5 0.3419 0.6381 0.004 0.000 0.000 0.040 0.804 0.152
#> GSM483399 4 0.3307 0.9429 0.148 0.000 0.000 0.808 0.044 0.000
#> GSM483400 5 0.5487 0.6792 0.020 0.000 0.000 0.072 0.480 0.428
#> GSM483401 3 0.1946 0.9303 0.000 0.000 0.912 0.072 0.004 0.012
#> GSM483412 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483418 5 0.1152 0.5944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM483420 5 0.3342 0.3300 0.000 0.000 0.000 0.012 0.760 0.228
#> GSM483421 6 0.5735 0.3287 0.000 0.260 0.000 0.016 0.156 0.568
#> GSM483426 2 0.2488 0.7193 0.000 0.880 0.000 0.044 0.000 0.076
#> GSM483428 2 0.2164 0.7298 0.000 0.900 0.000 0.032 0.000 0.068
#> GSM483431 6 0.4866 0.1122 0.000 0.444 0.000 0.040 0.008 0.508
#> GSM483436 5 0.1036 0.5992 0.004 0.000 0.000 0.008 0.964 0.024
#> GSM483442 1 0.0146 0.9181 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483443 5 0.0806 0.5724 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000
#> GSM483444 5 0.5741 0.6714 0.036 0.000 0.000 0.072 0.464 0.428
#> GSM483447 5 0.1080 0.6010 0.004 0.000 0.000 0.004 0.960 0.032
#> GSM483448 5 0.1592 0.6091 0.008 0.000 0.000 0.020 0.940 0.032
#> GSM483450 5 0.5337 0.6792 0.012 0.000 0.000 0.072 0.484 0.432
#> GSM483455 5 0.5253 0.6764 0.008 0.000 0.000 0.072 0.484 0.436
#> GSM483458 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0260 0.9175 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483462 1 0.0508 0.9132 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM483464 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 5 0.5322 0.6858 0.016 0.000 0.000 0.068 0.528 0.388
#> GSM483468 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.3307 0.9429 0.148 0.000 0.000 0.808 0.044 0.000
#> GSM483477 4 0.3307 0.9429 0.148 0.000 0.000 0.808 0.044 0.000
#> GSM483300 6 0.3854 0.1140 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM483308 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483310 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483311 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483323 4 0.3980 0.9341 0.096 0.000 0.000 0.792 0.088 0.024
#> GSM483338 5 0.1701 0.5186 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920 0.000
#> GSM483353 6 0.5626 0.3352 0.000 0.248 0.000 0.012 0.160 0.580
#> GSM483361 5 0.5485 0.6804 0.020 0.000 0.000 0.072 0.484 0.424
#> GSM483363 5 0.5377 0.6798 0.012 0.000 0.000 0.076 0.484 0.428
#> GSM483364 6 0.6583 -0.5984 0.168 0.000 0.000 0.048 0.388 0.396
#> GSM483366 1 0.0405 0.9148 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM483368 5 0.2668 0.4270 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> GSM483371 6 0.1010 0.3508 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM483372 5 0.5275 0.6857 0.016 0.000 0.000 0.064 0.532 0.388
#> GSM483373 5 0.5110 0.6850 0.012 0.000 0.000 0.056 0.536 0.396
#> GSM483374 5 0.5110 0.6720 0.000 0.000 0.000 0.080 0.480 0.440
#> GSM483379 6 0.6858 -0.5145 0.256 0.000 0.000 0.048 0.336 0.360
#> GSM483380 6 0.4095 0.0739 0.000 0.480 0.000 0.008 0.000 0.512
#> GSM483381 5 0.5414 0.6802 0.016 0.000 0.000 0.072 0.484 0.428
#> GSM483389 5 0.5481 0.6819 0.020 0.000 0.000 0.072 0.488 0.420
#> GSM483404 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483405 5 0.2191 0.5286 0.120 0.000 0.000 0.004 0.876 0.000
#> GSM483410 5 0.1219 0.5717 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948 0.000
#> GSM483411 1 0.1411 0.8905 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060 0.000
#> GSM483413 5 0.1010 0.5993 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM483416 5 0.0622 0.5961 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM483417 5 0.1080 0.6010 0.004 0.000 0.000 0.004 0.960 0.032
#> GSM483419 5 0.2234 0.5238 0.124 0.000 0.000 0.004 0.872 0.000
#> GSM483427 5 0.2201 0.6126 0.004 0.000 0.000 0.036 0.904 0.056
#> GSM483433 6 0.4866 0.1122 0.000 0.444 0.000 0.040 0.008 0.508
#> GSM483434 6 0.4642 0.0982 0.000 0.452 0.000 0.040 0.000 0.508
#> GSM483445 5 0.6709 0.5929 0.168 0.000 0.000 0.060 0.408 0.364
#> GSM483459 5 0.6704 0.5859 0.176 0.000 0.000 0.056 0.404 0.364
#> GSM483465 5 0.5414 0.6802 0.016 0.000 0.000 0.072 0.484 0.428
#> GSM483470 5 0.5337 0.6792 0.012 0.000 0.000 0.072 0.484 0.432
#> GSM483473 1 0.0508 0.9132 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM483478 1 0.0777 0.9115 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM483304 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483315 1 0.4547 0.6117 0.752 0.000 0.000 0.048 0.124 0.076
#> GSM483320 5 0.6564 0.5871 0.164 0.000 0.000 0.048 0.396 0.392
#> GSM483325 5 0.0603 0.5826 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.2144 0.8436 0.908 0.000 0.000 0.048 0.040 0.004
#> GSM483341 6 0.5452 0.3242 0.000 0.100 0.000 0.016 0.308 0.576
#> GSM483343 6 0.5354 0.3407 0.000 0.140 0.000 0.004 0.264 0.592
#> GSM483344 2 0.0692 0.7640 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM483347 6 0.4594 0.0374 0.000 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> GSM483348 1 0.1333 0.9003 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048 0.000
#> GSM483349 2 0.4561 0.2182 0.000 0.568 0.000 0.040 0.000 0.392
#> GSM483350 6 0.4767 0.1097 0.000 0.444 0.000 0.040 0.004 0.512
#> GSM483356 6 0.4312 -0.1192 0.000 0.000 0.000 0.028 0.368 0.604
#> GSM483362 1 0.1401 0.8873 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> GSM483365 1 0.6507 0.0521 0.496 0.000 0.000 0.048 0.208 0.248
#> GSM483367 5 0.6638 0.5731 0.180 0.000 0.000 0.048 0.388 0.384
#> GSM483369 5 0.6385 0.6132 0.132 0.000 0.000 0.048 0.416 0.404
#> GSM483370 1 0.0405 0.9148 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM483375 5 0.5337 0.6792 0.012 0.000 0.000 0.072 0.484 0.432
#> GSM483376 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.1237 0.8941 0.956 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004
#> GSM483378 1 0.1401 0.8873 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> GSM483385 5 0.6000 0.6592 0.064 0.000 0.000 0.064 0.452 0.420
#> GSM483402 5 0.1010 0.5993 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM483403 1 0.0858 0.9099 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM483406 5 0.0692 0.5753 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000
#> GSM483407 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483408 1 0.0777 0.9115 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM483414 5 0.3178 0.6105 0.056 0.000 0.000 0.016 0.848 0.080
#> GSM483415 1 0.3966 0.3217 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444 0.000
#> GSM483424 6 0.4646 0.0795 0.000 0.460 0.000 0.040 0.000 0.500
#> GSM483437 6 0.3456 -0.0627 0.000 0.000 0.000 0.040 0.172 0.788
#> GSM483439 6 0.5075 -0.6676 0.000 0.000 0.000 0.076 0.456 0.468
#> GSM483440 1 0.3229 0.7277 0.828 0.000 0.000 0.048 0.120 0.004
#> GSM483446 4 0.3830 0.9400 0.148 0.000 0.000 0.788 0.044 0.020
#> GSM483449 1 0.0777 0.9115 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM483454 5 0.5414 0.6802 0.016 0.000 0.000 0.072 0.484 0.428
#> GSM483456 2 0.0458 0.7690 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 5 0.5774 0.6801 0.052 0.000 0.000 0.064 0.528 0.356
#> GSM483471 1 0.1401 0.8873 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> GSM483297 2 0.0603 0.7670 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM483298 2 0.0363 0.7699 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483299 6 0.4096 0.0672 0.000 0.484 0.000 0.008 0.000 0.508
#> GSM483306 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483309 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 5 0.5487 0.6792 0.020 0.000 0.000 0.072 0.480 0.428
#> GSM483316 5 0.5337 0.6792 0.012 0.000 0.000 0.072 0.484 0.432
#> GSM483321 4 0.3980 0.9341 0.096 0.000 0.000 0.792 0.088 0.024
#> GSM483324 1 0.1531 0.8850 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> GSM483326 3 0.1707 0.9373 0.000 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> GSM483335 5 0.5485 0.6804 0.020 0.000 0.000 0.072 0.484 0.424
#> GSM483340 2 0.0363 0.7699 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483342 2 0.0363 0.7699 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2386 0.6753 0.000 0.896 0.064 0.028 0.000 0.012
#> GSM483346 2 0.0458 0.7690 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0458 0.7690 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.4644 -0.0219 0.000 0.504 0.000 0.040 0.000 0.456
#> GSM483359 6 0.4651 0.0324 0.000 0.476 0.000 0.040 0.000 0.484
#> GSM483360 2 0.0146 0.7692 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483382 6 0.1010 0.3508 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM483383 6 0.5633 0.3515 0.000 0.212 0.000 0.016 0.176 0.596
#> GSM483387 1 0.1858 0.8724 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076 0.000
#> GSM483392 5 0.1340 0.5587 0.040 0.000 0.000 0.008 0.948 0.004
#> GSM483393 5 0.1858 0.5375 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904 0.000
#> GSM483394 2 0.3653 0.4440 0.000 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300
#> GSM483395 5 0.0922 0.5747 0.024 0.000 0.000 0.004 0.968 0.004
#> GSM483397 5 0.3189 0.3041 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760 0.000
#> GSM483398 5 0.0767 0.5817 0.012 0.000 0.000 0.008 0.976 0.004
#> GSM483409 5 0.0622 0.5791 0.012 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000
#> GSM483422 3 0.5516 0.4500 0.000 0.372 0.528 0.084 0.004 0.012
#> GSM483423 2 0.4569 0.2070 0.000 0.564 0.000 0.040 0.000 0.396
#> GSM483425 6 0.4650 0.0463 0.000 0.472 0.000 0.040 0.000 0.488
#> GSM483429 6 0.4089 0.1076 0.000 0.468 0.000 0.008 0.000 0.524
#> GSM483430 2 0.3965 0.2647 0.000 0.604 0.000 0.008 0.000 0.388
#> GSM483432 6 0.3330 0.2874 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM483435 2 0.4089 0.4931 0.000 0.696 0.000 0.040 0.000 0.264
#> GSM483438 6 0.4853 -0.3810 0.000 0.000 0.000 0.056 0.456 0.488
#> GSM483441 6 0.1010 0.3508 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM483451 5 0.6102 0.6276 0.128 0.000 0.000 0.040 0.524 0.308
#> GSM483452 1 0.0508 0.9132 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM483453 5 0.5310 0.6855 0.012 0.000 0.000 0.072 0.512 0.404
#> GSM483457 5 0.5454 0.6868 0.020 0.000 0.000 0.072 0.512 0.396
#> GSM483467 5 0.5454 0.6868 0.020 0.000 0.000 0.072 0.512 0.396
#> GSM483469 5 0.5337 0.6792 0.012 0.000 0.000 0.072 0.484 0.432
#> GSM483472 5 0.6005 0.6729 0.056 0.000 0.000 0.076 0.484 0.384
#> GSM483474 6 0.1864 0.3332 0.000 0.032 0.000 0.040 0.004 0.924
#> GSM483475 4 0.3673 0.8432 0.024 0.000 0.000 0.808 0.124 0.044
#> GSM483479 6 0.5811 0.3135 0.000 0.172 0.000 0.012 0.272 0.544
#> GSM483480 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.9588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483486 6 0.5315 0.3421 0.000 0.224 0.000 0.000 0.180 0.596
#> GSM483487 6 0.4533 0.3085 0.000 0.016 0.000 0.016 0.380 0.588
#> GSM483488 5 0.1701 0.5883 0.000 0.000 0.000 0.008 0.920 0.072
#> GSM483489 6 0.5752 0.3219 0.000 0.264 0.000 0.016 0.156 0.564
#> GSM483490 6 0.4587 0.0901 0.000 0.456 0.000 0.036 0.000 0.508
#> GSM483491 6 0.0865 0.3501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM483492 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9184 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:kmeans 199 0.21038 5.16e-02 2
#> ATC:kmeans 196 0.00642 9.03e-04 3
#> ATC:kmeans 161 0.00829 3.49e-04 4
#> ATC:kmeans 184 0.00413 2.45e-04 5
#> ATC:kmeans 149 0.00155 5.06e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.4724 0.526 0.526
#> 3 3 0.861 0.872 0.930 0.3691 0.811 0.646
#> 4 4 0.832 0.869 0.925 0.1259 0.844 0.594
#> 5 5 0.754 0.707 0.846 0.0612 0.932 0.753
#> 6 6 0.874 0.845 0.915 0.0389 0.955 0.800
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483351 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483352 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483399 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483418 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483420 1 0.3733 0.921 0.928 0.072
#> GSM483421 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483436 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483353 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483371 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483413 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483433 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483329 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483341 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483343 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483344 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483347 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483356 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> GSM483362 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483424 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483437 2 0.8267 0.655 0.260 0.740
#> GSM483439 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483359 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.7056 0.764 0.192 0.808
#> GSM483387 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483395 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483438 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> GSM483441 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483474 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483475 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483479 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483487 2 0.9522 0.419 0.372 0.628
#> GSM483488 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483489 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483491 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 3 0.5291 0.717 0.268 0.000 0.732
#> GSM483302 1 0.6079 0.342 0.612 0.000 0.388
#> GSM483303 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483305 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483307 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483313 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483339 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483351 3 0.0000 0.856 0.000 0.000 1.000
#> GSM483352 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483354 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483358 2 0.5058 0.763 0.000 0.756 0.244
#> GSM483384 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483386 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483388 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483390 1 0.5810 0.468 0.664 0.000 0.336
#> GSM483391 1 0.0237 0.891 0.996 0.000 0.004
#> GSM483396 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483399 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483400 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483412 3 0.3619 0.915 0.136 0.000 0.864
#> GSM483418 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483420 3 0.0000 0.856 0.000 0.000 1.000
#> GSM483421 2 0.4121 0.859 0.000 0.832 0.168
#> GSM483426 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483436 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483442 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483444 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 3 0.4654 0.821 0.208 0.000 0.792
#> GSM483448 1 0.5810 0.468 0.664 0.000 0.336
#> GSM483450 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.5678 0.512 0.684 0.000 0.316
#> GSM483462 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.5138 0.594 0.748 0.000 0.252
#> GSM483468 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483477 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483300 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483308 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483323 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483338 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483353 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483361 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.1860 0.851 0.948 0.000 0.052
#> GSM483364 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483371 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483372 1 0.5760 0.456 0.672 0.000 0.328
#> GSM483373 3 0.3619 0.914 0.136 0.000 0.864
#> GSM483374 3 0.6267 0.276 0.452 0.000 0.548
#> GSM483379 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483381 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483404 1 0.6126 0.305 0.600 0.000 0.400
#> GSM483405 1 0.5859 0.451 0.656 0.000 0.344
#> GSM483410 3 0.6280 0.211 0.460 0.000 0.540
#> GSM483411 1 0.6204 0.229 0.576 0.000 0.424
#> GSM483413 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483416 1 0.6307 -0.031 0.512 0.000 0.488
#> GSM483417 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483419 1 0.5859 0.451 0.656 0.000 0.344
#> GSM483427 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483433 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.5591 0.531 0.696 0.000 0.304
#> GSM483304 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 3 0.2959 0.950 0.100 0.000 0.900
#> GSM483329 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.5706 0.644 0.000 0.680 0.320
#> GSM483343 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483344 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483347 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483348 1 0.0237 0.891 0.996 0.000 0.004
#> GSM483349 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.2448 0.810 0.924 0.076 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483403 1 0.5785 0.477 0.668 0.000 0.332
#> GSM483406 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483407 3 0.3619 0.915 0.136 0.000 0.864
#> GSM483408 1 0.5785 0.477 0.668 0.000 0.332
#> GSM483414 1 0.0892 0.879 0.980 0.000 0.020
#> GSM483415 1 0.5882 0.441 0.652 0.000 0.348
#> GSM483424 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.6095 0.322 0.608 0.392 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483449 1 0.5591 0.531 0.696 0.000 0.304
#> GSM483454 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483460 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.5138 0.594 0.748 0.000 0.252
#> GSM483471 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483298 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483299 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483306 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483324 3 0.3619 0.915 0.136 0.000 0.864
#> GSM483326 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483342 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483345 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483355 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483359 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483382 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483383 2 0.5138 0.752 0.000 0.748 0.252
#> GSM483387 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483392 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483393 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483394 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483395 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483397 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483398 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483409 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483422 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483429 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483430 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483432 2 0.0237 0.977 0.000 0.996 0.004
#> GSM483435 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483438 3 0.1031 0.881 0.024 0.000 0.976
#> GSM483441 2 0.0661 0.971 0.008 0.988 0.004
#> GSM483451 1 0.6126 0.281 0.600 0.000 0.400
#> GSM483452 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.5058 0.608 0.756 0.000 0.244
#> GSM483457 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483474 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483475 3 0.2796 0.949 0.092 0.000 0.908
#> GSM483479 2 0.3752 0.884 0.000 0.856 0.144
#> GSM483480 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483486 2 0.0424 0.974 0.000 0.992 0.008
#> GSM483487 3 0.0000 0.856 0.000 0.000 1.000
#> GSM483488 3 0.2878 0.953 0.096 0.000 0.904
#> GSM483489 2 0.2878 0.923 0.000 0.904 0.096
#> GSM483490 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483491 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.894 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.0336 0.9031 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483302 4 0.2589 0.8459 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM483303 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483305 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 3 0.4585 0.7703 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0336 0.9463 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 1 0.0188 0.9481 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.4624 0.7614 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM483339 2 0.1211 0.9304 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM483351 4 0.4605 0.5963 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM483352 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483354 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483358 3 0.0336 0.7701 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483384 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483386 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483388 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483390 4 0.3400 0.7959 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM483391 1 0.3123 0.7992 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM483396 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483399 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483400 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483412 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483418 4 0.0336 0.9041 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM483420 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483421 3 0.0336 0.7701 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483436 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483442 1 0.1716 0.9012 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM483443 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483447 4 0.0707 0.8992 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM483448 4 0.3486 0.7875 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483450 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0336 0.9463 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.5000 -0.0614 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM483462 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.3668 0.7722 0.808 0.000 0.004 0.188
#> GSM483468 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483477 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483300 3 0.4804 0.6912 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483338 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483353 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.1109 0.9290 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM483364 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483371 3 0.4643 0.7491 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM483372 1 0.4401 0.6478 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM483373 4 0.5905 0.2668 0.396 0.000 0.040 0.564
#> GSM483374 1 0.5279 0.6549 0.716 0.000 0.052 0.232
#> GSM483379 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.4679 0.7459 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483404 4 0.2408 0.8546 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM483405 4 0.3356 0.7992 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM483410 4 0.1792 0.8763 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM483411 4 0.2345 0.8571 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM483413 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483416 4 0.1867 0.8742 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM483417 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483419 4 0.3400 0.7959 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM483427 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483433 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0188 0.9481 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 4 0.3486 0.7889 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483304 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483329 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483341 3 0.0336 0.7701 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483343 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483344 3 0.4564 0.7736 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM483347 3 0.4543 0.7759 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM483348 1 0.4790 0.3295 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM483349 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483356 1 0.2861 0.8583 0.888 0.016 0.000 0.096
#> GSM483362 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.1792 0.8978 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM483377 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483403 4 0.3400 0.7959 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM483406 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483407 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483408 4 0.3400 0.7959 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM483414 4 0.4999 0.1110 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM483415 4 0.3356 0.7992 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM483424 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483437 1 0.3501 0.8047 0.848 0.132 0.020 0.000
#> GSM483439 1 0.0188 0.9481 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483449 4 0.3400 0.7959 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM483454 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483456 3 0.4585 0.7703 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.3751 0.7627 0.800 0.000 0.004 0.196
#> GSM483471 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 3 0.4477 0.7803 0.000 0.312 0.688 0.000
#> GSM483298 3 0.4500 0.7793 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM483299 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 4 0.1389 0.8985 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483324 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483340 3 0.4564 0.7736 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM483342 3 0.4564 0.7736 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM483345 2 0.0817 0.9510 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM483346 3 0.4585 0.7703 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM483355 2 0.3942 0.5571 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM483357 3 0.4500 0.7793 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM483359 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483360 3 0.4564 0.7736 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM483382 3 0.4500 0.7757 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM483383 3 0.0000 0.7652 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483387 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483392 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483393 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483395 4 0.0188 0.9044 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483397 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483398 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483409 4 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483429 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483430 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483432 3 0.4564 0.7709 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM483435 2 0.0817 0.9510 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM483438 3 0.3266 0.6388 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM483441 3 0.4800 0.7514 0.004 0.340 0.656 0.000
#> GSM483451 1 0.4964 0.4164 0.616 0.000 0.004 0.380
#> GSM483452 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.3494 0.7920 0.824 0.000 0.004 0.172
#> GSM483457 1 0.1557 0.9077 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM483467 1 0.1940 0.8923 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM483469 1 0.0336 0.9463 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483474 2 0.0188 0.9732 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483475 4 0.4790 0.4214 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM483479 3 0.1474 0.7916 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.4790 0.1060 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM483487 3 0.0336 0.7644 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM483488 4 0.1302 0.8993 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM483489 3 0.0336 0.7701 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483491 2 0.0188 0.9732 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0188 0.9478 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483495 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 5 0.1478 0.7041 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM483302 5 0.3003 0.6559 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM483303 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483305 2 0.0404 0.7951 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.3814 0.7619 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> GSM483313 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483318 1 0.1205 0.8897 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM483319 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483322 4 0.4437 -0.0225 0.464 0.000 0.000 0.532 0.004
#> GSM483327 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 1 0.4126 0.5144 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM483336 1 0.1792 0.8615 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM483337 2 0.3838 0.7572 0.000 0.716 0.280 0.004 0.000
#> GSM483339 3 0.3741 0.5441 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> GSM483351 5 0.6695 -0.1180 0.000 0.308 0.000 0.264 0.428
#> GSM483352 5 0.4251 0.1994 0.000 0.012 0.000 0.316 0.672
#> GSM483354 5 0.4251 0.1994 0.000 0.012 0.000 0.316 0.672
#> GSM483358 2 0.0162 0.7852 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483384 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483386 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483388 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483390 5 0.3366 0.6239 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM483391 1 0.1774 0.8590 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> GSM483396 5 0.4552 -0.3205 0.000 0.008 0.000 0.468 0.524
#> GSM483399 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483400 1 0.1270 0.8823 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0880 0.7095 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM483418 5 0.0898 0.6919 0.000 0.008 0.000 0.020 0.972
#> GSM483420 5 0.0579 0.7036 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM483421 2 0.0162 0.7852 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483426 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483428 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483431 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483436 5 0.3992 0.3194 0.000 0.012 0.000 0.268 0.720
#> GSM483442 1 0.1300 0.8830 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM483443 5 0.0404 0.7011 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483444 1 0.1341 0.8801 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM483447 5 0.1851 0.6973 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> GSM483448 5 0.3305 0.6319 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM483450 1 0.1608 0.8700 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM483455 1 0.4302 0.2883 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM483458 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483461 1 0.5391 0.2797 0.616 0.000 0.000 0.084 0.300
#> GSM483462 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483464 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483466 4 0.6009 0.4941 0.320 0.000 0.000 0.544 0.136
#> GSM483468 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483476 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483477 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483300 2 0.4166 0.6571 0.000 0.648 0.348 0.004 0.000
#> GSM483308 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483338 5 0.4232 0.2104 0.000 0.012 0.000 0.312 0.676
#> GSM483353 2 0.0566 0.7941 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM483361 1 0.1732 0.8644 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM483363 4 0.5203 0.4152 0.332 0.000 0.000 0.608 0.060
#> GSM483364 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483368 5 0.0404 0.7011 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483371 4 0.5475 -0.1780 0.012 0.284 0.068 0.636 0.000
#> GSM483372 4 0.6348 0.4947 0.292 0.000 0.000 0.512 0.196
#> GSM483373 4 0.5078 0.4448 0.024 0.008 0.000 0.564 0.404
#> GSM483374 4 0.4098 0.5018 0.156 0.000 0.000 0.780 0.064
#> GSM483379 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.4225 0.6279 0.000 0.632 0.364 0.004 0.000
#> GSM483381 1 0.1270 0.8828 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM483389 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483404 5 0.3109 0.6496 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> GSM483405 5 0.3336 0.6283 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM483410 5 0.2561 0.6773 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> GSM483411 5 0.2891 0.6620 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> GSM483413 5 0.0000 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483416 5 0.3177 0.6439 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM483417 5 0.0000 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483419 5 0.3336 0.6283 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM483427 5 0.4457 0.0234 0.000 0.012 0.000 0.368 0.620
#> GSM483433 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483434 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483445 1 0.0703 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483459 1 0.0609 0.8970 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM483465 1 0.1851 0.8582 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM483470 1 0.3395 0.7034 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM483473 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483478 5 0.3636 0.5686 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM483304 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 5 0.0290 0.7104 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM483329 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.0290 0.7838 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483343 2 0.0693 0.7930 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM483344 2 0.3715 0.7765 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483347 2 0.3715 0.7765 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483348 1 0.4101 0.3325 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM483349 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483350 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483356 1 0.5788 0.4588 0.628 0.000 0.004 0.152 0.216
#> GSM483362 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483365 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9028 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483375 1 0.3796 0.6315 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM483376 1 0.0955 0.8905 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM483377 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483378 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483385 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483402 5 0.0000 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483403 5 0.3366 0.6239 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM483406 5 0.0000 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483407 5 0.0162 0.7096 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483408 5 0.3366 0.6239 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> GSM483414 5 0.4210 0.3327 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> GSM483415 5 0.3305 0.6319 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM483424 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483437 4 0.4898 0.0458 0.332 0.004 0.032 0.632 0.000
#> GSM483439 1 0.4302 0.3528 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM483440 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483446 4 0.4653 0.4156 0.000 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM483449 5 0.3424 0.6131 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM483454 1 0.1908 0.8551 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM483456 2 0.3790 0.7660 0.000 0.724 0.272 0.004 0.000
#> GSM483460 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483463 4 0.6076 0.4930 0.320 0.000 0.000 0.536 0.144
#> GSM483471 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483297 2 0.3662 0.7803 0.000 0.744 0.252 0.004 0.000
#> GSM483298 2 0.3662 0.7803 0.000 0.744 0.252 0.004 0.000
#> GSM483299 2 0.0404 0.7951 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483306 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.1792 0.8615 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM483316 1 0.1792 0.8615 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM483321 4 0.4650 0.4187 0.000 0.012 0.000 0.520 0.468
#> GSM483324 5 0.0609 0.7105 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM483326 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.1792 0.8615 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM483340 2 0.3715 0.7765 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483342 2 0.3715 0.7765 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483345 3 0.3333 0.6605 0.000 0.208 0.788 0.004 0.000
#> GSM483346 2 0.3790 0.7660 0.000 0.724 0.272 0.004 0.000
#> GSM483355 3 0.4047 0.3945 0.000 0.320 0.676 0.004 0.000
#> GSM483357 2 0.3662 0.7803 0.000 0.744 0.252 0.004 0.000
#> GSM483359 3 0.1205 0.8981 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> GSM483360 2 0.3715 0.7765 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> GSM483382 2 0.5549 0.4801 0.004 0.480 0.056 0.460 0.000
#> GSM483383 2 0.0290 0.7868 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483387 5 0.0404 0.7011 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483392 5 0.4505 -0.0389 0.000 0.012 0.000 0.384 0.604
#> GSM483393 5 0.0000 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 2 0.0404 0.7951 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483395 5 0.2230 0.6007 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM483397 5 0.0290 0.7040 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM483398 5 0.1478 0.6596 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM483409 5 0.0162 0.7065 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483422 3 0.2233 0.8230 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> GSM483423 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483425 3 0.0771 0.9183 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> GSM483429 2 0.0404 0.7951 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483430 2 0.0404 0.7951 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM483432 2 0.5484 0.5711 0.000 0.540 0.068 0.392 0.000
#> GSM483435 3 0.3662 0.5712 0.000 0.252 0.744 0.004 0.000
#> GSM483438 4 0.5159 0.4480 0.000 0.164 0.000 0.692 0.144
#> GSM483441 4 0.5615 -0.1835 0.012 0.280 0.080 0.628 0.000
#> GSM483451 4 0.6477 0.4821 0.256 0.000 0.000 0.496 0.248
#> GSM483452 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483453 4 0.5927 0.4616 0.340 0.000 0.000 0.540 0.120
#> GSM483457 1 0.1830 0.8636 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> GSM483467 1 0.3307 0.7978 0.844 0.000 0.000 0.104 0.052
#> GSM483469 1 0.4161 0.4537 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM483472 1 0.1270 0.8839 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM483474 3 0.4415 0.4094 0.000 0.004 0.552 0.444 0.000
#> GSM483475 4 0.4713 0.4330 0.000 0.016 0.000 0.544 0.440
#> GSM483479 2 0.0566 0.7941 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.4288 0.6912 0.000 0.664 0.324 0.012 0.000
#> GSM483487 2 0.0404 0.7811 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM483488 5 0.3890 0.3715 0.000 0.012 0.000 0.252 0.736
#> GSM483489 2 0.0290 0.7838 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483490 3 0.0162 0.9343 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483491 3 0.4632 0.3895 0.012 0.000 0.540 0.448 0.000
#> GSM483492 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483493 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483494 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483495 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM483496 1 0.0404 0.9038 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0806 0.968 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000
#> GSM483302 5 0.1010 0.961 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960 0.000
#> GSM483303 3 0.0551 0.945 0.000 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008
#> GSM483305 2 0.0405 0.728 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM483307 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.3827 0.700 0.000 0.680 0.308 0.004 0.000 0.008
#> GSM483313 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0692 0.935 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM483319 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483322 4 0.4680 0.409 0.264 0.000 0.000 0.652 0.000 0.084
#> GSM483327 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483333 6 0.3653 0.615 0.300 0.000 0.000 0.008 0.000 0.692
#> GSM483336 1 0.0914 0.929 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM483337 2 0.3938 0.693 0.000 0.672 0.312 0.004 0.000 0.012
#> GSM483339 3 0.3628 0.556 0.000 0.268 0.720 0.004 0.000 0.008
#> GSM483351 4 0.7179 0.209 0.000 0.352 0.000 0.364 0.164 0.120
#> GSM483352 4 0.4618 0.668 0.000 0.012 0.000 0.700 0.212 0.076
#> GSM483354 4 0.4409 0.677 0.000 0.012 0.000 0.716 0.212 0.060
#> GSM483358 2 0.1643 0.698 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> GSM483384 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483386 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483388 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483390 5 0.1082 0.958 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956 0.000
#> GSM483391 1 0.0458 0.934 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483396 4 0.1913 0.814 0.000 0.000 0.000 0.908 0.080 0.012
#> GSM483399 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483400 1 0.0717 0.933 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM483401 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0622 0.968 0.012 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000
#> GSM483418 5 0.1367 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM483420 5 0.0146 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM483421 2 0.1082 0.712 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM483426 3 0.0291 0.949 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483428 3 0.0436 0.947 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> GSM483431 3 0.0291 0.949 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483436 4 0.4826 0.401 0.004 0.004 0.000 0.560 0.392 0.040
#> GSM483442 1 0.0632 0.928 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM483443 5 0.0692 0.962 0.004 0.000 0.000 0.020 0.976 0.000
#> GSM483444 1 0.0520 0.938 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM483447 5 0.0603 0.968 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000
#> GSM483448 5 0.0713 0.966 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483450 1 0.0717 0.933 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM483455 6 0.4443 0.631 0.276 0.000 0.000 0.060 0.000 0.664
#> GSM483458 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.3612 0.659 0.764 0.000 0.000 0.200 0.036 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.1958 0.770 0.100 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM483468 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483477 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483300 2 0.3955 0.654 0.000 0.648 0.340 0.004 0.000 0.008
#> GSM483308 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483338 4 0.3729 0.625 0.000 0.000 0.000 0.692 0.296 0.012
#> GSM483353 2 0.1007 0.712 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM483361 1 0.0914 0.929 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM483363 4 0.2094 0.779 0.080 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020
#> GSM483364 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 5 0.0767 0.963 0.004 0.000 0.000 0.012 0.976 0.008
#> GSM483371 6 0.2432 0.809 0.000 0.100 0.000 0.024 0.000 0.876
#> GSM483372 4 0.1958 0.770 0.100 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM483373 4 0.0767 0.825 0.008 0.000 0.000 0.976 0.012 0.004
#> GSM483374 4 0.1434 0.803 0.012 0.000 0.000 0.940 0.000 0.048
#> GSM483379 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.4317 0.495 0.000 0.572 0.408 0.004 0.000 0.016
#> GSM483381 1 0.0405 0.940 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM483389 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483404 5 0.0713 0.966 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483405 5 0.0713 0.966 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483410 5 0.0632 0.967 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM483411 5 0.0858 0.966 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000
#> GSM483413 5 0.0405 0.966 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> GSM483416 5 0.0632 0.967 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM483417 5 0.0405 0.966 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> GSM483419 5 0.0713 0.966 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483427 4 0.2531 0.777 0.000 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM483433 3 0.0964 0.936 0.000 0.016 0.968 0.004 0.000 0.012
#> GSM483434 3 0.0405 0.948 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM483445 1 0.0405 0.940 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483459 1 0.0405 0.940 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM483465 1 0.0914 0.929 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM483470 1 0.2704 0.800 0.844 0.000 0.000 0.016 0.000 0.140
#> GSM483473 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 5 0.2146 0.852 0.116 0.000 0.000 0.004 0.880 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483320 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483325 5 0.0363 0.968 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483341 2 0.2712 0.662 0.000 0.864 0.000 0.016 0.012 0.108
#> GSM483343 2 0.2758 0.660 0.000 0.860 0.000 0.016 0.012 0.112
#> GSM483344 2 0.3628 0.744 0.000 0.720 0.268 0.004 0.000 0.008
#> GSM483347 2 0.3606 0.746 0.000 0.724 0.264 0.004 0.000 0.008
#> GSM483348 1 0.3499 0.467 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM483349 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 3 0.0862 0.939 0.000 0.008 0.972 0.004 0.000 0.016
#> GSM483356 1 0.6256 0.126 0.512 0.008 0.004 0.008 0.220 0.248
#> GSM483362 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483370 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.3690 0.549 0.700 0.000 0.000 0.012 0.000 0.288
#> GSM483376 1 0.0260 0.939 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 5 0.0260 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM483403 5 0.0937 0.957 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM483406 5 0.0405 0.966 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> GSM483407 5 0.0508 0.966 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM483408 5 0.1082 0.958 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956 0.000
#> GSM483414 5 0.1007 0.953 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM483415 5 0.0713 0.966 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM483424 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 6 0.2862 0.804 0.072 0.012 0.004 0.040 0.000 0.872
#> GSM483439 6 0.2431 0.778 0.132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.860
#> GSM483440 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483449 5 0.1082 0.958 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956 0.000
#> GSM483454 1 0.1088 0.924 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM483456 2 0.3827 0.700 0.000 0.680 0.308 0.004 0.000 0.008
#> GSM483460 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.1958 0.770 0.100 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM483471 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.3357 0.755 0.000 0.764 0.224 0.004 0.000 0.008
#> GSM483298 2 0.3384 0.755 0.000 0.760 0.228 0.004 0.000 0.008
#> GSM483299 2 0.0405 0.728 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM483306 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.0914 0.929 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM483316 1 0.1003 0.926 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM483321 4 0.0790 0.833 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483324 5 0.0520 0.967 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.0914 0.929 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> GSM483340 2 0.3628 0.744 0.000 0.720 0.268 0.004 0.000 0.008
#> GSM483342 2 0.3628 0.744 0.000 0.720 0.268 0.004 0.000 0.008
#> GSM483345 3 0.3183 0.698 0.000 0.200 0.788 0.004 0.000 0.008
#> GSM483346 2 0.3809 0.705 0.000 0.684 0.304 0.004 0.000 0.008
#> GSM483355 3 0.3878 0.417 0.000 0.320 0.668 0.004 0.000 0.008
#> GSM483357 2 0.3357 0.755 0.000 0.764 0.224 0.004 0.000 0.008
#> GSM483359 3 0.1897 0.871 0.000 0.084 0.908 0.004 0.000 0.004
#> GSM483360 2 0.3628 0.744 0.000 0.720 0.268 0.004 0.000 0.008
#> GSM483382 6 0.2135 0.795 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> GSM483383 2 0.0717 0.718 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM483387 5 0.0603 0.964 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000
#> GSM483392 4 0.1967 0.813 0.000 0.000 0.000 0.904 0.084 0.012
#> GSM483393 5 0.0508 0.966 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM483394 2 0.0405 0.728 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM483395 5 0.2833 0.802 0.004 0.000 0.000 0.148 0.836 0.012
#> GSM483397 5 0.0508 0.966 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM483398 5 0.2264 0.876 0.004 0.000 0.000 0.096 0.888 0.012
#> GSM483409 5 0.0508 0.966 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM483422 3 0.2462 0.811 0.000 0.132 0.860 0.004 0.000 0.004
#> GSM483423 3 0.0291 0.949 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483425 3 0.1606 0.900 0.000 0.056 0.932 0.004 0.000 0.008
#> GSM483429 2 0.0291 0.725 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM483430 2 0.0405 0.728 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM483432 6 0.2416 0.766 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM483435 3 0.3384 0.649 0.000 0.228 0.760 0.004 0.000 0.008
#> GSM483438 4 0.1333 0.805 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> GSM483441 6 0.2311 0.809 0.000 0.104 0.000 0.016 0.000 0.880
#> GSM483451 4 0.1908 0.775 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.2346 0.740 0.124 0.000 0.000 0.868 0.000 0.008
#> GSM483457 1 0.2178 0.811 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.2697 0.742 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.5166 0.111 0.540 0.000 0.000 0.096 0.000 0.364
#> GSM483472 1 0.1124 0.921 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM483474 6 0.2554 0.792 0.000 0.048 0.076 0.000 0.000 0.876
#> GSM483475 4 0.0891 0.829 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM483479 2 0.0937 0.714 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM483480 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.5432 0.706 0.000 0.636 0.232 0.012 0.012 0.108
#> GSM483487 2 0.2803 0.655 0.000 0.856 0.000 0.016 0.012 0.116
#> GSM483488 4 0.5920 0.377 0.000 0.024 0.000 0.492 0.364 0.120
#> GSM483489 2 0.2712 0.662 0.000 0.864 0.000 0.016 0.012 0.108
#> GSM483490 3 0.1237 0.925 0.000 0.020 0.956 0.000 0.004 0.020
#> GSM483491 6 0.1910 0.771 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM483492 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0146 0.942 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:skmeans 199 0.0620 0.002041 2
#> ATC:skmeans 184 0.2340 0.004048 3
#> ATC:skmeans 193 0.0241 0.000351 4
#> ATC:skmeans 158 0.1397 0.026299 5
#> ATC:skmeans 191 0.0639 0.024824 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.2498 0.751 0.751
#> 3 3 0.964 0.962 0.986 1.2623 0.653 0.547
#> 4 4 0.817 0.818 0.929 0.2849 0.769 0.507
#> 5 5 0.769 0.731 0.864 0.0496 0.952 0.835
#> 6 6 0.793 0.830 0.899 0.0550 0.906 0.654
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483303 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483305 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483337 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483339 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483351 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483352 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483358 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483384 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483399 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483418 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483421 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483426 1 0.0938 0.988 0.988 0.012
#> GSM483428 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483431 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483436 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483300 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483353 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483380 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483413 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483433 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483434 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483329 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483343 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483344 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483347 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483349 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483350 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483356 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483424 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.2043 0.967 0.032 0.968
#> GSM483460 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483297 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483298 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483299 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483340 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483342 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483357 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483359 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483360 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483382 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483387 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483395 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483423 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483425 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483435 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483438 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483441 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483474 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483475 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> GSM483486 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483487 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483489 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483491 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.2959 0.875 0.900 0.100 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0424 0.981 0.992 0.008 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483339 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483351 2 0.3267 0.832 0.116 0.884 0.000
#> GSM483352 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483399 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483418 2 0.4555 0.723 0.200 0.800 0.000
#> GSM483420 2 0.0237 0.954 0.004 0.996 0.000
#> GSM483421 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483436 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 1 0.5621 0.536 0.692 0.308 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.4399 0.757 0.812 0.188 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483308 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483353 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483371 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483374 2 0.4555 0.723 0.200 0.800 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483413 2 0.5835 0.503 0.340 0.660 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483433 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0237 0.985 0.996 0.004 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483343 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483344 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483347 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483356 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483362 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 1 0.6244 0.167 0.560 0.440 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483424 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483437 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483439 2 0.3412 0.822 0.124 0.876 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483306 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483345 3 0.0747 0.984 0.000 0.016 0.984
#> GSM483346 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483359 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483383 2 0.3412 0.822 0.124 0.876 0.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483395 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483422 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483438 2 0.4555 0.723 0.200 0.800 0.000
#> GSM483441 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483474 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.4555 0.723 0.200 0.800 0.000
#> GSM483479 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483487 2 0.2356 0.882 0.072 0.928 0.000
#> GSM483488 2 0.4555 0.723 0.200 0.800 0.000
#> GSM483489 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483491 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483305 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483336 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483337 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483339 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483351 3 0.4643 0.4678 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM483352 1 0.4977 0.1192 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM483354 4 0.4072 0.6154 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM483358 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483386 1 0.4643 0.4155 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM483388 1 0.0188 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483390 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483396 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483399 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483400 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483418 4 0.0592 0.8373 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM483420 4 0.4356 0.5296 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM483421 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483426 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483428 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483436 1 0.4564 0.4629 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM483442 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0469 0.8984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483444 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483447 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483448 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483450 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.3486 0.6916 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483468 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483300 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.4866 0.2765 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM483338 1 0.4977 0.1192 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM483353 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483361 4 0.4331 0.5688 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM483363 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483364 4 0.4356 0.5634 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM483366 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0188 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483371 4 0.0469 0.8391 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM483372 4 0.4877 0.2913 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM483373 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483374 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483379 4 0.4967 0.2267 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM483380 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483389 4 0.4746 0.4303 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM483404 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.4356 0.5063 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM483410 1 0.3569 0.6797 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM483411 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483413 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483416 4 0.0336 0.8422 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483417 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483419 1 0.4761 0.3235 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM483427 4 0.1389 0.8210 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483433 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483434 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483445 4 0.4730 0.4428 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM483459 4 0.4972 0.2153 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM483465 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483470 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 4 0.4999 0.1092 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM483320 4 0.0592 0.8387 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM483325 4 0.4661 0.4257 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM483329 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.3311 0.7159 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM483341 3 0.2973 0.8040 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM483343 3 0.0707 0.9428 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483344 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483347 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483350 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483356 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483362 1 0.0188 0.9042 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483365 4 0.4500 0.5249 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM483367 4 0.4730 0.4381 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM483369 4 0.0188 0.8435 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483370 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0188 0.9042 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483385 4 0.4948 0.2678 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM483402 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0188 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483407 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483414 4 0.4804 0.3961 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM483415 1 0.2704 0.7802 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM483424 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483437 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483439 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483440 1 0.2408 0.8059 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM483446 1 0.0336 0.9012 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483449 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483456 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.4989 0.0807 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM483471 1 0.0188 0.9042 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483297 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483298 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483299 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483316 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483321 4 0.4605 0.4613 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM483324 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483340 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483342 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483345 2 0.0592 0.9838 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483346 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483355 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483357 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483359 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483360 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483382 4 0.2149 0.7905 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM483383 3 0.4382 0.5691 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM483387 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 4 0.4776 0.3756 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM483393 1 0.0336 0.9015 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM483394 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483395 1 0.4981 0.1072 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM483397 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 4 0.2589 0.7735 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM483409 4 0.4585 0.4661 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM483422 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483423 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483425 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483429 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483430 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483432 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483435 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483438 4 0.4356 0.5296 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM483441 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483451 1 0.4977 0.1192 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM483452 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483457 4 0.0336 0.8420 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483467 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483469 4 0.0000 0.8449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483472 4 0.3172 0.7273 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM483474 3 0.4356 0.5674 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM483475 4 0.4996 0.0282 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM483479 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483487 3 0.4605 0.4861 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM483488 4 0.1211 0.8230 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM483489 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483490 3 0.0000 0.9626 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483491 4 0.2281 0.7793 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM483492 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0703 0.8650 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 5 0.0290 0.8806 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483305 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483313 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483336 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483337 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483351 5 0.4138 0.5728 0.000 0.160 0.000 0.064 0.776
#> GSM483352 4 0.6773 0.2682 0.276 0.344 0.000 0.380 0.000
#> GSM483354 4 0.6318 0.4725 0.168 0.344 0.000 0.488 0.000
#> GSM483358 5 0.0290 0.8783 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM483384 1 0.0609 0.8664 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483386 1 0.4555 0.3230 0.636 0.020 0.000 0.344 0.000
#> GSM483388 1 0.0771 0.8651 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483396 4 0.0162 0.7463 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483399 1 0.0609 0.8664 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483400 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.1671 0.8372 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM483418 4 0.4639 0.5863 0.000 0.344 0.000 0.632 0.024
#> GSM483420 4 0.6680 0.2930 0.000 0.348 0.000 0.412 0.240
#> GSM483421 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483426 5 0.3003 0.6032 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483428 5 0.1197 0.8363 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM483431 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483436 1 0.6662 0.1291 0.420 0.344 0.000 0.236 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 1 0.4268 0.5958 0.648 0.344 0.000 0.008 0.000
#> GSM483444 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483447 4 0.4015 0.6012 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483448 4 0.4030 0.6003 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM483450 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.3074 0.6535 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM483468 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0609 0.8664 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0510 0.8677 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483300 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483308 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.4138 0.2540 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM483338 4 0.6788 0.2533 0.284 0.344 0.000 0.372 0.000
#> GSM483353 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483361 4 0.3730 0.4956 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM483363 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483364 4 0.3906 0.4879 0.292 0.004 0.000 0.704 0.000
#> GSM483366 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 1 0.3048 0.7614 0.820 0.176 0.000 0.004 0.000
#> GSM483371 4 0.0794 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483372 4 0.4434 0.1815 0.460 0.004 0.000 0.536 0.000
#> GSM483373 4 0.2605 0.7008 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM483374 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483379 4 0.4310 0.3037 0.392 0.004 0.000 0.604 0.000
#> GSM483380 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483381 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483389 4 0.4225 0.3559 0.364 0.004 0.000 0.632 0.000
#> GSM483404 1 0.2127 0.8122 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.6378 0.2867 0.476 0.348 0.000 0.176 0.000
#> GSM483410 1 0.4733 0.5658 0.624 0.348 0.000 0.028 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483413 4 0.4015 0.6012 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483416 4 0.4283 0.5997 0.008 0.348 0.000 0.644 0.000
#> GSM483417 4 0.4015 0.6012 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483419 1 0.6532 0.2108 0.448 0.348 0.000 0.204 0.000
#> GSM483427 4 0.3081 0.6962 0.012 0.156 0.000 0.832 0.000
#> GSM483433 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483434 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483445 4 0.4182 0.3806 0.352 0.004 0.000 0.644 0.000
#> GSM483459 4 0.4251 0.3358 0.372 0.004 0.000 0.624 0.000
#> GSM483465 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483470 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 4 0.4464 0.2652 0.408 0.008 0.000 0.584 0.000
#> GSM483320 4 0.0798 0.7395 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM483325 4 0.6680 0.3417 0.240 0.348 0.000 0.412 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.3282 0.6924 0.804 0.008 0.000 0.188 0.000
#> GSM483341 5 0.3098 0.6554 0.000 0.148 0.000 0.016 0.836
#> GSM483343 5 0.0609 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM483344 5 0.3003 0.6032 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483347 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 5 0.0290 0.8806 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM483350 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483356 4 0.0162 0.7459 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483362 1 0.0451 0.8703 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM483365 4 0.4235 0.4198 0.336 0.008 0.000 0.656 0.000
#> GSM483367 4 0.4268 0.3918 0.344 0.008 0.000 0.648 0.000
#> GSM483369 4 0.0324 0.7449 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM483370 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 4 0.0162 0.7459 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483376 1 0.0162 0.8713 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 4 0.4299 0.3065 0.388 0.004 0.000 0.608 0.000
#> GSM483402 4 0.4015 0.6012 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.4166 0.5962 0.648 0.348 0.000 0.004 0.000
#> GSM483407 1 0.0510 0.8677 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483414 1 0.6821 -0.1032 0.352 0.324 0.000 0.324 0.000
#> GSM483415 1 0.4387 0.5860 0.640 0.348 0.000 0.012 0.000
#> GSM483424 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483437 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483439 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.2193 0.8036 0.900 0.008 0.000 0.092 0.000
#> GSM483446 1 0.0703 0.8614 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.8713 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483460 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.4201 0.1900 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM483471 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 5 0.2966 0.6108 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM483298 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483299 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483306 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483316 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483321 4 0.5670 0.2928 0.388 0.084 0.000 0.528 0.000
#> GSM483324 1 0.0609 0.8664 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483340 2 0.4060 0.9092 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM483342 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483345 2 0.4451 0.2168 0.000 0.644 0.340 0.000 0.016
#> GSM483346 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483355 2 0.4045 0.9151 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM483357 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483359 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483360 5 0.3003 0.6032 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM483382 4 0.2690 0.6369 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM483383 5 0.3616 0.5927 0.000 0.032 0.000 0.164 0.804
#> GSM483387 1 0.0404 0.8689 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 4 0.6599 0.3876 0.220 0.344 0.000 0.436 0.000
#> GSM483393 1 0.4268 0.5958 0.648 0.344 0.000 0.008 0.000
#> GSM483394 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483395 4 0.6781 0.2615 0.280 0.344 0.000 0.376 0.000
#> GSM483397 1 0.3857 0.6378 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 4 0.5002 0.5778 0.044 0.344 0.000 0.612 0.000
#> GSM483409 4 0.6662 0.3552 0.236 0.344 0.000 0.420 0.000
#> GSM483422 3 0.4283 0.2690 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> GSM483423 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483425 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483429 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483430 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483432 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483435 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483438 4 0.5473 0.1596 0.000 0.064 0.000 0.520 0.416
#> GSM483441 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483451 1 0.4321 0.2127 0.600 0.004 0.000 0.396 0.000
#> GSM483452 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483457 4 0.0290 0.7454 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483467 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483469 4 0.0000 0.7469 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483472 4 0.2890 0.6770 0.160 0.004 0.000 0.836 0.000
#> GSM483474 5 0.4210 0.1228 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM483475 5 0.6172 0.0809 0.000 0.144 0.000 0.356 0.500
#> GSM483479 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.9795 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483487 5 0.3882 0.5860 0.000 0.168 0.000 0.044 0.788
#> GSM483488 4 0.4794 0.5793 0.000 0.344 0.000 0.624 0.032
#> GSM483489 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483490 5 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483491 4 0.1965 0.6887 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM483492 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0290 0.8714 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.3288 0.6519 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM483302 1 0.0713 0.8534 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483303 6 0.1714 0.8445 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM483305 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483333 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483351 6 0.3094 0.7441 0.000 0.000 0.000 0.036 0.140 0.824
#> GSM483352 5 0.2416 0.9258 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM483354 5 0.2416 0.9258 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM483358 6 0.0146 0.9099 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM483384 1 0.5127 0.6019 0.588 0.112 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM483386 1 0.5333 0.6003 0.588 0.112 0.000 0.008 0.292 0.000
#> GSM483388 1 0.5127 0.6019 0.588 0.112 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM483390 1 0.0713 0.8534 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483391 1 0.0632 0.8546 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483396 4 0.0790 0.8693 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM483399 1 0.5127 0.6019 0.588 0.112 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM483400 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.3727 0.4501 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM483418 5 0.2491 0.9217 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM483420 5 0.2768 0.9181 0.000 0.000 0.000 0.156 0.832 0.012
#> GSM483421 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483426 6 0.3371 0.5750 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM483428 6 0.2219 0.8009 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM483431 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483436 5 0.2706 0.9220 0.008 0.000 0.000 0.160 0.832 0.000
#> GSM483442 1 0.0632 0.8546 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM483443 5 0.2473 0.9250 0.008 0.000 0.000 0.136 0.856 0.000
#> GSM483444 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 5 0.2527 0.9163 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM483448 5 0.2520 0.9259 0.004 0.000 0.000 0.152 0.844 0.000
#> GSM483450 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0260 0.8579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.2697 0.7123 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 1 0.5127 0.6019 0.588 0.112 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM483477 1 0.5096 0.6093 0.596 0.112 0.000 0.000 0.292 0.000
#> GSM483300 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 1 0.6284 0.5733 0.588 0.112 0.000 0.140 0.160 0.000
#> GSM483338 5 0.2402 0.9264 0.004 0.000 0.000 0.140 0.856 0.000
#> GSM483353 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483361 4 0.0146 0.8892 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483364 4 0.2902 0.7103 0.196 0.000 0.000 0.800 0.004 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 5 0.5373 0.4505 0.312 0.000 0.000 0.136 0.552 0.000
#> GSM483371 4 0.1387 0.8463 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM483372 4 0.4469 -0.0421 0.468 0.000 0.000 0.504 0.028 0.000
#> GSM483373 4 0.2454 0.7258 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM483374 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483379 4 0.3765 0.3932 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000
#> GSM483380 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483381 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 4 0.0508 0.8849 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM483404 1 0.2762 0.7324 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM483405 5 0.2402 0.7645 0.140 0.000 0.000 0.004 0.856 0.000
#> GSM483410 5 0.2747 0.8272 0.096 0.000 0.000 0.044 0.860 0.000
#> GSM483411 1 0.0713 0.8534 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483413 5 0.2378 0.9269 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM483416 5 0.2378 0.9269 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM483417 5 0.2378 0.9269 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM483419 5 0.2260 0.7623 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM483427 4 0.2772 0.6942 0.004 0.000 0.000 0.816 0.180 0.000
#> GSM483433 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483434 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483445 4 0.1204 0.8582 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM483459 4 0.2260 0.7710 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> GSM483465 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0363 0.8573 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 4 0.3907 0.3809 0.408 0.000 0.000 0.588 0.004 0.000
#> GSM483320 4 0.2402 0.7686 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004 0.000
#> GSM483325 5 0.2260 0.9266 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.2697 0.6684 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM483341 6 0.1806 0.8296 0.000 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> GSM483343 6 0.0363 0.9037 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM483344 6 0.3371 0.5750 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM483347 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0260 0.8580 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483349 6 0.1714 0.8445 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM483350 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483356 4 0.0146 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483362 1 0.0260 0.8546 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM483365 4 0.3899 0.3903 0.404 0.000 0.000 0.592 0.004 0.000
#> GSM483367 4 0.2632 0.7435 0.164 0.000 0.000 0.832 0.004 0.000
#> GSM483369 4 0.0858 0.8750 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 4 0.0146 0.8892 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM483376 1 0.0146 0.8582 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 4 0.0777 0.8780 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000
#> GSM483402 5 0.2527 0.9163 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM483403 1 0.0713 0.8534 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM483406 5 0.2362 0.9257 0.004 0.000 0.000 0.136 0.860 0.000
#> GSM483407 1 0.3221 0.6677 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM483408 1 0.0363 0.8573 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM483414 5 0.3307 0.8586 0.072 0.000 0.000 0.108 0.820 0.000
#> GSM483415 5 0.2260 0.7623 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM483424 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483437 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483439 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.1663 0.7874 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM483446 1 0.6284 0.5738 0.588 0.112 0.000 0.140 0.160 0.000
#> GSM483449 1 0.0260 0.8579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM483454 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483460 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.3774 0.3592 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 6 0.3244 0.6152 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM483298 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483299 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 1 0.7170 0.2887 0.380 0.112 0.000 0.176 0.332 0.000
#> GSM483324 1 0.3221 0.6677 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.2664 0.8394 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM483342 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483345 2 0.1957 0.7835 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483355 2 0.1957 0.9204 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM483357 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483359 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483360 6 0.3371 0.5750 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM483382 4 0.3309 0.5738 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM483383 6 0.2070 0.8022 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 0.892
#> GSM483387 1 0.2219 0.7940 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM483392 5 0.2340 0.9275 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM483393 5 0.2473 0.9250 0.008 0.000 0.000 0.136 0.856 0.000
#> GSM483394 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483395 5 0.2300 0.9271 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM483397 5 0.3315 0.8715 0.076 0.000 0.000 0.104 0.820 0.000
#> GSM483398 5 0.2378 0.9268 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM483409 5 0.2300 0.9271 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM483422 2 0.3765 0.2739 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 6 0.0146 0.9109 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483425 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483429 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483430 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483432 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483435 6 0.0146 0.9109 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM483438 6 0.4000 0.5409 0.000 0.000 0.000 0.228 0.048 0.724
#> GSM483441 4 0.0547 0.8805 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM483451 1 0.4362 0.3856 0.584 0.000 0.000 0.388 0.028 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483457 4 0.0146 0.8892 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483467 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483469 4 0.0000 0.8907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483472 4 0.2454 0.7502 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM483474 4 0.3446 0.5286 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM483475 6 0.7237 -0.0131 0.000 0.112 0.000 0.192 0.344 0.352
#> GSM483479 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483480 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483486 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483487 6 0.2230 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.024 0.084 0.892
#> GSM483488 5 0.2562 0.9144 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM483489 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483490 6 0.0000 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483491 4 0.1387 0.8463 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM483492 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.8585 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:pam 200 0.02885 0.08317 2
#> ATC:pam 199 0.00435 0.00217 3
#> ATC:pam 175 0.02533 0.00265 4
#> ATC:pam 167 0.04797 0.01123 5
#> ATC:pam 189 0.01970 0.00156 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.860 0.922 0.964 0.3933 0.599 0.599
#> 3 3 0.827 0.914 0.952 0.6617 0.652 0.459
#> 4 4 0.995 0.965 0.981 0.0913 0.866 0.646
#> 5 5 0.991 0.960 0.985 0.0280 0.937 0.794
#> 6 6 0.870 0.811 0.818 0.0608 0.895 0.626
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483302 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483303 2 0.6247 0.8257 0.156 0.844
#> GSM483305 1 0.1633 0.9651 0.976 0.024
#> GSM483307 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.5737 0.8424 0.136 0.864
#> GSM483313 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483337 1 0.3879 0.9100 0.924 0.076
#> GSM483339 2 0.0376 0.9236 0.004 0.996
#> GSM483351 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483352 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483354 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483358 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483384 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483386 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483388 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483390 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483391 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483399 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483418 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483420 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483421 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483426 2 0.6531 0.8148 0.168 0.832
#> GSM483428 2 0.6531 0.8145 0.168 0.832
#> GSM483431 2 0.9983 0.1315 0.476 0.524
#> GSM483436 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483442 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483444 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483447 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483448 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483450 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483476 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483477 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483300 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483308 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483323 2 0.1184 0.9182 0.016 0.984
#> GSM483338 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483353 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483361 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483371 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483380 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483381 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483405 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483410 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483411 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483413 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483416 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483417 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483419 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483427 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483433 1 0.6531 0.7896 0.832 0.168
#> GSM483434 2 0.6887 0.7981 0.184 0.816
#> GSM483445 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483304 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483329 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483341 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483343 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483344 2 0.9710 0.4034 0.400 0.600
#> GSM483347 1 0.7745 0.6936 0.772 0.228
#> GSM483348 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483349 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483350 1 0.9850 0.1828 0.572 0.428
#> GSM483356 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483362 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483403 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483406 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483407 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483408 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483414 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483415 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483424 2 0.0376 0.9236 0.004 0.996
#> GSM483437 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483446 2 0.9710 0.4188 0.400 0.600
#> GSM483449 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483454 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483456 2 0.7299 0.7733 0.204 0.796
#> GSM483460 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483297 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483298 1 0.8081 0.6575 0.752 0.248
#> GSM483299 2 0.5842 0.8391 0.140 0.860
#> GSM483306 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483321 2 0.1184 0.9182 0.016 0.984
#> GSM483324 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483326 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483340 2 0.9393 0.5113 0.356 0.644
#> GSM483342 1 1.0000 -0.0794 0.504 0.496
#> GSM483345 2 0.0376 0.9236 0.004 0.996
#> GSM483346 2 0.7745 0.7409 0.228 0.772
#> GSM483355 2 0.7815 0.7375 0.232 0.768
#> GSM483357 1 0.3584 0.9197 0.932 0.068
#> GSM483359 2 0.0376 0.9235 0.004 0.996
#> GSM483360 1 0.9129 0.4845 0.672 0.328
#> GSM483382 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483383 1 0.8608 0.5821 0.716 0.284
#> GSM483387 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483392 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483393 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483394 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483395 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483397 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483398 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483409 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483422 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483425 2 0.5059 0.8599 0.112 0.888
#> GSM483429 1 0.2948 0.9372 0.948 0.052
#> GSM483430 1 0.6148 0.8137 0.848 0.152
#> GSM483432 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483435 2 0.5737 0.8426 0.136 0.864
#> GSM483438 2 0.9129 0.5809 0.328 0.672
#> GSM483441 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483474 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483475 2 0.1184 0.9182 0.016 0.984
#> GSM483479 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483480 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000
#> GSM483486 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483487 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483488 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483489 1 0.0938 0.9744 0.988 0.012
#> GSM483490 2 0.1184 0.9183 0.016 0.984
#> GSM483491 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9755 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483302 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483303 3 0.3851 0.8616 0.004 0.136 0.860
#> GSM483305 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483307 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483313 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.3349 0.8833 0.004 0.108 0.888
#> GSM483339 3 0.6008 0.5419 0.004 0.332 0.664
#> GSM483351 2 0.1525 0.9088 0.004 0.964 0.032
#> GSM483352 2 0.0237 0.9196 0.004 0.996 0.000
#> GSM483354 2 0.0829 0.9168 0.004 0.984 0.012
#> GSM483358 2 0.0661 0.9180 0.004 0.988 0.008
#> GSM483384 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483386 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483388 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483390 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483396 3 0.6008 0.5358 0.004 0.332 0.664
#> GSM483399 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483400 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 3 0.1129 0.9098 0.004 0.020 0.976
#> GSM483412 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483418 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483420 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483421 2 0.3784 0.8553 0.004 0.864 0.132
#> GSM483426 3 0.3784 0.8652 0.004 0.132 0.864
#> GSM483428 3 0.3983 0.8535 0.004 0.144 0.852
#> GSM483431 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483436 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483443 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483447 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483448 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0237 0.9949 0.996 0.004 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483476 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483477 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483300 2 0.3715 0.8577 0.004 0.868 0.128
#> GSM483308 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483323 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483338 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483353 2 0.4172 0.8363 0.004 0.840 0.156
#> GSM483361 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483368 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483371 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.3425 0.8807 0.004 0.112 0.884
#> GSM483381 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483404 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483405 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483410 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483411 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483413 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483416 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483417 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483419 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483427 2 0.9947 -0.0205 0.292 0.380 0.328
#> GSM483433 3 0.3349 0.8833 0.004 0.108 0.888
#> GSM483434 3 0.3272 0.8855 0.004 0.104 0.892
#> GSM483445 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483478 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483325 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483341 2 0.0661 0.9180 0.004 0.988 0.008
#> GSM483343 2 0.3983 0.8474 0.004 0.852 0.144
#> GSM483344 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483347 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483348 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483349 3 0.3272 0.8855 0.004 0.104 0.892
#> GSM483350 3 0.5517 0.6689 0.004 0.268 0.728
#> GSM483356 2 0.5728 0.6704 0.008 0.720 0.272
#> GSM483362 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483402 2 0.0237 0.9196 0.004 0.996 0.000
#> GSM483403 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483406 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483407 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483408 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483414 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483415 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483424 3 0.3272 0.8855 0.004 0.104 0.892
#> GSM483437 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483446 3 0.3528 0.8837 0.092 0.016 0.892
#> GSM483449 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483460 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483298 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483299 3 0.3500 0.8779 0.004 0.116 0.880
#> GSM483306 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483324 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483342 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483345 3 0.3851 0.8615 0.004 0.136 0.860
#> GSM483346 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483355 2 0.6081 0.5179 0.004 0.652 0.344
#> GSM483357 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483359 2 0.5588 0.6648 0.004 0.720 0.276
#> GSM483360 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483382 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483383 3 0.3272 0.8855 0.004 0.104 0.892
#> GSM483387 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483392 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483393 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483394 2 0.0661 0.9180 0.004 0.988 0.008
#> GSM483395 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483397 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483398 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483409 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483422 3 0.1129 0.9098 0.004 0.020 0.976
#> GSM483423 3 0.3272 0.8855 0.004 0.104 0.892
#> GSM483425 3 0.6495 0.1467 0.004 0.460 0.536
#> GSM483429 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483430 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483432 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483435 3 0.4047 0.8493 0.004 0.148 0.848
#> GSM483438 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483441 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483474 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483475 3 0.3587 0.8870 0.088 0.020 0.892
#> GSM483479 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483482 3 0.0892 0.9094 0.000 0.020 0.980
#> GSM483483 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.9094 0.000 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.4047 0.8446 0.004 0.848 0.148
#> GSM483487 2 0.1525 0.9088 0.004 0.964 0.032
#> GSM483488 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000
#> GSM483489 2 0.0829 0.9168 0.004 0.984 0.012
#> GSM483490 2 0.6505 0.1391 0.004 0.528 0.468
#> GSM483491 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9999 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483302 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483303 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483305 3 0.1302 0.968 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483337 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483339 3 0.1118 0.970 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM483351 4 0.3569 0.761 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM483352 4 0.1389 0.913 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM483354 4 0.4072 0.683 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM483358 4 0.3356 0.785 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM483384 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483386 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483388 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483390 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483396 3 0.0707 0.967 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM483399 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483401 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483412 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483418 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483420 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483421 3 0.3219 0.836 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM483426 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483428 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483431 3 0.1302 0.968 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483436 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483442 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483443 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483444 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483447 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483448 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483450 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483455 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483476 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483477 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483300 3 0.2760 0.886 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM483308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483338 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483353 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483361 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483363 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483364 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483368 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483371 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483372 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483373 1 0.1211 0.950 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM483374 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483379 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483380 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483381 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.0188 0.995 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483404 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483405 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483410 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483411 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483413 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483416 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483417 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483419 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483427 3 0.0921 0.969 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM483433 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483434 3 0.1022 0.970 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483445 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483470 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483478 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483325 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483341 4 0.3266 0.793 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM483343 3 0.2011 0.936 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM483344 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483347 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483348 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483349 3 0.0592 0.966 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM483350 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483356 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483362 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483375 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483402 4 0.1940 0.886 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM483403 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483406 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483407 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483408 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483414 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483415 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483424 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483437 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483439 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483446 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483449 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483454 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483456 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483460 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483297 3 0.2345 0.914 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM483298 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483299 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483316 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483321 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483324 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483340 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483342 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483345 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483346 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483355 3 0.1022 0.970 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM483357 3 0.1389 0.965 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM483359 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483360 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483382 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483383 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483387 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483392 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483393 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483394 4 0.4500 0.561 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM483395 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483397 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483398 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483409 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483422 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483423 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483425 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483429 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483430 3 0.1302 0.968 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM483432 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483435 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483438 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483441 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483451 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483472 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483474 1 0.0188 0.995 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483475 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM483479 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.3907 0.690 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM483483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 3 0.1474 0.962 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM483487 4 0.4855 0.354 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM483488 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483489 4 0.3311 0.789 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM483490 3 0.1211 0.970 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM483491 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483317 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483318 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483319 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483322 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483327 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483333 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483336 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483337 2 0.0963 0.916 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM483339 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483351 1 0.2516 0.822 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> GSM483352 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0162 0.974 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM483358 1 0.2424 0.832 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM483384 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483386 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483388 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483391 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483396 5 0.0510 0.975 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM483399 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483400 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483401 3 0.3336 0.645 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483418 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483420 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483421 2 0.4161 0.341 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483442 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483443 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483444 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483447 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483448 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483450 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483455 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483458 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483461 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483462 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483464 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483466 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483468 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483476 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483477 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483300 2 0.1544 0.882 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM483308 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483323 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483353 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483363 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483364 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483366 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483371 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483372 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483373 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483374 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483379 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483380 5 0.3508 0.633 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM483381 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483389 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483413 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483416 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483417 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483419 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483427 5 0.0162 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483433 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483445 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483459 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483465 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483470 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483473 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483315 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483320 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483334 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483341 1 0.2329 0.842 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM483343 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483344 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483347 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 2 0.2732 0.705 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM483362 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483365 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483367 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483369 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483370 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483375 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483376 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483377 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483378 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483385 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483402 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483403 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483424 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483439 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483440 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483446 4 0.3123 0.690 0.000 0.004 0.000 0.812 0.184
#> GSM483449 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483454 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483456 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483460 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483463 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483471 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.1197 0.899 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM483306 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483314 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483316 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483321 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483335 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483340 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483359 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483382 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483383 5 0.3480 0.642 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM483387 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483394 2 0.4101 0.396 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> GSM483395 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483432 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483435 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483438 5 0.0162 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM483441 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483451 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483452 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483453 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483457 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483467 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483469 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483472 5 0.0162 0.990 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM483474 5 0.0290 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM483475 4 0.0162 0.966 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM483479 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0162 0.979 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483487 1 0.3143 0.732 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM483488 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483489 1 0.3039 0.750 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483491 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483492 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483493 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483494 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483495 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483496 5 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483302 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483303 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483305 2 0.0363 0.8859 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483312 2 0.1501 0.8682 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483317 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483318 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483319 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483322 4 0.0790 0.7626 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM483327 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483328 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483330 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483332 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483333 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483336 4 0.0146 0.7846 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483339 2 0.1556 0.8678 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483351 5 0.3953 0.5008 0.016 0.328 0.000 0.000 0.656 0.000
#> GSM483352 5 0.2250 0.8496 0.020 0.092 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM483354 5 0.4457 0.4574 0.024 0.332 0.000 0.012 0.632 0.000
#> GSM483358 5 0.4630 0.3334 0.048 0.372 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM483384 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483386 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483388 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483390 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483391 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483396 2 0.4856 -0.1525 0.056 0.476 0.000 0.468 0.000 0.000
#> GSM483399 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483400 4 0.0000 0.7858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483401 2 0.5778 0.3821 0.304 0.492 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM483412 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483418 5 0.0146 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483420 5 0.0547 0.9403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483421 2 0.3003 0.7178 0.016 0.812 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM483426 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483428 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483431 2 0.0260 0.8873 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483436 5 0.0146 0.9446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483442 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483443 5 0.0547 0.9403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483444 4 0.0547 0.7796 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM483447 5 0.0458 0.9419 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483448 5 0.0458 0.9419 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483450 4 0.3765 -0.6861 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000
#> GSM483455 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483458 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483461 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483462 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483464 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483466 4 0.0363 0.7799 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483468 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483476 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483477 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483300 2 0.1444 0.8427 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM483308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483323 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483338 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483353 2 0.0363 0.8859 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483361 4 0.0790 0.7717 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM483363 4 0.0260 0.7855 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483364 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483366 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483368 5 0.0363 0.9440 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483371 4 0.0146 0.7861 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483372 4 0.3717 -0.6022 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM483373 4 0.2340 0.5450 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM483374 4 0.0146 0.7846 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483379 4 0.3672 -0.5339 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> GSM483380 2 0.3835 0.4359 0.012 0.668 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM483381 4 0.3446 -0.2247 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM483389 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483404 5 0.0363 0.9431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483405 5 0.0458 0.9419 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483410 5 0.0363 0.9431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483411 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483413 5 0.0547 0.9403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483416 5 0.0260 0.9439 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483417 5 0.0363 0.9431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483419 5 0.0458 0.9419 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483427 4 0.5592 -0.5503 0.368 0.148 0.000 0.484 0.000 0.000
#> GSM483433 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483434 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483445 4 0.1556 0.6980 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM483459 4 0.0000 0.7858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483465 4 0.0363 0.7802 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM483470 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483473 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483478 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483315 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483320 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483325 5 0.0363 0.9431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483329 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483331 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483334 4 0.1444 0.7099 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM483341 5 0.4301 0.3251 0.024 0.392 0.000 0.000 0.584 0.000
#> GSM483343 2 0.0458 0.8861 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483344 2 0.0146 0.8869 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483347 2 0.0146 0.8869 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483348 5 0.0363 0.9440 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483349 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483350 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483356 2 0.1686 0.8313 0.012 0.924 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM483362 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483365 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483367 4 0.3838 -0.8396 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM483369 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483370 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483375 4 0.0146 0.7861 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483376 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483377 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483378 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483385 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483402 5 0.0603 0.9369 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483403 5 0.0363 0.9446 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483406 5 0.0260 0.9439 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483407 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483408 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483414 5 0.0260 0.9439 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483415 5 0.0363 0.9431 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483424 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483437 4 0.0146 0.7861 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM483439 4 0.0260 0.7853 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483440 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483446 6 0.2092 0.7572 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM483449 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483454 4 0.0260 0.7831 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483456 2 0.1556 0.8679 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483460 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483463 4 0.1714 0.6767 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM483471 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483297 2 0.1610 0.8676 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483298 2 0.1610 0.8676 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483299 2 0.1088 0.8768 0.024 0.960 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM483306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483314 4 0.0790 0.7717 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM483316 4 0.2300 0.5623 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM483321 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483324 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483326 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483335 4 0.0790 0.7621 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM483340 2 0.1556 0.8679 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483342 2 0.1610 0.8676 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483345 2 0.2178 0.8429 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483346 2 0.1501 0.8682 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483355 2 0.1267 0.8752 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483357 2 0.0790 0.8835 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483359 2 0.0146 0.8873 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483360 2 0.1610 0.8676 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483382 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483383 2 0.4306 0.3455 0.032 0.624 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM483387 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483392 5 0.0547 0.9426 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483393 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483394 2 0.2826 0.8326 0.092 0.856 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM483395 5 0.0458 0.9434 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM483397 5 0.0363 0.9440 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483398 5 0.0146 0.9443 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM483409 5 0.0260 0.9439 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM483422 2 0.3684 0.6163 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483423 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483425 2 0.0260 0.8873 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483429 2 0.0363 0.8859 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483430 2 0.0458 0.8859 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483432 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483435 2 0.0363 0.8873 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483438 4 0.0260 0.7827 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483441 4 0.0865 0.7683 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM483451 4 0.3868 -0.9701 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM483452 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483453 4 0.3578 -0.3966 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM483457 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483467 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483469 4 0.0260 0.7853 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM483472 4 0.0000 0.7858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM483474 6 0.4856 -0.2139 0.056 0.000 0.000 0.464 0.000 0.480
#> GSM483475 6 0.0000 0.9028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM483479 5 0.0547 0.9403 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM483480 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483481 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483482 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483483 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483484 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483485 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483486 2 0.0260 0.8873 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483487 2 0.4210 0.4396 0.028 0.636 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM483488 5 0.0405 0.9438 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM483489 2 0.4407 -0.0196 0.024 0.492 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM483490 2 0.0260 0.8873 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM483491 4 0.0632 0.7772 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM483492 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483493 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483494 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483495 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM483496 1 0.3868 1.0000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:mclust 194 0.26528 0.03108 2
#> ATC:mclust 197 0.46245 0.37094 3
#> ATC:mclust 199 0.02499 0.08428 4
#> ATC:mclust 198 0.01928 0.02124 5
#> ATC:mclust 182 0.00324 0.00165 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51941 rows and 200 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.881 0.940 0.974 0.4790 0.522 0.522
#> 3 3 0.583 0.638 0.822 0.2544 0.962 0.929
#> 4 4 0.629 0.729 0.858 0.1620 0.760 0.535
#> 5 5 0.585 0.591 0.776 0.0897 0.884 0.650
#> 6 6 0.574 0.520 0.735 0.0355 0.889 0.615
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM483301 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483302 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483303 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483305 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483307 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483312 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483313 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483317 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483318 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483319 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483322 1 0.6148 0.8322 0.848 0.152
#> GSM483327 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483328 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483330 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483332 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483333 1 0.3733 0.9148 0.928 0.072
#> GSM483336 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483337 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483339 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483351 1 0.9491 0.4499 0.632 0.368
#> GSM483352 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483354 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483358 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483384 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483386 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483388 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483390 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483391 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483396 1 0.5519 0.8592 0.872 0.128
#> GSM483399 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483400 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483401 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483412 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483418 1 0.7056 0.7819 0.808 0.192
#> GSM483420 2 0.8499 0.6083 0.276 0.724
#> GSM483421 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483426 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483428 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483431 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483436 1 0.3431 0.9219 0.936 0.064
#> GSM483442 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483443 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483444 1 0.0376 0.9686 0.996 0.004
#> GSM483447 1 0.7219 0.7708 0.800 0.200
#> GSM483448 1 0.2603 0.9388 0.956 0.044
#> GSM483450 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483455 1 0.6973 0.7873 0.812 0.188
#> GSM483458 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483461 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483462 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483464 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483466 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483468 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483476 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483477 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483300 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483308 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483310 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483311 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483323 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483338 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483353 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483361 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483363 1 0.3274 0.9253 0.940 0.060
#> GSM483364 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483366 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483368 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483371 2 0.5294 0.8490 0.120 0.880
#> GSM483372 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483373 1 0.0376 0.9686 0.996 0.004
#> GSM483374 1 0.7139 0.7764 0.804 0.196
#> GSM483379 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483380 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483381 1 0.3584 0.9183 0.932 0.068
#> GSM483389 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483404 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483405 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483410 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483411 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483413 1 0.6712 0.8030 0.824 0.176
#> GSM483416 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483417 1 0.1843 0.9513 0.972 0.028
#> GSM483419 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483427 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483433 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483434 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483445 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483459 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483465 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483470 1 0.5294 0.8678 0.880 0.120
#> GSM483473 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483478 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483304 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483315 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483320 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483325 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483329 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483331 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483334 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483341 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483343 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483344 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483347 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483348 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483349 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483350 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483356 1 0.8207 0.6832 0.744 0.256
#> GSM483362 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483365 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483367 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483369 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483370 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483375 1 0.5519 0.8592 0.872 0.128
#> GSM483376 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483377 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483378 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483385 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483402 1 0.6247 0.8276 0.844 0.156
#> GSM483403 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483406 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483407 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483408 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483414 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483415 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483424 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483437 2 0.9998 -0.0124 0.492 0.508
#> GSM483439 1 0.8813 0.6017 0.700 0.300
#> GSM483440 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483446 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483449 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483454 1 0.0672 0.9658 0.992 0.008
#> GSM483456 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483460 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483463 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483471 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483297 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483298 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483299 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483306 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483309 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483314 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483316 1 0.2043 0.9481 0.968 0.032
#> GSM483321 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483324 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483326 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483335 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483340 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483342 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483345 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483346 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483355 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483357 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483359 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483360 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483382 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483383 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483387 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483392 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483393 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483394 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483395 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483397 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483398 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483409 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483422 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483423 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483425 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483429 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483430 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483432 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483435 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483438 2 0.9944 0.1283 0.456 0.544
#> GSM483441 2 0.5842 0.8242 0.140 0.860
#> GSM483451 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483452 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483453 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483457 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483467 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483469 1 0.0376 0.9686 0.996 0.004
#> GSM483472 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483474 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483475 1 0.7815 0.7245 0.768 0.232
#> GSM483479 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483480 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483481 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483482 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483483 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483484 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483485 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483486 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483487 2 0.6048 0.8138 0.148 0.852
#> GSM483488 1 0.6712 0.8030 0.824 0.176
#> GSM483489 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483490 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> GSM483491 2 0.8267 0.6385 0.260 0.740
#> GSM483492 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483493 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483494 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483495 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
#> GSM483496 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM483301 1 0.2448 0.6836 0.924 0.000 0.076
#> GSM483302 1 0.2448 0.6836 0.924 0.000 0.076
#> GSM483303 2 0.1529 0.8913 0.000 0.960 0.040
#> GSM483305 2 0.0237 0.8950 0.000 0.996 0.004
#> GSM483307 2 0.1289 0.8935 0.000 0.968 0.032
#> GSM483312 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483313 2 0.1529 0.8943 0.000 0.960 0.040
#> GSM483317 1 0.0892 0.6945 0.980 0.000 0.020
#> GSM483318 1 0.5591 0.5345 0.696 0.000 0.304
#> GSM483319 1 0.0892 0.6935 0.980 0.000 0.020
#> GSM483322 1 0.5803 0.5887 0.760 0.028 0.212
#> GSM483327 2 0.1860 0.8862 0.000 0.948 0.052
#> GSM483328 2 0.3412 0.8436 0.000 0.876 0.124
#> GSM483330 2 0.3879 0.8142 0.000 0.848 0.152
#> GSM483332 2 0.2356 0.8795 0.000 0.928 0.072
#> GSM483333 1 0.7526 0.2880 0.536 0.040 0.424
#> GSM483336 1 0.5497 0.5472 0.708 0.000 0.292
#> GSM483337 2 0.1643 0.8907 0.000 0.956 0.044
#> GSM483339 2 0.0747 0.8967 0.000 0.984 0.016
#> GSM483351 2 0.7971 0.2105 0.280 0.624 0.096
#> GSM483352 1 0.2711 0.6790 0.912 0.000 0.088
#> GSM483354 1 0.1964 0.6861 0.944 0.000 0.056
#> GSM483358 2 0.2066 0.8700 0.000 0.940 0.060
#> GSM483384 1 0.6274 -0.3346 0.544 0.000 0.456
#> GSM483386 1 0.6299 -0.3824 0.524 0.000 0.476
#> GSM483388 1 0.6291 -0.3635 0.532 0.000 0.468
#> GSM483390 1 0.2625 0.6806 0.916 0.000 0.084
#> GSM483391 1 0.0237 0.6941 0.996 0.000 0.004
#> GSM483396 1 0.1337 0.6956 0.972 0.016 0.012
#> GSM483399 1 0.6252 -0.3067 0.556 0.000 0.444
#> GSM483400 1 0.6924 0.3774 0.580 0.020 0.400
#> GSM483401 2 0.0747 0.8971 0.000 0.984 0.016
#> GSM483412 1 0.2878 0.6754 0.904 0.000 0.096
#> GSM483418 1 0.8250 0.2887 0.628 0.232 0.140
#> GSM483420 2 0.7500 0.4771 0.164 0.696 0.140
#> GSM483421 2 0.0592 0.8973 0.000 0.988 0.012
#> GSM483426 2 0.1964 0.8868 0.000 0.944 0.056
#> GSM483428 2 0.1643 0.8907 0.000 0.956 0.044
#> GSM483431 2 0.3989 0.8308 0.012 0.864 0.124
#> GSM483436 1 0.4609 0.6480 0.844 0.028 0.128
#> GSM483442 1 0.0592 0.6944 0.988 0.000 0.012
#> GSM483443 1 0.5346 0.6006 0.808 0.040 0.152
#> GSM483444 1 0.7346 0.2897 0.536 0.032 0.432
#> GSM483447 1 0.7327 0.4673 0.708 0.160 0.132
#> GSM483448 1 0.6460 0.5526 0.764 0.112 0.124
#> GSM483450 1 0.6369 0.5039 0.668 0.016 0.316
#> GSM483455 1 0.7876 0.2557 0.520 0.056 0.424
#> GSM483458 1 0.0592 0.6942 0.988 0.000 0.012
#> GSM483461 1 0.0424 0.6937 0.992 0.000 0.008
#> GSM483462 1 0.3816 0.6584 0.852 0.000 0.148
#> GSM483464 1 0.0424 0.6937 0.992 0.000 0.008
#> GSM483466 1 0.4452 0.6329 0.808 0.000 0.192
#> GSM483468 1 0.0424 0.6937 0.992 0.000 0.008
#> GSM483476 1 0.6260 -0.3153 0.552 0.000 0.448
#> GSM483477 1 0.6274 -0.3346 0.544 0.000 0.456
#> GSM483300 2 0.1411 0.8830 0.000 0.964 0.036
#> GSM483308 2 0.1163 0.8871 0.000 0.972 0.028
#> GSM483310 2 0.1031 0.8972 0.000 0.976 0.024
#> GSM483311 2 0.0592 0.8931 0.000 0.988 0.012
#> GSM483323 3 0.6286 0.3659 0.464 0.000 0.536
#> GSM483338 1 0.3425 0.6665 0.884 0.004 0.112
#> GSM483353 2 0.1031 0.8956 0.000 0.976 0.024
#> GSM483361 1 0.6129 0.5017 0.668 0.008 0.324
#> GSM483363 1 0.7044 0.4251 0.620 0.032 0.348
#> GSM483364 1 0.5905 0.4754 0.648 0.000 0.352
#> GSM483366 1 0.2448 0.6852 0.924 0.000 0.076
#> GSM483368 1 0.3116 0.6692 0.892 0.000 0.108
#> GSM483371 2 0.6510 0.4476 0.012 0.624 0.364
#> GSM483372 1 0.3340 0.6708 0.880 0.000 0.120
#> GSM483373 1 0.5502 0.5845 0.744 0.008 0.248
#> GSM483374 1 0.7968 0.3029 0.560 0.068 0.372
#> GSM483379 1 0.5948 0.4681 0.640 0.000 0.360
#> GSM483380 2 0.1753 0.8879 0.000 0.952 0.048
#> GSM483381 1 0.6973 0.3478 0.564 0.020 0.416
#> GSM483389 1 0.1753 0.6961 0.952 0.000 0.048
#> GSM483404 1 0.2878 0.6780 0.904 0.000 0.096
#> GSM483405 1 0.3375 0.6734 0.892 0.008 0.100
#> GSM483410 1 0.2796 0.6768 0.908 0.000 0.092
#> GSM483411 1 0.2878 0.6780 0.904 0.000 0.096
#> GSM483413 1 0.7447 0.4589 0.700 0.160 0.140
#> GSM483416 1 0.3030 0.6756 0.904 0.004 0.092
#> GSM483417 1 0.6526 0.5535 0.760 0.112 0.128
#> GSM483419 1 0.2959 0.6791 0.900 0.000 0.100
#> GSM483427 1 0.1163 0.6966 0.972 0.000 0.028
#> GSM483433 2 0.5058 0.7078 0.000 0.756 0.244
#> GSM483434 2 0.4452 0.7799 0.000 0.808 0.192
#> GSM483445 1 0.5948 0.4681 0.640 0.000 0.360
#> GSM483459 1 0.5810 0.4996 0.664 0.000 0.336
#> GSM483465 1 0.5929 0.5134 0.676 0.004 0.320
#> GSM483470 1 0.7353 0.2810 0.532 0.032 0.436
#> GSM483473 1 0.2878 0.6781 0.904 0.000 0.096
#> GSM483478 1 0.2066 0.6881 0.940 0.000 0.060
#> GSM483304 2 0.0592 0.8935 0.000 0.988 0.012
#> GSM483315 1 0.5968 0.4616 0.636 0.000 0.364
#> GSM483320 1 0.6026 0.4438 0.624 0.000 0.376
#> GSM483325 1 0.3995 0.6557 0.868 0.016 0.116
#> GSM483329 2 0.2625 0.8709 0.000 0.916 0.084
#> GSM483331 2 0.4399 0.7895 0.000 0.812 0.188
#> GSM483334 1 0.5948 0.4681 0.640 0.000 0.360
#> GSM483341 2 0.1964 0.8727 0.000 0.944 0.056
#> GSM483343 2 0.0592 0.8937 0.000 0.988 0.012
#> GSM483344 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483347 2 0.0237 0.8950 0.000 0.996 0.004
#> GSM483348 1 0.2261 0.6859 0.932 0.000 0.068
#> GSM483349 2 0.1411 0.8954 0.000 0.964 0.036
#> GSM483350 2 0.1289 0.8934 0.000 0.968 0.032
#> GSM483356 1 0.7207 -0.0478 0.584 0.384 0.032
#> GSM483362 1 0.4555 0.6273 0.800 0.000 0.200
#> GSM483365 1 0.5948 0.4659 0.640 0.000 0.360
#> GSM483367 1 0.4931 0.6013 0.768 0.000 0.232
#> GSM483369 1 0.6026 0.4444 0.624 0.000 0.376
#> GSM483370 1 0.1529 0.6932 0.960 0.000 0.040
#> GSM483375 1 0.7319 0.3139 0.548 0.032 0.420
#> GSM483376 1 0.0424 0.6944 0.992 0.000 0.008
#> GSM483377 1 0.5254 0.5748 0.736 0.000 0.264
#> GSM483378 1 0.3686 0.6619 0.860 0.000 0.140
#> GSM483385 1 0.4605 0.6245 0.796 0.000 0.204
#> GSM483402 1 0.5889 0.5944 0.796 0.108 0.096
#> GSM483403 1 0.2796 0.6768 0.908 0.000 0.092
#> GSM483406 1 0.3845 0.6586 0.872 0.012 0.116
#> GSM483407 1 0.2448 0.6836 0.924 0.000 0.076
#> GSM483408 1 0.2356 0.6844 0.928 0.000 0.072
#> GSM483414 1 0.2537 0.6822 0.920 0.000 0.080
#> GSM483415 1 0.2796 0.6768 0.908 0.000 0.092
#> GSM483424 2 0.1529 0.8946 0.000 0.960 0.040
#> GSM483437 2 0.8295 0.2147 0.088 0.548 0.364
#> GSM483439 3 0.9696 0.0912 0.360 0.220 0.420
#> GSM483440 1 0.3192 0.6731 0.888 0.000 0.112
#> GSM483446 1 0.6307 -0.4019 0.512 0.000 0.488
#> GSM483449 1 0.2356 0.6844 0.928 0.000 0.072
#> GSM483454 1 0.7080 0.3494 0.564 0.024 0.412
#> GSM483456 2 0.1289 0.8943 0.000 0.968 0.032
#> GSM483460 1 0.0592 0.6942 0.988 0.000 0.012
#> GSM483463 1 0.3941 0.6539 0.844 0.000 0.156
#> GSM483471 1 0.4605 0.6157 0.796 0.000 0.204
#> GSM483297 2 0.1163 0.8865 0.000 0.972 0.028
#> GSM483298 2 0.1163 0.8956 0.000 0.972 0.028
#> GSM483299 2 0.2165 0.8807 0.000 0.936 0.064
#> GSM483306 2 0.0000 0.8956 0.000 1.000 0.000
#> GSM483309 2 0.1289 0.8930 0.000 0.968 0.032
#> GSM483314 1 0.7159 0.2765 0.528 0.024 0.448
#> GSM483316 1 0.6753 0.4046 0.596 0.016 0.388
#> GSM483321 3 0.6280 0.3772 0.460 0.000 0.540
#> GSM483324 1 0.2711 0.6792 0.912 0.000 0.088
#> GSM483326 2 0.0747 0.8961 0.000 0.984 0.016
#> GSM483335 1 0.5291 0.5697 0.732 0.000 0.268
#> GSM483340 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483342 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483345 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483346 2 0.0892 0.8964 0.000 0.980 0.020
#> GSM483355 2 0.1643 0.8901 0.000 0.956 0.044
#> GSM483357 2 0.0237 0.8962 0.000 0.996 0.004
#> GSM483359 2 0.0592 0.8966 0.000 0.988 0.012
#> GSM483360 2 0.0424 0.8966 0.000 0.992 0.008
#> GSM483382 2 0.6033 0.4987 0.004 0.660 0.336
#> GSM483383 2 0.4605 0.7258 0.000 0.796 0.204
#> GSM483387 1 0.2625 0.6809 0.916 0.000 0.084
#> GSM483392 1 0.3619 0.6439 0.864 0.000 0.136
#> GSM483393 1 0.2711 0.6793 0.912 0.000 0.088
#> GSM483394 2 0.5785 0.4937 0.000 0.668 0.332
#> GSM483395 1 0.4390 0.6311 0.840 0.012 0.148
#> GSM483397 1 0.3116 0.6692 0.892 0.000 0.108
#> GSM483398 1 0.5473 0.6012 0.808 0.052 0.140
#> GSM483409 1 0.3349 0.6681 0.888 0.004 0.108
#> GSM483422 2 0.0747 0.8967 0.000 0.984 0.016
#> GSM483423 2 0.0892 0.8972 0.000 0.980 0.020
#> GSM483425 2 0.1411 0.8940 0.000 0.964 0.036
#> GSM483429 2 0.0892 0.8969 0.000 0.980 0.020
#> GSM483430 2 0.0424 0.8959 0.000 0.992 0.008
#> GSM483432 2 0.5327 0.6162 0.000 0.728 0.272
#> GSM483435 2 0.1529 0.8924 0.000 0.960 0.040
#> GSM483438 3 0.7529 0.3493 0.060 0.316 0.624
#> GSM483441 2 0.6859 0.4136 0.024 0.620 0.356
#> GSM483451 1 0.1529 0.6880 0.960 0.000 0.040
#> GSM483452 1 0.0747 0.6958 0.984 0.000 0.016
#> GSM483453 1 0.4452 0.6281 0.808 0.000 0.192
#> GSM483457 1 0.1163 0.6945 0.972 0.000 0.028
#> GSM483467 1 0.4654 0.6194 0.792 0.000 0.208
#> GSM483469 1 0.7104 0.4080 0.608 0.032 0.360
#> GSM483472 1 0.5291 0.5739 0.732 0.000 0.268
#> GSM483474 2 0.6498 0.3855 0.008 0.596 0.396
#> GSM483475 3 0.8440 0.5662 0.184 0.196 0.620
#> GSM483479 2 0.4418 0.7729 0.020 0.848 0.132
#> GSM483480 2 0.2165 0.8808 0.000 0.936 0.064
#> GSM483481 2 0.2066 0.8829 0.000 0.940 0.060
#> GSM483482 2 0.3752 0.8325 0.000 0.856 0.144
#> GSM483483 2 0.2796 0.8673 0.000 0.908 0.092
#> GSM483484 2 0.2356 0.8755 0.000 0.928 0.072
#> GSM483485 2 0.2711 0.8709 0.000 0.912 0.088
#> GSM483486 2 0.0592 0.8943 0.000 0.988 0.012
#> GSM483487 2 0.2200 0.8704 0.004 0.940 0.056
#> GSM483488 1 0.6519 0.5465 0.760 0.132 0.108
#> GSM483489 2 0.1753 0.8784 0.000 0.952 0.048
#> GSM483490 2 0.0424 0.8967 0.000 0.992 0.008
#> GSM483491 2 0.7363 0.3684 0.040 0.588 0.372
#> GSM483492 1 0.0424 0.6937 0.992 0.000 0.008
#> GSM483493 1 0.0892 0.6942 0.980 0.000 0.020
#> GSM483494 1 0.0592 0.6942 0.988 0.000 0.012
#> GSM483495 1 0.1163 0.6945 0.972 0.000 0.028
#> GSM483496 1 0.0000 0.6944 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM483301 1 0.0817 0.7928 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483302 1 0.1557 0.7923 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM483303 2 0.2589 0.8609 0.000 0.912 0.044 0.044
#> GSM483305 2 0.0657 0.8765 0.004 0.984 0.012 0.000
#> GSM483307 2 0.0779 0.8778 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483312 2 0.1109 0.8769 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM483313 2 0.0779 0.8778 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483317 1 0.4360 0.7101 0.744 0.000 0.008 0.248
#> GSM483318 4 0.1716 0.7965 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM483319 1 0.4744 0.6680 0.704 0.000 0.012 0.284
#> GSM483322 4 0.4331 0.7155 0.040 0.020 0.108 0.832
#> GSM483327 2 0.1697 0.8746 0.004 0.952 0.016 0.028
#> GSM483328 2 0.2778 0.8454 0.004 0.900 0.016 0.080
#> GSM483330 2 0.3350 0.8156 0.004 0.864 0.016 0.116
#> GSM483332 2 0.0967 0.8779 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483333 4 0.1284 0.7797 0.000 0.024 0.012 0.964
#> GSM483336 4 0.1211 0.8025 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM483337 2 0.5090 0.6639 0.000 0.728 0.044 0.228
#> GSM483339 2 0.0657 0.8769 0.004 0.984 0.012 0.000
#> GSM483351 2 0.5311 0.5385 0.328 0.648 0.024 0.000
#> GSM483352 1 0.0336 0.7817 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483354 1 0.1833 0.7844 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM483358 2 0.4107 0.7534 0.176 0.804 0.016 0.004
#> GSM483384 3 0.4514 0.8743 0.136 0.000 0.800 0.064
#> GSM483386 3 0.3056 0.8796 0.072 0.000 0.888 0.040
#> GSM483388 3 0.3521 0.8832 0.084 0.000 0.864 0.052
#> GSM483390 1 0.0817 0.7930 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483391 1 0.4220 0.7129 0.748 0.000 0.004 0.248
#> GSM483396 1 0.5446 0.5617 0.636 0.020 0.004 0.340
#> GSM483399 3 0.5279 0.8247 0.192 0.000 0.736 0.072
#> GSM483400 4 0.1610 0.8042 0.032 0.016 0.000 0.952
#> GSM483401 2 0.1042 0.8776 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM483412 1 0.0469 0.7894 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483418 1 0.5180 0.3623 0.672 0.308 0.016 0.004
#> GSM483420 2 0.5054 0.5486 0.328 0.660 0.008 0.004
#> GSM483421 2 0.5125 0.7614 0.160 0.768 0.008 0.064
#> GSM483426 2 0.5453 0.5228 0.000 0.648 0.032 0.320
#> GSM483428 2 0.4852 0.7445 0.000 0.776 0.072 0.152
#> GSM483431 2 0.5713 0.7234 0.184 0.724 0.008 0.084
#> GSM483436 1 0.2408 0.7783 0.920 0.016 0.004 0.060
#> GSM483442 1 0.4452 0.7014 0.732 0.000 0.008 0.260
#> GSM483443 1 0.2515 0.7289 0.912 0.072 0.012 0.004
#> GSM483444 4 0.1739 0.8014 0.024 0.016 0.008 0.952
#> GSM483447 1 0.3391 0.6556 0.844 0.148 0.004 0.004
#> GSM483448 1 0.2731 0.7216 0.896 0.092 0.004 0.008
#> GSM483450 4 0.1674 0.8042 0.032 0.012 0.004 0.952
#> GSM483455 4 0.1677 0.7712 0.000 0.040 0.012 0.948
#> GSM483458 1 0.4792 0.6343 0.680 0.000 0.008 0.312
#> GSM483461 1 0.4053 0.7251 0.768 0.000 0.004 0.228
#> GSM483462 1 0.4996 0.2478 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM483464 1 0.4122 0.7204 0.760 0.000 0.004 0.236
#> GSM483466 4 0.3081 0.7711 0.048 0.000 0.064 0.888
#> GSM483468 1 0.4452 0.7012 0.732 0.000 0.008 0.260
#> GSM483476 3 0.5536 0.8251 0.180 0.000 0.724 0.096
#> GSM483477 3 0.5174 0.8564 0.152 0.000 0.756 0.092
#> GSM483300 2 0.2570 0.8580 0.052 0.916 0.028 0.004
#> GSM483308 2 0.0469 0.8781 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM483310 2 0.0779 0.8781 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM483311 2 0.0657 0.8780 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM483323 3 0.2843 0.8553 0.020 0.000 0.892 0.088
#> GSM483338 1 0.1543 0.7636 0.956 0.008 0.032 0.004
#> GSM483353 2 0.4610 0.8208 0.084 0.820 0.080 0.016
#> GSM483361 4 0.1639 0.8041 0.036 0.004 0.008 0.952
#> GSM483363 4 0.1484 0.7968 0.016 0.020 0.004 0.960
#> GSM483364 4 0.2731 0.7832 0.092 0.008 0.004 0.896
#> GSM483366 1 0.4989 0.2890 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM483368 1 0.0376 0.7819 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM483371 4 0.3900 0.6284 0.000 0.164 0.020 0.816
#> GSM483372 4 0.6347 0.1453 0.384 0.000 0.068 0.548
#> GSM483373 4 0.2170 0.8016 0.036 0.012 0.016 0.936
#> GSM483374 4 0.2586 0.7506 0.000 0.040 0.048 0.912
#> GSM483379 4 0.1474 0.8012 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM483380 2 0.6851 0.2445 0.000 0.496 0.104 0.400
#> GSM483381 4 0.2019 0.8027 0.032 0.024 0.004 0.940
#> GSM483389 1 0.5163 0.2516 0.516 0.000 0.004 0.480
#> GSM483404 1 0.0817 0.7930 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483405 1 0.0844 0.7899 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM483410 1 0.0188 0.7863 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM483411 1 0.0817 0.7930 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483413 1 0.3850 0.5885 0.804 0.188 0.004 0.004
#> GSM483416 1 0.0376 0.7862 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM483417 1 0.2777 0.7003 0.888 0.104 0.004 0.004
#> GSM483419 1 0.0967 0.7915 0.976 0.004 0.004 0.016
#> GSM483427 1 0.4372 0.6903 0.728 0.000 0.004 0.268
#> GSM483433 4 0.4957 0.4027 0.000 0.320 0.012 0.668
#> GSM483434 4 0.5127 0.3447 0.000 0.356 0.012 0.632
#> GSM483445 4 0.1557 0.7996 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM483459 4 0.1576 0.8019 0.048 0.000 0.004 0.948
#> GSM483465 4 0.1706 0.8048 0.036 0.016 0.000 0.948
#> GSM483470 4 0.1191 0.7890 0.004 0.024 0.004 0.968
#> GSM483473 4 0.5088 0.0900 0.424 0.000 0.004 0.572
#> GSM483478 1 0.2589 0.7765 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM483304 2 0.0592 0.8780 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM483315 4 0.1557 0.7996 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM483320 4 0.1474 0.8012 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM483325 1 0.0712 0.7772 0.984 0.008 0.004 0.004
#> GSM483329 2 0.0967 0.8779 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483331 2 0.4305 0.7527 0.012 0.808 0.020 0.160
#> GSM483334 4 0.2011 0.7867 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM483341 2 0.4627 0.7247 0.196 0.772 0.028 0.004
#> GSM483343 2 0.4557 0.7438 0.180 0.784 0.032 0.004
#> GSM483344 2 0.2489 0.8647 0.000 0.912 0.068 0.020
#> GSM483347 2 0.1833 0.8712 0.032 0.944 0.024 0.000
#> GSM483348 1 0.1211 0.7938 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM483349 2 0.1733 0.8736 0.000 0.948 0.028 0.024
#> GSM483350 2 0.2467 0.8650 0.004 0.920 0.024 0.052
#> GSM483356 1 0.6311 0.4343 0.636 0.292 0.016 0.056
#> GSM483362 4 0.4977 -0.0637 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM483365 4 0.2197 0.7885 0.080 0.000 0.004 0.916
#> GSM483367 4 0.2197 0.7886 0.080 0.000 0.004 0.916
#> GSM483369 4 0.1994 0.8043 0.052 0.008 0.004 0.936
#> GSM483370 1 0.4837 0.5817 0.648 0.000 0.004 0.348
#> GSM483375 4 0.1296 0.7872 0.004 0.028 0.004 0.964
#> GSM483376 1 0.3945 0.7313 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM483377 4 0.4925 0.0745 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM483378 4 0.4981 -0.0789 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM483385 4 0.4252 0.5642 0.252 0.000 0.004 0.744
#> GSM483402 1 0.2860 0.7152 0.888 0.100 0.004 0.008
#> GSM483403 1 0.0817 0.7930 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM483406 1 0.0657 0.7788 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM483407 1 0.1743 0.7925 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM483408 1 0.1940 0.7892 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM483414 1 0.0707 0.7923 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM483415 1 0.0469 0.7894 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM483424 2 0.4973 0.4917 0.000 0.644 0.008 0.348
#> GSM483437 4 0.3638 0.6746 0.000 0.120 0.032 0.848
#> GSM483439 4 0.2101 0.7539 0.000 0.060 0.012 0.928
#> GSM483440 4 0.4972 -0.0449 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM483446 3 0.4477 0.8696 0.084 0.000 0.808 0.108
#> GSM483449 1 0.2081 0.7870 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM483454 4 0.1629 0.8000 0.024 0.024 0.000 0.952
#> GSM483456 2 0.2060 0.8679 0.000 0.932 0.052 0.016
#> GSM483460 1 0.4343 0.6995 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM483463 4 0.3399 0.7569 0.092 0.000 0.040 0.868
#> GSM483471 4 0.4866 0.1642 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM483297 2 0.1114 0.8761 0.008 0.972 0.016 0.004
#> GSM483298 2 0.2048 0.8697 0.008 0.928 0.064 0.000
#> GSM483299 2 0.2699 0.8617 0.000 0.904 0.068 0.028
#> GSM483306 2 0.0657 0.8780 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM483309 2 0.0967 0.8780 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483314 4 0.1082 0.8009 0.020 0.004 0.004 0.972
#> GSM483316 4 0.2019 0.8026 0.032 0.024 0.004 0.940
#> GSM483321 3 0.1936 0.8583 0.028 0.000 0.940 0.032
#> GSM483324 1 0.0592 0.7904 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM483326 2 0.0779 0.8778 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483335 4 0.1211 0.8025 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM483340 2 0.1902 0.8717 0.004 0.932 0.064 0.000
#> GSM483342 2 0.2197 0.8666 0.004 0.916 0.080 0.000
#> GSM483345 2 0.1677 0.8738 0.000 0.948 0.040 0.012
#> GSM483346 2 0.1675 0.8758 0.004 0.948 0.044 0.004
#> GSM483355 2 0.3080 0.8503 0.000 0.880 0.096 0.024
#> GSM483357 2 0.3156 0.8400 0.068 0.884 0.048 0.000
#> GSM483359 2 0.1798 0.8682 0.040 0.944 0.016 0.000
#> GSM483360 2 0.0336 0.8782 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM483382 4 0.5318 0.5280 0.000 0.196 0.072 0.732
#> GSM483383 2 0.5770 0.3776 0.008 0.580 0.392 0.020
#> GSM483387 1 0.2255 0.7879 0.920 0.000 0.012 0.068
#> GSM483392 1 0.1847 0.7581 0.940 0.004 0.052 0.004
#> GSM483393 1 0.0336 0.7817 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM483394 2 0.3978 0.7690 0.012 0.796 0.192 0.000
#> GSM483395 1 0.1114 0.7753 0.972 0.008 0.016 0.004
#> GSM483397 1 0.0188 0.7836 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM483398 1 0.2665 0.7173 0.900 0.088 0.008 0.004
#> GSM483409 1 0.0992 0.7759 0.976 0.012 0.008 0.004
#> GSM483422 2 0.0564 0.8784 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483423 2 0.1520 0.8744 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM483425 2 0.2522 0.8495 0.000 0.908 0.016 0.076
#> GSM483429 2 0.2632 0.8727 0.008 0.916 0.048 0.028
#> GSM483430 2 0.2737 0.8451 0.008 0.888 0.104 0.000
#> GSM483432 4 0.6534 0.3839 0.000 0.220 0.148 0.632
#> GSM483435 2 0.3486 0.8281 0.000 0.864 0.044 0.092
#> GSM483438 3 0.6420 0.6300 0.004 0.160 0.664 0.172
#> GSM483441 4 0.4590 0.6086 0.000 0.148 0.060 0.792
#> GSM483451 1 0.5901 0.6277 0.652 0.000 0.068 0.280
#> GSM483452 1 0.4372 0.6943 0.728 0.000 0.004 0.268
#> GSM483453 4 0.1474 0.8018 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM483457 1 0.5220 0.4018 0.568 0.000 0.008 0.424
#> GSM483467 4 0.1867 0.7932 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM483469 4 0.1706 0.7759 0.000 0.016 0.036 0.948
#> GSM483472 4 0.2300 0.7938 0.048 0.000 0.028 0.924
#> GSM483474 4 0.4874 0.5641 0.000 0.180 0.056 0.764
#> GSM483475 3 0.1452 0.8454 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM483479 2 0.4533 0.6959 0.232 0.752 0.012 0.004
#> GSM483480 2 0.0779 0.8778 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483481 2 0.0779 0.8778 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483482 2 0.1484 0.8754 0.004 0.960 0.016 0.020
#> GSM483483 2 0.0967 0.8779 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483484 2 0.0967 0.8779 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483485 2 0.2075 0.8705 0.004 0.936 0.016 0.044
#> GSM483486 2 0.3836 0.7705 0.168 0.816 0.016 0.000
#> GSM483487 2 0.4759 0.7199 0.200 0.764 0.032 0.004
#> GSM483488 1 0.2342 0.7345 0.912 0.080 0.008 0.000
#> GSM483489 2 0.4640 0.7311 0.188 0.776 0.032 0.004
#> GSM483490 2 0.2983 0.8515 0.076 0.896 0.016 0.012
#> GSM483491 4 0.4057 0.6326 0.000 0.152 0.032 0.816
#> GSM483492 1 0.4391 0.7068 0.740 0.000 0.008 0.252
#> GSM483493 1 0.4761 0.6076 0.664 0.000 0.004 0.332
#> GSM483494 1 0.4343 0.6982 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM483495 1 0.4585 0.6134 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM483496 1 0.4053 0.7250 0.768 0.000 0.004 0.228
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM483301 1 0.1299 0.6467 0.960 0.012 0.000 0.008 0.020
#> GSM483302 1 0.1485 0.6409 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> GSM483303 2 0.3827 0.6771 0.000 0.812 0.020 0.144 0.024
#> GSM483305 2 0.4403 0.4328 0.000 0.608 0.384 0.000 0.008
#> GSM483307 3 0.0324 0.9134 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM483312 3 0.4436 0.6415 0.000 0.224 0.736 0.012 0.028
#> GSM483313 3 0.0486 0.9135 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483317 1 0.4521 0.5657 0.748 0.000 0.000 0.164 0.088
#> GSM483318 4 0.5793 0.3550 0.348 0.000 0.000 0.548 0.104
#> GSM483319 1 0.5025 0.5245 0.704 0.000 0.000 0.172 0.124
#> GSM483322 4 0.5725 0.4506 0.108 0.004 0.000 0.608 0.280
#> GSM483327 3 0.0833 0.9100 0.000 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM483328 3 0.0671 0.9081 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM483330 3 0.0671 0.9084 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM483332 3 0.0324 0.9125 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM483333 4 0.1282 0.7202 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM483336 4 0.2390 0.7527 0.084 0.000 0.000 0.896 0.020
#> GSM483337 3 0.4713 0.7374 0.000 0.064 0.772 0.128 0.036
#> GSM483339 2 0.3774 0.5682 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM483351 2 0.4503 0.5384 0.216 0.740 0.008 0.032 0.004
#> GSM483352 1 0.4265 0.5538 0.712 0.268 0.000 0.012 0.008
#> GSM483354 1 0.3914 0.5943 0.760 0.220 0.000 0.004 0.016
#> GSM483358 2 0.4662 0.6393 0.100 0.772 0.112 0.004 0.012
#> GSM483384 5 0.3548 0.7345 0.188 0.004 0.000 0.012 0.796
#> GSM483386 5 0.1717 0.7162 0.052 0.008 0.000 0.004 0.936
#> GSM483388 5 0.2642 0.7359 0.104 0.008 0.000 0.008 0.880
#> GSM483390 1 0.1774 0.6559 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> GSM483391 1 0.4212 0.5858 0.776 0.000 0.000 0.144 0.080
#> GSM483396 1 0.4904 0.4685 0.644 0.004 0.000 0.316 0.036
#> GSM483399 5 0.4329 0.6452 0.312 0.000 0.000 0.016 0.672
#> GSM483400 4 0.2054 0.7552 0.072 0.000 0.004 0.916 0.008
#> GSM483401 3 0.1682 0.9014 0.000 0.032 0.944 0.012 0.012
#> GSM483412 1 0.2349 0.6491 0.900 0.084 0.000 0.004 0.012
#> GSM483418 1 0.5989 0.4311 0.608 0.300 0.056 0.008 0.028
#> GSM483420 1 0.6654 0.3308 0.556 0.244 0.180 0.008 0.012
#> GSM483421 2 0.5228 0.6248 0.100 0.748 0.032 0.112 0.008
#> GSM483426 2 0.5045 0.5173 0.000 0.620 0.032 0.340 0.008
#> GSM483428 2 0.6771 0.5214 0.000 0.528 0.184 0.264 0.024
#> GSM483431 2 0.6824 0.3528 0.160 0.512 0.020 0.304 0.004
#> GSM483436 1 0.5080 0.5567 0.688 0.248 0.008 0.052 0.004
#> GSM483442 1 0.4479 0.5718 0.744 0.000 0.000 0.184 0.072
#> GSM483443 1 0.4359 0.5288 0.692 0.288 0.016 0.000 0.004
#> GSM483444 4 0.1412 0.7513 0.036 0.004 0.008 0.952 0.000
#> GSM483447 1 0.5045 0.4716 0.628 0.336 0.020 0.004 0.012
#> GSM483448 1 0.3705 0.6111 0.788 0.192 0.012 0.000 0.008
#> GSM483450 4 0.2152 0.7506 0.044 0.032 0.000 0.920 0.004
#> GSM483455 4 0.1362 0.7344 0.004 0.016 0.012 0.960 0.008
#> GSM483458 1 0.4850 0.5302 0.696 0.000 0.000 0.232 0.072
#> GSM483461 1 0.4266 0.5775 0.776 0.000 0.000 0.120 0.104
#> GSM483462 1 0.4961 0.1158 0.524 0.000 0.000 0.448 0.028
#> GSM483464 1 0.4444 0.5675 0.760 0.000 0.000 0.136 0.104
#> GSM483466 4 0.6771 -0.0191 0.272 0.000 0.000 0.372 0.356
#> GSM483468 1 0.4765 0.5611 0.736 0.004 0.000 0.168 0.092
#> GSM483476 5 0.4384 0.6293 0.324 0.000 0.000 0.016 0.660
#> GSM483477 5 0.4401 0.6225 0.328 0.000 0.000 0.016 0.656
#> GSM483300 3 0.5839 0.0923 0.012 0.400 0.532 0.008 0.048
#> GSM483308 3 0.1808 0.8914 0.000 0.044 0.936 0.008 0.012
#> GSM483310 3 0.0486 0.9135 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483311 3 0.1644 0.8912 0.000 0.048 0.940 0.008 0.004
#> GSM483323 5 0.1772 0.7021 0.032 0.020 0.000 0.008 0.940
#> GSM483338 1 0.3876 0.6072 0.812 0.068 0.004 0.000 0.116
#> GSM483353 2 0.2331 0.6945 0.000 0.908 0.008 0.016 0.068
#> GSM483361 4 0.2234 0.7484 0.044 0.036 0.000 0.916 0.004
#> GSM483363 4 0.1828 0.7437 0.028 0.032 0.000 0.936 0.004
#> GSM483364 4 0.2408 0.7516 0.092 0.016 0.000 0.892 0.000
#> GSM483366 1 0.4946 0.3333 0.596 0.000 0.000 0.368 0.036
#> GSM483368 1 0.2280 0.6430 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM483371 4 0.1612 0.7209 0.000 0.024 0.016 0.948 0.012
#> GSM483372 1 0.6808 -0.1715 0.360 0.000 0.000 0.300 0.340
#> GSM483373 4 0.6976 0.0686 0.280 0.000 0.008 0.408 0.304
#> GSM483374 4 0.7080 -0.0198 0.128 0.000 0.048 0.416 0.408
#> GSM483379 4 0.2753 0.7333 0.136 0.000 0.000 0.856 0.008
#> GSM483380 3 0.4940 0.7695 0.000 0.056 0.764 0.068 0.112
#> GSM483381 4 0.1628 0.7560 0.056 0.000 0.008 0.936 0.000
#> GSM483389 4 0.5433 0.4940 0.256 0.084 0.000 0.652 0.008
#> GSM483404 1 0.2462 0.6484 0.880 0.112 0.000 0.008 0.000
#> GSM483405 1 0.2833 0.6406 0.852 0.140 0.004 0.004 0.000
#> GSM483410 1 0.3582 0.6006 0.768 0.224 0.000 0.008 0.000
#> GSM483411 1 0.1443 0.6525 0.948 0.044 0.000 0.004 0.004
#> GSM483413 1 0.5089 0.5492 0.716 0.200 0.068 0.004 0.012
#> GSM483416 1 0.3388 0.6132 0.792 0.200 0.000 0.008 0.000
#> GSM483417 1 0.4405 0.5484 0.712 0.260 0.020 0.000 0.008
#> GSM483419 1 0.3327 0.6366 0.824 0.160 0.004 0.008 0.004
#> GSM483427 1 0.6782 0.3543 0.472 0.196 0.000 0.320 0.012
#> GSM483433 4 0.4805 0.0293 0.008 0.432 0.004 0.552 0.004
#> GSM483434 4 0.4448 -0.1171 0.000 0.480 0.000 0.516 0.004
#> GSM483445 4 0.3724 0.6674 0.204 0.000 0.000 0.776 0.020
#> GSM483459 4 0.1892 0.7563 0.080 0.004 0.000 0.916 0.000
#> GSM483465 4 0.1830 0.7567 0.068 0.000 0.000 0.924 0.008
#> GSM483470 4 0.1757 0.7308 0.012 0.048 0.000 0.936 0.004
#> GSM483473 1 0.5975 0.2493 0.532 0.000 0.000 0.344 0.124
#> GSM483478 1 0.2544 0.6359 0.900 0.008 0.000 0.064 0.028
#> GSM483304 3 0.1153 0.9046 0.000 0.024 0.964 0.008 0.004
#> GSM483315 4 0.2536 0.7387 0.128 0.000 0.000 0.868 0.004
#> GSM483320 4 0.3280 0.6981 0.176 0.000 0.000 0.812 0.012
#> GSM483325 1 0.3550 0.5848 0.760 0.236 0.000 0.000 0.004
#> GSM483329 3 0.0613 0.9136 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> GSM483331 3 0.0960 0.9071 0.000 0.004 0.972 0.016 0.008
#> GSM483334 4 0.4301 0.6018 0.260 0.000 0.000 0.712 0.028
#> GSM483341 2 0.3067 0.6475 0.108 0.864 0.016 0.004 0.008
#> GSM483343 2 0.2242 0.6833 0.052 0.920 0.008 0.008 0.012
#> GSM483344 2 0.4115 0.6737 0.000 0.796 0.036 0.020 0.148
#> GSM483347 2 0.2251 0.7020 0.000 0.916 0.024 0.008 0.052
#> GSM483348 1 0.3846 0.6170 0.776 0.200 0.000 0.020 0.004
#> GSM483349 2 0.3648 0.6948 0.012 0.832 0.028 0.124 0.004
#> GSM483350 2 0.3004 0.6933 0.008 0.864 0.020 0.108 0.000
#> GSM483356 2 0.2741 0.6776 0.064 0.892 0.000 0.032 0.012
#> GSM483362 1 0.4650 0.0918 0.520 0.000 0.000 0.468 0.012
#> GSM483365 4 0.2575 0.7511 0.100 0.012 0.000 0.884 0.004
#> GSM483367 4 0.2445 0.7486 0.108 0.004 0.000 0.884 0.004
#> GSM483369 4 0.2054 0.7551 0.072 0.008 0.000 0.916 0.004
#> GSM483370 1 0.5070 0.5094 0.668 0.008 0.000 0.272 0.052
#> GSM483375 4 0.1211 0.7467 0.024 0.016 0.000 0.960 0.000
#> GSM483376 1 0.4049 0.5878 0.792 0.000 0.000 0.124 0.084
#> GSM483377 4 0.4735 0.1084 0.460 0.000 0.000 0.524 0.016
#> GSM483378 1 0.4735 0.1130 0.524 0.000 0.000 0.460 0.016
#> GSM483385 4 0.3544 0.6850 0.200 0.008 0.000 0.788 0.004
#> GSM483402 1 0.5217 0.3765 0.584 0.380 0.016 0.012 0.008
#> GSM483403 1 0.1430 0.6526 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> GSM483406 1 0.2852 0.6261 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> GSM483407 1 0.1818 0.6367 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> GSM483408 1 0.2026 0.6455 0.928 0.012 0.000 0.044 0.016
#> GSM483414 1 0.3648 0.6278 0.792 0.188 0.000 0.016 0.004
#> GSM483415 1 0.2536 0.6447 0.868 0.128 0.000 0.004 0.000
#> GSM483424 2 0.4688 0.2806 0.000 0.532 0.008 0.456 0.004
#> GSM483437 4 0.3056 0.6857 0.000 0.008 0.020 0.860 0.112
#> GSM483439 4 0.1757 0.7272 0.012 0.048 0.000 0.936 0.004
#> GSM483440 1 0.4829 0.0179 0.500 0.000 0.000 0.480 0.020
#> GSM483446 5 0.3970 0.7134 0.224 0.000 0.000 0.024 0.752
#> GSM483449 1 0.2053 0.6483 0.928 0.016 0.000 0.040 0.016
#> GSM483454 4 0.1956 0.7550 0.052 0.000 0.012 0.928 0.008
#> GSM483456 3 0.4630 0.6467 0.000 0.216 0.732 0.016 0.036
#> GSM483460 1 0.4540 0.5760 0.748 0.004 0.000 0.180 0.068
#> GSM483463 5 0.6763 0.1541 0.332 0.000 0.000 0.276 0.392
#> GSM483471 1 0.4935 0.3845 0.616 0.000 0.000 0.344 0.040
#> GSM483297 2 0.4086 0.5812 0.000 0.704 0.284 0.000 0.012
#> GSM483298 2 0.4645 0.5820 0.000 0.688 0.268 0.000 0.044
#> GSM483299 2 0.5489 0.4687 0.000 0.588 0.352 0.016 0.044
#> GSM483306 3 0.1569 0.8935 0.000 0.044 0.944 0.008 0.004
#> GSM483309 3 0.0486 0.9135 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483314 4 0.2302 0.7513 0.048 0.000 0.020 0.916 0.016
#> GSM483316 4 0.2477 0.7488 0.092 0.000 0.008 0.892 0.008
#> GSM483321 5 0.1059 0.7039 0.020 0.004 0.000 0.008 0.968
#> GSM483324 1 0.1386 0.6479 0.952 0.032 0.000 0.000 0.016
#> GSM483326 3 0.0579 0.9133 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM483335 4 0.3115 0.7345 0.112 0.000 0.000 0.852 0.036
#> GSM483340 2 0.4755 0.6012 0.000 0.696 0.244 0.000 0.060
#> GSM483342 2 0.4339 0.5615 0.000 0.684 0.296 0.000 0.020
#> GSM483345 2 0.4764 0.3136 0.000 0.548 0.436 0.004 0.012
#> GSM483346 2 0.4632 0.4492 0.000 0.608 0.376 0.004 0.012
#> GSM483355 2 0.5589 0.5826 0.000 0.648 0.248 0.012 0.092
#> GSM483357 2 0.2481 0.7006 0.008 0.908 0.024 0.004 0.056
#> GSM483359 2 0.1917 0.7050 0.008 0.936 0.036 0.016 0.004
#> GSM483360 2 0.4947 0.3961 0.000 0.576 0.396 0.004 0.024
#> GSM483382 4 0.4425 0.5954 0.000 0.116 0.004 0.772 0.108
#> GSM483383 2 0.4669 0.5908 0.000 0.692 0.012 0.024 0.272
#> GSM483387 1 0.2834 0.6395 0.888 0.040 0.000 0.012 0.060
#> GSM483392 1 0.3662 0.4517 0.744 0.000 0.000 0.004 0.252
#> GSM483393 1 0.2930 0.6291 0.832 0.164 0.000 0.000 0.004
#> GSM483394 2 0.5698 0.5948 0.004 0.652 0.228 0.008 0.108
#> GSM483395 1 0.3954 0.6083 0.772 0.192 0.000 0.000 0.036
#> GSM483397 1 0.3003 0.6163 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> GSM483398 1 0.3609 0.6319 0.852 0.080 0.032 0.004 0.032
#> GSM483409 1 0.2930 0.6271 0.832 0.164 0.000 0.000 0.004
#> GSM483422 3 0.4189 0.6262 0.000 0.240 0.736 0.012 0.012
#> GSM483423 2 0.6171 0.5407 0.000 0.572 0.248 0.176 0.004
#> GSM483425 2 0.5314 0.3662 0.000 0.548 0.044 0.404 0.004
#> GSM483429 2 0.3690 0.6802 0.000 0.832 0.008 0.068 0.092
#> GSM483430 2 0.4019 0.6486 0.000 0.768 0.028 0.004 0.200
#> GSM483432 4 0.5840 0.3769 0.000 0.232 0.000 0.604 0.164
#> GSM483435 2 0.5444 0.5718 0.000 0.640 0.052 0.288 0.020
#> GSM483438 5 0.5878 0.0756 0.000 0.336 0.000 0.116 0.548
#> GSM483441 4 0.3317 0.6419 0.000 0.116 0.000 0.840 0.044
#> GSM483451 1 0.6368 -0.0166 0.472 0.000 0.000 0.172 0.356
#> GSM483452 1 0.4514 0.5653 0.740 0.000 0.000 0.188 0.072
#> GSM483453 4 0.5051 0.5475 0.264 0.000 0.000 0.664 0.072
#> GSM483457 1 0.5353 0.4639 0.636 0.000 0.000 0.272 0.092
#> GSM483467 4 0.5289 0.4234 0.340 0.000 0.000 0.596 0.064
#> GSM483469 4 0.4048 0.6173 0.016 0.012 0.000 0.764 0.208
#> GSM483472 4 0.6558 0.2214 0.232 0.000 0.000 0.468 0.300
#> GSM483474 4 0.4269 0.3578 0.000 0.300 0.000 0.684 0.016
#> GSM483475 5 0.1794 0.6738 0.008 0.024 0.012 0.012 0.944
#> GSM483479 2 0.6190 0.4229 0.268 0.600 0.112 0.008 0.012
#> GSM483480 3 0.0727 0.9108 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> GSM483481 3 0.0613 0.9117 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> GSM483482 3 0.0451 0.9125 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM483483 3 0.0486 0.9135 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483484 3 0.0486 0.9135 0.000 0.004 0.988 0.004 0.004
#> GSM483485 3 0.0960 0.9087 0.000 0.004 0.972 0.016 0.008
#> GSM483486 2 0.2869 0.6885 0.056 0.892 0.016 0.032 0.004
#> GSM483487 2 0.2741 0.6715 0.076 0.892 0.008 0.016 0.008
#> GSM483488 2 0.5084 -0.0367 0.452 0.520 0.012 0.016 0.000
#> GSM483489 2 0.2907 0.6570 0.096 0.876 0.016 0.004 0.008
#> GSM483490 2 0.1847 0.7055 0.008 0.940 0.020 0.028 0.004
#> GSM483491 4 0.3048 0.6056 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> GSM483492 1 0.4668 0.5795 0.748 0.008 0.000 0.168 0.076
#> GSM483493 1 0.4972 0.5085 0.672 0.000 0.000 0.260 0.068
#> GSM483494 1 0.4495 0.5621 0.736 0.000 0.000 0.200 0.064
#> GSM483495 1 0.5155 0.4806 0.652 0.008 0.000 0.288 0.052
#> GSM483496 1 0.4094 0.5862 0.788 0.000 0.000 0.128 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM483301 1 0.1265 0.62216 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044 0.000
#> GSM483302 1 0.1151 0.62579 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032 0.000
#> GSM483303 2 0.4260 0.60015 0.000 0.744 0.000 0.004 0.136 0.116
#> GSM483305 2 0.3409 0.66533 0.000 0.788 0.184 0.000 0.024 0.004
#> GSM483307 3 0.0964 0.90014 0.000 0.016 0.968 0.004 0.000 0.012
#> GSM483312 2 0.4847 0.08048 0.000 0.500 0.460 0.012 0.024 0.004
#> GSM483313 3 0.0767 0.90105 0.000 0.008 0.976 0.000 0.004 0.012
#> GSM483317 1 0.2325 0.63705 0.884 0.000 0.000 0.008 0.008 0.100
#> GSM483318 1 0.4744 0.23778 0.580 0.000 0.000 0.016 0.028 0.376
#> GSM483319 1 0.3184 0.61253 0.836 0.000 0.000 0.028 0.016 0.120
#> GSM483322 6 0.6375 0.40053 0.336 0.024 0.000 0.160 0.008 0.472
#> GSM483327 3 0.0862 0.90057 0.000 0.008 0.972 0.000 0.004 0.016
#> GSM483328 3 0.0692 0.89494 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM483330 3 0.0806 0.89474 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM483332 3 0.0551 0.90063 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM483333 6 0.2828 0.68523 0.032 0.080 0.000 0.004 0.012 0.872
#> GSM483336 6 0.4149 0.62659 0.264 0.008 0.000 0.012 0.012 0.704
#> GSM483337 3 0.6982 0.28387 0.000 0.272 0.472 0.112 0.004 0.140
#> GSM483339 2 0.2066 0.70433 0.000 0.904 0.072 0.000 0.024 0.000
#> GSM483351 5 0.4819 0.06265 0.016 0.404 0.008 0.000 0.556 0.016
#> GSM483352 5 0.5986 0.56742 0.228 0.112 0.004 0.020 0.612 0.024
#> GSM483354 5 0.6676 0.36890 0.384 0.124 0.004 0.036 0.436 0.016
#> GSM483358 2 0.4809 0.48138 0.000 0.628 0.052 0.000 0.308 0.012
#> GSM483384 4 0.2996 0.86767 0.144 0.000 0.000 0.832 0.016 0.008
#> GSM483386 4 0.1371 0.87192 0.040 0.004 0.000 0.948 0.004 0.004
#> GSM483388 4 0.1931 0.88095 0.068 0.004 0.000 0.916 0.008 0.004
#> GSM483390 1 0.2823 0.52788 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM483391 1 0.2076 0.65236 0.912 0.000 0.000 0.016 0.012 0.060
#> GSM483396 1 0.4276 0.57348 0.756 0.020 0.000 0.020 0.024 0.180
#> GSM483399 4 0.3390 0.81540 0.200 0.000 0.000 0.780 0.012 0.008
#> GSM483400 6 0.2212 0.71610 0.112 0.000 0.000 0.000 0.008 0.880
#> GSM483401 3 0.2465 0.85934 0.000 0.072 0.892 0.008 0.024 0.004
#> GSM483412 1 0.3337 0.47236 0.736 0.000 0.000 0.004 0.260 0.000
#> GSM483418 1 0.6914 -0.32573 0.388 0.188 0.040 0.008 0.372 0.004
#> GSM483420 5 0.7020 0.38851 0.300 0.064 0.196 0.008 0.432 0.000
#> GSM483421 5 0.4574 0.44733 0.012 0.156 0.008 0.004 0.744 0.076
#> GSM483426 2 0.4661 0.56336 0.000 0.700 0.012 0.000 0.084 0.204
#> GSM483428 2 0.6425 0.54980 0.000 0.612 0.124 0.024 0.092 0.148
#> GSM483431 5 0.4892 0.37995 0.008 0.168 0.008 0.000 0.700 0.116
#> GSM483436 5 0.5160 0.57239 0.164 0.028 0.032 0.000 0.712 0.064
#> GSM483442 1 0.2542 0.64423 0.884 0.000 0.000 0.020 0.016 0.080
#> GSM483443 5 0.4127 0.55512 0.200 0.028 0.004 0.020 0.748 0.000
#> GSM483444 6 0.2605 0.71128 0.080 0.024 0.004 0.004 0.004 0.884
#> GSM483447 5 0.4073 0.57361 0.180 0.044 0.004 0.000 0.760 0.012
#> GSM483448 1 0.4698 0.05961 0.528 0.024 0.012 0.000 0.436 0.000
#> GSM483450 6 0.3320 0.70760 0.124 0.016 0.000 0.008 0.020 0.832
#> GSM483455 6 0.2507 0.68953 0.036 0.044 0.004 0.012 0.004 0.900
#> GSM483458 1 0.2905 0.59826 0.836 0.000 0.000 0.008 0.012 0.144
#> GSM483461 1 0.1059 0.64131 0.964 0.000 0.000 0.016 0.004 0.016
#> GSM483462 1 0.3240 0.49772 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> GSM483464 1 0.1760 0.64949 0.928 0.000 0.000 0.020 0.004 0.048
#> GSM483466 1 0.5430 0.33302 0.592 0.000 0.000 0.168 0.004 0.236
#> GSM483468 1 0.2747 0.63573 0.868 0.000 0.000 0.016 0.020 0.096
#> GSM483476 4 0.3418 0.82900 0.192 0.000 0.000 0.784 0.016 0.008
#> GSM483477 4 0.3231 0.84259 0.180 0.000 0.000 0.800 0.012 0.008
#> GSM483300 2 0.6202 0.33002 0.020 0.504 0.348 0.012 0.112 0.004
#> GSM483308 3 0.2179 0.86736 0.000 0.064 0.908 0.004 0.016 0.008
#> GSM483310 3 0.1007 0.89841 0.000 0.016 0.968 0.004 0.008 0.004
#> GSM483311 3 0.2405 0.85137 0.000 0.080 0.892 0.004 0.016 0.008
#> GSM483323 4 0.1768 0.87227 0.044 0.008 0.000 0.932 0.004 0.012
#> GSM483338 1 0.3989 0.50144 0.760 0.012 0.004 0.024 0.196 0.004
#> GSM483353 2 0.4101 0.63915 0.004 0.772 0.000 0.036 0.160 0.028
#> GSM483361 6 0.3621 0.71696 0.140 0.044 0.000 0.004 0.008 0.804
#> GSM483363 6 0.2316 0.70548 0.064 0.028 0.000 0.004 0.004 0.900
#> GSM483364 6 0.5224 0.49249 0.332 0.028 0.000 0.004 0.044 0.592
#> GSM483366 1 0.3250 0.55766 0.788 0.000 0.000 0.004 0.012 0.196
#> GSM483368 1 0.3690 0.39999 0.684 0.000 0.000 0.008 0.308 0.000
#> GSM483371 6 0.3325 0.66872 0.020 0.104 0.008 0.004 0.020 0.844
#> GSM483372 1 0.4490 0.53036 0.720 0.000 0.000 0.128 0.004 0.148
#> GSM483373 1 0.5795 0.01506 0.476 0.000 0.000 0.196 0.000 0.328
#> GSM483374 6 0.7074 0.07265 0.172 0.008 0.060 0.368 0.004 0.388
#> GSM483379 6 0.3881 0.43765 0.396 0.004 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM483380 3 0.6524 0.09080 0.000 0.376 0.460 0.084 0.012 0.068
#> GSM483381 6 0.3248 0.71405 0.136 0.016 0.004 0.000 0.016 0.828
#> GSM483389 1 0.5127 0.23222 0.572 0.036 0.000 0.004 0.024 0.364
#> GSM483404 1 0.3918 0.31839 0.632 0.004 0.000 0.004 0.360 0.000
#> GSM483405 1 0.4224 0.25088 0.600 0.008 0.004 0.004 0.384 0.000
#> GSM483410 1 0.4634 -0.03796 0.496 0.024 0.000 0.000 0.472 0.008
#> GSM483411 1 0.1908 0.60382 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> GSM483413 1 0.5169 0.39929 0.672 0.040 0.040 0.008 0.236 0.004
#> GSM483416 1 0.3937 0.16180 0.572 0.004 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM483417 1 0.4973 0.07803 0.532 0.048 0.004 0.004 0.412 0.000
#> GSM483419 1 0.4750 0.02217 0.512 0.012 0.004 0.004 0.456 0.012
#> GSM483427 5 0.6843 0.32127 0.288 0.044 0.000 0.020 0.480 0.168
#> GSM483433 5 0.5750 0.08255 0.000 0.172 0.000 0.000 0.448 0.380
#> GSM483434 6 0.5864 0.18919 0.000 0.228 0.000 0.004 0.256 0.512
#> GSM483445 6 0.4253 0.35453 0.412 0.000 0.000 0.008 0.008 0.572
#> GSM483459 6 0.3354 0.68450 0.204 0.004 0.000 0.008 0.004 0.780
#> GSM483465 6 0.3468 0.68553 0.192 0.008 0.000 0.012 0.004 0.784
#> GSM483470 6 0.3089 0.67304 0.024 0.080 0.000 0.004 0.032 0.860
#> GSM483473 1 0.3504 0.54388 0.776 0.000 0.000 0.024 0.004 0.196
#> GSM483478 1 0.1753 0.62016 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084 0.000
#> GSM483304 3 0.1332 0.89194 0.000 0.028 0.952 0.000 0.012 0.008
#> GSM483315 6 0.3733 0.60433 0.288 0.008 0.000 0.000 0.004 0.700
#> GSM483320 6 0.3853 0.58487 0.304 0.000 0.000 0.000 0.016 0.680
#> GSM483325 1 0.4834 -0.11262 0.480 0.044 0.000 0.004 0.472 0.000
#> GSM483329 3 0.0603 0.89961 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM483331 3 0.0858 0.89124 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM483334 6 0.4234 0.39858 0.408 0.000 0.000 0.004 0.012 0.576
#> GSM483341 2 0.4552 0.32754 0.004 0.568 0.012 0.000 0.404 0.012
#> GSM483343 2 0.4538 0.28493 0.008 0.536 0.000 0.000 0.436 0.020
#> GSM483344 2 0.2539 0.69416 0.000 0.900 0.012 0.028 0.040 0.020
#> GSM483347 2 0.2588 0.66997 0.000 0.860 0.000 0.012 0.124 0.004
#> GSM483348 5 0.4996 0.25059 0.436 0.012 0.000 0.008 0.516 0.028
#> GSM483349 2 0.5462 0.28903 0.000 0.496 0.000 0.000 0.376 0.128
#> GSM483350 2 0.4414 0.56910 0.000 0.712 0.000 0.000 0.180 0.108
#> GSM483356 2 0.5749 0.22618 0.044 0.516 0.000 0.004 0.380 0.056
#> GSM483362 1 0.5055 0.09590 0.540 0.008 0.000 0.004 0.048 0.400
#> GSM483365 6 0.4712 0.57681 0.288 0.020 0.000 0.000 0.040 0.652
#> GSM483367 6 0.4605 0.37809 0.416 0.016 0.000 0.000 0.016 0.552
#> GSM483369 6 0.4570 0.58852 0.288 0.028 0.000 0.004 0.016 0.664
#> GSM483370 1 0.3164 0.61430 0.824 0.000 0.000 0.004 0.032 0.140
#> GSM483375 6 0.2321 0.69753 0.052 0.032 0.000 0.004 0.008 0.904
#> GSM483376 1 0.1350 0.64305 0.952 0.000 0.000 0.020 0.008 0.020
#> GSM483377 1 0.3756 0.30108 0.644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.352
#> GSM483378 1 0.4022 0.28091 0.628 0.000 0.000 0.004 0.008 0.360
#> GSM483385 6 0.4326 0.17039 0.488 0.008 0.000 0.000 0.008 0.496
#> GSM483402 1 0.6138 -0.29500 0.404 0.244 0.004 0.000 0.348 0.000
#> GSM483403 1 0.2482 0.57976 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148 0.000
#> GSM483406 1 0.4234 0.21177 0.576 0.012 0.004 0.000 0.408 0.000
#> GSM483407 1 0.1010 0.62473 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM483408 1 0.2006 0.61034 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> GSM483414 1 0.3468 0.44958 0.712 0.004 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM483415 1 0.3940 0.35531 0.652 0.008 0.000 0.004 0.336 0.000
#> GSM483424 6 0.5608 -0.12513 0.000 0.412 0.000 0.000 0.144 0.444
#> GSM483437 6 0.3675 0.63370 0.020 0.044 0.012 0.100 0.000 0.824
#> GSM483439 6 0.3207 0.64416 0.008 0.096 0.000 0.004 0.048 0.844
#> GSM483440 1 0.4736 0.00496 0.532 0.008 0.000 0.004 0.024 0.432
#> GSM483446 4 0.2361 0.88246 0.104 0.000 0.000 0.880 0.004 0.012
#> GSM483449 1 0.2006 0.60782 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> GSM483454 6 0.2553 0.70795 0.144 0.000 0.000 0.008 0.000 0.848
#> GSM483456 2 0.4961 0.27888 0.000 0.552 0.400 0.008 0.024 0.016
#> GSM483460 1 0.2449 0.64572 0.888 0.000 0.000 0.012 0.020 0.080
#> GSM483463 1 0.5197 0.41838 0.632 0.000 0.000 0.196 0.004 0.168
#> GSM483471 1 0.3163 0.53905 0.780 0.000 0.000 0.004 0.004 0.212
#> GSM483297 2 0.2504 0.70149 0.000 0.880 0.088 0.004 0.028 0.000
#> GSM483298 2 0.2002 0.70413 0.000 0.916 0.056 0.008 0.020 0.000
#> GSM483299 2 0.3457 0.69351 0.000 0.828 0.120 0.016 0.012 0.024
#> GSM483306 3 0.2468 0.83944 0.000 0.096 0.880 0.000 0.016 0.008
#> GSM483309 3 0.0767 0.90057 0.000 0.008 0.976 0.004 0.000 0.012
#> GSM483314 6 0.2510 0.70750 0.088 0.000 0.016 0.004 0.008 0.884
#> GSM483316 6 0.3292 0.67137 0.200 0.000 0.000 0.008 0.008 0.784
#> GSM483321 4 0.1096 0.85581 0.020 0.008 0.000 0.964 0.004 0.004
#> GSM483324 1 0.3383 0.47902 0.728 0.000 0.000 0.004 0.268 0.000
#> GSM483326 3 0.0922 0.89821 0.000 0.024 0.968 0.004 0.000 0.004
#> GSM483335 6 0.4045 0.56712 0.312 0.000 0.000 0.024 0.000 0.664
#> GSM483340 2 0.2320 0.70243 0.000 0.892 0.080 0.004 0.024 0.000
#> GSM483342 2 0.2040 0.70216 0.000 0.904 0.084 0.004 0.004 0.004
#> GSM483345 2 0.3426 0.66544 0.000 0.784 0.192 0.000 0.012 0.012
#> GSM483346 2 0.2512 0.69601 0.000 0.868 0.116 0.000 0.008 0.008
#> GSM483355 2 0.3270 0.69964 0.000 0.860 0.060 0.036 0.020 0.024
#> GSM483357 2 0.3329 0.64289 0.000 0.792 0.000 0.020 0.184 0.004
#> GSM483359 2 0.4898 0.46988 0.000 0.604 0.008 0.000 0.328 0.060
#> GSM483360 2 0.3921 0.63392 0.000 0.736 0.224 0.004 0.036 0.000
#> GSM483382 6 0.4829 0.50719 0.000 0.240 0.004 0.068 0.012 0.676
#> GSM483383 2 0.3361 0.69086 0.000 0.852 0.012 0.068 0.036 0.032
#> GSM483387 5 0.4337 0.02822 0.480 0.000 0.000 0.020 0.500 0.000
#> GSM483392 1 0.3737 0.52256 0.780 0.000 0.008 0.168 0.044 0.000
#> GSM483393 1 0.3539 0.50016 0.768 0.016 0.000 0.008 0.208 0.000
#> GSM483394 2 0.4424 0.66804 0.000 0.764 0.132 0.040 0.060 0.004
#> GSM483395 1 0.5281 0.25044 0.608 0.104 0.000 0.012 0.276 0.000
#> GSM483397 1 0.3868 -0.04972 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> GSM483398 1 0.5070 0.29336 0.596 0.016 0.020 0.016 0.348 0.004
#> GSM483409 1 0.4147 0.37256 0.660 0.016 0.000 0.008 0.316 0.000
#> GSM483422 3 0.4827 -0.02086 0.000 0.464 0.496 0.004 0.028 0.008
#> GSM483423 2 0.5397 0.63510 0.000 0.684 0.108 0.000 0.084 0.124
#> GSM483425 6 0.6991 -0.14485 0.000 0.304 0.068 0.000 0.236 0.392
#> GSM483429 2 0.4187 0.63420 0.000 0.752 0.004 0.024 0.188 0.032
#> GSM483430 2 0.2716 0.69102 0.000 0.880 0.008 0.044 0.064 0.004
#> GSM483432 2 0.4993 0.43055 0.000 0.608 0.000 0.084 0.004 0.304
#> GSM483435 2 0.3777 0.66877 0.000 0.808 0.016 0.004 0.064 0.108
#> GSM483438 2 0.5002 0.52167 0.000 0.636 0.000 0.228 0.000 0.136
#> GSM483441 6 0.4053 0.58689 0.000 0.200 0.000 0.048 0.008 0.744
#> GSM483451 1 0.4260 0.54903 0.744 0.000 0.000 0.136 0.004 0.116
#> GSM483452 1 0.2505 0.63895 0.880 0.000 0.000 0.008 0.020 0.092
#> GSM483453 1 0.4790 0.22715 0.576 0.000 0.000 0.036 0.012 0.376
#> GSM483457 1 0.3457 0.54910 0.780 0.000 0.000 0.012 0.012 0.196
#> GSM483467 1 0.4747 0.14250 0.548 0.000 0.000 0.016 0.024 0.412
#> GSM483469 6 0.4982 0.66955 0.136 0.036 0.000 0.108 0.004 0.716
#> GSM483472 1 0.5393 0.02108 0.508 0.000 0.000 0.120 0.000 0.372
#> GSM483474 6 0.4716 0.25050 0.000 0.404 0.000 0.004 0.040 0.552
#> GSM483475 4 0.1057 0.83695 0.004 0.008 0.004 0.968 0.012 0.004
#> GSM483479 5 0.4035 0.52660 0.056 0.128 0.012 0.008 0.792 0.004
#> GSM483480 3 0.1092 0.89653 0.000 0.020 0.960 0.000 0.020 0.000
#> GSM483481 3 0.0870 0.89998 0.000 0.012 0.972 0.000 0.012 0.004
#> GSM483482 3 0.1053 0.89507 0.000 0.004 0.964 0.000 0.012 0.020
#> GSM483483 3 0.0622 0.89876 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM483484 3 0.0603 0.89714 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM483485 3 0.0862 0.89893 0.000 0.004 0.972 0.000 0.008 0.016
#> GSM483486 5 0.4929 -0.22136 0.008 0.456 0.000 0.000 0.492 0.044
#> GSM483487 2 0.4543 0.14362 0.004 0.488 0.008 0.000 0.488 0.012
#> GSM483488 5 0.5258 0.32979 0.056 0.292 0.008 0.004 0.624 0.016
#> GSM483489 2 0.4534 0.21180 0.004 0.516 0.008 0.000 0.460 0.012
#> GSM483490 2 0.4265 0.54473 0.000 0.660 0.000 0.000 0.300 0.040
#> GSM483491 6 0.4072 0.51001 0.000 0.260 0.000 0.004 0.032 0.704
#> GSM483492 1 0.2542 0.64812 0.884 0.000 0.000 0.016 0.020 0.080
#> GSM483493 1 0.2488 0.61450 0.864 0.000 0.000 0.004 0.008 0.124
#> GSM483494 1 0.2376 0.63249 0.884 0.000 0.000 0.012 0.008 0.096
#> GSM483495 1 0.2926 0.62246 0.844 0.000 0.000 0.004 0.028 0.124
#> GSM483496 1 0.1592 0.64675 0.940 0.000 0.000 0.020 0.008 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) specimen(p) k
#> ATC:NMF 197 0.0399 0.000995 2
#> ATC:NMF 154 0.3143 0.133966 3
#> ATC:NMF 181 0.0954 0.029157 4
#> ATC:NMF 156 0.0790 0.016800 5
#> ATC:NMF 128 0.0366 0.000641 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0