Date: 2019-12-25 20:42:04 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 21353 163
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:pam | 3 | 0.999 | 0.943 | 0.978 | ** | 2 |
| CV:skmeans | 2 | 0.974 | 0.954 | 0.980 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.955 | 0.935 | 0.966 | ** | 2 |
| MAD:skmeans | 2 | 0.949 | 0.944 | 0.977 | * | |
| ATC:kmeans | 3 | 0.924 | 0.907 | 0.965 | * | 2 |
| SD:skmeans | 2 | 0.911 | 0.924 | 0.968 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.911 | 0.937 | 0.972 | * | |
| SD:NMF | 2 | 0.887 | 0.918 | 0.966 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.878 | 0.939 | 0.974 | ||
| CV:NMF | 2 | 0.864 | 0.913 | 0.962 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.833 | 0.906 | 0.957 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.795 | 0.855 | 0.938 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.785 | 0.882 | 0.944 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.757 | 0.851 | 0.932 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.748 | 0.853 | 0.941 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.732 | 0.834 | 0.927 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.640 | 0.876 | 0.940 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.491 | 0.785 | 0.865 | ||
| SD:pam | 3 | 0.488 | 0.605 | 0.828 | ||
| MAD:pam | 3 | 0.441 | 0.768 | 0.864 | ||
| CV:pam | 2 | 0.428 | 0.826 | 0.886 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.234 | 0.733 | 0.847 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.225 | 0.669 | 0.834 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.201 | 0.730 | 0.838 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.887 0.918 0.966 0.499 0.498 0.498
#> CV:NMF 2 0.864 0.913 0.962 0.499 0.498 0.498
#> MAD:NMF 2 0.911 0.937 0.972 0.500 0.500 0.500
#> ATC:NMF 2 0.833 0.906 0.957 0.496 0.501 0.501
#> SD:skmeans 2 0.911 0.924 0.968 0.503 0.497 0.497
#> CV:skmeans 2 0.974 0.954 0.980 0.502 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 0.949 0.944 0.977 0.503 0.497 0.497
#> ATC:skmeans 2 0.974 0.949 0.979 0.486 0.513 0.513
#> SD:mclust 2 0.564 0.849 0.917 0.496 0.497 0.497
#> CV:mclust 2 0.640 0.876 0.940 0.499 0.497 0.497
#> MAD:mclust 2 0.580 0.839 0.915 0.492 0.497 0.497
#> ATC:mclust 2 0.878 0.939 0.974 0.454 0.550 0.550
#> SD:kmeans 2 0.732 0.834 0.927 0.486 0.513 0.513
#> CV:kmeans 2 0.785 0.882 0.944 0.488 0.509 0.509
#> MAD:kmeans 2 0.748 0.853 0.941 0.491 0.507 0.507
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.986 0.994 0.320 0.675 0.675
#> SD:pam 2 0.380 0.781 0.869 0.421 0.592 0.592
#> CV:pam 2 0.428 0.826 0.886 0.426 0.587 0.587
#> MAD:pam 2 0.523 0.886 0.913 0.423 0.587 0.587
#> ATC:pam 2 1.000 0.955 0.983 0.334 0.668 0.668
#> SD:hclust 2 0.234 0.733 0.847 0.448 0.532 0.532
#> CV:hclust 2 0.201 0.730 0.838 0.450 0.529 0.529
#> MAD:hclust 2 0.225 0.669 0.834 0.464 0.499 0.499
#> ATC:hclust 2 0.555 0.812 0.909 0.307 0.747 0.747
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.456 0.563 0.732 0.323 0.747 0.538
#> CV:NMF 3 0.454 0.573 0.739 0.324 0.742 0.531
#> MAD:NMF 3 0.501 0.617 0.819 0.318 0.741 0.533
#> ATC:NMF 3 0.815 0.898 0.952 0.295 0.799 0.621
#> SD:skmeans 3 0.590 0.651 0.790 0.320 0.789 0.599
#> CV:skmeans 3 0.592 0.605 0.804 0.319 0.753 0.541
#> MAD:skmeans 3 0.601 0.687 0.821 0.319 0.762 0.555
#> ATC:skmeans 3 0.955 0.935 0.966 0.234 0.840 0.700
#> SD:mclust 3 0.757 0.851 0.932 0.234 0.841 0.694
#> CV:mclust 3 0.782 0.851 0.931 0.243 0.827 0.670
#> MAD:mclust 3 0.795 0.855 0.938 0.265 0.829 0.675
#> ATC:mclust 3 0.348 0.655 0.749 0.303 0.674 0.465
#> SD:kmeans 3 0.449 0.541 0.763 0.328 0.764 0.574
#> CV:kmeans 3 0.480 0.581 0.777 0.332 0.705 0.486
#> MAD:kmeans 3 0.472 0.639 0.747 0.325 0.703 0.477
#> ATC:kmeans 3 0.924 0.907 0.965 0.899 0.653 0.509
#> SD:pam 3 0.488 0.605 0.828 0.433 0.666 0.484
#> CV:pam 3 0.531 0.595 0.827 0.413 0.698 0.523
#> MAD:pam 3 0.441 0.768 0.864 0.428 0.787 0.648
#> ATC:pam 3 0.999 0.943 0.978 0.792 0.619 0.475
#> SD:hclust 3 0.276 0.450 0.703 0.289 0.939 0.889
#> CV:hclust 3 0.293 0.641 0.752 0.275 0.901 0.815
#> MAD:hclust 3 0.241 0.481 0.723 0.256 0.956 0.914
#> ATC:hclust 3 0.491 0.785 0.865 0.623 0.664 0.560
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.622 0.679 0.844 0.118 0.712 0.355
#> CV:NMF 4 0.639 0.698 0.849 0.119 0.706 0.343
#> MAD:NMF 4 0.599 0.669 0.829 0.121 0.786 0.479
#> ATC:NMF 4 0.661 0.761 0.862 0.144 0.881 0.680
#> SD:skmeans 4 0.835 0.819 0.915 0.126 0.763 0.432
#> CV:skmeans 4 0.836 0.854 0.927 0.127 0.737 0.381
#> MAD:skmeans 4 0.799 0.818 0.914 0.126 0.747 0.397
#> ATC:skmeans 4 0.787 0.864 0.888 0.142 0.865 0.668
#> SD:mclust 4 0.588 0.650 0.804 0.144 0.822 0.571
#> CV:mclust 4 0.584 0.667 0.815 0.130 0.831 0.586
#> MAD:mclust 4 0.638 0.735 0.844 0.144 0.781 0.496
#> ATC:mclust 4 0.518 0.650 0.792 0.173 0.903 0.741
#> SD:kmeans 4 0.543 0.486 0.716 0.127 0.804 0.522
#> CV:kmeans 4 0.548 0.521 0.710 0.124 0.843 0.584
#> MAD:kmeans 4 0.591 0.561 0.773 0.126 0.789 0.469
#> ATC:kmeans 4 0.573 0.618 0.772 0.135 0.730 0.436
#> SD:pam 4 0.597 0.573 0.803 0.194 0.720 0.385
#> CV:pam 4 0.597 0.514 0.784 0.187 0.751 0.445
#> MAD:pam 4 0.626 0.724 0.858 0.197 0.740 0.444
#> ATC:pam 4 0.601 0.684 0.797 0.145 0.752 0.492
#> SD:hclust 4 0.292 0.419 0.615 0.150 0.833 0.680
#> CV:hclust 4 0.302 0.485 0.660 0.178 0.854 0.680
#> MAD:hclust 4 0.278 0.297 0.635 0.164 0.740 0.487
#> ATC:hclust 4 0.507 0.729 0.861 0.133 0.956 0.904
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.742 0.745 0.865 0.0819 0.837 0.474
#> CV:NMF 5 0.752 0.742 0.866 0.0811 0.847 0.497
#> MAD:NMF 5 0.741 0.729 0.866 0.0829 0.851 0.506
#> ATC:NMF 5 0.643 0.605 0.775 0.0626 0.923 0.730
#> SD:skmeans 5 0.739 0.543 0.759 0.0706 0.883 0.588
#> CV:skmeans 5 0.757 0.611 0.777 0.0701 0.869 0.554
#> MAD:skmeans 5 0.765 0.573 0.815 0.0700 0.853 0.506
#> ATC:skmeans 5 0.829 0.882 0.922 0.0654 0.933 0.780
#> SD:mclust 5 0.703 0.790 0.857 0.0978 0.876 0.595
#> CV:mclust 5 0.764 0.823 0.902 0.1045 0.883 0.613
#> MAD:mclust 5 0.818 0.841 0.919 0.0891 0.889 0.629
#> ATC:mclust 5 0.558 0.483 0.696 0.0576 0.738 0.359
#> SD:kmeans 5 0.618 0.457 0.691 0.0720 0.902 0.665
#> CV:kmeans 5 0.628 0.487 0.696 0.0692 0.875 0.580
#> MAD:kmeans 5 0.628 0.468 0.666 0.0685 0.865 0.557
#> ATC:kmeans 5 0.654 0.743 0.819 0.0826 0.870 0.616
#> SD:pam 5 0.721 0.705 0.834 0.0457 0.903 0.681
#> CV:pam 5 0.703 0.779 0.858 0.0461 0.877 0.625
#> MAD:pam 5 0.633 0.586 0.783 0.0647 0.838 0.505
#> ATC:pam 5 0.744 0.768 0.905 0.0892 0.854 0.598
#> SD:hclust 5 0.388 0.505 0.640 0.0777 0.922 0.793
#> CV:hclust 5 0.424 0.551 0.716 0.0780 0.944 0.834
#> MAD:hclust 5 0.381 0.459 0.610 0.0887 0.811 0.463
#> ATC:hclust 5 0.504 0.712 0.808 0.0564 0.950 0.886
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.755 0.740 0.852 0.0361 0.930 0.679
#> CV:NMF 6 0.755 0.734 0.852 0.0361 0.917 0.632
#> MAD:NMF 6 0.698 0.663 0.799 0.0354 0.918 0.636
#> ATC:NMF 6 0.647 0.529 0.741 0.0452 0.932 0.724
#> SD:skmeans 6 0.722 0.540 0.692 0.0396 0.881 0.507
#> CV:skmeans 6 0.731 0.541 0.727 0.0401 0.878 0.509
#> MAD:skmeans 6 0.739 0.666 0.809 0.0412 0.905 0.583
#> ATC:skmeans 6 0.777 0.781 0.872 0.0390 0.965 0.869
#> SD:mclust 6 0.636 0.643 0.774 0.0421 0.941 0.759
#> CV:mclust 6 0.708 0.604 0.743 0.0368 0.939 0.750
#> MAD:mclust 6 0.663 0.501 0.750 0.0369 0.942 0.760
#> ATC:mclust 6 0.572 0.393 0.652 0.0548 0.856 0.533
#> SD:kmeans 6 0.662 0.477 0.616 0.0457 0.803 0.365
#> CV:kmeans 6 0.665 0.511 0.672 0.0449 0.864 0.494
#> MAD:kmeans 6 0.664 0.502 0.682 0.0455 0.835 0.411
#> ATC:kmeans 6 0.745 0.697 0.828 0.0601 0.961 0.848
#> SD:pam 6 0.694 0.618 0.814 0.0482 0.938 0.771
#> CV:pam 6 0.720 0.668 0.843 0.0504 0.915 0.704
#> MAD:pam 6 0.683 0.566 0.765 0.0301 0.885 0.591
#> ATC:pam 6 0.711 0.654 0.807 0.0631 0.906 0.680
#> SD:hclust 6 0.473 0.439 0.671 0.0540 0.901 0.695
#> CV:hclust 6 0.476 0.460 0.667 0.0536 0.948 0.827
#> MAD:hclust 6 0.472 0.404 0.588 0.0468 0.930 0.727
#> ATC:hclust 6 0.502 0.637 0.800 0.0658 0.968 0.921
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 155 1.000 2
#> CV:NMF 156 1.000 2
#> MAD:NMF 159 1.000 2
#> ATC:NMF 156 1.000 2
#> SD:skmeans 156 1.000 2
#> CV:skmeans 161 1.000 2
#> MAD:skmeans 159 1.000 2
#> ATC:skmeans 160 1.000 2
#> SD:mclust 154 0.477 2
#> CV:mclust 154 0.465 2
#> MAD:mclust 152 0.477 2
#> ATC:mclust 159 1.000 2
#> SD:kmeans 150 1.000 2
#> CV:kmeans 156 1.000 2
#> MAD:kmeans 148 1.000 2
#> ATC:kmeans 163 0.866 2
#> SD:pam 160 0.952 2
#> CV:pam 161 0.925 2
#> MAD:pam 161 0.910 2
#> ATC:pam 159 0.863 2
#> SD:hclust 153 1.000 2
#> CV:hclust 150 0.815 2
#> MAD:hclust 134 1.000 2
#> ATC:hclust 157 1.000 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 123 0.7816 3
#> CV:NMF 123 0.7679 3
#> MAD:NMF 124 0.4743 3
#> ATC:NMF 159 0.6626 3
#> SD:skmeans 150 0.5088 3
#> CV:skmeans 131 NA 3
#> MAD:skmeans 149 0.5293 3
#> ATC:skmeans 161 0.5927 3
#> SD:mclust 154 0.3917 3
#> CV:mclust 155 0.3773 3
#> MAD:mclust 155 0.3868 3
#> ATC:mclust 136 0.5632 3
#> SD:kmeans 111 0.1606 3
#> CV:kmeans 122 0.2422 3
#> MAD:kmeans 133 0.2173 3
#> ATC:kmeans 153 0.6164 3
#> SD:pam 118 0.5935 3
#> CV:pam 114 0.6249 3
#> MAD:pam 154 0.4959 3
#> ATC:pam 160 0.8639 3
#> SD:hclust 109 0.7877 3
#> CV:hclust 137 0.0824 3
#> MAD:hclust 87 0.6056 3
#> ATC:hclust 151 0.7363 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 139 0.393 4
#> CV:NMF 142 0.380 4
#> MAD:NMF 136 0.370 4
#> ATC:NMF 148 0.353 4
#> SD:skmeans 150 0.609 4
#> CV:skmeans 154 0.600 4
#> MAD:skmeans 146 0.609 4
#> ATC:skmeans 156 0.344 4
#> SD:mclust 124 0.448 4
#> CV:mclust 130 0.438 4
#> MAD:mclust 141 0.645 4
#> ATC:mclust 126 0.411 4
#> SD:kmeans 89 0.459 4
#> CV:kmeans 101 0.452 4
#> MAD:kmeans 103 0.524 4
#> ATC:kmeans 115 0.414 4
#> SD:pam 117 0.605 4
#> CV:pam 87 0.617 4
#> MAD:pam 152 0.597 4
#> ATC:pam 136 0.831 4
#> SD:hclust 61 0.457 4
#> CV:hclust 79 0.291 4
#> MAD:hclust 33 NA 4
#> ATC:hclust 145 0.798 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 147 0.530 5
#> CV:NMF 145 0.504 5
#> MAD:NMF 140 0.533 5
#> ATC:NMF 119 0.485 5
#> SD:skmeans 99 0.464 5
#> CV:skmeans 122 0.445 5
#> MAD:skmeans 104 0.469 5
#> ATC:skmeans 157 0.478 5
#> SD:mclust 152 0.764 5
#> CV:mclust 152 0.764 5
#> MAD:mclust 156 0.481 5
#> ATC:mclust 110 0.492 5
#> SD:kmeans 87 0.643 5
#> CV:kmeans 95 0.531 5
#> MAD:kmeans 92 NA 5
#> ATC:kmeans 145 0.246 5
#> SD:pam 139 0.830 5
#> CV:pam 153 0.821 5
#> MAD:pam 115 0.912 5
#> ATC:pam 141 0.756 5
#> SD:hclust 85 0.604 5
#> CV:hclust 105 0.463 5
#> MAD:hclust 87 NA 5
#> ATC:hclust 141 0.886 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 145 0.5694 6
#> CV:NMF 142 0.4218 6
#> MAD:NMF 136 0.6383 6
#> ATC:NMF 95 0.4674 6
#> SD:skmeans 114 0.6096 6
#> CV:skmeans 98 0.5581 6
#> MAD:skmeans 131 0.3829 6
#> ATC:skmeans 146 0.3718 6
#> SD:mclust 127 0.4176 6
#> CV:mclust 134 0.4790 6
#> MAD:mclust 98 0.5098 6
#> ATC:mclust 81 0.0301 6
#> SD:kmeans 85 NA 6
#> CV:kmeans 107 0.8700 6
#> MAD:kmeans 107 0.7648 6
#> ATC:kmeans 138 0.8796 6
#> SD:pam 123 0.8580 6
#> CV:pam 120 0.9417 6
#> MAD:pam 115 0.7412 6
#> ATC:pam 138 0.5825 6
#> SD:hclust 61 0.9172 6
#> CV:hclust 79 0.7577 6
#> MAD:hclust 71 0.8599 6
#> ATC:hclust 123 0.1637 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.234 0.733 0.847 0.4480 0.532 0.532
#> 3 3 0.276 0.450 0.703 0.2888 0.939 0.889
#> 4 4 0.292 0.419 0.615 0.1497 0.833 0.680
#> 5 5 0.388 0.505 0.640 0.0777 0.922 0.793
#> 6 6 0.473 0.439 0.671 0.0540 0.901 0.695
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.3431 0.7975 0.064 0.936
#> GSM311762 1 0.7883 0.7195 0.764 0.236
#> GSM311763 1 0.8081 0.7033 0.752 0.248
#> GSM311764 1 0.9775 0.3486 0.588 0.412
#> GSM311765 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311766 2 0.1184 0.8085 0.016 0.984
#> GSM311767 1 0.1633 0.8240 0.976 0.024
#> GSM311768 1 0.5946 0.8174 0.856 0.144
#> GSM311769 1 0.0376 0.8156 0.996 0.004
#> GSM311770 1 0.6048 0.8137 0.852 0.148
#> GSM311771 1 0.3879 0.8271 0.924 0.076
#> GSM311772 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.6247 0.7812 0.156 0.844
#> GSM311774 1 0.6048 0.8137 0.852 0.148
#> GSM311775 1 0.5519 0.8212 0.872 0.128
#> GSM311776 2 0.6712 0.7595 0.176 0.824
#> GSM311777 1 0.8386 0.7173 0.732 0.268
#> GSM311778 1 0.8081 0.7060 0.752 0.248
#> GSM311779 1 0.8207 0.7028 0.744 0.256
#> GSM311780 2 0.8386 0.6881 0.268 0.732
#> GSM311781 2 0.9000 0.6102 0.316 0.684
#> GSM311782 2 0.9732 0.3964 0.404 0.596
#> GSM311783 1 0.5059 0.8212 0.888 0.112
#> GSM311784 1 0.2236 0.8268 0.964 0.036
#> GSM311785 1 0.0376 0.8141 0.996 0.004
#> GSM311786 1 0.3879 0.8271 0.924 0.076
#> GSM311787 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311788 1 0.8763 0.6609 0.704 0.296
#> GSM311789 1 0.3584 0.8295 0.932 0.068
#> GSM311790 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311791 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.4690 0.8228 0.900 0.100
#> GSM311793 2 0.1414 0.8093 0.020 0.980
#> GSM311794 2 0.3431 0.7975 0.064 0.936
#> GSM311795 1 0.1184 0.8175 0.984 0.016
#> GSM311796 1 0.7602 0.7541 0.780 0.220
#> GSM311797 1 0.0672 0.8184 0.992 0.008
#> GSM311798 1 0.3584 0.8295 0.932 0.068
#> GSM311799 2 0.6712 0.7595 0.176 0.824
#> GSM311800 1 0.8955 0.6540 0.688 0.312
#> GSM311801 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311802 1 0.2236 0.8278 0.964 0.036
#> GSM311803 1 0.5294 0.7977 0.880 0.120
#> GSM311804 2 0.9732 0.3964 0.404 0.596
#> GSM311805 1 0.1843 0.8196 0.972 0.028
#> GSM311806 2 0.8713 0.6281 0.292 0.708
#> GSM311807 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.8267 0.7243 0.740 0.260
#> GSM311809 1 0.4298 0.8257 0.912 0.088
#> GSM311810 2 0.7299 0.7510 0.204 0.796
#> GSM311811 1 0.1184 0.8193 0.984 0.016
#> GSM311812 1 0.1843 0.8196 0.972 0.028
#> GSM311813 1 0.8081 0.7092 0.752 0.248
#> GSM311814 1 0.6887 0.7774 0.816 0.184
#> GSM311815 1 0.3879 0.8271 0.924 0.076
#> GSM311816 1 0.8327 0.6959 0.736 0.264
#> GSM311817 1 0.7602 0.7557 0.780 0.220
#> GSM311818 2 0.7299 0.7463 0.204 0.796
#> GSM311819 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM311820 1 0.8016 0.7210 0.756 0.244
#> GSM311821 1 0.8267 0.6985 0.740 0.260
#> GSM311822 1 0.2603 0.8291 0.956 0.044
#> GSM311823 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311824 1 0.8016 0.7186 0.756 0.244
#> GSM311825 1 0.0938 0.8195 0.988 0.012
#> GSM311826 1 0.1414 0.8226 0.980 0.020
#> GSM311827 1 0.6048 0.8014 0.852 0.148
#> GSM311828 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311829 1 0.8016 0.7186 0.756 0.244
#> GSM311830 2 0.0938 0.8064 0.012 0.988
#> GSM311832 2 0.8386 0.6881 0.268 0.732
#> GSM311833 2 0.4562 0.8020 0.096 0.904
#> GSM311834 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311835 1 0.1843 0.8251 0.972 0.028
#> GSM311836 2 0.9000 0.6143 0.316 0.684
#> GSM311837 2 0.3431 0.7975 0.064 0.936
#> GSM311838 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311839 2 0.8955 0.6270 0.312 0.688
#> GSM311840 2 0.3431 0.7975 0.064 0.936
#> GSM311841 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.4431 0.8288 0.908 0.092
#> GSM311843 1 0.1843 0.8251 0.972 0.028
#> GSM311844 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311845 1 0.7602 0.6826 0.780 0.220
#> GSM311846 2 0.4161 0.8039 0.084 0.916
#> GSM311847 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311848 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311849 1 0.7299 0.7004 0.796 0.204
#> GSM311850 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.8763 0.6791 0.704 0.296
#> GSM311852 1 0.8763 0.6609 0.704 0.296
#> GSM311853 1 0.1414 0.8201 0.980 0.020
#> GSM311854 1 0.5842 0.8025 0.860 0.140
#> GSM311855 1 0.7950 0.7425 0.760 0.240
#> GSM311856 1 0.1843 0.8255 0.972 0.028
#> GSM311857 1 0.1843 0.8251 0.972 0.028
#> GSM311858 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.8081 0.7106 0.752 0.248
#> GSM311860 1 1.0000 0.0239 0.504 0.496
#> GSM311861 1 0.9996 0.0654 0.512 0.488
#> GSM311862 1 0.8555 0.6726 0.720 0.280
#> GSM311863 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311864 1 0.8016 0.7146 0.756 0.244
#> GSM311865 1 0.1633 0.8240 0.976 0.024
#> GSM311866 1 0.2236 0.8268 0.964 0.036
#> GSM311867 1 0.4022 0.8256 0.920 0.080
#> GSM311868 1 0.1633 0.8240 0.976 0.024
#> GSM311869 2 0.2236 0.8120 0.036 0.964
#> GSM311870 2 0.5294 0.7990 0.120 0.880
#> GSM311871 1 0.0672 0.8184 0.992 0.008
#> GSM311872 1 0.8713 0.6665 0.708 0.292
#> GSM311873 2 0.1184 0.8100 0.016 0.984
#> GSM311874 1 0.9970 0.1571 0.532 0.468
#> GSM311875 2 0.7139 0.7542 0.196 0.804
#> GSM311876 2 0.6247 0.7812 0.156 0.844
#> GSM311877 2 0.8499 0.6767 0.276 0.724
#> GSM311879 2 0.8955 0.6292 0.312 0.688
#> GSM311880 1 0.5294 0.7977 0.880 0.120
#> GSM311881 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311882 2 0.0000 0.8045 0.000 1.000
#> GSM311883 1 0.9393 0.5684 0.644 0.356
#> GSM311884 1 0.5737 0.8182 0.864 0.136
#> GSM311885 1 0.7883 0.7195 0.764 0.236
#> GSM311886 2 0.3114 0.8105 0.056 0.944
#> GSM311887 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311889 1 0.4298 0.8260 0.912 0.088
#> GSM311890 1 0.6048 0.8137 0.852 0.148
#> GSM311891 1 0.4298 0.8257 0.912 0.088
#> GSM311892 2 0.1184 0.8085 0.016 0.984
#> GSM311893 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.9944 0.1997 0.544 0.456
#> GSM311895 2 0.8763 0.6573 0.296 0.704
#> GSM311896 2 0.4161 0.8039 0.084 0.916
#> GSM311897 2 0.8267 0.6982 0.260 0.740
#> GSM311898 1 0.0376 0.8156 0.996 0.004
#> GSM311899 2 0.4562 0.8020 0.096 0.904
#> GSM311900 2 0.8267 0.6982 0.260 0.740
#> GSM311901 2 0.9209 0.5683 0.336 0.664
#> GSM311902 2 0.8763 0.6533 0.296 0.704
#> GSM311903 1 0.9815 0.3144 0.580 0.420
#> GSM311904 2 0.9993 0.0649 0.484 0.516
#> GSM311905 2 0.8909 0.6365 0.308 0.692
#> GSM311906 1 0.4815 0.8250 0.896 0.104
#> GSM311907 2 0.9686 0.3881 0.396 0.604
#> GSM311908 2 0.8763 0.6533 0.296 0.704
#> GSM311909 2 0.8661 0.6592 0.288 0.712
#> GSM311910 2 0.5059 0.7974 0.112 0.888
#> GSM311911 1 0.3274 0.8244 0.940 0.060
#> GSM311912 2 0.3431 0.7975 0.064 0.936
#> GSM311913 1 0.5408 0.8228 0.876 0.124
#> GSM311914 1 0.4298 0.8260 0.912 0.088
#> GSM311915 2 0.0672 0.8053 0.008 0.992
#> GSM311916 1 0.5946 0.8174 0.856 0.144
#> GSM311917 1 0.8016 0.7186 0.756 0.244
#> GSM311918 1 0.0938 0.8163 0.988 0.012
#> GSM311919 1 0.8555 0.6726 0.720 0.280
#> GSM311920 1 0.8763 0.6791 0.704 0.296
#> GSM311921 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM311922 1 0.2603 0.8217 0.956 0.044
#> GSM311923 1 0.0000 0.8135 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.6623 0.7712 0.172 0.828
#> GSM311878 1 0.6973 0.7631 0.812 0.188
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.6988 0.4589 0.036 0.644 0.320
#> GSM311762 1 0.8019 0.4199 0.576 0.076 0.348
#> GSM311763 1 0.8213 0.3901 0.568 0.088 0.344
#> GSM311764 1 0.9213 0.0290 0.452 0.152 0.396
#> GSM311765 1 0.7263 0.4806 0.592 0.036 0.372
#> GSM311766 2 0.1182 0.6087 0.012 0.976 0.012
#> GSM311767 1 0.0747 0.6996 0.984 0.000 0.016
#> GSM311768 1 0.5355 0.6689 0.804 0.036 0.160
#> GSM311769 1 0.2066 0.6976 0.940 0.000 0.060
#> GSM311770 1 0.6443 0.6445 0.720 0.040 0.240
#> GSM311771 1 0.4702 0.6818 0.788 0.000 0.212
#> GSM311772 2 0.1753 0.6004 0.000 0.952 0.048
#> GSM311773 2 0.8731 -0.3590 0.116 0.516 0.368
#> GSM311774 1 0.6443 0.6445 0.720 0.040 0.240
#> GSM311775 1 0.5945 0.6582 0.740 0.024 0.236
#> GSM311776 2 0.8570 0.0938 0.120 0.564 0.316
#> GSM311777 1 0.8436 0.5201 0.616 0.160 0.224
#> GSM311778 1 0.6703 0.5652 0.692 0.040 0.268
#> GSM311779 1 0.6858 0.4949 0.728 0.084 0.188
#> GSM311780 2 0.9737 -0.8142 0.224 0.392 0.384
#> GSM311781 3 0.9891 0.8525 0.264 0.352 0.384
#> GSM311782 1 0.9975 -0.7451 0.368 0.320 0.312
#> GSM311783 1 0.3764 0.6756 0.892 0.040 0.068
#> GSM311784 1 0.1529 0.7000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311785 1 0.3879 0.6761 0.848 0.000 0.152
#> GSM311786 1 0.4654 0.6831 0.792 0.000 0.208
#> GSM311787 1 0.7346 0.4804 0.592 0.040 0.368
#> GSM311788 1 0.7911 0.4189 0.632 0.096 0.272
#> GSM311789 1 0.4002 0.6998 0.840 0.000 0.160
#> GSM311790 2 0.1989 0.6028 0.004 0.948 0.048
#> GSM311791 2 0.1643 0.6013 0.000 0.956 0.044
#> GSM311792 1 0.3649 0.6787 0.896 0.036 0.068
#> GSM311793 2 0.1337 0.6088 0.016 0.972 0.012
#> GSM311794 2 0.6988 0.4589 0.036 0.644 0.320
#> GSM311795 1 0.4121 0.6789 0.832 0.000 0.168
#> GSM311796 1 0.6677 0.5706 0.740 0.080 0.180
#> GSM311797 1 0.3340 0.6895 0.880 0.000 0.120
#> GSM311798 1 0.4002 0.6998 0.840 0.000 0.160
#> GSM311799 2 0.8570 0.0938 0.120 0.564 0.316
#> GSM311800 1 0.7941 0.4259 0.628 0.096 0.276
#> GSM311801 1 0.7263 0.4806 0.592 0.036 0.372
#> GSM311802 1 0.2066 0.7043 0.940 0.000 0.060
#> GSM311803 1 0.5785 0.6062 0.668 0.000 0.332
#> GSM311804 1 0.9975 -0.7451 0.368 0.320 0.312
#> GSM311805 1 0.4887 0.6730 0.772 0.000 0.228
#> GSM311806 2 0.9647 -0.5382 0.268 0.468 0.264
#> GSM311807 2 0.1753 0.6004 0.000 0.952 0.048
#> GSM311808 1 0.7431 0.5200 0.688 0.100 0.212
#> GSM311809 1 0.3039 0.6886 0.920 0.036 0.044
#> GSM311810 2 0.9065 -0.5346 0.136 0.448 0.416
#> GSM311811 1 0.3272 0.6962 0.892 0.004 0.104
#> GSM311812 1 0.4887 0.6730 0.772 0.000 0.228
#> GSM311813 1 0.6728 0.5065 0.736 0.080 0.184
#> GSM311814 1 0.5659 0.6126 0.796 0.052 0.152
#> GSM311815 1 0.4702 0.6818 0.788 0.000 0.212
#> GSM311816 1 0.6954 0.4860 0.720 0.084 0.196
#> GSM311817 1 0.6537 0.5704 0.740 0.064 0.196
#> GSM311818 2 0.8176 0.3866 0.140 0.636 0.224
#> GSM311819 1 0.7047 0.5492 0.712 0.084 0.204
#> GSM311820 1 0.6705 0.5234 0.740 0.084 0.176
#> GSM311821 1 0.6984 0.4832 0.720 0.088 0.192
#> GSM311822 1 0.2584 0.7042 0.928 0.008 0.064
#> GSM311823 2 0.1989 0.6026 0.004 0.948 0.048
#> GSM311824 1 0.6705 0.5161 0.740 0.084 0.176
#> GSM311825 1 0.2537 0.6983 0.920 0.000 0.080
#> GSM311826 1 0.0892 0.6990 0.980 0.000 0.020
#> GSM311827 1 0.6033 0.6054 0.660 0.004 0.336
#> GSM311828 1 0.7346 0.4804 0.592 0.040 0.368
#> GSM311829 1 0.6705 0.5161 0.740 0.084 0.176
#> GSM311830 2 0.2845 0.6048 0.012 0.920 0.068
#> GSM311832 2 0.9737 -0.8142 0.224 0.392 0.384
#> GSM311833 2 0.5298 0.5232 0.032 0.804 0.164
#> GSM311834 2 0.3112 0.5863 0.004 0.900 0.096
#> GSM311835 1 0.0747 0.6987 0.984 0.000 0.016
#> GSM311836 3 0.9878 0.8522 0.264 0.340 0.396
#> GSM311837 2 0.6988 0.4589 0.036 0.644 0.320
#> GSM311838 2 0.1399 0.6058 0.004 0.968 0.028
#> GSM311839 3 0.9873 0.8556 0.260 0.348 0.392
#> GSM311840 2 0.6988 0.4589 0.036 0.644 0.320
#> GSM311841 1 0.2356 0.6928 0.928 0.000 0.072
#> GSM311842 1 0.4682 0.6862 0.804 0.004 0.192
#> GSM311843 1 0.1031 0.7006 0.976 0.000 0.024
#> GSM311844 2 0.1643 0.6013 0.000 0.956 0.044
#> GSM311845 1 0.7346 0.4875 0.592 0.040 0.368
#> GSM311846 2 0.4937 0.5404 0.028 0.824 0.148
#> GSM311847 1 0.3482 0.6823 0.872 0.000 0.128
#> GSM311848 1 0.7263 0.4806 0.592 0.036 0.372
#> GSM311849 1 0.7245 0.4980 0.596 0.036 0.368
#> GSM311850 1 0.2356 0.6928 0.928 0.000 0.072
#> GSM311851 1 0.8911 0.4486 0.564 0.176 0.260
#> GSM311852 1 0.7872 0.4237 0.632 0.092 0.276
#> GSM311853 1 0.4346 0.6796 0.816 0.000 0.184
#> GSM311854 1 0.4249 0.6523 0.864 0.028 0.108
#> GSM311855 1 0.7014 0.5516 0.712 0.080 0.208
#> GSM311856 1 0.2261 0.7025 0.932 0.000 0.068
#> GSM311857 1 0.0747 0.6987 0.984 0.000 0.016
#> GSM311858 2 0.1643 0.6013 0.000 0.956 0.044
#> GSM311859 1 0.6757 0.5088 0.736 0.084 0.180
#> GSM311860 1 0.9428 -0.4821 0.428 0.176 0.396
#> GSM311861 1 0.9421 -0.4537 0.436 0.176 0.388
#> GSM311862 1 0.7345 0.4505 0.700 0.108 0.192
#> GSM311863 2 0.1129 0.6067 0.004 0.976 0.020
#> GSM311864 1 0.6677 0.5139 0.740 0.080 0.180
#> GSM311865 1 0.0892 0.6985 0.980 0.000 0.020
#> GSM311866 1 0.1643 0.7008 0.956 0.000 0.044
#> GSM311867 1 0.4931 0.6738 0.768 0.000 0.232
#> GSM311868 1 0.0892 0.6985 0.980 0.000 0.020
#> GSM311869 2 0.3272 0.6035 0.016 0.904 0.080
#> GSM311870 2 0.5650 0.5449 0.084 0.808 0.108
#> GSM311871 1 0.3412 0.6885 0.876 0.000 0.124
#> GSM311872 1 0.7739 0.4355 0.644 0.088 0.268
#> GSM311873 2 0.6625 0.2087 0.024 0.660 0.316
#> GSM311874 1 0.9465 -0.3491 0.472 0.196 0.332
#> GSM311875 2 0.9161 -0.5494 0.148 0.464 0.388
#> GSM311876 2 0.8731 -0.3590 0.116 0.516 0.368
#> GSM311877 3 0.9757 0.8101 0.228 0.384 0.388
#> GSM311879 2 0.9776 -0.6560 0.252 0.432 0.316
#> GSM311880 1 0.5785 0.6062 0.668 0.000 0.332
#> GSM311881 2 0.1989 0.6028 0.004 0.948 0.048
#> GSM311882 2 0.1643 0.6013 0.000 0.956 0.044
#> GSM311883 1 0.8641 0.3035 0.592 0.160 0.248
#> GSM311884 1 0.5267 0.6656 0.816 0.044 0.140
#> GSM311885 1 0.8019 0.4199 0.576 0.076 0.348
#> GSM311886 2 0.4931 0.5510 0.032 0.828 0.140
#> GSM311887 1 0.3482 0.6823 0.872 0.000 0.128
#> GSM311888 2 0.3207 0.6014 0.012 0.904 0.084
#> GSM311889 1 0.4842 0.6720 0.776 0.000 0.224
#> GSM311890 1 0.6443 0.6445 0.720 0.040 0.240
#> GSM311891 1 0.3039 0.6886 0.920 0.036 0.044
#> GSM311892 2 0.1182 0.6087 0.012 0.976 0.012
#> GSM311893 1 0.2356 0.6928 0.928 0.000 0.072
#> GSM311894 1 0.9202 -0.3235 0.460 0.152 0.388
#> GSM311895 2 0.9690 -0.5803 0.236 0.448 0.316
#> GSM311896 2 0.4937 0.5404 0.028 0.824 0.148
#> GSM311897 2 0.9627 -0.7658 0.204 0.400 0.396
#> GSM311898 1 0.2066 0.6976 0.940 0.000 0.060
#> GSM311899 2 0.5298 0.5232 0.032 0.804 0.164
#> GSM311900 2 0.9627 -0.7658 0.204 0.400 0.396
#> GSM311901 2 0.9852 -0.6384 0.272 0.416 0.312
#> GSM311902 3 0.9843 0.8433 0.248 0.372 0.380
#> GSM311903 1 0.8859 0.3360 0.500 0.124 0.376
#> GSM311904 3 0.9494 0.5059 0.408 0.184 0.408
#> GSM311905 3 0.9896 0.8264 0.264 0.360 0.376
#> GSM311906 1 0.5201 0.6676 0.760 0.004 0.236
#> GSM311907 3 0.9749 0.6895 0.296 0.260 0.444
#> GSM311908 3 0.9843 0.8433 0.248 0.372 0.380
#> GSM311909 3 0.9810 0.8396 0.240 0.372 0.388
#> GSM311910 2 0.8037 -0.1652 0.076 0.572 0.352
#> GSM311911 1 0.4842 0.6794 0.776 0.000 0.224
#> GSM311912 2 0.6988 0.4589 0.036 0.644 0.320
#> GSM311913 1 0.5136 0.6772 0.824 0.044 0.132
#> GSM311914 1 0.4931 0.6717 0.768 0.000 0.232
#> GSM311915 2 0.2096 0.6016 0.004 0.944 0.052
#> GSM311916 1 0.5355 0.6689 0.804 0.036 0.160
#> GSM311917 1 0.6705 0.5161 0.740 0.084 0.176
#> GSM311918 1 0.4002 0.6789 0.840 0.000 0.160
#> GSM311919 1 0.7345 0.4505 0.700 0.108 0.192
#> GSM311920 1 0.8911 0.4486 0.564 0.176 0.260
#> GSM311921 1 0.7263 0.4806 0.592 0.036 0.372
#> GSM311922 1 0.3989 0.6913 0.864 0.012 0.124
#> GSM311923 1 0.3941 0.6662 0.844 0.000 0.156
#> GSM311831 2 0.8918 -0.4468 0.128 0.492 0.380
#> GSM311878 1 0.6446 0.5604 0.736 0.052 0.212
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.5793 0.51869 0.000 0.600 0.040 0.360
#> GSM311762 3 0.8552 0.43785 0.268 0.040 0.448 0.244
#> GSM311763 3 0.8778 0.40014 0.272 0.052 0.428 0.248
#> GSM311764 4 0.9414 0.04468 0.332 0.104 0.228 0.336
#> GSM311765 1 0.8270 0.07736 0.364 0.012 0.332 0.292
#> GSM311766 2 0.1639 0.73316 0.008 0.952 0.004 0.036
#> GSM311767 1 0.3300 0.28170 0.848 0.000 0.144 0.008
#> GSM311768 1 0.6437 0.44645 0.696 0.028 0.168 0.108
#> GSM311769 1 0.3831 0.19518 0.792 0.000 0.204 0.004
#> GSM311770 1 0.7409 0.36233 0.568 0.032 0.296 0.104
#> GSM311771 1 0.6005 0.35330 0.616 0.000 0.324 0.060
#> GSM311772 2 0.2859 0.70900 0.000 0.880 0.008 0.112
#> GSM311773 4 0.6285 0.56754 0.060 0.412 0.000 0.528
#> GSM311774 1 0.7409 0.36233 0.568 0.032 0.296 0.104
#> GSM311775 1 0.7028 0.36989 0.580 0.016 0.304 0.100
#> GSM311776 2 0.8376 0.00245 0.092 0.512 0.108 0.288
#> GSM311777 1 0.8872 0.22914 0.468 0.148 0.280 0.104
#> GSM311778 1 0.6931 0.24671 0.652 0.032 0.116 0.200
#> GSM311779 1 0.5586 0.41781 0.720 0.052 0.012 0.216
#> GSM311780 4 0.7299 0.76446 0.176 0.312 0.000 0.512
#> GSM311781 4 0.7576 0.77063 0.212 0.276 0.004 0.508
#> GSM311782 4 0.7799 0.66601 0.328 0.260 0.000 0.412
#> GSM311783 1 0.4649 0.41026 0.824 0.028 0.068 0.080
#> GSM311784 1 0.2101 0.40483 0.928 0.000 0.060 0.012
#> GSM311785 3 0.5678 0.63614 0.452 0.000 0.524 0.024
#> GSM311786 1 0.6052 0.35415 0.616 0.000 0.320 0.064
#> GSM311787 1 0.8357 0.07756 0.364 0.016 0.332 0.288
#> GSM311788 1 0.7589 0.34095 0.584 0.056 0.096 0.264
#> GSM311789 1 0.4988 0.37974 0.728 0.000 0.236 0.036
#> GSM311790 2 0.1151 0.72725 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM311791 2 0.2799 0.71037 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM311792 1 0.4481 0.41141 0.832 0.024 0.076 0.068
#> GSM311793 2 0.1771 0.73301 0.012 0.948 0.004 0.036
#> GSM311794 2 0.5793 0.51869 0.000 0.600 0.040 0.360
#> GSM311795 3 0.5628 0.67554 0.420 0.000 0.556 0.024
#> GSM311796 1 0.5973 0.45309 0.728 0.052 0.044 0.176
#> GSM311797 1 0.4776 0.14933 0.712 0.000 0.272 0.016
#> GSM311798 1 0.4988 0.37974 0.728 0.000 0.236 0.036
#> GSM311799 2 0.8376 0.00245 0.092 0.512 0.108 0.288
#> GSM311800 1 0.7846 0.34652 0.576 0.064 0.116 0.244
#> GSM311801 1 0.8270 0.07736 0.364 0.012 0.332 0.292
#> GSM311802 1 0.2466 0.39437 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM311803 1 0.7113 0.21085 0.456 0.000 0.416 0.128
#> GSM311804 4 0.7799 0.66601 0.328 0.260 0.000 0.412
#> GSM311805 3 0.5460 0.65831 0.340 0.000 0.632 0.028
#> GSM311806 2 0.8071 -0.56280 0.260 0.412 0.008 0.320
#> GSM311807 2 0.2859 0.70900 0.000 0.880 0.008 0.112
#> GSM311808 1 0.7077 0.42473 0.652 0.064 0.080 0.204
#> GSM311809 1 0.4868 0.38343 0.808 0.024 0.100 0.068
#> GSM311810 4 0.7396 0.66415 0.088 0.344 0.032 0.536
#> GSM311811 1 0.4711 0.18284 0.740 0.000 0.236 0.024
#> GSM311812 3 0.5460 0.65831 0.340 0.000 0.632 0.028
#> GSM311813 1 0.5473 0.41996 0.728 0.048 0.012 0.212
#> GSM311814 1 0.4790 0.46180 0.796 0.032 0.024 0.148
#> GSM311815 1 0.6005 0.36020 0.616 0.000 0.324 0.060
#> GSM311816 1 0.5397 0.39873 0.720 0.036 0.012 0.232
#> GSM311817 1 0.6219 0.44686 0.704 0.036 0.064 0.196
#> GSM311818 2 0.8085 0.46445 0.112 0.580 0.104 0.204
#> GSM311819 1 0.6722 0.43712 0.676 0.048 0.080 0.196
#> GSM311820 1 0.5275 0.41467 0.740 0.040 0.012 0.208
#> GSM311821 1 0.5359 0.39674 0.720 0.040 0.008 0.232
#> GSM311822 1 0.2055 0.43378 0.936 0.008 0.048 0.008
#> GSM311823 2 0.1284 0.72672 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM311824 1 0.5478 0.42745 0.732 0.052 0.012 0.204
#> GSM311825 1 0.4175 0.22751 0.776 0.000 0.212 0.012
#> GSM311826 1 0.3351 0.27596 0.844 0.000 0.148 0.008
#> GSM311827 1 0.7307 0.24394 0.496 0.004 0.360 0.140
#> GSM311828 1 0.8357 0.07756 0.364 0.016 0.332 0.288
#> GSM311829 1 0.5478 0.42745 0.732 0.052 0.012 0.204
#> GSM311830 2 0.2714 0.72299 0.004 0.884 0.000 0.112
#> GSM311832 4 0.7299 0.76446 0.176 0.312 0.000 0.512
#> GSM311833 2 0.5962 0.60086 0.032 0.736 0.084 0.148
#> GSM311834 2 0.2530 0.69363 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311835 1 0.2412 0.36300 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM311836 4 0.7718 0.76863 0.208 0.260 0.012 0.520
#> GSM311837 2 0.5793 0.51869 0.000 0.600 0.040 0.360
#> GSM311838 2 0.0707 0.73334 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311839 4 0.7514 0.77039 0.208 0.268 0.004 0.520
#> GSM311840 2 0.5793 0.51869 0.000 0.600 0.040 0.360
#> GSM311841 1 0.4539 0.00518 0.720 0.000 0.272 0.008
#> GSM311842 1 0.5672 0.37437 0.648 0.004 0.312 0.036
#> GSM311843 1 0.2334 0.36334 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM311844 2 0.2799 0.71037 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM311845 1 0.8402 0.08838 0.372 0.020 0.344 0.264
#> GSM311846 2 0.5629 0.62773 0.024 0.756 0.084 0.136
#> GSM311847 1 0.5510 -0.60426 0.504 0.000 0.480 0.016
#> GSM311848 1 0.8270 0.07736 0.364 0.012 0.332 0.292
#> GSM311849 1 0.8257 0.06786 0.360 0.012 0.348 0.280
#> GSM311850 1 0.4539 0.00518 0.720 0.000 0.272 0.008
#> GSM311851 1 0.9208 0.22863 0.436 0.160 0.272 0.132
#> GSM311852 1 0.7572 0.34563 0.584 0.052 0.100 0.264
#> GSM311853 3 0.5756 0.67866 0.400 0.000 0.568 0.032
#> GSM311854 1 0.4260 0.41466 0.828 0.008 0.048 0.116
#> GSM311855 1 0.6706 0.43771 0.676 0.044 0.084 0.196
#> GSM311856 1 0.3217 0.34626 0.860 0.000 0.128 0.012
#> GSM311857 1 0.2412 0.36300 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM311858 2 0.2799 0.71037 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM311859 1 0.5311 0.40667 0.736 0.040 0.012 0.212
#> GSM311860 4 0.8666 0.48470 0.340 0.116 0.096 0.448
#> GSM311861 4 0.8717 0.46515 0.344 0.116 0.100 0.440
#> GSM311862 1 0.6002 0.38649 0.688 0.068 0.012 0.232
#> GSM311863 2 0.1209 0.73381 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM311864 1 0.5363 0.42483 0.740 0.048 0.012 0.200
#> GSM311865 1 0.2412 0.36359 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM311866 1 0.1970 0.40412 0.932 0.000 0.060 0.008
#> GSM311867 1 0.6454 0.32120 0.572 0.000 0.344 0.084
#> GSM311868 1 0.2480 0.35894 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM311869 2 0.2781 0.72213 0.008 0.904 0.016 0.072
#> GSM311870 2 0.5159 0.65311 0.068 0.800 0.048 0.084
#> GSM311871 1 0.4831 0.15240 0.704 0.000 0.280 0.016
#> GSM311872 1 0.7576 0.35167 0.588 0.052 0.104 0.256
#> GSM311873 2 0.5632 -0.12058 0.012 0.560 0.008 0.420
#> GSM311874 1 0.8397 -0.32570 0.424 0.136 0.056 0.384
#> GSM311875 4 0.6714 0.67211 0.100 0.360 0.000 0.540
#> GSM311876 4 0.6285 0.56754 0.060 0.412 0.000 0.528
#> GSM311877 4 0.7270 0.76729 0.176 0.304 0.000 0.520
#> GSM311879 4 0.8415 0.67215 0.188 0.360 0.036 0.416
#> GSM311880 1 0.7113 0.21085 0.456 0.000 0.416 0.128
#> GSM311881 2 0.1151 0.72725 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM311882 2 0.2799 0.71037 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM311883 1 0.7993 0.27780 0.564 0.116 0.072 0.248
#> GSM311884 1 0.6540 0.40374 0.692 0.032 0.164 0.112
#> GSM311885 3 0.8552 0.43785 0.268 0.040 0.448 0.244
#> GSM311886 2 0.4285 0.62249 0.004 0.804 0.028 0.164
#> GSM311887 1 0.5500 -0.57571 0.520 0.000 0.464 0.016
#> GSM311888 2 0.2586 0.71949 0.004 0.900 0.004 0.092
#> GSM311889 1 0.6280 0.37208 0.612 0.000 0.304 0.084
#> GSM311890 1 0.7409 0.36233 0.568 0.032 0.296 0.104
#> GSM311891 1 0.4868 0.38343 0.808 0.024 0.100 0.068
#> GSM311892 2 0.1639 0.73316 0.008 0.952 0.004 0.036
#> GSM311893 1 0.4539 0.00518 0.720 0.000 0.272 0.008
#> GSM311894 4 0.8701 0.35065 0.368 0.092 0.120 0.420
#> GSM311895 4 0.8453 0.60799 0.180 0.384 0.040 0.396
#> GSM311896 2 0.5629 0.62773 0.024 0.756 0.084 0.136
#> GSM311897 4 0.7448 0.75585 0.156 0.316 0.008 0.520
#> GSM311898 1 0.3831 0.19518 0.792 0.000 0.204 0.004
#> GSM311899 2 0.5962 0.60086 0.032 0.736 0.084 0.148
#> GSM311900 4 0.7448 0.75585 0.156 0.316 0.008 0.520
#> GSM311901 4 0.8580 0.64960 0.208 0.352 0.040 0.400
#> GSM311902 4 0.7357 0.77123 0.192 0.296 0.000 0.512
#> GSM311903 1 0.8848 0.06413 0.400 0.076 0.164 0.360
#> GSM311904 4 0.8623 0.53297 0.324 0.120 0.092 0.464
#> GSM311905 4 0.7442 0.76141 0.212 0.284 0.000 0.504
#> GSM311906 1 0.6464 0.36385 0.596 0.000 0.308 0.096
#> GSM311907 4 0.8736 0.65390 0.240 0.184 0.084 0.492
#> GSM311908 4 0.7357 0.77123 0.192 0.296 0.000 0.512
#> GSM311909 4 0.7312 0.77177 0.188 0.292 0.000 0.520
#> GSM311910 4 0.6301 0.44446 0.040 0.460 0.008 0.492
#> GSM311911 1 0.6627 0.05630 0.504 0.000 0.412 0.084
#> GSM311912 2 0.5793 0.51869 0.000 0.600 0.040 0.360
#> GSM311913 1 0.6258 0.40269 0.716 0.032 0.148 0.104
#> GSM311914 1 0.6407 0.34360 0.584 0.000 0.332 0.084
#> GSM311915 2 0.1388 0.72547 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM311916 1 0.6437 0.44645 0.696 0.028 0.168 0.108
#> GSM311917 1 0.5478 0.42745 0.732 0.052 0.012 0.204
#> GSM311918 3 0.5550 0.66897 0.428 0.000 0.552 0.020
#> GSM311919 1 0.6002 0.38649 0.688 0.068 0.012 0.232
#> GSM311920 1 0.9208 0.22863 0.436 0.160 0.272 0.132
#> GSM311921 1 0.8270 0.07736 0.364 0.012 0.332 0.292
#> GSM311922 1 0.5478 0.22893 0.696 0.000 0.248 0.056
#> GSM311923 3 0.5517 0.60229 0.412 0.000 0.568 0.020
#> GSM311831 4 0.6529 0.62259 0.080 0.388 0.000 0.532
#> GSM311878 1 0.8055 -0.41307 0.480 0.024 0.312 0.184
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.7212 0.4419 0.000 0.556 0.100 0.188 0.156
#> GSM311762 3 0.6933 0.4038 0.196 0.016 0.432 0.356 0.000
#> GSM311763 3 0.7197 0.3763 0.204 0.020 0.408 0.364 0.004
#> GSM311764 4 0.8484 -0.0216 0.324 0.088 0.112 0.412 0.064
#> GSM311765 5 0.1410 0.8448 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM311766 2 0.1329 0.7509 0.008 0.956 0.004 0.032 0.000
#> GSM311767 1 0.3489 0.3863 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004
#> GSM311768 1 0.5833 0.5389 0.692 0.008 0.088 0.172 0.040
#> GSM311769 1 0.4428 0.2546 0.692 0.000 0.284 0.004 0.020
#> GSM311770 1 0.7608 0.3889 0.552 0.024 0.128 0.204 0.092
#> GSM311771 1 0.7044 0.3665 0.572 0.000 0.196 0.140 0.092
#> GSM311772 2 0.3016 0.7330 0.000 0.868 0.016 0.100 0.016
#> GSM311773 4 0.5369 0.5769 0.052 0.328 0.004 0.612 0.004
#> GSM311774 1 0.7608 0.3889 0.552 0.024 0.128 0.204 0.092
#> GSM311775 1 0.7440 0.3916 0.556 0.012 0.144 0.196 0.092
#> GSM311776 2 0.7280 0.1665 0.088 0.484 0.040 0.356 0.032
#> GSM311777 1 0.9054 0.2381 0.436 0.136 0.132 0.184 0.112
#> GSM311778 1 0.6851 0.2973 0.644 0.032 0.068 0.128 0.128
#> GSM311779 1 0.3849 0.4744 0.752 0.016 0.000 0.232 0.000
#> GSM311780 4 0.5756 0.7700 0.176 0.204 0.000 0.620 0.000
#> GSM311781 4 0.5836 0.7742 0.216 0.176 0.000 0.608 0.000
#> GSM311782 4 0.6698 0.6374 0.336 0.168 0.008 0.484 0.004
#> GSM311783 1 0.3873 0.5318 0.820 0.008 0.084 0.088 0.000
#> GSM311784 1 0.2349 0.5037 0.900 0.000 0.084 0.004 0.012
#> GSM311785 3 0.4445 0.7215 0.272 0.000 0.700 0.024 0.004
#> GSM311786 1 0.7044 0.3683 0.572 0.000 0.196 0.140 0.092
#> GSM311787 5 0.1571 0.8439 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> GSM311788 1 0.5772 0.4007 0.600 0.024 0.048 0.324 0.004
#> GSM311789 1 0.5758 0.4385 0.692 0.000 0.160 0.096 0.052
#> GSM311790 2 0.1948 0.7443 0.000 0.932 0.036 0.024 0.008
#> GSM311791 2 0.2962 0.7337 0.000 0.872 0.016 0.096 0.016
#> GSM311792 1 0.3574 0.5333 0.836 0.004 0.088 0.072 0.000
#> GSM311793 2 0.1490 0.7512 0.008 0.952 0.004 0.032 0.004
#> GSM311794 2 0.7212 0.4419 0.000 0.556 0.100 0.188 0.156
#> GSM311795 3 0.4793 0.7373 0.256 0.000 0.692 0.048 0.004
#> GSM311796 1 0.4427 0.5321 0.748 0.020 0.016 0.212 0.004
#> GSM311797 1 0.5438 0.1069 0.592 0.000 0.340 0.004 0.064
#> GSM311798 1 0.5758 0.4385 0.692 0.000 0.160 0.096 0.052
#> GSM311799 2 0.7280 0.1665 0.088 0.484 0.040 0.356 0.032
#> GSM311800 1 0.5894 0.4078 0.584 0.028 0.060 0.328 0.000
#> GSM311801 5 0.1410 0.8448 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM311802 1 0.2932 0.4886 0.864 0.000 0.112 0.004 0.020
#> GSM311803 5 0.6110 0.6130 0.140 0.000 0.076 0.112 0.672
#> GSM311804 4 0.6698 0.6374 0.336 0.168 0.008 0.484 0.004
#> GSM311805 3 0.5152 0.7010 0.196 0.000 0.696 0.104 0.004
#> GSM311806 2 0.6908 -0.5430 0.272 0.368 0.004 0.356 0.000
#> GSM311807 2 0.3016 0.7330 0.000 0.868 0.016 0.100 0.016
#> GSM311808 1 0.5646 0.4899 0.668 0.040 0.048 0.240 0.004
#> GSM311809 1 0.4260 0.5137 0.784 0.004 0.124 0.088 0.000
#> GSM311810 4 0.5631 0.6483 0.072 0.268 0.020 0.640 0.000
#> GSM311811 1 0.5040 0.1610 0.624 0.000 0.332 0.004 0.040
#> GSM311812 3 0.5152 0.7010 0.196 0.000 0.696 0.104 0.004
#> GSM311813 1 0.3789 0.4821 0.760 0.016 0.000 0.224 0.000
#> GSM311814 1 0.3682 0.5659 0.824 0.016 0.008 0.140 0.012
#> GSM311815 1 0.7044 0.3733 0.572 0.000 0.196 0.140 0.092
#> GSM311816 1 0.4030 0.4570 0.736 0.008 0.008 0.248 0.000
#> GSM311817 1 0.4513 0.5282 0.732 0.008 0.028 0.228 0.004
#> GSM311818 2 0.8034 0.5122 0.108 0.540 0.056 0.180 0.116
#> GSM311819 1 0.5248 0.5088 0.692 0.024 0.044 0.236 0.004
#> GSM311820 1 0.4241 0.4826 0.748 0.012 0.008 0.224 0.008
#> GSM311821 1 0.4110 0.4519 0.736 0.012 0.008 0.244 0.000
#> GSM311822 1 0.2678 0.5197 0.896 0.004 0.060 0.004 0.036
#> GSM311823 2 0.2234 0.7443 0.000 0.920 0.036 0.032 0.012
#> GSM311824 1 0.3759 0.4912 0.764 0.016 0.000 0.220 0.000
#> GSM311825 1 0.4527 0.2584 0.692 0.000 0.272 0.000 0.036
#> GSM311826 1 0.3554 0.3817 0.776 0.000 0.216 0.004 0.004
#> GSM311827 5 0.7305 0.0806 0.388 0.000 0.096 0.092 0.424
#> GSM311828 5 0.1571 0.8439 0.060 0.000 0.000 0.004 0.936
#> GSM311829 1 0.3759 0.4912 0.764 0.016 0.000 0.220 0.000
#> GSM311830 2 0.3151 0.7384 0.004 0.868 0.012 0.092 0.024
#> GSM311832 4 0.5756 0.7700 0.176 0.204 0.000 0.620 0.000
#> GSM311833 2 0.5150 0.6554 0.016 0.724 0.040 0.200 0.020
#> GSM311834 2 0.2193 0.7208 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> GSM311835 1 0.2741 0.4710 0.860 0.000 0.132 0.004 0.004
#> GSM311836 4 0.5653 0.7733 0.208 0.160 0.000 0.632 0.000
#> GSM311837 2 0.7212 0.4419 0.000 0.556 0.100 0.188 0.156
#> GSM311838 2 0.0613 0.7504 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> GSM311839 4 0.5720 0.7746 0.208 0.168 0.000 0.624 0.000
#> GSM311840 2 0.7212 0.4419 0.000 0.556 0.100 0.188 0.156
#> GSM311841 1 0.4470 -0.0221 0.596 0.000 0.396 0.004 0.004
#> GSM311842 1 0.7068 0.3857 0.580 0.000 0.164 0.116 0.140
#> GSM311843 1 0.2976 0.4676 0.852 0.000 0.132 0.004 0.012
#> GSM311844 2 0.2962 0.7337 0.000 0.872 0.016 0.096 0.016
#> GSM311845 5 0.2603 0.8329 0.068 0.004 0.016 0.012 0.900
#> GSM311846 2 0.4700 0.6718 0.004 0.744 0.040 0.196 0.016
#> GSM311847 3 0.4478 0.6499 0.360 0.000 0.628 0.008 0.004
#> GSM311848 5 0.1410 0.8448 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM311849 5 0.2949 0.8175 0.076 0.000 0.028 0.016 0.880
#> GSM311850 1 0.4470 -0.0221 0.596 0.000 0.396 0.004 0.004
#> GSM311851 1 0.9001 0.2409 0.420 0.140 0.096 0.232 0.112
#> GSM311852 1 0.5705 0.4048 0.600 0.020 0.048 0.328 0.004
#> GSM311853 3 0.4840 0.7327 0.248 0.000 0.688 0.064 0.000
#> GSM311854 1 0.4006 0.5335 0.804 0.000 0.080 0.112 0.004
#> GSM311855 1 0.5188 0.5109 0.692 0.020 0.044 0.240 0.004
#> GSM311856 1 0.3550 0.4121 0.796 0.000 0.184 0.000 0.020
#> GSM311857 1 0.2741 0.4710 0.860 0.000 0.132 0.004 0.004
#> GSM311858 2 0.2962 0.7337 0.000 0.872 0.016 0.096 0.016
#> GSM311859 1 0.4271 0.4715 0.744 0.012 0.008 0.228 0.008
#> GSM311860 4 0.6309 0.4360 0.352 0.052 0.056 0.540 0.000
#> GSM311861 4 0.6375 0.4143 0.356 0.052 0.060 0.532 0.000
#> GSM311862 1 0.4276 0.4318 0.716 0.028 0.000 0.256 0.000
#> GSM311863 2 0.0854 0.7508 0.000 0.976 0.004 0.012 0.008
#> GSM311864 1 0.3883 0.4957 0.764 0.016 0.004 0.216 0.000
#> GSM311865 1 0.2741 0.4729 0.860 0.000 0.132 0.004 0.004
#> GSM311866 1 0.2452 0.5015 0.896 0.000 0.084 0.004 0.016
#> GSM311867 1 0.7236 0.3323 0.528 0.000 0.220 0.184 0.068
#> GSM311868 1 0.2787 0.4692 0.856 0.000 0.136 0.004 0.004
#> GSM311869 2 0.3547 0.7340 0.008 0.848 0.040 0.096 0.008
#> GSM311870 2 0.5198 0.6818 0.052 0.756 0.068 0.116 0.008
#> GSM311871 1 0.5478 0.1039 0.592 0.000 0.336 0.004 0.068
#> GSM311872 1 0.5647 0.4099 0.604 0.020 0.056 0.320 0.000
#> GSM311873 2 0.4944 -0.0896 0.004 0.508 0.012 0.472 0.004
#> GSM311874 1 0.6948 -0.2611 0.436 0.076 0.036 0.432 0.020
#> GSM311875 4 0.5524 0.6718 0.092 0.276 0.004 0.628 0.000
#> GSM311876 4 0.5369 0.5769 0.052 0.328 0.004 0.612 0.004
#> GSM311877 4 0.5759 0.7717 0.180 0.200 0.000 0.620 0.000
#> GSM311879 4 0.7254 0.6727 0.200 0.260 0.008 0.500 0.032
#> GSM311880 5 0.6110 0.6130 0.140 0.000 0.076 0.112 0.672
#> GSM311881 2 0.1948 0.7443 0.000 0.932 0.036 0.024 0.008
#> GSM311882 2 0.2962 0.7337 0.000 0.872 0.016 0.096 0.016
#> GSM311883 1 0.6345 0.3484 0.584 0.084 0.028 0.296 0.008
#> GSM311884 1 0.5373 0.5266 0.688 0.008 0.128 0.176 0.000
#> GSM311885 3 0.6933 0.4038 0.196 0.016 0.432 0.356 0.000
#> GSM311886 2 0.4291 0.6299 0.004 0.760 0.048 0.188 0.000
#> GSM311887 3 0.4530 0.6261 0.376 0.000 0.612 0.008 0.004
#> GSM311888 2 0.3656 0.7276 0.004 0.844 0.044 0.092 0.016
#> GSM311889 1 0.7035 0.3933 0.572 0.000 0.160 0.184 0.084
#> GSM311890 1 0.7608 0.3889 0.552 0.024 0.128 0.204 0.092
#> GSM311891 1 0.4260 0.5137 0.784 0.004 0.124 0.088 0.000
#> GSM311892 2 0.1329 0.7509 0.008 0.956 0.004 0.032 0.000
#> GSM311893 1 0.4470 -0.0221 0.596 0.000 0.396 0.004 0.004
#> GSM311894 4 0.6533 0.3005 0.352 0.040 0.076 0.528 0.004
#> GSM311895 4 0.7472 0.5935 0.188 0.296 0.012 0.468 0.036
#> GSM311896 2 0.4700 0.6718 0.004 0.744 0.040 0.196 0.016
#> GSM311897 4 0.5993 0.7602 0.148 0.212 0.008 0.628 0.004
#> GSM311898 1 0.4428 0.2546 0.692 0.000 0.284 0.004 0.020
#> GSM311899 2 0.5150 0.6554 0.016 0.724 0.040 0.200 0.020
#> GSM311900 4 0.5993 0.7602 0.148 0.212 0.008 0.628 0.004
#> GSM311901 4 0.7276 0.6638 0.212 0.260 0.036 0.488 0.004
#> GSM311902 4 0.5849 0.7745 0.196 0.196 0.000 0.608 0.000
#> GSM311903 1 0.8815 -0.1576 0.384 0.048 0.108 0.180 0.280
#> GSM311904 4 0.6321 0.4886 0.336 0.056 0.056 0.552 0.000
#> GSM311905 4 0.5975 0.7680 0.224 0.188 0.000 0.588 0.000
#> GSM311906 1 0.7113 0.3868 0.556 0.000 0.176 0.192 0.076
#> GSM311907 4 0.6346 0.6100 0.236 0.104 0.032 0.620 0.008
#> GSM311908 4 0.5849 0.7745 0.196 0.196 0.000 0.608 0.000
#> GSM311909 4 0.5763 0.7753 0.188 0.192 0.000 0.620 0.000
#> GSM311910 4 0.5368 0.4357 0.028 0.388 0.012 0.568 0.004
#> GSM311911 1 0.7301 0.0600 0.444 0.000 0.328 0.184 0.044
#> GSM311912 2 0.7212 0.4419 0.000 0.556 0.100 0.188 0.156
#> GSM311913 1 0.5467 0.5259 0.700 0.008 0.128 0.156 0.008
#> GSM311914 1 0.7243 0.3564 0.540 0.000 0.196 0.184 0.080
#> GSM311915 2 0.2060 0.7426 0.000 0.928 0.036 0.024 0.012
#> GSM311916 1 0.5833 0.5389 0.692 0.008 0.088 0.172 0.040
#> GSM311917 1 0.3759 0.4912 0.764 0.016 0.000 0.220 0.000
#> GSM311918 3 0.4656 0.7360 0.256 0.000 0.700 0.040 0.004
#> GSM311919 1 0.4276 0.4318 0.716 0.028 0.000 0.256 0.000
#> GSM311920 1 0.9001 0.2409 0.420 0.140 0.096 0.232 0.112
#> GSM311921 5 0.1410 0.8448 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM311922 1 0.5923 0.2321 0.616 0.000 0.252 0.012 0.120
#> GSM311923 3 0.3845 0.6589 0.224 0.000 0.760 0.012 0.004
#> GSM311831 4 0.5333 0.6260 0.068 0.300 0.004 0.628 0.000
#> GSM311878 1 0.6830 -0.3029 0.432 0.016 0.380 0.172 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.3044 0.6031 0.000 0.836 0.116 0.000 0.048 0.000
#> GSM311762 6 0.7092 0.2883 0.272 0.056 0.012 0.232 0.000 0.428
#> GSM311763 6 0.7168 0.2617 0.260 0.048 0.012 0.256 0.004 0.420
#> GSM311764 1 0.6950 0.0916 0.500 0.044 0.108 0.292 0.000 0.056
#> GSM311765 5 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 3 0.4382 0.3238 0.000 0.228 0.696 0.076 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.5657 0.1159 0.472 0.012 0.000 0.108 0.000 0.408
#> GSM311768 1 0.4791 0.4657 0.708 0.012 0.004 0.204 0.008 0.064
#> GSM311769 6 0.5195 0.1008 0.448 0.012 0.000 0.048 0.004 0.488
#> GSM311770 1 0.4053 0.2910 0.820 0.072 0.048 0.024 0.008 0.028
#> GSM311771 1 0.4451 0.2438 0.768 0.048 0.008 0.012 0.020 0.144
#> GSM311772 3 0.0837 0.5808 0.004 0.004 0.972 0.020 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.3351 0.6442 0.004 0.028 0.168 0.800 0.000 0.000
#> GSM311774 1 0.4053 0.2910 0.820 0.072 0.048 0.024 0.008 0.028
#> GSM311775 1 0.3941 0.2906 0.828 0.068 0.032 0.024 0.008 0.040
#> GSM311776 3 0.6125 0.3322 0.188 0.008 0.540 0.248 0.000 0.016
#> GSM311777 1 0.6300 0.1575 0.644 0.036 0.172 0.036 0.024 0.088
#> GSM311778 1 0.7153 0.1736 0.508 0.232 0.000 0.104 0.028 0.128
#> GSM311779 1 0.5479 0.4504 0.492 0.012 0.000 0.408 0.000 0.088
#> GSM311780 4 0.1245 0.7831 0.016 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.1340 0.7730 0.040 0.000 0.008 0.948 0.000 0.004
#> GSM311782 4 0.3974 0.6451 0.140 0.024 0.000 0.788 0.004 0.044
#> GSM311783 1 0.6134 0.4074 0.500 0.016 0.000 0.232 0.000 0.252
#> GSM311784 1 0.5392 0.3295 0.588 0.008 0.000 0.124 0.000 0.280
#> GSM311785 6 0.2504 0.5722 0.088 0.028 0.004 0.000 0.000 0.880
#> GSM311786 1 0.4477 0.2453 0.768 0.044 0.008 0.016 0.020 0.144
#> GSM311787 5 0.0146 0.9032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311788 1 0.5263 0.3893 0.544 0.008 0.004 0.384 0.004 0.056
#> GSM311789 1 0.5072 0.2539 0.700 0.020 0.008 0.044 0.020 0.208
#> GSM311790 2 0.4703 0.4585 0.000 0.492 0.464 0.044 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.0603 0.5789 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.5927 0.4058 0.516 0.008 0.000 0.220 0.000 0.256
#> GSM311793 3 0.4494 0.3277 0.000 0.224 0.696 0.076 0.004 0.000
#> GSM311794 2 0.3044 0.6031 0.000 0.836 0.116 0.000 0.048 0.000
#> GSM311795 6 0.3121 0.5743 0.112 0.032 0.008 0.004 0.000 0.844
#> GSM311796 1 0.5170 0.5055 0.580 0.008 0.004 0.340 0.000 0.068
#> GSM311797 6 0.5483 0.2739 0.456 0.036 0.004 0.008 0.024 0.472
#> GSM311798 1 0.5072 0.2539 0.700 0.020 0.008 0.044 0.020 0.208
#> GSM311799 3 0.6125 0.3322 0.188 0.008 0.540 0.248 0.000 0.016
#> GSM311800 1 0.5739 0.4008 0.540 0.016 0.028 0.360 0.000 0.056
#> GSM311801 5 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.5332 0.2955 0.596 0.012 0.000 0.104 0.000 0.288
#> GSM311803 5 0.4693 0.6785 0.196 0.024 0.008 0.004 0.724 0.044
#> GSM311804 4 0.3974 0.6451 0.140 0.024 0.000 0.788 0.004 0.044
#> GSM311805 6 0.3839 0.5377 0.188 0.032 0.008 0.004 0.000 0.768
#> GSM311806 4 0.6305 0.4095 0.160 0.044 0.248 0.544 0.000 0.004
#> GSM311807 3 0.0837 0.5808 0.004 0.004 0.972 0.020 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.5444 0.4881 0.592 0.016 0.016 0.316 0.000 0.060
#> GSM311809 1 0.6090 0.3653 0.484 0.012 0.000 0.208 0.000 0.296
#> GSM311810 4 0.3987 0.6678 0.056 0.008 0.176 0.760 0.000 0.000
#> GSM311811 6 0.5241 0.2175 0.456 0.016 0.004 0.024 0.012 0.488
#> GSM311812 6 0.3839 0.5377 0.188 0.032 0.008 0.004 0.000 0.768
#> GSM311813 1 0.5545 0.4586 0.492 0.012 0.000 0.400 0.000 0.096
#> GSM311814 1 0.5398 0.4923 0.584 0.016 0.000 0.304 0.000 0.096
#> GSM311815 1 0.4295 0.2580 0.784 0.048 0.008 0.012 0.020 0.128
#> GSM311816 1 0.5674 0.4133 0.468 0.016 0.000 0.416 0.000 0.100
#> GSM311817 1 0.5063 0.5050 0.596 0.004 0.004 0.324 0.000 0.072
#> GSM311818 3 0.7091 0.2770 0.160 0.176 0.556 0.060 0.032 0.016
#> GSM311819 1 0.5093 0.4970 0.608 0.008 0.008 0.316 0.000 0.060
#> GSM311820 1 0.5657 0.4404 0.492 0.020 0.000 0.396 0.000 0.092
#> GSM311821 1 0.5714 0.4073 0.464 0.020 0.000 0.420 0.000 0.096
#> GSM311822 1 0.5381 0.3642 0.632 0.016 0.000 0.112 0.004 0.236
#> GSM311823 2 0.4850 0.4726 0.000 0.496 0.448 0.056 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.5465 0.4682 0.504 0.012 0.000 0.396 0.000 0.088
#> GSM311825 1 0.5515 -0.1483 0.476 0.016 0.000 0.060 0.008 0.440
#> GSM311826 1 0.5479 0.1054 0.472 0.004 0.000 0.108 0.000 0.416
#> GSM311827 1 0.5269 0.0403 0.568 0.012 0.008 0.012 0.368 0.032
#> GSM311828 5 0.0146 0.9032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311829 1 0.5465 0.4682 0.504 0.012 0.000 0.396 0.000 0.088
#> GSM311830 3 0.4813 0.3726 0.000 0.188 0.692 0.108 0.012 0.000
#> GSM311832 4 0.1245 0.7831 0.016 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.3486 0.5398 0.124 0.012 0.824 0.028 0.000 0.012
#> GSM311834 3 0.4809 0.3192 0.000 0.208 0.664 0.128 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.5658 0.2750 0.532 0.012 0.000 0.124 0.000 0.332
#> GSM311836 4 0.1296 0.7715 0.044 0.004 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM311837 2 0.3044 0.6031 0.000 0.836 0.116 0.000 0.048 0.000
#> GSM311838 3 0.4309 0.1524 0.000 0.296 0.660 0.044 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.1225 0.7737 0.032 0.004 0.004 0.956 0.000 0.004
#> GSM311840 2 0.3044 0.6031 0.000 0.836 0.116 0.000 0.048 0.000
#> GSM311841 6 0.4605 0.3309 0.364 0.008 0.000 0.032 0.000 0.596
#> GSM311842 1 0.4503 0.2487 0.776 0.032 0.008 0.012 0.052 0.120
#> GSM311843 1 0.5673 0.2655 0.536 0.016 0.000 0.116 0.000 0.332
#> GSM311844 3 0.0603 0.5789 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.1147 0.8899 0.028 0.000 0.004 0.004 0.960 0.004
#> GSM311846 3 0.3157 0.5507 0.112 0.008 0.844 0.028 0.000 0.008
#> GSM311847 6 0.3182 0.5601 0.136 0.012 0.000 0.024 0.000 0.828
#> GSM311848 5 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 5 0.1819 0.8709 0.032 0.000 0.004 0.008 0.932 0.024
#> GSM311850 6 0.4582 0.3392 0.356 0.008 0.000 0.032 0.000 0.604
#> GSM311851 1 0.5687 0.1797 0.676 0.060 0.188 0.040 0.012 0.024
#> GSM311852 1 0.5131 0.3936 0.548 0.008 0.000 0.384 0.004 0.056
#> GSM311853 6 0.3582 0.5652 0.136 0.044 0.008 0.004 0.000 0.808
#> GSM311854 1 0.5948 0.4217 0.512 0.008 0.000 0.252 0.000 0.228
#> GSM311855 1 0.4990 0.4973 0.612 0.008 0.004 0.316 0.000 0.060
#> GSM311856 1 0.5355 0.1438 0.548 0.016 0.000 0.076 0.000 0.360
#> GSM311857 1 0.5658 0.2750 0.532 0.012 0.000 0.124 0.000 0.332
#> GSM311858 3 0.0603 0.5789 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.5702 0.4270 0.480 0.020 0.000 0.404 0.000 0.096
#> GSM311860 4 0.4538 0.4606 0.300 0.012 0.004 0.656 0.000 0.028
#> GSM311861 4 0.4624 0.4398 0.304 0.012 0.004 0.648 0.000 0.032
#> GSM311862 1 0.5467 0.4149 0.480 0.012 0.004 0.432 0.000 0.072
#> GSM311863 3 0.4182 0.2685 0.000 0.256 0.700 0.040 0.004 0.000
#> GSM311864 1 0.5560 0.4789 0.504 0.012 0.000 0.384 0.000 0.100
#> GSM311865 1 0.5569 0.2774 0.536 0.008 0.000 0.124 0.000 0.332
#> GSM311866 1 0.5448 0.3248 0.588 0.012 0.000 0.120 0.000 0.280
#> GSM311867 1 0.4455 0.2032 0.756 0.064 0.008 0.024 0.000 0.148
#> GSM311868 1 0.5579 0.2711 0.532 0.008 0.000 0.124 0.000 0.336
#> GSM311869 2 0.5737 0.4091 0.008 0.460 0.416 0.112 0.000 0.004
#> GSM311870 2 0.6971 0.3238 0.072 0.436 0.360 0.108 0.000 0.024
#> GSM311871 6 0.5386 0.2705 0.464 0.036 0.004 0.004 0.024 0.468
#> GSM311872 1 0.5131 0.3974 0.548 0.008 0.004 0.384 0.000 0.056
#> GSM311873 3 0.4227 -0.0493 0.004 0.008 0.496 0.492 0.000 0.000
#> GSM311874 4 0.5248 0.2819 0.312 0.004 0.008 0.612 0.020 0.044
#> GSM311875 4 0.2714 0.7128 0.012 0.004 0.136 0.848 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.3351 0.6442 0.004 0.028 0.168 0.800 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1088 0.7824 0.016 0.000 0.024 0.960 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.4389 0.6855 0.120 0.000 0.124 0.744 0.000 0.012
#> GSM311880 5 0.4693 0.6785 0.196 0.024 0.008 0.004 0.724 0.044
#> GSM311881 2 0.4703 0.4585 0.000 0.492 0.464 0.044 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0603 0.5789 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM311883 1 0.6094 0.3475 0.496 0.008 0.048 0.388 0.008 0.052
#> GSM311884 1 0.5653 0.4254 0.588 0.008 0.004 0.228 0.000 0.172
#> GSM311885 6 0.7092 0.2883 0.272 0.056 0.012 0.232 0.000 0.428
#> GSM311886 3 0.6351 -0.2237 0.000 0.344 0.424 0.212 0.000 0.020
#> GSM311887 6 0.3338 0.5551 0.152 0.012 0.000 0.024 0.000 0.812
#> GSM311888 2 0.5561 0.4242 0.000 0.476 0.400 0.120 0.004 0.000
#> GSM311889 1 0.4022 0.2827 0.812 0.068 0.008 0.024 0.008 0.080
#> GSM311890 1 0.4053 0.2910 0.820 0.072 0.048 0.024 0.008 0.028
#> GSM311891 1 0.6090 0.3653 0.484 0.012 0.000 0.208 0.000 0.296
#> GSM311892 3 0.4382 0.3238 0.000 0.228 0.696 0.076 0.000 0.000
#> GSM311893 6 0.4605 0.3309 0.364 0.008 0.000 0.032 0.000 0.596
#> GSM311894 4 0.5574 0.3403 0.332 0.028 0.004 0.572 0.004 0.060
#> GSM311895 4 0.5103 0.6075 0.128 0.008 0.168 0.684 0.000 0.012
#> GSM311896 3 0.3157 0.5507 0.112 0.008 0.844 0.028 0.000 0.008
#> GSM311897 4 0.2272 0.7737 0.040 0.004 0.056 0.900 0.000 0.000
#> GSM311898 6 0.5195 0.1008 0.448 0.012 0.000 0.048 0.004 0.488
#> GSM311899 3 0.3486 0.5398 0.124 0.012 0.824 0.028 0.000 0.012
#> GSM311900 4 0.2272 0.7737 0.040 0.004 0.056 0.900 0.000 0.000
#> GSM311901 4 0.6094 0.6692 0.116 0.068 0.100 0.668 0.004 0.044
#> GSM311902 4 0.0862 0.7796 0.016 0.004 0.008 0.972 0.000 0.000
#> GSM311903 1 0.6218 -0.0280 0.444 0.416 0.004 0.012 0.104 0.020
#> GSM311904 4 0.4432 0.5215 0.264 0.012 0.004 0.688 0.000 0.032
#> GSM311905 4 0.1944 0.7676 0.036 0.024 0.000 0.924 0.000 0.016
#> GSM311906 1 0.4068 0.2625 0.800 0.068 0.012 0.024 0.000 0.096
#> GSM311907 4 0.5115 0.5856 0.244 0.028 0.064 0.660 0.000 0.004
#> GSM311908 4 0.0862 0.7796 0.016 0.004 0.008 0.972 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.1053 0.7812 0.020 0.004 0.012 0.964 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.3756 0.5037 0.004 0.004 0.316 0.676 0.000 0.000
#> GSM311911 1 0.5457 -0.0828 0.592 0.064 0.008 0.024 0.000 0.312
#> GSM311912 2 0.3044 0.6031 0.000 0.836 0.116 0.000 0.048 0.000
#> GSM311913 1 0.5865 0.4101 0.560 0.004 0.004 0.212 0.004 0.216
#> GSM311914 1 0.4389 0.2456 0.780 0.064 0.008 0.024 0.008 0.116
#> GSM311915 2 0.4748 0.4774 0.000 0.504 0.448 0.048 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.4791 0.4657 0.708 0.012 0.004 0.204 0.008 0.064
#> GSM311917 1 0.5465 0.4682 0.504 0.012 0.000 0.396 0.000 0.088
#> GSM311918 6 0.2868 0.5742 0.112 0.032 0.004 0.000 0.000 0.852
#> GSM311919 1 0.5467 0.4149 0.480 0.012 0.004 0.432 0.000 0.072
#> GSM311920 1 0.5639 0.1810 0.676 0.060 0.192 0.040 0.012 0.020
#> GSM311921 5 0.0000 0.9045 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.6014 -0.1733 0.516 0.052 0.004 0.008 0.052 0.368
#> GSM311923 6 0.1605 0.5066 0.016 0.044 0.004 0.000 0.000 0.936
#> GSM311831 4 0.2848 0.6843 0.008 0.004 0.160 0.828 0.000 0.000
#> GSM311878 6 0.6359 0.2393 0.160 0.040 0.004 0.276 0.000 0.520
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:hclust 153 1.000 2
#> SD:hclust 109 0.788 3
#> SD:hclust 61 0.457 4
#> SD:hclust 85 0.604 5
#> SD:hclust 61 0.917 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.732 0.834 0.927 0.4857 0.513 0.513
#> 3 3 0.449 0.541 0.763 0.3282 0.764 0.574
#> 4 4 0.543 0.486 0.716 0.1268 0.804 0.522
#> 5 5 0.618 0.457 0.691 0.0720 0.902 0.665
#> 6 6 0.662 0.477 0.616 0.0457 0.803 0.365
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311762 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311763 1 0.9922 0.2060 0.552 0.448
#> GSM311764 2 0.5059 0.8420 0.112 0.888
#> GSM311765 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311766 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311767 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311768 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311769 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311770 2 0.9170 0.5130 0.332 0.668
#> GSM311771 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311772 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311773 2 0.2236 0.9146 0.036 0.964
#> GSM311774 2 0.8016 0.6725 0.244 0.756
#> GSM311775 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311776 2 0.0376 0.9127 0.004 0.996
#> GSM311777 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311778 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311779 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311780 2 0.8661 0.6088 0.288 0.712
#> GSM311781 1 0.3733 0.8661 0.928 0.072
#> GSM311782 1 0.8763 0.5772 0.704 0.296
#> GSM311783 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311784 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311785 1 0.0376 0.9168 0.996 0.004
#> GSM311786 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311787 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311788 2 0.9815 0.2724 0.420 0.580
#> GSM311789 1 0.9522 0.4131 0.628 0.372
#> GSM311790 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311791 2 0.0376 0.9127 0.004 0.996
#> GSM311792 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311793 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311794 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311795 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311796 1 0.9833 0.2623 0.576 0.424
#> GSM311797 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311798 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311799 2 0.0376 0.9127 0.004 0.996
#> GSM311800 1 0.5519 0.8233 0.872 0.128
#> GSM311801 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311802 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311803 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311804 1 0.8608 0.5979 0.716 0.284
#> GSM311805 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311806 2 0.2236 0.9146 0.036 0.964
#> GSM311807 2 0.0376 0.9127 0.004 0.996
#> GSM311808 1 0.9686 0.3609 0.604 0.396
#> GSM311809 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311810 2 0.0672 0.9150 0.008 0.992
#> GSM311811 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311812 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311813 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311814 1 0.4431 0.8470 0.908 0.092
#> GSM311815 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311816 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311817 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311819 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311820 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311821 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311822 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311823 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311824 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311825 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311826 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311827 2 0.1843 0.9067 0.028 0.972
#> GSM311828 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311829 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311830 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311832 2 0.2236 0.9146 0.036 0.964
#> GSM311833 2 0.3879 0.8759 0.076 0.924
#> GSM311834 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311835 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311836 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311837 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311838 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311839 1 0.9129 0.5168 0.672 0.328
#> GSM311840 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311841 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311842 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311843 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311844 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311845 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311846 2 0.0376 0.9127 0.004 0.996
#> GSM311847 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311848 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311849 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311850 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311851 2 0.8016 0.6725 0.244 0.756
#> GSM311852 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311853 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311854 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311855 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311857 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311858 2 0.0000 0.9148 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311860 1 0.1184 0.9119 0.984 0.016
#> GSM311861 1 0.0672 0.9156 0.992 0.008
#> GSM311862 1 0.9000 0.5403 0.684 0.316
#> GSM311863 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311864 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311865 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311866 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311867 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311868 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311869 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311870 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311871 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311872 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311873 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311874 1 0.9522 0.4213 0.628 0.372
#> GSM311875 2 0.1414 0.9157 0.020 0.980
#> GSM311876 2 0.8661 0.6088 0.288 0.712
#> GSM311877 1 1.0000 0.0273 0.504 0.496
#> GSM311879 2 0.1414 0.9157 0.020 0.980
#> GSM311880 1 0.1184 0.9126 0.984 0.016
#> GSM311881 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311882 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311883 2 0.2236 0.9146 0.036 0.964
#> GSM311884 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.9815 0.2373 0.580 0.420
#> GSM311886 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311887 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311889 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311890 2 0.9460 0.4437 0.364 0.636
#> GSM311891 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311893 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311894 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311895 2 0.1414 0.9157 0.020 0.980
#> GSM311896 2 0.1414 0.9127 0.020 0.980
#> GSM311897 2 0.1414 0.9157 0.020 0.980
#> GSM311898 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311899 2 0.3879 0.8759 0.076 0.924
#> GSM311900 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311901 2 0.8661 0.6101 0.288 0.712
#> GSM311902 1 1.0000 0.0273 0.504 0.496
#> GSM311903 2 0.9866 0.2879 0.432 0.568
#> GSM311904 1 0.8661 0.5894 0.712 0.288
#> GSM311905 1 0.9552 0.4121 0.624 0.376
#> GSM311906 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311907 2 0.8861 0.5630 0.304 0.696
#> GSM311908 2 0.8661 0.6088 0.288 0.712
#> GSM311909 2 0.8661 0.6088 0.288 0.712
#> GSM311910 2 0.0376 0.9167 0.004 0.996
#> GSM311911 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311912 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311913 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311914 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311915 2 0.1414 0.9207 0.020 0.980
#> GSM311916 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311917 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.1414 0.9102 0.980 0.020
#> GSM311919 1 0.9944 0.1792 0.544 0.456
#> GSM311920 2 0.3274 0.8834 0.060 0.940
#> GSM311921 1 0.6712 0.7519 0.824 0.176
#> GSM311922 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311923 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
#> GSM311831 2 0.6148 0.8085 0.152 0.848
#> GSM311878 1 0.0376 0.9198 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 1 0.6008 0.56885 0.664 0.004 0.332
#> GSM311763 3 0.8172 0.61119 0.180 0.176 0.644
#> GSM311764 3 0.5848 0.15716 0.012 0.268 0.720
#> GSM311765 2 0.0747 0.84959 0.000 0.984 0.016
#> GSM311766 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.1411 0.68979 0.964 0.000 0.036
#> GSM311768 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311769 1 0.0237 0.70069 0.996 0.000 0.004
#> GSM311770 3 0.9273 0.06296 0.236 0.236 0.528
#> GSM311771 1 0.5815 0.59389 0.692 0.004 0.304
#> GSM311772 2 0.6168 0.30932 0.000 0.588 0.412
#> GSM311773 3 0.6828 0.50156 0.032 0.312 0.656
#> GSM311774 3 0.9198 0.03075 0.200 0.268 0.532
#> GSM311775 1 0.6275 0.54865 0.644 0.008 0.348
#> GSM311776 3 0.6154 -0.08084 0.000 0.408 0.592
#> GSM311777 1 0.5845 0.59163 0.688 0.004 0.308
#> GSM311778 1 0.2066 0.67592 0.940 0.000 0.060
#> GSM311779 3 0.6305 0.19788 0.484 0.000 0.516
#> GSM311780 3 0.7741 0.58240 0.104 0.236 0.660
#> GSM311781 3 0.6008 0.45917 0.372 0.000 0.628
#> GSM311782 3 0.7029 0.30813 0.440 0.020 0.540
#> GSM311783 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311784 1 0.6260 0.01559 0.552 0.000 0.448
#> GSM311785 1 0.2796 0.68335 0.908 0.000 0.092
#> GSM311786 1 0.5815 0.59389 0.692 0.004 0.304
#> GSM311787 2 0.0747 0.84959 0.000 0.984 0.016
#> GSM311788 3 0.7980 0.60917 0.168 0.172 0.660
#> GSM311789 1 0.9102 0.11098 0.452 0.408 0.140
#> GSM311790 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311791 2 0.4931 0.67799 0.000 0.768 0.232
#> GSM311792 1 0.4605 0.54733 0.796 0.000 0.204
#> GSM311793 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311796 3 0.6359 0.47186 0.364 0.008 0.628
#> GSM311797 1 0.0237 0.70165 0.996 0.000 0.004
#> GSM311798 1 0.3349 0.67735 0.888 0.004 0.108
#> GSM311799 3 0.6095 -0.00712 0.000 0.392 0.608
#> GSM311800 3 0.1129 0.50553 0.020 0.004 0.976
#> GSM311801 2 0.0747 0.84959 0.000 0.984 0.016
#> GSM311802 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.5929 0.58320 0.676 0.004 0.320
#> GSM311804 3 0.6738 0.48245 0.356 0.020 0.624
#> GSM311805 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311806 3 0.7218 0.53223 0.052 0.296 0.652
#> GSM311807 2 0.5254 0.65667 0.000 0.736 0.264
#> GSM311808 3 0.8077 0.61109 0.176 0.172 0.652
#> GSM311809 1 0.1529 0.68773 0.960 0.000 0.040
#> GSM311810 3 0.5905 0.37198 0.000 0.352 0.648
#> GSM311811 1 0.1289 0.69773 0.968 0.000 0.032
#> GSM311812 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311813 3 0.6305 0.19788 0.484 0.000 0.516
#> GSM311814 1 0.6664 -0.06919 0.528 0.008 0.464
#> GSM311815 1 0.5815 0.59389 0.692 0.004 0.304
#> GSM311816 1 0.6260 0.01559 0.552 0.000 0.448
#> GSM311817 1 0.6235 0.04964 0.564 0.000 0.436
#> GSM311818 2 0.4974 0.66866 0.000 0.764 0.236
#> GSM311819 1 0.3573 0.66108 0.876 0.004 0.120
#> GSM311820 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311821 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311822 1 0.0237 0.70069 0.996 0.000 0.004
#> GSM311823 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311824 1 0.6260 0.01559 0.552 0.000 0.448
#> GSM311825 1 0.0237 0.70165 0.996 0.000 0.004
#> GSM311826 1 0.0237 0.70069 0.996 0.000 0.004
#> GSM311827 2 0.4351 0.68901 0.004 0.828 0.168
#> GSM311828 2 0.0747 0.84959 0.000 0.984 0.016
#> GSM311829 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311830 2 0.2356 0.83110 0.000 0.928 0.072
#> GSM311832 3 0.7159 0.53628 0.052 0.288 0.660
#> GSM311833 3 0.5244 0.20828 0.004 0.240 0.756
#> GSM311834 2 0.2711 0.80717 0.000 0.912 0.088
#> GSM311835 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311836 3 0.6305 0.19788 0.484 0.000 0.516
#> GSM311837 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311839 3 0.6357 0.50697 0.336 0.012 0.652
#> GSM311840 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.5845 0.59163 0.688 0.004 0.308
#> GSM311843 1 0.1411 0.68979 0.964 0.000 0.036
#> GSM311844 2 0.3879 0.76438 0.000 0.848 0.152
#> GSM311845 2 0.1031 0.85109 0.000 0.976 0.024
#> GSM311846 2 0.6180 0.45258 0.000 0.584 0.416
#> GSM311847 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0892 0.84742 0.000 0.980 0.020
#> GSM311849 1 0.2383 0.68034 0.940 0.044 0.016
#> GSM311850 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.9145 0.01110 0.184 0.284 0.532
#> GSM311852 1 0.5216 0.47617 0.740 0.000 0.260
#> GSM311853 1 0.5815 0.59389 0.692 0.004 0.304
#> GSM311854 1 0.5138 0.49002 0.748 0.000 0.252
#> GSM311855 1 0.4209 0.66918 0.856 0.016 0.128
#> GSM311856 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.5178 0.48475 0.744 0.000 0.256
#> GSM311858 2 0.4931 0.67799 0.000 0.768 0.232
#> GSM311859 1 0.6260 0.01559 0.552 0.000 0.448
#> GSM311860 3 0.5650 0.35417 0.312 0.000 0.688
#> GSM311861 1 0.5591 0.39247 0.696 0.000 0.304
#> GSM311862 3 0.6490 0.47763 0.360 0.012 0.628
#> GSM311863 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311864 1 0.6260 0.01559 0.552 0.000 0.448
#> GSM311865 1 0.1411 0.68979 0.964 0.000 0.036
#> GSM311866 1 0.1411 0.68979 0.964 0.000 0.036
#> GSM311867 1 0.6057 0.56127 0.656 0.004 0.340
#> GSM311868 1 0.1411 0.68979 0.964 0.000 0.036
#> GSM311869 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0237 0.85599 0.000 0.996 0.004
#> GSM311871 1 0.2165 0.69067 0.936 0.000 0.064
#> GSM311872 1 0.6274 -0.01466 0.544 0.000 0.456
#> GSM311873 2 0.6154 0.28460 0.000 0.592 0.408
#> GSM311874 3 0.8355 0.60685 0.188 0.184 0.628
#> GSM311875 3 0.6999 0.54184 0.052 0.268 0.680
#> GSM311876 3 0.7710 0.57968 0.100 0.240 0.660
#> GSM311877 3 0.6998 0.55128 0.292 0.044 0.664
#> GSM311879 3 0.7032 0.53791 0.052 0.272 0.676
#> GSM311880 1 0.7731 0.47865 0.664 0.228 0.108
#> GSM311881 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311882 2 0.4842 0.68846 0.000 0.776 0.224
#> GSM311883 3 0.7250 0.53899 0.056 0.288 0.656
#> GSM311884 1 0.1163 0.69291 0.972 0.000 0.028
#> GSM311885 1 0.9457 0.33691 0.468 0.192 0.340
#> GSM311886 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311887 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311889 1 0.5815 0.59389 0.692 0.004 0.304
#> GSM311890 3 0.9243 0.06792 0.236 0.232 0.532
#> GSM311891 1 0.0237 0.70165 0.996 0.000 0.004
#> GSM311892 2 0.3686 0.76397 0.000 0.860 0.140
#> GSM311893 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.5178 0.48489 0.744 0.000 0.256
#> GSM311895 3 0.7032 0.53791 0.052 0.272 0.676
#> GSM311896 3 0.5591 0.13462 0.000 0.304 0.696
#> GSM311897 3 0.7032 0.53791 0.052 0.272 0.676
#> GSM311898 1 0.0237 0.70165 0.996 0.000 0.004
#> GSM311899 3 0.5785 0.08900 0.004 0.300 0.696
#> GSM311900 3 0.6026 0.34366 0.000 0.376 0.624
#> GSM311901 3 0.9336 0.38986 0.164 0.412 0.424
#> GSM311902 3 0.7308 0.55934 0.284 0.060 0.656
#> GSM311903 2 0.8384 0.10806 0.392 0.520 0.088
#> GSM311904 3 0.6470 0.48322 0.356 0.012 0.632
#> GSM311905 3 0.7140 0.51715 0.328 0.040 0.632
#> GSM311906 1 0.6104 0.55285 0.648 0.004 0.348
#> GSM311907 3 0.1015 0.50199 0.008 0.012 0.980
#> GSM311908 3 0.7851 0.57280 0.100 0.256 0.644
#> GSM311909 3 0.7741 0.58240 0.104 0.236 0.660
#> GSM311910 2 0.6192 0.28384 0.000 0.580 0.420
#> GSM311911 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311912 2 0.0000 0.85757 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0237 0.70085 0.996 0.000 0.004
#> GSM311914 1 0.6057 0.56127 0.656 0.004 0.340
#> GSM311915 2 0.0237 0.85743 0.000 0.996 0.004
#> GSM311916 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311917 1 0.4974 0.50845 0.764 0.000 0.236
#> GSM311918 1 0.5591 0.59606 0.696 0.000 0.304
#> GSM311919 3 0.6651 0.50273 0.340 0.020 0.640
#> GSM311920 3 0.6489 -0.27553 0.004 0.456 0.540
#> GSM311921 1 0.8325 0.37544 0.588 0.304 0.108
#> GSM311922 1 0.3349 0.67735 0.888 0.004 0.108
#> GSM311923 1 0.0000 0.70158 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 3 0.7433 0.55720 0.072 0.268 0.660
#> GSM311878 1 0.5431 0.43647 0.716 0.000 0.284
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.1004 0.8494 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311762 3 0.5143 0.3626 0.456 0.000 0.540 0.004
#> GSM311763 4 0.2731 0.6751 0.048 0.032 0.008 0.912
#> GSM311764 3 0.4206 0.5510 0.000 0.048 0.816 0.136
#> GSM311765 2 0.2593 0.8062 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM311766 2 0.0336 0.8461 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311767 1 0.2654 0.6504 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM311768 3 0.4972 0.3593 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM311769 1 0.1109 0.6592 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311770 3 0.3410 0.5936 0.032 0.044 0.888 0.036
#> GSM311771 1 0.5000 -0.3176 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM311772 4 0.6407 0.1253 0.000 0.084 0.332 0.584
#> GSM311773 4 0.2329 0.6066 0.000 0.012 0.072 0.916
#> GSM311774 3 0.3662 0.5879 0.028 0.048 0.876 0.048
#> GSM311775 3 0.3710 0.5817 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM311776 3 0.6310 0.2126 0.000 0.060 0.512 0.428
#> GSM311777 3 0.4643 0.4975 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM311778 1 0.3450 0.6130 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM311779 4 0.5085 0.3979 0.376 0.000 0.008 0.616
#> GSM311780 4 0.0188 0.6668 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311781 4 0.4040 0.5820 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311782 4 0.4999 0.4760 0.328 0.000 0.012 0.660
#> GSM311783 1 0.5007 0.3437 0.636 0.000 0.008 0.356
#> GSM311784 4 0.5290 0.1433 0.476 0.000 0.008 0.516
#> GSM311785 1 0.3219 0.4690 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM311786 3 0.5000 0.2976 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM311787 2 0.2593 0.8062 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM311788 4 0.1209 0.6742 0.032 0.004 0.000 0.964
#> GSM311789 1 0.8683 0.1773 0.480 0.088 0.288 0.144
#> GSM311790 2 0.1305 0.8482 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311791 2 0.7893 0.1552 0.000 0.376 0.300 0.324
#> GSM311792 1 0.4891 0.4314 0.680 0.000 0.012 0.308
#> GSM311793 2 0.0188 0.8429 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311794 2 0.1004 0.8494 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311795 1 0.4999 -0.3100 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM311796 4 0.5322 0.4959 0.312 0.000 0.028 0.660
#> GSM311797 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311798 1 0.3266 0.4872 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM311799 3 0.6200 0.1861 0.000 0.052 0.504 0.444
#> GSM311800 3 0.5582 0.2163 0.024 0.000 0.576 0.400
#> GSM311801 2 0.2593 0.8062 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM311802 1 0.1022 0.6597 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311803 3 0.5623 0.3240 0.428 0.016 0.552 0.004
#> GSM311804 4 0.4509 0.5359 0.288 0.000 0.004 0.708
#> GSM311805 1 0.4999 -0.3100 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM311806 4 0.0524 0.6688 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM311807 3 0.7785 0.0622 0.000 0.260 0.420 0.320
#> GSM311808 4 0.3863 0.6316 0.176 0.004 0.008 0.812
#> GSM311809 1 0.2593 0.6520 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM311810 4 0.5444 0.3174 0.000 0.048 0.264 0.688
#> GSM311811 1 0.0817 0.6433 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311812 1 0.4999 -0.3100 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM311813 4 0.5099 0.3890 0.380 0.000 0.008 0.612
#> GSM311814 4 0.5399 0.1657 0.468 0.000 0.012 0.520
#> GSM311815 3 0.4866 0.4454 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM311816 4 0.5229 0.2760 0.428 0.000 0.008 0.564
#> GSM311817 1 0.5607 -0.0908 0.492 0.000 0.020 0.488
#> GSM311818 3 0.7911 -0.1378 0.000 0.348 0.348 0.304
#> GSM311819 1 0.5820 0.5450 0.696 0.000 0.100 0.204
#> GSM311820 1 0.4897 0.3879 0.660 0.000 0.008 0.332
#> GSM311821 1 0.4836 0.4081 0.672 0.000 0.008 0.320
#> GSM311822 1 0.1743 0.6639 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM311823 2 0.1305 0.8482 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311824 4 0.5277 0.1932 0.460 0.000 0.008 0.532
#> GSM311825 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311826 1 0.1118 0.6603 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311827 2 0.4832 0.6001 0.004 0.680 0.312 0.004
#> GSM311828 2 0.2593 0.8062 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM311829 1 0.4973 0.3583 0.644 0.000 0.008 0.348
#> GSM311830 2 0.3731 0.7956 0.000 0.844 0.120 0.036
#> GSM311832 4 0.1762 0.6342 0.004 0.004 0.048 0.944
#> GSM311833 3 0.5446 0.4336 0.000 0.044 0.680 0.276
#> GSM311834 2 0.5815 0.5484 0.000 0.652 0.060 0.288
#> GSM311835 1 0.4973 0.3583 0.644 0.000 0.008 0.348
#> GSM311836 4 0.4741 0.4808 0.328 0.000 0.004 0.668
#> GSM311837 2 0.1004 0.8494 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311838 2 0.1118 0.8487 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311839 4 0.1792 0.6763 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311840 2 0.1004 0.8494 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311841 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311842 3 0.4916 0.4186 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM311843 1 0.2714 0.6480 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM311844 2 0.7536 0.3240 0.000 0.488 0.228 0.284
#> GSM311845 2 0.3052 0.7982 0.000 0.860 0.136 0.004
#> GSM311846 3 0.6961 0.3252 0.000 0.136 0.548 0.316
#> GSM311847 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311848 2 0.2777 0.8035 0.004 0.888 0.104 0.004
#> GSM311849 1 0.5964 0.4355 0.712 0.164 0.116 0.008
#> GSM311850 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311851 3 0.3662 0.5879 0.028 0.048 0.876 0.048
#> GSM311852 1 0.5183 0.2073 0.584 0.000 0.008 0.408
#> GSM311853 1 0.4999 -0.3116 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM311854 1 0.4936 0.3736 0.652 0.000 0.008 0.340
#> GSM311855 1 0.5973 0.3111 0.612 0.000 0.332 0.056
#> GSM311856 1 0.0592 0.6439 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311857 1 0.4955 0.3654 0.648 0.000 0.008 0.344
#> GSM311858 2 0.7879 0.1665 0.000 0.380 0.288 0.332
#> GSM311859 1 0.5407 -0.0810 0.504 0.000 0.012 0.484
#> GSM311860 4 0.6102 0.5439 0.212 0.000 0.116 0.672
#> GSM311861 1 0.5650 0.1332 0.544 0.000 0.024 0.432
#> GSM311862 4 0.4539 0.5534 0.272 0.000 0.008 0.720
#> GSM311863 2 0.1305 0.8482 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311864 4 0.5277 0.1932 0.460 0.000 0.008 0.532
#> GSM311865 1 0.2345 0.6560 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311866 1 0.2799 0.6492 0.884 0.000 0.008 0.108
#> GSM311867 3 0.4855 0.4943 0.352 0.000 0.644 0.004
#> GSM311868 1 0.2530 0.6548 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM311869 2 0.0592 0.8483 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311870 2 0.0469 0.8413 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311871 1 0.1118 0.6315 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311872 4 0.5099 0.3860 0.380 0.000 0.008 0.612
#> GSM311873 4 0.6635 0.2359 0.000 0.152 0.228 0.620
#> GSM311874 4 0.5038 0.6265 0.148 0.060 0.012 0.780
#> GSM311875 4 0.3102 0.5681 0.004 0.008 0.116 0.872
#> GSM311876 4 0.0712 0.6614 0.004 0.004 0.008 0.984
#> GSM311877 4 0.0336 0.6685 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311879 4 0.3432 0.5438 0.004 0.008 0.140 0.848
#> GSM311880 1 0.7784 0.0227 0.468 0.284 0.244 0.004
#> GSM311881 2 0.1118 0.8487 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311882 2 0.7871 0.1735 0.000 0.384 0.284 0.332
#> GSM311883 4 0.3716 0.6476 0.028 0.036 0.064 0.872
#> GSM311884 1 0.2773 0.6457 0.880 0.000 0.004 0.116
#> GSM311885 3 0.5220 0.5666 0.232 0.040 0.724 0.004
#> GSM311886 2 0.1118 0.8487 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM311887 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311888 2 0.1305 0.8482 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311889 3 0.4866 0.4454 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM311890 3 0.3322 0.5955 0.032 0.040 0.892 0.036
#> GSM311891 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311892 2 0.4234 0.7483 0.000 0.816 0.052 0.132
#> GSM311893 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311894 1 0.5040 0.3141 0.628 0.000 0.008 0.364
#> GSM311895 4 0.4074 0.4778 0.004 0.008 0.196 0.792
#> GSM311896 3 0.6125 0.2073 0.000 0.048 0.516 0.436
#> GSM311897 4 0.4408 0.4296 0.004 0.008 0.232 0.756
#> GSM311898 1 0.0707 0.6422 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311899 3 0.4387 0.5439 0.000 0.052 0.804 0.144
#> GSM311900 4 0.4642 0.4005 0.000 0.020 0.240 0.740
#> GSM311901 4 0.7047 0.4539 0.100 0.308 0.016 0.576
#> GSM311902 4 0.0817 0.6729 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311903 1 0.8285 0.0786 0.396 0.388 0.188 0.028
#> GSM311904 4 0.3975 0.5891 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM311905 4 0.4155 0.5873 0.240 0.000 0.004 0.756
#> GSM311906 3 0.3494 0.5870 0.172 0.000 0.824 0.004
#> GSM311907 4 0.4933 0.0695 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM311908 4 0.0376 0.6655 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM311909 4 0.0564 0.6636 0.004 0.004 0.004 0.988
#> GSM311910 4 0.6461 0.2466 0.000 0.128 0.240 0.632
#> GSM311911 3 0.4996 0.3211 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM311912 2 0.0524 0.8464 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311913 1 0.2124 0.6655 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM311914 3 0.4697 0.4916 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM311915 2 0.1305 0.8482 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311916 3 0.5112 0.4565 0.384 0.000 0.608 0.008
#> GSM311917 1 0.4877 0.3955 0.664 0.000 0.008 0.328
#> GSM311918 1 0.4605 0.0793 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM311919 4 0.4328 0.5828 0.244 0.000 0.008 0.748
#> GSM311920 3 0.4469 0.5368 0.000 0.080 0.808 0.112
#> GSM311921 1 0.7907 -0.0314 0.408 0.352 0.236 0.004
#> GSM311922 1 0.3219 0.4911 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM311923 1 0.0921 0.6389 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311831 4 0.0712 0.6614 0.004 0.004 0.008 0.984
#> GSM311878 1 0.5060 0.1986 0.584 0.000 0.004 0.412
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.1012 0.8252 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311762 5 0.5862 0.5979 0.100 0.000 0.336 0.004 0.560
#> GSM311763 4 0.3199 0.6745 0.072 0.008 0.008 0.872 0.040
#> GSM311764 3 0.2886 0.4587 0.000 0.000 0.844 0.008 0.148
#> GSM311765 2 0.4594 0.6746 0.000 0.620 0.004 0.012 0.364
#> GSM311766 2 0.1082 0.8219 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM311767 1 0.1012 0.6139 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM311768 3 0.6659 -0.3302 0.228 0.000 0.396 0.000 0.376
#> GSM311769 1 0.1082 0.5963 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM311770 3 0.3508 0.3782 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM311771 5 0.5868 0.6427 0.132 0.000 0.292 0.000 0.576
#> GSM311772 3 0.5811 0.2286 0.000 0.092 0.556 0.348 0.004
#> GSM311773 4 0.3264 0.5886 0.000 0.024 0.132 0.840 0.004
#> GSM311774 3 0.3424 0.3912 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM311775 3 0.4046 0.3092 0.008 0.000 0.696 0.000 0.296
#> GSM311776 3 0.2674 0.5138 0.000 0.004 0.856 0.140 0.000
#> GSM311777 3 0.5861 0.1289 0.148 0.000 0.592 0.000 0.260
#> GSM311778 1 0.1764 0.6184 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> GSM311779 4 0.4249 0.2439 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM311780 4 0.0566 0.6920 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> GSM311781 4 0.2648 0.6414 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM311782 4 0.4086 0.5119 0.284 0.000 0.000 0.704 0.012
#> GSM311783 1 0.3586 0.4922 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM311784 1 0.4278 0.1204 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM311785 1 0.4686 0.1119 0.596 0.000 0.020 0.000 0.384
#> GSM311786 5 0.5858 0.6324 0.124 0.000 0.308 0.000 0.568
#> GSM311787 2 0.4594 0.6746 0.000 0.620 0.004 0.012 0.364
#> GSM311788 4 0.1731 0.6866 0.060 0.000 0.004 0.932 0.004
#> GSM311789 1 0.8898 0.0573 0.324 0.024 0.148 0.252 0.252
#> GSM311790 2 0.1074 0.8208 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM311791 3 0.5870 0.3036 0.000 0.276 0.596 0.124 0.004
#> GSM311792 1 0.3934 0.4695 0.716 0.000 0.000 0.276 0.008
#> GSM311793 2 0.2237 0.8062 0.000 0.904 0.004 0.008 0.084
#> GSM311794 2 0.1012 0.8252 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311795 5 0.6043 0.6513 0.168 0.000 0.264 0.000 0.568
#> GSM311796 4 0.4481 0.3015 0.416 0.000 0.008 0.576 0.000
#> GSM311797 1 0.3966 0.2739 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM311798 1 0.5353 0.0674 0.576 0.000 0.064 0.000 0.360
#> GSM311799 3 0.2848 0.5094 0.000 0.004 0.840 0.156 0.000
#> GSM311800 3 0.6336 0.1236 0.104 0.000 0.524 0.352 0.020
#> GSM311801 2 0.4594 0.6746 0.000 0.620 0.004 0.012 0.364
#> GSM311802 1 0.1106 0.6093 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> GSM311803 5 0.3623 0.5042 0.104 0.004 0.052 0.004 0.836
#> GSM311804 4 0.2818 0.6497 0.132 0.000 0.000 0.856 0.012
#> GSM311805 5 0.6018 0.6527 0.160 0.000 0.272 0.000 0.568
#> GSM311806 4 0.0566 0.6909 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> GSM311807 3 0.5243 0.3864 0.000 0.236 0.672 0.088 0.004
#> GSM311808 4 0.4287 0.5239 0.284 0.004 0.004 0.700 0.008
#> GSM311809 1 0.1430 0.6233 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM311810 4 0.4658 0.1497 0.000 0.008 0.432 0.556 0.004
#> GSM311811 1 0.2966 0.4622 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM311812 5 0.6043 0.6513 0.168 0.000 0.264 0.000 0.568
#> GSM311813 4 0.4287 0.1561 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM311814 1 0.4256 0.1471 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM311815 5 0.5794 0.5237 0.096 0.000 0.384 0.000 0.520
#> GSM311816 4 0.4304 0.0692 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM311817 1 0.4273 0.1200 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM311818 3 0.5798 0.2801 0.004 0.296 0.592 0.108 0.000
#> GSM311819 1 0.5949 0.3526 0.604 0.004 0.028 0.304 0.060
#> GSM311820 1 0.3109 0.5470 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311821 1 0.3196 0.5570 0.804 0.000 0.000 0.192 0.004
#> GSM311822 1 0.0912 0.6104 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM311823 2 0.1074 0.8208 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM311824 1 0.4304 0.0101 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM311825 1 0.3966 0.2739 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM311826 1 0.1364 0.5968 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM311827 2 0.6270 0.5548 0.012 0.496 0.072 0.012 0.408
#> GSM311828 2 0.4594 0.6746 0.000 0.620 0.004 0.012 0.364
#> GSM311829 1 0.3452 0.5149 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM311830 2 0.6054 0.6637 0.008 0.580 0.064 0.020 0.328
#> GSM311832 4 0.2574 0.6218 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> GSM311833 3 0.1549 0.5125 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> GSM311834 2 0.5806 0.4045 0.000 0.620 0.236 0.140 0.004
#> GSM311835 1 0.3452 0.5149 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM311836 4 0.4074 0.4005 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM311837 2 0.1012 0.8252 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311838 2 0.0727 0.8225 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> GSM311839 4 0.1544 0.6844 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311840 2 0.1012 0.8252 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311841 1 0.3837 0.3140 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM311842 5 0.6144 0.5859 0.144 0.000 0.344 0.000 0.512
#> GSM311843 1 0.1012 0.6139 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM311844 2 0.6084 0.1495 0.000 0.508 0.376 0.112 0.004
#> GSM311845 2 0.5273 0.6594 0.012 0.596 0.016 0.012 0.364
#> GSM311846 3 0.2914 0.5154 0.000 0.052 0.872 0.076 0.000
#> GSM311847 1 0.3857 0.3073 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM311848 2 0.4962 0.6656 0.012 0.608 0.004 0.012 0.364
#> GSM311849 5 0.5978 0.2186 0.284 0.096 0.004 0.012 0.604
#> GSM311850 1 0.3895 0.3019 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM311851 3 0.3395 0.3948 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311852 1 0.4542 0.1012 0.536 0.000 0.000 0.456 0.008
#> GSM311853 5 0.5795 0.6519 0.136 0.000 0.268 0.000 0.596
#> GSM311854 1 0.3452 0.5149 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM311855 1 0.7049 0.2507 0.528 0.000 0.288 0.096 0.088
#> GSM311856 1 0.3774 0.3449 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM311857 1 0.3424 0.5185 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM311858 3 0.6120 0.2504 0.000 0.300 0.556 0.140 0.004
#> GSM311859 1 0.4060 0.3381 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM311860 4 0.5231 0.4358 0.316 0.000 0.056 0.624 0.004
#> GSM311861 1 0.4437 0.0776 0.532 0.000 0.000 0.464 0.004
#> GSM311862 4 0.3906 0.5101 0.292 0.000 0.000 0.704 0.004
#> GSM311863 2 0.0727 0.8225 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> GSM311864 1 0.4304 0.0101 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM311865 1 0.1012 0.6139 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM311866 1 0.0703 0.6161 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311867 3 0.5604 -0.3681 0.072 0.000 0.472 0.000 0.456
#> GSM311868 1 0.1012 0.6139 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM311869 2 0.0912 0.8250 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM311870 2 0.2953 0.7987 0.000 0.868 0.004 0.028 0.100
#> GSM311871 1 0.3999 0.2577 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM311872 4 0.4383 0.2565 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004
#> GSM311873 4 0.6235 0.1093 0.000 0.144 0.324 0.528 0.004
#> GSM311874 4 0.3845 0.6527 0.100 0.012 0.000 0.824 0.064
#> GSM311875 4 0.3690 0.5057 0.000 0.012 0.224 0.764 0.000
#> GSM311876 4 0.2069 0.6493 0.000 0.012 0.076 0.912 0.000
#> GSM311877 4 0.0566 0.6920 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> GSM311879 4 0.3427 0.5351 0.000 0.012 0.192 0.796 0.000
#> GSM311880 5 0.5604 0.1903 0.132 0.168 0.004 0.012 0.684
#> GSM311881 2 0.0727 0.8225 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004
#> GSM311882 3 0.6163 0.2278 0.000 0.312 0.544 0.140 0.004
#> GSM311883 4 0.5661 0.6106 0.164 0.012 0.096 0.704 0.024
#> GSM311884 1 0.3197 0.5914 0.836 0.000 0.000 0.140 0.024
#> GSM311885 3 0.4348 0.2556 0.016 0.000 0.668 0.000 0.316
#> GSM311886 2 0.0833 0.8214 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> GSM311887 1 0.3876 0.3028 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM311888 2 0.1179 0.8220 0.000 0.964 0.004 0.016 0.016
#> GSM311889 5 0.5853 0.4171 0.096 0.000 0.432 0.000 0.472
#> GSM311890 3 0.3508 0.3782 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM311891 1 0.3661 0.3577 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM311892 2 0.3849 0.7005 0.000 0.808 0.112 0.080 0.000
#> GSM311893 1 0.3837 0.3140 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM311894 1 0.4446 0.2451 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008
#> GSM311895 4 0.3455 0.5212 0.000 0.008 0.208 0.784 0.000
#> GSM311896 3 0.2561 0.5132 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM311897 4 0.4270 0.3528 0.000 0.012 0.320 0.668 0.000
#> GSM311898 1 0.3561 0.3799 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM311899 3 0.1981 0.4981 0.000 0.000 0.920 0.016 0.064
#> GSM311900 4 0.4523 0.3059 0.000 0.012 0.344 0.640 0.004
#> GSM311901 4 0.7255 0.4530 0.124 0.208 0.004 0.560 0.104
#> GSM311902 4 0.0609 0.6916 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM311903 1 0.7918 0.2952 0.540 0.180 0.124 0.036 0.120
#> GSM311904 4 0.2674 0.6479 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM311905 4 0.2536 0.6550 0.128 0.000 0.000 0.868 0.004
#> GSM311906 3 0.4025 0.3142 0.008 0.000 0.700 0.000 0.292
#> GSM311907 3 0.4278 0.1030 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM311908 4 0.0693 0.6883 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> GSM311909 4 0.1281 0.6765 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000
#> GSM311910 4 0.6048 0.1166 0.000 0.116 0.344 0.536 0.004
#> GSM311911 5 0.5850 0.6267 0.120 0.000 0.316 0.000 0.564
#> GSM311912 2 0.0992 0.8246 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM311913 1 0.1831 0.6189 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> GSM311914 3 0.5604 -0.3681 0.072 0.000 0.472 0.000 0.456
#> GSM311915 2 0.1074 0.8208 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM311916 3 0.6606 -0.1971 0.228 0.000 0.444 0.000 0.328
#> GSM311917 1 0.3689 0.5024 0.740 0.000 0.000 0.256 0.004
#> GSM311918 5 0.5795 0.3705 0.412 0.000 0.092 0.000 0.496
#> GSM311919 4 0.3876 0.4821 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> GSM311920 3 0.1764 0.4952 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM311921 5 0.5851 0.0932 0.120 0.216 0.004 0.012 0.648
#> GSM311922 1 0.5160 0.1196 0.608 0.000 0.056 0.000 0.336
#> GSM311923 1 0.4074 0.2361 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM311831 4 0.2189 0.6429 0.000 0.012 0.084 0.904 0.000
#> GSM311878 1 0.4549 0.1619 0.528 0.000 0.000 0.464 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0713 0.87384 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311762 6 0.4167 0.70132 0.224 0.000 0.004 0.008 0.036 0.728
#> GSM311763 4 0.5951 0.29971 0.008 0.000 0.212 0.536 0.240 0.004
#> GSM311764 6 0.4090 0.18585 0.000 0.000 0.384 0.004 0.008 0.604
#> GSM311765 5 0.3899 0.71162 0.004 0.404 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM311766 2 0.1500 0.85615 0.000 0.936 0.012 0.000 0.052 0.000
#> GSM311767 1 0.3966 0.43922 0.552 0.000 0.000 0.444 0.004 0.000
#> GSM311768 6 0.3685 0.66700 0.080 0.000 0.000 0.120 0.004 0.796
#> GSM311769 1 0.4420 0.53315 0.640 0.000 0.004 0.320 0.036 0.000
#> GSM311770 6 0.2969 0.48532 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311771 6 0.4220 0.65551 0.304 0.000 0.004 0.000 0.028 0.664
#> GSM311772 3 0.3178 0.47370 0.000 0.028 0.836 0.004 0.008 0.124
#> GSM311773 3 0.6214 0.28704 0.000 0.012 0.460 0.260 0.268 0.000
#> GSM311774 6 0.3288 0.41636 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311775 6 0.0632 0.65504 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311776 3 0.3668 0.34881 0.000 0.004 0.668 0.000 0.000 0.328
#> GSM311777 6 0.4802 0.58093 0.104 0.000 0.044 0.032 0.060 0.760
#> GSM311778 1 0.4504 0.45687 0.576 0.004 0.004 0.396 0.020 0.000
#> GSM311779 4 0.0993 0.55458 0.024 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000
#> GSM311780 4 0.6062 -0.04340 0.000 0.000 0.336 0.396 0.268 0.000
#> GSM311781 4 0.5660 0.23517 0.000 0.000 0.252 0.532 0.216 0.000
#> GSM311782 4 0.6194 0.43728 0.092 0.000 0.136 0.592 0.180 0.000
#> GSM311783 4 0.3290 0.32478 0.252 0.000 0.000 0.744 0.004 0.000
#> GSM311784 4 0.2400 0.49748 0.116 0.000 0.004 0.872 0.008 0.000
#> GSM311785 1 0.3279 0.38829 0.796 0.000 0.000 0.000 0.028 0.176
#> GSM311786 6 0.4111 0.66204 0.296 0.000 0.004 0.000 0.024 0.676
#> GSM311787 5 0.3899 0.71162 0.004 0.404 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM311788 4 0.5711 0.20705 0.000 0.000 0.276 0.516 0.208 0.000
#> GSM311789 4 0.7745 0.17813 0.136 0.008 0.036 0.392 0.332 0.096
#> GSM311790 2 0.0622 0.87917 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> GSM311791 3 0.4533 0.41502 0.000 0.156 0.704 0.000 0.000 0.140
#> GSM311792 4 0.3625 0.37802 0.204 0.000 0.004 0.768 0.020 0.004
#> GSM311793 2 0.2841 0.69019 0.000 0.824 0.012 0.000 0.164 0.000
#> GSM311794 2 0.0713 0.87384 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311795 6 0.4209 0.59795 0.384 0.000 0.000 0.000 0.020 0.596
#> GSM311796 4 0.2614 0.54337 0.052 0.000 0.024 0.888 0.036 0.000
#> GSM311797 1 0.1124 0.63417 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM311798 1 0.3924 0.55149 0.804 0.000 0.004 0.024 0.084 0.084
#> GSM311799 3 0.3652 0.35189 0.000 0.004 0.672 0.000 0.000 0.324
#> GSM311800 4 0.6506 0.17723 0.004 0.000 0.084 0.500 0.096 0.316
#> GSM311801 5 0.3899 0.71162 0.004 0.404 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM311802 1 0.3937 0.46635 0.572 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000
#> GSM311803 6 0.5987 0.41871 0.312 0.000 0.000 0.000 0.252 0.436
#> GSM311804 4 0.5917 0.24306 0.008 0.000 0.240 0.520 0.232 0.000
#> GSM311805 6 0.4189 0.60771 0.376 0.000 0.000 0.000 0.020 0.604
#> GSM311806 4 0.6234 -0.01194 0.000 0.008 0.328 0.412 0.252 0.000
#> GSM311807 3 0.4352 0.36680 0.000 0.052 0.668 0.000 0.000 0.280
#> GSM311808 4 0.4525 0.50541 0.016 0.000 0.088 0.728 0.168 0.000
#> GSM311809 4 0.3991 -0.25312 0.472 0.000 0.000 0.524 0.004 0.000
#> GSM311810 3 0.3697 0.51897 0.000 0.004 0.812 0.068 0.104 0.012
#> GSM311811 1 0.3997 0.63477 0.772 0.000 0.004 0.148 0.072 0.004
#> GSM311812 6 0.4189 0.60771 0.376 0.000 0.000 0.000 0.020 0.604
#> GSM311813 4 0.1408 0.55021 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020 0.000
#> GSM311814 4 0.2793 0.51490 0.112 0.000 0.004 0.856 0.028 0.000
#> GSM311815 6 0.3403 0.70790 0.212 0.000 0.000 0.000 0.020 0.768
#> GSM311816 4 0.1075 0.54575 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM311817 4 0.2821 0.52096 0.096 0.000 0.004 0.860 0.040 0.000
#> GSM311818 3 0.5186 0.40166 0.000 0.156 0.672 0.000 0.024 0.148
#> GSM311819 4 0.4969 0.42664 0.160 0.000 0.008 0.704 0.112 0.016
#> GSM311820 4 0.4019 0.15463 0.332 0.000 0.004 0.652 0.012 0.000
#> GSM311821 4 0.3830 0.02702 0.376 0.000 0.000 0.620 0.004 0.000
#> GSM311822 1 0.4506 0.50951 0.616 0.000 0.004 0.344 0.036 0.000
#> GSM311823 2 0.0520 0.88096 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM311824 4 0.2019 0.52585 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012 0.000
#> GSM311825 1 0.1218 0.64610 0.956 0.000 0.000 0.012 0.028 0.004
#> GSM311826 1 0.3930 0.47053 0.576 0.000 0.000 0.420 0.004 0.000
#> GSM311827 5 0.5261 0.72677 0.032 0.236 0.000 0.016 0.664 0.052
#> GSM311828 5 0.3899 0.71162 0.004 0.404 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM311829 4 0.3619 0.19853 0.316 0.000 0.000 0.680 0.004 0.000
#> GSM311830 5 0.4993 0.72276 0.000 0.324 0.044 0.024 0.608 0.000
#> GSM311832 3 0.6136 0.22449 0.000 0.004 0.428 0.300 0.268 0.000
#> GSM311833 3 0.3765 0.24540 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM311834 2 0.5036 0.33258 0.000 0.568 0.344 0.000 0.088 0.000
#> GSM311835 4 0.3652 0.17757 0.324 0.000 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM311836 4 0.2507 0.56584 0.004 0.000 0.040 0.884 0.072 0.000
#> GSM311837 2 0.0713 0.87384 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311838 2 0.0777 0.87983 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM311839 4 0.5990 0.05831 0.000 0.000 0.296 0.440 0.264 0.000
#> GSM311840 2 0.0713 0.87384 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311841 1 0.1257 0.65209 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> GSM311842 6 0.5106 0.62271 0.288 0.000 0.004 0.016 0.064 0.628
#> GSM311843 1 0.3966 0.43922 0.552 0.000 0.000 0.444 0.004 0.000
#> GSM311844 3 0.4183 0.09937 0.000 0.380 0.604 0.000 0.008 0.008
#> GSM311845 5 0.4401 0.74396 0.012 0.300 0.000 0.028 0.660 0.000
#> GSM311846 3 0.3668 0.34781 0.000 0.004 0.668 0.000 0.000 0.328
#> GSM311847 1 0.2485 0.61909 0.892 0.000 0.000 0.040 0.012 0.056
#> GSM311848 5 0.3782 0.74113 0.004 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM311849 5 0.5007 0.61222 0.240 0.036 0.000 0.048 0.672 0.004
#> GSM311850 1 0.1173 0.64908 0.960 0.000 0.000 0.016 0.008 0.016
#> GSM311851 6 0.3508 0.38524 0.000 0.000 0.292 0.000 0.004 0.704
#> GSM311852 4 0.2190 0.54188 0.060 0.000 0.000 0.900 0.040 0.000
#> GSM311853 6 0.4435 0.61270 0.364 0.000 0.004 0.000 0.028 0.604
#> GSM311854 4 0.3565 0.21887 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004 0.000
#> GSM311855 4 0.7021 0.20455 0.200 0.000 0.028 0.532 0.088 0.152
#> GSM311856 1 0.2301 0.67964 0.884 0.000 0.000 0.096 0.020 0.000
#> GSM311857 4 0.3684 0.15524 0.332 0.000 0.000 0.664 0.004 0.000
#> GSM311858 3 0.4737 0.42436 0.000 0.160 0.700 0.000 0.008 0.132
#> GSM311859 4 0.2848 0.43829 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008 0.000
#> GSM311860 4 0.3512 0.55832 0.008 0.000 0.024 0.836 0.088 0.044
#> GSM311861 4 0.3448 0.52871 0.096 0.000 0.008 0.828 0.064 0.004
#> GSM311862 4 0.3806 0.50987 0.000 0.000 0.088 0.776 0.136 0.000
#> GSM311863 2 0.0777 0.87983 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM311864 4 0.2019 0.52665 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012 0.000
#> GSM311865 1 0.3975 0.42528 0.544 0.000 0.000 0.452 0.004 0.000
#> GSM311866 1 0.4313 0.35302 0.504 0.000 0.004 0.480 0.012 0.000
#> GSM311867 6 0.2333 0.71645 0.120 0.000 0.004 0.000 0.004 0.872
#> GSM311868 1 0.3955 0.45118 0.560 0.000 0.000 0.436 0.004 0.000
#> GSM311869 2 0.0922 0.88113 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024 0.000
#> GSM311870 2 0.3232 0.68828 0.004 0.824 0.004 0.028 0.140 0.000
#> GSM311871 1 0.1340 0.63184 0.948 0.000 0.004 0.000 0.040 0.008
#> GSM311872 4 0.1914 0.56205 0.016 0.000 0.008 0.920 0.056 0.000
#> GSM311873 3 0.5149 0.50177 0.000 0.044 0.684 0.088 0.184 0.000
#> GSM311874 4 0.5741 0.28803 0.004 0.000 0.220 0.540 0.236 0.000
#> GSM311875 3 0.5671 0.37882 0.000 0.004 0.552 0.200 0.244 0.000
#> GSM311876 3 0.6252 0.19997 0.000 0.008 0.412 0.312 0.268 0.000
#> GSM311877 4 0.6058 -0.03496 0.000 0.000 0.332 0.400 0.268 0.000
#> GSM311879 3 0.6018 0.29162 0.000 0.004 0.472 0.260 0.264 0.000
#> GSM311880 5 0.5246 0.63563 0.224 0.056 0.000 0.016 0.672 0.032
#> GSM311881 2 0.0777 0.87983 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM311882 3 0.4737 0.42436 0.000 0.160 0.700 0.000 0.008 0.132
#> GSM311883 4 0.6441 0.34785 0.016 0.000 0.168 0.548 0.232 0.036
#> GSM311884 4 0.4135 0.21328 0.292 0.000 0.000 0.680 0.012 0.016
#> GSM311885 6 0.1540 0.66959 0.012 0.000 0.012 0.012 0.016 0.948
#> GSM311886 2 0.0993 0.87654 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012 0.000
#> GSM311887 1 0.2485 0.61909 0.892 0.000 0.000 0.040 0.012 0.056
#> GSM311888 2 0.0520 0.88096 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM311889 6 0.2389 0.71639 0.128 0.000 0.000 0.000 0.008 0.864
#> GSM311890 6 0.2969 0.48532 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311891 1 0.3622 0.62272 0.744 0.000 0.000 0.236 0.004 0.016
#> GSM311892 2 0.5062 0.57012 0.000 0.724 0.156 0.028 0.048 0.044
#> GSM311893 1 0.1257 0.65209 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> GSM311894 4 0.3032 0.52186 0.104 0.000 0.000 0.840 0.056 0.000
#> GSM311895 3 0.5703 0.34003 0.000 0.000 0.524 0.232 0.244 0.000
#> GSM311896 3 0.3652 0.35189 0.000 0.004 0.672 0.000 0.000 0.324
#> GSM311897 3 0.4847 0.46260 0.000 0.000 0.656 0.124 0.220 0.000
#> GSM311898 1 0.2039 0.67710 0.908 0.000 0.004 0.072 0.016 0.000
#> GSM311899 3 0.3851 0.13246 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM311900 3 0.4482 0.49541 0.000 0.004 0.712 0.096 0.188 0.000
#> GSM311901 4 0.7037 0.36254 0.048 0.060 0.104 0.524 0.260 0.004
#> GSM311902 4 0.6043 -0.00624 0.000 0.000 0.320 0.412 0.268 0.000
#> GSM311903 4 0.8846 -0.16458 0.300 0.152 0.028 0.304 0.132 0.084
#> GSM311904 4 0.5275 0.32320 0.000 0.000 0.232 0.600 0.168 0.000
#> GSM311905 4 0.5869 0.21521 0.004 0.000 0.244 0.512 0.240 0.000
#> GSM311906 6 0.0713 0.65261 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM311907 3 0.6127 0.49540 0.000 0.000 0.600 0.092 0.180 0.128
#> GSM311908 4 0.6286 -0.07851 0.000 0.008 0.344 0.380 0.268 0.000
#> GSM311909 3 0.6290 0.09373 0.000 0.008 0.368 0.356 0.268 0.000
#> GSM311910 3 0.4792 0.50746 0.000 0.028 0.712 0.088 0.172 0.000
#> GSM311911 6 0.4018 0.65455 0.324 0.000 0.000 0.000 0.020 0.656
#> GSM311912 2 0.0713 0.87384 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311913 4 0.4779 0.15935 0.316 0.000 0.004 0.624 0.052 0.004
#> GSM311914 6 0.2191 0.71604 0.120 0.000 0.004 0.000 0.000 0.876
#> GSM311915 2 0.0520 0.88096 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM311916 6 0.3183 0.62189 0.016 0.000 0.000 0.164 0.008 0.812
#> GSM311917 4 0.3534 0.27441 0.276 0.000 0.000 0.716 0.008 0.000
#> GSM311918 1 0.4314 -0.35626 0.536 0.000 0.000 0.000 0.020 0.444
#> GSM311919 4 0.3183 0.54450 0.000 0.000 0.060 0.828 0.112 0.000
#> GSM311920 3 0.3986 0.12154 0.000 0.000 0.532 0.000 0.004 0.464
#> GSM311921 5 0.5546 0.66019 0.208 0.096 0.000 0.012 0.652 0.032
#> GSM311922 1 0.3345 0.59468 0.844 0.000 0.004 0.020 0.080 0.052
#> GSM311923 1 0.2400 0.60013 0.900 0.000 0.004 0.008 0.040 0.048
#> GSM311831 3 0.6246 0.20820 0.000 0.008 0.416 0.308 0.268 0.000
#> GSM311878 4 0.5489 0.47674 0.172 0.000 0.072 0.680 0.064 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:kmeans 150 1.000 2
#> SD:kmeans 111 0.161 3
#> SD:kmeans 89 0.459 4
#> SD:kmeans 87 0.643 5
#> SD:kmeans 85 NA 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.911 0.924 0.968 0.5025 0.497 0.497
#> 3 3 0.590 0.651 0.790 0.3199 0.789 0.599
#> 4 4 0.835 0.819 0.915 0.1261 0.763 0.432
#> 5 5 0.739 0.543 0.759 0.0706 0.883 0.588
#> 6 6 0.722 0.540 0.692 0.0396 0.881 0.507
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311763 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.118 0.937 0.016 0.984
#> GSM311765 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.876 0.602 0.296 0.704
#> GSM311771 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.722 0.748 0.200 0.800
#> GSM311775 1 0.343 0.919 0.936 0.064
#> GSM311776 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311780 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311781 1 0.518 0.857 0.884 0.116
#> GSM311782 1 0.932 0.446 0.652 0.348
#> GSM311783 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.689 0.770 0.184 0.816
#> GSM311801 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.932 0.446 0.652 0.348
#> GSM311805 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.416 0.897 0.916 0.084
#> GSM311815 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311839 2 0.943 0.459 0.360 0.640
#> GSM311840 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.706 0.758 0.192 0.808
#> GSM311852 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.402 0.900 0.920 0.080
#> GSM311856 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311862 2 0.980 0.316 0.416 0.584
#> GSM311863 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.913 0.529 0.328 0.672
#> GSM311875 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311877 2 0.260 0.914 0.044 0.956
#> GSM311879 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.163 0.961 0.976 0.024
#> GSM311881 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.992 0.241 0.448 0.552
#> GSM311886 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.876 0.602 0.296 0.704
#> GSM311891 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311902 2 0.260 0.914 0.044 0.956
#> GSM311903 2 0.891 0.575 0.308 0.692
#> GSM311904 2 0.994 0.193 0.456 0.544
#> GSM311905 2 0.929 0.495 0.344 0.656
#> GSM311906 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311907 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311909 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.141 0.933 0.020 0.980
#> GSM311920 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.714 0.742 0.804 0.196
#> GSM311922 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.000 0.983 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.000 0.948 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.000 0.983 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311763 3 0.6295 0.384 0.000 0.472 0.528
#> GSM311764 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311765 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311769 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311770 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311771 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311772 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311773 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311774 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311775 1 0.6896 0.628 0.588 0.020 0.392
#> GSM311776 2 0.4555 0.716 0.000 0.800 0.200
#> GSM311777 1 0.6896 0.629 0.588 0.020 0.392
#> GSM311778 1 0.0237 0.750 0.996 0.000 0.004
#> GSM311779 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311780 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311781 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311782 3 0.7949 0.641 0.308 0.084 0.608
#> GSM311783 1 0.4235 0.551 0.824 0.000 0.176
#> GSM311784 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311785 1 0.3482 0.728 0.872 0.000 0.128
#> GSM311786 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311787 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311789 2 0.5529 0.642 0.000 0.704 0.296
#> GSM311790 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311796 3 0.7339 0.582 0.392 0.036 0.572
#> GSM311797 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.5591 0.675 0.696 0.000 0.304
#> GSM311799 2 0.4555 0.716 0.000 0.800 0.200
#> GSM311800 3 0.0829 0.429 0.004 0.012 0.984
#> GSM311801 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311804 3 0.7949 0.641 0.308 0.084 0.608
#> GSM311805 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311806 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311807 2 0.4452 0.721 0.000 0.808 0.192
#> GSM311808 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311809 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 2 0.6280 0.172 0.000 0.540 0.460
#> GSM311811 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311812 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311813 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311814 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311815 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311816 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311817 1 0.6280 -0.224 0.540 0.000 0.460
#> GSM311818 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311819 1 0.3340 0.730 0.880 0.000 0.120
#> GSM311820 1 0.4121 0.565 0.832 0.000 0.168
#> GSM311821 1 0.3038 0.653 0.896 0.000 0.104
#> GSM311822 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311825 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311828 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.5254 0.371 0.736 0.000 0.264
#> GSM311830 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311832 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311833 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311834 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.5254 0.371 0.736 0.000 0.264
#> GSM311836 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311837 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311840 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311843 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 2 0.4555 0.716 0.000 0.800 0.200
#> GSM311847 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311852 1 0.4178 0.558 0.828 0.000 0.172
#> GSM311853 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311854 1 0.1529 0.721 0.960 0.000 0.040
#> GSM311855 3 0.9927 -0.270 0.292 0.316 0.392
#> GSM311856 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.5254 0.371 0.736 0.000 0.264
#> GSM311858 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311859 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311860 3 0.0592 0.423 0.012 0.000 0.988
#> GSM311861 1 0.6252 0.561 0.556 0.000 0.444
#> GSM311862 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311863 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311865 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311868 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311872 3 0.6095 0.603 0.392 0.000 0.608
#> GSM311873 2 0.5835 0.200 0.000 0.660 0.340
#> GSM311874 3 0.6298 0.575 0.004 0.388 0.608
#> GSM311875 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311876 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311877 3 0.7013 0.591 0.028 0.364 0.608
#> GSM311879 3 0.6111 0.566 0.000 0.396 0.604
#> GSM311880 1 0.8568 0.541 0.608 0.200 0.192
#> GSM311881 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311883 2 0.0592 0.812 0.000 0.988 0.012
#> GSM311884 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.6632 0.567 0.012 0.596 0.392
#> GSM311886 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311890 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311891 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.3619 0.612 0.864 0.000 0.136
#> GSM311895 2 0.5948 0.133 0.000 0.640 0.360
#> GSM311896 2 0.4555 0.716 0.000 0.800 0.200
#> GSM311897 3 0.6140 0.553 0.000 0.404 0.596
#> GSM311898 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311900 2 0.5859 0.188 0.000 0.656 0.344
#> GSM311901 2 0.1031 0.801 0.000 0.976 0.024
#> GSM311902 3 0.7013 0.591 0.028 0.364 0.608
#> GSM311903 2 0.7620 0.582 0.128 0.684 0.188
#> GSM311904 3 0.6298 0.605 0.388 0.004 0.608
#> GSM311905 3 0.8562 0.658 0.184 0.208 0.608
#> GSM311906 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311907 3 0.0592 0.434 0.000 0.012 0.988
#> GSM311908 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311909 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311910 2 0.4346 0.578 0.000 0.816 0.184
#> GSM311911 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311912 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311915 2 0.0000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.6095 0.646 0.608 0.000 0.392
#> GSM311917 1 0.1411 0.724 0.964 0.000 0.036
#> GSM311918 1 0.6079 0.647 0.612 0.000 0.388
#> GSM311919 3 0.6584 0.610 0.380 0.012 0.608
#> GSM311920 2 0.6095 0.579 0.000 0.608 0.392
#> GSM311921 1 0.8568 0.541 0.608 0.200 0.192
#> GSM311922 1 0.4452 0.709 0.808 0.000 0.192
#> GSM311923 1 0.0000 0.753 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 3 0.6095 0.572 0.000 0.392 0.608
#> GSM311878 1 0.4346 0.537 0.816 0.000 0.184
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.2081 0.8888 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311763 4 0.3873 0.6898 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM311764 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.2081 0.8888 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.2081 0.8888 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311772 4 0.3247 0.8348 0.000 0.060 0.060 0.880
#> GSM311773 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.6120 0.4338 0.000 0.076 0.628 0.296
#> GSM311777 3 0.1211 0.8951 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM311778 1 0.0592 0.9039 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.4961 0.2309 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM311780 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311781 4 0.1118 0.8867 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311782 4 0.4464 0.6846 0.208 0.024 0.000 0.768
#> GSM311783 1 0.1302 0.8949 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311784 1 0.2281 0.8591 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311785 1 0.2530 0.8107 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311786 3 0.2081 0.8888 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311791 2 0.5926 0.5496 0.000 0.632 0.060 0.308
#> GSM311792 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.2216 0.8842 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311796 4 0.5188 0.6267 0.240 0.044 0.000 0.716
#> GSM311797 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.5000 -0.0575 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM311799 3 0.5339 0.3062 0.000 0.016 0.600 0.384
#> GSM311800 3 0.0707 0.8776 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311801 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.2216 0.8842 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311804 4 0.2408 0.8305 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM311805 3 0.2149 0.8867 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM311806 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.7036 0.5112 0.000 0.576 0.216 0.208
#> GSM311808 4 0.0592 0.9003 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311809 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311810 4 0.1389 0.8848 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311811 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311812 3 0.2216 0.8842 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311813 1 0.4866 0.3588 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM311814 1 0.2345 0.8564 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311815 3 0.1557 0.8951 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311816 1 0.2921 0.8208 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM311817 1 0.4181 0.8023 0.820 0.000 0.128 0.052
#> GSM311818 2 0.4225 0.7478 0.000 0.792 0.024 0.184
#> GSM311819 1 0.5395 0.6655 0.736 0.172 0.092 0.000
#> GSM311820 1 0.1389 0.8929 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311821 1 0.1302 0.8949 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311822 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311824 1 0.2760 0.8324 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311825 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.1389 0.8929 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311830 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.0188 0.9038 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311833 3 0.0592 0.8795 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311834 2 0.4454 0.6107 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM311835 1 0.1389 0.8929 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311836 4 0.4454 0.5173 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM311837 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.1867 0.8923 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.5712 0.5618 0.000 0.644 0.048 0.308
#> GSM311845 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.6790 0.4607 0.000 0.196 0.608 0.196
#> GSM311847 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.4103 0.6390 0.744 0.256 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.1302 0.8949 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311853 3 0.2216 0.8842 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311854 1 0.0188 0.9087 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311855 3 0.1610 0.8930 0.032 0.016 0.952 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.1389 0.8929 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311858 2 0.5926 0.5496 0.000 0.632 0.060 0.308
#> GSM311859 1 0.2216 0.8619 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311860 4 0.5000 -0.0405 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM311861 3 0.6323 0.1891 0.440 0.000 0.500 0.060
#> GSM311862 4 0.1867 0.8591 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM311863 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311864 1 0.2760 0.8324 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311865 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.1389 0.8953 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311872 1 0.4866 0.3593 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM311873 4 0.2089 0.8775 0.000 0.020 0.048 0.932
#> GSM311874 4 0.3486 0.7342 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM311875 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311879 4 0.1389 0.8848 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311880 2 0.2411 0.8554 0.040 0.920 0.040 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 2 0.5857 0.5538 0.000 0.636 0.056 0.308
#> GSM311883 2 0.6158 0.2853 0.000 0.560 0.056 0.384
#> GSM311884 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.1389 0.8757 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM311886 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311887 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311889 3 0.1557 0.8951 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0469 0.9114 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311893 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.1389 0.8929 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311895 4 0.2142 0.8754 0.000 0.016 0.056 0.928
#> GSM311896 3 0.4830 0.3069 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311897 4 0.1389 0.8848 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311898 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.1389 0.8848 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311901 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311903 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311905 4 0.0817 0.8943 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311906 3 0.0000 0.8867 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 4 0.4697 0.4607 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM311908 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311910 4 0.2300 0.8719 0.000 0.028 0.048 0.924
#> GSM311911 3 0.2081 0.8888 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9175 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 3 0.1389 0.8953 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311915 2 0.0188 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311916 3 0.1637 0.8946 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM311917 1 0.0469 0.9068 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311918 1 0.4989 0.0323 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM311919 4 0.0469 0.9004 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311920 3 0.1302 0.8625 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM311921 2 0.3587 0.7970 0.088 0.860 0.052 0.000
#> GSM311922 1 0.4008 0.6305 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.9048 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.1722 0.8844 0.944 0.048 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 5 0.4294 0.2485 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311763 4 0.5877 0.5703 0.000 0.196 0.000 0.604 0.200
#> GSM311764 3 0.3452 0.6156 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM311765 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311766 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0162 0.6921 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311768 3 0.4278 -0.1181 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM311769 1 0.3913 0.1424 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> GSM311770 3 0.0000 0.6381 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311771 5 0.4287 0.2687 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311772 5 0.7290 -0.4415 0.000 0.032 0.220 0.328 0.420
#> GSM311773 4 0.1952 0.7759 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> GSM311774 3 0.0609 0.6406 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311775 3 0.0880 0.6269 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311776 3 0.4751 0.5052 0.000 0.008 0.564 0.008 0.420
#> GSM311777 3 0.0510 0.6333 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311778 1 0.0693 0.6959 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM311779 1 0.4273 0.3532 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM311780 4 0.0404 0.7721 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311781 4 0.0290 0.7637 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311782 4 0.0671 0.7628 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM311783 1 0.1478 0.7041 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM311784 1 0.3895 0.5446 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM311785 5 0.4930 0.4202 0.424 0.000 0.028 0.000 0.548
#> GSM311786 5 0.4287 0.2687 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311787 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311788 4 0.1478 0.7803 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM311789 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311790 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 5 0.6938 -0.3186 0.000 0.312 0.260 0.008 0.420
#> GSM311792 1 0.0579 0.6948 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311793 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 5 0.4283 0.2746 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM311796 1 0.5036 0.3070 0.520 0.004 0.024 0.452 0.000
#> GSM311797 5 0.4294 0.3828 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM311798 5 0.6181 0.4857 0.252 0.000 0.196 0.000 0.552
#> GSM311799 3 0.4751 0.5052 0.000 0.008 0.564 0.008 0.420
#> GSM311800 3 0.3707 0.6077 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM311801 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311802 1 0.1732 0.6313 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM311803 5 0.4235 0.2881 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM311804 4 0.0290 0.7637 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311805 5 0.4283 0.2746 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM311806 4 0.0324 0.7678 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM311807 3 0.5256 0.4782 0.000 0.032 0.540 0.008 0.420
#> GSM311808 4 0.2561 0.7701 0.000 0.020 0.000 0.884 0.096
#> GSM311809 1 0.3177 0.4401 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM311810 4 0.5725 0.4989 0.000 0.020 0.044 0.516 0.420
#> GSM311811 5 0.4430 0.3969 0.456 0.000 0.004 0.000 0.540
#> GSM311812 5 0.4283 0.2746 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM311813 1 0.4273 0.3532 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM311814 1 0.4210 0.4206 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM311815 3 0.4305 -0.2037 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM311816 1 0.4210 0.4202 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM311817 1 0.4886 0.5967 0.712 0.000 0.100 0.188 0.000
#> GSM311818 2 0.6480 0.1578 0.000 0.444 0.160 0.004 0.392
#> GSM311819 1 0.6338 0.0423 0.528 0.116 0.016 0.000 0.340
#> GSM311820 1 0.1341 0.7048 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM311821 1 0.1270 0.7047 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM311822 1 0.0609 0.6833 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM311823 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.4171 0.4442 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM311825 5 0.4287 0.3927 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM311826 1 0.0794 0.6770 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM311827 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311828 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311829 1 0.1608 0.7028 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311830 2 0.0510 0.9244 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311832 4 0.2488 0.7614 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> GSM311833 3 0.4150 0.5479 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311834 2 0.3934 0.6225 0.000 0.716 0.000 0.008 0.276
#> GSM311835 1 0.1608 0.7028 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311836 4 0.3039 0.5472 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0290 0.7637 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 5 0.4306 0.3479 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM311842 5 0.4287 0.2687 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311843 1 0.0000 0.6940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.5324 0.3397 0.000 0.536 0.036 0.008 0.420
#> GSM311845 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311846 3 0.4851 0.5013 0.000 0.012 0.560 0.008 0.420
#> GSM311847 5 0.4306 0.3479 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM311848 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311849 5 0.6195 0.3784 0.240 0.208 0.000 0.000 0.552
#> GSM311850 5 0.4304 0.3609 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311851 3 0.0794 0.6408 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311852 1 0.1522 0.6892 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> GSM311853 5 0.4283 0.2746 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM311854 1 0.1121 0.7041 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311855 3 0.0955 0.6268 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> GSM311856 1 0.4307 -0.3596 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM311857 1 0.1544 0.7035 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311858 5 0.6921 -0.3085 0.000 0.324 0.248 0.008 0.420
#> GSM311859 1 0.3796 0.5684 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM311860 4 0.5389 0.1975 0.020 0.000 0.424 0.532 0.024
#> GSM311861 3 0.7457 -0.2474 0.196 0.000 0.392 0.048 0.364
#> GSM311862 4 0.2230 0.6561 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.4192 0.4323 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.6940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.6940 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.3177 0.4545 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311868 1 0.0162 0.6921 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311869 2 0.0162 0.9270 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311870 2 0.0794 0.9208 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311871 5 0.4283 0.3967 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM311872 1 0.4304 0.2790 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM311873 4 0.4902 0.5542 0.000 0.028 0.000 0.564 0.408
#> GSM311874 4 0.3396 0.7006 0.004 0.136 0.000 0.832 0.028
#> GSM311875 4 0.3715 0.6875 0.000 0.004 0.000 0.736 0.260
#> GSM311876 4 0.1638 0.7799 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM311877 4 0.0162 0.7696 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311879 4 0.4730 0.5550 0.000 0.012 0.004 0.568 0.416
#> GSM311880 5 0.4268 0.1405 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311881 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 5 0.6789 -0.2911 0.000 0.372 0.200 0.008 0.420
#> GSM311883 2 0.7877 0.2588 0.000 0.452 0.180 0.120 0.248
#> GSM311884 1 0.2471 0.5510 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM311885 3 0.2964 0.5535 0.000 0.120 0.856 0.000 0.024
#> GSM311886 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 5 0.4306 0.3479 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM311888 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 3 0.3336 0.4224 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM311890 3 0.0000 0.6381 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311891 5 0.4304 0.3609 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311892 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311893 5 0.4307 0.3399 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM311894 1 0.4886 -0.1853 0.528 0.000 0.000 0.024 0.448
#> GSM311895 4 0.6343 0.4410 0.000 0.028 0.080 0.472 0.420
#> GSM311896 3 0.4489 0.5107 0.000 0.000 0.572 0.008 0.420
#> GSM311897 4 0.4830 0.5483 0.000 0.016 0.004 0.560 0.420
#> GSM311898 5 0.4307 0.3399 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM311899 3 0.4060 0.5698 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM311900 4 0.4995 0.5416 0.000 0.024 0.004 0.552 0.420
#> GSM311901 2 0.0880 0.9198 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311902 4 0.0162 0.7696 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311903 2 0.1717 0.8838 0.008 0.936 0.052 0.000 0.004
#> GSM311904 4 0.0290 0.7637 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311905 4 0.0290 0.7637 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311906 3 0.0703 0.6309 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311907 4 0.6299 0.3487 0.000 0.000 0.152 0.432 0.416
#> GSM311908 4 0.1430 0.7800 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> GSM311909 4 0.1571 0.7802 0.000 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM311910 4 0.5071 0.5383 0.000 0.028 0.004 0.548 0.420
#> GSM311911 5 0.4287 0.2687 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311912 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.4101 -0.0227 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> GSM311914 3 0.3177 0.4545 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311915 2 0.0000 0.9279 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.3210 0.4487 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311917 1 0.1270 0.7049 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM311918 5 0.5822 0.3780 0.108 0.000 0.344 0.000 0.548
#> GSM311919 4 0.4249 -0.0932 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM311920 3 0.4196 0.5706 0.000 0.004 0.640 0.000 0.356
#> GSM311921 5 0.4268 0.1405 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311922 5 0.5500 0.4405 0.376 0.000 0.072 0.000 0.552
#> GSM311923 5 0.4283 0.3961 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM311831 4 0.1704 0.7792 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> GSM311878 1 0.6413 0.3751 0.648 0.104 0.000 0.108 0.140
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.4703 0.27727 0.000 0.000 0.568 0.000 0.052 0.380
#> GSM311763 5 0.5011 0.31564 0.000 0.040 0.000 0.376 0.564 0.020
#> GSM311764 3 0.4965 0.49452 0.140 0.000 0.644 0.000 0.216 0.000
#> GSM311765 5 0.3531 0.62394 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.3620 0.61106 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> GSM311768 3 0.3528 0.42085 0.004 0.000 0.700 0.000 0.000 0.296
#> GSM311769 6 0.4014 0.45405 0.240 0.000 0.000 0.000 0.044 0.716
#> GSM311770 3 0.1957 0.57493 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311771 3 0.4141 0.21780 0.000 0.000 0.556 0.000 0.012 0.432
#> GSM311772 5 0.8862 -0.18021 0.224 0.164 0.148 0.200 0.264 0.000
#> GSM311773 4 0.0291 0.79101 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM311774 3 0.3245 0.55377 0.028 0.000 0.800 0.000 0.172 0.000
#> GSM311775 3 0.0632 0.58271 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311776 3 0.6658 0.39940 0.224 0.004 0.468 0.040 0.264 0.000
#> GSM311777 3 0.2509 0.57839 0.000 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> GSM311778 1 0.4589 0.34044 0.504 0.000 0.000 0.000 0.036 0.460
#> GSM311779 1 0.3109 0.70047 0.772 0.000 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM311780 4 0.0713 0.79127 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.1141 0.78357 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM311782 4 0.3013 0.74482 0.032 0.016 0.000 0.876 0.032 0.044
#> GSM311783 1 0.2969 0.73448 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM311784 1 0.3854 0.73510 0.772 0.000 0.000 0.136 0.000 0.092
#> GSM311785 6 0.1387 0.68817 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311786 3 0.4129 0.23077 0.000 0.000 0.564 0.000 0.012 0.424
#> GSM311787 5 0.3531 0.62394 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.79198 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311789 5 0.4023 0.63134 0.000 0.240 0.004 0.000 0.720 0.036
#> GSM311790 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.8313 0.07813 0.224 0.308 0.152 0.052 0.264 0.000
#> GSM311792 1 0.4057 0.54003 0.600 0.000 0.000 0.000 0.012 0.388
#> GSM311793 2 0.0146 0.77065 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.3869 -0.15885 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM311796 1 0.4487 0.65986 0.708 0.000 0.012 0.232 0.040 0.008
#> GSM311797 6 0.0993 0.72738 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024 0.964
#> GSM311798 6 0.3268 0.61306 0.000 0.000 0.100 0.000 0.076 0.824
#> GSM311799 3 0.6699 0.39738 0.224 0.004 0.468 0.044 0.260 0.000
#> GSM311800 3 0.5490 0.46072 0.180 0.000 0.560 0.000 0.260 0.000
#> GSM311801 5 0.3531 0.62394 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM311802 6 0.3784 0.33046 0.308 0.000 0.000 0.000 0.012 0.680
#> GSM311803 6 0.5992 -0.00551 0.000 0.000 0.232 0.000 0.372 0.396
#> GSM311804 4 0.1075 0.78541 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM311805 3 0.3862 0.15818 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM311806 4 0.1267 0.78073 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.8176 0.22901 0.224 0.132 0.336 0.048 0.260 0.000
#> GSM311808 4 0.3284 0.67622 0.016 0.004 0.000 0.804 0.172 0.004
#> GSM311809 6 0.2994 0.54389 0.208 0.000 0.000 0.000 0.004 0.788
#> GSM311810 4 0.6208 0.44841 0.224 0.000 0.028 0.520 0.228 0.000
#> GSM311811 6 0.1219 0.72057 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048 0.948
#> GSM311812 3 0.3866 0.14173 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM311813 1 0.3438 0.70028 0.764 0.000 0.000 0.220 0.008 0.008
#> GSM311814 1 0.4382 0.70232 0.728 0.000 0.000 0.204 0.032 0.036
#> GSM311815 3 0.3615 0.42101 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008 0.292
#> GSM311816 1 0.3424 0.71333 0.772 0.000 0.000 0.204 0.000 0.024
#> GSM311817 1 0.4988 0.70430 0.740 0.000 0.076 0.088 0.012 0.084
#> GSM311818 2 0.7279 0.32986 0.148 0.496 0.108 0.028 0.220 0.000
#> GSM311819 5 0.3697 0.52401 0.016 0.000 0.004 0.000 0.732 0.248
#> GSM311820 1 0.3514 0.72998 0.752 0.000 0.000 0.000 0.020 0.228
#> GSM311821 1 0.2996 0.73236 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM311822 6 0.4584 -0.26498 0.452 0.000 0.000 0.000 0.036 0.512
#> GSM311823 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.3374 0.71102 0.772 0.000 0.000 0.208 0.000 0.020
#> GSM311825 6 0.0717 0.72803 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976
#> GSM311826 6 0.3862 -0.23727 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> GSM311827 5 0.3499 0.62713 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM311828 5 0.3531 0.62394 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM311829 1 0.2969 0.73448 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM311830 5 0.3737 0.52868 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> GSM311832 4 0.2201 0.76027 0.052 0.000 0.000 0.900 0.048 0.000
#> GSM311833 3 0.5961 0.42688 0.224 0.000 0.508 0.008 0.260 0.000
#> GSM311834 2 0.2344 0.69105 0.004 0.896 0.000 0.048 0.052 0.000
#> GSM311835 1 0.2969 0.73448 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM311836 4 0.4122 -0.07467 0.472 0.000 0.000 0.520 0.004 0.004
#> GSM311837 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.1075 0.78541 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 6 0.1219 0.72354 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948
#> GSM311842 3 0.4763 0.22947 0.000 0.000 0.536 0.000 0.052 0.412
#> GSM311843 1 0.3607 0.61662 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM311844 2 0.6712 0.31351 0.220 0.484 0.004 0.052 0.240 0.000
#> GSM311845 5 0.3515 0.62591 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM311846 3 0.6699 0.39738 0.224 0.004 0.468 0.044 0.260 0.000
#> GSM311847 6 0.1984 0.71833 0.056 0.000 0.032 0.000 0.000 0.912
#> GSM311848 5 0.3515 0.62591 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM311849 5 0.4091 0.51735 0.004 0.016 0.004 0.000 0.680 0.296
#> GSM311850 6 0.1152 0.72469 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000 0.952
#> GSM311851 3 0.3555 0.54756 0.044 0.000 0.780 0.000 0.176 0.000
#> GSM311852 1 0.5375 0.08705 0.472 0.000 0.000 0.008 0.436 0.084
#> GSM311853 6 0.3996 -0.11823 0.000 0.000 0.484 0.000 0.004 0.512
#> GSM311854 1 0.3126 0.71829 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM311855 3 0.3997 0.54206 0.000 0.004 0.764 0.000 0.152 0.080
#> GSM311856 6 0.1789 0.71768 0.044 0.000 0.000 0.000 0.032 0.924
#> GSM311857 1 0.2969 0.73448 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM311858 2 0.8343 0.06322 0.224 0.300 0.160 0.052 0.264 0.000
#> GSM311859 1 0.3832 0.73767 0.776 0.000 0.000 0.120 0.000 0.104
#> GSM311860 3 0.5413 0.02791 0.032 0.000 0.492 0.436 0.008 0.032
#> GSM311861 3 0.7185 0.06838 0.116 0.000 0.432 0.084 0.028 0.340
#> GSM311862 4 0.3420 0.56098 0.240 0.000 0.000 0.748 0.012 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.3374 0.71102 0.772 0.000 0.000 0.208 0.000 0.020
#> GSM311865 1 0.3428 0.66661 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM311866 1 0.4312 0.56914 0.604 0.000 0.000 0.000 0.028 0.368
#> GSM311867 3 0.2491 0.53369 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM311868 1 0.3634 0.60504 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM311869 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.2730 0.50544 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM311871 6 0.0692 0.72677 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976
#> GSM311872 1 0.4171 0.56824 0.656 0.000 0.000 0.320 0.012 0.012
#> GSM311873 4 0.5273 0.61672 0.196 0.072 0.000 0.672 0.060 0.000
#> GSM311874 5 0.4123 0.24546 0.000 0.012 0.000 0.420 0.568 0.000
#> GSM311875 4 0.2312 0.74352 0.112 0.000 0.000 0.876 0.012 0.000
#> GSM311876 4 0.0146 0.79163 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311877 4 0.0713 0.79127 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.4808 0.61884 0.220 0.000 0.008 0.676 0.096 0.000
#> GSM311880 5 0.4685 0.61977 0.000 0.092 0.008 0.000 0.692 0.208
#> GSM311881 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 2 0.8262 0.09943 0.224 0.320 0.140 0.052 0.264 0.000
#> GSM311883 5 0.5761 0.34156 0.124 0.068 0.076 0.044 0.688 0.000
#> GSM311884 6 0.4570 0.13957 0.392 0.000 0.032 0.000 0.004 0.572
#> GSM311885 3 0.3168 0.52314 0.000 0.148 0.820 0.000 0.004 0.028
#> GSM311886 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 6 0.2000 0.72016 0.048 0.000 0.032 0.000 0.004 0.916
#> GSM311888 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 3 0.2527 0.53143 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311890 3 0.1910 0.57559 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM311891 6 0.1713 0.72349 0.044 0.000 0.028 0.000 0.000 0.928
#> GSM311892 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311893 6 0.1429 0.72139 0.052 0.000 0.004 0.000 0.004 0.940
#> GSM311894 5 0.6441 0.03037 0.160 0.000 0.000 0.040 0.420 0.380
#> GSM311895 4 0.6988 0.43513 0.224 0.036 0.040 0.500 0.200 0.000
#> GSM311896 3 0.6622 0.39718 0.224 0.000 0.468 0.048 0.260 0.000
#> GSM311897 4 0.5075 0.59926 0.224 0.000 0.008 0.648 0.120 0.000
#> GSM311898 6 0.2134 0.70769 0.052 0.000 0.000 0.000 0.044 0.904
#> GSM311899 3 0.5646 0.44248 0.220 0.000 0.536 0.000 0.244 0.000
#> GSM311900 4 0.5075 0.59926 0.224 0.000 0.008 0.648 0.120 0.000
#> GSM311901 2 0.3996 -0.34615 0.000 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004
#> GSM311902 4 0.0865 0.78934 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311903 2 0.4241 0.54819 0.000 0.760 0.028 0.000 0.156 0.056
#> GSM311904 4 0.1333 0.78357 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000
#> GSM311905 4 0.1075 0.78541 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM311906 3 0.0777 0.58360 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM311907 4 0.7370 0.24502 0.224 0.000 0.184 0.412 0.180 0.000
#> GSM311908 4 0.0547 0.79202 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.79198 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.5644 0.58529 0.224 0.028 0.008 0.628 0.112 0.000
#> GSM311911 3 0.3804 0.25386 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM311912 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 6 0.3740 0.50844 0.228 0.000 0.000 0.000 0.032 0.740
#> GSM311914 3 0.2454 0.53551 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311915 2 0.0000 0.77423 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.2743 0.53013 0.008 0.000 0.828 0.000 0.000 0.164
#> GSM311917 1 0.3265 0.71676 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.248
#> GSM311918 6 0.3592 0.24087 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM311919 1 0.4076 0.26527 0.540 0.000 0.000 0.452 0.008 0.000
#> GSM311920 3 0.5777 0.44012 0.220 0.004 0.532 0.000 0.244 0.000
#> GSM311921 5 0.4593 0.60370 0.000 0.080 0.004 0.000 0.684 0.232
#> GSM311922 6 0.1700 0.70784 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080 0.916
#> GSM311923 6 0.0862 0.72763 0.016 0.000 0.008 0.000 0.004 0.972
#> GSM311831 4 0.0291 0.79101 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM311878 6 0.7188 0.30514 0.152 0.212 0.016 0.108 0.004 0.508
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:skmeans 156 1.000 2
#> SD:skmeans 150 0.509 3
#> SD:skmeans 150 0.609 4
#> SD:skmeans 99 0.464 5
#> SD:skmeans 114 0.610 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.380 0.781 0.869 0.4207 0.592 0.592
#> 3 3 0.488 0.605 0.828 0.4332 0.666 0.484
#> 4 4 0.597 0.573 0.803 0.1936 0.720 0.385
#> 5 5 0.721 0.705 0.834 0.0457 0.903 0.681
#> 6 6 0.694 0.618 0.814 0.0482 0.938 0.771
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311763 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311764 1 0.8144 0.7780 0.748 0.252
#> GSM311765 2 0.2948 0.8778 0.052 0.948
#> GSM311766 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311769 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311771 1 0.7299 0.8082 0.796 0.204
#> GSM311772 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311773 1 0.9635 0.5997 0.612 0.388
#> GSM311774 2 0.1633 0.8978 0.024 0.976
#> GSM311775 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311776 2 0.4690 0.8163 0.100 0.900
#> GSM311777 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311778 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.9795 0.5768 0.584 0.416
#> GSM311781 1 0.1184 0.8047 0.984 0.016
#> GSM311782 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.6887 0.8119 0.816 0.184
#> GSM311787 2 0.0672 0.9084 0.008 0.992
#> GSM311788 1 0.9775 0.5828 0.588 0.412
#> GSM311789 2 0.9954 -0.0732 0.460 0.540
#> GSM311790 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.6801 0.8124 0.820 0.180
#> GSM311793 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311796 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.6801 0.8124 0.820 0.180
#> GSM311799 2 0.6343 0.7277 0.160 0.840
#> GSM311800 1 0.9661 0.6116 0.608 0.392
#> GSM311801 2 0.0376 0.9101 0.004 0.996
#> GSM311802 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311804 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311806 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311809 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311810 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311811 1 0.1184 0.8124 0.984 0.016
#> GSM311812 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311813 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311816 1 0.6801 0.8124 0.820 0.180
#> GSM311817 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311818 2 0.0376 0.9099 0.004 0.996
#> GSM311819 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311820 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.7299 0.6969 0.204 0.796
#> GSM311828 2 0.6438 0.7549 0.164 0.836
#> GSM311829 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311832 1 0.9795 0.5768 0.584 0.416
#> GSM311833 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311834 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0376 0.9093 0.004 0.996
#> GSM311841 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311843 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0376 0.9101 0.004 0.996
#> GSM311846 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.7139 0.7094 0.196 0.804
#> GSM311849 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311850 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.9732 0.1034 0.404 0.596
#> GSM311852 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311853 1 0.7299 0.8082 0.796 0.204
#> GSM311854 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311856 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311861 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311862 1 0.3584 0.8143 0.932 0.068
#> GSM311863 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311868 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.7528 0.6873 0.216 0.784
#> GSM311870 2 0.4562 0.8360 0.096 0.904
#> GSM311871 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311873 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311875 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311876 1 0.9795 0.5768 0.584 0.416
#> GSM311877 1 0.7602 0.6583 0.780 0.220
#> GSM311879 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311880 2 0.9732 0.2077 0.404 0.596
#> GSM311881 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311883 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311884 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.7299 0.8084 0.796 0.204
#> GSM311886 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311888 1 0.9850 0.5364 0.572 0.428
#> GSM311889 1 0.7219 0.8089 0.800 0.200
#> GSM311890 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311891 1 0.7299 0.8083 0.796 0.204
#> GSM311892 2 0.3274 0.8701 0.060 0.940
#> GSM311893 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311895 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311896 2 0.8267 0.5146 0.260 0.740
#> GSM311897 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311898 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311900 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311901 1 0.7139 0.8107 0.804 0.196
#> GSM311902 1 0.7219 0.6565 0.800 0.200
#> GSM311903 1 0.7950 0.7876 0.760 0.240
#> GSM311904 1 0.8499 0.6882 0.724 0.276
#> GSM311905 1 0.4298 0.7892 0.912 0.088
#> GSM311906 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311907 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311908 1 0.9795 0.5768 0.584 0.416
#> GSM311909 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311910 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.7528 0.8044 0.784 0.216
#> GSM311912 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.7299 0.8082 0.796 0.204
#> GSM311914 1 0.7602 0.8023 0.780 0.220
#> GSM311915 2 0.1184 0.9003 0.016 0.984
#> GSM311916 1 0.7453 0.8058 0.788 0.212
#> GSM311917 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.6712 0.8129 0.824 0.176
#> GSM311919 1 0.0938 0.8114 0.988 0.012
#> GSM311920 2 0.0000 0.9119 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.7299 0.6969 0.204 0.796
#> GSM311922 1 0.6887 0.8119 0.816 0.184
#> GSM311923 1 0.0000 0.8108 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.9815 0.5709 0.580 0.420
#> GSM311878 1 0.2948 0.8148 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311762 1 0.6045 0.26461 0.620 0.000 0.380
#> GSM311763 1 0.8316 -0.04222 0.496 0.080 0.424
#> GSM311764 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311766 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311767 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.6291 0.20066 0.468 0.000 0.532
#> GSM311769 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311771 3 0.5497 0.45413 0.292 0.000 0.708
#> GSM311772 3 0.4842 0.54077 0.000 0.224 0.776
#> GSM311773 2 0.5894 0.57794 0.220 0.752 0.028
#> GSM311774 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.2537 0.62881 0.000 0.080 0.920
#> GSM311777 3 0.5397 0.53128 0.280 0.000 0.720
#> GSM311778 1 0.1031 0.78883 0.976 0.000 0.024
#> GSM311779 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 3 0.8310 0.22490 0.420 0.080 0.500
#> GSM311781 1 0.2066 0.76470 0.940 0.060 0.000
#> GSM311782 1 0.1529 0.78100 0.960 0.000 0.040
#> GSM311783 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.5678 0.41371 0.316 0.000 0.684
#> GSM311787 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311788 1 0.7956 0.00393 0.516 0.060 0.424
#> GSM311789 3 0.3237 0.65478 0.056 0.032 0.912
#> GSM311790 2 0.0000 0.87001 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.4842 0.67754 0.000 0.776 0.224
#> GSM311792 1 0.4291 0.64770 0.820 0.000 0.180
#> GSM311793 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311794 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311795 3 0.3686 0.65324 0.140 0.000 0.860
#> GSM311796 1 0.2537 0.75411 0.920 0.000 0.080
#> GSM311797 1 0.1643 0.77868 0.956 0.000 0.044
#> GSM311798 1 0.5216 0.57781 0.740 0.000 0.260
#> GSM311799 3 0.2448 0.63005 0.000 0.076 0.924
#> GSM311800 3 0.6192 0.22298 0.420 0.000 0.580
#> GSM311801 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311802 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.2448 0.66437 0.076 0.000 0.924
#> GSM311804 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 3 0.2625 0.66648 0.084 0.000 0.916
#> GSM311806 1 0.0747 0.78859 0.984 0.000 0.016
#> GSM311807 3 0.2625 0.62786 0.000 0.084 0.916
#> GSM311808 3 0.6309 0.02542 0.496 0.000 0.504
#> GSM311809 1 0.6291 0.05319 0.532 0.000 0.468
#> GSM311810 1 0.8342 -0.12815 0.464 0.080 0.456
#> GSM311811 1 0.2878 0.74905 0.904 0.000 0.096
#> GSM311812 3 0.3267 0.66263 0.116 0.000 0.884
#> GSM311813 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.2537 0.75411 0.920 0.000 0.080
#> GSM311815 3 0.2448 0.66437 0.076 0.000 0.924
#> GSM311816 1 0.4291 0.64770 0.820 0.000 0.180
#> GSM311817 1 0.6299 0.01797 0.524 0.000 0.476
#> GSM311818 3 0.6982 0.49939 0.072 0.220 0.708
#> GSM311819 3 0.6309 0.02542 0.496 0.000 0.504
#> GSM311820 1 0.2448 0.75717 0.924 0.000 0.076
#> GSM311821 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.2537 0.75411 0.920 0.000 0.080
#> GSM311823 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311824 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.2537 0.75411 0.920 0.000 0.080
#> GSM311826 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.8069 0.48653 0.120 0.244 0.636
#> GSM311828 2 0.3267 0.86759 0.000 0.884 0.116
#> GSM311829 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.5882 0.37737 0.000 0.652 0.348
#> GSM311832 3 0.8310 0.22490 0.420 0.080 0.500
#> GSM311833 3 0.2537 0.62881 0.000 0.080 0.920
#> GSM311834 2 0.1031 0.86537 0.000 0.976 0.024
#> GSM311835 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311838 2 0.0000 0.87001 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311841 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.2448 0.66437 0.076 0.000 0.924
#> GSM311843 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.1031 0.86537 0.000 0.976 0.024
#> GSM311845 3 0.9034 0.47694 0.200 0.244 0.556
#> GSM311846 3 0.3879 0.59771 0.000 0.152 0.848
#> GSM311847 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.3816 0.84419 0.000 0.852 0.148
#> GSM311849 1 0.6917 0.26413 0.608 0.024 0.368
#> GSM311850 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.6305 -0.00148 0.516 0.000 0.484
#> GSM311853 3 0.5098 0.51974 0.248 0.000 0.752
#> GSM311854 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.6309 0.02542 0.496 0.000 0.504
#> GSM311856 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 2 0.2448 0.84378 0.000 0.924 0.076
#> GSM311859 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.3941 0.64461 0.156 0.000 0.844
#> GSM311861 1 0.6204 0.13948 0.576 0.000 0.424
#> GSM311862 1 0.5363 0.48447 0.724 0.000 0.276
#> GSM311863 2 0.0592 0.87149 0.000 0.988 0.012
#> GSM311864 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311870 2 0.4654 0.76227 0.000 0.792 0.208
#> GSM311871 1 0.2537 0.75411 0.920 0.000 0.080
#> GSM311872 1 0.6204 0.13948 0.576 0.000 0.424
#> GSM311873 2 0.2448 0.84378 0.000 0.924 0.076
#> GSM311874 1 0.6204 0.13948 0.576 0.000 0.424
#> GSM311875 3 0.8310 0.22490 0.420 0.080 0.500
#> GSM311876 3 0.8316 0.21564 0.424 0.080 0.496
#> GSM311877 1 0.4458 0.72183 0.864 0.080 0.056
#> GSM311879 3 0.8185 0.21249 0.428 0.072 0.500
#> GSM311880 3 0.9057 0.37255 0.324 0.156 0.520
#> GSM311881 2 0.0000 0.87001 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.5216 0.60996 0.000 0.740 0.260
#> GSM311883 3 0.6309 0.02542 0.496 0.000 0.504
#> GSM311884 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.4605 0.61877 0.796 0.000 0.204
#> GSM311886 2 0.0424 0.86935 0.000 0.992 0.008
#> GSM311887 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.4702 0.61001 0.212 0.788 0.000
#> GSM311889 3 0.5497 0.45410 0.292 0.000 0.708
#> GSM311890 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.5733 0.41758 0.676 0.000 0.324
#> GSM311892 3 0.8838 0.48702 0.200 0.220 0.580
#> GSM311893 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.6204 0.13948 0.576 0.000 0.424
#> GSM311895 3 0.7583 0.11528 0.468 0.040 0.492
#> GSM311896 3 0.2537 0.62881 0.000 0.080 0.920
#> GSM311897 3 0.8310 0.22490 0.420 0.080 0.500
#> GSM311898 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.2537 0.62881 0.000 0.080 0.920
#> GSM311900 3 0.9431 0.44255 0.220 0.280 0.500
#> GSM311901 1 0.6159 0.60734 0.756 0.048 0.196
#> GSM311902 1 0.2537 0.74983 0.920 0.080 0.000
#> GSM311903 3 0.6295 0.10343 0.472 0.000 0.528
#> GSM311904 1 0.7925 0.28428 0.604 0.080 0.316
#> GSM311905 1 0.6895 0.49253 0.708 0.064 0.228
#> GSM311906 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 3 0.2537 0.62881 0.000 0.080 0.920
#> GSM311908 1 0.9358 0.06579 0.496 0.192 0.312
#> GSM311909 3 0.8326 0.19734 0.432 0.080 0.488
#> GSM311910 2 0.2959 0.83068 0.000 0.900 0.100
#> GSM311911 3 0.4555 0.61504 0.200 0.000 0.800
#> GSM311912 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311913 1 0.5216 0.53668 0.740 0.000 0.260
#> GSM311914 3 0.4346 0.62768 0.184 0.000 0.816
#> GSM311915 2 0.2537 0.88765 0.000 0.920 0.080
#> GSM311916 1 0.5810 0.37888 0.664 0.000 0.336
#> GSM311917 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.4235 0.65294 0.824 0.000 0.176
#> GSM311919 1 0.4291 0.67448 0.820 0.000 0.180
#> GSM311920 3 0.0000 0.64497 0.000 0.000 1.000
#> GSM311921 3 0.9438 0.43125 0.252 0.244 0.504
#> GSM311922 1 0.5254 0.57147 0.736 0.000 0.264
#> GSM311923 1 0.0000 0.79862 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 3 0.8310 0.22490 0.420 0.080 0.500
#> GSM311878 1 0.1860 0.77290 0.948 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311762 1 0.5860 0.3599 0.580 0.380 0.040 0.000
#> GSM311763 4 0.5125 0.6795 0.008 0.388 0.000 0.604
#> GSM311764 3 0.6340 0.5458 0.056 0.388 0.552 0.004
#> GSM311765 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311766 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311767 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.6948 0.5807 0.208 0.204 0.588 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.5272 0.5750 0.008 0.380 0.608 0.004
#> GSM311771 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311772 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311773 4 0.0188 0.4014 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311774 3 0.4991 0.5718 0.000 0.388 0.608 0.004
#> GSM311775 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 4 0.7143 0.5462 0.000 0.380 0.136 0.484
#> GSM311777 3 0.6277 0.5836 0.068 0.360 0.572 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311781 4 0.4888 0.3073 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM311782 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.3764 0.5484 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM311786 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311788 4 0.7564 0.4837 0.192 0.388 0.000 0.420
#> GSM311789 3 0.5292 0.5192 0.008 0.480 0.512 0.000
#> GSM311790 4 0.4941 -0.4712 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM311791 4 0.4624 0.2616 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM311792 1 0.3610 0.6684 0.800 0.200 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311794 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311795 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311797 3 0.4877 0.2709 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM311798 1 0.7608 -0.3071 0.408 0.200 0.392 0.000
#> GSM311799 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311800 3 0.8248 0.4802 0.196 0.388 0.392 0.024
#> GSM311801 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311802 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.0592 0.6369 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311804 1 0.0188 0.8513 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311805 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311807 4 0.5099 0.6799 0.000 0.380 0.008 0.612
#> GSM311808 1 0.4817 0.4101 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311809 1 0.4790 0.4229 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM311810 4 0.5099 0.6813 0.008 0.380 0.000 0.612
#> GSM311811 1 0.5256 0.1513 0.596 0.012 0.392 0.000
#> GSM311812 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.3528 0.6774 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM311817 3 0.7701 0.4892 0.220 0.388 0.392 0.000
#> GSM311818 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311819 3 0.7701 0.4892 0.220 0.388 0.392 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.4855 0.6686 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM311824 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.4855 0.1616 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0188 0.3240 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311828 2 0.4679 0.6615 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM311829 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.4624 0.0723 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM311832 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311833 4 0.7602 0.4455 0.000 0.380 0.200 0.420
#> GSM311834 4 0.0188 0.3934 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311835 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311838 4 0.4790 -0.3706 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM311839 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311841 1 0.2011 0.7907 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311842 3 0.1792 0.6465 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.0188 0.3934 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311845 2 0.0188 0.3240 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311846 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311847 1 0.0469 0.8460 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311848 2 0.4661 0.6584 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM311849 2 0.4222 0.1523 0.272 0.728 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.4193 0.5992 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM311851 3 0.5152 0.5737 0.004 0.384 0.608 0.004
#> GSM311852 2 0.7856 -0.4295 0.336 0.388 0.276 0.000
#> GSM311853 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4817 0.4101 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.1389 0.3348 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM311859 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.5326 0.5768 0.016 0.380 0.604 0.000
#> GSM311861 3 0.7701 0.4892 0.220 0.388 0.392 0.000
#> GSM311862 1 0.3873 0.6370 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM311863 4 0.4008 -0.0688 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM311864 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0188 0.6406 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311870 2 0.4134 0.5899 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM311871 1 0.4134 0.6140 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM311872 1 0.4817 0.4101 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311873 4 0.0188 0.3934 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311874 1 0.4817 0.4101 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311875 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311876 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311877 4 0.5990 0.4351 0.336 0.056 0.000 0.608
#> GSM311879 4 0.5548 0.6696 0.024 0.388 0.000 0.588
#> GSM311880 2 0.3528 0.0682 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM311881 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311882 4 0.4866 0.2884 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM311883 1 0.4817 0.4101 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311884 1 0.0188 0.8513 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.3870 0.6560 0.788 0.208 0.004 0.000
#> GSM311886 4 0.4585 -0.2755 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM311887 1 0.0188 0.8507 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311888 4 0.0188 0.3934 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311889 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311890 3 0.5272 0.5750 0.008 0.380 0.608 0.004
#> GSM311891 3 0.5494 0.5756 0.208 0.076 0.716 0.000
#> GSM311892 2 0.0188 0.3240 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311893 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 3 0.7701 0.4892 0.220 0.388 0.392 0.000
#> GSM311895 4 0.7440 0.5086 0.172 0.388 0.000 0.440
#> GSM311896 4 0.5352 0.6719 0.000 0.388 0.016 0.596
#> GSM311897 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311898 1 0.4830 0.1766 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM311899 3 0.5217 0.5681 0.000 0.380 0.608 0.012
#> GSM311900 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311901 2 0.5526 0.0695 0.416 0.564 0.000 0.020
#> GSM311902 4 0.4830 0.3486 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM311903 2 0.7826 -0.5424 0.212 0.400 0.384 0.004
#> GSM311904 4 0.7603 0.6028 0.128 0.264 0.036 0.572
#> GSM311905 4 0.7042 0.5287 0.240 0.188 0.000 0.572
#> GSM311906 3 0.4964 0.5749 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM311907 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311908 4 0.4428 0.6321 0.004 0.276 0.000 0.720
#> GSM311909 4 0.5112 0.6812 0.008 0.384 0.000 0.608
#> GSM311910 4 0.0817 0.4219 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM311911 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311913 3 0.7746 0.3392 0.376 0.232 0.392 0.000
#> GSM311914 3 0.0000 0.6398 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.4817 0.6787 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311916 3 0.7811 0.5001 0.260 0.336 0.404 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.8535 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.3870 0.5570 0.208 0.004 0.788 0.000
#> GSM311919 1 0.2469 0.7687 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.5050 0.5598 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM311921 2 0.0469 0.3222 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311922 3 0.5998 0.5416 0.248 0.088 0.664 0.000
#> GSM311923 1 0.3400 0.7029 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM311831 4 0.4817 0.6824 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311878 1 0.1474 0.8176 0.948 0.052 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.9411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.6631 0.4786 0.612 0.000 0.180 0.068 0.140
#> GSM311763 4 0.2806 0.7644 0.004 0.000 0.000 0.844 0.152
#> GSM311764 3 0.5582 0.6601 0.036 0.000 0.688 0.080 0.196
#> GSM311765 5 0.3074 0.6839 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311766 5 0.3074 0.6839 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311767 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.6211 0.6189 0.140 0.000 0.660 0.068 0.132
#> GSM311769 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.4637 0.6858 0.000 0.000 0.728 0.076 0.196
#> GSM311771 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311772 4 0.0290 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311773 4 0.1671 0.7965 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM311774 3 0.4637 0.6858 0.000 0.000 0.728 0.076 0.196
#> GSM311775 3 0.0609 0.7465 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311776 4 0.5940 0.3630 0.000 0.000 0.292 0.568 0.140
#> GSM311777 3 0.6783 0.5527 0.144 0.000 0.592 0.068 0.196
#> GSM311778 1 0.0510 0.8419 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311779 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311781 4 0.4161 0.4191 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> GSM311782 1 0.1764 0.8250 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> GSM311783 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.4971 -0.1610 0.460 0.000 0.512 0.000 0.028
#> GSM311786 3 0.0510 0.7484 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311787 5 0.3074 0.6839 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311788 4 0.5466 0.5537 0.192 0.000 0.000 0.656 0.152
#> GSM311789 5 0.5018 0.2784 0.000 0.000 0.268 0.068 0.664
#> GSM311790 2 0.1792 0.9168 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311791 4 0.0609 0.8444 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311792 1 0.3752 0.7309 0.812 0.000 0.000 0.064 0.124
#> GSM311793 5 0.3074 0.6839 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311794 2 0.0000 0.9411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 1 0.1341 0.8259 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM311797 1 0.4716 0.5229 0.656 0.000 0.308 0.000 0.036
#> GSM311798 1 0.7382 0.3201 0.496 0.000 0.240 0.064 0.200
#> GSM311799 4 0.2516 0.7700 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM311800 5 0.8429 -0.0909 0.184 0.000 0.240 0.224 0.352
#> GSM311801 5 0.3074 0.6839 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311802 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.4449 -0.1437 0.000 0.000 0.512 0.004 0.484
#> GSM311804 1 0.0912 0.8389 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM311805 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 1 0.2036 0.8142 0.920 0.056 0.000 0.024 0.000
#> GSM311807 4 0.0451 0.8482 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM311808 1 0.4522 0.6818 0.736 0.000 0.000 0.068 0.196
#> GSM311809 1 0.4643 0.6825 0.736 0.000 0.004 0.068 0.192
#> GSM311810 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311811 1 0.5319 0.5534 0.664 0.000 0.240 0.004 0.092
#> GSM311812 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1341 0.8259 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM311815 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.3752 0.7309 0.812 0.000 0.000 0.064 0.124
#> GSM311817 1 0.7285 0.3382 0.516 0.000 0.240 0.068 0.176
#> GSM311818 4 0.3336 0.6482 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM311819 5 0.5497 0.3402 0.028 0.000 0.228 0.068 0.676
#> GSM311820 1 0.1197 0.8298 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM311821 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.1341 0.8259 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM311823 2 0.1792 0.9168 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.5066 0.5638 0.676 0.000 0.240 0.000 0.084
#> GSM311826 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.2179 0.7210 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311828 5 0.2732 0.7045 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311829 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.4170 0.6570 0.000 0.140 0.000 0.080 0.780
#> GSM311832 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311833 4 0.5779 0.1496 0.000 0.000 0.400 0.508 0.092
#> GSM311834 4 0.2561 0.7525 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0290 0.9352 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311838 2 0.1792 0.9168 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311839 1 0.0290 0.8440 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.2260 0.8124 0.908 0.000 0.064 0.000 0.028
#> GSM311842 3 0.2707 0.7321 0.000 0.000 0.876 0.024 0.100
#> GSM311843 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.1851 0.7912 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM311845 5 0.2179 0.7210 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311846 4 0.2516 0.7700 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM311847 1 0.0290 0.8443 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311848 5 0.2813 0.6987 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311849 5 0.3169 0.6935 0.060 0.084 0.000 0.000 0.856
#> GSM311850 1 0.3238 0.7663 0.836 0.000 0.136 0.000 0.028
#> GSM311851 3 0.4637 0.6858 0.000 0.000 0.728 0.076 0.196
#> GSM311852 5 0.6120 0.4084 0.116 0.000 0.148 0.068 0.668
#> GSM311853 3 0.0162 0.7486 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311854 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4522 0.6818 0.736 0.000 0.000 0.068 0.196
#> GSM311856 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.0404 0.8463 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.5651 0.6657 0.088 0.000 0.708 0.064 0.140
#> GSM311861 1 0.7012 0.3830 0.552 0.000 0.240 0.068 0.140
#> GSM311862 1 0.1469 0.8294 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> GSM311863 2 0.1410 0.9317 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0162 0.7508 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311868 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0880 0.9150 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311870 5 0.2377 0.7186 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM311871 1 0.3620 0.7706 0.824 0.000 0.108 0.000 0.068
#> GSM311872 1 0.3994 0.7137 0.792 0.000 0.000 0.068 0.140
#> GSM311873 4 0.1732 0.7974 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM311874 1 0.5538 0.1518 0.504 0.000 0.000 0.068 0.428
#> GSM311875 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1608 0.8023 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM311879 4 0.2653 0.7969 0.024 0.000 0.000 0.880 0.096
#> GSM311880 5 0.1792 0.7190 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM311881 2 0.0000 0.9411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 4 0.1668 0.8286 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> GSM311883 5 0.4948 0.4434 0.256 0.000 0.000 0.068 0.676
#> GSM311884 1 0.0162 0.8451 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311885 1 0.4615 0.7021 0.768 0.000 0.020 0.068 0.144
#> GSM311886 2 0.0880 0.9426 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311887 1 0.0290 0.8443 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.2179 0.8853 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311889 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.4637 0.6858 0.000 0.000 0.728 0.076 0.196
#> GSM311891 1 0.5898 0.2057 0.484 0.000 0.444 0.028 0.044
#> GSM311892 5 0.2325 0.6520 0.000 0.028 0.000 0.068 0.904
#> GSM311893 1 0.0794 0.8356 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM311894 1 0.7012 0.3830 0.552 0.000 0.240 0.068 0.140
#> GSM311895 4 0.5514 0.5461 0.172 0.000 0.000 0.652 0.176
#> GSM311896 4 0.4437 0.6988 0.000 0.000 0.100 0.760 0.140
#> GSM311897 4 0.0290 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311898 1 0.4169 0.6071 0.732 0.000 0.240 0.000 0.028
#> GSM311899 3 0.4807 0.6718 0.000 0.000 0.728 0.132 0.140
#> GSM311900 4 0.0290 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311901 5 0.5678 0.2189 0.392 0.084 0.000 0.000 0.524
#> GSM311902 4 0.1732 0.7937 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM311903 5 0.5547 0.3477 0.032 0.000 0.224 0.068 0.676
#> GSM311904 4 0.4703 0.7142 0.156 0.000 0.016 0.756 0.072
#> GSM311905 4 0.4327 0.4846 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> GSM311906 3 0.3932 0.7087 0.000 0.000 0.796 0.064 0.140
#> GSM311907 4 0.0290 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311908 4 0.1942 0.8006 0.012 0.068 0.000 0.920 0.000
#> GSM311909 4 0.0162 0.8484 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311910 4 0.0162 0.8484 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311911 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.6942 0.3942 0.560 0.000 0.240 0.068 0.132
#> GSM311914 3 0.0000 0.7504 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0880 0.9426 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311916 1 0.7271 0.2182 0.488 0.000 0.304 0.068 0.140
#> GSM311917 1 0.0000 0.8457 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.5114 -0.1541 0.456 0.000 0.512 0.004 0.028
#> GSM311919 1 0.1557 0.8286 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> GSM311920 3 0.4693 0.6828 0.000 0.000 0.724 0.080 0.196
#> GSM311921 5 0.2654 0.7111 0.000 0.084 0.032 0.000 0.884
#> GSM311922 1 0.6819 0.2396 0.472 0.000 0.360 0.028 0.140
#> GSM311923 1 0.2388 0.8049 0.900 0.000 0.072 0.000 0.028
#> GSM311831 4 0.0000 0.8488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311878 1 0.1568 0.8282 0.944 0.000 0.000 0.020 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.4937 0.5037 0.660 0.000 0.256 0.056 0.000 0.028
#> GSM311763 4 0.5351 0.2264 0.208 0.000 0.200 0.592 0.000 0.000
#> GSM311764 3 0.3508 0.5976 0.000 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> GSM311765 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.3717 0.3975 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.3508 0.5976 0.000 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> GSM311771 6 0.2883 0.7037 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311772 4 0.0260 0.6273 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.3508 0.5976 0.000 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> GSM311775 6 0.5698 0.1925 0.000 0.000 0.400 0.160 0.000 0.440
#> GSM311776 4 0.3819 0.1246 0.000 0.000 0.372 0.624 0.000 0.004
#> GSM311777 3 0.3817 -0.0582 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000 0.000
#> GSM311778 1 0.1267 0.7711 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.6106 0.3466 0.340 0.000 0.292 0.368 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.3133 0.6889 0.780 0.000 0.212 0.000 0.000 0.008
#> GSM311783 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 6 0.0146 0.7484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311786 6 0.3563 0.5920 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311787 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 4 0.6636 0.0491 0.300 0.000 0.264 0.404 0.032 0.000
#> GSM311789 5 0.3862 0.0125 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 4 0.1444 0.5951 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.2697 0.6769 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.0260 0.7508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311796 1 0.2854 0.6626 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> GSM311797 6 0.4150 0.3673 0.392 0.000 0.016 0.000 0.000 0.592
#> GSM311798 1 0.3881 0.4464 0.600 0.000 0.396 0.000 0.000 0.004
#> GSM311799 4 0.3330 0.3183 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.7255 0.4824 0.184 0.000 0.420 0.256 0.140 0.000
#> GSM311801 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 6 0.0146 0.7478 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311804 1 0.3954 0.5190 0.688 0.000 0.292 0.012 0.000 0.008
#> GSM311805 6 0.0260 0.7508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311806 1 0.5323 0.5400 0.664 0.164 0.140 0.032 0.000 0.000
#> GSM311807 4 0.1501 0.5924 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.3774 0.4289 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM311809 1 0.4196 0.5187 0.640 0.000 0.332 0.000 0.000 0.028
#> GSM311810 4 0.1444 0.5951 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.3190 0.6521 0.772 0.000 0.220 0.000 0.000 0.008
#> GSM311812 6 0.0260 0.7508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311813 1 0.1007 0.7723 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.2854 0.6626 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 6 0.2883 0.7037 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311816 1 0.2697 0.6769 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.3515 0.5583 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM311818 4 0.4619 0.1624 0.000 0.000 0.244 0.668 0.088 0.000
#> GSM311819 3 0.5915 0.2439 0.208 0.000 0.408 0.000 0.384 0.000
#> GSM311820 1 0.2730 0.6786 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.2854 0.6626 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.5486 0.3852 0.568 0.000 0.208 0.000 0.000 0.224
#> GSM311826 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311828 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.1285 0.8129 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944 0.000
#> GSM311832 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311833 4 0.3747 0.0569 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.3409 0.5050 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.1141 0.7677 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0865 0.9579 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 1 0.3615 0.5300 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.3727 0.2830 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM311842 6 0.3868 0.3165 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM311843 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.3076 0.5739 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 4 0.3288 0.3329 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.3869 0.0473 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM311848 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311850 6 0.3737 0.3797 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM311851 3 0.3371 0.5975 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM311852 5 0.6099 -0.2800 0.288 0.000 0.336 0.000 0.376 0.000
#> GSM311853 6 0.0260 0.7508 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311854 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.3774 0.4289 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.0713 0.6193 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.3860 0.2340 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM311861 1 0.3151 0.6429 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.1765 0.7625 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 6 0.2996 0.6958 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM311868 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.1802 0.8989 0.000 0.916 0.072 0.000 0.012 0.000
#> GSM311870 5 0.2527 0.6675 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM311871 1 0.5694 0.2825 0.508 0.000 0.188 0.000 0.000 0.304
#> GSM311872 1 0.2793 0.6649 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM311873 4 0.3023 0.6715 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM311874 1 0.5787 0.2121 0.504 0.000 0.252 0.000 0.244 0.000
#> GSM311875 4 0.3076 0.6709 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.3230 0.4311 0.012 0.000 0.212 0.776 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 4 0.0725 0.6222 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> GSM311883 3 0.5915 0.2439 0.208 0.000 0.408 0.000 0.384 0.000
#> GSM311884 1 0.0146 0.7909 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.5046 0.4124 0.620 0.000 0.276 0.100 0.000 0.004
#> GSM311886 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.2996 0.5924 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM311888 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.2969 0.6980 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311890 3 0.3508 0.5976 0.000 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> GSM311891 6 0.2629 0.6872 0.060 0.000 0.068 0.000 0.000 0.872
#> GSM311892 3 0.5725 0.2147 0.000 0.000 0.420 0.164 0.416 0.000
#> GSM311893 1 0.0260 0.7897 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311894 1 0.3151 0.6429 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> GSM311895 4 0.5907 -0.1672 0.216 0.000 0.340 0.444 0.000 0.000
#> GSM311896 4 0.3620 0.1845 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM311897 4 0.3221 0.6719 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0260 0.7897 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311899 3 0.3995 0.2025 0.000 0.000 0.516 0.480 0.000 0.004
#> GSM311900 4 0.2048 0.6634 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM311901 5 0.3175 0.4506 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM311902 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311903 3 0.5662 0.2210 0.156 0.000 0.460 0.000 0.384 0.000
#> GSM311904 4 0.5683 0.5000 0.168 0.000 0.348 0.484 0.000 0.000
#> GSM311905 4 0.6089 0.3794 0.308 0.000 0.300 0.392 0.000 0.000
#> GSM311906 3 0.5339 -0.0847 0.000 0.000 0.488 0.108 0.000 0.404
#> GSM311907 4 0.1444 0.6525 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.0260 0.6273 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.0363 0.7503 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311912 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.2793 0.6649 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 6 0.2969 0.6980 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311915 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.2823 0.6624 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.7916 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 6 0.0146 0.7484 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311919 1 0.3101 0.6538 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.3371 0.5975 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM311921 5 0.0000 0.8633 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.5971 0.1621 0.448 0.000 0.288 0.000 0.000 0.264
#> GSM311923 6 0.2996 0.5811 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM311831 4 0.3371 0.6692 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.1267 0.7747 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:pam 160 0.952 2
#> SD:pam 118 0.594 3
#> SD:pam 117 0.605 4
#> SD:pam 139 0.830 5
#> SD:pam 123 0.858 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.564 0.849 0.917 0.4959 0.497 0.497
#> 3 3 0.757 0.851 0.932 0.2344 0.841 0.694
#> 4 4 0.588 0.650 0.804 0.1440 0.822 0.571
#> 5 5 0.703 0.790 0.857 0.0978 0.876 0.595
#> 6 6 0.636 0.643 0.774 0.0421 0.941 0.759
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311762 2 0.4298 0.8424 0.088 0.912
#> GSM311763 1 0.8386 0.6912 0.732 0.268
#> GSM311764 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311765 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311766 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311767 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311768 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311769 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311771 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311772 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311773 1 0.0938 0.9254 0.988 0.012
#> GSM311774 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311775 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311776 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311777 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311778 2 0.9988 0.2729 0.480 0.520
#> GSM311779 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0376 0.9290 0.996 0.004
#> GSM311781 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.9996 0.1543 0.512 0.488
#> GSM311786 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311787 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311788 1 0.1843 0.9159 0.972 0.028
#> GSM311789 2 0.5629 0.8719 0.132 0.868
#> GSM311790 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311791 2 0.0376 0.8908 0.004 0.996
#> GSM311792 1 0.4431 0.8668 0.908 0.092
#> GSM311793 2 0.4562 0.8785 0.096 0.904
#> GSM311794 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311795 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311796 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.6712 0.8565 0.176 0.824
#> GSM311799 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311800 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311801 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311802 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311803 2 0.2778 0.8885 0.048 0.952
#> GSM311804 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311805 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311806 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311808 1 0.2778 0.9051 0.952 0.048
#> GSM311809 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.9815 0.1530 0.420 0.580
#> GSM311811 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311812 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311813 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311815 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311816 1 0.0672 0.9274 0.992 0.008
#> GSM311817 1 0.6438 0.8004 0.836 0.164
#> GSM311818 2 0.0938 0.8933 0.012 0.988
#> GSM311819 1 0.9286 0.3813 0.656 0.344
#> GSM311820 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311824 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.2236 0.9101 0.964 0.036
#> GSM311826 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.5059 0.8765 0.112 0.888
#> GSM311828 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311829 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.6531 0.8594 0.168 0.832
#> GSM311832 1 0.0938 0.9254 0.988 0.012
#> GSM311833 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311834 2 0.5519 0.8728 0.128 0.872
#> GSM311835 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311838 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311839 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311841 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311842 2 0.1184 0.8938 0.016 0.984
#> GSM311843 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0376 0.8908 0.004 0.996
#> GSM311845 2 0.6531 0.8594 0.168 0.832
#> GSM311846 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311847 1 0.0376 0.9291 0.996 0.004
#> GSM311848 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311849 1 0.9608 0.2694 0.616 0.384
#> GSM311850 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311852 1 0.1414 0.9206 0.980 0.020
#> GSM311853 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311854 1 0.0376 0.9291 0.996 0.004
#> GSM311855 2 0.1184 0.8938 0.016 0.984
#> GSM311856 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0376 0.8908 0.004 0.996
#> GSM311859 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.7299 0.7681 0.796 0.204
#> GSM311861 1 0.6438 0.8004 0.836 0.164
#> GSM311862 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311864 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311867 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311868 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311870 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311871 1 0.6048 0.7737 0.852 0.148
#> GSM311872 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311873 1 0.9988 0.0706 0.520 0.480
#> GSM311874 1 0.0672 0.9257 0.992 0.008
#> GSM311875 1 0.5629 0.8326 0.868 0.132
#> GSM311876 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.6801 0.7894 0.820 0.180
#> GSM311880 2 0.6531 0.8594 0.168 0.832
#> GSM311881 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311882 2 0.0376 0.8908 0.004 0.996
#> GSM311883 1 0.9732 0.1856 0.596 0.404
#> GSM311884 1 0.6343 0.8047 0.840 0.160
#> GSM311885 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311886 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311887 1 0.4939 0.8536 0.892 0.108
#> GSM311888 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311889 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311890 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311891 1 0.5946 0.8210 0.856 0.144
#> GSM311892 2 0.6531 0.8594 0.168 0.832
#> GSM311893 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.9427 0.5340 0.640 0.360
#> GSM311896 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311897 1 0.9393 0.5423 0.644 0.356
#> GSM311898 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311900 2 0.9970 -0.0383 0.468 0.532
#> GSM311901 2 0.7950 0.7809 0.240 0.760
#> GSM311902 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311903 2 0.6712 0.8565 0.176 0.824
#> GSM311904 1 0.0672 0.9274 0.992 0.008
#> GSM311905 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311906 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311907 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311908 1 0.0376 0.9291 0.996 0.004
#> GSM311909 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311910 2 0.9661 0.2354 0.392 0.608
#> GSM311911 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311912 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311913 1 0.4298 0.8706 0.912 0.088
#> GSM311914 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311915 2 0.6438 0.8602 0.164 0.836
#> GSM311916 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311917 1 0.5842 0.8249 0.860 0.140
#> GSM311918 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311919 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311920 2 0.0938 0.8940 0.012 0.988
#> GSM311921 2 0.6531 0.8594 0.168 0.832
#> GSM311922 2 0.6712 0.8565 0.176 0.824
#> GSM311923 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.2603 0.9047 0.956 0.044
#> GSM311878 1 0.0000 0.9306 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.7027 0.680 0.172 0.104 0.724
#> GSM311763 1 0.1964 0.906 0.944 0.000 0.056
#> GSM311764 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311765 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311769 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311770 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311771 3 0.4682 0.713 0.004 0.192 0.804
#> GSM311772 3 0.4609 0.781 0.128 0.028 0.844
#> GSM311773 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311774 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311775 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311776 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311777 3 0.5708 0.690 0.028 0.204 0.768
#> GSM311778 1 0.2584 0.891 0.928 0.064 0.008
#> GSM311779 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311780 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311781 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311782 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.3619 0.828 0.864 0.000 0.136
#> GSM311786 3 0.4700 0.726 0.008 0.180 0.812
#> GSM311787 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311789 2 0.6341 0.571 0.312 0.672 0.016
#> GSM311790 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 3 0.2446 0.849 0.052 0.012 0.936
#> GSM311792 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311796 1 0.0237 0.951 0.996 0.004 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.6811 0.382 0.404 0.580 0.016
#> GSM311799 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311800 3 0.0661 0.879 0.004 0.008 0.988
#> GSM311801 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.6850 0.643 0.072 0.208 0.720
#> GSM311804 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311805 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311806 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311807 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311808 1 0.0475 0.949 0.992 0.004 0.004
#> GSM311809 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.4897 0.742 0.172 0.016 0.812
#> GSM311811 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311812 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311813 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311814 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311816 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311817 1 0.4291 0.769 0.820 0.000 0.180
#> GSM311818 2 0.8239 0.147 0.080 0.532 0.388
#> GSM311819 1 0.4749 0.754 0.816 0.172 0.012
#> GSM311820 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311823 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311826 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.2486 0.853 0.060 0.932 0.008
#> GSM311828 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.2384 0.856 0.056 0.936 0.008
#> GSM311832 1 0.1129 0.938 0.976 0.004 0.020
#> GSM311833 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311834 2 0.6283 0.680 0.064 0.760 0.176
#> GSM311835 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311837 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311840 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.7902 0.582 0.132 0.208 0.660
#> GSM311843 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 3 0.7553 0.459 0.060 0.320 0.620
#> GSM311845 2 0.2774 0.845 0.072 0.920 0.008
#> GSM311846 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311847 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311848 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 1 0.6333 0.454 0.656 0.332 0.012
#> GSM311850 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311852 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 3 0.7970 0.592 0.156 0.184 0.660
#> GSM311854 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.7213 0.590 0.700 0.212 0.088
#> GSM311856 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311859 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6126 0.314 0.600 0.000 0.400
#> GSM311861 1 0.4504 0.746 0.804 0.000 0.196
#> GSM311862 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311863 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311865 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311866 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311868 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM311871 1 0.0592 0.947 0.988 0.000 0.012
#> GSM311872 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 1 0.8982 0.309 0.548 0.284 0.168
#> GSM311874 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311876 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311877 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311879 1 0.4521 0.766 0.816 0.004 0.180
#> GSM311880 2 0.4663 0.772 0.156 0.828 0.016
#> GSM311881 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.2229 0.855 0.044 0.012 0.944
#> GSM311883 1 0.4692 0.764 0.820 0.168 0.012
#> GSM311884 1 0.0237 0.951 0.996 0.000 0.004
#> GSM311885 3 0.7462 0.651 0.124 0.180 0.696
#> GSM311886 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM311887 1 0.0424 0.949 0.992 0.000 0.008
#> GSM311888 2 0.0475 0.890 0.004 0.992 0.004
#> GSM311889 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311890 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311891 1 0.0592 0.947 0.988 0.000 0.012
#> GSM311892 2 0.5247 0.703 0.224 0.768 0.008
#> GSM311893 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 1 0.6264 0.360 0.616 0.004 0.380
#> GSM311896 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311897 3 0.6416 0.405 0.376 0.008 0.616
#> GSM311898 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311900 3 0.6143 0.574 0.304 0.012 0.684
#> GSM311901 1 0.5588 0.607 0.720 0.276 0.004
#> GSM311902 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311903 2 0.5109 0.718 0.212 0.780 0.008
#> GSM311904 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311905 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311906 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311907 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311908 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311909 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311910 3 0.8105 0.464 0.336 0.084 0.580
#> GSM311911 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311912 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1989 0.911 0.948 0.048 0.004
#> GSM311914 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311915 2 0.0000 0.892 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0237 0.878 0.004 0.000 0.996
#> GSM311917 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.5443 0.628 0.260 0.004 0.736
#> GSM311919 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311920 3 0.0592 0.880 0.000 0.012 0.988
#> GSM311921 2 0.4411 0.787 0.140 0.844 0.016
#> GSM311922 2 0.6566 0.518 0.348 0.636 0.016
#> GSM311923 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0237 0.952 0.996 0.000 0.004
#> GSM311878 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.6446 0.45408 0.328 0.000 0.584 0.088
#> GSM311763 1 0.4761 0.48586 0.664 0.000 0.004 0.332
#> GSM311764 3 0.1059 0.86993 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM311765 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0817 0.76806 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311768 3 0.1792 0.84962 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM311769 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311772 4 0.5857 0.11779 0.056 0.000 0.308 0.636
#> GSM311773 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311774 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.0188 0.87581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311777 3 0.5076 0.69842 0.172 0.000 0.756 0.072
#> GSM311778 1 0.2704 0.66938 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM311779 4 0.4955 0.49440 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311780 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311781 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311782 1 0.0336 0.76248 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311783 1 0.2530 0.73705 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311784 1 0.2647 0.73106 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM311785 1 0.2973 0.74447 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM311786 3 0.2021 0.85067 0.040 0.000 0.936 0.024
#> GSM311787 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 1 0.4898 -0.14035 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM311789 1 0.8890 0.12323 0.472 0.104 0.156 0.268
#> GSM311790 2 0.0707 0.87524 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311791 3 0.5682 0.52205 0.036 0.000 0.612 0.352
#> GSM311792 1 0.1637 0.76568 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311793 2 0.1492 0.85755 0.036 0.956 0.004 0.004
#> GSM311794 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311796 1 0.2473 0.75557 0.908 0.000 0.012 0.080
#> GSM311797 1 0.0707 0.75622 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311798 1 0.7465 0.34456 0.600 0.236 0.040 0.124
#> GSM311799 3 0.0592 0.87221 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311800 3 0.3711 0.79498 0.024 0.000 0.836 0.140
#> GSM311801 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.1474 0.76605 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311803 3 0.6712 0.42576 0.344 0.000 0.552 0.104
#> GSM311804 4 0.4916 0.52969 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM311805 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311806 4 0.4998 0.39738 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM311807 3 0.2647 0.81052 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM311808 1 0.4353 0.64920 0.756 0.000 0.012 0.232
#> GSM311809 1 0.0921 0.76899 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311810 4 0.6005 0.11311 0.060 0.000 0.324 0.616
#> GSM311811 1 0.1452 0.74320 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM311812 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311813 4 0.4730 0.60692 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311814 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311816 4 0.4948 0.50301 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM311817 1 0.5571 0.11574 0.580 0.000 0.024 0.396
#> GSM311818 4 0.8562 0.03776 0.208 0.060 0.240 0.492
#> GSM311819 1 0.3160 0.66029 0.872 0.000 0.020 0.108
#> GSM311820 1 0.0336 0.76723 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311821 1 0.2530 0.73798 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311822 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.1302 0.86980 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311824 1 0.4948 -0.10350 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM311825 1 0.1022 0.76851 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311826 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.6758 0.62676 0.220 0.652 0.024 0.104
#> GSM311828 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.3873 0.57907 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM311830 2 0.5219 0.72910 0.160 0.768 0.016 0.056
#> GSM311832 4 0.5821 0.50637 0.432 0.000 0.032 0.536
#> GSM311833 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.8051 0.21494 0.036 0.460 0.136 0.368
#> GSM311835 1 0.3907 0.57045 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM311836 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311837 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311840 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.5762 0.47202 0.352 0.000 0.608 0.040
#> GSM311843 1 0.1118 0.76852 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311844 4 0.6397 0.00548 0.040 0.020 0.352 0.588
#> GSM311845 2 0.6302 0.46642 0.348 0.596 0.020 0.036
#> GSM311846 3 0.0921 0.86712 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311847 1 0.2149 0.74940 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311848 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.5564 0.44683 0.712 0.232 0.012 0.044
#> GSM311850 1 0.0707 0.75622 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311851 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.2216 0.75081 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311853 3 0.6310 0.44585 0.352 0.000 0.576 0.072
#> GSM311854 1 0.2921 0.70568 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM311855 1 0.6650 0.28003 0.624 0.000 0.200 0.176
#> GSM311856 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.3074 0.69995 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM311858 3 0.4642 0.69854 0.020 0.000 0.740 0.240
#> GSM311859 1 0.2216 0.74921 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311860 4 0.7636 0.44544 0.248 0.000 0.284 0.468
#> GSM311861 1 0.5927 0.43324 0.660 0.000 0.076 0.264
#> GSM311862 4 0.4776 0.59655 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311863 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.4877 0.55496 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM311865 1 0.3610 0.62722 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311866 1 0.0188 0.76647 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311867 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.1940 0.75838 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311869 2 0.1489 0.86813 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM311870 2 0.1767 0.86446 0.000 0.944 0.012 0.044
#> GSM311871 1 0.1174 0.75020 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311872 1 0.4522 0.28274 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM311873 4 0.5969 0.36548 0.076 0.020 0.188 0.716
#> GSM311874 1 0.4222 0.48475 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311875 4 0.7128 0.49190 0.320 0.000 0.152 0.528
#> GSM311876 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311877 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311879 4 0.7035 0.47748 0.244 0.000 0.184 0.572
#> GSM311880 2 0.6169 0.45286 0.356 0.596 0.024 0.024
#> GSM311881 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.5698 0.52615 0.036 0.000 0.608 0.356
#> GSM311883 1 0.6868 0.18136 0.544 0.000 0.120 0.336
#> GSM311884 1 0.3764 0.58940 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM311885 3 0.5793 0.51051 0.324 0.000 0.628 0.048
#> GSM311886 2 0.1767 0.86492 0.000 0.944 0.012 0.044
#> GSM311887 1 0.3074 0.68939 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM311888 2 0.2961 0.84324 0.040 0.904 0.012 0.044
#> GSM311889 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311890 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.1792 0.75951 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311892 2 0.8706 0.11615 0.284 0.376 0.036 0.304
#> GSM311893 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.1557 0.76489 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311895 4 0.6295 0.43616 0.144 0.000 0.196 0.660
#> GSM311896 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311897 4 0.6326 0.31479 0.104 0.000 0.264 0.632
#> GSM311898 1 0.0000 0.76556 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.5705 0.26870 0.064 0.000 0.260 0.676
#> GSM311901 1 0.5923 0.38430 0.652 0.296 0.012 0.040
#> GSM311902 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311903 1 0.6718 -0.07308 0.476 0.456 0.016 0.052
#> GSM311904 4 0.4817 0.58855 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM311905 4 0.4643 0.62503 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM311906 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 3 0.0469 0.87529 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311908 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311909 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311910 4 0.5434 0.25833 0.052 0.000 0.252 0.696
#> GSM311911 3 0.0188 0.87626 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311912 2 0.0000 0.87946 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1389 0.76823 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311914 3 0.0000 0.87640 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0707 0.87524 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311916 3 0.1792 0.84962 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM311917 1 0.3873 0.56494 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM311918 3 0.5361 0.64346 0.208 0.000 0.724 0.068
#> GSM311919 4 0.4994 0.41854 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM311920 3 0.0336 0.87483 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311921 2 0.5323 0.47555 0.352 0.628 0.020 0.000
#> GSM311922 1 0.6793 0.21911 0.552 0.372 0.028 0.048
#> GSM311923 1 0.0707 0.75622 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311831 4 0.4605 0.63042 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311878 1 0.1211 0.76820 0.960 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.4436 0.381 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> GSM311763 4 0.4229 0.497 0.276 0.000 0.000 0.704 0.020
#> GSM311764 5 0.3074 0.802 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM311765 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311768 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0703 0.851 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311770 3 0.1121 0.810 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311771 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311772 5 0.2629 0.799 0.004 0.000 0.000 0.136 0.860
#> GSM311773 4 0.2873 0.888 0.128 0.000 0.016 0.856 0.000
#> GSM311774 3 0.1410 0.800 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM311775 3 0.0510 0.821 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311776 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311777 3 0.2616 0.746 0.020 0.000 0.880 0.100 0.000
#> GSM311778 1 0.1197 0.847 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM311779 4 0.2516 0.888 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM311780 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311781 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311782 1 0.3774 0.615 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM311783 1 0.3336 0.691 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM311784 1 0.4192 0.277 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM311785 1 0.2074 0.816 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311786 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.1544 0.791 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311789 1 0.3503 0.789 0.828 0.016 0.000 0.140 0.016
#> GSM311790 2 0.0162 0.939 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311791 5 0.0000 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.2424 0.825 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM311793 2 0.1851 0.879 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311794 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311796 4 0.3967 0.764 0.264 0.000 0.000 0.724 0.012
#> GSM311797 1 0.0880 0.846 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311798 1 0.2424 0.795 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM311799 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311800 3 0.5199 0.529 0.008 0.000 0.704 0.112 0.176
#> GSM311801 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0510 0.851 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311803 3 0.3885 0.613 0.268 0.000 0.724 0.008 0.000
#> GSM311804 4 0.2648 0.881 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM311805 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.2920 0.885 0.132 0.000 0.000 0.852 0.016
#> GSM311807 5 0.2377 0.827 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM311808 4 0.3636 0.541 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM311809 1 0.0510 0.851 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311810 5 0.3759 0.790 0.004 0.000 0.024 0.180 0.792
#> GSM311811 1 0.2377 0.798 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM311812 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311814 1 0.3636 0.620 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM311815 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311816 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311817 4 0.4219 0.189 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> GSM311818 5 0.6019 0.480 0.004 0.284 0.000 0.136 0.576
#> GSM311819 1 0.2377 0.798 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM311820 1 0.1197 0.845 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM311821 1 0.2020 0.820 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM311822 1 0.0963 0.849 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311823 2 0.0671 0.932 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM311824 4 0.3534 0.775 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM311825 1 0.1410 0.838 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM311826 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311827 2 0.2286 0.863 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM311828 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.3305 0.689 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM311830 2 0.1012 0.922 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> GSM311832 4 0.2920 0.885 0.132 0.000 0.000 0.852 0.016
#> GSM311833 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311834 5 0.4649 0.690 0.000 0.212 0.000 0.068 0.720
#> GSM311835 1 0.3424 0.665 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM311836 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0703 0.851 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311842 3 0.4101 0.449 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM311843 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311844 5 0.0000 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.3340 0.730 0.156 0.824 0.000 0.004 0.016
#> GSM311846 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311847 1 0.0880 0.850 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.3284 0.756 0.828 0.148 0.000 0.024 0.000
#> GSM311850 1 0.0794 0.847 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311851 3 0.1270 0.806 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311852 1 0.2966 0.796 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM311853 3 0.4436 0.381 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000
#> GSM311854 1 0.2179 0.811 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM311855 1 0.2583 0.795 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> GSM311856 1 0.0290 0.851 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311857 1 0.2561 0.786 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM311858 5 0.0000 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.4088 0.398 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM311860 4 0.2519 0.772 0.100 0.000 0.016 0.884 0.000
#> GSM311861 1 0.3876 0.634 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM311862 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.2929 0.858 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM311865 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311866 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311867 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311869 2 0.0865 0.928 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM311870 2 0.0671 0.933 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM311871 1 0.1341 0.840 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM311872 4 0.3816 0.698 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM311873 5 0.4946 0.543 0.000 0.052 0.000 0.300 0.648
#> GSM311874 4 0.2377 0.760 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM311875 4 0.2067 0.799 0.032 0.000 0.012 0.928 0.028
#> GSM311876 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311877 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311879 4 0.2153 0.779 0.040 0.000 0.000 0.916 0.044
#> GSM311880 1 0.4047 0.571 0.676 0.320 0.000 0.004 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 5 0.0000 0.821 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 4 0.2873 0.735 0.120 0.000 0.000 0.860 0.020
#> GSM311884 1 0.2966 0.796 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM311885 3 0.4620 0.429 0.372 0.000 0.612 0.004 0.012
#> GSM311886 2 0.0324 0.938 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM311887 1 0.0880 0.851 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311888 2 0.1282 0.912 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM311889 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.1270 0.806 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311891 1 0.2074 0.816 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311892 2 0.4910 0.523 0.012 0.628 0.000 0.340 0.020
#> GSM311893 1 0.1121 0.846 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311894 1 0.0880 0.852 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311895 4 0.2660 0.692 0.008 0.000 0.000 0.864 0.128
#> GSM311896 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311897 5 0.3562 0.770 0.016 0.000 0.000 0.196 0.788
#> GSM311898 1 0.0290 0.851 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311899 5 0.3003 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM311900 5 0.3086 0.785 0.004 0.000 0.000 0.180 0.816
#> GSM311901 1 0.4323 0.712 0.752 0.200 0.000 0.044 0.004
#> GSM311902 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311903 2 0.6024 0.269 0.336 0.532 0.000 0.132 0.000
#> GSM311904 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311905 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311906 3 0.0510 0.821 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311907 5 0.2891 0.819 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM311908 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311909 4 0.2920 0.889 0.132 0.000 0.016 0.852 0.000
#> GSM311910 5 0.1908 0.796 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM311911 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.2020 0.818 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM311914 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0324 0.938 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM311916 3 0.0510 0.835 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.4030 0.553 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM311918 3 0.5180 0.503 0.312 0.000 0.624 0.064 0.000
#> GSM311919 4 0.2424 0.890 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM311920 5 0.3508 0.736 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM311921 1 0.4182 0.424 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM311922 1 0.2424 0.795 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM311923 1 0.0794 0.847 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311831 4 0.2825 0.887 0.124 0.000 0.016 0.860 0.000
#> GSM311878 1 0.3561 0.639 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0547 0.8921 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311762 6 0.6004 0.7086 0.160 0.000 0.004 0.060 NA 0.616
#> GSM311763 4 0.4539 0.5813 0.120 0.008 0.008 0.740 NA 0.000
#> GSM311764 3 0.3712 0.7760 0.000 0.000 0.768 0.000 NA 0.180
#> GSM311765 2 0.2597 0.8186 0.000 0.824 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8926 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311767 1 0.1714 0.7244 0.908 0.000 0.000 0.092 NA 0.000
#> GSM311768 6 0.3707 0.8233 0.100 0.000 0.004 0.000 NA 0.796
#> GSM311769 1 0.0622 0.7307 0.980 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> GSM311770 6 0.1701 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.920
#> GSM311771 6 0.3985 0.8145 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.760
#> GSM311772 3 0.2002 0.8273 0.004 0.000 0.908 0.012 NA 0.000
#> GSM311773 4 0.4676 0.4991 0.004 0.000 0.040 0.572 NA 0.000
#> GSM311774 6 0.1701 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.920
#> GSM311775 6 0.1701 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.920
#> GSM311776 3 0.2651 0.8267 0.000 0.000 0.860 0.000 NA 0.112
#> GSM311777 6 0.4718 0.7824 0.124 0.000 0.000 0.000 NA 0.676
#> GSM311778 1 0.2024 0.7324 0.920 0.000 0.000 0.036 NA 0.028
#> GSM311779 4 0.1753 0.6358 0.084 0.000 0.000 0.912 NA 0.000
#> GSM311780 4 0.3797 0.5162 0.000 0.000 0.000 0.580 NA 0.000
#> GSM311781 4 0.2145 0.6457 0.072 0.000 0.000 0.900 NA 0.000
#> GSM311782 4 0.4385 0.2844 0.328 0.000 0.004 0.636 NA 0.000
#> GSM311783 4 0.3769 0.2834 0.356 0.000 0.000 0.640 NA 0.000
#> GSM311784 4 0.3446 0.3925 0.308 0.000 0.000 0.692 NA 0.000
#> GSM311785 1 0.3751 0.6729 0.816 0.000 0.004 0.028 NA 0.052
#> GSM311786 6 0.4165 0.8086 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.740
#> GSM311787 2 0.1814 0.8633 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311788 4 0.1700 0.6496 0.004 0.000 0.000 0.916 NA 0.000
#> GSM311789 1 0.6574 0.3953 0.472 0.036 0.004 0.088 NA 0.028
#> GSM311790 2 0.0436 0.8922 0.004 0.988 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311791 3 0.0146 0.8364 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM311792 4 0.6087 0.1442 0.336 0.000 0.004 0.504 NA 0.024
#> GSM311793 2 0.0291 0.8933 0.000 0.992 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311794 2 0.0632 0.8916 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311795 6 0.2432 0.8295 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.876
#> GSM311796 4 0.2794 0.6038 0.144 0.000 0.000 0.840 NA 0.004
#> GSM311797 1 0.1075 0.7216 0.952 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311798 1 0.4495 0.5206 0.648 0.008 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311799 3 0.2404 0.8288 0.000 0.000 0.872 0.000 NA 0.112
#> GSM311800 6 0.7986 0.5054 0.104 0.000 0.132 0.116 NA 0.452
#> GSM311801 2 0.1327 0.8795 0.000 0.936 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311802 1 0.2219 0.7015 0.864 0.000 0.000 0.136 NA 0.000
#> GSM311803 6 0.5485 0.7028 0.176 0.000 0.004 0.000 NA 0.584
#> GSM311804 4 0.0717 0.6519 0.016 0.000 0.000 0.976 NA 0.000
#> GSM311805 6 0.1814 0.8274 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.900
#> GSM311806 4 0.5753 0.4790 0.028 0.000 0.124 0.576 NA 0.000
#> GSM311807 3 0.1575 0.8373 0.000 0.000 0.936 0.000 NA 0.032
#> GSM311808 4 0.4606 0.5467 0.168 0.000 0.008 0.712 NA 0.000
#> GSM311809 1 0.2300 0.6925 0.856 0.000 0.000 0.144 NA 0.000
#> GSM311810 3 0.3330 0.8238 0.004 0.000 0.848 0.040 NA 0.032
#> GSM311811 1 0.3271 0.6725 0.820 0.000 0.004 0.004 NA 0.028
#> GSM311812 6 0.2728 0.8298 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.860
#> GSM311813 4 0.1501 0.6379 0.076 0.000 0.000 0.924 NA 0.000
#> GSM311814 4 0.3531 0.3247 0.328 0.000 0.000 0.672 NA 0.000
#> GSM311815 6 0.2492 0.8235 0.100 0.000 0.004 0.000 NA 0.876
#> GSM311816 4 0.1863 0.6261 0.104 0.000 0.000 0.896 NA 0.000
#> GSM311817 4 0.6133 0.2942 0.252 0.000 0.004 0.548 NA 0.028
#> GSM311818 3 0.5302 0.6026 0.008 0.204 0.648 0.008 NA 0.000
#> GSM311819 1 0.6548 0.4269 0.484 0.000 0.008 0.220 NA 0.028
#> GSM311820 1 0.3592 0.4871 0.656 0.000 0.000 0.344 NA 0.000
#> GSM311821 1 0.3881 0.3945 0.600 0.000 0.000 0.396 NA 0.000
#> GSM311822 1 0.1448 0.7325 0.948 0.000 0.000 0.012 NA 0.024
#> GSM311823 2 0.0665 0.8904 0.008 0.980 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311824 4 0.2416 0.5861 0.156 0.000 0.000 0.844 NA 0.000
#> GSM311825 1 0.1007 0.7334 0.956 0.000 0.000 0.044 NA 0.000
#> GSM311826 1 0.1007 0.7330 0.956 0.000 0.000 0.044 NA 0.000
#> GSM311827 2 0.6146 0.3957 0.124 0.480 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311828 2 0.1957 0.8576 0.000 0.888 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311829 1 0.3789 0.3569 0.584 0.000 0.000 0.416 NA 0.000
#> GSM311830 2 0.2376 0.8068 0.000 0.884 0.096 0.012 NA 0.000
#> GSM311832 4 0.5381 0.4351 0.000 0.000 0.152 0.568 NA 0.000
#> GSM311833 3 0.4122 0.7550 0.000 0.000 0.724 0.000 NA 0.212
#> GSM311834 3 0.4583 0.5712 0.000 0.288 0.660 0.032 NA 0.000
#> GSM311835 1 0.3765 0.3783 0.596 0.000 0.000 0.404 NA 0.000
#> GSM311836 4 0.1858 0.6419 0.076 0.000 0.000 0.912 NA 0.000
#> GSM311837 2 0.0632 0.8916 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311838 2 0.0146 0.8926 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311839 4 0.4921 0.5361 0.064 0.000 0.000 0.516 NA 0.000
#> GSM311840 2 0.0547 0.8921 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311841 1 0.0622 0.7310 0.980 0.000 0.000 0.012 NA 0.000
#> GSM311842 6 0.4942 0.7628 0.156 0.000 0.000 0.000 NA 0.652
#> GSM311843 1 0.1501 0.7288 0.924 0.000 0.000 0.076 NA 0.000
#> GSM311844 3 0.0146 0.8364 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM311845 2 0.4540 0.6862 0.088 0.752 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311846 3 0.2747 0.8296 0.000 0.000 0.860 0.000 NA 0.096
#> GSM311847 1 0.1075 0.7325 0.952 0.000 0.000 0.048 NA 0.000
#> GSM311848 2 0.3269 0.7977 0.000 0.792 0.000 0.000 NA 0.024
#> GSM311849 1 0.4168 0.6424 0.768 0.040 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311850 1 0.1007 0.7230 0.956 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311851 6 0.1701 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.920
#> GSM311852 4 0.4822 0.2862 0.332 0.000 0.000 0.596 NA 0.000
#> GSM311853 6 0.4974 0.7592 0.160 0.000 0.000 0.000 NA 0.648
#> GSM311854 1 0.3982 0.2373 0.536 0.000 0.000 0.460 NA 0.000
#> GSM311855 1 0.6714 0.4162 0.484 0.000 0.008 0.140 NA 0.064
#> GSM311856 1 0.0405 0.7320 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> GSM311857 1 0.3857 0.2371 0.532 0.000 0.000 0.468 NA 0.000
#> GSM311858 3 0.0146 0.8364 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM311859 4 0.3647 0.2778 0.360 0.000 0.000 0.640 NA 0.000
#> GSM311860 4 0.6359 0.3840 0.188 0.000 0.004 0.580 NA 0.084
#> GSM311861 4 0.6696 0.1670 0.280 0.000 0.004 0.476 NA 0.052
#> GSM311862 4 0.0972 0.6529 0.008 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> GSM311863 2 0.0146 0.8926 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311864 4 0.2048 0.6213 0.120 0.000 0.000 0.880 NA 0.000
#> GSM311865 1 0.3636 0.5028 0.676 0.000 0.000 0.320 NA 0.000
#> GSM311866 1 0.1501 0.7294 0.924 0.000 0.000 0.076 NA 0.000
#> GSM311867 6 0.3411 0.8052 0.100 0.000 0.008 0.000 NA 0.824
#> GSM311868 1 0.2178 0.7060 0.868 0.000 0.000 0.132 NA 0.000
#> GSM311869 2 0.0862 0.8878 0.008 0.972 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311870 2 0.0653 0.8908 0.004 0.980 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311871 1 0.2255 0.7068 0.892 0.000 0.000 0.000 NA 0.028
#> GSM311872 4 0.2048 0.6161 0.120 0.000 0.000 0.880 NA 0.000
#> GSM311873 3 0.6381 0.5527 0.004 0.104 0.572 0.104 NA 0.000
#> GSM311874 4 0.3657 0.6149 0.088 0.004 0.004 0.808 NA 0.000
#> GSM311875 4 0.6223 0.0938 0.004 0.000 0.284 0.356 NA 0.000
#> GSM311876 4 0.3804 0.5140 0.000 0.000 0.000 0.576 NA 0.000
#> GSM311877 4 0.4032 0.5201 0.008 0.000 0.000 0.572 NA 0.000
#> GSM311879 4 0.5934 0.3315 0.004 0.000 0.192 0.460 NA 0.000
#> GSM311880 1 0.6293 0.3567 0.504 0.168 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311881 2 0.0000 0.8926 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311882 3 0.0146 0.8364 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.004
#> GSM311883 4 0.7229 0.4853 0.088 0.028 0.104 0.556 NA 0.028
#> GSM311884 1 0.5552 0.2782 0.504 0.000 0.000 0.400 NA 0.028
#> GSM311885 6 0.5467 0.7635 0.132 0.000 0.000 0.036 NA 0.648
#> GSM311886 2 0.0551 0.8917 0.004 0.984 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311887 1 0.2454 0.6843 0.840 0.000 0.000 0.160 NA 0.000
#> GSM311888 2 0.1015 0.8864 0.012 0.968 0.004 0.004 NA 0.000
#> GSM311889 6 0.1814 0.8274 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.900
#> GSM311890 6 0.1701 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.000 NA 0.920
#> GSM311891 1 0.3541 0.6863 0.812 0.000 0.004 0.044 NA 0.008
#> GSM311892 2 0.6870 0.3591 0.016 0.536 0.136 0.212 NA 0.000
#> GSM311893 1 0.0858 0.7328 0.968 0.000 0.000 0.028 NA 0.000
#> GSM311894 1 0.4334 0.3426 0.568 0.000 0.000 0.408 NA 0.000
#> GSM311895 4 0.5480 0.4090 0.004 0.000 0.252 0.580 NA 0.000
#> GSM311896 3 0.3542 0.7997 0.000 0.000 0.788 0.000 NA 0.160
#> GSM311897 3 0.3593 0.7868 0.004 0.000 0.800 0.064 NA 0.000
#> GSM311898 1 0.0622 0.7310 0.980 0.000 0.000 0.012 NA 0.000
#> GSM311899 3 0.4381 0.7247 0.000 0.000 0.692 0.000 NA 0.236
#> GSM311900 3 0.2814 0.8162 0.004 0.000 0.864 0.052 NA 0.000
#> GSM311901 1 0.7132 0.1650 0.400 0.184 0.004 0.352 NA 0.028
#> GSM311902 4 0.3797 0.5162 0.000 0.000 0.000 0.580 NA 0.000
#> GSM311903 2 0.7403 0.2444 0.196 0.400 0.004 0.052 NA 0.028
#> GSM311904 4 0.0972 0.6531 0.008 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> GSM311905 4 0.0935 0.6524 0.004 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> GSM311906 6 0.2939 0.7800 0.060 0.000 0.008 0.000 NA 0.860
#> GSM311907 3 0.3672 0.7956 0.000 0.000 0.776 0.000 NA 0.168
#> GSM311908 4 0.3930 0.5154 0.004 0.000 0.000 0.576 NA 0.000
#> GSM311909 4 0.3810 0.5104 0.000 0.000 0.000 0.572 NA 0.000
#> GSM311910 3 0.2442 0.8086 0.000 0.000 0.884 0.048 NA 0.000
#> GSM311911 6 0.2263 0.8251 0.100 0.000 0.000 0.000 NA 0.884
#> GSM311912 2 0.1204 0.8823 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311913 1 0.4966 0.6480 0.712 0.000 0.004 0.120 NA 0.028
#> GSM311914 6 0.3297 0.8087 0.100 0.000 0.008 0.000 NA 0.832
#> GSM311915 2 0.0436 0.8922 0.004 0.988 0.004 0.000 NA 0.000
#> GSM311916 6 0.3799 0.8222 0.104 0.000 0.004 0.000 NA 0.788
#> GSM311917 4 0.4175 -0.0398 0.464 0.000 0.000 0.524 NA 0.000
#> GSM311918 6 0.5248 0.6864 0.236 0.000 0.004 0.000 NA 0.616
#> GSM311919 4 0.0865 0.6522 0.000 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> GSM311920 3 0.4227 0.6989 0.000 0.000 0.692 0.000 NA 0.256
#> GSM311921 1 0.6406 0.2867 0.468 0.228 0.000 0.000 NA 0.028
#> GSM311922 1 0.4828 0.5049 0.632 0.024 0.004 0.000 NA 0.028
#> GSM311923 1 0.1007 0.7230 0.956 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM311831 4 0.3810 0.5104 0.000 0.000 0.000 0.572 NA 0.000
#> GSM311878 4 0.3636 0.3580 0.320 0.000 0.000 0.676 NA 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:mclust 154 0.477 2
#> SD:mclust 154 0.392 3
#> SD:mclust 124 0.448 4
#> SD:mclust 152 0.764 5
#> SD:mclust 127 0.418 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.887 0.918 0.966 0.4993 0.498 0.498
#> 3 3 0.456 0.563 0.732 0.3233 0.747 0.538
#> 4 4 0.622 0.679 0.844 0.1183 0.712 0.355
#> 5 5 0.742 0.745 0.865 0.0819 0.837 0.474
#> 6 6 0.755 0.740 0.852 0.0361 0.930 0.679
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.7674 0.6994 0.776 0.224
#> GSM311763 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.9635 0.3987 0.388 0.612
#> GSM311766 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.9998 -0.0287 0.508 0.492
#> GSM311771 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.1184 0.9361 0.016 0.984
#> GSM311775 1 0.3733 0.9077 0.928 0.072
#> GSM311776 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.2236 0.9451 0.964 0.036
#> GSM311780 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311781 1 0.0376 0.9760 0.996 0.004
#> GSM311782 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.9954 0.1885 0.460 0.540
#> GSM311790 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.9393 0.4040 0.644 0.356
#> GSM311797 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.9732 0.3591 0.404 0.596
#> GSM311801 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.0376 0.9442 0.004 0.996
#> GSM311807 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.0938 0.9389 0.012 0.988
#> GSM311809 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.9358 0.4841 0.352 0.648
#> GSM311828 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311839 2 0.6247 0.8047 0.156 0.844
#> GSM311840 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311848 1 0.7299 0.7330 0.796 0.204
#> GSM311849 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.6887 0.7695 0.184 0.816
#> GSM311852 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0376 0.9760 0.996 0.004
#> GSM311861 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311862 2 0.9896 0.2774 0.440 0.560
#> GSM311863 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.4022 0.8986 0.920 0.080
#> GSM311868 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.2603 0.9149 0.044 0.956
#> GSM311875 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311877 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311879 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.9732 0.3623 0.404 0.596
#> GSM311886 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.6048 0.8136 0.148 0.852
#> GSM311891 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.5519 0.8389 0.128 0.872
#> GSM311902 2 0.4939 0.8562 0.108 0.892
#> GSM311903 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311904 2 0.8813 0.6031 0.300 0.700
#> GSM311905 2 0.9000 0.5739 0.316 0.684
#> GSM311906 1 0.5842 0.8247 0.860 0.140
#> GSM311907 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311909 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.2603 0.9142 0.044 0.956
#> GSM311920 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.0000 0.9469 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.0938 0.9687 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.4834 0.6758 0.004 0.792 0.204
#> GSM311762 3 0.3879 0.6534 0.152 0.000 0.848
#> GSM311763 2 0.2584 0.7182 0.008 0.928 0.064
#> GSM311764 3 0.5098 0.4488 0.000 0.248 0.752
#> GSM311765 3 0.8191 -0.0476 0.076 0.396 0.528
#> GSM311766 2 0.4887 0.6538 0.000 0.772 0.228
#> GSM311767 1 0.0661 0.7244 0.988 0.008 0.004
#> GSM311768 3 0.5465 0.5487 0.288 0.000 0.712
#> GSM311769 1 0.3816 0.6782 0.852 0.000 0.148
#> GSM311770 3 0.2066 0.6380 0.000 0.060 0.940
#> GSM311771 3 0.5621 0.5196 0.308 0.000 0.692
#> GSM311772 2 0.3412 0.7094 0.000 0.876 0.124
#> GSM311773 2 0.4409 0.6487 0.172 0.824 0.004
#> GSM311774 3 0.3038 0.6088 0.000 0.104 0.896
#> GSM311775 3 0.1399 0.6707 0.028 0.004 0.968
#> GSM311776 3 0.5882 0.2703 0.000 0.348 0.652
#> GSM311777 3 0.4702 0.6216 0.212 0.000 0.788
#> GSM311778 1 0.2625 0.7107 0.916 0.084 0.000
#> GSM311779 1 0.5968 0.4076 0.636 0.364 0.000
#> GSM311780 2 0.5623 0.5223 0.280 0.716 0.004
#> GSM311781 1 0.5754 0.5285 0.700 0.296 0.004
#> GSM311782 1 0.5254 0.5808 0.736 0.264 0.000
#> GSM311783 1 0.2959 0.7067 0.900 0.100 0.000
#> GSM311784 1 0.4842 0.6254 0.776 0.224 0.000
#> GSM311785 1 0.5363 0.5432 0.724 0.000 0.276
#> GSM311786 3 0.5254 0.5761 0.264 0.000 0.736
#> GSM311787 2 0.4750 0.6646 0.000 0.784 0.216
#> GSM311788 2 0.4834 0.6194 0.204 0.792 0.004
#> GSM311789 3 0.9072 0.2630 0.168 0.300 0.532
#> GSM311790 2 0.2261 0.7196 0.000 0.932 0.068
#> GSM311791 2 0.6286 0.2549 0.000 0.536 0.464
#> GSM311792 1 0.2165 0.7156 0.936 0.000 0.064
#> GSM311793 2 0.5465 0.5928 0.000 0.712 0.288
#> GSM311794 2 0.5115 0.6576 0.004 0.768 0.228
#> GSM311795 3 0.5948 0.4285 0.360 0.000 0.640
#> GSM311796 1 0.5560 0.5284 0.700 0.300 0.000
#> GSM311797 1 0.4974 0.5952 0.764 0.000 0.236
#> GSM311798 1 0.5905 0.4058 0.648 0.000 0.352
#> GSM311799 3 0.6045 0.1922 0.000 0.380 0.620
#> GSM311800 3 0.4660 0.6673 0.072 0.072 0.856
#> GSM311801 2 0.4887 0.6557 0.000 0.772 0.228
#> GSM311802 1 0.1753 0.7194 0.952 0.000 0.048
#> GSM311803 3 0.5968 0.4181 0.364 0.000 0.636
#> GSM311804 1 0.5706 0.4933 0.680 0.320 0.000
#> GSM311805 3 0.5465 0.5483 0.288 0.000 0.712
#> GSM311806 2 0.5480 0.5473 0.264 0.732 0.004
#> GSM311807 3 0.6126 0.1365 0.000 0.400 0.600
#> GSM311808 2 0.5958 0.4923 0.300 0.692 0.008
#> GSM311809 1 0.2356 0.7131 0.928 0.000 0.072
#> GSM311810 2 0.5138 0.5045 0.000 0.748 0.252
#> GSM311811 1 0.5363 0.5422 0.724 0.000 0.276
#> GSM311812 3 0.5785 0.4817 0.332 0.000 0.668
#> GSM311813 1 0.5254 0.5814 0.736 0.264 0.000
#> GSM311814 1 0.4974 0.6136 0.764 0.236 0.000
#> GSM311815 3 0.4702 0.6210 0.212 0.000 0.788
#> GSM311816 1 0.5098 0.6019 0.752 0.248 0.000
#> GSM311817 1 0.0983 0.7239 0.980 0.004 0.016
#> GSM311818 2 0.6215 0.3459 0.000 0.572 0.428
#> GSM311819 1 0.5760 0.4539 0.672 0.000 0.328
#> GSM311820 1 0.2537 0.7116 0.920 0.080 0.000
#> GSM311821 1 0.2878 0.7072 0.904 0.096 0.000
#> GSM311822 1 0.3752 0.6807 0.856 0.000 0.144
#> GSM311823 2 0.3879 0.7046 0.000 0.848 0.152
#> GSM311824 1 0.4654 0.6389 0.792 0.208 0.000
#> GSM311825 1 0.4654 0.6269 0.792 0.000 0.208
#> GSM311826 1 0.2625 0.7088 0.916 0.000 0.084
#> GSM311827 3 0.1860 0.6419 0.000 0.052 0.948
#> GSM311828 2 0.5465 0.6001 0.000 0.712 0.288
#> GSM311829 1 0.2796 0.7085 0.908 0.092 0.000
#> GSM311830 2 0.3340 0.7144 0.000 0.880 0.120
#> GSM311832 2 0.4575 0.6386 0.184 0.812 0.004
#> GSM311833 3 0.4931 0.4717 0.000 0.232 0.768
#> GSM311834 2 0.3482 0.7133 0.000 0.872 0.128
#> GSM311835 1 0.3038 0.7044 0.896 0.104 0.000
#> GSM311836 1 0.5138 0.5961 0.748 0.252 0.000
#> GSM311837 2 0.6299 0.2246 0.000 0.524 0.476
#> GSM311838 2 0.4452 0.6826 0.000 0.808 0.192
#> GSM311839 1 0.6521 0.0308 0.500 0.496 0.004
#> GSM311840 2 0.4679 0.7114 0.020 0.832 0.148
#> GSM311841 1 0.4235 0.6563 0.824 0.000 0.176
#> GSM311842 3 0.4974 0.6040 0.236 0.000 0.764
#> GSM311843 1 0.0000 0.7243 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.5058 0.6427 0.000 0.756 0.244
#> GSM311845 2 0.5016 0.6465 0.000 0.760 0.240
#> GSM311846 3 0.5882 0.2694 0.000 0.348 0.652
#> GSM311847 1 0.4002 0.6694 0.840 0.000 0.160
#> GSM311848 3 0.8992 0.2574 0.272 0.176 0.552
#> GSM311849 1 0.5958 0.5084 0.692 0.008 0.300
#> GSM311850 1 0.4504 0.6388 0.804 0.000 0.196
#> GSM311851 3 0.2711 0.6209 0.000 0.088 0.912
#> GSM311852 1 0.1711 0.7236 0.960 0.008 0.032
#> GSM311853 3 0.5905 0.4436 0.352 0.000 0.648
#> GSM311854 1 0.0892 0.7223 0.980 0.020 0.000
#> GSM311855 3 0.5810 0.4600 0.336 0.000 0.664
#> GSM311856 1 0.3482 0.6893 0.872 0.000 0.128
#> GSM311857 1 0.3116 0.7029 0.892 0.108 0.000
#> GSM311858 2 0.5882 0.5027 0.000 0.652 0.348
#> GSM311859 1 0.4931 0.6179 0.768 0.232 0.000
#> GSM311860 1 0.7931 0.0426 0.528 0.060 0.412
#> GSM311861 1 0.3879 0.6783 0.848 0.000 0.152
#> GSM311862 1 0.6460 0.2147 0.556 0.440 0.004
#> GSM311863 2 0.3752 0.7078 0.000 0.856 0.144
#> GSM311864 1 0.4796 0.6293 0.780 0.220 0.000
#> GSM311865 1 0.0237 0.7244 0.996 0.000 0.004
#> GSM311866 1 0.1289 0.7223 0.968 0.000 0.032
#> GSM311867 3 0.3116 0.6676 0.108 0.000 0.892
#> GSM311868 1 0.0747 0.7238 0.984 0.000 0.016
#> GSM311869 2 0.4015 0.7198 0.028 0.876 0.096
#> GSM311870 2 0.4033 0.7130 0.008 0.856 0.136
#> GSM311871 1 0.5431 0.5297 0.716 0.000 0.284
#> GSM311872 1 0.5016 0.6114 0.760 0.240 0.000
#> GSM311873 2 0.1031 0.7129 0.000 0.976 0.024
#> GSM311874 2 0.6345 0.2741 0.400 0.596 0.004
#> GSM311875 2 0.4033 0.6644 0.136 0.856 0.008
#> GSM311876 2 0.5443 0.5526 0.260 0.736 0.004
#> GSM311877 2 0.5929 0.4515 0.320 0.676 0.004
#> GSM311879 2 0.2116 0.6991 0.040 0.948 0.012
#> GSM311880 1 0.6398 0.3778 0.620 0.008 0.372
#> GSM311881 2 0.4235 0.6921 0.000 0.824 0.176
#> GSM311882 2 0.5327 0.6116 0.000 0.728 0.272
#> GSM311883 2 0.3686 0.7112 0.000 0.860 0.140
#> GSM311884 1 0.2261 0.7147 0.932 0.000 0.068
#> GSM311885 3 0.3295 0.6184 0.008 0.096 0.896
#> GSM311886 2 0.1964 0.7192 0.000 0.944 0.056
#> GSM311887 1 0.3816 0.6783 0.852 0.000 0.148
#> GSM311888 2 0.4172 0.6571 0.156 0.840 0.004
#> GSM311889 3 0.4842 0.6127 0.224 0.000 0.776
#> GSM311890 3 0.2625 0.6238 0.000 0.084 0.916
#> GSM311891 1 0.5098 0.5808 0.752 0.000 0.248
#> GSM311892 2 0.3619 0.7103 0.000 0.864 0.136
#> GSM311893 1 0.3267 0.6953 0.884 0.000 0.116
#> GSM311894 1 0.0661 0.7246 0.988 0.008 0.004
#> GSM311895 2 0.7053 0.4835 0.064 0.692 0.244
#> GSM311896 3 0.5835 0.2865 0.000 0.340 0.660
#> GSM311897 2 0.5467 0.6538 0.072 0.816 0.112
#> GSM311898 1 0.4452 0.6424 0.808 0.000 0.192
#> GSM311899 3 0.4750 0.4923 0.000 0.216 0.784
#> GSM311900 2 0.2590 0.7053 0.004 0.924 0.072
#> GSM311901 2 0.6505 0.0559 0.468 0.528 0.004
#> GSM311902 2 0.6489 0.0989 0.456 0.540 0.004
#> GSM311903 1 0.5178 0.5712 0.744 0.000 0.256
#> GSM311904 1 0.6468 0.2029 0.552 0.444 0.004
#> GSM311905 1 0.6518 0.0756 0.512 0.484 0.004
#> GSM311906 3 0.1832 0.6732 0.036 0.008 0.956
#> GSM311907 3 0.6577 0.2361 0.008 0.420 0.572
#> GSM311908 2 0.5480 0.5469 0.264 0.732 0.004
#> GSM311909 2 0.5365 0.5631 0.252 0.744 0.004
#> GSM311910 2 0.1753 0.7156 0.000 0.952 0.048
#> GSM311911 3 0.4887 0.6098 0.228 0.000 0.772
#> GSM311912 2 0.4605 0.6736 0.000 0.796 0.204
#> GSM311913 1 0.4605 0.6309 0.796 0.000 0.204
#> GSM311914 3 0.3879 0.6518 0.152 0.000 0.848
#> GSM311915 2 0.4269 0.7147 0.052 0.872 0.076
#> GSM311916 3 0.4931 0.6069 0.232 0.000 0.768
#> GSM311917 1 0.0661 0.7247 0.988 0.004 0.008
#> GSM311918 1 0.6244 0.1734 0.560 0.000 0.440
#> GSM311919 2 0.6386 0.2351 0.412 0.584 0.004
#> GSM311920 3 0.4399 0.5255 0.000 0.188 0.812
#> GSM311921 1 0.6359 0.3890 0.628 0.008 0.364
#> GSM311922 1 0.6008 0.3623 0.628 0.000 0.372
#> GSM311923 1 0.3879 0.6753 0.848 0.000 0.152
#> GSM311831 2 0.4883 0.6150 0.208 0.788 0.004
#> GSM311878 1 0.4974 0.6139 0.764 0.236 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0336 0.8887 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311762 1 0.6324 0.3687 0.584 0.076 0.340 0.000
#> GSM311763 2 0.3401 0.7667 0.008 0.840 0.000 0.152
#> GSM311764 3 0.0000 0.8508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0188 0.8890 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.3688 0.6397 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311768 1 0.4981 0.1699 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM311769 1 0.0592 0.7856 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311770 3 0.0469 0.8497 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311771 1 0.4277 0.5643 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM311772 4 0.5165 -0.1933 0.000 0.004 0.484 0.512
#> GSM311773 4 0.0707 0.7322 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM311774 3 0.0336 0.8504 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311775 3 0.0921 0.8449 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311776 3 0.1661 0.8378 0.000 0.004 0.944 0.052
#> GSM311777 3 0.4406 0.5173 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM311778 1 0.3688 0.6376 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311779 4 0.3688 0.7258 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311780 4 0.0188 0.7464 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311781 4 0.3569 0.7323 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311782 4 0.4040 0.6936 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311783 4 0.5000 0.1267 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM311784 4 0.4250 0.6623 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311785 1 0.1302 0.7765 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM311786 1 0.4661 0.4501 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM311787 2 0.0188 0.8890 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.7445 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.1474 0.8588 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM311790 2 0.4134 0.7235 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM311791 3 0.4158 0.7099 0.000 0.008 0.768 0.224
#> GSM311792 1 0.2589 0.7326 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM311793 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.4164 0.5852 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM311796 4 0.3528 0.7341 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311797 1 0.0000 0.7859 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.4171 0.7038 0.828 0.088 0.084 0.000
#> GSM311799 3 0.3052 0.7876 0.000 0.004 0.860 0.136
#> GSM311800 3 0.0000 0.8508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0188 0.8890 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.1022 0.7804 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311803 1 0.5222 0.6400 0.756 0.132 0.112 0.000
#> GSM311804 4 0.3764 0.7206 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM311805 1 0.4585 0.4834 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM311806 4 0.0188 0.7464 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311807 3 0.3494 0.7593 0.000 0.004 0.824 0.172
#> GSM311808 4 0.2111 0.7396 0.024 0.044 0.000 0.932
#> GSM311809 1 0.1118 0.7790 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311810 3 0.5151 0.2953 0.000 0.004 0.532 0.464
#> GSM311811 1 0.0469 0.7845 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311812 1 0.4304 0.5596 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM311813 4 0.3801 0.7175 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM311814 4 0.4356 0.6403 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM311815 3 0.4331 0.5424 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM311816 4 0.3726 0.7237 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311817 1 0.5508 0.1553 0.572 0.000 0.020 0.408
#> GSM311818 3 0.5109 0.6965 0.000 0.052 0.736 0.212
#> GSM311819 1 0.3725 0.6759 0.812 0.180 0.008 0.000
#> GSM311820 1 0.4877 0.1933 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM311821 1 0.4898 0.1584 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM311822 1 0.0592 0.7856 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311823 2 0.3837 0.7639 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311824 4 0.4222 0.6674 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM311825 1 0.0188 0.7861 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311826 1 0.1389 0.7743 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311827 2 0.0469 0.8858 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0188 0.8890 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.4998 -0.1347 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM311830 2 0.0921 0.8830 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311832 4 0.0469 0.7373 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311833 3 0.0336 0.8499 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311834 2 0.5343 0.6244 0.000 0.656 0.028 0.316
#> GSM311835 4 0.4804 0.4733 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311836 4 0.3726 0.7233 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311837 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.2345 0.8479 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM311839 4 0.2647 0.7530 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311840 2 0.0188 0.8894 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311841 1 0.0469 0.7860 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311842 1 0.4382 0.5394 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM311843 1 0.3764 0.6270 0.784 0.000 0.000 0.216
#> GSM311844 3 0.6793 0.5210 0.000 0.132 0.580 0.288
#> GSM311845 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.1109 0.8453 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM311847 1 0.0592 0.7857 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311848 2 0.0707 0.8813 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.5000 0.0469 0.504 0.496 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0336 0.7864 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311851 3 0.0336 0.8504 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311852 1 0.3471 0.7584 0.868 0.072 0.000 0.060
#> GSM311853 1 0.3942 0.6166 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM311854 1 0.4431 0.4683 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311855 1 0.4222 0.5742 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM311856 1 0.0592 0.7855 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311857 4 0.4998 0.1782 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM311858 3 0.4502 0.6922 0.000 0.016 0.748 0.236
#> GSM311859 4 0.4103 0.6852 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM311860 3 0.4907 0.6857 0.060 0.000 0.764 0.176
#> GSM311861 1 0.3392 0.7282 0.856 0.000 0.020 0.124
#> GSM311862 4 0.3486 0.7357 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM311863 2 0.3400 0.7971 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM311864 4 0.4040 0.6936 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311865 1 0.3801 0.6207 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM311866 1 0.3172 0.6937 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311867 3 0.1022 0.8432 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM311868 1 0.3356 0.6769 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM311869 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0336 0.7851 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311872 4 0.4193 0.6728 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM311873 4 0.4919 0.5403 0.000 0.152 0.076 0.772
#> GSM311874 4 0.6007 0.2985 0.044 0.408 0.000 0.548
#> GSM311875 4 0.1302 0.7150 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM311876 4 0.0000 0.7445 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311877 4 0.0188 0.7464 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311879 4 0.2999 0.6265 0.000 0.004 0.132 0.864
#> GSM311880 2 0.4008 0.6243 0.244 0.756 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.2760 0.8318 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM311882 3 0.5404 0.6520 0.000 0.052 0.700 0.248
#> GSM311883 4 0.5288 0.5229 0.000 0.200 0.068 0.732
#> GSM311884 1 0.2281 0.7463 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311885 3 0.2483 0.8219 0.052 0.032 0.916 0.000
#> GSM311886 2 0.3356 0.8007 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311887 1 0.0707 0.7848 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311888 4 0.4331 0.3981 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM311889 3 0.3907 0.6336 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM311890 3 0.0336 0.8504 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311891 1 0.0336 0.7859 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311892 2 0.5007 0.5836 0.000 0.636 0.008 0.356
#> GSM311893 1 0.0707 0.7844 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311894 1 0.3908 0.6281 0.784 0.004 0.000 0.212
#> GSM311895 4 0.4277 0.4193 0.000 0.000 0.280 0.720
#> GSM311896 3 0.1302 0.8421 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311897 4 0.4643 0.2627 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM311898 1 0.0336 0.7864 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311899 3 0.0000 0.8508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.4872 0.2206 0.000 0.004 0.356 0.640
#> GSM311901 2 0.0376 0.8886 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM311902 4 0.2408 0.7552 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM311903 1 0.1174 0.7805 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM311904 4 0.2973 0.7483 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM311905 4 0.3486 0.7357 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM311906 3 0.0707 0.8475 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311907 3 0.1389 0.8414 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311908 4 0.0000 0.7445 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.7445 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311910 4 0.5113 0.4127 0.000 0.036 0.252 0.712
#> GSM311911 3 0.4817 0.3026 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.8897 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0524 0.7868 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM311914 3 0.1022 0.8432 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM311915 2 0.4356 0.6819 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM311916 3 0.1792 0.8219 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM311917 1 0.4008 0.5770 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311918 1 0.3311 0.6850 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM311919 4 0.1474 0.7575 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM311920 3 0.0000 0.8508 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311921 2 0.4804 0.3163 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM311922 1 0.2281 0.7488 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311923 1 0.0336 0.7864 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311831 4 0.0336 0.7397 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311878 4 0.4855 0.4463 0.400 0.000 0.000 0.600
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.1662 0.8506 0.000 0.936 0.004 0.004 0.056
#> GSM311762 1 0.2900 0.7961 0.884 0.064 0.040 0.012 0.000
#> GSM311763 2 0.6485 0.4261 0.288 0.488 0.000 0.224 0.000
#> GSM311764 3 0.0693 0.9054 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> GSM311765 2 0.1205 0.8624 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> GSM311766 2 0.0290 0.8647 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311767 5 0.0963 0.8358 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM311768 3 0.1478 0.8693 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM311769 5 0.1502 0.8256 0.056 0.004 0.000 0.000 0.940
#> GSM311770 3 0.0162 0.9054 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311771 1 0.4348 0.5925 0.668 0.000 0.316 0.000 0.016
#> GSM311772 3 0.4329 0.5351 0.000 0.000 0.672 0.312 0.016
#> GSM311773 4 0.0162 0.8508 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311774 3 0.0162 0.9054 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0404 0.9044 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311776 3 0.1124 0.8967 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> GSM311777 3 0.1894 0.8649 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072
#> GSM311778 5 0.0579 0.8359 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> GSM311779 5 0.2848 0.7518 0.004 0.000 0.000 0.156 0.840
#> GSM311780 4 0.3210 0.6955 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM311781 4 0.3949 0.5504 0.004 0.000 0.000 0.696 0.300
#> GSM311782 5 0.4194 0.7335 0.132 0.000 0.000 0.088 0.780
#> GSM311783 5 0.0912 0.8398 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972
#> GSM311784 5 0.0671 0.8387 0.004 0.000 0.000 0.016 0.980
#> GSM311785 1 0.1168 0.8397 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> GSM311786 1 0.4268 0.5440 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> GSM311787 2 0.1205 0.8628 0.040 0.956 0.000 0.004 0.000
#> GSM311788 4 0.0566 0.8568 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM311789 2 0.3010 0.8029 0.016 0.860 0.000 0.008 0.116
#> GSM311790 2 0.3884 0.6245 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004
#> GSM311791 3 0.2471 0.8093 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM311792 1 0.2424 0.7980 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM311793 2 0.0771 0.8654 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> GSM311794 2 0.1443 0.8597 0.000 0.948 0.004 0.004 0.044
#> GSM311795 1 0.1877 0.8264 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012
#> GSM311796 5 0.0451 0.8362 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM311797 1 0.1197 0.8402 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM311798 1 0.1990 0.8388 0.928 0.004 0.028 0.000 0.040
#> GSM311799 3 0.0794 0.8977 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM311800 3 0.0162 0.9052 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311801 2 0.1205 0.8624 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> GSM311802 1 0.2471 0.7924 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM311803 1 0.3396 0.7394 0.832 0.136 0.028 0.000 0.004
#> GSM311804 4 0.3657 0.7535 0.064 0.000 0.000 0.820 0.116
#> GSM311805 1 0.3274 0.7189 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM311806 5 0.3274 0.6749 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM311807 3 0.0771 0.9002 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> GSM311808 5 0.4406 0.6889 0.000 0.108 0.000 0.128 0.764
#> GSM311809 5 0.3424 0.6335 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> GSM311810 4 0.3661 0.5806 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM311811 1 0.4637 0.2442 0.568 0.004 0.008 0.000 0.420
#> GSM311812 1 0.3455 0.7313 0.784 0.000 0.208 0.000 0.008
#> GSM311813 5 0.1282 0.8274 0.004 0.000 0.000 0.044 0.952
#> GSM311814 5 0.0162 0.8380 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311815 3 0.0963 0.8925 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311816 5 0.3551 0.6777 0.008 0.000 0.000 0.220 0.772
#> GSM311817 5 0.0981 0.8395 0.008 0.000 0.008 0.012 0.972
#> GSM311818 3 0.3855 0.7982 0.000 0.056 0.816 0.008 0.120
#> GSM311819 5 0.5933 0.3659 0.112 0.320 0.004 0.000 0.564
#> GSM311820 5 0.0162 0.8380 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311821 5 0.0290 0.8388 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM311822 5 0.1282 0.8303 0.044 0.004 0.000 0.000 0.952
#> GSM311823 2 0.3455 0.7322 0.000 0.784 0.000 0.208 0.008
#> GSM311824 5 0.2873 0.7823 0.020 0.000 0.000 0.120 0.860
#> GSM311825 1 0.1357 0.8407 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> GSM311826 5 0.3003 0.7144 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> GSM311827 2 0.1331 0.8619 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM311828 2 0.1205 0.8624 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> GSM311829 5 0.1117 0.8388 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964
#> GSM311830 2 0.1934 0.8583 0.040 0.932 0.000 0.008 0.020
#> GSM311832 4 0.2971 0.7607 0.000 0.000 0.008 0.836 0.156
#> GSM311833 3 0.0290 0.9045 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311834 4 0.3366 0.5960 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM311835 5 0.0693 0.8395 0.008 0.000 0.000 0.012 0.980
#> GSM311836 5 0.4562 -0.0227 0.008 0.000 0.000 0.492 0.500
#> GSM311837 2 0.1278 0.8625 0.000 0.960 0.016 0.004 0.020
#> GSM311838 2 0.2074 0.8257 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM311839 4 0.0794 0.8544 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311840 2 0.1386 0.8617 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM311841 1 0.1478 0.8368 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM311842 3 0.4243 0.7265 0.056 0.004 0.772 0.000 0.168
#> GSM311843 5 0.0703 0.8385 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311844 4 0.5592 0.5004 0.000 0.220 0.144 0.636 0.000
#> GSM311845 2 0.1205 0.8624 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> GSM311846 3 0.0404 0.9036 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311847 1 0.1270 0.8398 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM311848 2 0.1205 0.8624 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> GSM311849 1 0.4415 0.1371 0.552 0.444 0.000 0.000 0.004
#> GSM311850 1 0.1197 0.8404 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM311851 3 0.0162 0.9054 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311852 1 0.3921 0.7182 0.784 0.172 0.000 0.000 0.044
#> GSM311853 1 0.1461 0.8349 0.952 0.004 0.028 0.000 0.016
#> GSM311854 5 0.1281 0.8385 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> GSM311855 3 0.5084 0.1720 0.016 0.012 0.520 0.000 0.452
#> GSM311856 1 0.1341 0.8391 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM311857 5 0.1012 0.8385 0.012 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM311858 3 0.4262 0.2572 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM311859 5 0.0290 0.8383 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311860 3 0.2708 0.8400 0.000 0.000 0.884 0.044 0.072
#> GSM311861 5 0.6577 0.3493 0.204 0.000 0.272 0.008 0.516
#> GSM311862 5 0.4297 0.1465 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM311863 2 0.2891 0.7682 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM311864 5 0.3224 0.7471 0.016 0.000 0.000 0.160 0.824
#> GSM311865 1 0.3123 0.7506 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> GSM311866 5 0.0510 0.8386 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM311867 3 0.0510 0.9033 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311868 5 0.4306 -0.0501 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM311869 2 0.0671 0.8644 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM311870 2 0.0324 0.8650 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM311871 1 0.1205 0.8402 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM311872 4 0.5181 0.5245 0.080 0.000 0.000 0.652 0.268
#> GSM311873 4 0.0290 0.8531 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311874 4 0.5363 0.3187 0.052 0.372 0.000 0.572 0.004
#> GSM311875 4 0.0912 0.8567 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM311876 4 0.0404 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311877 4 0.0794 0.8552 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311879 4 0.0324 0.8509 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM311880 2 0.3333 0.7095 0.208 0.788 0.000 0.000 0.004
#> GSM311881 2 0.1043 0.8604 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311882 3 0.4894 0.4299 0.000 0.036 0.612 0.352 0.000
#> GSM311883 4 0.5714 0.6895 0.004 0.160 0.056 0.704 0.076
#> GSM311884 1 0.1410 0.8385 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM311885 1 0.5081 0.1762 0.500 0.020 0.472 0.008 0.000
#> GSM311886 2 0.3857 0.5910 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM311887 1 0.1121 0.8403 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM311888 2 0.5576 0.3235 0.000 0.560 0.004 0.068 0.368
#> GSM311889 3 0.0963 0.8925 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0290 0.9049 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311891 1 0.3081 0.7854 0.832 0.000 0.012 0.000 0.156
#> GSM311892 2 0.3575 0.7579 0.000 0.800 0.004 0.180 0.016
#> GSM311893 1 0.1270 0.8396 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM311894 1 0.4313 0.6224 0.716 0.008 0.000 0.016 0.260
#> GSM311895 4 0.2011 0.8148 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> GSM311896 3 0.0609 0.9013 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311897 4 0.1670 0.8438 0.000 0.000 0.052 0.936 0.012
#> GSM311898 5 0.3796 0.5575 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM311899 3 0.0162 0.9052 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311900 4 0.0703 0.8516 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311901 2 0.1442 0.8639 0.012 0.952 0.000 0.032 0.004
#> GSM311902 4 0.0865 0.8548 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM311903 5 0.1547 0.8168 0.004 0.032 0.016 0.000 0.948
#> GSM311904 4 0.4291 0.0977 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM311905 4 0.1331 0.8458 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM311906 3 0.0290 0.9049 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311907 3 0.1704 0.8746 0.004 0.000 0.928 0.068 0.000
#> GSM311908 4 0.0510 0.8570 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311909 4 0.0404 0.8564 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311910 4 0.0671 0.8511 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> GSM311911 1 0.3480 0.6874 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0771 0.8642 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM311913 5 0.3612 0.5826 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM311914 3 0.0510 0.9032 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.3771 0.7399 0.000 0.796 0.000 0.040 0.164
#> GSM311916 3 0.0404 0.9041 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.3246 0.7473 0.808 0.000 0.000 0.008 0.184
#> GSM311918 1 0.1300 0.8387 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM311919 5 0.2732 0.7483 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM311920 3 0.0000 0.9053 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311921 2 0.4451 0.0234 0.492 0.504 0.000 0.000 0.004
#> GSM311922 1 0.4546 0.5978 0.688 0.008 0.020 0.000 0.284
#> GSM311923 1 0.1282 0.8405 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM311831 4 0.0671 0.8571 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM311878 1 0.4597 0.7436 0.764 0.012 0.000 0.080 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.1492 0.80281 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311762 6 0.3426 0.79402 0.000 0.008 0.056 0.004 0.104 0.828
#> GSM311763 2 0.6988 0.17981 0.000 0.380 0.000 0.180 0.084 0.356
#> GSM311764 3 0.0405 0.91987 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM311765 5 0.2135 0.80620 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM311766 2 0.2146 0.77549 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000
#> GSM311767 1 0.1173 0.85695 0.960 0.016 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM311768 3 0.0713 0.91297 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311769 1 0.2698 0.84078 0.880 0.016 0.000 0.000 0.040 0.064
#> GSM311770 3 0.0000 0.92003 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311771 6 0.4083 0.26044 0.000 0.000 0.460 0.000 0.008 0.532
#> GSM311772 4 0.4045 0.24611 0.008 0.000 0.428 0.564 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.1458 0.79249 0.000 0.016 0.000 0.948 0.016 0.020
#> GSM311774 3 0.0000 0.92003 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0458 0.91692 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311776 3 0.0363 0.91940 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.1296 0.89888 0.044 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004
#> GSM311778 1 0.1914 0.85013 0.920 0.056 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM311779 1 0.2127 0.84186 0.920 0.008 0.000 0.032 0.024 0.016
#> GSM311780 4 0.3076 0.66344 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.3634 0.58332 0.296 0.000 0.000 0.696 0.000 0.008
#> GSM311782 1 0.4622 0.71455 0.720 0.200 0.000 0.004 0.032 0.044
#> GSM311783 1 0.1293 0.85246 0.956 0.004 0.000 0.004 0.020 0.016
#> GSM311784 1 0.2308 0.84611 0.896 0.076 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM311785 6 0.1396 0.84222 0.004 0.012 0.008 0.000 0.024 0.952
#> GSM311786 6 0.3756 0.44248 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311787 5 0.2491 0.77850 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM311788 4 0.0146 0.80309 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311789 2 0.5657 0.21199 0.136 0.564 0.008 0.000 0.288 0.004
#> GSM311790 2 0.2112 0.79649 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> GSM311791 3 0.2981 0.77604 0.000 0.020 0.820 0.160 0.000 0.000
#> GSM311792 6 0.3756 0.79336 0.092 0.064 0.004 0.000 0.024 0.816
#> GSM311793 5 0.3464 0.55374 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM311794 2 0.1564 0.79789 0.024 0.936 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311795 6 0.1934 0.83353 0.000 0.000 0.040 0.000 0.044 0.916
#> GSM311796 1 0.1155 0.85363 0.956 0.004 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM311797 6 0.2419 0.83444 0.016 0.028 0.000 0.000 0.060 0.896
#> GSM311798 6 0.3764 0.75851 0.008 0.192 0.012 0.000 0.016 0.772
#> GSM311799 3 0.0713 0.91303 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.3173 0.84322 0.020 0.000 0.856 0.072 0.048 0.004
#> GSM311801 5 0.2092 0.80817 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM311802 6 0.3548 0.79047 0.100 0.048 0.000 0.000 0.028 0.824
#> GSM311803 5 0.2340 0.74868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM311804 4 0.5106 0.67484 0.080 0.088 0.000 0.720 0.004 0.108
#> GSM311805 6 0.3455 0.75424 0.000 0.000 0.180 0.000 0.036 0.784
#> GSM311806 1 0.3103 0.67501 0.784 0.008 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.0632 0.91489 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.4956 0.70541 0.704 0.188 0.000 0.064 0.040 0.004
#> GSM311809 1 0.2595 0.83763 0.872 0.000 0.000 0.000 0.084 0.044
#> GSM311810 4 0.2809 0.71304 0.000 0.004 0.168 0.824 0.004 0.000
#> GSM311811 1 0.5920 0.32730 0.516 0.068 0.000 0.000 0.060 0.356
#> GSM311812 6 0.3455 0.75268 0.000 0.000 0.180 0.000 0.036 0.784
#> GSM311813 1 0.0725 0.85619 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM311814 1 0.2176 0.84194 0.896 0.080 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311815 3 0.0632 0.91326 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311816 1 0.3512 0.78716 0.836 0.008 0.000 0.088 0.024 0.044
#> GSM311817 1 0.1964 0.84948 0.920 0.000 0.004 0.012 0.056 0.008
#> GSM311818 3 0.5105 0.65615 0.124 0.156 0.696 0.008 0.012 0.004
#> GSM311819 5 0.1718 0.78377 0.044 0.008 0.000 0.000 0.932 0.016
#> GSM311820 1 0.1642 0.85334 0.936 0.028 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM311821 1 0.0922 0.85632 0.968 0.024 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311822 1 0.3351 0.82906 0.844 0.060 0.000 0.000 0.060 0.036
#> GSM311823 2 0.1579 0.80089 0.020 0.944 0.000 0.024 0.008 0.004
#> GSM311824 1 0.2002 0.83382 0.916 0.000 0.000 0.056 0.020 0.008
#> GSM311825 6 0.1829 0.83591 0.024 0.056 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM311826 1 0.2219 0.80600 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM311827 5 0.2146 0.81139 0.000 0.116 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM311828 5 0.2597 0.76659 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM311829 1 0.0405 0.85626 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM311830 5 0.2866 0.78911 0.000 0.052 0.000 0.084 0.860 0.004
#> GSM311832 4 0.2980 0.71359 0.192 0.000 0.008 0.800 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.0458 0.91779 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.3126 0.54419 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0291 0.85629 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311836 1 0.4840 -0.02452 0.512 0.004 0.000 0.448 0.024 0.012
#> GSM311837 2 0.1321 0.79959 0.004 0.952 0.024 0.000 0.020 0.000
#> GSM311838 2 0.3700 0.74942 0.000 0.780 0.000 0.152 0.068 0.000
#> GSM311839 4 0.1938 0.79282 0.028 0.004 0.000 0.928 0.024 0.016
#> GSM311840 2 0.0405 0.79928 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311841 6 0.1616 0.83915 0.020 0.000 0.000 0.000 0.048 0.932
#> GSM311842 3 0.3594 0.82174 0.072 0.020 0.840 0.000 0.032 0.036
#> GSM311843 1 0.1194 0.85560 0.956 0.008 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM311844 4 0.4242 -0.00451 0.000 0.448 0.016 0.536 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.2100 0.81286 0.000 0.112 0.000 0.000 0.884 0.004
#> GSM311846 3 0.0363 0.91882 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.0777 0.84146 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024 0.972
#> GSM311848 5 0.1765 0.81640 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM311849 5 0.1858 0.79686 0.000 0.012 0.000 0.000 0.912 0.076
#> GSM311850 6 0.2300 0.78456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM311851 3 0.0000 0.92003 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311852 5 0.4708 0.39749 0.044 0.004 0.000 0.004 0.620 0.328
#> GSM311853 6 0.1364 0.84323 0.000 0.016 0.020 0.000 0.012 0.952
#> GSM311854 1 0.1245 0.85250 0.952 0.000 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM311855 3 0.5101 0.36428 0.352 0.032 0.584 0.000 0.028 0.004
#> GSM311856 6 0.2959 0.81687 0.048 0.056 0.000 0.000 0.028 0.868
#> GSM311857 1 0.0291 0.85594 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM311858 4 0.4155 0.37797 0.000 0.020 0.364 0.616 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0951 0.85623 0.968 0.020 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM311860 3 0.4922 0.65417 0.140 0.004 0.704 0.136 0.016 0.000
#> GSM311861 1 0.6667 0.62392 0.612 0.000 0.120 0.088 0.064 0.116
#> GSM311862 4 0.4863 0.14176 0.440 0.040 0.000 0.512 0.000 0.008
#> GSM311863 2 0.3707 0.75616 0.000 0.784 0.000 0.136 0.080 0.000
#> GSM311864 1 0.2704 0.79903 0.868 0.000 0.000 0.100 0.020 0.012
#> GSM311865 6 0.3593 0.66363 0.228 0.000 0.000 0.000 0.024 0.748
#> GSM311866 1 0.1485 0.85431 0.944 0.028 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM311867 3 0.0458 0.91709 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311868 1 0.4110 0.37142 0.608 0.000 0.000 0.000 0.016 0.376
#> GSM311869 2 0.1333 0.80218 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> GSM311870 2 0.2730 0.70904 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM311871 6 0.1616 0.84217 0.012 0.020 0.000 0.000 0.028 0.940
#> GSM311872 4 0.4828 0.54339 0.292 0.000 0.000 0.640 0.052 0.016
#> GSM311873 4 0.0000 0.80202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311874 5 0.2377 0.75899 0.004 0.000 0.000 0.124 0.868 0.004
#> GSM311875 4 0.0458 0.80472 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0405 0.80134 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311877 4 0.0937 0.80047 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.0000 0.80202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.2258 0.81432 0.000 0.060 0.000 0.000 0.896 0.044
#> GSM311881 2 0.3703 0.75601 0.000 0.788 0.000 0.108 0.104 0.000
#> GSM311882 4 0.4341 0.39244 0.000 0.024 0.356 0.616 0.004 0.000
#> GSM311883 5 0.5445 0.21355 0.028 0.048 0.000 0.404 0.516 0.004
#> GSM311884 6 0.1649 0.83759 0.036 0.000 0.000 0.000 0.032 0.932
#> GSM311885 2 0.6234 0.12717 0.004 0.420 0.392 0.004 0.008 0.172
#> GSM311886 2 0.3062 0.75769 0.000 0.816 0.000 0.160 0.024 0.000
#> GSM311887 6 0.0508 0.84242 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> GSM311888 2 0.3648 0.60829 0.240 0.740 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM311889 3 0.0790 0.90818 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311890 3 0.0000 0.92003 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311891 6 0.4525 0.66538 0.228 0.000 0.008 0.000 0.068 0.696
#> GSM311892 2 0.4902 0.70475 0.024 0.708 0.004 0.172 0.092 0.000
#> GSM311893 6 0.0622 0.84290 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> GSM311894 5 0.4623 0.61473 0.192 0.000 0.000 0.012 0.708 0.088
#> GSM311895 4 0.2658 0.75089 0.000 0.000 0.112 0.864 0.016 0.008
#> GSM311896 3 0.0865 0.90849 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM311897 4 0.0820 0.80381 0.016 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.4230 0.68972 0.716 0.004 0.000 0.000 0.056 0.224
#> GSM311899 3 0.0260 0.91954 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311900 4 0.0260 0.80142 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311901 2 0.1710 0.79792 0.000 0.936 0.000 0.028 0.020 0.016
#> GSM311902 4 0.1369 0.79996 0.016 0.000 0.000 0.952 0.016 0.016
#> GSM311903 1 0.3331 0.81445 0.836 0.096 0.008 0.000 0.056 0.004
#> GSM311904 4 0.3578 0.49754 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM311905 4 0.3468 0.74847 0.020 0.100 0.000 0.836 0.012 0.032
#> GSM311906 3 0.0146 0.91979 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311907 3 0.3351 0.58174 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.0717 0.80401 0.016 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM311909 4 0.0551 0.80262 0.004 0.000 0.000 0.984 0.004 0.008
#> GSM311910 4 0.0000 0.80202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.2994 0.74350 0.000 0.000 0.208 0.000 0.004 0.788
#> GSM311912 2 0.1007 0.80044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311913 1 0.2752 0.82766 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036
#> GSM311914 3 0.0547 0.91530 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311915 2 0.1888 0.78495 0.068 0.916 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM311916 3 0.0260 0.91912 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311917 6 0.3702 0.70002 0.208 0.000 0.008 0.000 0.024 0.760
#> GSM311918 6 0.1363 0.84189 0.004 0.004 0.012 0.000 0.028 0.952
#> GSM311919 1 0.1555 0.83928 0.932 0.004 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM311920 3 0.0260 0.91954 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311921 5 0.1657 0.80373 0.000 0.016 0.000 0.000 0.928 0.056
#> GSM311922 1 0.6594 0.09103 0.416 0.112 0.004 0.000 0.068 0.400
#> GSM311923 6 0.1053 0.84177 0.004 0.020 0.000 0.000 0.012 0.964
#> GSM311831 4 0.0363 0.80422 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311878 6 0.5610 0.64785 0.136 0.112 0.000 0.040 0.028 0.684
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 155 1.000 2
#> SD:NMF 123 0.782 3
#> SD:NMF 139 0.393 4
#> SD:NMF 147 0.530 5
#> SD:NMF 145 0.569 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.201 0.730 0.838 0.4502 0.529 0.529
#> 3 3 0.293 0.641 0.752 0.2750 0.901 0.815
#> 4 4 0.302 0.485 0.660 0.1777 0.854 0.680
#> 5 5 0.424 0.551 0.716 0.0780 0.944 0.834
#> 6 6 0.476 0.460 0.667 0.0536 0.948 0.827
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0938 0.8257 0.012 0.988
#> GSM311762 1 0.9522 0.4657 0.628 0.372
#> GSM311763 1 0.9686 0.4032 0.604 0.396
#> GSM311764 1 0.9977 0.1998 0.528 0.472
#> GSM311765 1 0.7139 0.6920 0.804 0.196
#> GSM311766 2 0.0938 0.8294 0.012 0.988
#> GSM311767 1 0.3879 0.8153 0.924 0.076
#> GSM311768 1 0.5629 0.8112 0.868 0.132
#> GSM311769 1 0.3274 0.8115 0.940 0.060
#> GSM311770 1 0.6712 0.7985 0.824 0.176
#> GSM311771 1 0.4161 0.8169 0.916 0.084
#> GSM311772 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311773 2 0.5629 0.8119 0.132 0.868
#> GSM311774 1 0.6712 0.7985 0.824 0.176
#> GSM311775 1 0.6048 0.8085 0.852 0.148
#> GSM311776 2 0.5629 0.8077 0.132 0.868
#> GSM311777 1 0.9129 0.6359 0.672 0.328
#> GSM311778 1 0.6531 0.8034 0.832 0.168
#> GSM311779 1 0.8861 0.6605 0.696 0.304
#> GSM311780 2 0.7528 0.7504 0.216 0.784
#> GSM311781 2 0.8763 0.6284 0.296 0.704
#> GSM311782 2 0.8861 0.6119 0.304 0.696
#> GSM311783 1 0.5408 0.8110 0.876 0.124
#> GSM311784 1 0.4161 0.8174 0.916 0.084
#> GSM311785 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311786 1 0.4161 0.8169 0.916 0.084
#> GSM311787 1 0.7299 0.6893 0.796 0.204
#> GSM311788 1 0.9552 0.5440 0.624 0.376
#> GSM311789 1 0.4690 0.8142 0.900 0.100
#> GSM311790 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311791 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311792 1 0.5178 0.8135 0.884 0.116
#> GSM311793 2 0.0938 0.8294 0.012 0.988
#> GSM311794 2 0.0938 0.8257 0.012 0.988
#> GSM311795 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311796 1 0.8267 0.7264 0.740 0.260
#> GSM311797 1 0.2043 0.7911 0.968 0.032
#> GSM311798 1 0.4690 0.8142 0.900 0.100
#> GSM311799 2 0.5629 0.8077 0.132 0.868
#> GSM311800 1 0.9393 0.5903 0.644 0.356
#> GSM311801 1 0.7219 0.6936 0.800 0.200
#> GSM311802 1 0.4022 0.8165 0.920 0.080
#> GSM311803 1 0.3879 0.7952 0.924 0.076
#> GSM311804 2 0.8861 0.6119 0.304 0.696
#> GSM311805 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311806 2 0.9209 0.3997 0.336 0.664
#> GSM311807 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311808 1 0.8443 0.7196 0.728 0.272
#> GSM311809 1 0.4690 0.8158 0.900 0.100
#> GSM311810 2 0.7056 0.7745 0.192 0.808
#> GSM311811 1 0.2043 0.7911 0.968 0.032
#> GSM311812 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311813 1 0.8813 0.6652 0.700 0.300
#> GSM311814 1 0.7745 0.7535 0.772 0.228
#> GSM311815 1 0.4298 0.8170 0.912 0.088
#> GSM311816 1 0.8081 0.7335 0.752 0.248
#> GSM311817 1 0.7815 0.7497 0.768 0.232
#> GSM311818 2 0.8267 0.6298 0.260 0.740
#> GSM311819 1 0.8327 0.7263 0.736 0.264
#> GSM311820 1 0.8081 0.7335 0.752 0.248
#> GSM311821 1 0.8081 0.7335 0.752 0.248
#> GSM311822 1 0.4562 0.8206 0.904 0.096
#> GSM311823 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311824 1 0.8713 0.6769 0.708 0.292
#> GSM311825 1 0.2043 0.7911 0.968 0.032
#> GSM311826 1 0.3733 0.8148 0.928 0.072
#> GSM311827 1 0.6343 0.7942 0.840 0.160
#> GSM311828 1 0.7299 0.6893 0.796 0.204
#> GSM311829 1 0.8713 0.6769 0.708 0.292
#> GSM311830 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311832 2 0.7528 0.7504 0.216 0.784
#> GSM311833 2 0.4690 0.8236 0.100 0.900
#> GSM311834 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311835 1 0.4431 0.8160 0.908 0.092
#> GSM311836 2 0.8713 0.6438 0.292 0.708
#> GSM311837 2 0.0938 0.8257 0.012 0.988
#> GSM311838 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311839 2 0.8608 0.6523 0.284 0.716
#> GSM311840 2 0.0938 0.8257 0.012 0.988
#> GSM311841 1 0.0672 0.7886 0.992 0.008
#> GSM311842 1 0.6247 0.8072 0.844 0.156
#> GSM311843 1 0.4431 0.8160 0.908 0.092
#> GSM311844 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311845 1 0.7139 0.7144 0.804 0.196
#> GSM311846 2 0.4690 0.8236 0.100 0.900
#> GSM311847 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311848 1 0.7139 0.6920 0.804 0.196
#> GSM311849 1 0.6531 0.7328 0.832 0.168
#> GSM311850 1 0.0672 0.7886 0.992 0.008
#> GSM311851 1 0.9833 0.4413 0.576 0.424
#> GSM311852 1 0.9393 0.5751 0.644 0.356
#> GSM311853 1 0.1184 0.7911 0.984 0.016
#> GSM311854 1 0.7139 0.7755 0.804 0.196
#> GSM311855 1 0.8327 0.7246 0.736 0.264
#> GSM311856 1 0.3114 0.8102 0.944 0.056
#> GSM311857 1 0.4431 0.8160 0.908 0.092
#> GSM311858 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311859 1 0.8016 0.7370 0.756 0.244
#> GSM311860 1 0.9996 0.0647 0.512 0.488
#> GSM311861 1 0.9963 0.1798 0.536 0.464
#> GSM311862 1 0.9000 0.6471 0.684 0.316
#> GSM311863 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311864 1 0.7950 0.7426 0.760 0.240
#> GSM311865 1 0.4298 0.8161 0.912 0.088
#> GSM311866 1 0.4161 0.8174 0.916 0.084
#> GSM311867 1 0.4022 0.8158 0.920 0.080
#> GSM311868 1 0.4298 0.8161 0.912 0.088
#> GSM311869 2 0.3733 0.8307 0.072 0.928
#> GSM311870 2 0.5629 0.8157 0.132 0.868
#> GSM311871 1 0.2043 0.7908 0.968 0.032
#> GSM311872 1 0.9491 0.5568 0.632 0.368
#> GSM311873 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311874 2 0.9983 -0.0107 0.476 0.524
#> GSM311875 2 0.6712 0.7831 0.176 0.824
#> GSM311876 2 0.5629 0.8119 0.132 0.868
#> GSM311877 2 0.7453 0.7549 0.212 0.788
#> GSM311879 2 0.7674 0.7461 0.224 0.776
#> GSM311880 1 0.3879 0.7952 0.924 0.076
#> GSM311881 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311882 2 0.0672 0.8284 0.008 0.992
#> GSM311883 1 0.9427 0.5780 0.640 0.360
#> GSM311884 1 0.6801 0.7895 0.820 0.180
#> GSM311885 1 0.9522 0.4657 0.628 0.372
#> GSM311886 2 0.4431 0.8182 0.092 0.908
#> GSM311887 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311888 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311889 1 0.4815 0.8172 0.896 0.104
#> GSM311890 1 0.6712 0.7985 0.824 0.176
#> GSM311891 1 0.4690 0.8158 0.900 0.100
#> GSM311892 2 0.0938 0.8294 0.012 0.988
#> GSM311893 1 0.0672 0.7886 0.992 0.008
#> GSM311894 1 0.9896 0.2640 0.560 0.440
#> GSM311895 2 0.7453 0.7545 0.212 0.788
#> GSM311896 2 0.4690 0.8236 0.100 0.900
#> GSM311897 2 0.7528 0.7529 0.216 0.784
#> GSM311898 1 0.3274 0.8115 0.940 0.060
#> GSM311899 2 0.4690 0.8236 0.100 0.900
#> GSM311900 2 0.7528 0.7529 0.216 0.784
#> GSM311901 2 0.5629 0.8057 0.132 0.868
#> GSM311902 2 0.7815 0.7306 0.232 0.768
#> GSM311903 1 0.9608 0.5365 0.616 0.384
#> GSM311904 2 0.9977 0.1009 0.472 0.528
#> GSM311905 2 0.8267 0.6922 0.260 0.740
#> GSM311906 1 0.4815 0.8174 0.896 0.104
#> GSM311907 2 0.9323 0.5172 0.348 0.652
#> GSM311908 2 0.7815 0.7306 0.232 0.768
#> GSM311909 2 0.7745 0.7380 0.228 0.772
#> GSM311910 2 0.3584 0.8302 0.068 0.932
#> GSM311911 1 0.1414 0.7959 0.980 0.020
#> GSM311912 2 0.0938 0.8257 0.012 0.988
#> GSM311913 1 0.6712 0.7935 0.824 0.176
#> GSM311914 1 0.4298 0.8168 0.912 0.088
#> GSM311915 2 0.0672 0.8282 0.008 0.992
#> GSM311916 1 0.5629 0.8112 0.868 0.132
#> GSM311917 1 0.8713 0.6769 0.708 0.292
#> GSM311918 1 0.0938 0.7909 0.988 0.012
#> GSM311919 1 0.9000 0.6471 0.684 0.316
#> GSM311920 1 0.9833 0.4413 0.576 0.424
#> GSM311921 1 0.7139 0.6920 0.804 0.196
#> GSM311922 1 0.5059 0.7820 0.888 0.112
#> GSM311923 1 0.0672 0.7886 0.992 0.008
#> GSM311831 2 0.5408 0.8153 0.124 0.876
#> GSM311878 1 0.9491 0.4914 0.632 0.368
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.164 0.7717 0.000 0.956 0.044
#> GSM311762 1 0.651 0.1495 0.524 0.004 0.472
#> GSM311763 1 0.682 0.0689 0.512 0.012 0.476
#> GSM311764 1 0.901 -0.1033 0.464 0.132 0.404
#> GSM311765 1 0.775 0.5323 0.676 0.140 0.184
#> GSM311766 2 0.357 0.8304 0.004 0.876 0.120
#> GSM311767 1 0.210 0.7427 0.944 0.004 0.052
#> GSM311768 1 0.405 0.7204 0.848 0.004 0.148
#> GSM311769 1 0.280 0.7415 0.924 0.016 0.060
#> GSM311770 1 0.585 0.6851 0.776 0.044 0.180
#> GSM311771 1 0.434 0.7348 0.848 0.016 0.136
#> GSM311772 2 0.498 0.8025 0.004 0.780 0.216
#> GSM311773 3 0.659 0.6869 0.116 0.128 0.756
#> GSM311774 1 0.585 0.6851 0.776 0.044 0.180
#> GSM311775 1 0.558 0.7031 0.792 0.040 0.168
#> GSM311776 2 0.798 0.4156 0.060 0.496 0.444
#> GSM311777 1 0.834 0.4497 0.624 0.152 0.224
#> GSM311778 1 0.448 0.7297 0.860 0.096 0.044
#> GSM311779 1 0.580 0.5229 0.712 0.008 0.280
#> GSM311780 3 0.692 0.7806 0.200 0.080 0.720
#> GSM311781 3 0.667 0.7436 0.276 0.036 0.688
#> GSM311782 3 0.693 0.7336 0.296 0.040 0.664
#> GSM311783 1 0.295 0.7302 0.908 0.004 0.088
#> GSM311784 1 0.217 0.7444 0.944 0.008 0.048
#> GSM311785 1 0.334 0.7250 0.880 0.000 0.120
#> GSM311786 1 0.434 0.7348 0.848 0.016 0.136
#> GSM311787 1 0.781 0.5256 0.672 0.148 0.180
#> GSM311788 1 0.705 0.3446 0.600 0.028 0.372
#> GSM311789 1 0.401 0.7449 0.876 0.028 0.096
#> GSM311790 2 0.245 0.8219 0.000 0.924 0.076
#> GSM311791 2 0.483 0.8105 0.004 0.792 0.204
#> GSM311792 1 0.295 0.7336 0.908 0.004 0.088
#> GSM311793 2 0.357 0.8304 0.004 0.876 0.120
#> GSM311794 2 0.164 0.7717 0.000 0.956 0.044
#> GSM311795 1 0.369 0.7222 0.860 0.000 0.140
#> GSM311796 1 0.586 0.6146 0.748 0.024 0.228
#> GSM311797 1 0.361 0.7189 0.888 0.016 0.096
#> GSM311798 1 0.401 0.7449 0.876 0.028 0.096
#> GSM311799 2 0.798 0.4156 0.060 0.496 0.444
#> GSM311800 1 0.670 0.3787 0.608 0.016 0.376
#> GSM311801 1 0.776 0.5308 0.676 0.144 0.180
#> GSM311802 1 0.215 0.7459 0.948 0.016 0.036
#> GSM311803 1 0.537 0.7095 0.812 0.048 0.140
#> GSM311804 3 0.693 0.7336 0.296 0.040 0.664
#> GSM311805 1 0.375 0.7231 0.856 0.000 0.144
#> GSM311806 3 0.993 0.3815 0.352 0.276 0.372
#> GSM311807 2 0.498 0.8025 0.004 0.780 0.216
#> GSM311808 1 0.626 0.5873 0.716 0.028 0.256
#> GSM311809 1 0.304 0.7402 0.896 0.000 0.104
#> GSM311810 3 0.596 0.7227 0.136 0.076 0.788
#> GSM311811 1 0.353 0.7212 0.892 0.016 0.092
#> GSM311812 1 0.375 0.7231 0.856 0.000 0.144
#> GSM311813 1 0.573 0.5354 0.720 0.008 0.272
#> GSM311814 1 0.512 0.6564 0.796 0.016 0.188
#> GSM311815 1 0.441 0.7341 0.844 0.016 0.140
#> GSM311816 1 0.506 0.6313 0.784 0.008 0.208
#> GSM311817 1 0.551 0.6333 0.764 0.016 0.220
#> GSM311818 2 0.949 0.3237 0.228 0.492 0.280
#> GSM311819 1 0.605 0.5938 0.720 0.020 0.260
#> GSM311820 1 0.506 0.6313 0.784 0.008 0.208
#> GSM311821 1 0.506 0.6313 0.784 0.008 0.208
#> GSM311822 1 0.277 0.7481 0.928 0.024 0.048
#> GSM311823 2 0.226 0.8153 0.000 0.932 0.068
#> GSM311824 1 0.569 0.5446 0.724 0.008 0.268
#> GSM311825 1 0.353 0.7212 0.892 0.016 0.092
#> GSM311826 1 0.196 0.7433 0.944 0.000 0.056
#> GSM311827 1 0.627 0.6966 0.768 0.076 0.156
#> GSM311828 1 0.781 0.5256 0.672 0.148 0.180
#> GSM311829 1 0.569 0.5446 0.724 0.008 0.268
#> GSM311830 2 0.418 0.8182 0.000 0.828 0.172
#> GSM311832 3 0.692 0.7806 0.200 0.080 0.720
#> GSM311833 2 0.657 0.7380 0.028 0.680 0.292
#> GSM311834 2 0.378 0.8293 0.004 0.864 0.132
#> GSM311835 1 0.230 0.7385 0.936 0.004 0.060
#> GSM311836 3 0.625 0.7508 0.268 0.024 0.708
#> GSM311837 2 0.164 0.7717 0.000 0.956 0.044
#> GSM311838 2 0.312 0.8277 0.000 0.892 0.108
#> GSM311839 3 0.625 0.7545 0.268 0.024 0.708
#> GSM311840 2 0.164 0.7717 0.000 0.956 0.044
#> GSM311841 1 0.304 0.7192 0.896 0.000 0.104
#> GSM311842 1 0.543 0.7246 0.816 0.064 0.120
#> GSM311843 1 0.230 0.7385 0.936 0.004 0.060
#> GSM311844 2 0.483 0.8105 0.004 0.792 0.204
#> GSM311845 1 0.761 0.5576 0.680 0.116 0.204
#> GSM311846 2 0.657 0.7380 0.028 0.680 0.292
#> GSM311847 1 0.296 0.7245 0.900 0.000 0.100
#> GSM311848 1 0.775 0.5323 0.676 0.140 0.184
#> GSM311849 1 0.733 0.5752 0.704 0.116 0.180
#> GSM311850 1 0.304 0.7192 0.896 0.000 0.104
#> GSM311851 1 0.923 0.2242 0.528 0.204 0.268
#> GSM311852 1 0.657 0.3860 0.612 0.012 0.376
#> GSM311853 1 0.369 0.7263 0.860 0.000 0.140
#> GSM311854 1 0.435 0.6854 0.828 0.004 0.168
#> GSM311855 1 0.588 0.5923 0.716 0.012 0.272
#> GSM311856 1 0.312 0.7399 0.908 0.012 0.080
#> GSM311857 1 0.230 0.7385 0.936 0.004 0.060
#> GSM311858 2 0.483 0.8105 0.004 0.792 0.204
#> GSM311859 1 0.501 0.6351 0.788 0.008 0.204
#> GSM311860 3 0.651 0.3120 0.472 0.004 0.524
#> GSM311861 3 0.652 0.2171 0.496 0.004 0.500
#> GSM311862 1 0.590 0.5045 0.700 0.008 0.292
#> GSM311863 2 0.327 0.8284 0.000 0.884 0.116
#> GSM311864 1 0.511 0.6352 0.780 0.008 0.212
#> GSM311865 1 0.216 0.7404 0.936 0.000 0.064
#> GSM311866 1 0.217 0.7444 0.944 0.008 0.048
#> GSM311867 1 0.460 0.7322 0.832 0.016 0.152
#> GSM311868 1 0.216 0.7404 0.936 0.000 0.064
#> GSM311869 2 0.635 0.7163 0.048 0.740 0.212
#> GSM311870 2 0.757 0.6135 0.108 0.680 0.212
#> GSM311871 1 0.383 0.7169 0.880 0.020 0.100
#> GSM311872 1 0.695 0.3731 0.600 0.024 0.376
#> GSM311873 3 0.651 0.3248 0.028 0.284 0.688
#> GSM311874 3 0.690 0.3067 0.440 0.016 0.544
#> GSM311875 3 0.664 0.7485 0.160 0.092 0.748
#> GSM311876 3 0.659 0.6869 0.116 0.128 0.756
#> GSM311877 3 0.683 0.7773 0.192 0.080 0.728
#> GSM311879 3 0.880 0.6589 0.204 0.212 0.584
#> GSM311880 1 0.537 0.7095 0.812 0.048 0.140
#> GSM311881 2 0.236 0.8209 0.000 0.928 0.072
#> GSM311882 2 0.483 0.8105 0.004 0.792 0.204
#> GSM311883 1 0.700 0.3868 0.628 0.032 0.340
#> GSM311884 1 0.460 0.6805 0.796 0.000 0.204
#> GSM311885 1 0.651 0.1495 0.524 0.004 0.472
#> GSM311886 2 0.833 0.1817 0.080 0.484 0.436
#> GSM311887 1 0.296 0.7245 0.900 0.000 0.100
#> GSM311888 2 0.327 0.8227 0.000 0.884 0.116
#> GSM311889 1 0.455 0.7248 0.840 0.020 0.140
#> GSM311890 1 0.585 0.6851 0.776 0.044 0.180
#> GSM311891 1 0.304 0.7402 0.896 0.000 0.104
#> GSM311892 2 0.357 0.8304 0.004 0.876 0.120
#> GSM311893 1 0.304 0.7192 0.896 0.000 0.104
#> GSM311894 3 0.668 0.1074 0.492 0.008 0.500
#> GSM311895 3 0.883 0.5557 0.180 0.244 0.576
#> GSM311896 2 0.657 0.7380 0.028 0.680 0.292
#> GSM311897 3 0.737 0.7702 0.200 0.104 0.696
#> GSM311898 1 0.280 0.7415 0.924 0.016 0.060
#> GSM311899 2 0.657 0.7380 0.028 0.680 0.292
#> GSM311900 3 0.737 0.7702 0.200 0.104 0.696
#> GSM311901 3 0.887 0.0730 0.120 0.408 0.472
#> GSM311902 3 0.659 0.7857 0.216 0.056 0.728
#> GSM311903 1 0.820 0.4545 0.608 0.284 0.108
#> GSM311904 3 0.646 0.4281 0.440 0.004 0.556
#> GSM311905 3 0.662 0.7726 0.248 0.044 0.708
#> GSM311906 1 0.466 0.7257 0.828 0.016 0.156
#> GSM311907 3 0.745 0.6930 0.280 0.068 0.652
#> GSM311908 3 0.659 0.7857 0.216 0.056 0.728
#> GSM311909 3 0.654 0.7835 0.212 0.056 0.732
#> GSM311910 3 0.685 0.5471 0.072 0.208 0.720
#> GSM311911 1 0.369 0.7324 0.860 0.000 0.140
#> GSM311912 2 0.164 0.7717 0.000 0.956 0.044
#> GSM311913 1 0.452 0.6915 0.816 0.004 0.180
#> GSM311914 1 0.460 0.7299 0.832 0.016 0.152
#> GSM311915 2 0.226 0.8153 0.000 0.932 0.068
#> GSM311916 1 0.405 0.7204 0.848 0.004 0.148
#> GSM311917 1 0.569 0.5446 0.724 0.008 0.268
#> GSM311918 1 0.369 0.7222 0.860 0.000 0.140
#> GSM311919 1 0.590 0.5045 0.700 0.008 0.292
#> GSM311920 1 0.923 0.2242 0.528 0.204 0.268
#> GSM311921 1 0.775 0.5323 0.676 0.140 0.184
#> GSM311922 1 0.507 0.7078 0.836 0.068 0.096
#> GSM311923 1 0.304 0.7192 0.896 0.000 0.104
#> GSM311831 3 0.659 0.6785 0.112 0.132 0.756
#> GSM311878 1 0.636 0.3070 0.652 0.012 0.336
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.228 0.7519 0.000 0.924 0.052 0.024
#> GSM311762 4 0.732 0.2510 0.172 0.000 0.328 0.500
#> GSM311763 4 0.752 0.3002 0.164 0.008 0.316 0.512
#> GSM311764 4 0.871 0.0870 0.364 0.132 0.084 0.420
#> GSM311765 3 0.774 0.4763 0.328 0.068 0.532 0.072
#> GSM311766 2 0.294 0.8182 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM311767 1 0.429 0.3962 0.772 0.000 0.212 0.016
#> GSM311768 1 0.531 0.5500 0.748 0.000 0.108 0.144
#> GSM311769 1 0.434 0.3109 0.732 0.000 0.264 0.004
#> GSM311770 1 0.704 0.4174 0.636 0.028 0.124 0.212
#> GSM311771 1 0.648 0.3900 0.656 0.004 0.192 0.148
#> GSM311772 2 0.391 0.7859 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM311773 4 0.460 0.6727 0.088 0.112 0.000 0.800
#> GSM311774 1 0.704 0.4174 0.636 0.028 0.124 0.212
#> GSM311775 1 0.726 0.4102 0.620 0.028 0.160 0.192
#> GSM311776 2 0.639 0.3922 0.064 0.484 0.000 0.452
#> GSM311777 1 0.828 0.2648 0.552 0.136 0.088 0.224
#> GSM311778 1 0.488 0.4712 0.808 0.076 0.092 0.024
#> GSM311779 1 0.437 0.4780 0.728 0.000 0.004 0.268
#> GSM311780 4 0.510 0.7458 0.168 0.076 0.000 0.756
#> GSM311781 4 0.514 0.7025 0.244 0.032 0.004 0.720
#> GSM311782 4 0.526 0.6849 0.272 0.036 0.000 0.692
#> GSM311783 1 0.346 0.5459 0.868 0.000 0.076 0.056
#> GSM311784 1 0.308 0.5218 0.884 0.000 0.084 0.032
#> GSM311785 3 0.616 0.4356 0.384 0.000 0.560 0.056
#> GSM311786 1 0.648 0.3900 0.656 0.004 0.192 0.148
#> GSM311787 3 0.785 0.4742 0.324 0.076 0.528 0.072
#> GSM311788 1 0.651 0.2669 0.552 0.020 0.040 0.388
#> GSM311789 1 0.591 0.4233 0.708 0.004 0.172 0.116
#> GSM311790 2 0.194 0.8097 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM311791 2 0.380 0.7952 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311792 1 0.339 0.5454 0.872 0.000 0.072 0.056
#> GSM311793 2 0.294 0.8182 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM311794 2 0.228 0.7519 0.000 0.924 0.052 0.024
#> GSM311795 3 0.652 0.4617 0.348 0.000 0.564 0.088
#> GSM311796 1 0.458 0.5625 0.776 0.016 0.012 0.196
#> GSM311797 1 0.516 0.1771 0.676 0.000 0.300 0.024
#> GSM311798 1 0.591 0.4233 0.708 0.004 0.172 0.116
#> GSM311799 2 0.639 0.3922 0.064 0.484 0.000 0.452
#> GSM311800 1 0.611 0.3522 0.580 0.012 0.032 0.376
#> GSM311801 3 0.780 0.4745 0.328 0.072 0.528 0.072
#> GSM311802 1 0.343 0.5016 0.860 0.000 0.112 0.028
#> GSM311803 1 0.733 -0.1573 0.444 0.008 0.428 0.120
#> GSM311804 4 0.526 0.6849 0.272 0.036 0.000 0.692
#> GSM311805 3 0.663 0.4610 0.336 0.000 0.564 0.100
#> GSM311806 1 0.785 -0.2766 0.376 0.268 0.000 0.356
#> GSM311807 2 0.391 0.7859 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM311808 1 0.585 0.5209 0.696 0.020 0.044 0.240
#> GSM311809 1 0.492 0.4949 0.772 0.000 0.152 0.076
#> GSM311810 4 0.427 0.7071 0.108 0.072 0.000 0.820
#> GSM311811 1 0.509 0.2030 0.688 0.000 0.288 0.024
#> GSM311812 3 0.663 0.4610 0.336 0.000 0.564 0.100
#> GSM311813 1 0.431 0.4875 0.736 0.000 0.004 0.260
#> GSM311814 1 0.382 0.5729 0.824 0.008 0.008 0.160
#> GSM311815 1 0.648 0.3953 0.656 0.004 0.192 0.148
#> GSM311816 1 0.354 0.5703 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM311817 1 0.496 0.5669 0.748 0.008 0.028 0.216
#> GSM311818 2 0.875 0.3945 0.228 0.464 0.064 0.244
#> GSM311819 1 0.558 0.5297 0.704 0.012 0.040 0.244
#> GSM311820 1 0.354 0.5703 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM311821 1 0.354 0.5703 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM311822 1 0.275 0.5240 0.904 0.004 0.072 0.020
#> GSM311823 2 0.230 0.8035 0.000 0.920 0.016 0.064
#> GSM311824 1 0.428 0.4944 0.740 0.000 0.004 0.256
#> GSM311825 1 0.509 0.2030 0.688 0.000 0.288 0.024
#> GSM311826 1 0.425 0.3851 0.768 0.000 0.220 0.012
#> GSM311827 1 0.741 0.1145 0.576 0.024 0.268 0.132
#> GSM311828 3 0.785 0.4742 0.324 0.076 0.528 0.072
#> GSM311829 1 0.428 0.4944 0.740 0.000 0.004 0.256
#> GSM311830 2 0.409 0.8050 0.000 0.804 0.024 0.172
#> GSM311832 4 0.510 0.7458 0.168 0.076 0.000 0.756
#> GSM311833 2 0.530 0.7174 0.028 0.664 0.000 0.308
#> GSM311834 2 0.294 0.8175 0.004 0.868 0.000 0.128
#> GSM311835 1 0.308 0.5158 0.880 0.000 0.096 0.024
#> GSM311836 4 0.472 0.7085 0.228 0.020 0.004 0.748
#> GSM311837 2 0.228 0.7519 0.000 0.924 0.052 0.024
#> GSM311838 2 0.241 0.8164 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM311839 4 0.458 0.7117 0.232 0.020 0.000 0.748
#> GSM311840 2 0.228 0.7519 0.000 0.924 0.052 0.024
#> GSM311841 1 0.539 -0.2311 0.528 0.000 0.460 0.012
#> GSM311842 1 0.629 0.3975 0.708 0.024 0.144 0.124
#> GSM311843 1 0.314 0.5140 0.876 0.000 0.100 0.024
#> GSM311844 2 0.380 0.7952 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311845 3 0.826 0.4236 0.340 0.064 0.480 0.116
#> GSM311846 2 0.530 0.7174 0.028 0.664 0.000 0.308
#> GSM311847 3 0.579 0.3975 0.416 0.000 0.552 0.032
#> GSM311848 3 0.774 0.4763 0.328 0.068 0.532 0.072
#> GSM311849 3 0.768 0.4421 0.352 0.052 0.516 0.080
#> GSM311850 1 0.539 -0.2311 0.528 0.000 0.460 0.012
#> GSM311851 1 0.897 0.1683 0.448 0.188 0.088 0.276
#> GSM311852 1 0.627 0.3008 0.556 0.008 0.044 0.392
#> GSM311853 3 0.657 0.4363 0.332 0.000 0.572 0.096
#> GSM311854 1 0.360 0.5730 0.848 0.000 0.028 0.124
#> GSM311855 1 0.546 0.5300 0.700 0.008 0.036 0.256
#> GSM311856 1 0.466 0.3729 0.760 0.000 0.208 0.032
#> GSM311857 1 0.308 0.5158 0.880 0.000 0.096 0.024
#> GSM311858 2 0.380 0.7952 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311859 1 0.368 0.5699 0.816 0.000 0.008 0.176
#> GSM311860 4 0.621 0.3605 0.392 0.004 0.048 0.556
#> GSM311861 4 0.633 0.2893 0.412 0.004 0.052 0.532
#> GSM311862 1 0.428 0.4646 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM311863 2 0.253 0.8170 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM311864 1 0.432 0.5699 0.788 0.000 0.028 0.184
#> GSM311865 1 0.310 0.5109 0.876 0.000 0.104 0.020
#> GSM311866 1 0.308 0.5218 0.884 0.000 0.084 0.032
#> GSM311867 1 0.702 0.3242 0.588 0.004 0.248 0.160
#> GSM311868 1 0.310 0.5109 0.876 0.000 0.104 0.020
#> GSM311869 2 0.526 0.7085 0.028 0.732 0.016 0.224
#> GSM311870 2 0.647 0.6352 0.072 0.676 0.032 0.220
#> GSM311871 1 0.523 0.1596 0.664 0.000 0.312 0.024
#> GSM311872 1 0.664 0.2766 0.536 0.016 0.052 0.396
#> GSM311873 4 0.478 0.3799 0.016 0.272 0.000 0.712
#> GSM311874 4 0.641 0.3225 0.372 0.012 0.048 0.568
#> GSM311875 4 0.459 0.7219 0.116 0.084 0.000 0.800
#> GSM311876 4 0.460 0.6727 0.088 0.112 0.000 0.800
#> GSM311877 4 0.501 0.7458 0.160 0.076 0.000 0.764
#> GSM311879 4 0.671 0.6254 0.172 0.212 0.000 0.616
#> GSM311880 1 0.733 -0.1573 0.444 0.008 0.428 0.120
#> GSM311881 2 0.179 0.8091 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM311882 2 0.380 0.7952 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311883 1 0.638 0.3445 0.596 0.024 0.036 0.344
#> GSM311884 1 0.584 0.5429 0.696 0.000 0.104 0.200
#> GSM311885 4 0.732 0.2510 0.172 0.000 0.328 0.500
#> GSM311886 2 0.677 0.1915 0.024 0.476 0.044 0.456
#> GSM311887 3 0.579 0.3975 0.416 0.000 0.552 0.032
#> GSM311888 2 0.304 0.8100 0.004 0.876 0.008 0.112
#> GSM311889 1 0.661 0.4113 0.644 0.004 0.180 0.172
#> GSM311890 1 0.704 0.4174 0.636 0.028 0.124 0.212
#> GSM311891 1 0.492 0.4949 0.772 0.000 0.152 0.076
#> GSM311892 2 0.294 0.8182 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM311893 1 0.539 -0.2311 0.528 0.000 0.460 0.012
#> GSM311894 4 0.715 0.2144 0.360 0.004 0.124 0.512
#> GSM311895 4 0.706 0.5188 0.144 0.240 0.012 0.604
#> GSM311896 2 0.530 0.7174 0.028 0.664 0.000 0.308
#> GSM311897 4 0.547 0.7413 0.168 0.100 0.000 0.732
#> GSM311898 1 0.434 0.3109 0.732 0.000 0.264 0.004
#> GSM311899 2 0.530 0.7174 0.028 0.664 0.000 0.308
#> GSM311900 4 0.547 0.7413 0.168 0.100 0.000 0.732
#> GSM311901 4 0.737 0.0243 0.048 0.400 0.056 0.496
#> GSM311902 4 0.484 0.7415 0.184 0.052 0.000 0.764
#> GSM311903 1 0.813 0.0916 0.556 0.232 0.144 0.068
#> GSM311904 4 0.589 0.4574 0.360 0.004 0.036 0.600
#> GSM311905 4 0.494 0.7259 0.220 0.040 0.000 0.740
#> GSM311906 1 0.679 0.3993 0.624 0.004 0.200 0.172
#> GSM311907 4 0.631 0.6414 0.228 0.064 0.028 0.680
#> GSM311908 4 0.484 0.7415 0.184 0.052 0.000 0.764
#> GSM311909 4 0.476 0.7440 0.176 0.052 0.000 0.772
#> GSM311910 4 0.492 0.5616 0.052 0.192 0.000 0.756
#> GSM311911 1 0.733 -0.0822 0.452 0.000 0.392 0.156
#> GSM311912 2 0.228 0.7519 0.000 0.924 0.052 0.024
#> GSM311913 1 0.589 0.5405 0.696 0.000 0.116 0.188
#> GSM311914 1 0.681 0.3781 0.620 0.004 0.212 0.164
#> GSM311915 2 0.230 0.8035 0.000 0.920 0.016 0.064
#> GSM311916 1 0.531 0.5500 0.748 0.000 0.108 0.144
#> GSM311917 1 0.448 0.4898 0.728 0.000 0.008 0.264
#> GSM311918 3 0.652 0.4617 0.348 0.000 0.564 0.088
#> GSM311919 1 0.428 0.4646 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM311920 1 0.895 0.1738 0.452 0.188 0.088 0.272
#> GSM311921 3 0.774 0.4763 0.328 0.068 0.532 0.072
#> GSM311922 1 0.632 0.2424 0.672 0.036 0.244 0.048
#> GSM311923 3 0.548 0.4093 0.368 0.000 0.608 0.024
#> GSM311831 4 0.459 0.6689 0.084 0.116 0.000 0.800
#> GSM311878 1 0.771 -0.0435 0.468 0.004 0.208 0.320
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.302 0.7432 0.000 0.876 0.020 0.024 0.080
#> GSM311762 4 0.691 0.1436 0.148 0.000 0.396 0.428 0.028
#> GSM311763 4 0.713 0.2261 0.136 0.008 0.372 0.452 0.032
#> GSM311764 1 0.847 0.0241 0.372 0.136 0.132 0.336 0.024
#> GSM311765 5 0.096 0.9038 0.016 0.004 0.008 0.000 0.972
#> GSM311766 2 0.262 0.8283 0.000 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM311767 1 0.455 0.3221 0.668 0.000 0.304 0.028 0.000
#> GSM311768 1 0.479 0.5829 0.760 0.000 0.068 0.144 0.028
#> GSM311769 1 0.497 0.1507 0.612 0.000 0.356 0.020 0.012
#> GSM311770 1 0.661 0.4590 0.656 0.028 0.124 0.140 0.052
#> GSM311771 1 0.581 0.4011 0.664 0.000 0.220 0.064 0.052
#> GSM311772 2 0.374 0.7986 0.000 0.788 0.020 0.188 0.004
#> GSM311773 4 0.298 0.6855 0.040 0.096 0.000 0.864 0.000
#> GSM311774 1 0.661 0.4590 0.656 0.028 0.124 0.140 0.052
#> GSM311775 1 0.681 0.4272 0.632 0.028 0.172 0.116 0.052
#> GSM311776 2 0.643 0.3968 0.052 0.496 0.040 0.404 0.008
#> GSM311777 1 0.785 0.3458 0.556 0.148 0.076 0.164 0.056
#> GSM311778 1 0.545 0.5080 0.756 0.056 0.080 0.028 0.080
#> GSM311779 1 0.393 0.4940 0.716 0.000 0.008 0.276 0.000
#> GSM311780 4 0.348 0.7403 0.124 0.048 0.000 0.828 0.000
#> GSM311781 4 0.407 0.6944 0.212 0.020 0.008 0.760 0.000
#> GSM311782 4 0.415 0.6717 0.236 0.016 0.008 0.740 0.000
#> GSM311783 1 0.380 0.5497 0.808 0.000 0.128 0.064 0.000
#> GSM311784 1 0.441 0.5297 0.792 0.000 0.124 0.044 0.040
#> GSM311785 3 0.329 0.8353 0.172 0.000 0.816 0.008 0.004
#> GSM311786 1 0.581 0.4011 0.664 0.000 0.220 0.064 0.052
#> GSM311787 5 0.120 0.9024 0.016 0.012 0.008 0.000 0.964
#> GSM311788 1 0.576 0.2975 0.560 0.016 0.048 0.372 0.004
#> GSM311789 1 0.622 0.4177 0.652 0.004 0.200 0.072 0.072
#> GSM311790 2 0.218 0.8214 0.000 0.912 0.008 0.072 0.008
#> GSM311791 2 0.344 0.8084 0.000 0.808 0.012 0.176 0.004
#> GSM311792 1 0.386 0.5517 0.804 0.000 0.128 0.068 0.000
#> GSM311793 2 0.262 0.8283 0.000 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM311794 2 0.302 0.7432 0.000 0.876 0.020 0.024 0.080
#> GSM311795 3 0.335 0.8344 0.148 0.000 0.828 0.020 0.004
#> GSM311796 1 0.408 0.5711 0.760 0.016 0.000 0.212 0.012
#> GSM311797 1 0.559 -0.2112 0.504 0.000 0.436 0.008 0.052
#> GSM311798 1 0.622 0.4177 0.652 0.004 0.200 0.072 0.072
#> GSM311799 2 0.643 0.3968 0.052 0.496 0.040 0.404 0.008
#> GSM311800 1 0.591 0.4088 0.596 0.032 0.040 0.324 0.008
#> GSM311801 5 0.109 0.9037 0.016 0.008 0.008 0.000 0.968
#> GSM311802 1 0.474 0.4999 0.764 0.000 0.148 0.040 0.048
#> GSM311803 5 0.584 0.6513 0.136 0.000 0.136 0.044 0.684
#> GSM311804 4 0.415 0.6717 0.236 0.016 0.008 0.740 0.000
#> GSM311805 3 0.331 0.8289 0.144 0.000 0.832 0.020 0.004
#> GSM311806 1 0.700 -0.1820 0.392 0.252 0.004 0.348 0.004
#> GSM311807 2 0.374 0.7986 0.000 0.788 0.020 0.188 0.004
#> GSM311808 1 0.512 0.5406 0.708 0.016 0.032 0.228 0.016
#> GSM311809 1 0.443 0.4499 0.708 0.000 0.256 0.036 0.000
#> GSM311810 4 0.370 0.6992 0.060 0.076 0.016 0.844 0.004
#> GSM311811 1 0.557 -0.1457 0.524 0.000 0.416 0.008 0.052
#> GSM311812 3 0.331 0.8289 0.144 0.000 0.832 0.020 0.004
#> GSM311813 1 0.389 0.5026 0.724 0.000 0.008 0.268 0.000
#> GSM311814 1 0.396 0.6024 0.796 0.008 0.008 0.168 0.020
#> GSM311815 1 0.573 0.4170 0.680 0.000 0.200 0.064 0.056
#> GSM311816 1 0.309 0.5957 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> GSM311817 1 0.436 0.5781 0.752 0.008 0.016 0.212 0.012
#> GSM311818 2 0.795 0.4386 0.236 0.492 0.036 0.180 0.056
#> GSM311819 1 0.499 0.5482 0.716 0.012 0.032 0.224 0.016
#> GSM311820 1 0.309 0.5957 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> GSM311821 1 0.309 0.5957 0.824 0.000 0.008 0.168 0.000
#> GSM311822 1 0.417 0.5334 0.812 0.004 0.112 0.024 0.048
#> GSM311823 2 0.254 0.8125 0.000 0.900 0.012 0.068 0.020
#> GSM311824 1 0.386 0.5079 0.728 0.000 0.008 0.264 0.000
#> GSM311825 1 0.566 -0.1376 0.524 0.000 0.412 0.012 0.052
#> GSM311826 1 0.450 0.3071 0.664 0.000 0.312 0.024 0.000
#> GSM311827 1 0.674 0.1765 0.516 0.008 0.064 0.056 0.356
#> GSM311828 5 0.120 0.9024 0.016 0.012 0.008 0.000 0.964
#> GSM311829 1 0.386 0.5079 0.728 0.000 0.008 0.264 0.000
#> GSM311830 2 0.391 0.8156 0.012 0.812 0.004 0.140 0.032
#> GSM311832 4 0.348 0.7403 0.124 0.048 0.000 0.828 0.000
#> GSM311833 2 0.510 0.7424 0.012 0.692 0.040 0.248 0.008
#> GSM311834 2 0.239 0.8274 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> GSM311835 1 0.362 0.5132 0.804 0.000 0.164 0.032 0.000
#> GSM311836 4 0.344 0.7046 0.188 0.004 0.008 0.800 0.000
#> GSM311837 2 0.302 0.7432 0.000 0.876 0.020 0.024 0.080
#> GSM311838 2 0.223 0.8276 0.000 0.900 0.004 0.092 0.004
#> GSM311839 4 0.328 0.7077 0.184 0.004 0.004 0.808 0.000
#> GSM311840 2 0.302 0.7432 0.000 0.876 0.020 0.024 0.080
#> GSM311841 3 0.457 0.7021 0.332 0.000 0.648 0.016 0.004
#> GSM311842 1 0.604 0.4588 0.708 0.020 0.100 0.072 0.100
#> GSM311843 1 0.369 0.5067 0.796 0.000 0.172 0.032 0.000
#> GSM311844 2 0.344 0.8084 0.000 0.808 0.012 0.176 0.004
#> GSM311845 5 0.315 0.8560 0.052 0.004 0.024 0.040 0.880
#> GSM311846 2 0.510 0.7424 0.012 0.692 0.040 0.248 0.008
#> GSM311847 3 0.378 0.8202 0.216 0.000 0.768 0.012 0.004
#> GSM311848 5 0.096 0.9038 0.016 0.004 0.008 0.000 0.972
#> GSM311849 5 0.223 0.8820 0.036 0.004 0.044 0.000 0.916
#> GSM311850 3 0.457 0.7021 0.332 0.000 0.648 0.016 0.004
#> GSM311851 1 0.835 0.2706 0.468 0.200 0.064 0.212 0.056
#> GSM311852 1 0.592 0.3220 0.560 0.008 0.068 0.356 0.008
#> GSM311853 3 0.376 0.8012 0.148 0.000 0.812 0.028 0.012
#> GSM311854 1 0.348 0.5934 0.828 0.000 0.048 0.124 0.000
#> GSM311855 1 0.502 0.5474 0.708 0.008 0.036 0.232 0.016
#> GSM311856 1 0.560 0.1630 0.604 0.000 0.324 0.020 0.052
#> GSM311857 1 0.362 0.5132 0.804 0.000 0.164 0.032 0.000
#> GSM311858 2 0.344 0.8084 0.000 0.808 0.012 0.176 0.004
#> GSM311859 1 0.320 0.5961 0.820 0.000 0.012 0.168 0.000
#> GSM311860 4 0.565 0.3705 0.368 0.004 0.048 0.568 0.012
#> GSM311861 4 0.581 0.3042 0.384 0.004 0.056 0.544 0.012
#> GSM311862 1 0.388 0.4820 0.708 0.000 0.004 0.288 0.000
#> GSM311863 2 0.212 0.8279 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM311864 1 0.417 0.5873 0.760 0.000 0.048 0.192 0.000
#> GSM311865 1 0.361 0.5078 0.800 0.000 0.172 0.028 0.000
#> GSM311866 1 0.441 0.5297 0.792 0.000 0.124 0.044 0.040
#> GSM311867 1 0.640 0.2994 0.584 0.000 0.280 0.088 0.048
#> GSM311868 1 0.361 0.5078 0.800 0.000 0.172 0.028 0.000
#> GSM311869 2 0.505 0.6902 0.020 0.704 0.020 0.240 0.016
#> GSM311870 2 0.590 0.6233 0.060 0.660 0.040 0.232 0.008
#> GSM311871 1 0.554 -0.2352 0.504 0.000 0.440 0.008 0.048
#> GSM311872 1 0.625 0.3013 0.532 0.012 0.076 0.368 0.012
#> GSM311873 4 0.397 0.4472 0.004 0.276 0.004 0.716 0.000
#> GSM311874 4 0.616 0.2859 0.356 0.008 0.072 0.548 0.016
#> GSM311875 4 0.286 0.7272 0.068 0.056 0.000 0.876 0.000
#> GSM311876 4 0.298 0.6855 0.040 0.096 0.000 0.864 0.000
#> GSM311877 4 0.351 0.7406 0.120 0.052 0.000 0.828 0.000
#> GSM311879 4 0.546 0.6263 0.124 0.188 0.004 0.680 0.004
#> GSM311880 5 0.584 0.6513 0.136 0.000 0.136 0.044 0.684
#> GSM311881 2 0.205 0.8210 0.000 0.920 0.008 0.064 0.008
#> GSM311882 2 0.344 0.8084 0.000 0.808 0.012 0.176 0.004
#> GSM311883 1 0.547 0.3908 0.616 0.020 0.028 0.328 0.008
#> GSM311884 1 0.557 0.5543 0.656 0.000 0.140 0.200 0.004
#> GSM311885 4 0.691 0.1436 0.148 0.000 0.396 0.428 0.028
#> GSM311886 4 0.604 -0.1420 0.012 0.460 0.040 0.468 0.020
#> GSM311887 3 0.378 0.8202 0.216 0.000 0.768 0.012 0.004
#> GSM311888 2 0.330 0.8163 0.008 0.856 0.012 0.108 0.016
#> GSM311889 1 0.610 0.4277 0.656 0.000 0.184 0.108 0.052
#> GSM311890 1 0.661 0.4590 0.656 0.028 0.124 0.140 0.052
#> GSM311891 1 0.443 0.4499 0.708 0.000 0.256 0.036 0.000
#> GSM311892 2 0.262 0.8283 0.000 0.872 0.000 0.116 0.012
#> GSM311893 3 0.457 0.7021 0.332 0.000 0.648 0.016 0.004
#> GSM311894 4 0.722 0.1779 0.352 0.004 0.160 0.448 0.036
#> GSM311895 4 0.625 0.5042 0.116 0.236 0.016 0.620 0.012
#> GSM311896 2 0.510 0.7424 0.012 0.692 0.040 0.248 0.008
#> GSM311897 4 0.419 0.7367 0.124 0.072 0.004 0.796 0.004
#> GSM311898 1 0.497 0.1507 0.612 0.000 0.356 0.020 0.012
#> GSM311899 2 0.510 0.7424 0.012 0.692 0.040 0.248 0.008
#> GSM311900 4 0.419 0.7367 0.124 0.072 0.004 0.796 0.004
#> GSM311901 4 0.648 0.1235 0.032 0.384 0.048 0.516 0.020
#> GSM311902 4 0.328 0.7352 0.140 0.028 0.000 0.832 0.000
#> GSM311903 1 0.735 0.2953 0.572 0.188 0.032 0.048 0.160
#> GSM311904 4 0.535 0.4611 0.336 0.004 0.036 0.612 0.012
#> GSM311905 4 0.348 0.7194 0.176 0.020 0.000 0.804 0.000
#> GSM311906 1 0.625 0.3904 0.628 0.000 0.220 0.104 0.048
#> GSM311907 4 0.601 0.6240 0.200 0.076 0.040 0.672 0.012
#> GSM311908 4 0.328 0.7352 0.140 0.028 0.000 0.832 0.000
#> GSM311909 4 0.319 0.7376 0.132 0.028 0.000 0.840 0.000
#> GSM311910 4 0.348 0.5989 0.020 0.176 0.000 0.804 0.000
#> GSM311911 3 0.613 0.3573 0.336 0.000 0.560 0.076 0.028
#> GSM311912 2 0.302 0.7432 0.000 0.876 0.020 0.024 0.080
#> GSM311913 1 0.568 0.5411 0.644 0.000 0.156 0.196 0.004
#> GSM311914 1 0.619 0.3728 0.628 0.000 0.232 0.092 0.048
#> GSM311915 2 0.254 0.8125 0.000 0.900 0.012 0.068 0.020
#> GSM311916 1 0.479 0.5829 0.760 0.000 0.068 0.144 0.028
#> GSM311917 1 0.397 0.5037 0.724 0.000 0.012 0.264 0.000
#> GSM311918 3 0.335 0.8344 0.148 0.000 0.828 0.020 0.004
#> GSM311919 1 0.388 0.4820 0.708 0.000 0.004 0.288 0.000
#> GSM311920 1 0.833 0.2722 0.472 0.200 0.064 0.208 0.056
#> GSM311921 5 0.096 0.9038 0.016 0.004 0.008 0.000 0.972
#> GSM311922 1 0.682 0.1944 0.572 0.016 0.276 0.044 0.092
#> GSM311923 3 0.340 0.7689 0.160 0.000 0.820 0.008 0.012
#> GSM311831 4 0.293 0.6862 0.040 0.092 0.000 0.868 0.000
#> GSM311878 1 0.708 0.0166 0.404 0.004 0.248 0.336 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.3175 0.710332 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 6 0.7627 -0.031549 0.136 0.088 0.048 0.360 0.000 0.368
#> GSM311763 4 0.7581 0.088262 0.116 0.084 0.048 0.408 0.004 0.340
#> GSM311764 1 0.8546 0.075269 0.308 0.108 0.216 0.252 0.000 0.116
#> GSM311765 5 0.0000 0.905684 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 3 0.4903 -0.001299 0.000 0.360 0.568 0.072 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.4728 0.296608 0.616 0.004 0.000 0.056 0.000 0.324
#> GSM311768 1 0.6056 0.514179 0.648 0.076 0.020 0.168 0.004 0.084
#> GSM311769 1 0.4708 0.099110 0.568 0.008 0.000 0.020 0.008 0.396
#> GSM311770 1 0.7025 0.302030 0.572 0.164 0.116 0.048 0.004 0.096
#> GSM311771 1 0.6582 0.241295 0.572 0.144 0.036 0.032 0.004 0.212
#> GSM311772 3 0.1794 0.582380 0.000 0.040 0.924 0.036 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.2611 0.689049 0.012 0.008 0.116 0.864 0.000 0.000
#> GSM311774 1 0.7025 0.302030 0.572 0.164 0.116 0.048 0.004 0.096
#> GSM311775 1 0.7216 0.263604 0.544 0.164 0.104 0.040 0.004 0.144
#> GSM311776 3 0.4344 0.382720 0.032 0.012 0.728 0.216 0.000 0.012
#> GSM311777 1 0.6961 0.242257 0.504 0.088 0.300 0.040 0.004 0.064
#> GSM311778 1 0.5185 0.458396 0.728 0.120 0.000 0.044 0.032 0.076
#> GSM311779 1 0.3714 0.434829 0.656 0.000 0.000 0.340 0.000 0.004
#> GSM311780 4 0.1856 0.746217 0.048 0.000 0.032 0.920 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.2600 0.705945 0.124 0.000 0.008 0.860 0.000 0.008
#> GSM311782 4 0.2987 0.688128 0.148 0.008 0.004 0.832 0.000 0.008
#> GSM311783 1 0.4243 0.506368 0.744 0.004 0.000 0.104 0.000 0.148
#> GSM311784 1 0.4684 0.479378 0.756 0.024 0.004 0.068 0.016 0.132
#> GSM311785 6 0.2218 0.693933 0.104 0.012 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM311786 1 0.6582 0.241295 0.572 0.144 0.036 0.032 0.004 0.212
#> GSM311787 5 0.0260 0.903878 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311788 1 0.5597 0.240261 0.508 0.024 0.012 0.412 0.004 0.040
#> GSM311789 1 0.6051 0.321510 0.648 0.044 0.040 0.028 0.032 0.208
#> GSM311790 2 0.4720 0.612928 0.000 0.560 0.388 0.052 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.2488 0.573983 0.000 0.076 0.880 0.044 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.4382 0.507442 0.740 0.004 0.004 0.104 0.000 0.148
#> GSM311793 3 0.4903 -0.001299 0.000 0.360 0.568 0.072 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.3175 0.710332 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.2265 0.689312 0.084 0.008 0.004 0.008 0.000 0.896
#> GSM311796 1 0.4352 0.525358 0.700 0.016 0.012 0.260 0.008 0.004
#> GSM311797 6 0.5475 0.298232 0.440 0.036 0.000 0.008 0.032 0.484
#> GSM311798 1 0.6051 0.321510 0.648 0.044 0.040 0.028 0.032 0.208
#> GSM311799 3 0.4344 0.382720 0.032 0.012 0.728 0.216 0.000 0.012
#> GSM311800 1 0.6355 0.369519 0.540 0.028 0.068 0.320 0.008 0.036
#> GSM311801 5 0.0146 0.905368 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311802 1 0.4991 0.442667 0.728 0.024 0.004 0.060 0.024 0.160
#> GSM311803 5 0.5603 0.661749 0.104 0.028 0.016 0.024 0.700 0.128
#> GSM311804 4 0.2987 0.688128 0.148 0.008 0.004 0.832 0.000 0.008
#> GSM311805 6 0.2365 0.687246 0.084 0.012 0.004 0.008 0.000 0.892
#> GSM311806 4 0.7039 0.153730 0.356 0.124 0.132 0.388 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.1794 0.582380 0.000 0.040 0.924 0.036 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.5260 0.499986 0.652 0.032 0.008 0.264 0.012 0.032
#> GSM311809 1 0.4702 0.405994 0.648 0.004 0.000 0.068 0.000 0.280
#> GSM311810 4 0.3484 0.680452 0.016 0.000 0.188 0.784 0.000 0.012
#> GSM311811 6 0.5475 0.254659 0.460 0.040 0.000 0.008 0.028 0.464
#> GSM311812 6 0.2365 0.687246 0.084 0.012 0.004 0.008 0.000 0.892
#> GSM311813 1 0.3684 0.443422 0.664 0.000 0.000 0.332 0.000 0.004
#> GSM311814 1 0.3899 0.554195 0.744 0.008 0.000 0.224 0.016 0.008
#> GSM311815 1 0.6470 0.263659 0.592 0.148 0.036 0.032 0.004 0.188
#> GSM311816 1 0.3273 0.559639 0.776 0.004 0.000 0.212 0.000 0.008
#> GSM311817 1 0.4717 0.539038 0.688 0.032 0.008 0.252 0.008 0.012
#> GSM311818 3 0.6400 0.219343 0.240 0.140 0.564 0.040 0.008 0.008
#> GSM311819 1 0.5219 0.507516 0.660 0.032 0.008 0.256 0.012 0.032
#> GSM311820 1 0.3273 0.559639 0.776 0.004 0.000 0.212 0.000 0.008
#> GSM311821 1 0.3273 0.559639 0.776 0.004 0.000 0.212 0.000 0.008
#> GSM311822 1 0.4251 0.489419 0.788 0.020 0.000 0.048 0.028 0.116
#> GSM311823 2 0.4631 0.673866 0.000 0.596 0.352 0.052 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.3668 0.449779 0.668 0.000 0.000 0.328 0.000 0.004
#> GSM311825 1 0.5528 -0.293558 0.464 0.044 0.000 0.008 0.028 0.456
#> GSM311826 1 0.4715 0.276042 0.608 0.004 0.000 0.052 0.000 0.336
#> GSM311827 1 0.7007 0.179148 0.500 0.064 0.040 0.020 0.320 0.056
#> GSM311828 5 0.0260 0.903878 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311829 1 0.3668 0.449779 0.668 0.000 0.000 0.328 0.000 0.004
#> GSM311830 3 0.5878 0.041883 0.012 0.328 0.544 0.096 0.020 0.000
#> GSM311832 4 0.1856 0.746217 0.048 0.000 0.032 0.920 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.1296 0.565197 0.004 0.000 0.952 0.032 0.000 0.012
#> GSM311834 3 0.4968 0.001062 0.000 0.368 0.556 0.076 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.4163 0.470622 0.740 0.004 0.000 0.072 0.000 0.184
#> GSM311836 4 0.2261 0.716190 0.104 0.000 0.004 0.884 0.000 0.008
#> GSM311837 2 0.3175 0.710332 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 3 0.4666 -0.051438 0.000 0.388 0.564 0.048 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.1910 0.718667 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.3175 0.710332 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 6 0.3693 0.597951 0.280 0.004 0.000 0.008 0.000 0.708
#> GSM311842 1 0.6016 0.383427 0.696 0.092 0.060 0.024 0.048 0.080
#> GSM311843 1 0.4171 0.463924 0.736 0.004 0.000 0.068 0.000 0.192
#> GSM311844 3 0.2542 0.571938 0.000 0.080 0.876 0.044 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.2636 0.859602 0.032 0.004 0.024 0.024 0.900 0.016
#> GSM311846 3 0.1296 0.565197 0.004 0.000 0.952 0.032 0.000 0.012
#> GSM311847 6 0.2946 0.682365 0.160 0.004 0.000 0.012 0.000 0.824
#> GSM311848 5 0.0000 0.905684 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 5 0.1503 0.886141 0.016 0.000 0.000 0.008 0.944 0.032
#> GSM311850 6 0.3693 0.597951 0.280 0.004 0.000 0.008 0.000 0.708
#> GSM311851 1 0.7018 0.182720 0.432 0.088 0.380 0.052 0.004 0.044
#> GSM311852 1 0.5879 0.262913 0.516 0.020 0.016 0.384 0.008 0.056
#> GSM311853 6 0.2913 0.669144 0.092 0.036 0.000 0.012 0.000 0.860
#> GSM311854 1 0.4024 0.550157 0.752 0.004 0.000 0.180 0.000 0.064
#> GSM311855 1 0.5509 0.506393 0.652 0.028 0.024 0.248 0.012 0.036
#> GSM311856 1 0.5293 -0.005818 0.560 0.028 0.000 0.016 0.024 0.372
#> GSM311857 1 0.4163 0.470622 0.740 0.004 0.000 0.072 0.000 0.184
#> GSM311858 3 0.2433 0.575462 0.000 0.072 0.884 0.044 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.3370 0.559034 0.772 0.004 0.000 0.212 0.000 0.012
#> GSM311860 4 0.5814 0.404274 0.276 0.064 0.008 0.604 0.008 0.040
#> GSM311861 4 0.6072 0.352568 0.284 0.064 0.008 0.580 0.008 0.056
#> GSM311862 1 0.3620 0.421987 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM311863 3 0.4640 -0.000696 0.000 0.376 0.576 0.048 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.4145 0.538080 0.700 0.000 0.000 0.252 0.000 0.048
#> GSM311865 1 0.4201 0.462505 0.732 0.004 0.000 0.068 0.000 0.196
#> GSM311866 1 0.4684 0.479378 0.756 0.024 0.004 0.068 0.016 0.132
#> GSM311867 1 0.7032 0.097501 0.480 0.164 0.048 0.032 0.000 0.276
#> GSM311868 1 0.4201 0.462505 0.732 0.004 0.000 0.068 0.000 0.196
#> GSM311869 2 0.6345 0.400473 0.012 0.432 0.332 0.220 0.000 0.004
#> GSM311870 2 0.7276 0.339361 0.040 0.404 0.304 0.224 0.004 0.024
#> GSM311871 6 0.5413 0.309976 0.436 0.032 0.000 0.008 0.032 0.492
#> GSM311872 1 0.6079 0.236243 0.492 0.020 0.016 0.396 0.012 0.064
#> GSM311873 4 0.4639 0.452021 0.000 0.084 0.256 0.660 0.000 0.000
#> GSM311874 4 0.5694 0.320060 0.320 0.008 0.016 0.580 0.016 0.060
#> GSM311875 4 0.1951 0.728987 0.016 0.000 0.076 0.908 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.2611 0.689049 0.012 0.008 0.116 0.864 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1863 0.746926 0.044 0.000 0.036 0.920 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.4374 0.609610 0.052 0.012 0.224 0.712 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.5603 0.661749 0.104 0.028 0.016 0.024 0.700 0.128
#> GSM311881 2 0.4648 0.570427 0.000 0.548 0.408 0.044 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.2542 0.571908 0.000 0.080 0.876 0.044 0.000 0.000
#> GSM311883 1 0.5585 0.348616 0.556 0.020 0.024 0.364 0.008 0.028
#> GSM311884 1 0.6321 0.496428 0.552 0.040 0.008 0.236 0.000 0.164
#> GSM311885 6 0.7627 -0.031549 0.136 0.088 0.048 0.360 0.000 0.368
#> GSM311886 4 0.6327 -0.138914 0.000 0.272 0.268 0.444 0.000 0.016
#> GSM311887 6 0.2946 0.682365 0.160 0.004 0.000 0.012 0.000 0.824
#> GSM311888 2 0.5372 0.593732 0.004 0.540 0.348 0.108 0.000 0.000
#> GSM311889 1 0.6924 0.258593 0.564 0.164 0.068 0.036 0.004 0.164
#> GSM311890 1 0.7025 0.302030 0.572 0.164 0.116 0.048 0.004 0.096
#> GSM311891 1 0.4702 0.405994 0.648 0.004 0.000 0.068 0.000 0.280
#> GSM311892 3 0.4903 -0.001299 0.000 0.360 0.568 0.072 0.000 0.000
#> GSM311893 6 0.3693 0.597951 0.280 0.004 0.000 0.008 0.000 0.708
#> GSM311894 4 0.7345 0.190246 0.300 0.068 0.008 0.456 0.028 0.140
#> GSM311895 4 0.5483 0.470552 0.076 0.040 0.276 0.608 0.000 0.000
#> GSM311896 3 0.1296 0.565197 0.004 0.000 0.952 0.032 0.000 0.012
#> GSM311897 4 0.3002 0.732316 0.048 0.004 0.100 0.848 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.4708 0.099110 0.568 0.008 0.000 0.020 0.008 0.396
#> GSM311899 3 0.1296 0.565197 0.004 0.000 0.952 0.032 0.000 0.012
#> GSM311900 4 0.3002 0.732316 0.048 0.004 0.100 0.848 0.000 0.000
#> GSM311901 4 0.6524 0.152106 0.012 0.216 0.236 0.508 0.000 0.028
#> GSM311902 4 0.1951 0.742176 0.060 0.004 0.020 0.916 0.000 0.000
#> GSM311903 1 0.5927 0.249494 0.568 0.316 0.052 0.008 0.048 0.008
#> GSM311904 4 0.5430 0.474109 0.260 0.044 0.012 0.644 0.008 0.032
#> GSM311905 4 0.2214 0.728738 0.092 0.004 0.012 0.892 0.000 0.000
#> GSM311906 1 0.7100 0.203678 0.524 0.164 0.064 0.032 0.004 0.212
#> GSM311907 4 0.6127 0.592964 0.112 0.064 0.188 0.620 0.000 0.016
#> GSM311908 4 0.1863 0.741490 0.060 0.004 0.016 0.920 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.1578 0.743322 0.048 0.004 0.012 0.936 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.3455 0.608481 0.000 0.036 0.180 0.784 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.6471 0.409479 0.216 0.144 0.036 0.032 0.000 0.572
#> GSM311912 2 0.3175 0.710332 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.6256 0.487888 0.560 0.036 0.008 0.224 0.000 0.172
#> GSM311914 1 0.6972 0.198829 0.532 0.164 0.052 0.032 0.004 0.216
#> GSM311915 2 0.4631 0.673866 0.000 0.596 0.352 0.052 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.6056 0.514179 0.648 0.076 0.020 0.168 0.004 0.084
#> GSM311917 1 0.3774 0.447430 0.664 0.000 0.000 0.328 0.000 0.008
#> GSM311918 6 0.2265 0.689312 0.084 0.008 0.004 0.008 0.000 0.896
#> GSM311919 1 0.3620 0.421987 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM311920 1 0.6969 0.187451 0.436 0.088 0.380 0.048 0.004 0.044
#> GSM311921 5 0.0000 0.905684 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.6655 0.040030 0.532 0.096 0.024 0.012 0.040 0.296
#> GSM311923 6 0.3048 0.638611 0.100 0.044 0.000 0.008 0.000 0.848
#> GSM311831 4 0.2400 0.692621 0.008 0.004 0.116 0.872 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.7192 0.057994 0.380 0.036 0.028 0.332 0.000 0.224
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:hclust 150 0.8154 2
#> CV:hclust 137 0.0824 3
#> CV:hclust 79 0.2914 4
#> CV:hclust 105 0.4629 5
#> CV:hclust 79 0.7577 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.785 0.882 0.944 0.4880 0.509 0.509
#> 3 3 0.480 0.581 0.777 0.3316 0.705 0.486
#> 4 4 0.548 0.521 0.710 0.1241 0.843 0.584
#> 5 5 0.628 0.487 0.696 0.0692 0.875 0.580
#> 6 6 0.665 0.511 0.672 0.0449 0.864 0.494
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311762 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311763 1 0.9661 0.3610 0.608 0.392
#> GSM311764 2 0.2236 0.9169 0.036 0.964
#> GSM311765 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311766 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311767 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311768 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311769 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311770 2 0.5059 0.8488 0.112 0.888
#> GSM311771 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311772 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311774 2 0.4431 0.8689 0.092 0.908
#> GSM311775 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311776 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311777 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311778 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311779 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311780 2 0.8499 0.6435 0.276 0.724
#> GSM311781 1 0.1184 0.9384 0.984 0.016
#> GSM311782 1 0.7056 0.7587 0.808 0.192
#> GSM311783 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311784 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311785 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311787 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311788 2 0.9944 0.1817 0.456 0.544
#> GSM311789 1 0.9993 0.0357 0.516 0.484
#> GSM311790 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311791 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311792 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311793 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311795 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311796 2 0.9732 0.3559 0.404 0.596
#> GSM311797 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311798 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311799 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311800 1 0.7299 0.7644 0.796 0.204
#> GSM311801 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311802 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311803 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311804 1 0.6623 0.7855 0.828 0.172
#> GSM311805 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311806 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311807 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311808 1 0.9635 0.3692 0.612 0.388
#> GSM311809 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311810 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311811 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311812 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311813 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311814 1 0.4161 0.8830 0.916 0.084
#> GSM311815 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311816 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311817 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311820 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311821 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311822 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311823 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311824 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311825 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311826 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311827 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311829 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311830 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311832 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311833 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311834 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311835 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311836 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311837 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311838 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311839 1 0.5059 0.8545 0.888 0.112
#> GSM311840 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311841 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311842 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311843 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311844 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311846 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311847 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311848 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311849 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311850 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311851 2 0.1414 0.9253 0.020 0.980
#> GSM311852 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311853 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311854 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311855 1 0.1184 0.9410 0.984 0.016
#> GSM311856 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311857 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311858 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311860 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311861 1 0.1184 0.9376 0.984 0.016
#> GSM311862 1 0.5842 0.8247 0.860 0.140
#> GSM311863 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311864 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311865 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311866 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311867 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311868 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311869 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311870 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311871 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311872 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311873 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311874 1 0.7745 0.7056 0.772 0.228
#> GSM311875 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.9000 0.5681 0.316 0.684
#> GSM311877 1 0.9209 0.5005 0.664 0.336
#> GSM311879 2 0.0376 0.9335 0.004 0.996
#> GSM311880 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311881 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311882 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311884 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.9833 0.2703 0.424 0.576
#> GSM311886 2 0.1633 0.9362 0.024 0.976
#> GSM311887 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311889 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311890 2 0.5294 0.8400 0.120 0.880
#> GSM311891 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311893 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311894 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311895 2 0.0376 0.9335 0.004 0.996
#> GSM311896 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311897 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311899 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311900 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.4431 0.8879 0.092 0.908
#> GSM311902 1 0.9732 0.3247 0.596 0.404
#> GSM311903 2 0.2778 0.9245 0.048 0.952
#> GSM311904 1 0.5408 0.8421 0.876 0.124
#> GSM311905 1 0.8207 0.6597 0.744 0.256
#> GSM311906 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311907 2 0.8661 0.5921 0.288 0.712
#> GSM311908 2 0.7883 0.7091 0.236 0.764
#> GSM311909 2 0.9000 0.5681 0.316 0.684
#> GSM311910 2 0.0000 0.9325 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311912 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311913 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311914 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311915 2 0.1843 0.9358 0.028 0.972
#> GSM311916 1 0.1843 0.9324 0.972 0.028
#> GSM311917 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.1633 0.9339 0.976 0.024
#> GSM311919 1 0.9170 0.5091 0.668 0.332
#> GSM311920 2 0.0376 0.9307 0.004 0.996
#> GSM311921 1 0.5519 0.8389 0.872 0.128
#> GSM311922 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311923 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
#> GSM311831 2 0.7139 0.7667 0.196 0.804
#> GSM311878 1 0.0376 0.9451 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0237 0.881 0.000 0.996 0.004
#> GSM311762 1 0.5623 0.663 0.716 0.004 0.280
#> GSM311763 3 0.7670 0.629 0.164 0.152 0.684
#> GSM311764 3 0.6952 -0.164 0.024 0.376 0.600
#> GSM311765 2 0.0592 0.874 0.000 0.988 0.012
#> GSM311766 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.1529 0.721 0.960 0.000 0.040
#> GSM311768 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311769 1 0.1031 0.730 0.976 0.000 0.024
#> GSM311770 3 0.9457 -0.173 0.188 0.352 0.460
#> GSM311771 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311772 2 0.5785 0.529 0.000 0.668 0.332
#> GSM311773 3 0.6337 0.519 0.028 0.264 0.708
#> GSM311774 3 0.9356 -0.195 0.172 0.368 0.460
#> GSM311775 1 0.5722 0.652 0.704 0.004 0.292
#> GSM311776 3 0.6309 -0.359 0.000 0.496 0.504
#> GSM311777 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311778 1 0.3686 0.621 0.860 0.000 0.140
#> GSM311779 3 0.6026 0.519 0.376 0.000 0.624
#> GSM311780 3 0.7202 0.640 0.160 0.124 0.716
#> GSM311781 3 0.5621 0.596 0.308 0.000 0.692
#> GSM311782 3 0.5785 0.573 0.332 0.000 0.668
#> GSM311783 1 0.5810 0.282 0.664 0.000 0.336
#> GSM311784 3 0.6299 0.328 0.476 0.000 0.524
#> GSM311785 1 0.2448 0.732 0.924 0.000 0.076
#> GSM311786 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311787 2 0.0592 0.874 0.000 0.988 0.012
#> GSM311788 3 0.7192 0.641 0.164 0.120 0.716
#> GSM311789 2 0.9208 0.297 0.264 0.532 0.204
#> GSM311790 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311791 2 0.4121 0.775 0.000 0.832 0.168
#> GSM311792 1 0.5291 0.425 0.732 0.000 0.268
#> GSM311793 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0237 0.881 0.000 0.996 0.004
#> GSM311795 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311796 3 0.5815 0.599 0.304 0.004 0.692
#> GSM311797 1 0.0000 0.740 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.3030 0.727 0.904 0.004 0.092
#> GSM311799 3 0.6309 -0.334 0.000 0.496 0.504
#> GSM311800 3 0.1647 0.511 0.036 0.004 0.960
#> GSM311801 2 0.0592 0.874 0.000 0.988 0.012
#> GSM311802 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311803 1 0.5831 0.659 0.708 0.008 0.284
#> GSM311804 3 0.5650 0.593 0.312 0.000 0.688
#> GSM311805 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311806 3 0.6452 0.526 0.032 0.264 0.704
#> GSM311807 2 0.4654 0.743 0.000 0.792 0.208
#> GSM311808 3 0.7199 0.645 0.180 0.108 0.712
#> GSM311809 1 0.2165 0.701 0.936 0.000 0.064
#> GSM311810 3 0.5465 0.430 0.000 0.288 0.712
#> GSM311811 1 0.1031 0.739 0.976 0.000 0.024
#> GSM311812 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311813 3 0.6079 0.502 0.388 0.000 0.612
#> GSM311814 3 0.6140 0.475 0.404 0.000 0.596
#> GSM311815 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311816 3 0.6299 0.328 0.476 0.000 0.524
#> GSM311817 3 0.6280 0.370 0.460 0.000 0.540
#> GSM311818 2 0.4452 0.751 0.000 0.808 0.192
#> GSM311819 1 0.4521 0.606 0.816 0.004 0.180
#> GSM311820 1 0.5785 0.292 0.668 0.000 0.332
#> GSM311821 1 0.5760 0.302 0.672 0.000 0.328
#> GSM311822 1 0.1031 0.730 0.976 0.000 0.024
#> GSM311823 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311824 3 0.6299 0.328 0.476 0.000 0.524
#> GSM311825 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311826 1 0.1031 0.730 0.976 0.000 0.024
#> GSM311827 2 0.2959 0.803 0.000 0.900 0.100
#> GSM311828 2 0.0592 0.874 0.000 0.988 0.012
#> GSM311829 1 0.5810 0.282 0.664 0.000 0.336
#> GSM311830 2 0.2625 0.850 0.000 0.916 0.084
#> GSM311832 3 0.6379 0.529 0.032 0.256 0.712
#> GSM311833 3 0.6738 -0.118 0.020 0.356 0.624
#> GSM311834 2 0.1529 0.869 0.000 0.960 0.040
#> GSM311835 1 0.5810 0.282 0.664 0.000 0.336
#> GSM311836 3 0.6062 0.508 0.384 0.000 0.616
#> GSM311837 2 0.0237 0.881 0.000 0.996 0.004
#> GSM311838 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311839 3 0.5560 0.601 0.300 0.000 0.700
#> GSM311840 2 0.0237 0.881 0.000 0.996 0.004
#> GSM311841 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311842 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311843 1 0.1529 0.721 0.960 0.000 0.040
#> GSM311844 2 0.2261 0.855 0.000 0.932 0.068
#> GSM311845 2 0.1289 0.874 0.000 0.968 0.032
#> GSM311846 2 0.5835 0.616 0.000 0.660 0.340
#> GSM311847 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311848 2 0.0592 0.874 0.000 0.988 0.012
#> GSM311849 1 0.1170 0.736 0.976 0.008 0.016
#> GSM311850 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311851 3 0.9054 -0.252 0.136 0.404 0.460
#> GSM311852 1 0.5760 0.287 0.672 0.000 0.328
#> GSM311853 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311854 1 0.5760 0.302 0.672 0.000 0.328
#> GSM311855 1 0.5688 0.695 0.788 0.044 0.168
#> GSM311856 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311857 1 0.5810 0.282 0.664 0.000 0.336
#> GSM311858 2 0.4452 0.751 0.000 0.808 0.192
#> GSM311859 3 0.6299 0.328 0.476 0.000 0.524
#> GSM311860 3 0.5216 0.525 0.260 0.000 0.740
#> GSM311861 1 0.5810 0.259 0.664 0.000 0.336
#> GSM311862 3 0.5650 0.593 0.312 0.000 0.688
#> GSM311863 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311864 3 0.6299 0.328 0.476 0.000 0.524
#> GSM311865 1 0.1031 0.730 0.976 0.000 0.024
#> GSM311866 1 0.1529 0.721 0.960 0.000 0.040
#> GSM311867 1 0.5656 0.660 0.712 0.004 0.284
#> GSM311868 1 0.1031 0.730 0.976 0.000 0.024
#> GSM311869 2 0.0237 0.880 0.000 0.996 0.004
#> GSM311870 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000
#> GSM311871 1 0.2066 0.734 0.940 0.000 0.060
#> GSM311872 3 0.6291 0.347 0.468 0.000 0.532
#> GSM311873 2 0.6154 0.360 0.000 0.592 0.408
#> GSM311874 3 0.7226 0.631 0.228 0.080 0.692
#> GSM311875 3 0.6379 0.529 0.032 0.256 0.712
#> GSM311876 3 0.7148 0.607 0.108 0.176 0.716
#> GSM311877 3 0.5623 0.610 0.280 0.004 0.716
#> GSM311879 3 0.6337 0.517 0.028 0.264 0.708
#> GSM311880 1 0.6561 0.632 0.756 0.144 0.100
#> GSM311881 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311882 2 0.4399 0.756 0.000 0.812 0.188
#> GSM311883 3 0.6482 0.480 0.024 0.296 0.680
#> GSM311884 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311885 1 0.9889 0.236 0.408 0.300 0.292
#> GSM311886 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311887 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311888 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311889 1 0.5553 0.670 0.724 0.004 0.272
#> GSM311890 3 0.9615 -0.124 0.224 0.316 0.460
#> GSM311891 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311892 2 0.3267 0.820 0.000 0.884 0.116
#> GSM311893 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311894 1 0.5760 0.302 0.672 0.000 0.328
#> GSM311895 3 0.6420 0.483 0.024 0.288 0.688
#> GSM311896 3 0.6168 -0.198 0.000 0.412 0.588
#> GSM311897 3 0.6441 0.502 0.028 0.276 0.696
#> GSM311898 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311899 3 0.6881 -0.189 0.020 0.388 0.592
#> GSM311900 3 0.6154 0.228 0.000 0.408 0.592
#> GSM311901 3 0.8793 0.356 0.112 0.436 0.452
#> GSM311902 3 0.5690 0.607 0.288 0.004 0.708
#> GSM311903 2 0.3888 0.806 0.064 0.888 0.048
#> GSM311904 3 0.5621 0.596 0.308 0.000 0.692
#> GSM311905 3 0.5785 0.602 0.300 0.004 0.696
#> GSM311906 1 0.5722 0.652 0.704 0.004 0.292
#> GSM311907 3 0.1620 0.518 0.024 0.012 0.964
#> GSM311908 3 0.7133 0.597 0.096 0.192 0.712
#> GSM311909 3 0.7148 0.607 0.108 0.176 0.716
#> GSM311910 2 0.6045 0.432 0.000 0.620 0.380
#> GSM311911 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311912 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0237 0.740 0.996 0.000 0.004
#> GSM311914 1 0.5656 0.660 0.712 0.004 0.284
#> GSM311915 2 0.0424 0.881 0.000 0.992 0.008
#> GSM311916 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311917 1 0.5098 0.451 0.752 0.000 0.248
#> GSM311918 1 0.5327 0.672 0.728 0.000 0.272
#> GSM311919 3 0.5785 0.602 0.300 0.004 0.696
#> GSM311920 2 0.6204 0.502 0.000 0.576 0.424
#> GSM311921 1 0.7884 0.497 0.640 0.260 0.100
#> GSM311922 1 0.3030 0.727 0.904 0.004 0.092
#> GSM311923 1 0.0000 0.740 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 3 0.7047 0.584 0.084 0.204 0.712
#> GSM311878 1 0.5948 0.212 0.640 0.000 0.360
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0592 0.8569 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311762 3 0.5288 0.4100 0.472 0.000 0.520 0.008
#> GSM311763 4 0.2862 0.6646 0.076 0.012 0.012 0.900
#> GSM311764 3 0.4352 0.5140 0.000 0.080 0.816 0.104
#> GSM311765 2 0.2958 0.8124 0.028 0.896 0.072 0.004
#> GSM311766 2 0.0188 0.8544 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311767 1 0.3266 0.6788 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311768 3 0.4994 0.4199 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM311769 1 0.2216 0.7004 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311770 3 0.3166 0.5543 0.012 0.080 0.888 0.020
#> GSM311771 3 0.4998 0.3956 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM311772 4 0.6937 0.1464 0.000 0.124 0.344 0.532
#> GSM311773 4 0.2871 0.6158 0.000 0.032 0.072 0.896
#> GSM311774 3 0.3272 0.5525 0.012 0.080 0.884 0.024
#> GSM311775 3 0.3311 0.6048 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM311776 3 0.6712 0.2461 0.000 0.104 0.552 0.344
#> GSM311777 3 0.4661 0.5494 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM311778 1 0.4134 0.5957 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM311779 4 0.4837 0.3907 0.348 0.000 0.004 0.648
#> GSM311780 4 0.0188 0.6778 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311781 4 0.3172 0.6321 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311782 4 0.3688 0.5945 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311783 1 0.4950 0.4191 0.620 0.000 0.004 0.376
#> GSM311784 4 0.5143 0.1248 0.456 0.000 0.004 0.540
#> GSM311785 1 0.3448 0.4662 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM311786 3 0.4992 0.4133 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM311787 2 0.2856 0.8148 0.024 0.900 0.072 0.004
#> GSM311788 4 0.0524 0.6776 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM311789 3 0.9688 0.1980 0.304 0.172 0.340 0.184
#> GSM311790 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311791 2 0.7566 0.3143 0.000 0.468 0.320 0.212
#> GSM311792 1 0.4741 0.5040 0.668 0.000 0.004 0.328
#> GSM311793 2 0.0188 0.8544 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311794 2 0.0592 0.8569 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311795 1 0.4999 -0.3935 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM311796 4 0.4011 0.5975 0.208 0.000 0.008 0.784
#> GSM311797 1 0.1913 0.6446 0.940 0.000 0.040 0.020
#> GSM311798 1 0.4122 0.3108 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM311799 3 0.6554 0.2015 0.000 0.084 0.540 0.376
#> GSM311800 3 0.5367 0.3597 0.032 0.000 0.664 0.304
#> GSM311801 2 0.2856 0.8148 0.024 0.900 0.072 0.004
#> GSM311802 1 0.2281 0.7017 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311803 3 0.5679 0.3646 0.484 0.016 0.496 0.004
#> GSM311804 4 0.3356 0.6199 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311805 3 0.4999 0.3880 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM311806 4 0.0592 0.6754 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311807 3 0.7526 -0.0511 0.000 0.332 0.468 0.200
#> GSM311808 4 0.3182 0.6484 0.132 0.004 0.004 0.860
#> GSM311809 1 0.3400 0.6715 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM311810 4 0.5917 0.2832 0.000 0.056 0.320 0.624
#> GSM311811 1 0.1297 0.6608 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM311812 3 0.5000 0.3837 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM311813 4 0.4905 0.3568 0.364 0.000 0.004 0.632
#> GSM311814 4 0.5132 0.1480 0.448 0.000 0.004 0.548
#> GSM311815 3 0.4790 0.5190 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM311816 4 0.5070 0.2357 0.416 0.000 0.004 0.580
#> GSM311817 4 0.5277 0.0925 0.460 0.000 0.008 0.532
#> GSM311818 2 0.7454 0.2695 0.000 0.448 0.376 0.176
#> GSM311819 1 0.6602 0.5302 0.620 0.004 0.112 0.264
#> GSM311820 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311821 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311822 1 0.2760 0.6972 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311823 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311824 4 0.5137 0.1378 0.452 0.000 0.004 0.544
#> GSM311825 1 0.1929 0.6558 0.940 0.000 0.036 0.024
#> GSM311826 1 0.2530 0.7020 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311827 2 0.5051 0.6564 0.028 0.724 0.244 0.004
#> GSM311828 2 0.2856 0.8148 0.024 0.900 0.072 0.004
#> GSM311829 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311830 2 0.3385 0.8234 0.008 0.880 0.072 0.040
#> GSM311832 4 0.2060 0.6448 0.000 0.016 0.052 0.932
#> GSM311833 3 0.5520 0.4311 0.000 0.060 0.696 0.244
#> GSM311834 2 0.5371 0.6508 0.000 0.732 0.080 0.188
#> GSM311835 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311836 4 0.4252 0.5415 0.252 0.000 0.004 0.744
#> GSM311837 2 0.0592 0.8569 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311838 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311839 4 0.2081 0.6639 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM311840 2 0.0592 0.8569 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311841 1 0.2411 0.6656 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM311842 3 0.4907 0.4908 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM311843 1 0.3266 0.6788 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311844 2 0.7067 0.4547 0.000 0.568 0.244 0.188
#> GSM311845 2 0.3067 0.8137 0.024 0.888 0.084 0.004
#> GSM311846 3 0.7277 0.1407 0.000 0.260 0.536 0.204
#> GSM311847 1 0.2411 0.6656 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM311848 2 0.2958 0.8124 0.028 0.896 0.072 0.004
#> GSM311849 1 0.5484 0.5763 0.776 0.072 0.112 0.040
#> GSM311850 1 0.2411 0.6617 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM311851 3 0.3272 0.5525 0.012 0.080 0.884 0.024
#> GSM311852 1 0.4950 0.4155 0.620 0.000 0.004 0.376
#> GSM311853 1 0.5000 -0.3973 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM311854 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311855 1 0.6659 -0.1386 0.468 0.000 0.448 0.084
#> GSM311856 1 0.1706 0.6739 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM311857 1 0.4920 0.4374 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM311858 2 0.7517 0.3433 0.000 0.484 0.304 0.212
#> GSM311859 4 0.5163 0.0403 0.480 0.000 0.004 0.516
#> GSM311860 4 0.5397 0.5710 0.212 0.000 0.068 0.720
#> GSM311861 1 0.5982 0.2099 0.524 0.000 0.040 0.436
#> GSM311862 4 0.3831 0.6014 0.204 0.000 0.004 0.792
#> GSM311863 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311864 4 0.5147 0.1133 0.460 0.000 0.004 0.536
#> GSM311865 1 0.3172 0.6835 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM311866 1 0.3448 0.6773 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM311867 3 0.4624 0.5464 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM311868 1 0.3123 0.6858 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM311869 2 0.0336 0.8555 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311870 2 0.0992 0.8490 0.004 0.976 0.012 0.008
#> GSM311871 1 0.2342 0.5905 0.912 0.000 0.080 0.008
#> GSM311872 4 0.4855 0.3808 0.352 0.000 0.004 0.644
#> GSM311873 4 0.6776 0.2974 0.000 0.176 0.216 0.608
#> GSM311874 4 0.3805 0.6314 0.148 0.012 0.008 0.832
#> GSM311875 4 0.3280 0.5838 0.000 0.016 0.124 0.860
#> GSM311876 4 0.0336 0.6773 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311877 4 0.0592 0.6776 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM311879 4 0.4095 0.5168 0.000 0.016 0.192 0.792
#> GSM311880 1 0.7641 -0.0605 0.500 0.232 0.264 0.004
#> GSM311881 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311882 2 0.7517 0.3433 0.000 0.484 0.304 0.212
#> GSM311883 4 0.4985 0.5486 0.008 0.092 0.112 0.788
#> GSM311884 1 0.2831 0.6988 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM311885 3 0.5173 0.6057 0.152 0.072 0.768 0.008
#> GSM311886 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311887 1 0.2124 0.6560 0.932 0.000 0.040 0.028
#> GSM311888 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311889 3 0.4804 0.5155 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM311890 3 0.2950 0.5627 0.012 0.068 0.900 0.020
#> GSM311891 1 0.2021 0.6531 0.936 0.000 0.040 0.024
#> GSM311892 2 0.2996 0.8088 0.000 0.892 0.044 0.064
#> GSM311893 1 0.2411 0.6656 0.920 0.000 0.040 0.040
#> GSM311894 1 0.4905 0.4375 0.632 0.000 0.004 0.364
#> GSM311895 4 0.4983 0.4101 0.000 0.024 0.272 0.704
#> GSM311896 3 0.6042 0.2041 0.000 0.048 0.560 0.392
#> GSM311897 4 0.4690 0.4352 0.000 0.016 0.260 0.724
#> GSM311898 1 0.1798 0.6752 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM311899 3 0.4635 0.5016 0.000 0.080 0.796 0.124
#> GSM311900 4 0.5742 0.3543 0.000 0.060 0.276 0.664
#> GSM311901 4 0.6290 0.0345 0.028 0.476 0.016 0.480
#> GSM311902 4 0.0707 0.6773 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311903 2 0.6016 0.5922 0.120 0.708 0.164 0.008
#> GSM311904 4 0.3172 0.6321 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311905 4 0.3172 0.6321 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311906 3 0.3311 0.6048 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM311907 4 0.4948 0.1457 0.000 0.000 0.440 0.560
#> GSM311908 4 0.0336 0.6773 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311909 4 0.0336 0.6773 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311910 4 0.6524 0.2959 0.000 0.120 0.264 0.616
#> GSM311911 3 0.4996 0.4005 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM311912 2 0.0469 0.8563 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311913 1 0.2888 0.6980 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM311914 3 0.4605 0.5490 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM311915 2 0.0707 0.8568 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311916 3 0.5050 0.5028 0.408 0.000 0.588 0.004
#> GSM311917 1 0.4632 0.5229 0.688 0.000 0.004 0.308
#> GSM311918 1 0.4431 0.1374 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM311919 4 0.3751 0.6092 0.196 0.000 0.004 0.800
#> GSM311920 3 0.5063 0.4750 0.000 0.108 0.768 0.124
#> GSM311921 1 0.7980 -0.1237 0.400 0.332 0.264 0.004
#> GSM311922 1 0.4018 0.3393 0.772 0.000 0.224 0.004
#> GSM311923 1 0.2197 0.6436 0.928 0.000 0.048 0.024
#> GSM311831 4 0.1059 0.6704 0.000 0.012 0.016 0.972
#> GSM311878 1 0.5172 0.3661 0.588 0.000 0.008 0.404
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.1018 0.8041 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311762 5 0.5618 0.6943 0.136 0.000 0.236 0.000 0.628
#> GSM311763 4 0.3047 0.6813 0.044 0.000 0.004 0.868 0.084
#> GSM311764 3 0.2964 0.5469 0.000 0.000 0.856 0.024 0.120
#> GSM311765 2 0.4521 0.6903 0.000 0.664 0.012 0.008 0.316
#> GSM311766 2 0.1216 0.8035 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> GSM311767 1 0.1557 0.6249 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM311768 5 0.6707 0.4904 0.268 0.000 0.308 0.000 0.424
#> GSM311769 1 0.1106 0.6054 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM311770 3 0.3452 0.4151 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM311771 5 0.5590 0.7036 0.156 0.000 0.204 0.000 0.640
#> GSM311772 3 0.5002 0.3775 0.000 0.052 0.636 0.312 0.000
#> GSM311773 4 0.2761 0.6227 0.000 0.024 0.104 0.872 0.000
#> GSM311774 3 0.3424 0.4203 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM311775 3 0.4733 0.1429 0.028 0.000 0.624 0.000 0.348
#> GSM311776 3 0.2674 0.6059 0.000 0.004 0.856 0.140 0.000
#> GSM311777 3 0.5470 0.1625 0.112 0.000 0.636 0.000 0.252
#> GSM311778 1 0.2136 0.6253 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> GSM311779 4 0.4302 -0.0415 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM311780 4 0.0566 0.7125 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> GSM311781 4 0.2471 0.6498 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> GSM311782 4 0.3596 0.5763 0.200 0.000 0.000 0.784 0.016
#> GSM311783 1 0.3661 0.5209 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM311784 1 0.4249 0.2719 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM311785 1 0.4882 -0.1322 0.532 0.000 0.024 0.000 0.444
#> GSM311786 5 0.5762 0.6908 0.144 0.000 0.248 0.000 0.608
#> GSM311787 2 0.4521 0.6903 0.000 0.664 0.012 0.008 0.316
#> GSM311788 4 0.1331 0.7050 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008
#> GSM311789 3 0.9725 0.0349 0.188 0.112 0.272 0.172 0.256
#> GSM311790 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311791 3 0.5572 0.4216 0.000 0.248 0.628 0.124 0.000
#> GSM311792 1 0.4199 0.4943 0.692 0.000 0.004 0.296 0.008
#> GSM311793 2 0.2284 0.7973 0.000 0.912 0.028 0.004 0.056
#> GSM311794 2 0.1018 0.8041 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311795 5 0.5608 0.6998 0.188 0.000 0.172 0.000 0.640
#> GSM311796 4 0.5466 0.1017 0.424 0.000 0.052 0.520 0.004
#> GSM311797 1 0.4225 0.1731 0.632 0.000 0.000 0.004 0.364
#> GSM311798 1 0.5792 -0.1248 0.536 0.000 0.084 0.004 0.376
#> GSM311799 3 0.2648 0.6029 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM311800 3 0.5186 0.4314 0.032 0.000 0.656 0.288 0.024
#> GSM311801 2 0.4521 0.6903 0.000 0.664 0.012 0.008 0.316
#> GSM311802 1 0.1399 0.5970 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> GSM311803 5 0.2795 0.5780 0.100 0.000 0.028 0.000 0.872
#> GSM311804 4 0.2612 0.6551 0.124 0.000 0.000 0.868 0.008
#> GSM311805 5 0.5610 0.7012 0.184 0.000 0.176 0.000 0.640
#> GSM311806 4 0.0727 0.7123 0.012 0.004 0.004 0.980 0.000
#> GSM311807 3 0.4496 0.5573 0.000 0.156 0.752 0.092 0.000
#> GSM311808 4 0.4248 0.5769 0.200 0.000 0.028 0.760 0.012
#> GSM311809 1 0.2124 0.6261 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> GSM311810 4 0.4533 0.1030 0.000 0.008 0.448 0.544 0.000
#> GSM311811 1 0.3883 0.3493 0.744 0.000 0.008 0.004 0.244
#> GSM311812 5 0.5608 0.6998 0.188 0.000 0.172 0.000 0.640
#> GSM311813 1 0.4305 0.1171 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> GSM311814 1 0.4545 0.2616 0.560 0.000 0.004 0.432 0.004
#> GSM311815 5 0.5799 0.6334 0.112 0.000 0.324 0.000 0.564
#> GSM311816 1 0.4437 0.1942 0.532 0.000 0.000 0.464 0.004
#> GSM311817 1 0.4743 0.2875 0.568 0.000 0.008 0.416 0.008
#> GSM311818 3 0.4779 0.4997 0.000 0.200 0.716 0.084 0.000
#> GSM311819 1 0.6690 0.3698 0.556 0.000 0.068 0.292 0.084
#> GSM311820 1 0.3430 0.5677 0.776 0.000 0.000 0.220 0.004
#> GSM311821 1 0.3177 0.5778 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM311822 1 0.1644 0.6217 0.940 0.000 0.004 0.048 0.008
#> GSM311823 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311824 1 0.4287 0.2073 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM311825 1 0.3999 0.2075 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM311826 1 0.1403 0.5997 0.952 0.000 0.000 0.024 0.024
#> GSM311827 2 0.6883 0.5107 0.016 0.476 0.132 0.012 0.364
#> GSM311828 2 0.4521 0.6903 0.000 0.664 0.012 0.008 0.316
#> GSM311829 1 0.3395 0.5600 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM311830 2 0.6022 0.6507 0.004 0.592 0.076 0.020 0.308
#> GSM311832 4 0.1892 0.6631 0.004 0.000 0.080 0.916 0.000
#> GSM311833 3 0.2012 0.6027 0.000 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM311834 2 0.4901 0.5550 0.000 0.712 0.184 0.104 0.000
#> GSM311835 1 0.3395 0.5600 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM311836 4 0.4321 0.2255 0.396 0.000 0.000 0.600 0.004
#> GSM311837 2 0.1018 0.8041 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311838 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311839 4 0.2068 0.6821 0.092 0.000 0.004 0.904 0.000
#> GSM311840 2 0.1018 0.8041 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311841 1 0.3895 0.2515 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> GSM311842 5 0.6144 0.6266 0.148 0.000 0.332 0.000 0.520
#> GSM311843 1 0.1502 0.6270 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> GSM311844 2 0.5794 0.1465 0.000 0.520 0.384 0.096 0.000
#> GSM311845 2 0.5820 0.6503 0.016 0.600 0.048 0.012 0.324
#> GSM311846 3 0.3075 0.6083 0.000 0.048 0.860 0.092 0.000
#> GSM311847 1 0.3932 0.2382 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM311848 2 0.4992 0.6791 0.008 0.644 0.020 0.008 0.320
#> GSM311849 5 0.6232 0.1939 0.292 0.088 0.016 0.012 0.592
#> GSM311850 1 0.4045 0.1974 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM311851 3 0.3274 0.4343 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311852 1 0.4744 0.3137 0.572 0.000 0.000 0.408 0.020
#> GSM311853 5 0.5413 0.7008 0.172 0.000 0.164 0.000 0.664
#> GSM311854 1 0.3336 0.5649 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM311855 3 0.7914 -0.0310 0.352 0.000 0.376 0.160 0.112
#> GSM311856 1 0.3480 0.3609 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM311857 1 0.3395 0.5600 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM311858 3 0.5657 0.4092 0.000 0.256 0.616 0.128 0.000
#> GSM311859 1 0.4074 0.4016 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM311860 4 0.5534 0.2533 0.360 0.000 0.040 0.580 0.020
#> GSM311861 1 0.5014 0.2802 0.560 0.000 0.020 0.412 0.008
#> GSM311862 4 0.3586 0.4984 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM311863 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311864 1 0.4287 0.2073 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM311865 1 0.1648 0.6141 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> GSM311866 1 0.1502 0.6269 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> GSM311867 5 0.5663 0.5526 0.084 0.000 0.384 0.000 0.532
#> GSM311868 1 0.1725 0.6167 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020
#> GSM311869 2 0.0510 0.8027 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.3356 0.7761 0.000 0.844 0.024 0.012 0.120
#> GSM311871 1 0.4126 0.1305 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM311872 4 0.4440 -0.0172 0.468 0.000 0.000 0.528 0.004
#> GSM311873 4 0.5569 0.2228 0.000 0.092 0.320 0.588 0.000
#> GSM311874 4 0.3593 0.6584 0.088 0.000 0.000 0.828 0.084
#> GSM311875 4 0.3305 0.5170 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM311876 4 0.0579 0.7105 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM311877 4 0.0771 0.7116 0.020 0.000 0.004 0.976 0.000
#> GSM311879 4 0.3003 0.5531 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM311880 5 0.5835 0.1986 0.112 0.172 0.020 0.012 0.684
#> GSM311881 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311882 3 0.5678 0.4023 0.000 0.260 0.612 0.128 0.000
#> GSM311883 4 0.5205 0.5697 0.060 0.000 0.204 0.708 0.028
#> GSM311884 1 0.3291 0.6176 0.840 0.000 0.000 0.120 0.040
#> GSM311885 3 0.4703 0.1652 0.028 0.000 0.632 0.000 0.340
#> GSM311886 2 0.1251 0.7970 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311887 1 0.3932 0.2382 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM311888 2 0.1082 0.7994 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM311889 5 0.5873 0.6075 0.112 0.000 0.348 0.000 0.540
#> GSM311890 3 0.3452 0.4151 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM311891 1 0.3684 0.3100 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> GSM311892 2 0.3958 0.6698 0.000 0.776 0.184 0.040 0.000
#> GSM311893 1 0.3932 0.2408 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM311894 1 0.4327 0.4039 0.632 0.000 0.000 0.360 0.008
#> GSM311895 4 0.3990 0.3872 0.000 0.004 0.308 0.688 0.000
#> GSM311896 3 0.2732 0.5990 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM311897 4 0.3895 0.3723 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM311898 1 0.3242 0.3899 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM311899 3 0.1753 0.5919 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> GSM311900 4 0.4341 0.2825 0.000 0.008 0.364 0.628 0.000
#> GSM311901 2 0.7137 0.0833 0.044 0.432 0.012 0.412 0.100
#> GSM311902 4 0.1041 0.7090 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000
#> GSM311903 2 0.7819 0.3233 0.160 0.512 0.228 0.024 0.076
#> GSM311904 4 0.2377 0.6544 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM311905 4 0.2377 0.6544 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM311906 3 0.4733 0.1429 0.028 0.000 0.624 0.000 0.348
#> GSM311907 4 0.4560 -0.0142 0.000 0.000 0.484 0.508 0.008
#> GSM311908 4 0.0451 0.7122 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM311909 4 0.0451 0.7122 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM311910 4 0.5357 0.2124 0.000 0.068 0.344 0.588 0.000
#> GSM311911 5 0.5602 0.7042 0.164 0.000 0.196 0.000 0.640
#> GSM311912 2 0.1018 0.8041 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM311913 1 0.2077 0.6298 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> GSM311914 5 0.5663 0.5526 0.084 0.000 0.384 0.000 0.532
#> GSM311915 2 0.1082 0.7994 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> GSM311916 5 0.6756 0.3573 0.264 0.000 0.364 0.000 0.372
#> GSM311917 1 0.3521 0.5651 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004
#> GSM311918 5 0.5535 0.5160 0.352 0.000 0.080 0.000 0.568
#> GSM311919 4 0.3857 0.4169 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM311920 3 0.1750 0.5912 0.000 0.000 0.936 0.028 0.036
#> GSM311921 5 0.5989 0.1080 0.096 0.216 0.020 0.012 0.656
#> GSM311922 1 0.5688 -0.0967 0.548 0.000 0.076 0.004 0.372
#> GSM311923 1 0.4182 0.0965 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM311831 4 0.0566 0.7081 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> GSM311878 1 0.4682 0.3334 0.564 0.000 0.000 0.420 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.3626 0.62957 0.000 0.704 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM311762 3 0.4064 0.29333 0.000 0.000 0.624 0.000 0.016 0.360
#> GSM311763 4 0.5034 0.63689 0.168 0.000 0.004 0.684 0.132 0.012
#> GSM311764 3 0.5723 0.49173 0.000 0.120 0.660 0.028 0.028 0.164
#> GSM311765 5 0.2260 0.55638 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM311766 2 0.3528 0.62978 0.000 0.700 0.000 0.004 0.296 0.000
#> GSM311767 1 0.2597 0.51941 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311768 3 0.4263 0.41257 0.124 0.000 0.756 0.000 0.012 0.108
#> GSM311769 1 0.4305 0.31552 0.692 0.000 0.004 0.000 0.048 0.256
#> GSM311770 3 0.4179 0.53293 0.000 0.104 0.768 0.004 0.008 0.116
#> GSM311771 3 0.4124 0.30870 0.008 0.000 0.648 0.000 0.012 0.332
#> GSM311772 4 0.7925 -0.07803 0.000 0.268 0.140 0.312 0.020 0.260
#> GSM311773 4 0.1370 0.72926 0.036 0.012 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM311774 3 0.4471 0.52450 0.000 0.120 0.740 0.004 0.008 0.128
#> GSM311775 3 0.0291 0.55852 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM311776 3 0.7724 0.29340 0.000 0.252 0.360 0.108 0.020 0.260
#> GSM311777 3 0.5104 0.49717 0.048 0.036 0.748 0.004 0.088 0.076
#> GSM311778 1 0.3134 0.52983 0.808 0.000 0.000 0.000 0.024 0.168
#> GSM311779 1 0.3512 0.60244 0.740 0.000 0.000 0.248 0.008 0.004
#> GSM311780 4 0.1556 0.74477 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.2848 0.70846 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008 0.000
#> GSM311782 4 0.5249 0.55767 0.244 0.000 0.000 0.648 0.056 0.052
#> GSM311783 1 0.1036 0.70151 0.964 0.000 0.000 0.024 0.004 0.008
#> GSM311784 1 0.3035 0.70312 0.828 0.000 0.000 0.148 0.008 0.016
#> GSM311785 6 0.4636 0.62087 0.148 0.000 0.160 0.000 0.000 0.692
#> GSM311786 3 0.4009 0.34323 0.008 0.000 0.676 0.000 0.012 0.304
#> GSM311787 5 0.2300 0.55234 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM311788 4 0.3203 0.71727 0.160 0.000 0.000 0.812 0.024 0.004
#> GSM311789 5 0.8082 0.16218 0.256 0.000 0.160 0.116 0.396 0.072
#> GSM311790 2 0.3518 0.64608 0.000 0.732 0.000 0.012 0.256 0.000
#> GSM311791 2 0.7253 0.00262 0.000 0.472 0.148 0.104 0.020 0.256
#> GSM311792 1 0.3851 0.69383 0.808 0.000 0.004 0.100 0.064 0.024
#> GSM311793 2 0.3756 0.56852 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352 0.000
#> GSM311794 2 0.3626 0.62957 0.000 0.704 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM311795 3 0.3996 0.10287 0.004 0.000 0.512 0.000 0.000 0.484
#> GSM311796 1 0.4754 0.60928 0.704 0.000 0.000 0.200 0.068 0.028
#> GSM311797 6 0.4040 0.77440 0.280 0.000 0.000 0.000 0.032 0.688
#> GSM311798 6 0.6777 0.59977 0.224 0.000 0.156 0.000 0.112 0.508
#> GSM311799 3 0.7750 0.29012 0.000 0.252 0.356 0.112 0.020 0.260
#> GSM311800 3 0.8515 0.21776 0.124 0.048 0.448 0.192 0.092 0.096
#> GSM311801 5 0.2300 0.55234 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM311802 1 0.2854 0.47956 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM311803 6 0.5930 -0.06798 0.000 0.000 0.384 0.000 0.212 0.404
#> GSM311804 4 0.3282 0.71134 0.164 0.000 0.000 0.808 0.012 0.016
#> GSM311805 3 0.3862 0.13113 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM311806 4 0.1663 0.74540 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM311807 2 0.7669 -0.25845 0.000 0.328 0.304 0.092 0.020 0.256
#> GSM311808 4 0.5619 0.31231 0.356 0.000 0.000 0.532 0.088 0.024
#> GSM311809 1 0.1625 0.66151 0.928 0.000 0.000 0.000 0.012 0.060
#> GSM311810 4 0.6667 0.24677 0.000 0.224 0.068 0.496 0.000 0.212
#> GSM311811 1 0.5414 -0.28757 0.476 0.000 0.004 0.000 0.100 0.420
#> GSM311812 3 0.3993 0.12188 0.004 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476
#> GSM311813 1 0.3384 0.63103 0.760 0.000 0.000 0.228 0.008 0.004
#> GSM311814 1 0.3771 0.69251 0.792 0.000 0.000 0.144 0.048 0.016
#> GSM311815 3 0.3231 0.47223 0.008 0.000 0.800 0.000 0.012 0.180
#> GSM311816 1 0.3273 0.65292 0.776 0.000 0.000 0.212 0.008 0.004
#> GSM311817 1 0.3854 0.68841 0.788 0.000 0.000 0.140 0.056 0.016
#> GSM311818 2 0.7638 -0.09778 0.000 0.412 0.200 0.092 0.032 0.264
#> GSM311819 1 0.5825 0.60615 0.660 0.000 0.032 0.116 0.156 0.036
#> GSM311820 1 0.0725 0.69496 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM311821 1 0.0777 0.68378 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM311822 1 0.3894 0.41456 0.740 0.000 0.004 0.000 0.036 0.220
#> GSM311823 2 0.3518 0.64608 0.000 0.732 0.000 0.012 0.256 0.000
#> GSM311824 1 0.2854 0.66120 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM311825 6 0.3888 0.76798 0.312 0.000 0.000 0.000 0.016 0.672
#> GSM311826 1 0.2854 0.46708 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM311827 5 0.2257 0.60591 0.000 0.020 0.060 0.000 0.904 0.016
#> GSM311828 5 0.2300 0.55234 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM311829 1 0.0508 0.69345 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM311830 5 0.3091 0.56933 0.000 0.148 0.000 0.024 0.824 0.004
#> GSM311832 4 0.1578 0.73468 0.048 0.012 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM311833 3 0.7472 0.31751 0.000 0.252 0.392 0.076 0.020 0.260
#> GSM311834 2 0.5162 0.44202 0.000 0.704 0.000 0.116 0.112 0.068
#> GSM311835 1 0.0405 0.69502 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM311836 1 0.4467 0.31475 0.592 0.000 0.000 0.376 0.028 0.004
#> GSM311837 2 0.3626 0.62957 0.000 0.704 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM311838 2 0.3606 0.64609 0.000 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> GSM311839 4 0.2212 0.73820 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008 0.000
#> GSM311840 2 0.3626 0.62957 0.000 0.704 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM311841 6 0.3742 0.75510 0.348 0.000 0.004 0.000 0.000 0.648
#> GSM311842 3 0.5096 0.40560 0.036 0.000 0.684 0.000 0.092 0.188
#> GSM311843 1 0.2597 0.51941 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM311844 2 0.4772 0.29567 0.000 0.720 0.008 0.108 0.012 0.152
#> GSM311845 5 0.1010 0.61038 0.000 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> GSM311846 3 0.7647 0.29734 0.000 0.256 0.368 0.096 0.020 0.260
#> GSM311847 6 0.4363 0.75993 0.324 0.000 0.040 0.000 0.000 0.636
#> GSM311848 5 0.1814 0.58663 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM311849 5 0.4127 0.47969 0.044 0.000 0.004 0.000 0.716 0.236
#> GSM311850 6 0.3619 0.77342 0.316 0.000 0.004 0.000 0.000 0.680
#> GSM311851 3 0.4892 0.51604 0.000 0.120 0.716 0.004 0.024 0.136
#> GSM311852 1 0.3891 0.67512 0.768 0.000 0.000 0.164 0.064 0.004
#> GSM311853 3 0.3991 0.13076 0.000 0.000 0.524 0.000 0.004 0.472
#> GSM311854 1 0.0508 0.69345 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM311855 1 0.7431 0.27450 0.468 0.004 0.280 0.056 0.132 0.060
#> GSM311856 6 0.4294 0.60897 0.428 0.000 0.000 0.000 0.020 0.552
#> GSM311857 1 0.0405 0.69502 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM311858 2 0.7388 0.03076 0.000 0.460 0.140 0.132 0.020 0.248
#> GSM311859 1 0.2101 0.70844 0.892 0.000 0.000 0.100 0.004 0.004
#> GSM311860 1 0.5784 0.30958 0.552 0.000 0.044 0.332 0.068 0.004
#> GSM311861 1 0.4653 0.62906 0.716 0.000 0.004 0.192 0.072 0.016
#> GSM311862 4 0.4255 0.37700 0.380 0.000 0.000 0.600 0.016 0.004
#> GSM311863 2 0.3606 0.64609 0.000 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> GSM311864 1 0.2762 0.67273 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.2631 0.51350 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM311866 1 0.2513 0.57221 0.852 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140
#> GSM311867 3 0.2178 0.51090 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM311868 1 0.2793 0.48229 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM311869 2 0.3555 0.63818 0.000 0.712 0.000 0.008 0.280 0.000
#> GSM311870 2 0.3950 0.43446 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432 0.000
#> GSM311871 6 0.4222 0.77341 0.268 0.000 0.008 0.000 0.032 0.692
#> GSM311872 1 0.4480 0.47692 0.648 0.000 0.000 0.304 0.044 0.004
#> GSM311873 4 0.4631 0.49860 0.000 0.168 0.000 0.692 0.000 0.140
#> GSM311874 4 0.4722 0.63583 0.192 0.000 0.000 0.688 0.116 0.004
#> GSM311875 4 0.2724 0.65980 0.016 0.032 0.000 0.876 0.000 0.076
#> GSM311876 4 0.1327 0.74236 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1714 0.74438 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.1180 0.71021 0.012 0.012 0.000 0.960 0.000 0.016
#> GSM311880 5 0.3411 0.52551 0.008 0.000 0.004 0.000 0.756 0.232
#> GSM311881 2 0.3606 0.64609 0.000 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> GSM311882 2 0.7361 0.03732 0.000 0.464 0.136 0.132 0.020 0.248
#> GSM311883 4 0.6787 0.56480 0.160 0.024 0.028 0.596 0.144 0.048
#> GSM311884 1 0.1476 0.68677 0.948 0.000 0.008 0.004 0.012 0.028
#> GSM311885 3 0.0779 0.55745 0.000 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> GSM311886 2 0.3606 0.64609 0.000 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> GSM311887 6 0.4332 0.76342 0.316 0.000 0.040 0.000 0.000 0.644
#> GSM311888 2 0.3518 0.64608 0.000 0.732 0.000 0.012 0.256 0.000
#> GSM311889 3 0.2755 0.49813 0.004 0.000 0.844 0.000 0.012 0.140
#> GSM311890 3 0.4179 0.53293 0.000 0.104 0.768 0.004 0.008 0.116
#> GSM311891 1 0.4151 -0.27366 0.576 0.000 0.004 0.000 0.008 0.412
#> GSM311892 2 0.6170 0.51222 0.000 0.592 0.024 0.072 0.252 0.060
#> GSM311893 6 0.3714 0.76152 0.340 0.000 0.004 0.000 0.000 0.656
#> GSM311894 1 0.3894 0.68499 0.772 0.000 0.000 0.152 0.072 0.004
#> GSM311895 4 0.3574 0.63195 0.004 0.064 0.004 0.820 0.004 0.104
#> GSM311896 3 0.7768 0.29126 0.000 0.248 0.356 0.116 0.020 0.260
#> GSM311897 4 0.3868 0.57762 0.004 0.060 0.004 0.780 0.000 0.152
#> GSM311898 6 0.4449 0.58784 0.440 0.000 0.000 0.000 0.028 0.532
#> GSM311899 3 0.7212 0.35311 0.000 0.224 0.440 0.060 0.020 0.256
#> GSM311900 4 0.4631 0.50737 0.000 0.132 0.004 0.704 0.000 0.160
#> GSM311901 5 0.7055 -0.10234 0.172 0.024 0.000 0.360 0.400 0.044
#> GSM311902 4 0.1663 0.74443 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM311903 5 0.8465 0.16886 0.256 0.252 0.120 0.004 0.300 0.068
#> GSM311904 4 0.3488 0.66754 0.216 0.000 0.000 0.764 0.016 0.004
#> GSM311905 4 0.2872 0.72235 0.152 0.000 0.000 0.832 0.012 0.004
#> GSM311906 3 0.0146 0.55904 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311907 4 0.6372 0.38257 0.000 0.132 0.092 0.580 0.004 0.192
#> GSM311908 4 0.1444 0.74363 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.1387 0.74321 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.4769 0.48364 0.000 0.164 0.000 0.676 0.000 0.160
#> GSM311911 3 0.3817 0.20460 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311912 2 0.3626 0.62957 0.000 0.704 0.000 0.004 0.288 0.004
#> GSM311913 1 0.2563 0.67226 0.880 0.000 0.004 0.000 0.076 0.040
#> GSM311914 3 0.2135 0.51314 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311915 2 0.3518 0.64608 0.000 0.732 0.000 0.012 0.256 0.000
#> GSM311916 3 0.3351 0.43599 0.152 0.000 0.808 0.000 0.004 0.036
#> GSM311917 1 0.0653 0.69469 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM311918 6 0.4591 0.11885 0.040 0.000 0.408 0.000 0.000 0.552
#> GSM311919 4 0.4384 0.13672 0.460 0.000 0.000 0.520 0.016 0.004
#> GSM311920 3 0.7090 0.37466 0.000 0.176 0.476 0.068 0.020 0.260
#> GSM311921 5 0.3550 0.55568 0.008 0.008 0.004 0.000 0.764 0.216
#> GSM311922 6 0.6351 0.66102 0.236 0.000 0.104 0.000 0.104 0.556
#> GSM311923 6 0.4182 0.77143 0.256 0.000 0.040 0.000 0.004 0.700
#> GSM311831 4 0.1267 0.74133 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.4250 0.59168 0.708 0.000 0.000 0.244 0.012 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:kmeans 156 1.000 2
#> CV:kmeans 122 0.242 3
#> CV:kmeans 101 0.452 4
#> CV:kmeans 95 0.531 5
#> CV:kmeans 107 0.870 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.974 0.954 0.980 0.5024 0.499 0.499
#> 3 3 0.592 0.605 0.804 0.3190 0.753 0.541
#> 4 4 0.836 0.854 0.927 0.1267 0.737 0.381
#> 5 5 0.757 0.611 0.777 0.0701 0.869 0.554
#> 6 6 0.731 0.541 0.727 0.0401 0.878 0.509
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311763 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.2603 0.9512 0.044 0.956
#> GSM311771 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.1843 0.9674 0.028 0.972
#> GSM311775 1 0.5059 0.8616 0.888 0.112
#> GSM311776 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311780 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311781 1 0.0672 0.9616 0.992 0.008
#> GSM311782 1 0.8713 0.6138 0.708 0.292
#> GSM311783 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.0672 0.9861 0.008 0.992
#> GSM311797 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.0672 0.9861 0.008 0.992
#> GSM311801 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.8499 0.6425 0.724 0.276
#> GSM311805 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1843 0.9450 0.972 0.028
#> GSM311815 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.6712 0.7899 0.824 0.176
#> GSM311840 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0672 0.9861 0.008 0.992
#> GSM311852 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.7139 0.7564 0.804 0.196
#> GSM311856 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.7883 0.7075 0.764 0.236
#> GSM311863 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311874 1 1.0000 0.0737 0.504 0.496
#> GSM311875 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311877 2 0.3733 0.9179 0.072 0.928
#> GSM311879 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.0938 0.9586 0.988 0.012
#> GSM311881 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.8386 0.6253 0.268 0.732
#> GSM311886 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.2948 0.9426 0.052 0.948
#> GSM311891 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311902 2 0.1414 0.9748 0.020 0.980
#> GSM311903 2 0.0376 0.9894 0.004 0.996
#> GSM311904 1 0.7950 0.7013 0.760 0.240
#> GSM311905 1 0.9933 0.2267 0.548 0.452
#> GSM311906 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311907 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311909 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.1184 0.9792 0.016 0.984
#> GSM311920 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.7139 0.7647 0.804 0.196
#> GSM311922 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.0000 0.9926 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.9679 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311763 2 0.7533 0.208 0.392 0.564 0.044
#> GSM311764 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311765 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311768 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311769 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311770 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311771 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311773 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311774 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311775 3 0.2711 0.568 0.000 0.088 0.912
#> GSM311776 2 0.4750 0.729 0.000 0.784 0.216
#> GSM311777 3 0.3619 0.512 0.000 0.136 0.864
#> GSM311778 3 0.6140 0.683 0.404 0.000 0.596
#> GSM311779 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0892 0.644 0.980 0.020 0.000
#> GSM311783 1 0.6244 -0.393 0.560 0.000 0.440
#> GSM311784 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.5431 0.697 0.284 0.000 0.716
#> GSM311786 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311789 2 0.4504 0.738 0.000 0.804 0.196
#> GSM311790 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311793 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.1163 0.632 0.972 0.028 0.000
#> GSM311797 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311798 3 0.2796 0.672 0.092 0.000 0.908
#> GSM311799 2 0.4654 0.734 0.000 0.792 0.208
#> GSM311800 1 0.6896 0.383 0.588 0.020 0.392
#> GSM311801 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311803 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311804 1 0.0892 0.644 0.980 0.020 0.000
#> GSM311805 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311807 2 0.3686 0.776 0.000 0.860 0.140
#> GSM311808 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311809 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311810 2 0.9354 0.243 0.352 0.472 0.176
#> GSM311811 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311812 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.3482 0.471 0.872 0.000 0.128
#> GSM311818 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311819 3 0.4842 0.690 0.224 0.000 0.776
#> GSM311820 1 0.6225 -0.374 0.568 0.000 0.432
#> GSM311821 1 0.6260 -0.413 0.552 0.000 0.448
#> GSM311822 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311823 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311826 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311827 2 0.4931 0.713 0.000 0.768 0.232
#> GSM311828 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.5905 -0.150 0.648 0.000 0.352
#> GSM311830 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311832 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311833 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311834 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.5905 -0.150 0.648 0.000 0.352
#> GSM311836 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311842 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311843 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311844 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 2 0.4605 0.737 0.000 0.796 0.204
#> GSM311847 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311848 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311850 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311851 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311852 1 0.6295 -0.469 0.528 0.000 0.472
#> GSM311853 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311854 3 0.6260 0.616 0.448 0.000 0.552
#> GSM311855 3 0.6244 -0.288 0.000 0.440 0.560
#> GSM311856 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311857 1 0.5905 -0.150 0.648 0.000 0.352
#> GSM311858 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6062 0.397 0.616 0.000 0.384
#> GSM311861 3 0.5016 0.583 0.240 0.000 0.760
#> GSM311862 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311866 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311867 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311869 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311871 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311872 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 2 0.5905 0.330 0.352 0.648 0.000
#> GSM311874 1 0.5678 0.478 0.684 0.316 0.000
#> GSM311875 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311876 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311877 1 0.1289 0.643 0.968 0.032 0.000
#> GSM311879 1 0.6140 0.360 0.596 0.404 0.000
#> GSM311880 3 0.4750 0.525 0.000 0.216 0.784
#> GSM311881 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311884 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311885 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311886 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311888 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311890 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311891 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311892 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311893 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311894 3 0.6307 0.541 0.488 0.000 0.512
#> GSM311895 2 0.5905 0.330 0.352 0.648 0.000
#> GSM311896 2 0.4750 0.729 0.000 0.784 0.216
#> GSM311897 1 0.6140 0.360 0.596 0.404 0.000
#> GSM311898 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311899 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311900 2 0.5905 0.330 0.352 0.648 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311902 1 0.2959 0.633 0.900 0.100 0.000
#> GSM311903 2 0.2590 0.808 0.004 0.924 0.072
#> GSM311904 1 0.0000 0.640 1.000 0.000 0.000
#> GSM311905 1 0.1031 0.644 0.976 0.024 0.000
#> GSM311906 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 1 0.6753 0.388 0.596 0.016 0.388
#> GSM311908 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311909 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311910 2 0.4399 0.639 0.188 0.812 0.000
#> GSM311911 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311914 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.846 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0000 0.655 0.000 0.000 1.000
#> GSM311917 3 0.6244 0.629 0.440 0.000 0.560
#> GSM311918 3 0.0424 0.657 0.008 0.000 0.992
#> GSM311919 1 0.0237 0.641 0.996 0.004 0.000
#> GSM311920 2 0.6079 0.600 0.000 0.612 0.388
#> GSM311921 3 0.4750 0.525 0.000 0.216 0.784
#> GSM311922 3 0.4555 0.688 0.200 0.000 0.800
#> GSM311923 3 0.6079 0.703 0.388 0.000 0.612
#> GSM311831 1 0.6079 0.391 0.612 0.388 0.000
#> GSM311878 1 0.6309 -0.529 0.504 0.000 0.496
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311762 3 0.1940 0.8889 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM311763 4 0.5159 0.4667 0.000 0.364 0.012 0.624
#> GSM311764 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.1867 0.8903 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.1940 0.8889 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM311772 4 0.3088 0.8580 0.000 0.060 0.052 0.888
#> GSM311773 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.6723 0.4923 0.000 0.196 0.616 0.188
#> GSM311777 3 0.0469 0.8913 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311778 1 0.0779 0.9172 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM311779 1 0.4222 0.6576 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311780 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311781 4 0.1867 0.8787 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM311782 4 0.2266 0.8675 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM311783 1 0.1302 0.9087 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311784 1 0.2408 0.8675 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311785 1 0.1474 0.8833 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311786 3 0.1940 0.8889 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0188 0.9121 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311789 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311791 2 0.4387 0.8069 0.000 0.804 0.052 0.144
#> GSM311792 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311795 3 0.2281 0.8774 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM311796 4 0.5462 0.7273 0.112 0.152 0.000 0.736
#> GSM311797 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.4608 0.5826 0.304 0.004 0.692 0.000
#> GSM311799 3 0.6007 0.1825 0.000 0.044 0.548 0.408
#> GSM311800 3 0.0188 0.8868 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311801 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.2466 0.8762 0.096 0.004 0.900 0.000
#> GSM311804 4 0.1940 0.8757 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311805 3 0.2149 0.8824 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM311806 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.5809 0.6637 0.000 0.692 0.216 0.092
#> GSM311808 4 0.0469 0.9109 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311809 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311810 4 0.1557 0.8899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM311811 1 0.0188 0.9206 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311812 3 0.2281 0.8774 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM311813 1 0.4072 0.6905 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM311814 1 0.2408 0.8678 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311815 3 0.1474 0.8947 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311816 1 0.2760 0.8461 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311817 1 0.3009 0.8794 0.892 0.000 0.052 0.056
#> GSM311818 2 0.3205 0.8665 0.000 0.872 0.024 0.104
#> GSM311819 1 0.5998 0.5665 0.680 0.108 0.212 0.000
#> GSM311820 1 0.1302 0.9087 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311821 1 0.1302 0.9087 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311822 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311824 1 0.2408 0.8675 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311825 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.1389 0.9065 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311830 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311833 3 0.1022 0.8705 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311834 2 0.2868 0.8523 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311835 1 0.1389 0.9065 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311836 4 0.3528 0.7481 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311837 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311838 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311839 4 0.0817 0.9063 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311840 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311841 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.1637 0.8934 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.4307 0.8100 0.000 0.808 0.048 0.144
#> GSM311845 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.6586 0.2371 0.000 0.368 0.544 0.088
#> GSM311847 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.3311 0.7686 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.1305 0.9125 0.960 0.004 0.000 0.036
#> GSM311853 3 0.2281 0.8774 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM311854 1 0.0336 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311855 3 0.1284 0.8893 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.1389 0.9065 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311858 2 0.4485 0.7977 0.000 0.796 0.052 0.152
#> GSM311859 1 0.2281 0.8734 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311860 4 0.4790 0.3806 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM311861 1 0.5576 0.0928 0.536 0.000 0.444 0.020
#> GSM311862 4 0.1940 0.8757 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311863 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311864 1 0.2408 0.8675 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311865 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.1389 0.8948 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311872 1 0.4008 0.7033 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311873 4 0.2589 0.8779 0.000 0.044 0.044 0.912
#> GSM311874 4 0.2530 0.8483 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM311875 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311879 4 0.1389 0.8931 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311880 2 0.3858 0.8088 0.056 0.844 0.100 0.000
#> GSM311881 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311882 2 0.4337 0.8113 0.000 0.808 0.052 0.140
#> GSM311883 2 0.2844 0.8883 0.000 0.900 0.048 0.052
#> GSM311884 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.1389 0.8776 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM311886 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311887 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311889 3 0.1474 0.8947 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311893 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.1022 0.9140 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311895 4 0.2840 0.8706 0.000 0.044 0.056 0.900
#> GSM311896 3 0.4925 0.1891 0.000 0.000 0.572 0.428
#> GSM311897 4 0.1389 0.8931 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311898 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.1389 0.8931 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM311901 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311903 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311904 4 0.0817 0.9063 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311905 4 0.1792 0.8816 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311906 3 0.0000 0.8883 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 4 0.4543 0.5405 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM311908 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311910 4 0.2761 0.8713 0.000 0.048 0.048 0.904
#> GSM311911 3 0.1940 0.8889 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM311912 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311913 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 3 0.1389 0.8948 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311915 2 0.0188 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311916 3 0.1474 0.8947 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311917 1 0.0336 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311918 1 0.4916 0.2209 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM311919 4 0.1474 0.8918 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM311920 3 0.2760 0.7882 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM311921 2 0.5066 0.7043 0.088 0.764 0.148 0.000
#> GSM311922 1 0.4967 0.1196 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.9129 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.1488 0.9075 0.956 0.032 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.4331 0.43523 0.596 0.000 0.400 0.004 0.000
#> GSM311763 4 0.5416 0.45606 0.000 0.276 0.028 0.652 0.044
#> GSM311764 3 0.3366 0.70439 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM311765 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311766 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 5 0.4182 0.73957 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM311768 1 0.4304 0.29173 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.3586 0.14315 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM311770 3 0.0000 0.70621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311771 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311772 4 0.4907 0.02760 0.000 0.056 0.280 0.664 0.000
#> GSM311773 4 0.4211 0.80817 0.000 0.004 0.000 0.636 0.360
#> GSM311774 3 0.0609 0.71135 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM311775 3 0.1043 0.68638 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM311776 3 0.4166 0.65564 0.000 0.004 0.648 0.348 0.000
#> GSM311777 3 0.0609 0.69738 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM311778 5 0.4161 0.74423 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM311779 5 0.0566 0.53317 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> GSM311780 4 0.4138 0.80767 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM311781 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311782 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311783 5 0.4114 0.74868 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM311784 5 0.3210 0.69740 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM311785 1 0.0880 0.61147 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM311786 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311787 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311788 4 0.4101 0.80893 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM311789 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311790 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311791 2 0.6801 -0.07217 0.000 0.360 0.292 0.348 0.000
#> GSM311792 5 0.4192 0.73634 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM311793 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311796 5 0.1485 0.46685 0.000 0.000 0.032 0.020 0.948
#> GSM311797 1 0.0404 0.59611 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311798 1 0.3870 0.54940 0.732 0.004 0.260 0.000 0.004
#> GSM311799 3 0.4166 0.65564 0.000 0.004 0.648 0.348 0.000
#> GSM311800 3 0.3796 0.68436 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM311801 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311802 5 0.4294 0.64991 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM311803 1 0.5383 0.45007 0.596 0.000 0.348 0.044 0.012
#> GSM311804 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311805 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311807 3 0.5202 0.60152 0.000 0.056 0.596 0.348 0.000
#> GSM311808 4 0.4201 0.79773 0.000 0.008 0.000 0.664 0.328
#> GSM311809 1 0.4182 -0.37239 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM311810 4 0.2793 0.48366 0.000 0.036 0.088 0.876 0.000
#> GSM311811 1 0.0162 0.60036 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311812 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311813 5 0.0671 0.53940 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM311814 5 0.1121 0.58006 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM311815 1 0.4305 0.28268 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> GSM311816 5 0.2230 0.65386 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM311817 5 0.4563 0.70224 0.244 0.000 0.048 0.000 0.708
#> GSM311818 2 0.6506 0.19723 0.000 0.468 0.208 0.324 0.000
#> GSM311819 1 0.6372 0.34758 0.640 0.064 0.024 0.044 0.228
#> GSM311820 5 0.4126 0.74807 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM311821 5 0.4138 0.74709 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM311822 5 0.4192 0.73634 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> GSM311823 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311824 5 0.1043 0.57456 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM311825 1 0.0290 0.59843 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311826 5 0.4219 0.72221 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM311827 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311828 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311829 5 0.4114 0.74868 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM311830 2 0.0865 0.87269 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM311832 4 0.3932 0.80083 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM311833 3 0.3983 0.66437 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM311834 2 0.2813 0.74613 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM311835 5 0.4114 0.74868 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM311836 5 0.4435 -0.37792 0.016 0.000 0.000 0.336 0.648
#> GSM311837 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311839 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311840 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.1544 0.55290 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311842 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311843 5 0.4182 0.73957 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM311844 2 0.5142 0.43843 0.000 0.600 0.052 0.348 0.000
#> GSM311845 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311846 3 0.4733 0.63307 0.000 0.028 0.624 0.348 0.000
#> GSM311847 1 0.1544 0.55290 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311848 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311849 1 0.4923 0.52103 0.720 0.212 0.000 0.044 0.024
#> GSM311850 1 0.1043 0.57700 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM311851 3 0.1341 0.71618 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM311852 5 0.5102 0.68460 0.376 0.000 0.000 0.044 0.580
#> GSM311853 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311854 5 0.4161 0.74418 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM311855 3 0.1041 0.69000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM311856 1 0.1732 0.53847 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM311857 5 0.4114 0.74868 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM311858 2 0.6783 -0.03695 0.000 0.372 0.280 0.348 0.000
#> GSM311859 5 0.3534 0.71546 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM311860 4 0.6927 0.41846 0.036 0.000 0.320 0.496 0.148
#> GSM311861 1 0.6689 0.47282 0.516 0.000 0.284 0.016 0.184
#> GSM311862 4 0.4294 0.72863 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM311863 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311864 5 0.1270 0.58980 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM311865 5 0.4182 0.73957 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM311866 5 0.4182 0.73957 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM311867 3 0.3661 0.35139 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM311868 5 0.4182 0.73957 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM311869 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311871 1 0.0162 0.60010 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311872 5 0.1893 0.48625 0.024 0.000 0.000 0.048 0.928
#> GSM311873 4 0.1557 0.58658 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM311874 4 0.4804 0.77283 0.000 0.036 0.000 0.636 0.328
#> GSM311875 4 0.3452 0.76190 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM311876 4 0.4114 0.80898 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM311877 4 0.4150 0.80653 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM311879 4 0.1408 0.61911 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM311880 1 0.5465 0.28260 0.568 0.376 0.000 0.044 0.012
#> GSM311881 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311882 2 0.6749 0.00939 0.000 0.388 0.264 0.348 0.000
#> GSM311883 2 0.6028 0.52877 0.000 0.612 0.192 0.188 0.008
#> GSM311884 1 0.4249 -0.43516 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM311885 3 0.3327 0.58756 0.028 0.144 0.828 0.000 0.000
#> GSM311886 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311887 1 0.1478 0.55667 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM311888 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311889 3 0.3707 0.33296 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.70621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311891 1 0.1197 0.57095 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM311892 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311893 1 0.1544 0.55290 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311894 1 0.3687 0.39149 0.792 0.000 0.000 0.028 0.180
#> GSM311895 4 0.3359 0.43388 0.000 0.052 0.108 0.840 0.000
#> GSM311896 3 0.4015 0.65827 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM311897 4 0.1538 0.60533 0.000 0.008 0.008 0.948 0.036
#> GSM311898 1 0.1544 0.55290 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311899 3 0.3932 0.67253 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM311900 4 0.1484 0.57408 0.000 0.048 0.008 0.944 0.000
#> GSM311901 2 0.1522 0.86466 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM311902 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311903 2 0.1792 0.82211 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311905 4 0.4161 0.80511 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM311906 3 0.0963 0.68917 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM311907 4 0.3003 0.34128 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM311908 4 0.4126 0.80848 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM311909 4 0.4114 0.80898 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM311910 4 0.1557 0.57082 0.000 0.052 0.008 0.940 0.000
#> GSM311911 1 0.4192 0.43355 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.87876 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.3305 0.26702 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM311914 3 0.3586 0.37452 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0162 0.87845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311916 3 0.3741 0.37020 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004
#> GSM311917 5 0.4161 0.74418 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM311918 1 0.3857 0.51601 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> GSM311919 5 0.3074 0.05231 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM311920 3 0.3932 0.67253 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM311921 1 0.5475 0.27337 0.564 0.380 0.000 0.044 0.012
#> GSM311922 1 0.2488 0.62311 0.872 0.004 0.124 0.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0290 0.59841 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311831 4 0.4114 0.80898 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM311878 1 0.6591 -0.32537 0.528 0.124 0.000 0.028 0.320
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 6 0.2571 0.48319 0.000 0.000 0.060 0.000 0.064 0.876
#> GSM311763 5 0.4721 0.39815 0.000 0.032 0.000 0.344 0.608 0.016
#> GSM311764 3 0.2527 0.59764 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311765 5 0.3464 0.67738 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.1434 0.72871 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> GSM311768 6 0.2003 0.44261 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM311769 1 0.6044 -0.00287 0.460 0.000 0.004 0.000 0.244 0.292
#> GSM311770 3 0.3747 0.38037 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM311771 6 0.1225 0.51370 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952
#> GSM311772 3 0.4834 0.45582 0.000 0.212 0.660 0.128 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.0458 0.81969 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.3659 0.42018 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM311775 6 0.3857 -0.20179 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM311776 3 0.0508 0.67514 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.4434 0.29956 0.000 0.000 0.544 0.000 0.028 0.428
#> GSM311778 1 0.3416 0.65898 0.812 0.000 0.004 0.004 0.144 0.036
#> GSM311779 1 0.2883 0.64059 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0260 0.82112 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.0260 0.81906 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311782 4 0.1573 0.79335 0.004 0.004 0.004 0.936 0.052 0.000
#> GSM311783 1 0.0547 0.74926 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.1863 0.73085 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM311785 6 0.5597 0.47711 0.204 0.000 0.000 0.000 0.252 0.544
#> GSM311786 6 0.1285 0.49840 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM311787 5 0.3547 0.65923 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> GSM311788 4 0.0622 0.81852 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> GSM311789 5 0.3265 0.68597 0.000 0.248 0.000 0.000 0.748 0.004
#> GSM311790 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.3714 0.33546 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.3241 0.65822 0.824 0.000 0.000 0.000 0.112 0.064
#> GSM311793 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.2009 0.54155 0.000 0.000 0.024 0.000 0.068 0.908
#> GSM311796 1 0.4533 0.56151 0.700 0.004 0.036 0.240 0.020 0.000
#> GSM311797 6 0.6007 0.44244 0.224 0.000 0.004 0.000 0.308 0.464
#> GSM311798 6 0.4998 0.52232 0.092 0.000 0.004 0.000 0.284 0.620
#> GSM311799 3 0.0508 0.67514 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.1701 0.65366 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> GSM311801 5 0.3515 0.66732 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM311802 1 0.5461 0.27567 0.568 0.000 0.000 0.000 0.184 0.248
#> GSM311803 6 0.3857 0.13579 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM311804 4 0.0260 0.81906 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311805 6 0.2179 0.53605 0.000 0.000 0.036 0.000 0.064 0.900
#> GSM311806 4 0.1116 0.80874 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.2520 0.59198 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000 0.000
#> GSM311808 4 0.2656 0.73673 0.008 0.000 0.012 0.860 0.120 0.000
#> GSM311809 1 0.5701 0.17239 0.524 0.000 0.000 0.000 0.248 0.228
#> GSM311810 3 0.3868 -0.18567 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> GSM311811 6 0.5980 0.44665 0.220 0.000 0.004 0.000 0.304 0.472
#> GSM311812 6 0.2106 0.53775 0.000 0.000 0.032 0.000 0.064 0.904
#> GSM311813 1 0.3133 0.63678 0.780 0.000 0.000 0.212 0.008 0.000
#> GSM311814 1 0.3454 0.62177 0.760 0.000 0.004 0.224 0.012 0.000
#> GSM311815 6 0.2527 0.38060 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311816 1 0.2762 0.65836 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.3055 0.71632 0.856 0.000 0.004 0.092 0.012 0.036
#> GSM311818 2 0.3860 0.08592 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM311819 5 0.1138 0.59029 0.024 0.000 0.004 0.000 0.960 0.012
#> GSM311820 1 0.0951 0.74875 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008 0.000
#> GSM311821 1 0.0363 0.74868 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.4150 0.58309 0.732 0.000 0.004 0.000 0.204 0.060
#> GSM311823 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.2762 0.65844 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM311825 6 0.6029 0.43318 0.240 0.000 0.004 0.000 0.292 0.464
#> GSM311826 1 0.4220 0.55401 0.732 0.000 0.000 0.000 0.172 0.096
#> GSM311827 5 0.3428 0.68227 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM311828 5 0.3531 0.66365 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> GSM311829 1 0.0547 0.74918 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.3727 0.56835 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> GSM311832 4 0.1387 0.79245 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.0260 0.67674 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311834 2 0.1531 0.80778 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0632 0.74883 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311836 4 0.4083 0.04877 0.460 0.000 0.000 0.532 0.008 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0146 0.81997 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 6 0.5943 0.38972 0.292 0.000 0.000 0.000 0.252 0.456
#> GSM311842 6 0.2685 0.48829 0.000 0.000 0.072 0.000 0.060 0.868
#> GSM311843 1 0.1265 0.73246 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM311844 2 0.3982 0.12135 0.000 0.536 0.460 0.004 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.3428 0.68227 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM311846 3 0.0603 0.67369 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.5870 0.39872 0.292 0.000 0.000 0.000 0.232 0.476
#> GSM311848 5 0.3428 0.68227 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM311849 5 0.1262 0.59678 0.008 0.020 0.000 0.000 0.956 0.016
#> GSM311850 6 0.5939 0.41481 0.264 0.000 0.000 0.000 0.276 0.460
#> GSM311851 3 0.3592 0.44256 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311852 1 0.4535 0.17553 0.500 0.000 0.000 0.004 0.472 0.024
#> GSM311853 6 0.1838 0.54354 0.000 0.000 0.016 0.000 0.068 0.916
#> GSM311854 1 0.0405 0.74746 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM311855 3 0.5029 0.29678 0.000 0.000 0.524 0.000 0.076 0.400
#> GSM311856 6 0.6041 0.33586 0.312 0.000 0.000 0.000 0.272 0.416
#> GSM311857 1 0.0891 0.74970 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> GSM311858 3 0.3789 0.34780 0.000 0.332 0.660 0.008 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.1957 0.72780 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM311860 4 0.6064 0.27037 0.036 0.000 0.096 0.528 0.008 0.332
#> GSM311861 6 0.6806 0.42931 0.192 0.000 0.068 0.084 0.076 0.580
#> GSM311862 4 0.2768 0.69159 0.156 0.000 0.000 0.832 0.012 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.2823 0.64972 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0891 0.73938 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM311866 1 0.1442 0.73504 0.944 0.000 0.004 0.000 0.040 0.012
#> GSM311867 6 0.3699 0.11831 0.000 0.000 0.336 0.000 0.004 0.660
#> GSM311868 1 0.1867 0.71714 0.916 0.000 0.000 0.000 0.064 0.020
#> GSM311869 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.2969 0.53123 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM311871 6 0.5990 0.44620 0.220 0.000 0.004 0.000 0.308 0.468
#> GSM311872 1 0.4015 0.40591 0.616 0.000 0.000 0.372 0.012 0.000
#> GSM311873 4 0.4332 0.48788 0.000 0.040 0.316 0.644 0.000 0.000
#> GSM311874 5 0.3907 0.28187 0.000 0.004 0.000 0.408 0.588 0.000
#> GSM311875 4 0.2135 0.74516 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0363 0.82081 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.82072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.3620 0.47463 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.2147 0.66096 0.000 0.084 0.000 0.000 0.896 0.020
#> GSM311881 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.3789 0.34780 0.000 0.332 0.660 0.008 0.000 0.000
#> GSM311883 5 0.5775 0.24875 0.000 0.124 0.400 0.012 0.464 0.000
#> GSM311884 1 0.5250 0.10294 0.540 0.000 0.000 0.000 0.108 0.352
#> GSM311885 6 0.5645 -0.11545 0.000 0.172 0.320 0.000 0.000 0.508
#> GSM311886 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 6 0.5870 0.39872 0.292 0.000 0.000 0.000 0.232 0.476
#> GSM311888 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.3515 0.13911 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM311890 3 0.3756 0.37495 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM311891 6 0.5886 0.39896 0.292 0.000 0.000 0.000 0.236 0.472
#> GSM311892 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311893 6 0.5943 0.38972 0.292 0.000 0.000 0.000 0.252 0.456
#> GSM311894 5 0.6306 -0.12546 0.272 0.000 0.000 0.028 0.492 0.208
#> GSM311895 3 0.4523 -0.09355 0.000 0.032 0.516 0.452 0.000 0.000
#> GSM311896 3 0.0291 0.67628 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM311897 4 0.3717 0.42184 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM311898 6 0.6090 0.39665 0.276 0.000 0.004 0.000 0.272 0.448
#> GSM311899 3 0.0632 0.67302 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311900 4 0.3862 0.40929 0.000 0.004 0.388 0.608 0.000 0.000
#> GSM311901 2 0.3817 -0.16148 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.82072 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311903 2 0.3803 0.64591 0.000 0.780 0.068 0.000 0.148 0.004
#> GSM311904 4 0.0520 0.81689 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> GSM311905 4 0.0291 0.81955 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM311906 6 0.3854 -0.19436 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM311907 3 0.3782 0.04390 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.0363 0.82081 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0363 0.82081 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.4209 0.39484 0.000 0.020 0.384 0.596 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.1745 0.50652 0.000 0.000 0.056 0.000 0.020 0.924
#> GSM311912 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.5996 -0.15046 0.432 0.000 0.004 0.000 0.200 0.364
#> GSM311914 6 0.3563 0.11614 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM311915 2 0.0000 0.88143 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 6 0.3531 0.13232 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM311917 1 0.0405 0.74766 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM311918 6 0.3481 0.56462 0.048 0.000 0.000 0.000 0.160 0.792
#> GSM311919 4 0.4095 -0.05047 0.480 0.000 0.000 0.512 0.008 0.000
#> GSM311920 3 0.0820 0.67725 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> GSM311921 5 0.2480 0.66616 0.000 0.104 0.000 0.000 0.872 0.024
#> GSM311922 6 0.5635 0.48545 0.152 0.000 0.004 0.000 0.316 0.528
#> GSM311923 6 0.5835 0.44761 0.232 0.000 0.000 0.000 0.280 0.488
#> GSM311831 4 0.0458 0.81969 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.7837 0.18477 0.428 0.232 0.000 0.044 0.136 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:skmeans 161 1.000 2
#> CV:skmeans 131 NA 3
#> CV:skmeans 154 0.600 4
#> CV:skmeans 122 0.445 5
#> CV:skmeans 98 0.558 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.428 0.826 0.886 0.4259 0.587 0.587
#> 3 3 0.531 0.595 0.827 0.4134 0.698 0.523
#> 4 4 0.597 0.514 0.784 0.1868 0.751 0.445
#> 5 5 0.703 0.779 0.858 0.0461 0.877 0.625
#> 6 6 0.720 0.668 0.843 0.0504 0.915 0.704
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0376 0.947 0.004 0.996
#> GSM311762 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311763 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311764 1 0.8081 0.802 0.752 0.248
#> GSM311765 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.7219 0.826 0.800 0.200
#> GSM311769 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.8813 0.748 0.700 0.300
#> GSM311771 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311772 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311773 1 0.8661 0.739 0.712 0.288
#> GSM311774 2 0.0672 0.944 0.008 0.992
#> GSM311775 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311776 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311778 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.9393 0.690 0.644 0.356
#> GSM311781 1 0.1184 0.829 0.984 0.016
#> GSM311782 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.4562 0.838 0.904 0.096
#> GSM311787 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311789 2 0.8327 0.524 0.264 0.736
#> GSM311790 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.3274 0.838 0.940 0.060
#> GSM311793 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311796 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.3879 0.838 0.924 0.076
#> GSM311799 2 0.1414 0.932 0.020 0.980
#> GSM311800 1 0.9393 0.691 0.644 0.356
#> GSM311801 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311804 1 0.0376 0.832 0.996 0.004
#> GSM311805 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311806 1 0.1184 0.835 0.984 0.016
#> GSM311807 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311809 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311810 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311811 1 0.1414 0.836 0.980 0.020
#> GSM311812 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311813 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311816 1 0.2948 0.838 0.948 0.052
#> GSM311817 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311818 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311820 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.2043 0.921 0.032 0.968
#> GSM311828 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311832 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311833 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311834 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.1184 0.835 0.984 0.016
#> GSM311837 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0938 0.939 0.012 0.988
#> GSM311841 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311843 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.1843 0.925 0.028 0.972
#> GSM311849 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311850 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.8016 0.565 0.244 0.756
#> GSM311852 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311853 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311854 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311856 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311861 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311862 1 0.6438 0.833 0.836 0.164
#> GSM311863 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311868 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.7056 0.735 0.192 0.808
#> GSM311870 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.7602 0.821 0.780 0.220
#> GSM311873 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311875 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311876 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311877 1 0.7883 0.755 0.764 0.236
#> GSM311879 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311880 2 0.9491 0.274 0.368 0.632
#> GSM311881 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311883 1 0.7745 0.817 0.772 0.228
#> GSM311884 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.7219 0.826 0.800 0.200
#> GSM311886 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.9954 -0.133 0.460 0.540
#> GSM311889 1 0.7299 0.825 0.796 0.204
#> GSM311890 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311891 1 0.7453 0.823 0.788 0.212
#> GSM311892 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311895 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311896 2 0.3584 0.877 0.068 0.932
#> GSM311897 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311898 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311900 1 0.9635 0.639 0.612 0.388
#> GSM311901 1 0.7219 0.826 0.800 0.200
#> GSM311902 1 0.5737 0.759 0.864 0.136
#> GSM311903 1 0.9358 0.696 0.648 0.352
#> GSM311904 1 0.8955 0.728 0.688 0.312
#> GSM311905 1 0.5519 0.795 0.872 0.128
#> GSM311906 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311907 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311908 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311909 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311910 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311912 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.6247 0.834 0.844 0.156
#> GSM311914 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311915 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.7674 0.819 0.776 0.224
#> GSM311917 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.3114 0.838 0.944 0.056
#> GSM311919 1 0.2603 0.838 0.956 0.044
#> GSM311920 2 0.0000 0.950 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.5737 0.788 0.136 0.864
#> GSM311922 1 0.6048 0.835 0.852 0.148
#> GSM311923 1 0.0000 0.833 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.9427 0.686 0.640 0.360
#> GSM311878 1 0.1633 0.836 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311762 1 0.6095 0.3046 0.608 0.000 0.392
#> GSM311763 1 0.8045 0.0811 0.504 0.064 0.432
#> GSM311764 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311765 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311766 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311767 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.6309 -0.0652 0.504 0.000 0.496
#> GSM311769 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311771 3 0.3941 0.6274 0.156 0.000 0.844
#> GSM311772 3 0.6168 0.3399 0.000 0.412 0.588
#> GSM311773 2 0.6629 0.2523 0.360 0.624 0.016
#> GSM311774 3 0.0475 0.6680 0.004 0.004 0.992
#> GSM311775 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311776 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311777 3 0.5968 0.3314 0.364 0.000 0.636
#> GSM311778 1 0.0892 0.7756 0.980 0.000 0.020
#> GSM311779 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 3 0.8055 0.1119 0.440 0.064 0.496
#> GSM311781 1 0.2384 0.7459 0.936 0.056 0.008
#> GSM311782 1 0.0592 0.7793 0.988 0.000 0.012
#> GSM311783 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.6140 0.2195 0.404 0.000 0.596
#> GSM311787 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311788 1 0.7895 0.0925 0.508 0.056 0.436
#> GSM311789 3 0.4921 0.6689 0.084 0.072 0.844
#> GSM311790 2 0.0237 0.8730 0.000 0.996 0.004
#> GSM311791 2 0.2796 0.8277 0.000 0.908 0.092
#> GSM311792 1 0.2165 0.7558 0.936 0.000 0.064
#> GSM311793 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311794 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311795 3 0.3686 0.6588 0.140 0.000 0.860
#> GSM311796 1 0.2165 0.7501 0.936 0.000 0.064
#> GSM311797 1 0.0592 0.7793 0.988 0.000 0.012
#> GSM311798 1 0.3686 0.7129 0.860 0.000 0.140
#> GSM311799 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311800 3 0.6244 0.0956 0.440 0.000 0.560
#> GSM311801 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311802 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.2590 0.6808 0.072 0.004 0.924
#> GSM311804 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 3 0.3116 0.6737 0.108 0.000 0.892
#> GSM311806 1 0.1031 0.7770 0.976 0.000 0.024
#> GSM311807 3 0.5621 0.4875 0.000 0.308 0.692
#> GSM311808 1 0.6307 0.1128 0.512 0.000 0.488
#> GSM311809 1 0.6204 0.2534 0.576 0.000 0.424
#> GSM311810 3 0.8070 0.0353 0.464 0.064 0.472
#> GSM311811 1 0.2625 0.7456 0.916 0.000 0.084
#> GSM311812 3 0.3412 0.6672 0.124 0.000 0.876
#> GSM311813 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.2165 0.7501 0.936 0.000 0.064
#> GSM311815 3 0.2448 0.6804 0.076 0.000 0.924
#> GSM311816 1 0.1860 0.7617 0.948 0.000 0.052
#> GSM311817 1 0.6225 0.2181 0.568 0.000 0.432
#> GSM311818 3 0.7676 0.3481 0.056 0.360 0.584
#> GSM311819 1 0.6307 0.1128 0.512 0.000 0.488
#> GSM311820 1 0.2066 0.7527 0.940 0.000 0.060
#> GSM311821 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.2165 0.7501 0.936 0.000 0.064
#> GSM311823 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311824 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.2165 0.7501 0.936 0.000 0.064
#> GSM311826 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.7726 0.3383 0.056 0.372 0.572
#> GSM311828 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311829 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.6291 -0.1206 0.000 0.532 0.468
#> GSM311832 3 0.8050 0.1231 0.436 0.064 0.500
#> GSM311833 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311834 2 0.0592 0.8706 0.000 0.988 0.012
#> GSM311835 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0747 0.7792 0.984 0.000 0.016
#> GSM311837 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311838 2 0.0237 0.8730 0.000 0.996 0.004
#> GSM311839 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311841 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.2625 0.6779 0.084 0.000 0.916
#> GSM311843 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0592 0.8706 0.000 0.988 0.012
#> GSM311845 3 0.8117 0.3395 0.076 0.372 0.552
#> GSM311846 3 0.5882 0.4376 0.000 0.348 0.652
#> GSM311847 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.2625 0.8794 0.000 0.916 0.084
#> GSM311849 1 0.6527 0.2676 0.588 0.008 0.404
#> GSM311850 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0475 0.6680 0.004 0.004 0.992
#> GSM311852 1 0.6267 0.1833 0.548 0.000 0.452
#> GSM311853 3 0.3340 0.6586 0.120 0.000 0.880
#> GSM311854 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.6305 0.1244 0.516 0.000 0.484
#> GSM311856 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 2 0.2537 0.8375 0.000 0.920 0.080
#> GSM311859 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.3752 0.6566 0.144 0.000 0.856
#> GSM311861 1 0.6215 0.2211 0.572 0.000 0.428
#> GSM311862 1 0.5968 0.3621 0.636 0.000 0.364
#> GSM311863 2 0.0237 0.8730 0.000 0.996 0.004
#> GSM311864 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311868 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311870 2 0.2537 0.8811 0.000 0.920 0.080
#> GSM311871 1 0.2165 0.7501 0.936 0.000 0.064
#> GSM311872 1 0.6192 0.2409 0.580 0.000 0.420
#> GSM311873 2 0.2448 0.8398 0.000 0.924 0.076
#> GSM311874 1 0.6204 0.2305 0.576 0.000 0.424
#> GSM311875 3 0.8050 0.1231 0.436 0.064 0.500
#> GSM311876 3 0.8055 0.1121 0.440 0.064 0.496
#> GSM311877 1 0.5760 0.6530 0.796 0.064 0.140
#> GSM311879 3 0.8050 0.1231 0.436 0.064 0.500
#> GSM311880 3 0.9484 0.4452 0.240 0.264 0.496
#> GSM311881 2 0.0000 0.8737 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.5810 0.3491 0.000 0.664 0.336
#> GSM311883 1 0.6309 0.0764 0.500 0.000 0.500
#> GSM311884 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.4605 0.6246 0.796 0.000 0.204
#> GSM311886 2 0.0424 0.8722 0.000 0.992 0.008
#> GSM311887 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.5202 0.5624 0.220 0.772 0.008
#> GSM311889 3 0.5529 0.4264 0.296 0.000 0.704
#> GSM311890 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311891 1 0.5678 0.4606 0.684 0.000 0.316
#> GSM311892 3 0.8102 0.3435 0.076 0.368 0.556
#> GSM311893 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.6204 0.2305 0.576 0.000 0.424
#> GSM311895 3 0.7905 0.0966 0.444 0.056 0.500
#> GSM311896 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311897 3 0.8050 0.1231 0.436 0.064 0.500
#> GSM311898 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311900 3 0.9008 0.2595 0.360 0.140 0.500
#> GSM311901 1 0.6211 0.5734 0.736 0.036 0.228
#> GSM311902 1 0.2584 0.7403 0.928 0.064 0.008
#> GSM311903 1 0.6308 0.1009 0.508 0.000 0.492
#> GSM311904 1 0.7969 0.1768 0.540 0.064 0.396
#> GSM311905 1 0.6703 0.5269 0.712 0.052 0.236
#> GSM311906 3 0.0424 0.6708 0.008 0.000 0.992
#> GSM311907 3 0.2165 0.6564 0.000 0.064 0.936
#> GSM311908 1 0.8045 0.0811 0.504 0.064 0.432
#> GSM311909 3 0.8065 0.0762 0.452 0.064 0.484
#> GSM311910 2 0.2448 0.8410 0.000 0.924 0.076
#> GSM311911 3 0.4235 0.6325 0.176 0.000 0.824
#> GSM311912 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311913 1 0.5138 0.5668 0.748 0.000 0.252
#> GSM311914 3 0.3941 0.6487 0.156 0.000 0.844
#> GSM311915 2 0.2165 0.8904 0.000 0.936 0.064
#> GSM311916 1 0.5926 0.3821 0.644 0.000 0.356
#> GSM311917 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.1964 0.7592 0.944 0.000 0.056
#> GSM311919 1 0.4555 0.6524 0.800 0.000 0.200
#> GSM311920 3 0.3116 0.6209 0.000 0.108 0.892
#> GSM311921 3 0.9041 0.3667 0.140 0.372 0.488
#> GSM311922 1 0.5497 0.5430 0.708 0.000 0.292
#> GSM311923 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 3 0.8050 0.1231 0.436 0.064 0.500
#> GSM311878 1 0.1031 0.7759 0.976 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311762 1 0.7254 0.2048 0.468 0.384 0.148 0.000
#> GSM311763 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311764 3 0.6510 0.4362 0.080 0.380 0.540 0.000
#> GSM311765 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311766 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311767 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.7700 0.2735 0.344 0.228 0.428 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.4621 0.5965 0.008 0.284 0.708 0.000
#> GSM311771 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311772 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311773 4 0.0188 0.4140 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311774 3 0.4356 0.5949 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 4 0.7651 0.4452 0.000 0.288 0.248 0.464
#> GSM311777 2 0.7761 -0.2859 0.236 0.388 0.376 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311781 4 0.4866 0.3145 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311782 1 0.0188 0.8295 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311783 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.4925 0.1191 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM311786 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311788 4 0.7492 0.4610 0.180 0.388 0.000 0.432
#> GSM311789 2 0.5486 -0.2294 0.016 0.604 0.376 0.004
#> GSM311790 4 0.4998 -0.3753 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM311791 4 0.4304 0.0235 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM311792 1 0.2281 0.7701 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311794 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311795 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0336 0.8286 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311797 1 0.4989 0.1279 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM311798 1 0.6522 0.3623 0.608 0.112 0.280 0.000
#> GSM311799 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311800 2 0.8324 -0.1787 0.316 0.388 0.280 0.016
#> GSM311801 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311802 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.3946 0.6364 0.020 0.168 0.812 0.000
#> GSM311804 1 0.0469 0.8250 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311805 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.0817 0.8211 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM311807 4 0.6415 0.6215 0.000 0.288 0.100 0.612
#> GSM311808 1 0.4817 0.4505 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311809 1 0.4804 0.4564 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM311810 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311811 1 0.4936 0.4779 0.700 0.020 0.280 0.000
#> GSM311812 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.1474 0.8029 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM311817 2 0.7862 -0.1769 0.332 0.388 0.280 0.000
#> GSM311818 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311819 2 0.7862 -0.1769 0.332 0.388 0.280 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.4830 0.4864 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM311824 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.4304 0.4933 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.2530 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311828 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311829 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.4382 -0.2246 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM311832 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311833 4 0.6903 0.5908 0.000 0.380 0.112 0.508
#> GSM311834 4 0.0000 0.4107 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0592 0.8249 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311838 4 0.4961 -0.3200 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM311839 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311841 1 0.0707 0.8215 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM311842 3 0.1792 0.7127 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.0000 0.4107 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.2530 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311847 1 0.0336 0.8267 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311848 2 0.4804 0.4878 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM311849 2 0.4382 0.1192 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.3726 0.6584 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM311851 3 0.4677 0.5691 0.004 0.316 0.680 0.000
#> GSM311852 1 0.6961 0.2623 0.496 0.388 0.116 0.000
#> GSM311853 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4817 0.4505 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.1022 0.3754 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM311859 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.6951 0.4547 0.132 0.324 0.544 0.000
#> GSM311861 2 0.7862 -0.1769 0.332 0.388 0.280 0.000
#> GSM311862 1 0.4585 0.5230 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM311863 4 0.4406 -0.0657 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM311864 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311870 2 0.4761 0.4817 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM311871 1 0.2011 0.7831 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311872 1 0.4804 0.4566 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM311873 4 0.0000 0.4107 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.4817 0.4505 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM311875 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311876 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311877 4 0.6592 0.4799 0.260 0.128 0.000 0.612
#> GSM311879 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311880 2 0.3626 0.1436 0.004 0.812 0.184 0.000
#> GSM311881 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311882 2 0.4967 -0.2350 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM311883 1 0.4991 0.4452 0.608 0.388 0.000 0.004
#> GSM311884 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.6420 0.4934 0.640 0.228 0.132 0.000
#> GSM311886 4 0.4643 -0.1489 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM311887 1 0.0188 0.8292 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311888 4 0.0000 0.4107 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311889 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311890 3 0.4621 0.5965 0.008 0.284 0.708 0.000
#> GSM311891 3 0.7309 0.2599 0.324 0.172 0.504 0.000
#> GSM311892 2 0.0336 0.2445 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311893 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 2 0.7862 -0.1769 0.332 0.388 0.280 0.000
#> GSM311895 4 0.5453 0.6599 0.020 0.388 0.000 0.592
#> GSM311896 4 0.5125 0.6703 0.000 0.388 0.008 0.604
#> GSM311897 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311898 1 0.4277 0.4959 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM311899 3 0.4621 0.5941 0.000 0.284 0.708 0.008
#> GSM311900 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311901 2 0.5744 -0.0465 0.436 0.536 0.000 0.028
#> GSM311902 4 0.4817 0.3462 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM311903 2 0.8143 -0.1533 0.316 0.420 0.252 0.012
#> GSM311904 4 0.8304 0.5508 0.072 0.316 0.116 0.496
#> GSM311905 4 0.7203 0.4244 0.312 0.164 0.000 0.524
#> GSM311906 3 0.4277 0.6024 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM311907 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311908 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311909 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311910 4 0.0707 0.4260 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM311911 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311913 1 0.7640 0.1097 0.468 0.252 0.280 0.000
#> GSM311914 3 0.0000 0.7314 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.4817 0.4895 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM311916 1 0.7904 -0.1191 0.360 0.340 0.300 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.5671 0.1694 0.400 0.028 0.572 0.000
#> GSM311919 1 0.2704 0.7453 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM311920 2 0.5294 -0.3744 0.000 0.508 0.484 0.008
#> GSM311921 2 0.0336 0.2509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311922 1 0.7563 0.1434 0.484 0.236 0.280 0.000
#> GSM311923 1 0.3569 0.6741 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM311831 4 0.4817 0.6752 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM311878 1 0.0817 0.8206 0.976 0.024 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.6543 0.365 0.352 0.000 0.520 0.084 0.044
#> GSM311763 4 0.1792 0.863 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM311764 3 0.4849 0.734 0.024 0.000 0.756 0.084 0.136
#> GSM311765 5 0.2891 0.750 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311766 5 0.2929 0.746 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM311767 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.6322 0.237 0.516 0.000 0.372 0.084 0.028
#> GSM311769 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.3844 0.765 0.000 0.000 0.804 0.064 0.132
#> GSM311771 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311772 4 0.0609 0.891 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311773 4 0.1792 0.837 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311774 3 0.3844 0.765 0.000 0.000 0.804 0.064 0.132
#> GSM311775 3 0.1478 0.798 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM311776 3 0.5220 0.212 0.000 0.000 0.516 0.440 0.044
#> GSM311777 1 0.6993 0.512 0.572 0.000 0.208 0.084 0.136
#> GSM311778 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311779 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311781 4 0.4088 0.446 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> GSM311782 1 0.3060 0.816 0.848 0.000 0.000 0.024 0.128
#> GSM311783 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.5365 0.617 0.628 0.000 0.284 0.000 0.088
#> GSM311786 3 0.1851 0.789 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM311787 5 0.2929 0.746 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM311788 4 0.4867 0.613 0.180 0.000 0.000 0.716 0.104
#> GSM311789 5 0.5487 0.660 0.012 0.044 0.124 0.084 0.736
#> GSM311790 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311791 4 0.2127 0.839 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM311792 1 0.1701 0.845 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> GSM311793 5 0.2891 0.750 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311794 2 0.0162 0.975 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311795 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 1 0.1851 0.835 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM311797 1 0.4800 0.712 0.716 0.000 0.196 0.000 0.088
#> GSM311798 1 0.5157 0.754 0.748 0.000 0.088 0.052 0.112
#> GSM311799 4 0.1197 0.880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311800 5 0.7922 0.255 0.216 0.000 0.088 0.308 0.388
#> GSM311801 5 0.2891 0.750 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311802 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 5 0.4380 0.538 0.000 0.000 0.304 0.020 0.676
#> GSM311804 1 0.1124 0.856 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM311805 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 1 0.2951 0.804 0.860 0.112 0.000 0.028 0.000
#> GSM311807 4 0.1216 0.888 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> GSM311808 1 0.4504 0.733 0.748 0.000 0.000 0.084 0.168
#> GSM311809 1 0.3754 0.783 0.816 0.000 0.000 0.084 0.100
#> GSM311810 4 0.0510 0.892 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311811 1 0.5046 0.736 0.720 0.000 0.088 0.012 0.180
#> GSM311812 3 0.0290 0.809 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311813 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1851 0.835 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM311815 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.1444 0.849 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM311817 1 0.4866 0.752 0.772 0.000 0.088 0.084 0.056
#> GSM311818 4 0.3949 0.463 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM311819 5 0.5532 0.634 0.108 0.000 0.084 0.084 0.724
#> GSM311820 1 0.1544 0.845 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311821 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.1851 0.835 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM311823 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.4630 0.742 0.736 0.000 0.088 0.000 0.176
#> GSM311826 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.2020 0.778 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311828 5 0.2471 0.769 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM311829 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.3810 0.681 0.000 0.040 0.000 0.168 0.792
#> GSM311832 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311833 4 0.3085 0.799 0.000 0.000 0.116 0.852 0.032
#> GSM311834 4 0.2424 0.813 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311839 1 0.0609 0.860 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.2793 0.818 0.876 0.000 0.036 0.000 0.088
#> GSM311842 3 0.3237 0.784 0.000 0.000 0.848 0.048 0.104
#> GSM311843 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.2280 0.821 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM311845 5 0.2020 0.778 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311846 4 0.1197 0.880 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311847 1 0.1043 0.856 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM311848 5 0.2471 0.769 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM311849 5 0.2574 0.719 0.112 0.012 0.000 0.000 0.876
#> GSM311850 1 0.4169 0.769 0.784 0.000 0.116 0.000 0.100
#> GSM311851 3 0.3888 0.762 0.000 0.000 0.800 0.064 0.136
#> GSM311852 5 0.5560 0.616 0.196 0.000 0.032 0.084 0.688
#> GSM311853 3 0.0290 0.809 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311854 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4183 0.762 0.780 0.000 0.000 0.084 0.136
#> GSM311856 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.1341 0.876 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.6553 0.136 0.404 0.000 0.476 0.072 0.048
#> GSM311861 1 0.4731 0.755 0.780 0.000 0.088 0.084 0.048
#> GSM311862 1 0.2409 0.825 0.900 0.000 0.000 0.068 0.032
#> GSM311863 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.1270 0.920 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311870 5 0.2424 0.771 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM311871 1 0.3048 0.794 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> GSM311872 1 0.2962 0.802 0.868 0.000 0.000 0.084 0.048
#> GSM311873 4 0.2020 0.836 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM311874 1 0.5583 0.293 0.564 0.000 0.000 0.084 0.352
#> GSM311875 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1410 0.852 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM311879 4 0.1121 0.882 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311880 5 0.0404 0.762 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311881 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 4 0.2304 0.838 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM311883 5 0.4714 0.629 0.192 0.000 0.000 0.084 0.724
#> GSM311884 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.6636 -0.049 0.460 0.000 0.412 0.084 0.044
#> GSM311886 2 0.0290 0.975 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311887 1 0.0880 0.858 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.2020 0.854 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM311889 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.3844 0.765 0.000 0.000 0.804 0.064 0.132
#> GSM311891 1 0.5519 0.692 0.680 0.000 0.220 0.068 0.032
#> GSM311892 5 0.3593 0.746 0.000 0.088 0.000 0.084 0.828
#> GSM311893 1 0.1851 0.830 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM311894 1 0.4930 0.747 0.768 0.000 0.088 0.084 0.060
#> GSM311895 4 0.2448 0.842 0.020 0.000 0.000 0.892 0.088
#> GSM311896 4 0.1408 0.881 0.000 0.000 0.008 0.948 0.044
#> GSM311897 4 0.0609 0.891 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311898 1 0.3649 0.794 0.824 0.000 0.088 0.000 0.088
#> GSM311899 3 0.3723 0.743 0.000 0.000 0.804 0.152 0.044
#> GSM311900 4 0.0609 0.891 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311901 1 0.4740 0.147 0.516 0.016 0.000 0.000 0.468
#> GSM311902 4 0.1792 0.827 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM311903 5 0.5958 0.614 0.112 0.000 0.080 0.120 0.688
#> GSM311904 4 0.4068 0.781 0.108 0.000 0.036 0.816 0.040
#> GSM311905 4 0.3949 0.514 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> GSM311906 3 0.2504 0.793 0.000 0.000 0.896 0.064 0.040
#> GSM311907 4 0.0609 0.891 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311908 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311910 4 0.0794 0.888 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311911 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.4118 0.785 0.816 0.000 0.088 0.068 0.028
#> GSM311914 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0162 0.977 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311916 1 0.6094 0.508 0.616 0.000 0.264 0.080 0.040
#> GSM311917 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.5876 0.604 0.608 0.000 0.284 0.016 0.092
#> GSM311919 1 0.2570 0.834 0.888 0.000 0.000 0.028 0.084
#> GSM311920 3 0.5594 0.595 0.000 0.000 0.632 0.232 0.136
#> GSM311921 5 0.1597 0.746 0.000 0.012 0.048 0.000 0.940
#> GSM311922 1 0.6166 0.688 0.652 0.000 0.088 0.068 0.192
#> GSM311923 1 0.3912 0.779 0.804 0.000 0.108 0.000 0.088
#> GSM311831 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311878 1 0.0865 0.857 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.5109 0.3749 0.580 0.000 0.316 0.000 0.000 0.104
#> GSM311763 4 0.3969 0.7240 0.032 0.000 0.188 0.760 0.020 0.000
#> GSM311764 3 0.0260 0.5053 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311765 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.4076 0.4196 0.620 0.000 0.364 0.000 0.000 0.016
#> GSM311769 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.1387 0.4875 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311771 6 0.3515 0.5406 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM311772 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.1387 0.4875 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311775 3 0.3428 0.0538 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM311776 4 0.4823 0.5016 0.000 0.000 0.348 0.584 0.000 0.068
#> GSM311777 3 0.3797 -0.0504 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0937 0.7900 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.3647 0.4403 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.4395 0.6401 0.736 0.000 0.188 0.044 0.000 0.032
#> GSM311783 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 6 0.1556 0.6590 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM311786 3 0.3050 0.2552 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM311787 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 4 0.6107 0.3515 0.212 0.000 0.196 0.556 0.036 0.000
#> GSM311789 3 0.4183 0.1255 0.000 0.000 0.508 0.000 0.480 0.012
#> GSM311790 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.1910 0.7683 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0146 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311795 6 0.0790 0.6852 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311796 1 0.3446 0.5466 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM311797 6 0.4326 0.2426 0.404 0.000 0.024 0.000 0.000 0.572
#> GSM311798 1 0.4362 0.4214 0.584 0.000 0.388 0.000 0.000 0.028
#> GSM311799 4 0.2941 0.7562 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.6283 0.3220 0.284 0.000 0.500 0.032 0.184 0.000
#> GSM311801 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0363 0.7999 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311803 6 0.2164 0.6441 0.000 0.000 0.068 0.000 0.032 0.900
#> GSM311804 1 0.2164 0.7575 0.900 0.000 0.000 0.068 0.000 0.032
#> GSM311805 6 0.0790 0.6852 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311806 1 0.3339 0.7001 0.816 0.144 0.012 0.028 0.000 0.000
#> GSM311807 4 0.1387 0.8497 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.4177 0.2927 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012 0.000
#> GSM311809 1 0.4004 0.4839 0.620 0.000 0.368 0.000 0.000 0.012
#> GSM311810 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.4292 0.4773 0.628 0.000 0.340 0.000 0.000 0.032
#> GSM311812 6 0.0790 0.6852 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311813 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.3428 0.5514 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 6 0.3515 0.5406 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM311816 1 0.1075 0.7868 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.2823 0.6949 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM311818 4 0.5537 0.1477 0.000 0.000 0.368 0.492 0.140 0.000
#> GSM311819 3 0.5772 0.3536 0.184 0.000 0.468 0.000 0.348 0.000
#> GSM311820 1 0.3076 0.6343 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.3482 0.5360 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.5197 0.3788 0.568 0.000 0.320 0.000 0.000 0.112
#> GSM311826 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311828 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.0458 0.9197 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311832 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311833 4 0.3508 0.6720 0.000 0.000 0.292 0.704 0.000 0.004
#> GSM311834 4 0.1663 0.8262 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0363 0.8002 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 1 0.1267 0.7723 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.3634 0.3589 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM311842 3 0.3266 0.3261 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311843 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.1267 0.8395 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 4 0.2854 0.7667 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM311847 1 0.3866 -0.0211 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM311848 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311850 6 0.3847 0.1170 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM311851 3 0.1141 0.4949 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311852 3 0.6092 0.2835 0.280 0.000 0.372 0.000 0.348 0.000
#> GSM311853 6 0.2730 0.6361 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311854 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4177 0.2963 0.520 0.000 0.468 0.000 0.000 0.012
#> GSM311856 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.4642 0.1205 0.508 0.000 0.452 0.000 0.000 0.040
#> GSM311861 1 0.2378 0.7199 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.1957 0.7527 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 6 0.3851 0.4285 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM311868 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.3062 0.7431 0.000 0.816 0.160 0.000 0.024 0.000
#> GSM311870 5 0.2793 0.6211 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM311871 1 0.4269 0.4992 0.648 0.000 0.316 0.000 0.000 0.036
#> GSM311872 1 0.2300 0.7254 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM311873 4 0.0146 0.8545 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311874 1 0.4701 0.5420 0.684 0.000 0.148 0.000 0.168 0.000
#> GSM311875 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.2793 0.7704 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311883 3 0.5828 0.3598 0.172 0.000 0.480 0.000 0.344 0.004
#> GSM311884 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.3982 0.2890 0.536 0.000 0.460 0.000 0.000 0.004
#> GSM311886 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.3531 0.4297 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM311888 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.3851 0.4284 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM311890 3 0.1387 0.4875 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311891 6 0.3172 0.5856 0.048 0.000 0.128 0.000 0.000 0.824
#> GSM311892 3 0.3869 0.0850 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM311893 1 0.0547 0.7969 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM311894 1 0.2482 0.7198 0.848 0.000 0.148 0.000 0.004 0.000
#> GSM311895 4 0.4246 0.4448 0.020 0.000 0.400 0.580 0.000 0.000
#> GSM311896 4 0.2854 0.7651 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM311897 4 0.0146 0.8545 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.4655 0.1531 0.000 0.000 0.632 0.300 0.000 0.068
#> GSM311900 4 0.1204 0.8526 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM311901 5 0.3690 0.3674 0.288 0.000 0.000 0.000 0.700 0.012
#> GSM311902 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311903 3 0.6382 0.3650 0.172 0.000 0.468 0.016 0.332 0.012
#> GSM311904 4 0.3701 0.7271 0.100 0.000 0.112 0.788 0.000 0.000
#> GSM311905 4 0.3636 0.4923 0.320 0.000 0.004 0.676 0.000 0.000
#> GSM311906 3 0.3737 -0.2229 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM311907 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.1267 0.8520 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.2003 0.6661 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM311912 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1910 0.7540 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 6 0.3854 0.4237 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM311915 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.3284 0.6874 0.800 0.000 0.168 0.000 0.000 0.032
#> GSM311917 1 0.0000 0.8025 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 6 0.1951 0.6597 0.076 0.000 0.016 0.000 0.000 0.908
#> GSM311919 1 0.4047 0.5524 0.676 0.000 0.296 0.028 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.0790 0.5044 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM311921 5 0.0000 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.4488 0.3641 0.548 0.000 0.420 0.000 0.000 0.032
#> GSM311923 6 0.2527 0.5791 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> GSM311831 4 0.0000 0.8541 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.0632 0.7962 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:pam 161 0.925 2
#> CV:pam 114 0.625 3
#> CV:pam 87 0.617 4
#> CV:pam 153 0.821 5
#> CV:pam 120 0.942 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.640 0.876 0.940 0.4989 0.497 0.497
#> 3 3 0.782 0.851 0.931 0.2434 0.827 0.670
#> 4 4 0.584 0.667 0.815 0.1301 0.831 0.586
#> 5 5 0.764 0.823 0.902 0.1045 0.883 0.613
#> 6 6 0.708 0.604 0.743 0.0368 0.939 0.750
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311762 2 0.0672 0.9152 0.008 0.992
#> GSM311763 1 0.8713 0.6178 0.708 0.292
#> GSM311764 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311766 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311767 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311768 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311771 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311773 1 0.0376 0.9471 0.996 0.004
#> GSM311774 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311775 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311777 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311778 1 0.9775 0.1994 0.588 0.412
#> GSM311779 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.9977 0.1898 0.528 0.472
#> GSM311786 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311788 1 0.0938 0.9417 0.988 0.012
#> GSM311789 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311790 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311791 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.3584 0.8985 0.932 0.068
#> GSM311793 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311794 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311795 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311799 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311801 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311802 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311803 2 0.1633 0.9160 0.024 0.976
#> GSM311804 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311805 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0672 0.9452 0.992 0.008
#> GSM311809 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.9686 0.2862 0.396 0.604
#> GSM311811 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311812 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311815 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.4562 0.8736 0.904 0.096
#> GSM311818 2 0.0376 0.9180 0.004 0.996
#> GSM311819 1 0.9988 -0.0630 0.520 0.480
#> GSM311820 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311824 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0938 0.9417 0.988 0.012
#> GSM311826 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.4431 0.9053 0.092 0.908
#> GSM311828 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311829 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311832 1 0.0376 0.9471 0.996 0.004
#> GSM311833 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311835 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311838 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311839 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311841 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311842 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311846 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311849 1 0.8608 0.5493 0.716 0.284
#> GSM311850 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311853 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311855 2 0.0672 0.9177 0.008 0.992
#> GSM311856 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.8207 0.6954 0.744 0.256
#> GSM311861 1 0.6623 0.8074 0.828 0.172
#> GSM311862 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311864 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311867 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311870 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311871 1 0.3431 0.8923 0.936 0.064
#> GSM311872 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.9963 0.1546 0.464 0.536
#> GSM311874 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.4298 0.8813 0.912 0.088
#> GSM311876 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.5294 0.8585 0.880 0.120
#> GSM311880 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311881 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311882 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.7883 0.7564 0.236 0.764
#> GSM311884 1 0.4431 0.8774 0.908 0.092
#> GSM311885 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311887 1 0.4161 0.8846 0.916 0.084
#> GSM311888 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311889 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311890 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.4298 0.8813 0.912 0.088
#> GSM311892 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311893 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.9983 0.0152 0.476 0.524
#> GSM311896 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311897 1 0.9954 0.2235 0.540 0.460
#> GSM311898 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.9209 0.4487 0.336 0.664
#> GSM311901 2 0.9087 0.6013 0.324 0.676
#> GSM311902 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311903 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311904 1 0.0376 0.9471 0.996 0.004
#> GSM311905 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311906 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311907 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311910 2 0.9686 0.2919 0.396 0.604
#> GSM311911 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311913 1 0.3274 0.9053 0.940 0.060
#> GSM311914 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311916 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311917 1 0.4298 0.8813 0.912 0.088
#> GSM311918 2 0.0376 0.9170 0.004 0.996
#> GSM311919 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311920 2 0.0000 0.9183 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311922 2 0.4815 0.9038 0.104 0.896
#> GSM311923 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0376 0.9471 0.996 0.004
#> GSM311878 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311762 3 0.7007 0.6690 0.100 0.176 0.724
#> GSM311763 1 0.4465 0.7626 0.820 0.004 0.176
#> GSM311764 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311766 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311767 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311768 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311769 1 0.0475 0.9451 0.992 0.004 0.004
#> GSM311770 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311771 3 0.5254 0.6093 0.000 0.264 0.736
#> GSM311772 3 0.4586 0.7876 0.096 0.048 0.856
#> GSM311773 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311777 3 0.6161 0.5605 0.016 0.288 0.696
#> GSM311778 1 0.1267 0.9291 0.972 0.024 0.004
#> GSM311779 1 0.0661 0.9454 0.988 0.008 0.004
#> GSM311780 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311781 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311782 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311783 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311784 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311785 1 0.3482 0.8288 0.872 0.000 0.128
#> GSM311786 3 0.5254 0.6093 0.000 0.264 0.736
#> GSM311787 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311788 1 0.0661 0.9454 0.988 0.008 0.004
#> GSM311789 2 0.5461 0.7048 0.216 0.768 0.016
#> GSM311790 2 0.0661 0.9321 0.004 0.988 0.008
#> GSM311791 3 0.0892 0.8641 0.020 0.000 0.980
#> GSM311792 1 0.0592 0.9428 0.988 0.000 0.012
#> GSM311793 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311794 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311795 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.0747 0.9401 0.984 0.000 0.016
#> GSM311797 1 0.0475 0.9451 0.992 0.004 0.004
#> GSM311798 2 0.5366 0.7245 0.208 0.776 0.016
#> GSM311799 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311800 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311801 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311802 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311803 3 0.7189 0.5190 0.052 0.292 0.656
#> GSM311804 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311805 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.0661 0.9454 0.988 0.008 0.004
#> GSM311807 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0747 0.9401 0.984 0.000 0.016
#> GSM311809 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311810 3 0.4209 0.7810 0.120 0.020 0.860
#> GSM311811 1 0.0661 0.9436 0.988 0.004 0.008
#> GSM311812 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311814 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311815 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0237 0.9449 0.996 0.004 0.000
#> GSM311817 1 0.5254 0.6352 0.736 0.000 0.264
#> GSM311818 2 0.6999 0.5401 0.052 0.680 0.268
#> GSM311819 1 0.5992 0.5958 0.716 0.268 0.016
#> GSM311820 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311821 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311822 1 0.0424 0.9447 0.992 0.000 0.008
#> GSM311823 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311824 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311825 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311826 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311827 2 0.1774 0.9180 0.024 0.960 0.016
#> GSM311828 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311829 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311830 2 0.2031 0.9140 0.032 0.952 0.016
#> GSM311832 1 0.0983 0.9403 0.980 0.004 0.016
#> GSM311833 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.6187 0.6102 0.028 0.724 0.248
#> GSM311835 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311836 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311837 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311838 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311839 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311840 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311841 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311842 3 0.8028 0.4761 0.096 0.288 0.616
#> GSM311843 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311844 3 0.6677 0.4781 0.024 0.324 0.652
#> GSM311845 2 0.2269 0.9075 0.040 0.944 0.016
#> GSM311846 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311848 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311849 1 0.5803 0.6448 0.736 0.248 0.016
#> GSM311850 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311851 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311853 3 0.8141 0.5144 0.116 0.260 0.624
#> GSM311854 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311855 1 0.9367 0.2058 0.504 0.292 0.204
#> GSM311856 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311857 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311858 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311860 1 0.6225 0.2423 0.568 0.000 0.432
#> GSM311861 1 0.5560 0.5719 0.700 0.000 0.300
#> GSM311862 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311863 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311864 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311865 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311866 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311867 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311869 2 0.0661 0.9321 0.004 0.988 0.008
#> GSM311870 2 0.0592 0.9317 0.000 0.988 0.012
#> GSM311871 1 0.0983 0.9390 0.980 0.004 0.016
#> GSM311872 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311873 1 0.9665 0.1818 0.464 0.276 0.260
#> GSM311874 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311875 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311876 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311877 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311879 1 0.5621 0.5568 0.692 0.000 0.308
#> GSM311880 2 0.4277 0.8184 0.132 0.852 0.016
#> GSM311881 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311882 3 0.0892 0.8641 0.020 0.000 0.980
#> GSM311883 1 0.6721 0.3544 0.604 0.380 0.016
#> GSM311884 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311885 3 0.7531 0.5885 0.092 0.236 0.672
#> GSM311886 2 0.0983 0.9296 0.004 0.980 0.016
#> GSM311887 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311888 2 0.0983 0.9296 0.004 0.980 0.016
#> GSM311889 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311892 2 0.3183 0.8775 0.076 0.908 0.016
#> GSM311893 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311894 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311895 3 0.6309 -0.0106 0.496 0.000 0.504
#> GSM311896 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311897 3 0.5785 0.4787 0.332 0.000 0.668
#> GSM311898 1 0.0475 0.9451 0.992 0.004 0.004
#> GSM311899 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311900 3 0.4235 0.7275 0.176 0.000 0.824
#> GSM311901 1 0.5681 0.6726 0.748 0.236 0.016
#> GSM311902 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311903 2 0.2703 0.8972 0.056 0.928 0.016
#> GSM311904 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311905 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311906 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311908 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311909 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311910 3 0.7749 0.5117 0.300 0.076 0.624
#> GSM311911 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311913 1 0.2446 0.8992 0.936 0.052 0.012
#> GSM311914 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> GSM311916 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311917 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
#> GSM311918 3 0.3752 0.7640 0.144 0.000 0.856
#> GSM311919 1 0.0661 0.9454 0.988 0.008 0.004
#> GSM311920 3 0.0000 0.8763 0.000 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.3769 0.8492 0.104 0.880 0.016
#> GSM311922 2 0.4723 0.7878 0.160 0.824 0.016
#> GSM311923 1 0.0475 0.9451 0.992 0.004 0.004
#> GSM311831 1 0.0424 0.9443 0.992 0.008 0.000
#> GSM311878 1 0.0237 0.9465 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.5698 0.4447 0.356 0.000 0.608 0.036
#> GSM311763 1 0.4452 0.5998 0.732 0.000 0.008 0.260
#> GSM311764 3 0.1151 0.8658 0.008 0.000 0.968 0.024
#> GSM311765 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0817 0.8044 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311768 3 0.1022 0.8633 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311769 1 0.0469 0.7984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311770 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.1706 0.8501 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM311772 4 0.6773 0.0797 0.104 0.000 0.364 0.532
#> GSM311773 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311774 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.0336 0.8679 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311777 3 0.5272 0.6738 0.172 0.000 0.744 0.084
#> GSM311778 1 0.1488 0.7849 0.956 0.032 0.000 0.012
#> GSM311779 4 0.4972 0.4217 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM311780 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311781 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311782 1 0.0336 0.8005 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311783 1 0.2408 0.7764 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311784 1 0.2647 0.7648 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM311785 1 0.1302 0.8028 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311786 3 0.2300 0.8285 0.064 0.000 0.920 0.016
#> GSM311787 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 1 0.4989 -0.2675 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM311789 1 0.8810 0.2288 0.496 0.204 0.096 0.204
#> GSM311790 2 0.0817 0.8530 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311791 3 0.5694 0.6462 0.080 0.000 0.696 0.224
#> GSM311792 1 0.1867 0.7983 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM311793 2 0.2803 0.7901 0.080 0.900 0.012 0.008
#> GSM311794 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0592 0.8677 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311796 1 0.2401 0.7813 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM311797 1 0.1118 0.7866 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311798 1 0.7344 0.2033 0.524 0.328 0.008 0.140
#> GSM311799 3 0.0921 0.8612 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311800 3 0.4290 0.7389 0.016 0.000 0.772 0.212
#> GSM311801 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.1792 0.7934 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311803 3 0.6386 0.4054 0.360 0.004 0.572 0.064
#> GSM311804 4 0.4888 0.5011 0.412 0.000 0.000 0.588
#> GSM311805 3 0.0592 0.8677 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311806 1 0.5000 -0.3408 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM311807 3 0.2345 0.8222 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM311808 1 0.3945 0.6854 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM311809 1 0.0336 0.8038 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311810 4 0.6830 0.0376 0.104 0.000 0.388 0.508
#> GSM311811 1 0.1211 0.7846 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311812 3 0.0592 0.8677 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311813 4 0.4522 0.6316 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM311814 1 0.0336 0.7997 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311815 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311816 4 0.4776 0.5714 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311817 1 0.5713 0.1312 0.604 0.000 0.036 0.360
#> GSM311818 4 0.8412 0.1705 0.116 0.100 0.256 0.528
#> GSM311819 1 0.2944 0.6998 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM311820 1 0.0469 0.8043 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311821 1 0.2704 0.7615 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM311822 1 0.0469 0.7984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311823 2 0.1022 0.8515 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311824 1 0.4661 0.3491 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM311825 1 0.0707 0.8045 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311826 1 0.0336 0.8022 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311827 2 0.5630 0.6245 0.232 0.712 0.032 0.024
#> GSM311828 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.3311 0.7111 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM311830 2 0.5181 0.6984 0.100 0.768 0.004 0.128
#> GSM311832 4 0.5459 0.4779 0.432 0.000 0.016 0.552
#> GSM311833 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.8862 0.0869 0.080 0.408 0.160 0.352
#> GSM311835 1 0.3444 0.6963 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311836 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311837 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311840 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0336 0.7997 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311842 3 0.5742 0.4254 0.368 0.000 0.596 0.036
#> GSM311843 1 0.1118 0.8038 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311844 4 0.7503 0.0615 0.080 0.040 0.364 0.516
#> GSM311845 2 0.5721 0.3757 0.388 0.584 0.004 0.024
#> GSM311846 3 0.1940 0.8367 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM311847 1 0.1940 0.7902 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311848 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.4734 0.5651 0.776 0.180 0.004 0.040
#> GSM311850 1 0.1022 0.7880 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311851 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.1867 0.7992 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM311853 3 0.5756 0.4195 0.372 0.000 0.592 0.036
#> GSM311854 1 0.2345 0.7771 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311855 1 0.6497 0.3567 0.640 0.000 0.160 0.200
#> GSM311856 1 0.0336 0.7997 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311857 1 0.2704 0.7619 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM311858 3 0.5035 0.7052 0.056 0.000 0.748 0.196
#> GSM311859 1 0.2589 0.7688 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM311860 4 0.7554 0.4910 0.316 0.000 0.212 0.472
#> GSM311861 1 0.5689 0.5522 0.712 0.000 0.104 0.184
#> GSM311862 4 0.4406 0.6520 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM311863 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.4948 0.4464 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM311865 1 0.3074 0.7323 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM311866 1 0.0188 0.8031 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311867 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.1940 0.7914 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM311869 2 0.0921 0.8522 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311870 2 0.1109 0.8512 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM311871 1 0.1661 0.7732 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM311872 1 0.3688 0.6430 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311873 4 0.6158 0.4790 0.128 0.008 0.168 0.696
#> GSM311874 1 0.3486 0.7110 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311875 4 0.7204 0.5154 0.332 0.000 0.156 0.512
#> GSM311876 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311877 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311879 4 0.6871 0.5166 0.240 0.000 0.168 0.592
#> GSM311880 2 0.5463 0.3458 0.404 0.580 0.004 0.012
#> GSM311881 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.5727 0.6422 0.080 0.000 0.692 0.228
#> GSM311883 1 0.6532 0.1377 0.548 0.000 0.084 0.368
#> GSM311884 1 0.3356 0.7098 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM311885 3 0.5636 0.5152 0.308 0.000 0.648 0.044
#> GSM311886 2 0.1492 0.8474 0.004 0.956 0.004 0.036
#> GSM311887 1 0.2530 0.7693 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311888 2 0.1811 0.8433 0.020 0.948 0.004 0.028
#> GSM311889 3 0.0469 0.8685 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311890 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.1389 0.8032 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311892 2 0.8096 0.2051 0.148 0.436 0.032 0.384
#> GSM311893 1 0.0469 0.8010 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311894 1 0.0921 0.8041 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311895 4 0.6656 0.4655 0.188 0.000 0.188 0.624
#> GSM311896 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311897 4 0.6578 0.3830 0.136 0.000 0.244 0.620
#> GSM311898 1 0.0336 0.7997 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311899 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.6806 0.1478 0.112 0.000 0.344 0.544
#> GSM311901 1 0.4925 0.5414 0.752 0.208 0.004 0.036
#> GSM311902 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311903 2 0.6577 0.3377 0.384 0.540 0.004 0.072
#> GSM311904 4 0.4564 0.6313 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM311905 4 0.4304 0.6623 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM311906 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 3 0.0592 0.8677 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311908 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311909 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311910 4 0.6774 0.2299 0.120 0.000 0.312 0.568
#> GSM311911 3 0.0336 0.8689 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311912 2 0.0000 0.8575 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1109 0.8046 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311914 3 0.0000 0.8694 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0817 0.8530 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311916 3 0.1022 0.8633 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311917 1 0.3569 0.6745 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM311918 3 0.5284 0.5784 0.264 0.000 0.696 0.040
#> GSM311919 4 0.4977 0.4239 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM311920 3 0.1211 0.8567 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311921 2 0.5323 0.3674 0.396 0.592 0.004 0.008
#> GSM311922 1 0.6919 0.0814 0.504 0.396 0.004 0.096
#> GSM311923 1 0.1022 0.7880 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311831 4 0.4250 0.6670 0.276 0.000 0.000 0.724
#> GSM311878 1 0.1474 0.7994 0.948 0.000 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.4138 0.4303 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM311763 4 0.4294 0.1854 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM311764 5 0.2230 0.8631 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM311765 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311768 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.1121 0.8660 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311770 3 0.1270 0.8359 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311771 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311772 5 0.0865 0.8853 0.004 0.000 0.000 0.024 0.972
#> GSM311773 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311774 3 0.1270 0.8359 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311775 3 0.0703 0.8456 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311776 5 0.2074 0.8705 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM311777 3 0.1121 0.8537 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM311778 1 0.2329 0.8493 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM311779 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311780 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311781 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311782 1 0.4219 0.5084 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM311783 1 0.4030 0.6312 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM311784 1 0.4278 0.4286 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM311785 1 0.0703 0.8612 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311786 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.1965 0.8470 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM311789 1 0.2017 0.8179 0.912 0.080 0.000 0.008 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.1478 0.8595 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311796 4 0.2305 0.8493 0.092 0.000 0.000 0.896 0.012
#> GSM311797 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0162 0.8526 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311799 5 0.1544 0.8844 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM311800 3 0.4938 0.4337 0.012 0.000 0.652 0.028 0.308
#> GSM311801 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0963 0.8655 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311803 3 0.3003 0.7341 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM311804 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311805 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.0865 0.9015 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM311807 5 0.0404 0.8895 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311808 4 0.3885 0.6994 0.268 0.000 0.000 0.724 0.008
#> GSM311809 1 0.0609 0.8623 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311810 5 0.2112 0.8584 0.004 0.000 0.004 0.084 0.908
#> GSM311811 1 0.0162 0.8526 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311812 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311814 1 0.4182 0.5473 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM311815 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311816 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311817 1 0.4304 0.0317 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM311818 5 0.4633 0.6090 0.004 0.264 0.000 0.036 0.696
#> GSM311819 1 0.0290 0.8541 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311820 1 0.2929 0.8239 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM311821 1 0.3074 0.8102 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM311822 1 0.1341 0.8658 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.2230 0.8160 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM311825 1 0.0609 0.8623 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311826 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311827 2 0.0703 0.9420 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311828 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.3816 0.6929 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM311830 2 0.0992 0.9365 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM311832 4 0.0865 0.9015 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM311833 5 0.2280 0.8581 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM311834 5 0.4763 0.6915 0.000 0.212 0.000 0.076 0.712
#> GSM311835 1 0.3837 0.6836 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM311836 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.1341 0.8659 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM311842 3 0.4060 0.4861 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM311843 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311844 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.3326 0.7528 0.152 0.824 0.000 0.000 0.024
#> GSM311846 5 0.1341 0.8871 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM311847 1 0.1851 0.8605 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.2074 0.8122 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0162 0.8568 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311851 3 0.1270 0.8359 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311852 1 0.1341 0.8612 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM311853 3 0.4126 0.4405 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM311854 1 0.2813 0.8304 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM311855 1 0.0451 0.8532 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM311856 1 0.0794 0.8643 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311857 1 0.3586 0.7455 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM311858 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.4256 0.4705 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> GSM311860 4 0.3048 0.7920 0.176 0.000 0.004 0.820 0.000
#> GSM311861 1 0.2561 0.8098 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM311862 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.0880 0.8949 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM311865 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311866 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311867 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.2280 0.8504 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311872 4 0.3242 0.6713 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM311873 5 0.4555 0.4730 0.000 0.020 0.000 0.344 0.636
#> GSM311874 4 0.2690 0.8180 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM311875 4 0.2172 0.8660 0.004 0.000 0.020 0.916 0.060
#> GSM311876 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311877 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311879 4 0.2962 0.8252 0.048 0.000 0.000 0.868 0.084
#> GSM311880 1 0.3424 0.6965 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 5 0.0000 0.8882 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 4 0.4155 0.7394 0.228 0.004 0.000 0.744 0.024
#> GSM311884 1 0.0963 0.8651 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311885 3 0.4639 0.4910 0.344 0.000 0.632 0.000 0.024
#> GSM311886 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0794 0.8645 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311888 2 0.0451 0.9550 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM311889 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.1270 0.8359 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM311891 1 0.0609 0.8623 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311892 2 0.4326 0.7324 0.036 0.780 0.000 0.160 0.024
#> GSM311893 1 0.1732 0.8622 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM311894 1 0.1121 0.8632 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311895 4 0.3884 0.5621 0.004 0.000 0.000 0.708 0.288
#> GSM311896 5 0.2020 0.8727 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM311897 5 0.1571 0.8743 0.004 0.000 0.000 0.060 0.936
#> GSM311898 1 0.0794 0.8643 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311899 5 0.2561 0.8339 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM311900 5 0.1205 0.8807 0.004 0.000 0.000 0.040 0.956
#> GSM311901 1 0.4620 0.5431 0.652 0.320 0.000 0.028 0.000
#> GSM311902 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311903 2 0.3969 0.5549 0.304 0.692 0.000 0.004 0.000
#> GSM311904 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311905 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311906 3 0.0771 0.8495 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> GSM311907 5 0.2124 0.8752 0.000 0.000 0.096 0.004 0.900
#> GSM311908 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311909 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311910 5 0.2230 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM311911 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0609 0.8623 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311914 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9640 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0703 0.8651 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.2424 0.8292 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM311918 3 0.3561 0.6686 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.0162 0.9095 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311920 5 0.2020 0.8733 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM311921 1 0.4182 0.4194 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0162 0.8526 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311923 1 0.0162 0.8568 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311831 4 0.0865 0.9087 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> GSM311878 1 0.3480 0.7454 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0458 0.7976 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311762 6 0.5367 0.6160 0.124 0.000 0.000 0.004 0.300 0.572
#> GSM311763 4 0.3141 0.5875 0.200 0.000 0.000 0.788 0.012 0.000
#> GSM311764 3 0.2106 0.8829 0.000 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> GSM311765 2 0.2762 0.5951 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.2234 0.7305 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004 0.000
#> GSM311768 6 0.4030 0.7146 0.080 0.000 0.000 0.000 0.172 0.748
#> GSM311769 1 0.0363 0.7242 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311770 6 0.1610 0.6651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM311771 6 0.4757 0.6618 0.084 0.000 0.000 0.000 0.280 0.636
#> GSM311772 3 0.0000 0.8958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.4028 0.5992 0.000 0.000 0.024 0.668 0.308 0.000
#> GSM311774 6 0.1610 0.6651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM311775 6 0.1556 0.6666 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM311776 3 0.0909 0.8978 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311777 6 0.5234 0.6165 0.124 0.000 0.000 0.000 0.300 0.576
#> GSM311778 1 0.2313 0.7163 0.884 0.000 0.000 0.100 0.012 0.004
#> GSM311779 4 0.0632 0.6989 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311781 4 0.1367 0.6936 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000
#> GSM311782 4 0.3975 -0.0900 0.452 0.000 0.000 0.544 0.004 0.000
#> GSM311783 4 0.3989 -0.1269 0.468 0.000 0.000 0.528 0.004 0.000
#> GSM311784 4 0.3915 0.0631 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004 0.000
#> GSM311785 1 0.4000 0.5059 0.752 0.000 0.000 0.004 0.184 0.060
#> GSM311786 6 0.4880 0.6522 0.092 0.000 0.000 0.000 0.288 0.620
#> GSM311787 2 0.2260 0.6792 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM311788 4 0.0603 0.7006 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM311789 1 0.5984 0.1799 0.504 0.040 0.000 0.084 0.368 0.004
#> GSM311790 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.0000 0.8958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 4 0.5851 0.0209 0.344 0.000 0.000 0.476 0.176 0.004
#> GSM311793 2 0.0260 0.8006 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311794 2 0.0632 0.7939 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311795 6 0.2542 0.7432 0.080 0.000 0.000 0.000 0.044 0.876
#> GSM311796 4 0.1957 0.6591 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0713 0.7178 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311798 1 0.3380 0.5251 0.748 0.004 0.000 0.000 0.244 0.004
#> GSM311799 3 0.1049 0.8970 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM311800 6 0.8559 0.1741 0.084 0.000 0.232 0.164 0.208 0.312
#> GSM311801 2 0.1387 0.7590 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311802 1 0.2219 0.7237 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM311803 6 0.5296 0.6058 0.128 0.000 0.000 0.000 0.308 0.564
#> GSM311804 4 0.0458 0.6995 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311805 6 0.1913 0.7432 0.080 0.000 0.000 0.000 0.012 0.908
#> GSM311806 4 0.5207 0.6062 0.040 0.000 0.084 0.668 0.208 0.000
#> GSM311807 3 0.0972 0.8972 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM311808 4 0.2946 0.6065 0.176 0.000 0.000 0.812 0.012 0.000
#> GSM311809 1 0.2219 0.7243 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.0692 0.8895 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> GSM311811 1 0.1531 0.7020 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> GSM311812 6 0.2910 0.7409 0.080 0.000 0.000 0.000 0.068 0.852
#> GSM311813 4 0.0632 0.6989 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM311814 4 0.3847 -0.0928 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM311815 6 0.1556 0.7417 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM311816 4 0.0713 0.6983 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311817 4 0.5647 0.3638 0.184 0.000 0.000 0.584 0.220 0.012
#> GSM311818 3 0.4629 0.6821 0.000 0.104 0.744 0.040 0.112 0.000
#> GSM311819 1 0.5942 0.3640 0.492 0.000 0.000 0.236 0.268 0.004
#> GSM311820 1 0.3841 0.4659 0.616 0.000 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM311821 1 0.3684 0.5608 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> GSM311822 1 0.0653 0.7272 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 0.004
#> GSM311823 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.1152 0.6932 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> GSM311825 1 0.0935 0.7362 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM311826 1 0.0858 0.7351 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM311827 5 0.5547 0.0000 0.120 0.388 0.000 0.000 0.488 0.004
#> GSM311828 2 0.2562 0.6339 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> GSM311829 1 0.3426 0.6279 0.720 0.000 0.000 0.276 0.004 0.000
#> GSM311830 2 0.1913 0.6767 0.000 0.908 0.080 0.012 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.4772 0.5826 0.000 0.000 0.124 0.668 0.208 0.000
#> GSM311833 3 0.3419 0.8250 0.000 0.000 0.812 0.000 0.084 0.104
#> GSM311834 3 0.4261 0.6378 0.000 0.212 0.720 0.064 0.004 0.000
#> GSM311835 1 0.3601 0.5885 0.684 0.000 0.000 0.312 0.004 0.000
#> GSM311836 4 0.0458 0.6998 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0547 0.7960 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.3684 0.6020 0.004 0.000 0.000 0.664 0.332 0.000
#> GSM311840 2 0.0458 0.7976 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311841 1 0.0260 0.7271 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311842 6 0.5214 0.6172 0.120 0.000 0.000 0.000 0.304 0.576
#> GSM311843 1 0.1806 0.7376 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000
#> GSM311844 3 0.0000 0.8958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 2 0.4801 -0.1984 0.116 0.692 0.000 0.004 0.184 0.004
#> GSM311846 3 0.1719 0.8886 0.000 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> GSM311847 1 0.1082 0.7369 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> GSM311848 2 0.3265 0.4768 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248 0.004
#> GSM311849 1 0.3437 0.5491 0.752 0.008 0.000 0.000 0.236 0.004
#> GSM311850 1 0.0632 0.7203 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311851 6 0.1610 0.6651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM311852 1 0.4185 0.1436 0.496 0.000 0.000 0.492 0.012 0.000
#> GSM311853 6 0.5268 0.6142 0.128 0.000 0.000 0.000 0.300 0.572
#> GSM311854 1 0.3684 0.5624 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004 0.000
#> GSM311855 1 0.5746 0.2329 0.488 0.000 0.000 0.156 0.352 0.004
#> GSM311856 1 0.0260 0.7256 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311857 1 0.3795 0.5125 0.632 0.000 0.000 0.364 0.004 0.000
#> GSM311858 3 0.0000 0.8958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311859 4 0.3979 -0.0942 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004 0.000
#> GSM311860 4 0.5856 0.4649 0.156 0.000 0.020 0.636 0.160 0.028
#> GSM311861 4 0.6399 0.1879 0.212 0.000 0.000 0.480 0.276 0.032
#> GSM311862 4 0.0260 0.6995 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.1531 0.6832 0.068 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000
#> GSM311865 1 0.3163 0.6664 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004 0.000
#> GSM311866 1 0.1471 0.7384 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> GSM311867 6 0.3073 0.7180 0.080 0.000 0.000 0.000 0.080 0.840
#> GSM311868 1 0.2191 0.7313 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.1010 0.7136 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM311872 4 0.1267 0.6902 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.4877 0.6455 0.000 0.032 0.708 0.168 0.092 0.000
#> GSM311874 4 0.2170 0.6678 0.100 0.000 0.000 0.888 0.012 0.000
#> GSM311875 4 0.5906 0.2719 0.000 0.000 0.300 0.464 0.236 0.000
#> GSM311876 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311877 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311879 4 0.5276 0.4969 0.000 0.000 0.208 0.604 0.188 0.000
#> GSM311880 1 0.4627 0.2378 0.592 0.040 0.000 0.000 0.364 0.004
#> GSM311881 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.8958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311883 4 0.6034 0.5711 0.092 0.056 0.080 0.680 0.088 0.004
#> GSM311884 1 0.5805 0.4418 0.528 0.000 0.000 0.288 0.176 0.008
#> GSM311885 6 0.5642 0.6089 0.124 0.000 0.000 0.016 0.300 0.560
#> GSM311886 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.2121 0.7351 0.892 0.000 0.000 0.096 0.012 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.1913 0.7432 0.080 0.000 0.000 0.000 0.012 0.908
#> GSM311890 6 0.1610 0.6651 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM311891 1 0.3794 0.5686 0.744 0.000 0.000 0.040 0.216 0.000
#> GSM311892 2 0.5877 0.0683 0.036 0.604 0.088 0.256 0.016 0.000
#> GSM311893 1 0.0146 0.7284 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311894 1 0.3595 0.6104 0.704 0.000 0.000 0.288 0.008 0.000
#> GSM311895 4 0.4334 0.2232 0.000 0.000 0.408 0.568 0.024 0.000
#> GSM311896 3 0.2724 0.8632 0.000 0.000 0.864 0.000 0.084 0.052
#> GSM311897 3 0.1524 0.8575 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008 0.000
#> GSM311898 1 0.0363 0.7242 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311899 3 0.4573 0.6737 0.000 0.000 0.672 0.000 0.084 0.244
#> GSM311900 3 0.0291 0.8947 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM311901 2 0.6674 -0.3173 0.280 0.420 0.000 0.268 0.028 0.004
#> GSM311902 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311903 2 0.6763 -0.6654 0.168 0.492 0.000 0.072 0.264 0.004
#> GSM311904 4 0.0260 0.6995 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311905 4 0.0777 0.6967 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM311906 6 0.3020 0.7166 0.076 0.000 0.000 0.000 0.080 0.844
#> GSM311907 3 0.2595 0.8679 0.000 0.000 0.872 0.000 0.084 0.044
#> GSM311908 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311909 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311910 3 0.1462 0.8659 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008 0.000
#> GSM311911 6 0.1556 0.7417 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM311912 2 0.1327 0.7628 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM311913 1 0.4843 0.5283 0.656 0.000 0.000 0.096 0.244 0.004
#> GSM311914 6 0.3020 0.7195 0.080 0.000 0.000 0.000 0.076 0.844
#> GSM311915 2 0.0000 0.8022 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 6 0.4108 0.7137 0.092 0.000 0.000 0.000 0.164 0.744
#> GSM311917 4 0.4847 -0.0672 0.444 0.000 0.000 0.500 0.056 0.000
#> GSM311918 6 0.5711 0.5199 0.208 0.000 0.000 0.000 0.276 0.516
#> GSM311919 4 0.0632 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM311920 3 0.2376 0.8768 0.000 0.000 0.888 0.000 0.068 0.044
#> GSM311921 1 0.5667 -0.0843 0.488 0.140 0.000 0.000 0.368 0.004
#> GSM311922 1 0.3452 0.5050 0.736 0.004 0.000 0.000 0.256 0.004
#> GSM311923 1 0.0632 0.7203 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311831 4 0.3547 0.6002 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM311878 1 0.3866 0.2139 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:mclust 154 0.465 2
#> CV:mclust 155 0.377 3
#> CV:mclust 130 0.438 4
#> CV:mclust 152 0.764 5
#> CV:mclust 134 0.479 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.864 0.913 0.962 0.4992 0.498 0.498
#> 3 3 0.454 0.573 0.739 0.3244 0.742 0.531
#> 4 4 0.639 0.698 0.849 0.1194 0.706 0.343
#> 5 5 0.752 0.742 0.866 0.0811 0.847 0.497
#> 6 6 0.755 0.734 0.852 0.0361 0.917 0.632
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.1843 0.925 0.028 0.972
#> GSM311762 1 0.7745 0.701 0.772 0.228
#> GSM311763 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311765 1 0.9608 0.363 0.616 0.384
#> GSM311766 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.9129 0.531 0.328 0.672
#> GSM311771 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.1414 0.930 0.020 0.980
#> GSM311775 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM311776 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.2043 0.947 0.968 0.032
#> GSM311780 2 0.2236 0.919 0.036 0.964
#> GSM311781 1 0.0938 0.966 0.988 0.012
#> GSM311782 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> GSM311789 2 0.9954 0.172 0.460 0.540
#> GSM311790 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.1184 0.933 0.016 0.984
#> GSM311795 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.9286 0.426 0.656 0.344
#> GSM311797 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.9393 0.471 0.356 0.644
#> GSM311801 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.2423 0.916 0.040 0.960
#> GSM311807 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> GSM311809 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.9710 0.355 0.400 0.600
#> GSM311828 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311839 2 0.7376 0.747 0.208 0.792
#> GSM311840 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> GSM311841 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311848 1 0.5059 0.861 0.888 0.112
#> GSM311849 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.4022 0.881 0.080 0.920
#> GSM311852 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> GSM311856 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.2423 0.941 0.960 0.040
#> GSM311861 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311862 2 0.9970 0.210 0.468 0.532
#> GSM311863 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM311868 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.6048 0.821 0.148 0.852
#> GSM311875 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> GSM311877 2 0.3584 0.894 0.068 0.932
#> GSM311879 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.7528 0.727 0.216 0.784
#> GSM311886 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.1633 0.927 0.024 0.976
#> GSM311891 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.8207 0.684 0.256 0.744
#> GSM311902 2 0.7528 0.738 0.216 0.784
#> GSM311903 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311904 2 0.9000 0.584 0.316 0.684
#> GSM311905 2 0.9754 0.383 0.408 0.592
#> GSM311906 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM311907 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> GSM311909 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.4022 0.899 0.920 0.080
#> GSM311915 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.6801 0.782 0.180 0.820
#> GSM311920 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.5493 0.6476 0.012 0.756 0.232
#> GSM311762 3 0.3038 0.6705 0.104 0.000 0.896
#> GSM311763 2 0.4033 0.7140 0.008 0.856 0.136
#> GSM311764 3 0.4605 0.5142 0.000 0.204 0.796
#> GSM311765 3 0.8543 0.2628 0.128 0.292 0.580
#> GSM311766 2 0.5254 0.6119 0.000 0.736 0.264
#> GSM311767 1 0.0424 0.7339 0.992 0.008 0.000
#> GSM311768 3 0.5882 0.4666 0.348 0.000 0.652
#> GSM311769 1 0.3412 0.6977 0.876 0.000 0.124
#> GSM311770 3 0.2165 0.6409 0.000 0.064 0.936
#> GSM311771 3 0.5706 0.5116 0.320 0.000 0.680
#> GSM311772 2 0.2711 0.7278 0.000 0.912 0.088
#> GSM311773 2 0.3619 0.6825 0.136 0.864 0.000
#> GSM311774 3 0.2878 0.6198 0.000 0.096 0.904
#> GSM311775 3 0.0592 0.6677 0.012 0.000 0.988
#> GSM311776 3 0.5905 0.2672 0.000 0.352 0.648
#> GSM311777 3 0.4974 0.5969 0.236 0.000 0.764
#> GSM311778 1 0.2959 0.7157 0.900 0.100 0.000
#> GSM311779 1 0.5968 0.4373 0.636 0.364 0.000
#> GSM311780 2 0.5397 0.5102 0.280 0.720 0.000
#> GSM311781 1 0.5785 0.4961 0.668 0.332 0.000
#> GSM311782 1 0.5560 0.5475 0.700 0.300 0.000
#> GSM311783 1 0.3116 0.7127 0.892 0.108 0.000
#> GSM311784 1 0.5138 0.6074 0.748 0.252 0.000
#> GSM311785 1 0.5431 0.5126 0.716 0.000 0.284
#> GSM311786 3 0.5591 0.5323 0.304 0.000 0.696
#> GSM311787 2 0.5178 0.6221 0.000 0.744 0.256
#> GSM311788 2 0.4062 0.6659 0.164 0.836 0.000
#> GSM311789 3 0.8408 0.4271 0.152 0.232 0.616
#> GSM311790 2 0.1163 0.7315 0.000 0.972 0.028
#> GSM311791 2 0.6274 0.2725 0.000 0.544 0.456
#> GSM311792 1 0.1964 0.7274 0.944 0.000 0.056
#> GSM311793 2 0.5859 0.5098 0.000 0.656 0.344
#> GSM311794 2 0.5722 0.5843 0.004 0.704 0.292
#> GSM311795 3 0.6126 0.3557 0.400 0.000 0.600
#> GSM311796 1 0.5810 0.4909 0.664 0.336 0.000
#> GSM311797 1 0.4452 0.6366 0.808 0.000 0.192
#> GSM311798 1 0.5948 0.3640 0.640 0.000 0.360
#> GSM311799 3 0.6008 0.2218 0.000 0.372 0.628
#> GSM311800 3 0.2527 0.6596 0.020 0.044 0.936
#> GSM311801 2 0.5465 0.5874 0.000 0.712 0.288
#> GSM311802 1 0.1163 0.7330 0.972 0.000 0.028
#> GSM311803 3 0.5859 0.4692 0.344 0.000 0.656
#> GSM311804 1 0.5882 0.4678 0.652 0.348 0.000
#> GSM311805 3 0.5678 0.5175 0.316 0.000 0.684
#> GSM311806 2 0.4974 0.5816 0.236 0.764 0.000
#> GSM311807 3 0.6026 0.2100 0.000 0.376 0.624
#> GSM311808 2 0.4605 0.6248 0.204 0.796 0.000
#> GSM311809 1 0.1753 0.7292 0.952 0.000 0.048
#> GSM311810 2 0.5138 0.5362 0.000 0.748 0.252
#> GSM311811 1 0.5098 0.5670 0.752 0.000 0.248
#> GSM311812 3 0.5859 0.4744 0.344 0.000 0.656
#> GSM311813 1 0.5497 0.5588 0.708 0.292 0.000
#> GSM311814 1 0.5216 0.5986 0.740 0.260 0.000
#> GSM311815 3 0.4931 0.5997 0.232 0.000 0.768
#> GSM311816 1 0.5431 0.5697 0.716 0.284 0.000
#> GSM311817 1 0.1751 0.7347 0.960 0.012 0.028
#> GSM311818 2 0.6267 0.2827 0.000 0.548 0.452
#> GSM311819 1 0.5785 0.4220 0.668 0.000 0.332
#> GSM311820 1 0.2625 0.7200 0.916 0.084 0.000
#> GSM311821 1 0.2959 0.7157 0.900 0.100 0.000
#> GSM311822 1 0.3192 0.7051 0.888 0.000 0.112
#> GSM311823 2 0.3340 0.7205 0.000 0.880 0.120
#> GSM311824 1 0.4974 0.6234 0.764 0.236 0.000
#> GSM311825 1 0.3941 0.6730 0.844 0.000 0.156
#> GSM311826 1 0.2165 0.7250 0.936 0.000 0.064
#> GSM311827 3 0.1411 0.6534 0.000 0.036 0.964
#> GSM311828 2 0.6140 0.4136 0.000 0.596 0.404
#> GSM311829 1 0.2537 0.7208 0.920 0.080 0.000
#> GSM311830 2 0.2711 0.7292 0.000 0.912 0.088
#> GSM311832 2 0.3816 0.6767 0.148 0.852 0.000
#> GSM311833 3 0.4750 0.4988 0.000 0.216 0.784
#> GSM311834 2 0.3267 0.7220 0.000 0.884 0.116
#> GSM311835 1 0.2959 0.7157 0.900 0.100 0.000
#> GSM311836 1 0.5497 0.5589 0.708 0.292 0.000
#> GSM311837 3 0.6168 0.1080 0.000 0.412 0.588
#> GSM311838 2 0.4605 0.6678 0.000 0.796 0.204
#> GSM311839 1 0.6308 0.1036 0.508 0.492 0.000
#> GSM311840 2 0.4324 0.7294 0.028 0.860 0.112
#> GSM311841 1 0.3412 0.6977 0.876 0.000 0.124
#> GSM311842 3 0.5216 0.5786 0.260 0.000 0.740
#> GSM311843 1 0.0000 0.7344 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.5216 0.6201 0.000 0.740 0.260
#> GSM311845 2 0.5706 0.5508 0.000 0.680 0.320
#> GSM311846 3 0.5810 0.3002 0.000 0.336 0.664
#> GSM311847 1 0.3412 0.6977 0.876 0.000 0.124
#> GSM311848 3 0.8750 0.3642 0.256 0.164 0.580
#> GSM311849 1 0.5529 0.4896 0.704 0.000 0.296
#> GSM311850 1 0.3816 0.6800 0.852 0.000 0.148
#> GSM311851 3 0.2448 0.6343 0.000 0.076 0.924
#> GSM311852 1 0.1643 0.7303 0.956 0.000 0.044
#> GSM311853 3 0.5835 0.4803 0.340 0.000 0.660
#> GSM311854 1 0.1031 0.7315 0.976 0.024 0.000
#> GSM311855 3 0.5650 0.5171 0.312 0.000 0.688
#> GSM311856 1 0.2878 0.7125 0.904 0.000 0.096
#> GSM311857 1 0.2796 0.7179 0.908 0.092 0.000
#> GSM311858 2 0.5859 0.5088 0.000 0.656 0.344
#> GSM311859 1 0.5138 0.6074 0.748 0.252 0.000
#> GSM311860 1 0.7671 0.3395 0.628 0.072 0.300
#> GSM311861 1 0.3816 0.6835 0.852 0.000 0.148
#> GSM311862 1 0.6244 0.2621 0.560 0.440 0.000
#> GSM311863 2 0.3116 0.7245 0.000 0.892 0.108
#> GSM311864 1 0.5098 0.6114 0.752 0.248 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.7344 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0592 0.7343 0.988 0.000 0.012
#> GSM311867 3 0.2356 0.6771 0.072 0.000 0.928
#> GSM311868 1 0.0892 0.7338 0.980 0.000 0.020
#> GSM311869 2 0.2269 0.7321 0.016 0.944 0.040
#> GSM311870 2 0.2959 0.7268 0.000 0.900 0.100
#> GSM311871 1 0.5178 0.5555 0.744 0.000 0.256
#> GSM311872 1 0.4842 0.6369 0.776 0.224 0.000
#> GSM311873 2 0.1411 0.7315 0.000 0.964 0.036
#> GSM311874 2 0.5948 0.3455 0.360 0.640 0.000
#> GSM311875 2 0.3192 0.6924 0.112 0.888 0.000
#> GSM311876 2 0.4702 0.6140 0.212 0.788 0.000
#> GSM311877 2 0.5810 0.3999 0.336 0.664 0.000
#> GSM311879 2 0.1905 0.7243 0.028 0.956 0.016
#> GSM311880 1 0.6345 0.2866 0.596 0.004 0.400
#> GSM311881 2 0.4452 0.6770 0.000 0.808 0.192
#> GSM311882 2 0.5621 0.5629 0.000 0.692 0.308
#> GSM311883 2 0.3412 0.7195 0.000 0.876 0.124
#> GSM311884 1 0.2448 0.7210 0.924 0.000 0.076
#> GSM311885 3 0.2625 0.6295 0.000 0.084 0.916
#> GSM311886 2 0.1860 0.7319 0.000 0.948 0.052
#> GSM311887 1 0.3340 0.7005 0.880 0.000 0.120
#> GSM311888 2 0.3340 0.6896 0.120 0.880 0.000
#> GSM311889 3 0.5178 0.5817 0.256 0.000 0.744
#> GSM311890 3 0.2448 0.6343 0.000 0.076 0.924
#> GSM311891 1 0.4452 0.6373 0.808 0.000 0.192
#> GSM311892 2 0.3267 0.7223 0.000 0.884 0.116
#> GSM311893 1 0.2959 0.7106 0.900 0.000 0.100
#> GSM311894 1 0.1015 0.7344 0.980 0.012 0.008
#> GSM311895 2 0.6621 0.5347 0.052 0.720 0.228
#> GSM311896 3 0.5810 0.3002 0.000 0.336 0.664
#> GSM311897 2 0.3554 0.7162 0.036 0.900 0.064
#> GSM311898 1 0.3816 0.6798 0.852 0.000 0.148
#> GSM311899 3 0.4121 0.5545 0.000 0.168 0.832
#> GSM311900 2 0.2945 0.7268 0.004 0.908 0.088
#> GSM311901 2 0.6215 0.1518 0.428 0.572 0.000
#> GSM311902 2 0.6252 0.0996 0.444 0.556 0.000
#> GSM311903 1 0.5016 0.5800 0.760 0.000 0.240
#> GSM311904 1 0.6225 0.2834 0.568 0.432 0.000
#> GSM311905 1 0.6307 0.1176 0.512 0.488 0.000
#> GSM311906 3 0.0592 0.6677 0.012 0.000 0.988
#> GSM311907 3 0.6314 0.2017 0.004 0.392 0.604
#> GSM311908 2 0.4842 0.5981 0.224 0.776 0.000
#> GSM311909 2 0.4555 0.6282 0.200 0.800 0.000
#> GSM311910 2 0.2066 0.7321 0.000 0.940 0.060
#> GSM311911 3 0.5216 0.5781 0.260 0.000 0.740
#> GSM311912 2 0.4887 0.6472 0.000 0.772 0.228
#> GSM311913 1 0.3941 0.6730 0.844 0.000 0.156
#> GSM311914 3 0.3267 0.6630 0.116 0.000 0.884
#> GSM311915 2 0.2636 0.7214 0.048 0.932 0.020
#> GSM311916 3 0.5465 0.5491 0.288 0.000 0.712
#> GSM311917 1 0.0829 0.7346 0.984 0.004 0.012
#> GSM311918 1 0.6204 0.1907 0.576 0.000 0.424
#> GSM311919 2 0.6008 0.3150 0.372 0.628 0.000
#> GSM311920 3 0.3619 0.5852 0.000 0.136 0.864
#> GSM311921 1 0.6062 0.3191 0.616 0.000 0.384
#> GSM311922 1 0.5988 0.3451 0.632 0.000 0.368
#> GSM311923 1 0.3340 0.7002 0.880 0.000 0.120
#> GSM311831 2 0.4062 0.6660 0.164 0.836 0.000
#> GSM311878 1 0.5327 0.5846 0.728 0.272 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0336 0.9077 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311762 1 0.6756 0.5026 0.612 0.200 0.188 0.000
#> GSM311763 2 0.0376 0.9071 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM311764 3 0.0376 0.8621 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM311765 2 0.0779 0.9001 0.016 0.980 0.004 0.000
#> GSM311766 2 0.0188 0.9081 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311767 1 0.4072 0.5819 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM311768 1 0.4948 0.2667 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM311769 1 0.0592 0.8079 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311770 3 0.0188 0.8617 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311771 1 0.4103 0.6224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM311772 4 0.5500 -0.1364 0.000 0.016 0.464 0.520
#> GSM311773 4 0.0657 0.7462 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM311774 3 0.0188 0.8617 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311775 3 0.0336 0.8605 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311776 3 0.1398 0.8563 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM311777 3 0.3837 0.6529 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM311778 1 0.4304 0.5213 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM311779 4 0.3356 0.7428 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311780 4 0.0188 0.7556 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311781 4 0.2973 0.7569 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM311782 4 0.3764 0.7170 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM311783 4 0.4955 0.3132 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311784 4 0.4072 0.6820 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311785 1 0.0817 0.8059 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311786 1 0.4406 0.5626 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0469 0.7488 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311789 2 0.1389 0.8850 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM311790 2 0.3726 0.7821 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM311791 3 0.4595 0.7376 0.000 0.040 0.776 0.184
#> GSM311792 1 0.2216 0.7670 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311793 2 0.0188 0.9081 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311794 2 0.0188 0.9072 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.3726 0.6725 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM311796 4 0.2921 0.7591 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM311797 1 0.0376 0.8090 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM311798 1 0.3323 0.7648 0.876 0.064 0.060 0.000
#> GSM311799 3 0.2334 0.8325 0.000 0.004 0.908 0.088
#> GSM311800 3 0.0000 0.8621 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0921 0.8037 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311803 1 0.4784 0.6958 0.788 0.112 0.100 0.000
#> GSM311804 4 0.3400 0.7405 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM311805 1 0.4406 0.5641 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM311806 4 0.0336 0.7562 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311807 3 0.2714 0.8170 0.000 0.004 0.884 0.112
#> GSM311808 4 0.1677 0.7430 0.012 0.040 0.000 0.948
#> GSM311809 1 0.1302 0.7967 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311810 3 0.5506 0.2388 0.000 0.016 0.512 0.472
#> GSM311811 1 0.0657 0.8079 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM311812 1 0.3975 0.6427 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311813 4 0.3356 0.7440 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311814 4 0.4008 0.6906 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM311815 3 0.4008 0.6151 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM311816 4 0.3356 0.7428 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311817 4 0.5290 0.1991 0.476 0.000 0.008 0.516
#> GSM311818 3 0.4507 0.7507 0.000 0.044 0.788 0.168
#> GSM311819 1 0.3672 0.7154 0.824 0.164 0.012 0.000
#> GSM311820 1 0.5000 -0.1471 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM311821 1 0.4992 -0.0791 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM311822 1 0.0592 0.8079 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311823 2 0.3402 0.8264 0.000 0.832 0.004 0.164
#> GSM311824 4 0.3837 0.7076 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311825 1 0.0376 0.8094 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM311826 1 0.1118 0.8007 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311827 2 0.0895 0.8990 0.020 0.976 0.004 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 4 0.4955 0.3238 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM311830 2 0.1940 0.8824 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM311832 4 0.0188 0.7520 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311833 3 0.0657 0.8616 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM311834 2 0.4422 0.7217 0.000 0.736 0.008 0.256
#> GSM311835 4 0.4679 0.5296 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311836 4 0.3219 0.7485 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM311837 2 0.0524 0.9066 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM311838 2 0.1867 0.8839 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM311839 4 0.2149 0.7676 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM311840 2 0.0921 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311841 1 0.0524 0.8094 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM311842 1 0.4164 0.6112 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM311843 1 0.4040 0.5882 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM311844 3 0.6808 0.5491 0.000 0.164 0.600 0.236
#> GSM311845 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.1305 0.8572 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM311847 1 0.0657 0.8095 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311848 2 0.1305 0.8882 0.036 0.960 0.004 0.000
#> GSM311849 1 0.5168 0.0510 0.504 0.492 0.004 0.000
#> GSM311850 1 0.0376 0.8090 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM311851 3 0.0376 0.8619 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM311852 1 0.2652 0.7941 0.912 0.056 0.004 0.028
#> GSM311853 1 0.3751 0.6831 0.800 0.004 0.196 0.000
#> GSM311854 1 0.4713 0.3387 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM311855 1 0.4164 0.6110 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM311856 1 0.0469 0.8086 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311857 4 0.4933 0.3509 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM311858 3 0.4655 0.7172 0.000 0.032 0.760 0.208
#> GSM311859 4 0.3975 0.6947 0.240 0.000 0.000 0.760
#> GSM311860 3 0.5953 0.5229 0.076 0.000 0.656 0.268
#> GSM311861 1 0.4057 0.7091 0.812 0.000 0.028 0.160
#> GSM311862 4 0.2868 0.7602 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM311863 2 0.2973 0.8386 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM311864 4 0.3726 0.7180 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311865 1 0.3907 0.6178 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM311866 1 0.3444 0.6795 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311867 3 0.0921 0.8520 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311868 1 0.3400 0.6840 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM311869 2 0.0188 0.9081 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311870 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0524 0.8085 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM311872 4 0.4072 0.6785 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311873 4 0.5358 0.4251 0.000 0.252 0.048 0.700
#> GSM311874 4 0.6016 0.2697 0.044 0.412 0.000 0.544
#> GSM311875 4 0.0804 0.7430 0.000 0.008 0.012 0.980
#> GSM311876 4 0.0188 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311877 4 0.0469 0.7584 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311879 4 0.3335 0.6317 0.000 0.016 0.128 0.856
#> GSM311880 2 0.3710 0.7228 0.192 0.804 0.004 0.000
#> GSM311881 2 0.2081 0.8774 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311882 3 0.5558 0.6830 0.000 0.080 0.712 0.208
#> GSM311883 4 0.5624 0.3992 0.000 0.280 0.052 0.668
#> GSM311884 1 0.2281 0.7666 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM311885 3 0.3557 0.7885 0.036 0.108 0.856 0.000
#> GSM311886 2 0.2868 0.8443 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311887 1 0.0657 0.8092 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311888 4 0.4008 0.5161 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM311889 3 0.3610 0.6827 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM311890 3 0.0188 0.8617 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311891 1 0.0524 0.8097 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM311892 2 0.4837 0.5817 0.000 0.648 0.004 0.348
#> GSM311893 1 0.0657 0.8092 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311894 1 0.3610 0.6570 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311895 4 0.4608 0.3704 0.000 0.004 0.304 0.692
#> GSM311896 3 0.1398 0.8561 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM311897 4 0.4814 0.3316 0.000 0.008 0.316 0.676
#> GSM311898 1 0.0336 0.8093 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311899 3 0.0524 0.8620 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM311900 4 0.5428 0.1423 0.000 0.020 0.380 0.600
#> GSM311901 2 0.0657 0.9046 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM311902 4 0.1940 0.7684 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311903 1 0.1406 0.8090 0.960 0.000 0.016 0.024
#> GSM311904 4 0.2530 0.7649 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311905 4 0.2973 0.7570 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM311906 3 0.0188 0.8617 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311907 3 0.1302 0.8565 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311908 4 0.0376 0.7544 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM311909 4 0.0188 0.7524 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311910 4 0.5890 0.3488 0.000 0.072 0.268 0.660
#> GSM311911 3 0.4948 0.1336 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9079 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0895 0.8085 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM311914 3 0.0469 0.8592 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311915 2 0.3837 0.7657 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311916 3 0.1389 0.8424 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311917 1 0.4072 0.5830 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM311918 1 0.2530 0.7621 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311919 4 0.1557 0.7685 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM311920 3 0.0188 0.8620 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311921 2 0.5138 0.2937 0.392 0.600 0.008 0.000
#> GSM311922 1 0.2053 0.7876 0.924 0.004 0.072 0.000
#> GSM311923 1 0.0564 0.8093 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM311831 4 0.0376 0.7503 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM311878 4 0.5696 0.1816 0.484 0.024 0.000 0.492
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.1544 0.8455 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311762 1 0.2910 0.8193 0.884 0.060 0.044 0.012 0.000
#> GSM311763 2 0.5408 0.6470 0.212 0.668 0.000 0.116 0.004
#> GSM311764 3 0.0162 0.9024 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311765 2 0.1386 0.8686 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> GSM311766 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 5 0.1251 0.8261 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> GSM311768 3 0.2249 0.8391 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM311769 5 0.1341 0.8121 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM311770 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311771 1 0.4003 0.5935 0.704 0.000 0.288 0.000 0.008
#> GSM311772 3 0.4161 0.5791 0.000 0.000 0.704 0.280 0.016
#> GSM311773 4 0.0404 0.8553 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311774 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0404 0.9008 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311776 3 0.0000 0.9020 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.2171 0.8625 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064
#> GSM311778 5 0.0609 0.8260 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM311779 5 0.3003 0.7280 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM311780 4 0.3003 0.7145 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM311781 4 0.3730 0.5565 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM311782 5 0.4471 0.7281 0.108 0.004 0.000 0.120 0.768
#> GSM311783 5 0.1300 0.8283 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> GSM311784 5 0.1469 0.8285 0.016 0.000 0.000 0.036 0.948
#> GSM311785 1 0.1041 0.8542 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM311786 1 0.3928 0.5846 0.700 0.000 0.296 0.000 0.004
#> GSM311787 2 0.1281 0.8691 0.032 0.956 0.000 0.000 0.012
#> GSM311788 4 0.0566 0.8574 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM311789 2 0.2570 0.8255 0.008 0.880 0.000 0.004 0.108
#> GSM311790 2 0.3752 0.5887 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM311791 3 0.2305 0.8315 0.000 0.012 0.896 0.092 0.000
#> GSM311792 1 0.2358 0.8207 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> GSM311793 2 0.0992 0.8705 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> GSM311794 2 0.2020 0.8371 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311795 1 0.1444 0.8440 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM311796 5 0.0794 0.8222 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM311797 1 0.1041 0.8542 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM311798 1 0.1173 0.8523 0.964 0.012 0.000 0.004 0.020
#> GSM311799 3 0.0290 0.8991 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311800 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311801 2 0.1485 0.8682 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020
#> GSM311802 1 0.3689 0.6506 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> GSM311803 1 0.2505 0.7866 0.888 0.092 0.000 0.000 0.020
#> GSM311804 4 0.2359 0.8137 0.036 0.000 0.000 0.904 0.060
#> GSM311805 1 0.2249 0.8181 0.896 0.000 0.096 0.000 0.008
#> GSM311806 5 0.3534 0.6359 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM311807 3 0.0162 0.9010 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311808 5 0.4158 0.7160 0.000 0.092 0.000 0.124 0.784
#> GSM311809 5 0.3910 0.5681 0.272 0.000 0.000 0.008 0.720
#> GSM311810 4 0.3884 0.5774 0.000 0.000 0.288 0.708 0.004
#> GSM311811 1 0.4288 0.4092 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> GSM311812 1 0.2513 0.8045 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> GSM311813 5 0.1478 0.8102 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM311814 5 0.0703 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM311815 3 0.1341 0.8791 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM311816 5 0.3671 0.6722 0.008 0.000 0.000 0.236 0.756
#> GSM311817 5 0.1116 0.8257 0.004 0.000 0.004 0.028 0.964
#> GSM311818 3 0.3773 0.7646 0.000 0.032 0.800 0.004 0.164
#> GSM311819 5 0.5714 0.3907 0.116 0.292 0.000 0.000 0.592
#> GSM311820 5 0.0671 0.8267 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM311821 5 0.0898 0.8276 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972
#> GSM311822 5 0.1502 0.8087 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> GSM311823 2 0.3246 0.7433 0.000 0.808 0.008 0.184 0.000
#> GSM311824 5 0.2806 0.7619 0.004 0.000 0.000 0.152 0.844
#> GSM311825 1 0.1205 0.8538 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM311826 5 0.3586 0.5955 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM311827 2 0.2122 0.8636 0.036 0.924 0.008 0.000 0.032
#> GSM311828 2 0.1386 0.8686 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> GSM311829 5 0.1493 0.8282 0.024 0.000 0.000 0.028 0.948
#> GSM311830 2 0.2209 0.8601 0.032 0.912 0.000 0.000 0.056
#> GSM311832 4 0.2909 0.7732 0.000 0.000 0.012 0.848 0.140
#> GSM311833 3 0.0000 0.9020 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.4066 0.4597 0.000 0.324 0.004 0.672 0.000
#> GSM311835 5 0.1012 0.8283 0.012 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM311836 5 0.4201 0.3288 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM311837 2 0.0609 0.8680 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.1410 0.8512 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM311839 4 0.0404 0.8569 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311840 2 0.1173 0.8679 0.004 0.964 0.000 0.012 0.020
#> GSM311841 1 0.1043 0.8543 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM311842 3 0.4768 0.6780 0.096 0.000 0.724 0.000 0.180
#> GSM311843 5 0.0992 0.8278 0.024 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM311844 4 0.5993 0.4274 0.000 0.260 0.164 0.576 0.000
#> GSM311845 2 0.1753 0.8663 0.032 0.936 0.000 0.000 0.032
#> GSM311846 3 0.0162 0.9010 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311847 1 0.1043 0.8543 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM311848 2 0.1750 0.8663 0.036 0.936 0.000 0.000 0.028
#> GSM311849 1 0.4735 0.0441 0.524 0.460 0.000 0.000 0.016
#> GSM311850 1 0.1043 0.8543 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM311851 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311852 1 0.3630 0.6869 0.780 0.204 0.000 0.000 0.016
#> GSM311853 1 0.1267 0.8486 0.960 0.000 0.024 0.004 0.012
#> GSM311854 5 0.1701 0.8237 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> GSM311855 5 0.5193 -0.0341 0.032 0.004 0.480 0.000 0.484
#> GSM311856 1 0.1557 0.8496 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> GSM311857 5 0.1403 0.8287 0.024 0.000 0.000 0.024 0.952
#> GSM311858 3 0.4648 0.1103 0.000 0.012 0.524 0.464 0.000
#> GSM311859 5 0.1364 0.8263 0.012 0.000 0.000 0.036 0.952
#> GSM311860 3 0.2871 0.8220 0.000 0.000 0.872 0.040 0.088
#> GSM311861 5 0.7310 0.0935 0.272 0.000 0.324 0.024 0.380
#> GSM311862 5 0.4448 0.1685 0.004 0.000 0.000 0.480 0.516
#> GSM311863 2 0.2471 0.7980 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM311864 5 0.3430 0.6936 0.004 0.000 0.000 0.220 0.776
#> GSM311865 1 0.4029 0.6829 0.744 0.000 0.000 0.024 0.232
#> GSM311866 5 0.0794 0.8248 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM311867 3 0.0794 0.8948 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.4300 0.1367 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM311869 2 0.0162 0.8699 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311870 2 0.0162 0.8705 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.1041 0.8542 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM311872 4 0.4879 0.5761 0.076 0.000 0.000 0.696 0.228
#> GSM311873 4 0.1498 0.8518 0.000 0.024 0.016 0.952 0.008
#> GSM311874 4 0.5430 0.3173 0.032 0.372 0.000 0.576 0.020
#> GSM311875 4 0.1106 0.8557 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM311876 4 0.0162 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311877 4 0.0703 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311879 4 0.0566 0.8566 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM311880 2 0.3639 0.7452 0.184 0.792 0.000 0.000 0.024
#> GSM311881 2 0.0963 0.8622 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311882 3 0.4849 0.3783 0.000 0.032 0.608 0.360 0.000
#> GSM311883 4 0.4903 0.7081 0.008 0.164 0.056 0.752 0.020
#> GSM311884 1 0.1331 0.8548 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM311885 3 0.5732 0.0553 0.428 0.072 0.496 0.004 0.000
#> GSM311886 2 0.3661 0.6177 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM311887 1 0.1124 0.8545 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM311888 2 0.5434 0.0550 0.000 0.496 0.004 0.048 0.452
#> GSM311889 3 0.1410 0.8760 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311891 1 0.1270 0.8523 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM311892 2 0.3463 0.7672 0.000 0.820 0.008 0.156 0.016
#> GSM311893 1 0.1205 0.8537 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM311894 1 0.4599 0.5830 0.688 0.000 0.000 0.040 0.272
#> GSM311895 4 0.1908 0.8220 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM311896 3 0.0162 0.9010 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311897 4 0.1557 0.8450 0.000 0.000 0.052 0.940 0.008
#> GSM311898 5 0.3796 0.5237 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM311899 3 0.0000 0.9020 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311900 4 0.1430 0.8445 0.000 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM311901 2 0.0451 0.8703 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM311902 4 0.0404 0.8570 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311903 5 0.0898 0.8239 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> GSM311904 4 0.4297 0.0297 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM311905 4 0.0727 0.8547 0.004 0.004 0.000 0.980 0.012
#> GSM311906 3 0.0162 0.9026 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311907 3 0.1608 0.8596 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM311908 4 0.0290 0.8573 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311909 4 0.0162 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311910 4 0.1117 0.8514 0.000 0.020 0.016 0.964 0.000
#> GSM311911 1 0.2891 0.7507 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0404 0.8711 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311913 5 0.4126 0.3214 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM311914 3 0.0510 0.8997 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.2616 0.8106 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> GSM311916 3 0.0510 0.8997 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.3488 0.7609 0.808 0.000 0.000 0.024 0.168
#> GSM311918 1 0.0955 0.8541 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM311919 5 0.2813 0.7428 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM311920 3 0.0000 0.9020 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311921 2 0.4830 0.0376 0.488 0.492 0.000 0.000 0.020
#> GSM311922 1 0.4337 0.6083 0.696 0.000 0.016 0.004 0.284
#> GSM311923 1 0.1579 0.8511 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> GSM311831 4 0.0703 0.8555 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311878 1 0.4824 0.7517 0.764 0.028 0.000 0.100 0.108
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.1780 0.7882 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM311762 6 0.3176 0.8067 0.000 0.040 0.060 0.004 0.036 0.860
#> GSM311763 2 0.6529 0.4902 0.000 0.536 0.000 0.108 0.120 0.236
#> GSM311764 3 0.0260 0.9103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311765 5 0.1863 0.8074 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM311766 2 0.2416 0.7470 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM311767 1 0.0692 0.8513 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM311768 3 0.1471 0.8793 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM311769 1 0.2078 0.8419 0.912 0.004 0.000 0.000 0.040 0.044
#> GSM311770 3 0.0260 0.9103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311771 6 0.4172 0.2276 0.000 0.000 0.460 0.000 0.012 0.528
#> GSM311772 4 0.4171 0.3916 0.012 0.004 0.380 0.604 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.1218 0.8086 0.000 0.028 0.000 0.956 0.004 0.012
#> GSM311774 3 0.0260 0.9103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311775 3 0.0632 0.9061 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311776 3 0.0146 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.1313 0.8939 0.028 0.000 0.952 0.000 0.016 0.004
#> GSM311778 1 0.1155 0.8472 0.956 0.036 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311779 1 0.1812 0.8362 0.924 0.004 0.000 0.060 0.004 0.008
#> GSM311780 4 0.2912 0.6917 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.3426 0.6077 0.276 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.4754 0.7050 0.724 0.188 0.000 0.016 0.028 0.044
#> GSM311783 1 0.0976 0.8519 0.968 0.000 0.000 0.008 0.008 0.016
#> GSM311784 1 0.2407 0.8217 0.884 0.096 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM311785 6 0.0713 0.8421 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM311786 6 0.3828 0.3070 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM311787 5 0.2730 0.7264 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM311788 4 0.0146 0.8174 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311789 2 0.5426 0.2895 0.128 0.584 0.000 0.000 0.280 0.008
#> GSM311790 2 0.2118 0.7732 0.000 0.888 0.000 0.104 0.008 0.000
#> GSM311791 3 0.2448 0.8365 0.000 0.052 0.884 0.064 0.000 0.000
#> GSM311792 6 0.3375 0.8008 0.076 0.088 0.000 0.000 0.008 0.828
#> GSM311793 5 0.3774 0.2590 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM311794 2 0.3054 0.7549 0.076 0.848 0.004 0.000 0.072 0.000
#> GSM311795 6 0.1794 0.8376 0.000 0.000 0.036 0.000 0.040 0.924
#> GSM311796 1 0.1196 0.8460 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311797 6 0.2870 0.8171 0.004 0.040 0.000 0.000 0.100 0.856
#> GSM311798 6 0.4008 0.7263 0.008 0.228 0.008 0.000 0.020 0.736
#> GSM311799 3 0.0458 0.9062 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.2918 0.8271 0.004 0.000 0.856 0.052 0.088 0.000
#> GSM311801 5 0.1957 0.8014 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM311802 6 0.3375 0.7883 0.112 0.056 0.000 0.000 0.008 0.824
#> GSM311803 5 0.2562 0.7108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM311804 4 0.4270 0.7037 0.032 0.100 0.000 0.772 0.000 0.096
#> GSM311805 6 0.2983 0.7874 0.000 0.000 0.136 0.000 0.032 0.832
#> GSM311806 1 0.2915 0.7188 0.808 0.008 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.0777 0.9008 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.5123 0.6796 0.680 0.212 0.004 0.064 0.040 0.000
#> GSM311809 1 0.2908 0.8125 0.848 0.000 0.000 0.000 0.104 0.048
#> GSM311810 4 0.2762 0.7109 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.6163 0.2573 0.492 0.092 0.004 0.000 0.048 0.364
#> GSM311812 6 0.3190 0.7851 0.000 0.000 0.136 0.000 0.044 0.820
#> GSM311813 1 0.0820 0.8517 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM311814 1 0.1866 0.8278 0.908 0.084 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311815 3 0.0790 0.9032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311816 1 0.2481 0.8317 0.896 0.008 0.000 0.060 0.008 0.028
#> GSM311817 1 0.2052 0.8430 0.912 0.000 0.004 0.028 0.056 0.000
#> GSM311818 3 0.5310 0.6061 0.148 0.164 0.664 0.004 0.020 0.000
#> GSM311819 5 0.1390 0.7866 0.032 0.004 0.000 0.000 0.948 0.016
#> GSM311820 1 0.0603 0.8503 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311821 1 0.0551 0.8515 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM311822 1 0.2992 0.8225 0.864 0.068 0.000 0.000 0.044 0.024
#> GSM311823 2 0.1350 0.7845 0.020 0.952 0.000 0.008 0.020 0.000
#> GSM311824 1 0.1542 0.8407 0.936 0.000 0.000 0.052 0.004 0.008
#> GSM311825 6 0.2432 0.8279 0.024 0.080 0.000 0.000 0.008 0.888
#> GSM311826 1 0.3073 0.7160 0.788 0.000 0.000 0.000 0.008 0.204
#> GSM311827 5 0.1663 0.8141 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM311828 5 0.2823 0.7107 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM311829 1 0.0603 0.8514 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM311830 5 0.2588 0.7934 0.004 0.040 0.008 0.060 0.888 0.000
#> GSM311832 4 0.2859 0.7454 0.156 0.000 0.016 0.828 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.0260 0.9087 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.3899 0.1486 0.000 0.404 0.000 0.592 0.004 0.000
#> GSM311835 1 0.0405 0.8511 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM311836 1 0.4098 0.1218 0.548 0.000 0.000 0.444 0.004 0.004
#> GSM311837 2 0.2308 0.7751 0.008 0.904 0.056 0.004 0.028 0.000
#> GSM311838 2 0.3492 0.7579 0.000 0.804 0.000 0.076 0.120 0.000
#> GSM311839 4 0.1337 0.8115 0.008 0.012 0.000 0.956 0.008 0.016
#> GSM311840 2 0.0717 0.7801 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311841 6 0.1434 0.8405 0.012 0.000 0.000 0.000 0.048 0.940
#> GSM311842 3 0.3971 0.7877 0.092 0.008 0.808 0.000 0.036 0.056
#> GSM311843 1 0.1138 0.8512 0.960 0.000 0.000 0.004 0.024 0.012
#> GSM311844 2 0.4649 0.1557 0.000 0.492 0.040 0.468 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.1556 0.8160 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM311846 3 0.0260 0.9087 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.0458 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311848 5 0.1327 0.8193 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM311849 5 0.1418 0.8138 0.000 0.032 0.000 0.000 0.944 0.024
#> GSM311850 6 0.2664 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM311851 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311852 5 0.4774 0.4800 0.044 0.020 0.000 0.000 0.648 0.288
#> GSM311853 6 0.0622 0.8441 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980
#> GSM311854 1 0.1340 0.8483 0.948 0.000 0.000 0.004 0.008 0.040
#> GSM311855 3 0.4847 0.3272 0.380 0.020 0.576 0.000 0.016 0.008
#> GSM311856 6 0.2763 0.8170 0.036 0.088 0.000 0.000 0.008 0.868
#> GSM311857 1 0.0653 0.8511 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311858 4 0.4684 0.4045 0.000 0.056 0.352 0.592 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0696 0.8511 0.980 0.004 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM311860 3 0.5754 0.5441 0.216 0.008 0.628 0.108 0.040 0.000
#> GSM311861 1 0.7326 0.5100 0.532 0.004 0.208 0.088 0.096 0.072
#> GSM311862 4 0.5165 0.1785 0.404 0.076 0.000 0.516 0.000 0.004
#> GSM311863 2 0.4023 0.7272 0.000 0.756 0.000 0.100 0.144 0.000
#> GSM311864 1 0.2656 0.7903 0.860 0.000 0.000 0.120 0.008 0.012
#> GSM311865 6 0.3329 0.6699 0.236 0.000 0.000 0.004 0.004 0.756
#> GSM311866 1 0.0622 0.8514 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM311867 3 0.0632 0.9063 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311868 1 0.4181 0.0472 0.512 0.000 0.000 0.000 0.012 0.476
#> GSM311869 2 0.1297 0.7881 0.012 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311870 2 0.3050 0.6693 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM311871 6 0.2051 0.8400 0.008 0.040 0.000 0.000 0.036 0.916
#> GSM311872 4 0.4756 0.5304 0.292 0.000 0.000 0.636 0.068 0.004
#> GSM311873 4 0.0665 0.8159 0.004 0.008 0.008 0.980 0.000 0.000
#> GSM311874 5 0.1958 0.7728 0.000 0.004 0.000 0.100 0.896 0.000
#> GSM311875 4 0.0520 0.8178 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0508 0.8159 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM311877 4 0.0458 0.8176 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.0972 0.8103 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.1563 0.8190 0.000 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> GSM311881 2 0.3354 0.7577 0.000 0.812 0.000 0.060 0.128 0.000
#> GSM311882 4 0.4999 0.4110 0.000 0.064 0.344 0.584 0.008 0.000
#> GSM311883 5 0.4929 0.4105 0.004 0.040 0.016 0.328 0.612 0.000
#> GSM311884 6 0.1074 0.8427 0.028 0.000 0.000 0.000 0.012 0.960
#> GSM311885 2 0.5446 0.3632 0.000 0.540 0.336 0.000 0.004 0.120
#> GSM311886 2 0.2956 0.7640 0.000 0.840 0.000 0.120 0.040 0.000
#> GSM311887 6 0.0146 0.8433 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311888 2 0.3586 0.5877 0.268 0.720 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311889 3 0.1075 0.8923 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311890 3 0.0260 0.9103 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311891 6 0.4131 0.7248 0.156 0.000 0.000 0.000 0.100 0.744
#> GSM311892 2 0.5373 0.6693 0.040 0.680 0.008 0.172 0.100 0.000
#> GSM311893 6 0.0405 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM311894 5 0.4822 0.5574 0.208 0.000 0.000 0.016 0.688 0.088
#> GSM311895 4 0.2551 0.7701 0.000 0.012 0.108 0.872 0.004 0.004
#> GSM311896 3 0.0713 0.9001 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM311897 4 0.0603 0.8164 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.4132 0.6868 0.728 0.008 0.000 0.000 0.044 0.220
#> GSM311899 3 0.0146 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311900 4 0.0547 0.8157 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM311901 2 0.0837 0.7811 0.004 0.972 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM311902 4 0.0551 0.8172 0.004 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM311903 1 0.2853 0.8180 0.868 0.068 0.004 0.004 0.056 0.000
#> GSM311904 4 0.3928 0.5565 0.300 0.004 0.008 0.684 0.004 0.000
#> GSM311905 4 0.2664 0.7490 0.000 0.136 0.000 0.848 0.000 0.016
#> GSM311906 3 0.0146 0.9104 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311907 3 0.3737 0.2850 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.0291 0.8176 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0146 0.8173 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.0520 0.8150 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.2593 0.7845 0.000 0.000 0.148 0.000 0.008 0.844
#> GSM311912 2 0.1701 0.7812 0.008 0.920 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311913 1 0.3834 0.7732 0.780 0.000 0.000 0.004 0.140 0.076
#> GSM311914 3 0.0713 0.9046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311915 2 0.2507 0.7769 0.072 0.884 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM311916 3 0.0363 0.9094 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311917 6 0.2876 0.7773 0.148 0.004 0.000 0.004 0.008 0.836
#> GSM311918 6 0.0632 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM311919 1 0.1501 0.8292 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311921 5 0.1480 0.8163 0.000 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> GSM311922 1 0.7116 -0.0071 0.388 0.120 0.016 0.000 0.092 0.384
#> GSM311923 6 0.0891 0.8428 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM311831 4 0.0363 0.8178 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311878 6 0.6060 0.4387 0.132 0.244 0.000 0.036 0.008 0.580
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:NMF 156 1.000 2
#> CV:NMF 123 0.768 3
#> CV:NMF 142 0.380 4
#> CV:NMF 145 0.504 5
#> CV:NMF 142 0.422 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.225 0.669 0.834 0.4641 0.499 0.499
#> 3 3 0.241 0.481 0.723 0.2561 0.956 0.914
#> 4 4 0.278 0.297 0.635 0.1642 0.740 0.487
#> 5 5 0.381 0.459 0.610 0.0887 0.811 0.463
#> 6 6 0.472 0.404 0.588 0.0468 0.930 0.727
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.2043 0.802159 0.032 0.968
#> GSM311762 1 0.8207 0.672067 0.744 0.256
#> GSM311763 1 0.8661 0.622098 0.712 0.288
#> GSM311764 2 1.0000 -0.080701 0.500 0.500
#> GSM311765 1 0.8713 0.643951 0.708 0.292
#> GSM311766 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.2778 0.798112 0.952 0.048
#> GSM311768 1 0.7674 0.744643 0.776 0.224
#> GSM311769 1 0.0938 0.787694 0.988 0.012
#> GSM311770 1 0.7815 0.744785 0.768 0.232
#> GSM311771 1 0.4939 0.798876 0.892 0.108
#> GSM311772 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.1843 0.806526 0.028 0.972
#> GSM311774 1 0.7815 0.744785 0.768 0.232
#> GSM311775 1 0.7674 0.750762 0.776 0.224
#> GSM311776 2 0.2423 0.802398 0.040 0.960
#> GSM311777 1 0.8555 0.688016 0.720 0.280
#> GSM311778 1 0.7745 0.712235 0.772 0.228
#> GSM311779 2 0.9896 0.237051 0.440 0.560
#> GSM311780 2 0.4815 0.786699 0.104 0.896
#> GSM311781 2 0.6247 0.756278 0.156 0.844
#> GSM311782 2 0.8207 0.652841 0.256 0.744
#> GSM311783 1 0.6438 0.771911 0.836 0.164
#> GSM311784 1 0.4431 0.798141 0.908 0.092
#> GSM311785 1 0.0376 0.782139 0.996 0.004
#> GSM311786 1 0.5059 0.798443 0.888 0.112
#> GSM311787 1 0.9248 0.586261 0.660 0.340
#> GSM311788 2 0.9833 0.294854 0.424 0.576
#> GSM311789 1 0.3879 0.801462 0.924 0.076
#> GSM311790 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311791 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.6247 0.775104 0.844 0.156
#> GSM311793 2 0.2043 0.794196 0.032 0.968
#> GSM311794 2 0.2043 0.802159 0.032 0.968
#> GSM311795 1 0.0938 0.786130 0.988 0.012
#> GSM311796 1 0.9896 0.277894 0.560 0.440
#> GSM311797 1 0.0672 0.785717 0.992 0.008
#> GSM311798 1 0.3879 0.801462 0.924 0.076
#> GSM311799 2 0.2423 0.802398 0.040 0.960
#> GSM311800 2 0.9996 0.000314 0.488 0.512
#> GSM311801 1 0.9248 0.586261 0.660 0.340
#> GSM311802 1 0.2236 0.795788 0.964 0.036
#> GSM311803 1 0.5519 0.790224 0.872 0.128
#> GSM311804 2 0.8207 0.652841 0.256 0.744
#> GSM311805 1 0.0938 0.786130 0.988 0.012
#> GSM311806 2 0.7376 0.704697 0.208 0.792
#> GSM311807 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311808 1 1.0000 0.054178 0.500 0.500
#> GSM311809 1 0.4690 0.799507 0.900 0.100
#> GSM311810 2 0.2043 0.806231 0.032 0.968
#> GSM311811 1 0.1184 0.788964 0.984 0.016
#> GSM311812 1 0.0938 0.786130 0.988 0.012
#> GSM311813 2 0.9896 0.237051 0.440 0.560
#> GSM311814 1 0.9896 0.284755 0.560 0.440
#> GSM311815 1 0.5629 0.793760 0.868 0.132
#> GSM311816 1 0.9833 0.316329 0.576 0.424
#> GSM311817 1 0.9491 0.501986 0.632 0.368
#> GSM311818 2 0.6973 0.677772 0.188 0.812
#> GSM311819 1 0.9866 0.316671 0.568 0.432
#> GSM311820 1 0.9358 0.518265 0.648 0.352
#> GSM311821 1 0.9833 0.316329 0.576 0.424
#> GSM311822 1 0.5519 0.795927 0.872 0.128
#> GSM311823 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311824 1 0.9970 0.148423 0.532 0.468
#> GSM311825 1 0.1414 0.790589 0.980 0.020
#> GSM311826 1 0.2778 0.798112 0.952 0.048
#> GSM311827 1 0.7139 0.769491 0.804 0.196
#> GSM311828 1 0.9248 0.586261 0.660 0.340
#> GSM311829 1 0.9970 0.148423 0.532 0.468
#> GSM311830 2 0.0376 0.802862 0.004 0.996
#> GSM311832 2 0.4815 0.786699 0.104 0.896
#> GSM311833 2 0.0376 0.802800 0.004 0.996
#> GSM311834 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311835 1 0.3431 0.799931 0.936 0.064
#> GSM311836 2 0.7376 0.705890 0.208 0.792
#> GSM311837 2 0.2236 0.801331 0.036 0.964
#> GSM311838 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311839 2 0.7056 0.728317 0.192 0.808
#> GSM311840 2 0.2043 0.802159 0.032 0.968
#> GSM311841 1 0.0000 0.780721 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.6438 0.783799 0.836 0.164
#> GSM311843 1 0.3431 0.799931 0.936 0.064
#> GSM311844 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311845 1 0.9358 0.569362 0.648 0.352
#> GSM311846 2 0.0376 0.802800 0.004 0.996
#> GSM311847 1 0.0376 0.782139 0.996 0.004
#> GSM311848 1 0.8713 0.643951 0.708 0.292
#> GSM311849 1 0.8144 0.686945 0.748 0.252
#> GSM311850 1 0.0000 0.780721 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.9552 0.549445 0.624 0.376
#> GSM311852 2 0.9850 0.283168 0.428 0.572
#> GSM311853 1 0.0938 0.785684 0.988 0.012
#> GSM311854 1 0.8327 0.672344 0.736 0.264
#> GSM311855 1 0.9866 0.316671 0.568 0.432
#> GSM311856 1 0.1843 0.793570 0.972 0.028
#> GSM311857 1 0.3431 0.799931 0.936 0.064
#> GSM311858 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.9795 0.339829 0.584 0.416
#> GSM311860 2 0.9635 0.391647 0.388 0.612
#> GSM311861 2 0.9775 0.325842 0.412 0.588
#> GSM311862 2 0.9881 0.250530 0.436 0.564
#> GSM311863 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311864 2 0.9896 0.237051 0.440 0.560
#> GSM311865 1 0.3431 0.799602 0.936 0.064
#> GSM311866 1 0.3274 0.800132 0.940 0.060
#> GSM311867 1 0.6247 0.787758 0.844 0.156
#> GSM311868 1 0.3274 0.799314 0.940 0.060
#> GSM311869 2 0.1843 0.806841 0.028 0.972
#> GSM311870 2 0.5946 0.764614 0.144 0.856
#> GSM311871 1 0.0938 0.787962 0.988 0.012
#> GSM311872 2 0.9866 0.269151 0.432 0.568
#> GSM311873 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.9754 0.348517 0.408 0.592
#> GSM311875 2 0.3114 0.802614 0.056 0.944
#> GSM311876 2 0.1843 0.806526 0.028 0.972
#> GSM311877 2 0.4815 0.787113 0.104 0.896
#> GSM311879 2 0.7528 0.698809 0.216 0.784
#> GSM311880 1 0.5737 0.787489 0.864 0.136
#> GSM311881 2 0.0376 0.801835 0.004 0.996
#> GSM311882 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.9286 0.487351 0.344 0.656
#> GSM311884 1 0.6048 0.784678 0.852 0.148
#> GSM311885 1 0.8207 0.672067 0.744 0.256
#> GSM311886 2 0.2603 0.806188 0.044 0.956
#> GSM311887 1 0.0376 0.782139 0.996 0.004
#> GSM311888 2 0.0672 0.802953 0.008 0.992
#> GSM311889 1 0.6623 0.781080 0.828 0.172
#> GSM311890 1 0.7815 0.744785 0.768 0.232
#> GSM311891 1 0.4690 0.799507 0.900 0.100
#> GSM311892 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.780721 1.000 0.000
#> GSM311894 2 1.0000 -0.002930 0.496 0.504
#> GSM311895 2 0.5629 0.774758 0.132 0.868
#> GSM311896 2 0.0376 0.802800 0.004 0.996
#> GSM311897 2 0.3879 0.796460 0.076 0.924
#> GSM311898 1 0.0938 0.787694 0.988 0.012
#> GSM311899 2 0.0376 0.802800 0.004 0.996
#> GSM311900 2 0.3879 0.796460 0.076 0.924
#> GSM311901 2 0.7139 0.729232 0.196 0.804
#> GSM311902 2 0.5946 0.763445 0.144 0.856
#> GSM311903 2 0.9954 -0.055287 0.460 0.540
#> GSM311904 2 0.9393 0.467961 0.356 0.644
#> GSM311905 2 0.7299 0.712607 0.204 0.796
#> GSM311906 1 0.6887 0.776054 0.816 0.184
#> GSM311907 2 0.8555 0.604105 0.280 0.720
#> GSM311908 2 0.5059 0.782641 0.112 0.888
#> GSM311909 2 0.5519 0.774374 0.128 0.872
#> GSM311910 2 0.0000 0.801214 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.2236 0.794171 0.964 0.036
#> GSM311912 2 0.2043 0.802159 0.032 0.968
#> GSM311913 1 0.5408 0.795685 0.876 0.124
#> GSM311914 1 0.6247 0.787758 0.844 0.156
#> GSM311915 2 0.1414 0.805245 0.020 0.980
#> GSM311916 1 0.7674 0.744643 0.776 0.224
#> GSM311917 1 0.9922 0.222676 0.552 0.448
#> GSM311918 1 0.0938 0.786130 0.988 0.012
#> GSM311919 2 0.9881 0.250530 0.436 0.564
#> GSM311920 1 0.9775 0.468938 0.588 0.412
#> GSM311921 1 0.8386 0.667181 0.732 0.268
#> GSM311922 1 0.5408 0.763547 0.876 0.124
#> GSM311923 1 0.0000 0.780721 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.3274 0.802144 0.060 0.940
#> GSM311878 1 0.7453 0.720838 0.788 0.212
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.690 7.93e-01 0.024 0.612 0.364
#> GSM311762 1 0.851 5.48e-01 0.604 0.152 0.244
#> GSM311763 1 0.865 4.92e-01 0.580 0.144 0.276
#> GSM311764 1 0.942 1.23e-01 0.440 0.176 0.384
#> GSM311765 1 0.742 4.15e-01 0.544 0.420 0.036
#> GSM311766 3 0.562 2.57e-01 0.004 0.280 0.716
#> GSM311767 1 0.281 7.15e-01 0.928 0.032 0.040
#> GSM311768 1 0.752 6.68e-01 0.692 0.180 0.128
#> GSM311769 1 0.240 7.07e-01 0.932 0.064 0.004
#> GSM311770 1 0.795 6.27e-01 0.632 0.268 0.100
#> GSM311771 1 0.636 6.82e-01 0.728 0.232 0.040
#> GSM311772 3 0.493 3.26e-01 0.000 0.232 0.768
#> GSM311773 3 0.148 5.04e-01 0.020 0.012 0.968
#> GSM311774 1 0.795 6.27e-01 0.632 0.268 0.100
#> GSM311775 1 0.785 6.32e-01 0.640 0.264 0.096
#> GSM311776 3 0.596 3.97e-01 0.044 0.188 0.768
#> GSM311777 1 0.862 5.90e-01 0.596 0.240 0.164
#> GSM311778 1 0.660 6.07e-01 0.704 0.256 0.040
#> GSM311779 3 0.735 1.85e-01 0.432 0.032 0.536
#> GSM311780 3 0.321 5.35e-01 0.092 0.008 0.900
#> GSM311781 3 0.423 5.29e-01 0.148 0.008 0.844
#> GSM311782 3 0.550 4.80e-01 0.248 0.008 0.744
#> GSM311783 1 0.433 6.89e-01 0.844 0.012 0.144
#> GSM311784 1 0.321 7.15e-01 0.904 0.012 0.084
#> GSM311785 1 0.512 6.43e-01 0.788 0.200 0.012
#> GSM311786 1 0.632 6.84e-01 0.732 0.228 0.040
#> GSM311787 1 0.789 3.50e-01 0.512 0.432 0.056
#> GSM311788 3 0.783 2.30e-01 0.404 0.056 0.540
#> GSM311789 1 0.481 7.10e-01 0.832 0.140 0.028
#> GSM311790 3 0.587 1.86e-01 0.004 0.312 0.684
#> GSM311791 3 0.489 3.30e-01 0.000 0.228 0.772
#> GSM311792 1 0.403 6.93e-01 0.856 0.008 0.136
#> GSM311793 3 0.650 4.79e-02 0.016 0.336 0.648
#> GSM311794 2 0.690 7.93e-01 0.024 0.612 0.364
#> GSM311795 1 0.527 6.51e-01 0.776 0.212 0.012
#> GSM311796 1 0.759 2.42e-01 0.544 0.044 0.412
#> GSM311797 1 0.319 7.03e-01 0.896 0.100 0.004
#> GSM311798 1 0.481 7.10e-01 0.832 0.140 0.028
#> GSM311799 3 0.596 3.97e-01 0.044 0.188 0.768
#> GSM311800 3 0.807 -4.09e-02 0.468 0.064 0.468
#> GSM311801 1 0.789 3.50e-01 0.512 0.432 0.056
#> GSM311802 1 0.244 7.17e-01 0.940 0.032 0.028
#> GSM311803 1 0.550 6.37e-01 0.708 0.292 0.000
#> GSM311804 3 0.550 4.80e-01 0.248 0.008 0.744
#> GSM311805 1 0.527 6.51e-01 0.776 0.212 0.012
#> GSM311806 3 0.615 4.88e-01 0.180 0.056 0.764
#> GSM311807 3 0.493 3.26e-01 0.000 0.232 0.768
#> GSM311808 1 0.814 5.60e-02 0.476 0.068 0.456
#> GSM311809 1 0.409 7.19e-01 0.880 0.056 0.064
#> GSM311810 3 0.243 5.06e-01 0.024 0.036 0.940
#> GSM311811 1 0.268 7.10e-01 0.924 0.068 0.008
#> GSM311812 1 0.527 6.51e-01 0.776 0.212 0.012
#> GSM311813 3 0.735 1.85e-01 0.432 0.032 0.536
#> GSM311814 1 0.776 2.47e-01 0.540 0.052 0.408
#> GSM311815 1 0.645 6.70e-01 0.712 0.252 0.036
#> GSM311816 1 0.746 2.61e-01 0.560 0.040 0.400
#> GSM311817 1 0.766 4.59e-01 0.612 0.064 0.324
#> GSM311818 3 0.873 7.97e-05 0.160 0.260 0.580
#> GSM311819 1 0.789 2.80e-01 0.544 0.060 0.396
#> GSM311820 1 0.735 4.63e-01 0.632 0.052 0.316
#> GSM311821 1 0.746 2.61e-01 0.560 0.040 0.400
#> GSM311822 1 0.471 7.12e-01 0.852 0.056 0.092
#> GSM311823 3 0.590 1.73e-01 0.004 0.316 0.680
#> GSM311824 1 0.737 1.27e-01 0.524 0.032 0.444
#> GSM311825 1 0.275 7.11e-01 0.924 0.064 0.012
#> GSM311826 1 0.281 7.15e-01 0.928 0.032 0.040
#> GSM311827 1 0.722 6.24e-01 0.652 0.296 0.052
#> GSM311828 1 0.789 3.50e-01 0.512 0.432 0.056
#> GSM311829 1 0.737 1.27e-01 0.524 0.032 0.444
#> GSM311830 3 0.534 3.31e-01 0.008 0.232 0.760
#> GSM311832 3 0.321 5.35e-01 0.092 0.008 0.900
#> GSM311833 3 0.546 3.44e-01 0.008 0.244 0.748
#> GSM311834 3 0.498 3.57e-01 0.004 0.216 0.780
#> GSM311835 1 0.228 7.17e-01 0.940 0.008 0.052
#> GSM311836 3 0.541 5.06e-01 0.200 0.020 0.780
#> GSM311837 2 0.690 7.86e-01 0.024 0.612 0.364
#> GSM311838 3 0.546 2.28e-01 0.000 0.288 0.712
#> GSM311839 3 0.475 5.17e-01 0.184 0.008 0.808
#> GSM311840 2 0.690 7.93e-01 0.024 0.612 0.364
#> GSM311841 1 0.361 6.87e-01 0.880 0.112 0.008
#> GSM311842 1 0.684 6.48e-01 0.684 0.272 0.044
#> GSM311843 1 0.228 7.17e-01 0.940 0.008 0.052
#> GSM311844 3 0.489 3.30e-01 0.000 0.228 0.772
#> GSM311845 1 0.839 3.73e-01 0.516 0.396 0.088
#> GSM311846 3 0.542 3.47e-01 0.008 0.240 0.752
#> GSM311847 1 0.502 6.48e-01 0.796 0.192 0.012
#> GSM311848 1 0.742 4.15e-01 0.544 0.420 0.036
#> GSM311849 1 0.736 4.85e-01 0.588 0.372 0.040
#> GSM311850 1 0.345 6.90e-01 0.888 0.104 0.008
#> GSM311851 1 0.934 4.73e-01 0.516 0.264 0.220
#> GSM311852 3 0.791 2.20e-01 0.404 0.060 0.536
#> GSM311853 1 0.537 6.50e-01 0.776 0.208 0.016
#> GSM311854 1 0.618 5.97e-01 0.732 0.032 0.236
#> GSM311855 1 0.797 2.78e-01 0.540 0.064 0.396
#> GSM311856 1 0.255 7.15e-01 0.936 0.040 0.024
#> GSM311857 1 0.228 7.17e-01 0.940 0.008 0.052
#> GSM311858 3 0.489 3.30e-01 0.000 0.228 0.772
#> GSM311859 1 0.744 2.79e-01 0.568 0.040 0.392
#> GSM311860 3 0.762 3.16e-01 0.348 0.056 0.596
#> GSM311861 3 0.773 2.64e-01 0.372 0.056 0.572
#> GSM311862 3 0.734 1.95e-01 0.428 0.032 0.540
#> GSM311863 3 0.569 2.38e-01 0.004 0.288 0.708
#> GSM311864 3 0.735 1.85e-01 0.432 0.032 0.536
#> GSM311865 1 0.255 7.17e-01 0.932 0.012 0.056
#> GSM311866 1 0.245 7.18e-01 0.936 0.012 0.052
#> GSM311867 1 0.674 6.77e-01 0.708 0.240 0.052
#> GSM311868 1 0.217 7.16e-01 0.944 0.008 0.048
#> GSM311869 3 0.622 2.88e-01 0.024 0.264 0.712
#> GSM311870 3 0.837 3.13e-01 0.136 0.252 0.612
#> GSM311871 1 0.343 7.04e-01 0.884 0.112 0.004
#> GSM311872 3 0.785 2.07e-01 0.412 0.056 0.532
#> GSM311873 3 0.176 4.75e-01 0.004 0.040 0.956
#> GSM311874 3 0.746 2.75e-01 0.400 0.040 0.560
#> GSM311875 3 0.188 5.20e-01 0.044 0.004 0.952
#> GSM311876 3 0.148 5.04e-01 0.020 0.012 0.968
#> GSM311877 3 0.303 5.35e-01 0.092 0.004 0.904
#> GSM311879 3 0.716 4.75e-01 0.188 0.100 0.712
#> GSM311880 1 0.556 6.31e-01 0.700 0.300 0.000
#> GSM311881 3 0.587 1.86e-01 0.004 0.312 0.684
#> GSM311882 3 0.489 3.30e-01 0.000 0.228 0.772
#> GSM311883 3 0.747 4.09e-01 0.320 0.056 0.624
#> GSM311884 1 0.517 7.07e-01 0.828 0.056 0.116
#> GSM311885 1 0.851 5.48e-01 0.604 0.152 0.244
#> GSM311886 3 0.549 3.89e-01 0.024 0.196 0.780
#> GSM311887 1 0.470 6.57e-01 0.812 0.180 0.008
#> GSM311888 3 0.566 2.74e-01 0.008 0.264 0.728
#> GSM311889 1 0.711 6.60e-01 0.680 0.260 0.060
#> GSM311890 1 0.795 6.27e-01 0.632 0.268 0.100
#> GSM311891 1 0.409 7.19e-01 0.880 0.056 0.064
#> GSM311892 3 0.562 2.57e-01 0.004 0.280 0.716
#> GSM311893 1 0.361 6.87e-01 0.880 0.112 0.008
#> GSM311894 3 0.776 -4.71e-02 0.464 0.048 0.488
#> GSM311895 3 0.489 5.24e-01 0.124 0.040 0.836
#> GSM311896 3 0.542 3.47e-01 0.008 0.240 0.752
#> GSM311897 3 0.240 5.29e-01 0.064 0.004 0.932
#> GSM311898 1 0.240 7.07e-01 0.932 0.064 0.004
#> GSM311899 3 0.546 3.44e-01 0.008 0.244 0.748
#> GSM311900 3 0.240 5.29e-01 0.064 0.004 0.932
#> GSM311901 3 0.475 5.14e-01 0.172 0.012 0.816
#> GSM311902 3 0.403 5.32e-01 0.136 0.008 0.856
#> GSM311903 2 0.870 -1.95e-02 0.332 0.544 0.124
#> GSM311904 3 0.747 3.78e-01 0.320 0.056 0.624
#> GSM311905 3 0.491 5.10e-01 0.196 0.008 0.796
#> GSM311906 1 0.715 6.66e-01 0.696 0.228 0.076
#> GSM311907 3 0.695 4.32e-01 0.252 0.056 0.692
#> GSM311908 3 0.338 5.35e-01 0.100 0.008 0.892
#> GSM311909 3 0.350 5.36e-01 0.116 0.004 0.880
#> GSM311910 3 0.210 4.67e-01 0.004 0.052 0.944
#> GSM311911 1 0.460 7.08e-01 0.832 0.152 0.016
#> GSM311912 2 0.690 7.93e-01 0.024 0.612 0.364
#> GSM311913 1 0.471 7.14e-01 0.852 0.056 0.092
#> GSM311914 1 0.682 6.70e-01 0.700 0.248 0.052
#> GSM311915 3 0.628 1.48e-01 0.012 0.324 0.664
#> GSM311916 1 0.752 6.68e-01 0.692 0.180 0.128
#> GSM311917 1 0.760 2.00e-01 0.540 0.044 0.416
#> GSM311918 1 0.527 6.51e-01 0.776 0.212 0.012
#> GSM311919 3 0.734 1.95e-01 0.428 0.032 0.540
#> GSM311920 1 0.956 3.96e-01 0.484 0.260 0.256
#> GSM311921 1 0.737 4.41e-01 0.564 0.400 0.036
#> GSM311922 1 0.579 6.48e-01 0.772 0.192 0.036
#> GSM311923 1 0.517 6.36e-01 0.784 0.204 0.012
#> GSM311831 3 0.228 5.23e-01 0.052 0.008 0.940
#> GSM311878 1 0.757 6.01e-01 0.680 0.108 0.212
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.228 0.5810 0.020 0.932 0.036 0.012
#> GSM311762 1 0.771 0.1318 0.440 0.000 0.316 0.244
#> GSM311763 1 0.778 0.1067 0.428 0.000 0.296 0.276
#> GSM311764 3 0.855 0.2087 0.064 0.180 0.492 0.264
#> GSM311765 3 0.618 0.3668 0.120 0.216 0.664 0.000
#> GSM311766 2 0.490 0.6661 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM311767 1 0.564 0.5355 0.636 0.000 0.324 0.040
#> GSM311768 3 0.532 0.3717 0.140 0.000 0.748 0.112
#> GSM311769 1 0.511 0.5350 0.648 0.004 0.340 0.008
#> GSM311770 3 0.284 0.4965 0.020 0.016 0.908 0.056
#> GSM311771 3 0.390 0.4312 0.164 0.000 0.816 0.020
#> GSM311772 4 0.499 -0.4845 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311773 4 0.134 0.4063 0.008 0.024 0.004 0.964
#> GSM311774 3 0.284 0.4965 0.020 0.016 0.908 0.056
#> GSM311775 3 0.304 0.4934 0.036 0.012 0.900 0.052
#> GSM311776 4 0.699 -0.2770 0.004 0.348 0.112 0.536
#> GSM311777 3 0.601 0.4438 0.104 0.108 0.744 0.044
#> GSM311778 1 0.819 0.2222 0.412 0.172 0.388 0.028
#> GSM311779 4 0.772 0.3121 0.212 0.012 0.256 0.520
#> GSM311780 4 0.283 0.4904 0.056 0.012 0.024 0.908
#> GSM311781 4 0.379 0.5181 0.096 0.008 0.040 0.856
#> GSM311782 4 0.535 0.5327 0.152 0.004 0.092 0.752
#> GSM311783 1 0.732 0.2572 0.440 0.004 0.424 0.132
#> GSM311784 1 0.643 0.4416 0.536 0.000 0.392 0.072
#> GSM311785 1 0.273 0.4927 0.904 0.008 0.076 0.012
#> GSM311786 3 0.404 0.4196 0.176 0.000 0.804 0.020
#> GSM311787 3 0.628 0.3691 0.088 0.264 0.644 0.004
#> GSM311788 4 0.755 0.3132 0.136 0.016 0.336 0.512
#> GSM311789 3 0.563 -0.0730 0.376 0.012 0.600 0.012
#> GSM311790 2 0.473 0.6987 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311791 4 0.498 -0.4762 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311792 1 0.708 0.2716 0.448 0.000 0.428 0.124
#> GSM311793 2 0.626 0.6790 0.000 0.560 0.064 0.376
#> GSM311794 2 0.228 0.5810 0.020 0.932 0.036 0.012
#> GSM311795 1 0.367 0.4575 0.824 0.000 0.164 0.012
#> GSM311796 4 0.835 -0.0158 0.220 0.024 0.376 0.380
#> GSM311797 1 0.506 0.4868 0.624 0.008 0.368 0.000
#> GSM311798 3 0.563 -0.0730 0.376 0.012 0.600 0.012
#> GSM311799 4 0.699 -0.2770 0.004 0.348 0.112 0.536
#> GSM311800 4 0.754 0.0739 0.120 0.016 0.428 0.436
#> GSM311801 3 0.628 0.3691 0.088 0.264 0.644 0.004
#> GSM311802 1 0.560 0.4858 0.568 0.000 0.408 0.024
#> GSM311803 3 0.406 0.4284 0.152 0.032 0.816 0.000
#> GSM311804 4 0.535 0.5327 0.152 0.004 0.092 0.752
#> GSM311805 1 0.372 0.4586 0.820 0.000 0.168 0.012
#> GSM311806 4 0.611 0.4976 0.068 0.052 0.148 0.732
#> GSM311807 4 0.499 -0.4845 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM311808 3 0.795 -0.0895 0.120 0.036 0.432 0.412
#> GSM311809 3 0.640 -0.2230 0.408 0.000 0.524 0.068
#> GSM311810 4 0.330 0.3885 0.016 0.064 0.032 0.888
#> GSM311811 1 0.516 0.4842 0.592 0.000 0.400 0.008
#> GSM311812 1 0.372 0.4586 0.820 0.000 0.168 0.012
#> GSM311813 4 0.772 0.3121 0.212 0.012 0.256 0.520
#> GSM311814 3 0.824 -0.0129 0.212 0.020 0.384 0.384
#> GSM311815 3 0.361 0.4533 0.140 0.000 0.840 0.020
#> GSM311816 4 0.841 -0.0107 0.272 0.020 0.332 0.376
#> GSM311817 3 0.794 0.1643 0.192 0.020 0.500 0.288
#> GSM311818 2 0.813 0.3394 0.012 0.408 0.236 0.344
#> GSM311819 3 0.786 0.1144 0.136 0.028 0.484 0.352
#> GSM311820 3 0.832 0.0377 0.268 0.020 0.424 0.288
#> GSM311821 4 0.841 -0.0107 0.272 0.020 0.332 0.376
#> GSM311822 3 0.668 -0.2415 0.416 0.016 0.516 0.052
#> GSM311823 2 0.471 0.7001 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM311824 4 0.811 0.1217 0.244 0.012 0.316 0.428
#> GSM311825 1 0.524 0.4977 0.600 0.000 0.388 0.012
#> GSM311826 1 0.564 0.5355 0.636 0.000 0.324 0.040
#> GSM311827 3 0.440 0.4754 0.096 0.052 0.832 0.020
#> GSM311828 3 0.628 0.3691 0.088 0.264 0.644 0.004
#> GSM311829 4 0.811 0.1217 0.244 0.012 0.316 0.428
#> GSM311830 4 0.559 -0.5191 0.000 0.460 0.020 0.520
#> GSM311832 4 0.283 0.4904 0.056 0.012 0.024 0.908
#> GSM311833 4 0.626 -0.4301 0.000 0.436 0.056 0.508
#> GSM311834 4 0.499 -0.5460 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM311835 1 0.592 0.4677 0.556 0.000 0.404 0.040
#> GSM311836 4 0.466 0.5312 0.116 0.000 0.088 0.796
#> GSM311837 2 0.225 0.5758 0.020 0.932 0.040 0.008
#> GSM311838 2 0.485 0.6796 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM311839 4 0.417 0.5260 0.132 0.004 0.040 0.824
#> GSM311840 2 0.228 0.5810 0.020 0.932 0.036 0.012
#> GSM311841 1 0.407 0.5560 0.792 0.008 0.196 0.004
#> GSM311842 3 0.457 0.4581 0.136 0.044 0.808 0.012
#> GSM311843 1 0.592 0.4677 0.556 0.000 0.404 0.040
#> GSM311844 4 0.498 -0.4762 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311845 3 0.690 0.3877 0.088 0.232 0.644 0.036
#> GSM311846 4 0.625 -0.4265 0.000 0.432 0.056 0.512
#> GSM311847 1 0.259 0.4970 0.912 0.008 0.068 0.012
#> GSM311848 3 0.618 0.3668 0.120 0.216 0.664 0.000
#> GSM311849 3 0.685 0.3225 0.196 0.168 0.628 0.008
#> GSM311850 1 0.430 0.5582 0.768 0.008 0.220 0.004
#> GSM311851 3 0.497 0.4407 0.008 0.120 0.788 0.084
#> GSM311852 4 0.762 0.3078 0.144 0.016 0.336 0.504
#> GSM311853 1 0.379 0.4659 0.820 0.000 0.164 0.016
#> GSM311854 3 0.783 -0.1233 0.364 0.004 0.416 0.216
#> GSM311855 3 0.785 0.1179 0.136 0.028 0.488 0.348
#> GSM311856 1 0.540 0.4905 0.580 0.000 0.404 0.016
#> GSM311857 1 0.592 0.4677 0.556 0.000 0.404 0.040
#> GSM311858 4 0.498 -0.4762 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311859 4 0.842 -0.0339 0.276 0.020 0.336 0.368
#> GSM311860 4 0.651 0.3651 0.104 0.000 0.296 0.600
#> GSM311861 4 0.674 0.3372 0.120 0.000 0.304 0.576
#> GSM311862 4 0.770 0.3177 0.212 0.012 0.252 0.524
#> GSM311863 2 0.484 0.6807 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311864 4 0.772 0.3121 0.212 0.012 0.256 0.520
#> GSM311865 1 0.599 0.4688 0.556 0.000 0.400 0.044
#> GSM311866 1 0.595 0.4557 0.544 0.000 0.416 0.040
#> GSM311867 3 0.386 0.4466 0.144 0.000 0.828 0.028
#> GSM311868 1 0.590 0.4760 0.564 0.000 0.396 0.040
#> GSM311869 2 0.543 0.6153 0.004 0.544 0.008 0.444
#> GSM311870 2 0.772 0.3308 0.040 0.464 0.092 0.404
#> GSM311871 1 0.510 0.4717 0.612 0.008 0.380 0.000
#> GSM311872 4 0.765 0.3021 0.148 0.016 0.332 0.504
#> GSM311873 4 0.201 0.3301 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM311874 4 0.761 0.3465 0.144 0.020 0.304 0.532
#> GSM311875 4 0.175 0.4459 0.024 0.012 0.012 0.952
#> GSM311876 4 0.134 0.4063 0.008 0.024 0.004 0.964
#> GSM311877 4 0.252 0.4898 0.060 0.004 0.020 0.916
#> GSM311879 4 0.777 0.3213 0.060 0.172 0.168 0.600
#> GSM311880 3 0.410 0.4293 0.148 0.036 0.816 0.000
#> GSM311881 2 0.473 0.6987 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311882 4 0.498 -0.4762 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM311883 4 0.724 0.4250 0.092 0.032 0.292 0.584
#> GSM311884 3 0.689 -0.1371 0.376 0.000 0.512 0.112
#> GSM311885 1 0.771 0.1318 0.440 0.000 0.316 0.244
#> GSM311886 4 0.568 -0.3824 0.028 0.404 0.000 0.568
#> GSM311887 1 0.307 0.5180 0.880 0.008 0.104 0.008
#> GSM311888 2 0.516 0.5788 0.000 0.524 0.004 0.472
#> GSM311889 3 0.318 0.4739 0.096 0.000 0.876 0.028
#> GSM311890 3 0.284 0.4965 0.020 0.016 0.908 0.056
#> GSM311891 3 0.640 -0.2230 0.408 0.000 0.524 0.068
#> GSM311892 2 0.490 0.6661 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM311893 1 0.407 0.5560 0.792 0.008 0.196 0.004
#> GSM311894 4 0.721 0.1330 0.148 0.000 0.360 0.492
#> GSM311895 4 0.580 0.4040 0.048 0.096 0.096 0.760
#> GSM311896 4 0.625 -0.4265 0.000 0.432 0.056 0.512
#> GSM311897 4 0.215 0.4641 0.036 0.008 0.020 0.936
#> GSM311898 1 0.511 0.5350 0.648 0.004 0.340 0.008
#> GSM311899 4 0.626 -0.4301 0.000 0.436 0.056 0.508
#> GSM311900 4 0.215 0.4641 0.036 0.008 0.020 0.936
#> GSM311901 4 0.451 0.5197 0.112 0.008 0.064 0.816
#> GSM311902 4 0.354 0.5125 0.092 0.008 0.032 0.868
#> GSM311903 3 0.667 0.2506 0.064 0.432 0.496 0.008
#> GSM311904 4 0.630 0.4004 0.100 0.000 0.268 0.632
#> GSM311905 4 0.455 0.5286 0.136 0.004 0.056 0.804
#> GSM311906 3 0.377 0.4672 0.104 0.004 0.852 0.040
#> GSM311907 4 0.594 0.4804 0.068 0.008 0.240 0.684
#> GSM311908 4 0.298 0.4943 0.064 0.012 0.024 0.900
#> GSM311909 4 0.296 0.5024 0.084 0.004 0.020 0.892
#> GSM311910 4 0.265 0.2762 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM311911 3 0.532 -0.0431 0.416 0.000 0.572 0.012
#> GSM311912 2 0.228 0.5810 0.020 0.932 0.036 0.012
#> GSM311913 3 0.676 -0.1814 0.400 0.000 0.504 0.096
#> GSM311914 3 0.354 0.4615 0.120 0.000 0.852 0.028
#> GSM311915 2 0.480 0.6972 0.004 0.656 0.000 0.340
#> GSM311916 3 0.532 0.3717 0.140 0.000 0.748 0.112
#> GSM311917 4 0.791 0.0472 0.236 0.004 0.360 0.400
#> GSM311918 1 0.367 0.4575 0.824 0.000 0.164 0.012
#> GSM311919 4 0.770 0.3177 0.212 0.012 0.252 0.524
#> GSM311920 3 0.550 0.4205 0.008 0.120 0.752 0.120
#> GSM311921 3 0.614 0.3617 0.140 0.184 0.676 0.000
#> GSM311922 1 0.695 0.2627 0.480 0.112 0.408 0.000
#> GSM311923 1 0.139 0.4743 0.964 0.008 0.016 0.012
#> GSM311831 4 0.210 0.4516 0.028 0.016 0.016 0.940
#> GSM311878 1 0.719 0.3495 0.612 0.020 0.156 0.212
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 5 0.559 0.0132 0.000 0.436 0.008 0.052 0.504
#> GSM311762 3 0.732 0.0767 0.336 0.012 0.408 0.232 0.012
#> GSM311763 3 0.760 0.0816 0.304 0.024 0.396 0.264 0.012
#> GSM311764 3 0.873 0.3477 0.232 0.256 0.316 0.188 0.008
#> GSM311765 5 0.635 0.4238 0.180 0.016 0.220 0.000 0.584
#> GSM311766 2 0.351 0.7811 0.000 0.832 0.000 0.064 0.104
#> GSM311767 1 0.429 0.5379 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012
#> GSM311768 3 0.677 0.4097 0.384 0.004 0.436 0.168 0.008
#> GSM311769 1 0.309 0.5294 0.880 0.000 0.040 0.048 0.032
#> GSM311770 3 0.571 0.6476 0.324 0.016 0.608 0.036 0.016
#> GSM311771 3 0.512 0.5821 0.440 0.004 0.532 0.008 0.016
#> GSM311772 2 0.112 0.7876 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM311773 4 0.442 0.2610 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM311774 3 0.571 0.6476 0.324 0.016 0.608 0.036 0.016
#> GSM311775 3 0.574 0.6474 0.332 0.016 0.600 0.036 0.016
#> GSM311776 2 0.498 0.6538 0.008 0.728 0.112 0.152 0.000
#> GSM311777 3 0.739 0.5564 0.348 0.116 0.472 0.024 0.040
#> GSM311778 1 0.722 0.2911 0.560 0.008 0.092 0.108 0.232
#> GSM311779 4 0.573 0.5356 0.248 0.000 0.096 0.640 0.016
#> GSM311780 4 0.354 0.5519 0.016 0.176 0.000 0.804 0.004
#> GSM311781 4 0.312 0.6093 0.036 0.100 0.000 0.860 0.004
#> GSM311782 4 0.345 0.6271 0.120 0.040 0.004 0.836 0.000
#> GSM311783 1 0.526 0.3477 0.672 0.000 0.076 0.244 0.008
#> GSM311784 1 0.421 0.4809 0.776 0.000 0.056 0.164 0.004
#> GSM311785 1 0.501 0.3941 0.600 0.000 0.364 0.004 0.032
#> GSM311786 3 0.523 0.5709 0.452 0.004 0.516 0.012 0.016
#> GSM311787 5 0.687 0.4581 0.168 0.056 0.204 0.000 0.572
#> GSM311788 4 0.668 0.5133 0.160 0.028 0.216 0.588 0.008
#> GSM311789 1 0.574 0.0914 0.652 0.004 0.252 0.028 0.064
#> GSM311790 2 0.380 0.7532 0.000 0.808 0.004 0.044 0.144
#> GSM311791 2 0.137 0.7877 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM311792 1 0.523 0.3557 0.680 0.000 0.080 0.232 0.008
#> GSM311793 2 0.480 0.7445 0.000 0.764 0.036 0.064 0.136
#> GSM311794 5 0.559 0.0132 0.000 0.436 0.008 0.052 0.504
#> GSM311795 1 0.508 0.3385 0.512 0.000 0.460 0.008 0.020
#> GSM311796 4 0.694 0.3626 0.340 0.008 0.128 0.496 0.028
#> GSM311797 1 0.397 0.4661 0.812 0.000 0.104 0.008 0.076
#> GSM311798 1 0.574 0.0914 0.652 0.004 0.252 0.028 0.064
#> GSM311799 2 0.498 0.6538 0.008 0.728 0.112 0.152 0.000
#> GSM311800 4 0.789 0.3046 0.244 0.068 0.240 0.440 0.008
#> GSM311801 5 0.687 0.4581 0.168 0.056 0.204 0.000 0.572
#> GSM311802 1 0.354 0.5067 0.844 0.000 0.052 0.092 0.012
#> GSM311803 3 0.683 0.0954 0.240 0.000 0.384 0.004 0.372
#> GSM311804 4 0.345 0.6271 0.120 0.040 0.004 0.836 0.000
#> GSM311805 1 0.508 0.3363 0.508 0.000 0.464 0.008 0.020
#> GSM311806 4 0.607 0.6021 0.036 0.132 0.100 0.700 0.032
#> GSM311807 2 0.112 0.7876 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM311808 4 0.779 0.3488 0.228 0.044 0.228 0.476 0.024
#> GSM311809 1 0.521 0.2589 0.684 0.000 0.184 0.132 0.000
#> GSM311810 4 0.526 0.2021 0.000 0.388 0.036 0.568 0.008
#> GSM311811 1 0.389 0.4874 0.828 0.000 0.100 0.032 0.040
#> GSM311812 1 0.508 0.3363 0.508 0.000 0.464 0.008 0.020
#> GSM311813 4 0.573 0.5356 0.248 0.000 0.096 0.640 0.016
#> GSM311814 4 0.678 0.3603 0.336 0.000 0.132 0.500 0.032
#> GSM311815 3 0.508 0.6098 0.416 0.004 0.556 0.008 0.016
#> GSM311816 4 0.644 0.2913 0.388 0.000 0.100 0.488 0.024
#> GSM311817 4 0.743 0.0662 0.376 0.012 0.212 0.380 0.020
#> GSM311818 2 0.812 0.3887 0.124 0.552 0.100 0.120 0.104
#> GSM311819 4 0.768 0.2022 0.280 0.024 0.252 0.424 0.020
#> GSM311820 1 0.660 -0.1127 0.452 0.000 0.124 0.404 0.020
#> GSM311821 4 0.644 0.2913 0.388 0.000 0.100 0.488 0.024
#> GSM311822 1 0.563 0.3445 0.692 0.000 0.140 0.140 0.028
#> GSM311823 2 0.425 0.7460 0.000 0.776 0.004 0.064 0.156
#> GSM311824 4 0.614 0.4160 0.340 0.000 0.096 0.548 0.016
#> GSM311825 1 0.397 0.5046 0.828 0.000 0.084 0.048 0.040
#> GSM311826 1 0.429 0.5379 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012
#> GSM311827 3 0.711 0.5331 0.320 0.016 0.484 0.016 0.164
#> GSM311828 5 0.687 0.4581 0.168 0.056 0.204 0.000 0.572
#> GSM311829 4 0.614 0.4160 0.340 0.000 0.096 0.548 0.016
#> GSM311830 2 0.481 0.7436 0.000 0.752 0.016 0.144 0.088
#> GSM311832 4 0.354 0.5519 0.016 0.176 0.000 0.804 0.004
#> GSM311833 2 0.279 0.7652 0.000 0.880 0.064 0.056 0.000
#> GSM311834 2 0.414 0.7724 0.000 0.784 0.000 0.132 0.084
#> GSM311835 1 0.331 0.5035 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> GSM311836 4 0.382 0.6247 0.044 0.052 0.048 0.848 0.008
#> GSM311837 5 0.568 0.0233 0.000 0.428 0.012 0.052 0.508
#> GSM311838 2 0.311 0.7747 0.000 0.852 0.000 0.036 0.112
#> GSM311839 4 0.317 0.6279 0.056 0.060 0.004 0.872 0.008
#> GSM311840 5 0.559 0.0132 0.000 0.436 0.008 0.052 0.504
#> GSM311841 1 0.441 0.5016 0.772 0.000 0.168 0.028 0.032
#> GSM311842 3 0.681 0.5170 0.384 0.008 0.460 0.016 0.132
#> GSM311843 1 0.331 0.5035 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> GSM311844 2 0.137 0.7877 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM311845 5 0.777 0.3625 0.184 0.064 0.232 0.020 0.500
#> GSM311846 2 0.273 0.7654 0.000 0.884 0.060 0.056 0.000
#> GSM311847 1 0.518 0.3984 0.608 0.000 0.348 0.012 0.032
#> GSM311848 5 0.635 0.4238 0.180 0.016 0.220 0.000 0.584
#> GSM311849 5 0.679 0.2644 0.252 0.000 0.244 0.012 0.492
#> GSM311850 1 0.417 0.5104 0.796 0.000 0.144 0.028 0.032
#> GSM311851 3 0.758 0.5533 0.264 0.144 0.516 0.044 0.032
#> GSM311852 4 0.677 0.5087 0.168 0.028 0.220 0.576 0.008
#> GSM311853 1 0.516 0.3455 0.520 0.000 0.448 0.012 0.020
#> GSM311854 1 0.572 0.2113 0.588 0.000 0.072 0.328 0.012
#> GSM311855 4 0.769 0.1957 0.280 0.024 0.256 0.420 0.020
#> GSM311856 1 0.316 0.5058 0.872 0.000 0.056 0.056 0.016
#> GSM311857 1 0.331 0.5035 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> GSM311858 2 0.137 0.7877 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM311859 4 0.646 0.2690 0.396 0.000 0.100 0.480 0.024
#> GSM311860 4 0.590 0.5028 0.124 0.020 0.192 0.660 0.004
#> GSM311861 4 0.617 0.4771 0.148 0.020 0.196 0.632 0.004
#> GSM311862 4 0.573 0.5409 0.240 0.000 0.100 0.644 0.016
#> GSM311863 2 0.303 0.7716 0.000 0.856 0.000 0.032 0.112
#> GSM311864 4 0.573 0.5356 0.248 0.000 0.096 0.640 0.016
#> GSM311865 1 0.373 0.5024 0.812 0.000 0.032 0.148 0.008
#> GSM311866 1 0.387 0.4896 0.808 0.000 0.056 0.132 0.004
#> GSM311867 3 0.507 0.6028 0.404 0.004 0.568 0.012 0.012
#> GSM311868 1 0.331 0.5078 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> GSM311869 2 0.534 0.7319 0.008 0.704 0.004 0.164 0.120
#> GSM311870 2 0.736 0.5332 0.044 0.576 0.060 0.224 0.096
#> GSM311871 1 0.417 0.4506 0.796 0.000 0.120 0.008 0.076
#> GSM311872 4 0.675 0.5103 0.172 0.028 0.212 0.580 0.008
#> GSM311873 4 0.465 0.0165 0.000 0.472 0.000 0.516 0.012
#> GSM311874 4 0.674 0.5393 0.164 0.036 0.184 0.604 0.012
#> GSM311875 4 0.396 0.4074 0.000 0.280 0.000 0.712 0.008
#> GSM311876 4 0.442 0.2610 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM311877 4 0.334 0.5612 0.016 0.156 0.000 0.824 0.004
#> GSM311879 4 0.726 0.2704 0.076 0.344 0.116 0.464 0.000
#> GSM311880 3 0.682 0.0737 0.236 0.000 0.384 0.004 0.376
#> GSM311881 2 0.380 0.7532 0.000 0.808 0.004 0.044 0.144
#> GSM311882 2 0.137 0.7877 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM311883 4 0.698 0.5577 0.124 0.084 0.184 0.600 0.008
#> GSM311884 1 0.615 0.1665 0.612 0.004 0.196 0.180 0.008
#> GSM311885 3 0.732 0.0767 0.336 0.012 0.408 0.232 0.012
#> GSM311886 2 0.587 0.6232 0.004 0.600 0.004 0.288 0.104
#> GSM311887 1 0.530 0.4318 0.632 0.000 0.312 0.028 0.028
#> GSM311888 2 0.516 0.7332 0.000 0.704 0.004 0.156 0.136
#> GSM311889 3 0.507 0.6331 0.368 0.004 0.600 0.012 0.016
#> GSM311890 3 0.571 0.6476 0.324 0.016 0.608 0.036 0.016
#> GSM311891 1 0.521 0.2589 0.684 0.000 0.184 0.132 0.000
#> GSM311892 2 0.351 0.7811 0.000 0.832 0.000 0.064 0.104
#> GSM311893 1 0.441 0.5016 0.772 0.000 0.168 0.028 0.032
#> GSM311894 4 0.649 0.3664 0.248 0.008 0.184 0.556 0.004
#> GSM311895 4 0.570 0.4600 0.024 0.240 0.072 0.660 0.004
#> GSM311896 2 0.273 0.7654 0.000 0.884 0.060 0.056 0.000
#> GSM311897 4 0.401 0.5094 0.016 0.212 0.004 0.764 0.004
#> GSM311898 1 0.309 0.5294 0.880 0.000 0.040 0.048 0.032
#> GSM311899 2 0.279 0.7652 0.000 0.880 0.064 0.056 0.000
#> GSM311900 4 0.401 0.5094 0.016 0.212 0.004 0.764 0.004
#> GSM311901 4 0.445 0.6165 0.072 0.116 0.008 0.792 0.012
#> GSM311902 4 0.292 0.6010 0.024 0.104 0.000 0.868 0.004
#> GSM311903 5 0.751 0.2230 0.156 0.020 0.240 0.056 0.528
#> GSM311904 4 0.563 0.5325 0.120 0.020 0.164 0.692 0.004
#> GSM311905 4 0.272 0.6292 0.068 0.048 0.000 0.884 0.000
#> GSM311906 3 0.552 0.6229 0.396 0.012 0.556 0.024 0.012
#> GSM311907 4 0.662 0.5321 0.100 0.104 0.156 0.636 0.004
#> GSM311908 4 0.346 0.5587 0.016 0.168 0.000 0.812 0.004
#> GSM311909 4 0.301 0.5855 0.016 0.116 0.000 0.860 0.008
#> GSM311910 2 0.474 0.1387 0.000 0.508 0.000 0.476 0.016
#> GSM311911 1 0.486 -0.1429 0.552 0.000 0.428 0.008 0.012
#> GSM311912 5 0.559 0.0132 0.000 0.436 0.008 0.052 0.504
#> GSM311913 1 0.583 0.2228 0.652 0.004 0.176 0.160 0.008
#> GSM311914 3 0.505 0.6185 0.396 0.004 0.576 0.012 0.012
#> GSM311915 2 0.443 0.7325 0.000 0.764 0.004 0.076 0.156
#> GSM311916 3 0.677 0.4097 0.384 0.004 0.436 0.168 0.008
#> GSM311917 4 0.640 0.3857 0.344 0.000 0.132 0.512 0.012
#> GSM311918 1 0.508 0.3385 0.512 0.000 0.460 0.008 0.020
#> GSM311919 4 0.573 0.5409 0.240 0.000 0.100 0.644 0.016
#> GSM311920 3 0.786 0.5092 0.264 0.176 0.480 0.048 0.032
#> GSM311921 5 0.605 0.3819 0.180 0.000 0.248 0.000 0.572
#> GSM311922 1 0.576 0.3121 0.672 0.004 0.128 0.016 0.180
#> GSM311923 1 0.549 0.3768 0.592 0.000 0.344 0.012 0.052
#> GSM311831 4 0.404 0.4377 0.008 0.268 0.000 0.720 0.004
#> GSM311878 1 0.723 0.2885 0.472 0.012 0.220 0.280 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.186 0.3130 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311762 6 0.716 0.1725 0.288 0.004 0.064 0.204 0.008 0.432
#> GSM311763 6 0.725 0.1531 0.256 0.004 0.064 0.256 0.008 0.412
#> GSM311764 6 0.905 0.3077 0.208 0.140 0.148 0.160 0.020 0.324
#> GSM311765 5 0.134 0.8819 0.008 0.040 0.000 0.000 0.948 0.004
#> GSM311766 2 0.506 -0.0357 0.000 0.528 0.392 0.080 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.361 0.5424 0.820 0.000 0.028 0.100 0.000 0.052
#> GSM311768 6 0.615 0.2689 0.396 0.000 0.024 0.128 0.004 0.448
#> GSM311769 1 0.418 0.4970 0.812 0.028 0.040 0.032 0.008 0.080
#> GSM311770 6 0.550 0.5246 0.284 0.008 0.060 0.004 0.028 0.616
#> GSM311771 6 0.461 0.4914 0.344 0.004 0.008 0.000 0.028 0.616
#> GSM311772 3 0.428 0.6872 0.000 0.392 0.588 0.016 0.000 0.004
#> GSM311773 4 0.382 0.3721 0.000 0.016 0.296 0.688 0.000 0.000
#> GSM311774 6 0.550 0.5246 0.284 0.008 0.060 0.004 0.028 0.616
#> GSM311775 6 0.536 0.5261 0.288 0.004 0.056 0.004 0.028 0.620
#> GSM311776 3 0.670 0.4624 0.020 0.268 0.528 0.116 0.000 0.068
#> GSM311777 6 0.709 0.4476 0.300 0.104 0.068 0.004 0.036 0.488
#> GSM311778 1 0.794 0.2651 0.516 0.180 0.112 0.068 0.064 0.060
#> GSM311779 4 0.519 0.5265 0.280 0.000 0.072 0.624 0.000 0.024
#> GSM311780 4 0.210 0.6010 0.004 0.004 0.100 0.892 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.164 0.6382 0.024 0.004 0.036 0.936 0.000 0.000
#> GSM311782 4 0.240 0.6348 0.116 0.004 0.008 0.872 0.000 0.000
#> GSM311783 1 0.469 0.4248 0.716 0.008 0.032 0.204 0.000 0.040
#> GSM311784 1 0.390 0.5249 0.792 0.000 0.032 0.132 0.000 0.044
#> GSM311785 1 0.633 0.1286 0.472 0.040 0.112 0.000 0.008 0.368
#> GSM311786 6 0.473 0.4882 0.348 0.008 0.008 0.000 0.028 0.608
#> GSM311787 5 0.226 0.8754 0.008 0.084 0.008 0.000 0.896 0.004
#> GSM311788 4 0.635 0.5462 0.168 0.008 0.064 0.596 0.004 0.160
#> GSM311789 1 0.598 0.1657 0.600 0.012 0.056 0.016 0.040 0.276
#> GSM311790 2 0.454 0.1414 0.000 0.612 0.340 0.048 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.414 0.6870 0.000 0.388 0.596 0.016 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.452 0.4329 0.724 0.000 0.036 0.196 0.000 0.044
#> GSM311793 2 0.592 0.0706 0.000 0.540 0.324 0.080 0.056 0.000
#> GSM311794 2 0.186 0.3130 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311795 6 0.600 -0.0503 0.404 0.024 0.096 0.000 0.008 0.468
#> GSM311796 4 0.644 0.3406 0.384 0.012 0.080 0.468 0.004 0.052
#> GSM311797 1 0.553 0.3782 0.696 0.048 0.084 0.000 0.032 0.140
#> GSM311798 1 0.598 0.1657 0.600 0.012 0.056 0.016 0.040 0.276
#> GSM311799 3 0.670 0.4624 0.020 0.268 0.528 0.116 0.000 0.068
#> GSM311800 4 0.731 0.3523 0.248 0.012 0.096 0.440 0.000 0.204
#> GSM311801 5 0.226 0.8754 0.008 0.084 0.008 0.000 0.896 0.004
#> GSM311802 1 0.369 0.5281 0.828 0.000 0.016 0.072 0.016 0.068
#> GSM311803 5 0.432 0.6890 0.052 0.004 0.016 0.000 0.744 0.184
#> GSM311804 4 0.240 0.6348 0.116 0.004 0.008 0.872 0.000 0.000
#> GSM311805 6 0.599 -0.0465 0.400 0.024 0.096 0.000 0.008 0.472
#> GSM311806 4 0.524 0.6210 0.056 0.048 0.148 0.720 0.004 0.024
#> GSM311807 3 0.428 0.6872 0.000 0.392 0.588 0.016 0.000 0.004
#> GSM311808 4 0.750 0.4193 0.252 0.024 0.092 0.464 0.008 0.160
#> GSM311809 1 0.491 0.3236 0.688 0.000 0.020 0.096 0.000 0.196
#> GSM311810 4 0.483 0.2858 0.000 0.040 0.368 0.580 0.000 0.012
#> GSM311811 1 0.520 0.4521 0.736 0.024 0.048 0.028 0.028 0.136
#> GSM311812 6 0.599 -0.0465 0.400 0.024 0.096 0.000 0.008 0.472
#> GSM311813 4 0.519 0.5265 0.280 0.000 0.072 0.624 0.000 0.024
#> GSM311814 4 0.639 0.3376 0.380 0.004 0.084 0.472 0.008 0.052
#> GSM311815 6 0.447 0.5095 0.332 0.004 0.004 0.000 0.028 0.632
#> GSM311816 4 0.599 0.2827 0.420 0.008 0.080 0.464 0.004 0.024
#> GSM311817 1 0.713 -0.1416 0.408 0.012 0.080 0.344 0.000 0.156
#> GSM311818 3 0.864 0.1165 0.128 0.316 0.340 0.108 0.048 0.060
#> GSM311819 4 0.759 0.3033 0.304 0.020 0.088 0.392 0.004 0.192
#> GSM311820 1 0.628 -0.0719 0.492 0.008 0.080 0.368 0.004 0.048
#> GSM311821 4 0.599 0.2827 0.420 0.008 0.080 0.464 0.004 0.024
#> GSM311822 1 0.504 0.4456 0.740 0.004 0.084 0.104 0.012 0.056
#> GSM311823 2 0.483 0.1792 0.000 0.608 0.324 0.064 0.004 0.000
#> GSM311824 4 0.550 0.3934 0.380 0.000 0.072 0.524 0.000 0.024
#> GSM311825 1 0.496 0.4809 0.760 0.020 0.044 0.036 0.028 0.112
#> GSM311826 1 0.361 0.5424 0.820 0.000 0.028 0.100 0.000 0.052
#> GSM311827 6 0.807 0.3417 0.240 0.048 0.140 0.000 0.188 0.384
#> GSM311828 5 0.226 0.8754 0.008 0.084 0.008 0.000 0.896 0.004
#> GSM311829 4 0.550 0.3934 0.380 0.000 0.072 0.524 0.000 0.024
#> GSM311830 2 0.601 -0.0878 0.000 0.420 0.408 0.160 0.000 0.012
#> GSM311832 4 0.210 0.6010 0.004 0.004 0.100 0.892 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.506 0.6996 0.004 0.340 0.596 0.024 0.000 0.036
#> GSM311834 2 0.570 -0.1746 0.000 0.424 0.416 0.160 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.236 0.5373 0.880 0.000 0.012 0.104 0.000 0.004
#> GSM311836 4 0.255 0.6373 0.036 0.000 0.024 0.892 0.000 0.048
#> GSM311837 2 0.205 0.3086 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108 0.000
#> GSM311838 2 0.476 -0.0900 0.000 0.540 0.408 0.052 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.168 0.6411 0.052 0.000 0.020 0.928 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.186 0.3130 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311841 1 0.547 0.3767 0.672 0.044 0.072 0.016 0.000 0.196
#> GSM311842 6 0.742 0.3480 0.324 0.048 0.144 0.000 0.064 0.420
#> GSM311843 1 0.236 0.5373 0.880 0.000 0.012 0.104 0.000 0.004
#> GSM311844 3 0.422 0.6846 0.000 0.388 0.592 0.020 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.395 0.8409 0.024 0.072 0.040 0.020 0.828 0.016
#> GSM311846 3 0.505 0.7026 0.004 0.336 0.600 0.024 0.000 0.036
#> GSM311847 1 0.649 0.1430 0.480 0.044 0.112 0.004 0.008 0.352
#> GSM311848 5 0.134 0.8819 0.008 0.040 0.000 0.000 0.948 0.004
#> GSM311849 5 0.254 0.8219 0.092 0.000 0.004 0.004 0.880 0.020
#> GSM311850 1 0.527 0.3977 0.696 0.044 0.068 0.016 0.000 0.176
#> GSM311851 6 0.747 0.4539 0.244 0.112 0.104 0.016 0.028 0.496
#> GSM311852 4 0.641 0.5415 0.168 0.008 0.064 0.588 0.004 0.168
#> GSM311853 6 0.591 -0.0621 0.412 0.024 0.096 0.000 0.004 0.464
#> GSM311854 1 0.487 0.2710 0.640 0.000 0.044 0.292 0.000 0.024
#> GSM311855 4 0.761 0.2999 0.304 0.020 0.088 0.388 0.004 0.196
#> GSM311856 1 0.418 0.5062 0.812 0.020 0.024 0.044 0.016 0.084
#> GSM311857 1 0.236 0.5373 0.880 0.000 0.012 0.104 0.000 0.004
#> GSM311858 3 0.422 0.6846 0.000 0.388 0.592 0.020 0.000 0.000
#> GSM311859 4 0.599 0.2605 0.428 0.008 0.080 0.456 0.004 0.024
#> GSM311860 4 0.517 0.5036 0.116 0.000 0.016 0.652 0.000 0.216
#> GSM311861 4 0.541 0.4750 0.140 0.000 0.016 0.624 0.000 0.220
#> GSM311862 4 0.529 0.5323 0.272 0.000 0.072 0.628 0.004 0.024
#> GSM311863 2 0.469 -0.0389 0.000 0.552 0.400 0.048 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.519 0.5265 0.280 0.000 0.072 0.624 0.000 0.024
#> GSM311865 1 0.293 0.5372 0.852 0.000 0.032 0.108 0.000 0.008
#> GSM311866 1 0.356 0.5330 0.824 0.000 0.032 0.100 0.000 0.044
#> GSM311867 6 0.490 0.5035 0.352 0.000 0.032 0.000 0.024 0.592
#> GSM311868 1 0.231 0.5387 0.880 0.000 0.016 0.104 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.583 0.1257 0.008 0.516 0.304 0.172 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.750 0.0393 0.040 0.440 0.228 0.236 0.004 0.052
#> GSM311871 1 0.572 0.3611 0.676 0.048 0.088 0.000 0.032 0.156
#> GSM311872 4 0.638 0.5430 0.176 0.008 0.064 0.592 0.004 0.156
#> GSM311873 4 0.497 0.1605 0.000 0.076 0.368 0.556 0.000 0.000
#> GSM311874 4 0.620 0.5710 0.164 0.008 0.064 0.624 0.008 0.132
#> GSM311875 4 0.319 0.4921 0.000 0.008 0.220 0.772 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.382 0.3721 0.000 0.016 0.296 0.688 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.176 0.6083 0.000 0.008 0.076 0.916 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.750 0.3330 0.064 0.136 0.188 0.516 0.004 0.092
#> GSM311880 5 0.416 0.7048 0.044 0.004 0.016 0.000 0.756 0.180
#> GSM311881 2 0.455 0.1333 0.000 0.608 0.344 0.048 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.422 0.6846 0.000 0.388 0.592 0.020 0.000 0.000
#> GSM311883 4 0.634 0.5897 0.132 0.028 0.084 0.636 0.004 0.116
#> GSM311884 1 0.556 0.2427 0.624 0.000 0.028 0.140 0.000 0.208
#> GSM311885 6 0.716 0.1725 0.288 0.004 0.064 0.204 0.008 0.432
#> GSM311886 2 0.640 0.0056 0.000 0.368 0.316 0.304 0.000 0.012
#> GSM311887 1 0.653 0.2007 0.516 0.040 0.100 0.016 0.008 0.320
#> GSM311888 2 0.561 0.1139 0.000 0.504 0.336 0.160 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.476 0.5226 0.312 0.000 0.028 0.000 0.028 0.632
#> GSM311890 6 0.550 0.5246 0.284 0.008 0.060 0.004 0.028 0.616
#> GSM311891 1 0.491 0.3236 0.688 0.000 0.020 0.096 0.000 0.196
#> GSM311892 2 0.506 -0.0357 0.000 0.528 0.392 0.080 0.000 0.000
#> GSM311893 1 0.547 0.3767 0.672 0.044 0.072 0.016 0.000 0.196
#> GSM311894 4 0.578 0.3964 0.236 0.000 0.008 0.548 0.000 0.208
#> GSM311895 4 0.526 0.5309 0.024 0.076 0.128 0.724 0.004 0.044
#> GSM311896 3 0.505 0.7026 0.004 0.336 0.600 0.024 0.000 0.036
#> GSM311897 4 0.266 0.5746 0.004 0.008 0.140 0.848 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.418 0.4970 0.812 0.028 0.040 0.032 0.008 0.080
#> GSM311899 3 0.506 0.6996 0.004 0.340 0.596 0.024 0.000 0.036
#> GSM311900 4 0.266 0.5746 0.004 0.008 0.140 0.848 0.000 0.000
#> GSM311901 4 0.325 0.6416 0.060 0.016 0.056 0.856 0.000 0.012
#> GSM311902 4 0.137 0.6336 0.012 0.004 0.036 0.948 0.000 0.000
#> GSM311903 2 0.859 -0.3179 0.116 0.356 0.212 0.004 0.192 0.120
#> GSM311904 4 0.481 0.5408 0.108 0.000 0.012 0.692 0.000 0.188
#> GSM311905 4 0.162 0.6411 0.064 0.004 0.004 0.928 0.000 0.000
#> GSM311906 6 0.502 0.5142 0.352 0.000 0.040 0.000 0.024 0.584
#> GSM311907 4 0.578 0.5311 0.088 0.000 0.124 0.644 0.000 0.144
#> GSM311908 4 0.200 0.6059 0.004 0.004 0.092 0.900 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.148 0.6256 0.004 0.008 0.048 0.940 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.522 -0.0455 0.000 0.096 0.396 0.508 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.510 0.2178 0.460 0.008 0.020 0.000 0.024 0.488
#> GSM311912 2 0.186 0.3130 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311913 1 0.505 0.2848 0.672 0.000 0.016 0.120 0.000 0.192
#> GSM311914 6 0.479 0.5133 0.340 0.000 0.028 0.000 0.024 0.608
#> GSM311915 2 0.470 0.1813 0.000 0.624 0.316 0.056 0.004 0.000
#> GSM311916 6 0.615 0.2689 0.396 0.000 0.024 0.128 0.004 0.448
#> GSM311917 4 0.597 0.3573 0.384 0.000 0.060 0.488 0.000 0.068
#> GSM311918 6 0.600 -0.0503 0.404 0.024 0.096 0.000 0.008 0.468
#> GSM311919 4 0.529 0.5323 0.272 0.000 0.072 0.628 0.004 0.024
#> GSM311920 6 0.780 0.4308 0.244 0.116 0.132 0.020 0.028 0.460
#> GSM311921 5 0.052 0.8726 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM311922 1 0.668 0.2973 0.604 0.052 0.084 0.000 0.120 0.140
#> GSM311923 1 0.654 0.1406 0.464 0.048 0.128 0.000 0.008 0.352
#> GSM311831 4 0.304 0.5131 0.000 0.008 0.200 0.792 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.731 0.2321 0.464 0.016 0.068 0.248 0.008 0.196
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:hclust 134 1.000 2
#> MAD:hclust 87 0.606 3
#> MAD:hclust 33 NA 4
#> MAD:hclust 87 NA 5
#> MAD:hclust 71 0.860 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.748 0.853 0.941 0.4913 0.507 0.507
#> 3 3 0.472 0.639 0.747 0.3249 0.703 0.477
#> 4 4 0.591 0.561 0.773 0.1264 0.789 0.469
#> 5 5 0.628 0.468 0.666 0.0685 0.865 0.557
#> 6 6 0.664 0.502 0.682 0.0455 0.835 0.411
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311762 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311763 1 0.9983 0.1051 0.524 0.476
#> GSM311764 2 0.0376 0.9353 0.004 0.996
#> GSM311765 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311766 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311767 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311769 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.6247 0.7881 0.156 0.844
#> GSM311771 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311772 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311774 2 0.5408 0.8267 0.124 0.876
#> GSM311775 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311776 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311778 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311780 2 0.6438 0.7880 0.164 0.836
#> GSM311781 1 0.8081 0.6534 0.752 0.248
#> GSM311782 1 0.9087 0.5222 0.676 0.324
#> GSM311783 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311787 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311788 2 0.9522 0.4000 0.372 0.628
#> GSM311789 1 0.9996 0.0463 0.512 0.488
#> GSM311790 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311791 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311795 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311796 2 0.9608 0.3710 0.384 0.616
#> GSM311797 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.8555 0.6013 0.720 0.280
#> GSM311801 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311802 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311804 1 0.9087 0.5222 0.676 0.324
#> GSM311805 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311806 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311807 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.9996 0.0598 0.512 0.488
#> GSM311809 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311813 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.6887 0.7421 0.816 0.184
#> GSM311815 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311816 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311824 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.2603 0.9048 0.044 0.956
#> GSM311828 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311829 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311832 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311833 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311835 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311838 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311839 1 0.9460 0.4368 0.636 0.364
#> GSM311840 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311841 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311843 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311846 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311849 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.4690 0.8525 0.100 0.900
#> GSM311852 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311854 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311861 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.9580 0.3984 0.620 0.380
#> GSM311863 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311864 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311868 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311870 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311871 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311874 1 0.9522 0.4182 0.628 0.372
#> GSM311875 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.6438 0.7880 0.164 0.836
#> GSM311877 2 1.0000 -0.0201 0.496 0.504
#> GSM311879 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311882 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311884 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.9491 0.3958 0.632 0.368
#> GSM311886 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311887 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311889 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311890 2 0.6343 0.7830 0.160 0.840
#> GSM311891 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311893 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.9393 0.4408 0.356 0.644
#> GSM311902 2 0.9944 0.1386 0.456 0.544
#> GSM311903 2 0.8861 0.5651 0.304 0.696
#> GSM311904 1 0.9460 0.4368 0.636 0.364
#> GSM311905 1 0.9732 0.3364 0.596 0.404
#> GSM311906 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311907 2 0.6438 0.7846 0.164 0.836
#> GSM311908 2 0.6438 0.7880 0.164 0.836
#> GSM311909 2 0.6438 0.7880 0.164 0.836
#> GSM311910 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311912 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311913 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311915 2 0.0376 0.9375 0.004 0.996
#> GSM311916 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311917 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0376 0.9304 0.996 0.004
#> GSM311919 1 0.9993 0.0753 0.516 0.484
#> GSM311920 2 0.0000 0.9368 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0376 0.9295 0.996 0.004
#> GSM311922 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.0672 0.9353 0.008 0.992
#> GSM311878 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.1267 0.75853 0.024 0.004 0.972
#> GSM311763 1 0.3530 0.66830 0.900 0.068 0.032
#> GSM311764 2 0.9663 0.53016 0.280 0.464 0.256
#> GSM311765 2 0.1289 0.80348 0.032 0.968 0.000
#> GSM311766 2 0.0237 0.81205 0.004 0.996 0.000
#> GSM311767 3 0.5291 0.77503 0.268 0.000 0.732
#> GSM311768 3 0.0000 0.76791 0.000 0.000 1.000
#> GSM311769 3 0.5216 0.78301 0.260 0.000 0.740
#> GSM311770 2 0.9241 0.49736 0.156 0.456 0.388
#> GSM311771 3 0.0747 0.76049 0.000 0.016 0.984
#> GSM311772 2 0.5623 0.67297 0.280 0.716 0.004
#> GSM311773 1 0.5497 0.39336 0.708 0.292 0.000
#> GSM311774 2 0.9260 0.51046 0.160 0.464 0.376
#> GSM311775 3 0.1774 0.74335 0.024 0.016 0.960
#> GSM311776 2 0.8543 0.63053 0.292 0.580 0.128
#> GSM311777 3 0.0747 0.76049 0.000 0.016 0.984
#> GSM311778 3 0.5431 0.75520 0.284 0.000 0.716
#> GSM311779 1 0.3816 0.63846 0.852 0.000 0.148
#> GSM311780 1 0.4504 0.54509 0.804 0.196 0.000
#> GSM311781 1 0.1643 0.68444 0.956 0.000 0.044
#> GSM311782 1 0.4413 0.65513 0.852 0.024 0.124
#> GSM311783 1 0.6192 0.11541 0.580 0.000 0.420
#> GSM311784 1 0.4291 0.61234 0.820 0.000 0.180
#> GSM311785 3 0.4062 0.79631 0.164 0.000 0.836
#> GSM311786 3 0.0747 0.76049 0.000 0.016 0.984
#> GSM311787 2 0.1289 0.80348 0.032 0.968 0.000
#> GSM311788 1 0.3213 0.65190 0.900 0.092 0.008
#> GSM311789 2 0.8973 0.28035 0.136 0.500 0.364
#> GSM311790 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311791 2 0.3941 0.77607 0.156 0.844 0.000
#> GSM311792 1 0.6305 -0.16792 0.516 0.000 0.484
#> GSM311793 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0237 0.76977 0.004 0.000 0.996
#> GSM311796 1 0.2176 0.69091 0.948 0.020 0.032
#> GSM311797 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311798 3 0.4539 0.79380 0.148 0.016 0.836
#> GSM311799 2 0.8468 0.61723 0.308 0.576 0.116
#> GSM311800 1 0.6027 0.48073 0.712 0.016 0.272
#> GSM311801 2 0.1289 0.80348 0.032 0.968 0.000
#> GSM311802 3 0.5216 0.78301 0.260 0.000 0.740
#> GSM311803 3 0.1774 0.74934 0.024 0.016 0.960
#> GSM311804 1 0.2269 0.68912 0.944 0.016 0.040
#> GSM311805 3 0.0237 0.76977 0.004 0.000 0.996
#> GSM311806 1 0.5216 0.45050 0.740 0.260 0.000
#> GSM311807 2 0.4453 0.77766 0.152 0.836 0.012
#> GSM311808 1 0.3234 0.67345 0.908 0.072 0.020
#> GSM311809 3 0.5363 0.76578 0.276 0.000 0.724
#> GSM311810 2 0.6521 0.27511 0.492 0.504 0.004
#> GSM311811 3 0.4504 0.79483 0.196 0.000 0.804
#> GSM311812 3 0.0237 0.76977 0.004 0.000 0.996
#> GSM311813 1 0.3879 0.63569 0.848 0.000 0.152
#> GSM311814 1 0.4351 0.62316 0.828 0.004 0.168
#> GSM311815 3 0.0747 0.76049 0.000 0.016 0.984
#> GSM311816 1 0.4235 0.61543 0.824 0.000 0.176
#> GSM311817 1 0.4452 0.59908 0.808 0.000 0.192
#> GSM311818 2 0.3983 0.77774 0.144 0.852 0.004
#> GSM311819 3 0.6941 0.27200 0.464 0.016 0.520
#> GSM311820 1 0.6225 0.07232 0.568 0.000 0.432
#> GSM311821 1 0.6260 0.00508 0.552 0.000 0.448
#> GSM311822 3 0.5254 0.77956 0.264 0.000 0.736
#> GSM311823 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311824 1 0.4291 0.61234 0.820 0.000 0.180
#> GSM311825 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311826 3 0.5216 0.78301 0.260 0.000 0.740
#> GSM311827 2 0.6526 0.65016 0.036 0.704 0.260
#> GSM311828 2 0.1289 0.80348 0.032 0.968 0.000
#> GSM311829 1 0.6215 0.08905 0.572 0.000 0.428
#> GSM311830 2 0.2165 0.80726 0.064 0.936 0.000
#> GSM311832 1 0.5480 0.43175 0.732 0.264 0.004
#> GSM311833 2 0.9693 0.51801 0.292 0.456 0.252
#> GSM311834 2 0.2796 0.79863 0.092 0.908 0.000
#> GSM311835 1 0.6204 0.10149 0.576 0.000 0.424
#> GSM311836 1 0.3879 0.63569 0.848 0.000 0.152
#> GSM311837 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311839 1 0.1620 0.69123 0.964 0.012 0.024
#> GSM311840 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311842 3 0.0747 0.76049 0.000 0.016 0.984
#> GSM311843 3 0.5291 0.77503 0.268 0.000 0.732
#> GSM311844 2 0.3551 0.78686 0.132 0.868 0.000
#> GSM311845 2 0.1289 0.80348 0.032 0.968 0.000
#> GSM311846 2 0.7126 0.73764 0.164 0.720 0.116
#> GSM311847 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311848 2 0.1877 0.80050 0.032 0.956 0.012
#> GSM311849 3 0.5497 0.76731 0.292 0.000 0.708
#> GSM311850 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311851 2 0.9065 0.58280 0.160 0.524 0.316
#> GSM311852 1 0.5882 0.31638 0.652 0.000 0.348
#> GSM311853 3 0.0661 0.76704 0.004 0.008 0.988
#> GSM311854 1 0.6267 -0.00529 0.548 0.000 0.452
#> GSM311855 3 0.4139 0.78142 0.124 0.016 0.860
#> GSM311856 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311857 1 0.6215 0.08775 0.572 0.000 0.428
#> GSM311858 2 0.3941 0.77607 0.156 0.844 0.000
#> GSM311859 1 0.4399 0.60448 0.812 0.000 0.188
#> GSM311860 1 0.4887 0.63289 0.772 0.000 0.228
#> GSM311861 1 0.5926 0.30540 0.644 0.000 0.356
#> GSM311862 1 0.1999 0.68966 0.952 0.012 0.036
#> GSM311863 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311864 1 0.4291 0.61234 0.820 0.000 0.180
#> GSM311865 3 0.5254 0.77956 0.264 0.000 0.736
#> GSM311866 3 0.5254 0.77956 0.264 0.000 0.736
#> GSM311867 3 0.1774 0.74335 0.024 0.016 0.960
#> GSM311868 3 0.5254 0.77956 0.264 0.000 0.736
#> GSM311869 2 0.1031 0.80988 0.024 0.976 0.000
#> GSM311870 2 0.0892 0.81003 0.020 0.980 0.000
#> GSM311871 3 0.4235 0.79598 0.176 0.000 0.824
#> GSM311872 1 0.4235 0.61543 0.824 0.000 0.176
#> GSM311873 2 0.6045 0.52358 0.380 0.620 0.000
#> GSM311874 1 0.3237 0.68321 0.912 0.056 0.032
#> GSM311875 1 0.5553 0.41689 0.724 0.272 0.004
#> GSM311876 1 0.4504 0.54509 0.804 0.196 0.000
#> GSM311877 1 0.2955 0.66094 0.912 0.080 0.008
#> GSM311879 1 0.5553 0.41689 0.724 0.272 0.004
#> GSM311880 3 0.5635 0.77750 0.180 0.036 0.784
#> GSM311881 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311882 2 0.3941 0.77607 0.156 0.844 0.000
#> GSM311883 1 0.5656 0.41689 0.712 0.284 0.004
#> GSM311884 3 0.5254 0.77956 0.264 0.000 0.736
#> GSM311885 3 0.6337 0.35450 0.028 0.264 0.708
#> GSM311886 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311887 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311888 2 0.1163 0.80924 0.028 0.972 0.000
#> GSM311889 3 0.0424 0.76470 0.000 0.008 0.992
#> GSM311890 2 0.9241 0.49736 0.156 0.456 0.388
#> GSM311891 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311892 2 0.3340 0.78960 0.120 0.880 0.000
#> GSM311893 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311894 1 0.6111 0.19313 0.604 0.000 0.396
#> GSM311895 1 0.5815 0.34933 0.692 0.304 0.004
#> GSM311896 2 0.8890 0.59757 0.308 0.544 0.148
#> GSM311897 1 0.5623 0.40179 0.716 0.280 0.004
#> GSM311898 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311899 2 0.9601 0.54382 0.272 0.476 0.252
#> GSM311900 1 0.6432 -0.04516 0.568 0.428 0.004
#> GSM311901 1 0.5643 0.61459 0.760 0.220 0.020
#> GSM311902 1 0.3682 0.63530 0.876 0.116 0.008
#> GSM311903 2 0.6783 0.62821 0.116 0.744 0.140
#> GSM311904 1 0.1877 0.69022 0.956 0.012 0.032
#> GSM311905 1 0.2187 0.69309 0.948 0.028 0.024
#> GSM311906 3 0.1905 0.73933 0.028 0.016 0.956
#> GSM311907 1 0.6761 0.42772 0.700 0.048 0.252
#> GSM311908 1 0.4555 0.54452 0.800 0.200 0.000
#> GSM311909 1 0.4504 0.54509 0.804 0.196 0.000
#> GSM311910 2 0.5859 0.59125 0.344 0.656 0.000
#> GSM311911 3 0.0000 0.76791 0.000 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.81186 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 3 0.5216 0.78301 0.260 0.000 0.740
#> GSM311914 3 0.1491 0.74848 0.016 0.016 0.968
#> GSM311915 2 0.0747 0.81148 0.016 0.984 0.000
#> GSM311916 3 0.0747 0.76114 0.016 0.000 0.984
#> GSM311917 1 0.6286 -0.05695 0.536 0.000 0.464
#> GSM311918 3 0.0592 0.77219 0.012 0.000 0.988
#> GSM311919 1 0.1774 0.69189 0.960 0.016 0.024
#> GSM311920 2 0.8379 0.67315 0.168 0.624 0.208
#> GSM311921 3 0.7276 0.62342 0.104 0.192 0.704
#> GSM311922 3 0.4602 0.79409 0.152 0.016 0.832
#> GSM311923 3 0.5178 0.78596 0.256 0.000 0.744
#> GSM311831 1 0.4654 0.52851 0.792 0.208 0.000
#> GSM311878 1 0.5810 0.35097 0.664 0.000 0.336
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.4972 0.4758 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM311763 4 0.0895 0.7213 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM311764 3 0.4155 0.5003 0.000 0.072 0.828 0.100
#> GSM311765 2 0.2761 0.8302 0.012 0.908 0.064 0.016
#> GSM311766 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.2216 0.7268 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311768 3 0.4925 0.5035 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM311769 1 0.1022 0.7248 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311770 3 0.2884 0.5568 0.028 0.068 0.900 0.004
#> GSM311771 3 0.4989 0.4582 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM311772 4 0.7608 0.0429 0.000 0.204 0.364 0.432
#> GSM311773 4 0.2844 0.6749 0.000 0.048 0.052 0.900
#> GSM311774 3 0.2856 0.5537 0.024 0.072 0.900 0.004
#> GSM311775 3 0.2589 0.6160 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM311776 3 0.6448 0.2749 0.000 0.092 0.592 0.316
#> GSM311777 3 0.4713 0.5616 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM311778 1 0.2466 0.7239 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM311779 4 0.4382 0.5508 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM311780 4 0.0657 0.7208 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM311781 4 0.2760 0.6981 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM311782 4 0.3726 0.6438 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311783 1 0.4817 0.3197 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM311784 4 0.4877 0.3448 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM311785 1 0.2611 0.6293 0.896 0.000 0.096 0.008
#> GSM311786 3 0.4989 0.4582 0.472 0.000 0.528 0.000
#> GSM311787 2 0.2631 0.8325 0.008 0.912 0.064 0.016
#> GSM311788 4 0.0336 0.7206 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311789 3 0.8881 0.3163 0.360 0.100 0.408 0.132
#> GSM311790 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.7386 0.3682 0.000 0.496 0.320 0.184
#> GSM311792 1 0.4564 0.4498 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM311793 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.4996 0.4398 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM311796 4 0.3751 0.6592 0.196 0.000 0.004 0.800
#> GSM311797 1 0.1584 0.7024 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM311798 1 0.4088 0.3644 0.764 0.000 0.232 0.004
#> GSM311799 3 0.6543 0.1724 0.000 0.084 0.544 0.372
#> GSM311800 3 0.5999 0.0955 0.044 0.000 0.552 0.404
#> GSM311801 2 0.2631 0.8325 0.008 0.912 0.064 0.016
#> GSM311802 1 0.1118 0.7251 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311803 3 0.5288 0.4392 0.472 0.000 0.520 0.008
#> GSM311804 4 0.3311 0.6679 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311805 3 0.4994 0.4455 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM311806 4 0.0921 0.7181 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311807 3 0.7397 -0.2301 0.000 0.408 0.428 0.164
#> GSM311808 4 0.2530 0.7080 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311809 1 0.2081 0.7282 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM311810 4 0.5972 0.3529 0.000 0.064 0.304 0.632
#> GSM311811 1 0.1174 0.7110 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311812 3 0.4994 0.4455 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM311813 4 0.4431 0.5394 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM311814 4 0.4843 0.3715 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311815 3 0.4804 0.5411 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM311816 4 0.4679 0.4619 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311817 4 0.4905 0.4365 0.364 0.000 0.004 0.632
#> GSM311818 2 0.6946 0.3603 0.000 0.504 0.380 0.116
#> GSM311819 1 0.6878 0.4044 0.556 0.000 0.128 0.316
#> GSM311820 1 0.4817 0.3197 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM311821 1 0.4761 0.3555 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM311822 1 0.1557 0.7285 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311823 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.4866 0.3553 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311825 1 0.1452 0.7045 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM311826 1 0.1302 0.7267 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311827 2 0.5670 0.4136 0.008 0.584 0.392 0.016
#> GSM311828 2 0.2631 0.8325 0.008 0.912 0.064 0.016
#> GSM311829 1 0.4830 0.3090 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM311830 2 0.2565 0.8408 0.000 0.912 0.056 0.032
#> GSM311832 4 0.2313 0.6921 0.000 0.032 0.044 0.924
#> GSM311833 3 0.5184 0.4321 0.000 0.060 0.736 0.204
#> GSM311834 2 0.4152 0.7190 0.000 0.808 0.032 0.160
#> GSM311835 1 0.4830 0.3090 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM311836 4 0.3942 0.6205 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM311837 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.1118 0.7201 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311840 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.1452 0.7045 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM311842 3 0.4817 0.5378 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM311843 1 0.2216 0.7268 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM311844 2 0.6921 0.4756 0.000 0.580 0.260 0.160
#> GSM311845 2 0.2781 0.8318 0.008 0.904 0.072 0.016
#> GSM311846 3 0.7121 0.0640 0.000 0.292 0.544 0.164
#> GSM311847 1 0.1584 0.7064 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM311848 2 0.2882 0.8274 0.016 0.904 0.064 0.016
#> GSM311849 1 0.3525 0.6739 0.860 0.000 0.100 0.040
#> GSM311850 1 0.1452 0.7045 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM311851 3 0.2856 0.5537 0.024 0.072 0.900 0.004
#> GSM311852 4 0.4992 0.1194 0.476 0.000 0.000 0.524
#> GSM311853 3 0.4994 0.4470 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM311854 1 0.4804 0.3294 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM311855 1 0.6009 -0.2492 0.492 0.000 0.468 0.040
#> GSM311856 1 0.1151 0.7105 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM311857 1 0.4830 0.3090 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM311858 2 0.7345 0.3861 0.000 0.508 0.308 0.184
#> GSM311859 4 0.4994 0.1326 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM311860 4 0.4624 0.6653 0.164 0.000 0.052 0.784
#> GSM311861 4 0.5923 0.3361 0.376 0.000 0.044 0.580
#> GSM311862 4 0.3219 0.6838 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM311863 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.4855 0.3640 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311865 1 0.2149 0.7278 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311866 1 0.2149 0.7278 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311867 3 0.4477 0.5796 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM311868 1 0.2149 0.7278 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311869 2 0.0336 0.8615 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311870 2 0.1388 0.8524 0.000 0.960 0.028 0.012
#> GSM311871 1 0.1489 0.6863 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM311872 4 0.4382 0.5506 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM311873 4 0.7457 0.1117 0.000 0.276 0.220 0.504
#> GSM311874 4 0.2345 0.7073 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311875 4 0.3266 0.6538 0.000 0.040 0.084 0.876
#> GSM311876 4 0.1471 0.7163 0.004 0.024 0.012 0.960
#> GSM311877 4 0.0657 0.7208 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM311879 4 0.3082 0.6611 0.000 0.032 0.084 0.884
#> GSM311880 1 0.6744 0.1470 0.616 0.088 0.280 0.016
#> GSM311881 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 2 0.7315 0.3971 0.000 0.516 0.300 0.184
#> GSM311883 4 0.2021 0.7049 0.000 0.040 0.024 0.936
#> GSM311884 1 0.2530 0.7187 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM311885 3 0.4679 0.6136 0.184 0.044 0.772 0.000
#> GSM311886 2 0.0707 0.8549 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311887 1 0.1584 0.7064 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM311888 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311889 3 0.4804 0.5411 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM311890 3 0.2884 0.5568 0.028 0.068 0.900 0.004
#> GSM311891 1 0.1584 0.7064 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM311892 2 0.2048 0.8239 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM311893 1 0.1452 0.7045 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM311894 1 0.4933 0.1888 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311895 4 0.5298 0.4693 0.000 0.048 0.244 0.708
#> GSM311896 3 0.5781 0.2046 0.000 0.036 0.584 0.380
#> GSM311897 4 0.5085 0.4665 0.000 0.032 0.260 0.708
#> GSM311898 1 0.1151 0.7105 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM311899 3 0.3970 0.5061 0.000 0.076 0.840 0.084
#> GSM311900 4 0.5837 0.4137 0.000 0.072 0.260 0.668
#> GSM311901 4 0.5487 0.6426 0.108 0.132 0.008 0.752
#> GSM311902 4 0.0657 0.7208 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM311903 2 0.6929 0.4574 0.140 0.608 0.244 0.008
#> GSM311904 4 0.2530 0.7053 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311905 4 0.2647 0.7021 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311906 3 0.2530 0.6160 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM311907 4 0.5168 0.0403 0.000 0.004 0.492 0.504
#> GSM311908 4 0.1004 0.7191 0.004 0.024 0.000 0.972
#> GSM311909 4 0.1191 0.7184 0.004 0.024 0.004 0.968
#> GSM311910 4 0.7478 0.1479 0.000 0.240 0.256 0.504
#> GSM311911 3 0.4977 0.4713 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM311912 2 0.0188 0.8631 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311913 1 0.1792 0.7289 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM311914 3 0.4477 0.5796 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.8641 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.4877 0.5327 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM311917 1 0.4713 0.3795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM311918 1 0.4193 0.2649 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM311919 4 0.3024 0.6939 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM311920 3 0.4114 0.4855 0.000 0.112 0.828 0.060
#> GSM311921 1 0.7984 -0.0376 0.488 0.232 0.264 0.016
#> GSM311922 1 0.4053 0.3721 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM311923 1 0.1584 0.7024 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM311831 4 0.1388 0.7147 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM311878 1 0.4972 0.1020 0.544 0.000 0.000 0.456
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0290 0.84021 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311762 3 0.4150 0.50334 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM311763 4 0.4003 0.37028 0.008 0.000 0.000 0.704 0.288
#> GSM311764 3 0.4405 0.30915 0.000 0.020 0.712 0.008 0.260
#> GSM311765 2 0.4495 0.75354 0.028 0.752 0.024 0.000 0.196
#> GSM311766 2 0.0162 0.83988 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.4298 0.54846 0.640 0.000 0.000 0.352 0.008
#> GSM311768 3 0.4994 0.52314 0.184 0.000 0.704 0.112 0.000
#> GSM311769 1 0.4565 0.59285 0.664 0.000 0.000 0.308 0.028
#> GSM311770 3 0.2144 0.52957 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> GSM311771 3 0.4884 0.46914 0.404 0.000 0.572 0.004 0.020
#> GSM311772 5 0.6458 0.49223 0.000 0.096 0.220 0.068 0.616
#> GSM311773 5 0.4743 0.20363 0.000 0.016 0.000 0.472 0.512
#> GSM311774 3 0.2144 0.52957 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> GSM311775 3 0.0794 0.57565 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311776 3 0.6096 -0.15918 0.000 0.040 0.472 0.044 0.444
#> GSM311777 3 0.4359 0.58002 0.076 0.004 0.812 0.060 0.048
#> GSM311778 1 0.4696 0.53077 0.616 0.000 0.000 0.360 0.024
#> GSM311779 4 0.1952 0.59759 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> GSM311780 4 0.4060 0.25661 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360
#> GSM311781 4 0.3636 0.40260 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM311782 4 0.3321 0.52847 0.032 0.000 0.000 0.832 0.136
#> GSM311783 4 0.4150 0.14065 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> GSM311784 4 0.2605 0.55601 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM311785 1 0.2077 0.60829 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> GSM311786 3 0.4875 0.47298 0.400 0.000 0.576 0.004 0.020
#> GSM311787 2 0.4377 0.75772 0.024 0.760 0.024 0.000 0.192
#> GSM311788 4 0.3969 0.34749 0.004 0.000 0.000 0.692 0.304
#> GSM311789 4 0.9138 0.06398 0.084 0.112 0.244 0.384 0.176
#> GSM311790 2 0.1410 0.82829 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311791 5 0.6788 0.36249 0.000 0.276 0.244 0.008 0.472
#> GSM311792 4 0.4327 0.18978 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> GSM311793 2 0.0324 0.84035 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM311794 2 0.0290 0.84021 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311795 3 0.4297 0.40592 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> GSM311796 4 0.1668 0.59153 0.028 0.000 0.000 0.940 0.032
#> GSM311797 1 0.1716 0.67366 0.944 0.000 0.016 0.024 0.016
#> GSM311798 1 0.4313 0.45899 0.780 0.004 0.164 0.012 0.040
#> GSM311799 3 0.6119 -0.17670 0.000 0.028 0.468 0.060 0.444
#> GSM311800 4 0.5689 0.01815 0.004 0.000 0.396 0.528 0.072
#> GSM311801 2 0.4377 0.75772 0.024 0.760 0.024 0.000 0.192
#> GSM311802 1 0.3966 0.57226 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM311803 3 0.6387 0.35030 0.416 0.000 0.436 0.004 0.144
#> GSM311804 4 0.3885 0.40889 0.008 0.000 0.000 0.724 0.268
#> GSM311805 3 0.4287 0.42594 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.4298 0.25849 0.000 0.008 0.000 0.640 0.352
#> GSM311807 5 0.6661 0.24932 0.000 0.176 0.368 0.008 0.448
#> GSM311808 4 0.2411 0.53972 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> GSM311809 1 0.4392 0.50375 0.612 0.000 0.000 0.380 0.008
#> GSM311810 5 0.5080 0.61343 0.000 0.004 0.112 0.176 0.708
#> GSM311811 1 0.3732 0.68754 0.812 0.000 0.008 0.148 0.032
#> GSM311812 3 0.4291 0.41924 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.2068 0.59372 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> GSM311814 4 0.2798 0.55926 0.140 0.000 0.000 0.852 0.008
#> GSM311815 3 0.4194 0.57910 0.260 0.000 0.720 0.004 0.016
#> GSM311816 4 0.2439 0.57796 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM311817 4 0.2956 0.55667 0.140 0.000 0.004 0.848 0.008
#> GSM311818 5 0.7091 0.30578 0.004 0.296 0.276 0.008 0.416
#> GSM311819 4 0.5809 0.37568 0.196 0.000 0.056 0.676 0.072
#> GSM311820 4 0.4825 0.01707 0.408 0.000 0.000 0.568 0.024
#> GSM311821 4 0.4522 -0.03089 0.440 0.000 0.000 0.552 0.008
#> GSM311822 1 0.4639 0.55487 0.632 0.000 0.000 0.344 0.024
#> GSM311823 2 0.1341 0.83018 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311824 4 0.2674 0.56477 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM311825 1 0.1300 0.68069 0.956 0.000 0.016 0.028 0.000
#> GSM311826 1 0.3876 0.59081 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM311827 2 0.6832 0.56805 0.028 0.552 0.180 0.004 0.236
#> GSM311828 2 0.4461 0.75583 0.028 0.756 0.024 0.000 0.192
#> GSM311829 4 0.4249 0.01567 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM311830 2 0.5050 0.73257 0.020 0.712 0.024 0.016 0.228
#> GSM311832 4 0.4549 -0.07969 0.000 0.008 0.000 0.528 0.464
#> GSM311833 3 0.4874 0.10278 0.000 0.016 0.588 0.008 0.388
#> GSM311834 2 0.4045 0.40798 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM311835 4 0.4249 0.01567 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM311836 4 0.0807 0.58727 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> GSM311837 2 0.0290 0.84021 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311838 2 0.1341 0.82841 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311839 4 0.3857 0.34496 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM311840 2 0.0290 0.84021 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311841 1 0.1082 0.68736 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM311842 3 0.4882 0.52857 0.328 0.000 0.636 0.004 0.032
#> GSM311843 1 0.4313 0.54255 0.636 0.000 0.000 0.356 0.008
#> GSM311844 2 0.5968 -0.11474 0.000 0.448 0.108 0.000 0.444
#> GSM311845 2 0.4838 0.73847 0.028 0.724 0.024 0.004 0.220
#> GSM311846 3 0.6213 -0.16123 0.000 0.108 0.460 0.008 0.424
#> GSM311847 1 0.1386 0.68403 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> GSM311848 2 0.4672 0.74352 0.032 0.736 0.024 0.000 0.208
#> GSM311849 1 0.5093 0.47445 0.712 0.012 0.024 0.028 0.224
#> GSM311850 1 0.1082 0.68736 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM311851 3 0.2270 0.52352 0.000 0.020 0.904 0.000 0.076
#> GSM311852 4 0.2561 0.55897 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM311853 3 0.4283 0.43096 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM311854 4 0.4249 0.01567 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM311855 3 0.7597 -0.01832 0.184 0.004 0.384 0.376 0.052
#> GSM311856 1 0.1043 0.69342 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM311857 4 0.4262 -0.01221 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM311858 5 0.6770 0.34502 0.000 0.292 0.228 0.008 0.472
#> GSM311859 4 0.3336 0.45850 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM311860 4 0.1538 0.57701 0.008 0.000 0.036 0.948 0.008
#> GSM311861 4 0.3022 0.55449 0.136 0.000 0.012 0.848 0.004
#> GSM311862 4 0.1671 0.55536 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM311863 2 0.1341 0.82841 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311864 4 0.2674 0.56477 0.140 0.000 0.000 0.856 0.004
#> GSM311865 1 0.3999 0.56268 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM311866 1 0.4746 0.51353 0.600 0.000 0.000 0.376 0.024
#> GSM311867 3 0.3177 0.60986 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.4015 0.55795 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM311869 2 0.0609 0.83971 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311870 2 0.2458 0.81935 0.012 0.912 0.008 0.016 0.052
#> GSM311871 1 0.2277 0.65941 0.920 0.000 0.028 0.028 0.024
#> GSM311872 4 0.1894 0.60387 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008
#> GSM311873 5 0.5614 0.62163 0.000 0.084 0.044 0.176 0.696
#> GSM311874 4 0.3861 0.41287 0.008 0.000 0.000 0.728 0.264
#> GSM311875 5 0.4604 0.37315 0.000 0.004 0.008 0.404 0.584
#> GSM311876 4 0.4415 0.17011 0.000 0.008 0.000 0.604 0.388
#> GSM311877 4 0.4045 0.26495 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM311879 5 0.4783 0.26665 0.000 0.004 0.012 0.452 0.532
#> GSM311880 1 0.7775 0.10107 0.488 0.180 0.104 0.004 0.224
#> GSM311881 2 0.1341 0.82841 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311882 5 0.6736 0.33537 0.000 0.300 0.216 0.008 0.476
#> GSM311883 4 0.5163 0.39188 0.012 0.012 0.060 0.720 0.196
#> GSM311884 4 0.4451 -0.21526 0.492 0.000 0.004 0.504 0.000
#> GSM311885 3 0.1725 0.58129 0.044 0.020 0.936 0.000 0.000
#> GSM311886 2 0.1704 0.81886 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM311887 1 0.1469 0.68486 0.948 0.000 0.016 0.036 0.000
#> GSM311888 2 0.1197 0.83319 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311889 3 0.3728 0.58998 0.244 0.000 0.748 0.000 0.008
#> GSM311890 3 0.2144 0.52957 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> GSM311891 1 0.2304 0.69504 0.892 0.000 0.008 0.100 0.000
#> GSM311892 2 0.2794 0.79655 0.004 0.884 0.008 0.016 0.088
#> GSM311893 1 0.1082 0.68736 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM311894 4 0.3196 0.50024 0.192 0.000 0.000 0.804 0.004
#> GSM311895 5 0.5261 0.41717 0.000 0.004 0.044 0.380 0.572
#> GSM311896 3 0.5748 -0.14029 0.000 0.012 0.488 0.056 0.444
#> GSM311897 5 0.4953 0.54557 0.000 0.004 0.048 0.284 0.664
#> GSM311898 1 0.2193 0.69308 0.912 0.000 0.000 0.060 0.028
#> GSM311899 3 0.4714 0.14699 0.000 0.016 0.608 0.004 0.372
#> GSM311900 5 0.4930 0.59482 0.000 0.016 0.048 0.228 0.708
#> GSM311901 4 0.5102 0.44663 0.020 0.104 0.000 0.732 0.144
#> GSM311902 4 0.4030 0.27318 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> GSM311903 2 0.8623 0.40489 0.088 0.492 0.144 0.128 0.148
#> GSM311904 4 0.3586 0.41119 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM311905 4 0.3612 0.40681 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> GSM311906 3 0.0865 0.57216 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM311907 5 0.6098 0.52810 0.000 0.000 0.236 0.196 0.568
#> GSM311908 4 0.4354 0.22378 0.000 0.008 0.000 0.624 0.368
#> GSM311909 4 0.4354 0.22378 0.000 0.008 0.000 0.624 0.368
#> GSM311910 5 0.5330 0.62370 0.000 0.064 0.048 0.168 0.720
#> GSM311911 3 0.4235 0.47185 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0290 0.84021 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311913 1 0.4855 0.41614 0.552 0.000 0.000 0.424 0.024
#> GSM311914 3 0.3177 0.60986 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.1197 0.83319 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311916 3 0.4808 0.49023 0.108 0.000 0.724 0.168 0.000
#> GSM311917 4 0.4256 0.00105 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> GSM311918 1 0.3774 0.19136 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.1270 0.56678 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM311920 3 0.5028 0.15483 0.004 0.020 0.608 0.008 0.360
#> GSM311921 1 0.7854 0.08113 0.468 0.208 0.096 0.004 0.224
#> GSM311922 1 0.4023 0.50804 0.808 0.004 0.136 0.012 0.040
#> GSM311923 1 0.1901 0.65805 0.932 0.000 0.040 0.024 0.004
#> GSM311831 4 0.4436 0.14732 0.000 0.008 0.000 0.596 0.396
#> GSM311878 4 0.5644 0.36161 0.316 0.000 0.000 0.584 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.1232 0.8019 0.024 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311762 6 0.5405 0.5443 0.016 0.000 0.080 0.004 0.316 0.584
#> GSM311763 4 0.4736 0.6004 0.192 0.000 0.004 0.696 0.004 0.104
#> GSM311764 3 0.3780 0.4167 0.016 0.000 0.732 0.008 0.000 0.244
#> GSM311765 2 0.6688 0.6201 0.176 0.544 0.024 0.008 0.028 0.220
#> GSM311766 2 0.0810 0.8032 0.008 0.976 0.008 0.004 0.000 0.004
#> GSM311767 1 0.3737 0.4480 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM311768 6 0.5697 0.6057 0.124 0.000 0.104 0.000 0.116 0.656
#> GSM311769 5 0.4757 -0.2514 0.468 0.000 0.000 0.000 0.484 0.048
#> GSM311770 3 0.3961 -0.0339 0.004 0.000 0.556 0.000 0.000 0.440
#> GSM311771 6 0.4194 0.5228 0.008 0.000 0.012 0.000 0.352 0.628
#> GSM311772 3 0.3612 0.5665 0.000 0.036 0.764 0.200 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.2182 0.6688 0.000 0.020 0.076 0.900 0.000 0.004
#> GSM311774 3 0.3930 0.0297 0.004 0.000 0.576 0.000 0.000 0.420
#> GSM311775 6 0.4115 0.4701 0.004 0.000 0.360 0.000 0.012 0.624
#> GSM311776 3 0.0993 0.6421 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
#> GSM311777 6 0.5648 0.4613 0.056 0.000 0.284 0.000 0.068 0.592
#> GSM311778 1 0.4402 0.4163 0.564 0.000 0.000 0.004 0.412 0.020
#> GSM311779 1 0.3848 0.5741 0.692 0.000 0.000 0.292 0.012 0.004
#> GSM311780 4 0.0692 0.7350 0.020 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.2473 0.6927 0.136 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008
#> GSM311782 4 0.5437 0.4496 0.260 0.000 0.000 0.624 0.052 0.064
#> GSM311783 1 0.4218 0.6747 0.740 0.000 0.000 0.084 0.172 0.004
#> GSM311784 1 0.3420 0.6290 0.748 0.000 0.000 0.240 0.012 0.000
#> GSM311785 5 0.2257 0.5269 0.008 0.000 0.000 0.000 0.876 0.116
#> GSM311786 6 0.4195 0.5550 0.008 0.000 0.016 0.000 0.328 0.648
#> GSM311787 2 0.6548 0.6239 0.176 0.552 0.020 0.008 0.024 0.220
#> GSM311788 4 0.3319 0.6745 0.164 0.000 0.000 0.800 0.000 0.036
#> GSM311789 1 0.7972 0.0913 0.380 0.016 0.052 0.120 0.092 0.340
#> GSM311790 2 0.0964 0.7960 0.000 0.968 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM311791 3 0.3596 0.6010 0.000 0.172 0.784 0.040 0.000 0.004
#> GSM311792 1 0.4693 0.6787 0.740 0.000 0.000 0.104 0.112 0.044
#> GSM311793 2 0.1121 0.8030 0.008 0.964 0.016 0.004 0.000 0.008
#> GSM311794 2 0.1232 0.8019 0.024 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311795 5 0.4308 -0.2819 0.004 0.000 0.012 0.000 0.516 0.468
#> GSM311796 1 0.5337 0.5445 0.648 0.000 0.028 0.252 0.016 0.056
#> GSM311797 5 0.1890 0.6090 0.060 0.000 0.000 0.000 0.916 0.024
#> GSM311798 5 0.4799 0.4094 0.088 0.000 0.004 0.000 0.656 0.252
#> GSM311799 3 0.0858 0.6443 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> GSM311800 3 0.7746 -0.1654 0.224 0.000 0.316 0.296 0.008 0.156
#> GSM311801 2 0.6548 0.6239 0.176 0.552 0.020 0.008 0.024 0.220
#> GSM311802 1 0.3872 0.4411 0.604 0.000 0.000 0.000 0.392 0.004
#> GSM311803 6 0.4878 0.2192 0.040 0.000 0.008 0.000 0.472 0.480
#> GSM311804 4 0.2830 0.6836 0.144 0.000 0.000 0.836 0.000 0.020
#> GSM311805 5 0.4308 -0.2819 0.004 0.000 0.012 0.000 0.516 0.468
#> GSM311806 4 0.0858 0.7365 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.1838 0.6409 0.000 0.068 0.916 0.016 0.000 0.000
#> GSM311808 4 0.5799 0.2250 0.368 0.000 0.008 0.508 0.012 0.104
#> GSM311809 1 0.4062 0.5265 0.640 0.000 0.000 0.004 0.344 0.012
#> GSM311810 3 0.4103 0.1134 0.000 0.004 0.544 0.448 0.000 0.004
#> GSM311811 5 0.4769 0.3402 0.264 0.000 0.000 0.000 0.644 0.092
#> GSM311812 5 0.4308 -0.2819 0.004 0.000 0.012 0.000 0.516 0.468
#> GSM311813 1 0.3710 0.5800 0.696 0.000 0.000 0.292 0.012 0.000
#> GSM311814 1 0.3966 0.6235 0.728 0.000 0.000 0.236 0.028 0.008
#> GSM311815 6 0.4907 0.6293 0.004 0.000 0.096 0.000 0.256 0.644
#> GSM311816 1 0.3895 0.5892 0.700 0.000 0.000 0.280 0.012 0.008
#> GSM311817 1 0.4524 0.5912 0.708 0.000 0.008 0.224 0.008 0.052
#> GSM311818 3 0.3784 0.5971 0.004 0.180 0.780 0.020 0.004 0.012
#> GSM311819 1 0.5838 0.5349 0.632 0.000 0.008 0.180 0.044 0.136
#> GSM311820 1 0.3946 0.6655 0.752 0.000 0.000 0.052 0.192 0.004
#> GSM311821 1 0.3878 0.6377 0.736 0.000 0.000 0.032 0.228 0.004
#> GSM311822 1 0.4434 0.3595 0.544 0.000 0.000 0.000 0.428 0.028
#> GSM311823 2 0.0964 0.7960 0.000 0.968 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM311824 1 0.3652 0.6087 0.720 0.000 0.000 0.264 0.016 0.000
#> GSM311825 5 0.2163 0.6129 0.092 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016
#> GSM311826 1 0.3804 0.3924 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM311827 6 0.7609 -0.3517 0.216 0.280 0.032 0.008 0.056 0.408
#> GSM311828 2 0.6548 0.6239 0.176 0.552 0.020 0.008 0.024 0.220
#> GSM311829 1 0.3948 0.6673 0.748 0.000 0.000 0.064 0.188 0.000
#> GSM311830 2 0.7738 0.5723 0.172 0.488 0.072 0.036 0.028 0.204
#> GSM311832 4 0.1387 0.7015 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.1382 0.6294 0.008 0.000 0.948 0.008 0.000 0.036
#> GSM311834 2 0.5322 0.3356 0.000 0.604 0.264 0.124 0.000 0.008
#> GSM311835 1 0.3978 0.6656 0.744 0.000 0.000 0.064 0.192 0.000
#> GSM311836 1 0.4584 0.1953 0.512 0.000 0.000 0.452 0.000 0.036
#> GSM311837 2 0.1232 0.8019 0.024 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311838 2 0.0964 0.7960 0.000 0.968 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM311839 4 0.1788 0.7228 0.076 0.000 0.004 0.916 0.000 0.004
#> GSM311840 2 0.1232 0.8019 0.024 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311841 5 0.2263 0.6146 0.100 0.000 0.000 0.000 0.884 0.016
#> GSM311842 6 0.5178 0.5339 0.052 0.000 0.040 0.000 0.276 0.632
#> GSM311843 1 0.3727 0.4537 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM311844 3 0.4858 0.3381 0.000 0.348 0.588 0.060 0.000 0.004
#> GSM311845 2 0.7575 0.4723 0.220 0.392 0.028 0.016 0.040 0.304
#> GSM311846 3 0.1036 0.6439 0.000 0.004 0.964 0.024 0.000 0.008
#> GSM311847 5 0.2560 0.6048 0.092 0.000 0.000 0.000 0.872 0.036
#> GSM311848 2 0.7070 0.5667 0.176 0.484 0.024 0.008 0.040 0.268
#> GSM311849 5 0.6944 0.2086 0.276 0.008 0.020 0.008 0.360 0.328
#> GSM311850 5 0.2163 0.6157 0.092 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016
#> GSM311851 3 0.4002 0.0689 0.008 0.000 0.588 0.000 0.000 0.404
#> GSM311852 1 0.4339 0.5579 0.684 0.000 0.000 0.256 0.000 0.060
#> GSM311853 5 0.4357 -0.3310 0.004 0.000 0.008 0.004 0.492 0.492
#> GSM311854 1 0.3948 0.6673 0.748 0.000 0.000 0.064 0.188 0.000
#> GSM311855 1 0.7197 0.3507 0.476 0.000 0.064 0.060 0.100 0.300
#> GSM311856 5 0.3394 0.4838 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> GSM311857 1 0.3924 0.6553 0.740 0.000 0.000 0.052 0.208 0.000
#> GSM311858 3 0.4092 0.5741 0.000 0.196 0.740 0.060 0.000 0.004
#> GSM311859 1 0.4183 0.6736 0.740 0.000 0.000 0.180 0.076 0.004
#> GSM311860 1 0.5657 0.1088 0.472 0.000 0.012 0.408 0.000 0.108
#> GSM311861 1 0.5418 0.4348 0.592 0.000 0.004 0.296 0.012 0.096
#> GSM311862 4 0.4277 0.3233 0.356 0.000 0.000 0.616 0.000 0.028
#> GSM311863 2 0.0964 0.7960 0.000 0.968 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM311864 1 0.3734 0.6109 0.716 0.000 0.000 0.264 0.020 0.000
#> GSM311865 1 0.3747 0.4487 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM311866 1 0.3756 0.5030 0.644 0.000 0.000 0.000 0.352 0.004
#> GSM311867 6 0.5105 0.6687 0.004 0.000 0.196 0.000 0.156 0.644
#> GSM311868 1 0.3737 0.4454 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM311869 2 0.1026 0.8031 0.008 0.968 0.004 0.008 0.000 0.012
#> GSM311870 2 0.3823 0.7626 0.076 0.824 0.008 0.028 0.004 0.060
#> GSM311871 5 0.1845 0.6060 0.052 0.000 0.000 0.000 0.920 0.028
#> GSM311872 1 0.4696 0.3817 0.588 0.000 0.000 0.356 0.000 0.056
#> GSM311873 4 0.4970 0.1401 0.000 0.064 0.372 0.560 0.000 0.004
#> GSM311874 4 0.4039 0.6183 0.208 0.000 0.000 0.732 0.000 0.060
#> GSM311875 4 0.2772 0.5788 0.000 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> GSM311876 4 0.1155 0.7165 0.004 0.000 0.036 0.956 0.000 0.004
#> GSM311877 4 0.0837 0.7344 0.020 0.000 0.004 0.972 0.000 0.004
#> GSM311879 4 0.1957 0.6593 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.7426 0.1434 0.220 0.048 0.020 0.008 0.360 0.344
#> GSM311881 2 0.0964 0.7960 0.000 0.968 0.016 0.012 0.000 0.004
#> GSM311882 3 0.4092 0.5741 0.000 0.196 0.740 0.060 0.000 0.004
#> GSM311883 4 0.6408 0.4286 0.268 0.004 0.056 0.552 0.008 0.112
#> GSM311884 1 0.4370 0.6638 0.732 0.000 0.000 0.048 0.196 0.024
#> GSM311885 6 0.4330 0.5253 0.008 0.000 0.308 0.004 0.020 0.660
#> GSM311886 2 0.1749 0.7814 0.000 0.932 0.024 0.036 0.000 0.008
#> GSM311887 5 0.2560 0.6048 0.092 0.000 0.000 0.000 0.872 0.036
#> GSM311888 2 0.0870 0.8007 0.004 0.972 0.012 0.012 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.5118 0.6682 0.004 0.000 0.176 0.000 0.176 0.644
#> GSM311890 3 0.3961 -0.0339 0.004 0.000 0.556 0.000 0.000 0.440
#> GSM311891 5 0.3917 0.4123 0.284 0.000 0.000 0.000 0.692 0.024
#> GSM311892 2 0.2679 0.7378 0.000 0.868 0.096 0.032 0.000 0.004
#> GSM311893 5 0.2263 0.6146 0.100 0.000 0.000 0.000 0.884 0.016
#> GSM311894 1 0.5242 0.5139 0.624 0.000 0.000 0.268 0.020 0.088
#> GSM311895 4 0.3323 0.5789 0.008 0.000 0.204 0.780 0.000 0.008
#> GSM311896 3 0.0858 0.6443 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> GSM311897 4 0.3390 0.4136 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> GSM311898 5 0.3269 0.5545 0.184 0.000 0.000 0.000 0.792 0.024
#> GSM311899 3 0.1956 0.6040 0.008 0.000 0.908 0.004 0.000 0.080
#> GSM311900 4 0.4109 0.2052 0.000 0.008 0.392 0.596 0.000 0.004
#> GSM311901 4 0.7258 0.3262 0.264 0.060 0.004 0.488 0.040 0.144
#> GSM311902 4 0.1155 0.7363 0.036 0.000 0.004 0.956 0.000 0.004
#> GSM311903 2 0.8068 0.1766 0.284 0.324 0.052 0.000 0.096 0.244
#> GSM311904 4 0.3418 0.6437 0.184 0.000 0.000 0.784 0.000 0.032
#> GSM311905 4 0.2750 0.6893 0.136 0.000 0.000 0.844 0.000 0.020
#> GSM311906 6 0.3942 0.4555 0.004 0.000 0.368 0.000 0.004 0.624
#> GSM311907 3 0.4408 -0.0506 0.000 0.000 0.488 0.488 0.000 0.024
#> GSM311908 4 0.0653 0.7320 0.012 0.000 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM311909 4 0.0653 0.7320 0.012 0.000 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM311910 4 0.4782 0.1498 0.000 0.048 0.380 0.568 0.000 0.004
#> GSM311911 6 0.4580 0.3941 0.004 0.000 0.028 0.000 0.440 0.528
#> GSM311912 2 0.1232 0.8019 0.024 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM311913 1 0.4838 0.6300 0.708 0.000 0.000 0.028 0.172 0.092
#> GSM311914 6 0.5136 0.6690 0.004 0.000 0.196 0.000 0.160 0.640
#> GSM311915 2 0.0767 0.7986 0.000 0.976 0.008 0.012 0.000 0.004
#> GSM311916 6 0.5344 0.5247 0.192 0.000 0.144 0.000 0.020 0.644
#> GSM311917 1 0.3992 0.6727 0.756 0.000 0.000 0.064 0.176 0.004
#> GSM311918 5 0.3782 0.0411 0.004 0.000 0.000 0.000 0.636 0.360
#> GSM311919 4 0.4256 -0.0266 0.464 0.000 0.000 0.520 0.000 0.016
#> GSM311920 3 0.2734 0.5487 0.008 0.000 0.840 0.004 0.000 0.148
#> GSM311921 5 0.7822 0.1133 0.208 0.088 0.024 0.008 0.340 0.332
#> GSM311922 5 0.4136 0.4820 0.076 0.000 0.000 0.000 0.732 0.192
#> GSM311923 5 0.2070 0.5999 0.048 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044
#> GSM311831 4 0.1226 0.7138 0.004 0.000 0.040 0.952 0.000 0.004
#> GSM311878 1 0.6124 0.5457 0.540 0.000 0.004 0.260 0.172 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:kmeans 148 1.000 2
#> MAD:kmeans 133 0.217 3
#> MAD:kmeans 103 0.524 4
#> MAD:kmeans 92 NA 5
#> MAD:kmeans 107 0.765 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.949 0.944 0.977 0.5029 0.497 0.497
#> 3 3 0.601 0.687 0.821 0.3194 0.762 0.555
#> 4 4 0.799 0.818 0.914 0.1258 0.747 0.397
#> 5 5 0.765 0.573 0.815 0.0700 0.853 0.506
#> 6 6 0.739 0.666 0.809 0.0412 0.905 0.583
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311763 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.644 0.8012 0.164 0.836
#> GSM311771 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.469 0.8755 0.100 0.900
#> GSM311775 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311776 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311780 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311781 1 0.760 0.7058 0.780 0.220
#> GSM311782 1 0.990 0.1861 0.560 0.440
#> GSM311783 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.204 0.9403 0.032 0.968
#> GSM311801 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.969 0.3224 0.604 0.396
#> GSM311805 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.373 0.9097 0.928 0.072
#> GSM311815 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311839 2 0.795 0.6903 0.240 0.760
#> GSM311840 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.260 0.9298 0.044 0.956
#> GSM311852 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311862 2 0.895 0.5593 0.312 0.688
#> GSM311863 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.861 0.6139 0.284 0.716
#> GSM311875 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311877 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311879 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311885 2 1.000 0.0571 0.492 0.508
#> GSM311886 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.671 0.7856 0.176 0.824
#> GSM311891 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311902 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311903 2 0.541 0.8481 0.124 0.876
#> GSM311904 2 0.958 0.4041 0.380 0.620
#> GSM311905 2 0.802 0.6833 0.244 0.756
#> GSM311906 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311907 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311909 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311920 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.163 0.9618 0.976 0.024
#> GSM311922 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.000 0.9664 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.000 0.9851 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311763 1 0.8216 0.5476 0.640 0.172 0.188
#> GSM311764 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311765 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311768 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311769 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311770 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311771 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311773 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311774 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311775 3 0.0592 0.7015 0.000 0.012 0.988
#> GSM311776 2 0.4555 0.7436 0.000 0.800 0.200
#> GSM311777 3 0.0592 0.7014 0.000 0.012 0.988
#> GSM311778 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311779 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.3686 0.7081 0.860 0.140 0.000
#> GSM311783 3 0.6280 0.6261 0.460 0.000 0.540
#> GSM311784 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.5650 0.7798 0.312 0.000 0.688
#> GSM311786 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311789 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311790 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311793 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.1643 0.6906 0.956 0.044 0.000
#> GSM311797 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311798 3 0.0592 0.7152 0.012 0.000 0.988
#> GSM311799 2 0.4504 0.7463 0.000 0.804 0.196
#> GSM311800 1 0.7665 0.4688 0.600 0.060 0.340
#> GSM311801 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311803 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311804 1 0.3686 0.7081 0.860 0.140 0.000
#> GSM311805 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311807 2 0.1529 0.8364 0.000 0.960 0.040
#> GSM311808 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311809 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311810 2 0.5706 0.3490 0.320 0.680 0.000
#> GSM311811 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311812 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.1289 0.6437 0.968 0.000 0.032
#> GSM311818 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311819 3 0.4974 0.7658 0.236 0.000 0.764
#> GSM311820 3 0.6252 0.6538 0.444 0.000 0.556
#> GSM311821 3 0.6168 0.6994 0.412 0.000 0.588
#> GSM311822 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311823 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311826 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311827 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311828 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.5706 -0.0599 0.680 0.000 0.320
#> GSM311830 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311832 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311833 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311834 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.5706 -0.0599 0.680 0.000 0.320
#> GSM311836 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0424 0.6839 0.992 0.008 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311842 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311843 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311844 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 2 0.4504 0.7463 0.000 0.804 0.196
#> GSM311847 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311848 2 0.0237 0.8535 0.000 0.996 0.004
#> GSM311849 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311850 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311851 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311852 1 0.6267 -0.4580 0.548 0.000 0.452
#> GSM311853 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311854 3 0.5859 0.7795 0.344 0.000 0.656
#> GSM311855 3 0.5560 0.1946 0.000 0.300 0.700
#> GSM311856 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311857 1 0.5785 -0.1035 0.668 0.000 0.332
#> GSM311858 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6045 0.4783 0.620 0.000 0.380
#> GSM311861 3 0.5859 0.4651 0.344 0.000 0.656
#> GSM311862 1 0.0424 0.6839 0.992 0.008 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311866 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311867 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311869 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311871 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311872 1 0.0000 0.6796 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 2 0.5706 0.3490 0.320 0.680 0.000
#> GSM311874 1 0.5138 0.6519 0.748 0.252 0.000
#> GSM311875 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311876 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311877 1 0.5529 0.6227 0.704 0.296 0.000
#> GSM311879 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311880 3 0.1015 0.7123 0.008 0.012 0.980
#> GSM311881 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311884 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311885 2 0.6154 0.5696 0.000 0.592 0.408
#> GSM311886 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311888 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311890 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311891 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311892 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311893 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311894 1 0.6291 -0.4901 0.532 0.000 0.468
#> GSM311895 2 0.5733 0.3383 0.324 0.676 0.000
#> GSM311896 2 0.4504 0.7463 0.000 0.804 0.196
#> GSM311897 1 0.6095 0.5019 0.608 0.392 0.000
#> GSM311898 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311899 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311900 2 0.5706 0.3490 0.320 0.680 0.000
#> GSM311901 2 0.3192 0.7418 0.112 0.888 0.000
#> GSM311902 1 0.5733 0.6008 0.676 0.324 0.000
#> GSM311903 2 0.3686 0.7730 0.000 0.860 0.140
#> GSM311904 1 0.0424 0.6839 0.992 0.008 0.000
#> GSM311905 1 0.3816 0.7050 0.852 0.148 0.000
#> GSM311906 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 1 0.7492 0.4772 0.608 0.052 0.340
#> GSM311908 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311909 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311910 2 0.1163 0.8318 0.028 0.972 0.000
#> GSM311911 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311914 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.8552 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0000 0.7115 0.000 0.000 1.000
#> GSM311917 3 0.5859 0.7795 0.344 0.000 0.656
#> GSM311918 3 0.1163 0.7195 0.028 0.000 0.972
#> GSM311919 1 0.1163 0.6908 0.972 0.028 0.000
#> GSM311920 2 0.5835 0.6456 0.000 0.660 0.340
#> GSM311921 3 0.4682 0.5984 0.004 0.192 0.804
#> GSM311922 3 0.4399 0.7555 0.188 0.000 0.812
#> GSM311923 3 0.5835 0.7832 0.340 0.000 0.660
#> GSM311831 1 0.5835 0.5866 0.660 0.340 0.000
#> GSM311878 3 0.6302 0.5931 0.480 0.000 0.520
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.2408 0.8460 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM311763 4 0.1820 0.8847 0.000 0.020 0.036 0.944
#> GSM311764 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.2216 0.8496 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.2345 0.8475 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM311772 4 0.6013 0.4467 0.000 0.312 0.064 0.624
#> GSM311773 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.7537 0.0502 0.000 0.348 0.456 0.196
#> GSM311777 3 0.1118 0.8521 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.4746 0.4957 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM311780 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311781 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311782 4 0.3525 0.8064 0.040 0.100 0.000 0.860
#> GSM311783 1 0.1118 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311784 1 0.2760 0.8515 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311785 1 0.0817 0.9135 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311786 3 0.2345 0.8475 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311789 2 0.0188 0.9188 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.4758 0.7499 0.000 0.780 0.064 0.156
#> GSM311792 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.2589 0.8397 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM311796 4 0.6273 0.5101 0.100 0.264 0.000 0.636
#> GSM311797 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.4916 0.3790 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM311799 3 0.7370 -0.1290 0.000 0.160 0.428 0.412
#> GSM311800 3 0.2408 0.7560 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM311801 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.2589 0.8397 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM311804 4 0.0469 0.8997 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM311805 3 0.2469 0.8441 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM311806 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.5657 0.7029 0.000 0.720 0.160 0.120
#> GSM311808 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311810 4 0.1302 0.8882 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM311811 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311812 3 0.2589 0.8397 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM311813 1 0.4713 0.5136 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM311814 1 0.3024 0.8335 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM311815 3 0.1389 0.8531 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM311816 1 0.3356 0.8043 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM311817 1 0.4155 0.8211 0.828 0.000 0.100 0.072
#> GSM311818 2 0.0336 0.9165 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311819 1 0.4431 0.4584 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM311820 1 0.1118 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311821 1 0.1118 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311822 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.3444 0.7951 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311825 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0188 0.9188 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.1211 0.9177 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311830 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.0592 0.9020 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311833 3 0.0188 0.8401 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311834 2 0.2868 0.8127 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM311835 1 0.1211 0.9177 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311836 4 0.3649 0.6782 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM311837 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.2081 0.8512 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.4322 0.7680 0.000 0.804 0.044 0.152
#> GSM311845 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 2 0.7009 0.2488 0.000 0.488 0.392 0.120
#> GSM311847 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.1118 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311853 3 0.2530 0.8420 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.1520 0.8484 0.024 0.020 0.956 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.1118 0.9199 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM311858 2 0.4804 0.7452 0.000 0.776 0.064 0.160
#> GSM311859 1 0.2589 0.8610 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM311860 4 0.4967 0.1875 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM311861 3 0.6857 0.3191 0.404 0.000 0.492 0.104
#> GSM311862 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.3444 0.7951 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311865 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.1118 0.8521 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311872 1 0.4977 0.2614 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM311873 4 0.3037 0.8455 0.000 0.076 0.036 0.888
#> GSM311874 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311875 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311879 4 0.1211 0.8902 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM311880 2 0.6570 0.3055 0.100 0.580 0.320 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 2 0.4499 0.7568 0.000 0.792 0.048 0.160
#> GSM311883 2 0.5769 0.5203 0.000 0.652 0.056 0.292
#> GSM311884 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.0707 0.8407 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM311886 2 0.0188 0.9190 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311887 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311889 3 0.1716 0.8533 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.1302 0.9174 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311895 4 0.3301 0.8412 0.000 0.076 0.048 0.876
#> GSM311896 4 0.4955 0.2959 0.000 0.000 0.444 0.556
#> GSM311897 4 0.1302 0.8882 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM311898 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.1489 0.8869 0.000 0.004 0.044 0.952
#> GSM311901 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311903 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311905 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311906 3 0.0000 0.8420 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 4 0.4855 0.4037 0.000 0.000 0.400 0.600
#> GSM311908 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311910 4 0.3793 0.8024 0.000 0.112 0.044 0.844
#> GSM311911 3 0.2345 0.8475 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 3 0.1118 0.8521 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9211 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.1716 0.8533 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311917 1 0.0707 0.9261 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311918 3 0.4955 0.3352 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM311919 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311920 3 0.4624 0.3605 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM311921 2 0.7120 0.1751 0.148 0.524 0.328 0.000
#> GSM311922 3 0.4999 0.1853 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.9325 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.9083 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.1356 0.9189 0.960 0.008 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 5 0.0671 0.5836 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980
#> GSM311763 4 0.4044 0.6055 0.000 0.004 0.252 0.732 0.012
#> GSM311764 3 0.0880 0.6615 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311765 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.7275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 5 0.1341 0.5441 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM311769 1 0.4201 -0.1011 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> GSM311770 3 0.4278 0.4106 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM311771 5 0.0000 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311772 3 0.4040 0.3221 0.000 0.016 0.724 0.260 0.000
#> GSM311773 4 0.1043 0.7848 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM311774 3 0.4235 0.4371 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM311775 3 0.4300 0.3807 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM311776 3 0.0162 0.6544 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.4287 0.4013 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM311778 1 0.0162 0.7256 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311779 1 0.4273 0.2618 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM311780 4 0.0510 0.7922 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311781 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311782 4 0.0566 0.7882 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> GSM311783 1 0.0609 0.7310 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311784 1 0.3684 0.5493 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM311785 5 0.4201 0.4384 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> GSM311786 5 0.0000 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0703 0.7913 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311789 2 0.1082 0.9351 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> GSM311790 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.3642 0.5150 0.000 0.232 0.760 0.008 0.000
#> GSM311792 1 0.0162 0.7284 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311793 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 5 0.0162 0.5932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311796 1 0.4815 0.2082 0.524 0.000 0.020 0.456 0.000
#> GSM311797 5 0.4300 0.3686 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> GSM311798 5 0.2719 0.6052 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> GSM311799 3 0.0162 0.6544 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.0880 0.6615 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311801 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0510 0.7180 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM311803 5 0.0324 0.5933 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM311804 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311805 5 0.0000 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311806 4 0.0162 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311807 3 0.0162 0.6544 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311808 4 0.0703 0.7913 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311809 1 0.2773 0.5441 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM311810 4 0.4452 0.2348 0.000 0.004 0.496 0.500 0.000
#> GSM311811 5 0.4294 0.3804 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM311812 5 0.0162 0.5932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311813 1 0.4273 0.2618 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM311814 1 0.4201 0.3500 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM311815 5 0.1608 0.5265 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM311816 1 0.4161 0.3793 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM311817 1 0.3013 0.6642 0.832 0.000 0.000 0.160 0.008
#> GSM311818 3 0.4278 0.0819 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> GSM311819 1 0.4432 0.2560 0.672 0.004 0.004 0.008 0.312
#> GSM311820 1 0.0703 0.7305 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311821 1 0.0609 0.7310 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311822 1 0.0162 0.7258 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311823 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.4192 0.3575 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM311825 5 0.4294 0.3802 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM311826 1 0.0880 0.7039 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM311827 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0794 0.7296 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.2773 0.6955 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM311833 3 0.0510 0.6585 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311834 2 0.3957 0.5538 0.000 0.712 0.280 0.008 0.000
#> GSM311835 1 0.0794 0.7296 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311836 4 0.2690 0.6470 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 5 0.4304 0.3544 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311842 5 0.0000 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.7275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.4557 0.0656 0.000 0.516 0.476 0.008 0.000
#> GSM311845 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.0162 0.6544 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM311847 5 0.4302 0.3618 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM311848 2 0.0162 0.9622 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311849 5 0.4586 0.3734 0.468 0.004 0.004 0.000 0.524
#> GSM311850 5 0.4300 0.3686 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> GSM311851 3 0.4242 0.4338 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM311852 1 0.0609 0.7311 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311853 5 0.0162 0.5932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311854 1 0.0510 0.7308 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311855 3 0.4425 0.4016 0.004 0.000 0.544 0.000 0.452
#> GSM311856 1 0.4307 -0.3528 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM311857 1 0.0609 0.7310 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311858 3 0.3728 0.4990 0.000 0.244 0.748 0.008 0.000
#> GSM311859 1 0.3707 0.5442 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM311860 4 0.5566 0.3036 0.008 0.000 0.064 0.584 0.344
#> GSM311861 5 0.4882 0.5493 0.188 0.000 0.028 0.048 0.736
#> GSM311862 4 0.2280 0.6908 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> GSM311863 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.4210 0.3416 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.7275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.7275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 5 0.3684 0.1944 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM311868 1 0.0000 0.7275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 5 0.4287 0.3889 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM311872 4 0.4297 -0.0978 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> GSM311873 4 0.4610 0.3506 0.000 0.012 0.432 0.556 0.000
#> GSM311874 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311875 4 0.3366 0.6389 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311876 4 0.0703 0.7913 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311877 4 0.0290 0.7922 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311879 4 0.4268 0.3483 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM311880 5 0.4576 0.1729 0.004 0.456 0.004 0.000 0.536
#> GSM311881 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.4003 0.4330 0.000 0.288 0.704 0.008 0.000
#> GSM311883 3 0.5729 0.2001 0.000 0.396 0.516 0.088 0.000
#> GSM311884 1 0.2890 0.5431 0.836 0.000 0.000 0.004 0.160
#> GSM311885 5 0.6085 -0.3206 0.000 0.124 0.404 0.000 0.472
#> GSM311886 2 0.0324 0.9595 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM311887 5 0.4304 0.3544 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311888 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 5 0.3452 0.2697 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM311890 3 0.4283 0.4063 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM311891 5 0.4300 0.3686 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> GSM311892 2 0.0162 0.9624 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311893 5 0.4304 0.3544 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311894 1 0.5352 -0.2859 0.480 0.000 0.000 0.052 0.468
#> GSM311895 3 0.4555 -0.2229 0.000 0.008 0.520 0.472 0.000
#> GSM311896 3 0.0162 0.6549 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311897 4 0.4283 0.3282 0.000 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM311898 5 0.4304 0.3544 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> GSM311899 3 0.0880 0.6615 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311900 4 0.4430 0.3211 0.000 0.004 0.456 0.540 0.000
#> GSM311901 2 0.0162 0.9613 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311902 4 0.0162 0.7918 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311903 2 0.1704 0.8942 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> GSM311904 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311905 4 0.0000 0.7908 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311906 3 0.4300 0.3807 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM311907 3 0.4425 -0.1838 0.000 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM311908 4 0.0510 0.7922 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM311909 4 0.0703 0.7913 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311910 4 0.4542 0.3157 0.000 0.008 0.456 0.536 0.000
#> GSM311911 5 0.0404 0.5835 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311912 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.4278 -0.2389 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM311914 5 0.3707 0.1849 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM311915 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 5 0.3992 0.2064 0.012 0.000 0.268 0.000 0.720
#> GSM311917 1 0.0510 0.7308 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311918 5 0.1341 0.6053 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM311919 4 0.4291 -0.0688 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM311920 3 0.1041 0.6617 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM311921 5 0.4589 0.1328 0.004 0.472 0.004 0.000 0.520
#> GSM311922 5 0.3790 0.5357 0.272 0.000 0.004 0.000 0.724
#> GSM311923 5 0.4291 0.3844 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM311831 4 0.0794 0.7900 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311878 1 0.5604 0.4724 0.688 0.036 0.000 0.192 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 6 0.1672 0.7671 0.004 0.000 0.016 0.000 0.048 0.932
#> GSM311763 4 0.4703 0.6845 0.004 0.020 0.096 0.752 0.116 0.012
#> GSM311764 3 0.1204 0.7639 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311765 2 0.3534 0.7892 0.000 0.716 0.008 0.000 0.276 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.3050 0.5201 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM311768 6 0.1007 0.7835 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM311769 5 0.4860 0.7236 0.216 0.000 0.000 0.000 0.656 0.128
#> GSM311770 6 0.3838 0.3367 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM311771 6 0.0632 0.7701 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM311772 3 0.2510 0.7691 0.000 0.100 0.872 0.028 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.0260 0.8316 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.3864 -0.1973 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM311775 6 0.2883 0.6907 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311776 3 0.0363 0.7913 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311777 6 0.4986 0.5618 0.000 0.000 0.284 0.000 0.104 0.612
#> GSM311778 5 0.3995 0.2680 0.480 0.000 0.000 0.000 0.516 0.004
#> GSM311779 1 0.2278 0.7343 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 4 0.0146 0.8326 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311782 4 0.2053 0.7731 0.004 0.000 0.000 0.888 0.108 0.000
#> GSM311783 1 0.0458 0.7542 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311784 1 0.1584 0.7581 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008 0.000
#> GSM311785 5 0.5184 0.6917 0.112 0.000 0.000 0.000 0.572 0.316
#> GSM311786 6 0.0458 0.7727 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311787 2 0.3512 0.7915 0.000 0.720 0.008 0.000 0.272 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311789 2 0.4466 0.6027 0.000 0.536 0.008 0.000 0.440 0.016
#> GSM311790 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.2048 0.7723 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.2664 0.6121 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM311793 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.1765 0.7207 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM311796 1 0.4636 0.6560 0.740 0.008 0.028 0.160 0.064 0.000
#> GSM311797 5 0.4785 0.7572 0.120 0.000 0.000 0.000 0.664 0.216
#> GSM311798 5 0.3922 0.5962 0.016 0.000 0.000 0.000 0.664 0.320
#> GSM311799 3 0.0405 0.7921 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM311800 3 0.0891 0.7875 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM311801 2 0.3512 0.7915 0.000 0.720 0.008 0.000 0.272 0.000
#> GSM311802 1 0.4396 -0.2464 0.520 0.000 0.000 0.000 0.456 0.024
#> GSM311803 6 0.2668 0.6752 0.000 0.000 0.004 0.000 0.168 0.828
#> GSM311804 4 0.0291 0.8324 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM311805 6 0.1663 0.7284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM311806 4 0.0547 0.8255 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.1267 0.7887 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM311808 4 0.2836 0.7775 0.052 0.000 0.016 0.872 0.060 0.000
#> GSM311809 5 0.4987 0.6407 0.328 0.000 0.000 0.000 0.584 0.088
#> GSM311810 3 0.3351 0.4749 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> GSM311811 5 0.4556 0.7531 0.116 0.000 0.000 0.000 0.696 0.188
#> GSM311812 6 0.1714 0.7249 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM311813 1 0.2613 0.7205 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012 0.000
#> GSM311814 1 0.3078 0.7241 0.836 0.000 0.000 0.108 0.056 0.000
#> GSM311815 6 0.1049 0.7819 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008 0.960
#> GSM311816 1 0.1908 0.7482 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004 0.000
#> GSM311817 1 0.2201 0.7507 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052 0.000
#> GSM311818 3 0.3741 0.5692 0.000 0.320 0.672 0.000 0.008 0.000
#> GSM311819 5 0.3602 0.4003 0.180 0.004 0.008 0.004 0.788 0.016
#> GSM311820 1 0.1267 0.7466 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM311821 1 0.0260 0.7553 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311822 5 0.3847 0.2837 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> GSM311823 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.2302 0.7399 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008 0.000
#> GSM311825 5 0.4906 0.7627 0.136 0.000 0.000 0.000 0.652 0.212
#> GSM311826 5 0.4399 0.3795 0.460 0.000 0.000 0.000 0.516 0.024
#> GSM311827 2 0.3595 0.7816 0.000 0.704 0.008 0.000 0.288 0.000
#> GSM311828 2 0.3512 0.7915 0.000 0.720 0.008 0.000 0.272 0.000
#> GSM311829 1 0.0713 0.7525 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311830 2 0.2838 0.8287 0.000 0.808 0.004 0.000 0.188 0.000
#> GSM311832 4 0.2454 0.7148 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.0363 0.7913 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311834 2 0.2668 0.7019 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0260 0.7553 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311836 1 0.4152 0.2618 0.548 0.000 0.000 0.440 0.012 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 5 0.5223 0.7601 0.180 0.000 0.000 0.000 0.612 0.208
#> GSM311842 6 0.2260 0.7198 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM311843 1 0.2883 0.5644 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM311844 3 0.3221 0.6545 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 2 0.3534 0.7892 0.000 0.716 0.008 0.000 0.276 0.000
#> GSM311846 3 0.0405 0.7924 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM311847 5 0.5749 0.7141 0.228 0.000 0.000 0.000 0.512 0.260
#> GSM311848 2 0.3555 0.7867 0.000 0.712 0.008 0.000 0.280 0.000
#> GSM311849 5 0.2194 0.5948 0.036 0.004 0.008 0.000 0.912 0.040
#> GSM311850 5 0.5195 0.7611 0.176 0.000 0.000 0.000 0.616 0.208
#> GSM311851 3 0.3789 0.0163 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM311852 1 0.2149 0.7201 0.900 0.000 0.000 0.004 0.080 0.016
#> GSM311853 6 0.1858 0.7284 0.004 0.000 0.000 0.000 0.092 0.904
#> GSM311854 1 0.0713 0.7525 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311855 6 0.6004 0.4977 0.012 0.000 0.244 0.000 0.228 0.516
#> GSM311856 5 0.5011 0.7612 0.176 0.000 0.000 0.000 0.644 0.180
#> GSM311857 1 0.1007 0.7444 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311858 3 0.2092 0.7705 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.1152 0.7600 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004 0.000
#> GSM311860 4 0.5601 -0.0621 0.024 0.000 0.048 0.464 0.012 0.452
#> GSM311861 6 0.7282 0.1329 0.160 0.000 0.020 0.120 0.212 0.488
#> GSM311862 4 0.3629 0.4882 0.276 0.000 0.000 0.712 0.012 0.000
#> GSM311863 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.2146 0.7405 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000
#> GSM311865 1 0.1863 0.7005 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM311866 1 0.3288 0.4925 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM311867 6 0.2048 0.7688 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311868 1 0.3151 0.4891 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.1398 0.8708 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052 0.000
#> GSM311871 5 0.4721 0.7541 0.116 0.000 0.000 0.000 0.672 0.212
#> GSM311872 1 0.3852 0.5321 0.664 0.000 0.000 0.324 0.012 0.000
#> GSM311873 4 0.4269 0.4721 0.000 0.036 0.316 0.648 0.000 0.000
#> GSM311874 4 0.1606 0.8042 0.004 0.000 0.008 0.932 0.056 0.000
#> GSM311875 4 0.1501 0.7935 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.3854 0.2081 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.3834 0.3661 0.000 0.172 0.008 0.000 0.772 0.048
#> GSM311881 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.2178 0.7661 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> GSM311883 3 0.5980 0.4831 0.000 0.196 0.596 0.052 0.156 0.000
#> GSM311884 1 0.4830 0.3331 0.668 0.000 0.000 0.000 0.160 0.172
#> GSM311885 6 0.4197 0.6864 0.004 0.108 0.124 0.000 0.004 0.760
#> GSM311886 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 5 0.5753 0.7114 0.236 0.000 0.000 0.000 0.512 0.252
#> GSM311888 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.1814 0.7783 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311890 6 0.3838 0.3367 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM311891 5 0.5738 0.7205 0.240 0.000 0.000 0.000 0.516 0.244
#> GSM311892 2 0.0363 0.8820 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM311893 5 0.5250 0.7588 0.184 0.000 0.000 0.000 0.608 0.208
#> GSM311894 5 0.6868 0.4449 0.364 0.000 0.000 0.076 0.392 0.168
#> GSM311895 3 0.3847 0.3340 0.000 0.008 0.644 0.348 0.000 0.000
#> GSM311896 3 0.0405 0.7921 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM311897 4 0.3868 0.1170 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM311898 5 0.4728 0.7605 0.144 0.000 0.000 0.000 0.680 0.176
#> GSM311899 3 0.0632 0.7872 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311900 4 0.3869 0.1044 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM311901 2 0.2743 0.8348 0.000 0.828 0.008 0.000 0.164 0.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311903 2 0.4350 0.6660 0.008 0.644 0.012 0.000 0.328 0.008
#> GSM311904 4 0.0508 0.8288 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000
#> GSM311905 4 0.0146 0.8326 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311906 6 0.2941 0.6834 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM311907 3 0.3672 0.4320 0.000 0.000 0.688 0.304 0.000 0.008
#> GSM311908 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.4185 0.1027 0.000 0.012 0.492 0.496 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.0790 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM311912 2 0.0000 0.8863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 5 0.5537 0.6019 0.328 0.000 0.000 0.000 0.520 0.152
#> GSM311914 6 0.2003 0.7711 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM311915 2 0.0146 0.8857 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 6 0.1910 0.7750 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM311917 1 0.0632 0.7533 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311918 6 0.3528 0.3154 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296 0.700
#> GSM311919 1 0.4072 0.2489 0.544 0.000 0.000 0.448 0.008 0.000
#> GSM311920 3 0.0632 0.7872 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311921 5 0.4284 0.2747 0.000 0.216 0.008 0.000 0.720 0.056
#> GSM311922 5 0.4061 0.6723 0.044 0.000 0.000 0.000 0.708 0.248
#> GSM311923 5 0.5113 0.7541 0.144 0.000 0.000 0.000 0.620 0.236
#> GSM311831 4 0.0000 0.8336 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.8317 -0.1864 0.376 0.116 0.000 0.152 0.248 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:skmeans 159 1.000 2
#> MAD:skmeans 149 0.529 3
#> MAD:skmeans 146 0.609 4
#> MAD:skmeans 104 0.469 5
#> MAD:skmeans 131 0.383 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.523 0.886 0.913 0.4230 0.587 0.587
#> 3 3 0.441 0.768 0.864 0.4279 0.787 0.648
#> 4 4 0.626 0.724 0.858 0.1968 0.740 0.444
#> 5 5 0.633 0.586 0.783 0.0647 0.838 0.505
#> 6 6 0.683 0.566 0.765 0.0301 0.885 0.591
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311763 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311764 1 0.7219 0.865 0.800 0.200
#> GSM311765 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311769 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.6801 0.745 0.180 0.820
#> GSM311771 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311772 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311773 1 0.8499 0.795 0.724 0.276
#> GSM311774 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311775 1 0.7219 0.865 0.800 0.200
#> GSM311776 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311778 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311781 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.6148 0.878 0.848 0.152
#> GSM311787 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311789 2 0.5178 0.851 0.116 0.884
#> GSM311790 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.6148 0.878 0.848 0.152
#> GSM311793 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311796 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.6148 0.878 0.848 0.152
#> GSM311799 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.7528 0.856 0.784 0.216
#> GSM311801 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311804 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311806 1 0.0938 0.876 0.988 0.012
#> GSM311807 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311809 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> GSM311810 1 0.7815 0.844 0.768 0.232
#> GSM311811 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311813 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311816 1 0.3584 0.880 0.932 0.068
#> GSM311817 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311818 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311820 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.2236 0.947 0.036 0.964
#> GSM311828 2 0.1633 0.958 0.024 0.976
#> GSM311829 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311832 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311833 1 0.8267 0.815 0.740 0.260
#> GSM311834 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311843 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.2043 0.951 0.032 0.968
#> GSM311849 1 0.6148 0.878 0.848 0.152
#> GSM311850 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.1843 0.956 0.028 0.972
#> GSM311852 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311853 1 0.6887 0.873 0.816 0.184
#> GSM311854 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311856 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311861 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311862 1 0.6887 0.873 0.816 0.184
#> GSM311863 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311868 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.2423 0.944 0.040 0.960
#> GSM311870 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> GSM311871 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> GSM311873 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311875 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311876 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311877 1 0.4431 0.871 0.908 0.092
#> GSM311879 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311880 1 0.9686 0.568 0.604 0.396
#> GSM311881 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311883 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311884 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311886 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.9460 0.226 0.364 0.636
#> GSM311889 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311890 1 0.9323 0.668 0.652 0.348
#> GSM311891 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311892 2 0.0376 0.975 0.004 0.996
#> GSM311893 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311895 1 0.7745 0.847 0.772 0.228
#> GSM311896 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311897 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311898 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311900 1 0.9996 0.347 0.512 0.488
#> GSM311901 1 0.3879 0.880 0.924 0.076
#> GSM311902 1 0.2236 0.862 0.964 0.036
#> GSM311903 1 0.8813 0.756 0.700 0.300
#> GSM311904 1 0.4939 0.874 0.892 0.108
#> GSM311905 1 0.2778 0.874 0.952 0.048
#> GSM311906 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311907 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311908 1 0.7815 0.844 0.768 0.232
#> GSM311909 1 0.7674 0.851 0.776 0.224
#> GSM311910 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311912 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.6148 0.878 0.848 0.152
#> GSM311914 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311915 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.6973 0.872 0.812 0.188
#> GSM311917 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.2423 0.879 0.960 0.040
#> GSM311919 1 0.2236 0.877 0.964 0.036
#> GSM311920 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.2236 0.947 0.036 0.964
#> GSM311922 1 0.5519 0.880 0.872 0.128
#> GSM311923 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.7745 0.847 0.772 0.228
#> GSM311878 1 0.0000 0.874 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311762 1 0.4605 0.776 0.796 0.000 0.204
#> GSM311763 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311764 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311766 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311767 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.4178 0.776 0.172 0.000 0.828
#> GSM311769 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311771 3 0.1031 0.876 0.024 0.000 0.976
#> GSM311772 2 0.5591 0.471 0.000 0.696 0.304
#> GSM311773 1 0.6280 0.381 0.540 0.460 0.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311777 3 0.2066 0.845 0.060 0.000 0.940
#> GSM311778 1 0.2165 0.830 0.936 0.000 0.064
#> GSM311779 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311781 1 0.1411 0.836 0.964 0.036 0.000
#> GSM311782 1 0.3116 0.814 0.892 0.000 0.108
#> GSM311783 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0237 0.842 0.996 0.000 0.004
#> GSM311786 3 0.2165 0.839 0.064 0.000 0.936
#> GSM311787 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311788 1 0.7741 0.711 0.668 0.116 0.216
#> GSM311789 3 0.3375 0.792 0.008 0.100 0.892
#> GSM311790 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0424 0.788 0.000 0.992 0.008
#> GSM311792 1 0.3879 0.804 0.848 0.000 0.152
#> GSM311793 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311794 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311795 3 0.3551 0.808 0.132 0.000 0.868
#> GSM311796 1 0.3619 0.799 0.864 0.000 0.136
#> GSM311797 1 0.3192 0.813 0.888 0.000 0.112
#> GSM311798 1 0.5465 0.732 0.712 0.000 0.288
#> GSM311799 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311800 1 0.5968 0.659 0.636 0.000 0.364
#> GSM311801 2 0.3482 0.799 0.000 0.872 0.128
#> GSM311802 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM311804 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 3 0.0424 0.884 0.008 0.000 0.992
#> GSM311806 1 0.0983 0.843 0.980 0.004 0.016
#> GSM311807 2 0.6045 0.305 0.000 0.620 0.380
#> GSM311808 1 0.5859 0.681 0.656 0.000 0.344
#> GSM311809 1 0.5560 0.724 0.700 0.000 0.300
#> GSM311810 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311811 1 0.3686 0.798 0.860 0.000 0.140
#> GSM311812 3 0.0892 0.882 0.020 0.000 0.980
#> GSM311813 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.3340 0.807 0.880 0.000 0.120
#> GSM311815 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM311816 1 0.2356 0.835 0.928 0.000 0.072
#> GSM311817 1 0.5859 0.682 0.656 0.000 0.344
#> GSM311818 2 0.7570 0.427 0.044 0.552 0.404
#> GSM311819 1 0.5882 0.677 0.652 0.000 0.348
#> GSM311820 1 0.3619 0.799 0.864 0.000 0.136
#> GSM311821 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.3551 0.801 0.868 0.000 0.132
#> GSM311823 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311824 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.3686 0.798 0.860 0.000 0.140
#> GSM311826 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.8058 0.439 0.072 0.552 0.376
#> GSM311828 2 0.3879 0.791 0.000 0.848 0.152
#> GSM311829 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0892 0.783 0.000 0.980 0.020
#> GSM311832 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311833 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311834 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311838 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311841 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM311843 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 2 0.8425 0.443 0.100 0.552 0.348
#> GSM311846 2 0.5760 0.424 0.000 0.672 0.328
#> GSM311847 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311849 1 0.3879 0.804 0.848 0.000 0.152
#> GSM311850 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.5733 0.701 0.676 0.000 0.324
#> GSM311853 3 0.1163 0.873 0.028 0.000 0.972
#> GSM311854 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.5859 0.681 0.656 0.000 0.344
#> GSM311856 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0237 0.788 0.000 0.996 0.004
#> GSM311859 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.3619 0.804 0.136 0.000 0.864
#> GSM311861 1 0.5733 0.632 0.676 0.000 0.324
#> GSM311862 1 0.4605 0.774 0.796 0.000 0.204
#> GSM311863 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311870 2 0.5138 0.702 0.000 0.748 0.252
#> GSM311871 1 0.3551 0.802 0.868 0.000 0.132
#> GSM311872 1 0.4504 0.780 0.804 0.000 0.196
#> GSM311873 2 0.0237 0.788 0.000 0.996 0.004
#> GSM311874 1 0.4654 0.771 0.792 0.000 0.208
#> GSM311875 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311876 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311877 1 0.5603 0.789 0.804 0.136 0.060
#> GSM311879 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311880 1 0.8439 0.508 0.536 0.096 0.368
#> GSM311881 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.0237 0.788 0.000 0.996 0.004
#> GSM311883 1 0.5859 0.681 0.656 0.000 0.344
#> GSM311884 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.4555 0.780 0.800 0.000 0.200
#> GSM311886 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.5178 0.508 0.256 0.744 0.000
#> GSM311889 3 0.1031 0.876 0.024 0.000 0.976
#> GSM311890 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.5016 0.762 0.760 0.000 0.240
#> GSM311892 2 0.7851 0.603 0.100 0.644 0.256
#> GSM311893 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.4702 0.769 0.788 0.000 0.212
#> GSM311895 1 0.7844 0.706 0.660 0.120 0.220
#> GSM311896 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311897 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311898 1 0.0237 0.842 0.996 0.000 0.004
#> GSM311899 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311900 2 0.9696 -0.240 0.392 0.392 0.216
#> GSM311901 1 0.2959 0.835 0.900 0.000 0.100
#> GSM311902 1 0.3619 0.797 0.864 0.136 0.000
#> GSM311903 3 0.6465 0.547 0.232 0.044 0.724
#> GSM311904 1 0.6317 0.780 0.772 0.124 0.104
#> GSM311905 1 0.3998 0.826 0.884 0.060 0.056
#> GSM311906 3 0.0000 0.884 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 3 0.3619 0.802 0.000 0.136 0.864
#> GSM311908 1 0.6828 0.653 0.656 0.312 0.032
#> GSM311909 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311910 2 0.0000 0.789 0.000 1.000 0.000
#> GSM311911 3 0.3686 0.801 0.140 0.000 0.860
#> GSM311912 2 0.3619 0.799 0.000 0.864 0.136
#> GSM311913 1 0.4002 0.801 0.840 0.000 0.160
#> GSM311914 3 0.3551 0.809 0.132 0.000 0.868
#> GSM311915 2 0.2959 0.800 0.000 0.900 0.100
#> GSM311916 1 0.4605 0.775 0.796 0.000 0.204
#> GSM311917 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.1753 0.840 0.952 0.000 0.048
#> GSM311919 1 0.3482 0.821 0.872 0.000 0.128
#> GSM311920 3 0.4702 0.605 0.000 0.212 0.788
#> GSM311921 2 0.8434 0.457 0.104 0.560 0.336
#> GSM311922 1 0.5254 0.750 0.736 0.000 0.264
#> GSM311923 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 1 0.8001 0.698 0.652 0.136 0.212
#> GSM311878 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.6181 0.544 0.668 0.000 0.128 0.204
#> GSM311763 4 0.1182 0.807 0.016 0.000 0.016 0.968
#> GSM311764 3 0.5631 0.684 0.076 0.000 0.700 0.224
#> GSM311765 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.6275 0.689 0.136 0.000 0.660 0.204
#> GSM311769 1 0.0188 0.874 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311770 3 0.5747 0.668 0.008 0.064 0.704 0.224
#> GSM311771 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311772 4 0.0336 0.816 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311773 4 0.3764 0.653 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM311774 3 0.5566 0.664 0.000 0.072 0.704 0.224
#> GSM311775 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 4 0.3219 0.673 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM311777 3 0.6262 0.688 0.132 0.000 0.660 0.208
#> GSM311778 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311781 4 0.4817 0.436 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM311782 1 0.0188 0.874 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311783 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.3837 0.636 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM311786 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.5097 0.124 0.428 0.004 0.000 0.568
#> GSM311789 3 0.7998 0.572 0.028 0.232 0.524 0.216
#> GSM311790 2 0.3311 0.767 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM311791 2 0.3649 0.743 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM311792 1 0.3933 0.698 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM311793 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311797 3 0.4933 0.340 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM311798 3 0.7493 0.536 0.320 0.000 0.480 0.200
#> GSM311799 4 0.0188 0.816 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311800 3 0.7623 0.579 0.196 0.004 0.484 0.316
#> GSM311801 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.0657 0.715 0.004 0.012 0.984 0.000
#> GSM311804 1 0.0336 0.872 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311805 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.1022 0.862 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311807 4 0.1118 0.804 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM311808 1 0.4089 0.685 0.780 0.004 0.004 0.212
#> GSM311809 1 0.3356 0.732 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM311810 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.4994 -0.214 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM311812 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.2149 0.815 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311817 3 0.7530 0.548 0.308 0.000 0.480 0.212
#> GSM311818 4 0.0921 0.806 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM311819 3 0.7684 0.552 0.304 0.004 0.480 0.212
#> GSM311820 1 0.0188 0.874 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0188 0.868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311824 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.4996 -0.168 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.3837 0.656 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311828 2 0.0592 0.863 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311829 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 4 0.4730 0.481 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM311832 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311833 4 0.3219 0.674 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM311834 4 0.3873 0.644 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM311835 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.3356 0.764 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM311839 1 0.0188 0.874 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311840 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.2281 0.807 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311842 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.3873 0.644 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM311845 2 0.3837 0.656 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311846 4 0.0188 0.816 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311847 1 0.1474 0.838 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.7030 0.484 0.608 0.184 0.008 0.200
#> GSM311850 1 0.3024 0.762 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM311851 3 0.5566 0.664 0.000 0.072 0.704 0.224
#> GSM311852 1 0.7119 0.307 0.584 0.004 0.200 0.212
#> GSM311853 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.4230 0.681 0.776 0.004 0.008 0.212
#> GSM311856 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 2 0.4331 0.610 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM311859 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.6248 0.687 0.128 0.000 0.660 0.212
#> GSM311861 3 0.7489 0.566 0.296 0.000 0.492 0.212
#> GSM311862 1 0.3688 0.697 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM311863 2 0.3400 0.760 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM311864 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.2589 0.785 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM311871 1 0.4406 0.579 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM311872 1 0.3726 0.692 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM311873 4 0.3837 0.646 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM311874 1 0.3908 0.689 0.784 0.004 0.000 0.212
#> GSM311875 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311876 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311877 4 0.3569 0.687 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311879 4 0.1792 0.779 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311880 3 0.7910 0.617 0.040 0.188 0.560 0.212
#> GSM311881 2 0.1557 0.847 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM311882 2 0.3569 0.749 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM311883 1 0.4248 0.676 0.768 0.012 0.000 0.220
#> GSM311884 1 0.0592 0.868 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311885 1 0.5256 0.640 0.732 0.000 0.064 0.204
#> GSM311886 2 0.3528 0.748 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM311887 1 0.1118 0.851 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311888 4 0.3873 0.644 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM311889 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311890 3 0.5678 0.684 0.068 0.004 0.704 0.224
#> GSM311891 3 0.3837 0.636 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM311892 2 0.2814 0.776 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM311893 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 3 0.7684 0.552 0.304 0.004 0.480 0.212
#> GSM311895 4 0.3610 0.633 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM311896 4 0.0707 0.810 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM311897 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.4994 -0.214 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM311899 3 0.4382 0.632 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM311900 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311901 1 0.5062 0.658 0.752 0.184 0.000 0.064
#> GSM311902 4 0.3837 0.656 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311903 3 0.8860 0.588 0.096 0.204 0.488 0.212
#> GSM311904 4 0.5132 0.674 0.184 0.000 0.068 0.748
#> GSM311905 4 0.4746 0.479 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM311906 3 0.3764 0.688 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM311907 4 0.0188 0.816 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311908 4 0.3808 0.696 0.012 0.176 0.000 0.812
#> GSM311909 4 0.0188 0.817 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311910 4 0.3726 0.656 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM311911 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 3 0.7479 0.532 0.324 0.000 0.480 0.196
#> GSM311914 3 0.0000 0.718 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.7453 0.565 0.300 0.000 0.496 0.204
#> GSM311917 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.3837 0.636 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM311919 1 0.0469 0.872 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311920 2 0.7322 0.376 0.000 0.532 0.244 0.224
#> GSM311921 2 0.6364 0.534 0.000 0.652 0.144 0.204
#> GSM311922 3 0.4220 0.623 0.248 0.004 0.748 0.000
#> GSM311923 1 0.2281 0.800 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.817 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.876 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.7862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.4758 0.6366 0.736 0.000 0.040 0.024 0.200
#> GSM311763 4 0.2891 0.7538 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311764 5 0.2900 0.5014 0.000 0.000 0.108 0.028 0.864
#> GSM311765 2 0.4227 0.3464 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM311766 2 0.4235 0.3350 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM311767 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.6352 0.2862 0.520 0.000 0.096 0.024 0.360
#> GSM311769 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 5 0.3002 0.4965 0.000 0.000 0.116 0.028 0.856
#> GSM311771 3 0.3395 0.6494 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311772 4 0.0955 0.8258 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM311773 4 0.0794 0.8144 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311774 5 0.3002 0.4965 0.000 0.000 0.116 0.028 0.856
#> GSM311775 5 0.4446 -0.2400 0.000 0.000 0.476 0.004 0.520
#> GSM311776 4 0.4640 0.6634 0.000 0.000 0.048 0.696 0.256
#> GSM311777 5 0.4211 0.5228 0.088 0.000 0.080 0.024 0.808
#> GSM311778 1 0.2561 0.6889 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM311779 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0162 0.8266 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311781 4 0.4060 0.4714 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM311782 1 0.6059 0.4603 0.632 0.000 0.224 0.028 0.116
#> GSM311783 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 3 0.1732 0.5998 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.4171 0.4461 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311787 2 0.3561 0.6117 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM311788 1 0.6572 0.1180 0.428 0.000 0.000 0.364 0.208
#> GSM311789 5 0.3477 0.5591 0.000 0.088 0.036 0.024 0.852
#> GSM311790 2 0.2020 0.7652 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM311791 4 0.4268 0.5595 0.000 0.268 0.000 0.708 0.024
#> GSM311792 1 0.3241 0.7061 0.832 0.000 0.000 0.024 0.144
#> GSM311793 2 0.4249 0.2890 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311794 2 0.0000 0.7862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.3109 0.6544 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM311796 1 0.4268 0.0205 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM311797 3 0.3728 0.5066 0.244 0.000 0.748 0.000 0.008
#> GSM311798 5 0.5887 0.4123 0.332 0.000 0.064 0.024 0.580
#> GSM311799 4 0.3003 0.7479 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM311800 5 0.5302 0.5472 0.232 0.000 0.036 0.044 0.688
#> GSM311801 2 0.4273 0.2792 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM311802 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.1732 0.5817 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311804 1 0.2959 0.7190 0.864 0.000 0.100 0.036 0.000
#> GSM311805 3 0.3305 0.6523 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311806 1 0.2464 0.7553 0.892 0.012 0.000 0.092 0.004
#> GSM311807 4 0.1651 0.8239 0.000 0.012 0.008 0.944 0.036
#> GSM311808 5 0.4722 0.3514 0.368 0.000 0.000 0.024 0.608
#> GSM311809 1 0.4682 0.4086 0.620 0.000 0.000 0.024 0.356
#> GSM311810 4 0.0963 0.8258 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM311811 5 0.6655 0.2480 0.296 0.000 0.260 0.000 0.444
#> GSM311812 3 0.3274 0.6532 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM311813 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.4249 0.0560 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM311815 3 0.3395 0.6494 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311816 1 0.2046 0.7628 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> GSM311817 5 0.5548 0.3559 0.360 0.000 0.036 0.024 0.580
#> GSM311818 5 0.4559 0.1202 0.000 0.008 0.000 0.480 0.512
#> GSM311819 5 0.5031 0.5175 0.260 0.000 0.032 0.024 0.684
#> GSM311820 1 0.4268 0.0205 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM311821 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.4410 0.0240 0.556 0.000 0.004 0.000 0.440
#> GSM311823 2 0.1484 0.7813 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM311824 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 3 0.6808 -0.1063 0.300 0.000 0.360 0.000 0.340
#> GSM311826 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.4030 0.2571 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311828 5 0.4219 0.0915 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM311829 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 4 0.4891 0.6363 0.000 0.172 0.000 0.716 0.112
#> GSM311832 4 0.0162 0.8266 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311833 4 0.5069 0.5519 0.000 0.000 0.052 0.620 0.328
#> GSM311834 4 0.3430 0.6707 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> GSM311835 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0703 0.7763 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311838 2 0.2127 0.7618 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM311839 1 0.0794 0.7864 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.7862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 3 0.4294 0.0966 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM311842 5 0.3913 0.2064 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM311843 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.1845 0.8089 0.000 0.056 0.000 0.928 0.016
#> GSM311845 5 0.4030 0.2571 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM311846 4 0.2891 0.7570 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311847 1 0.3774 0.4489 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM311848 5 0.4227 0.0788 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM311849 1 0.4986 0.5908 0.716 0.104 0.004 0.000 0.176
#> GSM311850 3 0.3796 0.4705 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM311851 5 0.3002 0.4965 0.000 0.000 0.116 0.028 0.856
#> GSM311852 1 0.5181 0.4029 0.592 0.000 0.016 0.024 0.368
#> GSM311853 3 0.3177 0.6541 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM311854 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 5 0.4734 0.3436 0.372 0.000 0.000 0.024 0.604
#> GSM311856 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.3527 0.6834 0.000 0.192 0.000 0.792 0.016
#> GSM311859 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6393 0.2796 0.516 0.000 0.092 0.028 0.364
#> GSM311861 1 0.4651 0.6395 0.744 0.000 0.036 0.024 0.196
#> GSM311862 1 0.3368 0.6955 0.820 0.000 0.000 0.024 0.156
#> GSM311863 2 0.1965 0.7675 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.3395 0.6494 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311868 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.2813 0.6644 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM311870 5 0.4126 0.1921 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM311871 3 0.5834 0.1977 0.132 0.000 0.584 0.000 0.284
#> GSM311872 1 0.3409 0.6916 0.816 0.000 0.000 0.024 0.160
#> GSM311873 4 0.1952 0.7953 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> GSM311874 1 0.3897 0.6588 0.768 0.000 0.000 0.028 0.204
#> GSM311875 4 0.0162 0.8270 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311876 4 0.0162 0.8266 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311877 4 0.0609 0.8197 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM311879 4 0.4385 0.7062 0.068 0.000 0.000 0.752 0.180
#> GSM311880 5 0.5656 0.4124 0.012 0.104 0.236 0.000 0.648
#> GSM311881 2 0.1732 0.7745 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311882 4 0.3861 0.5369 0.000 0.284 0.000 0.712 0.004
#> GSM311883 5 0.4632 0.4862 0.284 0.008 0.000 0.024 0.684
#> GSM311884 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.4713 0.6248 0.724 0.000 0.024 0.028 0.224
#> GSM311886 2 0.2462 0.7541 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008
#> GSM311887 1 0.3480 0.5376 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.4029 0.4188 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM311889 3 0.3395 0.6494 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311890 5 0.3002 0.4965 0.000 0.000 0.116 0.028 0.856
#> GSM311891 3 0.3333 0.5426 0.208 0.000 0.788 0.000 0.004
#> GSM311892 5 0.4127 0.3265 0.000 0.312 0.000 0.008 0.680
#> GSM311893 1 0.3305 0.5944 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.4326 0.6677 0.780 0.000 0.036 0.024 0.160
#> GSM311895 4 0.5820 0.5154 0.196 0.000 0.000 0.612 0.192
#> GSM311896 4 0.4221 0.6941 0.000 0.000 0.032 0.732 0.236
#> GSM311897 4 0.0510 0.8272 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311898 1 0.3561 0.5609 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM311899 4 0.6036 0.2730 0.000 0.000 0.116 0.452 0.432
#> GSM311900 4 0.0703 0.8268 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311901 1 0.4528 0.6336 0.752 0.104 0.000 0.000 0.144
#> GSM311902 4 0.0794 0.8141 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM311903 5 0.4711 0.5775 0.084 0.056 0.032 0.028 0.800
#> GSM311904 4 0.4290 0.7193 0.156 0.000 0.012 0.780 0.052
#> GSM311905 4 0.4339 0.5050 0.336 0.000 0.000 0.652 0.012
#> GSM311906 3 0.4917 0.4203 0.000 0.000 0.556 0.028 0.416
#> GSM311907 4 0.0880 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311908 4 0.0771 0.8184 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM311909 4 0.0162 0.8266 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311910 4 0.1469 0.8150 0.000 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM311911 3 0.3305 0.6523 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM311912 2 0.0000 0.7862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.4075 0.6907 0.804 0.000 0.036 0.024 0.136
#> GSM311914 3 0.3395 0.6494 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM311915 2 0.0000 0.7862 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.4550 0.6558 0.764 0.000 0.044 0.024 0.168
#> GSM311917 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 3 0.1831 0.5994 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM311919 1 0.4602 0.3672 0.656 0.000 0.000 0.028 0.316
#> GSM311920 5 0.4874 0.5430 0.000 0.104 0.108 0.028 0.760
#> GSM311921 3 0.5354 0.3977 0.000 0.128 0.664 0.000 0.208
#> GSM311922 3 0.5777 -0.2247 0.088 0.000 0.468 0.000 0.444
#> GSM311923 3 0.3895 0.4468 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.8262 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.7974 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 1 0.3705 0.63227 0.740 0.000 0.236 0.004 0.000 0.020
#> GSM311763 4 0.5586 0.03054 0.292 0.000 0.176 0.532 0.000 0.000
#> GSM311764 3 0.3955 0.38270 0.000 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> GSM311765 5 0.1007 0.72476 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM311766 5 0.1387 0.70936 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.4025 0.29915 0.576 0.000 0.416 0.000 0.000 0.008
#> GSM311769 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.4057 0.38344 0.000 0.000 0.556 0.436 0.000 0.008
#> GSM311771 6 0.2969 0.69795 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311772 4 0.0146 0.55011 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311773 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.4057 0.38344 0.000 0.000 0.556 0.436 0.000 0.008
#> GSM311775 6 0.5526 0.41632 0.000 0.000 0.324 0.152 0.000 0.524
#> GSM311776 4 0.3575 0.18261 0.000 0.000 0.284 0.708 0.000 0.008
#> GSM311777 3 0.3864 -0.22039 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> GSM311778 1 0.1327 0.77596 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311781 3 0.6004 -0.18166 0.284 0.000 0.436 0.280 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.5173 0.32573 0.540 0.000 0.392 0.000 0.044 0.024
#> GSM311783 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311785 6 0.0260 0.73747 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM311786 6 0.3409 0.66080 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM311787 5 0.1007 0.72476 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM311788 1 0.7398 -0.02381 0.360 0.000 0.308 0.152 0.180 0.000
#> GSM311789 5 0.3774 0.48916 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 4 0.0291 0.54844 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.2378 0.71906 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 5 0.1075 0.72282 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 6 0.0632 0.74237 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311796 1 0.1863 0.75521 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM311797 6 0.4310 0.54614 0.268 0.000 0.004 0.000 0.044 0.684
#> GSM311798 1 0.4393 0.64531 0.708 0.000 0.232 0.000 0.044 0.016
#> GSM311799 4 0.2631 0.37396 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> GSM311800 5 0.6553 0.13471 0.024 0.000 0.284 0.296 0.396 0.000
#> GSM311801 5 0.1007 0.72476 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 6 0.0260 0.73645 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM311804 1 0.5122 0.23483 0.508 0.000 0.436 0.004 0.028 0.024
#> GSM311805 6 0.0632 0.74237 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311806 1 0.6560 0.20219 0.488 0.156 0.292 0.064 0.000 0.000
#> GSM311807 4 0.0405 0.54630 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.3738 0.61797 0.704 0.000 0.280 0.000 0.016 0.000
#> GSM311809 1 0.3240 0.66393 0.752 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004
#> GSM311810 4 0.0260 0.54729 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.3453 0.72753 0.828 0.000 0.104 0.000 0.044 0.024
#> GSM311812 6 0.0632 0.74237 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311813 1 0.1910 0.73105 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1814 0.75683 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> GSM311815 6 0.2969 0.69795 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311816 1 0.1444 0.77245 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.3309 0.63116 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> GSM311818 4 0.4414 0.21567 0.000 0.000 0.108 0.712 0.180 0.000
#> GSM311819 5 0.6039 0.24204 0.300 0.000 0.280 0.000 0.420 0.000
#> GSM311820 1 0.1863 0.75521 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.1814 0.75683 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.6088 0.06878 0.488 0.000 0.104 0.000 0.044 0.364
#> GSM311826 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 5 0.1007 0.73103 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM311828 5 0.1082 0.72680 0.000 0.040 0.004 0.000 0.956 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 5 0.4368 0.62652 0.000 0.040 0.124 0.072 0.764 0.000
#> GSM311832 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311833 4 0.3742 -0.00404 0.000 0.000 0.348 0.648 0.000 0.004
#> GSM311834 2 0.3857 0.02938 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.2092 0.71653 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.2300 0.80393 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM311838 2 0.0146 0.93044 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311839 1 0.3823 0.29209 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 6 0.4002 0.36523 0.404 0.000 0.000 0.000 0.008 0.588
#> GSM311842 6 0.3607 0.60977 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM311843 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 4 0.3547 0.37535 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.1007 0.73103 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM311846 4 0.2562 0.38508 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.3823 0.30058 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM311848 5 0.0865 0.72631 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM311849 5 0.1895 0.70999 0.072 0.000 0.016 0.000 0.912 0.000
#> GSM311850 6 0.4466 0.47254 0.336 0.000 0.000 0.000 0.044 0.620
#> GSM311851 3 0.3955 0.38302 0.000 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> GSM311852 5 0.5887 0.14345 0.392 0.000 0.200 0.000 0.408 0.000
#> GSM311853 6 0.1204 0.74041 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM311854 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.3309 0.63116 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> GSM311856 1 0.1367 0.78412 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM311857 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 4 0.0146 0.55011 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 3 0.4107 -0.15388 0.452 0.000 0.540 0.004 0.000 0.004
#> GSM311861 1 0.3547 0.57368 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.3390 0.61831 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 6 0.3309 0.67310 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> GSM311868 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.3017 0.76730 0.000 0.816 0.020 0.000 0.164 0.000
#> GSM311870 5 0.2350 0.71257 0.000 0.020 0.100 0.000 0.880 0.000
#> GSM311871 6 0.5432 0.33475 0.344 0.000 0.048 0.000 0.044 0.564
#> GSM311872 1 0.2491 0.70754 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> GSM311873 4 0.3978 0.54543 0.000 0.032 0.268 0.700 0.000 0.000
#> GSM311874 1 0.5636 0.34832 0.520 0.000 0.300 0.000 0.180 0.000
#> GSM311875 4 0.3482 0.54126 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311879 4 0.2946 0.36422 0.012 0.000 0.176 0.812 0.000 0.000
#> GSM311880 5 0.0000 0.72436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 4 0.0260 0.55059 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311883 5 0.6149 0.24915 0.292 0.000 0.280 0.004 0.424 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 1 0.5290 0.41049 0.612 0.000 0.232 0.152 0.000 0.004
#> GSM311886 2 0.0146 0.93044 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.3592 0.31871 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> GSM311888 2 0.0146 0.92973 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311889 6 0.3266 0.67797 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM311890 3 0.4057 0.38344 0.000 0.000 0.556 0.436 0.000 0.008
#> GSM311891 6 0.1265 0.73370 0.044 0.000 0.008 0.000 0.000 0.948
#> GSM311892 5 0.6954 0.28811 0.000 0.088 0.196 0.268 0.448 0.000
#> GSM311893 1 0.1341 0.78398 0.948 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM311894 1 0.3409 0.61378 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM311895 4 0.5273 0.09727 0.212 0.000 0.184 0.604 0.000 0.000
#> GSM311896 4 0.2969 0.30968 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM311897 4 0.3371 0.54865 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> GSM311898 1 0.1261 0.78519 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> GSM311899 4 0.4083 -0.25551 0.000 0.000 0.460 0.532 0.000 0.008
#> GSM311900 4 0.2416 0.55631 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM311901 5 0.3470 0.49867 0.248 0.000 0.012 0.000 0.740 0.000
#> GSM311902 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311903 5 0.5655 0.33852 0.132 0.004 0.408 0.000 0.456 0.000
#> GSM311904 3 0.5472 -0.35710 0.132 0.000 0.504 0.364 0.000 0.000
#> GSM311905 3 0.5913 -0.18056 0.256 0.000 0.468 0.276 0.000 0.000
#> GSM311906 3 0.5552 -0.19847 0.000 0.000 0.460 0.136 0.000 0.404
#> GSM311907 4 0.2491 0.55601 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311909 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.0260 0.55059 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311911 6 0.1204 0.73941 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM311912 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.2300 0.72315 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 6 0.3309 0.67310 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> GSM311915 2 0.0000 0.93285 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.2805 0.69076 0.812 0.000 0.184 0.000 0.000 0.004
#> GSM311917 1 0.0000 0.79742 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 6 0.0405 0.73817 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM311919 1 0.3499 0.56528 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.3823 0.38107 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> GSM311921 5 0.0000 0.72436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.6163 0.16013 0.468 0.000 0.104 0.000 0.048 0.380
#> GSM311923 6 0.3453 0.62578 0.164 0.000 0.000 0.000 0.044 0.792
#> GSM311831 4 0.3823 0.51675 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.0146 0.79639 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:pam 161 0.910 2
#> MAD:pam 154 0.496 3
#> MAD:pam 152 0.597 4
#> MAD:pam 115 0.912 5
#> MAD:pam 115 0.741 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.580 0.839 0.915 0.4917 0.497 0.497
#> 3 3 0.795 0.855 0.938 0.2652 0.829 0.675
#> 4 4 0.638 0.735 0.844 0.1439 0.781 0.496
#> 5 5 0.818 0.841 0.919 0.0891 0.889 0.629
#> 6 6 0.663 0.501 0.750 0.0369 0.942 0.760
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311762 2 0.2236 0.857 0.036 0.964
#> GSM311763 1 0.7602 0.739 0.780 0.220
#> GSM311764 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311766 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311767 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311768 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311771 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311773 1 0.0672 0.929 0.992 0.008
#> GSM311774 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311775 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311777 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311778 2 0.9795 0.455 0.416 0.584
#> GSM311779 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0672 0.929 0.992 0.008
#> GSM311781 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311783 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311785 1 1.0000 0.167 0.504 0.496
#> GSM311786 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311788 1 0.2423 0.910 0.960 0.040
#> GSM311789 2 0.6973 0.830 0.188 0.812
#> GSM311790 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311791 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.4022 0.891 0.920 0.080
#> GSM311793 2 0.3431 0.864 0.064 0.936
#> GSM311794 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311795 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.2236 0.914 0.964 0.036
#> GSM311797 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311799 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311801 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311802 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311803 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311805 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311807 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.2423 0.915 0.960 0.040
#> GSM311809 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.9129 0.429 0.328 0.672
#> GSM311811 1 0.2423 0.912 0.960 0.040
#> GSM311812 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311815 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.5946 0.830 0.856 0.144
#> GSM311818 2 0.1414 0.873 0.020 0.980
#> GSM311819 2 0.9998 0.216 0.492 0.508
#> GSM311820 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311823 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311824 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.2236 0.916 0.964 0.036
#> GSM311826 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.3431 0.864 0.064 0.936
#> GSM311828 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311829 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311832 1 0.2423 0.916 0.960 0.040
#> GSM311833 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311835 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311838 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311839 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311841 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311842 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311846 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.2236 0.916 0.964 0.036
#> GSM311848 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311849 1 0.3584 0.887 0.932 0.068
#> GSM311850 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.2603 0.906 0.956 0.044
#> GSM311853 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311854 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311855 2 0.0672 0.875 0.008 0.992
#> GSM311856 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311860 1 0.9286 0.560 0.656 0.344
#> GSM311861 1 0.7745 0.729 0.772 0.228
#> GSM311862 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311864 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.2043 0.917 0.968 0.032
#> GSM311866 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311867 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311870 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311871 1 0.8763 0.506 0.704 0.296
#> GSM311872 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311873 1 0.9635 0.271 0.612 0.388
#> GSM311874 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.3114 0.897 0.944 0.056
#> GSM311876 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311877 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.5842 0.835 0.860 0.140
#> GSM311880 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311881 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311882 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.9850 0.430 0.428 0.572
#> GSM311884 1 0.5178 0.859 0.884 0.116
#> GSM311885 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311887 1 0.4690 0.874 0.900 0.100
#> GSM311888 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311889 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311890 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.7528 0.743 0.784 0.216
#> GSM311892 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311893 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.9998 0.165 0.508 0.492
#> GSM311896 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311897 1 0.9993 0.190 0.516 0.484
#> GSM311898 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.9044 0.450 0.320 0.680
#> GSM311901 1 0.9954 -0.056 0.540 0.460
#> GSM311902 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311903 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311904 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311905 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311906 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311907 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311908 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311909 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM311910 2 0.8861 0.493 0.304 0.696
#> GSM311911 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311913 1 0.3431 0.903 0.936 0.064
#> GSM311914 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311916 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311917 1 0.4161 0.888 0.916 0.084
#> GSM311918 2 0.0672 0.872 0.008 0.992
#> GSM311919 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311920 2 0.0000 0.876 0.000 1.000
#> GSM311921 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311922 2 0.7299 0.824 0.204 0.796
#> GSM311923 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0938 0.927 0.988 0.012
#> GSM311878 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.6438 0.7196 0.100 0.136 0.764
#> GSM311763 1 0.1964 0.9017 0.944 0.000 0.056
#> GSM311764 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311765 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311769 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311770 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311771 3 0.5621 0.5464 0.000 0.308 0.692
#> GSM311772 3 0.5393 0.7603 0.108 0.072 0.820
#> GSM311773 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311774 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311775 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311777 3 0.6341 0.5267 0.016 0.312 0.672
#> GSM311778 1 0.0475 0.9449 0.992 0.004 0.004
#> GSM311779 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.3752 0.8058 0.856 0.000 0.144
#> GSM311786 3 0.5591 0.5535 0.000 0.304 0.696
#> GSM311787 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311789 2 0.5848 0.6110 0.268 0.720 0.012
#> GSM311790 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311792 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311793 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311796 1 0.1129 0.9327 0.976 0.020 0.004
#> GSM311797 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.3682 0.8343 0.116 0.876 0.008
#> GSM311799 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311800 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311801 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 3 0.6715 0.5152 0.028 0.312 0.660
#> GSM311804 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311806 1 0.0237 0.9463 0.996 0.004 0.000
#> GSM311807 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311808 1 0.1765 0.9158 0.956 0.040 0.004
#> GSM311809 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.4930 0.7679 0.120 0.044 0.836
#> GSM311811 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311812 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311815 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.5327 0.6254 0.728 0.000 0.272
#> GSM311818 2 0.1647 0.9174 0.004 0.960 0.036
#> GSM311819 1 0.6018 0.5367 0.684 0.308 0.008
#> GSM311820 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311823 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311826 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0424 0.9427 0.000 0.992 0.008
#> GSM311828 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0237 0.9453 0.000 0.996 0.004
#> GSM311832 1 0.2625 0.8756 0.916 0.000 0.084
#> GSM311833 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311834 2 0.5397 0.5361 0.000 0.720 0.280
#> GSM311835 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.7974 0.4421 0.084 0.312 0.604
#> GSM311843 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 3 0.6215 0.2535 0.000 0.428 0.572
#> GSM311845 2 0.0237 0.9453 0.000 0.996 0.004
#> GSM311846 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311847 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311848 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311850 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311852 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 3 0.6624 0.6151 0.044 0.248 0.708
#> GSM311854 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 1 0.9211 0.2221 0.512 0.312 0.176
#> GSM311856 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311859 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.6252 0.2256 0.556 0.000 0.444
#> GSM311861 1 0.5706 0.5370 0.680 0.000 0.320
#> GSM311862 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311866 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0237 0.9453 0.000 0.996 0.004
#> GSM311871 1 0.1453 0.9277 0.968 0.024 0.008
#> GSM311872 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 1 0.9956 -0.0752 0.380 0.312 0.308
#> GSM311874 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 1 0.5815 0.5582 0.692 0.004 0.304
#> GSM311880 2 0.3682 0.8342 0.116 0.876 0.008
#> GSM311881 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311883 1 0.5873 0.5351 0.684 0.312 0.004
#> GSM311884 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311885 3 0.6154 0.6837 0.044 0.204 0.752
#> GSM311886 2 0.0237 0.9453 0.000 0.996 0.004
#> GSM311887 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311888 2 0.0237 0.9453 0.000 0.996 0.004
#> GSM311889 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311890 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311891 1 0.0848 0.9400 0.984 0.008 0.008
#> GSM311892 2 0.4682 0.7226 0.192 0.804 0.004
#> GSM311893 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 1 0.6460 0.2138 0.556 0.004 0.440
#> GSM311896 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311897 3 0.6460 0.1699 0.440 0.004 0.556
#> GSM311898 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311900 3 0.5553 0.5991 0.272 0.004 0.724
#> GSM311901 1 0.1267 0.9299 0.972 0.024 0.004
#> GSM311902 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311903 2 0.1267 0.9272 0.024 0.972 0.004
#> GSM311904 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311906 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311907 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311908 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 3 0.8553 0.3898 0.336 0.112 0.552
#> GSM311911 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.3349 0.8462 0.888 0.108 0.004
#> GSM311914 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9470 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0000 0.8789 0.000 0.000 1.000
#> GSM311917 1 0.0237 0.9469 0.996 0.000 0.004
#> GSM311918 3 0.4473 0.7344 0.164 0.008 0.828
#> GSM311919 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.0237 0.8796 0.000 0.004 0.996
#> GSM311921 2 0.3375 0.8515 0.100 0.892 0.008
#> GSM311922 2 0.3607 0.8388 0.112 0.880 0.008
#> GSM311923 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311762 3 0.5045 0.53572 0.304 0.004 0.680 0.012
#> GSM311763 4 0.5451 0.15595 0.464 0.004 0.008 0.524
#> GSM311764 3 0.0376 0.91196 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM311765 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311766 2 0.1151 0.92006 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM311767 1 0.1302 0.79036 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311768 3 0.0779 0.90832 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM311769 1 0.0817 0.77280 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 3 0.1118 0.89768 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311772 4 0.5133 0.42239 0.024 0.004 0.268 0.704
#> GSM311773 4 0.3400 0.82852 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM311774 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 3 0.0524 0.91122 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM311777 3 0.5157 0.54799 0.304 0.004 0.676 0.016
#> GSM311778 1 0.3428 0.69042 0.844 0.144 0.000 0.012
#> GSM311779 4 0.4222 0.72595 0.272 0.000 0.000 0.728
#> GSM311780 4 0.3356 0.82840 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311781 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311782 1 0.1936 0.77088 0.940 0.032 0.000 0.028
#> GSM311783 1 0.3486 0.73960 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM311784 1 0.3444 0.74528 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311785 1 0.2944 0.78135 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM311786 3 0.3486 0.74584 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM311787 2 0.0817 0.92061 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.3610 0.81864 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM311789 1 0.6253 0.54835 0.664 0.240 0.008 0.088
#> GSM311790 2 0.1284 0.91925 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM311791 3 0.3043 0.84834 0.008 0.004 0.876 0.112
#> GSM311792 1 0.3123 0.75959 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM311793 2 0.1284 0.91925 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM311794 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311795 3 0.0469 0.91004 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311796 1 0.3257 0.76334 0.844 0.004 0.000 0.152
#> GSM311797 1 0.1388 0.76430 0.960 0.028 0.000 0.012
#> GSM311798 1 0.5284 0.56880 0.696 0.264 0.000 0.040
#> GSM311799 3 0.0895 0.90753 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM311800 3 0.1911 0.88811 0.020 0.004 0.944 0.032
#> GSM311801 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311802 1 0.2760 0.77551 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM311803 1 0.4989 0.05437 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM311804 4 0.4382 0.71311 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM311805 3 0.0469 0.91004 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311806 4 0.3528 0.82455 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311807 3 0.1978 0.88232 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM311808 1 0.4720 0.55078 0.672 0.004 0.000 0.324
#> GSM311809 1 0.1716 0.79077 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM311810 4 0.5061 0.41792 0.020 0.004 0.272 0.704
#> GSM311811 1 0.2032 0.75334 0.936 0.028 0.000 0.036
#> GSM311812 3 0.0469 0.91004 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311813 4 0.3649 0.81476 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM311814 1 0.1302 0.79005 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311815 3 0.0469 0.91004 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311816 4 0.3528 0.82515 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311817 4 0.4551 0.71912 0.268 0.004 0.004 0.724
#> GSM311818 1 0.8143 0.11933 0.388 0.292 0.008 0.312
#> GSM311819 1 0.2654 0.78743 0.888 0.004 0.000 0.108
#> GSM311820 1 0.1302 0.79044 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311821 1 0.3024 0.76826 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM311822 1 0.0188 0.78108 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.1284 0.91925 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM311824 1 0.4989 0.05720 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM311825 1 0.2011 0.78949 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM311826 1 0.0817 0.78751 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311827 2 0.6385 0.53653 0.268 0.644 0.012 0.076
#> GSM311828 2 0.0804 0.91962 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM311829 1 0.3975 0.68738 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM311830 2 0.2699 0.88137 0.028 0.904 0.000 0.068
#> GSM311832 4 0.3444 0.82821 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311833 3 0.0188 0.91238 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311834 4 0.5696 0.22527 0.024 0.380 0.004 0.592
#> GSM311835 1 0.3907 0.69696 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM311836 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311837 2 0.1256 0.91253 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM311838 2 0.0895 0.92062 0.020 0.976 0.000 0.004
#> GSM311839 4 0.3356 0.82840 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311840 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311841 1 0.0592 0.78567 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311842 1 0.4955 0.15447 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM311843 1 0.1302 0.79061 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311844 4 0.6353 0.44495 0.024 0.076 0.220 0.680
#> GSM311845 1 0.5337 0.24398 0.564 0.424 0.000 0.012
#> GSM311846 3 0.1398 0.89837 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM311847 1 0.2814 0.77374 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM311848 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311849 1 0.1388 0.76430 0.960 0.028 0.000 0.012
#> GSM311850 1 0.0000 0.78224 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.3907 0.68092 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM311853 3 0.5060 0.29827 0.412 0.000 0.584 0.004
#> GSM311854 1 0.3569 0.72672 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM311855 1 0.4283 0.71345 0.828 0.004 0.092 0.076
#> GSM311856 1 0.0524 0.78113 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM311857 1 0.2973 0.77093 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM311858 3 0.3292 0.84234 0.016 0.004 0.868 0.112
#> GSM311859 1 0.2345 0.78632 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311860 4 0.5001 0.78561 0.168 0.004 0.060 0.768
#> GSM311861 1 0.5165 0.00894 0.512 0.000 0.004 0.484
#> GSM311862 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311863 2 0.0927 0.91922 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM311864 4 0.3569 0.82133 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311865 1 0.3610 0.72432 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311866 1 0.1302 0.79067 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311867 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.2469 0.78336 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311869 2 0.1388 0.91788 0.028 0.960 0.000 0.012
#> GSM311870 2 0.1388 0.91788 0.028 0.960 0.000 0.012
#> GSM311871 1 0.1767 0.75728 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM311872 4 0.4697 0.55926 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM311873 4 0.3201 0.69988 0.032 0.072 0.008 0.888
#> GSM311874 4 0.4967 0.30160 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM311875 4 0.3591 0.81228 0.168 0.000 0.008 0.824
#> GSM311876 4 0.3356 0.82840 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311877 4 0.3311 0.82702 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311879 4 0.3819 0.80939 0.172 0.004 0.008 0.816
#> GSM311880 1 0.5174 0.39065 0.620 0.368 0.000 0.012
#> GSM311881 2 0.1151 0.92006 0.024 0.968 0.000 0.008
#> GSM311882 3 0.3403 0.83877 0.020 0.004 0.864 0.112
#> GSM311883 1 0.6229 0.03042 0.492 0.036 0.008 0.464
#> GSM311884 1 0.4843 0.32853 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM311885 3 0.4799 0.57856 0.284 0.004 0.704 0.008
#> GSM311886 2 0.4485 0.70184 0.028 0.772 0.000 0.200
#> GSM311887 1 0.3528 0.73075 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM311888 2 0.2060 0.89995 0.052 0.932 0.000 0.016
#> GSM311889 3 0.0469 0.91004 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.2868 0.77841 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM311892 4 0.7494 0.41566 0.236 0.264 0.000 0.500
#> GSM311893 1 0.0592 0.78567 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311894 1 0.2704 0.77736 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM311895 4 0.3915 0.73238 0.088 0.008 0.052 0.852
#> GSM311896 3 0.0188 0.91238 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311897 4 0.3450 0.74646 0.084 0.004 0.040 0.872
#> GSM311898 1 0.0188 0.78309 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311899 3 0.0188 0.91238 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311900 4 0.5105 0.43171 0.024 0.004 0.264 0.708
#> GSM311901 1 0.2593 0.74668 0.904 0.080 0.000 0.016
#> GSM311902 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311903 2 0.4387 0.64910 0.236 0.752 0.000 0.012
#> GSM311904 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311905 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311906 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311907 3 0.0188 0.91238 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311908 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311909 4 0.3356 0.82840 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311910 4 0.3681 0.64870 0.024 0.004 0.124 0.848
#> GSM311911 3 0.0188 0.91206 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311912 2 0.0921 0.90959 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM311913 1 0.2469 0.78275 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311914 3 0.0000 0.91256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.1284 0.91925 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM311916 3 0.0376 0.91203 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM311917 1 0.4933 0.20187 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311918 3 0.5832 0.37526 0.368 0.004 0.596 0.032
#> GSM311919 4 0.3444 0.82842 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311920 3 0.0895 0.90753 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM311921 2 0.5681 0.20414 0.404 0.568 0.000 0.028
#> GSM311922 1 0.5408 0.02739 0.500 0.488 0.000 0.012
#> GSM311923 1 0.1388 0.76430 0.960 0.028 0.000 0.012
#> GSM311831 4 0.3356 0.82840 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311878 1 0.2921 0.76958 0.860 0.000 0.000 0.140
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.3895 0.544 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM311763 4 0.1410 0.914 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM311764 5 0.1410 0.914 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM311765 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0703 0.844 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311768 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311770 3 0.0703 0.866 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311771 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311772 5 0.0671 0.934 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> GSM311773 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311774 3 0.0703 0.866 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311775 3 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311776 5 0.0404 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311777 3 0.0794 0.862 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311780 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311781 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.4084 0.637 0.668 0.004 0.000 0.328 0.000
#> GSM311783 1 0.3932 0.656 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM311784 1 0.4297 0.369 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM311785 1 0.0510 0.843 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311786 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311789 1 0.2439 0.779 0.876 0.120 0.004 0.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 5 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.3741 0.724 0.732 0.000 0.004 0.264 0.000
#> GSM311793 2 0.0404 0.948 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311794 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311795 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311796 4 0.2694 0.823 0.128 0.000 0.004 0.864 0.004
#> GSM311797 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0162 0.837 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM311799 5 0.0404 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311800 3 0.5775 0.391 0.000 0.000 0.608 0.148 0.244
#> GSM311801 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0609 0.844 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311803 3 0.3210 0.713 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM311804 4 0.0162 0.960 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311805 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.0162 0.960 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311807 5 0.0162 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311808 4 0.2389 0.843 0.116 0.000 0.004 0.880 0.000
#> GSM311809 1 0.0703 0.844 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311810 5 0.1386 0.930 0.000 0.000 0.016 0.032 0.952
#> GSM311811 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311812 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.4138 0.566 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM311815 3 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM311816 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311817 4 0.3398 0.662 0.216 0.000 0.004 0.780 0.000
#> GSM311818 2 0.4359 0.564 0.000 0.692 0.004 0.016 0.288
#> GSM311819 1 0.2286 0.822 0.888 0.000 0.004 0.108 0.000
#> GSM311820 1 0.2813 0.797 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM311821 1 0.3210 0.768 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM311822 1 0.0404 0.843 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311823 2 0.0451 0.949 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM311824 4 0.1608 0.901 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM311825 1 0.0510 0.843 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311826 1 0.0404 0.843 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311827 2 0.1618 0.918 0.008 0.944 0.040 0.000 0.008
#> GSM311828 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.3913 0.661 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM311830 2 0.0566 0.947 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM311832 4 0.0324 0.958 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM311833 5 0.0510 0.939 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM311834 5 0.3831 0.735 0.000 0.188 0.004 0.024 0.784
#> GSM311835 1 0.3895 0.666 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM311836 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0404 0.843 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311842 3 0.4192 0.339 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0510 0.844 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311844 5 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.1768 0.886 0.072 0.924 0.000 0.000 0.004
#> GSM311846 5 0.0404 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311847 1 0.0510 0.843 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0290 0.841 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311851 3 0.0703 0.866 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311852 1 0.4219 0.504 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM311853 3 0.4045 0.466 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM311854 1 0.3586 0.726 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM311855 1 0.0992 0.842 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> GSM311856 1 0.0162 0.840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311857 1 0.3424 0.746 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM311858 5 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.4201 0.521 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM311860 4 0.0771 0.950 0.020 0.000 0.004 0.976 0.000
#> GSM311861 1 0.4430 0.387 0.540 0.000 0.004 0.456 0.000
#> GSM311862 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 4 0.0510 0.952 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM311865 1 0.1851 0.830 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM311866 1 0.0510 0.844 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311867 3 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM311868 1 0.0609 0.844 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311869 2 0.0404 0.948 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0404 0.948 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311872 4 0.1732 0.891 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM311873 5 0.3635 0.699 0.000 0.000 0.004 0.248 0.748
#> GSM311874 4 0.0703 0.947 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM311875 4 0.0880 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311876 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311877 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311879 4 0.0865 0.943 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> GSM311880 1 0.3109 0.719 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 5 0.0000 0.939 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 4 0.1285 0.942 0.036 0.000 0.004 0.956 0.004
#> GSM311884 1 0.3857 0.672 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM311885 3 0.3838 0.614 0.280 0.000 0.716 0.000 0.004
#> GSM311886 2 0.1788 0.900 0.008 0.932 0.000 0.056 0.004
#> GSM311887 1 0.0609 0.844 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311888 2 0.0912 0.938 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> GSM311889 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0703 0.866 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311891 1 0.0510 0.843 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311892 2 0.4498 0.514 0.012 0.676 0.004 0.304 0.004
#> GSM311893 1 0.0404 0.843 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311894 1 0.2605 0.810 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM311895 4 0.2970 0.750 0.000 0.000 0.004 0.828 0.168
#> GSM311896 5 0.0404 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311897 5 0.3196 0.764 0.000 0.000 0.004 0.192 0.804
#> GSM311898 1 0.0404 0.843 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311899 5 0.1608 0.900 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM311900 5 0.0865 0.931 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> GSM311901 1 0.5177 0.695 0.688 0.132 0.000 0.180 0.000
#> GSM311902 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311903 2 0.3109 0.711 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311905 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311906 3 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311907 5 0.0404 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM311908 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311909 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311910 5 0.1124 0.925 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM311911 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1041 0.843 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM311914 3 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM311915 2 0.0290 0.950 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.4278 0.407 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> GSM311918 3 0.3661 0.636 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.0000 0.961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311920 5 0.2230 0.854 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM311921 1 0.3876 0.584 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0609 0.831 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.838 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.0162 0.961 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311878 1 0.4235 0.485 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311762 6 0.4982 0.6484 0.176 0.000 0.000 0.000 0.176 0.648
#> GSM311763 1 0.3833 -0.1844 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> GSM311764 3 0.2512 0.8800 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060 0.060
#> GSM311765 2 0.2006 0.8714 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.3756 -0.0418 0.712 0.000 0.000 0.020 0.268 0.000
#> GSM311768 6 0.2882 0.8012 0.028 0.000 0.000 0.004 0.120 0.848
#> GSM311769 1 0.3862 -0.4576 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM311770 6 0.1890 0.7941 0.000 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> GSM311771 6 0.3456 0.7799 0.040 0.000 0.000 0.000 0.172 0.788
#> GSM311772 3 0.0632 0.8981 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311773 4 0.2588 0.6839 0.008 0.000 0.024 0.876 0.092 0.000
#> GSM311774 6 0.1890 0.7941 0.000 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> GSM311775 6 0.1700 0.7991 0.000 0.000 0.024 0.000 0.048 0.928
#> GSM311776 3 0.0935 0.9033 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM311777 6 0.4556 0.7107 0.116 0.000 0.000 0.000 0.188 0.696
#> GSM311778 1 0.4449 -0.4749 0.532 0.000 0.000 0.000 0.440 0.028
#> GSM311779 4 0.3620 0.5932 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM311780 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311781 4 0.3309 0.6519 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> GSM311782 1 0.2169 0.4087 0.900 0.012 0.000 0.080 0.008 0.000
#> GSM311783 1 0.2664 0.4479 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.2762 0.4189 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM311785 5 0.5126 0.2820 0.456 0.000 0.000 0.036 0.484 0.024
#> GSM311786 6 0.3960 0.7586 0.072 0.000 0.000 0.000 0.176 0.752
#> GSM311787 2 0.1588 0.8811 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> GSM311788 4 0.3309 0.6507 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> GSM311789 1 0.6610 -0.4154 0.472 0.168 0.000 0.016 0.316 0.028
#> GSM311790 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.5223 0.3115 0.648 0.000 0.000 0.236 0.088 0.028
#> GSM311793 2 0.0603 0.8847 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM311794 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311795 6 0.0891 0.8239 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> GSM311796 1 0.3833 -0.1863 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> GSM311797 1 0.3857 -0.4420 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM311798 5 0.5029 0.6710 0.376 0.032 0.000 0.000 0.564 0.028
#> GSM311799 3 0.1151 0.9017 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM311800 6 0.8010 0.2313 0.116 0.000 0.284 0.080 0.124 0.396
#> GSM311801 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311802 1 0.3065 0.2321 0.820 0.000 0.000 0.028 0.152 0.000
#> GSM311803 6 0.4526 0.7126 0.116 0.000 0.000 0.000 0.184 0.700
#> GSM311804 4 0.3727 0.5639 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM311805 6 0.0632 0.8237 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311806 4 0.2875 0.6387 0.096 0.000 0.052 0.852 0.000 0.000
#> GSM311807 3 0.0820 0.9038 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM311808 1 0.3915 -0.0940 0.584 0.000 0.000 0.412 0.004 0.000
#> GSM311809 1 0.1556 0.2970 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM311810 3 0.0972 0.8991 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> GSM311811 1 0.4987 -0.4822 0.516 0.000 0.000 0.024 0.432 0.028
#> GSM311812 6 0.1341 0.8226 0.024 0.000 0.000 0.000 0.028 0.948
#> GSM311813 4 0.3706 0.5676 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.2668 0.4445 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> GSM311815 6 0.1518 0.8204 0.024 0.000 0.024 0.000 0.008 0.944
#> GSM311816 4 0.3817 0.4770 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.5850 0.2415 0.580 0.000 0.000 0.232 0.160 0.028
#> GSM311818 2 0.6279 0.1699 0.000 0.492 0.344 0.072 0.092 0.000
#> GSM311819 1 0.4981 0.3525 0.696 0.000 0.000 0.108 0.168 0.028
#> GSM311820 1 0.3352 0.3322 0.816 0.000 0.000 0.072 0.112 0.000
#> GSM311821 1 0.1588 0.4284 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000
#> GSM311822 1 0.4381 -0.4645 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> GSM311823 2 0.0146 0.8873 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311824 4 0.3868 0.3690 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.4249 -0.2195 0.640 0.000 0.000 0.032 0.328 0.000
#> GSM311826 1 0.3446 -0.1913 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM311827 2 0.6358 0.4147 0.116 0.548 0.004 0.004 0.272 0.056
#> GSM311828 2 0.1858 0.8765 0.000 0.904 0.000 0.004 0.092 0.000
#> GSM311829 1 0.2135 0.4486 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM311830 2 0.1155 0.8690 0.000 0.956 0.036 0.004 0.004 0.000
#> GSM311832 4 0.2553 0.6308 0.008 0.000 0.144 0.848 0.000 0.000
#> GSM311833 3 0.3336 0.8286 0.000 0.000 0.812 0.000 0.056 0.132
#> GSM311834 3 0.3799 0.7237 0.000 0.196 0.764 0.016 0.024 0.000
#> GSM311835 1 0.2100 0.4441 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> GSM311836 4 0.3659 0.5821 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311840 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311841 1 0.3851 -0.4320 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> GSM311842 6 0.4884 0.6634 0.128 0.000 0.000 0.000 0.220 0.652
#> GSM311843 1 0.3541 -0.0382 0.728 0.000 0.000 0.012 0.260 0.000
#> GSM311844 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 2 0.4091 0.6362 0.128 0.780 0.000 0.000 0.064 0.028
#> GSM311846 3 0.1633 0.8953 0.000 0.000 0.932 0.000 0.044 0.024
#> GSM311847 1 0.3109 0.0379 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224 0.000
#> GSM311848 2 0.3168 0.8256 0.000 0.820 0.000 0.004 0.148 0.028
#> GSM311849 1 0.4449 -0.4749 0.532 0.000 0.000 0.000 0.440 0.028
#> GSM311850 1 0.3857 -0.4420 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM311851 6 0.1890 0.7941 0.000 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> GSM311852 1 0.3774 0.1409 0.664 0.000 0.000 0.328 0.008 0.000
#> GSM311853 6 0.4745 0.6860 0.136 0.000 0.000 0.000 0.188 0.676
#> GSM311854 1 0.2668 0.4508 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> GSM311855 1 0.5639 -0.0555 0.524 0.008 0.000 0.024 0.380 0.064
#> GSM311856 1 0.3854 -0.4372 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> GSM311857 1 0.1700 0.4306 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000
#> GSM311858 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.2738 0.4432 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004 0.000
#> GSM311860 1 0.6094 0.1734 0.568 0.000 0.000 0.252 0.120 0.060
#> GSM311861 1 0.5862 0.2922 0.596 0.000 0.000 0.196 0.172 0.036
#> GSM311862 4 0.3330 0.6479 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.3862 -0.3225 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.2527 0.4199 0.876 0.000 0.000 0.084 0.040 0.000
#> GSM311866 1 0.3360 -0.0686 0.732 0.000 0.000 0.004 0.264 0.000
#> GSM311867 6 0.2187 0.8138 0.024 0.000 0.024 0.000 0.040 0.912
#> GSM311868 1 0.3612 0.1552 0.764 0.000 0.000 0.036 0.200 0.000
#> GSM311869 2 0.0146 0.8873 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311870 2 0.0291 0.8873 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311871 1 0.4463 -0.5067 0.516 0.000 0.000 0.000 0.456 0.028
#> GSM311872 4 0.3869 0.3304 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.5073 0.5770 0.000 0.060 0.628 0.288 0.024 0.000
#> GSM311874 4 0.3817 0.4665 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM311875 4 0.3806 0.5042 0.008 0.000 0.212 0.752 0.028 0.000
#> GSM311876 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311877 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311879 4 0.3534 0.5388 0.004 0.000 0.200 0.772 0.024 0.000
#> GSM311880 5 0.5395 0.7250 0.304 0.064 0.000 0.004 0.600 0.028
#> GSM311881 2 0.0000 0.8880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.9046 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311883 1 0.6461 -0.0508 0.520 0.060 0.012 0.340 0.040 0.028
#> GSM311884 1 0.4717 0.4080 0.720 0.000 0.000 0.132 0.128 0.020
#> GSM311885 6 0.4951 0.6994 0.128 0.000 0.000 0.012 0.180 0.680
#> GSM311886 2 0.0508 0.8843 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM311887 1 0.3852 0.3523 0.760 0.000 0.000 0.064 0.176 0.000
#> GSM311888 2 0.0405 0.8857 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM311889 6 0.0632 0.8237 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311890 6 0.1890 0.7941 0.000 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> GSM311891 1 0.4835 0.0614 0.596 0.000 0.000 0.044 0.348 0.012
#> GSM311892 2 0.4734 0.5711 0.008 0.680 0.068 0.240 0.004 0.000
#> GSM311893 1 0.3828 -0.4112 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> GSM311894 1 0.2135 0.4470 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM311895 4 0.5935 0.3693 0.128 0.000 0.340 0.508 0.024 0.000
#> GSM311896 3 0.2786 0.8640 0.000 0.000 0.860 0.000 0.056 0.084
#> GSM311897 3 0.2573 0.8259 0.000 0.000 0.864 0.112 0.024 0.000
#> GSM311898 1 0.3854 -0.4368 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> GSM311899 3 0.3892 0.7694 0.000 0.000 0.752 0.000 0.060 0.188
#> GSM311900 3 0.0891 0.8977 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> GSM311901 1 0.5467 0.1401 0.612 0.284 0.000 0.068 0.008 0.028
#> GSM311902 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311903 2 0.5904 0.4540 0.164 0.592 0.000 0.004 0.212 0.028
#> GSM311904 4 0.3499 0.6224 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM311905 4 0.2912 0.6718 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM311906 6 0.1844 0.8024 0.004 0.000 0.024 0.000 0.048 0.924
#> GSM311907 3 0.2837 0.8616 0.000 0.000 0.856 0.000 0.056 0.088
#> GSM311908 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311909 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311910 3 0.1261 0.8930 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> GSM311911 6 0.0632 0.8237 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM311912 2 0.1806 0.8779 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> GSM311913 1 0.4731 0.2767 0.692 0.000 0.000 0.048 0.228 0.032
#> GSM311914 6 0.2042 0.8157 0.024 0.000 0.024 0.000 0.032 0.920
#> GSM311915 2 0.0146 0.8873 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311916 6 0.3076 0.7998 0.044 0.000 0.000 0.004 0.112 0.840
#> GSM311917 1 0.4414 0.3370 0.704 0.000 0.000 0.204 0.092 0.000
#> GSM311918 6 0.5029 0.6516 0.168 0.000 0.000 0.004 0.172 0.656
#> GSM311919 4 0.3101 0.6642 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.3715 0.7393 0.000 0.000 0.764 0.000 0.048 0.188
#> GSM311921 5 0.6329 0.6220 0.300 0.172 0.000 0.004 0.496 0.028
#> GSM311922 5 0.4783 0.7294 0.300 0.032 0.000 0.000 0.640 0.028
#> GSM311923 1 0.3857 -0.4420 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM311831 4 0.2212 0.6867 0.008 0.000 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM311878 1 0.2994 0.4150 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:mclust 152 0.477 2
#> MAD:mclust 155 0.387 3
#> MAD:mclust 141 0.645 4
#> MAD:mclust 156 0.481 5
#> MAD:mclust 98 0.510 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.911 0.937 0.972 0.5004 0.500 0.500
#> 3 3 0.501 0.617 0.819 0.3181 0.741 0.533
#> 4 4 0.599 0.669 0.829 0.1209 0.786 0.479
#> 5 5 0.741 0.729 0.866 0.0829 0.851 0.506
#> 6 6 0.698 0.663 0.799 0.0354 0.918 0.636
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.2236 0.946 0.036 0.964
#> GSM311762 1 0.3733 0.908 0.928 0.072
#> GSM311763 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311765 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.9866 0.271 0.568 0.432
#> GSM311771 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> GSM311775 1 0.4939 0.872 0.892 0.108
#> GSM311776 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.9460 0.428 0.636 0.364
#> GSM311780 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311781 2 0.9815 0.288 0.420 0.580
#> GSM311782 1 0.1184 0.957 0.984 0.016
#> GSM311783 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311789 1 0.6438 0.810 0.836 0.164
#> GSM311790 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.8763 0.590 0.296 0.704
#> GSM311797 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311800 2 0.3431 0.918 0.064 0.936
#> GSM311801 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.4161 0.896 0.916 0.084
#> GSM311805 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311808 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.2236 0.940 0.964 0.036
#> GSM311814 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.2423 0.937 0.960 0.040
#> GSM311817 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311827 1 0.7602 0.730 0.780 0.220
#> GSM311828 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311833 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.7056 0.763 0.808 0.192
#> GSM311837 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311839 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> GSM311840 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM311841 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311848 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.6343 0.803 0.160 0.840
#> GSM311852 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.9248 0.513 0.660 0.340
#> GSM311861 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311862 2 0.4815 0.877 0.104 0.896
#> GSM311863 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.4690 0.880 0.900 0.100
#> GSM311868 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0376 0.966 0.996 0.004
#> GSM311873 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311874 2 0.1184 0.963 0.016 0.984
#> GSM311875 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311876 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311877 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311879 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.8499 0.642 0.724 0.276
#> GSM311886 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.3114 0.926 0.056 0.944
#> GSM311891 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311897 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.9775 0.310 0.412 0.588
#> GSM311902 2 0.0672 0.968 0.008 0.992
#> GSM311903 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311904 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM311905 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> GSM311906 1 0.6712 0.791 0.824 0.176
#> GSM311907 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311908 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311909 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311910 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311919 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM311920 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
#> GSM311831 2 0.0000 0.974 0.000 1.000
#> GSM311878 1 0.0000 0.969 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.5659 0.6329 0.012 0.740 0.248
#> GSM311762 3 0.5810 0.4212 0.336 0.000 0.664
#> GSM311763 2 0.3752 0.7228 0.000 0.856 0.144
#> GSM311764 3 0.1529 0.7582 0.000 0.040 0.960
#> GSM311765 1 0.5292 0.6279 0.764 0.008 0.228
#> GSM311766 2 0.6274 0.2241 0.000 0.544 0.456
#> GSM311767 1 0.3192 0.7633 0.888 0.112 0.000
#> GSM311768 1 0.6225 0.2330 0.568 0.000 0.432
#> GSM311769 1 0.0475 0.7869 0.992 0.004 0.004
#> GSM311770 3 0.1753 0.7618 0.048 0.000 0.952
#> GSM311771 1 0.6154 0.2944 0.592 0.000 0.408
#> GSM311772 2 0.5178 0.6240 0.000 0.744 0.256
#> GSM311773 2 0.0237 0.7595 0.004 0.996 0.000
#> GSM311774 3 0.0829 0.7671 0.012 0.004 0.984
#> GSM311775 3 0.2959 0.7297 0.100 0.000 0.900
#> GSM311776 3 0.3192 0.7185 0.000 0.112 0.888
#> GSM311777 3 0.5431 0.5179 0.284 0.000 0.716
#> GSM311778 1 0.4002 0.7307 0.840 0.160 0.000
#> GSM311779 2 0.5497 0.5324 0.292 0.708 0.000
#> GSM311780 2 0.1411 0.7569 0.036 0.964 0.000
#> GSM311781 2 0.5291 0.5706 0.268 0.732 0.000
#> GSM311782 2 0.6140 0.2936 0.404 0.596 0.000
#> GSM311783 1 0.4504 0.6940 0.804 0.196 0.000
#> GSM311784 1 0.6204 0.2504 0.576 0.424 0.000
#> GSM311785 1 0.1964 0.7699 0.944 0.000 0.056
#> GSM311786 1 0.6204 0.2552 0.576 0.000 0.424
#> GSM311787 2 0.5216 0.6163 0.000 0.740 0.260
#> GSM311788 2 0.1031 0.7591 0.024 0.976 0.000
#> GSM311789 3 0.6026 0.3214 0.376 0.000 0.624
#> GSM311790 2 0.2537 0.7471 0.000 0.920 0.080
#> GSM311791 3 0.5465 0.4923 0.000 0.288 0.712
#> GSM311792 1 0.2165 0.7827 0.936 0.064 0.000
#> GSM311793 3 0.5254 0.5263 0.000 0.264 0.736
#> GSM311794 2 0.6154 0.3335 0.000 0.592 0.408
#> GSM311795 1 0.5810 0.4395 0.664 0.000 0.336
#> GSM311796 2 0.5216 0.5815 0.260 0.740 0.000
#> GSM311797 1 0.1163 0.7813 0.972 0.000 0.028
#> GSM311798 1 0.3482 0.7199 0.872 0.000 0.128
#> GSM311799 3 0.4178 0.6604 0.000 0.172 0.828
#> GSM311800 3 0.1015 0.7672 0.012 0.008 0.980
#> GSM311801 2 0.5882 0.4813 0.000 0.652 0.348
#> GSM311802 1 0.2165 0.7817 0.936 0.064 0.000
#> GSM311803 1 0.6225 0.2336 0.568 0.000 0.432
#> GSM311804 2 0.5591 0.5119 0.304 0.696 0.000
#> GSM311805 1 0.6180 0.2745 0.584 0.000 0.416
#> GSM311806 2 0.1289 0.7577 0.032 0.968 0.000
#> GSM311807 3 0.4002 0.6741 0.000 0.160 0.840
#> GSM311808 2 0.1643 0.7549 0.044 0.956 0.000
#> GSM311809 1 0.1753 0.7848 0.952 0.048 0.000
#> GSM311810 2 0.5785 0.4977 0.000 0.668 0.332
#> GSM311811 1 0.1411 0.7787 0.964 0.000 0.036
#> GSM311812 1 0.6111 0.3210 0.604 0.000 0.396
#> GSM311813 2 0.5760 0.4690 0.328 0.672 0.000
#> GSM311814 2 0.6252 0.1760 0.444 0.556 0.000
#> GSM311815 3 0.5465 0.5106 0.288 0.000 0.712
#> GSM311816 2 0.5968 0.3923 0.364 0.636 0.000
#> GSM311817 1 0.2400 0.7836 0.932 0.064 0.004
#> GSM311818 3 0.5706 0.4218 0.000 0.320 0.680
#> GSM311819 1 0.2796 0.7474 0.908 0.000 0.092
#> GSM311820 1 0.4235 0.7153 0.824 0.176 0.000
#> GSM311821 1 0.4346 0.7071 0.816 0.184 0.000
#> GSM311822 1 0.0848 0.7873 0.984 0.008 0.008
#> GSM311823 2 0.3482 0.7304 0.000 0.872 0.128
#> GSM311824 1 0.6154 0.2947 0.592 0.408 0.000
#> GSM311825 1 0.1163 0.7813 0.972 0.000 0.028
#> GSM311826 1 0.1163 0.7871 0.972 0.028 0.000
#> GSM311827 3 0.2448 0.7457 0.076 0.000 0.924
#> GSM311828 3 0.6235 0.0734 0.000 0.436 0.564
#> GSM311829 1 0.4291 0.7112 0.820 0.180 0.000
#> GSM311830 2 0.3412 0.7316 0.000 0.876 0.124
#> GSM311832 2 0.0237 0.7592 0.000 0.996 0.004
#> GSM311833 3 0.1643 0.7570 0.000 0.044 0.956
#> GSM311834 2 0.4452 0.6874 0.000 0.808 0.192
#> GSM311835 1 0.4504 0.6936 0.804 0.196 0.000
#> GSM311836 2 0.5760 0.4681 0.328 0.672 0.000
#> GSM311837 3 0.3116 0.7195 0.000 0.108 0.892
#> GSM311838 2 0.4654 0.6772 0.000 0.792 0.208
#> GSM311839 2 0.2878 0.7350 0.096 0.904 0.000
#> GSM311840 2 0.3030 0.7479 0.004 0.904 0.092
#> GSM311841 1 0.0592 0.7851 0.988 0.000 0.012
#> GSM311842 1 0.6309 0.0325 0.504 0.000 0.496
#> GSM311843 1 0.2878 0.7707 0.904 0.096 0.000
#> GSM311844 2 0.6305 0.1319 0.000 0.516 0.484
#> GSM311845 2 0.6204 0.3258 0.000 0.576 0.424
#> GSM311846 3 0.2448 0.7436 0.000 0.076 0.924
#> GSM311847 1 0.0424 0.7859 0.992 0.000 0.008
#> GSM311848 1 0.5810 0.4649 0.664 0.000 0.336
#> GSM311849 1 0.1411 0.7789 0.964 0.000 0.036
#> GSM311850 1 0.0892 0.7834 0.980 0.000 0.020
#> GSM311851 3 0.1031 0.7670 0.024 0.000 0.976
#> GSM311852 1 0.3551 0.7521 0.868 0.132 0.000
#> GSM311853 1 0.6008 0.3713 0.628 0.000 0.372
#> GSM311854 1 0.3340 0.7591 0.880 0.120 0.000
#> GSM311855 1 0.6307 0.0618 0.512 0.000 0.488
#> GSM311856 1 0.1163 0.7870 0.972 0.028 0.000
#> GSM311857 1 0.4452 0.6982 0.808 0.192 0.000
#> GSM311858 3 0.6111 0.2432 0.000 0.396 0.604
#> GSM311859 1 0.6291 0.1126 0.532 0.468 0.000
#> GSM311860 1 0.8445 0.1737 0.488 0.088 0.424
#> GSM311861 1 0.1411 0.7799 0.964 0.000 0.036
#> GSM311862 2 0.4235 0.6834 0.176 0.824 0.000
#> GSM311863 2 0.4235 0.7033 0.000 0.824 0.176
#> GSM311864 2 0.6309 -0.0223 0.500 0.500 0.000
#> GSM311865 1 0.2878 0.7707 0.904 0.096 0.000
#> GSM311866 1 0.2448 0.7782 0.924 0.076 0.000
#> GSM311867 3 0.3412 0.7098 0.124 0.000 0.876
#> GSM311868 1 0.2448 0.7783 0.924 0.076 0.000
#> GSM311869 2 0.1832 0.7588 0.008 0.956 0.036
#> GSM311870 2 0.2261 0.7510 0.000 0.932 0.068
#> GSM311871 1 0.1411 0.7787 0.964 0.000 0.036
#> GSM311872 1 0.6305 0.0557 0.516 0.484 0.000
#> GSM311873 2 0.3879 0.7147 0.000 0.848 0.152
#> GSM311874 2 0.3551 0.7160 0.132 0.868 0.000
#> GSM311875 2 0.0892 0.7585 0.000 0.980 0.020
#> GSM311876 2 0.1163 0.7584 0.028 0.972 0.000
#> GSM311877 2 0.1860 0.7522 0.052 0.948 0.000
#> GSM311879 2 0.3340 0.7330 0.000 0.880 0.120
#> GSM311880 1 0.3551 0.7194 0.868 0.000 0.132
#> GSM311881 2 0.4452 0.6908 0.000 0.808 0.192
#> GSM311882 3 0.6225 0.1307 0.000 0.432 0.568
#> GSM311883 2 0.4796 0.6619 0.000 0.780 0.220
#> GSM311884 1 0.1753 0.7851 0.952 0.048 0.000
#> GSM311885 3 0.1860 0.7600 0.052 0.000 0.948
#> GSM311886 2 0.2625 0.7461 0.000 0.916 0.084
#> GSM311887 1 0.0661 0.7866 0.988 0.004 0.008
#> GSM311888 2 0.0747 0.7594 0.016 0.984 0.000
#> GSM311889 3 0.5988 0.3519 0.368 0.000 0.632
#> GSM311890 3 0.0829 0.7671 0.012 0.004 0.984
#> GSM311891 1 0.1529 0.7770 0.960 0.000 0.040
#> GSM311892 2 0.3879 0.7178 0.000 0.848 0.152
#> GSM311893 1 0.1163 0.7870 0.972 0.028 0.000
#> GSM311894 1 0.3116 0.7654 0.892 0.108 0.000
#> GSM311895 2 0.5098 0.6252 0.000 0.752 0.248
#> GSM311896 3 0.2356 0.7457 0.000 0.072 0.928
#> GSM311897 2 0.4605 0.6780 0.000 0.796 0.204
#> GSM311898 1 0.1031 0.7824 0.976 0.000 0.024
#> GSM311899 3 0.1289 0.7603 0.000 0.032 0.968
#> GSM311900 2 0.4887 0.6547 0.000 0.772 0.228
#> GSM311901 2 0.5553 0.5636 0.272 0.724 0.004
#> GSM311902 2 0.2959 0.7329 0.100 0.900 0.000
#> GSM311903 1 0.2066 0.7673 0.940 0.000 0.060
#> GSM311904 2 0.3551 0.7155 0.132 0.868 0.000
#> GSM311905 2 0.4702 0.6435 0.212 0.788 0.000
#> GSM311906 3 0.2448 0.7464 0.076 0.000 0.924
#> GSM311907 3 0.2537 0.7411 0.000 0.080 0.920
#> GSM311908 2 0.1289 0.7577 0.032 0.968 0.000
#> GSM311909 2 0.1163 0.7584 0.028 0.972 0.000
#> GSM311910 2 0.4235 0.6998 0.000 0.824 0.176
#> GSM311911 3 0.6244 0.1543 0.440 0.000 0.560
#> GSM311912 2 0.5178 0.6202 0.000 0.744 0.256
#> GSM311913 1 0.1163 0.7813 0.972 0.000 0.028
#> GSM311914 3 0.4291 0.6540 0.180 0.000 0.820
#> GSM311915 2 0.1411 0.7570 0.000 0.964 0.036
#> GSM311916 3 0.6244 0.1573 0.440 0.000 0.560
#> GSM311917 1 0.2796 0.7722 0.908 0.092 0.000
#> GSM311918 1 0.4062 0.6841 0.836 0.000 0.164
#> GSM311919 2 0.2448 0.7433 0.076 0.924 0.000
#> GSM311920 3 0.1031 0.7623 0.000 0.024 0.976
#> GSM311921 1 0.3619 0.7156 0.864 0.000 0.136
#> GSM311922 1 0.3412 0.7233 0.876 0.000 0.124
#> GSM311923 1 0.0237 0.7870 0.996 0.004 0.000
#> GSM311831 2 0.1031 0.7589 0.024 0.976 0.000
#> GSM311878 1 0.6225 0.2289 0.568 0.432 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.2271 0.86160 0.000 0.916 0.008 0.076
#> GSM311762 1 0.4776 0.55998 0.732 0.024 0.244 0.000
#> GSM311763 2 0.4431 0.68059 0.004 0.740 0.004 0.252
#> GSM311764 3 0.0000 0.83789 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.2342 0.81963 0.080 0.912 0.008 0.000
#> GSM311766 2 0.1610 0.86660 0.000 0.952 0.016 0.032
#> GSM311767 1 0.4868 0.55176 0.684 0.012 0.000 0.304
#> GSM311768 3 0.4977 0.10500 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM311769 1 0.2255 0.78423 0.920 0.012 0.000 0.068
#> GSM311770 3 0.0707 0.83751 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311771 1 0.3726 0.63292 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM311772 3 0.5873 0.31011 0.000 0.036 0.548 0.416
#> GSM311773 4 0.2928 0.66134 0.000 0.108 0.012 0.880
#> GSM311774 3 0.0469 0.83860 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311775 3 0.0921 0.83609 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311776 3 0.0188 0.83718 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311777 3 0.3668 0.70878 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM311778 1 0.5038 0.56204 0.684 0.020 0.000 0.296
#> GSM311779 4 0.2647 0.73790 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311780 4 0.0524 0.73692 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM311781 4 0.2408 0.74333 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM311782 4 0.4214 0.67600 0.204 0.016 0.000 0.780
#> GSM311783 4 0.5257 0.18108 0.444 0.008 0.000 0.548
#> GSM311784 4 0.4434 0.64654 0.228 0.016 0.000 0.756
#> GSM311785 1 0.0188 0.79304 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311786 1 0.4040 0.59214 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM311787 2 0.0524 0.86440 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM311788 4 0.3306 0.61776 0.000 0.156 0.004 0.840
#> GSM311789 2 0.4098 0.69650 0.204 0.784 0.012 0.000
#> GSM311790 2 0.4567 0.73427 0.000 0.740 0.016 0.244
#> GSM311791 3 0.3554 0.73512 0.000 0.020 0.844 0.136
#> GSM311792 1 0.3444 0.70975 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311793 2 0.1833 0.86539 0.000 0.944 0.024 0.032
#> GSM311794 2 0.1004 0.86795 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311795 1 0.2973 0.70560 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM311796 4 0.3219 0.73854 0.112 0.020 0.000 0.868
#> GSM311797 1 0.1004 0.79054 0.972 0.024 0.000 0.004
#> GSM311798 1 0.2796 0.75860 0.892 0.092 0.016 0.000
#> GSM311799 3 0.1211 0.82155 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311800 3 0.0336 0.83872 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311801 2 0.0524 0.86440 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM311802 1 0.1890 0.78870 0.936 0.008 0.000 0.056
#> GSM311803 1 0.3907 0.70147 0.828 0.140 0.032 0.000
#> GSM311804 4 0.2868 0.73079 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM311805 1 0.4193 0.56014 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM311806 4 0.0188 0.73974 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM311807 3 0.1302 0.81871 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM311808 4 0.3340 0.65196 0.004 0.144 0.004 0.848
#> GSM311809 1 0.3161 0.75647 0.864 0.012 0.000 0.124
#> GSM311810 3 0.5329 0.34199 0.000 0.012 0.568 0.420
#> GSM311811 1 0.1191 0.79249 0.968 0.024 0.004 0.004
#> GSM311812 1 0.3444 0.66390 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM311813 4 0.3300 0.72338 0.144 0.008 0.000 0.848
#> GSM311814 4 0.4507 0.65029 0.224 0.020 0.000 0.756
#> GSM311815 3 0.3801 0.67610 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM311816 4 0.3074 0.72112 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM311817 4 0.5573 0.13377 0.456 0.008 0.008 0.528
#> GSM311818 3 0.5432 0.64401 0.000 0.136 0.740 0.124
#> GSM311819 1 0.3494 0.70452 0.824 0.172 0.000 0.004
#> GSM311820 1 0.5597 0.09980 0.516 0.020 0.000 0.464
#> GSM311821 4 0.5408 0.00594 0.488 0.012 0.000 0.500
#> GSM311822 1 0.2949 0.77548 0.888 0.024 0.000 0.088
#> GSM311823 2 0.3925 0.80224 0.000 0.808 0.016 0.176
#> GSM311824 4 0.3945 0.66751 0.216 0.004 0.000 0.780
#> GSM311825 1 0.0336 0.79367 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311826 1 0.3142 0.75098 0.860 0.008 0.000 0.132
#> GSM311827 2 0.3900 0.74639 0.164 0.816 0.020 0.000
#> GSM311828 2 0.0927 0.85974 0.016 0.976 0.008 0.000
#> GSM311829 4 0.5172 0.31179 0.404 0.008 0.000 0.588
#> GSM311830 2 0.2329 0.85951 0.000 0.916 0.012 0.072
#> GSM311832 4 0.1388 0.72458 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM311833 3 0.0000 0.83789 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.5489 0.63819 0.000 0.664 0.040 0.296
#> GSM311835 4 0.5159 0.40728 0.364 0.012 0.000 0.624
#> GSM311836 4 0.2647 0.73790 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM311837 2 0.1443 0.86221 0.004 0.960 0.028 0.008
#> GSM311838 2 0.2861 0.84857 0.000 0.888 0.016 0.096
#> GSM311839 4 0.1661 0.75313 0.052 0.004 0.000 0.944
#> GSM311840 2 0.1302 0.86887 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311841 1 0.0921 0.79364 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311842 1 0.4053 0.61678 0.768 0.004 0.228 0.000
#> GSM311843 1 0.4891 0.54366 0.680 0.012 0.000 0.308
#> GSM311844 3 0.7442 0.24255 0.000 0.284 0.504 0.212
#> GSM311845 2 0.0524 0.86440 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM311846 3 0.0188 0.83718 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311847 1 0.1637 0.78800 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM311848 2 0.3718 0.74330 0.168 0.820 0.012 0.000
#> GSM311849 1 0.4661 0.42116 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.1174 0.79200 0.968 0.020 0.000 0.012
#> GSM311851 3 0.0592 0.83778 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM311852 1 0.2124 0.78548 0.924 0.008 0.000 0.068
#> GSM311853 1 0.3384 0.71653 0.860 0.024 0.116 0.000
#> GSM311854 1 0.5161 0.32926 0.592 0.008 0.000 0.400
#> GSM311855 1 0.4706 0.60642 0.732 0.020 0.248 0.000
#> GSM311856 1 0.1042 0.79348 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM311857 4 0.5193 0.28914 0.412 0.008 0.000 0.580
#> GSM311858 3 0.5690 0.60681 0.000 0.116 0.716 0.168
#> GSM311859 4 0.4175 0.67712 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM311860 3 0.4985 0.69470 0.072 0.004 0.776 0.148
#> GSM311861 1 0.4933 0.55595 0.688 0.000 0.016 0.296
#> GSM311862 4 0.2266 0.74833 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM311863 2 0.3597 0.82094 0.000 0.836 0.016 0.148
#> GSM311864 4 0.3626 0.69580 0.184 0.004 0.000 0.812
#> GSM311865 1 0.4477 0.54068 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311866 1 0.4485 0.63603 0.740 0.012 0.000 0.248
#> GSM311867 3 0.1118 0.83387 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311868 1 0.4428 0.59819 0.720 0.004 0.000 0.276
#> GSM311869 2 0.1022 0.86870 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311870 2 0.0524 0.86705 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM311871 1 0.0921 0.78749 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM311872 4 0.3726 0.67722 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM311873 4 0.5717 0.26023 0.000 0.324 0.044 0.632
#> GSM311874 4 0.5150 0.30241 0.008 0.396 0.000 0.596
#> GSM311875 4 0.2002 0.71080 0.000 0.044 0.020 0.936
#> GSM311876 4 0.1661 0.71440 0.000 0.052 0.004 0.944
#> GSM311877 4 0.0712 0.74212 0.008 0.004 0.004 0.984
#> GSM311879 4 0.4662 0.59806 0.000 0.092 0.112 0.796
#> GSM311880 2 0.4843 0.33677 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.2987 0.84501 0.000 0.880 0.016 0.104
#> GSM311882 3 0.7042 0.37608 0.000 0.240 0.572 0.188
#> GSM311883 4 0.6537 -0.04466 0.000 0.424 0.076 0.500
#> GSM311884 1 0.4222 0.60625 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM311885 3 0.2973 0.80115 0.096 0.020 0.884 0.000
#> GSM311886 2 0.3751 0.78983 0.000 0.800 0.004 0.196
#> GSM311887 1 0.1474 0.79005 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311888 4 0.4220 0.49070 0.000 0.248 0.004 0.748
#> GSM311889 3 0.3764 0.68061 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM311890 3 0.0469 0.83860 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM311891 1 0.0188 0.79353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311892 2 0.5036 0.68214 0.000 0.696 0.024 0.280
#> GSM311893 1 0.0817 0.79362 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311894 1 0.4008 0.62169 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311895 4 0.4776 0.44583 0.000 0.016 0.272 0.712
#> GSM311896 3 0.0188 0.83718 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311897 4 0.5596 0.28856 0.000 0.036 0.332 0.632
#> GSM311898 1 0.1174 0.79418 0.968 0.012 0.000 0.020
#> GSM311899 3 0.0000 0.83789 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 4 0.6432 0.12484 0.000 0.076 0.372 0.552
#> GSM311901 2 0.0927 0.86050 0.016 0.976 0.000 0.008
#> GSM311902 4 0.1576 0.75329 0.048 0.004 0.000 0.948
#> GSM311903 1 0.4566 0.76176 0.816 0.060 0.012 0.112
#> GSM311904 4 0.1716 0.75180 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM311905 4 0.2401 0.74760 0.092 0.004 0.000 0.904
#> GSM311906 3 0.0921 0.83609 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311907 3 0.0779 0.83683 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM311908 4 0.1902 0.70652 0.000 0.064 0.004 0.932
#> GSM311909 4 0.1661 0.71433 0.000 0.052 0.004 0.944
#> GSM311910 4 0.6756 0.28512 0.000 0.252 0.148 0.600
#> GSM311911 3 0.4925 0.24683 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM311912 2 0.0712 0.86459 0.004 0.984 0.004 0.008
#> GSM311913 1 0.2469 0.76823 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311914 3 0.1118 0.83387 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM311915 2 0.4353 0.75412 0.000 0.756 0.012 0.232
#> GSM311916 3 0.2647 0.78637 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM311917 1 0.4776 0.39406 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM311918 1 0.1389 0.78202 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM311919 4 0.1452 0.75343 0.036 0.008 0.000 0.956
#> GSM311920 3 0.0336 0.83832 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311921 1 0.4961 0.13989 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM311922 1 0.2275 0.78155 0.928 0.048 0.020 0.004
#> GSM311923 1 0.1297 0.79240 0.964 0.020 0.000 0.016
#> GSM311831 4 0.1209 0.72575 0.000 0.032 0.004 0.964
#> GSM311878 4 0.4955 0.48914 0.344 0.008 0.000 0.648
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.2773 0.77283 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM311762 1 0.1780 0.85051 0.940 0.024 0.028 0.008 0.000
#> GSM311763 4 0.6554 0.19369 0.312 0.224 0.000 0.464 0.000
#> GSM311764 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0162 0.85028 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.1012 0.85044 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311767 5 0.1043 0.81446 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM311768 3 0.2179 0.82639 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM311769 5 0.1671 0.80105 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM311770 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311771 1 0.3534 0.67447 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM311772 3 0.4335 0.50989 0.000 0.004 0.664 0.324 0.008
#> GSM311773 4 0.0000 0.83416 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0290 0.90527 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311776 3 0.0162 0.90613 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311777 3 0.2612 0.81631 0.008 0.000 0.868 0.000 0.124
#> GSM311778 5 0.0404 0.81454 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM311779 5 0.4173 0.55027 0.012 0.000 0.000 0.300 0.688
#> GSM311780 4 0.2329 0.76318 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM311781 4 0.3961 0.58694 0.016 0.000 0.000 0.736 0.248
#> GSM311782 5 0.4307 0.72629 0.128 0.000 0.000 0.100 0.772
#> GSM311783 5 0.1281 0.81616 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> GSM311784 5 0.1300 0.81317 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> GSM311785 1 0.0000 0.86049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 1 0.3480 0.68590 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0162 0.85028 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.0290 0.83251 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311789 2 0.4286 0.59263 0.020 0.716 0.000 0.004 0.260
#> GSM311790 2 0.4416 0.50360 0.000 0.632 0.000 0.356 0.012
#> GSM311791 3 0.2970 0.75606 0.000 0.004 0.828 0.168 0.000
#> GSM311792 1 0.1544 0.84172 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM311793 2 0.0404 0.85094 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311794 2 0.2338 0.81884 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM311795 1 0.0794 0.85630 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM311796 5 0.0162 0.81222 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311797 1 0.0992 0.85804 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> GSM311798 1 0.1701 0.85597 0.944 0.028 0.012 0.000 0.016
#> GSM311799 3 0.0510 0.90058 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311800 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.85092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.1792 0.82680 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM311803 1 0.3732 0.77596 0.812 0.148 0.032 0.000 0.008
#> GSM311804 4 0.3239 0.75397 0.068 0.000 0.000 0.852 0.080
#> GSM311805 1 0.2516 0.79940 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM311806 5 0.4015 0.46028 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM311807 3 0.0290 0.90437 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311808 5 0.3921 0.71126 0.000 0.128 0.000 0.072 0.800
#> GSM311809 5 0.2773 0.72759 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> GSM311810 4 0.3242 0.66649 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM311811 1 0.4655 0.05677 0.512 0.012 0.000 0.000 0.476
#> GSM311812 1 0.2605 0.79331 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM311813 5 0.1571 0.79798 0.004 0.000 0.000 0.060 0.936
#> GSM311814 5 0.0162 0.81317 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM311815 3 0.1608 0.86689 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311816 5 0.4651 0.38909 0.020 0.000 0.000 0.372 0.608
#> GSM311817 5 0.0671 0.81653 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> GSM311818 3 0.3975 0.67935 0.000 0.008 0.744 0.008 0.240
#> GSM311819 5 0.4805 0.48019 0.040 0.312 0.000 0.000 0.648
#> GSM311820 5 0.0290 0.81456 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM311821 5 0.0609 0.81593 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM311822 5 0.0880 0.81368 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM311823 2 0.3988 0.67122 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016
#> GSM311824 5 0.4062 0.68347 0.040 0.000 0.000 0.196 0.764
#> GSM311825 1 0.0609 0.85868 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM311826 1 0.4304 0.07379 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM311827 2 0.0579 0.84833 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM311828 2 0.0000 0.85092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 5 0.1830 0.81189 0.040 0.000 0.000 0.028 0.932
#> GSM311830 2 0.1981 0.83366 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> GSM311832 4 0.2280 0.76910 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM311833 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.3876 0.41429 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM311835 5 0.0771 0.81626 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM311836 4 0.4538 0.35505 0.016 0.000 0.000 0.620 0.364
#> GSM311837 2 0.1179 0.84875 0.000 0.964 0.016 0.004 0.016
#> GSM311838 2 0.2966 0.74839 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM311839 4 0.0566 0.83406 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> GSM311840 2 0.2612 0.80731 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> GSM311841 1 0.0404 0.85995 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311842 3 0.5358 0.58506 0.092 0.008 0.672 0.000 0.228
#> GSM311843 5 0.0880 0.81539 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM311844 4 0.5847 0.44466 0.000 0.204 0.188 0.608 0.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.85092 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.86049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0404 0.84805 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.4510 0.30357 0.560 0.432 0.000 0.000 0.008
#> GSM311850 1 0.0451 0.86060 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM311851 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311852 1 0.3374 0.80298 0.844 0.108 0.000 0.004 0.044
#> GSM311853 1 0.0290 0.85977 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311854 5 0.2519 0.79132 0.100 0.000 0.000 0.016 0.884
#> GSM311855 5 0.4675 0.28489 0.020 0.000 0.380 0.000 0.600
#> GSM311856 1 0.0290 0.86027 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311857 5 0.1493 0.81421 0.028 0.000 0.000 0.024 0.948
#> GSM311858 3 0.4528 0.21577 0.000 0.008 0.548 0.444 0.000
#> GSM311859 5 0.1211 0.81384 0.016 0.000 0.000 0.024 0.960
#> GSM311860 3 0.1901 0.87556 0.004 0.000 0.932 0.040 0.024
#> GSM311861 5 0.6888 0.08896 0.376 0.000 0.224 0.008 0.392
#> GSM311862 5 0.4403 0.41268 0.008 0.000 0.000 0.384 0.608
#> GSM311863 2 0.3534 0.66900 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM311864 5 0.4823 0.51128 0.040 0.000 0.000 0.316 0.644
#> GSM311865 1 0.2439 0.80221 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> GSM311866 5 0.0609 0.81552 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM311867 3 0.1121 0.88877 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.3508 0.64363 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM311869 2 0.1012 0.85044 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311870 2 0.0290 0.85121 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311871 1 0.0162 0.86064 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311872 4 0.4781 0.62556 0.112 0.000 0.000 0.728 0.160
#> GSM311873 4 0.0898 0.82725 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM311874 4 0.4183 0.50641 0.008 0.324 0.000 0.668 0.000
#> GSM311875 4 0.0324 0.83488 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM311876 4 0.0000 0.83416 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311877 4 0.0404 0.83451 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311879 4 0.0162 0.83419 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311880 2 0.1851 0.79849 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.2852 0.76069 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM311882 3 0.5026 0.35958 0.000 0.040 0.588 0.372 0.000
#> GSM311883 4 0.6716 0.21582 0.000 0.360 0.024 0.480 0.136
#> GSM311884 1 0.0324 0.86062 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311885 1 0.4595 0.36664 0.588 0.008 0.400 0.004 0.000
#> GSM311886 2 0.4227 0.36783 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.86049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 5 0.6775 0.01168 0.000 0.328 0.000 0.284 0.388
#> GSM311889 3 0.1608 0.86659 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311891 1 0.1768 0.84167 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072
#> GSM311892 2 0.5818 0.58309 0.000 0.628 0.004 0.172 0.196
#> GSM311893 1 0.0000 0.86049 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.3895 0.78384 0.824 0.024 0.000 0.044 0.108
#> GSM311895 4 0.1121 0.82201 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM311896 3 0.0162 0.90593 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311897 4 0.1502 0.81653 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM311898 5 0.3774 0.55324 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM311899 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311900 4 0.0963 0.82472 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM311901 2 0.0771 0.85118 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM311902 4 0.0162 0.83466 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311903 5 0.0000 0.81187 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311904 4 0.4410 0.10599 0.004 0.000 0.000 0.556 0.440
#> GSM311905 4 0.1117 0.82695 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016
#> GSM311906 3 0.0162 0.90631 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM311907 3 0.1544 0.86766 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM311908 4 0.0162 0.83466 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311909 4 0.0000 0.83416 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311910 4 0.0566 0.83086 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> GSM311911 1 0.2891 0.76902 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0671 0.85125 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM311913 5 0.4126 0.32720 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM311914 3 0.0794 0.89730 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.4613 0.69395 0.000 0.728 0.000 0.072 0.200
#> GSM311916 3 0.0404 0.90449 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.2069 0.82986 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076
#> GSM311918 1 0.0162 0.86034 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311919 5 0.3366 0.67745 0.004 0.000 0.000 0.212 0.784
#> GSM311920 3 0.0000 0.90699 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311921 2 0.4637 -0.00617 0.452 0.536 0.000 0.000 0.012
#> GSM311922 1 0.5029 0.47416 0.636 0.020 0.020 0.000 0.324
#> GSM311923 1 0.0290 0.85995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311831 4 0.0290 0.83483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM311878 1 0.3012 0.79531 0.860 0.000 0.000 0.104 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.3066 0.7020 0.124 0.832 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM311762 6 0.2384 0.7656 0.000 0.016 0.044 0.004 0.032 0.904
#> GSM311763 2 0.6464 0.3376 0.000 0.432 0.000 0.248 0.024 0.296
#> GSM311764 3 0.0748 0.8949 0.000 0.004 0.976 0.004 0.000 0.016
#> GSM311765 5 0.3244 0.6547 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM311766 2 0.2821 0.6695 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152 0.000
#> GSM311767 1 0.1605 0.7800 0.940 0.012 0.000 0.000 0.016 0.032
#> GSM311768 3 0.1141 0.8782 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311769 1 0.4349 0.7442 0.772 0.032 0.004 0.000 0.112 0.080
#> GSM311770 3 0.0146 0.8956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311771 6 0.4331 0.1923 0.000 0.000 0.464 0.000 0.020 0.516
#> GSM311772 4 0.4638 0.3501 0.000 0.020 0.392 0.572 0.016 0.000
#> GSM311773 4 0.1453 0.7640 0.000 0.040 0.000 0.944 0.008 0.008
#> GSM311774 3 0.0146 0.8956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311775 3 0.0713 0.8909 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311776 3 0.0405 0.8936 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.1708 0.8660 0.040 0.000 0.932 0.000 0.024 0.004
#> GSM311778 1 0.2639 0.7701 0.876 0.084 0.000 0.000 0.032 0.008
#> GSM311779 1 0.3445 0.7534 0.852 0.028 0.000 0.044 0.024 0.052
#> GSM311780 4 0.3514 0.6742 0.208 0.000 0.004 0.768 0.020 0.000
#> GSM311781 4 0.3680 0.6444 0.232 0.004 0.000 0.744 0.020 0.000
#> GSM311782 1 0.5421 0.6837 0.692 0.176 0.000 0.036 0.052 0.044
#> GSM311783 1 0.2529 0.7695 0.900 0.020 0.000 0.012 0.024 0.044
#> GSM311784 1 0.3661 0.7449 0.804 0.136 0.000 0.000 0.024 0.036
#> GSM311785 6 0.1333 0.7715 0.000 0.008 0.000 0.000 0.048 0.944
#> GSM311786 6 0.4098 0.2840 0.000 0.004 0.444 0.000 0.004 0.548
#> GSM311787 5 0.3672 0.5101 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> GSM311788 4 0.0767 0.7761 0.004 0.012 0.000 0.976 0.008 0.000
#> GSM311789 2 0.4833 0.4415 0.244 0.676 0.004 0.000 0.060 0.016
#> GSM311790 2 0.3243 0.6806 0.004 0.780 0.000 0.208 0.008 0.000
#> GSM311791 3 0.2949 0.7557 0.000 0.028 0.832 0.140 0.000 0.000
#> GSM311792 6 0.4354 0.6681 0.184 0.048 0.000 0.000 0.028 0.740
#> GSM311793 2 0.3782 0.3324 0.000 0.636 0.000 0.004 0.360 0.000
#> GSM311794 2 0.3426 0.6360 0.124 0.808 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311795 6 0.2728 0.7507 0.000 0.000 0.040 0.000 0.100 0.860
#> GSM311796 1 0.2112 0.7821 0.896 0.016 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM311797 6 0.3628 0.7126 0.004 0.036 0.000 0.000 0.184 0.776
#> GSM311798 6 0.4680 0.6967 0.048 0.180 0.016 0.000 0.024 0.732
#> GSM311799 3 0.0692 0.8885 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> GSM311800 3 0.4735 0.6458 0.004 0.000 0.704 0.132 0.156 0.004
#> GSM311801 5 0.3464 0.6018 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM311802 6 0.4686 0.6016 0.232 0.048 0.000 0.000 0.028 0.692
#> GSM311803 5 0.3175 0.5042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM311804 4 0.4628 0.6848 0.064 0.092 0.000 0.764 0.008 0.072
#> GSM311805 6 0.4174 0.6830 0.000 0.000 0.172 0.000 0.092 0.736
#> GSM311806 1 0.4546 0.4230 0.644 0.024 0.000 0.312 0.020 0.000
#> GSM311807 3 0.0914 0.8870 0.000 0.016 0.968 0.016 0.000 0.000
#> GSM311808 1 0.5707 0.6587 0.636 0.184 0.000 0.060 0.120 0.000
#> GSM311809 1 0.4585 0.7006 0.704 0.000 0.000 0.008 0.200 0.088
#> GSM311810 4 0.3812 0.6098 0.000 0.024 0.264 0.712 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.6671 0.4933 0.532 0.128 0.004 0.000 0.104 0.232
#> GSM311812 6 0.4447 0.6606 0.000 0.000 0.196 0.000 0.100 0.704
#> GSM311813 1 0.1649 0.7851 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036 0.000
#> GSM311814 1 0.2404 0.7754 0.884 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311815 3 0.0858 0.8896 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311816 1 0.5104 0.6595 0.728 0.040 0.000 0.080 0.024 0.128
#> GSM311817 1 0.3869 0.7434 0.768 0.000 0.004 0.060 0.168 0.000
#> GSM311818 3 0.6521 0.3205 0.224 0.228 0.504 0.004 0.040 0.000
#> GSM311819 5 0.2606 0.6105 0.068 0.020 0.004 0.000 0.888 0.020
#> GSM311820 1 0.1950 0.7828 0.912 0.024 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM311821 1 0.1237 0.7816 0.956 0.020 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM311822 1 0.4180 0.7509 0.780 0.092 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM311823 2 0.3432 0.7234 0.060 0.836 0.004 0.084 0.016 0.000
#> GSM311824 1 0.3631 0.7518 0.836 0.016 0.000 0.076 0.032 0.040
#> GSM311825 6 0.2637 0.7610 0.024 0.088 0.000 0.000 0.012 0.876
#> GSM311826 1 0.4319 0.2941 0.576 0.000 0.000 0.000 0.024 0.400
#> GSM311827 5 0.3151 0.6661 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM311828 5 0.3727 0.4669 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> GSM311829 1 0.1498 0.7813 0.948 0.004 0.000 0.024 0.012 0.012
#> GSM311830 5 0.4620 0.5857 0.000 0.132 0.000 0.176 0.692 0.000
#> GSM311832 4 0.3755 0.6892 0.192 0.000 0.012 0.768 0.028 0.000
#> GSM311833 3 0.0363 0.8931 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311834 4 0.4045 0.0553 0.000 0.428 0.000 0.564 0.008 0.000
#> GSM311835 1 0.1442 0.7878 0.944 0.000 0.000 0.012 0.040 0.004
#> GSM311836 4 0.4979 0.2764 0.408 0.008 0.000 0.544 0.020 0.020
#> GSM311837 2 0.2291 0.7016 0.012 0.904 0.044 0.000 0.040 0.000
#> GSM311838 2 0.3963 0.6792 0.000 0.756 0.000 0.164 0.080 0.000
#> GSM311839 4 0.2767 0.7513 0.048 0.028 0.000 0.888 0.016 0.020
#> GSM311840 2 0.1745 0.7065 0.056 0.924 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311841 6 0.2121 0.7627 0.012 0.000 0.000 0.000 0.096 0.892
#> GSM311842 3 0.4594 0.7402 0.084 0.028 0.776 0.000 0.072 0.040
#> GSM311843 1 0.1957 0.7848 0.912 0.008 0.000 0.000 0.072 0.008
#> GSM311844 4 0.4543 0.1865 0.000 0.384 0.040 0.576 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.3198 0.6573 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM311846 3 0.0291 0.8944 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM311847 6 0.0858 0.7751 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968
#> GSM311848 5 0.3012 0.6895 0.000 0.196 0.000 0.000 0.796 0.008
#> GSM311849 5 0.3370 0.6636 0.000 0.064 0.000 0.000 0.812 0.124
#> GSM311850 6 0.3101 0.6563 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM311851 3 0.0146 0.8956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311852 6 0.5474 0.5098 0.140 0.008 0.000 0.000 0.268 0.584
#> GSM311853 6 0.0912 0.7754 0.000 0.004 0.008 0.004 0.012 0.972
#> GSM311854 1 0.3131 0.7412 0.852 0.016 0.000 0.008 0.024 0.100
#> GSM311855 1 0.5773 0.1495 0.468 0.056 0.424 0.000 0.052 0.000
#> GSM311856 6 0.4056 0.7245 0.096 0.088 0.000 0.000 0.028 0.788
#> GSM311857 1 0.1498 0.7839 0.948 0.004 0.000 0.024 0.012 0.012
#> GSM311858 4 0.5162 0.4260 0.000 0.092 0.328 0.576 0.004 0.000
#> GSM311859 1 0.1237 0.7806 0.956 0.020 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM311860 3 0.6099 0.2059 0.076 0.000 0.536 0.320 0.064 0.004
#> GSM311861 1 0.8623 0.1994 0.324 0.004 0.096 0.236 0.212 0.128
#> GSM311862 4 0.4891 0.3909 0.352 0.028 0.000 0.596 0.020 0.004
#> GSM311863 2 0.4091 0.6662 0.000 0.732 0.000 0.200 0.068 0.000
#> GSM311864 1 0.5090 0.5610 0.672 0.008 0.000 0.236 0.036 0.048
#> GSM311865 6 0.3905 0.6082 0.256 0.000 0.000 0.004 0.024 0.716
#> GSM311866 1 0.2051 0.7827 0.916 0.036 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM311867 3 0.0858 0.8916 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM311868 6 0.4415 0.2727 0.420 0.000 0.000 0.004 0.020 0.556
#> GSM311869 2 0.3019 0.7223 0.032 0.856 0.000 0.020 0.092 0.000
#> GSM311870 2 0.3215 0.5732 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> GSM311871 6 0.2398 0.7666 0.004 0.028 0.000 0.000 0.080 0.888
#> GSM311872 4 0.5053 0.5774 0.240 0.000 0.000 0.656 0.084 0.020
#> GSM311873 4 0.1434 0.7703 0.000 0.024 0.008 0.948 0.020 0.000
#> GSM311874 5 0.3989 0.5609 0.000 0.024 0.000 0.252 0.716 0.008
#> GSM311875 4 0.0779 0.7802 0.008 0.000 0.008 0.976 0.008 0.000
#> GSM311876 4 0.0291 0.7774 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.1588 0.7661 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004 0.000
#> GSM311879 4 0.1116 0.7682 0.000 0.028 0.008 0.960 0.000 0.004
#> GSM311880 5 0.3422 0.6915 0.000 0.168 0.000 0.000 0.792 0.040
#> GSM311881 2 0.4036 0.6787 0.000 0.756 0.000 0.136 0.108 0.000
#> GSM311882 4 0.5684 0.4094 0.000 0.164 0.276 0.552 0.008 0.000
#> GSM311883 5 0.4985 0.2565 0.004 0.052 0.004 0.388 0.552 0.000
#> GSM311884 6 0.2290 0.7639 0.084 0.000 0.000 0.004 0.020 0.892
#> GSM311885 3 0.6445 -0.0928 0.004 0.244 0.380 0.000 0.012 0.360
#> GSM311886 2 0.3368 0.6599 0.000 0.756 0.000 0.232 0.012 0.000
#> GSM311887 6 0.0260 0.7744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311888 2 0.5252 0.4921 0.308 0.580 0.000 0.108 0.004 0.000
#> GSM311889 3 0.1204 0.8739 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM311890 3 0.0146 0.8956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311891 6 0.5381 0.5978 0.180 0.000 0.004 0.000 0.212 0.604
#> GSM311892 2 0.4531 0.6980 0.132 0.752 0.004 0.084 0.028 0.000
#> GSM311893 6 0.1078 0.7753 0.008 0.012 0.000 0.000 0.016 0.964
#> GSM311894 5 0.5763 0.3709 0.168 0.000 0.000 0.040 0.616 0.176
#> GSM311895 4 0.2958 0.7484 0.012 0.044 0.064 0.872 0.004 0.004
#> GSM311896 3 0.1152 0.8721 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> GSM311897 4 0.1369 0.7790 0.016 0.000 0.016 0.952 0.016 0.000
#> GSM311898 1 0.5948 0.5800 0.596 0.040 0.004 0.000 0.136 0.224
#> GSM311899 3 0.0146 0.8947 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM311900 4 0.0820 0.7772 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> GSM311901 2 0.3117 0.7143 0.032 0.872 0.000 0.040 0.028 0.028
#> GSM311902 4 0.1116 0.7777 0.028 0.004 0.000 0.960 0.000 0.008
#> GSM311903 1 0.4902 0.6773 0.672 0.172 0.004 0.000 0.152 0.000
#> GSM311904 4 0.3698 0.6671 0.212 0.000 0.004 0.756 0.028 0.000
#> GSM311905 4 0.2034 0.7734 0.032 0.024 0.000 0.924 0.012 0.008
#> GSM311906 3 0.0260 0.8953 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311907 4 0.4086 0.1916 0.000 0.000 0.464 0.528 0.008 0.000
#> GSM311908 4 0.0692 0.7781 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000
#> GSM311909 4 0.0291 0.7774 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM311910 4 0.1340 0.7618 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004 0.000
#> GSM311911 6 0.3161 0.6808 0.000 0.000 0.216 0.000 0.008 0.776
#> GSM311912 2 0.2066 0.6906 0.024 0.904 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311913 1 0.5234 0.6435 0.636 0.000 0.008 0.012 0.260 0.084
#> GSM311914 3 0.1007 0.8811 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM311915 2 0.3648 0.6585 0.188 0.776 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM311916 3 0.0713 0.8905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM311917 6 0.4245 0.6398 0.224 0.016 0.000 0.008 0.024 0.728
#> GSM311918 6 0.1267 0.7687 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM311919 1 0.2661 0.7628 0.872 0.016 0.000 0.096 0.016 0.000
#> GSM311920 3 0.0146 0.8953 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311921 5 0.2888 0.6717 0.000 0.056 0.000 0.000 0.852 0.092
#> GSM311922 1 0.7449 0.2965 0.408 0.140 0.008 0.000 0.168 0.276
#> GSM311923 6 0.1332 0.7710 0.000 0.028 0.000 0.012 0.008 0.952
#> GSM311831 4 0.0520 0.7790 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000
#> GSM311878 6 0.5714 0.5973 0.200 0.088 0.000 0.036 0.024 0.652
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:NMF 159 1.000 2
#> MAD:NMF 124 0.474 3
#> MAD:NMF 136 0.370 4
#> MAD:NMF 140 0.533 5
#> MAD:NMF 136 0.638 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.555 0.812 0.909 0.3070 0.747 0.747
#> 3 3 0.491 0.785 0.865 0.6234 0.664 0.560
#> 4 4 0.507 0.729 0.861 0.1333 0.956 0.904
#> 5 5 0.504 0.712 0.808 0.0564 0.950 0.886
#> 6 6 0.502 0.637 0.800 0.0658 0.968 0.921
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.7528 0.7537 0.784 0.216
#> GSM311763 1 0.7528 0.7537 0.784 0.216
#> GSM311764 1 0.7674 0.7476 0.776 0.224
#> GSM311765 2 0.6973 0.7604 0.188 0.812
#> GSM311766 2 0.7219 0.7416 0.200 0.800
#> GSM311767 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0938 0.8888 0.988 0.012
#> GSM311770 1 0.8555 0.6831 0.720 0.280
#> GSM311771 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> GSM311772 1 0.9000 0.6278 0.684 0.316
#> GSM311773 1 0.8016 0.7256 0.756 0.244
#> GSM311774 1 0.8267 0.7083 0.740 0.260
#> GSM311775 1 0.8207 0.7135 0.744 0.256
#> GSM311776 1 0.9170 0.6008 0.668 0.332
#> GSM311777 1 0.8207 0.7133 0.744 0.256
#> GSM311778 1 0.7883 0.7354 0.764 0.236
#> GSM311779 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.4690 0.8448 0.900 0.100
#> GSM311783 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.6712 0.7903 0.824 0.176
#> GSM311787 2 0.4161 0.8725 0.084 0.916
#> GSM311788 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311789 1 0.4690 0.8448 0.900 0.100
#> GSM311790 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.3431 0.8819 0.064 0.936
#> GSM311792 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.4562 0.8641 0.096 0.904
#> GSM311794 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.2423 0.8770 0.960 0.040
#> GSM311797 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.7219 0.7703 0.800 0.200
#> GSM311799 1 0.6531 0.7978 0.832 0.168
#> GSM311800 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.9988 -0.0718 0.480 0.520
#> GSM311802 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.2603 0.8751 0.956 0.044
#> GSM311807 1 0.9988 0.1933 0.520 0.480
#> GSM311808 1 0.1184 0.8872 0.984 0.016
#> GSM311809 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311810 1 0.9044 0.6212 0.680 0.320
#> GSM311811 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1184 0.8872 0.984 0.016
#> GSM311815 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311818 1 0.9608 0.4872 0.616 0.384
#> GSM311819 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311827 1 0.8207 0.7130 0.744 0.256
#> GSM311828 2 0.4562 0.8641 0.096 0.904
#> GSM311829 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311830 1 0.8909 0.6409 0.692 0.308
#> GSM311832 1 0.2948 0.8711 0.948 0.052
#> GSM311833 1 0.4690 0.8441 0.900 0.100
#> GSM311834 2 0.4298 0.8701 0.088 0.912
#> GSM311835 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0672 0.8902 0.992 0.008
#> GSM311843 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311845 1 0.8813 0.6538 0.700 0.300
#> GSM311846 1 0.9000 0.6278 0.684 0.316
#> GSM311847 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311848 1 1.0000 0.1128 0.500 0.500
#> GSM311849 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.8267 0.7083 0.740 0.260
#> GSM311852 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.7528 0.7537 0.784 0.216
#> GSM311854 1 0.0938 0.8888 0.988 0.012
#> GSM311855 1 0.6148 0.8094 0.848 0.152
#> GSM311856 1 0.0938 0.8888 0.988 0.012
#> GSM311857 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311858 1 0.9993 0.1779 0.516 0.484
#> GSM311859 1 0.0938 0.8889 0.988 0.012
#> GSM311860 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.6973 0.7604 0.188 0.812
#> GSM311864 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0938 0.8888 0.988 0.012
#> GSM311867 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.3584 0.8804 0.068 0.932
#> GSM311870 2 0.9993 -0.0896 0.484 0.516
#> GSM311871 1 0.0938 0.8888 0.988 0.012
#> GSM311872 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311873 1 0.8861 0.6472 0.696 0.304
#> GSM311874 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.6148 0.8091 0.848 0.152
#> GSM311880 1 0.0672 0.8901 0.992 0.008
#> GSM311881 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311882 1 0.9552 0.5070 0.624 0.376
#> GSM311883 1 0.6148 0.8094 0.848 0.152
#> GSM311884 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311885 1 0.8763 0.6608 0.704 0.296
#> GSM311886 2 0.3114 0.8840 0.056 0.944
#> GSM311887 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.3114 0.8840 0.056 0.944
#> GSM311889 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311890 1 0.6801 0.7882 0.820 0.180
#> GSM311891 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311892 1 0.9000 0.6277 0.684 0.316
#> GSM311893 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.8661 0.6712 0.712 0.288
#> GSM311896 1 0.2236 0.8788 0.964 0.036
#> GSM311897 1 0.2236 0.8788 0.964 0.036
#> GSM311898 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311899 1 0.8267 0.7083 0.740 0.260
#> GSM311900 1 0.8763 0.6592 0.704 0.296
#> GSM311901 1 0.9170 0.6008 0.668 0.332
#> GSM311902 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311903 1 0.8267 0.7079 0.740 0.260
#> GSM311904 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311910 1 0.8763 0.6592 0.704 0.296
#> GSM311911 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.8859 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311920 1 0.8207 0.7130 0.744 0.256
#> GSM311921 1 0.0672 0.8901 0.992 0.008
#> GSM311922 1 0.8207 0.7130 0.744 0.256
#> GSM311923 1 0.8016 0.7259 0.756 0.244
#> GSM311831 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000
#> GSM311878 1 0.8763 0.6608 0.704 0.296
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.5810 0.771 0.336 0.000 0.664
#> GSM311763 3 0.5810 0.771 0.336 0.000 0.664
#> GSM311764 3 0.5650 0.798 0.312 0.000 0.688
#> GSM311765 3 0.5560 -0.203 0.000 0.300 0.700
#> GSM311766 3 0.5465 -0.171 0.000 0.288 0.712
#> GSM311767 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.4291 0.739 0.820 0.000 0.180
#> GSM311770 3 0.5365 0.836 0.252 0.004 0.744
#> GSM311771 3 0.6295 0.477 0.472 0.000 0.528
#> GSM311772 3 0.4555 0.815 0.200 0.000 0.800
#> GSM311773 3 0.5760 0.783 0.328 0.000 0.672
#> GSM311774 3 0.5363 0.829 0.276 0.000 0.724
#> GSM311775 3 0.5623 0.825 0.280 0.004 0.716
#> GSM311776 3 0.5486 0.806 0.196 0.024 0.780
#> GSM311777 3 0.5465 0.821 0.288 0.000 0.712
#> GSM311778 3 0.5497 0.817 0.292 0.000 0.708
#> GSM311779 1 0.2878 0.849 0.904 0.000 0.096
#> GSM311780 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311781 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311782 1 0.6267 -0.188 0.548 0.000 0.452
#> GSM311783 1 0.2959 0.845 0.900 0.000 0.100
#> GSM311784 1 0.3038 0.841 0.896 0.000 0.104
#> GSM311785 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.6280 0.513 0.460 0.000 0.540
#> GSM311787 2 0.5968 0.774 0.000 0.636 0.364
#> GSM311788 1 0.3038 0.841 0.896 0.000 0.104
#> GSM311789 1 0.6267 -0.188 0.548 0.000 0.452
#> GSM311790 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.5678 0.804 0.000 0.684 0.316
#> GSM311792 1 0.3038 0.841 0.896 0.000 0.104
#> GSM311793 2 0.6079 0.752 0.000 0.612 0.388
#> GSM311794 2 0.4399 0.843 0.000 0.812 0.188
#> GSM311795 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 1 0.5706 0.395 0.680 0.000 0.320
#> GSM311797 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.5785 0.773 0.332 0.000 0.668
#> GSM311799 3 0.6111 0.657 0.396 0.000 0.604
#> GSM311800 1 0.1529 0.896 0.960 0.000 0.040
#> GSM311801 3 0.1015 0.487 0.008 0.012 0.980
#> GSM311802 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0592 0.910 0.988 0.000 0.012
#> GSM311804 1 0.0592 0.911 0.988 0.000 0.012
#> GSM311805 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 1 0.5529 0.466 0.704 0.000 0.296
#> GSM311807 3 0.4527 0.619 0.088 0.052 0.860
#> GSM311808 1 0.4796 0.659 0.780 0.000 0.220
#> GSM311809 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.4931 0.821 0.212 0.004 0.784
#> GSM311811 1 0.0592 0.910 0.988 0.000 0.012
#> GSM311812 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.4796 0.659 0.780 0.000 0.220
#> GSM311815 1 0.1411 0.899 0.964 0.000 0.036
#> GSM311816 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.1529 0.896 0.960 0.000 0.040
#> GSM311818 3 0.3851 0.739 0.136 0.004 0.860
#> GSM311819 1 0.1529 0.895 0.960 0.000 0.040
#> GSM311820 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311821 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311823 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.5254 0.836 0.264 0.000 0.736
#> GSM311828 2 0.6079 0.752 0.000 0.612 0.388
#> GSM311829 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.4796 0.827 0.220 0.000 0.780
#> GSM311832 1 0.5678 0.408 0.684 0.000 0.316
#> GSM311833 1 0.6252 -0.157 0.556 0.000 0.444
#> GSM311834 2 0.6045 0.762 0.000 0.620 0.380
#> GSM311835 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311837 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.1753 0.864 0.000 0.952 0.048
#> GSM311839 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311840 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.4178 0.753 0.828 0.000 0.172
#> GSM311843 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.2711 0.862 0.000 0.912 0.088
#> GSM311845 3 0.4796 0.828 0.220 0.000 0.780
#> GSM311846 3 0.4555 0.815 0.200 0.000 0.800
#> GSM311847 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.1129 0.523 0.020 0.004 0.976
#> GSM311849 1 0.2711 0.855 0.912 0.000 0.088
#> GSM311850 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.5363 0.829 0.276 0.000 0.724
#> GSM311852 1 0.1643 0.892 0.956 0.000 0.044
#> GSM311853 3 0.5810 0.771 0.336 0.000 0.664
#> GSM311854 1 0.3482 0.814 0.872 0.000 0.128
#> GSM311855 3 0.6215 0.589 0.428 0.000 0.572
#> GSM311856 1 0.4291 0.739 0.820 0.000 0.180
#> GSM311857 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.2743 0.577 0.052 0.020 0.928
#> GSM311859 1 0.3038 0.841 0.896 0.000 0.104
#> GSM311860 1 0.0237 0.911 0.996 0.000 0.004
#> GSM311861 1 0.0237 0.911 0.996 0.000 0.004
#> GSM311862 1 0.0747 0.909 0.984 0.000 0.016
#> GSM311863 3 0.5560 -0.203 0.000 0.300 0.700
#> GSM311864 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.3482 0.814 0.872 0.000 0.128
#> GSM311867 1 0.0747 0.909 0.984 0.000 0.016
#> GSM311868 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.5733 0.798 0.000 0.676 0.324
#> GSM311870 3 0.4749 0.563 0.072 0.076 0.852
#> GSM311871 1 0.4121 0.758 0.832 0.000 0.168
#> GSM311872 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311873 3 0.4931 0.832 0.232 0.000 0.768
#> GSM311874 1 0.1860 0.887 0.948 0.000 0.052
#> GSM311875 1 0.1163 0.904 0.972 0.000 0.028
#> GSM311876 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311877 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311879 1 0.6168 -0.015 0.588 0.000 0.412
#> GSM311880 1 0.3941 0.777 0.844 0.000 0.156
#> GSM311881 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.3752 0.751 0.144 0.000 0.856
#> GSM311883 3 0.6215 0.589 0.428 0.000 0.572
#> GSM311884 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.5360 0.826 0.220 0.012 0.768
#> GSM311886 2 0.5621 0.810 0.000 0.692 0.308
#> GSM311887 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.5621 0.810 0.000 0.692 0.308
#> GSM311889 1 0.0747 0.909 0.984 0.000 0.016
#> GSM311890 3 0.6154 0.641 0.408 0.000 0.592
#> GSM311891 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.4605 0.817 0.204 0.000 0.796
#> GSM311893 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.5058 0.836 0.244 0.000 0.756
#> GSM311896 1 0.5216 0.566 0.740 0.000 0.260
#> GSM311897 1 0.5216 0.566 0.740 0.000 0.260
#> GSM311898 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311899 3 0.5397 0.827 0.280 0.000 0.720
#> GSM311900 3 0.5016 0.835 0.240 0.000 0.760
#> GSM311901 3 0.5356 0.807 0.196 0.020 0.784
#> GSM311902 1 0.1529 0.896 0.960 0.000 0.040
#> GSM311903 3 0.5178 0.836 0.256 0.000 0.744
#> GSM311904 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311905 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311906 1 0.0747 0.909 0.984 0.000 0.016
#> GSM311907 1 0.1031 0.906 0.976 0.000 0.024
#> GSM311908 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311909 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311910 3 0.5016 0.835 0.240 0.000 0.760
#> GSM311911 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0592 0.910 0.988 0.000 0.012
#> GSM311914 1 0.0747 0.909 0.984 0.000 0.016
#> GSM311915 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000
#> GSM311919 1 0.1529 0.896 0.960 0.000 0.040
#> GSM311920 3 0.5254 0.836 0.264 0.000 0.736
#> GSM311921 1 0.3941 0.777 0.844 0.000 0.156
#> GSM311922 3 0.5254 0.836 0.264 0.000 0.736
#> GSM311923 3 0.5560 0.811 0.300 0.000 0.700
#> GSM311831 1 0.0424 0.911 0.992 0.000 0.008
#> GSM311878 3 0.5360 0.826 0.220 0.012 0.768
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 3 0.2921 0.7753 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM311763 3 0.2921 0.7753 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM311764 3 0.2530 0.7907 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM311765 3 0.7219 -0.0771 0.000 0.148 0.488 0.364
#> GSM311766 3 0.7191 -0.0449 0.000 0.148 0.500 0.352
#> GSM311767 1 0.0336 0.8764 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311768 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311769 1 0.4564 0.6238 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM311770 3 0.1807 0.8020 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM311771 3 0.4454 0.5572 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM311772 3 0.1174 0.7752 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM311773 3 0.2814 0.7818 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM311774 3 0.2011 0.8028 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM311775 3 0.2342 0.8007 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM311776 3 0.2284 0.7657 0.012 0.020 0.932 0.036
#> GSM311777 3 0.2216 0.7998 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM311778 3 0.2611 0.7954 0.096 0.000 0.896 0.008
#> GSM311779 1 0.3726 0.7857 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM311780 1 0.2216 0.8720 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM311781 1 0.2081 0.8747 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311782 3 0.4713 0.4138 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM311783 1 0.3801 0.7773 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM311784 1 0.3975 0.7555 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.4304 0.6072 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM311787 2 0.7479 0.4620 0.000 0.492 0.208 0.300
#> GSM311788 1 0.3975 0.7555 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311789 3 0.4713 0.4138 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.7198 0.5040 0.000 0.540 0.180 0.280
#> GSM311792 1 0.3975 0.7555 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311793 2 0.7618 0.4282 0.000 0.464 0.228 0.308
#> GSM311794 4 0.1302 0.0000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM311795 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 1 0.4994 0.1957 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.2868 0.7745 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM311799 3 0.3610 0.7115 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM311800 1 0.3074 0.8381 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM311801 3 0.3688 0.5565 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM311802 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0817 0.8800 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311804 1 0.2216 0.8722 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 1 0.4977 0.2677 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM311807 3 0.3636 0.6282 0.000 0.008 0.820 0.172
#> GSM311808 1 0.4730 0.5443 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM311809 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311810 3 0.1520 0.7807 0.020 0.000 0.956 0.024
#> GSM311811 1 0.1211 0.8811 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0817 0.8792 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM311814 1 0.4730 0.5443 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM311815 1 0.2704 0.8549 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM311816 1 0.0336 0.8763 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311817 1 0.3074 0.8381 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM311818 3 0.2011 0.7236 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM311819 1 0.3219 0.8284 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM311820 1 0.1118 0.8807 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311821 1 0.0336 0.8763 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311822 1 0.1211 0.8810 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.1022 0.8804 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311827 3 0.1716 0.8046 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311828 2 0.7618 0.4282 0.000 0.464 0.228 0.308
#> GSM311829 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.1488 0.7907 0.032 0.000 0.956 0.012
#> GSM311832 1 0.4992 0.2110 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM311833 3 0.4790 0.3584 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM311834 2 0.7576 0.4404 0.000 0.472 0.220 0.308
#> GSM311835 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.2011 0.8756 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.2593 0.5760 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM311839 1 0.2011 0.8756 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0188 0.8753 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311842 1 0.4522 0.6406 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.3933 0.5372 0.000 0.792 0.008 0.200
#> GSM311845 3 0.1610 0.7896 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM311846 3 0.1174 0.7752 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM311847 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.3486 0.5819 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM311849 1 0.3649 0.7895 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.2011 0.8028 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM311852 1 0.2469 0.8626 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM311853 3 0.2921 0.7753 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM311854 1 0.4164 0.7263 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM311855 3 0.3907 0.6820 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM311856 1 0.4564 0.6238 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM311857 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311858 3 0.3356 0.6073 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM311859 1 0.3975 0.7564 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM311860 1 0.0592 0.8783 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311861 1 0.0921 0.8803 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM311862 1 0.2469 0.8655 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM311863 3 0.7219 -0.0771 0.000 0.148 0.488 0.364
#> GSM311864 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.4164 0.7263 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM311867 1 0.1792 0.8780 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM311868 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311869 2 0.7260 0.4982 0.000 0.532 0.188 0.280
#> GSM311870 3 0.4348 0.5790 0.000 0.024 0.780 0.196
#> GSM311871 1 0.4477 0.6527 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM311872 1 0.1474 0.8814 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM311873 3 0.1767 0.7971 0.044 0.000 0.944 0.012
#> GSM311874 1 0.2868 0.8493 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM311875 1 0.2530 0.8647 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM311876 1 0.1716 0.8780 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311877 1 0.1716 0.8780 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311879 3 0.4916 0.2133 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM311880 1 0.4406 0.6726 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.2124 0.7296 0.008 0.000 0.924 0.068
#> GSM311883 3 0.3907 0.6820 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.2089 0.7880 0.028 0.012 0.940 0.020
#> GSM311886 2 0.7133 0.5072 0.000 0.548 0.172 0.280
#> GSM311887 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.7133 0.5072 0.000 0.548 0.172 0.280
#> GSM311889 1 0.2081 0.8747 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311890 3 0.3726 0.7076 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.1182 0.7772 0.016 0.000 0.968 0.016
#> GSM311893 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.1302 0.8811 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM311895 3 0.1661 0.8025 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM311896 1 0.4888 0.4182 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM311897 1 0.4888 0.4182 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM311898 1 0.1118 0.8807 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM311899 3 0.2081 0.8022 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM311900 3 0.1722 0.8005 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM311901 3 0.2170 0.7668 0.012 0.016 0.936 0.036
#> GSM311902 1 0.2973 0.8443 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM311903 3 0.1557 0.8030 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM311904 1 0.1716 0.8800 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM311905 1 0.2149 0.8732 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM311906 1 0.2081 0.8747 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311907 1 0.2589 0.8626 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM311908 1 0.2216 0.8720 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM311909 1 0.2011 0.8756 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM311910 3 0.1722 0.8001 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM311911 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.1211 0.8811 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM311914 1 0.2081 0.8747 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.5950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0469 0.8772 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM311917 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.8736 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 1 0.3172 0.8319 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM311920 3 0.1716 0.8046 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311921 1 0.4406 0.6726 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM311922 3 0.1716 0.8046 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311923 3 0.2408 0.7952 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM311831 1 0.2149 0.8732 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM311878 3 0.2089 0.7880 0.028 0.012 0.940 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311762 3 0.4624 0.6678 0.096 0.164 0.740 0.000 0
#> GSM311763 3 0.4624 0.6678 0.096 0.164 0.740 0.000 0
#> GSM311764 3 0.3421 0.7196 0.080 0.080 0.840 0.000 0
#> GSM311765 2 0.3143 0.4605 0.000 0.796 0.204 0.000 0
#> GSM311766 2 0.3242 0.4472 0.000 0.784 0.216 0.000 0
#> GSM311767 1 0.0290 0.8667 0.992 0.000 0.008 0.000 0
#> GSM311768 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311769 1 0.4074 0.5663 0.636 0.000 0.364 0.000 0
#> GSM311770 3 0.2740 0.7154 0.028 0.096 0.876 0.000 0
#> GSM311771 3 0.4576 0.5746 0.268 0.040 0.692 0.000 0
#> GSM311772 3 0.2280 0.6712 0.000 0.120 0.880 0.000 0
#> GSM311773 3 0.3401 0.7206 0.096 0.064 0.840 0.000 0
#> GSM311774 3 0.1408 0.7304 0.044 0.008 0.948 0.000 0
#> GSM311775 3 0.3477 0.7154 0.056 0.112 0.832 0.000 0
#> GSM311776 3 0.4196 0.5512 0.000 0.356 0.640 0.004 0
#> GSM311777 3 0.1628 0.7310 0.056 0.008 0.936 0.000 0
#> GSM311778 3 0.4313 0.6968 0.068 0.172 0.760 0.000 0
#> GSM311779 1 0.3480 0.7520 0.752 0.000 0.248 0.000 0
#> GSM311780 1 0.2280 0.8583 0.880 0.000 0.120 0.000 0
#> GSM311781 1 0.2179 0.8616 0.888 0.000 0.112 0.000 0
#> GSM311782 3 0.4047 0.4833 0.320 0.004 0.676 0.000 0
#> GSM311783 1 0.3534 0.7421 0.744 0.000 0.256 0.000 0
#> GSM311784 1 0.3661 0.7162 0.724 0.000 0.276 0.000 0
#> GSM311785 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311786 3 0.4425 0.6144 0.244 0.040 0.716 0.000 0
#> GSM311787 2 0.4235 0.7017 0.000 0.656 0.008 0.336 0
#> GSM311788 1 0.3661 0.7162 0.724 0.000 0.276 0.000 0
#> GSM311789 3 0.4047 0.4833 0.320 0.004 0.676 0.000 0
#> GSM311790 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311791 2 0.4138 0.6599 0.000 0.616 0.000 0.384 0
#> GSM311792 1 0.3661 0.7162 0.724 0.000 0.276 0.000 0
#> GSM311793 2 0.4213 0.7102 0.000 0.680 0.012 0.308 0
#> GSM311794 5 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> GSM311795 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311796 3 0.4300 -0.0647 0.476 0.000 0.524 0.000 0
#> GSM311797 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311798 3 0.3112 0.7206 0.100 0.044 0.856 0.000 0
#> GSM311799 3 0.3319 0.6905 0.160 0.020 0.820 0.000 0
#> GSM311800 1 0.2966 0.8160 0.816 0.000 0.184 0.000 0
#> GSM311801 3 0.4300 0.0560 0.000 0.476 0.524 0.000 0
#> GSM311802 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311803 1 0.0880 0.8719 0.968 0.000 0.032 0.000 0
#> GSM311804 1 0.2280 0.8585 0.880 0.000 0.120 0.000 0
#> GSM311805 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311806 3 0.4307 -0.1616 0.500 0.000 0.500 0.000 0
#> GSM311807 3 0.3983 0.3882 0.000 0.340 0.660 0.000 0
#> GSM311808 1 0.4201 0.4540 0.592 0.000 0.408 0.000 0
#> GSM311809 1 0.0290 0.8665 0.992 0.000 0.008 0.000 0
#> GSM311810 3 0.3098 0.6887 0.016 0.148 0.836 0.000 0
#> GSM311811 1 0.1270 0.8729 0.948 0.000 0.052 0.000 0
#> GSM311812 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311813 1 0.0880 0.8713 0.968 0.000 0.032 0.000 0
#> GSM311814 1 0.4201 0.4540 0.592 0.000 0.408 0.000 0
#> GSM311815 1 0.2471 0.8451 0.864 0.000 0.136 0.000 0
#> GSM311816 1 0.0404 0.8674 0.988 0.000 0.012 0.000 0
#> GSM311817 1 0.2966 0.8160 0.816 0.000 0.184 0.000 0
#> GSM311818 3 0.3395 0.5558 0.000 0.236 0.764 0.000 0
#> GSM311819 1 0.3074 0.8047 0.804 0.000 0.196 0.000 0
#> GSM311820 1 0.1197 0.8726 0.952 0.000 0.048 0.000 0
#> GSM311821 1 0.0404 0.8674 0.988 0.000 0.012 0.000 0
#> GSM311822 1 0.1197 0.8728 0.952 0.000 0.048 0.000 0
#> GSM311823 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311824 1 0.1043 0.8725 0.960 0.000 0.040 0.000 0
#> GSM311825 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311826 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311827 3 0.1216 0.7258 0.020 0.020 0.960 0.000 0
#> GSM311828 2 0.4213 0.7102 0.000 0.680 0.012 0.308 0
#> GSM311829 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311830 3 0.2464 0.6969 0.016 0.096 0.888 0.000 0
#> GSM311832 3 0.4304 -0.1009 0.484 0.000 0.516 0.000 0
#> GSM311833 3 0.3983 0.4280 0.340 0.000 0.660 0.000 0
#> GSM311834 2 0.4251 0.7098 0.000 0.672 0.012 0.316 0
#> GSM311835 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311836 1 0.2127 0.8629 0.892 0.000 0.108 0.000 0
#> GSM311837 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311838 4 0.3366 0.5610 0.000 0.232 0.000 0.768 0
#> GSM311839 1 0.2127 0.8629 0.892 0.000 0.108 0.000 0
#> GSM311840 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311841 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311842 1 0.4060 0.5761 0.640 0.000 0.360 0.000 0
#> GSM311843 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311844 4 0.3949 0.2682 0.000 0.332 0.000 0.668 0
#> GSM311845 3 0.2777 0.6862 0.016 0.120 0.864 0.000 0
#> GSM311846 3 0.2280 0.6712 0.000 0.120 0.880 0.000 0
#> GSM311847 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311848 3 0.4278 0.1248 0.000 0.452 0.548 0.000 0
#> GSM311849 1 0.3395 0.7586 0.764 0.000 0.236 0.000 0
#> GSM311850 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311851 3 0.1408 0.7304 0.044 0.008 0.948 0.000 0
#> GSM311852 1 0.2377 0.8514 0.872 0.000 0.128 0.000 0
#> GSM311853 3 0.4624 0.6678 0.096 0.164 0.740 0.000 0
#> GSM311854 1 0.3796 0.6843 0.700 0.000 0.300 0.000 0
#> GSM311855 3 0.3196 0.6704 0.192 0.004 0.804 0.000 0
#> GSM311856 1 0.4074 0.5663 0.636 0.000 0.364 0.000 0
#> GSM311857 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311858 3 0.4227 0.2130 0.000 0.420 0.580 0.000 0
#> GSM311859 1 0.3661 0.7174 0.724 0.000 0.276 0.000 0
#> GSM311860 1 0.0703 0.8703 0.976 0.000 0.024 0.000 0
#> GSM311861 1 0.0963 0.8721 0.964 0.000 0.036 0.000 0
#> GSM311862 1 0.2516 0.8486 0.860 0.000 0.140 0.000 0
#> GSM311863 2 0.3143 0.4605 0.000 0.796 0.204 0.000 0
#> GSM311864 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311865 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311866 1 0.3796 0.6843 0.700 0.000 0.300 0.000 0
#> GSM311867 1 0.1671 0.8693 0.924 0.000 0.076 0.000 0
#> GSM311868 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311869 2 0.4114 0.6666 0.000 0.624 0.000 0.376 0
#> GSM311870 3 0.4278 0.1910 0.000 0.452 0.548 0.000 0
#> GSM311871 1 0.4015 0.5996 0.652 0.000 0.348 0.000 0
#> GSM311872 1 0.1544 0.8728 0.932 0.000 0.068 0.000 0
#> GSM311873 3 0.2236 0.7102 0.024 0.068 0.908 0.000 0
#> GSM311874 1 0.2813 0.8288 0.832 0.000 0.168 0.000 0
#> GSM311875 1 0.2561 0.8475 0.856 0.000 0.144 0.000 0
#> GSM311876 1 0.1908 0.8663 0.908 0.000 0.092 0.000 0
#> GSM311877 1 0.1908 0.8663 0.908 0.000 0.092 0.000 0
#> GSM311879 3 0.5369 0.2576 0.388 0.060 0.552 0.000 0
#> GSM311880 1 0.3966 0.6213 0.664 0.000 0.336 0.000 0
#> GSM311881 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311882 3 0.3949 0.4774 0.004 0.300 0.696 0.000 0
#> GSM311883 3 0.3196 0.6704 0.192 0.004 0.804 0.000 0
#> GSM311884 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311885 3 0.3452 0.6336 0.000 0.244 0.756 0.000 0
#> GSM311886 2 0.4161 0.6466 0.000 0.608 0.000 0.392 0
#> GSM311887 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311888 2 0.4161 0.6466 0.000 0.608 0.000 0.392 0
#> GSM311889 1 0.2020 0.8646 0.900 0.000 0.100 0.000 0
#> GSM311890 3 0.3010 0.6863 0.172 0.004 0.824 0.000 0
#> GSM311891 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311892 3 0.2536 0.6709 0.004 0.128 0.868 0.000 0
#> GSM311893 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311894 1 0.1341 0.8727 0.944 0.000 0.056 0.000 0
#> GSM311895 3 0.1981 0.7219 0.028 0.048 0.924 0.000 0
#> GSM311896 1 0.4273 0.3260 0.552 0.000 0.448 0.000 0
#> GSM311897 1 0.4273 0.3260 0.552 0.000 0.448 0.000 0
#> GSM311898 1 0.1197 0.8726 0.952 0.000 0.048 0.000 0
#> GSM311899 3 0.1484 0.7311 0.048 0.008 0.944 0.000 0
#> GSM311900 3 0.1965 0.7176 0.024 0.052 0.924 0.000 0
#> GSM311901 3 0.4060 0.5530 0.000 0.360 0.640 0.000 0
#> GSM311902 1 0.2852 0.8257 0.828 0.000 0.172 0.000 0
#> GSM311903 3 0.1012 0.7219 0.012 0.020 0.968 0.000 0
#> GSM311904 1 0.1965 0.8679 0.904 0.000 0.096 0.000 0
#> GSM311905 1 0.2230 0.8598 0.884 0.000 0.116 0.000 0
#> GSM311906 1 0.2020 0.8646 0.900 0.000 0.100 0.000 0
#> GSM311907 1 0.2561 0.8471 0.856 0.000 0.144 0.000 0
#> GSM311908 1 0.2280 0.8583 0.880 0.000 0.120 0.000 0
#> GSM311909 1 0.2127 0.8629 0.892 0.000 0.108 0.000 0
#> GSM311910 3 0.1965 0.7170 0.024 0.052 0.924 0.000 0
#> GSM311911 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311912 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311913 1 0.1270 0.8729 0.948 0.000 0.052 0.000 0
#> GSM311914 1 0.2020 0.8646 0.900 0.000 0.100 0.000 0
#> GSM311915 4 0.0000 0.9091 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> GSM311916 1 0.0510 0.8684 0.984 0.000 0.016 0.000 0
#> GSM311917 1 0.0162 0.8653 0.996 0.000 0.004 0.000 0
#> GSM311918 1 0.0000 0.8635 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> GSM311919 1 0.3039 0.8088 0.808 0.000 0.192 0.000 0
#> GSM311920 3 0.1216 0.7258 0.020 0.020 0.960 0.000 0
#> GSM311921 1 0.3966 0.6213 0.664 0.000 0.336 0.000 0
#> GSM311922 3 0.1216 0.7258 0.020 0.020 0.960 0.000 0
#> GSM311923 3 0.4333 0.6631 0.060 0.188 0.752 0.000 0
#> GSM311831 1 0.2230 0.8598 0.884 0.000 0.116 0.000 0
#> GSM311878 3 0.3452 0.6336 0.000 0.244 0.756 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311762 6 0.4862 0.7433 0.080 0.000 0.216 0 0.020 0.684
#> GSM311763 6 0.4862 0.7433 0.080 0.000 0.216 0 0.020 0.684
#> GSM311764 3 0.5015 0.0716 0.072 0.000 0.572 0 0.004 0.352
#> GSM311765 5 0.6082 0.3547 0.000 0.272 0.028 0 0.532 0.168
#> GSM311766 5 0.6156 0.3423 0.000 0.272 0.028 0 0.520 0.180
#> GSM311767 1 0.0881 0.8441 0.972 0.008 0.008 0 0.000 0.012
#> GSM311768 1 0.1036 0.8394 0.964 0.008 0.004 0 0.000 0.024
#> GSM311769 1 0.4394 0.5475 0.608 0.008 0.364 0 0.000 0.020
#> GSM311770 3 0.4646 0.0480 0.024 0.004 0.612 0 0.012 0.348
#> GSM311771 3 0.5269 0.3310 0.240 0.004 0.612 0 0.000 0.144
#> GSM311772 3 0.3689 0.4377 0.000 0.036 0.808 0 0.032 0.124
#> GSM311773 3 0.4099 0.4029 0.072 0.000 0.748 0 0.004 0.176
#> GSM311774 3 0.1480 0.5348 0.020 0.000 0.940 0 0.000 0.040
#> GSM311775 3 0.5079 -0.0045 0.048 0.004 0.568 0 0.012 0.368
#> GSM311776 6 0.5110 0.6714 0.000 0.004 0.160 0 0.192 0.644
#> GSM311777 3 0.1789 0.5332 0.032 0.000 0.924 0 0.000 0.044
#> GSM311778 6 0.5474 0.4252 0.060 0.000 0.412 0 0.028 0.500
#> GSM311779 1 0.3740 0.7361 0.728 0.008 0.252 0 0.000 0.012
#> GSM311780 1 0.2389 0.8350 0.864 0.008 0.128 0 0.000 0.000
#> GSM311781 1 0.2445 0.8398 0.868 0.008 0.120 0 0.000 0.004
#> GSM311782 3 0.3753 0.3849 0.292 0.004 0.696 0 0.000 0.008
#> GSM311783 1 0.3691 0.7246 0.724 0.008 0.260 0 0.000 0.008
#> GSM311784 1 0.3820 0.6950 0.700 0.008 0.284 0 0.000 0.008
#> GSM311785 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311786 3 0.5285 0.3331 0.220 0.004 0.616 0 0.000 0.160
#> GSM311787 5 0.1480 0.6945 0.000 0.020 0.000 0 0.940 0.040
#> GSM311788 1 0.3820 0.6950 0.700 0.008 0.284 0 0.000 0.008
#> GSM311789 3 0.3753 0.3849 0.292 0.004 0.696 0 0.000 0.008
#> GSM311790 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311791 5 0.1196 0.6796 0.000 0.040 0.000 0 0.952 0.008
#> GSM311792 1 0.3820 0.6950 0.700 0.008 0.284 0 0.000 0.008
#> GSM311793 5 0.1349 0.6942 0.000 0.004 0.000 0 0.940 0.056
#> GSM311794 4 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311796 3 0.4308 -0.0650 0.452 0.008 0.532 0 0.000 0.008
#> GSM311797 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311798 3 0.4560 0.3977 0.088 0.004 0.696 0 0.000 0.212
#> GSM311799 3 0.3201 0.5017 0.140 0.008 0.824 0 0.000 0.028
#> GSM311800 1 0.3121 0.7939 0.796 0.008 0.192 0 0.000 0.004
#> GSM311801 3 0.7700 -0.1894 0.000 0.272 0.284 0 0.216 0.228
#> GSM311802 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311803 1 0.1592 0.8511 0.940 0.008 0.032 0 0.000 0.020
#> GSM311804 1 0.2389 0.8353 0.864 0.008 0.128 0 0.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311806 3 0.4491 -0.1572 0.476 0.008 0.500 0 0.000 0.016
#> GSM311807 3 0.5988 0.2009 0.000 0.052 0.596 0 0.164 0.188
#> GSM311808 1 0.4165 0.4405 0.568 0.008 0.420 0 0.000 0.004
#> GSM311809 1 0.0891 0.8449 0.968 0.000 0.008 0 0.000 0.024
#> GSM311810 3 0.5524 -0.1129 0.016 0.012 0.568 0 0.068 0.336
#> GSM311811 1 0.1615 0.8523 0.928 0.004 0.064 0 0.000 0.004
#> GSM311812 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311813 1 0.1334 0.8504 0.948 0.000 0.032 0 0.000 0.020
#> GSM311814 1 0.4165 0.4405 0.568 0.008 0.420 0 0.000 0.004
#> GSM311815 1 0.2520 0.8253 0.844 0.004 0.152 0 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0976 0.8429 0.968 0.008 0.008 0 0.000 0.016
#> GSM311817 1 0.3121 0.7939 0.796 0.008 0.192 0 0.000 0.004
#> GSM311818 3 0.5223 0.3129 0.000 0.052 0.684 0 0.092 0.172
#> GSM311819 1 0.3243 0.7795 0.780 0.008 0.208 0 0.000 0.004
#> GSM311820 1 0.1267 0.8521 0.940 0.000 0.060 0 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0976 0.8429 0.968 0.008 0.008 0 0.000 0.016
#> GSM311822 1 0.1349 0.8525 0.940 0.000 0.056 0 0.000 0.004
#> GSM311823 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311824 1 0.1391 0.8522 0.944 0.000 0.040 0 0.000 0.016
#> GSM311825 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311826 1 0.0717 0.8404 0.976 0.008 0.000 0 0.000 0.016
#> GSM311827 3 0.1555 0.5376 0.012 0.008 0.940 0 0.000 0.040
#> GSM311828 5 0.1219 0.6962 0.000 0.004 0.000 0 0.948 0.048
#> GSM311829 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311830 3 0.2788 0.5094 0.004 0.016 0.880 0 0.044 0.056
#> GSM311832 3 0.4217 -0.1022 0.464 0.008 0.524 0 0.000 0.004
#> GSM311833 3 0.3878 0.3694 0.320 0.008 0.668 0 0.000 0.004
#> GSM311834 5 0.0937 0.6975 0.000 0.000 0.000 0 0.960 0.040
#> GSM311835 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311836 1 0.2257 0.8397 0.876 0.008 0.116 0 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311838 5 0.3817 -0.3995 0.000 0.432 0.000 0 0.568 0.000
#> GSM311839 1 0.2257 0.8397 0.876 0.008 0.116 0 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311841 1 0.0862 0.8420 0.972 0.008 0.004 0 0.000 0.016
#> GSM311842 1 0.4150 0.5627 0.616 0.008 0.368 0 0.000 0.008
#> GSM311843 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311844 5 0.3515 -0.0101 0.000 0.324 0.000 0 0.676 0.000
#> GSM311845 3 0.3822 0.4911 0.016 0.036 0.824 0 0.044 0.080
#> GSM311846 3 0.3646 0.4397 0.000 0.036 0.812 0 0.032 0.120
#> GSM311847 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311848 3 0.7650 -0.1439 0.000 0.272 0.308 0 0.192 0.228
#> GSM311849 1 0.3512 0.7374 0.740 0.008 0.248 0 0.000 0.004
#> GSM311850 1 0.0806 0.8389 0.972 0.008 0.000 0 0.000 0.020
#> GSM311851 3 0.1480 0.5348 0.020 0.000 0.940 0 0.000 0.040
#> GSM311852 1 0.2655 0.8313 0.848 0.008 0.140 0 0.000 0.004
#> GSM311853 6 0.4887 0.7408 0.080 0.000 0.220 0 0.020 0.680
#> GSM311854 1 0.3933 0.6637 0.676 0.008 0.308 0 0.000 0.008
#> GSM311855 3 0.3424 0.4804 0.168 0.004 0.796 0 0.000 0.032
#> GSM311856 1 0.4394 0.5475 0.608 0.008 0.364 0 0.000 0.020
#> GSM311857 1 0.0622 0.8414 0.980 0.008 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM311858 3 0.7269 0.0299 0.000 0.156 0.432 0 0.192 0.220
#> GSM311859 1 0.3733 0.6939 0.700 0.008 0.288 0 0.000 0.004
#> GSM311860 1 0.1426 0.8481 0.948 0.008 0.028 0 0.000 0.016
#> GSM311861 1 0.1483 0.8503 0.944 0.008 0.036 0 0.000 0.012
#> GSM311862 1 0.2734 0.8247 0.840 0.008 0.148 0 0.000 0.004
#> GSM311863 5 0.6082 0.3547 0.000 0.272 0.028 0 0.532 0.168
#> GSM311864 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311865 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311866 1 0.3933 0.6637 0.676 0.008 0.308 0 0.000 0.008
#> GSM311867 1 0.1897 0.8502 0.908 0.004 0.084 0 0.000 0.004
#> GSM311868 1 0.0622 0.8414 0.980 0.008 0.000 0 0.000 0.012
#> GSM311869 5 0.1245 0.6823 0.000 0.032 0.000 0 0.952 0.016
#> GSM311870 3 0.6511 0.0553 0.000 0.052 0.492 0 0.276 0.180
#> GSM311871 1 0.4194 0.5856 0.628 0.008 0.352 0 0.000 0.012
#> GSM311872 1 0.2036 0.8534 0.912 0.008 0.064 0 0.000 0.016
#> GSM311873 3 0.1793 0.5266 0.004 0.016 0.932 0 0.008 0.040
#> GSM311874 1 0.3023 0.8046 0.808 0.008 0.180 0 0.000 0.004
#> GSM311875 1 0.2631 0.8253 0.840 0.008 0.152 0 0.000 0.000
#> GSM311876 1 0.2225 0.8464 0.892 0.008 0.092 0 0.000 0.008
#> GSM311877 1 0.2225 0.8464 0.892 0.008 0.092 0 0.000 0.008
#> GSM311879 3 0.5943 0.2081 0.364 0.004 0.464 0 0.004 0.164
#> GSM311880 1 0.4074 0.6056 0.640 0.008 0.344 0 0.000 0.008
#> GSM311881 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311882 3 0.6495 0.2162 0.004 0.156 0.576 0 0.140 0.124
#> GSM311883 3 0.3424 0.4804 0.168 0.004 0.796 0 0.000 0.032
#> GSM311884 1 0.0806 0.8389 0.972 0.008 0.000 0 0.000 0.020
#> GSM311885 6 0.3732 0.7080 0.000 0.000 0.144 0 0.076 0.780
#> GSM311886 5 0.1333 0.6722 0.000 0.048 0.000 0 0.944 0.008
#> GSM311887 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311888 5 0.1333 0.6722 0.000 0.048 0.000 0 0.944 0.008
#> GSM311889 1 0.2100 0.8444 0.884 0.004 0.112 0 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.3206 0.4923 0.152 0.004 0.816 0 0.000 0.028
#> GSM311891 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311892 3 0.3701 0.4749 0.004 0.036 0.824 0 0.052 0.084
#> GSM311893 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311894 1 0.1643 0.8525 0.924 0.008 0.068 0 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.1553 0.5337 0.008 0.012 0.944 0 0.004 0.032
#> GSM311896 1 0.4211 0.3150 0.532 0.008 0.456 0 0.000 0.004
#> GSM311897 1 0.4211 0.3150 0.532 0.008 0.456 0 0.000 0.004
#> GSM311898 1 0.1411 0.8520 0.936 0.000 0.060 0 0.000 0.004
#> GSM311899 3 0.1492 0.5371 0.024 0.000 0.940 0 0.000 0.036
#> GSM311900 3 0.1699 0.5310 0.008 0.012 0.936 0 0.004 0.040
#> GSM311901 6 0.5082 0.6746 0.000 0.004 0.160 0 0.188 0.648
#> GSM311902 1 0.2915 0.8025 0.808 0.008 0.184 0 0.000 0.000
#> GSM311903 3 0.2122 0.5184 0.008 0.008 0.900 0 0.000 0.084
#> GSM311904 1 0.2605 0.8503 0.876 0.012 0.092 0 0.000 0.020
#> GSM311905 1 0.2400 0.8405 0.872 0.008 0.116 0 0.000 0.004
#> GSM311906 1 0.2100 0.8444 0.884 0.004 0.112 0 0.000 0.000
#> GSM311907 1 0.2631 0.8260 0.840 0.008 0.152 0 0.000 0.000
#> GSM311908 1 0.2389 0.8350 0.864 0.008 0.128 0 0.000 0.000
#> GSM311909 1 0.2257 0.8397 0.876 0.008 0.116 0 0.000 0.000
#> GSM311910 3 0.1514 0.5320 0.004 0.012 0.944 0 0.004 0.036
#> GSM311911 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311912 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311913 1 0.1668 0.8527 0.928 0.004 0.060 0 0.000 0.008
#> GSM311914 1 0.2146 0.8435 0.880 0.004 0.116 0 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.3351 1.0000 0.000 0.712 0.000 0 0.288 0.000
#> GSM311916 1 0.1148 0.8471 0.960 0.004 0.020 0 0.000 0.016
#> GSM311917 1 0.1036 0.8394 0.964 0.008 0.004 0 0.000 0.024
#> GSM311918 1 0.0891 0.8375 0.968 0.008 0.000 0 0.000 0.024
#> GSM311919 1 0.3183 0.7866 0.788 0.008 0.200 0 0.000 0.004
#> GSM311920 3 0.1555 0.5376 0.012 0.008 0.940 0 0.000 0.040
#> GSM311921 1 0.4074 0.6056 0.640 0.008 0.344 0 0.000 0.008
#> GSM311922 3 0.1555 0.5376 0.012 0.008 0.940 0 0.000 0.040
#> GSM311923 6 0.4289 0.7377 0.052 0.000 0.160 0 0.032 0.756
#> GSM311831 1 0.2346 0.8364 0.868 0.008 0.124 0 0.000 0.000
#> GSM311878 6 0.3732 0.7080 0.000 0.000 0.144 0 0.076 0.780
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:hclust 157 1.000 2
#> ATC:hclust 151 0.736 3
#> ATC:hclust 145 0.798 4
#> ATC:hclust 141 0.886 5
#> ATC:hclust 123 0.164 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.986 0.994 0.3204 0.675 0.675
#> 3 3 0.924 0.907 0.965 0.8994 0.653 0.509
#> 4 4 0.573 0.618 0.772 0.1349 0.730 0.436
#> 5 5 0.654 0.743 0.819 0.0826 0.870 0.616
#> 6 6 0.745 0.697 0.828 0.0601 0.961 0.848
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311763 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311764 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> GSM311771 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.9286 0.502 0.344 0.656
#> GSM311773 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311774 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311775 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.1414 0.978 0.980 0.020
#> GSM311779 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311799 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311810 1 0.0938 0.987 0.988 0.012
#> GSM311811 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.8144 0.679 0.252 0.748
#> GSM311819 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311827 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311830 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311832 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311833 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311845 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311846 2 0.8267 0.666 0.260 0.740
#> GSM311847 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311848 1 0.5519 0.850 0.872 0.128
#> GSM311849 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311873 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311882 1 0.1184 0.983 0.984 0.016
#> GSM311883 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311896 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311897 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311899 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311903 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311910 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311920 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311921 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM311878 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311763 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311764 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.1289 0.935 0.000 0.968 0.032
#> GSM311766 2 0.1289 0.935 0.000 0.968 0.032
#> GSM311767 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311769 3 0.3816 0.774 0.148 0.000 0.852
#> GSM311770 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311771 3 0.0592 0.933 0.012 0.000 0.988
#> GSM311772 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311773 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.6062 0.328 0.000 0.384 0.616
#> GSM311777 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311778 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.2066 0.908 0.940 0.000 0.060
#> GSM311785 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 3 0.1289 0.914 0.032 0.000 0.968
#> GSM311789 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 3 0.5058 0.635 0.244 0.000 0.756
#> GSM311793 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311799 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311801 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.6192 0.290 0.000 0.580 0.420
#> GSM311808 1 0.5948 0.436 0.640 0.000 0.360
#> GSM311809 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 3 0.5216 0.611 0.260 0.000 0.740
#> GSM311815 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311818 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.1289 0.935 0.000 0.968 0.032
#> GSM311829 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311832 3 0.1411 0.908 0.036 0.000 0.964
#> GSM311833 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.1163 0.918 0.028 0.000 0.972
#> GSM311843 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311846 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 3 0.0592 0.933 0.012 0.000 0.988
#> GSM311854 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311856 1 0.4750 0.708 0.784 0.000 0.216
#> GSM311857 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.2356 0.893 0.928 0.000 0.072
#> GSM311867 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 3 0.6008 0.359 0.000 0.372 0.628
#> GSM311871 1 0.5363 0.605 0.724 0.000 0.276
#> GSM311872 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311875 1 0.1643 0.924 0.956 0.000 0.044
#> GSM311876 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.5968 0.426 0.636 0.000 0.364
#> GSM311881 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.6204 0.278 0.000 0.576 0.424
#> GSM311886 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311896 3 0.4555 0.690 0.200 0.000 0.800
#> GSM311897 1 0.6274 0.165 0.544 0.000 0.456
#> GSM311898 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311900 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311901 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.6235 0.228 0.564 0.000 0.436
#> GSM311903 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311920 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311921 3 0.1411 0.910 0.036 0.000 0.964
#> GSM311922 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> GSM311923 3 0.5882 0.471 0.348 0.000 0.652
#> GSM311831 1 0.0000 0.967 1.000 0.000 0.000
#> GSM311878 3 0.6062 0.328 0.000 0.384 0.616
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311762 4 0.6110 0.3175 0.056 0.000 0.368 0.576
#> GSM311763 4 0.5936 0.3998 0.056 0.000 0.324 0.620
#> GSM311764 3 0.4874 0.7138 0.056 0.000 0.764 0.180
#> GSM311765 2 0.6447 0.0532 0.068 0.484 0.448 0.000
#> GSM311766 3 0.6434 0.0207 0.068 0.432 0.500 0.000
#> GSM311767 1 0.4916 0.8423 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM311768 1 0.4776 0.9052 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM311769 4 0.4690 0.5274 0.012 0.000 0.276 0.712
#> GSM311770 3 0.2751 0.7725 0.056 0.000 0.904 0.040
#> GSM311771 4 0.6168 0.2745 0.056 0.000 0.388 0.556
#> GSM311772 3 0.1474 0.7468 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311773 3 0.4956 0.7039 0.056 0.000 0.756 0.188
#> GSM311774 3 0.1867 0.7829 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM311775 3 0.3533 0.7742 0.056 0.000 0.864 0.080
#> GSM311776 3 0.6127 0.4902 0.108 0.228 0.664 0.000
#> GSM311777 3 0.1940 0.7821 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM311778 3 0.3245 0.7755 0.056 0.000 0.880 0.064
#> GSM311779 4 0.1557 0.5631 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM311780 4 0.1474 0.5672 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM311781 4 0.3688 0.3477 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311782 4 0.5290 0.1532 0.008 0.000 0.476 0.516
#> GSM311783 4 0.1398 0.6187 0.004 0.000 0.040 0.956
#> GSM311784 4 0.4158 0.5809 0.008 0.000 0.224 0.768
#> GSM311785 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311786 4 0.6197 0.2438 0.056 0.000 0.400 0.544
#> GSM311787 2 0.2926 0.7835 0.056 0.896 0.048 0.000
#> GSM311788 4 0.4844 0.4948 0.012 0.000 0.300 0.688
#> GSM311789 3 0.4989 -0.0373 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM311790 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311792 4 0.4647 0.5148 0.008 0.000 0.288 0.704
#> GSM311793 2 0.3547 0.7651 0.064 0.864 0.072 0.000
#> GSM311794 2 0.4781 0.8370 0.212 0.752 0.036 0.000
#> GSM311795 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311796 4 0.4994 0.1597 0.000 0.000 0.480 0.520
#> GSM311797 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311798 3 0.3383 0.7763 0.052 0.000 0.872 0.076
#> GSM311799 3 0.2589 0.7668 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM311800 4 0.1661 0.6203 0.004 0.000 0.052 0.944
#> GSM311801 3 0.5172 0.5497 0.068 0.188 0.744 0.000
#> GSM311802 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311803 1 0.4830 0.8855 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM311804 4 0.1716 0.5560 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM311805 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311806 4 0.5150 0.3464 0.008 0.000 0.396 0.596
#> GSM311807 3 0.5890 0.4398 0.072 0.268 0.660 0.000
#> GSM311808 4 0.4331 0.5262 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM311809 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311810 3 0.2751 0.7725 0.056 0.000 0.904 0.040
#> GSM311811 4 0.3486 0.3835 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM311812 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311813 1 0.4985 0.7361 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM311814 4 0.4522 0.4842 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM311815 4 0.1940 0.5371 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311816 4 0.4406 0.0481 0.300 0.000 0.000 0.700
#> GSM311817 4 0.2814 0.4714 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM311818 3 0.1474 0.7468 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM311819 4 0.1209 0.6144 0.004 0.000 0.032 0.964
#> GSM311820 4 0.3444 0.3908 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311821 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311822 4 0.3569 0.3675 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311823 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.4193 0.1654 0.268 0.000 0.000 0.732
#> GSM311825 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311826 1 0.4522 0.9593 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM311827 3 0.1722 0.7826 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM311828 3 0.6438 0.0075 0.068 0.436 0.496 0.000
#> GSM311829 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311830 3 0.2342 0.7807 0.008 0.000 0.912 0.080
#> GSM311832 4 0.4624 0.4587 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM311833 4 0.4996 0.1413 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM311834 2 0.5657 0.5656 0.068 0.688 0.244 0.000
#> GSM311835 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311836 4 0.3528 0.3767 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311837 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.3528 0.3767 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM311840 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311842 4 0.5018 0.4530 0.012 0.000 0.332 0.656
#> GSM311843 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311844 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311845 3 0.3448 0.7287 0.004 0.000 0.828 0.168
#> GSM311846 3 0.1792 0.7377 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM311847 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311848 3 0.2124 0.7323 0.068 0.008 0.924 0.000
#> GSM311849 4 0.3569 0.6068 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM311850 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311851 3 0.1867 0.7829 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM311852 4 0.0817 0.5848 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM311853 4 0.6135 0.2998 0.056 0.000 0.376 0.568
#> GSM311854 4 0.0657 0.6080 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM311855 3 0.3311 0.7228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM311856 4 0.4175 0.5880 0.012 0.000 0.212 0.776
#> GSM311857 1 0.4776 0.9056 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM311858 3 0.5172 0.5497 0.068 0.188 0.744 0.000
#> GSM311859 4 0.1004 0.6135 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM311860 4 0.4477 0.0237 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM311861 4 0.3764 0.3276 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM311862 4 0.3610 0.3617 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM311863 2 0.5772 0.5290 0.068 0.672 0.260 0.000
#> GSM311864 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311865 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311866 4 0.3893 0.6027 0.008 0.000 0.196 0.796
#> GSM311867 4 0.4103 0.2081 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM311868 1 0.4679 0.9293 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM311869 2 0.2844 0.7852 0.052 0.900 0.048 0.000
#> GSM311870 3 0.5911 0.5171 0.112 0.196 0.692 0.000
#> GSM311871 4 0.4212 0.5849 0.012 0.000 0.216 0.772
#> GSM311872 4 0.3837 0.3064 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM311873 3 0.2125 0.7806 0.004 0.000 0.920 0.076
#> GSM311874 4 0.0707 0.5888 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM311875 4 0.2987 0.6291 0.016 0.000 0.104 0.880
#> GSM311876 4 0.4008 0.2621 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM311877 4 0.4454 0.0424 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM311879 4 0.5174 0.3925 0.012 0.000 0.368 0.620
#> GSM311880 4 0.4356 0.5212 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM311881 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.1716 0.7404 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM311883 3 0.3400 0.7140 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311884 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311885 3 0.6558 0.4005 0.108 0.296 0.596 0.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311888 2 0.0000 0.8272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311889 4 0.4981 -0.6136 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM311890 3 0.4998 -0.0871 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM311891 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311892 3 0.1488 0.7787 0.012 0.000 0.956 0.032
#> GSM311893 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311894 4 0.3486 0.3835 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM311895 3 0.1867 0.7829 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM311896 4 0.4072 0.5656 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM311897 4 0.3837 0.5888 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM311898 1 0.4933 0.8295 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM311899 3 0.3400 0.7140 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311900 3 0.2921 0.7536 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM311901 3 0.5961 0.5384 0.108 0.188 0.700 0.004
#> GSM311902 4 0.4313 0.5499 0.004 0.000 0.260 0.736
#> GSM311903 3 0.1824 0.7839 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM311904 4 0.3569 0.3698 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311905 4 0.3172 0.4310 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM311906 4 0.3074 0.4433 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM311907 4 0.2840 0.6088 0.044 0.000 0.056 0.900
#> GSM311908 4 0.2385 0.6143 0.028 0.000 0.052 0.920
#> GSM311909 4 0.1792 0.5517 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311910 3 0.0927 0.7742 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM311911 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311912 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311913 4 0.3444 0.3908 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM311914 4 0.1792 0.5460 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM311915 2 0.3486 0.8559 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.5000 0.6648 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM311917 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311918 1 0.4500 0.9626 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM311919 4 0.0657 0.6050 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM311920 3 0.1722 0.7826 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM311921 4 0.4564 0.4746 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM311922 4 0.4972 0.2328 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM311923 4 0.6110 0.3168 0.056 0.000 0.368 0.576
#> GSM311831 4 0.1637 0.5600 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM311878 3 0.6992 0.4623 0.108 0.260 0.612 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311762 3 0.6582 0.4575 0.008 0.188 0.504 0.300 0.000
#> GSM311763 3 0.6508 0.4579 0.004 0.192 0.500 0.304 0.000
#> GSM311764 3 0.4009 0.6526 0.008 0.160 0.792 0.040 0.000
#> GSM311765 2 0.4739 0.6589 0.008 0.760 0.128 0.004 0.100
#> GSM311766 2 0.4739 0.6589 0.008 0.760 0.128 0.004 0.100
#> GSM311767 1 0.3861 0.6502 0.712 0.004 0.000 0.284 0.000
#> GSM311768 1 0.3607 0.7076 0.752 0.004 0.000 0.244 0.000
#> GSM311769 4 0.4747 0.2028 0.000 0.028 0.352 0.620 0.000
#> GSM311770 3 0.3482 0.6446 0.008 0.168 0.812 0.012 0.000
#> GSM311771 3 0.6383 0.4884 0.004 0.188 0.532 0.276 0.000
#> GSM311772 3 0.2835 0.6807 0.004 0.112 0.868 0.016 0.000
#> GSM311773 3 0.4221 0.6485 0.004 0.188 0.764 0.044 0.000
#> GSM311774 3 0.1571 0.7214 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM311775 3 0.3544 0.6473 0.008 0.164 0.812 0.016 0.000
#> GSM311776 2 0.3934 0.5551 0.008 0.716 0.276 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.1571 0.7214 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM311778 3 0.3521 0.6417 0.008 0.172 0.808 0.012 0.000
#> GSM311779 4 0.1549 0.8683 0.040 0.016 0.000 0.944 0.000
#> GSM311780 4 0.1750 0.8666 0.036 0.028 0.000 0.936 0.000
#> GSM311781 4 0.3495 0.8198 0.160 0.028 0.000 0.812 0.000
#> GSM311782 3 0.4787 0.5882 0.000 0.036 0.640 0.324 0.000
#> GSM311783 4 0.1904 0.8529 0.020 0.028 0.016 0.936 0.000
#> GSM311784 4 0.1403 0.8358 0.000 0.024 0.024 0.952 0.000
#> GSM311785 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311786 3 0.6295 0.5063 0.004 0.188 0.552 0.256 0.000
#> GSM311787 2 0.4276 0.4878 0.000 0.616 0.004 0.000 0.380
#> GSM311788 4 0.1830 0.8381 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000
#> GSM311789 3 0.3724 0.6785 0.000 0.020 0.776 0.204 0.000
#> GSM311790 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.4262 0.4167 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM311792 4 0.1582 0.8316 0.000 0.028 0.028 0.944 0.000
#> GSM311793 2 0.4064 0.5789 0.008 0.716 0.000 0.004 0.272
#> GSM311794 5 0.4506 0.5774 0.012 0.232 0.016 0.008 0.732
#> GSM311795 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311796 3 0.4709 0.5501 0.000 0.024 0.612 0.364 0.000
#> GSM311797 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311798 3 0.3648 0.6546 0.008 0.156 0.812 0.024 0.000
#> GSM311799 3 0.1410 0.7214 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM311800 4 0.1095 0.8608 0.012 0.012 0.008 0.968 0.000
#> GSM311801 2 0.4613 0.3319 0.008 0.580 0.408 0.004 0.000
#> GSM311802 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311803 1 0.3305 0.7399 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM311804 4 0.1750 0.8667 0.036 0.028 0.000 0.936 0.000
#> GSM311805 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311806 3 0.4917 0.4387 0.000 0.028 0.556 0.416 0.000
#> GSM311807 2 0.4021 0.6512 0.000 0.780 0.168 0.000 0.052
#> GSM311808 4 0.1582 0.8406 0.000 0.028 0.028 0.944 0.000
#> GSM311809 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311810 3 0.3402 0.6313 0.008 0.184 0.804 0.004 0.000
#> GSM311811 4 0.2519 0.8566 0.100 0.016 0.000 0.884 0.000
#> GSM311812 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311813 4 0.4658 0.4402 0.408 0.016 0.000 0.576 0.000
#> GSM311814 4 0.1493 0.8365 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> GSM311815 4 0.2144 0.8650 0.068 0.020 0.000 0.912 0.000
#> GSM311816 4 0.3343 0.8096 0.172 0.016 0.000 0.812 0.000
#> GSM311817 4 0.1671 0.8646 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM311818 3 0.3340 0.6576 0.004 0.156 0.824 0.016 0.000
#> GSM311819 4 0.0613 0.8579 0.004 0.004 0.008 0.984 0.000
#> GSM311820 4 0.2124 0.8578 0.096 0.004 0.000 0.900 0.000
#> GSM311821 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311822 4 0.2624 0.8507 0.116 0.012 0.000 0.872 0.000
#> GSM311823 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311824 4 0.3304 0.8129 0.168 0.016 0.000 0.816 0.000
#> GSM311825 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311826 1 0.1671 0.8889 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM311827 3 0.3577 0.6589 0.000 0.160 0.808 0.032 0.000
#> GSM311828 2 0.4325 0.6636 0.000 0.780 0.116 0.004 0.100
#> GSM311829 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311830 3 0.3573 0.6632 0.000 0.152 0.812 0.036 0.000
#> GSM311832 4 0.3495 0.7048 0.000 0.028 0.160 0.812 0.000
#> GSM311833 3 0.4058 0.6609 0.000 0.024 0.740 0.236 0.000
#> GSM311834 2 0.3942 0.6150 0.000 0.748 0.020 0.000 0.232
#> GSM311835 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311836 4 0.3141 0.8249 0.152 0.016 0.000 0.832 0.000
#> GSM311837 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311838 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311839 4 0.3412 0.8249 0.152 0.028 0.000 0.820 0.000
#> GSM311840 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0703 0.9337 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311842 4 0.4565 0.3205 0.000 0.028 0.308 0.664 0.000
#> GSM311843 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311844 5 0.0162 0.9627 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311845 3 0.3427 0.6907 0.000 0.108 0.836 0.056 0.000
#> GSM311846 3 0.3317 0.6230 0.004 0.188 0.804 0.004 0.000
#> GSM311847 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311848 3 0.3768 0.5750 0.008 0.228 0.760 0.004 0.000
#> GSM311849 4 0.1904 0.8481 0.016 0.028 0.020 0.936 0.000
#> GSM311850 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311851 3 0.1430 0.7195 0.000 0.004 0.944 0.052 0.000
#> GSM311852 4 0.1282 0.8676 0.044 0.004 0.000 0.952 0.000
#> GSM311853 3 0.6471 0.4659 0.004 0.188 0.508 0.300 0.000
#> GSM311854 4 0.1743 0.8596 0.028 0.028 0.004 0.940 0.000
#> GSM311855 3 0.2677 0.7167 0.000 0.016 0.872 0.112 0.000
#> GSM311856 4 0.3852 0.6839 0.008 0.028 0.168 0.796 0.000
#> GSM311857 1 0.3491 0.7335 0.768 0.004 0.000 0.228 0.000
#> GSM311858 3 0.4698 -0.0439 0.008 0.468 0.520 0.004 0.000
#> GSM311859 4 0.1780 0.8568 0.024 0.028 0.008 0.940 0.000
#> GSM311860 4 0.4249 0.6750 0.296 0.016 0.000 0.688 0.000
#> GSM311861 4 0.2970 0.8147 0.168 0.004 0.000 0.828 0.000
#> GSM311862 4 0.3412 0.8251 0.152 0.028 0.000 0.820 0.000
#> GSM311863 2 0.4749 0.6546 0.008 0.760 0.112 0.004 0.116
#> GSM311864 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311865 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311866 4 0.1904 0.8481 0.016 0.028 0.020 0.936 0.000
#> GSM311867 4 0.2970 0.8147 0.168 0.004 0.000 0.828 0.000
#> GSM311868 1 0.3010 0.7966 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000
#> GSM311869 2 0.4367 0.4501 0.000 0.580 0.004 0.000 0.416
#> GSM311870 2 0.2773 0.6439 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM311871 4 0.3759 0.6984 0.012 0.028 0.148 0.812 0.000
#> GSM311872 4 0.3304 0.8129 0.168 0.016 0.000 0.816 0.000
#> GSM311873 3 0.2946 0.6988 0.000 0.088 0.868 0.044 0.000
#> GSM311874 4 0.1469 0.8679 0.036 0.016 0.000 0.948 0.000
#> GSM311875 4 0.1701 0.8562 0.012 0.028 0.016 0.944 0.000
#> GSM311876 4 0.3574 0.8124 0.168 0.028 0.000 0.804 0.000
#> GSM311877 4 0.4506 0.6733 0.296 0.028 0.000 0.676 0.000
#> GSM311879 3 0.5096 0.3380 0.000 0.036 0.520 0.444 0.000
#> GSM311880 4 0.1582 0.8316 0.000 0.028 0.028 0.944 0.000
#> GSM311881 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311882 3 0.3815 0.5933 0.004 0.220 0.764 0.012 0.000
#> GSM311883 3 0.1704 0.7225 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000
#> GSM311884 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311885 2 0.4241 0.5548 0.008 0.716 0.264 0.000 0.012
#> GSM311886 2 0.4283 0.3897 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM311887 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311888 2 0.4283 0.3897 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM311889 4 0.4101 0.5659 0.332 0.004 0.000 0.664 0.000
#> GSM311890 3 0.3419 0.6929 0.000 0.016 0.804 0.180 0.000
#> GSM311891 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311892 3 0.3616 0.6526 0.000 0.164 0.804 0.032 0.000
#> GSM311893 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311894 4 0.2583 0.8391 0.132 0.004 0.000 0.864 0.000
#> GSM311895 3 0.1571 0.7214 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM311896 4 0.3527 0.7255 0.004 0.028 0.148 0.820 0.000
#> GSM311897 4 0.1686 0.8517 0.008 0.028 0.020 0.944 0.000
#> GSM311898 1 0.3861 0.6502 0.712 0.004 0.000 0.284 0.000
#> GSM311899 3 0.1478 0.7221 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM311900 3 0.1571 0.7212 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> GSM311901 2 0.3934 0.5551 0.008 0.716 0.276 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.1582 0.8406 0.000 0.028 0.028 0.944 0.000
#> GSM311903 3 0.3165 0.6840 0.000 0.116 0.848 0.036 0.000
#> GSM311904 4 0.3412 0.8251 0.152 0.028 0.000 0.820 0.000
#> GSM311905 4 0.2511 0.8626 0.080 0.028 0.000 0.892 0.000
#> GSM311906 4 0.2124 0.8590 0.096 0.004 0.000 0.900 0.000
#> GSM311907 4 0.1588 0.8615 0.016 0.028 0.008 0.948 0.000
#> GSM311908 4 0.1483 0.8599 0.012 0.028 0.008 0.952 0.000
#> GSM311909 4 0.2193 0.8675 0.060 0.028 0.000 0.912 0.000
#> GSM311910 3 0.3495 0.6576 0.000 0.160 0.812 0.028 0.000
#> GSM311911 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311912 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311913 4 0.2351 0.8607 0.088 0.016 0.000 0.896 0.000
#> GSM311914 4 0.2124 0.8646 0.056 0.028 0.000 0.916 0.000
#> GSM311915 5 0.0000 0.9665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311916 4 0.3715 0.7052 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> GSM311917 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311918 1 0.0609 0.9368 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM311919 4 0.1493 0.8640 0.024 0.028 0.000 0.948 0.000
#> GSM311920 3 0.3577 0.6589 0.000 0.160 0.808 0.032 0.000
#> GSM311921 4 0.4526 0.3424 0.000 0.028 0.300 0.672 0.000
#> GSM311922 3 0.4602 0.5814 0.000 0.028 0.656 0.316 0.000
#> GSM311923 3 0.6541 0.4696 0.008 0.188 0.516 0.288 0.000
#> GSM311831 4 0.1830 0.8670 0.040 0.028 0.000 0.932 0.000
#> GSM311878 2 0.4159 0.5545 0.008 0.716 0.268 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 6 0.2461 0.7492 0.000 0.000 0.044 0.064 0.004 0.888
#> GSM311763 6 0.2760 0.7477 0.000 0.000 0.052 0.076 0.004 0.868
#> GSM311764 6 0.2462 0.7539 0.000 0.000 0.132 0.004 0.004 0.860
#> GSM311765 5 0.4549 0.7036 0.004 0.064 0.104 0.000 0.764 0.064
#> GSM311766 5 0.4537 0.7015 0.004 0.060 0.108 0.000 0.764 0.064
#> GSM311767 1 0.4069 0.5003 0.612 0.000 0.000 0.376 0.004 0.008
#> GSM311768 1 0.4403 0.2767 0.520 0.000 0.000 0.460 0.008 0.012
#> GSM311769 4 0.5616 0.0612 0.000 0.000 0.060 0.452 0.036 0.452
#> GSM311770 6 0.3265 0.6441 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748
#> GSM311771 6 0.3242 0.7498 0.000 0.000 0.068 0.060 0.024 0.848
#> GSM311772 3 0.1151 0.8065 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM311773 6 0.3392 0.7454 0.000 0.000 0.128 0.012 0.040 0.820
#> GSM311774 3 0.1610 0.7948 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM311775 6 0.2320 0.7522 0.000 0.000 0.132 0.000 0.004 0.864
#> GSM311776 5 0.4401 0.3073 0.000 0.000 0.024 0.000 0.512 0.464
#> GSM311777 3 0.3514 0.6257 0.000 0.000 0.752 0.000 0.020 0.228
#> GSM311778 6 0.3298 0.6573 0.000 0.000 0.236 0.000 0.008 0.756
#> GSM311779 4 0.0713 0.8072 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM311780 4 0.2708 0.7873 0.004 0.000 0.016 0.868 0.104 0.008
#> GSM311781 4 0.2987 0.7842 0.024 0.000 0.008 0.856 0.104 0.008
#> GSM311782 6 0.6187 0.0672 0.000 0.000 0.416 0.048 0.104 0.432
#> GSM311783 4 0.4283 0.5711 0.000 0.000 0.004 0.672 0.036 0.288
#> GSM311784 4 0.4489 0.5800 0.000 0.000 0.012 0.672 0.040 0.276
#> GSM311785 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311786 6 0.3059 0.7591 0.000 0.000 0.084 0.040 0.020 0.856
#> GSM311787 5 0.2562 0.7007 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM311788 4 0.5734 0.4221 0.000 0.000 0.024 0.532 0.104 0.340
#> GSM311789 3 0.3928 0.7129 0.000 0.000 0.792 0.032 0.048 0.128
#> GSM311790 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 5 0.3672 0.5325 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> GSM311792 4 0.5053 0.3961 0.000 0.000 0.028 0.576 0.036 0.360
#> GSM311793 5 0.3531 0.7044 0.004 0.152 0.008 0.000 0.804 0.032
#> GSM311794 2 0.5550 0.1104 0.012 0.508 0.004 0.000 0.392 0.084
#> GSM311795 1 0.0508 0.8841 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM311796 3 0.5599 0.3825 0.000 0.000 0.596 0.064 0.056 0.284
#> GSM311797 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311798 6 0.3398 0.6452 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008 0.740
#> GSM311799 3 0.1863 0.7872 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311800 4 0.1657 0.8065 0.000 0.000 0.012 0.936 0.040 0.012
#> GSM311801 3 0.4799 0.2770 0.000 0.000 0.592 0.000 0.340 0.068
#> GSM311802 1 0.0508 0.8842 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM311803 1 0.4151 0.4248 0.576 0.000 0.000 0.412 0.008 0.004
#> GSM311804 4 0.2373 0.7887 0.000 0.000 0.008 0.880 0.104 0.008
#> GSM311805 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.6996 -0.1406 0.000 0.000 0.384 0.148 0.104 0.364
#> GSM311807 5 0.3120 0.7170 0.000 0.040 0.112 0.000 0.840 0.008
#> GSM311808 4 0.3462 0.7765 0.000 0.000 0.016 0.828 0.080 0.076
#> GSM311809 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311810 6 0.2668 0.7307 0.000 0.000 0.168 0.000 0.004 0.828
#> GSM311811 4 0.1767 0.7938 0.012 0.000 0.000 0.932 0.036 0.020
#> GSM311812 1 0.0508 0.8841 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM311813 4 0.3084 0.7434 0.132 0.000 0.000 0.832 0.032 0.004
#> GSM311814 4 0.4186 0.7236 0.000 0.000 0.028 0.772 0.068 0.132
#> GSM311815 4 0.1829 0.7910 0.008 0.000 0.000 0.928 0.036 0.028
#> GSM311816 4 0.1642 0.8025 0.028 0.000 0.000 0.936 0.032 0.004
#> GSM311817 4 0.0622 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM311818 3 0.0891 0.8058 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM311819 4 0.1483 0.7972 0.000 0.000 0.008 0.944 0.036 0.012
#> GSM311820 4 0.1401 0.7979 0.004 0.000 0.000 0.948 0.028 0.020
#> GSM311821 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311822 4 0.1944 0.7919 0.024 0.000 0.000 0.924 0.036 0.016
#> GSM311823 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.1321 0.8031 0.024 0.000 0.000 0.952 0.020 0.004
#> GSM311825 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.2562 0.7528 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0603 0.8096 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> GSM311828 5 0.3196 0.7224 0.000 0.064 0.096 0.000 0.836 0.004
#> GSM311829 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311830 3 0.0508 0.8106 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM311832 4 0.6823 0.1163 0.000 0.000 0.360 0.416 0.104 0.120
#> GSM311833 3 0.4828 0.5967 0.000 0.000 0.708 0.036 0.072 0.184
#> GSM311834 5 0.2631 0.7097 0.000 0.152 0.008 0.000 0.840 0.000
#> GSM311835 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311836 4 0.1636 0.8026 0.024 0.000 0.000 0.936 0.036 0.004
#> GSM311837 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.2987 0.7842 0.024 0.000 0.008 0.856 0.104 0.008
#> GSM311840 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.1556 0.8340 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM311842 4 0.5744 0.0813 0.000 0.000 0.072 0.456 0.036 0.436
#> GSM311843 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0458 0.9286 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311845 3 0.0405 0.8113 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM311846 3 0.1176 0.7999 0.000 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> GSM311847 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311848 3 0.3285 0.6897 0.000 0.000 0.820 0.000 0.116 0.064
#> GSM311849 4 0.4389 0.5689 0.000 0.000 0.008 0.668 0.036 0.288
#> GSM311850 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0858 0.8101 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM311852 4 0.0725 0.8023 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM311853 6 0.2629 0.7523 0.000 0.000 0.060 0.068 0.000 0.872
#> GSM311854 4 0.4009 0.5815 0.000 0.000 0.000 0.684 0.028 0.288
#> GSM311855 3 0.4254 0.5539 0.000 0.000 0.704 0.024 0.020 0.252
#> GSM311856 4 0.5186 0.1855 0.000 0.000 0.028 0.492 0.036 0.444
#> GSM311857 1 0.3945 0.4947 0.612 0.000 0.000 0.380 0.000 0.008
#> GSM311858 3 0.4360 0.4711 0.000 0.000 0.680 0.000 0.260 0.060
#> GSM311859 4 0.3894 0.6084 0.000 0.000 0.004 0.708 0.020 0.268
#> GSM311860 4 0.2437 0.7873 0.072 0.000 0.000 0.888 0.036 0.004
#> GSM311861 4 0.1251 0.8010 0.024 0.000 0.000 0.956 0.008 0.012
#> GSM311862 4 0.2408 0.7982 0.024 0.000 0.004 0.896 0.068 0.008
#> GSM311863 5 0.4549 0.7036 0.004 0.064 0.104 0.000 0.764 0.064
#> GSM311864 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311865 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311866 4 0.4555 0.5002 0.000 0.000 0.008 0.628 0.036 0.328
#> GSM311867 4 0.1409 0.7991 0.032 0.000 0.000 0.948 0.008 0.012
#> GSM311868 1 0.3672 0.6536 0.712 0.000 0.000 0.276 0.004 0.008
#> GSM311869 5 0.3383 0.6385 0.000 0.268 0.000 0.000 0.728 0.004
#> GSM311870 5 0.3017 0.7071 0.000 0.000 0.108 0.000 0.840 0.052
#> GSM311871 4 0.5244 0.2021 0.000 0.000 0.032 0.496 0.036 0.436
#> GSM311872 4 0.1321 0.8031 0.024 0.000 0.000 0.952 0.020 0.004
#> GSM311873 3 0.1075 0.8072 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM311874 4 0.1152 0.8061 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> GSM311875 4 0.2565 0.7869 0.000 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> GSM311876 4 0.2987 0.7842 0.024 0.000 0.008 0.856 0.104 0.008
#> GSM311877 4 0.3969 0.7475 0.088 0.000 0.008 0.792 0.104 0.008
#> GSM311879 6 0.7072 0.1290 0.000 0.000 0.168 0.328 0.104 0.400
#> GSM311880 4 0.3282 0.7435 0.000 0.000 0.020 0.836 0.036 0.108
#> GSM311881 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.1575 0.7826 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> GSM311883 3 0.2199 0.7884 0.000 0.000 0.892 0.000 0.020 0.088
#> GSM311884 1 0.0777 0.8761 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM311885 5 0.4256 0.3184 0.000 0.000 0.016 0.000 0.520 0.464
#> GSM311886 5 0.3706 0.5149 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> GSM311887 1 0.0653 0.8837 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM311888 5 0.3706 0.5149 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> GSM311889 4 0.2844 0.7517 0.104 0.000 0.000 0.860 0.020 0.016
#> GSM311890 3 0.5332 0.4277 0.000 0.000 0.616 0.052 0.048 0.284
#> GSM311891 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0458 0.8087 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM311893 1 0.0508 0.8842 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM311894 4 0.1275 0.8010 0.016 0.000 0.000 0.956 0.016 0.012
#> GSM311895 3 0.1910 0.7835 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM311896 4 0.5306 0.3987 0.000 0.000 0.316 0.576 0.100 0.008
#> GSM311897 4 0.2565 0.7869 0.000 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> GSM311898 1 0.4637 0.3266 0.528 0.000 0.000 0.440 0.016 0.016
#> GSM311899 3 0.2912 0.7205 0.000 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172
#> GSM311900 3 0.1806 0.7935 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM311901 5 0.4405 0.2892 0.000 0.000 0.024 0.000 0.504 0.472
#> GSM311902 4 0.4267 0.7292 0.000 0.000 0.016 0.760 0.104 0.120
#> GSM311903 3 0.0622 0.8111 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM311904 4 0.2382 0.7982 0.020 0.000 0.004 0.896 0.072 0.008
#> GSM311905 4 0.2627 0.7883 0.008 0.000 0.008 0.872 0.104 0.008
#> GSM311906 4 0.0881 0.8029 0.008 0.000 0.000 0.972 0.008 0.012
#> GSM311907 4 0.2565 0.7869 0.000 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> GSM311908 4 0.2565 0.7869 0.000 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> GSM311909 4 0.2627 0.7883 0.008 0.000 0.008 0.872 0.104 0.008
#> GSM311910 3 0.0692 0.8087 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM311911 1 0.0363 0.8844 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 4 0.1552 0.7957 0.004 0.000 0.000 0.940 0.036 0.020
#> GSM311914 4 0.1408 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020 0.036
#> GSM311915 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 4 0.1606 0.7926 0.056 0.000 0.000 0.932 0.004 0.008
#> GSM311917 1 0.0508 0.8842 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> GSM311918 1 0.0508 0.8841 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM311919 4 0.2114 0.7979 0.000 0.000 0.012 0.904 0.076 0.008
#> GSM311920 3 0.0603 0.8096 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> GSM311921 4 0.5631 0.2805 0.000 0.000 0.068 0.524 0.036 0.372
#> GSM311922 3 0.3386 0.7247 0.004 0.000 0.844 0.080 0.036 0.036
#> GSM311923 6 0.2468 0.7517 0.000 0.000 0.048 0.060 0.004 0.888
#> GSM311831 4 0.2727 0.7876 0.008 0.000 0.012 0.868 0.104 0.008
#> GSM311878 6 0.4406 -0.3088 0.000 0.000 0.024 0.000 0.476 0.500
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:kmeans 163 0.866 2
#> ATC:kmeans 153 0.616 3
#> ATC:kmeans 115 0.414 4
#> ATC:kmeans 145 0.246 5
#> ATC:kmeans 138 0.880 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.974 0.949 0.979 0.4860 0.513 0.513
#> 3 3 0.955 0.935 0.966 0.2339 0.840 0.700
#> 4 4 0.787 0.864 0.888 0.1421 0.865 0.668
#> 5 5 0.829 0.882 0.922 0.0654 0.933 0.780
#> 6 6 0.777 0.781 0.872 0.0390 0.965 0.869
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.9686 0.325 0.604 0.396
#> GSM311763 1 0.8267 0.633 0.740 0.260
#> GSM311764 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311771 1 0.7602 0.712 0.780 0.220
#> GSM311772 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311775 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311777 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311778 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311782 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311786 2 0.9129 0.512 0.328 0.672
#> GSM311787 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311789 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> GSM311790 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.9129 0.533 0.328 0.672
#> GSM311797 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.9661 0.384 0.392 0.608
#> GSM311807 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311832 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311833 2 0.8327 0.650 0.264 0.736
#> GSM311834 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.2778 0.937 0.952 0.048
#> GSM311854 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311855 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311879 2 0.9944 0.196 0.456 0.544
#> GSM311880 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.8144 0.670 0.252 0.748
#> GSM311891 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311896 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311897 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311903 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311910 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311920 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.6247 0.806 0.844 0.156
#> GSM311923 1 0.8267 0.643 0.740 0.260
#> GSM311831 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> GSM311878 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311762 2 0.0747 0.946 0.016 0.984 0.000
#> GSM311763 2 0.4654 0.650 0.208 0.792 0.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311766 3 0.5760 0.624 0.000 0.328 0.672
#> GSM311767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0237 0.991 0.996 0.004 0.000
#> GSM311770 2 0.0237 0.963 0.000 0.996 0.004
#> GSM311771 2 0.1643 0.914 0.044 0.956 0.000
#> GSM311772 3 0.5948 0.566 0.000 0.360 0.640
#> GSM311773 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM311774 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311775 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311777 3 0.5138 0.726 0.000 0.252 0.748
#> GSM311778 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311779 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311781 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311782 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 2 0.0747 0.946 0.016 0.984 0.000
#> GSM311787 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311788 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311789 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311791 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311792 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311794 3 0.5678 0.643 0.000 0.316 0.684
#> GSM311795 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0237 0.879 0.004 0.000 0.996
#> GSM311797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311799 3 0.4702 0.766 0.000 0.212 0.788
#> GSM311800 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311801 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311802 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311805 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.5201 0.656 0.236 0.004 0.760
#> GSM311807 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311808 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311809 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 1 0.1031 0.980 0.976 0.000 0.024
#> GSM311815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311818 3 0.5760 0.624 0.000 0.328 0.672
#> GSM311819 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311820 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311824 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311828 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311832 3 0.4654 0.690 0.208 0.000 0.792
#> GSM311833 3 0.0424 0.876 0.008 0.000 0.992
#> GSM311834 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311835 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311838 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311839 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311840 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311841 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311845 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311846 3 0.4702 0.766 0.000 0.212 0.788
#> GSM311847 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311852 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 2 0.1529 0.919 0.040 0.960 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.3267 0.837 0.000 0.116 0.884
#> GSM311856 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311859 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311863 3 0.5650 0.649 0.000 0.312 0.688
#> GSM311864 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311870 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311876 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311877 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311879 2 0.9462 0.122 0.400 0.420 0.180
#> GSM311880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311882 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311883 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM311886 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311887 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.1015 0.883 0.008 0.012 0.980
#> GSM311891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311893 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.4842 0.756 0.000 0.224 0.776
#> GSM311896 3 0.5926 0.463 0.356 0.000 0.644
#> GSM311897 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311898 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311900 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311901 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311902 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311903 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311904 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311905 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311906 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311908 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311909 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311910 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311911 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311913 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> GSM311916 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311920 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> GSM311921 1 0.4605 0.742 0.796 0.000 0.204
#> GSM311922 3 0.0892 0.876 0.020 0.000 0.980
#> GSM311923 2 0.0747 0.946 0.016 0.984 0.000
#> GSM311831 1 0.0747 0.986 0.984 0.000 0.016
#> GSM311878 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311762 2 0.4730 0.6369 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311763 2 0.5189 0.6199 0.012 0.616 0.000 0.372
#> GSM311764 2 0.2011 0.8804 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM311765 2 0.3024 0.7496 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM311766 3 0.4843 0.5262 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.4697 0.4345 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM311770 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311771 1 0.6626 0.2790 0.544 0.092 0.000 0.364
#> GSM311772 3 0.4985 0.3596 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM311773 2 0.2081 0.8775 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM311774 3 0.1022 0.8735 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM311775 2 0.1637 0.8934 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM311776 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.4431 0.6712 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM311778 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0336 0.9365 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311780 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311781 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311782 4 0.4804 0.0195 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM311783 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0469 0.9317 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311785 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 2 0.5355 0.6219 0.020 0.620 0.000 0.360
#> GSM311787 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311788 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311789 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311791 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311794 3 0.4746 0.5774 0.000 0.368 0.632 0.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0707 0.8725 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM311797 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311799 3 0.3688 0.7712 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM311800 4 0.4898 0.8639 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM311801 3 0.2081 0.8518 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311804 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311805 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.6586 0.7489 0.216 0.000 0.156 0.628
#> GSM311807 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311808 4 0.4730 0.9116 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM311809 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0469 0.9315 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311814 4 0.6141 0.8516 0.312 0.000 0.072 0.616
#> GSM311815 1 0.0188 0.9413 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311816 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311818 3 0.4925 0.4606 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM311819 1 0.3444 0.5984 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM311820 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311832 4 0.6548 0.7024 0.188 0.000 0.176 0.636
#> GSM311833 3 0.0592 0.8746 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311834 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0592 0.9263 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311837 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311838 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311839 4 0.4804 0.9129 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311840 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.4722 0.5072 0.692 0.000 0.008 0.300
#> GSM311843 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311845 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311846 3 0.3907 0.7487 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311849 1 0.0817 0.9172 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311850 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311853 2 0.7408 0.4243 0.172 0.464 0.000 0.364
#> GSM311854 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.3569 0.7805 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM311856 1 0.4643 0.4522 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM311857 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.1940 0.8555 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0336 0.9364 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311861 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311862 4 0.4817 0.9079 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM311863 3 0.4776 0.5638 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311870 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311871 1 0.4477 0.5009 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM311872 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.0707 0.8778 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM311874 1 0.1211 0.8911 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311875 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311876 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311877 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311879 4 0.6477 0.8483 0.292 0.036 0.040 0.632
#> GSM311880 1 0.0469 0.9319 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311881 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311886 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0469 0.8771 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311891 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.4382 0.6819 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM311896 4 0.6560 0.7952 0.248 0.000 0.132 0.620
#> GSM311897 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311898 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311900 3 0.0336 0.8799 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311903 3 0.0469 0.8794 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM311904 4 0.4804 0.9127 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM311905 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311906 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311907 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311908 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311909 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311910 3 0.0188 0.8803 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0188 0.9414 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311915 2 0.0188 0.9293 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9455 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.4817 0.9079 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM311920 3 0.0000 0.8803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311921 1 0.4868 0.5593 0.748 0.000 0.212 0.040
#> GSM311922 3 0.0524 0.8756 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM311923 2 0.4730 0.6369 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311831 4 0.4776 0.9205 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM311878 2 0.1211 0.9060 0.000 0.960 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 5 0.2592 0.891 0.000 0.056 0.000 0.052 0.892
#> GSM311763 5 0.2592 0.892 0.000 0.052 0.000 0.056 0.892
#> GSM311764 2 0.3437 0.792 0.000 0.832 0.000 0.048 0.120
#> GSM311765 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.3242 0.710 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311769 5 0.2017 0.890 0.080 0.000 0.000 0.008 0.912
#> GSM311770 2 0.0162 0.944 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311771 5 0.1331 0.907 0.040 0.008 0.000 0.000 0.952
#> GSM311772 2 0.1124 0.917 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> GSM311773 2 0.4548 0.693 0.000 0.752 0.000 0.120 0.128
#> GSM311774 3 0.0854 0.893 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> GSM311775 2 0.2439 0.847 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM311776 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.3910 0.662 0.000 0.272 0.720 0.000 0.008
#> GSM311778 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0693 0.956 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM311780 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311781 4 0.3398 0.885 0.216 0.000 0.000 0.780 0.004
#> GSM311782 4 0.5748 0.295 0.000 0.000 0.252 0.608 0.140
#> GSM311783 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.1408 0.927 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM311785 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 5 0.1740 0.895 0.012 0.056 0.000 0.000 0.932
#> GSM311787 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311789 3 0.0693 0.888 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM311790 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.1082 0.947 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM311793 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.4074 0.392 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.3489 0.791 0.000 0.000 0.820 0.144 0.036
#> GSM311797 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.1270 0.913 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM311799 3 0.3662 0.694 0.000 0.252 0.744 0.000 0.004
#> GSM311800 1 0.5109 -0.337 0.504 0.000 0.000 0.460 0.036
#> GSM311801 3 0.1121 0.883 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311804 4 0.3366 0.886 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004
#> GSM311805 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.2773 0.808 0.112 0.000 0.000 0.868 0.020
#> GSM311807 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311808 4 0.2694 0.737 0.076 0.000 0.000 0.884 0.040
#> GSM311809 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311810 2 0.0162 0.944 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311811 1 0.0324 0.964 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311812 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0451 0.962 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM311814 4 0.5611 0.604 0.164 0.000 0.092 0.700 0.044
#> GSM311815 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311816 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311817 1 0.0955 0.947 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM311818 2 0.2329 0.834 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM311819 1 0.4777 0.483 0.664 0.000 0.000 0.292 0.044
#> GSM311820 1 0.0703 0.953 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM311821 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311822 1 0.0880 0.947 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM311823 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311825 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311828 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311830 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311832 4 0.2445 0.711 0.056 0.000 0.020 0.908 0.016
#> GSM311833 3 0.2777 0.832 0.000 0.000 0.864 0.120 0.016
#> GSM311834 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311836 1 0.0579 0.959 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311837 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.3728 0.857 0.244 0.000 0.000 0.748 0.008
#> GSM311840 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311842 5 0.3962 0.844 0.088 0.000 0.000 0.112 0.800
#> GSM311843 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311844 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311846 3 0.3671 0.711 0.000 0.236 0.756 0.000 0.008
#> GSM311847 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311849 1 0.1697 0.901 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM311850 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311852 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311853 5 0.2721 0.905 0.036 0.016 0.000 0.052 0.896
#> GSM311854 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311855 3 0.2891 0.775 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM311856 5 0.2358 0.866 0.104 0.000 0.000 0.008 0.888
#> GSM311857 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311858 3 0.1478 0.871 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM311859 1 0.0566 0.961 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM311860 1 0.0579 0.959 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM311861 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311862 4 0.4687 0.734 0.336 0.000 0.000 0.636 0.028
#> GSM311863 2 0.3661 0.600 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311865 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 5 0.4164 0.842 0.096 0.000 0.000 0.120 0.784
#> GSM311872 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311873 3 0.2017 0.857 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> GSM311874 1 0.1830 0.893 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008
#> GSM311875 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311876 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311877 4 0.3300 0.892 0.204 0.000 0.000 0.792 0.004
#> GSM311879 4 0.2813 0.800 0.108 0.000 0.000 0.868 0.024
#> GSM311880 1 0.3375 0.808 0.852 0.000 0.012 0.096 0.040
#> GSM311881 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0510 0.937 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311886 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.2677 0.838 0.000 0.000 0.872 0.112 0.016
#> GSM311891 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311895 3 0.4800 0.215 0.000 0.456 0.528 0.008 0.008
#> GSM311896 4 0.4125 0.875 0.184 0.000 0.024 0.776 0.016
#> GSM311897 4 0.3160 0.891 0.188 0.000 0.000 0.808 0.004
#> GSM311898 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0579 0.892 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM311900 3 0.1280 0.889 0.000 0.024 0.960 0.008 0.008
#> GSM311901 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.3039 0.893 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM311903 3 0.0794 0.891 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.4329 0.776 0.312 0.000 0.000 0.672 0.016
#> GSM311905 4 0.3530 0.891 0.204 0.000 0.000 0.784 0.012
#> GSM311906 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311907 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311908 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311909 4 0.3109 0.895 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM311910 3 0.0898 0.891 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0290 0.964 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311917 1 0.0162 0.965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311918 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.4506 0.789 0.296 0.000 0.000 0.676 0.028
#> GSM311920 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311921 1 0.6596 0.440 0.632 0.000 0.120 0.132 0.116
#> GSM311922 3 0.2473 0.847 0.000 0.000 0.896 0.072 0.032
#> GSM311923 5 0.2589 0.899 0.008 0.044 0.000 0.048 0.900
#> GSM311831 4 0.3074 0.896 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM311878 2 0.1282 0.913 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 6 0.2468 0.8096 0.000 0.016 0.000 0.096 0.008 0.880
#> GSM311763 6 0.2661 0.8069 0.000 0.016 0.000 0.096 0.016 0.872
#> GSM311764 2 0.4587 0.6494 0.000 0.728 0.008 0.088 0.008 0.168
#> GSM311765 2 0.1644 0.8672 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000 0.000
#> GSM311766 2 0.3636 0.5135 0.000 0.676 0.320 0.004 0.000 0.000
#> GSM311767 1 0.0405 0.9229 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM311768 1 0.0551 0.9247 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM311769 6 0.3636 0.7678 0.064 0.000 0.000 0.016 0.108 0.812
#> GSM311770 2 0.0291 0.9151 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM311771 6 0.1285 0.8220 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> GSM311772 2 0.2320 0.8191 0.000 0.864 0.132 0.000 0.004 0.000
#> GSM311773 2 0.6712 0.2620 0.000 0.508 0.024 0.268 0.036 0.164
#> GSM311774 3 0.2290 0.8010 0.000 0.004 0.892 0.020 0.084 0.000
#> GSM311775 2 0.3323 0.6904 0.000 0.752 0.000 0.008 0.000 0.240
#> GSM311776 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.5074 0.5850 0.000 0.252 0.636 0.008 0.104 0.000
#> GSM311778 2 0.0146 0.9161 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311779 1 0.0914 0.9186 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016 0.000
#> GSM311780 4 0.2668 0.8255 0.168 0.000 0.000 0.828 0.004 0.000
#> GSM311781 4 0.3348 0.7797 0.216 0.000 0.000 0.768 0.016 0.000
#> GSM311782 4 0.7013 0.0604 0.000 0.004 0.176 0.484 0.228 0.108
#> GSM311783 1 0.0520 0.9229 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> GSM311784 1 0.2176 0.8603 0.896 0.000 0.000 0.080 0.024 0.000
#> GSM311785 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311786 6 0.1285 0.8220 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> GSM311787 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.2706 0.8211 0.160 0.000 0.000 0.832 0.008 0.000
#> GSM311789 3 0.3360 0.6853 0.000 0.000 0.732 0.004 0.264 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 1 0.3219 0.7448 0.808 0.000 0.000 0.016 0.168 0.008
#> GSM311793 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.4183 0.3325 0.000 0.604 0.380 0.008 0.008 0.000
#> GSM311795 1 0.0777 0.9229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM311796 5 0.3656 0.3136 0.000 0.000 0.256 0.012 0.728 0.004
#> GSM311797 1 0.0692 0.9244 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM311798 2 0.1897 0.8597 0.000 0.908 0.000 0.004 0.004 0.084
#> GSM311799 3 0.3941 0.6583 0.000 0.208 0.744 0.004 0.044 0.000
#> GSM311800 1 0.5910 -0.0902 0.448 0.000 0.000 0.220 0.332 0.000
#> GSM311801 3 0.1863 0.8169 0.000 0.016 0.920 0.004 0.060 0.000
#> GSM311802 1 0.0291 0.9239 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311803 1 0.1958 0.8792 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM311804 4 0.3043 0.8011 0.200 0.000 0.000 0.792 0.008 0.000
#> GSM311805 1 0.0777 0.9229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM311806 4 0.2408 0.6531 0.052 0.000 0.000 0.892 0.052 0.004
#> GSM311807 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311808 5 0.3911 0.2207 0.008 0.000 0.000 0.368 0.624 0.000
#> GSM311809 1 0.0632 0.9242 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM311810 2 0.0291 0.9146 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311811 1 0.1908 0.8792 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> GSM311812 1 0.0858 0.9219 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM311813 1 0.1082 0.9184 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM311814 5 0.3502 0.4830 0.016 0.000 0.024 0.160 0.800 0.000
#> GSM311815 1 0.1753 0.8921 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM311816 1 0.0865 0.9214 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM311817 1 0.2793 0.7709 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM311818 2 0.2048 0.8223 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> GSM311819 5 0.4613 0.4464 0.260 0.000 0.000 0.080 0.660 0.000
#> GSM311820 1 0.2378 0.8282 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM311821 1 0.0790 0.9225 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM311822 1 0.3508 0.5664 0.704 0.000 0.000 0.000 0.292 0.004
#> GSM311823 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0363 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311825 1 0.0508 0.9248 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM311826 1 0.0291 0.9234 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311827 3 0.2703 0.7915 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311829 1 0.0363 0.9250 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311830 3 0.2003 0.8015 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM311832 4 0.4161 0.2286 0.004 0.000 0.012 0.608 0.376 0.000
#> GSM311833 3 0.4264 0.5227 0.000 0.000 0.620 0.028 0.352 0.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0458 0.9250 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311836 1 0.1500 0.9103 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.4344 0.5400 0.356 0.000 0.000 0.612 0.032 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0436 0.9237 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM311842 6 0.5006 0.4659 0.040 0.000 0.000 0.016 0.416 0.528
#> GSM311843 1 0.0458 0.9251 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 3 0.2178 0.7953 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM311846 3 0.3917 0.6601 0.000 0.204 0.752 0.012 0.032 0.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.1814 0.8055 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM311849 1 0.3102 0.7832 0.816 0.000 0.000 0.000 0.156 0.028
#> GSM311850 1 0.0436 0.9237 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM311851 3 0.2121 0.8065 0.000 0.000 0.892 0.012 0.096 0.000
#> GSM311852 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311853 6 0.2053 0.8165 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004 0.888
#> GSM311854 1 0.0725 0.9206 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM311855 3 0.5013 0.6637 0.000 0.192 0.656 0.004 0.148 0.000
#> GSM311856 6 0.3133 0.7795 0.068 0.000 0.000 0.016 0.064 0.852
#> GSM311857 1 0.0405 0.9234 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM311858 3 0.1307 0.8100 0.000 0.032 0.952 0.008 0.008 0.000
#> GSM311859 1 0.1053 0.9193 0.964 0.000 0.000 0.012 0.020 0.004
#> GSM311860 1 0.1682 0.9063 0.928 0.000 0.000 0.020 0.052 0.000
#> GSM311861 1 0.0777 0.9261 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM311862 1 0.6029 -0.3241 0.412 0.000 0.000 0.332 0.256 0.000
#> GSM311863 2 0.3819 0.3916 0.000 0.624 0.372 0.004 0.000 0.000
#> GSM311864 1 0.0363 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311865 1 0.0146 0.9244 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311866 1 0.1493 0.9085 0.936 0.000 0.000 0.004 0.056 0.004
#> GSM311867 1 0.0935 0.9210 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM311868 1 0.0291 0.9234 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311871 6 0.4804 0.6509 0.060 0.000 0.000 0.016 0.264 0.660
#> GSM311872 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311873 3 0.2152 0.7926 0.000 0.036 0.912 0.012 0.040 0.000
#> GSM311874 1 0.2743 0.7478 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008 0.000
#> GSM311875 4 0.2841 0.8209 0.164 0.000 0.000 0.824 0.012 0.000
#> GSM311876 4 0.2562 0.8260 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM311877 4 0.2946 0.8237 0.176 0.000 0.000 0.812 0.012 0.000
#> GSM311879 4 0.2151 0.6191 0.036 0.000 0.004 0.916 0.032 0.012
#> GSM311880 5 0.4552 0.3608 0.368 0.000 0.016 0.004 0.600 0.012
#> GSM311881 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.1007 0.8149 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM311883 3 0.1970 0.8164 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092 0.000
#> GSM311884 1 0.0405 0.9247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM311885 2 0.1007 0.8921 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM311886 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9245 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311889 1 0.0858 0.9219 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM311890 3 0.3993 0.6113 0.000 0.000 0.676 0.024 0.300 0.000
#> GSM311891 1 0.0858 0.9219 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM311892 3 0.1714 0.8080 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM311893 1 0.0291 0.9234 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311894 1 0.1411 0.9116 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM311895 3 0.4859 0.5076 0.000 0.308 0.628 0.020 0.044 0.000
#> GSM311896 4 0.5173 0.6812 0.132 0.000 0.044 0.692 0.132 0.000
#> GSM311897 4 0.3680 0.7784 0.144 0.000 0.000 0.784 0.072 0.000
#> GSM311898 1 0.1674 0.8968 0.924 0.000 0.000 0.004 0.068 0.004
#> GSM311899 3 0.2250 0.7984 0.000 0.000 0.888 0.020 0.092 0.000
#> GSM311900 3 0.1750 0.8035 0.000 0.012 0.932 0.016 0.040 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311902 4 0.2595 0.8215 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004 0.000
#> GSM311903 3 0.2883 0.8016 0.000 0.008 0.832 0.008 0.152 0.000
#> GSM311904 1 0.4853 -0.2630 0.488 0.000 0.000 0.456 0.056 0.000
#> GSM311905 4 0.3440 0.8017 0.196 0.000 0.000 0.776 0.028 0.000
#> GSM311906 1 0.1010 0.9200 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM311907 4 0.2848 0.8254 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008 0.000
#> GSM311908 4 0.2703 0.8258 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM311909 4 0.2912 0.8251 0.172 0.000 0.000 0.816 0.012 0.000
#> GSM311910 3 0.1138 0.8082 0.000 0.012 0.960 0.004 0.024 0.000
#> GSM311911 1 0.0603 0.9242 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM311912 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0837 0.9217 0.972 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004
#> GSM311914 1 0.1196 0.9176 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM311915 2 0.0000 0.9181 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.1075 0.9186 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM311917 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311918 1 0.0777 0.9229 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM311919 4 0.5990 0.2606 0.368 0.000 0.000 0.400 0.232 0.000
#> GSM311920 3 0.2482 0.8010 0.000 0.000 0.848 0.004 0.148 0.000
#> GSM311921 5 0.4291 0.4582 0.124 0.000 0.044 0.004 0.776 0.052
#> GSM311922 5 0.3646 0.2906 0.000 0.000 0.292 0.004 0.700 0.004
#> GSM311923 6 0.1753 0.8192 0.000 0.004 0.000 0.084 0.000 0.912
#> GSM311831 4 0.2738 0.8254 0.176 0.000 0.000 0.820 0.004 0.000
#> GSM311878 2 0.2531 0.8131 0.000 0.860 0.000 0.008 0.004 0.128
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:skmeans 160 1.000 2
#> ATC:skmeans 161 0.593 3
#> ATC:skmeans 156 0.344 4
#> ATC:skmeans 157 0.478 5
#> ATC:skmeans 146 0.372 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.955 0.983 0.3336 0.668 0.668
#> 3 3 0.999 0.943 0.978 0.7920 0.619 0.475
#> 4 4 0.601 0.684 0.797 0.1450 0.752 0.492
#> 5 5 0.744 0.768 0.905 0.0892 0.854 0.598
#> 6 6 0.711 0.654 0.807 0.0631 0.906 0.680
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311762 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311763 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311764 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311770 1 0.8443 0.60741 0.728 0.272
#> GSM311771 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311772 2 0.8555 0.61308 0.280 0.720
#> GSM311773 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311774 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311775 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311778 1 0.9686 0.31209 0.604 0.396
#> GSM311779 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311786 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311789 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311798 1 0.0376 0.98416 0.996 0.004
#> GSM311799 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311810 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311815 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.9954 0.16783 0.460 0.540
#> GSM311819 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311827 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311830 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311832 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311833 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311845 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311846 2 0.4298 0.87753 0.088 0.912
#> GSM311847 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.9944 0.17894 0.456 0.544
#> GSM311849 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311853 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311873 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311874 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311880 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311882 1 0.9993 0.00908 0.516 0.484
#> GSM311883 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311890 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311892 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311896 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311897 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311899 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311900 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311903 1 0.5059 0.86303 0.888 0.112
#> GSM311904 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311910 1 0.5737 0.83047 0.864 0.136
#> GSM311911 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311920 1 0.2948 0.93433 0.948 0.052
#> GSM311921 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311922 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311923 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311831 1 0.0000 0.98805 1.000 0.000
#> GSM311878 2 0.0000 0.96014 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311763 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311764 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311765 3 0.5968 0.4293 0.000 0.364 0.636
#> GSM311766 3 0.0424 0.9543 0.000 0.008 0.992
#> GSM311767 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.6299 0.0629 0.524 0.000 0.476
#> GSM311770 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311771 3 0.4121 0.7644 0.168 0.000 0.832
#> GSM311772 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311773 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311776 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311777 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311778 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0424 0.9713 0.992 0.000 0.008
#> GSM311785 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.1411 0.9313 0.036 0.000 0.964
#> GSM311787 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 3 0.2066 0.9077 0.060 0.000 0.940
#> GSM311789 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 3 0.1529 0.9277 0.040 0.000 0.960
#> GSM311793 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311799 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311801 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311807 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311808 3 0.2625 0.8783 0.084 0.000 0.916
#> GSM311809 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 3 0.0747 0.9480 0.016 0.000 0.984
#> GSM311815 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311818 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.4002 0.7833 0.840 0.000 0.160
#> GSM311820 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311828 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311832 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311833 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.2878 0.8913 0.000 0.904 0.096
#> GSM311835 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 3 0.1031 0.9414 0.024 0.000 0.976
#> GSM311843 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311846 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.2066 0.9150 0.940 0.000 0.060
#> GSM311850 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311854 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311856 1 0.4399 0.7415 0.812 0.000 0.188
#> GSM311857 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311859 3 0.5678 0.5453 0.316 0.000 0.684
#> GSM311860 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0424 0.9873 0.000 0.992 0.008
#> GSM311864 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 3 0.1529 0.9277 0.040 0.000 0.960
#> GSM311867 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311871 3 0.1529 0.9277 0.040 0.000 0.960
#> GSM311872 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311875 1 0.1643 0.9349 0.956 0.000 0.044
#> GSM311876 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.5327 0.6112 0.728 0.000 0.272
#> GSM311881 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311895 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311896 3 0.5621 0.5424 0.308 0.000 0.692
#> GSM311897 1 0.2066 0.9186 0.940 0.000 0.060
#> GSM311898 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311900 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311901 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.0237 0.9752 0.996 0.000 0.004
#> GSM311903 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311909 1 0.1289 0.9469 0.968 0.000 0.032
#> GSM311910 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9941 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9789 1.000 0.000 0.000
#> GSM311919 3 0.6295 0.1222 0.472 0.000 0.528
#> GSM311920 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
#> GSM311921 3 0.1529 0.9277 0.040 0.000 0.960
#> GSM311922 3 0.1289 0.9347 0.032 0.000 0.968
#> GSM311923 3 0.1529 0.9277 0.040 0.000 0.960
#> GSM311831 1 0.1411 0.9428 0.964 0.000 0.036
#> GSM311878 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 4 0.4250 0.5392 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM311763 4 0.4250 0.5392 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM311764 3 0.2469 0.8137 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM311765 3 0.5742 0.5825 0.276 0.060 0.664 0.000
#> GSM311766 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311767 4 0.2530 0.6186 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM311768 4 0.4134 0.4260 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM311769 4 0.5070 0.3929 0.008 0.000 0.372 0.620
#> GSM311770 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 4 0.5244 0.2637 0.008 0.000 0.436 0.556
#> GSM311772 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311773 3 0.3400 0.7577 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM311774 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0921 0.8588 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311776 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311777 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311778 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311779 4 0.1661 0.6615 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM311780 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311781 4 0.4072 0.4405 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311782 4 0.4941 0.2634 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM311783 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311784 4 0.0336 0.6779 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311785 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311786 4 0.5250 0.2573 0.008 0.000 0.440 0.552
#> GSM311787 2 0.4250 0.8430 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM311788 4 0.4164 0.5552 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM311789 4 0.4996 0.1170 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM311790 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.3569 0.8710 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM311792 4 0.4477 0.4910 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311793 2 0.4250 0.8430 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM311794 2 0.4250 0.8430 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM311795 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311796 3 0.3074 0.7815 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM311797 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311798 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311799 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311800 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311801 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311802 1 0.4605 0.8864 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM311803 4 0.4855 -0.1042 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM311804 4 0.0657 0.6759 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM311805 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311806 3 0.3219 0.7725 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM311807 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311808 4 0.4164 0.5551 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM311809 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311810 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311811 4 0.4040 0.3902 0.248 0.000 0.000 0.752
#> GSM311812 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311813 4 0.4843 -0.0196 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM311814 4 0.4925 0.2784 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM311815 4 0.2466 0.6186 0.096 0.000 0.004 0.900
#> GSM311816 4 0.3356 0.5500 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311817 4 0.1118 0.6656 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM311818 3 0.0188 0.8665 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311819 4 0.0336 0.6779 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM311820 4 0.0921 0.6677 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM311821 1 0.4331 0.9787 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM311822 4 0.1940 0.6462 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM311823 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.4072 0.4405 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311825 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311826 4 0.4866 -0.0550 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311827 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311828 3 0.4690 0.6514 0.276 0.012 0.712 0.000
#> GSM311829 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311830 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311832 3 0.3266 0.7692 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM311833 3 0.3074 0.7815 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM311834 2 0.6971 0.6873 0.276 0.568 0.156 0.000
#> GSM311835 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311836 4 0.3688 0.5083 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM311837 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.3649 0.5148 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM311840 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311842 4 0.4941 0.2634 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM311843 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311844 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311845 3 0.2921 0.7915 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM311846 3 0.0921 0.8560 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM311847 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311848 3 0.0188 0.8665 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM311849 4 0.0921 0.6743 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM311850 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311851 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311852 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311853 4 0.4356 0.5262 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM311854 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311855 3 0.0921 0.8588 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311856 4 0.1890 0.6656 0.008 0.000 0.056 0.936
#> GSM311857 4 0.4790 0.0530 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM311858 3 0.4008 0.6963 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM311859 4 0.3444 0.6038 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM311860 4 0.4072 0.4405 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311861 4 0.3356 0.5514 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM311862 4 0.3266 0.5577 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM311863 2 0.6450 0.7405 0.276 0.616 0.108 0.000
#> GSM311864 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311865 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311866 4 0.4804 0.3672 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM311867 4 0.3219 0.5615 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM311868 4 0.4008 0.4552 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM311869 2 0.4250 0.8430 0.276 0.724 0.000 0.000
#> GSM311870 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311871 4 0.4382 0.5179 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM311872 4 0.3219 0.5615 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM311873 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311874 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311875 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311876 4 0.3569 0.5250 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM311877 4 0.4008 0.4512 0.244 0.000 0.000 0.756
#> GSM311879 4 0.4477 0.4979 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM311880 4 0.0469 0.6776 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311881 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311883 3 0.3024 0.7851 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM311884 4 0.4072 0.4405 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM311885 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311886 2 0.1637 0.8999 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM311887 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311888 2 0.2530 0.8920 0.112 0.888 0.000 0.000
#> GSM311889 4 0.4866 -0.0550 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM311890 3 0.3074 0.7815 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM311891 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311892 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311893 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311894 4 0.1022 0.6669 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM311895 3 0.0921 0.8588 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311896 3 0.4477 0.5982 0.000 0.000 0.688 0.312
#> GSM311897 4 0.1637 0.6578 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM311898 4 0.4999 -0.4361 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM311899 3 0.2868 0.7929 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM311900 3 0.0469 0.8648 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311901 3 0.4250 0.6643 0.276 0.000 0.724 0.000
#> GSM311902 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311903 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311904 4 0.3311 0.5554 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM311905 4 0.2760 0.6003 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM311906 4 0.2345 0.6280 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM311907 4 0.0524 0.6765 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM311908 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311909 4 0.2921 0.5859 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM311910 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311911 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311912 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311913 4 0.1211 0.6643 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM311914 4 0.0524 0.6765 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM311915 2 0.0000 0.9053 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 4 0.4477 0.2965 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM311917 4 0.4948 -0.2327 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM311918 1 0.4250 0.9942 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM311919 4 0.1557 0.6644 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM311920 3 0.0000 0.8685 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311921 4 0.4331 0.5301 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM311922 4 0.4941 0.2634 0.000 0.000 0.436 0.564
#> GSM311923 4 0.4331 0.5288 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM311831 4 0.0188 0.6778 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM311878 3 0.3311 0.7594 0.172 0.000 0.828 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311762 4 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311763 4 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311764 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311765 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311766 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311767 4 0.3684 0.5614 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM311768 4 0.4304 0.1408 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM311769 3 0.3814 0.6577 0.004 0.000 0.720 0.276 0.000
#> GSM311770 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311771 3 0.2536 0.8165 0.004 0.000 0.868 0.128 0.000
#> GSM311772 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311773 3 0.2377 0.8108 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM311774 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311775 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311776 5 0.1908 0.8380 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM311777 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311778 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311779 4 0.0703 0.8260 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM311780 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311781 4 0.4300 0.1682 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM311782 3 0.2280 0.8246 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM311783 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311784 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.2389 0.8251 0.004 0.000 0.880 0.116 0.000
#> GSM311787 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311788 4 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311789 3 0.1965 0.8453 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311791 5 0.4294 0.0119 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM311792 4 0.1965 0.7645 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM311793 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311794 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311799 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311800 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311801 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.1608 0.8072 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM311803 4 0.4210 0.3337 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> GSM311804 4 0.0510 0.8292 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.2773 0.7777 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM311807 5 0.2230 0.8104 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM311808 4 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311810 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311811 4 0.3684 0.5630 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.4126 0.3246 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM311814 3 0.3684 0.6481 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> GSM311815 4 0.1908 0.7795 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM311816 4 0.3210 0.6942 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM311817 4 0.0162 0.8317 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311818 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311819 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311820 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0290 0.8529 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311822 4 0.1792 0.7947 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311824 4 0.4300 0.1682 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.4101 0.3450 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM311827 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311828 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311832 3 0.3109 0.7366 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM311833 3 0.0290 0.9077 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311834 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 4 0.4182 0.3734 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.4210 0.3429 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0290 0.8537 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311842 3 0.2329 0.8218 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0162 0.9514 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311845 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311846 3 0.4074 0.3797 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM311847 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.2280 0.8281 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM311849 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311852 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311853 4 0.2020 0.7824 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM311854 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311855 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311856 4 0.0162 0.8317 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311857 1 0.4171 0.2774 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM311858 5 0.3480 0.6338 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM311859 4 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM311860 4 0.4300 0.1682 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM311861 4 0.3143 0.7030 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM311862 4 0.3039 0.7143 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM311863 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0290 0.8537 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 4 0.3949 0.3730 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM311867 4 0.2648 0.7506 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM311868 4 0.4235 0.3097 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> GSM311869 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311870 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311871 4 0.2377 0.7553 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM311872 4 0.2605 0.7535 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM311873 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311874 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311875 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311876 4 0.4182 0.3703 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM311877 4 0.4297 0.1772 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> GSM311879 4 0.0703 0.8242 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM311880 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311884 4 0.4300 0.1682 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM311885 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.3109 0.7523 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM311887 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.3612 0.6448 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM311889 1 0.4171 0.2869 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311893 1 0.0290 0.8537 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311894 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311895 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311896 3 0.4227 0.3733 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> GSM311897 4 0.0794 0.8203 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM311898 1 0.3983 0.4419 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM311899 3 0.0510 0.9033 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM311900 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311901 5 0.0000 0.9270 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311902 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311903 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311904 4 0.2648 0.7516 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM311905 4 0.2280 0.7749 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> GSM311906 4 0.1851 0.7970 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM311907 4 0.0162 0.8317 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311908 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311909 4 0.2732 0.7440 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM311910 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311911 1 0.0162 0.8552 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311913 4 0.0290 0.8311 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM311914 4 0.0162 0.8317 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.4291 0.0252 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> GSM311917 1 0.3796 0.5120 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.0162 0.8310 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM311920 3 0.0000 0.9118 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311921 4 0.2891 0.7179 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM311922 3 0.2280 0.8246 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM311923 4 0.2852 0.7141 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM311831 4 0.0000 0.8321 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM311878 3 0.4074 0.3922 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311762 4 0.0291 0.8099 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 NA
#> GSM311763 4 0.0146 0.8105 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> GSM311764 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311765 5 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM311766 5 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM311767 1 0.3563 0.3279 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000 NA
#> GSM311768 1 0.2135 0.5625 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM311769 3 0.6017 0.1604 0.368 0.000 0.424 0.204 0.000 NA
#> GSM311770 3 0.2996 0.7023 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 NA
#> GSM311771 3 0.3125 0.7528 0.136 0.000 0.828 0.032 0.000 NA
#> GSM311772 3 0.3482 0.5988 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 NA
#> GSM311773 3 0.2667 0.7775 0.000 0.000 0.852 0.128 0.000 NA
#> GSM311774 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311775 3 0.3151 0.6751 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 NA
#> GSM311776 5 0.5266 0.6166 0.000 0.000 0.112 0.000 0.544 NA
#> GSM311777 3 0.0146 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM311778 3 0.0146 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM311779 4 0.2340 0.7256 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 NA
#> GSM311780 4 0.0260 0.8111 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM311781 1 0.2431 0.5578 0.860 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> GSM311782 3 0.2482 0.7655 0.000 0.000 0.848 0.148 0.000 NA
#> GSM311783 4 0.0146 0.8107 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM311784 4 0.0146 0.8107 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM311785 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311786 3 0.2941 0.7879 0.076 0.000 0.856 0.064 0.000 NA
#> GSM311787 5 0.0363 0.8120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM311788 4 0.0146 0.8105 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> GSM311789 3 0.2003 0.7924 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 NA
#> GSM311790 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311791 5 0.6122 0.1810 0.000 0.316 0.000 0.000 0.360 NA
#> GSM311792 4 0.1714 0.7653 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000 NA
#> GSM311793 5 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM311794 5 0.1327 0.7850 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 NA
#> GSM311795 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311796 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311797 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311798 3 0.0146 0.8623 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> GSM311799 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311800 4 0.2520 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM311801 5 0.0692 0.8061 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 NA
#> GSM311802 1 0.0146 0.6005 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> GSM311803 1 0.4728 0.2679 0.652 0.000 0.000 0.256 0.000 NA
#> GSM311804 4 0.4045 0.2336 0.428 0.000 0.000 0.564 0.000 NA
#> GSM311805 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311806 3 0.2823 0.7116 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 NA
#> GSM311807 5 0.5490 0.5883 0.000 0.000 0.140 0.000 0.516 NA
#> GSM311808 4 0.2520 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM311809 1 0.3563 0.5785 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311810 3 0.3592 0.5576 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 NA
#> GSM311811 1 0.5088 0.2810 0.628 0.000 0.000 0.220 0.000 NA
#> GSM311812 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311813 1 0.1010 0.6058 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> GSM311814 3 0.5092 0.5119 0.000 0.000 0.624 0.232 0.000 NA
#> GSM311815 1 0.5558 -0.0339 0.492 0.000 0.000 0.364 0.000 NA
#> GSM311816 4 0.3052 0.6627 0.216 0.000 0.000 0.780 0.000 NA
#> GSM311817 1 0.5656 -0.1538 0.440 0.000 0.000 0.408 0.000 NA
#> GSM311818 3 0.0458 0.8593 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> GSM311819 4 0.2520 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM311820 4 0.5565 0.3429 0.340 0.000 0.000 0.508 0.000 NA
#> GSM311821 1 0.4199 0.5599 0.568 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM311822 1 0.5555 -0.0447 0.480 0.000 0.000 0.380 0.000 NA
#> GSM311823 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311824 1 0.2402 0.5550 0.856 0.000 0.000 0.140 0.000 NA
#> GSM311825 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311826 1 0.0713 0.6044 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 NA
#> GSM311827 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311828 5 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM311829 1 0.3817 0.5606 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311830 3 0.0363 0.8604 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> GSM311832 3 0.3663 0.7016 0.000 0.000 0.784 0.068 0.000 NA
#> GSM311833 3 0.0260 0.8615 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> GSM311834 5 0.0363 0.8120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM311835 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311836 4 0.5154 0.4739 0.264 0.000 0.000 0.604 0.000 NA
#> GSM311837 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311838 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311839 4 0.5080 0.4392 0.288 0.000 0.000 0.600 0.000 NA
#> GSM311840 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311841 1 0.2260 0.5997 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311842 3 0.2442 0.7670 0.000 0.000 0.852 0.144 0.000 NA
#> GSM311843 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311844 2 0.0363 0.9270 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> GSM311845 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311846 3 0.3952 0.4903 0.000 0.000 0.672 0.000 0.308 NA
#> GSM311847 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311848 3 0.2454 0.7601 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 NA
#> GSM311849 4 0.0146 0.8107 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM311850 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311851 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311852 4 0.0146 0.8107 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM311853 4 0.1910 0.7727 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 NA
#> GSM311854 4 0.0405 0.8115 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM311855 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311856 4 0.2805 0.6679 0.184 0.000 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM311857 1 0.1075 0.6066 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 NA
#> GSM311858 5 0.3799 0.5439 0.000 0.000 0.276 0.000 0.704 NA
#> GSM311859 4 0.0000 0.8108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM311860 1 0.2431 0.5578 0.860 0.000 0.000 0.132 0.000 NA
#> GSM311861 1 0.4786 0.1064 0.584 0.000 0.000 0.352 0.000 NA
#> GSM311862 4 0.3530 0.7579 0.056 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> GSM311863 5 0.0000 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM311864 1 0.0363 0.5997 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311865 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311866 4 0.5044 0.3996 0.000 0.000 0.320 0.584 0.000 NA
#> GSM311867 4 0.2883 0.6733 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 NA
#> GSM311868 1 0.2416 0.5437 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 NA
#> GSM311869 5 0.3515 0.6979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA
#> GSM311870 5 0.0909 0.8053 0.000 0.000 0.012 0.000 0.968 NA
#> GSM311871 4 0.2053 0.7638 0.000 0.000 0.108 0.888 0.000 NA
#> GSM311872 4 0.2933 0.6839 0.200 0.000 0.000 0.796 0.000 NA
#> GSM311873 3 0.0806 0.8574 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> GSM311874 4 0.0000 0.8108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM311875 4 0.2402 0.7860 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000 NA
#> GSM311876 4 0.3975 0.2827 0.392 0.000 0.000 0.600 0.000 NA
#> GSM311877 1 0.3965 0.2226 0.604 0.000 0.000 0.388 0.000 NA
#> GSM311879 4 0.0713 0.8061 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 NA
#> GSM311880 4 0.0363 0.8117 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM311881 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311882 3 0.0909 0.8548 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 NA
#> GSM311883 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311884 1 0.2135 0.5625 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 NA
#> GSM311885 5 0.3515 0.6979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA
#> GSM311886 2 0.3287 0.6757 0.000 0.768 0.000 0.000 0.220 NA
#> GSM311887 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311888 2 0.5530 0.3737 0.000 0.560 0.000 0.000 0.224 NA
#> GSM311889 1 0.3134 0.5431 0.820 0.000 0.000 0.036 0.000 NA
#> GSM311890 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311891 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311892 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311893 1 0.3266 0.5888 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311894 4 0.3139 0.7722 0.032 0.000 0.000 0.816 0.000 NA
#> GSM311895 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311896 3 0.5447 0.3719 0.004 0.000 0.580 0.264 0.000 NA
#> GSM311897 4 0.3048 0.7773 0.004 0.000 0.020 0.824 0.000 NA
#> GSM311898 1 0.3717 0.5067 0.780 0.000 0.000 0.072 0.000 NA
#> GSM311899 3 0.0820 0.8579 0.000 0.000 0.972 0.016 0.000 NA
#> GSM311900 3 0.0806 0.8574 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> GSM311901 5 0.3515 0.6979 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 NA
#> GSM311902 4 0.0000 0.8108 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM311903 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311904 1 0.5618 -0.0620 0.480 0.000 0.000 0.368 0.000 NA
#> GSM311905 4 0.3210 0.7691 0.036 0.000 0.000 0.812 0.000 NA
#> GSM311906 1 0.5638 -0.1032 0.464 0.000 0.000 0.384 0.000 NA
#> GSM311907 4 0.4147 0.2215 0.436 0.000 0.000 0.552 0.000 NA
#> GSM311908 4 0.0405 0.8112 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM311909 4 0.3530 0.7579 0.056 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> GSM311910 3 0.0547 0.8580 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> GSM311911 1 0.3409 0.5851 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311912 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311913 4 0.4229 0.2155 0.436 0.000 0.000 0.548 0.000 NA
#> GSM311914 1 0.5611 -0.1588 0.436 0.000 0.000 0.420 0.000 NA
#> GSM311915 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311916 1 0.1714 0.5882 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 NA
#> GSM311917 1 0.1471 0.6050 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 NA
#> GSM311918 1 0.3828 0.5586 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311919 4 0.2520 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 NA
#> GSM311920 3 0.0000 0.8629 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> GSM311921 4 0.2793 0.6940 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 NA
#> GSM311922 3 0.2680 0.7778 0.016 0.000 0.856 0.124 0.000 NA
#> GSM311923 4 0.2362 0.7335 0.000 0.000 0.136 0.860 0.000 NA
#> GSM311831 4 0.1219 0.8095 0.004 0.000 0.000 0.948 0.000 NA
#> GSM311878 3 0.6034 -0.1095 0.000 0.000 0.412 0.000 0.260 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:pam 159 0.863 2
#> ATC:pam 160 0.864 3
#> ATC:pam 136 0.831 4
#> ATC:pam 141 0.756 5
#> ATC:pam 138 0.583 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.878 0.939 0.974 0.4537 0.550 0.550
#> 3 3 0.348 0.655 0.749 0.3029 0.674 0.465
#> 4 4 0.518 0.650 0.792 0.1731 0.903 0.741
#> 5 5 0.558 0.483 0.696 0.0576 0.738 0.359
#> 6 6 0.572 0.393 0.652 0.0548 0.856 0.533
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311762 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311763 2 0.7056 0.785 0.192 0.808
#> GSM311764 2 0.7056 0.785 0.192 0.808
#> GSM311765 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311770 2 0.5946 0.840 0.144 0.856
#> GSM311771 2 0.7219 0.774 0.200 0.800
#> GSM311772 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> GSM311773 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311774 1 0.0672 0.967 0.992 0.008
#> GSM311775 2 0.6531 0.814 0.168 0.832
#> GSM311776 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311777 1 0.9815 0.246 0.580 0.420
#> GSM311778 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311782 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311783 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311784 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311786 2 0.7219 0.774 0.200 0.800
#> GSM311787 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311788 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311789 1 0.0672 0.967 0.992 0.008
#> GSM311790 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311793 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311796 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.7219 0.774 0.200 0.800
#> GSM311799 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311800 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311801 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311806 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311809 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> GSM311811 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.6623 0.778 0.828 0.172
#> GSM311815 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311820 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.9909 0.169 0.556 0.444
#> GSM311823 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM311832 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311833 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> GSM311846 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> GSM311847 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311851 1 0.9286 0.457 0.656 0.344
#> GSM311852 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311853 2 0.7219 0.774 0.200 0.800
#> GSM311854 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311855 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311856 1 0.9358 0.438 0.648 0.352
#> GSM311857 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311867 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311872 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311873 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM311874 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311875 1 0.9087 0.511 0.676 0.324
#> GSM311876 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311879 1 0.5519 0.840 0.872 0.128
#> GSM311880 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> GSM311881 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311883 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> GSM311884 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311890 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311895 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311896 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311897 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311898 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311899 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311900 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311903 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311910 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> GSM311911 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311920 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.0672 0.967 0.992 0.008
#> GSM311922 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311923 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
#> GSM311831 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> GSM311878 2 0.0000 0.969 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 2 0.6848 0.7178 0.100 0.736 0.164
#> GSM311763 3 0.4335 0.6616 0.100 0.036 0.864
#> GSM311764 3 0.4217 0.6633 0.100 0.032 0.868
#> GSM311765 2 0.6832 0.7079 0.020 0.604 0.376
#> GSM311766 2 0.6111 0.7036 0.000 0.604 0.396
#> GSM311767 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311768 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311769 1 0.6026 0.4960 0.624 0.000 0.376
#> GSM311770 3 0.8202 0.3274 0.120 0.260 0.620
#> GSM311771 1 0.6659 0.3652 0.532 0.008 0.460
#> GSM311772 3 0.7104 0.6246 0.140 0.136 0.724
#> GSM311773 3 0.6183 0.7799 0.236 0.032 0.732
#> GSM311774 3 0.5254 0.7662 0.264 0.000 0.736
#> GSM311775 3 0.8827 -0.0798 0.120 0.384 0.496
#> GSM311776 2 0.0892 0.7983 0.000 0.980 0.020
#> GSM311777 3 0.9014 0.5300 0.208 0.232 0.560
#> GSM311778 2 0.8679 0.5670 0.128 0.556 0.316
#> GSM311779 3 0.6267 0.3882 0.452 0.000 0.548
#> GSM311780 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311781 3 0.6095 0.5964 0.392 0.000 0.608
#> GSM311782 3 0.5058 0.7785 0.244 0.000 0.756
#> GSM311783 1 0.5058 0.6312 0.756 0.000 0.244
#> GSM311784 1 0.6168 0.2247 0.588 0.000 0.412
#> GSM311785 1 0.0000 0.7929 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 1 0.6950 0.3056 0.508 0.016 0.476
#> GSM311787 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311789 3 0.5254 0.7662 0.264 0.000 0.736
#> GSM311790 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 1 0.5810 0.4728 0.664 0.000 0.336
#> GSM311793 2 0.6111 0.7036 0.000 0.604 0.396
#> GSM311794 2 0.6832 0.7079 0.020 0.604 0.376
#> GSM311795 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311796 3 0.5138 0.7750 0.252 0.000 0.748
#> GSM311797 1 0.1031 0.7922 0.976 0.000 0.024
#> GSM311798 3 0.8668 0.1913 0.132 0.304 0.564
#> GSM311799 3 0.5378 0.7817 0.236 0.008 0.756
#> GSM311800 3 0.5254 0.7662 0.264 0.000 0.736
#> GSM311801 2 0.7970 0.6568 0.080 0.596 0.324
#> GSM311802 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311803 1 0.5785 0.4848 0.668 0.000 0.332
#> GSM311804 3 0.6192 0.5357 0.420 0.000 0.580
#> GSM311805 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311806 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311807 2 0.5988 0.7127 0.000 0.632 0.368
#> GSM311808 3 0.5058 0.7785 0.244 0.000 0.756
#> GSM311809 1 0.3116 0.7685 0.892 0.000 0.108
#> GSM311810 3 0.8637 -0.1291 0.100 0.444 0.456
#> GSM311811 1 0.5678 0.5194 0.684 0.000 0.316
#> GSM311812 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311813 1 0.6235 -0.1088 0.564 0.000 0.436
#> GSM311814 3 0.5656 0.7659 0.264 0.008 0.728
#> GSM311815 1 0.5216 0.6139 0.740 0.000 0.260
#> GSM311816 1 0.6180 -0.0146 0.584 0.000 0.416
#> GSM311817 1 0.6062 0.1789 0.616 0.000 0.384
#> GSM311818 3 0.7590 0.2378 0.080 0.268 0.652
#> GSM311819 3 0.5465 0.7425 0.288 0.000 0.712
#> GSM311820 1 0.3686 0.7454 0.860 0.000 0.140
#> GSM311821 1 0.0237 0.7922 0.996 0.000 0.004
#> GSM311822 1 0.6307 -0.1646 0.512 0.000 0.488
#> GSM311823 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.2448 0.7787 0.924 0.000 0.076
#> GSM311825 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311826 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311827 2 0.8743 0.5500 0.156 0.576 0.268
#> GSM311828 2 0.6832 0.7079 0.020 0.604 0.376
#> GSM311829 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311830 3 0.7104 0.6102 0.136 0.140 0.724
#> GSM311832 3 0.4755 0.7558 0.184 0.008 0.808
#> GSM311833 3 0.5058 0.7785 0.244 0.000 0.756
#> GSM311834 2 0.1529 0.7964 0.000 0.960 0.040
#> GSM311835 1 0.0000 0.7929 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.5650 0.4024 0.688 0.000 0.312
#> GSM311837 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 3 0.6267 0.4606 0.452 0.000 0.548
#> GSM311840 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311841 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311842 1 0.5810 0.4989 0.664 0.000 0.336
#> GSM311843 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311844 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 3 0.6975 0.6300 0.144 0.124 0.732
#> GSM311846 3 0.7918 0.5093 0.136 0.204 0.660
#> GSM311847 1 0.0000 0.7929 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 2 0.8312 0.6289 0.100 0.576 0.324
#> GSM311849 1 0.5497 0.5568 0.708 0.000 0.292
#> GSM311850 1 0.0000 0.7929 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.7126 0.6408 0.164 0.116 0.720
#> GSM311852 1 0.5529 0.5441 0.704 0.000 0.296
#> GSM311853 3 0.6260 -0.0913 0.448 0.000 0.552
#> GSM311854 1 0.3412 0.7583 0.876 0.000 0.124
#> GSM311855 3 0.6407 0.7531 0.272 0.028 0.700
#> GSM311856 1 0.6111 0.4928 0.604 0.000 0.396
#> GSM311857 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311858 2 0.8720 0.5277 0.136 0.560 0.304
#> GSM311859 1 0.3192 0.7662 0.888 0.000 0.112
#> GSM311860 3 0.6244 0.4908 0.440 0.000 0.560
#> GSM311861 1 0.2537 0.7771 0.920 0.000 0.080
#> GSM311862 3 0.5058 0.7785 0.244 0.000 0.756
#> GSM311863 2 0.6111 0.7036 0.000 0.604 0.396
#> GSM311864 1 0.0592 0.7923 0.988 0.000 0.012
#> GSM311865 1 0.0237 0.7931 0.996 0.000 0.004
#> GSM311866 1 0.5291 0.5927 0.732 0.000 0.268
#> GSM311867 1 0.4931 0.6434 0.768 0.000 0.232
#> GSM311868 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311869 2 0.0892 0.7983 0.000 0.980 0.020
#> GSM311870 2 0.6798 0.6954 0.016 0.584 0.400
#> GSM311871 1 0.6828 0.5005 0.656 0.032 0.312
#> GSM311872 1 0.5591 0.4800 0.696 0.000 0.304
#> GSM311873 3 0.7180 0.7231 0.196 0.096 0.708
#> GSM311874 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311875 3 0.6183 0.7803 0.236 0.032 0.732
#> GSM311876 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311877 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311879 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311880 3 0.5529 0.7321 0.296 0.000 0.704
#> GSM311881 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 2 0.8720 0.5277 0.136 0.560 0.304
#> GSM311883 3 0.4842 0.7772 0.224 0.000 0.776
#> GSM311884 1 0.1751 0.7884 0.960 0.012 0.028
#> GSM311885 2 0.0892 0.7983 0.000 0.980 0.020
#> GSM311886 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.1031 0.7922 0.976 0.000 0.024
#> GSM311888 2 0.0592 0.7995 0.000 0.988 0.012
#> GSM311889 1 0.0892 0.7944 0.980 0.000 0.020
#> GSM311890 3 0.5254 0.7662 0.264 0.000 0.736
#> GSM311891 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311892 2 0.8720 0.5277 0.136 0.560 0.304
#> GSM311893 1 0.0747 0.7923 0.984 0.000 0.016
#> GSM311894 1 0.2711 0.7775 0.912 0.000 0.088
#> GSM311895 3 0.5378 0.7817 0.236 0.008 0.756
#> GSM311896 3 0.5858 0.7817 0.240 0.020 0.740
#> GSM311897 3 0.5502 0.7820 0.248 0.008 0.744
#> GSM311898 1 0.3482 0.7574 0.872 0.000 0.128
#> GSM311899 3 0.5378 0.7817 0.236 0.008 0.756
#> GSM311900 3 0.5378 0.7817 0.236 0.008 0.756
#> GSM311901 2 0.6621 0.7293 0.100 0.752 0.148
#> GSM311902 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311903 3 0.9213 -0.0814 0.152 0.396 0.452
#> GSM311904 3 0.6111 0.5874 0.396 0.000 0.604
#> GSM311905 3 0.5988 0.6386 0.368 0.000 0.632
#> GSM311906 1 0.5835 0.3256 0.660 0.000 0.340
#> GSM311907 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311908 3 0.5138 0.7790 0.252 0.000 0.748
#> GSM311909 3 0.5926 0.6598 0.356 0.000 0.644
#> GSM311910 3 0.8518 0.3095 0.136 0.272 0.592
#> GSM311911 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311912 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311913 1 0.2625 0.7787 0.916 0.000 0.084
#> GSM311914 1 0.2448 0.7819 0.924 0.000 0.076
#> GSM311915 2 0.0000 0.8011 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.2165 0.7833 0.936 0.000 0.064
#> GSM311917 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311918 1 0.0424 0.7913 0.992 0.000 0.008
#> GSM311919 3 0.5098 0.7796 0.248 0.000 0.752
#> GSM311920 2 0.8743 0.5500 0.156 0.576 0.268
#> GSM311921 3 0.8947 0.4621 0.372 0.132 0.496
#> GSM311922 2 0.8743 0.5500 0.156 0.576 0.268
#> GSM311923 2 0.7256 0.7025 0.124 0.712 0.164
#> GSM311831 3 0.5216 0.7745 0.260 0.000 0.740
#> GSM311878 2 0.0892 0.7983 0.000 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 2 0.5808 0.6499 0.080 0.764 0.072 0.084
#> GSM311763 4 0.5511 0.4269 0.284 0.004 0.036 0.676
#> GSM311764 4 0.2596 0.6549 0.024 0.000 0.068 0.908
#> GSM311765 3 0.6664 0.8970 0.000 0.216 0.620 0.164
#> GSM311766 3 0.6683 0.9090 0.000 0.204 0.620 0.176
#> GSM311767 1 0.1209 0.8483 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM311768 1 0.1833 0.8480 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM311769 1 0.4756 0.7611 0.772 0.000 0.052 0.176
#> GSM311770 4 0.6887 0.3389 0.320 0.016 0.084 0.580
#> GSM311771 1 0.4957 0.7323 0.748 0.000 0.048 0.204
#> GSM311772 4 0.3539 0.5902 0.000 0.004 0.176 0.820
#> GSM311773 4 0.2773 0.6306 0.000 0.028 0.072 0.900
#> GSM311774 4 0.5343 0.3886 0.028 0.000 0.316 0.656
#> GSM311775 2 0.8929 0.0901 0.236 0.432 0.068 0.264
#> GSM311776 2 0.2053 0.8153 0.000 0.924 0.072 0.004
#> GSM311777 4 0.7862 0.1061 0.096 0.052 0.344 0.508
#> GSM311778 2 0.7087 0.4511 0.100 0.668 0.072 0.160
#> GSM311779 1 0.7849 0.2875 0.380 0.000 0.352 0.268
#> GSM311780 4 0.1576 0.6569 0.004 0.000 0.048 0.948
#> GSM311781 4 0.5565 0.4733 0.068 0.000 0.232 0.700
#> GSM311782 4 0.1584 0.6700 0.012 0.000 0.036 0.952
#> GSM311783 1 0.3300 0.8100 0.848 0.000 0.008 0.144
#> GSM311784 1 0.6310 0.4870 0.576 0.000 0.072 0.352
#> GSM311785 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 1 0.5147 0.7228 0.740 0.000 0.060 0.200
#> GSM311787 2 0.1576 0.8340 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM311788 4 0.0376 0.6683 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM311789 4 0.4250 0.4700 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM311790 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0469 0.8463 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311792 1 0.5352 0.4413 0.596 0.000 0.016 0.388
#> GSM311793 3 0.6731 0.8777 0.000 0.236 0.608 0.156
#> GSM311794 3 0.6784 0.8722 0.000 0.244 0.600 0.156
#> GSM311795 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 4 0.3219 0.6077 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM311797 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311798 4 0.7784 0.1509 0.400 0.056 0.076 0.468
#> GSM311799 4 0.1302 0.6579 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM311800 4 0.2011 0.6614 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM311801 3 0.6683 0.9090 0.000 0.204 0.620 0.176
#> GSM311802 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.4228 0.7336 0.760 0.000 0.008 0.232
#> GSM311804 4 0.7385 0.2847 0.176 0.000 0.340 0.484
#> GSM311805 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.0188 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM311807 4 0.7641 -0.3970 0.000 0.216 0.344 0.440
#> GSM311808 4 0.2589 0.6425 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM311809 1 0.2973 0.7897 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM311810 2 0.6504 -0.1115 0.000 0.476 0.072 0.452
#> GSM311811 1 0.4199 0.7884 0.804 0.000 0.032 0.164
#> GSM311812 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.7446 -0.0242 0.396 0.000 0.172 0.432
#> GSM311814 4 0.4809 0.4119 0.004 0.004 0.308 0.684
#> GSM311815 1 0.3863 0.8044 0.828 0.000 0.028 0.144
#> GSM311816 1 0.7613 0.3927 0.448 0.000 0.340 0.212
#> GSM311817 1 0.5925 0.1360 0.512 0.000 0.036 0.452
#> GSM311818 4 0.5368 0.2891 0.000 0.024 0.340 0.636
#> GSM311819 4 0.6293 0.3912 0.096 0.000 0.276 0.628
#> GSM311820 1 0.2996 0.8392 0.892 0.000 0.044 0.064
#> GSM311821 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311822 4 0.7401 0.2304 0.196 0.000 0.300 0.504
#> GSM311823 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311824 1 0.5855 0.6428 0.600 0.000 0.356 0.044
#> GSM311825 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0188 0.8474 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM311827 3 0.6756 0.9054 0.000 0.188 0.612 0.200
#> GSM311828 3 0.7028 0.8847 0.000 0.228 0.576 0.196
#> GSM311829 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311830 4 0.4994 -0.0844 0.000 0.000 0.480 0.520
#> GSM311832 4 0.3311 0.6009 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM311833 4 0.2469 0.6466 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM311834 2 0.4852 0.5852 0.000 0.776 0.072 0.152
#> GSM311835 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.7806 0.2045 0.408 0.000 0.260 0.332
#> GSM311837 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.6115 0.4451 0.172 0.000 0.148 0.680
#> GSM311840 2 0.0336 0.8440 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311841 1 0.0336 0.8470 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM311842 1 0.4677 0.7546 0.768 0.000 0.040 0.192
#> GSM311843 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311845 3 0.5407 0.1636 0.000 0.012 0.504 0.484
#> GSM311846 4 0.5750 -0.0391 0.000 0.028 0.440 0.532
#> GSM311847 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.6686 0.9097 0.000 0.200 0.620 0.180
#> GSM311849 1 0.4194 0.7392 0.764 0.000 0.008 0.228
#> GSM311850 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 4 0.4916 0.1422 0.000 0.000 0.424 0.576
#> GSM311852 1 0.6521 0.6788 0.620 0.000 0.256 0.124
#> GSM311853 1 0.5143 0.6718 0.708 0.000 0.036 0.256
#> GSM311854 1 0.3335 0.8180 0.856 0.000 0.016 0.128
#> GSM311855 4 0.6690 0.3560 0.108 0.004 0.288 0.600
#> GSM311856 1 0.4417 0.7846 0.796 0.000 0.044 0.160
#> GSM311857 1 0.1022 0.8480 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM311858 3 0.6754 0.9079 0.000 0.204 0.612 0.184
#> GSM311859 1 0.3307 0.8279 0.868 0.000 0.028 0.104
#> GSM311860 4 0.5763 0.4823 0.156 0.000 0.132 0.712
#> GSM311861 1 0.5548 0.6601 0.628 0.000 0.340 0.032
#> GSM311862 4 0.0592 0.6699 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311863 3 0.6683 0.9090 0.000 0.204 0.620 0.176
#> GSM311864 1 0.0592 0.8458 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311865 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.3606 0.8119 0.844 0.000 0.024 0.132
#> GSM311867 1 0.6627 0.6150 0.556 0.000 0.348 0.096
#> GSM311868 1 0.1209 0.8483 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM311869 2 0.1389 0.8357 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM311870 4 0.7670 -0.4539 0.000 0.216 0.364 0.420
#> GSM311871 1 0.5210 0.7448 0.748 0.004 0.060 0.188
#> GSM311872 1 0.7023 0.6093 0.564 0.000 0.272 0.164
#> GSM311873 4 0.3919 0.5889 0.000 0.056 0.104 0.840
#> GSM311874 4 0.5657 0.4743 0.068 0.000 0.244 0.688
#> GSM311875 4 0.1398 0.6703 0.004 0.000 0.040 0.956
#> GSM311876 4 0.1109 0.6636 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM311877 4 0.1109 0.6636 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM311879 4 0.0336 0.6689 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM311880 4 0.6444 0.3660 0.104 0.000 0.284 0.612
#> GSM311881 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.6750 0.8977 0.000 0.180 0.612 0.208
#> GSM311883 4 0.4356 0.4423 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM311884 1 0.1743 0.8465 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM311885 2 0.1576 0.8340 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM311886 2 0.0469 0.8463 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0336 0.8466 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM311889 1 0.1610 0.8473 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM311890 4 0.2345 0.6509 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM311891 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.6703 0.8628 0.000 0.156 0.612 0.232
#> GSM311893 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.2408 0.8448 0.920 0.000 0.036 0.044
#> GSM311895 4 0.2216 0.6463 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM311896 4 0.0592 0.6695 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM311897 4 0.0000 0.6686 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM311898 1 0.3342 0.8278 0.868 0.000 0.032 0.100
#> GSM311899 4 0.3400 0.5926 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM311900 4 0.1557 0.6574 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM311901 2 0.3571 0.7797 0.028 0.876 0.072 0.024
#> GSM311902 4 0.1174 0.6669 0.012 0.000 0.020 0.968
#> GSM311903 3 0.6627 0.6140 0.000 0.096 0.556 0.348
#> GSM311904 4 0.4663 0.5451 0.064 0.000 0.148 0.788
#> GSM311905 4 0.5496 0.4721 0.064 0.000 0.232 0.704
#> GSM311906 1 0.6156 0.6330 0.592 0.000 0.344 0.064
#> GSM311907 4 0.2101 0.6482 0.012 0.000 0.060 0.928
#> GSM311908 4 0.1109 0.6636 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM311909 4 0.4411 0.5633 0.080 0.000 0.108 0.812
#> GSM311910 4 0.6894 -0.0248 0.000 0.128 0.320 0.552
#> GSM311911 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.3982 0.6154 0.000 0.776 0.220 0.004
#> GSM311913 1 0.2131 0.8460 0.932 0.000 0.032 0.036
#> GSM311914 1 0.2197 0.8454 0.928 0.000 0.024 0.048
#> GSM311915 2 0.0000 0.8461 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.4932 0.7276 0.728 0.000 0.240 0.032
#> GSM311917 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.1305 0.6632 0.004 0.000 0.036 0.960
#> GSM311920 3 0.6756 0.9054 0.000 0.188 0.612 0.200
#> GSM311921 4 0.7496 0.2041 0.160 0.008 0.320 0.512
#> GSM311922 3 0.6756 0.9054 0.000 0.188 0.612 0.200
#> GSM311923 2 0.4516 0.7259 0.080 0.828 0.072 0.020
#> GSM311831 4 0.2596 0.6354 0.024 0.000 0.068 0.908
#> GSM311878 2 0.1576 0.8340 0.000 0.948 0.048 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.0609 0.65057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311762 3 0.6448 0.28663 0.068 0.392 0.504 0.012 0.024
#> GSM311763 3 0.4411 0.65238 0.112 0.048 0.796 0.044 0.000
#> GSM311764 3 0.3791 0.67125 0.064 0.004 0.844 0.060 0.028
#> GSM311765 5 0.2519 0.65465 0.000 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM311766 5 0.3304 0.67555 0.000 0.016 0.168 0.000 0.816
#> GSM311767 1 0.4727 0.11970 0.532 0.016 0.000 0.452 0.000
#> GSM311768 1 0.4304 0.05560 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM311769 3 0.5562 0.22021 0.452 0.020 0.496 0.032 0.000
#> GSM311770 3 0.4252 0.66155 0.084 0.044 0.820 0.044 0.008
#> GSM311771 3 0.5473 0.24981 0.444 0.016 0.508 0.032 0.000
#> GSM311772 3 0.1153 0.66753 0.000 0.008 0.964 0.004 0.024
#> GSM311773 3 0.4425 0.62161 0.000 0.004 0.772 0.112 0.112
#> GSM311774 3 0.0771 0.66348 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM311775 3 0.6133 0.37419 0.072 0.356 0.548 0.020 0.004
#> GSM311776 2 0.4804 0.56961 0.000 0.524 0.008 0.008 0.460
#> GSM311777 3 0.3183 0.66433 0.092 0.012 0.868 0.008 0.020
#> GSM311778 3 0.6664 0.33888 0.072 0.352 0.528 0.020 0.028
#> GSM311779 4 0.3002 0.57565 0.116 0.000 0.028 0.856 0.000
#> GSM311780 4 0.6209 0.57480 0.020 0.000 0.300 0.572 0.108
#> GSM311781 4 0.5591 0.62000 0.060 0.000 0.140 0.712 0.088
#> GSM311782 3 0.2046 0.67292 0.068 0.000 0.916 0.016 0.000
#> GSM311783 1 0.5945 -0.10431 0.460 0.008 0.080 0.452 0.000
#> GSM311784 4 0.6248 0.43656 0.300 0.000 0.176 0.524 0.000
#> GSM311785 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311786 3 0.5686 0.27623 0.428 0.024 0.512 0.036 0.000
#> GSM311787 2 0.4549 0.57198 0.000 0.528 0.008 0.000 0.464
#> GSM311788 3 0.4704 0.61900 0.016 0.000 0.764 0.116 0.104
#> GSM311789 3 0.0865 0.66384 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM311790 2 0.0609 0.65057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311791 2 0.4434 0.58229 0.000 0.536 0.004 0.000 0.460
#> GSM311792 3 0.6882 -0.44545 0.260 0.004 0.380 0.356 0.000
#> GSM311793 5 0.3574 0.67294 0.000 0.028 0.168 0.000 0.804
#> GSM311794 5 0.3727 0.61972 0.000 0.060 0.096 0.012 0.832
#> GSM311795 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0798 0.66624 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM311797 1 0.0290 0.70898 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311798 3 0.4104 0.61417 0.196 0.016 0.772 0.012 0.004
#> GSM311799 3 0.3691 0.63521 0.000 0.000 0.820 0.076 0.104
#> GSM311800 3 0.5695 -0.45042 0.068 0.000 0.484 0.444 0.004
#> GSM311801 5 0.2519 0.65465 0.000 0.016 0.100 0.000 0.884
#> GSM311802 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311803 4 0.6524 0.29802 0.356 0.000 0.200 0.444 0.000
#> GSM311804 4 0.2753 0.56250 0.136 0.000 0.008 0.856 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311806 3 0.4606 0.62027 0.012 0.000 0.768 0.112 0.108
#> GSM311807 5 0.5436 0.44044 0.000 0.048 0.456 0.004 0.492
#> GSM311808 3 0.3496 0.44241 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> GSM311809 1 0.6304 -0.19250 0.460 0.000 0.156 0.384 0.000
#> GSM311810 3 0.5543 0.42482 0.000 0.312 0.604 0.080 0.004
#> GSM311811 4 0.6323 0.09743 0.428 0.016 0.100 0.456 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311813 4 0.3715 0.47692 0.260 0.000 0.004 0.736 0.000
#> GSM311814 3 0.1124 0.66056 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM311815 4 0.6082 0.07360 0.444 0.016 0.076 0.464 0.000
#> GSM311816 4 0.2848 0.55249 0.156 0.000 0.004 0.840 0.000
#> GSM311817 4 0.6976 0.50160 0.252 0.016 0.268 0.464 0.000
#> GSM311818 3 0.1701 0.64996 0.000 0.016 0.936 0.000 0.048
#> GSM311819 3 0.6169 -0.43520 0.064 0.000 0.464 0.444 0.028
#> GSM311820 1 0.5674 -0.00452 0.476 0.016 0.044 0.464 0.000
#> GSM311821 1 0.0162 0.71014 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311822 4 0.6475 0.43613 0.092 0.000 0.436 0.444 0.028
#> GSM311823 2 0.0609 0.65057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311824 4 0.2719 0.55502 0.144 0.000 0.004 0.852 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.1544 0.66751 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM311827 3 0.5449 0.21001 0.000 0.052 0.532 0.004 0.412
#> GSM311828 5 0.5160 0.54795 0.000 0.056 0.336 0.000 0.608
#> GSM311829 1 0.0290 0.70898 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311830 3 0.2069 0.64171 0.000 0.012 0.912 0.000 0.076
#> GSM311832 3 0.0566 0.66771 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM311833 3 0.0510 0.66802 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311834 2 0.4913 0.52218 0.000 0.496 0.012 0.008 0.484
#> GSM311835 1 0.0162 0.71014 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311836 4 0.3727 0.50501 0.216 0.016 0.000 0.768 0.000
#> GSM311837 2 0.0703 0.64955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311838 2 0.0703 0.65087 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311839 4 0.6376 0.59102 0.156 0.000 0.100 0.648 0.096
#> GSM311840 2 0.1877 0.61271 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> GSM311841 1 0.1117 0.69620 0.964 0.016 0.000 0.020 0.000
#> GSM311842 3 0.5620 0.24319 0.440 0.020 0.504 0.036 0.000
#> GSM311843 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.3774 0.61776 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM311845 3 0.1908 0.63546 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM311846 3 0.1701 0.65265 0.000 0.016 0.936 0.000 0.048
#> GSM311847 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.4727 0.20813 0.000 0.016 0.532 0.000 0.452
#> GSM311849 4 0.6021 0.20735 0.408 0.000 0.116 0.476 0.000
#> GSM311850 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.1121 0.65579 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM311852 4 0.4397 0.44732 0.276 0.000 0.028 0.696 0.000
#> GSM311853 3 0.4627 0.28912 0.444 0.000 0.544 0.012 0.000
#> GSM311854 1 0.5922 -0.04160 0.468 0.020 0.056 0.456 0.000
#> GSM311855 3 0.2615 0.66834 0.080 0.000 0.892 0.008 0.020
#> GSM311856 3 0.5562 0.22021 0.452 0.020 0.496 0.032 0.000
#> GSM311857 1 0.4262 0.13967 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> GSM311858 5 0.3343 0.67571 0.000 0.016 0.172 0.000 0.812
#> GSM311859 1 0.5813 -0.02099 0.472 0.020 0.048 0.460 0.000
#> GSM311860 4 0.6325 0.61639 0.136 0.000 0.148 0.648 0.068
#> GSM311861 4 0.2930 0.54869 0.164 0.000 0.004 0.832 0.000
#> GSM311862 4 0.4560 0.41128 0.000 0.000 0.484 0.508 0.008
#> GSM311863 5 0.3011 0.67295 0.000 0.016 0.140 0.000 0.844
#> GSM311864 1 0.0404 0.70779 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311865 1 0.0162 0.70976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311866 4 0.6071 0.02426 0.452 0.020 0.068 0.460 0.000
#> GSM311867 4 0.3099 0.57460 0.124 0.000 0.028 0.848 0.000
#> GSM311868 1 0.4713 0.13368 0.544 0.016 0.000 0.440 0.000
#> GSM311869 2 0.4434 0.58229 0.000 0.536 0.004 0.000 0.460
#> GSM311870 5 0.4829 0.42729 0.000 0.020 0.480 0.000 0.500
#> GSM311871 3 0.5826 0.27606 0.424 0.032 0.508 0.036 0.000
#> GSM311872 4 0.4455 0.55796 0.188 0.000 0.068 0.744 0.000
#> GSM311873 3 0.3629 0.65237 0.000 0.004 0.832 0.072 0.092
#> GSM311874 4 0.4505 0.60655 0.084 0.000 0.152 0.760 0.004
#> GSM311875 3 0.4471 0.62045 0.004 0.000 0.768 0.120 0.108
#> GSM311876 4 0.6133 0.54506 0.012 0.000 0.328 0.552 0.108
#> GSM311877 4 0.6133 0.54506 0.012 0.000 0.328 0.552 0.108
#> GSM311879 3 0.4473 0.62190 0.004 0.000 0.768 0.116 0.112
#> GSM311880 3 0.3761 0.64179 0.064 0.000 0.840 0.068 0.028
#> GSM311881 2 0.0609 0.65057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311882 3 0.4588 0.25449 0.000 0.016 0.604 0.000 0.380
#> GSM311883 3 0.0703 0.66306 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM311884 1 0.5232 0.01956 0.500 0.000 0.044 0.456 0.000
#> GSM311885 2 0.4583 0.57701 0.000 0.528 0.004 0.004 0.464
#> GSM311886 2 0.4287 0.58387 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM311887 1 0.0404 0.70466 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311888 2 0.4434 0.58229 0.000 0.536 0.004 0.000 0.460
#> GSM311889 1 0.4723 0.12173 0.536 0.016 0.000 0.448 0.000
#> GSM311890 3 0.0854 0.66893 0.004 0.000 0.976 0.008 0.012
#> GSM311891 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.4588 0.25449 0.000 0.016 0.604 0.000 0.380
#> GSM311893 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.5413 0.04485 0.496 0.016 0.028 0.460 0.000
#> GSM311895 3 0.1310 0.66811 0.000 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM311896 3 0.3741 0.63417 0.000 0.000 0.816 0.076 0.108
#> GSM311897 3 0.3800 0.63358 0.000 0.000 0.812 0.080 0.108
#> GSM311898 4 0.5943 0.01550 0.456 0.016 0.064 0.464 0.000
#> GSM311899 3 0.1043 0.66788 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM311900 3 0.3558 0.63735 0.000 0.000 0.828 0.064 0.108
#> GSM311901 5 0.6120 -0.47457 0.020 0.456 0.052 0.008 0.464
#> GSM311902 4 0.6443 0.57601 0.032 0.000 0.312 0.552 0.104
#> GSM311903 3 0.3906 0.51493 0.000 0.016 0.744 0.000 0.240
#> GSM311904 4 0.6160 0.62448 0.060 0.000 0.200 0.648 0.092
#> GSM311905 4 0.5346 0.61935 0.052 0.000 0.124 0.732 0.092
#> GSM311906 4 0.2930 0.54654 0.164 0.000 0.004 0.832 0.000
#> GSM311907 4 0.5923 0.58557 0.012 0.000 0.276 0.604 0.108
#> GSM311908 4 0.6133 0.54506 0.012 0.000 0.328 0.552 0.108
#> GSM311909 4 0.6360 0.61889 0.052 0.000 0.220 0.620 0.108
#> GSM311910 3 0.2513 0.61939 0.000 0.008 0.876 0.000 0.116
#> GSM311911 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 5 0.4997 -0.04568 0.000 0.456 0.012 0.012 0.520
#> GSM311913 1 0.4727 0.11970 0.532 0.016 0.000 0.452 0.000
#> GSM311914 1 0.4992 0.09397 0.516 0.016 0.008 0.460 0.000
#> GSM311915 2 0.0609 0.65057 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311916 4 0.3612 0.46054 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM311917 1 0.0162 0.71014 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.71064 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311919 4 0.5836 0.49970 0.000 0.000 0.384 0.516 0.100
#> GSM311920 3 0.5191 0.24398 0.000 0.036 0.552 0.004 0.408
#> GSM311921 3 0.3248 0.66524 0.084 0.012 0.868 0.008 0.028
#> GSM311922 3 0.5449 0.21001 0.000 0.052 0.532 0.004 0.412
#> GSM311923 3 0.6612 0.23942 0.068 0.408 0.480 0.012 0.032
#> GSM311831 4 0.6126 0.59091 0.024 0.000 0.264 0.604 0.108
#> GSM311878 2 0.4583 0.57701 0.000 0.528 0.004 0.004 0.464
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 5 0.3868 0.9650 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM311762 3 0.5148 0.1146 0.000 0.460 0.476 0.048 0.016 0.000
#> GSM311763 3 0.5490 0.4294 0.028 0.284 0.616 0.056 0.016 0.000
#> GSM311764 3 0.5647 0.4861 0.024 0.036 0.612 0.280 0.048 0.000
#> GSM311765 2 0.5043 0.3743 0.000 0.476 0.000 0.016 0.040 0.468
#> GSM311766 2 0.5269 0.3752 0.000 0.476 0.008 0.016 0.040 0.460
#> GSM311767 1 0.4303 0.5972 0.652 0.000 0.316 0.000 0.008 0.024
#> GSM311768 1 0.4677 0.6012 0.640 0.000 0.308 0.028 0.000 0.024
#> GSM311769 3 0.3198 0.2042 0.188 0.000 0.796 0.008 0.008 0.000
#> GSM311770 3 0.5279 0.4194 0.016 0.308 0.608 0.056 0.012 0.000
#> GSM311771 3 0.3101 0.2613 0.136 0.000 0.832 0.020 0.012 0.000
#> GSM311772 3 0.5501 0.5263 0.000 0.016 0.552 0.336 0.096 0.000
#> GSM311773 3 0.4671 0.4170 0.004 0.024 0.572 0.392 0.008 0.000
#> GSM311774 3 0.4817 0.5922 0.004 0.000 0.612 0.064 0.320 0.000
#> GSM311775 3 0.5189 0.2603 0.016 0.404 0.536 0.032 0.012 0.000
#> GSM311776 2 0.0909 0.3389 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> GSM311777 3 0.4209 0.6012 0.008 0.004 0.684 0.012 0.288 0.004
#> GSM311778 3 0.5332 0.2427 0.020 0.408 0.524 0.036 0.012 0.000
#> GSM311779 1 0.2389 0.3209 0.864 0.000 0.000 0.128 0.008 0.000
#> GSM311780 4 0.4319 0.8207 0.248 0.000 0.052 0.696 0.004 0.000
#> GSM311781 1 0.3955 -0.2198 0.608 0.000 0.000 0.384 0.008 0.000
#> GSM311782 3 0.4337 0.5962 0.020 0.000 0.648 0.012 0.320 0.000
#> GSM311783 1 0.4062 0.6162 0.640 0.000 0.344 0.012 0.004 0.000
#> GSM311784 1 0.4716 0.5826 0.576 0.000 0.376 0.044 0.004 0.000
#> GSM311785 6 0.5919 0.6287 0.176 0.000 0.296 0.012 0.000 0.516
#> GSM311786 3 0.3060 0.2643 0.132 0.000 0.836 0.020 0.012 0.000
#> GSM311787 2 0.0146 0.3464 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311788 3 0.6156 0.1046 0.164 0.000 0.444 0.372 0.020 0.000
#> GSM311789 3 0.5091 0.5746 0.004 0.000 0.580 0.084 0.332 0.000
#> GSM311790 2 0.3869 -0.9699 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.3443 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311792 3 0.5114 0.0449 0.292 0.000 0.604 0.004 0.100 0.000
#> GSM311793 2 0.5766 0.3780 0.000 0.476 0.032 0.020 0.040 0.432
#> GSM311794 2 0.6104 0.3568 0.000 0.460 0.000 0.032 0.124 0.384
#> GSM311795 6 0.5919 0.6287 0.176 0.000 0.296 0.012 0.000 0.516
#> GSM311796 3 0.5259 0.5757 0.012 0.000 0.580 0.084 0.324 0.000
#> GSM311797 6 0.5682 0.6121 0.180 0.000 0.316 0.000 0.000 0.504
#> GSM311798 3 0.0767 0.4435 0.012 0.004 0.976 0.008 0.000 0.000
#> GSM311799 3 0.5064 0.5355 0.004 0.000 0.604 0.300 0.092 0.000
#> GSM311800 1 0.6036 0.0634 0.488 0.000 0.168 0.016 0.328 0.000
#> GSM311801 6 0.5668 -0.5252 0.000 0.432 0.000 0.060 0.040 0.468
#> GSM311802 6 0.5647 0.6247 0.184 0.000 0.296 0.000 0.000 0.520
#> GSM311803 1 0.4646 0.5006 0.500 0.000 0.460 0.000 0.040 0.000
#> GSM311804 1 0.1610 0.4019 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM311805 6 0.5600 0.6293 0.176 0.000 0.296 0.000 0.000 0.528
#> GSM311806 3 0.4473 0.4023 0.020 0.000 0.576 0.396 0.008 0.000
#> GSM311807 2 0.7382 0.2730 0.000 0.512 0.160 0.184 0.088 0.056
#> GSM311808 3 0.6230 0.3440 0.204 0.000 0.448 0.016 0.332 0.000
#> GSM311809 1 0.5508 0.5400 0.532 0.000 0.368 0.004 0.012 0.084
#> GSM311810 3 0.5328 0.2277 0.000 0.420 0.496 0.072 0.012 0.000
#> GSM311811 1 0.3954 0.6093 0.620 0.000 0.372 0.004 0.004 0.000
#> GSM311812 6 0.5919 0.6287 0.176 0.000 0.296 0.012 0.000 0.516
#> GSM311813 1 0.1296 0.4819 0.952 0.000 0.012 0.004 0.000 0.032
#> GSM311814 3 0.4859 0.5735 0.056 0.000 0.604 0.008 0.332 0.000
#> GSM311815 1 0.3789 0.6143 0.660 0.000 0.332 0.000 0.008 0.000
#> GSM311816 1 0.2238 0.4242 0.900 0.000 0.016 0.076 0.004 0.004
#> GSM311817 1 0.4456 0.4235 0.668 0.000 0.064 0.000 0.268 0.000
#> GSM311818 3 0.5985 0.5769 0.004 0.016 0.552 0.108 0.308 0.012
#> GSM311819 1 0.5970 0.0327 0.460 0.000 0.204 0.004 0.332 0.000
#> GSM311820 1 0.3668 0.6067 0.668 0.000 0.328 0.000 0.004 0.000
#> GSM311821 6 0.5672 0.6211 0.184 0.000 0.304 0.000 0.000 0.512
#> GSM311822 1 0.6053 0.1142 0.488 0.000 0.196 0.000 0.304 0.012
#> GSM311823 5 0.3868 0.9650 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM311824 1 0.2165 0.3554 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008 0.000
#> GSM311825 6 0.5624 0.6279 0.180 0.000 0.296 0.000 0.000 0.524
#> GSM311826 6 0.6017 0.4697 0.268 0.000 0.304 0.000 0.000 0.428
#> GSM311827 6 0.7147 -0.4039 0.000 0.016 0.380 0.096 0.120 0.388
#> GSM311828 2 0.6971 0.3631 0.000 0.512 0.108 0.020 0.108 0.252
#> GSM311829 6 0.5966 0.6229 0.180 0.000 0.304 0.012 0.000 0.504
#> GSM311830 3 0.6881 0.5038 0.000 0.012 0.516 0.104 0.124 0.244
#> GSM311832 3 0.5580 0.5592 0.012 0.000 0.596 0.256 0.132 0.004
#> GSM311833 3 0.5769 0.5758 0.012 0.000 0.552 0.168 0.268 0.000
#> GSM311834 2 0.1804 0.3631 0.000 0.936 0.020 0.008 0.016 0.020
#> GSM311835 6 0.5919 0.6287 0.176 0.000 0.296 0.012 0.000 0.516
#> GSM311836 1 0.0951 0.4589 0.968 0.000 0.004 0.020 0.000 0.008
#> GSM311837 5 0.3868 0.9650 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM311838 2 0.3869 -0.9699 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM311839 1 0.4452 -0.3210 0.572 0.000 0.000 0.400 0.004 0.024
#> GSM311840 5 0.4693 0.8636 0.000 0.432 0.000 0.012 0.532 0.024
#> GSM311841 6 0.5758 0.6038 0.196 0.000 0.312 0.000 0.000 0.492
#> GSM311842 3 0.3187 0.2046 0.188 0.000 0.796 0.004 0.012 0.000
#> GSM311843 6 0.5647 0.6262 0.184 0.000 0.296 0.000 0.000 0.520
#> GSM311844 2 0.2697 -0.1648 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM311845 3 0.6853 0.5504 0.000 0.012 0.480 0.108 0.308 0.092
#> GSM311846 3 0.6838 0.5364 0.000 0.020 0.524 0.252 0.124 0.080
#> GSM311847 6 0.5919 0.6287 0.176 0.000 0.296 0.012 0.000 0.516
#> GSM311848 6 0.6486 -0.3872 0.000 0.016 0.368 0.104 0.044 0.468
#> GSM311849 1 0.4537 0.5890 0.576 0.000 0.392 0.024 0.008 0.000
#> GSM311850 6 0.5624 0.6279 0.180 0.000 0.296 0.000 0.000 0.524
#> GSM311851 3 0.5325 0.5735 0.000 0.004 0.548 0.104 0.344 0.000
#> GSM311852 1 0.4582 0.5362 0.704 0.000 0.184 0.108 0.004 0.000
#> GSM311853 3 0.2964 0.2866 0.140 0.000 0.836 0.012 0.012 0.000
#> GSM311854 1 0.3955 0.6103 0.648 0.000 0.340 0.004 0.008 0.000
#> GSM311855 3 0.4163 0.5961 0.016 0.000 0.656 0.008 0.320 0.000
#> GSM311856 3 0.3410 0.1665 0.216 0.000 0.768 0.008 0.008 0.000
#> GSM311857 1 0.4326 0.5768 0.656 0.000 0.300 0.000 0.000 0.044
#> GSM311858 6 0.6030 -0.5189 0.000 0.420 0.008 0.068 0.044 0.460
#> GSM311859 1 0.3940 0.6094 0.652 0.000 0.336 0.004 0.008 0.000
#> GSM311860 1 0.3566 0.2593 0.752 0.000 0.000 0.224 0.000 0.024
#> GSM311861 1 0.1700 0.4018 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000
#> GSM311862 1 0.6224 0.0494 0.488 0.000 0.156 0.032 0.324 0.000
#> GSM311863 2 0.4965 0.3737 0.000 0.476 0.000 0.012 0.040 0.472
#> GSM311864 6 0.5965 0.6176 0.176 0.000 0.312 0.012 0.000 0.500
#> GSM311865 6 0.5976 0.6270 0.172 0.000 0.296 0.016 0.000 0.516
#> GSM311866 1 0.3927 0.6087 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012 0.000
#> GSM311867 1 0.2445 0.3298 0.868 0.000 0.004 0.120 0.008 0.000
#> GSM311868 1 0.4795 0.5802 0.632 0.000 0.308 0.004 0.008 0.048
#> GSM311869 2 0.0146 0.3427 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.5012 0.3096 0.000 0.704 0.176 0.020 0.088 0.012
#> GSM311871 3 0.3250 0.1954 0.196 0.000 0.788 0.004 0.012 0.000
#> GSM311872 1 0.2288 0.4647 0.896 0.000 0.072 0.028 0.004 0.000
#> GSM311873 3 0.6043 0.5240 0.000 0.016 0.552 0.316 0.076 0.040
#> GSM311874 1 0.3618 0.1756 0.808 0.000 0.104 0.080 0.008 0.000
#> GSM311875 3 0.5087 0.3680 0.044 0.008 0.548 0.392 0.008 0.000
#> GSM311876 4 0.5010 0.8136 0.240 0.000 0.104 0.648 0.008 0.000
#> GSM311877 4 0.5010 0.8136 0.240 0.000 0.104 0.648 0.008 0.000
#> GSM311879 3 0.4623 0.4153 0.008 0.016 0.576 0.392 0.008 0.000
#> GSM311880 3 0.5704 0.4425 0.156 0.000 0.508 0.004 0.332 0.000
#> GSM311881 5 0.3869 0.9607 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM311882 6 0.6451 -0.3944 0.000 0.016 0.384 0.104 0.040 0.456
#> GSM311883 3 0.5412 0.5680 0.004 0.000 0.544 0.116 0.336 0.000
#> GSM311884 1 0.4966 0.6057 0.600 0.008 0.348 0.008 0.008 0.028
#> GSM311885 2 0.1225 0.3200 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM311886 2 0.0146 0.3405 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311887 6 0.6143 0.6213 0.164 0.000 0.300 0.020 0.004 0.512
#> GSM311888 2 0.0146 0.3405 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM311889 1 0.3835 0.5969 0.668 0.000 0.320 0.000 0.000 0.012
#> GSM311890 3 0.5228 0.5747 0.012 0.000 0.580 0.080 0.328 0.000
#> GSM311891 6 0.5624 0.6279 0.180 0.000 0.296 0.000 0.000 0.524
#> GSM311892 6 0.6475 -0.4053 0.000 0.016 0.388 0.100 0.044 0.452
#> GSM311893 6 0.5600 0.6293 0.176 0.000 0.296 0.000 0.000 0.528
#> GSM311894 1 0.3668 0.6067 0.668 0.000 0.328 0.000 0.004 0.000
#> GSM311895 3 0.4949 0.5516 0.004 0.000 0.644 0.248 0.104 0.000
#> GSM311896 3 0.5201 0.5370 0.012 0.000 0.616 0.276 0.096 0.000
#> GSM311897 3 0.6870 0.2794 0.164 0.000 0.468 0.272 0.096 0.000
#> GSM311898 1 0.3684 0.6088 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004 0.000
#> GSM311899 3 0.5609 0.5574 0.004 0.000 0.552 0.276 0.168 0.000
#> GSM311900 3 0.5175 0.5383 0.004 0.000 0.588 0.308 0.100 0.000
#> GSM311901 2 0.3096 0.2542 0.004 0.848 0.096 0.048 0.004 0.000
#> GSM311902 4 0.6173 0.3949 0.248 0.000 0.268 0.472 0.012 0.000
#> GSM311903 3 0.7060 0.5431 0.004 0.016 0.524 0.100 0.212 0.144
#> GSM311904 1 0.5223 -0.2470 0.508 0.000 0.000 0.396 0.096 0.000
#> GSM311905 4 0.4097 0.4307 0.492 0.000 0.000 0.500 0.008 0.000
#> GSM311906 1 0.1843 0.4006 0.912 0.000 0.000 0.080 0.004 0.004
#> GSM311907 4 0.3743 0.8070 0.252 0.000 0.024 0.724 0.000 0.000
#> GSM311908 4 0.5010 0.8136 0.240 0.000 0.104 0.648 0.008 0.000
#> GSM311909 4 0.3946 0.7669 0.284 0.000 0.012 0.696 0.004 0.004
#> GSM311910 3 0.7072 0.4909 0.000 0.016 0.456 0.312 0.096 0.120
#> GSM311911 6 0.5600 0.6293 0.176 0.000 0.296 0.000 0.000 0.528
#> GSM311912 6 0.6412 -0.5219 0.000 0.316 0.000 0.012 0.316 0.356
#> GSM311913 1 0.3652 0.6025 0.672 0.000 0.324 0.000 0.000 0.004
#> GSM311914 1 0.3531 0.6055 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.3869 -0.9699 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM311916 1 0.0790 0.4762 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM311917 6 0.5624 0.6279 0.180 0.000 0.296 0.000 0.000 0.524
#> GSM311918 6 0.5731 0.6294 0.176 0.000 0.296 0.004 0.000 0.524
#> GSM311919 1 0.7112 -0.4246 0.392 0.000 0.152 0.336 0.120 0.000
#> GSM311920 6 0.7120 -0.4036 0.000 0.016 0.380 0.096 0.116 0.392
#> GSM311921 3 0.4505 0.5985 0.016 0.000 0.652 0.000 0.304 0.028
#> GSM311922 3 0.6124 0.3267 0.000 0.016 0.464 0.012 0.120 0.388
#> GSM311923 2 0.5472 -0.1489 0.000 0.468 0.448 0.048 0.036 0.000
#> GSM311831 4 0.3720 0.8053 0.236 0.000 0.028 0.736 0.000 0.000
#> GSM311878 2 0.1297 0.3155 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:mclust 159 1.0000 2
#> ATC:mclust 136 0.5632 3
#> ATC:mclust 126 0.4108 4
#> ATC:mclust 110 0.4918 5
#> ATC:mclust 81 0.0301 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21353 rows and 163 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.833 0.906 0.957 0.4964 0.501 0.501
#> 3 3 0.815 0.898 0.952 0.2947 0.799 0.621
#> 4 4 0.661 0.761 0.862 0.1435 0.881 0.680
#> 5 5 0.643 0.605 0.775 0.0626 0.923 0.730
#> 6 6 0.647 0.529 0.741 0.0452 0.932 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM311761 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311762 2 0.1633 0.9554 0.024 0.976
#> GSM311763 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311765 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311766 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311767 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311769 1 0.6887 0.7978 0.816 0.184
#> GSM311770 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311771 1 0.9850 0.3619 0.572 0.428
#> GSM311772 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311773 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311774 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311775 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311777 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311778 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311780 1 0.1843 0.9194 0.972 0.028
#> GSM311781 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311782 2 0.0376 0.9760 0.004 0.996
#> GSM311783 1 0.3879 0.8904 0.924 0.076
#> GSM311784 1 0.6973 0.7935 0.812 0.188
#> GSM311785 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311786 2 0.9983 -0.0585 0.476 0.524
#> GSM311787 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311788 2 0.9491 0.3339 0.368 0.632
#> GSM311789 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311792 1 0.8555 0.6718 0.720 0.280
#> GSM311793 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311794 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311795 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311796 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311798 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311799 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311800 1 0.4815 0.8695 0.896 0.104
#> GSM311801 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311803 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311804 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311806 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311807 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311808 1 0.9323 0.5500 0.652 0.348
#> GSM311809 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311810 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311811 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311812 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311814 1 0.8608 0.6653 0.716 0.284
#> GSM311815 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311816 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311817 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311818 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311819 1 0.3879 0.8904 0.924 0.076
#> GSM311820 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311821 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311822 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311823 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311827 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311829 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311830 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311832 2 0.0672 0.9721 0.008 0.992
#> GSM311833 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311841 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311842 1 0.9754 0.4146 0.592 0.408
#> GSM311843 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311845 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311846 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311847 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311848 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.6887 0.7978 0.816 0.184
#> GSM311850 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311851 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0376 0.9316 0.996 0.004
#> GSM311853 2 0.9460 0.3456 0.364 0.636
#> GSM311854 1 0.2778 0.9080 0.952 0.048
#> GSM311855 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311856 1 0.6973 0.7935 0.812 0.188
#> GSM311857 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311858 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311859 1 0.2043 0.9173 0.968 0.032
#> GSM311860 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311862 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311863 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311864 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311866 1 0.5737 0.8431 0.864 0.136
#> GSM311867 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311870 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311871 1 0.6048 0.8325 0.852 0.148
#> GSM311872 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311873 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311874 1 0.3733 0.8931 0.928 0.072
#> GSM311875 2 0.3584 0.9048 0.068 0.932
#> GSM311876 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311879 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311880 1 0.7299 0.7753 0.796 0.204
#> GSM311881 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311882 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311883 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311890 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311892 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311895 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311896 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311897 1 0.9954 0.2674 0.540 0.460
#> GSM311898 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311899 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311900 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311901 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311902 1 0.9286 0.5580 0.656 0.344
#> GSM311903 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311907 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311908 1 0.7376 0.7714 0.792 0.208
#> GSM311909 1 0.0938 0.9277 0.988 0.012
#> GSM311910 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311911 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311912 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311913 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9335 1.000 0.000
#> GSM311919 1 0.6801 0.8021 0.820 0.180
#> GSM311920 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
#> GSM311921 1 0.8499 0.6779 0.724 0.276
#> GSM311922 1 0.9815 0.3836 0.580 0.420
#> GSM311923 1 0.7950 0.7296 0.760 0.240
#> GSM311831 1 0.4022 0.8880 0.920 0.080
#> GSM311878 2 0.0000 0.9798 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM311761 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311762 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311763 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311764 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311765 3 0.0592 0.9506 0.000 0.012 0.988
#> GSM311766 3 0.3192 0.8568 0.000 0.112 0.888
#> GSM311767 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311768 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311769 1 0.4233 0.8181 0.836 0.160 0.004
#> GSM311770 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311771 2 0.5678 0.5125 0.316 0.684 0.000
#> GSM311772 2 0.2356 0.8975 0.000 0.928 0.072
#> GSM311773 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311774 3 0.0747 0.9486 0.000 0.016 0.984
#> GSM311775 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311776 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311777 3 0.1411 0.9295 0.000 0.036 0.964
#> GSM311778 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311779 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311780 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311781 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311782 3 0.6583 0.7202 0.136 0.108 0.756
#> GSM311783 1 0.1860 0.9156 0.948 0.052 0.000
#> GSM311784 1 0.4399 0.7941 0.812 0.000 0.188
#> GSM311785 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311786 2 0.5678 0.5143 0.316 0.684 0.000
#> GSM311787 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311788 2 0.6148 0.4161 0.356 0.640 0.004
#> GSM311789 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311790 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311792 1 0.6168 0.3758 0.588 0.000 0.412
#> GSM311793 2 0.3551 0.8406 0.000 0.868 0.132
#> GSM311794 3 0.0592 0.9506 0.000 0.012 0.988
#> GSM311795 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311797 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311798 2 0.3192 0.8608 0.000 0.888 0.112
#> GSM311799 2 0.1753 0.9154 0.000 0.952 0.048
#> GSM311800 3 0.0892 0.9399 0.020 0.000 0.980
#> GSM311801 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311802 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311803 1 0.4887 0.7465 0.772 0.000 0.228
#> GSM311804 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311805 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311806 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311807 2 0.0747 0.9342 0.000 0.984 0.016
#> GSM311808 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311809 1 0.0237 0.9450 0.996 0.000 0.004
#> GSM311810 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311811 1 0.4887 0.7462 0.772 0.000 0.228
#> GSM311812 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311813 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311814 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311815 1 0.4504 0.7848 0.804 0.000 0.196
#> GSM311816 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311817 1 0.3619 0.8472 0.864 0.000 0.136
#> GSM311818 2 0.5497 0.5954 0.000 0.708 0.292
#> GSM311819 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311820 1 0.1411 0.9260 0.964 0.000 0.036
#> GSM311821 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311822 3 0.1529 0.9198 0.040 0.000 0.960
#> GSM311823 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311824 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311828 2 0.2959 0.8738 0.000 0.900 0.100
#> GSM311829 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311830 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311832 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311833 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311834 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311835 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311836 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311837 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311839 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311840 2 0.0424 0.9384 0.000 0.992 0.008
#> GSM311841 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311842 1 0.5798 0.7682 0.776 0.040 0.184
#> GSM311843 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311844 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311845 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311846 3 0.3619 0.8217 0.000 0.136 0.864
#> GSM311847 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311849 1 0.4452 0.7895 0.808 0.000 0.192
#> GSM311850 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311852 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311853 2 0.1031 0.9236 0.024 0.976 0.000
#> GSM311854 1 0.4555 0.7748 0.800 0.200 0.000
#> GSM311855 3 0.0892 0.9457 0.000 0.020 0.980
#> GSM311856 1 0.4452 0.7844 0.808 0.192 0.000
#> GSM311857 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311858 3 0.0592 0.9506 0.000 0.012 0.988
#> GSM311859 1 0.4002 0.8205 0.840 0.160 0.000
#> GSM311860 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311861 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311862 3 0.5905 0.3966 0.352 0.000 0.648
#> GSM311863 3 0.0747 0.9486 0.000 0.016 0.984
#> GSM311864 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311865 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.1950 0.9200 0.952 0.008 0.040
#> GSM311867 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311870 2 0.2066 0.9051 0.000 0.940 0.060
#> GSM311871 1 0.4555 0.7803 0.800 0.000 0.200
#> GSM311872 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311873 2 0.2959 0.8723 0.000 0.900 0.100
#> GSM311874 1 0.4291 0.7983 0.820 0.180 0.000
#> GSM311875 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311876 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311877 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311879 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311880 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311881 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311882 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311883 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311884 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311885 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311886 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311887 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311889 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311890 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311891 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311892 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311893 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311894 1 0.0237 0.9451 0.996 0.000 0.004
#> GSM311895 2 0.3551 0.8418 0.000 0.868 0.132
#> GSM311896 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311897 3 0.1289 0.9296 0.032 0.000 0.968
#> GSM311898 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311899 3 0.0237 0.9539 0.000 0.004 0.996
#> GSM311900 3 0.6309 -0.0261 0.000 0.496 0.504
#> GSM311901 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311902 1 0.4277 0.8424 0.852 0.016 0.132
#> GSM311903 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311904 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311905 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311906 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311907 1 0.1964 0.9125 0.944 0.056 0.000
#> GSM311908 1 0.3551 0.8490 0.868 0.132 0.000
#> GSM311909 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311910 3 0.0747 0.9485 0.000 0.016 0.984
#> GSM311911 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.3816 0.8175 0.000 0.852 0.148
#> GSM311913 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311914 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311915 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
#> GSM311916 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311917 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311918 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000
#> GSM311919 1 0.4842 0.7497 0.776 0.000 0.224
#> GSM311920 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311921 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311922 3 0.0000 0.9555 0.000 0.000 1.000
#> GSM311923 2 0.0592 0.9330 0.012 0.988 0.000
#> GSM311831 1 0.5905 0.5038 0.648 0.352 0.000
#> GSM311878 2 0.0000 0.9421 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM311761 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311762 2 0.0188 0.8725 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311763 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311764 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311765 3 0.1929 0.8777 0.000 0.024 0.940 0.036
#> GSM311766 3 0.3547 0.8439 0.000 0.064 0.864 0.072
#> GSM311767 1 0.0336 0.8748 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311768 1 0.1211 0.8666 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311769 1 0.5050 0.7235 0.784 0.008 0.100 0.108
#> GSM311770 2 0.1022 0.8631 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM311771 2 0.5503 0.0278 0.468 0.516 0.000 0.016
#> GSM311772 2 0.4318 0.7621 0.000 0.816 0.068 0.116
#> GSM311773 2 0.4843 0.3704 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM311774 3 0.4174 0.8232 0.000 0.044 0.816 0.140
#> GSM311775 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311776 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311777 3 0.4900 0.7903 0.004 0.092 0.788 0.116
#> GSM311778 2 0.0376 0.8724 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM311779 1 0.4491 0.7479 0.800 0.000 0.060 0.140
#> GSM311780 4 0.4171 0.7399 0.116 0.000 0.060 0.824
#> GSM311781 4 0.4295 0.7435 0.240 0.000 0.008 0.752
#> GSM311782 4 0.4957 0.4341 0.000 0.012 0.320 0.668
#> GSM311783 1 0.1639 0.8623 0.952 0.008 0.004 0.036
#> GSM311784 1 0.5402 0.6937 0.752 0.004 0.112 0.132
#> GSM311785 1 0.0188 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311786 2 0.5576 0.1015 0.444 0.536 0.000 0.020
#> GSM311787 2 0.0469 0.8716 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM311788 4 0.6014 0.4355 0.020 0.304 0.032 0.644
#> GSM311789 3 0.2345 0.8590 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM311790 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311792 1 0.6670 0.3082 0.540 0.004 0.376 0.080
#> GSM311793 2 0.4731 0.7263 0.000 0.780 0.160 0.060
#> GSM311794 3 0.2589 0.8326 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM311795 1 0.0469 0.8746 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM311796 3 0.3972 0.7645 0.000 0.008 0.788 0.204
#> GSM311797 1 0.0188 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311798 2 0.5536 0.6623 0.000 0.724 0.180 0.096
#> GSM311799 2 0.3587 0.7949 0.000 0.856 0.040 0.104
#> GSM311800 3 0.5102 0.6940 0.064 0.000 0.748 0.188
#> GSM311801 3 0.2408 0.8568 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM311802 1 0.0336 0.8748 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311803 1 0.4244 0.7325 0.800 0.000 0.168 0.032
#> GSM311804 4 0.4103 0.7302 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM311805 1 0.0336 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311806 2 0.4985 0.0387 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM311807 2 0.1661 0.8486 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM311808 3 0.1211 0.8770 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM311809 1 0.1174 0.8684 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM311810 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311811 1 0.4259 0.7774 0.816 0.000 0.128 0.056
#> GSM311812 1 0.0707 0.8727 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311813 4 0.4564 0.6353 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM311814 3 0.1118 0.8736 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM311815 1 0.4093 0.7968 0.832 0.000 0.072 0.096
#> GSM311816 4 0.5125 0.5013 0.376 0.004 0.004 0.616
#> GSM311817 1 0.5596 0.6263 0.696 0.000 0.068 0.236
#> GSM311818 2 0.6955 0.3832 0.000 0.560 0.296 0.144
#> GSM311819 3 0.3836 0.7843 0.016 0.000 0.816 0.168
#> GSM311820 1 0.3144 0.8325 0.884 0.000 0.044 0.072
#> GSM311821 1 0.1211 0.8678 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM311822 3 0.4010 0.7938 0.100 0.000 0.836 0.064
#> GSM311823 2 0.0336 0.8700 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311824 1 0.4888 0.0372 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM311825 1 0.0336 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311826 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.2760 0.8249 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM311828 2 0.4731 0.7256 0.000 0.780 0.160 0.060
#> GSM311829 1 0.0336 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311830 3 0.2281 0.8506 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM311832 4 0.4790 0.3878 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM311833 3 0.3486 0.8024 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM311834 2 0.0592 0.8702 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM311835 1 0.0336 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311836 4 0.4370 0.7306 0.212 0.008 0.008 0.772
#> GSM311837 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311838 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311839 4 0.4452 0.7469 0.156 0.000 0.048 0.796
#> GSM311840 2 0.2179 0.8403 0.000 0.924 0.012 0.064
#> GSM311841 1 0.0336 0.8751 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311842 1 0.6959 0.6021 0.656 0.032 0.140 0.172
#> GSM311843 1 0.0592 0.8738 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM311844 2 0.0188 0.8725 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311845 3 0.0817 0.8796 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM311846 3 0.3858 0.8309 0.000 0.056 0.844 0.100
#> GSM311847 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311848 3 0.0188 0.8788 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM311849 1 0.3077 0.8383 0.892 0.004 0.068 0.036
#> GSM311850 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.1022 0.8775 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM311852 1 0.0188 0.8752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311853 2 0.3548 0.7852 0.068 0.864 0.000 0.068
#> GSM311854 1 0.3266 0.7491 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM311855 3 0.3556 0.8213 0.004 0.096 0.864 0.036
#> GSM311856 1 0.4322 0.7689 0.828 0.104 0.008 0.060
#> GSM311857 1 0.0188 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311858 3 0.2149 0.8655 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM311859 1 0.3547 0.7704 0.840 0.144 0.000 0.016
#> GSM311860 4 0.4477 0.6805 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM311861 1 0.2345 0.8272 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM311862 4 0.6521 0.6249 0.124 0.000 0.256 0.620
#> GSM311863 3 0.0469 0.8802 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM311864 1 0.4008 0.5789 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM311865 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311866 1 0.4616 0.7778 0.812 0.016 0.048 0.124
#> GSM311867 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311868 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311870 2 0.2021 0.8438 0.000 0.932 0.056 0.012
#> GSM311871 1 0.3032 0.8108 0.868 0.000 0.124 0.008
#> GSM311872 1 0.4605 0.3342 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM311873 4 0.5664 0.6318 0.000 0.156 0.124 0.720
#> GSM311874 1 0.7147 0.2615 0.540 0.056 0.040 0.364
#> GSM311875 4 0.4741 0.4855 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM311876 4 0.3907 0.7536 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM311877 4 0.4122 0.7522 0.236 0.000 0.004 0.760
#> GSM311879 2 0.4456 0.5794 0.004 0.716 0.000 0.280
#> GSM311880 3 0.2216 0.8637 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM311881 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311882 3 0.2081 0.8673 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM311883 3 0.2216 0.8629 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM311884 1 0.0336 0.8742 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311885 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311886 2 0.0188 0.8725 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM311887 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM311889 1 0.2408 0.8350 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM311890 3 0.2973 0.8247 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM311891 1 0.0336 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311892 3 0.0592 0.8796 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM311893 1 0.0188 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM311894 1 0.5500 0.6638 0.708 0.000 0.068 0.224
#> GSM311895 2 0.7249 0.3869 0.000 0.540 0.260 0.200
#> GSM311896 4 0.4072 0.5581 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM311897 4 0.3498 0.6894 0.008 0.000 0.160 0.832
#> GSM311898 1 0.0657 0.8752 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM311899 3 0.3668 0.8196 0.000 0.004 0.808 0.188
#> GSM311900 4 0.4833 0.5701 0.000 0.032 0.228 0.740
#> GSM311901 2 0.0707 0.8688 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM311902 4 0.4475 0.6917 0.056 0.008 0.120 0.816
#> GSM311903 3 0.1389 0.8773 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM311904 4 0.4164 0.7228 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM311905 4 0.4164 0.7237 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM311906 1 0.4399 0.7322 0.768 0.020 0.000 0.212
#> GSM311907 4 0.4088 0.7539 0.232 0.004 0.000 0.764
#> GSM311908 4 0.4330 0.6938 0.048 0.012 0.112 0.828
#> GSM311909 4 0.4348 0.7339 0.088 0.012 0.068 0.832
#> GSM311910 3 0.4948 0.2767 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM311911 1 0.0000 0.8755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.5515 0.6752 0.000 0.732 0.152 0.116
#> GSM311913 1 0.0817 0.8722 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM311914 1 0.5438 0.6955 0.732 0.012 0.048 0.208
#> GSM311915 2 0.0336 0.8724 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM311916 1 0.2149 0.8419 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM311917 1 0.0336 0.8749 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM311918 1 0.0707 0.8727 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM311919 4 0.4843 0.7268 0.104 0.000 0.112 0.784
#> GSM311920 3 0.2530 0.8388 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM311921 3 0.0921 0.8794 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM311922 3 0.1474 0.8693 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM311923 2 0.0469 0.8672 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM311831 4 0.4332 0.7307 0.072 0.112 0.000 0.816
#> GSM311878 2 0.0000 0.8723 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM311761 2 0.1251 0.84420 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311762 2 0.1728 0.84387 0.004 0.940 0.036 0.020 0.000
#> GSM311763 2 0.0771 0.84864 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> GSM311764 2 0.0798 0.84963 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM311765 5 0.1195 0.63537 0.000 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM311766 5 0.0613 0.64154 0.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> GSM311767 1 0.2540 0.81943 0.888 0.000 0.024 0.088 0.000
#> GSM311768 1 0.4350 0.74921 0.776 0.000 0.132 0.088 0.004
#> GSM311769 1 0.5985 0.68015 0.700 0.028 0.120 0.124 0.028
#> GSM311770 2 0.3719 0.76843 0.000 0.816 0.116 0.068 0.000
#> GSM311771 2 0.5949 0.32255 0.364 0.552 0.028 0.056 0.000
#> GSM311772 2 0.5325 0.68010 0.000 0.724 0.084 0.152 0.040
#> GSM311773 4 0.6664 0.21442 0.000 0.384 0.084 0.484 0.048
#> GSM311774 5 0.7265 0.09347 0.000 0.060 0.344 0.140 0.456
#> GSM311775 2 0.2632 0.81896 0.000 0.888 0.072 0.040 0.000
#> GSM311776 2 0.0807 0.85031 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM311777 5 0.7756 -0.00829 0.008 0.092 0.352 0.124 0.424
#> GSM311778 2 0.1211 0.84792 0.000 0.960 0.016 0.024 0.000
#> GSM311779 1 0.6839 0.52790 0.600 0.000 0.108 0.180 0.112
#> GSM311780 4 0.3383 0.68170 0.064 0.008 0.040 0.868 0.020
#> GSM311781 4 0.3730 0.67025 0.076 0.004 0.068 0.840 0.012
#> GSM311782 4 0.6021 0.36410 0.004 0.000 0.124 0.560 0.312
#> GSM311783 1 0.2456 0.82973 0.904 0.008 0.024 0.064 0.000
#> GSM311784 1 0.7481 0.44047 0.540 0.004 0.112 0.156 0.188
#> GSM311785 1 0.0162 0.84440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311786 2 0.7231 0.28748 0.304 0.500 0.096 0.100 0.000
#> GSM311787 2 0.1483 0.84412 0.000 0.952 0.028 0.012 0.008
#> GSM311788 4 0.5860 0.55108 0.000 0.128 0.088 0.696 0.088
#> GSM311789 5 0.1106 0.63758 0.000 0.000 0.012 0.024 0.964
#> GSM311790 2 0.0510 0.84840 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311791 2 0.1281 0.84587 0.000 0.956 0.012 0.032 0.000
#> GSM311792 1 0.6925 0.51933 0.608 0.004 0.128 0.108 0.152
#> GSM311793 2 0.5178 0.60465 0.000 0.676 0.016 0.052 0.256
#> GSM311794 3 0.4420 0.23248 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> GSM311795 1 0.0290 0.84477 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311796 3 0.3937 0.47511 0.004 0.028 0.816 0.020 0.132
#> GSM311797 1 0.0290 0.84525 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM311798 2 0.6443 0.60021 0.004 0.656 0.096 0.124 0.120
#> GSM311799 2 0.6193 0.14339 0.000 0.472 0.420 0.096 0.012
#> GSM311800 3 0.5635 0.46600 0.028 0.000 0.688 0.116 0.168
#> GSM311801 5 0.0703 0.63905 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM311802 1 0.1012 0.84471 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> GSM311803 1 0.3643 0.70387 0.776 0.000 0.004 0.008 0.212
#> GSM311804 4 0.4458 0.65534 0.076 0.008 0.112 0.792 0.012
#> GSM311805 1 0.0703 0.84392 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM311806 4 0.5508 0.17604 0.000 0.460 0.064 0.476 0.000
#> GSM311807 2 0.3460 0.77186 0.000 0.828 0.128 0.044 0.000
#> GSM311808 5 0.4248 0.37433 0.000 0.000 0.240 0.032 0.728
#> GSM311809 1 0.1989 0.84036 0.932 0.000 0.032 0.016 0.020
#> GSM311810 2 0.1124 0.84399 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> GSM311811 1 0.4931 0.46338 0.600 0.000 0.372 0.016 0.012
#> GSM311812 1 0.0693 0.84407 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM311813 4 0.5740 0.59725 0.244 0.000 0.144 0.612 0.000
#> GSM311814 5 0.4688 -0.10402 0.004 0.000 0.456 0.008 0.532
#> GSM311815 1 0.4874 0.54009 0.632 0.000 0.328 0.040 0.000
#> GSM311816 4 0.5531 0.48514 0.344 0.008 0.044 0.596 0.008
#> GSM311817 3 0.6157 0.13870 0.220 0.000 0.560 0.220 0.000
#> GSM311818 3 0.5355 0.17447 0.000 0.376 0.576 0.016 0.032
#> GSM311819 3 0.5037 0.42503 0.008 0.000 0.636 0.036 0.320
#> GSM311820 3 0.5191 0.02670 0.408 0.000 0.552 0.036 0.004
#> GSM311821 1 0.2077 0.82225 0.920 0.000 0.040 0.040 0.000
#> GSM311822 5 0.6233 0.09108 0.368 0.000 0.052 0.048 0.532
#> GSM311823 2 0.1251 0.84331 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> GSM311824 4 0.5203 0.54899 0.332 0.000 0.060 0.608 0.000
#> GSM311825 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311826 1 0.0000 0.84450 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM311827 3 0.4287 0.24686 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM311828 2 0.5528 0.52977 0.000 0.632 0.036 0.036 0.296
#> GSM311829 1 0.1205 0.83759 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> GSM311830 5 0.4541 0.25661 0.000 0.000 0.288 0.032 0.680
#> GSM311832 4 0.5548 0.20637 0.000 0.000 0.440 0.492 0.068
#> GSM311833 3 0.6343 0.21981 0.000 0.000 0.492 0.176 0.332
#> GSM311834 2 0.1618 0.84020 0.000 0.944 0.040 0.008 0.008
#> GSM311835 1 0.1444 0.83473 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> GSM311836 4 0.5228 0.61608 0.076 0.012 0.224 0.688 0.000
#> GSM311837 2 0.1493 0.84609 0.000 0.948 0.028 0.024 0.000
#> GSM311838 2 0.0404 0.85007 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM311839 4 0.4098 0.66028 0.064 0.000 0.156 0.780 0.000
#> GSM311840 2 0.3236 0.77541 0.000 0.828 0.152 0.020 0.000
#> GSM311841 1 0.1484 0.83657 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> GSM311842 3 0.6174 0.38067 0.224 0.092 0.644 0.024 0.016
#> GSM311843 1 0.1205 0.83759 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> GSM311844 2 0.0798 0.84967 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM311845 5 0.1408 0.63354 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> GSM311846 5 0.7806 0.02194 0.000 0.140 0.312 0.120 0.428
#> GSM311847 1 0.0162 0.84440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311848 5 0.1952 0.60763 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> GSM311849 1 0.4306 0.76304 0.816 0.016 0.020 0.060 0.088
#> GSM311850 1 0.0162 0.84440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311851 3 0.5289 0.35472 0.000 0.000 0.616 0.072 0.312
#> GSM311852 1 0.1173 0.84464 0.964 0.000 0.004 0.020 0.012
#> GSM311853 2 0.5777 0.59282 0.200 0.688 0.040 0.060 0.012
#> GSM311854 1 0.4338 0.75930 0.800 0.112 0.040 0.048 0.000
#> GSM311855 3 0.7406 0.20258 0.008 0.292 0.388 0.016 0.296
#> GSM311856 1 0.4619 0.74496 0.784 0.076 0.024 0.112 0.004
#> GSM311857 1 0.1386 0.84059 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000
#> GSM311858 5 0.0912 0.64350 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> GSM311859 1 0.5489 0.62340 0.688 0.208 0.072 0.032 0.000
#> GSM311860 4 0.4522 0.66884 0.192 0.004 0.060 0.744 0.000
#> GSM311861 1 0.5379 0.57830 0.648 0.000 0.244 0.108 0.000
#> GSM311862 4 0.6658 0.57438 0.112 0.000 0.224 0.596 0.068
#> GSM311863 5 0.2017 0.60789 0.000 0.000 0.080 0.008 0.912
#> GSM311864 1 0.4934 0.23837 0.600 0.000 0.036 0.364 0.000
#> GSM311865 1 0.0324 0.84414 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM311866 1 0.4759 0.57764 0.636 0.024 0.336 0.000 0.004
#> GSM311867 1 0.1885 0.83337 0.932 0.000 0.044 0.020 0.004
#> GSM311868 1 0.0162 0.84452 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311869 2 0.0912 0.84721 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> GSM311870 2 0.3658 0.79042 0.000 0.844 0.044 0.028 0.084
#> GSM311871 1 0.2737 0.81974 0.896 0.000 0.052 0.032 0.020
#> GSM311872 4 0.5276 0.30178 0.436 0.000 0.048 0.516 0.000
#> GSM311873 4 0.5735 0.46545 0.000 0.044 0.036 0.608 0.312
#> GSM311874 5 0.9378 -0.15456 0.260 0.096 0.096 0.264 0.284
#> GSM311875 4 0.3530 0.61629 0.000 0.204 0.012 0.784 0.000
#> GSM311876 4 0.3635 0.69407 0.132 0.000 0.008 0.824 0.036
#> GSM311877 4 0.3943 0.68831 0.156 0.000 0.016 0.800 0.028
#> GSM311879 2 0.7470 0.01421 0.000 0.428 0.084 0.360 0.128
#> GSM311880 5 0.0404 0.64247 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311881 2 0.0566 0.84877 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM311882 5 0.0404 0.64250 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM311883 5 0.3953 0.51460 0.000 0.000 0.148 0.060 0.792
#> GSM311884 1 0.0671 0.84496 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM311885 2 0.0324 0.84935 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM311886 2 0.0807 0.84946 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> GSM311887 1 0.0162 0.84440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM311888 2 0.0510 0.84840 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM311889 1 0.3994 0.71897 0.772 0.000 0.188 0.040 0.000
#> GSM311890 3 0.4577 0.46842 0.000 0.008 0.736 0.048 0.208
#> GSM311891 1 0.0290 0.84477 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM311892 5 0.1877 0.61956 0.000 0.000 0.064 0.012 0.924
#> GSM311893 1 0.0404 0.84530 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM311894 1 0.6123 0.40908 0.576 0.000 0.300 0.108 0.016
#> GSM311895 5 0.8266 0.11755 0.000 0.272 0.172 0.176 0.380
#> GSM311896 3 0.5713 -0.04237 0.000 0.000 0.500 0.416 0.084
#> GSM311897 4 0.4614 0.66193 0.040 0.000 0.136 0.776 0.048
#> GSM311898 1 0.1597 0.84145 0.940 0.000 0.048 0.012 0.000
#> GSM311899 3 0.6437 0.07513 0.000 0.004 0.464 0.156 0.376
#> GSM311900 4 0.6327 0.35057 0.000 0.024 0.128 0.584 0.264
#> GSM311901 2 0.1442 0.84300 0.000 0.952 0.032 0.012 0.004
#> GSM311902 4 0.3866 0.63329 0.016 0.008 0.088 0.836 0.052
#> GSM311903 3 0.4921 0.37277 0.000 0.000 0.604 0.036 0.360
#> GSM311904 4 0.4627 0.66476 0.188 0.000 0.080 0.732 0.000
#> GSM311905 4 0.3991 0.68638 0.140 0.004 0.036 0.808 0.012
#> GSM311906 1 0.6523 0.40001 0.548 0.024 0.292 0.136 0.000
#> GSM311907 4 0.5699 0.60554 0.096 0.008 0.216 0.668 0.012
#> GSM311908 4 0.3736 0.64768 0.004 0.016 0.032 0.832 0.116
#> GSM311909 4 0.3538 0.64423 0.016 0.004 0.160 0.816 0.004
#> GSM311910 5 0.3736 0.53476 0.000 0.004 0.072 0.100 0.824
#> GSM311911 1 0.0609 0.84477 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM311912 2 0.4998 0.59410 0.000 0.680 0.264 0.012 0.044
#> GSM311913 1 0.4430 0.73507 0.752 0.000 0.172 0.076 0.000
#> GSM311914 1 0.6169 0.50275 0.592 0.028 0.284 0.096 0.000
#> GSM311915 2 0.0290 0.84972 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM311916 1 0.3841 0.72591 0.780 0.000 0.188 0.032 0.000
#> GSM311917 1 0.1082 0.84521 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM311918 1 0.0693 0.84407 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM311919 4 0.5162 0.62015 0.040 0.000 0.212 0.708 0.040
#> GSM311920 3 0.4547 0.33774 0.000 0.000 0.588 0.012 0.400
#> GSM311921 5 0.1168 0.63730 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> GSM311922 3 0.4811 0.25703 0.000 0.000 0.528 0.020 0.452
#> GSM311923 2 0.2612 0.76448 0.124 0.868 0.000 0.008 0.000
#> GSM311831 4 0.3822 0.65966 0.024 0.096 0.040 0.836 0.004
#> GSM311878 2 0.0451 0.84981 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM311761 2 0.1151 0.79381 0.000 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032
#> GSM311762 2 0.2638 0.78169 0.020 0.892 0.052 0.008 0.000 0.028
#> GSM311763 2 0.1341 0.79642 0.000 0.948 0.024 0.000 0.000 0.028
#> GSM311764 2 0.1745 0.78880 0.000 0.920 0.068 0.000 0.000 0.012
#> GSM311765 5 0.0748 0.84298 0.000 0.004 0.000 0.004 0.976 0.016
#> GSM311766 5 0.0951 0.83940 0.000 0.008 0.004 0.000 0.968 0.020
#> GSM311767 1 0.3267 0.73256 0.852 0.004 0.064 0.024 0.000 0.056
#> GSM311768 3 0.4676 0.11789 0.412 0.000 0.552 0.020 0.000 0.016
#> GSM311769 1 0.6350 0.09420 0.424 0.032 0.400 0.000 0.004 0.140
#> GSM311770 3 0.4444 -0.05737 0.000 0.436 0.536 0.000 0.000 0.028
#> GSM311771 2 0.6251 0.15832 0.324 0.460 0.196 0.000 0.000 0.020
#> GSM311772 2 0.5574 0.17846 0.000 0.480 0.428 0.044 0.000 0.048
#> GSM311773 4 0.7300 0.19649 0.000 0.244 0.244 0.432 0.036 0.044
#> GSM311774 3 0.2775 0.49644 0.000 0.004 0.876 0.012 0.032 0.076
#> GSM311775 2 0.4552 0.36213 0.004 0.568 0.404 0.012 0.000 0.012
#> GSM311776 2 0.2169 0.78209 0.000 0.900 0.080 0.012 0.000 0.008
#> GSM311777 3 0.4324 0.44664 0.000 0.032 0.752 0.000 0.052 0.164
#> GSM311778 2 0.1789 0.79308 0.000 0.924 0.044 0.000 0.000 0.032
#> GSM311779 1 0.7226 0.32753 0.480 0.000 0.256 0.144 0.024 0.096
#> GSM311780 4 0.3502 0.63039 0.016 0.000 0.160 0.800 0.000 0.024
#> GSM311781 4 0.4512 0.48493 0.012 0.000 0.348 0.616 0.000 0.024
#> GSM311782 4 0.7285 0.38892 0.016 0.004 0.276 0.464 0.140 0.100
#> GSM311783 1 0.3455 0.72289 0.832 0.004 0.068 0.012 0.000 0.084
#> GSM311784 1 0.7830 0.38918 0.484 0.008 0.200 0.128 0.068 0.112
#> GSM311785 1 0.0767 0.75070 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 0.004
#> GSM311786 3 0.5976 0.32037 0.120 0.228 0.592 0.000 0.000 0.060
#> GSM311787 2 0.1679 0.79326 0.000 0.936 0.028 0.000 0.008 0.028
#> GSM311788 4 0.5812 0.40790 0.000 0.036 0.320 0.572 0.028 0.044
#> GSM311789 5 0.1856 0.81315 0.000 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM311790 2 0.0508 0.79835 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM311791 2 0.2225 0.77870 0.000 0.892 0.092 0.008 0.000 0.008
#> GSM311792 1 0.6847 -0.04108 0.392 0.004 0.320 0.000 0.040 0.244
#> GSM311793 2 0.6258 0.22952 0.000 0.456 0.132 0.008 0.380 0.024
#> GSM311794 6 0.4210 0.38735 0.000 0.000 0.040 0.000 0.288 0.672
#> GSM311795 1 0.1555 0.74384 0.940 0.000 0.040 0.008 0.000 0.012
#> GSM311796 6 0.4343 0.40654 0.012 0.012 0.120 0.036 0.032 0.788
#> GSM311797 1 0.0260 0.75023 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM311798 2 0.6084 0.18430 0.016 0.460 0.420 0.000 0.036 0.068
#> GSM311799 6 0.7657 -0.05712 0.000 0.224 0.296 0.156 0.004 0.320
#> GSM311800 3 0.5756 0.17103 0.004 0.000 0.508 0.084 0.024 0.380
#> GSM311801 5 0.1564 0.82996 0.000 0.000 0.024 0.000 0.936 0.040
#> GSM311802 1 0.1321 0.75018 0.952 0.000 0.004 0.024 0.000 0.020
#> GSM311803 1 0.4484 0.46805 0.640 0.000 0.028 0.000 0.320 0.012
#> GSM311804 4 0.5257 0.42757 0.020 0.004 0.376 0.552 0.000 0.048
#> GSM311805 1 0.1882 0.73865 0.920 0.000 0.060 0.008 0.000 0.012
#> GSM311806 2 0.5600 -0.07233 0.000 0.464 0.012 0.424 0.000 0.100
#> GSM311807 2 0.3906 0.69709 0.000 0.788 0.016 0.068 0.000 0.128
#> GSM311808 5 0.4195 0.59628 0.000 0.000 0.000 0.076 0.724 0.200
#> GSM311809 1 0.3319 0.71687 0.836 0.000 0.000 0.052 0.016 0.096
#> GSM311810 2 0.1518 0.79590 0.000 0.944 0.024 0.008 0.000 0.024
#> GSM311811 6 0.5064 -0.04412 0.432 0.000 0.076 0.000 0.000 0.492
#> GSM311812 1 0.1908 0.74177 0.924 0.000 0.044 0.020 0.000 0.012
#> GSM311813 4 0.5156 0.52953 0.232 0.000 0.000 0.616 0.000 0.152
#> GSM311814 6 0.5550 0.26261 0.020 0.000 0.048 0.020 0.352 0.560
#> GSM311815 3 0.7354 0.11738 0.324 0.000 0.344 0.124 0.000 0.208
#> GSM311816 4 0.5337 0.47433 0.240 0.016 0.016 0.656 0.004 0.068
#> GSM311817 6 0.6932 -0.10852 0.052 0.000 0.332 0.220 0.004 0.392
#> GSM311818 6 0.4497 0.33794 0.000 0.288 0.004 0.024 0.016 0.668
#> GSM311819 6 0.6057 0.42384 0.008 0.000 0.124 0.068 0.180 0.620
#> GSM311820 6 0.6104 -0.09558 0.416 0.000 0.048 0.080 0.004 0.452
#> GSM311821 1 0.4237 0.63775 0.736 0.000 0.000 0.144 0.000 0.120
#> GSM311822 1 0.6508 0.03888 0.412 0.000 0.072 0.000 0.404 0.112
#> GSM311823 2 0.1370 0.79157 0.000 0.948 0.012 0.004 0.000 0.036
#> GSM311824 4 0.5144 0.56099 0.212 0.000 0.020 0.660 0.000 0.108
#> GSM311825 1 0.0436 0.75051 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> GSM311826 1 0.0291 0.75038 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM311827 6 0.4146 0.40366 0.000 0.000 0.036 0.000 0.288 0.676
#> GSM311828 2 0.5526 0.39723 0.000 0.548 0.068 0.000 0.352 0.032
#> GSM311829 1 0.3013 0.71065 0.844 0.000 0.000 0.068 0.000 0.088
#> GSM311830 5 0.3566 0.61003 0.000 0.000 0.000 0.024 0.752 0.224
#> GSM311832 4 0.6352 0.10459 0.000 0.000 0.164 0.424 0.032 0.380
#> GSM311833 3 0.5268 0.45306 0.004 0.000 0.668 0.136 0.020 0.172
#> GSM311834 2 0.2542 0.78315 0.000 0.896 0.048 0.008 0.012 0.036
#> GSM311835 1 0.3068 0.71069 0.840 0.000 0.000 0.072 0.000 0.088
#> GSM311836 4 0.4744 0.55323 0.028 0.012 0.060 0.732 0.000 0.168
#> GSM311837 2 0.1575 0.79558 0.000 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032
#> GSM311838 2 0.0622 0.79942 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM311839 4 0.2036 0.65156 0.028 0.000 0.008 0.916 0.000 0.048
#> GSM311840 2 0.2968 0.71710 0.000 0.816 0.016 0.000 0.000 0.168
#> GSM311841 1 0.1049 0.75007 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> GSM311842 6 0.7411 0.29514 0.168 0.168 0.100 0.036 0.008 0.520
#> GSM311843 1 0.2795 0.72090 0.856 0.000 0.000 0.044 0.000 0.100
#> GSM311844 2 0.0632 0.79934 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM311845 5 0.1082 0.83711 0.000 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> GSM311846 3 0.4998 0.43515 0.000 0.080 0.712 0.000 0.060 0.148
#> GSM311847 1 0.0881 0.74949 0.972 0.000 0.008 0.012 0.000 0.008
#> GSM311848 5 0.1411 0.82800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM311849 1 0.4264 0.59851 0.740 0.012 0.012 0.012 0.212 0.012
#> GSM311850 1 0.0551 0.75015 0.984 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004
#> GSM311851 3 0.4525 0.31076 0.000 0.000 0.636 0.008 0.036 0.320
#> GSM311852 1 0.2557 0.74534 0.892 0.000 0.008 0.060 0.032 0.008
#> GSM311853 2 0.6244 0.36713 0.284 0.584 0.032 0.032 0.024 0.044
#> GSM311854 1 0.4886 0.62953 0.728 0.144 0.072 0.004 0.000 0.052
#> GSM311855 6 0.7132 0.22385 0.008 0.368 0.088 0.000 0.156 0.380
#> GSM311856 1 0.4819 0.59034 0.704 0.080 0.188 0.000 0.000 0.028
#> GSM311857 1 0.3030 0.71300 0.848 0.000 0.004 0.056 0.000 0.092
#> GSM311858 5 0.0547 0.83956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM311859 1 0.7251 0.23966 0.444 0.272 0.008 0.128 0.000 0.148
#> GSM311860 4 0.3551 0.63829 0.064 0.004 0.060 0.836 0.000 0.036
#> GSM311861 1 0.6941 -0.03473 0.384 0.000 0.376 0.112 0.000 0.128
#> GSM311862 4 0.6011 0.54734 0.088 0.000 0.004 0.612 0.088 0.208
#> GSM311863 5 0.0858 0.84108 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM311864 1 0.5106 0.12208 0.520 0.000 0.000 0.396 0.000 0.084
#> GSM311865 1 0.0717 0.75160 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM311866 1 0.5176 0.42162 0.568 0.024 0.032 0.008 0.000 0.368
#> GSM311867 1 0.5186 0.50617 0.640 0.000 0.248 0.092 0.000 0.020
#> GSM311868 1 0.0363 0.75076 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM311869 2 0.1036 0.79527 0.000 0.964 0.008 0.004 0.000 0.024
#> GSM311870 2 0.3126 0.74072 0.000 0.844 0.004 0.004 0.104 0.044
#> GSM311871 1 0.2558 0.72010 0.884 0.004 0.016 0.000 0.012 0.084
#> GSM311872 4 0.5135 0.33588 0.364 0.000 0.004 0.552 0.000 0.080
#> GSM311873 5 0.5373 0.13429 0.000 0.024 0.040 0.408 0.520 0.008
#> GSM311874 4 0.9094 0.14763 0.156 0.072 0.156 0.296 0.272 0.048
#> GSM311875 4 0.2826 0.62725 0.000 0.092 0.052 0.856 0.000 0.000
#> GSM311876 4 0.2081 0.66065 0.036 0.000 0.036 0.916 0.012 0.000
#> GSM311877 4 0.2758 0.66009 0.088 0.000 0.028 0.872 0.008 0.004
#> GSM311879 2 0.8122 0.01149 0.000 0.352 0.156 0.252 0.200 0.040
#> GSM311880 5 0.0748 0.84268 0.004 0.000 0.004 0.000 0.976 0.016
#> GSM311881 2 0.0862 0.79689 0.000 0.972 0.008 0.004 0.000 0.016
#> GSM311882 5 0.0260 0.84220 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM311883 5 0.5678 0.20862 0.000 0.000 0.312 0.004 0.524 0.160
#> GSM311884 1 0.1944 0.75060 0.924 0.000 0.024 0.036 0.000 0.016
#> GSM311885 2 0.0665 0.79833 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> GSM311886 2 0.0870 0.79943 0.000 0.972 0.012 0.004 0.000 0.012
#> GSM311887 1 0.1426 0.74957 0.948 0.000 0.016 0.028 0.000 0.008
#> GSM311888 2 0.0508 0.79828 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> GSM311889 1 0.6441 0.22556 0.488 0.000 0.312 0.144 0.000 0.056
#> GSM311890 3 0.5279 0.38036 0.000 0.000 0.628 0.088 0.024 0.260
#> GSM311891 1 0.1053 0.74993 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 0.012
#> GSM311892 5 0.1152 0.83366 0.000 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM311893 1 0.0881 0.75121 0.972 0.000 0.012 0.008 0.000 0.008
#> GSM311894 1 0.6735 0.27777 0.500 0.000 0.040 0.196 0.016 0.248
#> GSM311895 3 0.6008 0.39115 0.000 0.096 0.668 0.084 0.112 0.040
#> GSM311896 3 0.5374 0.39725 0.000 0.000 0.584 0.276 0.004 0.136
#> GSM311897 4 0.4165 0.36678 0.000 0.000 0.308 0.664 0.004 0.024
#> GSM311898 1 0.2100 0.72911 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000 0.112
#> GSM311899 3 0.3012 0.49783 0.000 0.000 0.852 0.024 0.020 0.104
#> GSM311900 3 0.6565 0.00983 0.000 0.012 0.496 0.308 0.140 0.044
#> GSM311901 2 0.2390 0.78138 0.000 0.896 0.052 0.000 0.008 0.044
#> GSM311902 4 0.4170 0.51119 0.000 0.004 0.328 0.648 0.000 0.020
#> GSM311903 6 0.4980 0.37629 0.004 0.004 0.216 0.000 0.112 0.664
#> GSM311904 4 0.3835 0.63235 0.112 0.000 0.000 0.776 0.000 0.112
#> GSM311905 4 0.2245 0.66106 0.052 0.000 0.008 0.908 0.004 0.028
#> GSM311906 3 0.7003 0.24848 0.224 0.008 0.480 0.208 0.000 0.080
#> GSM311907 3 0.4284 0.26739 0.004 0.004 0.608 0.372 0.000 0.012
#> GSM311908 4 0.3489 0.63957 0.008 0.004 0.104 0.832 0.044 0.008
#> GSM311909 4 0.2077 0.63348 0.000 0.004 0.032 0.916 0.004 0.044
#> GSM311910 5 0.3320 0.73235 0.000 0.000 0.092 0.040 0.840 0.028
#> GSM311911 1 0.2568 0.72488 0.876 0.000 0.096 0.012 0.000 0.016
#> GSM311912 2 0.4576 0.55799 0.000 0.680 0.008 0.008 0.040 0.264
#> GSM311913 1 0.5629 0.04574 0.456 0.000 0.412 0.004 0.000 0.128
#> GSM311914 1 0.7349 0.01397 0.388 0.004 0.308 0.176 0.000 0.124
#> GSM311915 2 0.0146 0.79868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM311916 1 0.6110 0.40778 0.568 0.000 0.248 0.124 0.000 0.060
#> GSM311917 1 0.1798 0.75190 0.932 0.000 0.020 0.028 0.000 0.020
#> GSM311918 1 0.1767 0.74376 0.932 0.000 0.036 0.020 0.000 0.012
#> GSM311919 4 0.5260 0.56955 0.028 0.000 0.016 0.672 0.064 0.220
#> GSM311920 6 0.4821 0.43844 0.000 0.000 0.148 0.000 0.184 0.668
#> GSM311921 5 0.0858 0.84282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028
#> GSM311922 6 0.4914 0.43646 0.000 0.000 0.104 0.000 0.268 0.628
#> GSM311923 2 0.3134 0.68278 0.148 0.824 0.016 0.000 0.000 0.012
#> GSM311831 4 0.1938 0.64199 0.000 0.016 0.028 0.928 0.004 0.024
#> GSM311878 2 0.0665 0.79910 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:NMF 156 1.000 2
#> ATC:NMF 159 0.663 3
#> ATC:NMF 148 0.353 4
#> ATC:NMF 119 0.485 5
#> ATC:NMF 95 0.467 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0