Date: 2019-12-25 20:42:36 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 21163 163
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 2 | 0.987 | 0.966 | 0.985 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.937 | 0.911 | 0.966 | * | 2 |
| ATC:pam | 4 | 0.936 | 0.893 | 0.953 | * | 3 |
| MAD:skmeans | 4 | 0.825 | 0.881 | 0.938 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.789 | 0.853 | 0.929 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.781 | 0.846 | 0.919 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.763 | 0.841 | 0.927 | ||
| SD:skmeans | 4 | 0.760 | 0.834 | 0.896 | ||
| CV:skmeans | 4 | 0.755 | 0.840 | 0.902 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.753 | 0.876 | 0.947 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.725 | 0.797 | 0.910 | ||
| SD:NMF | 3 | 0.725 | 0.794 | 0.912 | ||
| ATC:mclust | 3 | 0.690 | 0.802 | 0.901 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.618 | 0.780 | 0.872 | ||
| SD:kmeans | 3 | 0.610 | 0.745 | 0.874 | ||
| CV:kmeans | 3 | 0.594 | 0.786 | 0.856 | ||
| CV:pam | 3 | 0.576 | 0.729 | 0.879 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.571 | 0.819 | 0.916 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.552 | 0.857 | 0.924 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.485 | 0.688 | 0.847 | ||
| SD:pam | 2 | 0.267 | 0.765 | 0.827 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.117 | 0.583 | 0.780 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.087 | 0.567 | 0.768 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.082 | 0.527 | 0.764 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.5134 0.783 0.896 0.494 0.499 0.499
#> CV:NMF 2 0.5010 0.798 0.904 0.496 0.499 0.499
#> MAD:NMF 2 0.5707 0.819 0.916 0.497 0.500 0.500
#> ATC:NMF 2 0.7534 0.876 0.947 0.494 0.499 0.499
#> SD:skmeans 2 0.5158 0.678 0.844 0.498 0.497 0.497
#> CV:skmeans 2 0.5209 0.651 0.826 0.499 0.498 0.498
#> MAD:skmeans 2 0.5056 0.713 0.848 0.499 0.497 0.497
#> ATC:skmeans 2 1.0000 0.971 0.989 0.488 0.511 0.511
#> SD:mclust 2 0.7582 0.831 0.932 0.478 0.513 0.513
#> CV:mclust 2 0.7635 0.826 0.926 0.476 0.523 0.523
#> MAD:mclust 2 0.5040 0.815 0.912 0.478 0.511 0.511
#> ATC:mclust 2 0.6579 0.902 0.935 0.406 0.550 0.550
#> SD:kmeans 2 0.4298 0.694 0.787 0.485 0.500 0.500
#> CV:kmeans 2 0.4062 0.680 0.770 0.485 0.501 0.501
#> MAD:kmeans 2 0.4321 0.718 0.837 0.491 0.498 0.498
#> ATC:kmeans 2 0.9872 0.966 0.985 0.368 0.634 0.634
#> SD:pam 2 0.2670 0.765 0.827 0.469 0.529 0.529
#> CV:pam 2 0.1834 0.653 0.774 0.472 0.535 0.535
#> MAD:pam 2 0.5524 0.857 0.924 0.484 0.529 0.529
#> ATC:pam 2 0.5736 0.886 0.940 0.485 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 0.1173 0.583 0.780 0.426 0.535 0.535
#> CV:hclust 2 0.0821 0.527 0.764 0.441 0.520 0.520
#> MAD:hclust 2 0.0868 0.567 0.768 0.425 0.539 0.539
#> ATC:hclust 2 0.4180 0.430 0.702 0.325 0.498 0.498
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.725 0.794 0.912 0.338 0.690 0.457
#> CV:NMF 3 0.725 0.797 0.910 0.333 0.676 0.440
#> MAD:NMF 3 0.704 0.812 0.912 0.332 0.666 0.428
#> ATC:NMF 3 0.771 0.830 0.920 0.316 0.742 0.533
#> SD:skmeans 3 0.708 0.773 0.908 0.333 0.642 0.397
#> CV:skmeans 3 0.734 0.802 0.916 0.331 0.653 0.412
#> MAD:skmeans 3 0.766 0.874 0.936 0.330 0.747 0.536
#> ATC:skmeans 3 0.937 0.911 0.966 0.274 0.827 0.673
#> SD:mclust 3 0.763 0.841 0.927 0.276 0.675 0.471
#> CV:mclust 3 0.781 0.846 0.919 0.281 0.645 0.438
#> MAD:mclust 3 0.789 0.853 0.929 0.290 0.704 0.501
#> ATC:mclust 3 0.690 0.802 0.901 0.451 0.657 0.466
#> SD:kmeans 3 0.610 0.745 0.874 0.353 0.616 0.372
#> CV:kmeans 3 0.594 0.786 0.856 0.353 0.624 0.383
#> MAD:kmeans 3 0.618 0.780 0.872 0.346 0.769 0.567
#> ATC:kmeans 3 0.848 0.918 0.960 0.727 0.660 0.490
#> SD:pam 3 0.579 0.743 0.883 0.405 0.689 0.471
#> CV:pam 3 0.576 0.729 0.879 0.389 0.646 0.421
#> MAD:pam 3 0.536 0.616 0.836 0.343 0.711 0.496
#> ATC:pam 3 0.974 0.937 0.976 0.259 0.803 0.637
#> SD:hclust 3 0.132 0.411 0.595 0.389 0.607 0.404
#> CV:hclust 3 0.129 0.347 0.565 0.347 0.632 0.437
#> MAD:hclust 3 0.121 0.354 0.629 0.392 0.624 0.421
#> ATC:hclust 3 0.485 0.688 0.847 0.607 0.760 0.590
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.640 0.650 0.832 0.1230 0.826 0.542
#> CV:NMF 4 0.648 0.624 0.833 0.1261 0.778 0.448
#> MAD:NMF 4 0.617 0.601 0.818 0.1209 0.831 0.553
#> ATC:NMF 4 0.573 0.657 0.810 0.1123 0.909 0.747
#> SD:skmeans 4 0.760 0.834 0.896 0.1242 0.848 0.588
#> CV:skmeans 4 0.755 0.840 0.902 0.1240 0.846 0.585
#> MAD:skmeans 4 0.825 0.881 0.938 0.1231 0.885 0.674
#> ATC:skmeans 4 0.781 0.687 0.833 0.0911 0.947 0.863
#> SD:mclust 4 0.570 0.557 0.780 0.1678 0.830 0.594
#> CV:mclust 4 0.593 0.557 0.768 0.1602 0.828 0.586
#> MAD:mclust 4 0.577 0.317 0.683 0.1579 0.772 0.480
#> ATC:mclust 4 0.476 0.587 0.703 0.1777 0.772 0.497
#> SD:kmeans 4 0.593 0.725 0.816 0.1264 0.837 0.571
#> CV:kmeans 4 0.599 0.700 0.808 0.1247 0.834 0.565
#> MAD:kmeans 4 0.587 0.708 0.816 0.1202 0.873 0.648
#> ATC:kmeans 4 0.769 0.802 0.893 0.1022 0.873 0.682
#> SD:pam 4 0.589 0.581 0.790 0.1148 0.837 0.567
#> CV:pam 4 0.605 0.573 0.791 0.1164 0.864 0.628
#> MAD:pam 4 0.569 0.595 0.782 0.1175 0.844 0.592
#> ATC:pam 4 0.936 0.893 0.953 0.0727 0.951 0.875
#> SD:hclust 4 0.246 0.432 0.633 0.1513 0.729 0.431
#> CV:hclust 4 0.223 0.423 0.585 0.1370 0.765 0.508
#> MAD:hclust 4 0.197 0.373 0.538 0.1371 0.705 0.391
#> ATC:hclust 4 0.479 0.685 0.786 0.2227 0.804 0.593
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.693 0.661 0.831 0.0696 0.838 0.477
#> CV:NMF 5 0.698 0.648 0.829 0.0687 0.847 0.495
#> MAD:NMF 5 0.691 0.686 0.833 0.0689 0.850 0.504
#> ATC:NMF 5 0.587 0.615 0.778 0.0763 0.855 0.551
#> SD:skmeans 5 0.690 0.610 0.770 0.0603 0.940 0.773
#> CV:skmeans 5 0.688 0.645 0.790 0.0596 0.930 0.740
#> MAD:skmeans 5 0.682 0.629 0.791 0.0646 0.920 0.708
#> ATC:skmeans 5 0.744 0.625 0.787 0.0558 0.932 0.812
#> SD:mclust 5 0.589 0.574 0.744 0.0610 0.880 0.624
#> CV:mclust 5 0.597 0.611 0.736 0.0629 0.827 0.496
#> MAD:mclust 5 0.596 0.484 0.713 0.0607 0.767 0.391
#> ATC:mclust 5 0.580 0.675 0.681 0.1044 0.792 0.402
#> SD:kmeans 5 0.591 0.535 0.681 0.0638 0.920 0.712
#> CV:kmeans 5 0.605 0.487 0.677 0.0647 0.912 0.692
#> MAD:kmeans 5 0.621 0.550 0.732 0.0653 0.934 0.759
#> ATC:kmeans 5 0.663 0.617 0.805 0.0896 0.812 0.486
#> SD:pam 5 0.630 0.580 0.766 0.0441 0.862 0.568
#> CV:pam 5 0.618 0.544 0.717 0.0506 0.852 0.539
#> MAD:pam 5 0.646 0.691 0.825 0.0563 0.915 0.717
#> ATC:pam 5 0.732 0.715 0.828 0.1181 0.899 0.713
#> SD:hclust 5 0.355 0.401 0.573 0.0794 0.830 0.540
#> CV:hclust 5 0.314 0.391 0.607 0.0857 0.766 0.394
#> MAD:hclust 5 0.347 0.380 0.584 0.0924 0.882 0.641
#> ATC:hclust 5 0.480 0.612 0.741 0.0762 0.980 0.942
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.679 0.451 0.692 0.0379 0.890 0.549
#> CV:NMF 6 0.676 0.538 0.749 0.0364 0.920 0.648
#> MAD:NMF 6 0.674 0.548 0.748 0.0377 0.902 0.587
#> ATC:NMF 6 0.629 0.602 0.760 0.0485 0.915 0.648
#> SD:skmeans 6 0.697 0.587 0.715 0.0464 0.904 0.610
#> CV:skmeans 6 0.696 0.596 0.741 0.0477 0.904 0.610
#> MAD:skmeans 6 0.715 0.638 0.741 0.0455 0.917 0.652
#> ATC:skmeans 6 0.706 0.580 0.779 0.0450 0.930 0.779
#> SD:mclust 6 0.637 0.443 0.703 0.0600 0.842 0.468
#> CV:mclust 6 0.685 0.666 0.810 0.0665 0.807 0.384
#> MAD:mclust 6 0.744 0.709 0.848 0.0627 0.808 0.411
#> ATC:mclust 6 0.674 0.748 0.815 0.0464 0.866 0.476
#> SD:kmeans 6 0.635 0.531 0.681 0.0419 0.896 0.593
#> CV:kmeans 6 0.639 0.515 0.680 0.0445 0.883 0.559
#> MAD:kmeans 6 0.640 0.475 0.693 0.0420 0.839 0.429
#> ATC:kmeans 6 0.691 0.660 0.798 0.0578 0.861 0.494
#> SD:pam 6 0.689 0.415 0.703 0.0524 0.903 0.645
#> CV:pam 6 0.677 0.429 0.694 0.0509 0.920 0.691
#> MAD:pam 6 0.703 0.668 0.819 0.0481 0.905 0.641
#> ATC:pam 6 0.756 0.738 0.862 0.0795 0.887 0.607
#> SD:hclust 6 0.437 0.452 0.636 0.0558 0.814 0.464
#> CV:hclust 6 0.465 0.450 0.633 0.0649 0.852 0.502
#> MAD:hclust 6 0.418 0.443 0.577 0.0552 0.811 0.433
#> ATC:hclust 6 0.517 0.569 0.701 0.0500 0.971 0.913
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 149 1.000 2
#> CV:NMF 149 1.000 2
#> MAD:NMF 151 1.000 2
#> ATC:NMF 156 0.432 2
#> SD:skmeans 137 1.000 2
#> CV:skmeans 152 1.000 2
#> MAD:skmeans 160 1.000 2
#> ATC:skmeans 161 0.335 2
#> SD:mclust 146 0.294 2
#> CV:mclust 145 0.287 2
#> MAD:mclust 146 0.294 2
#> ATC:mclust 158 0.230 2
#> SD:kmeans 156 0.582 2
#> CV:kmeans 155 0.564 2
#> MAD:kmeans 155 1.000 2
#> ATC:kmeans 161 0.085 2
#> SD:pam 157 1.000 2
#> CV:pam 155 1.000 2
#> MAD:pam 156 1.000 2
#> ATC:pam 153 0.565 2
#> SD:hclust 123 0.856 2
#> CV:hclust 116 1.000 2
#> MAD:hclust 133 0.857 2
#> ATC:hclust 77 NA 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 145 0.3384 3
#> CV:NMF 146 0.3113 3
#> MAD:NMF 151 0.3836 3
#> ATC:NMF 152 0.0586 3
#> SD:skmeans 137 0.1171 3
#> CV:skmeans 142 0.0968 3
#> MAD:skmeans 155 0.1924 3
#> ATC:skmeans 153 0.1644 3
#> SD:mclust 151 0.4068 3
#> CV:mclust 152 0.4017 3
#> MAD:mclust 151 0.3971 3
#> ATC:mclust 144 0.2288 3
#> SD:kmeans 146 0.3347 3
#> CV:kmeans 154 0.3068 3
#> MAD:kmeans 150 0.2004 3
#> ATC:kmeans 161 0.0169 3
#> SD:pam 141 0.1069 3
#> CV:pam 141 0.0991 3
#> MAD:pam 117 NA 3
#> ATC:pam 159 0.2759 3
#> SD:hclust 72 0.0601 3
#> CV:hclust 52 NA 3
#> MAD:hclust 36 NA 3
#> ATC:hclust 135 0.0822 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 119 0.23973 4
#> CV:NMF 127 0.06624 4
#> MAD:NMF 119 0.12945 4
#> ATC:NMF 130 0.11305 4
#> SD:skmeans 153 0.09563 4
#> CV:skmeans 153 0.06900 4
#> MAD:skmeans 158 0.12279 4
#> ATC:skmeans 123 0.34491 4
#> SD:mclust 104 0.55488 4
#> CV:mclust 105 0.58596 4
#> MAD:mclust 58 NA 4
#> ATC:mclust 125 0.19165 4
#> SD:kmeans 144 0.04514 4
#> CV:kmeans 143 0.03334 4
#> MAD:kmeans 146 0.29151 4
#> ATC:kmeans 144 0.00781 4
#> SD:pam 124 0.21889 4
#> CV:pam 111 0.41480 4
#> MAD:pam 108 NA 4
#> ATC:pam 154 0.09687 4
#> SD:hclust 76 0.55858 4
#> CV:hclust 69 0.33921 4
#> MAD:hclust 63 0.64783 4
#> ATC:hclust 135 0.00278 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 124 0.0318 5
#> CV:NMF 123 NA 5
#> MAD:NMF 133 0.3064 5
#> ATC:NMF 127 0.1106 5
#> SD:skmeans 122 0.1011 5
#> CV:skmeans 125 0.1709 5
#> MAD:skmeans 124 0.0409 5
#> ATC:skmeans 111 0.3455 5
#> SD:mclust 114 0.0509 5
#> CV:mclust 126 0.0673 5
#> MAD:mclust 105 NA 5
#> ATC:mclust 136 0.6022 5
#> SD:kmeans 116 0.1391 5
#> CV:kmeans 101 NA 5
#> MAD:kmeans 116 0.2405 5
#> ATC:kmeans 121 0.0275 5
#> SD:pam 109 0.7325 5
#> CV:pam 103 NA 5
#> MAD:pam 140 0.6013 5
#> ATC:pam 139 0.2331 5
#> SD:hclust 59 NA 5
#> CV:hclust 58 NA 5
#> MAD:hclust 51 NA 5
#> ATC:hclust 121 0.0525 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 68 NA 6
#> CV:NMF 96 0.000303 6
#> MAD:NMF 98 0.002102 6
#> ATC:NMF 120 0.127139 6
#> SD:skmeans 126 0.188667 6
#> CV:skmeans 126 0.263731 6
#> MAD:skmeans 133 0.194685 6
#> ATC:skmeans 99 0.142070 6
#> SD:mclust 81 NA 6
#> CV:mclust 127 0.637636 6
#> MAD:mclust 136 0.565985 6
#> ATC:mclust 143 0.624420 6
#> SD:kmeans 113 NA 6
#> CV:kmeans 113 NA 6
#> MAD:kmeans 87 NA 6
#> ATC:kmeans 125 0.230687 6
#> SD:pam 85 NA 6
#> CV:pam 68 NA 6
#> MAD:pam 137 0.711524 6
#> ATC:pam 147 0.262334 6
#> SD:hclust 77 NA 6
#> CV:hclust 69 NA 6
#> MAD:hclust 82 NA 6
#> ATC:hclust 117 0.115263 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.117 0.583 0.780 0.4258 0.535 0.535
#> 3 3 0.132 0.411 0.595 0.3892 0.607 0.404
#> 4 4 0.246 0.432 0.633 0.1513 0.729 0.431
#> 5 5 0.355 0.401 0.573 0.0794 0.830 0.540
#> 6 6 0.437 0.452 0.636 0.0558 0.814 0.464
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.8909 0.6006 0.692 0.308
#> GSM311599 2 0.9129 0.4862 0.328 0.672
#> GSM311600 2 0.9044 0.4979 0.320 0.680
#> GSM311601 1 0.3114 0.6969 0.944 0.056
#> GSM311602 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311603 1 0.9248 0.5634 0.660 0.340
#> GSM311604 2 0.8499 0.5785 0.276 0.724
#> GSM311605 1 0.7299 0.6233 0.796 0.204
#> GSM311606 2 0.3733 0.6914 0.072 0.928
#> GSM311607 1 0.3879 0.6940 0.924 0.076
#> GSM311608 1 0.6712 0.6523 0.824 0.176
#> GSM311609 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.7376 0.6744 0.792 0.208
#> GSM311611 1 0.3879 0.6940 0.924 0.076
#> GSM311612 1 0.4022 0.6931 0.920 0.080
#> GSM311613 1 0.0376 0.6850 0.996 0.004
#> GSM311614 1 0.7299 0.6233 0.796 0.204
#> GSM311615 1 0.9963 0.2997 0.536 0.464
#> GSM311616 1 0.9954 0.3064 0.540 0.460
#> GSM311617 1 0.8608 0.6452 0.716 0.284
#> GSM311618 1 0.9323 0.5648 0.652 0.348
#> GSM311619 2 0.9944 -0.0254 0.456 0.544
#> GSM311620 2 0.9522 0.3801 0.372 0.628
#> GSM311621 1 0.9963 0.2224 0.536 0.464
#> GSM311622 2 0.1184 0.6762 0.016 0.984
#> GSM311623 1 0.7056 0.6273 0.808 0.192
#> GSM311624 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311625 1 0.9608 0.4456 0.616 0.384
#> GSM311626 2 0.9491 0.4506 0.368 0.632
#> GSM311627 1 0.8144 0.6514 0.748 0.252
#> GSM311628 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9954 0.2174 0.460 0.540
#> GSM311630 1 0.7453 0.6352 0.788 0.212
#> GSM311631 2 0.8267 0.5994 0.260 0.740
#> GSM311632 1 0.6801 0.6593 0.820 0.180
#> GSM311633 1 0.9580 0.4717 0.620 0.380
#> GSM311634 2 0.1184 0.6824 0.016 0.984
#> GSM311635 2 0.9491 0.4506 0.368 0.632
#> GSM311636 1 0.0376 0.6850 0.996 0.004
#> GSM311637 1 0.3274 0.7018 0.940 0.060
#> GSM311638 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311639 2 0.9732 0.3857 0.404 0.596
#> GSM311640 2 0.6048 0.6674 0.148 0.852
#> GSM311641 2 0.9944 -0.0254 0.456 0.544
#> GSM311642 1 0.6801 0.6593 0.820 0.180
#> GSM311643 1 0.9209 0.5757 0.664 0.336
#> GSM311644 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.8555 0.6159 0.720 0.280
#> GSM311646 2 0.9248 0.4957 0.340 0.660
#> GSM311647 1 0.3879 0.7116 0.924 0.076
#> GSM311648 2 0.9580 0.4155 0.380 0.620
#> GSM311649 1 0.6801 0.6593 0.820 0.180
#> GSM311650 2 0.9580 0.3509 0.380 0.620
#> GSM311651 2 0.9963 -0.0307 0.464 0.536
#> GSM311652 1 0.6623 0.6562 0.828 0.172
#> GSM311653 1 0.9580 0.5098 0.620 0.380
#> GSM311654 1 0.9580 0.4717 0.620 0.380
#> GSM311655 1 0.6247 0.7001 0.844 0.156
#> GSM311656 1 0.9170 0.5717 0.668 0.332
#> GSM311657 2 0.9209 0.4684 0.336 0.664
#> GSM311658 2 0.9209 0.4684 0.336 0.664
#> GSM311659 2 0.9170 0.4799 0.332 0.668
#> GSM311660 1 0.7299 0.6883 0.796 0.204
#> GSM311661 2 0.8443 0.5917 0.272 0.728
#> GSM311662 2 0.8144 0.6189 0.252 0.748
#> GSM311663 2 0.7139 0.6521 0.196 0.804
#> GSM311664 2 0.6048 0.6674 0.148 0.852
#> GSM311665 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311666 2 0.8443 0.5917 0.272 0.728
#> GSM311667 1 0.9954 0.3264 0.540 0.460
#> GSM311669 1 0.8443 0.6576 0.728 0.272
#> GSM311670 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.6343 0.6940 0.840 0.160
#> GSM311672 2 0.9044 0.4994 0.320 0.680
#> GSM311673 1 0.8813 0.6277 0.700 0.300
#> GSM311674 1 0.8081 0.6325 0.752 0.248
#> GSM311675 1 0.6343 0.6940 0.840 0.160
#> GSM311676 1 0.8443 0.6480 0.728 0.272
#> GSM311677 1 0.9963 0.2827 0.536 0.464
#> GSM311678 2 0.0376 0.6773 0.004 0.996
#> GSM311679 1 0.8016 0.6340 0.756 0.244
#> GSM311680 2 0.8267 0.5994 0.260 0.740
#> GSM311681 1 0.0672 0.6867 0.992 0.008
#> GSM311682 2 0.8016 0.5982 0.244 0.756
#> GSM311683 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.2423 0.6898 0.040 0.960
#> GSM311685 2 0.2236 0.6873 0.036 0.964
#> GSM311686 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311687 2 0.0376 0.6773 0.004 0.996
#> GSM311688 1 0.1843 0.6932 0.972 0.028
#> GSM311689 1 0.9881 0.2773 0.564 0.436
#> GSM311690 2 0.8661 0.5082 0.288 0.712
#> GSM311691 2 0.8207 0.6085 0.256 0.744
#> GSM311692 1 0.7056 0.6950 0.808 0.192
#> GSM311693 2 0.1184 0.6762 0.016 0.984
#> GSM311694 2 0.8955 0.5158 0.312 0.688
#> GSM311695 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.9815 0.1787 0.420 0.580
#> GSM311697 1 0.5408 0.6959 0.876 0.124
#> GSM311698 1 0.5629 0.6993 0.868 0.132
#> GSM311699 1 0.9881 0.3888 0.564 0.436
#> GSM311700 1 0.7950 0.6550 0.760 0.240
#> GSM311701 2 0.8955 0.5158 0.312 0.688
#> GSM311702 2 0.8207 0.6085 0.256 0.744
#> GSM311703 2 0.8499 0.5848 0.276 0.724
#> GSM311704 1 0.3879 0.6940 0.924 0.076
#> GSM311705 2 0.8207 0.6085 0.256 0.744
#> GSM311706 1 0.7745 0.6721 0.772 0.228
#> GSM311707 1 0.7745 0.6721 0.772 0.228
#> GSM311708 2 0.1184 0.6824 0.016 0.984
#> GSM311709 1 0.9775 0.4013 0.588 0.412
#> GSM311710 1 0.6343 0.6940 0.840 0.160
#> GSM311711 1 0.9922 0.3322 0.552 0.448
#> GSM311712 1 0.8267 0.6598 0.740 0.260
#> GSM311713 1 0.7528 0.6703 0.784 0.216
#> GSM311714 1 0.8267 0.6598 0.740 0.260
#> GSM311716 1 0.7815 0.6648 0.768 0.232
#> GSM311717 2 0.5842 0.6658 0.140 0.860
#> GSM311718 1 0.7745 0.6721 0.772 0.228
#> GSM311719 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.9427 0.4828 0.640 0.360
#> GSM311721 1 0.9393 0.4783 0.644 0.356
#> GSM311722 2 0.9129 0.4862 0.328 0.672
#> GSM311723 1 0.8861 0.6094 0.696 0.304
#> GSM311724 2 0.2423 0.6898 0.040 0.960
#> GSM311725 1 0.9248 0.5786 0.660 0.340
#> GSM311726 1 0.6343 0.6865 0.840 0.160
#> GSM311727 1 0.3879 0.6940 0.924 0.076
#> GSM311728 2 0.9248 0.4957 0.340 0.660
#> GSM311729 1 0.6887 0.6934 0.816 0.184
#> GSM311730 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.9129 0.4736 0.328 0.672
#> GSM311732 1 0.6887 0.7116 0.816 0.184
#> GSM311733 1 0.0000 0.6831 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.5059 0.7183 0.888 0.112
#> GSM311735 2 0.3733 0.6914 0.072 0.928
#> GSM311736 1 0.0672 0.6869 0.992 0.008
#> GSM311737 1 0.4562 0.7159 0.904 0.096
#> GSM311738 1 0.8909 0.6078 0.692 0.308
#> GSM311739 1 0.8713 0.6270 0.708 0.292
#> GSM311740 1 0.9248 0.5530 0.660 0.340
#> GSM311741 1 0.9552 0.4984 0.624 0.376
#> GSM311742 1 0.9661 0.4778 0.608 0.392
#> GSM311743 1 0.1184 0.6890 0.984 0.016
#> GSM311744 1 0.3733 0.7002 0.928 0.072
#> GSM311745 1 0.8661 0.6360 0.712 0.288
#> GSM311746 1 0.8713 0.6320 0.708 0.292
#> GSM311747 1 0.2948 0.7034 0.948 0.052
#> GSM311748 1 0.6343 0.6601 0.840 0.160
#> GSM311749 1 0.9552 0.5308 0.624 0.376
#> GSM311750 1 0.9909 0.2466 0.556 0.444
#> GSM311751 1 0.6148 0.6567 0.848 0.152
#> GSM311752 1 0.8955 0.5944 0.688 0.312
#> GSM311753 1 0.5629 0.6807 0.868 0.132
#> GSM311754 1 0.9933 0.3299 0.548 0.452
#> GSM311755 1 0.7219 0.6640 0.800 0.200
#> GSM311756 1 0.9815 0.4374 0.580 0.420
#> GSM311757 1 0.3274 0.7018 0.940 0.060
#> GSM311758 2 0.0938 0.6825 0.012 0.988
#> GSM311759 2 0.8144 0.6189 0.252 0.748
#> GSM311760 2 0.0000 0.6741 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.7376 0.6802 0.792 0.208
#> GSM311715 1 0.9491 0.5163 0.632 0.368
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 2 0.571 0.4754 0.028 0.768 0.204
#> GSM311599 1 0.924 0.5083 0.492 0.168 0.340
#> GSM311600 1 0.925 0.5132 0.496 0.172 0.332
#> GSM311601 3 0.562 0.6819 0.004 0.280 0.716
#> GSM311602 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311603 2 0.980 0.1048 0.248 0.416 0.336
#> GSM311604 2 0.728 0.2059 0.260 0.672 0.068
#> GSM311605 3 0.690 0.6195 0.048 0.268 0.684
#> GSM311606 1 0.883 0.4611 0.472 0.412 0.116
#> GSM311607 3 0.536 0.6826 0.000 0.276 0.724
#> GSM311608 3 0.645 0.6420 0.036 0.252 0.712
#> GSM311609 3 0.525 0.5170 0.008 0.224 0.768
#> GSM311610 2 0.692 0.3007 0.024 0.608 0.368
#> GSM311611 3 0.536 0.6826 0.000 0.276 0.724
#> GSM311612 3 0.540 0.6814 0.000 0.280 0.720
#> GSM311613 3 0.488 0.5668 0.004 0.208 0.788
#> GSM311614 3 0.690 0.6195 0.048 0.268 0.684
#> GSM311615 2 0.670 0.5276 0.144 0.748 0.108
#> GSM311616 2 0.484 0.5189 0.076 0.848 0.076
#> GSM311617 2 0.441 0.4613 0.004 0.824 0.172
#> GSM311618 2 0.541 0.5021 0.036 0.800 0.164
#> GSM311619 2 0.789 0.3893 0.288 0.624 0.088
#> GSM311620 2 0.584 0.3791 0.196 0.768 0.036
#> GSM311621 2 0.666 0.4924 0.132 0.752 0.116
#> GSM311622 1 0.757 0.6425 0.664 0.248 0.088
#> GSM311623 3 0.691 0.6304 0.056 0.248 0.696
#> GSM311624 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311625 2 0.711 0.3881 0.092 0.712 0.196
#> GSM311626 1 0.979 0.4135 0.400 0.236 0.364
#> GSM311627 2 0.797 0.3488 0.088 0.612 0.300
#> GSM311628 3 0.525 0.5167 0.008 0.224 0.768
#> GSM311629 2 0.933 0.1296 0.244 0.520 0.236
#> GSM311630 3 0.934 0.2595 0.184 0.324 0.492
#> GSM311631 2 0.754 0.1615 0.272 0.652 0.076
#> GSM311632 3 0.656 0.6424 0.036 0.264 0.700
#> GSM311633 2 0.899 -0.0195 0.132 0.476 0.392
#> GSM311634 1 0.813 0.6284 0.612 0.284 0.104
#> GSM311635 1 0.979 0.4135 0.400 0.236 0.364
#> GSM311636 3 0.488 0.5668 0.004 0.208 0.788
#> GSM311637 3 0.593 0.6718 0.008 0.296 0.696
#> GSM311638 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311639 2 0.971 -0.0763 0.276 0.456 0.268
#> GSM311640 1 0.606 0.5795 0.780 0.072 0.148
#> GSM311641 2 0.789 0.3893 0.288 0.624 0.088
#> GSM311642 3 0.656 0.6424 0.036 0.264 0.700
#> GSM311643 2 0.461 0.5005 0.028 0.844 0.128
#> GSM311644 3 0.525 0.5167 0.008 0.224 0.768
#> GSM311645 2 0.750 0.2300 0.072 0.652 0.276
#> GSM311646 2 0.996 -0.1900 0.300 0.372 0.328
#> GSM311647 3 0.668 0.3725 0.008 0.488 0.504
#> GSM311648 3 0.996 -0.2606 0.308 0.316 0.376
#> GSM311649 3 0.656 0.6424 0.036 0.264 0.700
#> GSM311650 2 0.645 0.3779 0.196 0.744 0.060
#> GSM311651 2 0.639 0.4822 0.124 0.768 0.108
#> GSM311652 3 0.649 0.6459 0.036 0.256 0.708
#> GSM311653 2 0.503 0.5200 0.040 0.828 0.132
#> GSM311654 2 0.899 -0.0195 0.132 0.476 0.392
#> GSM311655 3 0.778 0.5477 0.060 0.364 0.576
#> GSM311656 2 0.719 0.3557 0.080 0.696 0.224
#> GSM311657 2 0.654 0.3144 0.204 0.736 0.060
#> GSM311658 2 0.654 0.3144 0.204 0.736 0.060
#> GSM311659 2 0.702 0.3030 0.216 0.708 0.076
#> GSM311660 2 0.717 0.3249 0.036 0.612 0.352
#> GSM311661 2 0.762 0.1731 0.272 0.648 0.080
#> GSM311662 1 0.992 0.3736 0.380 0.344 0.276
#> GSM311663 2 0.829 -0.0599 0.320 0.580 0.100
#> GSM311664 1 0.606 0.5795 0.780 0.072 0.148
#> GSM311665 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311666 2 0.762 0.1731 0.272 0.648 0.080
#> GSM311667 2 0.893 0.3594 0.276 0.556 0.168
#> GSM311669 2 0.458 0.4488 0.004 0.812 0.184
#> GSM311670 3 0.520 0.5204 0.008 0.220 0.772
#> GSM311671 2 0.812 0.1345 0.068 0.500 0.432
#> GSM311672 2 0.698 0.2836 0.220 0.708 0.072
#> GSM311673 2 0.478 0.4796 0.016 0.820 0.164
#> GSM311674 3 0.890 0.4158 0.128 0.372 0.500
#> GSM311675 2 0.812 0.1345 0.068 0.500 0.432
#> GSM311676 2 0.498 0.4666 0.020 0.812 0.168
#> GSM311677 2 0.702 0.5271 0.156 0.728 0.116
#> GSM311678 1 0.824 0.5895 0.572 0.336 0.092
#> GSM311679 3 0.888 0.4312 0.128 0.364 0.508
#> GSM311680 2 0.754 0.1615 0.272 0.652 0.076
#> GSM311681 3 0.594 0.4858 0.024 0.236 0.740
#> GSM311682 1 0.765 0.3997 0.672 0.220 0.108
#> GSM311683 3 0.483 0.5635 0.004 0.204 0.792
#> GSM311684 1 0.849 0.5255 0.520 0.384 0.096
#> GSM311685 1 0.386 0.6051 0.888 0.072 0.040
#> GSM311686 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311687 1 0.820 0.5949 0.580 0.328 0.092
#> GSM311688 3 0.559 0.6727 0.004 0.276 0.720
#> GSM311689 2 0.962 0.2628 0.256 0.472 0.272
#> GSM311690 1 0.915 0.5311 0.504 0.160 0.336
#> GSM311691 2 0.756 0.1385 0.284 0.644 0.072
#> GSM311692 2 0.729 -0.3628 0.028 0.508 0.464
#> GSM311693 1 0.757 0.6425 0.664 0.248 0.088
#> GSM311694 2 0.698 0.2758 0.228 0.704 0.068
#> GSM311695 3 0.560 0.5058 0.016 0.228 0.756
#> GSM311696 2 0.517 0.4417 0.148 0.816 0.036
#> GSM311697 3 0.638 0.6239 0.008 0.368 0.624
#> GSM311698 3 0.642 0.6124 0.008 0.376 0.616
#> GSM311699 2 0.501 0.5192 0.076 0.840 0.084
#> GSM311700 2 0.855 0.2895 0.112 0.552 0.336
#> GSM311701 2 0.698 0.2758 0.228 0.704 0.068
#> GSM311702 2 0.756 0.1385 0.284 0.644 0.072
#> GSM311703 2 0.740 0.1881 0.264 0.664 0.072
#> GSM311704 3 0.536 0.6826 0.000 0.276 0.724
#> GSM311705 2 0.756 0.1385 0.284 0.644 0.072
#> GSM311706 2 0.804 0.3191 0.084 0.592 0.324
#> GSM311707 2 0.804 0.3191 0.084 0.592 0.324
#> GSM311708 1 0.813 0.6284 0.612 0.284 0.104
#> GSM311709 2 0.683 0.4317 0.096 0.736 0.168
#> GSM311710 2 0.812 0.1260 0.068 0.496 0.436
#> GSM311711 2 0.763 0.4313 0.184 0.684 0.132
#> GSM311712 2 0.498 0.4346 0.004 0.780 0.216
#> GSM311713 2 0.710 0.2988 0.028 0.588 0.384
#> GSM311714 2 0.498 0.4346 0.004 0.780 0.216
#> GSM311716 2 0.700 0.2362 0.052 0.680 0.268
#> GSM311717 1 0.739 0.6038 0.704 0.136 0.160
#> GSM311718 2 0.804 0.3191 0.084 0.592 0.324
#> GSM311719 3 0.568 0.4951 0.016 0.236 0.748
#> GSM311720 2 0.843 0.0922 0.112 0.576 0.312
#> GSM311721 2 0.860 -0.0984 0.100 0.492 0.408
#> GSM311722 1 0.924 0.5083 0.492 0.168 0.340
#> GSM311723 2 0.849 0.3671 0.132 0.592 0.276
#> GSM311724 1 0.849 0.5255 0.520 0.384 0.096
#> GSM311725 2 0.823 0.4157 0.144 0.632 0.224
#> GSM311726 3 0.654 0.6526 0.028 0.288 0.684
#> GSM311727 3 0.536 0.6826 0.000 0.276 0.724
#> GSM311728 2 0.996 -0.1900 0.300 0.372 0.328
#> GSM311729 2 0.823 0.2339 0.080 0.536 0.384
#> GSM311730 1 0.785 0.6078 0.608 0.316 0.076
#> GSM311731 2 0.775 0.2508 0.300 0.624 0.076
#> GSM311732 2 0.710 -0.0303 0.028 0.588 0.384
#> GSM311733 3 0.483 0.5635 0.004 0.204 0.792
#> GSM311734 2 0.665 -0.1149 0.012 0.592 0.396
#> GSM311735 1 0.883 0.4463 0.464 0.420 0.116
#> GSM311736 3 0.510 0.6209 0.000 0.248 0.752
#> GSM311737 2 0.670 -0.1755 0.012 0.576 0.412
#> GSM311738 2 0.852 0.3686 0.132 0.588 0.280
#> GSM311739 2 0.429 0.4760 0.004 0.832 0.164
#> GSM311740 3 0.898 0.1740 0.128 0.428 0.444
#> GSM311741 2 0.623 0.4674 0.080 0.772 0.148
#> GSM311742 2 0.515 0.5239 0.068 0.832 0.100
#> GSM311743 3 0.522 0.6370 0.000 0.260 0.740
#> GSM311744 3 0.571 0.6534 0.000 0.320 0.680
#> GSM311745 2 0.594 0.4591 0.064 0.784 0.152
#> GSM311746 2 0.501 0.4725 0.016 0.804 0.180
#> GSM311747 3 0.714 0.1466 0.024 0.436 0.540
#> GSM311748 3 0.630 0.6523 0.028 0.260 0.712
#> GSM311749 2 0.864 0.3925 0.168 0.596 0.236
#> GSM311750 2 0.902 0.1198 0.148 0.516 0.336
#> GSM311751 3 0.592 0.6564 0.016 0.260 0.724
#> GSM311752 2 0.571 0.4759 0.028 0.768 0.204
#> GSM311753 3 0.675 0.6383 0.024 0.336 0.640
#> GSM311754 2 0.501 0.5163 0.076 0.840 0.084
#> GSM311755 3 0.694 0.6285 0.048 0.272 0.680
#> GSM311756 2 0.489 0.5173 0.060 0.844 0.096
#> GSM311757 3 0.593 0.6718 0.008 0.296 0.696
#> GSM311758 1 0.314 0.6180 0.912 0.068 0.020
#> GSM311759 1 0.992 0.3736 0.380 0.344 0.276
#> GSM311760 1 0.738 0.6375 0.672 0.252 0.076
#> GSM311668 2 0.660 0.2903 0.012 0.604 0.384
#> GSM311715 2 0.558 0.5108 0.040 0.792 0.168
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.5740 0.55584 0.020 0.288 0.024 0.668
#> GSM311599 2 0.8272 0.22950 0.172 0.508 0.272 0.048
#> GSM311600 2 0.8333 0.23273 0.176 0.508 0.264 0.052
#> GSM311601 3 0.1677 0.65361 0.000 0.012 0.948 0.040
#> GSM311602 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311603 4 0.7839 0.34170 0.244 0.036 0.164 0.556
#> GSM311604 2 0.6749 0.51935 0.016 0.656 0.168 0.160
#> GSM311605 3 0.3326 0.59914 0.004 0.132 0.856 0.008
#> GSM311606 2 0.6146 0.52798 0.104 0.740 0.096 0.060
#> GSM311607 3 0.0804 0.64880 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM311608 3 0.2983 0.61070 0.008 0.108 0.880 0.004
#> GSM311609 3 0.6665 0.33640 0.040 0.024 0.516 0.420
#> GSM311610 4 0.4664 0.53117 0.040 0.036 0.104 0.820
#> GSM311611 3 0.0804 0.64880 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM311612 3 0.0937 0.64827 0.000 0.012 0.976 0.012
#> GSM311613 3 0.6314 0.45122 0.036 0.024 0.612 0.328
#> GSM311614 3 0.3326 0.59914 0.004 0.132 0.856 0.008
#> GSM311615 4 0.7971 0.31792 0.104 0.384 0.048 0.464
#> GSM311616 2 0.8142 -0.01952 0.020 0.404 0.192 0.384
#> GSM311617 4 0.7173 0.52215 0.016 0.276 0.124 0.584
#> GSM311618 4 0.7443 0.46348 0.028 0.324 0.104 0.544
#> GSM311619 2 0.9205 -0.01701 0.152 0.376 0.120 0.352
#> GSM311620 2 0.7005 0.37159 0.008 0.596 0.140 0.256
#> GSM311621 2 0.8193 0.15529 0.020 0.448 0.224 0.308
#> GSM311622 2 0.6203 0.19480 0.248 0.672 0.020 0.060
#> GSM311623 3 0.3216 0.59950 0.008 0.124 0.864 0.004
#> GSM311624 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311625 2 0.8506 0.01399 0.024 0.364 0.276 0.336
#> GSM311626 2 0.7784 0.23827 0.132 0.472 0.372 0.024
#> GSM311627 4 0.3166 0.59833 0.056 0.024 0.024 0.896
#> GSM311628 3 0.6659 0.33905 0.040 0.024 0.520 0.416
#> GSM311629 2 0.8475 0.39785 0.060 0.460 0.332 0.148
#> GSM311630 4 0.8290 0.03897 0.180 0.036 0.320 0.464
#> GSM311631 2 0.6447 0.53364 0.016 0.684 0.164 0.136
#> GSM311632 3 0.3102 0.60992 0.008 0.116 0.872 0.004
#> GSM311633 3 0.8641 0.06586 0.060 0.296 0.460 0.184
#> GSM311634 2 0.6699 0.28218 0.224 0.664 0.048 0.064
#> GSM311635 2 0.7784 0.23827 0.132 0.472 0.372 0.024
#> GSM311636 3 0.6314 0.45122 0.036 0.024 0.612 0.328
#> GSM311637 3 0.3573 0.64303 0.008 0.028 0.864 0.100
#> GSM311638 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311639 2 0.8242 0.42607 0.068 0.492 0.328 0.112
#> GSM311640 1 0.5442 0.79776 0.764 0.092 0.128 0.016
#> GSM311641 2 0.9205 -0.01701 0.152 0.376 0.120 0.352
#> GSM311642 3 0.3102 0.60992 0.008 0.116 0.872 0.004
#> GSM311643 4 0.7229 0.45323 0.020 0.328 0.100 0.552
#> GSM311644 3 0.6659 0.33905 0.040 0.024 0.520 0.416
#> GSM311645 3 0.8533 -0.25758 0.028 0.252 0.368 0.352
#> GSM311646 2 0.7565 0.34496 0.068 0.528 0.348 0.056
#> GSM311647 3 0.7315 -0.00980 0.012 0.108 0.468 0.412
#> GSM311648 2 0.7463 0.24153 0.064 0.504 0.384 0.048
#> GSM311649 3 0.3102 0.60992 0.008 0.116 0.872 0.004
#> GSM311650 2 0.7236 0.40083 0.012 0.592 0.180 0.216
#> GSM311651 2 0.8013 0.15090 0.020 0.436 0.172 0.372
#> GSM311652 3 0.2922 0.61343 0.008 0.104 0.884 0.004
#> GSM311653 4 0.7153 0.43950 0.028 0.364 0.072 0.536
#> GSM311654 3 0.8641 0.06586 0.060 0.296 0.460 0.184
#> GSM311655 3 0.6956 0.53366 0.080 0.072 0.672 0.176
#> GSM311656 4 0.8719 0.10416 0.036 0.288 0.308 0.368
#> GSM311657 2 0.6951 0.43888 0.012 0.620 0.144 0.224
#> GSM311658 2 0.6951 0.43888 0.012 0.620 0.144 0.224
#> GSM311659 2 0.7423 0.43991 0.016 0.556 0.144 0.284
#> GSM311660 4 0.4725 0.60988 0.016 0.100 0.072 0.812
#> GSM311661 2 0.6220 0.53257 0.008 0.692 0.156 0.144
#> GSM311662 2 0.7898 0.40799 0.108 0.540 0.296 0.056
#> GSM311663 2 0.6266 0.54709 0.036 0.720 0.132 0.112
#> GSM311664 1 0.5442 0.79776 0.764 0.092 0.128 0.016
#> GSM311665 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311666 2 0.6220 0.53257 0.008 0.692 0.156 0.144
#> GSM311667 4 0.6921 0.39500 0.328 0.084 0.016 0.572
#> GSM311669 4 0.7150 0.52961 0.016 0.264 0.128 0.592
#> GSM311670 3 0.6630 0.35620 0.040 0.024 0.536 0.400
#> GSM311671 4 0.5127 0.46789 0.056 0.016 0.152 0.776
#> GSM311672 2 0.6794 0.48683 0.012 0.644 0.168 0.176
#> GSM311673 4 0.6961 0.50210 0.016 0.312 0.092 0.580
#> GSM311674 3 0.8426 0.41804 0.124 0.136 0.556 0.184
#> GSM311675 4 0.5127 0.46789 0.056 0.016 0.152 0.776
#> GSM311676 4 0.6411 0.57129 0.020 0.232 0.080 0.668
#> GSM311677 4 0.7480 0.42662 0.104 0.252 0.048 0.596
#> GSM311678 2 0.5349 0.41303 0.164 0.764 0.036 0.036
#> GSM311679 3 0.8276 0.43784 0.124 0.128 0.572 0.176
#> GSM311680 2 0.6447 0.53364 0.016 0.684 0.164 0.136
#> GSM311681 3 0.6901 0.25341 0.052 0.024 0.464 0.460
#> GSM311682 1 0.6456 0.62628 0.688 0.064 0.044 0.204
#> GSM311683 3 0.6332 0.44360 0.036 0.024 0.608 0.332
#> GSM311684 2 0.5255 0.48609 0.112 0.788 0.064 0.036
#> GSM311685 1 0.3056 0.88023 0.892 0.072 0.004 0.032
#> GSM311686 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311687 2 0.6109 0.39885 0.216 0.700 0.044 0.040
#> GSM311688 3 0.3196 0.64104 0.008 0.012 0.876 0.104
#> GSM311689 4 0.9839 0.18530 0.224 0.224 0.208 0.344
#> GSM311690 2 0.7600 0.24593 0.176 0.528 0.284 0.012
#> GSM311691 2 0.6344 0.53438 0.012 0.688 0.148 0.152
#> GSM311692 3 0.6972 0.38045 0.020 0.132 0.632 0.216
#> GSM311693 2 0.6203 0.19480 0.248 0.672 0.020 0.060
#> GSM311694 2 0.6833 0.49014 0.012 0.640 0.172 0.176
#> GSM311695 3 0.6763 0.29291 0.044 0.024 0.488 0.444
#> GSM311696 2 0.7609 0.24489 0.024 0.540 0.136 0.300
#> GSM311697 3 0.4659 0.59919 0.004 0.084 0.804 0.108
#> GSM311698 3 0.4787 0.59217 0.004 0.092 0.796 0.108
#> GSM311699 4 0.8179 0.16990 0.028 0.352 0.176 0.444
#> GSM311700 4 0.4082 0.53877 0.108 0.004 0.052 0.836
#> GSM311701 2 0.6833 0.49014 0.012 0.640 0.172 0.176
#> GSM311702 2 0.6255 0.53533 0.012 0.696 0.148 0.144
#> GSM311703 2 0.6623 0.52396 0.016 0.668 0.148 0.168
#> GSM311704 3 0.0804 0.64880 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM311705 2 0.6255 0.53533 0.012 0.696 0.148 0.144
#> GSM311706 4 0.3536 0.59550 0.052 0.020 0.048 0.880
#> GSM311707 4 0.3536 0.59550 0.052 0.020 0.048 0.880
#> GSM311708 2 0.6699 0.28218 0.224 0.664 0.048 0.064
#> GSM311709 2 0.8548 0.01133 0.028 0.372 0.260 0.340
#> GSM311710 4 0.5173 0.46176 0.056 0.016 0.156 0.772
#> GSM311711 4 0.9603 -0.00313 0.128 0.316 0.232 0.324
#> GSM311712 4 0.6890 0.56313 0.020 0.260 0.100 0.620
#> GSM311713 4 0.4164 0.51554 0.036 0.024 0.096 0.844
#> GSM311714 4 0.6890 0.56313 0.020 0.260 0.100 0.620
#> GSM311716 4 0.8228 0.30796 0.020 0.216 0.344 0.420
#> GSM311717 1 0.7173 0.60302 0.616 0.224 0.136 0.024
#> GSM311718 4 0.3536 0.59550 0.052 0.020 0.048 0.880
#> GSM311719 3 0.6768 0.27683 0.044 0.024 0.480 0.452
#> GSM311720 3 0.8441 -0.08832 0.028 0.340 0.404 0.228
#> GSM311721 3 0.7277 0.07033 0.008 0.320 0.536 0.136
#> GSM311722 2 0.8272 0.22950 0.172 0.508 0.272 0.048
#> GSM311723 4 0.5005 0.59267 0.116 0.048 0.036 0.800
#> GSM311724 2 0.5255 0.48609 0.112 0.788 0.064 0.036
#> GSM311725 4 0.6548 0.58685 0.164 0.100 0.040 0.696
#> GSM311726 3 0.2941 0.62070 0.008 0.096 0.888 0.008
#> GSM311727 3 0.0804 0.64880 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM311728 2 0.7565 0.34496 0.068 0.528 0.348 0.056
#> GSM311729 4 0.4599 0.52815 0.072 0.008 0.108 0.812
#> GSM311730 2 0.4950 0.34873 0.196 0.760 0.008 0.036
#> GSM311731 2 0.8577 0.24972 0.124 0.496 0.096 0.284
#> GSM311732 3 0.8203 -0.23555 0.020 0.204 0.388 0.388
#> GSM311733 3 0.6332 0.44360 0.036 0.024 0.608 0.332
#> GSM311734 4 0.7386 0.28307 0.016 0.108 0.388 0.488
#> GSM311735 2 0.5970 0.53308 0.092 0.752 0.096 0.060
#> GSM311736 3 0.4996 0.55394 0.016 0.020 0.748 0.216
#> GSM311737 4 0.7321 0.24996 0.016 0.100 0.404 0.480
#> GSM311738 4 0.4994 0.59185 0.116 0.052 0.032 0.800
#> GSM311739 4 0.6738 0.55748 0.028 0.260 0.076 0.636
#> GSM311740 3 0.8825 0.26413 0.096 0.240 0.488 0.176
#> GSM311741 4 0.8416 0.15912 0.028 0.348 0.220 0.404
#> GSM311742 4 0.7131 0.43214 0.024 0.244 0.120 0.612
#> GSM311743 3 0.4461 0.58047 0.012 0.016 0.788 0.184
#> GSM311744 3 0.4371 0.62713 0.008 0.048 0.820 0.124
#> GSM311745 4 0.6735 0.58714 0.068 0.144 0.092 0.696
#> GSM311746 4 0.7043 0.53344 0.028 0.304 0.080 0.588
#> GSM311747 4 0.6130 0.31203 0.032 0.032 0.276 0.660
#> GSM311748 3 0.2731 0.61909 0.008 0.092 0.896 0.004
#> GSM311749 4 0.5440 0.55055 0.188 0.052 0.016 0.744
#> GSM311750 3 0.7904 -0.19739 0.028 0.408 0.432 0.132
#> GSM311751 3 0.2311 0.62636 0.004 0.076 0.916 0.004
#> GSM311752 4 0.5740 0.55507 0.020 0.288 0.024 0.668
#> GSM311753 3 0.3521 0.61387 0.000 0.084 0.864 0.052
#> GSM311754 2 0.8162 -0.02260 0.020 0.404 0.196 0.380
#> GSM311755 3 0.3575 0.59898 0.020 0.124 0.852 0.004
#> GSM311756 4 0.8073 0.22819 0.024 0.328 0.180 0.468
#> GSM311757 3 0.3573 0.64303 0.008 0.028 0.864 0.100
#> GSM311758 1 0.2473 0.89280 0.908 0.080 0.000 0.012
#> GSM311759 2 0.7898 0.40799 0.108 0.540 0.296 0.056
#> GSM311760 2 0.5813 0.16952 0.260 0.676 0.004 0.060
#> GSM311668 4 0.6373 0.55882 0.028 0.152 0.116 0.704
#> GSM311715 4 0.6650 0.48720 0.024 0.336 0.052 0.588
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 4 0.6436 0.43159 0.004 0.404 0.000 0.440 0.152
#> GSM311599 2 0.8976 0.18270 0.036 0.324 0.272 0.240 0.128
#> GSM311600 2 0.8989 0.19237 0.040 0.324 0.272 0.244 0.120
#> GSM311601 3 0.4696 0.66353 0.000 0.068 0.740 0.008 0.184
#> GSM311602 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 4 0.9176 0.22681 0.256 0.076 0.096 0.336 0.236
#> GSM311604 2 0.2819 0.49659 0.000 0.884 0.060 0.052 0.004
#> GSM311605 3 0.4252 0.71537 0.000 0.176 0.768 0.004 0.052
#> GSM311606 2 0.6249 0.47263 0.024 0.680 0.100 0.152 0.044
#> GSM311607 3 0.4541 0.67064 0.000 0.084 0.744 0.000 0.172
#> GSM311608 3 0.2377 0.72305 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM311609 5 0.3141 0.72387 0.000 0.000 0.152 0.016 0.832
#> GSM311610 4 0.5611 0.26317 0.000 0.056 0.008 0.528 0.408
#> GSM311611 3 0.4714 0.65495 0.000 0.084 0.724 0.000 0.192
#> GSM311612 3 0.4364 0.68854 0.000 0.088 0.764 0.000 0.148
#> GSM311613 5 0.4305 0.60917 0.000 0.012 0.296 0.004 0.688
#> GSM311614 3 0.4252 0.71537 0.000 0.176 0.768 0.004 0.052
#> GSM311615 2 0.6516 -0.14978 0.084 0.516 0.012 0.368 0.020
#> GSM311616 2 0.5545 0.18988 0.000 0.584 0.072 0.340 0.004
#> GSM311617 4 0.6391 0.33649 0.000 0.428 0.036 0.464 0.072
#> GSM311618 2 0.6560 -0.29239 0.000 0.444 0.044 0.436 0.076
#> GSM311619 2 0.7973 0.07533 0.076 0.404 0.048 0.388 0.084
#> GSM311620 2 0.3810 0.41004 0.000 0.792 0.040 0.168 0.000
#> GSM311621 2 0.5817 0.31198 0.000 0.628 0.112 0.248 0.012
#> GSM311622 2 0.8744 0.23164 0.076 0.424 0.140 0.268 0.092
#> GSM311623 3 0.2877 0.71577 0.000 0.144 0.848 0.004 0.004
#> GSM311624 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 2 0.7103 0.24251 0.008 0.516 0.184 0.264 0.028
#> GSM311626 2 0.8286 0.13209 0.028 0.396 0.336 0.152 0.088
#> GSM311627 4 0.6578 0.48914 0.064 0.088 0.000 0.580 0.268
#> GSM311628 5 0.3055 0.72634 0.000 0.000 0.144 0.016 0.840
#> GSM311629 2 0.6919 0.39602 0.004 0.560 0.248 0.140 0.048
#> GSM311630 5 0.9107 0.02838 0.184 0.064 0.124 0.264 0.364
#> GSM311631 2 0.2172 0.50291 0.000 0.916 0.060 0.020 0.004
#> GSM311632 3 0.2723 0.72061 0.000 0.124 0.864 0.000 0.012
#> GSM311633 2 0.7739 0.01510 0.068 0.412 0.392 0.100 0.028
#> GSM311634 2 0.8388 0.29352 0.080 0.480 0.100 0.248 0.092
#> GSM311635 2 0.8286 0.13209 0.028 0.396 0.336 0.152 0.088
#> GSM311636 5 0.4240 0.62297 0.000 0.012 0.284 0.004 0.700
#> GSM311637 3 0.5899 0.61804 0.004 0.088 0.668 0.036 0.204
#> GSM311638 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.6736 0.37318 0.004 0.572 0.264 0.112 0.048
#> GSM311640 1 0.3664 0.78522 0.832 0.024 0.124 0.004 0.016
#> GSM311641 2 0.7973 0.07533 0.076 0.404 0.048 0.388 0.084
#> GSM311642 3 0.2723 0.72061 0.000 0.124 0.864 0.000 0.012
#> GSM311643 2 0.5342 -0.25205 0.000 0.496 0.024 0.464 0.016
#> GSM311644 5 0.3011 0.72524 0.000 0.000 0.140 0.016 0.844
#> GSM311645 2 0.7861 0.10778 0.008 0.408 0.232 0.296 0.056
#> GSM311646 2 0.6563 0.28738 0.032 0.556 0.320 0.080 0.012
#> GSM311647 4 0.8264 0.17083 0.000 0.184 0.284 0.372 0.160
#> GSM311648 2 0.6935 0.18459 0.016 0.480 0.372 0.108 0.024
#> GSM311649 3 0.2723 0.72061 0.000 0.124 0.864 0.000 0.012
#> GSM311650 2 0.3688 0.43298 0.000 0.816 0.060 0.124 0.000
#> GSM311651 2 0.4908 0.27168 0.000 0.636 0.044 0.320 0.000
#> GSM311652 3 0.2329 0.72345 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> GSM311653 2 0.5725 -0.26157 0.000 0.492 0.016 0.444 0.048
#> GSM311654 2 0.7739 0.01510 0.068 0.412 0.392 0.100 0.028
#> GSM311655 3 0.8133 0.49914 0.076 0.148 0.544 0.108 0.124
#> GSM311656 2 0.7577 0.13809 0.012 0.444 0.204 0.304 0.036
#> GSM311657 2 0.3262 0.44290 0.000 0.840 0.036 0.124 0.000
#> GSM311658 2 0.3262 0.44290 0.000 0.840 0.036 0.124 0.000
#> GSM311659 2 0.3988 0.43781 0.000 0.768 0.036 0.196 0.000
#> GSM311660 4 0.7140 0.50384 0.012 0.172 0.024 0.504 0.288
#> GSM311661 2 0.2679 0.50349 0.000 0.892 0.056 0.048 0.004
#> GSM311662 2 0.7491 0.27343 0.020 0.496 0.292 0.148 0.044
#> GSM311663 2 0.4120 0.49897 0.004 0.816 0.092 0.072 0.016
#> GSM311664 1 0.3664 0.78522 0.832 0.024 0.124 0.004 0.016
#> GSM311665 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.2679 0.50349 0.000 0.892 0.056 0.048 0.004
#> GSM311667 4 0.7889 0.39329 0.328 0.144 0.000 0.404 0.124
#> GSM311669 4 0.6533 0.34940 0.000 0.412 0.040 0.468 0.080
#> GSM311670 5 0.3340 0.72363 0.000 0.004 0.156 0.016 0.824
#> GSM311671 4 0.6261 0.19805 0.044 0.024 0.016 0.476 0.440
#> GSM311672 2 0.2853 0.47577 0.000 0.876 0.052 0.072 0.000
#> GSM311673 4 0.5776 0.28737 0.000 0.448 0.028 0.488 0.036
#> GSM311674 3 0.8380 0.39804 0.128 0.200 0.496 0.120 0.056
#> GSM311675 4 0.6261 0.19805 0.044 0.024 0.016 0.476 0.440
#> GSM311676 4 0.5733 0.45480 0.000 0.336 0.016 0.584 0.064
#> GSM311677 4 0.6542 0.35673 0.080 0.336 0.012 0.544 0.028
#> GSM311678 2 0.7111 0.39854 0.048 0.604 0.088 0.208 0.052
#> GSM311679 3 0.8228 0.42469 0.128 0.196 0.512 0.112 0.052
#> GSM311680 2 0.2172 0.50291 0.000 0.916 0.060 0.020 0.004
#> GSM311681 5 0.3563 0.66649 0.008 0.000 0.092 0.060 0.840
#> GSM311682 1 0.5699 0.62917 0.736 0.064 0.024 0.100 0.076
#> GSM311683 5 0.3992 0.63585 0.000 0.004 0.280 0.004 0.712
#> GSM311684 2 0.6353 0.44955 0.012 0.644 0.104 0.200 0.040
#> GSM311685 1 0.0960 0.87008 0.972 0.008 0.000 0.004 0.016
#> GSM311686 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.6837 0.40753 0.132 0.640 0.064 0.136 0.028
#> GSM311688 3 0.5087 0.58877 0.000 0.056 0.696 0.016 0.232
#> GSM311689 2 0.9682 -0.11144 0.240 0.264 0.184 0.220 0.092
#> GSM311690 2 0.8833 0.17190 0.036 0.360 0.288 0.192 0.124
#> GSM311691 2 0.2387 0.50183 0.000 0.908 0.048 0.040 0.004
#> GSM311692 3 0.7782 0.30388 0.008 0.264 0.472 0.176 0.080
#> GSM311693 2 0.8744 0.23164 0.076 0.424 0.140 0.268 0.092
#> GSM311694 2 0.3033 0.47774 0.000 0.864 0.052 0.084 0.000
#> GSM311695 5 0.2824 0.69110 0.000 0.000 0.096 0.032 0.872
#> GSM311696 2 0.4240 0.33132 0.000 0.736 0.036 0.228 0.000
#> GSM311697 3 0.6235 0.65386 0.000 0.180 0.652 0.080 0.088
#> GSM311698 3 0.6143 0.65173 0.000 0.188 0.656 0.080 0.076
#> GSM311699 2 0.6121 0.05804 0.004 0.528 0.060 0.384 0.024
#> GSM311700 4 0.6874 0.28803 0.096 0.044 0.004 0.472 0.384
#> GSM311701 2 0.3033 0.47774 0.000 0.864 0.052 0.084 0.000
#> GSM311702 2 0.2387 0.50197 0.000 0.908 0.048 0.040 0.004
#> GSM311703 2 0.2747 0.49871 0.000 0.888 0.048 0.060 0.004
#> GSM311704 3 0.4350 0.68496 0.000 0.084 0.764 0.000 0.152
#> GSM311705 2 0.2387 0.50197 0.000 0.908 0.048 0.040 0.004
#> GSM311706 4 0.6648 0.47927 0.060 0.080 0.004 0.572 0.284
#> GSM311707 4 0.6648 0.47927 0.060 0.080 0.004 0.572 0.284
#> GSM311708 2 0.8388 0.29352 0.080 0.480 0.100 0.248 0.092
#> GSM311709 2 0.7007 0.24192 0.012 0.532 0.164 0.268 0.024
#> GSM311710 4 0.6263 0.18858 0.044 0.024 0.016 0.472 0.444
#> GSM311711 2 0.8092 0.18756 0.120 0.480 0.124 0.252 0.024
#> GSM311712 4 0.6752 0.42408 0.000 0.376 0.032 0.472 0.120
#> GSM311713 4 0.5578 0.21138 0.004 0.048 0.004 0.492 0.452
#> GSM311714 4 0.6752 0.42408 0.000 0.376 0.032 0.472 0.120
#> GSM311716 4 0.8363 0.13311 0.004 0.332 0.180 0.336 0.148
#> GSM311717 1 0.6621 0.56514 0.628 0.184 0.128 0.048 0.012
#> GSM311718 4 0.6665 0.47685 0.060 0.080 0.004 0.568 0.288
#> GSM311719 5 0.3130 0.68322 0.000 0.000 0.096 0.048 0.856
#> GSM311720 2 0.7456 0.27134 0.012 0.452 0.328 0.172 0.036
#> GSM311721 2 0.6328 -0.04873 0.000 0.464 0.432 0.072 0.032
#> GSM311722 2 0.8976 0.18270 0.036 0.324 0.272 0.240 0.128
#> GSM311723 4 0.7306 0.50091 0.124 0.100 0.004 0.548 0.224
#> GSM311724 2 0.6353 0.44955 0.012 0.644 0.104 0.200 0.040
#> GSM311725 4 0.7472 0.55002 0.160 0.188 0.004 0.540 0.108
#> GSM311726 3 0.2873 0.72566 0.000 0.120 0.860 0.000 0.020
#> GSM311727 3 0.4428 0.67961 0.000 0.084 0.756 0.000 0.160
#> GSM311728 2 0.6563 0.28738 0.032 0.556 0.320 0.080 0.012
#> GSM311729 4 0.6856 0.25011 0.060 0.048 0.016 0.452 0.424
#> GSM311730 2 0.7681 0.34590 0.056 0.552 0.120 0.216 0.056
#> GSM311731 2 0.6618 0.28813 0.096 0.580 0.020 0.280 0.024
#> GSM311732 3 0.7629 -0.25130 0.000 0.284 0.336 0.336 0.044
#> GSM311733 5 0.3992 0.63585 0.000 0.004 0.280 0.004 0.712
#> GSM311734 4 0.8427 0.32617 0.004 0.220 0.216 0.388 0.172
#> GSM311735 2 0.6051 0.47479 0.016 0.688 0.104 0.152 0.040
#> GSM311736 5 0.4802 0.10705 0.000 0.012 0.480 0.004 0.504
#> GSM311737 4 0.8491 0.32109 0.004 0.216 0.212 0.376 0.192
#> GSM311738 4 0.7433 0.51055 0.124 0.108 0.008 0.548 0.212
#> GSM311739 4 0.6222 0.43510 0.000 0.376 0.020 0.516 0.088
#> GSM311740 3 0.8193 0.18677 0.104 0.308 0.444 0.108 0.036
#> GSM311741 2 0.6902 0.09352 0.008 0.504 0.116 0.340 0.032
#> GSM311742 4 0.5251 0.31253 0.000 0.372 0.032 0.584 0.012
#> GSM311743 3 0.4843 0.10028 0.000 0.016 0.552 0.004 0.428
#> GSM311744 3 0.6094 0.63272 0.000 0.100 0.664 0.064 0.172
#> GSM311745 4 0.6940 0.51661 0.056 0.252 0.028 0.588 0.076
#> GSM311746 4 0.6271 0.36053 0.000 0.420 0.024 0.476 0.080
#> GSM311747 5 0.6768 -0.04352 0.012 0.060 0.056 0.348 0.524
#> GSM311748 3 0.2488 0.72608 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> GSM311749 4 0.7608 0.49547 0.196 0.120 0.004 0.524 0.156
#> GSM311750 2 0.6278 0.22410 0.024 0.544 0.360 0.060 0.012
#> GSM311751 3 0.4262 0.71196 0.000 0.124 0.776 0.000 0.100
#> GSM311752 4 0.6462 0.43314 0.004 0.404 0.000 0.436 0.156
#> GSM311753 3 0.5585 0.69231 0.000 0.188 0.684 0.024 0.104
#> GSM311754 2 0.5609 0.19064 0.000 0.576 0.076 0.344 0.004
#> GSM311755 3 0.3218 0.71126 0.000 0.128 0.844 0.004 0.024
#> GSM311756 2 0.6155 0.00303 0.004 0.508 0.060 0.404 0.024
#> GSM311757 3 0.5899 0.61804 0.004 0.088 0.668 0.036 0.204
#> GSM311758 1 0.0404 0.88452 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.7491 0.27343 0.020 0.496 0.292 0.148 0.044
#> GSM311760 2 0.8859 0.20093 0.088 0.408 0.136 0.276 0.092
#> GSM311668 5 0.7055 -0.38502 0.004 0.208 0.012 0.368 0.408
#> GSM311715 2 0.6612 -0.36402 0.004 0.444 0.012 0.412 0.128
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.5188 -0.0173 0.000 0.004 0.000 0.496 0.424 0.076
#> GSM311599 2 0.6241 0.5510 0.000 0.632 0.156 0.060 0.036 0.116
#> GSM311600 2 0.6362 0.5551 0.004 0.632 0.156 0.060 0.040 0.108
#> GSM311601 3 0.3640 0.5941 0.000 0.004 0.764 0.028 0.000 0.204
#> GSM311602 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.8022 0.3740 0.252 0.008 0.076 0.088 0.432 0.144
#> GSM311604 4 0.4148 0.3516 0.000 0.208 0.068 0.724 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.4159 0.6767 0.000 0.068 0.796 0.064 0.004 0.068
#> GSM311606 2 0.4893 0.4173 0.000 0.536 0.064 0.400 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3424 0.5863 0.000 0.004 0.780 0.020 0.000 0.196
#> GSM311608 3 0.2445 0.6828 0.000 0.060 0.892 0.040 0.000 0.008
#> GSM311609 6 0.2480 0.7553 0.000 0.000 0.104 0.000 0.024 0.872
#> GSM311610 5 0.6295 0.4241 0.000 0.028 0.016 0.116 0.504 0.336
#> GSM311611 3 0.3653 0.5547 0.000 0.004 0.748 0.020 0.000 0.228
#> GSM311612 3 0.3086 0.6192 0.000 0.004 0.820 0.020 0.000 0.156
#> GSM311613 6 0.3764 0.7001 0.000 0.000 0.256 0.008 0.012 0.724
#> GSM311614 3 0.4159 0.6767 0.000 0.068 0.796 0.064 0.004 0.068
#> GSM311615 4 0.6052 0.2640 0.056 0.032 0.024 0.568 0.312 0.008
#> GSM311616 4 0.4567 0.5387 0.000 0.036 0.072 0.740 0.152 0.000
#> GSM311617 4 0.5117 0.3339 0.000 0.016 0.016 0.644 0.276 0.048
#> GSM311618 4 0.5295 0.3731 0.000 0.032 0.040 0.620 0.296 0.012
#> GSM311619 4 0.5903 0.2137 0.000 0.412 0.020 0.448 0.120 0.000
#> GSM311620 4 0.3396 0.4684 0.000 0.112 0.040 0.828 0.020 0.000
#> GSM311621 4 0.5207 0.5160 0.000 0.072 0.104 0.724 0.084 0.016
#> GSM311622 2 0.2237 0.6410 0.000 0.896 0.020 0.080 0.004 0.000
#> GSM311623 3 0.2704 0.6773 0.000 0.076 0.876 0.036 0.000 0.012
#> GSM311624 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.6350 0.4769 0.008 0.064 0.180 0.604 0.136 0.008
#> GSM311626 2 0.6871 0.4684 0.000 0.488 0.288 0.132 0.012 0.080
#> GSM311627 5 0.4249 0.6500 0.048 0.000 0.000 0.060 0.776 0.116
#> GSM311628 6 0.2163 0.7600 0.000 0.000 0.092 0.000 0.016 0.892
#> GSM311629 4 0.7115 0.0612 0.000 0.248 0.252 0.436 0.028 0.036
#> GSM311630 5 0.8097 0.2108 0.180 0.008 0.060 0.080 0.344 0.328
#> GSM311631 4 0.4380 0.3208 0.000 0.220 0.080 0.700 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.2201 0.6802 0.000 0.056 0.904 0.036 0.000 0.004
#> GSM311633 3 0.6547 0.0230 0.044 0.016 0.432 0.400 0.108 0.000
#> GSM311634 2 0.2988 0.6439 0.000 0.828 0.028 0.144 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.6871 0.4684 0.000 0.488 0.288 0.132 0.012 0.080
#> GSM311636 6 0.3667 0.7180 0.000 0.000 0.240 0.008 0.012 0.740
#> GSM311637 3 0.4823 0.5527 0.004 0.000 0.692 0.064 0.020 0.220
#> GSM311638 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 4 0.7276 -0.1422 0.000 0.304 0.272 0.360 0.028 0.036
#> GSM311640 1 0.3462 0.7800 0.836 0.012 0.112 0.016 0.012 0.012
#> GSM311641 4 0.5903 0.2137 0.000 0.412 0.020 0.448 0.120 0.000
#> GSM311642 3 0.2201 0.6802 0.000 0.056 0.904 0.036 0.000 0.004
#> GSM311643 4 0.3865 0.4173 0.000 0.016 0.016 0.756 0.208 0.004
#> GSM311644 6 0.2112 0.7583 0.000 0.000 0.088 0.000 0.016 0.896
#> GSM311645 4 0.6986 0.4533 0.008 0.028 0.208 0.544 0.152 0.060
#> GSM311646 4 0.7014 -0.1730 0.032 0.248 0.340 0.364 0.016 0.000
#> GSM311647 4 0.7957 0.0513 0.000 0.020 0.260 0.336 0.216 0.168
#> GSM311648 3 0.7222 -0.2908 0.016 0.304 0.368 0.276 0.024 0.012
#> GSM311649 3 0.2201 0.6802 0.000 0.056 0.904 0.036 0.000 0.004
#> GSM311650 4 0.3434 0.4600 0.000 0.112 0.060 0.820 0.008 0.000
#> GSM311651 4 0.5023 0.5135 0.000 0.068 0.068 0.708 0.156 0.000
#> GSM311652 3 0.2314 0.6820 0.000 0.056 0.900 0.036 0.000 0.008
#> GSM311653 4 0.5148 0.3411 0.000 0.048 0.012 0.648 0.268 0.024
#> GSM311654 3 0.6547 0.0230 0.044 0.016 0.432 0.400 0.108 0.000
#> GSM311655 3 0.7296 0.4850 0.052 0.008 0.556 0.140 0.120 0.124
#> GSM311656 4 0.6501 0.4865 0.012 0.032 0.196 0.584 0.156 0.020
#> GSM311657 4 0.3854 0.4344 0.000 0.140 0.056 0.788 0.016 0.000
#> GSM311658 4 0.3854 0.4344 0.000 0.140 0.056 0.788 0.016 0.000
#> GSM311659 4 0.5618 0.4015 0.000 0.168 0.068 0.652 0.112 0.000
#> GSM311660 5 0.5136 0.6078 0.000 0.008 0.016 0.144 0.688 0.144
#> GSM311661 4 0.4525 0.3139 0.000 0.228 0.088 0.684 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.5996 0.4545 0.000 0.476 0.280 0.240 0.004 0.000
#> GSM311663 4 0.4631 0.1197 0.000 0.320 0.060 0.620 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.3462 0.7800 0.836 0.012 0.112 0.016 0.012 0.012
#> GSM311665 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 4 0.4525 0.3139 0.000 0.228 0.088 0.684 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.6676 0.3745 0.308 0.004 0.008 0.204 0.452 0.024
#> GSM311669 4 0.5308 0.3237 0.000 0.016 0.024 0.628 0.284 0.048
#> GSM311670 6 0.2218 0.7623 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012 0.884
#> GSM311671 5 0.6168 0.4951 0.036 0.012 0.016 0.064 0.556 0.316
#> GSM311672 4 0.3857 0.4040 0.000 0.152 0.080 0.768 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.4935 0.3564 0.000 0.032 0.028 0.652 0.280 0.008
#> GSM311674 3 0.7322 0.4326 0.100 0.004 0.524 0.192 0.140 0.040
#> GSM311675 5 0.6168 0.4951 0.036 0.012 0.016 0.064 0.556 0.316
#> GSM311676 4 0.5541 0.0686 0.000 0.044 0.012 0.488 0.432 0.024
#> GSM311677 5 0.6204 0.1783 0.056 0.032 0.024 0.372 0.508 0.008
#> GSM311678 2 0.3778 0.5898 0.000 0.696 0.016 0.288 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.7295 0.4500 0.100 0.004 0.532 0.188 0.132 0.044
#> GSM311680 4 0.4380 0.3208 0.000 0.220 0.080 0.700 0.000 0.000
#> GSM311681 6 0.1701 0.6497 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072 0.920
#> GSM311682 1 0.4944 0.5999 0.728 0.000 0.024 0.072 0.152 0.024
#> GSM311683 6 0.3394 0.7268 0.000 0.000 0.236 0.000 0.012 0.752
#> GSM311684 2 0.4420 0.5249 0.000 0.620 0.040 0.340 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0692 0.8635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM311686 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5767 0.4765 0.088 0.520 0.024 0.364 0.004 0.000
#> GSM311688 3 0.4094 0.5166 0.000 0.004 0.712 0.028 0.004 0.252
#> GSM311689 4 0.8470 0.0664 0.232 0.016 0.176 0.328 0.216 0.032
#> GSM311690 2 0.5739 0.5570 0.000 0.648 0.192 0.040 0.016 0.104
#> GSM311691 4 0.4479 0.3005 0.000 0.236 0.080 0.684 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.6855 0.2427 0.008 0.004 0.456 0.344 0.080 0.108
#> GSM311693 2 0.2237 0.6410 0.000 0.896 0.020 0.080 0.004 0.000
#> GSM311694 4 0.3736 0.4039 0.000 0.156 0.068 0.776 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.0891 0.6890 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024 0.968
#> GSM311696 4 0.3476 0.5013 0.000 0.088 0.032 0.832 0.048 0.000
#> GSM311697 3 0.5369 0.6200 0.000 0.008 0.676 0.180 0.036 0.100
#> GSM311698 3 0.5248 0.6216 0.000 0.008 0.684 0.188 0.036 0.084
#> GSM311699 4 0.4838 0.5092 0.004 0.028 0.052 0.708 0.204 0.004
#> GSM311700 5 0.4865 0.5521 0.080 0.000 0.004 0.004 0.656 0.256
#> GSM311701 4 0.3736 0.4039 0.000 0.156 0.068 0.776 0.000 0.000
#> GSM311702 4 0.4479 0.2985 0.000 0.236 0.080 0.684 0.000 0.000
#> GSM311703 4 0.4518 0.3272 0.000 0.220 0.080 0.696 0.004 0.000
#> GSM311704 3 0.3122 0.6173 0.000 0.004 0.816 0.020 0.000 0.160
#> GSM311705 4 0.4479 0.2985 0.000 0.236 0.080 0.684 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.4349 0.6497 0.044 0.000 0.000 0.060 0.764 0.132
#> GSM311707 5 0.4349 0.6497 0.044 0.000 0.000 0.060 0.764 0.132
#> GSM311708 2 0.2988 0.6439 0.000 0.828 0.028 0.144 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.6259 0.4900 0.012 0.064 0.164 0.624 0.128 0.008
#> GSM311710 5 0.6193 0.4890 0.036 0.012 0.016 0.064 0.548 0.324
#> GSM311711 4 0.7216 0.4662 0.120 0.064 0.128 0.564 0.120 0.004
#> GSM311712 4 0.5547 0.2194 0.000 0.016 0.020 0.568 0.340 0.056
#> GSM311713 5 0.5156 0.3913 0.000 0.012 0.004 0.048 0.528 0.408
#> GSM311714 4 0.5547 0.2194 0.000 0.016 0.020 0.568 0.340 0.056
#> GSM311716 4 0.7241 0.3356 0.004 0.012 0.148 0.504 0.184 0.148
#> GSM311717 1 0.6269 0.5039 0.636 0.128 0.112 0.104 0.008 0.012
#> GSM311718 5 0.4388 0.6485 0.044 0.000 0.000 0.060 0.760 0.136
#> GSM311719 6 0.1340 0.6773 0.000 0.000 0.008 0.004 0.040 0.948
#> GSM311720 4 0.6954 0.3064 0.012 0.076 0.328 0.476 0.096 0.012
#> GSM311721 3 0.6085 0.0700 0.000 0.080 0.472 0.404 0.020 0.024
#> GSM311722 2 0.6241 0.5510 0.000 0.632 0.156 0.060 0.036 0.116
#> GSM311723 5 0.5709 0.6490 0.108 0.020 0.000 0.092 0.684 0.096
#> GSM311724 2 0.4420 0.5249 0.000 0.620 0.040 0.340 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.6629 0.3836 0.144 0.012 0.016 0.312 0.496 0.020
#> GSM311726 3 0.2186 0.6835 0.000 0.036 0.908 0.048 0.000 0.008
#> GSM311727 3 0.3263 0.6049 0.000 0.004 0.800 0.020 0.000 0.176
#> GSM311728 4 0.7014 -0.1730 0.032 0.248 0.340 0.364 0.016 0.000
#> GSM311729 5 0.4872 0.5305 0.048 0.000 0.004 0.012 0.632 0.304
#> GSM311730 2 0.3023 0.6159 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.6510 0.3409 0.096 0.180 0.016 0.588 0.120 0.000
#> GSM311732 4 0.6719 0.2970 0.000 0.016 0.328 0.444 0.184 0.028
#> GSM311733 6 0.3394 0.7268 0.000 0.000 0.236 0.000 0.012 0.752
#> GSM311734 4 0.7873 0.0594 0.004 0.016 0.184 0.388 0.236 0.172
#> GSM311735 2 0.4952 0.4014 0.000 0.524 0.068 0.408 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.4157 0.2795 0.000 0.000 0.444 0.000 0.012 0.544
#> GSM311737 4 0.7897 0.0358 0.004 0.016 0.168 0.384 0.224 0.204
#> GSM311738 5 0.5737 0.6489 0.108 0.024 0.000 0.100 0.684 0.084
#> GSM311739 4 0.5195 0.1667 0.000 0.032 0.016 0.532 0.408 0.012
#> GSM311740 3 0.6930 0.2560 0.076 0.012 0.492 0.288 0.128 0.004
#> GSM311741 4 0.5392 0.5176 0.008 0.024 0.108 0.692 0.156 0.012
#> GSM311742 4 0.5011 0.2472 0.000 0.032 0.020 0.572 0.372 0.004
#> GSM311743 3 0.4172 -0.0761 0.000 0.000 0.528 0.000 0.012 0.460
#> GSM311744 3 0.5220 0.5903 0.000 0.008 0.692 0.092 0.036 0.172
#> GSM311745 5 0.6059 0.0956 0.048 0.020 0.020 0.416 0.480 0.016
#> GSM311746 4 0.5318 0.2849 0.000 0.032 0.028 0.592 0.332 0.016
#> GSM311747 6 0.6327 -0.3495 0.004 0.016 0.020 0.108 0.416 0.436
#> GSM311748 3 0.2220 0.6840 0.000 0.044 0.908 0.036 0.000 0.012
#> GSM311749 5 0.5843 0.5633 0.156 0.012 0.016 0.096 0.672 0.048
#> GSM311750 4 0.6195 0.1623 0.024 0.072 0.400 0.472 0.032 0.000
#> GSM311751 3 0.3851 0.6578 0.000 0.044 0.800 0.036 0.000 0.120
#> GSM311752 4 0.5225 -0.0206 0.000 0.004 0.000 0.496 0.420 0.080
#> GSM311753 3 0.4629 0.6554 0.000 0.004 0.728 0.148 0.012 0.108
#> GSM311754 4 0.4684 0.5391 0.000 0.040 0.076 0.732 0.152 0.000
#> GSM311755 3 0.2493 0.6731 0.000 0.076 0.884 0.036 0.000 0.004
#> GSM311756 4 0.5038 0.4953 0.004 0.020 0.060 0.684 0.224 0.008
#> GSM311757 3 0.4823 0.5527 0.004 0.000 0.692 0.064 0.020 0.220
#> GSM311758 1 0.0000 0.8776 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5996 0.4545 0.000 0.476 0.280 0.240 0.004 0.000
#> GSM311760 2 0.1152 0.6115 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM311668 5 0.6730 0.4314 0.000 0.016 0.016 0.264 0.420 0.284
#> GSM311715 4 0.5841 0.1624 0.000 0.044 0.004 0.544 0.336 0.072
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:hclust 123 0.8557 2
#> SD:hclust 72 0.0601 3
#> SD:hclust 76 0.5586 4
#> SD:hclust 59 NA 5
#> SD:hclust 77 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.430 0.694 0.787 0.4846 0.500 0.500
#> 3 3 0.610 0.745 0.874 0.3535 0.616 0.372
#> 4 4 0.593 0.725 0.816 0.1264 0.837 0.571
#> 5 5 0.591 0.535 0.681 0.0638 0.920 0.712
#> 6 6 0.635 0.531 0.681 0.0419 0.896 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9732 0.6676 0.596 0.404
#> GSM311599 1 0.2778 0.6602 0.952 0.048
#> GSM311600 1 0.7139 0.6925 0.804 0.196
#> GSM311601 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311602 2 0.4690 0.7449 0.100 0.900
#> GSM311603 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311604 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311606 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.4815 0.6335 0.896 0.104
#> GSM311608 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311609 1 0.2423 0.6712 0.960 0.040
#> GSM311610 1 0.9522 0.6872 0.628 0.372
#> GSM311611 1 0.4562 0.6401 0.904 0.096
#> GSM311612 1 0.9580 0.0489 0.620 0.380
#> GSM311613 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311614 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311615 2 0.1184 0.8236 0.016 0.984
#> GSM311616 1 0.9922 0.6191 0.552 0.448
#> GSM311617 1 0.9710 0.6772 0.600 0.400
#> GSM311618 1 0.9993 0.5802 0.516 0.484
#> GSM311619 2 0.1633 0.8175 0.024 0.976
#> GSM311620 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311624 1 0.9580 0.6764 0.620 0.380
#> GSM311625 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311626 1 0.7453 0.6744 0.788 0.212
#> GSM311627 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311628 1 0.2043 0.6719 0.968 0.032
#> GSM311629 2 0.4022 0.7776 0.080 0.920
#> GSM311630 1 0.0000 0.6706 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311633 2 0.2236 0.7997 0.036 0.964
#> GSM311634 2 0.1414 0.8215 0.020 0.980
#> GSM311635 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.2778 0.6685 0.952 0.048
#> GSM311637 1 0.4431 0.6440 0.908 0.092
#> GSM311638 1 0.9580 0.6764 0.620 0.380
#> GSM311639 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.7376 0.6977 0.208 0.792
#> GSM311641 2 0.1414 0.8209 0.020 0.980
#> GSM311642 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311643 1 0.9710 0.6772 0.600 0.400
#> GSM311644 1 0.2043 0.6719 0.968 0.032
#> GSM311645 1 0.8267 0.6914 0.740 0.260
#> GSM311646 2 0.0938 0.8273 0.012 0.988
#> GSM311647 1 0.2778 0.6685 0.952 0.048
#> GSM311648 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.9522 0.5132 0.372 0.628
#> GSM311650 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.1633 0.8175 0.024 0.976
#> GSM311652 2 0.9635 0.4949 0.388 0.612
#> GSM311653 1 0.9833 0.6584 0.576 0.424
#> GSM311654 2 0.9710 0.4790 0.400 0.600
#> GSM311655 1 0.2423 0.6712 0.960 0.040
#> GSM311656 2 0.4939 0.7337 0.108 0.892
#> GSM311657 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0938 0.8267 0.012 0.988
#> GSM311660 1 0.9522 0.6872 0.628 0.372
#> GSM311661 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.2043 0.6656 0.968 0.032
#> GSM311665 1 0.9580 0.6764 0.620 0.380
#> GSM311666 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311669 1 0.9754 0.6722 0.592 0.408
#> GSM311670 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311671 1 0.7602 0.6960 0.780 0.220
#> GSM311672 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.7376 0.4547 0.208 0.792
#> GSM311674 1 0.1414 0.6721 0.980 0.020
#> GSM311675 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311676 1 0.9850 0.6460 0.572 0.428
#> GSM311677 1 0.9815 0.6400 0.580 0.420
#> GSM311678 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.9775 0.4631 0.412 0.588
#> GSM311680 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0376 0.6715 0.996 0.004
#> GSM311682 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311683 1 0.2778 0.6685 0.952 0.048
#> GSM311684 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.9580 0.6764 0.620 0.380
#> GSM311686 2 0.3733 0.7714 0.072 0.928
#> GSM311687 2 0.1633 0.8183 0.024 0.976
#> GSM311688 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311689 1 0.9661 0.6665 0.608 0.392
#> GSM311690 2 1.0000 0.3180 0.496 0.504
#> GSM311691 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.5629 0.6044 0.868 0.132
#> GSM311693 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0938 0.6721 0.988 0.012
#> GSM311696 2 0.0376 0.8317 0.004 0.996
#> GSM311697 1 0.4815 0.6335 0.896 0.104
#> GSM311698 2 0.8555 0.5989 0.280 0.720
#> GSM311699 1 0.9881 0.6311 0.564 0.436
#> GSM311700 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311701 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.4815 0.6335 0.896 0.104
#> GSM311705 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311707 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311708 2 0.0376 0.8319 0.004 0.996
#> GSM311709 2 0.3114 0.7875 0.056 0.944
#> GSM311710 1 0.8499 0.6942 0.724 0.276
#> GSM311711 1 0.9993 0.5085 0.516 0.484
#> GSM311712 1 0.2423 0.6712 0.960 0.040
#> GSM311713 1 0.9522 0.6872 0.628 0.372
#> GSM311714 1 0.9754 0.6722 0.592 0.408
#> GSM311716 1 0.1633 0.6730 0.976 0.024
#> GSM311717 2 0.4690 0.7478 0.100 0.900
#> GSM311718 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311719 1 0.0000 0.6706 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.9686 0.6727 0.604 0.396
#> GSM311721 2 0.7299 0.6691 0.204 0.796
#> GSM311722 1 0.4562 0.6408 0.904 0.096
#> GSM311723 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311724 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.9552 0.6788 0.624 0.376
#> GSM311726 2 0.9552 0.5086 0.376 0.624
#> GSM311727 1 0.4298 0.6461 0.912 0.088
#> GSM311728 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.9460 0.6868 0.636 0.364
#> GSM311730 2 0.0376 0.8319 0.004 0.996
#> GSM311731 2 0.3733 0.7714 0.072 0.928
#> GSM311732 1 0.4298 0.6810 0.912 0.088
#> GSM311733 1 0.2778 0.6685 0.952 0.048
#> GSM311734 1 0.2423 0.6712 0.960 0.040
#> GSM311735 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311737 1 0.1843 0.6726 0.972 0.028
#> GSM311738 1 0.9775 0.6423 0.588 0.412
#> GSM311739 1 0.9896 0.6292 0.560 0.440
#> GSM311740 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311741 1 0.9754 0.6657 0.592 0.408
#> GSM311742 1 0.9881 0.6311 0.564 0.436
#> GSM311743 1 0.4562 0.6401 0.904 0.096
#> GSM311744 1 0.3584 0.6590 0.932 0.068
#> GSM311745 1 0.9522 0.6819 0.628 0.372
#> GSM311746 1 0.9580 0.6822 0.620 0.380
#> GSM311747 1 0.0000 0.6706 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9580 0.5041 0.380 0.620
#> GSM311749 1 0.9491 0.6846 0.632 0.368
#> GSM311750 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.9775 0.4631 0.412 0.588
#> GSM311752 1 0.9522 0.6819 0.628 0.372
#> GSM311753 2 0.9580 0.5041 0.380 0.620
#> GSM311754 2 0.7602 0.6547 0.220 0.780
#> GSM311755 2 0.9393 0.5281 0.356 0.644
#> GSM311756 1 0.9635 0.6800 0.612 0.388
#> GSM311757 1 0.3879 0.6539 0.924 0.076
#> GSM311758 2 0.4815 0.7426 0.104 0.896
#> GSM311759 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.1633 0.8183 0.024 0.976
#> GSM311668 1 0.9522 0.6872 0.628 0.372
#> GSM311715 1 0.9896 0.6042 0.560 0.440
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.5754 0.5627 0.700 0.296 0.004
#> GSM311599 3 0.6267 0.1248 0.452 0.000 0.548
#> GSM311600 1 0.1337 0.8182 0.972 0.012 0.016
#> GSM311601 3 0.1765 0.8498 0.040 0.004 0.956
#> GSM311602 1 0.6402 0.6557 0.744 0.200 0.056
#> GSM311603 1 0.0475 0.8201 0.992 0.004 0.004
#> GSM311604 2 0.0892 0.8764 0.000 0.980 0.020
#> GSM311605 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311606 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311607 3 0.0747 0.8486 0.016 0.000 0.984
#> GSM311608 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311609 3 0.5254 0.6406 0.264 0.000 0.736
#> GSM311610 1 0.7640 0.6268 0.664 0.240 0.096
#> GSM311611 3 0.1529 0.8501 0.040 0.000 0.960
#> GSM311612 3 0.0000 0.8458 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.2096 0.8470 0.052 0.004 0.944
#> GSM311614 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311615 2 0.2796 0.8074 0.092 0.908 0.000
#> GSM311616 2 0.3148 0.8209 0.048 0.916 0.036
#> GSM311617 2 0.8499 0.1232 0.388 0.516 0.096
#> GSM311618 2 0.3742 0.7983 0.036 0.892 0.072
#> GSM311619 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.2096 0.8677 0.004 0.944 0.052
#> GSM311623 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311624 1 0.0983 0.8189 0.980 0.004 0.016
#> GSM311625 1 0.5731 0.7664 0.804 0.108 0.088
#> GSM311626 1 0.5138 0.6010 0.748 0.000 0.252
#> GSM311627 1 0.0747 0.8213 0.984 0.016 0.000
#> GSM311628 3 0.5058 0.6694 0.244 0.000 0.756
#> GSM311629 2 0.0661 0.8754 0.004 0.988 0.008
#> GSM311630 1 0.0424 0.8185 0.992 0.000 0.008
#> GSM311631 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311632 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311633 2 0.1289 0.8578 0.000 0.968 0.032
#> GSM311634 2 0.1860 0.8694 0.000 0.948 0.052
#> GSM311635 2 0.2096 0.8677 0.004 0.944 0.052
#> GSM311636 3 0.1964 0.8466 0.056 0.000 0.944
#> GSM311637 3 0.1525 0.8500 0.032 0.004 0.964
#> GSM311638 1 0.1170 0.8192 0.976 0.008 0.016
#> GSM311639 2 0.1989 0.8697 0.004 0.948 0.048
#> GSM311640 1 0.5517 0.5805 0.728 0.004 0.268
#> GSM311641 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311643 2 0.8288 0.2948 0.332 0.572 0.096
#> GSM311644 3 0.2165 0.8433 0.064 0.000 0.936
#> GSM311645 1 0.5407 0.7700 0.820 0.076 0.104
#> GSM311646 2 0.1643 0.8728 0.000 0.956 0.044
#> GSM311647 3 0.5461 0.6596 0.244 0.008 0.748
#> GSM311648 2 0.2096 0.8677 0.004 0.944 0.052
#> GSM311649 3 0.3272 0.8138 0.004 0.104 0.892
#> GSM311650 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 3 0.2945 0.8221 0.004 0.088 0.908
#> GSM311653 2 0.7053 0.5382 0.244 0.692 0.064
#> GSM311654 3 0.6148 0.4405 0.004 0.356 0.640
#> GSM311655 3 0.4346 0.7427 0.184 0.000 0.816
#> GSM311656 1 0.7192 0.4029 0.588 0.380 0.032
#> GSM311657 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311660 1 0.0892 0.8211 0.980 0.020 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.2096 0.8677 0.004 0.944 0.052
#> GSM311663 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311664 1 0.5138 0.5913 0.748 0.000 0.252
#> GSM311665 1 0.0983 0.8189 0.980 0.004 0.016
#> GSM311666 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0237 0.8202 0.996 0.004 0.000
#> GSM311669 2 0.8527 0.0926 0.400 0.504 0.096
#> GSM311670 3 0.1964 0.8466 0.056 0.000 0.944
#> GSM311671 1 0.2261 0.7956 0.932 0.000 0.068
#> GSM311672 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.1781 0.8547 0.020 0.960 0.020
#> GSM311674 1 0.4399 0.6689 0.812 0.000 0.188
#> GSM311675 1 0.0237 0.8202 0.996 0.004 0.000
#> GSM311676 2 0.7971 0.4217 0.280 0.624 0.096
#> GSM311677 1 0.6468 0.1957 0.552 0.444 0.004
#> GSM311678 2 0.1643 0.8723 0.000 0.956 0.044
#> GSM311679 3 0.3030 0.8202 0.004 0.092 0.904
#> GSM311680 2 0.0892 0.8764 0.000 0.980 0.020
#> GSM311681 1 0.5397 0.5674 0.720 0.000 0.280
#> GSM311682 1 0.0829 0.8196 0.984 0.004 0.012
#> GSM311683 3 0.1964 0.8466 0.056 0.000 0.944
#> GSM311684 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311685 1 0.0829 0.8196 0.984 0.004 0.012
#> GSM311686 1 0.6913 0.5898 0.696 0.248 0.056
#> GSM311687 2 0.1860 0.8694 0.000 0.948 0.052
#> GSM311688 3 0.1860 0.8469 0.052 0.000 0.948
#> GSM311689 1 0.2939 0.8076 0.916 0.072 0.012
#> GSM311690 3 0.3406 0.8229 0.028 0.068 0.904
#> GSM311691 2 0.0747 0.8762 0.000 0.984 0.016
#> GSM311692 3 0.3237 0.8425 0.032 0.056 0.912
#> GSM311693 2 0.1643 0.8723 0.000 0.956 0.044
#> GSM311694 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.5706 0.5479 0.320 0.000 0.680
#> GSM311696 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.1753 0.8391 0.000 0.048 0.952
#> GSM311698 2 0.4233 0.7217 0.004 0.836 0.160
#> GSM311699 2 0.7465 0.4748 0.272 0.656 0.072
#> GSM311700 1 0.0237 0.8202 0.996 0.004 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311703 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311704 3 0.0747 0.8486 0.016 0.000 0.984
#> GSM311705 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311706 1 0.0475 0.8201 0.992 0.004 0.004
#> GSM311707 1 0.0475 0.8201 0.992 0.004 0.004
#> GSM311708 2 0.1860 0.8694 0.000 0.948 0.052
#> GSM311709 2 0.0000 0.8740 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 1 0.3030 0.7816 0.904 0.004 0.092
#> GSM311711 1 0.5171 0.7225 0.784 0.204 0.012
#> GSM311712 3 0.6539 0.5515 0.288 0.028 0.684
#> GSM311713 1 0.6585 0.6843 0.736 0.200 0.064
#> GSM311714 2 0.7971 0.4217 0.280 0.624 0.096
#> GSM311716 1 0.6154 0.2791 0.592 0.000 0.408
#> GSM311717 1 0.6586 0.6347 0.728 0.216 0.056
#> GSM311718 1 0.0237 0.8202 0.996 0.004 0.000
#> GSM311719 1 0.5497 0.5514 0.708 0.000 0.292
#> GSM311720 1 0.5811 0.7665 0.800 0.108 0.092
#> GSM311721 2 0.2096 0.8645 0.004 0.944 0.052
#> GSM311722 3 0.2448 0.8283 0.076 0.000 0.924
#> GSM311723 1 0.0237 0.8202 0.996 0.004 0.000
#> GSM311724 2 0.1878 0.8711 0.004 0.952 0.044
#> GSM311725 1 0.5138 0.6666 0.748 0.252 0.000
#> GSM311726 3 0.3030 0.8209 0.004 0.092 0.904
#> GSM311727 3 0.1529 0.8501 0.040 0.000 0.960
#> GSM311728 2 0.1860 0.8694 0.000 0.948 0.052
#> GSM311729 1 0.0983 0.8174 0.980 0.004 0.016
#> GSM311730 2 0.1643 0.8723 0.000 0.956 0.044
#> GSM311731 2 0.1163 0.8625 0.028 0.972 0.000
#> GSM311732 3 0.7396 0.5027 0.296 0.060 0.644
#> GSM311733 3 0.1964 0.8466 0.056 0.000 0.944
#> GSM311734 3 0.6018 0.5548 0.308 0.008 0.684
#> GSM311735 2 0.1529 0.8735 0.000 0.960 0.040
#> GSM311736 3 0.1964 0.8466 0.056 0.000 0.944
#> GSM311737 3 0.6398 0.4128 0.372 0.008 0.620
#> GSM311738 1 0.2550 0.8110 0.932 0.056 0.012
#> GSM311739 2 0.7024 0.5596 0.224 0.704 0.072
#> GSM311740 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311741 2 0.8120 0.1552 0.396 0.532 0.072
#> GSM311742 2 0.7465 0.4748 0.272 0.656 0.072
#> GSM311743 3 0.1529 0.8501 0.040 0.000 0.960
#> GSM311744 3 0.2173 0.8470 0.048 0.008 0.944
#> GSM311745 1 0.3028 0.8124 0.920 0.048 0.032
#> GSM311746 1 0.8055 0.5488 0.612 0.292 0.096
#> GSM311747 1 0.2625 0.7866 0.916 0.000 0.084
#> GSM311748 3 0.3030 0.8209 0.004 0.092 0.904
#> GSM311749 1 0.0475 0.8201 0.992 0.004 0.004
#> GSM311750 2 0.1163 0.8763 0.000 0.972 0.028
#> GSM311751 3 0.2066 0.8344 0.000 0.060 0.940
#> GSM311752 1 0.4555 0.7091 0.800 0.200 0.000
#> GSM311753 3 0.2590 0.8299 0.004 0.072 0.924
#> GSM311754 2 0.4465 0.7018 0.004 0.820 0.176
#> GSM311755 2 0.6247 0.4096 0.004 0.620 0.376
#> GSM311756 2 0.8387 0.0064 0.428 0.488 0.084
#> GSM311757 3 0.1765 0.8498 0.040 0.004 0.956
#> GSM311758 1 0.6402 0.6557 0.744 0.200 0.056
#> GSM311759 2 0.2096 0.8677 0.004 0.944 0.052
#> GSM311760 2 0.1860 0.8694 0.000 0.948 0.052
#> GSM311668 1 0.7199 0.6637 0.704 0.204 0.092
#> GSM311715 2 0.6267 0.1449 0.452 0.548 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.7727 0.3556 0.388 0.192 0.004 0.416
#> GSM311599 1 0.7223 0.4914 0.596 0.020 0.252 0.132
#> GSM311600 1 0.3024 0.7598 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM311601 3 0.0469 0.8718 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311602 1 0.2542 0.7931 0.904 0.012 0.000 0.084
#> GSM311603 1 0.1890 0.8063 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM311604 2 0.0707 0.8525 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311605 3 0.3833 0.8360 0.000 0.080 0.848 0.072
#> GSM311606 2 0.0817 0.8547 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311607 3 0.0336 0.8738 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311608 3 0.4646 0.8036 0.000 0.084 0.796 0.120
#> GSM311609 4 0.4907 0.3774 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM311610 4 0.3884 0.6669 0.108 0.036 0.008 0.848
#> GSM311611 3 0.0336 0.8724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311612 3 0.0672 0.8736 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM311613 3 0.1022 0.8661 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311614 3 0.3833 0.8360 0.000 0.080 0.848 0.072
#> GSM311615 2 0.3617 0.8013 0.064 0.860 0.000 0.076
#> GSM311616 4 0.4888 0.4565 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM311617 4 0.4560 0.6618 0.004 0.296 0.000 0.700
#> GSM311618 4 0.4643 0.6066 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311619 2 0.3933 0.8030 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM311620 2 0.2345 0.8213 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM311621 2 0.3444 0.8060 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311622 2 0.4827 0.7709 0.020 0.748 0.008 0.224
#> GSM311623 3 0.4646 0.8036 0.000 0.084 0.796 0.120
#> GSM311624 1 0.0592 0.8166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311625 4 0.5648 0.5838 0.252 0.064 0.000 0.684
#> GSM311626 1 0.4780 0.7603 0.788 0.020 0.028 0.164
#> GSM311627 4 0.5249 0.5235 0.316 0.012 0.008 0.664
#> GSM311628 3 0.5097 0.0625 0.004 0.000 0.568 0.428
#> GSM311629 2 0.3726 0.8146 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311630 1 0.2124 0.8014 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM311631 2 0.0188 0.8552 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311632 3 0.4700 0.8004 0.000 0.084 0.792 0.124
#> GSM311633 2 0.2814 0.7960 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311634 2 0.4961 0.7714 0.036 0.748 0.004 0.212
#> GSM311635 2 0.4862 0.7692 0.020 0.744 0.008 0.228
#> GSM311636 3 0.1302 0.8609 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311637 3 0.1004 0.8735 0.000 0.004 0.972 0.024
#> GSM311638 1 0.0707 0.8171 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311639 2 0.4544 0.7793 0.016 0.760 0.004 0.220
#> GSM311640 1 0.3383 0.7747 0.872 0.012 0.016 0.100
#> GSM311641 2 0.3933 0.8030 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM311642 3 0.4646 0.8036 0.000 0.084 0.796 0.120
#> GSM311643 4 0.4509 0.6675 0.004 0.288 0.000 0.708
#> GSM311644 3 0.1489 0.8590 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM311645 4 0.5218 0.6198 0.200 0.064 0.000 0.736
#> GSM311646 2 0.3307 0.8266 0.028 0.868 0.000 0.104
#> GSM311647 3 0.4972 -0.0146 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM311648 2 0.4979 0.7648 0.032 0.740 0.004 0.224
#> GSM311649 3 0.4882 0.7970 0.004 0.084 0.788 0.124
#> GSM311650 2 0.2868 0.7939 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311651 2 0.3764 0.7902 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311652 3 0.3687 0.8405 0.000 0.064 0.856 0.080
#> GSM311653 4 0.4564 0.6247 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM311654 3 0.6500 0.2963 0.000 0.376 0.544 0.080
#> GSM311655 3 0.2714 0.7898 0.004 0.000 0.884 0.112
#> GSM311656 1 0.4879 0.7209 0.780 0.128 0.000 0.092
#> GSM311657 2 0.2345 0.8213 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM311658 2 0.2216 0.8254 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311659 2 0.2281 0.8386 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311660 4 0.5386 0.4748 0.344 0.012 0.008 0.636
#> GSM311661 2 0.2589 0.8333 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311662 2 0.4544 0.7793 0.016 0.760 0.004 0.220
#> GSM311663 2 0.0336 0.8541 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311664 1 0.2730 0.7935 0.896 0.000 0.016 0.088
#> GSM311665 1 0.0336 0.8172 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.1716 0.8363 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM311667 1 0.0707 0.8161 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311669 4 0.4535 0.6656 0.004 0.292 0.000 0.704
#> GSM311670 3 0.1022 0.8662 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311671 4 0.5189 0.4451 0.372 0.000 0.012 0.616
#> GSM311672 2 0.2011 0.8306 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311673 2 0.4277 0.5636 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM311674 1 0.6856 0.3572 0.576 0.000 0.140 0.284
#> GSM311675 1 0.4990 0.3331 0.640 0.000 0.008 0.352
#> GSM311676 4 0.3982 0.6776 0.004 0.220 0.000 0.776
#> GSM311677 4 0.7133 0.3808 0.344 0.144 0.000 0.512
#> GSM311678 2 0.2081 0.8379 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311679 3 0.4514 0.8143 0.004 0.072 0.812 0.112
#> GSM311680 2 0.0188 0.8546 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311681 4 0.6551 0.5544 0.136 0.000 0.240 0.624
#> GSM311682 1 0.0707 0.8161 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311683 3 0.1302 0.8609 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311684 2 0.0188 0.8552 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311685 1 0.0707 0.8161 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311686 1 0.2984 0.7844 0.888 0.028 0.000 0.084
#> GSM311687 2 0.3652 0.8160 0.052 0.856 0.000 0.092
#> GSM311688 3 0.0336 0.8724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311689 1 0.3996 0.7580 0.836 0.060 0.000 0.104
#> GSM311690 3 0.5674 0.7692 0.028 0.072 0.752 0.148
#> GSM311691 2 0.0188 0.8549 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311692 3 0.3009 0.8555 0.000 0.056 0.892 0.052
#> GSM311693 2 0.4579 0.7816 0.020 0.764 0.004 0.212
#> GSM311694 2 0.2011 0.8306 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311695 4 0.5523 0.4425 0.024 0.000 0.380 0.596
#> GSM311696 2 0.2589 0.8086 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311697 3 0.1557 0.8584 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM311698 2 0.4364 0.7621 0.000 0.808 0.136 0.056
#> GSM311699 4 0.3908 0.6716 0.004 0.212 0.000 0.784
#> GSM311700 4 0.5250 0.3085 0.440 0.000 0.008 0.552
#> GSM311701 2 0.2814 0.7973 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311702 2 0.0817 0.8564 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311703 2 0.0000 0.8549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0524 0.8737 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM311705 2 0.0000 0.8549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.3088 0.7590 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM311707 1 0.2675 0.7804 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM311708 2 0.4579 0.7816 0.020 0.764 0.004 0.212
#> GSM311709 2 0.3142 0.7938 0.008 0.860 0.000 0.132
#> GSM311710 4 0.5492 0.4974 0.328 0.000 0.032 0.640
#> GSM311711 1 0.3873 0.7233 0.844 0.060 0.000 0.096
#> GSM311712 4 0.4746 0.5620 0.000 0.008 0.304 0.688
#> GSM311713 4 0.4871 0.6337 0.176 0.036 0.012 0.776
#> GSM311714 4 0.4456 0.6726 0.004 0.280 0.000 0.716
#> GSM311716 4 0.4927 0.5960 0.024 0.000 0.264 0.712
#> GSM311717 1 0.2949 0.7844 0.888 0.024 0.000 0.088
#> GSM311718 1 0.4452 0.5548 0.732 0.000 0.008 0.260
#> GSM311719 4 0.6656 0.5418 0.136 0.000 0.256 0.608
#> GSM311720 1 0.5785 0.5438 0.664 0.064 0.000 0.272
#> GSM311721 2 0.1807 0.8509 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM311722 3 0.2123 0.8643 0.028 0.004 0.936 0.032
#> GSM311723 1 0.5220 0.0702 0.568 0.000 0.008 0.424
#> GSM311724 2 0.2944 0.8195 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM311725 4 0.5906 0.6725 0.148 0.152 0.000 0.700
#> GSM311726 3 0.3081 0.8530 0.000 0.064 0.888 0.048
#> GSM311727 3 0.0336 0.8724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311728 2 0.2918 0.8326 0.008 0.876 0.000 0.116
#> GSM311729 4 0.5236 0.3348 0.432 0.000 0.008 0.560
#> GSM311730 2 0.2799 0.8340 0.008 0.884 0.000 0.108
#> GSM311731 2 0.3219 0.7670 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM311732 4 0.3727 0.6351 0.004 0.008 0.164 0.824
#> GSM311733 3 0.1302 0.8609 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311734 4 0.4679 0.4982 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM311735 2 0.2149 0.8379 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM311736 3 0.0469 0.8718 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311737 4 0.4857 0.5380 0.008 0.000 0.324 0.668
#> GSM311738 1 0.1302 0.8168 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311739 4 0.4103 0.6636 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM311740 2 0.0921 0.8554 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311741 4 0.4584 0.6574 0.004 0.300 0.000 0.696
#> GSM311742 4 0.4122 0.6613 0.004 0.236 0.000 0.760
#> GSM311743 3 0.0336 0.8724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311744 3 0.1302 0.8609 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311745 4 0.4599 0.6312 0.212 0.028 0.000 0.760
#> GSM311746 4 0.4636 0.6898 0.068 0.140 0.000 0.792
#> GSM311747 4 0.5582 0.4703 0.348 0.000 0.032 0.620
#> GSM311748 3 0.3471 0.8459 0.000 0.060 0.868 0.072
#> GSM311749 1 0.1545 0.8138 0.952 0.000 0.008 0.040
#> GSM311750 2 0.0592 0.8545 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311751 3 0.1520 0.8708 0.000 0.024 0.956 0.020
#> GSM311752 4 0.7099 0.5668 0.280 0.136 0.008 0.576
#> GSM311753 3 0.2227 0.8649 0.000 0.036 0.928 0.036
#> GSM311754 2 0.4499 0.7694 0.000 0.804 0.124 0.072
#> GSM311755 2 0.7474 0.5413 0.016 0.572 0.196 0.216
#> GSM311756 4 0.3982 0.6863 0.004 0.220 0.000 0.776
#> GSM311757 3 0.0336 0.8724 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311758 1 0.2542 0.7931 0.904 0.012 0.000 0.084
#> GSM311759 2 0.4687 0.7735 0.020 0.752 0.004 0.224
#> GSM311760 2 0.4925 0.7742 0.036 0.752 0.004 0.208
#> GSM311668 4 0.5565 0.6816 0.112 0.124 0.012 0.752
#> GSM311715 4 0.6828 0.6300 0.148 0.264 0.000 0.588
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 4 0.7655 0.15457 0.132 0.116 0.000 0.464 0.288
#> GSM311599 3 0.6526 -0.02273 0.396 0.000 0.468 0.020 0.116
#> GSM311600 1 0.6249 0.44733 0.584 0.000 0.016 0.260 0.140
#> GSM311601 3 0.3612 0.70940 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM311602 1 0.0932 0.75100 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> GSM311603 1 0.5022 0.51753 0.620 0.000 0.000 0.048 0.332
#> GSM311604 2 0.2179 0.72624 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311605 3 0.1787 0.74466 0.016 0.044 0.936 0.000 0.004
#> GSM311606 2 0.0404 0.73759 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311607 3 0.2127 0.75623 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM311608 3 0.3054 0.71060 0.060 0.052 0.876 0.000 0.012
#> GSM311609 5 0.6247 0.18088 0.000 0.000 0.228 0.228 0.544
#> GSM311610 4 0.4156 0.33144 0.004 0.008 0.000 0.700 0.288
#> GSM311611 3 0.2891 0.74400 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311612 3 0.1908 0.75936 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311613 3 0.4331 0.58405 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400
#> GSM311614 3 0.1862 0.74427 0.016 0.048 0.932 0.000 0.004
#> GSM311615 2 0.5808 0.56748 0.044 0.652 0.000 0.240 0.064
#> GSM311616 4 0.3720 0.58963 0.000 0.228 0.000 0.760 0.012
#> GSM311617 4 0.2964 0.63702 0.000 0.120 0.000 0.856 0.024
#> GSM311618 4 0.3992 0.56194 0.000 0.268 0.000 0.720 0.012
#> GSM311619 2 0.5483 0.59341 0.016 0.616 0.000 0.316 0.052
#> GSM311620 2 0.3661 0.63406 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311621 2 0.4213 0.58260 0.000 0.680 0.000 0.308 0.012
#> GSM311622 2 0.6359 0.62323 0.076 0.696 0.112 0.060 0.056
#> GSM311623 3 0.2875 0.71560 0.056 0.052 0.884 0.000 0.008
#> GSM311624 1 0.1942 0.76311 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> GSM311625 4 0.5228 0.50127 0.124 0.016 0.004 0.728 0.128
#> GSM311626 1 0.6258 0.55687 0.672 0.020 0.144 0.036 0.128
#> GSM311627 5 0.5996 0.26597 0.116 0.000 0.000 0.388 0.496
#> GSM311628 5 0.5762 -0.11449 0.000 0.000 0.352 0.100 0.548
#> GSM311629 2 0.6661 0.53991 0.000 0.556 0.076 0.296 0.072
#> GSM311630 1 0.4633 0.62269 0.696 0.000 0.004 0.036 0.264
#> GSM311631 2 0.1197 0.73827 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM311632 3 0.2987 0.71351 0.056 0.052 0.880 0.000 0.012
#> GSM311633 2 0.4793 0.30882 0.000 0.544 0.000 0.436 0.020
#> GSM311634 2 0.5619 0.65372 0.092 0.748 0.044 0.060 0.056
#> GSM311635 2 0.6575 0.62082 0.076 0.684 0.100 0.068 0.072
#> GSM311636 3 0.4359 0.57009 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> GSM311637 3 0.4206 0.68743 0.000 0.000 0.708 0.020 0.272
#> GSM311638 1 0.1942 0.76311 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> GSM311639 2 0.5583 0.66424 0.044 0.752 0.076 0.056 0.072
#> GSM311640 1 0.1074 0.74890 0.968 0.016 0.012 0.004 0.000
#> GSM311641 2 0.5499 0.58967 0.016 0.612 0.000 0.320 0.052
#> GSM311642 3 0.2806 0.71817 0.052 0.052 0.888 0.000 0.008
#> GSM311643 4 0.2674 0.63773 0.000 0.120 0.000 0.868 0.012
#> GSM311644 5 0.4437 -0.38164 0.000 0.000 0.464 0.004 0.532
#> GSM311645 4 0.5891 0.52814 0.052 0.032 0.044 0.704 0.168
#> GSM311646 2 0.4246 0.72811 0.044 0.824 0.020 0.084 0.028
#> GSM311647 5 0.6728 0.09930 0.000 0.000 0.276 0.308 0.416
#> GSM311648 2 0.6459 0.62805 0.084 0.692 0.092 0.056 0.076
#> GSM311649 3 0.3213 0.70782 0.060 0.052 0.872 0.004 0.012
#> GSM311650 2 0.4273 0.34642 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM311651 2 0.4821 0.35886 0.000 0.516 0.000 0.464 0.020
#> GSM311652 3 0.1865 0.74948 0.032 0.024 0.936 0.000 0.008
#> GSM311653 4 0.3163 0.62247 0.000 0.164 0.000 0.824 0.012
#> GSM311654 2 0.8018 0.08587 0.000 0.344 0.300 0.272 0.084
#> GSM311655 5 0.4610 -0.33517 0.000 0.000 0.432 0.012 0.556
#> GSM311656 1 0.6996 0.50730 0.612 0.084 0.020 0.188 0.096
#> GSM311657 2 0.3534 0.64946 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM311658 2 0.3452 0.65958 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM311659 2 0.2351 0.73164 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016
#> GSM311660 5 0.5998 0.28402 0.104 0.000 0.004 0.372 0.520
#> GSM311661 2 0.3491 0.65880 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM311662 2 0.5903 0.64964 0.072 0.732 0.080 0.060 0.056
#> GSM311663 2 0.1965 0.72850 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311664 1 0.1729 0.75176 0.944 0.004 0.012 0.008 0.032
#> GSM311665 1 0.1830 0.76425 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM311666 2 0.2230 0.72053 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM311667 1 0.1942 0.76311 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> GSM311669 4 0.3267 0.63528 0.000 0.112 0.000 0.844 0.044
#> GSM311670 3 0.4192 0.58606 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM311671 5 0.5751 0.32930 0.100 0.000 0.000 0.348 0.552
#> GSM311672 2 0.3366 0.66986 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM311673 4 0.4040 0.48462 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM311674 5 0.6829 0.16888 0.252 0.000 0.044 0.152 0.552
#> GSM311675 5 0.6633 0.01101 0.384 0.000 0.000 0.220 0.396
#> GSM311676 4 0.2921 0.64262 0.000 0.124 0.000 0.856 0.020
#> GSM311677 4 0.7602 0.03083 0.132 0.104 0.000 0.456 0.308
#> GSM311678 2 0.1871 0.73445 0.012 0.940 0.004 0.024 0.020
#> GSM311679 3 0.3076 0.73201 0.048 0.024 0.884 0.004 0.040
#> GSM311680 2 0.1341 0.73812 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM311681 5 0.3019 0.42957 0.012 0.000 0.016 0.108 0.864
#> GSM311682 1 0.1942 0.76360 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> GSM311683 3 0.4350 0.57372 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408
#> GSM311684 2 0.1412 0.74047 0.000 0.952 0.004 0.036 0.008
#> GSM311685 1 0.1830 0.76278 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> GSM311686 1 0.0865 0.74804 0.972 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5103 0.65842 0.172 0.740 0.008 0.036 0.044
#> GSM311688 3 0.3586 0.70511 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM311689 1 0.6243 0.49058 0.604 0.036 0.000 0.260 0.100
#> GSM311690 3 0.5606 0.57499 0.064 0.052 0.728 0.016 0.140
#> GSM311691 2 0.1908 0.73199 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM311692 3 0.4110 0.71139 0.036 0.008 0.820 0.028 0.108
#> GSM311693 2 0.4955 0.67622 0.052 0.792 0.040 0.060 0.056
#> GSM311694 2 0.3210 0.68370 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM311695 5 0.4269 0.39756 0.000 0.000 0.108 0.116 0.776
#> GSM311696 2 0.3983 0.55565 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM311697 3 0.5813 0.52683 0.000 0.000 0.560 0.112 0.328
#> GSM311698 2 0.6480 0.53802 0.000 0.584 0.116 0.260 0.040
#> GSM311699 4 0.3163 0.62414 0.000 0.164 0.000 0.824 0.012
#> GSM311700 5 0.6522 0.31502 0.224 0.000 0.000 0.300 0.476
#> GSM311701 2 0.4114 0.49881 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM311702 2 0.0963 0.73990 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311703 2 0.0794 0.73943 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311704 3 0.1908 0.75936 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311705 2 0.1043 0.73886 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311706 1 0.6199 0.23522 0.468 0.000 0.000 0.140 0.392
#> GSM311707 1 0.5844 0.37446 0.528 0.000 0.000 0.104 0.368
#> GSM311708 2 0.5457 0.66062 0.080 0.760 0.044 0.060 0.056
#> GSM311709 2 0.5190 0.32688 0.008 0.540 0.000 0.424 0.028
#> GSM311710 5 0.5498 0.19156 0.064 0.000 0.000 0.440 0.496
#> GSM311711 1 0.3236 0.66417 0.828 0.020 0.000 0.152 0.000
#> GSM311712 4 0.5584 0.11914 0.000 0.000 0.076 0.532 0.392
#> GSM311713 4 0.5186 -0.17230 0.016 0.016 0.000 0.492 0.476
#> GSM311714 4 0.3090 0.64030 0.000 0.104 0.000 0.856 0.040
#> GSM311716 4 0.5046 0.00457 0.000 0.000 0.032 0.500 0.468
#> GSM311717 1 0.1059 0.74897 0.968 0.020 0.008 0.004 0.000
#> GSM311718 5 0.6347 -0.02019 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> GSM311719 5 0.3214 0.41436 0.000 0.000 0.036 0.120 0.844
#> GSM311720 4 0.7132 0.19292 0.336 0.024 0.028 0.500 0.112
#> GSM311721 2 0.4943 0.70887 0.000 0.756 0.092 0.120 0.032
#> GSM311722 3 0.1444 0.75286 0.000 0.000 0.948 0.012 0.040
#> GSM311723 5 0.6592 0.18524 0.300 0.000 0.000 0.240 0.460
#> GSM311724 2 0.2765 0.71836 0.016 0.896 0.060 0.004 0.024
#> GSM311725 4 0.4178 0.59021 0.020 0.088 0.000 0.808 0.084
#> GSM311726 3 0.0898 0.75511 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.2891 0.74400 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311728 2 0.4857 0.71017 0.036 0.776 0.036 0.132 0.020
#> GSM311729 5 0.6272 0.31254 0.160 0.000 0.000 0.348 0.492
#> GSM311730 2 0.3251 0.71094 0.028 0.880 0.012 0.040 0.040
#> GSM311731 4 0.4689 -0.04780 0.000 0.424 0.000 0.560 0.016
#> GSM311732 4 0.5036 0.46675 0.000 0.016 0.064 0.712 0.208
#> GSM311733 3 0.4350 0.57372 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408
#> GSM311734 4 0.6133 -0.06856 0.000 0.000 0.128 0.436 0.436
#> GSM311735 2 0.0771 0.73582 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM311736 3 0.3999 0.64437 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM311737 5 0.5350 -0.04408 0.000 0.000 0.052 0.460 0.488
#> GSM311738 1 0.3479 0.74195 0.836 0.000 0.000 0.084 0.080
#> GSM311739 4 0.3419 0.62893 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016
#> GSM311740 2 0.4234 0.72370 0.020 0.808 0.024 0.128 0.020
#> GSM311741 4 0.3355 0.63517 0.000 0.184 0.000 0.804 0.012
#> GSM311742 4 0.3241 0.60785 0.000 0.144 0.000 0.832 0.024
#> GSM311743 3 0.2891 0.74400 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311744 3 0.4331 0.58405 0.000 0.000 0.596 0.004 0.400
#> GSM311745 4 0.4096 0.44241 0.052 0.000 0.000 0.772 0.176
#> GSM311746 4 0.3264 0.54014 0.000 0.016 0.000 0.820 0.164
#> GSM311747 5 0.5094 0.31977 0.048 0.000 0.000 0.352 0.600
#> GSM311748 3 0.1758 0.75251 0.020 0.024 0.944 0.004 0.008
#> GSM311749 1 0.5405 0.46694 0.596 0.000 0.000 0.076 0.328
#> GSM311750 2 0.3269 0.72821 0.000 0.852 0.016 0.112 0.020
#> GSM311751 3 0.0963 0.76148 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311752 4 0.7025 -0.11282 0.104 0.060 0.000 0.452 0.384
#> GSM311753 3 0.0162 0.75931 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311754 2 0.6803 0.53780 0.000 0.564 0.128 0.252 0.056
#> GSM311755 2 0.7817 0.17879 0.068 0.412 0.396 0.052 0.072
#> GSM311756 4 0.3454 0.61012 0.000 0.064 0.000 0.836 0.100
#> GSM311757 3 0.3534 0.70943 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM311758 1 0.0932 0.75100 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> GSM311759 2 0.6393 0.63118 0.080 0.696 0.096 0.052 0.076
#> GSM311760 2 0.5511 0.65932 0.080 0.756 0.040 0.064 0.060
#> GSM311668 4 0.4815 0.26886 0.008 0.028 0.000 0.660 0.304
#> GSM311715 4 0.5074 0.58011 0.048 0.120 0.000 0.752 0.080
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.6660 0.42937 0.052 0.080 0.044 0.264 0.556 0.004
#> GSM311599 3 0.6429 0.45534 0.148 0.000 0.616 0.028 0.108 0.100
#> GSM311600 4 0.7544 0.06577 0.308 0.000 0.068 0.392 0.196 0.036
#> GSM311601 6 0.3488 0.34958 0.000 0.000 0.244 0.004 0.008 0.744
#> GSM311602 1 0.0146 0.86652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311603 5 0.4316 0.45925 0.348 0.000 0.004 0.012 0.628 0.008
#> GSM311604 2 0.1867 0.66142 0.000 0.916 0.020 0.064 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.3428 0.79699 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311606 2 0.1478 0.67328 0.000 0.944 0.032 0.004 0.020 0.000
#> GSM311607 3 0.4083 0.56602 0.000 0.000 0.532 0.000 0.008 0.460
#> GSM311608 3 0.3536 0.79714 0.008 0.000 0.736 0.000 0.004 0.252
#> GSM311609 6 0.3441 0.56182 0.000 0.000 0.008 0.136 0.044 0.812
#> GSM311610 4 0.5341 0.27845 0.000 0.004 0.016 0.584 0.324 0.072
#> GSM311611 6 0.3975 -0.18732 0.000 0.000 0.392 0.000 0.008 0.600
#> GSM311612 3 0.4018 0.66374 0.000 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> GSM311613 6 0.1349 0.60603 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> GSM311614 3 0.3565 0.79659 0.000 0.000 0.692 0.000 0.004 0.304
#> GSM311615 2 0.6656 0.30299 0.004 0.488 0.048 0.212 0.248 0.000
#> GSM311616 4 0.3863 0.55993 0.000 0.244 0.008 0.728 0.020 0.000
#> GSM311617 4 0.3436 0.61543 0.000 0.068 0.024 0.848 0.044 0.016
#> GSM311618 4 0.3826 0.58917 0.000 0.236 0.000 0.736 0.016 0.012
#> GSM311619 2 0.7117 0.34607 0.004 0.444 0.156 0.284 0.112 0.000
#> GSM311620 2 0.4130 0.55554 0.000 0.700 0.028 0.264 0.008 0.000
#> GSM311621 2 0.4462 0.30501 0.000 0.612 0.012 0.356 0.020 0.000
#> GSM311622 2 0.5968 0.52502 0.008 0.544 0.316 0.028 0.104 0.000
#> GSM311623 3 0.3675 0.79735 0.008 0.000 0.732 0.004 0.004 0.252
#> GSM311624 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311625 4 0.5326 0.53271 0.072 0.004 0.040 0.720 0.132 0.032
#> GSM311626 1 0.7674 0.28325 0.440 0.000 0.260 0.132 0.124 0.044
#> GSM311627 5 0.3050 0.70988 0.028 0.000 0.004 0.136 0.832 0.000
#> GSM311628 6 0.2263 0.59874 0.000 0.000 0.000 0.056 0.048 0.896
#> GSM311629 2 0.7111 0.11629 0.004 0.404 0.136 0.364 0.084 0.008
#> GSM311630 1 0.6008 0.10622 0.516 0.000 0.012 0.024 0.352 0.096
#> GSM311631 2 0.0909 0.67313 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.3536 0.79714 0.008 0.000 0.736 0.000 0.004 0.252
#> GSM311633 4 0.5623 0.03837 0.004 0.444 0.052 0.472 0.020 0.008
#> GSM311634 2 0.5901 0.55943 0.012 0.588 0.264 0.028 0.108 0.000
#> GSM311635 2 0.6486 0.50388 0.012 0.496 0.328 0.048 0.116 0.000
#> GSM311636 6 0.0865 0.61569 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311637 6 0.5031 0.37842 0.004 0.000 0.200 0.092 0.020 0.684
#> GSM311638 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311639 2 0.5947 0.56617 0.008 0.592 0.256 0.044 0.100 0.000
#> GSM311640 1 0.0146 0.86282 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311641 2 0.7082 0.34816 0.004 0.452 0.152 0.280 0.112 0.000
#> GSM311642 3 0.3536 0.79714 0.008 0.000 0.736 0.000 0.004 0.252
#> GSM311643 4 0.3492 0.61565 0.000 0.072 0.024 0.844 0.044 0.016
#> GSM311644 6 0.1542 0.61014 0.000 0.000 0.008 0.004 0.052 0.936
#> GSM311645 4 0.6163 0.54752 0.032 0.040 0.096 0.664 0.144 0.024
#> GSM311646 2 0.5036 0.60169 0.004 0.692 0.076 0.196 0.032 0.000
#> GSM311647 6 0.4041 0.43568 0.000 0.000 0.008 0.292 0.016 0.684
#> GSM311648 2 0.6497 0.52683 0.012 0.508 0.312 0.052 0.116 0.000
#> GSM311649 3 0.3536 0.79714 0.008 0.000 0.736 0.000 0.004 0.252
#> GSM311650 2 0.4385 0.09215 0.000 0.532 0.024 0.444 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.5732 0.07914 0.000 0.400 0.040 0.492 0.068 0.000
#> GSM311652 3 0.3690 0.79573 0.008 0.000 0.684 0.000 0.000 0.308
#> GSM311653 4 0.3491 0.58319 0.000 0.148 0.040 0.804 0.008 0.000
#> GSM311654 4 0.7458 0.11060 0.004 0.352 0.116 0.396 0.024 0.108
#> GSM311655 6 0.2643 0.59777 0.000 0.000 0.040 0.036 0.036 0.888
#> GSM311656 4 0.8483 0.16398 0.308 0.144 0.092 0.328 0.120 0.008
#> GSM311657 2 0.4178 0.56729 0.000 0.708 0.036 0.248 0.008 0.000
#> GSM311658 2 0.3668 0.58762 0.000 0.744 0.028 0.228 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.2641 0.66674 0.000 0.888 0.032 0.040 0.040 0.000
#> GSM311660 5 0.3192 0.73265 0.040 0.000 0.000 0.088 0.848 0.024
#> GSM311661 2 0.3126 0.49819 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.5851 0.55860 0.008 0.584 0.276 0.032 0.100 0.000
#> GSM311663 2 0.2231 0.66336 0.000 0.900 0.028 0.068 0.004 0.000
#> GSM311664 1 0.2230 0.79731 0.904 0.000 0.016 0.016 0.064 0.000
#> GSM311665 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311666 2 0.1610 0.64922 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311669 4 0.3410 0.62142 0.000 0.068 0.012 0.848 0.048 0.024
#> GSM311670 6 0.1141 0.60976 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM311671 5 0.5491 0.63271 0.060 0.000 0.000 0.116 0.664 0.160
#> GSM311672 2 0.3017 0.60957 0.000 0.816 0.020 0.164 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.3764 0.54612 0.000 0.184 0.032 0.772 0.012 0.000
#> GSM311674 5 0.5713 0.65543 0.092 0.000 0.048 0.100 0.696 0.064
#> GSM311675 5 0.5624 0.65036 0.184 0.000 0.008 0.116 0.652 0.040
#> GSM311676 4 0.4000 0.61210 0.000 0.072 0.016 0.804 0.092 0.016
#> GSM311677 5 0.5938 0.56956 0.044 0.048 0.068 0.192 0.648 0.000
#> GSM311678 2 0.2681 0.66964 0.000 0.880 0.072 0.028 0.020 0.000
#> GSM311679 3 0.4427 0.76274 0.008 0.000 0.688 0.016 0.020 0.268
#> GSM311680 2 0.0622 0.67228 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.4064 0.45141 0.000 0.000 0.000 0.016 0.624 0.360
#> GSM311682 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311683 6 0.0937 0.61472 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM311684 2 0.1873 0.67258 0.000 0.924 0.048 0.008 0.020 0.000
#> GSM311685 1 0.0458 0.86763 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.86545 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.6509 0.58359 0.116 0.620 0.140 0.060 0.064 0.000
#> GSM311688 6 0.3076 0.34942 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM311689 4 0.7657 0.19274 0.336 0.060 0.068 0.412 0.116 0.008
#> GSM311690 3 0.4365 0.59966 0.008 0.000 0.772 0.024 0.088 0.108
#> GSM311691 2 0.1610 0.65059 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.7488 0.31587 0.012 0.036 0.464 0.168 0.056 0.264
#> GSM311693 2 0.5702 0.57100 0.008 0.616 0.244 0.032 0.100 0.000
#> GSM311694 2 0.2981 0.61931 0.000 0.820 0.020 0.160 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.4247 0.35237 0.000 0.000 0.004 0.040 0.268 0.688
#> GSM311696 2 0.4277 0.41527 0.000 0.616 0.028 0.356 0.000 0.000
#> GSM311697 6 0.4844 0.43492 0.004 0.000 0.068 0.228 0.016 0.684
#> GSM311698 2 0.6208 0.17001 0.004 0.500 0.084 0.368 0.020 0.024
#> GSM311699 4 0.4039 0.62540 0.000 0.136 0.016 0.776 0.072 0.000
#> GSM311700 5 0.3643 0.72595 0.076 0.000 0.004 0.108 0.808 0.004
#> GSM311701 2 0.4178 0.32427 0.000 0.608 0.020 0.372 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0260 0.67346 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.67261 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.4018 0.66374 0.000 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> GSM311705 2 0.0405 0.67367 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.3679 0.67108 0.192 0.000 0.012 0.024 0.772 0.000
#> GSM311707 5 0.4246 0.60663 0.252 0.000 0.016 0.028 0.704 0.000
#> GSM311708 2 0.5810 0.56197 0.008 0.592 0.264 0.028 0.108 0.000
#> GSM311709 4 0.5653 0.07878 0.012 0.452 0.040 0.468 0.020 0.008
#> GSM311710 5 0.6525 0.37543 0.056 0.000 0.000 0.272 0.496 0.176
#> GSM311711 1 0.2213 0.76101 0.888 0.004 0.008 0.100 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.5533 0.11031 0.000 0.000 0.016 0.476 0.084 0.424
#> GSM311713 5 0.4707 0.59350 0.000 0.004 0.016 0.232 0.692 0.056
#> GSM311714 4 0.3459 0.61313 0.000 0.048 0.008 0.836 0.092 0.016
#> GSM311716 4 0.6183 0.09840 0.000 0.000 0.008 0.404 0.224 0.364
#> GSM311717 1 0.0000 0.86545 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.3087 0.69420 0.176 0.000 0.000 0.012 0.808 0.004
#> GSM311719 6 0.4348 0.25092 0.000 0.000 0.000 0.040 0.320 0.640
#> GSM311720 4 0.6687 0.49559 0.128 0.040 0.076 0.612 0.136 0.008
#> GSM311721 2 0.5284 0.53868 0.004 0.672 0.108 0.192 0.020 0.004
#> GSM311722 3 0.4814 0.73804 0.004 0.000 0.664 0.020 0.044 0.268
#> GSM311723 5 0.3536 0.71204 0.136 0.000 0.004 0.048 0.808 0.004
#> GSM311724 2 0.3043 0.65313 0.000 0.836 0.132 0.008 0.024 0.000
#> GSM311725 4 0.5439 0.39876 0.004 0.068 0.024 0.632 0.264 0.008
#> GSM311726 3 0.3428 0.79699 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311727 6 0.3975 -0.18732 0.000 0.000 0.392 0.000 0.008 0.600
#> GSM311728 2 0.5337 0.55619 0.004 0.648 0.088 0.232 0.028 0.000
#> GSM311729 5 0.3579 0.73019 0.068 0.000 0.004 0.112 0.812 0.004
#> GSM311730 2 0.4291 0.62192 0.004 0.752 0.164 0.012 0.068 0.000
#> GSM311731 4 0.4861 0.30239 0.004 0.316 0.044 0.624 0.012 0.000
#> GSM311732 4 0.4783 0.56021 0.000 0.004 0.056 0.736 0.144 0.060
#> GSM311733 6 0.0937 0.61472 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM311734 6 0.5769 -0.00325 0.000 0.000 0.036 0.408 0.076 0.480
#> GSM311735 2 0.1826 0.67083 0.000 0.924 0.052 0.004 0.020 0.000
#> GSM311736 6 0.2320 0.52728 0.000 0.000 0.132 0.000 0.004 0.864
#> GSM311737 6 0.5941 -0.12481 0.000 0.000 0.012 0.416 0.148 0.424
#> GSM311738 1 0.5910 0.35141 0.568 0.000 0.104 0.048 0.280 0.000
#> GSM311739 4 0.4257 0.60799 0.000 0.092 0.012 0.780 0.100 0.016
#> GSM311740 2 0.5461 0.51520 0.004 0.656 0.084 0.220 0.028 0.008
#> GSM311741 4 0.4020 0.62690 0.000 0.164 0.020 0.776 0.032 0.008
#> GSM311742 4 0.4490 0.60054 0.000 0.072 0.044 0.764 0.116 0.004
#> GSM311743 6 0.3965 -0.17356 0.000 0.000 0.388 0.000 0.008 0.604
#> GSM311744 6 0.1075 0.61192 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM311745 4 0.4427 0.37644 0.012 0.004 0.004 0.668 0.296 0.016
#> GSM311746 4 0.3795 0.55055 0.000 0.012 0.008 0.768 0.196 0.016
#> GSM311747 5 0.5725 0.57166 0.036 0.000 0.000 0.144 0.612 0.208
#> GSM311748 3 0.3977 0.79763 0.008 0.000 0.692 0.004 0.008 0.288
#> GSM311749 5 0.4411 0.54662 0.308 0.000 0.008 0.032 0.652 0.000
#> GSM311750 2 0.4825 0.53672 0.004 0.700 0.056 0.216 0.020 0.004
#> GSM311751 3 0.3833 0.76280 0.000 0.000 0.648 0.000 0.008 0.344
#> GSM311752 5 0.4862 0.63748 0.040 0.020 0.016 0.236 0.688 0.000
#> GSM311753 3 0.3482 0.78904 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311754 2 0.6239 0.27839 0.004 0.532 0.108 0.316 0.024 0.016
#> GSM311755 3 0.3513 0.42297 0.008 0.148 0.812 0.008 0.020 0.004
#> GSM311756 4 0.4166 0.61077 0.000 0.080 0.012 0.760 0.148 0.000
#> GSM311757 6 0.3126 0.33413 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311758 1 0.0146 0.86652 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311759 2 0.6423 0.52703 0.012 0.512 0.316 0.048 0.112 0.000
#> GSM311760 2 0.5846 0.56414 0.012 0.600 0.252 0.028 0.108 0.000
#> GSM311668 4 0.5719 0.15670 0.000 0.012 0.012 0.580 0.284 0.112
#> GSM311715 4 0.6010 0.01234 0.008 0.056 0.056 0.496 0.384 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:kmeans 156 0.5815 2
#> SD:kmeans 146 0.3347 3
#> SD:kmeans 144 0.0451 4
#> SD:kmeans 116 0.1391 5
#> SD:kmeans 113 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.516 0.678 0.844 0.4981 0.497 0.497
#> 3 3 0.708 0.773 0.908 0.3325 0.642 0.397
#> 4 4 0.760 0.834 0.896 0.1242 0.848 0.588
#> 5 5 0.690 0.610 0.770 0.0603 0.940 0.773
#> 6 6 0.697 0.587 0.715 0.0464 0.904 0.610
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311599 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311601 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311602 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311606 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0672 0.73646 0.992 0.008
#> GSM311608 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311609 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.9686 0.59972 0.604 0.396
#> GSM311611 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.9608 0.00531 0.616 0.384
#> GSM311613 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311614 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311615 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311616 2 0.9044 0.19791 0.320 0.680
#> GSM311617 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311618 2 0.6438 0.59314 0.164 0.836
#> GSM311619 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.1414 0.80541 0.020 0.980
#> GSM311623 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311624 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311625 1 0.9608 0.60418 0.616 0.384
#> GSM311626 1 0.4298 0.65335 0.912 0.088
#> GSM311627 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311628 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311630 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311633 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.5946 0.71179 0.144 0.856
#> GSM311636 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311639 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311641 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311643 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311644 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311650 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311653 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311654 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311655 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.0376 0.81383 0.004 0.996
#> GSM311657 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311666 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311669 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311670 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.1633 0.79340 0.024 0.976
#> GSM311674 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311677 1 0.9850 0.55362 0.572 0.428
#> GSM311678 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311680 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311683 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311686 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311690 2 0.9933 0.40810 0.452 0.548
#> GSM311691 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.8955 0.22975 0.688 0.312
#> GSM311693 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0376 0.73993 0.996 0.004
#> GSM311698 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311699 1 0.9850 0.55362 0.572 0.428
#> GSM311700 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311701 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311707 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311708 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.6531 0.58657 0.168 0.832
#> GSM311712 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311713 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311714 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311716 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311719 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.1414 0.73713 0.980 0.020
#> GSM311721 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311722 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311724 2 0.1633 0.80280 0.024 0.976
#> GSM311725 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311726 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311727 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311730 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311738 2 0.9922 -0.27031 0.448 0.552
#> GSM311739 1 0.9881 0.53932 0.564 0.436
#> GSM311740 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311741 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311742 1 0.9850 0.55362 0.572 0.428
#> GSM311743 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311746 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311747 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311749 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311750 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.9732 0.48719 0.404 0.596
#> GSM311752 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311753 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311754 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311755 2 0.9710 0.49305 0.400 0.600
#> GSM311756 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311757 1 0.0000 0.74307 1.000 0.000
#> GSM311758 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.81743 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.9710 0.59819 0.600 0.400
#> GSM311715 2 0.8861 0.24904 0.304 0.696
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.4555 0.720 0.800 0.200 0.000
#> GSM311599 3 0.4504 0.696 0.196 0.000 0.804
#> GSM311600 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.6045 0.352 0.620 0.380 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311609 3 0.6079 0.402 0.388 0.000 0.612
#> GSM311610 1 0.3879 0.763 0.848 0.152 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311615 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.1163 0.882 0.028 0.972 0.000
#> GSM311617 1 0.5529 0.593 0.704 0.296 0.000
#> GSM311618 2 0.1860 0.860 0.052 0.948 0.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311626 1 0.6095 0.297 0.608 0.000 0.392
#> GSM311627 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.6062 0.410 0.384 0.000 0.616
#> GSM311629 2 0.5327 0.587 0.000 0.728 0.272
#> GSM311630 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311634 2 0.0424 0.899 0.008 0.992 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.6095 0.297 0.608 0.000 0.392
#> GSM311641 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311643 2 0.6295 0.019 0.472 0.528 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.0747 0.833 0.984 0.000 0.016
#> GSM311646 2 0.3412 0.789 0.124 0.876 0.000
#> GSM311647 3 0.6062 0.410 0.384 0.000 0.616
#> GSM311648 2 0.4178 0.731 0.172 0.828 0.000
#> GSM311649 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311653 2 0.6095 0.284 0.392 0.608 0.000
#> GSM311654 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311655 3 0.0592 0.904 0.012 0.000 0.988
#> GSM311656 1 0.6667 0.363 0.616 0.368 0.016
#> GSM311657 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0237 0.840 0.996 0.000 0.004
#> GSM311661 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.6095 0.297 0.608 0.000 0.392
#> GSM311665 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 1 0.5560 0.586 0.700 0.300 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.0747 0.892 0.016 0.984 0.000
#> GSM311674 1 0.4235 0.693 0.824 0.000 0.176
#> GSM311675 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 2 0.6095 0.284 0.392 0.608 0.000
#> GSM311677 1 0.6095 0.396 0.608 0.392 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.4555 0.662 0.800 0.000 0.200
#> GSM311682 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.6095 0.323 0.608 0.392 0.000
#> GSM311687 2 0.0237 0.902 0.004 0.996 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.6095 0.393 0.392 0.000 0.608
#> GSM311696 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.6126 0.307 0.000 0.600 0.400
#> GSM311699 2 0.6095 0.284 0.392 0.608 0.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.4291 0.721 0.180 0.820 0.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311711 1 0.1860 0.816 0.948 0.052 0.000
#> GSM311712 3 0.6095 0.393 0.392 0.000 0.608
#> GSM311713 1 0.3879 0.763 0.848 0.152 0.000
#> GSM311714 2 0.6095 0.284 0.392 0.608 0.000
#> GSM311716 1 0.6079 0.284 0.612 0.000 0.388
#> GSM311717 1 0.6079 0.333 0.612 0.388 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.3686 0.734 0.860 0.000 0.140
#> GSM311720 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311721 2 0.4702 0.681 0.000 0.788 0.212
#> GSM311722 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4555 0.720 0.800 0.200 0.000
#> GSM311726 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.3116 0.802 0.108 0.892 0.000
#> GSM311732 3 0.6079 0.402 0.388 0.000 0.612
#> GSM311733 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.6079 0.402 0.388 0.000 0.612
#> GSM311735 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.6095 0.393 0.392 0.000 0.608
#> GSM311738 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 2 0.6079 0.293 0.388 0.612 0.000
#> GSM311740 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311741 1 0.5363 0.625 0.724 0.276 0.000
#> GSM311742 2 0.6095 0.284 0.392 0.608 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311746 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311747 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311748 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.842 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.4555 0.720 0.800 0.200 0.000
#> GSM311753 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.5560 0.535 0.000 0.700 0.300
#> GSM311755 3 0.1964 0.860 0.000 0.056 0.944
#> GSM311756 1 0.5138 0.659 0.748 0.252 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.6045 0.352 0.620 0.380 0.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.904 0.000 1.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0424 0.899 0.008 0.992 0.000
#> GSM311668 1 0.3267 0.789 0.884 0.116 0.000
#> GSM311715 1 0.5397 0.621 0.720 0.280 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.6397 0.52710 0.652 0.184 0.000 0.164
#> GSM311599 1 0.2814 0.77004 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.1389 0.87345 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311605 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311606 2 0.0188 0.88160 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311607 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311609 4 0.3688 0.77268 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311610 4 0.0921 0.78978 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311611 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311615 2 0.2844 0.84527 0.052 0.900 0.000 0.048
#> GSM311616 4 0.3172 0.79711 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM311617 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311618 4 0.3356 0.80318 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311619 2 0.3172 0.84672 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311620 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311621 2 0.3172 0.84842 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311622 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311623 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.4916 0.17042 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM311626 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311627 4 0.3400 0.76268 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM311628 4 0.4877 0.46068 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311629 2 0.5462 0.77679 0.000 0.736 0.112 0.152
#> GSM311630 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0817 0.87887 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311632 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311633 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311634 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311635 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311636 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311640 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.3172 0.84672 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311642 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311643 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311644 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.3105 0.77025 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM311646 2 0.1733 0.87434 0.024 0.948 0.000 0.028
#> GSM311647 4 0.4877 0.46068 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311648 2 0.3300 0.84782 0.008 0.848 0.000 0.144
#> GSM311649 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311650 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311651 2 0.3219 0.84686 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM311652 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311653 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311654 3 0.1109 0.95343 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM311655 3 0.0188 0.98424 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311656 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311658 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311659 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311660 4 0.4193 0.67624 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM311661 2 0.2647 0.86160 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM311662 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311663 2 0.1389 0.87345 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311664 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0592 0.88097 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311667 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311669 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311670 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.3688 0.74234 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311672 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311673 2 0.4981 0.00686 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM311674 1 0.3528 0.69349 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM311675 1 0.4431 0.48114 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311676 4 0.1118 0.79313 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM311677 1 0.7365 0.16639 0.440 0.160 0.000 0.400
#> GSM311678 2 0.0817 0.87887 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311679 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311680 2 0.0336 0.88143 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311681 4 0.3831 0.77368 0.004 0.000 0.204 0.792
#> GSM311682 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0336 0.88143 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311685 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0921 0.87972 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311688 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311691 2 0.0336 0.88143 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311692 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311694 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311695 4 0.3688 0.77268 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311696 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311697 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.4855 0.39543 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM311699 4 0.1211 0.78494 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM311700 4 0.4250 0.66657 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311701 2 0.1557 0.87196 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311702 2 0.2281 0.86640 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311703 2 0.0188 0.88160 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0188 0.88162 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311706 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311709 2 0.4857 0.53419 0.324 0.668 0.000 0.008
#> GSM311710 4 0.3688 0.74234 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311711 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.3569 0.77771 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM311713 4 0.1284 0.79053 0.012 0.024 0.000 0.964
#> GSM311714 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311716 4 0.3688 0.77268 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311717 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.1211 0.87688 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311719 4 0.4379 0.78265 0.036 0.000 0.172 0.792
#> GSM311720 1 0.0336 0.90185 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311721 2 0.4053 0.70849 0.000 0.768 0.228 0.004
#> GSM311722 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.4933 0.10252 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311724 2 0.0188 0.88160 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311725 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311726 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.1302 0.87426 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311729 4 0.4304 0.65873 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311730 2 0.1302 0.87701 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311731 2 0.6097 0.35080 0.364 0.580 0.000 0.056
#> GSM311732 4 0.2921 0.77660 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM311733 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 4 0.3688 0.77268 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311735 2 0.0188 0.88160 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311736 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.3688 0.77268 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311738 1 0.0188 0.90491 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311739 4 0.1716 0.80136 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM311740 2 0.0921 0.87792 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311741 4 0.3494 0.80462 0.004 0.172 0.000 0.824
#> GSM311742 4 0.1302 0.78297 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM311743 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.3311 0.76714 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311746 4 0.3356 0.76547 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311747 4 0.3688 0.74234 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311748 3 0.0336 0.98449 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.90491 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 2 0.1211 0.87542 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311751 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.5113 0.76051 0.088 0.152 0.000 0.760
#> GSM311753 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4804 0.43349 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM311755 3 0.5763 0.64323 0.000 0.156 0.712 0.132
#> GSM311756 4 0.1576 0.79983 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM311757 3 0.0000 0.98730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.90735 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311760 2 0.3074 0.84757 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311668 4 0.3074 0.80115 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311715 4 0.5910 0.69843 0.104 0.208 0.000 0.688
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 4 0.7636 -0.0249 0.156 0.084 0.000 0.420 0.340
#> GSM311599 1 0.3847 0.6272 0.784 0.000 0.180 0.000 0.036
#> GSM311600 1 0.1121 0.8194 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM311601 3 0.2280 0.8286 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM311602 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3949 0.5413 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM311604 2 0.2068 0.7946 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> GSM311605 3 0.0290 0.8550 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311606 2 0.0609 0.8194 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311607 3 0.0404 0.8565 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311608 3 0.0898 0.8475 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311609 5 0.6603 0.0770 0.000 0.000 0.212 0.388 0.400
#> GSM311610 4 0.3177 0.4860 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM311611 3 0.1544 0.8478 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311612 3 0.0162 0.8563 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311613 3 0.3895 0.6599 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM311614 3 0.0290 0.8550 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311615 2 0.6727 0.4726 0.032 0.560 0.000 0.216 0.192
#> GSM311616 4 0.3845 0.5303 0.000 0.208 0.000 0.768 0.024
#> GSM311617 4 0.1430 0.5841 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM311618 4 0.4040 0.5195 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM311619 2 0.4455 0.7694 0.000 0.744 0.000 0.068 0.188
#> GSM311620 2 0.3231 0.7537 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM311621 2 0.3359 0.7890 0.000 0.840 0.000 0.108 0.052
#> GSM311622 2 0.5213 0.7329 0.008 0.700 0.080 0.004 0.208
#> GSM311623 3 0.0898 0.8475 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311624 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311625 1 0.4464 0.2861 0.584 0.000 0.000 0.408 0.008
#> GSM311626 1 0.0703 0.8242 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM311627 5 0.5693 0.1496 0.080 0.000 0.000 0.452 0.468
#> GSM311628 5 0.6337 0.2722 0.000 0.000 0.296 0.192 0.512
#> GSM311629 2 0.6123 0.6189 0.000 0.584 0.224 0.004 0.188
#> GSM311630 1 0.2732 0.7342 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311631 2 0.0807 0.8188 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM311632 3 0.0898 0.8475 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311633 2 0.3861 0.6482 0.000 0.728 0.000 0.264 0.008
#> GSM311634 2 0.3767 0.7742 0.008 0.776 0.004 0.004 0.208
#> GSM311635 2 0.5369 0.7233 0.008 0.688 0.092 0.004 0.208
#> GSM311636 3 0.3913 0.6544 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311637 3 0.3177 0.7733 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311638 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311639 2 0.3333 0.7782 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM311640 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.4571 0.7651 0.000 0.736 0.000 0.076 0.188
#> GSM311642 3 0.0898 0.8475 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311643 4 0.1270 0.5839 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311644 5 0.4262 -0.1105 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM311645 1 0.5605 0.1251 0.464 0.000 0.000 0.072 0.464
#> GSM311646 2 0.5541 0.7682 0.096 0.724 0.000 0.084 0.096
#> GSM311647 4 0.6749 -0.1231 0.000 0.000 0.268 0.396 0.336
#> GSM311648 2 0.4663 0.7660 0.024 0.740 0.024 0.004 0.208
#> GSM311649 3 0.0898 0.8475 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311650 2 0.3906 0.6139 0.000 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM311651 2 0.5673 0.5769 0.000 0.616 0.000 0.252 0.132
#> GSM311652 3 0.0579 0.8524 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM311653 4 0.3141 0.5512 0.000 0.108 0.000 0.852 0.040
#> GSM311654 3 0.3975 0.7810 0.000 0.064 0.792 0.000 0.144
#> GSM311655 5 0.4219 -0.0325 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM311656 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.3231 0.7537 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM311658 2 0.3160 0.7595 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> GSM311659 2 0.2970 0.7916 0.000 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM311660 5 0.5952 0.2098 0.108 0.000 0.000 0.412 0.480
#> GSM311661 2 0.0963 0.8144 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311662 2 0.3996 0.7713 0.008 0.768 0.012 0.004 0.208
#> GSM311663 2 0.2011 0.7980 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM311664 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0162 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311667 1 0.0404 0.8322 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311669 4 0.3146 0.5605 0.000 0.052 0.000 0.856 0.092
#> GSM311670 3 0.3895 0.6599 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM311671 5 0.6188 0.3430 0.176 0.000 0.000 0.284 0.540
#> GSM311672 2 0.2536 0.7777 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM311673 4 0.3209 0.5168 0.000 0.180 0.000 0.812 0.008
#> GSM311674 5 0.6767 0.0802 0.368 0.000 0.196 0.008 0.428
#> GSM311675 1 0.5682 0.3176 0.540 0.000 0.000 0.088 0.372
#> GSM311676 4 0.2149 0.5864 0.000 0.036 0.000 0.916 0.048
#> GSM311677 5 0.6878 0.0462 0.104 0.056 0.000 0.332 0.508
#> GSM311678 2 0.1364 0.8208 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM311679 3 0.0579 0.8524 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM311680 2 0.0451 0.8175 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM311681 5 0.4617 0.4323 0.000 0.000 0.108 0.148 0.744
#> GSM311682 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311683 3 0.3913 0.6544 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311684 2 0.0000 0.8184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311686 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5486 0.7745 0.080 0.728 0.000 0.092 0.100
#> GSM311688 3 0.2773 0.8038 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM311689 1 0.0290 0.8329 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311690 3 0.2017 0.8010 0.008 0.000 0.912 0.000 0.080
#> GSM311691 2 0.0000 0.8184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.1197 0.8525 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311693 2 0.3333 0.7782 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM311694 2 0.2439 0.7816 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> GSM311695 5 0.5074 0.4155 0.000 0.000 0.132 0.168 0.700
#> GSM311696 2 0.3790 0.6895 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM311697 3 0.3586 0.7232 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM311698 2 0.4341 0.4817 0.000 0.628 0.364 0.008 0.000
#> GSM311699 4 0.3657 0.5391 0.000 0.064 0.000 0.820 0.116
#> GSM311700 5 0.6321 0.2475 0.160 0.000 0.000 0.376 0.464
#> GSM311701 2 0.3366 0.7179 0.000 0.784 0.000 0.212 0.004
#> GSM311702 2 0.0000 0.8184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0162 0.8563 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311705 2 0.0000 0.8184 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.4980 0.4206 0.584 0.000 0.000 0.036 0.380
#> GSM311707 1 0.4201 0.5346 0.664 0.000 0.000 0.008 0.328
#> GSM311708 2 0.3767 0.7742 0.008 0.776 0.004 0.004 0.208
#> GSM311709 2 0.5470 0.3845 0.364 0.564 0.000 0.072 0.000
#> GSM311710 4 0.6127 -0.0902 0.132 0.000 0.000 0.484 0.384
#> GSM311711 1 0.0290 0.8302 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311712 4 0.6273 0.0157 0.000 0.000 0.172 0.512 0.316
#> GSM311713 5 0.4287 0.0945 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM311714 4 0.2171 0.5768 0.000 0.024 0.000 0.912 0.064
#> GSM311716 5 0.5238 0.3574 0.000 0.000 0.088 0.260 0.652
#> GSM311717 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.6034 0.1055 0.456 0.000 0.000 0.116 0.428
#> GSM311719 5 0.5181 0.4313 0.020 0.000 0.104 0.152 0.724
#> GSM311720 1 0.1281 0.8045 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> GSM311721 2 0.3774 0.6033 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.0609 0.8524 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311723 5 0.6439 -0.0237 0.404 0.000 0.000 0.176 0.420
#> GSM311724 2 0.1121 0.8196 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311725 4 0.2632 0.5588 0.000 0.040 0.000 0.888 0.072
#> GSM311726 3 0.0162 0.8557 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311727 3 0.1544 0.8478 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311728 2 0.4596 0.7829 0.008 0.780 0.020 0.140 0.052
#> GSM311729 5 0.6315 0.2518 0.160 0.000 0.000 0.372 0.468
#> GSM311730 2 0.2124 0.8108 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM311731 4 0.6797 0.1588 0.352 0.232 0.000 0.412 0.004
#> GSM311732 5 0.6069 -0.0562 0.000 0.000 0.120 0.432 0.448
#> GSM311733 3 0.3913 0.6544 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311734 4 0.6507 -0.0963 0.000 0.000 0.192 0.432 0.376
#> GSM311735 2 0.0794 0.8195 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311736 3 0.3366 0.7535 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM311737 4 0.6282 -0.0435 0.000 0.000 0.156 0.476 0.368
#> GSM311738 1 0.1121 0.8184 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM311739 4 0.3409 0.5678 0.000 0.144 0.000 0.824 0.032
#> GSM311740 2 0.2455 0.8194 0.008 0.916 0.020 0.020 0.036
#> GSM311741 4 0.3292 0.5811 0.004 0.120 0.000 0.844 0.032
#> GSM311742 4 0.3904 0.5162 0.000 0.052 0.000 0.792 0.156
#> GSM311743 3 0.1544 0.8478 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311744 3 0.3895 0.6599 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM311745 4 0.2795 0.5310 0.028 0.000 0.000 0.872 0.100
#> GSM311746 4 0.2707 0.5168 0.008 0.000 0.000 0.860 0.132
#> GSM311747 5 0.5655 0.3527 0.112 0.000 0.000 0.288 0.600
#> GSM311748 3 0.0290 0.8550 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311749 1 0.4718 0.4872 0.628 0.000 0.000 0.028 0.344
#> GSM311750 2 0.1768 0.8026 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> GSM311751 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311752 4 0.5626 -0.0435 0.064 0.008 0.000 0.564 0.364
#> GSM311753 3 0.0000 0.8562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4219 0.3873 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.6396 0.3115 0.008 0.208 0.576 0.004 0.204
#> GSM311756 4 0.5002 0.1946 0.000 0.044 0.000 0.612 0.344
#> GSM311757 3 0.2732 0.8061 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311758 1 0.0000 0.8320 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.4798 0.7521 0.008 0.728 0.052 0.004 0.208
#> GSM311760 2 0.3611 0.7757 0.008 0.780 0.000 0.004 0.208
#> GSM311668 4 0.2377 0.5115 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM311715 4 0.6175 0.0370 0.056 0.040 0.000 0.532 0.372
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.4088 0.5104 0.000 0.040 0.004 0.240 0.716 0.000
#> GSM311599 1 0.4848 0.5492 0.676 0.000 0.240 0.000 0.056 0.028
#> GSM311600 1 0.1674 0.8453 0.924 0.000 0.004 0.000 0.068 0.004
#> GSM311601 6 0.3468 0.2828 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712
#> GSM311602 1 0.0000 0.8897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3843 -0.0157 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM311604 2 0.1642 0.6530 0.000 0.936 0.004 0.028 0.032 0.000
#> GSM311605 3 0.3266 0.7690 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311606 2 0.1856 0.6722 0.000 0.920 0.048 0.000 0.032 0.000
#> GSM311607 3 0.3684 0.6983 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM311608 3 0.2912 0.7496 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM311609 6 0.2624 0.7038 0.000 0.000 0.000 0.124 0.020 0.856
#> GSM311610 4 0.4043 0.5047 0.000 0.000 0.012 0.740 0.212 0.036
#> GSM311611 3 0.3854 0.5587 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM311612 3 0.3592 0.7281 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311613 6 0.0790 0.7199 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311614 3 0.3266 0.7690 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311615 5 0.5802 0.1404 0.000 0.284 0.016 0.152 0.548 0.000
#> GSM311616 4 0.3769 0.4547 0.000 0.356 0.000 0.640 0.004 0.000
#> GSM311617 4 0.3246 0.6607 0.000 0.028 0.004 0.848 0.092 0.028
#> GSM311618 4 0.3534 0.5834 0.000 0.276 0.000 0.716 0.000 0.008
#> GSM311619 2 0.7590 0.3803 0.004 0.384 0.208 0.224 0.180 0.000
#> GSM311620 2 0.4727 0.5141 0.000 0.676 0.004 0.224 0.096 0.000
#> GSM311621 2 0.4321 0.4040 0.000 0.668 0.020 0.296 0.016 0.000
#> GSM311622 2 0.6052 0.4612 0.004 0.420 0.392 0.004 0.180 0.000
#> GSM311623 3 0.2969 0.7548 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM311624 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311625 1 0.4376 0.3123 0.592 0.000 0.000 0.384 0.012 0.012
#> GSM311626 1 0.1364 0.8553 0.944 0.000 0.004 0.000 0.048 0.004
#> GSM311627 5 0.3915 0.6069 0.016 0.000 0.000 0.288 0.692 0.004
#> GSM311628 6 0.2088 0.7187 0.000 0.000 0.000 0.068 0.028 0.904
#> GSM311629 2 0.6400 0.5118 0.000 0.504 0.328 0.036 0.116 0.016
#> GSM311630 1 0.2051 0.8159 0.896 0.000 0.004 0.000 0.096 0.004
#> GSM311631 2 0.0767 0.6701 0.000 0.976 0.012 0.004 0.008 0.000
#> GSM311632 3 0.2941 0.7527 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM311633 2 0.5581 0.2152 0.000 0.580 0.024 0.328 0.040 0.028
#> GSM311634 2 0.5932 0.5352 0.004 0.500 0.312 0.004 0.180 0.000
#> GSM311635 3 0.5928 -0.4709 0.004 0.400 0.416 0.000 0.180 0.000
#> GSM311636 6 0.0547 0.7257 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311637 6 0.2300 0.5932 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM311638 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311639 2 0.5686 0.5566 0.000 0.540 0.276 0.004 0.180 0.000
#> GSM311640 1 0.0000 0.8897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.7493 0.3529 0.000 0.376 0.200 0.244 0.180 0.000
#> GSM311642 3 0.2969 0.7551 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM311643 4 0.2554 0.6641 0.000 0.028 0.004 0.876 0.092 0.000
#> GSM311644 6 0.0725 0.7275 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM311645 1 0.6903 0.0713 0.432 0.000 0.016 0.040 0.188 0.324
#> GSM311646 2 0.7124 0.5609 0.072 0.528 0.140 0.048 0.212 0.000
#> GSM311647 6 0.3380 0.6245 0.000 0.000 0.004 0.244 0.004 0.748
#> GSM311648 2 0.6199 0.5104 0.012 0.460 0.340 0.004 0.184 0.000
#> GSM311649 3 0.2941 0.7527 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM311650 2 0.4650 0.2268 0.000 0.608 0.012 0.348 0.032 0.000
#> GSM311651 4 0.5667 0.1282 0.000 0.380 0.060 0.516 0.044 0.000
#> GSM311652 3 0.3266 0.7690 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311653 4 0.3535 0.6382 0.000 0.052 0.004 0.800 0.144 0.000
#> GSM311654 6 0.5751 0.3029 0.000 0.148 0.232 0.004 0.020 0.596
#> GSM311655 6 0.1498 0.7256 0.000 0.000 0.028 0.000 0.032 0.940
#> GSM311656 1 0.0363 0.8853 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.5013 0.5072 0.000 0.664 0.016 0.224 0.096 0.000
#> GSM311658 2 0.4782 0.5215 0.000 0.680 0.008 0.216 0.096 0.000
#> GSM311659 2 0.4348 0.6396 0.000 0.752 0.104 0.016 0.128 0.000
#> GSM311660 5 0.4003 0.6200 0.004 0.000 0.000 0.248 0.716 0.032
#> GSM311661 2 0.2697 0.5549 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.5961 0.5272 0.004 0.488 0.324 0.004 0.180 0.000
#> GSM311663 2 0.2123 0.6625 0.000 0.912 0.012 0.024 0.052 0.000
#> GSM311664 1 0.0146 0.8891 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311665 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311666 2 0.1556 0.6385 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0458 0.8836 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311669 4 0.4574 0.6081 0.000 0.028 0.008 0.756 0.092 0.116
#> GSM311670 6 0.0713 0.7228 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM311671 5 0.6317 0.5969 0.156 0.000 0.000 0.148 0.584 0.112
#> GSM311672 2 0.3164 0.5779 0.000 0.824 0.004 0.140 0.032 0.000
#> GSM311673 4 0.4512 0.5698 0.000 0.192 0.004 0.708 0.096 0.000
#> GSM311674 5 0.5174 0.6007 0.128 0.000 0.004 0.012 0.664 0.192
#> GSM311675 5 0.5181 0.4623 0.360 0.000 0.000 0.068 0.560 0.012
#> GSM311676 4 0.1785 0.6803 0.000 0.016 0.012 0.936 0.028 0.008
#> GSM311677 5 0.4610 0.5550 0.000 0.004 0.072 0.252 0.672 0.000
#> GSM311678 2 0.2775 0.6657 0.000 0.856 0.104 0.000 0.040 0.000
#> GSM311679 3 0.3405 0.7669 0.000 0.000 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM311680 2 0.0767 0.6665 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008 0.000
#> GSM311681 5 0.4238 0.4431 0.000 0.000 0.000 0.028 0.628 0.344
#> GSM311682 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311683 6 0.0632 0.7246 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311684 2 0.0717 0.6701 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.8897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.6966 0.5692 0.072 0.548 0.132 0.044 0.204 0.000
#> GSM311688 6 0.3126 0.3776 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311689 1 0.0146 0.8899 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311690 3 0.3660 0.6797 0.000 0.000 0.780 0.000 0.060 0.160
#> GSM311691 2 0.0632 0.6636 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3937 0.5913 0.000 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424
#> GSM311693 2 0.5818 0.5546 0.004 0.536 0.276 0.004 0.180 0.000
#> GSM311694 2 0.3125 0.5817 0.000 0.828 0.004 0.136 0.032 0.000
#> GSM311695 6 0.3707 0.6285 0.000 0.000 0.004 0.056 0.156 0.784
#> GSM311696 2 0.5353 0.1865 0.000 0.504 0.004 0.396 0.096 0.000
#> GSM311697 6 0.1444 0.6866 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM311698 2 0.5876 0.4593 0.000 0.616 0.188 0.060 0.000 0.136
#> GSM311699 4 0.3357 0.6639 0.000 0.064 0.052 0.844 0.040 0.000
#> GSM311700 5 0.4373 0.6257 0.044 0.000 0.000 0.260 0.688 0.008
#> GSM311701 2 0.4355 0.3127 0.000 0.644 0.004 0.320 0.032 0.000
#> GSM311702 2 0.0260 0.6675 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0405 0.6682 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3592 0.7281 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311705 2 0.0405 0.6682 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.4029 0.5919 0.292 0.000 0.000 0.028 0.680 0.000
#> GSM311707 5 0.3945 0.4738 0.380 0.000 0.000 0.008 0.612 0.000
#> GSM311708 2 0.5952 0.5300 0.004 0.492 0.320 0.004 0.180 0.000
#> GSM311709 2 0.5885 0.2331 0.284 0.516 0.000 0.192 0.008 0.000
#> GSM311710 5 0.7196 0.2055 0.120 0.000 0.000 0.348 0.364 0.168
#> GSM311711 1 0.0146 0.8888 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311712 6 0.4167 0.4098 0.000 0.000 0.000 0.368 0.020 0.612
#> GSM311713 5 0.4686 0.5376 0.000 0.000 0.032 0.312 0.636 0.020
#> GSM311714 4 0.1710 0.6739 0.000 0.016 0.000 0.936 0.028 0.020
#> GSM311716 6 0.5089 0.4664 0.000 0.000 0.004 0.176 0.172 0.648
#> GSM311717 1 0.0000 0.8897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.4353 0.6463 0.244 0.000 0.000 0.056 0.696 0.004
#> GSM311719 6 0.4437 0.5499 0.016 0.000 0.004 0.052 0.200 0.728
#> GSM311720 1 0.0291 0.8882 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311721 2 0.4117 0.5423 0.000 0.704 0.256 0.004 0.000 0.036
#> GSM311722 3 0.4094 0.7351 0.000 0.000 0.652 0.000 0.024 0.324
#> GSM311723 5 0.4376 0.6408 0.248 0.000 0.000 0.056 0.692 0.004
#> GSM311724 2 0.2706 0.6667 0.000 0.852 0.124 0.000 0.024 0.000
#> GSM311725 4 0.4293 0.2519 0.000 0.016 0.004 0.584 0.396 0.000
#> GSM311726 3 0.3309 0.7670 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM311727 3 0.3854 0.5587 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM311728 2 0.6562 0.5535 0.008 0.568 0.188 0.100 0.136 0.000
#> GSM311729 5 0.4446 0.6277 0.044 0.000 0.000 0.256 0.688 0.012
#> GSM311730 2 0.4563 0.6233 0.000 0.700 0.164 0.000 0.136 0.000
#> GSM311731 4 0.7175 0.3368 0.256 0.188 0.008 0.452 0.096 0.000
#> GSM311732 6 0.5542 0.4685 0.000 0.000 0.096 0.284 0.028 0.592
#> GSM311733 6 0.0632 0.7246 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311734 6 0.3549 0.6591 0.000 0.000 0.004 0.192 0.028 0.776
#> GSM311735 2 0.2457 0.6686 0.000 0.880 0.084 0.000 0.036 0.000
#> GSM311736 6 0.2003 0.6351 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM311737 6 0.4604 0.4759 0.000 0.000 0.000 0.300 0.064 0.636
#> GSM311738 1 0.2393 0.8119 0.892 0.000 0.040 0.004 0.064 0.000
#> GSM311739 4 0.2468 0.6753 0.000 0.092 0.004 0.884 0.012 0.008
#> GSM311740 2 0.4400 0.6381 0.004 0.744 0.172 0.004 0.068 0.008
#> GSM311741 4 0.2827 0.6690 0.000 0.132 0.008 0.848 0.004 0.008
#> GSM311742 4 0.2711 0.6490 0.000 0.004 0.068 0.872 0.056 0.000
#> GSM311743 3 0.3857 0.5503 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM311744 6 0.0713 0.7228 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM311745 4 0.3673 0.5054 0.016 0.000 0.000 0.780 0.180 0.024
#> GSM311746 4 0.3029 0.5927 0.004 0.000 0.000 0.840 0.120 0.036
#> GSM311747 5 0.6261 0.4952 0.064 0.000 0.000 0.128 0.544 0.264
#> GSM311748 3 0.3221 0.7682 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM311749 5 0.4315 0.5638 0.328 0.000 0.000 0.036 0.636 0.000
#> GSM311750 2 0.1832 0.6674 0.000 0.928 0.032 0.008 0.032 0.000
#> GSM311751 3 0.3371 0.7624 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM311752 5 0.3626 0.5434 0.000 0.004 0.004 0.288 0.704 0.000
#> GSM311753 3 0.3446 0.7539 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311754 2 0.6018 0.2345 0.000 0.536 0.300 0.036 0.000 0.128
#> GSM311755 3 0.3617 0.3956 0.000 0.060 0.824 0.004 0.092 0.020
#> GSM311756 4 0.4586 0.3430 0.000 0.036 0.012 0.640 0.312 0.000
#> GSM311757 6 0.3244 0.3268 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM311758 1 0.0000 0.8897 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 3 0.6072 -0.4769 0.004 0.400 0.408 0.004 0.184 0.000
#> GSM311760 2 0.5818 0.5546 0.004 0.536 0.276 0.004 0.180 0.000
#> GSM311668 4 0.4886 0.2978 0.000 0.000 0.004 0.620 0.300 0.076
#> GSM311715 5 0.3767 0.5349 0.000 0.016 0.004 0.260 0.720 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:skmeans 137 1.0000 2
#> SD:skmeans 137 0.1171 3
#> SD:skmeans 153 0.0956 4
#> SD:skmeans 122 0.1011 5
#> SD:skmeans 126 0.1887 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.267 0.765 0.827 0.4692 0.529 0.529
#> 3 3 0.579 0.743 0.883 0.4052 0.689 0.471
#> 4 4 0.589 0.581 0.790 0.1148 0.837 0.567
#> 5 5 0.630 0.580 0.766 0.0441 0.862 0.568
#> 6 6 0.689 0.415 0.703 0.0524 0.903 0.645
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9323 0.5005 0.652 0.348
#> GSM311599 1 0.5737 0.7625 0.864 0.136
#> GSM311600 1 0.6801 0.7674 0.820 0.180
#> GSM311601 1 0.6801 0.7532 0.820 0.180
#> GSM311602 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311603 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311604 2 0.1414 0.8600 0.020 0.980
#> GSM311605 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311606 2 0.0000 0.8673 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311608 1 0.7815 0.7223 0.768 0.232
#> GSM311609 1 0.6531 0.7680 0.832 0.168
#> GSM311610 2 0.5842 0.8477 0.140 0.860
#> GSM311611 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311612 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311613 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311614 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311615 2 0.7056 0.8055 0.192 0.808
#> GSM311616 2 0.5408 0.8569 0.124 0.876
#> GSM311617 1 0.7674 0.7174 0.776 0.224
#> GSM311618 2 0.2423 0.8709 0.040 0.960
#> GSM311619 2 0.6247 0.8374 0.156 0.844
#> GSM311620 2 0.6148 0.8491 0.152 0.848
#> GSM311621 2 0.5408 0.8569 0.124 0.876
#> GSM311622 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311623 1 0.7883 0.7187 0.764 0.236
#> GSM311624 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311625 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311626 1 0.8207 0.7640 0.744 0.256
#> GSM311627 1 0.9522 0.4345 0.628 0.372
#> GSM311628 1 0.3879 0.7726 0.924 0.076
#> GSM311629 1 0.9635 0.6899 0.612 0.388
#> GSM311630 1 0.3114 0.7651 0.944 0.056
#> GSM311631 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311632 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311633 2 0.8267 0.5034 0.260 0.740
#> GSM311634 2 0.2948 0.8613 0.052 0.948
#> GSM311635 1 0.9815 0.6455 0.580 0.420
#> GSM311636 1 0.5737 0.7659 0.864 0.136
#> GSM311637 1 0.8081 0.7634 0.752 0.248
#> GSM311638 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311639 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311640 1 0.6973 0.7654 0.812 0.188
#> GSM311641 2 0.2778 0.8717 0.048 0.952
#> GSM311642 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311643 2 0.6148 0.8407 0.152 0.848
#> GSM311644 1 0.4562 0.7714 0.904 0.096
#> GSM311645 1 0.7815 0.7590 0.768 0.232
#> GSM311646 1 0.9686 0.5200 0.604 0.396
#> GSM311647 1 0.6801 0.7508 0.820 0.180
#> GSM311648 2 0.2603 0.8588 0.044 0.956
#> GSM311649 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311650 2 0.4815 0.8648 0.104 0.896
#> GSM311651 2 0.5408 0.8569 0.124 0.876
#> GSM311652 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311653 2 0.5178 0.8642 0.116 0.884
#> GSM311654 1 0.9087 0.7434 0.676 0.324
#> GSM311655 1 0.4022 0.7732 0.920 0.080
#> GSM311656 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311657 2 0.5737 0.8502 0.136 0.864
#> GSM311658 2 0.4161 0.8684 0.084 0.916
#> GSM311659 2 0.4161 0.8684 0.084 0.916
#> GSM311660 1 0.7815 0.7590 0.768 0.232
#> GSM311661 2 0.2423 0.8709 0.040 0.960
#> GSM311662 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311663 2 0.4161 0.8507 0.084 0.916
#> GSM311664 1 0.6531 0.7728 0.832 0.168
#> GSM311665 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311666 2 0.2423 0.8709 0.040 0.960
#> GSM311667 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311669 1 0.7139 0.7570 0.804 0.196
#> GSM311670 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311671 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311672 2 0.2423 0.8709 0.040 0.960
#> GSM311673 2 0.5842 0.8477 0.140 0.860
#> GSM311674 1 0.7815 0.7590 0.768 0.232
#> GSM311675 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311676 2 0.5629 0.8529 0.132 0.868
#> GSM311677 2 0.6712 0.8160 0.176 0.824
#> GSM311678 2 0.4161 0.8507 0.084 0.916
#> GSM311679 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311680 2 0.0000 0.8673 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.4161 0.7700 0.916 0.084
#> GSM311682 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311683 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311684 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311685 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311686 1 0.9170 0.5494 0.668 0.332
#> GSM311687 2 0.6148 0.8317 0.152 0.848
#> GSM311688 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311689 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311690 1 0.7602 0.7316 0.780 0.220
#> GSM311691 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311692 1 0.6343 0.7833 0.840 0.160
#> GSM311693 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311694 2 0.2423 0.8709 0.040 0.960
#> GSM311695 1 0.4161 0.7700 0.916 0.084
#> GSM311696 2 0.6712 0.8180 0.176 0.824
#> GSM311697 1 0.6973 0.7572 0.812 0.188
#> GSM311698 1 0.9608 0.6947 0.616 0.384
#> GSM311699 1 0.9491 0.5705 0.632 0.368
#> GSM311700 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311701 2 0.5629 0.8537 0.132 0.868
#> GSM311702 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311703 2 0.0938 0.8634 0.012 0.988
#> GSM311704 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311705 2 0.0000 0.8673 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.7602 0.7221 0.780 0.220
#> GSM311707 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311708 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311709 1 0.7950 0.7239 0.760 0.240
#> GSM311710 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311711 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311712 1 0.4690 0.7715 0.900 0.100
#> GSM311713 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311714 2 0.5408 0.8569 0.124 0.876
#> GSM311716 1 0.5629 0.7786 0.868 0.132
#> GSM311717 1 0.7219 0.7623 0.800 0.200
#> GSM311718 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311719 1 0.2043 0.7591 0.968 0.032
#> GSM311720 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311721 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311722 1 0.7602 0.7316 0.780 0.220
#> GSM311723 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311724 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311725 2 0.7056 0.8055 0.192 0.808
#> GSM311726 1 0.7528 0.7348 0.784 0.216
#> GSM311727 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311728 1 0.6973 0.7654 0.812 0.188
#> GSM311729 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311730 2 0.2778 0.8564 0.048 0.952
#> GSM311731 1 0.9044 0.5638 0.680 0.320
#> GSM311732 1 0.6623 0.7683 0.828 0.172
#> GSM311733 1 0.6623 0.7557 0.828 0.172
#> GSM311734 1 0.7883 0.7739 0.764 0.236
#> GSM311735 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311736 1 0.6887 0.7521 0.816 0.184
#> GSM311737 1 0.7815 0.7590 0.768 0.232
#> GSM311738 2 0.7883 0.7637 0.236 0.764
#> GSM311739 2 0.5408 0.8569 0.124 0.876
#> GSM311740 1 0.9988 0.4819 0.520 0.480
#> GSM311741 1 0.9323 0.4976 0.652 0.348
#> GSM311742 2 0.5519 0.8555 0.128 0.872
#> GSM311743 1 0.6712 0.7542 0.824 0.176
#> GSM311744 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311745 2 0.9944 0.2456 0.456 0.544
#> GSM311746 2 0.5842 0.8477 0.140 0.860
#> GSM311747 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311748 1 0.7883 0.7187 0.764 0.236
#> GSM311749 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311750 2 0.2778 0.8462 0.048 0.952
#> GSM311751 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311752 1 0.9427 0.4673 0.640 0.360
#> GSM311753 1 0.7056 0.7493 0.808 0.192
#> GSM311754 2 0.2043 0.8533 0.032 0.968
#> GSM311755 1 0.9608 0.6947 0.616 0.384
#> GSM311756 2 0.9970 -0.0111 0.468 0.532
#> GSM311757 1 0.6973 0.7508 0.812 0.188
#> GSM311758 1 0.6801 0.7597 0.820 0.180
#> GSM311759 2 0.2948 0.8565 0.052 0.948
#> GSM311760 2 0.4022 0.8711 0.080 0.920
#> GSM311668 1 0.7139 0.7467 0.804 0.196
#> GSM311715 2 0.6438 0.8324 0.164 0.836
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 1 0.6126 0.24582 0.600 0.000 0.400
#> GSM311600 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.5465 0.61833 0.000 0.288 0.712
#> GSM311606 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.5706 0.56528 0.000 0.320 0.680
#> GSM311609 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311610 3 0.8386 0.50546 0.172 0.204 0.624
#> GSM311611 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.6225 0.31570 0.000 0.432 0.568
#> GSM311615 2 0.6168 0.36908 0.412 0.588 0.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311617 1 0.8290 0.60725 0.632 0.204 0.164
#> GSM311618 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.5465 0.61833 0.000 0.288 0.712
#> GSM311624 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.4473 0.79415 0.828 0.008 0.164
#> GSM311626 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311627 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.5119 0.71234 0.028 0.812 0.160
#> GSM311630 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311631 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.5465 0.61833 0.000 0.288 0.712
#> GSM311633 2 0.2878 0.80177 0.000 0.904 0.096
#> GSM311634 2 0.1031 0.86847 0.024 0.976 0.000
#> GSM311635 2 0.6764 0.65724 0.108 0.744 0.148
#> GSM311636 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.6260 -0.00329 0.448 0.000 0.552
#> GSM311638 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311641 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.5465 0.61833 0.000 0.288 0.712
#> GSM311643 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.1411 0.83338 0.964 0.000 0.036
#> GSM311646 1 0.8604 0.44170 0.564 0.312 0.124
#> GSM311647 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311648 2 0.4178 0.72741 0.172 0.828 0.000
#> GSM311649 3 0.8677 0.47325 0.140 0.288 0.572
#> GSM311650 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0237 0.88210 0.004 0.996 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311653 2 0.6307 0.08792 0.488 0.512 0.000
#> GSM311654 2 0.8950 0.37459 0.272 0.556 0.172
#> GSM311655 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311656 1 0.4178 0.79079 0.828 0.000 0.172
#> GSM311657 2 0.0424 0.87958 0.008 0.992 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.6111 0.25710 0.604 0.000 0.396
#> GSM311661 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311665 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 2 0.8835 0.34494 0.268 0.568 0.164
#> GSM311670 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 3 0.6291 0.14410 0.468 0.000 0.532
#> GSM311672 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.5529 0.54388 0.296 0.704 0.000
#> GSM311674 1 0.5497 0.51023 0.708 0.000 0.292
#> GSM311675 1 0.5058 0.58308 0.756 0.000 0.244
#> GSM311676 2 0.3116 0.79818 0.108 0.892 0.000
#> GSM311677 2 0.6286 0.26211 0.464 0.536 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.6215 0.07013 0.428 0.000 0.572
#> GSM311680 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 3 0.4062 0.69788 0.164 0.000 0.836
#> GSM311682 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.4047 0.80484 0.848 0.004 0.148
#> GSM311687 1 0.4235 0.73358 0.824 0.176 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311690 3 0.4178 0.69070 0.172 0.000 0.828
#> GSM311691 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 1 0.9485 0.21991 0.428 0.184 0.388
#> GSM311693 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.5465 0.61833 0.000 0.288 0.712
#> GSM311698 2 0.4062 0.72422 0.000 0.836 0.164
#> GSM311699 2 0.8962 0.34861 0.288 0.548 0.164
#> GSM311700 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2796 0.77273 0.092 0.000 0.908
#> GSM311705 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 1 0.9029 0.41642 0.536 0.300 0.164
#> GSM311710 1 0.5926 0.36057 0.644 0.000 0.356
#> GSM311711 1 0.4634 0.79237 0.824 0.012 0.164
#> GSM311712 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311713 1 0.5178 0.78593 0.808 0.028 0.164
#> GSM311714 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311716 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 1 0.3340 0.81561 0.880 0.000 0.120
#> GSM311718 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311720 1 0.4178 0.79079 0.828 0.000 0.172
#> GSM311721 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 3 0.4178 0.69070 0.172 0.000 0.828
#> GSM311723 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 3 0.5431 0.62348 0.000 0.284 0.716
#> GSM311727 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 1 0.6380 0.75262 0.760 0.076 0.164
#> GSM311729 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311730 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 1 0.4663 0.79732 0.828 0.016 0.156
#> GSM311732 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311740 2 0.9006 0.34294 0.288 0.544 0.168
#> GSM311741 2 0.9108 0.27932 0.316 0.520 0.164
#> GSM311742 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.1399 0.82504 0.968 0.028 0.004
#> GSM311746 2 0.9899 0.10439 0.320 0.400 0.280
#> GSM311747 3 0.5254 0.52319 0.264 0.000 0.736
#> GSM311748 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0237 0.88165 0.000 0.996 0.004
#> GSM311751 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.83620 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.4002 0.74630 0.000 0.160 0.840
#> GSM311754 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.4178 0.71555 0.000 0.828 0.172
#> GSM311756 2 0.8825 0.35791 0.296 0.556 0.148
#> GSM311757 3 0.0000 0.85292 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.3340 0.81561 0.880 0.000 0.120
#> GSM311759 2 0.6215 0.25859 0.428 0.572 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.88429 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.4062 0.79684 0.836 0.000 0.164
#> GSM311715 1 0.4291 0.69762 0.820 0.180 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.6429 0.6188 0.600 0.024 0.040 0.336
#> GSM311599 3 0.6477 0.1946 0.368 0.000 0.552 0.080
#> GSM311600 1 0.5126 0.4741 0.552 0.000 0.004 0.444
#> GSM311601 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311602 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311603 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311604 2 0.0707 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311605 3 0.7467 0.5352 0.244 0.056 0.604 0.096
#> GSM311606 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311608 3 0.0895 0.7259 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM311609 4 0.6461 0.6432 0.240 0.000 0.128 0.632
#> GSM311610 4 0.2207 0.5051 0.024 0.040 0.004 0.932
#> GSM311611 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311612 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311613 3 0.4998 -0.1252 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM311614 3 0.7534 0.5330 0.244 0.060 0.600 0.096
#> GSM311615 2 0.6182 0.4257 0.276 0.636 0.000 0.088
#> GSM311616 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.5475 0.5934 0.308 0.036 0.000 0.656
#> GSM311618 2 0.1211 0.8409 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311619 2 0.1867 0.8131 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311620 2 0.0707 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311621 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.4996 0.0924 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM311623 3 0.1042 0.7253 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM311624 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311625 1 0.4744 0.3096 0.704 0.012 0.000 0.284
#> GSM311626 1 0.7138 0.1863 0.552 0.000 0.268 0.180
#> GSM311627 4 0.2647 0.4338 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311628 4 0.6509 0.5566 0.140 0.000 0.228 0.632
#> GSM311629 3 0.8623 0.4296 0.244 0.068 0.492 0.196
#> GSM311630 1 0.0817 0.5932 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311631 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0895 0.7259 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM311633 2 0.2469 0.7708 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM311634 2 0.2450 0.8032 0.016 0.912 0.000 0.072
#> GSM311635 3 0.8859 0.4432 0.224 0.180 0.492 0.104
#> GSM311636 4 0.7193 0.5663 0.240 0.000 0.208 0.552
#> GSM311637 3 0.7102 0.4351 0.304 0.000 0.540 0.156
#> GSM311638 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311639 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.1174 0.5904 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311641 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.1820 0.7261 0.036 0.020 0.944 0.000
#> GSM311643 2 0.0707 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311644 4 0.7164 0.5706 0.240 0.000 0.204 0.556
#> GSM311645 4 0.5510 -0.3180 0.480 0.000 0.016 0.504
#> GSM311646 1 0.5650 0.1613 0.544 0.432 0.000 0.024
#> GSM311647 4 0.6317 0.6443 0.240 0.000 0.116 0.644
#> GSM311648 2 0.1624 0.8413 0.028 0.952 0.020 0.000
#> GSM311649 3 0.5306 0.6167 0.240 0.020 0.720 0.020
#> GSM311650 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0188 0.7284 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311653 2 0.7556 0.1339 0.304 0.500 0.004 0.192
#> GSM311654 3 0.8501 0.4355 0.300 0.120 0.492 0.088
#> GSM311655 1 0.7534 -0.3893 0.432 0.000 0.188 0.380
#> GSM311656 1 0.4300 0.5300 0.820 0.000 0.088 0.092
#> GSM311657 2 0.3806 0.7169 0.156 0.824 0.000 0.020
#> GSM311658 2 0.0707 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311659 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 4 0.5130 -0.1330 0.312 0.000 0.020 0.668
#> GSM311661 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1022 0.8461 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM311663 2 0.0592 0.8580 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311664 1 0.1042 0.5923 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM311665 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311666 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.4134 0.6572 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM311669 4 0.5769 0.5974 0.292 0.056 0.000 0.652
#> GSM311670 4 0.7193 0.5663 0.240 0.000 0.208 0.552
#> GSM311671 4 0.3074 0.4489 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM311672 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.4134 0.5794 0.260 0.740 0.000 0.000
#> GSM311674 4 0.6562 -0.3455 0.404 0.000 0.080 0.516
#> GSM311675 4 0.3569 0.4075 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311676 2 0.5150 0.3773 0.008 0.596 0.000 0.396
#> GSM311677 2 0.7890 -0.2641 0.292 0.372 0.000 0.336
#> GSM311678 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.5085 0.5750 0.304 0.000 0.676 0.020
#> GSM311680 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 4 0.2281 0.5595 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM311682 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311683 4 0.7193 0.5663 0.240 0.000 0.208 0.552
#> GSM311684 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.3486 0.6640 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311686 1 0.1452 0.6347 0.956 0.008 0.000 0.036
#> GSM311687 1 0.6280 0.4045 0.584 0.344 0.000 0.072
#> GSM311688 3 0.5716 0.5779 0.272 0.000 0.668 0.060
#> GSM311689 1 0.0707 0.5958 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311690 3 0.0707 0.7280 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311691 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 1 0.7194 0.1159 0.540 0.004 0.312 0.144
#> GSM311693 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0188 0.8622 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311695 4 0.6317 0.6443 0.240 0.000 0.116 0.644
#> GSM311696 2 0.0707 0.8563 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311697 3 0.7761 0.5077 0.244 0.056 0.580 0.120
#> GSM311698 3 0.8727 0.4290 0.244 0.084 0.492 0.180
#> GSM311699 1 0.6554 0.1711 0.520 0.400 0.000 0.080
#> GSM311700 1 0.4855 0.5847 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM311701 2 0.0592 0.8580 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311702 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2124 0.7221 0.008 0.000 0.924 0.068
#> GSM311705 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.4500 0.6242 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311707 1 0.4008 0.6314 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311708 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311709 1 0.4982 0.5015 0.772 0.136 0.000 0.092
#> GSM311710 4 0.2647 0.4338 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311711 1 0.2796 0.5779 0.892 0.016 0.000 0.092
#> GSM311712 4 0.6414 0.6442 0.240 0.000 0.124 0.636
#> GSM311713 4 0.4250 0.5939 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311714 2 0.4985 0.1575 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311716 4 0.6027 0.6529 0.244 0.000 0.092 0.664
#> GSM311717 1 0.2589 0.6608 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM311718 1 0.4164 0.6203 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM311719 4 0.6394 0.6437 0.244 0.000 0.120 0.636
#> GSM311720 1 0.3755 0.5323 0.836 0.012 0.008 0.144
#> GSM311721 2 0.4994 0.1059 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM311722 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311723 1 0.4907 0.5415 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM311724 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.5143 -0.3715 0.456 0.004 0.000 0.540
#> GSM311726 3 0.0895 0.7259 0.004 0.020 0.976 0.000
#> GSM311727 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311728 1 0.6296 0.3407 0.644 0.000 0.244 0.112
#> GSM311729 1 0.3219 0.5518 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM311730 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 1 0.4677 0.5583 0.824 0.032 0.068 0.076
#> GSM311732 4 0.6394 0.6437 0.244 0.000 0.120 0.636
#> GSM311733 4 0.7193 0.5663 0.240 0.000 0.208 0.552
#> GSM311734 4 0.6139 0.6516 0.244 0.000 0.100 0.656
#> GSM311735 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311737 4 0.5520 0.6503 0.244 0.000 0.060 0.696
#> GSM311738 1 0.5565 0.6358 0.684 0.056 0.000 0.260
#> GSM311739 2 0.4103 0.6163 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM311740 2 0.7593 0.1214 0.300 0.472 0.228 0.000
#> GSM311741 4 0.7571 0.4235 0.272 0.244 0.000 0.484
#> GSM311742 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311743 3 0.2011 0.7176 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311744 4 0.6317 0.6443 0.240 0.000 0.116 0.644
#> GSM311745 4 0.4543 0.0233 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM311746 4 0.4716 0.4541 0.040 0.136 0.020 0.804
#> GSM311747 4 0.4538 0.6432 0.216 0.000 0.024 0.760
#> GSM311748 3 0.0336 0.7279 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311749 1 0.4585 0.6228 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM311750 2 0.4746 0.5165 0.008 0.688 0.304 0.000
#> GSM311751 3 0.0707 0.7280 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311752 1 0.4907 0.5800 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM311753 3 0.5117 0.6121 0.244 0.012 0.724 0.020
#> GSM311754 2 0.4713 0.4142 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM311755 3 0.7008 0.5261 0.120 0.240 0.620 0.020
#> GSM311756 2 0.6506 -0.0127 0.456 0.472 0.000 0.072
#> GSM311757 3 0.6027 0.5752 0.244 0.000 0.664 0.092
#> GSM311758 1 0.2469 0.6591 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311759 2 0.6458 0.2038 0.072 0.520 0.408 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.8634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.4134 0.6013 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM311715 1 0.7550 0.4369 0.480 0.300 0.000 0.220
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.1331 0.6773 0.040 0.008 0.000 0.000 0.952
#> GSM311599 3 0.7639 0.0248 0.092 0.000 0.396 0.372 0.140
#> GSM311600 1 0.7185 0.5264 0.548 0.000 0.084 0.212 0.156
#> GSM311601 3 0.4235 0.2059 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM311602 1 0.0290 0.7784 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311603 1 0.4859 0.7233 0.752 0.000 0.040 0.048 0.160
#> GSM311604 2 0.2813 0.7567 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311605 3 0.5277 0.3770 0.008 0.040 0.584 0.368 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3752 0.3685 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM311608 3 0.0404 0.5225 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311609 4 0.0771 0.6752 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM311610 5 0.5182 0.6569 0.000 0.068 0.000 0.300 0.632
#> GSM311611 3 0.4161 0.2563 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM311612 3 0.4161 0.2563 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM311613 4 0.4219 0.1162 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM311614 3 0.5266 0.3805 0.008 0.040 0.588 0.364 0.000
#> GSM311615 2 0.4562 0.6412 0.032 0.676 0.000 0.000 0.292
#> GSM311616 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.7737 0.2908 0.052 0.260 0.024 0.492 0.172
#> GSM311618 2 0.1282 0.8106 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM311619 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2813 0.7567 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311621 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.4291 0.1837 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.1792 0.5025 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM311624 1 0.0290 0.7784 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311625 4 0.8206 0.2959 0.192 0.172 0.080 0.504 0.052
#> GSM311626 3 0.6135 0.3096 0.040 0.000 0.528 0.380 0.052
#> GSM311627 5 0.4214 0.7635 0.064 0.004 0.000 0.152 0.780
#> GSM311628 4 0.2329 0.5670 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM311629 3 0.5313 0.3665 0.004 0.048 0.572 0.376 0.000
#> GSM311630 1 0.5267 0.7086 0.732 0.000 0.068 0.052 0.148
#> GSM311631 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.5221 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.1830 0.7925 0.008 0.924 0.000 0.068 0.000
#> GSM311634 2 0.3003 0.7346 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 3 0.6102 0.3718 0.004 0.152 0.572 0.272 0.000
#> GSM311636 4 0.2304 0.6224 0.008 0.000 0.100 0.892 0.000
#> GSM311637 3 0.5311 0.3527 0.024 0.000 0.572 0.384 0.020
#> GSM311638 1 0.0290 0.7784 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311639 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.1043 0.7694 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0609 0.5231 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311643 2 0.2813 0.7567 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311644 4 0.2280 0.6049 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM311645 4 0.7912 -0.1214 0.076 0.012 0.360 0.396 0.156
#> GSM311646 2 0.8253 0.2474 0.088 0.496 0.064 0.236 0.116
#> GSM311647 4 0.0000 0.6741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.1507 0.8162 0.012 0.952 0.024 0.000 0.012
#> GSM311649 3 0.3934 0.4415 0.008 0.000 0.716 0.276 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.5221 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311653 2 0.5163 0.6724 0.032 0.700 0.004 0.032 0.232
#> GSM311654 3 0.6739 0.3818 0.028 0.100 0.572 0.280 0.020
#> GSM311655 4 0.4405 0.4790 0.012 0.000 0.200 0.752 0.036
#> GSM311656 3 0.7302 0.2487 0.168 0.000 0.460 0.320 0.052
#> GSM311657 2 0.3391 0.7419 0.012 0.800 0.000 0.000 0.188
#> GSM311658 2 0.2813 0.7567 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311659 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.2970 0.7490 0.004 0.000 0.000 0.168 0.828
#> GSM311661 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1043 0.8148 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.2074 0.7920 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311664 1 0.4666 0.7310 0.784 0.000 0.072 0.048 0.096
#> GSM311665 1 0.0290 0.7784 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3757 0.7474 0.808 0.000 0.012 0.024 0.156
#> GSM311669 4 0.7010 0.3352 0.044 0.264 0.028 0.572 0.092
#> GSM311670 4 0.2462 0.6130 0.008 0.000 0.112 0.880 0.000
#> GSM311671 5 0.5418 0.6927 0.044 0.000 0.024 0.292 0.640
#> GSM311672 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.2067 0.7952 0.032 0.920 0.000 0.000 0.048
#> GSM311674 1 0.8089 0.3852 0.432 0.000 0.200 0.152 0.216
#> GSM311675 1 0.5784 0.3772 0.604 0.000 0.000 0.252 0.144
#> GSM311676 2 0.3916 0.6825 0.004 0.780 0.000 0.188 0.028
#> GSM311677 5 0.2970 0.6433 0.004 0.168 0.000 0.000 0.828
#> GSM311678 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4816 0.4294 0.020 0.000 0.680 0.280 0.020
#> GSM311680 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.4030 0.6561 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM311682 1 0.2648 0.7516 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM311683 4 0.2304 0.6224 0.008 0.000 0.100 0.892 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.1544 0.7724 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311686 1 0.0162 0.7772 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5752 0.3680 0.384 0.524 0.000 0.000 0.092
#> GSM311688 3 0.4994 0.3171 0.012 0.000 0.576 0.396 0.016
#> GSM311689 1 0.7283 0.3728 0.500 0.000 0.068 0.280 0.152
#> GSM311690 3 0.2179 0.4939 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.6127 0.3146 0.040 0.000 0.532 0.376 0.052
#> GSM311693 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0162 0.8278 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311695 4 0.0000 0.6741 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.2813 0.7567 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311697 3 0.5310 0.3641 0.008 0.040 0.572 0.380 0.000
#> GSM311698 3 0.5261 0.3649 0.004 0.044 0.572 0.380 0.000
#> GSM311699 2 0.5827 0.4884 0.040 0.660 0.008 0.240 0.052
#> GSM311700 5 0.3284 0.7215 0.148 0.000 0.000 0.024 0.828
#> GSM311701 2 0.2074 0.7920 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311702 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3424 0.4133 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.2852 0.7006 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM311707 1 0.3452 0.6765 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM311708 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.7931 0.1334 0.148 0.480 0.064 0.276 0.032
#> GSM311710 5 0.5851 0.6647 0.104 0.000 0.004 0.320 0.572
#> GSM311711 1 0.3366 0.5581 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM311712 4 0.1430 0.6753 0.000 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM311713 5 0.4252 0.7057 0.020 0.000 0.000 0.280 0.700
#> GSM311714 2 0.3300 0.6863 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004
#> GSM311716 4 0.2077 0.6597 0.008 0.000 0.084 0.908 0.000
#> GSM311717 1 0.0000 0.7782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.2852 0.7006 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM311719 4 0.1671 0.6677 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM311720 2 0.8995 -0.1804 0.168 0.340 0.084 0.324 0.084
#> GSM311721 2 0.4304 0.1398 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.4161 0.2563 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM311723 5 0.3590 0.7511 0.080 0.000 0.000 0.092 0.828
#> GSM311724 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4241 0.7160 0.116 0.064 0.000 0.020 0.800
#> GSM311726 3 0.0290 0.5214 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311727 3 0.4235 0.2059 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM311728 3 0.7420 0.2978 0.048 0.000 0.452 0.280 0.220
#> GSM311729 5 0.5184 0.6722 0.140 0.000 0.036 0.088 0.736
#> GSM311730 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 3 0.9679 0.1264 0.220 0.128 0.292 0.232 0.128
#> GSM311732 4 0.2054 0.6680 0.008 0.000 0.072 0.916 0.004
#> GSM311733 4 0.2411 0.6167 0.008 0.000 0.108 0.884 0.000
#> GSM311734 4 0.1952 0.6620 0.000 0.000 0.084 0.912 0.004
#> GSM311735 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.4242 0.2020 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> GSM311737 4 0.2338 0.6401 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004
#> GSM311738 1 0.2732 0.7477 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311739 2 0.2930 0.7258 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> GSM311740 2 0.7569 0.0324 0.024 0.452 0.280 0.224 0.020
#> GSM311741 2 0.4928 0.2419 0.020 0.548 0.000 0.428 0.004
#> GSM311742 2 0.1041 0.8169 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM311743 3 0.4138 0.2634 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM311744 4 0.1041 0.6645 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM311745 5 0.5910 0.7095 0.144 0.008 0.000 0.228 0.620
#> GSM311746 2 0.5702 0.2665 0.004 0.520 0.000 0.404 0.072
#> GSM311747 4 0.6305 0.0378 0.036 0.000 0.084 0.564 0.316
#> GSM311748 3 0.1792 0.5025 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM311749 5 0.2852 0.7006 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> GSM311750 2 0.3949 0.4762 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.2280 0.4904 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM311752 5 0.0162 0.6993 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311753 3 0.3957 0.4388 0.008 0.000 0.712 0.280 0.000
#> GSM311754 2 0.4171 0.3826 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.5314 0.4343 0.000 0.136 0.672 0.192 0.000
#> GSM311756 2 0.4682 0.6750 0.040 0.772 0.000 0.136 0.052
#> GSM311757 4 0.4380 0.1841 0.008 0.000 0.376 0.616 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.7782 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5270 0.2663 0.012 0.548 0.412 0.000 0.028
#> GSM311760 2 0.0609 0.8233 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.4066 0.6491 0.000 0.004 0.000 0.324 0.672
#> GSM311715 2 0.5128 0.5496 0.052 0.604 0.000 0.000 0.344
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.3833 0.03077 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM311599 6 0.6081 0.23428 0.000 0.000 0.376 0.220 0.004 0.400
#> GSM311600 1 0.6966 -0.05492 0.536 0.000 0.088 0.244 0.052 0.080
#> GSM311601 6 0.3717 0.39419 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311602 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311603 4 0.6831 -0.07238 0.340 0.000 0.008 0.384 0.236 0.032
#> GSM311604 2 0.3464 0.50643 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.4685 0.58208 0.000 0.032 0.596 0.012 0.000 0.360
#> GSM311606 2 0.0146 0.76253 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3782 -0.08425 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM311608 3 0.0865 0.57931 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311609 6 0.5116 0.38161 0.388 0.000 0.036 0.000 0.028 0.548
#> GSM311610 5 0.4458 0.59311 0.352 0.000 0.000 0.000 0.608 0.040
#> GSM311611 6 0.3756 0.38113 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311612 6 0.3756 0.38113 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311613 6 0.3717 0.39419 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311614 3 0.4674 0.58432 0.000 0.032 0.600 0.012 0.000 0.356
#> GSM311615 4 0.5045 -0.00108 0.000 0.412 0.000 0.512 0.076 0.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.4625 0.13105 0.388 0.004 0.000 0.572 0.000 0.036
#> GSM311618 2 0.2247 0.70989 0.060 0.904 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM311619 2 0.1297 0.75045 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040 0.000
#> GSM311620 2 0.3464 0.50643 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.3993 0.15318 0.000 0.520 0.476 0.000 0.004 0.000
#> GSM311623 3 0.1501 0.51671 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311624 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.7897 -0.14967 0.304 0.008 0.076 0.280 0.028 0.304
#> GSM311626 6 0.6105 -0.30534 0.000 0.000 0.352 0.288 0.000 0.360
#> GSM311627 5 0.1092 0.71517 0.020 0.000 0.000 0.000 0.960 0.020
#> GSM311628 6 0.4282 0.44880 0.304 0.000 0.040 0.000 0.000 0.656
#> GSM311629 3 0.6104 0.55234 0.000 0.088 0.536 0.068 0.000 0.308
#> GSM311630 1 0.6465 -0.01701 0.380 0.000 0.008 0.356 0.008 0.248
#> GSM311631 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.57134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.3066 0.64556 0.000 0.832 0.000 0.044 0.000 0.124
#> GSM311634 2 0.6518 0.16424 0.236 0.504 0.004 0.216 0.040 0.000
#> GSM311635 3 0.5725 0.56038 0.000 0.120 0.588 0.012 0.012 0.268
#> GSM311636 6 0.0547 0.41247 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311637 3 0.5035 0.54618 0.000 0.000 0.556 0.084 0.000 0.360
#> GSM311638 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0937 0.75201 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311642 3 0.0790 0.58246 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311643 2 0.3515 0.49758 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.4515 0.45291 0.304 0.000 0.056 0.000 0.000 0.640
#> GSM311645 6 0.8036 -0.15957 0.048 0.020 0.220 0.300 0.052 0.360
#> GSM311646 2 0.7442 -0.15013 0.032 0.384 0.052 0.292 0.000 0.240
#> GSM311647 6 0.3428 0.45460 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM311648 2 0.1434 0.74986 0.000 0.948 0.024 0.020 0.008 0.000
#> GSM311649 3 0.3563 0.59524 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM311650 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0713 0.75346 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.57134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.4211 -0.07044 0.000 0.456 0.000 0.532 0.008 0.004
#> GSM311654 3 0.5466 0.55575 0.000 0.020 0.556 0.084 0.000 0.340
#> GSM311655 6 0.5122 0.22521 0.036 0.000 0.124 0.084 0.028 0.728
#> GSM311656 6 0.7006 -0.23760 0.048 0.000 0.288 0.300 0.004 0.360
#> GSM311657 2 0.3810 0.30743 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.3464 0.50643 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0146 0.76233 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0937 0.71145 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311661 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.2403 0.73399 0.000 0.900 0.040 0.020 0.040 0.000
#> GSM311663 2 0.3288 0.54884 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.6391 -0.12001 0.368 0.000 0.008 0.396 0.008 0.220
#> GSM311665 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.6425 0.02216 0.388 0.000 0.000 0.380 0.024 0.208
#> GSM311669 4 0.6761 0.08032 0.392 0.112 0.000 0.424 0.024 0.048
#> GSM311670 6 0.3295 0.48273 0.128 0.000 0.056 0.000 0.000 0.816
#> GSM311671 5 0.4648 0.56238 0.408 0.000 0.000 0.000 0.548 0.044
#> GSM311672 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.2340 0.65101 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311674 4 0.8084 0.09839 0.148 0.000 0.156 0.332 0.316 0.048
#> GSM311675 1 0.3993 -0.18195 0.700 0.000 0.000 0.004 0.272 0.024
#> GSM311676 2 0.5846 0.27313 0.320 0.556 0.000 0.012 0.088 0.024
#> GSM311677 5 0.1151 0.68919 0.000 0.032 0.000 0.012 0.956 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4139 0.58889 0.000 0.000 0.640 0.024 0.000 0.336
#> GSM311680 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.5121 0.58607 0.272 0.000 0.000 0.000 0.604 0.124
#> GSM311682 4 0.4362 -0.32451 0.392 0.000 0.000 0.584 0.020 0.004
#> GSM311683 6 0.0547 0.41247 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311684 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.4167 0.51007 0.612 0.000 0.000 0.368 0.020 0.000
#> GSM311686 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311687 4 0.5963 -0.03454 0.300 0.168 0.016 0.516 0.000 0.000
#> GSM311688 6 0.5033 -0.46176 0.000 0.000 0.452 0.072 0.000 0.476
#> GSM311689 4 0.7117 0.03961 0.304 0.000 0.008 0.332 0.048 0.308
#> GSM311690 3 0.2454 0.43794 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311691 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 6 0.6322 -0.29221 0.000 0.008 0.340 0.292 0.000 0.360
#> GSM311693 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0260 0.76152 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.3428 0.45460 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM311696 2 0.3464 0.50643 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM311697 3 0.5316 0.55793 0.000 0.024 0.556 0.060 0.000 0.360
#> GSM311698 3 0.5849 0.56449 0.000 0.072 0.556 0.060 0.000 0.312
#> GSM311699 2 0.5777 0.09390 0.000 0.500 0.000 0.216 0.000 0.284
#> GSM311700 5 0.1007 0.70474 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM311701 2 0.2340 0.67859 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3953 0.09956 0.000 0.000 0.656 0.016 0.000 0.328
#> GSM311705 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.1387 0.69736 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311707 1 0.6109 -0.00702 0.360 0.000 0.000 0.348 0.292 0.000
#> GSM311708 2 0.1865 0.73944 0.000 0.920 0.040 0.000 0.040 0.000
#> GSM311709 2 0.7592 -0.22143 0.048 0.360 0.044 0.268 0.000 0.280
#> GSM311710 5 0.4819 0.54860 0.416 0.000 0.000 0.000 0.528 0.056
#> GSM311711 1 0.5024 0.40699 0.572 0.000 0.000 0.340 0.000 0.088
#> GSM311712 6 0.5489 0.38043 0.388 0.000 0.064 0.000 0.028 0.520
#> GSM311713 5 0.4468 0.61755 0.316 0.000 0.000 0.012 0.644 0.028
#> GSM311714 2 0.4662 0.27266 0.388 0.576 0.000 0.004 0.008 0.024
#> GSM311716 6 0.2736 0.35391 0.000 0.000 0.076 0.020 0.028 0.876
#> GSM311717 1 0.3756 0.51547 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.1387 0.69736 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311719 6 0.5854 0.40877 0.344 0.000 0.076 0.012 0.028 0.540
#> GSM311720 6 0.8319 -0.20473 0.092 0.160 0.076 0.300 0.012 0.360
#> GSM311721 2 0.3860 0.16613 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 6 0.3756 0.38113 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311723 5 0.1176 0.71489 0.024 0.000 0.000 0.000 0.956 0.020
#> GSM311724 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.2889 0.68299 0.068 0.048 0.000 0.016 0.868 0.000
#> GSM311726 3 0.0458 0.56316 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311727 6 0.3717 0.39419 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311728 4 0.5140 0.18247 0.000 0.008 0.088 0.600 0.000 0.304
#> GSM311729 5 0.5507 0.26418 0.048 0.000 0.000 0.256 0.620 0.076
#> GSM311730 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.6190 0.26557 0.060 0.064 0.048 0.624 0.000 0.204
#> GSM311732 6 0.2599 0.36201 0.004 0.000 0.076 0.008 0.028 0.884
#> GSM311733 6 0.1007 0.41439 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM311734 6 0.6509 0.35698 0.388 0.000 0.076 0.048 0.028 0.460
#> GSM311735 2 0.0000 0.76341 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.3717 0.39419 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311737 6 0.6720 0.33941 0.388 0.000 0.112 0.040 0.028 0.432
#> GSM311738 4 0.6088 -0.12991 0.356 0.000 0.000 0.368 0.276 0.000
#> GSM311739 2 0.3582 0.58140 0.192 0.776 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM311740 2 0.6931 0.01729 0.000 0.436 0.212 0.076 0.000 0.276
#> GSM311741 2 0.6068 0.24643 0.120 0.548 0.000 0.048 0.000 0.284
#> GSM311742 2 0.3128 0.65755 0.000 0.812 0.000 0.012 0.168 0.008
#> GSM311743 6 0.3774 0.37393 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM311744 6 0.4619 0.39145 0.388 0.000 0.012 0.000 0.024 0.576
#> GSM311745 5 0.4943 0.58760 0.392 0.000 0.000 0.012 0.552 0.044
#> GSM311746 1 0.8275 -0.21289 0.388 0.168 0.000 0.076 0.160 0.208
#> GSM311747 1 0.7054 -0.30825 0.416 0.000 0.076 0.012 0.148 0.348
#> GSM311748 3 0.1501 0.51671 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311749 5 0.0713 0.70073 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM311750 2 0.3560 0.54107 0.000 0.732 0.256 0.004 0.000 0.008
#> GSM311751 3 0.2562 0.41943 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311752 5 0.1387 0.68577 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM311753 3 0.4551 0.57517 0.000 0.000 0.608 0.048 0.000 0.344
#> GSM311754 2 0.4150 0.34644 0.000 0.592 0.392 0.000 0.000 0.016
#> GSM311755 3 0.4358 0.59194 0.000 0.092 0.712 0.000 0.000 0.196
#> GSM311756 2 0.5392 0.28220 0.000 0.584 0.000 0.224 0.000 0.192
#> GSM311757 6 0.3297 0.29661 0.000 0.000 0.112 0.068 0.000 0.820
#> GSM311758 1 0.3727 0.52248 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.4817 0.27931 0.000 0.548 0.404 0.040 0.008 0.000
#> GSM311760 2 0.1838 0.74137 0.012 0.928 0.000 0.020 0.040 0.000
#> GSM311668 5 0.6525 0.45089 0.388 0.000 0.000 0.148 0.412 0.052
#> GSM311715 4 0.4873 0.02944 0.000 0.420 0.000 0.520 0.060 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:pam 157 1.000 2
#> SD:pam 141 0.107 3
#> SD:pam 124 0.219 4
#> SD:pam 109 0.733 5
#> SD:pam 85 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.758 0.831 0.932 0.478 0.513 0.513
#> 3 3 0.763 0.841 0.927 0.276 0.675 0.471
#> 4 4 0.570 0.557 0.780 0.168 0.830 0.594
#> 5 5 0.589 0.574 0.744 0.061 0.880 0.624
#> 6 6 0.637 0.443 0.703 0.060 0.842 0.468
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9993 0.02470 0.516 0.484
#> GSM311599 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311601 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311603 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311604 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311605 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311608 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311609 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311610 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311611 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311613 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311614 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311615 2 0.9933 0.19334 0.452 0.548
#> GSM311616 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311617 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.9754 0.40363 0.408 0.592
#> GSM311623 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311625 1 0.9963 0.03690 0.536 0.464
#> GSM311626 1 0.0672 0.94265 0.992 0.008
#> GSM311627 1 0.9795 0.25298 0.584 0.416
#> GSM311628 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9170 0.55250 0.332 0.668
#> GSM311630 1 0.0376 0.94308 0.996 0.004
#> GSM311631 2 0.0376 0.89240 0.004 0.996
#> GSM311632 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.0672 0.88995 0.008 0.992
#> GSM311634 1 0.8386 0.60911 0.732 0.268
#> GSM311635 2 0.9922 0.27990 0.448 0.552
#> GSM311636 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311639 2 0.6623 0.75777 0.172 0.828
#> GSM311640 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311641 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311642 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311643 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0672 0.94265 0.992 0.008
#> GSM311646 2 0.8555 0.62005 0.280 0.720
#> GSM311647 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311648 1 0.4161 0.87947 0.916 0.084
#> GSM311649 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311652 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311653 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311654 1 0.5178 0.83133 0.884 0.116
#> GSM311655 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311656 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311657 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311661 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.6438 0.78223 0.164 0.836
#> GSM311663 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311665 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311666 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311669 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311670 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311672 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0376 0.94308 0.996 0.004
#> GSM311675 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311676 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.9996 0.00824 0.512 0.488
#> GSM311678 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0376 0.94308 0.996 0.004
#> GSM311682 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311683 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311686 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311687 1 0.5178 0.84635 0.884 0.116
#> GSM311688 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311690 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.9944 0.27252 0.456 0.544
#> GSM311699 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311701 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311707 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311708 2 0.8267 0.65711 0.260 0.740
#> GSM311709 2 0.3274 0.85663 0.060 0.940
#> GSM311710 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311711 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311712 1 0.3431 0.90058 0.936 0.064
#> GSM311713 1 0.9983 0.05589 0.524 0.476
#> GSM311714 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311717 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311718 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311719 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.1414 0.94006 0.980 0.020
#> GSM311721 2 0.9635 0.44426 0.388 0.612
#> GSM311722 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311724 2 0.6801 0.75672 0.180 0.820
#> GSM311725 2 0.9993 0.08074 0.484 0.516
#> GSM311726 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311727 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311728 1 0.9635 0.29978 0.612 0.388
#> GSM311729 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311730 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.4431 0.83307 0.092 0.908
#> GSM311732 1 0.3114 0.90069 0.944 0.056
#> GSM311733 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0376 0.89240 0.004 0.996
#> GSM311736 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311738 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311739 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.9970 0.14672 0.468 0.532
#> GSM311741 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311742 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311743 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311745 2 1.0000 0.01711 0.500 0.500
#> GSM311746 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311747 1 0.0672 0.94243 0.992 0.008
#> GSM311748 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311750 2 0.4690 0.83062 0.100 0.900
#> GSM311751 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.9881 0.19222 0.564 0.436
#> GSM311753 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.9963 0.25488 0.464 0.536
#> GSM311755 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311756 2 0.0000 0.89483 0.000 1.000
#> GSM311757 1 0.0000 0.94363 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.1633 0.93919 0.976 0.024
#> GSM311759 1 0.5842 0.80724 0.860 0.140
#> GSM311760 2 0.9998 0.11615 0.492 0.508
#> GSM311668 2 0.2043 0.87548 0.032 0.968
#> GSM311715 2 0.6531 0.76228 0.168 0.832
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 2 0.6047 0.4665 0.312 0.680 0.008
#> GSM311599 3 0.8117 0.5011 0.128 0.236 0.636
#> GSM311600 1 0.6155 0.5383 0.664 0.328 0.008
#> GSM311601 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311603 1 0.1453 0.8634 0.968 0.024 0.008
#> GSM311604 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311605 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311609 3 0.2096 0.9015 0.004 0.052 0.944
#> GSM311610 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311615 2 0.4353 0.7803 0.156 0.836 0.008
#> GSM311616 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311617 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.3375 0.8590 0.008 0.892 0.100
#> GSM311623 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311625 2 0.4413 0.7697 0.160 0.832 0.008
#> GSM311626 1 0.6208 0.7340 0.752 0.200 0.048
#> GSM311627 1 0.6205 0.5276 0.656 0.336 0.008
#> GSM311628 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.2682 0.8783 0.004 0.920 0.076
#> GSM311630 1 0.3129 0.8448 0.904 0.088 0.008
#> GSM311631 2 0.0661 0.9185 0.008 0.988 0.004
#> GSM311632 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.0592 0.9172 0.000 0.988 0.012
#> GSM311634 2 0.0661 0.9161 0.004 0.988 0.008
#> GSM311635 2 0.2486 0.8887 0.008 0.932 0.060
#> GSM311636 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0237 0.9499 0.004 0.000 0.996
#> GSM311638 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311639 2 0.1832 0.9033 0.008 0.956 0.036
#> GSM311640 1 0.2063 0.8602 0.948 0.044 0.008
#> GSM311641 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311643 2 0.0424 0.9166 0.008 0.992 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 2 0.5047 0.7911 0.036 0.824 0.140
#> GSM311646 2 0.0661 0.9176 0.008 0.988 0.004
#> GSM311647 3 0.6104 0.4393 0.004 0.348 0.648
#> GSM311648 2 0.2280 0.8942 0.008 0.940 0.052
#> GSM311649 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311653 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311654 2 0.4733 0.7586 0.004 0.800 0.196
#> GSM311655 3 0.1647 0.9199 0.004 0.036 0.960
#> GSM311656 2 0.3607 0.8318 0.112 0.880 0.008
#> GSM311657 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311658 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311659 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311660 1 0.6678 0.1883 0.512 0.480 0.008
#> GSM311661 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.2301 0.8896 0.004 0.936 0.060
#> GSM311663 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311664 1 0.2584 0.8536 0.928 0.064 0.008
#> GSM311665 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311667 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311669 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.3129 0.8448 0.904 0.088 0.008
#> GSM311672 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311674 1 0.7569 0.6020 0.664 0.088 0.248
#> GSM311675 1 0.2280 0.8597 0.940 0.052 0.008
#> GSM311676 2 0.0424 0.9166 0.008 0.992 0.000
#> GSM311677 2 0.6434 0.3246 0.380 0.612 0.008
#> GSM311678 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311679 3 0.1585 0.9273 0.008 0.028 0.964
#> GSM311680 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311681 1 0.8270 0.3500 0.540 0.084 0.376
#> GSM311682 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311683 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311685 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311686 1 0.0661 0.8624 0.988 0.004 0.008
#> GSM311687 2 0.1950 0.9002 0.040 0.952 0.008
#> GSM311688 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 2 0.5988 0.5187 0.304 0.688 0.008
#> GSM311690 3 0.2772 0.8749 0.004 0.080 0.916
#> GSM311691 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311692 3 0.2200 0.9012 0.004 0.056 0.940
#> GSM311693 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311694 2 0.0237 0.9191 0.004 0.996 0.000
#> GSM311695 3 0.0424 0.9465 0.008 0.000 0.992
#> GSM311696 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.3918 0.7930 0.004 0.140 0.856
#> GSM311698 2 0.3112 0.8629 0.004 0.900 0.096
#> GSM311699 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311700 1 0.0661 0.8629 0.988 0.004 0.008
#> GSM311701 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311703 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311706 1 0.0661 0.8624 0.988 0.004 0.008
#> GSM311707 1 0.1015 0.8635 0.980 0.012 0.008
#> GSM311708 2 0.0661 0.9176 0.008 0.988 0.004
#> GSM311709 2 0.0237 0.9185 0.004 0.996 0.000
#> GSM311710 1 0.3213 0.8433 0.900 0.092 0.008
#> GSM311711 2 0.6659 0.0577 0.460 0.532 0.008
#> GSM311712 2 0.6228 0.4338 0.004 0.624 0.372
#> GSM311713 2 0.6129 0.4399 0.324 0.668 0.008
#> GSM311714 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311716 2 0.5754 0.6005 0.004 0.700 0.296
#> GSM311717 1 0.1832 0.8627 0.956 0.036 0.008
#> GSM311718 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311719 1 0.7619 0.2484 0.532 0.044 0.424
#> GSM311720 2 0.5461 0.6408 0.244 0.748 0.008
#> GSM311721 2 0.3129 0.8667 0.008 0.904 0.088
#> GSM311722 3 0.3349 0.8386 0.004 0.108 0.888
#> GSM311723 1 0.1453 0.8631 0.968 0.024 0.008
#> GSM311724 2 0.1585 0.9085 0.008 0.964 0.028
#> GSM311725 2 0.3851 0.8093 0.136 0.860 0.004
#> GSM311726 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.2200 0.8930 0.004 0.940 0.056
#> GSM311729 1 0.4963 0.7652 0.792 0.200 0.008
#> GSM311730 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311731 2 0.0475 0.9176 0.004 0.992 0.004
#> GSM311732 2 0.3193 0.8589 0.004 0.896 0.100
#> GSM311733 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 2 0.6495 0.1838 0.004 0.536 0.460
#> GSM311735 2 0.0424 0.9189 0.008 0.992 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 2 0.6500 0.1699 0.004 0.532 0.464
#> GSM311738 1 0.3213 0.8342 0.900 0.092 0.008
#> GSM311739 2 0.0424 0.9166 0.008 0.992 0.000
#> GSM311740 2 0.2096 0.8957 0.004 0.944 0.052
#> GSM311741 2 0.0661 0.9161 0.004 0.988 0.008
#> GSM311742 2 0.0424 0.9166 0.008 0.992 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 2 0.3784 0.8163 0.132 0.864 0.004
#> GSM311746 2 0.0000 0.9191 0.000 1.000 0.000
#> GSM311747 1 0.3129 0.8448 0.904 0.088 0.008
#> GSM311748 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311750 2 0.1878 0.9002 0.004 0.952 0.044
#> GSM311751 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.6617 0.2852 0.556 0.436 0.008
#> GSM311753 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.3193 0.8597 0.004 0.896 0.100
#> GSM311755 3 0.4555 0.6876 0.000 0.200 0.800
#> GSM311756 2 0.0237 0.9188 0.000 0.996 0.004
#> GSM311757 3 0.0000 0.9531 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.0424 0.8618 0.992 0.000 0.008
#> GSM311759 2 0.2301 0.8903 0.004 0.936 0.060
#> GSM311760 2 0.0892 0.9162 0.020 0.980 0.000
#> GSM311668 2 0.0848 0.9159 0.008 0.984 0.008
#> GSM311715 2 0.0661 0.9161 0.004 0.988 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 2 0.6857 0.20456 0.104 0.492 0.000 0.404
#> GSM311599 4 0.7850 0.10720 0.180 0.024 0.268 0.528
#> GSM311600 4 0.7325 0.25094 0.208 0.264 0.000 0.528
#> GSM311601 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.4295 0.73314 0.752 0.008 0.000 0.240
#> GSM311604 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311605 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311606 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311607 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311609 3 0.5125 0.51252 0.000 0.008 0.604 0.388
#> GSM311610 2 0.4999 0.18258 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM311611 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311615 2 0.7520 0.14575 0.252 0.496 0.000 0.252
#> GSM311616 2 0.3356 0.71023 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311617 2 0.3873 0.68127 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311618 2 0.2081 0.74008 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311619 2 0.3610 0.69729 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311620 2 0.1867 0.74138 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311621 2 0.2081 0.74008 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311622 2 0.5000 0.24038 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM311623 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311624 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4855 0.20210 0.004 0.352 0.000 0.644
#> GSM311626 4 0.4538 0.15707 0.216 0.024 0.000 0.760
#> GSM311627 4 0.6340 -0.15145 0.408 0.064 0.000 0.528
#> GSM311628 3 0.0188 0.88607 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311629 4 0.4961 -0.14888 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311630 4 0.4868 -0.03994 0.304 0.012 0.000 0.684
#> GSM311631 2 0.2814 0.62398 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311632 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311633 2 0.4855 0.45620 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM311634 2 0.5028 0.46290 0.004 0.596 0.000 0.400
#> GSM311635 4 0.4941 -0.11958 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM311636 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311637 3 0.4661 0.57519 0.000 0.000 0.652 0.348
#> GSM311638 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.4500 0.59272 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM311640 1 0.3942 0.53798 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM311641 2 0.1940 0.74078 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM311642 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311643 2 0.2814 0.72252 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311644 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311645 4 0.1211 0.46043 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM311646 2 0.4477 0.59719 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM311647 3 0.5856 0.41304 0.000 0.036 0.556 0.408
#> GSM311648 4 0.4382 0.24373 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM311649 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311650 2 0.0469 0.72545 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311651 2 0.2408 0.73889 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311652 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311653 2 0.4193 0.64896 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM311654 4 0.4990 0.13668 0.000 0.352 0.008 0.640
#> GSM311655 3 0.5174 0.53709 0.000 0.012 0.620 0.368
#> GSM311656 4 0.3626 0.45308 0.004 0.184 0.000 0.812
#> GSM311657 2 0.0188 0.72864 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311658 2 0.0000 0.72782 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.2647 0.73457 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM311660 4 0.7049 0.31316 0.192 0.236 0.000 0.572
#> GSM311661 2 0.0188 0.72761 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311662 2 0.4955 0.35337 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM311663 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311664 1 0.4907 0.31932 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM311665 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.72782 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3610 0.75567 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311669 2 0.4477 0.60183 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM311670 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.7746 -0.09887 0.376 0.232 0.000 0.392
#> GSM311672 2 0.0188 0.72761 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311673 2 0.3356 0.71007 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311674 4 0.5252 0.02901 0.280 0.020 0.008 0.692
#> GSM311675 1 0.6058 0.58725 0.624 0.068 0.000 0.308
#> GSM311676 2 0.2704 0.72289 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM311677 4 0.7889 0.17818 0.316 0.304 0.000 0.380
#> GSM311678 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311679 3 0.4585 0.60538 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM311680 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311681 4 0.5337 0.00988 0.260 0.000 0.044 0.696
#> GSM311682 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0592 0.72804 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311685 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 4 0.7822 0.03199 0.256 0.364 0.000 0.380
#> GSM311688 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 4 0.4936 0.30454 0.012 0.316 0.000 0.672
#> GSM311690 3 0.5383 0.41067 0.000 0.012 0.536 0.452
#> GSM311691 2 0.4008 0.45254 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM311692 4 0.5776 -0.28241 0.000 0.028 0.468 0.504
#> GSM311693 2 0.2469 0.73757 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM311694 2 0.0000 0.72782 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 3 0.4522 0.60004 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM311696 2 0.0469 0.72545 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311697 3 0.5352 0.48745 0.000 0.016 0.596 0.388
#> GSM311698 2 0.4961 0.33154 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM311699 2 0.3801 0.68088 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311700 1 0.4103 0.72660 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM311701 2 0.0469 0.72545 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311702 2 0.0817 0.72503 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311703 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311704 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311706 1 0.4543 0.66737 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM311707 1 0.4431 0.68586 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311708 2 0.4605 0.58160 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM311709 2 0.4193 0.63395 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM311710 4 0.7542 0.07989 0.280 0.232 0.000 0.488
#> GSM311711 4 0.6309 0.26007 0.076 0.336 0.000 0.588
#> GSM311712 4 0.6646 0.33570 0.000 0.204 0.172 0.624
#> GSM311713 4 0.6519 0.26983 0.096 0.320 0.000 0.584
#> GSM311714 2 0.3528 0.70405 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311716 4 0.2593 0.47010 0.000 0.104 0.004 0.892
#> GSM311717 1 0.1174 0.79905 0.968 0.020 0.000 0.012
#> GSM311718 1 0.3873 0.74232 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM311719 4 0.4820 -0.03857 0.296 0.000 0.012 0.692
#> GSM311720 4 0.1824 0.47245 0.004 0.060 0.000 0.936
#> GSM311721 2 0.4955 0.34124 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM311722 3 0.5467 0.52407 0.000 0.024 0.612 0.364
#> GSM311723 1 0.5331 0.62840 0.644 0.024 0.000 0.332
#> GSM311724 2 0.4543 0.45604 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311725 4 0.7469 -0.02711 0.176 0.392 0.000 0.432
#> GSM311726 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311727 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 4 0.4713 0.11573 0.000 0.360 0.000 0.640
#> GSM311729 4 0.7226 0.26161 0.220 0.232 0.000 0.548
#> GSM311730 2 0.0336 0.72999 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311731 2 0.4679 0.54942 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM311732 4 0.4454 0.21407 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM311733 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 4 0.5512 0.42264 0.000 0.100 0.172 0.728
#> GSM311735 2 0.2011 0.68411 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311736 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.4424 0.45043 0.000 0.088 0.100 0.812
#> GSM311738 1 0.2888 0.76786 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM311739 2 0.2081 0.74008 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311740 4 0.4697 0.12539 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM311741 2 0.4661 0.55787 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311742 2 0.2345 0.73887 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM311743 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.6897 0.28762 0.144 0.284 0.000 0.572
#> GSM311746 2 0.4989 0.24400 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM311747 4 0.7468 0.01996 0.304 0.204 0.000 0.492
#> GSM311748 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311749 1 0.0336 0.80978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311750 2 0.5000 0.25370 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM311751 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311752 4 0.7499 0.12811 0.400 0.180 0.000 0.420
#> GSM311753 3 0.0188 0.88738 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311754 2 0.5285 0.28200 0.000 0.524 0.008 0.468
#> GSM311755 3 0.7599 0.08175 0.000 0.220 0.464 0.316
#> GSM311756 2 0.4877 0.44357 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM311757 3 0.0000 0.88801 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.81049 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 4 0.4431 0.22896 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM311760 2 0.5003 0.58737 0.016 0.676 0.000 0.308
#> GSM311668 4 0.4981 -0.11496 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM311715 2 0.4790 0.50390 0.000 0.620 0.000 0.380
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.6500 0.32189 0.040 0.080 0.000 0.384 0.496
#> GSM311599 4 0.6640 0.16014 0.000 0.008 0.188 0.484 0.320
#> GSM311600 5 0.5051 0.00873 0.004 0.024 0.000 0.480 0.492
#> GSM311601 3 0.1892 0.84247 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> GSM311602 1 0.2690 0.92024 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM311603 5 0.4264 0.11593 0.376 0.000 0.000 0.004 0.620
#> GSM311604 2 0.0162 0.70016 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.2747 0.84747 0.060 0.000 0.888 0.048 0.004
#> GSM311606 2 0.1121 0.68473 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.85461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311608 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311609 3 0.5046 0.71509 0.004 0.036 0.716 0.216 0.028
#> GSM311610 2 0.6999 0.33586 0.044 0.500 0.000 0.312 0.144
#> GSM311611 3 0.0404 0.85461 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311612 3 0.1270 0.85411 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311614 3 0.3268 0.83377 0.060 0.000 0.856 0.080 0.004
#> GSM311615 2 0.7289 -0.19534 0.032 0.440 0.000 0.284 0.244
#> GSM311616 2 0.6639 0.46955 0.080 0.576 0.000 0.268 0.076
#> GSM311617 2 0.6941 0.43418 0.080 0.552 0.000 0.264 0.104
#> GSM311618 2 0.4450 0.64103 0.080 0.764 0.000 0.152 0.004
#> GSM311619 2 0.4681 0.56164 0.040 0.696 0.000 0.260 0.004
#> GSM311620 2 0.1331 0.70171 0.008 0.952 0.000 0.040 0.000
#> GSM311621 2 0.4025 0.65617 0.076 0.792 0.000 0.132 0.000
#> GSM311622 2 0.3455 0.61460 0.000 0.784 0.000 0.208 0.008
#> GSM311623 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311624 1 0.2690 0.92024 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM311625 4 0.5631 0.50048 0.016 0.124 0.000 0.672 0.188
#> GSM311626 4 0.5675 0.15781 0.000 0.008 0.064 0.544 0.384
#> GSM311627 5 0.3599 0.62621 0.020 0.008 0.000 0.160 0.812
#> GSM311628 3 0.2866 0.83253 0.004 0.000 0.872 0.100 0.024
#> GSM311629 2 0.4761 0.47890 0.000 0.616 0.000 0.356 0.028
#> GSM311630 5 0.1117 0.61182 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964
#> GSM311631 2 0.1043 0.68330 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311632 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311633 2 0.3910 0.60906 0.008 0.720 0.000 0.272 0.000
#> GSM311634 4 0.4603 0.52845 0.000 0.300 0.000 0.668 0.032
#> GSM311635 4 0.3845 0.59995 0.000 0.208 0.000 0.768 0.024
#> GSM311636 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311637 3 0.3691 0.75554 0.000 0.004 0.804 0.164 0.028
#> GSM311638 1 0.2732 0.92106 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311639 2 0.3336 0.62063 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM311640 1 0.3487 0.85684 0.780 0.000 0.000 0.008 0.212
#> GSM311641 2 0.3120 0.68597 0.048 0.864 0.000 0.084 0.004
#> GSM311642 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311643 2 0.6963 0.43413 0.080 0.552 0.000 0.260 0.108
#> GSM311644 3 0.3076 0.83203 0.008 0.000 0.868 0.088 0.036
#> GSM311645 4 0.3521 0.48058 0.000 0.008 0.012 0.808 0.172
#> GSM311646 4 0.4575 0.48860 0.000 0.328 0.000 0.648 0.024
#> GSM311647 3 0.7286 0.03455 0.000 0.312 0.416 0.244 0.028
#> GSM311648 4 0.3760 0.60768 0.000 0.188 0.000 0.784 0.028
#> GSM311649 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311650 2 0.2367 0.68441 0.020 0.904 0.000 0.072 0.004
#> GSM311651 2 0.4946 0.60128 0.076 0.704 0.000 0.216 0.004
#> GSM311652 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311653 2 0.6654 0.40745 0.044 0.544 0.000 0.304 0.108
#> GSM311654 2 0.6499 0.36133 0.000 0.524 0.108 0.340 0.028
#> GSM311655 3 0.5439 0.29369 0.000 0.004 0.484 0.464 0.048
#> GSM311656 4 0.3888 0.53514 0.000 0.056 0.000 0.796 0.148
#> GSM311657 2 0.0324 0.70128 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM311658 2 0.0162 0.70016 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.4171 0.20531 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM311660 5 0.3438 0.62361 0.020 0.000 0.000 0.172 0.808
#> GSM311661 2 0.0451 0.70211 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM311662 2 0.2966 0.63857 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM311663 2 0.0880 0.68769 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311664 1 0.4632 0.50324 0.540 0.000 0.000 0.012 0.448
#> GSM311665 1 0.2732 0.92106 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311666 2 0.0000 0.69965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.4425 -0.12484 0.452 0.000 0.000 0.004 0.544
#> GSM311669 2 0.6578 0.40736 0.040 0.544 0.000 0.312 0.104
#> GSM311670 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311671 5 0.0807 0.61493 0.012 0.000 0.000 0.012 0.976
#> GSM311672 2 0.0000 0.69965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.5165 0.57695 0.080 0.676 0.000 0.240 0.004
#> GSM311674 5 0.2411 0.63598 0.008 0.000 0.000 0.108 0.884
#> GSM311675 5 0.2674 0.58053 0.140 0.000 0.000 0.004 0.856
#> GSM311676 2 0.6609 0.48363 0.080 0.588 0.000 0.252 0.080
#> GSM311677 5 0.6538 0.31957 0.040 0.084 0.000 0.380 0.496
#> GSM311678 2 0.1410 0.67644 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311679 3 0.4651 0.39423 0.000 0.004 0.560 0.428 0.008
#> GSM311680 2 0.0000 0.69965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.1364 0.59747 0.012 0.000 0.000 0.036 0.952
#> GSM311682 1 0.2732 0.92106 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311683 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311684 2 0.0290 0.69796 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311685 1 0.2690 0.92024 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM311686 1 0.2773 0.91898 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM311687 4 0.4497 0.57389 0.008 0.248 0.000 0.716 0.028
#> GSM311688 3 0.0771 0.85423 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> GSM311689 4 0.4221 0.42529 0.000 0.032 0.000 0.732 0.236
#> GSM311690 4 0.5730 0.02406 0.000 0.004 0.392 0.528 0.076
#> GSM311691 2 0.0404 0.70213 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311692 4 0.4938 0.24735 0.000 0.008 0.332 0.632 0.028
#> GSM311693 2 0.2471 0.66323 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM311694 2 0.0162 0.70016 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 3 0.5834 0.57097 0.008 0.000 0.600 0.104 0.288
#> GSM311696 2 0.1074 0.70125 0.016 0.968 0.000 0.012 0.004
#> GSM311697 3 0.4704 0.67553 0.000 0.048 0.756 0.168 0.028
#> GSM311698 2 0.4682 0.61356 0.000 0.764 0.056 0.152 0.028
#> GSM311699 2 0.6627 0.46186 0.076 0.572 0.000 0.276 0.076
#> GSM311700 5 0.2890 0.56300 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM311701 2 0.0854 0.69991 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004
#> GSM311702 2 0.0162 0.69903 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311703 2 0.0404 0.69662 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311704 3 0.0324 0.85573 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311705 2 0.0000 0.69965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.2753 0.58484 0.136 0.000 0.000 0.008 0.856
#> GSM311707 5 0.2719 0.57782 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> GSM311708 4 0.4201 0.37226 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM311709 2 0.5426 0.14426 0.020 0.484 0.000 0.472 0.024
#> GSM311710 5 0.0807 0.61802 0.012 0.000 0.000 0.012 0.976
#> GSM311711 5 0.6549 0.23460 0.088 0.036 0.000 0.404 0.472
#> GSM311712 2 0.7802 0.13855 0.004 0.424 0.208 0.296 0.068
#> GSM311713 5 0.5388 0.39240 0.028 0.020 0.000 0.384 0.568
#> GSM311714 2 0.6922 0.43860 0.080 0.556 0.000 0.260 0.104
#> GSM311716 4 0.5912 0.48861 0.000 0.180 0.016 0.644 0.160
#> GSM311717 1 0.4066 0.70043 0.672 0.000 0.000 0.004 0.324
#> GSM311718 5 0.4449 -0.22973 0.484 0.000 0.000 0.004 0.512
#> GSM311719 5 0.2645 0.51568 0.012 0.000 0.008 0.096 0.884
#> GSM311720 4 0.3209 0.47159 0.000 0.008 0.000 0.812 0.180
#> GSM311721 2 0.3767 0.63508 0.000 0.800 0.008 0.168 0.024
#> GSM311722 3 0.5206 0.30665 0.000 0.008 0.528 0.436 0.028
#> GSM311723 5 0.2583 0.58624 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> GSM311724 2 0.2230 0.66943 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM311725 5 0.6596 0.21452 0.032 0.100 0.000 0.396 0.472
#> GSM311726 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311727 3 0.0404 0.85444 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311728 4 0.3550 0.58587 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004
#> GSM311729 5 0.2389 0.63829 0.004 0.000 0.000 0.116 0.880
#> GSM311730 2 0.1544 0.67167 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM311731 4 0.4820 0.53908 0.040 0.232 0.000 0.712 0.016
#> GSM311732 4 0.6438 -0.10642 0.000 0.412 0.012 0.452 0.124
#> GSM311733 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311734 4 0.8125 0.03054 0.000 0.336 0.196 0.348 0.120
#> GSM311735 2 0.1478 0.67422 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311736 3 0.1608 0.84279 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM311737 2 0.8428 -0.13827 0.000 0.320 0.180 0.300 0.200
#> GSM311738 5 0.4029 0.27170 0.316 0.000 0.000 0.004 0.680
#> GSM311739 2 0.5809 0.58409 0.080 0.688 0.000 0.168 0.064
#> GSM311740 4 0.3752 0.52859 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM311741 4 0.6570 0.19608 0.040 0.336 0.000 0.528 0.096
#> GSM311742 2 0.6650 0.47344 0.080 0.580 0.000 0.260 0.080
#> GSM311743 3 0.0000 0.85461 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311744 3 0.2011 0.83975 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311745 5 0.6028 0.32246 0.024 0.064 0.000 0.384 0.528
#> GSM311746 2 0.7084 0.24881 0.044 0.464 0.000 0.348 0.144
#> GSM311747 5 0.0693 0.61340 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> GSM311748 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311749 1 0.3274 0.86530 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM311750 2 0.3424 0.61966 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311751 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311752 5 0.5525 0.52589 0.040 0.040 0.000 0.268 0.652
#> GSM311753 3 0.2673 0.84840 0.060 0.000 0.892 0.044 0.004
#> GSM311754 2 0.5891 0.50441 0.000 0.652 0.108 0.212 0.028
#> GSM311755 3 0.7096 0.52421 0.060 0.148 0.604 0.164 0.024
#> GSM311756 2 0.6866 0.29651 0.040 0.488 0.000 0.348 0.124
#> GSM311757 3 0.0955 0.85327 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> GSM311758 1 0.2690 0.92024 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> GSM311759 4 0.3586 0.60594 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020
#> GSM311760 4 0.5114 0.35031 0.004 0.404 0.000 0.560 0.032
#> GSM311668 4 0.6904 0.02893 0.024 0.372 0.000 0.444 0.160
#> GSM311715 4 0.5137 0.55761 0.032 0.172 0.000 0.728 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.4144 0.0290 0.000 0.020 0.000 0.620 0.360 0.000
#> GSM311599 3 0.6305 0.1553 0.000 0.000 0.372 0.340 0.280 0.008
#> GSM311600 5 0.4499 0.2014 0.000 0.000 0.032 0.428 0.540 0.000
#> GSM311601 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311602 1 0.0146 0.8710 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.2994 0.6838 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788 0.000
#> GSM311604 2 0.3564 0.5941 0.000 0.724 0.012 0.264 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.3221 0.7277 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM311606 2 0.3816 0.5960 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3672 0.7021 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM311608 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311609 6 0.2110 0.6849 0.000 0.004 0.084 0.012 0.000 0.900
#> GSM311610 4 0.4168 0.4664 0.000 0.400 0.016 0.584 0.000 0.000
#> GSM311611 6 0.3659 0.0802 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311612 3 0.3672 0.7021 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM311613 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311614 3 0.3101 0.7102 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311615 4 0.4945 -0.2610 0.000 0.412 0.004 0.528 0.056 0.000
#> GSM311616 4 0.3823 0.4505 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.4199 0.4601 0.000 0.416 0.016 0.568 0.000 0.000
#> GSM311618 2 0.3756 -0.2561 0.000 0.644 0.004 0.352 0.000 0.000
#> GSM311619 4 0.4325 0.2100 0.000 0.456 0.020 0.524 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2823 0.5587 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.4062 -0.2035 0.000 0.660 0.024 0.316 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.5660 0.4996 0.000 0.512 0.180 0.308 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311624 1 0.0146 0.8710 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.5331 0.4363 0.000 0.188 0.040 0.664 0.108 0.000
#> GSM311626 4 0.6044 -0.0562 0.000 0.000 0.308 0.416 0.276 0.000
#> GSM311627 5 0.3428 0.6109 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM311628 6 0.0146 0.7616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311629 4 0.4392 0.2201 0.000 0.136 0.144 0.720 0.000 0.000
#> GSM311630 5 0.0405 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM311631 2 0.3816 0.5960 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311633 4 0.4666 0.2343 0.000 0.420 0.044 0.536 0.000 0.000
#> GSM311634 4 0.5677 -0.3865 0.000 0.404 0.156 0.440 0.000 0.000
#> GSM311635 4 0.5915 -0.3793 0.000 0.384 0.208 0.408 0.000 0.000
#> GSM311636 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311637 3 0.5011 0.5745 0.000 0.000 0.660 0.104 0.012 0.224
#> GSM311638 1 0.0146 0.8702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311639 2 0.5458 0.5227 0.000 0.536 0.144 0.320 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.1477 0.8360 0.940 0.000 0.008 0.004 0.048 0.000
#> GSM311641 2 0.2003 0.3479 0.000 0.912 0.044 0.044 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311643 4 0.4067 0.4463 0.000 0.444 0.008 0.548 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.0146 0.7616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311645 4 0.4030 0.3080 0.000 0.000 0.140 0.756 0.104 0.000
#> GSM311646 4 0.5355 -0.4014 0.000 0.424 0.108 0.468 0.000 0.000
#> GSM311647 6 0.5720 0.4219 0.000 0.212 0.108 0.056 0.000 0.624
#> GSM311648 4 0.5900 -0.3762 0.000 0.384 0.204 0.412 0.000 0.000
#> GSM311649 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311650 2 0.3607 -0.2506 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.4152 -0.3712 0.000 0.548 0.012 0.440 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.3482 0.7546 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311653 4 0.4116 0.4611 0.000 0.416 0.012 0.572 0.000 0.000
#> GSM311654 4 0.5744 0.1820 0.000 0.088 0.164 0.644 0.000 0.104
#> GSM311655 6 0.2908 0.6627 0.000 0.000 0.104 0.048 0.000 0.848
#> GSM311656 4 0.2852 0.3405 0.000 0.000 0.064 0.856 0.080 0.000
#> GSM311657 2 0.2491 0.5376 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.2340 0.5259 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.4856 0.5336 0.000 0.572 0.068 0.360 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.2762 0.6934 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM311661 2 0.0363 0.3871 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.5507 0.5131 0.000 0.536 0.156 0.308 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.3778 0.5975 0.000 0.696 0.016 0.288 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.3411 0.6592 0.756 0.000 0.008 0.004 0.232 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.8707 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1387 0.4580 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.3337 0.6357 0.260 0.000 0.000 0.004 0.736 0.000
#> GSM311669 4 0.4184 0.4637 0.000 0.408 0.016 0.576 0.000 0.000
#> GSM311670 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311671 5 0.0405 0.7449 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM311672 2 0.0260 0.3908 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.4337 -0.4145 0.000 0.500 0.020 0.480 0.000 0.000
#> GSM311674 5 0.1867 0.7405 0.000 0.000 0.020 0.064 0.916 0.000
#> GSM311675 5 0.2520 0.7310 0.152 0.000 0.000 0.004 0.844 0.000
#> GSM311676 4 0.3991 0.4250 0.000 0.472 0.004 0.524 0.000 0.000
#> GSM311677 4 0.4144 0.0258 0.000 0.020 0.000 0.620 0.360 0.000
#> GSM311678 2 0.3816 0.5960 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4266 0.6981 0.000 0.000 0.712 0.040 0.012 0.236
#> GSM311680 2 0.3564 0.5961 0.000 0.724 0.012 0.264 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.1116 0.7328 0.000 0.000 0.008 0.004 0.960 0.028
#> GSM311682 1 0.0000 0.8707 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311684 2 0.3670 0.5984 0.000 0.704 0.012 0.284 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0146 0.8710 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0260 0.8686 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311687 4 0.5960 -0.3835 0.000 0.400 0.152 0.436 0.012 0.000
#> GSM311688 6 0.3823 -0.2346 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM311689 4 0.3053 0.3378 0.004 0.000 0.024 0.828 0.144 0.000
#> GSM311690 3 0.6253 0.4815 0.000 0.000 0.584 0.184 0.092 0.140
#> GSM311691 2 0.3337 0.5939 0.000 0.736 0.004 0.260 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.5802 0.2994 0.000 0.000 0.520 0.332 0.016 0.132
#> GSM311693 2 0.4704 0.5738 0.000 0.628 0.072 0.300 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0260 0.3908 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.2320 0.6392 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132 0.864
#> GSM311696 2 0.0937 0.3517 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM311697 6 0.6183 -0.0118 0.000 0.004 0.272 0.324 0.000 0.400
#> GSM311698 2 0.6458 0.4457 0.000 0.472 0.140 0.332 0.000 0.056
#> GSM311699 4 0.4109 0.4626 0.000 0.412 0.012 0.576 0.000 0.000
#> GSM311700 5 0.2743 0.7252 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828 0.000
#> GSM311701 2 0.1501 0.2972 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.3670 0.5984 0.000 0.704 0.012 0.284 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.3690 0.5978 0.000 0.700 0.012 0.288 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3659 0.7073 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM311705 2 0.3629 0.5980 0.000 0.712 0.012 0.276 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.2520 0.7314 0.152 0.000 0.000 0.004 0.844 0.000
#> GSM311707 5 0.2668 0.7224 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828 0.000
#> GSM311708 2 0.5503 0.4145 0.000 0.456 0.128 0.416 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.3210 0.2534 0.000 0.152 0.036 0.812 0.000 0.000
#> GSM311710 5 0.0291 0.7443 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM311711 4 0.4634 0.2565 0.116 0.000 0.004 0.700 0.180 0.000
#> GSM311712 2 0.7409 -0.3440 0.000 0.332 0.120 0.300 0.000 0.248
#> GSM311713 5 0.3868 0.3490 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM311714 4 0.3944 0.4552 0.000 0.428 0.004 0.568 0.000 0.000
#> GSM311716 4 0.6381 0.4559 0.000 0.316 0.116 0.500 0.068 0.000
#> GSM311717 1 0.0777 0.8563 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM311718 5 0.3314 0.6384 0.256 0.000 0.000 0.004 0.740 0.000
#> GSM311719 5 0.4022 0.3751 0.000 0.000 0.008 0.004 0.628 0.360
#> GSM311720 4 0.3551 0.3264 0.000 0.000 0.060 0.792 0.148 0.000
#> GSM311721 2 0.6046 0.4860 0.000 0.500 0.180 0.304 0.000 0.016
#> GSM311722 3 0.6102 0.3297 0.000 0.000 0.472 0.316 0.012 0.200
#> GSM311723 5 0.2553 0.7340 0.144 0.000 0.000 0.008 0.848 0.000
#> GSM311724 2 0.4146 0.5936 0.000 0.676 0.036 0.288 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.4652 0.4673 0.000 0.288 0.000 0.640 0.072 0.000
#> GSM311726 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311727 6 0.3695 0.0344 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311728 4 0.5888 -0.3955 0.000 0.400 0.200 0.400 0.000 0.000
#> GSM311729 5 0.2178 0.7305 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM311730 2 0.3816 0.5960 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.1297 0.3524 0.000 0.040 0.012 0.948 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.6253 0.4472 0.000 0.348 0.144 0.472 0.036 0.000
#> GSM311733 6 0.0458 0.7687 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM311734 4 0.7467 0.4115 0.000 0.260 0.140 0.448 0.024 0.128
#> GSM311735 2 0.3816 0.5960 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.0547 0.7694 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311737 2 0.8470 -0.3539 0.000 0.300 0.112 0.276 0.096 0.216
#> GSM311738 1 0.5855 -0.1601 0.412 0.000 0.000 0.192 0.396 0.000
#> GSM311739 2 0.3907 -0.3269 0.000 0.588 0.004 0.408 0.000 0.000
#> GSM311740 2 0.5837 0.3955 0.000 0.416 0.188 0.396 0.000 0.000
#> GSM311741 4 0.3912 0.4774 0.000 0.340 0.012 0.648 0.000 0.000
#> GSM311742 4 0.3944 0.4559 0.000 0.428 0.004 0.568 0.000 0.000
#> GSM311743 3 0.3867 0.4281 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311744 6 0.0632 0.7677 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311745 4 0.4738 0.4569 0.000 0.276 0.000 0.640 0.084 0.000
#> GSM311746 4 0.4150 0.4687 0.000 0.392 0.016 0.592 0.000 0.000
#> GSM311747 5 0.0146 0.7431 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311748 3 0.3482 0.7546 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311749 1 0.3804 0.1212 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM311750 2 0.5645 0.4967 0.000 0.508 0.172 0.320 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.3499 0.7522 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM311752 5 0.3851 0.4125 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM311753 3 0.3464 0.7567 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311754 2 0.6997 0.3572 0.000 0.392 0.168 0.348 0.000 0.092
#> GSM311755 3 0.2932 0.5503 0.000 0.040 0.860 0.012 0.000 0.088
#> GSM311756 4 0.4099 0.4731 0.000 0.372 0.016 0.612 0.000 0.000
#> GSM311757 6 0.2527 0.5806 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311758 1 0.0146 0.8710 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 4 0.5945 -0.3893 0.000 0.392 0.216 0.392 0.000 0.000
#> GSM311760 4 0.5585 -0.4017 0.000 0.416 0.140 0.444 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.4109 0.4758 0.000 0.328 0.024 0.648 0.000 0.000
#> GSM311715 4 0.2320 0.3298 0.000 0.080 0.024 0.892 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:mclust 146 0.2939 2
#> SD:mclust 151 0.4068 3
#> SD:mclust 104 0.5549 4
#> SD:mclust 114 0.0509 5
#> SD:mclust 81 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.513 0.783 0.896 0.4943 0.499 0.499
#> 3 3 0.725 0.794 0.912 0.3378 0.690 0.457
#> 4 4 0.640 0.650 0.832 0.1230 0.826 0.542
#> 5 5 0.693 0.661 0.831 0.0696 0.838 0.477
#> 6 6 0.679 0.451 0.692 0.0379 0.890 0.549
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 2 0.7528 0.6221 0.216 0.784
#> GSM311599 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.7376 0.7842 0.792 0.208
#> GSM311601 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311602 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.7299 0.7859 0.796 0.204
#> GSM311604 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.7883 0.6874 0.236 0.764
#> GSM311606 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.7883 0.6874 0.236 0.764
#> GSM311609 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.7299 0.7859 0.796 0.204
#> GSM311611 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311613 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311614 2 0.7883 0.6874 0.236 0.764
#> GSM311615 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311617 1 0.9608 0.5539 0.616 0.384
#> GSM311618 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.8327 0.6550 0.264 0.736
#> GSM311624 1 0.8813 0.6899 0.700 0.300
#> GSM311625 1 0.8144 0.7504 0.748 0.252
#> GSM311626 1 0.7674 0.7761 0.776 0.224
#> GSM311627 1 0.7602 0.7763 0.780 0.220
#> GSM311628 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.5946 0.7826 0.144 0.856
#> GSM311630 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.9608 0.4691 0.384 0.616
#> GSM311633 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.9427 0.6018 0.640 0.360
#> GSM311639 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.9815 0.1886 0.420 0.580
#> GSM311641 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.9635 0.4613 0.388 0.612
#> GSM311643 2 0.9970 -0.1679 0.468 0.532
#> GSM311644 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.5946 0.8092 0.856 0.144
#> GSM311646 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.1184 0.8907 0.016 0.984
#> GSM311649 2 0.9635 0.4613 0.388 0.612
#> GSM311650 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311652 2 1.0000 0.1813 0.496 0.504
#> GSM311653 2 0.3114 0.8509 0.056 0.944
#> GSM311654 2 0.7950 0.6836 0.240 0.760
#> GSM311655 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.7950 0.7605 0.760 0.240
#> GSM311666 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.7745 0.7705 0.772 0.228
#> GSM311669 1 0.9522 0.5765 0.628 0.372
#> GSM311670 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.3733 0.8300 0.928 0.072
#> GSM311672 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.7299 0.7859 0.796 0.204
#> GSM311676 2 0.7139 0.6588 0.196 0.804
#> GSM311677 2 0.0376 0.8982 0.004 0.996
#> GSM311678 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.9909 0.0183 0.556 0.444
#> GSM311680 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.7815 0.7673 0.768 0.232
#> GSM311683 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.8081 0.7528 0.752 0.248
#> GSM311686 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311689 2 0.9460 0.2548 0.364 0.636
#> GSM311690 1 0.8327 0.5347 0.736 0.264
#> GSM311691 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.4161 0.7880 0.916 0.084
#> GSM311693 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.6973 0.7390 0.188 0.812
#> GSM311699 2 0.0672 0.8951 0.008 0.992
#> GSM311700 1 0.7528 0.7791 0.784 0.216
#> GSM311701 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.7950 0.7605 0.760 0.240
#> GSM311707 1 0.7950 0.7605 0.760 0.240
#> GSM311708 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.4562 0.8240 0.904 0.096
#> GSM311711 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311712 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311713 1 0.7674 0.7735 0.776 0.224
#> GSM311714 1 0.9954 0.3796 0.540 0.460
#> GSM311716 1 0.0938 0.8421 0.988 0.012
#> GSM311717 2 0.1843 0.8798 0.028 0.972
#> GSM311718 1 0.7299 0.7860 0.796 0.204
#> GSM311719 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.9248 0.6281 0.660 0.340
#> GSM311721 2 0.7219 0.7263 0.200 0.800
#> GSM311722 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.7528 0.7791 0.784 0.216
#> GSM311724 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.9993 0.3116 0.516 0.484
#> GSM311726 2 0.9686 0.4447 0.396 0.604
#> GSM311727 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.7453 0.7815 0.788 0.212
#> GSM311730 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311738 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311739 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.0672 0.8962 0.008 0.992
#> GSM311741 2 0.6531 0.7057 0.168 0.832
#> GSM311742 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311743 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.9393 0.6043 0.644 0.356
#> GSM311746 1 0.7883 0.7641 0.764 0.236
#> GSM311747 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9815 0.3925 0.420 0.580
#> GSM311749 1 0.7950 0.7605 0.760 0.240
#> GSM311750 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311751 1 0.9635 0.2168 0.612 0.388
#> GSM311752 1 0.8267 0.7399 0.740 0.260
#> GSM311753 2 0.9933 0.3127 0.452 0.548
#> GSM311754 2 0.7139 0.7310 0.196 0.804
#> GSM311755 2 0.7219 0.7263 0.200 0.800
#> GSM311756 1 0.9608 0.5542 0.616 0.384
#> GSM311757 1 0.0000 0.8440 1.000 0.000
#> GSM311758 2 0.2043 0.8766 0.032 0.968
#> GSM311759 2 0.0672 0.8962 0.008 0.992
#> GSM311760 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.7376 0.7838 0.792 0.208
#> GSM311715 2 0.0000 0.9010 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.5650 0.6008 0.688 0.312 0.000
#> GSM311599 3 0.4121 0.8411 0.084 0.040 0.876
#> GSM311600 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.5706 0.5010 0.680 0.320 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.4605 0.7458 0.000 0.204 0.796
#> GSM311606 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.6079 0.4036 0.000 0.388 0.612
#> GSM311609 3 0.2537 0.8644 0.080 0.000 0.920
#> GSM311610 1 0.3941 0.7768 0.844 0.156 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.5178 0.6706 0.000 0.256 0.744
#> GSM311615 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311616 2 0.6140 0.1984 0.404 0.596 0.000
#> GSM311617 1 0.4654 0.7323 0.792 0.208 0.000
#> GSM311618 2 0.2066 0.8752 0.060 0.940 0.000
#> GSM311619 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.5178 0.6705 0.000 0.256 0.744
#> GSM311624 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311626 1 0.6333 0.4644 0.656 0.332 0.012
#> GSM311627 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.1031 0.9056 0.024 0.000 0.976
#> GSM311629 2 0.1411 0.8954 0.000 0.964 0.036
#> GSM311630 1 0.0747 0.8399 0.984 0.000 0.016
#> GSM311631 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.2261 0.8778 0.000 0.068 0.932
#> GSM311633 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 2 0.7487 0.2292 0.408 0.552 0.040
#> GSM311641 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311642 3 0.1411 0.8989 0.000 0.036 0.964
#> GSM311643 1 0.4702 0.7283 0.788 0.212 0.000
#> GSM311644 3 0.0592 0.9115 0.012 0.000 0.988
#> GSM311645 1 0.0592 0.8437 0.988 0.000 0.012
#> GSM311646 2 0.1643 0.8913 0.044 0.956 0.000
#> GSM311647 3 0.1163 0.9035 0.028 0.000 0.972
#> GSM311648 2 0.3755 0.8006 0.008 0.872 0.120
#> GSM311649 3 0.3879 0.8048 0.000 0.152 0.848
#> GSM311650 2 0.0747 0.9148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311651 2 0.1964 0.8793 0.056 0.944 0.000
#> GSM311652 3 0.0424 0.9138 0.000 0.008 0.992
#> GSM311653 2 0.6204 0.1306 0.424 0.576 0.000
#> GSM311654 3 0.2878 0.8579 0.000 0.096 0.904
#> GSM311655 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311656 2 0.6079 0.3462 0.388 0.612 0.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.3267 0.7679 0.884 0.000 0.116
#> GSM311661 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.6309 -0.0442 0.500 0.000 0.500
#> GSM311665 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 1 0.4931 0.7068 0.768 0.232 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.1860 0.8829 0.052 0.948 0.000
#> GSM311674 3 0.1529 0.8960 0.040 0.000 0.960
#> GSM311675 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 1 0.5948 0.5086 0.640 0.360 0.000
#> GSM311677 1 0.5058 0.6995 0.756 0.244 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0237 0.9152 0.000 0.004 0.996
#> GSM311680 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 3 0.6299 0.1041 0.476 0.000 0.524
#> GSM311682 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 2 0.6168 0.2827 0.412 0.588 0.000
#> GSM311687 2 0.0237 0.9222 0.004 0.996 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.1031 0.8433 0.976 0.024 0.000
#> GSM311690 3 0.3116 0.8467 0.000 0.108 0.892
#> GSM311691 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.4002 0.7781 0.160 0.000 0.840
#> GSM311696 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311697 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 1 0.6204 0.3709 0.576 0.424 0.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0424 0.9203 0.008 0.992 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.1163 0.9055 0.028 0.972 0.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311711 1 0.2261 0.8244 0.932 0.068 0.000
#> GSM311712 3 0.6274 0.1847 0.456 0.000 0.544
#> GSM311713 1 0.0747 0.8468 0.984 0.016 0.000
#> GSM311714 1 0.5591 0.6079 0.696 0.304 0.000
#> GSM311716 1 0.5178 0.5916 0.744 0.000 0.256
#> GSM311717 1 0.6302 0.0587 0.520 0.480 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.6267 0.1323 0.548 0.000 0.452
#> GSM311720 1 0.4346 0.7189 0.816 0.184 0.000
#> GSM311721 2 0.1163 0.9028 0.000 0.972 0.028
#> GSM311722 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.3816 0.7827 0.852 0.148 0.000
#> GSM311726 3 0.0424 0.9138 0.000 0.008 0.992
#> GSM311727 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.3192 0.8170 0.112 0.888 0.000
#> GSM311732 3 0.1163 0.9041 0.028 0.000 0.972
#> GSM311733 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.2448 0.8679 0.076 0.000 0.924
#> GSM311735 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.6299 0.1114 0.476 0.000 0.524
#> GSM311738 1 0.2261 0.8246 0.932 0.068 0.000
#> GSM311739 2 0.6045 0.2738 0.380 0.620 0.000
#> GSM311740 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> GSM311741 1 0.5397 0.6501 0.720 0.280 0.000
#> GSM311742 1 0.6252 0.3157 0.556 0.444 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311746 1 0.0592 0.8475 0.988 0.012 0.000
#> GSM311747 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311748 3 0.0424 0.9138 0.000 0.008 0.992
#> GSM311749 1 0.0000 0.8484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.2066 0.8340 0.940 0.060 0.000
#> GSM311753 3 0.0237 0.9152 0.000 0.004 0.996
#> GSM311754 2 0.3816 0.7734 0.000 0.852 0.148
#> GSM311755 2 0.4931 0.6460 0.000 0.768 0.232
#> GSM311756 1 0.4504 0.7434 0.804 0.196 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.9162 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.6026 0.3824 0.624 0.376 0.000
#> GSM311759 2 0.0237 0.9220 0.000 0.996 0.004
#> GSM311760 2 0.0892 0.9114 0.020 0.980 0.000
#> GSM311668 1 0.0892 0.8459 0.980 0.020 0.000
#> GSM311715 2 0.6111 0.2392 0.396 0.604 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.5970 0.5392 0.244 0.088 0.000 0.668
#> GSM311599 1 0.4587 0.6786 0.776 0.028 0.192 0.004
#> GSM311600 1 0.0817 0.8982 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311601 3 0.0469 0.8380 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311602 1 0.0188 0.9060 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0336 0.9054 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311604 2 0.4193 0.6560 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM311605 3 0.4746 0.4632 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM311606 2 0.0188 0.7716 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311607 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.4985 -0.1088 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM311609 3 0.4888 0.3889 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM311610 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311612 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311614 3 0.4776 0.4433 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM311615 2 0.4543 0.5817 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311616 4 0.3024 0.6237 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM311617 4 0.0188 0.7006 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311618 4 0.4585 0.3740 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM311619 2 0.4730 0.4021 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311620 2 0.4941 0.3646 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM311621 4 0.4916 0.1243 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM311622 2 0.0592 0.7649 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311623 3 0.4941 0.3324 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4564 0.3597 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM311626 1 0.0817 0.8972 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM311627 4 0.3873 0.5033 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM311628 3 0.3356 0.7161 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311629 2 0.4224 0.7308 0.000 0.824 0.100 0.076
#> GSM311630 1 0.1022 0.8946 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311631 2 0.2081 0.7696 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311632 3 0.4843 0.4314 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM311633 4 0.4843 0.2128 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM311634 2 0.2469 0.7030 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0188 0.7696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311636 3 0.0592 0.8364 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311637 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.7708 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.2345 0.8376 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.4624 0.4551 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM311642 3 0.4522 0.5599 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM311643 4 0.0188 0.7006 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311644 3 0.1302 0.8217 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311645 4 0.8069 0.0223 0.184 0.020 0.356 0.440
#> GSM311646 2 0.2081 0.7279 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM311647 3 0.4697 0.4924 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM311648 2 0.2984 0.7065 0.084 0.888 0.028 0.000
#> GSM311649 3 0.4992 0.2358 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM311650 4 0.4697 0.3231 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM311651 4 0.4776 0.2892 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM311652 3 0.1302 0.8247 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM311653 4 0.1022 0.6946 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311654 3 0.2522 0.7963 0.000 0.076 0.908 0.016
#> GSM311655 3 0.0707 0.8347 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311656 1 0.2589 0.8194 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.4933 0.3744 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM311658 2 0.4817 0.4715 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311659 2 0.0592 0.7727 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311660 4 0.6522 0.3768 0.224 0.000 0.144 0.632
#> GSM311661 2 0.4933 0.3115 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM311662 2 0.0188 0.7696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311663 2 0.3400 0.7336 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM311664 1 0.0188 0.9060 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.4277 0.6336 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM311667 1 0.0336 0.9054 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311669 4 0.0921 0.6968 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311670 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311671 1 0.4948 0.3123 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM311672 2 0.4972 0.3060 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM311673 4 0.4643 0.3494 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311674 3 0.4284 0.6540 0.224 0.000 0.764 0.012
#> GSM311675 1 0.1557 0.8744 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311676 4 0.0817 0.6979 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM311677 4 0.6164 0.5510 0.104 0.240 0.000 0.656
#> GSM311678 2 0.0188 0.7716 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311679 3 0.2921 0.7646 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM311680 2 0.3837 0.6978 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311681 3 0.5174 0.4550 0.012 0.000 0.620 0.368
#> GSM311682 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311684 2 0.3219 0.7410 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM311685 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.1474 0.8780 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.3266 0.6443 0.168 0.832 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.4964 0.4708 0.004 0.380 0.616 0.000
#> GSM311691 2 0.3907 0.6900 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM311692 3 0.1022 0.8306 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.7708 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.4916 0.3914 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM311695 3 0.4761 0.4609 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM311696 4 0.4804 0.2497 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM311697 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311698 2 0.4462 0.7307 0.000 0.804 0.064 0.132
#> GSM311699 4 0.3024 0.6290 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM311700 1 0.4790 0.4470 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM311701 4 0.4790 0.2614 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM311702 2 0.2589 0.7585 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311703 2 0.3172 0.7431 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311704 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.3444 0.7284 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311706 1 0.0469 0.9041 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311707 1 0.0188 0.9064 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311708 2 0.0188 0.7696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311709 2 0.5165 0.2015 0.004 0.512 0.000 0.484
#> GSM311710 4 0.4697 0.2504 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM311711 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.2760 0.6259 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM311713 4 0.1389 0.6912 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM311714 4 0.0188 0.7006 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311716 4 0.4155 0.4641 0.004 0.000 0.240 0.756
#> GSM311717 1 0.0921 0.8950 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.4477 0.5738 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311719 3 0.5024 0.4733 0.008 0.000 0.632 0.360
#> GSM311720 1 0.4175 0.6878 0.776 0.212 0.000 0.012
#> GSM311721 2 0.3447 0.7128 0.000 0.852 0.128 0.020
#> GSM311722 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.4222 0.6243 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311724 2 0.0000 0.7708 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.0336 0.7003 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311726 3 0.1022 0.8304 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM311727 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311728 2 0.2216 0.7666 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311729 4 0.4941 0.0313 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM311730 2 0.0000 0.7708 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.4790 0.2615 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM311732 3 0.4804 0.4347 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311733 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311734 3 0.4916 0.3598 0.000 0.000 0.576 0.424
#> GSM311735 2 0.0000 0.7708 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311737 4 0.4830 0.1045 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM311738 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.3942 0.5329 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM311740 2 0.1743 0.7722 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM311741 4 0.1867 0.6796 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM311742 4 0.3837 0.5786 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM311743 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0188 0.8404 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311745 4 0.1637 0.6875 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM311746 4 0.0000 0.7001 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311747 4 0.6477 0.1207 0.368 0.000 0.080 0.552
#> GSM311748 3 0.0592 0.8362 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.9064 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 2 0.2149 0.7681 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM311751 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.2466 0.6660 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM311753 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.5250 0.6642 0.000 0.744 0.176 0.080
#> GSM311755 2 0.4008 0.4900 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM311756 4 0.0188 0.7006 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311757 3 0.0000 0.8405 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0592 0.9014 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.1890 0.7386 0.008 0.936 0.056 0.000
#> GSM311760 2 0.2081 0.7228 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.0188 0.6997 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311715 4 0.4889 0.3119 0.004 0.360 0.000 0.636
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 2 0.4352 0.5727 0.244 0.720 0.000 0.036 0.000
#> GSM311599 5 0.6306 0.4815 0.188 0.000 0.236 0.008 0.568
#> GSM311600 4 0.5382 0.4954 0.128 0.000 0.000 0.660 0.212
#> GSM311601 3 0.0798 0.8817 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM311602 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0794 0.9250 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311604 2 0.1018 0.7848 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM311605 3 0.1195 0.8684 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> GSM311606 2 0.3895 0.4755 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM311607 3 0.0451 0.8830 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311608 5 0.4781 0.1917 0.000 0.020 0.428 0.000 0.552
#> GSM311609 3 0.4126 0.3363 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM311610 4 0.1043 0.6847 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311611 3 0.0324 0.8834 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311612 3 0.0451 0.8830 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311613 3 0.0451 0.8835 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM311614 3 0.1809 0.8434 0.000 0.060 0.928 0.000 0.012
#> GSM311615 2 0.0671 0.7840 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM311616 2 0.4060 0.4380 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM311617 2 0.4294 0.1211 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM311618 2 0.4446 0.0789 0.000 0.520 0.000 0.476 0.004
#> GSM311619 2 0.6643 0.1360 0.000 0.404 0.000 0.224 0.372
#> GSM311620 2 0.0703 0.7846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311621 2 0.6510 0.3991 0.000 0.488 0.000 0.260 0.252
#> GSM311622 5 0.0451 0.7722 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM311623 5 0.4235 0.2139 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM311624 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4339 0.4782 0.336 0.000 0.000 0.652 0.012
#> GSM311626 1 0.3803 0.7669 0.804 0.000 0.000 0.140 0.056
#> GSM311627 4 0.0833 0.6931 0.016 0.004 0.000 0.976 0.004
#> GSM311628 3 0.2179 0.8005 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311629 5 0.3601 0.7154 0.000 0.052 0.000 0.128 0.820
#> GSM311630 1 0.0404 0.9344 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311631 2 0.0771 0.7773 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM311632 3 0.4065 0.5878 0.000 0.016 0.720 0.000 0.264
#> GSM311633 2 0.1082 0.7838 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> GSM311634 5 0.1557 0.7740 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM311635 5 0.1892 0.7468 0.000 0.004 0.000 0.080 0.916
#> GSM311636 3 0.0510 0.8802 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311637 3 0.0510 0.8788 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 5 0.0671 0.7733 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> GSM311640 1 0.0727 0.9263 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> GSM311641 5 0.3659 0.6240 0.000 0.012 0.000 0.220 0.768
#> GSM311642 3 0.2351 0.8165 0.000 0.016 0.896 0.000 0.088
#> GSM311643 2 0.4101 0.3981 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM311644 3 0.0794 0.8744 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM311645 4 0.6975 0.5093 0.048 0.144 0.176 0.608 0.024
#> GSM311646 2 0.4583 0.5846 0.192 0.740 0.004 0.000 0.064
#> GSM311647 4 0.4546 0.1368 0.000 0.000 0.460 0.532 0.008
#> GSM311648 5 0.3080 0.7463 0.004 0.124 0.020 0.000 0.852
#> GSM311649 3 0.4909 0.2203 0.000 0.028 0.560 0.000 0.412
#> GSM311650 2 0.1671 0.7721 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM311651 2 0.4951 0.6183 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> GSM311652 3 0.0671 0.8788 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM311653 4 0.4549 0.0833 0.000 0.464 0.000 0.528 0.008
#> GSM311654 2 0.1282 0.7706 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> GSM311655 3 0.0955 0.8739 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM311656 1 0.4380 0.5555 0.688 0.292 0.004 0.016 0.000
#> GSM311657 2 0.0703 0.7846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311658 2 0.0703 0.7846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311659 2 0.5260 0.3805 0.000 0.604 0.000 0.064 0.332
#> GSM311660 4 0.1617 0.6920 0.020 0.000 0.020 0.948 0.012
#> GSM311661 2 0.4521 0.6839 0.000 0.748 0.000 0.088 0.164
#> GSM311662 5 0.3355 0.7238 0.000 0.132 0.000 0.036 0.832
#> GSM311663 2 0.0963 0.7768 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311664 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1469 0.7815 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM311667 1 0.0162 0.9381 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311669 2 0.3353 0.6751 0.000 0.796 0.008 0.196 0.000
#> GSM311670 3 0.0404 0.8817 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311671 4 0.2329 0.6683 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM311672 2 0.0703 0.7847 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311673 4 0.5302 0.2034 0.000 0.412 0.000 0.536 0.052
#> GSM311674 3 0.4291 0.5944 0.276 0.004 0.704 0.016 0.000
#> GSM311675 4 0.4451 0.1114 0.492 0.000 0.000 0.504 0.004
#> GSM311676 4 0.1205 0.6844 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM311677 2 0.5854 0.3256 0.004 0.524 0.000 0.384 0.088
#> GSM311678 5 0.4242 0.3241 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM311679 3 0.1082 0.8701 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM311680 2 0.0912 0.7829 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM311681 4 0.4171 0.3315 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0162 0.8833 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311684 5 0.3707 0.5744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311685 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0162 0.9371 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 5 0.5799 0.4601 0.324 0.112 0.000 0.000 0.564
#> GSM311688 3 0.0000 0.8831 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0162 0.9381 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311690 5 0.3085 0.7437 0.004 0.000 0.060 0.068 0.868
#> GSM311691 2 0.1628 0.7713 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM311692 3 0.3317 0.7031 0.000 0.188 0.804 0.004 0.004
#> GSM311693 5 0.0807 0.7722 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM311694 2 0.0963 0.7841 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311695 4 0.4161 0.3281 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM311696 2 0.2818 0.7378 0.000 0.856 0.000 0.132 0.012
#> GSM311697 3 0.0609 0.8791 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311698 5 0.6320 0.2613 0.000 0.400 0.136 0.004 0.460
#> GSM311699 2 0.5692 0.2448 0.000 0.472 0.000 0.448 0.080
#> GSM311700 4 0.4599 0.2437 0.384 0.000 0.000 0.600 0.016
#> GSM311701 2 0.2536 0.7416 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM311702 2 0.4313 0.4369 0.000 0.636 0.000 0.008 0.356
#> GSM311703 2 0.0963 0.7761 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311704 3 0.0451 0.8830 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311705 2 0.1965 0.7475 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311706 1 0.3109 0.7383 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311707 1 0.0162 0.9380 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311708 5 0.0992 0.7745 0.000 0.024 0.000 0.008 0.968
#> GSM311709 2 0.1341 0.7806 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM311710 4 0.2583 0.6719 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> GSM311711 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.5664 0.5481 0.000 0.180 0.168 0.648 0.004
#> GSM311713 4 0.1517 0.6886 0.004 0.012 0.004 0.952 0.028
#> GSM311714 4 0.3741 0.5173 0.000 0.264 0.000 0.732 0.004
#> GSM311716 4 0.1251 0.6904 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008
#> GSM311717 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.3274 0.7012 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM311719 3 0.3913 0.4629 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM311720 1 0.1492 0.9025 0.948 0.040 0.004 0.008 0.000
#> GSM311721 5 0.4959 0.6134 0.000 0.240 0.076 0.000 0.684
#> GSM311722 3 0.4437 0.1229 0.000 0.000 0.532 0.004 0.464
#> GSM311723 4 0.3053 0.6359 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> GSM311724 5 0.1894 0.7660 0.000 0.072 0.008 0.000 0.920
#> GSM311725 4 0.4288 0.3084 0.000 0.384 0.000 0.612 0.004
#> GSM311726 3 0.0671 0.8787 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM311727 3 0.0324 0.8834 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311728 2 0.0566 0.7790 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM311729 4 0.4700 -0.0364 0.472 0.008 0.004 0.516 0.000
#> GSM311730 5 0.1197 0.7742 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM311731 2 0.4587 0.6275 0.000 0.728 0.000 0.204 0.068
#> GSM311732 4 0.4505 0.3436 0.000 0.000 0.384 0.604 0.012
#> GSM311733 3 0.0404 0.8817 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311734 3 0.4420 0.1314 0.000 0.004 0.548 0.448 0.000
#> GSM311735 2 0.4015 0.4115 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM311736 3 0.0162 0.8833 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311737 4 0.4047 0.4618 0.000 0.000 0.320 0.676 0.004
#> GSM311738 1 0.3536 0.8124 0.832 0.000 0.000 0.084 0.084
#> GSM311739 4 0.2361 0.6616 0.000 0.012 0.000 0.892 0.096
#> GSM311740 2 0.0798 0.7776 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> GSM311741 2 0.2970 0.7138 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> GSM311742 4 0.3812 0.6051 0.000 0.096 0.000 0.812 0.092
#> GSM311743 3 0.0324 0.8834 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311744 3 0.0324 0.8834 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311745 4 0.1646 0.6960 0.032 0.020 0.000 0.944 0.004
#> GSM311746 4 0.1949 0.6927 0.000 0.040 0.012 0.932 0.016
#> GSM311747 4 0.3731 0.6713 0.072 0.000 0.112 0.816 0.000
#> GSM311748 3 0.4166 0.4303 0.000 0.000 0.648 0.004 0.348
#> GSM311749 1 0.0290 0.9368 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311750 2 0.0671 0.7784 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM311751 3 0.0451 0.8830 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311752 4 0.4421 0.6108 0.068 0.184 0.000 0.748 0.000
#> GSM311753 3 0.0162 0.8830 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311754 5 0.6681 0.2761 0.000 0.340 0.208 0.004 0.448
#> GSM311755 5 0.2359 0.7617 0.000 0.036 0.060 0.000 0.904
#> GSM311756 4 0.4576 -0.1834 0.000 0.456 0.004 0.536 0.004
#> GSM311757 3 0.0000 0.8831 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.9392 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 5 0.3123 0.7167 0.000 0.160 0.012 0.000 0.828
#> GSM311760 5 0.0671 0.7676 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> GSM311668 4 0.3395 0.5533 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM311715 4 0.5475 0.5081 0.000 0.232 0.000 0.644 0.124
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.5279 0.15514 0.008 0.000 0.000 0.596 0.288 0.108
#> GSM311599 2 0.5649 0.59018 0.056 0.688 0.152 0.000 0.048 0.056
#> GSM311600 5 0.7472 0.16864 0.268 0.248 0.016 0.008 0.400 0.060
#> GSM311601 3 0.1838 0.83272 0.000 0.020 0.928 0.000 0.012 0.040
#> GSM311602 1 0.0000 0.83218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3955 0.39428 0.608 0.000 0.000 0.000 0.384 0.008
#> GSM311604 4 0.4389 0.20211 0.000 0.032 0.000 0.596 0.000 0.372
#> GSM311605 3 0.1196 0.83490 0.000 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM311606 6 0.6089 0.28104 0.000 0.304 0.000 0.304 0.000 0.392
#> GSM311607 3 0.0858 0.83800 0.000 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> GSM311608 2 0.4218 0.27218 0.004 0.584 0.400 0.000 0.000 0.012
#> GSM311609 3 0.6657 0.21505 0.000 0.000 0.492 0.232 0.212 0.064
#> GSM311610 5 0.5053 0.50284 0.000 0.016 0.000 0.264 0.640 0.080
#> GSM311611 3 0.0717 0.84087 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM311612 3 0.0790 0.83836 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0964 0.84103 0.000 0.016 0.968 0.000 0.004 0.012
#> GSM311614 3 0.1268 0.83818 0.000 0.008 0.952 0.000 0.004 0.036
#> GSM311615 4 0.4218 0.16141 0.000 0.004 0.000 0.584 0.012 0.400
#> GSM311616 4 0.3517 0.35129 0.000 0.004 0.000 0.780 0.028 0.188
#> GSM311617 4 0.1556 0.39603 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM311618 4 0.2790 0.37464 0.000 0.008 0.000 0.856 0.116 0.020
#> GSM311619 6 0.6055 0.15836 0.000 0.184 0.000 0.012 0.332 0.472
#> GSM311620 4 0.3634 0.24741 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM311621 6 0.7257 0.34422 0.000 0.156 0.000 0.208 0.200 0.436
#> GSM311622 2 0.1296 0.70293 0.000 0.952 0.004 0.000 0.012 0.032
#> GSM311623 2 0.4018 0.25737 0.000 0.580 0.412 0.000 0.000 0.008
#> GSM311624 1 0.0363 0.83158 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311625 4 0.7233 -0.28817 0.264 0.004 0.000 0.396 0.252 0.084
#> GSM311626 1 0.5087 0.49526 0.664 0.020 0.000 0.000 0.216 0.100
#> GSM311627 5 0.2247 0.57123 0.024 0.004 0.000 0.020 0.912 0.040
#> GSM311628 3 0.3369 0.75276 0.000 0.000 0.832 0.012 0.084 0.072
#> GSM311629 2 0.6660 0.52007 0.000 0.568 0.044 0.040 0.196 0.152
#> GSM311630 1 0.0858 0.82380 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM311631 6 0.4088 0.25913 0.000 0.016 0.000 0.368 0.000 0.616
#> GSM311632 3 0.3755 0.64373 0.000 0.220 0.744 0.000 0.000 0.036
#> GSM311633 6 0.4749 0.13013 0.000 0.004 0.016 0.424 0.016 0.540
#> GSM311634 2 0.3748 0.63600 0.016 0.748 0.000 0.000 0.012 0.224
#> GSM311635 2 0.3698 0.65407 0.000 0.788 0.000 0.000 0.096 0.116
#> GSM311636 3 0.0508 0.84007 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311637 3 0.2317 0.81406 0.004 0.000 0.892 0.008 0.008 0.088
#> GSM311638 1 0.0000 0.83218 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.1124 0.69917 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM311640 1 0.0508 0.82718 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311641 2 0.7160 0.23558 0.000 0.448 0.000 0.148 0.236 0.168
#> GSM311642 3 0.2767 0.79324 0.000 0.072 0.868 0.000 0.004 0.056
#> GSM311643 4 0.1334 0.40639 0.000 0.000 0.000 0.948 0.020 0.032
#> GSM311644 3 0.1500 0.82507 0.000 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> GSM311645 5 0.4177 0.52247 0.020 0.024 0.020 0.000 0.768 0.168
#> GSM311646 6 0.6197 0.38353 0.156 0.048 0.000 0.220 0.004 0.572
#> GSM311647 3 0.6599 0.10965 0.000 0.020 0.444 0.360 0.152 0.024
#> GSM311648 2 0.4238 0.44576 0.008 0.580 0.000 0.000 0.008 0.404
#> GSM311649 3 0.4830 0.36661 0.008 0.352 0.596 0.000 0.004 0.040
#> GSM311650 4 0.3634 0.26004 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM311651 6 0.5431 0.42183 0.000 0.052 0.000 0.088 0.208 0.652
#> GSM311652 3 0.1498 0.83312 0.000 0.032 0.940 0.000 0.000 0.028
#> GSM311653 4 0.4853 0.23803 0.000 0.024 0.000 0.672 0.244 0.060
#> GSM311654 6 0.4752 0.33225 0.000 0.004 0.040 0.304 0.012 0.640
#> GSM311655 3 0.2826 0.78635 0.000 0.000 0.844 0.000 0.028 0.128
#> GSM311656 6 0.4464 0.36240 0.284 0.012 0.000 0.000 0.036 0.668
#> GSM311657 4 0.3841 0.21484 0.000 0.000 0.000 0.616 0.004 0.380
#> GSM311658 4 0.3955 0.20249 0.000 0.008 0.000 0.608 0.000 0.384
#> GSM311659 6 0.3904 0.46918 0.000 0.096 0.000 0.028 0.076 0.800
#> GSM311660 5 0.3865 0.53207 0.072 0.004 0.024 0.024 0.828 0.048
#> GSM311661 6 0.6140 0.18923 0.000 0.120 0.000 0.392 0.036 0.452
#> GSM311662 2 0.4939 0.33565 0.000 0.496 0.000 0.000 0.064 0.440
#> GSM311663 4 0.4563 0.19829 0.000 0.044 0.000 0.588 0.000 0.368
#> GSM311664 1 0.0436 0.83230 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311665 1 0.0508 0.83232 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM311666 4 0.4913 0.15398 0.000 0.072 0.000 0.564 0.000 0.364
#> GSM311667 1 0.0260 0.83261 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311669 4 0.2398 0.38300 0.000 0.000 0.000 0.876 0.104 0.020
#> GSM311670 3 0.1049 0.83477 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM311671 5 0.3036 0.56673 0.044 0.000 0.004 0.056 0.868 0.028
#> GSM311672 4 0.4006 0.20601 0.000 0.004 0.000 0.600 0.004 0.392
#> GSM311673 4 0.2624 0.37990 0.000 0.020 0.000 0.884 0.068 0.028
#> GSM311674 3 0.7044 0.13927 0.104 0.000 0.460 0.012 0.304 0.120
#> GSM311675 5 0.4864 -0.06590 0.448 0.000 0.000 0.024 0.508 0.020
#> GSM311676 5 0.5399 0.40573 0.000 0.036 0.000 0.380 0.536 0.048
#> GSM311677 5 0.5300 0.40163 0.000 0.040 0.000 0.072 0.640 0.248
#> GSM311678 2 0.5095 0.34807 0.008 0.632 0.000 0.256 0.000 0.104
#> GSM311679 3 0.3210 0.77199 0.000 0.020 0.836 0.004 0.016 0.124
#> GSM311680 4 0.4107 0.08864 0.000 0.004 0.000 0.540 0.004 0.452
#> GSM311681 5 0.5002 0.36773 0.000 0.000 0.292 0.012 0.624 0.072
#> GSM311682 1 0.0260 0.83261 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311683 3 0.0508 0.83993 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311684 2 0.3518 0.49656 0.000 0.732 0.000 0.256 0.000 0.012
#> GSM311685 1 0.0260 0.83261 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311686 1 0.0146 0.83177 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 1 0.5706 0.11100 0.520 0.372 0.000 0.060 0.000 0.048
#> GSM311688 3 0.0777 0.84024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM311689 1 0.1989 0.79794 0.916 0.000 0.000 0.004 0.052 0.028
#> GSM311690 2 0.3790 0.67132 0.000 0.804 0.116 0.000 0.052 0.028
#> GSM311691 4 0.4493 0.23645 0.000 0.044 0.000 0.612 0.000 0.344
#> GSM311692 6 0.4364 -0.03051 0.000 0.008 0.424 0.000 0.012 0.556
#> GSM311693 2 0.2333 0.69205 0.000 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM311694 4 0.4105 0.24950 0.000 0.020 0.000 0.632 0.000 0.348
#> GSM311695 5 0.4407 0.37700 0.000 0.000 0.316 0.016 0.648 0.020
#> GSM311696 4 0.3986 0.27328 0.000 0.020 0.000 0.664 0.000 0.316
#> GSM311697 3 0.4396 0.70489 0.000 0.000 0.768 0.104 0.052 0.076
#> GSM311698 4 0.5808 0.13998 0.004 0.268 0.096 0.596 0.004 0.032
#> GSM311699 6 0.5164 0.14328 0.000 0.032 0.000 0.032 0.416 0.520
#> GSM311700 5 0.3623 0.52309 0.100 0.008 0.000 0.000 0.808 0.084
#> GSM311701 4 0.3534 0.30725 0.000 0.008 0.000 0.716 0.000 0.276
#> GSM311702 6 0.6149 0.21469 0.000 0.212 0.000 0.384 0.008 0.396
#> GSM311703 4 0.4654 0.02140 0.000 0.032 0.000 0.512 0.004 0.452
#> GSM311704 3 0.0972 0.83750 0.000 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> GSM311705 4 0.5025 0.15557 0.000 0.084 0.000 0.560 0.000 0.356
#> GSM311706 5 0.4276 -0.01137 0.416 0.000 0.000 0.000 0.564 0.020
#> GSM311707 1 0.4092 0.44704 0.636 0.000 0.000 0.000 0.344 0.020
#> GSM311708 2 0.2734 0.67785 0.004 0.840 0.000 0.000 0.008 0.148
#> GSM311709 4 0.3432 0.37128 0.084 0.004 0.000 0.836 0.016 0.060
#> GSM311710 5 0.6092 0.36880 0.036 0.000 0.012 0.380 0.492 0.080
#> GSM311711 1 0.0260 0.82928 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311712 4 0.5844 0.00197 0.000 0.000 0.048 0.588 0.256 0.108
#> GSM311713 5 0.3066 0.54553 0.000 0.016 0.000 0.016 0.836 0.132
#> GSM311714 4 0.3922 0.08029 0.000 0.000 0.000 0.664 0.320 0.016
#> GSM311716 5 0.4181 0.57407 0.000 0.012 0.048 0.076 0.800 0.064
#> GSM311717 1 0.0777 0.82177 0.972 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311718 1 0.4147 0.28308 0.552 0.000 0.000 0.000 0.436 0.012
#> GSM311719 5 0.5415 -0.05210 0.000 0.000 0.444 0.008 0.460 0.088
#> GSM311720 1 0.4769 0.60488 0.720 0.056 0.000 0.000 0.052 0.172
#> GSM311721 2 0.3946 0.54078 0.000 0.748 0.012 0.208 0.000 0.032
#> GSM311722 3 0.5769 0.03460 0.000 0.424 0.468 0.000 0.060 0.048
#> GSM311723 5 0.3409 0.44654 0.192 0.000 0.000 0.000 0.780 0.028
#> GSM311724 2 0.1769 0.68042 0.000 0.924 0.004 0.060 0.000 0.012
#> GSM311725 4 0.1588 0.39604 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> GSM311726 3 0.1341 0.83573 0.000 0.024 0.948 0.000 0.000 0.028
#> GSM311727 3 0.0603 0.84044 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM311728 6 0.4366 0.33135 0.004 0.024 0.000 0.324 0.004 0.644
#> GSM311729 5 0.4190 0.47685 0.148 0.000 0.000 0.000 0.740 0.112
#> GSM311730 2 0.1367 0.69224 0.000 0.944 0.000 0.012 0.000 0.044
#> GSM311731 4 0.1500 0.39537 0.052 0.012 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM311732 3 0.6578 0.08635 0.000 0.012 0.452 0.256 0.264 0.016
#> GSM311733 3 0.0806 0.83750 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM311734 4 0.6555 -0.20348 0.000 0.000 0.392 0.392 0.172 0.044
#> GSM311735 6 0.5172 0.44740 0.000 0.284 0.000 0.124 0.000 0.592
#> GSM311736 3 0.0363 0.84062 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311737 4 0.6923 -0.27694 0.000 0.000 0.232 0.384 0.324 0.060
#> GSM311738 5 0.5578 -0.06023 0.428 0.028 0.000 0.000 0.476 0.068
#> GSM311739 5 0.5713 0.33557 0.000 0.040 0.000 0.432 0.464 0.064
#> GSM311740 6 0.3905 0.44310 0.000 0.044 0.012 0.160 0.004 0.780
#> GSM311741 4 0.3662 0.37281 0.000 0.008 0.000 0.800 0.128 0.064
#> GSM311742 5 0.6080 0.28421 0.000 0.048 0.000 0.112 0.532 0.308
#> GSM311743 3 0.0260 0.84106 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311744 3 0.1616 0.82894 0.000 0.000 0.940 0.012 0.020 0.028
#> GSM311745 5 0.5104 0.37628 0.060 0.000 0.000 0.420 0.512 0.008
#> GSM311746 5 0.5981 0.30431 0.000 0.008 0.012 0.420 0.440 0.120
#> GSM311747 5 0.7162 0.37417 0.064 0.000 0.124 0.340 0.436 0.036
#> GSM311748 3 0.3945 0.34311 0.000 0.380 0.612 0.000 0.000 0.008
#> GSM311749 1 0.5065 0.25886 0.524 0.000 0.000 0.000 0.396 0.080
#> GSM311750 6 0.5062 0.03422 0.004 0.052 0.000 0.452 0.004 0.488
#> GSM311751 3 0.1196 0.83508 0.000 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM311752 5 0.4856 0.19379 0.028 0.000 0.000 0.392 0.560 0.020
#> GSM311753 3 0.0972 0.83750 0.000 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> GSM311754 2 0.7275 0.32236 0.000 0.468 0.252 0.132 0.016 0.132
#> GSM311755 2 0.3227 0.67657 0.000 0.828 0.088 0.000 0.000 0.084
#> GSM311756 5 0.5137 0.21857 0.000 0.008 0.000 0.080 0.584 0.328
#> GSM311757 3 0.0692 0.84067 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM311758 1 0.0146 0.83146 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311759 6 0.4195 -0.24446 0.000 0.440 0.004 0.000 0.008 0.548
#> GSM311760 2 0.1082 0.69880 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM311668 4 0.4249 0.03263 0.000 0.000 0.000 0.640 0.328 0.032
#> GSM311715 5 0.5353 0.10156 0.000 0.076 0.000 0.404 0.508 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 149 1.0000 2
#> SD:NMF 145 0.3384 3
#> SD:NMF 119 0.2397 4
#> SD:NMF 124 0.0318 5
#> SD:NMF 68 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0821 0.527 0.764 0.4406 0.520 0.520
#> 3 3 0.1293 0.347 0.565 0.3467 0.632 0.437
#> 4 4 0.2232 0.423 0.585 0.1370 0.765 0.508
#> 5 5 0.3136 0.391 0.607 0.0857 0.766 0.394
#> 6 6 0.4646 0.450 0.633 0.0649 0.852 0.502
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9209 0.5202 0.664 0.336
#> GSM311599 2 0.9170 0.4000 0.332 0.668
#> GSM311600 2 0.9087 0.4140 0.324 0.676
#> GSM311601 1 0.5178 0.6528 0.884 0.116
#> GSM311602 2 0.1184 0.6604 0.016 0.984
#> GSM311603 1 0.9170 0.5276 0.668 0.332
#> GSM311604 2 0.8144 0.5752 0.252 0.748
#> GSM311605 1 0.9209 0.4777 0.664 0.336
#> GSM311606 2 0.0672 0.6681 0.008 0.992
#> GSM311607 1 0.5294 0.6514 0.880 0.120
#> GSM311608 1 0.8813 0.4869 0.700 0.300
#> GSM311609 1 0.0376 0.6414 0.996 0.004
#> GSM311610 1 0.8443 0.6105 0.728 0.272
#> GSM311611 1 0.5294 0.6514 0.880 0.120
#> GSM311612 1 0.7299 0.6028 0.796 0.204
#> GSM311613 1 0.1414 0.6469 0.980 0.020
#> GSM311614 1 0.9209 0.4777 0.664 0.336
#> GSM311615 1 0.9933 0.3280 0.548 0.452
#> GSM311616 2 0.9815 0.1879 0.420 0.580
#> GSM311617 1 0.9000 0.5784 0.684 0.316
#> GSM311618 1 0.9608 0.4822 0.616 0.384
#> GSM311619 2 0.9896 0.0343 0.440 0.560
#> GSM311620 2 0.9754 0.2181 0.408 0.592
#> GSM311621 2 0.8861 0.4892 0.304 0.696
#> GSM311622 2 0.0376 0.6640 0.004 0.996
#> GSM311623 1 0.8443 0.5336 0.728 0.272
#> GSM311624 2 0.1184 0.6604 0.016 0.984
#> GSM311625 1 0.9933 0.2182 0.548 0.452
#> GSM311626 2 0.9491 0.3687 0.368 0.632
#> GSM311627 1 0.8016 0.6102 0.756 0.244
#> GSM311628 1 0.0376 0.6413 0.996 0.004
#> GSM311629 2 0.9661 0.3841 0.392 0.608
#> GSM311630 1 0.5629 0.6498 0.868 0.132
#> GSM311631 2 0.7950 0.5849 0.240 0.760
#> GSM311632 1 0.8443 0.5304 0.728 0.272
#> GSM311633 1 0.9954 0.2368 0.540 0.460
#> GSM311634 2 0.0672 0.6682 0.008 0.992
#> GSM311635 2 0.9491 0.3687 0.368 0.632
#> GSM311636 1 0.1414 0.6469 0.980 0.020
#> GSM311637 1 0.4815 0.6539 0.896 0.104
#> GSM311638 2 0.1414 0.6591 0.020 0.980
#> GSM311639 2 0.8661 0.5433 0.288 0.712
#> GSM311640 2 0.4939 0.6504 0.108 0.892
#> GSM311641 2 0.9896 0.0343 0.440 0.560
#> GSM311642 1 0.8443 0.5304 0.728 0.272
#> GSM311643 1 0.9661 0.4839 0.608 0.392
#> GSM311644 1 0.0000 0.6392 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.9129 0.5096 0.672 0.328
#> GSM311646 2 0.8144 0.5551 0.252 0.748
#> GSM311647 1 0.4939 0.6652 0.892 0.108
#> GSM311648 2 0.9087 0.4685 0.324 0.676
#> GSM311649 1 0.8443 0.5304 0.728 0.272
#> GSM311650 2 0.9000 0.4642 0.316 0.684
#> GSM311651 2 0.9522 0.3414 0.372 0.628
#> GSM311652 1 0.8443 0.5304 0.728 0.272
#> GSM311653 1 0.9754 0.4442 0.592 0.408
#> GSM311654 1 0.9954 0.2368 0.540 0.460
#> GSM311655 1 0.6887 0.6328 0.816 0.184
#> GSM311656 1 0.9686 0.4105 0.604 0.396
#> GSM311657 2 0.9608 0.3008 0.384 0.616
#> GSM311658 2 0.9635 0.2878 0.388 0.612
#> GSM311659 2 0.8763 0.5149 0.296 0.704
#> GSM311660 1 0.7299 0.6369 0.796 0.204
#> GSM311661 2 0.8327 0.5579 0.264 0.736
#> GSM311662 2 0.6712 0.6334 0.176 0.824
#> GSM311663 2 0.1414 0.6705 0.020 0.980
#> GSM311664 2 0.4939 0.6504 0.108 0.892
#> GSM311665 2 0.1184 0.6604 0.016 0.984
#> GSM311666 2 0.8327 0.5579 0.264 0.736
#> GSM311667 1 0.9491 0.4869 0.632 0.368
#> GSM311669 1 0.8909 0.5884 0.692 0.308
#> GSM311670 1 0.0000 0.6392 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.6048 0.6590 0.852 0.148
#> GSM311672 2 0.8713 0.5172 0.292 0.708
#> GSM311673 1 0.8813 0.6112 0.700 0.300
#> GSM311674 1 0.9087 0.4759 0.676 0.324
#> GSM311675 1 0.6048 0.6590 0.852 0.148
#> GSM311676 1 0.9129 0.5733 0.672 0.328
#> GSM311677 1 0.9850 0.3972 0.572 0.428
#> GSM311678 2 0.0672 0.6681 0.008 0.992
#> GSM311679 1 0.9286 0.4375 0.656 0.344
#> GSM311680 2 0.7950 0.5849 0.240 0.760
#> GSM311681 1 0.1843 0.6497 0.972 0.028
#> GSM311682 2 0.7376 0.5736 0.208 0.792
#> GSM311683 1 0.0000 0.6392 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.1414 0.6706 0.020 0.980
#> GSM311685 2 0.2043 0.6584 0.032 0.968
#> GSM311686 2 0.1184 0.6604 0.016 0.984
#> GSM311687 2 0.0672 0.6682 0.008 0.992
#> GSM311688 1 0.3274 0.6537 0.940 0.060
#> GSM311689 1 0.9815 0.3003 0.580 0.420
#> GSM311690 2 0.9000 0.4223 0.316 0.684
#> GSM311691 2 0.8327 0.5579 0.264 0.736
#> GSM311692 1 0.8267 0.5958 0.740 0.260
#> GSM311693 2 0.0376 0.6640 0.004 0.996
#> GSM311694 2 0.8661 0.5267 0.288 0.712
#> GSM311695 1 0.0000 0.6392 1.000 0.000
#> GSM311696 1 0.9988 0.2510 0.520 0.480
#> GSM311697 1 0.8016 0.6076 0.756 0.244
#> GSM311698 1 0.8144 0.6060 0.748 0.252
#> GSM311699 1 0.9970 0.2607 0.532 0.468
#> GSM311700 1 0.8661 0.5627 0.712 0.288
#> GSM311701 2 0.8661 0.5267 0.288 0.712
#> GSM311702 2 0.8327 0.5579 0.264 0.736
#> GSM311703 2 0.8016 0.5823 0.244 0.756
#> GSM311704 1 0.5519 0.6482 0.872 0.128
#> GSM311705 2 0.8327 0.5579 0.264 0.736
#> GSM311706 1 0.8081 0.6071 0.752 0.248
#> GSM311707 1 0.8081 0.6071 0.752 0.248
#> GSM311708 2 0.0672 0.6682 0.008 0.992
#> GSM311709 2 1.0000 -0.1249 0.500 0.500
#> GSM311710 1 0.6048 0.6590 0.852 0.148
#> GSM311711 2 0.9963 -0.0106 0.464 0.536
#> GSM311712 1 0.8386 0.6316 0.732 0.268
#> GSM311713 1 0.8207 0.6014 0.744 0.256
#> GSM311714 1 0.8386 0.6316 0.732 0.268
#> GSM311716 1 0.8955 0.5475 0.688 0.312
#> GSM311717 2 0.5059 0.6478 0.112 0.888
#> GSM311718 1 0.8016 0.6077 0.756 0.244
#> GSM311719 1 0.0376 0.6415 0.996 0.004
#> GSM311720 2 0.9988 0.0385 0.480 0.520
#> GSM311721 1 0.9850 0.3006 0.572 0.428
#> GSM311722 2 0.9170 0.4000 0.332 0.668
#> GSM311723 1 0.8955 0.5423 0.688 0.312
#> GSM311724 2 0.1414 0.6706 0.020 0.980
#> GSM311725 1 0.9286 0.5197 0.656 0.344
#> GSM311726 1 0.8267 0.5576 0.740 0.260
#> GSM311727 1 0.5294 0.6514 0.880 0.120
#> GSM311728 2 0.8144 0.5551 0.252 0.748
#> GSM311729 1 0.8327 0.5927 0.736 0.264
#> GSM311730 2 0.0000 0.6636 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.8813 0.4790 0.300 0.700
#> GSM311732 1 0.8016 0.6542 0.756 0.244
#> GSM311733 1 0.0000 0.6392 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.6343 0.6727 0.840 0.160
#> GSM311735 2 0.0672 0.6681 0.008 0.992
#> GSM311736 1 0.1633 0.6494 0.976 0.024
#> GSM311737 1 0.6343 0.6727 0.840 0.160
#> GSM311738 1 0.8955 0.5423 0.688 0.312
#> GSM311739 1 0.9393 0.5215 0.644 0.356
#> GSM311740 1 0.9954 0.2256 0.540 0.460
#> GSM311741 1 0.9866 0.3663 0.568 0.432
#> GSM311742 1 0.9866 0.3808 0.568 0.432
#> GSM311743 1 0.2603 0.6535 0.956 0.044
#> GSM311744 1 0.5059 0.6614 0.888 0.112
#> GSM311745 1 0.9044 0.5694 0.680 0.320
#> GSM311746 1 0.8661 0.6200 0.712 0.288
#> GSM311747 1 0.5519 0.6690 0.872 0.128
#> GSM311748 1 0.8016 0.5626 0.756 0.244
#> GSM311749 1 0.9393 0.5008 0.644 0.356
#> GSM311750 1 0.9996 0.1542 0.512 0.488
#> GSM311751 1 0.7883 0.5711 0.764 0.236
#> GSM311752 1 0.9209 0.5202 0.664 0.336
#> GSM311753 1 0.7528 0.6017 0.784 0.216
#> GSM311754 2 0.9850 0.1749 0.428 0.572
#> GSM311755 1 0.9129 0.5115 0.672 0.328
#> GSM311756 1 0.9954 0.2757 0.540 0.460
#> GSM311757 1 0.4815 0.6539 0.896 0.104
#> GSM311758 2 0.1184 0.6604 0.016 0.984
#> GSM311759 2 0.6712 0.6334 0.176 0.824
#> GSM311760 2 0.0000 0.6636 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.7815 0.6293 0.768 0.232
#> GSM311715 1 0.9580 0.4694 0.620 0.380
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 2 0.976 0.11263 0.240 0.428 0.332
#> GSM311599 2 0.990 0.06875 0.292 0.404 0.304
#> GSM311600 2 0.989 0.06708 0.296 0.408 0.296
#> GSM311601 3 0.510 0.54187 0.000 0.248 0.752
#> GSM311602 1 0.536 0.55841 0.724 0.276 0.000
#> GSM311603 3 0.967 -0.05567 0.384 0.212 0.404
#> GSM311604 2 0.355 0.54280 0.036 0.900 0.064
#> GSM311605 3 0.805 0.35882 0.068 0.396 0.536
#> GSM311606 2 0.529 0.27257 0.268 0.732 0.000
#> GSM311607 3 0.518 0.53858 0.000 0.256 0.744
#> GSM311608 3 0.785 0.41593 0.068 0.344 0.588
#> GSM311609 3 0.350 0.51385 0.084 0.020 0.896
#> GSM311610 3 0.967 -0.03404 0.212 0.384 0.404
#> GSM311611 3 0.518 0.53858 0.000 0.256 0.744
#> GSM311612 3 0.682 0.49298 0.036 0.296 0.668
#> GSM311613 3 0.392 0.56164 0.036 0.080 0.884
#> GSM311614 3 0.805 0.35882 0.068 0.396 0.536
#> GSM311615 2 0.947 0.25877 0.288 0.492 0.220
#> GSM311616 2 0.597 0.50595 0.068 0.784 0.148
#> GSM311617 2 0.935 0.16907 0.184 0.488 0.328
#> GSM311618 2 0.855 0.31381 0.132 0.584 0.284
#> GSM311619 2 0.816 0.47695 0.192 0.644 0.164
#> GSM311620 2 0.594 0.51482 0.088 0.792 0.120
#> GSM311621 2 0.474 0.55034 0.064 0.852 0.084
#> GSM311622 2 0.615 0.11658 0.356 0.640 0.004
#> GSM311623 3 0.737 0.44052 0.044 0.352 0.604
#> GSM311624 1 0.536 0.55841 0.724 0.276 0.000
#> GSM311625 2 0.814 0.34538 0.116 0.624 0.260
#> GSM311626 2 0.960 0.17903 0.224 0.464 0.312
#> GSM311627 3 0.969 0.04040 0.332 0.228 0.440
#> GSM311628 3 0.346 0.53987 0.060 0.036 0.904
#> GSM311629 2 0.717 0.43349 0.088 0.704 0.208
#> GSM311630 3 0.802 0.41782 0.232 0.124 0.644
#> GSM311631 2 0.325 0.53748 0.036 0.912 0.052
#> GSM311632 3 0.758 0.44610 0.060 0.324 0.616
#> GSM311633 2 0.892 0.06152 0.132 0.504 0.364
#> GSM311634 2 0.590 0.19755 0.316 0.680 0.004
#> GSM311635 2 0.960 0.17903 0.224 0.464 0.312
#> GSM311636 3 0.392 0.56164 0.036 0.080 0.884
#> GSM311637 3 0.507 0.55355 0.004 0.224 0.772
#> GSM311638 1 0.559 0.55865 0.720 0.276 0.004
#> GSM311639 2 0.782 0.38551 0.152 0.672 0.176
#> GSM311640 1 0.750 0.51168 0.652 0.276 0.072
#> GSM311641 2 0.816 0.47695 0.192 0.644 0.164
#> GSM311642 3 0.758 0.44610 0.060 0.324 0.616
#> GSM311643 2 0.859 0.32887 0.180 0.604 0.216
#> GSM311644 3 0.336 0.51300 0.084 0.016 0.900
#> GSM311645 2 0.900 0.18718 0.148 0.520 0.332
#> GSM311646 2 0.788 0.39692 0.160 0.668 0.172
#> GSM311647 3 0.822 0.43651 0.108 0.288 0.604
#> GSM311648 2 0.814 0.36204 0.140 0.640 0.220
#> GSM311649 3 0.758 0.44610 0.060 0.324 0.616
#> GSM311650 2 0.371 0.54610 0.032 0.892 0.076
#> GSM311651 2 0.506 0.53162 0.064 0.836 0.100
#> GSM311652 3 0.758 0.44610 0.060 0.324 0.616
#> GSM311653 2 0.859 0.33198 0.156 0.596 0.248
#> GSM311654 2 0.892 0.06152 0.132 0.504 0.364
#> GSM311655 3 0.730 0.51349 0.084 0.228 0.688
#> GSM311656 2 0.878 0.33065 0.164 0.576 0.260
#> GSM311657 2 0.549 0.52527 0.080 0.816 0.104
#> GSM311658 2 0.558 0.52331 0.084 0.812 0.104
#> GSM311659 2 0.398 0.55348 0.048 0.884 0.068
#> GSM311660 3 0.950 0.11895 0.308 0.212 0.480
#> GSM311661 2 0.298 0.54723 0.024 0.920 0.056
#> GSM311662 2 0.694 0.42219 0.160 0.732 0.108
#> GSM311663 2 0.518 0.28737 0.256 0.744 0.000
#> GSM311664 1 0.750 0.51168 0.652 0.276 0.072
#> GSM311665 1 0.536 0.55841 0.724 0.276 0.000
#> GSM311666 2 0.298 0.54723 0.024 0.920 0.056
#> GSM311667 1 0.957 0.10998 0.440 0.200 0.360
#> GSM311669 2 0.938 0.15208 0.184 0.480 0.336
#> GSM311670 3 0.336 0.51300 0.084 0.016 0.900
#> GSM311671 3 0.839 0.30275 0.236 0.148 0.616
#> GSM311672 2 0.287 0.54979 0.008 0.916 0.076
#> GSM311673 2 0.928 0.17558 0.176 0.496 0.328
#> GSM311674 3 0.926 0.34846 0.196 0.284 0.520
#> GSM311675 3 0.839 0.30275 0.236 0.148 0.616
#> GSM311676 2 0.931 0.22673 0.208 0.516 0.276
#> GSM311677 2 0.959 0.22007 0.316 0.464 0.220
#> GSM311678 2 0.540 0.26289 0.280 0.720 0.000
#> GSM311679 3 0.927 0.33318 0.188 0.300 0.512
#> GSM311680 2 0.325 0.53748 0.036 0.912 0.052
#> GSM311681 3 0.496 0.48493 0.128 0.040 0.832
#> GSM311682 1 0.820 0.46186 0.624 0.252 0.124
#> GSM311683 3 0.346 0.55691 0.036 0.060 0.904
#> GSM311684 2 0.518 0.29246 0.256 0.744 0.000
#> GSM311685 1 0.576 0.55680 0.716 0.276 0.008
#> GSM311686 1 0.536 0.55841 0.724 0.276 0.000
#> GSM311687 2 0.571 0.18650 0.320 0.680 0.000
#> GSM311688 3 0.429 0.56306 0.000 0.180 0.820
#> GSM311689 2 0.953 0.20077 0.208 0.468 0.324
#> GSM311690 2 0.985 0.07142 0.284 0.420 0.296
#> GSM311691 2 0.298 0.54723 0.024 0.920 0.056
#> GSM311692 3 0.791 0.29076 0.060 0.404 0.536
#> GSM311693 2 0.615 0.11658 0.356 0.640 0.004
#> GSM311694 2 0.294 0.55180 0.012 0.916 0.072
#> GSM311695 3 0.367 0.50892 0.092 0.020 0.888
#> GSM311696 2 0.750 0.42490 0.120 0.692 0.188
#> GSM311697 3 0.774 0.36487 0.052 0.400 0.548
#> GSM311698 3 0.776 0.34743 0.052 0.408 0.540
#> GSM311699 2 0.805 0.41814 0.152 0.652 0.196
#> GSM311700 1 0.932 0.07977 0.448 0.164 0.388
#> GSM311701 2 0.294 0.55180 0.012 0.916 0.072
#> GSM311702 2 0.298 0.54723 0.024 0.920 0.056
#> GSM311703 2 0.379 0.54018 0.048 0.892 0.060
#> GSM311704 3 0.544 0.53480 0.004 0.260 0.736
#> GSM311705 2 0.298 0.54723 0.024 0.920 0.056
#> GSM311706 3 0.956 -0.01255 0.376 0.196 0.428
#> GSM311707 3 0.956 -0.01255 0.376 0.196 0.428
#> GSM311708 2 0.590 0.19755 0.316 0.680 0.004
#> GSM311709 2 0.790 0.41988 0.132 0.660 0.208
#> GSM311710 3 0.841 0.31409 0.232 0.152 0.616
#> GSM311711 2 0.868 0.38667 0.236 0.592 0.172
#> GSM311712 2 0.947 0.09314 0.188 0.452 0.360
#> GSM311713 3 0.975 0.05251 0.244 0.320 0.436
#> GSM311714 2 0.947 0.09314 0.188 0.452 0.360
#> GSM311716 2 0.899 0.11220 0.136 0.492 0.372
#> GSM311717 1 0.783 0.46798 0.612 0.312 0.076
#> GSM311718 3 0.951 -0.00223 0.364 0.192 0.444
#> GSM311719 3 0.383 0.50447 0.100 0.020 0.880
#> GSM311720 2 0.798 0.32637 0.104 0.632 0.264
#> GSM311721 2 0.858 -0.14714 0.096 0.464 0.440
#> GSM311722 2 0.990 0.06875 0.292 0.404 0.304
#> GSM311723 1 0.945 0.09262 0.436 0.180 0.384
#> GSM311724 2 0.518 0.29246 0.256 0.744 0.000
#> GSM311725 3 0.984 -0.08796 0.376 0.248 0.376
#> GSM311726 3 0.743 0.45744 0.052 0.328 0.620
#> GSM311727 3 0.518 0.53858 0.000 0.256 0.744
#> GSM311728 2 0.788 0.39692 0.160 0.668 0.172
#> GSM311729 1 0.937 0.02326 0.420 0.168 0.412
#> GSM311730 2 0.581 0.16500 0.336 0.664 0.000
#> GSM311731 2 0.817 0.44190 0.256 0.624 0.120
#> GSM311732 3 0.868 0.13336 0.104 0.420 0.476
#> GSM311733 3 0.346 0.55691 0.036 0.060 0.904
#> GSM311734 3 0.829 0.38705 0.100 0.320 0.580
#> GSM311735 2 0.529 0.27257 0.268 0.732 0.000
#> GSM311736 3 0.461 0.56693 0.028 0.128 0.844
#> GSM311737 3 0.829 0.38705 0.100 0.320 0.580
#> GSM311738 1 0.945 0.09262 0.436 0.180 0.384
#> GSM311739 2 0.903 0.28108 0.188 0.552 0.260
#> GSM311740 2 0.909 0.02056 0.144 0.480 0.376
#> GSM311741 2 0.829 0.34477 0.120 0.608 0.272
#> GSM311742 2 0.812 0.39044 0.172 0.648 0.180
#> GSM311743 3 0.468 0.56709 0.020 0.148 0.832
#> GSM311744 3 0.634 0.52727 0.028 0.264 0.708
#> GSM311745 2 0.976 0.12241 0.260 0.440 0.300
#> GSM311746 2 0.933 0.15098 0.176 0.480 0.344
#> GSM311747 3 0.837 0.35673 0.212 0.164 0.624
#> GSM311748 3 0.721 0.46465 0.044 0.324 0.632
#> GSM311749 1 0.920 0.17077 0.504 0.168 0.328
#> GSM311750 2 0.838 0.12903 0.096 0.552 0.352
#> GSM311751 3 0.716 0.47264 0.044 0.316 0.640
#> GSM311752 2 0.976 0.11263 0.240 0.428 0.332
#> GSM311753 3 0.714 0.48524 0.044 0.312 0.644
#> GSM311754 2 0.609 0.50249 0.068 0.776 0.156
#> GSM311755 3 0.797 0.37986 0.068 0.372 0.560
#> GSM311756 2 0.805 0.41440 0.152 0.652 0.196
#> GSM311757 3 0.507 0.55355 0.004 0.224 0.772
#> GSM311758 1 0.536 0.55841 0.724 0.276 0.000
#> GSM311759 2 0.694 0.42219 0.160 0.732 0.108
#> GSM311760 2 0.595 0.11155 0.360 0.640 0.000
#> GSM311668 3 0.930 0.16525 0.204 0.280 0.516
#> GSM311715 2 0.899 0.27348 0.164 0.544 0.292
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.686 0.484684 0.056 0.280 0.044 0.620
#> GSM311599 3 0.802 0.012929 0.096 0.392 0.456 0.056
#> GSM311600 3 0.813 -0.005125 0.100 0.396 0.444 0.060
#> GSM311601 3 0.515 0.624388 0.000 0.208 0.736 0.056
#> GSM311602 1 0.249 0.926599 0.916 0.064 0.004 0.016
#> GSM311603 4 0.767 0.442950 0.256 0.052 0.112 0.580
#> GSM311604 2 0.310 0.588398 0.008 0.888 0.020 0.084
#> GSM311605 3 0.592 0.511264 0.016 0.344 0.616 0.024
#> GSM311606 2 0.548 0.460715 0.072 0.764 0.140 0.024
#> GSM311607 3 0.495 0.621453 0.000 0.212 0.744 0.044
#> GSM311608 3 0.493 0.571206 0.016 0.296 0.688 0.000
#> GSM311609 3 0.637 0.113957 0.052 0.004 0.492 0.452
#> GSM311610 4 0.570 0.557585 0.016 0.172 0.076 0.736
#> GSM311611 3 0.503 0.621508 0.000 0.212 0.740 0.048
#> GSM311612 3 0.510 0.610542 0.004 0.264 0.708 0.024
#> GSM311613 3 0.666 0.421253 0.028 0.068 0.636 0.268
#> GSM311614 3 0.592 0.511264 0.016 0.344 0.616 0.024
#> GSM311615 4 0.796 0.316427 0.120 0.360 0.040 0.480
#> GSM311616 2 0.640 0.479180 0.012 0.664 0.096 0.228
#> GSM311617 4 0.764 0.318603 0.024 0.360 0.120 0.496
#> GSM311618 2 0.743 -0.027697 0.008 0.452 0.132 0.408
#> GSM311619 2 0.794 0.383099 0.084 0.564 0.092 0.260
#> GSM311620 2 0.581 0.438429 0.008 0.664 0.044 0.284
#> GSM311621 2 0.491 0.569957 0.008 0.788 0.068 0.136
#> GSM311622 2 0.769 0.276843 0.136 0.604 0.200 0.060
#> GSM311623 3 0.477 0.584745 0.008 0.308 0.684 0.000
#> GSM311624 1 0.249 0.926599 0.916 0.064 0.004 0.016
#> GSM311625 2 0.805 0.360448 0.036 0.528 0.184 0.252
#> GSM311626 3 0.771 0.024529 0.084 0.432 0.440 0.044
#> GSM311627 4 0.485 0.609621 0.112 0.076 0.012 0.800
#> GSM311628 3 0.637 0.192531 0.040 0.012 0.528 0.420
#> GSM311629 2 0.719 0.394189 0.052 0.644 0.196 0.108
#> GSM311630 4 0.794 0.220891 0.148 0.036 0.292 0.524
#> GSM311631 2 0.273 0.588509 0.008 0.904 0.012 0.076
#> GSM311632 3 0.474 0.587531 0.012 0.284 0.704 0.000
#> GSM311633 2 0.887 -0.025934 0.112 0.444 0.320 0.124
#> GSM311634 2 0.733 0.345486 0.132 0.644 0.164 0.060
#> GSM311635 3 0.771 0.024529 0.084 0.432 0.440 0.044
#> GSM311636 3 0.669 0.417173 0.028 0.068 0.632 0.272
#> GSM311637 3 0.564 0.615895 0.004 0.184 0.724 0.088
#> GSM311638 1 0.263 0.924476 0.912 0.064 0.008 0.016
#> GSM311639 2 0.706 0.329491 0.060 0.620 0.264 0.056
#> GSM311640 1 0.454 0.866498 0.824 0.076 0.084 0.016
#> GSM311641 2 0.794 0.383099 0.084 0.564 0.092 0.260
#> GSM311642 3 0.474 0.587531 0.012 0.284 0.704 0.000
#> GSM311643 2 0.717 -0.025371 0.008 0.464 0.104 0.424
#> GSM311644 3 0.620 0.127010 0.052 0.000 0.500 0.448
#> GSM311645 2 0.823 0.193744 0.024 0.440 0.204 0.332
#> GSM311646 2 0.661 0.402043 0.048 0.660 0.240 0.052
#> GSM311647 3 0.787 0.230416 0.008 0.204 0.440 0.348
#> GSM311648 2 0.677 0.324886 0.044 0.628 0.276 0.052
#> GSM311649 3 0.474 0.587531 0.012 0.284 0.704 0.000
#> GSM311650 2 0.436 0.563208 0.008 0.816 0.040 0.136
#> GSM311651 2 0.534 0.505458 0.008 0.728 0.044 0.220
#> GSM311652 3 0.474 0.587531 0.012 0.284 0.704 0.000
#> GSM311653 4 0.700 0.096493 0.008 0.444 0.088 0.460
#> GSM311654 2 0.887 -0.025934 0.112 0.444 0.320 0.124
#> GSM311655 3 0.807 0.515306 0.092 0.160 0.588 0.160
#> GSM311656 2 0.805 0.218382 0.036 0.476 0.140 0.348
#> GSM311657 2 0.529 0.470438 0.004 0.708 0.036 0.252
#> GSM311658 2 0.532 0.465047 0.004 0.704 0.036 0.256
#> GSM311659 2 0.408 0.564900 0.004 0.812 0.020 0.164
#> GSM311660 4 0.497 0.617115 0.088 0.068 0.036 0.808
#> GSM311661 2 0.334 0.582756 0.004 0.868 0.020 0.108
#> GSM311662 2 0.566 0.461544 0.040 0.728 0.204 0.028
#> GSM311663 2 0.531 0.474925 0.068 0.772 0.140 0.020
#> GSM311664 1 0.454 0.866498 0.824 0.076 0.084 0.016
#> GSM311665 1 0.249 0.926599 0.916 0.064 0.004 0.016
#> GSM311666 2 0.334 0.582756 0.004 0.868 0.020 0.108
#> GSM311667 4 0.699 0.490214 0.284 0.072 0.036 0.608
#> GSM311669 4 0.762 0.329047 0.024 0.352 0.120 0.504
#> GSM311670 3 0.620 0.133717 0.052 0.000 0.504 0.444
#> GSM311671 4 0.607 0.522814 0.088 0.032 0.152 0.728
#> GSM311672 2 0.357 0.576095 0.004 0.856 0.024 0.116
#> GSM311673 4 0.771 0.204426 0.012 0.360 0.160 0.468
#> GSM311674 3 0.931 0.404507 0.176 0.224 0.444 0.156
#> GSM311675 4 0.607 0.522814 0.088 0.032 0.152 0.728
#> GSM311676 4 0.694 0.302464 0.008 0.336 0.100 0.556
#> GSM311677 4 0.766 0.429429 0.120 0.276 0.040 0.564
#> GSM311678 2 0.564 0.451337 0.076 0.752 0.148 0.024
#> GSM311679 3 0.918 0.427596 0.188 0.228 0.456 0.128
#> GSM311680 2 0.273 0.588509 0.008 0.904 0.012 0.076
#> GSM311681 4 0.643 0.041478 0.072 0.000 0.396 0.532
#> GSM311682 1 0.556 0.723501 0.756 0.068 0.024 0.152
#> GSM311683 3 0.674 0.394973 0.032 0.060 0.620 0.288
#> GSM311684 2 0.524 0.468512 0.056 0.776 0.144 0.024
#> GSM311685 1 0.271 0.917724 0.908 0.064 0.004 0.024
#> GSM311686 1 0.249 0.926599 0.916 0.064 0.004 0.016
#> GSM311687 2 0.675 0.404268 0.144 0.672 0.156 0.028
#> GSM311688 3 0.593 0.592807 0.004 0.164 0.708 0.124
#> GSM311689 2 0.967 -0.025255 0.180 0.344 0.172 0.304
#> GSM311690 3 0.782 -0.000365 0.088 0.408 0.456 0.048
#> GSM311691 2 0.305 0.584462 0.004 0.884 0.016 0.096
#> GSM311692 3 0.772 0.345138 0.012 0.348 0.476 0.164
#> GSM311693 2 0.769 0.276843 0.136 0.604 0.200 0.060
#> GSM311694 2 0.371 0.577926 0.004 0.852 0.032 0.112
#> GSM311695 4 0.621 -0.116165 0.052 0.000 0.472 0.476
#> GSM311696 2 0.673 0.255765 0.008 0.572 0.084 0.336
#> GSM311697 3 0.762 0.396767 0.016 0.324 0.512 0.148
#> GSM311698 3 0.761 0.377467 0.016 0.332 0.508 0.144
#> GSM311699 2 0.714 0.232776 0.020 0.516 0.080 0.384
#> GSM311700 4 0.521 0.538667 0.220 0.032 0.012 0.736
#> GSM311701 2 0.371 0.577926 0.004 0.852 0.032 0.112
#> GSM311702 2 0.305 0.584462 0.004 0.884 0.016 0.096
#> GSM311703 2 0.376 0.589581 0.008 0.856 0.036 0.100
#> GSM311704 3 0.510 0.621593 0.000 0.220 0.732 0.048
#> GSM311705 2 0.305 0.584462 0.004 0.884 0.016 0.096
#> GSM311706 4 0.567 0.598107 0.144 0.064 0.036 0.756
#> GSM311707 4 0.567 0.598107 0.144 0.064 0.036 0.756
#> GSM311708 2 0.733 0.345486 0.132 0.644 0.164 0.060
#> GSM311709 2 0.791 0.374313 0.048 0.552 0.136 0.264
#> GSM311710 4 0.619 0.518964 0.084 0.036 0.160 0.720
#> GSM311711 2 0.881 0.294705 0.152 0.492 0.108 0.248
#> GSM311712 4 0.754 0.323080 0.012 0.320 0.152 0.516
#> GSM311713 4 0.512 0.597135 0.044 0.124 0.040 0.792
#> GSM311714 4 0.754 0.323080 0.012 0.320 0.152 0.516
#> GSM311716 2 0.819 0.086384 0.016 0.400 0.224 0.360
#> GSM311717 1 0.588 0.790910 0.732 0.140 0.112 0.016
#> GSM311718 4 0.506 0.588230 0.144 0.052 0.020 0.784
#> GSM311719 4 0.633 -0.078310 0.060 0.000 0.448 0.492
#> GSM311720 2 0.731 0.327838 0.024 0.600 0.232 0.144
#> GSM311721 3 0.699 0.264629 0.020 0.436 0.480 0.064
#> GSM311722 3 0.802 0.012929 0.096 0.392 0.456 0.056
#> GSM311723 4 0.612 0.549693 0.228 0.048 0.032 0.692
#> GSM311724 2 0.524 0.468512 0.056 0.776 0.144 0.024
#> GSM311725 4 0.717 0.569008 0.212 0.108 0.044 0.636
#> GSM311726 3 0.506 0.593211 0.012 0.284 0.696 0.008
#> GSM311727 3 0.503 0.621508 0.000 0.212 0.740 0.048
#> GSM311728 2 0.661 0.402043 0.048 0.660 0.240 0.052
#> GSM311729 4 0.536 0.561490 0.192 0.036 0.024 0.748
#> GSM311730 2 0.676 0.345305 0.112 0.664 0.196 0.028
#> GSM311731 2 0.810 0.404753 0.124 0.572 0.088 0.216
#> GSM311732 3 0.829 -0.002755 0.012 0.308 0.356 0.324
#> GSM311733 3 0.674 0.394973 0.032 0.060 0.620 0.288
#> GSM311734 3 0.822 0.178903 0.016 0.248 0.424 0.312
#> GSM311735 2 0.541 0.463923 0.068 0.768 0.140 0.024
#> GSM311736 3 0.656 0.504145 0.020 0.104 0.668 0.208
#> GSM311737 3 0.822 0.178903 0.016 0.248 0.424 0.312
#> GSM311738 4 0.612 0.549693 0.228 0.048 0.032 0.692
#> GSM311739 4 0.675 0.225114 0.004 0.388 0.084 0.524
#> GSM311740 2 0.912 -0.086012 0.136 0.412 0.324 0.128
#> GSM311741 2 0.821 0.237928 0.048 0.492 0.144 0.316
#> GSM311742 2 0.692 0.045290 0.004 0.464 0.092 0.440
#> GSM311743 3 0.646 0.534906 0.012 0.124 0.672 0.192
#> GSM311744 3 0.662 0.557070 0.004 0.208 0.640 0.148
#> GSM311745 4 0.786 0.422954 0.072 0.288 0.088 0.552
#> GSM311746 4 0.766 0.253205 0.012 0.348 0.156 0.484
#> GSM311747 4 0.654 0.495192 0.064 0.056 0.188 0.692
#> GSM311748 3 0.462 0.595982 0.008 0.284 0.708 0.000
#> GSM311749 4 0.592 0.477643 0.288 0.032 0.020 0.660
#> GSM311750 2 0.815 0.019994 0.072 0.492 0.340 0.096
#> GSM311751 3 0.488 0.601992 0.008 0.276 0.708 0.008
#> GSM311752 4 0.682 0.492935 0.056 0.272 0.044 0.628
#> GSM311753 3 0.613 0.587578 0.012 0.280 0.652 0.056
#> GSM311754 2 0.644 0.483485 0.012 0.664 0.104 0.220
#> GSM311755 3 0.531 0.543581 0.016 0.332 0.648 0.004
#> GSM311756 2 0.709 0.218373 0.020 0.516 0.076 0.388
#> GSM311757 3 0.564 0.615895 0.004 0.184 0.724 0.088
#> GSM311758 1 0.249 0.926599 0.916 0.064 0.004 0.016
#> GSM311759 2 0.566 0.461544 0.040 0.728 0.204 0.028
#> GSM311760 2 0.774 0.266807 0.140 0.600 0.200 0.060
#> GSM311668 4 0.657 0.581692 0.052 0.144 0.100 0.704
#> GSM311715 4 0.690 0.266647 0.012 0.392 0.076 0.520
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 4 0.3973 0.35396 0.004 0.016 0.024 0.804 0.152
#> GSM311599 2 0.6140 0.27179 0.020 0.620 0.280 0.036 0.044
#> GSM311600 2 0.6289 0.28187 0.024 0.620 0.268 0.036 0.052
#> GSM311601 3 0.2470 0.63860 0.000 0.000 0.884 0.012 0.104
#> GSM311602 1 0.0162 0.91598 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 4 0.8238 -0.20941 0.224 0.004 0.108 0.368 0.296
#> GSM311604 2 0.6568 0.41705 0.004 0.472 0.188 0.336 0.000
#> GSM311605 3 0.4492 0.61588 0.004 0.132 0.788 0.048 0.028
#> GSM311606 2 0.3817 0.57496 0.008 0.824 0.084 0.084 0.000
#> GSM311607 3 0.2358 0.63495 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104
#> GSM311608 3 0.2536 0.63704 0.004 0.128 0.868 0.000 0.000
#> GSM311609 5 0.3621 0.57378 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM311610 4 0.5909 0.00384 0.000 0.048 0.028 0.524 0.400
#> GSM311611 3 0.2462 0.63001 0.000 0.000 0.880 0.008 0.112
#> GSM311612 3 0.2283 0.66846 0.000 0.036 0.916 0.008 0.040
#> GSM311613 3 0.4747 -0.13986 0.000 0.000 0.496 0.016 0.488
#> GSM311614 3 0.4492 0.61588 0.004 0.132 0.788 0.048 0.028
#> GSM311615 4 0.4982 0.43776 0.068 0.068 0.040 0.788 0.036
#> GSM311616 4 0.7223 0.02878 0.004 0.288 0.224 0.460 0.024
#> GSM311617 4 0.5923 0.46238 0.000 0.020 0.132 0.644 0.204
#> GSM311618 4 0.6764 0.45009 0.000 0.144 0.160 0.608 0.088
#> GSM311619 2 0.6905 -0.00186 0.016 0.432 0.160 0.388 0.004
#> GSM311620 4 0.6238 0.17310 0.004 0.224 0.168 0.596 0.008
#> GSM311621 2 0.6710 0.27572 0.004 0.404 0.204 0.388 0.000
#> GSM311622 2 0.1565 0.50117 0.020 0.952 0.016 0.008 0.004
#> GSM311623 3 0.2570 0.65804 0.000 0.108 0.880 0.004 0.008
#> GSM311624 1 0.0162 0.91598 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.8128 0.16791 0.020 0.200 0.296 0.416 0.068
#> GSM311626 2 0.6413 0.22364 0.028 0.536 0.368 0.036 0.032
#> GSM311627 4 0.6078 -0.11293 0.080 0.008 0.004 0.480 0.428
#> GSM311628 5 0.3720 0.53561 0.000 0.000 0.228 0.012 0.760
#> GSM311629 2 0.7192 0.40298 0.012 0.488 0.304 0.172 0.024
#> GSM311630 5 0.7645 0.43885 0.116 0.000 0.168 0.220 0.496
#> GSM311631 2 0.6541 0.43237 0.004 0.484 0.188 0.324 0.000
#> GSM311632 3 0.1965 0.65801 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.7732 0.30456 0.084 0.096 0.520 0.264 0.036
#> GSM311634 2 0.3016 0.53462 0.028 0.884 0.064 0.020 0.004
#> GSM311635 2 0.6413 0.22364 0.028 0.536 0.368 0.036 0.032
#> GSM311636 5 0.4743 0.13771 0.000 0.000 0.472 0.016 0.512
#> GSM311637 3 0.3646 0.60979 0.004 0.000 0.816 0.036 0.144
#> GSM311638 1 0.0324 0.91466 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.6276 0.48655 0.012 0.600 0.272 0.100 0.016
#> GSM311640 1 0.3031 0.84496 0.872 0.008 0.096 0.016 0.008
#> GSM311641 2 0.6905 -0.00186 0.016 0.432 0.160 0.388 0.004
#> GSM311642 3 0.1965 0.65801 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.4198 0.48083 0.000 0.032 0.164 0.784 0.020
#> GSM311644 5 0.3621 0.57166 0.000 0.000 0.192 0.020 0.788
#> GSM311645 4 0.7888 0.31674 0.016 0.140 0.304 0.456 0.084
#> GSM311646 2 0.7316 0.43499 0.016 0.492 0.292 0.172 0.028
#> GSM311647 4 0.6243 -0.09231 0.000 0.004 0.436 0.436 0.124
#> GSM311648 2 0.7333 0.31205 0.012 0.432 0.364 0.164 0.028
#> GSM311649 3 0.1965 0.65801 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.6692 -0.29805 0.004 0.388 0.200 0.408 0.000
#> GSM311651 4 0.7012 -0.07549 0.008 0.320 0.192 0.468 0.012
#> GSM311652 3 0.1965 0.65801 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.5292 0.49806 0.000 0.056 0.144 0.732 0.068
#> GSM311654 3 0.7732 0.30456 0.084 0.096 0.520 0.264 0.036
#> GSM311655 3 0.6757 0.44843 0.076 0.000 0.596 0.124 0.204
#> GSM311656 4 0.7850 0.34734 0.020 0.152 0.244 0.500 0.084
#> GSM311657 4 0.6111 0.08469 0.004 0.248 0.168 0.580 0.000
#> GSM311658 4 0.6089 0.09625 0.004 0.244 0.168 0.584 0.000
#> GSM311659 2 0.6782 0.28597 0.004 0.412 0.168 0.408 0.008
#> GSM311660 4 0.5841 -0.14128 0.056 0.000 0.016 0.468 0.460
#> GSM311661 2 0.6443 0.37972 0.000 0.444 0.180 0.376 0.000
#> GSM311662 2 0.5870 0.54032 0.008 0.620 0.240 0.132 0.000
#> GSM311663 2 0.4085 0.57562 0.008 0.804 0.084 0.104 0.000
#> GSM311664 1 0.3031 0.84496 0.872 0.008 0.096 0.016 0.008
#> GSM311665 1 0.0162 0.91598 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.6443 0.37972 0.000 0.444 0.180 0.376 0.000
#> GSM311667 4 0.7128 -0.10408 0.228 0.008 0.012 0.456 0.296
#> GSM311669 4 0.6006 0.45660 0.000 0.020 0.132 0.632 0.216
#> GSM311670 5 0.3690 0.56725 0.000 0.000 0.200 0.020 0.780
#> GSM311671 5 0.5583 0.43444 0.052 0.000 0.040 0.244 0.664
#> GSM311672 2 0.6674 0.33184 0.004 0.412 0.196 0.388 0.000
#> GSM311673 4 0.5533 0.50908 0.000 0.032 0.180 0.696 0.092
#> GSM311674 3 0.7413 0.42527 0.132 0.020 0.572 0.188 0.088
#> GSM311675 5 0.5583 0.43444 0.052 0.000 0.040 0.244 0.664
#> GSM311676 4 0.5829 0.48435 0.000 0.056 0.124 0.692 0.128
#> GSM311677 4 0.6211 0.35556 0.072 0.084 0.036 0.704 0.104
#> GSM311678 2 0.3812 0.57194 0.008 0.824 0.076 0.092 0.000
#> GSM311679 3 0.7311 0.45002 0.144 0.020 0.588 0.160 0.088
#> GSM311680 2 0.6541 0.43237 0.004 0.484 0.188 0.324 0.000
#> GSM311681 5 0.4270 0.60551 0.008 0.000 0.124 0.080 0.788
#> GSM311682 1 0.4489 0.72558 0.788 0.000 0.028 0.112 0.072
#> GSM311683 5 0.4731 0.18613 0.000 0.000 0.456 0.016 0.528
#> GSM311684 2 0.3754 0.57724 0.000 0.816 0.084 0.100 0.000
#> GSM311685 1 0.0727 0.90575 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> GSM311686 1 0.0162 0.91598 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5182 0.54581 0.072 0.744 0.056 0.128 0.000
#> GSM311688 3 0.3829 0.54570 0.000 0.000 0.776 0.028 0.196
#> GSM311689 4 0.9214 0.29843 0.168 0.088 0.216 0.392 0.136
#> GSM311690 2 0.5781 0.28081 0.020 0.632 0.288 0.016 0.044
#> GSM311691 2 0.6422 0.39891 0.000 0.460 0.180 0.360 0.000
#> GSM311692 3 0.7484 0.40565 0.012 0.108 0.552 0.204 0.124
#> GSM311693 2 0.1565 0.50117 0.020 0.952 0.016 0.008 0.004
#> GSM311694 2 0.6478 0.34159 0.000 0.420 0.184 0.396 0.000
#> GSM311695 5 0.3039 0.58880 0.000 0.000 0.152 0.012 0.836
#> GSM311696 4 0.5032 0.35530 0.000 0.128 0.168 0.704 0.000
#> GSM311697 3 0.5943 0.50840 0.012 0.056 0.660 0.232 0.040
#> GSM311698 3 0.5958 0.49732 0.012 0.060 0.656 0.236 0.036
#> GSM311699 4 0.7330 0.36686 0.008 0.168 0.180 0.560 0.084
#> GSM311700 5 0.6722 0.18368 0.184 0.000 0.008 0.388 0.420
#> GSM311701 2 0.6478 0.34159 0.000 0.420 0.184 0.396 0.000
#> GSM311702 2 0.6422 0.39891 0.000 0.460 0.180 0.360 0.000
#> GSM311703 2 0.6386 0.41835 0.000 0.480 0.180 0.340 0.000
#> GSM311704 3 0.2249 0.63928 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM311705 2 0.6422 0.39891 0.000 0.460 0.180 0.360 0.000
#> GSM311706 4 0.6540 -0.08955 0.112 0.000 0.024 0.488 0.376
#> GSM311707 4 0.6540 -0.08955 0.112 0.000 0.024 0.488 0.376
#> GSM311708 2 0.3016 0.53462 0.028 0.884 0.064 0.020 0.004
#> GSM311709 4 0.8288 0.19174 0.032 0.216 0.252 0.432 0.068
#> GSM311710 5 0.5829 0.42804 0.052 0.000 0.052 0.252 0.644
#> GSM311711 4 0.9118 0.24189 0.144 0.192 0.224 0.380 0.060
#> GSM311712 4 0.5649 0.44533 0.000 0.012 0.132 0.664 0.192
#> GSM311713 5 0.6009 0.13033 0.016 0.044 0.012 0.432 0.496
#> GSM311714 4 0.5649 0.44533 0.000 0.012 0.132 0.664 0.192
#> GSM311716 4 0.7907 0.36216 0.008 0.116 0.300 0.448 0.128
#> GSM311717 1 0.5041 0.72748 0.756 0.112 0.104 0.016 0.012
#> GSM311718 4 0.6177 -0.15052 0.116 0.000 0.004 0.452 0.428
#> GSM311719 5 0.2909 0.59541 0.000 0.000 0.140 0.012 0.848
#> GSM311720 3 0.7602 -0.14137 0.008 0.248 0.404 0.308 0.032
#> GSM311721 3 0.6519 0.41704 0.012 0.192 0.620 0.148 0.028
#> GSM311722 2 0.6140 0.27179 0.020 0.620 0.280 0.036 0.044
#> GSM311723 4 0.7084 -0.06722 0.204 0.004 0.020 0.472 0.300
#> GSM311724 2 0.3754 0.57724 0.000 0.816 0.084 0.100 0.000
#> GSM311725 4 0.6690 -0.00454 0.156 0.008 0.012 0.532 0.292
#> GSM311726 3 0.1792 0.66873 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.2411 0.63259 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM311728 2 0.7316 0.43499 0.016 0.492 0.292 0.172 0.028
#> GSM311729 5 0.6739 0.19415 0.156 0.000 0.016 0.388 0.440
#> GSM311730 2 0.2095 0.52908 0.008 0.920 0.012 0.060 0.000
#> GSM311731 4 0.8499 -0.02687 0.096 0.316 0.132 0.408 0.048
#> GSM311732 3 0.6873 -0.06620 0.000 0.032 0.432 0.404 0.132
#> GSM311733 5 0.4731 0.18613 0.000 0.000 0.456 0.016 0.528
#> GSM311734 3 0.6740 0.15811 0.000 0.004 0.456 0.296 0.244
#> GSM311735 2 0.4034 0.57559 0.008 0.808 0.084 0.100 0.000
#> GSM311736 3 0.4817 0.15024 0.000 0.000 0.572 0.024 0.404
#> GSM311737 3 0.6740 0.15811 0.000 0.004 0.456 0.296 0.244
#> GSM311738 4 0.7084 -0.06722 0.204 0.004 0.020 0.472 0.300
#> GSM311739 4 0.6159 0.50673 0.000 0.096 0.108 0.672 0.124
#> GSM311740 3 0.7927 0.32574 0.100 0.088 0.508 0.260 0.044
#> GSM311741 4 0.8029 0.32250 0.024 0.164 0.248 0.480 0.084
#> GSM311742 4 0.6318 0.46734 0.000 0.128 0.156 0.648 0.068
#> GSM311743 3 0.4382 0.39713 0.000 0.000 0.688 0.024 0.288
#> GSM311744 3 0.4535 0.58837 0.000 0.000 0.748 0.160 0.092
#> GSM311745 4 0.7209 0.43528 0.056 0.032 0.124 0.592 0.196
#> GSM311746 4 0.5722 0.49278 0.000 0.032 0.164 0.684 0.120
#> GSM311747 5 0.5937 0.40044 0.024 0.000 0.080 0.292 0.604
#> GSM311748 3 0.2116 0.67021 0.000 0.076 0.912 0.004 0.008
#> GSM311749 4 0.6946 -0.09830 0.248 0.000 0.016 0.472 0.264
#> GSM311750 3 0.7657 0.26468 0.056 0.148 0.528 0.236 0.032
#> GSM311751 3 0.2694 0.67176 0.000 0.068 0.892 0.008 0.032
#> GSM311752 4 0.3871 0.34618 0.004 0.016 0.016 0.804 0.160
#> GSM311753 3 0.3421 0.67383 0.008 0.032 0.868 0.060 0.032
#> GSM311754 4 0.7257 0.01801 0.004 0.288 0.232 0.452 0.024
#> GSM311755 3 0.2648 0.62126 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.7369 0.37465 0.012 0.160 0.180 0.564 0.084
#> GSM311757 3 0.3646 0.60979 0.004 0.000 0.816 0.036 0.144
#> GSM311758 1 0.0162 0.91598 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5870 0.54032 0.008 0.620 0.240 0.132 0.000
#> GSM311760 2 0.1567 0.49219 0.024 0.952 0.008 0.008 0.008
#> GSM311668 5 0.5657 0.20939 0.020 0.004 0.032 0.408 0.536
#> GSM311715 4 0.6039 0.49566 0.004 0.060 0.116 0.684 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.5125 0.3868 0.000 0.000 0.008 0.400 0.528 0.064
#> GSM311599 2 0.5511 0.4697 0.000 0.632 0.256 0.036 0.064 0.012
#> GSM311600 2 0.5691 0.4725 0.004 0.632 0.248 0.036 0.064 0.016
#> GSM311601 3 0.2961 0.5890 0.000 0.000 0.840 0.008 0.020 0.132
#> GSM311602 1 0.0000 0.9136 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.7054 0.4888 0.172 0.004 0.084 0.028 0.544 0.168
#> GSM311604 4 0.5460 0.2679 0.004 0.380 0.096 0.516 0.004 0.000
#> GSM311605 3 0.4701 0.6127 0.004 0.120 0.760 0.072 0.024 0.020
#> GSM311606 2 0.4172 0.5703 0.008 0.736 0.056 0.200 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.2491 0.5712 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM311608 3 0.2547 0.6295 0.004 0.112 0.868 0.016 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.2376 0.5980 0.000 0.000 0.068 0.000 0.044 0.888
#> GSM311610 4 0.6950 -0.3472 0.000 0.044 0.004 0.372 0.292 0.288
#> GSM311611 3 0.2562 0.5636 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311612 3 0.2309 0.6267 0.000 0.028 0.888 0.000 0.000 0.084
#> GSM311613 6 0.4394 0.3811 0.000 0.000 0.392 0.012 0.012 0.584
#> GSM311614 3 0.4701 0.6127 0.004 0.120 0.760 0.072 0.024 0.020
#> GSM311615 5 0.6006 0.1325 0.024 0.044 0.012 0.432 0.468 0.020
#> GSM311616 4 0.5853 0.4802 0.004 0.224 0.124 0.612 0.032 0.004
#> GSM311617 4 0.5492 0.2570 0.000 0.000 0.032 0.640 0.192 0.136
#> GSM311618 4 0.5627 0.4967 0.000 0.112 0.052 0.700 0.088 0.048
#> GSM311619 4 0.5604 0.2559 0.004 0.416 0.040 0.500 0.036 0.004
#> GSM311620 4 0.5781 0.5068 0.004 0.168 0.076 0.656 0.092 0.004
#> GSM311621 4 0.5413 0.3863 0.004 0.316 0.108 0.568 0.004 0.000
#> GSM311622 2 0.0881 0.5874 0.000 0.972 0.008 0.008 0.012 0.000
#> GSM311623 3 0.2264 0.6505 0.000 0.096 0.888 0.004 0.000 0.012
#> GSM311624 1 0.0000 0.9136 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.6972 0.4294 0.012 0.132 0.192 0.556 0.092 0.016
#> GSM311626 2 0.6197 0.4194 0.008 0.540 0.324 0.072 0.048 0.008
#> GSM311627 5 0.4721 0.6221 0.020 0.008 0.000 0.072 0.724 0.176
#> GSM311628 6 0.2476 0.6090 0.000 0.000 0.092 0.004 0.024 0.880
#> GSM311629 2 0.6693 0.1391 0.004 0.440 0.216 0.308 0.028 0.004
#> GSM311630 6 0.7428 -0.0861 0.096 0.000 0.092 0.052 0.348 0.412
#> GSM311631 4 0.5478 0.2340 0.004 0.392 0.096 0.504 0.004 0.000
#> GSM311632 3 0.1700 0.6511 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.7212 0.2343 0.060 0.040 0.468 0.308 0.120 0.004
#> GSM311634 2 0.2607 0.6056 0.008 0.892 0.036 0.052 0.012 0.000
#> GSM311635 2 0.6197 0.4194 0.008 0.540 0.324 0.072 0.048 0.008
#> GSM311636 6 0.4232 0.4798 0.000 0.000 0.336 0.012 0.012 0.640
#> GSM311637 3 0.3945 0.5403 0.004 0.000 0.748 0.028 0.008 0.212
#> GSM311638 1 0.0146 0.9124 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311639 2 0.6077 0.4685 0.004 0.548 0.228 0.200 0.020 0.000
#> GSM311640 1 0.2651 0.8452 0.872 0.000 0.088 0.000 0.036 0.004
#> GSM311641 4 0.5604 0.2559 0.004 0.416 0.040 0.500 0.036 0.004
#> GSM311642 3 0.1700 0.6511 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.3153 0.4691 0.000 0.000 0.032 0.832 0.128 0.008
#> GSM311644 6 0.1856 0.5930 0.000 0.000 0.048 0.000 0.032 0.920
#> GSM311645 4 0.7724 0.4390 0.008 0.096 0.192 0.460 0.208 0.036
#> GSM311646 2 0.7049 0.3255 0.016 0.420 0.236 0.292 0.032 0.004
#> GSM311647 4 0.6609 0.0242 0.000 0.000 0.280 0.500 0.088 0.132
#> GSM311648 2 0.7144 0.2857 0.012 0.368 0.304 0.276 0.036 0.004
#> GSM311649 3 0.1700 0.6511 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.5239 0.3966 0.004 0.300 0.096 0.596 0.004 0.000
#> GSM311651 4 0.5999 0.4682 0.004 0.248 0.088 0.592 0.068 0.000
#> GSM311652 3 0.1700 0.6511 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.4630 0.3909 0.000 0.028 0.024 0.728 0.196 0.024
#> GSM311654 3 0.7212 0.2343 0.060 0.040 0.468 0.308 0.120 0.004
#> GSM311655 3 0.6940 0.3077 0.040 0.000 0.520 0.048 0.152 0.240
#> GSM311656 4 0.7515 0.4853 0.012 0.104 0.144 0.496 0.216 0.028
#> GSM311657 4 0.5708 0.4874 0.004 0.196 0.076 0.644 0.080 0.000
#> GSM311658 4 0.5754 0.4892 0.004 0.196 0.076 0.640 0.084 0.000
#> GSM311659 4 0.5829 0.3792 0.004 0.336 0.076 0.544 0.040 0.000
#> GSM311660 5 0.4526 0.6062 0.004 0.004 0.008 0.068 0.728 0.188
#> GSM311661 4 0.5148 0.3311 0.000 0.352 0.084 0.560 0.004 0.000
#> GSM311662 2 0.5679 0.4784 0.008 0.568 0.216 0.208 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.4337 0.5518 0.008 0.712 0.056 0.224 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.2651 0.8452 0.872 0.000 0.088 0.000 0.036 0.004
#> GSM311665 1 0.0000 0.9136 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 4 0.5148 0.3311 0.000 0.352 0.084 0.560 0.004 0.000
#> GSM311667 5 0.7153 0.4951 0.188 0.004 0.004 0.164 0.496 0.144
#> GSM311669 4 0.5569 0.2481 0.000 0.000 0.032 0.628 0.204 0.136
#> GSM311670 6 0.2046 0.6005 0.000 0.000 0.060 0.000 0.032 0.908
#> GSM311671 5 0.5818 0.2832 0.004 0.000 0.012 0.112 0.464 0.408
#> GSM311672 4 0.5323 0.3639 0.004 0.324 0.096 0.572 0.004 0.000
#> GSM311673 4 0.4334 0.4027 0.000 0.008 0.048 0.764 0.152 0.028
#> GSM311674 3 0.7216 0.3671 0.088 0.004 0.536 0.100 0.216 0.056
#> GSM311675 5 0.5818 0.2832 0.004 0.000 0.012 0.112 0.464 0.408
#> GSM311676 4 0.5170 0.2681 0.000 0.048 0.004 0.664 0.236 0.048
#> GSM311677 5 0.6101 0.4050 0.024 0.080 0.008 0.284 0.580 0.024
#> GSM311678 2 0.4111 0.5737 0.008 0.736 0.048 0.208 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.7140 0.4006 0.100 0.004 0.556 0.104 0.184 0.052
#> GSM311680 4 0.5478 0.2340 0.004 0.392 0.096 0.504 0.004 0.000
#> GSM311681 6 0.3087 0.4659 0.000 0.000 0.012 0.004 0.176 0.808
#> GSM311682 1 0.4470 0.7067 0.768 0.000 0.020 0.020 0.124 0.068
#> GSM311683 6 0.4094 0.5074 0.000 0.000 0.324 0.000 0.024 0.652
#> GSM311684 2 0.4007 0.5594 0.000 0.728 0.052 0.220 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0713 0.9003 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.9136 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5316 0.5476 0.064 0.684 0.036 0.200 0.012 0.004
#> GSM311688 3 0.3766 0.4544 0.000 0.000 0.720 0.000 0.024 0.256
#> GSM311689 4 0.8942 0.1596 0.144 0.040 0.164 0.368 0.200 0.084
#> GSM311690 2 0.5220 0.4736 0.000 0.648 0.260 0.024 0.056 0.012
#> GSM311691 4 0.5195 0.3023 0.000 0.372 0.084 0.540 0.004 0.000
#> GSM311692 3 0.7971 0.2538 0.008 0.080 0.436 0.260 0.084 0.132
#> GSM311693 2 0.0984 0.5889 0.000 0.968 0.008 0.012 0.012 0.000
#> GSM311694 4 0.5224 0.3615 0.000 0.332 0.084 0.576 0.004 0.004
#> GSM311695 6 0.1297 0.5566 0.000 0.000 0.012 0.000 0.040 0.948
#> GSM311696 4 0.4517 0.5168 0.000 0.088 0.044 0.764 0.100 0.004
#> GSM311697 3 0.6247 0.4225 0.008 0.032 0.560 0.308 0.048 0.044
#> GSM311698 3 0.6205 0.4100 0.008 0.036 0.560 0.312 0.048 0.036
#> GSM311699 4 0.7002 0.5206 0.008 0.128 0.088 0.560 0.188 0.028
#> GSM311700 5 0.5438 0.5819 0.116 0.000 0.000 0.024 0.624 0.236
#> GSM311701 4 0.5224 0.3615 0.000 0.332 0.084 0.576 0.004 0.004
#> GSM311702 4 0.5195 0.3023 0.000 0.372 0.084 0.540 0.004 0.000
#> GSM311703 4 0.5316 0.2640 0.000 0.396 0.092 0.508 0.004 0.000
#> GSM311704 3 0.2416 0.5782 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM311705 4 0.5195 0.3023 0.000 0.372 0.084 0.540 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.4701 0.6302 0.052 0.000 0.008 0.056 0.748 0.136
#> GSM311707 5 0.4701 0.6302 0.052 0.000 0.008 0.056 0.748 0.136
#> GSM311708 2 0.2607 0.6056 0.008 0.892 0.036 0.052 0.012 0.000
#> GSM311709 4 0.7030 0.4695 0.020 0.156 0.144 0.568 0.096 0.016
#> GSM311710 5 0.5989 0.2456 0.004 0.000 0.012 0.136 0.444 0.404
#> GSM311711 4 0.7726 0.4427 0.136 0.132 0.128 0.520 0.072 0.012
#> GSM311712 4 0.4868 0.2670 0.000 0.000 0.020 0.696 0.184 0.100
#> GSM311713 5 0.6561 0.4014 0.000 0.044 0.004 0.152 0.436 0.364
#> GSM311714 4 0.4868 0.2670 0.000 0.000 0.020 0.696 0.184 0.100
#> GSM311716 4 0.8020 0.4072 0.004 0.080 0.204 0.424 0.212 0.076
#> GSM311717 1 0.4730 0.7221 0.760 0.100 0.088 0.012 0.036 0.004
#> GSM311718 5 0.4647 0.6182 0.056 0.000 0.000 0.040 0.724 0.180
#> GSM311719 6 0.2195 0.5447 0.000 0.000 0.016 0.012 0.068 0.904
#> GSM311720 4 0.6830 0.1902 0.008 0.176 0.308 0.460 0.044 0.004
#> GSM311721 3 0.6511 0.3192 0.008 0.152 0.548 0.248 0.028 0.016
#> GSM311722 2 0.5479 0.4685 0.000 0.632 0.260 0.036 0.060 0.012
#> GSM311723 5 0.6085 0.6189 0.136 0.008 0.000 0.108 0.632 0.116
#> GSM311724 2 0.4007 0.5594 0.000 0.728 0.052 0.220 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.7030 0.4997 0.116 0.004 0.004 0.240 0.496 0.140
#> GSM311726 3 0.1531 0.6526 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.2527 0.5676 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311728 2 0.7049 0.3255 0.016 0.420 0.236 0.292 0.032 0.004
#> GSM311729 5 0.5261 0.5820 0.092 0.000 0.000 0.024 0.636 0.248
#> GSM311730 2 0.2431 0.5969 0.004 0.872 0.004 0.116 0.004 0.000
#> GSM311731 4 0.7509 0.2855 0.080 0.248 0.056 0.508 0.088 0.020
#> GSM311732 4 0.7230 0.0805 0.000 0.028 0.348 0.416 0.132 0.076
#> GSM311733 6 0.4094 0.5074 0.000 0.000 0.324 0.000 0.024 0.652
#> GSM311734 3 0.7498 0.0907 0.000 0.000 0.352 0.284 0.164 0.200
#> GSM311735 2 0.4284 0.5624 0.008 0.720 0.056 0.216 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.4322 0.2007 0.000 0.000 0.452 0.000 0.020 0.528
#> GSM311737 3 0.7510 0.0826 0.000 0.000 0.348 0.284 0.164 0.204
#> GSM311738 5 0.6085 0.6189 0.136 0.008 0.000 0.108 0.632 0.116
#> GSM311739 4 0.5497 0.3519 0.000 0.080 0.008 0.660 0.204 0.048
#> GSM311740 3 0.7431 0.3105 0.068 0.040 0.484 0.252 0.148 0.008
#> GSM311741 4 0.7351 0.5063 0.016 0.124 0.132 0.560 0.120 0.048
#> GSM311742 4 0.5503 0.4488 0.000 0.096 0.040 0.660 0.196 0.008
#> GSM311743 3 0.4092 0.2795 0.000 0.000 0.636 0.000 0.020 0.344
#> GSM311744 3 0.5339 0.5268 0.000 0.000 0.672 0.160 0.044 0.124
#> GSM311745 4 0.6615 0.0689 0.032 0.016 0.024 0.528 0.308 0.092
#> GSM311746 4 0.4743 0.3626 0.000 0.008 0.044 0.732 0.168 0.048
#> GSM311747 6 0.6595 -0.2349 0.004 0.004 0.028 0.176 0.364 0.424
#> GSM311748 3 0.1838 0.6506 0.000 0.068 0.916 0.000 0.000 0.016
#> GSM311749 5 0.4693 0.5841 0.148 0.000 0.008 0.016 0.732 0.096
#> GSM311750 3 0.6959 0.1236 0.052 0.088 0.456 0.352 0.052 0.000
#> GSM311751 3 0.2685 0.6385 0.000 0.060 0.868 0.000 0.000 0.072
#> GSM311752 5 0.5018 0.3968 0.000 0.000 0.004 0.396 0.536 0.064
#> GSM311753 3 0.4083 0.6392 0.008 0.016 0.808 0.092 0.016 0.060
#> GSM311754 4 0.5923 0.4758 0.004 0.224 0.132 0.604 0.032 0.004
#> GSM311755 3 0.2362 0.6253 0.000 0.136 0.860 0.004 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.7091 0.5154 0.008 0.120 0.092 0.544 0.208 0.028
#> GSM311757 3 0.3945 0.5403 0.004 0.000 0.748 0.028 0.008 0.212
#> GSM311758 1 0.0000 0.9136 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5679 0.4784 0.008 0.568 0.216 0.208 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0748 0.5799 0.004 0.976 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM311668 6 0.6479 -0.3263 0.004 0.004 0.004 0.296 0.340 0.352
#> GSM311715 4 0.5551 0.2071 0.000 0.032 0.016 0.628 0.260 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:hclust 116 1.000 2
#> CV:hclust 52 NA 3
#> CV:hclust 69 0.339 4
#> CV:hclust 58 NA 5
#> CV:hclust 69 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.406 0.680 0.770 0.4847 0.501 0.501
#> 3 3 0.594 0.786 0.856 0.3529 0.624 0.383
#> 4 4 0.599 0.700 0.808 0.1247 0.834 0.565
#> 5 5 0.605 0.487 0.677 0.0647 0.912 0.692
#> 6 6 0.639 0.515 0.680 0.0445 0.883 0.559
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.2043 0.680 0.968 0.032
#> GSM311599 1 0.9686 0.663 0.604 0.396
#> GSM311600 1 0.5294 0.703 0.880 0.120
#> GSM311601 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311602 2 0.9954 0.712 0.460 0.540
#> GSM311603 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311604 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311605 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311606 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311607 1 0.9954 0.627 0.540 0.460
#> GSM311608 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311609 1 0.9580 0.673 0.620 0.380
#> GSM311610 1 0.2043 0.693 0.968 0.032
#> GSM311611 1 0.9954 0.627 0.540 0.460
#> GSM311612 2 0.5519 0.370 0.128 0.872
#> GSM311613 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311614 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311615 2 0.9661 0.784 0.392 0.608
#> GSM311616 1 0.5408 0.590 0.876 0.124
#> GSM311617 1 0.3274 0.672 0.940 0.060
#> GSM311618 1 0.8813 0.145 0.700 0.300
#> GSM311619 2 0.9552 0.803 0.376 0.624
#> GSM311620 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311621 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311622 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311623 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311624 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0938 0.695 0.988 0.012
#> GSM311626 1 0.7745 0.688 0.772 0.228
#> GSM311627 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311628 1 0.9491 0.674 0.632 0.368
#> GSM311629 2 0.9129 0.832 0.328 0.672
#> GSM311630 1 0.9209 0.672 0.664 0.336
#> GSM311631 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311632 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311633 2 0.9710 0.763 0.400 0.600
#> GSM311634 2 0.9393 0.823 0.356 0.644
#> GSM311635 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311636 1 0.9580 0.673 0.620 0.380
#> GSM311637 1 0.9933 0.634 0.548 0.452
#> GSM311638 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311639 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311640 2 0.9775 0.610 0.412 0.588
#> GSM311641 2 0.9323 0.828 0.348 0.652
#> GSM311642 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311643 1 0.3584 0.664 0.932 0.068
#> GSM311644 1 0.9460 0.674 0.636 0.364
#> GSM311645 1 0.5294 0.702 0.880 0.120
#> GSM311646 2 0.9393 0.823 0.356 0.644
#> GSM311647 1 0.9795 0.658 0.584 0.416
#> GSM311648 2 0.9248 0.834 0.340 0.660
#> GSM311649 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311650 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311651 2 0.9710 0.775 0.400 0.600
#> GSM311652 2 0.1843 0.532 0.028 0.972
#> GSM311653 1 0.4939 0.624 0.892 0.108
#> GSM311654 2 0.4022 0.477 0.080 0.920
#> GSM311655 1 0.9522 0.674 0.628 0.372
#> GSM311656 1 0.9129 -0.173 0.672 0.328
#> GSM311657 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311658 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311659 2 0.9286 0.831 0.344 0.656
#> GSM311660 1 0.0938 0.699 0.988 0.012
#> GSM311661 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311662 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311663 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311664 1 0.9427 0.669 0.640 0.360
#> GSM311665 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311667 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.3274 0.672 0.940 0.060
#> GSM311670 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311671 1 0.6048 0.703 0.852 0.148
#> GSM311672 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311673 2 0.9522 0.801 0.372 0.628
#> GSM311674 1 0.9170 0.680 0.668 0.332
#> GSM311675 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311676 1 0.4431 0.634 0.908 0.092
#> GSM311677 1 0.3431 0.647 0.936 0.064
#> GSM311678 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311679 2 0.3431 0.485 0.064 0.936
#> GSM311680 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311681 1 0.9286 0.673 0.656 0.344
#> GSM311682 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.9580 0.673 0.620 0.380
#> GSM311684 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311685 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.9850 0.747 0.428 0.572
#> GSM311687 2 0.9427 0.819 0.360 0.640
#> GSM311688 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311689 1 0.0938 0.690 0.988 0.012
#> GSM311690 2 0.4431 0.443 0.092 0.908
#> GSM311691 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311692 1 0.9944 0.630 0.544 0.456
#> GSM311693 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311694 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311695 1 0.9393 0.673 0.644 0.356
#> GSM311696 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311697 1 0.9977 0.615 0.528 0.472
#> GSM311698 2 0.4431 0.641 0.092 0.908
#> GSM311699 1 0.4562 0.624 0.904 0.096
#> GSM311700 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311701 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311702 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311703 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311704 1 0.9944 0.630 0.544 0.456
#> GSM311705 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311706 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.9286 0.831 0.344 0.656
#> GSM311709 2 0.9580 0.801 0.380 0.620
#> GSM311710 1 0.4022 0.704 0.920 0.080
#> GSM311711 1 0.9491 -0.323 0.632 0.368
#> GSM311712 1 0.9608 0.672 0.616 0.384
#> GSM311713 1 0.0938 0.699 0.988 0.012
#> GSM311714 1 0.4690 0.632 0.900 0.100
#> GSM311716 1 0.9491 0.675 0.632 0.368
#> GSM311717 2 0.9988 0.696 0.480 0.520
#> GSM311718 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311719 1 0.9209 0.672 0.664 0.336
#> GSM311720 1 0.0938 0.695 0.988 0.012
#> GSM311721 2 0.6247 0.698 0.156 0.844
#> GSM311722 1 0.9933 0.633 0.548 0.452
#> GSM311723 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311724 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311725 1 0.1414 0.681 0.980 0.020
#> GSM311726 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311727 1 0.9922 0.637 0.552 0.448
#> GSM311728 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311729 1 0.0376 0.698 0.996 0.004
#> GSM311730 2 0.9248 0.834 0.340 0.660
#> GSM311731 2 0.9732 0.773 0.404 0.596
#> GSM311732 1 0.9491 0.680 0.632 0.368
#> GSM311733 1 0.9580 0.673 0.620 0.380
#> GSM311734 1 0.9608 0.672 0.616 0.384
#> GSM311735 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311736 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311737 1 0.9491 0.675 0.632 0.368
#> GSM311738 1 0.1633 0.678 0.976 0.024
#> GSM311739 1 0.5059 0.602 0.888 0.112
#> GSM311740 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311741 1 0.2948 0.673 0.948 0.052
#> GSM311742 1 0.4690 0.618 0.900 0.100
#> GSM311743 1 0.9954 0.627 0.540 0.460
#> GSM311744 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311745 1 0.1414 0.681 0.980 0.020
#> GSM311746 1 0.2603 0.678 0.956 0.044
#> GSM311747 1 0.9209 0.672 0.664 0.336
#> GSM311748 2 0.1414 0.540 0.020 0.980
#> GSM311749 1 0.0000 0.696 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311751 2 0.2948 0.502 0.052 0.948
#> GSM311752 1 0.1414 0.681 0.980 0.020
#> GSM311753 2 0.1633 0.536 0.024 0.976
#> GSM311754 2 0.6247 0.698 0.156 0.844
#> GSM311755 2 0.1414 0.575 0.020 0.980
#> GSM311756 1 0.2778 0.675 0.952 0.048
#> GSM311757 1 0.9850 0.651 0.572 0.428
#> GSM311758 1 1.0000 -0.665 0.504 0.496
#> GSM311759 2 0.9209 0.836 0.336 0.664
#> GSM311760 2 0.9393 0.823 0.356 0.644
#> GSM311668 1 0.0938 0.699 0.988 0.012
#> GSM311715 1 0.4562 0.621 0.904 0.096
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.4605 0.7241 0.796 0.204 0.000
#> GSM311599 3 0.5785 0.5948 0.300 0.004 0.696
#> GSM311600 1 0.0661 0.8367 0.988 0.008 0.004
#> GSM311601 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311602 1 0.5285 0.7412 0.812 0.148 0.040
#> GSM311603 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311604 2 0.1031 0.8953 0.000 0.976 0.024
#> GSM311605 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311606 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311607 3 0.1647 0.8760 0.036 0.004 0.960
#> GSM311608 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311609 3 0.4399 0.7631 0.188 0.000 0.812
#> GSM311610 1 0.8721 0.3149 0.504 0.384 0.112
#> GSM311611 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311612 3 0.0661 0.8691 0.004 0.008 0.988
#> GSM311613 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311614 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311615 2 0.3482 0.7943 0.128 0.872 0.000
#> GSM311616 2 0.2860 0.8366 0.004 0.912 0.084
#> GSM311617 2 0.8456 0.2909 0.328 0.564 0.108
#> GSM311618 2 0.2945 0.8331 0.004 0.908 0.088
#> GSM311619 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311620 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311621 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311622 2 0.1765 0.8928 0.004 0.956 0.040
#> GSM311623 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311624 1 0.0475 0.8377 0.992 0.004 0.004
#> GSM311625 1 0.6663 0.7346 0.748 0.156 0.096
#> GSM311626 1 0.3983 0.7318 0.852 0.004 0.144
#> GSM311627 1 0.1129 0.8382 0.976 0.020 0.004
#> GSM311628 3 0.4291 0.7719 0.180 0.000 0.820
#> GSM311629 2 0.0829 0.8943 0.004 0.984 0.012
#> GSM311630 1 0.0424 0.8352 0.992 0.000 0.008
#> GSM311631 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311632 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311633 2 0.2772 0.8400 0.004 0.916 0.080
#> GSM311634 2 0.1765 0.8930 0.004 0.956 0.040
#> GSM311635 2 0.1765 0.8928 0.004 0.956 0.040
#> GSM311636 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311637 3 0.1905 0.8728 0.028 0.016 0.956
#> GSM311638 1 0.0475 0.8377 0.992 0.004 0.004
#> GSM311639 2 0.1647 0.8938 0.004 0.960 0.036
#> GSM311640 1 0.4465 0.7179 0.820 0.004 0.176
#> GSM311641 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311642 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311643 2 0.7044 0.6344 0.168 0.724 0.108
#> GSM311644 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311645 1 0.5585 0.7684 0.812 0.096 0.092
#> GSM311646 2 0.1765 0.8930 0.004 0.956 0.040
#> GSM311647 3 0.4802 0.7716 0.156 0.020 0.824
#> GSM311648 2 0.2550 0.8822 0.024 0.936 0.040
#> GSM311649 3 0.3425 0.8302 0.004 0.112 0.884
#> GSM311650 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311651 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311652 3 0.3272 0.8353 0.004 0.104 0.892
#> GSM311653 2 0.6332 0.6924 0.144 0.768 0.088
#> GSM311654 3 0.6598 0.1881 0.008 0.428 0.564
#> GSM311655 3 0.4346 0.7679 0.184 0.000 0.816
#> GSM311656 1 0.5928 0.6070 0.696 0.296 0.008
#> GSM311657 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311658 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311659 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311660 1 0.0983 0.8383 0.980 0.016 0.004
#> GSM311661 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311662 2 0.1647 0.8938 0.004 0.960 0.036
#> GSM311663 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311664 1 0.3918 0.7291 0.856 0.004 0.140
#> GSM311665 1 0.0475 0.8377 0.992 0.004 0.004
#> GSM311666 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311667 1 0.0237 0.8378 0.996 0.004 0.000
#> GSM311669 2 0.8436 0.3015 0.324 0.568 0.108
#> GSM311670 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311671 1 0.2537 0.8074 0.920 0.000 0.080
#> GSM311672 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311673 2 0.1267 0.8815 0.004 0.972 0.024
#> GSM311674 1 0.1529 0.8231 0.960 0.000 0.040
#> GSM311675 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311676 2 0.6936 0.6463 0.160 0.732 0.108
#> GSM311677 1 0.5560 0.5765 0.700 0.300 0.000
#> GSM311678 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311679 3 0.3375 0.8372 0.008 0.100 0.892
#> GSM311680 2 0.1163 0.8955 0.000 0.972 0.028
#> GSM311681 1 0.5431 0.5855 0.716 0.000 0.284
#> GSM311682 1 0.0475 0.8377 0.992 0.004 0.004
#> GSM311683 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311684 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311685 1 0.0475 0.8377 0.992 0.004 0.004
#> GSM311686 1 0.6096 0.6825 0.752 0.208 0.040
#> GSM311687 2 0.1765 0.8930 0.004 0.956 0.040
#> GSM311688 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311689 1 0.1399 0.8355 0.968 0.028 0.004
#> GSM311690 3 0.3637 0.8387 0.024 0.084 0.892
#> GSM311691 2 0.1289 0.8955 0.000 0.968 0.032
#> GSM311692 3 0.2550 0.8740 0.056 0.012 0.932
#> GSM311693 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311694 2 0.0237 0.8916 0.004 0.996 0.000
#> GSM311695 3 0.5178 0.6728 0.256 0.000 0.744
#> GSM311696 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311697 3 0.1905 0.8664 0.016 0.028 0.956
#> GSM311698 2 0.3715 0.7959 0.004 0.868 0.128
#> GSM311699 2 0.6510 0.6758 0.156 0.756 0.088
#> GSM311700 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311701 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311702 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311703 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311704 3 0.1647 0.8760 0.036 0.004 0.960
#> GSM311705 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311706 1 0.0237 0.8378 0.996 0.004 0.000
#> GSM311707 1 0.0237 0.8378 0.996 0.004 0.000
#> GSM311708 2 0.1529 0.8941 0.000 0.960 0.040
#> GSM311709 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311710 1 0.3193 0.7951 0.896 0.004 0.100
#> GSM311711 1 0.5580 0.6754 0.736 0.256 0.008
#> GSM311712 3 0.5355 0.7459 0.160 0.036 0.804
#> GSM311713 1 0.6887 0.6919 0.720 0.204 0.076
#> GSM311714 2 0.6880 0.6518 0.156 0.736 0.108
#> GSM311716 1 0.6307 0.0433 0.512 0.000 0.488
#> GSM311717 1 0.5798 0.7105 0.776 0.184 0.040
#> GSM311718 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311719 1 0.5560 0.5633 0.700 0.000 0.300
#> GSM311720 1 0.6561 0.7390 0.756 0.144 0.100
#> GSM311721 2 0.2301 0.8797 0.004 0.936 0.060
#> GSM311722 3 0.3425 0.8426 0.112 0.004 0.884
#> GSM311723 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311724 2 0.1647 0.8938 0.004 0.960 0.036
#> GSM311725 1 0.5201 0.6962 0.760 0.236 0.004
#> GSM311726 3 0.3272 0.8353 0.004 0.104 0.892
#> GSM311727 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311728 2 0.1529 0.8941 0.000 0.960 0.040
#> GSM311729 1 0.1267 0.8331 0.972 0.004 0.024
#> GSM311730 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311731 2 0.0475 0.8906 0.004 0.992 0.004
#> GSM311732 3 0.5467 0.7435 0.176 0.032 0.792
#> GSM311733 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311734 3 0.5167 0.7488 0.172 0.024 0.804
#> GSM311735 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311736 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311737 3 0.5200 0.7398 0.184 0.020 0.796
#> GSM311738 1 0.1399 0.8341 0.968 0.028 0.004
#> GSM311739 2 0.6271 0.6966 0.140 0.772 0.088
#> GSM311740 2 0.1647 0.8954 0.004 0.960 0.036
#> GSM311741 2 0.8297 0.2657 0.348 0.560 0.092
#> GSM311742 2 0.6431 0.6798 0.156 0.760 0.084
#> GSM311743 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311744 3 0.1711 0.8743 0.032 0.008 0.960
#> GSM311745 1 0.4868 0.7992 0.844 0.100 0.056
#> GSM311746 1 0.8743 0.1421 0.452 0.440 0.108
#> GSM311747 1 0.2711 0.8029 0.912 0.000 0.088
#> GSM311748 3 0.3272 0.8353 0.004 0.104 0.892
#> GSM311749 1 0.0475 0.8371 0.992 0.004 0.004
#> GSM311750 2 0.1411 0.8951 0.000 0.964 0.036
#> GSM311751 3 0.2448 0.8493 0.000 0.076 0.924
#> GSM311752 1 0.4834 0.7257 0.792 0.204 0.004
#> GSM311753 3 0.2860 0.8453 0.004 0.084 0.912
#> GSM311754 2 0.3851 0.7882 0.004 0.860 0.136
#> GSM311755 2 0.5956 0.5330 0.004 0.672 0.324
#> GSM311756 2 0.8524 -0.1104 0.452 0.456 0.092
#> GSM311757 3 0.1643 0.8763 0.044 0.000 0.956
#> GSM311758 1 0.5159 0.7471 0.820 0.140 0.040
#> GSM311759 2 0.1765 0.8928 0.004 0.956 0.040
#> GSM311760 2 0.1765 0.8930 0.004 0.956 0.040
#> GSM311668 1 0.7703 0.6477 0.664 0.232 0.104
#> GSM311715 2 0.6468 0.1664 0.444 0.552 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.7284 0.2402 0.424 0.148 0.000 0.428
#> GSM311599 1 0.7516 0.2871 0.512 0.008 0.316 0.164
#> GSM311600 1 0.2888 0.7792 0.872 0.004 0.000 0.124
#> GSM311601 3 0.0817 0.8520 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311602 1 0.2310 0.7839 0.920 0.008 0.004 0.068
#> GSM311603 1 0.1637 0.7965 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311604 2 0.0921 0.8490 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311605 3 0.4673 0.7844 0.000 0.076 0.792 0.132
#> GSM311606 2 0.0592 0.8526 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311607 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.4955 0.7699 0.000 0.084 0.772 0.144
#> GSM311609 4 0.5016 0.3507 0.004 0.000 0.396 0.600
#> GSM311610 4 0.4733 0.6640 0.060 0.124 0.012 0.804
#> GSM311611 3 0.0592 0.8522 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311612 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.2053 0.8350 0.004 0.000 0.924 0.072
#> GSM311614 3 0.4805 0.7790 0.000 0.084 0.784 0.132
#> GSM311615 2 0.5272 0.6698 0.172 0.744 0.000 0.084
#> GSM311616 4 0.5290 0.3388 0.000 0.476 0.008 0.516
#> GSM311617 4 0.4621 0.6576 0.000 0.284 0.008 0.708
#> GSM311618 4 0.5172 0.5168 0.000 0.404 0.008 0.588
#> GSM311619 2 0.3208 0.8183 0.004 0.848 0.000 0.148
#> GSM311620 2 0.2408 0.8236 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311621 2 0.2704 0.8207 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM311622 2 0.4542 0.7710 0.004 0.768 0.020 0.208
#> GSM311623 3 0.4955 0.7699 0.000 0.084 0.772 0.144
#> GSM311624 1 0.0376 0.8040 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311625 4 0.6246 0.5586 0.224 0.096 0.008 0.672
#> GSM311626 1 0.4485 0.7387 0.792 0.012 0.020 0.176
#> GSM311627 4 0.5279 0.3084 0.400 0.012 0.000 0.588
#> GSM311628 3 0.5143 0.0791 0.004 0.000 0.540 0.456
#> GSM311629 2 0.3444 0.8162 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311630 1 0.2081 0.7888 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM311631 2 0.0707 0.8501 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311632 3 0.4955 0.7699 0.000 0.084 0.772 0.144
#> GSM311633 2 0.3249 0.7862 0.000 0.852 0.008 0.140
#> GSM311634 2 0.4980 0.7623 0.044 0.756 0.004 0.196
#> GSM311635 2 0.4464 0.7701 0.004 0.760 0.012 0.224
#> GSM311636 3 0.2654 0.8145 0.004 0.000 0.888 0.108
#> GSM311637 3 0.2466 0.8378 0.004 0.000 0.900 0.096
#> GSM311638 1 0.0376 0.8040 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311639 2 0.3870 0.7849 0.004 0.788 0.000 0.208
#> GSM311640 1 0.2926 0.7627 0.888 0.012 0.004 0.096
#> GSM311641 2 0.3208 0.8183 0.004 0.848 0.000 0.148
#> GSM311642 3 0.4824 0.7764 0.000 0.076 0.780 0.144
#> GSM311643 4 0.4673 0.6506 0.000 0.292 0.008 0.700
#> GSM311644 3 0.2654 0.8145 0.004 0.000 0.888 0.108
#> GSM311645 4 0.5416 0.6051 0.156 0.084 0.008 0.752
#> GSM311646 2 0.3946 0.8118 0.020 0.812 0.000 0.168
#> GSM311647 3 0.5161 0.0139 0.004 0.000 0.520 0.476
#> GSM311648 2 0.4789 0.7666 0.024 0.748 0.004 0.224
#> GSM311649 3 0.4955 0.7699 0.000 0.084 0.772 0.144
#> GSM311650 2 0.2589 0.8112 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311651 2 0.3123 0.8107 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM311652 3 0.3948 0.8042 0.000 0.036 0.828 0.136
#> GSM311653 4 0.5024 0.5623 0.000 0.360 0.008 0.632
#> GSM311654 2 0.6837 0.0973 0.000 0.472 0.428 0.100
#> GSM311655 3 0.3982 0.6779 0.004 0.000 0.776 0.220
#> GSM311656 1 0.4837 0.7053 0.792 0.116 0.004 0.088
#> GSM311657 2 0.2281 0.8270 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311658 2 0.2281 0.8270 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311659 2 0.1867 0.8396 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311660 4 0.5147 0.1198 0.460 0.004 0.000 0.536
#> GSM311661 2 0.1940 0.8370 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM311662 2 0.4051 0.7825 0.004 0.784 0.004 0.208
#> GSM311663 2 0.0817 0.8496 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311664 1 0.2311 0.7876 0.916 0.004 0.004 0.076
#> GSM311665 1 0.0188 0.8037 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1389 0.8395 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311667 1 0.0336 0.8032 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311669 4 0.4621 0.6576 0.000 0.284 0.008 0.708
#> GSM311670 3 0.2266 0.8295 0.004 0.000 0.912 0.084
#> GSM311671 4 0.4830 0.3374 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM311672 2 0.2149 0.8292 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM311673 2 0.4123 0.6858 0.000 0.772 0.008 0.220
#> GSM311674 1 0.5131 0.5498 0.692 0.000 0.028 0.280
#> GSM311675 1 0.3975 0.6159 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311676 4 0.4594 0.6534 0.000 0.280 0.008 0.712
#> GSM311677 4 0.7275 0.3037 0.376 0.152 0.000 0.472
#> GSM311678 2 0.2704 0.8259 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM311679 3 0.3999 0.8021 0.000 0.036 0.824 0.140
#> GSM311680 2 0.0592 0.8507 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311681 4 0.6423 0.5300 0.156 0.000 0.196 0.648
#> GSM311682 1 0.0376 0.8040 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311683 3 0.2654 0.8145 0.004 0.000 0.888 0.108
#> GSM311684 2 0.0336 0.8522 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311685 1 0.0376 0.8040 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311686 1 0.2658 0.7744 0.904 0.012 0.004 0.080
#> GSM311687 2 0.4237 0.7961 0.040 0.808 0.000 0.152
#> GSM311688 3 0.0921 0.8506 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311689 1 0.3972 0.7460 0.840 0.080 0.000 0.080
#> GSM311690 3 0.5192 0.7729 0.012 0.056 0.764 0.168
#> GSM311691 2 0.0000 0.8515 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.2796 0.8397 0.004 0.008 0.892 0.096
#> GSM311693 2 0.3751 0.7916 0.004 0.800 0.000 0.196
#> GSM311694 2 0.2081 0.8309 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311695 4 0.4950 0.3866 0.004 0.000 0.376 0.620
#> GSM311696 2 0.2589 0.8133 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311697 3 0.2888 0.8203 0.004 0.000 0.872 0.124
#> GSM311698 2 0.3810 0.7979 0.000 0.848 0.092 0.060
#> GSM311699 4 0.4621 0.6377 0.000 0.284 0.008 0.708
#> GSM311700 1 0.4977 0.0418 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM311701 2 0.2469 0.8165 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM311702 2 0.0336 0.8520 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311703 2 0.0000 0.8515 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.8515 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.2921 0.7461 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM311707 1 0.1940 0.7899 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311708 2 0.3933 0.7896 0.004 0.796 0.004 0.196
#> GSM311709 2 0.2469 0.8114 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM311710 4 0.4917 0.4303 0.336 0.000 0.008 0.656
#> GSM311711 1 0.3820 0.7014 0.848 0.088 0.000 0.064
#> GSM311712 4 0.4661 0.5335 0.004 0.004 0.284 0.708
#> GSM311713 4 0.5292 0.5799 0.208 0.064 0.000 0.728
#> GSM311714 4 0.4769 0.6545 0.000 0.308 0.008 0.684
#> GSM311716 4 0.4428 0.5437 0.004 0.000 0.276 0.720
#> GSM311717 1 0.2861 0.7657 0.892 0.012 0.004 0.092
#> GSM311718 1 0.3907 0.6285 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM311719 4 0.6326 0.5195 0.104 0.000 0.264 0.632
#> GSM311720 1 0.6547 0.4365 0.612 0.084 0.008 0.296
#> GSM311721 2 0.2255 0.8452 0.000 0.920 0.012 0.068
#> GSM311722 3 0.2329 0.8423 0.012 0.000 0.916 0.072
#> GSM311723 1 0.4776 0.3083 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM311724 2 0.2921 0.8120 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM311725 4 0.6594 0.5794 0.228 0.148 0.000 0.624
#> GSM311726 3 0.3308 0.8237 0.000 0.036 0.872 0.092
#> GSM311727 3 0.0592 0.8522 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311728 2 0.3583 0.8117 0.000 0.816 0.004 0.180
#> GSM311729 1 0.5000 -0.0658 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM311730 2 0.2760 0.8208 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM311731 2 0.2973 0.7962 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM311732 4 0.4217 0.6107 0.004 0.020 0.176 0.800
#> GSM311733 3 0.2654 0.8145 0.004 0.000 0.888 0.108
#> GSM311734 4 0.4720 0.4813 0.004 0.000 0.324 0.672
#> GSM311735 2 0.2408 0.8275 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311736 3 0.1022 0.8497 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311737 4 0.4632 0.5030 0.004 0.000 0.308 0.688
#> GSM311738 1 0.1004 0.8042 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM311739 4 0.4836 0.6349 0.000 0.320 0.008 0.672
#> GSM311740 2 0.1576 0.8465 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM311741 4 0.4814 0.6462 0.000 0.316 0.008 0.676
#> GSM311742 4 0.4769 0.6124 0.000 0.308 0.008 0.684
#> GSM311743 3 0.0592 0.8522 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311744 3 0.2593 0.8167 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM311745 4 0.5143 0.5593 0.256 0.036 0.000 0.708
#> GSM311746 4 0.4792 0.6742 0.020 0.220 0.008 0.752
#> GSM311747 4 0.4990 0.4007 0.352 0.000 0.008 0.640
#> GSM311748 3 0.3895 0.8062 0.000 0.036 0.832 0.132
#> GSM311749 1 0.1302 0.8001 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311750 2 0.1389 0.8461 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311751 3 0.1305 0.8499 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM311752 4 0.7106 0.3461 0.380 0.132 0.000 0.488
#> GSM311753 3 0.1109 0.8506 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM311754 2 0.4104 0.7986 0.000 0.832 0.080 0.088
#> GSM311755 2 0.7019 0.5775 0.004 0.596 0.184 0.216
#> GSM311756 4 0.4452 0.6732 0.000 0.260 0.008 0.732
#> GSM311757 3 0.0921 0.8506 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311758 1 0.2310 0.7839 0.920 0.008 0.004 0.068
#> GSM311759 2 0.4198 0.7805 0.004 0.768 0.004 0.224
#> GSM311760 2 0.4800 0.7653 0.044 0.760 0.000 0.196
#> GSM311668 4 0.5290 0.6413 0.132 0.104 0.004 0.760
#> GSM311715 4 0.7299 0.5355 0.224 0.240 0.000 0.536
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.6858 0.37426 0.184 0.124 0.000 0.096 0.596
#> GSM311599 3 0.5866 0.31243 0.312 0.000 0.596 0.068 0.024
#> GSM311600 1 0.5236 0.55022 0.692 0.000 0.008 0.204 0.096
#> GSM311601 3 0.3491 0.73680 0.004 0.000 0.768 0.228 0.000
#> GSM311602 1 0.0671 0.77618 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311603 1 0.5087 0.49792 0.644 0.000 0.000 0.064 0.292
#> GSM311604 2 0.1626 0.73767 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> GSM311605 3 0.0613 0.76381 0.004 0.008 0.984 0.000 0.004
#> GSM311606 2 0.1251 0.73750 0.000 0.956 0.008 0.000 0.036
#> GSM311607 3 0.2439 0.76382 0.004 0.000 0.876 0.120 0.000
#> GSM311608 3 0.2507 0.72842 0.028 0.020 0.908 0.000 0.044
#> GSM311609 4 0.3789 0.19545 0.000 0.000 0.212 0.768 0.020
#> GSM311610 4 0.4542 0.07766 0.000 0.008 0.000 0.536 0.456
#> GSM311611 3 0.3086 0.75223 0.004 0.000 0.816 0.180 0.000
#> GSM311612 3 0.2011 0.76844 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311613 3 0.4235 0.59414 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM311614 3 0.0566 0.76360 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> GSM311615 2 0.6676 0.40597 0.100 0.568 0.000 0.060 0.272
#> GSM311616 2 0.6736 -0.04519 0.000 0.412 0.000 0.276 0.312
#> GSM311617 4 0.6428 0.13418 0.000 0.176 0.000 0.440 0.384
#> GSM311618 2 0.6687 0.00198 0.000 0.432 0.000 0.304 0.264
#> GSM311619 2 0.5480 0.62656 0.000 0.616 0.000 0.096 0.288
#> GSM311620 2 0.3526 0.71685 0.000 0.832 0.000 0.072 0.096
#> GSM311621 2 0.4734 0.66316 0.000 0.732 0.000 0.108 0.160
#> GSM311622 2 0.6607 0.56924 0.028 0.592 0.140 0.008 0.232
#> GSM311623 3 0.2418 0.73098 0.024 0.020 0.912 0.000 0.044
#> GSM311624 1 0.0963 0.78292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311625 4 0.6933 0.06735 0.176 0.016 0.004 0.468 0.336
#> GSM311626 1 0.5146 0.66324 0.748 0.000 0.108 0.096 0.048
#> GSM311627 5 0.6016 0.45615 0.184 0.000 0.000 0.236 0.580
#> GSM311628 4 0.5124 -0.04611 0.000 0.000 0.288 0.644 0.068
#> GSM311629 2 0.6805 0.62708 0.000 0.588 0.080 0.116 0.216
#> GSM311630 1 0.4734 0.62642 0.732 0.000 0.000 0.108 0.160
#> GSM311631 2 0.1116 0.73969 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> GSM311632 3 0.2418 0.73098 0.024 0.020 0.912 0.000 0.044
#> GSM311633 2 0.6036 0.43831 0.000 0.580 0.000 0.208 0.212
#> GSM311634 2 0.6149 0.60715 0.040 0.640 0.076 0.008 0.236
#> GSM311635 2 0.6778 0.56370 0.028 0.580 0.148 0.012 0.232
#> GSM311636 3 0.4273 0.56502 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM311637 3 0.4597 0.67561 0.004 0.000 0.672 0.300 0.024
#> GSM311638 1 0.0880 0.78313 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM311639 2 0.5850 0.61677 0.016 0.656 0.096 0.008 0.224
#> GSM311640 1 0.0912 0.77199 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM311641 2 0.5480 0.62656 0.000 0.616 0.000 0.096 0.288
#> GSM311642 3 0.2124 0.73794 0.020 0.012 0.924 0.000 0.044
#> GSM311643 4 0.6499 0.11553 0.000 0.188 0.000 0.416 0.396
#> GSM311644 4 0.5857 -0.43128 0.000 0.000 0.444 0.460 0.096
#> GSM311645 4 0.6456 0.13131 0.052 0.032 0.016 0.516 0.384
#> GSM311646 2 0.4107 0.73630 0.028 0.836 0.024 0.048 0.064
#> GSM311647 4 0.4599 0.12311 0.000 0.000 0.272 0.688 0.040
#> GSM311648 2 0.6527 0.59024 0.036 0.604 0.112 0.008 0.240
#> GSM311649 3 0.2507 0.72842 0.028 0.020 0.908 0.000 0.044
#> GSM311650 2 0.5541 0.53826 0.000 0.648 0.000 0.164 0.188
#> GSM311651 2 0.6220 0.44271 0.000 0.524 0.000 0.168 0.308
#> GSM311652 3 0.0671 0.76214 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM311653 5 0.6729 -0.13146 0.000 0.264 0.000 0.328 0.408
#> GSM311654 2 0.7935 0.26795 0.000 0.456 0.224 0.140 0.180
#> GSM311655 4 0.5915 -0.31770 0.000 0.000 0.384 0.508 0.108
#> GSM311656 1 0.6751 0.52030 0.648 0.088 0.020 0.120 0.124
#> GSM311657 2 0.3579 0.71609 0.000 0.828 0.000 0.072 0.100
#> GSM311658 2 0.3291 0.72258 0.000 0.848 0.000 0.064 0.088
#> GSM311659 2 0.2722 0.71614 0.000 0.868 0.004 0.008 0.120
#> GSM311660 5 0.6108 0.45779 0.188 0.000 0.000 0.248 0.564
#> GSM311661 2 0.2793 0.72849 0.000 0.876 0.000 0.036 0.088
#> GSM311662 2 0.6225 0.59950 0.028 0.628 0.100 0.008 0.236
#> GSM311663 2 0.1630 0.73801 0.000 0.944 0.004 0.016 0.036
#> GSM311664 1 0.0854 0.78167 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> GSM311665 1 0.0703 0.78345 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM311666 2 0.1386 0.74095 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM311667 1 0.0963 0.78292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311669 4 0.6399 0.15233 0.000 0.176 0.000 0.464 0.360
#> GSM311670 3 0.4256 0.58062 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> GSM311671 5 0.5956 0.24174 0.108 0.000 0.000 0.416 0.476
#> GSM311672 2 0.3075 0.72288 0.000 0.860 0.000 0.048 0.092
#> GSM311673 2 0.6620 0.20273 0.000 0.456 0.000 0.288 0.256
#> GSM311674 5 0.7022 0.30204 0.288 0.000 0.024 0.212 0.476
#> GSM311675 1 0.6499 -0.05081 0.440 0.000 0.000 0.192 0.368
#> GSM311676 5 0.6370 -0.16936 0.000 0.164 0.000 0.404 0.432
#> GSM311677 5 0.5703 0.40710 0.176 0.056 0.000 0.076 0.692
#> GSM311678 2 0.3058 0.72477 0.004 0.868 0.020 0.008 0.100
#> GSM311679 3 0.1153 0.76159 0.024 0.000 0.964 0.004 0.008
#> GSM311680 2 0.0566 0.74159 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311681 4 0.5627 -0.08905 0.028 0.000 0.032 0.552 0.388
#> GSM311682 1 0.0963 0.78292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311683 3 0.4262 0.57549 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM311684 2 0.1626 0.73498 0.000 0.940 0.016 0.000 0.044
#> GSM311685 1 0.0963 0.78292 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311686 1 0.0798 0.77413 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM311687 2 0.6149 0.63008 0.140 0.676 0.020 0.028 0.136
#> GSM311688 3 0.3928 0.69931 0.004 0.000 0.700 0.296 0.000
#> GSM311689 1 0.5396 0.58285 0.704 0.020 0.000 0.160 0.116
#> GSM311690 3 0.4326 0.66108 0.032 0.016 0.820 0.056 0.076
#> GSM311691 2 0.0798 0.74245 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM311692 3 0.3416 0.73483 0.020 0.000 0.840 0.124 0.016
#> GSM311693 2 0.5849 0.61632 0.024 0.656 0.076 0.008 0.236
#> GSM311694 2 0.2719 0.73044 0.000 0.884 0.000 0.048 0.068
#> GSM311695 4 0.4819 0.18730 0.000 0.000 0.092 0.716 0.192
#> GSM311696 2 0.4113 0.69139 0.000 0.784 0.000 0.076 0.140
#> GSM311697 3 0.5988 0.41676 0.004 0.000 0.508 0.388 0.100
#> GSM311698 2 0.6241 0.60981 0.000 0.664 0.096 0.132 0.108
#> GSM311699 5 0.6557 -0.13464 0.000 0.212 0.000 0.340 0.448
#> GSM311700 5 0.6216 0.44080 0.244 0.000 0.000 0.208 0.548
#> GSM311701 2 0.4548 0.65704 0.000 0.748 0.000 0.096 0.156
#> GSM311702 2 0.0451 0.74148 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM311703 2 0.0162 0.74101 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2124 0.76722 0.004 0.000 0.900 0.096 0.000
#> GSM311705 2 0.0162 0.74101 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.6173 0.10794 0.396 0.000 0.000 0.136 0.468
#> GSM311707 1 0.5697 0.21282 0.512 0.000 0.000 0.084 0.404
#> GSM311708 2 0.5929 0.61440 0.028 0.652 0.076 0.008 0.236
#> GSM311709 2 0.5707 0.54964 0.016 0.668 0.000 0.164 0.152
#> GSM311710 4 0.5622 -0.14329 0.076 0.000 0.000 0.508 0.416
#> GSM311711 1 0.3898 0.62101 0.820 0.032 0.000 0.028 0.120
#> GSM311712 4 0.4741 0.33178 0.000 0.004 0.096 0.740 0.160
#> GSM311713 5 0.4710 0.20174 0.012 0.008 0.000 0.364 0.616
#> GSM311714 4 0.6585 0.13451 0.000 0.212 0.000 0.428 0.360
#> GSM311716 4 0.3916 0.20885 0.000 0.000 0.012 0.732 0.256
#> GSM311717 1 0.0833 0.77444 0.976 0.004 0.004 0.000 0.016
#> GSM311718 5 0.6367 0.18169 0.372 0.000 0.000 0.168 0.460
#> GSM311719 4 0.4890 0.15030 0.008 0.000 0.060 0.708 0.224
#> GSM311720 4 0.7757 -0.02656 0.344 0.036 0.012 0.372 0.236
#> GSM311721 2 0.3507 0.72989 0.000 0.844 0.104 0.036 0.016
#> GSM311722 3 0.1281 0.76964 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> GSM311723 5 0.6392 0.28836 0.332 0.000 0.000 0.184 0.484
#> GSM311724 2 0.4297 0.68272 0.008 0.796 0.104 0.004 0.088
#> GSM311725 5 0.6524 0.01412 0.032 0.112 0.000 0.312 0.544
#> GSM311726 3 0.0000 0.76655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.3086 0.75223 0.004 0.000 0.816 0.180 0.000
#> GSM311728 2 0.4357 0.73094 0.008 0.816 0.048 0.056 0.072
#> GSM311729 5 0.6225 0.45775 0.228 0.000 0.000 0.224 0.548
#> GSM311730 2 0.3944 0.68520 0.012 0.796 0.020 0.004 0.168
#> GSM311731 2 0.5874 0.50908 0.000 0.604 0.000 0.188 0.208
#> GSM311732 4 0.4722 0.21640 0.000 0.000 0.024 0.608 0.368
#> GSM311733 3 0.4268 0.57037 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM311734 4 0.3759 0.33210 0.000 0.000 0.092 0.816 0.092
#> GSM311735 2 0.2012 0.72892 0.000 0.920 0.020 0.000 0.060
#> GSM311736 3 0.4074 0.65085 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> GSM311737 4 0.3517 0.31498 0.000 0.000 0.068 0.832 0.100
#> GSM311738 1 0.3152 0.73464 0.840 0.000 0.000 0.024 0.136
#> GSM311739 4 0.6715 0.09759 0.000 0.248 0.000 0.392 0.360
#> GSM311740 2 0.3785 0.72295 0.008 0.836 0.012 0.044 0.100
#> GSM311741 4 0.6727 0.10414 0.000 0.252 0.000 0.384 0.364
#> GSM311742 5 0.6445 -0.13658 0.000 0.184 0.000 0.360 0.456
#> GSM311743 3 0.3086 0.75223 0.004 0.000 0.816 0.180 0.000
#> GSM311744 3 0.4262 0.57549 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM311745 5 0.5550 -0.05774 0.056 0.004 0.000 0.468 0.472
#> GSM311746 4 0.5433 0.11855 0.016 0.032 0.000 0.540 0.412
#> GSM311747 4 0.5546 -0.18429 0.068 0.000 0.000 0.496 0.436
#> GSM311748 3 0.1106 0.75712 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> GSM311749 1 0.4848 0.29050 0.556 0.000 0.000 0.024 0.420
#> GSM311750 2 0.3002 0.73066 0.000 0.872 0.004 0.048 0.076
#> GSM311751 3 0.0963 0.77187 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM311752 5 0.6928 0.43514 0.176 0.068 0.000 0.180 0.576
#> GSM311753 3 0.0865 0.76992 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM311754 2 0.6045 0.65327 0.000 0.676 0.152 0.084 0.088
#> GSM311755 3 0.7414 -0.05949 0.032 0.320 0.444 0.008 0.196
#> GSM311756 4 0.5737 0.08672 0.000 0.084 0.000 0.464 0.452
#> GSM311757 3 0.3906 0.70179 0.004 0.000 0.704 0.292 0.000
#> GSM311758 1 0.0510 0.77768 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311759 2 0.6479 0.59157 0.032 0.604 0.112 0.008 0.244
#> GSM311760 2 0.6149 0.60715 0.040 0.640 0.076 0.008 0.236
#> GSM311668 4 0.5234 0.03533 0.004 0.036 0.000 0.524 0.436
#> GSM311715 5 0.7681 0.16084 0.116 0.148 0.000 0.260 0.476
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.6226 0.5604 0.056 0.060 0.000 0.228 0.608 0.048
#> GSM311599 3 0.6515 0.3913 0.136 0.000 0.612 0.032 0.104 0.116
#> GSM311600 1 0.7711 0.1791 0.380 0.000 0.028 0.312 0.144 0.136
#> GSM311601 3 0.4204 -0.2116 0.000 0.000 0.540 0.008 0.004 0.448
#> GSM311602 1 0.0000 0.7996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.3816 0.5330 0.296 0.000 0.000 0.000 0.688 0.016
#> GSM311604 2 0.2612 0.6507 0.000 0.868 0.000 0.108 0.008 0.016
#> GSM311605 3 0.0767 0.6979 0.004 0.012 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM311606 2 0.1498 0.6670 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> GSM311607 3 0.2191 0.6114 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM311608 3 0.1952 0.6870 0.012 0.016 0.920 0.000 0.000 0.052
#> GSM311609 6 0.5090 0.5793 0.000 0.000 0.120 0.176 0.024 0.680
#> GSM311610 4 0.5357 0.2895 0.000 0.008 0.000 0.568 0.320 0.104
#> GSM311611 3 0.3360 0.3890 0.000 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM311612 3 0.1588 0.6572 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM311613 6 0.3881 0.6294 0.000 0.000 0.396 0.000 0.004 0.600
#> GSM311614 3 0.0976 0.6969 0.008 0.016 0.968 0.000 0.000 0.008
#> GSM311615 2 0.7309 0.0285 0.020 0.352 0.000 0.224 0.348 0.056
#> GSM311616 4 0.3886 0.5250 0.000 0.264 0.000 0.708 0.028 0.000
#> GSM311617 4 0.3489 0.6113 0.000 0.064 0.000 0.836 0.048 0.052
#> GSM311618 4 0.3998 0.5872 0.000 0.224 0.000 0.736 0.024 0.016
#> GSM311619 2 0.7042 0.3503 0.012 0.464 0.000 0.292 0.088 0.144
#> GSM311620 2 0.4419 0.5224 0.000 0.656 0.000 0.304 0.012 0.028
#> GSM311621 2 0.4231 0.3704 0.000 0.616 0.000 0.364 0.012 0.008
#> GSM311622 2 0.6978 0.5337 0.024 0.580 0.092 0.032 0.076 0.196
#> GSM311623 3 0.1901 0.6863 0.008 0.012 0.924 0.000 0.004 0.052
#> GSM311624 1 0.0713 0.8010 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311625 4 0.4906 0.5261 0.056 0.000 0.000 0.724 0.124 0.096
#> GSM311626 1 0.7692 0.4121 0.500 0.000 0.092 0.120 0.136 0.152
#> GSM311627 5 0.3024 0.7377 0.032 0.000 0.000 0.116 0.844 0.008
#> GSM311628 6 0.5033 0.6405 0.000 0.000 0.224 0.072 0.032 0.672
#> GSM311629 4 0.6945 -0.1168 0.000 0.384 0.036 0.412 0.040 0.128
#> GSM311630 1 0.5338 0.3007 0.564 0.000 0.000 0.012 0.336 0.088
#> GSM311631 2 0.2058 0.6608 0.000 0.908 0.000 0.072 0.008 0.012
#> GSM311632 3 0.1952 0.6870 0.012 0.016 0.920 0.000 0.000 0.052
#> GSM311633 4 0.5138 0.1721 0.000 0.384 0.000 0.544 0.012 0.060
#> GSM311634 2 0.6450 0.5602 0.036 0.624 0.032 0.032 0.080 0.196
#> GSM311635 2 0.7491 0.4959 0.024 0.520 0.108 0.048 0.072 0.228
#> GSM311636 6 0.3737 0.6363 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM311637 3 0.5856 -0.3119 0.000 0.000 0.432 0.148 0.008 0.412
#> GSM311638 1 0.0713 0.8010 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311639 2 0.6215 0.5714 0.012 0.632 0.040 0.052 0.056 0.208
#> GSM311640 1 0.0146 0.8008 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311641 2 0.6929 0.3557 0.008 0.472 0.000 0.292 0.088 0.140
#> GSM311642 3 0.1858 0.6888 0.012 0.012 0.924 0.000 0.000 0.052
#> GSM311643 4 0.3418 0.6118 0.000 0.068 0.000 0.840 0.048 0.044
#> GSM311644 6 0.4476 0.6486 0.000 0.000 0.308 0.000 0.052 0.640
#> GSM311645 4 0.5571 0.5220 0.016 0.012 0.008 0.664 0.160 0.140
#> GSM311646 2 0.4806 0.6133 0.016 0.712 0.004 0.204 0.012 0.052
#> GSM311647 6 0.5987 0.3477 0.000 0.000 0.160 0.328 0.016 0.496
#> GSM311648 2 0.7597 0.5028 0.032 0.508 0.064 0.072 0.076 0.248
#> GSM311649 3 0.1952 0.6870 0.012 0.016 0.920 0.000 0.000 0.052
#> GSM311650 2 0.4700 0.0505 0.000 0.488 0.000 0.476 0.008 0.028
#> GSM311651 4 0.5783 0.1724 0.000 0.360 0.000 0.524 0.052 0.064
#> GSM311652 3 0.0405 0.6958 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.3770 0.5618 0.000 0.140 0.004 0.800 0.024 0.032
#> GSM311654 4 0.7262 0.1545 0.000 0.320 0.096 0.412 0.012 0.160
#> GSM311655 6 0.4761 0.6143 0.000 0.000 0.212 0.040 0.048 0.700
#> GSM311656 1 0.8510 0.0385 0.348 0.076 0.024 0.312 0.124 0.116
#> GSM311657 2 0.4519 0.5276 0.000 0.656 0.000 0.296 0.012 0.036
#> GSM311658 2 0.4203 0.5663 0.000 0.700 0.000 0.260 0.012 0.028
#> GSM311659 2 0.3013 0.6622 0.000 0.864 0.000 0.064 0.028 0.044
#> GSM311660 5 0.2883 0.7461 0.036 0.000 0.000 0.076 0.868 0.020
#> GSM311661 2 0.2838 0.5919 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004 0.000
#> GSM311662 2 0.6449 0.5614 0.028 0.620 0.040 0.032 0.076 0.204
#> GSM311663 2 0.2555 0.6558 0.000 0.876 0.000 0.096 0.008 0.020
#> GSM311664 1 0.2737 0.7326 0.868 0.000 0.000 0.012 0.096 0.024
#> GSM311665 1 0.0713 0.8010 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311666 2 0.1663 0.6529 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0865 0.7967 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311669 4 0.3160 0.6252 0.000 0.064 0.000 0.856 0.036 0.044
#> GSM311670 6 0.3747 0.6339 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311671 5 0.4905 0.6606 0.044 0.000 0.000 0.092 0.716 0.148
#> GSM311672 2 0.3874 0.5870 0.000 0.752 0.000 0.208 0.012 0.028
#> GSM311673 4 0.3319 0.5270 0.000 0.176 0.004 0.800 0.004 0.016
#> GSM311674 5 0.4786 0.6735 0.084 0.000 0.004 0.080 0.748 0.084
#> GSM311675 5 0.5137 0.6472 0.184 0.000 0.000 0.068 0.688 0.060
#> GSM311676 4 0.4054 0.6128 0.000 0.088 0.000 0.792 0.084 0.036
#> GSM311677 5 0.5731 0.6413 0.056 0.044 0.000 0.156 0.680 0.064
#> GSM311678 2 0.3706 0.6578 0.008 0.836 0.008 0.044 0.032 0.072
#> GSM311679 3 0.3017 0.6482 0.012 0.004 0.872 0.032 0.012 0.068
#> GSM311680 2 0.1781 0.6649 0.000 0.924 0.000 0.060 0.008 0.008
#> GSM311681 5 0.3915 0.5391 0.000 0.000 0.008 0.008 0.680 0.304
#> GSM311682 1 0.0713 0.8010 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311683 6 0.3747 0.6339 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311684 2 0.2466 0.6701 0.000 0.904 0.016 0.024 0.016 0.040
#> GSM311685 1 0.0713 0.8010 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.7996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.6667 0.5716 0.132 0.616 0.008 0.056 0.056 0.132
#> GSM311688 3 0.3991 -0.3409 0.000 0.000 0.524 0.004 0.000 0.472
#> GSM311689 4 0.7609 -0.0997 0.352 0.028 0.000 0.360 0.148 0.112
#> GSM311690 3 0.4884 0.5186 0.004 0.004 0.716 0.020 0.088 0.168
#> GSM311691 2 0.1501 0.6574 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.7556 0.1572 0.020 0.016 0.464 0.180 0.080 0.240
#> GSM311693 2 0.5948 0.5743 0.016 0.656 0.028 0.032 0.076 0.192
#> GSM311694 2 0.3254 0.6200 0.000 0.804 0.000 0.172 0.008 0.016
#> GSM311695 6 0.4686 0.3691 0.000 0.000 0.008 0.056 0.288 0.648
#> GSM311696 2 0.4319 0.4991 0.000 0.648 0.000 0.320 0.008 0.024
#> GSM311697 6 0.6162 0.2946 0.000 0.000 0.352 0.252 0.004 0.392
#> GSM311698 2 0.6039 0.2081 0.000 0.512 0.076 0.356 0.004 0.052
#> GSM311699 4 0.4164 0.6168 0.000 0.116 0.000 0.780 0.068 0.036
#> GSM311700 5 0.3321 0.7399 0.072 0.000 0.000 0.088 0.832 0.008
#> GSM311701 2 0.4224 0.4388 0.000 0.640 0.000 0.336 0.008 0.016
#> GSM311702 2 0.1226 0.6683 0.000 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> GSM311703 2 0.0858 0.6680 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.1700 0.6515 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM311705 2 0.0935 0.6677 0.000 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> GSM311706 5 0.3128 0.6938 0.168 0.000 0.000 0.012 0.812 0.008
#> GSM311707 5 0.3311 0.6571 0.204 0.000 0.000 0.004 0.780 0.012
#> GSM311708 2 0.6317 0.5636 0.028 0.632 0.032 0.032 0.080 0.196
#> GSM311709 4 0.5070 0.0614 0.000 0.464 0.000 0.476 0.012 0.048
#> GSM311710 5 0.6362 0.3010 0.044 0.000 0.000 0.292 0.500 0.164
#> GSM311711 1 0.2572 0.7002 0.852 0.000 0.000 0.136 0.000 0.012
#> GSM311712 4 0.5419 0.3252 0.000 0.000 0.032 0.560 0.060 0.348
#> GSM311713 5 0.4279 0.6385 0.000 0.008 0.000 0.192 0.732 0.068
#> GSM311714 4 0.3622 0.6293 0.000 0.088 0.000 0.820 0.068 0.024
#> GSM311716 4 0.5970 0.2601 0.000 0.000 0.004 0.444 0.196 0.356
#> GSM311717 1 0.0000 0.7996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.2794 0.7144 0.144 0.000 0.000 0.012 0.840 0.004
#> GSM311719 6 0.4676 0.3289 0.000 0.000 0.008 0.048 0.312 0.632
#> GSM311720 4 0.6319 0.4717 0.112 0.012 0.004 0.624 0.120 0.128
#> GSM311721 2 0.5354 0.5418 0.000 0.668 0.092 0.196 0.004 0.040
#> GSM311722 3 0.2772 0.6491 0.000 0.000 0.876 0.020 0.036 0.068
#> GSM311723 5 0.2887 0.7330 0.104 0.000 0.000 0.032 0.856 0.008
#> GSM311724 2 0.3901 0.6378 0.008 0.812 0.040 0.004 0.028 0.108
#> GSM311725 4 0.5446 0.1842 0.004 0.056 0.000 0.560 0.352 0.028
#> GSM311726 3 0.0665 0.6939 0.008 0.004 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM311727 3 0.3360 0.3890 0.000 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM311728 2 0.5866 0.5068 0.012 0.608 0.028 0.268 0.012 0.072
#> GSM311729 5 0.3355 0.7431 0.064 0.000 0.000 0.100 0.828 0.008
#> GSM311730 2 0.4645 0.6144 0.012 0.756 0.020 0.012 0.052 0.148
#> GSM311731 4 0.4749 0.2125 0.000 0.332 0.000 0.612 0.008 0.048
#> GSM311732 4 0.4873 0.5338 0.000 0.004 0.004 0.688 0.140 0.164
#> GSM311733 6 0.3747 0.6339 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311734 4 0.6053 0.1204 0.000 0.000 0.048 0.444 0.088 0.420
#> GSM311735 2 0.1572 0.6663 0.000 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036
#> GSM311736 6 0.3989 0.4573 0.000 0.000 0.468 0.000 0.004 0.528
#> GSM311737 4 0.5794 0.2371 0.000 0.000 0.008 0.460 0.140 0.392
#> GSM311738 1 0.5208 0.4249 0.620 0.000 0.000 0.020 0.280 0.080
#> GSM311739 4 0.4179 0.6219 0.000 0.116 0.000 0.776 0.080 0.028
#> GSM311740 2 0.6029 0.3741 0.012 0.560 0.024 0.316 0.012 0.076
#> GSM311741 4 0.3815 0.6280 0.000 0.144 0.000 0.792 0.036 0.028
#> GSM311742 4 0.4191 0.6067 0.000 0.072 0.000 0.784 0.096 0.048
#> GSM311743 3 0.3383 0.3800 0.000 0.000 0.728 0.000 0.004 0.268
#> GSM311744 6 0.3737 0.6364 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM311745 4 0.4749 0.2614 0.024 0.000 0.000 0.604 0.348 0.024
#> GSM311746 4 0.4031 0.5512 0.004 0.000 0.000 0.748 0.188 0.060
#> GSM311747 5 0.5299 0.5954 0.024 0.000 0.000 0.116 0.648 0.212
#> GSM311748 3 0.1152 0.6938 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM311749 5 0.3672 0.5682 0.304 0.000 0.000 0.008 0.688 0.000
#> GSM311750 2 0.5414 0.4355 0.000 0.608 0.020 0.296 0.012 0.064
#> GSM311751 3 0.0603 0.6904 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM311752 5 0.4602 0.6851 0.036 0.024 0.000 0.184 0.736 0.020
#> GSM311753 3 0.0777 0.6881 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> GSM311754 2 0.6219 0.2713 0.000 0.520 0.084 0.332 0.008 0.056
#> GSM311755 3 0.6305 0.3129 0.012 0.204 0.548 0.008 0.012 0.216
#> GSM311756 4 0.3674 0.6100 0.000 0.044 0.000 0.804 0.132 0.020
#> GSM311757 3 0.3847 -0.2864 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM311758 1 0.0146 0.8008 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311759 2 0.7545 0.5061 0.028 0.508 0.060 0.072 0.080 0.252
#> GSM311760 2 0.6555 0.5551 0.028 0.612 0.044 0.032 0.080 0.204
#> GSM311668 4 0.5332 0.2130 0.000 0.012 0.000 0.596 0.288 0.104
#> GSM311715 5 0.6034 0.1597 0.008 0.052 0.004 0.440 0.448 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:kmeans 155 0.5642 2
#> CV:kmeans 154 0.3068 3
#> CV:kmeans 143 0.0333 4
#> CV:kmeans 101 NA 5
#> CV:kmeans 113 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.521 0.651 0.826 0.4985 0.498 0.498
#> 3 3 0.734 0.802 0.916 0.3315 0.653 0.412
#> 4 4 0.755 0.840 0.902 0.1240 0.846 0.585
#> 5 5 0.688 0.645 0.790 0.0596 0.930 0.740
#> 6 6 0.696 0.596 0.741 0.0477 0.904 0.610
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311599 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311600 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311601 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311602 2 0.9732 0.798 0.404 0.596
#> GSM311603 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311604 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311605 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311606 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311607 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311608 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311609 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311610 1 0.4161 0.631 0.916 0.084
#> GSM311611 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311612 2 0.4022 0.398 0.080 0.920
#> GSM311613 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311614 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311615 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311616 1 0.9963 -0.606 0.536 0.464
#> GSM311617 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311618 2 0.9710 0.801 0.400 0.600
#> GSM311619 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311620 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311621 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311622 2 0.9323 0.782 0.348 0.652
#> GSM311623 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311624 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0938 0.612 0.988 0.012
#> GSM311626 1 0.9775 0.702 0.588 0.412
#> GSM311627 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311629 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311630 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311631 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311632 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311633 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311634 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311635 2 0.6973 0.662 0.188 0.812
#> GSM311636 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311637 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311638 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311639 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311640 2 0.5519 0.299 0.128 0.872
#> GSM311641 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311642 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311643 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311644 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311645 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311646 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311647 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311648 2 0.9580 0.802 0.380 0.620
#> GSM311649 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311650 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311651 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311652 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311653 1 0.5408 0.400 0.876 0.124
#> GSM311654 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311655 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311656 1 0.9833 -0.540 0.576 0.424
#> GSM311657 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311658 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311659 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311660 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311661 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311662 2 0.9635 0.807 0.388 0.612
#> GSM311663 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311664 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311665 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311667 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311670 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311671 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311672 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311673 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311674 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311675 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311676 1 0.2043 0.569 0.968 0.032
#> GSM311677 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311678 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311679 2 0.2236 0.473 0.036 0.964
#> GSM311680 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311681 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311682 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311684 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311685 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311687 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311688 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311689 1 0.0376 0.604 0.996 0.004
#> GSM311690 2 0.3274 0.434 0.060 0.940
#> GSM311691 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311692 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311693 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311694 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311695 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311696 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311697 2 0.9323 -0.347 0.348 0.652
#> GSM311698 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311699 1 0.2603 0.551 0.956 0.044
#> GSM311700 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311702 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311703 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311704 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311705 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311706 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311709 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311710 1 0.9635 0.718 0.612 0.388
#> GSM311711 2 0.9998 0.681 0.492 0.508
#> GSM311712 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311713 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311714 1 0.2236 0.563 0.964 0.036
#> GSM311716 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311717 2 0.9775 0.793 0.412 0.588
#> GSM311718 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311720 1 0.9286 0.706 0.656 0.344
#> GSM311721 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311723 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.9491 0.795 0.368 0.632
#> GSM311725 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311726 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311727 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311728 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311729 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311731 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311732 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311733 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311734 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311735 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311736 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311737 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311738 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311739 1 0.6973 0.232 0.812 0.188
#> GSM311740 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311741 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311742 1 0.2948 0.539 0.948 0.052
#> GSM311743 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311744 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311745 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311746 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311747 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311748 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311749 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311751 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311752 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311753 2 0.0672 0.512 0.008 0.992
#> GSM311754 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.519 0.000 1.000
#> GSM311756 1 0.0672 0.601 0.992 0.008
#> GSM311757 1 0.9661 0.719 0.608 0.392
#> GSM311758 1 0.9988 -0.652 0.520 0.480
#> GSM311759 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311760 2 0.9661 0.809 0.392 0.608
#> GSM311668 1 0.0000 0.607 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.7219 0.193 0.800 0.200
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.4555 0.735 0.800 0.200 0.000
#> GSM311599 3 0.2711 0.846 0.088 0.000 0.912
#> GSM311600 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.5882 0.451 0.652 0.348 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311606 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311609 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311610 1 0.4733 0.738 0.800 0.196 0.004
#> GSM311611 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311615 2 0.0424 0.912 0.008 0.992 0.000
#> GSM311616 2 0.0424 0.912 0.008 0.992 0.000
#> GSM311617 1 0.6148 0.483 0.640 0.356 0.004
#> GSM311618 2 0.1129 0.900 0.020 0.976 0.004
#> GSM311619 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311624 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311626 1 0.5882 0.419 0.652 0.000 0.348
#> GSM311627 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311629 2 0.4796 0.678 0.000 0.780 0.220
#> GSM311630 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311633 2 0.0237 0.915 0.000 0.996 0.004
#> GSM311634 2 0.0747 0.906 0.016 0.984 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.5882 0.419 0.652 0.000 0.348
#> GSM311641 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311643 2 0.6264 0.325 0.380 0.616 0.004
#> GSM311644 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311646 2 0.3482 0.794 0.128 0.872 0.000
#> GSM311647 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311648 2 0.4504 0.705 0.196 0.804 0.000
#> GSM311649 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311650 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311653 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311654 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311655 3 0.2165 0.870 0.064 0.000 0.936
#> GSM311656 1 0.7084 0.496 0.652 0.304 0.044
#> GSM311657 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.5882 0.419 0.652 0.000 0.348
#> GSM311665 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 1 0.6148 0.483 0.640 0.356 0.004
#> GSM311670 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311672 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311674 1 0.0592 0.845 0.988 0.000 0.012
#> GSM311675 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311677 1 0.4555 0.735 0.800 0.200 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0237 0.919 0.004 0.000 0.996
#> GSM311680 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.4605 0.666 0.796 0.000 0.204
#> GSM311682 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.5882 0.451 0.652 0.348 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0237 0.919 0.004 0.000 0.996
#> GSM311691 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0237 0.919 0.004 0.000 0.996
#> GSM311693 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.5948 0.479 0.360 0.000 0.640
#> GSM311696 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.6111 0.317 0.000 0.604 0.396
#> GSM311699 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311700 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.2625 0.843 0.084 0.916 0.000
#> GSM311710 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311711 1 0.5431 0.568 0.716 0.284 0.000
#> GSM311712 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311713 1 0.4682 0.742 0.804 0.192 0.004
#> GSM311714 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311716 1 0.6095 0.276 0.608 0.000 0.392
#> GSM311717 1 0.5882 0.451 0.652 0.348 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.3686 0.743 0.860 0.000 0.140
#> GSM311720 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311721 2 0.4555 0.706 0.000 0.800 0.200
#> GSM311722 3 0.0237 0.919 0.004 0.000 0.996
#> GSM311723 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4555 0.735 0.800 0.200 0.000
#> GSM311726 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311727 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.1163 0.895 0.028 0.972 0.000
#> GSM311732 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311733 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.5882 0.503 0.348 0.000 0.652
#> GSM311735 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.5926 0.487 0.356 0.000 0.644
#> GSM311738 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311740 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311741 1 0.4883 0.725 0.788 0.208 0.004
#> GSM311742 2 0.6104 0.406 0.348 0.648 0.004
#> GSM311743 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0661 0.848 0.988 0.008 0.004
#> GSM311746 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311747 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> GSM311748 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311749 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311752 1 0.4504 0.739 0.804 0.196 0.000
#> GSM311753 3 0.0237 0.920 0.000 0.004 0.996
#> GSM311754 2 0.5216 0.614 0.000 0.740 0.260
#> GSM311755 3 0.2625 0.843 0.000 0.084 0.916
#> GSM311756 1 0.4784 0.734 0.796 0.200 0.004
#> GSM311757 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.5810 0.475 0.664 0.336 0.000
#> GSM311759 2 0.0424 0.912 0.008 0.992 0.000
#> GSM311760 2 0.0747 0.906 0.016 0.984 0.000
#> GSM311668 1 0.3425 0.802 0.884 0.112 0.004
#> GSM311715 1 0.5327 0.641 0.728 0.272 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.6754 0.4116 0.612 0.184 0.000 0.204
#> GSM311599 1 0.2814 0.7810 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0336 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311605 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.1118 0.8936 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311607 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 4 0.3688 0.7479 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311610 4 0.0000 0.7686 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 2 0.4327 0.6650 0.216 0.768 0.000 0.016
#> GSM311616 4 0.3486 0.7645 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM311617 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311618 4 0.3123 0.7760 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM311619 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311620 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311621 2 0.3486 0.8584 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM311622 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311623 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.4955 0.0520 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM311626 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311627 4 0.3266 0.7433 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311628 4 0.4855 0.4469 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311629 2 0.4949 0.8214 0.000 0.760 0.060 0.180
#> GSM311630 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0188 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311632 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311634 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311635 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311636 3 0.0188 0.9847 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311637 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311640 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311642 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311644 3 0.0188 0.9847 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311645 1 0.3172 0.7638 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311646 2 0.0336 0.8901 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.4855 0.4469 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311648 2 0.4224 0.8485 0.044 0.812 0.000 0.144
#> GSM311649 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311651 2 0.3688 0.8514 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311652 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311654 3 0.2081 0.8824 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM311655 3 0.0469 0.9763 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311656 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311658 2 0.0469 0.8875 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311659 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311660 4 0.4866 0.4077 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311661 2 0.2704 0.8776 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM311662 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311663 2 0.0188 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311664 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311667 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311669 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311670 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.3688 0.7175 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311672 2 0.0336 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311673 2 0.4585 0.3841 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM311674 1 0.1211 0.8989 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311675 1 0.2647 0.8142 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM311676 4 0.0188 0.7701 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311677 4 0.4981 -0.0386 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM311678 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311681 4 0.3831 0.7507 0.004 0.000 0.204 0.792
#> GSM311682 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311685 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311691 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311692 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311694 2 0.0336 0.8886 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311695 4 0.3688 0.7479 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311696 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311697 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.4843 0.4101 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM311699 4 0.0000 0.7686 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 4 0.4866 0.4124 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311701 2 0.0592 0.8861 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311702 2 0.2408 0.8830 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311703 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311704 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.1211 0.8935 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311706 1 0.0188 0.9363 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311707 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311709 2 0.3768 0.7653 0.184 0.808 0.000 0.008
#> GSM311710 4 0.3688 0.7175 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311711 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.3610 0.7536 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM311713 4 0.0000 0.7686 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311714 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311716 4 0.3688 0.7479 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311717 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.1716 0.8809 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311719 4 0.4656 0.7654 0.072 0.000 0.136 0.792
#> GSM311720 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311721 2 0.3172 0.7905 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM311722 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.3764 0.6659 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM311724 2 0.1118 0.8936 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311725 4 0.3626 0.7740 0.004 0.184 0.000 0.812
#> GSM311726 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311729 4 0.4916 0.3808 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM311730 2 0.1474 0.8922 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311731 2 0.4095 0.7371 0.172 0.804 0.000 0.024
#> GSM311732 4 0.3569 0.7549 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM311733 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 4 0.3726 0.7442 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311735 2 0.1118 0.8936 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311736 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.3688 0.7479 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311738 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.1716 0.7831 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM311740 2 0.0376 0.8890 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311741 4 0.2704 0.7831 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM311742 4 0.0000 0.7686 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.3219 0.7460 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM311746 4 0.3266 0.7445 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311747 4 0.3688 0.7175 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311748 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.9363 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 2 0.0188 0.8892 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311751 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.6984 0.5686 0.236 0.184 0.000 0.580
#> GSM311753 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4585 0.5500 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311755 3 0.5212 0.6613 0.000 0.192 0.740 0.068
#> GSM311756 4 0.1211 0.7797 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM311757 3 0.0000 0.9884 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.9389 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311760 2 0.3444 0.8565 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311668 4 0.3444 0.7749 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311715 4 0.7190 0.5225 0.260 0.192 0.000 0.548
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.7119 0.36854 0.128 0.052 0.000 0.380 0.440
#> GSM311599 1 0.3521 0.55298 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> GSM311600 1 0.0162 0.84409 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311601 3 0.1792 0.86749 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311602 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311603 1 0.4138 0.17623 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM311604 2 0.1965 0.79743 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311605 3 0.0290 0.87861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311606 2 0.0290 0.81763 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311607 3 0.0162 0.87964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311608 3 0.0794 0.87158 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311609 4 0.6613 0.25015 0.000 0.000 0.228 0.440 0.332
#> GSM311610 4 0.3662 0.54394 0.000 0.004 0.000 0.744 0.252
#> GSM311611 3 0.1341 0.87502 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311612 3 0.0000 0.87950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.3635 0.77401 0.000 0.000 0.748 0.004 0.248
#> GSM311614 3 0.0290 0.87861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311615 2 0.7924 -0.00424 0.076 0.368 0.000 0.272 0.284
#> GSM311616 4 0.4428 0.54472 0.000 0.268 0.000 0.700 0.032
#> GSM311617 4 0.1341 0.62392 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311618 4 0.4197 0.58264 0.000 0.244 0.000 0.728 0.028
#> GSM311619 2 0.4599 0.76592 0.000 0.744 0.000 0.100 0.156
#> GSM311620 2 0.3305 0.74473 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM311621 2 0.3409 0.78230 0.000 0.824 0.000 0.144 0.032
#> GSM311622 2 0.5612 0.72434 0.000 0.700 0.084 0.048 0.168
#> GSM311623 3 0.0794 0.87158 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311624 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.4420 0.14788 0.548 0.000 0.000 0.448 0.004
#> GSM311626 1 0.0290 0.84436 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311627 5 0.5672 0.45298 0.104 0.000 0.000 0.312 0.584
#> GSM311628 5 0.6314 0.12109 0.000 0.000 0.304 0.184 0.512
#> GSM311629 2 0.6239 0.68209 0.000 0.644 0.140 0.048 0.168
#> GSM311630 1 0.2377 0.70557 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM311631 2 0.1043 0.81312 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311632 3 0.0703 0.87350 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311633 2 0.4306 0.55899 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> GSM311634 2 0.3953 0.77230 0.000 0.784 0.000 0.048 0.168
#> GSM311635 2 0.6038 0.69338 0.000 0.664 0.120 0.048 0.168
#> GSM311636 3 0.3689 0.76627 0.000 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM311637 3 0.3143 0.81141 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM311638 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.3914 0.77371 0.000 0.788 0.000 0.048 0.164
#> GSM311640 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311641 2 0.4665 0.76226 0.000 0.740 0.000 0.112 0.148
#> GSM311642 3 0.0703 0.87350 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311643 4 0.1341 0.62392 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311644 5 0.4415 -0.16019 0.000 0.000 0.444 0.004 0.552
#> GSM311645 5 0.5557 0.14233 0.460 0.000 0.000 0.068 0.472
#> GSM311646 2 0.5556 0.76803 0.072 0.720 0.000 0.120 0.088
#> GSM311647 4 0.6642 0.25181 0.000 0.000 0.308 0.444 0.248
#> GSM311648 2 0.5310 0.76172 0.052 0.732 0.008 0.044 0.164
#> GSM311649 3 0.0794 0.87158 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311650 2 0.3774 0.61389 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM311651 2 0.5717 0.51792 0.000 0.572 0.000 0.324 0.104
#> GSM311652 3 0.0290 0.87861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311653 4 0.3201 0.57877 0.000 0.096 0.000 0.852 0.052
#> GSM311654 3 0.5451 0.72642 0.000 0.104 0.700 0.024 0.172
#> GSM311655 5 0.4321 0.00100 0.000 0.000 0.396 0.004 0.600
#> GSM311656 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311657 2 0.3274 0.74795 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM311658 2 0.3242 0.75097 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM311659 2 0.2962 0.79886 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084
#> GSM311660 5 0.5841 0.50155 0.148 0.000 0.000 0.256 0.596
#> GSM311661 2 0.0703 0.81534 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311662 2 0.4230 0.76935 0.000 0.776 0.008 0.048 0.168
#> GSM311663 2 0.1671 0.80572 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311667 1 0.0290 0.84124 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311669 4 0.2438 0.62475 0.000 0.060 0.000 0.900 0.040
#> GSM311670 3 0.3635 0.77401 0.000 0.000 0.748 0.004 0.248
#> GSM311671 5 0.6043 0.46911 0.176 0.000 0.000 0.252 0.572
#> GSM311672 2 0.2516 0.77507 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM311673 4 0.3561 0.48322 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM311674 5 0.5902 0.36854 0.376 0.000 0.056 0.024 0.544
#> GSM311675 1 0.5028 0.01284 0.564 0.000 0.000 0.036 0.400
#> GSM311676 4 0.3281 0.61583 0.000 0.060 0.000 0.848 0.092
#> GSM311677 5 0.6678 0.39087 0.120 0.040 0.000 0.296 0.544
#> GSM311678 2 0.1830 0.81748 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> GSM311679 3 0.0162 0.87954 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311680 2 0.0510 0.81649 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311681 5 0.4325 0.42171 0.004 0.000 0.116 0.100 0.780
#> GSM311682 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.3689 0.76627 0.000 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM311684 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 2 0.5405 0.77436 0.064 0.732 0.000 0.104 0.100
#> GSM311688 3 0.3039 0.81824 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311689 1 0.0000 0.84580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.1608 0.83997 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311691 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311692 3 0.1478 0.87371 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM311693 2 0.3914 0.77371 0.000 0.788 0.000 0.048 0.164
#> GSM311694 2 0.2471 0.77761 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM311695 5 0.5046 0.33826 0.000 0.000 0.140 0.156 0.704
#> GSM311696 2 0.3661 0.69991 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311697 3 0.3300 0.80972 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> GSM311698 2 0.4317 0.56863 0.000 0.668 0.320 0.004 0.008
#> GSM311699 4 0.3184 0.60406 0.000 0.048 0.000 0.852 0.100
#> GSM311700 5 0.6009 0.51373 0.180 0.000 0.000 0.240 0.580
#> GSM311701 2 0.3242 0.71925 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM311702 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311703 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311704 3 0.0162 0.87964 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311705 2 0.0162 0.81701 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.5114 0.20250 0.472 0.000 0.000 0.036 0.492
#> GSM311707 1 0.4331 0.12454 0.596 0.000 0.000 0.004 0.400
#> GSM311708 2 0.4109 0.77083 0.000 0.780 0.004 0.048 0.168
#> GSM311709 2 0.5229 0.48605 0.324 0.612 0.000 0.064 0.000
#> GSM311710 4 0.6218 0.06935 0.148 0.000 0.000 0.488 0.364
#> GSM311711 1 0.0404 0.83832 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311712 4 0.6016 0.40296 0.000 0.000 0.184 0.580 0.236
#> GSM311713 5 0.4375 0.29010 0.004 0.004 0.000 0.364 0.628
#> GSM311714 4 0.3033 0.63842 0.000 0.084 0.000 0.864 0.052
#> GSM311716 5 0.4693 0.31827 0.000 0.000 0.080 0.196 0.724
#> GSM311717 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311718 5 0.5632 0.37927 0.392 0.000 0.000 0.080 0.528
#> GSM311719 5 0.5310 0.39206 0.032 0.000 0.104 0.140 0.724
#> GSM311720 1 0.1211 0.81157 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM311721 2 0.3937 0.65058 0.000 0.736 0.252 0.004 0.008
#> GSM311722 3 0.0898 0.86863 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM311723 5 0.5779 0.36175 0.400 0.000 0.000 0.092 0.508
#> GSM311724 2 0.1357 0.81681 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM311725 4 0.3420 0.54198 0.004 0.036 0.000 0.836 0.124
#> GSM311726 3 0.0290 0.87861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311727 3 0.1341 0.87502 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311728 2 0.3875 0.79111 0.000 0.808 0.008 0.140 0.044
#> GSM311729 5 0.6044 0.51585 0.188 0.000 0.000 0.236 0.576
#> GSM311730 2 0.2249 0.80696 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> GSM311731 1 0.6826 -0.12703 0.336 0.332 0.000 0.332 0.000
#> GSM311732 4 0.6273 0.34356 0.000 0.000 0.164 0.500 0.336
#> GSM311733 3 0.3689 0.76627 0.000 0.000 0.740 0.004 0.256
#> GSM311734 4 0.6476 0.30982 0.000 0.000 0.208 0.480 0.312
#> GSM311735 2 0.0510 0.81772 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311736 3 0.3210 0.80602 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311737 4 0.6352 0.33549 0.000 0.000 0.188 0.504 0.308
#> GSM311738 1 0.0510 0.83811 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311739 4 0.3565 0.62996 0.000 0.144 0.000 0.816 0.040
#> GSM311740 2 0.2707 0.80856 0.000 0.888 0.008 0.080 0.024
#> GSM311741 4 0.3693 0.62875 0.004 0.156 0.000 0.808 0.032
#> GSM311742 4 0.3216 0.60055 0.000 0.044 0.000 0.848 0.108
#> GSM311743 3 0.1341 0.87502 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311744 3 0.3635 0.77401 0.000 0.000 0.748 0.004 0.248
#> GSM311745 4 0.3764 0.55469 0.044 0.000 0.000 0.800 0.156
#> GSM311746 4 0.3488 0.56874 0.024 0.000 0.000 0.808 0.168
#> GSM311747 5 0.5493 0.41509 0.112 0.000 0.000 0.256 0.632
#> GSM311748 3 0.0510 0.87641 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311749 5 0.5177 0.20506 0.472 0.000 0.000 0.040 0.488
#> GSM311750 2 0.1892 0.80584 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM311751 3 0.0290 0.87861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311752 5 0.6187 0.39523 0.096 0.012 0.000 0.412 0.480
#> GSM311753 3 0.0000 0.87950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4253 0.55716 0.000 0.660 0.332 0.004 0.004
#> GSM311755 3 0.6436 0.33874 0.000 0.236 0.588 0.028 0.148
#> GSM311756 4 0.5458 -0.09854 0.000 0.060 0.000 0.476 0.464
#> GSM311757 3 0.2891 0.82652 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311758 1 0.0162 0.84549 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311759 2 0.5006 0.75202 0.000 0.740 0.044 0.048 0.168
#> GSM311760 2 0.3953 0.77230 0.000 0.784 0.000 0.048 0.168
#> GSM311668 4 0.3086 0.54410 0.000 0.004 0.000 0.816 0.180
#> GSM311715 5 0.6494 0.34960 0.088 0.032 0.000 0.416 0.464
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.2918 0.6154 0.000 0.020 0.000 0.032 0.864 0.084
#> GSM311599 1 0.4329 0.2769 0.576 0.000 0.404 0.000 0.008 0.012
#> GSM311600 1 0.0622 0.8854 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM311601 3 0.3817 0.1157 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311602 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3989 -0.0765 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> GSM311604 2 0.2159 0.6314 0.000 0.904 0.000 0.072 0.012 0.012
#> GSM311605 3 0.0935 0.8318 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM311606 2 0.0865 0.6636 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.2378 0.7708 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM311608 3 0.0858 0.8076 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.2527 0.7107 0.000 0.000 0.084 0.032 0.004 0.880
#> GSM311610 4 0.5346 0.4596 0.000 0.000 0.000 0.548 0.324 0.128
#> GSM311611 3 0.3076 0.6616 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311612 3 0.1957 0.8041 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311613 6 0.3076 0.7069 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM311614 3 0.0935 0.8318 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM311615 5 0.4974 0.4684 0.000 0.104 0.000 0.084 0.724 0.088
#> GSM311616 4 0.5404 0.4445 0.000 0.384 0.000 0.524 0.076 0.016
#> GSM311617 4 0.5850 0.6179 0.000 0.032 0.000 0.592 0.200 0.176
#> GSM311618 4 0.5622 0.5882 0.000 0.284 0.000 0.592 0.044 0.080
#> GSM311619 4 0.3684 -0.1867 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.5338 0.5124 0.000 0.688 0.000 0.136 0.088 0.088
#> GSM311621 2 0.4009 0.4429 0.000 0.684 0.000 0.288 0.028 0.000
#> GSM311622 2 0.6053 0.4340 0.000 0.424 0.216 0.356 0.000 0.004
#> GSM311623 3 0.0858 0.8076 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.4958 0.2330 0.560 0.000 0.000 0.364 0.000 0.076
#> GSM311626 1 0.0363 0.8888 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311627 5 0.1605 0.6788 0.016 0.000 0.000 0.012 0.940 0.032
#> GSM311628 6 0.2450 0.7239 0.000 0.000 0.116 0.000 0.016 0.868
#> GSM311629 2 0.6377 0.4495 0.000 0.456 0.224 0.300 0.016 0.004
#> GSM311630 1 0.1225 0.8607 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> GSM311631 2 0.0909 0.6593 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM311632 3 0.0858 0.8076 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.5273 0.1039 0.000 0.552 0.000 0.364 0.016 0.068
#> GSM311634 2 0.5449 0.5037 0.000 0.504 0.128 0.368 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.6082 0.4277 0.000 0.416 0.224 0.356 0.000 0.004
#> GSM311636 6 0.2969 0.7180 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311637 6 0.3647 0.5518 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM311638 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.5279 0.5241 0.000 0.544 0.096 0.356 0.000 0.004
#> GSM311640 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 4 0.3647 -0.1539 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0692 0.8123 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.5694 0.6214 0.000 0.028 0.000 0.608 0.204 0.160
#> GSM311644 6 0.3156 0.7239 0.000 0.000 0.180 0.000 0.020 0.800
#> GSM311645 1 0.6234 0.2072 0.496 0.000 0.000 0.028 0.180 0.296
#> GSM311646 2 0.7381 0.5472 0.036 0.560 0.064 0.192 0.076 0.072
#> GSM311647 6 0.4459 0.6599 0.000 0.000 0.132 0.156 0.000 0.712
#> GSM311648 2 0.5992 0.4860 0.016 0.476 0.152 0.356 0.000 0.000
#> GSM311649 3 0.0858 0.8076 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.4231 0.1836 0.000 0.616 0.000 0.364 0.012 0.008
#> GSM311651 4 0.5936 0.1881 0.000 0.372 0.000 0.464 0.152 0.012
#> GSM311652 3 0.0790 0.8320 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311653 4 0.5895 0.5890 0.000 0.056 0.000 0.592 0.244 0.108
#> GSM311654 6 0.6782 0.3071 0.000 0.172 0.284 0.044 0.016 0.484
#> GSM311655 6 0.3424 0.7234 0.000 0.000 0.168 0.004 0.032 0.796
#> GSM311656 1 0.0508 0.8856 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM311657 2 0.5408 0.5122 0.000 0.680 0.000 0.144 0.088 0.088
#> GSM311658 2 0.5408 0.5122 0.000 0.680 0.000 0.144 0.088 0.088
#> GSM311659 2 0.3248 0.6204 0.000 0.768 0.000 0.224 0.004 0.004
#> GSM311660 5 0.2013 0.6793 0.008 0.000 0.000 0.008 0.908 0.076
#> GSM311661 2 0.2442 0.5720 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004 0.000
#> GSM311662 2 0.5565 0.4919 0.000 0.488 0.144 0.368 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0922 0.6574 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> GSM311664 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311665 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1204 0.6426 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0632 0.8771 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311669 4 0.6092 0.5916 0.000 0.036 0.000 0.552 0.168 0.244
#> GSM311670 6 0.3023 0.7134 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM311671 5 0.5134 0.6521 0.156 0.000 0.000 0.012 0.660 0.172
#> GSM311672 2 0.2964 0.5838 0.000 0.836 0.000 0.140 0.012 0.012
#> GSM311673 4 0.5960 0.5631 0.000 0.208 0.000 0.608 0.088 0.096
#> GSM311674 5 0.5041 0.6722 0.128 0.000 0.048 0.000 0.708 0.116
#> GSM311675 5 0.4543 0.4230 0.380 0.000 0.000 0.004 0.584 0.032
#> GSM311676 4 0.4842 0.6199 0.000 0.012 0.000 0.688 0.192 0.108
#> GSM311677 5 0.2300 0.6252 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM311678 2 0.2585 0.6584 0.000 0.880 0.048 0.068 0.000 0.004
#> GSM311679 3 0.1141 0.8313 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311680 2 0.1367 0.6529 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> GSM311681 5 0.4170 0.5073 0.000 0.000 0.032 0.000 0.660 0.308
#> GSM311682 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 6 0.2996 0.7163 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM311684 2 0.0603 0.6636 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.7199 0.5480 0.048 0.568 0.064 0.208 0.068 0.044
#> GSM311688 6 0.3756 0.4664 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311689 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.1931 0.7574 0.000 0.004 0.916 0.068 0.004 0.008
#> GSM311691 2 0.0713 0.6547 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3766 0.5189 0.000 0.000 0.684 0.012 0.000 0.304
#> GSM311693 2 0.5195 0.5216 0.000 0.540 0.100 0.360 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.2841 0.5901 0.000 0.848 0.000 0.128 0.012 0.012
#> GSM311695 6 0.2901 0.6514 0.000 0.000 0.032 0.000 0.128 0.840
#> GSM311696 2 0.6293 0.1844 0.000 0.524 0.000 0.300 0.088 0.088
#> GSM311697 6 0.3659 0.5444 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311698 2 0.4044 0.5300 0.000 0.704 0.256 0.040 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.4730 0.6293 0.000 0.032 0.000 0.716 0.180 0.072
#> GSM311700 5 0.2043 0.6904 0.064 0.000 0.000 0.012 0.912 0.012
#> GSM311701 2 0.3938 0.3176 0.000 0.672 0.000 0.312 0.012 0.004
#> GSM311702 2 0.0146 0.6599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0146 0.6610 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2135 0.7917 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311705 2 0.0146 0.6599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.3189 0.6463 0.236 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004
#> GSM311707 5 0.3714 0.5085 0.340 0.000 0.000 0.000 0.656 0.004
#> GSM311708 2 0.5449 0.5037 0.000 0.504 0.128 0.368 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.5088 0.3458 0.200 0.632 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311710 5 0.7413 0.2029 0.124 0.000 0.000 0.260 0.352 0.264
#> GSM311711 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 6 0.5117 0.2316 0.000 0.000 0.072 0.352 0.008 0.568
#> GSM311713 5 0.3112 0.6291 0.000 0.000 0.000 0.096 0.836 0.068
#> GSM311714 4 0.6047 0.6428 0.000 0.060 0.000 0.588 0.216 0.136
#> GSM311716 6 0.3728 0.5478 0.000 0.000 0.004 0.044 0.180 0.772
#> GSM311717 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.3230 0.6672 0.212 0.000 0.000 0.000 0.776 0.012
#> GSM311719 6 0.3453 0.5870 0.004 0.000 0.028 0.000 0.180 0.788
#> GSM311720 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311721 2 0.3615 0.5264 0.000 0.700 0.292 0.008 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.2875 0.7964 0.000 0.000 0.852 0.000 0.052 0.096
#> GSM311723 5 0.3230 0.6672 0.212 0.000 0.000 0.000 0.776 0.012
#> GSM311724 2 0.3123 0.6458 0.000 0.836 0.088 0.076 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4358 0.3857 0.000 0.000 0.000 0.184 0.716 0.100
#> GSM311726 3 0.1141 0.8310 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311727 3 0.3076 0.6616 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311728 2 0.7150 0.5316 0.000 0.564 0.132 0.128 0.088 0.088
#> GSM311729 5 0.2136 0.6908 0.064 0.000 0.000 0.012 0.908 0.016
#> GSM311730 2 0.4095 0.6070 0.000 0.728 0.064 0.208 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.8053 0.2194 0.156 0.312 0.000 0.360 0.088 0.084
#> GSM311732 6 0.4867 0.5267 0.000 0.000 0.064 0.204 0.036 0.696
#> GSM311733 6 0.2969 0.7180 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311734 6 0.4131 0.6214 0.000 0.000 0.088 0.156 0.004 0.752
#> GSM311735 2 0.2106 0.6612 0.000 0.904 0.032 0.064 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.3563 0.5931 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311737 6 0.4968 0.4456 0.000 0.000 0.068 0.260 0.020 0.652
#> GSM311738 1 0.2053 0.7884 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000
#> GSM311739 4 0.6148 0.6447 0.000 0.132 0.000 0.600 0.172 0.096
#> GSM311740 2 0.4766 0.6259 0.000 0.760 0.080 0.096 0.024 0.040
#> GSM311741 4 0.6224 0.6375 0.000 0.152 0.000 0.588 0.172 0.088
#> GSM311742 4 0.4604 0.6193 0.000 0.016 0.000 0.716 0.184 0.084
#> GSM311743 3 0.3076 0.6616 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311744 6 0.2996 0.7163 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM311745 4 0.5697 0.4034 0.012 0.000 0.000 0.456 0.420 0.112
#> GSM311746 4 0.5837 0.5215 0.016 0.000 0.000 0.528 0.312 0.144
#> GSM311747 5 0.4800 0.4835 0.032 0.000 0.000 0.016 0.580 0.372
#> GSM311748 3 0.0767 0.8200 0.000 0.004 0.976 0.012 0.000 0.008
#> GSM311749 5 0.3512 0.6389 0.248 0.000 0.000 0.008 0.740 0.004
#> GSM311750 2 0.2001 0.6515 0.000 0.920 0.000 0.044 0.016 0.020
#> GSM311751 3 0.1327 0.8277 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311752 5 0.2006 0.6379 0.000 0.000 0.000 0.016 0.904 0.080
#> GSM311753 3 0.1814 0.8113 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311754 2 0.4153 0.4482 0.000 0.636 0.340 0.024 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.4296 0.5022 0.000 0.052 0.700 0.244 0.000 0.004
#> GSM311756 5 0.5176 -0.0647 0.000 0.040 0.000 0.388 0.544 0.028
#> GSM311757 6 0.3810 0.3903 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM311758 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5927 0.4603 0.000 0.444 0.184 0.368 0.000 0.004
#> GSM311760 2 0.5195 0.5216 0.000 0.540 0.100 0.360 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.5878 -0.2534 0.000 0.000 0.000 0.356 0.440 0.204
#> GSM311715 5 0.2373 0.6269 0.000 0.004 0.000 0.024 0.888 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:skmeans 152 1.0000 2
#> CV:skmeans 142 0.0968 3
#> CV:skmeans 153 0.0690 4
#> CV:skmeans 125 0.1709 5
#> CV:skmeans 126 0.2637 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.183 0.653 0.774 0.4725 0.535 0.535
#> 3 3 0.576 0.729 0.879 0.3888 0.646 0.421
#> 4 4 0.605 0.573 0.791 0.1164 0.864 0.628
#> 5 5 0.618 0.544 0.717 0.0506 0.852 0.539
#> 6 6 0.677 0.429 0.694 0.0509 0.920 0.691
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.5178 0.498 0.884 0.116
#> GSM311599 1 0.8909 0.664 0.692 0.308
#> GSM311600 1 0.1414 0.669 0.980 0.020
#> GSM311601 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311602 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.5178 0.765 0.116 0.884
#> GSM311605 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311606 2 0.5178 0.765 0.116 0.884
#> GSM311607 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311608 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311609 1 0.9580 0.636 0.620 0.380
#> GSM311610 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311611 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311612 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311613 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311614 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311615 2 0.9998 0.607 0.492 0.508
#> GSM311616 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311617 1 0.3114 0.621 0.944 0.056
#> GSM311618 2 0.7528 0.768 0.216 0.784
#> GSM311619 2 0.9850 0.680 0.428 0.572
#> GSM311620 2 0.9170 0.728 0.332 0.668
#> GSM311621 2 0.9608 0.716 0.384 0.616
#> GSM311622 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311623 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311624 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0938 0.666 0.988 0.012
#> GSM311626 1 0.7139 0.651 0.804 0.196
#> GSM311627 1 0.7056 0.334 0.808 0.192
#> GSM311628 1 0.7950 0.673 0.760 0.240
#> GSM311629 1 0.9635 0.574 0.612 0.388
#> GSM311630 1 0.4298 0.664 0.912 0.088
#> GSM311631 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311632 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311633 2 0.9358 0.564 0.352 0.648
#> GSM311634 2 0.7299 0.744 0.204 0.796
#> GSM311635 1 0.9686 0.564 0.604 0.396
#> GSM311636 1 0.9209 0.660 0.664 0.336
#> GSM311637 1 0.9896 0.606 0.560 0.440
#> GSM311638 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311639 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311640 1 0.4939 0.658 0.892 0.108
#> GSM311641 2 0.7528 0.768 0.216 0.784
#> GSM311642 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311643 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311644 1 0.7883 0.673 0.764 0.236
#> GSM311645 1 0.4298 0.657 0.912 0.088
#> GSM311646 1 0.7376 0.529 0.792 0.208
#> GSM311647 1 0.9833 0.629 0.576 0.424
#> GSM311648 2 0.5059 0.762 0.112 0.888
#> GSM311649 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311650 2 0.9087 0.746 0.324 0.676
#> GSM311651 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311652 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311653 2 0.8909 0.744 0.308 0.692
#> GSM311654 1 0.9635 0.586 0.612 0.388
#> GSM311655 1 0.7376 0.673 0.792 0.208
#> GSM311656 1 0.0672 0.666 0.992 0.008
#> GSM311657 2 0.8813 0.743 0.300 0.700
#> GSM311658 2 0.8661 0.747 0.288 0.712
#> GSM311659 2 0.8763 0.746 0.296 0.704
#> GSM311660 1 0.4298 0.657 0.912 0.088
#> GSM311661 2 0.7528 0.768 0.216 0.784
#> GSM311662 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311663 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> GSM311664 1 0.5294 0.662 0.880 0.120
#> GSM311665 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.7528 0.768 0.216 0.784
#> GSM311667 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.1414 0.663 0.980 0.020
#> GSM311670 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311671 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.7528 0.768 0.216 0.784
#> GSM311673 2 0.9661 0.709 0.392 0.608
#> GSM311674 1 0.4298 0.657 0.912 0.088
#> GSM311675 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311676 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311677 2 0.9732 0.700 0.404 0.596
#> GSM311678 2 0.7139 0.741 0.196 0.804
#> GSM311679 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311680 2 0.5178 0.765 0.116 0.884
#> GSM311681 1 0.7139 0.672 0.804 0.196
#> GSM311682 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311684 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311685 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311686 1 0.1184 0.651 0.984 0.016
#> GSM311687 2 0.9710 0.671 0.400 0.600
#> GSM311688 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311689 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311690 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311691 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311692 1 0.8144 0.664 0.748 0.252
#> GSM311693 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311694 2 0.7376 0.769 0.208 0.792
#> GSM311695 1 0.7376 0.672 0.792 0.208
#> GSM311696 2 0.9977 0.630 0.472 0.528
#> GSM311697 1 0.9970 0.619 0.532 0.468
#> GSM311698 1 0.9608 0.579 0.616 0.384
#> GSM311699 1 0.8386 0.348 0.732 0.268
#> GSM311700 1 0.0376 0.661 0.996 0.004
#> GSM311701 2 0.9608 0.716 0.384 0.616
#> GSM311702 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311703 2 0.5059 0.764 0.112 0.888
#> GSM311704 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311705 2 0.5059 0.764 0.112 0.888
#> GSM311706 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311709 1 0.1414 0.663 0.980 0.020
#> GSM311710 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311711 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311712 1 0.7453 0.672 0.788 0.212
#> GSM311713 1 0.1843 0.664 0.972 0.028
#> GSM311714 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311716 1 0.6247 0.673 0.844 0.156
#> GSM311717 1 0.3584 0.664 0.932 0.068
#> GSM311718 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.5059 0.662 0.888 0.112
#> GSM311720 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311721 2 0.4815 0.758 0.104 0.896
#> GSM311722 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311723 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311725 2 0.9998 0.607 0.492 0.508
#> GSM311726 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311727 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311728 1 0.5294 0.658 0.880 0.120
#> GSM311729 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.7056 0.743 0.192 0.808
#> GSM311731 1 0.1633 0.653 0.976 0.024
#> GSM311732 1 0.9522 0.640 0.628 0.372
#> GSM311733 1 0.9954 0.623 0.540 0.460
#> GSM311734 1 0.9552 0.636 0.624 0.376
#> GSM311735 2 0.4939 0.762 0.108 0.892
#> GSM311736 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311737 1 0.5059 0.655 0.888 0.112
#> GSM311738 2 0.9998 0.607 0.492 0.508
#> GSM311739 2 0.9552 0.721 0.376 0.624
#> GSM311740 1 0.9963 0.145 0.536 0.464
#> GSM311741 1 0.7139 0.342 0.804 0.196
#> GSM311742 2 0.9635 0.713 0.388 0.612
#> GSM311743 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311744 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311745 1 0.9209 -0.239 0.664 0.336
#> GSM311746 2 0.9732 0.700 0.404 0.596
#> GSM311747 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311748 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311749 1 0.0376 0.661 0.996 0.004
#> GSM311750 2 0.5519 0.753 0.128 0.872
#> GSM311751 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311752 1 0.6887 0.334 0.816 0.184
#> GSM311753 1 0.9998 0.612 0.508 0.492
#> GSM311754 2 0.4690 0.753 0.100 0.900
#> GSM311755 1 0.9661 0.583 0.608 0.392
#> GSM311756 1 0.8813 0.242 0.700 0.300
#> GSM311757 1 0.9996 0.614 0.512 0.488
#> GSM311758 1 0.0000 0.665 1.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5294 0.765 0.120 0.880
#> GSM311760 2 0.7674 0.746 0.224 0.776
#> GSM311668 1 0.0376 0.661 0.996 0.004
#> GSM311715 2 0.9850 0.679 0.428 0.572
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0237 0.8097 0.996 0.004 0.000
#> GSM311599 1 0.6079 0.2751 0.612 0.000 0.388
#> GSM311600 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311602 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.5138 0.6691 0.000 0.252 0.748
#> GSM311606 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311608 3 0.5327 0.6399 0.000 0.272 0.728
#> GSM311609 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311610 3 0.8623 0.4248 0.144 0.272 0.584
#> GSM311611 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311612 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311613 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.6045 0.4322 0.000 0.380 0.620
#> GSM311615 1 0.6260 0.1078 0.552 0.448 0.000
#> GSM311616 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311617 2 0.9734 -0.0701 0.376 0.400 0.224
#> GSM311618 2 0.0237 0.8753 0.000 0.996 0.004
#> GSM311619 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311620 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311621 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.5058 0.6798 0.000 0.244 0.756
#> GSM311624 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.6337 0.6726 0.736 0.044 0.220
#> GSM311626 1 0.4796 0.6980 0.780 0.000 0.220
#> GSM311627 1 0.0661 0.8082 0.988 0.008 0.004
#> GSM311628 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.7781 0.5577 0.116 0.664 0.220
#> GSM311630 1 0.4555 0.7157 0.800 0.000 0.200
#> GSM311631 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.5058 0.6798 0.000 0.244 0.756
#> GSM311633 2 0.3551 0.7683 0.000 0.868 0.132
#> GSM311634 2 0.1753 0.8421 0.048 0.952 0.000
#> GSM311635 2 0.7287 0.5988 0.092 0.696 0.212
#> GSM311636 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.6104 0.3421 0.348 0.004 0.648
#> GSM311638 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.4796 0.6980 0.780 0.000 0.220
#> GSM311641 2 0.0237 0.8753 0.000 0.996 0.004
#> GSM311642 3 0.5058 0.6798 0.000 0.244 0.756
#> GSM311643 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.0237 0.8096 0.996 0.000 0.004
#> GSM311646 2 0.8448 0.4712 0.220 0.616 0.164
#> GSM311647 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311648 2 0.3941 0.7308 0.156 0.844 0.000
#> GSM311649 3 0.8300 0.5308 0.136 0.244 0.620
#> GSM311650 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.1860 0.8406 0.052 0.948 0.000
#> GSM311652 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311653 2 0.6204 0.2262 0.424 0.576 0.000
#> GSM311654 2 0.9376 0.2844 0.260 0.512 0.228
#> GSM311655 3 0.0424 0.8619 0.008 0.000 0.992
#> GSM311656 1 0.4796 0.6980 0.780 0.000 0.220
#> GSM311657 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311658 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311659 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311660 1 0.2711 0.7641 0.912 0.000 0.088
#> GSM311661 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.4750 0.7020 0.784 0.000 0.216
#> GSM311665 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 2 0.6056 0.6379 0.032 0.744 0.224
#> GSM311670 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.5621 0.4595 0.692 0.000 0.308
#> GSM311672 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.5058 0.6027 0.244 0.756 0.000
#> GSM311674 1 0.1163 0.8004 0.972 0.000 0.028
#> GSM311675 1 0.4605 0.6282 0.796 0.000 0.204
#> GSM311676 2 0.3784 0.7587 0.132 0.864 0.004
#> GSM311677 1 0.5016 0.5996 0.760 0.240 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.6264 0.2529 0.380 0.004 0.616
#> GSM311680 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 3 0.4796 0.6189 0.220 0.000 0.780
#> GSM311682 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.4750 0.7021 0.784 0.000 0.216
#> GSM311687 1 0.6305 0.0519 0.516 0.484 0.000
#> GSM311688 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311689 1 0.4796 0.6980 0.780 0.000 0.220
#> GSM311690 3 0.5115 0.6110 0.228 0.004 0.768
#> GSM311691 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.8350 0.0852 0.380 0.088 0.532
#> GSM311693 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311696 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311697 3 0.5058 0.6798 0.000 0.244 0.756
#> GSM311698 2 0.4796 0.6603 0.000 0.780 0.220
#> GSM311699 2 0.9340 0.2907 0.264 0.516 0.220
#> GSM311700 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0237 0.8755 0.004 0.996 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2200 0.8218 0.056 0.004 0.940
#> GSM311705 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.9086 0.3613 0.228 0.552 0.220
#> GSM311710 1 0.5431 0.5039 0.716 0.000 0.284
#> GSM311711 1 0.8838 0.5195 0.580 0.200 0.220
#> GSM311712 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311713 1 0.7880 0.6402 0.668 0.164 0.168
#> GSM311714 2 0.0237 0.8753 0.000 0.996 0.004
#> GSM311716 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 1 0.4702 0.7057 0.788 0.000 0.212
#> GSM311718 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311720 1 0.4796 0.6980 0.780 0.000 0.220
#> GSM311721 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 3 0.4978 0.6261 0.216 0.004 0.780
#> GSM311723 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.3192 0.7532 0.888 0.112 0.000
#> GSM311726 3 0.5016 0.6847 0.000 0.240 0.760
#> GSM311727 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311728 1 0.9574 0.2963 0.468 0.312 0.220
#> GSM311729 1 0.3551 0.7614 0.868 0.000 0.132
#> GSM311730 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 1 0.9574 0.2963 0.468 0.312 0.220
#> GSM311732 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311737 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 2 0.0237 0.8753 0.000 0.996 0.004
#> GSM311740 2 0.9236 0.3252 0.248 0.532 0.220
#> GSM311741 2 0.9211 0.3397 0.240 0.536 0.224
#> GSM311742 2 0.0237 0.8753 0.000 0.996 0.004
#> GSM311743 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311744 3 0.0000 0.8655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0848 0.8090 0.984 0.008 0.008
#> GSM311746 1 0.8853 0.3934 0.572 0.176 0.252
#> GSM311747 3 0.4750 0.6332 0.216 0.000 0.784
#> GSM311748 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311749 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0592 0.8700 0.000 0.988 0.012
#> GSM311751 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311752 1 0.0000 0.8105 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311754 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.4887 0.6503 0.000 0.772 0.228
#> GSM311756 2 0.9588 0.1274 0.324 0.460 0.216
#> GSM311757 3 0.0237 0.8655 0.000 0.004 0.996
#> GSM311758 1 0.4002 0.7444 0.840 0.000 0.160
#> GSM311759 2 0.6026 0.3477 0.376 0.624 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.8766 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.8578 0.5601 0.604 0.172 0.224
#> GSM311715 1 0.1289 0.7996 0.968 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.3649 0.6764 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311599 3 0.7309 0.1420 0.324 0.000 0.504 0.172
#> GSM311600 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311601 3 0.3400 0.5625 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311602 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311603 1 0.0188 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311604 2 0.2281 0.8105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311605 3 0.5184 0.4114 0.000 0.024 0.672 0.304
#> GSM311606 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3356 0.5652 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311608 3 0.0188 0.6213 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311609 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311610 4 0.7161 0.2217 0.204 0.196 0.008 0.592
#> GSM311611 3 0.3400 0.5625 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311612 3 0.3356 0.5652 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311613 3 0.4981 -0.0359 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM311614 3 0.5184 0.4114 0.000 0.024 0.672 0.304
#> GSM311615 1 0.6780 0.0316 0.488 0.416 0.000 0.096
#> GSM311616 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.4483 0.3701 0.004 0.284 0.000 0.712
#> GSM311618 2 0.0817 0.8433 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311619 2 0.0188 0.8529 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311620 2 0.2281 0.8105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311621 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.4981 0.2214 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM311623 3 0.0188 0.6213 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311624 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311625 1 0.5578 0.4461 0.648 0.040 0.000 0.312
#> GSM311626 1 0.7330 0.2288 0.508 0.000 0.180 0.312
#> GSM311627 1 0.5203 0.3629 0.576 0.008 0.000 0.416
#> GSM311628 4 0.4406 0.5126 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM311629 3 0.7202 0.2605 0.000 0.140 0.464 0.396
#> GSM311630 1 0.4304 0.5195 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM311631 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0188 0.6213 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311633 2 0.2814 0.7394 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311634 2 0.1305 0.8362 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM311635 3 0.7634 0.2586 0.000 0.236 0.464 0.300
#> GSM311636 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311637 3 0.5389 0.3918 0.032 0.000 0.660 0.308
#> GSM311638 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311639 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.4454 0.4867 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311641 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0188 0.6213 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311643 2 0.2281 0.8105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311644 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311645 1 0.2131 0.7166 0.936 0.040 0.016 0.008
#> GSM311646 2 0.7118 0.3085 0.156 0.536 0.000 0.308
#> GSM311647 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311648 2 0.0336 0.8513 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311649 3 0.4483 0.4440 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM311650 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.6214 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 2 0.6567 0.4204 0.308 0.588 0.000 0.104
#> GSM311654 3 0.8135 0.2648 0.024 0.200 0.472 0.304
#> GSM311655 4 0.6908 0.3864 0.188 0.000 0.220 0.592
#> GSM311656 1 0.8518 0.1956 0.464 0.056 0.168 0.312
#> GSM311657 2 0.5188 0.6946 0.148 0.756 0.000 0.096
#> GSM311658 2 0.2281 0.8105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311659 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 1 0.3219 0.7048 0.868 0.000 0.020 0.112
#> GSM311661 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1211 0.8358 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM311663 2 0.2216 0.8126 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311664 1 0.4431 0.4929 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311665 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0469 0.7255 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311669 4 0.4509 0.3685 0.004 0.288 0.000 0.708
#> GSM311670 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311671 1 0.4898 0.3686 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM311672 2 0.0188 0.8532 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311673 2 0.3444 0.7051 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM311674 1 0.1557 0.7203 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311675 1 0.4605 0.4000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM311676 2 0.4500 0.5366 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM311677 1 0.4724 0.6611 0.792 0.096 0.000 0.112
#> GSM311678 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.5184 0.3996 0.024 0.000 0.672 0.304
#> GSM311680 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 4 0.7049 0.2986 0.300 0.000 0.152 0.548
#> GSM311682 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311683 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311684 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0336 0.7255 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311686 1 0.4356 0.5091 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM311687 2 0.6668 0.2771 0.380 0.528 0.000 0.092
#> GSM311688 3 0.5594 0.2172 0.020 0.000 0.520 0.460
#> GSM311689 1 0.4454 0.4867 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311690 3 0.0336 0.6207 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311691 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.8050 -0.0926 0.312 0.004 0.376 0.308
#> GSM311693 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311696 2 0.2281 0.8105 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311697 3 0.5108 0.4086 0.000 0.020 0.672 0.308
#> GSM311698 3 0.7618 0.2582 0.000 0.228 0.464 0.308
#> GSM311699 2 0.7710 0.0541 0.256 0.448 0.000 0.296
#> GSM311700 1 0.2530 0.7108 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311701 2 0.1940 0.8215 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM311702 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3583 0.5633 0.004 0.000 0.816 0.180
#> GSM311705 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.2530 0.7108 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311707 1 0.0000 0.7250 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311709 1 0.7916 0.0496 0.352 0.336 0.000 0.312
#> GSM311710 1 0.4730 0.3953 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM311711 1 0.7330 0.2423 0.508 0.180 0.000 0.312
#> GSM311712 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311713 4 0.4608 0.0550 0.304 0.004 0.000 0.692
#> GSM311714 2 0.4431 0.5391 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM311716 4 0.3688 0.6552 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311717 1 0.4331 0.5143 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM311718 1 0.2469 0.7109 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311719 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311720 1 0.4655 0.4844 0.684 0.004 0.000 0.312
#> GSM311721 2 0.4981 0.2214 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM311722 3 0.3356 0.5652 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311723 1 0.2530 0.7108 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311724 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4406 0.6678 0.780 0.028 0.000 0.192
#> GSM311726 3 0.0188 0.6213 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311727 3 0.3400 0.5625 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311728 4 0.8570 -0.1158 0.364 0.048 0.180 0.408
#> GSM311729 1 0.4673 0.6181 0.700 0.008 0.000 0.292
#> GSM311730 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.8805 -0.1360 0.376 0.076 0.156 0.392
#> GSM311732 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311733 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311734 4 0.3726 0.6566 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311735 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.3400 0.5625 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311737 4 0.3688 0.6552 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311738 1 0.0376 0.7254 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311739 2 0.4072 0.6196 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM311740 2 0.8472 0.0801 0.040 0.460 0.216 0.284
#> GSM311741 4 0.5016 0.2511 0.004 0.396 0.000 0.600
#> GSM311742 2 0.2149 0.8011 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM311743 3 0.3400 0.5625 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311744 4 0.3764 0.6523 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM311745 1 0.5329 0.3570 0.568 0.012 0.000 0.420
#> GSM311746 1 0.6904 0.3040 0.560 0.112 0.004 0.324
#> GSM311747 4 0.5141 0.5546 0.160 0.000 0.084 0.756
#> GSM311748 3 0.0000 0.6214 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.2530 0.7108 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311750 2 0.4857 0.5536 0.000 0.700 0.284 0.016
#> GSM311751 3 0.0000 0.6214 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.3688 0.6747 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311753 3 0.4431 0.4176 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM311754 2 0.4277 0.5849 0.000 0.720 0.280 0.000
#> GSM311755 3 0.6248 0.4105 0.000 0.224 0.656 0.120
#> GSM311756 2 0.7773 0.0269 0.280 0.432 0.000 0.288
#> GSM311757 3 0.4996 0.1998 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM311758 1 0.3400 0.6272 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM311759 2 0.6396 0.3219 0.072 0.548 0.380 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.8543 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.4205 0.3862 0.124 0.056 0.000 0.820
#> GSM311715 1 0.3969 0.6820 0.804 0.016 0.000 0.180
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.3754 0.53693 0.084 0.000 0.000 0.100 0.816
#> GSM311599 4 0.7257 0.14644 0.264 0.000 0.144 0.516 0.076
#> GSM311600 1 0.7558 0.54701 0.508 0.000 0.148 0.120 0.224
#> GSM311601 4 0.3966 0.21601 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM311602 1 0.2516 0.77852 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM311603 1 0.4000 0.76049 0.748 0.000 0.024 0.000 0.228
#> GSM311604 2 0.3112 0.77525 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044
#> GSM311605 3 0.0798 0.51260 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 4 0.4278 0.02289 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM311608 3 0.3774 0.37567 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM311609 4 0.6202 0.53891 0.140 0.000 0.324 0.532 0.004
#> GSM311610 5 0.6284 0.54186 0.144 0.016 0.000 0.260 0.580
#> GSM311611 4 0.4192 0.11556 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM311612 4 0.4249 0.06675 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM311613 4 0.2424 0.41787 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM311614 3 0.0510 0.51322 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM311615 2 0.7102 0.35542 0.084 0.512 0.000 0.100 0.304
#> GSM311616 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.8881 0.17879 0.156 0.224 0.160 0.412 0.048
#> GSM311618 2 0.0771 0.83332 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM311619 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.3112 0.77525 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044
#> GSM311621 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.4307 -0.01987 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.4045 0.33279 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM311624 1 0.2516 0.77852 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM311625 3 0.8419 -0.21512 0.352 0.088 0.356 0.176 0.028
#> GSM311626 3 0.4183 0.44141 0.180 0.000 0.776 0.020 0.024
#> GSM311627 5 0.1836 0.69823 0.016 0.008 0.000 0.040 0.936
#> GSM311628 4 0.5607 0.54798 0.140 0.000 0.228 0.632 0.000
#> GSM311629 3 0.3246 0.50249 0.000 0.024 0.860 0.096 0.020
#> GSM311630 1 0.4569 0.76139 0.748 0.000 0.148 0.000 0.104
#> GSM311631 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.3895 0.36578 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM311633 2 0.2439 0.76052 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004
#> GSM311634 2 0.2127 0.79472 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 3 0.2674 0.50232 0.000 0.140 0.856 0.004 0.000
#> GSM311636 4 0.4262 0.46767 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM311637 3 0.1173 0.50647 0.012 0.000 0.964 0.020 0.004
#> GSM311638 1 0.2516 0.77852 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM311639 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.2561 0.75629 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.3895 0.36578 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM311643 2 0.3112 0.77525 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044
#> GSM311644 4 0.5851 0.55112 0.140 0.000 0.272 0.588 0.000
#> GSM311645 3 0.8374 0.19103 0.100 0.064 0.488 0.120 0.228
#> GSM311646 2 0.6581 0.46067 0.020 0.588 0.272 0.096 0.024
#> GSM311647 4 0.5888 0.55199 0.140 0.000 0.280 0.580 0.000
#> GSM311648 2 0.0162 0.84095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311649 3 0.0290 0.50705 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0162 0.84095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311652 3 0.3895 0.36578 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM311653 2 0.6141 0.63769 0.084 0.672 0.008 0.176 0.060
#> GSM311654 3 0.2733 0.51145 0.012 0.112 0.872 0.000 0.004
#> GSM311655 3 0.5679 -0.25382 0.044 0.000 0.544 0.392 0.020
#> GSM311656 3 0.5172 0.46094 0.112 0.100 0.752 0.012 0.024
#> GSM311657 2 0.4601 0.73728 0.060 0.788 0.000 0.100 0.052
#> GSM311658 2 0.3112 0.77525 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044
#> GSM311659 2 0.0162 0.84095 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311660 5 0.1461 0.69422 0.016 0.000 0.004 0.028 0.952
#> GSM311661 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1430 0.81587 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> GSM311663 2 0.3058 0.77751 0.000 0.860 0.000 0.096 0.044
#> GSM311664 1 0.4355 0.75372 0.760 0.000 0.164 0.000 0.076
#> GSM311665 1 0.2516 0.77852 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM311666 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3551 0.76493 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> GSM311669 4 0.8922 0.17449 0.152 0.236 0.164 0.400 0.048
#> GSM311670 4 0.5014 0.51310 0.040 0.000 0.368 0.592 0.000
#> GSM311671 5 0.5864 0.57115 0.164 0.000 0.000 0.236 0.600
#> GSM311672 2 0.0162 0.84127 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311673 2 0.2172 0.79506 0.076 0.908 0.000 0.000 0.016
#> GSM311674 1 0.6200 0.57884 0.540 0.000 0.092 0.020 0.348
#> GSM311675 1 0.4876 0.31356 0.700 0.000 0.000 0.220 0.080
#> GSM311676 2 0.6484 0.43786 0.140 0.600 0.000 0.220 0.040
#> GSM311677 5 0.1282 0.68034 0.004 0.044 0.000 0.000 0.952
#> GSM311678 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0613 0.51105 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> GSM311680 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.6638 0.50888 0.140 0.000 0.048 0.224 0.588
#> GSM311682 1 0.3274 0.76383 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> GSM311683 4 0.4256 0.46805 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.2732 0.77710 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM311686 1 0.2516 0.75846 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5903 0.62033 0.212 0.656 0.000 0.096 0.036
#> GSM311688 3 0.4064 0.05336 0.008 0.000 0.716 0.272 0.004
#> GSM311689 1 0.5507 0.56602 0.596 0.000 0.316 0.000 0.088
#> GSM311690 3 0.4088 0.31838 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3077 0.46847 0.084 0.000 0.872 0.020 0.024
#> GSM311693 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.5888 0.55199 0.140 0.000 0.280 0.580 0.000
#> GSM311696 2 0.3112 0.77525 0.000 0.856 0.000 0.100 0.044
#> GSM311697 3 0.1173 0.50798 0.000 0.012 0.964 0.020 0.004
#> GSM311698 3 0.2723 0.50676 0.000 0.124 0.864 0.012 0.000
#> GSM311699 2 0.5765 0.46166 0.084 0.632 0.264 0.000 0.020
#> GSM311700 5 0.1331 0.68960 0.040 0.000 0.000 0.008 0.952
#> GSM311701 2 0.2676 0.79192 0.000 0.884 0.000 0.080 0.036
#> GSM311702 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.4287 0.00666 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.1197 0.68524 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM311707 1 0.3913 0.67906 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM311708 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.6104 0.27869 0.092 0.548 0.344 0.000 0.016
#> GSM311710 5 0.6611 0.45402 0.168 0.000 0.012 0.320 0.500
#> GSM311711 1 0.3774 0.58790 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.6104 0.54868 0.140 0.000 0.296 0.560 0.004
#> GSM311713 5 0.5656 0.56553 0.140 0.000 0.000 0.236 0.624
#> GSM311714 2 0.5679 0.48917 0.140 0.640 0.000 0.216 0.004
#> GSM311716 4 0.4425 0.43907 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM311717 1 0.2516 0.75846 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.1270 0.68326 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM311719 4 0.6030 0.54217 0.140 0.000 0.316 0.544 0.000
#> GSM311720 3 0.8551 -0.03768 0.216 0.316 0.360 0.044 0.064
#> GSM311721 3 0.4307 -0.00243 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM311722 4 0.4249 0.06675 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM311723 5 0.1408 0.68860 0.044 0.000 0.000 0.008 0.948
#> GSM311724 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.1503 0.69111 0.020 0.020 0.000 0.008 0.952
#> GSM311726 3 0.3949 0.35633 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311727 4 0.3966 0.21601 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM311728 3 0.5306 0.43582 0.096 0.000 0.740 0.100 0.064
#> GSM311729 5 0.4752 0.55170 0.104 0.000 0.092 0.032 0.772
#> GSM311730 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 3 0.6832 0.40187 0.128 0.064 0.656 0.100 0.052
#> GSM311732 4 0.4278 0.44254 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM311733 4 0.4262 0.46767 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM311734 4 0.6177 0.54116 0.140 0.000 0.316 0.540 0.004
#> GSM311735 2 0.0000 0.84218 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.3966 0.21601 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM311737 4 0.6226 0.53289 0.140 0.000 0.332 0.524 0.004
#> GSM311738 1 0.3366 0.75890 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM311739 2 0.5303 0.56209 0.136 0.688 0.000 0.172 0.004
#> GSM311740 3 0.4803 -0.05650 0.012 0.484 0.500 0.000 0.004
#> GSM311741 2 0.6629 0.26528 0.004 0.516 0.260 0.216 0.004
#> GSM311742 2 0.2424 0.76168 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM311743 4 0.4256 0.06199 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM311744 4 0.6322 0.49349 0.140 0.000 0.376 0.480 0.004
#> GSM311745 5 0.6150 0.57248 0.160 0.012 0.000 0.228 0.600
#> GSM311746 2 0.6998 0.32433 0.172 0.528 0.000 0.256 0.044
#> GSM311747 4 0.7567 0.42566 0.164 0.000 0.192 0.516 0.128
#> GSM311748 3 0.4045 0.33279 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM311749 5 0.1197 0.68524 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM311750 2 0.3966 0.43155 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.4126 0.30292 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM311752 5 0.0324 0.68622 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> GSM311753 3 0.0451 0.50686 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM311754 2 0.3913 0.45674 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.4916 0.46720 0.000 0.124 0.716 0.160 0.000
#> GSM311756 2 0.6049 0.46991 0.084 0.632 0.252 0.008 0.024
#> GSM311757 3 0.3990 -0.04747 0.000 0.000 0.688 0.308 0.004
#> GSM311758 1 0.2629 0.76049 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> GSM311759 2 0.4769 0.13258 0.012 0.544 0.440 0.000 0.004
#> GSM311760 2 0.0290 0.83988 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.6267 0.39029 0.148 0.000 0.000 0.404 0.448
#> GSM311715 5 0.7225 -0.01916 0.088 0.384 0.000 0.092 0.436
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.4230 0.24493 0.364 0.000 0.000 0.612 0.024 0.000
#> GSM311599 5 0.7126 -0.33932 0.004 0.000 0.060 0.272 0.344 0.320
#> GSM311600 4 0.6119 0.21354 0.016 0.000 0.176 0.460 0.000 0.348
#> GSM311601 6 0.5576 0.29872 0.008 0.000 0.120 0.000 0.348 0.524
#> GSM311602 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311603 4 0.2219 0.31199 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.3899 0.49924 0.364 0.628 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311605 3 0.0363 0.57617 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 6 0.6041 0.13679 0.000 0.000 0.256 0.000 0.344 0.400
#> GSM311608 3 0.3758 0.38541 0.000 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> GSM311609 6 0.2838 0.47714 0.004 0.000 0.188 0.000 0.000 0.808
#> GSM311610 5 0.3997 0.35163 0.004 0.000 0.000 0.000 0.508 0.488
#> GSM311611 6 0.5844 0.22091 0.000 0.000 0.200 0.000 0.344 0.456
#> GSM311612 6 0.5896 0.20756 0.000 0.000 0.212 0.000 0.344 0.444
#> GSM311613 6 0.4180 0.38401 0.008 0.000 0.012 0.000 0.348 0.632
#> GSM311614 3 0.0363 0.57617 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 4 0.6155 0.17796 0.364 0.216 0.000 0.412 0.008 0.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 6 0.5287 0.13464 0.368 0.000 0.000 0.084 0.008 0.540
#> GSM311618 2 0.0632 0.78757 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM311619 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.3899 0.49924 0.364 0.628 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.3860 0.20165 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.5631 0.28073 0.000 0.000 0.508 0.000 0.324 0.168
#> GSM311624 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.5739 0.20728 0.004 0.008 0.420 0.456 0.000 0.112
#> GSM311626 3 0.3244 0.28138 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311627 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311628 6 0.0891 0.48115 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024 0.968
#> GSM311629 3 0.2492 0.52376 0.100 0.020 0.876 0.000 0.004 0.000
#> GSM311630 4 0.5303 0.33078 0.136 0.000 0.196 0.648 0.000 0.020
#> GSM311631 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.5096 0.33992 0.000 0.000 0.576 0.000 0.324 0.100
#> GSM311633 2 0.2431 0.69635 0.000 0.860 0.132 0.008 0.000 0.000
#> GSM311634 2 0.3971 0.23734 0.448 0.548 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311635 3 0.0790 0.57142 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM311636 6 0.4594 0.13275 0.008 0.000 0.424 0.000 0.024 0.544
#> GSM311637 3 0.0363 0.57350 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311638 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.5096 0.33992 0.000 0.000 0.576 0.000 0.324 0.100
#> GSM311643 2 0.3899 0.49924 0.364 0.628 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311644 6 0.0891 0.48115 0.008 0.000 0.000 0.000 0.024 0.968
#> GSM311645 3 0.4338 0.22611 0.008 0.004 0.684 0.280 0.004 0.020
#> GSM311646 2 0.7054 0.06245 0.196 0.412 0.320 0.064 0.008 0.000
#> GSM311647 6 0.2686 0.49941 0.008 0.000 0.100 0.000 0.024 0.868
#> GSM311648 2 0.0363 0.79353 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311649 3 0.0547 0.57348 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0260 0.79535 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.5135 0.33736 0.000 0.000 0.572 0.000 0.324 0.104
#> GSM311653 1 0.6356 -0.17476 0.372 0.356 0.000 0.260 0.012 0.000
#> GSM311654 3 0.0363 0.57350 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311655 3 0.5482 0.12859 0.008 0.000 0.536 0.092 0.004 0.360
#> GSM311656 3 0.3405 0.27282 0.000 0.004 0.724 0.272 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.5813 0.26219 0.364 0.480 0.000 0.148 0.008 0.000
#> GSM311658 2 0.3899 0.49924 0.364 0.628 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311659 2 0.0146 0.79718 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1333 0.77264 0.000 0.944 0.048 0.008 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.3426 0.59875 0.276 0.720 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311664 4 0.4942 0.31514 0.156 0.000 0.192 0.652 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 4 0.5187 0.31144 0.160 0.000 0.188 0.644 0.000 0.008
#> GSM311669 6 0.5412 0.15860 0.368 0.024 0.000 0.048 0.008 0.552
#> GSM311670 6 0.3001 0.47271 0.008 0.000 0.128 0.000 0.024 0.840
#> GSM311671 5 0.4224 0.37066 0.004 0.000 0.000 0.008 0.512 0.476
#> GSM311672 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.2562 0.66402 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM311674 4 0.3701 0.39000 0.036 0.000 0.168 0.784 0.012 0.000
#> GSM311675 6 0.5727 -0.05027 0.004 0.000 0.000 0.372 0.148 0.476
#> GSM311676 2 0.5014 0.20213 0.008 0.512 0.000 0.000 0.052 0.428
#> GSM311677 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0622 0.57516 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> GSM311680 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.4732 0.48917 0.000 0.000 0.004 0.048 0.588 0.360
#> GSM311682 4 0.3607 -0.02238 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM311683 6 0.4594 0.13275 0.008 0.000 0.424 0.000 0.024 0.544
#> GSM311684 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311687 1 0.2482 0.12831 0.848 0.148 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.4438 0.28436 0.008 0.000 0.684 0.012 0.024 0.272
#> GSM311689 4 0.3668 0.31959 0.004 0.000 0.328 0.668 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.5702 0.26735 0.000 0.000 0.496 0.000 0.324 0.180
#> GSM311691 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3244 0.28138 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.2686 0.49941 0.008 0.000 0.100 0.000 0.024 0.868
#> GSM311696 2 0.3899 0.49924 0.364 0.628 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311697 3 0.0363 0.57617 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311698 3 0.0458 0.57563 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 2 0.5941 0.00903 0.000 0.448 0.316 0.236 0.000 0.000
#> GSM311700 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311701 2 0.2300 0.71617 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 6 0.6068 0.11496 0.000 0.000 0.268 0.000 0.344 0.388
#> GSM311705 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311707 4 0.1219 0.34356 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311709 3 0.6010 -0.04846 0.000 0.312 0.428 0.260 0.000 0.000
#> GSM311710 6 0.4268 -0.28262 0.004 0.000 0.000 0.012 0.428 0.556
#> GSM311711 1 0.5611 0.36342 0.484 0.000 0.152 0.364 0.000 0.000
#> GSM311712 6 0.2320 0.49049 0.004 0.000 0.132 0.000 0.000 0.864
#> GSM311713 5 0.4701 0.41804 0.004 0.000 0.000 0.036 0.524 0.436
#> GSM311714 2 0.3991 0.18653 0.004 0.524 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM311716 3 0.4764 -0.08103 0.008 0.000 0.492 0.004 0.024 0.472
#> GSM311717 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311719 6 0.2920 0.48719 0.008 0.000 0.168 0.000 0.004 0.820
#> GSM311720 3 0.6082 -0.03887 0.000 0.168 0.496 0.316 0.000 0.020
#> GSM311721 2 0.3868 0.14491 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 6 0.5896 0.20756 0.000 0.000 0.212 0.000 0.344 0.444
#> GSM311723 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4078 0.69211 0.000 0.000 0.000 0.340 0.640 0.020
#> GSM311726 3 0.5378 0.31506 0.000 0.000 0.544 0.000 0.324 0.132
#> GSM311727 6 0.5576 0.29872 0.008 0.000 0.120 0.000 0.348 0.524
#> GSM311728 1 0.6291 -0.28001 0.364 0.000 0.360 0.268 0.008 0.000
#> GSM311729 4 0.4479 -0.23216 0.008 0.000 0.024 0.600 0.368 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 1 0.6617 -0.27934 0.376 0.008 0.340 0.264 0.008 0.004
#> GSM311732 3 0.4338 -0.09054 0.000 0.000 0.492 0.000 0.020 0.488
#> GSM311733 6 0.4582 0.13908 0.008 0.000 0.416 0.000 0.024 0.552
#> GSM311734 6 0.2668 0.48310 0.004 0.000 0.168 0.000 0.000 0.828
#> GSM311735 2 0.0000 0.79888 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.5576 0.29872 0.008 0.000 0.120 0.000 0.348 0.524
#> GSM311737 6 0.2805 0.47854 0.004 0.000 0.184 0.000 0.000 0.812
#> GSM311738 4 0.2300 0.30245 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM311739 2 0.3489 0.54001 0.004 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM311740 3 0.4381 0.03400 0.000 0.440 0.536 0.024 0.000 0.000
#> GSM311741 2 0.5961 0.25946 0.004 0.516 0.252 0.004 0.000 0.224
#> GSM311742 2 0.2597 0.68012 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM311743 6 0.5896 0.20756 0.000 0.000 0.212 0.000 0.344 0.444
#> GSM311744 6 0.2772 0.48744 0.004 0.000 0.180 0.000 0.000 0.816
#> GSM311745 5 0.4224 0.37066 0.004 0.000 0.000 0.008 0.512 0.476
#> GSM311746 6 0.5794 0.09139 0.004 0.364 0.000 0.084 0.028 0.520
#> GSM311747 6 0.3061 0.47691 0.004 0.000 0.168 0.004 0.008 0.816
#> GSM311748 3 0.5631 0.28073 0.000 0.000 0.508 0.000 0.324 0.168
#> GSM311749 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311750 2 0.3330 0.54539 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.5807 0.24074 0.000 0.000 0.476 0.000 0.324 0.200
#> GSM311752 5 0.3634 0.70172 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM311753 3 0.0935 0.56902 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM311754 2 0.3515 0.50349 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.3104 0.49198 0.000 0.016 0.800 0.000 0.184 0.000
#> GSM311756 2 0.6114 -0.02469 0.000 0.436 0.300 0.260 0.004 0.000
#> GSM311757 3 0.4658 0.14762 0.008 0.000 0.612 0.008 0.024 0.348
#> GSM311758 1 0.3695 0.58166 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.4593 0.34115 0.000 0.576 0.380 0.044 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0363 0.79382 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 6 0.6022 -0.01026 0.216 0.000 0.000 0.024 0.212 0.548
#> GSM311715 4 0.5948 0.25707 0.344 0.120 0.000 0.508 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:pam 155 1.0000 2
#> CV:pam 141 0.0991 3
#> CV:pam 111 0.4148 4
#> CV:pam 103 NA 5
#> CV:pam 68 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.764 0.826 0.926 0.4761 0.523 0.523
#> 3 3 0.781 0.846 0.919 0.2808 0.645 0.438
#> 4 4 0.593 0.557 0.768 0.1602 0.828 0.586
#> 5 5 0.597 0.611 0.736 0.0629 0.827 0.496
#> 6 6 0.685 0.666 0.810 0.0665 0.807 0.384
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9933 0.2409 0.548 0.452
#> GSM311599 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311601 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311603 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311604 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311605 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311608 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311609 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311610 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311611 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311613 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311614 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311615 1 1.0000 0.0902 0.504 0.496
#> GSM311616 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311617 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.9833 0.3403 0.424 0.576
#> GSM311623 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311625 1 0.9944 0.1517 0.544 0.456
#> GSM311626 1 0.2043 0.9109 0.968 0.032
#> GSM311627 1 0.9909 0.2639 0.556 0.444
#> GSM311628 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9427 0.4791 0.360 0.640
#> GSM311630 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311632 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311634 1 0.7376 0.7429 0.792 0.208
#> GSM311635 2 0.9983 0.0893 0.476 0.524
#> GSM311636 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311639 2 0.5178 0.8205 0.116 0.884
#> GSM311640 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311641 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311642 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311643 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.1184 0.9136 0.984 0.016
#> GSM311646 2 0.8016 0.6575 0.244 0.756
#> GSM311647 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311648 1 0.4298 0.8825 0.912 0.088
#> GSM311649 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311652 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311653 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311654 1 0.4690 0.8429 0.900 0.100
#> GSM311655 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311656 1 0.3274 0.9032 0.940 0.060
#> GSM311657 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311661 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.5946 0.8062 0.144 0.856
#> GSM311663 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311665 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311666 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311669 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311670 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311672 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0672 0.9148 0.992 0.008
#> GSM311675 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311676 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.9933 0.2409 0.548 0.452
#> GSM311678 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311683 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311686 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311687 1 0.4161 0.8853 0.916 0.084
#> GSM311688 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311690 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.9993 0.1415 0.484 0.516
#> GSM311699 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311701 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311707 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311708 2 0.7883 0.6732 0.236 0.764
#> GSM311709 2 0.1184 0.9103 0.016 0.984
#> GSM311710 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311711 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311712 1 0.4939 0.8414 0.892 0.108
#> GSM311713 1 0.9933 0.2409 0.548 0.452
#> GSM311714 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311717 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311718 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311719 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311721 2 0.9710 0.3987 0.400 0.600
#> GSM311722 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311724 2 0.6343 0.7758 0.160 0.840
#> GSM311725 1 0.9983 0.1630 0.524 0.476
#> GSM311726 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311727 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311728 1 0.9833 0.3006 0.576 0.424
#> GSM311729 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311730 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.2778 0.8851 0.048 0.952
#> GSM311732 1 0.2778 0.8912 0.952 0.048
#> GSM311733 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311738 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311739 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.9998 -0.0666 0.492 0.508
#> GSM311741 2 0.0376 0.9185 0.004 0.996
#> GSM311742 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311743 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.9970 0.1908 0.532 0.468
#> GSM311746 2 0.0672 0.9159 0.008 0.992
#> GSM311747 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311748 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311750 2 0.3584 0.8677 0.068 0.932
#> GSM311751 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.9933 0.2409 0.548 0.452
#> GSM311753 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.9988 0.1689 0.480 0.520
#> GSM311755 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311756 2 0.0000 0.9209 0.000 1.000
#> GSM311757 1 0.0000 0.9159 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.3114 0.9058 0.944 0.056
#> GSM311759 1 0.5408 0.8465 0.876 0.124
#> GSM311760 1 0.9996 0.0364 0.512 0.488
#> GSM311668 2 0.0938 0.9133 0.012 0.988
#> GSM311715 2 0.8861 0.5286 0.304 0.696
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 2 0.7570 0.136 0.404 0.552 0.044
#> GSM311599 3 0.7248 0.608 0.108 0.184 0.708
#> GSM311600 1 0.7034 0.600 0.668 0.284 0.048
#> GSM311601 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311603 1 0.2773 0.876 0.928 0.024 0.048
#> GSM311604 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311605 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311609 3 0.1529 0.921 0.000 0.040 0.960
#> GSM311610 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311615 2 0.6106 0.676 0.200 0.756 0.044
#> GSM311616 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311617 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311618 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311619 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311622 2 0.3337 0.877 0.032 0.908 0.060
#> GSM311623 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311625 2 0.5061 0.709 0.208 0.784 0.008
#> GSM311626 1 0.5471 0.805 0.812 0.128 0.060
#> GSM311627 1 0.6735 0.650 0.696 0.260 0.044
#> GSM311628 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.2711 0.870 0.000 0.912 0.088
#> GSM311630 1 0.3797 0.866 0.892 0.056 0.052
#> GSM311631 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.1337 0.914 0.012 0.972 0.016
#> GSM311634 2 0.1525 0.913 0.032 0.964 0.004
#> GSM311635 2 0.2176 0.905 0.020 0.948 0.032
#> GSM311636 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311639 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311640 1 0.3028 0.875 0.920 0.032 0.048
#> GSM311641 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311642 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311643 2 0.0747 0.915 0.016 0.984 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 2 0.4636 0.821 0.044 0.852 0.104
#> GSM311646 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311647 3 0.5650 0.517 0.000 0.312 0.688
#> GSM311648 2 0.1482 0.911 0.012 0.968 0.020
#> GSM311649 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311651 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311653 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311654 2 0.4291 0.784 0.000 0.820 0.180
#> GSM311655 3 0.1529 0.921 0.000 0.040 0.960
#> GSM311656 2 0.6685 0.584 0.244 0.708 0.048
#> GSM311657 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311660 1 0.7624 0.395 0.560 0.392 0.048
#> GSM311661 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1315 0.914 0.020 0.972 0.008
#> GSM311663 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311664 1 0.3028 0.875 0.920 0.032 0.048
#> GSM311665 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311666 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311667 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311669 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.3692 0.866 0.896 0.056 0.048
#> GSM311672 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311674 1 0.6098 0.763 0.768 0.056 0.176
#> GSM311675 1 0.3375 0.871 0.908 0.044 0.048
#> GSM311676 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311677 2 0.7406 0.315 0.360 0.596 0.044
#> GSM311678 2 0.1289 0.913 0.032 0.968 0.000
#> GSM311679 3 0.0424 0.952 0.000 0.008 0.992
#> GSM311680 2 0.0747 0.916 0.016 0.984 0.000
#> GSM311681 1 0.7796 0.390 0.552 0.056 0.392
#> GSM311682 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311683 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311685 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311686 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311687 2 0.3009 0.891 0.052 0.920 0.028
#> GSM311688 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.7681 0.321 0.540 0.412 0.048
#> GSM311690 3 0.1163 0.934 0.000 0.028 0.972
#> GSM311691 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311692 3 0.1753 0.912 0.000 0.048 0.952
#> GSM311693 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311696 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311697 3 0.4504 0.707 0.000 0.196 0.804
#> GSM311698 2 0.3030 0.864 0.004 0.904 0.092
#> GSM311699 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311700 1 0.1989 0.876 0.948 0.004 0.048
#> GSM311701 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311702 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311703 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311706 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311707 1 0.1989 0.876 0.948 0.004 0.048
#> GSM311708 2 0.1411 0.913 0.036 0.964 0.000
#> GSM311709 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311710 1 0.3692 0.866 0.896 0.056 0.048
#> GSM311711 2 0.7517 0.298 0.364 0.588 0.048
#> GSM311712 2 0.6155 0.547 0.008 0.664 0.328
#> GSM311713 2 0.7424 0.276 0.364 0.592 0.044
#> GSM311714 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311716 2 0.5706 0.571 0.000 0.680 0.320
#> GSM311717 1 0.3028 0.875 0.920 0.032 0.048
#> GSM311718 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311719 1 0.7063 0.212 0.516 0.020 0.464
#> GSM311720 2 0.6523 0.623 0.228 0.724 0.048
#> GSM311721 2 0.3325 0.867 0.020 0.904 0.076
#> GSM311722 3 0.2356 0.884 0.000 0.072 0.928
#> GSM311723 1 0.2773 0.875 0.928 0.024 0.048
#> GSM311724 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311725 2 0.4636 0.818 0.104 0.852 0.044
#> GSM311726 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.1399 0.907 0.004 0.968 0.028
#> GSM311729 1 0.5307 0.809 0.816 0.136 0.048
#> GSM311730 2 0.1289 0.913 0.032 0.968 0.000
#> GSM311731 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311732 2 0.3412 0.840 0.000 0.876 0.124
#> GSM311733 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 2 0.6204 0.319 0.000 0.576 0.424
#> GSM311735 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 2 0.6308 0.090 0.000 0.508 0.492
#> GSM311738 1 0.2173 0.876 0.944 0.008 0.048
#> GSM311739 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311740 2 0.1643 0.897 0.000 0.956 0.044
#> GSM311741 2 0.1337 0.914 0.012 0.972 0.016
#> GSM311742 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 2 0.4558 0.825 0.100 0.856 0.044
#> GSM311746 2 0.0592 0.916 0.012 0.988 0.000
#> GSM311747 1 0.3692 0.866 0.896 0.056 0.048
#> GSM311748 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311750 2 0.0892 0.915 0.020 0.980 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.7619 0.285 0.532 0.424 0.044
#> GSM311753 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.3193 0.858 0.004 0.896 0.100
#> GSM311755 3 0.4452 0.695 0.000 0.192 0.808
#> GSM311756 2 0.1182 0.915 0.012 0.976 0.012
#> GSM311757 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.1753 0.875 0.952 0.000 0.048
#> GSM311759 2 0.1643 0.897 0.000 0.956 0.044
#> GSM311760 2 0.1411 0.913 0.036 0.964 0.000
#> GSM311668 2 0.1529 0.901 0.000 0.960 0.040
#> GSM311715 2 0.1711 0.905 0.008 0.960 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 2 0.7460 0.27936 0.184 0.468 0.000 0.348
#> GSM311599 4 0.7138 0.08333 0.164 0.000 0.296 0.540
#> GSM311600 4 0.7239 0.04184 0.248 0.208 0.000 0.544
#> GSM311601 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311603 1 0.3908 0.73091 0.784 0.004 0.000 0.212
#> GSM311604 2 0.0188 0.70505 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311605 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0707 0.71281 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311607 3 0.0188 0.89580 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311608 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 3 0.4761 0.54047 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM311610 2 0.4933 0.45864 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM311611 3 0.0188 0.89580 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311612 3 0.0188 0.89580 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311613 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.0188 0.89541 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311615 2 0.7900 0.04389 0.344 0.360 0.000 0.296
#> GSM311616 2 0.3726 0.74451 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311617 2 0.3873 0.73991 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311618 2 0.3528 0.74843 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311619 2 0.3873 0.73413 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311620 2 0.3569 0.74812 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM311621 2 0.3528 0.74843 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311622 4 0.5151 -0.16690 0.004 0.464 0.000 0.532
#> GSM311623 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311625 4 0.4991 -0.03043 0.004 0.388 0.000 0.608
#> GSM311626 4 0.4134 0.01733 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM311627 1 0.5929 0.57404 0.596 0.048 0.000 0.356
#> GSM311628 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311629 4 0.4961 -0.11227 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311630 4 0.4406 -0.06203 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM311631 2 0.0336 0.70351 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311632 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.4730 0.57735 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311634 2 0.4990 0.62912 0.008 0.640 0.000 0.352
#> GSM311635 4 0.4941 -0.07475 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM311636 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311637 3 0.4855 0.50226 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM311638 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311639 2 0.4304 0.69795 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311640 1 0.3837 0.54515 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM311641 2 0.2011 0.73259 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311642 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 2 0.3610 0.74841 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311644 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311645 4 0.1004 0.43938 0.000 0.024 0.004 0.972
#> GSM311646 2 0.4477 0.67639 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM311647 3 0.5193 0.46280 0.000 0.008 0.580 0.412
#> GSM311648 4 0.4222 0.31110 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM311649 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.3649 0.74564 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM311652 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 2 0.4008 0.72581 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM311654 4 0.4814 0.25638 0.000 0.316 0.008 0.676
#> GSM311655 3 0.4888 0.48690 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM311656 4 0.4163 0.43034 0.020 0.188 0.000 0.792
#> GSM311657 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.3764 0.74243 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311660 4 0.7573 -0.09049 0.332 0.208 0.000 0.460
#> GSM311661 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.5000 0.23975 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM311663 2 0.0188 0.70505 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311664 1 0.4955 0.26011 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM311665 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311666 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3400 0.74172 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM311669 2 0.4072 0.72240 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM311670 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.7647 0.22518 0.404 0.208 0.000 0.388
#> GSM311672 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.3649 0.74634 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM311674 4 0.4372 0.00149 0.268 0.000 0.004 0.728
#> GSM311675 1 0.6194 0.61320 0.644 0.096 0.000 0.260
#> GSM311676 2 0.3569 0.74865 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM311677 1 0.7881 -0.20178 0.384 0.296 0.000 0.320
#> GSM311678 2 0.0895 0.71249 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM311679 3 0.4933 0.45359 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM311680 2 0.0188 0.70505 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311681 4 0.5113 -0.01207 0.264 0.000 0.032 0.704
#> GSM311682 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311683 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0336 0.70353 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311685 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311686 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 2 0.7785 0.20013 0.248 0.404 0.000 0.348
#> GSM311688 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 4 0.4741 0.35088 0.028 0.228 0.000 0.744
#> GSM311690 3 0.4967 0.41909 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM311691 2 0.4164 0.42139 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM311692 4 0.5105 -0.19304 0.000 0.004 0.432 0.564
#> GSM311693 2 0.3764 0.74222 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311694 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 3 0.3801 0.72461 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM311696 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311697 3 0.5143 0.36738 0.000 0.004 0.540 0.456
#> GSM311698 4 0.5167 -0.21338 0.000 0.488 0.004 0.508
#> GSM311699 2 0.3942 0.72945 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311700 1 0.3975 0.72035 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311701 2 0.0000 0.70478 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0336 0.70353 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311703 2 0.0188 0.70505 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0188 0.70505 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311706 1 0.4304 0.69405 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM311707 1 0.4193 0.70404 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311708 2 0.4720 0.66672 0.004 0.672 0.000 0.324
#> GSM311709 2 0.4222 0.70618 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM311710 4 0.7325 0.00525 0.264 0.208 0.000 0.528
#> GSM311711 4 0.6979 -0.00725 0.120 0.376 0.000 0.504
#> GSM311712 4 0.7250 0.30000 0.000 0.236 0.220 0.544
#> GSM311713 4 0.7069 0.11460 0.144 0.324 0.000 0.532
#> GSM311714 2 0.3610 0.74802 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311716 4 0.2714 0.48105 0.000 0.112 0.004 0.884
#> GSM311717 1 0.1182 0.76098 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311718 1 0.3649 0.73402 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311719 4 0.5228 -0.02179 0.268 0.000 0.036 0.696
#> GSM311720 4 0.2542 0.44691 0.012 0.084 0.000 0.904
#> GSM311721 2 0.5000 0.22382 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM311722 3 0.4877 0.49101 0.000 0.000 0.592 0.408
#> GSM311723 1 0.4331 0.69146 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM311724 2 0.4888 0.39561 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM311725 2 0.7561 0.29314 0.200 0.452 0.000 0.348
#> GSM311726 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0188 0.89580 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311728 4 0.4477 0.25675 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM311729 4 0.7619 -0.17676 0.356 0.208 0.000 0.436
#> GSM311730 2 0.1978 0.72863 0.004 0.928 0.000 0.068
#> GSM311731 2 0.4564 0.66103 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM311732 4 0.3402 0.44960 0.000 0.164 0.004 0.832
#> GSM311733 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 4 0.5512 0.44870 0.000 0.100 0.172 0.728
#> GSM311735 2 0.1211 0.71991 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311736 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.4775 0.41288 0.000 0.076 0.140 0.784
#> GSM311738 1 0.2149 0.75470 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311739 2 0.3528 0.74843 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311740 4 0.4564 0.22575 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM311741 2 0.4331 0.69290 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM311742 2 0.3528 0.74843 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311743 3 0.0188 0.89580 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311744 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.7238 0.02555 0.160 0.332 0.000 0.508
#> GSM311746 2 0.4955 0.44329 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM311747 4 0.7283 -0.05705 0.292 0.184 0.000 0.524
#> GSM311748 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 4 0.5000 -0.26402 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM311751 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.7412 0.20660 0.504 0.200 0.000 0.296
#> GSM311753 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 4 0.5147 -0.13418 0.000 0.460 0.004 0.536
#> GSM311755 4 0.7441 0.28091 0.000 0.180 0.352 0.468
#> GSM311756 2 0.4382 0.69249 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM311757 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0188 0.76617 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311759 4 0.4103 0.33712 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM311760 2 0.5411 0.65633 0.032 0.656 0.000 0.312
#> GSM311668 2 0.4985 0.39043 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311715 2 0.4661 0.63651 0.000 0.652 0.000 0.348
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.6450 0.2602 0.036 0.088 0.000 0.348 0.528
#> GSM311599 4 0.7114 0.2796 0.008 0.020 0.232 0.500 0.240
#> GSM311600 5 0.5366 -0.1521 0.008 0.036 0.000 0.464 0.492
#> GSM311601 3 0.2648 0.8346 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM311602 1 0.2891 0.9125 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311603 5 0.3336 0.4828 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM311604 2 0.0290 0.7119 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311605 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311606 2 0.1732 0.7162 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311607 3 0.0671 0.8539 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM311608 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311609 3 0.4535 0.7738 0.008 0.016 0.716 0.252 0.008
#> GSM311610 2 0.6949 0.4459 0.036 0.520 0.000 0.268 0.176
#> GSM311611 3 0.1892 0.8508 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> GSM311612 3 0.1124 0.8528 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> GSM311613 3 0.2690 0.8329 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM311614 3 0.1809 0.8474 0.060 0.000 0.928 0.012 0.000
#> GSM311615 4 0.7508 0.3100 0.036 0.328 0.000 0.360 0.276
#> GSM311616 2 0.5693 0.6333 0.052 0.660 0.000 0.240 0.048
#> GSM311617 2 0.6526 0.5606 0.052 0.592 0.000 0.248 0.108
#> GSM311618 2 0.4215 0.7024 0.052 0.772 0.000 0.172 0.004
#> GSM311619 2 0.4533 0.6533 0.032 0.704 0.000 0.260 0.004
#> GSM311620 2 0.2864 0.7250 0.024 0.864 0.000 0.112 0.000
#> GSM311621 2 0.4461 0.6756 0.052 0.728 0.000 0.220 0.000
#> GSM311622 2 0.2929 0.7002 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM311623 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311624 1 0.2891 0.9125 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311625 4 0.5531 0.5225 0.000 0.120 0.000 0.632 0.248
#> GSM311626 4 0.5942 0.2049 0.008 0.024 0.036 0.504 0.428
#> GSM311627 5 0.2470 0.6486 0.012 0.000 0.000 0.104 0.884
#> GSM311628 3 0.4155 0.8066 0.032 0.000 0.776 0.180 0.012
#> GSM311629 2 0.4251 0.5909 0.000 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM311630 5 0.1012 0.6575 0.012 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM311631 2 0.0880 0.7021 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311632 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311633 2 0.4442 0.6377 0.016 0.676 0.000 0.304 0.004
#> GSM311634 4 0.4046 0.5410 0.000 0.296 0.000 0.696 0.008
#> GSM311635 4 0.3366 0.5972 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM311636 3 0.3048 0.8233 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> GSM311637 3 0.3499 0.7654 0.008 0.016 0.840 0.124 0.012
#> GSM311638 1 0.3452 0.8842 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM311639 2 0.3274 0.6917 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM311640 1 0.3242 0.9060 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM311641 2 0.3523 0.7099 0.032 0.824 0.000 0.140 0.004
#> GSM311642 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311643 2 0.6438 0.5757 0.052 0.604 0.000 0.240 0.104
#> GSM311644 3 0.4709 0.7891 0.060 0.000 0.748 0.176 0.016
#> GSM311645 4 0.4719 0.5045 0.004 0.024 0.016 0.716 0.240
#> GSM311646 4 0.4150 0.3495 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM311647 3 0.6839 0.2194 0.000 0.268 0.424 0.304 0.004
#> GSM311648 4 0.3491 0.5998 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> GSM311649 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311650 2 0.1662 0.7169 0.004 0.936 0.000 0.056 0.004
#> GSM311651 2 0.4782 0.6632 0.048 0.708 0.000 0.236 0.008
#> GSM311652 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311653 2 0.6192 0.5692 0.032 0.604 0.000 0.264 0.100
#> GSM311654 2 0.5726 0.4885 0.000 0.548 0.080 0.368 0.004
#> GSM311655 4 0.5593 -0.3150 0.008 0.000 0.440 0.500 0.052
#> GSM311656 4 0.4087 0.5279 0.000 0.036 0.000 0.756 0.208
#> GSM311657 2 0.0290 0.7133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311658 2 0.0162 0.7123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311659 4 0.4283 0.1840 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM311660 5 0.1830 0.6646 0.008 0.000 0.000 0.068 0.924
#> GSM311661 2 0.0000 0.7145 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.3109 0.6919 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM311663 2 0.0880 0.7113 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311664 1 0.4455 0.7023 0.588 0.000 0.000 0.008 0.404
#> GSM311665 1 0.2966 0.9145 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM311666 2 0.0162 0.7139 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311667 5 0.3242 0.5054 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM311669 2 0.6426 0.5314 0.036 0.576 0.000 0.280 0.108
#> GSM311670 3 0.2732 0.8313 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM311671 5 0.0703 0.6572 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311672 2 0.0290 0.7133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311673 2 0.4729 0.6647 0.052 0.708 0.000 0.236 0.004
#> GSM311674 5 0.0693 0.6568 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> GSM311675 5 0.2280 0.6211 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM311676 2 0.6325 0.5878 0.052 0.616 0.000 0.236 0.096
#> GSM311677 5 0.6503 0.2922 0.040 0.092 0.000 0.328 0.540
#> GSM311678 2 0.1732 0.7137 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311679 3 0.4310 0.3447 0.000 0.000 0.604 0.392 0.004
#> GSM311680 2 0.0290 0.7119 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311681 5 0.2124 0.6259 0.056 0.000 0.000 0.028 0.916
#> GSM311682 1 0.2966 0.9145 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM311683 3 0.2732 0.8313 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM311684 2 0.0609 0.7076 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311685 1 0.2891 0.9125 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311686 1 0.3177 0.9082 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM311687 4 0.4313 0.5583 0.008 0.276 0.000 0.704 0.012
#> GSM311688 3 0.2389 0.8439 0.004 0.000 0.880 0.116 0.000
#> GSM311689 4 0.4786 0.4325 0.000 0.040 0.000 0.652 0.308
#> GSM311690 4 0.5410 0.0455 0.008 0.000 0.436 0.516 0.040
#> GSM311691 2 0.1478 0.7232 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311692 4 0.5905 0.3797 0.004 0.024 0.312 0.600 0.060
#> GSM311693 2 0.2471 0.7094 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM311694 2 0.0162 0.7123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311695 3 0.6685 0.6460 0.060 0.000 0.600 0.188 0.152
#> GSM311696 2 0.1059 0.7183 0.004 0.968 0.000 0.020 0.008
#> GSM311697 3 0.4294 0.6822 0.000 0.072 0.776 0.148 0.004
#> GSM311698 2 0.3953 0.6931 0.000 0.784 0.048 0.168 0.000
#> GSM311699 2 0.6322 0.5802 0.052 0.608 0.000 0.252 0.088
#> GSM311700 5 0.2179 0.6280 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM311701 2 0.0833 0.7153 0.004 0.976 0.000 0.016 0.004
#> GSM311702 2 0.0404 0.7108 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311703 2 0.0794 0.7043 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.8532 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0404 0.7108 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311706 5 0.2127 0.6308 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM311707 5 0.2280 0.6213 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> GSM311708 4 0.4088 0.4672 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM311709 2 0.4617 0.3731 0.012 0.552 0.000 0.436 0.000
#> GSM311710 5 0.2141 0.6446 0.016 0.004 0.000 0.064 0.916
#> GSM311711 4 0.6347 0.3830 0.080 0.056 0.000 0.600 0.264
#> GSM311712 2 0.7059 0.3414 0.000 0.480 0.156 0.324 0.040
#> GSM311713 5 0.5307 0.4141 0.028 0.024 0.000 0.332 0.616
#> GSM311714 2 0.6394 0.5792 0.052 0.608 0.000 0.240 0.100
#> GSM311716 4 0.6139 0.5178 0.012 0.124 0.012 0.632 0.220
#> GSM311717 1 0.4171 0.6481 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM311718 5 0.4283 -0.2081 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM311719 5 0.4574 0.4018 0.060 0.000 0.008 0.184 0.748
#> GSM311720 4 0.4546 0.4326 0.000 0.028 0.000 0.668 0.304
#> GSM311721 2 0.3462 0.6966 0.000 0.792 0.012 0.196 0.000
#> GSM311722 3 0.5234 0.1900 0.008 0.012 0.532 0.436 0.012
#> GSM311723 5 0.1908 0.6395 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM311724 2 0.2377 0.7082 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM311725 5 0.6577 0.1320 0.036 0.092 0.000 0.392 0.480
#> GSM311726 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311727 3 0.2068 0.8488 0.004 0.000 0.904 0.092 0.000
#> GSM311728 4 0.3491 0.6005 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> GSM311729 5 0.0798 0.6653 0.008 0.000 0.000 0.016 0.976
#> GSM311730 2 0.1792 0.7145 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311731 4 0.4865 0.4472 0.032 0.324 0.000 0.640 0.004
#> GSM311732 2 0.6958 0.2412 0.008 0.428 0.008 0.372 0.184
#> GSM311733 3 0.3722 0.8133 0.024 0.000 0.796 0.176 0.004
#> GSM311734 2 0.8328 0.0691 0.000 0.364 0.200 0.272 0.164
#> GSM311735 2 0.1792 0.7145 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311736 3 0.2605 0.8356 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM311737 2 0.8717 -0.1411 0.008 0.296 0.236 0.176 0.284
#> GSM311738 5 0.3913 0.1514 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM311739 2 0.4785 0.6856 0.052 0.732 0.000 0.200 0.016
#> GSM311740 4 0.3366 0.5979 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004
#> GSM311741 4 0.5848 0.5336 0.032 0.208 0.000 0.660 0.100
#> GSM311742 2 0.5487 0.6433 0.052 0.672 0.000 0.240 0.036
#> GSM311743 3 0.1041 0.8541 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> GSM311744 3 0.2605 0.8360 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM311745 5 0.6081 0.1999 0.032 0.056 0.000 0.392 0.520
#> GSM311746 2 0.6939 0.4306 0.032 0.512 0.000 0.276 0.180
#> GSM311747 5 0.0162 0.6587 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311748 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311749 1 0.3774 0.8086 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM311750 2 0.3876 0.6320 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM311751 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311752 5 0.4605 0.5686 0.032 0.036 0.000 0.172 0.760
#> GSM311753 3 0.1697 0.8487 0.060 0.000 0.932 0.008 0.000
#> GSM311754 2 0.5086 0.6389 0.000 0.684 0.076 0.236 0.004
#> GSM311755 3 0.5129 0.6888 0.060 0.056 0.744 0.140 0.000
#> GSM311756 2 0.6880 0.3510 0.032 0.484 0.000 0.340 0.144
#> GSM311757 3 0.1478 0.8528 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM311758 1 0.2891 0.9125 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311759 4 0.3461 0.6011 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004
#> GSM311760 4 0.4434 0.4521 0.004 0.348 0.000 0.640 0.008
#> GSM311668 4 0.7292 -0.0438 0.032 0.360 0.000 0.396 0.212
#> GSM311715 4 0.5287 0.5831 0.028 0.192 0.000 0.708 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.4092 0.3097 0.000 0.000 0.020 0.636 0.344 0.000
#> GSM311599 3 0.5792 0.3618 0.000 0.292 0.544 0.004 0.152 0.008
#> GSM311600 5 0.6430 0.1597 0.004 0.168 0.048 0.252 0.528 0.000
#> GSM311601 6 0.0937 0.8034 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM311602 1 0.0508 0.9262 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM311603 5 0.1765 0.7976 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM311604 2 0.2182 0.7855 0.004 0.900 0.020 0.076 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.2300 0.7861 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM311606 2 0.0858 0.8051 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.2883 0.7630 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM311608 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311609 6 0.0935 0.7885 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964
#> GSM311610 4 0.1010 0.7327 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> GSM311611 6 0.3717 0.3568 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311612 3 0.2730 0.7856 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM311613 6 0.0865 0.8051 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311614 3 0.2300 0.7861 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM311615 4 0.6437 0.4459 0.004 0.276 0.024 0.476 0.220 0.000
#> GSM311616 4 0.1204 0.7305 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.1141 0.7315 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM311618 4 0.2980 0.6677 0.000 0.192 0.008 0.800 0.000 0.000
#> GSM311619 4 0.3560 0.6058 0.008 0.256 0.004 0.732 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.3772 0.4334 0.004 0.672 0.004 0.320 0.000 0.000
#> GSM311621 4 0.3582 0.6497 0.008 0.192 0.024 0.776 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.2563 0.7931 0.008 0.880 0.084 0.028 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311624 1 0.0508 0.9262 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM311625 4 0.4918 0.6154 0.000 0.060 0.052 0.704 0.184 0.000
#> GSM311626 3 0.7595 0.0484 0.004 0.292 0.320 0.132 0.252 0.000
#> GSM311627 5 0.2793 0.7082 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM311628 6 0.0146 0.8022 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311629 4 0.4886 0.2796 0.000 0.432 0.060 0.508 0.000 0.000
#> GSM311630 5 0.0692 0.8144 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM311631 2 0.1313 0.8032 0.004 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311633 4 0.3333 0.6614 0.000 0.192 0.024 0.784 0.000 0.000
#> GSM311634 2 0.3065 0.7595 0.008 0.848 0.096 0.048 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.2791 0.7656 0.008 0.852 0.124 0.016 0.000 0.000
#> GSM311636 6 0.0363 0.8069 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311637 3 0.4765 0.6842 0.000 0.104 0.692 0.004 0.004 0.196
#> GSM311638 1 0.0458 0.9258 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311639 2 0.2177 0.8005 0.008 0.908 0.052 0.032 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.0790 0.9152 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311641 2 0.4515 0.4574 0.008 0.608 0.028 0.356 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311643 4 0.1444 0.7276 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.0260 0.8002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311645 4 0.6648 0.3868 0.000 0.312 0.052 0.448 0.188 0.000
#> GSM311646 2 0.2978 0.7686 0.008 0.856 0.084 0.052 0.000 0.000
#> GSM311647 6 0.3987 0.5774 0.000 0.004 0.040 0.224 0.000 0.732
#> GSM311648 2 0.3142 0.7591 0.008 0.848 0.096 0.044 0.004 0.000
#> GSM311649 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311650 4 0.3571 0.6323 0.004 0.216 0.020 0.760 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.2520 0.6959 0.004 0.152 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311653 4 0.0865 0.7323 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311654 4 0.5579 0.2830 0.000 0.408 0.064 0.496 0.000 0.032
#> GSM311655 6 0.2006 0.7632 0.000 0.004 0.060 0.004 0.016 0.916
#> GSM311656 4 0.6649 0.4057 0.000 0.296 0.076 0.480 0.148 0.000
#> GSM311657 2 0.3872 0.5925 0.004 0.712 0.020 0.264 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.3997 0.5472 0.004 0.688 0.020 0.288 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.2760 0.7778 0.008 0.872 0.068 0.052 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.1387 0.8013 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM311661 2 0.3864 0.4624 0.004 0.648 0.004 0.344 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.2322 0.7964 0.004 0.896 0.064 0.036 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.1155 0.8042 0.004 0.956 0.004 0.036 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.2793 0.7431 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311665 1 0.0363 0.9264 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311666 2 0.3844 0.5129 0.004 0.676 0.008 0.312 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.1501 0.8103 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM311669 4 0.0865 0.7323 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311670 6 0.0547 0.8072 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311671 5 0.0405 0.8181 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM311672 2 0.4266 0.4332 0.004 0.620 0.020 0.356 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.2907 0.6842 0.000 0.152 0.020 0.828 0.000 0.000
#> GSM311674 5 0.1003 0.8143 0.000 0.000 0.020 0.016 0.964 0.000
#> GSM311675 5 0.1204 0.8177 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM311676 4 0.1444 0.7276 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311677 4 0.4227 0.3102 0.000 0.004 0.020 0.632 0.344 0.000
#> GSM311678 2 0.0632 0.8057 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.2543 0.7570 0.000 0.004 0.868 0.004 0.008 0.116
#> GSM311680 2 0.2069 0.7899 0.004 0.908 0.020 0.068 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.2147 0.7738 0.000 0.000 0.020 0.000 0.896 0.084
#> GSM311682 1 0.0363 0.9264 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311683 6 0.0458 0.8073 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM311684 2 0.1442 0.8030 0.004 0.944 0.012 0.040 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0508 0.9262 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM311686 1 0.0458 0.9258 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311687 2 0.3247 0.7575 0.008 0.844 0.080 0.064 0.004 0.000
#> GSM311688 6 0.3620 0.4206 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311689 4 0.6681 0.3834 0.000 0.300 0.048 0.440 0.212 0.000
#> GSM311690 3 0.4689 0.6235 0.000 0.132 0.744 0.004 0.040 0.080
#> GSM311691 2 0.1806 0.7817 0.004 0.908 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.7149 0.3110 0.000 0.292 0.488 0.092 0.064 0.064
#> GSM311693 2 0.1340 0.8006 0.004 0.948 0.040 0.008 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.4227 0.4538 0.004 0.632 0.020 0.344 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.1327 0.7551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM311696 2 0.4371 0.3518 0.004 0.580 0.020 0.396 0.000 0.000
#> GSM311697 6 0.7344 -0.0952 0.000 0.124 0.328 0.204 0.000 0.344
#> GSM311698 2 0.4072 0.7549 0.000 0.784 0.088 0.104 0.000 0.024
#> GSM311699 4 0.0865 0.7323 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311700 5 0.1349 0.8175 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000
#> GSM311701 2 0.4437 0.2517 0.004 0.540 0.020 0.436 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.1536 0.8019 0.004 0.940 0.016 0.040 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.1464 0.8027 0.004 0.944 0.016 0.036 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2730 0.7856 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM311705 2 0.1536 0.8021 0.004 0.940 0.016 0.040 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.1141 0.8188 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM311707 5 0.1204 0.8177 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM311708 2 0.3065 0.7595 0.008 0.848 0.096 0.048 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.4434 0.2919 0.000 0.428 0.028 0.544 0.000 0.000
#> GSM311710 5 0.1194 0.8141 0.008 0.000 0.004 0.032 0.956 0.000
#> GSM311711 4 0.7302 0.3678 0.040 0.304 0.048 0.428 0.180 0.000
#> GSM311712 4 0.4263 0.5117 0.000 0.008 0.032 0.684 0.000 0.276
#> GSM311713 5 0.4371 0.3999 0.000 0.004 0.020 0.396 0.580 0.000
#> GSM311714 4 0.1387 0.7287 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM311716 4 0.3995 0.6759 0.000 0.012 0.032 0.800 0.120 0.036
#> GSM311717 1 0.1267 0.8975 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM311718 5 0.2260 0.7626 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM311719 5 0.4338 0.1071 0.000 0.000 0.020 0.000 0.496 0.484
#> GSM311720 4 0.6671 0.3749 0.000 0.312 0.048 0.436 0.204 0.000
#> GSM311721 2 0.3004 0.7915 0.004 0.860 0.080 0.048 0.000 0.008
#> GSM311722 3 0.5227 0.5214 0.000 0.224 0.648 0.004 0.012 0.112
#> GSM311723 5 0.1141 0.8189 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM311724 2 0.1080 0.8065 0.004 0.960 0.004 0.032 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.1826 0.6998 0.000 0.004 0.020 0.924 0.052 0.000
#> GSM311726 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311727 6 0.3672 0.3963 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM311728 2 0.2904 0.7654 0.008 0.852 0.112 0.028 0.000 0.000
#> GSM311729 5 0.0632 0.8181 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311730 2 0.0777 0.8059 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.4500 0.3896 0.000 0.392 0.036 0.572 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.3128 0.7096 0.000 0.012 0.040 0.860 0.076 0.012
#> GSM311733 6 0.0260 0.8061 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311734 4 0.4090 0.6484 0.000 0.008 0.036 0.772 0.020 0.164
#> GSM311735 2 0.0777 0.8059 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.0865 0.8051 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311737 4 0.5878 0.3667 0.000 0.008 0.028 0.564 0.100 0.300
#> GSM311738 1 0.4946 0.1606 0.528 0.000 0.000 0.068 0.404 0.000
#> GSM311739 4 0.2053 0.7151 0.004 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM311740 4 0.5376 0.2246 0.008 0.440 0.084 0.468 0.000 0.000
#> GSM311741 4 0.1564 0.7210 0.000 0.024 0.040 0.936 0.000 0.000
#> GSM311742 4 0.1444 0.7273 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311743 6 0.3868 -0.0184 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM311744 6 0.1387 0.7866 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311745 4 0.2492 0.6779 0.000 0.004 0.020 0.876 0.100 0.000
#> GSM311746 4 0.1245 0.7318 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016 0.000
#> GSM311747 5 0.0748 0.8150 0.000 0.000 0.016 0.004 0.976 0.004
#> GSM311748 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311749 5 0.3804 0.2783 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM311750 2 0.3052 0.7809 0.008 0.852 0.076 0.064 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.2597 0.7979 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM311752 5 0.3309 0.6264 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM311753 3 0.2562 0.8004 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311754 2 0.5621 0.3713 0.000 0.584 0.104 0.284 0.000 0.028
#> GSM311755 3 0.2879 0.6903 0.008 0.056 0.864 0.000 0.000 0.072
#> GSM311756 4 0.0260 0.7272 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311757 6 0.1910 0.7544 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM311758 1 0.0508 0.9262 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM311759 2 0.3065 0.7595 0.008 0.848 0.096 0.048 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.3115 0.7606 0.012 0.848 0.092 0.048 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.0405 0.7273 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM311715 4 0.4482 0.4609 0.000 0.324 0.048 0.628 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:mclust 145 0.2873 2
#> CV:mclust 152 0.4017 3
#> CV:mclust 105 0.5860 4
#> CV:mclust 126 0.0673 5
#> CV:mclust 127 0.6376 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.501 0.798 0.904 0.4956 0.499 0.499
#> 3 3 0.725 0.797 0.910 0.3332 0.676 0.440
#> 4 4 0.648 0.624 0.833 0.1261 0.778 0.448
#> 5 5 0.698 0.648 0.829 0.0687 0.847 0.495
#> 6 6 0.676 0.538 0.749 0.0364 0.920 0.648
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 2 0.8555 0.508 0.280 0.720
#> GSM311599 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311601 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311602 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311604 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311606 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311609 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.7299 0.799 0.796 0.204
#> GSM311611 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.0938 0.857 0.988 0.012
#> GSM311613 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311614 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311615 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311617 1 0.9710 0.495 0.600 0.400
#> GSM311618 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311624 1 0.7299 0.799 0.796 0.204
#> GSM311625 1 0.7602 0.785 0.780 0.220
#> GSM311626 1 0.7376 0.796 0.792 0.208
#> GSM311627 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311628 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.5842 0.795 0.140 0.860
#> GSM311630 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.9209 0.559 0.336 0.664
#> GSM311633 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.7815 0.771 0.768 0.232
#> GSM311639 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311640 1 0.9998 0.155 0.508 0.492
#> GSM311641 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.9686 0.444 0.396 0.604
#> GSM311643 2 0.9522 0.252 0.372 0.628
#> GSM311644 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.5408 0.831 0.876 0.124
#> GSM311646 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.1633 0.889 0.024 0.976
#> GSM311649 2 0.9635 0.461 0.388 0.612
#> GSM311650 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311652 2 1.0000 0.169 0.496 0.504
#> GSM311653 2 0.0938 0.896 0.012 0.988
#> GSM311654 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311655 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.2236 0.878 0.036 0.964
#> GSM311657 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0376 0.902 0.004 0.996
#> GSM311663 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> GSM311665 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311666 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311669 1 0.9661 0.512 0.608 0.392
#> GSM311670 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.2043 0.857 0.968 0.032
#> GSM311672 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311676 2 0.6438 0.724 0.164 0.836
#> GSM311677 2 0.0672 0.899 0.008 0.992
#> GSM311678 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.9608 0.251 0.616 0.384
#> GSM311680 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311683 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311686 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.9850 0.434 0.572 0.428
#> GSM311690 1 0.7219 0.666 0.800 0.200
#> GSM311691 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0938 0.857 0.988 0.012
#> GSM311693 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0938 0.857 0.988 0.012
#> GSM311698 2 0.6623 0.764 0.172 0.828
#> GSM311699 2 0.0376 0.902 0.004 0.996
#> GSM311700 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311701 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311707 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311708 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.3733 0.847 0.928 0.072
#> GSM311711 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311712 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311713 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311714 2 0.8763 0.469 0.296 0.704
#> GSM311716 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.4298 0.829 0.088 0.912
#> GSM311718 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311719 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.6887 0.795 0.816 0.184
#> GSM311721 2 0.7056 0.744 0.192 0.808
#> GSM311722 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311724 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311725 2 0.9998 -0.205 0.492 0.508
#> GSM311726 2 0.9710 0.436 0.400 0.600
#> GSM311727 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311730 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311738 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311739 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.0376 0.902 0.004 0.996
#> GSM311741 2 0.7602 0.632 0.220 0.780
#> GSM311742 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311743 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.9460 0.570 0.636 0.364
#> GSM311746 1 0.8386 0.726 0.732 0.268
#> GSM311747 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9710 0.436 0.400 0.600
#> GSM311749 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311750 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311751 1 0.9833 0.117 0.576 0.424
#> GSM311752 1 0.7299 0.799 0.796 0.204
#> GSM311753 2 0.9896 0.339 0.440 0.560
#> GSM311754 2 0.6973 0.748 0.188 0.812
#> GSM311755 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> GSM311756 1 0.9460 0.570 0.636 0.364
#> GSM311757 1 0.0000 0.862 1.000 0.000
#> GSM311758 2 0.5408 0.789 0.124 0.876
#> GSM311759 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.7219 0.802 0.800 0.200
#> GSM311715 2 0.0000 0.905 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.5016 0.6907 0.760 0.240 0.000
#> GSM311599 3 0.4618 0.7997 0.136 0.024 0.840
#> GSM311600 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311601 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311602 1 0.6081 0.4587 0.652 0.344 0.004
#> GSM311603 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311604 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311605 3 0.4235 0.7822 0.000 0.176 0.824
#> GSM311606 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311607 3 0.0237 0.9108 0.000 0.004 0.996
#> GSM311608 3 0.5859 0.5135 0.000 0.344 0.656
#> GSM311609 3 0.3340 0.8255 0.120 0.000 0.880
#> GSM311610 1 0.5348 0.7435 0.796 0.176 0.028
#> GSM311611 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311612 3 0.0424 0.9098 0.000 0.008 0.992
#> GSM311613 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311614 3 0.5216 0.6700 0.000 0.260 0.740
#> GSM311615 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311616 2 0.5291 0.5710 0.268 0.732 0.000
#> GSM311617 1 0.5138 0.6755 0.748 0.252 0.000
#> GSM311618 2 0.1411 0.9122 0.036 0.964 0.000
#> GSM311619 2 0.1031 0.9216 0.024 0.976 0.000
#> GSM311620 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311621 2 0.0892 0.9242 0.020 0.980 0.000
#> GSM311622 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311623 3 0.5098 0.6887 0.000 0.248 0.752
#> GSM311624 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311625 1 0.0237 0.8388 0.996 0.004 0.000
#> GSM311626 1 0.5803 0.6716 0.760 0.212 0.028
#> GSM311627 1 0.0237 0.8395 0.996 0.000 0.004
#> GSM311628 3 0.0892 0.9065 0.020 0.000 0.980
#> GSM311629 2 0.0747 0.9229 0.000 0.984 0.016
#> GSM311630 1 0.1163 0.8286 0.972 0.000 0.028
#> GSM311631 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311632 3 0.2066 0.8836 0.000 0.060 0.940
#> GSM311633 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311634 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311635 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311636 3 0.0424 0.9111 0.008 0.000 0.992
#> GSM311637 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311638 1 0.0475 0.8399 0.992 0.004 0.004
#> GSM311639 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311640 2 0.8844 -0.0589 0.440 0.444 0.116
#> GSM311641 2 0.0892 0.9242 0.020 0.980 0.000
#> GSM311642 3 0.1411 0.8986 0.000 0.036 0.964
#> GSM311643 1 0.5397 0.6387 0.720 0.280 0.000
#> GSM311644 3 0.0747 0.9082 0.016 0.000 0.984
#> GSM311645 1 0.0892 0.8354 0.980 0.000 0.020
#> GSM311646 2 0.1129 0.9183 0.020 0.976 0.004
#> GSM311647 3 0.1529 0.8953 0.040 0.000 0.960
#> GSM311648 2 0.4270 0.7966 0.024 0.860 0.116
#> GSM311649 3 0.3551 0.8258 0.000 0.132 0.868
#> GSM311650 2 0.1031 0.9216 0.024 0.976 0.000
#> GSM311651 2 0.1163 0.9187 0.028 0.972 0.000
#> GSM311652 3 0.0747 0.9079 0.000 0.016 0.984
#> GSM311653 2 0.5621 0.4808 0.308 0.692 0.000
#> GSM311654 3 0.3192 0.8456 0.000 0.112 0.888
#> GSM311655 3 0.0424 0.9111 0.008 0.000 0.992
#> GSM311656 2 0.6516 0.0260 0.480 0.516 0.004
#> GSM311657 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311658 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.1753 0.8194 0.952 0.000 0.048
#> GSM311661 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311662 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311663 2 0.0237 0.9301 0.004 0.996 0.000
#> GSM311664 1 0.6421 0.1972 0.572 0.004 0.424
#> GSM311665 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311667 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311669 1 0.5678 0.5818 0.684 0.316 0.000
#> GSM311670 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311671 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311672 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311673 2 0.1163 0.9189 0.028 0.972 0.000
#> GSM311674 3 0.1411 0.8984 0.036 0.000 0.964
#> GSM311675 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311676 1 0.6192 0.3718 0.580 0.420 0.000
#> GSM311677 1 0.4796 0.7141 0.780 0.220 0.000
#> GSM311678 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311679 3 0.0747 0.9079 0.000 0.016 0.984
#> GSM311680 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311681 3 0.6302 0.0966 0.480 0.000 0.520
#> GSM311682 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311683 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311684 2 0.0237 0.9301 0.004 0.996 0.000
#> GSM311685 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311686 2 0.6432 0.2098 0.428 0.568 0.004
#> GSM311687 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311688 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311689 1 0.0892 0.8373 0.980 0.020 0.000
#> GSM311690 3 0.3340 0.8367 0.000 0.120 0.880
#> GSM311691 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311692 3 0.0424 0.9098 0.000 0.008 0.992
#> GSM311693 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311694 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311695 3 0.4555 0.7269 0.200 0.000 0.800
#> GSM311696 2 0.1031 0.9216 0.024 0.976 0.000
#> GSM311697 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311698 2 0.0237 0.9296 0.000 0.996 0.004
#> GSM311699 1 0.6280 0.2707 0.540 0.460 0.000
#> GSM311700 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311701 2 0.0892 0.9242 0.020 0.980 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0475 0.9116 0.004 0.004 0.992
#> GSM311705 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> GSM311706 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311707 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311708 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311709 2 0.1031 0.9216 0.024 0.976 0.000
#> GSM311710 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311711 1 0.2796 0.8057 0.908 0.092 0.000
#> GSM311712 3 0.6468 0.2268 0.444 0.004 0.552
#> GSM311713 1 0.1643 0.8322 0.956 0.044 0.000
#> GSM311714 1 0.6225 0.3420 0.568 0.432 0.000
#> GSM311716 1 0.5591 0.5002 0.696 0.000 0.304
#> GSM311717 1 0.6495 0.1466 0.536 0.460 0.004
#> GSM311718 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311719 1 0.6168 0.2534 0.588 0.000 0.412
#> GSM311720 1 0.4589 0.7342 0.820 0.172 0.008
#> GSM311721 2 0.0747 0.9228 0.000 0.984 0.016
#> GSM311722 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311723 1 0.0237 0.8395 0.996 0.000 0.004
#> GSM311724 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311725 1 0.3482 0.7895 0.872 0.128 0.000
#> GSM311726 3 0.1031 0.9048 0.000 0.024 0.976
#> GSM311727 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311728 2 0.0424 0.9281 0.000 0.992 0.008
#> GSM311729 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311730 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311731 2 0.1753 0.9004 0.048 0.952 0.000
#> GSM311732 3 0.1411 0.9003 0.036 0.000 0.964
#> GSM311733 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311734 3 0.2625 0.8612 0.084 0.000 0.916
#> GSM311735 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311736 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311737 3 0.6295 0.1281 0.472 0.000 0.528
#> GSM311738 1 0.1964 0.8254 0.944 0.056 0.000
#> GSM311739 2 0.5216 0.5841 0.260 0.740 0.000
#> GSM311740 2 0.0592 0.9259 0.000 0.988 0.012
#> GSM311741 1 0.5591 0.6062 0.696 0.304 0.000
#> GSM311742 1 0.6308 0.1714 0.508 0.492 0.000
#> GSM311743 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311744 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311745 1 0.0237 0.8388 0.996 0.004 0.000
#> GSM311746 1 0.1163 0.8369 0.972 0.028 0.000
#> GSM311747 1 0.0747 0.8356 0.984 0.000 0.016
#> GSM311748 3 0.1031 0.9048 0.000 0.024 0.976
#> GSM311749 1 0.0424 0.8396 0.992 0.000 0.008
#> GSM311750 2 0.0237 0.9297 0.000 0.996 0.004
#> GSM311751 3 0.0424 0.9098 0.000 0.008 0.992
#> GSM311752 1 0.1031 0.8377 0.976 0.024 0.000
#> GSM311753 3 0.0747 0.9079 0.000 0.016 0.984
#> GSM311754 2 0.2711 0.8498 0.000 0.912 0.088
#> GSM311755 2 0.4887 0.6565 0.000 0.772 0.228
#> GSM311756 1 0.4452 0.7388 0.808 0.192 0.000
#> GSM311757 3 0.0237 0.9122 0.004 0.000 0.996
#> GSM311758 1 0.6104 0.4530 0.648 0.348 0.004
#> GSM311759 2 0.0747 0.9234 0.000 0.984 0.016
#> GSM311760 2 0.0000 0.9302 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.0892 0.8383 0.980 0.020 0.000
#> GSM311715 2 0.5760 0.4406 0.328 0.672 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.5368 0.3104 0.340 0.024 0.000 0.636
#> GSM311599 1 0.4050 0.7577 0.820 0.036 0.144 0.000
#> GSM311600 1 0.0188 0.8951 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311601 3 0.0336 0.8730 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311602 1 0.0707 0.8893 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0188 0.8950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311604 2 0.4877 0.2757 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM311605 3 0.4941 0.2009 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM311606 2 0.0188 0.7354 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311607 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.4790 0.2833 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM311609 3 0.4643 0.5588 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM311610 4 0.0188 0.6673 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311611 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.4967 0.1477 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM311615 2 0.4967 0.1381 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM311616 4 0.2408 0.6479 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM311617 4 0.0000 0.6682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 4 0.4193 0.5478 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM311619 2 0.4994 -0.1320 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM311620 4 0.4985 0.1305 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311621 4 0.4643 0.4444 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311622 2 0.0188 0.7344 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311623 2 0.4948 0.1386 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4713 0.1868 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM311626 1 0.0817 0.8875 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM311627 4 0.4776 0.1014 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311628 3 0.3356 0.7548 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311629 2 0.4130 0.6832 0.000 0.828 0.064 0.108
#> GSM311630 1 0.0469 0.8930 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311631 2 0.2868 0.6892 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311632 2 0.4999 -0.0380 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM311633 4 0.4522 0.4852 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM311634 2 0.2408 0.6818 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0188 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0817 0.8673 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311637 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0188 0.7354 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311640 1 0.2921 0.7984 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.4933 0.0493 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM311642 3 0.4955 0.2013 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM311643 4 0.0000 0.6682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 3 0.1211 0.8595 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311645 4 0.7851 -0.1003 0.312 0.000 0.288 0.400
#> GSM311646 2 0.1940 0.7054 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM311647 3 0.4331 0.6419 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM311648 2 0.2329 0.7004 0.072 0.916 0.012 0.000
#> GSM311649 2 0.4933 0.1595 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM311650 4 0.4356 0.5227 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM311651 4 0.4382 0.5178 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM311652 3 0.2149 0.8146 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM311653 4 0.0707 0.6694 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311654 3 0.1576 0.8445 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM311655 3 0.0707 0.8689 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311656 1 0.2281 0.8384 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM311657 4 0.4948 0.2207 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM311658 4 0.4994 0.0888 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM311659 2 0.0817 0.7323 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311660 4 0.7249 -0.0333 0.348 0.000 0.156 0.496
#> GSM311661 4 0.4907 0.3081 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM311662 2 0.0376 0.7352 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311663 2 0.3764 0.6237 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311664 1 0.0188 0.8946 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0188 0.8946 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.4898 0.2349 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM311667 1 0.0336 0.8941 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311669 4 0.0592 0.6695 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311670 3 0.0188 0.8741 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311671 1 0.4585 0.5907 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM311672 4 0.4843 0.3378 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM311673 4 0.4277 0.5358 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM311674 3 0.4328 0.6483 0.244 0.000 0.748 0.008
#> GSM311675 1 0.1637 0.8658 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311676 4 0.1022 0.6687 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311677 4 0.5434 0.5739 0.188 0.084 0.000 0.728
#> GSM311678 2 0.0336 0.7353 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311679 3 0.3356 0.7225 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM311680 2 0.4697 0.4019 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM311681 3 0.5161 0.5993 0.024 0.000 0.676 0.300
#> GSM311682 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.4103 0.5733 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM311685 1 0.0188 0.8946 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.2081 0.8489 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.2973 0.6473 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 2 0.5193 0.1563 0.008 0.580 0.412 0.000
#> GSM311691 2 0.4776 0.3556 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM311692 3 0.0336 0.8716 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.7348 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 4 0.4941 0.2328 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM311695 3 0.4535 0.6252 0.004 0.000 0.704 0.292
#> GSM311696 4 0.4454 0.5027 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM311697 3 0.0188 0.8741 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311698 2 0.4088 0.5674 0.000 0.764 0.004 0.232
#> GSM311699 4 0.1792 0.6620 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM311700 1 0.4382 0.6407 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM311701 4 0.4406 0.5129 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM311702 2 0.3837 0.6075 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311703 2 0.4164 0.5625 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM311704 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.4382 0.5154 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM311706 1 0.0921 0.8854 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311707 1 0.0188 0.8950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311708 2 0.0188 0.7342 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.4964 0.3760 0.004 0.380 0.000 0.616
#> GSM311710 4 0.4961 -0.1346 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM311711 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.3266 0.5507 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM311713 4 0.1474 0.6514 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM311714 4 0.0188 0.6687 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311716 4 0.4699 0.2531 0.004 0.000 0.320 0.676
#> GSM311717 1 0.1474 0.8720 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.4193 0.6773 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311719 3 0.5013 0.6125 0.020 0.000 0.688 0.292
#> GSM311720 1 0.3494 0.7429 0.824 0.172 0.000 0.004
#> GSM311721 2 0.2949 0.7100 0.000 0.888 0.088 0.024
#> GSM311722 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.3942 0.7100 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM311724 2 0.0188 0.7354 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311725 4 0.0376 0.6684 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM311726 3 0.1474 0.8445 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.2530 0.7026 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311729 1 0.4843 0.4822 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM311730 2 0.0188 0.7354 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311731 4 0.4522 0.4853 0.000 0.320 0.000 0.680
#> GSM311732 3 0.4477 0.6051 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM311733 3 0.0188 0.8741 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311734 3 0.4830 0.4743 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311735 2 0.0188 0.7354 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311736 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.5165 -0.2390 0.004 0.000 0.484 0.512
#> GSM311738 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.3801 0.5872 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM311740 2 0.2654 0.7060 0.000 0.888 0.004 0.108
#> GSM311741 4 0.1557 0.6651 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM311742 4 0.3444 0.6149 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM311743 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.1792 0.6453 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311746 4 0.0469 0.6657 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311747 1 0.6438 0.3110 0.496 0.000 0.068 0.436
#> GSM311748 3 0.0921 0.8607 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.8950 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 2 0.2530 0.7029 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311751 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.3444 0.5260 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311753 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.6179 0.5634 0.000 0.672 0.140 0.188
#> GSM311755 2 0.3569 0.5962 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM311756 4 0.0000 0.6682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0921 0.8856 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.1824 0.7113 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM311760 2 0.1867 0.7041 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.0188 0.6673 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311715 4 0.4452 0.5555 0.008 0.260 0.000 0.732
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 2 0.4240 0.49548 0.284 0.700 0.000 0.012 0.004
#> GSM311599 5 0.6164 0.51002 0.148 0.000 0.248 0.012 0.592
#> GSM311600 4 0.6141 0.41169 0.244 0.000 0.000 0.560 0.196
#> GSM311601 3 0.0162 0.86693 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311602 1 0.0510 0.90713 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311603 1 0.1124 0.89599 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM311604 2 0.1168 0.77802 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM311605 3 0.1442 0.84313 0.000 0.012 0.952 0.004 0.032
#> GSM311606 2 0.4499 0.28770 0.004 0.584 0.000 0.004 0.408
#> GSM311607 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311608 5 0.4632 0.59218 0.004 0.028 0.264 0.004 0.700
#> GSM311609 3 0.3913 0.48988 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM311610 4 0.1041 0.67090 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM311611 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0162 0.86678 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311613 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311614 3 0.2353 0.81234 0.000 0.060 0.908 0.004 0.028
#> GSM311615 2 0.0566 0.77638 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311616 2 0.3949 0.43397 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM311617 2 0.4304 0.01248 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM311618 2 0.4452 -0.05975 0.000 0.500 0.000 0.496 0.004
#> GSM311619 4 0.6779 -0.04798 0.000 0.304 0.000 0.392 0.304
#> GSM311620 2 0.0404 0.77587 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311621 2 0.5951 0.38213 0.000 0.520 0.000 0.364 0.116
#> GSM311622 5 0.0912 0.78719 0.000 0.012 0.000 0.016 0.972
#> GSM311623 5 0.3814 0.58590 0.000 0.004 0.276 0.000 0.720
#> GSM311624 1 0.0162 0.91129 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311625 4 0.4367 0.39063 0.372 0.000 0.000 0.620 0.008
#> GSM311626 1 0.3011 0.78671 0.844 0.000 0.000 0.140 0.016
#> GSM311627 4 0.1243 0.68158 0.028 0.008 0.000 0.960 0.004
#> GSM311628 3 0.2471 0.76044 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM311629 5 0.4204 0.68385 0.000 0.048 0.000 0.196 0.756
#> GSM311630 1 0.0404 0.90948 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311631 2 0.1282 0.77326 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM311632 3 0.4664 0.13432 0.000 0.008 0.552 0.004 0.436
#> GSM311633 2 0.0609 0.77365 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311634 5 0.1369 0.79029 0.008 0.028 0.000 0.008 0.956
#> GSM311635 5 0.2672 0.74978 0.004 0.008 0.000 0.116 0.872
#> GSM311636 3 0.0162 0.86676 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311637 3 0.0671 0.86091 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM311638 1 0.0162 0.91129 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311639 5 0.0898 0.78935 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972
#> GSM311640 1 0.0833 0.90306 0.976 0.004 0.000 0.004 0.016
#> GSM311641 5 0.4497 0.46391 0.000 0.016 0.000 0.352 0.632
#> GSM311642 3 0.3648 0.67231 0.000 0.016 0.792 0.004 0.188
#> GSM311643 2 0.4074 0.36794 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM311644 3 0.0794 0.85482 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM311645 4 0.7063 0.45842 0.172 0.108 0.096 0.608 0.016
#> GSM311646 2 0.5026 0.58379 0.160 0.716 0.000 0.004 0.120
#> GSM311647 4 0.4300 0.06265 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM311648 5 0.2387 0.78259 0.008 0.068 0.012 0.004 0.908
#> GSM311649 5 0.5245 0.31084 0.004 0.032 0.396 0.004 0.564
#> GSM311650 2 0.1608 0.75900 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM311651 2 0.4887 0.52919 0.000 0.660 0.000 0.288 0.052
#> GSM311652 3 0.0613 0.86307 0.000 0.004 0.984 0.004 0.008
#> GSM311653 2 0.4743 -0.00918 0.000 0.512 0.000 0.472 0.016
#> GSM311654 2 0.1990 0.74230 0.000 0.920 0.068 0.008 0.004
#> GSM311655 3 0.0912 0.86013 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> GSM311656 1 0.4070 0.60106 0.728 0.256 0.000 0.012 0.004
#> GSM311657 2 0.0290 0.77526 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311658 2 0.0566 0.77651 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM311659 2 0.5683 0.36078 0.000 0.588 0.000 0.108 0.304
#> GSM311660 4 0.2713 0.66741 0.072 0.000 0.036 0.888 0.004
#> GSM311661 2 0.3649 0.73933 0.000 0.824 0.000 0.088 0.088
#> GSM311662 5 0.3277 0.76847 0.004 0.068 0.000 0.072 0.856
#> GSM311663 2 0.1205 0.77548 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM311664 1 0.0162 0.91051 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311665 1 0.0000 0.91160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.1830 0.77800 0.000 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM311667 1 0.0162 0.91129 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311669 2 0.2648 0.70459 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311671 4 0.3086 0.60927 0.180 0.000 0.000 0.816 0.004
#> GSM311672 2 0.0771 0.77579 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM311673 4 0.5103 0.14118 0.000 0.452 0.000 0.512 0.036
#> GSM311674 3 0.4102 0.55596 0.300 0.000 0.692 0.004 0.004
#> GSM311675 1 0.4449 -0.01516 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004
#> GSM311676 4 0.1251 0.67035 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM311677 2 0.6553 0.23022 0.052 0.484 0.000 0.396 0.068
#> GSM311678 5 0.3969 0.57141 0.000 0.304 0.000 0.004 0.692
#> GSM311679 3 0.1730 0.83756 0.004 0.044 0.940 0.004 0.008
#> GSM311680 2 0.1124 0.77568 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM311681 3 0.4632 0.34494 0.012 0.000 0.608 0.376 0.004
#> GSM311682 1 0.0000 0.91160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311684 5 0.3561 0.61077 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM311685 1 0.0000 0.91160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0510 0.90713 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311687 5 0.5057 0.62217 0.240 0.072 0.000 0.004 0.684
#> GSM311688 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.91160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 5 0.3372 0.74386 0.000 0.004 0.036 0.120 0.840
#> GSM311691 2 0.1697 0.77469 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM311692 3 0.3121 0.73798 0.004 0.152 0.836 0.004 0.004
#> GSM311693 5 0.1331 0.78131 0.000 0.008 0.000 0.040 0.952
#> GSM311694 2 0.0880 0.77242 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311695 3 0.4305 0.06978 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM311696 2 0.2358 0.73706 0.000 0.888 0.000 0.104 0.008
#> GSM311697 3 0.0451 0.86487 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM311698 5 0.5873 0.43761 0.000 0.328 0.064 0.024 0.584
#> GSM311699 2 0.5042 0.27130 0.000 0.508 0.000 0.460 0.032
#> GSM311700 4 0.4473 0.09662 0.412 0.000 0.000 0.580 0.008
#> GSM311701 2 0.2233 0.73851 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> GSM311702 2 0.4251 0.49518 0.000 0.672 0.000 0.012 0.316
#> GSM311703 2 0.1557 0.77121 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM311704 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.2136 0.76362 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> GSM311706 1 0.2806 0.79096 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> GSM311707 1 0.0451 0.90946 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM311708 5 0.0727 0.78879 0.004 0.012 0.000 0.004 0.980
#> GSM311709 2 0.1638 0.76469 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM311710 4 0.3086 0.61869 0.180 0.004 0.000 0.816 0.000
#> GSM311711 1 0.0324 0.91139 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311712 4 0.5696 0.53250 0.000 0.172 0.200 0.628 0.000
#> GSM311713 4 0.1087 0.67844 0.016 0.008 0.000 0.968 0.008
#> GSM311714 4 0.3983 0.41471 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM311716 4 0.0865 0.67986 0.000 0.004 0.024 0.972 0.000
#> GSM311717 1 0.0510 0.90713 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311718 1 0.2629 0.80571 0.860 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM311719 3 0.3878 0.61949 0.016 0.000 0.748 0.236 0.000
#> GSM311720 1 0.1168 0.88872 0.960 0.032 0.000 0.000 0.008
#> GSM311721 5 0.4615 0.65799 0.000 0.220 0.052 0.004 0.724
#> GSM311722 3 0.4227 0.23145 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM311723 4 0.3421 0.57671 0.204 0.000 0.000 0.788 0.008
#> GSM311724 5 0.1121 0.78704 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM311725 4 0.4538 0.23100 0.004 0.428 0.000 0.564 0.004
#> GSM311726 3 0.0324 0.86553 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM311727 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311728 2 0.1492 0.77184 0.008 0.948 0.000 0.004 0.040
#> GSM311729 1 0.4845 0.35877 0.580 0.012 0.004 0.400 0.004
#> GSM311730 5 0.0703 0.78922 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311731 2 0.3527 0.64234 0.000 0.792 0.000 0.192 0.016
#> GSM311732 4 0.4525 0.35661 0.000 0.000 0.360 0.624 0.016
#> GSM311733 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311734 3 0.4659 -0.00673 0.000 0.012 0.500 0.488 0.000
#> GSM311735 2 0.4426 0.34780 0.004 0.612 0.000 0.004 0.380
#> GSM311736 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311737 4 0.4088 0.33062 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM311738 1 0.2144 0.87061 0.912 0.000 0.000 0.068 0.020
#> GSM311739 4 0.2300 0.66667 0.000 0.040 0.000 0.908 0.052
#> GSM311740 2 0.0955 0.77530 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311741 2 0.2424 0.73367 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM311742 4 0.2927 0.63052 0.000 0.068 0.000 0.872 0.060
#> GSM311743 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311745 4 0.2504 0.67734 0.040 0.064 0.000 0.896 0.000
#> GSM311746 4 0.2569 0.67241 0.000 0.076 0.012 0.896 0.016
#> GSM311747 4 0.4962 0.61351 0.108 0.004 0.168 0.720 0.000
#> GSM311748 3 0.4210 0.23310 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM311749 1 0.0671 0.90710 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM311750 2 0.1205 0.77431 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM311751 3 0.0290 0.86549 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311752 4 0.6003 0.51158 0.152 0.252 0.000 0.592 0.004
#> GSM311753 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311754 5 0.6785 0.31434 0.000 0.328 0.212 0.008 0.452
#> GSM311755 5 0.1918 0.78111 0.004 0.012 0.048 0.004 0.932
#> GSM311756 4 0.4452 -0.25340 0.000 0.496 0.000 0.500 0.004
#> GSM311757 3 0.0000 0.86782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0404 0.90893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311759 5 0.3142 0.75607 0.004 0.124 0.016 0.004 0.852
#> GSM311760 5 0.0798 0.78593 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> GSM311668 4 0.3895 0.44735 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM311715 4 0.5996 0.40347 0.000 0.316 0.000 0.548 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 2 0.5157 0.35830 0.012 0.608 0.000 0.084 0.296 0.000
#> GSM311599 3 0.6268 0.55322 0.096 0.000 0.632 0.068 0.040 0.164
#> GSM311600 5 0.7377 0.16079 0.348 0.000 0.120 0.144 0.376 0.012
#> GSM311601 6 0.1296 0.83546 0.000 0.000 0.004 0.012 0.032 0.952
#> GSM311602 1 0.0363 0.77379 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3756 0.30539 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM311604 2 0.1461 0.72241 0.000 0.940 0.016 0.044 0.000 0.000
#> GSM311605 6 0.0508 0.84597 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM311606 2 0.4316 0.41507 0.008 0.628 0.348 0.012 0.004 0.000
#> GSM311607 6 0.0000 0.84554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.4077 0.46748 0.012 0.000 0.660 0.008 0.000 0.320
#> GSM311609 6 0.4177 0.07080 0.000 0.000 0.000 0.468 0.012 0.520
#> GSM311610 5 0.4096 -0.05812 0.000 0.000 0.008 0.484 0.508 0.000
#> GSM311611 6 0.0260 0.84549 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311612 6 0.0458 0.84382 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM311613 6 0.0458 0.84501 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311614 6 0.1715 0.83533 0.004 0.004 0.008 0.016 0.028 0.940
#> GSM311615 2 0.1297 0.72342 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM311616 2 0.2737 0.61215 0.000 0.832 0.004 0.160 0.004 0.000
#> GSM311617 4 0.3797 0.33197 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM311618 4 0.4184 0.39194 0.000 0.408 0.016 0.576 0.000 0.000
#> GSM311619 5 0.7261 0.12329 0.000 0.248 0.180 0.148 0.424 0.000
#> GSM311620 2 0.1387 0.71558 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.5119 0.34364 0.000 0.576 0.052 0.020 0.352 0.000
#> GSM311622 3 0.1364 0.73033 0.000 0.000 0.944 0.004 0.048 0.004
#> GSM311623 3 0.3563 0.46070 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM311624 1 0.0632 0.77564 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311625 4 0.4098 0.39207 0.224 0.008 0.004 0.732 0.032 0.000
#> GSM311626 1 0.4255 0.33864 0.600 0.000 0.016 0.000 0.380 0.004
#> GSM311627 5 0.3932 0.55399 0.048 0.008 0.000 0.184 0.760 0.000
#> GSM311628 6 0.2378 0.75522 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM311629 3 0.6203 0.43361 0.000 0.132 0.492 0.000 0.336 0.040
#> GSM311630 1 0.1556 0.74413 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM311631 2 0.3813 0.67739 0.000 0.796 0.012 0.108 0.084 0.000
#> GSM311632 6 0.4252 0.41637 0.008 0.000 0.344 0.016 0.000 0.632
#> GSM311633 2 0.3148 0.69399 0.000 0.840 0.004 0.092 0.064 0.000
#> GSM311634 3 0.4209 0.70482 0.036 0.012 0.792 0.056 0.104 0.000
#> GSM311635 3 0.3136 0.68281 0.000 0.016 0.796 0.000 0.188 0.000
#> GSM311636 6 0.0547 0.84383 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311637 6 0.2586 0.80057 0.000 0.000 0.000 0.032 0.100 0.868
#> GSM311638 1 0.0260 0.77676 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311639 3 0.1605 0.73273 0.000 0.016 0.936 0.004 0.044 0.000
#> GSM311640 1 0.0837 0.76678 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000
#> GSM311641 3 0.6207 0.22282 0.000 0.008 0.436 0.272 0.284 0.000
#> GSM311642 6 0.3078 0.76191 0.000 0.000 0.104 0.032 0.016 0.848
#> GSM311643 2 0.3838 -0.00177 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.1075 0.83508 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM311645 5 0.2862 0.56706 0.060 0.012 0.000 0.028 0.880 0.020
#> GSM311646 2 0.7337 0.47635 0.188 0.540 0.080 0.084 0.104 0.004
#> GSM311647 4 0.3907 0.28529 0.000 0.000 0.004 0.588 0.000 0.408
#> GSM311648 3 0.6143 0.63545 0.028 0.052 0.664 0.148 0.088 0.020
#> GSM311649 6 0.4939 -0.00787 0.020 0.000 0.468 0.028 0.000 0.484
#> GSM311650 2 0.1493 0.70972 0.000 0.936 0.004 0.056 0.004 0.000
#> GSM311651 2 0.5548 0.27764 0.000 0.536 0.020 0.088 0.356 0.000
#> GSM311652 6 0.1088 0.83781 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000 0.960
#> GSM311653 2 0.5666 0.37997 0.000 0.604 0.036 0.112 0.248 0.000
#> GSM311654 2 0.4590 0.63657 0.000 0.744 0.008 0.132 0.100 0.016
#> GSM311655 6 0.2686 0.80606 0.000 0.008 0.000 0.100 0.024 0.868
#> GSM311656 1 0.7376 -0.02559 0.340 0.328 0.000 0.132 0.200 0.000
#> GSM311657 2 0.1297 0.72235 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM311658 2 0.1268 0.72310 0.000 0.952 0.004 0.036 0.008 0.000
#> GSM311659 2 0.6589 0.30954 0.000 0.476 0.076 0.132 0.316 0.000
#> GSM311660 5 0.4808 0.57297 0.076 0.028 0.000 0.132 0.744 0.020
#> GSM311661 2 0.4109 0.66793 0.000 0.792 0.060 0.088 0.060 0.000
#> GSM311662 3 0.7065 0.48872 0.000 0.172 0.484 0.124 0.216 0.004
#> GSM311663 2 0.1793 0.72541 0.004 0.928 0.032 0.036 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.0260 0.77683 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311665 1 0.0363 0.77681 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311666 2 0.1492 0.72221 0.000 0.940 0.036 0.024 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0777 0.77518 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM311669 4 0.3961 0.29263 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004 0.000
#> GSM311670 6 0.0937 0.83820 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM311671 5 0.4234 0.47175 0.032 0.000 0.000 0.324 0.644 0.000
#> GSM311672 2 0.0777 0.72497 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM311673 4 0.4415 0.27282 0.000 0.420 0.020 0.556 0.004 0.000
#> GSM311674 6 0.6582 0.22778 0.088 0.000 0.000 0.132 0.272 0.508
#> GSM311675 5 0.5565 0.21488 0.368 0.000 0.000 0.144 0.488 0.000
#> GSM311676 4 0.4669 0.27010 0.000 0.020 0.020 0.588 0.372 0.000
#> GSM311677 5 0.3648 0.52694 0.004 0.116 0.020 0.044 0.816 0.000
#> GSM311678 3 0.4008 0.50402 0.016 0.308 0.672 0.004 0.000 0.000
#> GSM311679 6 0.2890 0.77666 0.000 0.000 0.016 0.124 0.012 0.848
#> GSM311680 2 0.1269 0.72512 0.000 0.956 0.012 0.020 0.012 0.000
#> GSM311681 5 0.6231 0.12209 0.016 0.000 0.000 0.192 0.404 0.388
#> GSM311682 1 0.0713 0.77416 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311683 6 0.0632 0.84301 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM311684 3 0.3314 0.59017 0.000 0.256 0.740 0.004 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0632 0.77564 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311686 1 0.0458 0.77249 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 1 0.5520 0.12779 0.532 0.028 0.388 0.036 0.016 0.000
#> GSM311688 6 0.0458 0.84515 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311689 1 0.2625 0.73311 0.872 0.000 0.000 0.072 0.056 0.000
#> GSM311690 3 0.4022 0.68400 0.000 0.004 0.764 0.000 0.144 0.088
#> GSM311691 2 0.1649 0.71802 0.000 0.932 0.036 0.032 0.000 0.000
#> GSM311692 6 0.7087 0.29595 0.000 0.188 0.012 0.168 0.124 0.508
#> GSM311693 3 0.2665 0.72179 0.000 0.016 0.868 0.012 0.104 0.000
#> GSM311694 2 0.1349 0.71649 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000 0.000
#> GSM311695 5 0.6002 0.14351 0.000 0.000 0.000 0.236 0.396 0.368
#> GSM311696 2 0.2243 0.68988 0.000 0.880 0.004 0.112 0.004 0.000
#> GSM311697 6 0.3284 0.69697 0.000 0.020 0.000 0.196 0.000 0.784
#> GSM311698 4 0.7262 0.32733 0.008 0.260 0.276 0.384 0.000 0.072
#> GSM311699 5 0.5408 0.03629 0.000 0.412 0.004 0.100 0.484 0.000
#> GSM311700 5 0.3416 0.54547 0.140 0.000 0.000 0.056 0.804 0.000
#> GSM311701 2 0.1957 0.66523 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.3043 0.67106 0.000 0.828 0.148 0.012 0.012 0.000
#> GSM311703 2 0.1478 0.72407 0.000 0.944 0.032 0.020 0.004 0.000
#> GSM311704 6 0.0000 0.84554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.1398 0.72176 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.4646 0.29743 0.324 0.000 0.000 0.060 0.616 0.000
#> GSM311707 1 0.4428 0.29321 0.580 0.000 0.000 0.032 0.388 0.000
#> GSM311708 3 0.2562 0.73025 0.008 0.012 0.892 0.024 0.064 0.000
#> GSM311709 2 0.6101 0.00997 0.120 0.516 0.012 0.332 0.020 0.000
#> GSM311710 4 0.3730 0.44930 0.048 0.000 0.000 0.784 0.160 0.008
#> GSM311711 1 0.1152 0.74848 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.3821 0.57881 0.000 0.156 0.000 0.776 0.004 0.064
#> GSM311713 5 0.2668 0.51217 0.004 0.000 0.000 0.168 0.828 0.000
#> GSM311714 4 0.4517 0.54969 0.000 0.292 0.000 0.648 0.060 0.000
#> GSM311716 5 0.4312 0.44053 0.000 0.000 0.000 0.272 0.676 0.052
#> GSM311717 1 0.1245 0.76160 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.4565 0.15732 0.532 0.000 0.000 0.036 0.432 0.000
#> GSM311719 6 0.6154 0.12144 0.012 0.000 0.000 0.220 0.300 0.468
#> GSM311720 1 0.4173 0.58191 0.732 0.000 0.012 0.212 0.044 0.000
#> GSM311721 3 0.3525 0.67875 0.004 0.168 0.796 0.008 0.000 0.024
#> GSM311722 6 0.5534 0.29856 0.000 0.000 0.324 0.024 0.088 0.564
#> GSM311723 5 0.4447 0.50002 0.196 0.000 0.000 0.100 0.704 0.000
#> GSM311724 3 0.1531 0.72546 0.000 0.068 0.928 0.000 0.000 0.004
#> GSM311725 2 0.4406 -0.18006 0.000 0.500 0.000 0.476 0.024 0.000
#> GSM311726 6 0.1151 0.83758 0.000 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956
#> GSM311727 6 0.0000 0.84554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.4860 0.63519 0.008 0.712 0.012 0.148 0.120 0.000
#> GSM311729 5 0.3403 0.47706 0.212 0.000 0.000 0.020 0.768 0.000
#> GSM311730 3 0.0777 0.72717 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.5536 -0.02496 0.108 0.504 0.008 0.380 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.5494 0.27770 0.000 0.000 0.008 0.492 0.100 0.400
#> GSM311733 6 0.0713 0.84194 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311734 4 0.4211 0.37753 0.000 0.004 0.000 0.616 0.016 0.364
#> GSM311735 2 0.6114 0.38650 0.000 0.564 0.264 0.096 0.076 0.000
#> GSM311736 6 0.0458 0.84504 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311737 4 0.3998 0.47605 0.000 0.000 0.000 0.712 0.040 0.248
#> GSM311738 5 0.4394 -0.09752 0.484 0.000 0.016 0.004 0.496 0.000
#> GSM311739 4 0.5164 0.46222 0.000 0.092 0.020 0.644 0.244 0.000
#> GSM311740 2 0.5823 0.49748 0.000 0.588 0.024 0.244 0.140 0.004
#> GSM311741 4 0.4478 0.29413 0.000 0.452 0.016 0.524 0.008 0.000
#> GSM311742 5 0.5856 0.15445 0.000 0.132 0.020 0.324 0.524 0.000
#> GSM311743 6 0.0146 0.84563 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311744 6 0.1556 0.81769 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM311745 4 0.5148 0.42225 0.088 0.032 0.000 0.668 0.212 0.000
#> GSM311746 4 0.4067 0.50161 0.008 0.052 0.008 0.788 0.136 0.008
#> GSM311747 4 0.5294 0.43636 0.020 0.000 0.000 0.648 0.132 0.200
#> GSM311748 6 0.3789 0.22751 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM311749 1 0.3864 0.13647 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM311750 2 0.4511 0.66821 0.008 0.772 0.052 0.084 0.084 0.000
#> GSM311751 6 0.0458 0.84382 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM311752 5 0.6288 0.33384 0.060 0.304 0.000 0.120 0.516 0.000
#> GSM311753 6 0.0146 0.84567 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311754 3 0.6521 0.35957 0.000 0.324 0.408 0.012 0.008 0.248
#> GSM311755 3 0.2322 0.71691 0.008 0.000 0.896 0.024 0.000 0.072
#> GSM311756 5 0.3986 0.34933 0.000 0.316 0.000 0.020 0.664 0.000
#> GSM311757 6 0.0547 0.84605 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311758 1 0.0520 0.77204 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM311759 3 0.7855 0.39442 0.000 0.216 0.424 0.180 0.140 0.040
#> GSM311760 3 0.0748 0.72794 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000
#> GSM311668 4 0.3909 0.56295 0.000 0.244 0.000 0.720 0.036 0.000
#> GSM311715 5 0.6897 0.14547 0.004 0.376 0.084 0.136 0.400 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:NMF 149 1.000000 2
#> CV:NMF 146 0.311273 3
#> CV:NMF 127 0.066242 4
#> CV:NMF 123 NA 5
#> CV:NMF 96 0.000303 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0868 0.567 0.768 0.4248 0.539 0.539
#> 3 3 0.1208 0.354 0.629 0.3917 0.624 0.421
#> 4 4 0.1968 0.373 0.538 0.1371 0.705 0.391
#> 5 5 0.3467 0.380 0.584 0.0924 0.882 0.641
#> 6 6 0.4177 0.443 0.577 0.0552 0.811 0.433
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9209 0.5903 0.664 0.336
#> GSM311599 2 0.8267 0.5646 0.260 0.740
#> GSM311600 2 0.8144 0.5728 0.252 0.748
#> GSM311601 1 0.3733 0.6880 0.928 0.072
#> GSM311602 2 0.1184 0.6684 0.016 0.984
#> GSM311603 1 0.6973 0.6929 0.812 0.188
#> GSM311604 2 0.8555 0.5503 0.280 0.720
#> GSM311605 1 0.9044 0.5098 0.680 0.320
#> GSM311606 2 0.4431 0.6754 0.092 0.908
#> GSM311607 1 0.4939 0.6839 0.892 0.108
#> GSM311608 1 0.8763 0.5043 0.704 0.296
#> GSM311609 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311610 1 0.8016 0.6330 0.756 0.244
#> GSM311611 1 0.4690 0.6846 0.900 0.100
#> GSM311612 1 0.6343 0.6524 0.840 0.160
#> GSM311613 1 0.1184 0.6673 0.984 0.016
#> GSM311614 1 0.9044 0.5098 0.680 0.320
#> GSM311615 2 0.9996 -0.2311 0.488 0.512
#> GSM311616 1 0.9815 0.4284 0.580 0.420
#> GSM311617 1 0.8144 0.6593 0.748 0.252
#> GSM311618 1 0.8608 0.6535 0.716 0.284
#> GSM311619 1 0.9710 0.5027 0.600 0.400
#> GSM311620 2 0.9686 0.2336 0.396 0.604
#> GSM311621 2 0.9933 0.0597 0.452 0.548
#> GSM311622 2 0.1414 0.6630 0.020 0.980
#> GSM311623 1 0.8499 0.5349 0.724 0.276
#> GSM311624 2 0.2948 0.6712 0.052 0.948
#> GSM311625 1 0.9427 0.5075 0.640 0.360
#> GSM311626 2 0.9460 0.4694 0.364 0.636
#> GSM311627 1 0.7883 0.6369 0.764 0.236
#> GSM311628 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311629 2 0.9998 0.1789 0.492 0.508
#> GSM311630 1 0.2423 0.6808 0.960 0.040
#> GSM311631 2 0.8327 0.5759 0.264 0.736
#> GSM311632 1 0.8608 0.5300 0.716 0.284
#> GSM311633 1 0.9754 0.3568 0.592 0.408
#> GSM311634 2 0.0938 0.6666 0.012 0.988
#> GSM311635 2 0.9460 0.4694 0.364 0.636
#> GSM311636 1 0.1184 0.6673 0.984 0.016
#> GSM311637 1 0.4431 0.6893 0.908 0.092
#> GSM311638 2 0.2948 0.6712 0.052 0.948
#> GSM311639 2 0.9460 0.4784 0.364 0.636
#> GSM311640 2 0.7950 0.5517 0.240 0.760
#> GSM311641 1 0.9710 0.5027 0.600 0.400
#> GSM311642 1 0.8608 0.5300 0.716 0.284
#> GSM311643 1 0.9209 0.6068 0.664 0.336
#> GSM311644 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311645 1 0.9170 0.5266 0.668 0.332
#> GSM311646 2 0.9833 0.3123 0.424 0.576
#> GSM311647 1 0.4939 0.7018 0.892 0.108
#> GSM311648 2 0.9970 0.2392 0.468 0.532
#> GSM311649 1 0.8608 0.5300 0.716 0.284
#> GSM311650 2 0.9580 0.3196 0.380 0.620
#> GSM311651 1 0.9993 0.2604 0.516 0.484
#> GSM311652 1 0.8499 0.5393 0.724 0.276
#> GSM311653 1 0.9087 0.6097 0.676 0.324
#> GSM311654 1 0.9754 0.3568 0.592 0.408
#> GSM311655 1 0.6712 0.6496 0.824 0.176
#> GSM311656 1 0.9170 0.5266 0.668 0.332
#> GSM311657 2 0.9209 0.4214 0.336 0.664
#> GSM311658 2 0.9209 0.4214 0.336 0.664
#> GSM311659 2 0.8661 0.5424 0.288 0.712
#> GSM311660 1 0.6973 0.6738 0.812 0.188
#> GSM311661 2 0.8207 0.5855 0.256 0.744
#> GSM311662 2 0.7745 0.6274 0.228 0.772
#> GSM311663 2 0.5294 0.6689 0.120 0.880
#> GSM311664 2 0.7950 0.5517 0.240 0.760
#> GSM311665 2 0.2948 0.6712 0.052 0.948
#> GSM311666 2 0.8207 0.5855 0.256 0.744
#> GSM311667 1 0.8861 0.6261 0.696 0.304
#> GSM311669 1 0.8081 0.6627 0.752 0.248
#> GSM311670 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311671 1 0.4562 0.6888 0.904 0.096
#> GSM311672 2 0.8608 0.5424 0.284 0.716
#> GSM311673 1 0.8813 0.6361 0.700 0.300
#> GSM311674 1 0.8608 0.5497 0.716 0.284
#> GSM311675 1 0.4562 0.6888 0.904 0.096
#> GSM311676 1 0.8763 0.6298 0.704 0.296
#> GSM311677 1 0.9983 0.3275 0.524 0.476
#> GSM311678 2 0.0672 0.6647 0.008 0.992
#> GSM311679 1 0.9087 0.4696 0.676 0.324
#> GSM311680 2 0.8386 0.5699 0.268 0.732
#> GSM311681 1 0.0938 0.6643 0.988 0.012
#> GSM311682 2 0.3274 0.6700 0.060 0.940
#> GSM311683 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311684 2 0.1843 0.6720 0.028 0.972
#> GSM311685 2 0.8443 0.5321 0.272 0.728
#> GSM311686 2 0.1184 0.6684 0.016 0.984
#> GSM311687 2 0.0672 0.6647 0.008 0.992
#> GSM311688 1 0.3114 0.6836 0.944 0.056
#> GSM311689 2 0.9795 0.2546 0.416 0.584
#> GSM311690 2 0.8207 0.5641 0.256 0.744
#> GSM311691 2 0.8661 0.5715 0.288 0.712
#> GSM311692 1 0.7950 0.6574 0.760 0.240
#> GSM311693 2 0.1414 0.6630 0.020 0.980
#> GSM311694 2 0.9129 0.4654 0.328 0.672
#> GSM311695 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311696 1 0.9988 0.2950 0.520 0.480
#> GSM311697 1 0.8081 0.6585 0.752 0.248
#> GSM311698 1 0.8327 0.6549 0.736 0.264
#> GSM311699 1 0.9686 0.5115 0.604 0.396
#> GSM311700 1 0.8861 0.6118 0.696 0.304
#> GSM311701 2 0.9129 0.4654 0.328 0.672
#> GSM311702 2 0.8207 0.5855 0.256 0.744
#> GSM311703 2 0.8386 0.5693 0.268 0.732
#> GSM311704 1 0.4939 0.6839 0.892 0.108
#> GSM311705 2 0.8207 0.5855 0.256 0.744
#> GSM311706 1 0.7883 0.6737 0.764 0.236
#> GSM311707 1 0.7883 0.6737 0.764 0.236
#> GSM311708 2 0.0938 0.6666 0.012 0.988
#> GSM311709 1 0.9491 0.5010 0.632 0.368
#> GSM311710 1 0.4431 0.6916 0.908 0.092
#> GSM311711 1 0.9522 0.4968 0.628 0.372
#> GSM311712 1 0.7950 0.6690 0.760 0.240
#> GSM311713 1 0.8386 0.6304 0.732 0.268
#> GSM311714 1 0.7950 0.6690 0.760 0.240
#> GSM311716 1 0.7056 0.6920 0.808 0.192
#> GSM311717 2 0.8016 0.5617 0.244 0.756
#> GSM311718 1 0.8327 0.6538 0.736 0.264
#> GSM311719 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311720 1 0.9491 0.3602 0.632 0.368
#> GSM311721 1 0.9833 0.3667 0.576 0.424
#> GSM311722 2 0.8267 0.5646 0.260 0.740
#> GSM311723 1 0.8499 0.6224 0.724 0.276
#> GSM311724 2 0.3274 0.6688 0.060 0.940
#> GSM311725 1 0.8713 0.6343 0.708 0.292
#> GSM311726 1 0.8016 0.5869 0.756 0.244
#> GSM311727 1 0.4690 0.6846 0.900 0.100
#> GSM311728 2 0.9833 0.3123 0.424 0.576
#> GSM311729 1 0.8499 0.6506 0.724 0.276
#> GSM311730 2 0.0376 0.6614 0.004 0.996
#> GSM311731 2 0.9954 -0.0386 0.460 0.540
#> GSM311732 1 0.7376 0.6991 0.792 0.208
#> GSM311733 1 0.0376 0.6606 0.996 0.004
#> GSM311734 1 0.5178 0.7061 0.884 0.116
#> GSM311735 2 0.4562 0.6764 0.096 0.904
#> GSM311736 1 0.2603 0.6813 0.956 0.044
#> GSM311737 1 0.5178 0.7061 0.884 0.116
#> GSM311738 1 0.9393 0.5687 0.644 0.356
#> GSM311739 1 0.8861 0.6231 0.696 0.304
#> GSM311740 1 0.9775 0.3387 0.588 0.412
#> GSM311741 1 0.9460 0.5522 0.636 0.364
#> GSM311742 1 0.9358 0.5751 0.648 0.352
#> GSM311743 1 0.2778 0.6825 0.952 0.048
#> GSM311744 1 0.4298 0.6895 0.912 0.088
#> GSM311745 1 0.8608 0.6409 0.716 0.284
#> GSM311746 1 0.8499 0.6484 0.724 0.276
#> GSM311747 1 0.2236 0.6816 0.964 0.036
#> GSM311748 1 0.8327 0.5529 0.736 0.264
#> GSM311749 1 0.9710 0.5008 0.600 0.400
#> GSM311750 1 0.9896 0.2558 0.560 0.440
#> GSM311751 1 0.8327 0.5529 0.736 0.264
#> GSM311752 1 0.9087 0.6015 0.676 0.324
#> GSM311753 1 0.7815 0.6113 0.768 0.232
#> GSM311754 1 0.9815 0.4284 0.580 0.420
#> GSM311755 1 0.8608 0.5300 0.716 0.284
#> GSM311756 1 0.9661 0.5206 0.608 0.392
#> GSM311757 1 0.4431 0.6893 0.908 0.092
#> GSM311758 2 0.1184 0.6684 0.016 0.984
#> GSM311759 2 0.7883 0.6229 0.236 0.764
#> GSM311760 2 0.0376 0.6614 0.004 0.996
#> GSM311668 1 0.7299 0.6609 0.796 0.204
#> GSM311715 1 0.9248 0.5965 0.660 0.340
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 2 0.621 0.3869 0.048 0.752 0.200
#> GSM311599 1 0.725 0.6028 0.676 0.068 0.256
#> GSM311600 1 0.726 0.6062 0.680 0.072 0.248
#> GSM311601 3 0.620 0.5390 0.000 0.424 0.576
#> GSM311602 1 0.451 0.6716 0.860 0.048 0.092
#> GSM311603 2 0.756 0.0320 0.040 0.520 0.440
#> GSM311604 2 0.769 0.1142 0.416 0.536 0.048
#> GSM311605 3 0.960 0.4143 0.208 0.348 0.444
#> GSM311606 1 0.647 0.4920 0.668 0.312 0.020
#> GSM311607 3 0.669 0.5416 0.012 0.408 0.580
#> GSM311608 3 0.945 0.4588 0.196 0.328 0.476
#> GSM311609 3 0.502 0.4374 0.004 0.220 0.776
#> GSM311610 2 0.605 0.2460 0.008 0.680 0.312
#> GSM311611 3 0.637 0.5419 0.004 0.408 0.588
#> GSM311612 3 0.792 0.5286 0.064 0.380 0.556
#> GSM311613 3 0.565 0.4971 0.000 0.312 0.688
#> GSM311614 3 0.960 0.4143 0.208 0.348 0.444
#> GSM311615 2 0.772 0.4124 0.208 0.672 0.120
#> GSM311616 2 0.683 0.4154 0.168 0.736 0.096
#> GSM311617 2 0.486 0.3333 0.008 0.800 0.192
#> GSM311618 2 0.587 0.3755 0.056 0.784 0.160
#> GSM311619 2 0.607 0.4201 0.236 0.736 0.028
#> GSM311620 2 0.690 0.3701 0.280 0.676 0.044
#> GSM311621 2 0.737 0.4039 0.292 0.648 0.060
#> GSM311622 1 0.371 0.6925 0.892 0.076 0.032
#> GSM311623 3 0.933 0.4724 0.176 0.344 0.480
#> GSM311624 1 0.521 0.6601 0.828 0.064 0.108
#> GSM311625 2 0.767 0.3131 0.148 0.684 0.168
#> GSM311626 1 0.916 0.3998 0.536 0.196 0.268
#> GSM311627 2 0.647 0.2321 0.016 0.652 0.332
#> GSM311628 3 0.502 0.4407 0.004 0.220 0.776
#> GSM311629 2 0.983 0.0186 0.376 0.380 0.244
#> GSM311630 3 0.680 0.2079 0.012 0.456 0.532
#> GSM311631 2 0.773 0.0689 0.436 0.516 0.048
#> GSM311632 3 0.936 0.4730 0.180 0.340 0.480
#> GSM311633 2 0.946 0.0364 0.200 0.480 0.320
#> GSM311634 1 0.295 0.6926 0.908 0.088 0.004
#> GSM311635 1 0.916 0.3998 0.536 0.196 0.268
#> GSM311636 3 0.565 0.4971 0.000 0.312 0.688
#> GSM311637 3 0.703 0.5122 0.020 0.440 0.540
#> GSM311638 1 0.521 0.6601 0.828 0.064 0.108
#> GSM311639 1 0.951 0.3575 0.492 0.240 0.268
#> GSM311640 1 0.704 0.5836 0.648 0.040 0.312
#> GSM311641 2 0.607 0.4201 0.236 0.736 0.028
#> GSM311642 3 0.936 0.4730 0.180 0.340 0.480
#> GSM311643 2 0.260 0.4198 0.016 0.932 0.052
#> GSM311644 3 0.502 0.4354 0.004 0.220 0.776
#> GSM311645 2 0.818 0.2473 0.140 0.636 0.224
#> GSM311646 2 0.968 0.0641 0.368 0.416 0.216
#> GSM311647 2 0.615 -0.2462 0.000 0.592 0.408
#> GSM311648 1 0.991 0.1032 0.400 0.300 0.300
#> GSM311649 3 0.936 0.4730 0.180 0.340 0.480
#> GSM311650 2 0.700 0.3147 0.340 0.628 0.032
#> GSM311651 2 0.595 0.4625 0.180 0.772 0.048
#> GSM311652 3 0.928 0.4797 0.172 0.340 0.488
#> GSM311653 2 0.517 0.4266 0.056 0.828 0.116
#> GSM311654 2 0.946 0.0364 0.200 0.480 0.320
#> GSM311655 3 0.817 0.4884 0.076 0.388 0.536
#> GSM311656 2 0.818 0.2473 0.140 0.636 0.224
#> GSM311657 2 0.738 0.2656 0.336 0.616 0.048
#> GSM311658 2 0.738 0.2656 0.336 0.616 0.048
#> GSM311659 2 0.775 0.1250 0.404 0.544 0.052
#> GSM311660 2 0.695 0.1762 0.024 0.600 0.376
#> GSM311661 2 0.775 0.0251 0.452 0.500 0.048
#> GSM311662 1 0.813 0.4606 0.612 0.284 0.104
#> GSM311663 1 0.674 0.3600 0.600 0.384 0.016
#> GSM311664 1 0.704 0.5836 0.648 0.040 0.312
#> GSM311665 1 0.521 0.6601 0.828 0.064 0.108
#> GSM311666 2 0.775 0.0251 0.452 0.500 0.048
#> GSM311667 2 0.699 0.3129 0.056 0.688 0.256
#> GSM311669 2 0.491 0.3288 0.008 0.796 0.196
#> GSM311670 3 0.502 0.4513 0.004 0.220 0.776
#> GSM311671 3 0.682 0.0770 0.012 0.488 0.500
#> GSM311672 2 0.769 0.1193 0.416 0.536 0.048
#> GSM311673 2 0.428 0.3987 0.020 0.856 0.124
#> GSM311674 3 0.939 0.3384 0.180 0.352 0.468
#> GSM311675 3 0.682 0.0770 0.012 0.488 0.500
#> GSM311676 2 0.423 0.3850 0.008 0.844 0.148
#> GSM311677 2 0.766 0.3886 0.172 0.684 0.144
#> GSM311678 1 0.505 0.6672 0.812 0.164 0.024
#> GSM311679 3 0.949 0.3307 0.204 0.320 0.476
#> GSM311680 2 0.772 0.0793 0.432 0.520 0.048
#> GSM311681 3 0.546 0.4124 0.008 0.244 0.748
#> GSM311682 1 0.547 0.6574 0.816 0.072 0.112
#> GSM311683 3 0.540 0.4872 0.000 0.280 0.720
#> GSM311684 1 0.618 0.6125 0.732 0.236 0.032
#> GSM311685 1 0.841 0.4326 0.620 0.216 0.164
#> GSM311686 1 0.451 0.6716 0.860 0.048 0.092
#> GSM311687 1 0.423 0.6712 0.844 0.148 0.008
#> GSM311688 3 0.617 0.5471 0.000 0.412 0.588
#> GSM311689 2 0.978 0.0236 0.360 0.404 0.236
#> GSM311690 1 0.716 0.6047 0.680 0.064 0.256
#> GSM311691 2 0.833 0.0342 0.436 0.484 0.080
#> GSM311692 2 0.836 -0.2632 0.084 0.504 0.412
#> GSM311693 1 0.371 0.6925 0.892 0.076 0.032
#> GSM311694 2 0.726 0.2217 0.372 0.592 0.036
#> GSM311695 3 0.507 0.4325 0.004 0.224 0.772
#> GSM311696 2 0.487 0.4567 0.152 0.824 0.024
#> GSM311697 2 0.823 -0.1746 0.088 0.564 0.348
#> GSM311698 2 0.822 -0.1200 0.092 0.576 0.332
#> GSM311699 2 0.514 0.4399 0.104 0.832 0.064
#> GSM311700 2 0.799 0.2535 0.080 0.592 0.328
#> GSM311701 2 0.726 0.2217 0.372 0.592 0.036
#> GSM311702 2 0.774 0.0337 0.448 0.504 0.048
#> GSM311703 2 0.773 0.0734 0.436 0.516 0.048
#> GSM311704 3 0.669 0.5416 0.012 0.408 0.580
#> GSM311705 2 0.774 0.0337 0.448 0.504 0.048
#> GSM311706 2 0.677 0.2571 0.028 0.652 0.320
#> GSM311707 2 0.677 0.2571 0.028 0.652 0.320
#> GSM311708 1 0.295 0.6926 0.908 0.088 0.004
#> GSM311709 2 0.756 0.3280 0.148 0.692 0.160
#> GSM311710 3 0.682 0.1266 0.012 0.476 0.512
#> GSM311711 2 0.767 0.3285 0.160 0.684 0.156
#> GSM311712 2 0.501 0.3304 0.008 0.788 0.204
#> GSM311713 2 0.685 0.2029 0.020 0.600 0.380
#> GSM311714 2 0.501 0.3304 0.008 0.788 0.204
#> GSM311716 2 0.697 0.0864 0.048 0.676 0.276
#> GSM311717 1 0.742 0.5941 0.648 0.064 0.288
#> GSM311718 2 0.771 0.2229 0.060 0.592 0.348
#> GSM311719 3 0.529 0.4253 0.008 0.228 0.764
#> GSM311720 2 0.948 0.0433 0.240 0.496 0.264
#> GSM311721 2 0.907 0.1853 0.204 0.552 0.244
#> GSM311722 1 0.725 0.6028 0.676 0.068 0.256
#> GSM311723 2 0.727 0.3252 0.076 0.684 0.240
#> GSM311724 1 0.681 0.6253 0.716 0.220 0.064
#> GSM311725 2 0.662 0.3251 0.044 0.708 0.248
#> GSM311726 3 0.906 0.4820 0.144 0.364 0.492
#> GSM311727 3 0.637 0.5419 0.004 0.408 0.588
#> GSM311728 2 0.968 0.0641 0.368 0.416 0.216
#> GSM311729 2 0.774 0.2184 0.060 0.584 0.356
#> GSM311730 1 0.397 0.6802 0.876 0.100 0.024
#> GSM311731 2 0.689 0.4549 0.204 0.720 0.076
#> GSM311732 2 0.626 0.1281 0.028 0.716 0.256
#> GSM311733 3 0.540 0.4872 0.000 0.280 0.720
#> GSM311734 2 0.666 -0.1637 0.012 0.588 0.400
#> GSM311735 1 0.673 0.4515 0.644 0.332 0.024
#> GSM311736 3 0.615 0.5383 0.000 0.408 0.592
#> GSM311737 2 0.666 -0.1637 0.012 0.588 0.400
#> GSM311738 2 0.715 0.4148 0.124 0.720 0.156
#> GSM311739 2 0.426 0.3885 0.012 0.848 0.140
#> GSM311740 2 0.979 -0.1126 0.236 0.388 0.376
#> GSM311741 2 0.618 0.4007 0.120 0.780 0.100
#> GSM311742 2 0.348 0.4306 0.044 0.904 0.052
#> GSM311743 3 0.615 0.5435 0.000 0.408 0.592
#> GSM311744 3 0.680 0.5170 0.012 0.460 0.528
#> GSM311745 2 0.486 0.3667 0.020 0.820 0.160
#> GSM311746 2 0.498 0.3736 0.020 0.812 0.168
#> GSM311747 3 0.659 0.2486 0.008 0.424 0.568
#> GSM311748 3 0.919 0.4820 0.160 0.348 0.492
#> GSM311749 2 0.841 0.3276 0.164 0.620 0.216
#> GSM311750 2 0.937 0.1798 0.224 0.512 0.264
#> GSM311751 3 0.915 0.4840 0.156 0.348 0.496
#> GSM311752 2 0.601 0.3848 0.044 0.764 0.192
#> GSM311753 3 0.864 0.3719 0.100 0.440 0.460
#> GSM311754 2 0.683 0.4154 0.168 0.736 0.096
#> GSM311755 3 0.936 0.4730 0.180 0.340 0.480
#> GSM311756 2 0.549 0.4363 0.104 0.816 0.080
#> GSM311757 3 0.703 0.5122 0.020 0.440 0.540
#> GSM311758 1 0.451 0.6716 0.860 0.048 0.092
#> GSM311759 1 0.826 0.4527 0.604 0.284 0.112
#> GSM311760 1 0.318 0.6812 0.912 0.064 0.024
#> GSM311668 2 0.648 0.1256 0.008 0.600 0.392
#> GSM311715 2 0.626 0.4132 0.068 0.764 0.168
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.561 0.56828 0.108 0.064 0.056 0.772
#> GSM311599 2 0.637 0.26333 0.052 0.672 0.240 0.036
#> GSM311600 2 0.644 0.27010 0.052 0.676 0.228 0.044
#> GSM311601 3 0.421 0.54988 0.056 0.000 0.820 0.124
#> GSM311602 1 0.579 0.49306 0.524 0.452 0.016 0.008
#> GSM311603 4 0.736 0.43645 0.224 0.012 0.188 0.576
#> GSM311604 2 0.799 0.48157 0.008 0.444 0.288 0.260
#> GSM311605 3 0.446 0.51463 0.012 0.184 0.788 0.016
#> GSM311606 2 0.628 0.54138 0.016 0.700 0.136 0.148
#> GSM311607 3 0.222 0.59632 0.032 0.000 0.928 0.040
#> GSM311608 3 0.364 0.52354 0.008 0.172 0.820 0.000
#> GSM311609 4 0.792 -0.08133 0.340 0.000 0.320 0.340
#> GSM311610 4 0.653 0.53467 0.188 0.036 0.088 0.688
#> GSM311611 3 0.241 0.59419 0.036 0.000 0.920 0.044
#> GSM311612 3 0.373 0.59458 0.028 0.060 0.872 0.040
#> GSM311613 3 0.757 0.15599 0.288 0.000 0.480 0.232
#> GSM311614 3 0.446 0.51463 0.012 0.184 0.788 0.016
#> GSM311615 4 0.805 0.41258 0.184 0.148 0.084 0.584
#> GSM311616 4 0.753 0.21327 0.004 0.188 0.304 0.504
#> GSM311617 4 0.494 0.56748 0.060 0.012 0.140 0.788
#> GSM311618 4 0.598 0.51273 0.016 0.072 0.208 0.704
#> GSM311619 4 0.852 0.38269 0.060 0.236 0.204 0.500
#> GSM311620 4 0.808 -0.21728 0.008 0.320 0.264 0.408
#> GSM311621 4 0.802 -0.18604 0.004 0.324 0.284 0.388
#> GSM311622 2 0.327 0.25661 0.076 0.884 0.032 0.008
#> GSM311623 3 0.340 0.53891 0.008 0.152 0.840 0.000
#> GSM311624 1 0.642 0.51296 0.528 0.420 0.020 0.032
#> GSM311625 4 0.794 0.10946 0.016 0.176 0.364 0.444
#> GSM311626 2 0.675 0.18964 0.028 0.516 0.416 0.040
#> GSM311627 4 0.520 0.50760 0.184 0.028 0.028 0.760
#> GSM311628 4 0.792 -0.07662 0.336 0.000 0.324 0.340
#> GSM311629 3 0.791 -0.06397 0.020 0.380 0.444 0.156
#> GSM311630 4 0.700 0.37989 0.220 0.000 0.200 0.580
#> GSM311631 2 0.791 0.50019 0.008 0.464 0.280 0.248
#> GSM311632 3 0.368 0.53516 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM311633 3 0.841 0.29535 0.072 0.172 0.528 0.228
#> GSM311634 2 0.319 0.27553 0.060 0.888 0.048 0.004
#> GSM311635 2 0.675 0.18964 0.028 0.516 0.416 0.040
#> GSM311636 3 0.757 0.15599 0.288 0.000 0.480 0.232
#> GSM311637 3 0.509 0.55012 0.044 0.020 0.776 0.160
#> GSM311638 1 0.642 0.51296 0.528 0.420 0.020 0.032
#> GSM311639 2 0.738 0.19492 0.044 0.484 0.412 0.060
#> GSM311640 1 0.807 0.37865 0.440 0.312 0.236 0.012
#> GSM311641 4 0.852 0.38269 0.060 0.236 0.204 0.500
#> GSM311642 3 0.368 0.53516 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM311643 4 0.573 0.48711 0.020 0.048 0.216 0.716
#> GSM311644 1 0.792 0.00689 0.344 0.000 0.320 0.336
#> GSM311645 3 0.855 -0.02624 0.060 0.148 0.408 0.384
#> GSM311646 3 0.844 -0.12399 0.048 0.360 0.432 0.160
#> GSM311647 3 0.694 -0.06027 0.060 0.020 0.460 0.460
#> GSM311648 3 0.761 0.03257 0.044 0.380 0.496 0.080
#> GSM311649 3 0.368 0.53516 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM311650 2 0.813 0.31457 0.008 0.380 0.272 0.340
#> GSM311651 4 0.784 0.20691 0.016 0.220 0.248 0.516
#> GSM311652 3 0.358 0.53929 0.008 0.152 0.836 0.004
#> GSM311653 4 0.598 0.55441 0.036 0.092 0.132 0.740
#> GSM311654 3 0.841 0.29535 0.072 0.172 0.528 0.228
#> GSM311655 3 0.641 0.54207 0.112 0.032 0.704 0.152
#> GSM311656 3 0.855 -0.02624 0.060 0.148 0.408 0.384
#> GSM311657 2 0.813 0.34822 0.008 0.364 0.268 0.360
#> GSM311658 2 0.813 0.34822 0.008 0.364 0.268 0.360
#> GSM311659 2 0.812 0.48150 0.012 0.436 0.276 0.276
#> GSM311660 4 0.536 0.50115 0.200 0.012 0.048 0.740
#> GSM311661 2 0.782 0.51274 0.008 0.484 0.272 0.236
#> GSM311662 2 0.668 0.41280 0.036 0.604 0.316 0.044
#> GSM311663 2 0.691 0.54729 0.012 0.628 0.152 0.208
#> GSM311664 1 0.807 0.37865 0.440 0.312 0.236 0.012
#> GSM311665 1 0.642 0.51296 0.528 0.420 0.020 0.032
#> GSM311666 2 0.782 0.51274 0.008 0.484 0.272 0.236
#> GSM311667 4 0.595 0.54402 0.208 0.020 0.064 0.708
#> GSM311669 4 0.501 0.56664 0.064 0.012 0.140 0.784
#> GSM311670 3 0.792 -0.08344 0.332 0.000 0.348 0.320
#> GSM311671 4 0.664 0.40778 0.276 0.000 0.124 0.600
#> GSM311672 2 0.799 0.48267 0.008 0.444 0.284 0.264
#> GSM311673 4 0.544 0.54255 0.036 0.040 0.164 0.760
#> GSM311674 3 0.842 0.40143 0.172 0.088 0.544 0.196
#> GSM311675 4 0.664 0.40778 0.276 0.000 0.124 0.600
#> GSM311676 4 0.627 0.57282 0.096 0.040 0.144 0.720
#> GSM311677 4 0.794 0.46967 0.228 0.112 0.080 0.580
#> GSM311678 2 0.458 0.40942 0.044 0.832 0.064 0.060
#> GSM311679 3 0.761 0.47862 0.156 0.104 0.632 0.108
#> GSM311680 2 0.793 0.49706 0.008 0.460 0.280 0.252
#> GSM311681 1 0.787 -0.02471 0.364 0.000 0.276 0.360
#> GSM311682 1 0.666 0.51072 0.520 0.416 0.024 0.040
#> GSM311683 3 0.770 0.10494 0.304 0.000 0.448 0.248
#> GSM311684 2 0.570 0.47514 0.036 0.760 0.084 0.120
#> GSM311685 1 0.878 0.37999 0.388 0.348 0.052 0.212
#> GSM311686 1 0.579 0.49306 0.524 0.452 0.016 0.008
#> GSM311687 2 0.405 0.36957 0.040 0.856 0.032 0.072
#> GSM311688 3 0.422 0.55274 0.072 0.000 0.824 0.104
#> GSM311689 4 0.982 0.07439 0.284 0.196 0.196 0.324
#> GSM311690 2 0.628 0.25849 0.052 0.676 0.240 0.032
#> GSM311691 2 0.786 0.48601 0.008 0.468 0.304 0.220
#> GSM311692 3 0.704 0.44102 0.048 0.080 0.636 0.236
#> GSM311693 2 0.327 0.25661 0.076 0.884 0.032 0.008
#> GSM311694 2 0.811 0.42481 0.008 0.404 0.280 0.308
#> GSM311695 1 0.791 0.00137 0.352 0.000 0.300 0.348
#> GSM311696 4 0.755 0.22643 0.012 0.196 0.244 0.548
#> GSM311697 3 0.651 0.41735 0.016 0.080 0.644 0.260
#> GSM311698 3 0.674 0.38649 0.020 0.084 0.624 0.272
#> GSM311699 4 0.737 0.38802 0.024 0.132 0.260 0.584
#> GSM311700 4 0.711 0.44329 0.288 0.044 0.068 0.600
#> GSM311701 2 0.811 0.42481 0.008 0.404 0.280 0.308
#> GSM311702 2 0.785 0.51188 0.008 0.480 0.272 0.240
#> GSM311703 2 0.790 0.50179 0.008 0.468 0.276 0.248
#> GSM311704 3 0.222 0.59632 0.032 0.000 0.928 0.040
#> GSM311705 2 0.785 0.51188 0.008 0.480 0.272 0.240
#> GSM311706 4 0.550 0.53202 0.196 0.008 0.064 0.732
#> GSM311707 4 0.550 0.53202 0.196 0.008 0.064 0.732
#> GSM311708 2 0.319 0.27553 0.060 0.888 0.048 0.004
#> GSM311709 4 0.792 0.12651 0.016 0.176 0.356 0.452
#> GSM311710 4 0.679 0.37961 0.288 0.000 0.132 0.580
#> GSM311711 4 0.806 0.12465 0.020 0.184 0.352 0.444
#> GSM311712 4 0.485 0.56932 0.060 0.016 0.124 0.800
#> GSM311713 4 0.650 0.44540 0.268 0.024 0.064 0.644
#> GSM311714 4 0.485 0.56932 0.060 0.016 0.124 0.800
#> GSM311716 4 0.772 0.16839 0.064 0.064 0.388 0.484
#> GSM311717 1 0.840 0.29659 0.392 0.348 0.236 0.024
#> GSM311718 4 0.662 0.45511 0.272 0.020 0.076 0.632
#> GSM311719 1 0.789 -0.00277 0.364 0.000 0.288 0.348
#> GSM311720 3 0.841 0.22154 0.040 0.244 0.480 0.236
#> GSM311721 3 0.769 0.17728 0.012 0.204 0.524 0.260
#> GSM311722 2 0.637 0.26333 0.052 0.672 0.240 0.036
#> GSM311723 4 0.569 0.54020 0.140 0.068 0.036 0.756
#> GSM311724 2 0.595 0.47762 0.036 0.744 0.116 0.104
#> GSM311725 4 0.586 0.56952 0.180 0.024 0.068 0.728
#> GSM311726 3 0.366 0.55997 0.008 0.120 0.852 0.020
#> GSM311727 3 0.241 0.59419 0.036 0.000 0.920 0.044
#> GSM311728 3 0.844 -0.12399 0.048 0.360 0.432 0.160
#> GSM311729 4 0.730 0.45985 0.264 0.040 0.096 0.600
#> GSM311730 2 0.317 0.27446 0.068 0.888 0.004 0.040
#> GSM311731 4 0.818 0.17925 0.044 0.220 0.208 0.528
#> GSM311732 4 0.705 0.23614 0.044 0.040 0.416 0.500
#> GSM311733 3 0.770 0.10494 0.304 0.000 0.448 0.248
#> GSM311734 4 0.713 0.22852 0.096 0.012 0.380 0.512
#> GSM311735 2 0.630 0.55567 0.008 0.684 0.140 0.168
#> GSM311736 3 0.487 0.50775 0.076 0.000 0.776 0.148
#> GSM311737 4 0.713 0.22852 0.096 0.012 0.380 0.512
#> GSM311738 4 0.783 0.55082 0.148 0.120 0.116 0.616
#> GSM311739 4 0.589 0.57243 0.068 0.048 0.136 0.748
#> GSM311740 3 0.860 0.35978 0.140 0.144 0.540 0.176
#> GSM311741 4 0.724 0.34584 0.012 0.136 0.284 0.568
#> GSM311742 4 0.668 0.51036 0.044 0.080 0.200 0.676
#> GSM311743 3 0.462 0.52661 0.076 0.000 0.796 0.128
#> GSM311744 3 0.499 0.52712 0.060 0.000 0.756 0.184
#> GSM311745 4 0.611 0.57513 0.088 0.032 0.156 0.724
#> GSM311746 4 0.491 0.56709 0.036 0.036 0.128 0.800
#> GSM311747 4 0.714 0.34240 0.256 0.000 0.188 0.556
#> GSM311748 3 0.343 0.54520 0.008 0.140 0.848 0.004
#> GSM311749 4 0.752 0.42190 0.268 0.080 0.064 0.588
#> GSM311750 3 0.840 0.15229 0.040 0.220 0.480 0.260
#> GSM311751 3 0.399 0.55496 0.024 0.136 0.832 0.008
#> GSM311752 4 0.534 0.56962 0.100 0.060 0.052 0.788
#> GSM311753 3 0.563 0.54573 0.032 0.096 0.764 0.108
#> GSM311754 4 0.753 0.21327 0.004 0.188 0.304 0.504
#> GSM311755 3 0.368 0.53516 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM311756 4 0.744 0.38482 0.028 0.128 0.264 0.580
#> GSM311757 3 0.509 0.55012 0.044 0.020 0.776 0.160
#> GSM311758 1 0.579 0.49306 0.524 0.452 0.016 0.008
#> GSM311759 2 0.663 0.40221 0.032 0.600 0.324 0.044
#> GSM311760 2 0.259 0.20167 0.092 0.900 0.004 0.004
#> GSM311668 4 0.552 0.49921 0.184 0.008 0.072 0.736
#> GSM311715 4 0.624 0.56626 0.072 0.096 0.096 0.736
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 4 0.623 0.40485 0.072 0.060 0.032 0.692 0.144
#> GSM311599 2 0.563 0.35317 0.036 0.680 0.232 0.016 0.036
#> GSM311600 2 0.571 0.36251 0.036 0.684 0.220 0.020 0.040
#> GSM311601 3 0.429 0.48175 0.000 0.004 0.704 0.016 0.276
#> GSM311602 1 0.128 0.79307 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000
#> GSM311603 4 0.817 0.01489 0.112 0.020 0.132 0.432 0.304
#> GSM311604 2 0.768 0.35958 0.056 0.376 0.236 0.332 0.000
#> GSM311605 3 0.379 0.58351 0.016 0.132 0.824 0.008 0.020
#> GSM311606 2 0.684 0.53889 0.092 0.600 0.136 0.172 0.000
#> GSM311607 3 0.273 0.58561 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311608 3 0.262 0.58717 0.012 0.116 0.872 0.000 0.000
#> GSM311609 5 0.223 0.68228 0.000 0.000 0.104 0.004 0.892
#> GSM311610 4 0.558 0.11225 0.016 0.036 0.008 0.600 0.340
#> GSM311611 3 0.289 0.57698 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311612 3 0.323 0.60793 0.000 0.032 0.840 0.000 0.128
#> GSM311613 5 0.419 0.48315 0.000 0.000 0.304 0.012 0.684
#> GSM311614 3 0.379 0.58351 0.016 0.132 0.824 0.008 0.020
#> GSM311615 4 0.734 0.39534 0.208 0.116 0.060 0.580 0.036
#> GSM311616 4 0.722 0.31205 0.020 0.144 0.236 0.556 0.044
#> GSM311617 4 0.502 0.41612 0.000 0.024 0.040 0.700 0.236
#> GSM311618 4 0.572 0.50974 0.000 0.080 0.096 0.708 0.116
#> GSM311619 4 0.656 0.42493 0.100 0.160 0.096 0.640 0.004
#> GSM311620 4 0.717 -0.03367 0.036 0.264 0.216 0.484 0.000
#> GSM311621 4 0.754 -0.00602 0.028 0.284 0.216 0.456 0.016
#> GSM311622 2 0.360 0.39437 0.104 0.832 0.060 0.004 0.000
#> GSM311623 3 0.236 0.59942 0.012 0.096 0.892 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.133 0.79693 0.960 0.020 0.004 0.012 0.004
#> GSM311625 4 0.727 0.27633 0.024 0.112 0.312 0.512 0.040
#> GSM311626 2 0.704 0.18564 0.068 0.460 0.404 0.044 0.024
#> GSM311627 4 0.598 0.06309 0.040 0.028 0.008 0.556 0.368
#> GSM311628 5 0.218 0.68228 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> GSM311629 3 0.813 -0.18137 0.052 0.308 0.392 0.224 0.024
#> GSM311630 5 0.620 0.31859 0.032 0.000 0.068 0.372 0.528
#> GSM311631 2 0.764 0.39249 0.056 0.396 0.228 0.320 0.000
#> GSM311632 3 0.229 0.59471 0.004 0.108 0.888 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.795 0.30484 0.124 0.072 0.504 0.256 0.044
#> GSM311634 2 0.431 0.42618 0.156 0.776 0.060 0.008 0.000
#> GSM311635 2 0.704 0.18564 0.068 0.460 0.404 0.044 0.024
#> GSM311636 5 0.419 0.48315 0.000 0.000 0.304 0.012 0.684
#> GSM311637 3 0.546 0.53124 0.020 0.004 0.684 0.068 0.224
#> GSM311638 1 0.133 0.79693 0.960 0.020 0.004 0.012 0.004
#> GSM311639 2 0.733 0.22575 0.052 0.432 0.408 0.084 0.024
#> GSM311640 1 0.508 0.61842 0.696 0.048 0.236 0.000 0.020
#> GSM311641 4 0.656 0.42493 0.100 0.160 0.096 0.640 0.004
#> GSM311642 3 0.229 0.59471 0.004 0.108 0.888 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.394 0.52483 0.000 0.040 0.104 0.824 0.032
#> GSM311644 5 0.185 0.67951 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM311645 4 0.762 0.20240 0.056 0.076 0.356 0.464 0.048
#> GSM311646 3 0.832 -0.10906 0.100 0.248 0.432 0.200 0.020
#> GSM311647 4 0.657 0.18225 0.000 0.008 0.312 0.500 0.180
#> GSM311648 3 0.776 0.05975 0.092 0.272 0.504 0.108 0.024
#> GSM311649 3 0.229 0.59471 0.004 0.108 0.888 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.727 -0.17904 0.032 0.336 0.212 0.420 0.000
#> GSM311651 4 0.633 0.33591 0.028 0.148 0.168 0.644 0.012
#> GSM311652 3 0.218 0.59749 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.510 0.51905 0.008 0.084 0.060 0.768 0.080
#> GSM311654 3 0.795 0.30484 0.124 0.072 0.504 0.256 0.044
#> GSM311655 3 0.681 0.49792 0.092 0.004 0.604 0.096 0.204
#> GSM311656 4 0.762 0.20240 0.056 0.076 0.356 0.464 0.048
#> GSM311657 4 0.751 -0.19402 0.052 0.292 0.220 0.436 0.000
#> GSM311658 4 0.751 -0.19402 0.052 0.292 0.220 0.436 0.000
#> GSM311659 2 0.778 0.33581 0.056 0.364 0.220 0.356 0.004
#> GSM311660 4 0.623 0.03043 0.040 0.024 0.020 0.520 0.396
#> GSM311661 2 0.770 0.40732 0.064 0.404 0.220 0.312 0.000
#> GSM311662 2 0.716 0.38854 0.120 0.500 0.308 0.072 0.000
#> GSM311663 2 0.683 0.49423 0.056 0.568 0.140 0.236 0.000
#> GSM311664 1 0.508 0.61842 0.696 0.048 0.236 0.000 0.020
#> GSM311665 1 0.133 0.79693 0.960 0.020 0.004 0.012 0.004
#> GSM311666 2 0.770 0.40732 0.064 0.404 0.220 0.312 0.000
#> GSM311667 4 0.597 0.29422 0.120 0.008 0.012 0.644 0.216
#> GSM311669 4 0.509 0.41345 0.000 0.024 0.044 0.696 0.236
#> GSM311670 5 0.238 0.67499 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM311671 5 0.570 0.29663 0.040 0.008 0.012 0.392 0.548
#> GSM311672 2 0.767 0.35752 0.056 0.376 0.232 0.336 0.000
#> GSM311673 4 0.428 0.51548 0.000 0.036 0.068 0.808 0.088
#> GSM311674 3 0.760 0.35669 0.184 0.016 0.548 0.152 0.100
#> GSM311675 5 0.570 0.29663 0.040 0.008 0.012 0.392 0.548
#> GSM311676 4 0.515 0.44005 0.012 0.040 0.052 0.752 0.144
#> GSM311677 4 0.760 0.34078 0.220 0.072 0.060 0.564 0.084
#> GSM311678 2 0.483 0.52029 0.072 0.776 0.072 0.080 0.000
#> GSM311679 3 0.638 0.49343 0.184 0.008 0.652 0.084 0.072
#> GSM311680 2 0.765 0.38653 0.056 0.392 0.228 0.324 0.000
#> GSM311681 5 0.182 0.67032 0.000 0.000 0.044 0.024 0.932
#> GSM311682 1 0.181 0.79387 0.944 0.020 0.012 0.012 0.012
#> GSM311683 5 0.356 0.56102 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM311684 2 0.457 0.54777 0.008 0.764 0.092 0.136 0.000
#> GSM311685 1 0.548 0.56397 0.720 0.020 0.016 0.160 0.084
#> GSM311686 1 0.128 0.79307 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.521 0.49138 0.144 0.736 0.044 0.076 0.000
#> GSM311688 3 0.406 0.47872 0.000 0.000 0.708 0.012 0.280
#> GSM311689 1 0.843 -0.03995 0.408 0.068 0.168 0.308 0.048
#> GSM311690 2 0.554 0.35276 0.036 0.684 0.232 0.012 0.036
#> GSM311691 2 0.773 0.40535 0.060 0.388 0.248 0.304 0.000
#> GSM311692 3 0.702 0.38832 0.056 0.024 0.572 0.264 0.084
#> GSM311693 2 0.360 0.39437 0.104 0.832 0.060 0.004 0.000
#> GSM311694 4 0.736 -0.28767 0.040 0.360 0.200 0.400 0.000
#> GSM311695 5 0.134 0.67372 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM311696 4 0.569 0.33318 0.008 0.172 0.148 0.668 0.004
#> GSM311697 3 0.708 0.40112 0.024 0.060 0.568 0.264 0.084
#> GSM311698 3 0.708 0.37733 0.024 0.068 0.564 0.272 0.072
#> GSM311699 4 0.590 0.45779 0.012 0.080 0.180 0.688 0.040
#> GSM311700 4 0.754 0.02656 0.160 0.032 0.024 0.464 0.320
#> GSM311701 4 0.736 -0.28767 0.040 0.360 0.200 0.400 0.000
#> GSM311702 2 0.766 0.40499 0.060 0.404 0.220 0.316 0.000
#> GSM311703 2 0.768 0.38994 0.060 0.396 0.224 0.320 0.000
#> GSM311704 3 0.281 0.58117 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM311705 2 0.766 0.40499 0.060 0.404 0.220 0.316 0.000
#> GSM311706 4 0.683 0.17396 0.076 0.024 0.036 0.548 0.316
#> GSM311707 4 0.683 0.17396 0.076 0.024 0.036 0.548 0.316
#> GSM311708 2 0.431 0.42618 0.156 0.776 0.060 0.008 0.000
#> GSM311709 4 0.724 0.28044 0.024 0.112 0.304 0.520 0.040
#> GSM311710 5 0.529 0.33796 0.016 0.008 0.016 0.372 0.588
#> GSM311711 4 0.747 0.28072 0.040 0.108 0.300 0.512 0.040
#> GSM311712 4 0.523 0.41926 0.000 0.028 0.056 0.700 0.216
#> GSM311713 5 0.665 0.08851 0.056 0.032 0.020 0.436 0.456
#> GSM311714 4 0.523 0.41926 0.000 0.028 0.056 0.700 0.216
#> GSM311716 4 0.718 0.25130 0.000 0.036 0.316 0.460 0.188
#> GSM311717 1 0.597 0.55019 0.640 0.088 0.244 0.008 0.020
#> GSM311718 4 0.741 -0.00547 0.132 0.028 0.028 0.456 0.356
#> GSM311719 5 0.150 0.67263 0.000 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM311720 3 0.792 0.11070 0.060 0.148 0.448 0.316 0.028
#> GSM311721 3 0.754 0.13174 0.040 0.136 0.488 0.308 0.028
#> GSM311722 2 0.563 0.35317 0.036 0.680 0.232 0.016 0.036
#> GSM311723 4 0.644 0.24296 0.100 0.040 0.008 0.616 0.236
#> GSM311724 2 0.478 0.54642 0.008 0.748 0.120 0.124 0.000
#> GSM311725 4 0.546 0.33458 0.084 0.008 0.012 0.692 0.204
#> GSM311726 3 0.170 0.61227 0.004 0.068 0.928 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.289 0.57698 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311728 3 0.832 -0.10906 0.100 0.248 0.432 0.200 0.020
#> GSM311729 4 0.731 0.01835 0.140 0.020 0.028 0.464 0.348
#> GSM311730 2 0.320 0.40430 0.080 0.868 0.024 0.028 0.000
#> GSM311731 4 0.694 0.28218 0.052 0.176 0.152 0.604 0.016
#> GSM311732 4 0.641 0.38192 0.008 0.020 0.296 0.572 0.104
#> GSM311733 5 0.356 0.56102 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM311734 4 0.705 0.08171 0.004 0.008 0.260 0.432 0.296
#> GSM311735 2 0.672 0.52998 0.068 0.600 0.140 0.192 0.000
#> GSM311736 3 0.405 0.36983 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM311737 4 0.705 0.08171 0.004 0.008 0.260 0.432 0.296
#> GSM311738 4 0.753 0.41157 0.112 0.068 0.072 0.596 0.152
#> GSM311739 4 0.491 0.44467 0.012 0.036 0.040 0.764 0.148
#> GSM311740 3 0.746 0.42229 0.188 0.060 0.572 0.144 0.036
#> GSM311741 4 0.664 0.42323 0.016 0.112 0.196 0.628 0.048
#> GSM311742 4 0.450 0.52655 0.012 0.052 0.084 0.808 0.044
#> GSM311743 3 0.391 0.42013 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM311744 3 0.522 0.50296 0.008 0.000 0.688 0.088 0.216
#> GSM311745 4 0.555 0.41886 0.024 0.036 0.040 0.712 0.188
#> GSM311746 4 0.460 0.48292 0.000 0.032 0.056 0.776 0.136
#> GSM311747 5 0.546 0.39203 0.012 0.000 0.048 0.352 0.588
#> GSM311748 3 0.201 0.60271 0.004 0.088 0.908 0.000 0.000
#> GSM311749 4 0.758 0.18258 0.248 0.040 0.028 0.512 0.172
#> GSM311750 3 0.819 0.09999 0.072 0.132 0.440 0.312 0.044
#> GSM311751 3 0.346 0.61085 0.004 0.084 0.844 0.000 0.068
#> GSM311752 4 0.613 0.40106 0.064 0.056 0.032 0.696 0.152
#> GSM311753 3 0.577 0.55281 0.044 0.028 0.720 0.144 0.064
#> GSM311754 4 0.722 0.31205 0.020 0.144 0.236 0.556 0.044
#> GSM311755 3 0.229 0.59471 0.004 0.108 0.888 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.608 0.45603 0.016 0.076 0.188 0.676 0.044
#> GSM311757 3 0.546 0.53124 0.020 0.004 0.684 0.068 0.224
#> GSM311758 1 0.128 0.79307 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.715 0.37653 0.116 0.496 0.316 0.072 0.000
#> GSM311760 2 0.301 0.34652 0.124 0.852 0.024 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.540 -0.01394 0.008 0.024 0.008 0.516 0.444
#> GSM311715 4 0.639 0.47511 0.028 0.092 0.064 0.680 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.8140 0.4566 0.044 0.248 0.100 0.108 0.452 0.048
#> GSM311599 4 0.6871 0.7098 0.008 0.176 0.232 0.524 0.024 0.036
#> GSM311600 4 0.6970 0.7093 0.008 0.180 0.220 0.524 0.032 0.036
#> GSM311601 3 0.5598 0.5060 0.000 0.096 0.560 0.004 0.016 0.324
#> GSM311602 1 0.1296 0.7770 0.952 0.032 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.8632 0.3100 0.076 0.020 0.212 0.152 0.384 0.156
#> GSM311604 2 0.0951 0.5522 0.000 0.968 0.004 0.020 0.008 0.000
#> GSM311605 3 0.4713 0.6549 0.000 0.224 0.704 0.036 0.012 0.024
#> GSM311606 2 0.4316 0.0695 0.012 0.688 0.032 0.268 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.4729 0.6368 0.000 0.128 0.676 0.000 0.000 0.196
#> GSM311608 3 0.3488 0.6635 0.000 0.184 0.780 0.036 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.1477 0.8330 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008 0.940
#> GSM311610 5 0.5775 0.4656 0.000 0.044 0.028 0.068 0.644 0.216
#> GSM311611 3 0.4834 0.6275 0.000 0.128 0.660 0.000 0.000 0.212
#> GSM311612 3 0.4668 0.6609 0.000 0.136 0.700 0.004 0.000 0.160
#> GSM311613 6 0.4267 0.6708 0.000 0.052 0.208 0.000 0.012 0.728
#> GSM311614 3 0.4713 0.6549 0.000 0.224 0.704 0.036 0.012 0.024
#> GSM311615 2 0.8470 -0.2592 0.144 0.340 0.096 0.132 0.284 0.004
#> GSM311616 2 0.5372 0.3564 0.000 0.616 0.044 0.028 0.296 0.016
#> GSM311617 5 0.5873 0.4598 0.000 0.264 0.004 0.020 0.568 0.144
#> GSM311618 5 0.6091 0.3094 0.000 0.332 0.036 0.040 0.544 0.048
#> GSM311619 5 0.6459 0.1828 0.032 0.340 0.008 0.152 0.468 0.000
#> GSM311620 2 0.2996 0.5382 0.000 0.832 0.016 0.008 0.144 0.000
#> GSM311621 2 0.3925 0.5211 0.000 0.784 0.028 0.016 0.160 0.012
#> GSM311622 4 0.4903 0.7722 0.028 0.240 0.060 0.672 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.3312 0.6787 0.000 0.180 0.792 0.028 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.1390 0.7825 0.948 0.032 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM311625 2 0.5958 0.3721 0.000 0.564 0.112 0.036 0.284 0.004
#> GSM311626 2 0.7379 -0.3219 0.012 0.332 0.308 0.300 0.024 0.024
#> GSM311627 5 0.7111 0.4505 0.032 0.032 0.052 0.132 0.568 0.184
#> GSM311628 6 0.1340 0.8349 0.000 0.000 0.040 0.004 0.008 0.948
#> GSM311629 2 0.7129 0.3007 0.004 0.524 0.196 0.168 0.084 0.024
#> GSM311630 5 0.6773 0.2132 0.028 0.016 0.044 0.068 0.444 0.400
#> GSM311631 2 0.0935 0.5411 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.3354 0.6744 0.000 0.168 0.796 0.036 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.7084 0.1123 0.052 0.488 0.320 0.048 0.080 0.012
#> GSM311634 4 0.5600 0.6966 0.040 0.352 0.064 0.544 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.7379 -0.3219 0.012 0.332 0.308 0.300 0.024 0.024
#> GSM311636 6 0.4267 0.6708 0.000 0.052 0.208 0.000 0.012 0.728
#> GSM311637 3 0.6447 0.5715 0.000 0.160 0.536 0.004 0.056 0.244
#> GSM311638 1 0.1390 0.7825 0.948 0.032 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM311639 2 0.7063 -0.1763 0.004 0.404 0.272 0.276 0.020 0.024
#> GSM311640 1 0.5600 0.6076 0.656 0.080 0.208 0.044 0.008 0.004
#> GSM311641 5 0.6459 0.1828 0.032 0.340 0.008 0.152 0.468 0.000
#> GSM311642 3 0.3354 0.6744 0.000 0.168 0.796 0.036 0.000 0.000
#> GSM311643 5 0.4707 0.1810 0.000 0.436 0.004 0.028 0.528 0.004
#> GSM311644 6 0.1080 0.8317 0.000 0.000 0.032 0.004 0.004 0.960
#> GSM311645 2 0.7241 0.2746 0.012 0.452 0.204 0.040 0.272 0.020
#> GSM311646 2 0.5892 0.4136 0.036 0.644 0.216 0.068 0.028 0.008
#> GSM311647 5 0.7690 0.2832 0.000 0.152 0.232 0.028 0.432 0.156
#> GSM311648 2 0.6519 0.1519 0.032 0.504 0.332 0.108 0.012 0.012
#> GSM311649 3 0.3354 0.6744 0.000 0.168 0.796 0.036 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.2617 0.5634 0.000 0.872 0.016 0.012 0.100 0.000
#> GSM311651 2 0.4810 0.2823 0.000 0.604 0.012 0.044 0.340 0.000
#> GSM311652 3 0.3248 0.6770 0.000 0.164 0.804 0.032 0.000 0.000
#> GSM311653 5 0.6310 0.3289 0.000 0.376 0.036 0.068 0.488 0.032
#> GSM311654 2 0.7084 0.1123 0.052 0.488 0.320 0.048 0.080 0.012
#> GSM311655 3 0.7971 0.5075 0.052 0.184 0.452 0.028 0.060 0.224
#> GSM311656 2 0.7241 0.2746 0.012 0.452 0.204 0.040 0.272 0.020
#> GSM311657 2 0.2162 0.5677 0.000 0.896 0.004 0.012 0.088 0.000
#> GSM311658 2 0.2162 0.5677 0.000 0.896 0.004 0.012 0.088 0.000
#> GSM311659 2 0.2408 0.5467 0.000 0.892 0.004 0.052 0.052 0.000
#> GSM311660 5 0.7308 0.4557 0.032 0.044 0.060 0.116 0.556 0.192
#> GSM311661 2 0.1152 0.5305 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.6184 -0.0974 0.012 0.512 0.196 0.272 0.008 0.000
#> GSM311663 2 0.3424 0.2770 0.000 0.780 0.020 0.196 0.004 0.000
#> GSM311664 1 0.5600 0.6076 0.656 0.080 0.208 0.044 0.008 0.004
#> GSM311665 1 0.1390 0.7825 0.948 0.032 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM311666 2 0.1152 0.5305 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.7636 0.5401 0.092 0.148 0.040 0.060 0.552 0.108
#> GSM311669 5 0.5855 0.4610 0.000 0.260 0.004 0.020 0.572 0.144
#> GSM311670 6 0.1524 0.8350 0.000 0.008 0.060 0.000 0.000 0.932
#> GSM311671 5 0.6098 0.3194 0.024 0.000 0.036 0.068 0.536 0.336
#> GSM311672 2 0.0603 0.5499 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> GSM311673 5 0.5268 0.3426 0.000 0.328 0.016 0.044 0.596 0.016
#> GSM311674 3 0.8297 0.3592 0.144 0.148 0.488 0.076 0.072 0.072
#> GSM311675 5 0.6098 0.3194 0.024 0.000 0.036 0.068 0.536 0.336
#> GSM311676 5 0.5278 0.5207 0.000 0.164 0.016 0.076 0.700 0.044
#> GSM311677 5 0.8623 0.3056 0.144 0.160 0.100 0.200 0.384 0.012
#> GSM311678 4 0.5040 0.5233 0.016 0.456 0.040 0.488 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.7776 0.5041 0.128 0.220 0.500 0.048 0.040 0.064
#> GSM311680 2 0.0858 0.5438 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> GSM311681 6 0.2106 0.7423 0.000 0.000 0.000 0.032 0.064 0.904
#> GSM311682 1 0.2308 0.7767 0.912 0.044 0.012 0.008 0.020 0.004
#> GSM311683 6 0.3455 0.7457 0.000 0.036 0.180 0.000 0.000 0.784
#> GSM311684 2 0.4792 -0.3867 0.000 0.536 0.044 0.416 0.004 0.000
#> GSM311685 1 0.5580 0.5244 0.708 0.012 0.076 0.052 0.128 0.024
#> GSM311686 1 0.1296 0.7770 0.952 0.032 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.5616 -0.5185 0.056 0.480 0.040 0.424 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.5266 0.5133 0.000 0.096 0.580 0.008 0.000 0.316
#> GSM311689 1 0.8117 0.0435 0.356 0.292 0.108 0.040 0.196 0.008
#> GSM311690 4 0.6818 0.7097 0.008 0.176 0.236 0.524 0.020 0.036
#> GSM311691 2 0.1933 0.5316 0.000 0.920 0.032 0.044 0.004 0.000
#> GSM311692 3 0.7637 0.2151 0.012 0.328 0.412 0.036 0.140 0.072
#> GSM311693 4 0.4903 0.7722 0.028 0.240 0.060 0.672 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.1643 0.5545 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> GSM311695 6 0.0870 0.8041 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012 0.972
#> GSM311696 2 0.4260 0.2654 0.000 0.640 0.004 0.024 0.332 0.000
#> GSM311697 3 0.7272 0.2261 0.000 0.348 0.396 0.024 0.164 0.068
#> GSM311698 3 0.7235 0.1858 0.000 0.360 0.388 0.028 0.168 0.056
#> GSM311699 2 0.5662 0.0741 0.000 0.488 0.032 0.044 0.424 0.012
#> GSM311700 5 0.8458 0.3093 0.116 0.016 0.100 0.176 0.424 0.168
#> GSM311701 2 0.1643 0.5545 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068 0.000
#> GSM311702 2 0.1082 0.5320 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0858 0.5404 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.4783 0.6316 0.000 0.128 0.668 0.000 0.000 0.204
#> GSM311705 2 0.1082 0.5320 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.7843 0.4582 0.044 0.060 0.096 0.128 0.532 0.140
#> GSM311707 5 0.7843 0.4582 0.044 0.060 0.096 0.128 0.532 0.140
#> GSM311708 4 0.5600 0.6966 0.040 0.352 0.064 0.544 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.5883 0.3729 0.000 0.572 0.104 0.036 0.284 0.004
#> GSM311710 5 0.5366 0.2754 0.004 0.000 0.024 0.048 0.528 0.396
#> GSM311711 2 0.6253 0.3677 0.016 0.560 0.100 0.036 0.284 0.004
#> GSM311712 5 0.6204 0.4651 0.000 0.252 0.016 0.036 0.572 0.124
#> GSM311713 5 0.7621 0.2345 0.016 0.024 0.076 0.144 0.388 0.352
#> GSM311714 5 0.6204 0.4651 0.000 0.252 0.016 0.036 0.572 0.124
#> GSM311716 5 0.7961 0.1155 0.000 0.276 0.180 0.024 0.344 0.176
#> GSM311717 1 0.6229 0.5264 0.604 0.140 0.188 0.056 0.008 0.004
#> GSM311718 5 0.8090 0.3266 0.096 0.008 0.100 0.156 0.460 0.180
#> GSM311719 6 0.1478 0.7870 0.000 0.000 0.004 0.020 0.032 0.944
#> GSM311720 2 0.7067 0.3577 0.024 0.516 0.248 0.052 0.148 0.012
#> GSM311721 2 0.5886 0.3237 0.000 0.588 0.272 0.032 0.096 0.012
#> GSM311722 4 0.6871 0.7098 0.008 0.176 0.232 0.524 0.024 0.036
#> GSM311723 5 0.6721 0.5125 0.096 0.032 0.064 0.088 0.644 0.076
#> GSM311724 2 0.5141 -0.4142 0.000 0.504 0.072 0.420 0.004 0.000
#> GSM311725 5 0.7301 0.5563 0.068 0.160 0.032 0.060 0.576 0.104
#> GSM311726 3 0.3486 0.6937 0.000 0.180 0.788 0.024 0.000 0.008
#> GSM311727 3 0.4834 0.6275 0.000 0.128 0.660 0.000 0.000 0.212
#> GSM311728 2 0.5892 0.4136 0.036 0.644 0.216 0.068 0.028 0.008
#> GSM311729 5 0.8543 0.3240 0.096 0.024 0.108 0.172 0.420 0.180
#> GSM311730 4 0.4974 0.7412 0.032 0.272 0.048 0.648 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.5187 0.2996 0.024 0.608 0.012 0.036 0.320 0.000
#> GSM311732 5 0.6887 0.2771 0.000 0.236 0.204 0.016 0.492 0.052
#> GSM311733 6 0.3455 0.7457 0.000 0.036 0.180 0.000 0.000 0.784
#> GSM311734 5 0.7560 0.3430 0.000 0.132 0.192 0.020 0.440 0.216
#> GSM311735 2 0.3865 0.1504 0.000 0.720 0.032 0.248 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.5077 0.3602 0.000 0.080 0.516 0.000 0.000 0.404
#> GSM311737 5 0.7560 0.3430 0.000 0.132 0.192 0.020 0.440 0.216
#> GSM311738 5 0.7452 0.5084 0.080 0.176 0.044 0.092 0.560 0.048
#> GSM311739 5 0.5184 0.5181 0.000 0.164 0.016 0.064 0.708 0.048
#> GSM311740 3 0.7730 0.3056 0.128 0.320 0.424 0.052 0.056 0.020
#> GSM311741 2 0.5808 0.1803 0.004 0.528 0.048 0.024 0.376 0.020
#> GSM311742 5 0.4928 0.3775 0.000 0.288 0.008 0.064 0.636 0.004
#> GSM311743 3 0.4993 0.4432 0.000 0.080 0.560 0.000 0.000 0.360
#> GSM311744 3 0.6286 0.5513 0.000 0.116 0.572 0.004 0.076 0.232
#> GSM311745 5 0.5703 0.5420 0.012 0.152 0.012 0.056 0.684 0.084
#> GSM311746 5 0.5401 0.4196 0.000 0.272 0.016 0.040 0.632 0.040
#> GSM311747 5 0.5492 0.1729 0.004 0.000 0.032 0.044 0.464 0.456
#> GSM311748 3 0.3053 0.6848 0.000 0.168 0.812 0.020 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.8546 0.2672 0.196 0.036 0.104 0.200 0.404 0.060
#> GSM311750 2 0.6467 0.3826 0.028 0.592 0.224 0.036 0.108 0.012
#> GSM311751 3 0.4608 0.6866 0.000 0.168 0.724 0.020 0.000 0.088
#> GSM311752 5 0.8202 0.4618 0.040 0.244 0.100 0.112 0.448 0.056
#> GSM311753 3 0.5754 0.4631 0.000 0.360 0.524 0.000 0.040 0.076
#> GSM311754 2 0.5372 0.3564 0.000 0.616 0.044 0.028 0.296 0.016
#> GSM311755 3 0.3354 0.6744 0.000 0.168 0.796 0.036 0.000 0.000
#> GSM311756 2 0.5879 0.0848 0.000 0.480 0.048 0.044 0.416 0.012
#> GSM311757 3 0.6447 0.5715 0.000 0.160 0.536 0.004 0.056 0.244
#> GSM311758 1 0.1296 0.7770 0.952 0.032 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.6205 -0.0868 0.012 0.508 0.200 0.272 0.008 0.000
#> GSM311760 4 0.4787 0.7542 0.040 0.216 0.048 0.696 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.6653 0.4397 0.004 0.132 0.024 0.032 0.512 0.296
#> GSM311715 5 0.7372 0.4074 0.012 0.312 0.072 0.088 0.468 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:hclust 133 0.857 2
#> MAD:hclust 36 NA 3
#> MAD:hclust 63 0.648 4
#> MAD:hclust 51 NA 5
#> MAD:hclust 82 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.432 0.718 0.837 0.4910 0.498 0.498
#> 3 3 0.618 0.780 0.872 0.3456 0.769 0.567
#> 4 4 0.587 0.708 0.816 0.1202 0.873 0.648
#> 5 5 0.621 0.550 0.732 0.0653 0.934 0.759
#> 6 6 0.640 0.475 0.693 0.0420 0.839 0.429
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.2948 0.7044 0.948 0.052
#> GSM311599 2 0.9970 -0.5046 0.468 0.532
#> GSM311600 1 0.7950 0.7364 0.760 0.240
#> GSM311601 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311602 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311603 1 0.1414 0.7543 0.980 0.020
#> GSM311604 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311605 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311607 1 1.0000 0.5470 0.504 0.496
#> GSM311608 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311610 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311611 1 0.9954 0.5993 0.540 0.460
#> GSM311612 2 0.5737 0.4380 0.136 0.864
#> GSM311613 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311614 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311615 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311616 1 0.1414 0.7378 0.980 0.020
#> GSM311617 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311618 1 0.1184 0.7412 0.984 0.016
#> GSM311619 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311620 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311621 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311622 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311623 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.3114 0.7000 0.944 0.056
#> GSM311625 1 0.0376 0.7506 0.996 0.004
#> GSM311626 2 0.9580 -0.0511 0.380 0.620
#> GSM311627 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311629 2 0.7674 0.7906 0.224 0.776
#> GSM311630 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311631 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311632 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.9977 0.6084 0.472 0.528
#> GSM311634 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311635 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311636 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311637 1 0.9686 0.6685 0.604 0.396
#> GSM311638 1 0.3114 0.7000 0.944 0.056
#> GSM311639 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311640 2 0.1633 0.6465 0.024 0.976
#> GSM311641 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311642 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311644 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311645 1 0.8144 0.7348 0.748 0.252
#> GSM311646 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311647 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311648 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311649 2 0.0000 0.6269 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311651 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311652 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311653 1 0.0672 0.7487 0.992 0.008
#> GSM311654 2 0.7376 0.2696 0.208 0.792
#> GSM311655 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311656 2 0.9209 0.8209 0.336 0.664
#> GSM311657 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311658 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311659 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311660 1 0.0376 0.7533 0.996 0.004
#> GSM311661 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311662 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311663 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311664 1 0.9998 0.5655 0.508 0.492
#> GSM311665 1 0.3114 0.7000 0.944 0.056
#> GSM311666 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311667 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311670 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311671 1 0.7883 0.7389 0.764 0.236
#> GSM311672 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311673 1 0.8327 0.2718 0.736 0.264
#> GSM311674 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311675 1 0.1184 0.7542 0.984 0.016
#> GSM311676 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311677 1 0.3879 0.6730 0.924 0.076
#> GSM311678 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311679 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311680 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311681 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311682 1 0.0376 0.7506 0.996 0.004
#> GSM311683 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311684 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311685 1 0.3114 0.7000 0.944 0.056
#> GSM311686 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311687 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311688 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311689 1 0.6148 0.5530 0.848 0.152
#> GSM311690 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311691 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311692 2 0.7602 0.2319 0.220 0.780
#> GSM311693 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311694 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311695 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311696 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311697 1 0.9996 0.5596 0.512 0.488
#> GSM311698 2 0.4690 0.7041 0.100 0.900
#> GSM311699 1 0.1184 0.7412 0.984 0.016
#> GSM311700 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311702 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311703 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311704 1 1.0000 0.5411 0.500 0.500
#> GSM311705 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311706 1 0.0376 0.7506 0.996 0.004
#> GSM311707 1 0.0376 0.7506 0.996 0.004
#> GSM311708 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311709 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311710 1 0.5059 0.7484 0.888 0.112
#> GSM311711 1 0.9000 0.0563 0.684 0.316
#> GSM311712 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311713 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311714 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311716 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311717 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311718 1 0.0376 0.7533 0.996 0.004
#> GSM311719 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311720 1 0.0672 0.7483 0.992 0.008
#> GSM311721 2 0.5059 0.7131 0.112 0.888
#> GSM311722 1 0.9977 0.5867 0.528 0.472
#> GSM311723 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311725 1 0.0938 0.7446 0.988 0.012
#> GSM311726 2 0.0672 0.6197 0.008 0.992
#> GSM311727 1 0.9815 0.6449 0.580 0.420
#> GSM311728 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311729 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311731 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311732 1 0.8861 0.7264 0.696 0.304
#> GSM311733 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311734 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311735 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311736 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311737 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311738 1 0.4298 0.6556 0.912 0.088
#> GSM311739 1 0.0938 0.7440 0.988 0.012
#> GSM311740 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311741 1 0.0938 0.7446 0.988 0.012
#> GSM311742 1 0.1184 0.7412 0.984 0.016
#> GSM311743 1 0.9954 0.5993 0.540 0.460
#> GSM311744 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311745 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311746 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311747 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311748 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311749 1 0.0376 0.7506 0.996 0.004
#> GSM311750 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311751 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311752 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0938 0.6161 0.012 0.988
#> GSM311754 2 0.5059 0.7131 0.112 0.888
#> GSM311755 2 0.1184 0.6404 0.016 0.984
#> GSM311756 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311757 1 0.8955 0.7244 0.688 0.312
#> GSM311758 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311759 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311760 2 0.8955 0.8462 0.312 0.688
#> GSM311668 1 0.0000 0.7526 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.9129 0.0272 0.672 0.328
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.5307 0.788 0.820 0.124 0.056
#> GSM311599 3 0.3973 0.818 0.088 0.032 0.880
#> GSM311600 1 0.1643 0.815 0.956 0.000 0.044
#> GSM311601 3 0.0424 0.844 0.008 0.000 0.992
#> GSM311602 2 0.6931 0.227 0.456 0.528 0.016
#> GSM311603 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311604 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311606 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0424 0.847 0.000 0.008 0.992
#> GSM311608 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311609 1 0.6252 0.455 0.556 0.000 0.444
#> GSM311610 1 0.3690 0.808 0.884 0.016 0.100
#> GSM311611 3 0.0661 0.845 0.008 0.004 0.988
#> GSM311612 3 0.1860 0.844 0.000 0.052 0.948
#> GSM311613 3 0.0747 0.842 0.016 0.000 0.984
#> GSM311614 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311615 2 0.4033 0.834 0.136 0.856 0.008
#> GSM311616 1 0.8089 0.576 0.600 0.308 0.092
#> GSM311617 1 0.6500 0.755 0.760 0.140 0.100
#> GSM311618 1 0.8501 0.448 0.532 0.368 0.100
#> GSM311619 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311620 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311621 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311622 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311623 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311624 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311625 1 0.3112 0.811 0.900 0.004 0.096
#> GSM311626 3 0.7584 0.192 0.472 0.040 0.488
#> GSM311627 1 0.1753 0.815 0.952 0.000 0.048
#> GSM311628 3 0.6260 -0.150 0.448 0.000 0.552
#> GSM311629 2 0.1999 0.912 0.036 0.952 0.012
#> GSM311630 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311631 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311633 2 0.3797 0.864 0.056 0.892 0.052
#> GSM311634 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311635 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311636 3 0.0747 0.842 0.016 0.000 0.984
#> GSM311637 3 0.1765 0.833 0.040 0.004 0.956
#> GSM311638 1 0.1129 0.810 0.976 0.004 0.020
#> GSM311639 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311640 3 0.7764 0.540 0.328 0.068 0.604
#> GSM311641 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311642 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311643 1 0.7344 0.711 0.696 0.204 0.100
#> GSM311644 3 0.0892 0.842 0.020 0.000 0.980
#> GSM311645 1 0.3644 0.811 0.872 0.004 0.124
#> GSM311646 2 0.0237 0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM311647 3 0.6274 -0.157 0.456 0.000 0.544
#> GSM311648 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311649 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311650 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311651 2 0.2384 0.901 0.056 0.936 0.008
#> GSM311652 3 0.4002 0.820 0.000 0.160 0.840
#> GSM311653 1 0.7971 0.619 0.624 0.280 0.096
#> GSM311654 3 0.4930 0.776 0.044 0.120 0.836
#> GSM311655 3 0.5733 0.298 0.324 0.000 0.676
#> GSM311656 2 0.7049 0.245 0.452 0.528 0.020
#> GSM311657 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311658 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311659 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.1964 0.814 0.944 0.000 0.056
#> GSM311661 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311662 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311663 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 3 0.6057 0.511 0.340 0.004 0.656
#> GSM311665 1 0.2356 0.811 0.928 0.000 0.072
#> GSM311666 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311667 1 0.2066 0.813 0.940 0.000 0.060
#> GSM311669 1 0.6107 0.769 0.784 0.116 0.100
#> GSM311670 3 0.0747 0.842 0.016 0.000 0.984
#> GSM311671 1 0.3551 0.809 0.868 0.000 0.132
#> GSM311672 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311673 1 0.7657 0.263 0.508 0.448 0.044
#> GSM311674 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311675 1 0.1964 0.814 0.944 0.000 0.056
#> GSM311676 1 0.7673 0.681 0.664 0.236 0.100
#> GSM311677 1 0.5503 0.723 0.772 0.208 0.020
#> GSM311678 2 0.0237 0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM311679 3 0.3941 0.822 0.000 0.156 0.844
#> GSM311680 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.3816 0.805 0.852 0.000 0.148
#> GSM311682 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311683 3 0.0892 0.842 0.020 0.000 0.980
#> GSM311684 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.2261 0.811 0.932 0.000 0.068
#> GSM311686 2 0.6448 0.523 0.328 0.656 0.016
#> GSM311687 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311688 3 0.0592 0.843 0.012 0.000 0.988
#> GSM311689 1 0.1399 0.811 0.968 0.004 0.028
#> GSM311690 3 0.4636 0.828 0.036 0.116 0.848
#> GSM311691 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.2496 0.844 0.004 0.068 0.928
#> GSM311693 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311694 2 0.1878 0.909 0.044 0.952 0.004
#> GSM311695 1 0.6244 0.455 0.560 0.000 0.440
#> GSM311696 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311697 3 0.1989 0.829 0.048 0.004 0.948
#> GSM311698 2 0.3039 0.896 0.044 0.920 0.036
#> GSM311699 1 0.7531 0.684 0.672 0.236 0.092
#> GSM311700 1 0.1964 0.814 0.944 0.000 0.056
#> GSM311701 2 0.2200 0.903 0.056 0.940 0.004
#> GSM311702 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0424 0.847 0.000 0.008 0.992
#> GSM311705 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.2066 0.813 0.940 0.000 0.060
#> GSM311707 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311708 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311709 2 0.2496 0.899 0.068 0.928 0.004
#> GSM311710 1 0.3752 0.806 0.856 0.000 0.144
#> GSM311711 1 0.3989 0.735 0.864 0.124 0.012
#> GSM311712 1 0.5706 0.616 0.680 0.000 0.320
#> GSM311713 1 0.3340 0.813 0.880 0.000 0.120
#> GSM311714 1 0.7596 0.690 0.672 0.228 0.100
#> GSM311716 1 0.5650 0.682 0.688 0.000 0.312
#> GSM311717 2 0.6686 0.437 0.372 0.612 0.016
#> GSM311718 1 0.1964 0.814 0.944 0.000 0.056
#> GSM311719 1 0.5835 0.637 0.660 0.000 0.340
#> GSM311720 1 0.3500 0.813 0.880 0.004 0.116
#> GSM311721 2 0.0747 0.913 0.000 0.984 0.016
#> GSM311722 3 0.2584 0.828 0.064 0.008 0.928
#> GSM311723 1 0.1964 0.814 0.944 0.000 0.056
#> GSM311724 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311725 1 0.1399 0.811 0.968 0.028 0.004
#> GSM311726 3 0.4062 0.818 0.000 0.164 0.836
#> GSM311727 3 0.0661 0.845 0.008 0.004 0.988
#> GSM311728 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311729 1 0.2959 0.815 0.900 0.000 0.100
#> GSM311730 2 0.0237 0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM311731 2 0.4755 0.784 0.184 0.808 0.008
#> GSM311732 1 0.5254 0.699 0.736 0.000 0.264
#> GSM311733 3 0.0892 0.842 0.020 0.000 0.980
#> GSM311734 1 0.5733 0.651 0.676 0.000 0.324
#> GSM311735 2 0.0237 0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM311736 3 0.0747 0.842 0.016 0.000 0.984
#> GSM311737 1 0.5431 0.704 0.716 0.000 0.284
#> GSM311738 1 0.0829 0.809 0.984 0.004 0.012
#> GSM311739 1 0.7673 0.681 0.664 0.236 0.100
#> GSM311740 2 0.0237 0.920 0.000 0.996 0.004
#> GSM311741 1 0.7036 0.729 0.720 0.184 0.096
#> GSM311742 1 0.7531 0.684 0.672 0.236 0.092
#> GSM311743 3 0.0661 0.845 0.008 0.004 0.988
#> GSM311744 3 0.1163 0.840 0.028 0.000 0.972
#> GSM311745 1 0.1860 0.818 0.948 0.000 0.052
#> GSM311746 1 0.3193 0.809 0.896 0.004 0.100
#> GSM311747 1 0.3752 0.806 0.856 0.000 0.144
#> GSM311748 3 0.4002 0.821 0.000 0.160 0.840
#> GSM311749 1 0.2165 0.812 0.936 0.000 0.064
#> GSM311750 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.3686 0.830 0.000 0.140 0.860
#> GSM311752 1 0.2339 0.818 0.940 0.012 0.048
#> GSM311753 3 0.3619 0.831 0.000 0.136 0.864
#> GSM311754 2 0.2806 0.898 0.032 0.928 0.040
#> GSM311755 2 0.6095 0.242 0.000 0.608 0.392
#> GSM311756 1 0.7153 0.717 0.708 0.200 0.092
#> GSM311757 3 0.0424 0.844 0.008 0.000 0.992
#> GSM311758 2 0.6941 0.206 0.464 0.520 0.016
#> GSM311759 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311760 2 0.0424 0.919 0.000 0.992 0.008
#> GSM311668 1 0.3412 0.811 0.876 0.000 0.124
#> GSM311715 1 0.6129 0.543 0.668 0.324 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.6438 0.5307 0.656 0.132 0.004 0.208
#> GSM311599 3 0.6875 0.1914 0.420 0.064 0.500 0.016
#> GSM311600 1 0.3626 0.7381 0.812 0.004 0.000 0.184
#> GSM311601 3 0.1637 0.8455 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM311602 1 0.2773 0.7491 0.880 0.116 0.000 0.004
#> GSM311603 1 0.2266 0.7853 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM311604 2 0.2281 0.8534 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311605 3 0.4315 0.7900 0.020 0.172 0.800 0.008
#> GSM311606 2 0.1302 0.8535 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311607 3 0.1211 0.8477 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311608 3 0.4871 0.7686 0.036 0.188 0.768 0.008
#> GSM311609 4 0.5174 0.4020 0.012 0.000 0.368 0.620
#> GSM311610 4 0.3636 0.6509 0.172 0.008 0.000 0.820
#> GSM311611 3 0.1389 0.8471 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311612 3 0.0967 0.8491 0.004 0.004 0.976 0.016
#> GSM311613 3 0.2149 0.8367 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM311614 3 0.4402 0.7850 0.020 0.180 0.792 0.008
#> GSM311615 2 0.5800 0.7486 0.128 0.708 0.000 0.164
#> GSM311616 4 0.5195 0.4204 0.032 0.276 0.000 0.692
#> GSM311617 4 0.3156 0.6613 0.048 0.068 0.000 0.884
#> GSM311618 4 0.3907 0.5414 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM311619 2 0.4797 0.7743 0.020 0.720 0.000 0.260
#> GSM311620 2 0.3837 0.8075 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311621 2 0.4103 0.7772 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM311622 2 0.3255 0.7923 0.044 0.892 0.048 0.016
#> GSM311623 3 0.4871 0.7686 0.036 0.188 0.768 0.008
#> GSM311624 1 0.1211 0.7978 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311625 4 0.4606 0.5587 0.264 0.012 0.000 0.724
#> GSM311626 1 0.6230 0.6748 0.732 0.092 0.120 0.056
#> GSM311627 4 0.4889 0.5065 0.360 0.000 0.004 0.636
#> GSM311628 4 0.5682 0.1761 0.024 0.000 0.456 0.520
#> GSM311629 2 0.4426 0.8368 0.004 0.796 0.032 0.168
#> GSM311630 1 0.2928 0.7714 0.880 0.000 0.012 0.108
#> GSM311631 2 0.1716 0.8547 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM311632 3 0.4830 0.7719 0.036 0.184 0.772 0.008
#> GSM311633 2 0.4304 0.7559 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311634 2 0.2586 0.8107 0.044 0.920 0.020 0.016
#> GSM311635 2 0.3255 0.7923 0.044 0.892 0.048 0.016
#> GSM311636 3 0.3311 0.7615 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM311637 3 0.2011 0.8416 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311638 1 0.1211 0.7978 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311639 2 0.2210 0.8190 0.020 0.936 0.028 0.016
#> GSM311640 1 0.5287 0.6645 0.772 0.116 0.100 0.012
#> GSM311641 2 0.4797 0.7743 0.020 0.720 0.000 0.260
#> GSM311642 3 0.4830 0.7719 0.036 0.184 0.772 0.008
#> GSM311643 4 0.3486 0.6538 0.044 0.092 0.000 0.864
#> GSM311644 3 0.4194 0.7349 0.028 0.000 0.800 0.172
#> GSM311645 4 0.5060 0.5185 0.284 0.012 0.008 0.696
#> GSM311646 2 0.2739 0.8346 0.060 0.904 0.000 0.036
#> GSM311647 4 0.5004 0.3438 0.004 0.000 0.392 0.604
#> GSM311648 2 0.3886 0.7687 0.080 0.860 0.040 0.020
#> GSM311649 3 0.4871 0.7688 0.036 0.188 0.768 0.008
#> GSM311650 2 0.4331 0.7548 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM311651 2 0.4277 0.7627 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM311652 3 0.3824 0.8154 0.024 0.124 0.844 0.008
#> GSM311653 4 0.3984 0.6311 0.040 0.132 0.000 0.828
#> GSM311654 3 0.6198 0.5841 0.000 0.176 0.672 0.152
#> GSM311655 3 0.4446 0.6986 0.028 0.000 0.776 0.196
#> GSM311656 1 0.4856 0.7059 0.780 0.136 0.000 0.084
#> GSM311657 2 0.3837 0.8075 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311658 2 0.3837 0.8075 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311659 2 0.1792 0.8546 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311660 4 0.4978 0.4731 0.384 0.000 0.004 0.612
#> GSM311661 2 0.3873 0.7947 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311662 2 0.2521 0.8124 0.032 0.924 0.028 0.016
#> GSM311663 2 0.2011 0.8547 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311664 1 0.4351 0.7156 0.832 0.052 0.100 0.016
#> GSM311665 1 0.1211 0.7980 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311666 2 0.3219 0.8296 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM311667 1 0.1474 0.7965 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311669 4 0.2670 0.6668 0.040 0.052 0.000 0.908
#> GSM311670 3 0.2281 0.8332 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM311671 4 0.5172 0.4366 0.404 0.000 0.008 0.588
#> GSM311672 2 0.3764 0.8116 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311673 2 0.5292 0.3756 0.008 0.512 0.000 0.480
#> GSM311674 1 0.2714 0.7678 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM311675 1 0.5105 -0.0283 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM311676 4 0.3647 0.6477 0.040 0.108 0.000 0.852
#> GSM311677 1 0.6724 0.4456 0.616 0.192 0.000 0.192
#> GSM311678 2 0.1271 0.8380 0.012 0.968 0.008 0.012
#> GSM311679 3 0.4221 0.8057 0.036 0.132 0.824 0.008
#> GSM311680 2 0.2011 0.8544 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311681 4 0.6149 0.5538 0.180 0.000 0.144 0.676
#> GSM311682 1 0.1302 0.7976 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311683 3 0.2281 0.8332 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM311684 2 0.1890 0.8540 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM311685 1 0.1118 0.7974 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311686 1 0.3257 0.7240 0.844 0.152 0.000 0.004
#> GSM311687 2 0.2433 0.8189 0.060 0.920 0.008 0.012
#> GSM311688 3 0.1716 0.8444 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM311689 1 0.4012 0.7247 0.800 0.016 0.000 0.184
#> GSM311690 3 0.5040 0.7683 0.048 0.180 0.764 0.008
#> GSM311691 2 0.2345 0.8505 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM311692 3 0.3544 0.8336 0.036 0.072 0.876 0.016
#> GSM311693 2 0.2310 0.8171 0.032 0.932 0.020 0.016
#> GSM311694 2 0.3764 0.8116 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM311695 4 0.6058 0.4451 0.060 0.000 0.336 0.604
#> GSM311696 2 0.4304 0.7586 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311697 3 0.2530 0.8287 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM311698 2 0.4590 0.8230 0.000 0.792 0.060 0.148
#> GSM311699 4 0.4139 0.6279 0.040 0.144 0.000 0.816
#> GSM311700 4 0.5070 0.4220 0.416 0.000 0.004 0.580
#> GSM311701 2 0.4304 0.7586 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311702 2 0.1792 0.8547 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311703 2 0.1716 0.8546 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM311704 3 0.0895 0.8485 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM311705 2 0.1792 0.8547 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311706 1 0.2714 0.7685 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM311707 1 0.2053 0.7904 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM311708 2 0.2497 0.8128 0.040 0.924 0.020 0.016
#> GSM311709 2 0.4826 0.7608 0.020 0.716 0.000 0.264
#> GSM311710 4 0.5548 0.5203 0.340 0.000 0.032 0.628
#> GSM311711 1 0.4542 0.6465 0.752 0.020 0.000 0.228
#> GSM311712 4 0.3591 0.6212 0.008 0.000 0.168 0.824
#> GSM311713 4 0.4699 0.5492 0.320 0.000 0.004 0.676
#> GSM311714 4 0.3266 0.6565 0.040 0.084 0.000 0.876
#> GSM311716 4 0.4323 0.6108 0.028 0.000 0.184 0.788
#> GSM311717 1 0.3878 0.7104 0.824 0.156 0.016 0.004
#> GSM311718 1 0.5004 0.1550 0.604 0.000 0.004 0.392
#> GSM311719 4 0.6362 0.5000 0.096 0.000 0.288 0.616
#> GSM311720 1 0.4606 0.6288 0.724 0.012 0.000 0.264
#> GSM311721 2 0.3149 0.8520 0.000 0.880 0.032 0.088
#> GSM311722 3 0.2510 0.8339 0.064 0.012 0.916 0.008
#> GSM311723 4 0.5112 0.3909 0.436 0.000 0.004 0.560
#> GSM311724 2 0.1975 0.8249 0.016 0.944 0.028 0.012
#> GSM311725 4 0.4553 0.6494 0.180 0.040 0.000 0.780
#> GSM311726 3 0.3663 0.8186 0.020 0.120 0.852 0.008
#> GSM311727 3 0.1389 0.8471 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311728 2 0.2708 0.8257 0.040 0.916 0.016 0.028
#> GSM311729 4 0.5016 0.4498 0.396 0.000 0.004 0.600
#> GSM311730 2 0.1509 0.8329 0.020 0.960 0.008 0.012
#> GSM311731 2 0.6153 0.6317 0.068 0.604 0.000 0.328
#> GSM311732 4 0.4353 0.6512 0.060 0.004 0.116 0.820
#> GSM311733 3 0.2281 0.8332 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM311734 4 0.4323 0.6006 0.020 0.000 0.204 0.776
#> GSM311735 2 0.0859 0.8383 0.008 0.980 0.008 0.004
#> GSM311736 3 0.1940 0.8412 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM311737 4 0.4406 0.6060 0.028 0.000 0.192 0.780
#> GSM311738 1 0.2011 0.7941 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM311739 4 0.4174 0.6320 0.044 0.140 0.000 0.816
#> GSM311740 2 0.2402 0.8564 0.012 0.912 0.000 0.076
#> GSM311741 4 0.4100 0.6410 0.048 0.128 0.000 0.824
#> GSM311742 4 0.4387 0.6289 0.052 0.144 0.000 0.804
#> GSM311743 3 0.1389 0.8471 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311744 3 0.2281 0.8332 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM311745 4 0.3837 0.6254 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311746 4 0.3401 0.6489 0.152 0.008 0.000 0.840
#> GSM311747 4 0.5577 0.5128 0.328 0.000 0.036 0.636
#> GSM311748 3 0.3719 0.8168 0.020 0.124 0.848 0.008
#> GSM311749 1 0.1902 0.7932 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM311750 2 0.2011 0.8548 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311751 3 0.1706 0.8448 0.016 0.036 0.948 0.000
#> GSM311752 4 0.5324 0.5215 0.336 0.016 0.004 0.644
#> GSM311753 3 0.2353 0.8404 0.012 0.056 0.924 0.008
#> GSM311754 2 0.4286 0.8354 0.000 0.812 0.052 0.136
#> GSM311755 2 0.5887 0.4448 0.040 0.672 0.272 0.016
#> GSM311756 4 0.3697 0.6562 0.048 0.100 0.000 0.852
#> GSM311757 3 0.1716 0.8444 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM311758 1 0.2714 0.7512 0.884 0.112 0.000 0.004
#> GSM311759 2 0.3255 0.7922 0.048 0.892 0.044 0.016
#> GSM311760 2 0.2552 0.8122 0.048 0.920 0.020 0.012
#> GSM311668 4 0.3725 0.6483 0.180 0.008 0.000 0.812
#> GSM311715 4 0.6826 -0.1037 0.100 0.416 0.000 0.484
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 1 0.7960 0.05898 0.368 0.096 0.000 0.336 0.200
#> GSM311599 3 0.4780 0.44756 0.248 0.000 0.692 0.000 0.060
#> GSM311600 1 0.5424 0.54479 0.652 0.000 0.012 0.264 0.072
#> GSM311601 3 0.3752 0.47345 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM311602 1 0.2695 0.73430 0.904 0.032 0.032 0.004 0.028
#> GSM311603 1 0.4519 0.67285 0.720 0.000 0.000 0.052 0.228
#> GSM311604 2 0.1430 0.76640 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM311605 3 0.0880 0.72005 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0703 0.76588 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311607 3 0.2471 0.65730 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311608 3 0.2221 0.69466 0.000 0.036 0.912 0.000 0.052
#> GSM311609 5 0.5602 0.54745 0.004 0.000 0.132 0.216 0.648
#> GSM311610 4 0.3585 0.53778 0.004 0.004 0.000 0.772 0.220
#> GSM311611 3 0.3177 0.59568 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311612 3 0.2179 0.67469 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311613 5 0.4905 0.25306 0.000 0.000 0.476 0.024 0.500
#> GSM311614 3 0.0963 0.71894 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM311615 2 0.6573 0.54558 0.152 0.628 0.000 0.136 0.084
#> GSM311616 4 0.3779 0.45869 0.000 0.236 0.000 0.752 0.012
#> GSM311617 4 0.2067 0.62950 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM311618 4 0.3231 0.53333 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> GSM311619 2 0.5833 0.55206 0.008 0.560 0.000 0.348 0.084
#> GSM311620 2 0.3421 0.71697 0.000 0.788 0.000 0.204 0.008
#> GSM311621 2 0.3752 0.62646 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM311622 2 0.5705 0.62505 0.008 0.676 0.156 0.008 0.152
#> GSM311623 3 0.2149 0.69714 0.000 0.036 0.916 0.000 0.048
#> GSM311624 1 0.0579 0.75444 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311625 4 0.4529 0.48536 0.220 0.008 0.000 0.732 0.040
#> GSM311626 1 0.5648 0.66043 0.704 0.004 0.156 0.036 0.100
#> GSM311627 4 0.6495 0.29288 0.216 0.000 0.000 0.480 0.304
#> GSM311628 5 0.5662 0.57392 0.004 0.000 0.184 0.164 0.648
#> GSM311629 2 0.6459 0.60288 0.008 0.580 0.076 0.296 0.040
#> GSM311630 1 0.4993 0.65090 0.708 0.000 0.020 0.048 0.224
#> GSM311631 2 0.0865 0.76858 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM311632 3 0.2221 0.69466 0.000 0.036 0.912 0.000 0.052
#> GSM311633 2 0.5211 0.39294 0.008 0.524 0.000 0.440 0.028
#> GSM311634 2 0.5268 0.67571 0.012 0.732 0.088 0.016 0.152
#> GSM311635 2 0.5770 0.63709 0.012 0.676 0.144 0.008 0.160
#> GSM311636 5 0.4937 0.37276 0.000 0.000 0.428 0.028 0.544
#> GSM311637 3 0.5170 0.29918 0.004 0.000 0.628 0.052 0.316
#> GSM311638 1 0.0451 0.75437 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM311639 2 0.5291 0.68707 0.012 0.732 0.096 0.016 0.144
#> GSM311640 1 0.3256 0.71849 0.872 0.024 0.068 0.004 0.032
#> GSM311641 2 0.5844 0.54538 0.008 0.556 0.000 0.352 0.084
#> GSM311642 3 0.1981 0.70157 0.000 0.028 0.924 0.000 0.048
#> GSM311643 4 0.1845 0.62992 0.000 0.056 0.000 0.928 0.016
#> GSM311644 5 0.4754 0.50041 0.004 0.000 0.316 0.028 0.652
#> GSM311645 4 0.6217 0.44904 0.204 0.016 0.036 0.656 0.088
#> GSM311646 2 0.3617 0.76207 0.024 0.864 0.028 0.044 0.040
#> GSM311647 5 0.6316 0.37115 0.000 0.000 0.164 0.356 0.480
#> GSM311648 2 0.6119 0.63794 0.016 0.664 0.140 0.020 0.160
#> GSM311649 3 0.2221 0.69466 0.000 0.036 0.912 0.000 0.052
#> GSM311650 2 0.4321 0.51017 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> GSM311651 2 0.4793 0.40962 0.000 0.544 0.000 0.436 0.020
#> GSM311652 3 0.0609 0.72071 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.3391 0.52801 0.000 0.188 0.000 0.800 0.012
#> GSM311654 3 0.8292 -0.10067 0.008 0.324 0.340 0.232 0.096
#> GSM311655 5 0.4716 0.49962 0.000 0.000 0.308 0.036 0.656
#> GSM311656 1 0.6250 0.59553 0.688 0.092 0.028 0.140 0.052
#> GSM311657 2 0.3282 0.72499 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM311658 2 0.3093 0.73428 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> GSM311659 2 0.1117 0.76968 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM311660 4 0.6680 0.21246 0.252 0.000 0.000 0.428 0.320
#> GSM311661 2 0.3561 0.65712 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM311662 2 0.5343 0.66000 0.008 0.712 0.120 0.008 0.152
#> GSM311663 2 0.1331 0.76792 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM311664 1 0.2585 0.73664 0.896 0.000 0.064 0.004 0.036
#> GSM311665 1 0.0324 0.75438 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311666 2 0.2230 0.75182 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM311667 1 0.2722 0.73359 0.872 0.000 0.000 0.020 0.108
#> GSM311669 4 0.2654 0.62069 0.000 0.048 0.000 0.888 0.064
#> GSM311670 5 0.4746 0.23784 0.000 0.000 0.480 0.016 0.504
#> GSM311671 5 0.6395 -0.23559 0.168 0.000 0.000 0.408 0.424
#> GSM311672 2 0.3171 0.72882 0.000 0.816 0.000 0.176 0.008
#> GSM311673 4 0.3962 0.43246 0.004 0.240 0.000 0.744 0.012
#> GSM311674 1 0.5684 0.63083 0.636 0.000 0.020 0.076 0.268
#> GSM311675 1 0.6608 0.22167 0.460 0.000 0.000 0.284 0.256
#> GSM311676 4 0.1725 0.63276 0.000 0.044 0.000 0.936 0.020
#> GSM311677 4 0.7824 -0.02934 0.332 0.068 0.000 0.360 0.240
#> GSM311678 2 0.2321 0.75360 0.000 0.912 0.024 0.008 0.056
#> GSM311679 3 0.1710 0.71598 0.012 0.020 0.944 0.000 0.024
#> GSM311680 2 0.0955 0.76866 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM311681 5 0.5135 0.24897 0.080 0.000 0.012 0.204 0.704
#> GSM311682 1 0.0579 0.75444 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311683 5 0.4953 0.35101 0.000 0.000 0.440 0.028 0.532
#> GSM311684 2 0.1716 0.76593 0.000 0.944 0.016 0.016 0.024
#> GSM311685 1 0.0579 0.75444 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311686 1 0.3005 0.72651 0.888 0.048 0.032 0.004 0.028
#> GSM311687 2 0.5012 0.70657 0.064 0.772 0.036 0.016 0.112
#> GSM311688 3 0.3895 0.41228 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM311689 1 0.5248 0.60080 0.700 0.032 0.000 0.216 0.052
#> GSM311690 3 0.3206 0.65338 0.012 0.024 0.856 0.000 0.108
#> GSM311691 2 0.1732 0.76293 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311692 3 0.4335 0.63205 0.068 0.016 0.820 0.032 0.064
#> GSM311693 2 0.4899 0.68934 0.008 0.756 0.072 0.016 0.148
#> GSM311694 2 0.3048 0.73020 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> GSM311695 5 0.5253 0.52321 0.020 0.000 0.092 0.176 0.712
#> GSM311696 2 0.4118 0.59579 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> GSM311697 3 0.6389 -0.00982 0.004 0.000 0.500 0.160 0.336
#> GSM311698 2 0.5766 0.60841 0.004 0.624 0.080 0.280 0.012
#> GSM311699 4 0.2972 0.61796 0.004 0.108 0.000 0.864 0.024
#> GSM311700 4 0.6722 0.18619 0.268 0.000 0.000 0.416 0.316
#> GSM311701 2 0.4182 0.57168 0.000 0.644 0.000 0.352 0.004
#> GSM311702 2 0.0510 0.76866 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311703 2 0.0510 0.76866 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311704 3 0.2329 0.66601 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM311705 2 0.0510 0.76846 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311706 1 0.5237 0.62467 0.664 0.000 0.000 0.100 0.236
#> GSM311707 1 0.4679 0.66797 0.716 0.000 0.000 0.068 0.216
#> GSM311708 2 0.5268 0.67571 0.012 0.732 0.088 0.016 0.152
#> GSM311709 2 0.4804 0.54163 0.016 0.612 0.000 0.364 0.008
#> GSM311710 4 0.5939 0.25193 0.108 0.000 0.000 0.492 0.400
#> GSM311711 1 0.4346 0.45097 0.680 0.012 0.000 0.304 0.004
#> GSM311712 4 0.4930 0.16185 0.000 0.000 0.028 0.548 0.424
#> GSM311713 4 0.5820 0.36930 0.100 0.000 0.000 0.524 0.376
#> GSM311714 4 0.1701 0.63194 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016
#> GSM311716 4 0.4867 0.18810 0.000 0.000 0.024 0.544 0.432
#> GSM311717 1 0.2936 0.72643 0.892 0.036 0.040 0.004 0.028
#> GSM311718 1 0.6589 0.26741 0.456 0.000 0.000 0.232 0.312
#> GSM311719 5 0.5116 0.49855 0.028 0.000 0.072 0.172 0.728
#> GSM311720 4 0.5894 -0.08642 0.452 0.012 0.008 0.480 0.048
#> GSM311721 2 0.4195 0.75062 0.004 0.804 0.092 0.092 0.008
#> GSM311722 3 0.1205 0.71262 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> GSM311723 4 0.6771 0.14397 0.292 0.000 0.000 0.396 0.312
#> GSM311724 2 0.3536 0.72534 0.000 0.832 0.084 0.000 0.084
#> GSM311725 4 0.3942 0.61835 0.064 0.028 0.000 0.828 0.080
#> GSM311726 3 0.1012 0.72111 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM311727 3 0.3177 0.59568 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311728 2 0.4399 0.75092 0.012 0.816 0.068 0.060 0.044
#> GSM311729 4 0.6687 0.21453 0.252 0.000 0.000 0.424 0.324
#> GSM311730 2 0.3624 0.72138 0.004 0.828 0.036 0.004 0.128
#> GSM311731 2 0.4999 0.36014 0.016 0.504 0.000 0.472 0.008
#> GSM311732 4 0.3132 0.56498 0.000 0.000 0.008 0.820 0.172
#> GSM311733 5 0.4953 0.35101 0.000 0.000 0.440 0.028 0.532
#> GSM311734 4 0.5234 0.00618 0.000 0.000 0.044 0.496 0.460
#> GSM311735 2 0.1872 0.75483 0.000 0.928 0.020 0.000 0.052
#> GSM311736 3 0.4235 0.07417 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM311737 4 0.5299 0.09736 0.004 0.000 0.040 0.520 0.436
#> GSM311738 1 0.3362 0.73224 0.844 0.000 0.000 0.080 0.076
#> GSM311739 4 0.2079 0.63120 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> GSM311740 2 0.4004 0.75790 0.008 0.832 0.040 0.088 0.032
#> GSM311741 4 0.2784 0.61242 0.004 0.108 0.000 0.872 0.016
#> GSM311742 4 0.3019 0.61716 0.000 0.088 0.000 0.864 0.048
#> GSM311743 3 0.3177 0.59568 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311744 5 0.4976 0.27700 0.000 0.000 0.468 0.028 0.504
#> GSM311745 4 0.3164 0.59942 0.044 0.000 0.000 0.852 0.104
#> GSM311746 4 0.2793 0.60673 0.036 0.000 0.000 0.876 0.088
#> GSM311747 5 0.6059 -0.18366 0.120 0.000 0.000 0.412 0.468
#> GSM311748 3 0.1310 0.72098 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> GSM311749 1 0.4905 0.65997 0.696 0.000 0.000 0.080 0.224
#> GSM311750 2 0.3087 0.76156 0.008 0.872 0.016 0.092 0.012
#> GSM311751 3 0.1270 0.70696 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311752 4 0.6574 0.24029 0.244 0.000 0.000 0.468 0.288
#> GSM311753 3 0.1043 0.71057 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311754 2 0.5788 0.63667 0.004 0.640 0.096 0.248 0.012
#> GSM311755 3 0.6549 0.16485 0.004 0.312 0.520 0.008 0.156
#> GSM311756 4 0.2304 0.63516 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048
#> GSM311757 3 0.3876 0.42085 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM311758 1 0.2695 0.73430 0.904 0.032 0.032 0.004 0.028
#> GSM311759 2 0.6064 0.63908 0.016 0.664 0.140 0.016 0.164
#> GSM311760 2 0.5160 0.68096 0.012 0.740 0.080 0.016 0.152
#> GSM311668 4 0.4433 0.46936 0.016 0.008 0.000 0.696 0.280
#> GSM311715 4 0.5528 0.52367 0.048 0.184 0.000 0.700 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.6168 0.29065 0.108 0.004 0.000 0.348 0.500 0.040
#> GSM311599 3 0.5265 0.60108 0.144 0.016 0.724 0.032 0.020 0.064
#> GSM311600 4 0.7355 -0.03619 0.352 0.008 0.004 0.384 0.128 0.124
#> GSM311601 3 0.4128 -0.04801 0.000 0.000 0.504 0.004 0.004 0.488
#> GSM311602 1 0.0767 0.81552 0.976 0.004 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM311603 5 0.4987 0.30387 0.352 0.000 0.000 0.016 0.584 0.048
#> GSM311604 2 0.4027 0.60875 0.000 0.672 0.000 0.308 0.008 0.012
#> GSM311605 3 0.0798 0.79650 0.004 0.004 0.976 0.004 0.000 0.012
#> GSM311606 2 0.2340 0.68727 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.1863 0.75331 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311608 3 0.1624 0.78242 0.020 0.040 0.936 0.000 0.000 0.004
#> GSM311609 6 0.2715 0.62775 0.000 0.000 0.028 0.012 0.088 0.872
#> GSM311610 5 0.5815 0.06901 0.000 0.008 0.000 0.316 0.512 0.164
#> GSM311611 3 0.2823 0.66214 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311612 3 0.1556 0.76874 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM311613 6 0.3371 0.58077 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM311614 3 0.0943 0.79651 0.004 0.004 0.972 0.004 0.004 0.012
#> GSM311615 4 0.7615 -0.03414 0.068 0.264 0.000 0.404 0.224 0.040
#> GSM311616 4 0.3739 0.53564 0.000 0.040 0.000 0.816 0.088 0.056
#> GSM311617 4 0.5219 0.37162 0.000 0.000 0.000 0.604 0.244 0.152
#> GSM311618 4 0.5235 0.49843 0.000 0.056 0.000 0.692 0.120 0.132
#> GSM311619 2 0.5993 -0.14240 0.008 0.468 0.000 0.408 0.088 0.028
#> GSM311620 4 0.4776 -0.28750 0.000 0.448 0.000 0.512 0.012 0.028
#> GSM311621 4 0.3942 0.11462 0.000 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM311622 2 0.3503 0.61622 0.052 0.836 0.088 0.004 0.004 0.016
#> GSM311623 3 0.1624 0.78242 0.020 0.040 0.936 0.000 0.000 0.004
#> GSM311624 1 0.1444 0.80997 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311625 4 0.6984 0.29183 0.124 0.008 0.004 0.532 0.172 0.160
#> GSM311626 1 0.8061 0.35142 0.476 0.024 0.152 0.188 0.064 0.096
#> GSM311627 5 0.1577 0.63344 0.036 0.000 0.000 0.016 0.940 0.008
#> GSM311628 6 0.3225 0.66411 0.000 0.000 0.092 0.000 0.080 0.828
#> GSM311629 4 0.6416 0.27585 0.008 0.248 0.036 0.588 0.044 0.076
#> GSM311630 5 0.6450 0.13505 0.356 0.000 0.000 0.016 0.356 0.272
#> GSM311631 2 0.3488 0.65786 0.000 0.744 0.000 0.244 0.004 0.008
#> GSM311632 3 0.1480 0.78083 0.020 0.040 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.4188 0.37990 0.004 0.164 0.004 0.768 0.020 0.040
#> GSM311634 2 0.3026 0.63627 0.048 0.868 0.060 0.000 0.008 0.016
#> GSM311635 2 0.4129 0.60471 0.052 0.808 0.092 0.024 0.008 0.016
#> GSM311636 6 0.3494 0.61851 0.000 0.000 0.252 0.000 0.012 0.736
#> GSM311637 6 0.6246 0.33901 0.016 0.000 0.320 0.168 0.008 0.488
#> GSM311638 1 0.1387 0.81243 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311639 2 0.3312 0.65238 0.024 0.856 0.064 0.040 0.000 0.016
#> GSM311640 1 0.1057 0.80795 0.968 0.004 0.012 0.008 0.004 0.004
#> GSM311641 2 0.6106 -0.14887 0.008 0.468 0.000 0.400 0.088 0.036
#> GSM311642 3 0.1552 0.78410 0.020 0.036 0.940 0.000 0.000 0.004
#> GSM311643 4 0.5167 0.38000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.240 0.148
#> GSM311644 6 0.4120 0.65261 0.000 0.000 0.160 0.000 0.096 0.744
#> GSM311645 4 0.6705 0.34755 0.088 0.012 0.012 0.588 0.152 0.148
#> GSM311646 2 0.5846 0.53061 0.040 0.568 0.020 0.332 0.012 0.028
#> GSM311647 6 0.5060 0.53410 0.000 0.000 0.072 0.132 0.084 0.712
#> GSM311648 2 0.4827 0.58393 0.060 0.768 0.096 0.036 0.008 0.032
#> GSM311649 3 0.1480 0.78083 0.020 0.040 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.3250 0.36276 0.004 0.196 0.000 0.788 0.000 0.012
#> GSM311651 4 0.5582 0.41524 0.004 0.196 0.000 0.632 0.144 0.024
#> GSM311652 3 0.0862 0.79657 0.008 0.004 0.972 0.000 0.000 0.016
#> GSM311653 4 0.3986 0.51552 0.004 0.020 0.000 0.796 0.100 0.080
#> GSM311654 4 0.6260 0.34005 0.016 0.096 0.104 0.656 0.020 0.108
#> GSM311655 6 0.4486 0.65329 0.004 0.000 0.112 0.040 0.080 0.764
#> GSM311656 4 0.7659 -0.02812 0.372 0.088 0.016 0.392 0.056 0.076
#> GSM311657 4 0.4976 -0.30393 0.000 0.444 0.000 0.504 0.016 0.036
#> GSM311658 2 0.4787 0.33928 0.000 0.484 0.000 0.476 0.012 0.028
#> GSM311659 2 0.3329 0.66994 0.000 0.768 0.000 0.220 0.004 0.008
#> GSM311660 5 0.2344 0.63776 0.052 0.000 0.000 0.004 0.896 0.048
#> GSM311661 4 0.3989 -0.16148 0.000 0.468 0.000 0.528 0.000 0.004
#> GSM311662 2 0.3082 0.63827 0.036 0.868 0.068 0.008 0.004 0.016
#> GSM311663 2 0.3820 0.63026 0.000 0.700 0.000 0.284 0.008 0.008
#> GSM311664 1 0.2802 0.77404 0.888 0.000 0.024 0.028 0.020 0.040
#> GSM311665 1 0.1387 0.81386 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311666 2 0.3728 0.55765 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> GSM311667 1 0.3330 0.52488 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM311669 4 0.5416 0.37417 0.004 0.000 0.000 0.596 0.228 0.172
#> GSM311670 6 0.3330 0.58920 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311671 5 0.5086 0.49876 0.056 0.000 0.000 0.032 0.640 0.272
#> GSM311672 2 0.4393 0.36709 0.000 0.500 0.000 0.480 0.004 0.016
#> GSM311673 4 0.3834 0.52268 0.004 0.020 0.000 0.808 0.072 0.096
#> GSM311674 5 0.6231 0.40778 0.228 0.000 0.012 0.060 0.588 0.112
#> GSM311675 5 0.5301 0.56943 0.160 0.000 0.000 0.044 0.676 0.120
#> GSM311676 4 0.5640 0.30895 0.000 0.004 0.000 0.520 0.328 0.148
#> GSM311677 5 0.5663 0.49984 0.084 0.072 0.000 0.112 0.696 0.036
#> GSM311678 2 0.2965 0.68741 0.016 0.856 0.012 0.108 0.008 0.000
#> GSM311679 3 0.2739 0.75721 0.024 0.000 0.888 0.044 0.008 0.036
#> GSM311680 2 0.3349 0.65893 0.000 0.748 0.000 0.244 0.000 0.008
#> GSM311681 5 0.4095 0.10453 0.000 0.000 0.008 0.000 0.512 0.480
#> GSM311682 1 0.1387 0.81243 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311683 6 0.3383 0.60669 0.000 0.000 0.268 0.000 0.004 0.728
#> GSM311684 2 0.2879 0.68529 0.000 0.816 0.004 0.176 0.000 0.004
#> GSM311685 1 0.1444 0.80997 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311686 1 0.0779 0.81357 0.976 0.008 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM311687 2 0.3938 0.63264 0.144 0.796 0.020 0.024 0.008 0.008
#> GSM311688 3 0.3999 -0.07374 0.000 0.000 0.500 0.000 0.004 0.496
#> GSM311689 4 0.6967 -0.00399 0.364 0.020 0.008 0.448 0.084 0.076
#> GSM311690 3 0.3679 0.72312 0.028 0.044 0.848 0.020 0.016 0.044
#> GSM311691 2 0.3728 0.55794 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> GSM311692 3 0.7171 0.32865 0.024 0.036 0.524 0.228 0.032 0.156
#> GSM311693 2 0.2980 0.63965 0.044 0.876 0.052 0.004 0.008 0.016
#> GSM311694 2 0.4289 0.43450 0.000 0.540 0.000 0.444 0.004 0.012
#> GSM311695 6 0.3012 0.55393 0.000 0.000 0.008 0.000 0.196 0.796
#> GSM311696 4 0.4619 0.20266 0.000 0.296 0.000 0.652 0.020 0.032
#> GSM311697 6 0.6277 0.39205 0.012 0.000 0.212 0.312 0.004 0.460
#> GSM311698 4 0.5125 0.20753 0.008 0.292 0.032 0.636 0.004 0.028
#> GSM311699 4 0.4958 0.44437 0.004 0.020 0.000 0.664 0.252 0.060
#> GSM311700 5 0.2159 0.62877 0.072 0.000 0.000 0.012 0.904 0.012
#> GSM311701 4 0.3872 0.26153 0.000 0.264 0.000 0.712 0.004 0.020
#> GSM311702 2 0.3052 0.67148 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> GSM311703 2 0.3109 0.66772 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.1610 0.76601 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM311705 2 0.3023 0.67281 0.000 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> GSM311706 5 0.4315 0.48440 0.244 0.000 0.000 0.012 0.704 0.040
#> GSM311707 5 0.4750 0.33276 0.340 0.000 0.000 0.012 0.608 0.040
#> GSM311708 2 0.3026 0.63627 0.048 0.868 0.060 0.000 0.008 0.016
#> GSM311709 4 0.4363 0.38355 0.024 0.188 0.004 0.748 0.008 0.028
#> GSM311710 5 0.6178 0.37801 0.056 0.000 0.000 0.104 0.508 0.332
#> GSM311711 1 0.4418 0.33692 0.604 0.000 0.000 0.368 0.012 0.016
#> GSM311712 6 0.5302 0.26552 0.000 0.000 0.004 0.208 0.172 0.616
#> GSM311713 5 0.2620 0.63082 0.012 0.004 0.000 0.024 0.884 0.076
#> GSM311714 4 0.5351 0.35123 0.000 0.000 0.000 0.568 0.288 0.144
#> GSM311716 6 0.5342 0.25718 0.004 0.000 0.000 0.148 0.248 0.600
#> GSM311717 1 0.0841 0.81042 0.976 0.004 0.008 0.004 0.004 0.004
#> GSM311718 5 0.3542 0.58999 0.160 0.000 0.000 0.000 0.788 0.052
#> GSM311719 6 0.3217 0.51844 0.000 0.000 0.008 0.000 0.224 0.768
#> GSM311720 4 0.6585 0.27980 0.236 0.012 0.008 0.568 0.076 0.100
#> GSM311721 2 0.5420 0.45251 0.004 0.520 0.064 0.396 0.000 0.016
#> GSM311722 3 0.2295 0.77720 0.008 0.000 0.912 0.028 0.020 0.032
#> GSM311723 5 0.2407 0.63758 0.056 0.000 0.000 0.004 0.892 0.048
#> GSM311724 2 0.3396 0.68178 0.016 0.828 0.048 0.108 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.5635 0.18277 0.008 0.000 0.000 0.492 0.380 0.120
#> GSM311726 3 0.0508 0.79642 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM311727 3 0.2823 0.66214 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311728 2 0.6389 0.38327 0.024 0.448 0.040 0.428 0.016 0.044
#> GSM311729 5 0.2428 0.63210 0.060 0.000 0.000 0.024 0.896 0.020
#> GSM311730 2 0.2298 0.66381 0.032 0.912 0.024 0.024 0.000 0.008
#> GSM311731 4 0.3874 0.48915 0.016 0.084 0.000 0.820 0.044 0.036
#> GSM311732 4 0.6027 0.14792 0.000 0.000 0.000 0.424 0.304 0.272
#> GSM311733 6 0.3445 0.61301 0.000 0.000 0.260 0.000 0.008 0.732
#> GSM311734 6 0.4760 0.40935 0.004 0.000 0.008 0.160 0.120 0.708
#> GSM311735 2 0.2178 0.68875 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.3684 0.42942 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM311737 6 0.5131 0.31949 0.000 0.000 0.008 0.180 0.160 0.652
#> GSM311738 1 0.6828 0.38500 0.520 0.088 0.000 0.120 0.256 0.016
#> GSM311739 4 0.5802 0.31444 0.000 0.016 0.000 0.520 0.332 0.132
#> GSM311740 4 0.6308 -0.22519 0.024 0.372 0.036 0.508 0.024 0.036
#> GSM311741 4 0.4778 0.46740 0.004 0.012 0.000 0.696 0.208 0.080
#> GSM311742 4 0.6116 0.36536 0.000 0.068 0.000 0.548 0.288 0.096
#> GSM311743 3 0.2823 0.66214 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311744 6 0.3330 0.58920 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311745 5 0.5889 0.01966 0.016 0.000 0.000 0.344 0.500 0.140
#> GSM311746 4 0.6255 0.12628 0.020 0.000 0.000 0.428 0.368 0.184
#> GSM311747 5 0.4858 0.37116 0.012 0.000 0.000 0.044 0.588 0.356
#> GSM311748 3 0.1003 0.79481 0.000 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> GSM311749 5 0.4453 0.39921 0.288 0.012 0.000 0.016 0.672 0.012
#> GSM311750 4 0.5618 -0.34589 0.016 0.460 0.020 0.464 0.008 0.032
#> GSM311751 3 0.0865 0.79068 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311752 5 0.3117 0.60471 0.052 0.000 0.000 0.080 0.852 0.016
#> GSM311753 3 0.0790 0.79152 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311754 4 0.5219 0.08902 0.004 0.340 0.048 0.588 0.004 0.016
#> GSM311755 3 0.4698 0.45211 0.024 0.308 0.644 0.012 0.000 0.012
#> GSM311756 4 0.4856 0.42142 0.004 0.004 0.000 0.640 0.284 0.068
#> GSM311757 3 0.3997 -0.04632 0.000 0.000 0.508 0.000 0.004 0.488
#> GSM311758 1 0.0767 0.81552 0.976 0.004 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM311759 2 0.4762 0.58589 0.048 0.772 0.100 0.040 0.008 0.032
#> GSM311760 2 0.3110 0.63656 0.052 0.868 0.052 0.004 0.008 0.016
#> GSM311668 5 0.5851 0.29501 0.004 0.000 0.000 0.244 0.516 0.236
#> GSM311715 4 0.5352 0.41467 0.012 0.032 0.000 0.648 0.248 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:kmeans 155 1.000 2
#> MAD:kmeans 150 0.200 3
#> MAD:kmeans 146 0.292 4
#> MAD:kmeans 116 0.240 5
#> MAD:kmeans 87 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.506 0.713 0.848 0.4989 0.497 0.497
#> 3 3 0.766 0.874 0.936 0.3304 0.747 0.536
#> 4 4 0.825 0.881 0.938 0.1231 0.885 0.674
#> 5 5 0.682 0.629 0.791 0.0646 0.920 0.708
#> 6 6 0.715 0.638 0.741 0.0455 0.917 0.652
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9661 0.640 0.608 0.392
#> GSM311599 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311601 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311602 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311606 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.2948 0.709 0.948 0.052
#> GSM311608 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311609 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.8861 0.680 0.696 0.304
#> GSM311611 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311612 2 0.9732 0.531 0.404 0.596
#> GSM311613 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311614 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311615 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311616 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311617 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311618 1 0.9686 0.635 0.604 0.396
#> GSM311619 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.3733 0.782 0.072 0.928
#> GSM311623 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311624 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311625 1 0.7602 0.701 0.780 0.220
#> GSM311626 1 0.8763 0.263 0.704 0.296
#> GSM311627 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311628 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9522 0.566 0.372 0.628
#> GSM311630 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311633 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.5408 0.747 0.124 0.876
#> GSM311636 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311639 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311641 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311643 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311644 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0938 0.818 0.012 0.988
#> GSM311649 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311650 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311653 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311654 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311655 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0672 0.756 0.992 0.008
#> GSM311661 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.9608 0.648 0.616 0.384
#> GSM311666 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311669 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311670 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.9661 -0.112 0.392 0.608
#> GSM311674 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311677 1 0.9710 0.629 0.600 0.400
#> GSM311678 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311680 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311683 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311686 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311690 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311691 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311692 2 0.9661 0.548 0.392 0.608
#> GSM311693 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0672 0.751 0.992 0.008
#> GSM311698 2 0.9522 0.566 0.372 0.628
#> GSM311699 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311700 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311701 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0938 0.748 0.988 0.012
#> GSM311705 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.9608 0.648 0.616 0.384
#> GSM311707 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311708 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.5178 0.680 0.116 0.884
#> GSM311712 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311713 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311714 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311716 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.8955 0.678 0.688 0.312
#> GSM311719 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311721 2 0.9000 0.606 0.316 0.684
#> GSM311722 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.9087 0.674 0.676 0.324
#> GSM311724 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311726 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311727 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.9000 0.677 0.684 0.316
#> GSM311730 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311738 1 0.9710 0.629 0.600 0.400
#> GSM311739 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311740 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311741 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311742 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311743 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311746 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311747 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311749 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311750 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311752 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311753 2 0.9635 0.553 0.388 0.612
#> GSM311754 2 0.9522 0.566 0.372 0.628
#> GSM311755 2 0.9522 0.566 0.372 0.628
#> GSM311756 1 0.9635 0.645 0.612 0.388
#> GSM311757 1 0.0000 0.757 1.000 0.000
#> GSM311758 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.825 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.9522 0.656 0.628 0.372
#> GSM311715 2 0.8267 0.366 0.260 0.740
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.1860 0.864 0.948 0.052 0.000
#> GSM311599 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311600 1 0.0237 0.878 0.996 0.000 0.004
#> GSM311601 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 2 0.6111 0.430 0.396 0.604 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.6126 0.456 0.600 0.000 0.400
#> GSM311610 1 0.0237 0.878 0.996 0.004 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311615 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311616 1 0.6079 0.507 0.612 0.388 0.000
#> GSM311617 1 0.3116 0.837 0.892 0.108 0.000
#> GSM311618 1 0.6111 0.491 0.604 0.396 0.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311626 3 0.0892 0.968 0.020 0.000 0.980
#> GSM311627 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 1 0.6154 0.439 0.592 0.000 0.408
#> GSM311629 2 0.5138 0.658 0.000 0.748 0.252
#> GSM311630 1 0.0237 0.878 0.996 0.000 0.004
#> GSM311631 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0237 0.945 0.000 0.996 0.004
#> GSM311636 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 3 0.4605 0.739 0.204 0.000 0.796
#> GSM311641 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.4605 0.772 0.796 0.204 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.4750 0.743 0.784 0.000 0.216
#> GSM311646 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM311647 1 0.6140 0.448 0.596 0.000 0.404
#> GSM311648 2 0.0592 0.939 0.012 0.988 0.000
#> GSM311649 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311653 1 0.5968 0.550 0.636 0.364 0.000
#> GSM311654 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311655 3 0.0237 0.983 0.004 0.000 0.996
#> GSM311656 2 0.6079 0.447 0.388 0.612 0.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 3 0.4605 0.739 0.204 0.000 0.796
#> GSM311665 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 1 0.1643 0.867 0.956 0.044 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 1 0.6140 0.471 0.596 0.404 0.000
#> GSM311674 1 0.4654 0.705 0.792 0.000 0.208
#> GSM311675 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 1 0.4654 0.769 0.792 0.208 0.000
#> GSM311677 1 0.4605 0.772 0.796 0.204 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0237 0.878 0.996 0.000 0.004
#> GSM311682 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 2 0.4750 0.733 0.216 0.784 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 1 0.4974 0.722 0.764 0.000 0.236
#> GSM311696 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.4974 0.683 0.000 0.764 0.236
#> GSM311699 1 0.4654 0.769 0.792 0.208 0.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.0424 0.942 0.008 0.992 0.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311711 1 0.3340 0.793 0.880 0.120 0.000
#> GSM311712 1 0.4750 0.743 0.784 0.000 0.216
#> GSM311713 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311714 1 0.4654 0.769 0.792 0.208 0.000
#> GSM311716 1 0.4702 0.747 0.788 0.000 0.212
#> GSM311717 2 0.4931 0.714 0.232 0.768 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.4605 0.754 0.796 0.000 0.204
#> GSM311720 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311721 2 0.4555 0.732 0.000 0.800 0.200
#> GSM311722 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0592 0.877 0.988 0.012 0.000
#> GSM311726 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0237 0.945 0.004 0.996 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.3752 0.817 0.144 0.856 0.000
#> GSM311732 1 0.4931 0.727 0.768 0.000 0.232
#> GSM311733 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 1 0.4931 0.727 0.768 0.000 0.232
#> GSM311735 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 1 0.4702 0.747 0.788 0.000 0.212
#> GSM311738 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 1 0.4654 0.769 0.792 0.208 0.000
#> GSM311740 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311741 1 0.4235 0.794 0.824 0.176 0.000
#> GSM311742 1 0.4654 0.769 0.792 0.208 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311746 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311747 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311748 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.4654 0.722 0.000 0.792 0.208
#> GSM311755 3 0.2066 0.925 0.000 0.060 0.940
#> GSM311756 1 0.4555 0.775 0.800 0.200 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.987 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 2 0.6111 0.430 0.396 0.604 0.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> GSM311715 1 0.5905 0.569 0.648 0.352 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.3933 0.740 0.792 0.008 0.000 0.200
#> GSM311599 1 0.4356 0.570 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311601 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0469 0.930 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311605 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311609 4 0.3649 0.783 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM311610 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311614 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311615 2 0.5234 0.768 0.096 0.752 0.000 0.152
#> GSM311616 4 0.0469 0.871 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311617 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 4 0.0817 0.867 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM311619 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311620 2 0.3074 0.850 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311621 2 0.0592 0.929 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311622 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4843 0.442 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311626 1 0.0707 0.925 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311627 4 0.0336 0.875 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311628 4 0.4277 0.689 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM311629 2 0.4040 0.689 0.000 0.752 0.248 0.000
#> GSM311630 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311633 2 0.3172 0.844 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311634 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311637 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0336 0.931 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311642 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311643 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311645 1 0.5636 0.440 0.648 0.000 0.044 0.308
#> GSM311646 2 0.0707 0.923 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.4103 0.721 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM311648 2 0.0921 0.918 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM311649 3 0.0188 0.984 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311650 2 0.3172 0.844 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311651 2 0.3074 0.851 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311652 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311654 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311655 3 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311656 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.3074 0.850 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311658 2 0.3074 0.850 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM311659 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 4 0.1792 0.857 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311661 2 0.0188 0.932 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311662 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311669 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.3311 0.785 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311672 2 0.1867 0.901 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311673 4 0.3400 0.717 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM311674 1 0.0469 0.933 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311675 4 0.4948 0.336 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM311676 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.6592 0.504 0.600 0.116 0.000 0.284
#> GSM311678 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 4 0.3812 0.819 0.028 0.000 0.140 0.832
#> GSM311682 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311684 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 3 0.0188 0.983 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.1867 0.901 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311695 4 0.3610 0.787 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM311696 2 0.3172 0.844 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311697 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.4564 0.549 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM311699 4 0.0188 0.875 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311700 4 0.2647 0.826 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311701 2 0.3172 0.844 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311702 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0469 0.934 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311707 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.2944 0.839 0.128 0.868 0.000 0.004
#> GSM311710 4 0.3266 0.788 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311711 1 0.0188 0.938 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311712 4 0.3356 0.806 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM311713 4 0.0188 0.875 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311714 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311716 4 0.3486 0.798 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM311717 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.4382 0.545 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM311719 4 0.3852 0.793 0.008 0.000 0.192 0.800
#> GSM311720 1 0.0336 0.936 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311721 2 0.2868 0.830 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM311722 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311723 4 0.3486 0.772 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM311724 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 4 0.0188 0.875 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311726 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0657 0.928 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM311729 4 0.1557 0.862 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM311730 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.7586 0.145 0.364 0.436 0.000 0.200
#> GSM311732 4 0.3528 0.794 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM311733 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311734 4 0.3569 0.790 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM311735 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.3444 0.801 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM311738 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311741 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311742 4 0.0707 0.870 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311743 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311745 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311746 4 0.1716 0.857 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM311747 4 0.3311 0.785 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311748 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0469 0.934 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311750 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.0469 0.873 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311753 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4222 0.652 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM311755 3 0.4804 0.378 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM311756 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.986 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311715 4 0.4054 0.697 0.016 0.188 0.000 0.796
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 1 0.7630 -0.0361 0.372 0.056 0.000 0.356 0.216
#> GSM311599 3 0.4235 0.4205 0.336 0.000 0.656 0.000 0.008
#> GSM311600 1 0.1547 0.8335 0.948 0.000 0.004 0.016 0.032
#> GSM311601 3 0.3561 0.5964 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM311602 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311603 1 0.3336 0.7380 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM311604 2 0.1952 0.8185 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> GSM311605 3 0.0000 0.8101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0404 0.8374 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311607 3 0.0703 0.8089 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311608 3 0.0451 0.8065 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311609 5 0.4864 0.6042 0.000 0.000 0.116 0.164 0.720
#> GSM311610 4 0.2605 0.6495 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM311611 3 0.2179 0.7613 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311612 3 0.0609 0.8100 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311613 5 0.4434 0.0787 0.000 0.000 0.460 0.004 0.536
#> GSM311614 3 0.0000 0.8101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311615 2 0.6702 0.5697 0.132 0.612 0.000 0.172 0.084
#> GSM311616 4 0.2280 0.6319 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM311617 4 0.0324 0.6880 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM311618 4 0.2011 0.6593 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> GSM311619 2 0.4376 0.7616 0.000 0.764 0.000 0.144 0.092
#> GSM311620 2 0.2629 0.7939 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> GSM311621 2 0.2424 0.7823 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM311622 2 0.5145 0.7150 0.008 0.716 0.180 0.004 0.092
#> GSM311623 3 0.0451 0.8065 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311624 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311625 4 0.4397 0.1574 0.432 0.000 0.000 0.564 0.004
#> GSM311626 1 0.1872 0.8101 0.928 0.000 0.052 0.000 0.020
#> GSM311627 4 0.5672 0.4789 0.088 0.000 0.000 0.544 0.368
#> GSM311628 5 0.4258 0.5864 0.000 0.000 0.160 0.072 0.768
#> GSM311629 2 0.5457 0.4593 0.000 0.572 0.364 0.004 0.060
#> GSM311630 1 0.3983 0.6261 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM311631 2 0.0566 0.8378 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311632 3 0.0451 0.8065 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311633 2 0.5611 0.3510 0.000 0.516 0.000 0.408 0.076
#> GSM311634 2 0.3003 0.8163 0.008 0.872 0.020 0.004 0.096
#> GSM311635 2 0.5245 0.7014 0.008 0.704 0.192 0.004 0.092
#> GSM311636 5 0.4341 0.2442 0.000 0.000 0.404 0.004 0.592
#> GSM311637 3 0.4300 0.0959 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM311638 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311639 2 0.2700 0.8193 0.000 0.884 0.024 0.004 0.088
#> GSM311640 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311641 2 0.4953 0.6871 0.000 0.696 0.000 0.216 0.088
#> GSM311642 3 0.0451 0.8065 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311643 4 0.0451 0.6872 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM311644 5 0.3461 0.5161 0.000 0.000 0.224 0.004 0.772
#> GSM311645 5 0.4977 0.3366 0.256 0.000 0.008 0.052 0.684
#> GSM311646 2 0.3886 0.8170 0.080 0.836 0.016 0.008 0.060
#> GSM311647 5 0.6223 0.5065 0.000 0.000 0.160 0.328 0.512
#> GSM311648 2 0.4220 0.8044 0.044 0.816 0.040 0.004 0.096
#> GSM311649 3 0.0451 0.8065 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311650 2 0.4446 0.3082 0.000 0.520 0.000 0.476 0.004
#> GSM311651 2 0.5066 0.5057 0.000 0.608 0.000 0.344 0.048
#> GSM311652 3 0.0451 0.8093 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM311653 4 0.2046 0.6615 0.000 0.068 0.000 0.916 0.016
#> GSM311654 3 0.4299 0.3625 0.000 0.000 0.608 0.004 0.388
#> GSM311655 5 0.3242 0.5199 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM311656 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311657 2 0.2753 0.7941 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008
#> GSM311658 2 0.2707 0.7966 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> GSM311659 2 0.1768 0.8293 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM311660 4 0.6074 0.4487 0.128 0.000 0.000 0.500 0.372
#> GSM311661 2 0.1410 0.8241 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311662 2 0.3346 0.8112 0.008 0.856 0.036 0.004 0.096
#> GSM311663 2 0.1892 0.8197 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM311664 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311665 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311666 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.2648 0.7841 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM311669 4 0.2732 0.5976 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM311670 5 0.4294 0.0494 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311671 5 0.5351 -0.0259 0.060 0.000 0.000 0.380 0.560
#> GSM311672 2 0.2338 0.8075 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM311673 4 0.2411 0.6331 0.000 0.108 0.000 0.884 0.008
#> GSM311674 1 0.4946 0.6322 0.648 0.000 0.052 0.000 0.300
#> GSM311675 1 0.6465 0.2735 0.492 0.000 0.000 0.220 0.288
#> GSM311676 4 0.1331 0.6937 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040
#> GSM311677 4 0.7863 0.2003 0.276 0.068 0.000 0.364 0.292
#> GSM311678 2 0.1179 0.8381 0.000 0.964 0.016 0.004 0.016
#> GSM311679 3 0.0579 0.8080 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM311680 2 0.0290 0.8375 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311681 5 0.2784 0.5285 0.004 0.000 0.016 0.108 0.872
#> GSM311682 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311683 5 0.4375 0.2036 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> GSM311684 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311686 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 2 0.3296 0.8296 0.044 0.872 0.016 0.008 0.060
#> GSM311688 3 0.4171 0.3342 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311689 1 0.0290 0.8441 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311690 3 0.1168 0.7851 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> GSM311691 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.2561 0.7430 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM311693 2 0.2664 0.8192 0.000 0.884 0.020 0.004 0.092
#> GSM311694 2 0.2286 0.8093 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM311695 5 0.3323 0.5779 0.000 0.000 0.056 0.100 0.844
#> GSM311696 2 0.3969 0.6401 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> GSM311697 3 0.4306 0.0245 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM311698 2 0.4066 0.5621 0.000 0.672 0.324 0.004 0.000
#> GSM311699 4 0.1992 0.6875 0.000 0.032 0.000 0.924 0.044
#> GSM311700 4 0.6247 0.4309 0.152 0.000 0.000 0.484 0.364
#> GSM311701 2 0.4166 0.5752 0.000 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM311702 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0609 0.8100 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311705 2 0.0000 0.8371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.4086 0.7096 0.736 0.000 0.000 0.024 0.240
#> GSM311707 1 0.3210 0.7481 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM311708 2 0.3003 0.8163 0.008 0.872 0.020 0.004 0.096
#> GSM311709 2 0.5862 0.5315 0.176 0.604 0.000 0.220 0.000
#> GSM311710 5 0.5399 -0.0709 0.056 0.000 0.000 0.448 0.496
#> GSM311711 1 0.1952 0.7778 0.912 0.004 0.000 0.084 0.000
#> GSM311712 5 0.5109 0.2518 0.000 0.000 0.036 0.460 0.504
#> GSM311713 4 0.4278 0.4037 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM311714 4 0.1502 0.6913 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM311716 5 0.3586 0.5156 0.000 0.000 0.020 0.188 0.792
#> GSM311717 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311718 1 0.6422 0.2388 0.460 0.000 0.000 0.180 0.360
#> GSM311719 5 0.3184 0.5700 0.000 0.000 0.048 0.100 0.852
#> GSM311720 1 0.2470 0.7635 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104
#> GSM311721 2 0.4088 0.4918 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.0865 0.8086 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM311723 4 0.6790 0.2653 0.284 0.000 0.000 0.364 0.352
#> GSM311724 2 0.0898 0.8379 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> GSM311725 4 0.0960 0.6907 0.004 0.008 0.000 0.972 0.016
#> GSM311726 3 0.0510 0.8105 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311727 3 0.2074 0.7670 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311728 2 0.3820 0.8235 0.024 0.848 0.024 0.076 0.028
#> GSM311729 4 0.6105 0.4210 0.128 0.000 0.000 0.480 0.392
#> GSM311730 2 0.2032 0.8306 0.000 0.924 0.020 0.004 0.052
#> GSM311731 4 0.6827 0.1373 0.316 0.256 0.000 0.424 0.004
#> GSM311732 5 0.4924 0.3115 0.000 0.000 0.028 0.420 0.552
#> GSM311733 5 0.4359 0.2250 0.000 0.000 0.412 0.004 0.584
#> GSM311734 5 0.4805 0.4915 0.000 0.000 0.040 0.312 0.648
#> GSM311735 2 0.1018 0.8372 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311736 3 0.4304 0.0674 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM311737 5 0.5009 0.3142 0.000 0.000 0.032 0.428 0.540
#> GSM311738 1 0.1638 0.8202 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM311739 4 0.1725 0.6925 0.000 0.020 0.000 0.936 0.044
#> GSM311740 2 0.3123 0.8334 0.008 0.884 0.024 0.048 0.036
#> GSM311741 4 0.1168 0.6937 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM311742 4 0.2795 0.6598 0.000 0.064 0.000 0.880 0.056
#> GSM311743 3 0.2179 0.7613 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311744 5 0.4437 0.0643 0.000 0.000 0.464 0.004 0.532
#> GSM311745 4 0.1908 0.6800 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM311746 4 0.2411 0.6708 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> GSM311747 5 0.4451 0.1902 0.016 0.000 0.000 0.340 0.644
#> GSM311748 3 0.0000 0.8101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311749 1 0.4451 0.6990 0.712 0.000 0.000 0.040 0.248
#> GSM311750 2 0.2177 0.8217 0.000 0.908 0.008 0.080 0.004
#> GSM311751 3 0.0609 0.8100 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311752 4 0.5759 0.5017 0.128 0.000 0.000 0.596 0.276
#> GSM311753 3 0.0609 0.8100 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311754 2 0.4171 0.4216 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.5411 0.4144 0.008 0.236 0.664 0.000 0.092
#> GSM311756 4 0.3534 0.6233 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM311757 3 0.4171 0.3344 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311758 1 0.0162 0.8432 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311759 2 0.4643 0.7610 0.008 0.768 0.124 0.004 0.096
#> GSM311760 2 0.2948 0.8170 0.008 0.876 0.020 0.004 0.092
#> GSM311668 4 0.3534 0.5620 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM311715 4 0.6674 0.5350 0.100 0.092 0.000 0.608 0.200
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.3627 0.60615 0.028 0.020 0.000 0.156 0.796 0.000
#> GSM311599 3 0.3738 0.53918 0.312 0.000 0.680 0.000 0.004 0.004
#> GSM311600 1 0.2063 0.89523 0.912 0.000 0.000 0.008 0.060 0.020
#> GSM311601 6 0.3833 0.20059 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311602 1 0.0000 0.93442 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.3899 0.45030 0.364 0.000 0.000 0.000 0.628 0.008
#> GSM311604 2 0.2092 0.67100 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0865 0.88289 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311606 2 0.2067 0.70283 0.004 0.912 0.004 0.064 0.000 0.016
#> GSM311607 3 0.2260 0.82907 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM311608 3 0.0146 0.86897 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.2400 0.73987 0.000 0.000 0.024 0.064 0.016 0.896
#> GSM311610 4 0.4721 0.58345 0.000 0.000 0.000 0.532 0.420 0.048
#> GSM311611 3 0.3101 0.70680 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311612 3 0.1714 0.86696 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311613 6 0.2006 0.76404 0.000 0.000 0.104 0.004 0.000 0.892
#> GSM311614 3 0.0937 0.88333 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311615 5 0.6334 0.30494 0.008 0.244 0.000 0.216 0.512 0.020
#> GSM311616 4 0.5081 0.53722 0.000 0.256 0.000 0.616 0.128 0.000
#> GSM311617 4 0.3900 0.67443 0.000 0.000 0.000 0.728 0.232 0.040
#> GSM311618 4 0.5314 0.63145 0.000 0.160 0.000 0.672 0.128 0.040
#> GSM311619 4 0.6357 -0.37608 0.020 0.420 0.004 0.448 0.060 0.048
#> GSM311620 2 0.3368 0.61335 0.000 0.756 0.000 0.232 0.012 0.000
#> GSM311621 2 0.3151 0.52509 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.7110 0.50277 0.020 0.472 0.240 0.216 0.004 0.048
#> GSM311623 3 0.0146 0.86897 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0547 0.93640 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311625 4 0.5235 0.17779 0.432 0.000 0.000 0.500 0.028 0.040
#> GSM311626 1 0.1679 0.89578 0.936 0.000 0.036 0.000 0.012 0.016
#> GSM311627 5 0.0547 0.64934 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM311628 6 0.2183 0.75004 0.000 0.000 0.028 0.020 0.040 0.912
#> GSM311629 2 0.5630 0.33704 0.004 0.504 0.392 0.084 0.000 0.016
#> GSM311630 1 0.4631 0.59650 0.692 0.000 0.000 0.000 0.168 0.140
#> GSM311631 2 0.1007 0.70496 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0146 0.86897 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.5235 0.21002 0.000 0.508 0.000 0.416 0.012 0.064
#> GSM311634 2 0.6080 0.61541 0.020 0.620 0.088 0.220 0.004 0.048
#> GSM311635 2 0.7125 0.50050 0.020 0.468 0.244 0.216 0.004 0.048
#> GSM311636 6 0.1765 0.76611 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM311637 6 0.3023 0.65787 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM311638 1 0.0547 0.93640 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311639 2 0.5920 0.62169 0.020 0.636 0.076 0.216 0.004 0.048
#> GSM311640 1 0.0000 0.93442 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 4 0.6150 -0.33227 0.012 0.404 0.004 0.476 0.056 0.048
#> GSM311642 3 0.0146 0.86897 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.3834 0.67454 0.000 0.000 0.000 0.732 0.232 0.036
#> GSM311644 6 0.2250 0.76401 0.000 0.000 0.064 0.000 0.040 0.896
#> GSM311645 6 0.5666 0.36309 0.180 0.000 0.000 0.020 0.200 0.600
#> GSM311646 2 0.6433 0.63576 0.100 0.604 0.056 0.204 0.004 0.032
#> GSM311647 6 0.3956 0.57302 0.000 0.000 0.028 0.252 0.004 0.716
#> GSM311648 2 0.6851 0.57055 0.028 0.536 0.152 0.232 0.004 0.048
#> GSM311649 3 0.0146 0.86897 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.4072 0.22226 0.000 0.544 0.000 0.448 0.008 0.000
#> GSM311651 2 0.6053 0.06038 0.000 0.456 0.000 0.356 0.176 0.012
#> GSM311652 3 0.0937 0.88333 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311653 4 0.3773 0.64528 0.000 0.044 0.000 0.752 0.204 0.000
#> GSM311654 6 0.5184 0.43416 0.000 0.016 0.328 0.044 0.012 0.600
#> GSM311655 6 0.2506 0.75097 0.000 0.000 0.052 0.000 0.068 0.880
#> GSM311656 1 0.0984 0.92154 0.968 0.000 0.000 0.012 0.012 0.008
#> GSM311657 2 0.3622 0.61097 0.000 0.744 0.000 0.236 0.016 0.004
#> GSM311658 2 0.3230 0.63215 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012 0.000
#> GSM311659 2 0.2212 0.70297 0.000 0.880 0.000 0.112 0.000 0.008
#> GSM311660 5 0.0767 0.66029 0.004 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012
#> GSM311661 2 0.2378 0.63665 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.6498 0.59022 0.020 0.576 0.132 0.220 0.004 0.048
#> GSM311663 2 0.1663 0.68797 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.0692 0.93593 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> GSM311665 1 0.0547 0.93640 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311666 2 0.1556 0.68191 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.2823 0.71144 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM311669 4 0.5292 0.57442 0.000 0.000 0.000 0.600 0.220 0.180
#> GSM311670 6 0.1863 0.76289 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM311671 5 0.5379 0.58749 0.088 0.000 0.000 0.052 0.660 0.200
#> GSM311672 2 0.2762 0.63309 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.4191 0.58829 0.000 0.156 0.000 0.752 0.084 0.008
#> GSM311674 5 0.5099 0.59982 0.212 0.000 0.008 0.004 0.660 0.116
#> GSM311675 5 0.5229 0.51403 0.320 0.000 0.000 0.052 0.596 0.032
#> GSM311676 4 0.4285 0.67245 0.000 0.000 0.000 0.644 0.320 0.036
#> GSM311677 5 0.2426 0.64406 0.012 0.004 0.000 0.068 0.896 0.020
#> GSM311678 2 0.3675 0.69344 0.012 0.828 0.060 0.080 0.000 0.020
#> GSM311679 3 0.1219 0.88303 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM311680 2 0.1007 0.69891 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.3907 0.33667 0.000 0.000 0.004 0.000 0.588 0.408
#> GSM311682 1 0.0632 0.93571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311683 6 0.1765 0.76611 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM311684 2 0.0653 0.70469 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> GSM311685 1 0.0632 0.93571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.93442 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.6145 0.63973 0.076 0.640 0.064 0.184 0.004 0.032
#> GSM311688 6 0.3620 0.45950 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311689 1 0.0632 0.93571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311690 3 0.0893 0.85139 0.004 0.004 0.972 0.004 0.000 0.016
#> GSM311691 2 0.1141 0.69209 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3712 0.71271 0.000 0.000 0.744 0.012 0.012 0.232
#> GSM311693 2 0.5920 0.62169 0.020 0.636 0.076 0.216 0.004 0.048
#> GSM311694 2 0.2664 0.63630 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.2622 0.70218 0.000 0.000 0.004 0.024 0.104 0.868
#> GSM311696 2 0.4093 0.35948 0.000 0.584 0.000 0.404 0.012 0.000
#> GSM311697 6 0.2912 0.67936 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM311698 2 0.4012 0.58701 0.000 0.712 0.256 0.024 0.000 0.008
#> GSM311699 4 0.4718 0.66681 0.000 0.036 0.000 0.624 0.324 0.016
#> GSM311700 5 0.0603 0.66072 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000
#> GSM311701 2 0.3727 0.36892 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0260 0.70152 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0260 0.70236 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.1814 0.86192 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311705 2 0.0260 0.70131 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.3163 0.64103 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> GSM311707 5 0.3795 0.45701 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> GSM311708 2 0.6359 0.59992 0.020 0.592 0.116 0.220 0.004 0.048
#> GSM311709 2 0.5303 0.39136 0.172 0.596 0.000 0.232 0.000 0.000
#> GSM311710 5 0.7173 0.00816 0.088 0.000 0.000 0.320 0.360 0.232
#> GSM311711 1 0.0547 0.92868 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM311712 6 0.4581 0.31842 0.000 0.000 0.012 0.372 0.024 0.592
#> GSM311713 5 0.0603 0.64663 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> GSM311714 4 0.4384 0.67896 0.000 0.004 0.000 0.660 0.296 0.040
#> GSM311716 6 0.2934 0.68060 0.000 0.000 0.000 0.044 0.112 0.844
#> GSM311717 1 0.0000 0.93442 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.3012 0.67534 0.196 0.000 0.000 0.000 0.796 0.008
#> GSM311719 6 0.2680 0.68805 0.000 0.000 0.004 0.016 0.124 0.856
#> GSM311720 1 0.0777 0.92743 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM311721 2 0.3892 0.46813 0.000 0.640 0.352 0.004 0.000 0.004
#> GSM311722 3 0.2009 0.87026 0.004 0.000 0.904 0.000 0.008 0.084
#> GSM311723 5 0.2473 0.68491 0.104 0.000 0.000 0.012 0.876 0.008
#> GSM311724 2 0.3410 0.69483 0.000 0.836 0.076 0.064 0.000 0.024
#> GSM311725 4 0.4057 0.57302 0.000 0.000 0.000 0.600 0.388 0.012
#> GSM311726 3 0.1075 0.88252 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311727 3 0.3101 0.70732 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311728 2 0.6656 0.61777 0.056 0.568 0.132 0.216 0.004 0.024
#> GSM311729 5 0.0653 0.65957 0.012 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM311730 2 0.5397 0.64693 0.016 0.692 0.072 0.176 0.004 0.040
#> GSM311731 4 0.6591 0.30441 0.292 0.196 0.000 0.464 0.048 0.000
#> GSM311732 6 0.4581 0.44811 0.000 0.000 0.004 0.288 0.056 0.652
#> GSM311733 6 0.1765 0.76611 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM311734 6 0.3095 0.68320 0.000 0.000 0.012 0.144 0.016 0.828
#> GSM311735 2 0.3384 0.69527 0.012 0.848 0.048 0.072 0.000 0.020
#> GSM311736 6 0.3175 0.62718 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM311737 6 0.4370 0.41013 0.000 0.000 0.004 0.324 0.032 0.640
#> GSM311738 1 0.4014 0.75274 0.780 0.000 0.000 0.064 0.136 0.020
#> GSM311739 4 0.4873 0.67794 0.000 0.024 0.000 0.628 0.308 0.040
#> GSM311740 2 0.5665 0.66012 0.016 0.680 0.120 0.144 0.012 0.028
#> GSM311741 4 0.5045 0.67966 0.000 0.040 0.000 0.624 0.300 0.036
#> GSM311742 4 0.4443 0.65595 0.000 0.008 0.000 0.656 0.300 0.036
#> GSM311743 3 0.3151 0.69432 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM311744 6 0.1908 0.76658 0.000 0.000 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM311745 4 0.4482 0.59617 0.000 0.000 0.000 0.552 0.416 0.032
#> GSM311746 4 0.5006 0.60308 0.008 0.000 0.000 0.548 0.388 0.056
#> GSM311747 5 0.4782 0.45378 0.004 0.000 0.000 0.056 0.600 0.340
#> GSM311748 3 0.0713 0.88116 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311749 5 0.3705 0.66497 0.180 0.000 0.000 0.036 0.776 0.008
#> GSM311750 2 0.2376 0.70029 0.000 0.884 0.008 0.096 0.000 0.012
#> GSM311751 3 0.1387 0.87723 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311752 5 0.1908 0.62437 0.004 0.000 0.000 0.096 0.900 0.000
#> GSM311753 3 0.1556 0.87270 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM311754 2 0.4458 0.42022 0.000 0.608 0.352 0.040 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.4653 0.57752 0.000 0.080 0.740 0.136 0.000 0.044
#> GSM311756 5 0.4397 -0.11705 0.000 0.020 0.000 0.336 0.632 0.012
#> GSM311757 6 0.3634 0.45057 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM311758 1 0.0000 0.93442 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.7224 0.49025 0.020 0.452 0.240 0.232 0.004 0.052
#> GSM311760 2 0.5920 0.62169 0.020 0.636 0.076 0.216 0.004 0.048
#> GSM311668 4 0.5191 0.34848 0.000 0.000 0.000 0.456 0.456 0.088
#> GSM311715 5 0.2982 0.57870 0.000 0.000 0.004 0.164 0.820 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:skmeans 160 1.0000 2
#> MAD:skmeans 155 0.1924 3
#> MAD:skmeans 158 0.1228 4
#> MAD:skmeans 124 0.0409 5
#> MAD:skmeans 133 0.1947 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.552 0.857 0.924 0.4838 0.529 0.529
#> 3 3 0.536 0.616 0.836 0.3433 0.711 0.496
#> 4 4 0.569 0.595 0.782 0.1175 0.844 0.592
#> 5 5 0.646 0.691 0.825 0.0563 0.915 0.717
#> 6 6 0.703 0.668 0.819 0.0481 0.905 0.641
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.6712 0.7552 0.824 0.176
#> GSM311599 1 0.3114 0.8852 0.944 0.056
#> GSM311600 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311601 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311602 1 0.6048 0.7922 0.852 0.148
#> GSM311603 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311605 1 0.6623 0.8328 0.828 0.172
#> GSM311606 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311608 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311609 1 0.1633 0.9004 0.976 0.024
#> GSM311610 2 0.6048 0.8521 0.148 0.852
#> GSM311611 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311612 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311613 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311614 1 0.6343 0.8413 0.840 0.160
#> GSM311615 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
#> GSM311616 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311617 1 0.7139 0.7278 0.804 0.196
#> GSM311618 2 0.0672 0.9356 0.008 0.992
#> GSM311619 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311620 2 0.1633 0.9329 0.024 0.976
#> GSM311621 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311622 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311623 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311624 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311625 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311626 1 0.0938 0.9027 0.988 0.012
#> GSM311627 1 0.9635 0.3177 0.612 0.388
#> GSM311628 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311629 1 0.7139 0.8129 0.804 0.196
#> GSM311630 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311632 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311633 2 0.9686 0.2242 0.396 0.604
#> GSM311634 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.9000 0.4579 0.316 0.684
#> GSM311636 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311637 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311638 1 0.1633 0.8944 0.976 0.024
#> GSM311639 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311640 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311641 2 0.0938 0.9354 0.012 0.988
#> GSM311642 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311643 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311644 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311646 1 0.9850 0.3635 0.572 0.428
#> GSM311647 1 0.5737 0.8515 0.864 0.136
#> GSM311648 2 0.2603 0.9194 0.044 0.956
#> GSM311649 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311650 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311651 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311652 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311653 2 0.7528 0.7854 0.216 0.784
#> GSM311654 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311655 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311656 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311657 2 0.2603 0.9260 0.044 0.956
#> GSM311658 2 0.1633 0.9329 0.024 0.976
#> GSM311659 2 0.0376 0.9360 0.004 0.996
#> GSM311660 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0672 0.9356 0.008 0.992
#> GSM311662 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311665 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0672 0.9356 0.008 0.992
#> GSM311667 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.5294 0.8556 0.880 0.120
#> GSM311670 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311671 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0672 0.9356 0.008 0.992
#> GSM311673 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
#> GSM311674 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311676 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
#> GSM311677 2 0.7056 0.8105 0.192 0.808
#> GSM311678 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311680 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311684 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.7299 0.7927 0.204 0.796
#> GSM311687 2 0.5946 0.8512 0.144 0.856
#> GSM311688 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311689 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311690 1 0.4022 0.8819 0.920 0.080
#> GSM311691 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311693 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0672 0.9356 0.008 0.992
#> GSM311695 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311697 1 0.5946 0.8484 0.856 0.144
#> GSM311698 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311699 1 0.7602 0.6928 0.780 0.220
#> GSM311700 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311702 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311705 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.2948 0.8776 0.948 0.052
#> GSM311707 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311709 1 0.7453 0.7859 0.788 0.212
#> GSM311710 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311711 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311712 1 0.1414 0.9014 0.980 0.020
#> GSM311713 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311714 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311716 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311717 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311718 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.4022 0.8819 0.920 0.080
#> GSM311723 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311725 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
#> GSM311726 1 0.6623 0.8328 0.828 0.172
#> GSM311727 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311728 1 0.0672 0.9028 0.992 0.008
#> GSM311729 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311731 1 0.7453 0.7084 0.788 0.212
#> GSM311732 1 0.5294 0.8556 0.880 0.120
#> GSM311733 1 0.1633 0.9004 0.976 0.024
#> GSM311734 1 0.5842 0.8499 0.860 0.140
#> GSM311735 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311737 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311738 2 0.7219 0.8013 0.200 0.800
#> GSM311739 2 0.2043 0.9315 0.032 0.968
#> GSM311740 1 0.8144 0.6780 0.748 0.252
#> GSM311741 1 0.8661 0.5698 0.712 0.288
#> GSM311742 2 0.3274 0.9175 0.060 0.940
#> GSM311743 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311744 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311745 1 0.9998 -0.0771 0.508 0.492
#> GSM311746 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
#> GSM311747 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311748 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311749 1 0.6712 0.7553 0.824 0.176
#> GSM311750 2 0.2423 0.9114 0.040 0.960
#> GSM311751 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311752 1 0.9286 0.4412 0.656 0.344
#> GSM311753 1 0.6148 0.8462 0.848 0.152
#> GSM311754 2 0.0672 0.9324 0.008 0.992
#> GSM311755 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311756 1 0.9881 0.1556 0.564 0.436
#> GSM311757 1 0.2043 0.8990 0.968 0.032
#> GSM311758 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311759 2 0.5519 0.8569 0.128 0.872
#> GSM311760 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.9035 1.000 0.000
#> GSM311715 2 0.6148 0.8483 0.152 0.848
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0424 0.6675 0.992 0.008 0.000
#> GSM311599 1 0.8046 0.2841 0.536 0.068 0.396
#> GSM311600 1 0.4555 0.6431 0.800 0.000 0.200
#> GSM311601 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311602 1 0.4062 0.6619 0.836 0.000 0.164
#> GSM311603 1 0.4121 0.6621 0.832 0.000 0.168
#> GSM311604 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 3 0.5327 0.5950 0.000 0.272 0.728
#> GSM311606 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311608 3 0.5650 0.5561 0.000 0.312 0.688
#> GSM311609 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311610 1 0.9402 0.1763 0.472 0.184 0.344
#> GSM311611 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311612 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311613 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.5397 0.5866 0.000 0.280 0.720
#> GSM311615 2 0.6180 0.2705 0.416 0.584 0.000
#> GSM311616 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311617 1 0.7581 0.2607 0.496 0.040 0.464
#> GSM311618 2 0.0237 0.8906 0.000 0.996 0.004
#> GSM311619 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311620 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311621 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.5733 0.5425 0.000 0.324 0.676
#> GSM311624 1 0.3038 0.6750 0.896 0.000 0.104
#> GSM311625 1 0.6307 0.2436 0.512 0.000 0.488
#> GSM311626 1 0.6521 0.2183 0.500 0.004 0.496
#> GSM311627 1 0.0237 0.6671 0.996 0.000 0.004
#> GSM311628 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.7657 -0.1023 0.044 0.508 0.448
#> GSM311630 3 0.5706 0.2992 0.320 0.000 0.680
#> GSM311631 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.5178 0.6067 0.000 0.256 0.744
#> GSM311633 2 0.5591 0.4488 0.000 0.696 0.304
#> GSM311634 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.5656 0.7055 0.068 0.804 0.128
#> GSM311636 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.5690 0.3873 0.288 0.004 0.708
#> GSM311638 1 0.3752 0.6689 0.856 0.000 0.144
#> GSM311639 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.6309 0.2258 0.504 0.000 0.496
#> GSM311641 2 0.0237 0.8906 0.000 0.996 0.004
#> GSM311642 3 0.5178 0.6067 0.000 0.256 0.744
#> GSM311643 2 0.2537 0.8272 0.080 0.920 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 1 0.4842 0.6287 0.776 0.000 0.224
#> GSM311646 2 0.9605 0.0621 0.260 0.476 0.264
#> GSM311647 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311648 2 0.4291 0.6991 0.180 0.820 0.000
#> GSM311649 3 0.6894 0.5658 0.052 0.256 0.692
#> GSM311650 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311651 2 0.0424 0.8885 0.008 0.992 0.000
#> GSM311652 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311653 2 0.6659 0.1215 0.460 0.532 0.008
#> GSM311654 3 0.9461 0.1045 0.280 0.224 0.496
#> GSM311655 3 0.0237 0.7631 0.004 0.000 0.996
#> GSM311656 1 0.6309 0.2258 0.504 0.000 0.496
#> GSM311657 2 0.1411 0.8649 0.036 0.964 0.000
#> GSM311658 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.4555 0.5448 0.800 0.000 0.200
#> GSM311661 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.6309 0.2258 0.504 0.000 0.496
#> GSM311665 1 0.4121 0.6600 0.832 0.000 0.168
#> GSM311666 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3686 0.6699 0.860 0.000 0.140
#> GSM311669 3 0.9374 0.2748 0.192 0.316 0.492
#> GSM311670 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.5591 0.4030 0.696 0.000 0.304
#> GSM311672 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 2 0.5621 0.4745 0.308 0.692 0.000
#> GSM311674 1 0.3340 0.6429 0.880 0.000 0.120
#> GSM311675 1 0.5098 0.4751 0.752 0.000 0.248
#> GSM311676 2 0.5201 0.6136 0.236 0.760 0.004
#> GSM311677 1 0.5465 0.4097 0.712 0.288 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.5902 0.3229 0.316 0.004 0.680
#> GSM311680 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 3 0.6180 0.1423 0.416 0.000 0.584
#> GSM311682 1 0.4062 0.6619 0.836 0.000 0.164
#> GSM311683 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.3686 0.6699 0.860 0.000 0.140
#> GSM311686 1 0.7410 0.3159 0.576 0.384 0.040
#> GSM311687 1 0.6308 0.0434 0.508 0.492 0.000
#> GSM311688 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311689 1 0.6307 0.2436 0.512 0.000 0.488
#> GSM311690 3 0.7724 0.2475 0.308 0.072 0.620
#> GSM311691 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.6570 0.3150 0.308 0.024 0.668
#> GSM311693 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.1411 0.7375 0.036 0.000 0.964
#> GSM311696 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311697 3 0.5404 0.6045 0.004 0.256 0.740
#> GSM311698 2 0.6215 0.0655 0.000 0.572 0.428
#> GSM311699 3 0.9724 0.0360 0.280 0.268 0.452
#> GSM311700 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0237 0.8909 0.004 0.996 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.4172 0.6129 0.156 0.004 0.840
#> GSM311705 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 3 0.9804 0.1697 0.248 0.336 0.416
#> GSM311710 1 0.5254 0.4543 0.736 0.000 0.264
#> GSM311711 1 0.6822 0.2460 0.508 0.012 0.480
#> GSM311712 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311713 1 0.2796 0.6644 0.908 0.000 0.092
#> GSM311714 2 0.0237 0.8906 0.000 0.996 0.004
#> GSM311716 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 1 0.5859 0.4964 0.656 0.000 0.344
#> GSM311718 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.1031 0.7467 0.024 0.000 0.976
#> GSM311720 1 0.6308 0.2348 0.508 0.000 0.492
#> GSM311721 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 3 0.6239 0.5310 0.160 0.072 0.768
#> GSM311723 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0475 0.6676 0.992 0.004 0.004
#> GSM311726 3 0.5465 0.5807 0.000 0.288 0.712
#> GSM311727 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311728 3 0.6825 -0.2397 0.492 0.012 0.496
#> GSM311729 1 0.5621 0.4779 0.692 0.000 0.308
#> GSM311730 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 1 0.7809 0.3677 0.548 0.056 0.396
#> GSM311732 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311737 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.5304 0.6495 0.824 0.108 0.068
#> GSM311739 2 0.0237 0.8906 0.000 0.996 0.004
#> GSM311740 3 0.9724 0.0654 0.252 0.300 0.448
#> GSM311741 1 0.9027 0.2242 0.440 0.132 0.428
#> GSM311742 2 0.1289 0.8680 0.000 0.968 0.032
#> GSM311743 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311744 3 0.0000 0.7645 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.1267 0.6620 0.972 0.024 0.004
#> GSM311746 1 0.6678 0.5083 0.724 0.060 0.216
#> GSM311747 3 0.5835 0.3359 0.340 0.000 0.660
#> GSM311748 3 0.2356 0.7163 0.000 0.072 0.928
#> GSM311749 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0747 0.8806 0.000 0.984 0.016
#> GSM311751 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311752 1 0.0000 0.6678 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.4555 0.6496 0.000 0.200 0.800
#> GSM311754 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.6215 0.0655 0.000 0.572 0.428
#> GSM311756 2 0.9824 -0.1134 0.256 0.416 0.328
#> GSM311757 3 0.0237 0.7647 0.000 0.004 0.996
#> GSM311758 1 0.5327 0.5809 0.728 0.000 0.272
#> GSM311759 2 0.5988 0.4703 0.304 0.688 0.008
#> GSM311760 2 0.0000 0.8924 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.5706 0.4620 0.680 0.000 0.320
#> GSM311715 1 0.6307 0.0533 0.512 0.488 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.1174 0.6094 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM311599 3 0.4086 0.6290 0.216 0.000 0.776 0.008
#> GSM311600 1 0.4948 0.1957 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM311601 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311602 1 0.4072 0.4616 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM311603 1 0.4431 0.4109 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311604 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311605 4 0.6388 0.5187 0.000 0.156 0.192 0.652
#> GSM311606 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311608 3 0.2647 0.8393 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM311609 4 0.2647 0.5506 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM311610 1 0.7761 0.2873 0.464 0.188 0.008 0.340
#> GSM311611 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311612 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311613 3 0.3266 0.7251 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM311614 4 0.6388 0.5187 0.000 0.156 0.192 0.652
#> GSM311615 2 0.4605 0.4925 0.336 0.664 0.000 0.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.4008 0.4494 0.148 0.032 0.000 0.820
#> GSM311618 2 0.3172 0.7434 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM311619 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.3266 0.7487 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.9242 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.2814 0.5717 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM311625 4 0.4955 0.2496 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311626 4 0.5383 0.4507 0.292 0.000 0.036 0.672
#> GSM311627 1 0.4624 0.4283 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM311628 4 0.3486 0.5134 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM311629 4 0.6475 0.5238 0.008 0.156 0.168 0.668
#> GSM311630 4 0.4985 0.2277 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM311631 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.2647 0.8393 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM311633 2 0.4164 0.5328 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM311634 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.7361 0.3279 0.008 0.552 0.168 0.272
#> GSM311636 4 0.2921 0.5525 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM311637 4 0.6204 0.5247 0.160 0.000 0.168 0.672
#> GSM311638 1 0.3649 0.5186 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM311639 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.4661 0.4091 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM311641 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.3400 0.7708 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311643 2 0.1557 0.8349 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM311644 4 0.3311 0.5261 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM311645 1 0.4989 0.1186 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM311646 2 0.7678 -0.1257 0.228 0.440 0.000 0.332
#> GSM311647 4 0.2647 0.5506 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM311648 2 0.2996 0.8150 0.064 0.892 0.044 0.000
#> GSM311649 4 0.4877 0.3358 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311650 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.2647 0.8393 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM311653 2 0.6435 0.2419 0.396 0.532 0.000 0.072
#> GSM311654 4 0.6910 0.5217 0.156 0.024 0.168 0.652
#> GSM311655 4 0.3907 0.4984 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM311656 4 0.5291 0.4276 0.324 0.000 0.024 0.652
#> GSM311657 2 0.2647 0.7859 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 1 0.4469 0.5335 0.808 0.000 0.112 0.080
#> GSM311661 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1022 0.8578 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.4661 0.4091 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM311665 1 0.4164 0.4440 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM311666 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3610 0.5225 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311669 4 0.3024 0.4678 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM311670 4 0.3528 0.5250 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM311671 1 0.4643 0.4260 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311672 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.4382 0.5526 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM311674 1 0.4049 0.4944 0.780 0.000 0.008 0.212
#> GSM311675 1 0.4624 0.4283 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM311676 2 0.4699 0.5594 0.004 0.676 0.000 0.320
#> GSM311677 1 0.4331 0.4218 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.6393 0.5197 0.160 0.000 0.188 0.652
#> GSM311680 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 4 0.7001 -0.1594 0.420 0.000 0.116 0.464
#> GSM311682 1 0.4134 0.4502 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM311683 4 0.2647 0.5506 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM311684 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.3610 0.5225 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311686 1 0.6106 0.3105 0.592 0.348 0.000 0.060
#> GSM311687 2 0.4989 0.1850 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM311688 4 0.6310 0.5239 0.152 0.000 0.188 0.660
#> GSM311689 4 0.4998 0.2050 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM311690 3 0.0000 0.9242 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.5720 0.4464 0.296 0.000 0.052 0.652
#> GSM311693 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.3907 0.5168 0.044 0.000 0.120 0.836
#> GSM311696 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311697 4 0.6162 0.5251 0.000 0.156 0.168 0.676
#> GSM311698 4 0.6285 0.5177 0.000 0.168 0.168 0.664
#> GSM311699 4 0.7618 0.2374 0.308 0.228 0.000 0.464
#> GSM311700 1 0.0921 0.6131 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311701 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311705 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.6112 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.6112 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0336 0.8705 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311709 4 0.7402 0.3095 0.308 0.192 0.000 0.500
#> GSM311710 1 0.4624 0.4283 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM311711 4 0.5000 0.1900 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM311712 4 0.0188 0.5700 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311713 1 0.4866 0.3606 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM311714 2 0.4624 0.5361 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM311716 4 0.0000 0.5699 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 1 0.4564 0.3186 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM311718 1 0.0707 0.6134 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311719 4 0.1661 0.5411 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM311720 4 0.4941 0.2877 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM311721 2 0.3266 0.7487 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM311722 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311723 1 0.1302 0.6102 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311724 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4836 0.4374 0.672 0.008 0.000 0.320
#> GSM311726 3 0.2081 0.8707 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM311727 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311728 4 0.5291 0.4276 0.324 0.000 0.024 0.652
#> GSM311729 1 0.4222 0.3492 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311730 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 1 0.6577 -0.0318 0.528 0.036 0.024 0.412
#> GSM311732 4 0.0000 0.5699 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 4 0.2814 0.5522 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM311734 4 0.0000 0.5699 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311737 4 0.0000 0.5699 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.4372 0.4461 0.728 0.268 0.000 0.004
#> GSM311739 2 0.4356 0.6026 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM311740 4 0.9028 0.3479 0.164 0.256 0.116 0.464
#> GSM311741 4 0.5647 0.3539 0.164 0.116 0.000 0.720
#> GSM311742 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311743 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311744 4 0.2647 0.5506 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM311745 1 0.4522 0.4398 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM311746 1 0.6599 0.3865 0.564 0.096 0.000 0.340
#> GSM311747 4 0.4304 0.2140 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311748 3 0.0000 0.9242 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.6112 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.4010 0.7413 0.000 0.816 0.156 0.028
#> GSM311751 3 0.0336 0.9268 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311752 1 0.0817 0.6130 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311753 4 0.4661 0.4544 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM311754 2 0.2760 0.7868 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM311755 4 0.7485 0.1044 0.000 0.180 0.380 0.440
#> GSM311756 2 0.7758 -0.0562 0.272 0.436 0.000 0.292
#> GSM311757 4 0.4624 0.4561 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM311758 1 0.4277 0.4156 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM311759 2 0.6424 0.5976 0.176 0.672 0.144 0.008
#> GSM311760 2 0.0000 0.8743 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.4933 -0.0409 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM311715 2 0.4996 0.1496 0.484 0.516 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.5409 0.51329 0.304 0.000 0.000 0.084 0.612
#> GSM311599 3 0.3577 0.71020 0.160 0.000 0.808 0.032 0.000
#> GSM311600 4 0.6070 0.00971 0.436 0.000 0.000 0.444 0.120
#> GSM311601 3 0.2648 0.86081 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM311602 1 0.0000 0.75762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.3999 0.47320 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM311604 2 0.0404 0.89657 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311605 4 0.4665 0.64302 0.000 0.148 0.112 0.740 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.1341 0.89171 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM311608 3 0.1478 0.85766 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM311609 4 0.5126 0.59216 0.000 0.000 0.064 0.636 0.300
#> GSM311610 5 0.0404 0.74142 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311611 3 0.2280 0.87981 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM311612 3 0.2179 0.88156 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311613 3 0.3086 0.84059 0.000 0.000 0.816 0.180 0.004
#> GSM311614 4 0.4704 0.64115 0.000 0.152 0.112 0.736 0.000
#> GSM311615 2 0.4848 0.64382 0.176 0.736 0.000 0.076 0.012
#> GSM311616 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.7462 0.45586 0.068 0.160 0.000 0.448 0.324
#> GSM311618 2 0.2773 0.76975 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM311619 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0404 0.89657 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311621 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.2179 0.83509 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.88908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.75762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4191 0.60340 0.184 0.012 0.000 0.772 0.032
#> GSM311626 4 0.3452 0.62035 0.148 0.000 0.032 0.820 0.000
#> GSM311627 5 0.0703 0.74217 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311628 4 0.5984 0.47048 0.000 0.000 0.208 0.588 0.204
#> GSM311629 4 0.4841 0.63876 0.004 0.160 0.104 0.732 0.000
#> GSM311630 4 0.4235 0.05740 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.1478 0.85766 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM311633 2 0.3816 0.49943 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM311634 2 0.3013 0.78236 0.160 0.832 0.008 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.5673 0.36645 0.000 0.596 0.112 0.292 0.000
#> GSM311636 4 0.3116 0.67015 0.000 0.000 0.064 0.860 0.076
#> GSM311637 4 0.3164 0.66438 0.044 0.000 0.104 0.852 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.75762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.2153 0.71671 0.916 0.000 0.044 0.040 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.2891 0.72555 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM311643 2 0.1928 0.85831 0.004 0.920 0.000 0.004 0.072
#> GSM311644 4 0.5820 0.49705 0.000 0.000 0.192 0.612 0.196
#> GSM311645 4 0.3196 0.59739 0.192 0.000 0.004 0.804 0.000
#> GSM311646 4 0.4827 0.20029 0.020 0.476 0.000 0.504 0.000
#> GSM311647 4 0.4527 0.62357 0.000 0.000 0.064 0.732 0.204
#> GSM311648 2 0.2395 0.86182 0.012 0.912 0.040 0.036 0.000
#> GSM311649 4 0.3837 0.59553 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0404 0.89512 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311652 3 0.1478 0.85766 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM311653 2 0.5535 0.57528 0.164 0.680 0.000 0.144 0.012
#> GSM311654 4 0.3631 0.65074 0.072 0.000 0.104 0.824 0.000
#> GSM311655 4 0.0000 0.67873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311656 4 0.3203 0.60714 0.168 0.000 0.012 0.820 0.000
#> GSM311657 2 0.2804 0.82122 0.092 0.880 0.000 0.016 0.012
#> GSM311658 2 0.0404 0.89657 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311659 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.4069 0.68479 0.136 0.000 0.000 0.076 0.788
#> GSM311661 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1364 0.88166 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> GSM311663 2 0.0404 0.89657 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311664 1 0.4060 0.44601 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.75762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.2648 0.68929 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM311669 4 0.5418 0.60381 0.068 0.004 0.000 0.608 0.320
#> GSM311670 4 0.4693 0.55674 0.000 0.000 0.196 0.724 0.080
#> GSM311671 5 0.0404 0.74142 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311672 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.4215 0.67551 0.168 0.768 0.000 0.064 0.000
#> GSM311674 1 0.4166 0.46569 0.648 0.000 0.004 0.348 0.000
#> GSM311675 5 0.4114 0.31258 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM311676 5 0.4074 0.29476 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311677 5 0.6034 0.58145 0.128 0.116 0.000 0.076 0.680
#> GSM311678 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.3454 0.65612 0.028 0.000 0.156 0.816 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.2139 0.71491 0.000 0.000 0.032 0.052 0.916
#> GSM311682 1 0.1478 0.72997 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM311683 4 0.3116 0.67015 0.000 0.000 0.064 0.860 0.076
#> GSM311684 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.75762 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.0404 0.75362 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 1 0.4597 0.08815 0.564 0.424 0.000 0.000 0.012
#> GSM311688 4 0.1544 0.68104 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM311689 4 0.3774 0.48905 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.88908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.3183 0.61555 0.156 0.000 0.016 0.828 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.4734 0.60108 0.000 0.000 0.064 0.704 0.232
#> GSM311696 2 0.0404 0.89657 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311697 4 0.4609 0.64335 0.000 0.152 0.104 0.744 0.000
#> GSM311698 4 0.4724 0.63644 0.000 0.164 0.104 0.732 0.000
#> GSM311699 4 0.5909 0.41188 0.164 0.244 0.000 0.592 0.000
#> GSM311700 5 0.5088 0.62390 0.228 0.000 0.000 0.092 0.680
#> GSM311701 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0451 0.88993 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.5010 0.61021 0.248 0.000 0.000 0.076 0.676
#> GSM311707 1 0.4890 0.37444 0.680 0.000 0.000 0.064 0.256
#> GSM311708 2 0.0609 0.89381 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.5177 0.58135 0.104 0.220 0.000 0.676 0.000
#> GSM311710 5 0.1281 0.73455 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> GSM311711 1 0.4653 -0.17447 0.516 0.012 0.000 0.472 0.000
#> GSM311712 4 0.3990 0.61341 0.000 0.000 0.004 0.688 0.308
#> GSM311713 5 0.0404 0.74142 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311714 2 0.3837 0.57244 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311716 4 0.1608 0.68395 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM311717 1 0.0404 0.75716 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311718 5 0.4890 0.61041 0.256 0.000 0.000 0.064 0.680
#> GSM311719 4 0.3300 0.65188 0.000 0.000 0.004 0.792 0.204
#> GSM311720 4 0.3246 0.59755 0.184 0.008 0.000 0.808 0.000
#> GSM311721 2 0.2074 0.83946 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.2462 0.87986 0.008 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311723 5 0.3888 0.68962 0.136 0.000 0.000 0.064 0.800
#> GSM311724 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.1168 0.73921 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> GSM311726 3 0.1410 0.86800 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM311727 3 0.2648 0.86081 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM311728 4 0.3592 0.60519 0.168 0.000 0.012 0.808 0.012
#> GSM311729 5 0.5556 0.52532 0.276 0.000 0.000 0.108 0.616
#> GSM311730 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.5926 0.11528 0.440 0.044 0.012 0.492 0.012
#> GSM311732 4 0.2561 0.68440 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM311733 4 0.3116 0.67015 0.000 0.000 0.064 0.860 0.076
#> GSM311734 4 0.3837 0.61442 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM311735 2 0.0000 0.89995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.2929 0.84428 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM311737 4 0.3837 0.61442 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM311738 1 0.3558 0.65926 0.828 0.108 0.000 0.064 0.000
#> GSM311739 2 0.3837 0.57244 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311740 4 0.6393 0.48756 0.032 0.228 0.140 0.600 0.000
#> GSM311741 4 0.7134 0.34993 0.020 0.332 0.000 0.416 0.232
#> GSM311742 2 0.3282 0.72257 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> GSM311743 3 0.1732 0.88821 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM311744 4 0.5325 0.59285 0.000 0.000 0.076 0.616 0.308
#> GSM311745 5 0.0404 0.74142 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311746 5 0.2299 0.71212 0.032 0.004 0.000 0.052 0.912
#> GSM311747 5 0.3398 0.50445 0.004 0.000 0.000 0.216 0.780
#> GSM311748 3 0.0000 0.88908 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.4985 0.61413 0.244 0.000 0.000 0.076 0.680
#> GSM311750 2 0.2795 0.82450 0.000 0.872 0.100 0.028 0.000
#> GSM311751 3 0.0162 0.89004 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311752 5 0.4906 0.61546 0.232 0.000 0.000 0.076 0.692
#> GSM311753 4 0.3700 0.64908 0.000 0.008 0.240 0.752 0.000
#> GSM311754 2 0.1484 0.87505 0.000 0.944 0.048 0.008 0.000
#> GSM311755 4 0.5938 0.38316 0.000 0.112 0.376 0.512 0.000
#> GSM311756 2 0.6360 -0.00605 0.164 0.448 0.000 0.388 0.000
#> GSM311757 4 0.1478 0.67727 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM311758 1 0.0404 0.75716 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311759 2 0.5041 0.71179 0.028 0.740 0.152 0.080 0.000
#> GSM311760 2 0.2690 0.79088 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.0000 0.73850 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311715 2 0.6059 0.54107 0.192 0.660 0.000 0.064 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.1644 0.56468 0.004 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076
#> GSM311599 3 0.3340 0.78011 0.004 0.000 0.840 0.012 0.084 0.060
#> GSM311600 4 0.5779 0.51445 0.032 0.000 0.000 0.588 0.132 0.248
#> GSM311601 3 0.2857 0.85918 0.000 0.000 0.856 0.072 0.000 0.072
#> GSM311602 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 6 0.5936 0.13914 0.256 0.000 0.000 0.000 0.284 0.460
#> GSM311604 2 0.2793 0.77767 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311605 6 0.3740 0.70106 0.000 0.096 0.120 0.000 0.000 0.784
#> GSM311606 2 0.0146 0.89035 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.1245 0.88981 0.000 0.000 0.952 0.016 0.000 0.032
#> GSM311608 3 0.1327 0.85247 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311609 4 0.3570 0.67047 0.000 0.000 0.064 0.792 0.000 0.144
#> GSM311610 4 0.3244 0.30813 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM311611 3 0.2442 0.87713 0.000 0.000 0.884 0.068 0.000 0.048
#> GSM311612 3 0.2308 0.87882 0.000 0.000 0.892 0.068 0.000 0.040
#> GSM311613 3 0.3215 0.84111 0.000 0.000 0.828 0.072 0.000 0.100
#> GSM311614 6 0.3492 0.71047 0.000 0.076 0.120 0.000 0.000 0.804
#> GSM311615 5 0.5075 -0.26968 0.004 0.452 0.000 0.000 0.480 0.064
#> GSM311616 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.4091 0.59091 0.000 0.000 0.000 0.732 0.200 0.068
#> GSM311618 2 0.2912 0.66912 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0363 0.88838 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2793 0.77767 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.2003 0.82511 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.88553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 6 0.4880 0.48769 0.008 0.000 0.000 0.232 0.096 0.664
#> GSM311626 6 0.2110 0.71079 0.004 0.000 0.012 0.000 0.084 0.900
#> GSM311627 5 0.3670 0.67899 0.012 0.000 0.000 0.284 0.704 0.000
#> GSM311628 4 0.4432 0.57157 0.000 0.000 0.188 0.708 0.000 0.104
#> GSM311629 6 0.4556 0.63118 0.000 0.192 0.100 0.000 0.004 0.704
#> GSM311630 6 0.5391 0.50182 0.236 0.000 0.000 0.044 0.080 0.640
#> GSM311631 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.1327 0.85247 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311633 2 0.3727 0.26198 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM311634 1 0.4441 0.18664 0.560 0.416 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.5120 0.39454 0.000 0.600 0.120 0.000 0.000 0.280
#> GSM311636 6 0.2852 0.67218 0.000 0.000 0.064 0.080 0.000 0.856
#> GSM311637 6 0.2492 0.72442 0.004 0.000 0.100 0.000 0.020 0.876
#> GSM311638 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.0508 0.73167 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM311641 2 0.0363 0.88838 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.2854 0.66817 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311643 2 0.2823 0.77503 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM311644 4 0.4490 0.55509 0.000 0.000 0.196 0.700 0.000 0.104
#> GSM311645 6 0.2623 0.68723 0.016 0.000 0.000 0.000 0.132 0.852
#> GSM311646 6 0.3864 0.16613 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM311647 4 0.4228 0.63753 0.000 0.000 0.064 0.708 0.000 0.228
#> GSM311648 2 0.2135 0.86450 0.024 0.920 0.032 0.000 0.012 0.012
#> GSM311649 6 0.3126 0.67108 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311650 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 2 0.0260 0.88831 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311652 3 0.1327 0.85247 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311653 2 0.4671 0.60733 0.004 0.640 0.000 0.000 0.296 0.060
#> GSM311654 6 0.3002 0.72269 0.004 0.000 0.100 0.000 0.048 0.848
#> GSM311655 6 0.1267 0.70941 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM311656 6 0.1908 0.70542 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096 0.900
#> GSM311657 2 0.4134 0.69766 0.000 0.708 0.000 0.000 0.240 0.052
#> GSM311658 2 0.2793 0.77767 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.3046 0.80138 0.012 0.000 0.000 0.188 0.800 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1149 0.88083 0.000 0.960 0.024 0.008 0.000 0.008
#> GSM311663 2 0.2793 0.77767 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311664 6 0.4939 0.38699 0.292 0.000 0.000 0.000 0.096 0.612
#> GSM311665 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.5754 0.02854 0.448 0.000 0.000 0.008 0.132 0.412
#> GSM311669 4 0.4223 0.59696 0.000 0.004 0.000 0.732 0.192 0.072
#> GSM311670 6 0.5374 0.37938 0.000 0.000 0.200 0.212 0.000 0.588
#> GSM311671 4 0.1802 0.58366 0.012 0.000 0.000 0.916 0.072 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 2 0.3344 0.76708 0.008 0.828 0.000 0.000 0.104 0.060
#> GSM311674 1 0.7580 0.05873 0.304 0.000 0.000 0.156 0.284 0.256
#> GSM311675 4 0.2629 0.59980 0.068 0.000 0.000 0.872 0.060 0.000
#> GSM311676 4 0.3832 0.46334 0.000 0.120 0.000 0.776 0.104 0.000
#> GSM311677 5 0.2793 0.79934 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 6 0.2988 0.71687 0.000 0.000 0.144 0.000 0.028 0.828
#> GSM311680 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 4 0.5174 0.21789 0.000 0.000 0.032 0.600 0.320 0.048
#> GSM311682 1 0.4243 0.55688 0.736 0.000 0.000 0.000 0.132 0.132
#> GSM311683 6 0.2852 0.67218 0.000 0.000 0.064 0.080 0.000 0.856
#> GSM311684 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0865 0.71946 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311686 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 1 0.4432 0.47156 0.708 0.224 0.012 0.000 0.056 0.000
#> GSM311688 6 0.1588 0.72230 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000 0.924
#> GSM311689 6 0.1908 0.70542 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096 0.900
#> GSM311690 3 0.0146 0.88659 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 6 0.1806 0.70853 0.004 0.000 0.000 0.000 0.088 0.908
#> GSM311693 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.4228 0.63753 0.000 0.000 0.064 0.708 0.000 0.228
#> GSM311696 2 0.2793 0.77767 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311697 6 0.3159 0.71646 0.000 0.068 0.100 0.000 0.000 0.832
#> GSM311698 6 0.4418 0.63232 0.000 0.192 0.100 0.000 0.000 0.708
#> GSM311699 6 0.4751 0.53869 0.004 0.228 0.000 0.000 0.096 0.672
#> GSM311700 5 0.3394 0.79438 0.012 0.000 0.000 0.188 0.788 0.012
#> GSM311701 2 0.1501 0.86105 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0622 0.88562 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM311705 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.3187 0.80055 0.012 0.000 0.000 0.188 0.796 0.004
#> GSM311707 5 0.6450 0.35650 0.308 0.000 0.000 0.140 0.492 0.060
#> GSM311708 2 0.0993 0.88184 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000 0.000
#> GSM311709 6 0.3884 0.59929 0.000 0.240 0.000 0.000 0.036 0.724
#> GSM311710 4 0.2094 0.59629 0.016 0.000 0.000 0.908 0.068 0.008
#> GSM311711 1 0.3843 0.07373 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM311712 4 0.2902 0.66014 0.000 0.000 0.004 0.800 0.000 0.196
#> GSM311713 4 0.3868 -0.31501 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM311714 4 0.3266 0.52039 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM311716 6 0.1556 0.70339 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM311717 1 0.0146 0.73772 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311718 5 0.3046 0.80138 0.012 0.000 0.000 0.188 0.800 0.000
#> GSM311719 4 0.3489 0.61508 0.000 0.000 0.004 0.708 0.000 0.288
#> GSM311720 6 0.1908 0.70542 0.004 0.000 0.000 0.000 0.096 0.900
#> GSM311721 2 0.1765 0.83817 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.2563 0.87763 0.000 0.000 0.884 0.068 0.008 0.040
#> GSM311723 5 0.3046 0.80138 0.012 0.000 0.000 0.188 0.800 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4039 0.42448 0.000 0.008 0.000 0.424 0.568 0.000
#> GSM311726 3 0.1267 0.86328 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311727 3 0.2857 0.85918 0.000 0.000 0.856 0.072 0.000 0.072
#> GSM311728 6 0.3528 0.56241 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296 0.700
#> GSM311729 5 0.4750 0.71408 0.004 0.000 0.000 0.180 0.688 0.128
#> GSM311730 2 0.0000 0.89120 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 6 0.6799 -0.06147 0.300 0.040 0.000 0.000 0.296 0.364
#> GSM311732 6 0.2416 0.68297 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM311733 6 0.2852 0.67218 0.000 0.000 0.064 0.080 0.000 0.856
#> GSM311734 4 0.2883 0.65244 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311735 2 0.0146 0.89035 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.3215 0.84111 0.000 0.000 0.828 0.072 0.000 0.100
#> GSM311737 4 0.2793 0.65735 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311738 1 0.4815 0.42157 0.644 0.000 0.000 0.012 0.284 0.060
#> GSM311739 4 0.3857 0.18243 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM311740 6 0.5525 0.54142 0.000 0.232 0.120 0.000 0.028 0.620
#> GSM311741 4 0.6023 0.14341 0.000 0.260 0.000 0.420 0.000 0.320
#> GSM311742 2 0.3806 0.69062 0.000 0.752 0.000 0.200 0.000 0.048
#> GSM311743 3 0.2030 0.88438 0.000 0.000 0.908 0.064 0.000 0.028
#> GSM311744 4 0.3548 0.67158 0.000 0.000 0.068 0.796 0.000 0.136
#> GSM311745 4 0.4047 -0.00458 0.012 0.000 0.000 0.604 0.384 0.000
#> GSM311746 4 0.0653 0.62383 0.012 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004
#> GSM311747 4 0.4037 0.65068 0.000 0.000 0.000 0.736 0.064 0.200
#> GSM311748 3 0.0000 0.88553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.2793 0.79934 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM311750 2 0.2214 0.82917 0.000 0.888 0.096 0.000 0.000 0.016
#> GSM311751 3 0.0000 0.88553 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.2697 0.79858 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM311753 6 0.2631 0.71435 0.000 0.008 0.152 0.000 0.000 0.840
#> GSM311754 2 0.1333 0.86878 0.000 0.944 0.048 0.000 0.000 0.008
#> GSM311755 6 0.5590 0.42691 0.000 0.160 0.328 0.000 0.000 0.512
#> GSM311756 6 0.5386 0.17512 0.004 0.432 0.000 0.000 0.096 0.468
#> GSM311757 6 0.1267 0.70941 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM311758 1 0.0000 0.73878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.3475 0.77497 0.000 0.812 0.140 0.000 0.028 0.020
#> GSM311760 2 0.3729 0.55414 0.296 0.692 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.2300 0.60575 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM311715 2 0.4893 0.60036 0.008 0.636 0.000 0.004 0.292 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:pam 156 1.000 2
#> MAD:pam 117 NA 3
#> MAD:pam 108 NA 4
#> MAD:pam 140 0.601 5
#> MAD:pam 137 0.712 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.504 0.815 0.912 0.4780 0.511 0.511
#> 3 3 0.789 0.853 0.929 0.2901 0.704 0.501
#> 4 4 0.577 0.317 0.683 0.1579 0.772 0.480
#> 5 5 0.596 0.484 0.713 0.0607 0.767 0.391
#> 6 6 0.744 0.709 0.848 0.0627 0.808 0.411
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9996 0.1542 0.512 0.488
#> GSM311599 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311601 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311603 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311604 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311605 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311608 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311609 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311610 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311611 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311613 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311614 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311615 2 0.9993 -0.0700 0.484 0.516
#> GSM311616 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311617 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.9866 0.3971 0.432 0.568
#> GSM311623 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311625 2 0.9833 0.2528 0.424 0.576
#> GSM311626 1 0.4431 0.8906 0.908 0.092
#> GSM311627 1 0.9881 0.3233 0.564 0.436
#> GSM311628 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9522 0.5049 0.372 0.628
#> GSM311630 1 0.1414 0.9029 0.980 0.020
#> GSM311631 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311632 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.9970 0.0891 0.468 0.532
#> GSM311635 2 0.9922 0.3161 0.448 0.552
#> GSM311636 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311639 2 0.6712 0.7487 0.176 0.824
#> GSM311640 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311641 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311642 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311643 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.2948 0.8995 0.948 0.052
#> GSM311646 2 0.7883 0.6613 0.236 0.764
#> GSM311647 1 0.3114 0.8988 0.944 0.056
#> GSM311648 1 0.2603 0.8987 0.956 0.044
#> GSM311649 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311652 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311653 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311654 1 0.1633 0.8950 0.976 0.024
#> GSM311655 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311656 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311657 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311661 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.7219 0.7522 0.200 0.800
#> GSM311663 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311665 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311666 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311669 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311670 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311672 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.4562 0.8895 0.904 0.096
#> GSM311675 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311676 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.9996 0.1542 0.512 0.488
#> GSM311678 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311683 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311686 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311687 1 0.5842 0.8654 0.860 0.140
#> GSM311688 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311690 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0376 0.8919 0.004 0.996
#> GSM311694 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.9686 0.4703 0.396 0.604
#> GSM311699 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311701 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311707 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311708 2 0.7950 0.6546 0.240 0.760
#> GSM311709 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311711 1 0.7815 0.7532 0.768 0.232
#> GSM311712 1 0.7745 0.7538 0.772 0.228
#> GSM311713 1 0.9996 0.1542 0.512 0.488
#> GSM311714 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.2236 0.9017 0.964 0.036
#> GSM311717 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311718 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311719 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311721 2 0.9710 0.4653 0.400 0.600
#> GSM311722 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311724 2 0.4690 0.8298 0.100 0.900
#> GSM311725 2 0.9996 -0.0820 0.488 0.512
#> GSM311726 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311727 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311728 1 0.6712 0.7429 0.824 0.176
#> GSM311729 1 0.5842 0.8650 0.860 0.140
#> GSM311730 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.1414 0.8815 0.020 0.980
#> GSM311732 1 0.6801 0.7922 0.820 0.180
#> GSM311733 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0938 0.9036 0.988 0.012
#> GSM311735 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.3879 0.8945 0.924 0.076
#> GSM311738 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311739 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311740 1 0.9358 0.4420 0.648 0.352
#> GSM311741 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311742 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311743 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311745 2 0.9522 0.3415 0.372 0.628
#> GSM311746 2 0.6048 0.7713 0.148 0.852
#> GSM311747 1 0.5059 0.8842 0.888 0.112
#> GSM311748 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311750 2 0.6712 0.7723 0.176 0.824
#> GSM311751 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.9996 0.1542 0.512 0.488
#> GSM311753 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.9963 0.3081 0.464 0.536
#> GSM311755 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311756 2 0.0000 0.8942 0.000 1.000
#> GSM311757 1 0.0000 0.9042 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.5294 0.8819 0.880 0.120
#> GSM311759 1 0.2948 0.8958 0.948 0.052
#> GSM311760 2 0.9522 0.4011 0.372 0.628
#> GSM311668 2 0.0376 0.8918 0.004 0.996
#> GSM311715 2 0.2043 0.8731 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.6225 0.398 0.568 0.432 0.000
#> GSM311599 3 0.5803 0.646 0.016 0.248 0.736
#> GSM311600 1 0.6432 0.283 0.568 0.428 0.004
#> GSM311601 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311603 1 0.1525 0.866 0.964 0.032 0.004
#> GSM311604 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311605 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311606 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311609 3 0.1643 0.920 0.000 0.044 0.956
#> GSM311610 2 0.0592 0.929 0.012 0.988 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311615 2 0.5733 0.411 0.324 0.676 0.000
#> GSM311616 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311617 2 0.0592 0.929 0.012 0.988 0.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311620 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.1636 0.921 0.016 0.964 0.020
#> GSM311623 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311624 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311625 2 0.4399 0.742 0.188 0.812 0.000
#> GSM311626 1 0.7433 0.657 0.700 0.168 0.132
#> GSM311627 1 0.5216 0.699 0.740 0.260 0.000
#> GSM311628 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311629 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311630 1 0.2793 0.845 0.928 0.028 0.044
#> GSM311631 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> GSM311632 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311633 2 0.0747 0.928 0.000 0.984 0.016
#> GSM311634 2 0.0892 0.929 0.020 0.980 0.000
#> GSM311635 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311636 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311639 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311640 1 0.1129 0.856 0.976 0.020 0.004
#> GSM311641 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311642 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311643 2 0.0424 0.930 0.008 0.992 0.000
#> GSM311644 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 2 0.4883 0.725 0.004 0.788 0.208
#> GSM311646 2 0.0892 0.929 0.020 0.980 0.000
#> GSM311647 3 0.6209 0.409 0.004 0.368 0.628
#> GSM311648 2 0.4912 0.744 0.196 0.796 0.008
#> GSM311649 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311650 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311651 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311652 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311653 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311654 2 0.3340 0.839 0.000 0.880 0.120
#> GSM311655 3 0.1031 0.937 0.000 0.024 0.976
#> GSM311656 2 0.6468 0.167 0.444 0.552 0.004
#> GSM311657 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311658 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311659 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> GSM311660 1 0.5216 0.700 0.740 0.260 0.000
#> GSM311661 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311662 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311663 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311664 1 0.1129 0.856 0.976 0.020 0.004
#> GSM311665 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311666 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311667 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311669 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.1989 0.863 0.948 0.048 0.004
#> GSM311672 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311674 1 0.2050 0.848 0.952 0.020 0.028
#> GSM311675 1 0.1878 0.864 0.952 0.044 0.004
#> GSM311676 2 0.0424 0.930 0.008 0.992 0.000
#> GSM311677 1 0.6286 0.310 0.536 0.464 0.000
#> GSM311678 2 0.0747 0.930 0.016 0.984 0.000
#> GSM311679 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311680 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311681 1 0.6420 0.555 0.688 0.024 0.288
#> GSM311682 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311683 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0747 0.930 0.016 0.984 0.000
#> GSM311685 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311686 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311687 2 0.0424 0.931 0.008 0.992 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 2 0.5365 0.637 0.252 0.744 0.004
#> GSM311690 3 0.3690 0.852 0.016 0.100 0.884
#> GSM311691 2 0.1031 0.928 0.024 0.976 0.000
#> GSM311692 3 0.3445 0.867 0.016 0.088 0.896
#> GSM311693 2 0.0424 0.931 0.008 0.992 0.000
#> GSM311694 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311695 3 0.0592 0.945 0.000 0.012 0.988
#> GSM311696 2 0.0892 0.929 0.020 0.980 0.000
#> GSM311697 3 0.4931 0.674 0.000 0.232 0.768
#> GSM311698 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311699 2 0.0424 0.930 0.008 0.992 0.000
#> GSM311700 1 0.1163 0.865 0.972 0.028 0.000
#> GSM311701 2 0.0747 0.930 0.016 0.984 0.000
#> GSM311702 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> GSM311703 2 0.1031 0.928 0.024 0.976 0.000
#> GSM311704 3 0.0424 0.952 0.008 0.000 0.992
#> GSM311705 2 0.0592 0.931 0.012 0.988 0.000
#> GSM311706 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311707 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311708 2 0.0747 0.929 0.016 0.984 0.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 1 0.2096 0.861 0.944 0.052 0.004
#> GSM311711 2 0.5431 0.583 0.284 0.716 0.000
#> GSM311712 2 0.4784 0.729 0.004 0.796 0.200
#> GSM311713 1 0.6235 0.388 0.564 0.436 0.000
#> GSM311714 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311716 2 0.4931 0.721 0.004 0.784 0.212
#> GSM311717 1 0.1647 0.865 0.960 0.036 0.004
#> GSM311718 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311719 1 0.6804 0.156 0.528 0.012 0.460
#> GSM311720 2 0.6252 0.467 0.344 0.648 0.008
#> GSM311721 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311722 3 0.3551 0.814 0.000 0.132 0.868
#> GSM311723 1 0.1878 0.864 0.952 0.044 0.004
#> GSM311724 2 0.0747 0.929 0.016 0.984 0.000
#> GSM311725 2 0.3482 0.806 0.128 0.872 0.000
#> GSM311726 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311727 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.1491 0.923 0.016 0.968 0.016
#> GSM311729 1 0.5465 0.666 0.712 0.288 0.000
#> GSM311730 2 0.0424 0.931 0.008 0.992 0.000
#> GSM311731 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> GSM311732 2 0.3686 0.813 0.000 0.860 0.140
#> GSM311733 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 2 0.6140 0.330 0.000 0.596 0.404
#> GSM311735 2 0.1163 0.927 0.028 0.972 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 2 0.6168 0.306 0.000 0.588 0.412
#> GSM311738 1 0.1878 0.864 0.952 0.044 0.004
#> GSM311739 2 0.0424 0.930 0.008 0.992 0.000
#> GSM311740 2 0.1337 0.925 0.016 0.972 0.012
#> GSM311741 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311742 2 0.0424 0.930 0.008 0.992 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 2 0.1753 0.902 0.048 0.952 0.000
#> GSM311746 2 0.1643 0.910 0.044 0.956 0.000
#> GSM311747 1 0.2414 0.857 0.940 0.040 0.020
#> GSM311748 3 0.0747 0.950 0.016 0.000 0.984
#> GSM311749 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311750 2 0.0747 0.929 0.016 0.984 0.000
#> GSM311751 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.6204 0.414 0.576 0.424 0.000
#> GSM311753 3 0.0237 0.952 0.004 0.000 0.996
#> GSM311754 2 0.0983 0.928 0.016 0.980 0.004
#> GSM311755 3 0.1337 0.942 0.016 0.012 0.972
#> GSM311756 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.953 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.1399 0.867 0.968 0.028 0.004
#> GSM311759 2 0.1491 0.923 0.016 0.968 0.016
#> GSM311760 2 0.3340 0.828 0.120 0.880 0.000
#> GSM311668 2 0.0747 0.927 0.016 0.984 0.000
#> GSM311715 2 0.0000 0.931 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.6584 -0.0986 0.336 0.096 0.000 0.568
#> GSM311599 2 0.7507 -0.3356 0.008 0.468 0.380 0.144
#> GSM311600 4 0.6918 -0.0469 0.108 0.420 0.000 0.472
#> GSM311601 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311603 1 0.4399 0.7762 0.768 0.020 0.000 0.212
#> GSM311604 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311605 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311606 2 0.4977 0.1685 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM311607 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311609 3 0.5183 0.5411 0.000 0.408 0.584 0.008
#> GSM311610 4 0.3400 0.2254 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM311611 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.0376 0.8870 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM311615 4 0.7905 0.1522 0.332 0.304 0.000 0.364
#> GSM311616 4 0.4981 -0.1226 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM311617 4 0.4304 0.1377 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM311618 4 0.4992 -0.1348 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM311619 4 0.4967 -0.1103 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM311620 4 0.4996 -0.1427 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM311621 4 0.4992 -0.1348 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM311622 2 0.4925 0.0524 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM311623 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311624 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311625 4 0.2081 0.2680 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM311626 2 0.8692 -0.1477 0.088 0.464 0.136 0.312
#> GSM311627 4 0.5070 -0.3353 0.416 0.004 0.000 0.580
#> GSM311628 3 0.0469 0.8817 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM311629 2 0.4994 -0.0334 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM311630 2 0.7610 -0.2975 0.220 0.460 0.000 0.320
#> GSM311631 2 0.4661 0.1785 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311632 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311633 2 0.4998 0.0771 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM311634 4 0.5271 0.1166 0.024 0.320 0.000 0.656
#> GSM311635 4 0.4998 0.0263 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311636 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311637 3 0.5070 0.5355 0.000 0.416 0.580 0.004
#> GSM311638 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311639 2 0.4961 0.0740 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM311640 1 0.4428 0.6380 0.720 0.276 0.000 0.004
#> GSM311641 4 0.4998 -0.1532 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311642 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311643 4 0.4331 0.1333 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM311644 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311645 4 0.4989 0.0815 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM311646 4 0.4888 0.0585 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM311647 3 0.6223 0.5148 0.000 0.384 0.556 0.060
#> GSM311648 2 0.4898 -0.0576 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM311649 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311650 2 0.4989 0.1783 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM311651 4 0.4992 -0.1348 0.000 0.476 0.000 0.524
#> GSM311652 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311653 4 0.4008 0.1793 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM311654 2 0.6295 -0.0130 0.000 0.656 0.132 0.212
#> GSM311655 3 0.5383 0.4869 0.000 0.452 0.536 0.012
#> GSM311656 4 0.5163 0.0768 0.004 0.480 0.000 0.516
#> GSM311657 2 0.4981 0.1840 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM311658 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311659 2 0.4992 0.1302 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM311660 4 0.6451 -0.3601 0.404 0.072 0.000 0.524
#> GSM311661 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311662 2 0.4817 0.1090 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311663 2 0.4981 0.1840 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM311664 1 0.5661 0.4643 0.544 0.436 0.008 0.012
#> GSM311665 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311666 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311667 1 0.3725 0.7888 0.812 0.008 0.000 0.180
#> GSM311669 4 0.3024 0.2463 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM311670 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.7790 -0.2790 0.272 0.304 0.000 0.424
#> GSM311672 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311673 4 0.4967 -0.1103 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM311674 2 0.7610 -0.2975 0.220 0.460 0.000 0.320
#> GSM311675 1 0.5517 0.6828 0.648 0.036 0.000 0.316
#> GSM311676 4 0.4643 0.0551 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311677 4 0.7521 -0.0744 0.396 0.184 0.000 0.420
#> GSM311678 2 0.4977 0.1685 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM311679 3 0.6052 0.5609 0.000 0.320 0.616 0.064
#> GSM311680 2 0.4981 0.1840 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM311681 2 0.7968 -0.2927 0.212 0.456 0.012 0.320
#> GSM311682 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311683 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.4977 0.1846 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM311685 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311686 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311687 4 0.6546 0.1654 0.172 0.192 0.000 0.636
#> GSM311688 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 4 0.5172 0.1114 0.008 0.404 0.000 0.588
#> GSM311690 3 0.6268 0.4293 0.000 0.448 0.496 0.056
#> GSM311691 2 0.4843 0.1730 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311692 2 0.7313 -0.3349 0.000 0.464 0.380 0.156
#> GSM311693 4 0.4967 -0.0920 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM311694 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311695 3 0.2654 0.8043 0.000 0.108 0.888 0.004
#> GSM311696 2 0.4989 0.1795 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM311697 3 0.5865 0.5065 0.000 0.412 0.552 0.036
#> GSM311698 2 0.4790 0.1119 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM311699 4 0.4961 -0.1060 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311700 1 0.4304 0.7458 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM311701 2 0.4985 0.1828 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311702 2 0.4941 0.1840 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM311703 2 0.4961 0.1821 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM311704 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.4981 0.1840 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM311706 1 0.4844 0.7245 0.688 0.012 0.000 0.300
#> GSM311707 1 0.4744 0.7388 0.704 0.012 0.000 0.284
#> GSM311708 4 0.5237 0.0951 0.016 0.356 0.000 0.628
#> GSM311709 4 0.4697 0.0028 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM311710 4 0.7670 -0.2330 0.232 0.320 0.000 0.448
#> GSM311711 4 0.2174 0.2720 0.020 0.052 0.000 0.928
#> GSM311712 4 0.4655 0.2035 0.000 0.312 0.004 0.684
#> GSM311713 4 0.5799 -0.0799 0.264 0.068 0.000 0.668
#> GSM311714 4 0.4356 0.1311 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM311716 2 0.4961 -0.1053 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM311717 1 0.1635 0.8270 0.948 0.008 0.000 0.044
#> GSM311718 1 0.3725 0.7888 0.812 0.008 0.000 0.180
#> GSM311719 2 0.9139 -0.2423 0.144 0.448 0.140 0.268
#> GSM311720 4 0.4955 0.0874 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM311721 2 0.4730 0.1257 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311722 3 0.5126 0.5070 0.000 0.444 0.552 0.004
#> GSM311723 1 0.5353 0.5609 0.556 0.012 0.000 0.432
#> GSM311724 2 0.4697 0.1557 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM311725 4 0.2888 0.2655 0.124 0.004 0.000 0.872
#> GSM311726 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.4500 -0.0356 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM311729 4 0.7341 -0.1246 0.192 0.292 0.000 0.516
#> GSM311730 2 0.5000 0.1410 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM311731 4 0.3975 0.1294 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM311732 4 0.4961 0.1124 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311733 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 2 0.6182 -0.0936 0.000 0.520 0.052 0.428
#> GSM311735 2 0.4730 0.1744 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311736 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 2 0.6268 -0.0972 0.000 0.496 0.056 0.448
#> GSM311738 1 0.3157 0.7942 0.852 0.004 0.000 0.144
#> GSM311739 4 0.4985 -0.1330 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311740 2 0.4500 -0.0386 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM311741 4 0.2921 0.2539 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM311742 4 0.4981 -0.1319 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM311743 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.0657 0.2786 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM311746 4 0.2345 0.2692 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM311747 2 0.7684 -0.3060 0.220 0.420 0.000 0.360
#> GSM311748 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311749 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311750 4 0.4998 -0.0115 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311751 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311752 4 0.5119 -0.3739 0.440 0.004 0.000 0.556
#> GSM311753 3 0.0188 0.8887 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311754 2 0.5174 0.1123 0.000 0.620 0.012 0.368
#> GSM311755 3 0.4956 0.6299 0.000 0.232 0.732 0.036
#> GSM311756 4 0.3024 0.2463 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM311757 3 0.0000 0.8891 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0188 0.8327 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311759 2 0.4661 -0.0459 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311760 4 0.5322 0.0762 0.028 0.312 0.000 0.660
#> GSM311668 4 0.2408 0.2668 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM311715 4 0.3942 0.1423 0.000 0.236 0.000 0.764
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.3429 0.55610 0.012 0.040 0.000 0.100 0.848
#> GSM311599 4 0.5461 0.15408 0.000 0.004 0.388 0.552 0.056
#> GSM311600 4 0.6156 0.09667 0.044 0.044 0.000 0.468 0.444
#> GSM311601 3 0.2813 0.72828 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM311602 1 0.3857 0.87248 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM311603 5 0.0404 0.56647 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311604 2 0.1195 0.66926 0.012 0.960 0.000 0.028 0.000
#> GSM311605 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0609 0.66749 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.77781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311608 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311609 4 0.4764 -0.37591 0.000 0.004 0.436 0.548 0.012
#> GSM311610 2 0.8003 0.14669 0.128 0.392 0.000 0.160 0.320
#> GSM311611 3 0.0290 0.77719 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311612 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.4015 0.62922 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM311614 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311615 2 0.6481 -0.01985 0.000 0.408 0.000 0.184 0.408
#> GSM311616 2 0.7672 0.31447 0.128 0.488 0.000 0.144 0.240
#> GSM311617 2 0.8003 0.14669 0.128 0.392 0.000 0.160 0.320
#> GSM311618 2 0.7113 0.41228 0.112 0.572 0.000 0.136 0.180
#> GSM311619 2 0.4364 0.60241 0.120 0.768 0.000 0.112 0.000
#> GSM311620 2 0.0451 0.67042 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM311621 2 0.3758 0.61811 0.096 0.816 0.000 0.088 0.000
#> GSM311622 2 0.3039 0.57755 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM311623 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.3857 0.87248 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM311625 5 0.8125 -0.00242 0.108 0.244 0.000 0.276 0.372
#> GSM311626 4 0.6735 0.16707 0.076 0.004 0.048 0.476 0.396
#> GSM311627 5 0.2069 0.56318 0.012 0.000 0.000 0.076 0.912
#> GSM311628 3 0.4722 0.59412 0.024 0.000 0.608 0.368 0.000
#> GSM311629 2 0.4352 0.52835 0.000 0.732 0.012 0.236 0.020
#> GSM311630 5 0.3950 0.50889 0.068 0.000 0.000 0.136 0.796
#> GSM311631 2 0.0963 0.66666 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311632 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311633 2 0.5247 0.53331 0.048 0.712 0.000 0.196 0.044
#> GSM311634 2 0.3966 0.35371 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM311635 2 0.4235 0.22775 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM311636 3 0.4283 0.62444 0.008 0.000 0.644 0.348 0.000
#> GSM311637 3 0.3837 0.49999 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM311638 1 0.4242 0.82228 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM311639 2 0.1608 0.65310 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM311640 1 0.4789 0.70324 0.728 0.000 0.000 0.116 0.156
#> GSM311641 2 0.2439 0.64956 0.120 0.876 0.000 0.004 0.000
#> GSM311642 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311643 2 0.7935 0.21237 0.128 0.428 0.000 0.160 0.284
#> GSM311644 3 0.4958 0.60640 0.032 0.000 0.616 0.348 0.004
#> GSM311645 4 0.5036 0.23372 0.004 0.032 0.000 0.592 0.372
#> GSM311646 2 0.3480 0.49469 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM311647 4 0.5796 -0.06349 0.000 0.116 0.312 0.572 0.000
#> GSM311648 4 0.4283 -0.03912 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM311649 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.4411 0.61189 0.120 0.764 0.000 0.116 0.000
#> GSM311651 2 0.4548 0.58374 0.120 0.752 0.000 0.128 0.000
#> GSM311652 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311653 2 0.7803 0.18403 0.104 0.424 0.000 0.160 0.312
#> GSM311654 2 0.7066 -0.15248 0.000 0.404 0.276 0.308 0.012
#> GSM311655 4 0.5774 0.01266 0.036 0.000 0.292 0.620 0.052
#> GSM311656 4 0.6785 0.24618 0.060 0.068 0.008 0.532 0.332
#> GSM311657 2 0.0955 0.66851 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> GSM311658 2 0.1041 0.66884 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM311659 2 0.0290 0.66889 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311660 5 0.1485 0.58188 0.020 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM311661 2 0.1168 0.66900 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> GSM311662 2 0.2561 0.60933 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM311663 2 0.0880 0.66756 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311664 1 0.6110 0.62791 0.568 0.000 0.008 0.128 0.296
#> GSM311665 1 0.4074 0.86833 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM311666 2 0.1041 0.66884 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM311667 5 0.1671 0.51616 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM311669 2 0.7915 0.15864 0.116 0.404 0.000 0.160 0.320
#> GSM311670 3 0.4015 0.62922 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM311671 5 0.1704 0.56805 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928
#> GSM311672 2 0.1041 0.66884 0.004 0.964 0.000 0.032 0.000
#> GSM311673 2 0.6146 0.52429 0.124 0.668 0.000 0.136 0.072
#> GSM311674 5 0.3180 0.54795 0.076 0.000 0.000 0.068 0.856
#> GSM311675 5 0.0963 0.53260 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM311676 2 0.7735 0.26887 0.124 0.468 0.000 0.144 0.264
#> GSM311677 5 0.4693 0.42067 0.012 0.148 0.000 0.084 0.756
#> GSM311678 2 0.1410 0.65663 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311679 3 0.4982 0.20173 0.032 0.000 0.556 0.412 0.000
#> GSM311680 2 0.0955 0.66851 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> GSM311681 5 0.5475 0.13548 0.088 0.000 0.000 0.308 0.604
#> GSM311682 1 0.3983 0.87253 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM311683 3 0.4654 0.61340 0.024 0.000 0.628 0.348 0.000
#> GSM311684 2 0.0880 0.66756 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311685 1 0.3857 0.87248 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM311686 1 0.4192 0.84493 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM311687 2 0.5316 0.30067 0.012 0.600 0.000 0.348 0.040
#> GSM311688 3 0.2408 0.74646 0.016 0.000 0.892 0.092 0.000
#> GSM311689 4 0.6019 0.18733 0.008 0.096 0.000 0.528 0.368
#> GSM311690 4 0.4452 -0.10382 0.000 0.004 0.496 0.500 0.000
#> GSM311691 2 0.0162 0.66961 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311692 4 0.4557 0.06101 0.004 0.004 0.440 0.552 0.000
#> GSM311693 2 0.2852 0.58588 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM311694 2 0.1281 0.66898 0.012 0.956 0.000 0.032 0.000
#> GSM311695 3 0.6927 0.41733 0.036 0.000 0.444 0.388 0.132
#> GSM311696 2 0.3459 0.64165 0.116 0.832 0.000 0.052 0.000
#> GSM311697 3 0.4584 0.46582 0.000 0.028 0.660 0.312 0.000
#> GSM311698 2 0.2903 0.60766 0.000 0.872 0.048 0.080 0.000
#> GSM311699 2 0.7803 0.28744 0.128 0.468 0.000 0.160 0.244
#> GSM311700 5 0.0404 0.57039 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311701 2 0.3165 0.64638 0.116 0.848 0.000 0.036 0.000
#> GSM311702 2 0.0794 0.66794 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311703 2 0.0880 0.66756 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.77781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0794 0.66794 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311706 5 0.0290 0.56532 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM311707 5 0.0609 0.55692 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM311708 2 0.3949 0.36123 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM311709 2 0.4305 0.60630 0.088 0.780 0.000 0.128 0.004
#> GSM311710 5 0.2535 0.57025 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> GSM311711 5 0.7599 -0.02141 0.120 0.104 0.000 0.364 0.412
#> GSM311712 2 0.7671 -0.01732 0.048 0.348 0.000 0.280 0.324
#> GSM311713 5 0.2846 0.56634 0.012 0.028 0.000 0.076 0.884
#> GSM311714 2 0.7839 0.19487 0.128 0.424 0.000 0.136 0.312
#> GSM311716 4 0.6705 0.02948 0.000 0.244 0.000 0.392 0.364
#> GSM311717 1 0.5234 0.74647 0.496 0.000 0.000 0.044 0.460
#> GSM311718 5 0.2127 0.47817 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> GSM311719 5 0.5887 0.04947 0.100 0.000 0.004 0.344 0.552
#> GSM311720 4 0.5098 0.22387 0.008 0.028 0.000 0.584 0.380
#> GSM311721 2 0.2723 0.61277 0.000 0.864 0.012 0.124 0.000
#> GSM311722 3 0.4397 0.22897 0.000 0.004 0.564 0.432 0.000
#> GSM311723 5 0.0290 0.56532 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM311724 2 0.1671 0.65188 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM311725 5 0.4716 0.54122 0.036 0.056 0.000 0.140 0.768
#> GSM311726 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0162 0.77757 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311728 4 0.4101 0.15805 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM311729 5 0.2419 0.58779 0.064 0.004 0.000 0.028 0.904
#> GSM311730 2 0.1571 0.65792 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
#> GSM311731 2 0.7256 0.28246 0.128 0.468 0.000 0.336 0.068
#> GSM311732 5 0.7201 -0.06263 0.016 0.296 0.000 0.320 0.368
#> GSM311733 3 0.4654 0.61340 0.024 0.000 0.628 0.348 0.000
#> GSM311734 5 0.7601 -0.10353 0.000 0.268 0.044 0.324 0.364
#> GSM311735 2 0.1478 0.65511 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311736 3 0.3534 0.66902 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM311737 5 0.8369 -0.12491 0.016 0.212 0.092 0.320 0.360
#> GSM311738 5 0.3816 -0.34280 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> GSM311739 2 0.7373 0.38438 0.128 0.540 0.000 0.136 0.196
#> GSM311740 4 0.4565 0.19846 0.008 0.352 0.008 0.632 0.000
#> GSM311741 5 0.8312 -0.02307 0.128 0.296 0.000 0.260 0.316
#> GSM311742 2 0.7509 0.36746 0.128 0.524 0.000 0.156 0.192
#> GSM311743 3 0.0000 0.77781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311744 3 0.3837 0.65625 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM311745 5 0.5473 0.52337 0.048 0.104 0.000 0.128 0.720
#> GSM311746 2 0.7963 0.06842 0.128 0.364 0.000 0.148 0.360
#> GSM311747 5 0.3056 0.55329 0.068 0.000 0.000 0.068 0.864
#> GSM311748 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311749 1 0.4210 0.79893 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM311750 2 0.3395 0.55293 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM311751 3 0.1792 0.77986 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.2846 0.56634 0.012 0.028 0.000 0.076 0.884
#> GSM311753 3 0.1671 0.77986 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.3234 0.59317 0.000 0.852 0.064 0.084 0.000
#> GSM311755 3 0.5633 0.57125 0.084 0.072 0.712 0.132 0.000
#> GSM311756 2 0.7998 0.15375 0.128 0.396 0.000 0.160 0.316
#> GSM311757 3 0.1908 0.74927 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM311758 1 0.3857 0.87248 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM311759 4 0.4196 0.19071 0.000 0.356 0.004 0.640 0.000
#> GSM311760 2 0.4495 0.50345 0.032 0.724 0.000 0.236 0.008
#> GSM311668 5 0.7323 0.11633 0.052 0.344 0.000 0.164 0.440
#> GSM311715 2 0.7457 0.14387 0.124 0.408 0.000 0.384 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 4 0.5514 0.0491 0.104 0.000 0.000 0.500 0.388 0.008
#> GSM311599 3 0.4722 0.5659 0.000 0.244 0.680 0.000 0.056 0.020
#> GSM311600 5 0.4784 0.4344 0.000 0.060 0.000 0.260 0.664 0.016
#> GSM311601 6 0.1814 0.9108 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311602 1 0.0260 0.8990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311603 5 0.0717 0.8947 0.016 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000
#> GSM311604 2 0.2355 0.7797 0.008 0.876 0.000 0.112 0.000 0.004
#> GSM311605 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0806 0.8038 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0865 0.8589 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311608 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.1296 0.8988 0.000 0.004 0.044 0.000 0.004 0.948
#> GSM311610 4 0.0603 0.7621 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM311611 3 0.2883 0.6811 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM311612 3 0.0146 0.8765 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311613 6 0.1556 0.9216 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM311614 3 0.0260 0.8744 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311615 2 0.7295 0.1444 0.116 0.416 0.000 0.316 0.140 0.012
#> GSM311616 4 0.0508 0.7642 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM311617 4 0.0603 0.7621 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM311618 4 0.1007 0.7583 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM311619 4 0.4010 0.1650 0.008 0.408 0.000 0.584 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.3445 0.6474 0.008 0.732 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM311621 4 0.2778 0.6734 0.008 0.168 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.1398 0.8006 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> GSM311623 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0260 0.8990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311625 4 0.3359 0.6651 0.000 0.008 0.000 0.784 0.196 0.012
#> GSM311626 2 0.8815 0.0816 0.128 0.344 0.212 0.080 0.212 0.024
#> GSM311627 5 0.2697 0.7542 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM311628 6 0.1644 0.9215 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920
#> GSM311629 2 0.4867 0.2469 0.000 0.548 0.000 0.404 0.016 0.032
#> GSM311630 5 0.0692 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM311631 2 0.1845 0.7957 0.008 0.916 0.000 0.072 0.000 0.004
#> GSM311632 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.3841 0.5236 0.000 0.256 0.000 0.716 0.000 0.028
#> GSM311634 2 0.1716 0.7985 0.004 0.932 0.000 0.036 0.000 0.028
#> GSM311635 2 0.1411 0.7948 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM311636 6 0.1501 0.9220 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311637 3 0.2687 0.8108 0.000 0.024 0.872 0.000 0.012 0.092
#> GSM311638 1 0.2048 0.8258 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311639 2 0.1434 0.8025 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.048
#> GSM311640 1 0.1152 0.8812 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM311641 4 0.3672 0.4097 0.008 0.304 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM311642 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.1003 0.7639 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000
#> GSM311644 6 0.1644 0.9215 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004 0.920
#> GSM311645 4 0.6218 0.2321 0.000 0.364 0.000 0.428 0.192 0.016
#> GSM311646 2 0.1572 0.7994 0.000 0.936 0.000 0.028 0.000 0.036
#> GSM311647 6 0.4634 0.5129 0.000 0.004 0.056 0.300 0.000 0.640
#> GSM311648 2 0.1633 0.7939 0.000 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> GSM311649 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.2062 0.7346 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM311651 4 0.2020 0.7292 0.008 0.096 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM311652 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.0717 0.7629 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM311654 2 0.6629 0.0488 0.000 0.412 0.176 0.372 0.008 0.032
#> GSM311655 6 0.1363 0.8879 0.000 0.004 0.028 0.004 0.012 0.952
#> GSM311656 2 0.7756 -0.0672 0.132 0.364 0.000 0.292 0.192 0.020
#> GSM311657 2 0.3213 0.7032 0.008 0.784 0.000 0.204 0.000 0.004
#> GSM311658 2 0.3243 0.6934 0.008 0.780 0.000 0.208 0.000 0.004
#> GSM311659 2 0.1196 0.8042 0.008 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.1141 0.8849 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM311661 2 0.4080 0.2106 0.008 0.536 0.000 0.456 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1082 0.8022 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM311663 2 0.1845 0.7964 0.008 0.916 0.000 0.072 0.000 0.004
#> GSM311664 1 0.2402 0.8133 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004
#> GSM311665 1 0.0547 0.8992 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311666 2 0.3772 0.5623 0.008 0.692 0.000 0.296 0.000 0.004
#> GSM311667 5 0.1124 0.8944 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956 0.000
#> GSM311669 4 0.0603 0.7621 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> GSM311670 6 0.1556 0.9216 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM311671 5 0.0951 0.8956 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> GSM311672 2 0.4109 0.3686 0.008 0.596 0.000 0.392 0.000 0.004
#> GSM311673 4 0.0717 0.7649 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> GSM311674 5 0.0508 0.8859 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM311675 5 0.1152 0.8895 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952 0.000
#> GSM311676 4 0.0632 0.7626 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311677 4 0.5646 0.0787 0.108 0.004 0.000 0.512 0.368 0.008
#> GSM311678 2 0.0260 0.8047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0547 0.8688 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311680 2 0.2213 0.7865 0.008 0.888 0.000 0.100 0.000 0.004
#> GSM311681 5 0.1814 0.8204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM311682 1 0.0363 0.8994 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311683 6 0.1501 0.9220 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311684 2 0.2213 0.7864 0.008 0.888 0.000 0.100 0.000 0.004
#> GSM311685 1 0.0260 0.8990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311686 1 0.0547 0.8992 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311687 2 0.2113 0.7973 0.012 0.920 0.000 0.032 0.008 0.028
#> GSM311688 3 0.3620 0.3927 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM311689 4 0.6367 0.2938 0.000 0.304 0.000 0.424 0.256 0.016
#> GSM311690 3 0.2818 0.7963 0.000 0.076 0.872 0.000 0.028 0.024
#> GSM311691 2 0.2553 0.7586 0.008 0.848 0.000 0.144 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.3997 0.6660 0.000 0.188 0.756 0.000 0.012 0.044
#> GSM311693 2 0.1408 0.8016 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM311694 2 0.4100 0.3729 0.008 0.600 0.000 0.388 0.000 0.004
#> GSM311695 6 0.1829 0.9092 0.000 0.000 0.056 0.000 0.024 0.920
#> GSM311696 4 0.3910 0.3873 0.008 0.328 0.000 0.660 0.000 0.004
#> GSM311697 3 0.7585 -0.0396 0.000 0.172 0.320 0.220 0.000 0.288
#> GSM311698 2 0.3900 0.7264 0.000 0.760 0.008 0.196 0.004 0.032
#> GSM311699 4 0.0405 0.7640 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM311700 5 0.1245 0.8957 0.032 0.000 0.000 0.016 0.952 0.000
#> GSM311701 4 0.2734 0.6877 0.008 0.148 0.000 0.840 0.000 0.004
#> GSM311702 2 0.2113 0.7899 0.008 0.896 0.000 0.092 0.000 0.004
#> GSM311703 2 0.1787 0.7975 0.008 0.920 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.2113 0.7899 0.008 0.896 0.000 0.092 0.000 0.004
#> GSM311706 5 0.2070 0.8402 0.100 0.000 0.000 0.008 0.892 0.000
#> GSM311707 5 0.1049 0.8950 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000
#> GSM311708 2 0.1549 0.7993 0.000 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> GSM311709 2 0.4481 0.1255 0.000 0.520 0.000 0.456 0.016 0.008
#> GSM311710 5 0.1552 0.8858 0.020 0.000 0.000 0.036 0.940 0.004
#> GSM311711 4 0.6208 0.3253 0.000 0.296 0.000 0.456 0.236 0.012
#> GSM311712 4 0.4241 0.3935 0.000 0.004 0.020 0.628 0.000 0.348
#> GSM311713 5 0.2994 0.7374 0.000 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004
#> GSM311714 4 0.0820 0.7634 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016 0.000
#> GSM311716 4 0.3768 0.6977 0.000 0.008 0.004 0.804 0.092 0.092
#> GSM311717 1 0.0713 0.8967 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311718 5 0.1196 0.8934 0.040 0.000 0.000 0.008 0.952 0.000
#> GSM311719 6 0.2883 0.7029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM311720 4 0.6228 0.2428 0.000 0.352 0.000 0.420 0.216 0.012
#> GSM311721 2 0.2640 0.7978 0.000 0.892 0.040 0.032 0.004 0.032
#> GSM311722 3 0.3300 0.7277 0.000 0.148 0.816 0.000 0.024 0.012
#> GSM311723 5 0.1049 0.8950 0.032 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000
#> GSM311724 2 0.1168 0.8062 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM311725 4 0.1116 0.7563 0.000 0.004 0.000 0.960 0.028 0.008
#> GSM311726 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.2730 0.7090 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM311728 2 0.1411 0.7948 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM311729 5 0.1531 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> GSM311730 2 0.0622 0.8050 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM311731 4 0.4407 0.3184 0.000 0.364 0.000 0.608 0.016 0.012
#> GSM311732 4 0.3518 0.6901 0.000 0.004 0.012 0.808 0.148 0.028
#> GSM311733 6 0.1501 0.9220 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311734 4 0.4968 0.5755 0.000 0.004 0.008 0.676 0.108 0.204
#> GSM311735 2 0.0260 0.8047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.1663 0.9183 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM311737 4 0.5958 0.2081 0.000 0.004 0.020 0.504 0.120 0.352
#> GSM311738 1 0.4985 0.2151 0.528 0.000 0.000 0.072 0.400 0.000
#> GSM311739 4 0.0458 0.7635 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311740 2 0.3478 0.7555 0.000 0.836 0.040 0.064 0.000 0.060
#> GSM311741 4 0.0862 0.7604 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016 0.008
#> GSM311742 4 0.0363 0.7638 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311743 3 0.1863 0.8066 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311744 6 0.1814 0.9103 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311745 4 0.3104 0.6081 0.000 0.004 0.000 0.788 0.204 0.004
#> GSM311746 4 0.2340 0.6969 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM311747 5 0.0717 0.8880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM311748 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 1 0.3714 0.4731 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340 0.000
#> GSM311750 2 0.1594 0.8011 0.000 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> GSM311751 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.2883 0.7332 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM311753 3 0.0000 0.8779 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4352 0.6995 0.000 0.736 0.028 0.200 0.004 0.032
#> GSM311755 3 0.2074 0.8299 0.000 0.036 0.912 0.000 0.004 0.048
#> GSM311756 4 0.0717 0.7617 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM311757 6 0.3351 0.6399 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM311758 1 0.0260 0.8990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311759 2 0.1411 0.7948 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> GSM311760 2 0.2424 0.7963 0.036 0.900 0.000 0.036 0.000 0.028
#> GSM311668 4 0.2442 0.6723 0.000 0.004 0.000 0.852 0.144 0.000
#> GSM311715 4 0.4459 0.2818 0.000 0.384 0.000 0.588 0.016 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:mclust 146 0.294 2
#> MAD:mclust 151 0.397 3
#> MAD:mclust 58 NA 4
#> MAD:mclust 105 NA 5
#> MAD:mclust 136 0.566 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.571 0.819 0.916 0.4974 0.500 0.500
#> 3 3 0.704 0.812 0.912 0.3319 0.666 0.428
#> 4 4 0.617 0.601 0.818 0.1209 0.831 0.553
#> 5 5 0.691 0.686 0.833 0.0689 0.850 0.504
#> 6 6 0.674 0.548 0.748 0.0377 0.902 0.587
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 2 0.2948 0.8745 0.052 0.948
#> GSM311599 1 0.1843 0.8664 0.972 0.028
#> GSM311600 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311601 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311602 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.7219 0.7393 0.200 0.800
#> GSM311606 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.7219 0.7393 0.200 0.800
#> GSM311609 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.7056 0.7860 0.808 0.192
#> GSM311611 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311612 1 0.1633 0.8689 0.976 0.024
#> GSM311613 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311614 2 0.7219 0.7393 0.200 0.800
#> GSM311615 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311617 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311618 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.7219 0.7393 0.200 0.800
#> GSM311624 1 0.9988 0.2642 0.520 0.480
#> GSM311625 1 0.7299 0.7766 0.796 0.204
#> GSM311626 1 0.7376 0.6715 0.792 0.208
#> GSM311627 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311628 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.4815 0.8367 0.104 0.896
#> GSM311630 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.7745 0.7094 0.228 0.772
#> GSM311633 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311637 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311638 2 0.7745 0.6320 0.228 0.772
#> GSM311639 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.8499 0.6478 0.276 0.724
#> GSM311641 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.8499 0.6473 0.276 0.724
#> GSM311643 1 0.9608 0.5070 0.616 0.384
#> GSM311644 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0376 0.9152 0.004 0.996
#> GSM311649 2 0.7815 0.7050 0.232 0.768
#> GSM311650 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.9732 0.4116 0.404 0.596
#> GSM311653 2 0.7815 0.6239 0.232 0.768
#> GSM311654 2 0.9608 0.4577 0.384 0.616
#> GSM311655 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.9491 0.5462 0.632 0.368
#> GSM311666 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311669 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311670 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.9977 0.2870 0.528 0.472
#> GSM311677 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.9775 0.3932 0.412 0.588
#> GSM311680 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.7139 0.7831 0.804 0.196
#> GSM311683 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.9460 0.5474 0.636 0.364
#> GSM311686 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311689 2 0.4815 0.8215 0.104 0.896
#> GSM311690 2 0.9922 0.2985 0.448 0.552
#> GSM311691 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.8555 0.5402 0.720 0.280
#> GSM311693 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311697 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0672 0.9127 0.008 0.992
#> GSM311699 2 0.4815 0.8191 0.104 0.896
#> GSM311700 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311701 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311707 1 0.7139 0.7831 0.804 0.196
#> GSM311708 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311712 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311713 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311714 1 0.8207 0.7177 0.744 0.256
#> GSM311716 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.1843 0.8723 0.972 0.028
#> GSM311719 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.2603 0.8583 0.956 0.044
#> GSM311721 2 0.2236 0.8935 0.036 0.964
#> GSM311722 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.2423 0.8674 0.960 0.040
#> GSM311724 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.9815 0.4265 0.580 0.420
#> GSM311726 2 0.9552 0.4727 0.376 0.624
#> GSM311727 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.7056 0.7859 0.808 0.192
#> GSM311730 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311737 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311738 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311739 2 0.0938 0.9089 0.012 0.988
#> GSM311740 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311741 2 0.9522 0.2680 0.372 0.628
#> GSM311742 2 0.1414 0.9026 0.020 0.980
#> GSM311743 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311744 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311745 1 0.8763 0.6630 0.704 0.296
#> GSM311746 1 0.7139 0.7831 0.804 0.196
#> GSM311747 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.9710 0.4207 0.400 0.600
#> GSM311749 1 0.7299 0.7762 0.796 0.204
#> GSM311750 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311751 1 0.9909 0.0682 0.556 0.444
#> GSM311752 1 0.7219 0.7799 0.800 0.200
#> GSM311753 2 0.9833 0.3633 0.424 0.576
#> GSM311754 2 0.2603 0.8874 0.044 0.956
#> GSM311755 2 0.6801 0.7612 0.180 0.820
#> GSM311756 1 0.8909 0.6449 0.692 0.308
#> GSM311757 1 0.0000 0.8819 1.000 0.000
#> GSM311758 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.6973 0.7885 0.812 0.188
#> GSM311715 2 0.0000 0.9176 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.5560 0.6263 0.700 0.300 0.000
#> GSM311599 3 0.0592 0.8789 0.000 0.012 0.988
#> GSM311600 1 0.0237 0.9006 0.996 0.000 0.004
#> GSM311601 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311602 2 0.5431 0.6354 0.284 0.716 0.000
#> GSM311603 1 0.1031 0.8923 0.976 0.000 0.024
#> GSM311604 2 0.0424 0.9144 0.008 0.992 0.000
#> GSM311605 3 0.5678 0.5721 0.000 0.316 0.684
#> GSM311606 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 3 0.6308 0.1329 0.000 0.492 0.508
#> GSM311609 3 0.4235 0.7436 0.176 0.000 0.824
#> GSM311610 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311611 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311612 3 0.0237 0.8797 0.000 0.004 0.996
#> GSM311613 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 3 0.6215 0.3276 0.000 0.428 0.572
#> GSM311615 2 0.1031 0.9089 0.024 0.976 0.000
#> GSM311616 1 0.5058 0.7189 0.756 0.244 0.000
#> GSM311617 1 0.0892 0.8970 0.980 0.020 0.000
#> GSM311618 1 0.5988 0.4929 0.632 0.368 0.000
#> GSM311619 2 0.1860 0.8908 0.052 0.948 0.000
#> GSM311620 2 0.1031 0.9089 0.024 0.976 0.000
#> GSM311621 2 0.1411 0.9018 0.036 0.964 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 3 0.6204 0.3404 0.000 0.424 0.576
#> GSM311624 1 0.0424 0.8999 0.992 0.008 0.000
#> GSM311625 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311626 2 0.8793 0.4026 0.308 0.552 0.140
#> GSM311627 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.1753 0.8576 0.048 0.000 0.952
#> GSM311629 2 0.2096 0.8756 0.004 0.944 0.052
#> GSM311630 1 0.5291 0.5832 0.732 0.000 0.268
#> GSM311631 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 3 0.5058 0.6828 0.000 0.244 0.756
#> GSM311633 2 0.1031 0.9089 0.024 0.976 0.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0747 0.8752 0.016 0.000 0.984
#> GSM311637 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.1163 0.8927 0.972 0.028 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 2 0.6359 0.2099 0.004 0.592 0.404
#> GSM311641 2 0.1643 0.8960 0.044 0.956 0.000
#> GSM311642 3 0.3752 0.7949 0.000 0.144 0.856
#> GSM311643 1 0.2165 0.8772 0.936 0.064 0.000
#> GSM311644 3 0.1031 0.8715 0.024 0.000 0.976
#> GSM311645 1 0.1411 0.8863 0.964 0.000 0.036
#> GSM311646 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 3 0.3551 0.7905 0.132 0.000 0.868
#> GSM311648 2 0.0237 0.9140 0.000 0.996 0.004
#> GSM311649 3 0.5560 0.5996 0.000 0.300 0.700
#> GSM311650 2 0.5529 0.5458 0.296 0.704 0.000
#> GSM311651 2 0.5560 0.5448 0.300 0.700 0.000
#> GSM311652 3 0.1289 0.8729 0.000 0.032 0.968
#> GSM311653 1 0.4796 0.7465 0.780 0.220 0.000
#> GSM311654 3 0.3192 0.8249 0.000 0.112 0.888
#> GSM311655 3 0.0892 0.8735 0.020 0.000 0.980
#> GSM311656 2 0.5529 0.6100 0.296 0.704 0.000
#> GSM311657 2 0.0592 0.9133 0.012 0.988 0.000
#> GSM311658 2 0.0747 0.9120 0.016 0.984 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311661 2 0.1163 0.9067 0.028 0.972 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0237 0.9153 0.004 0.996 0.000
#> GSM311664 3 0.3941 0.7616 0.156 0.000 0.844
#> GSM311665 1 0.0848 0.9005 0.984 0.008 0.008
#> GSM311666 2 0.0592 0.9133 0.012 0.988 0.000
#> GSM311667 1 0.0424 0.8998 0.992 0.000 0.008
#> GSM311669 1 0.0237 0.9011 0.996 0.004 0.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.1031 0.8919 0.976 0.000 0.024
#> GSM311672 2 0.1031 0.9089 0.024 0.976 0.000
#> GSM311673 1 0.6274 0.2477 0.544 0.456 0.000
#> GSM311674 3 0.0592 0.8767 0.012 0.000 0.988
#> GSM311675 1 0.0424 0.8998 0.992 0.000 0.008
#> GSM311676 1 0.4452 0.7737 0.808 0.192 0.000
#> GSM311677 1 0.5016 0.7244 0.760 0.240 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.1289 0.8729 0.000 0.032 0.968
#> GSM311680 2 0.0237 0.9153 0.004 0.996 0.000
#> GSM311681 3 0.6111 0.3704 0.396 0.000 0.604
#> GSM311682 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311683 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311686 2 0.4605 0.7307 0.204 0.796 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 1 0.2448 0.8677 0.924 0.076 0.000
#> GSM311690 3 0.5016 0.6892 0.000 0.240 0.760
#> GSM311691 2 0.0237 0.9153 0.004 0.996 0.000
#> GSM311692 3 0.1031 0.8754 0.000 0.024 0.976
#> GSM311693 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.1031 0.9089 0.024 0.976 0.000
#> GSM311695 3 0.4346 0.7350 0.184 0.000 0.816
#> GSM311696 2 0.1860 0.8898 0.052 0.948 0.000
#> GSM311697 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 1 0.4931 0.7332 0.768 0.232 0.000
#> GSM311700 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311701 2 0.2796 0.8534 0.092 0.908 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0237 0.9153 0.004 0.996 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0237 0.9006 0.996 0.000 0.004
#> GSM311708 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.4931 0.6800 0.232 0.768 0.000
#> GSM311710 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311711 1 0.2537 0.8645 0.920 0.080 0.000
#> GSM311712 1 0.4750 0.6950 0.784 0.000 0.216
#> GSM311713 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311714 1 0.3941 0.8100 0.844 0.156 0.000
#> GSM311716 1 0.3816 0.7909 0.852 0.000 0.148
#> GSM311717 2 0.4654 0.7266 0.208 0.792 0.000
#> GSM311718 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311719 3 0.6204 0.3064 0.424 0.000 0.576
#> GSM311720 1 0.2955 0.8649 0.912 0.080 0.008
#> GSM311721 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 3 0.1753 0.8660 0.000 0.048 0.952
#> GSM311727 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0237 0.9140 0.000 0.996 0.004
#> GSM311729 1 0.0592 0.8986 0.988 0.000 0.012
#> GSM311730 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.6308 -0.0502 0.492 0.508 0.000
#> GSM311732 3 0.5785 0.5157 0.332 0.000 0.668
#> GSM311733 3 0.0237 0.8793 0.004 0.000 0.996
#> GSM311734 3 0.5988 0.4271 0.368 0.000 0.632
#> GSM311735 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 1 0.4235 0.7556 0.824 0.000 0.176
#> GSM311738 1 0.3619 0.8115 0.864 0.136 0.000
#> GSM311739 1 0.4974 0.7286 0.764 0.236 0.000
#> GSM311740 2 0.0237 0.9140 0.000 0.996 0.004
#> GSM311741 1 0.3752 0.8234 0.856 0.144 0.000
#> GSM311742 1 0.5016 0.7238 0.760 0.240 0.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311746 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311747 1 0.1031 0.8919 0.976 0.000 0.024
#> GSM311748 3 0.1529 0.8698 0.000 0.040 0.960
#> GSM311749 1 0.0424 0.8998 0.992 0.000 0.008
#> GSM311750 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 3 0.0747 0.8773 0.000 0.016 0.984
#> GSM311752 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.1163 0.8742 0.000 0.028 0.972
#> GSM311754 2 0.0592 0.9089 0.000 0.988 0.012
#> GSM311755 2 0.3941 0.7521 0.000 0.844 0.156
#> GSM311756 1 0.0237 0.9011 0.996 0.004 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 2 0.5016 0.6887 0.240 0.760 0.000
#> GSM311759 2 0.0747 0.9060 0.000 0.984 0.016
#> GSM311760 2 0.0000 0.9158 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.9011 1.000 0.000 0.000
#> GSM311715 2 0.5835 0.4424 0.340 0.660 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 4 0.6661 0.448056 0.264 0.132 0.000 0.604
#> GSM311599 1 0.6386 0.526764 0.640 0.124 0.236 0.000
#> GSM311600 1 0.1557 0.851674 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311601 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311602 1 0.1940 0.837846 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM311603 1 0.2081 0.835150 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM311604 2 0.4431 0.645313 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM311605 3 0.4585 0.537380 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM311606 2 0.1302 0.754698 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311607 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.5080 -0.069739 0.004 0.576 0.420 0.000
#> GSM311609 3 0.4994 0.143233 0.000 0.000 0.520 0.480
#> GSM311610 4 0.0188 0.650559 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311611 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311614 3 0.4804 0.442220 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM311615 2 0.4585 0.613610 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM311616 4 0.3123 0.543615 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM311617 4 0.0000 0.649977 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 4 0.4477 0.302581 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM311619 2 0.4661 0.539751 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311620 2 0.4830 0.524621 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM311621 2 0.5000 0.236926 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM311622 2 0.0592 0.742216 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.4994 0.272427 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.863544 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4543 0.350785 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM311626 1 0.2589 0.815507 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM311627 4 0.4164 0.436881 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM311628 3 0.2589 0.753862 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM311629 2 0.5531 0.670282 0.000 0.732 0.128 0.140
#> GSM311630 1 0.2921 0.789685 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM311631 2 0.2589 0.747843 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311632 3 0.4989 0.337529 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM311633 4 0.4981 -0.160449 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM311634 2 0.2814 0.661875 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.1302 0.727898 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0336 0.837744 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311637 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.863544 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.748860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.4134 0.674740 0.740 0.260 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.4661 0.532415 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311642 3 0.4888 0.450417 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM311643 4 0.0336 0.648476 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311644 3 0.0707 0.830804 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311645 4 0.7752 0.134683 0.264 0.000 0.300 0.436
#> GSM311646 2 0.1792 0.714817 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM311647 3 0.4543 0.487660 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM311648 2 0.3355 0.631971 0.160 0.836 0.004 0.000
#> GSM311649 3 0.5408 0.280718 0.012 0.488 0.500 0.000
#> GSM311650 4 0.4761 0.154128 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM311651 4 0.4843 0.088421 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM311652 3 0.1867 0.807906 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM311653 4 0.2281 0.599121 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM311654 3 0.1938 0.807781 0.000 0.052 0.936 0.012
#> GSM311655 3 0.0336 0.837817 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311656 1 0.3400 0.758678 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.4817 0.532152 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311658 2 0.4761 0.557338 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM311659 2 0.1474 0.754915 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311660 4 0.5939 0.398596 0.248 0.000 0.084 0.668
#> GSM311661 2 0.4866 0.490377 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM311662 2 0.0000 0.748860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.3610 0.722112 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311664 1 0.1792 0.841537 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.863544 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.4522 0.623885 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM311667 1 0.2973 0.785470 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM311669 4 0.0188 0.649364 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311670 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311671 4 0.4977 0.001455 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM311672 2 0.4866 0.500049 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM311673 4 0.4643 0.226635 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311674 3 0.4262 0.626899 0.236 0.000 0.756 0.008
#> GSM311675 1 0.3172 0.767707 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311676 4 0.0817 0.642620 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM311677 4 0.6133 0.423548 0.088 0.268 0.000 0.644
#> GSM311678 2 0.0188 0.750098 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311679 3 0.4018 0.695733 0.004 0.224 0.772 0.000
#> GSM311680 2 0.4304 0.663348 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311681 3 0.6417 0.257662 0.072 0.000 0.540 0.388
#> GSM311682 1 0.0469 0.863330 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311683 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.3801 0.710582 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311685 1 0.0000 0.863544 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.2973 0.793713 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.4103 0.476491 0.256 0.744 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0707 0.862370 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311690 3 0.6521 0.376310 0.076 0.412 0.512 0.000
#> GSM311691 2 0.4406 0.648066 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM311692 3 0.1118 0.828067 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM311693 2 0.0188 0.747348 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.4843 0.515971 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311695 3 0.4804 0.371690 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311696 4 0.4961 -0.100158 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311697 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.4372 0.675489 0.000 0.728 0.004 0.268
#> GSM311699 4 0.2408 0.594911 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM311700 4 0.4977 0.000818 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM311701 4 0.4907 -0.002462 0.000 0.420 0.000 0.580
#> GSM311702 2 0.3569 0.722784 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM311703 2 0.3444 0.727438 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311704 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311705 2 0.3873 0.705757 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311706 1 0.2281 0.827312 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311707 1 0.1474 0.852823 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311708 2 0.1302 0.727898 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM311709 4 0.4998 -0.233538 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311710 4 0.4730 0.259751 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311711 1 0.0592 0.863072 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311712 4 0.2760 0.604215 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM311713 4 0.2921 0.581569 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM311714 4 0.0921 0.640836 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311716 4 0.4936 0.404386 0.020 0.000 0.280 0.700
#> GSM311717 1 0.2760 0.806989 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.4697 0.455213 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM311719 3 0.6147 0.299495 0.056 0.000 0.564 0.380
#> GSM311720 1 0.2197 0.853679 0.928 0.024 0.000 0.048
#> GSM311721 2 0.2281 0.749338 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM311722 3 0.0592 0.836327 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311723 1 0.4941 0.266695 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM311724 2 0.0336 0.751023 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311725 4 0.1022 0.649439 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311726 3 0.1211 0.825781 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311728 2 0.0524 0.747465 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM311729 4 0.4697 0.278733 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM311730 2 0.0000 0.748860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.4817 0.104116 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311732 4 0.5503 -0.024157 0.000 0.016 0.468 0.516
#> GSM311733 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311734 4 0.4981 -0.015938 0.000 0.000 0.464 0.536
#> GSM311735 2 0.0336 0.751023 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311736 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311737 4 0.5311 0.310726 0.024 0.000 0.328 0.648
#> GSM311738 1 0.0000 0.863544 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.3610 0.494573 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM311740 2 0.0921 0.754272 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311741 4 0.0592 0.646317 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311742 4 0.3907 0.449649 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM311743 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311745 4 0.2345 0.612569 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311746 4 0.2469 0.606660 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM311747 4 0.6280 0.278485 0.316 0.000 0.080 0.604
#> GSM311748 3 0.0336 0.838989 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311749 1 0.1022 0.859624 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311750 2 0.1389 0.755593 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM311751 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 4 0.3172 0.565853 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311753 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.5291 0.688891 0.000 0.740 0.080 0.180
#> GSM311755 2 0.4011 0.515431 0.008 0.784 0.208 0.000
#> GSM311756 4 0.0336 0.648476 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311757 3 0.0000 0.841126 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311758 1 0.2408 0.823099 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.2845 0.689442 0.076 0.896 0.028 0.000
#> GSM311760 2 0.2469 0.683354 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM311668 4 0.1211 0.646119 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM311715 4 0.5497 -0.129599 0.016 0.460 0.000 0.524
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 2 0.4675 0.6405 0.196 0.736 0.000 0.060 0.008
#> GSM311599 5 0.4157 0.5692 0.020 0.000 0.264 0.000 0.716
#> GSM311600 4 0.5284 0.5023 0.116 0.000 0.000 0.668 0.216
#> GSM311601 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0703 0.9012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM311603 1 0.2648 0.8181 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM311604 2 0.1568 0.8157 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM311605 3 0.0703 0.8883 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311606 2 0.3999 0.5232 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311607 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311608 5 0.4449 0.0884 0.000 0.004 0.484 0.000 0.512
#> GSM311609 3 0.4567 0.0436 0.000 0.004 0.544 0.448 0.004
#> GSM311610 4 0.0955 0.7053 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM311611 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311612 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311614 3 0.2079 0.8487 0.000 0.064 0.916 0.000 0.020
#> GSM311615 2 0.0000 0.8138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311616 4 0.4517 0.2428 0.000 0.436 0.000 0.556 0.008
#> GSM311617 4 0.4151 0.4669 0.000 0.344 0.000 0.652 0.004
#> GSM311618 4 0.4470 0.4061 0.000 0.372 0.000 0.616 0.012
#> GSM311619 2 0.6526 0.3618 0.000 0.464 0.000 0.212 0.324
#> GSM311620 2 0.1331 0.8155 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM311621 2 0.5761 0.6479 0.000 0.620 0.000 0.184 0.196
#> GSM311622 5 0.0290 0.7723 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311623 5 0.4182 0.3406 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM311624 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 4 0.3519 0.6283 0.216 0.000 0.000 0.776 0.008
#> GSM311626 1 0.3935 0.8027 0.808 0.000 0.036 0.140 0.016
#> GSM311627 4 0.1082 0.7058 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM311628 3 0.2230 0.7969 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM311629 5 0.4016 0.7034 0.000 0.092 0.000 0.112 0.796
#> GSM311630 1 0.2790 0.8398 0.880 0.000 0.052 0.068 0.000
#> GSM311631 2 0.0955 0.8107 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311632 3 0.3741 0.5820 0.000 0.004 0.732 0.000 0.264
#> GSM311633 2 0.0798 0.8125 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM311634 5 0.2141 0.7633 0.016 0.064 0.000 0.004 0.916
#> GSM311635 5 0.1168 0.7657 0.000 0.008 0.000 0.032 0.960
#> GSM311636 3 0.0290 0.8980 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311637 3 0.0671 0.8946 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311639 5 0.0703 0.7729 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311640 1 0.1525 0.8875 0.948 0.012 0.000 0.004 0.036
#> GSM311641 5 0.4565 0.4740 0.000 0.028 0.000 0.308 0.664
#> GSM311642 3 0.2172 0.8370 0.000 0.016 0.908 0.000 0.076
#> GSM311643 4 0.4437 0.1831 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM311644 3 0.0290 0.8980 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311645 4 0.8253 0.3234 0.116 0.144 0.288 0.432 0.020
#> GSM311646 2 0.4318 0.6664 0.176 0.764 0.000 0.004 0.056
#> GSM311647 4 0.4060 0.4325 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM311648 5 0.3219 0.7345 0.020 0.136 0.004 0.000 0.840
#> GSM311649 3 0.4564 0.2820 0.004 0.008 0.600 0.000 0.388
#> GSM311650 2 0.2011 0.7991 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM311651 2 0.4201 0.7079 0.000 0.752 0.000 0.204 0.044
#> GSM311652 3 0.0324 0.8985 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM311653 4 0.4339 0.4704 0.000 0.336 0.000 0.652 0.012
#> GSM311654 2 0.1369 0.8049 0.000 0.956 0.028 0.008 0.008
#> GSM311655 3 0.1428 0.8832 0.004 0.024 0.956 0.012 0.004
#> GSM311656 1 0.4594 0.3884 0.620 0.364 0.000 0.012 0.004
#> GSM311657 2 0.0671 0.8141 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM311658 2 0.1082 0.8161 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM311659 2 0.3877 0.6713 0.000 0.764 0.000 0.024 0.212
#> GSM311660 4 0.2291 0.6986 0.048 0.000 0.024 0.916 0.012
#> GSM311661 2 0.4069 0.7694 0.000 0.788 0.000 0.076 0.136
#> GSM311662 5 0.3970 0.6231 0.000 0.224 0.000 0.024 0.752
#> GSM311663 2 0.1671 0.8023 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311664 1 0.0162 0.9071 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311665 1 0.0162 0.9071 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311666 2 0.2426 0.8118 0.000 0.900 0.000 0.036 0.064
#> GSM311667 1 0.0609 0.9035 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311669 2 0.3992 0.5626 0.004 0.712 0.000 0.280 0.004
#> GSM311670 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311671 4 0.2179 0.6719 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM311672 2 0.0955 0.8161 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM311673 4 0.5368 0.4308 0.000 0.332 0.000 0.596 0.072
#> GSM311674 3 0.3774 0.5732 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM311675 4 0.4182 0.2909 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM311676 4 0.0898 0.7077 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM311677 2 0.4974 0.5563 0.004 0.640 0.000 0.316 0.040
#> GSM311678 5 0.4015 0.4757 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM311679 3 0.1788 0.8622 0.000 0.056 0.932 0.004 0.008
#> GSM311680 2 0.0703 0.8139 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311681 4 0.4702 0.1394 0.008 0.000 0.476 0.512 0.004
#> GSM311682 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311684 5 0.3398 0.6605 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780
#> GSM311685 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311686 1 0.1043 0.8918 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM311687 5 0.5379 0.5555 0.268 0.096 0.000 0.000 0.636
#> GSM311688 3 0.0162 0.8999 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 5 0.2305 0.7487 0.000 0.000 0.092 0.012 0.896
#> GSM311691 2 0.2570 0.8022 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> GSM311692 3 0.4102 0.5477 0.000 0.300 0.692 0.004 0.004
#> GSM311693 5 0.0693 0.7712 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980
#> GSM311694 2 0.1670 0.8127 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> GSM311695 4 0.4430 0.1798 0.004 0.000 0.456 0.540 0.000
#> GSM311696 2 0.3339 0.7656 0.000 0.836 0.000 0.124 0.040
#> GSM311697 3 0.0451 0.8962 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM311698 5 0.5808 0.5441 0.000 0.272 0.084 0.020 0.624
#> GSM311699 2 0.4982 0.4312 0.000 0.556 0.000 0.412 0.032
#> GSM311700 4 0.4491 0.3286 0.336 0.004 0.000 0.648 0.012
#> GSM311701 2 0.3061 0.7613 0.000 0.844 0.000 0.136 0.020
#> GSM311702 2 0.3861 0.6350 0.000 0.712 0.000 0.004 0.284
#> GSM311703 2 0.1270 0.8083 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311704 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.2629 0.7727 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM311706 1 0.3353 0.7708 0.796 0.000 0.000 0.196 0.008
#> GSM311707 1 0.0609 0.9037 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311708 5 0.0963 0.7725 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311709 2 0.2006 0.8058 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> GSM311710 4 0.1831 0.6976 0.076 0.000 0.000 0.920 0.004
#> GSM311711 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.4060 0.6643 0.000 0.052 0.156 0.788 0.004
#> GSM311713 4 0.2333 0.7032 0.040 0.028 0.000 0.916 0.016
#> GSM311714 4 0.3196 0.6386 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM311716 4 0.1686 0.7085 0.004 0.004 0.036 0.944 0.012
#> GSM311717 1 0.0963 0.8947 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311718 1 0.3561 0.6699 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
#> GSM311719 3 0.4552 0.4293 0.020 0.000 0.668 0.308 0.004
#> GSM311720 1 0.1216 0.8952 0.960 0.020 0.000 0.020 0.000
#> GSM311721 5 0.4074 0.6864 0.000 0.188 0.036 0.004 0.772
#> GSM311722 5 0.4305 0.0679 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311723 4 0.2624 0.6623 0.116 0.000 0.000 0.872 0.012
#> GSM311724 5 0.1357 0.7696 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> GSM311725 4 0.4025 0.5353 0.000 0.292 0.000 0.700 0.008
#> GSM311726 3 0.0404 0.8967 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311728 2 0.1356 0.8093 0.012 0.956 0.000 0.004 0.028
#> GSM311729 4 0.5553 0.1536 0.380 0.064 0.000 0.552 0.004
#> GSM311730 5 0.0794 0.7726 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM311731 2 0.6240 0.1475 0.000 0.488 0.000 0.360 0.152
#> GSM311732 4 0.3790 0.5655 0.000 0.000 0.272 0.724 0.004
#> GSM311733 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311734 4 0.4670 0.2413 0.000 0.008 0.440 0.548 0.004
#> GSM311735 2 0.3661 0.6162 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311736 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311737 4 0.3398 0.6298 0.000 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM311738 1 0.4946 0.7201 0.712 0.000 0.000 0.168 0.120
#> GSM311739 4 0.1872 0.6981 0.000 0.020 0.000 0.928 0.052
#> GSM311740 2 0.1041 0.8099 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM311741 2 0.3980 0.6170 0.000 0.708 0.000 0.284 0.008
#> GSM311742 4 0.3551 0.6134 0.000 0.136 0.000 0.820 0.044
#> GSM311743 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311744 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311745 4 0.0912 0.7127 0.012 0.016 0.000 0.972 0.000
#> GSM311746 4 0.1306 0.7134 0.016 0.016 0.000 0.960 0.008
#> GSM311747 4 0.2867 0.7022 0.044 0.000 0.072 0.880 0.004
#> GSM311748 3 0.4138 0.3042 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM311749 1 0.2583 0.8376 0.864 0.000 0.000 0.132 0.004
#> GSM311750 2 0.1202 0.8102 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032
#> GSM311751 3 0.0162 0.8998 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311752 4 0.4964 0.6337 0.084 0.204 0.000 0.708 0.004
#> GSM311753 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311754 5 0.6943 0.1617 0.000 0.368 0.180 0.020 0.432
#> GSM311755 5 0.2079 0.7673 0.000 0.020 0.064 0.000 0.916
#> GSM311756 2 0.4533 0.3835 0.000 0.544 0.000 0.448 0.008
#> GSM311757 3 0.0000 0.9010 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311758 1 0.0404 0.9053 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311759 5 0.4250 0.6625 0.004 0.220 0.024 0.004 0.748
#> GSM311760 5 0.0579 0.7717 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM311668 4 0.3205 0.6505 0.004 0.176 0.000 0.816 0.004
#> GSM311715 4 0.6587 0.2110 0.000 0.220 0.000 0.444 0.336
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 2 0.4712 0.3728 0.016 0.648 0.000 0.044 0.292 0.000
#> GSM311599 3 0.4900 0.6179 0.028 0.000 0.712 0.060 0.012 0.188
#> GSM311600 5 0.8123 0.2745 0.256 0.000 0.184 0.260 0.276 0.024
#> GSM311601 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311602 1 0.0405 0.8150 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.4331 0.0384 0.464 0.000 0.000 0.020 0.516 0.000
#> GSM311604 2 0.1477 0.7096 0.000 0.940 0.048 0.008 0.004 0.000
#> GSM311605 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311606 2 0.3767 0.5719 0.004 0.708 0.276 0.000 0.012 0.000
#> GSM311607 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311608 3 0.4627 0.2575 0.012 0.000 0.568 0.016 0.004 0.400
#> GSM311609 6 0.3995 0.0948 0.000 0.000 0.000 0.480 0.004 0.516
#> GSM311610 4 0.4099 -0.0195 0.000 0.000 0.016 0.612 0.372 0.000
#> GSM311611 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311612 6 0.0363 0.8495 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311613 6 0.0000 0.8509 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 6 0.2216 0.8302 0.004 0.016 0.012 0.024 0.024 0.920
#> GSM311615 2 0.1296 0.7153 0.000 0.952 0.004 0.012 0.032 0.000
#> GSM311616 2 0.4253 0.3841 0.000 0.668 0.012 0.300 0.020 0.000
#> GSM311617 4 0.3717 0.4607 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM311618 4 0.4048 0.5035 0.000 0.340 0.012 0.644 0.004 0.000
#> GSM311619 5 0.7180 -0.0210 0.000 0.340 0.108 0.184 0.368 0.000
#> GSM311620 2 0.1542 0.6974 0.000 0.936 0.008 0.052 0.004 0.000
#> GSM311621 2 0.5445 0.4802 0.000 0.596 0.148 0.008 0.248 0.000
#> GSM311622 3 0.0748 0.7307 0.004 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004
#> GSM311623 3 0.3592 0.4433 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311624 1 0.0935 0.8148 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM311625 4 0.3273 0.4358 0.212 0.004 0.000 0.776 0.008 0.000
#> GSM311626 1 0.4459 0.0905 0.516 0.000 0.000 0.020 0.460 0.004
#> GSM311627 5 0.4002 0.5078 0.008 0.000 0.000 0.404 0.588 0.000
#> GSM311628 6 0.2191 0.7899 0.000 0.000 0.000 0.120 0.004 0.876
#> GSM311629 3 0.6486 0.5591 0.000 0.112 0.576 0.016 0.216 0.080
#> GSM311630 1 0.4604 0.5825 0.720 0.000 0.000 0.056 0.192 0.032
#> GSM311631 2 0.3184 0.6925 0.000 0.836 0.028 0.016 0.120 0.000
#> GSM311632 6 0.4371 0.4992 0.004 0.000 0.296 0.020 0.012 0.668
#> GSM311633 2 0.2493 0.7021 0.000 0.884 0.004 0.036 0.076 0.000
#> GSM311634 3 0.4983 0.6425 0.052 0.032 0.688 0.008 0.220 0.000
#> GSM311635 3 0.2288 0.7156 0.000 0.004 0.876 0.000 0.116 0.004
#> GSM311636 6 0.0508 0.8500 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM311637 6 0.2960 0.8064 0.008 0.004 0.004 0.040 0.076 0.868
#> GSM311638 1 0.0508 0.8183 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM311639 3 0.0767 0.7319 0.000 0.008 0.976 0.000 0.012 0.004
#> GSM311640 1 0.0964 0.8030 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016 0.000
#> GSM311641 4 0.5998 0.0163 0.000 0.000 0.360 0.404 0.236 0.000
#> GSM311642 6 0.3658 0.7455 0.004 0.000 0.104 0.024 0.048 0.820
#> GSM311643 4 0.4086 0.3182 0.000 0.464 0.000 0.528 0.008 0.000
#> GSM311644 6 0.0603 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM311645 5 0.4467 0.5868 0.048 0.032 0.000 0.148 0.760 0.012
#> GSM311646 2 0.6618 0.4947 0.180 0.576 0.044 0.040 0.160 0.000
#> GSM311647 4 0.3872 0.2910 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004 0.392
#> GSM311648 3 0.6796 0.5433 0.072 0.136 0.552 0.028 0.212 0.000
#> GSM311649 6 0.5554 0.3282 0.032 0.004 0.340 0.028 0.020 0.576
#> GSM311650 2 0.1753 0.6783 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004 0.000
#> GSM311651 2 0.4962 0.3407 0.000 0.532 0.032 0.020 0.416 0.000
#> GSM311652 6 0.1065 0.8448 0.000 0.000 0.008 0.020 0.008 0.964
#> GSM311653 2 0.6256 0.0848 0.000 0.492 0.028 0.184 0.296 0.000
#> GSM311654 2 0.4370 0.6523 0.004 0.764 0.004 0.064 0.144 0.020
#> GSM311655 6 0.3624 0.7716 0.000 0.028 0.004 0.060 0.080 0.828
#> GSM311656 2 0.6919 0.2949 0.208 0.448 0.016 0.040 0.288 0.000
#> GSM311657 2 0.0837 0.7100 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004 0.000
#> GSM311658 2 0.0767 0.7113 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008 0.000
#> GSM311659 2 0.5446 0.3957 0.000 0.520 0.080 0.016 0.384 0.000
#> GSM311660 5 0.5795 0.5424 0.060 0.012 0.000 0.344 0.548 0.036
#> GSM311661 2 0.4702 0.6470 0.000 0.732 0.112 0.032 0.124 0.000
#> GSM311662 3 0.6457 0.2661 0.000 0.252 0.404 0.020 0.324 0.000
#> GSM311663 2 0.1851 0.7087 0.004 0.924 0.056 0.012 0.004 0.000
#> GSM311664 1 0.0363 0.8182 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311665 1 0.0458 0.8182 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311666 2 0.2862 0.6972 0.000 0.872 0.052 0.056 0.020 0.000
#> GSM311667 1 0.1225 0.8119 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036 0.000
#> GSM311669 4 0.4079 0.4480 0.000 0.380 0.000 0.608 0.008 0.004
#> GSM311670 6 0.0603 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM311671 5 0.4473 0.4273 0.028 0.000 0.000 0.484 0.488 0.000
#> GSM311672 2 0.0458 0.7092 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.4628 0.4126 0.000 0.392 0.024 0.572 0.012 0.000
#> GSM311674 6 0.6133 0.3450 0.104 0.004 0.000 0.056 0.276 0.560
#> GSM311675 5 0.6056 0.3481 0.316 0.000 0.000 0.276 0.408 0.000
#> GSM311676 4 0.3155 0.4308 0.000 0.012 0.012 0.816 0.160 0.000
#> GSM311677 5 0.4352 0.4619 0.000 0.196 0.020 0.052 0.732 0.000
#> GSM311678 3 0.4210 0.4446 0.016 0.332 0.644 0.000 0.008 0.000
#> GSM311679 6 0.2401 0.8271 0.012 0.008 0.004 0.040 0.028 0.908
#> GSM311680 2 0.1116 0.7157 0.000 0.960 0.008 0.004 0.028 0.000
#> GSM311681 5 0.6235 0.2413 0.004 0.000 0.000 0.304 0.368 0.324
#> GSM311682 1 0.0937 0.8123 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311683 6 0.0603 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM311684 3 0.3381 0.6231 0.000 0.212 0.772 0.008 0.008 0.000
#> GSM311685 1 0.0790 0.8155 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311686 1 0.0363 0.8126 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 1 0.5152 0.1170 0.536 0.068 0.388 0.000 0.008 0.000
#> GSM311688 6 0.0806 0.8484 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> GSM311689 1 0.2362 0.7347 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136 0.000
#> GSM311690 3 0.2653 0.7081 0.000 0.000 0.868 0.004 0.028 0.100
#> GSM311691 2 0.2512 0.6865 0.000 0.880 0.060 0.060 0.000 0.000
#> GSM311692 2 0.7323 0.1623 0.004 0.392 0.012 0.060 0.236 0.296
#> GSM311693 3 0.2118 0.7204 0.000 0.008 0.888 0.000 0.104 0.000
#> GSM311694 2 0.1701 0.6852 0.000 0.920 0.008 0.072 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.5975 -0.1084 0.000 0.000 0.000 0.348 0.232 0.420
#> GSM311696 2 0.3313 0.5976 0.000 0.808 0.024 0.160 0.008 0.000
#> GSM311697 6 0.3219 0.7437 0.000 0.020 0.000 0.148 0.012 0.820
#> GSM311698 4 0.7208 0.2758 0.008 0.252 0.304 0.384 0.008 0.044
#> GSM311699 2 0.5840 0.0398 0.000 0.444 0.004 0.164 0.388 0.000
#> GSM311700 5 0.4685 0.5924 0.096 0.000 0.000 0.240 0.664 0.000
#> GSM311701 2 0.3559 0.4638 0.000 0.744 0.012 0.240 0.004 0.000
#> GSM311702 2 0.3803 0.6392 0.000 0.760 0.184 0.000 0.056 0.000
#> GSM311703 2 0.2213 0.7157 0.000 0.904 0.048 0.004 0.044 0.000
#> GSM311704 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311705 2 0.2113 0.7031 0.000 0.896 0.092 0.008 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.4917 0.3228 0.348 0.000 0.000 0.076 0.576 0.000
#> GSM311707 1 0.4168 0.2597 0.584 0.000 0.000 0.016 0.400 0.000
#> GSM311708 3 0.2865 0.7142 0.016 0.004 0.848 0.004 0.128 0.000
#> GSM311709 2 0.4860 -0.2566 0.024 0.496 0.008 0.464 0.008 0.000
#> GSM311710 4 0.2604 0.4397 0.028 0.000 0.000 0.872 0.096 0.004
#> GSM311711 1 0.1477 0.7805 0.940 0.000 0.008 0.048 0.004 0.000
#> GSM311712 4 0.3307 0.5683 0.000 0.096 0.000 0.832 0.008 0.064
#> GSM311713 5 0.3575 0.5377 0.000 0.008 0.000 0.284 0.708 0.000
#> GSM311714 4 0.2912 0.5746 0.000 0.172 0.000 0.816 0.012 0.000
#> GSM311716 5 0.4609 0.4254 0.000 0.000 0.000 0.420 0.540 0.040
#> GSM311717 1 0.0508 0.8132 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM311718 1 0.5392 -0.1175 0.452 0.000 0.000 0.112 0.436 0.000
#> GSM311719 6 0.5801 0.1902 0.004 0.000 0.000 0.188 0.296 0.512
#> GSM311720 1 0.3756 0.6504 0.788 0.000 0.000 0.132 0.076 0.004
#> GSM311721 3 0.3746 0.6188 0.000 0.204 0.764 0.016 0.004 0.012
#> GSM311722 6 0.5050 0.0849 0.000 0.000 0.428 0.028 0.028 0.516
#> GSM311723 5 0.5094 0.5555 0.096 0.000 0.000 0.336 0.568 0.000
#> GSM311724 3 0.1225 0.7272 0.000 0.032 0.956 0.004 0.004 0.004
#> GSM311725 4 0.4141 0.3795 0.000 0.432 0.000 0.556 0.012 0.000
#> GSM311726 6 0.1167 0.8427 0.000 0.000 0.008 0.020 0.012 0.960
#> GSM311727 6 0.0146 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311728 2 0.4668 0.6388 0.016 0.728 0.016 0.056 0.184 0.000
#> GSM311729 5 0.4585 0.5786 0.112 0.016 0.000 0.144 0.728 0.000
#> GSM311730 3 0.0893 0.7293 0.004 0.016 0.972 0.004 0.004 0.000
#> GSM311731 4 0.4709 0.2553 0.012 0.480 0.016 0.488 0.004 0.000
#> GSM311732 4 0.4538 0.3172 0.000 0.000 0.000 0.612 0.048 0.340
#> GSM311733 6 0.0777 0.8473 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> GSM311734 4 0.3921 0.4036 0.000 0.012 0.000 0.676 0.004 0.308
#> GSM311735 2 0.5093 0.5099 0.000 0.636 0.248 0.008 0.108 0.000
#> GSM311736 6 0.0260 0.8507 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311737 4 0.2631 0.4971 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> GSM311738 5 0.5245 0.4622 0.244 0.000 0.032 0.080 0.644 0.000
#> GSM311739 4 0.3391 0.4716 0.000 0.016 0.024 0.812 0.148 0.000
#> GSM311740 2 0.5112 0.5673 0.004 0.652 0.020 0.072 0.252 0.000
#> GSM311741 4 0.4353 0.4399 0.000 0.388 0.000 0.588 0.020 0.004
#> GSM311742 5 0.6410 0.1822 0.000 0.208 0.024 0.352 0.416 0.000
#> GSM311743 6 0.0260 0.8507 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311744 6 0.1398 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.940
#> GSM311745 4 0.2454 0.4745 0.016 0.004 0.000 0.876 0.104 0.000
#> GSM311746 4 0.2422 0.5062 0.012 0.012 0.004 0.904 0.056 0.012
#> GSM311747 4 0.3822 0.3483 0.012 0.000 0.000 0.788 0.140 0.060
#> GSM311748 6 0.3860 0.0486 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM311749 5 0.3533 0.4204 0.236 0.000 0.004 0.012 0.748 0.000
#> GSM311750 2 0.3591 0.7002 0.024 0.844 0.044 0.036 0.052 0.000
#> GSM311751 6 0.0363 0.8495 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311752 5 0.6244 0.2541 0.028 0.340 0.000 0.164 0.468 0.000
#> GSM311753 6 0.0508 0.8494 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM311754 3 0.6560 0.4280 0.000 0.280 0.484 0.004 0.040 0.192
#> GSM311755 3 0.2898 0.7164 0.000 0.004 0.868 0.028 0.016 0.084
#> GSM311756 5 0.5516 0.2001 0.000 0.356 0.000 0.140 0.504 0.000
#> GSM311757 6 0.0692 0.8489 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> GSM311758 1 0.0000 0.8162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311759 3 0.7195 0.2538 0.004 0.272 0.380 0.036 0.292 0.016
#> GSM311760 3 0.0837 0.7293 0.004 0.000 0.972 0.004 0.020 0.000
#> GSM311668 4 0.2911 0.5658 0.000 0.144 0.000 0.832 0.024 0.000
#> GSM311715 5 0.7252 0.1475 0.004 0.344 0.212 0.088 0.352 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:NMF 151 1.0000 2
#> MAD:NMF 151 0.3836 3
#> MAD:NMF 119 0.1295 4
#> MAD:NMF 133 0.3064 5
#> MAD:NMF 98 0.0021 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.418 0.430 0.702 0.3254 0.498 0.498
#> 3 3 0.485 0.688 0.847 0.6067 0.760 0.590
#> 4 4 0.479 0.685 0.786 0.2227 0.804 0.593
#> 5 5 0.480 0.612 0.741 0.0762 0.980 0.942
#> 6 6 0.517 0.569 0.701 0.0500 0.971 0.913
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311599 1 0.9795 -0.61327 0.584 0.416
#> GSM311600 1 0.9795 -0.61327 0.584 0.416
#> GSM311601 1 0.9963 -0.77220 0.536 0.464
#> GSM311602 1 0.9580 -0.46973 0.620 0.380
#> GSM311603 1 0.5178 0.39431 0.884 0.116
#> GSM311604 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311605 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311606 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311607 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311608 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311609 1 0.0000 0.36570 1.000 0.000
#> GSM311610 2 0.9998 0.90770 0.492 0.508
#> GSM311611 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311612 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311613 1 0.9963 -0.77220 0.536 0.464
#> GSM311614 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311615 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311616 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311617 1 0.9323 -0.35071 0.652 0.348
#> GSM311618 1 1.0000 -0.88765 0.500 0.500
#> GSM311619 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311620 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311621 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311622 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311623 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311624 1 0.9850 0.38634 0.572 0.428
#> GSM311625 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311626 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311627 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311628 1 0.0000 0.36570 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311630 1 0.8267 -0.03483 0.740 0.260
#> GSM311631 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311632 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311633 1 0.9754 -0.58212 0.592 0.408
#> GSM311634 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311635 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311636 1 0.9248 -0.33126 0.660 0.340
#> GSM311637 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311638 1 0.9427 -0.39391 0.640 0.360
#> GSM311639 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311640 1 0.8207 -0.02161 0.744 0.256
#> GSM311641 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311642 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311643 1 0.9833 -0.63718 0.576 0.424
#> GSM311644 1 0.9881 0.38591 0.564 0.436
#> GSM311645 1 0.9000 -0.22846 0.684 0.316
#> GSM311646 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311647 1 0.9248 -0.32396 0.660 0.340
#> GSM311648 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311649 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311650 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311651 1 0.8813 -0.16905 0.700 0.300
#> GSM311652 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311653 1 0.9129 -0.27469 0.672 0.328
#> GSM311654 1 0.9775 -0.59706 0.588 0.412
#> GSM311655 1 0.7299 0.11212 0.796 0.204
#> GSM311656 1 0.9754 -0.58209 0.592 0.408
#> GSM311657 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311658 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311659 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311660 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311661 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311662 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311663 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311664 1 0.8207 -0.02161 0.744 0.256
#> GSM311665 1 0.8267 -0.03483 0.740 0.260
#> GSM311666 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311667 1 0.4022 0.39250 0.920 0.080
#> GSM311669 1 0.9954 -0.76369 0.540 0.460
#> GSM311670 1 0.9248 -0.33126 0.660 0.340
#> GSM311671 1 0.0000 0.36570 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311673 1 0.9393 -0.38385 0.644 0.356
#> GSM311674 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311675 1 0.0938 0.37106 0.988 0.012
#> GSM311676 1 0.9044 -0.24414 0.680 0.320
#> GSM311677 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311678 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311679 1 0.8081 0.00231 0.752 0.248
#> GSM311680 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311681 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311682 1 0.5178 0.39431 0.884 0.116
#> GSM311683 1 0.7299 0.11212 0.796 0.204
#> GSM311684 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311685 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311686 1 0.9580 -0.46973 0.620 0.380
#> GSM311687 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311688 1 0.3584 0.38533 0.932 0.068
#> GSM311689 1 0.8443 -0.07145 0.728 0.272
#> GSM311690 1 0.9795 -0.61327 0.584 0.416
#> GSM311691 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311692 1 0.8443 -0.07145 0.728 0.272
#> GSM311693 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311694 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311695 1 0.4022 0.39250 0.920 0.080
#> GSM311696 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311697 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311698 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311699 1 0.9323 -0.35361 0.652 0.348
#> GSM311700 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311701 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311702 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311703 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311704 1 0.9933 -0.73963 0.548 0.452
#> GSM311705 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311706 1 0.9933 0.38459 0.548 0.452
#> GSM311707 1 0.9427 0.38878 0.640 0.360
#> GSM311708 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311709 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311710 1 0.0000 0.36570 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311712 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311713 1 0.4161 0.33238 0.916 0.084
#> GSM311714 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311716 1 0.9044 -0.24239 0.680 0.320
#> GSM311717 2 0.9998 0.90757 0.492 0.508
#> GSM311718 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311719 1 0.4022 0.39250 0.920 0.080
#> GSM311720 1 0.9686 -0.53828 0.604 0.396
#> GSM311721 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311722 1 0.6247 0.32082 0.844 0.156
#> GSM311723 1 0.9933 0.38459 0.548 0.452
#> GSM311724 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311725 1 0.9933 0.38459 0.548 0.452
#> GSM311726 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311727 1 0.9933 -0.73963 0.548 0.452
#> GSM311728 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311729 1 0.4022 0.39250 0.920 0.080
#> GSM311730 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311731 2 0.9963 0.97591 0.464 0.536
#> GSM311732 1 0.9044 -0.24353 0.680 0.320
#> GSM311733 1 0.7299 0.11212 0.796 0.204
#> GSM311734 1 0.9954 -0.76369 0.540 0.460
#> GSM311735 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311736 1 0.9922 -0.72654 0.552 0.448
#> GSM311737 1 0.9896 -0.69574 0.560 0.440
#> GSM311738 1 0.7219 0.36432 0.800 0.200
#> GSM311739 1 1.0000 -0.88765 0.500 0.500
#> GSM311740 1 0.8861 -0.18398 0.696 0.304
#> GSM311741 1 0.8443 -0.07145 0.728 0.272
#> GSM311742 2 1.0000 0.88077 0.500 0.500
#> GSM311743 1 0.9933 -0.73963 0.548 0.452
#> GSM311744 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311745 1 0.9323 -0.35071 0.652 0.348
#> GSM311746 2 0.9998 0.90770 0.492 0.508
#> GSM311747 1 0.4022 0.39250 0.920 0.080
#> GSM311748 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311749 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311750 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311751 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311752 1 0.9944 0.38397 0.544 0.456
#> GSM311753 2 0.9954 0.98525 0.460 0.540
#> GSM311754 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311755 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311756 1 0.8443 -0.07145 0.728 0.272
#> GSM311757 1 0.9922 -0.72654 0.552 0.448
#> GSM311758 1 0.8955 -0.21326 0.688 0.312
#> GSM311759 2 0.9954 0.98527 0.460 0.540
#> GSM311760 2 0.9944 0.99448 0.456 0.544
#> GSM311668 1 0.0000 0.36570 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.6247 0.32082 0.844 0.156
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 3 0.6291 0.3946 0.000 0.468 0.532
#> GSM311600 3 0.6291 0.3946 0.000 0.468 0.532
#> GSM311601 2 0.5678 0.4267 0.000 0.684 0.316
#> GSM311602 3 0.6215 0.5139 0.000 0.428 0.572
#> GSM311603 3 0.4002 0.3601 0.160 0.000 0.840
#> GSM311604 2 0.0424 0.8697 0.000 0.992 0.008
#> GSM311605 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0237 0.8696 0.000 0.996 0.004
#> GSM311607 2 0.1753 0.8564 0.000 0.952 0.048
#> GSM311608 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 3 0.1529 0.5177 0.040 0.000 0.960
#> GSM311610 2 0.5363 0.5399 0.000 0.724 0.276
#> GSM311611 2 0.1753 0.8564 0.000 0.952 0.048
#> GSM311612 2 0.1753 0.8564 0.000 0.952 0.048
#> GSM311613 2 0.5678 0.4267 0.000 0.684 0.316
#> GSM311614 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0237 0.8932 0.996 0.000 0.004
#> GSM311616 2 0.2448 0.8354 0.000 0.924 0.076
#> GSM311617 3 0.6111 0.5651 0.000 0.396 0.604
#> GSM311618 2 0.5291 0.5561 0.000 0.732 0.268
#> GSM311619 2 0.1529 0.8600 0.000 0.960 0.040
#> GSM311620 2 0.2356 0.8387 0.000 0.928 0.072
#> GSM311621 2 0.2448 0.8354 0.000 0.924 0.076
#> GSM311622 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.5926 0.6955 0.644 0.000 0.356
#> GSM311625 2 0.3482 0.7823 0.000 0.872 0.128
#> GSM311626 2 0.3192 0.7985 0.000 0.888 0.112
#> GSM311627 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.1529 0.5177 0.040 0.000 0.960
#> GSM311629 2 0.2356 0.8387 0.000 0.928 0.072
#> GSM311630 3 0.5016 0.7136 0.000 0.240 0.760
#> GSM311631 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311632 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 2 0.6302 -0.2087 0.000 0.520 0.480
#> GSM311634 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0592 0.8701 0.000 0.988 0.012
#> GSM311636 3 0.6045 0.5810 0.000 0.380 0.620
#> GSM311637 2 0.1860 0.8546 0.000 0.948 0.052
#> GSM311638 3 0.6026 0.6089 0.000 0.376 0.624
#> GSM311639 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 3 0.4887 0.7169 0.000 0.228 0.772
#> GSM311641 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311642 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 2 0.6267 -0.1029 0.000 0.548 0.452
#> GSM311644 1 0.5733 0.7084 0.676 0.000 0.324
#> GSM311645 3 0.5905 0.6327 0.000 0.352 0.648
#> GSM311646 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 3 0.5905 0.6379 0.000 0.352 0.648
#> GSM311648 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311649 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.1860 0.8546 0.000 0.948 0.052
#> GSM311651 3 0.5810 0.6545 0.000 0.336 0.664
#> GSM311652 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 3 0.5760 0.6643 0.000 0.328 0.672
#> GSM311654 2 0.6291 -0.1589 0.000 0.532 0.468
#> GSM311655 3 0.4121 0.6978 0.000 0.168 0.832
#> GSM311656 3 0.6308 0.2980 0.000 0.492 0.508
#> GSM311657 2 0.0892 0.8684 0.000 0.980 0.020
#> GSM311658 2 0.0892 0.8684 0.000 0.980 0.020
#> GSM311659 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311660 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311663 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 3 0.4887 0.7169 0.000 0.228 0.772
#> GSM311665 3 0.5016 0.7136 0.000 0.240 0.760
#> GSM311666 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 3 0.3340 0.4225 0.120 0.000 0.880
#> GSM311669 2 0.6140 0.1503 0.000 0.596 0.404
#> GSM311670 3 0.6045 0.5810 0.000 0.380 0.620
#> GSM311671 3 0.1529 0.5177 0.040 0.000 0.960
#> GSM311672 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311673 3 0.6140 0.5554 0.000 0.404 0.596
#> GSM311674 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311675 3 0.2165 0.5005 0.064 0.000 0.936
#> GSM311676 3 0.5678 0.6748 0.000 0.316 0.684
#> GSM311677 1 0.0237 0.8932 0.996 0.000 0.004
#> GSM311678 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4796 0.7178 0.000 0.220 0.780
#> GSM311680 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311681 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.4002 0.3601 0.160 0.000 0.840
#> GSM311683 3 0.4121 0.6978 0.000 0.168 0.832
#> GSM311684 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.4452 0.8299 0.808 0.000 0.192
#> GSM311686 3 0.6215 0.5139 0.000 0.428 0.572
#> GSM311687 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.2796 0.4534 0.092 0.000 0.908
#> GSM311689 3 0.5591 0.6842 0.000 0.304 0.696
#> GSM311690 3 0.6295 0.3821 0.000 0.472 0.528
#> GSM311691 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.5591 0.6842 0.000 0.304 0.696
#> GSM311693 2 0.0237 0.8698 0.000 0.996 0.004
#> GSM311694 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.3340 0.4225 0.120 0.000 0.880
#> GSM311696 2 0.1163 0.8642 0.000 0.972 0.028
#> GSM311697 2 0.2356 0.8401 0.000 0.928 0.072
#> GSM311698 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 3 0.6192 0.5020 0.000 0.420 0.580
#> GSM311700 1 0.4452 0.8299 0.808 0.000 0.192
#> GSM311701 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0424 0.8699 0.000 0.992 0.008
#> GSM311704 2 0.6126 0.1759 0.000 0.600 0.400
#> GSM311705 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.4291 0.8297 0.820 0.000 0.180
#> GSM311707 1 0.6126 0.5990 0.600 0.000 0.400
#> GSM311708 2 0.0747 0.8681 0.000 0.984 0.016
#> GSM311709 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 3 0.1529 0.5177 0.040 0.000 0.960
#> GSM311711 2 0.0892 0.8689 0.000 0.980 0.020
#> GSM311712 2 0.3879 0.7539 0.000 0.848 0.152
#> GSM311713 3 0.2050 0.5603 0.020 0.028 0.952
#> GSM311714 2 0.3038 0.8105 0.000 0.896 0.104
#> GSM311716 3 0.5948 0.6261 0.000 0.360 0.640
#> GSM311717 2 0.4178 0.7243 0.000 0.828 0.172
#> GSM311718 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.3340 0.4225 0.120 0.000 0.880
#> GSM311720 3 0.6302 0.3339 0.000 0.480 0.520
#> GSM311721 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 3 0.5339 0.5751 0.080 0.096 0.824
#> GSM311723 1 0.4291 0.8297 0.820 0.000 0.180
#> GSM311724 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4291 0.8297 0.820 0.000 0.180
#> GSM311726 2 0.0892 0.8683 0.000 0.980 0.020
#> GSM311727 2 0.6126 0.1759 0.000 0.600 0.400
#> GSM311728 2 0.0592 0.8697 0.000 0.988 0.012
#> GSM311729 3 0.3340 0.4225 0.120 0.000 0.880
#> GSM311730 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.1964 0.8532 0.000 0.944 0.056
#> GSM311732 3 0.5988 0.6165 0.000 0.368 0.632
#> GSM311733 3 0.4121 0.6978 0.000 0.168 0.832
#> GSM311734 2 0.6140 0.1503 0.000 0.596 0.404
#> GSM311735 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 2 0.6204 0.0712 0.000 0.576 0.424
#> GSM311737 2 0.6215 0.0406 0.000 0.572 0.428
#> GSM311738 3 0.6424 0.4575 0.180 0.068 0.752
#> GSM311739 2 0.5291 0.5561 0.000 0.732 0.268
#> GSM311740 3 0.5785 0.6604 0.000 0.332 0.668
#> GSM311741 3 0.5591 0.6842 0.000 0.304 0.696
#> GSM311742 2 0.5835 0.3572 0.000 0.660 0.340
#> GSM311743 2 0.6126 0.1759 0.000 0.600 0.400
#> GSM311744 2 0.3619 0.7717 0.000 0.864 0.136
#> GSM311745 3 0.6111 0.5651 0.000 0.396 0.604
#> GSM311746 2 0.5178 0.5813 0.000 0.744 0.256
#> GSM311747 3 0.3340 0.4225 0.120 0.000 0.880
#> GSM311748 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0424 0.8699 0.000 0.992 0.008
#> GSM311751 2 0.0892 0.8683 0.000 0.980 0.020
#> GSM311752 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.1964 0.8515 0.000 0.944 0.056
#> GSM311754 2 0.0892 0.8684 0.000 0.980 0.020
#> GSM311755 2 0.0000 0.8691 0.000 1.000 0.000
#> GSM311756 3 0.5591 0.6842 0.000 0.304 0.696
#> GSM311757 2 0.6215 0.0522 0.000 0.572 0.428
#> GSM311758 3 0.5497 0.6902 0.000 0.292 0.708
#> GSM311759 2 0.2165 0.8463 0.000 0.936 0.064
#> GSM311760 2 0.1031 0.8659 0.000 0.976 0.024
#> GSM311668 3 0.1529 0.5177 0.040 0.000 0.960
#> GSM311715 3 0.5339 0.5751 0.080 0.096 0.824
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.0469 0.8520 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311599 4 0.7394 0.4055 0.000 0.240 0.240 0.520
#> GSM311600 4 0.7394 0.4055 0.000 0.240 0.240 0.520
#> GSM311601 4 0.5673 0.4221 0.000 0.372 0.032 0.596
#> GSM311602 4 0.5050 0.5270 0.000 0.084 0.152 0.764
#> GSM311603 3 0.5228 0.7982 0.036 0.000 0.696 0.268
#> GSM311604 2 0.2530 0.8731 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM311605 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311606 2 0.2401 0.8752 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM311607 2 0.3972 0.7981 0.000 0.788 0.008 0.204
#> GSM311608 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311609 3 0.4843 0.7920 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM311610 4 0.5594 0.1352 0.000 0.460 0.020 0.520
#> GSM311611 2 0.3972 0.7981 0.000 0.788 0.008 0.204
#> GSM311612 2 0.3972 0.7981 0.000 0.788 0.008 0.204
#> GSM311613 4 0.5673 0.4221 0.000 0.372 0.032 0.596
#> GSM311614 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311615 1 0.1211 0.8494 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311616 2 0.4155 0.7551 0.000 0.756 0.004 0.240
#> GSM311617 4 0.4688 0.5835 0.000 0.128 0.080 0.792
#> GSM311618 4 0.5388 0.1353 0.000 0.456 0.012 0.532
#> GSM311619 2 0.3105 0.8533 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM311620 2 0.4122 0.7612 0.000 0.760 0.004 0.236
#> GSM311621 2 0.4155 0.7551 0.000 0.756 0.004 0.240
#> GSM311622 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311623 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311624 1 0.5827 0.5781 0.532 0.000 0.436 0.032
#> GSM311625 2 0.4820 0.6474 0.000 0.692 0.012 0.296
#> GSM311626 2 0.4663 0.6943 0.000 0.716 0.012 0.272
#> GSM311627 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.4817 0.8011 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM311629 2 0.4122 0.7612 0.000 0.760 0.004 0.236
#> GSM311630 4 0.4795 0.1561 0.000 0.012 0.292 0.696
#> GSM311631 2 0.2593 0.8707 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM311632 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311633 4 0.4678 0.5864 0.000 0.232 0.024 0.744
#> GSM311634 2 0.0895 0.8810 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM311635 2 0.2053 0.8822 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM311636 4 0.4224 0.5738 0.000 0.100 0.076 0.824
#> GSM311637 2 0.4319 0.7690 0.000 0.760 0.012 0.228
#> GSM311638 4 0.4417 0.5010 0.000 0.044 0.160 0.796
#> GSM311639 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311640 4 0.3751 0.2531 0.000 0.004 0.196 0.800
#> GSM311641 2 0.1545 0.8816 0.000 0.952 0.008 0.040
#> GSM311642 2 0.1489 0.8827 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM311643 4 0.4745 0.6038 0.000 0.208 0.036 0.756
#> GSM311644 1 0.6052 0.6124 0.556 0.000 0.396 0.048
#> GSM311645 4 0.3970 0.5506 0.000 0.084 0.076 0.840
#> GSM311646 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311647 4 0.5159 0.5292 0.000 0.088 0.156 0.756
#> GSM311648 2 0.2216 0.8766 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311649 2 0.1489 0.8827 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM311650 2 0.4228 0.7643 0.000 0.760 0.008 0.232
#> GSM311651 4 0.3542 0.5260 0.000 0.060 0.076 0.864
#> GSM311652 2 0.1489 0.8827 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM311653 4 0.4893 0.4711 0.000 0.064 0.168 0.768
#> GSM311654 4 0.4898 0.5738 0.000 0.260 0.024 0.716
#> GSM311655 4 0.4088 0.1548 0.000 0.004 0.232 0.764
#> GSM311656 4 0.4464 0.5955 0.000 0.208 0.024 0.768
#> GSM311657 2 0.2530 0.8690 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311658 2 0.2530 0.8690 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311659 2 0.1661 0.8831 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM311660 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311662 2 0.2216 0.8766 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311663 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311664 4 0.3791 0.2449 0.000 0.004 0.200 0.796
#> GSM311665 4 0.4820 0.1424 0.000 0.012 0.296 0.692
#> GSM311666 2 0.0376 0.8776 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311667 3 0.4697 0.8308 0.008 0.000 0.696 0.296
#> GSM311669 4 0.5062 0.5831 0.000 0.284 0.024 0.692
#> GSM311670 4 0.4224 0.5738 0.000 0.100 0.076 0.824
#> GSM311671 3 0.4804 0.8039 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311672 2 0.2216 0.8768 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311673 4 0.5042 0.5408 0.000 0.096 0.136 0.768
#> GSM311674 1 0.0592 0.8523 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311675 3 0.5007 0.8039 0.008 0.000 0.636 0.356
#> GSM311676 4 0.5102 0.4416 0.000 0.064 0.188 0.748
#> GSM311677 1 0.1211 0.8494 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311678 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311679 4 0.4155 0.1268 0.000 0.004 0.240 0.756
#> GSM311680 2 0.2401 0.8778 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM311681 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.5228 0.7982 0.036 0.000 0.696 0.268
#> GSM311683 4 0.4088 0.1548 0.000 0.004 0.232 0.764
#> GSM311684 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311685 1 0.4655 0.6794 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM311686 4 0.5050 0.5270 0.000 0.084 0.152 0.764
#> GSM311687 2 0.1109 0.8819 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM311688 3 0.4955 0.8231 0.008 0.000 0.648 0.344
#> GSM311689 4 0.3333 0.4908 0.000 0.040 0.088 0.872
#> GSM311690 4 0.7372 0.4088 0.000 0.240 0.236 0.524
#> GSM311691 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311692 4 0.3333 0.4908 0.000 0.040 0.088 0.872
#> GSM311693 2 0.1867 0.8812 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311694 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311695 3 0.4697 0.8308 0.008 0.000 0.696 0.296
#> GSM311696 2 0.3271 0.8581 0.000 0.856 0.012 0.132
#> GSM311697 2 0.4606 0.7130 0.000 0.724 0.012 0.264
#> GSM311698 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311699 4 0.3638 0.5907 0.000 0.120 0.032 0.848
#> GSM311700 1 0.4655 0.6794 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM311701 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311702 2 0.0376 0.8776 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311703 2 0.0779 0.8806 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM311704 4 0.5364 0.5373 0.000 0.320 0.028 0.652
#> GSM311705 2 0.0376 0.8776 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311706 1 0.4250 0.7706 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311707 1 0.6332 0.4599 0.488 0.000 0.452 0.060
#> GSM311708 2 0.3105 0.8652 0.000 0.868 0.012 0.120
#> GSM311709 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311710 3 0.4804 0.8039 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311711 2 0.2198 0.8773 0.000 0.920 0.008 0.072
#> GSM311712 2 0.5204 0.4340 0.000 0.612 0.012 0.376
#> GSM311713 4 0.4961 -0.5115 0.000 0.000 0.448 0.552
#> GSM311714 2 0.4576 0.6436 0.000 0.728 0.012 0.260
#> GSM311716 4 0.3972 0.5564 0.000 0.080 0.080 0.840
#> GSM311717 2 0.5131 0.6584 0.000 0.692 0.028 0.280
#> GSM311718 1 0.0188 0.8523 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311719 3 0.4697 0.8308 0.008 0.000 0.696 0.296
#> GSM311720 4 0.4139 0.6034 0.000 0.176 0.024 0.800
#> GSM311721 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311722 3 0.4594 0.6330 0.008 0.000 0.712 0.280
#> GSM311723 1 0.4250 0.7706 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311724 2 0.0336 0.8746 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311725 1 0.4250 0.7706 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311726 2 0.3401 0.8423 0.000 0.840 0.008 0.152
#> GSM311727 4 0.5364 0.5373 0.000 0.320 0.028 0.652
#> GSM311728 2 0.2593 0.8707 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM311729 3 0.4697 0.8308 0.008 0.000 0.696 0.296
#> GSM311730 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311731 2 0.3545 0.8401 0.000 0.828 0.008 0.164
#> GSM311732 4 0.4039 0.5597 0.000 0.084 0.080 0.836
#> GSM311733 4 0.4088 0.1548 0.000 0.004 0.232 0.764
#> GSM311734 4 0.5062 0.5831 0.000 0.284 0.024 0.692
#> GSM311735 2 0.0657 0.8796 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM311736 4 0.5207 0.5738 0.000 0.292 0.028 0.680
#> GSM311737 4 0.4868 0.5925 0.000 0.256 0.024 0.720
#> GSM311738 3 0.7179 0.6143 0.136 0.000 0.456 0.408
#> GSM311739 4 0.5388 0.1353 0.000 0.456 0.012 0.532
#> GSM311740 4 0.3948 0.5134 0.000 0.064 0.096 0.840
#> GSM311741 4 0.3333 0.4908 0.000 0.040 0.088 0.872
#> GSM311742 4 0.5112 0.4173 0.000 0.384 0.008 0.608
#> GSM311743 4 0.5364 0.5373 0.000 0.320 0.028 0.652
#> GSM311744 2 0.5018 0.5704 0.000 0.656 0.012 0.332
#> GSM311745 4 0.4688 0.5835 0.000 0.128 0.080 0.792
#> GSM311746 4 0.5402 0.0646 0.000 0.472 0.012 0.516
#> GSM311747 3 0.4697 0.8308 0.008 0.000 0.696 0.296
#> GSM311748 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.1902 0.8827 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM311751 2 0.3401 0.8423 0.000 0.840 0.008 0.152
#> GSM311752 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.3893 0.8074 0.000 0.796 0.008 0.196
#> GSM311754 2 0.2831 0.8619 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM311755 2 0.0188 0.8764 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311756 4 0.3333 0.4908 0.000 0.040 0.088 0.872
#> GSM311757 4 0.5088 0.5769 0.000 0.288 0.024 0.688
#> GSM311758 4 0.4535 0.3161 0.000 0.016 0.240 0.744
#> GSM311759 2 0.3978 0.8163 0.000 0.796 0.012 0.192
#> GSM311760 2 0.5142 0.7374 0.000 0.744 0.064 0.192
#> GSM311668 3 0.4804 0.8039 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311715 3 0.4594 0.6330 0.008 0.000 0.712 0.280
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.1041 0.66773 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> GSM311599 4 0.8240 0.18946 0.180 0.152 0.312 0.356 0.000
#> GSM311600 4 0.8240 0.18946 0.180 0.152 0.312 0.356 0.000
#> GSM311601 4 0.4977 0.49390 0.016 0.268 0.036 0.680 0.000
#> GSM311602 4 0.6148 0.45844 0.160 0.040 0.152 0.648 0.000
#> GSM311603 3 0.5238 0.65311 0.260 0.000 0.652 0.088 0.000
#> GSM311604 2 0.3067 0.83256 0.004 0.844 0.012 0.140 0.000
#> GSM311605 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.2976 0.83483 0.004 0.852 0.012 0.132 0.000
#> GSM311607 2 0.4402 0.72088 0.008 0.688 0.012 0.292 0.000
#> GSM311608 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 3 0.2932 0.69772 0.032 0.000 0.864 0.104 0.000
#> GSM311610 4 0.5199 0.35470 0.020 0.308 0.032 0.640 0.000
#> GSM311611 2 0.4402 0.72088 0.008 0.688 0.012 0.292 0.000
#> GSM311612 2 0.4402 0.72088 0.008 0.688 0.012 0.292 0.000
#> GSM311613 4 0.4977 0.49390 0.016 0.268 0.036 0.680 0.000
#> GSM311614 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.4009 0.40292 0.312 0.000 0.004 0.000 0.684
#> GSM311616 2 0.4365 0.70041 0.004 0.676 0.012 0.308 0.000
#> GSM311617 4 0.4252 0.56064 0.028 0.032 0.152 0.788 0.000
#> GSM311618 4 0.4850 0.35467 0.020 0.304 0.016 0.660 0.000
#> GSM311619 2 0.3583 0.80687 0.004 0.792 0.012 0.192 0.000
#> GSM311620 2 0.4346 0.70504 0.004 0.680 0.012 0.304 0.000
#> GSM311621 2 0.4365 0.70041 0.004 0.676 0.012 0.308 0.000
#> GSM311622 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311623 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311624 1 0.6697 0.32894 0.456 0.000 0.220 0.004 0.320
#> GSM311625 2 0.4920 0.51165 0.012 0.572 0.012 0.404 0.000
#> GSM311626 2 0.4799 0.59731 0.012 0.616 0.012 0.360 0.000
#> GSM311627 5 0.0000 0.67509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311628 3 0.2824 0.70021 0.032 0.000 0.872 0.096 0.000
#> GSM311629 2 0.4346 0.70504 0.004 0.680 0.012 0.304 0.000
#> GSM311630 4 0.6272 0.08963 0.152 0.000 0.380 0.468 0.000
#> GSM311631 2 0.3154 0.82824 0.004 0.836 0.012 0.148 0.000
#> GSM311632 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.5752 0.57681 0.044 0.144 0.120 0.692 0.000
#> GSM311634 2 0.1168 0.84563 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> GSM311635 2 0.2548 0.84427 0.004 0.876 0.004 0.116 0.000
#> GSM311636 4 0.4485 0.56488 0.040 0.028 0.160 0.772 0.000
#> GSM311637 2 0.4721 0.67272 0.012 0.656 0.016 0.316 0.000
#> GSM311638 4 0.5680 0.44756 0.160 0.008 0.176 0.656 0.000
#> GSM311639 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311640 4 0.6006 0.25463 0.124 0.000 0.356 0.520 0.000
#> GSM311641 2 0.2727 0.84482 0.020 0.888 0.012 0.080 0.000
#> GSM311642 2 0.1270 0.84665 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311643 4 0.3267 0.59397 0.016 0.076 0.044 0.864 0.000
#> GSM311644 1 0.6784 0.38355 0.396 0.000 0.224 0.004 0.376
#> GSM311645 4 0.4703 0.54206 0.032 0.024 0.212 0.732 0.000
#> GSM311646 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311647 4 0.4466 0.47798 0.032 0.008 0.232 0.728 0.000
#> GSM311648 2 0.2929 0.83588 0.004 0.856 0.012 0.128 0.000
#> GSM311649 2 0.1270 0.84665 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311650 2 0.4739 0.67211 0.012 0.652 0.016 0.320 0.000
#> GSM311651 4 0.4997 0.52885 0.040 0.024 0.232 0.704 0.000
#> GSM311652 2 0.1270 0.84665 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311653 4 0.5235 0.39057 0.068 0.004 0.280 0.648 0.000
#> GSM311654 4 0.5937 0.56431 0.040 0.172 0.120 0.668 0.000
#> GSM311655 4 0.5204 0.22546 0.048 0.000 0.392 0.560 0.000
#> GSM311656 4 0.5281 0.58574 0.032 0.124 0.116 0.728 0.000
#> GSM311657 2 0.3197 0.82648 0.004 0.832 0.012 0.152 0.000
#> GSM311658 2 0.3197 0.82648 0.004 0.832 0.012 0.152 0.000
#> GSM311659 2 0.2289 0.84534 0.004 0.904 0.012 0.080 0.000
#> GSM311660 5 0.0000 0.67509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311661 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311662 2 0.2929 0.83588 0.004 0.856 0.012 0.128 0.000
#> GSM311663 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311664 4 0.6015 0.24662 0.124 0.000 0.360 0.516 0.000
#> GSM311665 4 0.6248 0.08398 0.148 0.000 0.384 0.468 0.000
#> GSM311666 2 0.0451 0.84073 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> GSM311667 3 0.4893 0.70291 0.208 0.000 0.704 0.088 0.000
#> GSM311669 4 0.4084 0.58427 0.024 0.144 0.032 0.800 0.000
#> GSM311670 4 0.4485 0.56488 0.040 0.028 0.160 0.772 0.000
#> GSM311671 3 0.2850 0.69978 0.036 0.000 0.872 0.092 0.000
#> GSM311672 2 0.2976 0.83477 0.004 0.852 0.012 0.132 0.000
#> GSM311673 4 0.5470 0.46050 0.068 0.028 0.224 0.680 0.000
#> GSM311674 5 0.3366 0.53389 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784
#> GSM311675 3 0.3694 0.66240 0.084 0.000 0.828 0.084 0.004
#> GSM311676 4 0.5333 0.35177 0.068 0.004 0.300 0.628 0.000
#> GSM311677 5 0.4029 0.40199 0.316 0.000 0.004 0.000 0.680
#> GSM311678 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.6062 0.11519 0.120 0.000 0.416 0.464 0.000
#> GSM311680 2 0.2881 0.83746 0.004 0.860 0.012 0.124 0.000
#> GSM311681 5 0.0000 0.67509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311682 3 0.5238 0.65311 0.260 0.000 0.652 0.088 0.000
#> GSM311683 4 0.5204 0.22546 0.048 0.000 0.392 0.560 0.000
#> GSM311684 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311685 1 0.5908 0.38083 0.512 0.000 0.108 0.000 0.380
#> GSM311686 4 0.6148 0.45844 0.160 0.040 0.152 0.648 0.000
#> GSM311687 2 0.0963 0.84651 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311688 3 0.5222 0.69609 0.196 0.000 0.680 0.124 0.000
#> GSM311689 4 0.4262 0.50594 0.016 0.008 0.252 0.724 0.000
#> GSM311690 4 0.8236 0.19497 0.180 0.152 0.308 0.360 0.000
#> GSM311691 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311692 4 0.4262 0.50594 0.016 0.008 0.252 0.724 0.000
#> GSM311693 2 0.2193 0.84521 0.000 0.900 0.008 0.092 0.000
#> GSM311694 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 3 0.4893 0.70291 0.208 0.000 0.704 0.088 0.000
#> GSM311696 2 0.4295 0.79055 0.012 0.760 0.032 0.196 0.000
#> GSM311697 2 0.4919 0.59932 0.012 0.604 0.016 0.368 0.000
#> GSM311698 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311699 4 0.4518 0.58022 0.032 0.044 0.148 0.776 0.000
#> GSM311700 1 0.5908 0.38083 0.512 0.000 0.108 0.000 0.380
#> GSM311701 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311702 2 0.0566 0.84013 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> GSM311703 2 0.0912 0.84292 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> GSM311704 4 0.5081 0.55795 0.012 0.204 0.076 0.708 0.000
#> GSM311705 2 0.0566 0.84013 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.5646 0.00736 0.400 0.000 0.080 0.000 0.520
#> GSM311707 1 0.7038 0.46010 0.412 0.000 0.260 0.012 0.316
#> GSM311708 2 0.4025 0.81499 0.016 0.796 0.032 0.156 0.000
#> GSM311709 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311710 3 0.2850 0.69978 0.036 0.000 0.872 0.092 0.000
#> GSM311711 2 0.3416 0.83405 0.016 0.840 0.020 0.124 0.000
#> GSM311712 4 0.5241 -0.14326 0.020 0.436 0.016 0.528 0.000
#> GSM311713 3 0.6254 0.36787 0.160 0.000 0.500 0.340 0.000
#> GSM311714 2 0.5330 0.42481 0.028 0.560 0.016 0.396 0.000
#> GSM311716 4 0.4280 0.55354 0.016 0.028 0.192 0.764 0.000
#> GSM311717 2 0.5517 0.62855 0.028 0.632 0.044 0.296 0.000
#> GSM311718 5 0.0703 0.67228 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311719 3 0.4893 0.70291 0.208 0.000 0.704 0.088 0.000
#> GSM311720 4 0.4709 0.59352 0.028 0.084 0.116 0.772 0.000
#> GSM311721 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.5696 0.27838 0.344 0.000 0.560 0.096 0.000
#> GSM311723 5 0.5646 0.00736 0.400 0.000 0.080 0.000 0.520
#> GSM311724 2 0.0671 0.83635 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311725 5 0.5646 0.00736 0.400 0.000 0.080 0.000 0.520
#> GSM311726 2 0.3873 0.79181 0.008 0.768 0.012 0.212 0.000
#> GSM311727 4 0.5081 0.55795 0.012 0.204 0.076 0.708 0.000
#> GSM311728 2 0.3154 0.82824 0.004 0.836 0.012 0.148 0.000
#> GSM311729 3 0.4893 0.70291 0.208 0.000 0.704 0.088 0.000
#> GSM311730 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.3935 0.79231 0.008 0.760 0.012 0.220 0.000
#> GSM311732 4 0.4245 0.55444 0.016 0.028 0.188 0.768 0.000
#> GSM311733 4 0.5204 0.22546 0.048 0.000 0.392 0.560 0.000
#> GSM311734 4 0.4084 0.58427 0.024 0.144 0.032 0.800 0.000
#> GSM311735 2 0.0807 0.84225 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000
#> GSM311736 4 0.4939 0.57259 0.012 0.180 0.080 0.728 0.000
#> GSM311737 4 0.3764 0.58950 0.024 0.116 0.032 0.828 0.000
#> GSM311738 3 0.7291 0.46780 0.164 0.000 0.536 0.212 0.088
#> GSM311739 4 0.4850 0.35467 0.020 0.304 0.016 0.660 0.000
#> GSM311740 4 0.5775 0.51161 0.068 0.036 0.248 0.648 0.000
#> GSM311741 4 0.4262 0.50594 0.016 0.008 0.252 0.724 0.000
#> GSM311742 4 0.4188 0.54212 0.008 0.228 0.020 0.744 0.000
#> GSM311743 4 0.5081 0.55795 0.012 0.204 0.076 0.708 0.000
#> GSM311744 2 0.4981 0.42689 0.012 0.536 0.012 0.440 0.000
#> GSM311745 4 0.4252 0.56064 0.028 0.032 0.152 0.788 0.000
#> GSM311746 4 0.4995 0.31145 0.020 0.316 0.020 0.644 0.000
#> GSM311747 3 0.4893 0.70291 0.208 0.000 0.704 0.088 0.000
#> GSM311748 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0000 0.67509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311750 2 0.2575 0.84360 0.004 0.884 0.012 0.100 0.000
#> GSM311751 2 0.3904 0.78909 0.008 0.764 0.012 0.216 0.000
#> GSM311752 5 0.0000 0.67509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311753 2 0.4241 0.74912 0.008 0.716 0.012 0.264 0.000
#> GSM311754 2 0.3239 0.82199 0.004 0.828 0.012 0.156 0.000
#> GSM311755 2 0.0510 0.83814 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.4354 0.50367 0.020 0.008 0.252 0.720 0.000
#> GSM311757 4 0.4958 0.57510 0.012 0.176 0.084 0.728 0.000
#> GSM311758 4 0.6087 0.27193 0.160 0.000 0.288 0.552 0.000
#> GSM311759 2 0.4544 0.76880 0.032 0.728 0.012 0.228 0.000
#> GSM311760 2 0.6057 0.64197 0.112 0.644 0.036 0.208 0.000
#> GSM311668 3 0.2850 0.69978 0.036 0.000 0.872 0.092 0.000
#> GSM311715 3 0.5696 0.27838 0.344 0.000 0.560 0.096 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.1075 0.75060 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM311599 3 0.5899 0.62245 0.032 0.044 0.620 0.244 0.000 0.060
#> GSM311600 3 0.5899 0.62245 0.032 0.044 0.620 0.244 0.000 0.060
#> GSM311601 4 0.4997 0.41341 0.000 0.196 0.104 0.680 0.000 0.020
#> GSM311602 4 0.5446 0.18322 0.012 0.036 0.392 0.532 0.000 0.028
#> GSM311603 6 0.2257 0.70717 0.048 0.000 0.008 0.040 0.000 0.904
#> GSM311604 2 0.3439 0.79341 0.000 0.808 0.072 0.120 0.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.3352 0.79588 0.000 0.816 0.072 0.112 0.000 0.000
#> GSM311607 2 0.4939 0.64227 0.000 0.612 0.096 0.292 0.000 0.000
#> GSM311608 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.5930 0.58585 0.180 0.000 0.156 0.056 0.000 0.608
#> GSM311610 4 0.4798 0.39726 0.012 0.204 0.096 0.688 0.000 0.000
#> GSM311611 2 0.4939 0.64227 0.000 0.612 0.096 0.292 0.000 0.000
#> GSM311612 2 0.4939 0.64227 0.000 0.612 0.096 0.292 0.000 0.000
#> GSM311613 4 0.4997 0.41341 0.000 0.196 0.104 0.680 0.000 0.020
#> GSM311614 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.6079 0.00553 0.408 0.000 0.136 0.000 0.432 0.024
#> GSM311616 2 0.4887 0.61118 0.000 0.596 0.080 0.324 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.3906 0.52526 0.016 0.004 0.084 0.800 0.000 0.096
#> GSM311618 4 0.4661 0.39970 0.012 0.204 0.084 0.700 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.4075 0.76117 0.000 0.740 0.076 0.184 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.4873 0.61669 0.000 0.600 0.080 0.320 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.4887 0.61118 0.000 0.596 0.080 0.324 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.4823 0.36987 0.700 0.000 0.040 0.000 0.204 0.056
#> GSM311625 2 0.5310 0.37195 0.004 0.480 0.088 0.428 0.000 0.000
#> GSM311626 2 0.5127 0.47998 0.000 0.528 0.088 0.384 0.000 0.000
#> GSM311627 5 0.0000 0.77218 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311628 6 0.5761 0.59673 0.180 0.000 0.156 0.044 0.000 0.620
#> GSM311629 2 0.4873 0.61669 0.000 0.600 0.080 0.320 0.000 0.000
#> GSM311630 4 0.6286 -0.11641 0.012 0.000 0.356 0.400 0.000 0.232
#> GSM311631 2 0.3548 0.78717 0.000 0.796 0.068 0.136 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.5118 0.52334 0.004 0.096 0.088 0.720 0.000 0.092
#> GSM311634 2 0.1341 0.81150 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.3062 0.80606 0.000 0.836 0.052 0.112 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.4400 0.54781 0.008 0.016 0.072 0.756 0.000 0.148
#> GSM311637 2 0.5015 0.58697 0.004 0.584 0.076 0.336 0.000 0.000
#> GSM311638 4 0.5152 0.21608 0.012 0.008 0.380 0.556 0.000 0.044
#> GSM311639 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.6143 0.17192 0.008 0.000 0.312 0.448 0.000 0.232
#> GSM311641 2 0.3123 0.80711 0.000 0.836 0.076 0.088 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.1624 0.81289 0.004 0.936 0.020 0.040 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.3171 0.53467 0.008 0.032 0.084 0.856 0.000 0.020
#> GSM311644 1 0.5974 0.35985 0.468 0.000 0.000 0.004 0.316 0.212
#> GSM311645 4 0.4732 0.52802 0.004 0.016 0.120 0.724 0.000 0.136
#> GSM311646 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.4838 0.39645 0.020 0.000 0.192 0.696 0.000 0.092
#> GSM311648 2 0.3254 0.79706 0.000 0.820 0.056 0.124 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.1624 0.81289 0.004 0.936 0.020 0.040 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.5015 0.58560 0.004 0.584 0.076 0.336 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.5027 0.51506 0.004 0.016 0.136 0.692 0.000 0.152
#> GSM311652 2 0.1624 0.81289 0.004 0.936 0.020 0.040 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.5452 0.19142 0.024 0.000 0.312 0.580 0.000 0.084
#> GSM311654 4 0.5362 0.50581 0.004 0.124 0.084 0.696 0.000 0.092
#> GSM311655 4 0.5587 0.31463 0.012 0.000 0.112 0.532 0.000 0.344
#> GSM311656 4 0.4827 0.53712 0.004 0.092 0.072 0.744 0.000 0.088
#> GSM311657 2 0.3587 0.78605 0.000 0.792 0.068 0.140 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.3587 0.78605 0.000 0.792 0.068 0.140 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.2420 0.81075 0.000 0.884 0.040 0.076 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0000 0.77218 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.3254 0.79706 0.000 0.820 0.056 0.124 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.6163 0.16283 0.008 0.000 0.308 0.444 0.000 0.240
#> GSM311665 4 0.6358 -0.11725 0.016 0.000 0.352 0.400 0.000 0.232
#> GSM311666 2 0.0922 0.80335 0.004 0.968 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM311667 6 0.1082 0.74480 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM311669 4 0.3574 0.52692 0.016 0.072 0.060 0.836 0.000 0.016
#> GSM311670 4 0.4400 0.54781 0.008 0.016 0.072 0.756 0.000 0.148
#> GSM311671 6 0.5701 0.60310 0.180 0.000 0.156 0.040 0.000 0.624
#> GSM311672 2 0.3254 0.79694 0.000 0.820 0.056 0.124 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.5469 0.25167 0.024 0.012 0.304 0.600 0.000 0.060
#> GSM311674 5 0.4793 0.42356 0.240 0.000 0.084 0.000 0.668 0.008
#> GSM311675 6 0.6027 0.52503 0.236 0.000 0.164 0.036 0.000 0.564
#> GSM311676 4 0.5562 0.18476 0.024 0.000 0.320 0.564 0.000 0.092
#> GSM311677 5 0.6001 0.01477 0.416 0.000 0.124 0.000 0.436 0.024
#> GSM311678 2 0.1124 0.79483 0.008 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.6298 0.02735 0.008 0.000 0.316 0.388 0.000 0.288
#> GSM311680 2 0.3130 0.79965 0.000 0.828 0.048 0.124 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0000 0.77218 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311682 6 0.2257 0.70717 0.048 0.000 0.008 0.040 0.000 0.904
#> GSM311683 4 0.5587 0.31463 0.012 0.000 0.112 0.532 0.000 0.344
#> GSM311684 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.6533 0.26639 0.528 0.000 0.148 0.000 0.084 0.240
#> GSM311686 4 0.5446 0.18322 0.012 0.036 0.392 0.532 0.000 0.028
#> GSM311687 2 0.1151 0.81278 0.000 0.956 0.012 0.032 0.000 0.000
#> GSM311688 6 0.2515 0.71147 0.016 0.000 0.024 0.072 0.000 0.888
#> GSM311689 4 0.4678 0.51072 0.004 0.004 0.116 0.708 0.000 0.168
#> GSM311690 3 0.5940 0.61378 0.032 0.044 0.612 0.252 0.000 0.060
#> GSM311691 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.4678 0.51072 0.004 0.004 0.116 0.708 0.000 0.168
#> GSM311693 2 0.2641 0.81074 0.004 0.876 0.048 0.072 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0935 0.79770 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.1082 0.74480 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM311696 2 0.4319 0.74906 0.000 0.724 0.108 0.168 0.000 0.000
#> GSM311697 2 0.5271 0.48039 0.000 0.516 0.104 0.380 0.000 0.000
#> GSM311698 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.4162 0.55069 0.004 0.028 0.068 0.784 0.000 0.116
#> GSM311700 1 0.6533 0.26639 0.528 0.000 0.148 0.000 0.084 0.240
#> GSM311701 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0922 0.80162 0.004 0.968 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.1405 0.80711 0.004 0.948 0.024 0.024 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.4525 0.50559 0.000 0.144 0.048 0.748 0.000 0.060
#> GSM311705 2 0.0922 0.80162 0.004 0.968 0.024 0.004 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.4726 0.24760 0.528 0.000 0.000 0.000 0.424 0.048
#> GSM311707 1 0.6209 0.39371 0.468 0.000 0.008 0.004 0.228 0.292
#> GSM311708 2 0.3918 0.77838 0.000 0.768 0.108 0.124 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.1219 0.79186 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311710 6 0.5701 0.60310 0.180 0.000 0.156 0.040 0.000 0.624
#> GSM311711 2 0.3867 0.79013 0.004 0.780 0.088 0.128 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.5579 0.12922 0.012 0.316 0.120 0.552 0.000 0.000
#> GSM311713 6 0.4740 0.35383 0.008 0.000 0.060 0.288 0.000 0.644
#> GSM311714 2 0.5842 0.17620 0.012 0.432 0.132 0.424 0.000 0.000
#> GSM311716 4 0.4026 0.53754 0.004 0.008 0.084 0.780 0.000 0.124
#> GSM311717 2 0.5459 0.58940 0.008 0.584 0.136 0.272 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.0790 0.76059 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM311719 6 0.1082 0.74480 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM311720 4 0.4405 0.55383 0.004 0.056 0.072 0.776 0.000 0.092
#> GSM311721 2 0.1010 0.79593 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.6263 0.30778 0.388 0.000 0.396 0.016 0.000 0.200
#> GSM311723 1 0.4726 0.24760 0.528 0.000 0.000 0.000 0.424 0.048
#> GSM311724 2 0.1398 0.78760 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 1 0.4726 0.24760 0.528 0.000 0.000 0.000 0.424 0.048
#> GSM311726 2 0.4215 0.74717 0.000 0.724 0.080 0.196 0.000 0.000
#> GSM311727 4 0.4525 0.50559 0.000 0.144 0.048 0.748 0.000 0.060
#> GSM311728 2 0.3548 0.78717 0.000 0.796 0.068 0.136 0.000 0.000
#> GSM311729 6 0.1082 0.74480 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM311730 2 0.1124 0.79483 0.008 0.956 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.4278 0.74607 0.000 0.712 0.076 0.212 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.3966 0.53512 0.004 0.004 0.088 0.780 0.000 0.124
#> GSM311733 4 0.5587 0.31463 0.012 0.000 0.112 0.532 0.000 0.344
#> GSM311734 4 0.3574 0.52692 0.016 0.072 0.060 0.836 0.000 0.016
#> GSM311735 2 0.1074 0.80457 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.4269 0.52334 0.000 0.124 0.044 0.772 0.000 0.060
#> GSM311737 4 0.3153 0.53225 0.016 0.044 0.060 0.864 0.000 0.016
#> GSM311738 1 0.7650 -0.34357 0.320 0.000 0.212 0.160 0.004 0.304
#> GSM311739 4 0.4661 0.39970 0.012 0.204 0.084 0.700 0.000 0.000
#> GSM311740 4 0.5791 0.45576 0.004 0.028 0.208 0.608 0.000 0.152
#> GSM311741 4 0.4678 0.51072 0.004 0.004 0.116 0.708 0.000 0.168
#> GSM311742 4 0.3835 0.47883 0.008 0.156 0.048 0.784 0.000 0.004
#> GSM311743 4 0.4525 0.50559 0.000 0.144 0.048 0.748 0.000 0.060
#> GSM311744 4 0.5224 -0.28697 0.000 0.440 0.092 0.468 0.000 0.000
#> GSM311745 4 0.3906 0.52526 0.016 0.004 0.084 0.800 0.000 0.096
#> GSM311746 4 0.4824 0.38430 0.012 0.208 0.096 0.684 0.000 0.000
#> GSM311747 6 0.1082 0.74480 0.004 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM311748 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0000 0.77218 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.2762 0.80807 0.000 0.860 0.048 0.092 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.4244 0.74421 0.000 0.720 0.080 0.200 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.0000 0.77218 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.4526 0.70683 0.000 0.676 0.080 0.244 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.3516 0.78037 0.000 0.788 0.048 0.164 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0935 0.79779 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.4718 0.50784 0.004 0.004 0.120 0.704 0.000 0.168
#> GSM311757 4 0.4284 0.52711 0.000 0.120 0.044 0.772 0.000 0.064
#> GSM311758 4 0.5850 0.00752 0.016 0.000 0.396 0.464 0.000 0.124
#> GSM311759 2 0.4587 0.72898 0.000 0.688 0.108 0.204 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.5820 0.38886 0.008 0.504 0.328 0.160 0.000 0.000
#> GSM311668 6 0.5701 0.60310 0.180 0.000 0.156 0.040 0.000 0.624
#> GSM311715 3 0.6263 0.30778 0.388 0.000 0.396 0.016 0.000 0.200
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:hclust 77 NA 2
#> ATC:hclust 135 0.08220 3
#> ATC:hclust 135 0.00278 4
#> ATC:hclust 121 0.05248 5
#> ATC:hclust 117 0.11526 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.987 0.966 0.985 0.3677 0.634 0.634
#> 3 3 0.848 0.918 0.960 0.7267 0.660 0.490
#> 4 4 0.769 0.802 0.893 0.1022 0.873 0.682
#> 5 5 0.663 0.617 0.805 0.0896 0.812 0.486
#> 6 6 0.691 0.660 0.798 0.0578 0.861 0.494
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311599 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311600 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311601 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311602 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311607 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311608 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.625 0.820 0.844 0.156
#> GSM311610 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311611 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311612 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311613 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311614 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311615 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311617 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311625 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311626 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311627 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311630 2 0.644 0.799 0.164 0.836
#> GSM311631 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311636 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311638 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311639 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311641 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311643 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311645 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311646 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311647 2 0.327 0.929 0.060 0.940
#> GSM311648 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311653 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311654 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311655 1 0.644 0.810 0.836 0.164
#> GSM311656 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311664 2 0.900 0.530 0.316 0.684
#> GSM311665 1 0.722 0.760 0.800 0.200
#> GSM311666 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311669 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311670 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311676 2 0.963 0.351 0.388 0.612
#> GSM311677 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.697 0.762 0.188 0.812
#> GSM311680 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311683 2 0.552 0.848 0.128 0.872
#> GSM311684 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311689 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311690 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311692 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311697 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311699 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311704 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311712 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311713 1 0.969 0.364 0.604 0.396
#> GSM311714 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311716 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311717 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311720 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311727 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311732 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311733 1 0.625 0.820 0.844 0.156
#> GSM311734 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311736 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311737 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311739 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311741 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311742 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311743 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311744 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311745 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311746 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311747 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311756 2 0.204 0.958 0.032 0.968
#> GSM311757 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311758 2 0.141 0.970 0.020 0.980
#> GSM311759 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.000 0.971 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311600 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311601 3 0.3619 0.8553 0.000 0.136 0.864
#> GSM311602 3 0.1860 0.9252 0.000 0.052 0.948
#> GSM311603 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.2796 0.8691 0.000 0.908 0.092
#> GSM311605 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.2959 0.8901 0.000 0.100 0.900
#> GSM311608 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311610 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 2 0.6307 -0.0374 0.000 0.512 0.488
#> GSM311612 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.3038 0.8869 0.000 0.104 0.896
#> GSM311614 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311616 3 0.2356 0.9119 0.000 0.072 0.928
#> GSM311617 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 3 0.3686 0.8511 0.000 0.140 0.860
#> GSM311619 2 0.6180 0.2649 0.000 0.584 0.416
#> GSM311620 2 0.1964 0.9082 0.000 0.944 0.056
#> GSM311621 3 0.4291 0.8067 0.000 0.180 0.820
#> GSM311622 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 3 0.4062 0.8256 0.000 0.164 0.836
#> GSM311626 3 0.2878 0.8936 0.000 0.096 0.904
#> GSM311627 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 1 0.5178 0.7489 0.744 0.000 0.256
#> GSM311629 3 0.3038 0.8865 0.000 0.104 0.896
#> GSM311630 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311645 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311654 3 0.2878 0.8936 0.000 0.096 0.904
#> GSM311655 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311656 3 0.0237 0.9522 0.000 0.004 0.996
#> GSM311657 2 0.0237 0.9595 0.000 0.996 0.004
#> GSM311658 2 0.0237 0.9595 0.000 0.996 0.004
#> GSM311659 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311665 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.3619 0.8856 0.864 0.000 0.136
#> GSM311669 3 0.1163 0.9402 0.000 0.028 0.972
#> GSM311670 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.3412 0.8924 0.876 0.000 0.124
#> GSM311672 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.3686 0.8830 0.860 0.000 0.140
#> GSM311676 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 3 0.2796 0.8975 0.000 0.092 0.908
#> GSM311687 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0424 0.9479 0.008 0.000 0.992
#> GSM311689 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 1 0.3686 0.8830 0.860 0.000 0.140
#> GSM311696 2 0.5733 0.5133 0.000 0.676 0.324
#> GSM311697 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.2878 0.8936 0.000 0.096 0.904
#> GSM311705 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.5138 0.6620 0.000 0.748 0.252
#> GSM311709 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 3 0.2959 0.8551 0.100 0.000 0.900
#> GSM311711 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311712 3 0.4796 0.7563 0.000 0.220 0.780
#> GSM311713 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311714 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311716 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.3686 0.8830 0.860 0.000 0.140
#> GSM311720 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 1 0.3686 0.8830 0.860 0.000 0.140
#> GSM311723 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0237 0.9522 0.000 0.004 0.996
#> GSM311728 2 0.2261 0.8955 0.000 0.932 0.068
#> GSM311729 1 0.3340 0.8944 0.880 0.000 0.120
#> GSM311730 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 3 0.4178 0.8166 0.000 0.172 0.828
#> GSM311732 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.1860 0.9256 0.000 0.052 0.948
#> GSM311735 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.5882 0.5874 0.652 0.000 0.348
#> GSM311739 3 0.1860 0.9256 0.000 0.052 0.948
#> GSM311740 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311741 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311742 3 0.0592 0.9484 0.000 0.012 0.988
#> GSM311743 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 3 0.4121 0.8212 0.000 0.168 0.832
#> GSM311745 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311746 3 0.1163 0.9402 0.000 0.028 0.972
#> GSM311747 1 0.2959 0.9028 0.900 0.000 0.100
#> GSM311748 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.9360 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 3 0.3752 0.8469 0.000 0.144 0.856
#> GSM311754 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311756 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 3 0.0000 0.9537 0.000 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.5098 0.6642 0.000 0.752 0.248
#> GSM311760 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.4062 0.8610 0.836 0.000 0.164
#> GSM311715 1 0.5363 0.7200 0.724 0.000 0.276
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311599 4 0.3311 0.7497 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM311600 4 0.1474 0.8497 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM311601 4 0.1792 0.8497 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM311602 4 0.2760 0.8196 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM311603 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311604 2 0.6737 0.3508 0.000 0.532 0.100 0.368
#> GSM311605 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.2011 0.9025 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM311607 4 0.2149 0.8351 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM311608 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311609 3 0.3486 0.7517 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM311610 4 0.0469 0.8604 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311611 4 0.3149 0.8159 0.000 0.032 0.088 0.880
#> GSM311612 2 0.2197 0.9020 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM311613 4 0.0469 0.8604 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311614 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311616 4 0.1637 0.8478 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM311617 4 0.0469 0.8602 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311618 4 0.1637 0.8484 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM311619 4 0.3497 0.8018 0.000 0.036 0.104 0.860
#> GSM311620 4 0.6466 0.4204 0.000 0.288 0.104 0.608
#> GSM311621 4 0.2408 0.8268 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM311622 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.1637 0.9340 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311625 4 0.1867 0.8452 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM311626 4 0.1940 0.8426 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM311627 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.3533 0.8159 0.080 0.000 0.864 0.056
#> GSM311629 4 0.2408 0.8268 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM311630 3 0.4933 0.2222 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM311631 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311632 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.0188 0.8611 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311634 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.1940 0.9034 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM311636 4 0.0592 0.8594 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311637 2 0.3037 0.8853 0.000 0.880 0.100 0.020
#> GSM311638 4 0.1118 0.8554 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM311639 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.3172 0.7779 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM311641 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.1867 0.9046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM311643 4 0.0469 0.8604 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311644 3 0.4992 0.1800 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM311645 4 0.0336 0.8603 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311646 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.3172 0.7468 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM311648 2 0.2675 0.8921 0.000 0.892 0.100 0.008
#> GSM311649 2 0.1867 0.9046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM311650 2 0.3342 0.8756 0.000 0.868 0.100 0.032
#> GSM311651 4 0.0188 0.8611 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311652 2 0.1867 0.9046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM311653 4 0.3649 0.7121 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM311654 4 0.2408 0.8287 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM311655 3 0.3610 0.7453 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM311656 4 0.2149 0.8395 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM311657 2 0.6757 0.3341 0.000 0.524 0.100 0.376
#> GSM311658 2 0.6649 0.4193 0.000 0.560 0.100 0.340
#> GSM311659 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311660 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311663 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.4855 0.3509 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311665 3 0.3311 0.7544 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM311666 2 0.0707 0.9111 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311667 3 0.2921 0.8066 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM311669 4 0.0469 0.8602 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311670 4 0.0469 0.8602 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311671 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311672 2 0.2924 0.8873 0.000 0.884 0.100 0.016
#> GSM311673 4 0.0592 0.8604 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311674 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311675 3 0.2921 0.8061 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM311676 4 0.4804 0.3625 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM311677 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.4855 0.3509 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311680 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311681 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311683 4 0.4643 0.4521 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM311684 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 3 0.5000 0.1236 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM311686 4 0.2760 0.8196 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM311687 2 0.2281 0.8974 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM311688 3 0.2868 0.7924 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM311689 4 0.0469 0.8605 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311690 4 0.1118 0.8551 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM311691 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.4564 0.4779 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM311693 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311694 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311696 4 0.3557 0.7993 0.000 0.036 0.108 0.856
#> GSM311697 4 0.5710 0.6335 0.000 0.192 0.100 0.708
#> GSM311698 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.0188 0.8611 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311700 1 0.0921 0.9641 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.1716 0.8465 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM311705 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311707 3 0.4730 0.4768 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM311708 2 0.6906 0.2156 0.000 0.484 0.108 0.408
#> GSM311709 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311710 3 0.2760 0.7928 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM311711 2 0.3037 0.8859 0.000 0.880 0.100 0.020
#> GSM311712 4 0.0804 0.8597 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM311713 3 0.3528 0.7488 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM311714 2 0.1004 0.9023 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311716 4 0.4277 0.5749 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM311717 4 0.6929 -0.1132 0.000 0.444 0.108 0.448
#> GSM311718 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311720 4 0.0336 0.8610 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311721 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311722 3 0.3427 0.8079 0.112 0.000 0.860 0.028
#> GSM311723 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 1 0.1792 0.9246 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM311726 2 0.2675 0.8921 0.000 0.892 0.100 0.008
#> GSM311727 4 0.0188 0.8608 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311728 2 0.6737 0.3508 0.000 0.532 0.100 0.368
#> GSM311729 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 4 0.2654 0.8237 0.000 0.004 0.108 0.888
#> GSM311732 4 0.0469 0.8602 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311733 3 0.3123 0.7783 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM311734 4 0.0336 0.8606 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311735 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.0469 0.8602 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311737 4 0.0336 0.8606 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311738 3 0.2882 0.8057 0.024 0.000 0.892 0.084
#> GSM311739 4 0.0188 0.8611 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311740 4 0.0817 0.8591 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM311741 4 0.3688 0.6819 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM311742 4 0.0188 0.8611 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311743 4 0.0188 0.8608 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311744 4 0.1637 0.8484 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM311745 4 0.1792 0.8297 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM311746 4 0.0469 0.8604 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311747 3 0.2973 0.8055 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311748 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.2530 0.8940 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM311751 2 0.2266 0.9007 0.000 0.912 0.084 0.004
#> GSM311752 1 0.0000 0.9874 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311753 4 0.2408 0.8268 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM311754 2 0.2197 0.9014 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM311755 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.4605 0.4614 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM311757 4 0.0336 0.8603 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311758 4 0.4866 0.3749 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM311759 4 0.6867 0.0225 0.000 0.412 0.104 0.484
#> GSM311760 2 0.2593 0.8974 0.000 0.904 0.080 0.016
#> GSM311668 3 0.3533 0.8159 0.080 0.000 0.864 0.056
#> GSM311715 3 0.3601 0.8076 0.056 0.000 0.860 0.084
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311599 4 0.3647 0.65508 0.052 0.000 0.132 0.816 0.000
#> GSM311600 4 0.3692 0.66132 0.052 0.000 0.136 0.812 0.000
#> GSM311601 3 0.4397 -0.04395 0.004 0.000 0.564 0.432 0.000
#> GSM311602 3 0.3192 0.53047 0.040 0.000 0.848 0.112 0.000
#> GSM311603 1 0.1357 0.89632 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM311604 3 0.3395 0.57575 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.4227 0.27804 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.3336 0.47847 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM311608 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 4 0.4341 0.17472 0.404 0.000 0.004 0.592 0.000
#> GSM311610 4 0.2864 0.71555 0.012 0.000 0.136 0.852 0.000
#> GSM311611 3 0.3143 0.51371 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM311612 2 0.4350 0.30361 0.000 0.588 0.408 0.004 0.000
#> GSM311613 4 0.4446 0.26650 0.004 0.000 0.476 0.520 0.000
#> GSM311614 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.0566 0.92043 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM311616 3 0.4192 0.04617 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM311617 4 0.2536 0.71597 0.004 0.000 0.128 0.868 0.000
#> GSM311618 3 0.4256 0.00956 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> GSM311619 3 0.2068 0.60262 0.000 0.004 0.904 0.092 0.000
#> GSM311620 3 0.2504 0.62545 0.000 0.040 0.896 0.064 0.000
#> GSM311621 3 0.2020 0.59898 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.4251 0.41220 0.372 0.000 0.004 0.000 0.624
#> GSM311625 3 0.4171 0.08133 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM311626 3 0.3895 0.23899 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM311627 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311628 1 0.2300 0.88849 0.908 0.000 0.000 0.052 0.040
#> GSM311629 3 0.2179 0.58980 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311630 4 0.4364 0.57160 0.148 0.000 0.088 0.764 0.000
#> GSM311631 3 0.4182 0.28684 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.4182 0.53258 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.4138 0.35964 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.2439 0.71584 0.004 0.000 0.120 0.876 0.000
#> GSM311637 3 0.4441 0.56206 0.000 0.236 0.720 0.044 0.000
#> GSM311638 4 0.4066 0.67679 0.044 0.000 0.188 0.768 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.4364 0.62508 0.048 0.000 0.216 0.736 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.4171 0.33686 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.2930 0.70558 0.004 0.000 0.164 0.832 0.000
#> GSM311644 1 0.2124 0.85560 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> GSM311645 4 0.1732 0.72262 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.0912 0.71010 0.016 0.000 0.012 0.972 0.000
#> GSM311648 3 0.3816 0.48536 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.4171 0.33686 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM311650 3 0.3595 0.64636 0.000 0.140 0.816 0.044 0.000
#> GSM311651 4 0.3452 0.68813 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM311652 2 0.4321 0.33099 0.000 0.600 0.396 0.004 0.000
#> GSM311653 4 0.3507 0.65620 0.052 0.000 0.120 0.828 0.000
#> GSM311654 3 0.3949 0.21601 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311655 4 0.3561 0.47232 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM311656 3 0.4302 -0.33139 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM311657 3 0.2798 0.64718 0.000 0.140 0.852 0.008 0.000
#> GSM311658 3 0.3366 0.58001 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM311659 3 0.4302 -0.00242 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311661 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 3 0.4182 0.28684 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.4498 0.60341 0.112 0.000 0.132 0.756 0.000
#> GSM311665 4 0.5613 0.19541 0.332 0.000 0.092 0.576 0.000
#> GSM311666 2 0.3730 0.55611 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.1626 0.90083 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> GSM311669 4 0.4114 0.51263 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM311670 4 0.2516 0.71029 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM311671 1 0.1597 0.90123 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM311672 3 0.3707 0.51819 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.3628 0.66867 0.012 0.000 0.216 0.772 0.000
#> GSM311674 5 0.0000 0.92338 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311675 1 0.2696 0.88340 0.896 0.000 0.012 0.052 0.040
#> GSM311676 4 0.1670 0.69619 0.052 0.000 0.012 0.936 0.000
#> GSM311677 5 0.0566 0.92043 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM311678 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.4334 0.62184 0.080 0.000 0.156 0.764 0.000
#> GSM311680 3 0.4268 0.14731 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311682 1 0.1357 0.89632 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM311683 4 0.2561 0.71838 0.020 0.000 0.096 0.884 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.2583 0.82419 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132
#> GSM311686 3 0.3141 0.53347 0.040 0.000 0.852 0.108 0.000
#> GSM311687 2 0.4300 0.11421 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM311688 1 0.1732 0.86130 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM311689 4 0.2068 0.71458 0.004 0.000 0.092 0.904 0.000
#> GSM311690 4 0.4204 0.65888 0.048 0.000 0.196 0.756 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.1704 0.71452 0.004 0.000 0.068 0.928 0.000
#> GSM311693 3 0.4150 0.31332 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 1 0.1597 0.90123 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM311696 3 0.2069 0.61103 0.000 0.012 0.912 0.076 0.000
#> GSM311697 3 0.3319 0.56455 0.000 0.020 0.820 0.160 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.3837 0.60615 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM311700 5 0.3300 0.73071 0.204 0.000 0.004 0.000 0.792
#> GSM311701 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0404 0.84925 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.4114 0.13444 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.0566 0.92043 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM311707 1 0.1502 0.89055 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM311708 3 0.3492 0.60917 0.000 0.188 0.796 0.016 0.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311710 1 0.1638 0.86980 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> GSM311711 2 0.4287 0.18235 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.4449 0.23404 0.004 0.000 0.484 0.512 0.000
#> GSM311713 4 0.4359 0.19808 0.412 0.000 0.004 0.584 0.000
#> GSM311714 2 0.4376 0.53521 0.000 0.764 0.144 0.092 0.000
#> GSM311716 4 0.1697 0.72034 0.008 0.000 0.060 0.932 0.000
#> GSM311717 3 0.3328 0.62252 0.004 0.176 0.812 0.008 0.000
#> GSM311718 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311719 1 0.1597 0.90123 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> GSM311720 4 0.4219 0.49901 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 1 0.5431 0.62370 0.676 0.000 0.084 0.224 0.016
#> GSM311723 5 0.0566 0.92043 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM311724 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4084 0.51044 0.328 0.000 0.004 0.000 0.668
#> GSM311726 3 0.4009 0.47097 0.000 0.312 0.684 0.004 0.000
#> GSM311727 4 0.4219 0.47985 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM311728 3 0.3336 0.58220 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> GSM311729 1 0.1357 0.89965 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM311730 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 3 0.2011 0.60168 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> GSM311732 4 0.2389 0.71744 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> GSM311733 4 0.4287 0.01271 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM311734 4 0.4235 0.41428 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM311735 2 0.0162 0.85461 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.3949 0.56233 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM311737 4 0.3636 0.63460 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM311738 1 0.4571 0.68072 0.736 0.000 0.076 0.188 0.000
#> GSM311739 4 0.4256 0.38857 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM311740 4 0.3816 0.65081 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM311741 4 0.1124 0.71823 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> GSM311742 4 0.4192 0.46606 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM311743 4 0.4150 0.53133 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM311744 3 0.4262 0.01331 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM311745 4 0.2536 0.71597 0.004 0.000 0.128 0.868 0.000
#> GSM311746 4 0.4251 0.51620 0.004 0.000 0.372 0.624 0.000
#> GSM311747 1 0.1357 0.89965 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM311748 2 0.0162 0.85395 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311750 3 0.3876 0.46871 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> GSM311751 3 0.4425 0.15643 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> GSM311752 5 0.0162 0.92384 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311753 3 0.2127 0.59714 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM311754 2 0.3895 0.49998 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.85718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.1012 0.71380 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> GSM311757 4 0.3895 0.59268 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM311758 4 0.4588 0.61466 0.060 0.000 0.220 0.720 0.000
#> GSM311759 3 0.3132 0.62504 0.000 0.172 0.820 0.008 0.000
#> GSM311760 3 0.4304 0.03880 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM311668 1 0.1830 0.89721 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> GSM311715 1 0.5115 0.61890 0.676 0.000 0.092 0.232 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.0891 0.89408 0.000 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> GSM311599 1 0.2875 0.63103 0.852 0.052 0.000 0.096 0.000 0.000
#> GSM311600 1 0.2923 0.63677 0.848 0.052 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM311601 4 0.4163 0.66405 0.048 0.196 0.000 0.744 0.004 0.008
#> GSM311602 2 0.4814 0.23318 0.412 0.532 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM311603 6 0.0912 0.93059 0.004 0.012 0.000 0.004 0.008 0.972
#> GSM311604 2 0.2624 0.75718 0.000 0.856 0.124 0.020 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0520 0.93354 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.3499 0.61419 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 4 0.5103 0.14591 0.048 0.440 0.000 0.500 0.004 0.008
#> GSM311608 3 0.0692 0.92703 0.004 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 1 0.5949 0.40951 0.416 0.000 0.000 0.364 0.000 0.220
#> GSM311610 4 0.2121 0.63576 0.096 0.012 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM311611 2 0.5000 0.17128 0.044 0.544 0.000 0.400 0.004 0.008
#> GSM311612 2 0.5481 0.54620 0.040 0.580 0.336 0.032 0.004 0.008
#> GSM311613 4 0.3698 0.68631 0.044 0.148 0.000 0.796 0.004 0.008
#> GSM311614 3 0.0146 0.93436 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.1592 0.88515 0.024 0.016 0.000 0.004 0.944 0.012
#> GSM311616 4 0.3323 0.66479 0.008 0.240 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.3482 0.25258 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM311618 4 0.2738 0.69561 0.004 0.176 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.3499 0.52793 0.004 0.728 0.004 0.264 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2592 0.69296 0.004 0.864 0.016 0.116 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.3405 0.51848 0.004 0.724 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM311622 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.4962 0.45877 0.048 0.012 0.000 0.004 0.608 0.328
#> GSM311625 4 0.3342 0.66513 0.012 0.228 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM311626 4 0.4002 0.64534 0.036 0.260 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM311627 5 0.1036 0.89424 0.000 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM311628 6 0.2959 0.84287 0.124 0.008 0.000 0.024 0.000 0.844
#> GSM311629 2 0.3993 0.21957 0.008 0.592 0.000 0.400 0.000 0.000
#> GSM311630 1 0.3395 0.66575 0.812 0.020 0.000 0.148 0.000 0.020
#> GSM311631 2 0.2964 0.72299 0.000 0.792 0.204 0.004 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0291 0.93202 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.3190 0.69460 0.044 0.136 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM311634 3 0.0458 0.93103 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.3930 0.46319 0.004 0.576 0.420 0.000 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.3684 0.21337 0.332 0.004 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM311637 2 0.4622 0.67092 0.020 0.744 0.064 0.160 0.008 0.004
#> GSM311638 1 0.4342 0.58712 0.692 0.052 0.000 0.252 0.000 0.004
#> GSM311639 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.3710 0.64972 0.788 0.064 0.000 0.144 0.000 0.004
#> GSM311641 3 0.0837 0.92960 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM311642 2 0.4203 0.44841 0.004 0.564 0.424 0.000 0.004 0.004
#> GSM311643 4 0.1594 0.67214 0.052 0.016 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.1965 0.90405 0.024 0.008 0.000 0.004 0.040 0.924
#> GSM311645 4 0.4032 -0.05835 0.420 0.008 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM311646 3 0.0508 0.93230 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> GSM311647 1 0.4499 0.43601 0.540 0.032 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM311648 2 0.2473 0.75232 0.000 0.856 0.136 0.008 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.4203 0.44841 0.004 0.564 0.424 0.000 0.004 0.004
#> GSM311650 2 0.3709 0.69963 0.020 0.808 0.040 0.128 0.004 0.000
#> GSM311651 4 0.5086 0.08951 0.384 0.084 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM311652 2 0.4386 0.46454 0.008 0.568 0.412 0.000 0.004 0.008
#> GSM311653 1 0.3130 0.65457 0.828 0.048 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM311654 4 0.4060 0.62930 0.032 0.284 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM311655 1 0.5044 0.47870 0.536 0.000 0.000 0.384 0.000 0.080
#> GSM311656 4 0.4099 0.65160 0.048 0.244 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.2705 0.73299 0.004 0.872 0.052 0.072 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.2510 0.75790 0.000 0.872 0.100 0.028 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.2969 0.70656 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.1036 0.89424 0.000 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM311661 3 0.0837 0.92960 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM311662 2 0.2883 0.71780 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM311663 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.2993 0.66590 0.844 0.028 0.000 0.120 0.000 0.008
#> GSM311665 1 0.3211 0.65920 0.848 0.020 0.000 0.076 0.000 0.056
#> GSM311666 2 0.4290 0.52112 0.020 0.612 0.364 0.000 0.004 0.000
#> GSM311667 6 0.0665 0.93389 0.004 0.008 0.000 0.000 0.008 0.980
#> GSM311669 4 0.2221 0.70482 0.032 0.072 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM311670 4 0.2632 0.53227 0.164 0.004 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM311671 6 0.0405 0.93404 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM311672 2 0.2346 0.75545 0.000 0.868 0.124 0.008 0.000 0.000
#> GSM311673 1 0.4931 0.41781 0.592 0.084 0.000 0.324 0.000 0.000
#> GSM311674 5 0.0622 0.89082 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> GSM311675 6 0.3328 0.78287 0.192 0.012 0.000 0.008 0.000 0.788
#> GSM311676 1 0.4008 0.58023 0.672 0.016 0.000 0.308 0.000 0.004
#> GSM311677 5 0.1592 0.88515 0.024 0.016 0.000 0.004 0.944 0.012
#> GSM311678 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 1 0.3024 0.66552 0.844 0.032 0.000 0.116 0.000 0.008
#> GSM311680 2 0.2912 0.71466 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.1036 0.89424 0.000 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM311682 6 0.0912 0.93059 0.004 0.012 0.000 0.004 0.008 0.972
#> GSM311683 4 0.4223 0.08079 0.368 0.004 0.000 0.612 0.000 0.016
#> GSM311684 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 6 0.2575 0.87391 0.016 0.020 0.000 0.004 0.072 0.888
#> GSM311686 2 0.4684 0.33964 0.372 0.576 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.3464 0.62354 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> GSM311688 6 0.3385 0.73434 0.144 0.008 0.000 0.036 0.000 0.812
#> GSM311689 1 0.4241 0.47443 0.608 0.024 0.000 0.368 0.000 0.000
#> GSM311690 1 0.3493 0.60325 0.800 0.064 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM311691 3 0.0603 0.93172 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311692 1 0.4269 0.42332 0.568 0.020 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM311693 2 0.3043 0.72452 0.000 0.792 0.200 0.008 0.000 0.000
#> GSM311694 3 0.0837 0.92960 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM311695 6 0.0405 0.93404 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM311696 2 0.2505 0.69585 0.020 0.880 0.008 0.092 0.000 0.000
#> GSM311697 2 0.5204 0.28535 0.048 0.572 0.004 0.360 0.008 0.008
#> GSM311698 3 0.0603 0.93172 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM311699 4 0.2328 0.69013 0.056 0.052 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM311700 5 0.4798 0.28409 0.012 0.024 0.000 0.004 0.548 0.412
#> GSM311701 3 0.0837 0.92960 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM311702 3 0.3629 0.49925 0.012 0.276 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 3 0.1625 0.89051 0.012 0.060 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.4292 0.63180 0.036 0.244 0.000 0.708 0.004 0.008
#> GSM311705 3 0.0508 0.93265 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.1553 0.88395 0.032 0.008 0.000 0.004 0.944 0.012
#> GSM311707 6 0.2171 0.90539 0.032 0.016 0.000 0.004 0.032 0.916
#> GSM311708 2 0.3202 0.75467 0.028 0.844 0.100 0.028 0.000 0.000
#> GSM311709 3 0.0837 0.92960 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004 0.000
#> GSM311710 6 0.1168 0.91790 0.016 0.000 0.000 0.028 0.000 0.956
#> GSM311711 2 0.5011 0.44061 0.020 0.572 0.372 0.032 0.004 0.000
#> GSM311712 4 0.3229 0.69535 0.048 0.120 0.000 0.828 0.000 0.004
#> GSM311713 1 0.6130 0.36594 0.340 0.000 0.000 0.324 0.000 0.336
#> GSM311714 3 0.4902 0.56112 0.020 0.072 0.704 0.196 0.004 0.004
#> GSM311716 4 0.3706 0.07233 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM311717 2 0.2681 0.71067 0.028 0.880 0.020 0.072 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.1036 0.89424 0.000 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM311719 6 0.0551 0.93404 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> GSM311720 4 0.2999 0.70718 0.040 0.124 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM311721 3 0.0964 0.93070 0.016 0.012 0.968 0.000 0.004 0.000
#> GSM311722 1 0.4739 0.05910 0.596 0.040 0.000 0.004 0.004 0.356
#> GSM311723 5 0.1553 0.88395 0.032 0.008 0.000 0.004 0.944 0.012
#> GSM311724 3 0.0000 0.93431 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.4803 0.53849 0.048 0.012 0.000 0.004 0.648 0.288
#> GSM311726 2 0.3037 0.75465 0.008 0.844 0.128 0.008 0.004 0.008
#> GSM311727 4 0.3674 0.68947 0.036 0.160 0.000 0.792 0.004 0.008
#> GSM311728 2 0.2560 0.75441 0.000 0.872 0.092 0.036 0.000 0.000
#> GSM311729 6 0.0665 0.93389 0.004 0.008 0.000 0.000 0.008 0.980
#> GSM311730 3 0.0363 0.93229 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.2623 0.67362 0.016 0.852 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.3659 0.12653 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM311733 1 0.6076 0.40511 0.384 0.000 0.000 0.344 0.000 0.272
#> GSM311734 4 0.2309 0.70954 0.028 0.084 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM311735 3 0.2340 0.77171 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.2322 0.70425 0.036 0.064 0.000 0.896 0.000 0.004
#> GSM311737 4 0.1644 0.67688 0.040 0.028 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM311738 1 0.4503 -0.00741 0.560 0.020 0.000 0.008 0.000 0.412
#> GSM311739 4 0.2006 0.71183 0.004 0.104 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM311740 4 0.5609 0.18287 0.348 0.156 0.000 0.496 0.000 0.000
#> GSM311741 1 0.3867 0.31211 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> GSM311742 4 0.2282 0.71095 0.024 0.088 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM311743 4 0.3706 0.69176 0.040 0.156 0.000 0.792 0.004 0.008
#> GSM311744 4 0.3546 0.68475 0.020 0.180 0.000 0.788 0.004 0.008
#> GSM311745 4 0.3547 0.21393 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM311746 4 0.2046 0.69993 0.032 0.060 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM311747 6 0.0405 0.93404 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> GSM311748 3 0.0508 0.93164 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.1149 0.89351 0.000 0.008 0.000 0.024 0.960 0.008
#> GSM311750 2 0.2402 0.75107 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.4895 0.68086 0.040 0.688 0.236 0.024 0.004 0.008
#> GSM311752 5 0.1036 0.89424 0.000 0.004 0.000 0.024 0.964 0.008
#> GSM311753 2 0.4405 0.49574 0.036 0.688 0.000 0.264 0.004 0.008
#> GSM311754 3 0.4453 -0.12192 0.020 0.452 0.524 0.000 0.004 0.000
#> GSM311755 3 0.0603 0.93030 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 1 0.3854 0.36726 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM311757 4 0.2263 0.68887 0.048 0.056 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM311758 1 0.3646 0.65523 0.804 0.072 0.000 0.116 0.000 0.008
#> GSM311759 2 0.2822 0.73120 0.004 0.864 0.056 0.076 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.4009 0.63012 0.028 0.684 0.288 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 6 0.1003 0.92344 0.016 0.000 0.000 0.020 0.000 0.964
#> GSM311715 1 0.4638 0.05162 0.588 0.040 0.000 0.004 0.000 0.368
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:kmeans 161 0.08498 2
#> ATC:kmeans 161 0.01687 3
#> ATC:kmeans 144 0.00781 4
#> ATC:kmeans 121 0.02751 5
#> ATC:kmeans 125 0.23069 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.989 0.4878 0.511 0.511
#> 3 3 0.937 0.911 0.966 0.2743 0.827 0.673
#> 4 4 0.781 0.687 0.833 0.0911 0.947 0.863
#> 5 5 0.744 0.625 0.787 0.0558 0.932 0.812
#> 6 6 0.706 0.580 0.779 0.0450 0.930 0.779
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311599 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311601 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311602 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311607 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311608 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.541 0.851 0.876 0.124
#> GSM311611 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311612 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311613 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311614 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311615 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311617 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311618 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311625 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311626 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311627 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311630 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311637 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311639 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311640 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311641 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.722 0.751 0.800 0.200
#> GSM311644 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311646 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311651 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311652 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311653 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311654 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311655 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311669 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311670 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.994 0.125 0.456 0.544
#> GSM311674 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311677 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311690 1 0.871 0.595 0.708 0.292
#> GSM311691 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311697 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311699 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311704 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311709 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311712 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311713 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311714 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311720 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311727 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311732 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311734 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311736 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311737 1 0.909 0.534 0.676 0.324
#> GSM311738 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311739 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311740 1 0.987 0.248 0.568 0.432
#> GSM311741 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311742 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311743 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311744 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311745 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311746 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311747 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311756 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311757 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311759 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.000 0.979 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.000 0.979 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 2 0.6008 0.362 0.000 0.628 0.372
#> GSM311602 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311608 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 1 0.2796 0.864 0.908 0.000 0.092
#> GSM311610 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.3116 0.822 0.000 0.108 0.892
#> GSM311614 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311616 2 0.2165 0.921 0.000 0.936 0.064
#> GSM311617 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 3 0.5138 0.653 0.000 0.252 0.748
#> GSM311619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 2 0.2796 0.889 0.000 0.908 0.092
#> GSM311626 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311627 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311629 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311630 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311645 1 0.3412 0.829 0.876 0.000 0.124
#> GSM311646 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 1 0.0747 0.940 0.984 0.000 0.016
#> GSM311648 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 1 0.3551 0.817 0.868 0.000 0.132
#> GSM311652 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311654 3 0.6295 0.140 0.000 0.472 0.528
#> GSM311655 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311656 3 0.6244 0.233 0.000 0.440 0.560
#> GSM311657 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311669 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 1 0.7262 0.164 0.528 0.444 0.028
#> GSM311674 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311677 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311683 3 0.6168 0.287 0.412 0.000 0.588
#> GSM311684 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311690 1 0.5678 0.492 0.684 0.316 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311697 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 2 0.1163 0.961 0.000 0.972 0.028
#> GSM311705 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311711 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311712 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311713 3 0.5733 0.486 0.324 0.000 0.676
#> GSM311714 2 0.4452 0.748 0.000 0.808 0.192
#> GSM311716 1 0.6168 0.262 0.588 0.000 0.412
#> GSM311717 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311720 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0892 0.881 0.000 0.020 0.980
#> GSM311728 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311732 3 0.6225 0.230 0.432 0.000 0.568
#> GSM311733 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> GSM311734 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311739 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311740 1 0.8858 0.248 0.532 0.332 0.136
#> GSM311741 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311742 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311743 3 0.1529 0.870 0.000 0.040 0.960
#> GSM311744 3 0.3192 0.819 0.000 0.112 0.888
#> GSM311745 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311746 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311747 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311748 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311756 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
#> GSM311715 1 0.0000 0.954 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311599 1 0.4277 0.4779 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM311600 1 0.4103 0.5214 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM311601 3 0.5203 0.4093 0.000 0.232 0.720 0.048
#> GSM311602 2 0.4103 0.6475 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM311603 1 0.4193 0.7728 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311604 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 2 0.4679 0.4762 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM311608 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311609 1 0.4477 0.7526 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311610 4 0.4855 0.3704 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311611 2 0.4543 0.5215 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM311612 2 0.4356 0.5792 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM311613 3 0.5676 0.4425 0.000 0.136 0.720 0.144
#> GSM311614 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311616 2 0.4534 0.7052 0.000 0.800 0.068 0.132
#> GSM311617 4 0.2704 0.3260 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM311618 4 0.7836 -0.1686 0.000 0.264 0.348 0.388
#> GSM311619 2 0.0188 0.9180 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311625 2 0.6086 0.4751 0.000 0.680 0.188 0.132
#> GSM311626 2 0.1211 0.8923 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM311627 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311628 1 0.0592 0.8264 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311629 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311630 1 0.4814 0.7476 0.676 0.000 0.008 0.316
#> GSM311631 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.4661 0.3660 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM311634 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.4134 0.2921 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM311637 2 0.0336 0.9149 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311638 1 0.5973 0.6995 0.612 0.000 0.056 0.332
#> GSM311639 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.5599 0.7426 0.664 0.000 0.048 0.288
#> GSM311641 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.4866 0.3751 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM311644 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311645 4 0.4855 -0.0928 0.352 0.000 0.004 0.644
#> GSM311646 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311647 1 0.1297 0.8180 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM311648 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.5036 0.1348 0.280 0.000 0.024 0.696
#> GSM311652 2 0.2011 0.8569 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM311653 1 0.0469 0.8221 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311654 2 0.7914 -0.4769 0.000 0.352 0.340 0.308
#> GSM311655 1 0.4500 0.7494 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311656 4 0.7771 -0.1556 0.000 0.328 0.252 0.420
#> GSM311657 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.1151 0.8195 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM311665 1 0.0707 0.8189 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.4431 0.7563 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311669 4 0.4730 0.3852 0.000 0.000 0.364 0.636
#> GSM311670 4 0.4877 0.2973 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311671 1 0.3400 0.8001 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM311672 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311673 3 0.7318 0.2936 0.320 0.044 0.564 0.072
#> GSM311674 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311676 1 0.0779 0.8273 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM311677 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311679 1 0.0376 0.8284 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM311680 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311682 1 0.4193 0.7728 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311683 4 0.5659 -0.1505 0.368 0.000 0.032 0.600
#> GSM311684 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.4193 0.7728 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311686 2 0.4103 0.6475 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311688 1 0.4500 0.7487 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311689 1 0.5038 0.7545 0.684 0.000 0.020 0.296
#> GSM311690 3 0.5558 0.2030 0.432 0.020 0.548 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 1 0.4331 0.7645 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM311693 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311695 1 0.4500 0.7498 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311696 2 0.3266 0.7616 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM311697 2 0.3266 0.7688 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.4522 0.3805 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM311700 1 0.4193 0.7728 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311701 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 2 0.5548 0.3126 0.000 0.588 0.388 0.024
#> GSM311705 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.3764 0.7011 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311710 1 0.4454 0.7551 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM311711 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.4898 0.3647 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM311713 4 0.4222 0.1653 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM311714 2 0.7494 -0.2276 0.000 0.460 0.352 0.188
#> GSM311716 4 0.4967 -0.3744 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM311717 2 0.0707 0.9070 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311719 1 0.4500 0.7498 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311720 4 0.4713 0.3639 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM311721 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311722 1 0.0469 0.8221 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.1302 0.8884 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM311727 3 0.5578 0.2790 0.000 0.040 0.648 0.312
#> GSM311728 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311729 1 0.4431 0.7563 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311730 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.5206 0.0578 0.308 0.000 0.024 0.668
#> GSM311733 1 0.5582 0.6217 0.576 0.000 0.024 0.400
#> GSM311734 4 0.4817 0.3820 0.000 0.000 0.388 0.612
#> GSM311735 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.4999 0.1445 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM311737 4 0.4877 0.3732 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311738 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311739 4 0.5290 0.3597 0.000 0.012 0.404 0.584
#> GSM311740 4 0.8439 -0.0612 0.344 0.184 0.040 0.432
#> GSM311741 1 0.4585 0.7349 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM311742 4 0.4855 0.3776 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311743 3 0.5742 0.3106 0.000 0.052 0.648 0.300
#> GSM311744 3 0.6303 0.3979 0.000 0.148 0.660 0.192
#> GSM311745 4 0.1888 0.2943 0.016 0.000 0.044 0.940
#> GSM311746 4 0.4888 0.3693 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM311747 1 0.4477 0.7523 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311748 2 0.0707 0.9069 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.4356 0.5792 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.4406 0.5654 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311756 1 0.4543 0.7434 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM311757 4 0.4948 0.2504 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM311758 1 0.5416 0.7594 0.692 0.000 0.048 0.260
#> GSM311759 2 0.0000 0.9207 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.3801 0.6960 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM311668 1 0.2530 0.8144 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311715 1 0.0469 0.8221 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311599 1 0.4437 0.33658 0.532 0.000 0.004 0.000 0.464
#> GSM311600 1 0.4294 0.32748 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM311601 3 0.6279 0.39188 0.156 0.100 0.656 0.088 0.000
#> GSM311602 1 0.4219 0.21608 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> GSM311603 5 0.3395 0.73124 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM311604 2 0.0404 0.91022 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0290 0.91075 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 3 0.4982 0.17336 0.032 0.412 0.556 0.000 0.000
#> GSM311608 2 0.0162 0.91151 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311609 5 0.4192 0.59920 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM311610 4 0.5606 0.30610 0.296 0.000 0.104 0.600 0.000
#> GSM311611 3 0.4403 0.16931 0.004 0.436 0.560 0.000 0.000
#> GSM311612 2 0.4321 0.31709 0.004 0.600 0.396 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.6027 0.34664 0.168 0.040 0.660 0.132 0.000
#> GSM311614 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311616 2 0.5614 0.46048 0.136 0.660 0.008 0.196 0.000
#> GSM311617 4 0.3115 0.32819 0.112 0.000 0.036 0.852 0.000
#> GSM311618 4 0.7804 0.02683 0.300 0.200 0.084 0.416 0.000
#> GSM311619 2 0.1372 0.88942 0.024 0.956 0.004 0.016 0.000
#> GSM311620 2 0.1082 0.89986 0.028 0.964 0.008 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.1082 0.90162 0.028 0.964 0.008 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311625 2 0.7645 -0.28880 0.284 0.376 0.048 0.292 0.000
#> GSM311626 2 0.4082 0.70936 0.160 0.788 0.044 0.008 0.000
#> GSM311627 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311628 5 0.1671 0.74433 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM311629 2 0.0992 0.90199 0.024 0.968 0.008 0.000 0.000
#> GSM311630 5 0.4969 0.61345 0.036 0.000 0.000 0.376 0.588
#> GSM311631 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0451 0.91067 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.6080 0.20755 0.132 0.004 0.556 0.308 0.000
#> GSM311634 2 0.0290 0.91075 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.4774 0.07641 0.016 0.000 0.328 0.644 0.012
#> GSM311637 2 0.0898 0.90389 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000
#> GSM311638 4 0.6877 -0.00772 0.296 0.000 0.008 0.444 0.252
#> GSM311639 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311640 5 0.6718 0.36647 0.300 0.000 0.004 0.236 0.460
#> GSM311641 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0771 0.90589 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.6163 0.29995 0.292 0.000 0.168 0.540 0.000
#> GSM311644 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311645 4 0.6188 0.03283 0.052 0.000 0.060 0.588 0.300
#> GSM311646 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311647 5 0.3416 0.67391 0.072 0.000 0.000 0.088 0.840
#> GSM311648 2 0.0290 0.91075 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0865 0.90348 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0510 0.91053 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.8146 0.18129 0.136 0.000 0.220 0.408 0.236
#> GSM311652 2 0.2179 0.82532 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM311653 5 0.1965 0.68405 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM311654 3 0.6697 0.38429 0.076 0.220 0.596 0.108 0.000
#> GSM311655 5 0.4066 0.68226 0.004 0.000 0.000 0.324 0.672
#> GSM311656 3 0.7573 0.35193 0.172 0.160 0.520 0.148 0.000
#> GSM311657 2 0.0609 0.90853 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311661 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0404 0.91022 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311664 5 0.2573 0.69234 0.104 0.000 0.000 0.016 0.880
#> GSM311665 5 0.2179 0.68867 0.100 0.000 0.000 0.004 0.896
#> GSM311666 2 0.0162 0.91109 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.3928 0.69822 0.004 0.000 0.000 0.296 0.700
#> GSM311669 4 0.6380 0.23322 0.224 0.000 0.260 0.516 0.000
#> GSM311670 3 0.4752 0.30055 0.036 0.000 0.648 0.316 0.000
#> GSM311671 5 0.3612 0.71783 0.000 0.000 0.000 0.268 0.732
#> GSM311672 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 1 0.7794 0.33413 0.508 0.016 0.136 0.100 0.240
#> GSM311674 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311675 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311676 5 0.2569 0.72386 0.068 0.000 0.000 0.040 0.892
#> GSM311677 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311678 2 0.0162 0.91109 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 5 0.1117 0.75863 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964
#> GSM311680 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311682 5 0.3550 0.72977 0.004 0.000 0.000 0.236 0.760
#> GSM311683 4 0.5640 0.01446 0.000 0.000 0.104 0.592 0.304
#> GSM311684 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311685 5 0.3550 0.72977 0.004 0.000 0.000 0.236 0.760
#> GSM311686 1 0.4210 0.21617 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0290 0.91075 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311688 5 0.4236 0.67520 0.004 0.000 0.004 0.328 0.664
#> GSM311689 5 0.5404 0.64769 0.088 0.000 0.000 0.292 0.620
#> GSM311690 1 0.6366 0.36811 0.544 0.004 0.212 0.000 0.240
#> GSM311691 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311692 5 0.4532 0.70834 0.020 0.000 0.016 0.248 0.716
#> GSM311693 2 0.0898 0.90375 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0162 0.91158 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 5 0.4126 0.63349 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM311696 2 0.3109 0.68497 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM311697 2 0.4238 0.71799 0.104 0.800 0.080 0.016 0.000
#> GSM311698 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.6438 -0.00227 0.176 0.000 0.400 0.424 0.000
#> GSM311700 5 0.3366 0.73302 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM311701 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0162 0.91109 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0290 0.91075 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.3809 0.35783 0.008 0.256 0.736 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0162 0.91109 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311707 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311708 2 0.3707 0.52740 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311710 5 0.4060 0.64962 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM311711 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.6799 0.24934 0.296 0.008 0.232 0.464 0.000
#> GSM311713 4 0.4351 0.21223 0.004 0.000 0.028 0.724 0.244
#> GSM311714 2 0.7976 -0.39829 0.296 0.316 0.076 0.312 0.000
#> GSM311716 4 0.4768 -0.19059 0.000 0.000 0.024 0.592 0.384
#> GSM311717 2 0.2773 0.75978 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311719 5 0.4126 0.63349 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM311720 3 0.6629 0.06977 0.232 0.000 0.436 0.332 0.000
#> GSM311721 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311722 5 0.1908 0.68850 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM311723 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311724 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311726 2 0.2462 0.82329 0.008 0.880 0.112 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0290 0.46141 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311728 2 0.0510 0.90956 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM311729 5 0.3969 0.69291 0.004 0.000 0.000 0.304 0.692
#> GSM311730 2 0.0162 0.91109 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.1251 0.89359 0.036 0.956 0.008 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.5146 0.04381 0.032 0.000 0.016 0.636 0.316
#> GSM311733 5 0.5165 0.48638 0.000 0.000 0.040 0.448 0.512
#> GSM311734 4 0.6381 0.27818 0.276 0.000 0.212 0.512 0.000
#> GSM311735 2 0.0404 0.91022 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.3355 0.41364 0.012 0.000 0.804 0.184 0.000
#> GSM311737 4 0.5991 0.30362 0.288 0.000 0.148 0.564 0.000
#> GSM311738 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311739 4 0.6913 0.25817 0.304 0.040 0.144 0.512 0.000
#> GSM311740 5 0.9554 -0.15253 0.156 0.108 0.260 0.160 0.316
#> GSM311741 5 0.4384 0.67239 0.016 0.000 0.000 0.324 0.660
#> GSM311742 4 0.6452 0.26310 0.284 0.000 0.220 0.496 0.000
#> GSM311743 3 0.0324 0.46374 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM311744 3 0.6915 0.21951 0.228 0.036 0.536 0.200 0.000
#> GSM311745 4 0.2912 0.33162 0.088 0.000 0.028 0.876 0.008
#> GSM311746 4 0.6361 0.28302 0.296 0.000 0.196 0.508 0.000
#> GSM311747 5 0.4114 0.63786 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM311748 2 0.1041 0.89746 0.004 0.964 0.032 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311750 2 0.0566 0.90945 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.3816 0.53365 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.0000 0.76599 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311753 2 0.4430 0.11354 0.004 0.540 0.456 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.0324 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0290 0.91139 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311756 5 0.4451 0.65785 0.016 0.000 0.000 0.340 0.644
#> GSM311757 3 0.4481 0.36618 0.048 0.000 0.720 0.232 0.000
#> GSM311758 5 0.6402 0.41596 0.288 0.000 0.000 0.208 0.504
#> GSM311759 2 0.0898 0.90437 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.4088 0.31659 0.368 0.632 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.2074 0.76350 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM311715 5 0.1792 0.69553 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311599 1 0.4230 0.4048 0.544 0.000 0.004 0.004 0.444 0.004
#> GSM311600 1 0.4230 0.4048 0.544 0.000 0.004 0.004 0.444 0.004
#> GSM311601 3 0.4237 0.3327 0.004 0.048 0.704 0.244 0.000 0.000
#> GSM311602 1 0.4804 0.2526 0.656 0.232 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM311603 5 0.3668 0.3906 0.004 0.000 0.000 0.000 0.668 0.328
#> GSM311604 2 0.1852 0.8937 0.040 0.928 0.004 0.004 0.000 0.024
#> GSM311605 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0837 0.9045 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311607 3 0.3688 0.4360 0.020 0.256 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM311608 2 0.0405 0.9073 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.4629 0.2005 0.008 0.000 0.000 0.024 0.460 0.508
#> GSM311610 4 0.2568 0.6305 0.012 0.000 0.016 0.876 0.000 0.096
#> GSM311611 3 0.3405 0.4326 0.004 0.272 0.724 0.000 0.000 0.000
#> GSM311612 3 0.3881 0.3316 0.004 0.396 0.600 0.000 0.000 0.000
#> GSM311613 3 0.4165 0.2763 0.004 0.028 0.676 0.292 0.000 0.000
#> GSM311614 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.5444 0.3439 0.032 0.572 0.020 0.348 0.000 0.028
#> GSM311617 4 0.4617 0.2431 0.012 0.000 0.020 0.540 0.000 0.428
#> GSM311618 4 0.3351 0.4920 0.004 0.168 0.028 0.800 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.2315 0.8535 0.016 0.892 0.008 0.084 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2708 0.8726 0.040 0.892 0.016 0.020 0.000 0.032
#> GSM311621 2 0.2962 0.8668 0.036 0.880 0.020 0.032 0.000 0.032
#> GSM311622 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311625 4 0.4507 0.3048 0.004 0.284 0.052 0.660 0.000 0.000
#> GSM311626 2 0.6934 0.2673 0.236 0.544 0.056 0.092 0.000 0.072
#> GSM311627 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311628 5 0.1814 0.6612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM311629 2 0.2724 0.8701 0.036 0.892 0.016 0.028 0.000 0.028
#> GSM311630 6 0.4689 0.1925 0.044 0.000 0.000 0.000 0.440 0.516
#> GSM311631 2 0.2119 0.8869 0.036 0.912 0.008 0.000 0.000 0.044
#> GSM311632 2 0.0837 0.9069 0.004 0.972 0.020 0.000 0.000 0.004
#> GSM311633 3 0.7555 -0.0428 0.160 0.000 0.312 0.224 0.000 0.304
#> GSM311634 2 0.0692 0.9054 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311635 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311636 6 0.6312 0.2602 0.012 0.000 0.192 0.176 0.044 0.576
#> GSM311637 2 0.1843 0.8903 0.004 0.932 0.032 0.016 0.000 0.016
#> GSM311638 6 0.6053 0.1209 0.324 0.000 0.012 0.036 0.088 0.540
#> GSM311639 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.6244 -0.1854 0.352 0.000 0.004 0.000 0.308 0.336
#> GSM311641 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.1442 0.8978 0.012 0.944 0.040 0.000 0.000 0.004
#> GSM311643 4 0.1942 0.6529 0.008 0.000 0.012 0.916 0.000 0.064
#> GSM311644 5 0.0865 0.7102 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM311645 6 0.5382 0.4438 0.076 0.000 0.028 0.036 0.164 0.696
#> GSM311646 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 5 0.4709 0.4579 0.152 0.000 0.004 0.016 0.724 0.104
#> GSM311648 2 0.1036 0.9037 0.024 0.964 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM311649 2 0.1410 0.8957 0.008 0.944 0.044 0.000 0.000 0.004
#> GSM311650 2 0.1911 0.8959 0.020 0.928 0.012 0.004 0.000 0.036
#> GSM311651 6 0.7350 0.0170 0.204 0.000 0.144 0.060 0.080 0.512
#> GSM311652 2 0.2734 0.7964 0.008 0.840 0.148 0.000 0.000 0.004
#> GSM311653 5 0.2662 0.5572 0.152 0.000 0.004 0.004 0.840 0.000
#> GSM311654 3 0.8317 0.1178 0.156 0.096 0.344 0.116 0.000 0.288
#> GSM311655 5 0.3930 0.1940 0.004 0.000 0.000 0.000 0.576 0.420
#> GSM311656 6 0.7931 -0.3433 0.224 0.032 0.292 0.116 0.000 0.336
#> GSM311657 2 0.2257 0.8831 0.040 0.904 0.008 0.000 0.000 0.048
#> GSM311658 2 0.2119 0.8869 0.036 0.912 0.008 0.000 0.000 0.044
#> GSM311659 2 0.1723 0.8936 0.036 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM311660 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.1332 0.9018 0.028 0.952 0.008 0.000 0.000 0.012
#> GSM311663 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 5 0.2365 0.6646 0.072 0.000 0.000 0.000 0.888 0.040
#> GSM311665 5 0.1802 0.6751 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012
#> GSM311666 2 0.0653 0.9055 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311667 5 0.3862 0.2729 0.004 0.000 0.000 0.000 0.608 0.388
#> GSM311669 4 0.3889 0.5869 0.028 0.000 0.104 0.800 0.000 0.068
#> GSM311670 3 0.7221 0.0284 0.112 0.000 0.412 0.236 0.000 0.240
#> GSM311671 5 0.3515 0.3972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM311672 2 0.2257 0.8831 0.040 0.904 0.008 0.000 0.000 0.048
#> GSM311673 1 0.6611 0.4162 0.520 0.000 0.096 0.140 0.244 0.000
#> GSM311674 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311675 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311676 5 0.3579 0.6044 0.120 0.000 0.000 0.008 0.808 0.064
#> GSM311677 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0603 0.9058 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311679 5 0.1245 0.7086 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.032
#> GSM311680 2 0.2119 0.8869 0.036 0.912 0.008 0.000 0.000 0.044
#> GSM311681 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311682 5 0.3684 0.3868 0.004 0.000 0.000 0.000 0.664 0.332
#> GSM311683 6 0.5567 0.4991 0.008 0.000 0.040 0.076 0.244 0.632
#> GSM311684 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 5 0.3684 0.3868 0.004 0.000 0.000 0.000 0.664 0.332
#> GSM311686 1 0.4740 0.2528 0.664 0.228 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM311687 2 0.0837 0.9045 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311688 5 0.3923 0.2069 0.004 0.000 0.000 0.000 0.580 0.416
#> GSM311689 5 0.5136 0.0465 0.084 0.000 0.000 0.000 0.496 0.420
#> GSM311690 1 0.5547 0.3355 0.588 0.000 0.244 0.004 0.160 0.004
#> GSM311691 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 5 0.4718 0.3018 0.044 0.000 0.008 0.000 0.608 0.340
#> GSM311693 2 0.2489 0.8797 0.032 0.904 0.016 0.020 0.000 0.028
#> GSM311694 2 0.0405 0.9074 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.3860 0.1460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM311696 2 0.3163 0.6955 0.232 0.764 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311697 2 0.4260 0.6514 0.004 0.744 0.116 0.136 0.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.7314 0.1563 0.128 0.000 0.212 0.396 0.000 0.264
#> GSM311700 5 0.3652 0.3982 0.004 0.000 0.000 0.000 0.672 0.324
#> GSM311701 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0260 0.9070 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0837 0.9045 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311704 3 0.3276 0.4666 0.000 0.132 0.816 0.052 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.0363 0.9066 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311707 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.3714 0.5034 0.340 0.656 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311709 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311710 6 0.4222 0.1615 0.004 0.000 0.000 0.008 0.472 0.516
#> GSM311711 2 0.0748 0.9054 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.1845 0.6381 0.000 0.008 0.072 0.916 0.000 0.004
#> GSM311713 6 0.5465 0.5176 0.008 0.000 0.012 0.160 0.180 0.640
#> GSM311714 4 0.4066 0.3446 0.000 0.272 0.036 0.692 0.000 0.000
#> GSM311716 6 0.5298 0.4870 0.008 0.000 0.012 0.088 0.264 0.628
#> GSM311717 2 0.4521 0.5679 0.236 0.692 0.008 0.000 0.000 0.064
#> GSM311718 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311719 6 0.3857 0.1581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM311720 4 0.7795 0.0166 0.196 0.004 0.244 0.292 0.000 0.264
#> GSM311721 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 5 0.2662 0.5572 0.152 0.000 0.004 0.004 0.840 0.000
#> GSM311723 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.3386 0.7569 0.016 0.796 0.176 0.000 0.000 0.012
#> GSM311727 3 0.1477 0.4334 0.008 0.000 0.940 0.048 0.000 0.004
#> GSM311728 2 0.2147 0.8876 0.032 0.912 0.012 0.000 0.000 0.044
#> GSM311729 5 0.3872 0.2595 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604 0.392
#> GSM311730 2 0.0653 0.9055 0.012 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311731 2 0.3325 0.8370 0.080 0.852 0.020 0.024 0.000 0.024
#> GSM311732 6 0.5906 0.4937 0.008 0.000 0.012 0.172 0.240 0.568
#> GSM311733 6 0.5006 0.3375 0.008 0.000 0.020 0.024 0.384 0.564
#> GSM311734 4 0.2711 0.6345 0.016 0.000 0.056 0.880 0.000 0.048
#> GSM311735 2 0.0951 0.9040 0.020 0.968 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM311736 3 0.4638 0.3126 0.044 0.000 0.732 0.164 0.000 0.060
#> GSM311737 4 0.2063 0.6499 0.008 0.000 0.020 0.912 0.000 0.060
#> GSM311738 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311739 4 0.1312 0.6496 0.004 0.012 0.020 0.956 0.000 0.008
#> GSM311740 6 0.8173 -0.0386 0.240 0.016 0.128 0.024 0.224 0.368
#> GSM311741 5 0.4067 0.1246 0.008 0.000 0.000 0.000 0.548 0.444
#> GSM311742 4 0.4158 0.5771 0.032 0.000 0.076 0.780 0.000 0.112
#> GSM311743 3 0.1554 0.4369 0.008 0.004 0.940 0.044 0.000 0.004
#> GSM311744 4 0.4449 0.1192 0.000 0.028 0.440 0.532 0.000 0.000
#> GSM311745 6 0.4712 -0.0963 0.008 0.000 0.016 0.456 0.008 0.512
#> GSM311746 4 0.0767 0.6536 0.004 0.000 0.012 0.976 0.000 0.008
#> GSM311747 5 0.3866 -0.0443 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM311748 2 0.1411 0.8850 0.004 0.936 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.1710 0.8947 0.028 0.936 0.004 0.004 0.000 0.028
#> GSM311751 2 0.4032 0.2002 0.008 0.572 0.420 0.000 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.0000 0.7255 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311753 3 0.4158 0.3018 0.008 0.416 0.572 0.000 0.000 0.004
#> GSM311754 2 0.0508 0.9071 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0862 0.9066 0.008 0.972 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM311756 5 0.4260 0.0109 0.016 0.000 0.000 0.000 0.512 0.472
#> GSM311757 3 0.7018 0.1389 0.136 0.000 0.476 0.168 0.000 0.220
#> GSM311758 5 0.6127 -0.1549 0.336 0.000 0.000 0.000 0.348 0.316
#> GSM311759 2 0.2394 0.8814 0.036 0.900 0.008 0.004 0.000 0.052
#> GSM311760 2 0.3955 0.3908 0.384 0.608 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 5 0.2730 0.5861 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM311715 5 0.2624 0.5622 0.148 0.000 0.004 0.004 0.844 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:skmeans 161 0.335 2
#> ATC:skmeans 153 0.164 3
#> ATC:skmeans 123 0.345 4
#> ATC:skmeans 111 0.346 5
#> ATC:skmeans 99 0.142 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.574 0.886 0.940 0.4853 0.498 0.498
#> 3 3 0.974 0.937 0.976 0.2592 0.803 0.637
#> 4 4 0.936 0.893 0.953 0.0727 0.951 0.875
#> 5 5 0.732 0.715 0.828 0.1181 0.899 0.713
#> 6 6 0.756 0.738 0.862 0.0795 0.887 0.607
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311599 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311600 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311601 1 0.9795 0.385 0.584 0.416
#> GSM311602 2 0.9933 0.109 0.452 0.548
#> GSM311603 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.5842 0.883 0.860 0.140
#> GSM311608 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.1414 0.919 0.980 0.020
#> GSM311610 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311611 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311612 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311613 1 0.9686 0.441 0.604 0.396
#> GSM311614 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.9323 0.432 0.348 0.652
#> GSM311617 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311618 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311625 2 0.9323 0.432 0.348 0.652
#> GSM311626 1 0.9393 0.541 0.644 0.356
#> GSM311627 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.9323 0.432 0.348 0.652
#> GSM311630 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311631 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311633 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311634 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311637 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311639 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311640 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311641 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311644 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311646 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311648 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311651 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311652 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311653 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311654 1 0.8443 0.707 0.728 0.272
#> GSM311655 1 0.2236 0.919 0.964 0.036
#> GSM311656 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311657 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0376 0.918 0.996 0.004
#> GSM311666 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.6623 0.849 0.828 0.172
#> GSM311670 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311671 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311673 1 0.7376 0.803 0.792 0.208
#> GSM311674 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311677 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311684 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.9358 0.422 0.352 0.648
#> GSM311687 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311690 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311691 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311693 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311697 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311699 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311700 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311704 1 0.5519 0.895 0.872 0.128
#> GSM311705 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.2778 0.903 0.048 0.952
#> GSM311709 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311712 2 0.9209 0.461 0.336 0.664
#> GSM311713 1 0.4161 0.917 0.916 0.084
#> GSM311714 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311717 2 0.8555 0.578 0.280 0.720
#> GSM311718 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311721 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311727 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311728 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.9286 0.442 0.344 0.656
#> GSM311732 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311733 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311734 1 0.9393 0.541 0.644 0.356
#> GSM311735 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311737 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311738 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311739 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> GSM311740 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311741 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311742 1 0.8661 0.681 0.712 0.288
#> GSM311743 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311744 2 0.5408 0.820 0.124 0.876
#> GSM311745 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311746 2 0.9323 0.432 0.348 0.652
#> GSM311747 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311756 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311757 1 0.4815 0.915 0.896 0.104
#> GSM311758 1 0.3431 0.918 0.936 0.064
#> GSM311759 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.0000 0.918 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311600 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311601 3 0.1289 0.928 0.000 0.032 0.968
#> GSM311602 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311608 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311610 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311612 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311613 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311614 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311616 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311617 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 3 0.5497 0.564 0.000 0.292 0.708
#> GSM311626 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311627 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311629 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311630 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311638 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311643 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311645 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311654 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311655 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311656 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311665 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311669 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311670 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> GSM311672 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311673 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.6008 0.436 0.628 0.000 0.372
#> GSM311676 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311677 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.6225 0.236 0.432 0.000 0.568
#> GSM311683 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311686 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311690 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311696 2 0.1411 0.942 0.000 0.964 0.036
#> GSM311697 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311708 2 0.5650 0.524 0.000 0.688 0.312
#> GSM311709 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311711 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311712 3 0.6168 0.310 0.000 0.412 0.588
#> GSM311713 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311714 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311716 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311717 2 0.5733 0.506 0.000 0.676 0.324
#> GSM311718 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311720 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311722 1 0.4796 0.727 0.780 0.000 0.220
#> GSM311723 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311727 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311729 3 0.0747 0.951 0.016 0.000 0.984
#> GSM311730 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 3 0.6267 0.189 0.000 0.452 0.548
#> GSM311732 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311733 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311734 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311739 3 0.5529 0.543 0.000 0.296 0.704
#> GSM311740 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311741 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311742 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311743 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 2 0.4291 0.746 0.000 0.820 0.180
#> GSM311745 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311746 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311747 3 0.4654 0.719 0.208 0.000 0.792
#> GSM311748 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311756 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311757 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.1753 0.927 0.000 0.952 0.048
#> GSM311760 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM311668 3 0.0592 0.954 0.012 0.000 0.988
#> GSM311715 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311599 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311600 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311601 4 0.1302 0.910 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM311602 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311603 3 0.0817 0.841 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311607 4 0.0592 0.938 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311608 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311609 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311610 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311611 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311612 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311613 4 0.0592 0.938 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311614 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311615 1 0.3764 0.755 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM311616 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311617 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311620 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311622 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311623 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311624 1 0.3764 0.755 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM311625 4 0.4331 0.545 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM311626 4 0.0188 0.948 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311627 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311628 4 0.4040 0.666 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM311629 4 0.0469 0.942 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311630 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311631 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311633 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311637 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311638 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311639 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311640 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311641 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311644 3 0.4543 0.415 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM311645 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311646 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311647 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311648 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311652 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311654 4 0.0469 0.942 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311655 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311656 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311664 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311665 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311666 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311667 3 0.0707 0.854 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311669 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311670 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 3 0.0707 0.854 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311672 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311674 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.6268 0.288 0.496 0.000 0.448 0.056
#> GSM311676 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311677 1 0.3074 0.798 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM311678 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311679 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311680 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.0817 0.841 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM311683 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311684 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311685 3 0.3649 0.665 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM311686 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311688 3 0.4605 0.393 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM311689 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311690 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311691 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311692 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311693 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311694 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311695 3 0.0707 0.854 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311696 2 0.1118 0.940 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311697 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311698 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311699 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 3 0.3649 0.665 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM311701 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311702 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311703 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311704 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311706 1 0.3219 0.794 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM311707 1 0.4998 0.189 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM311708 2 0.4382 0.530 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM311709 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311710 4 0.4072 0.660 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM311711 2 0.0469 0.974 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311712 4 0.4877 0.338 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM311713 4 0.1792 0.898 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM311714 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311716 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311717 2 0.4564 0.472 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM311718 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.0707 0.854 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311720 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311722 1 0.6457 0.497 0.644 0.000 0.156 0.200
#> GSM311723 1 0.3219 0.794 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM311724 2 0.0707 0.973 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311725 1 0.3444 0.782 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311727 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311729 3 0.0707 0.854 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311730 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311731 4 0.4967 0.211 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM311732 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311733 4 0.2216 0.873 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM311734 4 0.0592 0.938 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311735 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 4 0.1867 0.889 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM311739 4 0.4454 0.491 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM311740 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311741 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311742 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311743 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311744 2 0.3444 0.729 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM311745 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311746 4 0.0188 0.948 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311747 3 0.0707 0.844 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311748 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.825 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311754 2 0.0188 0.975 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311755 2 0.0592 0.974 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311756 4 0.0188 0.950 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311757 4 0.0000 0.950 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311758 4 0.3074 0.794 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM311759 2 0.1474 0.921 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311760 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311668 3 0.1022 0.840 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311715 4 0.0592 0.942 0.000 0.000 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311599 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311600 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311601 4 0.2929 0.7314 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM311602 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311603 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311604 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.0290 0.7665 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311607 4 0.4088 0.4927 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM311608 3 0.3612 0.5722 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> GSM311609 4 0.3586 0.7356 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM311610 4 0.3612 0.7356 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM311611 2 0.3612 0.7606 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311612 2 0.4262 0.4029 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000
#> GSM311613 4 0.4219 0.5997 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM311614 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.3274 0.7559 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM311616 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311617 4 0.3612 0.7356 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM311618 2 0.2654 0.4166 0.000 0.884 0.084 0.032 0.000
#> GSM311619 2 0.3999 0.8090 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.3999 0.8090 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM311622 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.1732 0.6973 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.3274 0.7559 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM311625 4 0.3966 0.4986 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM311626 4 0.0510 0.8719 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM311627 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311628 4 0.6525 0.3750 0.252 0.264 0.000 0.484 0.000
#> GSM311629 4 0.2605 0.7650 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM311630 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.1732 0.6973 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311634 3 0.4294 -0.3210 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.4192 0.7309 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM311636 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311637 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311638 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311639 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311641 3 0.4088 0.1688 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.3612 0.7606 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311644 1 0.3895 0.4150 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM311645 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311646 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.3612 0.7606 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.4030 0.8064 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM311651 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311652 2 0.3612 0.7606 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311653 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311654 4 0.3109 0.7076 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM311655 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311656 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311657 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311661 3 0.0290 0.7665 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311663 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311665 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.4074 0.7903 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311669 4 0.3774 0.7194 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM311670 4 0.3534 0.7444 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311672 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311674 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311675 5 0.5168 0.3303 0.452 0.000 0.000 0.040 0.508
#> GSM311676 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311677 5 0.2690 0.7990 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> GSM311678 3 0.4060 0.1917 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311683 4 0.3586 0.7356 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM311684 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.3109 0.6660 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM311686 4 0.0609 0.8702 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311687 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311688 1 0.3895 0.4122 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM311689 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311690 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311691 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311692 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311694 3 0.0290 0.7665 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311696 2 0.4570 0.7905 0.000 0.632 0.348 0.020 0.000
#> GSM311697 2 0.3999 0.8097 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM311698 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311700 1 0.3109 0.6660 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM311701 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311702 3 0.4138 0.0960 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM311703 3 0.4249 -0.1594 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.0290 0.8757 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311705 3 0.3796 0.3688 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.2813 0.7947 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM311707 5 0.4306 0.1902 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM311708 2 0.5781 0.6311 0.000 0.552 0.344 0.104 0.000
#> GSM311709 3 0.0290 0.7665 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311710 4 0.6541 0.3657 0.256 0.264 0.000 0.480 0.000
#> GSM311711 3 0.4256 -0.1843 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311712 2 0.3966 -0.0915 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM311713 4 0.4878 0.6816 0.060 0.264 0.000 0.676 0.000
#> GSM311714 3 0.0290 0.7665 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311716 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.5036 0.3607 0.000 0.628 0.052 0.320 0.000
#> GSM311718 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311719 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311720 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311721 3 0.1908 0.7060 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM311722 5 0.5555 0.5152 0.152 0.000 0.000 0.204 0.644
#> GSM311723 5 0.2813 0.7947 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM311724 3 0.0000 0.7672 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.3003 0.7823 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM311726 2 0.3636 0.7641 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM311727 4 0.1792 0.8277 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311728 2 0.3661 0.7673 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311730 3 0.4060 0.1917 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.4452 -0.0182 0.000 0.500 0.004 0.496 0.000
#> GSM311732 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311733 4 0.4953 0.6991 0.088 0.216 0.000 0.696 0.000
#> GSM311734 4 0.4201 0.6098 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM311735 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.3612 0.7356 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM311737 4 0.3612 0.7356 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM311738 4 0.1544 0.8348 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311739 4 0.5498 0.5801 0.000 0.340 0.080 0.580 0.000
#> GSM311740 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311741 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311742 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311743 4 0.1792 0.8277 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311744 2 0.1121 0.3615 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM311745 4 0.3586 0.7356 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM311746 4 0.3636 0.7337 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM311747 1 0.0000 0.8677 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311748 3 0.3109 0.6572 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311750 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.3612 0.7606 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.0000 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311753 2 0.3586 0.7577 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.4307 0.4360 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.4161 0.3203 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.0000 0.8772 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311757 4 0.0162 0.8768 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311758 4 0.2648 0.7780 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM311759 2 0.3967 0.7473 0.000 0.724 0.264 0.012 0.000
#> GSM311760 2 0.4015 0.8108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311668 1 0.0798 0.8465 0.976 0.008 0.000 0.016 0.000
#> GSM311715 4 0.0404 0.8719 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311599 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311601 1 0.3409 0.718 0.780 0.028 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM311602 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311603 6 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.3050 0.846 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 1 0.7076 0.257 0.468 0.136 0.204 0.192 0.000 0.000
#> GSM311608 3 0.3563 0.290 0.000 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 4 0.3547 0.691 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM311610 4 0.2378 0.788 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM311611 2 0.5252 0.516 0.000 0.608 0.204 0.188 0.000 0.000
#> GSM311612 2 0.3854 0.317 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM311613 4 0.1492 0.778 0.036 0.024 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311614 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.3050 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM311616 1 0.1714 0.824 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.3126 0.744 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM311618 4 0.1663 0.722 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM311619 2 0.0146 0.824 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.0458 0.819 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM311621 2 0.2527 0.678 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311622 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.0146 0.642 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.3050 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM311625 1 0.4881 0.546 0.656 0.136 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM311626 1 0.2668 0.759 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311627 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311628 4 0.5948 0.391 0.348 0.000 0.000 0.428 0.000 0.224
#> GSM311629 1 0.3210 0.739 0.804 0.028 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311630 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.0000 0.636 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311634 2 0.1444 0.784 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.2416 0.662 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM311636 1 0.0363 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311638 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311639 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311641 2 0.2219 0.707 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.2823 0.687 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311643 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311644 6 0.3446 0.474 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM311645 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311646 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.2823 0.687 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0260 0.822 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM311651 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311652 2 0.2823 0.687 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311654 1 0.3807 0.695 0.756 0.052 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM311655 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311656 1 0.2527 0.761 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311661 3 0.3050 0.846 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311663 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0713 0.811 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 6 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311669 4 0.1500 0.788 0.052 0.012 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM311670 4 0.3797 0.516 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM311671 6 0.0790 0.835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311672 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311674 5 0.0000 0.830 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311675 5 0.5170 0.321 0.036 0.000 0.000 0.028 0.512 0.424
#> GSM311676 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311677 5 0.2562 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM311678 2 0.2562 0.669 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311682 6 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311683 4 0.3607 0.669 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM311684 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 6 0.2597 0.699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM311686 1 0.0405 0.876 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311688 6 0.3565 0.449 0.304 0.000 0.000 0.004 0.000 0.692
#> GSM311689 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311690 1 0.0260 0.878 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311691 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311694 3 0.3050 0.846 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.0790 0.835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311696 2 0.1007 0.797 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311697 2 0.0146 0.824 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311698 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311700 6 0.2597 0.699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM311701 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.2178 0.713 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.2048 0.729 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 1 0.2871 0.741 0.804 0.000 0.004 0.192 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.3409 0.355 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.2664 0.787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM311707 6 0.3866 -0.125 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM311708 2 0.3290 0.503 0.252 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311709 3 0.3050 0.846 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM311710 4 0.5093 0.613 0.192 0.000 0.000 0.632 0.000 0.176
#> GSM311711 2 0.2092 0.724 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM311712 4 0.1434 0.754 0.012 0.048 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311713 4 0.3215 0.742 0.240 0.000 0.000 0.756 0.000 0.004
#> GSM311714 3 0.3050 0.846 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM311716 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311717 2 0.5610 0.263 0.316 0.516 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.0000 0.830 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311719 6 0.0790 0.835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311720 1 0.0146 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311721 3 0.3843 0.508 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> GSM311722 5 0.5113 0.531 0.204 0.000 0.000 0.000 0.628 0.168
#> GSM311723 5 0.2664 0.787 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM311724 3 0.2823 0.859 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.2823 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM311726 2 0.2491 0.721 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> GSM311727 1 0.5278 0.491 0.604 0.000 0.204 0.192 0.000 0.000
#> GSM311728 2 0.5005 0.554 0.000 0.644 0.192 0.164 0.000 0.000
#> GSM311729 6 0.0260 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311730 2 0.2527 0.675 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 1 0.5571 0.247 0.496 0.356 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311732 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311733 1 0.4899 -0.171 0.532 0.000 0.000 0.404 0.000 0.064
#> GSM311734 4 0.1492 0.778 0.036 0.024 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.1267 0.789 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311737 4 0.1610 0.796 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311738 1 0.1444 0.831 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM311739 4 0.1757 0.796 0.076 0.008 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311740 1 0.0146 0.878 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311741 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311742 1 0.2416 0.772 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM311743 1 0.5278 0.491 0.604 0.000 0.204 0.192 0.000 0.000
#> GSM311744 4 0.1267 0.739 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311745 4 0.3151 0.742 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM311746 4 0.1610 0.796 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM311747 6 0.0790 0.835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311748 3 0.3266 0.467 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.2823 0.687 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311752 5 0.0713 0.829 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311753 2 0.5278 0.512 0.000 0.604 0.204 0.192 0.000 0.000
#> GSM311754 2 0.1814 0.751 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> GSM311755 3 0.3860 -0.210 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 1 0.0000 0.880 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311757 1 0.2730 0.743 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM311758 1 0.2378 0.736 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM311759 2 0.5248 0.534 0.004 0.624 0.204 0.168 0.000 0.000
#> GSM311760 2 0.0000 0.825 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311668 6 0.1297 0.823 0.012 0.000 0.000 0.040 0.000 0.948
#> GSM311715 1 0.0363 0.875 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:pam 153 0.5653 2
#> ATC:pam 159 0.2759 3
#> ATC:pam 154 0.0969 4
#> ATC:pam 139 0.2331 5
#> ATC:pam 147 0.2623 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.658 0.902 0.935 0.4056 0.550 0.550
#> 3 3 0.690 0.802 0.901 0.4511 0.657 0.466
#> 4 4 0.476 0.587 0.703 0.1777 0.772 0.497
#> 5 5 0.580 0.675 0.681 0.1044 0.792 0.402
#> 6 6 0.674 0.748 0.815 0.0464 0.866 0.476
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311599 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.2236 0.838 0.964 0.036
#> GSM311601 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311602 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311603 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311604 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311607 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311608 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311610 1 0.7883 0.860 0.764 0.236
#> GSM311611 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311612 1 0.9044 0.746 0.680 0.320
#> GSM311613 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311614 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311617 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311619 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311620 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311622 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311625 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311626 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311627 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311629 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311630 2 0.2603 0.923 0.044 0.956
#> GSM311631 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311633 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311636 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311638 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311640 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311644 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311645 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311648 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311651 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311653 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311654 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311655 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM311656 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311657 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311664 2 0.8813 0.447 0.300 0.700
#> GSM311665 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311666 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311669 1 0.8499 0.812 0.724 0.276
#> GSM311670 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311671 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311672 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311673 2 0.9993 -0.269 0.484 0.516
#> GSM311674 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.9866 0.510 0.568 0.432
#> GSM311677 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311679 2 0.9580 0.190 0.380 0.620
#> GSM311680 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311683 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311686 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.8499 0.812 0.724 0.276
#> GSM311689 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311690 1 0.6973 0.867 0.812 0.188
#> GSM311691 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311692 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311696 1 0.8207 0.838 0.744 0.256
#> GSM311697 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311699 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311700 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311701 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311704 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311705 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.5629 0.857 0.868 0.132
#> GSM311708 2 0.9323 0.302 0.348 0.652
#> GSM311709 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311711 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311712 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311713 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311714 1 0.8909 0.765 0.692 0.308
#> GSM311716 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> GSM311717 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311720 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311721 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311727 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311728 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311730 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311732 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311733 1 0.7815 0.864 0.768 0.232
#> GSM311734 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311736 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311737 2 0.7745 0.623 0.228 0.772
#> GSM311738 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311739 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311740 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311741 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311742 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311743 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311744 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311745 2 0.5519 0.807 0.128 0.872
#> GSM311746 2 0.9393 0.256 0.356 0.644
#> GSM311747 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311748 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311756 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311757 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311758 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311759 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311760 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
#> GSM311668 1 0.7674 0.872 0.776 0.224
#> GSM311715 1 0.0000 0.830 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311599 1 0.0424 0.9456 0.992 0.008 0.000
#> GSM311600 1 0.6056 0.6417 0.744 0.032 0.224
#> GSM311601 3 0.1453 0.7875 0.024 0.008 0.968
#> GSM311602 3 0.6252 0.4111 0.000 0.444 0.556
#> GSM311603 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311604 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311605 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311606 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311607 3 0.6984 0.4534 0.020 0.420 0.560
#> GSM311608 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311609 3 0.1031 0.7847 0.024 0.000 0.976
#> GSM311610 3 0.0892 0.7858 0.020 0.000 0.980
#> GSM311611 2 0.5497 0.5142 0.000 0.708 0.292
#> GSM311612 3 0.6252 0.4111 0.000 0.444 0.556
#> GSM311613 3 0.1453 0.7875 0.024 0.008 0.968
#> GSM311614 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311615 1 0.2550 0.9002 0.936 0.040 0.024
#> GSM311616 2 0.4974 0.6578 0.000 0.764 0.236
#> GSM311617 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 3 0.4346 0.7215 0.000 0.184 0.816
#> GSM311619 2 0.1163 0.9444 0.000 0.972 0.028
#> GSM311620 2 0.0592 0.9480 0.000 0.988 0.012
#> GSM311621 2 0.1031 0.9467 0.000 0.976 0.024
#> GSM311622 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311623 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311624 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311625 3 0.1529 0.7848 0.000 0.040 0.960
#> GSM311626 2 0.2165 0.9185 0.000 0.936 0.064
#> GSM311627 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311628 3 0.1753 0.7746 0.048 0.000 0.952
#> GSM311629 2 0.1289 0.9423 0.000 0.968 0.032
#> GSM311630 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311631 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311632 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311633 2 0.2165 0.9185 0.000 0.936 0.064
#> GSM311634 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311635 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311636 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311637 2 0.3752 0.8301 0.000 0.856 0.144
#> GSM311638 3 0.6140 0.4680 0.000 0.404 0.596
#> GSM311639 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311640 3 0.6925 0.3560 0.016 0.452 0.532
#> GSM311641 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311642 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311643 3 0.1031 0.7847 0.024 0.000 0.976
#> GSM311644 3 0.5905 0.3435 0.352 0.000 0.648
#> GSM311645 3 0.3752 0.7468 0.000 0.144 0.856
#> GSM311646 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311647 3 0.1289 0.7821 0.032 0.000 0.968
#> GSM311648 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311649 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311650 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311651 2 0.3619 0.8368 0.000 0.864 0.136
#> GSM311652 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311653 3 0.7366 0.4819 0.036 0.400 0.564
#> GSM311654 2 0.2165 0.9185 0.000 0.936 0.064
#> GSM311655 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311656 2 0.2165 0.9185 0.000 0.936 0.064
#> GSM311657 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311658 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311659 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311660 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311662 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311663 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311664 3 0.6896 0.4938 0.020 0.392 0.588
#> GSM311665 3 0.6630 0.6232 0.028 0.300 0.672
#> GSM311666 2 0.0592 0.9493 0.000 0.988 0.012
#> GSM311667 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311669 3 0.0424 0.7864 0.008 0.000 0.992
#> GSM311670 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311671 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311672 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311673 3 0.6244 0.4181 0.000 0.440 0.560
#> GSM311674 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0424 0.9473 0.992 0.000 0.008
#> GSM311676 3 0.1860 0.7828 0.000 0.052 0.948
#> GSM311677 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311679 3 0.8592 0.5375 0.116 0.332 0.552
#> GSM311680 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311681 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311682 3 0.4479 0.7581 0.044 0.096 0.860
#> GSM311683 3 0.0237 0.7865 0.004 0.000 0.996
#> GSM311684 2 0.0592 0.9492 0.000 0.988 0.012
#> GSM311685 3 0.8604 0.5620 0.124 0.312 0.564
#> GSM311686 2 0.5835 0.3585 0.000 0.660 0.340
#> GSM311687 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311688 3 0.7039 0.6085 0.040 0.312 0.648
#> GSM311689 3 0.6079 0.4991 0.000 0.388 0.612
#> GSM311690 3 0.7213 0.4497 0.028 0.420 0.552
#> GSM311691 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311692 3 0.6095 0.4921 0.000 0.392 0.608
#> GSM311693 2 0.2152 0.9209 0.016 0.948 0.036
#> GSM311694 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311695 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311696 3 0.6252 0.4111 0.000 0.444 0.556
#> GSM311697 3 0.5553 0.6697 0.004 0.272 0.724
#> GSM311698 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311699 3 0.2165 0.7802 0.000 0.064 0.936
#> GSM311700 3 0.3412 0.7228 0.124 0.000 0.876
#> GSM311701 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311702 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311703 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311704 2 0.2356 0.9117 0.000 0.928 0.072
#> GSM311705 2 0.1643 0.9290 0.000 0.956 0.044
#> GSM311706 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311707 1 0.6641 0.0938 0.544 0.008 0.448
#> GSM311708 3 0.8173 0.5040 0.080 0.368 0.552
#> GSM311709 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311710 3 0.1289 0.7821 0.032 0.000 0.968
#> GSM311711 2 0.2796 0.8909 0.000 0.908 0.092
#> GSM311712 3 0.1031 0.7847 0.024 0.000 0.976
#> GSM311713 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311714 3 0.0747 0.7864 0.016 0.000 0.984
#> GSM311716 3 0.0237 0.7867 0.004 0.000 0.996
#> GSM311717 2 0.1031 0.9466 0.000 0.976 0.024
#> GSM311718 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311719 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311720 2 0.6260 0.0111 0.000 0.552 0.448
#> GSM311721 2 0.5948 0.2878 0.000 0.640 0.360
#> GSM311722 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0592 0.9492 0.000 0.988 0.012
#> GSM311725 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311727 3 0.3412 0.7564 0.000 0.124 0.876
#> GSM311728 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311729 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311730 2 0.0747 0.9488 0.000 0.984 0.016
#> GSM311731 2 0.0892 0.9480 0.000 0.980 0.020
#> GSM311732 3 0.1031 0.7882 0.000 0.024 0.976
#> GSM311733 3 0.0592 0.7861 0.012 0.000 0.988
#> GSM311734 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311735 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311736 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0237 0.7867 0.004 0.000 0.996
#> GSM311738 3 0.8646 0.5514 0.124 0.320 0.556
#> GSM311739 3 0.3038 0.7629 0.000 0.104 0.896
#> GSM311740 2 0.2878 0.8819 0.000 0.904 0.096
#> GSM311741 3 0.6062 0.5059 0.000 0.384 0.616
#> GSM311742 3 0.0424 0.7873 0.000 0.008 0.992
#> GSM311743 3 0.6309 0.2120 0.000 0.496 0.504
#> GSM311744 3 0.0237 0.7875 0.000 0.004 0.996
#> GSM311745 3 0.0424 0.7864 0.008 0.000 0.992
#> GSM311746 3 0.0000 0.7863 0.000 0.000 1.000
#> GSM311747 3 0.1529 0.7791 0.040 0.000 0.960
#> GSM311748 2 0.0424 0.9485 0.000 0.992 0.008
#> GSM311749 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311751 2 0.5291 0.5568 0.000 0.732 0.268
#> GSM311752 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
#> GSM311753 2 0.0892 0.9477 0.000 0.980 0.020
#> GSM311754 2 0.0592 0.9493 0.000 0.988 0.012
#> GSM311755 2 0.0237 0.9466 0.000 0.996 0.004
#> GSM311756 3 0.1031 0.7879 0.000 0.024 0.976
#> GSM311757 3 0.2165 0.7795 0.000 0.064 0.936
#> GSM311758 3 0.7366 0.4780 0.036 0.400 0.564
#> GSM311759 2 0.0424 0.9486 0.000 0.992 0.008
#> GSM311760 1 0.2773 0.8918 0.928 0.048 0.024
#> GSM311668 3 0.1289 0.7821 0.032 0.000 0.968
#> GSM311715 1 0.0000 0.9522 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311599 4 0.5698 -0.58162 0.320 0.044 0.000 0.636
#> GSM311600 4 0.8341 0.10334 0.308 0.044 0.172 0.476
#> GSM311601 4 0.5222 0.53690 0.000 0.032 0.280 0.688
#> GSM311602 2 0.6450 0.28052 0.000 0.616 0.108 0.276
#> GSM311603 4 0.3479 0.60707 0.012 0.000 0.148 0.840
#> GSM311604 2 0.2216 0.71547 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM311605 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.1792 0.73155 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM311607 4 0.7808 0.28877 0.000 0.344 0.256 0.400
#> GSM311608 2 0.5720 0.73758 0.296 0.652 0.052 0.000
#> GSM311609 4 0.4477 0.54714 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311610 4 0.4477 0.54714 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311611 3 0.1940 0.72292 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM311612 2 0.9108 -0.16813 0.072 0.360 0.232 0.336
#> GSM311613 4 0.4477 0.54714 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311614 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311615 4 0.4564 -0.63787 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM311616 3 0.1716 0.72646 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM311617 3 0.4522 0.49731 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM311618 3 0.1389 0.73157 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM311619 3 0.4382 0.50766 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM311620 2 0.1059 0.74288 0.016 0.972 0.012 0.000
#> GSM311621 3 0.4898 0.23745 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM311622 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311624 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311625 3 0.1635 0.73289 0.000 0.044 0.948 0.008
#> GSM311626 3 0.1474 0.73077 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM311627 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311628 4 0.3123 0.61606 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM311629 2 0.4855 0.31888 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM311630 3 0.4941 0.25252 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM311631 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.4948 0.72367 0.440 0.560 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.1474 0.73077 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM311634 2 0.0000 0.75076 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.6477 0.70122 0.300 0.600 0.100 0.000
#> GSM311636 3 0.4761 0.41314 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM311637 3 0.4994 0.62336 0.000 0.208 0.744 0.048
#> GSM311638 3 0.1118 0.73097 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM311639 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311640 4 0.7702 0.33477 0.004 0.348 0.196 0.452
#> GSM311641 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.4522 0.53227 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM311644 4 0.2255 0.45227 0.012 0.000 0.068 0.920
#> GSM311645 3 0.0592 0.72257 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311646 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.3942 0.62951 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM311648 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.2300 0.76176 0.064 0.920 0.016 0.000
#> GSM311650 3 0.4155 0.59402 0.004 0.240 0.756 0.000
#> GSM311651 3 0.1557 0.73002 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM311652 2 0.2714 0.76522 0.112 0.884 0.004 0.000
#> GSM311653 4 0.6900 0.48760 0.008 0.128 0.260 0.604
#> GSM311654 3 0.3649 0.63425 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM311655 3 0.4981 0.19642 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM311656 3 0.4431 0.49662 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM311657 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.0921 0.74815 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM311659 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311660 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311661 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311664 4 0.7988 0.38079 0.012 0.304 0.224 0.460
#> GSM311665 4 0.5675 0.57656 0.012 0.048 0.236 0.704
#> GSM311666 2 0.3836 0.76421 0.168 0.816 0.016 0.000
#> GSM311667 4 0.2888 0.60550 0.004 0.000 0.124 0.872
#> GSM311669 3 0.4972 0.21609 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM311670 3 0.4250 0.54392 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM311671 4 0.3123 0.61606 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM311672 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.7706 0.27818 0.000 0.280 0.268 0.452
#> GSM311674 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311675 4 0.6079 -0.92137 0.464 0.000 0.044 0.492
#> GSM311676 3 0.5691 0.32840 0.000 0.028 0.564 0.408
#> GSM311677 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311678 2 0.2814 0.76543 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM311679 4 0.7008 0.29920 0.012 0.324 0.100 0.564
#> GSM311680 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311681 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311682 4 0.2805 0.58163 0.012 0.000 0.100 0.888
#> GSM311683 3 0.4605 0.47491 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM311684 2 0.5668 0.71270 0.444 0.532 0.024 0.000
#> GSM311685 4 0.2805 0.58163 0.012 0.000 0.100 0.888
#> GSM311686 2 0.4610 0.60386 0.000 0.800 0.100 0.100
#> GSM311687 2 0.0817 0.74895 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM311688 4 0.2799 0.59199 0.008 0.000 0.108 0.884
#> GSM311689 3 0.2197 0.72991 0.000 0.048 0.928 0.024
#> GSM311690 4 0.9000 0.28581 0.224 0.120 0.176 0.480
#> GSM311691 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.6198 0.52092 0.000 0.152 0.672 0.176
#> GSM311693 2 0.1733 0.73925 0.028 0.948 0.000 0.024
#> GSM311694 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.3172 0.61658 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM311696 2 0.7523 -0.22620 0.000 0.412 0.184 0.404
#> GSM311697 3 0.7093 0.00768 0.004 0.108 0.452 0.436
#> GSM311698 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311699 3 0.0188 0.71620 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311700 4 0.2805 0.58163 0.012 0.000 0.100 0.888
#> GSM311701 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.4361 0.76142 0.208 0.772 0.020 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.75076 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.1474 0.73077 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM311705 2 0.6631 0.70039 0.296 0.600 0.100 0.004
#> GSM311706 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311707 4 0.4477 -0.53786 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM311708 4 0.7228 0.21253 0.012 0.412 0.100 0.476
#> GSM311709 2 0.4985 0.71470 0.468 0.532 0.000 0.000
#> GSM311710 4 0.3801 0.63975 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM311711 3 0.6210 0.51006 0.116 0.204 0.676 0.004
#> GSM311712 4 0.4454 0.55282 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM311713 4 0.3975 0.62738 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM311714 4 0.4477 0.54714 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311716 3 0.4817 0.38113 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM311717 2 0.2530 0.71446 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311718 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311719 4 0.3355 0.61550 0.004 0.000 0.160 0.836
#> GSM311720 3 0.1302 0.73185 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM311721 2 0.7463 0.67380 0.320 0.548 0.100 0.032
#> GSM311722 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311723 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311724 2 0.5827 0.71069 0.436 0.532 0.032 0.000
#> GSM311725 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311726 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.1118 0.73142 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM311728 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311729 4 0.2918 0.59955 0.008 0.000 0.116 0.876
#> GSM311730 2 0.4004 0.76313 0.164 0.812 0.024 0.000
#> GSM311731 2 0.1389 0.74074 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM311732 3 0.1109 0.71349 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM311733 4 0.4500 0.53997 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM311734 3 0.4605 0.47491 0.000 0.000 0.664 0.336
#> GSM311735 2 0.0000 0.75076 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.4477 0.50696 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM311737 4 0.4941 0.22750 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM311738 4 0.7586 0.10029 0.244 0.060 0.100 0.596
#> GSM311739 3 0.1798 0.73318 0.000 0.040 0.944 0.016
#> GSM311740 2 0.6074 0.09035 0.000 0.500 0.456 0.044
#> GSM311741 3 0.1389 0.73157 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM311742 3 0.0188 0.71303 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311743 3 0.1389 0.73157 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM311744 3 0.4477 0.50602 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM311745 3 0.4624 0.46709 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM311746 4 0.4925 0.23034 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM311747 4 0.3355 0.61550 0.004 0.000 0.160 0.836
#> GSM311748 2 0.5268 0.73309 0.396 0.592 0.012 0.000
#> GSM311749 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311750 2 0.0707 0.74645 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.7936 0.65218 0.284 0.548 0.100 0.068
#> GSM311752 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311753 2 0.4830 0.34534 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM311754 2 0.5070 0.73946 0.372 0.620 0.008 0.000
#> GSM311755 2 0.3801 0.76235 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM311756 3 0.3105 0.65941 0.000 0.004 0.856 0.140
#> GSM311757 3 0.1807 0.71035 0.000 0.008 0.940 0.052
#> GSM311758 4 0.7081 0.28074 0.012 0.344 0.100 0.544
#> GSM311759 2 0.1174 0.74617 0.020 0.968 0.012 0.000
#> GSM311760 4 0.5698 -0.58162 0.320 0.044 0.000 0.636
#> GSM311668 4 0.3764 0.63904 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM311715 1 0.4998 1.00000 0.512 0.000 0.000 0.488
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311599 5 0.4381 0.73543 0.088 0.000 0.124 0.008 0.780
#> GSM311600 5 0.5555 0.66772 0.080 0.008 0.188 0.024 0.700
#> GSM311601 4 0.3642 0.79971 0.000 0.008 0.232 0.760 0.000
#> GSM311602 1 0.7194 0.55500 0.580 0.124 0.188 0.008 0.100
#> GSM311603 5 0.3372 0.76109 0.004 0.000 0.036 0.120 0.840
#> GSM311604 1 0.3342 0.82897 0.836 0.136 0.020 0.000 0.008
#> GSM311605 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 1 0.2890 0.82072 0.836 0.160 0.004 0.000 0.000
#> GSM311607 5 0.8791 -0.08599 0.024 0.148 0.188 0.304 0.336
#> GSM311608 2 0.2763 0.72859 0.148 0.848 0.004 0.000 0.000
#> GSM311609 4 0.4215 0.67300 0.000 0.000 0.064 0.768 0.168
#> GSM311610 4 0.3366 0.80706 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311611 3 0.6255 0.42139 0.032 0.116 0.608 0.244 0.000
#> GSM311612 2 0.6633 0.42538 0.024 0.620 0.192 0.140 0.024
#> GSM311613 4 0.3366 0.80706 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311614 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.1278 0.78215 0.016 0.000 0.004 0.020 0.960
#> GSM311616 3 0.1845 0.81041 0.016 0.056 0.928 0.000 0.000
#> GSM311617 4 0.3424 0.80570 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM311618 3 0.3461 0.59543 0.000 0.004 0.772 0.224 0.000
#> GSM311619 3 0.3037 0.75846 0.040 0.100 0.860 0.000 0.000
#> GSM311620 1 0.5127 0.69341 0.692 0.124 0.184 0.000 0.000
#> GSM311621 3 0.3237 0.74844 0.048 0.104 0.848 0.000 0.000
#> GSM311622 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.0898 0.77749 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972
#> GSM311625 4 0.4109 0.73661 0.000 0.012 0.288 0.700 0.000
#> GSM311626 3 0.1197 0.81606 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM311627 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311628 5 0.5206 0.14049 0.000 0.000 0.044 0.428 0.528
#> GSM311629 3 0.3389 0.73602 0.048 0.116 0.836 0.000 0.000
#> GSM311630 4 0.4306 0.29924 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM311631 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.1121 0.80240 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 3 0.1357 0.81572 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000
#> GSM311634 1 0.3857 0.66296 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.2833 0.73617 0.140 0.852 0.004 0.004 0.000
#> GSM311636 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311637 4 0.4752 0.49254 0.000 0.020 0.412 0.568 0.000
#> GSM311638 3 0.1399 0.80467 0.000 0.020 0.952 0.028 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 5 0.6724 0.51512 0.048 0.100 0.264 0.008 0.580
#> GSM311641 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311643 4 0.3366 0.80706 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311644 5 0.2280 0.76409 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM311645 3 0.1364 0.79859 0.000 0.012 0.952 0.036 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 4 0.4989 0.71833 0.000 0.000 0.168 0.708 0.124
#> GSM311648 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311649 1 0.4045 0.54192 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 2 0.7145 -0.10653 0.072 0.416 0.412 0.100 0.000
#> GSM311651 3 0.2580 0.78942 0.044 0.064 0.892 0.000 0.000
#> GSM311652 1 0.4210 0.39296 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 5 0.7634 0.44642 0.044 0.056 0.208 0.140 0.552
#> GSM311654 3 0.1357 0.81572 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000
#> GSM311655 3 0.6300 0.06040 0.000 0.000 0.496 0.336 0.168
#> GSM311656 3 0.1697 0.80858 0.008 0.060 0.932 0.000 0.000
#> GSM311657 1 0.2873 0.83242 0.856 0.128 0.016 0.000 0.000
#> GSM311658 1 0.3055 0.82776 0.840 0.144 0.016 0.000 0.000
#> GSM311659 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311661 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 5 0.6128 0.63164 0.048 0.064 0.208 0.016 0.664
#> GSM311665 5 0.5998 0.64505 0.012 0.052 0.156 0.088 0.692
#> GSM311666 2 0.4219 0.16780 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 5 0.3667 0.74730 0.000 0.000 0.048 0.140 0.812
#> GSM311669 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311670 3 0.4235 0.00793 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM311671 5 0.4882 0.18550 0.000 0.000 0.024 0.444 0.532
#> GSM311672 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311673 4 0.9616 0.14164 0.188 0.100 0.204 0.320 0.188
#> GSM311674 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311675 5 0.1787 0.78105 0.044 0.000 0.004 0.016 0.936
#> GSM311676 3 0.4740 -0.19582 0.000 0.000 0.516 0.468 0.016
#> GSM311677 5 0.1502 0.77784 0.004 0.000 0.000 0.056 0.940
#> GSM311678 2 0.4210 0.16344 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 5 0.5115 0.69731 0.016 0.092 0.132 0.012 0.748
#> GSM311680 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311682 5 0.3322 0.76420 0.004 0.000 0.044 0.104 0.848
#> GSM311683 4 0.3424 0.80570 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM311684 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 5 0.3103 0.77088 0.012 0.000 0.044 0.072 0.872
#> GSM311686 1 0.5887 0.63945 0.660 0.132 0.188 0.008 0.012
#> GSM311687 1 0.2763 0.82607 0.848 0.148 0.004 0.000 0.000
#> GSM311688 5 0.3161 0.76746 0.000 0.004 0.044 0.092 0.860
#> GSM311689 3 0.1644 0.81248 0.000 0.048 0.940 0.004 0.008
#> GSM311690 5 0.6271 0.63467 0.116 0.028 0.188 0.016 0.652
#> GSM311691 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 3 0.2860 0.79148 0.036 0.056 0.892 0.008 0.008
#> GSM311693 1 0.4704 0.67809 0.736 0.112 0.000 0.000 0.152
#> GSM311694 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 4 0.4696 0.08811 0.000 0.000 0.016 0.556 0.428
#> GSM311696 5 0.8719 0.16003 0.140 0.280 0.188 0.024 0.368
#> GSM311697 4 0.5292 0.68344 0.000 0.084 0.252 0.660 0.004
#> GSM311698 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 3 0.1364 0.79859 0.000 0.012 0.952 0.036 0.000
#> GSM311700 5 0.3047 0.77088 0.004 0.000 0.044 0.084 0.868
#> GSM311701 2 0.0000 0.81526 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.3561 0.57443 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 1 0.3876 0.65879 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 3 0.1197 0.81606 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM311705 2 0.3244 0.71795 0.152 0.832 0.008 0.004 0.004
#> GSM311706 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311707 5 0.1095 0.78202 0.012 0.000 0.008 0.012 0.968
#> GSM311708 5 0.5902 0.62832 0.032 0.092 0.192 0.008 0.676
#> GSM311709 2 0.0963 0.79715 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311710 4 0.4431 0.62992 0.000 0.000 0.052 0.732 0.216
#> GSM311711 2 0.6583 0.01124 0.000 0.468 0.256 0.276 0.000
#> GSM311712 4 0.3366 0.80706 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311713 4 0.4366 0.39835 0.000 0.000 0.016 0.664 0.320
#> GSM311714 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311716 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311717 1 0.6308 0.31509 0.456 0.156 0.388 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311719 5 0.4206 0.59348 0.000 0.000 0.016 0.288 0.696
#> GSM311720 3 0.1282 0.81567 0.000 0.044 0.952 0.004 0.000
#> GSM311721 2 0.1569 0.79681 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> GSM311722 5 0.2136 0.77884 0.088 0.000 0.000 0.008 0.904
#> GSM311723 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311724 2 0.0162 0.81615 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.0898 0.77749 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972
#> GSM311726 1 0.2230 0.83563 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> GSM311727 3 0.2763 0.71332 0.000 0.004 0.848 0.148 0.000
#> GSM311728 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311729 5 0.3389 0.75880 0.000 0.000 0.048 0.116 0.836
#> GSM311730 2 0.4264 0.27534 0.376 0.620 0.004 0.000 0.000
#> GSM311731 1 0.6024 0.46510 0.532 0.132 0.336 0.000 0.000
#> GSM311732 3 0.2179 0.74891 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM311733 4 0.4088 0.66275 0.000 0.000 0.056 0.776 0.168
#> GSM311734 4 0.3424 0.80570 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM311735 1 0.3752 0.68990 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 4 0.4415 0.44639 0.000 0.004 0.444 0.552 0.000
#> GSM311737 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311738 5 0.3464 0.76395 0.016 0.056 0.040 0.020 0.868
#> GSM311739 3 0.3636 0.49837 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM311740 3 0.3922 0.71682 0.048 0.124 0.816 0.008 0.004
#> GSM311741 3 0.1618 0.79798 0.000 0.008 0.944 0.040 0.008
#> GSM311742 3 0.2513 0.75065 0.000 0.008 0.876 0.116 0.000
#> GSM311743 3 0.1443 0.81621 0.004 0.044 0.948 0.004 0.000
#> GSM311744 4 0.3480 0.79810 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM311745 4 0.3424 0.80570 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM311746 4 0.3395 0.80769 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM311747 5 0.3388 0.70914 0.000 0.000 0.008 0.200 0.792
#> GSM311748 2 0.1544 0.79017 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311750 1 0.2179 0.83592 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.5818 0.42580 0.196 0.628 0.172 0.004 0.000
#> GSM311752 5 0.3476 0.75290 0.020 0.000 0.000 0.176 0.804
#> GSM311753 3 0.6521 0.34723 0.192 0.220 0.568 0.020 0.000
#> GSM311754 2 0.2583 0.74183 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.3074 0.67030 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 3 0.1544 0.77925 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM311757 3 0.1408 0.79529 0.000 0.008 0.948 0.044 0.000
#> GSM311758 5 0.5310 0.70124 0.036 0.092 0.112 0.012 0.748
#> GSM311759 1 0.3214 0.82543 0.844 0.120 0.036 0.000 0.000
#> GSM311760 5 0.4381 0.73543 0.088 0.000 0.124 0.008 0.780
#> GSM311668 4 0.4547 0.58191 0.000 0.000 0.044 0.704 0.252
#> GSM311715 5 0.2116 0.77920 0.076 0.000 0.008 0.004 0.912
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311599 1 0.5324 0.70723 0.680 0.000 0.124 0.000 0.144 0.052
#> GSM311600 1 0.4812 0.74865 0.724 0.000 0.124 0.000 0.036 0.116
#> GSM311601 6 0.1785 0.84331 0.048 0.000 0.000 0.016 0.008 0.928
#> GSM311602 1 0.4709 0.60589 0.684 0.252 0.020 0.008 0.000 0.036
#> GSM311603 1 0.2250 0.74446 0.888 0.000 0.000 0.020 0.000 0.092
#> GSM311604 2 0.4408 0.55453 0.280 0.664 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM311605 3 0.2416 0.97438 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> GSM311606 2 0.3063 0.80748 0.092 0.840 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 1 0.4673 0.73090 0.732 0.132 0.008 0.012 0.000 0.116
#> GSM311608 2 0.2942 0.79582 0.032 0.836 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM311609 6 0.1204 0.84061 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM311610 6 0.1542 0.84159 0.052 0.000 0.000 0.004 0.008 0.936
#> GSM311611 4 0.4728 0.67469 0.000 0.056 0.024 0.688 0.000 0.232
#> GSM311612 1 0.5120 0.70089 0.680 0.132 0.016 0.004 0.000 0.168
#> GSM311613 6 0.1718 0.84411 0.044 0.000 0.000 0.016 0.008 0.932
#> GSM311614 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311615 5 0.4762 0.35189 0.380 0.000 0.024 0.020 0.576 0.000
#> GSM311616 4 0.2459 0.79539 0.000 0.032 0.020 0.896 0.000 0.052
#> GSM311617 6 0.1387 0.83346 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM311618 4 0.4350 0.34117 0.000 0.016 0.004 0.552 0.000 0.428
#> GSM311619 4 0.2480 0.75060 0.000 0.104 0.024 0.872 0.000 0.000
#> GSM311620 2 0.2100 0.75232 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000 0.000
#> GSM311621 4 0.3424 0.65807 0.000 0.204 0.024 0.772 0.000 0.000
#> GSM311622 3 0.2981 0.96831 0.020 0.160 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM311623 3 0.3102 0.96449 0.028 0.156 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM311624 5 0.0458 0.94435 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM311625 6 0.3482 0.70146 0.000 0.024 0.012 0.168 0.000 0.796
#> GSM311626 4 0.2239 0.79402 0.000 0.024 0.020 0.908 0.000 0.048
#> GSM311627 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311628 1 0.3765 0.50011 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM311629 4 0.2872 0.72564 0.000 0.140 0.024 0.836 0.000 0.000
#> GSM311630 6 0.5651 0.09328 0.312 0.004 0.000 0.156 0.000 0.528
#> GSM311631 2 0.0260 0.83558 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311632 3 0.2527 0.97017 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> GSM311633 4 0.2007 0.78959 0.000 0.036 0.012 0.920 0.000 0.032
#> GSM311634 2 0.2030 0.83603 0.028 0.908 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.3254 0.78773 0.048 0.816 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM311636 6 0.0790 0.84926 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311637 6 0.3556 0.72770 0.000 0.028 0.024 0.140 0.000 0.808
#> GSM311638 4 0.2209 0.79157 0.000 0.040 0.004 0.904 0.000 0.052
#> GSM311639 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311640 1 0.4595 0.74148 0.760 0.088 0.000 0.112 0.016 0.024
#> GSM311641 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.83757 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311643 6 0.1785 0.84367 0.048 0.000 0.000 0.016 0.008 0.928
#> GSM311644 1 0.3889 0.74576 0.776 0.000 0.000 0.016 0.044 0.164
#> GSM311645 4 0.2833 0.78240 0.000 0.024 0.012 0.860 0.000 0.104
#> GSM311646 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311647 1 0.4070 0.44836 0.568 0.000 0.000 0.004 0.004 0.424
#> GSM311648 2 0.0146 0.83899 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311649 2 0.2088 0.83509 0.028 0.904 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM311650 4 0.5823 0.61941 0.000 0.136 0.056 0.620 0.000 0.188
#> GSM311651 4 0.3955 0.73300 0.040 0.124 0.012 0.800 0.000 0.024
#> GSM311652 2 0.1951 0.83498 0.016 0.908 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM311653 1 0.5008 0.76227 0.728 0.032 0.000 0.104 0.016 0.120
#> GSM311654 4 0.2278 0.79200 0.000 0.044 0.004 0.900 0.000 0.052
#> GSM311655 1 0.5148 0.33125 0.476 0.016 0.000 0.048 0.000 0.460
#> GSM311656 4 0.2554 0.77349 0.000 0.092 0.004 0.876 0.000 0.028
#> GSM311657 2 0.1391 0.84129 0.000 0.944 0.040 0.016 0.000 0.000
#> GSM311658 2 0.1908 0.83769 0.028 0.916 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.83757 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311660 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311661 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0146 0.83899 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311663 3 0.3025 0.96714 0.024 0.156 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.4922 0.73764 0.752 0.048 0.020 0.132 0.016 0.032
#> GSM311665 1 0.5015 0.76452 0.740 0.028 0.008 0.104 0.016 0.104
#> GSM311666 2 0.2527 0.81522 0.024 0.868 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM311667 1 0.2398 0.73572 0.876 0.000 0.000 0.020 0.000 0.104
#> GSM311669 6 0.0937 0.84782 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM311670 6 0.2562 0.73407 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM311671 1 0.4159 0.46056 0.588 0.000 0.000 0.016 0.000 0.396
#> GSM311672 2 0.0260 0.83558 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311673 1 0.5750 0.68050 0.640 0.176 0.000 0.088 0.000 0.096
#> GSM311674 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311675 1 0.5315 0.70040 0.680 0.000 0.104 0.000 0.160 0.056
#> GSM311676 1 0.4454 0.67279 0.684 0.004 0.000 0.060 0.000 0.252
#> GSM311677 5 0.2220 0.90810 0.052 0.000 0.020 0.020 0.908 0.000
#> GSM311678 2 0.2255 0.83059 0.028 0.892 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 1 0.4283 0.74994 0.792 0.060 0.004 0.104 0.020 0.020
#> GSM311680 2 0.0000 0.83757 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311681 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311682 1 0.2553 0.73938 0.900 0.020 0.000 0.024 0.016 0.040
#> GSM311683 6 0.1349 0.84067 0.004 0.000 0.000 0.056 0.000 0.940
#> GSM311684 3 0.3102 0.96449 0.028 0.156 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.2333 0.73835 0.912 0.020 0.000 0.024 0.016 0.028
#> GSM311686 1 0.5006 0.36440 0.572 0.376 0.020 0.012 0.000 0.020
#> GSM311687 2 0.2436 0.82115 0.088 0.880 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM311688 1 0.2428 0.74124 0.904 0.020 0.000 0.024 0.008 0.044
#> GSM311689 4 0.5285 0.42512 0.272 0.028 0.020 0.640 0.000 0.040
#> GSM311690 1 0.4980 0.75877 0.732 0.028 0.108 0.000 0.020 0.112
#> GSM311691 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311692 1 0.5010 0.68428 0.700 0.040 0.016 0.204 0.000 0.040
#> GSM311693 2 0.2912 0.69523 0.172 0.816 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311694 3 0.2768 0.97222 0.012 0.156 0.832 0.000 0.000 0.000
#> GSM311695 6 0.1926 0.80082 0.068 0.000 0.000 0.020 0.000 0.912
#> GSM311696 1 0.4465 0.73086 0.740 0.136 0.008 0.004 0.000 0.112
#> GSM311697 6 0.3478 0.74088 0.000 0.084 0.024 0.052 0.004 0.836
#> GSM311698 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311699 4 0.2880 0.77508 0.000 0.024 0.012 0.856 0.000 0.108
#> GSM311700 1 0.2340 0.74066 0.900 0.000 0.000 0.024 0.016 0.060
#> GSM311701 3 0.2340 0.97495 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.2651 0.81108 0.028 0.860 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.1700 0.83518 0.004 0.916 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM311704 4 0.2303 0.79436 0.000 0.024 0.020 0.904 0.000 0.052
#> GSM311705 2 0.4203 0.72518 0.124 0.740 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311707 1 0.4407 0.66100 0.732 0.000 0.020 0.020 0.208 0.020
#> GSM311708 1 0.4487 0.71534 0.752 0.164 0.024 0.000 0.016 0.044
#> GSM311709 3 0.3027 0.95040 0.000 0.148 0.824 0.000 0.000 0.028
#> GSM311710 6 0.1779 0.82624 0.064 0.000 0.000 0.016 0.000 0.920
#> GSM311711 6 0.6480 0.37611 0.000 0.128 0.168 0.140 0.000 0.564
#> GSM311712 6 0.1542 0.84159 0.052 0.000 0.000 0.004 0.008 0.936
#> GSM311713 6 0.1890 0.81041 0.060 0.000 0.000 0.024 0.000 0.916
#> GSM311714 6 0.0862 0.85044 0.004 0.000 0.000 0.016 0.008 0.972
#> GSM311716 6 0.0777 0.84985 0.004 0.000 0.000 0.024 0.000 0.972
#> GSM311717 2 0.4728 0.44088 0.004 0.616 0.056 0.324 0.000 0.000
#> GSM311718 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311719 6 0.2199 0.79101 0.088 0.000 0.000 0.020 0.000 0.892
#> GSM311720 4 0.2303 0.79436 0.000 0.024 0.020 0.904 0.000 0.052
#> GSM311721 2 0.6924 0.13379 0.336 0.416 0.156 0.000 0.000 0.092
#> GSM311722 5 0.3893 0.80776 0.036 0.000 0.124 0.000 0.796 0.044
#> GSM311723 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311724 3 0.3102 0.96449 0.028 0.156 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.0603 0.94279 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM311726 2 0.0547 0.84092 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM311727 4 0.3457 0.69202 0.000 0.016 0.000 0.752 0.000 0.232
#> GSM311728 2 0.0713 0.82445 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM311729 1 0.2573 0.73806 0.864 0.000 0.000 0.024 0.000 0.112
#> GSM311730 2 0.2706 0.81630 0.036 0.860 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM311731 2 0.3966 0.72531 0.012 0.760 0.044 0.184 0.000 0.000
#> GSM311732 4 0.3756 0.66057 0.000 0.020 0.000 0.712 0.000 0.268
#> GSM311733 6 0.1074 0.83996 0.012 0.000 0.000 0.028 0.000 0.960
#> GSM311734 6 0.1007 0.84652 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM311735 2 0.1719 0.83864 0.016 0.924 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.2003 0.79501 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM311737 6 0.0547 0.85034 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311738 1 0.4281 0.75421 0.792 0.024 0.020 0.124 0.024 0.016
#> GSM311739 6 0.3998 -0.16834 0.000 0.004 0.000 0.492 0.000 0.504
#> GSM311740 1 0.5720 0.60775 0.592 0.192 0.000 0.196 0.000 0.020
#> GSM311741 4 0.5805 0.34442 0.312 0.024 0.020 0.572 0.000 0.072
#> GSM311742 4 0.4199 0.45878 0.000 0.020 0.000 0.600 0.000 0.380
#> GSM311743 4 0.2428 0.79339 0.000 0.024 0.020 0.896 0.000 0.060
#> GSM311744 6 0.1462 0.84377 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.936
#> GSM311745 6 0.1204 0.84088 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM311746 6 0.1649 0.84513 0.040 0.000 0.000 0.016 0.008 0.936
#> GSM311747 6 0.4318 -0.10361 0.448 0.000 0.000 0.020 0.000 0.532
#> GSM311748 3 0.3424 0.90708 0.024 0.204 0.772 0.000 0.000 0.000
#> GSM311749 5 0.2156 0.90843 0.048 0.000 0.020 0.020 0.912 0.000
#> GSM311750 2 0.0363 0.83396 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311751 2 0.6195 0.45076 0.264 0.552 0.120 0.000 0.000 0.064
#> GSM311752 5 0.0260 0.94766 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311753 4 0.4794 0.37861 0.016 0.328 0.040 0.616 0.000 0.000
#> GSM311754 3 0.2631 0.95406 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM311755 2 0.4246 -0.00619 0.016 0.532 0.452 0.000 0.000 0.000
#> GSM311756 4 0.6366 0.24797 0.304 0.024 0.000 0.456 0.000 0.216
#> GSM311757 4 0.3905 0.59159 0.000 0.016 0.000 0.668 0.000 0.316
#> GSM311758 1 0.4095 0.75400 0.792 0.048 0.000 0.124 0.016 0.020
#> GSM311759 2 0.1806 0.81782 0.020 0.928 0.008 0.044 0.000 0.000
#> GSM311760 1 0.5326 0.70871 0.680 0.000 0.128 0.000 0.140 0.052
#> GSM311668 1 0.3966 0.42627 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444
#> GSM311715 1 0.5273 0.69951 0.680 0.000 0.124 0.000 0.152 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:mclust 158 0.230 2
#> ATC:mclust 144 0.229 3
#> ATC:mclust 125 0.192 4
#> ATC:mclust 136 0.602 5
#> ATC:mclust 143 0.624 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21163 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.753 0.876 0.947 0.4944 0.499 0.499
#> 3 3 0.771 0.830 0.920 0.3164 0.742 0.533
#> 4 4 0.573 0.657 0.810 0.1123 0.909 0.747
#> 5 5 0.587 0.615 0.778 0.0763 0.855 0.551
#> 6 6 0.629 0.602 0.760 0.0485 0.915 0.648
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311598 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311599 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311601 2 0.8081 0.7029 0.248 0.752
#> GSM311602 2 0.7219 0.7675 0.200 0.800
#> GSM311603 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311604 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311607 2 0.7219 0.7675 0.200 0.800
#> GSM311608 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311609 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311610 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311611 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311612 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311613 2 0.9944 0.2350 0.456 0.544
#> GSM311614 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311615 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311616 2 0.7950 0.7148 0.240 0.760
#> GSM311617 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311618 2 0.6973 0.7808 0.188 0.812
#> GSM311619 2 0.1414 0.9175 0.020 0.980
#> GSM311620 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311621 2 0.2236 0.9081 0.036 0.964
#> GSM311622 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311624 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311625 2 0.5737 0.8317 0.136 0.864
#> GSM311626 2 0.7815 0.7260 0.232 0.768
#> GSM311627 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311628 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311629 2 0.7139 0.7720 0.196 0.804
#> GSM311630 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311631 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311632 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311633 1 0.9963 0.0557 0.536 0.464
#> GSM311634 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311636 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311637 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311638 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311639 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311640 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311642 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311643 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311644 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311645 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311646 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311651 1 0.3879 0.8831 0.924 0.076
#> GSM311652 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311653 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311654 2 0.7219 0.7675 0.200 0.800
#> GSM311655 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311656 2 0.8955 0.5942 0.312 0.688
#> GSM311657 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311658 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311659 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311660 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311661 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311664 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311665 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311666 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311667 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311669 1 0.8555 0.5902 0.720 0.280
#> GSM311670 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311671 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311672 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311673 1 0.8813 0.5492 0.700 0.300
#> GSM311674 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311675 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311676 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311677 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311678 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311679 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311680 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311681 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311682 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311683 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311685 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311686 2 0.6973 0.7808 0.188 0.812
#> GSM311687 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311688 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311689 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311690 1 0.8207 0.6359 0.744 0.256
#> GSM311691 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311692 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311693 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311694 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311695 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311696 2 0.3274 0.8926 0.060 0.940
#> GSM311697 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311699 1 0.8016 0.6563 0.756 0.244
#> GSM311700 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311701 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311704 2 0.7376 0.7577 0.208 0.792
#> GSM311705 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311706 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311707 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311708 2 0.3114 0.8953 0.056 0.944
#> GSM311709 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311710 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311711 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311712 2 0.7299 0.7626 0.204 0.796
#> GSM311713 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311714 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311716 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311717 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311718 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311719 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311720 1 0.9909 0.1342 0.556 0.444
#> GSM311721 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311722 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311724 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311727 2 0.9881 0.2981 0.436 0.564
#> GSM311728 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311729 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311730 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311731 2 0.0938 0.9219 0.012 0.988
#> GSM311732 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311733 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311734 2 0.9896 0.2860 0.440 0.560
#> GSM311735 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311736 1 0.4815 0.8525 0.896 0.104
#> GSM311737 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311738 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311739 2 0.8661 0.6380 0.288 0.712
#> GSM311740 1 0.8861 0.5404 0.696 0.304
#> GSM311741 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311742 2 0.9850 0.3215 0.428 0.572
#> GSM311743 2 0.9988 0.1506 0.480 0.520
#> GSM311744 2 0.5519 0.8388 0.128 0.872
#> GSM311745 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311746 1 0.6623 0.7670 0.828 0.172
#> GSM311747 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311748 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311749 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311750 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311751 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311752 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311753 2 0.4022 0.8779 0.080 0.920
#> GSM311754 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311756 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311757 1 0.8909 0.5315 0.692 0.308
#> GSM311758 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311759 2 0.2423 0.9058 0.040 0.960
#> GSM311760 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000
#> GSM311668 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
#> GSM311715 1 0.0000 0.9555 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311598 1 0.0237 0.9148 0.996 0.000 0.004
#> GSM311599 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311600 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311601 1 0.4399 0.7140 0.812 0.188 0.000
#> GSM311602 2 0.4842 0.6998 0.224 0.776 0.000
#> GSM311603 1 0.5497 0.6131 0.708 0.000 0.292
#> GSM311604 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311605 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311606 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311607 1 0.5733 0.4717 0.676 0.324 0.000
#> GSM311608 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311609 1 0.2537 0.9095 0.920 0.000 0.080
#> GSM311610 1 0.1031 0.9210 0.976 0.000 0.024
#> GSM311611 2 0.0237 0.9358 0.000 0.996 0.004
#> GSM311612 2 0.2537 0.8827 0.080 0.920 0.000
#> GSM311613 1 0.2448 0.8507 0.924 0.076 0.000
#> GSM311614 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311615 1 0.3816 0.8466 0.852 0.000 0.148
#> GSM311616 3 0.5706 0.5221 0.000 0.320 0.680
#> GSM311617 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311618 2 0.6309 0.0104 0.000 0.504 0.496
#> GSM311619 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311620 3 0.2711 0.8188 0.000 0.088 0.912
#> GSM311621 3 0.6267 0.1623 0.000 0.452 0.548
#> GSM311622 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311623 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311624 1 0.0747 0.9190 0.984 0.000 0.016
#> GSM311625 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311626 3 0.1411 0.8503 0.000 0.036 0.964
#> GSM311627 1 0.1289 0.9216 0.968 0.000 0.032
#> GSM311628 1 0.1163 0.9214 0.972 0.000 0.028
#> GSM311629 3 0.4974 0.6720 0.000 0.236 0.764
#> GSM311630 1 0.3482 0.8685 0.872 0.000 0.128
#> GSM311631 2 0.1643 0.9092 0.000 0.956 0.044
#> GSM311632 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311633 3 0.0237 0.8636 0.000 0.004 0.996
#> GSM311634 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311636 3 0.3941 0.7715 0.156 0.000 0.844
#> GSM311637 2 0.2878 0.8605 0.000 0.904 0.096
#> GSM311638 3 0.0237 0.8638 0.004 0.000 0.996
#> GSM311639 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311640 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311641 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311642 2 0.0237 0.9358 0.000 0.996 0.004
#> GSM311643 1 0.0424 0.9164 0.992 0.000 0.008
#> GSM311644 1 0.2261 0.9152 0.932 0.000 0.068
#> GSM311645 3 0.0592 0.8630 0.012 0.000 0.988
#> GSM311646 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311647 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311648 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311649 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311650 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311651 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311652 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311653 1 0.1529 0.9209 0.960 0.000 0.040
#> GSM311654 3 0.1529 0.8479 0.000 0.040 0.960
#> GSM311655 3 0.5138 0.6537 0.252 0.000 0.748
#> GSM311656 3 0.0892 0.8578 0.000 0.020 0.980
#> GSM311657 2 0.0592 0.9313 0.000 0.988 0.012
#> GSM311658 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311659 2 0.0747 0.9288 0.000 0.984 0.016
#> GSM311660 1 0.1031 0.9207 0.976 0.000 0.024
#> GSM311661 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311662 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311664 1 0.3686 0.8550 0.860 0.000 0.140
#> GSM311665 1 0.1643 0.9212 0.956 0.000 0.044
#> GSM311666 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311667 3 0.0892 0.8600 0.020 0.000 0.980
#> GSM311669 3 0.0237 0.8636 0.000 0.004 0.996
#> GSM311670 3 0.0892 0.8611 0.020 0.000 0.980
#> GSM311671 1 0.2165 0.9167 0.936 0.000 0.064
#> GSM311672 2 0.1529 0.9119 0.000 0.960 0.040
#> GSM311673 1 0.3554 0.8738 0.900 0.064 0.036
#> GSM311674 1 0.1411 0.9216 0.964 0.000 0.036
#> GSM311675 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311676 1 0.3619 0.8600 0.864 0.000 0.136
#> GSM311677 1 0.2261 0.9152 0.932 0.000 0.068
#> GSM311678 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4974 0.6868 0.236 0.000 0.764
#> GSM311680 2 0.1411 0.9166 0.000 0.964 0.036
#> GSM311681 1 0.2165 0.9167 0.936 0.000 0.064
#> GSM311682 3 0.3192 0.8120 0.112 0.000 0.888
#> GSM311683 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311684 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311685 3 0.1163 0.8572 0.028 0.000 0.972
#> GSM311686 2 0.0892 0.9255 0.020 0.980 0.000
#> GSM311687 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311688 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311689 3 0.5591 0.5701 0.304 0.000 0.696
#> GSM311690 1 0.0424 0.9091 0.992 0.008 0.000
#> GSM311691 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311692 3 0.5016 0.6666 0.240 0.000 0.760
#> GSM311693 2 0.6204 0.2767 0.000 0.576 0.424
#> GSM311694 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311695 3 0.5678 0.5442 0.316 0.000 0.684
#> GSM311696 2 0.6225 0.2940 0.432 0.568 0.000
#> GSM311697 2 0.2261 0.8890 0.068 0.932 0.000
#> GSM311698 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311699 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311700 3 0.6244 0.2091 0.440 0.000 0.560
#> GSM311701 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311702 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311703 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311704 2 0.6204 0.2717 0.000 0.576 0.424
#> GSM311705 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311706 1 0.1163 0.9214 0.972 0.000 0.028
#> GSM311707 1 0.2448 0.9113 0.924 0.000 0.076
#> GSM311708 2 0.4452 0.7463 0.192 0.808 0.000
#> GSM311709 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311710 1 0.2537 0.9089 0.920 0.000 0.080
#> GSM311711 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311712 2 0.6309 0.0847 0.496 0.504 0.000
#> GSM311713 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311714 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311716 1 0.6309 0.0145 0.504 0.000 0.496
#> GSM311717 2 0.1411 0.9149 0.000 0.964 0.036
#> GSM311718 1 0.1643 0.9211 0.956 0.000 0.044
#> GSM311719 3 0.2537 0.8299 0.080 0.000 0.920
#> GSM311720 3 0.4345 0.7919 0.136 0.016 0.848
#> GSM311721 2 0.0424 0.9332 0.008 0.992 0.000
#> GSM311722 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311723 1 0.0892 0.9199 0.980 0.000 0.020
#> GSM311724 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311725 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
#> GSM311726 2 0.0747 0.9289 0.000 0.984 0.016
#> GSM311727 3 0.9301 0.3122 0.168 0.360 0.472
#> GSM311728 2 0.2796 0.8675 0.000 0.908 0.092
#> GSM311729 3 0.0592 0.8622 0.012 0.000 0.988
#> GSM311730 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311731 3 0.5098 0.6613 0.000 0.248 0.752
#> GSM311732 3 0.2878 0.8219 0.096 0.000 0.904
#> GSM311733 3 0.3879 0.7718 0.152 0.000 0.848
#> GSM311734 3 0.0592 0.8611 0.000 0.012 0.988
#> GSM311735 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311736 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311737 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311738 1 0.2625 0.9060 0.916 0.000 0.084
#> GSM311739 3 0.4178 0.7517 0.000 0.172 0.828
#> GSM311740 3 0.4346 0.7384 0.184 0.000 0.816
#> GSM311741 3 0.0892 0.8614 0.020 0.000 0.980
#> GSM311742 3 0.1411 0.8517 0.000 0.036 0.964
#> GSM311743 3 0.5987 0.7026 0.036 0.208 0.756
#> GSM311744 2 0.1751 0.9167 0.012 0.960 0.028
#> GSM311745 3 0.0000 0.8640 0.000 0.000 1.000
#> GSM311746 2 0.7841 -0.0386 0.052 0.480 0.468
#> GSM311747 3 0.4504 0.7332 0.196 0.000 0.804
#> GSM311748 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311749 1 0.2448 0.9113 0.924 0.000 0.076
#> GSM311750 2 0.3482 0.8288 0.000 0.872 0.128
#> GSM311751 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311752 1 0.2066 0.9179 0.940 0.000 0.060
#> GSM311753 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311754 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311755 2 0.0000 0.9378 0.000 1.000 0.000
#> GSM311756 3 0.1643 0.8518 0.044 0.000 0.956
#> GSM311757 3 0.0237 0.8636 0.000 0.004 0.996
#> GSM311758 3 0.0237 0.8638 0.004 0.000 0.996
#> GSM311759 3 0.3619 0.7824 0.000 0.136 0.864
#> GSM311760 2 0.4291 0.7822 0.180 0.820 0.000
#> GSM311668 1 0.2625 0.9061 0.916 0.000 0.084
#> GSM311715 1 0.0000 0.9133 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311598 1 0.0469 0.83365 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311599 1 0.1256 0.82238 0.964 0.008 0.000 0.028
#> GSM311600 1 0.0817 0.82616 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311601 1 0.4168 0.71876 0.828 0.092 0.000 0.080
#> GSM311602 2 0.5414 0.67354 0.096 0.748 0.004 0.152
#> GSM311603 3 0.7677 0.21841 0.372 0.000 0.412 0.216
#> GSM311604 2 0.0592 0.87158 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311605 2 0.1109 0.87203 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM311606 2 0.0524 0.87084 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311607 1 0.4767 0.66989 0.792 0.136 0.004 0.068
#> GSM311608 2 0.0188 0.87207 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311609 4 0.5732 0.45366 0.264 0.000 0.064 0.672
#> GSM311610 4 0.2704 0.56879 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM311611 2 0.5767 0.49362 0.000 0.660 0.060 0.280
#> GSM311612 2 0.3243 0.80838 0.036 0.876 0.000 0.088
#> GSM311613 1 0.6286 0.27872 0.552 0.064 0.000 0.384
#> GSM311614 2 0.1022 0.87060 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311615 1 0.5300 0.51723 0.664 0.000 0.308 0.028
#> GSM311616 3 0.7015 0.31979 0.000 0.120 0.484 0.396
#> GSM311617 4 0.4697 0.34730 0.008 0.000 0.296 0.696
#> GSM311618 4 0.4982 0.58169 0.000 0.136 0.092 0.772
#> GSM311619 4 0.5244 0.42555 0.004 0.372 0.008 0.616
#> GSM311620 3 0.5035 0.53508 0.000 0.196 0.748 0.056
#> GSM311621 3 0.7425 0.19470 0.000 0.412 0.420 0.168
#> GSM311622 2 0.0895 0.87082 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM311623 2 0.0469 0.87099 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311624 1 0.2222 0.82374 0.924 0.000 0.016 0.060
#> GSM311625 4 0.3969 0.58785 0.016 0.180 0.000 0.804
#> GSM311626 3 0.6214 0.55294 0.004 0.060 0.604 0.332
#> GSM311627 1 0.1182 0.83402 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM311628 1 0.1978 0.81830 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM311629 3 0.5463 0.46286 0.000 0.256 0.692 0.052
#> GSM311630 1 0.7554 0.17518 0.472 0.000 0.212 0.316
#> GSM311631 2 0.4897 0.62924 0.000 0.660 0.332 0.008
#> GSM311632 2 0.1938 0.86623 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM311633 3 0.1767 0.63797 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM311634 2 0.0672 0.87090 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM311635 2 0.0592 0.87135 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311636 3 0.6194 0.41910 0.096 0.000 0.644 0.260
#> GSM311637 2 0.5113 0.69957 0.000 0.704 0.264 0.032
#> GSM311638 3 0.5167 0.53628 0.016 0.000 0.644 0.340
#> GSM311639 2 0.0817 0.86917 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311640 3 0.4393 0.65985 0.024 0.020 0.816 0.140
#> GSM311641 4 0.5112 0.27757 0.004 0.436 0.000 0.560
#> GSM311642 2 0.4290 0.75700 0.000 0.772 0.212 0.016
#> GSM311643 1 0.4679 0.45088 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM311644 1 0.1722 0.82677 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM311645 3 0.4472 0.62001 0.020 0.000 0.760 0.220
#> GSM311646 2 0.0895 0.87146 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM311647 1 0.1792 0.80575 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311648 2 0.2918 0.83346 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM311649 2 0.1975 0.86483 0.000 0.936 0.048 0.016
#> GSM311650 2 0.2919 0.85755 0.000 0.896 0.060 0.044
#> GSM311651 3 0.2555 0.65279 0.008 0.040 0.920 0.032
#> GSM311652 2 0.3278 0.83077 0.000 0.864 0.116 0.020
#> GSM311653 1 0.1888 0.82498 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM311654 3 0.2021 0.63241 0.000 0.056 0.932 0.012
#> GSM311655 3 0.3978 0.58412 0.192 0.000 0.796 0.012
#> GSM311656 3 0.1716 0.63310 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM311657 2 0.5013 0.67187 0.000 0.688 0.292 0.020
#> GSM311658 2 0.1256 0.87035 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM311659 2 0.2124 0.86008 0.000 0.924 0.068 0.008
#> GSM311660 1 0.0592 0.83386 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311661 2 0.1109 0.86978 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM311662 2 0.3032 0.82864 0.000 0.868 0.124 0.008
#> GSM311663 2 0.0707 0.86978 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311664 1 0.5735 0.28629 0.576 0.000 0.392 0.032
#> GSM311665 1 0.3707 0.76969 0.840 0.000 0.028 0.132
#> GSM311666 2 0.0657 0.87152 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM311667 3 0.4485 0.62902 0.028 0.000 0.772 0.200
#> GSM311669 3 0.4996 -0.00572 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM311670 3 0.4485 0.49944 0.000 0.012 0.740 0.248
#> GSM311671 1 0.4214 0.69623 0.780 0.000 0.016 0.204
#> GSM311672 2 0.4914 0.65645 0.000 0.676 0.312 0.012
#> GSM311673 1 0.6608 0.64822 0.712 0.104 0.096 0.088
#> GSM311674 1 0.0592 0.83386 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311675 1 0.1022 0.82931 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311676 1 0.6245 0.60432 0.668 0.000 0.168 0.164
#> GSM311677 1 0.2271 0.81534 0.916 0.000 0.076 0.008
#> GSM311678 2 0.0524 0.87191 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311679 3 0.4115 0.60407 0.120 0.016 0.836 0.028
#> GSM311680 2 0.4957 0.64377 0.000 0.668 0.320 0.012
#> GSM311681 1 0.1174 0.83457 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311682 3 0.5788 0.59496 0.084 0.000 0.688 0.228
#> GSM311683 3 0.3024 0.62021 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM311684 2 0.0707 0.86834 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311685 3 0.4922 0.61420 0.036 0.000 0.736 0.228
#> GSM311686 2 0.1816 0.86888 0.004 0.948 0.024 0.024
#> GSM311687 2 0.0927 0.87166 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM311688 3 0.1398 0.65398 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM311689 3 0.6918 0.52601 0.204 0.008 0.620 0.168
#> GSM311690 1 0.2463 0.81252 0.924 0.036 0.008 0.032
#> GSM311691 2 0.1022 0.86749 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311692 3 0.4158 0.55840 0.224 0.000 0.768 0.008
#> GSM311693 2 0.5548 0.47061 0.000 0.588 0.388 0.024
#> GSM311694 2 0.0921 0.86882 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311695 3 0.7402 0.34123 0.192 0.000 0.500 0.308
#> GSM311696 1 0.5793 0.25327 0.580 0.384 0.000 0.036
#> GSM311697 2 0.3931 0.76632 0.040 0.832 0.000 0.128
#> GSM311698 2 0.1474 0.85921 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311699 3 0.1824 0.65581 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM311700 3 0.7271 0.43379 0.216 0.000 0.540 0.244
#> GSM311701 2 0.1637 0.85590 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM311702 2 0.0188 0.87123 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311703 2 0.1890 0.86322 0.000 0.936 0.056 0.008
#> GSM311704 2 0.5558 0.35256 0.000 0.548 0.432 0.020
#> GSM311705 2 0.0188 0.87069 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311706 1 0.0707 0.83409 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311707 1 0.3239 0.79914 0.880 0.000 0.068 0.052
#> GSM311708 2 0.3575 0.77882 0.140 0.844 0.008 0.008
#> GSM311709 2 0.1302 0.86318 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311710 4 0.6121 0.08909 0.396 0.000 0.052 0.552
#> GSM311711 2 0.3024 0.78677 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM311712 4 0.6240 0.50551 0.200 0.136 0.000 0.664
#> GSM311713 3 0.4454 0.55344 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM311714 4 0.4761 0.49652 0.000 0.332 0.004 0.664
#> GSM311716 4 0.7752 -0.08983 0.236 0.000 0.360 0.404
#> GSM311717 2 0.4238 0.74357 0.000 0.796 0.028 0.176
#> GSM311718 1 0.1174 0.83413 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311719 3 0.6013 0.51175 0.064 0.000 0.624 0.312
#> GSM311720 3 0.6087 0.63837 0.068 0.076 0.744 0.112
#> GSM311721 2 0.1256 0.86364 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM311722 1 0.0592 0.82660 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311723 1 0.0927 0.83433 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM311724 2 0.0707 0.86987 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311725 1 0.0469 0.83365 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311726 2 0.4692 0.75049 0.000 0.756 0.212 0.032
#> GSM311727 3 0.7350 0.34089 0.040 0.240 0.608 0.112
#> GSM311728 2 0.5355 0.56741 0.000 0.620 0.360 0.020
#> GSM311729 3 0.4610 0.60785 0.020 0.000 0.744 0.236
#> GSM311730 2 0.0469 0.87002 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311731 3 0.4951 0.55258 0.000 0.212 0.744 0.044
#> GSM311732 4 0.4771 0.45622 0.036 0.004 0.192 0.768
#> GSM311733 3 0.4686 0.60941 0.068 0.000 0.788 0.144
#> GSM311734 4 0.4877 0.39227 0.000 0.008 0.328 0.664
#> GSM311735 2 0.2760 0.82919 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM311736 3 0.4632 0.42772 0.000 0.004 0.688 0.308
#> GSM311737 4 0.3128 0.54707 0.008 0.008 0.108 0.876
#> GSM311738 1 0.5528 0.66122 0.732 0.000 0.144 0.124
#> GSM311739 4 0.3224 0.55724 0.000 0.016 0.120 0.864
#> GSM311740 3 0.6277 0.51529 0.200 0.104 0.684 0.012
#> GSM311741 3 0.3168 0.66139 0.056 0.000 0.884 0.060
#> GSM311742 3 0.5678 0.14126 0.004 0.016 0.500 0.480
#> GSM311743 3 0.5698 0.45021 0.012 0.212 0.716 0.060
#> GSM311744 4 0.5326 0.56127 0.008 0.228 0.040 0.724
#> GSM311745 4 0.5000 -0.28763 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM311746 4 0.4303 0.56157 0.036 0.016 0.120 0.828
#> GSM311747 3 0.6423 0.46950 0.084 0.000 0.580 0.336
#> GSM311748 2 0.1022 0.87106 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311749 1 0.3384 0.77661 0.860 0.000 0.116 0.024
#> GSM311750 2 0.3831 0.77281 0.000 0.792 0.204 0.004
#> GSM311751 2 0.1771 0.86554 0.004 0.948 0.012 0.036
#> GSM311752 1 0.1629 0.83345 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM311753 2 0.5577 0.70011 0.012 0.704 0.244 0.040
#> GSM311754 2 0.1398 0.86988 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM311755 2 0.2546 0.84724 0.000 0.900 0.092 0.008
#> GSM311756 3 0.3758 0.65756 0.048 0.000 0.848 0.104
#> GSM311757 3 0.1489 0.63972 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM311758 3 0.4693 0.65274 0.036 0.012 0.792 0.160
#> GSM311759 3 0.4795 0.38697 0.000 0.292 0.696 0.012
#> GSM311760 2 0.4979 0.67605 0.176 0.760 0.000 0.064
#> GSM311668 1 0.4906 0.71192 0.776 0.000 0.084 0.140
#> GSM311715 1 0.0000 0.83131 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311598 5 0.0579 0.81982 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM311599 5 0.1121 0.81175 0.004 0.004 0.016 0.008 0.968
#> GSM311600 5 0.1362 0.81604 0.012 0.004 0.016 0.008 0.960
#> GSM311601 5 0.3021 0.76201 0.000 0.040 0.036 0.040 0.884
#> GSM311602 2 0.5986 0.05702 0.444 0.488 0.024 0.012 0.032
#> GSM311603 1 0.2295 0.70892 0.900 0.000 0.008 0.004 0.088
#> GSM311604 2 0.1502 0.82886 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> GSM311605 2 0.4069 0.71917 0.000 0.788 0.136 0.076 0.000
#> GSM311606 2 0.0510 0.83093 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311607 5 0.6026 0.52075 0.000 0.064 0.164 0.100 0.672
#> GSM311608 2 0.1579 0.82628 0.000 0.944 0.024 0.032 0.000
#> GSM311609 4 0.6334 0.45060 0.072 0.000 0.052 0.580 0.296
#> GSM311610 4 0.4532 0.64917 0.168 0.000 0.020 0.764 0.048
#> GSM311611 3 0.7168 0.27207 0.008 0.256 0.452 0.272 0.012
#> GSM311612 2 0.4859 0.70124 0.000 0.772 0.076 0.096 0.056
#> GSM311613 5 0.6086 -0.05895 0.008 0.004 0.080 0.444 0.464
#> GSM311614 2 0.2859 0.80039 0.000 0.876 0.056 0.068 0.000
#> GSM311615 5 0.6535 0.50567 0.168 0.000 0.192 0.040 0.600
#> GSM311616 1 0.7201 0.30642 0.548 0.136 0.096 0.220 0.000
#> GSM311617 4 0.4930 0.64499 0.140 0.000 0.144 0.716 0.000
#> GSM311618 4 0.4039 0.70126 0.052 0.084 0.040 0.824 0.000
#> GSM311619 4 0.5937 0.54074 0.048 0.272 0.056 0.624 0.000
#> GSM311620 3 0.6859 0.52376 0.168 0.260 0.536 0.036 0.000
#> GSM311621 2 0.7052 0.03189 0.392 0.440 0.112 0.056 0.000
#> GSM311622 2 0.0451 0.83071 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM311623 2 0.0693 0.83157 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> GSM311624 5 0.2770 0.77559 0.124 0.000 0.004 0.008 0.864
#> GSM311625 4 0.6225 0.60102 0.136 0.192 0.024 0.640 0.008
#> GSM311626 1 0.1743 0.71341 0.940 0.028 0.004 0.028 0.000
#> GSM311627 5 0.0740 0.81920 0.008 0.000 0.004 0.008 0.980
#> GSM311628 5 0.1644 0.80616 0.008 0.000 0.004 0.048 0.940
#> GSM311629 3 0.7626 0.42443 0.240 0.288 0.416 0.056 0.000
#> GSM311630 1 0.3779 0.64587 0.812 0.000 0.004 0.048 0.136
#> GSM311631 3 0.4130 0.57534 0.012 0.292 0.696 0.000 0.000
#> GSM311632 2 0.2488 0.78889 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> GSM311633 3 0.3227 0.63215 0.084 0.028 0.868 0.016 0.004
#> GSM311634 2 0.0865 0.83143 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.0854 0.83213 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> GSM311636 3 0.5324 0.50490 0.064 0.000 0.708 0.192 0.036
#> GSM311637 3 0.4860 0.60219 0.008 0.204 0.720 0.068 0.000
#> GSM311638 1 0.0932 0.72119 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> GSM311639 2 0.0807 0.83334 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM311640 1 0.2228 0.71164 0.900 0.004 0.092 0.004 0.000
#> GSM311641 4 0.4987 0.44280 0.000 0.340 0.044 0.616 0.000
#> GSM311642 3 0.5228 0.44696 0.000 0.356 0.588 0.056 0.000
#> GSM311643 4 0.5128 0.25712 0.004 0.000 0.036 0.580 0.380
#> GSM311644 5 0.1372 0.82060 0.016 0.000 0.024 0.004 0.956
#> GSM311645 1 0.2660 0.70019 0.864 0.000 0.128 0.008 0.000
#> GSM311646 2 0.1485 0.83263 0.000 0.948 0.032 0.020 0.000
#> GSM311647 5 0.0932 0.81151 0.004 0.000 0.004 0.020 0.972
#> GSM311648 2 0.2719 0.76287 0.000 0.852 0.144 0.004 0.000
#> GSM311649 2 0.2464 0.80376 0.000 0.892 0.092 0.012 0.004
#> GSM311650 3 0.6059 0.35088 0.004 0.364 0.520 0.112 0.000
#> GSM311651 3 0.5663 0.19722 0.408 0.012 0.536 0.036 0.008
#> GSM311652 2 0.4958 0.35998 0.000 0.616 0.348 0.032 0.004
#> GSM311653 5 0.3888 0.77289 0.048 0.000 0.060 0.056 0.836
#> GSM311654 3 0.3164 0.63956 0.076 0.044 0.868 0.012 0.000
#> GSM311655 3 0.5799 0.50786 0.112 0.000 0.660 0.024 0.204
#> GSM311656 3 0.3970 0.58376 0.224 0.024 0.752 0.000 0.000
#> GSM311657 3 0.5131 0.46312 0.016 0.352 0.608 0.024 0.000
#> GSM311658 2 0.3087 0.78055 0.004 0.836 0.152 0.008 0.000
#> GSM311659 2 0.2116 0.82370 0.008 0.912 0.076 0.004 0.000
#> GSM311660 5 0.0740 0.82035 0.008 0.000 0.008 0.004 0.980
#> GSM311661 2 0.2782 0.80810 0.000 0.880 0.048 0.072 0.000
#> GSM311662 2 0.3508 0.61301 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM311663 2 0.0912 0.83226 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM311664 1 0.6426 0.41186 0.576 0.000 0.108 0.036 0.280
#> GSM311665 1 0.4967 0.12008 0.540 0.000 0.008 0.016 0.436
#> GSM311666 2 0.1943 0.82409 0.000 0.924 0.056 0.020 0.000
#> GSM311667 1 0.2513 0.70169 0.876 0.000 0.116 0.008 0.000
#> GSM311669 4 0.5556 0.19827 0.068 0.000 0.456 0.476 0.000
#> GSM311670 3 0.4831 0.53715 0.068 0.000 0.740 0.176 0.016
#> GSM311671 5 0.5251 0.05115 0.456 0.000 0.004 0.036 0.504
#> GSM311672 3 0.4441 0.58106 0.012 0.280 0.696 0.012 0.000
#> GSM311673 5 0.7657 0.48485 0.036 0.136 0.152 0.104 0.572
#> GSM311674 5 0.0960 0.82087 0.008 0.000 0.016 0.004 0.972
#> GSM311675 5 0.1074 0.81654 0.012 0.000 0.004 0.016 0.968
#> GSM311676 5 0.7837 0.37083 0.192 0.000 0.152 0.176 0.480
#> GSM311677 5 0.2859 0.79522 0.036 0.000 0.060 0.016 0.888
#> GSM311678 2 0.0566 0.83073 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM311679 3 0.5846 0.53920 0.144 0.008 0.680 0.020 0.148
#> GSM311680 3 0.4679 0.38908 0.008 0.388 0.596 0.008 0.000
#> GSM311681 5 0.0960 0.82089 0.016 0.000 0.008 0.004 0.972
#> GSM311682 1 0.1211 0.72900 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> GSM311683 3 0.4937 0.53036 0.100 0.000 0.720 0.176 0.004
#> GSM311684 2 0.0579 0.83186 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> GSM311685 1 0.1408 0.72631 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> GSM311686 2 0.3762 0.70829 0.168 0.804 0.012 0.008 0.008
#> GSM311687 2 0.0613 0.83301 0.004 0.984 0.008 0.004 0.000
#> GSM311688 3 0.5193 0.50113 0.272 0.000 0.660 0.060 0.008
#> GSM311689 1 0.2299 0.72569 0.912 0.000 0.032 0.004 0.052
#> GSM311690 5 0.4670 0.52042 0.000 0.256 0.024 0.016 0.704
#> GSM311691 2 0.1568 0.82833 0.000 0.944 0.036 0.020 0.000
#> GSM311692 3 0.5599 0.53967 0.124 0.000 0.676 0.016 0.184
#> GSM311693 2 0.5593 0.47385 0.040 0.648 0.268 0.044 0.000
#> GSM311694 2 0.2588 0.81275 0.000 0.892 0.048 0.060 0.000
#> GSM311695 1 0.3566 0.70177 0.852 0.000 0.028 0.056 0.064
#> GSM311696 5 0.7173 0.14661 0.004 0.360 0.060 0.108 0.468
#> GSM311697 2 0.5058 0.64089 0.004 0.720 0.028 0.208 0.040
#> GSM311698 2 0.2514 0.81393 0.000 0.896 0.044 0.060 0.000
#> GSM311699 3 0.4940 0.41528 0.324 0.004 0.640 0.028 0.004
#> GSM311700 1 0.2673 0.72732 0.900 0.000 0.024 0.028 0.048
#> GSM311701 2 0.4581 0.66580 0.000 0.732 0.072 0.196 0.000
#> GSM311702 2 0.0510 0.83093 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.3039 0.77758 0.000 0.836 0.152 0.012 0.000
#> GSM311704 2 0.6349 -0.13953 0.020 0.452 0.444 0.080 0.004
#> GSM311705 2 0.0566 0.83238 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM311706 5 0.1393 0.82030 0.024 0.000 0.012 0.008 0.956
#> GSM311707 5 0.4924 0.48235 0.320 0.000 0.020 0.016 0.644
#> GSM311708 2 0.2445 0.78572 0.000 0.884 0.004 0.004 0.108
#> GSM311709 2 0.2962 0.79888 0.000 0.868 0.048 0.084 0.000
#> GSM311710 1 0.6329 -0.00338 0.472 0.000 0.008 0.396 0.124
#> GSM311711 2 0.5880 0.57398 0.128 0.672 0.036 0.164 0.000
#> GSM311712 4 0.3885 0.67586 0.012 0.036 0.008 0.824 0.120
#> GSM311713 1 0.3421 0.69135 0.840 0.000 0.080 0.080 0.000
#> GSM311714 4 0.4178 0.66491 0.040 0.156 0.016 0.788 0.000
#> GSM311716 1 0.4615 0.62272 0.768 0.000 0.020 0.144 0.068
#> GSM311717 1 0.4981 0.08542 0.528 0.448 0.016 0.008 0.000
#> GSM311718 5 0.2178 0.81124 0.048 0.000 0.008 0.024 0.920
#> GSM311719 1 0.2072 0.72279 0.928 0.000 0.020 0.036 0.016
#> GSM311720 1 0.6927 -0.21047 0.448 0.076 0.420 0.040 0.016
#> GSM311721 2 0.1911 0.82065 0.004 0.932 0.028 0.036 0.000
#> GSM311722 5 0.0613 0.81581 0.004 0.000 0.004 0.008 0.984
#> GSM311723 5 0.0854 0.82103 0.012 0.000 0.004 0.008 0.976
#> GSM311724 2 0.0693 0.83134 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM311725 5 0.1299 0.81906 0.012 0.000 0.008 0.020 0.960
#> GSM311726 3 0.5004 0.57408 0.000 0.256 0.672 0.072 0.000
#> GSM311727 3 0.5457 0.60105 0.020 0.104 0.744 0.096 0.036
#> GSM311728 3 0.4607 0.54949 0.020 0.320 0.656 0.004 0.000
#> GSM311729 1 0.1764 0.72363 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> GSM311730 2 0.0693 0.83225 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM311731 1 0.7310 0.03995 0.404 0.344 0.220 0.032 0.000
#> GSM311732 4 0.5625 0.62349 0.136 0.000 0.144 0.692 0.028
#> GSM311733 3 0.6101 0.47975 0.080 0.000 0.668 0.164 0.088
#> GSM311734 4 0.4646 0.60987 0.060 0.000 0.228 0.712 0.000
#> GSM311735 2 0.2127 0.80670 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM311736 3 0.5190 0.47029 0.096 0.000 0.668 0.236 0.000
#> GSM311737 4 0.4313 0.61574 0.228 0.000 0.040 0.732 0.000
#> GSM311738 1 0.4503 0.46588 0.664 0.000 0.000 0.024 0.312
#> GSM311739 4 0.3681 0.66616 0.148 0.000 0.044 0.808 0.000
#> GSM311740 3 0.5858 0.61088 0.068 0.060 0.728 0.036 0.108
#> GSM311741 3 0.6078 0.29969 0.340 0.000 0.564 0.060 0.036
#> GSM311742 4 0.6610 0.52223 0.204 0.012 0.208 0.568 0.008
#> GSM311743 3 0.4516 0.61775 0.016 0.088 0.800 0.080 0.016
#> GSM311744 4 0.5783 0.59915 0.036 0.052 0.172 0.708 0.032
#> GSM311745 1 0.3847 0.61219 0.784 0.000 0.036 0.180 0.000
#> GSM311746 4 0.4360 0.67736 0.080 0.016 0.092 0.804 0.008
#> GSM311747 1 0.2395 0.71980 0.912 0.000 0.024 0.048 0.016
#> GSM311748 2 0.2782 0.78948 0.000 0.880 0.048 0.072 0.000
#> GSM311749 5 0.4248 0.72052 0.160 0.000 0.032 0.024 0.784
#> GSM311750 2 0.4989 -0.02488 0.008 0.520 0.456 0.016 0.000
#> GSM311751 2 0.3132 0.78435 0.000 0.864 0.092 0.036 0.008
#> GSM311752 5 0.1651 0.81867 0.036 0.000 0.012 0.008 0.944
#> GSM311753 3 0.4438 0.62401 0.000 0.204 0.748 0.036 0.012
#> GSM311754 2 0.2304 0.82352 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> GSM311755 2 0.2806 0.75690 0.000 0.844 0.152 0.004 0.000
#> GSM311756 1 0.5886 0.26628 0.544 0.000 0.380 0.040 0.036
#> GSM311757 3 0.3090 0.61605 0.104 0.000 0.860 0.032 0.004
#> GSM311758 1 0.2011 0.71491 0.908 0.000 0.088 0.004 0.000
#> GSM311759 3 0.5505 0.62263 0.100 0.220 0.668 0.012 0.000
#> GSM311760 2 0.4760 0.67212 0.004 0.756 0.036 0.032 0.172
#> GSM311668 5 0.5098 0.70141 0.112 0.000 0.032 0.112 0.744
#> GSM311715 5 0.0898 0.82010 0.008 0.000 0.000 0.020 0.972
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311598 5 0.0924 0.82430 0.008 0.000 0.008 0.004 0.972 0.008
#> GSM311599 5 0.2755 0.78791 0.004 0.024 0.044 0.012 0.892 0.024
#> GSM311600 5 0.1498 0.81824 0.004 0.000 0.024 0.012 0.948 0.012
#> GSM311601 5 0.5905 0.47070 0.004 0.044 0.032 0.052 0.628 0.240
#> GSM311602 1 0.5506 0.34002 0.564 0.360 0.028 0.012 0.012 0.024
#> GSM311603 1 0.0881 0.82378 0.972 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012
#> GSM311604 2 0.4014 0.58160 0.000 0.696 0.276 0.024 0.004 0.000
#> GSM311605 2 0.3665 0.54656 0.000 0.696 0.004 0.004 0.000 0.296
#> GSM311606 2 0.1075 0.77992 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311607 6 0.5164 0.52995 0.000 0.060 0.020 0.024 0.212 0.684
#> GSM311608 2 0.1788 0.76374 0.000 0.928 0.028 0.004 0.000 0.040
#> GSM311609 5 0.6616 0.15764 0.020 0.000 0.008 0.244 0.428 0.300
#> GSM311610 4 0.4225 0.60953 0.112 0.000 0.004 0.780 0.028 0.076
#> GSM311611 6 0.2942 0.66039 0.000 0.132 0.000 0.032 0.000 0.836
#> GSM311612 2 0.5730 0.18316 0.000 0.520 0.032 0.024 0.036 0.388
#> GSM311613 6 0.6047 0.20987 0.000 0.004 0.024 0.128 0.332 0.512
#> GSM311614 2 0.2520 0.73490 0.000 0.844 0.000 0.004 0.000 0.152
#> GSM311615 5 0.6786 0.06058 0.076 0.000 0.404 0.072 0.420 0.028
#> GSM311616 4 0.7856 0.27845 0.224 0.096 0.212 0.416 0.000 0.052
#> GSM311617 4 0.5110 0.54513 0.040 0.000 0.188 0.692 0.004 0.076
#> GSM311618 4 0.3100 0.66148 0.020 0.032 0.044 0.872 0.000 0.032
#> GSM311619 4 0.4586 0.56781 0.008 0.176 0.104 0.712 0.000 0.000
#> GSM311620 3 0.5966 0.49603 0.032 0.236 0.620 0.064 0.000 0.048
#> GSM311621 3 0.8088 0.13942 0.172 0.200 0.364 0.228 0.000 0.036
#> GSM311622 2 0.0260 0.77887 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311623 2 0.1092 0.77274 0.000 0.960 0.020 0.000 0.000 0.020
#> GSM311624 5 0.3334 0.76019 0.136 0.000 0.004 0.016 0.824 0.020
#> GSM311625 4 0.5671 0.59586 0.164 0.100 0.016 0.668 0.000 0.052
#> GSM311626 1 0.1448 0.81784 0.948 0.024 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM311627 5 0.1337 0.82393 0.012 0.000 0.008 0.008 0.956 0.016
#> GSM311628 5 0.2990 0.76353 0.004 0.000 0.004 0.036 0.852 0.104
#> GSM311629 3 0.6986 0.49827 0.072 0.224 0.548 0.072 0.000 0.084
#> GSM311630 1 0.2018 0.81573 0.924 0.000 0.004 0.028 0.028 0.016
#> GSM311631 3 0.5254 0.49893 0.000 0.220 0.636 0.012 0.000 0.132
#> GSM311632 2 0.3196 0.71620 0.000 0.824 0.036 0.004 0.000 0.136
#> GSM311633 3 0.2808 0.59487 0.000 0.028 0.868 0.008 0.004 0.092
#> GSM311634 2 0.1152 0.78109 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000
#> GSM311635 2 0.1464 0.76684 0.000 0.944 0.036 0.004 0.000 0.016
#> GSM311636 6 0.3143 0.69506 0.008 0.000 0.124 0.012 0.016 0.840
#> GSM311637 6 0.5191 0.55547 0.000 0.100 0.248 0.016 0.000 0.636
#> GSM311638 1 0.0603 0.82254 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM311639 2 0.1405 0.78381 0.000 0.948 0.024 0.024 0.000 0.004
#> GSM311640 1 0.1965 0.81235 0.924 0.004 0.040 0.008 0.000 0.024
#> GSM311641 4 0.4095 0.57228 0.000 0.208 0.064 0.728 0.000 0.000
#> GSM311642 6 0.5412 0.43268 0.000 0.324 0.120 0.004 0.000 0.552
#> GSM311643 4 0.4980 0.55495 0.008 0.000 0.068 0.692 0.208 0.024
#> GSM311644 5 0.1406 0.82511 0.016 0.000 0.008 0.004 0.952 0.020
#> GSM311645 1 0.4227 0.63017 0.724 0.000 0.224 0.020 0.000 0.032
#> GSM311646 2 0.2666 0.76741 0.000 0.872 0.092 0.028 0.000 0.008
#> GSM311647 5 0.1426 0.81784 0.000 0.000 0.008 0.028 0.948 0.016
#> GSM311648 2 0.3073 0.72645 0.000 0.816 0.164 0.004 0.000 0.016
#> GSM311649 2 0.3656 0.66268 0.000 0.784 0.048 0.004 0.000 0.164
#> GSM311650 3 0.6549 -0.07049 0.000 0.184 0.404 0.380 0.008 0.024
#> GSM311651 3 0.4091 0.59122 0.084 0.048 0.808 0.040 0.000 0.020
#> GSM311652 2 0.4977 0.00297 0.000 0.496 0.056 0.004 0.000 0.444
#> GSM311653 5 0.4336 0.68159 0.008 0.000 0.204 0.020 0.736 0.032
#> GSM311654 3 0.4070 0.37161 0.008 0.004 0.672 0.008 0.000 0.308
#> GSM311655 3 0.4153 0.50248 0.004 0.000 0.752 0.004 0.172 0.068
#> GSM311656 3 0.4889 0.48811 0.060 0.016 0.692 0.012 0.000 0.220
#> GSM311657 3 0.4070 0.56586 0.000 0.136 0.780 0.064 0.004 0.016
#> GSM311658 2 0.5189 0.21908 0.000 0.516 0.424 0.036 0.008 0.016
#> GSM311659 2 0.3742 0.71939 0.008 0.788 0.168 0.020 0.000 0.016
#> GSM311660 5 0.0806 0.82393 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000
#> GSM311661 2 0.5348 0.47989 0.000 0.608 0.136 0.248 0.000 0.008
#> GSM311662 2 0.4553 0.50845 0.000 0.648 0.304 0.012 0.000 0.036
#> GSM311663 2 0.1418 0.78049 0.000 0.944 0.032 0.024 0.000 0.000
#> GSM311664 1 0.6286 0.54625 0.608 0.004 0.164 0.016 0.160 0.048
#> GSM311665 1 0.4233 0.68849 0.756 0.000 0.008 0.032 0.180 0.024
#> GSM311666 2 0.4751 0.59292 0.000 0.672 0.228 0.096 0.000 0.004
#> GSM311667 1 0.2195 0.81444 0.904 0.000 0.068 0.016 0.000 0.012
#> GSM311669 4 0.6498 0.13665 0.028 0.000 0.324 0.424 0.000 0.224
#> GSM311670 6 0.2886 0.68779 0.000 0.000 0.144 0.016 0.004 0.836
#> GSM311671 1 0.5126 0.50025 0.624 0.000 0.012 0.036 0.304 0.024
#> GSM311672 3 0.4089 0.59418 0.000 0.132 0.780 0.032 0.000 0.056
#> GSM311673 5 0.7156 0.19193 0.000 0.060 0.332 0.140 0.436 0.032
#> GSM311674 5 0.1026 0.82408 0.008 0.000 0.008 0.004 0.968 0.012
#> GSM311675 5 0.1448 0.82071 0.012 0.000 0.000 0.016 0.948 0.024
#> GSM311676 3 0.7541 -0.01255 0.040 0.000 0.364 0.260 0.288 0.048
#> GSM311677 5 0.3468 0.71882 0.008 0.000 0.192 0.012 0.784 0.004
#> GSM311678 2 0.0632 0.78050 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM311679 3 0.4802 0.48645 0.016 0.000 0.724 0.008 0.120 0.132
#> GSM311680 3 0.3775 0.54631 0.000 0.228 0.744 0.016 0.000 0.012
#> GSM311681 5 0.1406 0.82404 0.020 0.000 0.008 0.004 0.952 0.016
#> GSM311682 1 0.0820 0.82219 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> GSM311683 6 0.2821 0.67680 0.016 0.000 0.152 0.000 0.000 0.832
#> GSM311684 2 0.0914 0.77789 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> GSM311685 1 0.1167 0.82410 0.960 0.000 0.008 0.020 0.000 0.012
#> GSM311686 2 0.4427 0.57706 0.228 0.716 0.020 0.008 0.000 0.028
#> GSM311687 2 0.1553 0.78257 0.012 0.944 0.032 0.004 0.000 0.008
#> GSM311688 3 0.6285 0.16579 0.100 0.000 0.480 0.064 0.000 0.356
#> GSM311689 1 0.1854 0.82057 0.932 0.000 0.028 0.004 0.016 0.020
#> GSM311690 5 0.6120 0.29649 0.008 0.372 0.068 0.012 0.508 0.032
#> GSM311691 2 0.2532 0.76815 0.000 0.884 0.060 0.052 0.000 0.004
#> GSM311692 3 0.5712 0.43155 0.024 0.000 0.624 0.008 0.144 0.200
#> GSM311693 3 0.5983 0.30321 0.008 0.376 0.504 0.068 0.000 0.044
#> GSM311694 2 0.4264 0.67908 0.000 0.744 0.124 0.128 0.000 0.004
#> GSM311695 1 0.2208 0.82102 0.912 0.000 0.012 0.008 0.016 0.052
#> GSM311696 4 0.7867 0.29079 0.000 0.236 0.132 0.364 0.244 0.024
#> GSM311697 2 0.5421 0.45895 0.000 0.600 0.036 0.312 0.012 0.040
#> GSM311698 2 0.3593 0.72816 0.000 0.800 0.064 0.132 0.000 0.004
#> GSM311699 3 0.4679 0.56491 0.084 0.032 0.764 0.096 0.000 0.024
#> GSM311700 1 0.2811 0.81307 0.888 0.000 0.028 0.028 0.020 0.036
#> GSM311701 4 0.5329 0.28772 0.000 0.356 0.116 0.528 0.000 0.000
#> GSM311702 2 0.1265 0.77972 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000 0.000
#> GSM311703 2 0.3841 0.62332 0.000 0.716 0.256 0.028 0.000 0.000
#> GSM311704 6 0.4426 0.54735 0.004 0.264 0.044 0.004 0.000 0.684
#> GSM311705 2 0.1245 0.78072 0.000 0.952 0.032 0.016 0.000 0.000
#> GSM311706 5 0.1509 0.82297 0.012 0.000 0.024 0.008 0.948 0.008
#> GSM311707 5 0.5130 0.47950 0.308 0.000 0.040 0.020 0.620 0.012
#> GSM311708 2 0.2221 0.77824 0.000 0.908 0.040 0.004 0.044 0.004
#> GSM311709 2 0.4306 0.70397 0.004 0.756 0.080 0.148 0.000 0.012
#> GSM311710 1 0.4326 0.65274 0.724 0.000 0.000 0.216 0.032 0.028
#> GSM311711 2 0.6365 0.34049 0.280 0.536 0.028 0.136 0.000 0.020
#> GSM311712 4 0.3327 0.64079 0.016 0.012 0.004 0.856 0.064 0.048
#> GSM311713 1 0.3170 0.79087 0.856 0.000 0.052 0.036 0.000 0.056
#> GSM311714 4 0.3294 0.65340 0.032 0.084 0.032 0.848 0.000 0.004
#> GSM311716 1 0.2401 0.80669 0.892 0.000 0.000 0.060 0.004 0.044
#> GSM311717 1 0.4295 0.49938 0.684 0.280 0.012 0.004 0.000 0.020
#> GSM311718 5 0.1957 0.82023 0.024 0.000 0.028 0.008 0.928 0.012
#> GSM311719 1 0.1116 0.82492 0.960 0.000 0.008 0.004 0.000 0.028
#> GSM311720 3 0.6729 0.27983 0.364 0.036 0.472 0.048 0.004 0.076
#> GSM311721 2 0.1957 0.77580 0.000 0.928 0.024 0.028 0.008 0.012
#> GSM311722 5 0.1116 0.81708 0.000 0.000 0.028 0.004 0.960 0.008
#> GSM311723 5 0.1129 0.82508 0.012 0.000 0.012 0.004 0.964 0.008
#> GSM311724 2 0.0909 0.77651 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000 0.000
#> GSM311725 5 0.1375 0.82176 0.008 0.000 0.028 0.004 0.952 0.008
#> GSM311726 6 0.4377 0.63993 0.000 0.160 0.120 0.000 0.000 0.720
#> GSM311727 6 0.3395 0.69724 0.000 0.056 0.124 0.000 0.004 0.816
#> GSM311728 3 0.6379 0.21720 0.008 0.304 0.440 0.008 0.000 0.240
#> GSM311729 1 0.1755 0.82219 0.932 0.000 0.032 0.008 0.000 0.028
#> GSM311730 2 0.1649 0.78089 0.000 0.932 0.032 0.036 0.000 0.000
#> GSM311731 3 0.6921 0.39550 0.220 0.228 0.488 0.036 0.000 0.028
#> GSM311732 6 0.5872 0.35694 0.080 0.000 0.024 0.220 0.044 0.632
#> GSM311733 6 0.3484 0.69051 0.016 0.000 0.128 0.004 0.032 0.820
#> GSM311734 4 0.5053 0.23227 0.012 0.000 0.056 0.564 0.000 0.368
#> GSM311735 2 0.3161 0.67779 0.000 0.776 0.216 0.008 0.000 0.000
#> GSM311736 6 0.2473 0.69433 0.008 0.000 0.104 0.012 0.000 0.876
#> GSM311737 4 0.5175 0.48391 0.184 0.000 0.004 0.636 0.000 0.176
#> GSM311738 1 0.6142 0.48142 0.588 0.000 0.052 0.068 0.264 0.028
#> GSM311739 4 0.2669 0.65455 0.036 0.008 0.056 0.888 0.000 0.012
#> GSM311740 3 0.4880 0.59716 0.008 0.032 0.764 0.032 0.076 0.088
#> GSM311741 3 0.3756 0.57319 0.044 0.004 0.836 0.040 0.060 0.016
#> GSM311742 4 0.5842 0.44562 0.064 0.036 0.280 0.600 0.004 0.016
#> GSM311743 6 0.3491 0.68068 0.000 0.028 0.168 0.004 0.004 0.796
#> GSM311744 6 0.3632 0.51736 0.008 0.004 0.008 0.228 0.000 0.752
#> GSM311745 1 0.4549 0.60119 0.688 0.000 0.016 0.248 0.000 0.048
#> GSM311746 4 0.2793 0.64354 0.008 0.008 0.068 0.884 0.012 0.020
#> GSM311747 1 0.2656 0.81392 0.892 0.000 0.024 0.028 0.008 0.048
#> GSM311748 2 0.2784 0.72879 0.000 0.848 0.028 0.000 0.000 0.124
#> GSM311749 5 0.4547 0.69164 0.176 0.000 0.052 0.016 0.740 0.016
#> GSM311750 2 0.5320 -0.03194 0.000 0.464 0.460 0.020 0.000 0.056
#> GSM311751 2 0.4283 0.52099 0.000 0.680 0.032 0.008 0.000 0.280
#> GSM311752 5 0.1684 0.82193 0.028 0.000 0.008 0.008 0.940 0.016
#> GSM311753 6 0.5726 0.43869 0.000 0.168 0.280 0.008 0.000 0.544
#> GSM311754 2 0.2784 0.77728 0.000 0.880 0.040 0.040 0.000 0.040
#> GSM311755 2 0.3417 0.69878 0.000 0.812 0.052 0.004 0.000 0.132
#> GSM311756 3 0.4960 0.53244 0.152 0.000 0.732 0.032 0.052 0.032
#> GSM311757 6 0.3804 0.30205 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM311758 1 0.2123 0.80837 0.912 0.000 0.052 0.012 0.000 0.024
#> GSM311759 3 0.4465 0.58427 0.004 0.136 0.740 0.008 0.000 0.112
#> GSM311760 2 0.4068 0.65179 0.000 0.776 0.044 0.008 0.156 0.016
#> GSM311668 5 0.5184 0.70232 0.120 0.000 0.080 0.068 0.720 0.012
#> GSM311715 5 0.1337 0.82248 0.008 0.000 0.016 0.008 0.956 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:NMF 156 0.4320 2
#> ATC:NMF 152 0.0586 3
#> ATC:NMF 130 0.1130 4
#> ATC:NMF 127 0.1106 5
#> ATC:NMF 120 0.1271 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0